HG00621_x_HG00673_FF_5.features.tsv

File Info

Filename: HG00621_x_HG00673_FF_5.features.tsv
Full Path: s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG00621_x_HG00673_FF_5.features.tsv
Size: 131.9 KB
Workflow Run: adaptive-alpha-features-6a271fed
Published: Jun 08, 2026 1:06 PM

Content

chrom	pos	ref	alt	p_pop	ff	is_indel	indel_len	hp_len	n_total	n_span	n_flank	span_strong_ref	span_weak_ref	span_mid	span_weak_alt	span_strong_alt	flank_strong_ref	flank_weak_ref	flank_mid	flank_weak_alt	flank_strong_alt	frac_span_strong_ref	frac_flank_strong_ref	frac_flank_informative	bimodality_ratio	nm_strong_ref	nm_strong_alt	nm_elevation	sr_strand_imbalance	baseline_mat_gt	baseline_fet_gt	truth_mat_gt	truth_fet_gt	status	a0.012_gm	a0.012_gf	a0.012_gf_post0	a0.012_gf_post1	a0.012_gf_post2	a0.05_gm	a0.05_gf	a0.05_gf_post0	a0.05_gf_post1	a0.05_gf_post2	a0.1_gm	a0.1_gf	a0.1_gf_post0	a0.1_gf_post1	a0.1_gf_post2
chr1	1919188	CAGCGGCAGG	C	0.500000	0.050	1	-9	2	441	146	295	5	0	15	1	125	0	0	288	0	7	0.0342	0.0000	0.0237	8.733	0.20	8.54	-8.34	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9920	0.0080	2	1	0.0000	0.5148	0.4852	2	2	0.0000	0.2092	0.7908
chr1	3021843	CAGA	C	0.500000	0.050	1	-3	2	549	152	397	136	1	10	0	5	0	0	397	0	0	0.8947	0.0000	0.0000	14.200	0.18	3.20	-3.02	68	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0089	0.9911	0.0000	0	0	0.5099	0.4901	0.0000	0	0	0.8063	0.1937	0.0000
chr1	11650722	C	CGCG	0.500000	0.050	1	3	1	504	126	378	94	3	23	1	5	0	0	378	0	0	0.7460	0.0000	0.0000	4.435	0.39	3.00	-2.61	32	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0027	0.9973	0.0000	0	1	0.2490	0.7510	0.0000	0	0	0.5839	0.4161	0.0000
chr1	13779899	A	ACTC	0.500000	0.050	1	3	2	919	143	776	133	0	6	0	4	0	0	776	0	0	0.9301	0.0000	0.0000	22.833	0.35	3.00	-2.65	11	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0398	0.9602	0.0000	0	0	0.6476	0.3524	0.0000	0	0	0.8458	0.1542	0.0000
chr1	16539275	CT	C	0.500000	0.050	1	-1	2	288	41	247	0	0	1	0	40	0	0	247	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	40.000		1.07		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2677	0.7323	2	2	0.0000	0.2716	0.7284	2	2	0.0000	0.2771	0.7229
chr1	31433042	A	ACAG	0.500000	0.050	1	3	1	349	145	204	10	0	9	1	125	0	0	203	0	1	0.0690	0.0000	0.0049	15.111	0.30	2.98	-2.68	6	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9720	0.0280	2	1	0.0000	0.6619	0.3381
chr1	40515335	CTG	C	0.500000	0.050	1	-2	1	609	123	486	112	0	5	0	6	0	0	486	0	0	0.9106	0.0000	0.0000	23.600	0.34	1.83	-1.49	28	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0009	0.9991	0.0000	0	1	0.2238	0.7762	0.0000	0	0	0.6120	0.3880	0.0000
chr1	47438996	T	TCCGCAC	0.500000	0.050	1	6	1	657	170	487	1	1	14	1	153	0	0	486	0	1	0.0059	0.0000	0.0021	11.000	6.00	5.75	0.25	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0996	0.9004	2	2	0.0000	0.0434	0.9566	2	2	0.0000	0.0359	0.9641
chr1	50419101	CCGGCGG	C	0.500000	0.050	1	-6	6	721	119	602	56	1	12	0	50	0	1	598	0	3	0.4706	0.0000	0.0066	8.917	2.59	7.02	-4.43	16	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2903	0.5271	0.1827	1	1	0.2895	0.5250	0.1855	1	1	0.2884	0.5224	0.1891
chr1	51840391	ATCT	A	0.500000	0.050	1	-3	1	249	97	152	0	0	10	2	85	0	0	152	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	8.600		3.02		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1011	0.8989	2	2	0.0000	0.1051	0.8949	2	2	0.0000	0.1109	0.8891
chr1	53459700	G	GCCGCCC	0.500000	0.050	1	6	2	631	164	467	139	1	21	0	3	0	0	467	0	0	0.8476	0.0000	0.0000	6.810	0.41	7.67	-7.26	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.2019	0.7981	0.0000	0	0	0.8098	0.1902	0.0000	0	0	0.9039	0.0961	0.0000
chr1	74572173	CCCT	C	0.500000	0.050	1	-3	4	644	138	506	81	0	6	2	49	0	0	505	0	1	0.5870	0.0000	0.0020	21.833	1.14	3.33	-2.19	25	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6208	0.3446	0.0346	1	0	0.6090	0.3530	0.0379	1	0	0.5930	0.3642	0.0427
chr1	77558660	C	CTAT	0.500000	0.050	1	3	1	163	79	84	33	0	5	0	41	0	0	83	0	1	0.4177	0.0000	0.0119	14.800	0.15	3.63	-3.48	7	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1459	0.4989	0.3552	1	1	0.1494	0.4990	0.3516	1	1	0.1542	0.4990	0.3468
chr1	84574315	CGCAGCGCCA	C	0.500000	0.050	1	-9	2	280	149	131	7	0	24	0	118	0	0	120	0	11	0.0470	0.0000	0.0840	5.208	1.00	10.08	-9.08	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9997	0.0003	2	1	0.0000	0.8164	0.1836	2	2	0.0000	0.3796	0.6204
chr1	86580213	TCCTACA	T	0.500000	0.050	1	-6	1	489	176	313	91	1	7	0	77	0	0	310	0	3	0.5170	0.0000	0.0096	24.143	0.22	5.60	-5.38	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3747	0.5109	0.1144	1	1	0.3714	0.5099	0.1187	1	1	0.3668	0.5087	0.1245
chr1	109250113	A	ACGC	0.500000	0.050	1	3	2	439	134	305	3	1	5	3	122	0	0	299	0	6	0.0224	0.0000	0.0197	25.400	1.00	3.25	-2.25	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.8593	0.1407	2	2	0.0000	0.2590	0.7410	2	2	0.0000	0.1322	0.8678
chr1	111414879	CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG	C	0.500000	0.050	1	-24	3	817	180	637	108	0	22	9	41	0	0	629	4	4	0.6000	0.0000	0.0126	7.182	0.40	3.17	-2.77	30	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8238	0.1703	0.0059	1	0	0.8113	0.1817	0.0070	1	0	0.7936	0.1976	0.0088
chr1	111414925	GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA	G	0.500000	0.050	1	-45	4	825	197	628	115	1	13	3	65	0	0	628	0	0	0.5838	0.0000	0.0000	14.077	0.57	3.62	-3.04	37	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8086	0.1846	0.0067	1	0	0.7960	0.1960	0.0080	1	0	0.7783	0.2118	0.0099
chr1	150226707	CTCCTCT	C	0.500000	0.050	1	-6	2	234	102	132	44	0	6	0	52	0	0	129	0	3	0.4314	0.0000	0.0227	16.000	0.14	5.48	-5.34	24	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1273	0.4950	0.3778	1	1	0.1313	0.4952	0.3735	1	1	0.1366	0.4956	0.3678
chr1	152156589	GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA	G	0.500000	0.050	1	-36	1	1068	260	808	211	0	44	0	5	0	0	808	0	0	0.8115	0.0000	0.0000	4.909	0.33	3.80	-3.47	19	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0548	0.9452	0.0000	0	0	0.8659	0.1341	0.0000	0	0	0.9608	0.0392	0.0000
chr1	152223252	AT	A	0.500000	0.050	1	-1	1	254	86	168	4	1	12	7	62	0	0	168	0	0	0.0465	0.0000	0.0000	6.182	0.00	1.42	-1.42	4	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9924	0.0076	2	1	0.0000	0.7602	0.2398	2	2	0.0000	0.4994	0.5006
chr1	152515515	G	GGGCTGCTGCGGCGACTCA	0.500000	0.050	1	18	4	235	94	141	66	0	26	0	2	0	0	141	0	0	0.7021	0.0000	0.0000	2.615	1.55	9.50	-7.95	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1674	0.8326	0.0000	0	0	0.5725	0.4275	0.0000	0	0	0.6982	0.3018	0.0000
chr1	152709204	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	0.500000	0.050	1	18	2	275	92	183	0	0	10	0	82	0	0	160	0	23	0.0000	0.0000	0.1257	8.200		11.67		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0665	0.9335	2	2	0.0000	0.0698	0.9302	2	2	0.0000	0.0747	0.9253
chr1	152709213	G	GGGCTGCTGTAGCTCTGGC	0.500000	0.050	1	18	5	275	118	157	7	0	6	0	105	0	0	156	0	1	0.0593	0.0000	0.0064	18.667	0.00	9.17	-9.17	5	0/0	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9998	0.0002	2	1	0.0000	0.8865	0.1135	2	1	0.0000	0.5146	0.4854
chr1	152776532	C	CCAGCTCTGGGGGCTGCTG	0.500000	0.050	1	18	1	777	285	492	134	1	64	0	86	0	0	476	0	16	0.4702	0.0000	0.0325	3.508	0.28	11.99	-11.70	6	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6446	0.3315	0.0239	1	0	0.6336	0.3397	0.0267	1	0	0.6185	0.3507	0.0307
chr1	152910982	C	CCTGGTGCAGCAGGAGGGGCAGCTGAAGCAT	0.500000	0.050	1	30	1	1302	288	1014	144	5	131	3	5	11	4	997	0	2	0.5000	0.0108	0.0168	1.183	1.22	7.20	-5.98	20	0/1	0/0	.	.	OK	0	1	0.0001	0.9999	0.0000	0	1	0.1291	0.8709	0.0000	0	0	0.6231	0.3769	0.0000
chr1	153261515	A	ACTCTGGCGGCGG	0.500000	0.050	1	12	1	1143	275	868	123	0	51	1	100	3	1	840	1	23	0.4473	0.0035	0.0323	4.480	2.46	10.28	-7.82	9	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2296	0.5755	0.1949	1	1	0.2320	0.5698	0.1982	1	1	0.2349	0.5628	0.2024
chr1	153615319	CTGG	C	0.500000	0.050	1	-3	1	572	164	408	147	0	11	0	6	0	0	408	0	0	0.8963	0.0000	0.0000	13.909	0.35	2.67	-2.31	5	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0022	0.9978	0.0000	0	1	0.4057	0.5943	0.0000	0	0	0.7848	0.2152	0.0000
chr1	153934802	CCTGCTGCTG	C	0.500000	0.050	1	-9	1	569	262	307	140	0	16	1	105	0	0	307	0	0	0.5344	0.0000	0.0000	15.375	0.64	7.53	-6.90	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6503	0.3272	0.0226	1	0	0.6393	0.3354	0.0252	1	0	0.6242	0.3466	0.0292
chr1	153934829	G	GC	0.500000	0.050	1	1	1	563	265	298	153	97	4	2	9	0	0	298	0	0	0.5774	0.0000	0.0000	64.750	0.31	3.89	-3.58	27	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0001	0.9999	0.0000	0	1	0.3790	0.6210	0.0000	0	0	0.9036	0.0964	0.0000
chr1	153934830	T	TGC	0.500000	0.050	1	2	1	562	266	296	246	4	6	1	9	0	0	296	0	0	0.9248	0.0000	0.0000	52.000	3.35	3.89	-0.54	14	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0002	0.9998	0.0000	0	1	0.4986	0.5014	0.0000	0	0	0.9255	0.0745	0.0000
chr1	156384556	T	TC	0.500000	0.050	1	1	1	210	79	131	40	0	3	3	33	0	0	131	0	0	0.5063	0.0000	0.0000	25.333	1.62	2.06	-0.44	18	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2943	0.5168	0.1889	1	1	0.2931	0.5155	0.1913	1	1	0.2915	0.5139	0.1946
chr1	156595257	A	AAC	0.500000	0.050	1	2	4	343	74	269	0	0	0	0	74	0	0	267	0	2	0.0000	0.0000	0.0074	74.000		2.24		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1287	0.8713	2	2	0.0000	0.1331	0.8669	2	2	0.0000	0.1392	0.8608
chr1	159432794	G	GT	0.500000	0.050	1	1	1	779	148	631	0	0	1	0	147	0	0	629	0	2	0.0000	0.0000	0.0032	147.000		1.61		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0230	0.9770	2	2	0.0000	0.0247	0.9753	2	2	0.0000	0.0274	0.9726
chr1	179534890	AAAG	A	0.500000	0.050	1	-3	4	195	61	134	24	0	8	2	27	0	0	134	0	0	0.3934	0.0000	0.0000	6.500	0.25	4.37	-4.12	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1886	0.5092	0.3023	1	1	0.1909	0.5085	0.3006	1	1	0.1941	0.5076	0.2983
chr1	196958921	CAT	C	0.500000	0.050	1	-2	2	243	97	146	51	0	1	0	45	0	0	145	0	1	0.5258	0.0000	0.0068	96.000	0.12	1.96	-1.84	35	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2969	0.5220	0.1811	1	1	0.2958	0.5204	0.1839	1	1	0.2942	0.5183	0.1875
chr1	203217822	C	CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	0.500000	0.050	1	24	3	463	181	282	0	0	38	1	142	0	0	235	0	47	0.0000	0.0000	0.1667	3.763		12.54		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0083	0.9917	2	2	0.0000	0.0091	0.9909	2	2	0.0000	0.0104	0.9896
chr1	209432291	TAGCAGCAGCAGC	T	0.500000	0.050	1	-12	1	447	210	237	0	0	31	0	179	0	0	220	0	17	0.0000	0.0000	0.0717	5.774		10.37		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0072	0.9928	2	2	0.0000	0.0079	0.9921	2	2	0.0000	0.0090	0.9910
chr1	210094548	TGAA	T	0.500000	0.050	1	-3	1	201	66	135	36	0	3	0	27	0	0	135	0	0	0.5455	0.0000	0.0000	21.000	0.17	3.22	-3.06	4	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3578	0.4953	0.1469	1	1	0.3540	0.4956	0.1504	1	1	0.3489	0.4960	0.1551
chr1	223363360	TTGC	T	0.500000	0.050	1	-3	2	268	116	152	99	2	9	0	6	0	0	152	0	0	0.8534	0.0000	0.0000	11.889	0.14	3.17	-3.03	5	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0007	0.9993	0.0000	0	1	0.1790	0.8210	0.0000	0	0	0.5460	0.4540	0.0000
chr1	235213963	TTCC	T	0.500000	0.050	1	-3	1	192	57	135	27	0	8	1	21	0	0	135	0	0	0.4737	0.0000	0.0000	6.000	0.37	3.14	-2.77	15	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3085	0.5067	0.1847	1	1	0.3065	0.5062	0.1872	1	1	0.3039	0.5056	0.1905
chr1	236736599	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	1	268	133	135	53	1	3	0	76	0	0	134	1	0	0.3985	0.0000	0.0074	43.000	0.21	1.39	-1.19	7	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0558	0.4062	0.5380	1	2	0.0598	0.4118	0.5284	1	2	0.0654	0.4191	0.5155
chr1	240092268	GGGC	G	0.500000	0.050	1	-3	5	605	178	427	89	2	18	2	67	0	0	425	0	2	0.5000	0.0000	0.0047	8.889	1.08	3.04	-1.97	7	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4888	0.4434	0.0677	1	0	0.4812	0.4468	0.0720	1	0	0.4710	0.4512	0.0778
chr1	247815239	AAGG	A	0.500000	0.050	1	-3	1	733	192	541	0	0	3	1	188	0	0	531	0	10	0.0000	0.0000	0.0185	63.000		3.17		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0066	0.9934	2	2	0.0000	0.0073	0.9927	2	2	0.0000	0.0084	0.9916
chr1	248295573	CT	C	0.500000	0.050	1	-1	1	557	115	442	52	0	3	0	60	0	0	442	0	0	0.4522	0.0000	0.0000	37.333	0.58	2.07	-1.49	18	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1513	0.5151	0.3336	1	1	0.1548	0.5140	0.3312	1	1	0.1596	0.5125	0.3279
chr1	248349637	AC	A	0.500000	0.050	1	-1	3	482	138	344	128	1	3	0	6	0	0	344	0	0	0.9275	0.0000	0.0000	45.000	0.38	1.50	-1.12	12	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0015	0.9985	0.0000	0	1	0.3051	0.6949	0.0000	0	0	0.7033	0.2967	0.0000
chr1	248361635	ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT	A	0.500000	0.050	1	-84	1	719	222	497	145	1	22	1	53	0	0	497	0	0	0.6532	0.0000	0.0000	9.091	0.12	2.87	-2.74	77	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9736	0.0263	0.0001	1	0	0.9692	0.0306	0.0002	1	0	0.9623	0.0374	0.0002
chr1	248362336	CA	C	0.500000	0.050	1	-1	1	959	249	710	126	2	4	0	117	0	0	709	0	1	0.5060	0.0000	0.0014	61.250	2.91	1.06	1.85	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3276	0.5471	0.1253	1	1	0.3268	0.5435	0.1297	1	1	0.3254	0.5390	0.1356
chr1	248441153	CAT	C	0.500000	0.050	1	-2	1	486	179	307	74	0	3	0	102	0	0	307	0	0	0.4134	0.0000	0.0000	58.667	1.27	4.06	-2.79	46	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0373	0.3689	0.5939	1	2	0.0407	0.3760	0.5833	1	2	0.0457	0.3854	0.5689
chr1	248441258	T	TTC	0.500000	0.050	1	2	1	615	59	556	0	1	3	3	52	0	0	549	0	7	0.0000	0.0000	0.0126	18.667		3.44		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2047	0.7953	2	2	0.0000	0.2043	0.7957	2	2	0.0000	0.2060	0.7940
chr1	248453429	CTCTA	C	0.500000	0.050	1	-4	3	1229	272	957	164	0	3	1	104	0	1	953	0	3	0.6029	0.0000	0.0042	89.667	1.63	4.10	-2.46	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8545	0.1424	0.0030	1	0	0.8434	0.1528	0.0037	1	0	0.8276	0.1676	0.0049
chr1	248638643	TCAGCACG	T	0.500000	0.050	1	-7	1	431	192	239	14	0	10	1	167	0	0	238	0	1	0.0729	0.0000	0.0042	20.222	0.93	6.72	-5.80	10	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9942	0.0058	2	1	0.0000	0.7557	0.2443
chr1	248650349	CAGA	C	0.500000	0.050	1	-3	1	761	135	626	56	0	7	0	72	0	0	625	0	1	0.4148	0.0000	0.0016	21.333	0.50	3.85	-3.35	10	0/1	1/1	.	.	OK	1	1	0.0863	0.4623	0.4514	1	1	0.0907	0.4646	0.4447	1	1	0.0966	0.4677	0.4357
chr2	17781726	CAAGTT	C	0.103121	0.050	1	-5	2	563	145	418	70	0	0	0	75	0	0	415	0	3	0.4828	0.0000	0.0072	145.000	0.34	4.93	-4.59	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3089	0.6128	0.0783	1	1	0.3151	0.6074	0.0775	1	1	0.3233	0.6004	0.0764
chr2	20667362	G	GGGCGGCGGC	0.698820	0.050	1	9	5	510	157	353	0	1	18	3	135	0	0	324	0	29	0.0000	0.0000	0.0822	7.667		9.56		0	0/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0283	0.9717	2	2	0.0000	0.0133	0.9867	2	2	0.0000	0.0112	0.9888
chr2	20667362	G	GGGCGGCGGCGGCGGCGGC	0.159429	0.050	1	18	5	510	157	353	10	3	78	4	62	0	0	327	2	24	0.0637	0.0000	0.0737	0.949	6.50	10.39	-3.89	2	0/1	0/0	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9985	0.0015	2	1	0.0000	0.9663	0.0337
chr2	29065060	C	CGCT	0.500000	0.050	1	3	1	360	118	242	98	1	9	0	10	0	0	242	0	0	0.8305	0.0000	0.0000	12.111	0.09	3.00	-2.91	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0143	0.9857	0.0000	0	1	0.2071	0.7929	0.0000
chr2	46480673	G	GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA	0.500000	0.050	1	39	1	565	201	364	0	1	59	2	139	0	0	363	1	0	0.0000	0.0000	0.0027	2.407		1.91		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0413	0.9587	2	2	0.0000	0.0395	0.9605	2	2	0.0000	0.0399	0.9601
chr2	54255566	GGGGCCC	G	0.500000	0.050	1	-6	1	668	77	591	21	5	11	0	40	6	1	580	0	4	0.2727	0.0102	0.0186	5.909	3.14	6.00	-2.86	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1271	0.4866	0.3863	1	1	0.1310	0.4875	0.3815	1	1	0.1363	0.4887	0.3751
chr2	69514621	CTGT	C	0.500000	0.050	1	-3	1	462	190	272	91	2	21	2	74	0	0	272	0	0	0.4789	0.0000	0.0000	7.952	0.37	3.28	-2.91	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4519	0.4678	0.0803	1	1	0.4457	0.4696	0.0847	1	1	0.4373	0.4721	0.0907
chr2	70833690	AGT	A	0.500000	0.050	1	-2	2	418	111	307	107	0	0	0	4	0	0	307	0	0	0.9640	0.0000	0.0000	111.000	0.04	2.00	-1.96	51	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0212	0.9788	0.0000	0	1	0.4919	0.5081	0.0000	0	0	0.7462	0.2538	0.0000
chr2	73385903	T	TGGA	0.500000	0.050	1	3	1	577	143	434	5	52	30	2	54	0	2	427	0	5	0.0350	0.0000	0.0161	3.767	0.20	3.74	-3.54	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2089	0.5352	0.2559	1	1	0.2110	0.5325	0.2564	1	1	0.2137	0.5292	0.2571
chr2	73385903	TGGAGGA	T	0.500000	0.050	1	-6	1	585	154	431	72	2	25	0	55	0	0	428	0	3	0.4675	0.0000	0.0070	5.120	2.81	6.64	-3.83	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4350	0.4721	0.0929	1	1	0.4290	0.4738	0.0972	1	1	0.4208	0.4760	0.1032
chr2	73448097	TCTC	T	0.500000	0.050	1	-3	2	432	109	323	59	0	3	0	47	0	0	319	0	4	0.5413	0.0000	0.0124	35.333	0.03	3.17	-3.14	15	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3340	0.5145	0.1514	1	1	0.3316	0.5134	0.1550	1	1	0.3283	0.5120	0.1597
chr2	85133705	GGGC	G	0.500000	0.050	1	-3	5	423	149	274	65	2	12	4	66	0	0	272	1	1	0.4362	0.0000	0.0073	11.333	0.69	3.59	-2.90	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1835	0.5363	0.2802	1	1	0.1864	0.5336	0.2800	1	1	0.1902	0.5302	0.2796
chr2	88627211	CCAG	C	0.500000	0.050	1	-3	4	527	141	386	60	0	19	1	61	0	0	382	0	4	0.4255	0.0000	0.0104	6.421	0.32	3.00	-2.68	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1681	0.5276	0.3043	1	1	0.1714	0.5255	0.3031	1	1	0.1756	0.5229	0.3015
chr2	96115238	CTCCTCCTCT	C	0.500000	0.050	1	-9	2	785	228	557	4	0	11	0	213	0	0	555	0	2	0.0175	0.0000	0.0036	19.727	0.00	7.86	-7.86	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7540	0.2460	2	2	0.0000	0.0672	0.9328	2	2	0.0000	0.0249	0.9751
chr2	112542424	TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG	T	0.500000	0.050	1	-25	1	413	95	318	64	0	8	0	23	0	1	306	0	11	0.6737	0.0000	0.0377	10.875	0.22	22.09	-21.87	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6513	0.3182	0.0305	1	0	0.6385	0.3278	0.0337	1	0	0.6211	0.3407	0.0382
chr2	119437075	A	AGTGTGC	0.500000	0.050	1	6	1	602	135	467	6	0	0	0	129	0	0	461	0	6	0.0444	0.0000	0.0128	135.000	0.00	5.67	-5.67	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9983	0.0017	2	1	0.0000	0.6632	0.3368	2	2	0.0000	0.2677	0.7323
chr2	130372355	AGACGGG	A	0.500000	0.050	1	-6	1	319	124	195	57	0	18	0	49	0	0	191	0	4	0.4597	0.0000	0.0205	5.889	0.30	6.06	-5.76	3	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2816	0.5287	0.1896	1	1	0.2812	0.5265	0.1923	1	1	0.2805	0.5238	0.1957
chr2	151379531	TA	T	0.500000	0.050	1	-1	1	216	72	144	15	4	19	10	24	0	0	143	0	1	0.2083	0.0000	0.0069	2.368	0.47	1.50	-1.03	5	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1034	0.4545	0.4421	1	1	0.1076	0.4576	0.4348	1	1	0.1133	0.4616	0.4252
chr2	168247286	C	CGCCGGG	0.500000	0.050	1	6	2	208	89	119	34	1	22	0	32	0	0	112	1	6	0.3820	0.0000	0.0588	3.045	1.06	6.97	-5.91	12	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1941	0.5177	0.2881	1	1	0.1964	0.5164	0.2872	1	1	0.1995	0.5147	0.2858
chr2	174427852	TTCAAATTTATCAG	T	0.500000	0.050	1	-13	3	237	116	121	89	1	25	0	1	0	0	120	0	1	0.7672	0.0000	0.0083	3.600	0.06	0.00	0.06	15	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.2683	0.7317	0.0000	0	0	0.7070	0.2930	0.0000	0	0	0.8040	0.1960	0.0000
chr2	176123562	C	CGCA	0.500000	0.050	1	3	2	438	121	317	105	0	11	0	5	0	0	317	0	0	0.8678	0.0000	0.0000	10.000	0.37	3.00	-2.63	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0040	0.9960	0.0000	0	1	0.3209	0.6791	0.0000	0	0	0.6590	0.3410	0.0000
chr2	177617487	ATC	A	0.500000	0.050	1	-2	1	1104	261	843	136	2	4	0	119	0	0	842	0	1	0.5211	0.0000	0.0012	64.250	0.26	2.35	-2.10	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4358	0.4907	0.0735	1	1	0.4313	0.4908	0.0780	1	1	0.4250	0.4910	0.0841
chr2	177629445	G	GGGA	0.500000	0.050	1	3	4	307	143	164	3	0	2	0	138	0	0	158	0	6	0.0210	0.0000	0.0366	70.500	0.00	3.07	-3.07	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7813	0.2187	2	2	0.0000	0.1754	0.8246	2	2	0.0000	0.0881	0.9119
chr2	184937484	C	CACA	0.500000	0.050	1	3	2	682	126	556	0	0	7	0	119	0	0	548	0	8	0.0000	0.0000	0.0144	17.000		3.91		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0393	0.9607	2	2	0.0000	0.0418	0.9582	2	2	0.0000	0.0455	0.9545
chr2	186694302	A	ACAG	0.500000	0.050	1	3	2	309	125	184	22	1	15	81	6	0	0	184	0	0	0.1760	0.0000	0.0000	2.067	1.14	3.50	-2.36	14	0/0	0/1	.	.	OK	1	2	0.0113	0.2061	0.7825	1	2	0.0131	0.2182	0.7687	1	2	0.0152	0.2651	0.7196
chr2	186694320	G	GCAA	0.500000	0.050	1	3	1	309	134	175	9	3	16	4	102	0	0	174	1	0	0.0672	0.0000	0.0057	6.938	1.11	3.07	-1.96	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9761	0.0239	2	1	0.0000	0.7461	0.2539
chr2	189805813	T	TA	0.500000	0.050	1	1	3	259	62	197	39	8	9	0	6	0	1	196	0	0	0.6290	0.0000	0.0051	5.000	0.21	1.17	-0.96	13	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0002	0.9998	0.0000	0	1	0.0568	0.9432	0.0000	0	1	0.2513	0.7487	0.0000
chr2	210556728	A	ATCT	0.500000	0.050	1	3	1	295	117	178	55	1	5	0	56	0	0	178	0	0	0.4701	0.0000	0.0000	22.400	0.04	3.20	-3.16	3	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2327	0.5341	0.2332	1	1	0.2340	0.5316	0.2344	1	1	0.2356	0.5283	0.2361
chr2	214780778	GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA	G	0.500000	0.050	1	-21	2	662	181	481	101	0	4	0	76	0	0	476	0	5	0.5580	0.0000	0.0104	44.250	0.73	17.45	-16.71	11	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4836	0.4494	0.0669	1	0	0.4765	0.4523	0.0712	1	0	0.4668	0.4562	0.0771
chr2	216633567	C	CGCCGCTGCT	0.500000	0.050	1	9	2	587	145	442	0	0	26	4	115	0	0	434	1	7	0.0000	0.0000	0.0181	4.538		7.95		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0396	0.9604	2	2	0.0000	0.0421	0.9579	2	2	0.0000	0.0458	0.9542
chr2	216633573	T	TGCTGCCGCC	0.500000	0.050	1	9	1	592	146	446	7	7	19	3	110	0	0	445	0	1	0.0479	0.0000	0.0022	7.000	0.43	7.98	-7.55	1	0/0	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9913	0.0087	2	1	0.0000	0.8501	0.1499
chr2	219496868	T	TA	0.500000	0.050	1	1	1	386	120	266	116	0	0	0	4	0	0	266	0	0	0.9667	0.0000	0.0000	120.000	0.65	2.00	-1.35	26	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0267	0.9733	0.0000	0	0	0.5477	0.4523	0.0000	0	0	0.7850	0.2150	0.0000
chr2	230996317	TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA	T	0.500000	0.050	1	-27	1	592	165	427	4	0	6	1	154	0	0	381	0	46	0.0242	0.0000	0.1077	26.500	0.00	15.51	-15.51	4	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.8134	0.1866	2	2	0.0000	0.0923	0.9077	2	2	0.0000	0.0345	0.9655
chr2	231460703	TTCA	T	0.500000	0.050	1	-3	1	599	127	472	68	1	9	0	49	0	0	470	0	2	0.5354	0.0000	0.0042	13.111	0.24	3.16	-2.93	42	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4715	0.4488	0.0797	1	0	0.4640	0.4520	0.0840	1	1	0.4539	0.4562	0.0899
chr2	232847516	CACA	C	0.500000	0.050	1	-3	2	328	142	186	1	0	3	2	136	0	0	185	0	1	0.0070	0.0000	0.0054	46.000	0.00	3.50	-3.50	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1345	0.8655	2	2	0.0000	0.0597	0.9403	2	2	0.0000	0.0494	0.9506
chr2	233521093	T	TTTC	0.500000	0.050	1	3	1	189	93	96	86	1	3	0	3	0	0	96	0	0	0.9247	0.0000	0.0000	29.667	0.07	3.00	-2.93	14	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0623	0.9377	0.0000	0	0	0.5347	0.4653	0.0000	0	0	0.7247	0.2753	0.0000
chr2	240682382	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	1	681	162	519	11	0	0	0	151	0	0	518	0	1	0.0679	0.0000	0.0019	162.000	0.00	1.11	-1.11	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9732	0.0268	2	1	0.0000	0.6087	0.3913
chr2	240757423	ATCC	A	0.500000	0.050	1	-3	1	399	116	283	35	2	30	3	46	0	0	280	0	3	0.3017	0.0000	0.0106	2.897	0.14	3.02	-2.88	5	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0909	0.4532	0.4559	1	1	0.0951	0.4563	0.4486	1	1	0.1010	0.4602	0.4388
chr3	9810375	C	CGAT	0.880171	0.050	1	3	1	513	126	387	64	0	4	0	58	0	0	383	0	4	0.5079	0.0000	0.0103	30.500	0.23	3.74	-3.51	12	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.0631	0.5565	0.3804	1	1	0.0632	0.5529	0.3839	1	1	0.0633	0.5484	0.3883
chr3	27721936	G	GCGGCGC	0.500000	0.050	1	6	2	472	100	372	0	0	3	11	86	0	0	372	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	32.333		4.92		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0814	0.9186	2	2	0.0000	0.0851	0.9149	2	2	0.0000	0.0904	0.9096
chr3	28253011	GA	G	0.500000	0.050	1	-1	3	204	113	91	107	0	0	0	6	0	0	91	0	0	0.9469	0.0000	0.0000	113.000	0.16	1.17	-1.01	27	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0009	0.9991	0.0000	0	1	0.2039	0.7961	0.0000	0	0	0.5835	0.4165	0.0000
chr3	40462029	A	ACTGCTGCTGCTGCTG	0.500000	0.050	1	15	1	805	270	535	104	9	46	0	111	0	3	477	1	54	0.3852	0.0000	0.1084	4.870	3.22	12.28	-9.06	10	0/0	0/1	.	.	OK	1	2	0.0054	0.1865	0.8081	1	2	0.0065	0.1972	0.7963	1	2	0.0082	0.2122	0.7796
chr3	42210085	C	CGGA	0.500000	0.050	1	3	1	659	216	443	85	15	32	1	83	0	0	436	1	6	0.3935	0.0000	0.0158	5.750	0.18	3.16	-2.98	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3320	0.5335	0.1345	1	1	0.3304	0.5310	0.1386	1	1	0.3282	0.5277	0.1441
chr3	42210085	C	CGGAGGA	0.500000	0.050	1	6	1	659	216	443	99	1	104	5	7	1	0	438	1	3	0.4583	0.0023	0.0113	1.058	0.59	5.29	-4.70	15	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0042	0.9958	0.0000	0	1	0.0949	0.9051	0.0000
chr3	44499299	TTC	T	0.500000	0.050	1	-2	5	397	141	256	0	0	11	0	130	0	0	252	1	3	0.0000	0.0000	0.0156	11.818		1.98		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0332	0.9668	2	2	0.0000	0.0354	0.9646	2	2	0.0000	0.0387	0.9613
chr3	46459794	C	CCTT	0.500000	0.050	1	3	1	365	147	218	0	0	1	2	144	0	0	215	0	3	0.0000	0.0000	0.0138	146.000		3.47		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0230	0.9770	2	2	0.0000	0.0247	0.9753	2	2	0.0000	0.0274	0.9726
chr3	46709583	TAAG	T	0.500000	0.050	1	-3	1	547	172	375	67	1	21	8	75	0	0	374	0	1	0.3895	0.0000	0.0027	7.190	0.40	3.24	-2.84	29	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.0899	0.4757	0.4344	1	1	0.0942	0.4771	0.4286	1	1	0.1002	0.4790	0.4208
chr3	49358240	GGCCGCC	G	0.500000	0.050	1	-6	3	391	98	293	0	1	10	1	86	0	0	289	0	4	0.0000	0.0000	0.0137	8.600		5.93		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1018	0.8982	2	2	0.0000	0.1049	0.8951	2	2	0.0000	0.1097	0.8903
chr3	51993837	TCCTTGG	T	0.500000	0.050	1	-6	1	522	177	345	87	0	32	0	58	0	0	342	0	3	0.4915	0.0000	0.0087	4.531	0.09	5.72	-5.63	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5750	0.3810	0.0440	1	0	0.5646	0.3878	0.0477	1	0	0.5504	0.3966	0.0529
chr3	56557250	T	TGGGGTAAGCA	0.500000	0.050	1	10	2	196	111	85	0	0	12	1	98	0	0	82	0	3	0.0000	0.0000	0.0353	8.250		6.58		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0713	0.9287	2	2	0.0000	0.0748	0.9252	2	2	0.0000	0.0798	0.9202
chr3	56616023	A	ACTT	0.500000	0.050	1	3	1	286	111	175	0	0	4	0	107	0	0	169	0	6	0.0000	0.0000	0.0343	26.750		3.30		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0550	0.9450	2	2	0.0000	0.0581	0.9419	2	2	0.0000	0.0625	0.9375
chr3	63831135	C	CACACT	0.500000	0.050	1	5	2	208	84	124	48	0	1	0	35	0	0	122	0	2	0.5714	0.0000	0.0161	83.000	0.33	5.06	-4.72	26	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3809	0.4907	0.1284	1	1	0.3764	0.4913	0.1323	1	1	0.3704	0.4920	0.1375
chr3	65439885	T	TCTG	0.500000	0.050	1	3	1	304	136	168	10	0	16	4	106	0	0	162	0	6	0.0735	0.0000	0.0357	7.500	0.20	3.13	-2.93	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9785	0.0215	2	1	0.0000	0.7187	0.2813
chr3	73062330	C	CA	0.500000	0.050	1	1	5	515	136	379	61	0	2	0	73	0	0	378	0	1	0.4485	0.0000	0.0026	67.000	0.13	1.41	-1.28	27	0/1	1/1	.	.	OK	1	1	0.1099	0.4928	0.3973	1	1	0.1141	0.4931	0.3927	1	1	0.1199	0.4936	0.3865
chr3	98168999	AT	A	0.500000	0.050	1	-1	2	1060	303	757	271	1	21	0	10	0	0	757	0	0	0.8944	0.0000	0.0000	13.429	0.19	2.00	-1.81	115	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0001	0.9999	0.0000	0	0	0.5167	0.4833	0.0000	0	0	0.9435	0.0565	0.0000
chr3	98264643	TTGTAACCAC	T	0.500000	0.050	1	-9	3	698	191	507	175	0	11	0	5	0	0	507	0	0	0.9162	0.0000	0.0000	16.364	0.94	10.00	-9.06	59	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0229	0.9771	0.0000	0	0	0.7271	0.2729	0.0000	0	0	0.9121	0.0879	0.0000
chr3	98354747	TA	T	0.500000	0.050	1	-1	2	526	146	380	134	1	7	0	4	0	0	380	0	0	0.9178	0.0000	0.0000	19.857	0.31	1.00	-0.69	0	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0461	0.9539	0.0000	0	0	0.6621	0.3379	0.0000	0	0	0.8524	0.1476	0.0000
chr3	98391562	G	GA	0.500000	0.050	1	1	1	409	126	283	113	1	7	1	4	0	0	283	0	0	0.8968	0.0000	0.0000	17.000	0.28	1.00	-0.72	11	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0229	0.9771	0.0000	0	1	0.4950	0.5050	0.0000	0	0	0.7520	0.2480	0.0000
chr3	112534211	C	CA	0.500000	0.050	1	1	1	136	61	75	32	1	0	3	25	0	0	74	0	1	0.5246	0.0000	0.0133	60.000	0.12	1.12	-1.00	4	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2948	0.5129	0.1923	1	1	0.2935	0.5119	0.1946	1	1	0.2917	0.5107	0.1977
chr3	113657263	TTGC	T	0.500000	0.050	1	-3	1	1072	280	792	1	5	72	90	112	0	0	791	0	1	0.0036	0.0000	0.0013	2.833	0.00	3.00	-3.00	1	0/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1277	0.8723	2	2	0.0000	0.0284	0.9716	2	2	0.0000	0.0184	0.9816
chr3	113657263	TTGCTGC	T	0.500000	0.050	1	-6	1	1074	287	787	7	4	171	1	104	0	0	787	0	0	0.0244	0.0000	0.0000	0.653	2.00	5.55	-3.55	3	0/1	0/0	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9999	0.0001	2	1	0.0000	0.9445	0.0555	2	1	0.0000	0.6768	0.3232
chr3	119146279	GGAA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	595	185	410	161	1	18	0	5	0	0	408	0	2	0.8703	0.0000	0.0049	9.278	0.17	3.40	-3.23	31	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0006	0.9994	0.0000	0	1	0.3363	0.6637	0.0000	0	0	0.7828	0.2172	0.0000
chr3	121632468	G	GGGCTCAGGCTCA	0.500000	0.050	1	12	1	524	171	353	4	0	23	2	142	0	0	353	0	0	0.0234	0.0000	0.0000	6.391	0.25	6.27	-6.02	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9476	0.0524	2	2	0.0000	0.2907	0.7093	2	2	0.0000	0.1217	0.8783
chr3	123700269	GTTC	G	0.500000	0.050	1	-3	1	600	123	477	69	1	3	0	50	0	0	473	0	4	0.5610	0.0000	0.0084	40.000	0.20	3.06	-2.86	25	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4423	0.4667	0.0909	1	1	0.4359	0.4688	0.0953	1	1	0.4273	0.4715	0.1012
chr3	125013575	A	AGAGGAGGAGGAGGAAGAG	0.500000	0.050	1	18	2	726	127	599	1	0	25	0	101	0	0	599	0	0	0.0079	0.0000	0.0000	4.080	0.00	7.98	-7.98	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2887	0.7113	2	2	0.0000	0.1399	0.8601	2	2	0.0000	0.1148	0.8852
chr3	130096091	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	2	205	112	93	59	0	0	0	53	0	0	93	0	0	0.5268	0.0000	0.0000	112.000	0.34	2.53	-2.19	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3070	0.5233	0.1696	1	1	0.3056	0.5216	0.1728	1	1	0.3037	0.5193	0.1769
chr3	130471876	AT	A	0.500000	0.050	1	-1	1	378	131	247	50	0	3	0	78	0	0	247	0	0	0.3817	0.0000	0.0000	42.667	1.06	2.08	-1.02	2	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0381	0.3554	0.6065	1	2	0.0416	0.3634	0.5950	1	2	0.0466	0.3740	0.5794
chr3	183775955	CGGA	C	0.500000	0.050	1	-3	2	403	177	226	80	0	27	11	59	0	0	223	0	3	0.4520	0.0000	0.0133	5.556	0.31	3.14	-2.82	44	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3130	0.5316	0.1554	1	1	0.3118	0.5292	0.1590	1	1	0.3100	0.5262	0.1638
chr3	184711345	A	ATCC	0.500000	0.050	1	3	1	547	147	400	60	1	20	0	66	0	0	398	0	2	0.4082	0.0000	0.0050	6.350	0.20	3.21	-3.01	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1603	0.5255	0.3143	1	1	0.1637	0.5235	0.3128	1	1	0.1682	0.5211	0.3107
chr3	195726146	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	4	1816	450	1366	250	2	10	5	183	0	0	1366	0	0	0.5556	0.0000	0.0000	43.600	2.26	2.38	-0.13	34	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8768	0.1217	0.0014	1	0	0.8673	0.1308	0.0018	1	0	0.8536	0.1440	0.0025
chr3	195785502	G	GGAT	0.500000	0.050	1	3	1	536	122	414	82	1	7	1	31	16	9	386	0	3	0.6721	0.0386	0.0676	19.167	2.55	5.16	-2.61	16	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9421	0.0573	0.0006	1	0	0.9346	0.0646	0.0008	1	0	0.8783	0.1206	0.0011
chr3	195791241	T	TGTCTCCTGCGTAACA	0.500000	0.050	1	15	1	697	144	553	0	1	15	0	128	0	0	530	0	23	0.0000	0.0000	0.0416	8.600		11.34		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0321	0.9679	2	2	0.0000	0.0313	0.9687	2	2	0.0000	0.0321	0.9679
chr3	198153259	GGCAGCA	G	0.500000	0.050	1	-6	1	242	117	125	38	0	25	0	54	0	0	123	0	2	0.3248	0.0000	0.0160	3.680	0.29	5.78	-5.49	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0811	0.4415	0.4774	1	2	0.0854	0.4452	0.4694	1	2	0.0913	0.4501	0.4587
chr4	1093539	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	0.774228	0.050	1	21	1	545	108	437	7	0	1	0	100	0	0	357	3	77	0.0648	0.0000	0.1831	107.000	0.14	15.61	-15.47	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9966	0.0034	2	2	0.0000	0.2699	0.7301	2	2	0.0000	0.0500	0.9500
chr4	1728037	ACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATG	A	0.021146	0.050	1	-36	1	711	183	528	93	0	48	0	42	0	0	504	0	24	0.5082	0.0000	0.0455	2.812	0.32	22.86	-22.53	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7530	0.2459	0.0011	1	0	0.7460	0.2527	0.0012	1	0	0.7365	0.2621	0.0014
chr4	3074876	CCAGCAG	C	0.249314	0.050	1	-6	2	432	170	262	0	1	51	0	118	0	0	246	2	14	0.0000	0.0000	0.0611	2.429		6.37		0	0/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1668	0.8332	2	2	0.0000	0.1476	0.8524	2	2	0.0000	0.1423	0.8577
chr4	3767568	AGGGGGCGGGGCC	A	0.069055	0.050	1	-12	1	610	156	454	141	1	9	0	5	0	0	454	0	0	0.9038	0.0000	0.0000	20.857	0.62	12.80	-12.18	5	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1164	0.8836	0.0000	0	0	0.9386	0.0614	0.0000	0	0	0.9839	0.0161	0.0000
chr4	15003254	A	AGCCGCC	0.500000	0.050	1	6	2	731	191	540	101	1	12	2	75	1	0	530	0	9	0.5288	0.0019	0.0185	14.667	0.89	7.67	-6.78	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4456	0.4745	0.0799	1	1	0.4399	0.4759	0.0842	1	1	0.4320	0.4777	0.0903
chr4	15003300	C	CCCG	0.500000	0.050	1	3	1	719	238	481	102	5	42	3	86	0	0	472	0	9	0.4286	0.0000	0.0187	4.643	1.05	6.14	-5.09	6	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3239	0.5397	0.1365	1	1	0.3228	0.5366	0.1406	1	1	0.3210	0.5328	0.1461
chr4	38926929	CCTTAGAGCA	C	0.500000	0.050	1	-9	5	389	151	238	83	0	9	0	59	0	0	236	0	2	0.5497	0.0000	0.0084	15.778	0.57	7.68	-7.11	33	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5216	0.4192	0.0592	1	0	0.5127	0.4240	0.0633	1	0	0.5007	0.4303	0.0690
chr4	41745972	AGCTGCCGCCGCTGCC	A	0.500000	0.050	1	-15	2	581	131	450	68	1	15	0	47	0	0	444	0	6	0.5191	0.0000	0.0133	7.733	0.72	11.51	-10.79	8	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4428	0.4661	0.0910	1	1	0.4364	0.4683	0.0954	1	1	0.4277	0.4710	0.1013
chr4	76144165	C	CTGT	0.500000	0.050	1	3	1	357	117	240	112	0	2	0	3	0	0	240	0	0	0.9573	0.0000	0.0000	57.500	0.28	4.00	-3.72	38	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1112	0.8888	0.0000	0	0	0.6810	0.3190	0.0000	0	0	0.8278	0.1722	0.0000
chr4	87615305	T	TAGTAGTGAC	0.500000	0.050	1	9	1	2451	506	1945	232	13	21	8	232	28	39	1735	119	24	0.4585	0.0144	0.1080	23.850	2.23	7.92	-5.69	16	0/1	0/0	.	.	OK	1	2	0.0018	0.1698	0.8285	1	2	0.0022	0.1780	0.8198	1	2	0.0030	0.1899	0.8071
chr4	87615716	TAGTGACAGCAGCAATAGC	T	0.500000	0.050	1	-18	1	2633	748	1885	272	26	126	24	300	172	34	1661	11	7	0.3636	0.0912	0.1188	4.856	1.95	8.98	-7.03	24	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9983	0.0017	0.0000	1	0	0.9979	0.0021	0.0000	1	0	0.9971	0.0029	0.0000
chr4	100480004	TAAC	T	0.500000	0.050	1	-3	1	174	77	97	2	1	4	0	70	0	0	96	0	1	0.0260	0.0000	0.0103	18.250	0.00	3.00	-3.00	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9218	0.0782	2	1	0.0000	0.5297	0.4703	2	2	0.0000	0.3466	0.6534
chr4	110011233	G	GC	0.500000	0.050	1	1	1	319	116	203	48	0	2	1	65	0	0	203	0	0	0.4138	0.0000	0.0000	57.000	0.15	1.26	-1.12	14	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0801	0.4472	0.4727	1	2	0.0844	0.4506	0.4651	1	1	0.0903	0.4549	0.4548
chr4	119026806	AAAG	A	0.500000	0.050	1	-3	2	630	128	502	0	0	5	0	123	0	0	493	0	9	0.0000	0.0000	0.0179	24.600		3.52		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0344	0.9656	2	2	0.0000	0.0367	0.9633	2	2	0.0000	0.0400	0.9600
chr4	139730430	TCTG	T	0.500000	0.050	1	-3	4	542	242	300	0	0	31	6	205	0	0	293	1	6	0.0000	0.0000	0.0233	6.806		3.14		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0041	0.9959	2	2	0.0000	0.0046	0.9954	2	2	0.0000	0.0054	0.9946
chr4	146639305	T	TGGC	0.500000	0.050	1	3	2	505	185	320	68	7	48	3	59	2	0	315	1	2	0.3676	0.0063	0.0156	2.792	1.12	3.66	-2.54	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3843	0.5002	0.1154	1	1	0.3803	0.5001	0.1197	1	1	0.3748	0.4999	0.1253
chr4	151279866	G	GCAGGT	0.500000	0.050	1	5	2	305	152	153	75	0	8	0	69	0	0	143	0	10	0.4934	0.0000	0.0654	18.000	0.05	4.93	-4.87	27	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1842	0.5421	0.2737	1	1	0.1872	0.5389	0.2739	1	1	0.1911	0.5349	0.2740
chr4	154323249	TTTTG	T	0.500000	0.050	1	-4	1	232	98	134	54	0	17	0	27	0	0	132	0	2	0.5510	0.0000	0.0149	4.765	0.96	5.30	-4.33	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5789	0.3723	0.0489	1	0	0.5675	0.3798	0.0527	1	0	0.5522	0.3897	0.0581
chr4	183446405	TCTG	T	0.500000	0.050	1	-3	2	815	165	650	156	0	4	0	5	0	0	650	0	0	0.9455	0.0000	0.0000	40.250	0.14	3.20	-3.06	6	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0142	0.9858	0.0000	0	0	0.6243	0.3757	0.0000	0	0	0.8678	0.1322	0.0000
chr5	55233261	T	TGGGCC	0.500000	0.050	1	5	1	391	99	292	47	1	13	1	37	0	0	291	0	1	0.4747	0.0000	0.0034	6.538	0.30	5.08	-4.78	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3554	0.5014	0.1431	1	1	0.3519	0.5013	0.1468	1	1	0.3473	0.5011	0.1516
chr5	56882021	TCAA	T	0.500000	0.050	1	-3	2	797	179	618	80	0	22	2	75	0	0	615	0	3	0.4469	0.0000	0.0049	7.136	0.34	3.24	-2.90	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2257	0.5487	0.2256	1	1	0.2275	0.5450	0.2274	1	1	0.2298	0.5404	0.2297
chr5	61332747	CCGGCCGCAACCTCGG	C	0.500000	0.050	1	-15	4	359	26	333	0	0	15	3	8	0	0	328	0	5	0.0000	0.0000	0.0150	0.600		7.12		0	0/0	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.4043	0.5957	2	2	0.0000	0.4061	0.5939	2	2	0.0000	0.4087	0.5913
chr5	75195890	TTCA	T	0.500000	0.050	1	-3	3	586	144	442	74	0	7	0	63	0	0	439	0	3	0.5139	0.0000	0.0068	19.571	0.15	3.10	-2.95	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3277	0.5237	0.1486	1	1	0.3258	0.5219	0.1523	1	1	0.3232	0.5196	0.1572
chr5	80654905	G	GCCGCAGCGC	0.500000	0.050	1	9	2	289	87	202	38	5	11	2	31	0	0	201	1	0	0.4368	0.0000	0.0050	6.545	1.71	5.81	-4.10	16	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3517	0.5003	0.1480	1	1	0.3483	0.5002	0.1515	1	1	0.3436	0.5001	0.1562
chr5	109855234	TCTC	T	0.500000	0.050	1	-3	2	178	80	98	1	0	5	0	74	0	0	98	0	0	0.0125	0.0000	0.0000	15.000	0.00	2.96	-2.96	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.4428	0.5572	2	2	0.0000	0.2392	0.7608	2	2	0.0000	0.1975	0.8025
chr5	113488351	T	TGCC	0.500000	0.050	1	3	1	233	97	136	33	7	13	2	42	0	0	136	0	0	0.3402	0.0000	0.0000	6.462	1.39	5.29	-3.89	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1912	0.5201	0.2887	1	1	0.1936	0.5186	0.2877	1	1	0.1968	0.5167	0.2865
chr5	114362934	T	TGCC	0.500000	0.050	1	3	1	626	191	435	2	0	20	1	168	0	0	430	1	4	0.0105	0.0000	0.0115	8.550	7.00	3.76	3.24	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2471	0.7529	2	2	0.0000	0.0495	0.9505	2	2	0.0000	0.0315	0.9685
chr5	122152940	AT	A	0.500000	0.050	1	-1	2	594	136	458	69	0	3	0	64	0	0	458	0	0	0.5074	0.0000	0.0000	44.333	0.19	1.27	-1.08	21	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2901	0.5330	0.1769	1	1	0.2895	0.5305	0.1800	1	1	0.2886	0.5274	0.1840
chr5	128084239	T	TGCG	0.500000	0.050	1	3	1	691	149	542	51	4	29	3	62	0	0	542	0	0	0.3423	0.0000	0.0000	4.138	0.57	3.82	-3.25	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1335	0.5071	0.3593	1	1	0.1374	0.5065	0.3560	1	1	0.1427	0.5058	0.3515
chr5	129461622	T	TCCCGGC	0.500000	0.050	1	6	3	518	120	398	55	0	17	0	48	0	0	394	0	4	0.4583	0.0000	0.0101	6.059	0.13	6.31	-6.19	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2697	0.5299	0.2004	1	1	0.2696	0.5277	0.2027	1	1	0.2695	0.5248	0.2057
chr5	132813630	G	GGCCGCCGCC	0.500000	0.050	1	9	1	391	101	290	41	1	3	2	54	0	0	272	0	18	0.4059	0.0000	0.0621	32.333	0.46	8.37	-7.91	25	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0289	0.3166	0.6544	1	2	0.0320	0.3263	0.6418	1	2	0.0364	0.3390	0.6245
chr5	135940512	AGTT	A	0.500000	0.050	1	-3	1	218	95	123	1	0	2	1	91	0	0	118	0	5	0.0105	0.0000	0.0407	46.500	0.00	3.43	-3.43	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3096	0.6904	2	2	0.0000	0.1521	0.8479	2	2	0.0000	0.1248	0.8752
chr5	140552043	A	AGT	0.500000	0.050	1	2	1	222	91	131	46	0	3	1	41	0	0	128	0	3	0.5055	0.0000	0.0229	29.333	0.13	3.63	-3.50	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2481	0.5275	0.2245	1	1	0.2487	0.5254	0.2259	1	1	0.2495	0.5228	0.2278
chr5	140552044	C	CG	0.500000	0.050	1	1	1	222	90	132	47	0	2	3	38	0	0	129	0	3	0.5222	0.0000	0.0227	44.000	0.13	3.82	-3.69	5	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2776	0.5242	0.1982	1	1	0.2771	0.5224	0.2005	1	1	0.2765	0.5201	0.2034
chr5	141366622	G	GC	0.500000	0.050	1	1	2	631	217	414	119	0	5	1	92	0	0	413	0	1	0.5484	0.0000	0.0024	42.200	0.18	1.24	-1.06	15	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5474	0.4075	0.0451	1	0	0.5386	0.4125	0.0489	1	0	0.5266	0.4192	0.0542
chr5	141393331	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	1	811	205	606	95	0	8	0	102	0	0	606	0	0	0.4634	0.0000	0.0000	24.625	0.17	1.26	-1.10	23	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1524	0.5457	0.3020	1	1	0.1562	0.5422	0.3016	1	1	0.1613	0.5379	0.3008
chr5	141945390	C	CCTGCTGCTG	0.500000	0.050	1	9	1	381	111	270	6	2	1	0	102	0	0	254	0	16	0.0541	0.0000	0.0593	109.000	0.00	8.56	-8.56	6	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9998	0.0002	2	1	0.0000	0.8629	0.1371	2	2	0.0000	0.4623	0.5377
chr5	146878727	A	AGCTGCTGCTGCT	0.500000	0.050	1	12	1	427	165	262	6	0	39	1	119	0	0	251	0	11	0.0364	0.0000	0.0420	3.231	1.50	9.69	-8.19	0	0/1	0/0	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9985	0.0015	2	1	0.0000	0.6841	0.3159	2	2	0.0000	0.2862	0.7138
chr5	146878727	A	AGCTGCTGCTGCTGCTGCT	0.500000	0.050	1	18	1	427	165	262	7	0	43	1	114	0	0	251	0	11	0.0424	0.0000	0.0420	2.905	2.14	9.72	-7.58	1	0/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9997	0.0003	2	1	0.0000	0.8312	0.1688	2	2	0.0000	0.4022	0.5978
chr5	149995316	CT	C	0.500000	0.050	1	-1	2	586	146	440	85	2	1	1	57	0	0	440	0	0	0.5822	0.0000	0.0000	145.000	0.68	1.75	-1.07	27	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6143	0.3506	0.0351	1	0	0.6028	0.3587	0.0385	1	0	0.5872	0.3694	0.0433
chr5	157052546	GTTGGAACAGTCGTCA	G	0.500000	0.050	1	-15	1	389	155	234	4	0	20	0	131	0	0	234	0	0	0.0258	0.0000	0.0000	6.750	3.75	11.69	-7.94	4	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9619	0.0381	2	2	0.0000	0.3636	0.6364	2	2	0.0000	0.1606	0.8394
chr5	157052557	C	CGTT	0.500000	0.050	1	3	1	389	142	247	0	94	11	1	36	0	0	247	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	11.818		3.47		0	0/0	0/1	.	.	OK	1	0	0.8713	0.1254	0.0033	1	0	0.8598	0.1362	0.0040	1	0	0.8432	0.1515	0.0052
chr5	168454024	TGGA	T	0.500000	0.050	1	-3	2	194	84	110	42	0	4	0	38	0	0	109	1	0	0.5000	0.0000	0.0091	20.000	0.10	3.74	-3.64	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2743	0.5220	0.2037	1	1	0.2739	0.5203	0.2058	1	1	0.2734	0.5182	0.2084
chr5	177503170	AGAG	A	0.500000	0.050	1	-3	1	420	93	327	39	0	6	0	48	0	0	324	0	3	0.4194	0.0000	0.0092	14.500	0.92	3.92	-2.99	21	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1203	0.4859	0.3939	1	1	0.1243	0.4868	0.3889	1	1	0.1297	0.4880	0.3823
chr5	179345258	G	GGCA	0.500000	0.050	1	3	1	513	251	262	114	11	50	2	74	0	0	261	0	1	0.4542	0.0000	0.0038	4.082	1.25	3.19	-1.94	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8042	0.1890	0.0068	1	0	0.7917	0.2003	0.0080	1	0	0.7741	0.2159	0.0100
chr6	1390850	G	GGGC	0.511246	0.050	1	3	5	564	152	412	7	0	24	5	116	0	0	410	0	2	0.0461	0.0000	0.0049	5.333	2.00	3.26	-1.26	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9997	0.0003	2	1	0.0000	0.8318	0.1682	2	2	0.0000	0.4037	0.5963
chr6	1611567	G	GGGC	0.201628	0.050	1	3	1	604	149	455	98	5	41	1	4	1	0	452	1	1	0.6577	0.0022	0.0066	2.919	1.63	3.50	-1.87	16	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0110	0.9890	0.0000	0	0	0.5793	0.4207	0.0000	0	0	0.8557	0.1443	0.0000
chr6	7727289	G	GAGC	0.018903	0.050	1	3	2	682	162	520	70	2	19	2	69	0	2	518	0	0	0.4321	0.0000	0.0038	7.526	0.21	3.07	-2.86	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4844	0.5087	0.0070	1	1	0.4862	0.5067	0.0071	1	1	0.4885	0.5043	0.0072
chr6	16327633	G	GTGC	0.199384	0.050	1	3	2	847	169	678	16	14	42	1	96	0	0	668	0	10	0.0947	0.0000	0.0147	3.098	1.25	3.18	-1.93	6	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0018	0.1162	0.8821	1	2	0.0020	0.2374	0.7605	2	1	0.0000	0.9985	0.0015
chr6	29417831	G	GCTGGCCTGTGGGAACA	0.281779	0.050	1	16	3	620	126	494	71	0	6	0	49	0	0	486	0	8	0.5635	0.0000	0.0162	20.000	0.14	12.29	-12.14	15	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5262	0.4234	0.0504	1	0	0.5213	0.4259	0.0527	1	0	0.5147	0.4294	0.0559
chr6	30590700	G	GA	0.500000	0.050	1	1	1	339	103	236	6	0	4	0	93	0	0	236	0	0	0.0583	0.0000	0.0000	24.750	0.00	1.18	-1.18	4	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9994	0.0006	2	1	0.0000	0.8463	0.1537	2	2	0.0000	0.4994	0.5006
chr6	30645943	T	TG	0.500000	0.050	1	1	1	265	75	190	43	1	2	0	29	0	0	190	0	0	0.5733	0.0000	0.0000	36.000	0.33	1.34	-1.02	5	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4382	0.4605	0.1013	1	1	0.4314	0.4631	0.1055	1	1	0.4223	0.4665	0.1112
chr6	31027337	AC	A	0.500000	0.050	1	-1	2	939	240	699	214	1	17	1	7	0	5	694	0	0	0.8917	0.0000	0.0072	13.059	1.35	2.43	-1.08	32	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0026	0.9974	0.0000	0	0	0.6617	0.3383	0.0000	0	0	0.9308	0.0692	0.0000
chr6	31028710	GACC	G	0.500000	0.050	1	-3	1	1782	403	1379	163	6	52	5	177	1	3	1350	4	21	0.4045	0.0007	0.0210	6.750	1.63	4.40	-2.78	33	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0197	0.3529	0.6273	1	2	0.0222	0.3592	0.6185	1	2	0.0259	0.3679	0.6062
chr6	31117165	GCTT	G	0.500000	0.050	1	-3	1	816	221	595	211	0	5	0	5	0	0	595	0	0	0.9548	0.0000	0.0000	43.200	0.72	4.20	-3.48	31	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0545	0.9455	0.0000	0	0	0.8658	0.1342	0.0000	0	0	0.9608	0.0392	0.0000
chr6	31412384	G	GCT	0.500000	0.050	1	2	1	538	186	352	0	73	3	7	103	0	0	349	3	0	0.0000	0.0000	0.0085	60.000		2.50		0	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0102	0.2198	0.7700	1	2	0.0118	0.2311	0.7571	1	2	0.0144	0.2466	0.7390
chr6	31627995	GCCTGCTGCCCCA	G	0.500000	0.050	1	-12	1	537	166	371	91	0	11	0	64	0	0	368	0	3	0.5482	0.0000	0.0081	14.091	0.53	11.58	-11.05	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5453	0.4038	0.0508	1	0	0.5359	0.4094	0.0547	1	0	0.5231	0.4167	0.0602
chr6	32038437	CCTG	C	0.500000	0.050	1	-3	3	425	110	315	43	0	10	1	56	0	0	315	0	0	0.3909	0.0000	0.0000	10.000	0.60	3.77	-3.16	17	0/1	1/1	.	.	OK	1	1	0.1054	0.4752	0.4194	1	1	0.1096	0.4768	0.4136	1	1	0.1154	0.4789	0.4058
chr6	32530180	C	CAG	0.500000	0.050	1	2	1	127	81	46	1	58	10	7	5	0	0	46	0	0	0.0123	0.0000	0.0000	2.429	6.00	3.80	2.20	1	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1582	0.8357	0.0061	0	1	0.0188	0.9808	0.0004	0	1	0.0939	0.9060	0.0000
chr6	32581802	TG	T	0.500000	0.050	1	-1	1	641	251	390	173	6	36	0	36	0	0	390	0	0	0.6892	0.0000	0.0000	6.143	6.90	7.86	-0.96	57	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0001	0.9999	0.0000
chr6	32581807	C	CT	0.500000	0.050	1	1	1	640	243	397	182	10	16	0	35	0	0	396	0	1	0.7490	0.0000	0.0025	14.125	7.73	7.91	-0.18	62	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0002	0.9998	0.0000
chr6	32666522	A	ACC	0.500000	0.050	1	2	2	141	68	73	4	30	0	2	32	0	0	72	0	1	0.0588	0.0000	0.0137	39.000	6.50	9.25	-2.75	4	0/1	1/1	.	.	OK	1	1	0.1551	0.4967	0.3482	1	1	0.1584	0.4969	0.3447	1	1	0.1628	0.4972	0.3400
chr6	34889525	G	GGGCGGC	0.500000	0.050	1	6	5	514	225	289	196	1	24	0	4	1	0	287	0	1	0.8711	0.0035	0.0069	8.375	0.39	5.00	-4.61	2	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0401	0.9599	0.0000	0	0	0.8240	0.1760	0.0000	0	0	0.9472	0.0528	0.0000
chr6	35141212	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	2	214	64	150	33	0	2	0	29	0	0	150	0	0	0.5156	0.0000	0.0000	31.000	5.06	1.17	3.89	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2904	0.5141	0.1955	1	1	0.2892	0.5130	0.1978	1	1	0.2877	0.5117	0.2007
chr6	41786835	C	CCTT	0.500000	0.050	1	3	1	546	136	410	5	76	4	0	51	0	0	407	0	3	0.0368	0.0000	0.0073	44.000	2.80	3.18	-0.38	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5704	0.3831	0.0465	1	0	0.5599	0.3898	0.0503	1	0	0.5457	0.3987	0.0557
chr6	43021675	CGCCGGG	C	0.500000	0.050	1	-6	1	298	135	163	117	1	15	0	2	0	0	162	1	0	0.8667	0.0000	0.0061	8.000	0.52	6.00	-5.48	55	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1439	0.8561	0.0000	0	0	0.7169	0.2831	0.0000	0	0	0.8483	0.1517	0.0000
chr6	43282987	GGAA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	776	181	595	72	2	23	2	82	0	0	595	0	0	0.3978	0.0000	0.0000	6.826	0.53	4.16	-3.63	22	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1321	0.5199	0.3481	1	1	0.1361	0.5183	0.3456	1	1	0.1415	0.5163	0.3422
chr6	44002766	C	CGCGGCG	0.500000	0.050	1	6	1	501	145	356	43	0	59	0	43	1	0	353	0	2	0.2966	0.0028	0.0084	1.509	1.88	5.19	-3.30	19	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2253	0.5270	0.2477	1	1	0.2267	0.5250	0.2483	1	1	0.2285	0.5224	0.2491
chr6	81752010	A	ACCGCCGAAGTCGCCG	0.500000	0.050	1	15	2	561	149	412	29	3	67	3	47	0	0	394	1	17	0.1946	0.0000	0.0437	1.182	15.52	7.00	8.52	15	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0190	0.2636	0.7173	1	2	0.0215	0.2748	0.7037	1	2	0.0251	0.2899	0.6849
chr6	81752010	ACCGCCGAAGTCGCCG	A	0.500000	0.050	1	-15	2	565	177	388	87	1	49	0	40	0	0	384	0	4	0.4915	0.0000	0.0103	2.612	4.01	11.50	-7.49	15	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7808	0.2090	0.0101	1	0	0.7675	0.2207	0.0118	1	0	0.7489	0.2368	0.0143
chr6	99613748	C	CCCG	0.500000	0.050	1	3	1	741	124	617	50	3	38	1	32	0	1	601	1	14	0.4032	0.0000	0.0259	2.263	1.58	3.31	-1.73	32	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3092	0.5202	0.1706	1	1	0.3076	0.5187	0.1737	1	1	0.3055	0.5167	0.1778
chr6	109585126	GCTT	G	0.500000	0.050	1	-3	2	139	62	77	0	0	5	1	56	0	0	75	0	2	0.0000	0.0000	0.0260	14.250		3.11		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1823	0.8177	2	2	0.0000	0.1868	0.8132	2	2	0.0000	0.1932	0.8068
chr6	116279302	T	TCAC	0.500000	0.050	1	3	2	751	180	571	0	0	9	2	169	0	0	563	0	8	0.0000	0.0000	0.0140	18.889		3.11		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0110	0.9890	2	2	0.0000	0.0121	0.9879	2	2	0.0000	0.0136	0.9864
chr6	138218046	A	AG	0.500000	0.050	1	1	1	389	105	284	98	0	5	0	2	0	0	283	0	1	0.9333	0.0000	0.0035	20.000	0.14	1.50	-1.36	50	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0842	0.9158	0.0000	0	0	0.6034	0.3966	0.0000	0	0	0.7749	0.2251	0.0000
chr6	138882869	AAGGTAAATG	A	0.500000	0.050	1	-9	1	177	61	116	31	0	5	0	25	0	0	112	0	4	0.5082	0.0000	0.0345	14.000	0.13	12.32	-12.19	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2684	0.5168	0.2148	1	1	0.2681	0.5155	0.2164	1	1	0.2676	0.5139	0.2185
chr6	148343106	T	TGAGCCC	0.500000	0.050	1	6	2	419	190	229	85	0	28	2	75	0	0	225	1	3	0.4474	0.0000	0.0175	5.750	0.29	5.32	-5.03	39	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2744	0.5450	0.1806	1	1	0.2746	0.5416	0.1837	1	1	0.2748	0.5374	0.1878
chr6	151352981	T	TGAG	0.500000	0.050	1	3	2	915	216	699	112	0	11	0	93	0	0	695	0	4	0.5185	0.0000	0.0057	18.636	0.08	3.20	-3.12	10	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4070	0.5006	0.0924	1	1	0.4030	0.5002	0.0968	1	1	0.3973	0.4998	0.1029
chr6	152697964	GAGAT	G	0.500000	0.050	1	-4	3	230	125	105	116	0	6	0	3	0	0	105	0	0	0.9280	0.0000	0.0000	19.833	0.09	4.67	-4.58	34	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1215	0.8785	0.0000	0	0	0.7021	0.2979	0.0000	0	0	0.8410	0.1590	0.0000
chr6	159239747	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	0.500000	0.050	1	-18	1	586	216	370	7	0	41	0	168	0	0	358	0	12	0.0324	0.0000	0.0324	4.268	0.00	14.69	-14.69	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9990	0.0010	2	1	0.0000	0.5587	0.4413	2	2	0.0000	0.1527	0.8473
chr6	159790613	GGTT	G	0.500000	0.050	1	-3	5	421	129	292	64	0	7	0	58	0	0	289	0	3	0.4961	0.0000	0.0103	17.429	0.38	5.76	-5.38	22	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2665	0.5354	0.1981	1	1	0.2667	0.5327	0.2006	1	1	0.2669	0.5294	0.2037
chr6	160139865	CTGGTAAGT	C	0.500000	0.050	1	-8	2	264	86	178	35	0	10	0	41	0	0	178	0	0	0.4070	0.0000	0.0000	7.600	0.49	7.78	-7.29	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1735	0.5124	0.3141	1	1	0.1764	0.5114	0.3121	1	1	0.1803	0.5102	0.3095
chr6	161098318	CCTG	C	0.500000	0.050	1	-3	3	399	203	196	0	1	34	8	160	0	0	192	1	3	0.0000	0.0000	0.0204	4.971		3.06		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0183	0.9817	2	2	0.0000	0.0183	0.9817	2	2	0.0000	0.0193	0.9807
chr6	170561925	A	ACAG	0.500000	0.050	1	3	2	646	236	410	7	0	57	33	139	0	0	409	1	0	0.0297	0.0000	0.0024	3.140	2.71	3.96	-1.24	5	0/1	0/0	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9992	0.0008	2	1	0.0000	0.6023	0.3977	2	2	0.0000	0.1768	0.8232
chr6	170561949	GCAA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	654	226	428	29	34	11	83	69	0	0	428	0	0	0.1283	0.0000	0.0000	16.375	3.10	4.64	-1.53	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0015	0.0913	0.9071	1	2	0.0019	0.1006	0.8974	1	2	0.0026	0.1142	0.8832
chr6	170561963	AGC	A	0.500000	0.050	1	-2	1	654	210	444	136	39	9	17	9	0	0	444	0	0	0.6476	0.0000	0.0000	26.000	3.59	9.56	-5.97	64	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0027	0.9973	0.0000	0	1	0.1019	0.8981	0.0000
chr6	170561966	AG	A	0.500000	0.050	1	-1	1	653	212	441	102	78	19	5	8	0	0	441	0	0	0.4811	0.0000	0.0000	10.722	2.95	7.38	-4.42	54	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0849	0.9151	0.0000	0	0	0.5757	0.4243	0.0000
chr7	1547017	A	AGCC	0.500000	0.050	1	3	2	259	73	186	3	1	5	1	63	0	0	180	0	6	0.0411	0.0000	0.0323	13.600	0.33	4.08	-3.75	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9793	0.0207	2	1	0.0000	0.6729	0.3271	2	2	0.0000	0.4315	0.5685
chr7	2513247	A	AGATG	0.500000	0.050	1	4	1	247	113	134	38	4	19	0	52	0	0	133	0	1	0.3363	0.0000	0.0075	5.222	4.13	3.85	0.29	10	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1345	0.4989	0.3666	1	1	0.1383	0.4989	0.3628	1	1	0.1435	0.4989	0.3576
chr7	2513247	AGATG	A	0.500000	0.050	1	-4	1	247	116	131	53	3	17	1	42	0	0	130	0	1	0.4569	0.0000	0.0076	5.824	3.74	3.95	-0.22	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3927	0.4883	0.1190	1	1	0.3879	0.4891	0.1230	1	1	0.3815	0.4900	0.1285
chr7	11831843	A	AGCAGCG	0.500000	0.050	1	6	2	238	128	110	58	3	24	0	43	0	0	109	0	1	0.4531	0.0000	0.0091	4.292	0.50	5.81	-5.31	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4585	0.4543	0.0871	1	1	0.4513	0.4572	0.0914	1	1	0.4416	0.4610	0.0973
chr7	12351642	T	TA	0.500000	0.050	1	1	3	227	92	135	2	1	1	1	87	0	0	135	0	0	0.0217	0.0000	0.0000	90.000	1.00	1.79	-0.79	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7494	0.2506	2	2	0.0000	0.3140	0.6860	2	2	0.0000	0.2113	0.7887
chr7	15686172	ATGG	A	0.500000	0.050	1	-3	1	705	214	491	88	0	46	4	76	0	0	490	0	1	0.4112	0.0000	0.0020	3.652	0.26	3.16	-2.90	8	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3088	0.5368	0.1544	1	1	0.3078	0.5340	0.1581	1	1	0.3064	0.5305	0.1630
chr7	19145123	C	CTCT	0.500000	0.050	1	3	2	492	108	384	57	0	10	0	41	0	0	384	0	0	0.5278	0.0000	0.0000	9.800	0.32	2.90	-2.59	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4489	0.4588	0.0923	1	1	0.4420	0.4615	0.0966	1	1	0.4326	0.4649	0.1024
chr7	25226950	TTAA	T	0.500000	0.050	1	-3	1	396	105	291	96	1	1	0	7	0	0	290	0	1	0.9143	0.0000	0.0034	104.000	0.28	2.57	-2.29	2	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0497	0.9503	0.0000	0	1	0.3435	0.6565	0.0000
chr7	31658299	C	CT	0.500000	0.050	1	1	3	129	58	71	3	0	2	6	47	0	0	71	0	0	0.0517	0.0000	0.0000	27.500	0.00	1.43	-1.43	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9695	0.0305	2	1	0.0000	0.6670	0.3330	2	2	0.0000	0.4637	0.5363
chr7	33635227	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	1	467	119	348	54	0	1	0	64	0	0	348	0	0	0.4538	0.0000	0.0000	118.000	0.96	1.09	-0.13	36	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1338	0.5067	0.3596	1	1	0.1377	0.5061	0.3562	1	1	0.1429	0.5054	0.3517
chr7	36407740	A	ACTT	0.500000	0.050	1	3	1	205	55	150	1	0	1	0	53	0	0	149	0	1	0.0182	0.0000	0.0067	54.000	0.00	3.45	-3.45	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.5679	0.4321	2	2	0.0000	0.3399	0.6601	2	2	0.0000	0.2844	0.7156
chr7	45574559	C	CGCGGCGGAGGCG	0.500000	0.050	1	12	1	284	47	237	42	0	4	0	1	1	0	235	0	1	0.8936	0.0042	0.0084	10.750	1.50	12.00	-10.50	4	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1013	0.8987	0.0000	0	1	0.4316	0.5684	0.0000	0	0	0.5714	0.4286	0.0000
chr7	51030870	GTCT	G	0.500000	0.050	1	-3	2	261	132	129	125	1	5	0	1	0	1	128	0	0	0.9470	0.0000	0.0078	31.500	0.11	3.00	-2.89	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.8282	0.1718	0.0000	0	0	0.9223	0.0777	0.0000	0	0	0.9359	0.0641	0.0000
chr7	64708639	G	GA	0.500000	0.050	1	1	1	183	75	108	7	1	40	1	26	0	0	107	0	1	0.0933	0.0000	0.0093	0.875	1.43	4.46	-3.03	3	0/1	0/0	.	.	OK	1	2	0.0888	0.4318	0.4794	1	2	0.0921	0.4417	0.4661	1	1	0.0869	0.4991	0.4141
chr7	64708641	G	GAA	0.500000	0.050	1	2	1	182	74	108	7	39	0	1	27	0	0	107	0	1	0.0946	0.0000	0.0093	36.000	1.43	4.37	-2.94	3	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2600	0.5147	0.2253	1	1	0.2600	0.5136	0.2265	1	1	0.2598	0.5122	0.2280
chr7	70790590	GCCA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	841	266	575	216	2	36	3	9	0	0	575	0	0	0.8120	0.0000	0.0000	6.389	0.30	3.22	-2.93	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0782	0.9218	0.0000	0	0	0.6952	0.3048	0.0000
chr7	76611468	CA	C	0.500000	0.050	1	-1	1	442	140	302	69	0	1	1	69	0	0	302	0	0	0.4929	0.0000	0.0000	139.000	0.09	1.64	-1.55	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2177	0.5420	0.2403	1	1	0.2196	0.5389	0.2415	1	1	0.2221	0.5349	0.2430
chr7	82952172	T	TTCA	0.500000	0.050	1	3	5	772	196	576	0	0	11	1	184	0	0	573	0	3	0.0000	0.0000	0.0052	16.818		3.18		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0089	0.9911	2	2	0.0000	0.0097	0.9903	2	2	0.0000	0.0111	0.9889
chr7	92022864	A	AAAC	0.500000	0.050	1	3	1	284	116	168	111	0	3	0	2	0	0	168	0	0	0.9569	0.0000	0.0000	37.667	0.22	3.50	-3.28	7	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.3843	0.6157	0.0000	0	0	0.8025	0.1975	0.0000	0	0	0.8719	0.1281	0.0000
chr7	97006108	A	AGCC	0.500000	0.050	1	3	1	493	209	284	76	5	64	5	59	0	0	284	0	0	0.3636	0.0000	0.0000	2.250	1.12	3.49	-2.37	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4603	0.4591	0.0806	1	1	0.4535	0.4616	0.0849	1	1	0.4443	0.4648	0.0909
chr7	100064888	GTAGT	G	0.500000	0.050	1	-4	1	471	156	315	83	0	8	0	65	0	0	314	0	1	0.5321	0.0000	0.0032	18.500	0.17	3.86	-3.69	3	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4501	0.4660	0.0838	1	1	0.4438	0.4681	0.0882	1	1	0.4351	0.4707	0.0941
chr7	102496609	TGCCCTGG	T	0.500000	0.050	1	-7	1	517	153	364	89	0	5	0	59	0	0	361	0	3	0.5817	0.0000	0.0082	29.600	0.31	7.02	-6.70	27	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5874	0.3719	0.0407	1	0	0.5767	0.3790	0.0443	1	0	0.5621	0.3885	0.0494
chr7	103989356	T	TGCCGCC	0.500000	0.050	1	6	1	388	141	247	0	0	45	4	92	0	0	237	1	9	0.0000	0.0000	0.0405	2.159		5.79		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0662	0.9338	2	2	0.0000	0.0695	0.9305	2	2	0.0000	0.0743	0.9257
chr7	105614354	AGAGGAG	A	0.500000	0.050	1	-6	2	931	227	704	180	4	38	1	4	0	0	704	0	0	0.7930	0.0000	0.0000	5.054	0.36	4.50	-4.14	68	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1233	0.8767	0.0000	0	0	0.8593	0.1407	0.0000	0	0	0.9465	0.0535	0.0000
chr7	114629915	GCAA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	629	238	391	118	1	31	5	83	0	0	391	0	0	0.4958	0.0000	0.0000	6.867	0.20	3.10	-2.89	2	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6236	0.3473	0.0292	1	0	0.6127	0.3551	0.0323	1	0	0.5977	0.3655	0.0368
chr7	122013320	GTGA	G	0.500000	0.050	1	-3	2	722	188	534	153	4	24	0	7	0	0	534	0	0	0.8138	0.0000	0.0000	6.833	0.69	4.14	-3.46	43	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0006	0.9994	0.0000	0	1	0.3092	0.6908	0.0000	0	0	0.7616	0.2384	0.0000
chr7	124032402	CGCT	C	0.500000	0.050	1	-3	2	709	206	503	169	3	21	3	10	0	0	503	0	0	0.8204	0.0000	0.0000	8.810	0.43	3.30	-2.87	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0124	0.9876	0.0000	0	1	0.3344	0.6656	0.0000
chr7	128947297	CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT	C	0.500000	0.050	1	-30	3	718	273	445	239	1	28	0	5	0	0	445	0	0	0.8755	0.0000	0.0000	8.714	0.27	12.80	-12.53	19	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1062	0.8938	0.0000	0	0	0.9291	0.0709	0.0000	0	0	0.9799	0.0201	0.0000
chr7	131556270	G	GGGCGAC	0.500000	0.050	1	6	1	426	238	188	96	2	35	2	103	0	0	182	0	6	0.4034	0.0000	0.0319	5.941	0.60	5.24	-4.64	14	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1053	0.5155	0.3792	1	1	0.1098	0.5142	0.3761	1	1	0.1158	0.5125	0.3718
chr7	137928167	CTGG	C	0.500000	0.050	1	-3	1	241	87	154	45	0	0	1	41	0	0	151	0	3	0.5172	0.0000	0.0195	86.000	0.09	2.98	-2.89	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2387	0.5273	0.2340	1	1	0.2396	0.5253	0.2351	1	1	0.2408	0.5227	0.2365
chr7	142864293	CCCT	C	0.500000	0.050	1	-3	3	935	262	673	1	0	39	13	209	0	0	670	0	3	0.0038	0.0000	0.0045	5.718	0.00	3.06	-3.06	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0175	0.9825	2	2	0.0000	0.0076	0.9924	2	2	0.0000	0.0066	0.9934
chr7	143511644	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	2	774	181	593	12	0	9	0	160	0	0	593	0	0	0.0663	0.0000	0.0000	19.111	0.75	1.27	-0.52	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9826	0.0174	2	1	0.0000	0.6488	0.3512
chr7	144129636	ACTT	A	0.500000	0.050	1	-3	2	644	156	488	78	0	5	0	73	0	0	487	0	1	0.5000	0.0000	0.0020	30.200	0.27	4.11	-3.84	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2740	0.5415	0.1845	1	1	0.2742	0.5383	0.1875	1	1	0.2743	0.5344	0.1913
chr7	149806828	GGATA	G	0.500000	0.050	1	-4	3	233	63	170	31	0	2	0	30	0	0	166	0	4	0.4921	0.0000	0.0235	30.500	0.32	4.77	-4.44	7	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2059	0.5171	0.2770	1	1	0.2078	0.5158	0.2764	1	1	0.2103	0.5142	0.2755
chr7	149818100	T	TA	0.500000	0.050	1	1	1	707	184	523	173	0	2	0	9	1	0	522	0	0	0.9402	0.0019	0.0019	91.000	0.31	1.56	-1.25	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.1538	0.8462	0.0000	0	0	0.6972	0.3028	0.0000
chr7	149821443	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	1	631	188	443	95	1	2	0	90	0	0	441	0	2	0.5053	0.0000	0.0045	93.000	0.35	1.47	-1.12	37	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2675	0.5524	0.1802	1	1	0.2682	0.5484	0.1834	1	1	0.2689	0.5435	0.1876
chr7	151086813	C	CG	0.500000	0.050	1	1	2	485	94	391	0	0	3	19	72	0	2	361	9	19	0.0000	0.0000	0.0767	30.000		7.74		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0522	0.9478	2	2	0.0000	0.0545	0.9455	2	2	0.0000	0.0580	0.9420
chr7	151086821	C	CG	0.500000	0.050	1	1	1	486	92	394	0	0	6	14	72	0	1	361	15	17	0.0000	0.0000	0.0838	27.333		7.89		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0511	0.9489	2	2	0.0000	0.0530	0.9470	2	2	0.0000	0.0563	0.9437
chr7	151086832	GTCT	G	0.500000	0.050	1	-3	1	488	91	397	0	1	9	6	75	0	2	315	32	48	0.0000	0.0000	0.2065	8.889		7.47		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0508	0.9492	2	2	0.0000	0.0382	0.9618	2	2	0.0000	0.0347	0.9653
chr7	151195597	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	3	365	154	211	78	0	0	1	75	0	0	210	0	1	0.5065	0.0000	0.0047	154.000	0.38	1.16	-0.78	16	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2397	0.5467	0.2136	1	1	0.2410	0.5432	0.2158	1	1	0.2427	0.5388	0.2185
chr8	544658	GGGCGGC	G	0.425210	0.050	1	-6	1	306	158	148	146	1	9	0	2	0	0	148	0	0	0.9241	0.0000	0.0000	16.556	0.42	6.50	-6.08	0	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.6780	0.3220	0.0000	0	0	0.9308	0.0692	0.0000	0	0	0.9565	0.0435	0.0000
chr8	8318865	CGGGGCG	C	0.543000	0.050	1	-6	2	768	155	613	72	0	22	2	59	0	1	612	0	0	0.4645	0.0000	0.0016	6.000	0.57	5.61	-5.04	44	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3652	0.5081	0.1267	1	1	0.3609	0.5079	0.1313	1	1	0.3550	0.5076	0.1375
chr8	9030032	TAAC	T	0.454100	0.050	1	-3	1	339	117	222	113	0	2	0	2	0	0	222	0	0	0.9658	0.0000	0.0000	57.500	0.15	3.00	-2.85	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.4405	0.5595	0.0000	0	0	0.8366	0.1634	0.0000	0	0	0.8954	0.1046	0.0000
chr8	10610119	T	TTTC	0.070211	0.050	1	3	1	860	178	682	97	0	11	21	49	0	0	675	0	7	0.5449	0.0000	0.0103	17.111	1.76	5.63	-3.87	29	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6883	0.3059	0.0059	1	0	0.6823	0.3113	0.0063	1	0	0.6742	0.3188	0.0070
chr8	11808709	GTCCCAC	G	0.938007	0.050	1	-6	1	584	269	315	0	0	35	1	233	0	0	314	0	1	0.0000	0.0000	0.0032	6.686		5.81		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0002	0.9998	2	2	0.0000	0.0002	0.9998	2	2	0.0000	0.0002	0.9998
chr8	22404715	AGCTGCT	A	0.199557	0.050	1	-6	2	349	150	199	92	0	7	0	51	0	0	195	0	4	0.6133	0.0000	0.0201	20.429	0.65	7.39	-6.74	22	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8034	0.1915	0.0051	1	0	0.7939	0.2003	0.0058	1	0	0.7806	0.2125	0.0069
chr8	22713394	GT	G	0.311545	0.050	1	-1	2	280	128	152	62	0	2	0	64	0	0	149	1	2	0.4844	0.0000	0.0197	63.000	0.32	3.91	-3.58	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2551	0.5555	0.1894	1	1	0.2591	0.5522	0.1887	1	1	0.2643	0.5480	0.1877
chr8	41309118	GGCT	G	0.380768	0.050	1	-3	3	634	219	415	8	0	7	1	203	0	0	412	0	3	0.0365	0.0000	0.0072	30.286	1.62	3.14	-1.51	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9998	0.0002	2	1	0.0000	0.6734	0.3266	2	2	0.0000	0.1820	0.8180
chr8	60222337	CAG	C	0.500000	0.050	1	-2	2	170	73	97	3	0	0	0	70	0	0	97	0	0	0.0411	0.0000	0.0000	73.000	0.00	2.34	-2.34	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9583	0.0417	2	1	0.0000	0.5688	0.4312	2	2	0.0000	0.3628	0.6372
chr8	64581463	G	GGCA	0.072578	0.050	1	3	1	605	185	420	73	1	42	4	65	0	0	420	0	0	0.3946	0.0000	0.0000	3.488	0.42	3.20	-2.78	19	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4857	0.4907	0.0235	1	1	0.4865	0.4895	0.0240	1	1	0.4872	0.4881	0.0246
chr8	80486812	TGTC	T	0.500000	0.050	1	-3	1	347	97	250	53	3	2	0	39	0	0	249	0	1	0.5464	0.0000	0.0040	47.500	1.77	4.03	-2.25	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4492	0.4583	0.0925	1	1	0.4422	0.4610	0.0967	1	1	0.4329	0.4645	0.1026
chr8	102560782	CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG	C	0.500000	0.050	1	-27	4	717	258	459	148	0	6	0	104	0	0	459	0	0	0.5736	0.0000	0.0000	42.000	0.48	16.77	-16.29	30	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7565	0.2338	0.0098	1	0	0.7443	0.2444	0.0114	1	0	0.7273	0.2589	0.0138
chr8	143429783	ATGG	A	0.500000	0.050	1	-3	2	521	149	372	2	1	33	10	103	0	0	367	0	5	0.0134	0.0000	0.0134	3.515	1.00	4.52	-3.52	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.8390	0.1610	2	2	0.0000	0.2777	0.7223	2	2	0.0000	0.1503	0.8497
chr8	143567371	G	GC	0.500000	0.050	1	1	1	321	83	238	41	0	5	0	37	0	0	235	0	3	0.4940	0.0000	0.0126	15.600	2.68	3.35	-0.67	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2496	0.5244	0.2260	1	1	0.2501	0.5226	0.2274	1	1	0.2507	0.5202	0.2291
chr8	144111962	TG	T	0.500000	0.050	1	-1	1	785	159	626	145	0	0	0	14	0	0	626	0	0	0.9119	0.0000	0.0000	159.000	0.29	2.29	-2.00	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0032	0.9968	0.0000	0	1	0.1517	0.8483	0.0000
chr8	144392334	T	TGGGGGTGCAAGGTGA	0.500000	0.050	1	15	1	829	165	664	0	1	30	1	133	0	0	645	0	19	0.0000	0.0000	0.0286	4.467		10.54		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0243	0.9757	2	2	0.0000	0.0256	0.9744	2	2	0.0000	0.0278	0.9722
chr8	144774231	CTTT	C	0.500000	0.050	1	-3	2	942	166	776	66	0	2	0	98	0	0	776	0	0	0.3976	0.0000	0.0000	82.000	0.27	3.08	-2.81	16	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0274	0.3252	0.6474	1	2	0.0303	0.3342	0.6355	1	2	0.0347	0.3461	0.6192
chr9	2039776	ACAG	A	0.143274	0.050	1	-3	2	571	177	394	77	9	43	35	13	0	0	393	0	1	0.4350	0.0000	0.0025	3.070	0.09	3.00	-2.91	19	0/0	0/1	.	.	OK	1	0	0.8171	0.1794	0.0035	1	0	0.8079	0.1881	0.0040	1	0	0.7952	0.2000	0.0047
chr9	12775862	T	TGGCGGCGGC	0.500000	0.050	1	9	2	353	106	247	0	0	35	1	70	0	0	234	0	13	0.0000	0.0000	0.0526	2.000		7.61		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1080	0.8920	2	2	0.0000	0.1122	0.8878	2	2	0.0000	0.1181	0.8819
chr9	33575338	CA	C	0.500000	0.050	1	-1	3	370	125	245	109	0	2	0	14	0	0	245	0	0	0.8720	0.0000	0.0000	61.500	0.17	1.57	-1.40	1	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0013	0.9987	0.0000	0	1	0.0704	0.9296	0.0000
chr9	33796692	TGAG	T	0.500000	0.050	1	-3	1	381	158	223	84	0	6	1	67	0	0	222	0	1	0.5316	0.0000	0.0045	25.333	0.24	3.06	-2.82	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4217	0.4831	0.0952	1	1	0.4164	0.4840	0.0996	1	1	0.4092	0.4853	0.1055
chr9	35562396	A	ATAGT	0.500000	0.050	1	4	5	632	113	519	0	0	2	0	111	0	1	504	0	14	0.0000	0.0000	0.0289	55.500		4.82		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1567	0.8433	2	2	0.0000	0.0800	0.9200	2	2	0.0000	0.0670	0.9330
chr9	65283162	AG	A	0.500000	0.050	1	-1	3	366	53	313	28	0	0	0	25	0	0	313	0	0	0.5283	0.0000	0.0000	53.000	0.29	1.16	-0.87	28	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2791	0.5134	0.2074	1	1	0.2783	0.5124	0.2092	1	1	0.2773	0.5111	0.2116
chr9	70140212	TAAA	T	0.500000	0.050	1	-3	1	279	137	142	132	1	2	0	2	0	0	142	0	0	0.9635	0.0000	0.0000	67.000	0.16	3.00	-2.84	42	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.5197	0.4803	0.0000	0	0	0.8745	0.1255	0.0000	0	0	0.9200	0.0800	0.0000
chr9	76703459	GGTGACAGCCTGCAAC	G	0.500000	0.050	1	-15	3	480	117	363	0	0	4	0	113	0	0	344	0	19	0.0000	0.0000	0.0523	28.250		14.17		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0348	0.9652	2	2	0.0000	0.0371	0.9629	2	2	0.0000	0.0405	0.9595
chr9	76709219	A	ATGACTGTTGCAG	0.500000	0.050	1	12	1	705	153	552	2	0	18	0	133	0	0	531	0	21	0.0131	0.0000	0.0380	7.500	0.00	11.31	-11.31	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3520	0.6480	2	2	0.0000	0.0786	0.9214	2	2	0.0000	0.0498	0.9502
chr9	86322936	ATTT	A	0.500000	0.050	1	-3	2	445	118	327	6	0	0	0	112	0	0	321	0	6	0.0508	0.0000	0.0183	118.000	0.00	3.25	-3.25	4	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9989	0.0011	2	1	0.0000	0.7497	0.2503	2	2	0.0000	0.3546	0.6454
chr9	92474742	CTCA	C	0.500000	0.050	1	-3	2	309	110	199	2	1	30	6	71	0	0	197	1	1	0.0182	0.0000	0.0101	2.633	0.50	3.13	-2.63	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9351	0.0649	2	1	0.0000	0.5052	0.4948	2	2	0.0000	0.3128	0.6872
chr9	92474742	CTCATCA	C	0.500000	0.050	1	-6	2	309	112	197	6	1	99	0	6	0	0	196	0	1	0.0536	0.0000	0.0051	0.125	1.83	5.67	-3.83	4	0/0	0/1	.	.	OK	1	1	0.2662	0.5036	0.2302	1	1	0.2656	0.5034	0.2310	1	1	0.2649	0.5031	0.2320
chr9	93676722	C	CCCTGCCTCCACCACA	0.500000	0.050	1	15	4	437	152	285	74	1	4	0	73	0	0	285	0	0	0.4868	0.0000	0.0000	37.000	0.18	8.96	-8.78	4	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2505	0.5439	0.2056	1	1	0.2515	0.5406	0.2080	1	1	0.2526	0.5364	0.2110
chr9	94318662	GAGA	G	0.500000	0.050	1	-3	2	569	228	341	44	15	1	0	168	0	0	338	0	3	0.1930	0.0000	0.0088	227.000	8.91	3.20	5.71	4	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0000	0.0100	0.9900	1	2	0.0000	0.0121	0.9879	1	2	0.0000	0.0156	0.9843
chr9	97854418	AGCCGCC	A	0.500000	0.050	1	-6	1	883	123	760	0	0	29	2	92	0	0	753	2	5	0.0000	0.0000	0.0092	3.172		5.55		0	0/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0772	0.9228	2	2	0.0000	0.0807	0.9193	2	2	0.0000	0.0857	0.9143
chr9	110138061	G	GGAAGCT	0.500000	0.050	1	6	1	604	130	474	107	1	20	0	2	0	0	472	0	2	0.8231	0.0000	0.0042	5.450	0.30	6.50	-6.20	15	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0216	0.9784	0.0000	0	1	0.4975	0.5025	0.0000	0	0	0.7504	0.2496	0.0000
chr9	112453942	GATTA	G	0.500000	0.050	1	-4	1	324	134	190	0	0	3	0	131	0	0	184	1	5	0.0000	0.0000	0.0316	43.667		4.21		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0309	0.9691	2	2	0.0000	0.0330	0.9670	2	2	0.0000	0.0361	0.9639
chr9	120714264	ACGGCGG	A	0.500000	0.050	1	-6	1	444	89	355	35	2	10	0	42	0	0	355	0	0	0.3933	0.0000	0.0000	7.900	0.26	6.36	-6.10	31	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1830	0.5165	0.3005	1	1	0.1857	0.5152	0.2991	1	1	0.1892	0.5136	0.2972
chr9	122093051	G	GTGGCCT	0.500000	0.050	1	6	1	669	151	518	143	1	3	1	3	0	0	518	0	0	0.9470	0.0000	0.0000	49.000	0.36	6.67	-6.31	43	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.2067	0.7933	0.0000	0	0	0.8150	0.1850	0.0000	0	0	0.9072	0.0928	0.0000
chr9	122629491	C	CA	0.500000	0.050	1	1	1	530	128	402	117	1	8	0	2	0	0	402	0	0	0.9141	0.0000	0.0000	14.875	0.48	1.00	-0.52	27	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.4405	0.5595	0.0000	0	0	0.8292	0.1708	0.0000	0	0	0.8894	0.1106	0.0000
chr9	128258516	GCCT	G	0.500000	0.050	1	-3	2	499	195	304	170	2	11	1	11	0	0	304	0	0	0.8718	0.0000	0.0000	16.727	0.31	4.27	-3.97	36	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0229	0.9771	0.0000	0	1	0.4180	0.5820	0.0000
chr9	128275972	CACATCAG	C	0.500000	0.050	1	-7	2	430	112	318	66	0	1	0	45	0	0	316	1	1	0.5893	0.0000	0.0063	111.000	0.36	7.80	-7.44	36	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4864	0.4386	0.0750	1	0	0.4782	0.4425	0.0793	1	0	0.4674	0.4475	0.0852
chr9	129868385	TGAC	T	0.500000	0.050	1	-3	2	508	160	348	0	0	3	0	157	0	0	346	1	1	0.0000	0.0000	0.0057	52.333		2.94		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0180	0.9820	2	2	0.0000	0.0195	0.9805	2	2	0.0000	0.0217	0.9783
chr9	130265925	CGGCAGT	C	0.500000	0.050	1	-6	1	261	65	196	0	0	1	1	63	0	0	195	0	1	0.0000	0.0000	0.0051	64.000		7.46		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1631	0.8369	2	2	0.0000	0.1676	0.8324	2	2	0.0000	0.1739	0.8261
chr9	130681605	T	TCGC	0.500000	0.050	1	3	1	557	167	390	9	5	41	4	108	0	0	379	1	10	0.0539	0.0000	0.0282	3.049	1.22	4.26	-3.04	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9980	0.0020	2	1	0.0000	0.9027	0.0973
chr9	133257521	T	TC	0.500000	0.050	1	1	4	292	142	150	82	0	5	0	55	0	0	150	0	0	0.5775	0.0000	0.0000	27.400	0.17	2.73	-2.56	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5908	0.3681	0.0410	1	0	0.5798	0.3756	0.0446	1	0	0.5649	0.3853	0.0498
chr9	133257521	T	TC	0.500000	0.050	1	1	4	292	142	150	82	0	5	0	55	0	0	150	0	0	0.5775	0.0000	0.0000	27.400	0.17	2.73	-2.56	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5908	0.3681	0.0410	1	0	0.5798	0.3756	0.0446	1	0	0.5649	0.3853	0.0498
chr9	135549839	G	GC	0.500000	0.050	1	1	1	213	79	134	42	1	0	0	36	0	0	133	0	1	0.5316	0.0000	0.0075	78.000	0.24	1.56	-1.32	16	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3100	0.5144	0.1757	1	1	0.3082	0.5133	0.1785	1	1	0.3058	0.5119	0.1823
chr9	135624500	CA	C	0.500000	0.050	1	-1	2	420	112	308	50	0	4	0	58	0	0	308	0	0	0.4464	0.0000	0.0000	27.000	0.46	1.10	-0.64	18	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1517	0.5139	0.3344	1	1	0.1552	0.5128	0.3320	1	1	0.1599	0.5115	0.3286
chr9	135945095	GCCT	G	0.500000	0.050	1	-3	2	298	115	183	109	0	3	0	3	0	0	183	0	0	0.9478	0.0000	0.0000	37.333	0.37	3.00	-2.63	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1039	0.8961	0.0000	0	0	0.6648	0.3352	0.0000	0	0	0.8173	0.1827	0.0000
chr9	136341024	TC	T	0.500000	0.050	1	-1	1	214	80	134	5	0	7	1	67	0	0	133	0	1	0.0625	0.0000	0.0075	10.429	0.00	1.85	-1.85	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9983	0.0017	2	1	0.0000	0.8358	0.1642	2	1	0.0000	0.5501	0.4499
chr9	138023718	TGGAGAAGGAGACCAC	T	0.500000	0.050	1	-15	1	461	137	324	82	1	12	3	39	0	0	314	0	10	0.5985	0.0000	0.0309	10.417	0.51	14.08	-13.56	24	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6427	0.3273	0.0300	1	0	0.6305	0.3364	0.0331	1	0	0.6139	0.3485	0.0376
chr9	138217086	G	GGCA	0.500000	0.050	1	3	1	202	112	90	48	1	22	0	41	0	0	90	0	0	0.4286	0.0000	0.0000	4.091	0.17	3.07	-2.91	10	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3382	0.5084	0.1534	1	1	0.3354	0.5078	0.1568	1	1	0.3317	0.5069	0.1614
chr10	5748003	CCTGCCTCAG	C	0.046274	0.050	1	-9	1	768	188	580	101	1	11	0	75	0	0	576	0	4	0.5372	0.0000	0.0069	16.000	0.16	8.16	-8.00	13	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7000	0.2965	0.0036	1	0	0.6942	0.3020	0.0039	1	0	0.6862	0.3095	0.0043
chr10	13657133	CCGCCCCCCG	C	0.028316	0.050	1	-9	1	776	161	615	128	0	31	1	1	0	0	615	0	0	0.7950	0.0000	0.0000	4.194	0.34	9.00	-8.66	22	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9913	0.0087	0.0000	0	0	0.9968	0.0032	0.0000	0	0	0.9976	0.0024	0.0000
chr10	21146411	ACACT	A	0.189476	0.050	1	-4	3	262	111	151	103	2	2	0	4	0	0	151	0	0	0.9279	0.0000	0.0000	54.500	0.10	4.50	-4.40	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0806	0.9194	0.0000	0	0	0.7976	0.2024	0.0000	0	0	0.9230	0.0770	0.0000
chr10	21516537	C	CCCTCCT	0.481720	0.050	1	6	6	809	192	617	167	1	21	0	3	0	0	617	0	0	0.8698	0.0000	0.0000	8.143	0.35	6.00	-5.65	7	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.3550	0.6450	0.0000	0	0	0.9014	0.0986	0.0000	0	0	0.9519	0.0481	0.0000
chr10	22209555	C	CAGA	0.259534	0.050	1	3	1	709	162	547	149	0	5	0	8	1	0	546	0	0	0.9198	0.0018	0.0018	31.400	0.11	3.50	-3.39	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0003	0.9997	0.0000	0	1	0.3550	0.6450	0.0000	0	0	0.8415	0.1585	0.0000
chr10	27413327	G	GC	0.340501	0.050	1	1	1	528	151	377	65	0	9	0	77	0	1	376	0	0	0.4305	0.0000	0.0027	15.778	0.28	1.29	-1.01	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1748	0.5504	0.2748	1	1	0.1803	0.5482	0.2715	1	1	0.1876	0.5455	0.2670
chr10	35640327	CCCGCGCCCGCGCCCG	C	0.000522	0.050	1	-15	1	733	189	544	153	2	30	0	4	1	1	542	0	0	0.8095	0.0018	0.0037	5.300	1.75	16.25	-14.50	13	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9932	0.0068	0.0000	0	0	0.9998	0.0002	0.0000	0	0	0.9999	0.0001	0.0000
chr10	63208190	ACTAAAC	A	0.035276	0.050	1	-6	1	779	170	609	93	0	5	0	72	0	0	607	0	2	0.5471	0.0000	0.0033	33.000	0.18	5.78	-5.59	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6656	0.3307	0.0037	1	0	0.6608	0.3352	0.0040	1	0	0.6543	0.3414	0.0043
chr10	73240978	AGCGGAG	A	0.006364	0.050	1	-6	3	142	76	66	51	1	3	1	20	0	0	65	0	1	0.6711	0.0000	0.0152	24.333	1.71	12.90	-11.19	21	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7971	0.2026	0.0003	1	0	0.7889	0.2108	0.0003	1	0	0.7778	0.2219	0.0003
chr10	73240989	ACCAGTCTCT	A	0.006454	0.050	1	-9	1	142	70	72	52	0	0	0	18	1	0	67	0	4	0.7429	0.0139	0.0694	70.000	1.69	13.33	-11.64	22	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8074	0.1923	0.0002	1	0	0.7992	0.2006	0.0003	1	0	0.7878	0.2118	0.0003
chr10	75022147	GGAA	G	0.161983	0.050	1	-3	1	424	104	320	78	1	18	1	6	0	0	320	0	0	0.7500	0.0000	0.0000	4.778	0.40	4.67	-4.27	12	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0005	0.9995	0.0000	0	1	0.2565	0.7435	0.0000	0	0	0.7195	0.2805	0.0000
chr10	87234508	TCTC	T	0.013816	0.050	1	-3	2	554	221	333	151	2	6	1	61	0	0	333	0	0	0.6833	0.0000	0.0000	35.833	0.28	3.11	-2.84	31	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9856	0.0144	0.0000	1	0	0.9832	0.0168	0.0000	1	0	0.9795	0.0205	0.0000
chr10	89738145	C	CTAAAAG	0.255522	0.050	1	6	1	711	147	564	137	0	7	0	3	0	0	564	0	0	0.9320	0.0000	0.0000	20.000	1.42	6.00	-4.58	17	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.4059	0.5941	0.0000	0	0	0.9201	0.0799	0.0000	0	0	0.9623	0.0377	0.0000
chr10	103350983	A	AGGAGGC	0.474578	0.050	1	6	1	352	85	267	46	0	6	0	33	0	0	265	1	1	0.5412	0.0000	0.0075	13.167	0.28	6.24	-5.96	34	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3963	0.4832	0.1205	1	1	0.3917	0.4841	0.1242	1	1	0.3855	0.4852	0.1292
chr10	113679881	CTT	C	0.228152	0.050	1	-2	1	330	145	185	75	0	9	0	61	0	0	184	0	1	0.5172	0.0000	0.0054	15.111	0.31	2.77	-2.46	3	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5299	0.4268	0.0433	1	0	0.5260	0.4288	0.0452	1	0	0.5207	0.4316	0.0477
chr10	114326025	C	CCCG	0.723472	0.050	1	3	3	208	79	129	0	0	2	0	77	0	0	129	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	38.500		3.06		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0522	0.9478	2	2	0.0000	0.0541	0.9459	2	2	0.0000	0.0569	0.9431
chr10	124021236	CG	C	0.538577	0.050	1	-1	1	361	74	287	15	2	6	13	38	0	5	276	3	3	0.2027	0.0000	0.0383	9.167	0.80	1.89	-1.09	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0237	0.2814	0.6949	1	2	0.0263	0.2919	0.6818	1	2	0.0302	0.3059	0.6639
chr10	125026590	A	AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG	0.127285	0.050	1	21	2	560	103	457	50	0	7	0	46	0	0	449	0	8	0.4854	0.0000	0.0175	13.714	1.52	12.74	-11.22	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3569	0.5658	0.0773	1	1	0.3608	0.5623	0.0770	1	1	0.3658	0.5577	0.0765
chr10	127738728	G	GGCC	0.003313	0.050	1	3	1	451	106	345	56	0	3	0	47	0	0	340	0	5	0.5283	0.0000	0.0145	34.333	0.20	3.21	-3.02	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5150	0.4838	0.0012	1	0	0.5156	0.4832	0.0012	1	0	0.5162	0.4826	0.0012
chr10	132329982	G	GC	0.500000	0.050	1	1	1	330	103	227	56	0	6	0	41	0	0	226	0	1	0.5437	0.0000	0.0044	16.167	0.07	1.02	-0.95	0	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4203	0.4743	0.1053	1	1	0.4145	0.4760	0.1095	1	1	0.4066	0.4782	0.1153
chr10	133423454	CGCCGCCCCGGCT	C	0.004943	0.050	1	-12	2	389	90	299	44	2	10	0	34	0	0	296	0	3	0.4889	0.0000	0.0100	8.000	1.80	13.44	-11.65	26	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5817	0.4171	0.0012	1	0	0.5794	0.4193	0.0012	1	0	0.5763	0.4224	0.0013
chr11	209894	ACCC	A	0.342592	0.050	1	-3	2	531	122	409	2	0	8	0	112	0	0	407	0	2	0.0164	0.0000	0.0049	14.250	4.50	2.84	1.66	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7404	0.2596	2	2	0.0000	0.3049	0.6951	2	2	0.0000	0.2079	0.7921
chr11	704604	GA	G	0.439706	0.050	1	-1	2	217	87	130	5	1	1	0	80	0	0	130	0	0	0.0575	0.0000	0.0000	86.000	0.20	2.12	-1.93	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9996	0.0004	2	1	0.0000	0.9045	0.0955	2	1	0.0000	0.6330	0.3670
chr11	798222	T	TCGC	0.001315	0.050	1	3	1	512	156	356	128	1	20	0	7	0	0	356	0	0	0.8205	0.0000	0.0000	6.800	0.33	4.14	-3.81	6	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1762	0.8238	0.0000	0	0	0.9942	0.0058	0.0000	0	0	0.9992	0.0008	0.0000
chr11	1051657	A	AC	0.136986	0.050	1	1	1	396	147	249	79	1	9	1	57	0	0	249	0	0	0.5374	0.0000	0.0000	15.222	0.33	1.75	-1.43	21	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6752	0.3126	0.0122	1	0	0.6683	0.3185	0.0132	1	0	0.6589	0.3266	0.0145
chr11	1597942	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	0.542785	0.050	1	-30	2	876	137	739	42	0	61	1	33	0	0	739	0	0	0.3066	0.0000	0.0000	1.246	0.55	5.42	-4.88	14	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3173	0.5122	0.1704	1	1	0.3143	0.5116	0.1741	1	1	0.3103	0.5108	0.1789
chr11	1630383	TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC	T	0.592794	0.050	1	-30	2	696	205	491	130	2	68	0	5	0	0	491	0	0	0.6341	0.0000	0.0000	2.015	0.28	1.80	-1.52	4	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0054	0.9946	0.0000	0	1	0.3871	0.6129	0.0000	0	0	0.7172	0.2828	0.0000
chr11	3640355	A	ATGG	0.500000	0.050	1	3	2	334	109	225	0	0	2	0	107	0	0	223	1	1	0.0000	0.0000	0.0089	53.500		2.87		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0605	0.9395	2	2	0.0000	0.0637	0.9363	2	2	0.0000	0.0683	0.9317
chr11	4368174	AG	A	0.500000	0.050	1	-1	2	687	227	460	3	0	5	0	219	0	0	460	0	0	0.0132	0.0000	0.0000	44.400	0.00	1.16	-1.16	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3437	0.6563	2	2	0.0000	0.0322	0.9678	2	2	0.0000	0.0157	0.9843
chr11	4545229	CT	C	0.500000	0.050	1	-1	2	318	84	234	36	0	0	0	48	0	0	234	0	0	0.4286	0.0000	0.0000	84.000	0.25	1.21	-0.96	18	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1207	0.4840	0.3953	1	1	0.1247	0.4851	0.3902	1	1	0.1301	0.4864	0.3834
chr11	4571476	T	TAC	0.500000	0.050	1	2	1	185	88	97	0	0	3	82	3	0	0	95	2	0	0.0000	0.0000	0.0206	1.667		3.00		0	0/0	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1617	0.8383	2	2	0.0000	0.1672	0.8328	2	2	0.0000	0.1749	0.8251
chr11	4571478	C	CAG	0.500000	0.050	1	2	1	185	90	95	0	0	3	1	86	0	0	93	0	2	0.0000	0.0000	0.0211	43.500		2.15		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0956	0.9044	2	2	0.0000	0.0995	0.9005	2	2	0.0000	0.1052	0.8948
chr11	5070346	A	AC	0.500000	0.050	1	1	1	547	139	408	132	0	3	0	4	0	0	408	0	0	0.9496	0.0000	0.0000	45.333	0.30	2.75	-2.45	4	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0411	0.9589	0.0000	0	0	0.6438	0.3562	0.0000	0	0	0.8429	0.1571	0.0000
chr11	5178110	A	AATGCCC	0.500000	0.050	1	6	1	637	151	486	0	0	2	0	149	0	0	478	1	7	0.0000	0.0000	0.0165	74.500		6.17		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0189	0.9811	2	2	0.0000	0.0204	0.9796	2	2	0.0000	0.0227	0.9773
chr11	5178587	GC	G	0.500000	0.050	1	-1	2	472	132	340	0	0	2	1	129	0	0	340	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	65.000		1.53		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0366	0.9634	2	2	0.0000	0.0390	0.9610	2	2	0.0000	0.0425	0.9575
chr11	5489193	ATCT	A	0.500000	0.050	1	-3	1	676	133	543	64	0	4	1	64	0	0	543	0	0	0.4812	0.0000	0.0000	32.250	0.81	4.08	-3.27	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2191	0.5390	0.2418	1	1	0.2210	0.5361	0.2429	1	1	0.2233	0.5324	0.2443
chr11	5489310	G	GGGCT	0.500000	0.050	1	4	1	634	140	494	135	0	0	0	5	0	0	494	0	0	0.9643	0.0000	0.0000	140.000	1.57	5.60	-4.03	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0084	0.9916	0.0000	0	1	0.4975	0.5025	0.0000	0	0	0.7987	0.2013	0.0000
chr11	6546665	C	CTGCCCTACTGCA	0.500000	0.050	1	12	2	738	121	617	0	0	9	0	112	0	0	593	0	24	0.0000	0.0000	0.0389	12.444		8.68		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0314	0.9686	2	2	0.0000	0.0335	0.9665	2	2	0.0000	0.0367	0.9633
chr11	6641514	C	CCAG	0.500000	0.050	1	3	5	614	180	434	76	4	24	0	76	0	0	433	0	1	0.4222	0.0000	0.0023	6.500	0.22	3.16	-2.93	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2609	0.5451	0.1940	1	1	0.2615	0.5417	0.1968	1	1	0.2623	0.5374	0.2003
chr11	9091461	GGCA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	293	159	134	70	0	16	2	71	0	0	133	0	1	0.4403	0.0000	0.0075	8.875	0.53	4.46	-3.94	0	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1881	0.5395	0.2724	1	1	0.1909	0.5365	0.2726	1	1	0.1946	0.5328	0.2726
chr11	12294797	G	GCTCCTCCTC	0.500000	0.050	1	9	1	519	139	380	1	1	51	0	86	0	0	370	0	10	0.0072	0.0000	0.0263	1.725	3.00	7.52	-4.52	1	0/1	1/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.6450	0.3550	2	2	0.0000	0.2553	0.7447	2	2	0.0000	0.1722	0.8278
chr11	18105983	A	ACCTCCT	0.500000	0.050	1	6	2	359	210	149	89	0	24	0	97	0	0	146	0	3	0.4238	0.0000	0.0201	7.750	0.19	5.69	-5.50	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1175	0.5200	0.3625	1	1	0.1218	0.5184	0.3598	1	1	0.1276	0.5163	0.3561
chr11	46703166	CAGTGGTGACAGA	C	0.500000	0.050	1	-12	1	310	62	248	34	0	4	0	24	0	0	245	0	3	0.5484	0.0000	0.0121	14.500	0.85	10.33	-9.48	8	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3306	0.5039	0.1655	1	1	0.3279	0.5036	0.1685	1	1	0.3242	0.5032	0.1726
chr11	47767111	CGGTGGT	C	0.500000	0.050	1	-6	1	217	90	127	0	0	2	0	88	0	0	122	1	4	0.0000	0.0000	0.0394	44.000		5.86		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0879	0.9121	2	2	0.0000	0.0917	0.9083	2	2	0.0000	0.0972	0.9028
chr11	48264429	CCTT	C	0.500000	0.050	1	-3	1	854	273	581	258	0	10	0	5	0	0	581	0	0	0.9451	0.0000	0.0000	26.300	0.20	3.00	-2.80	34	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1585	0.8415	0.0000	0	0	0.9536	0.0464	0.0000	0	0	0.9870	0.0130	0.0000
chr11	56361197	A	AT	0.500000	0.050	1	1	2	456	82	374	37	0	4	0	41	0	0	374	0	0	0.4512	0.0000	0.0000	19.500	0.59	1.27	-0.67	3	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1936	0.5189	0.2875	1	1	0.1959	0.5175	0.2866	1	1	0.1990	0.5157	0.2853
chr11	56413160	A	ACT	0.500000	0.050	1	2	4	731	155	576	0	0	3	0	152	0	0	572	0	4	0.0000	0.0000	0.0069	50.667		2.36		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0194	0.9806	2	2	0.0000	0.0209	0.9791	2	2	0.0000	0.0232	0.9768
chr11	60397879	ATT	A	0.500000	0.050	1	-2	1	97	54	43	53	0	0	0	1	0	0	43	0	0	0.9815	0.0000	0.0000	54.000	0.17	2.00	-1.83	15	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.4259	0.5741	0.0000	0	0	0.6546	0.3454	0.0000	0	0	0.7107	0.2893	0.0000
chr11	66744819	G	GGGC	0.500000	0.050	1	3	5	293	111	182	84	5	20	0	2	0	0	182	0	0	0.7568	0.0000	0.0000	4.550	0.86	6.00	-5.14	18	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.2643	0.7357	0.0000	0	0	0.7025	0.2975	0.0000	0	0	0.8006	0.1994	0.0000
chr11	71538079	A	AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG	0.500000	0.050	1	21	2	663	164	499	87	0	36	1	40	1	0	473	0	25	0.5305	0.0020	0.0521	3.556	0.14	8.15	-8.01	45	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5189	0.4221	0.0589	1	0	0.5103	0.4267	0.0630	1	0	0.4985	0.4327	0.0687
chr11	71582738	TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC	T	0.500000	0.050	1	-42	1	835	239	596	161	0	40	0	38	0	0	579	0	17	0.6736	0.0000	0.0285	4.975	0.21	11.53	-11.32	47	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9864	0.0136	0.0000	1	0	0.9837	0.0163	0.0000	1	0	0.9793	0.0206	0.0001
chr11	72139110	CTA	C	0.500000	0.050	1	-2	1	848	222	626	0	0	6	1	215	0	0	625	0	1	0.0000	0.0000	0.0016	36.000		2.15		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0042	0.9958	2	2	0.0000	0.0047	0.9953	2	2	0.0000	0.0055	0.9945
chr11	77184725	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	0.500000	0.050	1	-22	2	221	87	134	50	0	6	0	31	0	0	133	0	1	0.5747	0.0000	0.0075	13.500	0.12	14.29	-14.17	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4814	0.4373	0.0813	1	0	0.4730	0.4414	0.0856	1	0	0.4619	0.4466	0.0914
chr11	77243743	T	TA	0.500000	0.050	1	1	1	182	109	73	106	0	0	0	3	0	0	73	0	0	0.9725	0.0000	0.0000	109.000	0.25	3.00	-2.75	2	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0991	0.9009	0.0000	0	0	0.6488	0.3512	0.0000	0	0	0.8064	0.1936	0.0000
chr11	89490963	T	TCTC	0.500000	0.050	1	3	1	487	104	383	57	0	2	0	45	0	0	383	0	0	0.5481	0.0000	0.0000	51.000	0.30	4.18	-3.88	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3911	0.4895	0.1194	1	1	0.3864	0.4902	0.1235	1	1	0.3800	0.4910	0.1290
chr11	96092210	TTGCTGCTGC	T	0.500000	0.050	1	-9	1	1284	351	933	1	3	73	6	268	1	0	930	1	1	0.0028	0.0011	0.0032	3.847	4.00	7.34	-3.34	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1002	0.8998	2	2	0.0000	0.0108	0.9892	2	2	0.0000	0.0052	0.9948
chr11	113983120	CG	C	0.500000	0.050	1	-1	1	249	90	159	42	0	1	0	47	0	0	159	0	0	0.4667	0.0000	0.0000	89.000	0.24	1.11	-0.87	32	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1820	0.5196	0.2984	1	1	0.1847	0.5181	0.2972	1	1	0.1883	0.5163	0.2955
chr11	117918597	CGGGCTGGAGATGCCT	C	0.500000	0.050	1	-15	3	782	213	569	10	1	27	2	173	0	0	566	1	2	0.0469	0.0000	0.0053	6.889	0.60	10.25	-9.65	6	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9384	0.0616	2	2	0.0000	0.4336	0.5664
chr11	118535613	CAGTGTGGA	C	0.500000	0.050	1	-8	2	243	103	140	0	0	6	1	96	0	0	139	0	1	0.0000	0.0000	0.0071	16.000		7.58		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0784	0.9216	2	2	0.0000	0.0821	0.9179	2	2	0.0000	0.0873	0.9127
chr11	124880551	CCGGAGT	C	0.500000	0.050	1	-6	1	334	121	213	61	0	6	0	54	0	0	213	0	0	0.5041	0.0000	0.0000	19.167	0.57	5.96	-5.39	15	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3196	0.5204	0.1600	1	1	0.3178	0.5189	0.1633	1	1	0.3153	0.5169	0.1678
chr11	130428222	GGCA	G	0.500000	0.050	1	-3	1	454	160	294	63	1	14	2	80	0	0	291	1	2	0.3937	0.0000	0.0102	10.429	0.51	3.75	-3.24	7	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0633	0.4297	0.5070	1	2	0.0674	0.4339	0.4986	1	2	0.0732	0.4394	0.4873
chr12	139085	A	AGAG	0.000224	0.050	1	3	2	510	108	402	91	0	12	0	5	0	0	402	0	0	0.8426	0.0000	0.0000	8.000	0.87	3.00	-2.13	41	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9258	0.0742	0.0000	0	0	0.9993	0.0007	0.0000	0	0	0.9998	0.0002	0.0000
chr12	865189	T	TC	0.592141	0.050	1	1	1	386	147	239	73	0	2	0	72	1	0	235	0	3	0.4966	0.0042	0.0167	72.500	0.16	1.89	-1.72	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1760	0.5429	0.2811	1	1	0.1776	0.5396	0.2827	1	1	0.1798	0.5355	0.2848
chr12	1953157	T	TTGC	0.435834	0.050	1	3	1	555	140	415	59	4	19	1	57	1	0	410	0	4	0.4214	0.0024	0.0120	6.368	0.14	3.04	-2.90	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2857	0.5339	0.1804	1	1	0.2865	0.5312	0.1823	1	1	0.2874	0.5279	0.1847
chr12	4626799	T	TC	0.131925	0.050	1	1	1	580	126	454	9	0	1	0	116	0	0	447	0	7	0.0714	0.0000	0.0154	125.000	1.67	2.84	-1.18	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9922	0.0078	2	1	0.0000	0.9068	0.0932
chr12	4626803	GA	G	0.131932	0.050	1	-1	1	583	127	456	9	0	2	1	115	0	0	447	0	9	0.0709	0.0000	0.0197	62.000	1.67	2.88	-1.21	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9919	0.0081	2	1	0.0000	0.9032	0.0968
chr12	6667903	TTGC	T	0.555955	0.050	1	-3	1	427	134	293	6	0	32	9	87	0	0	291	0	2	0.0448	0.0000	0.0068	3.188	0.17	2.98	-2.81	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9992	0.0008	2	1	0.0000	0.7965	0.2035	2	2	0.0000	0.4147	0.5853
chr12	8222185	C	CACG	0.676520	0.050	1	3	1	1195	288	907	108	1	1	0	178	0	0	898	0	9	0.3750	0.0000	0.0099	287.000	2.02	3.96	-1.94	8	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0002	0.0429	0.9569	1	2	0.0003	0.0482	0.9515	1	2	0.0004	0.0561	0.9435
chr12	9733111	A	ATAAGT	0.503415	0.050	1	5	1	266	113	153	59	0	3	0	51	0	0	151	0	2	0.5221	0.0000	0.0131	36.667	0.10	5.00	-4.90	5	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3052	0.5238	0.1710	1	1	0.3038	0.5220	0.1741	1	1	0.3019	0.5198	0.1783
chr12	12477741	GCACGC	G	0.023257	0.050	1	-5	3	610	170	440	82	5	4	7	72	0	0	440	0	0	0.4824	0.0000	0.0000	41.000	0.34	8.58	-8.24	16	0/1	0/1	.	.	OK	1	0	0.5487	0.4458	0.0055	1	0	0.5483	0.4461	0.0057	1	0	0.5474	0.4466	0.0059
chr12	12477747	TGGGC	T	0.023236	0.050	1	-4	1	607	167	440	80	4	8	4	71	0	0	440	0	0	0.4790	0.0000	0.0000	52.667	0.34	8.69	-8.35	14	0/1	0/1	.	.	OK	1	0	0.5564	0.4383	0.0053	1	0	0.5555	0.4390	0.0055	1	0	0.5542	0.4400	0.0058
chr12	14567620	GGCA	G	0.679595	0.050	1	-3	1	324	165	159	77	1	12	3	72	0	0	159	0	0	0.4667	0.0000	0.0000	12.750	0.36	4.25	-3.89	9	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1708	0.5570	0.2722	1	1	0.1711	0.5532	0.2757	1	1	0.1714	0.5484	0.2802
chr12	18282464	GCCC	G	0.396371	0.050	1	-3	2	483	116	367	112	0	1	0	3	0	0	367	0	0	0.9655	0.0000	0.0000	115.000	0.10	3.67	-3.57	36	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1600	0.8400	0.0000	0	0	0.7648	0.2352	0.0000	0	0	0.8798	0.1202	0.0000
chr12	40406131	C	CGTCAGGATG	0.058262	0.050	1	9	2	150	72	78	36	0	5	0	31	0	0	71	1	6	0.5000	0.0000	0.0897	13.400	1.28	7.65	-6.37	6	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4240	0.5440	0.0320	1	1	0.4266	0.5415	0.0319	1	1	0.4299	0.5383	0.0318
chr12	40449704	CT	C	0.008989	0.050	1	-1	1	136	72	64	41	0	0	0	31	0	0	64	0	0	0.5694	0.0000	0.0000	72.000	0.15	1.13	-0.98	23	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5969	0.4011	0.0020	1	0	0.5938	0.4041	0.0021	1	0	0.5898	0.4081	0.0022
chr12	40490898	C	CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG	0.517853	0.050	1	30	1	791	105	686	0	0	56	1	48	0	0	662	0	24	0.0000	0.0000	0.0350	0.857		4.94		0	0/1	0/0	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1295	0.8705	2	2	0.0000	0.1337	0.8663	2	2	0.0000	0.1397	0.8603
chr12	52675438	CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT	C	0.460720	0.050	1	-21	2	890	205	685	106	1	17	2	79	0	1	683	0	1	0.5171	0.0000	0.0029	10.941	0.68	13.49	-12.81	28	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5886	0.3742	0.0372	1	0	0.5791	0.3804	0.0405	1	0	0.5662	0.3887	0.0452
chr12	52795629	ACCAAAGCCACCAGCCCCT	A	0.048305	0.050	1	-18	2	1097	287	810	212	1	72	0	2	0	0	810	0	0	0.7387	0.0000	0.0000	2.972	0.25	18.00	-17.75	2	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9938	0.0062	0.0000	0	0	0.9990	0.0010	0.0000	0	0	0.9994	0.0006	0.0000
chr12	55320622	C	CA	0.406066	0.050	1	1	2	357	101	256	99	0	0	0	2	0	0	256	0	0	0.9802	0.0000	0.0000	101.000	0.16	1.50	-1.34	63	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.4065	0.5935	0.0000	0	0	0.8158	0.1842	0.0000	0	0	0.8819	0.1181	0.0000
chr12	56686880	CAT	C	0.639374	0.050	1	-2	1	113	61	52	0	0	2	0	59	0	0	52	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	29.500		2.25		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1133	0.8867	2	2	0.0000	0.1163	0.8837	2	2	0.0000	0.1206	0.8794
chr12	70353913	TA	T	0.224313	0.050	1	-1	1	250	83	167	12	18	32	11	10	0	0	166	1	0	0.1446	0.0000	0.0060	1.267	3.67	1.90	1.77	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4657	0.4625	0.0718	1	1	0.4632	0.4637	0.0732	1	1	0.4597	0.4653	0.0750
chr12	76031157	TTGC	T	0.989485	0.050	1	-3	1	939	258	681	0	0	29	3	226	0	0	678	0	3	0.0000	0.0000	0.0044	7.897		3.16		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000
chr12	103947409	TGAA	T	0.500000	0.050	1	-3	1	329	76	253	67	0	7	0	2	0	0	253	0	0	0.8816	0.0000	0.0000	9.857	0.40	3.00	-2.60	11	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1710	0.8290	0.0000	0	0	0.5785	0.4215	0.0000	0	0	0.7033	0.2967	0.0000
chr12	108623874	GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT	G	0.500000	0.050	1	-30	1	1586	508	1078	409	4	76	1	18	2	11	1057	0	8	0.8051	0.0019	0.0195	5.658	0.78	21.72	-20.94	69	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0010	0.9990	0.0000	0	0	0.6224	0.3776	0.0000
chr12	111363022	TGCCACCCCC	T	0.500000	0.050	1	-9	1	593	149	444	82	0	8	0	59	0	0	438	1	5	0.5503	0.0000	0.0135	20.143	0.26	8.63	-8.37	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4453	0.4687	0.0861	1	1	0.4390	0.4705	0.0904	1	1	0.4306	0.4730	0.0964
chr12	111598949	GGCT	G	0.500000	0.050	1	-3	1	644	185	459	0	1	21	9	154	0	1	452	2	4	0.0000	0.0000	0.0153	7.714		3.40		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0562	0.9438	2	2	0.0000	0.0320	0.9680	2	2	0.0000	0.0274	0.9726
chr12	112931910	TA	T	0.500000	0.050	1	-1	1	184	94	90	3	0	2	0	89	0	0	90	0	0	0.0319	0.0000	0.0000	92.000	0.33	2.35	-2.01	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9349	0.0651	2	2	0.0000	0.4560	0.5440	2	2	0.0000	0.2682	0.7318
chr12	118068522	TTCCTCC	T	0.500000	0.050	1	-6	1	222	104	118	46	0	14	0	44	0	0	117	0	1	0.4423	0.0000	0.0085	6.923	0.13	6.02	-5.89	10	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2443	0.5277	0.2280	1	1	0.2451	0.5256	0.2293	1	1	0.2460	0.5230	0.2310
chr12	121626865	GGCCCC	G	0.500000	0.050	1	-5	5	381	116	265	0	0	10	0	106	0	1	256	0	8	0.0000	0.0000	0.0340	10.600		5.41		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0573	0.9427	2	2	0.0000	0.0601	0.9399	2	2	0.0000	0.0643	0.9357
chr12	121921491	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	0.500000	0.050	1	15	4	319	82	237	1	0	6	0	75	0	0	226	0	11	0.0122	0.0000	0.0464	12.667	0.00	12.13	-12.13	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3702	0.6298	2	2	0.0000	0.1896	0.8104	2	2	0.0000	0.1558	0.8442
chr12	124340175	C	CGCCGCTGCT	0.500000	0.050	1	9	5	622	155	467	1	0	27	1	126	0	0	440	0	27	0.0065	0.0000	0.0578	4.741	0.00	8.21	-8.21	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0960	0.9040	2	2	0.0000	0.0419	0.9581	2	2	0.0000	0.0349	0.9651
chr12	124402512	G	GGCT	0.500000	0.050	1	3	3	244	95	149	25	3	24	2	41	0	1	140	0	8	0.2632	0.0000	0.0604	2.958	0.24	5.56	-5.32	11	0/0	0/1	.	.	OK	1	2	0.0602	0.3979	0.5420	1	2	0.0642	0.4042	0.5316	1	2	0.0699	0.4124	0.5177
chr12	124402512	G	GGCTGCT	0.500000	0.050	1	6	3	244	95	149	28	0	26	0	41	0	1	140	0	8	0.2947	0.0000	0.0604	2.654	0.68	5.56	-4.88	10	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0688	0.4146	0.5166	1	2	0.0730	0.4200	0.5070	1	2	0.0788	0.4270	0.4942
chr12	124993835	C	CCTG	0.500000	0.050	1	3	1	206	82	124	7	1	10	0	64	0	0	120	1	3	0.0854	0.0000	0.0323	7.200	1.43	3.84	-2.42	5	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9743	0.0257	2	1	0.0000	0.7917	0.2083
chr12	131828553	G	GGCTGCCGCT	0.500000	0.050	1	9	1	245	66	179	0	1	6	1	58	0	0	177	0	2	0.0000	0.0000	0.0112	9.833		8.86		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2033	0.7967	2	2	0.0000	0.2042	0.7958	2	2	0.0000	0.2069	0.7931
chr12	132143818	CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT	C	0.500000	0.050	1	-36	5	526	161	365	112	2	44	0	3	0	0	365	0	0	0.6957	0.0000	0.0000	2.659	0.60	2.33	-1.74	14	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1162	0.8838	0.0000	0	0	0.6916	0.3084	0.0000	0	0	0.8345	0.1655	0.0000
chr13	30461360	TTCA	T	0.001253	0.050	1	-3	1	174	51	123	47	0	3	0	1	0	0	123	0	0	0.9216	0.0000	0.0000	16.000	0.60	4.00	-3.40	27	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9980	0.0020	0.0000	0	0	0.9992	0.0008	0.0000	0	0	0.9994	0.0006	0.0000
chr13	71866526	T	TGCCGCC	0.116857	0.050	1	6	1	659	133	526	1	1	36	0	95	0	0	518	2	6	0.0075	0.0000	0.0152	2.771	0.00	6.37	-6.37	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9308	0.0692	2	1	0.0000	0.6958	0.3042	2	1	0.0000	0.5785	0.4215
chr13	72743602	G	GGTGA	0.022257	0.050	1	4	1	163	81	82	73	0	6	0	2	0	0	82	0	0	0.9012	0.0000	0.0000	12.500	0.40	4.50	-4.10	27	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9133	0.0867	0.0000	0	0	0.9859	0.0141	0.0000	0	0	0.9917	0.0083	0.0000
chr13	78602188	G	GGCC	0.815212	0.050	1	3	4	565	68	497	0	0	7	0	61	0	0	495	1	1	0.0000	0.0000	0.0040	8.714		4.38		0	0/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0444	0.9556	2	2	0.0000	0.0458	0.9542	2	2	0.0000	0.0477	0.9523
chr13	99970413	TGGC	T	0.500000	0.050	1	-3	2	477	56	421	2	0	19	1	34	0	1	406	3	11	0.0357	0.0000	0.0356	1.947	0.50	5.59	-5.09	2	0/1	1/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.8936	0.1064	2	1	0.0000	0.5534	0.4466	2	2	0.0000	0.4119	0.5881
chr13	107866367	CGCTGCTGCTGCT	C	0.500000	0.050	1	-12	2	705	201	504	105	1	1	0	94	0	0	504	0	0	0.5224	0.0000	0.0000	199.000	0.38	9.35	-8.97	9	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3657	0.5206	0.1137	1	1	0.3630	0.5189	0.1181	1	1	0.3592	0.5168	0.1240
chr13	112068121	ATGGGCG	A	0.500000	0.050	1	-6	2	659	161	498	143	1	13	0	4	3	1	494	0	0	0.8882	0.0060	0.0080	11.385	0.99	6.75	-5.76	5	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0573	0.9427	0.0000	0	0	0.7277	0.2723	0.0000	0	0	0.8875	0.1125	0.0000
chr13	112547538	ATGGGAAAGTCGCGCG	A	0.500000	0.050	1	-15	1	311	131	180	1	0	48	1	81	0	0	176	0	4	0.0076	0.0000	0.0222	1.729	0.00	9.83	-9.83	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3706	0.6294	2	2	0.0000	0.1898	0.8102	2	2	0.0000	0.1561	0.8439
chr13	113325657	A	ACACT	0.500000	0.050	1	4	1	412	92	320	47	0	2	1	42	0	0	316	0	4	0.5109	0.0000	0.0125	45.000	0.47	4.17	-3.70	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2358	0.5287	0.2356	1	1	0.2368	0.5265	0.2367	1	1	0.2382	0.5238	0.2380
chr13	113406670	C	CAAG	0.500000	0.050	1	3	1	542	119	423	113	0	2	1	3	0	0	423	0	0	0.9496	0.0000	0.0000	58.500	0.52	3.33	-2.81	9	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0424	0.9576	0.0000	0	0	0.5568	0.4432	0.0000	0	0	0.7792	0.2208	0.0000
chr14	20002693	CT	C	0.452728	0.050	1	-1	4	465	105	360	0	0	5	1	99	0	0	360	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	20.000		1.99		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0890	0.9110	2	2	0.0000	0.0931	0.9069	2	2	0.0000	0.0992	0.9008
chr14	20060289	TCATAGATTTGCTCACTGAC	T	0.427196	0.050	1	-19	1	419	109	310	12	0	1	0	96	0	0	303	0	7	0.1101	0.0000	0.0226	108.000	0.25	18.96	-18.71	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9969	0.0031	2	1	0.0000	0.9075	0.0925
chr14	20198016	C	CA	0.700403	0.050	1	1	1	422	91	331	51	0	5	1	34	0	0	329	0	2	0.5604	0.0000	0.0060	17.200	0.24	1.09	-0.85	17	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2902	0.5398	0.1700	1	1	0.2847	0.5395	0.1759	1	1	0.2774	0.5388	0.1838
chr14	22902046	G	GGGC	0.560337	0.050	1	3	1	485	118	367	51	0	7	0	60	0	0	365	0	2	0.4322	0.0000	0.0054	15.857	0.43	2.90	-2.47	17	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1078	0.4847	0.4075	1	1	0.1113	0.4851	0.4036	1	1	0.1160	0.4857	0.3983
chr14	23079574	A	AGAACGT	0.278634	0.050	1	6	1	446	110	336	0	0	3	0	107	0	0	336	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	35.667		5.35		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1492	0.8508	2	2	0.0000	0.1561	0.8439	2	2	0.0000	0.1661	0.8339
chr14	23080669	TTCC	T	0.061796	0.050	1	-3	1	598	193	405	97	0	13	2	81	0	0	405	0	0	0.5026	0.0000	0.0000	13.846	0.47	3.30	-2.82	57	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5949	0.3953	0.0098	1	0	0.5922	0.3975	0.0103	1	0	0.5884	0.4006	0.0110
chr14	24001481	T	TA	0.049020	0.050	1	1	2	325	132	193	125	2	4	0	1	0	0	193	0	0	0.9470	0.0000	0.0000	32.000	0.18	2.00	-1.82	3	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9894	0.0106	0.0000	0	0	0.9956	0.0044	0.0000	0	0	0.9965	0.0035	0.0000
chr14	24214060	CA	C	0.080276	0.050	1	-1	1	261	77	184	43	0	1	0	33	0	0	183	0	1	0.5584	0.0000	0.0054	76.000	0.35	1.15	-0.80	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5546	0.4254	0.0200	1	0	0.5519	0.4276	0.0206	1	0	0.5481	0.4305	0.0214
chr14	24300643	A	AGAGGAG	0.339983	0.050	1	6	1	396	113	283	42	0	24	1	46	0	0	280	0	3	0.3717	0.0000	0.0106	3.708	0.38	5.70	-5.31	0	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2132	0.5409	0.2459	1	1	0.2176	0.5390	0.2434	1	1	0.2235	0.5366	0.2399
chr14	53152762	T	TGCCGCC	0.826994	0.050	1	6	1	687	117	570	0	0	22	1	94	0	0	551	1	18	0.0000	0.0000	0.0333	4.318		6.87		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0117	0.9883	2	2	0.0000	0.0124	0.9876	2	2	0.0000	0.0134	0.9866
chr14	67198163	TGAA	T	0.018726	0.050	1	-3	2	160	60	100	35	0	4	0	21	0	0	97	0	3	0.5833	0.0000	0.0300	14.000	0.20	3.52	-3.32	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6089	0.3872	0.0039	1	0	0.6052	0.3908	0.0041	1	0	0.6001	0.3956	0.0043
chr14	69573086	CGCGGCG	C	0.814084	0.050	1	-6	2	650	169	481	0	0	42	1	126	0	0	475	0	6	0.0000	0.0000	0.0125	3.024		7.20		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0080	0.9920	2	2	0.0000	0.0086	0.9914	2	2	0.0000	0.0094	0.9906
chr14	77027448	CTGT	C	0.435919	0.050	1	-3	1	431	96	335	0	2	4	13	77	0	0	332	3	0	0.0000	0.0000	0.0090	27.333		4.55		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1802	0.8198	2	2	0.0000	0.1716	0.8284	2	2	0.0000	0.1672	0.8328
chr14	92688192	TGGC	T	0.643421	0.050	1	-3	2	534	164	370	7	0	23	3	131	0	0	370	0	0	0.0427	0.0000	0.0000	6.130	0.14	3.17	-3.03	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9994	0.0006	2	1	0.0000	0.6854	0.3146	2	2	0.0000	0.2312	0.7688
chr14	94115784	TGGCCATGGC	T	0.375227	0.050	1	-9	1	205	73	132	4	0	2	1	66	0	1	128	0	3	0.0548	0.0000	0.0303	35.500	0.25	8.82	-8.57	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9988	0.0012	2	1	0.0000	0.8906	0.1094	2	1	0.0000	0.6641	0.3359
chr14	104588781	TGACGGGCAG	T	0.435567	0.050	1	-9	1	235	65	170	0	0	9	0	56	0	0	166	0	4	0.0000	0.0000	0.0235	6.222		7.89		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2226	0.7774	2	2	0.0000	0.2279	0.7721	2	2	0.0000	0.2352	0.7648
chr14	104707525	ACCCCACCCCCAC	A	0.157029	0.050	1	-12	2	500	87	413	65	5	12	1	4	0	0	413	0	0	0.7471	0.0000	0.0000	6.636	0.29	10.00	-9.71	63	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0372	0.9628	0.0000	0	0	0.6427	0.3573	0.0000	0	0	0.8511	0.1489	0.0000
chr14	105529712	TGCC	T	0.270735	0.050	1	-3	2	425	134	291	4	0	9	0	121	0	0	286	1	4	0.0299	0.0000	0.0172	13.889	1.25	3.80	-2.55	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9873	0.0127	2	1	0.0000	0.6367	0.3633	2	2	0.0000	0.3690	0.6310
chr15	20534699	CCTCCTG	C	0.091103	0.050	1	-6	1	321	52	269	4	0	7	0	41	6	3	244	10	6	0.0769	0.0223	0.0929	6.429	2.00	6.02	-4.02	4	0/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0100	0.9078	0.0822	2	1	0.0002	0.9982	0.0016	2	1	0.0000	0.9947	0.0053
chr15	23439857	G	GCAT	0.979303	0.050	1	3	1	180	50	130	0	0	5	1	44	0	2	115	12	1	0.0000	0.0000	0.1154	9.000		3.82		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0114	0.9886	2	2	0.0000	0.0085	0.9915	2	2	0.0000	0.0074	0.9926
chr15	30373077	TCA	T	0.374666	0.050	1	-2	2	312	97	215	0	1	2	0	94	0	0	214	0	1	0.0000	0.0000	0.0047	47.500		1.87		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1791	0.8209	2	2	0.0000	0.1735	0.8265	2	2	0.0000	0.1729	0.8271
chr15	31229302	CG	C	0.310739	0.050	1	-1	2	209	97	112	0	0	1	91	5	0	0	111	1	0	0.0000	0.0000	0.0089	7.000		1.60		0	0/0	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1985	0.8015	2	2	0.0000	0.2062	0.7938	2	2	0.0000	0.2172	0.7828
chr15	31229302	CGG	C	0.653809	0.050	1	-2	2	209	97	112	0	0	6	2	89	0	0	111	0	1	0.0000	0.0000	0.0089	15.167		2.08		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0504	0.9496	2	2	0.0000	0.0527	0.9473	2	2	0.0000	0.0559	0.9441
chr15	31484007	TGGC	T	0.683637	0.050	1	-3	1	683	146	537	0	0	36	5	105	0	0	530	0	7	0.0000	0.0000	0.0130	3.143		4.03		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0244	0.9756	2	2	0.0000	0.0258	0.9742	2	2	0.0000	0.0278	0.9722
chr15	40407805	GTT	G	0.332169	0.050	1	-2	1	465	160	305	69	0	3	0	88	0	0	304	0	1	0.4313	0.0000	0.0033	52.333	1.45	2.05	-0.60	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1055	0.5152	0.3793	1	1	0.1116	0.5168	0.3716	1	1	0.1199	0.5187	0.3613
chr15	40807701	T	TGGGGC	0.358646	0.050	1	5	1	461	146	315	125	0	14	0	7	0	0	315	0	0	0.8562	0.0000	0.0000	9.429	0.16	4.00	-3.84	15	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0005	0.9995	0.0000	0	1	0.2677	0.7323	0.0000	0	0	0.7272	0.2728	0.0000
chr15	65964929	CA	C	0.000030	0.050	1	-1	1	361	138	223	134	1	0	0	3	0	0	223	0	0	0.9710	0.0000	0.0000	138.000	0.67	1.67	-1.00	4	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9999	0.0001	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr15	70984141	GCAA	G	0.472078	0.050	1	-3	2	171	95	76	5	0	1	0	89	0	0	74	0	2	0.0526	0.0000	0.0263	94.000	0.20	3.01	-2.81	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9975	0.0025	2	1	0.0000	0.7697	0.2303	2	2	0.0000	0.4473	0.5527
chr15	72737574	TAA	T	0.000073	0.050	1	-2	3	758	139	619	77	0	5	0	57	0	1	616	0	2	0.5540	0.0000	0.0048	26.800	0.25	2.09	-1.84	57	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6813	0.3187	0.0000	1	0	0.6763	0.3237	0.0000	1	0	0.6694	0.3305	0.0000
chr15	75208267	ATCCAGC	A	0.000063	0.050	1	-6	3	691	147	544	58	0	33	0	56	0	0	540	0	4	0.3946	0.0000	0.0074	3.455	0.50	6.02	-5.52	14	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4395	0.5605	0.0000	1	1	0.4431	0.5568	0.0000	1	1	0.4477	0.5522	0.0000
chr15	78620725	ACAG	A	0.589191	0.050	1	-3	1	445	111	334	48	1	5	2	55	0	0	333	0	1	0.4324	0.0000	0.0030	21.200	0.33	3.67	-3.34	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1131	0.4904	0.3966	1	1	0.1161	0.4903	0.3936	1	1	0.1203	0.4902	0.3895
chr15	84643645	ACTTGGCTCCGTGTTCCAT	A	0.188520	0.050	1	-18	1	413	98	315	39	0	21	0	38	0	0	312	0	3	0.3980	0.0000	0.0095	3.667	0.41	12.66	-12.25	17	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3593	0.5390	0.1017	1	1	0.3618	0.5366	0.1016	1	1	0.3649	0.5336	0.1015
chr15	89776889	GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC	G	0.425786	0.050	1	-24	2	782	170	612	0	1	31	0	138	0	0	593	0	19	0.0000	0.0000	0.0310	4.452		15.61		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0297	0.9703	2	2	0.0000	0.0313	0.9687	2	2	0.0000	0.0340	0.9660
chr15	92655448	TTGGAGC	T	0.998005	0.050	1	-6	1	398	137	261	0	0	4	0	133	0	0	249	0	12	0.0000	0.0000	0.0460	33.250		6.95		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0001	0.9999	2	2	0.0000	0.0001	0.9999	2	2	0.0000	0.0001	0.9999
chr15	99712504	CCAG	C	0.144765	0.050	1	-3	2	576	232	344	110	0	34	10	78	0	0	341	0	3	0.4741	0.0000	0.0087	5.824	0.21	3.23	-3.02	16	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6201	0.3637	0.0162	1	0	0.6154	0.3673	0.0172	1	0	0.6089	0.3723	0.0188
chr15	99712504	CCAGCAG	C	0.319707	0.050	1	-6	2	576	238	338	116	1	108	1	12	0	0	338	0	0	0.4874	0.0000	0.0000	1.229	0.20	5.83	-5.64	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0084	0.9916	0.0000	0	1	0.2466	0.7534	0.0000
chr15	101746837	T	TC	0.190418	0.050	1	1	2	22	14	8	8	0	0	0	6	0	0	7	0	1	0.5714	0.0000	0.1250	14.000	0.12	1.00	-0.88	8	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4149	0.4967	0.0884	1	1	0.4146	0.4967	0.0887	1	1	0.4143	0.4967	0.0890
chr16	2009735	CG	C	0.999815	0.050	1	-1	6	334	74	260	0	0	2	1	71	0	0	260	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	36.000		6.68		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000
chr16	2009735	CG	C	0.999815	0.050	1	-1	6	334	74	260	0	0	2	1	71	0	0	260	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	36.000		6.68		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000	2	2	0.0000	0.0000	1.0000
chr16	10430799	GGAC	G	0.612863	0.050	1	-3	1	457	115	342	57	1	4	0	53	0	0	341	0	1	0.4957	0.0000	0.0029	27.750	0.18	2.92	-2.75	17	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2219	0.5405	0.2376	1	1	0.2215	0.5378	0.2407	1	1	0.2208	0.5345	0.2447
chr16	11927441	GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA	G	0.078615	0.050	1	-42	2	338	126	212	32	1	43	2	48	0	0	202	0	10	0.2540	0.0000	0.0472	1.907	1.59	4.79	-3.20	12	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1475	0.6744	0.1781	1	1	0.1563	0.6733	0.1704	1	1	0.1684	0.6711	0.1605
chr16	11933617	CAT	C	0.996541	0.050	1	-2	1	144	53	91	0	0	1	0	52	0	0	91	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	52.000		2.17		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0009	0.9991	2	2	0.0000	0.0010	0.9990	2	2	0.0000	0.0010	0.9990
chr16	15873504	T	TCTA	0.057892	0.050	1	3	2	139	69	70	31	0	3	0	35	0	0	70	0	0	0.4493	0.0000	0.0000	22.000	0.00	2.89	-2.89	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4011	0.5623	0.0366	1	1	0.4044	0.5593	0.0363	1	1	0.4087	0.5553	0.0360
chr16	21984339	T	TGAGGTAGAG	0.000117	0.050	1	9	1	392	151	241	116	1	33	0	1	0	0	241	0	0	0.7682	0.0000	0.0000	3.576	0.15	9.00	-8.85	72	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr16	22008325	AG	A	0.081606	0.050	1	-1	1	303	181	122	100	0	0	0	81	0	0	122	0	0	0.5525	0.0000	0.0000	181.000	0.41	1.19	-0.78	52	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6474	0.3438	0.0088	1	0	0.6427	0.3480	0.0094	1	0	0.6361	0.3537	0.0102
chr16	28320769	TTGCCCGTGCCGGTGCCGGTGCCAG	T	0.000421	0.050	1	-24	3	509	116	393	66	1	11	0	38	1	0	384	0	8	0.5690	0.0025	0.0229	9.545	0.36	19.00	-18.64	18	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7206	0.2794	0.0000	1	0	0.7142	0.2857	0.0000	1	0	0.7056	0.2944	0.0000
chr16	31759375	G	GA	0.500000	0.050	1	1	1	153	91	62	53	0	2	2	34	0	0	61	0	1	0.5824	0.0000	0.0161	44.500	0.36	1.88	-1.52	23	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4509	0.4564	0.0927	1	1	0.4438	0.4592	0.0970	1	1	0.4343	0.4629	0.1028
chr16	57813722	ATG	A	0.500000	0.050	1	-2	1	337	152	185	85	64	1	0	2	0	0	185	0	0	0.5592	0.0000	0.0000	88.000	0.20	10.00	-9.80	39	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.5422	0.4578	0.0000	0	0	0.8836	0.1164	0.0000	0	0	0.9256	0.0744	0.0000
chr16	57813725	CAGGTGG	C	0.500000	0.050	1	-6	1	337	155	182	153	0	0	0	2	0	0	181	1	0	0.9871	0.0000	0.0055	155.000	0.58	10.00	-9.42	71	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.3586	0.6414	0.0000	0	0	0.8648	0.1352	0.0000	0	0	0.9296	0.0704	0.0000
chr16	58543411	GA	G	0.500000	0.050	1	-1	1	418	75	343	32	6	4	6	27	0	0	343	0	0	0.4267	0.0000	0.0000	16.250	0.97	2.04	-1.07	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2982	0.5140	0.1878	1	1	0.2968	0.5129	0.1903	1	1	0.2949	0.5116	0.1935
chr16	66579699	GTAAGGAGCCATCGGACAAACCTCAAAAGGCGGTGCAGGACCA	G	0.500000	0.050	1	-42	2	517	169	348	133	1	34	0	1	0	0	347	0	1	0.7870	0.0000	0.0029	3.971	0.35	0.00	0.35	79	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.5267	0.4733	0.0000	0	0	0.8775	0.1225	0.0000	0	0	0.9219	0.0781	0.0000
chr16	71922608	AATGCCC	A	0.500000	0.050	1	-6	2	297	142	155	66	0	20	1	55	0	0	155	0	0	0.4648	0.0000	0.0000	6.100	4.79	7.05	-2.27	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3610	0.5068	0.1321	1	1	0.3577	0.5062	0.1361	1	1	0.3531	0.5055	0.1414
chr16	72787719	ACCG	A	0.500000	0.050	1	-3	2	615	120	495	45	1	16	1	57	0	0	495	0	0	0.3750	0.0000	0.0000	6.933	0.91	4.00	-3.09	15	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1215	0.4921	0.3864	1	1	0.1256	0.4926	0.3819	1	1	0.1310	0.4932	0.3758
chr16	81127868	G	GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC	0.500000	0.050	1	22	2	359	96	263	40	0	14	0	42	0	0	250	0	13	0.4167	0.0000	0.0494	5.857	0.07	14.69	-14.62	22	0/1	1/1	.	.	OK	1	1	0.0986	0.4656	0.4358	1	1	0.1028	0.4679	0.4293	1	1	0.1086	0.4708	0.4206
chr16	81208543	GTT	G	0.500000	0.050	1	-2	2	222	114	108	0	0	3	0	111	0	0	104	0	4	0.0000	0.0000	0.0370	37.000		4.49		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0515	0.9485	2	2	0.0000	0.0544	0.9456	2	2	0.0000	0.0587	0.9413
chr16	87604287	C	CCTG	0.500000	0.050	1	3	1	433	121	312	47	6	31	1	36	0	0	309	0	3	0.3884	0.0000	0.0096	2.903	0.00	3.00	-3.00	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4079	0.4797	0.1124	1	1	0.4025	0.4810	0.1165	1	1	0.3951	0.4827	0.1221
chr16	88533287	GGA	G	0.500000	0.050	1	-2	1	631	141	490	0	0	8	10	123	0	0	484	1	5	0.0000	0.0000	0.0122	16.375		7.93		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0290	0.9710	2	2	0.0000	0.0311	0.9689	2	2	0.0000	0.0341	0.9659
chr16	88533292	CT	C	0.500000	0.050	1	-1	2	627	129	498	0	0	9	13	107	0	1	487	5	5	0.0000	0.0000	0.0221	15.000		8.21		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0398	0.9602	2	2	0.0000	0.0421	0.9579	2	2	0.0000	0.0456	0.9544
chr16	88533294	CTGG	C	0.500000	0.050	1	-3	1	626	124	502	0	0	2	2	120	0	1	491	5	5	0.0000	0.0000	0.0219	122.000		8.39		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1180	0.8820	2	2	0.0000	0.0672	0.9328	2	2	0.0000	0.0575	0.9425
chr16	88534246	CCCCCGCGCCCGAGTCGCCGCGGCCCGGAAGCGGAAGCGGAAGCGGCCCCGGCCTCGCCCCTGCGCGCTCGCCCGG	C	0.500000	0.050	1	-75	1	627	233	394	216	1	14	0	2	1	0	393	0	0	0.9270	0.0025	0.0025	15.643	1.19	3.00	-1.81	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9020	0.0980	0.0000	0	0	0.9827	0.0173	0.0000	0	0	0.9888	0.0112	0.0000
chr16	88714226	AGGTGTG	A	0.500000	0.050	1	-6	1	697	148	549	0	1	9	0	138	0	0	547	0	2	0.0000	0.0000	0.0036	15.444		6.91		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1136	0.8864	2	2	0.0000	0.0567	0.9433	2	2	0.0000	0.0478	0.9522
chr16	88721199	CCTT	C	0.500000	0.050	1	-3	1	458	121	337	77	0	2	0	42	0	0	337	0	0	0.6364	0.0000	0.0000	59.500	0.81	5.57	-4.77	19	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6943	0.2840	0.0217	1	0	0.6811	0.2946	0.0243	1	0	0.6630	0.3088	0.0282
chr16	89224802	G	GGTGA	0.500000	0.050	1	4	2	179	82	97	0	0	1	1	80	0	0	94	0	3	0.0000	0.0000	0.0309	81.000		4.11		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1078	0.8922	2	2	0.0000	0.1119	0.8881	2	2	0.0000	0.1178	0.8822
chr16	89850471	C	CGAG	0.500000	0.050	1	3	3	532	136	396	72	2	11	2	49	0	0	391	0	5	0.5294	0.0000	0.0126	11.273	0.14	3.06	-2.92	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.4747	0.4482	0.0771	1	0	0.4672	0.4514	0.0814	1	0	0.4571	0.4556	0.0873
chr17	3690982	TG	T	0.682464	0.050	1	-1	2	332	131	201	59	1	3	0	68	0	0	201	0	0	0.4504	0.0000	0.0000	42.667	0.29	1.18	-0.89	3	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.0892	0.4878	0.4229	1	1	0.0916	0.4874	0.4211	1	1	0.0947	0.4868	0.4184
chr17	7024700	C	CCAG	0.654808	0.050	1	3	1	704	189	515	18	0	33	1	137	0	0	507	0	8	0.0952	0.0000	0.0155	4.727	0.22	3.03	-2.81	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9996	0.0004	2	1	0.0000	0.9269	0.0731
chr17	7846859	TACC	T	0.005966	0.050	1	-3	2	1224	386	838	150	11	89	8	128	0	0	833	2	3	0.3886	0.0000	0.0060	3.315	5.58	4.16	1.42	36	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6439	0.3556	0.0006	1	0	0.6416	0.3578	0.0006	1	0	0.6383	0.3610	0.0007
chr17	7848540	TCACCAC	T	0.097683	0.050	1	-6	1	991	310	681	140	0	49	1	120	0	0	663	3	15	0.4516	0.0000	0.0264	5.438	1.04	6.53	-5.49	2	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4072	0.5586	0.0342	1	1	0.4118	0.5532	0.0350	1	1	0.4175	0.5466	0.0359
chr17	16353372	G	GCGGAGGCCC	0.500000	0.050	1	9	2	430	124	306	0	0	4	1	119	0	0	306	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	30.000		7.20		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0466	0.9534	2	2	0.0000	0.0493	0.9507	2	2	0.0000	0.0534	0.9466
chr17	17136247	CCAG	C	0.500000	0.050	1	-3	1	461	186	275	0	0	20	8	158	0	0	273	0	2	0.0000	0.0000	0.0073	8.300		3.09		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0144	0.9856	2	2	0.0000	0.0156	0.9844	2	2	0.0000	0.0175	0.9825
chr17	17793784	AGC	A	0.500000	0.050	1	-2	1	878	250	628	1	2	40	7	200	0	0	627	1	0	0.0040	0.0000	0.0016	5.622	1.00	4.23	-3.23	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0602	0.9398	2	2	0.0000	0.0211	0.9789	2	2	0.0000	0.0151	0.9849
chr17	17793787	AG	A	0.500000	0.050	1	-1	1	881	244	637	1	31	12	17	183	0	0	637	0	0	0.0041	0.0000	0.0000	57.250	1.00	4.04	-3.04	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9671	0.0329	2	1	0.0000	0.7937	0.2063	2	1	0.0000	0.5078	0.4922
chr17	18971372	C	CGGT	0.500000	0.050	1	3	1	751	156	595	5	0	7	0	144	0	0	589	0	6	0.0321	0.0000	0.0101	21.286	0.40	3.99	-3.59	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9877	0.0123	2	2	0.0000	0.4108	0.5892	2	2	0.0000	0.1496	0.8504
chr17	40701882	CA	C	0.500000	0.050	1	-1	2	170	116	54	2	0	1	0	113	0	0	53	0	1	0.0172	0.0000	0.0185	115.000	0.00	1.27	-1.27	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.5960	0.4040	2	2	0.0000	0.1859	0.8141	2	2	0.0000	0.1203	0.8797
chr17	40818999	GCCGCCGCCGGAGCTT	G	0.500000	0.050	1	-15	1	849	194	655	77	0	58	1	58	1	1	641	3	9	0.3969	0.0015	0.0214	2.345	7.51	15.62	-8.11	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3341	0.5234	0.1424	1	1	0.3321	0.5216	0.1463	1	1	0.3292	0.5194	0.1514
chr17	40819055	TGCCGCCGTGGCC	T	0.500000	0.050	1	-12	1	848	186	662	89	7	17	4	69	1	2	646	3	10	0.4785	0.0015	0.0242	11.857	8.07	11.72	-3.66	11	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3811	0.5097	0.1092	1	1	0.3777	0.5088	0.1135	1	1	0.3729	0.5077	0.1194
chr17	41041248	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCACAGCAGCGTGGCTGGCAGGAGCTGGTCTCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCGCAGGTCCCACTGGTGGAGCAGCTGGGAAATCCACAGAAGCTGGTCTGA	G	0.500000	0.050	1	-138	2	743	288	455	236	1	15	0	36	0	0	455	0	0	0.8194	0.0000	0.0000	18.200	1.05	2.75	-1.70	42	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0005	0.9995	0.0000
chr17	41098083	A	AT	0.500000	0.050	1	1	2	309	94	215	0	0	7	0	87	0	0	215	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	12.429		1.63		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1004	0.8996	2	2	0.0000	0.1044	0.8956	2	2	0.0000	0.1102	0.8898
chr17	41105490	CTGCAGGACCACCTGCTGCCGCCCCAGCTGTTGTGTATCCAGCTGCTGCAGGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACTTGTTCCCGCCCCAGCTGCTGTCAGACCACCTGT	C	0.500000	0.050	1	-120	1	581	244	337	163	3	15	2	61	0	0	337	0	0	0.6680	0.0000	0.0000	15.267	1.53	3.18	-1.65	43	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9840	0.0160	0.0000	1	0	0.9809	0.0190	0.0001	1	0	0.9761	0.0238	0.0001
chr17	41105856	CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA	C	0.500000	0.050	1	-30	1	554	202	352	119	0	31	0	52	1	0	341	0	10	0.5891	0.0028	0.0312	5.516	0.76	22.42	-21.66	43	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8732	0.1240	0.0028	1	0	0.8621	0.1344	0.0035	1	0	0.8461	0.1494	0.0046
chr17	41149523	T	TGGCAGCAGCTGGGGC	0.500000	0.050	1	15	1	471	95	376	0	0	11	1	83	1	2	362	1	10	0.0000	0.0027	0.0372	7.545		7.24		0	0/1	1/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.5574	0.4426	2	2	0.0000	0.2704	0.7296	2	2	0.0000	0.1931	0.8069
chr17	41238458	AGACCACCTGCTGCAG	A	0.500000	0.050	1	-15	1	426	108	318	74	0	14	1	19	1	0	314	0	3	0.6852	0.0031	0.0126	6.714	3.74	15.58	-11.84	40	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8488	0.1463	0.0050	1	0	0.8360	0.1581	0.0060	1	0	0.5066	0.4887	0.0047
chr17	44903871	G	GAGT	0.500000	0.050	1	3	5	1359	255	1104	129	0	1	0	125	0	0	1102	0	2	0.5059	0.0000	0.0018	254.000	0.42	3.29	-2.87	25	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2327	0.5764	0.1909	1	1	0.2350	0.5707	0.1943	1	1	0.2379	0.5635	0.1986
chr17	45242067	TCCG	T	0.500000	0.050	1	-3	2	661	191	470	79	3	26	1	82	2	2	465	0	1	0.4136	0.0043	0.0106	6.346	0.57	3.40	-2.83	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2443	0.5507	0.2050	1	1	0.2457	0.5469	0.2075	1	1	0.2472	0.5421	0.2107
chr17	47361520	CAGTG	C	0.500000	0.050	1	-4	1	186	64	122	56	0	5	0	3	0	0	122	0	0	0.8750	0.0000	0.0000	11.800	0.16	4.67	-4.51	6	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0296	0.9704	0.0000	0	1	0.3492	0.6508	0.0000	0	0	0.5567	0.4433	0.0000
chr17	58756096	G	GGAACCC	0.500000	0.050	1	6	2	471	178	293	73	1	39	0	65	0	0	293	0	0	0.4101	0.0000	0.0000	3.564	0.30	5.32	-5.02	29	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3411	0.5186	0.1404	1	1	0.3387	0.5171	0.1442	1	1	0.3353	0.5153	0.1494
chr17	67959642	T	TCCTCCAGCC	0.500000	0.050	1	9	1	434	164	270	141	0	20	0	3	0	0	270	0	0	0.8598	0.0000	0.0000	7.200	0.40	9.33	-8.94	41	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.2059	0.7941	0.0000	0	0	0.8136	0.1864	0.0000	0	0	0.9059	0.0941	0.0000
chr17	74842991	A	AGCTCCGGGG	0.500000	0.050	1	9	2	556	113	443	1	0	10	0	102	0	0	432	0	11	0.0088	0.0000	0.0248	10.300	0.00	8.16	-8.16	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2295	0.7705	2	2	0.0000	0.1073	0.8927	2	2	0.0000	0.0881	0.9119
chr17	75616380	C	CAGG	0.500000	0.050	1	3	1	768	198	570	69	8	70	2	49	0	0	568	0	2	0.3485	0.0000	0.0035	1.814	0.75	3.69	-2.94	27	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5587	0.3913	0.0500	1	0	0.5485	0.3977	0.0538	1	0	0.5347	0.4060	0.0593
chr17	76292311	CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT	C	0.500000	0.050	1	-30	1	2113	483	1630	235	12	67	6	163	1	3	1615	3	8	0.4865	0.0006	0.0092	6.119	1.03	6.99	-5.96	23	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9097	0.0895	0.0008	1	0	0.9013	0.0977	0.0010	1	0	0.8889	0.1096	0.0014
chr17	76292483	CTGA	C	0.500000	0.050	1	-3	1	2100	541	1559	236	9	27	7	262	1	3	1423	19	113	0.4362	0.0006	0.0872	18.889	1.28	4.63	-3.35	20	0/1	1/1	.	.	OK	1	2	0.0000	0.0025	0.9975	1	2	0.0000	0.0031	0.9969	1	2	0.0000	0.0042	0.9958
chr17	78802466	TTTTTTC	T	0.500000	0.050	1	-6	7	275	116	159	0	0	14	0	102	0	0	158	0	1	0.0000	0.0000	0.0063	7.286		5.56		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0697	0.9303	2	2	0.0000	0.0731	0.9269	2	2	0.0000	0.0781	0.9219
chr17	81245700	AATG	A	0.500000	0.050	1	-3	2	581	156	425	148	0	3	0	5	0	0	425	0	0	0.9487	0.0000	0.0000	51.000	0.24	2.80	-2.56	54	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0117	0.9883	0.0000	0	0	0.5771	0.4229	0.0000	0	0	0.8442	0.1558	0.0000
chr18	21520797	A	ATCT	0.999706	0.050	1	3	1	134	74	60	1	0	3	0	70	0	1	58	0	1	0.0135	0.0000	0.0333	23.667	0.00	3.11	-3.11	1	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0004	0.9996	2	2	0.0000	0.0001	0.9999	2	2	0.0000	0.0001	0.9999
chr18	23136050	GGGCGCCGGC	G	0.218600	0.050	1	-9	2	395	75	320	64	3	5	0	3	0	0	320	0	0	0.8533	0.0000	0.0000	13.800	1.11	9.00	-7.89	2	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1256	0.8744	0.0000	0	0	0.7150	0.2850	0.0000	0	0	0.8535	0.1465	0.0000
chr18	31069031	GTCC	G	0.000429	0.050	1	-3	1	306	141	165	130	0	8	0	3	0	0	165	0	0	0.9220	0.0000	0.0000	16.625	0.18	3.33	-3.16	12	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9978	0.0022	0.0000	0	0	0.9999	0.0001	0.0000	0	0	0.9999	0.0001	0.0000
chr18	44876705	C	CTCTT	0.547041	0.050	1	4	1	232	117	115	63	0	4	0	50	0	0	115	0	0	0.5385	0.0000	0.0000	28.250	0.24	4.80	-4.56	25	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3750	0.4998	0.1252	1	1	0.3700	0.5002	0.1298	1	1	0.3632	0.5007	0.1360
chr18	46253735	TCTG	T	0.500000	0.050	1	-3	1	139	76	63	42	0	0	0	34	0	0	62	0	1	0.5526	0.0000	0.0159	76.000	0.14	3.18	-3.03	2	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3273	0.5088	0.1638	1	1	0.3249	0.5081	0.1670	1	1	0.3215	0.5073	0.1712
chr18	49879055	T	TGAG	0.500000	0.050	1	3	1	227	122	105	9	0	3	0	110	0	0	102	0	3	0.0738	0.0000	0.0286	39.667	0.00	3.77	-3.77	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9619	0.0381	2	1	0.0000	0.6550	0.3450
chr18	51196775	CGCCGCCGCG	C	0.500000	0.050	1	-9	2	442	136	306	123	1	6	1	5	0	0	306	0	0	0.9044	0.0000	0.0000	21.667	1.35	11.60	-10.25	1	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0016	0.9984	0.0000	0	1	0.2868	0.7132	0.0000	0	0	0.6803	0.3197	0.0000
chr18	54269587	GCGA	G	0.500000	0.050	1	-3	2	249	145	104	74	0	6	0	65	0	0	104	0	0	0.5103	0.0000	0.0000	23.167	0.18	3.29	-3.12	20	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3413	0.5185	0.1402	1	1	0.3389	0.5170	0.1440	1	1	0.3356	0.5152	0.1492
chr18	58537155	ACAGTTGATGTGTCCT	A	0.500000	0.050	1	-15	2	659	163	496	87	0	8	1	67	0	0	492	0	4	0.5337	0.0000	0.0081	19.375	0.20	13.94	-13.74	31	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4196	0.4853	0.0951	1	1	0.4145	0.4860	0.0995	1	1	0.4075	0.4871	0.1055
chr18	62523553	C	CCCG	0.500000	0.050	1	3	6	381	79	302	3	1	19	3	53	0	1	299	0	2	0.0380	0.0000	0.0099	3.222	1.00	5.25	-4.25	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9763	0.0237	2	1	0.0000	0.6944	0.3056	2	2	0.0000	0.4844	0.5156
chr18	70196614	T	TCTC	0.500000	0.050	1	3	1	198	96	102	0	0	7	0	89	0	0	102	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	12.714		3.09		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0963	0.9037	2	2	0.0000	0.1002	0.8998	2	2	0.0000	0.1059	0.8941
chr18	74556356	G	GTGC	0.500000	0.050	1	3	1	141	88	53	3	0	4	2	79	0	0	49	0	4	0.0341	0.0000	0.0755	21.000	0.00	3.10	-3.10	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9402	0.0598	2	2	0.0000	0.4763	0.5237	2	2	0.0000	0.2840	0.7160
chr18	76496529	C	CG	0.500000	0.050	1	1	1	297	75	222	34	0	4	1	36	0	0	220	2	0	0.4533	0.0000	0.0090	17.750	0.21	2.28	-2.07	24	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1922	0.5168	0.2910	1	1	0.1945	0.5156	0.2899	1	1	0.1976	0.5140	0.2884
chr18	79863691	G	GGGC	0.500000	0.050	1	3	4	421	156	265	72	1	16	0	67	0	0	264	0	1	0.4615	0.0000	0.0038	8.750	0.39	3.43	-3.04	26	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2885	0.5355	0.1761	1	1	0.2880	0.5328	0.1792	1	1	0.2873	0.5294	0.1833
chr18	79864067	CGCGCGGGGCCGA	C	0.500000	0.050	1	-12	3	404	69	335	42	1	1	0	25	1	0	330	1	3	0.6087	0.0030	0.0149	68.000	0.60	10.08	-9.48	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4416	0.4587	0.0997	1	1	0.4346	0.4615	0.1039	1	1	0.4253	0.4650	0.1097
chr19	501701	G	GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA	0.223947	0.050	1	24	3	406	170	236	15	4	9	4	138	0	1	232	1	2	0.0882	0.0000	0.0169	22.857	3.27	4.93	-1.66	3	0/1	1/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9923	0.0077
chr19	1535194	GCCC	G	0.232630	0.050	1	-3	1	167	68	99	3	0	0	1	64	0	0	98	0	1	0.0441	0.0000	0.0101	67.000	0.00	4.62	-4.62	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9883	0.0117	2	1	0.0000	0.8281	0.1719	2	1	0.0000	0.6746	0.3254
chr19	1825928	TCTC	T	0.223001	0.050	1	-3	2	271	176	95	99	0	1	0	76	0	1	94	0	0	0.5625	0.0000	0.0105	175.000	0.22	2.99	-2.76	13	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6599	0.3223	0.0177	1	0	0.6525	0.3282	0.0192	1	0	0.6425	0.3362	0.0213
chr19	2015541	GGGC	G	0.470011	0.050	1	-3	4	424	130	294	2	0	21	103	4	0	0	288	6	0	0.0154	0.0000	0.0204	5.190	2.00	5.25	-3.25	2	0/0	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.6308	0.3692	2	2	0.0000	0.2085	0.7915	2	2	0.0000	0.1361	0.8639
chr19	2015541	GGGCGGC	G	0.145769	0.050	1	-6	4	424	133	291	3	0	24	0	106	0	0	282	3	6	0.0226	0.0000	0.0309	4.739	1.33	9.71	-8.37	1	0/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9769	0.0231	2	1	0.0000	0.7135	0.2865	2	1	0.0000	0.5263	0.4737
chr19	2015541	GGGCGGCGGCGGC	G	0.199114	0.050	1	-12	4	424	142	282	19	0	73	2	48	0	0	272	0	10	0.1338	0.0000	0.0355	0.957	2.21	12.96	-10.75	11	0/1	0/0	.	.	OK	1	2	0.0493	0.4383	0.5124	1	2	0.0549	0.4509	0.4941	1	1	0.0626	0.4712	0.4662
chr19	8334065	CTCGCTGTCGCCA	C	0.292264	0.050	1	-12	2	491	155	336	140	0	9	0	6	0	0	336	0	0	0.9032	0.0000	0.0000	16.222	0.80	8.67	-7.87	26	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0046	0.9954	0.0000	0	0	0.5821	0.4179	0.0000	0	0	0.8820	0.1180	0.0000
chr19	9126022	G	GATGGT	0.319679	0.050	1	5	3	279	79	200	0	0	4	0	75	0	0	195	0	5	0.0000	0.0000	0.0250	18.750		5.27		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2220	0.7780	2	2	0.0000	0.2289	0.7711	2	2	0.0000	0.2388	0.7612
chr19	11447525	AGAG	A	0.336648	0.050	1	-3	1	757	261	496	96	0	36	16	113	0	0	493	0	3	0.3678	0.0000	0.0060	6.250	0.41	3.21	-2.81	32	0/1	0/1	.	.	OK	1	2	0.0330	0.3867	0.5803	1	2	0.0369	0.3961	0.5669	1	2	0.0428	0.4085	0.5487
chr19	13207858	CCTG	C	0.175850	0.050	1	-3	1	412	132	280	48	0	20	8	56	0	0	277	2	1	0.3636	0.0000	0.0107	5.600	0.62	3.16	-2.54	36	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1698	0.5988	0.2314	1	1	0.1774	0.5975	0.2252	1	1	0.1877	0.5953	0.2169
chr19	13207858	CCTGCTGCTGCTGCTGCTG	C	0.085228	0.050	1	-18	1	412	142	270	128	0	10	1	3	0	0	269	0	1	0.9014	0.0000	0.0037	13.200	1.91	12.00	-10.09	100	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.1067	0.8933	0.0000	0	0	0.9066	0.0934	0.0000	0	0	0.9737	0.0263	0.0000
chr19	14942171	T	TATC	0.985769	0.050	1	3	1	538	99	439	0	1	1	1	96	0	0	438	0	1	0.0000	0.0000	0.0023	97.000		3.07		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0015	0.9985	2	2	0.0000	0.0015	0.9985	2	2	0.0000	0.0016	0.9984
chr19	20624371	G	GA	0.722794	0.050	1	1	1	104	28	76	0	0	1	0	27	0	0	72	0	4	0.0000	0.0000	0.0526	27.000		3.15		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1434	0.8566	2	2	0.0000	0.1455	0.8545	2	2	0.0000	0.1484	0.8516
chr19	21383385	TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC	T	0.206936	0.050	1	-84	2	407	60	347	40	0	9	0	11	0	3	343	0	1	0.6667	0.0000	0.0115	5.667	0.93	2.73	-1.80	4	0/0	0/1	.	.	OK	1	0	0.7660	0.2247	0.0094	1	0	0.6575	0.3335	0.0090	0	1	0.1900	0.8085	0.0015
chr19	23744939	CCA	C	0.187747	0.050	1	-2	4	333	71	262	34	0	2	0	35	0	0	257	0	5	0.4789	0.0000	0.0191	34.500	0.15	2.26	-2.11	12	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3095	0.5611	0.1295	1	1	0.3136	0.5582	0.1282	1	1	0.3189	0.5545	0.1265
chr19	30009211	GTGA	G	0.833397	0.050	1	-3	1	370	105	265	0	0	17	6	82	0	0	265	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	5.176		2.76		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0214	0.9786	2	2	0.0000	0.0223	0.9777	2	2	0.0000	0.0237	0.9763
chr19	35267372	G	GGGA	0.741773	0.050	1	3	1	531	126	405	8	0	5	1	112	0	0	402	0	3	0.0635	0.0000	0.0074	24.200	0.38	3.14	-2.77	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9999	0.0001	2	1	0.0000	0.8064	0.1936	2	2	0.0000	0.2967	0.7033
chr19	35511516	GCCA	G	0.098140	0.050	1	-3	1	528	200	328	12	1	20	2	165	0	0	324	0	4	0.0600	0.0000	0.0122	8.900	7.58	3.53	4.06	6	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9979	0.0021	2	1	0.0000	0.9362	0.0638
chr19	38385765	A	AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG	0.053863	0.050	1	24	2	566	139	427	114	1	19	0	5	0	0	427	0	0	0.8201	0.0000	0.0000	6.316	1.02	10.40	-9.38	16	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0829	0.9171	0.0000	0	0	0.9139	0.0861	0.0000	0	0	0.9773	0.0227	0.0000
chr19	39906132	AGC	A	0.783963	0.050	1	-2	1	220	22	198	0	0	3	18	1	0	0	198	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	5.667		4.00		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1475	0.8525	2	2	0.0000	0.1487	0.8513	2	2	0.0000	0.1504	0.8496
chr19	39906137	T	TGC	0.795815	0.050	1	2	2	220	21	199	0	0	11	10	0	0	0	199	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	0.667				0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.1658	0.8342	2	2	0.0001	0.1666	0.8333	2	2	0.0001	0.1678	0.8321
chr19	40667987	CTGCTGT	C	0.548568	0.050	1	-6	1	419	131	288	63	2	5	0	61	0	0	288	0	0	0.4809	0.0000	0.0000	24.800	0.13	5.67	-5.55	11	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2484	0.5386	0.2130	1	1	0.2483	0.5358	0.2158	1	1	0.2481	0.5324	0.2195
chr19	41116202	G	GC	0.200742	0.050	1	1	2	430	134	296	73	0	5	0	56	0	0	295	0	1	0.5448	0.0000	0.0034	25.800	0.15	2.11	-1.96	39	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5826	0.3874	0.0301	1	0	0.5773	0.3910	0.0317	1	0	0.5701	0.3960	0.0339
chr19	41577387	A	AGAC	0.041016	0.050	1	3	1	283	76	207	4	0	2	1	69	0	0	206	0	1	0.0526	0.0000	0.0048	37.000	0.00	4.19	-4.19	0	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9996	0.0004	2	1	0.0000	0.9832	0.0168	2	1	0.0000	0.9496	0.0504
chr19	42910638	AC	A	0.000003	0.050	1	-1	1	610	278	332	271	0	1	0	6	0	0	332	0	0	0.9748	0.0000	0.0000	277.000	0.12	1.33	-1.21	73	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9999	0.0001	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr19	43847014	GGGAGAT	G	0.416095	0.050	1	-6	1	297	81	216	5	0	0	0	76	0	0	213	0	3	0.0617	0.0000	0.0139	81.000	0.20	6.74	-6.54	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9985	0.0015	2	1	0.0000	0.8494	0.1506	2	1	0.0000	0.5752	0.4248
chr19	44085846	TCTC	T	0.633374	0.050	1	-3	2	511	168	343	105	0	4	1	58	0	0	341	0	2	0.6250	0.0000	0.0058	40.750	0.06	3.05	-2.99	13	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7166	0.2679	0.0155	1	0	0.7012	0.2809	0.0180	1	0	0.6798	0.2985	0.0218
chr19	44274642	CG	C	0.147169	0.050	1	-1	2	471	149	322	139	1	4	0	5	0	0	322	0	0	0.9329	0.0000	0.0000	36.000	0.23	3.60	-3.37	1	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0569	0.9431	0.0000	0	0	0.8675	0.1325	0.0000	0	0	0.9629	0.0371	0.0000
chr19	45645376	A	AGCCCGGGCCCGGTCCCC	0.000007	0.050	1	17	3	142	50	92	22	2	10	0	16	0	0	92	0	0	0.4400	0.0000	0.0000	4.000	0.23	11.50	-11.27	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5854	0.4145	0.0000	1	0	0.5827	0.4173	0.0000	1	0	0.5789	0.4211	0.0000
chr19	45761789	A	ATCCAGC	0.479648	0.050	1	6	2	564	240	324	189	0	43	0	8	1	0	318	0	5	0.7875	0.0031	0.0185	4.581	0.25	6.50	-6.25	71	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0000	1.0000	0.0000	0	1	0.0196	0.9804	0.0000	0	1	0.4516	0.5484	0.0000
chr19	45795880	T	TCTCCTCGCCCTCCTCCTC	0.105365	0.050	1	18	1	376	138	238	110	0	26	0	2	0	0	238	0	0	0.7971	0.0000	0.0000	4.308	0.27	9.00	-8.73	36	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.8378	0.1622	0.0000	0	0	0.9711	0.0289	0.0000	0	0	0.9826	0.0174	0.0000
chr19	49652104	GCCGCTCCCGCTC	G	0.005187	0.050	1	-12	2	584	158	426	76	0	24	1	57	0	0	419	2	5	0.4810	0.0000	0.0164	5.583	0.93	10.35	-9.42	8	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5911	0.4079	0.0010	1	0	0.5891	0.4098	0.0011	1	0	0.5863	0.4126	0.0011
chr19	50007714	CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG	C	0.010131	0.050	1	-21	1	233	91	142	49	0	11	0	31	0	0	138	0	4	0.5385	0.0000	0.0282	7.273	0.45	15.94	-15.49	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6399	0.3585	0.0016	1	0	0.6355	0.3628	0.0017	1	0	0.6295	0.3687	0.0018
chr19	50378563	A	AAAC	0.592165	0.050	1	3	2	624	144	480	3	0	5	76	60	0	0	475	2	3	0.0208	0.0000	0.0104	46.333	0.00	3.30	-3.30	1	0/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7503	0.2497	2	2	0.0000	0.1536	0.8464	2	2	0.0000	0.0761	0.9239
chr19	50378565	A	ACAG	0.341817	0.050	1	3	3	621	149	472	2	0	5	62	80	0	0	470	0	2	0.0134	0.0000	0.0042	28.600	0.00	3.26	-3.26	2	0/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.5853	0.4147	2	2	0.0000	0.1828	0.8172	2	2	0.0000	0.1204	0.8796
chr19	51501537	G	GC	0.655856	0.050	1	1	1	569	166	403	89	1	7	4	65	0	0	402	1	0	0.5361	0.0000	0.0025	22.571	0.72	2.71	-1.99	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3971	0.5047	0.0982	1	1	0.3891	0.5068	0.1041	1	1	0.3783	0.5095	0.1123
chr19	52300416	CTG	C	0.721947	0.050	1	-2	1	157	78	79	3	0	1	1	73	0	0	77	1	1	0.0385	0.0000	0.0253	77.000	0.67	2.10	-1.43	3	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.8834	0.1166	2	2	0.0000	0.3046	0.6954	2	2	0.0000	0.1596	0.8404
chr19	52383892	TA	T	0.382581	0.050	1	-1	2	458	132	326	67	0	7	0	58	0	0	326	0	0	0.5076	0.0000	0.0000	17.857	0.27	1.81	-1.54	49	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.4059	0.4908	0.1033	1	1	0.4033	0.4904	0.1062	1	1	0.3998	0.4901	0.1102
chr19	52383993	T	TCAA	0.387747	0.050	1	3	1	547	134	413	69	0	4	0	61	0	0	412	0	1	0.5149	0.0000	0.0024	32.500	0.23	3.33	-3.10	41	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3741	0.5073	0.1186	1	1	0.3727	0.5060	0.1213	1	1	0.3706	0.5044	0.1250
chr19	52951222	C	CACT	0.402666	0.050	1	3	2	628	149	479	0	0	1	0	148	0	0	479	0	0	0.0000	0.0000	0.0000	148.000		3.53		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0346	0.9654	2	2	0.0000	0.0371	0.9629	2	2	0.0000	0.0410	0.9590
chr19	54171999	GCCC	G	0.005239	0.050	1	-3	1	310	138	172	130	0	4	0	4	0	0	172	0	0	0.9420	0.0000	0.0000	33.500	0.29	3.00	-2.71	8	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.8795	0.1205	0.0000	0	0	0.9969	0.0031	0.0000	0	0	0.9990	0.0010	0.0000
chr19	54250974	TG	T	0.674930	0.050	1	-1	5	570	147	423	96	0	8	0	43	0	0	422	0	1	0.6531	0.0000	0.0024	17.375	0.27	2.51	-2.24	56	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7743	0.2163	0.0094	1	0	0.7580	0.2308	0.0112	1	0	0.7351	0.2508	0.0141
chr19	54462808	G	GCCT	0.457433	0.050	1	3	1	688	133	555	9	0	6	0	118	0	0	545	1	9	0.0677	0.0000	0.0180	21.167	0.11	3.18	-3.07	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9537	0.0463	2	1	0.0000	0.6100	0.3900
chr19	54574889	C	CGT	0.000015	0.050	1	2	3	871	211	660	182	2	4	4	19	0	0	641	10	9	0.8626	0.0000	0.0288	51.750	1.40	12.11	-10.71	56	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0320	0.9680	0.0000	0	1	0.0001	0.9999	0.0000	0	0	0.7406	0.2594	0.0000
chr19	54574891	TGC	T	0.000020	0.050	1	-2	1	872	210	662	182	0	4	4	20	0	1	640	7	14	0.8667	0.0000	0.0332	51.500	1.46	12.00	-10.54	56	0/0	0/1	.	.	OK	1	0	0.9985	0.0015	0.0000	0	1	0.0005	0.9995	0.0000	0	1	0.2414	0.7586	0.0000
chr19	54575935	GGC	G	0.000047	0.050	1	-2	1	496	96	400	90	2	1	1	2	0	0	400	0	0	0.9375	0.0000	0.0000	95.000	0.29	10.00	-9.71	6	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9997	0.0003	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr19	54575938	C	CTT	0.000047	0.050	1	2	2	491	95	396	89	0	2	2	2	0	0	395	0	1	0.9368	0.0000	0.0025	46.500	0.30	10.00	-9.70	7	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9965	0.0035	0.0000	0	0	0.9999	0.0001	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr19	55014735	G	GCAGA	0.030755	0.050	1	4	2	767	153	614	73	0	16	0	64	0	0	611	0	3	0.4771	0.0000	0.0049	8.562	0.14	3.94	-3.80	23	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5188	0.4721	0.0091	1	0	0.5191	0.4716	0.0093	1	0	0.5192	0.4712	0.0096
chr19	55014991	A	AGCGGGAGGG	0.000023	0.050	1	9	1	709	166	543	67	6	38	0	55	0	0	530	0	13	0.4036	0.0000	0.0239	3.368	2.81	8.93	-6.12	1	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.5179	0.4821	0.0000	1	0	0.5188	0.4812	0.0000	1	0	0.5198	0.4802	0.0000
chr19	55279518	A	AGCCGCCGCC	0.498757	0.050	1	9	2	459	111	348	49	0	17	0	45	0	0	343	0	5	0.4414	0.0000	0.0144	5.529	0.33	7.64	-7.32	19	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2239	0.5299	0.2462	1	1	0.2254	0.5277	0.2470	1	1	0.2273	0.5248	0.2478
chr19	55358511	GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT	G	0.867196	0.050	1	-24	1	677	198	479	111	0	19	0	68	1	0	467	0	11	0.5606	0.0021	0.0251	9.421	0.30	21.09	-20.79	1	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3215	0.5981	0.0804	1	1	0.3096	0.6026	0.0877	1	1	0.2939	0.6078	0.0983
chr19	55518249	C	CCCA	0.294252	0.050	1	3	4	848	190	658	6	0	40	1	143	0	1	641	3	13	0.0316	0.0000	0.0258	3.846	1.83	5.39	-3.56	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9997	0.0003	2	1	0.0000	0.8250	0.1750	2	2	0.0000	0.4051	0.5949
chr19	55578542	C	CCCG	0.537557	0.050	1	3	1	573	116	457	66	0	3	1	46	0	0	454	0	3	0.5690	0.0000	0.0066	37.667	1.33	3.65	-2.32	4	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4222	0.4769	0.1009	1	1	0.4156	0.4788	0.1055	1	1	0.4068	0.4813	0.1119
chr19	56088071	C	CTCG	0.023520	0.050	1	3	2	338	54	284	24	1	1	1	27	0	0	284	0	0	0.4444	0.0000	0.0000	53.000	2.54	4.33	-1.79	0	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4350	0.5509	0.0141	1	1	0.4376	0.5484	0.0140	1	1	0.4410	0.5451	0.0139
chr19	57477298	A	AGCC	0.315092	0.050	1	3	1	139	77	62	5	1	3	1	67	0	0	61	0	1	0.0649	0.0000	0.0161	24.667	0.00	3.03	-3.03	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.9995	0.0005	2	1	0.0000	0.9374	0.0626	2	1	0.0000	0.7676	0.2324
chr19	57639970	TG	T	0.349431	0.050	1	-1	1	175	79	96	37	1	0	0	41	0	0	96	0	0	0.4684	0.0000	0.0000	79.000	0.16	1.07	-0.91	19	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2713	0.5327	0.1961	1	1	0.2738	0.5306	0.1956	1	1	0.2770	0.5280	0.1950
chr20	145514	GCAAA	G	0.152578	0.050	1	-4	2	322	98	224	92	0	3	0	3	0	0	223	0	1	0.9388	0.0000	0.0045	31.667	1.14	4.00	-2.86	48	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0762	0.9238	0.0000	0	0	0.7887	0.2113	0.0000	0	0	0.9197	0.0803	0.0000
chr20	145669	ACC	A	0.558572	0.050	1	-2	1	317	126	191	59	0	5	0	62	0	0	190	0	1	0.4683	0.0000	0.0052	24.200	0.08	3.39	-3.30	11	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.1654	0.5271	0.3074	1	1	0.1678	0.5249	0.3073	1	1	0.1709	0.5221	0.3070
chr20	257794	CTGGTCT	C	0.606741	0.050	1	-6	2	119	81	38	46	0	3	0	32	0	0	38	0	0	0.5679	0.0000	0.0000	26.000	0.02	6.69	-6.67	12	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3589	0.5024	0.1387	1	1	0.3527	0.5035	0.1438	1	1	0.3445	0.5048	0.1507
chr20	1915303	A	AGT	0.380246	0.050	1	2	1	431	144	287	101	0	2	1	40	0	0	284	0	3	0.7014	0.0000	0.0105	71.000	0.12	8.35	-8.23	17	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.8951	0.1029	0.0020	1	0	0.8856	0.1120	0.0024	1	0	0.8718	0.1251	0.0032
chr20	1915304	CCT	C	0.378293	0.050	1	-2	1	430	147	283	104	0	3	1	39	0	0	280	0	3	0.7075	0.0000	0.0106	48.000	0.12	8.38	-8.27	12	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9127	0.0860	0.0013	1	0	0.9039	0.0944	0.0017	1	0	0.8912	0.1066	0.0022
chr20	1915405	CCGA	C	0.360324	0.050	1	-3	4	429	167	262	121	0	4	0	42	0	0	261	0	1	0.7246	0.0000	0.0038	40.750	0.07	8.05	-7.97	13	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9612	0.0386	0.0002	1	0	0.9558	0.0439	0.0003	1	0	0.9476	0.0519	0.0005
chr20	13759800	CCTT	C	0.002105	0.050	1	-3	1	201	116	85	64	0	1	0	51	0	0	84	0	1	0.5517	0.0000	0.0118	115.000	0.23	3.02	-2.79	22	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6103	0.3893	0.0004	1	0	0.6074	0.3922	0.0004	1	0	0.6034	0.3962	0.0004
chr20	21126073	C	CG	0.617502	0.050	1	1	2	249	94	155	2	0	5	0	87	0	0	155	0	0	0.0213	0.0000	0.0000	17.800	0.00	1.09	-1.09	2	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.6398	0.3602	2	2	0.0000	0.2155	0.7845	2	2	0.0000	0.1392	0.8608
chr20	25476413	GCTCCCA	G	0.449443	0.050	1	-6	2	670	159	511	0	0	5	1	153	0	0	502	0	9	0.0000	0.0000	0.0176	30.800		5.77		0	1/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0198	0.9802	2	2	0.0000	0.0215	0.9785	2	2	0.0000	0.0240	0.9760
chr20	34077058	C	CCAG	0.656931	0.050	1	3	1	457	169	288	2	2	8	64	93	0	0	280	1	7	0.0118	0.0000	0.0278	22.571	0.50	2.76	-2.26	2	0/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.2202	0.7798	2	2	0.0000	0.0422	0.9578	2	2	0.0000	0.0262	0.9738
chr20	34077071	CGGT	C	0.001321	0.050	1	-3	2	454	180	274	95	1	12	1	71	0	0	274	0	0	0.5278	0.0000	0.0000	13.917	2.44	3.83	-1.39	5	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7252	0.2747	0.0001	1	0	0.7192	0.2807	0.0001	1	0	0.7110	0.2889	0.0001
chr20	35226773	GGCCGCCGCC	G	0.585944	0.050	1	-9	4	312	99	213	0	2	28	4	65	0	1	206	1	5	0.0000	0.0000	0.0329	2.500		9.68		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.3565	0.6435	2	2	0.0000	0.2207	0.7793	2	2	0.0000	0.1777	0.8223
chr20	35277855	A	AGGCTGG	0.014271	0.050	1	6	1	365	125	240	10	0	26	1	88	0	0	230	0	10	0.0800	0.0000	0.0417	3.769	1.70	5.60	-3.90	6	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	1	0.0000	0.9998	0.0002	2	1	0.0000	0.9962	0.0038
chr20	45375515	CATT	C	0.606231	0.050	1	-3	2	488	146	342	137	1	5	0	3	0	0	341	1	0	0.9384	0.0000	0.0029	28.200	0.48	2.33	-1.85	73	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0398	0.9602	0.0000	0	0	0.5872	0.4128	0.0000	0	0	0.8033	0.1967	0.0000
chr20	45891598	CCTG	C	0.607197	0.050	1	-3	2	946	327	619	11	0	39	7	270	0	0	613	1	5	0.0336	0.0000	0.0097	7.385	0.27	3.00	-2.73	5	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	1.0000	0.0000	2	2	0.0000	0.4829	0.5171	2	2	0.0000	0.0419	0.9581
chr20	47651092	ACAG	A	0.342693	0.050	1	-3	2	571	290	281	114	5	32	7	132	0	0	280	0	1	0.3931	0.0000	0.0036	7.938	0.28	3.12	-2.84	38	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.0825	0.5210	0.3966	1	1	0.0883	0.5220	0.3898	1	1	0.0964	0.5232	0.3804
chr20	58228620	C	CCCG	0.223199	0.050	1	3	1	448	135	313	65	1	7	0	62	0	0	307	0	6	0.4815	0.0000	0.0192	18.143	0.40	3.23	-2.83	19	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3255	0.5558	0.1188	1	1	0.3289	0.5522	0.1189	1	1	0.3333	0.5476	0.1191
chr20	62065054	CGGGCGCGGG	C	0.000869	0.050	1	-9	2	295	43	252	30	2	8	1	2	0	0	252	0	0	0.6977	0.0000	0.0000	4.250	2.07	1.00	1.07	18	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9579	0.0421	0.0000	0	0	0.9972	0.0028	0.0000	0	0	0.9988	0.0012	0.0000
chr20	62065249	TGCCAGG	T	0.994314	0.050	1	-6	2	281	55	226	0	3	13	0	39	0	1	221	0	4	0.0000	0.0000	0.0221	3.077		4.08		0	0/1	0/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0259	0.9741	2	2	0.0000	0.0076	0.9924	2	2	0.0000	0.0047	0.9953
chr21	30541662	AG	A	0.714353	0.050	1	-1	1	323	152	171	86	0	2	0	64	0	0	171	0	0	0.5658	0.0000	0.0000	75.000	0.29	2.06	-1.77	38	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3702	0.5246	0.1052	1	1	0.3615	0.5268	0.1117	1	1	0.3499	0.5295	0.1207
chr21	32631618	A	AAGTATT	0.509844	0.050	1	6	4	765	196	569	103	0	6	1	86	0	0	559	0	10	0.5255	0.0000	0.0176	31.500	0.21	5.60	-5.39	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2895	0.5501	0.1604	1	1	0.2894	0.5463	0.1643	1	1	0.2889	0.5417	0.1694
chr21	39511744	G	GAGA	0.574597	0.050	1	3	2	244	139	105	3	0	8	0	128	0	0	105	0	0	0.0216	0.0000	0.0000	16.375	0.33	2.97	-2.64	1	1/1	0/1	.	.	OK	2	1	0.0000	0.7978	0.2022	2	2	0.0000	0.1897	0.8103	2	2	0.0000	0.0952	0.9048
chr21	41878845	C	CG	0.999218	0.050	1	1	2	353	40	313	0	0	2	1	37	0	0	311	1	1	0.0000	0.0000	0.0064	19.000		2.35		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0003	0.9997	2	2	0.0000	0.0003	0.9997	2	2	0.0000	0.0003	0.9997
chr21	44539673	A	ATG	0.649605	0.050	1	2	2	903	133	770	64	2	10	2	55	0	0	766	1	3	0.4812	0.0000	0.0052	17.429	0.92	3.02	-2.10	10	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.2022	0.5490	0.2488	1	1	0.2018	0.5459	0.2523	1	1	0.2012	0.5419	0.2569
chr21	44539674	ATC	A	0.649658	0.050	1	-2	2	906	133	773	63	3	8	4	55	0	0	770	0	3	0.4737	0.0000	0.0039	15.250	0.90	3.02	-2.11	9	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.1960	0.5478	0.2562	1	1	0.1959	0.5447	0.2595	1	1	0.1956	0.5408	0.2637
chr21	44550876	ACTTGCAGCAGACAGG	A	0.204309	0.050	1	-15	2	552	115	437	94	0	15	0	6	26	3	406	0	2	0.8174	0.0595	0.0709	6.667	1.31	13.17	-11.86	24	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0002	0.9998	0.0000	0	1	0.2808	0.7192	0.0000	0	0	0.7933	0.2067	0.0000
chr21	45504511	CGGCCCCCCA	C	0.965477	0.050	1	-9	7	308	149	159	1	0	14	0	134	0	0	159	0	0	0.0067	0.0000	0.0000	9.643	1.00	7.85	-6.85	1	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0061	0.9939	2	2	0.0000	0.0025	0.9975	2	2	0.0000	0.0021	0.9979
chr22	17120968	GGCTGGT	G	0.000079	0.050	1	-6	1	463	132	331	111	1	18	0	2	0	0	331	0	0	0.8409	0.0000	0.0000	6.333	0.55	8.00	-7.45	13	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.9999	0.0001	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000	0	0	1.0000	0.0000	0.0000
chr22	23622095	GCAT	G	0.240155	0.050	1	-3	3	196	95	101	48	0	6	1	40	0	0	99	0	2	0.5053	0.0000	0.0198	14.833	0.17	2.90	-2.73	6	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.4271	0.4906	0.0823	1	1	0.4262	0.4901	0.0837	1	1	0.4249	0.4895	0.0856
chr22	26483980	GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA	G	0.877460	0.050	1	-21	3	508	98	410	0	0	17	0	81	0	0	386	0	24	0.0000	0.0000	0.0585	4.765		14.49		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0098	0.9902	2	2	0.0000	0.0104	0.9896	2	2	0.0000	0.0111	0.9889
chr22	27798906	CTGCTGT	C	0.030620	0.050	1	-6	1	764	179	585	85	2	21	2	69	0	0	585	0	0	0.4749	0.0000	0.0000	7.476	1.55	4.90	-3.35	19	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6387	0.3573	0.0040	1	0	0.6348	0.3610	0.0043	1	0	0.6294	0.3660	0.0046
chr22	27798945	T	TTGC	0.161044	0.050	1	3	1	750	174	576	78	5	37	3	51	0	0	573	1	2	0.4483	0.0000	0.0052	3.806	2.83	3.08	-0.25	14	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7132	0.2765	0.0103	1	0	0.7051	0.2836	0.0113	1	0	0.6940	0.2933	0.0126
chr22	29441577	TTCC	T	0.403493	0.050	1	-3	1	765	224	541	213	0	3	0	8	0	0	541	0	0	0.9509	0.0000	0.0000	73.667	0.22	3.75	-3.53	115	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0007	0.9993	0.0000	0	0	0.5747	0.4253	0.0000	0	0	0.9258	0.0742	0.0000
chr22	35265497	GAGC	G	0.000012	0.050	1	-3	2	508	160	348	84	1	14	0	61	1	0	347	0	0	0.5250	0.0029	0.0029	10.429	0.33	3.16	-2.83	8	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7413	0.2587	0.0000	1	0	0.7348	0.2652	0.0000	1	0	0.7258	0.2742	0.0000
chr22	36191797	ACT	A	0.485373	0.050	1	-2	3	655	208	447	103	1	7	0	97	0	0	444	0	3	0.4952	0.0000	0.0067	28.714	0.34	2.08	-1.74	13	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.2716	0.5558	0.1726	1	1	0.2726	0.5516	0.1758	1	1	0.2737	0.5462	0.1801
chr22	37510301	GCTCCTT	G	0.237706	0.050	1	-6	2	412	215	197	98	0	42	3	72	0	0	190	2	5	0.4558	0.0000	0.0355	4.095	1.04	11.35	-10.31	26	0/0	0/1	.	.	OK	1	0	0.5642	0.4022	0.0336	1	0	0.5595	0.4050	0.0355	1	0	0.5529	0.4089	0.0382
chr22	37510301	GCTCCTTCTCCTT	G	0.000613	0.050	1	-12	2	412	218	194	104	0	40	0	74	0	0	186	0	8	0.4771	0.0000	0.0412	4.450	1.01	10.76	-9.75	30	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.7060	0.2940	0.0000	1	0	0.7007	0.2992	0.0001	1	0	0.6934	0.3065	0.0001
chr22	37568401	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	0.558599	0.050	1	-21	6	553	96	457	63	2	3	0	28	0	0	457	0	0	0.6562	0.0000	0.0000	31.000	0.33	11.93	-11.60	7	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.6944	0.2830	0.0227	1	0	0.6798	0.2947	0.0255	1	0	0.6597	0.3104	0.0298
chr22	37723747	TCAA	T	0.430493	0.050	1	-3	1	839	272	567	142	1	2	0	127	0	1	562	0	4	0.5221	0.0000	0.0088	135.000	1.08	3.58	-2.51	18	0/1	0/0	.	.	OK	1	1	0.3984	0.5174	0.0842	1	1	0.3969	0.5150	0.0881	1	1	0.3945	0.5121	0.0934
chr22	38087148	T	TTCATGGGTG	0.341262	0.050	1	9	4	360	188	172	166	1	14	0	7	0	0	172	0	0	0.8830	0.0000	0.0000	12.357	0.17	6.43	-6.26	20	0/0	0/1	.	.	OK	0	1	0.0014	0.9986	0.0000	0	0	0.5246	0.4754	0.0000	0	0	0.8867	0.1133	0.0000
chr22	39100317	TAAC	T	0.333557	0.050	1	-3	3	220	117	103	110	0	6	0	1	0	0	103	0	0	0.9402	0.0000	0.0000	18.500	0.14	5.00	-4.86	46	0/0	0/1	.	.	OK	0	0	0.8615	0.1385	0.0000	0	0	0.9392	0.0608	0.0000	0	0	0.9506	0.0494	0.0000
chr22	39381817	C	CCAA	0.707679	0.050	1	3	3	327	135	192	0	0	5	0	130	0	0	185	0	7	0.0000	0.0000	0.0365	26.000		2.98		0	1/1	1/1	.	.	OK	2	2	0.0000	0.0130	0.9870	2	2	0.0000	0.0139	0.9861	2	2	0.0000	0.0152	0.9848
chr22	42142513	T	TC	0.297594	0.050	1	1	3	985	225	760	146	0	0	0	79	0	0	754	0	6	0.6489	0.0000	0.0079	225.000	0.22	9.94	-9.72	66	0/1	0/0	.	.	OK	1	0	0.9144	0.0846	0.0009	1	0	0.9066	0.0923	0.0012	1	0	0.8951	0.1033	0.0016
chr22	50482719	AACACTCGGGCCCCCGAAG	A	0.106467	0.050	1	-18	2	342	106	236	46	0	18	0	42	1	0	228	0	7	0.4340	0.0042	0.0339	4.889	0.11	14.67	-14.56	18	0/1	0/1	.	.	OK	1	1	0.3946	0.5481	0.0573	1	1	0.3975	0.5452	0.0573	1	1	0.4012	0.5415	0.0572

617 rows