File Info

Filename
HG02067_x_HG02080_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG02067_x_HG02080_FF_5.features.tsv
Size
128.8 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 522 207 315 188 1 16 0 2 0 0 315 0 0 0.9082 0.0000 0.0000 11.938 0.30 5.50 -5.20 78 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8159 0.1841 0.0000 0 0 0.9652 0.0348 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 438 165 273 149 1 11 0 4 0 0 273 0 0 0.9030 0.0000 0.0000 14.000 0.56 6.75 -6.19 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0598 0.9402 0.0000 0 0 0.7364 0.2636 0.0000 0 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 450 161 289 66 5 21 2 67 0 0 289 0 0 0.4099 0.0000 0.0000 6.619 0.30 3.18 -2.88 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2558 0.5408 0.2034 1 1 0.2565 0.5378 0.2057 1 1 0.2573 0.5339 0.2088
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 561 175 386 81 0 26 0 68 0 0 385 0 1 0.4629 0.0000 0.0026 5.731 0.54 9.01 -8.47 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3799 0.5042 0.1160 1 1 0.3761 0.5037 0.1202 1 1 0.3710 0.5032 0.1259
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 335 136 199 59 0 1 0 76 0 0 196 0 3 0.4338 0.0000 0.0151 135.000 0.17 3.33 -3.16 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0687 0.4364 0.4949 1 2 0.0729 0.4403 0.4868 1 2 0.0788 0.4453 0.4759
chr1 10639110 CTCG C 0.500000 0.050 1 -3 2 597 129 468 53 1 11 3 61 0 0 468 0 0 0.4109 0.0000 0.0000 10.455 1.53 3.89 -2.36 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1355 0.5075 0.3570 1 1 0.1394 0.5068 0.3538 1 1 0.1446 0.5060 0.3494
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 642 141 501 67 1 19 0 54 0 0 497 1 3 0.4752 0.0000 0.0080 6.368 0.52 3.28 -2.76 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3569 0.5093 0.1338 1 1 0.3537 0.5086 0.1377 1 1 0.3494 0.5076 0.1430
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1016 188 828 81 1 8 0 98 0 0 822 0 6 0.4309 0.0000 0.0072 22.500 0.56 3.03 -2.48 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0579 0.4317 0.5104 1 2 0.0620 0.4356 0.5024 1 2 0.0678 0.4407 0.4915
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 367 38 329 0 0 1 1 36 0 0 329 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 1.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2828 0.7172 2 2 0.0000 0.2865 0.7135 2 2 0.0000 0.2918 0.7082
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 659 158 501 84 0 1 0 73 0 0 488 0 13 0.5316 0.0000 0.0259 157.000 0.73 19.93 -19.21 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2026 0.5505 0.2469 1 1 0.2052 0.5467 0.2481 1 1 0.2084 0.5420 0.2496
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 419 147 272 65 0 14 1 67 0 0 272 0 0 0.4422 0.0000 0.0000 9.500 0.15 3.24 -3.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1976 0.5379 0.2645 1 1 0.2001 0.5350 0.2649 1 1 0.2033 0.5314 0.2652
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 367 89 278 81 0 6 0 2 0 0 278 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 13.833 0.72 3.00 -2.28 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2269 0.7731 0.0000 0 0 0.6597 0.3403 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 336 84 252 43 0 0 0 41 0 0 251 0 1 0.5119 0.0000 0.0040 84.000 0.12 2.73 -2.62 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2489 0.5256 0.2255 1 1 0.2495 0.5237 0.2268 1 1 0.2501 0.5213 0.2286
chr1 47144551 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 958 252 706 243 2 2 0 5 0 0 706 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 125.000 0.22 1.00 -0.78 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1235 0.8765 0.0000 0 0 0.9375 0.0625 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 681 162 519 0 0 22 1 139 0 0 518 0 1 0.0000 0.0000 0.0019 6.318 5.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0281 0.9719 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0330 0.9670
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 240 90 150 0 0 8 2 80 0 0 150 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.250 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1127 0.8873 2 2 0.0000 0.1169 0.8831 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 584 124 460 56 0 17 0 51 0 0 456 0 4 0.4516 0.0000 0.0087 6.294 0.48 5.33 -4.85 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2448 0.5335 0.2217 1 1 0.2456 0.5310 0.2233 1 1 0.2467 0.5278 0.2255
chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.050 1 6 2 435 111 324 55 1 6 0 49 0 0 319 0 5 0.4955 0.0000 0.0154 17.500 0.31 5.49 -5.18 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2566 0.5323 0.2111 1 1 0.2571 0.5299 0.2130 1 1 0.2576 0.5268 0.2156
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 806 172 634 149 0 11 0 12 0 0 634 0 0 0.8663 0.0000 0.0000 14.636 1.00 4.75 -3.75 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 1 0.2917 0.7083 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 168 83 85 42 0 2 0 39 0 0 82 0 3 0.5060 0.0000 0.0353 40.500 0.40 3.90 -3.49 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2372 0.5256 0.2372 1 1 0.2382 0.5237 0.2381 1 1 0.2394 0.5213 0.2394
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 369 137 232 71 0 22 0 44 0 0 230 0 2 0.5182 0.0000 0.0086 5.227 0.24 10.05 -9.81 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5699 0.3820 0.0481 1 0 0.5592 0.3889 0.0519 1 0 0.5447 0.3979 0.0573
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 479 155 324 70 0 6 0 79 0 0 323 0 1 0.4516 0.0000 0.0031 24.833 0.16 5.15 -4.99 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1311 0.5164 0.3525 1 1 0.1352 0.5151 0.3497 1 1 0.1406 0.5135 0.3460
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 174 78 96 40 0 2 0 36 0 0 96 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 38.000 0.10 3.17 -3.07 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2878 0.5183 0.1938 1 1 0.2869 0.5170 0.1961 1 1 0.2856 0.5152 0.1992
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 417 109 308 54 0 6 2 47 0 0 304 1 3 0.4954 0.0000 0.0130 17.000 0.63 3.15 -2.52 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2482 0.5320 0.2198 1 1 0.2489 0.5296 0.2214 1 1 0.2498 0.5266 0.2236
chr1 119803018 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 414 154 260 149 1 1 0 3 0 0 260 0 0 0.9675 0.0000 0.0000 153.000 0.21 3.00 -2.79 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2456 0.7544 0.0000 0 0 0.8450 0.1550 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 251 91 160 0 0 7 0 84 0 0 158 0 2 0.0000 0.0000 0.0125 12.000 5.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1071 0.8929 2 2 0.0000 0.1129 0.8871
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1241 291 950 247 0 36 1 7 0 0 949 0 1 0.8488 0.0000 0.0011 7.056 0.44 3.86 -3.42 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.6629 0.3371 0.0000 0 0 0.9470 0.0530 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 275 80 195 1 0 9 6 64 0 0 193 0 2 0.0125 0.0000 0.0103 7.222 1.00 1.34 -0.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4489 0.5511 2 2 0.0000 0.2501 0.7499 2 2 0.0000 0.2074 0.7926
chr1 152515515 G GGGCTGCTGCGGCGACTCA 0.500000 0.050 1 18 4 260 87 173 30 1 26 0 30 0 0 166 0 7 0.3448 0.0000 0.0405 2.346 0.60 10.83 -10.23 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1744 0.5099 0.3157 1 1 0.1772 0.5092 0.3136 1 1 0.1810 0.5082 0.3108
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 265 77 188 0 0 14 0 63 0 0 168 0 20 0.0000 0.0000 0.1064 4.500 7.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 903 277 626 109 0 69 0 99 0 0 596 0 30 0.3935 0.0000 0.0479 3.014 0.17 12.89 -12.72 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0649 0.4664 0.4687 1 1 0.0691 0.4680 0.4628 1 1 0.0751 0.4703 0.4547
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1282 343 939 137 3 74 1 128 5 3 904 3 24 0.3994 0.0053 0.0373 3.829 1.75 10.41 -8.65 7 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1329 0.5730 0.2941 1 1 0.1375 0.5675 0.2950 1 1 0.1435 0.5606 0.2958
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 612 252 360 214 2 27 0 9 0 0 360 0 0 0.8492 0.0000 0.0000 8.615 1.54 10.56 -9.01 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3378 0.6622 0.0000 0 0 0.8633 0.1367 0.0000
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 606 246 360 123 21 46 3 53 0 0 360 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 98.500 0.29 3.85 -3.56 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9384 0.0610 0.0006 1 0 0.9308 0.0684 0.0008 1 0 0.9193 0.0795 0.0011
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 606 246 360 140 19 30 1 56 0 0 360 0 0 0.5691 0.0000 0.0000 6.700 1.01 3.91 -2.90 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9765 0.0234 0.0001 1 0 0.9725 0.0274 0.0001 1 0 0.9661 0.0337 0.0002
chr1 154869854 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1331 467 864 218 2 85 3 159 0 0 864 0 0 0.4668 0.0000 0.0000 4.471 0.67 8.04 -7.37 96 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8431 0.1541 0.0028 1 0 0.8325 0.1641 0.0034 1 0 0.8174 0.1781 0.0045
chr1 155738163 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 232 104 128 59 0 3 0 42 0 0 125 0 3 0.5673 0.0000 0.0234 50.500 0.59 3.10 -2.50 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4227 0.4742 0.1031 1 1 0.4168 0.4758 0.1074 1 1 0.4089 0.4780 0.1131
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 236 93 143 41 0 5 0 47 0 0 142 0 1 0.4409 0.0000 0.0070 17.600 1.71 2.15 -0.44 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1627 0.5125 0.3249 1 1 0.1659 0.5115 0.3226 1 1 0.1702 0.5103 0.3195
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 619 183 436 0 0 2 1 180 0 0 434 0 2 0.0000 0.0000 0.0046 90.000 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0123 0.9877
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1295 264 1031 0 0 8 2 254 0 0 1029 0 2 0.0000 0.0000 0.0019 32.000 1.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 302 88 214 73 1 11 0 3 0 0 214 0 0 0.8295 0.0000 0.0000 6.909 0.34 1.00 -0.66 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0498 0.9502 0.0000 0 1 0.4580 0.5420 0.0000 0 0 0.6593 0.3407 0.0000
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 162 64 98 29 0 9 1 25 0 0 98 0 0 0.4531 0.0000 0.0000 6.111 0.24 4.12 -3.88 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2791 0.5140 0.2069 1 1 0.2783 0.5129 0.2087 1 1 0.2773 0.5116 0.2111
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 686 192 494 4 0 31 0 157 0 0 447 0 47 0.0208 0.0000 0.0951 5.194 0.25 11.08 -10.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8017 0.1983 2 2 0.0000 0.0863 0.9137 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr1 205663089 GGCCGACAGCCCTTCTGCTGGCTCGGTGGGGCCCAGC G 0.500000 0.050 1 -36 5 706 148 558 0 0 6 0 142 0 0 526 0 32 0.0000 0.0000 0.0573 23.667 25.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 449 212 237 0 167 41 0 4 0 2 235 0 0 0.0000 0.0000 0.0084 4.146 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0928 0.9072 0.0000 0 0 0.8157 0.1843 0.0000 0 0 0.9279 0.0721 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 450 212 238 6 0 30 0 176 0 0 224 0 14 0.0283 0.0000 0.0588 6.067 2.00 11.27 -9.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9934 0.0066 2 2 0.0000 0.3366 0.6634 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 617 120 497 5 0 7 0 108 0 0 495 0 2 0.0417 0.0000 0.0040 16.143 0.20 8.47 -8.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.6517 0.3483 2 2 0.0000 0.3146 0.6854
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 242 99 143 95 1 2 0 1 0 0 143 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 48.500 0.23 1.00 -0.77 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6903 0.3097 0.0000 0 0 0.8458 0.1542 0.0000 0 0 0.8732 0.1268 0.0000
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 711 199 512 166 4 18 1 10 0 1 511 0 0 0.8342 0.0000 0.0020 10.056 0.95 3.00 -2.05 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 0 0.5039 0.4961 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 521 131 390 77 0 1 0 53 0 0 390 0 0 0.5878 0.0000 0.0000 130.000 0.21 1.40 -1.19 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5528 0.3957 0.0515 1 0 0.5428 0.4018 0.0554 1 0 0.5292 0.4098 0.0610
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 723 186 537 0 0 4 1 181 0 0 532 0 5 0.0000 0.0000 0.0093 45.500 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 692 151 541 90 0 2 0 59 0 0 540 0 1 0.5960 0.0000 0.0018 149.000 0.72 2.29 -1.57 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6296 0.3388 0.0316 1 0 0.6178 0.3474 0.0348 1 0 0.6018 0.3587 0.0394
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 932 272 660 166 0 22 0 84 0 0 660 0 0 0.6103 0.0000 0.0000 11.364 0.34 3.13 -2.79 82 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9547 0.0450 0.0003 1 0 0.9486 0.0510 0.0004 1 0 0.9391 0.0603 0.0006
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 1216 298 918 88 3 7 0 200 0 0 916 0 2 0.2953 0.0000 0.0022 41.286 2.44 4.37 -1.93 66 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0115 0.9885 1 2 0.0000 0.0138 0.9862 1 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1577 295 1282 258 2 2 0 33 0 0 1280 0 2 0.8746 0.0000 0.0016 146.500 2.47 4.09 -1.63 166 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 554 215 339 119 0 11 0 85 0 0 336 0 3 0.5535 0.0000 0.0088 18.545 1.14 6.60 -5.46 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6239 0.3470 0.0291 1 0 0.6130 0.3548 0.0322 1 0 0.5981 0.3653 0.0367
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 240 110 130 48 0 4 0 58 0 0 130 0 0 0.4364 0.0000 0.0000 26.500 0.17 3.97 -3.80 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1633 0.5227 0.3140 1 1 0.1677 0.5217 0.3105 1 1 0.1737 0.5205 0.3058
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 436 131 305 0 0 26 0 105 0 0 292 1 12 0.0000 0.0000 0.0426 4.038 7.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0229 0.9771 2 2 0.0000 0.0248 0.9752
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 637 189 448 81 0 15 0 93 0 0 444 0 4 0.4286 0.0000 0.0089 11.600 0.37 7.91 -7.54 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1406 0.5563 0.3031 1 1 0.1470 0.5549 0.2981 1 1 0.1557 0.5530 0.2913
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 607 137 470 61 0 17 4 55 0 1 469 0 0 0.4453 0.0000 0.0021 7.059 0.20 2.87 -2.68 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2689 0.5337 0.1974 1 1 0.2690 0.5312 0.1998 1 1 0.2690 0.5280 0.2030
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCAGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 78 2 613 237 376 4 0 79 3 151 0 0 376 0 0 0.0169 0.0000 0.0000 2.000 0.00 1.98 -1.98 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9341 0.0659 2 2 0.0000 0.2448 0.7552 2 2 0.0000 0.0993 0.9007
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 613 231 382 4 0 71 3 153 0 0 381 0 1 0.0173 0.0000 0.0026 2.254 0.00 1.98 -1.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9292 0.0708 2 2 0.0000 0.2313 0.7687 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 679 52 627 40 2 7 0 3 8 1 618 0 0 0.7692 0.0128 0.0144 6.286 2.62 6.33 -3.71 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0262 0.9738 0.0000 0 1 0.3211 0.6789 0.0000 0 0 0.5262 0.4738 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 479 191 288 170 2 14 1 4 0 0 288 0 0 0.8901 0.0000 0.0000 12.500 0.51 3.00 -2.49 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0891 0.9109 0.0000 0 0 0.8112 0.1888 0.0000 0 0 0.9269 0.0731 0.0000
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 653 172 481 64 17 33 2 56 0 0 479 0 2 0.3721 0.0000 0.0042 4.212 0.62 3.23 -2.61 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5063 0.4291 0.0645 1 0 0.4979 0.4334 0.0687 1 0 0.4865 0.4390 0.0745
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 654 177 477 129 3 34 0 11 0 0 475 0 2 0.7288 0.0000 0.0042 4.176 1.87 6.27 -4.40 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.1602 0.8398 0.0000
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 502 112 390 100 1 5 0 6 0 0 389 0 1 0.8929 0.0000 0.0026 21.400 0.21 3.00 -2.79 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1012 0.8988 0.0000 0 1 0.4551 0.5449 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 1095 267 828 219 1 39 0 8 0 0 825 0 3 0.8202 0.0000 0.0036 5.974 0.26 7.62 -7.36 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1288 0.8712 0.0000 0 0 0.7674 0.2326 0.0000
chr2 85344131 G GGT 0.500000 0.050 1 2 1 712 189 523 107 1 2 0 79 0 0 520 3 0 0.5661 0.0000 0.0057 93.500 0.48 2.91 -2.43 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5684 0.3896 0.0420 1 0 0.5587 0.3956 0.0457 1 0 0.5454 0.4037 0.0509
chr2 85344133 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 714 191 523 108 1 3 4 75 0 0 520 3 0 0.5654 0.0000 0.0057 94.000 0.45 3.09 -2.64 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5832 0.3783 0.0385 1 0 0.5731 0.3849 0.0420 1 0 0.5594 0.3936 0.0470
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 661 188 473 2 0 30 11 145 0 0 471 0 2 0.0106 0.0000 0.0042 5.233 0.00 3.21 -3.21 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3294 0.6706 2 2 0.0000 0.0718 0.9282 2 2 0.0000 0.0456 0.9544
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 795 215 580 115 1 6 0 93 0 0 580 0 0 0.5349 0.0000 0.0000 34.833 0.51 8.01 -7.50 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5178 0.4289 0.0533 1 0 0.5099 0.4328 0.0573 1 0 0.4991 0.4380 0.0629
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 448 108 340 62 0 15 0 31 0 0 332 0 8 0.5741 0.0000 0.0235 6.200 0.47 17.42 -16.95 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5469 0.3969 0.0563 1 0 0.5366 0.4031 0.0603 1 0 0.5229 0.4112 0.0659
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 616 172 444 0 0 1 0 171 0 0 438 0 6 0.0000 0.0000 0.0135 171.000 5.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 343 124 219 109 0 13 0 2 0 0 219 0 0 0.8790 0.0000 0.0000 8.538 0.34 6.00 -5.66 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3723 0.6277 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 208 52 156 2 2 7 7 34 0 0 154 1 1 0.0385 0.0000 0.0128 5.429 2.00 1.32 0.68 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9682 0.0318 2 1 0.0000 0.7346 0.2654 2 1 0.0000 0.5505 0.4495
chr2 174337446 GGGCGGCGGCAGCGGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 722 166 556 136 1 28 0 1 1 0 555 0 0 0.8193 0.0018 0.0018 4.893 1.37 15.00 -13.63 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8626 0.1374 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000 0 0 0.9495 0.0505 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 225 104 121 83 0 18 0 3 0 0 121 0 0 0.7981 0.0000 0.0000 4.778 0.07 13.00 -12.93 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0568 0.9432 0.0000 0 0 0.5108 0.4892 0.0000 0 0 0.7057 0.2943 0.0000
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 493 145 348 6 0 14 2 123 0 0 345 0 3 0.0414 0.0000 0.0086 9.286 1.50 3.33 -1.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7013 0.2987 2 2 0.0000 0.3025 0.6975
chr2 177617487 ATC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1389 352 1037 196 2 9 0 145 0 0 1036 1 0 0.5568 0.0000 0.0010 38.000 0.21 2.35 -2.14 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8086 0.1867 0.0047 1 0 0.7974 0.1970 0.0056 1 0 0.7814 0.2115 0.0071
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 300 131 169 70 0 2 0 59 0 0 169 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 64.500 0.14 3.05 -2.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3709 0.5041 0.1250 1 1 0.3672 0.5037 0.1291 1 1 0.3623 0.5032 0.1345
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 510 153 357 142 1 6 0 4 0 0 357 0 0 0.9281 0.0000 0.0000 24.500 0.63 3.25 -2.62 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 0 0.7018 0.2982 0.0000 0 0 0.8745 0.1255 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 753 170 583 87 1 10 0 72 0 0 581 0 2 0.5118 0.0000 0.0034 16.000 0.31 4.24 -3.93 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4047 0.4939 0.1014 1 1 0.4002 0.4941 0.1058 1 1 0.3940 0.4944 0.1117
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 296 130 166 10 0 19 46 55 0 0 166 0 0 0.0769 0.0000 0.0000 3.722 1.00 3.16 -2.16 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9871 0.0129 2 1 0.0000 0.8102 0.1898
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 296 116 180 3 0 18 45 50 0 0 180 0 0 0.0259 0.0000 0.0000 3.235 0.00 3.36 -3.36 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9358 0.0642 2 2 0.0000 0.4605 0.5395 2 2 0.0000 0.2727 0.7273
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 214 52 162 27 3 8 0 14 0 0 162 0 0 0.5192 0.0000 0.0000 5.125 1.04 1.07 -0.03 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4508 0.4486 0.1006 1 1 0.4432 0.4521 0.1047 1 1 0.4330 0.4566 0.1104
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 307 103 204 0 0 3 0 100 0 0 201 0 3 0.0000 0.0000 0.0147 33.333 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 599 162 437 0 0 22 1 139 0 0 432 1 4 0.0000 0.0000 0.0114 6.667 8.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0308 0.9692
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 955 249 706 190 7 47 0 5 0 0 706 0 0 0.7631 0.0000 0.0000 4.277 1.99 7.80 -5.81 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0385 0.9615 0.0000 0 0 0.8187 0.1813 0.0000 0 0 0.9455 0.0545 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 624 167 457 3 0 9 3 152 0 0 411 1 45 0.0180 0.0000 0.1007 17.333 0.00 16.12 -16.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4615 0.5385 2 2 0.0000 0.0499 0.9501 2 2 0.0000 0.0242 0.9758
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 271 116 155 51 1 2 0 62 0 0 151 0 4 0.4397 0.0000 0.0258 57.000 1.14 3.94 -2.80 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1041 0.4804 0.4155 1 1 0.1083 0.4816 0.4101 1 1 0.1141 0.4832 0.4027
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 421 110 311 33 0 21 7 49 0 0 310 0 1 0.3000 0.0000 0.0032 4.238 0.18 3.22 -3.04 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0526 0.3841 0.5633 1 2 0.0565 0.3911 0.5524 1 2 0.0620 0.4001 0.5378
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 726 221 505 112 0 1 0 108 0 0 498 0 7 0.5068 0.0000 0.0139 220.000 0.61 3.44 -2.83 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0423 0.5400 0.4177 1 1 0.0431 0.5359 0.4210 1 1 0.0442 0.5309 0.4249
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 673 135 538 65 0 10 0 60 0 0 525 0 13 0.4815 0.0000 0.0242 12.500 0.75 11.23 -10.48 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2726 0.5893 0.1382 1 1 0.2782 0.5849 0.1368 1 1 0.2857 0.5793 0.1350
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 529 115 414 0 0 3 9 103 0 0 414 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 4.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0569 0.9431 2 2 0.0000 0.0600 0.9400 2 2 0.0000 0.0645 0.9355
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 178 81 97 41 0 2 0 38 0 0 96 0 1 0.5062 0.0000 0.0103 39.500 0.27 1.42 -1.15 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2619 0.5232 0.2149 1 1 0.2620 0.5214 0.2166 1 1 0.2620 0.5192 0.2188
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 711 234 477 10 1 58 8 157 0 0 462 0 15 0.0427 0.0000 0.0314 3.034 0.30 4.22 -3.92 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9474 0.0526 2 2 0.0000 0.4430 0.5570
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 711 234 477 15 1 138 3 77 0 0 465 3 9 0.0641 0.0000 0.0252 0.681 1.20 5.25 -4.05 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9637 0.0363
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 653 191 462 0 1 9 1 180 0 0 460 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 20.111 2.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0182 0.9818 2 2 0.0000 0.0169 0.9831
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 299 128 171 0 0 1 0 127 0 0 171 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 127.000 4.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 666 175 491 79 2 14 8 72 0 0 490 0 1 0.4514 0.0000 0.0020 11.429 0.38 3.46 -3.08 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2264 0.5491 0.2245 1 1 0.2282 0.5454 0.2264 1 1 0.2305 0.5408 0.2287
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 312 76 236 0 0 10 0 66 0 0 234 0 2 0.0000 0.0000 0.0085 6.600 6.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1638 0.8362
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 494 149 345 60 0 35 0 54 0 0 338 0 7 0.4027 0.0000 0.0203 3.257 0.35 5.56 -5.21 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2203 0.5366 0.2431 1 1 0.2220 0.5338 0.2442 1 1 0.2243 0.5304 0.2454
chr3 52487504 GGGAGGAAGAGGA G 0.500000 0.050 1 -12 5 779 181 598 84 2 19 1 75 0 0 590 0 8 0.4641 0.0000 0.0134 8.526 0.68 10.76 -10.08 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2469 0.5505 0.2026 1 1 0.2481 0.5467 0.2052 1 1 0.2496 0.5420 0.2085
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 219 93 126 41 0 5 1 46 0 0 126 0 0 0.4409 0.0000 0.0000 17.600 0.10 8.72 -8.62 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1723 0.5160 0.3117 1 1 0.1752 0.5148 0.3099 1 1 0.1792 0.5133 0.3075
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 249 81 168 0 0 2 40 39 0 0 168 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 78.000 3.38 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1224 0.8776 2 2 0.0000 0.1268 0.8732 2 2 0.0000 0.1330 0.8670
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 248 80 168 0 0 0 35 45 0 0 168 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 80.000 3.82 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1226 0.8774 2 2 0.0000 0.1270 0.8730 2 2 0.0000 0.1332 0.8668
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 335 130 205 58 1 13 4 54 0 0 203 0 2 0.4462 0.0000 0.0098 8.923 0.16 3.09 -2.94 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2267 0.5359 0.2374 1 1 0.2282 0.5332 0.2386 1 1 0.2301 0.5298 0.2400
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 615 150 465 72 0 6 0 72 0 0 464 0 1 0.4800 0.0000 0.0022 24.000 0.19 1.39 -1.19 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2168 0.5439 0.2393 1 1 0.2188 0.5406 0.2406 1 1 0.2214 0.5364 0.2422
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 789 198 591 121 0 13 0 64 0 0 582 0 9 0.6111 0.0000 0.0152 14.231 1.24 9.97 -8.73 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8033 0.1898 0.0070 1 0 0.7907 0.2010 0.0082 1 0 0.7730 0.2167 0.0103
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 527 140 387 74 0 8 1 57 0 0 387 0 0 0.5286 0.0000 0.0000 16.500 0.59 1.40 -0.81 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4403 0.4691 0.0905 1 1 0.4341 0.4711 0.0949 1 1 0.4257 0.4735 0.1008
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 377 101 276 42 0 11 0 48 0 0 273 0 3 0.4158 0.0000 0.0109 8.182 0.14 1.42 -1.27 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1443 0.5044 0.3512 1 1 0.1480 0.5040 0.3480 1 1 0.1528 0.5036 0.3436
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 104 46 58 6 0 8 6 26 0 0 56 0 2 0.1304 0.0000 0.0345 4.750 0.00 1.38 -1.38 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0011 0.9823 0.0165 2 1 0.0001 0.9568 0.0431 2 1 0.0000 0.8041 0.1959
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 436 120 316 73 0 0 0 47 0 0 316 0 0 0.6083 0.0000 0.0000 120.000 0.29 1.21 -0.93 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5824 0.3730 0.0445 1 0 0.5714 0.3803 0.0483 1 0 0.5566 0.3899 0.0535
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1261 302 959 2 0 78 5 217 0 1 955 0 3 0.0066 0.0000 0.0042 2.872 0.50 3.27 -2.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0921 0.9079 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0104 0.9896
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 692 203 489 185 0 14 0 4 0 0 489 0 0 0.9113 0.0000 0.0000 13.500 0.32 3.50 -3.18 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1331 0.8669 0.0000 0 0 0.8689 0.1311 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 578 175 403 106 0 3 0 66 0 0 403 0 0 0.6057 0.0000 0.0000 57.333 0.12 3.15 -3.03 78 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7349 0.2510 0.0141 1 0 0.7220 0.2619 0.0161 1 0 0.7041 0.2768 0.0192
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 801 163 638 88 0 7 0 68 0 0 634 0 4 0.5399 0.0000 0.0063 22.286 0.48 3.21 -2.73 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4333 0.4777 0.0891 1 1 0.4276 0.4789 0.0934 1 1 0.4200 0.4806 0.0994
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.050 1 -9 1 405 175 230 166 0 8 0 1 0 0 230 0 0 0.9486 0.0000 0.0000 20.875 0.35 10.00 -9.65 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9272 0.0728 0.0000 0 0 0.9685 0.0315 0.0000 0 0 0.9736 0.0264 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 741 120 621 4 1 26 1 88 0 0 620 0 1 0.0333 0.0000 0.0016 3.577 0.25 10.39 -10.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9872 0.0128 2 1 0.0000 0.6299 0.3701 2 2 0.0000 0.3543 0.6457
chr3 125055810 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 5 287 91 196 44 0 1 0 46 0 0 196 0 0 0.4835 0.0000 0.0000 90.000 0.57 3.63 -3.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2135 0.5262 0.2602 1 1 0.2153 0.5243 0.2604 1 1 0.2176 0.5218 0.2606
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 312 98 214 4 0 1 0 93 0 0 210 0 4 0.0408 0.0000 0.0187 97.000 0.00 4.05 -4.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9835 0.0165 2 1 0.0000 0.5694 0.4306 2 2 0.0000 0.3018 0.6982
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 203 113 90 66 0 0 0 47 0 0 89 0 1 0.5841 0.0000 0.0111 113.000 0.68 2.49 -1.81 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4663 0.4511 0.0825 1 0 0.4589 0.4542 0.0868 1 1 0.4490 0.4582 0.0928
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 389 128 261 61 0 2 0 65 0 0 260 0 1 0.4766 0.0000 0.0038 63.000 0.07 2.40 -2.33 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1776 0.5312 0.2912 1 1 0.1806 0.5288 0.2905 1 1 0.1846 0.5259 0.2896
chr3 149520808 C CTTAA 0.500000 0.050 1 4 1 230 83 147 52 0 3 0 28 0 0 147 0 0 0.6265 0.0000 0.0000 26.667 0.10 4.21 -4.12 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5663 0.3810 0.0527 1 0 0.5552 0.3881 0.0566 1 0 0.5404 0.3975 0.0621
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 446 178 268 87 0 21 6 64 0 0 264 1 3 0.4888 0.0000 0.0149 7.476 0.59 3.31 -2.73 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3913 0.5006 0.1081 1 1 0.3872 0.5004 0.1124 1 1 0.3817 0.5001 0.1182
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 563 152 411 9 0 27 0 116 0 0 408 0 3 0.0592 0.0000 0.0073 4.630 0.00 2.97 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9558 0.0442 2 1 0.0000 0.6204 0.3796
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 2435 640 1795 504 3 17 0 116 0 0 1794 1 0 0.7875 0.0000 0.0006 36.529 1.74 2.33 -0.59 16 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 800 160 640 72 2 17 0 69 0 0 630 0 10 0.4500 0.0000 0.0156 8.353 0.36 11.22 -10.86 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1728 0.5384 0.2888 1 1 0.1760 0.5355 0.2885 1 1 0.1803 0.5319 0.2879
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 249 113 136 37 0 33 0 43 0 0 134 0 2 0.3274 0.0000 0.0147 2.424 0.30 8.67 -8.38 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1555 0.5067 0.3378 1 1 0.1589 0.5061 0.3350 1 1 0.1633 0.5055 0.3312
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 249 114 135 49 0 22 3 40 0 0 133 0 2 0.4298 0.0000 0.0148 4.182 0.53 8.88 -8.34 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2846 0.5238 0.1916 1 1 0.2839 0.5220 0.1941 1 1 0.2829 0.5198 0.1973
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 595 132 463 0 0 0 0 132 0 0 384 4 75 0.0000 0.0000 0.1706 132.000 16.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.050 1 3 1 649 264 385 226 16 10 7 5 0 3 382 0 0 0.8561 0.0000 0.0078 30.250 3.23 1.60 1.63 66 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5362 0.4638 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr4 3075022 AGCCGCCCCCGCC A 0.000900 0.050 1 -12 1 650 210 440 173 1 26 0 10 1 0 438 1 0 0.8238 0.0023 0.0045 7.077 1.31 9.80 -8.49 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.9822 0.0178 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.050 1 3 1 352 114 238 60 0 3 0 51 0 0 238 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 37.000 0.67 3.90 -3.24 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3474 0.5099 0.1427 1 1 0.3445 0.5091 0.1464 1 1 0.3405 0.5081 0.1514
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2514 567 1947 24 10 152 7 374 4 1 1898 3 41 0.0423 0.0021 0.0252 2.745 3.75 8.47 -4.72 12 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8978 0.1022
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4213 938 3275 32 13 44 39 810 37 52 2984 149 53 0.0341 0.0113 0.0889 20.419 3.91 8.29 -4.38 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3605 1032 2573 26 23 193 57 733 302 53 2122 44 52 0.0252 0.1174 0.1753 4.243 6.46 8.30 -1.84 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 130 58 72 22 0 3 0 33 0 0 71 0 1 0.3793 0.0000 0.0139 18.333 0.14 3.15 -3.02 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1227 0.4755 0.4018 1 1 0.1266 0.4772 0.3962 1 1 0.1319 0.4794 0.3887
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 485 158 327 146 1 8 0 3 0 0 327 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 18.750 0.17 1.00 -0.83 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2418 0.7582 0.0000 0 0 0.8361 0.1639 0.0000 0 0 0.9177 0.0823 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 686 174 512 81 0 6 0 87 0 0 507 0 5 0.4655 0.0000 0.0098 28.000 0.42 4.17 -3.75 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1216 0.5176 0.3608 1 1 0.1258 0.5161 0.3581 1 1 0.1315 0.5143 0.3542
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 546 218 328 1 0 31 5 181 0 0 324 0 4 0.0046 0.0000 0.0122 6.032 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0412 0.9588 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0150 0.9850
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 512 170 342 17 0 30 7 116 1 1 330 9 1 0.1000 0.0029 0.0351 4.667 1.35 3.47 -2.11 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9744 0.0256
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 295 135 160 62 0 4 0 69 0 0 152 0 8 0.4593 0.0000 0.0500 32.750 0.13 4.43 -4.31 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0963 0.4792 0.4244 1 1 0.1006 0.4805 0.4189 1 1 0.1066 0.4821 0.4114
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 272 95 177 0 0 10 0 85 0 0 175 0 2 0.0000 0.0000 0.0113 8.500 5.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1007 0.8993 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 870 193 677 184 1 1 0 7 0 0 676 0 1 0.9534 0.0000 0.0015 192.000 0.23 3.00 -2.77 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3142 0.6858 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 855 190 665 8 0 25 8 149 0 0 656 0 9 0.0421 0.0000 0.0135 6.600 0.50 3.44 -2.94 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7769 0.2231 2 2 0.0000 0.2677 0.7323
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 366 55 311 0 1 38 1 15 0 0 301 5 5 0.0000 0.0000 0.0322 0.421 10.13 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3699 0.6301 2 2 0.0000 0.3702 0.6298 2 2 0.0000 0.3713 0.6287
chr5 61332791 TGCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 333 53 280 0 0 36 6 11 0 9 268 3 0 0.0000 0.0000 0.0429 0.472 9.55 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1359 0.4764 0.3878 1 1 0.1378 0.4830 0.3792 1 1 0.1349 0.5005 0.3646
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 386 112 274 54 0 5 1 52 0 0 272 0 2 0.4821 0.0000 0.0073 21.400 0.24 6.33 -6.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2220 0.5329 0.2450 1 1 0.2237 0.5305 0.2459 1 1 0.2257 0.5273 0.2469
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 505 139 366 12 0 7 0 120 0 0 365 0 1 0.0863 0.0000 0.0027 18.857 0.08 3.08 -3.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 1 0.0000 0.8261 0.1739
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 172 64 108 59 0 1 0 4 0 0 108 0 0 0.9219 0.0000 0.0000 63.000 0.07 2.75 -2.68 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.2288 0.7712 0.0000 0 1 0.4821 0.5179 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 267 107 160 3 5 10 36 53 0 0 156 0 4 0.0280 0.0000 0.0250 10.778 3.33 5.11 -1.78 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8734 0.1266 2 1 0.0000 0.5808 0.4192
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1044 248 796 109 0 29 5 105 0 2 784 5 5 0.4395 0.0000 0.0151 7.552 0.60 3.53 -2.94 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1325 0.5461 0.3214 1 1 0.1368 0.5426 0.3206 1 1 0.1425 0.5382 0.3193
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 186 60 126 0 0 0 0 60 0 0 125 0 1 0.0000 0.0000 0.0079 60.000 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1773 0.8227 2 2 0.0000 0.1818 0.8182 2 2 0.0000 0.1881 0.8119
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 892 225 667 124 0 5 0 96 0 0 666 0 1 0.5511 0.0000 0.0015 44.000 0.17 1.56 -1.39 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5685 0.3921 0.0394 1 0 0.5592 0.3978 0.0430 1 0 0.5465 0.4054 0.0481
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 2 675 209 466 139 10 56 0 4 1 1 464 0 0 0.6651 0.0021 0.0043 2.732 0.83 3.00 -2.17 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0615 0.9385 0.0000 0 0 0.7412 0.2588 0.0000 0 0 0.8940 0.1060 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 424 104 320 4 0 12 0 88 0 0 306 0 14 0.0385 0.0000 0.0437 7.667 0.00 8.65 -8.65 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9814 0.0186 2 1 0.0000 0.5389 0.4611 2 2 0.0000 0.2772 0.7228
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 21 1 457 143 314 41 1 29 1 71 0 0 305 0 9 0.2867 0.0000 0.0287 3.897 0.56 11.58 -11.02 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0153 0.2468 0.7379 1 2 0.0174 0.2582 0.7244 1 2 0.0207 0.2736 0.7057
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 613 139 474 58 0 2 0 79 0 0 472 0 2 0.4173 0.0000 0.0042 68.500 0.72 1.91 -1.19 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0552 0.4081 0.5367 1 2 0.0592 0.4135 0.5273 1 2 0.0649 0.4206 0.5145
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 119 68 51 46 0 0 0 22 0 0 51 0 0 0.6765 0.0000 0.0000 68.000 0.35 1.27 -0.92 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5692 0.3777 0.0531 1 0 0.5579 0.3851 0.0570 1 0 0.5428 0.3947 0.0625
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 415 174 241 163 0 7 0 4 0 0 241 0 0 0.9368 0.0000 0.0000 23.857 2.99 4.75 -1.76 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0811 0.9189 0.0000 0 0 0.7939 0.2061 0.0000 0 0 0.9184 0.0816 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 416 163 253 2 0 17 0 144 0 0 253 0 0 0.0123 0.0000 0.0000 8.588 3.50 12.94 -9.44 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4110 0.5890 2 2 0.0000 0.0982 0.9018 2 2 0.0000 0.0624 0.9376
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 414 149 265 0 109 6 0 34 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 23.833 6.29 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9434 0.0560 0.0006 1 0 0.9360 0.0633 0.0008 1 0 0.7787 0.2204 0.0009
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 406 108 298 98 0 2 0 8 0 0 298 0 0 0.9074 0.0000 0.0000 53.000 0.99 5.50 -4.51 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 1 0.3490 0.6510 0.0000
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 527 241 286 85 9 56 6 85 0 0 286 0 0 0.3527 0.0000 0.0000 3.364 0.98 3.82 -2.85 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2537 0.5539 0.1925 1 1 0.2548 0.5498 0.1954 1 1 0.2561 0.5447 0.1992
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 669 116 553 51 0 16 0 49 0 0 553 0 0 0.4397 0.0000 0.0000 6.250 0.80 3.10 -2.30 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2586 0.5293 0.2122 1 1 0.2589 0.5271 0.2140 1 1 0.2592 0.5243 0.2165
chr6 1390041 C CCCG 0.017392 0.050 1 3 1 427 107 320 47 4 15 2 39 1 1 312 2 4 0.4393 0.0031 0.0250 6.133 2.51 4.08 -1.57 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5401 0.4548 0.0051 1 0 0.5393 0.4554 0.0052 1 0 0.5382 0.4564 0.0054
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 543 116 427 4 1 22 2 87 0 0 421 0 6 0.0345 0.0000 0.0141 4.273 1.00 3.39 -2.39 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.7178 0.2822 2 2 0.0000 0.3849 0.6151
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 633 153 480 60 3 35 6 49 1 1 475 0 3 0.3922 0.0021 0.0104 3.471 2.10 4.78 -2.68 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4584 0.4813 0.0604 1 1 0.4574 0.4809 0.0618 1 1 0.4559 0.4804 0.0636
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 588 130 458 104 11 11 1 3 4 2 449 2 1 0.8000 0.0087 0.0197 10.636 1.36 2.00 -0.64 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0346 0.9654 0.0000 0 0 0.6768 0.3232 0.0000 0 0 0.8852 0.1148 0.0000
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.050 1 3 2 576 119 457 91 7 17 0 4 0 0 457 0 0 0.7647 0.0000 0.0000 6.000 0.34 3.75 -3.41 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4726 0.5274 0.0000 0 0 0.9758 0.0242 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr6 28326431 CCT C 0.006316 0.050 1 -2 4 619 183 436 89 1 2 0 91 0 0 436 0 0 0.4863 0.0000 0.0000 90.000 0.28 2.12 -1.84 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4276 0.5694 0.0031 1 1 0.4322 0.5647 0.0031 1 1 0.4381 0.5588 0.0031
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 1046 222 824 125 0 8 0 89 0 0 803 0 21 0.5631 0.0000 0.0255 26.750 0.36 10.46 -10.10 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5069 0.4480 0.0451 1 0 0.5040 0.4485 0.0475 1 0 0.4998 0.4494 0.0508
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 389 97 292 49 0 0 0 48 0 0 291 0 1 0.5052 0.0000 0.0034 97.000 0.22 1.62 -1.40 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2351 0.5299 0.2350 1 1 0.2362 0.5276 0.2362 1 1 0.2376 0.5248 0.2376
chr6 31028873 A ACCTCTACTGAAGGCTCTGAGACCACCACAG 0.500000 0.050 1 30 2 2876 634 2242 39 12 239 20 324 22 35 1985 56 144 0.0615 0.0098 0.1146 1.688 4.62 4.16 0.45 15 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 874 217 657 212 0 1 0 4 0 1 656 0 0 0.9770 0.0000 0.0015 216.000 0.34 6.25 -5.91 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2369 0.7631 0.0000 0 0 0.9297 0.0703 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 538 146 392 63 4 16 3 60 0 0 391 0 1 0.4315 0.0000 0.0026 7.812 1.48 2.68 -1.21 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2642 0.5367 0.1991 1 1 0.2645 0.5339 0.2015 1 1 0.2648 0.5305 0.2047
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 538 147 391 64 64 15 0 4 0 0 391 0 0 0.4354 0.0000 0.0000 8.600 1.47 2.00 -0.53 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0338 0.9662 0.0000 0 0 0.5871 0.4129 0.0000 0 0 0.8083 0.1917 0.0000
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 655 206 449 86 2 3 2 113 0 0 449 0 0 0.4175 0.0000 0.0000 67.333 1.51 10.74 -9.23 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0396 0.3862 0.5741 1 2 0.0432 0.3924 0.5644 1 2 0.0483 0.4005 0.5512
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 514 141 373 79 0 10 0 52 0 0 368 0 5 0.5603 0.0000 0.0134 13.100 0.48 10.88 -10.40 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5237 0.4168 0.0595 1 0 0.5147 0.4218 0.0636 1 0 0.5024 0.4283 0.0693
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 454 123 331 50 0 14 0 59 0 0 330 0 1 0.4065 0.0000 0.0030 7.786 0.72 4.08 -3.36 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1386 0.5071 0.3543 1 1 0.1424 0.5065 0.3511 1 1 0.1475 0.5058 0.3468
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 277 81 196 51 0 0 0 30 0 0 196 0 0 0.6296 0.0000 0.0000 81.000 0.31 4.40 -4.09 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5243 0.4099 0.0657 1 0 0.5145 0.4156 0.0699 1 0 0.5014 0.4229 0.0757
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 484 171 313 142 2 22 0 5 0 0 313 0 0 0.8304 0.0000 0.0000 6.773 0.61 6.40 -5.79 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0107 0.9893 0.0000 0 0 0.5549 0.4451 0.0000 0 0 0.8323 0.1677 0.0000
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 220 59 161 27 1 2 0 29 0 0 161 0 0 0.4576 0.0000 0.0000 28.500 4.04 1.28 2.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2291 0.5170 0.2539 1 1 0.2301 0.5157 0.2541 1 1 0.2315 0.5141 0.2543
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 717 215 502 201 1 6 0 7 0 0 502 0 0 0.9349 0.0000 0.0000 34.667 0.46 1.71 -1.26 113 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.5828 0.4172 0.0000 0 0 0.9044 0.0956 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 927 238 689 105 5 8 0 120 0 0 688 0 1 0.4412 0.0000 0.0015 28.750 0.52 2.94 -2.42 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1165 0.5346 0.3489 1 1 0.1210 0.5319 0.3471 1 1 0.1269 0.5285 0.3446
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 348 109 239 61 0 6 0 42 0 0 236 0 3 0.5596 0.0000 0.0126 17.167 0.46 6.21 -5.76 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4469 0.4612 0.0919 1 1 0.4401 0.4637 0.0961 1 1 0.4310 0.4670 0.1020
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 736 150 586 40 4 72 0 34 0 0 561 1 24 0.2667 0.0000 0.0427 1.069 15.65 7.06 8.59 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0975 0.4669 0.4356 1 1 0.1018 0.4691 0.4292 1 1 0.1076 0.4718 0.4206
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 744 195 549 82 0 52 1 60 1 0 542 0 6 0.4205 0.0018 0.0128 2.804 3.26 11.22 -7.96 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4315 0.4771 0.0914 1 1 0.4258 0.4784 0.0957 1 1 0.4181 0.4802 0.1017
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 135 50 85 28 2 3 1 16 0 0 85 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 15.333 0.36 3.00 -2.64 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4159 0.4671 0.1171 1 1 0.4096 0.4694 0.1211 1 1 0.4013 0.4723 0.1265
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 824 187 637 0 0 9 2 176 0 0 628 0 9 0.0000 0.0000 0.0141 19.778 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr6 136362637 GGGCTGGAGCTGGGGCCGA G 0.500000 0.050 1 -18 4 333 161 172 111 0 47 0 3 0 0 172 0 0 0.6894 0.0000 0.0000 2.426 0.42 18.00 -17.58 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1087 0.8913 0.0000 0 0 0.6756 0.3244 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 379 111 268 2 0 1 0 108 0 0 267 0 1 0.0180 0.0000 0.0037 110.000 0.00 1.30 -1.30 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6207 0.3793 2 2 0.0000 0.2048 0.7952 2 2 0.0000 0.1335 0.8665
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 388 168 220 151 1 11 0 5 0 0 220 0 0 0.8988 0.0000 0.0000 14.273 0.19 3.80 -3.61 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 0 0.6009 0.3991 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 960 246 714 111 0 13 1 121 0 0 712 0 2 0.4512 0.0000 0.0028 17.923 0.20 3.16 -2.96 17 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1034 0.5234 0.3732 1 1 0.1079 0.5215 0.3707 1 1 0.1140 0.5190 0.3670
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 630 235 395 127 0 37 0 71 0 0 382 0 13 0.5404 0.0000 0.0329 5.351 0.31 15.45 -15.14 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7558 0.2334 0.0108 1 0 0.7432 0.2443 0.0125 1 0 0.7257 0.2592 0.0151
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 446 175 271 165 2 5 0 3 0 0 271 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 34.000 0.24 6.33 -6.09 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3329 0.6671 0.0000 0 0 0.8923 0.1077 0.0000 0 0 0.9472 0.0528 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 211 60 151 0 0 6 0 54 0 0 148 0 3 0.0000 0.0000 0.0199 9.000 8.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1901 0.8099 2 2 0.0000 0.1946 0.8054 2 2 0.0000 0.2009 0.7991
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 339 152 187 0 0 22 9 121 0 1 182 1 3 0.0000 0.0000 0.0267 5.909 3.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0383 0.9617 2 2 0.0000 0.0401 0.9599 2 2 0.0000 0.0429 0.9571
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 814 180 634 146 1 29 0 4 2 0 632 0 0 0.8111 0.0032 0.0032 5.207 0.69 7.00 -6.31 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0588 0.9412 0.0000 0 0 0.7322 0.2678 0.0000 0 0 0.8897 0.1103 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 945 342 603 6 14 47 138 137 0 0 603 0 0 0.0175 0.0000 0.0000 6.690 4.67 7.28 -2.62 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9004 0.0996 2 2 0.0000 0.2722 0.7278
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 944 319 625 143 17 12 34 113 0 0 625 0 0 0.4483 0.0000 0.0000 27.727 3.43 8.29 -4.87 83 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3758 0.5334 0.0908 1 1 0.3740 0.5306 0.0954 1 1 0.3711 0.5272 0.1017
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 944 319 625 144 18 22 38 97 0 1 624 0 0 0.4514 0.0000 0.0016 39.857 3.47 7.40 -3.93 80 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5505 0.4115 0.0380 1 0 0.5427 0.4158 0.0415 1 0 0.5317 0.4217 0.0466
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 279 94 185 0 0 11 1 82 0 0 175 1 9 0.0000 0.0000 0.0541 7.545 4.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0883 0.9117 2 2 0.0000 0.0921 0.9079 2 2 0.0000 0.0976 0.9024
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 273 96 177 35 2 22 1 36 0 2 170 0 5 0.3646 0.0000 0.0395 3.364 4.37 3.75 0.62 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1969 0.5203 0.2828 1 1 0.1991 0.5188 0.2821 1 1 0.2021 0.5169 0.2810
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 273 103 170 43 4 21 0 35 0 0 168 1 1 0.4175 0.0000 0.0118 3.905 3.21 4.57 -1.36 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3671 0.4963 0.1366 1 1 0.3631 0.4965 0.1404 1 1 0.3578 0.4968 0.1454
chr7 5313004 TGAGGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 782 80 702 53 2 20 2 3 1 0 701 0 0 0.6625 0.0014 0.0014 2.950 2.47 5.33 -2.86 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 1 0.1888 0.8112 0.0000 0 1 0.4197 0.5803 0.0000
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.050 1 -12 2 211 107 104 95 0 10 0 2 0 0 103 0 1 0.8879 0.0000 0.0096 9.700 1.25 12.00 -10.75 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0754 0.9246 0.0000 0 0 0.5840 0.4160 0.0000 0 0 0.7618 0.2382 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 611 179 432 1 0 29 7 142 0 0 432 0 0 0.0056 0.0000 0.0000 5.172 1.00 3.07 -2.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1074 0.8926 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0392 0.9608
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 508 125 383 115 0 8 0 2 0 0 383 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 14.625 0.31 3.00 -2.69 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4083 0.5917 0.0000 0 0 0.8176 0.1824 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 130 46 84 42 1 0 0 3 0 0 84 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 45.000 0.14 1.33 -1.19 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0242 0.9758 0.0000 0 1 0.2834 0.7166 0.0000 0 1 0.4797 0.5203 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 212 53 159 2 0 1 0 50 0 0 156 0 3 0.0377 0.0000 0.0189 52.000 0.00 3.40 -3.40 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8734 0.1266 2 1 0.0000 0.5071 0.4929 2 2 0.0000 0.3712 0.6288
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 230 83 147 42 0 5 0 36 0 0 146 0 1 0.5060 0.0000 0.0068 15.600 0.21 3.17 -2.95 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3003 0.5166 0.1832 1 1 0.2989 0.5153 0.1858 1 1 0.2970 0.5137 0.1893
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 664 126 538 1 5 51 5 64 0 0 530 5 3 0.0079 0.0000 0.0149 1.480 5.00 4.81 0.19 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9212 0.0788 2 1 0.0000 0.6580 0.3420 2 2 0.0000 0.4618 0.5382
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 661 128 533 1 54 2 4 67 0 2 525 2 4 0.0078 0.0000 0.0150 39.000 5.00 4.85 0.15 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0137 0.2302 0.7561 1 2 0.0156 0.2434 0.7409 1 2 0.0175 0.3046 0.6780
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 451 147 304 28 79 36 0 4 0 0 304 0 0 0.1905 0.0000 0.0000 3.083 0.07 3.00 -2.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.4913 0.5087 0.0000 0 0 0.7457 0.2543 0.0000
chr7 65954366 TTTA T 0.500000 0.050 1 -3 5 451 148 303 34 0 34 8 72 0 0 303 0 0 0.2297 0.0000 0.0000 3.353 0.47 3.29 -2.82 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0085 0.1897 0.8018 1 2 0.0100 0.2015 0.7885 1 2 0.0122 0.2179 0.7699
chr7 70790590 G GCCACCA 0.500000 0.050 1 6 1 854 248 606 200 0 45 0 3 1 0 604 0 1 0.8065 0.0017 0.0033 4.614 0.43 6.00 -5.57 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1910 0.8090 0.0000 0 0 0.9091 0.0909 0.0000 0 0 0.9660 0.0340 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 585 165 420 163 0 0 0 2 0 0 420 0 0 0.9879 0.0000 0.0000 165.000 0.25 1.00 -0.75 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6993 0.3007 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 900 220 680 0 0 13 3 204 0 0 675 0 5 0.0000 0.0000 0.0074 15.846 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0062 0.9938
chr7 97006108 AGCCGCCGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -12 1 490 210 280 162 1 44 0 3 0 0 280 0 0 0.7714 0.0000 0.0000 3.773 1.31 9.33 -8.02 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3108 0.6892 0.0000 0 0 0.8824 0.1176 0.0000 0 0 0.9422 0.0578 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 676 203 473 104 0 8 0 91 0 0 471 0 2 0.5123 0.0000 0.0042 24.375 0.31 4.22 -3.91 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3554 0.5249 0.1198 1 1 0.3531 0.5229 0.1241 1 1 0.3497 0.5204 0.1299
chr7 100071997 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 522 141 381 135 1 1 0 4 0 0 381 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 140.000 0.25 3.25 -3.00 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.6643 0.3357 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 255 123 132 121 0 0 0 2 0 0 132 0 0 0.9837 0.0000 0.0000 123.000 0.38 35.00 -34.62 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4452 0.5548 0.0000 0 0 0.8387 0.1613 0.0000 0 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 878 309 569 298 0 9 0 2 0 0 569 0 0 0.9644 0.0000 0.0000 33.333 0.31 7.00 -6.69 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9857 0.0143 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 621 192 429 4 0 8 0 180 0 0 428 0 1 0.0208 0.0000 0.0023 23.000 0.75 3.17 -2.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8781 0.1219 2 2 0.0000 0.1428 0.8572 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 420 133 287 44 0 41 1 47 0 0 286 0 1 0.3308 0.0000 0.0035 2.359 1.39 6.60 -5.21 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1795 0.5203 0.3002 1 1 0.1823 0.5187 0.2990 1 1 0.1860 0.5168 0.2972
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 420 133 287 59 25 32 4 13 0 0 286 0 1 0.4436 0.0000 0.0035 3.156 2.41 5.77 -3.36 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0122 0.9878 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0140 0.9860 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 669 206 463 0 0 38 0 168 0 0 461 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 4.421 16.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 411 195 216 158 2 31 0 4 0 0 215 0 1 0.8103 0.0000 0.0046 5.621 4.09 4.75 -0.66 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0160 0.9840 0.0000 0 0 0.6511 0.3489 0.0000 0 0 0.8802 0.1198 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 411 208 203 88 0 25 2 93 0 0 203 0 0 0.4231 0.0000 0.0000 7.583 0.74 6.57 -5.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1573 0.5429 0.2997 1 1 0.1610 0.5397 0.2993 1 1 0.1659 0.5356 0.2985
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 258 75 183 44 0 2 0 29 0 0 179 0 4 0.5867 0.0000 0.0219 36.500 0.20 3.10 -2.90 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3799 0.4895 0.1306 1 1 0.3754 0.4902 0.1345 1 1 0.3693 0.4911 0.1396
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1040 310 730 2 0 58 12 238 0 0 723 0 7 0.0065 0.0000 0.0096 4.328 0.50 3.03 -2.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1611 408 1203 183 0 23 1 201 1 0 1202 0 0 0.4485 0.0008 0.0008 17.500 0.38 1.39 -1.01 11 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0664 0.5267 0.4069 1 1 0.0709 0.5240 0.4051 1 1 0.0771 0.5208 0.4021
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 751 201 550 119 0 8 0 74 0 0 548 0 2 0.5920 0.0000 0.0036 24.125 0.11 4.11 -4.00 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7593 0.2299 0.0108 1 0 0.7466 0.2409 0.0125 1 0 0.7288 0.2561 0.0152
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 701 228 473 183 1 3 0 41 0 0 458 1 14 0.8026 0.0000 0.0317 75.000 0.12 15.32 -15.20 125 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9952 0.0048 0.0000 1 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 1 0.4920 0.5080 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 211 50 161 21 0 2 0 27 0 0 160 0 1 0.4200 0.0000 0.0062 24.000 0.57 4.93 -4.35 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1667 0.5003 0.3330 1 1 0.1697 0.5002 0.3301 1 1 0.1736 0.5002 0.3262
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 823 212 611 199 0 4 1 8 0 0 611 0 0 0.9387 0.0000 0.0000 52.000 0.73 1.25 -0.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2558 0.7442 0.0000 0 0 0.8080 0.1920 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 688 160 528 78 1 2 0 79 0 0 524 0 4 0.4875 0.0000 0.0076 79.000 0.36 1.52 -1.16 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1833 0.5445 0.2722 1 1 0.1863 0.5411 0.2725 1 1 0.1903 0.5369 0.2728
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 502 97 405 0 1 2 21 73 0 1 377 10 17 0.0000 0.0000 0.0691 47.000 7.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0618 0.9382 2 2 0.0000 0.0643 0.9357
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 504 95 409 0 0 7 17 71 0 2 377 13 17 0.0000 0.0000 0.0782 16.600 7.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0549 0.9451 2 2 0.0000 0.0573 0.9427 2 2 0.0000 0.0609 0.9391
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 520 92 428 0 0 7 5 80 0 0 356 30 42 0.0000 0.0000 0.1682 12.143 7.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0234 0.9766
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 597 180 417 174 0 1 0 5 0 0 417 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 179.000 0.13 1.00 -0.87 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0227 0.9773 0.0000 0 0 0.7221 0.2779 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 863 182 681 157 2 20 0 3 0 0 681 0 0 0.8626 0.0000 0.0000 8.000 0.62 6.00 -5.38 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2544 0.7456 0.0000 0 0 0.8506 0.1494 0.0000 0 0 0.9254 0.0746 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 280 87 193 0 0 4 0 83 0 0 192 0 1 0.0000 0.0000 0.0052 20.750 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1268 0.8732 2 2 0.0000 0.1315 0.8685 2 2 0.0000 0.1383 0.8617
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 627 270 357 0 0 30 1 239 0 0 357 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.000 5.80 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.050 1 -12 1 628 272 356 20 10 231 3 8 0 0 356 0 0 0.0735 0.0000 0.0000 0.160 0.85 8.00 -7.15 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0326 0.9674 0.0000 0 1 0.2458 0.7542 0.0000 0 0 0.8398 0.1602 0.0000
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 277 120 157 65 0 2 0 53 0 0 157 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 59.000 0.12 4.00 -3.88 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4842 0.4489 0.0669 1 0 0.4801 0.4504 0.0694 1 0 0.4745 0.4526 0.0729
chr8 37934470 GT G 0.000907 0.050 1 -1 2 240 80 160 76 0 1 0 3 0 0 160 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 79.000 0.21 1.00 -0.79 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9825 0.0175 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 669 225 444 216 1 1 0 7 0 0 444 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 224.000 0.55 3.00 -2.45 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 0 0.7618 0.2382 0.0000 0 0 0.9563 0.0437 0.0000
chr8 123369933 ATCATCATCATCG A 0.500000 0.050 1 -12 1 349 129 220 70 4 5 1 49 0 0 220 0 0 0.5426 0.0000 0.0000 24.400 0.44 8.04 -7.60 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5587 0.3907 0.0505 1 0 0.5484 0.3972 0.0544 1 0 0.5345 0.4056 0.0599
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 523 129 394 0 0 32 5 92 0 0 390 0 4 0.0000 0.0000 0.0102 3.031 5.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1118 263 855 104 1 43 0 115 3 1 832 0 19 0.3954 0.0035 0.0269 5.093 0.50 12.29 -11.79 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0439 0.4148 0.5412 1 2 0.0477 0.4193 0.5330 1 2 0.0530 0.4253 0.5217
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 1057 207 850 113 0 3 0 91 0 0 849 0 1 0.5459 0.0000 0.0012 68.000 0.46 3.10 -2.64 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4914 0.4470 0.0616 1 0 0.4843 0.4499 0.0658 1 0 0.4746 0.4538 0.0716
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1120 367 753 253 5 76 1 32 0 0 751 0 2 0.6894 0.0000 0.0027 3.829 0.19 3.12 -2.94 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0065 0.9935 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 380 111 269 0 0 25 0 86 0 0 252 0 17 0.0000 0.0000 0.0632 3.440 7.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0700 0.9300 2 2 0.0000 0.0734 0.9266 2 2 0.0000 0.0784 0.9216
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 711 215 496 10 0 5 1 199 0 0 495 0 1 0.0465 0.0000 0.0020 42.000 0.30 1.81 -1.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8469 0.1531 2 2 0.0000 0.2487 0.7513
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 745 191 554 184 1 2 0 4 0 0 554 0 0 0.9634 0.0000 0.0000 94.500 0.16 2.00 -1.84 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1367 0.8633 0.0000 0 0 0.8694 0.1306 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 469 155 314 114 0 34 0 7 0 0 314 0 0 0.7355 0.0000 0.0000 3.559 0.32 11.14 -10.83 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1343 0.8657 0.0000 0 0 0.5328 0.4672 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 804 193 611 161 1 29 0 2 0 0 611 0 0 0.8342 0.0000 0.0000 5.655 0.45 6.00 -5.55 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6919 0.3081 0.0000 0 0 0.9344 0.0656 0.0000 0 0 0.9584 0.0416 0.0000
chr9 66908681 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 442 161 281 114 0 2 0 45 0 0 281 0 0 0.7081 0.0000 0.0000 79.500 0.73 3.89 -3.16 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9249 0.0741 0.0010 1 0 0.9162 0.0825 0.0013 1 0 0.9033 0.0949 0.0018
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 237 116 121 114 0 0 0 2 0 0 121 0 0 0.9828 0.0000 0.0000 116.000 0.18 3.00 -2.82 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4022 0.5978 0.0000 0 0 0.8139 0.1861 0.0000 0 0 0.8797 0.1203 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 476 129 347 0 0 3 0 126 0 0 334 0 13 0.0000 0.0000 0.0375 42.000 14.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 806 187 619 0 0 22 0 165 0 0 593 0 26 0.0000 0.0000 0.0420 7.500 10.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0102 0.9898
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 542 159 383 151 1 2 0 5 0 0 383 0 0 0.9497 0.0000 0.0000 78.500 0.40 3.40 -3.00 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 0 0.6009 0.3991 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 232 72 160 40 0 2 0 30 0 0 158 0 2 0.5556 0.0000 0.0125 35.000 0.25 4.93 -4.68 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3420 0.5029 0.1551 1 1 0.3389 0.5027 0.1584 1 1 0.3348 0.5024 0.1629
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 307 91 216 4 0 21 6 60 0 0 214 1 1 0.0440 0.0000 0.0093 3.500 0.75 3.48 -2.73 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9922 0.0078 2 1 0.0000 0.7365 0.2635 2 2 0.0000 0.4719 0.5281
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 625 238 387 0 0 0 0 238 0 0 381 0 6 0.0000 0.0000 0.0155 238.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 418 103 315 55 0 8 0 40 0 0 315 0 0 0.5340 0.0000 0.0000 11.875 0.85 5.55 -4.70 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4329 0.4672 0.0999 1 1 0.4265 0.4693 0.1042 1 1 0.4180 0.4721 0.1099
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 976 159 817 0 1 45 0 113 0 4 798 8 7 0.0000 0.0000 0.0233 2.511 6.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0602 0.9398 2 2 0.0000 0.0611 0.9389 2 2 0.0000 0.0630 0.9370
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 526 124 402 83 0 1 0 40 0 0 401 0 1 0.6694 0.0000 0.0025 123.000 0.28 2.48 -2.20 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7648 0.2232 0.0120 1 0 0.7514 0.2348 0.0139 1 0 0.7326 0.2507 0.0167
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 967 200 767 106 0 1 0 93 0 0 765 0 2 0.5300 0.0000 0.0026 199.000 0.18 4.75 -4.57 58 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3544 0.5261 0.1195 1 1 0.3522 0.5240 0.1238 1 1 0.3490 0.5214 0.1296
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 893 219 674 126 0 2 3 88 0 0 672 2 0 0.5753 0.0000 0.0030 108.000 0.22 2.89 -2.66 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6491 0.3268 0.0241 1 0 0.6378 0.3353 0.0269 1 0 0.6223 0.3467 0.0310
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 706 148 558 3 0 14 0 131 0 0 545 0 13 0.0203 0.0000 0.0233 9.571 0.00 5.73 -5.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7813 0.2187 2 2 0.0000 0.1754 0.8246 2 2 0.0000 0.0881 0.9119
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 289 123 166 0 0 5 0 118 0 0 163 0 3 0.0000 0.0000 0.0181 23.600 3.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 5 493 119 374 55 0 24 0 40 0 0 373 0 1 0.4622 0.0000 0.0027 3.958 0.40 3.33 -2.93 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4208 0.4737 0.1054 1 1 0.4149 0.4754 0.1096 1 1 0.4070 0.4776 0.1154
chr9 120714264 A ACGG 0.500000 0.050 1 3 1 474 99 375 4 29 27 2 37 0 0 374 0 1 0.0404 0.0000 0.0027 2.667 2.50 3.32 -0.82 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1638 0.5072 0.3291 1 1 0.1669 0.5066 0.3265 1 1 0.1711 0.5059 0.3230
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 475 104 371 50 2 21 0 31 0 0 371 0 0 0.4808 0.0000 0.0000 3.952 2.84 6.81 -3.97 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5225 0.4114 0.0661 1 0 0.5128 0.4169 0.0703 1 0 0.4998 0.4241 0.0761
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 585 195 390 80 1 27 2 85 1 0 389 0 0 0.4103 0.0026 0.0026 6.222 0.72 3.81 -3.09 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1728 0.5439 0.2833 1 1 0.1761 0.5406 0.2833 1 1 0.1804 0.5365 0.2831
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 602 202 400 0 0 6 1 195 0 0 393 0 7 0.0000 0.0000 0.0175 32.667 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 498 129 369 0 0 13 1 115 0 0 366 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 8.923 7.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 447 114 333 5 0 45 8 56 0 0 326 1 6 0.0439 0.0000 0.0210 1.533 1.20 5.18 -3.98 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8313 0.1687 2 1 0.0000 0.5407 0.4593
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 284 110 174 9 0 0 0 101 0 0 174 0 0 0.0818 0.0000 0.0000 110.000 0.89 1.40 -0.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9711 0.0289 2 1 0.0000 0.7154 0.2846
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 284 110 174 9 0 0 0 101 0 0 174 0 0 0.0818 0.0000 0.0000 110.000 0.89 1.40 -0.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9711 0.0289 2 1 0.0000 0.7154 0.2846
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 331 137 194 133 0 1 0 3 0 0 194 0 0 0.9708 0.0000 0.0000 136.000 0.24 2.00 -1.76 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1849 0.8151 0.0000 0 0 0.7834 0.2166 0.0000 0 0 0.8885 0.1115 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 268 91 177 45 0 9 0 37 0 0 176 0 1 0.4945 0.0000 0.0056 9.111 0.09 2.03 -1.94 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3261 0.5107 0.1632 1 1 0.3237 0.5098 0.1664 1 1 0.3205 0.5088 0.1707
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 502 137 365 125 1 4 0 7 0 0 364 0 1 0.9124 0.0000 0.0027 33.000 0.82 13.86 -13.03 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0964 0.9036 0.0000 0 0 0.5112 0.4888 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 257 117 140 7 4 21 1 84 0 0 140 0 0 0.0598 0.0000 0.0000 4.524 0.43 3.02 -2.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 1 0.0000 0.8554 0.1446
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 808 154 654 3 0 6 0 145 0 0 641 0 13 0.0195 0.0000 0.0199 24.667 0.00 8.57 -8.57 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9811 0.0189 2 1 0.0000 0.7564 0.2436 2 1 0.0000 0.5874 0.4126
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 242 82 160 31 0 0 0 51 0 0 159 0 1 0.3780 0.0000 0.0063 82.000 0.35 4.18 -3.82 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1488 0.5738 0.2774 1 1 0.1563 0.5747 0.2690 1 1 0.1665 0.5754 0.2580
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 872 233 639 112 1 28 1 91 1 0 629 1 8 0.4807 0.0016 0.0156 7.846 0.46 5.69 -5.24 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3845 0.5140 0.1015 1 1 0.3817 0.5125 0.1058 1 1 0.3777 0.5107 0.1116
chr10 25025349 TAGAG T 0.000314 0.050 1 -4 2 564 147 417 139 0 4 0 4 0 0 417 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 35.750 0.29 4.50 -4.21 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9935 0.0065 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 521 133 388 66 0 2 0 65 0 0 388 0 0 0.4962 0.0000 0.0000 65.500 0.62 1.31 -0.69 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3164 0.5357 0.1479 1 1 0.3179 0.5329 0.1492 1 1 0.3198 0.5293 0.1509
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.050 1 -6 1 833 199 634 92 0 6 0 101 0 0 627 0 7 0.4623 0.0000 0.0110 32.167 0.16 6.05 -5.89 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2441 0.7125 0.0434 1 1 0.2533 0.7042 0.0424 1 1 0.2657 0.6933 0.0410
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 422 104 318 48 1 22 1 32 0 0 317 0 1 0.4615 0.0000 0.0031 3.727 0.38 3.28 -2.91 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5971 0.3765 0.0263 1 0 0.5915 0.3809 0.0276 1 0 0.5840 0.3866 0.0294
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 680 161 519 157 0 2 0 2 0 0 518 0 1 0.9752 0.0000 0.0019 79.500 0.85 6.00 -5.15 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5306 0.4694 0.0000 0 0 0.9497 0.0503 0.0000 0 0 0.9763 0.0237 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 362 96 266 1 0 8 0 87 0 0 258 1 7 0.0104 0.0000 0.0301 11.000 0.00 6.13 -6.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3425 0.6575 2 2 0.0000 0.1723 0.8277 2 2 0.0000 0.1419 0.8581
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 466 140 326 79 0 15 0 46 0 0 307 0 19 0.5643 0.0000 0.0583 8.333 0.99 10.85 -9.86 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6212 0.3764 0.0024 1 0 0.6180 0.3795 0.0025 1 0 0.6136 0.3838 0.0027
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 217 72 145 0 0 2 0 70 0 0 145 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.000 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0616 0.9384 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0666 0.9334
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 397 133 264 0 0 16 2 115 0 0 263 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 7.188 2.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0422 0.9578 2 2 0.0000 0.0447 0.9553 2 2 0.0000 0.0483 0.9517
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 712 146 566 135 0 9 0 2 1 0 564 0 1 0.9247 0.0018 0.0035 15.222 0.72 13.00 -12.28 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6106 0.3894 0.0000 0 0 0.9636 0.0364 0.0000 0 0 0.9832 0.0168 0.0000
chr10 127738728 G GGCC 0.003313 0.050 1 3 1 429 119 310 66 0 5 0 48 0 0 308 1 1 0.5546 0.0000 0.0065 22.800 0.42 3.35 -2.93 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6561 0.3435 0.0004 1 0 0.6516 0.3479 0.0005 1 0 0.6455 0.3540 0.0005
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 449 154 295 93 0 7 0 54 0 0 294 0 1 0.6039 0.0000 0.0034 21.000 0.48 1.41 -0.92 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7196 0.2636 0.0168 1 0 0.7065 0.2744 0.0191 1 0 0.6884 0.2891 0.0225
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 794 175 619 2 0 7 1 165 0 0 610 0 9 0.0114 0.0000 0.0145 24.000 0.50 3.30 -2.80 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3806 0.6194 2 2 0.0000 0.0888 0.9112 2 2 0.0000 0.0573 0.9427
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 279 95 184 51 0 0 0 44 0 0 184 0 0 0.5368 0.0000 0.0000 95.000 0.51 2.25 -1.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3558 0.5045 0.1397 1 1 0.3536 0.5037 0.1427 1 1 0.3507 0.5028 0.1465
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 533 180 353 76 1 8 2 93 0 0 350 0 3 0.4222 0.0000 0.0085 21.375 1.03 1.98 -0.95 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1593 0.6412 0.1994 1 1 0.1677 0.6384 0.1939 1 1 0.1792 0.6343 0.1866
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 3526 785 2741 546 8 212 5 14 5 6 2730 0 0 0.6955 0.0018 0.0040 2.687 1.49 7.57 -6.08 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.050 1 -12 1 566 142 424 64 2 31 1 44 2 0 410 0 12 0.4507 0.0047 0.0330 3.516 1.05 12.07 -11.02 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4961 0.4499 0.0540 1 0 0.4932 0.4510 0.0558 1 0 0.4891 0.4525 0.0583
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 349 108 241 0 0 3 0 105 0 0 239 0 2 0.0000 0.0000 0.0083 35.000 2.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 693 211 482 203 0 4 0 4 0 0 482 0 0 0.9621 0.0000 0.0000 51.750 0.26 2.25 -1.99 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2015 0.7985 0.0000 0 0 0.9122 0.0878 0.0000 0 0 0.9671 0.0329 0.0000
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 232 83 149 0 0 1 1 81 0 0 148 0 1 0.0000 0.0000 0.0067 82.000 2.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1086 0.8914 2 2 0.0000 0.1128 0.8872 2 2 0.0000 0.1187 0.8813
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 910 221 689 207 0 7 0 7 0 0 689 0 0 0.9367 0.0000 0.0000 35.667 0.31 1.14 -0.83 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.6113 0.3887 0.0000 0 0 0.9149 0.0851 0.0000
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 508 132 376 62 0 2 0 68 0 0 375 0 1 0.4697 0.0000 0.0027 65.000 1.08 2.24 -1.15 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1584 0.5253 0.3163 1 1 0.1618 0.5234 0.3148 1 1 0.1664 0.5210 0.3126
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1163 275 888 147 0 8 0 120 0 0 878 0 10 0.5345 0.0000 0.0113 33.375 0.39 5.86 -5.46 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4173 0.5051 0.0777 1 1 0.4137 0.5042 0.0822 1 1 0.4085 0.5031 0.0884
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 856 233 623 105 0 12 1 115 0 0 622 1 0 0.4506 0.0000 0.0016 18.417 0.28 1.63 -1.35 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1114 0.5266 0.3619 1 1 0.1159 0.5245 0.3596 1 1 0.1219 0.5218 0.3563
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1270 311 959 153 0 19 1 138 0 0 954 0 5 0.4920 0.0000 0.0052 15.368 0.16 4.46 -4.30 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3083 0.5660 0.1258 1 1 0.3087 0.5610 0.1304 1 1 0.3088 0.5547 0.1365
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 559 119 440 113 0 3 0 3 0 0 440 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 38.667 0.14 2.00 -1.86 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1140 0.8860 0.0000 0 0 0.6865 0.3135 0.0000 0 0 0.8312 0.1688 0.0000
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 747 129 618 66 0 7 0 56 0 0 618 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 17.429 1.00 4.11 -3.11 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3587 0.5079 0.1334 1 1 0.3554 0.5072 0.1374 1 1 0.3510 0.5064 0.1426
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 864 154 710 0 0 14 0 140 0 0 685 0 25 0.0000 0.0000 0.0352 10.000 9.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0168 0.9832 2 2 0.0000 0.0188 0.9812
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 681 192 489 71 4 23 0 94 0 0 486 0 3 0.3698 0.0000 0.0061 7.348 0.28 3.02 -2.74 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0584 0.4275 0.5142 1 2 0.0624 0.4317 0.5059 1 2 0.0682 0.4372 0.4946
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 316 155 161 72 0 29 0 54 0 0 160 0 1 0.4645 0.0000 0.0062 4.345 0.47 4.06 -3.58 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4558 0.4594 0.0849 1 1 0.4489 0.4619 0.0892 1 1 0.4397 0.4652 0.0951
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 634 143 491 1 7 43 10 82 0 0 484 0 7 0.0070 0.0000 0.0143 2.326 0.00 4.95 -4.95 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9145 0.0855 2 1 0.0000 0.5939 0.4061
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 634 143 491 14 37 43 1 48 0 1 484 1 5 0.0979 0.0000 0.0143 2.326 4.00 7.50 -3.50 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1999 0.5293 0.2708 1 1 0.2022 0.5271 0.2707 1 1 0.2052 0.5243 0.2705
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 634 158 476 113 0 40 0 5 0 0 476 0 0 0.7152 0.0000 0.0000 2.950 4.42 5.20 -0.78 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 1 0.3657 0.6343 0.0000 0 0 0.7010 0.2990 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 209 79 130 73 0 2 0 4 0 0 130 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 38.500 0.47 3.25 -2.78 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0091 0.9909 0.0000 0 1 0.2963 0.7037 0.0000 0 0 0.5669 0.4331 0.0000
chr11 18105983 A ACCTCCT 0.500000 0.050 1 6 2 395 196 199 163 0 29 0 4 0 0 199 0 0 0.8316 0.0000 0.0000 5.759 1.34 6.00 -4.66 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0807 0.9193 0.0000 0 0 0.7933 0.2067 0.0000 0 0 0.9181 0.0819 0.0000
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 394 178 216 91 0 21 0 66 0 0 212 0 4 0.5112 0.0000 0.0185 7.476 0.60 3.35 -2.74 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5032 0.4338 0.0631 1 0 0.4951 0.4377 0.0672 1 0 0.4842 0.4428 0.0731
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.050 1 -12 1 301 67 234 1 0 3 0 63 0 0 228 0 6 0.0149 0.0000 0.0256 21.333 0.00 11.29 -11.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4741 0.5259 2 2 0.0000 0.2624 0.7376 2 2 0.0000 0.2172 0.7828
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 238 90 148 46 1 2 0 41 0 0 145 0 3 0.5111 0.0000 0.0203 44.000 0.43 6.41 -5.98 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2724 0.5250 0.2025 1 1 0.2722 0.5231 0.2047 1 1 0.2718 0.5208 0.2075
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 821 232 589 134 0 6 0 92 0 0 583 0 6 0.5776 0.0000 0.0102 37.667 0.36 3.34 -2.98 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6776 0.3032 0.0192 1 0 0.6660 0.3124 0.0217 1 0 0.6499 0.3248 0.0253
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1223 289 934 0 0 7 1 281 0 0 928 0 6 0.0000 0.0000 0.0064 40.286 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.050 1 -4 1 1196 264 932 155 1 19 0 89 0 0 927 0 5 0.5871 0.0000 0.0054 12.895 0.18 4.10 -3.92 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8859 0.1122 0.0019 1 0 0.8757 0.1219 0.0024 1 0 0.8608 0.1360 0.0032
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 59 29 30 2 0 0 0 27 0 0 29 0 1 0.0690 0.0000 0.0333 29.000 0.00 2.15 -2.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9282 0.0718 2 1 0.0000 0.6559 0.3441 2 1 0.0000 0.5180 0.4820
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 963 171 792 10 1 39 4 117 0 0 725 0 67 0.0585 0.0000 0.0846 3.333 0.20 6.03 -5.83 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8993 0.1007 2 2 0.0000 0.3389 0.6611
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 997 254 743 0 0 2 1 251 0 0 743 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 126.000 2.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0024 0.9976
chr11 75162709 GCACAGAAAA G 0.500000 0.050 1 -9 3 264 132 132 128 0 2 0 2 0 0 132 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 65.000 0.17 4.50 -4.33 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4891 0.5109 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 346 116 230 108 0 4 0 4 0 0 230 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 28.000 0.17 17.25 -17.08 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 1 0.4980 0.5020 0.0000 0 0 0.7507 0.2493 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 124 59 65 2 0 0 0 57 0 0 65 0 0 0.0339 0.0000 0.0000 59.000 0.50 2.95 -2.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8600 0.1400 2 2 0.0000 0.4820 0.5180 2 2 0.0000 0.3489 0.6511
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 576 159 417 81 0 2 0 76 0 0 414 0 3 0.5094 0.0000 0.0072 78.500 0.43 4.09 -3.66 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2485 0.5475 0.2039 1 1 0.2496 0.5439 0.2064 1 1 0.2510 0.5394 0.2096
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 720 96 624 95 0 0 0 1 0 0 624 0 0 0.9896 0.0000 0.0000 96.000 0.33 2.00 -1.67 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6817 0.3183 0.0000 0 0 0.8423 0.1577 0.0000 0 0 0.8705 0.1295 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1335 379 956 0 2 82 5 290 0 0 954 0 2 0.0000 0.0000 0.0021 3.573 7.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 826 248 578 103 1 33 0 111 0 0 577 0 1 0.4153 0.0000 0.0017 6.515 0.92 10.42 -9.50 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1418 0.5470 0.3112 1 1 0.1459 0.5434 0.3106 1 1 0.1514 0.5390 0.3097
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 293 117 176 65 0 7 0 45 0 0 176 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 15.714 0.11 7.62 -7.51 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5027 0.4278 0.0696 1 0 0.4939 0.4323 0.0738 1 0 0.4823 0.4381 0.0796
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 442 163 279 153 1 7 0 2 0 0 279 0 0 0.9387 0.0000 0.0000 26.000 0.36 6.00 -5.64 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6410 0.3590 0.0000 0 0 0.9194 0.0806 0.0000 0 0 0.9489 0.0511 0.0000
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 235 95 140 48 1 12 0 34 0 0 140 0 0 0.5053 0.0000 0.0000 6.917 0.15 3.12 -2.97 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4379 0.4624 0.0997 1 1 0.4312 0.4649 0.1039 1 1 0.4222 0.4681 0.1097
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 221 77 144 67 0 8 0 2 0 0 144 0 0 0.8701 0.0000 0.0000 8.625 0.27 4.00 -3.73 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1709 0.8291 0.0000 0 0 0.5785 0.4215 0.0000 0 0 0.7032 0.2968 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 456 123 333 2 0 15 1 105 0 0 333 0 0 0.0163 0.0000 0.0000 7.200 0.00 3.73 -3.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6447 0.3553 2 2 0.0000 0.2178 0.7822 2 2 0.0000 0.1421 0.8579
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 343 101 242 98 0 1 0 2 0 0 242 0 0 0.9703 0.0000 0.0000 100.000 1.77 1.50 0.27 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5411 0.4589 0.0000 0 0 0.8828 0.1172 0.0000 0 0 0.9270 0.0730 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 343 131 212 3 0 0 0 128 0 0 208 1 3 0.0229 0.0000 0.0189 131.000 1.67 1.92 -0.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7651 0.2349 2 2 0.0000 0.1642 0.8358 2 2 0.0000 0.0814 0.9186
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 563 148 415 9 1 25 2 111 0 0 404 0 11 0.0608 0.0000 0.0265 4.920 0.56 3.23 -2.67 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9792 0.0208 2 1 0.0000 0.7299 0.2701
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 582 132 450 128 0 2 0 2 0 0 450 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 65.000 0.63 3.00 -2.37 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8656 0.1344 0.0000 0 0 0.9761 0.0239 0.0000 0 0 0.9854 0.0146 0.0000
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 591 135 456 132 0 1 0 2 0 1 455 0 0 0.9778 0.0000 0.0022 134.000 0.64 3.00 -2.36 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8779 0.1221 0.0000 0 0 0.9787 0.0213 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 463 161 302 51 0 28 4 78 0 0 302 0 0 0.3168 0.0000 0.0000 4.926 0.61 3.09 -2.48 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0253 0.3079 0.6668 1 2 0.0280 0.3168 0.6552 1 2 0.0319 0.3289 0.6393
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 3686 902 2784 460 2 10 1 429 0 1 2773 0 10 0.5100 0.0000 0.0040 89.200 2.02 4.22 -2.20 84 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2381 0.7108 0.0511 1 1 0.2437 0.6992 0.0571 1 1 0.2499 0.6843 0.0658
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.050 1 3 3 178 62 116 1 0 6 0 55 0 0 114 0 2 0.0161 0.0000 0.0172 9.333 0.00 2.60 -2.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9055 0.0945 2 1 0.0000 0.7899 0.2101 2 1 0.0000 0.7441 0.2559
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 712 200 512 85 1 35 0 79 0 0 505 0 7 0.4250 0.0000 0.0137 4.714 0.18 7.81 -7.63 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4309 0.5524 0.0167 1 1 0.4347 0.5484 0.0169 1 1 0.4394 0.5435 0.0171
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.050 1 -5 3 708 197 511 107 8 4 10 68 0 0 511 0 0 0.5431 0.0000 0.0000 47.750 0.18 9.06 -8.88 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8226 0.1769 0.0005 1 0 0.8149 0.1845 0.0006 1 0 0.8042 0.1950 0.0007
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.050 1 -4 1 704 190 514 101 8 3 10 68 0 0 514 0 0 0.5316 0.0000 0.0000 62.333 0.22 9.06 -8.84 25 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7851 0.2140 0.0008 1 0 0.7778 0.2213 0.0009 1 0 0.7677 0.2312 0.0011
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 284 134 150 4 0 10 3 117 0 0 150 0 0 0.0299 0.0000 0.0000 12.400 2.00 4.16 -2.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9399 0.0601 2 2 0.0000 0.2610 0.7390 2 2 0.0000 0.1051 0.8949
chr12 40473230 AAC A 0.000006 0.050 1 -2 1 307 146 161 137 0 6 0 3 0 0 161 0 0 0.9384 0.0000 0.0000 23.333 0.13 2.33 -2.20 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1607 286 1321 7 0 130 1 148 0 0 1223 0 98 0.0245 0.0000 0.0742 1.192 0.86 5.03 -4.18 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9942 0.0058 2 2 0.0000 0.1846 0.8154 2 2 0.0000 0.0327 0.9673
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1167 303 864 3 0 71 0 229 0 0 855 0 9 0.0099 0.0000 0.0104 3.268 0.00 12.62 -12.62 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8687 0.1313 2 2 0.0000 0.2921 0.7079 2 2 0.0000 0.1667 0.8333
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 328 86 242 79 1 4 0 2 0 0 242 0 0 0.9186 0.0000 0.0000 20.500 0.08 2.00 -1.92 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4036 0.5964 0.0000 0 0 0.8135 0.1865 0.0000 0 0 0.8815 0.1185 0.0000
chr12 55365407 AT A 0.002763 0.050 1 -1 1 721 148 573 134 1 9 0 4 0 0 573 0 0 0.9054 0.0000 0.0000 15.444 0.22 1.25 -1.03 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9464 0.0536 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 253 78 175 8 41 21 4 4 0 0 174 1 0 0.1026 0.0000 0.0057 2.500 3.88 2.50 1.38 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.1639 0.8361 0.0000 0 1 0.4742 0.5258 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 143 58 85 29 0 4 0 25 0 0 84 0 1 0.5000 0.0000 0.0118 13.500 0.41 3.12 -2.71 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3368 0.5058 0.1574 1 1 0.3361 0.5050 0.1588 1 1 0.3351 0.5041 0.1608
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1127 309 818 0 0 37 0 272 0 0 816 0 2 0.0000 0.0000 0.0024 7.351 3.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 157 75 82 38 2 4 0 31 0 0 82 0 0 0.5067 0.0000 0.0000 17.750 0.11 1.03 -0.93 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4620 0.4595 0.0786 1 1 0.4586 0.4607 0.0806 1 1 0.4541 0.4625 0.0834
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 475 145 330 85 10 43 1 6 0 0 330 0 0 0.5862 0.0000 0.0000 2.349 0.44 2.50 -2.06 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1084 0.8916 0.0000 0 1 0.4403 0.5597 0.0000
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 494 124 370 46 0 9 0 69 0 0 370 0 0 0.3710 0.0000 0.0000 12.778 0.48 3.06 -2.58 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0559 0.4010 0.5431 1 2 0.0599 0.4069 0.5332 1 2 0.0655 0.4147 0.5198
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 376 98 278 0 0 9 2 87 0 0 276 0 2 0.0000 0.0000 0.0072 11.000 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0909 0.9091 2 2 0.0000 0.0948 0.9052 2 2 0.0000 0.1004 0.8996
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1883 636 1247 535 3 92 0 6 6 5 1223 3 10 0.8412 0.0048 0.0192 5.902 1.22 17.17 -15.95 147 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8294 0.1706 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 630 178 452 0 0 20 1 157 0 0 452 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.900 4.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 279 142 137 132 0 0 0 10 0 0 137 0 0 0.9296 0.0000 0.0000 142.000 0.61 2.40 -1.79 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0317 0.9683 0.0000 0 1 0.3659 0.6341 0.0000
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 234 88 146 40 0 9 0 39 0 0 146 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 8.778 0.23 5.77 -5.54 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2510 0.5237 0.2252 1 1 0.2515 0.5220 0.2266 1 1 0.2520 0.5197 0.2283
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 460 124 336 39 28 16 17 24 0 1 334 0 1 0.3145 0.0000 0.0060 6.188 2.31 4.29 -1.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6009 0.3576 0.0415 1 0 0.5892 0.3657 0.0451 1 0 0.5734 0.3763 0.0502
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 347 112 235 0 0 12 0 100 0 0 228 0 7 0.0000 0.0000 0.0298 8.333 5.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 321 87 234 0 0 5 0 82 0 0 223 0 11 0.0000 0.0000 0.0470 16.400 12.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0879 0.9121 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 718 188 530 0 1 24 0 163 0 0 502 0 28 0.0000 0.0000 0.0528 7.130 8.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr12 124402512 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 3 263 101 162 66 1 28 0 6 0 0 162 0 0 0.6535 0.0000 0.0000 2.607 0.62 7.67 -7.05 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0867 0.9133 0.0000 0 1 0.3490 0.6510 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 228 62 166 0 0 1 2 59 0 0 161 1 4 0.0000 0.0000 0.0301 60.000 9.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1611 0.8389 2 2 0.0000 0.1656 0.8344 2 2 0.0000 0.1720 0.8280
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 612 171 441 138 3 26 1 3 0 0 441 0 0 0.8070 0.0000 0.0000 5.577 0.68 2.00 -1.32 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1327 0.8673 0.0000 0 0 0.7504 0.2496 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.050 1 -1 2 340 181 159 89 0 32 1 59 0 0 159 0 0 0.4917 0.0000 0.0000 4.656 0.35 1.22 -0.87 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7588 0.2369 0.0043 1 0 0.7508 0.2444 0.0047 1 0 0.7399 0.2547 0.0054
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 181 69 112 34 0 4 0 31 0 0 112 0 0 0.4928 0.0000 0.0000 16.250 0.53 4.87 -4.34 24 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4994 0.4853 0.0153 1 0 0.4994 0.4852 0.0154 1 0 0.4993 0.4851 0.0157
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 653 169 484 71 0 34 0 64 1 2 476 1 4 0.4201 0.0021 0.0165 3.971 1.14 6.30 -5.16 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4604 0.5001 0.0396 1 1 0.4612 0.4985 0.0403 1 1 0.4620 0.4967 0.0413
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 682 99 583 0 0 10 1 88 0 0 577 0 6 0.0000 0.0000 0.0103 8.900 5.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0200 0.9800 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0224 0.9776
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 600 149 451 142 0 3 0 4 0 0 451 0 0 0.9530 0.0000 0.0000 48.667 0.80 4.75 -3.95 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0495 0.9505 0.0000 0 0 0.6965 0.3035 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1017 233 784 18 0 5 1 209 0 0 781 0 3 0.0773 0.0000 0.0038 45.400 0.00 1.90 -1.90 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.6411 0.3589
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 832 231 601 0 0 21 1 209 0 0 600 0 1 0.0000 0.0000 0.0017 10.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 411 107 304 0 0 1 0 106 0 0 295 0 9 0.0000 0.0000 0.0296 106.000 17.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0691 0.9309 2 2 0.0000 0.0729 0.9271 2 2 0.0000 0.0785 0.9215
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 419 87 332 47 0 4 0 36 0 0 332 0 0 0.5402 0.0000 0.0000 20.750 0.45 1.53 -1.08 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2543 0.5453 0.2004 1 1 0.2503 0.5440 0.2057 1 1 0.2450 0.5422 0.2128
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1250 318 932 21 0 14 0 283 0 0 921 0 11 0.0660 0.0000 0.0118 21.714 0.67 3.19 -2.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8821 0.1179
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 553 134 419 125 0 5 0 4 0 0 419 0 0 0.9328 0.0000 0.0000 25.800 0.38 3.00 -2.62 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0826 0.9174 0.0000 0 0 0.7999 0.2001 0.0000 0 0 0.9230 0.0770 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 547 137 410 5 4 17 1 110 0 0 406 0 4 0.0365 0.0000 0.0098 6.765 0.20 2.95 -2.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9961 0.0039 2 1 0.0000 0.6731 0.3269 2 2 0.0000 0.3209 0.6791
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 482 121 361 0 0 10 0 111 0 0 360 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 11.100 5.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1339 0.8661 2 2 0.0000 0.1406 0.8594 2 2 0.0000 0.1502 0.8498
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 612 177 435 5 0 15 5 152 0 0 435 0 0 0.0282 0.0000 0.0000 10.667 0.80 3.42 -2.62 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.8996 0.1004 2 1 0.0000 0.6943 0.3057
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 735 194 541 2 11 22 9 150 1 0 540 0 0 0.0103 0.0018 0.0018 23.857 0.00 3.95 -3.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9519 0.0481 2 2 0.0000 0.3938 0.6062 2 2 0.0000 0.1509 0.8491
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 731 191 540 2 1 24 9 155 0 1 538 1 0 0.0105 0.0000 0.0037 8.050 0.00 3.98 -3.98 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5918 0.4082 2 2 0.0000 0.0870 0.9130 2 2 0.0000 0.0384 0.9616
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 314 54 260 17 5 6 2 24 0 0 258 0 2 0.3148 0.0000 0.0077 11.750 3.24 3.58 -0.35 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2444 0.5232 0.2325 1 1 0.2471 0.5219 0.2309 1 1 0.2507 0.5204 0.2289
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 325 57 268 23 2 5 1 26 0 0 267 0 1 0.4035 0.0000 0.0037 12.750 2.09 4.38 -2.30 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2655 0.5224 0.2122 1 1 0.2675 0.5210 0.2115 1 1 0.2702 0.5193 0.2105
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 318 87 231 42 1 0 0 44 0 1 227 0 3 0.4828 0.0000 0.0173 87.000 0.31 1.30 -0.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3939 0.5591 0.0470 1 1 0.3973 0.5559 0.0468 1 1 0.4017 0.5518 0.0466
chr14 33800596 C CGGCGGG 0.000513 0.050 1 6 2 598 126 472 102 4 16 0 4 0 0 472 0 0 0.8095 0.0000 0.0000 6.812 1.09 6.00 -4.91 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9763 0.0237 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 666 157 509 0 2 27 3 125 0 0 495 0 14 0.0000 0.0000 0.0275 4.778 7.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0096 0.9904
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.050 1 -3 2 733 196 537 0 3 36 151 6 0 0 529 8 0 0.0000 0.0000 0.0149 4.429 3.17 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2814 0.7186 2 2 0.0000 0.1892 0.8108 2 2 0.0000 0.1682 0.8318
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 735 202 533 0 0 36 5 161 0 0 524 0 9 0.0000 0.0000 0.0169 4.686 7.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr14 73522668 CG C 0.000052 0.050 1 -1 3 635 175 460 89 0 2 0 84 0 0 459 0 1 0.5086 0.0000 0.0022 86.500 0.33 1.32 -1.00 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4963 0.5037 0.0000 1 1 0.4984 0.5016 0.0000 1 0 0.5009 0.4991 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 443 121 322 42 1 17 3 58 0 0 321 1 0 0.3471 0.0000 0.0031 6.000 1.55 4.83 -3.28 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1031 0.4811 0.4158 1 1 0.1084 0.4839 0.4077 1 1 0.1158 0.4874 0.3968
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 428 103 325 38 2 2 11 50 1 1 322 0 1 0.3689 0.0031 0.0092 96.000 1.32 5.00 -3.68 16 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0874 0.4557 0.4569 1 1 0.0923 0.4595 0.4482 1 1 0.0991 0.4644 0.4366
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 513 163 350 136 2 20 0 5 1 0 349 0 0 0.8344 0.0029 0.0029 7.150 0.41 3.60 -3.19 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.3769 0.6231 0.0000 0 0 0.7073 0.2927 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 380 117 263 73 0 1 0 43 0 0 261 0 2 0.6239 0.0000 0.0076 116.000 0.48 8.88 -8.40 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6663 0.3086 0.0251 1 0 0.6557 0.3168 0.0275 1 0 0.6412 0.3278 0.0309
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 174 71 103 65 0 4 0 2 0 0 103 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 16.750 0.20 3.00 -2.80 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5757 0.4243 0.0000 0 0 0.9004 0.0996 0.0000 0 0 0.9399 0.0601 0.0000
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 633 137 496 65 0 4 0 68 0 0 494 0 2 0.4745 0.0000 0.0040 33.250 0.29 2.87 -2.58 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2739 0.5634 0.1627 1 1 0.2781 0.5597 0.1621 1 1 0.2837 0.5551 0.1613
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 264 78 186 7 0 11 0 60 0 0 179 0 7 0.0897 0.0000 0.0376 6.091 0.14 8.73 -8.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9638 0.0362 2 1 0.0000 0.7780 0.2220
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 439 127 312 48 0 15 0 64 0 0 311 0 1 0.3780 0.0000 0.0032 7.467 0.44 4.23 -3.80 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1506 0.5493 0.3002 1 1 0.1571 0.5492 0.2936 1 1 0.1661 0.5490 0.2850
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.050 1 -6 1 3759 594 3165 176 9 97 11 301 55 73 2859 122 56 0.2963 0.0174 0.0967 5.301 1.77 5.95 -4.18 84 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0040 0.9960 1 2 0.0000 0.0052 0.9948 1 2 0.0000 0.0074 0.9926
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 306 88 218 36 0 9 2 41 0 1 217 0 0 0.4091 0.0000 0.0046 8.778 2.44 4.34 -1.90 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2929 0.5574 0.1496 1 1 0.2970 0.5547 0.1483 1 1 0.3024 0.5511 0.1465
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.050 1 -4 5 313 64 249 36 0 2 0 26 0 0 249 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 31.000 0.83 4.23 -3.40 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4938 0.4407 0.0655 1 0 0.4897 0.4429 0.0674 1 0 0.4842 0.4457 0.0701
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 721 114 607 0 0 3 1 110 0 6 533 51 17 0.0000 0.0000 0.1219 55.500 3.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2156 606 1550 0 0 16 3 587 0 1 1521 9 19 0.0000 0.0000 0.0187 42.143 4.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 507 131 376 30 0 0 0 101 0 0 375 0 1 0.2290 0.0000 0.0027 131.000 0.03 1.96 -1.93 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0012 0.0818 0.9170 1 2 0.0016 0.0921 0.9063 2 1 0.0003 0.8814 0.1183
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 220 82 138 2 0 3 48 29 0 0 135 0 3 0.0244 0.0000 0.0217 16.000 1.50 1.48 0.02 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.8892 0.1108 2 1 0.0000 0.5640 0.4360 2 2 0.0000 0.4323 0.5677
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 220 84 136 2 0 33 2 47 0 0 135 1 0 0.0238 0.0000 0.0074 1.594 1.50 2.70 -1.20 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8092 0.1908 2 2 0.0000 0.3877 0.6123 2 2 0.0000 0.2653 0.7347
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 700 152 548 50 3 35 3 61 0 1 544 1 2 0.3289 0.0000 0.0073 3.314 0.78 4.28 -3.50 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0612 0.4367 0.5021 1 2 0.0638 0.4389 0.4973 1 2 0.0674 0.4418 0.4908
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 448 163 285 83 0 2 0 78 0 0 284 0 1 0.5092 0.0000 0.0035 80.500 1.65 2.36 -0.71 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3530 0.5287 0.1182 1 1 0.3538 0.5259 0.1203 1 1 0.3545 0.5225 0.1230
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 515 158 357 82 0 9 2 65 0 0 351 0 6 0.5190 0.0000 0.0168 16.556 0.20 4.74 -4.54 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4118 0.4946 0.0936 1 1 0.4098 0.4938 0.0964 1 1 0.4070 0.4928 0.1002
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 129 56 73 2 0 2 0 52 0 0 73 0 0 0.0357 0.0000 0.0000 27.000 0.00 3.19 -3.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8877 0.1123 2 1 0.0000 0.5412 0.4588 2 2 0.0000 0.4034 0.5966
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 295 147 148 78 1 0 0 68 0 0 145 0 3 0.5306 0.0000 0.0203 146.000 0.41 3.31 -2.90 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2716 0.5448 0.1836 1 1 0.2701 0.5420 0.1879 1 1 0.2678 0.5385 0.1936
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 480 130 350 49 1 8 4 68 1 0 346 0 3 0.3769 0.0029 0.0114 15.250 0.69 5.03 -4.34 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0388 0.3616 0.5996 1 2 0.0418 0.3682 0.5900 1 2 0.0462 0.3769 0.5770
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 416 155 261 152 0 1 0 2 0 0 261 0 0 0.9806 0.0000 0.0000 154.000 0.88 3.00 -2.12 64 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8155 0.1845 0.0000 0 0 0.9657 0.0343 0.0000 0 0 0.9787 0.0213 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 862 198 664 0 0 39 2 157 0 0 641 0 23 0.0000 0.0000 0.0346 4.077 16.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0169 0.9831
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 368 118 250 0 0 2 0 116 0 0 238 0 12 0.0000 0.0000 0.0480 58.000 7.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 344 115 229 67 0 3 0 45 0 0 228 0 1 0.5826 0.0000 0.0044 37.333 0.37 2.27 -1.89 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5045 0.4270 0.0685 1 0 0.4953 0.4319 0.0728 1 0 0.4830 0.4381 0.0789
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 600 202 398 86 5 39 7 65 0 0 395 0 3 0.4257 0.0000 0.0075 4.179 2.51 3.08 -0.57 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5910 0.3880 0.0210 1 0 0.5868 0.3910 0.0222 1 0 0.5811 0.3951 0.0238
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 601 210 391 101 2 99 0 8 0 0 391 0 0 0.4810 0.0000 0.0000 1.101 2.33 6.00 -3.67 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1286 0.8714 0.0000 0 0 0.5934 0.4066 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 38 17 21 0 0 1 0 16 0 0 21 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 1.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7397 0.2602 2 1 0.0000 0.7413 0.2587 2 1 0.0001 0.7434 0.2566
chr16 805517 GGCAGCT G 0.053997 0.050 1 -6 4 412 137 275 130 0 3 0 4 0 0 275 0 0 0.9489 0.0000 0.0000 44.667 0.38 6.25 -5.87 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4024 0.5976 0.0000 0 0 0.9676 0.0324 0.0000 0 0 0.9889 0.0111 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1234 223 1011 111 1 2 2 107 0 0 1011 0 0 0.4978 0.0000 0.0000 110.500 0.85 1.53 -0.69 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3824 0.5429 0.0747 1 1 0.3850 0.5388 0.0761 1 1 0.3882 0.5338 0.0780
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 606 104 502 89 2 10 0 3 1 0 501 0 0 0.8558 0.0020 0.0020 9.400 1.27 5.67 -4.40 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2593 0.7407 0.0000 0 0 0.8577 0.1423 0.0000 0 0 0.9322 0.0678 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 474 96 378 0 1 1 1 93 0 0 377 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 94.000 6.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 474 96 378 0 1 1 1 93 0 0 377 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 94.000 6.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.050 1 -1 2 573 194 379 187 0 3 0 4 1 0 378 0 0 0.9639 0.0026 0.0026 63.667 0.39 1.25 -0.86 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7449 0.2551 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 414 99 315 1 0 2 0 96 0 0 313 0 2 0.0101 0.0000 0.0063 48.500 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2153 0.7847 2 2 0.0000 0.0990 0.9010 2 2 0.0000 0.0804 0.9196
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 1838 440 1398 176 0 139 0 125 0 0 1371 0 27 0.4000 0.0000 0.0193 2.165 1.27 5.07 -3.80 108 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6602 0.3343 0.0055 1 0 0.6566 0.3374 0.0060 1 0 0.6515 0.3418 0.0067
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 206 56 150 0 0 1 0 55 0 0 150 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 55.000 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 15873504 T TCTA 0.057892 0.050 1 3 2 115 43 72 21 0 1 0 21 0 0 72 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 42.000 0.24 2.86 -2.62 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4590 0.5128 0.0282 1 1 0.4599 0.5119 0.0283 1 1 0.4610 0.5106 0.0283
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 422 258 164 86 0 3 1 168 0 1 163 0 0 0.3333 0.0000 0.0061 85.000 0.43 1.21 -0.78 34 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0026 0.2243 0.7731 1 2 0.0035 0.2480 0.7485 1 2 0.0050 0.2818 0.7133
chr16 30759194 CCA C 0.000378 0.050 1 -2 2 764 149 615 88 0 2 0 59 0 0 612 0 3 0.5906 0.0000 0.0049 73.500 0.22 2.51 -2.29 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7506 0.2494 0.0000 1 0 0.7438 0.2561 0.0000 1 0 0.7346 0.2653 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 161 79 82 77 0 1 0 1 0 0 82 0 0 0.9747 0.0000 0.0000 78.000 0.32 2.00 -1.68 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5828 0.4172 0.0000 0 0 0.7747 0.2253 0.0000 0 0 0.8138 0.1862 0.0000
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 312 133 179 85 0 1 0 47 0 0 177 0 2 0.6391 0.0000 0.0112 132.000 0.49 9.57 -9.08 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6991 0.2806 0.0203 1 0 0.6860 0.2912 0.0228 1 0 0.6681 0.3054 0.0266
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 312 135 177 87 0 1 0 47 0 0 173 1 3 0.6444 0.0000 0.0226 134.000 0.49 9.57 -9.08 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7005 0.2796 0.0199 1 0 0.6875 0.2901 0.0224 1 0 0.6695 0.3043 0.0261
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 436 101 335 32 10 18 7 34 0 0 334 0 1 0.3168 0.0000 0.0030 4.471 1.06 2.15 -1.08 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2266 0.5237 0.2497 1 1 0.2279 0.5219 0.2502 1 1 0.2295 0.5197 0.2508
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 273 121 152 4 0 17 0 100 0 0 152 0 0 0.0331 0.0000 0.0000 6.118 0.25 7.78 -7.53 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.5511 0.4489 2 2 0.0000 0.2869 0.7131
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 2 633 140 493 56 58 19 0 7 0 0 493 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 7.500 0.68 3.14 -2.46 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1357 0.8643 0.0000 0 0 0.5354 0.4646 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 330 104 226 52 0 5 0 47 0 0 214 0 12 0.5000 0.0000 0.0531 19.800 0.27 12.47 -12.20 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1604 0.5192 0.3204 1 1 0.1637 0.5177 0.3185 1 1 0.1682 0.5159 0.3159
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 240 105 135 60 0 0 0 45 0 0 134 0 1 0.5714 0.0000 0.0074 105.000 0.78 4.40 -3.62 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4184 0.4768 0.1048 1 1 0.4127 0.4782 0.1090 1 1 0.4050 0.4802 0.1148
chr16 85656394 CGAGCGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 460 104 356 88 0 12 0 4 0 0 356 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 7.667 1.08 3.50 -2.42 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0132 0.9868 0.0000 0 1 0.3774 0.6226 0.0000 0 0 0.6510 0.3490 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 463 140 323 104 1 30 0 5 0 0 323 0 0 0.7429 0.0000 0.0000 3.667 0.61 4.20 -3.59 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.3222 0.6778 0.0000 0 0 0.6598 0.3402 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 668 159 509 0 1 0 12 146 0 0 490 2 17 0.0000 0.0000 0.0373 158.000 8.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0161 0.9839
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 664 154 510 0 0 6 13 135 0 0 488 9 13 0.0000 0.0000 0.0431 24.167 8.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0168 0.9832
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 667 155 512 0 0 4 3 148 0 4 484 5 19 0.0000 0.0000 0.0547 75.500 8.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1256 0.8744 2 2 0.0000 0.0546 0.9454 2 2 0.0000 0.0382 0.9618
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 848 167 681 0 0 9 2 156 0 0 677 0 4 0.0000 0.0000 0.0059 17.444 7.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0181 0.9819 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 146 69 77 0 0 3 1 65 0 0 75 0 2 0.0000 0.0000 0.0260 22.000 4.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1638 0.8362
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.050 1 3 3 563 136 427 74 0 15 1 46 0 0 421 0 6 0.5441 0.0000 0.0141 8.067 0.51 3.02 -2.51 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5129 0.4231 0.0640 1 0 0.5041 0.4278 0.0681 1 0 0.4922 0.4339 0.0739
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 944 244 700 217 1 16 0 10 0 1 699 0 0 0.8893 0.0000 0.0014 14.188 0.49 3.40 -2.91 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4879 0.5121 0.0000 0 0 0.9406 0.0594 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 387 131 256 69 0 6 0 56 0 0 256 0 0 0.5267 0.0000 0.0000 20.833 1.46 1.14 0.32 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2838 0.5475 0.1687 1 1 0.2793 0.5462 0.1745 1 1 0.2734 0.5443 0.1823
chr17 4672027 GGGAGGCAGAGCT G 0.002026 0.050 1 -12 5 717 189 528 108 0 13 1 67 0 0 524 1 3 0.5714 0.0000 0.0076 13.538 1.06 11.99 -10.93 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8261 0.1739 0.0000 1 0 0.8185 0.1815 0.0001 1 0 0.8079 0.1920 0.0001
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 783 213 570 11 2 34 3 163 0 0 560 0 10 0.0516 0.0000 0.0175 5.265 0.73 3.18 -2.46 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9750 0.0250 2 2 0.0000 0.4899 0.5101
chr17 7846859 TACC T 0.005966 0.050 1 -3 2 1353 418 935 252 41 101 16 8 1 1 931 2 0 0.6029 0.0011 0.0043 3.160 5.82 4.50 1.32 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0229 0.9771 0.0000 0 0 0.9521 0.0479 0.0000
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.050 1 -6 2 1354 424 930 295 14 99 0 16 0 0 928 0 2 0.6958 0.0000 0.0022 3.316 5.61 6.44 -0.83 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1156 0.8844 0.0000 0 0 0.9562 0.0438 0.0000
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.050 1 -6 1 1021 286 735 220 1 51 0 14 0 1 733 0 1 0.7692 0.0000 0.0027 4.700 0.77 5.93 -5.16 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0924 0.9076 0.0000 0 0 0.8799 0.1201 0.0000
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 579 143 436 3 1 6 0 133 0 0 434 0 2 0.0210 0.0000 0.0046 22.667 0.00 3.07 -3.07 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8332 0.1668 2 2 0.0000 0.2262 0.7738 2 2 0.0000 0.1151 0.8849
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 414 115 299 50 0 8 0 57 0 0 297 1 1 0.4348 0.0000 0.0067 13.375 0.44 7.88 -7.44 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1446 0.5102 0.3452 1 1 0.1483 0.5094 0.3423 1 1 0.1532 0.5084 0.3384
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 484 178 306 1 0 28 10 139 0 0 302 3 1 0.0056 0.0000 0.0131 5.357 0.00 2.95 -2.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0981 0.9019 2 2 0.0000 0.0429 0.9571 2 2 0.0000 0.0357 0.9643
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 944 237 707 23 2 31 80 101 0 0 704 3 0 0.0970 0.0000 0.0042 6.767 0.26 4.25 -3.99 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9900 0.0100
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 942 233 709 20 28 80 10 95 0 0 709 0 0 0.0858 0.0000 0.0000 37.500 0.30 4.11 -3.81 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0229 0.9770 1 2 0.0001 0.3804 0.6195 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 801 206 595 95 0 12 0 99 1 0 591 0 3 0.4612 0.0017 0.0067 16.167 0.48 4.08 -3.60 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1603 0.5495 0.2902 1 1 0.1640 0.5457 0.2902 1 1 0.1689 0.5411 0.2900
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 107 62 45 39 0 0 0 23 0 0 44 0 1 0.6290 0.0000 0.0222 62.000 0.13 1.22 -1.09 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4433 0.4561 0.1006 1 1 0.4361 0.4591 0.1048 1 1 0.4266 0.4629 0.1105
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 921 239 682 112 2 37 0 88 2 4 662 2 12 0.4686 0.0029 0.0293 5.459 1.84 11.72 -9.88 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4402 0.4825 0.0773 1 1 0.4351 0.4833 0.0817 1 1 0.4280 0.4843 0.0877
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 631 129 502 58 1 14 3 53 0 2 490 3 7 0.4496 0.0000 0.0239 8.143 0.84 7.15 -6.31 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1748 0.5299 0.2953 1 1 0.1779 0.5277 0.2945 1 1 0.1819 0.5248 0.2933
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.050 1 -13 1 1113 243 870 131 0 6 0 106 1 0 855 0 14 0.5391 0.0011 0.0172 39.500 0.15 11.55 -11.39 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3560 0.5353 0.1087 1 1 0.3543 0.5325 0.1132 1 1 0.3517 0.5290 0.1193
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 631 187 444 88 0 31 0 68 0 0 428 0 16 0.4706 0.0000 0.0360 5.032 0.19 14.04 -13.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2704 0.5475 0.1821 1 1 0.2709 0.5440 0.1852 1 1 0.2713 0.5395 0.1892
chr17 42666669 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 977 239 738 227 0 3 0 9 0 0 738 0 0 0.9498 0.0000 0.0000 78.667 0.95 1.67 -0.72 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3995 0.6005 0.0000 0 0 0.8907 0.1093 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1771 328 1443 169 0 3 1 155 0 0 1440 0 3 0.5152 0.0000 0.0021 108.333 0.42 3.47 -3.05 73 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3132 0.5703 0.1165 1 1 0.3138 0.5650 0.1212 1 1 0.3141 0.5583 0.1276
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 690 189 501 154 3 22 2 8 0 0 501 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 7.591 0.94 3.38 -2.43 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0591 0.9409 0.0000 0 0 0.5147 0.4853 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 244 79 165 39 0 3 0 37 0 0 162 1 2 0.4937 0.0000 0.0182 25.333 0.08 4.68 -4.60 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2287 0.5238 0.2475 1 1 0.2299 0.5220 0.2481 1 1 0.2315 0.5198 0.2487
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 506 116 390 47 0 22 0 47 0 0 385 0 5 0.4052 0.0000 0.0128 4.273 0.38 7.77 -7.38 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1808 0.5227 0.2965 1 1 0.1836 0.5209 0.2954 1 1 0.1873 0.5188 0.2939
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1001 255 746 242 1 6 0 6 0 0 745 0 1 0.9490 0.0000 0.0013 41.333 0.19 3.17 -2.97 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 0 0.7883 0.2117 0.0000 0 0 0.9616 0.0384 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 426 149 277 62 0 23 0 64 0 0 276 0 1 0.4161 0.0000 0.0036 5.478 0.66 5.75 -5.09 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1978 0.5360 0.2662 1 1 0.2003 0.5333 0.2664 1 1 0.2035 0.5299 0.2666
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 374 146 228 58 0 11 0 77 0 0 228 0 0 0.3973 0.0000 0.0000 12.273 0.29 6.64 -6.34 20 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0736 0.4444 0.4820 1 2 0.0779 0.4478 0.4743 1 2 0.0838 0.4522 0.4640
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.050 1 -2 2 165 54 111 21 1 1 0 31 0 0 110 0 1 0.3889 0.0000 0.0090 53.000 0.10 2.77 -2.68 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1390 0.4870 0.3740 1 1 0.1426 0.4879 0.3694 1 1 0.1475 0.4891 0.3634
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.050 1 -4 3 209 72 137 40 0 3 0 29 0 0 135 0 2 0.5556 0.0000 0.0146 23.000 0.65 3.86 -3.21 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3561 0.4977 0.1462 1 1 0.3524 0.4978 0.1498 1 1 0.3475 0.4980 0.1545
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 577 115 462 50 0 13 1 51 0 0 453 0 9 0.4348 0.0000 0.0195 7.846 0.56 8.27 -7.71 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1263 0.4985 0.3752 1 1 0.1303 0.4985 0.3712 1 1 0.1356 0.4986 0.3658
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2511 500 2011 3 7 85 18 387 0 2 1982 7 20 0.0060 0.0000 0.0144 4.821 7.00 7.09 -0.09 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4540 0.5460 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2424 645 1779 1 0 42 4 598 0 0 1601 27 151 0.0016 0.0000 0.1001 14.310 6.00 4.68 1.32 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 275 116 159 48 0 15 0 53 0 0 156 0 3 0.4138 0.0000 0.0189 6.733 0.35 5.74 -5.38 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1520 0.5127 0.3353 1 1 0.1555 0.5117 0.3328 1 1 0.1602 0.5105 0.3293
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.050 1 3 2 1699 417 1282 189 14 69 4 141 0 1 1275 0 6 0.4532 0.0000 0.0055 5.118 0.50 3.48 -2.98 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8114 0.1842 0.0044 1 0 0.8002 0.1945 0.0053 1 0 0.7844 0.2088 0.0068
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 626 176 450 73 0 3 1 99 0 0 447 0 3 0.4148 0.0000 0.0067 57.667 0.30 3.31 -3.01 35 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0319 0.3488 0.6193 1 2 0.0352 0.3567 0.6081 1 2 0.0398 0.3673 0.5928
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 465 112 353 48 1 9 0 54 0 0 353 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 11.444 0.92 6.04 -5.12 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3355 0.5705 0.0940 1 1 0.3397 0.5668 0.0934 1 1 0.3453 0.5621 0.0926
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 254 112 142 0 0 1 0 111 0 0 138 0 4 0.0000 0.0000 0.0282 111.000 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 360 86 274 37 2 6 0 41 1 0 266 0 7 0.4302 0.0036 0.0292 13.167 1.43 9.95 -8.52 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2661 0.5672 0.1667 1 1 0.2711 0.5643 0.1646 1 1 0.2777 0.5605 0.1618
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 168 73 95 6 0 1 0 66 0 0 95 0 0 0.0822 0.0000 0.0000 72.000 0.00 5.27 -5.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8994 0.1006 2 1 0.0000 0.6127 0.3873
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 155 69 86 35 0 0 0 34 0 0 85 0 1 0.5072 0.0000 0.0116 69.000 0.34 3.21 -2.86 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5214 0.2393 1 1 0.2401 0.5198 0.2401 1 1 0.2411 0.5177 0.2411
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 300 137 163 0 0 1 0 136 0 0 161 0 2 0.0000 0.0000 0.0123 136.000 3.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0322 0.9678 2 2 0.0000 0.0353 0.9647
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 532 147 385 68 1 6 0 72 0 0 385 0 0 0.4626 0.0000 0.0000 23.500 1.34 10.04 -8.70 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1958 0.5402 0.2640 1 1 0.1984 0.5372 0.2644 1 1 0.2018 0.5334 0.2649
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 245 140 105 74 0 4 0 62 1 0 104 0 0 0.5286 0.0095 0.0095 34.000 0.39 3.19 -2.80 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3968 0.4934 0.1098 1 1 0.3923 0.4937 0.1140 1 1 0.3861 0.4941 0.1198
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 864 211 653 129 0 3 0 79 0 0 648 0 5 0.6114 0.0000 0.0077 69.333 0.18 13.75 -13.57 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7739 0.2170 0.0090 1 0 0.7614 0.2281 0.0106 1 0 0.7438 0.2433 0.0129
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 404 67 337 29 2 10 1 25 0 0 335 1 1 0.4328 0.0000 0.0059 5.700 3.48 4.60 -1.12 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2774 0.5153 0.2073 1 1 0.2767 0.5142 0.2091 1 1 0.2757 0.5127 0.2115
chr18 68691277 TAA T 0.500000 0.050 1 -2 2 94 46 48 19 0 1 0 26 0 0 47 0 1 0.4130 0.0000 0.0208 45.000 0.11 2.77 -2.66 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1575 0.4950 0.3475 1 1 0.1608 0.4953 0.3439 1 1 0.1650 0.4958 0.3392
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 190 89 101 0 0 3 0 86 0 0 98 0 3 0.0000 0.0000 0.0297 28.667 2.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 150 70 80 2 0 3 0 65 0 0 77 0 3 0.0286 0.0000 0.0375 22.333 1.00 3.20 -2.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8253 0.1747 2 2 0.0000 0.4155 0.5845 2 2 0.0000 0.2918 0.7082
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 293 57 236 1 0 6 1 49 0 0 230 2 4 0.0175 0.0000 0.0254 8.500 1.00 1.80 -0.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5538 0.4462 2 2 0.0000 0.3334 0.6666 2 2 0.0000 0.2792 0.7208
chr18 79715187 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 686 141 545 120 4 15 1 1 1 0 544 0 0 0.8511 0.0018 0.0018 8.400 0.33 3.00 -2.67 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7308 0.2692 0.0000 0 0 0.8868 0.1132 0.0000 0 0 0.9151 0.0849 0.0000
chr19 615946 C CCCGCCGCCG 0.000124 0.050 1 9 2 397 127 270 99 0 24 0 4 0 0 270 0 0 0.7795 0.0000 0.0000 4.292 0.44 10.00 -9.56 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9930 0.0070 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 508 116 392 63 3 8 1 41 0 0 388 0 4 0.5431 0.0000 0.0102 13.500 0.49 3.29 -2.80 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6719 0.3184 0.0097 1 0 0.6655 0.3241 0.0103 1 0 0.6569 0.3319 0.0112
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 159 64 95 36 0 0 1 27 0 0 95 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 64.000 1.06 4.74 -3.69 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4794 0.4548 0.0659 1 0 0.4764 0.4562 0.0675 1 0 0.4723 0.4580 0.0696
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 248 130 118 65 1 2 0 62 0 0 117 0 1 0.5000 0.0000 0.0085 64.000 0.18 3.18 -2.99 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3980 0.5171 0.0849 1 1 0.3989 0.5150 0.0861 1 1 0.3999 0.5125 0.0876
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 313 124 189 0 0 17 53 54 0 0 186 1 2 0.0000 0.0000 0.0159 6.625 4.43 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0652 0.9348 2 2 0.0000 0.0687 0.9313 2 2 0.0000 0.0738 0.9262
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 313 133 180 61 3 15 1 53 0 0 178 0 2 0.4586 0.0000 0.0111 7.867 3.93 13.28 -9.35 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4825 0.4644 0.0532 1 0 0.4806 0.4647 0.0546 1 0 0.4780 0.4653 0.0566
chr19 6381032 GTCT G 0.000040 0.050 1 -3 1 819 218 601 186 3 23 1 5 0 0 601 0 0 0.8532 0.0000 0.0000 8.435 0.49 4.60 -4.11 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9948 0.0052 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 696 188 508 92 1 14 0 81 0 0 507 0 1 0.4894 0.0000 0.0020 12.429 0.64 11.41 -10.77 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4637 0.4716 0.0647 1 1 0.4614 0.4715 0.0671 1 1 0.4581 0.4715 0.0704
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 309 83 226 42 0 6 0 35 0 0 222 0 4 0.5060 0.0000 0.0177 12.833 0.12 5.37 -5.25 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3639 0.5091 0.1271 1 1 0.3636 0.5079 0.1285 1 1 0.3633 0.5064 0.1303
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 860 304 556 232 5 39 1 27 0 0 554 1 1 0.7632 0.0000 0.0036 6.795 0.53 3.15 -2.61 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0084 0.9916 0.0000
chr19 13207858 C CCTG 0.039345 0.050 1 3 1 371 120 251 47 47 23 0 3 0 1 250 0 0 0.3917 0.0000 0.0040 4.409 0.60 3.00 -2.40 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6714 0.3286 0.0000 0 0 0.9722 0.0278 0.0000 0 0 0.9876 0.0124 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.050 1 -18 1 372 128 244 74 0 7 0 47 0 0 237 1 6 0.5781 0.0000 0.0287 17.286 1.65 12.23 -10.59 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6719 0.3194 0.0087 1 0 0.6658 0.3249 0.0093 1 0 0.6575 0.3324 0.0101
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 601 104 497 0 0 1 1 102 0 0 493 0 4 0.0000 0.0000 0.0080 103.000 2.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 106 42 64 0 0 1 0 41 0 0 63 0 1 0.0000 0.0000 0.0156 41.000 3.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5696 0.4304 2 1 0.0000 0.5748 0.4252 2 1 0.0000 0.5819 0.4181
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 906 200 706 0 0 4 1 195 0 0 645 16 45 0.0000 0.0000 0.0864 49.000 2.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 759 177 582 101 0 5 1 70 0 0 580 0 2 0.5706 0.0000 0.0034 34.400 0.09 3.01 -2.93 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7433 0.2522 0.0045 1 0 0.7359 0.2592 0.0049 1 0 0.7257 0.2687 0.0056
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 344 101 243 36 0 14 1 50 0 0 243 0 0 0.3564 0.0000 0.0000 6.143 0.36 2.84 -2.48 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0274 0.3802 0.5924 1 2 0.0287 0.3843 0.5869 1 2 0.0306 0.3899 0.5796
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 600 152 448 70 1 6 3 72 0 0 446 0 2 0.4605 0.0000 0.0045 24.167 0.37 3.08 -2.71 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0819 0.5039 0.4142 1 1 0.0837 0.5023 0.4140 1 1 0.0860 0.5004 0.4136
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 456 178 278 120 0 20 1 37 0 0 257 0 21 0.6742 0.0000 0.0755 7.900 2.95 27.89 -24.94 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9315 0.0680 0.0004 1 0 0.9248 0.0746 0.0006 1 0 0.9150 0.0842 0.0007
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 453 143 310 30 2 12 14 85 0 0 307 0 3 0.2098 0.0000 0.0097 11.818 0.17 3.92 -3.75 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0062 0.2655 0.7283 1 2 0.0078 0.2895 0.7027 1 1 0.0071 0.5433 0.4496
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.050 1 -3 1 730 182 548 167 0 9 0 6 0 0 548 0 0 0.9176 0.0000 0.0000 19.222 0.32 4.00 -3.68 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0752 0.9248 0.0000 0 0 0.9606 0.0394 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 603 162 441 144 0 14 0 4 0 0 441 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 10.571 1.04 6.25 -5.21 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4899 0.5101 0.0000 0 0 0.9769 0.0231 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 249 38 211 0 0 2 31 5 0 0 211 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.000 5.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1028 0.8972 2 2 0.0000 0.1045 0.8955 2 2 0.0000 0.1068 0.8932
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 249 36 213 0 0 22 14 0 0 0 213 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.533 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1409 0.8591 2 2 0.0000 0.1423 0.8577 2 2 0.0000 0.1441 0.8559
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 474 146 328 72 3 7 1 63 0 0 328 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 22.500 0.26 6.00 -5.74 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3401 0.5195 0.1404 1 1 0.3367 0.5184 0.1449 1 1 0.3320 0.5171 0.1509
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 534 176 358 98 0 2 1 75 0 0 355 0 3 0.5568 0.0000 0.0084 87.000 0.30 1.97 -1.68 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6093 0.3676 0.0231 1 0 0.6037 0.3716 0.0246 1 0 0.5961 0.3771 0.0268
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.050 1 -1 1 544 124 420 71 0 0 0 53 0 0 419 0 1 0.5726 0.0000 0.0024 124.000 0.35 2.98 -2.63 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6468 0.3456 0.0076 1 0 0.6418 0.3502 0.0080 1 0 0.6350 0.3563 0.0086
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 553 157 396 72 0 2 1 82 0 0 396 0 0 0.4586 0.0000 0.0000 77.500 0.21 3.06 -2.85 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0849 0.4812 0.4339 1 1 0.0879 0.4811 0.4310 1 1 0.0920 0.4811 0.4269
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 521 137 384 79 0 5 0 53 0 0 383 0 1 0.5766 0.0000 0.0026 26.400 0.29 3.02 -2.73 7 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6975 0.2914 0.0110 1 0 0.6899 0.2981 0.0120 1 0 0.6795 0.3072 0.0133
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 308 127 181 57 0 8 0 62 0 0 180 0 1 0.4488 0.0000 0.0055 14.875 0.28 2.34 -2.06 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3839 0.6063 0.0098 1 1 0.3892 0.6011 0.0097 1 1 0.3961 0.5943 0.0096
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1082 365 717 19 0 75 0 271 0 0 684 0 33 0.0521 0.0000 0.0460 3.867 0.95 6.32 -5.37 15 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 2 0.0000 0.4636 0.5364
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 348 99 249 5 0 26 0 68 0 0 226 0 23 0.0505 0.0000 0.0924 2.808 1.40 13.16 -11.76 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9621 0.0379 2 1 0.0000 0.8600 0.1400
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 244 96 148 45 0 6 1 44 0 0 148 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 15.000 0.13 1.55 -1.41 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3912 0.5260 0.0827 1 1 0.3929 0.5240 0.0831 1 1 0.3949 0.5215 0.0836
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 406 108 298 51 0 2 0 55 0 0 297 0 1 0.4722 0.0000 0.0034 53.000 0.84 4.38 -3.54 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3562 0.5782 0.0656 1 1 0.3607 0.5742 0.0652 1 1 0.3664 0.5690 0.0646
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 576 155 421 74 0 19 1 61 0 1 416 0 4 0.4774 0.0000 0.0119 7.158 1.18 7.61 -6.43 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4098 0.4928 0.0973 1 1 0.4076 0.4922 0.1002 1 1 0.4046 0.4915 0.1039
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 724 137 587 0 0 2 1 134 0 0 577 0 10 0.0000 0.0000 0.0170 67.500 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0189 0.9811 2 2 0.0000 0.0209 0.9791
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 584 204 380 194 0 5 0 5 0 0 380 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 39.800 0.17 3.80 -3.63 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 0 0.6929 0.3071 0.0000 0 0 0.8958 0.1042 0.0000
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 256 116 140 2 0 2 0 112 0 0 135 0 5 0.0172 0.0000 0.0357 57.000 0.00 2.37 -2.37 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3463 0.6537 2 2 0.0000 0.0757 0.9243 2 2 0.0000 0.0468 0.9532
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 469 142 327 132 1 5 0 4 0 0 327 0 0 0.9296 0.0000 0.0000 27.400 0.28 2.50 -2.22 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0674 0.9326 0.0000 0 0 0.7504 0.2496 0.0000 0 0 0.8990 0.1010 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 559 135 424 127 1 3 0 4 0 0 423 0 1 0.9407 0.0000 0.0024 44.000 0.66 3.50 -2.84 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0112 0.9888 0.0000 0 0 0.5682 0.4318 0.0000 0 0 0.8412 0.1588 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1219 308 911 165 0 1 0 142 0 0 907 0 4 0.5357 0.0000 0.0044 307.000 0.21 3.13 -2.92 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4855 0.4645 0.0500 1 0 0.4820 0.4646 0.0534 1 0 0.4769 0.4651 0.0581
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 752 202 550 112 1 11 0 78 0 0 549 0 1 0.5545 0.0000 0.0018 19.100 0.42 1.14 -0.72 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5531 0.4060 0.0409 1 0 0.5396 0.4150 0.0454 1 0 0.5214 0.4267 0.0519
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 763 156 607 71 1 8 1 75 0 0 604 0 3 0.4551 0.0000 0.0049 18.500 1.03 3.13 -2.11 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1719 0.5385 0.2896 1 1 0.1758 0.5359 0.2883 1 1 0.1809 0.5326 0.2865
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 801 180 621 87 0 15 0 78 0 0 619 0 2 0.4833 0.0000 0.0032 11.000 0.30 3.90 -3.60 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5233 0.4684 0.0083 1 0 0.5237 0.4678 0.0085 1 0 0.5240 0.4672 0.0089
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 495 126 369 1 0 22 0 103 0 0 351 0 18 0.0079 0.0000 0.0488 4.727 1.00 7.83 -6.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1967 0.8033 2 2 0.0000 0.0902 0.9098 2 2 0.0000 0.0742 0.9258
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 728 201 527 102 0 29 0 70 0 0 500 0 27 0.5075 0.0000 0.0512 5.931 0.22 19.60 -19.38 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0801 0.6008 0.3191 1 1 0.0800 0.5950 0.3249 1 1 0.0799 0.5876 0.3325
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 575 113 462 100 2 6 0 5 0 0 462 0 0 0.8850 0.0000 0.0000 17.667 1.00 3.00 -2.00 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.2734 0.7266 0.0000 0 0 0.6067 0.3933 0.0000
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.050 1 3 2 362 67 295 4 33 1 0 29 0 1 292 0 2 0.0597 0.0000 0.0102 66.000 4.50 3.93 0.57 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5585 0.4349 0.0066 1 0 0.5566 0.4367 0.0067 1 0 0.5540 0.4391 0.0069
chr19 56088071 CTCGTCG C 0.000755 0.050 1 -6 2 364 71 293 36 0 0 0 35 0 0 289 0 4 0.5070 0.0000 0.0137 71.000 3.50 8.09 -4.59 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4399 0.5596 0.0004 1 1 0.4430 0.5565 0.0004 1 1 0.4470 0.5525 0.0004
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 134 66 68 0 0 3 0 63 0 0 67 0 1 0.0000 0.0000 0.0147 21.000 2.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3028 0.6972 2 2 0.0000 0.3096 0.6904 2 2 0.0000 0.3192 0.6808
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 330 120 210 8 0 1 0 111 0 0 210 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 119.000 0.50 2.11 -1.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9144 0.0856 2 1 0.0000 0.5190 0.4810
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 121 69 52 62 0 2 0 5 0 0 52 0 0 0.8986 0.0000 0.0000 33.500 0.06 7.40 -7.34 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0959 0.9041 0.0000 0 1 0.3089 0.6911 0.0000
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 463 113 350 94 1 16 0 2 1 0 349 0 0 0.8319 0.0029 0.0029 6.467 0.93 3.00 -2.07 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8460 0.1540 0.0000 0 0 0.9730 0.0270 0.0000 0 0 0.9838 0.0162 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 525 176 349 111 0 1 2 62 0 0 343 0 6 0.6307 0.0000 0.0172 175.000 0.49 8.63 -8.14 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7841 0.2076 0.0083 1 0 0.7728 0.2176 0.0096 1 0 0.7571 0.2314 0.0115
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 524 180 344 112 0 8 5 55 0 0 338 0 6 0.6222 0.0000 0.0174 21.500 0.49 8.75 -8.25 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8272 0.1676 0.0052 1 0 0.8162 0.1777 0.0061 1 0 0.8007 0.1918 0.0075
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 524 172 352 104 0 3 0 65 0 0 350 0 2 0.6047 0.0000 0.0057 56.333 0.22 8.28 -8.06 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7554 0.2336 0.0110 1 0 0.7444 0.2431 0.0124 1 0 0.7292 0.2562 0.0147
chr20 2641174 CAAG C 0.010943 0.050 1 -3 1 220 77 143 49 0 1 0 27 0 0 142 0 1 0.6364 0.0000 0.0070 76.000 0.20 3.11 -2.91 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7170 0.2820 0.0010 1 0 0.7102 0.2887 0.0011 1 0 0.7011 0.2977 0.0012
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 340 133 207 64 0 19 0 50 0 0 204 0 3 0.4812 0.0000 0.0145 6.000 0.38 5.40 -5.03 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5482 0.4234 0.0283 1 0 0.5452 0.4254 0.0294 1 0 0.5411 0.4281 0.0308
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 245 97 148 3 0 2 2 90 0 0 146 0 2 0.0309 0.0000 0.0135 47.500 0.00 1.23 -1.23 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8828 0.1172 2 2 0.0000 0.3104 0.6896 2 2 0.0000 0.1654 0.8346
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 773 182 591 0 0 2 0 180 0 0 578 0 13 0.0000 0.0000 0.0220 90.000 6.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 529 163 366 0 0 0 1 162 0 0 349 0 17 0.0000 0.0000 0.0464 162.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 182 83 99 50 0 2 0 31 0 0 96 0 3 0.6024 0.0000 0.0303 40.500 0.60 2.10 -1.50 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6311 0.3539 0.0151 1 0 0.6254 0.3587 0.0159 1 0 0.6178 0.3653 0.0170
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 574 166 408 98 0 3 0 65 0 0 406 0 2 0.5904 0.0000 0.0049 54.333 0.67 3.34 -2.66 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5738 0.3850 0.0412 1 0 0.5612 0.3934 0.0454 1 0 0.5442 0.4045 0.0514
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 982 305 677 6 0 47 10 242 0 0 676 0 1 0.0197 0.0000 0.0015 5.468 0.33 3.28 -2.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9518 0.0482 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.050 1 -9 1 512 218 294 113 0 17 0 88 0 0 285 0 9 0.5183 0.0000 0.0306 11.824 0.53 8.15 -7.62 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5979 0.3879 0.0142 1 0 0.5947 0.3903 0.0150 1 0 0.5902 0.3937 0.0161
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 513 213 300 94 72 28 3 16 0 0 300 0 0 0.4413 0.0000 0.0000 7.115 0.34 5.94 -5.60 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.0999 0.9001 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 213 30 183 0 0 2 1 27 0 0 179 0 4 0.0000 0.0000 0.0219 14.000 5.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 323 155 168 3 0 5 0 147 0 0 167 0 1 0.0194 0.0000 0.0060 30.000 0.00 2.12 -2.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5611 0.4389 2 2 0.0000 0.0715 0.9285 2 2 0.0000 0.0339 0.9661
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 778 220 558 190 5 20 0 5 5 0 552 1 0 0.8636 0.0090 0.0108 9.900 1.53 9.00 -7.47 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0342 0.9658 0.0000 0 0 0.9026 0.0974 0.0000 0 0 0.9792 0.0208 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 240 108 132 3 0 1 0 104 0 0 131 0 1 0.0278 0.0000 0.0076 107.000 0.00 3.12 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8759 0.1241 2 2 0.0000 0.2918 0.7082 2 2 0.0000 0.1541 0.8459
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 337 49 288 0 0 1 1 47 0 0 288 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 48.000 2.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1239 210 1029 111 5 8 7 79 0 2 1016 3 8 0.5286 0.0000 0.0126 28.429 1.08 3.16 -2.08 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4098 0.5056 0.0846 1 1 0.4021 0.5075 0.0904 1 1 0.3917 0.5100 0.0984
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1241 217 1024 115 3 11 10 78 0 1 1011 4 8 0.5300 0.0000 0.0127 25.500 1.03 3.26 -2.23 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3641 0.5319 0.1040 1 1 0.3582 0.5318 0.1099 1 1 0.3502 0.5316 0.1182
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 731 164 567 141 2 19 0 2 22 7 536 1 1 0.8598 0.0388 0.0547 7.632 1.51 15.50 -13.99 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3642 0.6358 0.0000 0 0 0.9523 0.0477 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 611 138 473 61 0 11 1 65 0 0 471 0 2 0.4420 0.0000 0.0042 11.455 0.59 12.22 -11.63 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1453 0.5188 0.3359 1 1 0.1485 0.5171 0.3344 1 1 0.1527 0.5150 0.3323
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 379 178 201 1 0 24 1 152 0 0 200 1 0 0.0056 0.0000 0.0050 6.417 4.00 7.64 -3.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 588 223 365 183 7 30 0 3 1 0 364 0 0 0.8206 0.0027 0.0027 6.433 0.26 3.00 -2.74 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6612 0.3388 0.0000 0 0 0.9697 0.0303 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 230 104 126 51 1 6 1 45 0 0 125 0 1 0.4904 0.0000 0.0079 16.333 0.18 3.07 -2.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4247 0.4932 0.0821 1 1 0.4240 0.4925 0.0835 1 1 0.4229 0.4917 0.0854
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 718 121 597 0 0 38 0 83 0 0 566 2 29 0.0000 0.0000 0.0519 2.184 14.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 2 2 0.0000 0.0091 0.9909
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 1344 383 961 22 3 83 8 267 0 0 959 0 2 0.0574 0.0000 0.0021 3.622 0.73 3.33 -2.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9801 0.0199
chr22 28883803 GGCC G 0.000415 0.050 1 -3 3 562 166 396 81 4 11 2 68 0 0 395 0 1 0.4880 0.0000 0.0025 14.000 2.15 3.84 -1.69 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6243 0.3756 0.0001 1 0 0.6214 0.3786 0.0001 1 0 0.6173 0.3827 0.0001
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 817 258 559 245 2 5 0 6 0 0 559 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 50.600 0.23 2.50 -2.27 145 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0404 0.9596 0.0000 0 0 0.9226 0.0774 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 503 245 258 175 0 56 0 14 0 0 258 0 0 0.7143 0.0000 0.0000 3.375 0.37 6.64 -6.27 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0205 0.9795 0.0000 0 0 0.5394 0.4606 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 601 126 475 113 1 9 0 3 0 0 475 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 12.889 0.84 16.33 -15.49 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0939 0.9061 0.0000 0 0 0.6386 0.3614 0.0000 0 0 0.7989 0.2011 0.0000
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 936 334 602 167 2 9 2 154 0 0 599 1 2 0.5000 0.0000 0.0050 35.889 0.68 3.53 -2.85 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3410 0.5582 0.1008 1 1 0.3420 0.5532 0.1048 1 1 0.3429 0.5469 0.1102
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 372 150 222 0 0 5 2 143 0 0 215 0 7 0.0000 0.0000 0.0315 28.800 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1492 352 1140 190 0 2 0 160 0 0 1131 0 9 0.5398 0.0000 0.0079 175.000 0.93 10.18 -9.25 80 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5450 0.4260 0.0290 1 0 0.5421 0.4267 0.0312 1 0 0.5377 0.4279 0.0344
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 356 109 247 57 0 21 0 31 0 0 241 0 6 0.5229 0.0000 0.0243 4.190 0.42 13.61 -13.19 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6734 0.3154 0.0112 1 0 0.6666 0.3215 0.0119 1 0 0.6573 0.3297 0.0130
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1074 224 850 123 1 28 3 69 0 1 790 0 59 0.5491 0.0000 0.0706 7.259 0.80 18.70 -17.89 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2687 0.6096 0.1217 1 1 0.2750 0.6030 0.1220 1 1 0.2832 0.5946 0.1222
603 rows