File Info

Filename
HG01361_x_HG01503_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG01361_x_HG01503_FF_5.features.tsv
Size
136.8 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1310876 CGGCTCTGGGTCACAGGT C 0.013343 0.050 1 -17 3 699 218 481 112 2 21 1 82 1 0 477 1 2 0.5138 0.0021 0.0083 9.286 0.61 13.49 -12.88 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7663 0.2332 0.0006 1 0 0.7595 0.2399 0.0006 1 0 0.7501 0.2491 0.0007
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 400 143 257 9 1 26 0 107 0 0 252 1 4 0.0629 0.0000 0.0195 4.500 1.22 3.28 -2.06 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9801 0.0199 2 1 0.0000 0.7359 0.2641
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 553 196 357 0 0 35 0 161 0 0 355 0 2 0.0000 0.0000 0.0056 4.600 8.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0178 0.9822 2 2 0.0000 0.0199 0.9801
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 330 143 187 74 0 0 0 69 0 0 185 0 2 0.5175 0.0000 0.0107 143.000 0.09 3.78 -3.69 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2630 0.5415 0.1955 1 1 0.2635 0.5383 0.1981 1 1 0.2640 0.5344 0.2015
chr1 2192906 T TTTG 0.500000 0.050 1 3 4 149 56 93 51 0 2 0 3 0 0 93 0 0 0.9107 0.0000 0.0000 27.000 0.14 2.00 -1.86 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 1 0.3218 0.6782 0.0000 0 0 0.5269 0.4731 0.0000
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 581 178 403 94 0 5 0 79 0 0 399 0 4 0.5281 0.0000 0.0099 34.600 0.49 3.18 -2.69 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3599 0.5188 0.1213 1 1 0.3572 0.5173 0.1255 1 1 0.3534 0.5154 0.1312
chr1 8656262 CTCTTTG C 0.500000 0.050 1 -6 2 316 89 227 33 0 17 0 39 0 0 226 0 1 0.3708 0.0000 0.0044 4.235 0.39 6.03 -5.63 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.5076 0.3282 1 1 0.1673 0.5070 0.3257 1 1 0.1715 0.5063 0.3222
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 494 111 383 6 0 12 2 91 0 0 379 0 4 0.0541 0.0000 0.0104 8.250 0.17 3.42 -3.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8341 0.1659 2 2 0.0000 0.4764 0.5236
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 994 181 813 5 0 2 0 174 0 0 805 0 8 0.0276 0.0000 0.0098 89.500 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9729 0.0271 2 2 0.0000 0.2406 0.7594 2 2 0.0000 0.0755 0.9245
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.050 1 3 2 286 118 168 108 0 5 0 5 0 0 168 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 22.600 0.13 3.00 -2.87 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.3372 0.6628 0.0000 0 0 0.6750 0.3250 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 456 109 347 70 0 2 0 37 0 0 347 0 0 0.6422 0.0000 0.0000 53.500 0.39 1.27 -0.88 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6737 0.3005 0.0258 1 0 0.6606 0.3107 0.0287 1 0 0.6428 0.3243 0.0329
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1326 240 1086 122 16 28 3 71 0 0 1086 0 0 0.5083 0.0000 0.0000 7.370 1.78 2.15 -0.38 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8918 0.1063 0.0019 1 0 0.8816 0.1160 0.0024 1 0 0.8667 0.1301 0.0032
chr1 26183819 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 422 107 315 35 11 9 1 51 0 0 314 0 1 0.3271 0.0000 0.0032 12.125 0.34 1.45 -1.11 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1649 0.5167 0.3184 1 1 0.1681 0.5154 0.3165 1 1 0.1724 0.5138 0.3138
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 805 182 623 57 48 9 32 36 1 4 617 1 0 0.3132 0.0016 0.0096 21.429 6.37 26.22 -19.85 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7131 0.2697 0.0172 1 0 0.7002 0.2803 0.0195 1 0 0.6824 0.2947 0.0229
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 817 204 613 37 2 41 9 115 1 1 611 0 0 0.1814 0.0016 0.0033 6.400 1.68 15.50 -13.82 23 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0005 0.0515 0.9480 1 2 0.0006 0.0583 0.9411 1 2 0.0009 0.0687 0.9304
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 373 144 229 124 3 7 0 10 0 0 229 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 19.571 0.24 3.40 -3.16 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0281 0.9719 0.0000 0 1 0.3383 0.6617 0.0000
chr1 32209141 T TG 0.500000 0.050 1 1 2 280 102 178 98 0 2 0 2 0 0 178 0 0 0.9608 0.0000 0.0000 50.000 0.28 1.00 -0.72 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3183 0.6817 0.0000 0 0 0.7477 0.2523 0.0000 0 0 0.8330 0.1670 0.0000
chr1 36178099 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 517 132 385 76 0 4 0 52 0 0 385 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 32.000 0.37 3.33 -2.96 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5519 0.3961 0.0520 1 0 0.5419 0.4022 0.0559 1 0 0.5283 0.4102 0.0614
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 383 93 290 4 0 0 0 89 0 0 289 0 1 0.0430 0.0000 0.0034 93.000 0.50 3.01 -2.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.6110 0.3890 2 2 0.0000 0.3383 0.6617
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 611 156 455 0 0 23 3 130 0 0 455 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.739 5.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0342 0.9658 2 2 0.0000 0.0365 0.9635 2 2 0.0000 0.0399 0.9601
chr1 67093186 CTCATT C 0.500000 0.050 1 -5 1 474 134 340 71 0 7 0 56 0 0 338 0 2 0.5299 0.0000 0.0059 18.143 0.27 5.11 -4.84 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3988 0.4910 0.1103 1 1 0.3941 0.4914 0.1145 1 1 0.3877 0.4921 0.1202
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 805 176 629 161 1 12 0 2 0 0 629 0 0 0.9148 0.0000 0.0000 13.667 0.65 3.00 -2.35 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6925 0.3075 0.0000 0 0 0.9346 0.0654 0.0000 0 0 0.9585 0.0415 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 152 72 80 34 1 3 0 34 0 0 80 0 0 0.4722 0.0000 0.0000 22.667 0.32 3.44 -3.12 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2491 0.5208 0.2302 1 1 0.2495 0.5192 0.2313 1 1 0.2501 0.5172 0.2327
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 398 133 265 70 0 21 0 42 0 0 257 0 8 0.5263 0.0000 0.0302 5.333 0.10 8.86 -8.76 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5000 0.4308 0.0692 1 0 0.4915 0.4351 0.0734 1 0 0.4801 0.4406 0.0793
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 437 134 303 1 0 10 2 121 0 0 301 0 2 0.0075 0.0000 0.0066 12.400 0.00 5.09 -5.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1805 0.8195 2 2 0.0000 0.0821 0.9179 2 2 0.0000 0.0676 0.9324
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 455 131 324 119 1 5 2 4 1 0 322 1 0 0.9084 0.0031 0.0062 25.000 0.40 3.25 -2.85 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.4310 0.5690 0.0000 0 0 0.7268 0.2732 0.0000
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 832 175 657 113 0 14 11 37 0 1 647 1 8 0.6457 0.0000 0.0152 11.500 0.12 3.14 -3.01 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8667 0.1301 0.0032 1 0 0.8553 0.1408 0.0039 1 0 0.8389 0.1560 0.0051
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 845 220 625 119 2 12 7 80 0 0 625 0 0 0.5409 0.0000 0.0000 16.917 0.13 3.49 -3.36 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6650 0.3128 0.0223 1 0 0.6532 0.3219 0.0249 1 0 0.6370 0.3341 0.0289
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 683 233 450 112 11 23 4 83 0 0 449 0 1 0.4807 0.0000 0.0022 9.500 0.44 3.64 -3.20 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6678 0.3106 0.0216 1 0 0.6560 0.3197 0.0243 1 0 0.6399 0.3320 0.0281
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 256 96 160 60 0 9 1 26 0 0 160 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 9.667 0.08 2.15 -2.07 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6787 0.2953 0.0260 1 0 0.6653 0.3058 0.0289 1 0 0.6471 0.3198 0.0331
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 2104 587 1517 24 7 216 15 325 4 2 1375 12 124 0.0409 0.0026 0.0936 1.708 1.00 8.35 -7.35 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6571 0.3429
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1165 231 934 11 0 47 1 172 0 0 917 0 17 0.0476 0.0000 0.0182 3.894 0.64 3.87 -3.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9348 0.0652 2 2 0.0000 0.3860 0.6140
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 235 89 146 28 5 11 3 42 0 0 145 0 1 0.3146 0.0000 0.0068 6.727 0.54 1.60 -1.06 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1118 0.4731 0.4151 1 1 0.1160 0.4749 0.4091 1 1 0.1215 0.4772 0.4012
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 250 90 160 50 0 8 0 32 0 0 157 0 3 0.5556 0.0000 0.0187 10.250 0.10 12.59 -12.49 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4379 0.4628 0.0994 1 1 0.4312 0.4653 0.1036 1 1 0.4222 0.4684 0.1094
chr1 153261270 TGGGGGCGGCTCCGGCTGCTTCTCCTCCGGTGGCGGCGGCTCCTCCGGGGGCGGCTCCGGCTGCTTCTCCAGCGGTGGGGGCGGCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -90 2 1142 273 869 178 6 38 1 50 1 0 846 0 22 0.6520 0.0012 0.0265 6.297 2.56 6.84 -4.28 48 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9891 0.0108 0.0000 1 0 0.9869 0.0131 0.0000 1 0 0.9832 0.0167 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1119 276 843 6 2 53 6 209 2 1 793 3 44 0.0217 0.0024 0.0593 4.294 5.17 10.08 -4.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 2 0.0000 0.3989 0.6011 2 2 0.0000 0.0575 0.9425
chr1 153341694 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 253 119 134 116 0 1 0 2 0 0 134 0 0 0.9748 0.0000 0.0000 118.000 0.74 1.50 -0.76 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4180 0.5820 0.0000 0 0 0.8216 0.1784 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 560 232 328 107 4 25 2 94 0 0 328 0 0 0.4612 0.0000 0.0000 8.200 3.09 7.70 -4.61 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4017 0.5030 0.0953 1 1 0.3978 0.5025 0.0997 1 1 0.3923 0.5019 0.1058
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 552 224 328 23 77 40 7 77 0 0 328 0 0 0.1027 0.0000 0.0000 180.000 0.43 4.00 -3.57 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2808 0.5480 0.1712 1 1 0.2810 0.5444 0.1746 1 1 0.2811 0.5399 0.1791
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 552 225 327 96 14 34 3 78 0 0 327 0 0 0.4267 0.0000 0.0000 5.294 7.08 3.86 3.22 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5393 0.4108 0.0499 1 0 0.5304 0.4158 0.0538 1 0 0.5182 0.4225 0.0593
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1573 435 1138 3 1 117 0 314 0 0 1083 1 54 0.0069 0.0000 0.0483 2.718 10.67 9.02 1.65 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 225 92 133 2 0 3 2 85 0 0 132 0 1 0.0217 0.0000 0.0075 29.667 0.00 1.67 -1.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7299 0.2701 2 2 0.0000 0.3015 0.6985 2 2 0.0000 0.2033 0.7967
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 678 179 499 0 0 6 0 173 0 0 498 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 28.833 2.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1295 272 1023 0 0 5 0 267 0 0 1012 0 11 0.0000 0.0000 0.0108 53.400 1.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr1 160681128 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 492 159 333 4 0 4 0 151 0 0 332 0 1 0.0252 0.0000 0.0030 38.750 1.75 2.25 -0.50 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9328 0.0672 2 2 0.0000 0.2521 0.7479 2 2 0.0000 0.1034 0.8966
chr1 168136343 A AG 0.500000 0.050 1 1 4 179 80 99 32 1 3 0 44 0 0 99 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 25.333 0.53 1.23 -0.70 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1276 0.4870 0.3854 1 1 0.1315 0.4879 0.3806 1 1 0.1368 0.4890 0.3742
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 178 76 102 63 0 10 0 3 0 0 102 0 0 0.8289 0.0000 0.0000 6.600 0.41 5.33 -4.92 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0352 0.9648 0.0000 0 1 0.3894 0.6106 0.0000 0 0 0.5976 0.4024 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 464 243 221 112 0 34 0 97 0 0 214 0 7 0.4609 0.0000 0.0317 6.147 0.29 10.96 -10.66 72 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3118 0.5468 0.1414 1 1 0.3113 0.5432 0.1455 1 1 0.3103 0.5388 0.1510
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 213 63 150 59 0 2 0 2 0 0 150 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 30.500 0.34 3.00 -2.66 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1443 0.8557 0.0000 0 0 0.5298 0.4702 0.0000 0 0 0.6617 0.3383 0.0000
chr1 224955001 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 129 66 63 34 0 2 0 30 0 0 63 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 32.000 0.00 1.23 -1.23 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2900 0.5147 0.1953 1 1 0.2889 0.5136 0.1975 1 1 0.2874 0.5122 0.2005
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 238 104 134 53 0 4 0 47 0 0 134 0 0 0.5096 0.0000 0.0000 25.000 0.17 1.15 -0.98 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3094 0.5197 0.1710 1 1 0.3078 0.5182 0.1740 1 1 0.3056 0.5163 0.1781
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 619 171 448 147 1 18 0 5 0 0 448 0 0 0.8596 0.0000 0.0000 8.500 0.73 3.20 -2.47 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.5770 0.4230 0.0000 0 0 0.8441 0.1559 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 515 131 384 63 0 2 0 66 0 0 383 0 1 0.4809 0.0000 0.0026 64.500 0.70 2.24 -1.54 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1872 0.5348 0.2780 1 1 0.1900 0.5322 0.2779 1 1 0.1936 0.5289 0.2775
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 636 171 465 84 0 1 0 86 0 0 461 0 4 0.4912 0.0000 0.0086 170.000 0.07 2.98 -2.91 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1629 0.5422 0.2949 1 1 0.1665 0.5390 0.2945 1 1 0.1712 0.5350 0.2938
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 395 106 289 60 0 1 0 45 0 0 289 0 0 0.5660 0.0000 0.0000 105.000 1.80 1.22 0.58 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4328 0.4689 0.0983 1 1 0.4266 0.4709 0.1025 1 1 0.4182 0.4735 0.1083
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1053 259 794 4 0 2 0 253 0 0 793 0 1 0.0154 0.0000 0.0013 128.500 0.00 1.23 -1.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5306 0.4694 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 1160 350 810 261 1 5 0 83 0 0 808 1 1 0.7457 0.0000 0.0025 69.000 1.15 4.05 -2.90 185 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000 1 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1474 226 1248 112 0 5 2 107 0 0 1238 0 10 0.4956 0.0000 0.0080 44.200 2.31 2.23 0.08 60 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1486 0.5558 0.2956 1 1 0.1526 0.5516 0.2958 1 1 0.1580 0.5463 0.2957
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 417 166 251 0 0 12 1 153 0 0 247 0 4 0.0000 0.0000 0.0159 12.833 6.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 231 109 122 46 0 5 0 58 0 0 119 0 3 0.4220 0.0000 0.0246 20.800 0.28 3.12 -2.84 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1211 0.4970 0.3819 1 1 0.1261 0.4982 0.3757 1 1 0.1330 0.4996 0.3674
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 448 141 307 1 0 24 1 115 0 0 290 0 17 0.0071 0.0000 0.0554 5.043 1.00 8.85 -7.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0303 0.9697 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 613 237 376 122 0 24 0 91 0 0 374 0 2 0.5148 0.0000 0.0053 8.875 0.39 8.67 -8.29 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6792 0.3038 0.0171 1 0 0.6705 0.3107 0.0188 1 0 0.6585 0.3201 0.0214
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 182 43 139 22 0 0 0 21 0 0 139 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 43.000 0.32 3.29 -2.97 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2556 0.5128 0.2316 1 1 0.2557 0.5119 0.2325 1 1 0.2557 0.5106 0.2337
chr2 43224600 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 3 605 128 477 57 1 17 0 53 0 0 470 0 7 0.4453 0.0000 0.0147 6.471 1.19 7.91 -6.71 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2076 0.5344 0.2580 1 1 0.2097 0.5318 0.2585 1 1 0.2125 0.5286 0.2590
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 585 225 360 47 1 126 0 51 0 0 360 0 0 0.2089 0.0000 0.0000 0.778 0.28 0.88 -0.61 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1994 0.5270 0.2736 1 1 0.2017 0.5249 0.2734 1 1 0.2046 0.5224 0.2730
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 224 92 132 78 2 10 0 2 0 0 132 0 0 0.8478 0.0000 0.0000 8.100 0.31 6.00 -5.69 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2219 0.7781 0.0000 0 0 0.6535 0.3465 0.0000 0 0 0.7634 0.2366 0.0000
chr2 61186454 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 444 122 322 115 0 5 0 2 0 0 322 0 0 0.9426 0.0000 0.0000 23.400 0.23 3.00 -2.77 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4083 0.5917 0.0000 0 0 0.8176 0.1824 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 351 97 254 52 0 3 0 42 0 0 253 0 1 0.5361 0.0000 0.0039 31.333 0.08 3.17 -3.09 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3509 0.5050 0.1441 1 1 0.3476 0.5046 0.1478 1 1 0.3433 0.5041 0.1526
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 454 174 280 68 1 10 3 92 0 0 280 0 0 0.3908 0.0000 0.0000 16.200 0.41 3.04 -2.63 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0452 0.3898 0.5650 1 2 0.0489 0.3961 0.5550 1 2 0.0542 0.4043 0.5415
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 602 165 437 2 93 57 7 6 0 3 434 0 0 0.0121 0.0000 0.0069 1.895 0.00 3.17 -3.17 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 1 0.1374 0.8626 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 603 167 436 9 2 47 1 108 0 0 431 0 5 0.0539 0.0000 0.0115 2.511 2.11 6.11 -4.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9651 0.0349 2 1 0.0000 0.6722 0.3278
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 425 81 344 4 0 3 0 74 0 0 343 0 1 0.0494 0.0000 0.0029 26.000 0.00 2.81 -2.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9905 0.0095 2 1 0.0000 0.6946 0.3054 2 2 0.0000 0.4228 0.5772
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 380 161 219 69 2 20 2 68 0 0 217 1 1 0.4286 0.0000 0.0091 7.000 0.99 3.72 -2.74 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2240 0.5431 0.2329 1 1 0.2258 0.5399 0.2343 1 1 0.2280 0.5358 0.2362
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 560 141 419 0 0 9 6 126 0 0 416 1 2 0.0000 0.0000 0.0072 14.667 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0325 0.9675 2 2 0.0000 0.0347 0.9653 2 2 0.0000 0.0379 0.9621
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 781 203 578 98 1 10 0 94 0 0 577 0 1 0.4828 0.0000 0.0017 19.300 0.32 8.28 -7.96 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2663 0.5542 0.1795 1 1 0.2671 0.5501 0.1828 1 1 0.2680 0.5450 0.1870
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.050 1 -22 1 544 111 433 13 0 3 0 95 0 0 406 0 27 0.1171 0.0000 0.0624 36.000 0.54 18.74 -18.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 1 0.0000 0.8706 0.1294
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 437 108 329 68 0 8 0 32 0 0 318 0 11 0.6296 0.0000 0.0334 12.500 0.60 20.19 -19.58 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5715 0.3803 0.0482 1 0 0.5606 0.3873 0.0521 1 0 0.5461 0.3965 0.0575
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 579 152 427 72 0 0 0 80 0 0 426 0 1 0.4737 0.0000 0.0023 152.000 0.57 5.78 -5.21 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1389 0.5227 0.3383 1 1 0.1429 0.5210 0.3362 1 1 0.1481 0.5188 0.3331
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 168 48 120 25 2 8 2 11 0 0 120 0 0 0.5208 0.0000 0.0000 4.750 0.88 1.27 -0.39 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4374 0.4549 0.1077 1 1 0.4302 0.4580 0.1118 1 1 0.4206 0.4622 0.1173
chr2 166429170 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 127 58 69 30 0 0 0 28 0 0 69 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 58.000 0.03 1.14 -1.11 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2656 0.5165 0.2179 1 1 0.2654 0.5152 0.2194 1 1 0.2650 0.5137 0.2213
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 190 70 120 24 2 17 0 27 0 0 116 0 4 0.3429 0.0000 0.0333 3.059 1.42 6.11 -4.69 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1837 0.5091 0.3072 1 1 0.1862 0.5084 0.3054 1 1 0.1896 0.5075 0.3029
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 191 91 100 30 0 36 0 25 0 0 99 0 1 0.3297 0.0000 0.0100 1.528 0.07 12.52 -12.45 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2915 0.5122 0.1963 1 1 0.2902 0.5113 0.1984 1 1 0.2886 0.5102 0.2013
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 286 147 139 70 0 1 1 75 0 0 137 0 2 0.4762 0.0000 0.0144 146.000 0.07 3.11 -3.04 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1478 0.5261 0.3260 1 1 0.1516 0.5241 0.3243 1 1 0.1566 0.5216 0.3218
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 630 128 502 60 0 3 0 65 0 0 499 0 3 0.4688 0.0000 0.0060 41.667 0.17 4.12 -3.96 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1497 0.5200 0.3303 1 1 0.1534 0.5185 0.3281 1 1 0.1582 0.5165 0.3252
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 351 147 204 6 1 18 39 83 0 0 202 1 1 0.0408 0.0000 0.0098 5.412 0.83 5.14 -4.31 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8560 0.1440 2 2 0.0000 0.4522 0.5478
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 351 147 204 45 1 25 0 76 0 0 202 0 2 0.3061 0.0000 0.0098 4.880 2.89 5.41 -2.52 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0267 0.3099 0.6634 1 2 0.0297 0.3196 0.6507 1 2 0.0340 0.3327 0.6334
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 351 149 202 9 66 22 8 44 0 0 202 0 0 0.0604 0.0000 0.0000 5.900 0.33 3.02 -2.69 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4857 0.4387 0.0756 1 0 0.4776 0.4425 0.0799 1 0 0.4667 0.4475 0.0858
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 423 78 345 33 22 8 3 12 0 2 343 0 0 0.4231 0.0000 0.0058 8.500 0.27 2.17 -1.89 9 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7325 0.2512 0.0163 0 1 0.2429 0.7509 0.0062 0 1 0.0360 0.9637 0.0002
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 300 106 194 101 0 1 0 4 0 0 194 0 0 0.9528 0.0000 0.0000 105.000 0.24 2.50 -2.26 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 1 0.4550 0.5450 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.050 1 -21 2 687 159 528 87 0 6 0 66 0 0 523 0 5 0.5472 0.0000 0.0095 25.500 1.21 17.74 -16.54 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4338 0.4771 0.0892 1 1 0.4281 0.4784 0.0935 1 1 0.4204 0.4801 0.0995
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 567 166 401 0 0 31 1 134 0 0 395 0 6 0.0000 0.0000 0.0150 4.355 8.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0300 0.9700 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 563 158 405 0 2 8 0 148 0 0 362 0 43 0.0000 0.0000 0.1062 18.750 14.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0421 0.9579 2 2 0.0000 0.0233 0.9767 2 2 0.0000 0.0186 0.9814
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 665 137 528 11 0 11 0 115 0 0 528 0 0 0.0803 0.0000 0.0000 11.455 0.36 3.20 -2.84 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9891 0.0109 2 1 0.0000 0.7909 0.2091
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 314 140 174 0 0 3 1 136 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 68.500 4.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0324 0.9676 2 2 0.0000 0.0345 0.9655 2 2 0.0000 0.0376 0.9624
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 161 66 95 60 0 2 0 4 0 0 95 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 32.000 0.18 3.00 -2.82 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.2330 0.7670 0.0000 0 1 0.4880 0.5120 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 210 97 113 90 0 2 0 5 0 0 113 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 95.000 1.13 4.00 -2.87 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2488 0.7512 0.0000 0 0 0.5777 0.4223 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 767 171 596 6 0 0 0 165 0 0 596 0 0 0.0351 0.0000 0.0000 171.000 0.50 1.22 -0.72 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 2 0.0000 0.4837 0.5163 2 2 0.0000 0.1510 0.8490
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 700 198 502 184 0 0 0 14 0 0 501 0 1 0.9293 0.0000 0.0020 198.000 0.43 3.00 -2.57 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0408 0.9592 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 446 90 356 44 0 1 2 43 0 0 356 0 0 0.4889 0.0000 0.0000 89.000 0.41 4.70 -4.29 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2284 0.5268 0.2448 1 1 0.2297 0.5248 0.2455 1 1 0.2313 0.5223 0.2464
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 194 79 115 76 0 0 0 3 0 0 115 0 0 0.9620 0.0000 0.0000 79.000 0.16 1.33 -1.18 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0492 0.9508 0.0000 0 1 0.4685 0.5315 0.0000 0 0 0.6699 0.3301 0.0000
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 565 156 409 95 0 1 0 60 0 0 408 0 1 0.6090 0.0000 0.0024 155.000 0.22 3.67 -3.45 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6733 0.3034 0.0233 1 0 0.6608 0.3131 0.0261 1 0 0.6437 0.3262 0.0301
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 826 294 532 9 6 40 1 238 0 2 464 0 66 0.0306 0.0000 0.1278 6.350 1.44 11.64 -10.20 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9653 0.0347 2 2 0.0000 0.2320 0.7680
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 717 227 490 83 5 57 2 80 0 0 489 0 1 0.3656 0.0000 0.0020 2.982 0.24 2.76 -2.52 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2843 0.5441 0.1715 1 1 0.2843 0.5408 0.1749 1 1 0.2841 0.5366 0.1793
chr3 42692758 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 348 101 247 55 0 0 1 45 0 0 244 0 3 0.5446 0.0000 0.0121 101.000 0.44 1.93 -1.50 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3026 0.5225 0.1748 1 1 0.3014 0.5208 0.1778 1 1 0.2996 0.5187 0.1818
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 725 215 510 0 0 13 1 201 0 0 510 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.538 2.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0062 0.9938 2 2 0.0000 0.0068 0.9932 2 2 0.0000 0.0078 0.9922
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 393 150 243 0 0 6 1 143 0 0 238 0 5 0.0000 0.0000 0.0206 24.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0247 0.9753 2 2 0.0000 0.0273 0.9727
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 660 186 474 72 1 17 10 86 0 0 471 1 2 0.3871 0.0000 0.0063 9.941 0.51 3.20 -2.68 32 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0434 0.3877 0.5689 1 2 0.0471 0.3939 0.5590 1 2 0.0523 0.4022 0.5455
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 1 567 199 368 106 1 11 3 78 0 0 368 0 0 0.5327 0.0000 0.0000 16.909 0.48 3.01 -2.53 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5736 0.3854 0.0410 1 0 0.5637 0.3917 0.0446 1 0 0.5502 0.4000 0.0498
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 312 72 240 0 0 16 0 56 0 0 239 0 1 0.0000 0.0000 0.0042 3.500 5.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1924 0.8076 2 2 0.0000 0.1969 0.8031 2 2 0.0000 0.2032 0.7968
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 481 153 328 2 1 29 0 121 0 1 308 0 19 0.0131 0.0000 0.0610 4.276 6.50 5.31 1.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6342 0.3658 2 2 0.0000 0.1791 0.8209 2 2 0.0000 0.1014 0.8986
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 484 178 306 148 0 27 0 3 0 0 305 0 1 0.8315 0.0000 0.0033 5.593 4.53 6.33 -1.80 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0570 0.9430 0.0000 0 0 0.7268 0.2732 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 189 95 94 37 1 15 1 41 0 0 92 0 2 0.3895 0.0000 0.0213 5.267 0.27 7.24 -6.97 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1749 0.5148 0.3104 1 1 0.1778 0.5137 0.3086 1 1 0.1816 0.5122 0.3062
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 215 86 129 0 1 3 37 45 0 0 126 2 1 0.0000 0.0000 0.0233 27.667 3.42 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2839 0.7161 2 2 0.0000 0.1847 0.8153 2 2 0.0000 0.1587 0.8413
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 215 87 128 1 0 2 42 42 0 0 126 0 2 0.0115 0.0000 0.0156 85.000 1.00 3.55 -2.55 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3750 0.6250 2 2 0.0000 0.1945 0.8055 2 2 0.0000 0.1603 0.8397
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 3 264 66 198 55 0 9 0 2 0 0 198 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.333 0.96 6.00 -5.04 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1323 0.8677 0.0000 0 0 0.5052 0.4948 0.0000 0 0 0.6400 0.3600 0.0000
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 302 135 167 62 1 9 0 63 0 0 166 0 1 0.4593 0.0000 0.0060 14.000 0.23 3.06 -2.84 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2194 0.5384 0.2422 1 1 0.2212 0.5355 0.2433 1 1 0.2235 0.5319 0.2446
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 774 218 556 191 0 17 0 10 0 0 556 0 0 0.8761 0.0000 0.0000 11.824 0.10 10.00 -9.90 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1226 0.8774 0.0000 0 0 0.7032 0.2968 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 488 121 367 113 0 4 0 4 0 1 366 0 0 0.9339 0.0000 0.0027 29.250 0.27 2.25 -1.98 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0277 0.9723 0.0000 0 0 0.5386 0.4614 0.0000 0 0 0.7774 0.2226 0.0000
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 336 107 229 94 0 9 0 4 0 1 228 0 0 0.8785 0.0000 0.0044 10.889 0.19 1.75 -1.56 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0177 0.9823 0.0000 0 1 0.4216 0.5784 0.0000 0 0 0.6879 0.3121 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 120 46 74 26 2 1 2 15 0 0 74 0 0 0.5652 0.0000 0.0000 43.000 0.31 1.07 -0.76 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3899 0.4783 0.1318 1 1 0.3846 0.4798 0.1356 1 1 0.3776 0.4818 0.1406
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 443 128 315 125 0 1 0 2 0 0 315 0 0 0.9766 0.0000 0.0000 127.000 0.23 1.00 -0.77 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4720 0.5280 0.0000 0 0 0.8517 0.1483 0.0000 0 0 0.9049 0.0951 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1201 354 847 1 0 79 25 249 0 0 841 0 6 0.0028 0.0000 0.0071 3.481 0.00 3.08 -3.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1208 371 837 252 14 77 17 11 0 0 837 0 0 0.6792 0.0000 0.0000 4.127 2.71 8.36 -5.66 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0263 0.9737 0.0000
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 643 182 461 160 0 16 0 6 0 0 461 0 0 0.8791 0.0000 0.0000 10.375 0.47 3.00 -2.53 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.4851 0.5149 0.0000 0 0 0.8329 0.1671 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 505 171 334 61 0 25 0 85 0 0 334 0 0 0.3567 0.0000 0.0000 5.840 1.49 6.64 -5.14 29 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0511 0.4003 0.5486 1 2 0.0550 0.4061 0.5389 1 2 0.0605 0.4137 0.5257
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.050 1 -9 1 335 142 193 67 0 4 0 71 0 0 190 0 3 0.4718 0.0000 0.0155 34.500 0.36 8.69 -8.33 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1573 0.5284 0.3143 1 1 0.1609 0.5262 0.3129 1 1 0.1655 0.5235 0.3110
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 721 143 578 62 0 39 0 42 0 0 578 0 0 0.4336 0.0000 0.0000 2.667 0.55 9.90 -9.36 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5042 0.4260 0.0698 1 0 0.4954 0.4306 0.0740 1 0 0.4835 0.4366 0.0798
chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.050 1 3 2 254 83 171 41 0 2 0 40 0 0 170 0 1 0.4940 0.0000 0.0058 40.500 0.90 3.40 -2.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2375 0.5250 0.2375 1 1 0.2384 0.5231 0.2384 1 1 0.2396 0.5208 0.2396
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 339 137 202 130 2 2 0 3 0 0 202 0 0 0.9489 0.0000 0.0000 67.000 0.25 4.00 -3.75 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1710 0.8290 0.0000 0 0 0.7771 0.2229 0.0000 0 0 0.8856 0.1144 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 191 97 94 48 0 0 0 49 0 0 94 0 0 0.4948 0.0000 0.0000 97.000 0.46 2.76 -2.30 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2237 0.5293 0.2470 1 1 0.2252 0.5271 0.2477 1 1 0.2271 0.5243 0.2486
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 353 125 228 56 0 4 0 65 0 0 228 0 0 0.4480 0.0000 0.0000 30.250 1.34 2.15 -0.81 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1418 0.5130 0.3452 1 1 0.1456 0.5119 0.3425 1 1 0.1506 0.5107 0.3387
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 388 163 225 3 0 19 7 134 0 0 221 0 4 0.0184 0.0000 0.0178 7.579 1.33 3.34 -2.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7768 0.2232 2 2 0.0000 0.1720 0.8280 2 2 0.0000 0.0863 0.9137
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 571 132 439 4 0 26 1 101 0 0 437 0 2 0.0303 0.0000 0.0046 4.077 0.25 3.25 -3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9804 0.0196 2 1 0.0000 0.5267 0.4733 2 2 0.0000 0.2678 0.7322
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 753 166 587 67 0 11 0 88 1 0 564 0 22 0.4036 0.0017 0.0392 14.091 0.58 11.65 -11.07 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0118 0.2348 0.7534 1 2 0.0137 0.2459 0.7405 1 2 0.0164 0.2611 0.7225
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 325 118 207 100 1 3 4 10 0 0 201 0 6 0.8475 0.0000 0.0290 38.333 0.97 9.60 -8.63 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0089 0.9911 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 325 119 206 75 2 28 1 13 0 0 200 0 6 0.6303 0.0000 0.0291 3.214 0.79 9.46 -8.67 35 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8772 0.1196 0.0032 0 1 0.3956 0.6027 0.0018 0 1 0.0054 0.9946 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 549 145 404 91 0 2 0 52 0 0 376 0 28 0.6276 0.0000 0.0693 71.500 0.31 17.96 -17.65 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1878 0.5951 0.2171 1 1 0.1855 0.5909 0.2236 1 1 0.1824 0.5854 0.2322
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 639 253 386 88 3 144 2 16 1 0 381 0 4 0.3478 0.0026 0.0130 0.748 1.34 7.25 -5.91 50 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8365 0.1633 0.0003 0 1 0.0020 0.9979 0.0000 0 1 0.0104 0.9896 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 568 152 416 80 0 10 1 61 1 0 412 0 3 0.5263 0.0024 0.0096 14.200 0.49 11.80 -11.32 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6274 0.3631 0.0095 1 0 0.6231 0.3669 0.0100 1 0 0.6172 0.3721 0.0107
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.050 1 -6 2 443 123 320 77 0 0 0 46 0 0 318 0 2 0.6260 0.0000 0.0063 123.000 0.05 6.57 -6.51 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7694 0.2277 0.0029 1 0 0.7614 0.2354 0.0032 1 0 0.7505 0.2459 0.0036
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 679 223 456 211 0 8 0 4 0 0 456 0 0 0.9462 0.0000 0.0000 26.875 0.39 7.25 -6.86 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2294 0.7706 0.0000 0 0 0.9264 0.0736 0.0000 0 0 0.9727 0.0273 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 717 151 566 78 0 12 0 61 0 1 535 0 30 0.5166 0.0000 0.0548 11.583 1.33 15.80 -14.47 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1133 0.5090 0.3778 1 1 0.1176 0.5081 0.3743 1 1 0.1234 0.5071 0.3695
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2321 475 1846 174 8 125 8 160 0 4 1818 3 21 0.3663 0.0000 0.0152 2.789 2.03 8.70 -6.67 60 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1457 0.6034 0.2509 1 1 0.1505 0.5958 0.2537 1 1 0.1567 0.5862 0.2571
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 3449 698 2751 325 11 52 13 297 7 19 2703 8 14 0.4656 0.0025 0.0174 12.980 2.25 5.36 -3.11 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4862 0.4904 0.0234 1 1 0.4858 0.4879 0.0262 1 1 0.4842 0.4853 0.0305
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3662 781 2881 6 12 33 19 711 48 48 2574 148 63 0.0077 0.0167 0.1066 23.156 2.83 8.68 -5.85 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3185 934 2251 12 12 187 52 671 230 42 1912 30 37 0.0128 0.1022 0.1506 3.946 5.67 8.67 -3.00 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 149 59 90 27 0 3 0 29 0 0 89 0 1 0.4576 0.0000 0.0111 18.667 0.19 3.00 -2.81 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2069 0.5147 0.2784 1 1 0.2088 0.5136 0.2777 1 1 0.2112 0.5122 0.2767
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 502 204 298 0 0 26 10 168 0 0 289 1 8 0.0000 0.0000 0.0302 6.846 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 446 141 305 52 4 31 2 52 3 3 299 0 0 0.3688 0.0098 0.0197 3.516 0.44 3.90 -3.46 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3361 0.5150 0.1488 1 1 0.3337 0.5139 0.1525 1 1 0.3303 0.5124 0.1573
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 270 143 127 57 0 7 0 79 0 0 123 0 4 0.3986 0.0000 0.0315 19.429 1.11 4.53 -3.43 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0441 0.3787 0.5771 1 2 0.0478 0.3856 0.5665 1 2 0.0531 0.3947 0.5522
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 218 79 139 0 0 14 0 65 0 0 132 1 6 0.0000 0.0000 0.0504 4.643 4.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1408 0.8592 2 2 0.0000 0.1452 0.8548 2 2 0.0000 0.1515 0.8485
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 831 165 666 154 0 4 0 7 0 0 666 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 40.250 0.25 3.43 -3.18 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2938 0.7062 0.0000 0 0 0.7484 0.2516 0.0000
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 267 102 165 84 1 9 1 7 0 0 164 0 1 0.8235 0.0000 0.0061 10.222 0.69 12.43 -11.74 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1644 0.8356 0.0000 0 0 0.6838 0.3162 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 761 160 601 66 0 27 2 65 0 0 600 0 1 0.4125 0.0000 0.0017 4.926 0.35 3.32 -2.97 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2076 0.5396 0.2528 1 1 0.2098 0.5366 0.2536 1 1 0.2126 0.5329 0.2545
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 356 50 306 0 0 27 0 23 0 0 298 2 6 0.0000 0.0000 0.0261 0.852 6.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3160 0.6840 2 2 0.0000 0.3193 0.6807 2 2 0.0000 0.3239 0.6761
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 382 104 278 41 0 5 0 58 0 0 276 0 2 0.3942 0.0000 0.0072 19.800 0.24 5.78 -5.53 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0750 0.4341 0.4909 1 2 0.0792 0.4383 0.4825 1 2 0.0851 0.4437 0.4712
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 525 157 368 148 0 4 0 5 0 0 368 0 0 0.9427 0.0000 0.0000 38.250 0.22 4.00 -3.78 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.5771 0.4229 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 395 133 262 122 0 8 1 2 0 0 262 0 0 0.9173 0.0000 0.0000 15.500 1.81 14.50 -12.69 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4182 0.5818 0.0000 0 0 0.8252 0.1748 0.0000 0 0 0.8888 0.1112 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 234 80 154 7 0 3 0 70 0 0 152 0 2 0.0875 0.0000 0.0130 25.667 0.00 3.04 -3.04 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9478 0.0522 2 1 0.0000 0.7058 0.2942
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 141 58 83 32 0 1 0 25 0 0 82 0 1 0.5517 0.0000 0.0120 57.000 0.12 3.16 -3.04 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5069 0.1755 1 1 0.3154 0.5063 0.1783 1 1 0.3124 0.5057 0.1820
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 239 93 146 36 2 19 1 35 0 0 146 0 0 0.3871 0.0000 0.0000 3.895 1.39 4.83 -3.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2622 0.5214 0.2165 1 1 0.2622 0.5198 0.2181 1 1 0.2621 0.5177 0.2202
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1042 252 790 105 3 34 5 105 1 1 785 2 1 0.4167 0.0013 0.0063 6.412 0.70 4.07 -3.37 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1850 0.5647 0.2502 1 1 0.1883 0.5599 0.2518 1 1 0.1926 0.5538 0.2536
chr5 123090166 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 420 126 294 54 1 14 2 55 0 0 287 0 7 0.4286 0.0000 0.0238 8.000 1.07 5.09 -4.02 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1418 0.5123 0.3459 1 1 0.1456 0.5113 0.3431 1 1 0.1506 0.5101 0.3393
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 456 136 320 55 0 30 0 51 0 0 315 0 5 0.4044 0.0000 0.0156 3.533 1.09 7.10 -6.01 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2217 0.5335 0.2448 1 1 0.2234 0.5310 0.2456 1 1 0.2255 0.5278 0.2467
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 535 152 383 68 0 17 0 67 0 0 375 0 8 0.4474 0.0000 0.0209 7.941 0.66 5.99 -5.32 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1571 0.5290 0.3139 1 1 0.1607 0.5268 0.3126 1 1 0.1654 0.5240 0.3106
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 317 67 250 28 0 6 0 33 0 0 240 0 10 0.4179 0.0000 0.0400 10.167 0.93 8.94 -8.01 18 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1001 0.4585 0.4413 1 1 0.1043 0.4613 0.4343 1 1 0.1101 0.4649 0.4250
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 179 75 104 35 0 1 0 39 0 0 104 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 74.000 0.11 3.44 -3.32 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1941 0.5177 0.2882 1 1 0.1964 0.5164 0.2872 1 1 0.1994 0.5147 0.2859
chr5 140801721 CTGAA C 0.500000 0.050 1 -4 1 820 195 625 187 1 5 0 2 0 0 625 0 0 0.9590 0.0000 0.0000 37.800 0.76 4.00 -3.24 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8120 0.1880 0.0000 0 0 0.9643 0.0357 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.050 1 -6 2 579 169 410 98 0 4 0 67 0 0 408 0 2 0.5799 0.0000 0.0049 41.250 0.11 5.78 -5.66 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6092 0.3562 0.0346 1 0 0.5981 0.3639 0.0380 1 0 0.5830 0.3742 0.0428
chr5 141433201 CTTCT C 0.500000 0.050 1 -4 1 586 84 502 33 7 11 1 32 0 1 500 0 1 0.3929 0.0000 0.0040 7.200 1.79 5.44 -3.65 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3222 0.5096 0.1683 1 1 0.3199 0.5088 0.1713 1 1 0.3168 0.5079 0.1753
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 475 138 337 6 1 13 1 117 0 0 321 0 16 0.0435 0.0000 0.0475 9.615 0.00 7.87 -7.87 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7939 0.2061 2 2 0.0000 0.3503 0.6497
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 957 327 630 130 2 71 1 123 0 0 628 1 1 0.3976 0.0000 0.0032 3.592 0.62 9.07 -8.45 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2784 0.5674 0.1541 1 1 0.2794 0.5624 0.1582 1 1 0.2804 0.5560 0.1636
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 380 133 247 47 0 31 0 55 0 0 243 0 4 0.3534 0.0000 0.0162 3.290 0.30 7.44 -7.14 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1191 0.4907 0.3902 1 1 0.1232 0.4913 0.3855 1 1 0.1287 0.4920 0.3793
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 641 136 505 4 0 2 0 130 0 0 503 0 2 0.0294 0.0000 0.0040 67.000 0.00 1.71 -1.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9600 0.0400 2 2 0.0000 0.3571 0.6429 2 2 0.0000 0.1572 0.8428
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 384 156 228 84 0 6 0 66 0 0 226 0 2 0.5385 0.0000 0.0088 25.000 2.64 4.86 -2.22 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4353 0.4752 0.0895 1 1 0.4295 0.4767 0.0938 1 1 0.4216 0.4786 0.0998
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 383 155 228 64 3 16 5 67 0 0 227 0 1 0.4129 0.0000 0.0044 8.688 3.70 11.69 -7.98 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1691 0.5326 0.2983 1 1 0.1723 0.5301 0.2975 1 1 0.1766 0.5270 0.2963
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 380 136 244 1 46 3 1 85 0 0 241 0 3 0.0074 0.0000 0.0123 43.667 21.00 4.58 16.42 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0114 0.2202 0.7685 1 2 0.0131 0.2318 0.7551 1 2 0.0158 0.2476 0.7365
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 191 74 117 3 0 5 0 66 0 0 115 1 1 0.0405 0.0000 0.0171 13.800 0.00 3.35 -3.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9603 0.0397 2 1 0.0000 0.5810 0.4190 2 2 0.0000 0.3741 0.6259
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 407 81 326 2 0 6 0 73 0 0 322 0 4 0.0247 0.0000 0.0123 12.500 0.50 3.93 -3.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7904 0.2096 2 2 0.0000 0.3628 0.6372 2 2 0.0000 0.2493 0.7507
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 657 134 523 57 0 17 0 60 0 0 522 0 1 0.4254 0.0000 0.0019 6.882 0.53 2.98 -2.46 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1887 0.5311 0.2802 1 1 0.1913 0.5288 0.2799 1 1 0.1948 0.5258 0.2793
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 558 121 437 51 3 10 1 56 3 0 430 2 2 0.4215 0.0069 0.0160 11.100 0.69 3.48 -2.80 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.5554 0.1325 1 1 0.3157 0.5520 0.1323 1 1 0.3202 0.5478 0.1319
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1593 355 1238 28 8 101 32 186 0 1 1201 6 30 0.0789 0.0000 0.0299 2.635 0.79 5.13 -4.35 8 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr6 16327684 A ATGCTGCTGC 0.015710 0.050 1 9 1 1584 461 1123 172 14 108 22 145 0 0 1123 0 0 0.3731 0.0000 0.0000 3.295 1.86 5.38 -3.52 42 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6157 0.3827 0.0016 1 0 0.6149 0.3834 0.0017 1 0 0.6134 0.3848 0.0018
chr6 28365499 ATCG A 0.001317 0.050 1 -3 1 652 182 470 170 1 5 0 6 0 0 470 0 0 0.9341 0.0000 0.0000 35.400 0.28 3.00 -2.72 94 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7576 0.2424 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 996 201 795 105 0 6 0 90 0 0 772 0 23 0.5224 0.0000 0.0289 32.500 0.42 11.59 -11.17 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2204 0.5912 0.1884 1 1 0.2263 0.5860 0.1877 1 1 0.2340 0.5794 0.1866
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 406 112 294 0 0 0 2 110 0 0 293 0 1 0.0000 0.0000 0.0034 111.000 1.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0552 0.9448 2 2 0.0000 0.0582 0.9418 2 2 0.0000 0.0627 0.9373
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -33 2 544 137 407 97 3 33 0 4 0 0 407 0 0 0.7080 0.0000 0.0000 3.152 0.49 1.00 -0.51 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0179 0.9821 0.0000 0 1 0.4492 0.5508 0.0000 0 0 0.7132 0.2868 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 607 176 431 1 1 3 3 168 0 0 431 0 0 0.0057 0.0000 0.0000 57.667 0.00 6.54 -6.54 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0797 0.9203 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0271 0.9729
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 607 176 431 83 2 4 4 83 0 0 431 0 0 0.4716 0.0000 0.0000 57.333 2.53 10.87 -8.34 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2028 0.5509 0.2463 1 1 0.2053 0.5471 0.2476 1 1 0.2086 0.5423 0.2491
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 453 222 231 97 84 35 0 6 0 0 231 0 0 0.4369 0.0000 0.0000 5.343 0.19 4.17 -3.98 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 0 0.6118 0.3882 0.0000 0 0 0.8916 0.1084 0.0000
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 702 257 445 179 6 31 0 41 0 0 445 0 0 0.6965 0.0000 0.0000 8.071 7.54 8.22 -0.68 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0230 0.9770 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 701 256 445 205 2 10 0 39 0 0 445 0 0 0.8008 0.0000 0.0000 27.333 8.16 8.41 -0.25 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 272 45 227 2 0 0 0 43 0 0 227 0 0 0.0444 0.0000 0.0000 45.000 5.00 7.49 -2.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8966 0.1034 2 1 0.0000 0.5676 0.4324 2 2 0.0000 0.4284 0.5716
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 914 260 654 8 117 8 1 126 0 0 653 0 1 0.0308 0.0000 0.0015 31.375 2.62 3.31 -0.68 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1613 0.5670 0.2717 1 1 0.1652 0.5620 0.2728 1 1 0.1703 0.5557 0.2740
chr6 42104971 ACTCCTC A 0.500000 0.050 1 -6 2 653 149 504 62 0 19 0 68 1 1 496 0 6 0.4161 0.0020 0.0159 6.842 1.37 6.12 -4.75 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1316 0.5124 0.3560 1 1 0.1356 0.5114 0.3530 1 1 0.1410 0.5101 0.3489
chr6 42107366 GGGTGGGGGTTCCAGCAGCAGGGGAGGT G 0.500000 0.050 1 -27 5 447 102 345 51 0 11 0 40 0 0 332 0 13 0.5000 0.0000 0.0377 8.273 0.65 14.85 -14.20 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2116 0.5305 0.2579 1 1 0.2135 0.5282 0.2583 1 1 0.2160 0.5253 0.2587
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 775 173 602 144 1 23 0 5 1 1 600 0 0 0.8324 0.0017 0.0033 6.522 0.51 3.20 -2.69 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 0 0.5709 0.4291 0.0000 0 0 0.8409 0.1591 0.0000
chr6 45422749 AGGCGGCGGCGGCGGCTGC A 0.500000 0.050 1 -18 2 637 251 386 124 0 53 0 74 1 0 378 0 7 0.4940 0.0026 0.0207 3.736 0.56 13.65 -13.09 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7663 0.2238 0.0099 1 0 0.7536 0.2349 0.0115 1 0 0.7359 0.2501 0.0140
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 722 166 556 4 0 85 0 77 0 0 534 0 22 0.0241 0.0000 0.0396 0.953 7.50 7.36 0.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9827 0.0173 2 1 0.0000 0.5572 0.4428 2 2 0.0000 0.2918 0.7082
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 730 216 514 144 5 65 0 2 0 0 514 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 2.323 4.45 15.00 -10.55 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6170 0.3830 0.0000 0 0 0.9115 0.0885 0.0000 0 0 0.9438 0.0562 0.0000
chr6 98835296 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 786 199 587 160 5 31 0 3 0 0 587 0 0 0.8040 0.0000 0.0000 5.387 0.51 3.00 -2.49 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3213 0.6787 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000 0 0 0.9446 0.0554 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 113 45 68 22 0 5 0 18 0 0 68 0 0 0.4889 0.0000 0.0000 8.000 0.23 3.28 -3.05 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2944 0.5074 0.1982 1 1 0.2929 0.5068 0.2003 1 1 0.2910 0.5061 0.2029
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 786 191 595 101 1 12 0 77 0 0 595 0 0 0.5288 0.0000 0.0000 14.917 0.39 3.19 -2.81 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5528 0.4004 0.0468 1 0 0.5434 0.4060 0.0506 1 0 0.5306 0.4134 0.0560
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 946 237 709 0 0 10 0 227 0 0 704 0 5 0.0000 0.0000 0.0071 22.700 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 592 217 375 114 0 29 1 73 0 0 363 0 12 0.5253 0.0000 0.0320 6.483 0.18 14.81 -14.63 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5874 0.3757 0.0369 1 0 0.5774 0.3824 0.0403 1 0 0.5636 0.3912 0.0453
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 357 131 226 0 0 5 0 126 0 0 224 0 2 0.0000 0.0000 0.0088 25.200 5.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0384 0.9616 2 2 0.0000 0.0408 0.9592 2 2 0.0000 0.0444 0.9556
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 203 72 131 35 0 11 0 26 0 0 131 0 0 0.4861 0.0000 0.0000 5.545 0.17 7.73 -7.56 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3582 0.4947 0.1471 1 1 0.3544 0.4950 0.1506 1 1 0.3493 0.4955 0.1553
chr6 160992012 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 431 210 221 88 4 24 3 91 2 0 209 2 8 0.4190 0.0090 0.0543 7.625 0.40 3.33 -2.93 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1281 0.5311 0.3407 1 1 0.1323 0.5287 0.3389 1 1 0.1380 0.5257 0.3363
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 341 156 185 4 0 19 11 122 0 0 184 0 1 0.0256 0.0000 0.0054 7.211 0.00 3.06 -3.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9590 0.0410 2 2 0.0000 0.3467 0.6533 2 2 0.0000 0.1512 0.8488
chr6 170561940 GCAGCAGCAGCAA G 0.500000 0.050 1 -12 1 882 309 573 44 83 24 25 133 0 0 573 0 0 0.1424 0.0000 0.0000 14.737 3.61 6.86 -3.24 28 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0222 0.3344 0.6434 1 2 0.0248 0.3422 0.6330 1 2 0.0288 0.3528 0.6185
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 882 294 588 1 46 13 59 175 0 0 588 0 0 0.0034 0.0000 0.0000 24.273 0.00 6.39 -6.39 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9892 0.0108
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 251 88 163 45 0 3 2 38 0 0 161 0 2 0.5114 0.0000 0.0123 28.333 0.89 4.45 -3.56 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2743 0.5236 0.2021 1 1 0.2740 0.5218 0.2042 1 1 0.2734 0.5196 0.2070
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.050 1 9 2 257 109 148 57 0 2 0 50 0 1 147 0 0 0.5229 0.0000 0.0068 53.500 0.46 7.42 -6.96 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3333 0.5143 0.1525 1 1 0.3308 0.5132 0.1560 1 1 0.3275 0.5118 0.1607
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 662 200 462 156 1 25 1 17 0 0 461 0 1 0.7800 0.0000 0.0022 7.000 0.33 2.94 -2.61 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0359 0.9641 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 127 50 77 23 0 1 2 24 0 0 76 1 0 0.4600 0.0000 0.0130 49.000 0.96 1.25 -0.29 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2029 0.5113 0.2858 1 1 0.2048 0.5104 0.2848 1 1 0.2073 0.5094 0.2833
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 499 130 369 4 0 1 1 124 0 0 368 0 1 0.0308 0.0000 0.0027 129.000 0.75 1.23 -0.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9649 0.0351 2 2 0.0000 0.3912 0.6088 2 2 0.0000 0.1772 0.8228
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 195 61 134 28 1 1 0 31 0 0 133 0 1 0.4590 0.0000 0.0075 60.000 0.25 3.00 -2.75 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2064 0.5159 0.2777 1 1 0.2083 0.5147 0.2771 1 1 0.2107 0.5132 0.2761
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 210 88 122 39 1 1 0 47 0 0 122 0 0 0.4432 0.0000 0.0000 87.000 0.13 3.26 -3.13 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1625 0.5117 0.3258 1 1 0.1657 0.5108 0.3234 1 1 0.1700 0.5097 0.3203
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 531 148 383 143 0 0 0 5 0 0 383 0 0 0.9662 0.0000 0.0000 148.000 0.12 1.40 -1.28 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 0 0.5474 0.4526 0.0000 0 0 0.8279 0.1721 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 828 181 647 0 0 9 1 171 0 0 636 0 11 0.0000 0.0000 0.0170 19.111 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0123 0.9877
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 581 160 421 136 1 16 0 7 1 0 419 0 1 0.8500 0.0024 0.0048 9.000 0.74 3.29 -2.55 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1228 0.8772 0.0000 0 0 0.5770 0.4230 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 271 96 175 49 0 2 0 45 0 0 172 0 3 0.5104 0.0000 0.0171 47.000 0.49 3.09 -2.60 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5293 0.2237 1 1 0.2477 0.5271 0.2252 1 1 0.2485 0.5243 0.2271
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 701 238 463 116 0 5 0 117 0 0 462 0 1 0.4874 0.0000 0.0022 46.600 0.17 4.03 -3.85 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1939 0.5698 0.2363 1 1 0.1971 0.5646 0.2383 1 1 0.2011 0.5580 0.2408
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 185 67 118 52 0 3 0 12 0 0 110 0 8 0.7761 0.0000 0.0678 21.333 0.38 23.42 -23.03 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6706 0.3010 0.0283 1 0 0.6572 0.3115 0.0314 1 0 0.6387 0.3255 0.0358
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 619 195 424 88 0 7 0 100 0 0 420 0 4 0.4513 0.0000 0.0094 26.857 0.51 3.11 -2.60 6 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0874 0.4874 0.4252 1 1 0.0918 0.4880 0.4202 1 1 0.0979 0.4887 0.4134
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 437 120 317 1 1 41 2 75 0 0 311 0 6 0.0083 0.0000 0.0189 1.902 7.00 6.49 0.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4243 0.5757 2 2 0.0000 0.2231 0.7769 2 2 0.0000 0.1812 0.8188
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 744 186 558 4 0 19 3 160 0 0 557 0 1 0.0215 0.0000 0.0018 8.789 0.25 4.12 -3.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9169 0.0831 2 2 0.0000 0.2021 0.7979 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 748 216 532 102 5 20 81 8 0 0 528 4 0 0.4722 0.0000 0.0075 9.650 0.49 4.25 -3.76 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4057 0.4993 0.0950 1 1 0.4016 0.4990 0.0994 1 1 0.3958 0.4988 0.1054
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 750 220 530 109 2 26 1 82 0 0 526 0 4 0.4955 0.0000 0.0075 7.385 0.61 6.27 -5.66 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5386 0.4125 0.0489 1 0 0.5299 0.4174 0.0527 1 0 0.5180 0.4238 0.0582
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 426 229 197 10 1 39 1 178 0 0 180 0 17 0.0437 0.0000 0.0863 4.872 5.60 5.92 -0.32 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8842 0.1158 2 2 0.0000 0.3025 0.6975
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 427 250 177 207 3 30 0 10 0 0 177 0 0 0.8280 0.0000 0.0000 7.333 5.16 5.60 -0.44 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1823 0.8177 0.0000 0 0 0.7886 0.2114 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 262 93 169 49 0 0 0 44 0 0 169 0 0 0.5269 0.0000 0.0000 93.000 0.08 3.07 -2.99 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2976 0.5208 0.1815 1 1 0.2965 0.5193 0.1843 1 1 0.2948 0.5173 0.1879
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 977 251 726 8 108 48 2 85 0 2 717 0 7 0.0319 0.0000 0.0124 4.229 2.00 3.39 -1.39 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5227 0.4255 0.0518 1 0 0.5147 0.4296 0.0558 1 0 0.5036 0.4350 0.0614
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 980 263 717 97 8 45 4 109 0 0 714 0 3 0.3688 0.0000 0.0042 4.844 2.75 3.16 -0.40 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1167 0.5310 0.3523 1 1 0.1211 0.5285 0.3504 1 1 0.1270 0.5255 0.3475
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1539 352 1187 17 0 13 1 321 0 0 1187 0 0 0.0483 0.0000 0.0000 26.077 0.41 1.61 -1.20 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9670 0.0330 2 2 0.0000 0.1959 0.8041
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 748 195 553 104 0 7 0 84 0 0 553 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 26.857 0.27 5.12 -4.85 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4820 0.4513 0.0667 1 0 0.4750 0.4540 0.0709 1 0 0.4655 0.4577 0.0769
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 859 209 650 0 0 3 1 205 0 0 646 0 4 0.0000 0.0000 0.0062 68.333 1.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 518 87 431 0 1 2 11 73 0 7 391 12 21 0.0000 0.0000 0.0928 42.000 6.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9436 0.0564 2 2 0.0000 0.4975 0.5025 2 2 0.0000 0.2624 0.7376
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 520 85 435 0 1 1 8 75 0 5 392 17 21 0.0000 0.0000 0.0989 81.000 7.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4747 0.5253 2 2 0.0000 0.2252 0.7748 2 2 0.0000 0.1478 0.8522
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 533 86 447 0 1 3 3 79 0 1 358 33 55 0.0000 0.0000 0.1991 27.667 7.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0448 0.9552 2 2 0.0000 0.0333 0.9667 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 515 166 349 0 0 0 2 164 0 0 348 0 1 0.0000 0.0000 0.0029 166.000 1.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0180 0.9820
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 405 117 288 64 0 3 0 50 0 0 284 0 4 0.5470 0.0000 0.0139 38.000 0.45 3.12 -2.67 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3596 0.5067 0.1338 1 1 0.3562 0.5061 0.1377 1 1 0.3517 0.5054 0.1429
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 237 110 127 64 0 7 0 39 0 0 123 0 4 0.5818 0.0000 0.0315 14.714 0.67 6.03 -5.35 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5572 0.3912 0.0517 1 0 0.5482 0.3967 0.0551 1 0 0.5362 0.4039 0.0599
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 825 183 642 5 0 25 0 153 0 0 634 0 8 0.0273 0.0000 0.0125 6.320 1.40 6.17 -4.77 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9808 0.0192 2 2 0.0000 0.3091 0.6909 2 2 0.0000 0.1021 0.8979
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 756 139 617 53 0 34 0 52 0 0 615 0 2 0.3813 0.0000 0.0032 3.088 0.36 6.37 -6.01 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2343 0.5330 0.2327 1 1 0.2360 0.5305 0.2335 1 1 0.2382 0.5274 0.2344
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 284 96 188 48 0 5 0 43 0 0 188 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 18.200 0.27 3.33 -3.05 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3219 0.5147 0.1633 1 1 0.3207 0.5134 0.1659 1 1 0.3191 0.5117 0.1692
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1040 277 763 134 1 12 29 101 0 0 749 1 13 0.4838 0.0000 0.0183 27.222 2.40 6.07 -3.67 62 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3392 0.6223 0.0385 1 1 0.3464 0.6150 0.0387 1 1 0.3556 0.6055 0.0389
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 557 271 286 0 0 19 2 250 0 0 285 0 1 0.0000 0.0000 0.0035 13.889 5.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 372 149 223 88 0 3 0 58 0 0 220 0 3 0.5906 0.0000 0.0135 48.667 0.33 7.53 -7.20 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7084 0.2794 0.0122 1 0 0.6999 0.2867 0.0134 1 0 0.6884 0.2965 0.0151
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 212 82 130 44 0 1 0 37 0 0 129 0 1 0.5366 0.0000 0.0077 81.000 0.45 2.43 -1.98 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3129 0.5142 0.1729 1 1 0.3111 0.5131 0.1758 1 1 0.3085 0.5118 0.1797
chr8 73009048 C CGAGGAG 0.001141 0.050 1 6 5 339 74 265 28 0 25 0 21 0 0 264 0 1 0.3784 0.0000 0.0038 1.960 1.14 5.10 -3.95 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5581 0.4415 0.0004 1 0 0.5564 0.4432 0.0004 1 0 0.5541 0.4455 0.0004
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.050 1 -4 1 208 67 141 60 0 6 0 1 0 0 141 0 0 0.8955 0.0000 0.0000 10.167 0.35 4.00 -3.65 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4694 0.5306 0.0000 0 0 0.6925 0.3075 0.0000 0 0 0.7439 0.2561 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 296 68 228 37 0 7 0 24 0 0 218 0 10 0.5441 0.0000 0.0439 8.714 0.68 12.71 -12.03 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2760 0.5189 0.2051 1 1 0.2754 0.5175 0.2071 1 1 0.2747 0.5157 0.2096
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.050 1 3 5 219 68 151 31 0 2 0 35 0 0 151 0 0 0.4559 0.0000 0.0000 33.000 0.19 4.49 -4.29 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.5153 0.2897 1 1 0.1973 0.5141 0.2886 1 1 0.2002 0.5127 0.2871
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 732 230 502 120 0 5 1 104 0 0 502 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 44.800 2.50 16.60 -14.10 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4062 0.5036 0.0902 1 1 0.4024 0.5030 0.0946 1 1 0.3970 0.5023 0.1008
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 453 122 331 0 0 19 3 100 0 0 331 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.421 4.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1047 242 805 84 0 48 1 109 3 1 780 0 21 0.3471 0.0037 0.0311 4.042 0.55 10.79 -10.24 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0109 0.2362 0.7529 1 2 0.0126 0.2470 0.7404 1 2 0.0152 0.2618 0.7229
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1281 237 1044 212 11 10 0 4 0 0 1044 0 0 0.8945 0.0000 0.0000 37.833 1.67 3.00 -1.33 66 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6666 0.3334 0.0000 0 0 0.9878 0.0122 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1282 241 1041 12 204 17 2 6 0 0 1041 0 0 0.0498 0.0000 0.0000 10.111 3.08 2.33 0.75 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 0 0.8455 0.1545 0.0000 0 0 0.9737 0.0263 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1121 377 744 139 8 73 13 144 0 0 740 0 4 0.3687 0.0000 0.0054 4.222 0.19 3.24 -3.05 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2010 0.6697 0.1293 1 1 0.2098 0.6621 0.1281 1 1 0.2215 0.6521 0.1264
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 389 116 273 0 0 28 0 88 0 0 266 0 7 0.0000 0.0000 0.0256 3.143 5.94 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0836 0.9164 2 2 0.0000 0.0874 0.9126 2 2 0.0000 0.0928 0.9072
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 389 116 273 0 2 27 1 86 0 0 266 0 7 0.0000 0.0000 0.0256 3.259 5.91 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3082 0.6918 2 2 0.0000 0.1661 0.8339 2 2 0.0000 0.1375 0.8625
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 642 185 457 100 0 2 0 83 0 0 457 0 0 0.5405 0.0000 0.0000 91.500 0.16 1.77 -1.61 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4414 0.4764 0.0822 1 1 0.4358 0.4777 0.0866 1 1 0.4281 0.4793 0.0926
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 776 209 567 107 1 30 0 71 0 0 563 0 4 0.5120 0.0000 0.0071 5.967 0.53 10.06 -9.52 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6538 0.3210 0.0252 1 0 0.6419 0.3300 0.0281 1 0 0.6257 0.3420 0.0323
chr9 38396323 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 707 134 573 66 0 1 0 67 0 0 571 1 1 0.4925 0.0000 0.0035 133.000 0.41 1.55 -1.14 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1972 0.5384 0.2644 1 1 0.1997 0.5355 0.2648 1 1 0.2030 0.5319 0.2651
chr9 38396908 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 649 152 497 149 0 0 0 3 0 0 497 0 0 0.9803 0.0000 0.0000 152.000 0.31 1.00 -0.69 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2453 0.7547 0.0000 0 0 0.8422 0.1578 0.0000 0 0 0.9211 0.0789 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 293 31 262 26 1 0 0 4 0 0 262 0 0 0.8387 0.0000 0.0000 31.000 0.38 1.00 -0.62 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9931 0.0004 0 1 0.1195 0.8804 0.0001 0 1 0.3020 0.6980 0.0000
chr9 73160286 A AG 0.500000 0.050 1 1 3 220 91 129 48 0 0 0 43 0 0 129 0 0 0.5275 0.0000 0.0000 91.000 0.35 1.35 -0.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2980 0.5202 0.1818 1 1 0.2968 0.5187 0.1845 1 1 0.2951 0.5168 0.1881
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 457 140 317 81 0 4 0 55 0 0 308 0 9 0.5786 0.0000 0.0284 34.000 0.23 13.47 -13.24 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4512 0.4648 0.0840 1 1 0.4447 0.4669 0.0883 1 1 0.4360 0.4697 0.0943
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 702 165 537 78 0 13 0 74 0 0 526 0 11 0.4727 0.0000 0.0205 11.692 0.37 11.04 -10.67 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1551 0.5350 0.3099 1 1 0.1588 0.5324 0.3089 1 1 0.1636 0.5290 0.3073
chr9 85741906 G GGCGGCGGCGGCGGCAGCT 0.500000 0.050 1 18 1 209 96 113 37 0 33 0 26 0 0 105 0 8 0.3854 0.0000 0.0708 1.909 0.78 10.65 -9.87 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2760 0.5189 0.2051 1 1 0.2754 0.5175 0.2071 1 1 0.2747 0.5157 0.2096
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 475 124 351 62 0 1 0 61 0 0 348 0 3 0.5000 0.0000 0.0085 123.000 0.29 3.28 -2.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2086 0.5372 0.2542 1 1 0.2107 0.5344 0.2549 1 1 0.2135 0.5309 0.2556
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 266 99 167 2 1 24 8 64 0 0 166 0 1 0.0202 0.0000 0.0060 3.261 0.00 3.05 -3.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9381 0.0619 2 1 0.0000 0.5468 0.4532 2 2 0.0000 0.3512 0.6488
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.050 1 -6 2 266 100 166 4 6 84 0 6 0 0 166 0 0 0.0400 0.0000 0.0000 0.134 2.75 6.17 -3.42 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2915 0.5006 0.2079 1 1 0.2899 0.5006 0.2095 1 1 0.2877 0.5009 0.2114
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 431 163 268 3 0 4 2 154 0 0 268 0 0 0.0184 0.0000 0.0000 39.500 0.00 8.81 -8.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7261 0.2739 2 2 0.0000 0.1370 0.8630 2 2 0.0000 0.0678 0.9322
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 657 240 417 117 0 2 0 121 0 0 415 0 2 0.4875 0.0000 0.0048 119.000 0.23 3.20 -2.97 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1559 0.5621 0.2820 1 1 0.1598 0.5575 0.2827 1 1 0.1651 0.5516 0.2833
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 860 154 706 38 8 36 2 70 2 2 696 0 6 0.2468 0.0028 0.0142 3.257 8.95 5.70 3.25 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0354 0.3451 0.6195 1 2 0.0388 0.3535 0.6077 1 2 0.0436 0.3648 0.5916
chr9 97854424 C CGCTGCCGCA 0.500000 0.050 1 9 2 856 144 712 59 3 4 2 76 5 1 700 3 3 0.4097 0.0070 0.0169 34.250 5.41 6.46 -1.05 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0908 0.4761 0.4331 1 1 0.0952 0.4775 0.4273 1 1 0.1011 0.4793 0.4195
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 676 140 536 65 0 16 0 59 0 0 529 1 6 0.4643 0.0000 0.0131 7.750 0.06 5.49 -5.43 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2189 0.5396 0.2415 1 1 0.2208 0.5366 0.2426 1 1 0.2231 0.5329 0.2440
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 272 111 161 0 0 2 0 109 0 0 158 0 3 0.0000 0.0000 0.0186 54.500 3.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0563 0.9437 2 2 0.0000 0.0594 0.9406 2 2 0.0000 0.0639 0.9361
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 455 106 349 2 0 15 1 88 0 0 347 0 2 0.0189 0.0000 0.0057 6.067 1.00 6.23 -5.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7266 0.2734 2 2 0.0000 0.2877 0.7123 2 2 0.0000 0.1922 0.8078
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 1345 301 1044 268 0 24 0 9 0 0 1043 0 1 0.8904 0.0000 0.0010 11.542 0.27 2.33 -2.06 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4934 0.5066 0.0000 0 0 0.9382 0.0618 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 546 178 368 90 0 1 0 87 0 1 365 0 2 0.5056 0.0000 0.0082 177.000 0.39 3.15 -2.76 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2435 0.5536 0.2029 1 1 0.2449 0.5496 0.2055 1 1 0.2466 0.5446 0.2088
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 538 162 376 74 1 13 0 74 0 0 369 0 7 0.4568 0.0000 0.0186 11.462 0.18 7.69 -7.51 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1647 0.5366 0.2987 1 1 0.1681 0.5339 0.2980 1 1 0.1727 0.5304 0.2969
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 430 135 295 8 2 35 4 86 0 0 290 1 4 0.0593 0.0000 0.0169 2.857 1.50 3.27 -1.77 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 1 0.0000 0.8064 0.1936
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 300 125 175 119 0 1 1 4 1 0 174 0 0 0.9520 0.0057 0.0057 123.000 1.64 1.75 -0.11 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.5421 0.4579 0.0000 0 0 0.7839 0.2161 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 300 125 175 119 0 1 1 4 1 0 174 0 0 0.9520 0.0057 0.0057 123.000 1.64 1.75 -0.11 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.5421 0.4579 0.0000 0 0 0.7839 0.2161 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 310 102 208 97 0 2 0 3 0 0 207 0 1 0.9510 0.0000 0.0048 50.000 0.22 1.67 -1.45 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0180 0.9820 0.0000 0 1 0.4338 0.5662 0.0000 0 0 0.6990 0.3010 0.0000
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 387 92 295 46 0 1 0 45 0 0 295 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 91.000 0.30 1.16 -0.85 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2479 0.5275 0.2246 1 1 0.2486 0.5254 0.2260 1 1 0.2493 0.5228 0.2279
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 305 114 191 106 1 2 0 5 0 0 191 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 56.000 0.44 4.60 -4.16 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.3318 0.6682 0.0000 0 0 0.6698 0.3302 0.0000
chr9 136050054 CGCGGCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 1441 356 1085 169 1 30 2 154 0 0 1080 0 5 0.4747 0.0000 0.0046 11.207 0.90 5.95 -5.06 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3044 0.5747 0.1208 1 1 0.3053 0.5691 0.1256 1 1 0.3061 0.5620 0.1319
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 467 167 300 147 6 12 0 2 0 0 299 1 0 0.8802 0.0000 0.0033 12.667 1.14 16.00 -14.86 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6241 0.3759 0.0000 0 0 0.9142 0.0858 0.0000 0 0 0.9458 0.0542 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 224 116 108 45 4 20 0 47 0 0 108 0 0 0.3879 0.0000 0.0000 4.800 0.40 2.89 -2.49 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2591 0.5281 0.2128 1 1 0.2594 0.5260 0.2146 1 1 0.2597 0.5233 0.2170
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 235 87 148 44 0 2 1 40 0 0 147 0 1 0.5057 0.0000 0.0068 42.500 0.09 4.17 -4.08 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4134 0.5087 0.0779 1 1 0.4140 0.5074 0.0786 1 1 0.4145 0.5058 0.0796
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 819 193 626 100 1 29 0 63 0 0 614 1 11 0.5181 0.0000 0.0192 5.655 0.42 5.68 -5.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5745 0.3839 0.0417 1 0 0.5648 0.3900 0.0452 1 0 0.5516 0.3982 0.0502
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 590 173 417 81 1 3 1 87 0 0 416 0 1 0.4682 0.0000 0.0024 56.667 0.23 1.28 -1.04 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2140 0.5652 0.2208 1 1 0.2188 0.5613 0.2198 1 1 0.2252 0.5564 0.2184
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.050 1 -1 1 682 176 506 125 0 0 0 51 0 0 506 0 0 0.7102 0.0000 0.0000 176.000 0.26 1.29 -1.03 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9683 0.0317 0.0000 1 0 0.9642 0.0358 0.0000 1 0 0.9580 0.0419 0.0000
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.050 1 1 1 703 230 473 222 0 4 0 4 0 0 473 0 0 0.9652 0.0000 0.0000 56.500 0.20 1.75 -1.55 114 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7234 0.2766 0.0000 0 0 0.9907 0.0093 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.050 1 -2 1 952 231 721 225 2 0 0 4 0 0 720 0 1 0.9740 0.0000 0.0014 230.000 0.22 2.25 -2.03 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2096 0.7904 0.0000 0 0 0.9670 0.0330 0.0000 0 0 0.9910 0.0090 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 368 74 294 30 1 14 0 29 0 0 294 0 0 0.4054 0.0000 0.0000 4.286 0.10 3.34 -3.24 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4296 0.5017 0.0687 1 1 0.4298 0.5009 0.0692 1 1 0.4300 0.5001 0.0699
chr10 80081665 C CAA 0.055364 0.050 1 2 1 202 32 170 1 18 2 0 11 0 0 170 0 0 0.0312 0.0000 0.0000 15.000 0.00 3.09 -3.09 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5648 0.4200 0.0152 1 0 0.5616 0.4228 0.0156 1 0 0.5574 0.4266 0.0161
chr10 80081672 AAAAG A 0.045655 0.050 1 -4 10 205 37 168 18 1 0 0 18 0 0 168 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 36.000 1.94 4.28 -2.33 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4767 0.5022 0.0211 1 1 0.4772 0.5017 0.0212 1 1 0.4777 0.5011 0.0213
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 704 235 469 202 0 27 0 6 0 0 468 0 1 0.8596 0.0000 0.0021 7.704 0.76 6.33 -5.57 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.6279 0.3721 0.0000 0 0 0.9211 0.0789 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 369 88 281 76 0 7 0 5 0 0 281 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 11.571 0.57 6.80 -6.23 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.2037 0.7963 0.0000 0 0 0.5164 0.4836 0.0000
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.050 1 -3 1 140 66 74 65 0 0 0 1 0 0 74 0 0 0.9848 0.0000 0.0000 66.000 0.38 4.00 -3.62 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9694 0.0306 0.0000 0 0 0.9877 0.0123 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 192 70 122 0 0 2 23 45 0 0 119 0 3 0.0000 0.0000 0.0246 34.000 3.27 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0613 0.9387 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0664 0.9336
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 330 107 223 0 0 13 0 94 0 0 222 0 1 0.0000 0.0000 0.0045 7.231 2.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0728 0.9272 2 2 0.0000 0.0761 0.9239 2 2 0.0000 0.0809 0.9191
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.050 1 1 1 213 55 158 45 2 4 0 4 0 0 158 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 12.500 0.13 1.00 -0.87 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0478 0.9522 0.0000 0 0 0.6686 0.3314 0.0000 0 0 0.8627 0.1373 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 663 160 503 146 1 12 0 1 0 0 501 0 2 0.9125 0.0000 0.0040 12.250 0.51 2.00 -1.49 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6734 0.3266 0.0000 0 0 0.9719 0.0281 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 390 119 271 61 0 7 0 51 0 0 271 0 0 0.5126 0.0000 0.0000 16.000 0.39 1.31 -0.92 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3609 0.5048 0.1343 1 1 0.3575 0.5044 0.1382 1 1 0.3528 0.5038 0.1434
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 722 189 533 180 1 3 0 5 0 0 533 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 61.667 0.29 3.00 -2.71 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0493 0.9507 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000 0 0 0.9581 0.0419 0.0000
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 680 198 482 172 1 21 0 4 1 0 481 0 0 0.8687 0.0021 0.0021 8.429 0.47 9.25 -8.78 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6917 0.3083 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 276 101 175 54 0 1 0 46 0 0 175 0 0 0.5347 0.0000 0.0000 100.000 0.61 2.07 -1.45 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3685 0.5004 0.1311 1 1 0.3659 0.4999 0.1342 1 1 0.3624 0.4993 0.1384
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.050 1 -21 2 1486 377 1109 108 5 178 15 71 8 5 975 18 103 0.2865 0.0072 0.1208 1.109 2.36 13.54 -11.17 42 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0076 0.5231 0.4693 1 1 0.0096 0.5507 0.4397 1 1 0.0128 0.5864 0.4008
chr11 1186164 C CACCAGCACAACTTCTGCTTCTACA 0.095472 0.050 1 24 2 2916 673 2243 410 30 207 2 24 14 9 2181 21 18 0.6092 0.0062 0.0276 2.223 1.77 4.58 -2.81 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1115 216 899 4 1 81 0 130 0 0 899 0 0 0.0185 0.0000 0.0000 1.654 0.75 5.60 -4.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9596 0.0404 2 2 0.0000 0.3467 0.6533 2 2 0.0000 0.1497 0.8503
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 1126 336 790 11 0 112 4 209 0 0 790 0 0 0.0327 0.0000 0.0000 1.982 1.36 10.73 -9.37 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8483 0.1517 2 2 0.0000 0.1996 0.8004
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.050 1 -12 1 577 155 422 128 0 20 0 7 3 0 417 1 1 0.8258 0.0071 0.0118 6.750 1.52 10.43 -8.91 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1769 0.8231 0.0000 0 0 0.7313 0.2687 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 367 111 256 0 0 3 1 107 0 0 255 0 1 0.0000 0.0000 0.0039 36.000 3.44 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 719 220 499 101 1 7 0 111 0 0 498 0 1 0.4591 0.0000 0.0020 30.286 0.08 1.18 -1.10 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1226 0.5331 0.3443 1 1 0.1269 0.5305 0.3426 1 1 0.1327 0.5273 0.3400
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 197 89 108 3 0 3 80 3 0 0 107 1 0 0.0337 0.0000 0.0093 9.000 0.00 4.33 -4.33 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9629 0.0371 2 1 0.0000 0.6002 0.3998 2 2 0.0000 0.3947 0.6053
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 196 91 105 3 0 3 0 85 0 0 104 0 1 0.0330 0.0000 0.0095 44.000 0.00 2.12 -2.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9382 0.0618 2 2 0.0000 0.4681 0.5319 2 2 0.0000 0.2776 0.7224
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 606 160 446 153 0 3 0 4 0 0 446 0 0 0.9563 0.0000 0.0000 52.333 0.09 4.50 -4.41 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0653 0.9347 0.0000 0 0 0.7511 0.2489 0.0000 0 0 0.8986 0.1014 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 827 207 620 8 0 8 0 191 0 0 616 0 4 0.0386 0.0000 0.0065 24.875 0.12 2.25 -2.13 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.6274 0.3726 2 2 0.0000 0.1538 0.8462
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1069 238 831 0 0 2 0 236 0 0 817 0 14 0.0000 0.0000 0.0168 118.000 5.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 739 186 553 0 0 6 0 180 0 0 553 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 30.000 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0132 0.9868
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 535 140 395 97 0 2 0 41 0 0 386 0 9 0.6929 0.0000 0.0228 69.000 0.10 17.24 -17.14 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8039 0.1884 0.0077 1 0 0.7909 0.2000 0.0091 1 0 0.7727 0.2161 0.0112
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1262 295 967 160 0 15 1 119 0 0 963 0 4 0.5424 0.0000 0.0041 18.667 0.21 4.16 -3.95 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6642 0.3169 0.0189 1 0 0.6535 0.3252 0.0213 1 0 0.6385 0.3365 0.0249
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 538 148 390 3 0 1 1 143 0 0 389 0 1 0.0203 0.0000 0.0026 146.000 0.00 2.15 -2.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7768 0.2232 2 2 0.0000 0.1727 0.8273 2 2 0.0000 0.0867 0.9133
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 802 156 646 0 0 20 0 136 0 0 620 0 26 0.0000 0.0000 0.0402 6.800 9.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0181 0.9819 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr11 8392542 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 294 103 191 100 0 1 1 1 0 0 189 0 2 0.9709 0.0000 0.0105 102.000 0.23 7.00 -6.77 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0522 0.9478 0.0000 0 0 0.5236 0.4764 0.0000 0 0 0.7367 0.2633 0.0000
chr11 8392543 G GAACCA 0.500000 0.050 1 5 2 293 106 187 102 0 2 0 2 0 0 185 0 2 0.9623 0.0000 0.0107 52.000 0.22 3.50 -3.28 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0187 0.9813 0.0000 0 1 0.4613 0.5387 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 272 116 156 7 0 20 1 88 0 0 154 0 2 0.0603 0.0000 0.0128 4.800 0.43 3.89 -3.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9191 0.0809 2 1 0.0000 0.6034 0.3966
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 172 54 118 32 0 1 0 21 0 0 118 0 0 0.5926 0.0000 0.0000 53.000 0.09 3.05 -2.95 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3882 0.4809 0.1308 1 1 0.3831 0.4822 0.1346 1 1 0.3763 0.4839 0.1397
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 331 156 175 62 1 19 0 74 0 0 174 0 1 0.3974 0.0000 0.0057 7.211 0.37 3.12 -2.75 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1168 0.5005 0.3827 1 1 0.1210 0.5003 0.3787 1 1 0.1266 0.5001 0.3733
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 224 92 132 87 0 2 0 3 0 0 132 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 45.000 0.26 6.00 -5.74 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0625 0.9375 0.0000 0 0 0.5354 0.4646 0.0000 0 0 0.7252 0.2748 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 815 220 595 4 1 8 0 207 0 0 587 0 8 0.0182 0.0000 0.0134 26.500 0.25 3.20 -2.95 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8917 0.1083 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.0341 0.9659
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1082 235 847 0 0 3 0 232 0 0 840 0 7 0.0000 0.0000 0.0083 77.333 2.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.050 1 -8 1 991 235 756 225 0 6 0 4 0 0 756 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 38.167 0.27 8.00 -7.73 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2956 0.7044 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000 0 0 0.9803 0.0197 0.0000
chr11 58227977 TTGTTCC T 0.500000 0.050 1 -6 2 474 117 357 112 1 0 1 3 0 0 357 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 116.000 0.47 6.33 -5.86 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0975 0.9025 0.0000 0 0 0.6541 0.3459 0.0000 0 0 0.8136 0.1864 0.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 594 145 449 141 0 1 0 3 0 0 449 0 0 0.9724 0.0000 0.0000 144.000 0.23 1.33 -1.11 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2078 0.7922 0.0000 0 0 0.8138 0.1862 0.0000 0 0 0.9060 0.0940 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 98 50 48 28 1 0 0 21 0 0 48 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 49.000 0.11 2.71 -2.61 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3439 0.4970 0.1591 1 1 0.3405 0.4972 0.1622 1 1 0.3360 0.4975 0.1665
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 203 92 111 71 9 7 0 5 1 0 110 0 0 0.7717 0.0090 0.0090 12.000 1.28 3.00 -1.72 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.2069 0.7931 0.0000 0 0 0.5202 0.4798 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 1027 284 743 0 0 1 0 283 0 0 741 0 2 0.0000 0.0000 0.0027 283.000 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 343 121 222 77 0 2 0 42 0 0 218 0 4 0.6364 0.0000 0.0180 59.500 0.23 15.90 -15.67 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6458 0.3241 0.0301 1 0 0.6333 0.3334 0.0332 1 0 0.6164 0.3458 0.0378
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 155 73 82 72 0 0 0 1 0 0 82 0 0 0.9863 0.0000 0.0000 73.000 0.42 3.00 -2.58 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5465 0.4535 0.0000 0 0 0.7519 0.2481 0.0000 0 0 0.7949 0.2051 0.0000
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 513 130 383 6 0 4 0 120 0 0 378 0 5 0.0462 0.0000 0.0131 31.500 0.17 4.33 -4.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.7159 0.2841 2 2 0.0000 0.3171 0.6829
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 682 83 599 66 0 0 0 17 0 0 599 0 0 0.7952 0.0000 0.0000 83.000 0.41 1.65 -1.24 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8288 0.1647 0.0065 0 1 0.3196 0.6773 0.0030 0 1 0.0116 0.9884 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1386 379 1007 1 2 78 5 293 0 0 1005 0 2 0.0026 0.0000 0.0020 3.808 3.00 7.28 -4.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 800 248 552 0 1 36 2 209 0 0 552 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.889 9.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0083 0.9917
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 298 138 160 130 0 7 0 1 0 0 160 0 0 0.9420 0.0000 0.0000 18.714 0.25 8.00 -7.75 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8381 0.1619 0.0000 0 0 0.9271 0.0729 0.0000 0 0 0.9399 0.0601 0.0000
chr11 119664967 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 531 126 405 11 2 16 0 97 0 0 399 0 6 0.0873 0.0000 0.0148 6.875 1.82 3.31 -1.49 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.9128 0.0872
chr11 124396801 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 868 217 651 205 0 8 0 4 0 0 651 0 0 0.9447 0.0000 0.0000 26.125 0.28 7.00 -6.72 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2172 0.7828 0.0000 0 0 0.9166 0.0834 0.0000 0 0 0.9687 0.0313 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 430 153 277 143 0 8 0 2 0 0 277 0 0 0.9346 0.0000 0.0000 18.125 0.20 3.00 -2.80 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5826 0.4174 0.0000 0 0 0.8994 0.1006 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 244 83 161 69 0 11 0 3 0 0 161 0 0 0.8313 0.0000 0.0000 6.545 0.25 4.67 -4.42 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0408 0.9592 0.0000 0 1 0.4252 0.5748 0.0000 0 0 0.6317 0.3683 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 394 110 284 3 45 10 0 52 0 0 280 2 2 0.0273 0.0000 0.0141 10.000 0.00 3.38 -3.38 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1578 0.5152 0.3270 1 1 0.1612 0.5140 0.3248 1 1 0.1657 0.5126 0.3218
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 394 118 276 49 11 10 2 46 0 1 274 0 1 0.4153 0.0000 0.0072 10.800 2.63 3.89 -1.26 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3854 0.4936 0.1210 1 1 0.3810 0.4939 0.1251 1 1 0.3750 0.4944 0.1306
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 325 97 228 58 0 2 0 37 0 0 228 0 0 0.5979 0.0000 0.0000 47.500 0.17 1.78 -1.61 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6178 0.3503 0.0319 1 0 0.6097 0.3563 0.0340 1 0 0.5987 0.3643 0.0370
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 325 133 192 129 0 0 0 4 0 0 192 0 0 0.9699 0.0000 0.0000 133.000 0.74 1.75 -1.01 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0259 0.9741 0.0000 0 0 0.5353 0.4647 0.0000 0 0 0.7745 0.2255 0.0000
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 646 153 493 74 0 3 0 76 0 0 490 0 3 0.4837 0.0000 0.0061 50.000 0.23 3.21 -2.98 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3304 0.5873 0.0823 1 1 0.3355 0.5825 0.0820 1 1 0.3421 0.5763 0.0816
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 653 150 503 73 0 2 0 75 0 0 500 0 3 0.4867 0.0000 0.0060 74.000 0.23 3.24 -3.01 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3307 0.5868 0.0825 1 1 0.3358 0.5821 0.0822 1 1 0.3424 0.5759 0.0817
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 451 145 306 2 0 33 10 100 0 1 301 0 4 0.0138 0.0000 0.0163 3.364 0.00 3.33 -3.33 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6236 0.3764 2 2 0.0000 0.1913 0.8087 2 2 0.0000 0.1172 0.8828
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 5337 1244 4093 366 1 17 1 859 0 0 4070 0 23 0.2942 0.0000 0.0056 72.176 2.07 4.12 -2.05 58 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 224 90 134 45 0 5 0 40 0 0 132 0 2 0.5000 0.0000 0.0149 17.000 0.18 4.83 -4.65 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2714 0.5241 0.2045 1 1 0.2711 0.5223 0.2066 1 1 0.2706 0.5200 0.2094
chr12 11092079 GAGCAGTGAGAATTTGGTC G 0.014019 0.050 1 -18 1 491 156 335 149 2 2 0 3 0 0 335 0 0 0.9551 0.0000 0.0000 77.000 2.38 19.00 -16.62 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 295 139 156 0 0 10 6 123 0 0 156 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.900 4.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0192 0.9808 2 2 0.0000 0.0210 0.9790
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 388 80 308 0 0 0 0 80 0 0 308 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 80.000 3.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1690 0.8310 2 2 0.0000 0.1748 0.8252 2 2 0.0000 0.1829 0.8171
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 1765 639 1126 511 13 103 3 9 3 4 1119 0 0 0.7997 0.0027 0.0062 5.267 1.85 12.67 -10.82 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3304 0.6696 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.050 1 -30 1 1904 402 1502 176 0 53 1 172 3 5 1492 2 0 0.4378 0.0020 0.0067 6.585 2.48 11.53 -9.05 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4444 0.5234 0.0322 1 1 0.4477 0.5188 0.0335 1 1 0.4516 0.5131 0.0353
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1630 321 1309 95 4 136 0 86 2 0 1264 2 41 0.2960 0.0015 0.0344 1.353 2.12 4.86 -2.74 13 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0348 0.3784 0.5868 1 2 0.0381 0.3844 0.5774 1 2 0.0428 0.3925 0.5646
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 205 75 130 36 1 1 0 37 0 0 128 0 2 0.4800 0.0000 0.0154 74.000 0.14 1.35 -1.21 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3183 0.5332 0.1485 1 1 0.3205 0.5311 0.1483 1 1 0.3234 0.5285 0.1482
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 983 264 719 141 1 21 2 99 2 2 715 0 0 0.5341 0.0028 0.0056 11.571 0.78 12.38 -11.60 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7813 0.2109 0.0077 1 0 0.7696 0.2213 0.0091 1 0 0.7532 0.2356 0.0111
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 328 81 247 73 0 5 0 3 0 0 247 0 0 0.9012 0.0000 0.0000 15.200 0.34 1.33 -0.99 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1012 0.8988 0.0000 0 0 0.6536 0.3464 0.0000 0 0 0.8128 0.1872 0.0000
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 364 82 282 32 0 2 0 48 0 0 278 0 4 0.3902 0.0000 0.0142 40.000 0.22 1.21 -0.99 22 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0913 0.4578 0.4509 1 1 0.0965 0.4620 0.4415 1 1 0.1036 0.4674 0.4290
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 417 98 319 35 8 14 6 35 0 0 319 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 5.571 0.97 1.94 -0.97 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3704 0.5137 0.1159 1 1 0.3709 0.5123 0.1168 1 1 0.3714 0.5105 0.1180
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 113 58 55 33 0 1 0 24 0 0 55 0 0 0.5690 0.0000 0.0000 57.000 0.24 2.50 -2.26 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2752 0.5244 0.2004 1 1 0.2716 0.5237 0.2047 1 1 0.2669 0.5228 0.2104
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 370 86 284 41 0 2 0 43 0 1 283 0 0 0.4767 0.0000 0.0035 42.000 1.12 3.91 -2.79 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2661 0.5283 0.2056 1 1 0.2678 0.5263 0.2059 1 1 0.2700 0.5237 0.2063
chr12 69694439 GT G 0.031623 0.050 1 -1 1 164 71 93 64 0 5 0 2 0 0 93 0 0 0.9014 0.0000 0.0000 13.200 0.33 1.00 -0.67 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8587 0.1413 0.0000 0 0 0.9751 0.0249 0.0000 0 0 0.9854 0.0146 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 141 49 92 45 0 3 0 1 0 0 92 0 0 0.9184 0.0000 0.0000 15.333 0.44 3.00 -2.56 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4911 0.5089 0.0000 0 0 0.7123 0.2877 0.0000 0 0 0.7634 0.2366 0.0000
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1083 288 795 0 0 19 2 267 0 0 789 0 6 0.0000 0.0000 0.0075 14.158 3.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 476 143 333 89 8 40 0 6 0 0 333 0 0 0.6224 0.0000 0.0000 2.575 0.57 2.83 -2.26 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1664 0.8336 0.0000 0 0 0.5245 0.4755 0.0000
chr12 106247569 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 391 61 330 25 1 13 4 18 1 0 328 1 0 0.4098 0.0030 0.0061 3.538 1.16 5.28 -4.12 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2975 0.5091 0.1934 1 1 0.2959 0.5084 0.1956 1 1 0.2939 0.5076 0.1986
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 386 108 278 53 1 14 0 40 0 0 272 0 6 0.4907 0.0000 0.0216 6.643 1.36 4.55 -3.19 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3313 0.5130 0.1558 1 1 0.3288 0.5120 0.1592 1 1 0.3256 0.5107 0.1637
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 643 173 470 0 0 20 6 147 0 0 469 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 8.053 4.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0201 0.9799 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0241 0.9759
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 196 108 88 0 0 1 0 107 0 0 88 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 107.000 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0715 0.9285
chr12 113955166 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 100 56 44 50 0 3 0 3 0 0 44 0 0 0.8929 0.0000 0.0000 17.667 0.84 3.00 -2.16 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0261 0.9739 0.0000 0 1 0.3170 0.6830 0.0000 0 0 0.5211 0.4789 0.0000
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 208 91 117 48 3 8 0 32 0 0 117 0 0 0.5275 0.0000 0.0000 10.125 0.35 5.97 -5.61 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4901 0.4320 0.0779 1 0 0.4815 0.4364 0.0821 1 0 0.4700 0.4420 0.0880
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 441 106 335 7 7 19 22 51 0 0 329 0 6 0.0660 0.0000 0.0179 4.158 2.29 5.80 -3.52 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 1 0.0000 0.8662 0.1338
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 341 114 227 0 0 11 2 101 0 0 222 0 5 0.0000 0.0000 0.0220 9.364 5.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0619 0.9381 2 2 0.0000 0.0652 0.9348 2 2 0.0000 0.0699 0.9301
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 341 96 245 47 0 7 0 42 1 0 237 0 7 0.4896 0.0041 0.0327 12.714 0.26 9.45 -9.20 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2237 0.5293 0.2470 1 1 0.2252 0.5271 0.2477 1 1 0.2271 0.5243 0.2485
chr12 122200593 A AGGGGGAGAAAGACAAGAAAGG 0.500000 0.050 1 21 3 661 158 503 140 0 13 0 5 0 0 502 0 1 0.8861 0.0000 0.0020 11.154 0.25 9.20 -8.95 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.3648 0.6352 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 721 186 535 0 0 22 0 164 0 0 517 1 17 0.0000 0.0000 0.0336 7.455 8.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 271 106 165 2 2 26 5 71 0 0 158 0 7 0.0189 0.0000 0.0424 3.077 0.00 3.73 -3.73 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.6428 0.3572 2 2 0.0000 0.3742 0.6258
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 271 106 165 5 1 62 1 37 0 0 159 0 6 0.0472 0.0000 0.0364 0.717 1.80 4.78 -2.98 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9426 0.0574 2 1 0.0000 0.7521 0.2479
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 188 71 117 3 1 11 1 55 0 0 115 1 1 0.0423 0.0000 0.0171 5.364 0.67 3.69 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.7728 0.2272 2 1 0.0000 0.5232 0.4768
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 210 61 149 0 0 5 0 56 0 0 142 0 7 0.0000 0.0000 0.0470 11.200 9.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1701 0.8299 2 2 0.0000 0.1746 0.8254 2 2 0.0000 0.1809 0.8191
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 544 158 386 10 1 42 3 102 0 1 385 0 0 0.0633 0.0000 0.0026 2.829 0.70 2.59 -1.89 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 1 0.0000 0.8654 0.1346
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 821 205 616 84 0 36 2 83 0 0 607 1 8 0.4098 0.0000 0.0146 4.667 0.26 5.99 -5.73 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1382 0.5312 0.3305 1 1 0.1425 0.5290 0.3286 1 1 0.1481 0.5261 0.3257
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.050 1 -1 2 308 145 163 67 0 26 0 52 0 0 163 0 0 0.4621 0.0000 0.0000 4.577 0.12 1.17 -1.05 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6137 0.3723 0.0141 1 0 0.6091 0.3761 0.0148 1 0 0.6030 0.3812 0.0158
chr13 44574729 TCCA T 0.014416 0.050 1 -3 1 835 186 649 174 1 7 0 4 0 0 648 0 1 0.9355 0.0000 0.0015 25.571 0.16 3.00 -2.84 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6145 0.3855 0.0000 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 557 172 385 88 1 5 2 76 0 0 381 0 4 0.5116 0.0000 0.0104 33.200 0.55 13.58 -13.03 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3261 0.5316 0.1423 1 1 0.3252 0.5290 0.1458 1 1 0.3237 0.5257 0.1505
chr13 52643320 GA G 0.014898 0.050 1 -1 1 722 176 546 81 1 2 0 92 0 0 546 0 0 0.4602 0.0000 0.0000 86.500 0.40 1.37 -0.97 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3205 0.6662 0.0133 1 1 0.3283 0.6586 0.0131 1 1 0.3385 0.6487 0.0128
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 720 124 596 0 0 20 0 104 0 0 591 1 4 0.0000 0.0000 0.0084 5.474 4.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0150 0.9850 2 2 0.0000 0.0162 0.9838
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 496 84 412 21 0 33 5 25 1 1 406 3 1 0.2500 0.0024 0.0146 1.545 2.14 4.60 -2.46 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1313 0.4824 0.3863 1 1 0.1351 0.4836 0.3813 1 1 0.1402 0.4852 0.3746
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 316 123 193 82 2 36 0 3 0 0 193 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 2.486 1.12 11.33 -10.21 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0587 0.9413 0.0000 0 0 0.5194 0.4806 0.0000 0 0 0.7125 0.2875 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 567 132 435 64 0 6 0 62 0 0 435 0 0 0.4848 0.0000 0.0000 21.000 0.42 3.26 -2.84 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2542 0.5372 0.2086 1 1 0.2549 0.5344 0.2107 1 1 0.2556 0.5309 0.2135
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1388 335 1053 111 0 10 1 213 0 0 1049 0 4 0.3313 0.0000 0.0038 32.500 0.23 1.74 -1.51 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0102 0.9898 1 2 0.0000 0.0121 0.9879 1 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 880 259 621 132 1 23 1 102 0 0 621 0 0 0.5097 0.0000 0.0000 10.261 0.23 1.44 -1.21 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6246 0.3483 0.0271 1 0 0.6150 0.3552 0.0299 1 0 0.6017 0.3644 0.0339
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 462 107 355 9 0 1 0 97 0 0 338 0 17 0.0841 0.0000 0.0479 106.000 0.11 18.46 -18.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9705 0.0295 2 1 0.0000 0.7120 0.2880
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 348 80 268 34 0 5 0 41 0 0 268 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 15.000 0.35 1.29 -0.94 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0918 0.4763 0.4319 1 1 0.0938 0.4768 0.4295 1 1 0.0964 0.4774 0.4262
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 668 175 493 157 0 14 1 3 0 0 493 0 0 0.8971 0.0000 0.0000 11.500 0.55 5.00 -4.45 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5344 0.4656 0.0000 0 0 0.9534 0.0466 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1287 295 992 155 121 12 0 7 0 2 990 0 0 0.5254 0.0000 0.0020 23.500 0.99 4.43 -3.44 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0396 0.9604 0.0000 0 0 0.9680 0.0320 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 547 151 396 4 0 17 1 129 0 0 388 0 8 0.0265 0.0000 0.0202 7.882 0.00 2.94 -2.94 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9825 0.0175 2 1 0.0000 0.5603 0.4397 2 2 0.0000 0.3001 0.6999
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 493 145 348 61 2 19 2 61 0 0 346 0 2 0.4207 0.0000 0.0057 6.474 0.25 3.15 -2.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1807 0.5340 0.2853 1 1 0.1827 0.5313 0.2860 1 1 0.1852 0.5279 0.2869
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 468 100 368 1 0 4 0 95 0 0 368 0 0 0.0100 0.0000 0.0000 24.000 0.00 4.85 -4.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5482 0.4518 2 2 0.0000 0.3266 0.6734 2 2 0.0000 0.2780 0.7220
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.050 1 6 2 470 105 365 6 3 9 2 85 0 0 365 0 0 0.0571 0.0000 0.0000 15.667 0.17 5.26 -5.09 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9941 0.0059 2 1 0.0000 0.9436 0.0564
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 772 232 540 213 5 11 0 3 0 0 540 0 0 0.9181 0.0000 0.0000 44.000 0.36 4.00 -3.64 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4633 0.5367 0.0000 0 0 0.9309 0.0691 0.0000 0 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 769 239 530 217 3 9 7 3 0 0 529 1 0 0.9079 0.0000 0.0019 25.111 0.37 4.00 -3.63 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 0 0.7765 0.2235 0.0000 0 0 0.9118 0.0882 0.0000
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 303 65 238 47 4 6 1 7 0 0 238 0 0 0.7231 0.0000 0.0000 11.800 1.74 4.57 -2.83 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0395 0.9605 0.0000 0 1 0.2564 0.7436 0.0000
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 319 70 249 33 0 2 3 32 0 0 249 0 0 0.4714 0.0000 0.0000 34.000 0.82 3.56 -2.74 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2735 0.5257 0.2008 1 1 0.2754 0.5240 0.2006 1 1 0.2778 0.5218 0.2004
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 297 78 219 40 0 2 0 36 0 0 219 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 38.000 0.53 1.50 -0.97 20 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4907 0.4804 0.0288 1 0 0.4904 0.4804 0.0293 1 0 0.4898 0.4804 0.0298
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 419 119 300 49 6 18 1 45 0 0 299 0 1 0.4118 0.0000 0.0033 5.556 0.27 3.73 -3.47 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4467 0.4750 0.0783 1 1 0.4445 0.4753 0.0802 1 1 0.4415 0.4757 0.0828
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 419 119 300 55 2 57 0 5 0 0 299 1 0 0.4622 0.0000 0.0033 1.132 0.64 5.60 -4.96 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1339 0.8661 0.0000 0 1 0.4517 0.5483 0.0000
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.050 1 24 1 317 69 248 17 0 36 0 16 0 0 244 0 4 0.2464 0.0000 0.0161 0.917 0.82 2.88 -2.05 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3579 0.5329 0.1092 1 1 0.3601 0.5312 0.1087 1 1 0.3629 0.5292 0.1079
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 621 125 496 0 2 19 3 101 0 0 485 0 11 0.0000 0.0000 0.0222 6.176 7.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0359 0.9641 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0194 0.9806
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 656 163 493 0 0 29 2 132 0 0 486 0 7 0.0000 0.0000 0.0142 4.586 7.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0078 0.9922
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 446 111 335 0 0 26 1 84 0 0 330 1 4 0.0000 0.0000 0.0149 3.269 6.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1377 0.8623 2 2 0.0000 0.1432 0.8568 2 2 0.0000 0.1510 0.8490
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 433 97 336 4 60 11 5 17 0 1 333 2 0 0.0412 0.0000 0.0089 16.000 1.25 3.29 -2.04 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6777 0.2957 0.0266 1 0 0.6654 0.3054 0.0293 1 0 0.6485 0.3183 0.0332
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 510 175 335 4 0 24 4 143 0 0 335 0 0 0.0229 0.0000 0.0000 6.292 0.25 2.98 -2.73 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9037 0.0963 2 2 0.0000 0.1759 0.8241 2 2 0.0000 0.0674 0.9326
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 515 93 422 41 0 11 1 40 0 0 416 0 6 0.4409 0.0000 0.0142 7.455 1.54 9.65 -8.11 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3199 0.5712 0.1089 1 1 0.3243 0.5678 0.1079 1 1 0.3301 0.5634 0.1065
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.050 1 -6 1 493 139 354 71 1 1 0 66 0 0 352 0 2 0.5108 0.0000 0.0056 137.000 0.55 5.83 -5.28 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4694 0.5021 0.0285 1 1 0.4705 0.5005 0.0290 1 1 0.4718 0.4986 0.0296
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 444 118 326 57 0 17 0 44 0 0 324 1 1 0.4831 0.0000 0.0061 5.941 1.07 3.55 -2.48 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4948 0.4440 0.0612 1 0 0.4910 0.4457 0.0633 1 0 0.4857 0.4480 0.0662
chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.050 1 -42 1 3118 1276 1842 839 54 165 16 202 43 41 1747 10 1 0.6575 0.0233 0.0516 6.712 1.24 5.35 -4.11 111 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 323 99 224 85 0 9 0 5 0 0 224 0 0 0.8586 0.0000 0.0000 11.250 1.69 4.80 -3.11 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 0 0.5093 0.4907 0.0000 0 0 0.8113 0.1887 0.0000
chr15 23360743 AAGG A 0.036305 0.050 1 -3 1 783 199 584 118 1 2 0 78 0 0 584 0 0 0.5930 0.0000 0.0000 98.500 0.38 3.18 -2.80 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8514 0.1481 0.0006 1 0 0.8436 0.1558 0.0006 1 0 0.8327 0.1665 0.0008
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 686 125 561 0 0 4 0 121 0 4 489 50 18 0.0000 0.0000 0.1283 30.250 4.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1821 488 1333 0 0 3 7 478 0 0 1311 8 14 0.0000 0.0000 0.0165 161.333 3.44 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 341 84 257 39 1 4 0 40 0 0 257 0 0 0.4643 0.0000 0.0000 20.000 0.05 1.65 -1.60 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2970 0.5245 0.1785 1 1 0.2982 0.5226 0.1792 1 1 0.2997 0.5203 0.1800
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 213 88 125 0 0 1 5 82 0 0 122 0 3 0.0000 0.0000 0.0240 86.000 1.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0524 0.9476 2 2 0.0000 0.0547 0.9453 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr15 31484007 T TGGCGGCGGCGGC 0.012752 0.050 1 12 1 685 164 521 57 2 32 8 65 2 1 508 1 9 0.3476 0.0038 0.0250 3.906 4.09 9.89 -5.80 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2461 0.7344 0.0195 1 1 0.2552 0.7259 0.0189 1 1 0.2674 0.7145 0.0181
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 688 175 513 65 13 31 2 64 0 0 509 0 4 0.3714 0.0000 0.0078 4.613 8.46 4.08 4.38 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2226 0.5627 0.2147 1 1 0.2208 0.5594 0.2198 1 1 0.2184 0.5551 0.2264
chr15 32798901 CCTT C 0.039558 0.050 1 -3 1 140 62 78 38 0 2 0 22 0 0 78 0 0 0.6129 0.0000 0.0000 30.000 0.05 3.14 -3.08 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6595 0.3350 0.0056 1 0 0.6537 0.3404 0.0059 1 0 0.6460 0.3477 0.0063
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.050 1 -3 3 245 74 171 41 1 1 0 31 0 0 170 0 1 0.5541 0.0000 0.0058 73.000 0.22 3.52 -3.30 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5394 0.4249 0.0357 1 0 0.5359 0.4273 0.0368 1 0 0.5312 0.4305 0.0384
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 429 147 282 137 0 3 0 7 0 0 282 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 48.000 1.25 2.00 -0.75 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3551 0.6449 0.0000 0 0 0.7992 0.2008 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 477 137 340 65 1 8 0 63 0 0 340 0 0 0.4745 0.0000 0.0000 16.125 0.51 4.51 -4.00 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3345 0.5264 0.1391 1 1 0.3351 0.5241 0.1409 1 1 0.3356 0.5211 0.1433
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 254 98 156 55 0 5 0 38 0 0 155 0 1 0.5612 0.0000 0.0064 18.600 0.15 6.63 -6.49 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6293 0.3561 0.0146 1 0 0.6238 0.3608 0.0154 1 0 0.6165 0.3671 0.0165
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 154 78 76 40 0 2 0 36 0 0 76 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 38.000 0.20 2.94 -2.74 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3023 0.5156 0.1820 1 1 0.3014 0.5144 0.1843 1 1 0.3001 0.5127 0.1872
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 448 87 361 0 0 3 2 82 0 0 360 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 28.000 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0759 0.9241 2 2 0.0000 0.0789 0.9211 2 2 0.0000 0.0833 0.9167
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 743 139 604 72 0 8 0 59 0 0 603 1 0 0.5180 0.0000 0.0017 16.375 2.22 6.78 -4.56 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5994 0.3969 0.0037 1 0 0.5967 0.3994 0.0039 1 0 0.5930 0.4029 0.0041
chr15 80695662 A AGGGCGC 0.000205 0.050 1 6 2 237 66 171 32 0 10 0 24 0 0 167 0 4 0.4848 0.0000 0.0234 5.600 0.75 5.96 -5.21 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5310 0.4689 0.0001 1 0 0.5305 0.4695 0.0001 1 0 0.5297 0.4702 0.0001
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 436 103 333 52 0 19 0 32 0 0 327 0 6 0.5049 0.0000 0.0180 4.421 0.12 16.22 -16.10 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5725 0.3942 0.0333 1 0 0.5673 0.3978 0.0348 1 0 0.5604 0.4027 0.0369
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 360 109 251 48 0 3 1 57 1 0 249 0 1 0.4404 0.0040 0.0080 35.333 1.10 2.93 -1.83 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2139 0.5585 0.2276 1 1 0.2193 0.5561 0.2246 1 1 0.2264 0.5531 0.2206
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 1192 341 851 141 12 62 2 124 0 0 849 1 1 0.4135 0.0000 0.0024 4.468 0.33 3.00 -2.67 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6958 0.2984 0.0058 1 0 0.6904 0.3032 0.0064 1 0 0.6828 0.3100 0.0072
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 857 208 649 13 9 89 5 92 0 0 633 0 16 0.0625 0.0000 0.0247 2.400 1.54 12.53 -10.99 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.9377 0.0623
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 845 211 634 3 2 22 2 182 0 0 631 2 1 0.0142 0.0000 0.0047 8.545 0.67 9.98 -9.32 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8945 0.1055 2 2 0.0000 0.1009 0.8991 2 2 0.0000 0.0297 0.9703
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 333 97 236 0 0 6 0 91 0 0 226 0 10 0.0000 0.0000 0.0424 15.167 7.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 325 101 224 41 0 7 0 53 0 0 224 0 0 0.4059 0.0000 0.0000 13.429 0.49 2.21 -1.72 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1140 0.4819 0.4041 1 1 0.1179 0.4829 0.3992 1 1 0.1232 0.4842 0.3927
chr16 633656 C CCCTGCCGCG 0.000030 0.050 1 9 1 712 217 495 101 0 34 0 82 0 0 491 0 4 0.4654 0.0000 0.0081 5.382 0.71 7.89 -7.18 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6255 0.3745 0.0000 1 0 0.6229 0.3771 0.0000 1 0 0.6191 0.3809 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1164 193 971 180 1 2 1 9 0 0 971 0 0 0.9326 0.0000 0.0000 95.500 0.96 1.44 -0.49 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3997 0.6003 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 550 102 448 51 1 10 1 39 0 0 448 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 9.200 0.73 4.41 -3.68 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5508 0.4130 0.0362 1 0 0.5466 0.4158 0.0376 1 0 0.5409 0.4196 0.0395
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 445 106 339 0 0 2 0 104 0 0 337 0 2 0.0000 0.0000 0.0059 52.000 6.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 445 106 339 0 0 2 0 104 0 0 337 0 2 0.0000 0.0000 0.0059 52.000 6.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.050 1 -1 2 578 206 372 199 0 2 0 5 0 0 372 0 0 0.9660 0.0000 0.0000 102.000 0.36 1.00 -0.64 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4324 0.5676 0.0000 0 0 0.9881 0.0119 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 434 112 322 48 0 4 0 60 0 0 321 0 1 0.4286 0.0000 0.0031 27.000 0.42 3.32 -2.90 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0811 0.4549 0.4641 1 2 0.0843 0.4567 0.4591 1 1 0.0886 0.4590 0.4523
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 420 128 292 44 8 47 3 26 2 2 283 1 4 0.3438 0.0068 0.0308 1.723 1.82 4.73 -2.91 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6792 0.3052 0.0156 1 0 0.6712 0.3120 0.0167 1 0 0.6604 0.3212 0.0184
chr16 11915673 CCCGCCGCCG C 0.055433 0.050 1 -9 1 421 140 281 98 4 32 1 5 2 2 275 1 1 0.7000 0.0071 0.0214 3.567 2.61 4.40 -1.79 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 0 0.6603 0.3397 0.0000 0 0 0.9355 0.0645 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 221 72 149 0 0 0 1 71 0 0 148 0 1 0.0000 0.0000 0.0067 71.000 2.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 202 89 113 84 0 1 0 4 0 0 113 0 0 0.9438 0.0000 0.0000 88.000 0.32 1.25 -0.93 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1229 0.8771 0.0000 0 0 0.8612 0.1388 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 957 220 737 80 1 57 1 81 0 0 737 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 2.842 1.55 9.83 -8.28 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2916 0.5544 0.1539 1 1 0.2946 0.5505 0.1548 1 1 0.2985 0.5456 0.1559
chr16 29779608 GGTCCGA G 0.002877 0.050 1 -6 3 365 95 270 51 0 4 0 40 0 0 269 0 1 0.5368 0.0000 0.0037 22.750 1.08 5.80 -4.72 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5933 0.4061 0.0006 1 0 0.5907 0.4086 0.0007 1 0 0.5872 0.4121 0.0007
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 646 169 477 74 0 6 0 89 0 0 475 0 2 0.4379 0.0000 0.0042 27.167 0.24 3.15 -2.90 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1070 0.5070 0.3860 1 1 0.1123 0.5077 0.3800 1 1 0.1197 0.5086 0.3718
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 153 74 79 71 0 2 0 1 0 0 79 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 36.000 0.30 2.00 -1.70 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5458 0.4542 0.0000 0 0 0.7478 0.2522 0.0000 0 0 0.7910 0.2090 0.0000
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 1032 268 764 113 17 41 3 94 0 1 762 0 1 0.4216 0.0000 0.0026 5.463 0.51 2.97 -2.45 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6462 0.3297 0.0241 1 0 0.6351 0.3380 0.0269 1 0 0.6198 0.3492 0.0310
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 405 69 336 20 3 11 7 28 0 0 335 0 1 0.2899 0.0000 0.0030 4.909 0.40 2.29 -1.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1174 0.4711 0.4114 1 1 0.1214 0.4731 0.4054 1 1 0.1268 0.4757 0.3975
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 1749 405 1344 362 2 13 1 27 18 8 1316 1 1 0.8938 0.0134 0.0208 30.154 0.83 1.07 -0.24 114 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1686 0.8314 0.0000
chr16 67195890 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 501 209 292 78 19 47 2 63 1 0 288 0 3 0.3732 0.0034 0.0137 3.426 0.29 3.44 -3.15 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6249 0.3435 0.0315 1 0 0.6135 0.3518 0.0347 1 0 0.5979 0.3628 0.0394
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 287 116 171 53 0 19 0 44 0 0 171 0 0 0.4569 0.0000 0.0000 5.105 0.30 5.05 -4.74 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3504 0.5056 0.1439 1 1 0.3473 0.5052 0.1476 1 1 0.3429 0.5046 0.1525
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 122 61 61 25 0 2 0 34 0 0 59 0 2 0.4098 0.0000 0.0328 29.500 0.88 3.91 -3.03 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1302 0.4834 0.3864 1 1 0.1340 0.4845 0.3815 1 1 0.1392 0.4860 0.3748
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 235 111 124 56 1 4 1 49 0 0 122 0 2 0.5045 0.0000 0.0161 26.750 1.41 4.55 -3.14 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2930 0.5260 0.1810 1 1 0.2922 0.5240 0.1838 1 1 0.2909 0.5216 0.1875
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 643 140 503 0 0 8 10 122 0 0 492 2 9 0.0000 0.0000 0.0219 18.857 7.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0264 0.9736 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0312 0.9688
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 646 131 515 0 0 7 12 112 0 0 504 6 5 0.0000 0.0000 0.0214 17.429 7.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0337 0.9663 2 2 0.0000 0.0369 0.9631
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 647 128 519 0 0 6 1 121 0 2 500 8 9 0.0000 0.0000 0.0366 40.667 7.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1447 0.8553 2 2 0.0000 0.0755 0.9245 2 2 0.0000 0.0600 0.9400
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 829 182 647 0 0 9 1 172 0 0 644 1 2 0.0000 0.0000 0.0046 19.222 6.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0118 0.9882 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 545 138 407 74 1 1 0 62 0 0 407 0 0 0.5362 0.0000 0.0000 137.000 0.84 4.37 -3.53 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3967 0.4935 0.1098 1 1 0.3921 0.4938 0.1141 1 1 0.3860 0.4942 0.1198
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 142 55 87 0 0 2 0 53 0 0 85 0 2 0.0000 0.0000 0.0230 26.500 4.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2004 0.7996 2 2 0.0000 0.2048 0.7952 2 2 0.0000 0.2111 0.7889
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 375 154 221 9 0 4 0 141 0 0 221 0 0 0.0584 0.0000 0.0000 37.500 0.11 1.41 -1.30 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8512 0.1488 2 2 0.0000 0.3083 0.6917
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1273 282 991 240 14 14 9 5 0 0 991 0 0 0.8511 0.0000 0.0000 24.000 4.46 3.00 1.46 14 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7265 0.2735 0.0000 0 0 0.9744 0.0256 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 749 216 533 85 5 43 0 83 0 1 526 1 5 0.3935 0.0000 0.0131 4.023 0.28 3.42 -3.14 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1710 0.5610 0.2681 1 1 0.1719 0.5567 0.2714 1 1 0.1730 0.5512 0.2758
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.050 1 3 2 1293 338 955 4 0 77 25 232 0 0 918 4 33 0.0118 0.0000 0.0387 3.421 1.50 5.26 -3.76 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8733 0.1267 2 2 0.0000 0.1449 0.8551 2 2 0.0000 0.0598 0.9402
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 397 105 292 93 1 8 0 3 0 0 292 0 0 0.8857 0.0000 0.0000 12.125 0.39 6.00 -5.61 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0736 0.9264 0.0000 0 0 0.5780 0.4220 0.0000 0 0 0.7574 0.2426 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 553 226 327 96 1 35 3 91 0 0 323 0 4 0.4248 0.0000 0.0122 5.429 0.11 3.10 -2.98 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2108 0.5589 0.2303 1 1 0.2133 0.5545 0.2322 1 1 0.2165 0.5489 0.2346
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 944 255 689 222 2 4 23 4 0 0 689 0 0 0.8706 0.0000 0.0000 58.000 0.55 4.00 -3.45 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 0 0.5804 0.4196 0.0000 0 0 0.8544 0.1456 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 942 255 687 223 5 23 0 4 0 0 687 0 0 0.8745 0.0000 0.0000 12.778 0.55 4.00 -3.45 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3332 0.6668 0.0000 0 0 0.9517 0.0483 0.0000 0 0 0.9820 0.0180 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 788 180 608 12 0 12 0 156 0 0 602 0 6 0.0667 0.0000 0.0099 14.000 0.17 4.04 -3.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.6400 0.3600
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 268 91 177 41 0 14 0 36 0 0 174 0 3 0.4505 0.0000 0.0169 5.500 0.34 8.39 -8.05 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2619 0.5232 0.2149 1 1 0.2620 0.5214 0.2166 1 1 0.2620 0.5192 0.2188
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 110 63 47 33 0 1 0 29 0 0 47 0 0 0.5238 0.0000 0.0000 62.000 0.15 1.45 -1.30 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2904 0.5141 0.1955 1 1 0.2892 0.5130 0.1977 1 1 0.2877 0.5117 0.2007
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.050 1 27 1 873 205 668 86 0 48 2 69 2 0 659 0 7 0.4195 0.0030 0.0135 3.340 3.53 9.25 -5.71 8 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3518 0.5201 0.1281 1 1 0.3492 0.5185 0.1323 1 1 0.3457 0.5165 0.1378
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 861 217 644 88 2 50 1 76 0 3 631 1 9 0.4055 0.0000 0.0202 3.479 2.74 10.38 -7.64 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2925 0.5443 0.1632 1 1 0.2923 0.5409 0.1668 1 1 0.2918 0.5368 0.1715
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 497 126 371 59 0 0 0 67 0 0 371 0 0 0.4683 0.0000 0.0000 126.000 0.47 1.43 -0.96 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1499 0.5194 0.3307 1 1 0.1536 0.5179 0.3285 1 1 0.1584 0.5160 0.3255
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.050 1 -13 1 1096 267 829 0 0 9 0 258 0 0 793 0 36 0.0000 0.0000 0.0434 28.667 11.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 657 204 453 88 1 33 1 81 0 0 440 0 13 0.4314 0.0000 0.0287 5.152 0.15 13.98 -13.83 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1601 0.5444 0.2955 1 1 0.1638 0.5411 0.2952 1 1 0.1686 0.5368 0.2946
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 247 84 163 40 0 3 0 41 0 0 162 0 1 0.4762 0.0000 0.0061 27.000 0.40 4.41 -4.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2146 0.5238 0.2616 1 1 0.2163 0.5220 0.2616 1 1 0.2186 0.5198 0.2617
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 443 101 342 75 0 21 0 5 0 0 342 0 0 0.7426 0.0000 0.0000 3.810 0.25 7.40 -7.15 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.1840 0.8160 0.0000 0 1 0.4850 0.5150 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 907 255 652 235 1 12 0 7 0 0 652 0 0 0.9216 0.0000 0.0000 20.250 0.27 3.57 -3.30 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 0 0.7586 0.2414 0.0000 0 0 0.9550 0.0450 0.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 424 168 256 108 11 46 0 3 0 0 256 0 0 0.6429 0.0000 0.0000 2.630 0.55 2.00 -1.45 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1299 0.8701 0.0000 0 0 0.7167 0.2833 0.0000 0 0 0.8500 0.1500 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 385 135 250 55 0 30 0 50 0 0 250 0 0 0.4074 0.0000 0.0000 3.500 0.49 5.76 -5.27 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2954 0.5245 0.1801 1 1 0.2944 0.5226 0.1830 1 1 0.2930 0.5203 0.1867
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 366 111 255 4 0 10 0 97 0 0 253 0 2 0.0360 0.0000 0.0078 10.100 0.00 7.27 -7.27 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9827 0.0173 2 1 0.0000 0.5572 0.4428 2 2 0.0000 0.2918 0.7082
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 304 74 230 38 0 4 0 32 1 0 227 0 2 0.5135 0.0043 0.0130 17.500 1.03 7.91 -6.88 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3014 0.5147 0.1838 1 1 0.2999 0.5136 0.1865 1 1 0.2979 0.5122 0.1899
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 337 98 239 54 0 2 2 40 0 0 239 0 0 0.5510 0.0000 0.0000 47.500 0.76 2.15 -1.39 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3955 0.4862 0.1183 1 1 0.3905 0.4871 0.1224 1 1 0.3839 0.4882 0.1279
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 626 108 518 0 1 9 0 98 0 0 505 0 13 0.0000 0.0000 0.0251 10.889 8.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0628 0.9372 2 2 0.0000 0.0656 0.9344 2 2 0.0000 0.0698 0.9302
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 1384 310 1074 159 2 21 3 125 0 0 1070 0 4 0.5129 0.0000 0.0037 13.762 0.85 2.62 -1.77 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5773 0.3904 0.0323 1 0 0.5687 0.3958 0.0356 1 0 0.5568 0.4029 0.0403
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 1574 383 1191 204 1 46 2 130 2 0 1163 0 26 0.5326 0.0017 0.0235 7.326 0.72 16.68 -15.96 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7783 0.2156 0.0061 1 0 0.7671 0.2256 0.0073 1 0 0.7514 0.2395 0.0091
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.050 1 -27 1 1664 334 1330 210 0 8 0 116 4 0 1285 3 38 0.6287 0.0030 0.0338 54.333 0.97 24.34 -23.38 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8440 0.1532 0.0028 1 0 0.8334 0.1631 0.0035 1 0 0.8182 0.1773 0.0045
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 735 247 488 125 0 4 0 118 0 1 484 0 3 0.5061 0.0000 0.0082 60.750 0.20 2.19 -1.99 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2672 0.5678 0.1650 1 1 0.2684 0.5627 0.1689 1 1 0.2698 0.5563 0.1739
chr17 75616380 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 1330 320 1010 96 1 80 8 135 0 0 1009 0 1 0.3000 0.0000 0.0010 3.000 0.83 3.73 -2.90 40 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0075 0.2065 0.7859 1 2 0.0089 0.2174 0.7737 1 2 0.0110 0.2326 0.7564
chr17 76077366 TGTCCTGGCCC T 0.500000 0.050 1 -10 3 491 130 361 72 0 3 0 55 0 0 356 0 5 0.5538 0.0000 0.0139 42.333 0.50 8.07 -7.57 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3841 0.4987 0.1172 1 1 0.3800 0.4986 0.1214 1 1 0.3744 0.4986 0.1270
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2501 597 1904 281 16 72 8 220 3 5 1882 4 10 0.4707 0.0016 0.0116 7.194 1.76 7.28 -5.52 79 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8419 0.1562 0.0019 1 0 0.8324 0.1652 0.0024 1 0 0.8188 0.1780 0.0032
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2395 652 1743 297 6 41 4 304 2 4 1574 14 149 0.4555 0.0011 0.0970 15.225 1.61 4.35 -2.73 45 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0017 0.9983 1 2 0.0000 0.0021 0.9979 1 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 295 111 184 0 0 16 1 94 0 0 179 0 5 0.0000 0.0000 0.0272 5.938 5.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0747 0.9253 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.050 1 3 2 1590 378 1212 161 16 56 4 141 0 2 1203 0 7 0.4259 0.0000 0.0074 5.714 0.78 3.71 -2.93 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5388 0.4240 0.0373 1 0 0.5318 0.4274 0.0408 1 0 0.5221 0.4321 0.0458
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 580 143 437 136 0 3 0 4 0 0 437 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 46.667 0.42 3.25 -2.83 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.6643 0.3357 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.050 1 4 3 479 144 335 82 0 2 0 60 0 0 329 0 6 0.5694 0.0000 0.0179 71.000 0.28 4.23 -3.95 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4363 0.4740 0.0897 1 1 0.4304 0.4756 0.0940 1 1 0.4224 0.4776 0.1000
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.050 1 -15 1 286 74 212 22 0 12 0 40 0 0 208 0 4 0.2973 0.0000 0.0189 5.167 1.50 13.03 -11.53 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0616 0.3962 0.5423 1 2 0.0657 0.4026 0.5317 1 2 0.0714 0.4110 0.5176
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 238 117 121 0 0 3 0 114 0 0 120 0 1 0.0000 0.0000 0.0083 38.000 3.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 376 92 284 50 1 7 1 33 0 0 281 0 3 0.5435 0.0000 0.0106 12.143 1.70 9.06 -7.36 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5608 0.3999 0.0393 1 0 0.5554 0.4035 0.0411 1 0 0.5482 0.4083 0.0435
chr18 24377418 C CAATT 0.003371 0.050 1 4 1 101 43 58 30 0 0 0 13 0 0 55 0 3 0.6977 0.0000 0.0517 43.000 0.33 4.23 -3.90 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6527 0.3467 0.0006 1 0 0.6476 0.3518 0.0006 1 0 0.6408 0.3586 0.0006
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 169 55 114 28 0 1 0 26 0 0 114 0 0 0.5091 0.0000 0.0000 54.000 0.11 5.04 -4.93 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2423 0.5176 0.2401 1 1 0.2420 0.5164 0.2417 1 1 0.2416 0.5148 0.2437
chr18 47098221 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 261 82 179 34 9 10 2 27 0 0 178 0 1 0.4146 0.0000 0.0056 6.300 0.32 1.74 -1.42 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3944 0.4815 0.1241 1 1 0.3892 0.4828 0.1280 1 1 0.3823 0.4844 0.1333
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 315 147 168 134 0 7 0 6 0 0 168 0 0 0.9116 0.0000 0.0000 20.000 0.23 3.17 -2.94 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.3317 0.6683 0.0000 0 0 0.7277 0.2723 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 565 150 415 60 2 7 0 81 0 0 415 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 20.429 1.88 8.79 -6.91 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0734 0.4469 0.4797 1 2 0.0776 0.4501 0.4722 1 2 0.0836 0.4543 0.4621
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 268 146 122 71 0 6 0 69 0 0 121 0 1 0.4863 0.0000 0.0082 23.333 0.18 3.20 -3.02 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2400 0.5427 0.2174 1 1 0.2412 0.5394 0.2193 1 1 0.2427 0.5354 0.2218
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 801 208 593 119 0 7 1 81 0 0 581 0 12 0.5721 0.0000 0.0202 28.714 0.29 14.09 -13.79 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5441 0.4100 0.0459 1 0 0.5354 0.4149 0.0497 1 0 0.5236 0.4214 0.0551
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 360 72 288 2 2 12 6 50 0 1 285 1 1 0.0278 0.0000 0.0104 4.917 0.50 5.96 -5.46 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9646 0.0354 2 1 0.0000 0.7039 0.2961 2 1 0.0000 0.5015 0.4985
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 167 75 92 0 1 2 0 72 0 0 91 0 1 0.0000 0.0000 0.0109 36.500 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2830 0.7170 2 2 0.0000 0.2158 0.7842 2 2 0.0000 0.1924 0.8076
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 129 70 59 31 3 7 1 28 0 0 57 0 2 0.4429 0.0000 0.0339 9.000 0.00 3.07 -3.07 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2776 0.5170 0.2054 1 1 0.2769 0.5157 0.2073 1 1 0.2760 0.5141 0.2099
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 283 56 227 35 0 3 1 17 2 1 221 1 2 0.6250 0.0088 0.0264 17.667 0.31 1.18 -0.86 19 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4734 0.4386 0.0880 1 0 0.4651 0.4427 0.0922 1 0 0.4540 0.4479 0.0981
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 623 125 498 65 0 3 0 57 0 0 494 0 4 0.5200 0.0000 0.0080 40.667 0.62 5.25 -4.63 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3798 0.5155 0.1047 1 1 0.3801 0.5136 0.1063 1 1 0.3804 0.5113 0.1084
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 367 92 275 49 0 5 0 38 0 0 272 0 3 0.5326 0.0000 0.0109 17.400 2.00 18.18 -16.18 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4795 0.4603 0.0603 1 0 0.4771 0.4611 0.0618 1 0 0.4738 0.4624 0.0639
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 165 65 100 60 0 2 0 3 0 0 100 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 31.500 0.68 4.67 -3.98 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1003 0.8997 0.0000 0 0 0.6614 0.3386 0.0000 0 0 0.8201 0.1799 0.0000
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 257 142 115 0 0 1 0 141 0 0 112 1 2 0.0000 0.0000 0.0261 141.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0851 0.9149 2 2 0.0000 0.0909 0.9091 2 2 0.0000 0.0995 0.9005
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 298 104 194 0 0 16 80 8 0 0 187 7 0 0.0000 0.0000 0.0361 5.500 4.62 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0922 0.9078 2 2 0.0000 0.0964 0.9036 2 2 0.0000 0.1023 0.8977
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 298 105 193 1 0 22 1 81 0 0 185 0 8 0.0095 0.0000 0.0415 3.727 1.00 7.31 -6.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7589 0.2411 2 1 0.0000 0.5585 0.4415 2 1 0.0000 0.5003 0.4997
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 602 157 445 86 1 9 1 60 1 0 439 0 5 0.5478 0.0022 0.0135 16.333 1.00 12.95 -11.95 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6143 0.3563 0.0294 1 0 0.6068 0.3617 0.0315 1 0 0.5965 0.3689 0.0346
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 890 289 601 127 2 36 7 117 0 0 598 0 3 0.4394 0.0000 0.0050 7.028 0.39 3.41 -3.02 47 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2966 0.5717 0.1317 1 1 0.3000 0.5661 0.1339 1 1 0.3042 0.5591 0.1367
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 439 134 305 5 0 30 0 99 0 0 299 0 6 0.0373 0.0000 0.0197 3.467 1.00 6.37 -5.37 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.8258 0.1742 2 1 0.0000 0.5368 0.4632
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 614 127 487 1 0 5 0 121 0 0 482 0 5 0.0079 0.0000 0.0103 24.400 0.00 3.41 -3.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr19 16529769 TTGCTGCTGC T 0.000303 0.050 1 -9 1 328 128 200 65 1 15 0 47 0 0 200 0 0 0.5078 0.0000 0.0000 7.533 0.31 8.13 -7.82 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6901 0.3099 0.0000 1 0 0.6845 0.3154 0.0000 1 0 0.6771 0.3229 0.0000
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 409 107 302 37 2 21 9 38 0 0 302 0 0 0.3458 0.0000 0.0000 6.917 1.70 13.74 -12.03 19 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3435 0.5716 0.0848 1 1 0.3477 0.5682 0.0841 1 1 0.3532 0.5637 0.0831
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 113 47 66 24 0 2 0 21 0 0 65 0 1 0.5106 0.0000 0.0152 45.000 0.88 3.48 -2.60 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4159 0.4968 0.0874 1 1 0.4155 0.4964 0.0880 1 1 0.4151 0.4960 0.0889
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 914 168 746 0 0 3 5 160 0 0 694 15 37 0.0000 0.0000 0.0697 82.000 2.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 1236 318 918 182 1 32 1 102 7 9 901 0 1 0.5723 0.0076 0.0185 8.938 0.53 3.05 -2.52 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9846 0.0154 0.0000 1 0 0.9820 0.0179 0.0000 1 0 0.9780 0.0219 0.0000
chr19 30009211 G GTGA 0.000599 0.050 1 3 1 300 87 213 4 42 12 1 28 0 0 212 0 1 0.0460 0.0000 0.0047 6.167 0.75 3.57 -2.82 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6695 0.3304 0.0001 1 0 0.6642 0.3357 0.0001 1 0 0.6571 0.3428 0.0001
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 300 89 211 31 2 10 5 41 0 0 211 0 0 0.3483 0.0000 0.0000 7.900 2.71 2.88 -0.17 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0315 0.3966 0.5720 1 2 0.0328 0.4001 0.5671 1 2 0.0346 0.4049 0.5605
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 583 129 454 5 0 5 0 119 0 0 450 0 4 0.0388 0.0000 0.0088 24.800 0.40 3.25 -2.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9822 0.0178 2 2 0.0000 0.3209 0.6791 2 2 0.0000 0.1047 0.8953
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 519 202 317 104 0 9 0 89 0 0 317 0 0 0.5149 0.0000 0.0000 21.444 0.23 3.12 -2.89 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5905 0.3949 0.0146 1 0 0.5875 0.3971 0.0154 1 0 0.5833 0.4003 0.0164
chr19 37363186 CAG C 0.000049 0.050 1 -2 1 679 158 521 84 0 2 1 71 3 0 516 2 0 0.5316 0.0058 0.0096 78.000 1.29 2.58 -1.29 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6106 0.3894 0.0000 1 0 0.6082 0.3918 0.0000 1 0 0.6049 0.3951 0.0000
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.050 1 -3 1 660 155 505 86 1 3 0 65 0 0 501 0 4 0.5548 0.0000 0.0079 50.667 0.21 3.57 -3.36 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6546 0.3404 0.0051 1 0 0.6499 0.3447 0.0054 1 0 0.6435 0.3507 0.0058
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 405 98 307 51 1 4 0 42 3 2 302 0 0 0.5204 0.0098 0.0163 23.500 7.75 3.31 4.44 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5922 0.3814 0.0264 1 0 0.5869 0.3854 0.0277 1 0 0.5798 0.3907 0.0295
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 474 126 348 63 0 7 2 54 0 0 345 0 3 0.5000 0.0000 0.0086 16.857 0.30 3.20 -2.90 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3780 0.5123 0.1097 1 1 0.3779 0.5106 0.1115 1 1 0.3777 0.5086 0.1138
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 220 36 184 0 0 2 31 3 0 0 184 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 2.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1082 0.8918 2 2 0.0000 0.1098 0.8902 2 2 0.0000 0.1120 0.8880
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 220 35 185 0 0 22 12 1 0 0 184 1 0 0.0000 0.0000 0.0054 0.474 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1451 0.8549 2 2 0.0000 0.1464 0.8536 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr19 40394272 TTCC T 0.017263 0.050 1 -3 1 633 150 483 53 3 20 2 72 0 0 482 0 1 0.3533 0.0000 0.0021 6.450 0.25 3.56 -3.31 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2370 0.7349 0.0281 1 1 0.2461 0.7267 0.0271 1 1 0.2583 0.7158 0.0258
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 277 98 179 92 0 3 0 3 0 0 179 0 0 0.9388 0.0000 0.0000 31.667 0.09 4.00 -3.91 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6387 0.3613 0.0000 0 0 0.9682 0.0318 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr19 43361520 G GA 0.000769 0.050 1 1 6 352 104 248 53 0 1 0 50 0 0 247 0 1 0.5096 0.0000 0.0040 103.000 0.23 1.06 -0.83 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4926 0.5071 0.0003 1 1 0.4941 0.5056 0.0003 1 1 0.4958 0.5039 0.0003
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 514 135 379 64 0 1 0 70 0 0 377 0 2 0.4741 0.0000 0.0053 134.000 0.16 3.23 -3.07 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1042 0.4986 0.3972 1 1 0.1070 0.4976 0.3954 1 1 0.1106 0.4965 0.3928
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 497 119 378 58 0 3 1 57 0 0 375 1 2 0.4874 0.0000 0.0079 38.667 0.14 3.39 -3.25 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3466 0.5666 0.0869 1 1 0.3506 0.5628 0.0866 1 1 0.3558 0.5580 0.0863
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.050 1 -3 2 554 97 457 77 0 13 0 7 0 0 457 0 0 0.7938 0.0000 0.0000 6.462 0.55 4.29 -3.74 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1688 0.8312 0.0000 0 0 0.6048 0.3952 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1059 353 706 19 0 63 0 271 0 0 679 0 27 0.0538 0.0000 0.0382 4.603 0.32 6.42 -6.10 15 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 2 0.0000 0.4996 0.5004
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 399 80 319 62 2 14 0 2 0 0 319 0 0 0.7750 0.0000 0.0000 4.643 1.87 7.00 -5.13 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5427 0.4573 0.0000 0 0 0.8878 0.1122 0.0000 0 0 0.9319 0.0681 0.0000
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.050 1 -3 1 459 113 346 56 1 4 0 52 0 0 346 0 0 0.4956 0.0000 0.0000 36.333 0.41 3.67 -3.26 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4742 0.4870 0.0388 1 1 0.4741 0.4864 0.0395 1 1 0.4739 0.4857 0.0404
chr19 47802381 TGGGCCTGGGATC T 0.158449 0.050 1 -12 2 1377 327 1050 151 10 42 6 118 0 2 1042 1 5 0.4618 0.0000 0.0076 6.975 2.26 10.37 -8.11 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7381 0.2561 0.0059 1 0 0.7310 0.2625 0.0066 1 0 0.7211 0.2713 0.0076
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 217 81 136 42 1 4 2 32 0 0 136 0 0 0.5185 0.0000 0.0000 25.333 0.29 1.56 -1.28 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5202 0.4357 0.0441 1 0 0.5169 0.4377 0.0454 1 0 0.5125 0.4403 0.0472
chr19 48944491 GGA G 0.076452 0.050 1 -2 3 339 115 224 60 1 3 0 51 0 0 223 0 1 0.5217 0.0000 0.0045 37.333 0.50 2.12 -1.62 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5461 0.4353 0.0186 1 0 0.5441 0.4367 0.0192 1 0 0.5414 0.4386 0.0200
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1026 287 739 212 8 49 1 17 0 3 732 1 3 0.7387 0.0000 0.0095 4.857 0.80 3.35 -2.55 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0924 0.9076 0.0000
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1048 260 788 183 13 58 1 5 0 0 788 0 0 0.7038 0.0000 0.0000 3.431 0.58 2.60 -2.02 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.8942 0.1058 0.0000 0 0 0.9705 0.0295 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 619 182 437 148 2 26 0 6 1 1 434 1 0 0.8132 0.0023 0.0069 6.000 1.16 7.00 -5.84 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 0 0.5322 0.4678 0.0000 0 0 0.8625 0.1375 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 664 114 550 3 0 2 3 106 0 0 543 0 7 0.0263 0.0000 0.0127 56.000 0.33 3.48 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8336 0.1664 2 2 0.0000 0.2273 0.7727 2 2 0.0000 0.1159 0.8841
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 665 124 541 6 0 3 110 5 0 0 541 0 0 0.0484 0.0000 0.0000 40.000 0.17 6.00 -5.83 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8747 0.1253 2 1 0.0000 0.5613 0.4387
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 572 171 401 78 0 8 4 81 0 0 399 0 2 0.4561 0.0000 0.0050 20.375 0.54 2.96 -2.42 18 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0905 0.4972 0.4123 1 1 0.0933 0.4961 0.4107 1 1 0.0969 0.4947 0.4084
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 201 93 108 0 0 0 0 93 0 0 106 0 2 0.0000 0.0000 0.0185 93.000 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0341 0.9659 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0380 0.9620
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 467 154 313 146 0 2 0 6 0 0 313 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 76.000 0.27 1.50 -1.23 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.5220 0.4780 0.0000 0 0 0.8524 0.1476 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 549 127 422 118 0 4 0 5 0 0 422 0 0 0.9291 0.0000 0.0000 30.750 0.29 2.40 -2.11 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0088 0.9912 0.0000 0 0 0.5073 0.4927 0.0000 0 0 0.8066 0.1934 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1094 255 839 154 0 2 0 99 0 0 838 0 1 0.6039 0.0000 0.0012 126.500 0.27 3.15 -2.89 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8610 0.1362 0.0028 1 0 0.8509 0.1457 0.0034 1 0 0.8364 0.1592 0.0044
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 760 230 530 213 2 10 0 5 0 0 530 0 0 0.9261 0.0000 0.0000 21.900 0.15 1.00 -0.85 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0325 0.9675 0.0000 0 0 0.7760 0.2240 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 715 133 582 60 0 4 0 69 0 0 575 0 7 0.4511 0.0000 0.0120 32.250 0.70 3.06 -2.36 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1010 0.4848 0.4142 1 1 0.1057 0.4862 0.4081 1 1 0.1122 0.4880 0.3998
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 795 172 623 90 0 18 1 63 0 0 617 0 6 0.5233 0.0000 0.0096 8.556 0.30 4.16 -3.86 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6799 0.3171 0.0030 1 0 0.6747 0.3221 0.0032 1 0 0.6676 0.3289 0.0035
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 445 115 330 3 1 24 0 87 0 0 316 1 13 0.0261 0.0000 0.0424 3.792 0.33 8.02 -7.69 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9406 0.0594 2 2 0.0000 0.4535 0.5465 2 2 0.0000 0.2523 0.7477
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 672 148 524 3 0 20 0 125 0 0 489 0 35 0.0203 0.0000 0.0668 6.400 2.00 18.66 -16.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2680 0.7320 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0100 0.9900
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 779 211 568 99 0 40 1 71 0 0 558 2 8 0.4692 0.0000 0.0176 4.275 0.85 6.23 -5.38 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5398 0.4171 0.0430 1 0 0.5349 0.4197 0.0454 1 0 0.5281 0.4231 0.0488
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 531 99 432 5 0 3 1 90 0 0 428 0 4 0.0505 0.0000 0.0093 31.667 0.20 4.06 -3.86 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.7012 0.2988 2 2 0.0000 0.3630 0.6370
chr19 56159903 ACCCCGGCAG A 0.044059 0.050 1 -9 1 467 143 324 126 0 12 1 4 0 0 324 0 0 0.8811 0.0000 0.0000 10.833 0.52 7.25 -6.73 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4011 0.5989 0.0000 0 0 0.9680 0.0320 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 152 74 78 32 0 8 0 34 0 0 78 0 0 0.4324 0.0000 0.0000 8.250 0.03 3.15 -3.12 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3023 0.5282 0.1695 1 1 0.3043 0.5264 0.1693 1 1 0.3068 0.5241 0.1690
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 353 142 211 78 0 5 0 59 0 0 211 0 0 0.5493 0.0000 0.0000 27.400 0.10 2.00 -1.90 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4464 0.4673 0.0863 1 1 0.4387 0.4702 0.0912 1 1 0.4283 0.4738 0.0979
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 111 59 52 2 0 2 0 55 0 0 51 0 1 0.0339 0.0000 0.0192 28.500 0.00 7.82 -7.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8057 0.1943 2 2 0.0000 0.3825 0.6175 2 2 0.0000 0.2625 0.7375
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 455 112 343 47 0 15 2 48 0 0 341 0 2 0.4196 0.0000 0.0058 6.467 0.70 4.19 -3.49 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3727 0.5793 0.0480 1 1 0.3770 0.5753 0.0476 1 1 0.3827 0.5702 0.0471
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 490 165 325 121 1 2 0 41 1 0 319 1 4 0.7333 0.0031 0.0185 81.500 0.28 8.59 -8.30 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9575 0.0422 0.0003 1 0 0.9518 0.0478 0.0004 1 0 0.9431 0.0563 0.0006
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 490 167 323 120 2 8 0 37 0 0 318 0 5 0.7186 0.0000 0.0155 19.875 0.24 8.70 -8.46 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9632 0.0366 0.0002 1 0 0.9580 0.0417 0.0003 1 0 0.9499 0.0497 0.0004
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 500 152 348 98 0 3 0 51 0 1 344 0 3 0.6447 0.0000 0.0115 49.667 0.07 7.88 -7.81 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8262 0.1683 0.0054 1 0 0.8152 0.1784 0.0064 1 0 0.7997 0.1925 0.0078
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 236 95 141 44 0 2 0 49 0 0 141 0 0 0.4632 0.0000 0.0000 46.500 1.02 1.14 -0.12 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1352 0.5070 0.3578 1 1 0.1374 0.5059 0.3567 1 1 0.1402 0.5046 0.3552
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 722 168 554 85 0 2 0 81 1 0 549 0 4 0.5060 0.0018 0.0090 83.000 0.53 6.80 -6.27 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2584 0.5505 0.1911 1 1 0.2602 0.5467 0.1932 1 1 0.2624 0.5418 0.1958
chr20 33037687 AG A 0.000600 0.050 1 -1 1 291 122 169 64 0 2 0 56 0 0 168 0 1 0.5246 0.0000 0.0059 60.000 0.16 1.21 -1.06 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5492 0.4507 0.0002 1 0 0.5486 0.4512 0.0002 1 0 0.5478 0.4521 0.0002
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 496 179 317 0 1 4 2 172 0 0 310 0 7 0.0000 0.0000 0.0221 43.250 3.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 227 84 143 26 1 26 1 30 0 0 141 0 2 0.3095 0.0000 0.0140 2.280 1.92 9.97 -8.04 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1430 0.4961 0.3609 1 1 0.1454 0.4959 0.3587 1 1 0.1485 0.4957 0.3558
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.050 1 3 3 701 211 490 11 104 25 1 70 0 0 486 1 3 0.0521 0.0000 0.0082 7.400 0.09 3.04 -2.95 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8342 0.1642 0.0015 1 0 0.8260 0.1722 0.0018 1 0 0.8145 0.1833 0.0021
chr20 38926679 CGCG C 0.001907 0.050 1 -3 3 702 215 487 83 5 23 1 103 0 0 486 0 1 0.3860 0.0000 0.0021 8.348 2.49 3.45 -0.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2520 0.7454 0.0026 1 1 0.2617 0.7358 0.0025 1 1 0.2745 0.7231 0.0025
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 586 163 423 154 1 4 0 4 0 0 423 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 39.750 0.40 3.00 -2.60 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0447 0.9553 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000 0 0 0.8578 0.1422 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1052 365 687 14 0 47 17 287 0 0 684 0 3 0.0384 0.0000 0.0044 6.766 0.21 3.15 -2.93 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7932 0.2068 2 2 0.0000 0.0698 0.9302
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.050 1 -9 1 542 256 286 236 1 12 0 7 1 0 285 0 0 0.9219 0.0035 0.0035 22.182 0.57 9.14 -8.58 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0363 0.9637 0.0000 0 0 0.9662 0.0338 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 542 250 292 196 12 28 3 11 0 0 292 0 0 0.7840 0.0000 0.0000 7.929 0.37 3.64 -3.26 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0355 0.9645 0.0000 0 0 0.6275 0.3725 0.0000
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 391 93 298 76 0 12 0 5 0 0 298 0 0 0.8172 0.0000 0.0000 6.750 0.51 3.00 -2.49 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 1 0.4458 0.5542 0.0000 0 0 0.7705 0.2295 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 193 33 160 0 0 5 0 28 0 1 153 2 4 0.0000 0.0000 0.0437 5.600 6.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 271 126 145 9 0 0 0 117 0 1 144 0 0 0.0714 0.0000 0.0069 126.000 0.11 2.06 -1.95 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9061 0.0939 2 2 0.0000 0.4200 0.5800
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 772 168 604 1 0 3 0 164 0 0 593 0 11 0.0060 0.0000 0.0182 55.000 0.00 5.71 -5.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0568 0.9432 2 2 0.0000 0.0244 0.9756 2 2 0.0000 0.0206 0.9794
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 641 179 462 167 1 9 0 2 0 0 462 0 0 0.9330 0.0000 0.0000 18.889 0.25 2.50 -2.25 75 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9006 0.0994 0.0000 0 0 0.9829 0.0171 0.0000 0 0 0.9893 0.0107 0.0000
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 741 191 550 95 0 18 2 76 2 1 542 1 4 0.4974 0.0036 0.0145 9.556 1.42 15.22 -13.80 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5528 0.4135 0.0337 1 0 0.5489 0.4156 0.0355 1 0 0.5434 0.4187 0.0379
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 263 135 128 67 0 10 0 58 0 0 128 0 0 0.4963 0.0000 0.0000 12.500 0.09 3.05 -2.96 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3021 0.5303 0.1676 1 1 0.2995 0.5286 0.1719 1 1 0.2959 0.5264 0.1777
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 260 45 215 0 0 2 2 41 0 0 215 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 21.500 2.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1282 205 1077 190 1 7 0 7 1 0 1075 0 1 0.9268 0.0009 0.0019 33.000 0.71 3.29 -2.58 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2221 0.7779 0.0000 0 0 0.7282 0.2718 0.0000
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1284 204 1080 187 0 7 3 7 1 0 1078 0 1 0.9167 0.0009 0.0019 28.143 0.72 3.29 -2.57 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0996 0.9004 0.0000 0 0 0.5718 0.4282 0.0000
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 692 149 543 71 2 18 0 58 20 4 511 2 6 0.4765 0.0368 0.0589 7.278 1.28 13.26 -11.98 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7531 0.2386 0.0083 1 0 0.7440 0.2468 0.0092 1 0 0.7314 0.2579 0.0106
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 611 137 474 65 0 13 1 58 0 0 470 0 4 0.4745 0.0000 0.0084 9.538 1.17 13.02 -11.85 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2329 0.5398 0.2272 1 1 0.2336 0.5369 0.2295 1 1 0.2343 0.5332 0.2325
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 330 134 196 2 1 12 0 119 0 0 196 0 0 0.0149 0.0000 0.0000 10.167 0.50 7.92 -7.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1609 0.8391 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0062 0.9938
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 586 224 362 100 2 26 1 95 0 0 359 0 3 0.4464 0.0000 0.0083 7.615 0.36 3.31 -2.95 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3379 0.5451 0.1170 1 1 0.3397 0.5412 0.1190 1 1 0.3420 0.5364 0.1217
chr22 18609475 C CGG 0.080580 0.050 1 2 2 1138 125 1013 86 3 2 1 33 2 1 1010 0 0 0.6880 0.0020 0.0030 61.500 0.24 2.06 -1.82 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9325 0.0673 0.0003 1 0 0.9259 0.0737 0.0003 1 0 0.9164 0.0832 0.0004
chr22 21939548 TTCC T 0.004632 0.050 1 -3 4 283 119 164 72 0 3 0 44 0 0 163 0 1 0.6050 0.0000 0.0061 38.667 0.19 3.20 -3.01 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7661 0.2337 0.0002 1 0 0.7587 0.2410 0.0003 1 0 0.7486 0.2511 0.0003
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 188 92 96 83 0 7 0 2 0 0 96 0 0 0.9022 0.0000 0.0000 12.143 0.13 3.00 -2.87 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4942 0.5058 0.0000 0 0 0.8657 0.1343 0.0000 0 0 0.9167 0.0833 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 680 135 545 1 0 46 0 88 0 1 527 0 17 0.0074 0.0000 0.0330 1.935 6.00 13.70 -7.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0596 0.9404 2 2 0.0000 0.0239 0.9761 2 2 0.0000 0.0185 0.9815
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 1267 355 912 237 15 93 2 8 1 0 911 0 0 0.6676 0.0011 0.0011 2.826 0.67 4.00 -3.33 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000 0 0 0.9860 0.0140 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 759 211 548 111 0 3 0 97 0 0 545 0 3 0.5261 0.0000 0.0055 69.333 0.25 3.89 -3.63 75 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4020 0.5063 0.0916 1 1 0.4002 0.5047 0.0951 1 1 0.3974 0.5028 0.0998
chr22 32247460 AC A 0.008210 0.050 1 -1 1 100 46 54 22 0 1 0 23 0 0 54 0 0 0.4783 0.0000 0.0000 45.000 0.41 1.96 -1.55 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4698 0.5259 0.0043 1 1 0.4713 0.5244 0.0043 1 1 0.4733 0.5224 0.0043
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 642 193 449 0 1 3 0 189 0 0 441 0 8 0.0000 0.0000 0.0178 63.333 2.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0227 0.9773 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0131 0.9869
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 485 211 274 76 0 50 0 85 0 0 269 0 5 0.3602 0.0000 0.0182 3.220 0.25 6.00 -5.75 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1833 0.5885 0.2282 1 1 0.1902 0.5854 0.2244 1 1 0.1994 0.5813 0.2193
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 486 90 396 5 0 5 3 77 0 0 396 0 0 0.0556 0.0000 0.0000 17.000 0.00 14.23 -14.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.7558 0.2442 2 2 0.0000 0.4267 0.5733
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 314 134 180 77 1 2 0 54 0 0 166 0 14 0.5746 0.0000 0.0778 66.000 0.39 28.44 -28.05 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4480 0.4759 0.0761 1 1 0.4455 0.4759 0.0786 1 1 0.4420 0.4760 0.0820
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 362 171 191 85 0 11 0 75 0 0 187 0 4 0.4971 0.0000 0.0209 14.545 0.15 7.92 -7.77 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.5174 0.1074 1 1 0.3750 0.5151 0.1098 1 1 0.3745 0.5124 0.1130
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 346 122 224 6 0 5 0 111 0 0 214 0 10 0.0492 0.0000 0.0446 23.400 0.00 3.02 -3.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.5346 0.4654 2 2 0.0000 0.1744 0.8256
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 493 180 313 77 0 21 4 78 0 0 311 0 2 0.4278 0.0000 0.0064 7.524 0.25 3.03 -2.78 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2568 0.5797 0.1635 1 1 0.2621 0.5753 0.1626 1 1 0.2689 0.5698 0.1613
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1477 354 1123 183 0 7 2 162 0 0 1108 0 15 0.5169 0.0000 0.0134 57.833 0.52 10.63 -10.11 61 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3260 0.5837 0.0902 1 1 0.3303 0.5767 0.0929 1 1 0.3356 0.5679 0.0965
639 rows