Processes


HARMONIZE_BIOMARKERS_ALTERA_EXACT:EXACT_VCF_TO_TMB_MSI	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:TABIX_BGZIP	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:TABIX_POST_RENAME	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_RENAME_CHRS	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:PICARD_LIFTOVERVCF	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_NORM_POSTLIFT	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_SORT	66
HARMONIZE_SNV_ALTERA_EXACT:TABIX_FINAL	66
HARMONIZE:FILTER_HOTSPOT_VCF	66
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CHECK_INPUT_EMPTY	66
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CREATE_EMPTY_CNV_OUTPUTS	28
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:DEDUP_CNV_VCF	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:PRESERVE_ORIGINAL_COORDS	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:TABIX_POST_BGZIP	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_RENAME_CHRS	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:LIFTOVER_CNV	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CHECK_POSTLIFT_EMPTY	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_SORT_POSTLIFT	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:ENSEMBLVEP_VEP	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:SNPEFF_SNPEFF	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:BCFTOOLS_SORT_FINAL	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:TABIX_FINAL	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CREATE_EMPTY_VCF_WITH_INDEX
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CNV_TO_TSV_HARMONIZED	38
HARMONIZE_CNV_ALTERA_EXACT:CNV_TO_TSV_POSTLIFT_EMPTY
HARMONIZE_FUSION_ALTERA_EXACT:FUSION_NORMALIZE	125
HARMONIZE_FUSION_ALTERA_EXACT:LIFTOVER_FUSION_TSV	125
HARMONIZE_SPLICE_ALTERA_EXACT:SPLICE_NORMALIZE	125
HARMONIZE_SPLICE_ALTERA_EXACT:LIFTOVER_FUSION_TSV	125
HARMONIZE_SV_ALTERA_EXACT:SV_NORMALIZE	66
HARMONIZE_SV_ALTERA_EXACT:SV_LIFTOVER	66
HARMONIZE_SUMMARY_ALTERA_EXACT:ALTERA_EXACT_CREATE_SUMMARY	70