File Info

Filename
HG00350_x_HG00438_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG00350_x_HG00438_FF_10.features.tsv
Size
140.0 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:06 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 284 122 162 62 0 11 1 48 0 0 162 0 0 0.5082 0.0000 0.0000 10.091 0.60 8.19 -7.59 40 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4935 0.4690 0.0375 1 0 0.4896 0.4693 0.0411 1 0 0.4837 0.4700 0.0463
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 432 162 270 80 1 16 0 65 0 1 264 0 5 0.4938 0.0000 0.0222 9.125 0.24 3.15 -2.92 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4208 0.5402 0.0390 1 1 0.4216 0.5355 0.0429 1 1 0.4216 0.5300 0.0484
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 417 139 278 53 0 18 0 68 0 0 277 0 1 0.3813 0.0000 0.0036 6.722 0.17 8.66 -8.49 33 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0235 0.4169 0.5596 1 2 0.0263 0.4195 0.5542 1 2 0.0304 0.4234 0.5462
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 308 161 147 81 0 0 0 80 0 0 144 0 3 0.5031 0.0000 0.0204 161.000 0.14 3.61 -3.48 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1260 0.6867 0.1873 1 1 0.1324 0.6738 0.1938 1 1 0.1408 0.6572 0.2020
chr1 2192906 T TTTG 0.500000 0.100 1 3 4 190 66 124 36 0 5 1 24 0 0 123 0 1 0.5455 0.0000 0.0081 12.000 0.08 3.08 -3.00 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4724 0.4650 0.0625 1 1 0.4665 0.4667 0.0668 1 1 0.4583 0.4690 0.0727
chr1 6448961 GCCACCGCCGCCC G 0.500000 0.100 1 -12 1 451 124 327 63 1 10 0 50 0 0 322 0 5 0.5081 0.0000 0.0153 11.300 0.86 9.96 -9.10 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3742 0.5603 0.0655 1 1 0.3747 0.5552 0.0702 1 1 0.3745 0.5489 0.0766
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 905 169 736 152 0 5 0 12 1 0 735 0 0 0.8994 0.0014 0.0014 32.800 0.33 3.00 -2.67 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.4311 0.5689 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 309 44 265 0 0 0 1 43 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 44.000 1.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0960 0.9040 2 2 0.0000 0.1000 0.9000 2 2 0.0000 0.1058 0.8942
chr1 26826952 AGCAGCG A 0.500000 0.100 1 -6 1 306 121 185 102 1 12 0 6 0 0 185 0 0 0.8430 0.0000 0.0000 9.083 0.75 6.17 -5.41 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2237 0.7763 0.0000 0 0 0.7590 0.2410 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 358 156 202 10 0 19 0 127 0 0 198 0 4 0.0641 0.0000 0.0198 7.211 0.00 2.77 -2.77 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9837 0.0163 2 1 0.0000 0.5153 0.4847
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 308 88 220 39 0 7 0 42 0 0 219 0 1 0.4432 0.0000 0.0045 11.571 0.38 3.05 -2.66 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1306 0.5807 0.2887 1 1 0.1353 0.5746 0.2900 1 1 0.1416 0.5670 0.2914
chr1 44140851 GGGTCTGGTTACCAGTGGAGGTCGTCATCTGTCTCCCGTAGAA G 0.500000 0.100 1 -42 1 913 264 649 170 10 17 1 66 2 2 628 0 17 0.6439 0.0031 0.0324 14.412 1.99 15.89 -13.90 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 252 65 187 63 0 0 0 2 0 0 187 0 0 0.9692 0.0000 0.0000 65.000 0.40 2.00 -1.60 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2256 0.7744 0.0000 0 0 0.7344 0.2656 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 582 143 439 0 0 14 0 129 0 0 438 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 9.214 5.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.100 1 -6 6 691 137 554 93 5 27 1 11 0 0 554 0 0 0.6788 0.0000 0.0000 4.074 2.68 9.82 -7.14 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0547 0.9453 0.0000
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 229 89 140 0 0 6 1 82 0 0 140 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.833 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr1 53464677 TGCCGCC T 0.500000 0.100 1 -6 2 447 183 264 157 0 17 0 9 0 0 263 0 1 0.8579 0.0000 0.0038 9.765 0.15 6.78 -6.63 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0590 0.9410 0.0000 0 0 0.7745 0.2255 0.0000
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 698 129 569 117 0 9 0 3 0 0 568 0 1 0.9070 0.0000 0.0018 13.333 1.45 2.00 -0.55 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 0 0.8299 0.1701 0.0000 0 0 0.9573 0.0427 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 162 72 90 5 0 2 0 65 0 0 89 0 1 0.0694 0.0000 0.0111 35.000 0.00 3.74 -3.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8836 0.1164 2 1 0.0000 0.5016 0.4984
chr1 85132996 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 232 77 155 35 0 10 0 32 0 0 155 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 6.700 0.11 1.16 -1.04 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2766 0.5707 0.1527 1 1 0.2777 0.5654 0.1568 1 1 0.2789 0.5587 0.1623
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 516 174 342 73 1 6 0 94 0 0 340 0 2 0.4195 0.0000 0.0058 28.000 0.05 5.10 -5.04 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0083 0.3392 0.6524 1 2 0.0098 0.3435 0.6467 1 2 0.0120 0.3498 0.6381
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 185 73 112 5 0 2 0 66 0 0 110 0 2 0.0685 0.0000 0.0179 35.500 0.00 2.94 -2.94 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8729 0.1271 2 2 0.0000 0.4774 0.5226
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 413 112 301 0 1 4 1 106 0 0 297 1 3 0.0000 0.0000 0.0133 26.750 3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0057 0.9943 2 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 799 174 625 115 0 19 9 31 0 0 620 1 4 0.6609 0.0000 0.0080 8.158 0.10 3.39 -3.28 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9958 0.0042 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000 1 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 797 180 617 111 0 12 5 52 0 0 617 0 0 0.6167 0.0000 0.0000 13.833 0.17 4.00 -3.83 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9802 0.0198 0.0000 1 0 0.9771 0.0228 0.0000 1 0 0.9723 0.0277 0.0001
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 163 70 93 32 3 8 0 27 0 0 93 0 0 0.4571 0.0000 0.0000 7.625 0.09 2.26 -2.17 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4031 0.5090 0.0879 1 1 0.3996 0.5079 0.0925 1 1 0.3946 0.5067 0.0987
chr1 148110436 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 149 68 81 60 1 1 0 6 0 0 81 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 67.000 0.10 2.17 -2.07 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0345 0.9655 0.0000 0 1 0.2915 0.7085 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 233 104 129 60 1 5 0 38 0 0 129 0 0 0.5769 0.0000 0.0000 19.600 0.18 5.53 -5.34 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7410 0.2509 0.0081 1 0 0.7303 0.2602 0.0095 1 0 0.7153 0.2730 0.0117
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 251 96 155 2 0 8 8 78 0 1 152 1 1 0.0208 0.0000 0.0194 10.125 0.00 1.26 -1.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8797 0.1203 2 2 0.0000 0.2325 0.7675 2 2 0.0000 0.0903 0.9097
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 226 74 152 36 0 7 0 31 0 0 143 0 9 0.4865 0.0000 0.0592 9.571 0.14 10.52 -10.38 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1329 0.5735 0.2936 1 1 0.1375 0.5680 0.2946 1 1 0.1435 0.5610 0.2955
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1138 256 882 22 2 57 4 171 1 1 847 3 30 0.0859 0.0011 0.0397 3.667 2.45 10.05 -7.60 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 521 220 301 115 1 27 0 77 0 0 301 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 7.720 4.07 8.39 -4.32 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9093 0.0904 0.0003 1 0 0.9023 0.0973 0.0005 1 0 0.8919 0.1074 0.0007
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 512 215 297 28 68 32 8 79 0 0 297 0 0 0.1302 0.0000 0.0000 45.000 0.32 5.25 -4.93 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1609 0.7084 0.1307 1 1 0.1680 0.6943 0.1377 1 1 0.1771 0.6761 0.1467
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.100 1 2 1 510 215 295 92 8 33 3 79 0 0 295 0 0 0.4279 0.0000 0.0000 5.531 6.50 5.37 1.13 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4718 0.5048 0.0234 1 1 0.4725 0.5013 0.0263 1 1 0.4721 0.4974 0.0306
chr1 155738163 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 272 152 120 137 0 6 0 9 0 0 120 0 0 0.9013 0.0000 0.0000 24.333 0.09 3.11 -3.02 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0607 0.9393 0.0000 0 0 0.7051 0.2949 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 195 60 135 2 0 2 0 56 0 0 133 0 2 0.0333 0.0000 0.0148 29.000 0.50 1.55 -1.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8059 0.1941 2 2 0.0000 0.3146 0.6854 2 2 0.0000 0.1773 0.8227
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 323 74 249 0 0 0 0 74 0 0 247 0 2 0.0000 0.0000 0.0080 74.000 2.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0244 0.9756
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 717 163 554 0 0 6 1 156 0 0 553 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 26.167 1.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr1 169542840 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 698 164 534 93 0 10 0 61 0 0 533 0 1 0.5671 0.0000 0.0019 15.400 2.33 2.93 -0.60 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8332 0.1650 0.0018 1 0 0.8242 0.1735 0.0022 1 0 0.8112 0.1858 0.0030
chr1 175160809 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 319 94 225 3 8 0 51 32 0 0 225 0 0 0.0319 0.0000 0.0000 44.000 0.67 8.88 -8.21 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9525 0.0475
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 149 37 112 0 0 8 0 29 0 0 111 0 1 0.0000 0.0000 0.0089 3.625 4.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1781 0.8219 2 2 0.0000 0.1827 0.8173 2 2 0.0000 0.1891 0.8109
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 620 147 473 82 1 5 7 52 0 0 471 1 1 0.5578 0.0000 0.0042 27.200 0.78 4.79 -4.01 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7275 0.2664 0.0061 1 0 0.7187 0.2740 0.0073 1 0 0.7061 0.2847 0.0092
chr1 201386873 CCCA C 0.500000 0.100 1 -3 1 619 147 472 80 0 9 0 58 0 0 470 0 2 0.5442 0.0000 0.0042 15.333 0.78 4.76 -3.98 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6389 0.3490 0.0121 1 0 0.6321 0.3540 0.0139 1 0 0.6222 0.3611 0.0168
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.100 1 -2 3 619 147 472 83 0 4 7 53 0 0 470 0 2 0.5646 0.0000 0.0042 35.750 0.77 4.70 -3.93 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6602 0.3298 0.0100 1 0 0.6531 0.3353 0.0116 1 0 0.6427 0.3432 0.0141
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 463 196 267 11 0 31 0 154 0 0 228 1 38 0.0561 0.0000 0.1461 5.323 0.18 10.79 -10.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8884 0.1116 2 2 0.0000 0.0909 0.9091
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 473 242 231 101 0 36 0 105 0 0 224 0 7 0.4174 0.0000 0.0303 5.722 0.38 10.45 -10.07 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0374 0.6319 0.3307 1 1 0.0415 0.6212 0.3373 1 1 0.0474 0.6078 0.3449
chr1 225519331 A ATCCAGGCGTTCCTGCCGC 0.500000 0.100 1 18 1 449 134 315 32 0 80 1 21 0 0 306 0 9 0.2388 0.0000 0.0286 0.675 1.12 4.95 -3.83 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2330 0.5755 0.1915 1 1 0.2353 0.5698 0.1949 1 1 0.2381 0.5627 0.1992
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 247 136 111 68 0 4 0 64 0 0 111 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 33.000 0.09 1.12 -1.04 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2486 0.6389 0.1125 1 1 0.2531 0.6288 0.1181 1 1 0.2584 0.6160 0.1256
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 576 160 416 14 1 20 0 125 0 0 412 1 3 0.0875 0.0000 0.0096 7.000 0.50 3.32 -2.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9575 0.0425
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 433 126 307 6 0 5 0 115 0 0 307 0 0 0.0476 0.0000 0.0000 24.200 0.33 1.72 -1.39 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6539 0.3461 2 2 0.0000 0.1503 0.8497
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 670 171 499 0 0 5 0 166 0 0 495 1 3 0.0000 0.0000 0.0080 33.200 2.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 605 118 487 107 1 1 0 9 0 0 487 0 0 0.9068 0.0000 0.0000 117.000 0.38 3.11 -2.73 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 1 0.3697 0.6303 0.0000
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.100 1 -84 1 818 278 540 260 1 11 0 6 0 0 540 0 0 0.9353 0.0000 0.0000 26.700 0.17 3.00 -2.83 110 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4866 0.5134 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 946 236 710 110 0 0 0 126 1 0 709 0 0 0.4661 0.0014 0.0014 236.000 0.57 1.13 -0.55 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0205 0.5790 0.4005 1 1 0.0233 0.5701 0.4066 1 1 0.0276 0.5593 0.4131
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 478 133 345 123 0 0 0 10 0 0 345 0 0 0.9248 0.0000 0.0000 133.000 1.52 3.80 -2.28 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0110 0.9890 0.0000 0 1 0.3896 0.6104 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 592 66 526 0 0 3 1 62 0 0 517 0 9 0.0000 0.0000 0.0171 21.000 2.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0294 0.9706
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 300 100 200 12 0 4 0 84 0 0 198 0 2 0.1200 0.0000 0.0100 24.000 0.92 6.73 -5.81 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9715 0.0285
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 619 117 502 106 0 1 0 10 0 0 502 0 0 0.9060 0.0000 0.0000 116.000 0.47 4.00 -3.53 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.2185 0.7815 0.0000
chr2 1942998 TTCCTCC T 0.015548 0.100 1 -6 1 324 43 281 21 0 4 0 18 0 0 281 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 9.750 0.14 4.56 -4.41 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5202 0.4752 0.0045 1 0 0.5209 0.4744 0.0046 1 0 0.5216 0.4736 0.0048
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 259 141 118 84 0 8 0 49 0 0 118 0 0 0.5957 0.0000 0.0000 16.625 0.18 3.98 -3.80 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9064 0.0930 0.0006 1 0 0.8988 0.1003 0.0008 1 0 0.8877 0.1111 0.0011
chr2 17781726 CAAGTT C 0.103121 0.100 1 -5 2 583 144 439 136 1 2 0 5 0 0 439 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 71.000 0.21 5.00 -4.79 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 0 0.9754 0.0246 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 435 123 312 0 1 20 1 101 0 1 296 1 14 0.0000 0.0000 0.0513 5.150 10.08 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.100 1 18 5 435 123 312 4 4 60 1 54 0 2 298 1 11 0.0325 0.0000 0.0449 1.068 5.50 11.02 -5.52 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.9640 0.0360
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 267 66 201 9 0 4 0 53 0 0 200 0 1 0.1364 0.0000 0.0050 15.500 1.22 3.11 -1.89 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9591 0.0409
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 288 90 198 50 0 10 0 30 0 0 198 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 8.000 0.14 2.73 -2.59 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7009 0.2858 0.0133 1 0 0.6899 0.2949 0.0153 1 0 0.6745 0.3072 0.0183
chr2 32947621 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 1 343 95 248 68 1 17 0 9 0 0 248 0 0 0.7158 0.0000 0.0000 4.588 0.59 4.33 -3.75 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.0811 0.9189 0.0000
chr2 37201783 GTTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 347 138 209 73 0 1 0 64 0 0 208 0 1 0.5290 0.0000 0.0048 137.000 0.30 2.97 -2.67 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3350 0.5965 0.0686 1 1 0.3376 0.5889 0.0735 1 1 0.3403 0.5794 0.0803
chr2 43428137 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 109 40 69 20 0 0 1 19 0 0 69 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 40.000 0.00 3.05 -3.05 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2256 0.5489 0.2255 1 1 0.2275 0.5452 0.2273 1 1 0.2298 0.5406 0.2297
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.100 1 39 1 568 195 373 122 1 56 0 16 0 0 373 0 0 0.6256 0.0000 0.0000 2.482 0.24 1.56 -1.32 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0134 0.9866 0.0000
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 638 83 555 15 3 13 0 52 1 0 553 0 1 0.1807 0.0018 0.0036 5.385 2.73 6.60 -3.86 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0011 0.0887 0.9102 1 2 0.0014 0.0985 0.9001 1 2 0.0018 0.1591 0.8391
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 342 90 252 57 0 0 0 33 0 0 250 0 2 0.6333 0.0000 0.0079 90.000 0.11 3.00 -2.89 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7312 0.2594 0.0093 1 0 0.7204 0.2687 0.0109 1 0 0.7051 0.2816 0.0133
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 432 156 276 72 0 13 3 68 0 0 274 0 2 0.4615 0.0000 0.0072 10.846 0.44 3.16 -2.72 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1605 0.6696 0.1700 1 1 0.1665 0.6576 0.1759 1 1 0.1741 0.6423 0.1835
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 452 106 346 8 6 17 1 74 0 0 341 1 4 0.0755 0.0000 0.0145 5.235 1.50 3.12 -1.62 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9928 0.0072
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 386 146 240 62 1 10 0 73 0 0 239 0 1 0.4247 0.0000 0.0042 13.600 0.60 3.22 -2.62 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0457 0.5387 0.4156 1 1 0.0497 0.5345 0.4157 1 1 0.0556 0.5295 0.4149
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 381 118 263 3 0 10 6 99 0 0 263 0 0 0.0254 0.0000 0.0000 10.800 0.67 3.08 -2.41 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7880 0.2120 2 2 0.0000 0.1140 0.8860 2 2 0.0000 0.0403 0.9597
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 760 219 541 103 1 13 1 101 0 0 541 0 0 0.4703 0.0000 0.0000 15.846 0.19 7.78 -7.59 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1624 0.7290 0.1085 1 1 0.1704 0.7140 0.1156 1 1 0.1805 0.6944 0.1251
chr2 97213446 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 335 115 220 82 1 4 0 28 0 0 220 0 0 0.7130 0.0000 0.0000 27.750 1.48 2.18 -0.70 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9854 0.0146 0.0000 1 0 0.9822 0.0178 0.0000 1 0 0.8372 0.1627 0.0000
chr2 99593872 CG C 0.500000 0.100 1 -1 4 634 151 483 140 1 3 0 7 0 0 483 0 0 0.9272 0.0000 0.0000 49.333 0.75 7.71 -6.96 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4013 0.5987 0.0000 0 0 0.9132 0.0868 0.0000
chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.100 1 -5 2 636 153 483 145 1 0 0 7 0 0 483 0 0 0.9477 0.0000 0.0000 153.000 0.84 7.71 -6.87 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4598 0.5402 0.0000 0 0 0.9303 0.0697 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 389 96 293 91 0 3 0 2 0 0 293 0 0 0.9479 0.0000 0.0000 31.000 1.01 11.00 -9.99 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5481 0.4519 0.0000 0 0 0.9180 0.0820 0.0000 0 0 0.9582 0.0418 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 129 57 72 33 0 1 0 23 0 0 72 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 56.000 0.18 2.91 -2.73 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4729 0.4620 0.0651 1 0 0.4667 0.4639 0.0694 1 1 0.4581 0.4666 0.0753
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 457 128 329 109 1 14 0 4 0 0 328 0 1 0.8516 0.0000 0.0030 8.071 0.45 25.00 -24.55 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5410 0.4590 0.0000 0 0 0.8931 0.1069 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 562 118 444 0 0 0 2 116 0 0 435 0 9 0.0000 0.0000 0.0203 117.000 5.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 303 115 188 100 0 8 0 7 0 0 188 0 0 0.8696 0.0000 0.0000 13.375 0.48 5.43 -4.95 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0788 0.9212 0.0000 0 0 0.5890 0.4110 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 216 58 158 10 5 11 8 24 0 0 158 0 0 0.1724 0.0000 0.0000 3.545 1.50 2.29 -0.79 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0264 0.3233 0.6503 1 2 0.0293 0.3324 0.6382 1 2 0.0335 0.3458 0.6207
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 175 83 92 36 0 15 1 31 0 0 90 0 2 0.4337 0.0000 0.0217 4.467 0.75 6.06 -5.31 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2563 0.5787 0.1650 1 1 0.2581 0.5728 0.1691 1 1 0.2602 0.5654 0.1743
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 430 112 318 53 0 10 0 49 0 0 318 0 0 0.4732 0.0000 0.0000 10.200 0.34 3.16 -2.82 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2744 0.6036 0.1220 1 1 0.2770 0.5959 0.1271 1 1 0.2799 0.5862 0.1339
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 296 159 137 77 0 3 0 79 0 0 137 0 0 0.4843 0.0000 0.0000 52.000 0.12 3.05 -2.93 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1294 0.6782 0.1924 1 1 0.1356 0.6658 0.1986 1 1 0.1438 0.6498 0.2064
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 265 127 138 75 0 3 0 49 0 0 138 0 0 0.5906 0.0000 0.0000 41.333 0.51 4.29 -3.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7782 0.2173 0.0045 1 0 0.7683 0.2263 0.0054 1 0 0.7541 0.2390 0.0069
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 661 122 539 44 0 10 0 68 0 0 537 0 2 0.3607 0.0000 0.0037 11.200 0.11 3.72 -3.61 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0045 0.2091 0.7864 1 2 0.0055 0.2185 0.7760 1 2 0.0070 0.2317 0.7613
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 278 130 148 3 0 15 11 101 0 0 145 0 3 0.0231 0.0000 0.0203 7.067 0.00 2.90 -2.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7051 0.2949 2 2 0.0000 0.0774 0.9226 2 2 0.0000 0.0270 0.9730
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 280 139 141 17 2 18 90 12 0 0 141 0 0 0.1223 0.0000 0.0000 1.889 0.06 3.33 -3.27 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9895 0.0105 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 576 154 422 0 0 21 1 132 0 0 419 0 3 0.0000 0.0000 0.0071 6.333 7.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr2 219496868 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 396 123 273 110 0 2 0 11 0 0 273 0 0 0.8943 0.0000 0.0000 60.500 0.29 2.09 -1.80 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.1520 0.8480 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 628 204 424 121 0 7 2 74 0 0 389 0 35 0.5931 0.0000 0.0825 28.000 0.24 17.42 -17.18 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2943 0.6667 0.0389 1 1 0.3026 0.6541 0.0433 1 1 0.3124 0.6381 0.0495
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 641 123 518 111 1 6 0 5 0 0 518 0 0 0.9024 0.0000 0.0000 19.500 0.31 4.20 -3.89 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 0 0.5666 0.4334 0.0000 0 0 0.9023 0.0977 0.0000
chr2 231593747 G GGTACATGT 0.500000 0.100 1 8 2 676 167 509 158 1 4 0 4 0 0 504 0 5 0.9461 0.0000 0.0098 40.750 1.06 6.25 -5.19 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1623 0.8377 0.0000 0 0 0.8742 0.1258 0.0000
chr2 231593750 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 671 162 509 158 0 0 0 4 0 0 505 0 4 0.9753 0.0000 0.0079 162.000 1.04 6.25 -5.21 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3450 0.6550 0.0000 0 0 0.9252 0.0748 0.0000
chr2 231593752 TGAGGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 675 171 504 166 0 0 1 4 1 0 496 0 7 0.9708 0.0020 0.0159 170.000 1.01 6.25 -5.24 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0272 0.9728 0.0000 0 0 0.7033 0.2967 0.0000
chr2 231593759 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 671 166 505 159 0 2 1 4 1 0 497 2 5 0.9578 0.0020 0.0158 164.000 0.97 6.25 -5.28 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0191 0.9809 0.0000 0 0 0.5968 0.4032 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 302 129 173 1 0 9 12 107 0 0 171 0 2 0.0078 0.0000 0.0116 13.333 1.00 3.71 -2.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0201 0.9799 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0057 0.9943
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 302 122 180 0 86 23 1 12 0 1 179 0 0 0.0000 0.0000 0.0056 0.913 5.08 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0102 0.9898 0.0000
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 178 86 92 42 0 5 0 39 0 0 92 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 16.200 0.02 2.90 -2.87 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2658 0.5875 0.1467 1 1 0.2678 0.5810 0.1512 1 1 0.2701 0.5728 0.1572
chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.100 1 -3 4 533 172 361 153 1 9 0 9 0 0 361 0 0 0.8895 0.0000 0.0000 18.111 0.52 4.33 -3.82 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1312 0.8688 0.0000 0 0 0.8451 0.1549 0.0000
chr2 240042945 G GGCCGTGGATGAAGA 0.500000 0.100 1 14 3 1335 353 982 151 5 68 3 126 0 0 982 0 0 0.4278 0.0000 0.0000 4.209 1.11 8.30 -7.19 121 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6558 0.3415 0.0028 1 0 0.6552 0.3414 0.0034 1 0 0.6530 0.3426 0.0045
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 442 125 317 41 1 32 3 48 0 0 317 0 0 0.3280 0.0000 0.0000 2.875 0.07 3.35 -3.28 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0665 0.5215 0.4119 1 1 0.0710 0.5192 0.4098 1 1 0.0773 0.5165 0.4063
chr2 241317535 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 207 46 161 16 14 4 3 9 0 1 159 0 1 0.3478 0.0000 0.0124 6.750 1.69 1.44 0.24 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6476 0.3244 0.0280 1 0 0.6347 0.3343 0.0310 1 0 0.6111 0.3539 0.0350
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 475 109 366 0 0 2 0 107 0 0 363 0 3 0.0000 0.0000 0.0082 53.500 3.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 343 99 244 58 0 9 0 32 0 0 238 0 6 0.5859 0.0000 0.0246 10.000 0.72 11.06 -10.34 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7839 0.2126 0.0034 1 0 0.7766 0.2195 0.0039 1 0 0.7662 0.2290 0.0048
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 452 101 351 94 4 0 0 3 0 0 351 0 0 0.9307 0.0000 0.0000 100.000 0.50 6.67 -6.17 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1572 0.8428 0.0000 0 0 0.8448 0.1552 0.0000 0 0 0.9440 0.0560 0.0000
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 165 77 88 50 0 0 0 27 0 0 88 0 0 0.6494 0.0000 0.0000 77.000 0.30 1.00 -0.70 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7639 0.2281 0.0080 1 0 0.7522 0.2384 0.0094 1 0 0.7358 0.2526 0.0116
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 757 287 470 4 12 46 4 221 0 0 434 0 36 0.0139 0.0000 0.0766 5.356 5.50 9.79 -4.29 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9736 0.0264 2 2 0.0000 0.0726 0.9274
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 672 202 470 64 0 48 1 89 1 0 464 0 5 0.3168 0.0021 0.0128 3.255 3.55 4.93 -1.39 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0025 0.1944 0.8032 1 2 0.0030 0.2026 0.7943 1 2 0.0040 0.2144 0.7816
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 672 209 463 96 5 41 8 59 0 0 461 0 2 0.4593 0.0000 0.0043 4.098 4.49 3.02 1.47 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8350 0.1635 0.0015 1 0 0.8264 0.1717 0.0019 1 0 0.8140 0.1834 0.0026
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 388 115 273 0 0 7 0 108 0 0 270 0 3 0.0000 0.0000 0.0110 18.000 2.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0045 0.9955
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 352 158 194 0 0 4 1 153 0 0 194 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 38.500 3.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 487 122 365 5 0 16 11 90 0 0 363 0 2 0.0410 0.0000 0.0055 6.625 0.40 3.20 -2.80 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.5448 0.4552 2 2 0.0000 0.1433 0.8567
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 1 531 157 374 72 1 13 0 71 0 0 374 0 0 0.4586 0.0000 0.0000 11.077 0.26 2.82 -2.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1998 0.6653 0.1349 1 1 0.2055 0.6536 0.1409 1 1 0.2126 0.6387 0.1487
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 372 89 283 0 0 14 33 42 0 0 281 2 0 0.0000 0.0000 0.0071 5.357 3.74 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0193 0.9807 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 372 92 280 3 0 55 0 34 0 0 278 0 2 0.0326 0.0000 0.0071 0.685 1.00 6.24 -5.24 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.8597 0.1403 2 1 0.0000 0.6393 0.3607
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 494 139 355 100 2 29 0 8 0 1 352 0 2 0.7194 0.0000 0.0085 3.793 0.32 5.75 -5.43 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.1939 0.8061 0.0000
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 497 143 354 112 2 23 0 6 0 0 353 0 1 0.7832 0.0000 0.0028 5.217 0.45 5.33 -4.89 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1471 0.8529 0.0000 0 0 0.7388 0.2612 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 204 115 89 13 0 15 1 86 0 0 87 0 2 0.1130 0.0000 0.0225 6.667 0.08 7.42 -7.34 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9824 0.0176
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 265 101 164 43 0 5 8 45 0 0 162 0 2 0.4257 0.0000 0.0122 19.200 0.30 2.91 -2.61 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0473 0.4812 0.4715 1 1 0.0513 0.4812 0.4675 1 1 0.0569 0.4814 0.4617
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 264 102 162 46 0 1 46 9 0 0 162 0 0 0.4510 0.0000 0.0000 101.000 0.33 3.78 -3.45 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1199 0.5885 0.2916 1 1 0.1248 0.5818 0.2933 1 1 0.1314 0.5735 0.2952
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 293 126 167 96 11 9 2 8 0 1 165 0 1 0.7619 0.0000 0.0120 13.000 0.15 2.62 -2.48 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.1514 0.8486 0.0000
chr3 98168999 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 992 288 704 261 2 13 0 12 0 0 704 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 21.154 0.62 2.33 -1.71 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6031 0.3969 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 723 173 550 27 0 8 0 138 0 0 538 0 12 0.1561 0.0000 0.0218 20.625 1.15 9.49 -8.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 487 139 348 15 0 11 1 112 0 0 348 0 0 0.1079 0.0000 0.0000 11.636 0.53 1.13 -0.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9839 0.0161
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 364 106 258 15 0 7 1 83 0 0 258 0 0 0.1415 0.0000 0.0000 14.143 0.13 1.20 -1.07 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9960 0.0040
chr3 107378233 CAAATG C 0.500000 0.100 1 -5 4 696 176 520 158 0 8 0 10 0 0 520 0 0 0.8977 0.0000 0.0000 21.000 0.30 5.00 -4.70 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0597 0.9403 0.0000 0 0 0.7769 0.2231 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 114 47 67 1 0 1 3 42 0 0 64 0 3 0.0213 0.0000 0.0448 46.000 0.00 1.36 -1.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4366 0.5634 2 2 0.0000 0.2099 0.7901 2 2 0.0000 0.1577 0.8423
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 363 101 262 57 0 2 0 42 0 0 262 0 0 0.5644 0.0000 0.0000 49.500 0.30 1.14 -0.84 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5599 0.4115 0.0286 1 0 0.5532 0.4151 0.0317 1 0 0.5437 0.4201 0.0363
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1010 245 765 0 0 74 84 87 0 0 763 1 1 0.0000 0.0000 0.0026 2.270 3.00 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1016 254 762 86 1 65 7 95 0 0 761 0 1 0.3386 0.0000 0.0013 2.968 2.63 7.31 -4.68 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0270 0.5439 0.4291 1 1 0.0303 0.5381 0.4317 1 1 0.0350 0.5312 0.4338
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 584 186 398 151 2 17 0 16 0 0 398 0 0 0.8118 0.0000 0.0000 9.941 0.11 3.25 -3.14 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0549 0.9451 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 466 119 347 42 1 23 0 53 0 0 347 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 4.174 1.60 5.94 -4.35 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0591 0.5108 0.4301 1 1 0.0635 0.5090 0.4275 1 1 0.0695 0.5070 0.4234
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 640 149 491 139 0 5 0 5 0 0 491 0 0 0.9329 0.0000 0.0000 28.800 0.22 3.00 -2.78 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0175 0.9825 0.0000 0 0 0.8347 0.1653 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr3 126423590 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 411 133 278 76 0 1 0 56 0 0 276 0 2 0.5714 0.0000 0.0072 132.000 0.61 3.05 -2.45 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5966 0.3866 0.0168 1 0 0.5907 0.3902 0.0191 1 0 0.5820 0.3955 0.0226
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 202 108 94 64 0 0 0 44 0 0 94 0 0 0.5926 0.0000 0.0000 108.000 0.47 2.50 -2.03 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6726 0.3147 0.0128 1 0 0.6634 0.3219 0.0147 1 0 0.6504 0.3320 0.0176
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 417 159 258 93 0 2 0 64 0 0 258 0 0 0.5849 0.0000 0.0000 78.500 0.16 2.22 -2.06 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8019 0.1956 0.0026 1 0 0.7930 0.2039 0.0032 1 0 0.7801 0.2158 0.0042
chr3 149520808 C CTTAA 0.500000 0.100 1 4 1 231 83 148 79 0 0 0 4 0 0 147 0 1 0.9518 0.0000 0.0068 83.000 0.04 4.75 -4.71 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.2013 0.7987 0.0000 0 0 0.6512 0.3488 0.0000
chr3 184104942 C CATTCCTCT 0.500000 0.100 1 8 1 353 120 233 101 0 14 0 5 0 0 232 0 1 0.8417 0.0000 0.0043 7.571 0.19 6.40 -6.21 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2071 0.7929 0.0000 0 0 0.7409 0.2591 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 530 121 409 48 0 21 1 51 0 0 406 0 3 0.3967 0.0000 0.0073 4.762 0.31 3.16 -2.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0860 0.5699 0.3441 1 1 0.0909 0.5644 0.3447 1 1 0.0976 0.5575 0.3449
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 1166 239 927 133 2 10 1 93 0 0 927 0 0 0.5565 0.0000 0.0000 22.900 1.82 2.32 -0.50 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9033 0.0965 0.0003 1 0 0.8967 0.1029 0.0004 1 0 0.8870 0.1124 0.0006
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 795 177 618 0 0 18 0 159 0 1 590 1 26 0.0000 0.0000 0.0453 8.833 11.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 207 100 107 44 0 20 1 35 0 0 107 0 0 0.4400 0.0000 0.0000 4.000 0.32 8.97 -8.65 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3930 0.5265 0.0805 1 1 0.3908 0.5241 0.0851 1 1 0.3874 0.5211 0.0914
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 501 120 381 75 0 1 0 44 0 0 339 4 38 0.6250 0.0000 0.1102 119.000 0.11 14.25 -14.14 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0177 0.4892 0.4931 1 2 0.0193 0.4837 0.4969 1 2 0.0217 0.4774 0.5010
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.100 1 3 1 360 153 207 91 17 16 18 11 0 1 205 1 0 0.5948 0.0000 0.0097 16.250 5.80 5.82 -0.02 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0106 0.9894 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 587 138 449 73 0 11 1 53 0 0 448 0 1 0.5290 0.0000 0.0022 11.455 1.26 10.74 -9.48 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7500 0.2484 0.0015 1 0 0.7457 0.2526 0.0017 1 0 0.7393 0.2586 0.0021
chr4 5665570 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 273 139 134 133 0 2 0 4 0 0 134 0 0 0.9568 0.0000 0.0000 68.500 0.13 1.00 -0.87 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1129 0.8871 0.0000 0 0 0.9162 0.0838 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr4 36343737 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 423 117 306 110 0 1 0 6 0 0 306 0 0 0.9402 0.0000 0.0000 116.000 0.17 1.67 -1.49 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2912 0.7088 0.0000 0 0 0.8158 0.1842 0.0000
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.100 1 -9 5 266 102 164 12 0 6 0 84 0 0 161 0 3 0.1176 0.0000 0.0183 16.000 0.83 8.75 -7.92 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9701 0.0299
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.100 1 -48 1 804 213 591 98 0 73 2 40 0 0 591 0 0 0.4601 0.0000 0.0000 1.918 0.34 2.73 -2.39 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9841 0.0159 0.0000 1 0 0.9814 0.0186 0.0000 1 0 0.9770 0.0230 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 1557 301 1256 122 7 75 2 95 2 3 1238 1 12 0.4053 0.0016 0.0143 3.000 1.80 7.51 -5.71 24 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5664 0.4262 0.0074 1 0 0.5671 0.4241 0.0088 1 0 0.5666 0.4224 0.0109
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 2162 409 1753 233 6 32 3 135 3 10 1732 2 6 0.5697 0.0017 0.0120 12.500 2.34 5.23 -2.89 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 2373 532 1841 107 11 30 15 369 36 33 1640 100 32 0.2011 0.0196 0.1092 17.069 2.49 8.73 -6.24 13 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 2304 604 1700 87 14 97 24 382 170 25 1460 22 23 0.1440 0.1000 0.1412 5.168 2.01 8.38 -6.37 13 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 515 223 292 0 0 21 8 194 0 0 287 3 2 0.0000 0.0000 0.0171 9.619 3.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 457 158 299 11 1 39 5 102 0 0 297 1 1 0.0696 0.0000 0.0067 3.051 1.27 3.58 -2.31 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9143 0.0857
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 210 85 125 0 0 12 0 73 0 0 122 0 3 0.0000 0.0000 0.0240 6.083 4.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0244 0.9756
chr4 174977592 TTTA T 0.500000 0.100 1 -3 4 889 198 691 122 1 4 0 71 0 0 689 0 2 0.6162 0.0000 0.0029 48.500 0.20 3.23 -3.02 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9644 0.0355 0.0000 1 0 0.9601 0.0398 0.0001 1 0 0.9534 0.0464 0.0001
chr4 174977850 T TCAGAGTCAACCTCCTGTGATGCCTTCCCAGAGTCATCCTCAGTTGACGCCTTCC 0.500000 0.100 1 54 1 801 199 602 52 0 97 0 50 1 0 599 1 1 0.2613 0.0017 0.0050 1.052 0.71 5.10 -4.39 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2105 0.6242 0.1653 1 1 0.2147 0.6151 0.1702 1 1 0.2199 0.6037 0.1764
chr4 176184858 TTCTC T 0.500000 0.100 1 -4 3 183 96 87 56 1 3 1 35 0 0 86 0 1 0.5833 0.0000 0.0115 31.000 0.05 3.86 -3.80 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6872 0.2998 0.0130 1 0 0.6771 0.3080 0.0149 1 0 0.6629 0.3192 0.0179
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 748 132 616 20 0 3 0 109 0 0 615 0 1 0.1515 0.0000 0.0016 43.000 0.55 3.06 -2.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.100 1 -21 1 256 137 119 87 0 6 0 44 0 0 114 0 5 0.6350 0.0000 0.0420 21.833 0.33 17.34 -17.01 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9169 0.0826 0.0005 1 0 0.9092 0.0901 0.0007 1 0 0.8979 0.1012 0.0009
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 720 146 574 0 0 28 3 115 0 0 569 0 5 0.0000 0.0000 0.0087 4.214 3.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 364 48 316 0 0 38 0 10 0 0 306 3 7 0.0000 0.0000 0.0316 0.263 7.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2664 0.7336 2 2 0.0000 0.2705 0.7295 2 2 0.0000 0.2762 0.7238
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 381 109 272 62 0 5 0 42 0 0 271 0 1 0.5688 0.0000 0.0037 20.800 0.11 5.90 -5.79 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6527 0.3322 0.0151 1 0 0.6438 0.3390 0.0172 1 0 0.6312 0.3483 0.0205
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 553 151 402 79 0 7 0 65 0 0 399 0 3 0.5232 0.0000 0.0075 20.571 0.16 3.28 -3.11 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4008 0.5540 0.0453 1 1 0.4019 0.5487 0.0494 1 1 0.4024 0.5423 0.0553
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 286 94 192 46 0 9 0 39 0 0 189 0 3 0.4894 0.0000 0.0156 9.444 0.89 20.23 -19.34 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2838 0.5878 0.1284 1 1 0.2855 0.5813 0.1332 1 1 0.2874 0.5730 0.1396
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 262 72 190 29 1 6 0 36 0 0 188 0 2 0.4028 0.0000 0.0105 11.000 1.76 23.81 -22.05 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0829 0.5118 0.4053 1 1 0.0875 0.5105 0.4021 1 1 0.0937 0.5089 0.3974
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 192 100 92 94 0 2 0 4 0 0 92 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 49.000 0.09 3.25 -3.16 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0162 0.9838 0.0000 0 0 0.6059 0.3941 0.0000 0 0 0.8796 0.1204 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 246 99 147 78 2 16 0 3 0 0 147 0 0 0.7879 0.0000 0.0000 5.188 0.88 5.00 -4.12 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.6898 0.3102 0.0000 0 0 0.8759 0.1241 0.0000
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 597 168 429 59 1 15 0 93 0 0 428 0 1 0.3512 0.0000 0.0023 10.200 0.32 3.72 -3.40 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0010 0.1275 0.8715 1 2 0.0013 0.1358 0.8628 1 2 0.0018 0.1479 0.8503
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 425 114 311 52 0 24 0 38 0 0 304 0 7 0.4561 0.0000 0.0225 3.750 0.50 8.42 -7.92 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3499 0.5627 0.0874 1 1 0.3500 0.5577 0.0922 1 1 0.3496 0.5515 0.0988
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 492 130 362 103 1 22 0 4 0 0 361 0 1 0.7923 0.0000 0.0028 4.909 0.40 6.00 -5.60 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.4677 0.5323 0.0000 0 0 0.8626 0.1374 0.0000
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 283 61 222 29 0 2 0 30 0 0 214 0 8 0.4754 0.0000 0.0360 29.500 0.34 8.77 -8.42 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0728 0.4937 0.4335 1 1 0.0773 0.4935 0.4292 1 1 0.0834 0.4934 0.4232
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 217 82 135 6 0 1 0 75 0 0 132 0 3 0.0732 0.0000 0.0222 81.000 0.17 3.20 -3.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9236 0.0764 2 1 0.0000 0.5165 0.4835
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.100 1 -6 3 291 28 263 18 1 1 1 7 0 0 262 0 1 0.6429 0.0000 0.0038 26.000 0.83 4.14 -3.31 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5083 0.4243 0.0675 1 0 0.4986 0.4298 0.0716 1 0 0.4826 0.4407 0.0767
chr5 141356293 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 597 138 459 130 0 1 0 7 0 0 459 0 0 0.9420 0.0000 0.0000 137.000 0.28 1.00 -0.72 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2780 0.7220 0.0000 0 0 0.8603 0.1397 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 782 203 579 182 0 8 0 13 0 0 579 0 0 0.8966 0.0000 0.0000 24.375 0.13 1.38 -1.25 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.6227 0.3773 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 396 91 305 0 2 9 0 80 0 0 297 0 8 0.0000 0.0000 0.0262 9.111 8.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4132 0.5868 2 2 0.0000 0.0891 0.9109 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 376 149 227 97 0 35 0 17 0 0 225 0 2 0.6510 0.0000 0.0088 3.257 0.62 10.06 -9.44 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 376 149 227 97 1 35 0 16 0 0 225 0 2 0.6510 0.0000 0.0088 3.257 0.62 10.25 -9.63 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 599 117 482 62 0 5 0 50 0 0 482 0 0 0.5299 0.0000 0.0000 22.400 0.06 1.60 -1.54 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4657 0.4911 0.0432 1 1 0.4628 0.4902 0.0470 1 1 0.4582 0.4893 0.0525
chr5 150903148 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 281 105 176 95 0 3 0 7 1 0 175 0 0 0.9048 0.0057 0.0057 34.000 1.27 2.86 -1.58 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0654 0.9346 0.0000 0 0 0.5410 0.4590 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 415 193 222 152 0 17 0 24 0 0 222 0 0 0.7876 0.0000 0.0000 10.353 0.14 12.29 -12.15 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 230 82 148 71 1 3 0 7 0 0 148 0 0 0.8659 0.0000 0.0000 26.333 0.27 3.14 -2.88 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0207 0.9793 0.0000 0 1 0.2691 0.7309 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 399 78 321 5 0 5 1 67 0 0 321 0 0 0.0641 0.0000 0.0000 14.600 0.80 3.70 -2.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8729 0.1271 2 2 0.0000 0.4774 0.5226
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.100 1 -4 3 801 207 594 113 0 15 0 79 0 0 589 0 5 0.5459 0.0000 0.0084 12.800 0.44 3.76 -3.32 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7693 0.2282 0.0025 1 0 0.7621 0.2348 0.0030 1 0 0.7515 0.2445 0.0040
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 567 98 469 84 2 8 0 4 0 0 468 0 1 0.8571 0.0000 0.0021 11.250 0.20 3.25 -3.05 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2633 0.7367 0.0000 0 0 0.7237 0.2763 0.0000
chr6 1390041 C CCCG 0.017392 0.100 1 3 1 363 109 254 14 44 17 1 33 0 1 247 2 4 0.1284 0.0000 0.0276 5.625 1.21 4.03 -2.82 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8014 0.1983 0.0003 1 0 0.7954 0.2042 0.0004 1 0 0.7870 0.2126 0.0004
chr6 1390041 CCCGCCG C 0.001255 0.100 1 -6 1 374 114 260 54 2 17 0 41 1 1 256 1 1 0.4737 0.0038 0.0154 6.062 3.11 6.85 -3.74 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7196 0.2804 0.0001 1 0 0.7159 0.2841 0.0001 1 0 0.7105 0.2894 0.0001
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 440 116 324 0 0 14 4 98 0 0 321 0 3 0.0000 0.0000 0.0093 7.214 3.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.100 1 3 2 599 108 491 86 2 11 0 9 0 0 491 0 0 0.7963 0.0000 0.0000 8.818 0.19 2.89 -2.70 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2250 0.7750 0.0000 0 0 0.9201 0.0799 0.0000
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.100 1 -3 1 1939 386 1553 314 11 37 1 23 4 6 1516 12 15 0.8135 0.0026 0.0238 9.378 1.57 4.57 -2.99 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 522 128 394 72 2 5 0 49 0 0 394 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 24.200 1.38 2.45 -1.07 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7548 0.2395 0.0057 1 0 0.7450 0.2482 0.0068 1 0 0.7310 0.2604 0.0086
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 554 158 396 0 135 5 1 17 0 0 392 0 4 0.0000 0.0000 0.0101 37.500 1.29 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr6 31736288 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 2 152 99 53 69 1 1 0 28 0 0 53 0 0 0.6970 0.0000 0.0000 98.000 0.12 3.00 -2.88 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9519 0.0479 0.0002 1 0 0.9458 0.0539 0.0003 1 0 0.9363 0.0632 0.0005
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 403 112 291 17 0 11 0 84 0 0 289 0 2 0.1518 0.0000 0.0069 9.182 1.12 3.85 -2.73 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 471 192 279 138 1 8 0 45 0 0 277 0 2 0.7188 0.0000 0.0072 23.000 6.57 8.29 -1.72 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000 1 0 0.9578 0.0422 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 471 187 284 128 2 14 0 43 0 0 282 0 2 0.6845 0.0000 0.0070 12.357 6.90 8.47 -1.57 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9990 0.0010 0.0000 1 0 0.9987 0.0013 0.0000 1 0 0.9875 0.0125 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 172 82 90 54 0 0 0 28 0 0 89 1 0 0.6585 0.0000 0.0111 82.000 6.72 9.36 -2.63 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7952 0.1992 0.0055 1 0 0.7838 0.2096 0.0066 1 0 0.7676 0.2241 0.0083
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 5 499 217 282 186 0 26 0 5 0 0 282 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 7.346 0.46 4.20 -3.74 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1643 0.8357 0.0000 0 0 0.9814 0.0186 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 226 71 155 65 0 1 0 5 0 0 155 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 70.000 2.63 1.80 0.83 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1131 0.8869 0.0000 0 1 0.4878 0.5122 0.0000
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 490 168 322 150 1 5 0 12 0 0 322 0 0 0.8929 0.0000 0.0000 32.400 0.51 1.33 -0.83 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 1 0.4120 0.5880 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 435 112 323 0 0 2 0 110 0 0 320 0 3 0.0000 0.0000 0.0093 55.000 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 286 114 172 43 0 13 0 58 0 0 168 0 4 0.3772 0.0000 0.0233 7.769 0.19 5.34 -5.16 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0151 0.3322 0.6527 1 2 0.0172 0.3390 0.6438 1 2 0.0205 0.3483 0.6312
chr6 44002766 C CGCGGCG 0.500000 0.100 1 6 1 420 111 309 73 0 32 0 6 0 0 309 0 0 0.6577 0.0000 0.0000 2.469 1.73 6.33 -4.61 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0608 0.9392 0.0000 0 1 0.4237 0.5763 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 577 120 457 4 0 64 2 50 0 0 432 0 25 0.0333 0.0000 0.0547 0.875 7.50 4.40 3.10 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 1 0.0000 0.6002 0.3998 2 2 0.0000 0.2365 0.7635
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 45 2 577 120 457 11 3 66 2 38 0 0 432 1 24 0.0917 0.0000 0.0547 0.844 12.27 2.03 10.25 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9951 0.0049
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 664 138 526 92 13 29 0 4 1 0 525 0 0 0.6667 0.0019 0.0019 3.724 1.60 4.25 -2.65 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0305 0.9695 0.0000 0 0 0.7430 0.2570 0.0000 0 0 0.9309 0.0691 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 165 67 98 33 0 6 0 28 0 0 98 0 0 0.4925 0.0000 0.0000 10.167 0.21 2.89 -2.68 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3317 0.5452 0.1231 1 1 0.3308 0.5417 0.1276 1 1 0.3292 0.5373 0.1335
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 670 145 525 70 0 3 0 72 0 0 519 0 6 0.4828 0.0000 0.0114 47.333 0.39 3.79 -3.41 2 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0666 0.6082 0.3252 1 1 0.0715 0.5998 0.3286 1 1 0.0784 0.5893 0.3323
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 395 115 280 99 0 1 0 15 0 0 280 0 0 0.8609 0.0000 0.0000 114.000 0.17 1.20 -1.03 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0081 0.9919 0.0000
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 331 157 174 134 2 15 0 6 0 0 174 0 0 0.8535 0.0000 0.0000 9.467 0.37 6.17 -5.79 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5991 0.4009 0.0000 0 0 0.9397 0.0603 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 837 215 622 113 0 11 1 90 0 0 621 0 1 0.5256 0.0000 0.0016 18.545 0.15 2.91 -2.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5892 0.4016 0.0092 1 0 0.5873 0.4020 0.0107 1 0 0.5834 0.4035 0.0132
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.100 1 -4 3 206 106 100 95 0 3 0 8 0 0 100 0 0 0.8962 0.0000 0.0000 34.333 0.26 4.00 -3.74 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 1 0.3693 0.6307 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 605 248 357 0 0 51 0 197 0 0 333 0 24 0.0000 0.0000 0.0672 3.863 14.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 366 122 244 10 0 6 1 105 0 0 243 0 1 0.0820 0.0000 0.0041 19.167 0.10 5.79 -5.69 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.7741 0.2259
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 244 82 162 38 0 10 0 34 0 0 161 0 1 0.4634 0.0000 0.0062 7.200 0.16 8.12 -7.96 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2720 0.5780 0.1501 1 1 0.2735 0.5721 0.1544 1 1 0.2751 0.5648 0.1601
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 366 184 182 0 0 19 8 157 0 0 180 0 2 0.0000 0.0000 0.0110 8.684 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 603 203 400 8 4 8 78 105 0 0 399 1 0 0.0394 0.0000 0.0025 30.750 4.50 6.60 -2.10 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8668 0.1332 2 2 0.0000 0.1544 0.8456
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 602 181 421 76 33 14 18 40 0 0 421 0 0 0.4199 0.0000 0.0000 14.778 3.09 11.03 -7.93 50 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9558 0.0440 0.0001 1 0 0.9505 0.0493 0.0002 1 0 0.9424 0.0574 0.0003
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 602 180 422 82 37 19 27 15 0 0 422 0 0 0.4556 0.0000 0.0000 14.182 3.10 7.07 -3.97 54 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9977 0.0023 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000 1 0 0.7403 0.2597 0.0000
chr7 997746 GC G 0.023943 0.100 1 -1 3 388 106 282 49 0 4 0 53 0 0 282 0 0 0.4623 0.0000 0.0000 25.500 0.08 1.19 -1.11 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2805 0.7043 0.0152 1 1 0.2912 0.6934 0.0153 1 1 0.3053 0.6793 0.0154
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 280 119 161 102 0 13 0 4 0 0 161 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 8.154 0.15 4.00 -3.85 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.6976 0.3024 0.0000 0 0 0.9155 0.0845 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 682 232 450 1 0 52 7 172 0 0 450 0 0 0.0043 0.0000 0.0000 3.462 0.00 3.02 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 490 114 376 101 0 6 0 7 0 0 376 0 0 0.8860 0.0000 0.0000 18.000 0.33 3.14 -2.82 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0825 0.9175 0.0000 0 0 0.6007 0.3993 0.0000
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 451 98 353 40 4 14 3 37 0 1 352 0 0 0.4082 0.0000 0.0028 6.231 1.07 3.43 -2.36 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2981 0.5774 0.1246 1 1 0.2991 0.5715 0.1293 1 1 0.3002 0.5642 0.1356
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 136 43 93 4 2 1 3 33 0 0 91 1 1 0.0930 0.0000 0.0215 40.000 0.00 1.15 -1.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9498 0.0502 2 1 0.0000 0.7717 0.2283
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 479 121 358 13 0 1 0 107 0 0 355 0 3 0.1074 0.0000 0.0084 120.000 1.00 1.30 -0.30 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9524 0.0476
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 188 50 138 30 0 1 0 19 0 0 137 0 1 0.6000 0.0000 0.0072 49.000 0.13 3.05 -2.92 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4793 0.4547 0.0660 1 0 0.4726 0.4572 0.0703 1 0 0.4633 0.4605 0.0762
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 228 99 129 47 0 2 0 50 0 1 128 0 0 0.4747 0.0000 0.0078 97.000 0.11 3.04 -2.93 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1493 0.6111 0.2397 1 1 0.1541 0.6029 0.2430 1 1 0.1605 0.5925 0.2470
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 344 95 249 73 6 14 0 2 0 0 248 0 1 0.7684 0.0000 0.0040 5.786 0.14 1.50 -1.36 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0669 0.9331 0.0000 0 0 0.6792 0.3208 0.0000 0 0 0.8706 0.1294 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 352 135 217 79 0 0 0 56 0 0 217 0 0 0.5852 0.0000 0.0000 135.000 0.11 1.82 -1.71 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7106 0.2819 0.0074 1 0 0.7020 0.2893 0.0088 1 0 0.6895 0.2996 0.0109
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 777 192 585 0 0 17 1 174 0 0 576 0 9 0.0000 0.0000 0.0154 10.294 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 546 140 406 114 1 16 0 9 0 0 405 0 1 0.8143 0.0000 0.0025 7.750 0.67 4.00 -3.33 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.3021 0.6979 0.0000
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 469 203 266 70 7 60 2 64 0 0 266 0 0 0.3448 0.0000 0.0000 2.367 0.90 3.70 -2.80 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3976 0.5546 0.0479 1 1 0.3986 0.5493 0.0521 1 1 0.3989 0.5430 0.0581
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 468 177 291 83 0 5 0 89 0 0 291 0 0 0.4689 0.0000 0.0000 34.400 0.07 3.96 -3.88 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0787 0.6629 0.2584 1 1 0.0843 0.6512 0.2645 1 1 0.0920 0.6363 0.2717
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 146 32 114 11 0 0 0 21 0 0 99 0 15 0.3438 0.0000 0.1316 32.000 0.09 33.43 -33.34 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0056 0.1925 0.8018 1 2 0.0055 0.3487 0.6458 2 1 0.0027 0.7482 0.2491
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.100 1 -7 1 566 176 390 126 1 4 0 45 0 0 387 0 3 0.7159 0.0000 0.0077 43.000 0.31 6.78 -6.47 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9981 0.0019 0.0000 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 571 148 423 10 0 8 0 130 0 0 421 0 2 0.0676 0.0000 0.0047 17.500 0.50 3.00 -2.50 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9829 0.0171 2 1 0.0000 0.5032 0.4968
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 353 114 239 2 1 44 3 64 0 0 234 0 5 0.0175 0.0000 0.0209 1.581 5.00 6.28 -1.28 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7351 0.2649 2 2 0.0000 0.2244 0.7756 2 2 0.0000 0.1184 0.8816
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 15 1 353 114 239 19 42 41 4 8 0 1 235 1 2 0.1667 0.0000 0.0167 1.756 7.32 2.25 5.07 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.0033 0.9967 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 676 167 509 61 0 17 1 88 0 0 508 0 1 0.3653 0.0000 0.0020 8.824 1.18 3.73 -2.55 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0026 0.1910 0.8065 1 2 0.0032 0.1995 0.7973 1 2 0.0042 0.2117 0.7842
chr7 124032402 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 729 212 517 160 12 34 1 5 0 2 514 0 1 0.7547 0.0000 0.0058 5.235 0.44 3.20 -2.76 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.7992 0.2008 0.0000 0 0 0.9821 0.0179 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 425 233 192 102 2 19 0 110 0 0 189 0 3 0.4378 0.0000 0.0156 11.211 0.49 6.88 -6.39 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0463 0.6668 0.2869 1 1 0.0510 0.6544 0.2946 1 1 0.0577 0.6387 0.3037
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 249 85 164 0 0 1 0 84 0 0 160 0 4 0.0000 0.0000 0.0244 84.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0136 0.9864
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 3 813 217 596 14 102 33 4 64 0 0 596 0 0 0.0645 0.0000 0.0000 5.576 1.29 2.98 -1.70 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9590 0.0409 0.0001 1 0 0.9542 0.0457 0.0001 1 0 0.9468 0.0530 0.0002
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 816 217 599 71 5 31 2 108 0 0 599 0 0 0.3272 0.0000 0.0000 6.000 2.70 3.06 -0.36 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1415 0.8575 1 2 0.0012 0.1493 0.8495 1 2 0.0017 0.1606 0.8377
chr7 143443837 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 719 171 548 78 0 7 0 86 0 0 546 0 2 0.4561 0.0000 0.0036 23.429 0.32 3.06 -2.74 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0490 0.5956 0.3555 1 1 0.0534 0.5876 0.3590 1 1 0.0596 0.5777 0.3626
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 674 161 513 72 2 8 0 79 0 0 512 1 0 0.4472 0.0000 0.0019 19.125 0.21 1.30 -1.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0831 0.6423 0.2746 1 1 0.0886 0.6319 0.2795 1 1 0.0961 0.6187 0.2852
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 611 141 470 77 0 5 0 59 0 0 468 0 2 0.5461 0.0000 0.0043 27.200 0.13 3.88 -3.75 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5412 0.4361 0.0227 1 0 0.5373 0.4373 0.0255 1 0 0.5311 0.4394 0.0296
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 209 72 137 43 0 3 0 26 0 0 135 0 2 0.5972 0.0000 0.0146 23.000 0.23 4.58 -4.34 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5911 0.3786 0.0302 1 0 0.5820 0.3846 0.0334 1 0 0.5694 0.3926 0.0380
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 676 187 489 89 1 3 0 94 0 0 487 0 2 0.4759 0.0000 0.0041 61.000 0.76 1.15 -0.38 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0735 0.6753 0.2512 1 1 0.0791 0.6628 0.2580 1 1 0.0869 0.6470 0.2661
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 551 133 418 73 0 1 0 59 0 0 418 0 0 0.5489 0.0000 0.0000 132.000 0.38 1.61 -1.23 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4959 0.4731 0.0309 1 0 0.4931 0.4726 0.0342 1 0 0.4885 0.4724 0.0391
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 727 197 530 184 2 4 0 7 0 0 529 0 1 0.9340 0.0000 0.0019 48.000 0.27 12.29 -12.01 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6826 0.3174 0.0000 0 0 0.9799 0.0201 0.0000
chr7 151050846 CCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -6 1 768 184 584 149 1 18 0 16 0 0 584 0 0 0.8098 0.0000 0.0000 9.222 0.36 6.62 -6.26 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0478 0.9522 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 396 99 297 0 0 2 11 86 0 3 267 10 17 0.0000 0.0000 0.1010 97.000 7.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0075 0.9925
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 396 95 301 0 0 3 9 83 0 3 266 14 18 0.0000 0.0000 0.1163 91.000 7.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0075 0.9925
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 396 95 301 0 0 4 4 87 0 2 234 26 39 0.0000 0.0000 0.2226 22.750 7.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 350 141 209 81 0 0 1 59 0 0 209 0 0 0.5745 0.0000 0.0000 141.000 0.63 1.15 -0.52 15 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6626 0.3273 0.0102 1 0 0.6552 0.3330 0.0118 1 0 0.6445 0.3411 0.0144
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 750 143 607 106 0 28 0 9 0 0 607 0 0 0.7413 0.0000 0.0000 4.107 0.56 6.44 -5.89 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 1 0.3089 0.6911 0.0000
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 623 120 503 88 0 24 0 8 0 0 501 0 2 0.7333 0.0000 0.0040 4.000 0.30 5.25 -4.95 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.1149 0.8851 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 324 118 206 55 0 2 0 61 0 0 205 0 1 0.4661 0.0000 0.0049 58.000 1.05 2.98 -1.93 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0912 0.5991 0.3097 1 1 0.0967 0.5922 0.3111 1 1 0.1043 0.5834 0.3123
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 535 222 313 0 0 30 3 189 0 0 313 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.367 6.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.100 1 3 1 156 78 78 41 0 2 0 35 0 0 75 1 2 0.5256 0.0000 0.0385 38.000 0.46 3.09 -2.62 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4573 0.5284 0.0142 1 1 0.4615 0.5238 0.0147 1 1 0.4665 0.5182 0.0153
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 170 71 99 31 0 0 0 40 0 0 99 0 0 0.4366 0.0000 0.0000 71.000 0.10 2.40 -2.30 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0721 0.4985 0.4294 1 1 0.0766 0.4980 0.4255 1 1 0.0827 0.4975 0.4198
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.100 1 3 1 584 163 421 119 6 29 0 9 0 0 421 0 0 0.7301 0.0000 0.0000 4.621 0.55 2.89 -2.33 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3122 0.6878 0.0000 0 0 0.9447 0.0553 0.0000
chr8 80486812 TGTC T 0.500000 0.100 1 -3 1 310 92 218 80 1 3 0 8 0 0 218 0 0 0.8696 0.0000 0.0000 44.500 1.10 3.25 -2.15 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0109 0.9891 0.0000 0 1 0.2254 0.7746 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.100 1 16 1 270 80 190 40 0 11 0 29 0 0 186 0 4 0.5000 0.0000 0.0211 6.273 0.50 11.14 -10.64 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.5325 0.0923 1 1 0.3732 0.5298 0.0970 1 1 0.3703 0.5264 0.1033
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 181 77 104 71 0 1 0 5 0 0 104 0 0 0.9221 0.0000 0.0000 76.000 0.06 3.40 -3.34 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1447 0.8553 0.0000 0 0 0.5588 0.4412 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 684 232 452 208 1 9 0 14 0 0 452 0 0 0.8966 0.0000 0.0000 24.778 2.54 18.36 -15.81 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0113 0.9887 0.0000 0 0 0.7606 0.2394 0.0000
chr8 123369918 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 308 119 189 59 1 13 2 44 0 0 188 0 1 0.4958 0.0000 0.0053 8.077 0.39 3.20 -2.81 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5053 0.4582 0.0365 1 0 0.5007 0.4592 0.0401 1 0 0.4940 0.4608 0.0452
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 494 126 368 1 0 29 9 87 0 0 361 0 7 0.0079 0.0000 0.0190 3.345 0.00 4.43 -4.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0461 0.9539 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 2 2 0.0000 0.0127 0.9873
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 786 158 628 69 0 26 0 63 0 0 611 0 17 0.4367 0.0000 0.0271 5.077 0.93 11.95 -11.02 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0450 0.5564 0.3986 1 1 0.0492 0.5509 0.3999 1 1 0.0550 0.5443 0.4007
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.100 1 -3 2 947 167 780 151 0 4 0 12 0 0 780 0 0 0.9042 0.0000 0.0000 40.750 0.34 2.83 -2.50 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.4076 0.5924 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1268 266 1002 255 3 1 0 7 0 0 1002 0 0 0.9586 0.0000 0.0000 265.000 0.67 5.29 -4.61 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3246 0.6754 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1271 265 1006 200 54 3 0 8 0 0 1006 0 0 0.7547 0.0000 0.0000 117.500 0.47 4.75 -4.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0301 0.9699 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 525 166 359 64 1 40 3 58 0 0 359 0 0 0.3855 0.0000 0.0000 3.150 0.36 3.22 -2.86 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3939 0.5760 0.0301 1 1 0.4007 0.5677 0.0315 1 1 0.4090 0.5575 0.0335
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 355 93 262 4 0 25 0 64 0 0 242 0 20 0.0430 0.0000 0.0763 2.720 0.75 7.58 -6.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 1 0.0000 0.5159 0.4841 2 2 0.0000 0.1811 0.8189
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 311 77 234 9 0 1 0 67 0 0 234 0 0 0.1169 0.0000 0.0000 76.000 1.11 1.63 -0.52 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.9256 0.0744
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 318 81 237 10 0 2 0 69 0 0 236 0 1 0.1235 0.0000 0.0042 39.500 0.70 2.10 -1.40 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9524 0.0476
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.100 1 4 5 582 124 458 118 0 2 0 4 0 0 457 0 1 0.9516 0.0000 0.0022 61.000 0.40 3.75 -3.35 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 0 0.6387 0.3613 0.0000 0 0 0.9253 0.0747 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 373 48 325 29 1 0 0 18 0 0 324 0 1 0.6042 0.0000 0.0031 48.000 0.21 1.22 -1.02 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5081 0.4345 0.0574 1 0 0.5003 0.4382 0.0615 1 0 0.4897 0.4431 0.0673
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 291 152 139 145 0 2 0 5 0 0 138 0 1 0.9539 0.0000 0.0072 75.000 0.16 3.00 -2.84 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.7014 0.2986 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 468 165 303 152 0 1 0 12 0 0 301 0 2 0.9212 0.0000 0.0066 164.000 0.07 15.17 -15.09 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1666 0.8334 0.0000
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 699 140 559 62 2 15 0 61 0 0 548 0 11 0.4429 0.0000 0.0197 8.267 0.34 9.75 -9.42 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0671 0.5900 0.3429 1 1 0.0720 0.5829 0.3452 1 1 0.0787 0.5739 0.3473
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 432 122 310 59 0 2 0 61 0 0 306 0 4 0.4836 0.0000 0.0129 60.000 0.25 3.13 -2.88 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0914 0.6085 0.3002 1 1 0.0966 0.6003 0.3031 1 1 0.1037 0.5901 0.3062
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 229 95 134 11 0 2 0 82 0 0 132 0 2 0.1158 0.0000 0.0149 46.500 0.00 4.09 -4.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9518 0.0482
chr9 92474742 C CTCATCATCA 0.500000 0.100 1 9 2 338 115 223 53 4 22 0 36 0 0 221 0 2 0.4609 0.0000 0.0090 4.227 1.04 6.67 -5.63 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6635 0.3212 0.0153 1 0 0.6539 0.3287 0.0175 1 0 0.6404 0.3389 0.0207
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 338 117 221 79 3 21 3 11 0 0 221 0 0 0.6752 0.0000 0.0000 4.571 3.09 3.73 -0.64 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0084 0.9916 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 402 173 229 72 1 3 0 97 0 0 229 0 0 0.4162 0.0000 0.0000 56.667 0.14 10.10 -9.96 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0060 0.2971 0.6969 1 2 0.0071 0.3029 0.6900 1 2 0.0089 0.3111 0.6799
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 538 185 353 160 0 3 0 22 0 0 352 0 1 0.8649 0.0000 0.0028 60.667 0.36 3.55 -3.18 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 366 86 280 76 0 6 0 4 0 0 280 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 13.333 0.37 6.50 -6.13 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3863 0.6137 0.0000 0 0 0.7541 0.2459 0.0000
chr9 97854418 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 836 96 740 0 34 37 1 24 0 2 730 3 5 0.0000 0.0000 0.0135 1.583 4.46 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2927 0.5666 0.1407 1 1 0.2934 0.5616 0.1451 1 1 0.2939 0.5552 0.1508
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 849 110 739 35 2 30 1 42 0 1 732 1 5 0.3182 0.0000 0.0095 2.667 3.34 5.55 -2.20 13 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0577 0.4927 0.4495 1 1 0.0620 0.4923 0.4457 1 1 0.0680 0.4919 0.4402
chr9 99105255 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 221 131 90 70 2 9 1 49 0 0 89 0 1 0.5344 0.0000 0.0111 15.250 1.09 8.82 -7.73 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6684 0.3201 0.0115 1 0 0.6601 0.3267 0.0133 1 0 0.6481 0.3359 0.0160
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 393 99 294 68 0 0 0 31 0 0 294 0 0 0.6869 0.0000 0.0000 99.000 0.21 2.65 -2.44 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9230 0.0764 0.0006 1 0 0.9150 0.0842 0.0008 1 0 0.9032 0.0956 0.0011
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 783 162 621 94 0 0 0 68 0 0 620 0 1 0.5802 0.0000 0.0016 162.000 0.15 4.63 -4.48 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7245 0.2704 0.0051 1 0 0.7167 0.2771 0.0061 1 0 0.7055 0.2868 0.0077
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 700 144 556 85 2 1 0 56 0 0 553 0 3 0.5903 0.0000 0.0054 143.000 0.12 2.75 -2.63 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7942 0.2027 0.0031 1 0 0.7849 0.2113 0.0038 1 0 0.7716 0.2234 0.0049
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 591 114 477 93 1 14 0 6 0 0 476 0 1 0.8158 0.0000 0.0021 7.143 0.30 5.50 -5.20 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0596 0.9404 0.0000 0 0 0.5171 0.4829 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 334 136 198 56 0 1 0 79 0 0 198 0 0 0.4118 0.0000 0.0000 135.000 0.05 3.99 -3.93 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0074 0.2819 0.7106 1 2 0.0088 0.2893 0.7020 1 2 0.0109 0.2996 0.6895
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 467 91 376 4 1 17 0 69 0 0 376 0 0 0.0440 0.0000 0.0000 4.294 0.00 6.19 -6.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.7153 0.2847 2 2 0.0000 0.3380 0.6620
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 495 108 387 15 1 9 3 80 0 0 387 0 0 0.1389 0.0000 0.0000 10.889 0.93 1.45 -0.52 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9971 0.0029
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 468 176 292 145 0 18 0 13 0 1 291 0 0 0.8239 0.0000 0.0034 9.294 0.55 2.54 -1.99 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.2263 0.7737 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 462 170 292 0 1 5 0 164 0 0 290 0 2 0.0000 0.0000 0.0068 32.800 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 259 81 178 68 0 8 0 5 0 0 178 0 0 0.8395 0.0000 0.0000 9.125 0.56 8.00 -7.44 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1270 0.8730 0.0000 0 0 0.5226 0.4774 0.0000
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 483 124 359 3 6 46 4 65 0 0 350 3 6 0.0242 0.0000 0.0251 1.674 0.67 3.71 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 1 0.0000 0.8150 0.1850
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 237 121 116 76 0 2 0 43 0 0 114 0 2 0.6281 0.0000 0.0172 59.500 1.62 2.63 -1.01 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8548 0.1433 0.0018 1 0 0.8451 0.1526 0.0023 1 0 0.8311 0.1658 0.0031
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 237 121 116 76 0 2 0 43 0 0 114 0 2 0.6281 0.0000 0.0172 59.500 1.62 2.63 -1.01 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8548 0.1433 0.0018 1 0 0.8451 0.1526 0.0023 1 0 0.8311 0.1658 0.0031
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 425 118 307 10 0 1 0 107 0 0 306 0 1 0.0847 0.0000 0.0033 117.000 0.10 1.34 -1.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.7640 0.2360
chr9 137053947 C CGCGGCGGCCAGCAGCAGCG 0.500000 0.100 1 19 3 248 141 107 68 0 22 0 51 0 0 91 0 16 0.4823 0.0000 0.1495 5.409 0.57 15.02 -14.45 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1875 0.6586 0.1538 1 1 0.1931 0.6474 0.1596 1 1 0.2000 0.6330 0.1670
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 430 143 287 120 2 8 0 13 0 0 285 0 2 0.8392 0.0000 0.0070 16.875 0.70 13.23 -12.53 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0240 0.9760 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 207 104 103 10 18 23 1 52 0 1 101 1 0 0.0962 0.0000 0.0194 3.522 0.00 3.06 -3.06 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0057 0.2013 0.7930 1 2 0.0068 0.2117 0.7815 1 2 0.0086 0.2262 0.7652
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.100 1 -4 1 182 45 137 28 0 3 0 14 0 0 137 0 0 0.6222 0.0000 0.0000 14.000 0.21 4.57 -4.36 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7254 0.2658 0.0088 1 0 0.7173 0.2731 0.0097 1 0 0.7059 0.2831 0.0110
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 796 193 603 1 0 24 2 166 0 0 588 0 15 0.0052 0.0000 0.0249 7.000 10.00 5.46 4.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 686 147 539 18 0 5 0 124 0 0 535 0 4 0.1224 0.0000 0.0074 28.400 0.17 4.02 -3.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9983 0.0017
chr10 27053356 CTCT C 0.017074 0.100 1 -3 1 162 74 88 38 0 3 0 33 0 0 87 0 1 0.5135 0.0000 0.0114 35.500 0.11 3.09 -2.99 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4970 0.4989 0.0041 1 0 0.5000 0.4957 0.0043 1 0 0.5036 0.4919 0.0045
chr10 27398605 C CT 0.021536 0.100 1 1 2 774 160 614 92 1 8 0 59 0 0 613 0 1 0.5750 0.0000 0.0016 18.875 0.16 1.25 -1.09 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9228 0.0771 0.0000 1 0 0.9178 0.0822 0.0000 1 0 0.9103 0.0896 0.0001
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 498 128 370 106 0 8 0 14 0 0 370 0 0 0.8281 0.0000 0.0000 15.000 0.19 1.57 -1.38 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0412 0.9588 0.0000
chr10 47300695 AGCT A 0.009623 0.100 1 -3 4 248 98 150 57 1 7 1 32 0 0 148 0 2 0.5816 0.0000 0.0133 13.000 0.68 3.66 -2.97 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8593 0.1407 0.0001 1 0 0.8526 0.1472 0.0001 1 0 0.8433 0.1566 0.0001
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.100 1 1 1 498 164 334 116 0 0 0 48 0 0 332 0 2 0.7073 0.0000 0.0060 164.000 0.14 1.96 -1.82 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9962 0.0037 0.0000 1 0 0.9955 0.0045 0.0000 1 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.100 1 -2 1 835 233 602 143 2 1 0 87 0 0 600 0 2 0.6137 0.0000 0.0033 232.000 0.25 2.24 -1.99 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9840 0.0160 0.0000 1 0 0.9819 0.0181 0.0000 1 0 0.9785 0.0215 0.0000
chr10 51697903 CTGTATACCTCCTCCT C 0.001304 0.100 1 -15 5 718 190 528 152 0 30 0 8 0 0 528 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 5.333 0.21 15.00 -14.79 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0325 0.9675 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 70146045 GCTCTCAGTTGATCCGCCT G 0.001962 0.100 1 -18 1 680 182 498 173 0 2 0 7 0 0 497 0 1 0.9505 0.0000 0.0020 90.000 0.29 16.00 -15.71 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0611 0.9389 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 395 75 320 53 0 14 0 8 0 0 320 0 0 0.7067 0.0000 0.0000 4.357 0.17 3.12 -2.96 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0144 0.9856 0.0000 0 1 0.2852 0.7148 0.0000
chr10 80081672 AAAAG A 0.045655 0.100 1 -4 10 213 38 175 18 1 2 0 17 0 0 175 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 18.000 0.33 3.71 -3.37 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4858 0.4985 0.0157 1 1 0.4871 0.4969 0.0159 1 1 0.4886 0.4951 0.0163
chr10 87234508 TCTC T 0.013816 0.100 1 -3 2 609 244 365 226 2 6 0 10 0 0 365 0 0 0.9262 0.0000 0.0000 39.667 0.19 3.10 -2.91 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.9934 0.0066 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 638 133 505 121 0 2 1 9 0 0 504 0 1 0.9098 0.0000 0.0020 65.500 0.40 5.67 -5.26 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 1 0.4734 0.5266 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 347 85 262 15 0 4 0 66 0 0 258 0 4 0.1765 0.0000 0.0153 20.250 2.07 6.08 -4.01 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.100 1 -3 1 146 59 87 36 0 3 0 20 0 0 87 0 0 0.6102 0.0000 0.0000 18.667 0.08 3.15 -3.07 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7817 0.2173 0.0010 1 0 0.7746 0.2243 0.0012 1 0 0.7648 0.2338 0.0013
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 312 132 180 129 1 0 0 2 0 0 179 1 0 0.9773 0.0000 0.0056 132.000 0.50 2.50 -2.00 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9431 0.0569 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 175 64 111 0 0 2 0 62 0 0 111 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 31.000 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0170 0.9830 2 2 0.0000 0.0185 0.9815
chr10 119030300 C CCCG 0.001394 0.100 1 3 1 519 114 405 89 2 15 0 8 1 0 403 0 1 0.7807 0.0025 0.0049 6.600 1.35 3.38 -2.03 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.8308 0.1692 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr10 125980294 TGAA T 0.024281 0.100 1 -3 2 242 100 142 44 0 13 0 43 0 0 141 0 1 0.4400 0.0000 0.0070 6.692 0.11 2.84 -2.72 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3842 0.6063 0.0096 1 1 0.3918 0.5984 0.0098 1 1 0.4015 0.5885 0.0100
chr10 131311321 C CGCGGCG 0.000425 0.100 1 6 1 403 149 254 129 0 13 0 7 0 0 254 0 0 0.8658 0.0000 0.0000 10.462 2.33 5.86 -3.53 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2277 0.7723 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 326 111 215 55 0 8 0 48 1 0 214 0 0 0.4955 0.0047 0.0047 12.875 0.11 1.12 -1.02 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3687 0.5558 0.0755 1 1 0.3686 0.5511 0.0803 1 1 0.3677 0.5454 0.0868
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 482 110 372 43 0 11 0 56 0 0 372 0 0 0.3909 0.0000 0.0000 9.000 0.40 3.11 -2.71 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0594 0.5330 0.4076 1 1 0.0648 0.5329 0.4023 1 1 0.0725 0.5330 0.3946
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 246 92 154 50 0 2 0 40 0 0 154 0 0 0.5435 0.0000 0.0000 45.000 0.20 1.93 -1.73 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4677 0.4817 0.0506 1 1 0.4648 0.4810 0.0542 1 1 0.4602 0.4804 0.0594
chr11 1082884 CACA C 0.030985 0.100 1 -3 2 579 151 428 84 0 2 0 65 0 1 423 1 3 0.5563 0.0000 0.0117 74.500 1.40 4.14 -2.73 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6879 0.3112 0.0009 1 0 0.6869 0.3120 0.0011 1 0 0.6849 0.3138 0.0012
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.100 1 -21 2 1544 390 1154 125 10 172 11 72 2 6 1022 17 107 0.3205 0.0017 0.1144 1.254 2.02 12.86 -10.85 61 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0001 0.2856 0.7143 1 2 0.0002 0.3084 0.6914 1 2 0.0003 0.3416 0.6581
chr11 1186164 C CACCAGCACAACTTCTGCTTCTACA 0.095472 0.100 1 24 2 1429 331 1098 129 5 91 7 99 3 3 1048 25 19 0.3897 0.0027 0.0455 2.571 1.12 4.28 -3.17 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0798 0.8686 0.0516 1 1 0.0904 0.8552 0.0545 1 1 0.1055 0.8365 0.0580
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.100 1 -24 1 1715 329 1386 165 0 102 2 60 2 1 1383 0 0 0.5015 0.0014 0.0022 2.228 2.22 14.73 -12.51 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 821 164 657 54 2 64 0 44 0 0 657 0 0 0.3293 0.0000 0.0000 1.562 0.91 7.68 -6.77 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4550 0.4949 0.0501 1 1 0.4508 0.4947 0.0544 1 1 0.4447 0.4948 0.0606
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 662 181 481 109 2 63 0 7 0 0 481 0 0 0.6022 0.0000 0.0000 1.873 0.72 19.71 -19.00 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0924 0.9076 0.0000 0 0 0.6266 0.3734 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 360 113 247 0 0 2 0 111 0 0 245 0 2 0.0000 0.0000 0.0081 55.500 2.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 635 230 405 205 0 2 0 23 0 0 405 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 114.000 0.11 0.96 -0.85 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0082 0.9918 0.0000
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 204 81 123 45 0 1 0 35 0 0 122 0 1 0.5556 0.0000 0.0081 80.000 0.11 2.37 -2.26 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4189 0.5108 0.0703 1 1 0.4159 0.5093 0.0748 1 1 0.4113 0.5076 0.0810
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 494 142 352 12 0 2 0 128 0 0 350 1 1 0.0845 0.0000 0.0057 70.000 0.42 1.22 -0.80 12 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.8002 0.1998
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 547 114 433 0 0 3 0 111 0 0 426 0 7 0.0000 0.0000 0.0162 37.000 5.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 426 138 288 0 0 3 0 135 0 0 288 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 45.000 1.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 583 169 414 106 1 2 0 60 0 0 414 0 0 0.6272 0.0000 0.0000 83.500 0.45 2.22 -1.76 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9586 0.0413 0.0001 1 0 0.9536 0.0462 0.0001 1 0 0.9460 0.0538 0.0002
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 686 124 562 0 0 16 0 108 0 0 549 0 13 0.0000 0.0000 0.0231 6.750 9.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 253 134 119 15 0 14 3 102 0 0 117 0 2 0.1119 0.0000 0.0168 8.571 0.13 4.02 -3.89 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9883 0.0117
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 558 161 397 14 79 59 0 9 0 0 397 0 0 0.0870 0.0000 0.0000 1.789 3.14 3.00 0.14 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.1910 0.8090 0.0000
chr11 18105983 A ACCTCCT 0.500000 0.100 1 6 2 338 174 164 149 0 15 0 10 0 0 164 0 0 0.8563 0.0000 0.0000 10.600 0.24 6.00 -5.76 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0387 0.9613 0.0000 0 0 0.6910 0.3090 0.0000
chr11 45900248 CGAGGACGACGAG C 0.500000 0.100 1 -12 2 219 77 142 66 0 8 0 3 0 0 142 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 8.625 0.17 12.67 -12.50 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0354 0.9646 0.0000 0 0 0.5255 0.4745 0.0000 0 0 0.7820 0.2180 0.0000
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.100 1 -12 1 366 113 253 106 0 4 0 3 0 0 252 0 1 0.9381 0.0000 0.0040 27.250 0.19 10.33 -10.14 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0297 0.9703 0.0000 0 0 0.7379 0.2621 0.0000 0 0 0.9293 0.0707 0.0000
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 188 80 108 42 0 5 1 32 0 0 101 0 7 0.5250 0.0000 0.0648 15.000 0.24 6.19 -5.95 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2425 0.5945 0.1630 1 1 0.2451 0.5875 0.1674 1 1 0.2484 0.5786 0.1730
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 784 257 527 28 0 8 0 221 0 0 521 0 6 0.1089 0.0000 0.0114 31.125 0.21 3.23 -3.02 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 674 143 531 0 0 3 0 140 0 0 526 0 5 0.0000 0.0000 0.0094 46.667 2.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.100 1 -4 1 1041 224 817 105 1 14 0 104 0 0 814 0 3 0.4688 0.0000 0.0037 15.000 0.16 3.88 -3.72 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1177 0.7388 0.1435 1 1 0.1252 0.7233 0.1515 1 1 0.1351 0.7031 0.1618
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 78 40 38 0 0 0 0 40 0 0 34 0 4 0.0000 0.0000 0.1053 40.000 2.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0960 0.9040 2 2 0.0000 0.1000 0.9000 2 2 0.0000 0.1057 0.8943
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 295 113 182 3 0 20 11 79 0 0 177 1 4 0.0265 0.0000 0.0275 4.650 0.00 4.28 -4.28 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8604 0.1396 2 2 0.0000 0.1744 0.8256 2 2 0.0000 0.0637 0.9363
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 94 30 64 3 0 3 0 24 0 0 63 0 1 0.1000 0.0000 0.0156 9.000 1.00 3.67 -2.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.8745 0.1254 2 1 0.0000 0.6708 0.3292
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 586 118 468 12 0 24 2 80 0 0 436 0 32 0.1017 0.0000 0.0684 3.917 1.33 5.66 -4.33 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8974 0.1026
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 778 230 548 96 1 4 1 128 0 0 548 0 0 0.4174 0.0000 0.0000 56.250 0.15 2.17 -2.03 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0014 0.2025 0.7961 1 2 0.0018 0.2087 0.7895 1 2 0.0024 0.2180 0.7796
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 660 131 529 70 1 9 0 51 0 0 529 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 13.556 0.50 2.98 -2.48 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6578 0.3297 0.0125 1 0 0.6496 0.3360 0.0144 1 0 0.6380 0.3448 0.0173
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 211 70 141 10 0 5 0 55 0 0 136 0 5 0.1429 0.0000 0.0355 13.000 1.40 15.36 -13.96 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9709 0.0291
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 453 110 343 56 0 5 1 48 0 0 339 0 4 0.5091 0.0000 0.0117 21.000 0.34 4.06 -3.72 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2454 0.6200 0.1345 1 1 0.2490 0.6113 0.1397 1 1 0.2534 0.6001 0.1465
chr11 96092210 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1182 318 864 0 20 77 114 107 0 0 859 1 4 0.0000 0.0000 0.0058 3.176 3.33 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9282 0.0718 2 2 0.0000 0.2055 0.7945
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1188 324 864 93 14 69 8 140 0 0 860 3 1 0.2870 0.0000 0.0046 3.938 2.78 7.47 -4.69 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0726 0.9273 1 2 0.0002 0.0781 0.9218 1 2 0.0003 0.0863 0.9134
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 609 193 416 16 1 29 0 147 0 0 415 1 0 0.0829 0.0000 0.0024 5.655 0.69 10.15 -9.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9659 0.0341
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 256 100 156 8 0 4 0 88 0 0 154 0 2 0.0800 0.0000 0.0128 24.000 0.12 7.32 -7.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9824 0.0176 2 1 0.0000 0.6830 0.3170
chr11 119664967 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 593 104 489 49 3 16 1 35 0 0 484 0 5 0.4712 0.0000 0.0102 5.438 0.47 2.94 -2.47 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4568 0.4901 0.0531 1 1 0.4531 0.4897 0.0572 1 1 0.4476 0.4894 0.0630
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 339 132 207 74 0 12 2 44 0 0 207 0 0 0.5606 0.0000 0.0000 10.000 0.41 5.59 -5.19 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8141 0.1827 0.0032 1 0 0.8040 0.1921 0.0039 1 0 0.7895 0.2055 0.0050
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 231 90 141 62 0 20 0 8 0 0 141 0 0 0.6889 0.0000 0.0000 3.500 0.06 5.25 -5.19 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.1066 0.8934 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 387 129 258 4 58 14 2 51 0 2 251 2 3 0.0310 0.0000 0.0271 8.071 0.00 3.47 -3.47 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3267 0.5908 0.0825 1 1 0.3287 0.5838 0.0875 1 1 0.3305 0.5751 0.0944
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 387 136 251 54 6 15 3 58 0 1 247 1 2 0.3971 0.0000 0.0159 8.643 2.70 4.26 -1.55 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1315 0.6396 0.2289 1 1 0.1371 0.6295 0.2334 1 1 0.1443 0.6167 0.2390
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 344 115 229 59 0 1 0 55 0 0 229 0 0 0.5130 0.0000 0.0000 114.000 0.80 1.87 -1.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3550 0.5818 0.0632 1 1 0.3599 0.5741 0.0660 1 1 0.3657 0.5644 0.0698
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 344 142 202 15 0 2 0 125 0 0 199 0 3 0.1056 0.0000 0.0149 70.000 0.47 1.46 -0.99 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9542 0.0458
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 519 144 375 9 1 22 0 112 0 0 366 0 9 0.0625 0.0000 0.0240 5.545 0.00 3.14 -3.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9844 0.0156 2 1 0.0000 0.6094 0.3906
chr12 3696978 CCCT C 0.007378 0.100 1 -3 1 248 68 180 31 2 2 0 33 0 0 180 0 0 0.4559 0.0000 0.0000 33.000 0.00 3.39 -3.39 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4131 0.5838 0.0032 1 1 0.4191 0.5777 0.0032 1 1 0.4268 0.5700 0.0033
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 373 119 254 11 0 16 6 86 0 0 251 0 3 0.0924 0.0000 0.0118 6.438 0.36 3.08 -2.72 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.9024 0.0976
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 1548 344 1204 107 0 4 1 232 0 0 1195 1 8 0.3110 0.0000 0.0075 85.000 2.05 4.03 -1.99 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 8224771 TG T 0.014915 0.100 1 -1 1 455 247 208 184 1 0 1 61 0 0 207 0 1 0.7449 0.0000 0.0048 246.000 0.54 2.00 -1.46 82 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9859 0.0141 0.0000
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.100 1 3 3 232 86 146 75 0 7 0 4 0 0 146 0 0 0.8721 0.0000 0.0000 11.286 0.15 3.25 -3.10 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0472 0.9528 0.0000 0 0 0.8248 0.1752 0.0000 0 0 0.9583 0.0417 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 243 90 153 82 0 4 0 4 0 0 153 0 0 0.9111 0.0000 0.0000 21.500 0.50 2.75 -2.25 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 1 0.4565 0.5435 0.0000 0 0 0.8020 0.1980 0.0000
chr12 10825689 AT A 0.000695 0.100 1 -1 7 521 93 428 91 0 1 0 1 0 0 428 0 0 0.9785 0.0000 0.0000 92.000 0.53 1.00 -0.47 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 237 122 115 52 0 6 2 62 0 0 115 0 0 0.4262 0.0000 0.0000 19.333 2.21 4.42 -2.21 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0241 0.4327 0.5432 1 2 0.0263 0.4324 0.5413 1 2 0.0295 0.4324 0.5381
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 476 114 362 61 0 3 0 50 0 0 362 0 0 0.5351 0.0000 0.0000 37.000 0.10 3.94 -3.84 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4906 0.4727 0.0367 1 0 0.4889 0.4714 0.0398 1 0 0.4858 0.4701 0.0441
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.100 1 -30 1 573 118 455 76 0 10 0 32 2 0 452 1 0 0.6441 0.0044 0.0066 10.800 1.80 10.19 -8.38 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9777 0.0223 0.0000 1 0 0.9746 0.0253 0.0000 1 0 0.9699 0.0301 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 718 115 603 33 0 58 1 23 0 1 587 0 15 0.2870 0.0000 0.0265 0.983 1.55 4.74 -3.19 13 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1101 0.5513 0.3387 1 1 0.1145 0.5471 0.3383 1 1 0.1205 0.5420 0.3375
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 584 138 446 85 1 0 0 52 0 0 446 0 0 0.6159 0.0000 0.0000 138.000 0.18 1.12 -0.94 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9209 0.0788 0.0003 1 0 0.9149 0.0847 0.0004 1 0 0.9061 0.0934 0.0005
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 840 187 653 31 1 21 1 133 0 0 653 0 0 0.1658 0.0000 0.0000 7.857 0.87 12.69 -11.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1057 265 792 202 1 53 0 9 0 0 791 0 1 0.7623 0.0000 0.0013 4.000 0.44 16.78 -16.34 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9222 0.0778 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 327 82 245 41 0 3 0 38 0 0 245 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 26.333 0.22 1.71 -1.49 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3558 0.5588 0.0855 1 1 0.3586 0.5532 0.0882 1 1 0.3619 0.5464 0.0917
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 294 87 207 2 0 0 0 85 0 0 205 0 2 0.0230 0.0000 0.0097 87.000 0.00 1.07 -1.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5925 0.4075 2 2 0.0000 0.1373 0.8627 2 2 0.0000 0.0718 0.9282
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 104 53 51 29 0 1 1 22 0 0 51 0 0 0.5472 0.0000 0.0000 52.000 0.03 2.09 -2.06 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2857 0.5614 0.1529 1 1 0.2830 0.5583 0.1586 1 1 0.2793 0.5544 0.1664
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 387 115 272 110 0 2 0 3 0 0 272 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 56.500 0.98 4.33 -3.35 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3373 0.6627 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000 0 0 0.9781 0.0219 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.100 1 -1 1 273 95 178 14 32 31 6 12 0 1 176 1 0 0.1474 0.0000 0.0112 1.645 1.93 2.17 -0.24 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8637 0.1341 0.0021 1 0 0.8539 0.1435 0.0025 1 0 0.8256 0.1713 0.0031
chr12 72273114 T TGGGGTGGCCAGTCCGGGGACC 0.000142 0.100 1 21 3 572 157 415 123 0 29 0 5 2 0 409 0 4 0.7834 0.0048 0.0145 4.414 0.52 10.80 -10.28 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 75293265 C CTATTTGAT 0.006228 0.100 1 8 1 111 53 58 24 0 2 0 27 0 0 56 0 2 0.4528 0.0000 0.0345 25.500 0.29 8.04 -7.75 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3166 0.6781 0.0053 1 1 0.3250 0.6697 0.0053 1 1 0.3361 0.6587 0.0052
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 127 52 75 21 0 5 0 26 0 0 75 0 0 0.4038 0.0000 0.0000 9.400 0.19 2.88 -2.69 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1650 0.5555 0.2794 1 1 0.1702 0.5524 0.2774 1 1 0.1772 0.5484 0.2745
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 880 261 619 0 0 20 5 236 0 0 618 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 12.050 3.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 148 68 80 58 1 3 0 6 0 0 80 0 0 0.8529 0.0000 0.0000 21.667 0.19 1.83 -1.64 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0767 0.9233 0.0000 0 1 0.4843 0.5157 0.0000
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 283 69 214 58 2 7 0 2 0 0 214 0 0 0.8406 0.0000 0.0000 8.857 0.48 3.00 -2.52 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1998 0.8002 0.0000 0 0 0.7039 0.2961 0.0000 0 0 0.8357 0.1643 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 370 88 282 10 0 6 2 70 0 0 278 1 3 0.1136 0.0000 0.0142 13.500 0.80 3.66 -2.86 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9401 0.0599
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.100 1 -30 1 1399 374 1025 195 3 69 0 107 0 14 970 1 40 0.5214 0.0000 0.0537 4.420 0.82 20.92 -20.10 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9749 0.0251 0.0000 1 0 0.9722 0.0278 0.0000 1 0 0.9681 0.0319 0.0000
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 294 121 173 54 1 15 2 49 0 0 172 0 1 0.4463 0.0000 0.0058 7.067 0.59 3.29 -2.69 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.6176 0.1354 1 1 0.2504 0.6090 0.1406 1 1 0.2546 0.5981 0.1473
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 522 147 375 129 0 5 0 13 0 0 373 0 2 0.8776 0.0000 0.0053 28.400 0.26 7.08 -6.82 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0333 0.9667 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 532 134 398 0 0 20 11 103 0 0 397 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 5.550 4.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 204 118 86 65 0 0 0 53 0 0 86 0 0 0.5508 0.0000 0.0000 118.000 0.66 2.34 -1.68 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4555 0.5012 0.0433 1 1 0.4533 0.4995 0.0472 1 1 0.4495 0.4977 0.0528
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 196 91 105 43 1 13 1 33 0 0 104 0 1 0.4725 0.0000 0.0095 5.923 0.26 6.12 -5.87 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4160 0.5114 0.0727 1 1 0.4129 0.5099 0.0772 1 1 0.4084 0.5082 0.0834
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 428 117 311 53 38 19 3 4 0 0 311 0 0 0.4530 0.0000 0.0000 4.889 0.87 4.25 -3.38 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0051 0.9949 0.0000 0 1 0.3561 0.6439 0.0000 0 0 0.7537 0.2463 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 319 98 221 0 0 8 1 89 0 0 211 0 10 0.0000 0.0000 0.0452 11.250 5.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0077 0.9923
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 320 76 244 0 0 11 0 65 0 0 236 0 8 0.0000 0.0000 0.0328 5.909 11.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0281 0.9719
chr12 122183158 ACGAGTC A 0.500000 0.100 1 -6 1 273 117 156 104 2 7 0 4 0 0 155 0 1 0.8889 0.0000 0.0064 15.571 0.31 6.00 -5.69 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.4902 0.5098 0.0000 0 0 0.8727 0.1273 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 685 153 532 0 0 12 1 140 0 0 513 0 19 0.0000 0.0000 0.0357 11.750 7.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 222 102 120 3 2 30 0 67 0 0 116 0 4 0.0294 0.0000 0.0333 2.400 0.00 3.99 -3.99 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8490 0.1510 2 2 0.0000 0.4368 0.5632
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 3 222 102 120 5 0 67 3 27 0 0 118 0 2 0.0490 0.0000 0.0167 0.478 1.20 5.56 -4.36 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9736 0.0264 2 1 0.0000 0.8256 0.1744
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 178 66 112 30 1 9 1 25 0 0 111 1 0 0.4545 0.0000 0.0089 6.333 1.00 4.24 -3.24 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3196 0.5470 0.1334 1 1 0.3189 0.5434 0.1377 1 1 0.3177 0.5389 0.1434
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 231 60 171 0 0 5 0 55 0 0 161 0 10 0.0000 0.0000 0.0585 11.000 8.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0409 0.9591
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 514 144 370 112 4 21 1 6 0 0 370 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 6.100 0.39 2.50 -2.11 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3201 0.6799 0.0000 0 0 0.8365 0.1635 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 698 155 543 65 1 23 0 66 1 0 535 0 7 0.4194 0.0018 0.0147 5.696 0.48 5.55 -5.07 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0885 0.6284 0.2831 1 1 0.0941 0.6191 0.2869 1 1 0.1016 0.6073 0.2911
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.100 1 -1 2 282 117 165 93 1 8 0 15 0 0 165 0 0 0.7949 0.0000 0.0000 13.625 0.11 1.13 -1.03 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0589 0.9411 0.0000
chr13 39014121 T TGCGGTAGGAGTG 0.000317 0.100 1 12 1 717 149 568 120 1 22 0 6 0 0 567 0 1 0.8054 0.0000 0.0018 5.773 0.33 7.83 -7.51 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2082 0.7918 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.100 1 5 1 195 78 117 70 0 5 0 3 0 0 117 0 0 0.8974 0.0000 0.0000 14.600 0.29 5.00 -4.71 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5227 0.4773 0.0000 0 0 0.9705 0.0295 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000
chr13 45596589 ATACTCTTCCTCCTCCAGATGCTCTTCCTTCCCCAGG A 0.000830 0.100 1 -36 1 523 189 334 174 1 10 0 4 0 0 334 0 0 0.9206 0.0000 0.0000 17.900 0.27 19.75 -19.48 82 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 584 144 440 108 1 29 0 6 4 0 434 1 1 0.7500 0.0091 0.0136 3.966 1.35 5.33 -3.98 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3202 0.6798 0.0000 0 0 0.9175 0.0825 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 435 42 393 0 0 1 0 41 0 1 388 0 4 0.0000 0.0000 0.0127 41.000 3.90 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0296 0.9704 2 2 0.0000 0.0304 0.9696
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -12 2 642 157 485 19 0 0 1 137 0 0 484 0 1 0.1210 0.0000 0.0021 156.000 0.26 8.55 -8.29 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9957 0.0043
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 333 120 213 74 3 37 1 5 2 1 210 0 0 0.6167 0.0094 0.0141 2.189 0.39 10.40 -10.01 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1491 0.8509 0.0000 0 0 0.5855 0.4145 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 567 103 464 15 0 2 0 86 0 0 460 0 4 0.1456 0.0000 0.0086 50.500 0.60 3.00 -2.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 488 110 378 12 0 0 0 98 0 0 378 0 0 0.1091 0.0000 0.0000 110.000 0.00 2.05 -2.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.8733 0.1267
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 463 122 341 100 0 7 0 15 0 0 340 0 1 0.8197 0.0000 0.0029 16.429 0.20 2.07 -1.87 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0055 0.9945 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 470 149 321 106 0 2 0 41 0 0 316 0 5 0.7114 0.0000 0.0156 73.500 0.37 19.80 -19.44 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9905 0.0095 0.0000 1 0 0.9887 0.0113 0.0000 1 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 346 69 277 2 0 7 0 60 0 0 275 0 2 0.0290 0.0000 0.0072 8.857 1.00 1.10 -0.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5935 0.4065 2 2 0.0000 0.1387 0.8613 2 2 0.0000 0.0706 0.9294
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 524 136 388 112 0 5 0 19 0 0 388 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 26.200 0.80 3.05 -2.25 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0041 0.9959 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 542 145 397 13 0 18 0 114 0 0 395 0 2 0.0897 0.0000 0.0050 7.056 0.23 2.99 -2.76 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9756 0.0244
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 563 158 405 80 2 16 0 60 0 0 402 0 3 0.5063 0.0000 0.0074 8.750 0.33 2.70 -2.38 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5646 0.4169 0.0184 1 0 0.5590 0.4200 0.0210 1 0 0.5505 0.4245 0.0250
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 388 99 289 44 1 4 1 49 0 0 289 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 23.500 0.16 5.47 -5.31 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1802 0.6395 0.1803 1 1 0.1877 0.6313 0.1810 1 1 0.1976 0.6208 0.1816
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.100 1 -3 1 562 158 404 137 2 8 0 11 0 0 404 0 0 0.8671 0.0000 0.0000 18.625 0.44 3.64 -3.20 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1131 0.8869 0.0000 0 0 0.9163 0.0837 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 355 114 241 58 1 8 3 44 0 0 241 0 0 0.5088 0.0000 0.0000 26.250 0.34 4.14 -3.79 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3605 0.5674 0.0721 1 1 0.3573 0.5648 0.0779 1 1 0.3523 0.5615 0.0862
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 356 112 244 55 0 7 5 45 0 0 244 0 0 0.4911 0.0000 0.0000 16.833 0.27 4.38 -4.11 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2372 0.6275 0.1353 1 1 0.2378 0.6200 0.1423 1 1 0.2381 0.6103 0.1516
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 291 41 250 4 0 2 1 34 0 0 250 0 0 0.0976 0.0000 0.0000 19.500 1.00 4.15 -3.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9531 0.0469 2 1 0.0000 0.7979 0.2021
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 259 71 188 69 0 0 0 2 0 0 188 0 0 0.9718 0.0000 0.0000 71.000 0.41 1.00 -0.59 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8228 0.1772 0.0000 0 0 0.9772 0.0228 0.0000 0 0 0.9891 0.0109 0.0000
chr14 24311736 C CT 0.000071 0.100 1 1 2 337 100 237 89 0 6 0 5 0 0 237 0 0 0.8900 0.0000 0.0000 15.667 0.37 1.20 -0.83 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9552 0.0448 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.100 1 24 1 276 70 206 26 0 29 0 15 0 0 205 0 1 0.3714 0.0000 0.0049 1.414 0.35 5.60 -5.25 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6286 0.3517 0.0196 1 0 0.6226 0.3564 0.0210 1 0 0.6144 0.3627 0.0229
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 601 92 509 28 0 11 0 53 0 0 499 0 10 0.3043 0.0000 0.0196 8.100 0.75 7.91 -7.16 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0569 0.9429 1 2 0.0003 0.0625 0.9373 1 2 0.0004 0.0707 0.9289
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.100 1 -3 2 683 169 514 0 2 19 86 62 0 0 512 1 1 0.0000 0.0000 0.0039 7.842 3.89 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0089 0.9911
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 683 175 508 4 5 73 2 91 0 0 507 0 1 0.0229 0.0000 0.0020 1.420 0.25 6.98 -6.73 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9903 0.0097 2 2 0.0000 0.4525 0.5475 2 2 0.0000 0.1145 0.8855
chr14 73593807 T TTCAA 0.190314 0.100 1 4 1 189 78 111 52 0 1 0 25 1 0 103 0 7 0.6667 0.0090 0.0721 77.000 0.10 7.68 -7.58 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8082 0.1889 0.0030 1 0 0.8002 0.1964 0.0034 1 0 0.7889 0.2069 0.0042
chr14 73593809 GCTTA G 0.190462 0.100 1 -4 1 189 80 109 54 0 3 0 23 0 0 102 0 7 0.6750 0.0000 0.0642 25.667 0.15 8.35 -8.20 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8512 0.1471 0.0017 1 0 0.8431 0.1548 0.0020 1 0 0.8317 0.1657 0.0026
chr14 75070618 T TA 0.002204 0.100 1 1 2 317 88 229 83 1 1 0 3 0 0 229 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 86.000 0.96 2.00 -1.04 59 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9770 0.0230 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 403 113 290 0 0 24 5 84 0 0 286 0 4 0.0000 0.0000 0.0138 3.870 5.52 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0141 0.9859 2 2 0.0000 0.0161 0.9839
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 387 98 289 7 36 5 6 44 0 1 287 1 0 0.0714 0.0000 0.0069 45.500 1.00 4.89 -3.89 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0472 0.4648 0.4879 1 2 0.0515 0.4672 0.4813 1 2 0.0577 0.4704 0.4720
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 464 124 340 54 0 13 0 57 0 0 340 0 0 0.4355 0.0000 0.0000 8.538 0.22 3.16 -2.94 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0928 0.6038 0.3034 1 1 0.0964 0.5953 0.3082 1 1 0.1013 0.5847 0.3140
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 166 57 109 12 0 1 0 44 0 1 107 0 1 0.2105 0.0000 0.0183 56.000 0.50 8.75 -8.25 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0020 0.2571 0.7409 2 1 0.0009 0.7363 0.2628 2 1 0.0002 0.9630 0.0368
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 189 86 103 78 0 4 0 4 0 0 103 0 0 0.9070 0.0000 0.0000 20.500 0.22 3.00 -2.78 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0484 0.9516 0.0000 0 0 0.8281 0.1719 0.0000 0 0 0.9590 0.0410 0.0000
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.100 1 3 1 531 103 428 56 0 5 1 41 0 0 427 0 1 0.5437 0.0000 0.0023 19.600 0.20 3.05 -2.85 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6115 0.3718 0.0167 1 0 0.6074 0.3742 0.0184 1 0 0.6014 0.3779 0.0207
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 245 71 174 6 0 4 0 61 0 0 169 0 5 0.0845 0.0000 0.0287 16.750 0.33 8.59 -8.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9661 0.0339 2 1 0.0000 0.7125 0.2875
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 494 106 388 47 0 19 0 40 0 0 387 0 1 0.4434 0.0000 0.0026 4.579 0.49 9.22 -8.74 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4861 0.4867 0.0272 1 0 0.4877 0.4837 0.0286 1 0 0.4893 0.4802 0.0305
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 394 119 275 54 1 9 1 54 0 0 273 0 2 0.4538 0.0000 0.0073 12.111 0.61 3.50 -2.89 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2211 0.6519 0.1270 1 1 0.2289 0.6419 0.1292 1 1 0.2389 0.6291 0.1319
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 261 81 180 43 1 4 2 31 0 0 178 0 2 0.5309 0.0000 0.0111 19.000 1.58 5.39 -3.81 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5530 0.4215 0.0255 1 0 0.5507 0.4221 0.0272 1 0 0.5470 0.4233 0.0297
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 157 42 115 0 0 3 0 39 0 0 102 9 4 0.0000 0.0000 0.1130 13.000 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 458 142 316 0 1 0 0 141 0 0 310 3 3 0.0000 0.0000 0.0190 142.000 3.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 268 93 175 37 0 3 1 52 0 0 175 0 0 0.3978 0.0000 0.0000 30.000 0.24 1.87 -1.62 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0365 0.4426 0.5209 1 2 0.0405 0.4474 0.5120 1 2 0.0465 0.4539 0.4997
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 194 80 114 0 0 3 75 2 0 0 113 1 0 0.0000 0.0000 0.0088 4.500 1.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0571 0.9429 2 2 0.0000 0.0615 0.9385 2 2 0.0000 0.0681 0.9319
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 194 80 114 0 0 4 2 74 0 0 113 0 1 0.0000 0.0000 0.0088 19.000 2.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0113 0.9887 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 618 137 481 46 1 26 2 62 1 0 479 0 1 0.3358 0.0021 0.0042 4.269 0.78 3.60 -2.81 20 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0107 0.3168 0.6726 1 2 0.0120 0.3214 0.6666 1 2 0.0141 0.3279 0.6580
chr15 34038912 CCCGCCGCCGCCT C 0.202105 0.100 1 -12 4 207 81 126 52 1 3 0 25 0 0 126 0 0 0.6420 0.0000 0.0000 26.000 0.37 10.76 -10.39 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8963 0.1028 0.0009 1 0 0.8887 0.1102 0.0011 1 0 0.8777 0.1209 0.0014
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.100 1 -9 2 441 166 275 82 1 35 1 47 0 0 273 0 2 0.4940 0.0000 0.0073 3.743 0.59 9.17 -8.58 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9219 0.0779 0.0002 1 0 0.9161 0.0836 0.0003 1 0 0.9077 0.0919 0.0004
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 223 89 134 81 0 3 0 5 0 0 134 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 28.667 0.28 3.60 -3.32 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 0 0.7118 0.2882 0.0000 0 0 0.9480 0.0520 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 174 97 77 87 0 1 0 9 0 0 77 0 0 0.8969 0.0000 0.0000 96.000 0.08 3.00 -2.92 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.1911 0.8089 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 285 150 135 80 0 2 0 68 0 0 132 0 3 0.5333 0.0000 0.0222 74.000 0.20 3.44 -3.24 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3001 0.6276 0.0722 1 1 0.3026 0.6193 0.0780 1 1 0.3050 0.6088 0.0861
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 401 99 302 7 0 10 1 81 0 0 296 1 5 0.0707 0.0000 0.0199 8.900 1.14 3.74 -2.60 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9353 0.0647 2 2 0.0000 0.4596 0.5404
chr15 82664387 CTCCTCA C 0.000642 0.100 1 -6 3 255 73 182 65 0 5 0 3 0 0 182 0 0 0.8904 0.0000 0.0000 13.600 0.52 6.33 -5.81 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9819 0.0181 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.100 1 1 1 124 21 103 5 8 2 0 6 0 2 101 0 0 0.2381 0.0000 0.0194 5.500 1.00 1.17 -0.17 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5793 0.3882 0.0325 1 0 0.5684 0.3979 0.0337 1 0 0.5468 0.4189 0.0343
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 327 121 206 56 1 0 0 64 0 1 201 0 4 0.4628 0.0000 0.0243 121.000 0.55 2.78 -2.23 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0920 0.6428 0.2651 1 1 0.0992 0.6362 0.2646 1 1 0.1092 0.6276 0.2632
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 766 199 567 16 19 136 2 26 1 0 564 0 2 0.0804 0.0018 0.0053 0.828 1.69 5.58 -3.89 8 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0063 0.2022 0.7915 1 2 0.0075 0.2139 0.7786 1 2 0.0095 0.2301 0.7604
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 754 183 571 1 0 21 1 160 0 0 570 1 0 0.0055 0.0000 0.0018 7.714 0.00 7.17 -7.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 340 105 235 0 0 4 0 101 0 0 224 0 11 0.0000 0.0000 0.0468 25.250 7.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 319 115 204 5 0 2 0 108 0 0 203 0 1 0.0435 0.0000 0.0049 56.500 0.60 2.35 -1.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 2 0.0000 0.4481 0.5519 2 2 0.0000 0.1032 0.8968
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 554 205 349 92 0 46 53 14 0 0 343 6 0 0.4488 0.0000 0.0172 3.457 0.25 2.93 -2.68 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7079 0.2892 0.0029 1 0 0.7054 0.2913 0.0033 1 0 0.7012 0.2948 0.0040
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 554 206 348 97 0 50 1 58 0 0 341 1 6 0.4709 0.0000 0.0201 3.120 0.26 6.34 -6.09 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8755 0.1237 0.0008 1 0 0.8686 0.1305 0.0010 1 0 0.8585 0.1402 0.0013
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 32 12 20 5 0 0 0 7 0 0 20 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 12.000 0.40 1.14 -0.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3393 0.5421 0.1186 1 1 0.3420 0.5402 0.1178 1 1 0.3453 0.5381 0.1165
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 283 81 202 56 0 0 0 25 0 0 202 0 0 0.6914 0.0000 0.0000 81.000 0.98 2.92 -1.94 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9079 0.0912 0.0009 1 0 0.9000 0.0988 0.0011 1 0 0.8886 0.1099 0.0015
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 819 162 657 152 1 1 0 8 0 0 657 0 0 0.9383 0.0000 0.0000 161.000 0.55 1.25 -0.70 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6124 0.3876 0.0000 0 0 0.9738 0.0262 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 294 73 221 0 0 2 2 69 0 0 221 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.000 6.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 294 73 221 0 0 2 2 69 0 0 221 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.000 6.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 251 85 166 53 0 2 0 30 0 0 166 0 0 0.6235 0.0000 0.0000 41.500 0.17 3.20 -3.03 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8622 0.1374 0.0003 1 0 0.8552 0.1444 0.0004 1 0 0.8453 0.1542 0.0005
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 431 119 312 61 1 5 0 52 0 0 310 0 2 0.5126 0.0000 0.0064 22.800 0.13 3.10 -2.97 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2940 0.6098 0.0962 1 1 0.2944 0.6032 0.1024 1 1 0.2944 0.5947 0.1109
chr16 11273413 T TTCCCCCTCCTCCTCCTCTTCCTCC 0.000006 0.100 1 24 1 309 123 186 90 0 27 0 6 0 0 186 0 0 0.7317 0.0000 0.0000 3.556 0.41 12.17 -11.76 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9635 0.0365 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 360 118 242 41 6 41 1 29 3 1 233 2 3 0.3475 0.0124 0.0372 1.878 2.71 4.52 -1.81 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7234 0.2704 0.0062 1 0 0.7170 0.2761 0.0069 1 0 0.7079 0.2840 0.0081
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 155 46 109 0 0 1 1 44 0 0 109 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 45.000 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 815 171 644 74 2 42 1 52 0 0 644 0 0 0.4327 0.0000 0.0000 3.024 1.05 12.94 -11.89 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7757 0.2205 0.0039 1 0 0.7681 0.2273 0.0046 1 0 0.7574 0.2370 0.0057
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 182 87 95 78 1 6 0 2 0 0 94 1 0 0.8966 0.0000 0.0105 13.333 0.13 2.00 -1.87 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3834 0.6166 0.0000 0 0 0.8474 0.1526 0.0000 0 0 0.9207 0.0793 0.0000
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 353 65 288 21 10 5 9 20 0 0 288 0 0 0.3231 0.0000 0.0000 9.600 1.10 2.30 -1.20 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2593 0.5615 0.1793 1 1 0.2605 0.5568 0.1827 1 1 0.2618 0.5510 0.1871
chr16 67195890 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 549 266 283 111 16 62 0 77 1 1 280 0 1 0.4173 0.0035 0.0106 3.290 0.23 2.99 -2.75 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9667 0.0333 0.0000 1 0 0.9626 0.0373 0.0001 1 0 0.9563 0.0436 0.0001
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 699 157 542 108 3 28 0 18 0 0 542 0 0 0.6879 0.0000 0.0000 4.607 0.49 3.83 -3.34 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000
chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 576 123 453 61 2 21 0 39 0 2 445 0 6 0.4959 0.0000 0.0177 4.857 1.33 5.79 -4.47 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6573 0.3286 0.0141 1 0 0.6485 0.3353 0.0161 1 0 0.6361 0.3447 0.0192
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.100 1 -3 2 573 136 437 95 3 19 2 17 0 0 437 0 0 0.6985 0.0000 0.0000 6.105 2.33 4.24 -1.91 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 374 119 255 104 1 8 0 6 0 0 252 0 3 0.8739 0.0000 0.0118 13.875 0.13 11.00 -10.87 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 1 0.3353 0.6647 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 258 124 134 111 2 1 0 10 0 0 133 0 1 0.8952 0.0000 0.0075 122.000 0.64 4.40 -3.76 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.1694 0.8306 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 417 99 318 43 0 31 0 25 0 0 316 0 2 0.4343 0.0000 0.0063 2.194 0.53 5.68 -5.15 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6148 0.3588 0.0263 1 0 0.6050 0.3657 0.0293 1 0 0.5915 0.3749 0.0336
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 638 107 531 0 1 3 2 101 0 0 519 2 10 0.0000 0.0000 0.0226 34.667 7.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 633 101 532 0 0 1 5 95 0 1 518 5 8 0.0000 0.0000 0.0263 100.000 7.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0051 0.9949
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 629 100 529 0 0 0 0 100 0 3 509 5 12 0.0000 0.0000 0.0378 100.000 7.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0233 0.9767 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 2 2 0.0000 0.0117 0.9883
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 688 155 533 57 1 9 3 85 0 0 532 0 1 0.3677 0.0000 0.0019 16.222 9.00 6.95 2.05 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.1599 0.8383 1 2 0.0023 0.1687 0.8291 1 2 0.0030 0.1812 0.8158
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.100 1 4 1 682 151 531 68 2 10 2 69 0 0 529 0 2 0.4503 0.0000 0.0038 14.000 7.26 8.06 -0.79 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1266 0.6602 0.2132 1 1 0.1325 0.6488 0.2186 1 1 0.1403 0.6343 0.2254
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 502 138 364 77 0 5 0 56 0 0 364 0 0 0.5580 0.0000 0.0000 26.600 0.66 4.45 -3.78 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6691 0.3205 0.0104 1 0 0.6612 0.3267 0.0121 1 0 0.6498 0.3355 0.0147
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 708 202 506 106 1 17 5 73 0 0 506 0 0 0.5248 0.0000 0.0000 10.588 0.18 3.84 -3.66 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8102 0.1880 0.0018 1 0 0.8020 0.1957 0.0023 1 0 0.7901 0.2068 0.0031
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 188 90 98 0 0 2 0 88 0 0 96 0 2 0.0000 0.0000 0.0204 44.000 4.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.100 1 3 3 524 147 377 127 4 11 0 5 0 0 377 0 0 0.8639 0.0000 0.0000 12.364 0.31 3.00 -2.69 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.7720 0.2280 0.0000 0 0 0.9588 0.0412 0.0000
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 777 172 605 87 0 8 0 77 0 0 604 0 1 0.5058 0.0000 0.0017 20.500 0.23 3.10 -2.87 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4468 0.5313 0.0219 1 1 0.4525 0.5238 0.0238 1 1 0.4589 0.5147 0.0264
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 363 157 206 64 0 1 0 92 1 0 205 0 0 0.4076 0.0049 0.0049 156.000 0.31 1.20 -0.88 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.1797 0.8185 1 2 0.0022 0.1863 0.8114 1 2 0.0029 0.1959 0.8012
chr17 4672237 CTCT C 0.000089 0.100 1 -3 2 576 62 514 52 2 4 0 4 0 0 514 0 0 0.8387 0.0000 0.0000 14.500 0.54 3.25 -2.71 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9604 0.0396 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.100 1 -16 1 1166 238 928 206 14 10 3 5 1 0 927 0 0 0.8655 0.0011 0.0011 25.111 4.24 2.00 2.24 60 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.3361 0.6639 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 640 178 462 14 1 17 3 143 0 0 456 0 6 0.0787 0.0000 0.0130 9.471 0.64 3.17 -2.52 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8327 0.1673
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.100 1 -6 2 1243 416 827 296 12 92 1 15 0 0 827 0 0 0.7115 0.0000 0.0000 3.511 4.95 7.80 -2.85 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8223 0.1777 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.100 1 -6 1 975 301 674 234 0 53 0 14 0 0 674 0 0 0.7774 0.0000 0.0000 4.679 0.50 5.36 -4.86 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2820 0.7180 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 405 100 305 44 0 11 0 45 0 0 304 1 0 0.4400 0.0000 0.0033 8.091 0.45 7.87 -7.41 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1593 0.6039 0.2367 1 1 0.1639 0.5963 0.2398 1 1 0.1698 0.5866 0.2436
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 503 194 309 1 0 30 17 146 0 0 301 2 6 0.0052 0.0000 0.0259 5.467 4.00 3.14 0.86 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr17 17136247 CCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -6 1 503 206 297 5 6 173 3 19 0 0 296 0 1 0.0243 0.0000 0.0034 0.155 1.00 6.05 -5.05 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0911 0.4676 0.4412 1 1 0.0955 0.4698 0.4347 1 1 0.1013 0.4730 0.4257
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 899 262 637 216 2 9 18 17 0 0 637 0 0 0.8244 0.0000 0.0000 29.625 0.46 4.06 -3.60 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0288 0.9712 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 899 257 642 214 6 20 3 14 0 0 642 0 0 0.8327 0.0000 0.0000 14.625 0.46 3.93 -3.47 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0070 0.9930 0.0000 0 0 0.7284 0.2716 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 707 144 563 59 0 8 1 76 0 0 562 0 1 0.4097 0.0000 0.0018 16.875 0.44 4.51 -4.07 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0148 0.3720 0.6133 1 2 0.0169 0.3761 0.6070 1 2 0.0201 0.3821 0.5978
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 273 102 171 8 0 21 4 69 0 0 163 0 8 0.0784 0.0000 0.0468 3.810 0.38 6.91 -6.54 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9887 0.0113 2 1 0.0000 0.7702 0.2298
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 162 90 72 85 0 1 0 4 0 0 72 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 89.000 0.12 1.25 -1.13 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 1 0.4973 0.5027 0.0000 0 0 0.8261 0.1739 0.0000
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.100 1 27 1 815 166 649 69 3 45 3 46 1 1 640 0 7 0.4157 0.0015 0.0139 2.600 2.80 9.41 -6.62 19 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6013 0.3815 0.0172 1 0 0.5949 0.3856 0.0195 1 0 0.5857 0.3913 0.0230
chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.100 1 -15 1 816 199 617 137 1 41 4 16 1 1 614 1 0 0.6884 0.0016 0.0049 3.875 4.48 10.06 -5.58 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0076 0.9924 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 357 99 258 0 0 4 0 95 0 0 256 0 2 0.0000 0.0000 0.0078 23.750 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 511 108 403 0 0 11 2 95 0 2 388 1 12 0.0000 0.0000 0.0372 8.727 8.35 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0098 0.9902
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.100 1 -15 1 446 133 313 119 0 11 0 3 1 0 310 1 1 0.8947 0.0032 0.0096 11.091 3.68 6.33 -2.65 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0093 0.9907 0.0000 0 0 0.6763 0.3237 0.0000 0 0 0.9333 0.0667 0.0000
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 422 110 312 51 0 27 0 32 0 0 309 0 3 0.4636 0.0000 0.0096 3.074 0.37 6.97 -6.60 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6001 0.3747 0.0252 1 0 0.5916 0.3804 0.0280 1 0 0.5796 0.3881 0.0323
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 458 246 212 110 7 64 2 63 0 0 212 0 0 0.4472 0.0000 0.0000 2.766 0.31 3.65 -3.34 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9711 0.0289 0.0000 1 0 0.9672 0.0328 0.0001 1 0 0.9611 0.0388 0.0001
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 400 155 245 52 1 32 1 69 0 0 244 0 1 0.3355 0.0000 0.0041 3.812 0.27 5.30 -5.04 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0160 0.3645 0.6195 1 2 0.0182 0.3694 0.6124 1 2 0.0216 0.3763 0.6021
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 364 127 237 68 0 9 0 50 0 0 237 0 0 0.5354 0.0000 0.0000 13.111 0.31 8.48 -8.17 6 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6145 0.3682 0.0173 1 0 0.6073 0.3731 0.0197 1 0 0.5968 0.3800 0.0232
chr17 67959642 T TCCTCCAGCCCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 18 1 364 127 237 68 0 12 0 47 0 0 237 0 0 0.5354 0.0000 0.0000 9.583 0.31 8.45 -8.14 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6788 0.3097 0.0114 1 0 0.6699 0.3169 0.0132 1 0 0.6571 0.3269 0.0160
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 530 96 434 39 0 8 1 48 0 0 426 0 8 0.4062 0.0000 0.0184 11.000 0.15 7.96 -7.80 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0180 0.3433 0.6387 1 2 0.0204 0.3499 0.6297 1 2 0.0239 0.3590 0.6171
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.100 1 6 1 459 101 358 57 0 2 0 42 0 0 356 0 2 0.5644 0.0000 0.0056 49.500 1.26 5.90 -4.64 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5049 0.4568 0.0384 1 0 0.5000 0.4580 0.0420 1 0 0.4929 0.4599 0.0472
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 274 110 164 47 0 21 0 42 0 0 162 0 2 0.4273 0.0000 0.0122 4.238 0.15 5.29 -5.14 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2582 0.5993 0.1425 1 1 0.2608 0.5920 0.1472 1 1 0.2638 0.5827 0.1535
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 490 136 354 67 0 6 0 63 0 0 352 0 2 0.4926 0.0000 0.0056 21.667 1.40 3.13 -1.72 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2080 0.6520 0.1399 1 1 0.2132 0.6411 0.1456 1 1 0.2196 0.6273 0.1531
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 382 83 299 46 0 0 0 37 0 0 296 0 3 0.5542 0.0000 0.0100 83.000 0.20 4.27 -4.07 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3348 0.5633 0.1019 1 1 0.3349 0.5584 0.1067 1 1 0.3345 0.5523 0.1133
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 161 72 89 0 0 2 0 70 0 0 87 0 2 0.0000 0.0000 0.0225 35.000 3.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.100 1 -9 2 336 63 273 55 3 2 0 3 1 0 270 0 2 0.8730 0.0037 0.0110 30.500 1.07 9.33 -8.26 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2492 0.7508 0.0000 0 0 0.7166 0.2834 0.0000
chr18 24014931 A AGCG 0.001821 0.100 1 3 1 221 112 109 49 2 14 1 46 0 0 109 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 7.000 0.31 2.87 -2.56 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4796 0.5200 0.0004 1 1 0.4848 0.5148 0.0004 1 1 0.4911 0.5085 0.0004
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 170 76 94 5 0 2 0 69 0 0 94 0 0 0.0658 0.0000 0.0000 37.000 2.00 4.77 -2.77 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8440 0.1560 2 2 0.0000 0.4188 0.5812
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 168 91 77 79 0 3 0 9 0 0 77 0 0 0.8681 0.0000 0.0000 29.333 0.11 3.00 -2.89 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.1253 0.8747 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 198 106 92 92 0 2 0 12 0 0 92 0 0 0.8679 0.0000 0.0000 52.000 0.16 3.50 -3.34 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0378 0.9622 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 366 106 260 51 1 1 0 53 0 0 260 0 0 0.4811 0.0000 0.0000 105.000 1.35 9.87 -8.51 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1690 0.6248 0.2062 1 1 0.1738 0.6157 0.2105 1 1 0.1800 0.6042 0.2158
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 251 142 109 9 0 10 0 123 0 0 108 0 1 0.0634 0.0000 0.0092 13.200 0.11 3.11 -3.00 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9673 0.0327 2 2 0.0000 0.4401 0.5599
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 670 148 522 69 0 4 0 75 0 0 511 0 11 0.4662 0.0000 0.0211 36.000 0.36 12.57 -12.21 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0188 0.4340 0.5472 1 2 0.0213 0.4347 0.5440 1 2 0.0250 0.4363 0.5386
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 306 66 240 0 0 8 3 55 0 2 236 1 1 0.0000 0.0000 0.0167 7.250 5.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0617 0.9383 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0663 0.9337
chr18 68691277 TAA T 0.500000 0.100 1 -2 2 92 50 42 48 0 0 0 2 0 0 42 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 50.000 0.10 2.00 -1.90 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1195 0.8805 0.0000 0 0 0.5667 0.4333 0.0000 0 0 0.7399 0.2601 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 176 89 87 0 0 7 1 81 0 0 85 0 2 0.0000 0.0000 0.0230 11.714 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 145 94 51 81 1 5 0 7 0 0 51 0 0 0.8617 0.0000 0.0000 17.800 0.06 3.14 -3.08 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0337 0.9663 0.0000 0 1 0.3744 0.6256 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 383 160 223 12 0 11 0 137 0 0 218 0 5 0.0750 0.0000 0.0224 13.545 0.42 3.65 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 1 0.0000 0.6921 0.3079
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 343 140 203 11 5 11 4 109 0 1 197 0 5 0.0786 0.0000 0.0296 11.545 4.27 5.42 -1.15 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9950 0.0050
chr19 640025 CCG C 0.000009 0.100 1 -2 3 222 87 135 80 1 3 0 3 0 0 135 0 0 0.9195 0.0000 0.0000 28.000 0.19 2.33 -2.15 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 166 64 102 26 0 6 0 32 0 0 102 0 0 0.4062 0.0000 0.0000 9.667 1.23 4.41 -3.18 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1947 0.6113 0.1939 1 1 0.2019 0.6061 0.1920 1 1 0.2114 0.5993 0.1893
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 255 144 111 84 0 0 0 60 1 0 109 0 1 0.5833 0.0090 0.0180 144.000 0.13 2.97 -2.84 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8023 0.1958 0.0020 1 0 0.7959 0.2017 0.0024 1 0 0.7868 0.2102 0.0030
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 347 142 205 6 0 17 56 63 0 0 198 3 4 0.0423 0.0000 0.0341 7.353 2.00 4.32 -2.32 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5539 0.4461 2 2 0.0000 0.1052 0.8948
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 347 145 202 7 0 78 3 57 0 0 198 1 3 0.0483 0.0000 0.0198 0.918 2.14 7.21 -5.07 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.9618 0.0382
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 447 149 298 78 0 9 0 62 0 0 289 0 9 0.5235 0.0000 0.0302 15.556 0.49 10.34 -9.85 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3892 0.5706 0.0401 1 1 0.3947 0.5624 0.0429 1 1 0.4010 0.5522 0.0468
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.100 1 2 3 664 100 564 39 16 4 2 39 1 0 561 1 1 0.3900 0.0018 0.0053 20.250 3.03 3.69 -0.67 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5962 0.3983 0.0055 1 0 0.5957 0.3984 0.0059 1 0 0.5945 0.3990 0.0064
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.100 1 -2 3 663 102 561 39 1 9 3 50 0 1 558 1 1 0.3824 0.0000 0.0053 13.286 3.03 3.80 -0.77 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1063 0.7808 0.1129 1 1 0.1157 0.7746 0.1097 1 1 0.1289 0.7659 0.1052
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.100 1 -3 1 359 107 252 42 1 11 11 42 0 0 251 0 1 0.3925 0.0000 0.0040 8.727 1.07 3.48 -2.40 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1138 0.6670 0.2192 1 1 0.1221 0.6618 0.2161 1 1 0.1337 0.6548 0.2115
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.100 1 -18 1 360 114 246 101 0 7 0 6 0 0 246 0 0 0.8860 0.0000 0.0000 15.286 2.27 19.17 -16.90 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 0 0.7394 0.2606 0.0000 0 0 0.9688 0.0312 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 537 109 428 0 0 3 1 105 0 0 426 0 2 0.0000 0.0000 0.0047 35.333 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.100 1 -14 1 503 151 352 14 10 29 39 59 0 1 351 0 0 0.0927 0.0000 0.0028 5.722 1.07 9.59 -8.52 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9717 0.0283 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 502 140 362 9 5 16 26 84 0 0 361 1 0 0.0643 0.0000 0.0028 13.444 0.44 8.50 -8.06 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9840 0.0160
chr19 19680067 CAT C 0.029353 0.100 1 -2 1 531 156 375 93 1 4 0 58 0 0 374 0 1 0.5962 0.0000 0.0027 38.000 0.18 2.05 -1.87 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9363 0.0637 0.0000 1 0 0.9315 0.0684 0.0000 1 0 0.9245 0.0754 0.0001
chr19 23744939 CCA C 0.187747 0.100 1 -2 4 247 59 188 32 0 1 0 26 0 0 185 0 3 0.5424 0.0000 0.0160 58.000 0.06 2.04 -1.98 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4236 0.5224 0.0540 1 1 0.4255 0.5190 0.0555 1 1 0.4277 0.5148 0.0575
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 388 112 276 0 0 23 3 86 0 0 275 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 3.870 2.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 530 123 407 5 0 7 0 111 0 0 400 0 7 0.0407 0.0000 0.0172 16.571 0.20 3.28 -3.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9828 0.0172 2 2 0.0000 0.1645 0.8355 2 2 0.0000 0.0273 0.9727
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 529 197 332 0 40 9 1 147 0 0 327 0 5 0.0000 0.0000 0.0151 20.778 3.61 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9978 0.0022
chr19 35511519 A ACTGCTGCTG 0.059465 0.100 1 9 2 529 191 338 55 4 1 13 118 0 0 333 0 5 0.2880 0.0000 0.0148 190.000 3.33 6.11 -2.78 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0223 0.9777 1 2 0.0000 0.0276 0.9724 1 2 0.0000 0.0367 0.9633
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 290 94 196 85 0 3 0 6 0 0 196 0 0 0.9043 0.0000 0.0000 30.333 0.31 3.33 -3.03 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3748 0.6252 0.0000 0 0 0.8704 0.1296 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.100 1 24 2 574 139 435 114 0 21 0 4 0 0 433 0 2 0.8201 0.0000 0.0046 5.619 0.37 7.50 -7.13 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0094 0.9906 0.0000 0 0 0.8976 0.1024 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.100 1 3 1 141 64 77 48 4 12 0 0 0 0 77 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 4.333 0.40 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 343 130 213 72 0 2 2 54 1 0 209 1 2 0.5538 0.0047 0.0188 64.000 0.43 3.15 -2.72 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5834 0.4006 0.0160 1 0 0.5812 0.4010 0.0178 1 0 0.5775 0.4021 0.0204
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 232 31 201 0 0 4 24 3 0 0 200 1 0 0.0000 0.0000 0.0050 5.500 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0660 0.9340 2 2 0.0000 0.0678 0.9322 2 2 0.0000 0.0703 0.9297
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 233 28 205 0 0 17 10 1 0 1 204 0 0 0.0000 0.0000 0.0049 0.400 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1494 0.8506 2 2 0.0000 0.1473 0.8527 2 2 0.0000 0.1456 0.8543
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 474 142 332 79 0 2 0 61 0 0 332 0 0 0.5563 0.0000 0.0000 70.000 0.10 1.62 -1.52 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7020 0.2931 0.0050 1 0 0.6979 0.2964 0.0057 1 0 0.6919 0.3014 0.0067
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.100 1 3 1 277 94 183 87 0 3 0 4 0 0 183 0 0 0.9255 0.0000 0.0000 30.333 0.13 3.25 -3.12 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2135 0.7865 0.0000 0 0 0.9623 0.0377 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 265 71 194 35 0 2 0 34 0 0 192 0 2 0.4930 0.0000 0.0103 34.500 0.09 7.12 -7.03 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2199 0.5891 0.1911 1 1 0.2241 0.5826 0.1933 1 1 0.2296 0.5744 0.1960
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 483 143 340 62 0 3 0 78 0 0 337 0 3 0.4336 0.0000 0.0088 46.667 0.06 3.27 -3.20 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0089 0.3233 0.6677 1 2 0.0103 0.3272 0.6625 1 2 0.0123 0.3329 0.6548
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 418 123 295 73 0 2 0 48 0 0 294 0 1 0.5935 0.0000 0.0034 60.500 0.12 3.19 -3.06 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8307 0.1680 0.0013 1 0 0.8240 0.1744 0.0015 1 0 0.8145 0.1836 0.0019
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.100 1 -3 2 454 87 367 43 0 12 0 32 0 0 365 1 1 0.4943 0.0000 0.0054 6.250 0.65 3.31 -2.66 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5456 0.4263 0.0281 1 0 0.5432 0.4268 0.0300 1 0 0.5394 0.4280 0.0326
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 487 206 281 77 0 36 0 93 0 0 276 0 5 0.3738 0.0000 0.0178 4.722 0.09 6.17 -6.08 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0104 0.3763 0.6133 1 2 0.0121 0.3793 0.6087 1 2 0.0147 0.3839 0.6013
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 356 109 247 48 0 27 1 33 0 0 232 0 15 0.4404 0.0000 0.0607 3.000 0.44 12.58 -12.14 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3251 0.6302 0.0446 1 1 0.3332 0.6213 0.0455 1 1 0.3435 0.6099 0.0465
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 330 68 262 35 0 6 1 26 0 0 260 0 2 0.5147 0.0000 0.0076 10.167 2.20 7.04 -4.84 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5251 0.4502 0.0246 1 0 0.5244 0.4497 0.0258 1 0 0.5232 0.4494 0.0274
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 228 90 138 74 1 8 1 6 0 1 137 0 0 0.8222 0.0000 0.0072 10.125 0.09 1.83 -1.74 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2054 0.7946 0.0000 0 0 0.7531 0.2469 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 489 151 338 118 0 21 0 12 0 0 337 1 0 0.7815 0.0000 0.0030 6.190 0.75 7.17 -6.41 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1728 0.8272 0.0000
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 649 127 522 0 0 5 0 122 0 0 520 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 24.400 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 493 142 351 15 0 6 6 115 0 0 346 1 4 0.1056 0.0000 0.0142 22.667 0.27 2.70 -2.44 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9463 0.0537
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 104 56 48 23 0 2 0 31 0 0 48 0 0 0.4107 0.0000 0.0000 27.000 0.35 2.06 -1.72 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0416 0.4309 0.5275 1 2 0.0439 0.4324 0.5237 1 2 0.0471 0.4345 0.5184
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 455 120 335 56 0 2 0 62 0 0 335 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 59.000 0.46 1.76 -1.29 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1209 0.6330 0.2461 1 1 0.1276 0.6245 0.2479 1 1 0.1365 0.6137 0.2498
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 544 142 402 65 1 3 0 73 0 0 400 0 2 0.4577 0.0000 0.0050 46.333 1.09 3.18 -2.09 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0785 0.6251 0.2963 1 1 0.0846 0.6174 0.2980 1 1 0.0931 0.6077 0.2993
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 582 152 430 71 1 2 0 78 0 0 430 0 0 0.4671 0.0000 0.0000 75.000 0.10 2.92 -2.82 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1047 0.6633 0.2320 1 1 0.1115 0.6526 0.2359 1 1 0.1207 0.6390 0.2403
chr19 54171999 GCCC G 0.005239 0.100 1 -3 1 279 100 179 92 0 2 0 6 0 0 179 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 49.000 0.28 3.50 -3.22 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0323 0.9677 0.0000 0 0 0.9693 0.0307 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 663 181 482 154 0 14 0 13 1 0 480 0 1 0.8508 0.0021 0.0041 11.929 0.26 2.54 -2.28 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1019 0.8981 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 664 116 548 52 1 9 0 54 0 0 544 1 3 0.4483 0.0000 0.0073 11.778 0.40 3.19 -2.78 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1126 0.6102 0.2772 1 1 0.1183 0.6024 0.2793 1 1 0.1259 0.5926 0.2815
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.100 1 4 2 676 160 516 140 0 16 0 4 0 0 516 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 9.000 0.29 4.25 -3.96 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8450 0.1550 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 414 94 320 0 0 16 0 78 0 0 310 0 10 0.0000 0.0000 0.0312 4.875 8.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0122 0.9878 2 2 0.0000 0.0139 0.9861
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 561 135 426 9 1 21 0 104 0 0 400 0 26 0.0667 0.0000 0.0610 5.381 0.67 19.49 -18.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8156 0.1844 2 2 0.0000 0.1015 0.8985
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 421 74 347 71 0 0 0 3 0 0 346 0 1 0.9595 0.0000 0.0029 74.000 1.11 3.00 -1.89 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.2986 0.7014 0.0000 0 0 0.6760 0.3240 0.0000
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.100 1 3 2 329 64 265 58 1 3 0 2 0 0 265 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 20.000 3.38 5.00 -1.62 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9075 0.0925 0.0000 0 0 0.9894 0.0106 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000
chr19 57445372 C CA 0.012460 0.100 1 1 2 444 107 337 55 1 4 0 47 0 0 334 1 2 0.5140 0.0000 0.0089 25.750 0.60 1.38 -0.78 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5145 0.4835 0.0020 1 0 0.5185 0.4794 0.0021 1 0 0.5232 0.4745 0.0022
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 140 81 59 27 0 7 0 47 0 0 59 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 10.571 0.00 2.89 -2.89 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0247 0.3764 0.5989 1 2 0.0281 0.3864 0.5854 1 2 0.0333 0.3998 0.5668
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 177 82 95 50 0 0 0 32 0 0 95 0 0 0.6098 0.0000 0.0000 82.000 0.06 1.09 -1.03 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7138 0.2754 0.0108 1 0 0.7050 0.2827 0.0123 1 0 0.6927 0.2928 0.0144
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 334 144 190 77 1 2 0 64 0 0 189 0 1 0.5347 0.0000 0.0053 70.500 0.21 2.06 -1.85 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4147 0.5421 0.0432 1 1 0.4139 0.5386 0.0475 1 1 0.4119 0.5344 0.0537
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 106 65 41 4 0 0 0 61 0 0 40 0 1 0.0615 0.0000 0.0244 65.000 0.25 7.59 -7.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9950 0.0050 2 1 0.0000 0.6745 0.3255 2 2 0.0000 0.2942 0.7058
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 386 114 272 80 0 1 0 33 0 0 268 0 4 0.7018 0.0000 0.0147 113.000 0.20 9.24 -9.04 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9609 0.0390 0.0001 1 0 0.9561 0.0438 0.0002 1 0 0.9487 0.0511 0.0003
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 386 117 269 80 0 3 0 34 0 0 265 0 4 0.6838 0.0000 0.0149 38.000 0.19 9.29 -9.11 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9582 0.0417 0.0001 1 0 0.9531 0.0467 0.0002 1 0 0.9455 0.0542 0.0003
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 388 153 235 83 0 2 0 68 0 0 233 0 2 0.5425 0.0000 0.0085 75.500 0.22 8.29 -8.08 41 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5114 0.4667 0.0219 1 0 0.5119 0.4639 0.0242 1 0 0.5115 0.4609 0.0276
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 218 84 134 74 3 2 0 5 0 0 134 0 0 0.8810 0.0000 0.0000 40.500 0.27 1.00 -0.73 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1245 0.8755 0.0000 0 0 0.5116 0.4884 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 655 178 477 152 0 3 0 23 0 0 476 0 1 0.8539 0.0000 0.0021 58.333 0.24 6.04 -5.81 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 450 148 302 72 1 0 0 75 0 0 300 0 2 0.4865 0.0000 0.0066 147.000 0.28 3.01 -2.74 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0683 0.6300 0.3017 1 1 0.0722 0.6193 0.3085 1 1 0.0773 0.6058 0.3168
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 198 64 134 47 1 12 0 4 1 0 132 0 1 0.7344 0.0075 0.0149 4.333 1.38 11.75 -10.37 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0383 0.9617 0.0000 0 1 0.2353 0.7647 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 520 140 380 78 0 0 0 62 0 0 379 0 1 0.5571 0.0000 0.0026 140.000 0.35 3.16 -2.82 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4494 0.5152 0.0354 1 1 0.4463 0.5143 0.0394 1 1 0.4412 0.5135 0.0453
chr20 45891598 C CCTG 0.005853 0.100 1 3 2 855 270 585 102 23 41 0 104 0 1 580 0 4 0.3778 0.0000 0.0085 5.585 0.25 3.04 -2.78 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6523 0.3476 0.0001 1 0 0.6563 0.3436 0.0001 1 0 0.6604 0.3394 0.0002
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 857 285 572 221 5 36 1 22 0 0 571 0 1 0.7754 0.0000 0.0017 6.917 1.51 3.27 -1.77 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0076 0.9924 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 541 255 286 97 3 33 5 117 0 0 281 0 5 0.3804 0.0000 0.0175 6.727 0.29 3.10 -2.81 37 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0055 0.3755 0.6189 1 2 0.0068 0.3796 0.6136 1 2 0.0088 0.3861 0.6052
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.100 1 3 1 391 93 298 69 0 9 0 15 0 0 298 0 0 0.7419 0.0000 0.0000 9.333 0.52 2.80 -2.28 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0065 0.9935 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 214 31 183 0 0 4 0 27 0 0 178 0 5 0.0000 0.0000 0.0273 6.750 6.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 357 164 193 85 0 1 0 78 0 0 193 0 0 0.5183 0.0000 0.0000 163.000 0.18 1.96 -1.79 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1813 0.7055 0.1132 1 1 0.1845 0.6940 0.1215 1 1 0.1880 0.6790 0.1329
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 666 159 507 17 0 2 1 139 0 0 500 0 7 0.1069 0.0000 0.0138 78.500 0.18 5.81 -5.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9768 0.0232
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 646 197 449 106 0 13 0 78 0 0 447 0 2 0.5381 0.0000 0.0045 14.154 0.30 5.13 -4.83 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8029 0.1958 0.0013 1 0 0.7978 0.2006 0.0016 1 0 0.7902 0.2077 0.0021
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.100 1 -30 1 710 174 536 146 4 18 0 6 0 1 534 1 0 0.8391 0.0000 0.0037 9.176 1.21 11.00 -9.79 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.7836 0.2164 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 212 111 101 50 0 5 0 56 0 0 101 0 0 0.4505 0.0000 0.0000 21.200 0.04 3.12 -3.08 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0795 0.5687 0.3518 1 1 0.0837 0.5626 0.3538 1 1 0.0894 0.5549 0.3557
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 311 38 273 0 0 6 0 32 0 0 271 0 2 0.0000 0.0000 0.0073 5.333 2.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 922 132 790 68 1 3 2 58 1 0 788 0 1 0.5152 0.0013 0.0025 42.333 1.13 3.09 -1.95 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2931 0.6228 0.0840 1 1 0.2935 0.6160 0.0904 1 1 0.2932 0.6074 0.0994
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 922 134 788 67 3 6 3 55 0 1 786 0 1 0.5000 0.0000 0.0025 25.400 1.12 3.25 -2.14 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3507 0.5862 0.0631 1 1 0.3491 0.5821 0.0688 1 1 0.3463 0.5769 0.0768
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 538 107 431 55 1 8 1 42 0 0 429 0 2 0.5140 0.0000 0.0046 14.000 1.38 12.57 -11.19 11 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.4347 0.5100 0.0553 1 1 0.4313 0.5089 0.0598 1 1 0.4261 0.5077 0.0662
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 302 155 147 0 2 21 2 130 0 0 145 1 1 0.0000 0.0000 0.0136 6.238 7.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 498 202 296 92 3 22 2 83 0 0 296 0 0 0.4554 0.0000 0.0000 8.182 0.50 3.01 -2.51 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4219 0.5513 0.0268 1 1 0.4275 0.5431 0.0294 1 1 0.4338 0.5332 0.0330
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 225 106 119 50 0 3 0 53 0 0 118 0 1 0.4717 0.0000 0.0084 34.333 0.06 3.13 -3.07 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2017 0.6573 0.1409 1 1 0.2099 0.6479 0.1422 1 1 0.2206 0.6358 0.1435
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 397 95 302 0 0 19 0 76 0 0 287 0 15 0.0000 0.0000 0.0497 4.000 13.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 747 185 562 24 0 34 5 122 0 0 562 0 0 0.1297 0.0000 0.0000 4.441 0.62 3.24 -2.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 774 197 577 177 0 6 0 14 0 0 577 0 0 0.8985 0.0000 0.0000 31.833 0.38 3.79 -3.41 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.4988 0.5012 0.0000
chr22 32435841 A AG 0.000458 0.100 1 1 2 246 86 160 70 0 12 0 4 0 0 160 0 0 0.8140 0.0000 0.0000 6.167 0.33 2.00 -1.67 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9239 0.0761 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 628 179 449 24 0 5 1 149 0 0 444 0 5 0.1341 0.0000 0.0111 34.600 0.38 2.16 -1.79 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 471 236 235 178 0 52 0 6 0 0 234 0 1 0.7542 0.0000 0.0043 3.608 0.18 6.17 -5.99 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 0 0.9249 0.0751 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 445 61 384 34 1 1 0 25 0 0 384 0 0 0.5574 0.0000 0.0000 60.000 1.06 11.92 -10.86 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4342 0.4901 0.0757 1 1 0.4282 0.4912 0.0806 1 1 0.4199 0.4926 0.0875
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 289 154 135 106 0 3 0 45 0 0 125 0 10 0.6883 0.0000 0.0741 50.333 0.19 22.47 -22.28 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9800 0.0200 0.0000 1 0 0.9771 0.0229 0.0000 1 0 0.9726 0.0273 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 337 156 181 24 0 11 0 121 0 0 169 0 12 0.1538 0.0000 0.0663 13.182 0.12 7.24 -7.11 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 215 89 126 52 0 3 0 34 0 0 126 0 0 0.5843 0.0000 0.0000 28.667 0.62 3.53 -2.91 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7151 0.2748 0.0101 1 0 0.7067 0.2818 0.0115 1 0 0.6950 0.2915 0.0135
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 321 120 201 0 0 4 1 115 0 0 194 1 6 0.0000 0.0000 0.0348 29.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1023 258 765 239 0 2 2 15 0 0 763 0 2 0.9264 0.0000 0.0026 128.000 0.21 9.13 -8.92 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.5882 0.4118 0.0000
656 rows