File Info

Filename
1166b_BB9.cnv.hmnz.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/platform-users/rsrivas/pipeline_runs/somatic_sv_dev/01_altera_exact_survey_feb26/Harmonize_dspe1166__b003992--20260226-163831/1166b_BB9/variants/cnv/1166b_BB9.cnv.hmnz.tsv
Size
6.4 KB
Workflow Run
Harmonize_dspe1166
Published
Feb 26, 2026 8:47 AM

Content

View in new tab
sample gene amp_del log2_ratio chrom gene_start gene_end consequence
1166b_BB9 ROR1 DEL -1.52138 chr1 63774042 64181498 DEL
1166b_BB9 UBE2U DEL -2.70192 chr1 64203806 64244344 DEL
1166b_BB9 CACHD1 DEL -3.66153 chr1 64470791 64693058 DEL
1166b_BB9 RAVER2 DEL -3.54782 chr1 64745094 64833232 DEL
1166b_BB9 JAK1 DEL -3.64362 chr1 64833228 64966504 DEL
1166b_BB9 AK4 DEL -3.63131 chr1 65147829 65232145 DEL
1166b_BB9 DNAJC6 DEL -3.71889 chr1 65309544 65415276 DEL
1166b_BB9 LEPROT DEL -3.68029 chr1 65420586 65436007 DEL
1166b_BB9 LEPR DEL -3.72556 chr1 65565545 65626234 DEL
1166b_BB9 AMY1C DEL -1.43282 chr1 103750405 103758690 DEL
1166b_BB9 RNF144A DEL -1.38442 chr2 6917391 7044182 DEL
1166b_BB9 DDX4 DEL -1.46904 chr5 55738023 55817157 DEL
1166b_BB9 IL31RA DEL -1.50478 chr5 55851505 55917337 DEL
1166b_BB9 IL6ST DEL -1.36478 chr5 55935094 55994993 DEL
1166b_BB9 MAP3K1 DEL -1.4611 chr5 56815573 56896152 DEL
1166b_BB9 GAPT DEL -1.53353 chr5 58491434 58497090 DEL
1166b_BB9 RAB3C DEL -1.43702 chr5 58583039 58859386 DEL
1166b_BB9 ERCC8 DEL -1.37791 chr5 60873831 60945051 DEL
1166b_BB9 C5orf64 DEL -1.38512 chr5 61637808 61706535 DEL
1166b_BB9 HTR1A DEL -1.54501 chr5 63960355 63961953 DEL
1166b_BB9 RNF180 DEL -1.41925 chr5 64165881 64372869 DEL
1166b_BB9 RGS7BP DEL -1.38648 chr5 64506298 64612312 DEL
1166b_BB9 FAM159B DEL -1.54982 chr5 64690307 64718070 DEL
1166b_BB9 SREK1IP1 DEL -1.36971 chr5 64718143 64768685 DEL
1166b_BB9 ADAMTS6 DEL -1.40985 chr5 65148735 65481920 DEL
1166b_BB9 CENPK DEL -1.48607 chr5 65517765 65563171 DEL
1166b_BB9 ERBB2IP DEL -1.35598 chr5 65926772 66078565 DEL
1166b_BB9 MAST4 DEL -1.36618 chr5 66596360 67169595 DEL
1166b_BB9 PIK3R1 DEL -1.3769 chr5 68215719 68301821 DEL
1166b_BB9 CENPH DEL -1.35651 chr5 69189547 69210357 DEL
1166b_BB9 MRPS36 DEL -1.35836 chr5 69217759 69230129 DEL
1166b_BB9 RAD17 DEL -1.3748 chr5 69369805 69414801 DEL
1166b_BB9 MCPH1 DEL -3.63935 chr8 6406591 6643623 DEL
1166b_BB9 ANGPT2 DEL -3.6477 chr8 6499650 6563409 DEL
1166b_BB9 AGPAT5 DEL -3.23447 chr8 6708356 6759663 DEL
1166b_BB9 KLLN DEL -2.9098 chr10 87859160 87863437 DEL
1166b_BB9 PTEN DEL -3.60924 chr10 87863112 87971930 DEL
1166b_BB9 RNLS DEL -1.3777 chr10 88284958 88583213 DEL
1166b_BB9 USP28 DEL -1.82037 chr11 113797873 113875570 DEL
1166b_BB9 HTR3B DEL -3.66412 chr11 113904676 113946565 DEL
1166b_BB9 HTR3A DEL -3.95264 chr11 113975074 113990310 DEL
1166b_BB9 ZBTB16 DEL -3.56262 chr11 114059592 114250676 DEL
1166b_BB9 NNMT DEL -3.80213 chr11 114257830 114313285 DEL
1166b_BB9 C11orf71 DEL -3.40054 chr11 114391442 114400417 DEL
1166b_BB9 RBM7 DEL -3.10162 chr11 114400029 114410607 DEL
1166b_BB9 RP11-212D19.4 DEL -3.19606 chr11 114400681 114443932 DEL
1166b_BB9 REXO2 DEL -3.57758 chr11 114439385 114450279 DEL
1166b_BB9 NXPE1 DEL -3.57032 chr11 114521714 114559858 DEL
1166b_BB9 NXPE4 DEL -3.59472 chr11 114570931 114595762 DEL
1166b_BB9 ACOT1 DEL -2.89007 chr14 73537113 73543794 DEL
1166b_BB9 LGALS9C DEL -1.98658 chr17 18476773 18494945 DEL
1166b_BB9 FAM106A DEL -3.22677 chr17 18524565 18526846 DEL
1166b_BB9 SREBF2 DEL -1.39325 chr22 41833104 41907308 DEL
1166b_BB9 TNFRSF13C DEL -1.54877 chr22 41925040 41926818 DEL
1166b_BB9 SEPT3 DEL -1.45709 chr22 41976809 41998221 DEL
1166b_BB9 WBP2NL DEL -1.41021 chr22 41998724 42032929 DEL
1166b_BB9 CYP2D6 DEL -1.51646 chr22 42126498 42130906 DEL
1166b_BB9 TCF20 DEL -1.35986 chr22 42160012 42215442 DEL
1166b_BB9 NFAM1 DEL -1.43512 chr22 42380409 42432395 DEL
1166b_BB9 SERHL2 DEL -1.36888 chr22 42553918 42574382 DEL
1166b_BB9 A4GALT DEL -1.47285 chr22 42692120 42694986 DEL
1166b_BB9 PACSIN2 DEL -1.3928 chr22 42869770 43015145 DEL
1166b_BB9 TTLL1 DEL -1.49358 chr22 43039643 43089428 DEL
1166b_BB9 TSPO DEL -1.41886 chr22 43151930 43163210 DEL
1166b_BB9 SCUBE1 DEL -1.52329 chr22 43197282 43343388 DEL
1166b_BB9 MPPED1 DEL -1.45396 chr22 43411195 43507848 DEL
1166b_BB9 EFCAB6 DEL -1.43754 chr22 43528743 43812277 DEL
1166b_BB9 SULT4A1 DEL -1.45605 chr22 43824508 43862503 DEL
1166b_BB9 PNPLA5 DEL -1.59388 chr22 43879678 43892013 DEL
1166b_BB9 PNPLA3 DEL -1.52112 chr22 43923738 43947568 DEL
1166b_BB9 SAMM50 DEL -1.41073 chr22 43955420 43996533 DEL
1166b_BB9 PARVB DEL -1.46554 chr22 43999210 44168923 DEL
1166b_BB9 PARVG DEL -1.50677 chr22 44180889 44208469 DEL
1166b_BB9 KIAA1644 DEL -1.65622 chr22 44243666 44312851 DEL
1166b_BB9 PRR5 DEL -1.62326 chr22 44677084 44737681 DEL
1166b_BB9 PRR5-ARHGAP8 DEL -1.65208 chr22 44702474 44862706 DEL
1166b_BB9 ARHGAP8 DEL -1.64792 chr22 44702501 44862784 DEL
1166b_BB9 PHF21B DEL -1.52059 chr22 44881161 45009700 DEL
1166b_BB9 NUP50 DEL -1.40355 chr22 45163840 45188015 DEL
1166b_BB9 KIAA0930 DEL -1.46316 chr22 45195827 45212488 DEL
1166b_BB9 SMC1B DEL -1.41076 chr22 45344062 45413567 DEL
1166b_BB9 FBLN1 DEL -1.47121 chr22 45502890 45601135 DEL
1166b_BB9 WNT7B DEL -1.51065 chr22 45920361 45977129 DEL
1166b_BB9 PPARA DEL -1.36823 chr22 46150595 46243756 DEL
1166b_BB9 CDPF1 DEL -1.44851 chr22 46244012 46250679 DEL
1166b_BB9 PKDREJ DEL -1.40752 chr22 46255662 46263322 DEL
1166b_BB9 TTC38 DEL -1.42416 chr22 46267963 46294008 DEL
1166b_BB9 GTSE1 DEL -1.37859 chr22 46296740 46330810 DEL
1166b_BB9 CELSR1 DEL -1.39169 chr22 46360833 46537170 DEL
1166b_BB9 GRAMD4 DEL -1.434 chr22 46620401 46679785 DEL
1166b_BB9 TBC1D22A DEL -1.40753 chr22 46762620 47175693 DEL
1166b_BB9 FAM19A5 DEL -1.67762 chr22 48489459 48750823 DEL
1166b_BB9 BRD1 DEL -1.39628 chr22 49773282 49824804 DEL
1166b_BB9 ALG12 DEL -1.46747 chr22 49900228 49918458 DEL
1166b_BB9 CRELD2 DEL -1.36377 chr22 49918634 49927540 DEL
1166b_BB9 TTLL8 DEL -1.43065 chr22 50015126 50056935 DEL
1166b_BB9 MLC1 DEL -1.60942 chr22 50059390 50085902 DEL
1166b_BB9 MOV10L1 DEL -1.39456 chr22 50090005 50161690 DEL
1166b_BB9 PANX2 DEL -1.59868 chr22 50170730 50180294 DEL
1166b_BB9 TRABD DEL -1.3924 chr22 50185916 50199598 DEL
1166b_BB9 TUBGCP6 DEL -1.5247 chr22 50217688 50244564 DEL
1166b_BB9 MAPK12 DEL -1.51029 chr22 50252902 50261825 DEL
1166b_BB9 MAPK11 DEL -1.41141 chr22 50263712 50270393 DEL
1166b_BB9 PLXNB2 DEL -1.37048 chr22 50274978 50307627 DEL
1166b_BB9 DENND6B DEL -1.41912 chr22 50309029 50327060 DEL
1166b_BB9 PPP6R2 DEL -1.43038 chr22 50343322 50444374 DEL
1166b_BB9 SBF1 DEL -1.41444 chr22 50444999 50475024 DEL
1166b_BB9 MIOX DEL -1.41532 chr22 50486823 50490054 DEL
1166b_BB9 KLHDC7B DEL -1.5239 chr22 50548032 50551022 DEL
1166b_BB9 CHKB-CPT1B DEL -1.36291 chr22 50568994 50579752 DEL
1166b_BB9 MAPK8IP2 DEL -1.42879 chr22 50600701 50611548 DEL
1166b_BB9 SHANK3 DEL -1.36501 chr22 50674641 50733213 DEL
113 rows