File Info

Filename
HG01274_x_HG01358_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG01274_x_HG01358_FF_10.features.tsv
Size
147.4 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 616 255 361 233 0 16 0 6 0 0 361 0 0 0.9137 0.0000 0.0000 14.938 0.47 9.17 -8.69 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1885 0.8115 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 416 136 280 5 0 17 3 111 0 0 268 0 12 0.0368 0.0000 0.0429 7.000 0.20 3.58 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 2 0.0000 0.2761 0.7239 2 2 0.0000 0.0522 0.9478
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 526 164 362 11 0 31 0 122 0 0 359 0 3 0.0671 0.0000 0.0083 4.290 0.18 8.27 -8.09 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.7308 0.2692
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 706 187 519 168 1 9 0 9 0 0 518 0 1 0.8984 0.0000 0.0019 19.778 0.31 3.44 -3.13 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0992 0.9008 0.0000 0 0 0.8560 0.1440 0.0000
chr1 3511561 CTCTGA C 0.500000 0.100 1 -5 2 520 142 378 136 0 1 0 5 0 0 378 0 0 0.9577 0.0000 0.0000 141.000 0.37 6.40 -6.03 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.8129 0.1871 0.0000 0 0 0.9674 0.0326 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.100 1 -6 2 646 152 494 81 1 5 2 63 0 0 489 0 5 0.5329 0.0000 0.0101 29.200 1.14 6.49 -5.36 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4268 0.5352 0.0379 1 1 0.4274 0.5309 0.0417 1 1 0.4271 0.5257 0.0471
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 590 118 472 6 0 9 1 102 0 0 468 0 4 0.0508 0.0000 0.0085 12.111 1.33 3.36 -2.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7396 0.2604 2 2 0.0000 0.2073 0.7927
chr1 12938721 CCA C 0.500000 0.100 1 -2 1 568 218 350 147 0 1 0 70 0 1 343 0 6 0.6743 0.0000 0.0200 217.000 0.97 2.23 -1.26 97 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9952 0.0048 0.0000 1 0 0.9942 0.0058 0.0000 1 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 1004 199 805 94 0 9 0 96 0 0 800 0 5 0.4724 0.0000 0.0062 21.111 0.47 3.36 -2.90 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0649 0.6754 0.2597 1 1 0.0703 0.6629 0.2668 1 1 0.0778 0.6469 0.2753
chr1 15945137 C CCTCCTCTTG 0.500000 0.100 1 9 1 644 182 462 85 2 35 1 59 0 0 455 0 7 0.4670 0.0000 0.0152 4.171 0.28 7.75 -7.46 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6185 0.3693 0.0122 1 0 0.6130 0.3729 0.0141 1 0 0.6046 0.3784 0.0170
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 430 115 315 91 0 2 0 22 0 0 315 0 0 0.7913 0.0000 0.0000 56.500 0.62 1.00 -0.38 15 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0357 0.9643 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.100 1 -9 1 218 99 119 97 0 1 0 1 0 0 119 0 0 0.9798 0.0000 0.0000 98.000 0.43 10.00 -9.57 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9383 0.0617 0.0000 0 0 0.9777 0.0223 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 386 149 237 128 2 10 0 9 0 0 237 0 0 0.8591 0.0000 0.0000 13.900 0.12 3.00 -2.88 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 0 0.6300 0.3700 0.0000
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 346 85 261 41 0 7 0 37 0 0 260 0 1 0.4824 0.0000 0.0038 11.143 0.10 3.41 -3.31 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2674 0.5851 0.1475 1 1 0.2692 0.5788 0.1520 1 1 0.2713 0.5708 0.1579
chr1 46533208 GCGCGGCCGCCACCCTGGCCCGGGCCCGC G 0.500000 0.100 1 -28 2 554 127 427 59 0 9 0 59 0 0 427 0 0 0.4646 0.0000 0.0000 13.111 1.15 17.51 -16.36 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1796 0.6408 0.1796 1 1 0.1847 0.6306 0.1847 1 1 0.1911 0.6177 0.1911
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 274 74 200 39 0 0 0 35 0 0 200 0 0 0.5270 0.0000 0.0000 74.000 0.21 2.54 -2.34 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2953 0.5711 0.1336 1 1 0.2961 0.5657 0.1382 1 1 0.2968 0.5590 0.1442
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 725 188 537 0 0 23 2 163 0 2 533 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 7.174 5.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.100 1 -6 6 791 164 627 84 4 12 1 63 1 0 622 0 4 0.5122 0.0016 0.0080 12.583 2.42 8.17 -5.76 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6483 0.3420 0.0098 1 0 0.6420 0.3466 0.0114 1 0 0.6327 0.3534 0.0139
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 278 101 177 42 1 7 0 51 0 0 177 0 0 0.4158 0.0000 0.0000 13.286 0.48 3.10 -2.62 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0746 0.5379 0.3875 1 1 0.0793 0.5345 0.3862 1 1 0.0857 0.5304 0.3839
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 570 135 435 74 1 16 0 44 0 0 430 0 5 0.5481 0.0000 0.0115 7.375 0.31 5.89 -5.58 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7706 0.2245 0.0049 1 0 0.7607 0.2334 0.0059 1 0 0.7466 0.2460 0.0074
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 780 183 597 167 1 9 0 6 0 0 597 0 0 0.9126 0.0000 0.0000 19.333 1.14 3.17 -2.03 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 0 0.8811 0.1189 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.100 1 6 1 290 93 197 82 0 5 0 6 0 0 197 0 0 0.8817 0.0000 0.0000 17.600 0.48 4.33 -3.86 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0919 0.9081 0.0000 0 0 0.5322 0.4678 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 171 83 88 6 0 6 1 70 0 0 86 0 2 0.0723 0.0000 0.0227 12.833 0.17 3.74 -3.58 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9396 0.0604 2 1 0.0000 0.5772 0.4228
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 417 183 234 16 0 37 0 130 0 0 231 0 3 0.0874 0.0000 0.0128 3.946 0.25 8.65 -8.40 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9784 0.0216
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 417 175 242 32 0 4 0 139 0 0 242 0 0 0.1829 0.0000 0.0000 42.750 0.22 8.09 -7.87 8 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 535 155 380 5 1 11 0 138 0 0 377 0 3 0.0323 0.0000 0.0079 13.091 0.00 5.41 -5.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 2 0.0000 0.3282 0.6718 2 2 0.0000 0.0461 0.9539
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 549 163 386 0 0 13 2 148 0 1 373 1 11 0.0000 0.0000 0.0337 11.462 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 890 188 702 170 3 12 1 2 0 0 702 0 0 0.9043 0.0000 0.0000 14.667 0.34 1.50 -1.16 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9148 0.0852 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 899 225 674 201 0 14 0 10 0 0 674 0 0 0.8933 0.0000 0.0000 15.071 0.30 3.00 -2.70 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3534 0.6466 0.0000 0 0 0.9657 0.0343 0.0000
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 1 676 200 476 6 11 23 7 153 0 0 473 1 2 0.0300 0.0000 0.0063 7.565 0.00 3.58 -3.58 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 1 0.0000 0.6150 0.3850
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 196 71 125 1 1 4 2 63 0 0 125 0 0 0.0141 0.0000 0.0000 16.500 0.00 2.35 -2.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2925 0.7075 2 2 0.0000 0.1197 0.8803 2 2 0.0000 0.0870 0.9130
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 253 88 165 72 3 7 0 6 0 0 165 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 11.429 0.29 6.50 -6.21 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0661 0.9339 0.0000 0 1 0.4458 0.5542 0.0000
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1629 444 1185 31 7 165 15 226 3 2 1083 9 88 0.0698 0.0025 0.0861 1.699 3.13 8.83 -5.70 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1278 261 1017 34 0 36 0 191 0 1 994 1 21 0.1303 0.0000 0.0226 6.250 0.50 3.83 -3.33 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 296 119 177 6 1 20 10 82 0 0 177 0 0 0.0504 0.0000 0.0000 4.450 3.50 1.83 1.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8930 0.1070 2 2 0.0000 0.4224 0.5776
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 282 104 178 47 0 9 0 48 0 0 161 0 17 0.4519 0.0000 0.0955 10.556 0.02 11.46 -11.44 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0175 0.3613 0.6211 1 2 0.0199 0.3667 0.6134 1 2 0.0234 0.3743 0.6023
chr1 152910774 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 2122 506 1616 443 14 24 1 24 14 15 1575 9 3 0.8755 0.0087 0.0254 19.917 2.16 3.50 -1.34 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9290 0.0710 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1359 330 1029 107 4 62 2 155 5 0 992 3 29 0.3242 0.0049 0.0360 4.377 2.08 10.06 -7.98 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0061 0.9939 1 2 0.0000 0.0072 0.9928 1 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 648 291 357 171 1 19 0 100 0 0 357 0 0 0.5876 0.0000 0.0000 14.316 0.53 7.98 -7.45 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9939 0.0061 0.0000 1 0 0.9927 0.0073 0.0000 1 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 252 98 154 50 0 2 1 45 0 0 152 0 2 0.5102 0.0000 0.0130 48.000 1.58 1.20 0.38 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2349 0.6121 0.1530 1 1 0.2383 0.6038 0.1578 1 1 0.2425 0.5934 0.1641
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 404 98 306 0 0 1 2 95 0 0 304 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 96.000 2.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0072 0.9928 2 2 0.0000 0.0082 0.9918
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 826 182 644 0 0 10 1 171 0 0 641 1 2 0.0000 0.0000 0.0047 17.200 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 160681128 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 589 223 366 204 0 11 0 8 0 0 366 0 0 0.9148 0.0000 0.0000 19.273 1.37 2.00 -0.63 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.8454 0.1546 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 320 85 235 38 0 15 0 32 0 0 235 0 0 0.4471 0.0000 0.0000 4.667 0.58 1.41 -0.83 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3496 0.5439 0.1065 1 1 0.3485 0.5404 0.1111 1 1 0.3465 0.5361 0.1174
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 164 49 115 2 1 7 1 38 0 0 115 0 0 0.0408 0.0000 0.0000 6.000 0.50 4.82 -4.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9732 0.0268 2 1 0.0000 0.7180 0.2820 2 2 0.0000 0.4760 0.5240
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 510 202 308 89 0 41 0 72 0 0 294 0 14 0.4406 0.0000 0.0455 3.927 0.33 13.31 -12.98 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1978 0.6931 0.1091 1 1 0.2047 0.6798 0.1155 1 1 0.2132 0.6627 0.1241
chr1 205663089 GGCCGACAGCCCTTCTGCTGGCTCGGTGGGGCCCAGC G 0.500000 0.100 1 -36 5 802 307 495 297 0 3 0 7 0 0 490 0 5 0.9674 0.0000 0.0101 152.000 0.34 21.14 -20.80 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8886 0.1114 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr1 206101895 GTAT G 0.500000 0.100 1 -3 2 285 104 181 57 1 0 0 46 0 0 181 0 0 0.5481 0.0000 0.0000 104.000 0.18 3.00 -2.82 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4739 0.4819 0.0442 1 1 0.4702 0.4817 0.0481 1 1 0.4647 0.4817 0.0536
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 511 238 273 10 0 34 1 193 0 0 261 0 12 0.0420 0.0000 0.0440 6.000 1.20 10.99 -9.79 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.5887 0.4113 2 2 0.0000 0.0272 0.9728
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.100 1 3 2 541 113 428 92 1 17 0 3 1 0 427 0 0 0.8142 0.0023 0.0023 5.647 1.74 3.67 -1.93 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1330 0.8670 0.0000 0 0 0.8177 0.1823 0.0000 0 0 0.9331 0.0669 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 258 109 149 50 0 7 0 52 0 0 149 0 0 0.4587 0.0000 0.0000 14.571 0.14 1.42 -1.28 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1537 0.6179 0.2284 1 1 0.1586 0.6092 0.2322 1 1 0.1650 0.5983 0.2367
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 631 176 455 0 0 14 6 156 0 0 450 0 5 0.0000 0.0000 0.0110 11.571 3.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 562 175 387 169 0 2 0 4 0 0 387 0 0 0.9657 0.0000 0.0000 86.500 0.33 1.00 -0.67 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4353 0.5647 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 785 225 560 9 0 2 0 214 0 0 558 0 2 0.0400 0.0000 0.0036 111.500 0.22 3.10 -2.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.2304 0.7696 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 845 189 656 78 0 5 0 106 0 0 655 0 1 0.4127 0.0000 0.0015 36.800 0.73 2.29 -1.56 54 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0025 0.2180 0.7795 1 2 0.0031 0.2252 0.7717 1 2 0.0041 0.2356 0.7603
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.100 1 -84 1 934 303 631 189 2 25 3 84 0 0 631 0 0 0.6238 0.0000 0.0000 11.040 2.37 3.17 -0.80 103 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.100 1 -4 2 1269 285 984 44 7 11 88 135 0 0 958 3 23 0.1544 0.0000 0.0264 29.556 0.39 6.84 -6.45 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1173 279 894 261 2 0 0 16 0 1 893 0 0 0.9355 0.0000 0.0011 279.000 2.74 1.31 1.43 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 0 0.9273 0.0727 0.0000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 491 148 343 138 0 5 0 5 0 0 343 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 28.600 1.46 4.40 -2.94 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0167 0.9833 0.0000 0 0 0.8278 0.1722 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 635 46 589 0 0 3 1 42 0 0 579 0 10 0.0000 0.0000 0.0170 14.333 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0629 0.9371 2 2 0.0000 0.0662 0.9338 2 2 0.0000 0.0710 0.9290
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 816 209 607 111 0 6 0 92 0 0 607 0 0 0.5311 0.0000 0.0000 33.833 0.88 4.12 -3.24 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5416 0.4459 0.0125 1 0 0.5412 0.4444 0.0145 1 0 0.5392 0.4433 0.0175
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.100 1 9 1 648 100 548 48 1 17 0 34 0 0 539 0 9 0.4800 0.0000 0.0164 4.882 0.35 8.85 -8.50 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3291 0.5706 0.1003 1 1 0.3297 0.5651 0.1052 1 1 0.3299 0.5583 0.1118
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 642 267 375 101 0 8 0 158 0 0 372 0 3 0.3783 0.0000 0.0080 32.375 0.94 6.63 -5.69 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0185 0.9815 1 2 0.0000 0.0211 0.9789 1 2 0.0000 0.0252 0.9748
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 731 188 543 108 0 5 0 75 0 0 543 0 0 0.5745 0.0000 0.0000 36.600 0.25 5.17 -4.92 70 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8419 0.1569 0.0012 1 0 0.8337 0.1648 0.0015 1 0 0.8218 0.1761 0.0021
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 260 123 137 58 0 10 0 55 0 0 135 0 2 0.4715 0.0000 0.0146 11.300 0.28 3.80 -3.52 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2316 0.6325 0.1359 1 1 0.2371 0.6227 0.1402 1 1 0.2439 0.6103 0.1457
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 483 161 322 1 4 19 3 134 0 0 311 0 11 0.0062 0.0000 0.0342 7.368 0.00 8.52 -8.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8814 0.1186 2 2 0.0000 0.0458 0.9542 2 2 0.0000 0.0077 0.9923
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.100 1 18 5 483 161 322 11 11 118 3 18 0 0 313 4 5 0.0683 0.0000 0.0280 0.276 4.73 3.89 0.84 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0407 0.4799 0.4794 1 1 0.0459 0.4923 0.4618 1 1 0.0535 0.5105 0.4360
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 622 191 431 103 1 21 1 65 0 0 429 0 2 0.5393 0.0000 0.0046 8.095 0.32 8.40 -8.08 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9137 0.0859 0.0003 1 0 0.9076 0.0920 0.0004 1 0 0.8986 0.1008 0.0006
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 233 64 169 5 0 1 0 58 0 0 167 0 2 0.0781 0.0000 0.0118 63.000 0.20 3.09 -2.89 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9111 0.0889 2 1 0.0000 0.5739 0.4261
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 328 103 225 46 0 14 0 43 0 0 225 0 0 0.4466 0.0000 0.0000 6.357 0.13 3.00 -2.87 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2597 0.5970 0.1433 1 1 0.2622 0.5898 0.1480 1 1 0.2651 0.5807 0.1542
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 39 2 625 215 410 3 1 110 3 98 0 0 410 0 0 0.0140 0.0000 0.0000 0.955 0.00 1.73 -1.73 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9066 0.0934 2 2 0.0000 0.2169 0.7831 2 2 0.0000 0.0718 0.9282
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.100 1 39 1 625 217 408 17 4 76 1 119 0 0 408 0 0 0.0783 0.0000 0.0000 1.855 2.29 1.76 0.53 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 676 68 608 43 2 17 0 6 5 0 602 1 0 0.6324 0.0082 0.0099 3.125 4.05 8.17 -4.12 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 1 0.1500 0.8500 0.0000
chr2 61134190 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 217 108 109 63 0 0 1 44 0 0 109 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 107.000 0.16 1.18 -1.02 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6308 0.3521 0.0171 1 0 0.6226 0.3580 0.0194 1 0 0.6109 0.3662 0.0229
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 310 82 228 48 0 3 1 30 0 0 228 0 0 0.5854 0.0000 0.0000 26.333 0.40 3.53 -3.14 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6327 0.3456 0.0217 1 0 0.6229 0.3527 0.0244 1 0 0.6094 0.3623 0.0283
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 566 245 321 207 3 19 4 12 0 0 321 0 0 0.8449 0.0000 0.0000 11.632 0.48 3.08 -2.60 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0408 0.9592 0.0000 0 0 0.8501 0.1499 0.0000
chr2 71574204 C CAGGCGG 0.500000 0.100 1 6 2 369 137 232 83 0 12 1 41 0 0 226 1 5 0.6058 0.0000 0.0259 10.417 0.72 5.12 -4.40 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8935 0.1056 0.0009 1 0 0.8849 0.1140 0.0011 1 0 0.8723 0.1261 0.0016
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 666 187 479 9 60 45 3 70 0 4 469 0 6 0.0481 0.0000 0.0209 3.205 1.00 3.67 -2.67 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0788 0.6329 0.2883 1 1 0.0842 0.6230 0.2928 1 1 0.0915 0.6106 0.2979
chr2 73385903 T TGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 666 187 479 68 2 107 5 5 0 4 472 0 3 0.3636 0.0000 0.0146 0.731 6.01 5.80 0.21 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0482 0.9518 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 671 195 476 91 3 42 0 59 0 0 468 1 7 0.4667 0.0000 0.0168 3.595 3.00 6.81 -3.81 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7584 0.2378 0.0039 1 0 0.7499 0.2454 0.0047 1 0 0.7377 0.2562 0.0061
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 499 102 397 53 0 4 0 45 0 0 396 0 1 0.5196 0.0000 0.0025 24.500 0.21 3.16 -2.95 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3480 0.5651 0.0869 1 1 0.3483 0.5600 0.0917 1 1 0.3480 0.5536 0.0984
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 1 500 173 327 154 0 11 0 8 0 0 325 0 2 0.8902 0.0000 0.0061 14.727 0.38 8.50 -8.12 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0495 0.9505 0.0000 0 0 0.7417 0.2583 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 398 146 252 13 1 10 5 117 0 0 251 0 1 0.0890 0.0000 0.0040 13.500 1.23 3.53 -2.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9294 0.0706
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 543 175 368 60 1 27 2 85 0 0 367 0 1 0.3429 0.0000 0.0027 5.481 0.42 3.14 -2.72 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0037 0.2215 0.7748 1 2 0.0045 0.2297 0.7658 1 2 0.0058 0.2414 0.7528
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 845 237 608 108 1 7 0 121 0 0 608 0 0 0.4557 0.0000 0.0000 38.167 0.31 8.52 -8.22 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0316 0.6340 0.3344 1 1 0.0354 0.6228 0.3418 1 1 0.0409 0.6089 0.3503
chr2 97113750 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 433 141 292 135 1 0 0 5 0 0 292 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 140.000 0.34 1.00 -0.66 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0153 0.9847 0.0000 0 0 0.8125 0.1875 0.0000 0 0 0.9673 0.0327 0.0000
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.100 1 3 4 616 176 440 104 0 3 0 69 0 0 434 0 6 0.5909 0.0000 0.0136 57.667 0.39 3.04 -2.65 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7845 0.2130 0.0025 1 0 0.7764 0.2205 0.0031 1 0 0.7647 0.2312 0.0041
chr2 101405989 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 183 105 78 96 0 4 0 5 0 0 78 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 25.250 0.27 3.60 -3.33 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3708 0.6292 0.0000 0 0 0.8099 0.1901 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 506 136 370 127 0 8 0 1 0 0 369 0 1 0.9338 0.0000 0.0027 16.000 0.80 22.00 -21.20 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8837 0.1163 0.0000 0 0 0.9854 0.0146 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr2 109544250 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 328 106 222 84 4 8 4 6 0 0 222 0 0 0.7925 0.0000 0.0000 12.000 0.37 1.67 -1.30 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0378 0.9622 0.0000 0 1 0.3502 0.6498 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 147 71 76 59 0 1 0 11 0 0 76 0 0 0.8310 0.0000 0.0000 70.000 0.25 3.00 -2.75 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0148 0.9852 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 608 140 468 0 0 1 0 139 0 0 464 0 4 0.0000 0.0000 0.0085 139.000 5.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 405 143 262 123 0 16 0 4 0 1 260 0 1 0.8601 0.0000 0.0076 7.938 0.43 6.00 -5.57 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 0 0.7046 0.2954 0.0000 0 0 0.9431 0.0569 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 187 36 151 1 1 7 14 13 0 1 148 0 2 0.0278 0.0000 0.0199 2.571 0.00 1.62 -1.62 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7935 0.2065 2 1 0.0000 0.5455 0.4545 2 2 0.0000 0.4310 0.5690
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 213 71 142 2 0 17 1 51 0 0 137 1 4 0.0282 0.0000 0.0352 3.176 2.00 7.16 -5.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8238 0.1762 2 2 0.0000 0.3285 0.6715 2 2 0.0000 0.1855 0.8145
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.100 1 3 4 214 87 127 37 2 12 4 32 0 0 126 0 1 0.4253 0.0000 0.0079 6.250 2.43 6.09 -3.66 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2538 0.5852 0.1610 1 1 0.2560 0.5788 0.1652 1 1 0.2584 0.5708 0.1707
chr2 168247361 CGCCGCCGCCGCTGTCACCGGG C 0.500000 0.100 1 -21 2 214 106 108 94 1 9 0 2 0 0 108 0 0 0.8868 0.0000 0.0000 10.778 3.40 11.00 -7.60 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5980 0.4020 0.0000 0 0 0.9318 0.0682 0.0000 0 0 0.9653 0.0347 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 212 88 124 33 0 27 0 28 0 0 122 0 2 0.3750 0.0000 0.0161 2.259 0.15 9.96 -9.81 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2797 0.5660 0.1543 1 1 0.2806 0.5610 0.1584 1 1 0.2815 0.5548 0.1638
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 536 162 374 134 0 21 0 7 0 0 374 0 0 0.8272 0.0000 0.0000 6.714 0.21 3.14 -2.93 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3191 0.6809 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 327 167 160 1 0 4 1 161 0 0 151 0 9 0.0060 0.0000 0.0563 40.750 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 415 199 216 186 3 2 1 7 0 0 216 0 0 0.9347 0.0000 0.0000 98.000 0.79 4.86 -4.07 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.8350 0.1650 0.0000 0 0 0.9876 0.0124 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 777 188 589 88 0 6 1 93 0 0 587 0 2 0.4681 0.0000 0.0034 30.333 0.18 4.42 -4.24 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0599 0.6498 0.2903 1 1 0.0649 0.6387 0.2964 1 1 0.0720 0.6246 0.3034
chr2 185788795 A AGAT 0.500000 0.100 1 3 1 621 165 456 81 0 6 0 78 0 0 451 0 5 0.4909 0.0000 0.0110 26.500 0.16 3.22 -3.06 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1260 0.6867 0.1873 1 1 0.1324 0.6738 0.1938 1 1 0.1408 0.6572 0.2020
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 325 134 191 10 2 25 46 51 0 0 189 0 2 0.0746 0.0000 0.0105 3.300 0.40 3.00 -2.60 10 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9465 0.0535
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 326 132 194 13 3 15 47 54 0 0 194 0 0 0.0985 0.0000 0.0000 4.600 0.15 3.17 -3.01 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9926 0.0074
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 254 77 177 39 7 13 2 16 0 0 177 0 0 0.5065 0.0000 0.0000 4.385 0.64 0.94 -0.30 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8311 0.1644 0.0045 1 0 0.8191 0.1754 0.0054 1 0 0.7982 0.1949 0.0069
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 313 67 246 30 14 12 2 9 0 2 244 0 0 0.4478 0.0000 0.0081 4.300 1.73 3.78 -2.04 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0791 0.9208 0.0001 0 1 0.0116 0.9884 0.0000 0 1 0.0146 0.9854 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 282 99 183 0 0 3 0 96 0 0 181 0 2 0.0000 0.0000 0.0109 32.000 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 607 159 448 0 0 16 1 142 0 0 440 1 7 0.0000 0.0000 0.0179 8.938 7.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 976 254 722 114 0 59 1 80 0 0 717 1 4 0.4488 0.0000 0.0069 3.305 0.82 7.06 -6.25 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7511 0.2460 0.0029 1 0 0.7443 0.2522 0.0035 1 0 0.7342 0.2612 0.0046
chr2 219496868 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 503 178 325 112 0 0 0 66 0 0 323 0 2 0.6292 0.0000 0.0062 178.000 0.65 1.52 -0.86 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9417 0.0581 0.0002 1 0 0.9358 0.0640 0.0002 1 0 0.9270 0.0727 0.0003
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 647 195 452 102 2 7 2 82 0 0 397 0 55 0.5231 0.0000 0.1217 26.714 0.42 15.16 -14.74 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0008 0.1723 0.8269 1 2 0.0011 0.1785 0.8204 1 2 0.0015 0.1877 0.8107
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 767 159 608 73 0 9 1 76 0 0 606 0 2 0.4591 0.0000 0.0033 16.667 0.26 3.33 -3.07 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0839 0.6407 0.2754 1 1 0.0894 0.6304 0.2802 1 1 0.0968 0.6173 0.2858
chr2 231594078 T TGCGCTACCTGACCAGCCAC 0.500000 0.100 1 19 1 545 177 368 63 0 24 0 90 0 0 367 1 0 0.3559 0.0000 0.0027 6.375 0.68 11.28 -10.60 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0031 0.2091 0.7879 1 2 0.0038 0.2173 0.7789 1 2 0.0049 0.2291 0.7660
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 360 139 221 66 0 1 3 69 0 0 218 0 3 0.4748 0.0000 0.0136 135.000 0.41 4.16 -3.75 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0658 0.5939 0.3403 1 1 0.0706 0.5865 0.3429 1 1 0.0774 0.5772 0.3454
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 181 65 116 59 0 4 0 2 0 0 116 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 15.250 0.15 3.50 -3.35 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1919 0.8081 0.0000 0 0 0.6937 0.3063 0.0000 0 0 0.8291 0.1709 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 263 107 156 48 0 6 0 53 0 0 153 0 3 0.4486 0.0000 0.0192 16.833 0.25 3.92 -3.67 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0737 0.5528 0.3735 1 1 0.0784 0.5484 0.3732 1 1 0.0850 0.5429 0.3721
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 452 143 309 0 0 28 8 107 0 0 308 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 4.107 3.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr2 241096100 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 666 204 462 117 0 10 0 77 0 0 462 0 0 0.5735 0.0000 0.0000 19.400 0.22 2.95 -2.73 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9102 0.0894 0.0003 1 0 0.9033 0.0963 0.0004 1 0 0.8930 0.1064 0.0007
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.100 1 -2 1 531 146 385 79 0 3 0 64 0 0 384 0 1 0.5411 0.0000 0.0026 47.667 0.48 2.19 -1.71 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4822 0.4878 0.0300 1 1 0.4805 0.4862 0.0333 1 1 0.4773 0.4846 0.0381
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 469 117 352 61 0 2 0 54 0 0 347 0 5 0.5214 0.0000 0.0142 57.500 0.28 3.17 -2.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0547 0.6748 0.2704 1 1 0.0559 0.6638 0.2803 1 1 0.0572 0.6497 0.2931
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 357 84 273 40 0 12 0 32 0 0 254 1 18 0.4762 0.0000 0.0696 6.000 1.15 13.72 -12.57 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1170 0.6544 0.2287 1 1 0.1252 0.6496 0.2252 1 1 0.1365 0.6432 0.2203
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCAGCCCGCGCCGCA 0.034887 0.100 1 24 2 357 84 273 40 0 16 0 28 0 0 254 2 17 0.4762 0.0000 0.0696 4.250 1.15 13.96 -12.81 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2223 0.7421 0.0356 1 1 0.2330 0.7318 0.0352 1 1 0.2472 0.7181 0.0347
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 503 119 384 103 1 2 1 12 0 0 383 0 1 0.8655 0.0000 0.0026 58.500 0.55 5.42 -4.86 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0193 0.9807 0.0000
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.100 1 3 1 578 194 384 166 0 8 0 20 0 0 384 0 0 0.8557 0.0000 0.0000 23.250 0.43 3.25 -2.82 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0083 0.9917 0.0000
chr3 40462027 G GTGCTGCTGCTGCTGC 0.500000 0.100 1 15 3 880 331 549 179 114 2 3 33 3 6 515 8 17 0.5408 0.0055 0.0619 162.500 4.36 9.12 -4.76 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 827 277 550 4 2 68 11 192 0 0 538 0 12 0.0144 0.0000 0.0218 3.074 0.25 5.49 -5.24 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8427 0.1573 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 827 277 550 5 2 83 1 186 0 0 538 0 12 0.0181 0.0000 0.0218 2.325 1.00 5.81 -4.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9439 0.0561 2 2 0.0000 0.0270 0.9730 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 504 162 342 0 0 5 2 155 0 0 339 0 3 0.0000 0.0000 0.0088 39.250 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 338 144 194 0 1 4 0 139 0 0 190 0 4 0.0000 0.0000 0.0206 34.750 3.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 647 162 485 0 0 16 16 130 0 0 478 1 6 0.0000 0.0000 0.0144 9.062 3.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 496 162 334 128 0 23 0 11 0 0 334 0 0 0.7901 0.0000 0.0000 6.043 0.41 5.73 -5.32 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 1 0.3012 0.6988 0.0000
chr3 50118454 TGAGA T 0.500000 0.100 1 -4 1 197 61 136 46 0 12 0 3 0 0 136 0 0 0.7541 0.0000 0.0000 4.455 0.22 4.00 -3.78 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0137 0.9863 0.0000 0 1 0.2984 0.7016 0.0000 0 0 0.5856 0.4144 0.0000
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 539 171 368 17 1 38 1 114 0 0 355 0 13 0.0994 0.0000 0.0353 3.500 0.76 5.44 -4.67 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9939 0.0061
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 216 109 107 0 0 5 1 103 0 0 105 0 2 0.0000 0.0000 0.0187 20.800 7.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 281 90 191 28 0 7 1 54 0 0 189 0 2 0.3111 0.0000 0.0105 11.857 0.07 2.96 -2.89 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0027 0.1460 0.8513 1 2 0.0034 0.1561 0.8405 1 2 0.0044 0.1705 0.8251
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 844 214 630 110 0 21 0 83 0 0 622 0 8 0.5140 0.0000 0.0127 9.190 0.32 9.36 -9.04 24 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5440 0.4434 0.0126 1 0 0.5433 0.4421 0.0145 1 0 0.5412 0.4413 0.0175
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 556 143 413 77 0 4 0 62 0 0 413 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 34.750 0.48 1.21 -0.73 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5140 0.4596 0.0263 1 0 0.5110 0.4596 0.0293 1 0 0.5061 0.4601 0.0338
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 414 132 282 72 0 7 0 53 0 0 281 0 1 0.5455 0.0000 0.0035 17.857 0.18 1.38 -1.20 28 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6055 0.3774 0.0171 1 0 0.5989 0.3817 0.0194 1 0 0.5893 0.3878 0.0229
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.100 1 8 2 269 125 144 67 0 10 0 48 0 0 139 0 5 0.5360 0.0000 0.0347 11.500 0.25 6.62 -6.37 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5098 0.4585 0.0318 1 0 0.5058 0.4591 0.0351 1 0 0.4998 0.4603 0.0399
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 121 46 75 17 0 4 2 23 0 0 75 0 0 0.3696 0.0000 0.0000 10.500 0.18 1.57 -1.39 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0969 0.4903 0.4128 1 1 0.1013 0.4907 0.4080 1 1 0.1073 0.4913 0.4014
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1242 316 926 0 0 83 95 138 0 0 922 0 4 0.0000 0.0000 0.0043 2.771 3.02 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1248 330 918 145 4 71 13 97 0 0 917 0 1 0.4394 0.0000 0.0011 3.657 2.57 8.29 -5.72 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8753 0.1244 0.0004 1 0 0.8690 0.1305 0.0005 1 0 0.8596 0.1397 0.0007
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 534 166 368 64 0 24 0 78 0 0 368 0 0 0.3855 0.0000 0.0000 5.917 0.33 7.88 -7.56 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0302 0.4854 0.4844 1 1 0.0335 0.4839 0.4826 1 1 0.0383 0.4826 0.4791
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 605 163 442 97 0 6 0 60 0 0 440 0 2 0.5951 0.0000 0.0045 26.167 0.13 3.07 -2.93 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8796 0.1196 0.0009 1 0 0.8712 0.1277 0.0011 1 0 0.8590 0.1394 0.0016
chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.100 1 3 2 326 89 237 53 0 1 1 34 0 0 234 0 3 0.5955 0.0000 0.0127 88.000 0.58 3.35 -2.77 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5690 0.4019 0.0291 1 0 0.5616 0.4062 0.0322 1 0 0.5511 0.4121 0.0368
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 356 133 223 70 0 7 0 56 0 0 221 0 2 0.5263 0.0000 0.0090 18.000 0.26 4.23 -3.97 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4478 0.5107 0.0415 1 1 0.4464 0.5083 0.0453 1 1 0.4436 0.5056 0.0509
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 211 109 102 4 0 0 0 105 0 0 102 0 0 0.0367 0.0000 0.0000 109.000 0.50 1.97 -1.47 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9708 0.0292 2 2 0.0000 0.2707 0.7293 2 2 0.0000 0.0738 0.9262
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 408 145 263 75 1 1 0 68 0 0 263 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 144.000 1.11 2.19 -1.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3290 0.6035 0.0674 1 1 0.3321 0.5955 0.0724 1 1 0.3354 0.5854 0.0792
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 621 162 459 120 3 24 0 15 0 0 459 0 0 0.7407 0.0000 0.0000 5.750 0.42 2.40 -1.97 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0251 0.9749 0.0000
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 1994 567 1427 278 1 21 2 265 0 1 1426 0 0 0.4903 0.0000 0.0007 26.000 1.32 2.33 -1.01 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1092 0.8824 0.0084 1 1 0.1248 0.8647 0.0106 1 1 0.1464 0.8395 0.0141
chr3 195788564 C CGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGCATCGGTGACATGAAGAGGGGTGGT 0.500000 0.100 1 48 2 461 106 355 82 1 16 0 7 1 0 353 1 0 0.7736 0.0028 0.0056 5.625 0.94 6.00 -5.06 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0149 0.9851 0.0000 0 1 0.2673 0.7327 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 825 179 646 95 0 18 0 66 1 0 634 0 11 0.5307 0.0015 0.0186 8.944 0.44 12.98 -12.54 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5769 0.4097 0.0133 1 0 0.5737 0.4110 0.0153 1 0 0.5683 0.4133 0.0184
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 311 130 181 25 4 5 86 10 0 0 180 0 1 0.1923 0.0000 0.0055 125.000 0.20 8.80 -8.60 19 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0055 0.9945 1 2 0.0000 0.3049 0.6951 2 1 0.0000 0.9906 0.0094
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 311 130 181 0 0 22 8 100 0 0 180 0 1 0.0000 0.0000 0.0055 4.909 8.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 621 119 502 0 0 0 0 119 0 0 392 3 107 0.0000 0.0000 0.2191 119.000 15.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 3074945 A ACCGCCGCCG 0.064236 0.100 1 9 2 552 220 332 79 2 57 4 78 1 1 324 1 5 0.3591 0.0030 0.0241 2.842 6.71 9.59 -2.88 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1989 0.7674 0.0336 1 1 0.2118 0.7537 0.0346 1 1 0.2289 0.7354 0.0357
chr4 3228683 AGAG A 0.066858 0.100 1 -3 2 494 160 334 135 1 18 0 6 0 0 334 0 0 0.8438 0.0000 0.0000 7.889 0.08 2.67 -2.59 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0233 0.9767 0.0000 0 0 0.9552 0.0448 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.100 1 -6 2 468 125 343 68 0 2 0 55 0 0 340 0 3 0.5440 0.0000 0.0087 61.500 0.38 6.45 -6.07 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5738 0.4210 0.0052 1 0 0.5756 0.4188 0.0056 1 0 0.5773 0.4165 0.0062
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.100 1 -9 5 369 130 239 124 0 3 0 3 0 0 238 0 1 0.9538 0.0000 0.0042 42.333 0.63 9.67 -9.04 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0711 0.9289 0.0000 0 0 0.8737 0.1263 0.0000 0 0 0.9692 0.0308 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 731 160 571 89 0 16 0 55 0 0 552 0 19 0.5563 0.0000 0.0333 9.000 0.44 14.60 -14.16 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4862 0.4890 0.0249 1 1 0.4854 0.4867 0.0278 1 1 0.4833 0.4844 0.0322
chr4 70158708 CCCTGTTGCAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCACCTGTTGGAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCA C 0.500000 0.100 1 -60 4 616 211 405 96 0 62 0 53 0 0 405 0 0 0.4550 0.0000 0.0000 2.403 0.22 3.09 -2.88 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9445 0.0553 0.0002 1 0 0.9385 0.0613 0.0003 1 0 0.9293 0.0703 0.0004
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 3 425 107 318 96 1 4 0 6 0 2 316 0 0 0.8972 0.0000 0.0063 25.750 1.96 3.67 -1.71 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1928 0.8072 0.0000 0 0 0.7238 0.2762 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.100 1 3 1 395 143 252 81 0 3 1 58 0 0 252 0 0 0.5664 0.0000 0.0000 46.333 0.16 3.66 -3.49 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6890 0.3026 0.0084 1 0 0.6809 0.3092 0.0099 1 0 0.6693 0.3185 0.0122
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2493 529 1964 211 12 144 8 154 4 4 1930 7 19 0.3989 0.0020 0.0173 2.664 2.43 8.44 -6.01 45 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8311 0.1688 0.0001 1 0 0.8291 0.1707 0.0002 1 0 0.8252 0.1744 0.0003
chr4 87614861 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.100 1 -18 1 2992 762 2230 410 13 65 10 264 9 8 2191 8 14 0.5381 0.0040 0.0175 10.812 1.59 12.56 -10.96 132 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3893 855 3038 10 9 46 25 765 53 52 2709 165 59 0.0117 0.0174 0.1083 17.370 4.00 8.70 -4.70 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3446 1051 2395 4 16 198 65 768 248 41 2036 36 34 0.0038 0.1035 0.1499 4.222 8.25 8.36 -0.11 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 155 69 86 34 0 2 0 33 0 0 85 0 1 0.4928 0.0000 0.0116 33.500 0.03 2.88 -2.85 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2087 0.5826 0.2087 1 1 0.2118 0.5765 0.2118 1 1 0.2157 0.5687 0.2156
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 720 174 546 84 0 5 0 85 0 0 546 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 33.800 0.54 3.74 -3.21 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1374 0.6951 0.1675 1 1 0.1440 0.6817 0.1743 1 1 0.1527 0.6644 0.1829
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 630 259 371 0 0 27 14 218 0 0 368 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 8.593 3.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 561 205 356 8 2 55 6 134 0 0 351 3 2 0.0390 0.0000 0.0140 2.709 0.12 3.28 -3.16 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9267 0.0733 2 2 0.0000 0.2519 0.7481
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 276 128 148 105 1 16 0 6 0 0 148 0 0 0.8203 0.0000 0.0000 6.938 0.57 4.67 -4.10 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2497 0.7503 0.0000 0 0 0.7836 0.2164 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 206 89 117 0 0 24 1 64 0 0 116 0 1 0.0000 0.0000 0.0085 2.708 5.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0391 0.9609
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 987 200 787 102 0 4 0 94 0 0 782 0 5 0.5100 0.0000 0.0064 49.000 0.59 3.38 -2.79 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1807 0.7196 0.0997 1 1 0.1886 0.7049 0.1065 1 1 0.1985 0.6859 0.1155
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 791 167 624 0 0 22 1 144 0 0 619 0 5 0.0000 0.0000 0.0080 6.591 3.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 411 163 248 136 6 17 2 2 0 1 247 0 0 0.8344 0.0000 0.0040 9.000 1.65 3.50 -1.85 68 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7194 0.2806 0.0000 0 0 0.9757 0.0243 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 409 67 342 2 2 37 4 22 0 0 332 0 10 0.0299 0.0000 0.0292 0.730 1.50 11.36 -9.86 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9733 0.0267 2 1 0.0000 0.7523 0.2477 2 1 0.0000 0.5346 0.4654
chr5 73447202 GGCGGCGGCGGCCTGC G 0.500000 0.100 1 -15 1 541 165 376 143 1 10 2 9 1 0 371 1 3 0.8667 0.0027 0.0133 17.111 1.03 13.22 -12.19 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1203 0.8797 0.0000
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 551 139 412 126 1 1 0 11 0 0 412 0 0 0.9065 0.0000 0.0000 138.000 0.23 3.09 -2.86 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.2894 0.7106 0.0000
chr5 80082461 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 246 113 133 105 0 0 0 8 0 0 133 0 0 0.9292 0.0000 0.0000 113.000 0.21 1.00 -0.79 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0369 0.9631 0.0000 0 1 0.4911 0.5089 0.0000
chr5 80654905 G GCCGCAGCGC 0.500000 0.100 1 9 2 340 109 231 52 2 17 3 35 1 0 230 0 0 0.4771 0.0043 0.0043 5.353 1.73 6.94 -5.21 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6228 0.3566 0.0206 1 0 0.6140 0.3628 0.0231 1 0 0.6017 0.3713 0.0270
chr5 95436867 A AC 0.500000 0.100 1 1 2 181 78 103 75 0 0 0 3 0 0 103 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 78.000 0.13 1.67 -1.53 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.6361 0.3639 0.0000 0 0 0.8477 0.1523 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 286 103 183 99 0 1 0 3 0 0 183 0 0 0.9612 0.0000 0.0000 102.000 0.13 3.33 -3.20 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1648 0.8352 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 190 97 93 82 1 2 0 12 0 0 93 0 0 0.8454 0.0000 0.0000 47.500 0.05 3.33 -3.28 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0247 0.9753 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 322 131 191 88 7 23 0 13 0 0 191 0 0 0.6718 0.0000 0.0000 4.696 1.07 5.23 -4.16 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0231 0.9769 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 519 146 373 124 0 13 0 9 1 0 371 0 1 0.8493 0.0027 0.0054 10.231 0.54 5.67 -5.13 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0118 0.9882 0.0000 0 1 0.4080 0.5920 0.0000
chr5 134114929 GGGGCGGCGC G 0.500000 0.100 1 -9 5 263 74 189 65 0 4 0 5 0 0 189 0 0 0.8784 0.0000 0.0000 17.500 1.72 10.40 -8.68 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1113 0.8887 0.0000 0 1 0.4862 0.5138 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 184 67 117 5 0 1 0 61 0 0 116 0 1 0.0746 0.0000 0.0085 66.000 0.20 3.34 -3.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9026 0.0974 2 1 0.0000 0.5500 0.4500
chr5 140801721 CTGAA C 0.500000 0.100 1 -4 1 897 209 688 188 0 2 0 19 0 0 687 0 1 0.8995 0.0000 0.0015 103.500 0.47 4.37 -3.90 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0238 0.9762 0.0000
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.100 1 -6 2 658 193 465 174 0 6 0 13 0 1 464 0 0 0.9016 0.0000 0.0022 31.167 0.37 5.62 -5.24 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.5361 0.4639 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 455 113 342 7 0 10 1 95 0 0 321 1 20 0.0619 0.0000 0.0614 10.300 0.57 7.96 -7.39 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8334 0.1666 2 2 0.0000 0.2343 0.7657
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 470 137 333 0 0 27 0 110 0 0 307 1 25 0.0000 0.0000 0.0781 4.231 11.01 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 18 1 470 137 333 0 1 27 0 109 0 0 308 1 24 0.0000 0.0000 0.0751 4.231 11.03 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 707 155 552 82 0 1 0 72 0 0 552 0 0 0.5290 0.0000 0.0000 154.000 0.84 1.67 -0.83 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3680 0.5813 0.0507 1 1 0.3705 0.5744 0.0551 1 1 0.3729 0.5658 0.0614
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 417 157 260 90 0 4 0 63 0 0 259 0 1 0.5732 0.0000 0.0038 38.250 2.34 4.48 -2.13 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7523 0.2433 0.0043 1 0 0.7438 0.2510 0.0052 1 0 0.7314 0.2619 0.0067
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 410 161 249 56 2 12 8 83 0 0 249 0 0 0.3478 0.0000 0.0000 12.417 3.61 12.17 -8.56 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0013 0.1396 0.8591 1 2 0.0017 0.1481 0.8502 1 2 0.0023 0.1605 0.8372
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 410 146 264 0 54 9 2 81 0 0 262 0 2 0.0000 0.0000 0.0076 15.222 4.83 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0020 0.1612 0.8368 1 2 0.0025 0.1702 0.8273 1 2 0.0033 0.1830 0.8137
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 219 84 135 35 1 7 0 41 0 0 135 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 11.000 0.74 3.15 -2.40 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1200 0.5661 0.3139 1 1 0.1247 0.5611 0.3143 1 1 0.1309 0.5548 0.3143
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 485 129 356 73 0 5 0 51 0 0 354 0 2 0.5659 0.0000 0.0056 24.800 1.04 3.86 -2.82 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6536 0.3340 0.0124 1 0 0.6457 0.3400 0.0143 1 0 0.6344 0.3484 0.0172
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 507 227 280 167 10 42 1 7 1 0 279 0 0 0.7357 0.0036 0.0036 4.381 1.06 3.43 -2.37 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.6491 0.3509 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.100 1 -3 1 291 101 190 95 0 3 0 3 0 0 190 0 0 0.9406 0.0000 0.0000 32.667 0.36 4.33 -3.98 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1388 0.8612 0.0000 0 0 0.8250 0.1750 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 658 120 538 68 1 19 1 31 0 0 538 0 0 0.5667 0.0000 0.0000 5.316 0.40 3.23 -2.83 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9221 0.0773 0.0006 1 0 0.9141 0.0851 0.0008 1 0 0.9023 0.0965 0.0011
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 533 136 397 57 0 24 0 55 1 0 394 0 2 0.4191 0.0025 0.0076 4.667 0.81 3.64 -2.83 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1955 0.6368 0.1677 1 1 0.2001 0.6269 0.1730 1 1 0.2059 0.6143 0.1798
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 661 158 503 54 1 25 4 74 1 2 494 1 5 0.3418 0.0020 0.0179 5.320 2.11 4.20 -2.09 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0137 0.4329 0.5535 1 2 0.0163 0.4428 0.5409 1 2 0.0204 0.4564 0.5232
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 615 146 469 64 2 16 0 64 1 4 456 4 4 0.4384 0.0021 0.0277 8.125 1.28 3.83 -2.55 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2222 0.6832 0.0946 1 1 0.2315 0.6712 0.0973 1 1 0.2436 0.6558 0.1006
chr6 2766129 GGGCGACGGCGAT G 0.033108 0.100 1 -12 1 519 160 359 146 0 9 0 5 0 0 359 0 0 0.9125 0.0000 0.0000 16.778 0.70 10.20 -9.50 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4262 0.5738 0.0000 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1042 218 824 88 51 59 1 19 0 1 822 0 1 0.4037 0.0000 0.0024 2.821 2.89 4.47 -1.59 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0057 0.9943 0.0000
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.100 1 3 1 1046 290 756 119 9 61 4 97 0 0 756 0 0 0.4103 0.0000 0.0000 3.767 3.48 3.15 0.32 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8095 0.1901 0.0004 1 0 0.8064 0.1930 0.0005 1 0 0.8016 0.1977 0.0007
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.100 1 2 1 680 139 541 125 0 6 0 8 0 0 541 0 0 0.8993 0.0000 0.0000 22.167 0.40 2.12 -1.73 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5418 0.4582 0.0000 0 0 0.9668 0.0332 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 590 125 465 71 0 6 0 48 1 0 457 0 7 0.5680 0.0022 0.0172 19.833 0.28 11.04 -10.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6689 0.3221 0.0090 1 0 0.6642 0.3256 0.0102 1 0 0.6572 0.3308 0.0120
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 459 138 321 70 0 0 0 68 0 0 321 0 0 0.5072 0.0000 0.0000 138.000 0.17 1.07 -0.90 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2041 0.6586 0.1373 1 1 0.2095 0.6473 0.1431 1 1 0.2163 0.6329 0.1508
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.100 1 -3 1 2604 533 2071 248 9 67 6 203 2 3 2009 20 37 0.4653 0.0010 0.0299 7.250 1.79 4.59 -2.80 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0225 0.9213 0.0562 1 1 0.0274 0.9066 0.0660 1 1 0.0349 0.8848 0.0803
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 880 246 634 147 1 5 0 93 0 0 634 0 0 0.5976 0.0000 0.0000 48.200 1.16 3.91 -2.76 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9728 0.0272 0.0000 1 0 0.9694 0.0306 0.0000 1 0 0.9640 0.0359 0.0000
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.100 1 -1 4 566 159 407 91 1 1 0 66 0 0 406 0 1 0.5723 0.0000 0.0025 158.000 0.36 2.26 -1.89 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7282 0.2666 0.0051 1 0 0.7203 0.2736 0.0061 1 0 0.7087 0.2835 0.0078
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 598 153 445 137 0 7 0 9 0 0 445 0 0 0.8954 0.0000 0.0000 20.857 0.27 2.00 -1.73 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0633 0.9367 0.0000 0 0 0.7083 0.2917 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 727 205 522 0 77 4 2 122 0 1 520 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 50.250 8.97 0 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0139 0.9861 1 2 0.0000 0.0162 0.9837 1 2 0.0000 0.0200 0.9799
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 727 205 522 84 3 5 1 112 1 0 520 0 1 0.4098 0.0019 0.0038 66.667 1.51 9.68 -8.17 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0045 0.3005 0.6950 1 2 0.0054 0.3050 0.6896 1 2 0.0069 0.3118 0.6813
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 527 160 367 96 0 11 0 53 0 0 364 0 3 0.6000 0.0000 0.0082 13.545 0.61 11.17 -10.56 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9257 0.0740 0.0003 1 0 0.9186 0.0809 0.0004 1 0 0.9082 0.0912 0.0007
chr6 31769199 G GGTAC 0.500000 0.100 1 4 1 341 93 248 87 0 4 0 2 0 0 248 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 22.250 0.23 13.00 -12.77 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4973 0.5027 0.0000 0 0 0.9017 0.0983 0.0000 0 0 0.9497 0.0503 0.0000
chr6 31772986 A ACAGGCTCCATGGGG 0.500000 0.100 1 14 2 492 154 338 137 2 6 0 9 0 0 334 0 4 0.8896 0.0000 0.0118 24.500 0.10 8.44 -8.34 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.1672 0.8328 0.0000
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 532 160 372 0 0 11 0 149 0 0 368 0 4 0.0000 0.0000 0.0108 13.545 3.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 657 237 420 182 1 5 0 49 0 0 420 0 0 0.7679 0.0000 0.0000 46.400 4.80 8.31 -3.51 66 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9700 0.0300 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 655 229 426 174 3 4 0 48 0 0 425 0 1 0.7598 0.0000 0.0023 56.000 5.03 8.40 -3.37 70 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 1 0.0290 0.9710 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 196 81 115 51 0 1 2 27 1 0 110 0 4 0.6296 0.0087 0.0435 80.000 5.78 9.04 -3.25 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6756 0.3091 0.0154 1 0 0.6652 0.3173 0.0175 1 0 0.6508 0.3285 0.0208
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 512 152 360 4 0 5 2 141 0 0 355 0 5 0.0263 0.0000 0.0139 36.750 0.00 1.45 -1.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7787 0.2213 2 2 0.0000 0.0425 0.9575 2 2 0.0000 0.0101 0.9899
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 597 156 441 0 0 1 0 155 0 0 437 0 4 0.0000 0.0000 0.0091 155.000 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 318 138 180 70 0 19 0 49 0 0 177 0 3 0.5072 0.0000 0.0167 6.263 0.51 5.86 -5.34 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6101 0.3727 0.0172 1 0 0.6031 0.3773 0.0195 1 0 0.5931 0.3838 0.0230
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.100 1 -6 1 536 122 414 52 2 39 0 29 2 0 411 0 1 0.4262 0.0048 0.0072 2.103 1.33 7.72 -6.40 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8067 0.1886 0.0048 1 0 0.7953 0.1989 0.0057 1 0 0.7793 0.2134 0.0073
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 787 194 593 6 0 99 2 87 0 0 534 0 59 0.0309 0.0000 0.0995 0.949 6.33 3.92 2.41 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 2 0.0000 0.2694 0.7306 2 2 0.0000 0.0347 0.9653
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.100 1 45 5 341 109 232 42 0 26 0 41 0 0 232 0 0 0.3853 0.0000 0.0000 3.192 0.36 0.59 -0.23 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2202 0.5992 0.1806 1 1 0.2234 0.5919 0.1847 1 1 0.2275 0.5826 0.1899
chr6 84186595 TTTC T 0.500000 0.100 1 -3 1 375 106 269 60 0 2 0 44 0 0 268 0 1 0.5660 0.0000 0.0037 52.000 0.27 2.84 -2.57 20 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5531 0.4186 0.0283 1 0 0.5470 0.4217 0.0314 1 0 0.5381 0.4260 0.0359
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 748 166 582 57 5 41 4 59 0 0 568 1 13 0.3434 0.0000 0.0241 3.024 0.68 4.27 -3.59 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0273 0.4646 0.5081 1 2 0.0304 0.4643 0.5053 1 2 0.0350 0.4645 0.5005
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 146 46 100 37 0 7 0 2 0 0 100 0 0 0.8043 0.0000 0.0000 5.571 0.92 3.50 -2.58 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0719 0.9281 0.0000 0 1 0.4301 0.5699 0.0000 0 0 0.6252 0.3748 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 922 174 748 0 0 9 0 165 0 0 740 0 8 0.0000 0.0000 0.0107 18.333 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.100 1 2 1 746 184 562 165 1 2 0 16 0 0 561 0 1 0.8967 0.0000 0.0018 91.000 0.36 6.69 -6.33 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0544 0.9456 0.0000
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 414 179 235 148 1 24 0 6 0 0 235 0 0 0.8268 0.0000 0.0000 6.458 0.28 6.00 -5.72 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 0 0.7414 0.2586 0.0000 0 0 0.9671 0.0329 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 1035 257 778 12 0 14 0 231 0 0 771 0 7 0.0467 0.0000 0.0090 17.357 0.67 3.13 -2.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7087 0.2913 2 2 0.0000 0.0209 0.9791
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 701 295 406 148 0 48 0 99 0 0 397 0 9 0.5017 0.0000 0.0222 5.146 0.28 14.91 -14.63 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8822 0.1175 0.0003 1 0 0.8759 0.1236 0.0004 1 0 0.8666 0.1328 0.0006
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 453 148 305 0 0 3 0 145 0 0 304 0 1 0.0000 0.0000 0.0033 48.333 5.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 226 73 153 66 0 4 0 3 0 0 153 0 0 0.9041 0.0000 0.0000 17.250 1.33 12.00 -10.67 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0354 0.9646 0.0000 0 0 0.5255 0.4745 0.0000 0 0 0.7820 0.2180 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 226 70 156 62 0 3 0 5 0 0 156 0 0 0.8857 0.0000 0.0000 22.333 1.02 10.80 -9.78 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0974 0.9026 0.0000 0 1 0.4500 0.5500 0.0000
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 393 154 239 0 0 14 11 129 0 0 236 0 3 0.0000 0.0000 0.0126 10.000 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 829 297 532 8 12 19 119 139 0 0 532 0 0 0.0269 0.0000 0.0000 13.154 2.38 6.86 -4.48 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9330 0.0670 2 2 0.0000 0.0927 0.9073
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 831 275 556 112 55 19 31 58 1 0 555 0 0 0.4073 0.0018 0.0018 14.923 3.28 10.90 -7.62 76 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9950 0.0050 0.0000 1 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 299 111 188 14 53 8 1 35 0 0 187 0 1 0.1261 0.0000 0.0053 12.750 1.07 4.20 -3.13 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8249 0.1718 0.0034 1 0 0.8142 0.1817 0.0041 1 0 0.7989 0.1957 0.0053
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 303 108 195 50 1 26 0 31 0 0 193 0 2 0.4630 0.0000 0.0103 3.154 0.98 3.68 -2.70 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6512 0.3304 0.0184 1 0 0.6413 0.3379 0.0208 1 0 0.6275 0.3481 0.0244
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.100 1 -4 1 304 112 192 74 6 22 0 10 0 0 192 0 0 0.6607 0.0000 0.0000 4.091 1.54 4.40 -2.86 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0733 0.9267 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 729 209 520 86 1 39 6 77 0 0 520 0 0 0.4115 0.0000 0.0000 4.333 0.33 3.18 -2.86 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2135 0.6828 0.1037 1 1 0.2200 0.6701 0.1099 1 1 0.2281 0.6538 0.1182
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 492 129 363 69 1 10 1 48 0 1 361 0 1 0.5349 0.0000 0.0055 11.900 0.26 3.02 -2.76 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6815 0.3079 0.0106 1 0 0.6728 0.3149 0.0123 1 0 0.6603 0.3248 0.0149
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 549 120 429 83 5 26 1 5 1 0 427 1 0 0.6917 0.0023 0.0047 3.720 1.05 4.20 -3.15 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0753 0.9247 0.0000 0 0 0.5156 0.4844 0.0000
chr7 30285725 A ACGG 0.500000 0.100 1 3 2 334 101 233 57 1 12 1 30 1 0 228 1 3 0.5644 0.0043 0.0215 7.417 1.05 3.73 -2.68 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7592 0.2337 0.0071 1 0 0.7482 0.2434 0.0084 1 0 0.7327 0.2569 0.0105
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 138 53 85 23 1 2 2 25 1 0 84 0 0 0.4340 0.0118 0.0118 25.000 0.52 1.52 -1.00 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1810 0.5581 0.2609 1 1 0.1843 0.5537 0.2619 1 1 0.1887 0.5482 0.2631
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 584 118 466 113 0 1 0 4 0 0 466 0 0 0.9576 0.0000 0.0000 117.000 0.98 1.25 -0.27 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0439 0.9561 0.0000 0 0 0.8011 0.1989 0.0000 0 0 0.9488 0.0512 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 184 57 127 35 0 2 0 20 0 0 127 0 0 0.6140 0.0000 0.0000 27.500 0.57 3.30 -2.73 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6085 0.3604 0.0311 1 0 0.5981 0.3676 0.0343 1 0 0.5838 0.3772 0.0390
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 289 116 173 62 1 6 0 47 0 0 171 0 2 0.5345 0.0000 0.0116 18.333 0.24 3.19 -2.95 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5186 0.4490 0.0324 1 0 0.5139 0.4503 0.0357 1 0 0.5070 0.4524 0.0406
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 283 85 198 62 8 11 0 4 0 0 198 0 0 0.7294 0.0000 0.0000 6.727 0.47 3.00 -2.53 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 1 0.3178 0.6822 0.0000 0 0 0.6959 0.3041 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 299 96 203 67 0 0 0 29 0 0 203 0 0 0.6979 0.0000 0.0000 96.000 0.24 2.41 -2.17 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9306 0.0689 0.0005 1 0 0.9230 0.0763 0.0007 1 0 0.9117 0.0873 0.0010
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 952 238 714 0 0 10 0 228 0 0 710 0 4 0.0000 0.0000 0.0056 22.800 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 712 175 537 19 0 14 1 141 0 0 531 0 6 0.1086 0.0000 0.0112 11.500 1.05 3.44 -2.39 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9935 0.0065
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 284 106 178 97 0 2 0 7 0 0 178 0 0 0.9151 0.0000 0.0000 52.000 0.35 3.14 -2.79 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0686 0.9314 0.0000 0 0 0.5534 0.4466 0.0000
chr7 94623364 C CAGT 0.500000 0.100 1 3 1 166 80 86 52 0 1 0 27 0 0 86 0 0 0.6500 0.0000 0.0000 79.000 0.23 3.11 -2.88 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7973 0.1971 0.0056 1 0 0.7857 0.2076 0.0067 1 0 0.7693 0.2222 0.0084
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 550 165 385 99 0 2 0 64 0 0 385 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 163.000 0.17 3.94 -3.77 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8814 0.1178 0.0008 1 0 0.8732 0.1258 0.0010 1 0 0.8611 0.1374 0.0015
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 536 153 383 80 2 8 0 63 0 0 383 0 0 0.5229 0.0000 0.0000 18.000 0.33 3.67 -3.34 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5976 0.3872 0.0152 1 0 0.5922 0.3904 0.0174 1 0 0.5841 0.3952 0.0207
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 212 85 127 61 0 1 0 23 0 0 122 0 5 0.7176 0.0000 0.0394 84.000 0.23 29.13 -28.90 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8937 0.1050 0.0013 1 0 0.8843 0.1141 0.0016 1 0 0.8705 0.1272 0.0023
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 603 169 434 8 0 6 0 155 0 0 432 0 2 0.0473 0.0000 0.0046 27.167 0.88 3.18 -2.31 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6628 0.3372 2 2 0.0000 0.0770 0.9230
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 380 114 266 38 2 32 2 40 0 0 264 0 2 0.3333 0.0000 0.0075 2.613 0.58 6.58 -6.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1332 0.5843 0.2824 1 1 0.1379 0.5780 0.2840 1 1 0.1442 0.5701 0.2858
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 825 266 559 134 0 28 2 102 0 0 557 0 2 0.5038 0.0000 0.0036 8.464 0.46 6.40 -5.95 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7328 0.2649 0.0023 1 0 0.7279 0.2692 0.0028 1 0 0.7203 0.2759 0.0038
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 774 241 533 120 1 33 1 86 0 1 532 0 0 0.4979 0.0000 0.0019 6.303 0.31 15.52 -15.21 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8506 0.1486 0.0008 1 0 0.8431 0.1558 0.0011 1 0 0.8321 0.1664 0.0015
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 525 260 265 107 1 40 1 111 0 0 253 0 12 0.4115 0.0000 0.0453 5.500 1.03 5.86 -4.83 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0179 0.5494 0.4327 1 1 0.0205 0.5420 0.4375 1 1 0.0244 0.5333 0.4423
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 526 280 246 233 3 32 0 12 0 0 246 0 0 0.8321 0.0000 0.0000 7.750 2.95 7.08 -4.13 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2697 0.7303 0.0000 0 0 0.9769 0.0231 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 258 88 170 43 1 0 0 44 0 0 168 0 2 0.4886 0.0000 0.0118 88.000 0.00 3.16 -3.16 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1582 0.6035 0.2383 1 1 0.1628 0.5958 0.2414 1 1 0.1688 0.5862 0.2451
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 1078 299 779 110 1 48 3 137 0 0 777 0 2 0.3679 0.0000 0.0026 5.229 0.44 3.23 -2.79 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0016 0.2413 0.7571 1 2 0.0020 0.2458 0.7522 1 2 0.0027 0.2528 0.7444
chr7 143443837 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 838 227 611 128 0 6 0 93 0 0 611 0 0 0.5639 0.0000 0.0000 36.833 0.48 3.17 -2.69 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8438 0.1554 0.0008 1 0 0.8366 0.1623 0.0011 1 0 0.8261 0.1725 0.0015
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 773 193 580 85 0 10 0 98 0 0 580 0 0 0.4404 0.0000 0.0000 18.300 0.27 1.37 -1.10 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0305 0.5528 0.4167 1 1 0.0339 0.5467 0.4194 1 1 0.0390 0.5394 0.4216
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 809 211 598 102 0 6 1 102 0 0 592 0 6 0.4834 0.0000 0.0100 34.167 0.19 4.09 -3.90 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0616 0.6926 0.2458 1 1 0.0671 0.6791 0.2538 1 1 0.0747 0.6618 0.2635
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 248 84 164 50 0 8 0 26 0 0 163 1 0 0.5952 0.0000 0.0061 9.500 0.48 5.04 -4.56 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7642 0.2278 0.0080 1 0 0.7525 0.2381 0.0094 1 0 0.7361 0.2523 0.0116
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 888 217 671 97 0 0 0 120 0 0 670 0 1 0.4470 0.0000 0.0015 217.000 0.77 1.26 -0.49 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0055 0.3486 0.6458 1 2 0.0066 0.3507 0.6426 1 2 0.0084 0.3545 0.6371
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 729 182 547 97 2 2 0 81 0 0 546 0 1 0.5330 0.0000 0.0018 90.000 0.58 1.58 -1.00 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5151 0.4669 0.0180 1 0 0.5144 0.4652 0.0204 1 0 0.5122 0.4637 0.0241
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 436 85 351 0 0 1 11 73 1 3 317 11 19 0.0000 0.0028 0.0969 84.000 7.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0583 0.9417 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0140 0.9860
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 436 84 352 0 0 5 13 66 0 0 317 11 24 0.0000 0.0000 0.0994 19.000 7.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 437 86 351 0 0 7 4 75 0 2 280 32 37 0.0000 0.0000 0.2023 13.000 7.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 390 133 257 68 0 0 0 65 0 0 257 0 0 0.5113 0.0000 0.0000 133.000 0.10 1.51 -1.40 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2271 0.6476 0.1253 1 1 0.2320 0.6370 0.1310 1 1 0.2380 0.6235 0.1385
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 408 92 316 87 1 1 0 3 0 0 316 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 91.000 0.32 3.00 -2.68 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1013 0.8987 0.0000 0 0 0.7687 0.2313 0.0000 0 0 0.9125 0.0875 0.0000
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 251 113 138 21 0 16 0 76 0 0 134 0 4 0.1858 0.0000 0.0290 6.062 0.38 6.00 -5.62 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.3458 0.6542 2 1 0.0000 0.9763 0.0237 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 861 223 638 24 0 24 0 175 0 0 633 0 5 0.1076 0.0000 0.0078 8.292 0.50 5.98 -5.48 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 778 173 605 119 3 40 0 11 0 0 605 0 0 0.6879 0.0000 0.0000 3.325 0.51 6.09 -5.58 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.2622 0.7378 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 334 118 216 105 0 1 0 12 0 0 215 0 1 0.8898 0.0000 0.0046 117.000 0.06 3.17 -3.11 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0446 0.9554 0.0000
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.100 1 3 1 1200 369 831 237 7 14 29 82 0 1 819 2 9 0.6423 0.0000 0.0144 25.385 4.19 6.20 -2.01 71 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 685 286 399 0 0 53 3 230 0 0 396 1 2 0.0000 0.0000 0.0075 4.481 8.11 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.100 1 -12 1 686 289 397 19 3 171 1 95 0 0 394 0 3 0.0657 0.0000 0.0076 0.701 0.47 10.58 -10.11 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0001 0.3662 0.6338 2 1 0.0000 0.9763 0.0237 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.100 1 -1 2 280 111 169 49 3 3 0 56 0 0 169 0 0 0.4414 0.0000 0.0000 36.000 0.20 3.68 -3.47 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1737 0.6466 0.1797 1 1 0.1811 0.6375 0.1814 1 1 0.1909 0.6257 0.1834
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 664 229 435 136 0 5 0 88 0 0 430 0 5 0.5939 0.0000 0.0115 44.800 0.47 3.58 -3.11 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9345 0.0654 0.0001 1 0 0.9294 0.0704 0.0002 1 0 0.9218 0.0780 0.0002
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 186 61 125 37 0 0 0 24 0 0 125 0 0 0.6066 0.0000 0.0000 61.000 0.54 2.12 -1.58 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5496 0.4087 0.0418 1 0 0.5411 0.4135 0.0454 1 0 0.5295 0.4199 0.0507
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.100 1 3 1 714 229 485 21 2 42 2 162 0 0 485 0 0 0.0917 0.0000 0.0000 4.452 0.43 3.30 -2.87 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr8 81529453 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 188 61 127 57 0 1 0 3 0 0 127 0 0 0.9344 0.0000 0.0000 60.000 0.33 1.00 -0.67 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0233 0.9767 0.0000 0 1 0.4151 0.5849 0.0000 0 0 0.6989 0.3011 0.0000
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 149 54 95 5 0 1 0 48 0 0 94 0 1 0.0926 0.0000 0.0105 53.000 0.00 4.08 -4.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9467 0.0533 2 1 0.0000 0.6967 0.3033
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 385 115 270 63 0 2 0 50 0 0 270 0 0 0.5478 0.0000 0.0000 56.500 0.38 2.32 -1.94 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4912 0.4714 0.0373 1 0 0.4875 0.4715 0.0409 1 0 0.4818 0.4721 0.0461
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 538 152 386 0 0 30 8 114 0 0 376 0 10 0.0000 0.0000 0.0259 4.207 4.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 988 221 767 161 1 40 0 19 0 0 765 0 2 0.7285 0.0000 0.0026 4.525 0.46 13.16 -12.70 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0036 0.9964 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 685 245 440 83 2 51 9 100 0 0 440 0 0 0.3388 0.0000 0.0000 3.880 0.12 3.06 -2.94 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0201 0.6239 0.3560 1 1 0.0237 0.6257 0.3506 1 1 0.0293 0.6284 0.3423
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 418 123 295 1 0 24 1 97 0 0 272 0 23 0.0081 0.0000 0.0780 4.125 1.00 7.41 -6.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 3 646 148 498 72 1 24 0 51 1 0 497 0 0 0.4865 0.0020 0.0020 5.167 0.50 3.04 -2.54 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7203 0.2721 0.0075 1 0 0.7110 0.2801 0.0089 1 0 0.6978 0.2912 0.0110
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 373 90 283 45 0 1 1 43 0 0 283 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 89.000 0.84 1.63 -0.78 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2164 0.6062 0.1774 1 1 0.2199 0.5984 0.1817 1 1 0.2243 0.5885 0.1872
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 421 165 256 57 0 2 0 106 0 0 252 0 4 0.3455 0.0000 0.0156 81.500 0.37 3.11 -2.74 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0232 0.9768 1 2 0.0000 0.0266 0.9734 1 2 0.0001 0.0320 0.9680
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.100 1 4 5 780 165 615 92 0 3 0 70 1 0 608 0 6 0.5576 0.0016 0.0114 54.000 1.72 4.03 -2.31 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5308 0.4509 0.0183 1 0 0.5289 0.4504 0.0207 1 0 0.5252 0.4504 0.0244
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 891 220 671 99 0 30 0 91 0 0 661 1 9 0.4500 0.0000 0.0149 6.552 0.63 10.74 -10.11 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1170 0.7250 0.1580 1 1 0.1241 0.7101 0.1657 1 1 0.1336 0.6908 0.1756
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 432 69 363 66 0 1 0 2 0 0 363 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 68.000 1.52 1.50 0.02 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2548 0.7452 0.0000 0 0 0.7628 0.2372 0.0000 0 0 0.8721 0.1279 0.0000
chr9 65738388 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 714 172 542 133 0 10 0 29 0 0 542 0 0 0.7733 0.0000 0.0000 16.200 0.40 3.79 -3.39 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 317 137 180 132 0 3 0 2 0 0 180 0 0 0.9635 0.0000 0.0000 44.667 0.22 3.00 -2.78 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9075 0.0925 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 500 129 371 73 0 3 0 53 0 0 364 0 7 0.5659 0.0000 0.0189 42.000 0.38 13.85 -13.47 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4685 0.4959 0.0356 1 1 0.4667 0.4942 0.0392 1 1 0.4633 0.4923 0.0443
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 763 181 582 156 0 11 0 14 0 0 580 0 2 0.8619 0.0000 0.0034 15.455 0.26 9.36 -9.10 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0630 0.9370 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 546 150 396 85 0 3 1 61 0 0 392 0 4 0.5667 0.0000 0.0101 49.000 0.32 3.03 -2.72 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6021 0.3840 0.0139 1 0 0.5969 0.3871 0.0160 1 0 0.5891 0.3918 0.0191
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 243 83 160 52 0 1 0 30 0 0 158 0 2 0.6265 0.0000 0.0125 82.000 0.12 4.57 -4.45 32 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6969 0.2898 0.0132 1 0 0.6862 0.2987 0.0152 1 0 0.6711 0.3107 0.0182
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 351 109 242 34 0 25 6 44 0 0 240 0 2 0.3119 0.0000 0.0083 3.360 0.88 3.20 -2.32 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0184 0.3327 0.6490 1 2 0.0207 0.3401 0.6392 1 2 0.0243 0.3501 0.6256
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 495 172 323 79 1 3 1 88 0 0 323 0 0 0.4593 0.0000 0.0000 56.333 0.13 10.39 -10.26 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0551 0.6165 0.3284 1 1 0.0599 0.6073 0.3328 1 1 0.0665 0.5959 0.3376
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 519 191 328 10 0 0 0 181 0 0 327 0 1 0.0524 0.0000 0.0030 191.000 0.30 3.10 -2.80 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8227 0.1773 2 2 0.0000 0.0806 0.9194
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 466 117 349 7 1 14 2 93 0 0 349 0 0 0.0598 0.0000 0.0000 7.357 0.57 5.14 -4.57 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9756 0.0244 2 1 0.0000 0.6137 0.3863
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 962 141 821 0 1 38 1 101 0 1 808 4 8 0.0000 0.0000 0.0158 2.711 5.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0077 0.9923
chr9 97904745 A AGACACCAAG 0.500000 0.100 1 9 1 288 86 202 49 0 6 0 31 0 0 193 0 9 0.5698 0.0000 0.0446 13.333 0.31 9.00 -8.69 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4105 0.5206 0.0689 1 1 0.4082 0.5184 0.0734 1 1 0.4045 0.5157 0.0797
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 732 144 588 75 0 10 0 59 0 0 581 0 7 0.5208 0.0000 0.0119 13.400 0.35 5.42 -5.08 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3563 0.5837 0.0600 1 1 0.3585 0.5769 0.0646 1 1 0.3605 0.5683 0.0712
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 354 154 200 0 0 5 0 149 0 0 195 0 5 0.0000 0.0000 0.0250 29.800 4.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr9 116154344 T TCGCCGC 0.500000 0.100 1 6 2 836 188 648 81 0 36 2 69 0 0 642 0 6 0.4309 0.0000 0.0093 4.194 0.91 6.22 -5.30 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2321 0.6660 0.1019 1 1 0.2379 0.6542 0.1079 1 1 0.2450 0.6392 0.1158
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 571 124 447 6 0 17 0 101 0 0 446 0 1 0.0484 0.0000 0.0022 6.294 0.33 5.92 -5.59 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7848 0.2152 2 2 0.0000 0.2500 0.7500
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.100 1 6 1 838 188 650 89 2 8 2 87 0 0 641 0 9 0.4734 0.0000 0.0138 22.375 0.36 5.67 -5.31 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0647 0.6659 0.2695 1 1 0.0700 0.6539 0.2761 1 1 0.0774 0.6386 0.2840
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 612 142 470 75 1 16 0 50 0 0 469 0 1 0.5282 0.0000 0.0021 7.812 0.51 1.56 -1.05 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7529 0.2415 0.0056 1 0 0.7433 0.2500 0.0067 1 0 0.7295 0.2621 0.0084
chr9 127402731 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 297 100 197 59 0 4 0 37 0 0 196 0 1 0.5900 0.0000 0.0051 24.000 0.19 2.16 -1.98 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7056 0.2834 0.0110 1 0 0.6953 0.2920 0.0127 1 0 0.6808 0.3038 0.0154
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 637 227 410 127 2 25 4 69 1 0 409 0 0 0.5595 0.0024 0.0024 8.080 0.55 3.70 -3.14 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9812 0.0188 0.0000 1 0 0.9784 0.0216 0.0000 1 0 0.9739 0.0261 0.0000
chr9 128822601 CAGTA C 0.500000 0.100 1 -4 3 537 145 392 135 0 4 0 6 0 0 392 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 35.250 0.31 4.33 -4.02 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5877 0.4123 0.0000 0 0 0.9370 0.0630 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 604 198 406 0 0 2 0 196 0 0 402 0 4 0.0000 0.0000 0.0099 98.000 3.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 258 92 166 50 0 14 0 28 0 0 164 0 2 0.5435 0.0000 0.0120 5.571 0.18 7.61 -7.43 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7016 0.2852 0.0132 1 0 0.6905 0.2943 0.0152 1 0 0.6752 0.3067 0.0182
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 534 162 372 66 8 47 1 40 0 1 366 0 5 0.4074 0.0000 0.0161 2.447 0.91 3.83 -2.92 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8285 0.1689 0.0026 1 0 0.8185 0.1783 0.0032 1 0 0.8041 0.1916 0.0043
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 235 86 149 46 0 1 0 39 0 0 147 0 2 0.5349 0.0000 0.0134 85.000 0.43 1.69 -1.26 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3089 0.5765 0.1147 1 1 0.3098 0.5707 0.1195 1 1 0.3106 0.5634 0.1260
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 445 134 311 64 1 4 0 65 0 0 311 0 0 0.4776 0.0000 0.0000 32.500 0.31 1.25 -0.93 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1729 0.6542 0.1729 1 1 0.1784 0.6432 0.1784 1 1 0.1854 0.6291 0.1855
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 683 192 491 8 0 31 7 146 0 0 485 0 6 0.0417 0.0000 0.0122 5.161 0.50 3.24 -2.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6413 0.3587 2 2 0.0000 0.0707 0.9293
chr9 136687306 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 1 247 109 138 94 0 10 0 5 0 0 138 0 0 0.8624 0.0000 0.0000 9.900 0.38 4.00 -3.62 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3480 0.6520 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 498 169 329 147 3 9 0 10 0 0 328 1 0 0.8698 0.0000 0.0030 17.556 0.67 12.60 -11.93 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0327 0.9673 0.0000 0 0 0.6592 0.3408 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 335 163 172 128 7 22 0 6 0 0 172 0 0 0.7853 0.0000 0.0000 6.409 0.26 3.00 -2.74 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5890 0.4110 0.0000 0 0 0.9373 0.0627 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 267 106 161 54 1 1 0 50 0 0 161 0 0 0.5094 0.0000 0.0000 105.000 0.17 4.48 -4.31 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4264 0.5365 0.0370 1 1 0.4304 0.5308 0.0388 1 1 0.4349 0.5238 0.0413
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 1013 241 772 208 5 21 1 6 0 0 771 0 1 0.8631 0.0000 0.0013 10.333 0.36 6.67 -6.31 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0070 0.9930 0.0000 0 0 0.9513 0.0487 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr10 26567284 C CCCG 0.020688 0.100 1 3 5 455 127 328 53 3 31 1 39 2 0 324 0 2 0.4173 0.0061 0.0122 3.097 1.15 3.18 -2.03 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7441 0.2552 0.0007 1 0 0.7395 0.2598 0.0007 1 0 0.7328 0.2663 0.0009
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 583 170 413 151 1 10 0 8 0 0 413 0 0 0.8882 0.0000 0.0000 16.000 0.35 1.12 -0.77 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4440 0.5560 0.0000 0 0 0.9486 0.0514 0.0000
chr10 32451870 C CT 0.020687 0.100 1 1 2 273 85 188 81 0 0 0 4 0 0 188 0 0 0.9529 0.0000 0.0000 85.000 0.56 1.25 -0.69 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2985 0.7015 0.0000 0 0 0.9747 0.0253 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr10 49973015 CAG C 0.000761 0.100 1 -2 1 109 39 70 37 0 0 0 2 0 0 70 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 39.000 0.19 2.00 -1.81 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9903 0.0097 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.100 1 1 1 612 174 438 111 0 6 0 57 0 0 438 0 0 0.6379 0.0000 0.0000 28.000 0.10 1.74 -1.64 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9877 0.0123 0.0000 1 0 0.9858 0.0142 0.0000 1 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.100 1 -2 1 1233 307 926 179 2 1 2 123 0 0 924 0 2 0.5831 0.0000 0.0022 303.000 0.36 2.22 -1.86 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9720 0.0280 0.0000 1 0 0.9693 0.0307 0.0000 1 0 0.9653 0.0347 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 469 124 345 41 3 21 2 57 0 0 345 0 0 0.3306 0.0000 0.0000 4.905 0.37 3.21 -2.84 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0735 0.6458 0.2807 1 1 0.0807 0.6445 0.2748 1 1 0.0911 0.6425 0.2664
chr10 75401342 G GCCGCCTCCGCCT 0.052920 0.100 1 12 2 560 205 355 173 0 28 0 4 0 0 354 0 1 0.8439 0.0000 0.0028 6.321 0.40 12.25 -11.85 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6432 0.3568 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr10 99535442 GGCCGCCGCCGCC G 0.000520 0.100 1 -12 1 384 52 332 15 0 18 2 17 0 1 330 1 0 0.2885 0.0000 0.0060 1.889 2.73 10.82 -8.09 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3600 0.6396 0.0004 1 1 0.3666 0.6330 0.0004 1 1 0.3752 0.6244 0.0004
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 704 231 473 99 1 29 0 102 0 0 465 0 8 0.4286 0.0000 0.0169 6.966 0.25 6.42 -6.17 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0487 0.6651 0.2862 1 1 0.0538 0.6536 0.2926 1 1 0.0610 0.6390 0.3000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 483 118 365 95 2 13 0 8 0 0 364 0 1 0.8051 0.0000 0.0027 8.000 0.33 5.50 -5.17 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 1 0.2742 0.7258 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 413 174 239 157 0 8 0 9 0 0 239 0 0 0.9023 0.0000 0.0000 20.750 0.72 2.67 -1.95 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3730 0.6270 0.0000 0 0 0.9553 0.0447 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 191 64 127 0 0 2 0 62 0 0 127 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 31.000 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0170 0.9830 2 2 0.0000 0.0185 0.9815
chr10 119827550 CCTT C 0.007053 0.100 1 -3 1 559 151 408 85 0 3 0 63 0 0 408 0 0 0.5629 0.0000 0.0000 49.333 0.28 3.16 -2.88 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8096 0.1903 0.0001 1 0 0.8050 0.1949 0.0001 1 0 0.7983 0.2016 0.0001
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 411 99 312 18 2 18 17 44 0 1 307 2 2 0.1818 0.0000 0.0160 3.556 2.89 2.00 0.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0439 0.9559 1 2 0.0003 0.0651 0.9346 1 1 0.0002 0.5099 0.4899
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.100 1 1 1 222 46 176 37 0 4 1 4 0 0 176 0 0 0.8043 0.0000 0.0000 10.500 0.35 1.00 -0.65 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 1 0.3766 0.6234 0.0000 0 0 0.7635 0.2365 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 730 169 561 151 1 11 0 6 1 0 557 0 3 0.8935 0.0018 0.0071 14.273 0.55 12.17 -11.62 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4945 0.5055 0.0000 0 0 0.9725 0.0275 0.0000
chr10 133423454 CGCCGCCCCGGCT C 0.004943 0.100 1 -12 2 387 111 276 56 0 12 0 43 0 0 275 0 1 0.5045 0.0000 0.0036 8.250 1.71 12.19 -10.47 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6667 0.3330 0.0003 1 0 0.6647 0.3350 0.0003 1 0 0.6616 0.3381 0.0004
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 722 166 556 147 1 10 0 8 0 0 556 0 0 0.8855 0.0000 0.0000 15.600 0.30 3.25 -2.95 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3837 0.6163 0.0000 0 0 0.9370 0.0630 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 277 93 184 55 0 0 0 38 0 0 184 0 0 0.5914 0.0000 0.0000 93.000 0.16 2.13 -1.97 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6435 0.3389 0.0177 1 0 0.6353 0.3448 0.0198 1 0 0.6238 0.3531 0.0231
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 381 134 247 109 6 12 1 6 0 1 246 0 0 0.8134 0.0000 0.0040 9.583 0.61 1.67 -1.05 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.7549 0.2451 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.100 1 -1 1 381 135 246 110 6 13 0 6 0 0 246 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 10.167 0.62 2.00 -1.38 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0107 0.9893 0.0000 0 0 0.8965 0.1035 0.0000 0 0 0.9891 0.0109 0.0000
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.100 1 -21 2 2030 521 1509 161 15 233 20 92 9 9 1319 19 153 0.3090 0.0060 0.1259 1.198 1.96 13.53 -11.57 29 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0485 0.9515 1 2 0.0000 0.0568 0.9432 1 2 0.0000 0.0705 0.9295
chr11 1186164 C CACCAGCACAACTTCTGCTTCTACA 0.095472 0.100 1 24 2 2144 534 1610 217 12 138 9 158 3 6 1546 26 29 0.4064 0.0019 0.0398 2.790 1.80 6.13 -4.33 15 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3045 0.6939 0.0016 1 1 0.3281 0.6699 0.0020 1 1 0.3582 0.6393 0.0025
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1259 247 1012 13 0 118 0 116 0 0 1012 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 1.093 2.15 8.83 -6.67 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9271 0.0729
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.100 1 -30 1 1296 282 1014 73 10 100 8 91 0 0 971 0 43 0.2589 0.0000 0.0424 1.750 2.81 16.11 -13.30 11 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.1025 0.8974 1 2 0.0002 0.1158 0.8840 1 2 0.0003 0.1362 0.8635
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 1194 311 883 8 0 116 5 182 0 0 882 1 0 0.0257 0.0000 0.0011 1.672 4.38 8.87 -4.50 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.2251 0.7749 2 2 0.0000 0.0127 0.9873
chr11 2884860 GGGGGCCGGGGCC G 0.024360 0.100 1 -12 1 508 114 394 88 5 19 0 2 3 2 388 1 0 0.7719 0.0076 0.0152 4.895 1.86 13.50 -11.64 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9753 0.0247 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 417 116 301 0 0 0 0 116 0 0 300 0 1 0.0000 0.0000 0.0033 116.000 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 745 250 495 112 0 7 1 130 0 0 495 0 0 0.4480 0.0000 0.0000 34.714 0.43 1.08 -0.65 20 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0114 0.4947 0.4938 1 2 0.0133 0.4895 0.4972 1 2 0.0162 0.4837 0.5000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 747 166 581 160 2 2 0 2 0 0 581 0 0 0.9639 0.0000 0.0000 81.500 0.11 5.50 -5.39 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9784 0.0216 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 541 140 401 72 0 6 0 62 0 0 401 0 0 0.5143 0.0000 0.0000 22.333 0.31 1.40 -1.10 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3891 0.5573 0.0536 1 1 0.3899 0.5521 0.0580 1 1 0.3901 0.5457 0.0642
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 576 144 432 68 0 2 1 73 0 0 432 0 0 0.4722 0.0000 0.0000 71.000 1.13 2.04 -0.91 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0867 0.6294 0.2838 1 1 0.0921 0.6199 0.2880 1 1 0.0995 0.6078 0.2927
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 646 140 506 70 0 3 0 67 0 0 498 0 8 0.5000 0.0000 0.0158 45.667 0.23 5.72 -5.49 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0963 0.6441 0.2596 1 1 0.1020 0.6336 0.2644 1 1 0.1095 0.6204 0.2701
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 504 147 357 82 1 4 0 60 0 0 357 0 0 0.5578 0.0000 0.0000 47.333 0.52 1.62 -1.09 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6918 0.3002 0.0080 1 0 0.6838 0.3067 0.0094 1 0 0.6723 0.3160 0.0116
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 617 176 441 165 0 5 0 6 0 0 441 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 34.200 0.17 2.00 -1.83 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 0 0.8646 0.1354 0.0000 0 0 0.9846 0.0154 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 888 156 732 0 0 22 0 134 0 0 714 0 18 0.0000 0.0000 0.0246 6.091 9.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 722 194 528 178 2 1 0 13 0 0 528 0 0 0.9175 0.0000 0.0000 192.000 0.57 1.31 -0.74 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.5953 0.4047 0.0000
chr11 8128254 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 121 63 58 59 0 1 0 3 0 0 58 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 62.000 0.22 2.33 -2.11 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0251 0.9749 0.0000 0 1 0.4385 0.5615 0.0000 0 0 0.7186 0.2814 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 272 126 146 4 1 13 2 106 0 0 143 1 2 0.0317 0.0000 0.0205 8.692 0.00 4.52 -4.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 2 0.0000 0.4368 0.5632 2 2 0.0000 0.1007 0.8993
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 9 1 701 158 543 57 0 49 3 49 0 0 538 0 5 0.3608 0.0000 0.0092 2.204 1.60 7.90 -6.30 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1885 0.6355 0.1761 1 1 0.1933 0.6256 0.1810 1 1 0.1994 0.6132 0.1874
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 208 74 134 38 0 3 0 33 0 0 132 0 2 0.5135 0.0000 0.0149 23.667 0.29 3.27 -2.98 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2720 0.5780 0.1501 1 1 0.2735 0.5721 0.1544 1 1 0.2751 0.5648 0.1601
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 408 204 204 109 1 24 1 69 0 0 204 0 0 0.5343 0.0000 0.0000 7.500 0.37 3.22 -2.85 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9161 0.0836 0.0003 1 0 0.9091 0.0905 0.0004 1 0 0.8987 0.1007 0.0007
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 280 91 189 43 0 3 0 45 0 0 182 0 7 0.4725 0.0000 0.0370 29.333 0.51 5.98 -5.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0679 0.5279 0.4042 1 1 0.0724 0.5252 0.4024 1 1 0.0787 0.5218 0.3995
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 828 241 587 14 0 7 0 220 0 0 580 0 7 0.0581 0.0000 0.0119 33.429 0.21 3.77 -3.55 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9726 0.0274 2 2 0.0000 0.1161 0.8839
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 717 137 580 65 0 5 1 66 0 0 574 0 6 0.4745 0.0000 0.0103 26.400 0.25 2.27 -2.03 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0686 0.5965 0.3349 1 1 0.0735 0.5889 0.3375 1 1 0.0803 0.5795 0.3402
chr11 59124488 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 625 131 494 55 1 0 0 75 0 0 494 0 0 0.4198 0.0000 0.0000 131.000 0.78 1.33 -0.55 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0144 0.3609 0.6246 1 2 0.0165 0.3657 0.6178 1 2 0.0197 0.3725 0.6078
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 88 44 44 4 0 0 0 40 0 0 42 0 2 0.0909 0.0000 0.0455 44.000 0.25 2.08 -1.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8967 0.1033 2 1 0.0000 0.6293 0.3707
chr11 63768621 A ATGCGC 0.500000 0.100 1 5 2 118 34 84 16 0 5 0 13 1 0 83 0 0 0.4706 0.0119 0.0119 5.800 1.31 6.31 -5.00 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3321 0.5176 0.1503 1 1 0.3298 0.5163 0.1539 1 1 0.3267 0.5146 0.1587
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 3 357 120 237 100 0 15 0 5 0 0 237 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 7.000 1.06 5.20 -4.14 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.4174 0.5826 0.0000 0 0 0.8374 0.1626 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 365 141 224 0 1 21 8 111 0 0 222 0 2 0.0000 0.0000 0.0089 5.667 4.37 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0162 0.9838 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr11 66744819 G GGGGGGC 0.500000 0.100 1 6 5 365 141 224 10 62 6 5 58 0 0 222 0 2 0.0709 0.0000 0.0089 15.000 0.60 4.90 -4.30 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0415 0.4672 0.4913 1 2 0.0453 0.4680 0.4867 1 2 0.0507 0.4693 0.4800
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 1172 187 985 15 0 38 5 129 0 1 906 0 78 0.0802 0.0000 0.0802 3.921 0.27 7.50 -7.23 13 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 2 0.0000 0.3856 0.6144
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.100 1 57 2 1381 293 1088 78 2 152 2 59 0 1 1059 0 28 0.2662 0.0000 0.0267 0.914 1.00 8.49 -7.49 36 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0611 0.6295 0.3093 1 1 0.0661 0.6197 0.3142 1 1 0.0731 0.6073 0.3197
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 1024 301 723 0 0 2 2 297 0 0 720 0 3 0.0000 0.0000 0.0041 149.500 2.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 859 210 649 108 2 20 1 79 0 0 649 0 0 0.5143 0.0000 0.0000 9.500 0.55 3.14 -2.59 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7925 0.2054 0.0021 1 0 0.7847 0.2127 0.0026 1 0 0.7734 0.2232 0.0034
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 257 91 166 55 0 2 0 34 0 0 165 0 1 0.6044 0.0000 0.0060 44.500 0.49 17.12 -16.63 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6910 0.2959 0.0131 1 0 0.6806 0.3044 0.0151 1 0 0.6660 0.3159 0.0180
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 144 70 74 45 0 1 0 24 0 0 74 0 0 0.6429 0.0000 0.0000 69.000 0.53 2.50 -1.97 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7323 0.2563 0.0114 1 0 0.7204 0.2664 0.0132 1 0 0.7039 0.2802 0.0159
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 471 120 351 59 0 3 0 58 0 0 351 0 0 0.4917 0.0000 0.0000 39.000 0.29 4.36 -4.07 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1986 0.6385 0.1629 1 1 0.2034 0.6285 0.1681 1 1 0.2094 0.6158 0.1748
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1519 460 1059 1 6 92 8 353 0 0 1057 1 1 0.0022 0.0000 0.0019 3.902 0.00 7.37 -7.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 909 276 633 123 0 52 1 100 1 0 630 1 1 0.4457 0.0016 0.0047 4.308 0.51 10.88 -10.37 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5632 0.4281 0.0088 1 0 0.5632 0.4265 0.0103 1 0 0.5619 0.4254 0.0127
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 261 123 138 74 0 11 0 38 0 0 138 0 0 0.6016 0.0000 0.0000 10.182 0.34 3.34 -3.00 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9103 0.0889 0.0007 1 0 0.9020 0.0970 0.0009 1 0 0.8897 0.1089 0.0013
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 455 158 297 14 1 23 7 113 0 0 296 1 0 0.0886 0.0000 0.0034 5.870 0.29 3.31 -3.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9713 0.0287
chr12 165530 G GAGTGTAAGTCTTTGACAGCC 0.014581 0.100 1 20 1 433 109 324 86 0 18 0 5 0 0 321 0 3 0.7890 0.0000 0.0093 5.056 0.56 9.20 -8.64 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4996 0.5004 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 364 100 264 5 0 0 0 95 0 0 261 2 1 0.0500 0.0000 0.0114 100.000 0.40 2.09 -1.69 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.7947 0.2053 2 2 0.0000 0.3515 0.6485
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 364 147 217 5 0 1 1 140 1 0 213 0 3 0.0340 0.0046 0.0184 145.000 0.60 1.80 -1.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 2 0.0000 0.2350 0.7650 2 2 0.0000 0.0291 0.9709
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 577 166 411 3 0 28 2 133 0 0 410 0 1 0.0181 0.0000 0.0024 4.929 0.00 3.11 -3.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4946 0.5054 2 2 0.0000 0.0343 0.9657 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 641 162 479 89 0 3 0 70 0 0 474 0 5 0.5494 0.0000 0.0104 53.000 0.31 2.84 -2.53 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6053 0.3890 0.0057 1 0 0.6066 0.3870 0.0064 1 0 0.6074 0.3853 0.0074
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 642 161 481 89 0 4 1 67 0 0 476 0 5 0.5528 0.0000 0.0104 39.000 0.29 2.94 -2.65 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6622 0.3339 0.0040 1 0 0.6613 0.3343 0.0045 1 0 0.6592 0.3356 0.0053
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 449 153 296 1 0 36 15 101 0 0 294 0 2 0.0065 0.0000 0.0068 3.250 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 1955 486 1469 162 1 0 1 322 0 0 1460 0 9 0.3333 0.0000 0.0061 486.000 1.70 4.13 -2.43 42 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 268 97 171 0 0 9 0 88 0 0 166 0 5 0.0000 0.0000 0.0292 9.778 4.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 354 168 186 9 1 17 4 137 0 0 185 0 1 0.0536 0.0000 0.0054 8.882 2.33 3.99 -1.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9372 0.0628 2 2 0.0000 0.2208 0.7792
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 1313 349 964 147 4 60 2 136 3 0 956 3 2 0.4212 0.0031 0.0083 4.783 1.98 7.32 -5.34 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3744 0.6171 0.0085 1 1 0.3892 0.6012 0.0096 1 1 0.4073 0.5814 0.0113
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 954 153 801 42 0 71 0 40 2 1 778 1 19 0.2745 0.0025 0.0287 1.155 5.17 4.42 0.74 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0269 0.4111 0.5619 1 2 0.0299 0.4143 0.5558 1 2 0.0342 0.4187 0.5471
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 637 165 472 150 0 4 0 11 0 0 472 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 40.250 0.38 1.55 -1.17 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0536 0.9464 0.0000 0 0 0.8259 0.1741 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 1113 289 824 132 0 23 0 134 1 0 822 1 0 0.4567 0.0012 0.0024 11.565 0.54 13.03 -12.49 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0983 0.7880 0.1137 1 1 0.1068 0.7710 0.1222 1 1 0.1184 0.7483 0.1333
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1224 331 893 238 0 78 0 15 0 0 892 0 1 0.7190 0.0000 0.0011 3.244 0.34 11.00 -10.66 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1031 0.8969 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 321 76 245 5 0 1 0 70 0 0 245 0 0 0.0658 0.0000 0.0000 75.000 0.20 1.69 -1.49 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9337 0.0663 2 1 0.0000 0.6545 0.3455
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 363 92 271 8 0 1 0 83 0 0 269 0 2 0.0870 0.0000 0.0074 91.000 1.00 1.11 -0.11 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 1 0.0000 0.8000 0.2000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 116 52 64 10 0 0 0 42 0 0 63 0 1 0.1923 0.0000 0.0156 52.000 0.10 2.29 -2.19 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9130 0.0869 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 1 0.0000 0.9752 0.0248
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 425 121 304 114 0 3 0 4 0 0 304 0 0 0.9421 0.0000 0.0000 39.333 1.07 4.25 -3.18 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0633 0.9367 0.0000 0 0 0.8606 0.1394 0.0000 0 0 0.9661 0.0339 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 132 56 76 46 0 7 0 3 0 0 76 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 7.000 0.30 3.00 -2.70 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0209 0.9791 0.0000 0 1 0.3959 0.6041 0.0000 0 0 0.6857 0.3143 0.0000
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1225 331 894 0 1 32 1 297 0 0 888 1 5 0.0000 0.0000 0.0067 9.344 3.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 150 79 71 34 4 4 0 37 0 0 71 0 0 0.4304 0.0000 0.0000 18.750 0.21 1.19 -0.98 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3011 0.5859 0.1130 1 1 0.3057 0.5794 0.1150 1 1 0.3114 0.5711 0.1175
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 12 1 503 151 352 111 4 30 0 6 0 0 350 0 2 0.7351 0.0000 0.0057 4.033 0.79 10.00 -9.21 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0600 0.9400 0.0000 0 0 0.6146 0.3854 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 470 109 361 58 0 10 0 41 0 0 357 0 4 0.5321 0.0000 0.0111 9.900 1.03 3.68 -2.65 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5029 0.4590 0.0381 1 0 0.4982 0.4600 0.0417 1 0 0.4913 0.4617 0.0469
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 631 161 470 78 0 7 0 76 0 0 461 0 9 0.4845 0.0000 0.0191 22.000 0.27 8.66 -8.39 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0719 0.6401 0.2880 1 1 0.0772 0.6298 0.2930 1 1 0.0845 0.6166 0.2989
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 713 199 514 0 0 32 8 159 0 0 514 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.219 4.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 200 101 99 3 0 0 0 98 0 0 99 0 0 0.0297 0.0000 0.0000 101.000 0.33 2.57 -2.24 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8403 0.1597 2 2 0.0000 0.1541 0.8459 2 2 0.0000 0.0557 0.9443
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 207 82 125 36 0 17 0 29 0 0 122 0 3 0.4390 0.0000 0.0240 3.824 0.78 5.86 -5.08 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3033 0.5627 0.1339 1 1 0.3036 0.5580 0.1384 1 1 0.3037 0.5520 0.1443
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 537 147 390 42 30 29 14 32 0 1 385 1 3 0.2857 0.0000 0.0128 3.724 1.93 4.81 -2.88 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7441 0.2492 0.0067 1 0 0.7341 0.2580 0.0080 1 0 0.7199 0.2702 0.0099
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 467 158 309 0 0 9 3 146 0 0 299 0 10 0.0000 0.0000 0.0324 16.556 5.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 353 90 263 4 0 10 0 76 0 0 247 0 16 0.0444 0.0000 0.0608 8.000 0.00 10.38 -10.38 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9852 0.0148 2 2 0.0000 0.4168 0.5832 2 2 0.0000 0.1304 0.8696
chr12 122266132 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 454 137 317 107 1 23 0 6 0 0 317 0 0 0.7810 0.0000 0.0000 4.957 0.24 1.17 -0.92 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2823 0.7177 0.0000 0 0 0.8064 0.1936 0.0000
chr12 122481984 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 364 138 226 127 1 3 0 7 0 0 226 0 0 0.9203 0.0000 0.0000 45.000 0.24 3.14 -2.90 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2589 0.7411 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 759 202 557 0 0 21 0 181 0 0 535 0 22 0.0000 0.0000 0.0395 8.619 7.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 265 106 159 40 2 33 1 30 0 0 158 0 1 0.3774 0.0000 0.0063 2.212 0.38 3.10 -2.73 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4535 0.4840 0.0625 1 1 0.4489 0.4843 0.0668 1 1 0.4424 0.4848 0.0728
chr12 124993835 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 213 70 143 31 0 14 0 25 0 1 139 0 3 0.4429 0.0000 0.0280 4.308 0.94 6.88 -5.94 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3090 0.5531 0.1379 1 1 0.3088 0.5491 0.1421 1 1 0.3082 0.5440 0.1478
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 219 73 146 0 0 2 0 71 0 0 140 0 6 0.0000 0.0000 0.0411 35.500 8.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 647 204 443 24 2 63 3 112 0 0 443 0 0 0.1176 0.0000 0.0000 2.238 0.17 2.87 -2.70 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 811 171 640 8 0 32 0 131 0 0 629 0 11 0.0468 0.0000 0.0172 4.344 0.75 5.65 -4.90 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8164 0.1836 2 2 0.0000 0.1559 0.8441
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 651 240 411 214 0 9 0 17 0 0 409 0 2 0.8917 0.0000 0.0049 25.667 0.49 13.53 -13.04 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1554 0.8446 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.100 1 -3 4 429 119 310 52 0 3 0 64 0 0 309 0 1 0.4370 0.0000 0.0032 38.667 0.48 3.23 -2.75 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0836 0.6624 0.2540 1 1 0.0911 0.6581 0.2508 1 1 0.1019 0.6523 0.2458
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 645 111 534 0 43 11 4 53 0 0 530 0 4 0.0000 0.0000 0.0075 10.000 5.15 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0044 0.2451 0.7505 1 2 0.0050 0.2510 0.7440 1 2 0.0060 0.2593 0.7348
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 501 81 420 10 1 32 3 35 0 3 406 2 9 0.1235 0.0000 0.0333 1.500 4.60 6.40 -1.80 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0004 0.6006 0.3991 2 1 0.0001 0.9343 0.0656 2 1 0.0000 0.9852 0.0147
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -12 2 685 191 494 183 0 2 0 6 0 0 494 0 0 0.9581 0.0000 0.0000 94.500 0.38 7.00 -6.62 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0179 0.9821 0.0000 0 0 0.9401 0.0599 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 323 110 213 39 0 29 0 42 0 0 213 0 0 0.3545 0.0000 0.0000 2.793 0.62 10.43 -9.81 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1471 0.5877 0.2652 1 1 0.1516 0.5812 0.2672 1 1 0.1576 0.5729 0.2695
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 621 134 487 63 0 8 0 63 0 0 485 0 2 0.4701 0.0000 0.0041 15.750 0.25 3.13 -2.87 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1417 0.6475 0.2107 1 1 0.1473 0.6370 0.2157 1 1 0.1546 0.6235 0.2219
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 503 131 372 65 0 2 1 63 0 0 371 0 1 0.4962 0.0000 0.0027 64.000 0.15 1.76 -1.61 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0949 0.6558 0.2493 1 1 0.0978 0.6448 0.2574 1 1 0.1015 0.6307 0.2678
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 473 129 344 40 2 8 0 79 0 0 343 0 1 0.3101 0.0000 0.0029 15.125 0.25 2.01 -1.76 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.0824 0.9171 1 2 0.0007 0.0904 0.9089 1 2 0.0011 0.1022 0.8967
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 525 186 339 171 0 2 0 13 0 0 335 0 4 0.9194 0.0000 0.0118 92.000 0.60 20.00 -19.40 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0895 0.9105 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 424 87 337 9 0 8 0 70 0 0 333 0 4 0.1034 0.0000 0.0119 9.875 0.11 1.40 -1.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.7892 0.2108
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 735 168 567 86 0 24 0 58 0 0 565 0 2 0.5119 0.0000 0.0035 6.000 0.35 6.12 -5.77 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8363 0.1625 0.0012 1 0 0.8298 0.1687 0.0015 1 0 0.8205 0.1777 0.0019
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 597 159 438 66 67 8 0 18 0 0 436 0 2 0.4151 0.0000 0.0046 18.875 0.26 3.06 -2.80 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0058 0.9942 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 616 178 438 151 0 18 0 9 0 0 438 0 0 0.8483 0.0000 0.0000 8.889 0.29 2.89 -2.60 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2562 0.7438 0.0000 0 0 0.9259 0.0741 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 525 139 386 1 43 19 3 73 0 0 380 1 5 0.0072 0.0000 0.0155 4.588 3.00 2.93 0.07 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0654 0.9345 1 2 0.0001 0.3125 0.6875 2 1 0.0000 0.8322 0.1678
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 379 111 268 0 4 18 2 87 1 1 266 0 0 0.0000 0.0037 0.0075 9.200 3.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4992 0.5008 2 2 0.0000 0.1223 0.8777 2 2 0.0000 0.0557 0.9443
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 377 109 268 1 0 13 6 89 0 2 266 0 0 0.0092 0.0000 0.0075 6.923 0.00 4.00 -4.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2499 0.7501 2 2 0.0000 0.0479 0.9521 2 2 0.0000 0.0244 0.9756
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 369 72 297 28 4 7 6 27 0 0 296 0 1 0.3889 0.0000 0.0034 8.857 3.18 3.52 -0.34 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2270 0.5849 0.1881 1 1 0.2315 0.5789 0.1895 1 1 0.2374 0.5714 0.1912
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 386 78 308 29 4 7 0 38 0 0 307 0 1 0.3718 0.0000 0.0032 11.833 2.31 3.82 -1.51 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1440 0.5828 0.2731 1 1 0.1500 0.5780 0.2721 1 1 0.1579 0.5717 0.2703
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.100 1 1 2 373 125 248 78 1 5 0 41 0 0 248 0 0 0.6240 0.0000 0.0000 24.000 0.19 1.24 -1.05 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9580 0.0420 0.0000 1 0 0.9537 0.0463 0.0000 1 0 0.9473 0.0526 0.0001
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 459 116 343 14 1 21 3 77 0 0 339 1 3 0.1207 0.0000 0.0117 4.476 0.43 4.22 -3.79 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 459 116 343 14 1 55 1 45 0 0 340 0 3 0.1207 0.0000 0.0087 1.113 0.43 5.11 -4.68 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0016 0.1374 0.8610 1 2 0.0013 0.4615 0.5372 2 1 0.0003 0.9227 0.0771
chr14 29927416 G GCCCGGA 0.058217 0.100 1 6 3 236 41 195 24 2 5 0 10 0 0 195 0 0 0.5854 0.0000 0.0000 7.000 1.88 5.50 -3.62 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7899 0.2080 0.0021 1 0 0.7765 0.2212 0.0023 1 0 0.7270 0.2705 0.0025
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 796 156 640 0 0 18 2 136 0 0 621 0 19 0.0000 0.0000 0.0297 7.667 7.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.100 1 3 1 308 101 207 93 0 1 0 7 0 0 207 0 0 0.9208 0.0000 0.0000 100.000 0.39 3.57 -3.18 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 0 0.9272 0.0728 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 680 155 525 0 0 25 0 130 0 0 518 0 7 0.0000 0.0000 0.0133 5.200 7.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 563 128 435 0 0 27 3 98 0 0 433 1 1 0.0000 0.0000 0.0046 3.741 5.69 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0106 0.9894
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 547 111 436 3 32 6 19 51 0 0 435 1 0 0.0270 0.0000 0.0023 31.333 0.67 5.39 -4.73 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0008 0.0858 0.9134 1 2 0.0010 0.0945 0.9044 1 2 0.0015 0.1081 0.8904
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 565 178 387 81 1 20 2 74 0 0 386 1 0 0.4551 0.0000 0.0026 7.900 0.35 3.31 -2.97 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1858 0.6900 0.1242 1 1 0.1900 0.6781 0.1319 1 1 0.1950 0.6627 0.1424
chr14 93253730 T TCCC 0.000001 0.100 1 3 2 137 63 74 59 0 2 0 2 0 0 74 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 30.500 0.39 3.00 -2.61 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 223 86 137 53 0 4 0 29 0 0 135 0 2 0.6163 0.0000 0.0146 20.500 0.17 8.00 -7.83 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7809 0.2132 0.0060 1 0 0.7710 0.2220 0.0070 1 0 0.7572 0.2342 0.0086
chr14 94769867 G GCGC 0.027535 0.100 1 3 2 351 84 267 48 1 9 1 25 0 0 264 0 3 0.5714 0.0000 0.0112 8.333 0.46 3.24 -2.78 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8281 0.1715 0.0004 1 0 0.8211 0.1784 0.0005 1 0 0.8114 0.1880 0.0006
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 312 95 217 12 0 10 0 73 0 0 213 0 4 0.1263 0.0000 0.0184 8.500 0.33 8.75 -8.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9856 0.0144
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 515 116 399 47 1 19 1 48 0 0 397 0 2 0.4052 0.0000 0.0050 5.105 0.66 10.75 -10.09 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2551 0.6593 0.0856 1 1 0.2638 0.6497 0.0866 1 1 0.2751 0.6374 0.0876
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 469 136 333 70 2 15 1 48 1 0 330 1 1 0.5147 0.0030 0.0090 8.067 0.86 3.19 -2.33 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7680 0.2280 0.0040 1 0 0.7610 0.2344 0.0046 1 0 0.7509 0.2434 0.0057
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 385 118 267 61 1 9 3 44 0 0 265 0 2 0.5169 0.0000 0.0075 12.000 1.51 3.70 -2.20 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6211 0.3663 0.0125 1 0 0.6180 0.3682 0.0138 1 0 0.6133 0.3710 0.0157
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 176 43 133 0 0 3 0 40 0 2 111 18 2 0.0000 0.0000 0.1654 13.333 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 554 174 380 71 0 1 1 101 0 0 379 0 1 0.4080 0.0000 0.0026 173.000 0.14 2.08 -1.94 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0023 0.2077 0.7899 1 2 0.0029 0.2173 0.7797 1 2 0.0040 0.2310 0.7650
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 246 95 151 3 0 5 55 32 0 0 147 4 0 0.0316 0.0000 0.0265 7.400 1.67 1.22 0.45 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9533 0.0467 2 2 0.0000 0.4343 0.5657 2 2 0.0000 0.1991 0.8009
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 246 95 151 3 1 37 0 54 0 0 147 0 4 0.0316 0.0000 0.0265 1.568 1.67 2.13 -0.46 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9862 0.0138 2 1 0.0000 0.6306 0.3694 2 2 0.0000 0.2942 0.7058
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 789 189 600 58 4 40 2 85 0 1 596 2 1 0.3069 0.0000 0.0067 3.700 1.19 3.91 -2.72 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0019 0.1773 0.8209 1 2 0.0023 0.1841 0.8137 1 2 0.0030 0.1938 0.8033
chr15 32446553 TCTC T 0.007746 0.100 1 -3 2 360 173 187 142 1 6 0 24 0 0 187 0 0 0.8208 0.0000 0.0000 33.400 0.83 3.25 -2.42 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.100 1 -3 3 279 79 200 44 0 3 0 32 0 0 199 0 1 0.5570 0.0000 0.0050 25.333 0.25 3.94 -3.69 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6261 0.3613 0.0125 1 0 0.6224 0.3641 0.0135 1 0 0.6170 0.3680 0.0150
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.100 1 6 1 358 99 259 80 0 13 0 6 0 0 259 0 0 0.8081 0.0000 0.0000 6.615 0.90 6.17 -5.27 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.4264 0.5736 0.0000 0 0 0.8935 0.1065 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 521 171 350 164 0 2 0 5 0 0 350 0 0 0.9591 0.0000 0.0000 84.500 1.20 2.00 -0.80 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1141 0.8859 0.0000 0 0 0.9725 0.0275 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 529 158 371 90 1 8 0 59 0 0 369 0 2 0.5696 0.0000 0.0054 21.429 0.27 4.63 -4.36 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8513 0.1473 0.0013 1 0 0.8437 0.1546 0.0016 1 0 0.8327 0.1652 0.0022
chr15 65133406 G GCGC 0.007439 0.100 1 3 2 482 91 391 41 0 4 1 45 0 0 391 0 0 0.4505 0.0000 0.0000 21.750 1.34 2.82 -1.48 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2814 0.7129 0.0057 1 1 0.2919 0.7024 0.0057 1 1 0.3057 0.6887 0.0056
chr15 65650730 G GAGGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGC 0.000020 0.100 1 24 2 573 128 445 41 0 38 0 49 0 0 428 1 16 0.3203 0.0000 0.0382 2.432 0.56 9.06 -8.50 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0500 0.9499 0.0001 1 1 0.0567 0.9431 0.0001 1 1 0.0667 0.9332 0.0001
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 159 76 83 35 1 4 0 36 0 0 83 0 0 0.4605 0.0000 0.0000 18.000 0.74 3.42 -2.67 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2182 0.5873 0.1945 1 1 0.2217 0.5808 0.1975 1 1 0.2260 0.5726 0.2014
chr15 72474873 T TGGC 0.069572 0.100 1 3 2 573 226 347 170 6 39 2 9 0 0 347 0 0 0.7522 0.0000 0.0000 4.868 0.73 2.78 -2.05 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7061 0.2939 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr15 74072270 GCCT G 0.012706 0.100 1 -3 1 516 203 313 187 3 7 0 6 0 2 311 0 0 0.9212 0.0000 0.0064 28.000 0.84 3.83 -2.99 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6895 0.3105 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 289 150 139 0 0 3 1 146 0 0 136 0 3 0.0000 0.0000 0.0216 49.000 3.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 503 116 387 0 0 14 3 99 0 0 385 0 2 0.0000 0.0000 0.0052 7.286 3.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0045 0.9955
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.100 1 1 1 157 29 128 11 5 4 0 9 0 0 126 1 1 0.3793 0.0000 0.0156 5.000 0.36 1.56 -1.19 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5065 0.4469 0.0466 1 0 0.5038 0.4482 0.0480 1 0 0.5001 0.4501 0.0498
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 511 130 381 108 0 15 0 7 0 0 377 0 4 0.8308 0.0000 0.0105 7.667 0.19 13.00 -12.81 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0077 0.9923 0.0000 0 1 0.4110 0.5890 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 395 141 254 70 0 3 0 68 0 0 252 0 2 0.4965 0.0000 0.0079 46.000 0.10 2.84 -2.74 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2405 0.6649 0.0946 1 1 0.2488 0.6532 0.0979 1 1 0.2595 0.6383 0.1022
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.100 1 3 1 784 196 588 70 7 44 1 74 0 0 587 0 1 0.3571 0.0000 0.0017 3.455 0.29 3.26 -2.97 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3133 0.6588 0.0279 1 1 0.3242 0.6468 0.0291 1 1 0.3379 0.6314 0.0307
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 950 215 735 0 0 32 0 183 0 0 715 0 20 0.0000 0.0000 0.0272 5.719 16.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 89803263 CAGGTAG C 0.000001 0.100 1 -6 2 491 129 362 125 0 1 0 3 0 0 361 0 1 0.9690 0.0000 0.0028 128.000 0.44 7.00 -6.56 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 368 117 251 0 0 8 0 109 0 0 240 0 11 0.0000 0.0000 0.0438 13.625 6.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 328 108 220 63 0 1 0 44 0 0 220 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 107.000 0.90 2.09 -1.19 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6409 0.3430 0.0160 1 0 0.6320 0.3497 0.0183 1 0 0.6195 0.3588 0.0217
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 619 239 380 111 1 45 0 82 0 0 375 0 5 0.4644 0.0000 0.0132 4.289 0.31 8.20 -7.89 25 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7525 0.2451 0.0025 1 0 0.7480 0.2491 0.0030 1 0 0.7410 0.2552 0.0038
chr15 99712530 AGCAGCAGCC A 0.003879 0.100 1 -9 1 618 234 384 133 5 1 19 76 0 0 382 1 1 0.5684 0.0000 0.0052 232.000 0.42 7.62 -7.20 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9471 0.0529 0.0000 1 0 0.9435 0.0565 0.0000 1 0 0.9382 0.0618 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 51 22 29 18 0 0 0 4 0 0 29 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 22.000 0.56 1.00 -0.44 2 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.1888 0.8085 0.0028 0 1 0.2022 0.7964 0.0014 0 1 0.4517 0.5478 0.0006
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 352 96 256 50 0 0 0 46 0 0 256 0 0 0.5208 0.0000 0.0000 96.000 1.04 2.93 -1.89 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3598 0.5655 0.0747 1 1 0.3631 0.5592 0.0778 1 1 0.3669 0.5513 0.0818
chr16 1980004 GT G 0.014240 0.100 1 -1 4 642 154 488 134 2 2 0 16 0 0 488 0 0 0.8701 0.0000 0.0000 76.000 0.62 1.50 -0.88 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 0 0.6397 0.3603 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 398 106 292 0 0 1 2 103 0 0 288 1 3 0.0000 0.0000 0.0137 105.000 6.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 398 106 292 0 0 1 2 103 0 0 288 1 3 0.0000 0.0000 0.0137 105.000 6.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 267 104 163 62 0 4 1 37 0 0 163 0 0 0.5962 0.0000 0.0000 25.000 0.23 3.51 -3.29 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8618 0.1379 0.0003 1 0 0.8552 0.1445 0.0003 1 0 0.8458 0.1538 0.0004
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 445 112 333 59 0 5 0 48 0 0 332 0 1 0.5268 0.0000 0.0030 21.400 0.17 3.06 -2.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3513 0.5720 0.0766 1 1 0.3496 0.5681 0.0823 1 1 0.3465 0.5632 0.0902
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 446 133 313 15 30 53 1 34 1 1 307 1 3 0.1128 0.0032 0.0192 1.569 2.53 5.09 -2.55 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5625 0.4186 0.0189 1 0 0.5611 0.4188 0.0202 1 0 0.5586 0.4194 0.0220
chr16 11915673 CCCGCCGCCG C 0.055433 0.100 1 -9 1 446 140 306 60 1 36 2 41 1 0 301 1 3 0.4286 0.0033 0.0163 2.971 3.92 7.66 -3.74 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7020 0.2957 0.0022 1 0 0.6985 0.2990 0.0025 1 0 0.6934 0.3038 0.0029
chr16 11927631 AGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCC A 0.000767 0.100 1 -57 2 323 99 224 54 0 36 0 9 0 0 223 0 1 0.5455 0.0000 0.0045 1.750 0.61 0.44 0.17 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3150 0.6850 0.0000 0 0 0.9669 0.0331 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 171 67 104 0 0 0 0 67 0 0 103 0 1 0.0000 0.0000 0.0096 67.000 2.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.100 1 -1 1 213 96 117 90 1 0 0 5 0 0 117 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 96.000 0.60 2.80 -2.20 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 0 0.8388 0.1612 0.0000 0 0 0.9742 0.0258 0.0000
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.100 1 -12 1 759 248 511 123 2 14 2 107 0 0 511 0 0 0.4960 0.0000 0.0000 16.571 0.25 8.55 -8.30 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5669 0.4283 0.0048 1 0 0.5723 0.4221 0.0056 1 0 0.5780 0.4153 0.0066
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 1093 265 828 113 1 79 3 69 0 0 828 0 0 0.4264 0.0000 0.0000 2.354 0.79 13.48 -12.69 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9471 0.0528 0.0001 1 0 0.9423 0.0576 0.0001 1 0 0.9350 0.0648 0.0002
chr16 29810108 AGCGGCAGCG A 0.002834 0.100 1 -9 1 554 237 317 127 0 27 0 83 0 0 315 0 2 0.5359 0.0000 0.0063 7.778 0.39 7.52 -7.13 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9577 0.0423 0.0000 1 0 0.9543 0.0457 0.0000 1 0 0.9491 0.0509 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 724 185 539 100 0 13 1 71 0 0 538 0 1 0.5405 0.0000 0.0019 13.231 0.23 3.24 -3.01 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7894 0.2082 0.0024 1 0 0.7823 0.2147 0.0030 1 0 0.7720 0.2242 0.0038
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 167 81 86 40 0 4 1 36 0 0 86 0 0 0.4938 0.0000 0.0000 19.250 0.17 2.17 -1.99 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2730 0.5812 0.1459 1 1 0.2746 0.5751 0.1503 1 1 0.2763 0.5675 0.1562
chr16 48211186 TG T 0.500000 0.100 1 -1 2 268 67 201 62 0 1 0 4 0 0 201 0 0 0.9254 0.0000 0.0000 66.000 0.32 1.25 -0.93 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.2334 0.7666 0.0000 0 0 0.6017 0.3983 0.0000
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 425 71 354 26 8 7 7 23 0 0 353 1 0 0.3662 0.0000 0.0028 7.857 1.73 2.22 -0.49 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2837 0.5612 0.1551 1 1 0.2843 0.5566 0.1591 1 1 0.2849 0.5508 0.1644
chr16 66566827 T TAAATGAGATGGCGATC 0.500000 0.100 1 16 2 503 135 368 110 0 21 0 4 0 0 365 0 3 0.8148 0.0000 0.0082 5.429 0.59 8.75 -8.16 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1237 0.8763 0.0000 0 0 0.6996 0.3004 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 304 132 172 63 0 27 0 42 0 0 172 0 0 0.4773 0.0000 0.0000 3.889 0.65 7.74 -7.09 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6978 0.2913 0.0109 1 0 0.6880 0.2994 0.0126 1 0 0.6742 0.3106 0.0152
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 80 40 40 22 0 1 0 17 0 0 40 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 39.000 0.14 3.94 -3.80 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3513 0.5183 0.1304 1 1 0.3487 0.5168 0.1345 1 1 0.3450 0.5150 0.1399
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 345 103 242 55 0 14 0 34 0 0 232 0 10 0.5340 0.0000 0.0413 6.357 0.16 12.71 -12.54 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4534 0.4953 0.0512 1 1 0.4502 0.4945 0.0553 1 1 0.4453 0.4936 0.0611
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 308 135 173 130 0 1 0 4 0 0 173 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 134.000 0.88 5.50 -4.62 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0944 0.9056 0.0000 0 0 0.9033 0.0967 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 496 131 365 53 0 27 1 50 0 0 358 0 7 0.4046 0.0000 0.0192 3.815 0.60 5.96 -5.36 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1109 0.6076 0.2815 1 1 0.1161 0.5996 0.2843 1 1 0.1231 0.5895 0.2874
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 737 180 557 0 0 3 7 170 0 0 549 2 6 0.0000 0.0000 0.0144 58.667 7.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 737 172 565 0 1 3 10 158 0 0 556 5 4 0.0000 0.0000 0.0159 56.333 7.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 735 172 563 0 1 2 0 169 0 1 549 6 7 0.0000 0.0000 0.0249 85.000 7.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 883 190 693 0 0 8 3 179 0 0 689 0 4 0.0000 0.0000 0.0058 22.500 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.100 1 6 2 738 165 573 76 0 17 0 72 0 0 567 0 6 0.4606 0.0000 0.0105 8.706 0.46 5.89 -5.43 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1303 0.6761 0.1937 1 1 0.1365 0.6637 0.1998 1 1 0.1446 0.6479 0.2075
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 168 75 93 35 0 1 0 39 0 0 93 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 74.000 0.40 3.87 -3.47 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1323 0.5703 0.2974 1 1 0.1368 0.5650 0.2982 1 1 0.1429 0.5583 0.2988
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 964 240 724 210 2 16 0 12 1 0 723 0 0 0.8750 0.0014 0.0014 13.938 0.31 3.00 -2.69 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2867 0.7133 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 425 164 261 0 0 7 1 156 0 0 261 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 22.286 1.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.100 1 -3 1 902 184 718 99 73 6 0 6 0 0 718 0 0 0.5380 0.0000 0.0000 29.667 0.37 3.50 -3.13 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5718 0.4282 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 896 214 682 12 3 42 2 155 0 0 678 0 4 0.0561 0.0000 0.0059 4.095 0.17 3.06 -2.90 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.7584 0.2416
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 454 114 340 88 0 13 0 13 1 0 339 0 0 0.7719 0.0029 0.0029 7.769 0.65 7.08 -6.43 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0176 0.9824 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 560 221 339 1 0 31 12 177 0 0 337 0 2 0.0045 0.0000 0.0059 6.097 0.00 3.05 -3.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 1128 341 787 301 5 4 20 11 0 0 787 0 0 0.8827 0.0000 0.0000 79.750 1.54 4.09 -2.55 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3755 0.6245 0.0000 0 0 0.9873 0.0127 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 1128 340 788 209 97 23 0 11 0 0 788 0 0 0.6147 0.0000 0.0000 17.556 0.79 4.09 -3.30 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9733 0.0267 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 862 203 659 187 0 10 0 6 0 0 659 0 0 0.9212 0.0000 0.0000 19.300 0.38 3.33 -2.95 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0218 0.9782 0.0000 0 0 0.9503 0.0497 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 288 97 191 73 0 21 0 3 0 0 189 0 2 0.7526 0.0000 0.0105 3.619 0.41 6.67 -6.26 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1574 0.8426 0.0000 0 0 0.5825 0.4175 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 152 75 77 0 0 4 0 71 0 0 76 0 1 0.0000 0.0000 0.0130 17.750 1.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0295 0.9705
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 564 169 395 103 0 3 1 62 0 0 395 0 0 0.6095 0.0000 0.0000 55.333 0.36 1.68 -1.32 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9208 0.0789 0.0003 1 0 0.9138 0.0858 0.0004 1 0 0.9033 0.0960 0.0007
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 702 182 520 79 0 4 0 99 0 0 520 0 0 0.4341 0.0000 0.0000 44.500 0.25 1.54 -1.28 57 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0112 0.3914 0.5974 1 2 0.0130 0.3933 0.5938 1 2 0.0157 0.3965 0.5878
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 729 157 572 59 2 25 2 69 0 0 556 0 16 0.3758 0.0000 0.0280 5.417 0.73 8.61 -7.88 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0040 0.2273 0.7688 1 2 0.0048 0.2354 0.7598 1 2 0.0062 0.2470 0.7468
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.100 1 -15 1 617 158 459 107 0 20 0 31 0 0 458 0 1 0.6772 0.0000 0.0022 6.900 3.52 13.87 -10.35 59 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 1 0 0.8973 0.1027 0.0000 0 1 0.0157 0.9843 0.0000
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.100 1 -13 1 1144 285 859 253 1 11 0 20 0 0 857 0 2 0.8877 0.0000 0.0023 24.818 0.21 9.65 -9.44 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1418 0.8582 0.0000
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 709 230 479 181 0 42 0 7 0 0 478 0 1 0.7870 0.0000 0.0021 4.476 0.32 12.29 -11.97 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6286 0.3714 0.0000 0 0 0.9747 0.0253 0.0000
chr17 41936512 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 472 132 340 73 1 2 0 56 0 0 340 0 0 0.5530 0.0000 0.0000 65.000 0.27 3.34 -3.07 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6010 0.3820 0.0170 1 0 0.5948 0.3859 0.0193 1 0 0.5856 0.3916 0.0227
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1906 366 1540 185 0 3 0 178 0 0 1538 0 2 0.5055 0.0000 0.0013 121.000 0.76 3.35 -2.60 85 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1153 0.8419 0.0428 1 1 0.1269 0.8242 0.0489 1 1 0.1424 0.7999 0.0577
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 733 231 502 97 1 31 4 98 0 0 500 0 2 0.4199 0.0000 0.0040 6.452 0.86 3.39 -2.53 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0712 0.6949 0.2339 1 1 0.0770 0.6814 0.2416 1 1 0.0850 0.6641 0.2510
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 179 59 120 33 0 3 0 23 0 0 119 0 1 0.5593 0.0000 0.0083 18.667 0.39 5.00 -4.61 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4441 0.4813 0.0746 1 1 0.4389 0.4821 0.0790 1 1 0.4317 0.4832 0.0851
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 1012 266 746 117 0 8 0 141 0 0 739 0 7 0.4398 0.0000 0.0094 32.250 0.15 3.16 -3.00 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0015 0.2497 0.7488 1 2 0.0020 0.2536 0.7445 1 2 0.0027 0.2598 0.7375
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.100 1 3 2 575 131 444 47 3 21 1 59 0 0 441 0 3 0.3588 0.0000 0.0068 5.238 0.49 3.07 -2.58 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0375 0.4720 0.4905 1 2 0.0411 0.4721 0.4868 1 2 0.0463 0.4725 0.4812
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 483 183 300 66 0 39 0 78 0 0 298 0 2 0.3607 0.0000 0.0067 3.692 0.82 5.45 -4.63 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0297 0.4892 0.4811 1 1 0.0330 0.4875 0.4795 1 1 0.0378 0.4857 0.4765
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 676 147 529 0 0 12 1 134 0 0 515 0 14 0.0000 0.0000 0.0265 11.250 7.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr17 76292157 TCTGCACCAGGTTGGACCAAACCATGCTGAA T 0.500000 0.100 1 -30 1 2557 672 1885 463 33 131 19 26 112 58 1665 26 24 0.6890 0.0594 0.1167 3.962 2.05 4.69 -2.64 155 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2640 667 1973 530 15 93 4 25 0 7 1964 1 1 0.7946 0.0000 0.0046 6.108 1.35 5.20 -3.85 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0181 0.9819 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2557 637 1920 547 12 32 9 37 4 5 1751 14 146 0.8587 0.0021 0.0880 19.419 1.96 4.14 -2.18 73 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 1229 234 995 19 1 22 3 189 0 1 994 0 0 0.0812 0.0000 0.0010 10.095 0.68 5.16 -4.48 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9740 0.0260
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 647 186 461 25 0 3 0 158 0 0 454 0 7 0.1344 0.0000 0.0152 61.000 0.52 3.27 -2.75 15 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr17 81672586 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 466 156 310 136 1 11 0 8 0 0 310 0 0 0.8718 0.0000 0.0000 13.182 0.20 3.12 -2.93 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1574 0.8426 0.0000 0 0 0.8192 0.1808 0.0000
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.100 1 -15 1 403 101 302 86 1 10 0 4 0 0 302 0 0 0.8515 0.0000 0.0000 9.100 1.87 13.75 -11.88 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0115 0.9885 0.0000 0 0 0.5215 0.4785 0.0000 0 0 0.8395 0.1605 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 390 106 284 56 2 2 1 45 0 0 284 0 0 0.5283 0.0000 0.0000 50.500 0.50 1.38 -0.88 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5203 0.4464 0.0333 1 0 0.5172 0.4466 0.0362 1 0 0.5124 0.4473 0.0403
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 145 75 70 0 0 7 0 68 0 0 69 0 1 0.0000 0.0000 0.0143 9.714 2.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 211 95 116 14 0 1 0 80 1 0 115 0 0 0.1474 0.0086 0.0086 94.000 0.07 4.90 -4.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 150 77 73 74 1 0 0 2 0 0 73 0 0 0.9610 0.0000 0.0000 77.000 0.19 3.00 -2.81 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3493 0.6507 0.0000 0 0 0.8343 0.1657 0.0000 0 0 0.9134 0.0866 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 238 124 114 77 0 5 1 41 0 0 113 0 1 0.6210 0.0000 0.0088 23.800 0.21 3.63 -3.43 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8890 0.1100 0.0010 1 0 0.8800 0.1186 0.0013 1 0 0.8669 0.1312 0.0019
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 511 147 364 6 0 11 1 129 0 0 363 0 1 0.0408 0.0000 0.0027 12.364 0.67 8.73 -8.06 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 2 0.0000 0.4615 0.5385 2 2 0.0000 0.0755 0.9245
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 345 194 151 177 1 10 0 6 0 0 151 0 0 0.9124 0.0000 0.0000 18.400 0.18 3.67 -3.49 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0139 0.9861 0.0000 0 0 0.9243 0.0757 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 897 210 687 119 0 5 0 86 0 0 681 0 6 0.5667 0.0000 0.0087 41.000 0.30 13.16 -12.86 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7183 0.2783 0.0034 1 0 0.7127 0.2831 0.0042 1 0 0.7041 0.2905 0.0054
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 469 89 380 36 0 10 4 39 0 1 378 0 1 0.4045 0.0000 0.0053 7.800 3.42 5.85 -2.43 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0954 0.5478 0.3568 1 1 0.1002 0.5440 0.3558 1 1 0.1066 0.5392 0.3542
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 197 81 116 0 0 3 1 77 0 0 114 0 2 0.0000 0.0000 0.0172 26.000 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0181 0.9819 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 159 92 67 39 1 6 0 46 0 0 66 0 1 0.4239 0.0000 0.0149 14.333 0.18 3.00 -2.82 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0898 0.5506 0.3597 1 1 0.0945 0.5465 0.3590 1 1 0.1010 0.5414 0.3575
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 450 154 296 80 1 16 0 57 0 0 291 0 5 0.5195 0.0000 0.0169 8.562 0.39 3.88 -3.49 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6109 0.3749 0.0142 1 0 0.6050 0.3787 0.0163 1 0 0.5963 0.3843 0.0194
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 425 172 253 67 0 16 5 84 0 3 249 0 1 0.3895 0.0000 0.0158 10.200 1.03 5.75 -4.72 29 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0310 0.5755 0.3934 1 1 0.0355 0.5762 0.3883 1 1 0.0421 0.5774 0.3805
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 199 65 134 43 0 2 0 20 0 0 133 0 1 0.6615 0.0000 0.0075 31.500 0.28 4.60 -4.32 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8296 0.1672 0.0032 1 0 0.8206 0.1757 0.0038 1 0 0.8078 0.1876 0.0046
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 276 139 137 80 1 0 0 58 0 0 137 0 0 0.5755 0.0000 0.0000 139.000 0.36 3.05 -2.69 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7903 0.2073 0.0024 1 0 0.7839 0.2132 0.0029 1 0 0.7748 0.2217 0.0036
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 366 118 248 47 1 15 50 5 0 0 242 5 1 0.3983 0.0000 0.0242 6.800 1.38 4.20 -2.82 33 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0390 0.4707 0.4903 1 2 0.0428 0.4715 0.4857 1 2 0.0483 0.4729 0.4788
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 366 121 245 50 1 18 0 52 0 0 239 0 6 0.4132 0.0000 0.0245 5.667 1.32 7.29 -5.97 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1748 0.7037 0.1215 1 1 0.1845 0.6941 0.1214 1 1 0.1975 0.6815 0.1210
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 366 131 235 65 0 54 4 8 0 0 231 1 3 0.4962 0.0000 0.0170 1.480 1.58 10.75 -9.17 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0334 0.9666 0.0000
chr19 2248153 T TGGAGTCCACCCTCCAGCCCCC 0.063774 0.100 1 21 2 242 59 183 25 0 16 0 18 0 0 183 0 0 0.4237 0.0000 0.0000 2.688 2.96 8.72 -5.76 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5922 0.3974 0.0104 1 0 0.5894 0.3996 0.0110 1 0 0.5856 0.4027 0.0117
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 491 144 347 133 0 4 0 7 2 0 345 0 0 0.9236 0.0058 0.0058 35.000 0.57 4.00 -3.43 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7851 0.2149 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 546 134 412 69 0 10 0 55 0 0 403 0 9 0.5149 0.0000 0.0218 13.778 0.70 10.95 -10.25 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3656 0.5824 0.0520 1 1 0.3709 0.5741 0.0550 1 1 0.3772 0.5638 0.0590
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 307 93 214 12 0 8 0 73 0 0 213 0 1 0.1290 0.0000 0.0047 12.143 0.42 5.52 -5.10 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9926 0.0074
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.100 1 -1 5 376 100 276 53 0 0 2 45 0 0 276 0 0 0.5300 0.0000 0.0000 99.000 0.89 2.36 -1.47 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5125 0.4786 0.0089 1 0 0.5155 0.4751 0.0094 1 0 0.5189 0.4710 0.0101
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 1010 352 658 254 4 53 3 38 0 0 658 0 0 0.7216 0.0000 0.0000 5.642 0.36 3.39 -3.03 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.100 1 -3 1 481 146 335 5 0 30 56 55 0 0 333 1 1 0.0342 0.0000 0.0060 4.000 0.60 3.31 -2.71 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.7842 0.2158 2 2 0.0000 0.3388 0.6612
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 482 149 333 6 3 80 2 58 0 0 331 0 2 0.0403 0.0000 0.0060 0.859 1.17 7.74 -6.57 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9685 0.0315
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.100 1 3 1 356 119 237 57 2 19 1 40 0 0 236 0 1 0.4790 0.0000 0.0042 5.263 0.28 3.00 -2.72 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7536 0.2446 0.0018 1 0 0.7483 0.2497 0.0020 1 0 0.7407 0.2569 0.0024
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 584 117 467 0 0 6 1 110 0 0 459 1 7 0.0000 0.0000 0.0171 18.500 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 17197806 CCTT C 0.000192 0.100 1 -3 1 222 94 128 88 0 0 0 6 1 0 127 0 0 0.9362 0.0078 0.0078 94.000 0.43 3.17 -2.73 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4399 0.5601 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.100 1 -2 1 493 116 377 13 23 17 15 48 0 0 376 0 1 0.1121 0.0000 0.0027 10.500 0.54 4.33 -3.79 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0158 0.4311 0.5532 1 2 0.0188 0.4471 0.5342 1 2 0.0236 0.4682 0.5082
chr19 18280864 CGCGCCCCCG C 0.000645 0.100 1 -9 6 493 157 336 136 3 7 1 10 0 1 335 0 0 0.8662 0.0000 0.0030 21.286 0.79 8.30 -7.51 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9342 0.0658 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 134 54 80 32 0 4 0 18 0 0 80 0 0 0.5926 0.0000 0.0000 12.500 0.88 3.67 -2.79 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7046 0.2838 0.0115 1 0 0.6967 0.2906 0.0127 1 0 0.6857 0.2999 0.0144
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.100 1 -84 2 352 87 265 78 1 6 0 2 1 0 264 0 0 0.8966 0.0038 0.0038 13.500 0.24 3.00 -2.76 68 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7263 0.2737 0.0000 0 0 0.9612 0.0388 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr19 23744939 CCA C 0.187747 0.100 1 -2 4 321 87 234 83 0 0 0 4 0 0 234 0 0 0.9540 0.0000 0.0000 87.000 0.51 2.00 -1.49 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0395 0.9605 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000 0 0 0.9491 0.0509 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 331 88 243 3 0 11 2 72 0 0 242 0 1 0.0341 0.0000 0.0041 6.909 0.33 3.17 -2.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7740 0.2260 2 2 0.0000 0.1031 0.8969 2 2 0.0000 0.0347 0.9653
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 656 164 492 74 0 9 0 81 0 0 487 0 5 0.4512 0.0000 0.0102 17.222 0.47 3.30 -2.82 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0167 0.4656 0.5177 1 2 0.0184 0.4615 0.5201 1 2 0.0208 0.4569 0.5222
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 479 207 272 137 0 25 0 45 0 0 247 0 25 0.6618 0.0000 0.0919 7.280 0.55 18.38 -17.82 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9957 0.0043 0.0000 1 0 0.9949 0.0051 0.0000 1 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 478 170 308 120 5 25 8 12 0 0 308 0 0 0.7059 0.0000 0.0000 6.591 0.16 3.92 -3.76 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0136 0.9864 0.0000
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.100 1 4 5 599 119 480 59 0 1 0 59 0 0 474 0 6 0.4958 0.0000 0.0125 118.000 0.19 4.36 -4.17 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1849 0.7161 0.0990 1 1 0.1951 0.7051 0.0997 1 1 0.2088 0.6908 0.1004
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.100 1 -1 2 601 120 481 61 0 6 0 53 0 0 475 1 5 0.5083 0.0000 0.0125 19.000 0.18 4.68 -4.50 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3643 0.5989 0.0368 1 1 0.3717 0.5901 0.0383 1 1 0.3809 0.5789 0.0402
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 391 107 284 56 0 4 0 47 0 0 283 0 1 0.5234 0.0000 0.0035 25.750 2.27 3.43 -1.16 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5152 0.4642 0.0206 1 0 0.5164 0.4616 0.0220 1 0 0.5174 0.4587 0.0239
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.100 1 -3 3 394 105 289 56 1 6 0 42 0 0 287 0 2 0.5333 0.0000 0.0069 16.500 2.70 3.50 -0.80 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6795 0.3187 0.0018 1 0 0.6767 0.3213 0.0020 1 0 0.6725 0.3252 0.0023
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 386 125 261 0 0 2 4 119 0 0 252 0 9 0.0000 0.0000 0.0345 61.000 2.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 261 27 234 0 0 1 21 5 0 0 234 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0700 0.9300 2 2 0.0000 0.0718 0.9282 2 2 0.0000 0.0743 0.9257
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 261 26 235 0 0 19 7 0 0 0 235 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.583 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1236 0.8764 2 2 0.0000 0.1253 0.8747 2 2 0.0000 0.1275 0.8724
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 530 179 351 100 1 5 0 73 0 0 349 0 2 0.5587 0.0000 0.0057 34.800 0.20 1.74 -1.54 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8150 0.1838 0.0012 1 0 0.8096 0.1889 0.0014 1 0 0.8017 0.1965 0.0018
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 562 170 392 10 0 4 0 156 0 0 385 0 7 0.0588 0.0000 0.0179 41.500 0.20 3.13 -2.93 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8765 0.1235 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr19 44878340 T TGAG 0.003733 0.100 1 3 3 528 158 370 125 2 20 0 11 0 0 370 0 0 0.7911 0.0000 0.0000 6.900 0.30 2.82 -2.51 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5554 0.4446 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 625 221 404 91 1 40 0 89 0 0 391 0 13 0.4118 0.0000 0.0322 4.525 0.43 6.03 -5.61 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0455 0.6302 0.3243 1 1 0.0501 0.6202 0.3297 1 1 0.0566 0.6076 0.3357
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 1138 315 823 118 33 44 9 111 0 2 817 1 3 0.3746 0.0000 0.0073 6.429 2.80 3.54 -0.74 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7523 0.2465 0.0013 1 0 0.7499 0.2485 0.0016 1 0 0.7456 0.2523 0.0021
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 1172 284 888 107 8 72 2 95 0 0 888 0 0 0.3768 0.0000 0.0000 2.958 0.30 3.33 -3.03 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5747 0.4170 0.0083 1 0 0.5766 0.4138 0.0095 1 0 0.5779 0.4107 0.0114
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 630 193 437 142 1 43 1 6 0 0 437 0 0 0.7358 0.0000 0.0000 3.488 1.76 7.83 -6.07 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.7018 0.2982 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 783 166 617 67 0 3 0 96 0 0 616 0 1 0.4036 0.0000 0.0016 54.333 0.22 3.02 -2.80 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1615 0.8370 1 2 0.0019 0.1689 0.8292 1 2 0.0025 0.1795 0.8180
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 564 166 398 0 0 4 6 156 0 0 391 0 7 0.0000 0.0000 0.0176 40.500 2.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 238 108 130 93 0 3 0 12 0 0 130 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 35.000 0.43 1.92 -1.49 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0156 0.9844 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 508 169 339 99 0 4 0 66 0 0 339 0 0 0.5858 0.0000 0.0000 41.250 0.27 1.79 -1.52 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8779 0.1213 0.0008 1 0 0.8706 0.1284 0.0010 1 0 0.8599 0.1387 0.0014
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 570 136 434 83 0 4 0 49 0 0 434 0 0 0.6103 0.0000 0.0000 33.000 0.36 3.41 -3.05 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9025 0.0968 0.0007 1 0 0.8950 0.1042 0.0009 1 0 0.8840 0.1148 0.0012
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 686 183 503 90 1 1 1 90 0 0 501 0 2 0.4918 0.0000 0.0040 182.000 0.10 2.98 -2.88 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1437 0.7152 0.1411 1 1 0.1519 0.7011 0.1470 1 1 0.1627 0.6827 0.1545
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 733 172 561 46 0 10 6 110 0 0 559 0 2 0.2674 0.0000 0.0036 23.000 1.48 1.67 -0.19 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0023 0.9977 1 2 0.0000 0.0029 0.9971 1 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 815 162 653 72 0 6 1 83 0 0 649 0 4 0.4444 0.0000 0.0061 26.000 0.60 3.41 -2.81 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0245 0.4832 0.4923 1 2 0.0276 0.4821 0.4903 1 2 0.0322 0.4813 0.4865
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 566 157 409 133 1 18 0 5 0 0 409 0 0 0.8471 0.0000 0.0000 7.722 0.23 5.40 -5.17 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0136 0.9864 0.0000 0 0 0.7977 0.2023 0.0000 0 0 0.9643 0.0357 0.0000
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 727 189 538 26 2 23 0 138 0 0 511 0 27 0.1376 0.0000 0.0502 7.217 0.85 19.36 -18.51 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr19 55386752 A AT 0.003360 0.100 1 1 1 463 126 337 54 0 13 0 59 0 0 337 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 8.692 0.44 1.03 -0.59 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2581 0.7395 0.0023 1 1 0.2700 0.7276 0.0024 1 1 0.2856 0.7120 0.0024
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 1052 295 757 122 1 48 2 122 1 0 751 1 4 0.4136 0.0013 0.0079 5.146 0.78 4.28 -3.50 68 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0978 0.7910 0.1112 1 1 0.1074 0.7752 0.1174 1 1 0.1206 0.7541 0.1253
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 650 110 540 11 1 1 0 97 0 0 534 1 5 0.1000 0.0000 0.0111 109.000 1.00 4.62 -3.62 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9273 0.0727
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.100 1 3 2 406 82 324 68 6 5 1 2 0 0 324 0 0 0.8293 0.0000 0.0000 15.200 4.07 4.50 -0.43 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9391 0.0609 0.0000 0 0 0.9934 0.0066 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 164 94 70 75 0 15 0 4 0 0 69 0 1 0.7979 0.0000 0.0143 5.267 0.09 4.25 -4.16 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3099 0.6901 0.0000 0 0 0.7698 0.2302 0.0000
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 183 71 112 36 0 2 0 33 0 0 112 0 0 0.5070 0.0000 0.0000 34.500 0.08 1.09 -1.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3363 0.5572 0.1065 1 1 0.3384 0.5521 0.1094 1 1 0.3409 0.5458 0.1132
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 342 130 212 17 0 1 0 112 0 0 212 0 0 0.1308 0.0000 0.0000 129.000 0.41 2.11 -1.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9947 0.0053
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 120 76 44 67 0 1 0 8 0 0 44 0 0 0.8816 0.0000 0.0000 75.000 0.15 6.88 -6.73 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.0897 0.9103 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 375 123 252 16 0 0 1 106 0 0 246 0 6 0.1301 0.0000 0.0238 123.000 0.56 8.86 -8.30 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 376 124 252 16 0 3 2 103 0 0 245 1 6 0.1290 0.0000 0.0278 40.000 0.56 8.93 -8.37 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 380 125 255 12 0 1 0 112 0 0 249 0 6 0.0960 0.0000 0.0235 124.000 0.08 8.48 -8.40 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9276 0.0724
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.100 1 5 1 430 202 228 181 1 14 0 6 0 0 227 1 0 0.8960 0.0000 0.0044 13.429 0.30 5.50 -5.20 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0591 0.9409 0.0000 0 0 0.9840 0.0160 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 824 212 612 193 2 6 0 11 0 0 612 0 0 0.9104 0.0000 0.0000 34.167 0.23 6.09 -5.86 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1448 0.8552 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 510 158 352 1 5 0 3 149 0 0 341 0 11 0.0063 0.0000 0.0312 152.000 5.00 3.66 1.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 240 79 161 28 0 31 0 20 0 0 161 0 0 0.3544 0.0000 0.0000 1.548 1.29 9.70 -8.41 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.5169 0.1079 1 1 0.3702 0.5166 0.1132 1 1 0.3633 0.5163 0.1205
chr20 35652818 A AGGGCCG 0.080534 0.100 1 6 2 888 205 683 153 1 46 0 5 0 0 683 0 0 0.7463 0.0000 0.0000 3.533 0.39 4.40 -4.01 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3110 0.6890 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.100 1 3 3 734 212 522 99 3 23 1 86 0 0 518 0 4 0.4670 0.0000 0.0077 8.217 0.35 3.14 -2.79 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5133 0.4816 0.0051 1 0 0.5203 0.4741 0.0056 1 0 0.5284 0.4652 0.0064
chr20 44065918 C CCCG 0.103979 0.100 1 3 4 497 188 309 92 0 25 0 71 0 0 304 0 5 0.4894 0.0000 0.0162 6.520 0.22 3.08 -2.87 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6554 0.3414 0.0032 1 0 0.6554 0.3410 0.0036 1 0 0.6544 0.3413 0.0042
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 1167 362 805 148 1 42 9 162 0 1 797 0 7 0.4088 0.0000 0.0099 7.619 0.28 3.18 -2.90 26 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0016 0.3288 0.6696 1 2 0.0019 0.3259 0.6722 1 2 0.0026 0.3236 0.6738
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.100 1 -9 1 610 295 315 183 2 12 1 97 0 0 308 0 7 0.6203 0.0000 0.0222 25.636 0.83 7.55 -6.72 93 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9983 0.0017 0.0000 1 0 0.9979 0.0021 0.0000 1 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.100 1 -3 1 609 275 334 233 2 7 11 22 0 3 331 0 0 0.8473 0.0000 0.0090 51.600 2.86 3.77 -0.91 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6931 0.3069 0.0000
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.100 1 3 1 433 112 321 60 0 6 0 46 0 0 320 0 1 0.5357 0.0000 0.0031 17.667 0.22 2.96 -2.74 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6167 0.3699 0.0135 1 0 0.6135 0.3717 0.0148 1 0 0.6087 0.3746 0.0167
chr20 62064735 TGCGCCGCCGGGG T 0.002933 0.100 1 -12 1 361 79 282 42 0 4 0 33 1 0 275 0 6 0.5316 0.0035 0.0248 18.750 1.31 10.79 -9.48 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4975 0.5018 0.0007 1 0 0.5013 0.4980 0.0007 1 0 0.5058 0.4935 0.0007
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 303 54 249 0 0 9 0 45 0 0 238 3 8 0.0000 0.0000 0.0442 5.000 5.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr20 62308713 C CGACACGAAG 0.021020 0.100 1 9 3 586 149 437 128 0 17 0 4 0 0 435 0 2 0.8591 0.0000 0.0046 7.765 0.25 8.25 -8.00 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0490 0.9510 0.0000 0 0 0.9791 0.0209 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 332 171 161 102 0 1 0 68 0 0 160 0 1 0.5965 0.0000 0.0062 170.000 0.23 2.01 -1.79 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7627 0.2345 0.0028 1 0 0.7507 0.2458 0.0035 1 0 0.7333 0.2619 0.0048
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 825 182 643 105 0 1 0 76 0 0 639 1 3 0.5769 0.0000 0.0062 181.000 0.27 5.75 -5.48 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7063 0.2888 0.0048 1 0 0.6997 0.2945 0.0058 1 0 0.6899 0.3027 0.0074
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 699 207 492 112 1 10 0 84 0 0 491 0 1 0.5411 0.0000 0.0020 19.600 0.15 5.19 -5.04 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8204 0.1786 0.0010 1 0 0.8154 0.1834 0.0012 1 0 0.8078 0.1906 0.0016
chr21 33555090 AAGCCGCCGCAGCCGCACCCCC A 0.011908 0.100 1 -21 4 1164 331 833 160 6 153 1 11 0 0 828 1 4 0.4834 0.0000 0.0060 1.131 1.04 5.36 -4.32 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 0 0.8485 0.1515 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 247 103 144 50 0 7 1 45 0 0 143 0 1 0.4854 0.0000 0.0069 13.714 0.26 3.11 -2.85 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2196 0.6168 0.1636 1 1 0.2221 0.6087 0.1693 1 1 0.2250 0.5983 0.1767
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.100 1 40 1 1122 266 856 96 1 151 5 13 14 12 800 14 16 0.3609 0.0164 0.0654 0.767 1.91 4.08 -2.17 24 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.9982 0.0018 0.0000 1 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 349 58 291 0 0 3 2 53 0 0 290 1 0 0.0000 0.0000 0.0034 18.333 2.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1349 215 1134 5 0 7 10 193 1 0 1116 4 13 0.0233 0.0009 0.0159 41.200 4.60 3.36 1.24 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8158 0.1842 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1351 216 1135 3 3 8 14 188 0 2 1115 5 13 0.0139 0.0000 0.0176 51.500 6.00 3.41 2.59 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2744 0.7256 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 916 203 713 161 5 33 0 4 18 4 686 1 4 0.7931 0.0252 0.0379 5.061 1.86 9.25 -7.39 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.8799 0.1201 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 708 139 569 1 0 10 1 127 0 0 558 0 11 0.0072 0.0000 0.0193 12.800 0.00 12.56 -12.56 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 336 143 193 2 0 14 0 127 0 0 192 0 1 0.0140 0.0000 0.0052 9.214 0.50 8.28 -7.78 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 590 223 367 185 4 22 1 11 0 0 367 0 0 0.8296 0.0000 0.0000 9.091 0.25 2.45 -2.21 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0728 0.9272 0.0000 0 0 0.9035 0.0965 0.0000
chr22 15698738 CAAATT C 0.000142 0.100 1 -5 1 834 521 313 449 3 5 2 62 2 0 310 0 1 0.8618 0.0064 0.0096 103.000 0.38 4.94 -4.55 181 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 21867418 C CCCG 0.004356 0.100 1 3 1 220 88 132 64 5 13 0 6 0 0 132 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 5.769 0.56 3.00 -2.44 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 0 0.9235 0.0765 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000
chr22 23575030 AC A 0.001341 0.100 1 -1 3 201 115 86 69 0 7 0 39 0 0 85 0 1 0.6000 0.0000 0.0116 15.429 0.22 1.28 -1.06 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9126 0.0874 0.0000 1 0 0.9068 0.0932 0.0000 1 0 0.8984 0.1016 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 661 164 497 74 0 33 0 57 0 0 483 1 13 0.4512 0.0000 0.0282 3.970 1.08 15.47 -14.39 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0593 0.7158 0.2250 1 1 0.0607 0.7032 0.2361 1 1 0.0624 0.6869 0.2507
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 850 239 611 11 0 7 1 220 0 0 606 0 5 0.0460 0.0000 0.0082 33.143 0.09 3.92 -3.83 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.6931 0.3069 2 2 0.0000 0.0289 0.9711
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 500 247 253 111 0 57 0 79 0 0 249 0 4 0.4494 0.0000 0.0158 3.333 0.31 6.08 -5.77 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8244 0.1746 0.0010 1 0 0.8191 0.1797 0.0012 1 0 0.8112 0.1872 0.0016
chr22 37568368 GCTGCAAACCCCCCAGCCACTA G 0.016662 0.100 1 -21 1 604 119 485 16 1 17 0 85 0 0 475 0 10 0.1345 0.0000 0.0206 6.000 2.38 17.45 -15.07 10 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 623 128 495 34 1 3 1 89 0 0 495 0 0 0.2656 0.0000 0.0000 41.333 0.26 16.49 -16.23 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0137 0.9863 1 2 0.0000 0.0162 0.9838 1 2 0.0000 0.0203 0.9797
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 1058 377 681 222 5 8 2 140 0 0 672 2 7 0.5889 0.0000 0.0132 73.400 1.64 3.61 -1.97 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9940 0.0060 0.0000 1 0 0.9930 0.0070 0.0000 1 0 0.9914 0.0086 0.0000
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 371 116 255 6 0 2 0 108 0 1 217 0 37 0.0517 0.0000 0.1490 57.000 0.67 23.86 -23.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.6879 0.3121 2 2 0.0000 0.1371 0.8629
chr22 38087167 A ACATGGAGGT 0.087531 0.100 1 9 5 386 184 202 134 2 37 0 11 0 0 202 0 0 0.7283 0.0000 0.0000 3.946 6.30 7.18 -0.88 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 336 134 202 64 0 5 0 65 0 0 199 0 3 0.4776 0.0000 0.0149 25.800 0.31 2.98 -2.67 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0622 0.6048 0.3330 1 1 0.0654 0.5955 0.3391 1 1 0.0695 0.5839 0.3466
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 559 190 369 94 2 20 5 69 0 0 366 0 3 0.4947 0.0000 0.0081 8.500 0.38 3.12 -2.73 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6747 0.3201 0.0052 1 0 0.6724 0.3217 0.0059 1 0 0.6684 0.3245 0.0072
chr22 40861830 T TA 0.018262 0.100 1 1 2 705 161 544 76 0 2 0 83 0 0 543 0 1 0.4720 0.0000 0.0018 79.500 0.55 1.40 -0.84 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1660 0.8189 0.0151 1 1 0.1788 0.8059 0.0153 1 1 0.1962 0.7883 0.0155
chr22 42142030 GA G 0.042019 0.100 1 -1 4 958 268 690 252 2 3 0 11 0 0 690 0 0 0.9403 0.0000 0.0000 88.000 0.97 1.27 -0.30 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1256 331 925 209 0 6 0 116 0 0 920 0 5 0.6314 0.0000 0.0054 54.167 0.23 10.48 -10.25 107 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9988 0.0012 0.0000 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.100 1 -1 1 701 288 413 233 2 2 0 51 0 0 413 0 0 0.8090 0.0000 0.0000 142.500 0.30 2.86 -2.57 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.100 1 -18 2 395 107 288 81 1 23 0 2 1 0 287 0 0 0.7570 0.0035 0.0035 3.652 0.23 19.00 -18.77 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8713 0.1287 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000
687 rows