File Info

Filename
HG02178_x_HG02257_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG02178_x_HG02257_FF_5.features.tsv
Size
145.3 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:06 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 412 159 253 133 0 7 0 19 0 0 253 0 0 0.8365 0.0000 0.0000 25.333 0.59 8.95 -8.36 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0199 0.9801 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 502 199 303 124 1 22 1 51 0 0 303 0 0 0.6231 0.0000 0.0000 8.045 0.65 7.57 -6.92 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9359 0.0634 0.0007 1 0 0.9281 0.0710 0.0009 1 0 0.9162 0.0825 0.0013
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 383 146 237 61 8 19 2 56 1 0 230 0 6 0.4178 0.0042 0.0295 6.684 0.28 3.23 -2.95 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3044 0.5295 0.1661 1 1 0.3033 0.5273 0.1694 1 1 0.3018 0.5245 0.1738
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 522 175 347 81 0 27 1 66 0 0 345 0 2 0.4629 0.0000 0.0058 5.444 0.28 8.62 -8.34 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3827 0.5027 0.1145 1 1 0.3789 0.5024 0.1188 1 1 0.3736 0.5019 0.1245
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 258 116 142 57 0 0 0 59 0 0 140 0 2 0.4914 0.0000 0.0141 116.000 0.28 3.31 -3.02 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1887 0.5311 0.2802 1 1 0.1913 0.5288 0.2799 1 1 0.1948 0.5258 0.2793
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 432 91 341 30 1 12 0 48 0 0 339 0 2 0.3297 0.0000 0.0059 6.583 0.13 3.29 -3.16 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0756 0.4278 0.4967 1 2 0.0798 0.4324 0.4878 1 2 0.0857 0.4384 0.4760
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 857 159 698 142 1 8 0 8 0 0 697 0 1 0.8931 0.0000 0.0014 18.875 0.54 3.25 -2.71 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0770 0.9230 0.0000 0 0 0.5210 0.4790 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 317 46 271 1 0 1 2 42 0 0 270 0 1 0.0217 0.0000 0.0037 45.000 0.00 1.19 -1.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6190 0.3810 2 2 0.0000 0.3908 0.6092 2 2 0.0000 0.3302 0.6698
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 557 133 424 127 0 0 0 6 0 0 424 0 0 0.9549 0.0000 0.0000 133.000 0.46 24.83 -24.37 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2942 0.7058 0.0000 0 0 0.6931 0.3069 0.0000
chr1 27548841 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 730 181 549 148 2 19 2 10 0 1 548 0 0 0.8177 0.0000 0.0018 8.474 0.47 3.30 -2.83 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 1 0.3034 0.6966 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 303 125 178 109 0 12 0 4 0 0 178 0 0 0.8720 0.0000 0.0000 9.417 0.13 2.50 -2.37 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.5043 0.4957 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr1 36178099 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 429 114 315 61 0 0 0 53 0 0 315 0 0 0.5351 0.0000 0.0000 114.000 0.38 3.36 -2.98 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3332 0.5157 0.1511 1 1 0.3308 0.5145 0.1546 1 1 0.3276 0.5130 0.1594
chr1 46533208 GCGCGGCCGCCACCCTGGCCCGGGCCCGC G 0.500000 0.050 1 -28 2 969 244 725 109 1 24 0 110 0 0 725 0 0 0.4467 0.0000 0.0000 9.167 0.71 15.24 -14.53 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2166 0.5668 0.2166 1 1 0.2191 0.5618 0.2191 1 1 0.2222 0.5555 0.2223
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 498 124 374 0 0 17 0 107 1 0 372 0 1 0.0000 0.0027 0.0053 6.294 5.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2493 0.7507 2 2 0.0000 0.1194 0.8806 2 2 0.0000 0.0982 0.9018
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.050 1 -6 6 565 151 414 67 7 18 0 59 1 1 412 0 0 0.4437 0.0024 0.0048 7.647 1.93 7.98 -6.06 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4389 0.4701 0.0910 1 1 0.4327 0.4719 0.0953 1 1 0.4244 0.4743 0.1013
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 201 74 127 7 0 7 1 59 0 0 127 0 0 0.0946 0.0000 0.0000 9.571 0.57 2.85 -2.28 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9606 0.0394 2 1 0.0000 0.7618 0.2382
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 877 221 656 178 8 30 0 5 0 0 655 0 1 0.8054 0.0000 0.0015 6.367 0.37 3.20 -2.83 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.6412 0.3588 0.0000 0 0 0.9028 0.0972 0.0000
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.050 1 -30 1 492 131 361 109 1 18 0 3 0 0 359 0 2 0.8321 0.0000 0.0055 6.278 0.95 21.00 -20.05 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.3492 0.6508 0.0000 0 0 0.6856 0.3144 0.0000
chr1 67103250 TAG T 0.500000 0.050 1 -2 1 143 56 87 55 0 0 0 1 0 0 87 0 0 0.9821 0.0000 0.0000 56.000 0.49 2.00 -1.51 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4385 0.5615 0.0000 0 0 0.6657 0.3343 0.0000 0 0 0.7205 0.2795 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 222 72 150 58 1 9 0 4 0 0 150 0 0 0.8056 0.0000 0.0000 7.000 0.50 3.25 -2.75 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.2288 0.7712 0.0000 0 1 0.4821 0.5179 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 142 61 81 40 0 1 0 20 0 0 80 0 1 0.6557 0.0000 0.0123 60.000 0.35 3.60 -3.25 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5012 0.4222 0.0766 1 0 0.4920 0.4272 0.0808 1 0 0.4796 0.4337 0.0866
chr1 84574315 C CGCAGCGCCA 0.500000 0.050 1 9 2 348 139 209 107 0 30 0 2 0 0 208 0 1 0.7698 0.0000 0.0048 3.633 1.25 4.50 -3.25 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0993 0.9007 0.0000 0 0 0.6537 0.3463 0.0000 0 0 0.8100 0.1900 0.0000
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 348 144 204 117 0 24 0 3 0 0 204 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 5.000 0.99 9.33 -8.34 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1242 0.8758 0.0000 0 0 0.7072 0.2928 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr1 85132996 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 192 55 137 26 0 8 0 21 0 0 137 0 0 0.4727 0.0000 0.0000 5.875 0.27 1.19 -0.92 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3053 0.5070 0.1877 1 1 0.3034 0.5065 0.1901 1 1 0.3009 0.5058 0.1932
chr1 100152449 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 114 47 67 41 0 3 0 3 0 0 67 0 0 0.8723 0.0000 0.0000 14.667 0.34 3.33 -2.99 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0205 0.9795 0.0000 0 1 0.2705 0.7295 0.0000 0 1 0.4671 0.5329 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 152 68 84 62 0 4 0 2 0 0 84 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 16.000 0.19 3.00 -2.81 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1539 0.8461 0.0000 0 0 0.5482 0.4518 0.0000 0 0 0.6776 0.3224 0.0000
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 369 94 275 46 1 2 2 43 0 0 274 0 1 0.4894 0.0000 0.0036 46.000 0.52 3.16 -2.64 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2482 0.5280 0.2237 1 1 0.2489 0.5259 0.2252 1 1 0.2497 0.5232 0.2271
chr1 111319160 A ATGCCCCTCAGGAAG 0.500000 0.050 1 14 3 425 123 302 111 0 8 0 4 0 0 301 0 1 0.9024 0.0000 0.0033 14.375 0.50 12.00 -11.50 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.3539 0.6461 0.0000 0 0 0.6906 0.3094 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 206 81 125 30 0 8 0 43 0 0 122 0 3 0.3704 0.0000 0.0240 9.125 0.27 6.07 -5.80 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0934 0.4522 0.4544 1 1 0.0977 0.4553 0.4470 1 1 0.1035 0.4594 0.4371
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 204 68 136 3 0 10 2 53 0 0 136 0 0 0.0441 0.0000 0.0000 5.600 0.00 1.25 -1.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9676 0.0324 2 1 0.0000 0.6535 0.3465 2 2 0.0000 0.4492 0.5508
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 204 67 137 0 1 5 0 61 0 0 122 0 15 0.0000 0.0000 0.1095 12.400 10.44 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1834 0.8166 2 2 0.0000 0.1724 0.8276 2 2 0.0000 0.1677 0.8323
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.050 1 18 5 204 79 125 0 1 2 0 76 0 0 125 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 38.500 8.50 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1837 0.8163 2 2 0.0000 0.1727 0.8273 2 2 0.0000 0.1680 0.8320
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 642 183 459 153 3 18 0 9 0 0 459 0 0 0.8361 0.0000 0.0000 9.167 0.74 6.56 -5.82 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1031 0.8969 0.0000 0 0 0.5974 0.4026 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1061 286 775 223 5 46 2 10 4 4 764 0 3 0.7797 0.0052 0.0142 5.152 1.82 7.80 -5.98 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0282 0.9718 0.0000 0 0 0.5913 0.4087 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 503 220 283 182 1 30 2 5 0 0 283 0 0 0.8273 0.0000 0.0000 6.517 1.63 7.40 -5.77 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0058 0.9942 0.0000 0 0 0.6097 0.3903 0.0000 0 0 0.8903 0.1097 0.0000
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 494 206 288 104 10 32 7 53 0 0 288 0 0 0.5049 0.0000 0.0000 168.000 0.22 3.77 -3.55 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8095 0.1837 0.0068 1 0 0.7968 0.1951 0.0081 1 0 0.7790 0.2110 0.0101
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 495 206 289 114 10 20 8 54 0 0 289 0 0 0.5534 0.0000 0.0000 8.750 0.71 3.80 -3.09 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8731 0.1241 0.0029 1 0 0.8620 0.1345 0.0035 1 0 0.8459 0.1495 0.0046
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 179 67 112 1 0 1 3 62 0 0 112 0 0 0.0149 0.0000 0.0000 66.000 2.00 1.98 0.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4936 0.5064 2 2 0.0000 0.2824 0.7176 2 2 0.0000 0.2349 0.7651
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 639 166 473 0 0 4 0 162 0 0 472 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 40.500 2.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0197 0.9803
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1495 305 1190 1 0 11 0 293 0 0 1184 0 6 0.0033 0.0000 0.0050 26.727 0.00 1.56 -1.56 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 624 182 442 70 0 41 0 71 0 0 423 0 19 0.3846 0.0000 0.0430 3.439 0.29 13.52 -13.24 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0677 0.4428 0.4895 1 2 0.0720 0.4462 0.4818 1 2 0.0778 0.4506 0.4715
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 409 194 215 70 84 37 0 3 0 2 213 0 0 0.3608 0.0000 0.0093 4.189 0.16 3.00 -2.84 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2695 0.7305 0.0000 0 0 0.8599 0.1401 0.0000 0 0 0.9306 0.0694 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 409 195 214 84 0 31 0 80 0 0 208 0 6 0.4308 0.0000 0.0280 5.467 0.46 11.55 -11.09 54 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1982 0.5500 0.2517 1 1 0.2009 0.5463 0.2528 1 1 0.2044 0.5415 0.2541
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 542 128 414 121 0 3 0 4 0 0 414 0 0 0.9453 0.0000 0.0000 41.667 0.53 9.75 -9.22 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0297 0.9703 0.0000 0 0 0.5775 0.4225 0.0000 0 0 0.8044 0.1956 0.0000
chr1 230978796 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 1 327 73 254 65 1 5 0 2 0 0 254 0 0 0.8904 0.0000 0.0000 13.400 0.38 3.00 -2.62 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1672 0.8328 0.0000 0 0 0.5718 0.4282 0.0000 0 0 0.6976 0.3024 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 233 99 134 47 0 0 0 52 0 0 134 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 99.000 0.17 1.33 -1.16 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1809 0.5226 0.2965 1 1 0.1837 0.5209 0.2954 1 1 0.1874 0.5188 0.2939
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 512 159 353 125 1 20 1 12 0 0 351 0 2 0.7862 0.0000 0.0057 6.950 0.88 3.25 -2.37 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0738 0.9262 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 472 115 357 3 0 1 0 111 0 0 357 0 0 0.0261 0.0000 0.0000 114.000 0.33 1.59 -1.25 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8891 0.1109 2 2 0.0000 0.3237 0.6763 2 2 0.0000 0.1756 0.8244
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 626 173 453 15 0 3 0 155 0 0 449 0 4 0.0867 0.0000 0.0088 56.667 0.20 3.08 -2.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.8535 0.1465
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 582 136 446 4 0 3 0 129 0 0 444 1 1 0.0294 0.0000 0.0045 44.333 0.25 2.13 -1.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9615 0.0385 2 2 0.0000 0.3633 0.6367 2 2 0.0000 0.1605 0.8395
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 664 172 492 12 0 21 11 128 0 0 492 0 0 0.0698 0.0000 0.0000 7.048 1.92 3.59 -1.67 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9899 0.0101 2 1 0.0000 0.7546 0.2454
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.050 1 -4 2 964 223 741 8 13 10 178 14 0 0 726 4 11 0.0359 0.0000 0.0202 28.000 0.75 5.43 -4.68 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8627 0.1373 2 2 0.0000 0.3504 0.6496
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 896 234 662 154 0 5 0 75 0 0 662 0 0 0.6581 0.0000 0.0000 45.800 2.18 4.32 -2.14 120 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9491 0.0505 0.0004 1 0 0.9424 0.0571 0.0005 1 0 0.9322 0.0671 0.0008
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1161 81 1080 0 0 0 3 78 0 0 1064 0 16 0.0000 0.0000 0.0148 81.000 4.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0838 0.9162 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr1 248522528 CAA C 0.500000 0.050 1 -2 3 518 134 384 125 0 6 0 3 0 0 384 0 0 0.9328 0.0000 0.0000 21.333 0.40 2.00 -1.60 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1481 0.8519 0.0000 0 0 0.7464 0.2536 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 556 257 299 77 0 15 1 164 0 0 299 0 0 0.2996 0.0000 0.0000 16.133 0.96 6.46 -5.50 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0335 0.9663 1 2 0.0002 0.0386 0.9612 1 2 0.0003 0.0464 0.9533
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1397 310 1087 139 0 12 0 159 0 0 1083 0 4 0.4484 0.0000 0.0037 24.833 0.55 3.74 -3.20 29 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0472 0.4468 0.5060 1 2 0.0510 0.4492 0.4998 1 2 0.0565 0.4525 0.4909
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 371 116 255 0 0 17 1 98 0 0 244 0 11 0.0000 0.0000 0.0431 5.824 8.17 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7418 0.2582 2 1 0.0000 0.7522 0.2478 2 1 0.0000 0.7661 0.2339
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 371 116 255 0 0 17 1 98 0 0 244 0 11 0.0000 0.0000 0.0431 5.824 8.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0264 0.9736 2 2 0.0000 0.0278 0.9722 2 2 0.0000 0.0299 0.9701
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 596 190 406 160 1 22 0 7 0 0 406 0 0 0.8421 0.0000 0.0000 7.636 0.44 8.14 -7.70 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 0 0.5274 0.4726 0.0000 0 0 0.8882 0.1118 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 695 143 552 68 0 16 0 59 0 0 550 0 2 0.4755 0.0000 0.0036 7.938 0.78 3.12 -2.34 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3168 0.5247 0.1585 1 1 0.3152 0.5228 0.1620 1 1 0.3129 0.5205 0.1666
chr2 43541311 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 130 47 83 44 0 1 0 2 0 0 83 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 46.000 0.48 3.00 -2.52 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1036 0.8964 0.0000 0 1 0.4377 0.5623 0.0000 0 0 0.5773 0.4227 0.0000
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 552 75 477 11 2 13 2 47 5 1 470 0 1 0.1467 0.0105 0.0147 4.692 4.27 6.40 -2.13 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0303 0.3077 0.6620 1 2 0.0334 0.3180 0.6487 1 2 0.0379 0.3325 0.6296
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 412 158 254 5 0 16 1 136 0 0 253 0 1 0.0316 0.0000 0.0039 8.812 0.40 3.12 -2.73 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 2 0.0000 0.4848 0.5152 2 2 0.0000 0.1906 0.8094
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 566 158 408 64 11 39 1 43 0 1 406 0 1 0.4051 0.0000 0.0049 3.079 0.45 3.16 -2.71 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6423 0.3267 0.0310 1 0 0.6299 0.3360 0.0341 1 0 0.6131 0.3482 0.0387
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 567 165 402 117 2 43 1 2 0 0 402 0 0 0.7091 0.0000 0.0000 2.814 1.47 3.50 -2.03 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1472 0.8528 0.0000 0 0 0.7234 0.2766 0.0000 0 0 0.8523 0.1477 0.0000
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 418 69 349 61 0 5 0 3 0 0 349 0 0 0.8841 0.0000 0.0000 12.800 0.11 3.00 -2.89 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0335 0.9665 0.0000 0 1 0.3777 0.6223 0.0000 0 0 0.5860 0.4140 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 890 235 655 195 0 39 0 1 0 0 652 0 3 0.8298 0.0000 0.0046 5.026 0.55 0.00 0.55 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1648 0.8352 0.0000 0 0 0.8945 0.1055 0.0000 0 0 0.9604 0.0396 0.0000
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 351 135 216 126 0 6 0 3 0 0 216 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 21.500 0.21 9.33 -9.13 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1510 0.8490 0.0000 0 0 0.7510 0.2490 0.0000 0 0 0.8705 0.1295 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 758 193 565 3 0 24 6 160 0 0 559 0 6 0.0155 0.0000 0.0106 7.042 0.67 3.27 -2.60 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6381 0.3619 2 2 0.0000 0.0964 0.9036 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 646 176 470 81 1 6 3 85 0 0 470 0 0 0.4602 0.0000 0.0000 28.333 0.44 7.89 -7.45 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1638 0.5411 0.2951 1 1 0.1673 0.5380 0.2947 1 1 0.1719 0.5341 0.2940
chr2 96123863 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 461 113 348 110 0 0 0 3 0 0 348 0 0 0.9735 0.0000 0.0000 113.000 0.33 1.00 -0.67 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1073 0.8927 0.0000 0 0 0.6706 0.3294 0.0000 0 0 0.8209 0.1791 0.0000
chr2 99593872 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 600 138 462 3 0 1 8 126 0 0 451 6 5 0.0217 0.0000 0.0238 136.000 0.00 7.52 -7.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7708 0.2292 2 2 0.0000 0.1697 0.8303 2 2 0.0000 0.0852 0.9148
chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.050 1 -5 2 604 137 467 3 0 0 1 133 0 0 453 0 14 0.0219 0.0000 0.0300 137.000 0.00 7.12 -7.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7638 0.2362 2 2 0.0000 0.1616 0.8384 2 2 0.0000 0.0807 0.9193
chr2 108308425 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 139 59 80 56 0 1 0 2 0 0 80 0 0 0.9492 0.0000 0.0000 58.000 0.12 1.00 -0.88 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1361 0.8639 0.0000 0 0 0.5116 0.4884 0.0000 0 0 0.6455 0.3545 0.0000
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 341 82 259 39 0 8 0 35 0 0 250 0 9 0.4756 0.0000 0.0347 9.250 0.72 16.83 -16.11 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1827 0.5178 0.2995 1 1 0.1854 0.5164 0.2982 1 1 0.1889 0.5147 0.2963
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 516 124 392 0 0 2 2 120 0 0 384 0 8 0.0000 0.0000 0.0204 60.500 5.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0367 0.9633 2 2 0.0000 0.0391 0.9609 2 2 0.0000 0.0426 0.9574
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 300 109 191 51 0 12 0 46 0 0 186 0 5 0.4679 0.0000 0.0262 8.083 0.53 6.28 -5.75 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2344 0.5311 0.2345 1 1 0.2356 0.5288 0.2356 1 1 0.2371 0.5258 0.2371
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 165 44 121 14 1 8 9 12 0 0 120 1 0 0.3182 0.0000 0.0083 3.625 1.14 2.08 -0.94 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1823 0.5009 0.3168 1 1 0.1848 0.5008 0.3144 1 1 0.1881 0.5007 0.3112
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 184 85 99 80 0 1 0 4 0 0 99 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 84.000 0.20 2.00 -1.80 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0118 0.9882 0.0000 0 1 0.3351 0.6649 0.0000 0 0 0.6072 0.3928 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 169 74 95 29 0 27 0 18 0 0 93 0 2 0.3919 0.0000 0.0211 1.741 0.10 11.61 -11.51 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3608 0.4910 0.1482 1 1 0.3568 0.4916 0.1516 1 1 0.3514 0.4924 0.1562
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 211 86 125 5 0 3 1 77 0 0 123 0 2 0.0581 0.0000 0.0160 27.667 0.20 3.04 -2.84 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.7968 0.2032 2 2 0.0000 0.4851 0.5149
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 651 135 516 6 0 3 1 125 0 0 512 0 4 0.0444 0.0000 0.0078 44.000 0.17 4.14 -3.98 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6903 0.3097 2 2 0.0000 0.2919 0.7081
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 269 106 163 3 0 12 5 86 0 0 160 0 3 0.0283 0.0000 0.0184 7.500 1.33 3.17 -1.84 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9257 0.0743 2 2 0.0000 0.4247 0.5753 2 2 0.0000 0.2451 0.7549
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 269 111 158 14 1 7 83 6 0 0 158 0 0 0.1261 0.0000 0.0000 3.143 0.14 3.83 -3.69 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0003 0.9663 0.0335 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9714 0.0286
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 216 63 153 41 7 10 1 4 0 0 153 0 0 0.6508 0.0000 0.0000 4.700 0.41 1.25 -0.84 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.1619 0.8381 0.0000 0 1 0.3829 0.6171 0.0000
chr2 206177196 CATAGGAATAGTTTTCAAATT C 0.500000 0.050 1 -20 1 438 108 330 102 1 2 0 3 0 0 330 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 53.000 0.14 6.67 -6.53 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0906 0.9094 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.050 1 -21 2 601 142 459 73 0 1 0 68 0 0 450 0 9 0.5141 0.0000 0.0196 141.000 0.90 18.40 -17.49 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1848 0.5409 0.2744 1 1 0.1877 0.5378 0.2745 1 1 0.1915 0.5339 0.2746
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 498 119 379 0 0 22 2 95 0 0 374 1 4 0.0000 0.0000 0.0132 4.364 8.29 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0717 0.9283 2 2 0.0000 0.0752 0.9248 2 2 0.0000 0.0803 0.9197
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 498 115 383 4 0 7 2 102 0 0 382 1 0 0.0348 0.0000 0.0026 17.833 0.25 7.96 -7.71 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9800 0.0200 2 1 0.0000 0.5258 0.4742 2 2 0.0000 0.2672 0.7328
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 529 172 357 98 0 7 0 67 0 0 326 0 31 0.5698 0.0000 0.0868 23.571 0.67 15.07 -14.40 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2202 0.5596 0.2202 1 1 0.2224 0.5551 0.2224 1 1 0.2253 0.5495 0.2252
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 325 122 203 62 3 9 3 45 0 0 197 0 6 0.5082 0.0000 0.0296 12.444 0.60 5.02 -4.43 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3730 0.5009 0.1260 1 1 0.3692 0.5008 0.1301 1 1 0.3640 0.5006 0.1355
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 190 93 97 46 0 4 0 43 0 0 95 1 1 0.4946 0.0000 0.0206 22.250 1.07 4.09 -3.03 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2480 0.5275 0.2245 1 1 0.2486 0.5254 0.2260 1 1 0.2494 0.5228 0.2278
chr2 236237820 G GGCGCCGCGGCCGCCGGGGCTGGCGTCTGGGTCT 0.500000 0.050 1 33 3 222 57 165 21 0 28 0 8 0 0 155 0 10 0.3684 0.0000 0.0606 1.036 0.86 0.50 0.36 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2815 0.5092 0.2093 1 1 0.2806 0.5085 0.2110 1 1 0.2793 0.5076 0.2131
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 656 132 524 2 0 0 0 130 0 0 523 0 1 0.0152 0.0000 0.0019 132.000 0.00 1.17 -1.17 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4903 0.5097 2 2 0.0000 0.1306 0.8694 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 317 88 229 1 0 15 5 67 0 0 229 0 0 0.0114 0.0000 0.0000 4.867 0.00 3.33 -3.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4568 0.5432 2 2 0.0000 0.2495 0.7505 2 2 0.0000 0.2062 0.7938
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 430 110 320 108 0 0 0 2 0 0 320 0 0 0.9818 0.0000 0.0000 110.000 0.33 2.00 -1.67 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3666 0.6334 0.0000 0 0 0.7905 0.2095 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 744 190 554 98 0 3 0 89 0 0 551 0 3 0.5158 0.0000 0.0054 62.333 0.51 3.31 -2.80 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0776 0.6073 0.3150 1 1 0.0773 0.6015 0.3212 1 1 0.0769 0.5940 0.3291
chr3 9917537 G GTCTGGTCTT 0.000861 0.050 1 9 1 578 138 440 125 1 8 0 4 0 0 440 0 0 0.9058 0.0000 0.0000 16.125 0.34 9.50 -9.16 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9757 0.0243 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 722 181 541 152 1 24 0 4 2 0 539 0 0 0.8398 0.0037 0.0037 6.542 0.91 13.00 -12.09 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2388 0.7612 0.0000 0 0 0.9322 0.0678 0.0000 0 0 0.9759 0.0241 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 387 82 305 50 0 0 0 32 0 0 305 0 0 0.6098 0.0000 0.0000 82.000 0.74 5.31 -4.57 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4816 0.4372 0.0812 1 0 0.4732 0.4413 0.0855 1 0 0.4621 0.4465 0.0914
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.050 1 3 1 410 140 270 75 0 5 0 60 0 0 267 0 3 0.5357 0.0000 0.0111 27.000 0.24 2.93 -2.69 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3827 0.5005 0.1168 1 1 0.3787 0.5003 0.1210 1 1 0.3732 0.5001 0.1267
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 595 176 419 17 4 29 2 124 0 0 418 0 1 0.0966 0.0000 0.0024 5.069 0.18 2.85 -2.67 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9911 0.0089
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 785 196 589 0 0 12 0 184 0 0 587 0 2 0.0000 0.0000 0.0034 15.333 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 276 107 169 0 0 1 0 106 0 0 167 0 2 0.0000 0.0000 0.0118 106.000 4.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0619 0.9381 2 2 0.0000 0.0652 0.9348 2 2 0.0000 0.0699 0.9301
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 584 144 440 2 0 11 7 124 0 0 439 0 1 0.0139 0.0000 0.0023 12.091 2.00 3.36 -1.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4559 0.5441 2 2 0.0000 0.1259 0.8741 2 2 0.0000 0.0812 0.9188
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 337 106 231 5 0 17 1 83 0 0 227 0 4 0.0472 0.0000 0.0173 5.235 0.60 5.67 -5.07 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.7630 0.2370 2 2 0.0000 0.4375 0.5625
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 184 102 82 88 1 8 0 5 0 0 82 0 0 0.8627 0.0000 0.0000 11.750 0.45 8.20 -7.75 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2415 0.7585 0.0000 0 0 0.5684 0.4316 0.0000
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 214 85 129 6 0 4 34 41 0 0 128 0 1 0.0706 0.0000 0.0078 27.000 0.00 3.39 -3.39 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8952 0.1048 2 1 0.0000 0.6035 0.3965
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 213 84 129 6 0 1 38 39 0 0 129 0 0 0.0714 0.0000 0.0000 83.000 0.00 3.74 -3.74 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8964 0.1036 2 1 0.0000 0.6067 0.3933
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 272 90 182 8 0 7 2 73 0 0 179 0 3 0.0889 0.0000 0.0165 11.857 0.38 3.01 -2.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9683 0.0317 2 1 0.0000 0.7510 0.2490
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 85 24 61 2 0 1 1 20 0 0 60 1 0 0.0833 0.0000 0.0164 23.000 0.00 1.35 -1.35 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9327 0.0672 2 1 0.0000 0.6869 0.3131 2 1 0.0000 0.5540 0.4460
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1073 264 809 0 2 63 15 184 0 0 808 0 1 0.0000 0.0000 0.0012 3.159 2.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1079 272 807 194 11 53 11 3 0 0 807 0 0 0.7132 0.0000 0.0000 4.360 2.63 8.00 -5.37 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0241 0.9759 0.0000 0 1 0.4884 0.5116 0.0000
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 545 155 390 79 1 14 0 61 0 0 388 0 2 0.5097 0.0000 0.0051 10.071 0.33 3.57 -3.24 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4512 0.4645 0.0843 1 1 0.4447 0.4666 0.0886 1 1 0.4360 0.4695 0.0946
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 254 83 171 81 0 0 0 2 0 0 171 0 0 0.9759 0.0000 0.0000 83.000 0.32 3.00 -2.68 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2268 0.7732 0.0000 0 0 0.6597 0.3403 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 678 111 567 5 0 4 0 102 0 0 564 0 3 0.0450 0.0000 0.0053 26.750 0.40 3.52 -3.12 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 1 0.0000 0.6791 0.3209 2 2 0.0000 0.3410 0.6590
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 661 138 523 49 0 33 1 55 0 0 523 0 0 0.3551 0.0000 0.0000 3.152 0.55 8.25 -7.70 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1629 0.5181 0.3190 1 1 0.1662 0.5167 0.3171 1 1 0.1705 0.5150 0.3145
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 275 111 164 52 0 3 0 56 0 0 164 0 0 0.4685 0.0000 0.0000 36.000 0.52 4.11 -3.59 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1899 0.5281 0.2820 1 1 0.1925 0.5260 0.2815 1 1 0.1959 0.5233 0.2808
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 137 63 74 34 0 0 0 29 0 0 74 0 0 0.5397 0.0000 0.0000 63.000 0.47 2.03 -1.56 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3033 0.5117 0.1850 1 1 0.3017 0.5108 0.1875 1 1 0.2994 0.5097 0.1909
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 341 117 224 50 0 3 0 64 0 0 224 0 0 0.4274 0.0000 0.0000 38.000 0.42 2.12 -1.71 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1043 0.4792 0.4165 1 1 0.1086 0.4805 0.4109 1 1 0.1144 0.4822 0.4034
chr3 157159983 CCGTCGTGGTCGT C 0.500000 0.050 1 -12 3 260 76 184 68 0 5 0 3 0 0 184 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 14.200 0.44 13.00 -12.56 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0397 0.9603 0.0000 0 1 0.4191 0.5809 0.0000 0 0 0.6260 0.3740 0.0000
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 261 89 172 85 0 2 0 2 0 0 172 0 0 0.9551 0.0000 0.0000 43.500 0.27 1.00 -0.73 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2505 0.7495 0.0000 0 0 0.6824 0.3176 0.0000 0 0 0.7851 0.2149 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 446 102 344 83 2 14 0 3 0 0 344 0 0 0.8137 0.0000 0.0000 6.286 0.59 3.00 -2.41 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0597 0.9403 0.0000 0 0 0.5232 0.4768 0.0000 0 0 0.7156 0.2844 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 715 149 566 0 0 15 0 134 0 0 542 0 24 0.0000 0.0000 0.0424 8.933 12.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 186 64 122 2 0 13 0 49 0 0 120 0 2 0.0312 0.0000 0.0164 3.923 0.50 6.57 -6.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8788 0.1212 2 1 0.0000 0.5195 0.4805 2 2 0.0000 0.3824 0.6176
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 186 66 120 3 1 12 43 7 0 0 120 0 0 0.0455 0.0000 0.0000 4.333 1.67 9.71 -8.05 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9757 0.0243 2 1 0.0000 0.6954 0.3046 2 2 0.0000 0.4917 0.5083
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 473 134 339 128 0 0 0 6 1 0 334 1 3 0.9552 0.0029 0.0147 134.000 0.16 9.17 -9.00 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0142 0.9858 0.0000 0 1 0.1639 0.8361 0.0000
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 691 273 418 5 4 94 5 165 1 1 403 3 10 0.0183 0.0024 0.0359 1.934 2.00 6.93 -4.93 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8437 0.1563 2 2 0.0000 0.4238 0.5762
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 511 140 371 121 0 8 1 10 0 2 369 0 0 0.8643 0.0000 0.0054 16.375 1.26 9.80 -8.54 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2401 0.7599 0.0000 0 0 0.8507 0.1493 0.0000
chr4 6861441 T TAGC 0.000083 0.050 1 3 1 694 164 530 151 0 7 0 6 0 1 529 0 0 0.9207 0.0000 0.0019 22.429 0.14 3.17 -3.03 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9685 0.0315 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.050 1 3 1 414 100 314 38 2 26 2 32 1 1 310 1 1 0.3800 0.0032 0.0127 3.217 1.34 4.78 -3.44 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2832 0.5194 0.1974 1 1 0.2824 0.5180 0.1996 1 1 0.2814 0.5161 0.2025
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 754 265 489 257 0 5 0 3 0 0 489 0 0 0.9698 0.0000 0.0000 52.000 0.70 9.33 -8.63 105 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8277 0.1723 0.0000 0 0 0.9871 0.0129 0.0000 0 0 0.9936 0.0064 0.0000
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 551 129 422 112 4 10 1 2 0 0 422 0 0 0.8682 0.0000 0.0000 11.800 1.62 3.00 -1.38 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3208 0.6792 0.0000 0 0 0.7731 0.2269 0.0000 0 0 0.8604 0.1396 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 133 69 64 64 0 2 0 3 0 0 64 0 0 0.9275 0.0000 0.0000 33.500 0.06 1.33 -1.27 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0368 0.9632 0.0000 0 1 0.3960 0.6040 0.0000 0 0 0.6036 0.3964 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2347 491 1856 165 7 140 8 171 2 2 1833 6 13 0.3360 0.0011 0.0124 2.529 1.47 7.67 -6.20 51 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0492 0.4793 0.4715 1 1 0.0532 0.4795 0.4673 1 1 0.0588 0.4800 0.4612
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3919 812 3107 364 16 29 13 390 50 56 2767 189 45 0.4483 0.0161 0.1094 29.692 2.77 8.31 -5.55 28 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0105 0.9895 1 2 0.0000 0.0122 0.9878 1 2 0.0000 0.0150 0.9850
chr4 87615611 CGATAGCAGTGACAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -18 1 4149 1137 3012 856 36 212 11 22 43 54 2889 21 5 0.7529 0.0143 0.0408 4.408 2.65 10.68 -8.04 150 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0396 0.9604 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 4009 1151 2858 466 28 160 48 449 289 71 2458 18 22 0.4049 0.1011 0.1400 6.115 2.11 8.62 -6.51 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 155 78 77 73 0 2 0 3 0 0 77 0 0 0.9359 0.0000 0.0000 38.000 0.14 3.00 -2.86 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0448 0.9552 0.0000 0 1 0.4494 0.5506 0.0000 0 0 0.6536 0.3464 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 571 115 456 3 0 4 0 108 0 0 450 0 6 0.0261 0.0000 0.0132 27.750 0.00 4.08 -4.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8838 0.1162 2 2 0.0000 0.3083 0.6917 2 2 0.0000 0.1655 0.8345
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 429 161 268 0 0 12 7 142 0 1 264 0 3 0.0000 0.0000 0.0149 12.333 3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0373 0.9627 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 392 132 260 44 6 34 1 47 1 0 255 3 1 0.3333 0.0038 0.0192 2.882 1.45 3.83 -2.38 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2233 0.5310 0.2456 1 1 0.2249 0.5287 0.2464 1 1 0.2269 0.5257 0.2474
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 205 92 113 85 0 5 0 2 0 0 112 0 1 0.9239 0.0000 0.0088 17.400 0.92 5.00 -4.08 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0596 0.9404 0.0000 0 0 0.5231 0.4769 0.0000 0 0 0.7156 0.2844 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 278 109 169 1 0 8 1 99 0 0 165 0 4 0.0092 0.0000 0.0237 12.625 3.00 5.15 -2.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2720 0.7280 2 2 0.0000 0.1305 0.8695 2 2 0.0000 0.1071 0.8929
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 765 149 616 72 1 3 0 73 0 0 614 0 2 0.4832 0.0000 0.0032 48.667 0.21 3.12 -2.91 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2056 0.5439 0.2506 1 1 0.2079 0.5406 0.2515 1 1 0.2109 0.5364 0.2526
chr5 1038331 GCACCACCAC G 0.001729 0.050 1 -9 1 850 344 506 159 2 51 2 130 0 0 502 1 3 0.4622 0.0000 0.0079 5.860 1.14 9.29 -8.15 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7022 0.2977 0.0001 1 0 0.6981 0.3018 0.0001 1 0 0.6922 0.3077 0.0001
chr5 45695884 GCCGCCGCCA G 0.500000 0.050 1 -9 2 271 106 165 83 1 16 0 6 0 0 165 0 0 0.7830 0.0000 0.0000 5.625 0.95 6.50 -5.55 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1262 0.8738 0.0000 0 1 0.4463 0.5537 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 713 152 561 60 0 28 3 61 0 0 559 1 1 0.3947 0.0000 0.0036 4.429 0.95 3.38 -2.43 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1695 0.5280 0.3024 1 1 0.1727 0.5259 0.3014 1 1 0.1770 0.5233 0.2998
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 325 118 207 91 3 20 2 2 0 0 206 0 1 0.7712 0.0000 0.0048 5.158 1.52 5.00 -3.48 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0094 0.9906 0.0000 0 1 0.3196 0.6804 0.0000 0 0 0.6202 0.3798 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 306 50 256 0 0 32 1 17 0 1 242 5 8 0.0000 0.0000 0.0547 0.562 6.71 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4006 0.5994 2 2 0.0000 0.3826 0.6174 2 2 0.0000 0.3704 0.6296
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 448 136 312 64 0 7 0 65 0 0 310 0 2 0.4706 0.0000 0.0064 18.429 0.14 3.20 -3.06 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1973 0.5372 0.2655 1 1 0.1998 0.5344 0.2658 1 1 0.2031 0.5309 0.2661
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 373 74 299 37 0 5 0 32 1 2 289 0 7 0.5000 0.0033 0.0334 13.800 1.08 19.12 -18.04 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2486 0.5238 0.2276 1 1 0.2492 0.5220 0.2288 1 1 0.2498 0.5198 0.2304
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 369 73 296 34 1 1 2 35 0 1 291 0 4 0.4658 0.0000 0.0169 72.000 1.94 19.69 -17.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1834 0.5159 0.3007 1 1 0.1860 0.5147 0.2992 1 1 0.1895 0.5132 0.2973
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 152 68 84 38 0 3 0 27 0 0 84 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 21.667 0.32 3.41 -3.09 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3855 0.4846 0.1299 1 1 0.3806 0.4856 0.1338 1 1 0.3741 0.4870 0.1389
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 206 88 118 27 7 15 5 34 0 0 115 0 3 0.3068 0.0000 0.0254 5.214 2.15 8.41 -6.26 15 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1517 0.5022 0.3461 1 1 0.1551 0.5020 0.3429 1 1 0.1597 0.5018 0.3385
chr5 113488351 T TGCCGCTGCC 0.500000 0.050 1 9 1 206 88 118 31 6 4 3 44 0 0 115 0 3 0.3523 0.0000 0.0254 19.750 2.13 7.39 -5.26 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1039 0.4678 0.4283 1 1 0.1081 0.4699 0.4219 1 1 0.1139 0.4727 0.4135
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1095 245 850 2 0 28 3 212 0 1 833 3 13 0.0082 0.0000 0.0200 7.750 2.00 3.74 -1.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0755 0.9245 2 2 0.0000 0.0131 0.9869 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 571 124 447 66 0 2 0 56 0 0 447 0 0 0.5323 0.0000 0.0000 61.000 0.20 1.36 -1.16 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3587 0.5079 0.1335 1 1 0.3554 0.5072 0.1374 1 1 0.3510 0.5064 0.1426
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 357 112 245 51 0 17 0 44 0 0 241 0 4 0.4554 0.0000 0.0163 5.588 1.02 8.25 -7.23 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2711 0.5275 0.2015 1 1 0.2709 0.5254 0.2037 1 1 0.2706 0.5228 0.2066
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 422 113 309 52 0 13 0 48 1 0 305 0 3 0.4602 0.0032 0.0129 7.692 0.65 5.33 -4.68 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2579 0.5305 0.2116 1 1 0.2583 0.5282 0.2135 1 1 0.2587 0.5253 0.2160
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 249 65 184 33 0 2 0 30 0 0 175 0 9 0.5077 0.0000 0.0489 31.500 0.61 9.47 -8.86 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1740 0.5111 0.3149 1 1 0.1769 0.5103 0.3129 1 1 0.1807 0.5092 0.3101
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 168 63 105 59 0 0 0 4 0 0 105 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 63.000 0.51 3.50 -2.99 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.2286 0.7714 0.0000 0 1 0.4820 0.5180 0.0000
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 176 74 102 2 0 0 2 70 0 0 98 0 4 0.0270 0.0000 0.0392 74.000 0.50 4.01 -3.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7942 0.2058 2 2 0.0000 0.3685 0.6315 2 2 0.0000 0.2538 0.7462
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 176 74 102 2 0 2 4 66 0 0 98 2 2 0.0270 0.0000 0.0392 36.000 0.50 4.02 -3.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8001 0.1999 2 2 0.0000 0.3798 0.6202 2 2 0.0000 0.2630 0.7370
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 755 193 562 181 2 0 0 10 0 0 562 0 0 0.9378 0.0000 0.0000 193.000 0.31 1.20 -0.89 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1047 0.8953 0.0000 0 0 0.6626 0.3374 0.0000
chr5 141573996 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 2 513 136 377 55 0 35 0 46 0 0 376 0 1 0.4044 0.0000 0.0027 2.886 0.29 5.46 -5.17 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3383 0.5112 0.1505 1 1 0.3357 0.5103 0.1540 1 1 0.3321 0.5092 0.1587
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 367 88 279 10 0 7 0 71 0 0 267 0 12 0.1136 0.0000 0.0430 11.571 0.50 8.30 -7.80 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 1 0.0000 0.8489 0.1511
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 15 1 338 102 236 37 1 17 0 47 0 0 232 0 4 0.3627 0.0000 0.0169 5.000 0.54 9.40 -8.86 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1129 0.4787 0.4084 1 1 0.1170 0.4801 0.4029 1 1 0.1226 0.4819 0.3955
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 629 156 473 141 1 4 1 9 0 0 473 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 38.000 0.35 2.00 -1.65 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0430 0.9570 0.0000 0 1 0.4282 0.5718 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 345 149 196 1 0 18 0 130 0 0 196 0 0 0.0067 0.0000 0.0000 7.278 3.00 12.12 -9.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1626 0.8374 2 2 0.0000 0.0732 0.9268 2 2 0.0000 0.0604 0.9396
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 182 70 112 35 1 6 0 28 0 0 112 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 10.667 0.20 4.04 -3.84 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3437 0.5005 0.1558 1 1 0.3404 0.5004 0.1592 1 1 0.3361 0.5003 0.1636
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 359 80 279 9 1 4 1 65 0 0 276 0 3 0.1125 0.0000 0.0108 19.000 0.78 4.26 -3.48 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9907 0.0093 2 1 0.0000 0.8744 0.1256
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 393 162 231 77 5 24 2 54 0 0 231 0 0 0.4753 0.0000 0.0000 5.708 0.71 3.30 -2.58 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5791 0.3771 0.0439 1 0 0.5684 0.3841 0.0476 1 0 0.5539 0.3933 0.0528
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 466 89 377 35 0 12 1 41 0 0 377 0 0 0.3933 0.0000 0.0000 6.417 1.00 3.41 -2.41 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1639 0.5088 0.3273 1 1 0.1670 0.5082 0.3248 1 1 0.1712 0.5073 0.3215
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 465 121 344 7 0 16 1 97 0 0 339 2 3 0.0579 0.0000 0.0145 6.562 3.29 3.49 -0.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8898 0.1102 2 1 0.0000 0.5218 0.4782
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 472 103 369 4 2 25 5 67 0 1 359 2 7 0.0388 0.0000 0.0271 2.960 2.50 4.31 -1.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9747 0.0253 2 1 0.0000 0.8673 0.1327
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 444 85 359 6 1 11 1 66 1 0 343 4 11 0.0706 0.0028 0.0446 6.727 2.67 3.83 -1.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9893 0.0107 2 1 0.0000 0.9024 0.0976
chr6 22570117 G GGGC 0.051576 0.050 1 3 1 633 149 484 105 0 40 0 4 0 0 483 0 1 0.7047 0.0000 0.0021 2.725 0.50 3.50 -3.00 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0689 0.9311 0.0000 0 0 0.8968 0.1032 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 1384 311 1073 296 1 7 0 7 0 0 1072 0 1 0.9518 0.0000 0.0009 43.429 0.24 13.71 -13.47 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 0 0.9487 0.0513 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr6 29462135 GGCTGTCT G 0.001041 0.050 1 -7 1 900 276 624 130 0 5 0 141 0 0 615 0 9 0.4710 0.0000 0.0144 54.200 0.32 7.46 -7.15 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2085 0.7899 0.0016 1 1 0.2193 0.7792 0.0015 1 1 0.2337 0.7648 0.0015
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 347 106 241 56 1 2 0 47 0 0 240 0 1 0.5283 0.0000 0.0041 52.000 0.68 1.13 -0.45 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3487 0.5081 0.1432 1 1 0.3456 0.5074 0.1469 1 1 0.3415 0.5066 0.1519
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.050 1 -3 1 2273 496 1777 12 2 76 3 403 0 0 1730 12 35 0.0242 0.0000 0.0264 5.474 2.50 4.73 -2.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 2 0.0000 0.0460 0.9540 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 553 147 406 0 132 1 1 13 0 0 404 0 2 0.0000 0.0000 0.0049 143.000 1.77 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0461 0.9539 0.0000
chr6 31772983 T TGGACAGGCTCCATG 0.500000 0.050 1 14 1 394 120 274 110 0 5 0 5 0 0 272 0 2 0.9167 0.0000 0.0073 23.000 0.40 11.40 -11.00 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1232 0.8768 0.0000 0 0 0.5089 0.4911 0.0000
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 298 140 158 2 109 24 0 5 0 2 156 0 0 0.0143 0.0000 0.0127 5.273 0.00 3.80 -3.80 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 1 0.3718 0.6282 0.0000 0 0 0.7062 0.2938 0.0000
chr6 32519430 CTCCACTTCGAGGAACTGTT C 0.500000 0.050 1 -19 1 291 105 186 39 0 1 0 65 0 0 176 0 10 0.3714 0.0000 0.0538 104.000 6.08 15.09 -9.02 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0201 0.2738 0.7061 1 2 0.0226 0.2847 0.6927 1 2 0.0264 0.2993 0.6744
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 603 239 364 150 10 36 0 43 0 0 361 0 3 0.6276 0.0000 0.0082 6.250 3.79 8.72 -4.93 56 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9919 0.0081 0.0000 1 0 0.9893 0.0107 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 604 235 369 180 4 6 0 45 0 0 366 0 3 0.7660 0.0000 0.0081 56.750 4.99 8.73 -3.74 72 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9968 0.0032 0.0000 0 1 0.3768 0.6232 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 152 66 86 36 4 0 2 24 0 0 84 0 2 0.5455 0.0000 0.0233 66.000 7.72 9.17 -1.44 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3986 0.4793 0.1221 1 1 0.3933 0.4807 0.1260 1 1 0.3861 0.4825 0.1314
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 228 45 183 19 0 0 0 26 0 0 183 0 0 0.4222 0.0000 0.0000 45.000 5.42 7.50 -2.08 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1671 0.4991 0.3338 1 1 0.1701 0.4991 0.3308 1 1 0.1740 0.4992 0.3268
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 434 154 280 77 2 20 1 54 0 0 274 0 6 0.5000 0.0000 0.0214 6.700 0.78 4.80 -4.02 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4693 0.4530 0.0776 1 0 0.4621 0.4559 0.0819 1 1 0.4525 0.4597 0.0879
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 197 52 145 33 0 0 0 19 0 0 145 0 0 0.6346 0.0000 0.0000 52.000 4.09 1.26 2.83 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4315 0.4603 0.1081 1 1 0.4247 0.4631 0.1122 1 1 0.4156 0.4665 0.1178
chr6 36722044 C CGGGCCCAGCGGTGCAGGA 0.500000 0.050 1 18 2 585 125 460 92 2 28 1 2 1 0 458 0 1 0.7360 0.0022 0.0043 3.429 1.01 1.50 -0.49 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0476 0.9524 0.0000 0 1 0.4984 0.5016 0.0000 0 0 0.7150 0.2850 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 1061 295 766 158 0 5 0 132 0 0 763 0 3 0.5356 0.0000 0.0039 58.000 0.28 3.29 -3.00 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4949 0.4541 0.0509 1 0 0.4889 0.4562 0.0549 1 0 0.4804 0.4590 0.0605
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 331 132 199 60 0 21 0 51 0 0 196 0 3 0.4545 0.0000 0.0151 5.286 1.18 6.25 -5.07 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3066 0.5240 0.1694 1 1 0.3053 0.5221 0.1726 1 1 0.3034 0.5199 0.1768
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 729 153 576 42 1 73 0 37 0 0 556 0 20 0.2745 0.0000 0.0347 1.082 0.60 7.81 -7.22 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1043 0.4738 0.4220 1 1 0.1085 0.4755 0.4160 1 1 0.1142 0.4777 0.4081
chr6 84763926 C CCGGCCCAGACGT 0.500000 0.050 1 12 1 243 59 184 35 0 4 0 20 0 0 175 0 9 0.5932 0.0000 0.0489 13.750 0.49 9.90 -9.41 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3165 0.5087 0.1748 1 1 0.3143 0.5080 0.1777 1 1 0.3114 0.5072 0.1814
chr6 110958771 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 227 91 136 44 1 5 1 40 0 0 134 0 2 0.4835 0.0000 0.0147 17.200 0.23 3.12 -2.90 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2606 0.5256 0.2138 1 1 0.2607 0.5237 0.2156 1 1 0.2609 0.5213 0.2179
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 678 160 518 5 0 10 0 145 0 0 507 0 11 0.0312 0.0000 0.0212 15.000 0.20 3.29 -3.09 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9857 0.0143 2 2 0.0000 0.3756 0.6244 2 2 0.0000 0.1322 0.8678
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 341 108 233 7 0 0 0 101 0 0 231 0 2 0.0648 0.0000 0.0086 108.000 0.00 1.23 -1.23 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8928 0.1072 2 1 0.0000 0.5318 0.4682
chr6 138773755 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 429 123 306 59 0 0 0 64 0 0 306 0 0 0.4797 0.0000 0.0000 123.000 0.24 1.14 -0.90 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1781 0.5300 0.2920 1 1 0.1811 0.5277 0.2912 1 1 0.1850 0.5249 0.2902
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 872 226 646 207 0 8 0 11 0 1 645 0 0 0.9159 0.0000 0.0015 27.250 0.28 3.09 -2.81 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0982 0.9018 0.0000 0 0 0.7104 0.2896 0.0000
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 142 59 83 2 0 2 0 55 0 0 83 0 0 0.0339 0.0000 0.0000 28.500 0.00 4.02 -4.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8677 0.1323 2 2 0.0000 0.4948 0.5052 2 2 0.0000 0.3600 0.6400
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 461 178 283 0 0 38 1 139 0 0 268 0 15 0.0000 0.0000 0.0530 3.684 14.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0238 0.9762
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 365 118 247 58 0 1 0 59 0 0 244 0 3 0.4915 0.0000 0.0121 117.000 0.26 5.76 -5.50 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1884 0.5317 0.2798 1 1 0.1911 0.5294 0.2795 1 1 0.1946 0.5263 0.2790
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 188 61 127 34 0 5 0 22 0 0 125 0 2 0.5574 0.0000 0.0157 11.200 0.09 7.50 -7.41 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3729 0.4883 0.1387 1 1 0.3685 0.4891 0.1424 1 1 0.3625 0.4902 0.1473
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 301 130 171 0 0 26 11 93 0 0 166 1 4 0.0000 0.0000 0.0292 3.962 3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0607 0.9393 2 2 0.0000 0.0639 0.9361 2 2 0.0000 0.0686 0.9314
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 927 305 622 8 8 24 128 137 0 0 622 0 0 0.0262 0.0000 0.0000 12.000 3.12 5.46 -2.33 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8735 0.1265 2 2 0.0000 0.2498 0.7502
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 925 281 644 119 52 19 36 55 1 0 642 1 0 0.4235 0.0016 0.0031 15.000 3.26 8.24 -4.98 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9255 0.0737 0.0008 1 0 0.9171 0.0818 0.0011 1 0 0.9047 0.0938 0.0015
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 924 284 640 128 49 34 25 48 0 0 639 1 0 0.4507 0.0000 0.0016 12.474 3.16 7.69 -4.52 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9842 0.0158 0.0000 1 0 0.9812 0.0188 0.0001 1 0 0.9764 0.0236 0.0001
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 225 74 151 31 1 3 1 38 0 0 146 0 5 0.4189 0.0000 0.0331 23.667 0.84 4.03 -3.19 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1212 0.4815 0.3973 1 1 0.1252 0.4827 0.3921 1 1 0.1306 0.4843 0.3851
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 227 93 134 38 0 21 0 34 0 0 134 0 0 0.4086 0.0000 0.0000 3.429 1.37 3.88 -2.51 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2886 0.5171 0.1943 1 1 0.2876 0.5158 0.1966 1 1 0.2862 0.5142 0.1996
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 227 94 133 68 1 20 0 5 0 0 133 0 0 0.7234 0.0000 0.0000 3.700 2.32 5.20 -2.88 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.1630 0.8370 0.0000 0 1 0.4493 0.5507 0.0000
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 747 173 574 166 1 4 0 2 0 0 574 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 42.250 0.51 12.00 -11.49 56 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7184 0.2816 0.0000 0 0 0.9417 0.0583 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.050 1 9 2 208 95 113 88 0 5 0 2 0 0 113 0 0 0.9263 0.0000 0.0000 18.000 0.81 9.50 -8.69 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2591 0.7409 0.0000 0 0 0.6973 0.3027 0.0000 0 0 0.7968 0.2032 0.0000
chr7 5312956 CGAAGAG C 0.500000 0.050 1 -6 1 618 99 519 86 1 10 0 2 0 0 519 0 0 0.8687 0.0000 0.0000 8.900 1.23 8.50 -7.27 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2543 0.7457 0.0000 0 0 0.6921 0.3079 0.0000 0 0 0.7928 0.2072 0.0000
chr7 5428065 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 1338 303 1035 161 3 1 1 137 0 0 1035 0 0 0.5314 0.0000 0.0000 302.000 1.19 1.91 -0.73 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4279 0.0413 1 0 0.5238 0.4313 0.0449 1 0 0.5139 0.4359 0.0502
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 586 181 405 76 0 28 3 74 0 0 404 0 1 0.4199 0.0000 0.0025 5.464 0.47 3.14 -2.66 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2048 0.5457 0.2495 1 1 0.2072 0.5423 0.2505 1 1 0.2103 0.5379 0.2517
chr7 19117045 T TGCCGCCGCCGCCGCCCGCGCC 0.500000 0.050 1 21 1 489 111 378 52 0 29 0 30 0 0 370 0 8 0.4685 0.0000 0.0212 2.828 0.50 11.27 -10.77 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4223 0.4719 0.1058 1 1 0.4163 0.4737 0.1100 1 1 0.4082 0.4761 0.1157
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 378 86 292 54 0 3 1 28 0 0 292 0 0 0.6279 0.0000 0.0000 27.667 0.02 3.00 -2.98 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5789 0.3722 0.0489 1 0 0.5675 0.3798 0.0527 1 0 0.5522 0.3897 0.0581
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.050 1 -3 2 418 93 325 73 3 14 1 2 1 2 322 0 0 0.7849 0.0031 0.0092 5.923 1.37 3.50 -2.13 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1946 0.8054 0.0000 0 0 0.6207 0.3793 0.0000 0 0 0.7417 0.2583 0.0000
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 289 75 214 40 0 3 0 32 0 0 213 0 1 0.5333 0.0000 0.0047 24.000 0.00 3.47 -3.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3281 0.5076 0.1642 1 1 0.3256 0.5070 0.1674 1 1 0.3222 0.5063 0.1715
chr7 29884016 GCCCCCTCCCACCCCA G 0.500000 0.050 1 -15 4 333 78 255 65 0 8 2 3 0 0 255 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 8.625 1.85 11.00 -9.15 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0196 0.9804 0.0000 0 1 0.2942 0.7058 0.0000 0 0 0.5241 0.4759 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 111 45 66 25 2 1 3 14 0 0 65 1 0 0.5556 0.0000 0.0152 42.000 0.20 1.21 -1.01 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3601 0.4899 0.1500 1 1 0.3560 0.4906 0.1534 1 1 0.3506 0.4915 0.1579
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 481 130 351 124 1 2 0 3 0 0 351 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 64.000 0.60 1.00 -0.40 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1521 0.8479 0.0000 0 0 0.7472 0.2528 0.0000 0 0 0.8679 0.1321 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 165 58 107 29 1 0 0 28 0 0 106 0 1 0.5000 0.0000 0.0093 58.000 0.10 3.54 -3.43 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2530 0.5177 0.2293 1 1 0.2533 0.5164 0.2304 1 1 0.2535 0.5147 0.2318
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 187 70 117 3 0 2 0 65 0 0 115 0 2 0.0429 0.0000 0.0171 34.000 0.00 2.95 -2.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9612 0.0388 2 1 0.0000 0.5869 0.4131 2 2 0.0000 0.3796 0.6204
chr7 56081643 C CG 0.500000 0.050 1 1 5 466 101 365 93 1 3 0 4 0 0 365 0 0 0.9208 0.0000 0.0000 32.333 0.41 1.50 -1.09 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0167 0.9833 0.0000 0 1 0.4159 0.5841 0.0000 0 0 0.6838 0.3162 0.0000
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 870 201 669 6 3 182 0 10 2 1 665 1 0 0.0299 0.0030 0.0060 0.106 7.00 4.10 2.90 6 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.3996 0.4700 0.1304 1 1 0.3938 0.4721 0.1341 1 1 0.3856 0.4754 0.1390
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 868 197 671 6 172 11 0 8 1 1 669 0 0 0.0305 0.0015 0.0030 1.889 7.00 3.50 3.50 6 0/1 1/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1182 0.8818 0.0000 0 0 0.5604 0.4396 0.0000
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 237 64 173 30 0 9 1 24 0 0 172 0 1 0.4688 0.0000 0.0058 6.111 0.40 3.04 -2.64 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2928 0.5119 0.1953 1 1 0.2915 0.5110 0.1974 1 1 0.2898 0.5099 0.2003
chr7 73570587 CGTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 602 168 434 87 0 2 0 79 0 0 428 0 6 0.5179 0.0000 0.0138 83.000 0.21 3.15 -2.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2466 0.5511 0.2023 1 1 0.2478 0.5473 0.2049 1 1 0.2493 0.5425 0.2082
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 541 139 402 137 0 1 0 1 0 0 402 0 0 0.9856 0.0000 0.0000 138.000 0.33 2.00 -1.67 67 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8604 0.1396 0.0000 0 0 0.9377 0.0623 0.0000 0 0 0.9485 0.0515 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 765 191 574 0 0 13 0 178 0 0 569 1 4 0.0000 0.0000 0.0087 13.692 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0123 0.9877
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 513 128 385 64 0 12 0 52 0 2 379 1 3 0.5000 0.0000 0.0156 9.667 0.59 3.52 -2.93 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3564 0.5085 0.1350 1 1 0.3532 0.5078 0.1389 1 1 0.3489 0.5069 0.1441
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 220 79 141 78 0 0 0 1 0 0 141 0 0 0.9873 0.0000 0.0000 79.000 0.69 3.00 -2.31 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5818 0.4182 0.0000 0 0 0.7783 0.2217 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 154 38 116 36 0 0 0 2 0 0 116 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 38.000 1.19 1.00 0.19 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0875 0.9125 0.0000 0 1 0.3904 0.6096 0.0000 0 0 0.5301 0.4699 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 713 219 494 208 3 4 0 4 0 0 494 0 0 0.9498 0.0000 0.0000 53.750 0.25 4.00 -3.75 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2278 0.7722 0.0000 0 0 0.9263 0.0737 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr7 100075318 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 515 154 361 140 1 9 0 4 1 0 359 1 0 0.9091 0.0028 0.0055 16.000 0.27 1.00 -0.73 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0469 0.9531 0.0000 0 0 0.6680 0.3320 0.0000 0 0 0.8581 0.1419 0.0000
chr7 100124796 CAGGAGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 615 198 417 189 0 6 0 3 0 0 417 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 32.000 0.26 4.67 -4.40 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4647 0.5353 0.0000 0 0 0.9345 0.0655 0.0000 0 0 0.9682 0.0318 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 503 143 360 73 1 4 0 65 0 0 357 0 3 0.5105 0.0000 0.0083 34.750 0.19 3.23 -3.04 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3005 0.5326 0.1669 1 1 0.2996 0.5302 0.1702 1 1 0.2984 0.5271 0.1746
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 416 100 316 0 1 35 1 63 0 0 301 0 15 0.0000 0.0000 0.0475 1.829 8.25 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1258 0.8742 2 2 0.0000 0.1298 0.8702 2 2 0.0000 0.1356 0.8644
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 416 100 316 6 21 34 2 37 0 0 301 0 15 0.0600 0.0000 0.0475 1.941 7.50 9.03 -1.53 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0417 0.3513 0.6070 1 2 0.0453 0.3598 0.5948 1 2 0.0505 0.3710 0.5785
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 697 187 510 71 1 16 1 98 0 0 509 0 1 0.3797 0.0000 0.0020 10.688 0.15 3.96 -3.80 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0372 0.3672 0.5956 1 2 0.0406 0.3745 0.5849 1 2 0.0456 0.3840 0.5704
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 553 185 368 4 0 26 6 149 0 0 367 1 0 0.0216 0.0000 0.0027 6.115 0.25 15.48 -15.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9312 0.0688 2 2 0.0000 0.2361 0.7639 2 2 0.0000 0.0952 0.9048
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 304 164 140 140 3 15 0 6 0 0 140 0 0 0.8537 0.0000 0.0000 9.933 0.47 6.83 -6.36 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3821 0.6179 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 214 75 139 0 0 2 0 73 0 0 138 0 1 0.0000 0.0000 0.0072 36.500 3.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.1388 0.8612 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 858 259 599 1 0 53 7 198 0 0 595 0 4 0.0039 0.0000 0.0067 3.887 2.00 3.14 -1.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0259 0.9741 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0096 0.9904
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 641 139 502 82 0 6 0 51 0 0 496 0 6 0.5899 0.0000 0.0120 22.167 0.32 4.00 -3.68 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5640 0.3884 0.0476 1 0 0.5538 0.3948 0.0514 1 0 0.5399 0.4033 0.0568
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 284 83 201 48 0 1 0 34 1 0 190 0 10 0.5783 0.0050 0.0547 82.000 0.23 15.18 -14.95 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2976 0.5208 0.1815 1 1 0.2965 0.5192 0.1843 1 1 0.2948 0.5173 0.1879
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 178 46 132 0 0 3 0 43 0 0 129 0 3 0.0000 0.0000 0.0227 14.333 4.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2391 0.7609 2 2 0.0000 0.2434 0.7566 2 2 0.0000 0.2493 0.7507
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 672 193 479 179 0 4 0 10 0 0 479 0 0 0.9275 0.0000 0.0000 47.250 0.91 1.00 -0.09 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0951 0.9049 0.0000 0 0 0.6406 0.3594 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 600 165 435 8 0 4 0 153 0 0 434 0 1 0.0485 0.0000 0.0023 40.250 0.62 1.48 -0.85 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8223 0.1777 2 2 0.0000 0.3268 0.6732
chr7 150331068 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 608 152 456 70 0 4 0 78 0 0 456 0 0 0.4605 0.0000 0.0000 37.000 0.17 2.00 -1.83 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1485 0.5265 0.3250 1 1 0.1523 0.5244 0.3233 1 1 0.1572 0.5219 0.3209
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 487 88 399 0 0 0 8 80 0 0 371 8 20 0.0000 0.0000 0.0702 88.000 7.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0465 0.9535 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0534 0.9466
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 491 87 404 0 1 2 8 76 0 1 372 13 18 0.0000 0.0000 0.0792 84.000 7.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0666 0.9334 2 2 0.0000 0.0672 0.9328 2 2 0.0000 0.0693 0.9307
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 501 84 417 0 1 2 2 79 0 1 345 20 51 0.0000 0.0000 0.1727 40.500 7.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0277 0.9723 2 2 0.0000 0.0289 0.9711 2 2 0.0000 0.0310 0.9690
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 623 206 417 201 1 1 0 3 0 0 417 0 0 0.9757 0.0000 0.0000 205.000 0.34 1.33 -0.99 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5490 0.4510 0.0000 0 0 0.9516 0.0484 0.0000 0 0 0.9765 0.0235 0.0000
chr7 154968830 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 1253 320 933 283 4 29 0 4 3 1 928 0 1 0.8844 0.0032 0.0054 10.034 0.67 2.75 -2.08 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3022 0.6978 0.0000 0 0 0.9789 0.0211 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 205 82 123 8 1 5 2 66 0 0 115 0 8 0.0976 0.0000 0.0650 15.200 0.12 6.03 -5.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9881 0.0119 2 1 0.0000 0.8607 0.1393
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 713 160 553 6 0 17 0 137 0 0 549 0 4 0.0375 0.0000 0.0072 8.412 0.50 6.18 -5.68 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.5884 0.4116 2 2 0.0000 0.2104 0.7896
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 653 141 512 3 0 29 2 107 1 0 510 0 1 0.0213 0.0020 0.0039 3.862 1.33 6.31 -4.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9773 0.0227 2 1 0.0000 0.5121 0.4879 2 2 0.0000 0.2593 0.7407
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 276 91 185 41 0 0 0 50 0 0 183 0 2 0.4505 0.0000 0.0108 91.000 0.29 3.16 -2.87 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1428 0.5048 0.3524 1 1 0.1471 0.5048 0.3481 1 1 0.1528 0.5048 0.3424
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 844 252 592 15 2 23 61 151 0 0 578 0 14 0.0595 0.0000 0.0236 10.333 3.73 6.03 -2.30 13 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9700 0.0300
chr8 10622785 T TG 0.002736 0.050 1 1 2 637 143 494 72 0 7 0 64 0 0 494 0 0 0.5035 0.0000 0.0000 19.429 0.36 1.28 -0.92 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5560 0.4433 0.0007 1 0 0.5554 0.4439 0.0007 1 0 0.5543 0.4450 0.0007
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCAC 0.014168 0.050 1 12 1 489 202 287 149 1 47 0 5 0 1 286 0 0 0.7376 0.0000 0.0035 3.444 6.56 7.40 -0.84 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4632 0.5368 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 489 209 280 6 0 40 4 159 0 0 279 0 1 0.0287 0.0000 0.0036 4.225 6.33 6.21 0.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9502 0.0498 2 2 0.0000 0.0599 0.9401 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr8 11808709 GTCCCACTCCCACTCCCAC G 0.000958 0.050 1 -18 1 490 225 265 194 1 26 0 4 0 0 265 0 0 0.8622 0.0000 0.0000 7.654 4.94 16.50 -11.56 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 299 131 168 73 1 7 0 50 0 0 167 0 1 0.5573 0.0000 0.0060 17.714 0.53 7.62 -7.09 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6709 0.3120 0.0171 1 0 0.6630 0.3185 0.0184 1 0 0.6524 0.3273 0.0204
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 206 92 114 43 0 0 1 48 0 0 114 0 0 0.4674 0.0000 0.0000 92.000 0.02 4.08 -4.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2513 0.5456 0.2031 1 1 0.2551 0.5432 0.2017 1 1 0.2602 0.5401 0.1997
chr8 28351708 G GGCA 0.000764 0.050 1 3 1 263 88 175 39 0 16 0 33 0 0 173 0 2 0.4432 0.0000 0.0114 4.500 0.49 3.36 -2.88 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5265 0.4732 0.0003 1 0 0.5263 0.4734 0.0003 1 0 0.5259 0.4738 0.0003
chr8 33496717 A AGAT 0.026718 0.050 1 3 5 150 59 91 45 0 9 0 5 0 0 91 0 0 0.7627 0.0000 0.0000 5.556 0.49 3.00 -2.51 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0313 0.9687 0.0000 0 0 0.7968 0.2032 0.0000 0 0 0.9436 0.0564 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 513 169 344 93 0 2 0 74 0 0 341 0 3 0.5503 0.0000 0.0087 83.500 0.47 3.42 -2.95 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4932 0.4445 0.0623 1 0 0.4880 0.4464 0.0656 1 0 0.4810 0.4490 0.0700
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 199 74 125 33 0 0 0 41 0 0 125 0 0 0.4459 0.0000 0.0000 74.000 0.45 2.27 -1.81 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1549 0.5035 0.3416 1 1 0.1582 0.5032 0.3385 1 1 0.1627 0.5029 0.3344
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 279 86 193 80 1 1 0 4 0 0 193 0 0 0.9302 0.0000 0.0000 84.000 0.29 2.50 -2.21 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0109 0.9891 0.0000 0 1 0.3296 0.6704 0.0000 0 0 0.6033 0.3967 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 602 193 409 104 0 4 0 85 0 0 409 0 0 0.5389 0.0000 0.0000 47.250 0.65 18.14 -17.49 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4678 0.4607 0.0715 1 1 0.4613 0.4629 0.0758 1 1 0.4524 0.4658 0.0817
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 318 82 236 80 0 1 0 1 0 0 236 0 0 0.9756 0.0000 0.0000 81.000 0.23 4.00 -3.77 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5940 0.4060 0.0000 0 0 0.7867 0.2133 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr8 116938485 AGGCGGC A 0.500000 0.050 1 -6 2 380 149 231 121 0 26 0 2 0 0 231 0 0 0.8121 0.0000 0.0000 4.731 0.60 6.50 -5.90 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4375 0.5625 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000 0 0 0.8937 0.1063 0.0000
chr8 120811814 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 3 380 99 281 78 3 17 0 1 0 0 281 0 0 0.7879 0.0000 0.0000 4.824 1.09 13.00 -11.91 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6220 0.3780 0.0000 0 0 0.7933 0.2067 0.0000 0 0 0.8286 0.1714 0.0000
chr8 123369942 A ATCG 0.500000 0.050 1 3 1 322 111 211 101 2 3 1 4 0 0 211 0 0 0.9099 0.0000 0.0000 35.333 0.37 2.50 -2.13 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0180 0.9820 0.0000 0 1 0.4502 0.5498 0.0000 0 0 0.7151 0.2849 0.0000
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 388 170 218 165 0 1 0 4 0 0 218 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 169.000 0.14 3.75 -3.61 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0849 0.9151 0.0000 0 0 0.8018 0.1982 0.0000 0 0 0.9219 0.0781 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 389 105 284 1 0 22 7 75 0 0 279 0 5 0.0095 0.0000 0.0176 3.773 3.00 4.56 -1.56 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3641 0.6359 2 2 0.0000 0.1858 0.8142 2 2 0.0000 0.1527 0.8473
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 839 146 693 76 0 5 0 65 0 0 693 0 0 0.5205 0.0000 0.0000 28.200 0.29 3.11 -2.82 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3681 0.5078 0.1241 1 1 0.3647 0.5071 0.1282 1 1 0.3601 0.5062 0.1337
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1105 343 762 235 8 73 1 26 0 0 762 0 0 0.6851 0.0000 0.0000 3.699 0.24 3.15 -2.92 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1001 0.8999 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 266 80 186 4 0 11 1 64 0 0 176 0 10 0.0500 0.0000 0.0538 6.273 2.75 7.03 -4.28 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9905 0.0095 2 1 0.0000 0.6946 0.3054 2 2 0.0000 0.4228 0.5772
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 485 112 373 93 1 15 0 3 0 0 373 0 0 0.8304 0.0000 0.0000 6.467 0.72 3.00 -2.28 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0738 0.9262 0.0000 0 0 0.5781 0.4219 0.0000 0 0 0.7574 0.2426 0.0000
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 729 202 527 0 0 5 1 196 0 0 527 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 39.400 1.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0088 0.9912
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 682 160 522 79 0 27 0 54 0 0 516 0 6 0.4938 0.0000 0.0115 4.926 0.48 11.22 -10.74 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4810 0.4456 0.0735 1 0 0.4734 0.4489 0.0777 1 0 0.4631 0.4532 0.0837
chr9 39357140 A AGGGCGG 0.500000 0.050 1 6 1 186 95 91 62 1 2 1 29 0 0 90 0 1 0.6526 0.0000 0.0110 46.500 0.06 6.28 -6.21 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6652 0.3067 0.0281 1 0 0.6521 0.3168 0.0311 1 0 0.6342 0.3302 0.0355
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 212 24 188 21 2 0 0 1 0 0 188 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 24.000 0.33 1.00 -0.67 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2592 0.7408 0.0000 0 1 0.4750 0.5250 0.0000 0 0 0.5448 0.4552 0.0000
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 193 75 118 49 0 0 0 26 0 0 118 0 0 0.6533 0.0000 0.0000 75.000 0.14 3.12 -2.97 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5537 0.3893 0.0570 1 0 0.5430 0.3961 0.0610 1 0 0.5285 0.4049 0.0666
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 422 132 290 72 0 2 0 58 0 0 283 0 7 0.5455 0.0000 0.0241 65.000 0.10 14.09 -13.99 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3151 0.5271 0.1577 1 1 0.3137 0.5251 0.1612 1 1 0.3116 0.5225 0.1659
chr9 76703941 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 426 122 304 115 1 3 0 3 0 0 304 0 0 0.9426 0.0000 0.0000 39.333 0.30 3.00 -2.70 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1211 0.8789 0.0000 0 0 0.7012 0.2988 0.0000 0 0 0.8404 0.1596 0.0000
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 627 151 476 134 0 11 0 6 0 0 476 0 0 0.8874 0.0000 0.0000 12.727 0.27 10.00 -9.73 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.3313 0.6687 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 466 128 338 67 1 3 0 57 0 0 337 0 1 0.5234 0.0000 0.0030 41.667 0.27 3.37 -3.10 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3573 0.5093 0.1334 1 1 0.3542 0.5085 0.1373 1 1 0.3499 0.5075 0.1426
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 254 81 173 4 0 11 38 28 0 0 173 0 0 0.0494 0.0000 0.0000 6.364 0.00 3.29 -3.29 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9923 0.0077 2 1 0.0000 0.7396 0.2604 2 2 0.0000 0.4763 0.5237
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.050 1 -6 2 254 81 173 5 0 36 2 38 0 0 173 0 0 0.0617 0.0000 0.0000 1.257 0.00 6.16 -6.16 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9157 0.0843 2 1 0.0000 0.7172 0.2828
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 392 165 227 73 0 5 0 87 0 0 227 0 0 0.4424 0.0000 0.0000 32.000 0.48 9.05 -8.57 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1015 0.4932 0.4053 1 1 0.1059 0.4935 0.4007 1 1 0.1118 0.4938 0.3944
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 642 229 413 45 9 2 0 173 1 1 404 0 7 0.1965 0.0024 0.0218 113.500 8.31 3.30 5.01 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0057 0.9943 1 2 0.0000 0.0070 0.9930 1 2 0.0000 0.4550 0.5450
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 328 71 257 0 0 9 0 62 0 0 257 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.889 5.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1726 0.8274 2 2 0.0000 0.1771 0.8229 2 2 0.0000 0.1835 0.8165
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 749 114 635 3 0 25 2 84 0 1 627 1 6 0.0263 0.0000 0.0126 3.560 0.33 6.70 -6.37 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9333 0.0667 2 2 0.0000 0.4461 0.5539 2 2 0.0000 0.2592 0.7408
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 442 113 329 4 0 0 0 109 0 0 329 0 0 0.0354 0.0000 0.0000 113.000 0.50 2.91 -2.41 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9775 0.0225 2 2 0.0000 0.4953 0.5047 2 2 0.0000 0.2447 0.7553
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 777 145 632 6 0 1 0 138 0 0 631 0 1 0.0414 0.0000 0.0016 144.000 0.17 4.98 -4.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6409 0.3591 2 2 0.0000 0.2493 0.7507
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 706 173 533 10 0 3 3 157 0 1 529 0 3 0.0578 0.0000 0.0075 56.000 0.10 2.94 -2.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9646 0.0354 2 1 0.0000 0.5445 0.4555
chr9 104695275 G GTGAA 0.500000 0.050 1 4 2 485 124 361 121 0 0 0 3 0 0 361 0 0 0.9758 0.0000 0.0000 124.000 1.32 5.00 -3.68 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1355 0.8645 0.0000 0 0 0.7272 0.2728 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 248 87 161 0 0 3 0 84 0 0 157 0 4 0.0000 0.0000 0.0248 28.000 4.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0985 0.9015 2 2 0.0000 0.1025 0.8975 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 469 95 374 0 0 19 2 74 0 0 373 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 4.000 6.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1260 0.8740 2 2 0.0000 0.1303 0.8697 2 2 0.0000 0.1364 0.8636
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 593 116 477 111 0 4 0 1 0 0 477 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 28.000 0.31 6.00 -5.69 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7614 0.2386 0.0000 0 0 0.8879 0.1121 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000
chr9 122093180 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 581 173 408 130 6 32 0 5 0 0 408 0 0 0.7514 0.0000 0.0000 4.406 0.29 3.00 -2.71 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 0 0.5038 0.4962 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 457 156 301 0 0 5 0 151 0 0 298 0 3 0.0000 0.0000 0.0100 30.200 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 602 183 419 1 0 18 1 163 0 0 411 0 8 0.0055 0.0000 0.0191 9.111 2.00 7.57 -5.57 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0631 0.9369 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 417 113 304 7 2 33 5 66 0 0 301 0 3 0.0619 0.0000 0.0099 2.424 1.29 5.03 -3.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9774 0.0226 2 1 0.0000 0.8010 0.1990
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 207 82 125 39 0 0 0 43 0 0 124 0 1 0.4756 0.0000 0.0080 82.000 2.00 2.63 -0.63 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1827 0.5178 0.2995 1 1 0.1854 0.5164 0.2982 1 1 0.1889 0.5147 0.2964
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 207 82 125 39 0 0 0 43 0 0 124 0 1 0.4756 0.0000 0.0080 82.000 2.00 2.63 -0.63 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1827 0.5178 0.2995 1 1 0.1854 0.5164 0.2982 1 1 0.1889 0.5147 0.2964
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 286 98 188 41 0 4 0 53 0 0 186 0 2 0.4184 0.0000 0.0106 23.500 0.07 1.60 -1.53 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.4737 0.4208 1 1 0.1097 0.4754 0.4149 1 1 0.1154 0.4777 0.4070
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 420 121 299 58 0 1 0 62 0 0 299 0 0 0.4793 0.0000 0.0000 120.000 0.24 1.39 -1.15 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1884 0.5317 0.2798 1 1 0.1911 0.5294 0.2795 1 1 0.1946 0.5263 0.2790
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 262 78 184 73 0 3 0 2 0 0 184 0 0 0.9359 0.0000 0.0000 25.000 0.33 3.00 -2.67 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1935 0.8065 0.0000 0 0 0.6141 0.3859 0.0000 0 0 0.7324 0.2676 0.0000
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 544 159 385 121 3 24 1 10 0 0 385 0 0 0.7610 0.0000 0.0000 5.625 0.56 3.30 -2.74 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0138 0.9862 0.0000 0 1 0.2478 0.7522 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 205 93 112 2 2 19 0 70 0 0 112 0 0 0.0215 0.0000 0.0000 3.895 0.00 3.43 -3.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9662 0.0338 2 1 0.0000 0.6267 0.3733 2 2 0.0000 0.4073 0.5927
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 745 152 593 85 0 7 0 60 0 0 587 0 6 0.5592 0.0000 0.0101 20.714 0.13 8.77 -8.64 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6665 0.3285 0.0049 1 0 0.6614 0.3333 0.0053 1 0 0.6544 0.3399 0.0057
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 279 66 213 63 0 0 0 3 0 0 213 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 66.000 1.14 1.00 0.14 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7315 0.2685 0.0000 0 0 0.9791 0.0209 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 671 140 531 4 0 18 1 117 0 0 522 0 9 0.0286 0.0000 0.0169 6.778 0.25 8.29 -8.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9559 0.0441 2 1 0.0000 0.8784 0.1216
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 167 25 142 14 0 0 0 11 0 0 142 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 25.000 0.36 5.45 -5.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4533 0.4812 0.0655 1 1 0.4522 0.4817 0.0660 1 1 0.4508 0.4824 0.0668
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 200 76 124 69 0 3 0 4 0 0 124 0 0 0.9079 0.0000 0.0000 24.333 0.41 4.00 -3.59 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0342 0.9658 0.0000 0 0 0.6186 0.3814 0.0000 0 0 0.8349 0.1651 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 757 166 591 67 2 18 0 79 0 0 585 1 5 0.4036 0.0000 0.0102 8.167 0.57 5.38 -4.81 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0917 0.4789 0.4294 1 1 0.0962 0.4803 0.4235 1 1 0.1024 0.4822 0.4154
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 620 123 497 113 0 7 0 3 0 0 497 0 0 0.9187 0.0000 0.0000 16.571 0.20 3.00 -2.80 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2697 0.7303 0.0000 0 0 0.8630 0.1370 0.0000 0 0 0.9341 0.0659 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 467 105 362 94 1 5 0 5 0 0 362 0 0 0.8952 0.0000 0.0000 20.000 0.47 1.20 -0.73 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 1 0.4216 0.5784 0.0000 0 0 0.7476 0.2524 0.0000
chr10 44292818 AC A 0.006843 0.050 1 -1 1 403 144 259 121 5 10 0 8 0 0 259 0 0 0.8403 0.0000 0.0000 13.300 0.49 2.50 -2.01 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 0 0.9413 0.0587 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr10 45792308 AGCCGATCT A 0.000667 0.050 1 -8 5 162 86 76 78 0 0 0 8 0 0 76 0 0 0.9070 0.0000 0.0000 86.000 0.22 8.00 -7.78 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr10 51697903 CTGTATACCTCCTCCT C 0.001304 0.050 1 -15 5 735 174 561 88 2 21 0 63 0 0 557 0 4 0.5057 0.0000 0.0071 7.238 0.26 12.17 -11.91 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7179 0.2820 0.0001 1 0 0.7120 0.2879 0.0001 1 0 0.7039 0.2960 0.0001
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 269 75 194 69 0 4 0 2 0 0 194 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 17.750 0.33 3.00 -2.67 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9884 0.0116 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 533 174 359 168 0 3 0 3 0 0 359 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 57.000 0.26 3.33 -3.08 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9935 0.0065 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.050 1 -6 1 733 175 558 91 0 8 0 76 0 0 553 0 5 0.5200 0.0000 0.0090 20.875 0.42 6.09 -5.67 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5575 0.4349 0.0076 1 0 0.5566 0.4356 0.0079 1 0 0.5551 0.4366 0.0082
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 117 51 66 31 0 1 0 19 0 0 66 0 0 0.6078 0.0000 0.0000 50.000 0.23 13.74 -13.51 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6180 0.3807 0.0013 1 0 0.6140 0.3846 0.0014 1 0 0.6087 0.3898 0.0014
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 116 50 66 33 0 0 0 17 0 0 64 0 2 0.6600 0.0000 0.0303 50.000 0.21 14.47 -14.26 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6447 0.3542 0.0011 1 0 0.6398 0.3590 0.0011 1 0 0.6334 0.3654 0.0012
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 358 87 271 26 0 22 1 38 0 0 270 0 1 0.2989 0.0000 0.0037 2.955 1.00 3.61 -2.61 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2296 0.5933 0.1771 1 1 0.2363 0.5909 0.1728 1 1 0.2452 0.5876 0.1672
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 401 158 243 144 3 7 0 4 0 1 242 0 0 0.9114 0.0000 0.0041 21.429 0.38 6.00 -5.62 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8808 0.1192 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 193 35 158 31 1 1 0 2 0 1 156 0 1 0.8857 0.0000 0.0127 34.000 0.23 1.00 -0.77 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1413 0.8587 0.0000 0 0 0.7249 0.2751 0.0000 0 0 0.8609 0.1391 0.0000
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 528 161 367 131 0 23 0 7 0 1 366 0 0 0.8137 0.0000 0.0027 6.000 0.27 6.29 -6.01 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2307 0.7693 0.0000 0 0 0.6854 0.3146 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 342 84 258 3 0 8 0 73 0 0 243 2 13 0.0357 0.0000 0.0581 9.500 0.67 5.81 -5.14 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9419 0.0581 2 2 0.0000 0.4839 0.5161 2 2 0.0000 0.2906 0.7094
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 313 123 190 117 0 1 0 5 0 0 190 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 122.000 1.14 2.80 -1.66 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0181 0.9819 0.0000 0 0 0.6826 0.3174 0.0000 0 0 0.8971 0.1029 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 134 39 95 0 0 0 0 39 0 0 94 0 1 0.0000 0.0000 0.0105 39.000 2.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1226 0.8774 2 2 0.0000 0.1248 0.8752 2 2 0.0000 0.1278 0.8722
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 324 103 221 0 1 8 0 94 0 0 221 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.875 2.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0901 0.9099 2 2 0.0000 0.0911 0.9089 2 2 0.0000 0.0937 0.9063
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 460 146 314 139 0 4 0 3 0 0 314 0 0 0.9521 0.0000 0.0000 35.500 0.26 1.33 -1.07 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2051 0.7949 0.0000 0 0 0.8070 0.1930 0.0000 0 0 0.9019 0.0981 0.0000
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 716 165 551 7 0 8 1 149 0 0 544 0 7 0.0424 0.0000 0.0127 19.500 0.00 3.02 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8111 0.1889 2 2 0.0000 0.3757 0.6243
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 260 84 176 3 0 2 0 79 0 0 176 0 0 0.0357 0.0000 0.0000 41.000 0.00 2.23 -2.23 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9585 0.0415 2 1 0.0000 0.5735 0.4265 2 2 0.0000 0.3689 0.6311
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 526 161 365 6 0 6 2 147 0 0 364 0 1 0.0373 0.0000 0.0027 25.833 1.00 2.07 -1.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8930 0.1070 2 1 0.0000 0.6146 0.3854
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 868 169 699 2 0 68 4 95 0 0 699 0 0 0.0118 0.0000 0.0000 1.456 0.50 7.86 -7.36 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6464 0.3536 2 2 0.0000 0.2189 0.7811 2 2 0.0000 0.1424 0.8576
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 784 219 565 61 2 73 1 82 0 0 565 0 0 0.2785 0.0000 0.0000 1.986 0.44 11.10 -10.65 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0523 0.4084 0.5393 1 2 0.0556 0.4126 0.5318 1 2 0.0602 0.4181 0.5216
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 322 100 222 0 0 2 1 97 0 0 221 0 1 0.0000 0.0000 0.0045 48.500 2.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0767 0.9233 2 2 0.0000 0.0803 0.9197 2 2 0.0000 0.0855 0.9145
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 219 91 128 2 0 3 47 39 0 0 126 0 2 0.0220 0.0000 0.0156 20.500 0.00 2.33 -2.33 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7982 0.2018 2 2 0.0000 0.3751 0.6249 2 2 0.0000 0.2600 0.7400
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 219 94 125 2 1 42 0 49 0 0 125 0 0 0.0213 0.0000 0.0000 25.500 0.00 2.31 -2.31 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8234 0.1766 2 2 0.0000 0.4085 0.5915 2 2 0.0000 0.2829 0.7171
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 563 139 424 133 1 0 0 5 0 0 424 0 0 0.9568 0.0000 0.0000 138.000 0.20 4.00 -3.80 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.4913 0.5087 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 1134 296 838 143 0 9 1 143 1 0 834 0 3 0.4831 0.0012 0.0048 31.889 0.52 1.16 -0.64 65 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1769 0.5853 0.2379 1 1 0.1807 0.5789 0.2403 1 1 0.1858 0.5710 0.2433
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1407 314 1093 4 0 7 1 302 0 0 1065 0 28 0.0127 0.0000 0.0256 43.857 0.75 5.91 -5.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1420 0.8580 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 995 260 735 7 0 8 0 245 0 0 735 0 0 0.0269 0.0000 0.0000 31.500 0.43 1.73 -1.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 2 0.0000 0.2019 0.7981 2 2 0.0000 0.0365 0.9635
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 667 122 545 0 0 14 0 108 0 0 526 0 19 0.0000 0.0000 0.0349 7.714 9.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 567 148 419 63 4 22 2 57 1 0 415 0 3 0.4257 0.0024 0.0095 5.727 0.32 3.30 -2.98 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3050 0.5284 0.1667 1 1 0.3038 0.5262 0.1700 1 1 0.3022 0.5235 0.1743
chr11 6891690 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 490 148 342 140 0 4 0 4 0 0 341 1 0 0.9459 0.0000 0.0029 48.000 0.28 2.50 -2.22 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0230 0.9770 0.0000 0 0 0.5826 0.4174 0.0000 0 0 0.8301 0.1699 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 237 111 126 62 0 11 1 37 0 0 126 0 0 0.5586 0.0000 0.0000 9.091 0.34 4.03 -3.69 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5609 0.3869 0.0523 1 0 0.5502 0.3936 0.0562 1 0 0.5359 0.4024 0.0617
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 498 126 372 4 41 39 2 40 0 1 370 0 1 0.0317 0.0000 0.0054 2.231 0.00 3.85 -3.85 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2709 0.5245 0.2046 1 1 0.2707 0.5226 0.2067 1 1 0.2704 0.5203 0.2094
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 498 129 369 52 0 33 0 44 0 0 368 0 1 0.4031 0.0000 0.0027 2.909 3.83 6.25 -2.42 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3233 0.5149 0.1618 1 1 0.3211 0.5138 0.1651 1 1 0.3182 0.5124 0.1694
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 204 76 128 3 0 2 0 71 0 0 126 0 2 0.0395 0.0000 0.0156 37.000 0.00 3.30 -3.30 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9552 0.0448 2 1 0.0000 0.5506 0.4494 2 2 0.0000 0.3464 0.6536
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 284 141 143 72 0 10 0 59 0 0 141 0 2 0.5106 0.0000 0.0140 13.100 0.25 3.00 -2.75 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3700 0.5053 0.1247 1 1 0.3664 0.5048 0.1288 1 1 0.3615 0.5042 0.1343
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 161 80 81 75 0 2 0 3 0 0 81 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 39.000 0.41 3.00 -2.59 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0474 0.9526 0.0000 0 1 0.4619 0.5381 0.0000 0 0 0.6645 0.3355 0.0000
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.050 1 -12 1 264 54 210 34 0 2 1 17 0 0 206 0 4 0.6296 0.0000 0.0190 26.000 0.41 10.29 -9.88 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4019 0.4755 0.1226 1 1 0.3962 0.4772 0.1266 1 1 0.3888 0.4793 0.1319
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 222 112 110 108 1 1 0 2 0 0 110 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 110.000 0.57 6.00 -5.43 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3710 0.6290 0.0000 0 0 0.7936 0.2064 0.0000 0 0 0.8658 0.1342 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 684 204 480 5 0 10 0 189 0 0 473 0 7 0.0245 0.0000 0.0146 19.400 0.80 3.24 -2.44 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9619 0.0381 2 2 0.0000 0.1833 0.8167 2 2 0.0000 0.0552 0.9448
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.050 1 -5 2 632 149 483 141 3 1 0 4 0 0 483 0 0 0.9463 0.0000 0.0000 146.000 0.33 5.00 -4.67 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0515 0.9485 0.0000 0 0 0.7056 0.2944 0.0000 0 0 0.8765 0.1235 0.0000
chr11 56361197 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 446 79 367 38 0 2 0 39 0 0 367 0 0 0.4810 0.0000 0.0000 38.500 0.42 1.15 -0.73 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2266 0.5232 0.2502 1 1 0.2279 0.5214 0.2506 1 1 0.2296 0.5192 0.2512
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1271 297 974 142 0 8 1 146 0 0 966 0 8 0.4781 0.0000 0.0082 36.125 0.20 2.40 -2.19 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0994 0.5423 0.3582 1 1 0.1041 0.5390 0.3570 1 1 0.1104 0.5347 0.3548
chr11 59124903 C CA 0.500000 0.050 1 1 3 772 190 582 148 15 14 3 10 0 0 581 1 0 0.7789 0.0000 0.0017 11.571 1.04 2.70 -1.66 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0225 0.9775 0.0000 0 1 0.3548 0.6452 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 75 38 37 33 0 0 0 5 0 0 37 0 0 0.8684 0.0000 0.0000 38.000 0.12 2.20 -2.08 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9978 0.0001 0 1 0.0743 0.9257 0.0000 0 1 0.2561 0.7439 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 268 90 178 3 2 9 1 75 0 0 178 0 0 0.0333 0.0000 0.0000 9.000 0.67 3.56 -2.89 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.8056 0.1944 2 1 0.0000 0.5056 0.4944
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 224 95 129 81 4 5 0 5 1 0 128 0 0 0.8526 0.0078 0.0078 18.000 0.93 3.60 -2.67 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.2284 0.7716 0.0000 0 0 0.5507 0.4493 0.0000
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 871 148 723 5 1 38 3 101 0 0 661 0 62 0.0338 0.0000 0.0858 2.895 0.00 5.96 -5.96 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 2 0.0000 0.4736 0.5264 2 2 0.0000 0.1474 0.8526
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1058 211 847 0 1 106 2 102 1 0 780 1 65 0.0000 0.0012 0.0791 0.962 9.10 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0781 0.9219 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 905 233 672 0 0 4 1 228 0 0 669 0 3 0.0000 0.0000 0.0045 57.250 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 654 134 520 61 0 12 0 61 0 0 520 0 0 0.4552 0.0000 0.0000 10.167 0.38 3.43 -3.05 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5372 0.2314 1 1 0.2328 0.5344 0.2328 1 1 0.2346 0.5309 0.2346
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 333 118 215 61 0 3 0 54 0 0 211 0 4 0.5169 0.0000 0.0186 38.333 0.26 15.31 -15.05 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2676 0.5336 0.1989 1 1 0.2677 0.5310 0.2013 1 1 0.2678 0.5278 0.2044
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 104 48 56 27 0 0 0 21 0 0 56 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 48.000 0.44 2.90 -2.46 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3196 0.5038 0.1766 1 1 0.3172 0.5035 0.1793 1 1 0.3140 0.5031 0.1829
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 562 181 381 85 0 2 1 93 0 0 377 0 4 0.4696 0.0000 0.0105 89.000 0.31 4.43 -4.12 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1081 0.5088 0.3832 1 1 0.1124 0.5079 0.3796 1 1 0.1184 0.5069 0.3748
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1160 322 838 2 1 74 7 238 0 0 838 0 0 0.0062 0.0000 0.0000 3.284 5.50 7.98 -2.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1364 0.8636 2 2 0.0000 0.0158 0.9842 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 631 216 415 6 0 30 3 177 0 0 413 1 1 0.0278 0.0000 0.0048 6.167 1.33 9.76 -8.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 2 0.0000 0.3830 0.6170 2 2 0.0000 0.1064 0.8936
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 216 77 139 44 0 3 0 30 0 0 135 0 4 0.5714 0.0000 0.0288 24.667 0.18 7.70 -7.52 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3685 0.4944 0.1371 1 1 0.3644 0.4948 0.1408 1 1 0.3589 0.4952 0.1458
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 342 108 234 48 0 6 1 53 0 0 232 0 2 0.4444 0.0000 0.0085 17.000 0.73 5.83 -5.10 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1529 0.5132 0.3339 1 1 0.1564 0.5122 0.3314 1 1 0.1611 0.5109 0.3280
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 195 71 124 38 1 10 0 22 0 0 123 0 1 0.5352 0.0000 0.0081 6.100 0.16 3.23 -3.07 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4573 0.4483 0.0945 1 1 0.4496 0.4518 0.0987 1 1 0.4393 0.4562 0.1045
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 274 101 173 55 0 1 0 45 0 0 173 0 0 0.5446 0.0000 0.0000 100.000 0.18 1.89 -1.71 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3096 0.5232 0.1672 1 1 0.3060 0.5222 0.1717 1 1 0.3012 0.5210 0.1777
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 441 117 324 5 1 15 5 91 0 0 318 0 6 0.0427 0.0000 0.0185 6.800 0.60 3.05 -2.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8501 0.1499 2 1 0.0000 0.5105 0.4895
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 549 134 415 61 0 4 0 69 0 0 412 0 3 0.4552 0.0000 0.0072 32.500 1.03 2.88 -1.85 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2642 0.6167 0.1191 1 1 0.2710 0.6118 0.1172 1 1 0.2800 0.6055 0.1145
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 552 133 419 62 0 2 0 69 0 0 416 0 3 0.4662 0.0000 0.0072 65.500 1.02 2.87 -1.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2753 0.6123 0.1124 1 1 0.2818 0.6074 0.1108 1 1 0.2904 0.6010 0.1086
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 418 167 251 62 2 32 5 66 0 0 250 0 1 0.3713 0.0000 0.0040 4.355 0.50 2.91 -2.41 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1264 0.5097 0.3639 1 1 0.1298 0.5085 0.3617 1 1 0.1343 0.5070 0.3588
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 3958 956 3002 472 0 5 2 477 1 0 2982 0 19 0.4937 0.0003 0.0067 190.200 2.05 4.13 -2.08 68 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0165 0.5751 0.4083 1 1 0.0186 0.5639 0.4175 1 1 0.0216 0.5502 0.4282
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.050 1 3 3 197 69 128 25 0 6 0 38 0 0 127 0 1 0.3623 0.0000 0.0078 10.500 0.32 2.97 -2.65 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2536 0.6176 0.1288 1 1 0.2605 0.6141 0.1254 1 1 0.2697 0.6093 0.1210
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 231 85 146 49 0 4 0 32 0 0 145 0 1 0.5765 0.0000 0.0068 20.250 0.29 4.47 -4.18 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4473 0.4571 0.0956 1 1 0.4402 0.4600 0.0998 1 1 0.4306 0.4637 0.1057
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 570 123 447 2 0 11 0 110 0 0 436 0 11 0.0163 0.0000 0.0246 10.182 0.00 8.72 -8.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 1 0.0000 0.8320 0.1680 2 1 0.0000 0.7486 0.2514
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 248 117 131 4 0 8 3 102 0 0 131 0 0 0.0342 0.0000 0.0000 13.625 0.50 3.95 -3.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9582 0.0418 2 2 0.0000 0.3384 0.6616 2 2 0.0000 0.1440 0.8560
chr12 40406131 C CGTCAGGATG 0.058262 0.050 1 9 2 292 145 147 65 0 10 0 70 0 0 141 0 6 0.4483 0.0000 0.0408 13.500 1.71 8.27 -6.56 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2979 0.6474 0.0547 1 1 0.3052 0.6411 0.0537 1 1 0.3148 0.6328 0.0524
chr12 40449704 CT C 0.008989 0.050 1 -1 1 138 64 74 41 0 1 0 22 0 0 74 0 0 0.6406 0.0000 0.0000 63.000 0.20 1.00 -0.80 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7006 0.2984 0.0010 1 0 0.6941 0.3048 0.0010 1 0 0.6855 0.3134 0.0011
chr12 40482547 CCAT C 0.001528 0.050 1 -3 1 1555 280 1275 266 0 11 0 3 0 2 1272 1 0 0.9500 0.0000 0.0024 24.455 0.39 3.33 -2.95 152 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1767 319 1448 0 1 161 1 156 0 1 1344 3 100 0.0000 0.0000 0.0718 0.981 5.07 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1366 303 1063 159 0 3 0 141 0 0 1063 0 0 0.5248 0.0000 0.0000 100.000 0.29 1.18 -0.89 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5576 0.4175 0.0248 1 0 0.5551 0.4184 0.0265 1 0 0.5514 0.4199 0.0288
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 183 61 122 28 0 2 0 31 0 0 122 0 0 0.4590 0.0000 0.0000 29.500 0.32 1.39 -1.07 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3089 0.5322 0.1589 1 1 0.3113 0.5304 0.1583 1 1 0.3144 0.5281 0.1575
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 824 214 610 187 3 20 1 3 0 0 610 0 0 0.8738 0.0000 0.0000 9.700 0.68 7.67 -6.99 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2878 0.7122 0.0000 0 0 0.9101 0.0899 0.0000 0 0 0.9636 0.0364 0.0000
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.050 1 3 2 414 111 303 4 88 15 0 4 0 0 303 0 0 0.0360 0.0000 0.0000 6.333 1.25 3.25 -2.00 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7477 0.2523 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 950 254 696 108 0 47 2 97 0 0 693 0 3 0.4252 0.0000 0.0043 4.362 0.33 12.74 -12.41 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4996 0.4872 0.0131 1 0 0.5011 0.4854 0.0135 1 0 0.5027 0.4833 0.0140
chr12 53172423 G GAACC 0.000053 0.050 1 4 2 246 81 165 75 0 3 0 3 0 0 165 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 26.000 0.25 2.67 -2.41 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 319 81 238 78 0 0 0 3 0 0 238 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 81.000 0.40 1.33 -0.94 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1132 0.8868 0.0000 0 0 0.6809 0.3191 0.0000 0 0 0.8304 0.1696 0.0000
chr12 55365407 AT A 0.002763 0.050 1 -1 1 607 118 489 61 0 3 0 54 0 0 488 0 1 0.5169 0.0000 0.0020 38.333 0.08 1.17 -1.08 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5375 0.4617 0.0008 1 0 0.5373 0.4618 0.0008 1 0 0.5369 0.4622 0.0009
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 384 81 303 32 4 12 3 30 0 0 303 0 0 0.3951 0.0000 0.0000 5.583 0.94 1.60 -0.66 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3864 0.5035 0.1101 1 1 0.3862 0.5027 0.1111 1 1 0.3858 0.5017 0.1125
chr12 55743400 C CGCGGCG 0.000349 0.050 1 6 4 354 104 250 83 0 19 0 2 0 0 249 0 1 0.7981 0.0000 0.0040 4.474 1.24 6.00 -4.76 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9943 0.0057 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 114 60 54 4 0 2 1 53 0 0 54 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 28.500 0.75 2.38 -1.63 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9900 0.0100 2 1 0.0000 0.6834 0.3166 2 2 0.0000 0.4066 0.5934
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 318 86 232 82 0 0 0 4 0 0 232 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 86.000 0.99 3.50 -2.51 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0166 0.9834 0.0000 0 1 0.4344 0.5656 0.0000 0 0 0.7036 0.2964 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 225 84 141 8 29 30 10 7 0 0 138 2 1 0.0952 0.0000 0.0213 1.483 4.50 2.00 2.50 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5814 0.3799 0.0387 1 0 0.5748 0.3847 0.0405 1 0 0.5659 0.3911 0.0429
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 895 264 631 0 0 17 1 246 0 0 628 0 3 0.0000 0.0000 0.0048 14.529 3.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85029771 CA C 0.001373 0.050 1 -1 3 289 92 197 89 0 1 0 2 0 0 197 0 0 0.9674 0.0000 0.0000 91.000 0.11 1.00 -0.89 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9962 0.0038 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 128 67 61 31 2 4 0 30 0 0 61 0 0 0.4627 0.0000 0.0000 15.750 0.10 1.07 -0.97 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3798 0.5032 0.1169 1 1 0.3795 0.5025 0.1180 1 1 0.3790 0.5015 0.1194
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 578 164 414 8 0 15 1 140 0 0 414 0 0 0.0488 0.0000 0.0000 9.867 0.38 3.06 -2.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8662 0.1338 2 2 0.0000 0.4002 0.5998
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 354 87 267 39 1 12 0 35 0 0 266 1 0 0.4483 0.0000 0.0037 6.250 0.95 3.83 -2.88 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2827 0.5193 0.1980 1 1 0.2820 0.5178 0.2002 1 1 0.2809 0.5160 0.2031
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1616 456 1160 375 4 74 0 3 1 2 1156 0 1 0.8224 0.0009 0.0034 5.149 0.85 7.67 -6.82 131 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9543 0.0457 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1531 446 1085 258 0 75 1 112 7 4 1023 3 48 0.5785 0.0065 0.0571 4.933 1.10 20.17 -19.06 74 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9829 0.0171 0.0000 1 0 0.9799 0.0200 0.0000 1 0 0.9752 0.0248 0.0001
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 515 136 379 74 1 7 0 54 0 0 370 0 9 0.5441 0.0000 0.0237 18.429 0.18 8.80 -8.62 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3826 0.5005 0.1168 1 1 0.3786 0.5003 0.1210 1 1 0.3732 0.5001 0.1267
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 590 191 399 0 1 21 13 156 0 0 398 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 8.350 3.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0193 0.9807
chr12 111598969 CTGCTGCTGT C 0.500000 0.050 1 -9 1 618 222 396 99 53 22 31 17 0 0 396 0 0 0.4459 0.0000 0.0000 8.947 2.38 6.82 -4.44 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 242 103 139 0 0 0 0 103 0 0 139 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 103.000 2.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 164 75 89 2 0 7 0 66 0 0 88 0 1 0.0267 0.0000 0.0112 9.714 1.50 5.89 -4.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8291 0.1709 2 2 0.0000 0.4215 0.5785 2 2 0.0000 0.2968 0.7032
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 403 92 311 6 9 18 15 44 0 0 307 2 2 0.0652 0.0000 0.0129 3.944 2.50 3.75 -1.25 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0019 0.8086 0.1895 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.9625 0.0375
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 338 113 225 0 0 8 1 104 0 0 217 0 8 0.0000 0.0000 0.0356 13.125 5.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 284 70 214 0 0 8 0 62 0 0 205 0 9 0.0000 0.0000 0.0421 7.750 12.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1435 0.8565 2 2 0.0000 0.1479 0.8521 2 2 0.0000 0.1542 0.8458
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 645 154 491 0 0 11 0 143 0 0 470 0 21 0.0000 0.0000 0.0428 13.000 7.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0192 0.9808
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 237 96 141 36 4 28 0 28 0 0 141 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 2.429 0.69 3.25 -2.56 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3989 0.4792 0.1219 1 1 0.3936 0.4806 0.1258 1 1 0.3864 0.4824 0.1312
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 184 64 120 4 0 7 0 53 0 0 116 2 2 0.0625 0.0000 0.0333 8.143 1.75 3.64 -1.89 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.7811 0.2189 2 1 0.0000 0.5316 0.4684
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 174 63 111 0 0 4 0 59 0 0 106 0 5 0.0000 0.0000 0.0450 14.750 8.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1665 0.8335 2 2 0.0000 0.1710 0.8290 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 463 129 334 50 3 30 1 45 0 0 334 0 0 0.3876 0.0000 0.0000 3.300 0.26 2.87 -2.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3228 0.5156 0.1616 1 1 0.3207 0.5144 0.1649 1 1 0.3179 0.5129 0.1693
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 477 150 327 106 1 38 0 5 0 0 326 0 1 0.7067 0.0000 0.0031 2.947 0.47 10.20 -9.73 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.2030 0.7970 0.0000 0 0 0.5831 0.4169 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 668 132 536 62 2 21 0 47 0 0 532 0 4 0.4697 0.0000 0.0075 5.286 0.82 6.30 -5.48 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4115 0.4820 0.1065 1 1 0.4065 0.4830 0.1105 1 1 0.3998 0.4842 0.1160
chr13 71866311 A ACTGCTG 0.000243 0.050 1 6 1 679 173 506 78 0 27 2 66 0 0 500 0 6 0.4509 0.0000 0.0119 5.407 0.69 5.62 -4.93 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5006 0.4994 0.0001 1 0 0.5022 0.4977 0.0001 1 0 0.5043 0.4957 0.0001
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 590 131 459 97 3 28 0 3 0 0 458 1 0 0.7405 0.0000 0.0022 3.679 1.46 7.33 -5.87 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1496 0.8504 0.0000 0 0 0.8651 0.1349 0.0000 0 0 0.9501 0.0499 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 606 106 500 0 0 12 1 93 0 0 497 0 3 0.0000 0.0000 0.0060 7.833 5.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0196 0.9804 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0219 0.9781
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 492 112 380 92 1 13 0 6 0 1 377 1 1 0.8214 0.0000 0.0079 7.615 0.88 6.67 -5.79 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0563 0.9437 0.0000 0 1 0.3452 0.6548 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 183 56 127 48 0 4 0 4 1 0 126 0 0 0.8571 0.0079 0.0079 13.000 1.27 6.00 -4.73 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.1890 0.8110 0.0000 0 1 0.4231 0.5769 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 490 110 380 106 0 3 0 1 0 0 379 0 1 0.9636 0.0000 0.0026 35.667 0.53 3.00 -2.47 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3549 0.6451 0.0000 0 0 0.7822 0.2178 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1270 327 943 159 0 11 0 157 0 0 943 0 0 0.4862 0.0000 0.0000 28.727 0.32 1.89 -1.57 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1216 0.6054 0.2730 1 1 0.1232 0.5980 0.2788 1 1 0.1252 0.5887 0.2861
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 1123 320 803 4 0 39 2 275 0 0 802 0 1 0.0125 0.0000 0.0012 7.179 0.00 2.13 -2.13 4 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4036 0.5964 2 2 0.0000 0.0179 0.9821 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 445 129 316 68 1 1 0 59 0 0 310 0 6 0.5271 0.0000 0.0190 128.000 0.40 18.54 -18.15 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3135 0.5290 0.1575 1 1 0.3135 0.5266 0.1599 1 1 0.3134 0.5235 0.1631
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 319 66 253 24 0 2 2 38 0 0 252 0 1 0.3636 0.0000 0.0040 32.000 0.58 1.82 -1.23 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0456 0.3820 0.5724 1 2 0.0481 0.3871 0.5649 1 2 0.0514 0.3937 0.5549
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1478 393 1085 211 0 24 0 158 0 0 1081 0 4 0.5369 0.0000 0.0037 15.375 0.17 3.23 -3.07 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8461 0.1520 0.0019 1 0 0.8380 0.1597 0.0023 1 0 0.8266 0.1706 0.0028
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 436 117 319 8 46 11 1 51 0 0 318 0 1 0.0684 0.0000 0.0031 6.667 0.75 2.73 -1.98 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1200 0.4867 0.3933 1 1 0.1233 0.4871 0.3896 1 1 0.1277 0.4876 0.3847
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 403 84 319 40 0 4 0 40 0 0 317 0 2 0.4762 0.0000 0.0063 20.000 0.30 5.38 -5.08 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3162 0.5349 0.1489 1 1 0.3185 0.5327 0.1488 1 1 0.3215 0.5299 0.1487
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 589 207 382 177 1 26 0 3 0 0 382 0 0 0.8551 0.0000 0.0000 6.962 0.67 2.33 -1.66 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9094 0.0906 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 850 229 621 15 15 107 4 88 0 0 620 1 0 0.0655 0.0000 0.0016 1.204 0.40 4.11 -3.71 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0007 0.0746 0.9247 2 1 0.0000 0.9481 0.0518 2 1 0.0000 0.9898 0.0102
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 846 227 619 16 0 26 95 90 0 0 617 2 0 0.0705 0.0000 0.0032 4.583 0.50 4.17 -3.67 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.7635 0.2365
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 278 56 222 19 4 7 3 23 0 0 222 0 0 0.3393 0.0000 0.0000 6.857 2.74 4.00 -1.26 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2706 0.5208 0.2086 1 1 0.2725 0.5195 0.2080 1 1 0.2749 0.5179 0.2072
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 289 66 223 25 3 3 1 34 0 0 223 0 0 0.3788 0.0000 0.0000 21.000 2.40 3.53 -1.13 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2154 0.5260 0.2586 1 1 0.2191 0.5249 0.2561 1 1 0.2239 0.5234 0.2527
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 333 100 233 46 0 22 1 31 0 0 232 0 1 0.4600 0.0000 0.0043 3.545 0.37 4.77 -4.40 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5270 0.4186 0.0544 1 0 0.5217 0.4217 0.0566 1 0 0.5146 0.4258 0.0596
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 333 100 233 46 0 25 0 29 0 0 232 0 1 0.4600 0.0000 0.0043 3.000 0.37 5.34 -4.98 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5356 0.4068 0.0576 1 0 0.5286 0.4110 0.0604 1 0 0.5194 0.4164 0.0642
chr14 36474696 AC A 0.000235 0.050 1 -1 3 313 128 185 123 1 2 0 2 0 0 184 0 1 0.9609 0.0000 0.0054 63.000 0.64 2.00 -1.36 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 52553246 CGCTGCAGCCTCAGGCGCCGCG C 0.000670 0.050 1 -21 1 186 54 132 51 0 0 0 3 0 0 132 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 54.000 1.02 22.33 -21.31 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9757 0.0243 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 644 133 511 0 0 25 3 105 0 0 497 0 14 0.0000 0.0000 0.0274 4.200 6.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0113 0.9887
chr14 59505305 TTTC T 0.011152 0.050 1 -3 1 72 31 41 22 0 7 0 2 0 0 41 0 0 0.7097 0.0000 0.0000 3.429 0.41 4.50 -4.09 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8538 0.1462 0.0000 0 0 0.9755 0.0245 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 578 139 439 0 0 23 0 116 0 0 434 0 5 0.0000 0.0000 0.0114 5.043 7.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0124 0.9876
chr14 77027304 A AGCGGCG 0.001242 0.050 1 6 1 379 109 270 28 2 26 8 45 0 0 270 0 0 0.2569 0.0000 0.0000 3.000 1.57 4.80 -3.23 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2325 0.7650 0.0026 1 1 0.2414 0.7561 0.0024 1 1 0.2535 0.7442 0.0023
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 383 94 289 5 22 23 7 37 0 2 282 1 4 0.0532 0.0000 0.0242 3.833 7.60 5.00 2.60 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0857 0.4470 0.4673 1 2 0.0909 0.4522 0.4569 1 1 0.0982 0.4589 0.4429
chr14 77027436 C CTGCTGCTGT 0.000342 0.050 1 9 1 382 85 297 25 7 4 3 46 3 2 291 1 0 0.2941 0.0101 0.0202 19.250 5.80 7.43 -1.63 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3120 0.6876 0.0004 1 1 0.3194 0.6802 0.0004 1 1 0.3292 0.6704 0.0004
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 380 85 295 0 5 1 40 39 0 2 288 3 2 0.0000 0.0000 0.0237 81.000 5.15 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9609 0.0391 2 1 0.0000 0.7299 0.2701 2 1 0.0000 0.5145 0.4855
chr14 92071020 C CTGCTGCTGCTGCTGT 0.000552 0.050 1 15 1 435 171 264 47 0 28 0 96 0 0 264 0 0 0.2749 0.0000 0.0000 5.107 0.30 3.02 -2.72 23 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0691 0.9261 0.0048 1 1 0.0763 0.9193 0.0044 1 1 0.0867 0.9094 0.0039
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 407 121 286 50 1 13 2 55 0 0 286 0 0 0.4132 0.0000 0.0000 8.231 0.18 3.16 -2.98 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1178 0.5031 0.3791 1 1 0.1201 0.5021 0.3779 1 1 0.1230 0.5008 0.3761
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 370 90 280 4 0 3 0 83 0 0 272 0 8 0.0444 0.0000 0.0286 29.000 0.00 9.37 -9.37 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9913 0.0087 2 1 0.0000 0.7181 0.2819 2 2 0.0000 0.4537 0.5463
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 219 53 166 5 0 6 0 42 0 0 163 0 3 0.0943 0.0000 0.0181 7.833 0.20 8.62 -8.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9233 0.0767 2 1 0.0000 0.7385 0.2615
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 376 105 271 85 0 18 1 1 0 0 271 0 0 0.8095 0.0000 0.0000 4.833 0.82 3.00 -2.18 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4970 0.5030 0.0000 0 0 0.8545 0.1455 0.0000 0 0 0.9082 0.0918 0.0000
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.050 1 -6 1 5134 687 4447 378 12 132 4 161 84 94 4089 141 39 0.5502 0.0189 0.0805 4.189 1.27 6.01 -4.74 186 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 238 70 168 37 1 4 2 26 0 0 168 0 0 0.5286 0.0000 0.0000 16.500 1.92 4.85 -2.93 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5119 0.4343 0.0538 1 0 0.5080 0.4366 0.0554 1 0 0.5027 0.4396 0.0577
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 891 147 744 0 0 3 8 136 0 5 653 67 19 0.0000 0.0000 0.1223 47.667 5.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2448 655 1793 0 1 14 4 636 0 1 1749 8 35 0.0000 0.0000 0.0245 53.417 4.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 334 81 253 42 0 1 0 38 0 0 252 0 1 0.5185 0.0000 0.0040 80.000 0.17 2.11 -1.94 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5129 0.1501 1 1 0.3367 0.5116 0.1517 1 1 0.3362 0.5100 0.1538
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 204 77 127 2 1 3 43 28 0 0 125 1 1 0.0260 0.0000 0.0157 11.000 2.00 2.57 -0.57 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9477 0.0523 2 1 0.0000 0.6997 0.3003 2 1 0.0000 0.5434 0.4566
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 204 78 126 2 1 32 1 42 0 0 125 0 1 0.0256 0.0000 0.0079 1.533 2.00 2.88 -0.88 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9415 0.0585 2 1 0.0000 0.5615 0.4385 2 2 0.0000 0.3627 0.6373
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 609 158 451 0 0 24 2 132 0 0 448 0 3 0.0000 0.0000 0.0067 5.583 4.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0170 0.9830
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 430 132 298 71 0 11 1 49 0 1 293 0 4 0.5379 0.0000 0.0168 11.000 0.41 5.69 -5.29 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5407 0.4073 0.0519 1 0 0.5339 0.4113 0.0549 1 0 0.5246 0.4165 0.0590
chr15 48739002 AAC A 0.000391 0.050 1 -2 3 611 156 455 148 1 4 0 3 0 0 455 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 38.000 0.19 2.00 -1.81 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 119 57 62 0 0 0 0 57 0 0 61 0 1 0.0000 0.0000 0.0161 57.000 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2063 0.7937 2 2 0.0000 0.2111 0.7889 2 2 0.0000 0.2178 0.7822
chr15 74072270 GCCT G 0.012706 0.050 1 -3 1 417 163 254 149 1 10 0 3 0 0 254 0 0 0.9141 0.0000 0.0000 15.300 0.89 3.33 -2.45 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9620 0.0380 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 202 105 97 52 0 2 0 51 0 0 96 0 1 0.4952 0.0000 0.0103 51.500 0.58 3.61 -3.03 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1924 0.5317 0.2758 1 1 0.1934 0.5293 0.2772 1 1 0.1947 0.5263 0.2790
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 387 85 302 5 0 12 3 65 0 0 301 0 1 0.0588 0.0000 0.0033 6.083 0.60 3.95 -3.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.7821 0.2179 2 2 0.0000 0.4613 0.5387
chr15 78765841 T TTGGGTCC 0.091861 0.050 1 7 3 518 122 396 105 0 14 0 3 0 0 394 0 2 0.8607 0.0000 0.0051 7.714 0.50 6.00 -5.50 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0381 0.9619 0.0000 0 0 0.8237 0.1763 0.0000 0 0 0.9503 0.0497 0.0000
chr15 79463264 TGAG T 0.000283 0.050 1 -3 2 268 87 181 80 0 2 0 5 0 0 181 0 0 0.9195 0.0000 0.0000 42.500 0.19 4.40 -4.21 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8830 0.1170 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr15 83982688 CAGCGAAGCCAAT C 0.000878 0.050 1 -12 1 594 154 440 148 0 3 0 3 0 0 440 0 0 0.9610 0.0000 0.0000 50.333 0.39 12.00 -11.61 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 353 130 223 124 1 3 0 2 0 0 223 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 42.333 0.29 2.50 -2.21 92 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9934 0.0066 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 688 178 510 24 12 67 1 74 0 0 498 0 12 0.1348 0.0000 0.0235 3.091 1.67 16.22 -14.55 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0016 0.0885 0.9099 1 2 0.0020 0.0988 0.8992 2 1 0.0007 0.7795 0.2198
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 681 180 501 13 3 14 5 145 0 0 501 0 0 0.0722 0.0000 0.0000 12.615 1.08 11.77 -10.69 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.7851 0.2149
chr15 92472964 AC A 0.000463 0.050 1 -1 1 268 117 151 112 0 2 0 3 0 0 151 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 57.500 0.72 3.00 -2.28 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 304 92 212 0 0 8 0 84 0 0 202 0 10 0.0000 0.0000 0.0472 10.500 6.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 270 85 185 53 0 0 1 31 0 0 185 0 0 0.6235 0.0000 0.0000 85.000 0.72 1.90 -1.19 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5119 0.4187 0.0694 1 0 0.5021 0.4241 0.0738 1 0 0.4891 0.4311 0.0798
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 443 174 269 125 2 44 1 2 0 4 265 0 0 0.7184 0.0000 0.0149 3.000 2.82 3.00 -0.18 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 443 175 268 82 0 40 44 9 0 0 262 6 0 0.4686 0.0000 0.0224 3.375 0.37 2.89 -2.52 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6823 0.3057 0.0120 1 0 0.6752 0.3119 0.0130 1 0 0.6654 0.3202 0.0143
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 443 177 266 84 1 41 0 51 0 0 260 0 6 0.4746 0.0000 0.0226 3.375 0.36 6.31 -5.96 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6750 0.3039 0.0211 1 0 0.6654 0.3115 0.0230 1 0 0.6523 0.3218 0.0259
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 29 16 13 6 1 0 1 8 0 0 13 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 15.000 0.67 2.50 -1.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3712 0.5205 0.1083 1 1 0.3726 0.5196 0.1078 1 1 0.3744 0.5184 0.1072
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 274 67 207 35 0 0 0 32 0 0 206 0 1 0.5224 0.0000 0.0048 67.000 0.26 3.03 -2.77 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3555 0.5106 0.1339 1 1 0.3556 0.5094 0.1350 1 1 0.3556 0.5080 0.1364
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 992 223 769 170 5 42 0 6 0 0 769 0 0 0.7623 0.0000 0.0000 4.286 1.81 1.17 0.64 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5264 0.4736 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 265 87 178 83 0 2 0 2 0 0 178 0 0 0.9540 0.0000 0.0000 42.500 0.86 18.00 -17.14 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7586 0.2414 0.0000 0 0 0.9540 0.0460 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 784 175 609 89 1 3 0 82 0 0 608 0 1 0.5086 0.0000 0.0016 57.333 0.72 1.57 -0.85 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4462 0.4942 0.0596 1 1 0.4461 0.4927 0.0612 1 1 0.4456 0.4910 0.0633
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 520 94 426 0 0 3 1 90 0 0 425 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 30.000 6.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 520 94 426 0 0 3 1 90 0 0 425 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 30.000 6.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCG 0.006791 0.050 1 3 6 488 102 386 70 7 22 0 3 2 1 383 0 0 0.6863 0.0052 0.0078 3.636 1.39 2.67 -1.28 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8926 0.1074 0.0000 0 0 0.9930 0.0070 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 346 91 255 4 0 4 0 83 0 0 253 0 2 0.0440 0.0000 0.0078 21.750 0.00 2.96 -2.96 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9808 0.0192 2 1 0.0000 0.5289 0.4711 2 2 0.0000 0.2669 0.7331
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 211 70 141 0 0 0 0 70 0 0 141 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 70.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 233 133 100 77 0 1 1 54 0 0 100 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 132.000 0.40 1.09 -0.69 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6939 0.2991 0.0070 1 0 0.6873 0.3052 0.0075 1 0 0.6782 0.3134 0.0083
chr16 23149100 A AGAGGAGGGC 0.000809 0.050 1 9 1 323 103 220 49 0 16 1 37 0 0 216 0 4 0.4757 0.0000 0.0182 5.438 0.61 6.86 -6.25 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5582 0.4416 0.0002 1 0 0.5569 0.4428 0.0002 1 0 0.5552 0.4445 0.0002
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 805 191 614 129 3 54 0 5 0 0 614 0 0 0.6754 0.0000 0.0000 2.537 1.42 7.60 -6.18 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0165 0.9835 0.0000 0 0 0.6619 0.3381 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr16 29383827 TATC T 0.000349 0.050 1 -3 2 1318 384 934 43 8 17 4 312 39 54 836 1 4 0.1120 0.0418 0.1049 22.750 2.44 3.92 -1.48 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0010 0.9092 0.0898 1 1 0.0014 0.9236 0.0750 1 1 0.0020 0.9392 0.0588
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 131 65 66 27 2 3 0 33 0 0 66 0 0 0.4154 0.0000 0.0000 20.333 0.30 2.00 -1.70 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1937 0.5135 0.2928 1 1 0.1959 0.5125 0.2916 1 1 0.1989 0.5112 0.2899
chr16 60359388 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 1683 382 1301 367 1 6 0 8 0 0 1300 0 1 0.9607 0.0000 0.0008 62.667 0.28 2.25 -1.97 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 0 0.9558 0.0442 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr16 67195890 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 480 179 301 128 20 28 0 3 0 0 301 0 0 0.7151 0.0000 0.0000 5.393 0.23 3.33 -3.10 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2370 0.7630 0.0000 0 0 0.8384 0.1616 0.0000 0 0 0.9193 0.0807 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1131 357 774 264 4 56 1 32 0 0 774 0 0 0.7395 0.0000 0.0000 5.473 0.62 3.81 -3.20 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0028 0.9972 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 233 108 125 89 0 16 0 3 1 0 124 0 0 0.8241 0.0080 0.0080 5.750 2.66 6.00 -3.34 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0671 0.9329 0.0000 0 0 0.5538 0.4462 0.0000 0 0 0.7393 0.2607 0.0000
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 2 536 124 412 54 2 14 1 53 0 0 410 0 2 0.4355 0.0000 0.0049 7.857 1.24 3.68 -2.44 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2320 0.5341 0.2338 1 1 0.2334 0.5315 0.2351 1 1 0.2350 0.5283 0.2367
chr16 81035884 AGGC A 0.500000 0.050 1 -3 2 249 75 174 62 1 5 1 6 0 1 173 0 0 0.8267 0.0000 0.0057 14.000 2.06 4.50 -2.44 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0476 0.9524 0.0000 0 1 0.2625 0.7375 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 185 77 108 4 0 2 0 71 0 0 105 0 3 0.0519 0.0000 0.0278 37.500 2.50 4.62 -2.12 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 1 0.0000 0.6981 0.3019 2 2 0.0000 0.4268 0.5732
chr16 85710272 GGCTGCTGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 369 189 180 167 0 13 0 9 0 0 180 0 0 0.8836 0.0000 0.0000 13.538 0.25 9.78 -9.53 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1310 0.8690 0.0000 0 0 0.6590 0.3410 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 553 116 437 0 0 5 6 105 0 0 432 1 4 0.0000 0.0000 0.0114 22.200 8.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0512 0.9488 2 2 0.0000 0.0541 0.9459 2 2 0.0000 0.0584 0.9416
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 553 112 441 0 0 6 11 95 0 0 435 3 3 0.0000 0.0000 0.0136 17.667 8.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0560 0.9440 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0636 0.9364
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 556 112 444 0 0 5 1 106 0 1 430 7 6 0.0000 0.0000 0.0315 26.750 8.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1524 0.8476 2 2 0.0000 0.0878 0.9122 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 687 150 537 0 0 10 1 139 0 1 535 0 1 0.0000 0.0000 0.0037 14.000 6.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0804 0.9196 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 130 72 58 0 0 4 0 68 0 0 58 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.000 4.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1638 0.8362
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.050 1 3 3 436 116 320 58 1 8 0 49 0 2 315 0 3 0.5000 0.0000 0.0156 13.500 0.07 2.98 -2.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3465 0.5107 0.1428 1 1 0.3436 0.5099 0.1466 1 1 0.3397 0.5088 0.1515
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 317 115 202 61 0 3 0 51 0 0 202 0 0 0.5304 0.0000 0.0000 37.333 0.62 1.63 -1.00 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2498 0.5503 0.1998 1 1 0.2467 0.5482 0.2050 1 1 0.2426 0.5455 0.2119
chr17 4900004 G GC 0.000569 0.050 1 1 1 780 208 572 199 0 5 0 4 0 0 572 0 0 0.9567 0.0000 0.0000 40.600 2.28 1.00 1.28 57 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 4900042 AACCGAAG A 0.002323 0.050 1 -7 1 793 197 596 108 0 3 0 86 0 0 593 0 3 0.5482 0.0000 0.0050 64.667 0.50 7.02 -6.52 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6672 0.3325 0.0002 1 0 0.6632 0.3365 0.0003 1 0 0.6576 0.3421 0.0003
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1113 224 889 182 17 9 8 8 0 0 889 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 29.857 5.64 2.38 3.26 12 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0876 0.9124 0.0000 0 0 0.7870 0.2130 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 576 155 421 52 11 36 1 55 0 0 416 0 5 0.3355 0.0000 0.0119 3.400 0.71 3.16 -2.45 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1823 0.5453 0.2724 1 1 0.1825 0.5423 0.2752 1 1 0.1827 0.5384 0.2789
chr17 7846859 T TACCACCACC 0.066744 0.050 1 9 2 1126 313 813 6 23 82 19 183 0 1 787 1 24 0.0192 0.0000 0.0320 2.862 1.67 6.30 -4.63 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 338 89 249 81 0 4 0 4 0 0 249 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 21.250 0.53 9.75 -9.22 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 1 0.3376 0.6624 0.0000 0 0 0.6119 0.3881 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 460 166 294 0 0 20 9 137 0 0 284 3 7 0.0000 0.0000 0.0340 7.300 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 831 226 605 13 4 32 6 171 0 0 605 0 0 0.0575 0.0000 0.0000 6.690 0.38 4.49 -4.11 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8539 0.1461
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 829 219 610 12 28 7 28 144 0 0 610 0 0 0.0548 0.0000 0.0000 210.000 0.33 4.09 -3.76 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9937 0.0063
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 620 132 488 55 0 8 0 69 0 0 485 0 3 0.4167 0.0000 0.0061 15.500 0.27 3.93 -3.65 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0849 0.4594 0.4558 1 1 0.0892 0.4619 0.4489 1 1 0.0951 0.4652 0.4397
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 235 65 170 31 0 11 0 23 0 0 163 0 7 0.4769 0.0000 0.0412 4.909 0.10 6.65 -6.56 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2527 0.5183 0.2289 1 1 0.2530 0.5169 0.2301 1 1 0.2533 0.5152 0.2315
chr17 35479822 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 678 151 527 3 1 0 0 147 0 0 526 0 1 0.0199 0.0000 0.0019 151.000 1.00 1.23 -0.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9329 0.0671 2 2 0.0000 0.2678 0.7322 2 2 0.0000 0.1121 0.8879
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 83 48 35 5 0 0 0 43 0 0 35 0 0 0.1042 0.0000 0.0000 48.000 0.00 1.28 -1.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9069 0.0931 2 1 0.0000 0.6956 0.3044
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 805 184 621 74 3 28 4 75 4 2 599 3 13 0.4022 0.0064 0.0354 6.240 3.76 11.29 -7.54 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1135 0.5120 0.3746 1 1 0.1178 0.5109 0.3713 1 1 0.1236 0.5096 0.3668
chr17 40819075 T TAGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 10 1 804 188 616 148 10 9 11 10 6 0 608 1 1 0.7872 0.0097 0.0130 19.444 6.96 6.20 0.76 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.0621 0.9379 0.0000
chr17 40819077 G GAGCTT 0.500000 0.050 1 5 2 804 187 617 153 7 7 3 17 6 1 608 1 1 0.8182 0.0097 0.0146 25.143 6.28 10.00 -3.72 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0224 0.9776 0.0000
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 746 176 570 164 5 3 0 4 0 0 570 0 0 0.9318 0.0000 0.0000 57.333 0.30 1.50 -1.20 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0965 0.9035 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000 0 0 0.9284 0.0716 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 395 107 288 1 0 5 0 101 0 0 287 0 1 0.0093 0.0000 0.0035 20.400 0.00 1.44 -1.44 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2806 0.7194 2 2 0.0000 0.1360 0.8640 2 2 0.0000 0.1117 0.8883
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 474 110 364 0 1 16 1 92 1 0 350 1 12 0.0000 0.0027 0.0385 5.875 9.92 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4680 0.5320 2 2 0.0000 0.1944 0.8056 2 2 0.0000 0.1362 0.8638
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.050 1 -15 1 394 53 341 7 0 11 0 35 0 0 329 0 12 0.1321 0.0000 0.0352 3.818 2.86 14.49 -11.63 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9711 0.0289 2 1 0.0000 0.8137 0.1863
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 600 163 437 128 5 20 0 10 2 1 434 0 0 0.7853 0.0046 0.0069 7.100 0.62 3.50 -2.88 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0346 0.9654 0.0000 0 1 0.3870 0.6130 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 256 95 161 42 0 4 0 49 0 0 161 0 0 0.4421 0.0000 0.0000 22.750 0.21 4.47 -4.26 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1624 0.5131 0.3245 1 1 0.1656 0.5121 0.3223 1 1 0.1699 0.5108 0.3192
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 442 97 345 39 0 17 0 41 0 0 341 0 4 0.4021 0.0000 0.0116 4.706 0.26 3.22 -2.96 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1727 0.5148 0.3125 1 1 0.1756 0.5137 0.3107 1 1 0.1795 0.5123 0.3082
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 356 123 233 41 0 24 0 58 0 0 232 0 1 0.3333 0.0000 0.0043 4.125 0.61 5.48 -4.87 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0804 0.4426 0.4769 1 2 0.0847 0.4463 0.4690 1 2 0.0906 0.4510 0.4583
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 324 130 194 3 0 18 0 109 0 0 194 0 0 0.0231 0.0000 0.0000 6.222 0.33 6.61 -6.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8953 0.1047 2 2 0.0000 0.3350 0.6650 2 2 0.0000 0.1827 0.8173
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 491 111 380 0 0 3 1 107 0 0 366 0 14 0.0000 0.0000 0.0368 35.667 7.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0445 0.9555 2 2 0.0000 0.0472 0.9528 2 2 0.0000 0.0511 0.9489
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 262 85 177 57 0 4 1 23 0 0 177 0 0 0.6706 0.0000 0.0000 20.000 0.47 4.13 -3.66 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6826 0.2918 0.0256 1 0 0.6691 0.3024 0.0285 1 0 0.6506 0.3166 0.0327
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.050 1 -27 1 2034 467 1567 453 2 8 2 2 2 4 1561 0 0 0.9700 0.0013 0.0038 57.250 1.03 16.50 -15.47 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 75616380 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 1459 336 1123 218 7 87 6 18 0 1 1121 1 0 0.6488 0.0000 0.0018 2.828 0.61 4.00 -3.39 104 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0525 0.9475 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2121 441 1680 8 5 63 13 352 1 3 1654 3 19 0.0181 0.0006 0.0155 5.905 0.75 6.48 -5.73 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.3310 0.6690 2 2 0.0000 0.0176 0.9824
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2071 539 1532 12 0 27 2 498 0 0 1375 22 135 0.0223 0.0000 0.1025 19.692 1.25 4.60 -3.35 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9504 0.0496 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 251 94 157 4 0 13 0 77 0 0 156 0 1 0.0426 0.0000 0.0064 6.231 0.00 5.70 -5.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9897 0.0103 2 1 0.0000 0.6787 0.3213 2 2 0.0000 0.4053 0.5947
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 896 165 731 141 2 15 0 7 1 0 730 0 0 0.8545 0.0014 0.0014 9.933 0.77 5.14 -4.37 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2449 0.7551 0.0000 0 0 0.7002 0.2998 0.0000
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 533 146 387 72 0 5 0 69 0 0 383 0 4 0.4932 0.0000 0.0103 28.200 0.53 3.23 -2.70 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2168 0.5439 0.2393 1 1 0.2188 0.5406 0.2406 1 1 0.2214 0.5364 0.2422
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 270 71 199 68 0 0 0 3 0 0 199 0 0 0.9577 0.0000 0.0000 71.000 0.53 1.00 -0.47 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0613 0.9387 0.0000 0 0 0.5302 0.4698 0.0000 0 0 0.7234 0.2766 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 262 105 157 0 0 6 1 98 0 0 154 0 3 0.0000 0.0000 0.0191 16.500 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 286 67 219 31 0 3 0 33 1 0 217 0 1 0.4627 0.0046 0.0091 21.333 0.81 8.76 -7.95 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3481 0.5332 0.1187 1 1 0.3503 0.5312 0.1185 1 1 0.3531 0.5286 0.1183
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 141 64 77 0 0 4 0 60 0 0 77 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.000 4.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1547 0.8453 2 2 0.0000 0.1586 0.8414 2 2 0.0000 0.1643 0.8357
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 114 47 67 23 0 0 0 24 0 0 67 0 0 0.4894 0.0000 0.0000 47.000 0.17 3.00 -2.83 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2310 0.5140 0.2550 1 1 0.2319 0.5130 0.2551 1 1 0.2332 0.5117 0.2552
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 301 136 165 8 0 3 0 125 0 0 164 0 1 0.0588 0.0000 0.0061 44.333 0.25 3.78 -3.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9034 0.0966 2 2 0.0000 0.4881 0.5119
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 516 127 389 117 2 4 0 4 0 0 389 0 0 0.9213 0.0000 0.0000 30.500 1.56 7.50 -5.94 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0286 0.9714 0.0000 0 0 0.5649 0.4351 0.0000 0 0 0.7962 0.2038 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 239 143 96 131 2 5 0 5 0 0 96 0 0 0.9161 0.0000 0.0000 27.400 0.21 3.00 -2.79 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 1 0.4845 0.5155 0.0000 0 0 0.7903 0.2097 0.0000
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 714 179 535 169 0 5 0 5 0 0 535 0 0 0.9441 0.0000 0.0000 34.800 0.28 10.40 -10.12 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0197 0.9803 0.0000 0 0 0.6960 0.3040 0.0000 0 0 0.8996 0.1004 0.0000
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 343 59 284 1 0 9 3 46 0 0 284 0 0 0.0169 0.0000 0.0000 5.556 3.00 6.35 -3.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5988 0.4012 2 2 0.0000 0.3684 0.6316 2 2 0.0000 0.3098 0.6902
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 161 76 85 0 0 7 0 69 0 0 84 0 1 0.0000 0.0000 0.0118 9.857 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1466 0.8534 2 2 0.0000 0.1511 0.8489 2 2 0.0000 0.1574 0.8426
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 114 52 62 3 0 3 0 46 0 0 59 0 3 0.0577 0.0000 0.0484 16.333 0.33 3.13 -2.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9750 0.0250 2 1 0.0000 0.6889 0.3111 2 2 0.0000 0.4850 0.5150
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 270 78 192 42 1 3 2 30 0 1 190 0 1 0.5385 0.0000 0.0104 25.000 0.24 1.63 -1.40 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3790 0.4895 0.1315 1 1 0.3745 0.4902 0.1353 1 1 0.3684 0.4911 0.1405
chr18 79715187 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 566 152 414 66 2 37 0 47 0 0 411 0 3 0.4342 0.0000 0.0072 3.108 0.32 2.79 -2.47 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4722 0.4481 0.0797 1 0 0.4647 0.4514 0.0840 1 1 0.4545 0.4556 0.0899
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 518 228 290 60 7 30 6 125 0 0 288 1 1 0.2632 0.0000 0.0069 6.929 2.03 5.01 -2.97 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0039 0.1734 0.8227 1 2 0.0049 0.1893 0.8057 1 2 0.0067 0.2120 0.7813
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.050 1 6 1 578 138 440 124 0 9 0 5 1 0 439 0 0 0.8986 0.0023 0.0023 14.333 0.60 6.40 -5.80 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7336 0.2664 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 145 52 93 4 0 0 0 48 0 0 93 0 0 0.0769 0.0000 0.0000 52.000 1.25 4.77 -3.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9359 0.0641 2 1 0.0000 0.8219 0.1781
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 226 122 104 65 0 1 0 56 0 0 104 0 0 0.5328 0.0000 0.0000 121.000 0.15 3.12 -2.97 11 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4822 0.4610 0.0568 1 0 0.4799 0.4616 0.0585 1 0 0.4767 0.4625 0.0608
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 318 80 238 26 3 27 0 24 0 0 238 0 0 0.3250 0.0000 0.0000 1.963 0.50 3.42 -2.92 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5292 0.4589 0.0118 1 0 0.5280 0.4599 0.0120 1 0 0.5264 0.4613 0.0123
chr19 2015541 G GGGC 0.004938 0.050 1 3 4 245 75 170 2 23 15 2 33 0 2 167 0 1 0.0267 0.0000 0.0176 4.286 0.50 3.48 -2.98 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3742 0.6215 0.0044 1 1 0.3794 0.6163 0.0043 1 1 0.3862 0.6096 0.0042
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 245 76 169 34 5 12 3 22 0 0 165 3 1 0.4474 0.0000 0.0237 5.250 3.03 3.91 -0.88 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3814 0.4871 0.1315 1 1 0.3773 0.4877 0.1349 1 1 0.3719 0.4886 0.1395
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 245 78 167 40 1 33 1 3 0 1 166 0 0 0.5128 0.0000 0.0060 1.517 3.17 5.33 -2.16 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0853 0.9147 0.0000 0 0 0.6306 0.3694 0.0000 0 0 0.8070 0.1930 0.0000
chr19 3810763 GC G 0.000008 0.050 1 -1 3 113 39 74 19 0 2 0 18 0 0 74 0 0 0.4872 0.0000 0.0000 18.500 0.21 1.33 -1.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5011 0.4989 0.0000 1 0 0.5014 0.4986 0.0000 1 0 0.5019 0.4981 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 720 147 573 114 6 25 0 2 0 0 573 0 0 0.7755 0.0000 0.0000 4.880 0.50 4.00 -3.50 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8238 0.1762 0.0000 0 0 0.9680 0.0320 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 363 110 253 98 0 7 0 5 0 0 253 0 0 0.8909 0.0000 0.0000 14.714 0.35 3.60 -3.25 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.7473 0.2527 0.0000 0 0 0.9240 0.0760 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 575 172 403 152 0 14 0 6 0 0 403 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 12.154 0.78 10.00 -9.22 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0062 0.9938 0.0000 0 0 0.6540 0.3460 0.0000 0 0 0.9096 0.0904 0.0000
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 340 86 254 84 0 0 0 2 0 0 254 0 0 0.9767 0.0000 0.0000 86.000 0.32 1.50 -1.18 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8425 0.1575 0.0000 0 0 0.9723 0.0277 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 763 284 479 126 2 53 15 88 1 0 476 1 1 0.4437 0.0021 0.0063 4.358 0.40 3.31 -2.91 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6005 0.3706 0.0289 1 0 0.5936 0.3751 0.0312 1 0 0.5840 0.3813 0.0346
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 306 94 212 58 1 27 0 8 0 0 212 0 0 0.6170 0.0000 0.0000 2.481 0.41 6.00 -5.59 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0443 0.9557 0.0000 0 1 0.3224 0.6776 0.0000
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 244 83 161 71 0 8 0 4 0 1 160 0 0 0.8554 0.0000 0.0062 9.375 0.25 3.50 -3.25 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1133 0.8867 0.0000 0 0 0.8536 0.1464 0.0000 0 0 0.9477 0.0523 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 481 110 371 0 0 2 0 108 0 0 367 0 4 0.0000 0.0000 0.0108 54.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr19 17286684 GTGTGTGTT G 0.020051 0.050 1 -8 1 369 73 296 28 11 9 12 13 0 0 296 0 0 0.3836 0.0000 0.0000 7.571 2.00 4.46 -2.46 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6601 0.3370 0.0029 1 0 0.6546 0.3423 0.0031 1 0 0.6472 0.3495 0.0033
chr19 18869245 T TGCC 0.049608 0.050 1 3 1 497 130 367 61 2 22 4 41 0 0 365 0 2 0.4692 0.0000 0.0054 4.909 1.05 3.44 -2.39 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6456 0.3477 0.0068 1 0 0.6406 0.3522 0.0071 1 0 0.6339 0.3585 0.0077
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 1405 301 1104 0 0 7 5 289 0 0 1032 13 59 0.0000 0.0000 0.0652 49.000 2.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 301 78 223 30 1 8 3 36 0 0 223 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 8.750 0.40 3.14 -2.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0460 0.4466 0.5074 1 2 0.0472 0.4481 0.5047 1 2 0.0487 0.4502 0.5010
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 494 114 380 59 0 0 0 55 0 0 378 0 2 0.5175 0.0000 0.0053 114.000 0.34 3.31 -2.97 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.5463 0.3186 1 1 0.1353 0.5432 0.3214 1 1 0.1355 0.5394 0.3251
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 294 93 201 14 0 11 0 68 0 0 174 0 27 0.1505 0.0000 0.1343 7.455 7.14 15.50 -8.36 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9895 0.0105
chr19 35511476 TGCC T 0.000477 0.050 1 -3 1 288 79 209 1 19 16 42 1 0 0 209 0 0 0.0127 0.0000 0.0000 5.400 3.00 13.00 -10.00 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2317 0.7673 0.0011 1 1 0.2402 0.7587 0.0010 1 1 0.2514 0.7476 0.0010
chr19 35511483 ACTGCTGCCG A 0.000396 0.050 1 -9 2 290 75 215 7 8 14 21 25 0 0 206 8 1 0.0933 0.0000 0.0419 5.091 10.14 41.76 -31.62 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1004 0.8972 0.0024 2 1 0.0410 0.9582 0.0008 2 1 0.0051 0.9948 0.0001
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.050 1 -3 1 621 147 474 136 1 7 0 3 0 0 474 0 0 0.9252 0.0000 0.0000 20.000 0.48 4.67 -4.19 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8366 0.1634 0.0000 0 0 0.9885 0.0115 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 555 116 439 70 0 10 0 36 1 0 415 1 22 0.6034 0.0023 0.0547 10.600 0.67 15.86 -15.19 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5879 0.4019 0.0102 1 0 0.5850 0.4043 0.0106 1 0 0.5811 0.4077 0.0112
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.050 1 3 1 114 58 56 24 1 15 0 18 0 0 56 0 0 0.4138 0.0000 0.0000 2.867 0.12 3.33 -3.21 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5605 0.4308 0.0086 1 0 0.5581 0.4330 0.0088 1 0 0.5549 0.4360 0.0091
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 470 144 326 135 1 2 0 6 1 2 323 0 0 0.9375 0.0031 0.0092 71.000 0.50 2.00 -1.50 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 0 0.5598 0.4402 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 193 27 166 0 1 2 21 3 0 0 166 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1488 0.8512 2 2 0.0000 0.1487 0.8513 2 2 0.0000 0.1490 0.8510
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 193 27 166 0 0 16 10 1 0 0 166 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.750 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1612 0.8388 2 2 0.0000 0.1619 0.8381 2 2 0.0000 0.1629 0.8371
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 444 144 300 125 5 7 0 7 0 0 300 0 0 0.8681 0.0000 0.0000 18.857 0.17 5.57 -5.40 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1572 0.8428 0.0000 0 0 0.5750 0.4250 0.0000
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 410 122 288 120 0 0 0 2 0 0 288 0 0 0.9836 0.0000 0.0000 122.000 0.24 1.50 -1.26 92 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7597 0.2403 0.0000 0 0 0.9529 0.0471 0.0000 0 0 0.9711 0.0289 0.0000
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 284 96 188 53 0 5 0 38 0 0 185 0 3 0.5521 0.0000 0.0160 18.200 0.34 4.55 -4.21 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6027 0.3895 0.0079 1 0 0.5991 0.3927 0.0082 1 0 0.5943 0.3971 0.0086
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 507 160 347 85 1 1 0 73 0 0 346 0 1 0.5312 0.0000 0.0029 159.000 0.54 3.04 -2.50 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2976 0.5454 0.1570 1 1 0.2941 0.5434 0.1624 1 1 0.2894 0.5409 0.1697
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 540 151 389 141 2 0 1 7 0 0 389 0 0 0.9338 0.0000 0.0000 150.000 0.23 3.00 -2.77 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.5225 0.4775 0.0000 0 0 0.9046 0.0954 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1230 401 829 175 1 72 1 152 1 0 807 0 21 0.4364 0.0012 0.0265 4.569 0.37 6.54 -6.17 63 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2364 0.6015 0.1620 1 1 0.2398 0.5940 0.1662 1 1 0.2439 0.5845 0.1716
chr19 47802295 ATCGGGCCTGGGT A 0.001408 0.050 1 -12 3 1272 338 934 284 9 29 5 11 0 1 930 3 0 0.8402 0.0000 0.0043 11.692 3.06 11.00 -7.94 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9707 0.0293 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 168 61 107 31 1 5 0 24 0 0 107 0 0 0.5082 0.0000 0.0000 11.200 0.23 2.25 -2.02 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5067 0.4439 0.0494 1 0 0.5037 0.4457 0.0506 1 0 0.4996 0.4482 0.0522
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 904 229 675 168 3 40 1 17 0 1 674 0 0 0.7336 0.0000 0.0015 4.700 0.98 3.35 -2.38 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1122 0.8878 0.0000
chr19 49196501 TGCTGCGGGGGCC T 0.003841 0.050 1 -12 2 339 113 226 105 0 4 0 4 0 0 226 0 0 0.9292 0.0000 0.0000 27.250 0.38 12.00 -11.62 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8416 0.1584 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 450 114 336 55 0 20 2 37 1 1 327 2 5 0.4825 0.0030 0.0268 4.700 1.58 12.08 -10.50 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4542 0.4614 0.0845 1 1 0.4499 0.4627 0.0874 1 1 0.4442 0.4645 0.0913
chr19 49652104 GCCGCTCCCGCTC G 0.005187 0.050 1 -12 2 452 118 334 58 1 19 0 40 1 1 326 0 6 0.4915 0.0030 0.0240 5.211 1.57 10.93 -9.36 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6478 0.3515 0.0008 1 0 0.6434 0.3558 0.0008 1 0 0.6375 0.3616 0.0009
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 548 220 328 160 0 56 0 4 0 0 328 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 2.929 0.41 14.75 -14.34 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4353 0.5647 0.0000 0 0 0.9712 0.0288 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 534 115 419 0 0 4 6 105 0 0 413 0 6 0.0000 0.0000 0.0143 27.750 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0355 0.9645 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0406 0.9594
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 534 121 413 2 0 7 105 7 0 0 413 0 0 0.0165 0.0000 0.0000 16.000 0.00 4.43 -4.43 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7709 0.2291 2 2 0.0000 0.3426 0.6574 2 2 0.0000 0.2375 0.7625
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 525 148 377 65 0 5 5 73 0 0 377 0 0 0.4392 0.0000 0.0000 28.600 0.37 2.78 -2.41 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0701 0.4565 0.4734 1 2 0.0730 0.4577 0.4693 1 2 0.0769 0.4593 0.4638
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 210 96 114 5 0 1 0 90 0 0 112 0 2 0.0521 0.0000 0.0175 95.000 0.20 2.38 -2.18 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9925 0.0075 2 1 0.0000 0.5287 0.4713 2 2 0.0000 0.2138 0.7862
chr19 52801215 CAT C 0.002645 0.050 1 -2 1 1115 216 899 106 0 1 0 109 0 0 895 0 4 0.4907 0.0000 0.0044 215.000 0.68 2.58 -1.90 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3500 0.6482 0.0019 1 1 0.3576 0.6405 0.0018 1 1 0.3676 0.6306 0.0018
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1351 327 1024 315 4 1 0 7 0 0 1024 0 0 0.9633 0.0000 0.0000 324.000 0.22 3.14 -2.93 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0469 0.9531 0.0000 0 0 0.9729 0.0271 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 554 165 389 113 0 5 1 46 0 0 388 1 0 0.6848 0.0000 0.0026 32.000 0.32 3.00 -2.68 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8665 0.1306 0.0029 1 0 0.8530 0.1433 0.0037 1 0 0.8333 0.1617 0.0050
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.050 1 1 1 557 159 398 155 0 1 0 3 0 0 398 0 0 0.9748 0.0000 0.0000 158.000 0.98 3.00 -2.02 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9938 0.0062 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 616 130 486 56 0 3 0 71 0 0 484 0 2 0.4308 0.0000 0.0041 42.333 0.84 3.20 -2.36 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0950 0.4750 0.4300 1 1 0.0997 0.4771 0.4232 1 1 0.1062 0.4798 0.4140
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 389 94 295 39 0 22 0 33 0 0 287 0 8 0.4149 0.0000 0.0271 3.273 0.13 8.18 -8.05 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2155 0.5233 0.2613 1 1 0.2172 0.5215 0.2613 1 1 0.2194 0.5193 0.2613
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 562 120 442 0 0 14 0 106 0 0 411 0 31 0.0000 0.0000 0.0701 7.571 17.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0057 0.9943
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 482 88 394 43 0 0 0 45 0 0 391 0 3 0.4886 0.0000 0.0076 88.000 0.77 3.58 -2.81 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1667 0.5157 0.3176 1 1 0.1692 0.5144 0.3164 1 1 0.1726 0.5126 0.3147
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 124 56 68 25 0 4 0 27 0 0 66 0 2 0.4464 0.0000 0.0294 13.000 0.24 3.22 -2.98 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2790 0.5303 0.1906 1 1 0.2817 0.5287 0.1896 1 1 0.2852 0.5267 0.1881
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 129 55 74 28 0 0 0 27 0 0 74 0 0 0.5091 0.0000 0.0000 55.000 0.11 1.22 -1.12 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.5128 0.1595 1 1 0.3281 0.5117 0.1602 1 1 0.3285 0.5103 0.1612
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 148 67 81 33 1 12 0 21 0 0 71 0 10 0.4925 0.0000 0.1235 4.500 1.33 7.05 -5.71 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4232 0.4990 0.0778 1 1 0.4231 0.4984 0.0785 1 1 0.4229 0.4976 0.0795
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 272 98 174 92 1 0 0 5 0 0 174 0 0 0.9388 0.0000 0.0000 98.000 0.22 4.20 -3.98 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0162 0.9838 0.0000 0 0 0.6612 0.3388 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 271 91 180 49 0 1 0 41 0 0 178 0 2 0.5385 0.0000 0.0111 90.000 0.16 2.00 -1.84 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2791 0.5258 0.1951 1 1 0.2774 0.5242 0.1984 1 1 0.2751 0.5221 0.2028
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 73 47 26 25 0 0 0 22 0 0 26 0 0 0.5319 0.0000 0.0000 47.000 0.04 7.36 -7.32 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2238 0.5196 0.2566 1 1 0.2230 0.5184 0.2586 1 1 0.2219 0.5169 0.2612
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 366 91 275 48 2 8 0 33 0 1 271 0 3 0.5275 0.0000 0.0145 10.375 0.85 3.06 -2.21 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6239 0.3644 0.0117 1 0 0.6190 0.3688 0.0123 1 0 0.6123 0.3746 0.0130
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 379 137 242 96 0 0 1 40 0 0 239 0 3 0.7007 0.0000 0.0124 137.000 1.10 8.75 -7.65 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8700 0.1269 0.0031 1 0 0.8596 0.1367 0.0037 1 0 0.8446 0.1506 0.0048
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 381 137 244 93 0 4 2 38 0 0 241 0 3 0.6788 0.0000 0.0123 33.250 1.06 8.63 -7.57 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8602 0.1362 0.0036 1 0 0.8495 0.1462 0.0044 1 0 0.8343 0.1602 0.0055
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 386 121 265 75 0 1 0 45 0 0 263 0 2 0.6198 0.0000 0.0075 120.000 1.25 8.20 -6.95 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6712 0.3051 0.0237 1 0 0.6608 0.3132 0.0260 1 0 0.6466 0.3242 0.0293
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 240 99 141 4 1 14 0 80 0 0 128 0 13 0.0404 0.0000 0.0922 6.071 0.25 6.08 -5.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9298 0.0702 2 1 0.0000 0.7967 0.2033
chr20 17621690 CGAG C 0.000581 0.050 1 -3 2 485 132 353 128 0 2 0 2 0 0 352 0 1 0.9697 0.0000 0.0028 65.000 0.27 4.00 -3.73 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 624 144 480 7 0 3 1 133 0 0 475 0 5 0.0486 0.0000 0.0104 46.667 0.00 6.15 -6.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8104 0.1896 2 2 0.0000 0.3717 0.6283
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 602 173 429 153 0 16 0 4 0 0 429 0 0 0.8844 0.0000 0.0000 9.812 0.48 15.25 -14.77 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9529 0.0471 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 367 110 257 4 1 3 0 102 0 0 243 0 14 0.0364 0.0000 0.0545 35.333 0.00 3.27 -3.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9578 0.0422 2 2 0.0000 0.3315 0.6685 2 2 0.0000 0.1383 0.8617
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 441 122 319 116 0 1 0 5 0 0 319 0 0 0.9508 0.0000 0.0000 121.000 0.51 3.00 -2.49 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2870 0.7130 0.0000 0 0 0.6204 0.3796 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 894 274 620 0 0 35 10 229 0 0 615 0 5 0.0000 0.0000 0.0081 6.829 3.62 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr20 45891618 TG T 0.009535 0.050 1 -1 1 898 266 632 15 13 122 8 108 1 0 630 1 0 0.0564 0.0016 0.0032 1.171 0.27 4.18 -3.91 7 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr20 45891620 CTG C 0.009541 0.050 1 -2 1 897 267 630 17 0 14 122 114 1 0 628 1 0 0.0637 0.0016 0.0032 10.615 0.35 4.23 -3.88 7 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 405 183 222 141 7 24 5 6 0 0 221 1 0 0.7705 0.0000 0.0045 6.870 1.02 2.50 -1.48 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0781 0.9219 0.0000 0 0 0.5536 0.4464 0.0000
chr20 47651121 A AGC 0.002695 0.050 1 2 1 402 177 225 94 65 11 1 6 0 0 224 0 1 0.5311 0.0000 0.0044 10.500 0.72 3.67 -2.94 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1258 0.8742 0.0000 0 0 0.9910 0.0090 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr20 47651122 A AG 0.002096 0.050 1 1 2 402 178 224 94 7 73 0 4 0 0 224 0 0 0.5281 0.0000 0.0000 33.667 0.52 4.25 -3.73 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7205 0.2795 0.0000 0 0 0.9915 0.0085 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 375 107 268 48 1 8 0 50 0 0 267 0 1 0.4486 0.0000 0.0037 12.250 0.17 2.90 -2.73 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3358 0.5443 0.1199 1 1 0.3385 0.5415 0.1199 1 1 0.3421 0.5380 0.1199
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 196 20 176 0 0 2 0 18 0 0 172 0 4 0.0000 0.0000 0.0227 9.000 7.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 252 122 130 0 0 1 0 121 0 0 130 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 121.000 2.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0187 0.9813 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0215 0.9785
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 680 153 527 5 0 4 0 144 0 0 513 0 14 0.0327 0.0000 0.0266 37.250 0.00 5.90 -5.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9844 0.0156 2 2 0.0000 0.3551 0.6449 2 2 0.0000 0.1225 0.8775
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 638 151 487 74 2 16 1 58 4 0 479 2 2 0.4901 0.0082 0.0164 8.312 2.16 16.71 -14.54 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5916 0.3793 0.0291 1 0 0.5859 0.3833 0.0308 1 0 0.5782 0.3886 0.0332
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 189 93 96 82 0 7 0 4 0 0 96 0 0 0.8817 0.0000 0.0000 12.286 0.22 3.00 -2.78 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.2790 0.7210 0.0000 0 0 0.5445 0.4555 0.0000
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 250 39 211 0 0 5 1 33 0 0 210 0 1 0.0000 0.0000 0.0047 6.800 1.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 981 155 826 142 1 4 0 8 1 1 824 0 0 0.9161 0.0012 0.0024 37.750 1.13 3.25 -2.12 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0844 0.9156 0.0000 0 1 0.4714 0.5286 0.0000
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 984 160 824 140 6 7 0 7 1 0 822 1 0 0.8750 0.0012 0.0024 21.571 1.03 3.14 -2.11 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1165 0.8835 0.0000 0 0 0.5122 0.4878 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 565 134 431 114 0 18 0 2 0 0 431 0 0 0.8507 0.0000 0.0000 6.444 1.10 17.50 -16.40 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3631 0.6369 0.0000 0 0 0.7875 0.2125 0.0000 0 0 0.8610 0.1390 0.0000
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 268 104 164 1 1 11 0 91 0 0 162 1 1 0.0096 0.0000 0.0122 8.455 1.00 7.87 -6.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0079 0.9921
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 453 200 253 84 4 28 0 84 0 0 252 0 1 0.4200 0.0000 0.0040 6.143 0.27 3.37 -3.10 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3432 0.5371 0.1197 1 1 0.3446 0.5338 0.1216 1 1 0.3463 0.5297 0.1240
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 158 77 81 12 0 5 2 58 0 0 81 0 0 0.1558 0.0000 0.0000 14.400 0.67 3.17 -2.51 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0005 0.9807 0.0188 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9848 0.0152
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 720 129 591 5 0 43 1 80 0 0 573 0 18 0.0388 0.0000 0.0305 2.000 1.60 15.81 -14.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9759 0.0241 2 2 0.0000 0.2552 0.7448 2 2 0.0000 0.0770 0.9230
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1317 390 927 315 11 55 1 8 1 0 926 0 0 0.8077 0.0011 0.0011 6.018 0.68 3.38 -2.69 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6027 0.3973 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 29489869 AGCTAAGTCCCCAGAGAAG A 0.006299 0.050 1 -18 2 1363 366 997 173 2 26 13 152 2 2 961 8 24 0.4727 0.0020 0.0361 12.962 2.24 12.75 -10.51 103 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2186 0.7745 0.0069 1 1 0.2299 0.7632 0.0069 1 1 0.2451 0.7482 0.0067
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 581 157 424 83 0 8 1 65 0 0 420 0 4 0.5287 0.0000 0.0094 18.625 0.43 2.58 -2.15 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4012 0.4942 0.1046 1 1 0.3970 0.4942 0.1088 1 1 0.3913 0.4943 0.1144
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 346 167 179 0 0 46 0 121 0 0 171 0 8 0.0000 0.0000 0.0447 2.630 6.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1110 0.8890 2 2 0.0000 0.1175 0.8825 2 2 0.0000 0.1271 0.8729
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 425 76 349 8 0 2 0 66 0 0 349 0 0 0.1053 0.0000 0.0000 37.000 0.50 11.94 -11.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9700 0.0300 2 1 0.0000 0.7603 0.2397
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 868 301 567 136 1 10 3 151 0 0 559 2 6 0.4518 0.0000 0.0141 32.222 1.42 3.93 -2.51 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0570 0.4749 0.4681 1 1 0.0616 0.4769 0.4615 1 1 0.0681 0.4796 0.4523
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 293 131 162 128 0 3 0 0 0 1 159 0 2 0.9771 0.0000 0.0185 42.667 0.25 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6826 0.3174 0.0000 0 0 0.9328 0.0672 0.0000 0 0 0.9582 0.0418 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 316 173 143 145 1 19 0 8 0 0 143 0 0 0.8382 0.0000 0.0000 8.105 0.30 7.25 -6.95 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2526 0.7474 0.0000 0 0 0.7658 0.2342 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 290 108 182 1 0 3 0 104 0 0 179 0 3 0.0093 0.0000 0.0165 35.000 1.00 3.08 -2.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1252 0.8748 2 2 0.0000 0.0544 0.9456 2 2 0.0000 0.0441 0.9559
chr22 40301172 T TGCA 0.000280 0.050 1 3 1 399 133 266 106 7 15 0 5 0 0 266 0 0 0.7970 0.0000 0.0000 7.867 0.28 3.00 -2.72 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9462 0.0538 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1595 394 1201 228 0 6 0 160 0 0 1190 1 10 0.5787 0.0000 0.0092 64.667 0.57 10.00 -9.43 88 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8776 0.1210 0.0013 1 0 0.8695 0.1289 0.0016 1 0 0.8578 0.1400 0.0021
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 311 103 208 88 1 12 0 2 0 0 208 0 0 0.8544 0.0000 0.0000 7.583 0.44 18.00 -17.56 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7506 0.2494 0.0000 0 0 0.9520 0.0480 0.0000 0 0 0.9712 0.0288 0.0000
680 rows