File Info

Filename
HG01361_x_HG01503_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG01361_x_HG01503_FF_10.features.tsv
Size
145.5 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1310876 CGGCTCTGGGTCACAGGT C 0.013343 0.100 1 -17 3 678 218 460 121 2 19 1 75 1 0 456 1 2 0.5550 0.0022 0.0087 10.368 0.50 13.73 -13.24 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9702 0.0298 0.0000 1 0 0.9673 0.0327 0.0000 1 0 0.9627 0.0373 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 870 378 492 341 3 29 0 5 0 0 492 0 0 0.9021 0.0000 0.0000 12.034 0.45 9.40 -8.95 97 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 408 145 263 10 1 25 0 109 0 0 258 1 4 0.0690 0.0000 0.0190 4.800 1.40 3.24 -1.84 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.8203 0.1797
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 556 195 361 0 0 36 0 159 0 0 359 0 2 0.0000 0.0000 0.0055 4.417 8.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 327 141 186 74 0 0 0 67 0 0 184 0 2 0.5248 0.0000 0.0108 141.000 0.08 3.79 -3.71 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.6418 0.0970 1 1 0.2659 0.6315 0.1026 1 1 0.2714 0.6185 0.1101
chr1 2192906 T TTTG 0.500000 0.100 1 3 4 150 56 94 50 0 2 0 4 0 0 94 0 0 0.8929 0.0000 0.0000 27.000 0.14 2.25 -2.11 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1467 0.8533 0.0000 0 1 0.4648 0.5352 0.0000
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 572 170 402 90 1 5 0 74 0 0 398 0 4 0.5294 0.0000 0.0100 33.000 0.49 3.16 -2.67 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4275 0.5400 0.0325 1 1 0.4290 0.5350 0.0360 1 1 0.4298 0.5290 0.0412
chr1 8656262 CTCTTTG C 0.500000 0.100 1 -6 2 314 91 223 35 0 18 0 38 0 0 222 0 1 0.3846 0.0000 0.0045 4.056 0.43 6.03 -5.60 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1336 0.5711 0.2954 1 1 0.1381 0.5657 0.2962 1 1 0.1441 0.5590 0.2969
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 501 119 382 15 0 14 2 88 0 0 379 0 3 0.1261 0.0000 0.0079 7.500 0.40 3.39 -2.99 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9940 0.0060
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 994 190 804 16 0 5 0 169 0 0 796 0 8 0.0842 0.0000 0.0100 37.000 0.12 3.17 -3.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8429 0.1571
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.100 1 3 2 284 117 167 108 0 4 0 5 0 0 167 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 28.250 0.13 3.00 -2.87 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.5177 0.4823 0.0000 0 0 0.8841 0.1159 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 467 114 353 75 0 2 0 37 0 0 353 0 0 0.6579 0.0000 0.0000 56.000 0.40 1.27 -0.87 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9253 0.0742 0.0005 1 0 0.9177 0.0816 0.0007 1 0 0.9064 0.0927 0.0010
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 1359 246 1113 133 15 27 4 67 0 0 1113 0 0 0.5407 0.0000 0.0000 7.962 1.74 2.15 -0.40 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9968 0.0032 0.0000 1 0 0.9961 0.0039 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr1 26183819 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 418 104 314 37 11 8 1 47 0 0 313 0 1 0.3558 0.0000 0.0032 13.571 0.46 1.47 -1.01 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1798 0.6153 0.2049 1 1 0.1843 0.6068 0.2089 1 1 0.1900 0.5961 0.2139
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.100 1 -2 3 806 185 621 59 48 8 32 38 1 3 615 2 0 0.3189 0.0016 0.0097 25.833 6.53 26.45 -19.92 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8828 0.1165 0.0008 1 0 0.8746 0.1244 0.0010 1 0 0.8627 0.1359 0.0014
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.100 1 -6 4 817 203 614 35 2 41 9 116 1 0 612 0 1 0.1724 0.0016 0.0033 6.115 1.74 15.72 -13.98 23 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0013 0.9987 1 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 1 0.0000 0.5209 0.4791
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 381 142 239 115 3 8 0 16 0 0 239 0 0 0.8099 0.0000 0.0000 16.750 0.23 3.31 -3.09 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0105 0.9895 0.0000
chr1 32209141 T TG 0.500000 0.100 1 1 2 272 100 172 93 0 2 0 5 0 0 172 0 0 0.9300 0.0000 0.0000 49.000 0.29 1.20 -0.91 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.3406 0.6594 0.0000 0 0 0.7875 0.2125 0.0000
chr1 35738058 TTTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 219 59 160 47 0 7 0 5 1 0 159 0 0 0.7966 0.0063 0.0063 7.429 2.02 6.80 -4.78 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 1 0.2932 0.7068 0.0000
chr1 36178099 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 503 128 375 75 0 3 0 50 0 0 375 0 0 0.5859 0.0000 0.0000 41.667 0.32 3.34 -3.02 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7594 0.2353 0.0053 1 0 0.7496 0.2440 0.0064 1 0 0.7357 0.2562 0.0081
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 393 92 301 6 0 0 0 86 0 0 300 0 1 0.0652 0.0000 0.0033 92.000 0.33 3.02 -2.69 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8852 0.1148 2 2 0.0000 0.4083 0.5917
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 613 161 452 0 0 23 3 135 0 0 452 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.957 5.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.100 1 -6 6 678 164 514 120 6 25 1 12 0 0 512 0 2 0.7317 0.0000 0.0039 5.480 1.94 8.75 -6.81 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0402 0.9598 0.0000
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.100 1 3 2 772 198 574 158 6 30 0 4 0 0 574 0 0 0.7980 0.0000 0.0000 5.600 0.32 4.50 -4.18 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3665 0.6335 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr1 67093186 CTCATT C 0.500000 0.100 1 -5 1 482 133 349 74 0 6 0 53 0 0 347 0 2 0.5564 0.0000 0.0057 21.167 0.31 5.11 -4.80 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6267 0.3588 0.0145 1 0 0.6196 0.3638 0.0166 1 0 0.6095 0.3708 0.0198
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 815 184 631 164 1 12 0 7 0 0 630 0 1 0.8913 0.0000 0.0016 14.333 0.63 3.29 -2.66 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4314 0.5686 0.0000 0 0 0.9465 0.0535 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 151 76 75 32 1 3 0 40 0 0 75 0 0 0.4211 0.0000 0.0000 24.000 0.34 3.55 -3.21 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0909 0.5301 0.3790 1 1 0.0955 0.5275 0.3769 1 1 0.1019 0.5244 0.3738
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 401 130 271 68 0 21 0 41 0 0 263 0 8 0.5231 0.0000 0.0295 5.190 0.10 8.98 -8.87 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6398 0.3454 0.0148 1 0 0.6318 0.3513 0.0169 1 0 0.6204 0.3595 0.0201
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 444 135 309 3 0 11 1 120 0 0 306 0 3 0.0222 0.0000 0.0097 11.273 0.00 4.99 -4.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5860 0.4140 2 2 0.0000 0.0475 0.9525 2 2 0.0000 0.0164 0.9836
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 459 133 326 115 1 5 3 9 1 0 322 1 2 0.8647 0.0031 0.0123 25.200 0.41 3.11 -2.70 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0823 0.9177 0.0000
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 833 178 655 113 0 15 11 39 0 1 646 1 7 0.6348 0.0000 0.0137 10.867 0.12 3.10 -2.99 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9816 0.0184 0.0000 1 0 0.9786 0.0213 0.0000 1 0 0.9740 0.0259 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 846 222 624 121 2 12 7 80 0 0 624 0 0 0.5450 0.0000 0.0000 17.083 0.13 3.61 -3.48 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8685 0.1308 0.0006 1 0 0.8611 0.1381 0.0008 1 0 0.8502 0.1486 0.0012
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 1 683 230 453 106 11 23 4 86 0 0 452 0 1 0.4609 0.0000 0.0022 9.409 0.46 3.58 -3.12 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7010 0.2949 0.0041 1 0 0.6957 0.2994 0.0049 1 0 0.6875 0.3062 0.0063
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 258 96 162 58 2 9 1 26 0 0 162 0 0 0.6042 0.0000 0.0000 9.556 0.09 2.15 -2.07 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8920 0.1066 0.0014 1 0 0.8825 0.1158 0.0017 1 0 0.8685 0.1291 0.0024
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 2092 582 1510 42 7 211 13 309 4 3 1369 13 121 0.0722 0.0026 0.0934 1.754 1.36 8.53 -7.17 12 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1174 229 945 21 0 44 1 163 0 0 928 0 17 0.0917 0.0000 0.0180 4.182 0.38 3.93 -3.55 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9910 0.0090
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 235 89 146 27 5 11 4 42 0 0 145 0 1 0.3034 0.0000 0.0068 6.636 0.56 1.60 -1.04 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0296 0.3829 0.5876 1 2 0.0327 0.3885 0.5788 1 2 0.0373 0.3961 0.5667
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 247 89 158 48 0 9 0 32 0 0 155 0 3 0.5393 0.0000 0.0190 8.889 0.10 12.03 -11.93 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5251 0.4350 0.0399 1 0 0.5186 0.4378 0.0435 1 0 0.5094 0.4418 0.0488
chr1 153261270 TGGGGGCGGCTCCGGCTGCTTCTCCTCCGGTGGCGGCGGCTCCTCCGGGGGCGGCTCCGGCTGCTTCTCCAGCGGTGGGGGCGGCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -90 2 1138 282 856 187 6 40 1 48 1 0 834 0 21 0.6631 0.0012 0.0257 6.154 2.51 7.06 -4.55 53 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1117 277 840 13 2 50 6 206 2 1 792 3 42 0.0469 0.0024 0.0571 4.646 3.23 9.97 -6.74 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9877 0.0123 2 2 0.0000 0.1300 0.8700
chr1 153341694 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 248 117 131 112 0 1 0 4 0 0 131 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 116.000 0.71 1.25 -0.54 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0411 0.9589 0.0000 0 0 0.7926 0.2074 0.0000 0 0 0.9463 0.0537 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 556 238 318 113 5 25 2 93 0 0 318 0 0 0.4748 0.0000 0.0000 8.440 2.95 7.77 -4.83 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6188 0.3741 0.0071 1 0 0.6162 0.3754 0.0084 1 0 0.6114 0.3782 0.0105
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 548 226 322 28 77 37 7 77 0 0 322 0 0 0.1239 0.0000 0.0000 185.000 0.43 4.00 -3.57 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3537 0.6051 0.0412 1 1 0.3584 0.5962 0.0454 1 1 0.3634 0.5853 0.0513
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.100 1 2 1 548 227 321 101 13 32 3 78 0 0 321 0 0 0.4449 0.0000 0.0000 5.781 6.75 3.86 2.89 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7690 0.2284 0.0027 1 0 0.7614 0.2353 0.0033 1 0 0.7504 0.2452 0.0043
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1578 441 1137 3 1 122 0 315 0 0 1076 1 60 0.0068 0.0000 0.0536 2.615 10.67 8.76 1.90 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 223 88 135 2 0 3 2 81 0 0 134 0 1 0.0227 0.0000 0.0074 28.333 0.00 1.70 -1.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5260 0.4740 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.0579 0.9421
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 688 186 502 0 0 5 0 181 0 0 501 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 36.200 2.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1317 279 1038 0 0 6 0 273 0 0 1027 0 11 0.0000 0.0000 0.0106 45.500 1.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 160681128 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 492 157 335 10 0 4 0 143 0 0 334 0 1 0.0637 0.0000 0.0030 38.250 1.60 2.25 -0.65 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9683 0.0317 2 2 0.0000 0.3585 0.6415
chr1 168136343 A AG 0.500000 0.100 1 1 4 182 80 102 34 1 3 0 42 0 0 102 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 25.333 0.53 1.24 -0.71 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0902 0.5353 0.3745 1 1 0.0949 0.5323 0.3728 1 1 0.1013 0.5287 0.3700
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 179 76 103 63 0 10 0 3 0 0 103 0 0 0.8289 0.0000 0.0000 6.600 0.41 5.33 -4.92 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0306 0.9694 0.0000 0 1 0.4882 0.5118 0.0000 0 0 0.7561 0.2439 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 464 243 221 106 0 35 0 102 0 0 214 0 7 0.4362 0.0000 0.0317 5.943 0.26 10.89 -10.63 66 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0949 0.7332 0.1719 1 1 0.1018 0.7179 0.1803 1 1 0.1111 0.6981 0.1909
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 218 65 153 59 0 2 0 4 0 0 153 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 31.500 0.36 3.00 -2.64 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2122 0.7878 0.0000 0 0 0.5734 0.4266 0.0000
chr1 224955001 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 129 67 62 38 0 0 0 29 0 0 62 0 0 0.5672 0.0000 0.0000 67.000 0.00 1.24 -1.24 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4336 0.4936 0.0728 1 1 0.4293 0.4935 0.0773 1 1 0.4232 0.4934 0.0834
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 240 102 138 50 0 3 0 49 0 0 138 0 0 0.4902 0.0000 0.0000 33.000 0.18 1.16 -0.98 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2100 0.6178 0.1722 1 1 0.2140 0.6092 0.1768 1 1 0.2189 0.5983 0.1828
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 615 171 444 144 1 17 0 9 0 0 444 0 0 0.8421 0.0000 0.0000 9.059 0.76 3.00 -2.24 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0879 0.9121 0.0000 0 0 0.7789 0.2211 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 506 127 379 62 0 1 0 64 0 0 378 0 1 0.4882 0.0000 0.0026 126.000 0.71 2.19 -1.48 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1277 0.6409 0.2314 1 1 0.1333 0.6307 0.2360 1 1 0.1406 0.6178 0.2416
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 650 173 477 81 0 1 0 91 0 0 472 0 5 0.4682 0.0000 0.0105 172.000 0.07 2.99 -2.91 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0240 0.5061 0.4699 1 1 0.0270 0.5026 0.4704 1 1 0.0314 0.4987 0.4700
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 394 109 285 66 0 1 0 42 0 0 285 0 0 0.6055 0.0000 0.0000 108.000 1.79 1.24 0.55 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7556 0.2379 0.0065 1 0 0.7452 0.2471 0.0077 1 0 0.7304 0.2599 0.0096
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1054 265 789 8 0 2 0 255 0 0 788 0 1 0.0302 0.0000 0.0013 131.500 0.12 1.23 -1.11 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9910 0.0090 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 1175 350 825 265 1 5 0 79 0 0 823 1 1 0.7571 0.0000 0.0024 69.000 1.17 4.08 -2.91 185 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1486 232 1254 118 0 4 2 108 0 0 1246 0 8 0.5086 0.0000 0.0064 57.000 2.19 2.27 -0.07 64 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1200 0.7609 0.1191 1 1 0.1282 0.7445 0.1272 1 1 0.1390 0.7230 0.1380
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 411 159 252 0 0 11 1 147 0 0 248 0 4 0.0000 0.0000 0.0159 13.455 6.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 229 107 122 47 0 5 0 55 0 0 119 0 3 0.4393 0.0000 0.0246 20.400 0.28 3.13 -2.85 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0630 0.5381 0.3989 1 1 0.0680 0.5359 0.3961 1 1 0.0752 0.5333 0.3916
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 440 140 300 0 0 23 1 116 0 0 284 0 16 0.0000 0.0000 0.0533 5.273 9.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.100 1 18 5 440 140 300 10 5 110 2 13 0 0 286 4 10 0.0714 0.0000 0.0467 0.220 6.20 6.54 -0.34 4 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0251 0.4108 0.5641 1 2 0.0262 0.4828 0.4910 2 1 0.0171 0.7307 0.2522
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 620 239 381 129 0 25 0 85 0 0 379 0 2 0.5397 0.0000 0.0052 8.560 0.34 8.65 -8.31 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9391 0.0608 0.0001 1 0 0.9343 0.0656 0.0001 1 0 0.9271 0.0727 0.0002
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 184 44 140 22 0 0 0 22 0 0 140 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 44.000 0.32 3.27 -2.95 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2231 0.5537 0.2231 1 1 0.2251 0.5497 0.2252 1 1 0.2277 0.5446 0.2277
chr2 43224600 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 3 610 130 480 58 1 19 0 52 0 0 473 0 7 0.4462 0.0000 0.0146 5.789 1.16 7.85 -6.69 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1763 0.6403 0.1834 1 1 0.1814 0.6302 0.1884 1 1 0.1879 0.6173 0.1948
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 39 2 585 223 362 55 1 120 0 47 0 0 362 0 0 0.2466 0.0000 0.0000 0.850 0.20 0.91 -0.71 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3909 0.5408 0.0683 1 1 0.3900 0.5371 0.0729 1 1 0.3881 0.5326 0.0793
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.100 1 6 1 225 95 130 78 2 10 0 5 0 0 128 0 2 0.8211 0.0000 0.0154 8.400 0.31 6.00 -5.69 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0304 0.9696 0.0000 0 1 0.3505 0.6495 0.0000
chr2 61186454 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 3 448 123 325 111 0 6 0 6 0 0 325 0 0 0.9024 0.0000 0.0000 19.500 0.22 3.17 -2.95 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3007 0.6993 0.0000 0 0 0.8228 0.1772 0.0000
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 353 99 254 55 0 3 0 41 0 0 253 0 1 0.5556 0.0000 0.0039 32.000 0.07 3.17 -3.10 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5094 0.4519 0.0387 1 0 0.5042 0.4535 0.0423 1 0 0.4966 0.4559 0.0475
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 448 174 274 65 1 11 3 94 0 0 274 0 0 0.3736 0.0000 0.0000 14.636 0.43 3.01 -2.58 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0019 0.1761 0.8220 1 2 0.0024 0.1844 0.8132 1 2 0.0032 0.1963 0.8004
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 592 167 425 2 90 55 6 14 0 3 422 0 0 0.0120 0.0000 0.0071 2.036 0.00 3.36 -3.36 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 594 169 425 17 1 48 0 103 0 0 420 0 5 0.1006 0.0000 0.0118 2.500 2.76 6.10 -3.33 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 422 82 340 8 0 3 0 71 0 0 339 0 1 0.0976 0.0000 0.0029 26.333 0.00 2.85 -2.85 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 1 0.0000 0.8376 0.1624
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 375 162 213 68 2 21 2 69 0 0 211 1 1 0.4198 0.0000 0.0094 6.667 0.99 3.70 -2.71 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1301 0.6609 0.2090 1 1 0.1360 0.6495 0.2145 1 1 0.1437 0.6349 0.2213
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 575 138 437 0 0 9 6 123 0 0 433 1 3 0.0000 0.0000 0.0092 14.333 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 786 204 582 102 1 11 0 90 0 0 581 0 1 0.5000 0.0000 0.0017 17.545 0.34 8.24 -7.90 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3745 0.5908 0.0347 1 1 0.3790 0.5825 0.0386 1 1 0.3837 0.5723 0.0441
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 556 112 444 19 0 2 0 91 0 0 417 0 27 0.1696 0.0000 0.0608 55.000 0.37 18.58 -18.21 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 448 111 337 72 0 8 0 31 0 0 326 0 11 0.6486 0.0000 0.0326 12.875 0.57 20.03 -19.46 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8464 0.1514 0.0022 1 0 0.8364 0.1608 0.0028 1 0 0.8220 0.1744 0.0037
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 574 150 424 68 0 0 0 82 0 0 421 0 3 0.4533 0.0000 0.0071 150.000 0.59 5.72 -5.13 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0189 0.4316 0.5495 1 2 0.0214 0.4325 0.5461 1 2 0.0251 0.4343 0.5406
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 166 47 119 24 1 8 4 10 0 0 119 0 0 0.5106 0.0000 0.0000 4.375 0.92 1.80 -0.88 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5408 0.4063 0.0530 1 0 0.5313 0.4118 0.0569 1 0 0.5182 0.4193 0.0625
chr2 166429170 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 128 59 69 34 0 0 0 25 0 0 69 0 0 0.5763 0.0000 0.0000 59.000 0.35 1.16 -0.81 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4419 0.4838 0.0743 1 1 0.4369 0.4844 0.0787 1 1 0.4300 0.4853 0.0848
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 190 67 123 22 2 16 0 27 0 0 119 0 4 0.3284 0.0000 0.0325 3.125 1.55 6.04 -4.49 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0951 0.5080 0.3969 1 1 0.0996 0.5071 0.3933 1 1 0.1058 0.5060 0.3882
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 191 92 99 33 0 35 0 24 0 0 98 0 1 0.3587 0.0000 0.0101 1.629 0.06 12.50 -12.44 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4154 0.4996 0.0850 1 1 0.4113 0.4992 0.0895 1 1 0.4055 0.4988 0.0957
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 496 128 368 113 0 9 0 6 0 0 368 0 0 0.8828 0.0000 0.0000 13.222 0.35 3.33 -2.99 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3222 0.6778 0.0000 0 0 0.8365 0.1635 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 278 143 135 67 0 1 1 74 0 0 133 0 2 0.4685 0.0000 0.0148 142.000 0.07 3.11 -3.03 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0522 0.5694 0.3785 1 1 0.0566 0.5633 0.3801 1 1 0.0628 0.5558 0.3814
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 637 131 506 60 0 4 0 67 0 0 503 0 3 0.4580 0.0000 0.0059 31.750 0.20 4.12 -3.92 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0542 0.5524 0.3934 1 1 0.0586 0.5476 0.3938 1 1 0.0647 0.5417 0.3936
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 337 141 196 5 1 18 38 79 0 0 194 1 1 0.0355 0.0000 0.0102 5.118 0.80 5.04 -4.24 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6883 0.3117 2 2 0.0000 0.1732 0.8268
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 337 141 196 43 1 26 0 71 0 0 194 0 2 0.3050 0.0000 0.0102 4.423 2.91 5.37 -2.46 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0024 0.1599 0.8377 1 2 0.0030 0.1693 0.8277 1 2 0.0040 0.1828 0.8132
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 337 144 193 10 61 22 8 43 0 0 193 0 0 0.0694 0.0000 0.0000 5.650 0.30 3.00 -2.70 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5845 0.3923 0.0232 1 0 0.5775 0.3965 0.0259 1 0 0.5675 0.4024 0.0300
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 443 82 361 35 23 8 4 12 0 2 359 0 0 0.4268 0.0000 0.0055 9.167 0.49 2.17 -1.68 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4754 0.5245 0.0002 0 1 0.0522 0.9477 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 304 109 195 99 0 2 0 8 0 0 195 0 0 0.9083 0.0000 0.0000 53.500 0.29 2.75 -2.46 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0273 0.9727 0.0000 0 1 0.4181 0.5819 0.0000
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.100 1 -21 2 685 153 532 84 0 6 0 63 0 0 528 0 4 0.5490 0.0000 0.0075 24.500 1.25 17.57 -16.32 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5518 0.4292 0.0190 1 0 0.5482 0.4303 0.0215 1 0 0.5425 0.4323 0.0252
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 571 160 411 0 0 29 1 130 0 0 405 0 6 0.0000 0.0000 0.0146 4.517 8.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 554 155 399 0 2 9 0 144 0 0 353 0 46 0.0000 0.0000 0.1153 16.222 15.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 655 137 518 18 0 11 0 108 0 0 518 0 0 0.1314 0.0000 0.0000 11.455 0.22 3.21 -2.99 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 318 142 176 0 0 2 1 139 0 0 176 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 140.000 4.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 165 66 99 59 0 2 0 5 0 0 99 0 0 0.8939 0.0000 0.0000 32.000 0.17 3.00 -2.83 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0850 0.9150 0.0000 0 1 0.4143 0.5857 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 213 96 117 88 0 2 0 6 0 0 117 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 94.000 1.10 4.17 -3.06 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1231 0.8769 0.0000 0 0 0.6101 0.3899 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 769 175 594 10 0 0 0 165 0 0 594 0 0 0.0571 0.0000 0.0000 175.000 0.60 1.21 -0.61 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9168 0.0832 2 2 0.0000 0.1693 0.8307
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 695 199 496 175 0 0 0 24 0 0 495 0 1 0.8794 0.0000 0.0020 199.000 0.45 3.04 -2.59 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 452 93 359 46 0 1 2 44 0 0 359 0 0 0.4946 0.0000 0.0000 92.000 0.50 4.61 -4.11 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2007 0.6102 0.1891 1 1 0.2046 0.6021 0.1933 1 1 0.2096 0.5918 0.1986
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 197 81 116 77 0 0 0 4 0 0 116 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 81.000 0.16 1.75 -1.59 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 1 0.3995 0.6005 0.0000 0 0 0.7633 0.2367 0.0000
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 557 149 408 92 0 1 0 56 0 0 407 0 1 0.6174 0.0000 0.0025 148.000 0.25 3.50 -3.25 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8847 0.1144 0.0009 1 0 0.8763 0.1226 0.0011 1 0 0.8639 0.1346 0.0016
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 802 286 516 12 8 38 1 227 0 2 454 0 60 0.0420 0.0000 0.1202 6.526 1.17 11.75 -10.58 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 2 0.0000 0.4492 0.5508
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 714 224 490 80 5 53 2 84 0 0 489 0 1 0.3571 0.0000 0.0020 3.226 0.25 2.74 -2.49 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1242 0.6953 0.1806 1 1 0.1307 0.6819 0.1874 1 1 0.1394 0.6646 0.1960
chr3 42692758 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 341 104 237 59 0 0 1 44 0 0 234 0 3 0.5673 0.0000 0.0127 104.000 0.41 1.93 -1.53 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4324 0.5142 0.0534 1 1 0.4303 0.5120 0.0576 1 1 0.4269 0.5095 0.0636
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 730 215 515 0 0 12 1 202 0 0 515 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.917 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 378 143 235 0 0 6 1 136 0 0 231 0 4 0.0000 0.0000 0.0170 22.833 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 669 184 485 67 1 15 10 91 0 0 483 1 1 0.3641 0.0000 0.0041 11.267 0.55 3.20 -2.65 29 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0008 0.1255 0.8737 1 2 0.0011 0.1334 0.8655 1 2 0.0015 0.1449 0.8535
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 1 556 198 358 109 1 10 3 75 0 0 358 0 0 0.5505 0.0000 0.0000 18.600 0.46 3.05 -2.59 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8351 0.1636 0.0013 1 0 0.8270 0.1714 0.0016 1 0 0.8152 0.1826 0.0022
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 315 74 241 0 0 18 0 56 0 0 240 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 3.111 5.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0519 0.9481 2 2 0.0000 0.0548 0.9452 2 2 0.0000 0.0592 0.9408
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 476 149 327 4 1 30 0 114 0 1 306 0 20 0.0268 0.0000 0.0642 3.967 6.25 5.27 0.98 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 2 0.0000 0.2008 0.7992 2 2 0.0000 0.0411 0.9589
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 479 175 304 142 0 28 0 5 0 0 303 0 1 0.8114 0.0000 0.0033 5.250 4.43 6.20 -1.77 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.6690 0.3310 0.0000 0 0 0.9543 0.0457 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 186 98 88 39 1 14 2 42 0 0 86 0 2 0.3980 0.0000 0.0227 5.929 0.31 7.52 -7.22 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1045 0.5654 0.3301 1 1 0.1094 0.5604 0.3303 1 1 0.1159 0.5541 0.3301
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 214 87 127 0 1 3 34 49 0 0 125 1 1 0.0000 0.0000 0.0157 28.000 3.39 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0711 0.9289 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0299 0.9701
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 214 87 127 0 0 2 46 39 0 0 126 0 1 0.0000 0.0000 0.0079 85.000 3.51 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0164 0.9836
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.100 1 6 3 276 66 210 53 0 10 0 3 0 0 210 0 0 0.8030 0.0000 0.0000 5.600 0.94 6.33 -5.39 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0186 0.9814 0.0000 0 1 0.3665 0.6335 0.0000 0 0 0.6562 0.3438 0.0000
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 308 135 173 60 1 9 0 65 0 0 172 0 1 0.4444 0.0000 0.0058 14.000 0.23 3.06 -2.83 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1019 0.6236 0.2746 1 1 0.1073 0.6145 0.2783 1 1 0.1145 0.6030 0.2825
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 778 217 561 184 0 16 0 17 0 0 560 0 1 0.8479 0.0000 0.0018 12.562 0.11 10.12 -10.01 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0676 0.9324 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 486 124 362 114 0 5 0 5 0 1 361 0 0 0.9194 0.0000 0.0028 23.800 0.27 2.00 -1.73 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.6094 0.3906 0.0000 0 0 0.9152 0.0848 0.0000
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 329 102 227 89 0 7 0 6 0 1 226 0 0 0.8725 0.0000 0.0044 13.571 0.20 1.50 -1.30 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1336 0.8664 0.0000 0 0 0.6264 0.3736 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 121 46 75 24 2 2 2 16 0 0 75 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 21.000 0.25 1.06 -0.81 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4300 0.4813 0.0886 1 1 0.4246 0.4823 0.0930 1 1 0.4173 0.4837 0.0991
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 438 126 312 119 0 1 0 6 0 0 312 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 125.000 0.24 1.17 -0.92 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3916 0.6084 0.0000 0 0 0.8727 0.1273 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1196 340 856 1 0 73 28 238 0 0 850 0 6 0.0029 0.0000 0.0070 3.658 0.00 3.07 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1202 355 847 237 13 72 18 15 0 0 847 0 0 0.6676 0.0000 0.0000 4.273 2.73 8.13 -5.41 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 641 184 457 153 0 19 0 12 0 0 457 0 0 0.8315 0.0000 0.0000 8.684 0.47 3.33 -2.86 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.4312 0.5688 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 497 162 335 56 0 23 0 83 0 0 335 0 0 0.3457 0.0000 0.0000 6.043 1.48 6.64 -5.16 28 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0037 0.2131 0.7832 1 2 0.0045 0.2218 0.7737 1 2 0.0058 0.2340 0.7602
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.100 1 -9 1 329 139 190 65 0 4 0 70 0 0 187 0 3 0.4676 0.0000 0.0158 33.750 0.37 8.69 -8.32 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0686 0.5965 0.3350 1 1 0.0735 0.5889 0.3376 1 1 0.0803 0.5794 0.3403
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 712 145 567 66 0 38 0 41 0 0 567 0 0 0.4552 0.0000 0.0000 2.816 0.58 9.71 -9.13 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7748 0.2197 0.0055 1 0 0.7642 0.2293 0.0065 1 0 0.7492 0.2426 0.0082
chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.100 1 3 2 268 90 178 47 1 2 0 40 0 0 177 0 1 0.5222 0.0000 0.0056 43.500 0.85 3.40 -2.55 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3528 0.5555 0.0917 1 1 0.3524 0.5511 0.0965 1 1 0.3514 0.5456 0.1030
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 336 136 200 126 2 2 0 6 0 0 200 0 0 0.9265 0.0000 0.0000 66.500 0.25 4.17 -3.91 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.4997 0.5003 0.0000 0 0 0.9133 0.0867 0.0000
chr3 126423590 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 426 114 312 109 1 0 0 4 0 0 312 0 0 0.9561 0.0000 0.0000 114.000 0.48 3.00 -2.52 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0361 0.9639 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000 0 0 0.9410 0.0590 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 187 92 95 45 0 0 0 47 0 0 95 0 0 0.4891 0.0000 0.0000 92.000 0.44 2.85 -2.41 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1583 0.6063 0.2354 1 1 0.1630 0.5984 0.2386 1 1 0.1690 0.5885 0.2425
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 351 130 221 57 0 4 0 69 0 0 221 0 0 0.4385 0.0000 0.0000 31.500 1.30 2.12 -0.82 15 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0417 0.5082 0.4500 1 1 0.0456 0.5060 0.4484 1 1 0.0511 0.5035 0.4454
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 394 167 227 6 0 19 7 135 0 0 223 0 4 0.0359 0.0000 0.0176 7.789 0.83 3.33 -2.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 2 0.0000 0.2885 0.7115 2 2 0.0000 0.0380 0.9620
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 574 127 447 5 0 25 1 96 0 0 445 0 2 0.0394 0.0000 0.0045 4.080 0.20 3.26 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.5939 0.4061 2 2 0.0000 0.1689 0.8311
chr3 195781607 GACCTGTGGATGCTGAGGAAGCGTCGGTGACAAGAAGAGGAGTGGCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTCTCGGTGACAAGAAGAGGGGTGGTGTC G 0.500000 0.100 1 -96 1 1620 475 1145 371 12 76 7 9 38 21 1076 7 3 0.7811 0.0332 0.0603 5.200 2.23 6.22 -4.00 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8464 0.1536 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 751 162 589 61 0 11 0 90 1 0 562 0 26 0.3765 0.0017 0.0458 13.727 0.61 11.24 -10.64 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0222 0.9778 1 2 0.0000 0.0254 0.9745 1 2 0.0001 0.0306 0.9694
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 324 116 208 95 1 3 8 9 0 0 203 0 5 0.8190 0.0000 0.0240 37.667 1.01 9.22 -8.21 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 324 116 208 67 1 32 0 16 0 0 205 1 2 0.5776 0.0000 0.0144 2.800 0.70 8.62 -7.92 31 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9482 0.0517 0.0001 0 1 0.3715 0.6285 0.0000 0 1 0.0148 0.9852 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 324 117 207 72 2 26 3 14 0 0 202 0 5 0.6154 0.0000 0.0242 3.462 0.82 8.57 -7.75 34 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9791 0.0208 0.0000 1 0 0.7739 0.2260 0.0000 0 1 0.0464 0.9536 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 544 139 405 84 0 2 0 53 0 0 376 0 29 0.6043 0.0000 0.0716 68.500 0.33 17.66 -17.33 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0869 0.7126 0.2005 1 1 0.0900 0.6992 0.2108 1 1 0.0939 0.6818 0.2244
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.100 1 -6 2 656 255 401 84 3 146 1 21 1 0 395 0 5 0.3294 0.0025 0.0150 0.738 1.37 6.90 -5.54 52 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9198 0.0802 0.0000 0 1 0.0567 0.9433 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 569 153 416 85 0 10 1 57 1 0 412 0 3 0.5556 0.0024 0.0096 14.300 0.53 11.70 -11.17 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8448 0.1547 0.0004 1 0 0.8392 0.1603 0.0005 1 0 0.8311 0.1682 0.0007
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.100 1 -6 2 439 125 314 80 0 0 0 45 0 0 312 0 2 0.6400 0.0000 0.0064 125.000 0.14 6.56 -6.42 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9298 0.0701 0.0001 1 0 0.9244 0.0755 0.0001 1 0 0.9165 0.0833 0.0002
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.100 1 -9 5 687 218 469 203 0 7 0 8 0 0 467 0 2 0.9312 0.0000 0.0043 30.143 0.38 9.00 -8.62 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3760 0.6240 0.0000 0 0 0.9687 0.0313 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 724 149 575 76 0 13 0 60 0 1 543 0 31 0.5101 0.0000 0.0557 10.462 1.34 15.78 -14.44 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0276 0.5128 0.4595 1 1 0.0308 0.5092 0.4599 1 1 0.0355 0.5052 0.4593
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2337 494 1843 200 6 131 7 150 1 3 1817 3 19 0.4049 0.0005 0.0141 2.760 2.12 8.68 -6.55 80 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6336 0.3652 0.0012 1 0 0.6384 0.3600 0.0015 1 0 0.6427 0.3552 0.0021
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3491 701 2790 339 12 56 13 281 10 21 2739 8 12 0.4836 0.0036 0.0183 11.962 2.24 5.39 -3.15 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9377 0.0623 0.0000 1 0 0.9373 0.0627 0.0000 1 0 0.9358 0.0642 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3719 807 2912 6 12 35 20 734 47 52 2600 152 61 0.0074 0.0161 0.1071 22.471 4.83 8.66 -3.83 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3220 943 2277 13 15 184 52 679 238 41 1930 30 38 0.0138 0.1045 0.1524 4.049 5.46 8.63 -3.17 9 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 152 61 91 29 0 3 0 29 0 0 91 0 0 0.4754 0.0000 0.0000 19.333 0.17 3.00 -2.83 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2147 0.5706 0.2147 1 1 0.2173 0.5654 0.2173 1 1 0.2207 0.5587 0.2207
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 496 203 293 0 0 28 9 166 0 0 284 1 8 0.0000 0.0000 0.0307 6.250 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 437 145 292 53 4 32 2 54 3 1 288 0 0 0.3655 0.0103 0.0137 3.500 0.43 3.89 -3.45 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2939 0.6065 0.0996 1 1 0.2966 0.5986 0.1048 1 1 0.2996 0.5885 0.1118
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 263 136 127 55 0 7 0 74 0 0 123 0 4 0.4044 0.0000 0.0315 18.429 1.11 4.62 -3.51 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0075 0.2799 0.7126 1 2 0.0088 0.2874 0.7038 1 2 0.0109 0.2979 0.6912
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 215 75 140 0 0 11 0 64 0 0 133 1 6 0.0000 0.0000 0.0500 5.818 4.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0263 0.9737 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0311 0.9689
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 834 165 669 142 0 5 0 18 0 0 669 0 0 0.8606 0.0000 0.0000 32.000 0.25 3.33 -3.08 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0094 0.9906 0.0000
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.100 1 -12 4 265 104 161 81 0 9 1 13 0 0 160 0 1 0.7788 0.0000 0.0062 10.556 0.70 11.46 -10.76 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0276 0.9724 0.0000
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.100 1 2 1 154 60 94 58 0 0 0 2 0 0 94 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 60.000 0.47 4.00 -3.53 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9704 0.0296 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.100 1 -2 3 154 62 92 60 0 1 0 1 0 0 92 0 0 0.9677 0.0000 0.0000 61.000 0.50 8.00 -7.50 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 769 165 604 72 0 27 2 64 0 0 603 0 1 0.4364 0.0000 0.0017 5.111 0.36 3.33 -2.97 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2646 0.6372 0.0981 1 1 0.2691 0.6272 0.1037 1 1 0.2743 0.6146 0.1112
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 366 136 230 107 2 19 1 7 0 0 229 0 1 0.7868 0.0000 0.0043 6.500 0.91 2.71 -1.81 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0166 0.9834 0.0000 0 1 0.3883 0.6117 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 354 50 304 0 0 29 0 21 0 0 296 2 6 0.0000 0.0000 0.0263 0.724 6.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1881 0.8119 2 2 0.0000 0.1926 0.8074 2 2 0.0000 0.1989 0.8011
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 375 103 272 45 0 6 0 52 0 0 270 0 2 0.4369 0.0000 0.0074 16.167 0.27 5.85 -5.58 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0672 0.5328 0.4000 1 1 0.0717 0.5297 0.3986 1 1 0.0780 0.5259 0.3961
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 520 153 367 140 0 4 0 9 0 0 367 0 0 0.9150 0.0000 0.0000 37.250 0.23 3.67 -3.44 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.7344 0.2656 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 400 136 264 120 0 8 1 7 0 0 264 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 15.875 1.90 20.57 -18.67 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1561 0.8439 0.0000 0 0 0.7569 0.2431 0.0000
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 391 103 288 97 0 2 0 4 0 0 288 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 50.500 2.33 28.50 -26.17 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0190 0.9810 0.0000 0 0 0.6424 0.3576 0.0000 0 0 0.8947 0.1053 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 235 82 153 15 0 3 0 64 0 0 151 0 2 0.1829 0.0000 0.0131 26.333 0.00 3.03 -3.03 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9983 0.0017
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 145 61 84 36 0 1 0 24 0 0 83 0 1 0.5902 0.0000 0.0119 60.000 0.11 3.17 -3.06 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4951 0.4489 0.0559 1 0 0.4884 0.4515 0.0600 1 0 0.4791 0.4551 0.0658
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 237 92 145 34 3 19 1 35 0 0 145 0 0 0.3696 0.0000 0.0000 3.842 1.44 5.00 -3.56 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2245 0.5872 0.1883 1 1 0.2273 0.5807 0.1920 1 1 0.2308 0.5725 0.1967
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 1081 262 819 107 3 33 5 114 1 1 814 2 1 0.4084 0.0012 0.0061 6.939 0.60 3.96 -3.36 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0394 0.6712 0.2894 1 1 0.0438 0.6583 0.2978 1 1 0.0502 0.6420 0.3079
chr5 123090166 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 420 127 293 60 1 13 2 51 0 0 286 0 7 0.4724 0.0000 0.0239 8.769 1.12 5.10 -3.98 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1958 0.6430 0.1612 1 1 0.2008 0.6327 0.1665 1 1 0.2070 0.6196 0.1734
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 458 138 320 57 0 29 0 52 0 0 315 0 5 0.4130 0.0000 0.0156 3.759 1.07 6.71 -5.64 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1819 0.6363 0.1819 1 1 0.1868 0.6264 0.1868 1 1 0.1931 0.6139 0.1931
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 538 154 384 67 0 19 0 68 0 0 376 0 8 0.4351 0.0000 0.0208 7.105 0.70 6.00 -5.30 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0595 0.5859 0.3545 1 1 0.0642 0.5789 0.3569 1 1 0.0707 0.5702 0.3591
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 320 71 249 31 0 5 0 35 0 0 239 0 10 0.4366 0.0000 0.0402 13.200 0.84 9.00 -8.16 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0349 0.4056 0.5596 1 2 0.0383 0.4101 0.5516 1 2 0.0432 0.4163 0.5405
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 174 72 102 33 0 1 0 38 0 0 101 0 1 0.4583 0.0000 0.0098 71.000 0.12 3.42 -3.30 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1059 0.5463 0.3478 1 1 0.1105 0.5427 0.3468 1 1 0.1168 0.5381 0.3450
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 251 108 143 103 0 1 1 3 0 0 143 0 0 0.9537 0.0000 0.0000 106.000 0.27 4.00 -3.73 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1653 0.8347 0.0000 0 0 0.8543 0.1457 0.0000 0 0 0.9486 0.0514 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 251 107 144 103 0 0 0 4 0 0 144 0 0 0.9626 0.0000 0.0000 107.000 0.27 4.00 -3.73 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0262 0.9738 0.0000 0 0 0.7088 0.2912 0.0000 0 0 0.9193 0.0807 0.0000
chr5 140801721 CTGAA C 0.500000 0.100 1 -4 1 813 189 624 177 1 5 0 6 0 0 624 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 36.600 0.72 4.67 -3.94 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0138 0.9862 0.0000 0 0 0.9239 0.0761 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.100 1 -6 2 578 173 405 96 0 5 0 72 0 0 403 0 2 0.5549 0.0000 0.0049 33.600 0.12 5.81 -5.68 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6524 0.3393 0.0083 1 0 0.6467 0.3435 0.0098 1 0 0.6381 0.3499 0.0120
chr5 141433201 CTTCT C 0.500000 0.100 1 -4 1 582 84 498 33 7 11 1 32 0 1 496 0 1 0.3929 0.0000 0.0040 7.200 1.73 5.44 -3.71 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3610 0.5408 0.0982 1 1 0.3596 0.5375 0.1029 1 1 0.3574 0.5334 0.1092
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 478 137 341 8 1 12 1 115 0 0 325 0 16 0.0584 0.0000 0.0469 10.417 0.00 7.71 -7.71 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9508 0.0492 2 2 0.0000 0.3454 0.6546
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 965 325 640 134 2 69 1 119 0 1 638 0 1 0.4123 0.0000 0.0031 3.696 0.69 9.06 -8.37 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3983 0.5846 0.0171 1 1 0.4055 0.5748 0.0197 1 1 0.4134 0.5630 0.0236
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 386 137 249 48 0 34 0 55 0 0 245 0 4 0.3504 0.0000 0.0161 3.029 0.29 7.49 -7.20 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0502 0.5051 0.4446 1 1 0.0543 0.5035 0.4421 1 1 0.0602 0.5017 0.4381
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 386 137 249 48 0 34 1 54 0 0 245 0 4 0.3504 0.0000 0.0161 3.029 0.29 7.43 -7.13 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0504 0.5055 0.4442 1 1 0.0545 0.5038 0.4417 1 1 0.0603 0.5020 0.4377
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 648 139 509 7 0 2 0 130 0 0 507 0 2 0.0504 0.0000 0.0039 68.500 0.00 1.72 -1.72 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7006 0.2994 2 2 0.0000 0.1283 0.8717
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 384 155 229 85 0 7 0 63 0 0 228 0 1 0.5484 0.0000 0.0044 21.143 2.59 4.87 -2.28 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6520 0.3378 0.0101 1 0 0.6453 0.3429 0.0118 1 0 0.6355 0.3501 0.0144
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 382 152 230 62 3 14 5 68 0 0 229 0 1 0.4079 0.0000 0.0043 9.857 3.68 11.65 -7.97 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0623 0.5849 0.3527 1 1 0.0671 0.5780 0.3549 1 1 0.0737 0.5695 0.3569
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 379 135 244 1 46 3 1 84 0 0 241 0 3 0.0074 0.0000 0.0123 43.333 21.00 4.49 16.51 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0588 0.9410 1 2 0.0003 0.0652 0.9345 1 2 0.0005 0.0747 0.9248
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 193 76 117 9 0 6 0 61 0 0 115 1 1 0.1184 0.0000 0.0171 11.667 0.00 3.38 -3.38 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.9382 0.0618
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 415 85 330 6 0 7 0 72 0 0 327 0 3 0.0706 0.0000 0.0091 11.143 0.67 3.93 -3.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9335 0.0665 2 1 0.0000 0.5527 0.4473
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 656 132 524 60 0 17 0 55 0 0 523 0 1 0.4545 0.0000 0.0019 6.765 0.58 2.98 -2.40 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2611 0.6207 0.1182 1 1 0.2647 0.6118 0.1235 1 1 0.2688 0.6006 0.1306
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 555 123 432 51 3 10 0 59 3 0 425 2 2 0.4146 0.0069 0.0162 11.300 0.73 3.54 -2.82 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1701 0.6792 0.1507 1 1 0.1788 0.6692 0.1520 1 1 0.1905 0.6562 0.1533
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1609 372 1237 27 7 105 31 202 0 1 1202 6 28 0.0726 0.0000 0.0283 2.660 0.81 5.20 -4.39 9 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 16327684 A ATGCTGCTGC 0.015710 0.100 1 9 1 1599 471 1128 175 14 108 22 152 0 0 1128 0 0 0.3715 0.0000 0.0000 3.358 1.97 5.60 -3.63 43 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4120 0.5876 0.0004 1 1 0.4311 0.5685 0.0005 1 1 0.4544 0.5451 0.0005
chr6 28365499 ATCG A 0.001317 0.100 1 -3 1 655 186 469 164 1 5 0 16 0 0 468 0 1 0.8817 0.0000 0.0021 36.200 0.29 2.81 -2.52 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0382 0.9618 0.0000 0 0 0.9765 0.0235 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 1016 208 808 115 0 6 0 87 0 0 786 0 22 0.5529 0.0000 0.0272 33.667 0.37 11.44 -11.06 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2948 0.6709 0.0343 1 1 0.3062 0.6565 0.0374 1 1 0.3203 0.6381 0.0416
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 406 113 293 0 0 0 2 111 0 0 292 0 1 0.0000 0.0000 0.0034 112.000 1.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.100 1 -33 2 535 138 397 97 3 31 0 7 0 0 397 0 0 0.7029 0.0000 0.0000 3.452 0.47 1.29 -0.81 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0791 0.9209 0.0000 0 0 0.5892 0.4108 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 613 182 431 5 1 3 3 170 0 0 431 0 0 0.0275 0.0000 0.0000 59.667 0.00 6.51 -6.51 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9370 0.0630 2 2 0.0000 0.0485 0.9515 2 2 0.0000 0.0073 0.9927
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 613 182 431 90 3 4 4 81 0 0 431 0 0 0.4945 0.0000 0.0000 59.333 2.44 11.05 -8.60 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2973 0.6417 0.0610 1 1 0.3028 0.6311 0.0660 1 1 0.3092 0.6177 0.0731
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 450 224 226 94 80 40 0 10 0 0 225 0 1 0.4196 0.0000 0.0044 4.600 0.19 3.90 -3.71 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0464 0.9536 0.0000 0 0 0.7988 0.2012 0.0000
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 677 244 433 173 5 29 0 37 0 0 433 0 0 0.7090 0.0000 0.0000 8.269 7.53 7.97 -0.45 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 676 243 433 198 1 9 0 35 0 0 433 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 29.250 8.13 8.17 -0.04 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 277 47 230 6 0 0 0 41 0 0 230 0 0 0.1277 0.0000 0.0000 47.000 6.33 7.49 -1.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9869 0.0131 2 1 0.0000 0.8649 0.1351
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.100 1 18 1 385 96 289 80 0 13 0 3 0 0 289 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.385 1.29 12.33 -11.05 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.6903 0.3097 0.0000 0 0 0.8762 0.1238 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 922 255 667 7 108 8 1 131 0 0 666 0 1 0.0275 0.0000 0.0015 30.750 2.86 3.37 -0.51 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0096 0.4684 0.5219 1 2 0.0113 0.4644 0.5243 1 2 0.0139 0.4602 0.5259
chr6 42104971 ACTCCTC A 0.500000 0.100 1 -6 2 648 148 500 62 0 21 0 65 1 1 492 0 6 0.4189 0.0020 0.0160 6.048 1.37 6.25 -4.88 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0777 0.6069 0.3154 1 1 0.0829 0.5987 0.3184 1 1 0.0899 0.5885 0.3216
chr6 42107366 GGGTGGGGGTTCCAGCAGCAGGGGAGGT G 0.500000 0.100 1 -27 5 450 103 347 53 0 10 0 40 0 0 336 0 11 0.5146 0.0000 0.0317 9.300 0.62 14.18 -13.55 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2270 0.6202 0.1527 1 1 0.2309 0.6114 0.1577 1 1 0.2355 0.6003 0.1642
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 777 179 598 144 1 22 1 11 1 1 596 0 0 0.8045 0.0017 0.0033 7.136 0.44 3.91 -3.47 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.3641 0.6359 0.0000
chr6 45422749 AGGCGGCGGCGGCGGCTGC A 0.500000 0.100 1 -18 2 652 260 392 135 0 54 0 71 1 0 384 0 7 0.5192 0.0026 0.0204 3.815 0.58 13.70 -13.13 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9821 0.0179 0.0000 1 0 0.9794 0.0206 0.0000 1 0 0.9752 0.0248 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 731 162 569 5 0 82 0 75 0 0 548 0 21 0.0309 0.0000 0.0369 0.976 9.40 7.15 2.25 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.6292 0.3708 2 2 0.0000 0.1901 0.8099
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 740 214 526 141 5 62 0 6 0 0 526 0 0 0.6589 0.0000 0.0000 2.452 4.33 8.50 -4.17 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 0 0.7092 0.2908 0.0000 0 0 0.9616 0.0384 0.0000
chr6 89662846 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 193 67 126 66 0 0 0 1 0 0 125 0 1 0.9851 0.0000 0.0079 67.000 0.32 3.00 -2.68 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2534 0.7466 0.0000 0 0 0.7626 0.2374 0.0000 0 0 0.8720 0.1280 0.0000
chr6 98835296 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 779 196 583 154 5 32 0 5 0 0 583 0 0 0.7857 0.0000 0.0000 5.094 0.49 3.20 -2.71 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0468 0.9532 0.0000 0 0 0.9314 0.0686 0.0000 0 0 0.9890 0.0110 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 111 46 65 21 0 5 0 20 0 0 64 0 1 0.4565 0.0000 0.0154 8.200 0.24 3.25 -3.01 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2244 0.5513 0.2243 1 1 0.2263 0.5475 0.2263 1 1 0.2287 0.5426 0.2287
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 789 189 600 100 1 12 0 76 0 0 600 0 0 0.5291 0.0000 0.0000 14.750 0.36 3.18 -2.82 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7102 0.2848 0.0050 1 0 0.7033 0.2906 0.0060 1 0 0.6932 0.2991 0.0077
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 935 240 695 0 0 10 0 230 0 0 690 0 5 0.0000 0.0000 0.0072 23.000 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 589 215 374 119 0 23 1 72 0 0 364 0 10 0.5535 0.0000 0.0267 8.348 0.17 14.76 -14.60 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8676 0.1317 0.0007 1 0 0.8600 0.1391 0.0009 1 0 0.8489 0.1498 0.0013
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 353 132 221 0 0 5 0 127 0 0 219 0 2 0.0000 0.0000 0.0090 25.400 5.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 206 72 134 33 0 10 0 29 0 0 134 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 6.200 0.12 8.00 -7.88 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3052 0.5566 0.1381 1 1 0.3052 0.5523 0.1424 1 1 0.3049 0.5469 0.1481
chr6 160992012 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 436 213 223 98 3 22 3 87 1 0 211 3 8 0.4601 0.0045 0.0538 8.545 0.38 3.28 -2.90 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1542 0.7266 0.1192 1 1 0.1619 0.7117 0.1264 1 1 0.1718 0.6922 0.1360
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 336 150 186 7 0 19 9 115 0 0 185 0 1 0.0467 0.0000 0.0054 6.895 0.57 3.03 -2.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7701 0.2299 2 2 0.0000 0.1718 0.8282
chr6 170561940 GCAGCAGCAGCAA G 0.500000 0.100 1 -12 1 885 305 580 49 76 26 27 127 0 0 580 0 0 0.1607 0.0000 0.0000 14.421 3.49 7.09 -3.60 33 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0012 0.2275 0.7713 1 2 0.0015 0.2318 0.7667 1 2 0.0021 0.2387 0.7593
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 885 290 595 1 39 16 64 170 0 0 595 0 0 0.0034 0.0000 0.0000 19.615 0.00 6.51 -6.51 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9871 0.0129
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 882 272 610 102 47 14 42 67 0 0 610 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 20.583 6.04 5.28 0.76 30 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9034 0.0964 0.0002 1 0 0.8972 0.1025 0.0003 1 0 0.8880 0.1116 0.0005
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 246 86 160 43 0 3 2 38 0 0 158 0 2 0.5000 0.0000 0.0125 27.667 0.93 4.24 -3.31 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2209 0.6011 0.1779 1 1 0.2242 0.5937 0.1821 1 1 0.2283 0.5842 0.1875
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.100 1 9 2 274 119 155 69 0 2 0 48 0 1 154 0 0 0.5798 0.0000 0.0065 58.500 0.46 7.46 -6.99 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7046 0.2863 0.0092 1 0 0.6952 0.2941 0.0107 1 0 0.6820 0.3050 0.0131
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 663 194 469 145 1 25 2 21 0 0 468 0 1 0.7474 0.0000 0.0021 6.760 0.31 2.95 -2.64 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 433 119 314 110 0 6 0 3 0 0 313 0 1 0.9244 0.0000 0.0032 18.833 0.24 2.33 -2.10 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0363 0.9637 0.0000 0 0 0.7749 0.2251 0.0000 0 0 0.9411 0.0589 0.0000
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 517 104 413 81 2 17 1 3 0 0 413 0 0 0.7788 0.0000 0.0000 5.438 1.47 3.67 -2.20 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0301 0.9699 0.0000 0 0 0.5664 0.4336 0.0000 0 0 0.8381 0.1619 0.0000
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 360 104 256 97 0 3 0 4 0 0 256 0 0 0.9327 0.0000 0.0000 33.667 0.27 3.50 -3.23 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0190 0.9810 0.0000 0 0 0.6424 0.3576 0.0000 0 0 0.8947 0.1053 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 122 48 74 23 0 1 2 22 0 0 73 1 0 0.4792 0.0000 0.0135 47.000 0.96 1.27 -0.32 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1905 0.5547 0.2548 1 1 0.1935 0.5506 0.2559 1 1 0.1973 0.5454 0.2572
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 491 129 362 12 0 1 1 115 0 0 361 0 1 0.0930 0.0000 0.0028 128.000 0.83 1.22 -0.38 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.8824 0.1176
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 199 63 136 30 1 1 0 31 0 0 135 0 1 0.4762 0.0000 0.0074 62.000 0.23 3.00 -2.77 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1913 0.5754 0.2333 1 1 0.1946 0.5698 0.2356 1 1 0.1989 0.5627 0.2384
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 208 87 121 41 1 1 0 44 0 0 121 0 0 0.4713 0.0000 0.0000 86.000 0.10 3.27 -3.18 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1606 0.5990 0.2404 1 1 0.1651 0.5917 0.2432 1 1 0.1709 0.5824 0.2467
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 529 146 383 139 0 0 0 7 0 0 383 0 0 0.9521 0.0000 0.0000 146.000 0.11 1.29 -1.18 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3762 0.6238 0.0000 0 0 0.9050 0.0950 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 811 180 631 0 0 10 1 169 0 0 619 0 12 0.0000 0.0000 0.0190 17.000 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 578 161 417 132 1 16 0 12 1 0 415 0 1 0.8199 0.0024 0.0048 9.062 0.74 4.00 -3.26 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1312 0.8688 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 276 99 177 56 0 2 0 41 0 0 174 0 3 0.5657 0.0000 0.0169 48.500 0.70 3.10 -2.40 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4792 0.4764 0.0444 1 1 0.4752 0.4766 0.0483 1 1 0.4691 0.4771 0.0538
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 691 239 452 115 0 5 1 118 0 0 451 0 1 0.4812 0.0000 0.0022 46.800 0.17 4.03 -3.86 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0710 0.7378 0.1912 1 1 0.0773 0.7223 0.2004 1 1 0.0860 0.7021 0.2119
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 183 65 118 49 0 3 0 13 0 0 109 0 9 0.7538 0.0000 0.0763 20.667 0.41 21.62 -21.21 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8335 0.1625 0.0039 1 0 0.8221 0.1731 0.0048 1 0 0.8057 0.1882 0.0062
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 626 193 433 82 0 7 0 104 0 0 429 0 4 0.4249 0.0000 0.0092 26.571 0.50 3.08 -2.58 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0041 0.2773 0.7185 1 2 0.0050 0.2829 0.7121 1 2 0.0064 0.2912 0.7024
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 443 120 323 1 1 39 2 77 0 0 317 0 6 0.0083 0.0000 0.0186 2.051 7.00 6.13 0.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1380 0.8620 2 2 0.0000 0.0503 0.9497 2 2 0.0000 0.0363 0.9637
chr7 108024059 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 128 67 61 63 1 0 0 3 0 0 61 0 0 0.9403 0.0000 0.0000 67.000 0.06 1.33 -1.27 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0353 0.9647 0.0000 0 0 0.5047 0.4953 0.0000 0 0 0.7659 0.2341 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 742 189 553 7 1 20 3 158 0 0 552 0 1 0.0370 0.0000 0.0018 8.450 0.29 4.12 -3.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.5279 0.4721 2 2 0.0000 0.0543 0.9457
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 763 216 547 104 5 19 76 12 0 0 543 4 0 0.4815 0.0000 0.0073 10.211 0.44 3.83 -3.39 6 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5141 0.4705 0.0154 1 0 0.5143 0.4680 0.0177 1 0 0.5133 0.4656 0.0211
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 765 219 546 110 2 29 1 77 0 0 542 0 4 0.5023 0.0000 0.0073 6.483 0.56 6.16 -5.59 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7982 0.1999 0.0019 1 0 0.7905 0.2072 0.0024 1 0 0.7791 0.2177 0.0032
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 419 228 191 21 1 38 1 167 0 0 174 0 17 0.0921 0.0000 0.0890 5.000 6.38 5.95 0.43 13 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9916 0.0084
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 420 249 171 195 3 30 0 21 0 0 171 0 0 0.7831 0.0000 0.0000 7.300 5.17 6.38 -1.21 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0204 0.9796 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 255 87 168 46 0 0 0 41 0 0 168 0 0 0.5287 0.0000 0.0000 87.000 0.09 3.05 -2.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3088 0.5765 0.1146 1 1 0.3098 0.5708 0.1195 1 1 0.3106 0.5635 0.1260
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 3 975 257 718 8 118 47 2 82 0 2 709 0 7 0.0311 0.0000 0.0125 4.468 2.00 3.40 -1.40 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8631 0.1362 0.0006 1 0 0.8559 0.1433 0.0008 1 0 0.8452 0.1536 0.0012
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 977 269 708 94 8 44 3 120 0 0 705 0 3 0.3494 0.0000 0.0042 5.114 2.74 3.17 -0.42 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0053 0.3556 0.6391 1 2 0.0064 0.3571 0.6366 1 2 0.0081 0.3601 0.6319
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1582 363 1219 29 0 15 1 318 0 1 1218 0 0 0.0799 0.0000 0.0008 23.200 0.41 1.60 -1.19 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9655 0.0345
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 749 197 552 108 0 7 0 82 0 0 552 0 0 0.5482 0.0000 0.0000 27.143 0.26 5.13 -4.87 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7186 0.2773 0.0041 1 0 0.7121 0.2829 0.0050 1 0 0.7024 0.2912 0.0064
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 857 214 643 0 0 4 1 209 0 0 639 0 4 0.0000 0.0000 0.0062 52.250 1.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 526 87 439 0 1 2 11 73 0 7 402 12 18 0.0000 0.0000 0.0843 42.000 7.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9308 0.0692 2 2 0.0000 0.2875 0.7125 2 2 0.0000 0.0846 0.9154
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 528 85 443 0 1 1 9 74 0 5 403 17 18 0.0000 0.0000 0.0903 81.000 7.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1953 0.8047 2 2 0.0000 0.0522 0.9478 2 2 0.0000 0.0255 0.9745
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 541 85 456 0 1 3 2 79 0 1 372 30 53 0.0000 0.0000 0.1842 27.333 7.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 523 158 365 0 0 0 2 156 0 0 364 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 158.000 1.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 397 111 286 62 0 4 0 45 0 0 282 0 4 0.5586 0.0000 0.0140 26.750 0.44 3.09 -2.65 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4935 0.4690 0.0375 1 0 0.4896 0.4693 0.0411 1 0 0.4837 0.4700 0.0463
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 238 115 123 68 0 8 0 39 0 0 119 0 4 0.5913 0.0000 0.0325 13.375 0.68 6.03 -5.35 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7957 0.2002 0.0041 1 0 0.7861 0.2089 0.0050 1 0 0.7726 0.2211 0.0063
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 812 180 632 8 0 24 0 148 0 0 623 0 9 0.0444 0.0000 0.0142 6.500 0.88 6.17 -5.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6222 0.3778 2 2 0.0000 0.0655 0.9345
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 770 144 626 50 0 35 0 59 0 0 623 0 3 0.3472 0.0000 0.0048 3.114 0.38 6.22 -5.84 2 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0465 0.5023 0.4512 1 1 0.0506 0.5012 0.4482 1 1 0.0565 0.5000 0.4435
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 276 89 187 43 0 6 0 40 0 0 187 0 0 0.4831 0.0000 0.0000 13.833 0.28 3.33 -3.05 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2855 0.5835 0.1310 1 1 0.2878 0.5771 0.1352 1 1 0.2905 0.5689 0.1406
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.100 1 3 1 1032 278 754 131 1 13 31 102 0 0 743 0 11 0.4712 0.0000 0.0146 24.400 2.48 6.02 -3.54 55 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1092 0.8587 0.0321 1 1 0.1217 0.8443 0.0340 1 1 0.1393 0.8244 0.0363
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 550 267 283 0 0 22 1 244 0 0 282 0 1 0.0000 0.0000 0.0035 11.619 6.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 368 147 221 82 0 3 0 62 0 0 218 0 3 0.5578 0.0000 0.0136 48.000 0.35 7.50 -7.15 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6734 0.3208 0.0058 1 0 0.6706 0.3229 0.0065 1 0 0.6661 0.3262 0.0077
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 207 77 130 39 0 1 0 37 0 0 129 0 1 0.5065 0.0000 0.0077 76.000 0.49 2.43 -1.95 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2241 0.5921 0.1838 1 1 0.2271 0.5853 0.1877 1 1 0.2307 0.5767 0.1926
chr8 73009048 C CGAGGAG 0.001141 0.100 1 6 5 342 79 263 31 0 27 0 21 0 0 262 0 1 0.3924 0.0000 0.0038 1.926 1.10 5.10 -4.00 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6526 0.3473 0.0001 1 0 0.6492 0.3506 0.0001 1 0 0.6445 0.3554 0.0001
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.100 1 -4 1 203 67 136 58 0 6 0 3 0 0 136 0 0 0.8657 0.0000 0.0000 10.167 0.40 4.00 -3.60 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0239 0.9761 0.0000 0 1 0.4262 0.5738 0.0000 0 0 0.7087 0.2913 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.100 1 16 1 296 70 226 40 0 7 0 23 0 0 216 0 10 0.5714 0.0000 0.0442 9.000 0.65 13.22 -12.57 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3733 0.5336 0.0932 1 1 0.3714 0.5308 0.0978 1 1 0.3685 0.5273 0.1042
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 218 69 149 31 0 3 0 35 0 0 149 0 0 0.4493 0.0000 0.0000 22.000 0.19 4.49 -4.29 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1365 0.5614 0.3021 1 1 0.1409 0.5567 0.3024 1 1 0.1467 0.5509 0.3024
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 743 234 509 126 0 4 1 103 0 0 509 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 57.250 2.48 16.25 -13.77 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5905 0.4023 0.0072 1 0 0.5897 0.4017 0.0085 1 0 0.5873 0.4021 0.0106
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 453 129 324 0 0 23 2 104 0 0 324 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.609 4.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1049 239 810 83 0 51 0 105 2 1 785 0 22 0.3473 0.0025 0.0309 3.686 0.55 10.91 -10.36 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0889 0.9108 1 2 0.0004 0.0954 0.9042 1 2 0.0005 0.1051 0.8943
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1290 236 1054 211 10 10 0 5 0 0 1053 0 1 0.8941 0.0000 0.0009 37.667 1.62 2.60 -0.98 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3753 0.6247 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1292 240 1052 20 195 17 2 6 0 0 1051 0 1 0.0833 0.0000 0.0010 9.500 2.20 2.33 -0.13 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.9395 0.0605 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 1123 382 741 146 15 76 12 133 0 0 737 0 4 0.3822 0.0000 0.0054 4.080 0.21 3.25 -3.04 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3818 0.6123 0.0058 1 1 0.3977 0.5956 0.0067 1 1 0.4172 0.5749 0.0079
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 2 386 114 272 0 0 27 0 87 0 0 264 0 8 0.0000 0.0000 0.0294 3.222 6.02 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0098 0.9902
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 386 114 272 0 1 26 1 86 0 0 264 0 8 0.0000 0.0000 0.0294 3.385 5.99 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0587 0.9413 2 2 0.0000 0.0239 0.9761 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 668 186 482 105 0 2 0 79 0 0 482 0 0 0.5645 0.0000 0.0000 92.000 0.19 1.76 -1.57 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7244 0.2715 0.0042 1 0 0.7175 0.2774 0.0051 1 0 0.7073 0.2862 0.0065
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 776 207 569 113 1 28 0 65 0 0 565 0 4 0.5459 0.0000 0.0070 6.393 0.51 10.06 -9.55 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9459 0.0540 0.0001 1 0 0.9402 0.0596 0.0002 1 0 0.9317 0.0680 0.0003
chr9 38396323 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 723 130 593 66 0 2 0 62 0 0 591 1 1 0.5077 0.0000 0.0034 64.000 0.30 1.58 -1.28 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2101 0.6495 0.1404 1 1 0.2152 0.6388 0.1460 1 1 0.2214 0.6251 0.1534
chr9 38396908 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 647 152 495 146 0 0 0 6 0 0 495 0 0 0.9605 0.0000 0.0000 152.000 0.30 1.17 -0.87 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.7131 0.2869 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 299 35 264 26 1 0 0 8 0 0 263 0 1 0.7429 0.0000 0.0038 35.000 0.35 1.00 -0.65 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6927 0.2878 0.0195 1 0 0.6402 0.3390 0.0207 1 1 0.4643 0.5178 0.0179
chr9 73160286 A AG 0.500000 0.100 1 1 3 226 89 137 48 0 0 0 41 0 0 137 0 0 0.5393 0.0000 0.0000 89.000 0.46 1.34 -0.88 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3577 0.5530 0.0893 1 1 0.3571 0.5488 0.0941 1 1 0.3559 0.5435 0.1006
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 454 135 319 74 0 4 0 57 0 0 307 0 12 0.5481 0.0000 0.0376 32.750 0.24 13.30 -13.06 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.6418 0.0969 1 1 0.2659 0.6315 0.1025 1 1 0.2715 0.6185 0.1101
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 696 168 528 85 0 14 0 69 0 0 519 0 9 0.5060 0.0000 0.0170 11.000 0.36 11.26 -10.90 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2880 0.6401 0.0719 1 1 0.2930 0.6298 0.0772 1 1 0.2989 0.6166 0.0845
chr9 85741906 G GGCGGCGGCGGCGGCAGCT 0.500000 0.100 1 18 1 210 98 112 42 0 31 0 25 0 0 104 0 8 0.4286 0.0000 0.0714 2.161 0.86 10.36 -9.50 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4252 0.5034 0.0714 1 1 0.4216 0.5025 0.0759 1 1 0.4164 0.5015 0.0820
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 482 125 357 58 0 1 0 66 0 0 355 0 2 0.4640 0.0000 0.0056 124.000 0.31 3.32 -3.01 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0548 0.5476 0.3977 1 1 0.0591 0.5431 0.3978 1 1 0.0653 0.5376 0.3971
chr9 92474742 C CTCATCA 0.500000 0.100 1 6 2 268 90 178 63 0 23 0 4 1 0 176 0 1 0.7000 0.0056 0.0112 3.045 3.44 6.75 -3.31 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1027 0.8973 0.0000 0 1 0.4652 0.5348 0.0000
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 268 96 172 5 1 22 9 59 0 0 171 0 1 0.0521 0.0000 0.0058 3.524 4.00 2.95 1.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9467 0.0533 2 1 0.0000 0.6287 0.3713
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.100 1 -6 2 268 95 173 5 5 78 0 7 0 0 173 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 0.169 3.40 6.29 -2.89 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3228 0.5060 0.1712 1 1 0.3203 0.5057 0.1741 1 1 0.3167 0.5057 0.1777
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 426 158 268 7 0 4 2 145 0 0 268 0 0 0.0443 0.0000 0.0000 38.250 0.00 8.79 -8.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.5290 0.4710 2 2 0.0000 0.0669 0.9331
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 651 240 411 115 0 2 0 123 0 0 408 0 3 0.4792 0.0000 0.0073 119.000 0.23 3.21 -2.98 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0342 0.6633 0.3025 1 1 0.0383 0.6506 0.3111 1 1 0.0441 0.6346 0.3212
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 854 154 700 41 6 41 2 64 2 2 689 0 7 0.2662 0.0029 0.0157 2.750 7.73 5.59 2.14 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0085 0.2816 0.7099 1 2 0.0099 0.2894 0.7006 1 2 0.0122 0.3003 0.6875
chr9 97854424 C CGCTGCCGCA 0.500000 0.100 1 9 2 851 143 708 64 3 8 1 67 6 1 695 3 3 0.4476 0.0085 0.0184 19.000 4.81 6.55 -1.74 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1558 0.6717 0.1725 1 1 0.1619 0.6596 0.1786 1 1 0.1697 0.6441 0.1862
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 669 145 524 72 0 16 0 57 0 0 518 1 5 0.4966 0.0000 0.0115 8.062 0.07 5.44 -5.37 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3629 0.5762 0.0609 1 1 0.3646 0.5699 0.0655 1 1 0.3659 0.5621 0.0720
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 273 111 162 0 0 2 0 109 0 0 158 0 4 0.0000 0.0000 0.0247 54.500 3.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 456 111 345 5 0 18 1 87 0 0 343 0 2 0.0450 0.0000 0.0058 5.167 1.40 6.26 -4.86 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6969 0.3031 2 2 0.0000 0.2398 0.7602
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 1380 302 1078 259 0 24 0 19 0 0 1076 0 2 0.8576 0.0000 0.0019 11.583 0.26 1.89 -1.63 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2956 0.7044 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 548 184 364 94 0 1 0 89 0 1 361 0 2 0.5109 0.0000 0.0082 183.000 0.38 3.16 -2.77 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2056 0.6984 0.0959 1 1 0.2129 0.6849 0.1023 1 1 0.2218 0.6673 0.1108
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 554 169 385 76 1 13 0 79 0 0 378 0 7 0.4497 0.0000 0.0182 12.000 0.17 7.56 -7.39 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0560 0.6091 0.3349 1 1 0.0607 0.6005 0.3388 1 1 0.0673 0.5896 0.3430
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 432 132 300 7 2 34 4 85 0 0 294 2 4 0.0530 0.0000 0.0200 2.882 1.71 3.36 -1.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9917 0.0083 2 1 0.0000 0.7596 0.2404
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 290 120 170 111 0 1 1 7 1 0 169 0 0 0.9250 0.0059 0.0059 118.000 1.66 1.57 0.09 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1107 0.8893 0.0000 0 0 0.6789 0.3211 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 290 120 170 111 0 1 1 7 1 0 169 0 0 0.9250 0.0059 0.0059 118.000 1.66 1.57 0.09 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1107 0.8893 0.0000 0 0 0.6789 0.3211 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 310 100 210 92 0 2 0 6 0 0 209 0 1 0.9200 0.0000 0.0048 49.000 0.18 1.50 -1.32 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0558 0.9442 0.0000 0 1 0.4955 0.5045 0.0000
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 401 96 305 53 0 1 0 42 0 0 305 0 0 0.5521 0.0000 0.0000 95.000 0.32 1.17 -0.85 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4578 0.4904 0.0517 1 1 0.4542 0.4899 0.0558 1 1 0.4488 0.4895 0.0616
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 301 110 191 100 1 2 0 7 0 0 191 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 54.000 0.47 4.14 -3.67 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0826 0.9174 0.0000 0 0 0.6008 0.3992 0.0000
chr9 136050054 CGCGGCG C 0.500000 0.100 1 -6 2 1461 361 1100 183 1 29 2 146 1 0 1094 0 5 0.5069 0.0009 0.0055 11.414 1.02 5.97 -4.94 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7012 0.2977 0.0012 1 0 0.7013 0.2973 0.0015 1 0 0.6997 0.2983 0.0020
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 288 88 200 83 0 2 0 3 0 0 200 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 43.000 0.31 2.00 -1.69 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0841 0.9159 0.0000 0 0 0.7231 0.2769 0.0000 0 0 0.8914 0.1086 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 460 165 295 144 6 12 0 3 0 0 293 1 1 0.8727 0.0000 0.0068 12.500 1.17 15.67 -14.50 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1984 0.8016 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 218 114 104 41 5 21 0 47 0 0 104 0 0 0.3596 0.0000 0.0000 4.429 0.41 2.89 -2.48 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1753 0.6109 0.2138 1 1 0.1798 0.6027 0.2175 1 1 0.1855 0.5924 0.2221
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 233 86 147 46 0 2 1 37 0 0 146 0 1 0.5349 0.0000 0.0068 42.000 0.13 4.19 -4.06 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5063 0.4652 0.0285 1 0 0.5065 0.4634 0.0301 1 0 0.5061 0.4615 0.0324
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 820 199 621 108 1 29 0 61 0 0 610 1 10 0.5427 0.0000 0.0177 5.862 0.44 5.66 -5.21 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8907 0.1088 0.0006 1 0 0.8831 0.1161 0.0007 1 0 0.8721 0.1269 0.0011
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 594 174 420 79 1 2 1 91 0 0 418 0 2 0.4540 0.0000 0.0048 86.000 0.22 1.27 -1.06 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0425 0.6055 0.3520 1 1 0.0474 0.6000 0.3526 1 1 0.0545 0.5932 0.3523
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.100 1 -1 1 692 180 512 134 0 0 0 46 0 0 512 0 0 0.7444 0.0000 0.0000 180.000 0.26 1.33 -1.06 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.100 1 1 1 688 228 460 216 0 4 0 8 0 0 460 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 56.000 0.21 2.50 -2.29 114 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.100 1 -2 1 949 231 718 223 1 0 0 7 0 0 717 0 1 0.9654 0.0000 0.0014 231.000 0.23 2.14 -1.91 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 373 71 302 32 1 13 0 25 0 0 302 0 0 0.4507 0.0000 0.0000 4.462 0.12 3.36 -3.23 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5672 0.4100 0.0228 1 0 0.5643 0.4116 0.0241 1 0 0.5602 0.4139 0.0259
chr10 80081665 C CAA 0.055364 0.100 1 2 1 207 34 173 1 18 3 0 12 0 0 173 0 0 0.0294 0.0000 0.0000 10.333 0.00 2.50 -2.50 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6096 0.3811 0.0092 1 0 0.6059 0.3844 0.0097 1 0 0.6007 0.3890 0.0103
chr10 80081672 AAAAG A 0.045655 0.100 1 -4 10 210 39 171 20 1 0 0 18 0 0 171 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 38.000 1.60 4.28 -2.68 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5032 0.4829 0.0138 1 0 0.5040 0.4819 0.0141 1 0 0.5047 0.4807 0.0146
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 705 236 469 198 0 27 0 11 0 0 468 0 1 0.8390 0.0000 0.0021 7.741 0.76 6.27 -5.51 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0647 0.9353 0.0000 0 0 0.8931 0.1069 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 365 85 280 70 0 6 0 9 0 0 279 0 1 0.8235 0.0000 0.0036 13.167 0.59 5.89 -5.30 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0512 0.9488 0.0000
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.100 1 -3 1 141 66 75 62 0 0 0 4 0 0 75 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 66.000 0.39 3.25 -2.86 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0930 0.9070 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 360 144 216 135 0 3 0 6 0 0 216 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 47.000 0.61 3.50 -2.89 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 0 0.8284 0.1716 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 196 70 126 0 0 2 22 46 0 0 123 0 3 0.0000 0.0000 0.0238 34.000 3.26 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0113 0.9887 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 335 110 225 0 0 13 1 96 0 0 224 0 1 0.0000 0.0000 0.0044 7.385 2.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0074 0.9926
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.100 1 1 1 207 55 152 44 2 5 0 4 0 0 152 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 9.600 0.11 1.00 -0.89 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.5629 0.4371 0.0000 0 0 0.8651 0.1349 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 645 161 484 142 1 12 0 6 0 0 482 0 2 0.8820 0.0000 0.0041 12.333 0.54 15.50 -14.96 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6327 0.3673 0.0000 0 0 0.9764 0.0236 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 381 120 261 65 0 6 0 49 0 0 261 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 19.000 0.40 1.33 -0.93 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5687 0.4074 0.0239 1 0 0.5626 0.4107 0.0267 1 0 0.5537 0.4155 0.0309
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 741 186 555 171 1 4 1 9 0 0 554 0 1 0.9194 0.0000 0.0018 45.250 0.32 3.00 -2.68 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1304 0.8696 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.100 1 -12 1 689 189 500 159 1 19 0 10 1 0 498 0 1 0.8413 0.0020 0.0040 8.947 0.47 11.10 -10.63 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3294 0.6706 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000
chr11 637361 CGCGGGGGCATCT C 0.071834 0.100 1 -12 2 325 133 192 122 0 7 0 4 0 0 191 0 1 0.9173 0.0000 0.0052 18.000 0.62 12.00 -11.38 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0882 0.9118 0.0000 0 0 0.9654 0.0346 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 277 103 174 58 0 1 0 44 0 0 174 0 0 0.5631 0.0000 0.0000 102.000 0.34 2.11 -1.77 8 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5606 0.4120 0.0274 1 0 0.5553 0.4145 0.0302 1 0 0.5475 0.4182 0.0343
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.100 1 -21 2 1488 382 1106 116 5 179 14 68 7 5 970 18 106 0.3037 0.0063 0.1230 1.131 2.34 13.75 -11.41 44 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.1544 0.8455 1 2 0.0001 0.1739 0.8261 1 2 0.0001 0.2035 0.7964
chr11 1186164 C CACCAGCACAACTTCTGCTTCTACA 0.095472 0.100 1 24 2 2958 695 2263 409 29 214 2 41 15 9 2198 24 17 0.5885 0.0066 0.0287 2.216 1.76 4.34 -2.59 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1117 217 900 8 1 76 0 132 0 0 900 0 0 0.0369 0.0000 0.0000 1.842 0.50 5.30 -4.80 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8689 0.1311 2 2 0.0000 0.2110 0.7890
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 1116 331 785 15 0 111 4 201 0 0 785 0 0 0.0453 0.0000 0.0000 1.964 1.47 10.82 -9.35 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 2 0.0000 0.3351 0.6649
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 567 152 415 121 0 20 0 11 3 0 409 1 2 0.7961 0.0072 0.0145 6.600 1.50 11.36 -9.86 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1476 0.8524 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 375 113 262 0 0 3 1 109 0 0 261 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 36.667 3.43 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 722 217 505 104 1 7 0 105 0 0 504 0 1 0.4793 0.0000 0.0020 29.857 0.08 1.19 -1.11 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1135 0.7351 0.1513 1 1 0.1209 0.7198 0.1593 1 1 0.1306 0.6998 0.1696
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 200 92 108 7 0 3 77 5 0 0 107 1 0 0.0761 0.0000 0.0093 15.000 0.00 5.60 -5.60 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9858 0.0142 2 1 0.0000 0.8004 0.1996
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 199 95 104 8 0 4 1 82 0 0 103 0 1 0.0842 0.0000 0.0096 45.500 0.12 2.12 -2.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9862 0.0138 2 1 0.0000 0.7325 0.2675
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 602 158 444 148 0 3 0 7 0 0 444 0 0 0.9367 0.0000 0.0000 51.667 0.09 4.14 -4.05 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4866 0.5134 0.0000 0 0 0.9365 0.0635 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 819 207 612 15 0 7 0 185 0 0 608 0 4 0.0725 0.0000 0.0065 28.571 0.13 2.27 -2.14 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6094 0.3906
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1099 247 852 0 0 3 0 244 0 0 838 0 14 0.0000 0.0000 0.0164 81.333 5.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 751 187 564 0 0 6 0 181 0 0 563 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 30.167 1.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.100 1 -17 3 541 140 401 98 0 4 0 38 0 0 393 0 8 0.7000 0.0000 0.0200 34.000 0.13 17.45 -17.31 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9771 0.0229 0.0000 1 0 0.9736 0.0264 0.0000 1 0 0.9681 0.0319 0.0001
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1297 304 993 175 0 16 1 112 0 0 989 0 4 0.5757 0.0000 0.0040 18.000 0.22 4.16 -3.94 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9740 0.0260 0.0000 1 0 0.9710 0.0290 0.0000 1 0 0.9662 0.0338 0.0000
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 542 148 394 6 0 1 1 140 0 0 392 0 2 0.0405 0.0000 0.0051 146.000 0.00 2.16 -2.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 2 0.0000 0.3224 0.6776 2 2 0.0000 0.0441 0.9559
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 805 154 651 0 0 21 0 133 0 0 625 0 26 0.0000 0.0000 0.0399 6.333 9.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr11 8392542 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 289 103 186 98 0 1 1 3 0 0 184 0 2 0.9515 0.0000 0.0108 102.000 0.23 7.00 -6.77 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2566 0.7434 0.0000 0 0 0.7488 0.2512 0.0000
chr11 8392543 G GAACCA 0.500000 0.100 1 5 2 288 106 182 100 0 2 0 4 0 0 180 0 2 0.9434 0.0000 0.0110 52.000 0.22 5.25 -5.03 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1989 0.8011 0.0000 0 0 0.7314 0.2686 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 261 109 152 9 0 17 1 82 0 0 150 0 2 0.0826 0.0000 0.0132 5.412 1.11 3.91 -2.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9952 0.0048 2 1 0.0000 0.8391 0.1609
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 174 54 120 33 0 1 0 20 0 0 120 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 53.000 0.09 3.05 -2.96 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5584 0.3992 0.0424 1 0 0.5492 0.4047 0.0461 1 0 0.5367 0.4119 0.0514
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 330 154 176 63 1 17 0 73 0 0 175 0 1 0.4091 0.0000 0.0057 8.059 0.40 3.12 -2.73 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0530 0.5621 0.3849 1 1 0.0574 0.5565 0.3861 1 1 0.0636 0.5497 0.3867
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 226 92 134 85 0 2 0 5 0 0 133 0 1 0.9239 0.0000 0.0075 45.000 0.27 3.80 -3.53 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1052 0.8948 0.0000 0 0 0.5682 0.4318 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 803 222 581 9 1 9 0 203 0 0 573 0 8 0.0405 0.0000 0.0138 23.667 1.00 3.21 -2.21 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.4811 0.5189 2 2 0.0000 0.0200 0.9800
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1113 245 868 0 0 4 0 241 0 0 861 0 7 0.0000 0.0000 0.0081 60.250 2.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.100 1 -8 1 998 242 756 225 0 5 0 12 0 0 756 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 47.400 0.28 6.67 -6.39 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1767 0.8233 0.0000 0 0 0.9614 0.0386 0.0000
chr11 58227977 TTGTTCC T 0.500000 0.100 1 -6 2 476 116 360 111 1 0 1 3 0 0 360 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 115.000 0.45 6.33 -5.88 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2180 0.7820 0.0000 0 0 0.8934 0.1066 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 601 144 457 137 0 1 0 6 0 0 457 0 0 0.9514 0.0000 0.0000 143.000 0.22 1.50 -1.28 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.6126 0.3874 0.0000 0 0 0.9426 0.0574 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 99 52 47 27 1 0 0 24 0 0 47 0 0 0.5192 0.0000 0.0000 51.000 0.11 2.62 -2.51 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3087 0.5459 0.1454 1 1 0.3082 0.5424 0.1494 1 1 0.3072 0.5380 0.1548
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 288 115 173 92 4 13 0 6 0 1 172 0 0 0.8000 0.0000 0.0058 7.846 0.67 2.83 -2.16 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1789 0.8211 0.0000 0 0 0.7033 0.2967 0.0000
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 215 95 120 72 9 5 0 9 0 0 120 0 0 0.7579 0.0000 0.0000 17.800 1.26 3.11 -1.85 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 1 0.1357 0.8643 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 1021 274 747 0 0 1 0 273 0 0 745 0 2 0.0000 0.0000 0.0027 273.000 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 345 117 228 80 0 2 0 35 0 0 224 0 4 0.6838 0.0000 0.0175 57.500 0.25 15.91 -15.66 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9417 0.0580 0.0003 1 0 0.9351 0.0645 0.0004 1 0 0.9252 0.0742 0.0006
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 156 72 84 71 0 0 0 1 0 0 84 0 0 0.9861 0.0000 0.0000 72.000 0.42 3.00 -2.58 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8029 0.1971 0.0000 0 0 0.9229 0.0771 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 519 126 393 9 0 5 0 112 0 0 388 0 5 0.0714 0.0000 0.0127 24.200 0.11 4.24 -4.13 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9768 0.0232 2 1 0.0000 0.5247 0.4753
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 679 80 599 64 0 0 0 16 0 0 599 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 80.000 0.42 1.69 -1.27 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2386 0.7614 0.0000 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 1 0.0014 0.9986 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1375 378 997 1 2 77 4 294 0 0 995 0 2 0.0026 0.0000 0.0020 3.870 3.00 7.23 -4.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 793 248 545 0 1 36 2 209 0 0 545 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.889 9.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 293 135 158 126 0 7 0 2 0 0 158 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 18.286 0.21 8.00 -7.79 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8796 0.1204 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000
chr11 119664967 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 532 128 404 15 2 17 0 94 0 0 398 0 6 0.1172 0.0000 0.0149 6.529 1.33 3.30 -1.96 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9976 0.0024
chr11 124396801 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 867 221 646 202 0 10 0 9 0 0 646 0 0 0.9140 0.0000 0.0000 21.100 0.29 3.67 -3.38 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6329 0.3671 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 420 146 274 136 0 6 0 4 0 0 274 0 0 0.9315 0.0000 0.0000 23.333 0.19 4.50 -4.31 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1236 0.8764 0.0000 0 0 0.9265 0.0735 0.0000 0 0 0.9826 0.0174 0.0000
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 241 80 161 65 0 11 0 4 0 0 161 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 6.273 0.25 5.00 -4.75 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.2667 0.7333 0.0000 0 0 0.6427 0.3573 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 392 111 281 3 47 10 0 51 0 0 277 2 2 0.0270 0.0000 0.0142 10.100 0.00 3.39 -3.39 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1184 0.6039 0.2777 1 1 0.1235 0.5962 0.2803 1 1 0.1304 0.5865 0.2832
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 392 120 272 47 11 11 2 49 0 1 269 1 1 0.3917 0.0000 0.0110 9.909 2.68 3.88 -1.20 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3050 0.5968 0.0982 1 1 0.3071 0.5896 0.1033 1 1 0.3094 0.5804 0.1102
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 330 100 230 56 0 2 0 42 0 0 230 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 49.000 0.27 1.69 -1.42 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6187 0.3647 0.0166 1 0 0.6141 0.3676 0.0183 1 0 0.6074 0.3718 0.0207
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 330 137 193 128 0 0 0 9 0 0 193 0 0 0.9343 0.0000 0.0000 137.000 0.78 1.78 -1.00 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0279 0.9721 0.0000 0 0 0.5166 0.4834 0.0000
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 642 150 492 76 0 2 0 72 0 0 489 0 3 0.5067 0.0000 0.0061 74.000 0.21 3.18 -2.97 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3019 0.6604 0.0376 1 1 0.3123 0.6484 0.0392 1 1 0.3256 0.6331 0.0413
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 649 148 501 75 0 2 0 71 0 0 498 0 3 0.5068 0.0000 0.0060 73.000 0.21 3.21 -3.00 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3036 0.6584 0.0379 1 1 0.3139 0.6466 0.0395 1 1 0.3270 0.6314 0.0416
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 434 145 289 7 0 31 9 98 0 0 285 0 4 0.0483 0.0000 0.0138 3.645 0.14 3.34 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8439 0.1561 2 2 0.0000 0.2474 0.7526
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 5442 1250 4192 342 1 16 2 889 0 0 4167 0 25 0.2736 0.0000 0.0060 77.125 2.06 4.10 -2.04 52 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 227 88 139 45 0 5 0 38 0 0 137 0 2 0.5114 0.0000 0.0144 16.600 0.16 4.95 -4.79 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3089 0.5749 0.1162 1 1 0.3097 0.5693 0.1211 1 1 0.3103 0.5622 0.1276
chr12 11092079 GAGCAGTGAGAATTTGGTC G 0.014019 0.100 1 -18 1 496 149 347 139 1 2 0 7 0 0 347 0 0 0.9329 0.0000 0.0000 73.500 2.53 17.00 -14.47 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0152 0.9848 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 300 142 158 6 0 10 5 121 0 0 158 0 0 0.0423 0.0000 0.0000 13.200 2.83 4.11 -1.27 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 2 0.0000 0.3415 0.6585 2 2 0.0000 0.0468 0.9532
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 383 82 301 3 0 0 0 79 0 0 301 0 0 0.0366 0.0000 0.0000 82.000 0.00 3.78 -3.78 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9553 0.0447 2 2 0.0000 0.4180 0.5820 2 2 0.0000 0.1843 0.8157
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 1781 646 1135 512 13 103 2 16 3 4 1128 0 0 0.7926 0.0026 0.0062 5.337 1.93 8.75 -6.82 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.100 1 -30 1 1918 406 1512 189 0 51 1 165 3 5 1502 2 0 0.4655 0.0020 0.0066 6.961 2.42 11.57 -9.15 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7119 0.2877 0.0004 1 0 0.7169 0.2826 0.0005 1 0 0.7217 0.2776 0.0007
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1647 323 1324 99 4 135 1 84 3 0 1273 1 47 0.3065 0.0023 0.0385 1.385 2.54 4.77 -2.24 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0031 0.2987 0.6982 1 2 0.0038 0.3016 0.6946 1 2 0.0049 0.3066 0.6885
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.100 1 1 2 202 74 128 35 0 2 0 37 0 0 126 0 2 0.4730 0.0000 0.0156 36.000 0.09 1.35 -1.27 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2084 0.6155 0.1761 1 1 0.2151 0.6086 0.1762 1 1 0.2239 0.5999 0.1762
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 987 266 721 142 1 20 1 102 2 2 717 0 0 0.5338 0.0028 0.0055 12.300 0.77 12.63 -11.85 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9249 0.0750 0.0001 1 0 0.9194 0.0804 0.0002 1 0 0.9112 0.0885 0.0003
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 318 73 245 65 0 5 0 3 0 0 245 0 0 0.8904 0.0000 0.0000 13.600 0.31 1.33 -1.03 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0777 0.9223 0.0000 0 0 0.7094 0.2906 0.0000 0 0 0.8873 0.1127 0.0000
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 374 87 287 35 0 2 0 50 0 0 283 0 4 0.4023 0.0000 0.0139 42.500 0.23 1.20 -0.97 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0210 0.3592 0.6198 1 2 0.0238 0.3672 0.6089 1 2 0.0282 0.3781 0.5938
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.100 1 -1 1 419 94 325 34 7 14 6 33 0 0 325 0 0 0.3617 0.0000 0.0000 5.286 0.97 1.61 -0.64 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3448 0.5674 0.0878 1 1 0.3485 0.5615 0.0900 1 1 0.3529 0.5542 0.0929
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 111 54 57 33 0 1 0 20 0 0 57 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 53.000 0.21 2.60 -2.39 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4704 0.4663 0.0634 1 1 0.4607 0.4707 0.0686 1 1 0.4476 0.4764 0.0760
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 375 90 285 47 0 2 0 41 0 1 284 0 0 0.5222 0.0000 0.0035 44.000 1.11 3.90 -2.80 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3978 0.5306 0.0716 1 1 0.3978 0.5268 0.0754 1 1 0.3973 0.5222 0.0805
chr12 69694439 GT G 0.031623 0.100 1 -1 1 163 71 92 63 0 4 0 4 0 0 92 0 0 0.8873 0.0000 0.0000 16.750 0.38 1.00 -0.62 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1020 0.8980 0.0000 0 0 0.9108 0.0892 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 139 49 90 44 0 3 0 2 0 0 90 0 0 0.8980 0.0000 0.0000 15.333 0.45 3.00 -2.55 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1496 0.8504 0.0000 0 0 0.6301 0.3699 0.0000 0 0 0.7885 0.2115 0.0000
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1086 292 794 0 0 21 2 269 0 0 788 0 6 0.0000 0.0000 0.0076 12.905 3.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 486 149 337 86 8 41 0 14 0 0 337 0 0 0.5772 0.0000 0.0000 2.634 0.59 2.79 -2.19 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0119 0.9881 0.0000
chr12 106247569 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 1 386 63 323 28 2 12 4 17 1 0 321 1 0 0.4444 0.0031 0.0062 4.083 1.14 4.82 -3.68 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4595 0.4685 0.0720 1 1 0.4535 0.4702 0.0763 1 1 0.4452 0.4724 0.0823
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 378 107 271 51 1 15 0 40 0 0 265 0 6 0.4766 0.0000 0.0221 6.067 1.41 4.55 -3.14 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3151 0.5816 0.1032 1 1 0.3164 0.5754 0.1082 1 1 0.3175 0.5676 0.1149
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 654 173 481 0 0 20 6 147 0 0 480 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 8.053 4.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 199 108 91 0 0 1 0 107 0 0 91 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 107.000 2.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr12 113955166 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 99 54 45 49 0 2 0 3 0 0 45 0 0 0.9074 0.0000 0.0000 26.000 0.90 3.00 -2.10 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 1 0.3223 0.6777 0.0000 0 0 0.6115 0.3885 0.0000
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 211 92 119 50 3 9 0 30 0 0 119 0 0 0.5435 0.0000 0.0000 9.000 0.34 5.97 -5.63 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7520 0.2395 0.0085 1 0 0.7406 0.2495 0.0100 1 0 0.7245 0.2632 0.0123
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 441 108 333 11 7 21 21 48 0 0 327 0 6 0.1019 0.0000 0.0180 3.762 1.82 5.85 -4.04 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 347 120 227 0 0 12 3 105 0 0 222 0 5 0.0000 0.0000 0.0220 9.000 5.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 343 96 247 46 0 6 0 44 1 0 238 0 8 0.4792 0.0040 0.0364 15.000 0.26 9.39 -9.13 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1108 0.5908 0.2984 1 1 0.1158 0.5840 0.3002 1 1 0.1225 0.5754 0.3020
chr12 122200593 A AGGGGGAGAAAGACAAGAAAGG 0.500000 0.100 1 21 3 659 159 500 138 0 15 0 6 0 0 498 0 2 0.8679 0.0000 0.0040 9.600 0.25 11.17 -10.91 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1645 0.8355 0.0000 0 0 0.8266 0.1734 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 708 185 523 0 0 22 0 163 0 0 506 1 16 0.0000 0.0000 0.0325 7.409 8.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 265 101 164 5 2 24 5 65 0 0 157 0 7 0.0495 0.0000 0.0427 3.208 0.60 3.66 -3.06 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9723 0.0277 2 1 0.0000 0.6770 0.3230
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 3 265 101 164 8 1 57 0 35 0 0 158 0 6 0.0792 0.0000 0.0366 0.800 1.50 4.57 -3.07 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.9746 0.0254
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 187 73 114 4 1 11 1 56 0 0 112 1 1 0.0548 0.0000 0.0175 5.545 0.50 3.75 -3.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9134 0.0866 2 1 0.0000 0.5848 0.4152
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 203 56 147 0 0 4 0 52 0 0 140 0 7 0.0000 0.0000 0.0476 13.000 9.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0499 0.9501 2 2 0.0000 0.0540 0.9460
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 808 200 608 78 0 35 2 85 0 0 597 1 10 0.3900 0.0000 0.0181 4.686 0.28 5.99 -5.71 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0130 0.4092 0.5778 1 2 0.0150 0.4107 0.5744 1 2 0.0180 0.4134 0.5686
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.100 1 -1 2 300 145 155 70 0 25 0 50 0 0 155 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 4.800 0.11 1.18 -1.07 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7842 0.2143 0.0015 1 0 0.7786 0.2197 0.0017 1 0 0.7705 0.2274 0.0021
chr13 44574729 TCCA T 0.014416 0.100 1 -3 1 837 186 651 170 1 8 0 7 0 0 650 0 1 0.9140 0.0000 0.0015 22.250 0.16 3.00 -2.84 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.9859 0.0141 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 562 173 389 88 1 6 2 76 0 0 385 0 4 0.5087 0.0000 0.0103 27.667 0.56 13.82 -13.26 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2985 0.6378 0.0637 1 1 0.3042 0.6272 0.0686 1 1 0.3109 0.6137 0.0754
chr13 52643320 GA G 0.014898 0.100 1 -1 1 733 177 556 81 1 1 0 94 0 0 556 0 0 0.4576 0.0000 0.0000 175.000 0.38 1.35 -0.97 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1084 0.8731 0.0184 1 1 0.1197 0.8618 0.0185 1 1 0.1356 0.8458 0.0186
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 724 128 596 0 0 20 0 108 0 0 591 1 4 0.0000 0.0000 0.0084 5.684 4.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 499 82 417 21 0 32 4 25 1 1 411 3 1 0.2561 0.0024 0.0144 1.562 2.19 4.60 -2.41 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0660 0.4625 0.4715 1 2 0.0703 0.4645 0.4652 1 1 0.0763 0.4671 0.4567
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 309 118 191 81 2 32 0 3 0 0 191 0 0 0.6864 0.0000 0.0000 2.688 1.12 11.33 -10.21 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0803 0.9197 0.0000 0 0 0.7212 0.2788 0.0000 0 0 0.8910 0.1090 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 561 132 429 63 0 6 0 63 0 0 429 0 0 0.4773 0.0000 0.0000 21.000 0.41 3.25 -2.84 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1751 0.6498 0.1751 1 1 0.1805 0.6390 0.1805 1 1 0.1873 0.6254 0.1873
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1391 332 1059 113 0 10 1 208 0 0 1055 0 4 0.3404 0.0000 0.0038 32.200 0.22 1.75 -1.53 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0003 0.9997 1 2 0.0000 0.0004 0.9996 1 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 900 273 627 136 1 26 1 109 0 0 627 0 0 0.4982 0.0000 0.0000 9.500 0.23 1.43 -1.20 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6981 0.2991 0.0028 1 0 0.6953 0.3013 0.0035 1 0 0.6902 0.3052 0.0045
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 454 103 351 12 0 1 0 90 0 0 334 0 17 0.1165 0.0000 0.0484 102.000 0.17 18.48 -18.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9428 0.0572
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 358 87 271 34 0 5 0 48 0 0 271 0 0 0.3908 0.0000 0.0000 16.400 0.35 1.31 -0.96 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0169 0.3401 0.6430 1 2 0.0186 0.3448 0.6366 1 2 0.0212 0.3512 0.6276
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 663 172 491 152 0 14 1 5 0 0 491 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 11.286 0.57 5.40 -4.83 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0749 0.9251 0.0000 0 0 0.9618 0.0382 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 1329 309 1020 161 114 12 0 22 0 2 1018 0 0 0.5210 0.0000 0.0020 24.667 0.94 3.73 -2.78 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6274 0.3726 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 548 155 393 8 0 14 1 132 0 0 385 0 8 0.0516 0.0000 0.0204 10.071 0.00 2.94 -2.94 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9205 0.0795 2 2 0.0000 0.3246 0.6754
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 480 147 333 61 2 20 2 62 0 0 331 0 2 0.4150 0.0000 0.0060 6.526 0.18 3.08 -2.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1148 0.6367 0.2484 1 1 0.1197 0.6266 0.2537 1 1 0.1261 0.6136 0.2602
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 476 104 372 3 0 4 0 97 0 0 372 0 0 0.0288 0.0000 0.0000 25.000 0.00 4.88 -4.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9352 0.0648 2 2 0.0000 0.3318 0.6682 2 2 0.0000 0.1382 0.8618
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.100 1 6 2 478 109 369 8 3 9 2 87 0 0 369 0 0 0.0734 0.0000 0.0000 16.333 0.12 5.28 -5.15 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9859 0.0141
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 767 229 538 198 5 12 0 14 0 0 538 0 0 0.8646 0.0000 0.0000 43.200 0.35 4.14 -3.79 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.4873 0.5127 0.0000
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 765 236 529 202 3 10 7 14 0 0 528 1 0 0.8559 0.0000 0.0019 22.200 0.36 4.14 -3.78 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1368 0.8632 0.0000
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 296 68 228 47 4 6 1 10 0 0 228 0 0 0.6912 0.0000 0.0000 12.400 1.64 4.50 -2.86 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0223 0.9777 0.0000
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 313 73 240 37 0 2 3 31 0 0 240 0 0 0.5068 0.0000 0.0000 35.500 0.92 3.71 -2.79 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3314 0.5585 0.1101 1 1 0.3333 0.5534 0.1133 1 1 0.3354 0.5471 0.1175
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 307 85 222 48 0 2 0 35 0 0 222 0 0 0.5647 0.0000 0.0000 41.500 0.44 1.51 -1.08 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6864 0.3091 0.0046 1 0 0.6820 0.3130 0.0050 1 0 0.6758 0.3186 0.0056
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 414 116 298 49 5 18 1 43 0 0 297 0 1 0.4224 0.0000 0.0034 5.389 0.27 3.77 -3.50 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4984 0.4683 0.0333 1 0 0.4980 0.4665 0.0356 1 0 0.4968 0.4645 0.0387
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 414 116 298 54 2 55 0 5 0 0 297 1 0 0.4655 0.0000 0.0034 1.157 0.59 5.60 -5.01 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0553 0.9447 0.0000 0 1 0.3860 0.6140 0.0000
chr14 29927416 G GCCCGGA 0.058217 0.100 1 6 3 212 40 172 37 1 0 0 2 0 0 172 0 0 0.9250 0.0000 0.0000 40.000 1.24 6.00 -4.76 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5683 0.4317 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000 0 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.100 1 24 1 316 66 250 17 0 33 0 16 0 0 246 0 4 0.2576 0.0000 0.0160 1.000 0.76 2.88 -2.11 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2948 0.5839 0.1213 1 1 0.3000 0.5794 0.1206 1 1 0.3068 0.5736 0.1196
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 642 127 515 0 2 19 3 103 0 0 503 0 12 0.0000 0.0000 0.0233 6.294 7.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 651 162 489 0 0 29 2 131 0 0 482 0 7 0.0000 0.0000 0.0143 4.552 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 458 112 346 0 0 26 2 84 0 0 339 2 5 0.0000 0.0000 0.0202 3.308 5.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0165 0.9835
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 446 98 348 4 60 11 6 17 0 1 342 3 2 0.0408 0.0000 0.0172 16.200 1.25 3.47 -2.22 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8361 0.1603 0.0036 1 0 0.8256 0.1701 0.0043 1 0 0.8106 0.1839 0.0055
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 514 173 341 8 0 26 4 135 1 0 340 0 0 0.0462 0.0029 0.0029 5.654 0.25 2.99 -2.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8854 0.1146 2 2 0.0000 0.1736 0.8264
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 178 63 115 60 0 1 0 2 0 0 115 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 62.000 0.22 3.00 -2.78 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6336 0.3664 0.0000 0 0 0.9428 0.0572 0.0000 0 0 0.9724 0.0276 0.0000
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 510 91 419 38 0 12 2 39 0 0 413 0 6 0.4176 0.0000 0.0143 6.583 1.66 9.85 -8.19 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1557 0.6756 0.1687 1 1 0.1646 0.6688 0.1666 1 1 0.1767 0.6598 0.1635
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.100 1 -6 1 493 137 356 71 1 1 0 64 0 0 354 0 2 0.5182 0.0000 0.0056 135.000 0.55 5.83 -5.28 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4482 0.5393 0.0125 1 1 0.4549 0.5318 0.0133 1 1 0.4630 0.5226 0.0144
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 441 122 319 65 0 18 0 39 0 0 317 1 1 0.5328 0.0000 0.0063 5.778 0.94 3.54 -2.60 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8237 0.1737 0.0026 1 0 0.8155 0.1814 0.0031 1 0 0.8039 0.1922 0.0038
chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.100 1 -42 1 3097 1249 1848 813 55 163 14 204 44 43 1752 8 1 0.6509 0.0238 0.0519 6.646 1.24 5.52 -4.29 105 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 321 102 219 84 0 9 0 9 0 0 219 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 11.625 1.71 4.11 -2.40 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0164 0.9836 0.0000 0 1 0.3993 0.6007 0.0000
chr15 23360743 AAGG A 0.036305 0.100 1 -3 1 786 198 588 122 2 3 0 71 0 0 588 0 0 0.6162 0.0000 0.0000 65.000 0.43 3.18 -2.75 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9861 0.0139 0.0000 1 0 0.9841 0.0159 0.0000 1 0 0.9811 0.0188 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 700 126 574 0 0 3 0 123 0 4 499 52 19 0.0000 0.0000 0.1307 41.000 3.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 1922 525 1397 0 0 6 6 513 0 0 1374 8 15 0.0000 0.0000 0.0165 86.333 3.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 351 89 262 45 1 4 0 39 0 0 262 0 0 0.5056 0.0000 0.0000 21.250 0.13 1.69 -1.56 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4227 0.5137 0.0636 1 1 0.4223 0.5107 0.0670 1 1 0.4212 0.5071 0.0717
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 206 84 122 0 0 1 3 80 0 0 118 0 4 0.0000 0.0000 0.0328 82.000 2.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0078 0.9922
chr15 31484007 T TGGCGGCGGCGGC 0.012752 0.100 1 12 1 677 158 519 57 3 29 8 61 2 1 506 1 9 0.3608 0.0039 0.0250 4.207 4.05 9.59 -5.54 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1152 0.8638 0.0210 1 1 0.1261 0.8532 0.0208 1 1 0.1413 0.8383 0.0204
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 680 169 511 65 12 28 2 62 0 0 507 0 4 0.3846 0.0000 0.0078 5.000 7.85 4.15 3.70 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2539 0.6568 0.0893 1 1 0.2554 0.6483 0.0963 1 1 0.2564 0.6375 0.1061
chr15 32798901 CCTT C 0.039558 0.100 1 -3 1 140 61 79 36 0 3 0 22 0 0 79 0 0 0.5902 0.0000 0.0000 19.333 0.06 3.14 -3.08 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7418 0.2563 0.0019 1 0 0.7355 0.2624 0.0021 1 0 0.7268 0.2708 0.0024
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.100 1 -3 3 248 77 171 45 1 1 0 30 0 0 170 0 1 0.5844 0.0000 0.0058 76.000 0.20 3.50 -3.30 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7147 0.2787 0.0065 1 0 0.7084 0.2843 0.0073 1 0 0.6996 0.2921 0.0083
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 427 148 279 135 0 3 0 10 0 0 279 0 0 0.9122 0.0000 0.0000 48.333 1.21 2.10 -0.89 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0390 0.9610 0.0000 0 0 0.6967 0.3033 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 483 136 347 62 1 8 0 65 0 0 347 0 0 0.4559 0.0000 0.0000 16.000 0.47 4.35 -3.89 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1854 0.6604 0.1542 1 1 0.1927 0.6495 0.1578 1 1 0.2022 0.6355 0.1623
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 255 100 155 57 0 5 0 38 0 0 154 0 1 0.5700 0.0000 0.0065 19.000 0.14 6.63 -6.49 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7678 0.2297 0.0024 1 0 0.7616 0.2356 0.0028 1 0 0.7528 0.2439 0.0033
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 159 80 79 41 0 2 0 37 0 0 79 0 0 0.5125 0.0000 0.0000 39.000 0.15 2.89 -2.75 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3056 0.5708 0.1236 1 1 0.3068 0.5653 0.1280 1 1 0.3079 0.5583 0.1338
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 283 143 140 131 0 5 0 7 0 0 140 0 0 0.9161 0.0000 0.0000 27.600 0.44 3.43 -2.99 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2204 0.7796 0.0000 0 0 0.8191 0.1809 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 438 89 349 0 0 5 2 82 0 0 348 0 1 0.0000 0.0000 0.0029 16.800 3.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.100 1 -3 3 738 150 588 84 0 8 0 58 0 0 587 1 0 0.5600 0.0000 0.0017 17.750 2.13 6.79 -4.66 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8527 0.1472 0.0001 1 0 0.8473 0.1526 0.0001 1 0 0.8394 0.1604 0.0002
chr15 80695662 A AGGGCGC 0.000205 0.100 1 6 2 229 65 164 36 0 8 0 21 0 0 160 0 4 0.5538 0.0000 0.0244 7.125 0.53 5.86 -5.33 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6880 0.3120 0.0000 1 0 0.6838 0.3162 0.0000 1 0 0.6779 0.3220 0.0000
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.100 1 1 1 132 29 103 12 6 7 1 3 0 0 103 0 0 0.4138 0.0000 0.0000 2.286 0.42 1.33 -0.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2268 0.7694 0.0038 0 1 0.2278 0.7702 0.0021 0 1 0.4639 0.5353 0.0008
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 435 105 330 53 0 17 0 35 0 0 326 0 4 0.5048 0.0000 0.0121 5.176 0.11 15.34 -15.23 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6678 0.3226 0.0097 1 0 0.6628 0.3265 0.0107 1 0 0.6557 0.3321 0.0122
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 368 113 255 46 0 3 1 63 1 0 253 0 1 0.4071 0.0039 0.0078 36.667 1.07 2.92 -1.86 8 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0340 0.4891 0.4769 1 1 0.0383 0.4935 0.4682 1 1 0.0447 0.4994 0.4559
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.100 1 3 1 1212 358 854 158 14 64 2 120 0 0 852 1 1 0.4413 0.0000 0.0023 4.562 0.38 2.98 -2.60 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9652 0.0347 0.0000 1 0 0.9625 0.0375 0.0000 1 0 0.9583 0.0417 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 851 201 650 12 7 86 5 91 0 0 631 0 19 0.0597 0.0000 0.0292 2.356 1.58 12.26 -10.68 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9377 0.0623
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 840 209 631 3 3 24 3 176 0 0 629 2 0 0.0144 0.0000 0.0032 7.667 0.67 9.84 -9.17 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9039 0.0961 2 2 0.0000 0.0243 0.9757 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 337 101 236 0 0 7 0 94 0 0 227 0 9 0.0000 0.0000 0.0381 13.429 6.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 329 105 224 44 0 6 0 55 0 0 224 0 0 0.4190 0.0000 0.0000 16.500 0.48 2.24 -1.76 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0484 0.4876 0.4640 1 1 0.0523 0.4869 0.4608 1 1 0.0579 0.4862 0.4559
chr16 633656 C CCCTGCCGCG 0.000030 0.100 1 9 1 718 217 501 105 0 36 0 76 0 0 498 0 3 0.4839 0.0000 0.0060 5.028 0.72 7.91 -7.18 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8422 0.1578 0.0000 1 0 0.8380 0.1620 0.0000 1 0 0.8318 0.1682 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 1149 190 959 171 1 2 1 15 0 0 959 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 94.000 0.94 1.47 -0.53 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.4417 0.5583 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 554 99 455 51 1 11 1 35 0 0 455 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 8.000 0.80 4.46 -3.65 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7194 0.2742 0.0064 1 0 0.7130 0.2797 0.0072 1 0 0.7041 0.2875 0.0084
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 448 95 353 0 0 2 0 93 0 0 351 0 2 0.0000 0.0000 0.0057 46.500 6.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 448 95 353 0 0 2 0 93 0 0 351 0 2 0.0000 0.0000 0.0057 46.500 6.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.100 1 -1 2 568 206 362 196 0 3 0 7 0 0 362 0 0 0.9515 0.0000 0.0000 67.667 0.37 1.00 -0.63 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0651 0.9349 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 437 112 325 47 0 4 0 61 0 0 324 0 1 0.4196 0.0000 0.0031 27.000 0.43 3.28 -2.85 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0194 0.3789 0.6017 1 2 0.0216 0.3820 0.5964 1 2 0.0248 0.3865 0.5887
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 426 125 301 43 8 47 3 24 2 2 292 1 4 0.3440 0.0066 0.0299 1.660 1.81 4.88 -3.06 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8421 0.1561 0.0017 1 0 0.8342 0.1637 0.0021 1 0 0.8231 0.1743 0.0026
chr16 11915673 CCCGCCGCCG C 0.055433 0.100 1 -9 1 427 137 290 94 4 33 1 5 2 2 284 1 1 0.6861 0.0069 0.0207 3.323 2.64 4.40 -1.76 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5646 0.4354 0.0000 0 0 0.9569 0.0431 0.0000
chr16 11927664 G GGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCCGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTC 0.000017 0.100 1 56 1 1854 823 1031 432 58 305 8 20 0 1 1024 0 6 0.5249 0.0000 0.0068 1.781 0.94 1.55 -0.61 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8881 0.1119 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 218 73 145 0 0 0 1 72 0 0 144 0 1 0.0000 0.0000 0.0069 72.000 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.100 1 -1 1 215 98 117 84 0 2 0 12 0 0 117 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 48.000 0.29 1.17 -0.88 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.2316 0.7684 0.0000
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 957 227 730 85 0 60 1 81 0 0 730 0 0 0.3744 0.0000 0.0000 2.783 1.46 10.10 -8.64 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2679 0.6628 0.0693 1 1 0.2765 0.6504 0.0731 1 1 0.2872 0.6345 0.0783
chr16 29779608 GGTCCGA G 0.002877 0.100 1 -6 3 360 98 262 56 0 4 0 38 1 0 260 0 1 0.5714 0.0038 0.0076 23.500 0.96 5.92 -4.96 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7875 0.2124 0.0001 1 0 0.7819 0.2180 0.0001 1 0 0.7739 0.2260 0.0001
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 642 171 471 73 0 6 0 92 0 0 468 1 2 0.4269 0.0000 0.0064 27.500 0.25 3.18 -2.94 19 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0114 0.3861 0.6025 1 2 0.0134 0.3905 0.5961 1 2 0.0165 0.3970 0.5866
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 149 72 77 68 0 2 0 2 0 0 77 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 35.000 0.31 2.00 -1.69 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2862 0.7138 0.0000 0 0 0.7821 0.2179 0.0000 0 0 0.8828 0.1172 0.0000
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 1033 271 762 116 18 43 3 91 0 1 760 0 1 0.4280 0.0000 0.0026 5.233 0.52 2.96 -2.44 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8978 0.1019 0.0003 1 0 0.8911 0.1085 0.0004 1 0 0.8813 0.1181 0.0006
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 423 77 346 21 3 12 8 33 0 0 344 0 2 0.2727 0.0000 0.0058 5.000 0.38 2.39 -2.01 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0175 0.2996 0.6829 1 2 0.0198 0.3087 0.6715 1 2 0.0233 0.3211 0.6556
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 1764 417 1347 351 2 13 1 50 16 8 1320 2 1 0.8417 0.0119 0.0200 31.077 0.83 1.36 -0.53 117 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr16 67195890 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 502 211 291 82 20 48 2 59 1 0 287 0 3 0.3886 0.0034 0.0137 3.375 0.28 3.46 -3.18 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9147 0.0849 0.0004 1 0 0.9075 0.0920 0.0005 1 0 0.8967 0.1025 0.0008
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 283 115 168 54 0 19 0 42 0 0 168 0 0 0.4696 0.0000 0.0000 5.053 0.30 5.00 -4.70 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4837 0.4715 0.0448 1 0 0.4793 0.4720 0.0487 1 1 0.4728 0.4730 0.0542
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 130 62 68 25 0 2 0 35 0 0 66 0 2 0.4032 0.0000 0.0294 30.000 0.84 3.91 -3.07 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0483 0.4302 0.5214 1 2 0.0522 0.4339 0.5139 1 2 0.0577 0.4388 0.5035
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 237 114 123 56 1 4 1 52 0 0 122 0 1 0.4912 0.0000 0.0081 27.500 1.46 4.56 -3.09 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2407 0.6232 0.1361 1 1 0.2445 0.6142 0.1413 1 1 0.2490 0.6028 0.1482
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 643 140 503 0 0 8 10 122 0 0 491 2 10 0.0000 0.0000 0.0239 18.857 7.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 647 131 516 0 0 7 12 112 0 0 504 6 6 0.0000 0.0000 0.0233 17.429 7.97 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 648 128 520 0 0 6 1 121 0 2 500 8 10 0.0000 0.0000 0.0385 40.667 7.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 814 175 639 0 0 10 1 164 0 0 636 1 2 0.0000 0.0000 0.0047 16.500 7.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 546 139 407 80 1 1 0 57 0 0 407 0 0 0.5755 0.0000 0.0000 138.000 1.05 4.30 -3.25 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7280 0.2657 0.0063 1 0 0.7191 0.2734 0.0074 1 0 0.7065 0.2842 0.0093
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 147 57 90 0 0 2 0 55 0 0 88 0 2 0.0000 0.0000 0.0222 27.500 4.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0519 0.9481 2 2 0.0000 0.0548 0.9452 2 2 0.0000 0.0592 0.9408
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 378 157 221 20 0 4 0 133 0 0 221 0 0 0.1274 0.0000 0.0000 38.250 0.15 1.41 -1.26 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.100 1 -16 1 1283 288 995 246 14 15 9 4 0 0 994 1 0 0.8542 0.0000 0.0010 24.455 4.20 3.00 1.20 12 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0062 0.9938 0.0000 0 0 0.9695 0.0305 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 747 220 527 82 4 46 0 88 0 1 521 0 5 0.3727 0.0000 0.0114 3.783 0.29 3.35 -3.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0498 0.6357 0.3145 1 1 0.0535 0.6240 0.3225 1 1 0.0585 0.6093 0.3321
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.100 1 3 2 1299 336 963 4 0 78 24 230 0 0 931 3 29 0.0119 0.0000 0.0332 3.338 1.50 5.20 -3.70 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0528 0.9472 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 389 102 287 87 1 9 0 5 0 0 287 0 0 0.8529 0.0000 0.0000 10.333 0.38 6.60 -6.22 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.2838 0.7162 0.0000 0 0 0.7431 0.2569 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 545 215 330 93 2 33 3 84 0 0 327 0 3 0.4326 0.0000 0.0091 5.485 0.11 3.04 -2.93 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2288 0.6868 0.0845 1 1 0.2358 0.6737 0.0905 1 1 0.2443 0.6571 0.0987
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 942 257 685 222 2 5 20 8 0 0 685 0 0 0.8638 0.0000 0.0000 47.000 0.56 4.00 -3.44 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2113 0.7887 0.0000 0 0 0.9122 0.0878 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 940 259 681 224 6 20 0 9 0 0 681 0 0 0.8649 0.0000 0.0000 14.812 0.56 3.67 -3.11 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.8833 0.1167 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 789 181 608 22 0 12 0 147 0 0 602 0 6 0.1215 0.0000 0.0099 14.083 0.18 4.07 -3.89 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 264 91 173 41 0 14 0 36 0 0 170 0 3 0.4505 0.0000 0.0173 5.500 0.34 7.94 -7.60 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2438 0.5921 0.1640 1 1 0.2464 0.5853 0.1683 1 1 0.2495 0.5767 0.1739
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 105 58 47 30 0 1 0 27 0 0 47 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 57.000 0.17 1.41 -1.24 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2844 0.5587 0.1569 1 1 0.2849 0.5543 0.1608 1 1 0.2853 0.5487 0.1660
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.100 1 27 1 880 204 676 86 1 49 2 66 1 0 668 0 7 0.4216 0.0015 0.0118 3.229 3.30 9.55 -6.24 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4362 0.5311 0.0327 1 1 0.4371 0.5267 0.0363 1 1 0.4372 0.5215 0.0414
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 869 215 654 87 0 48 2 78 0 3 639 0 12 0.4047 0.0000 0.0229 3.630 2.78 10.31 -7.53 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1170 0.7048 0.1781 1 1 0.1238 0.6909 0.1853 1 1 0.1326 0.6730 0.1944
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 494 128 366 62 0 0 0 66 0 0 366 0 0 0.4844 0.0000 0.0000 128.000 0.50 1.44 -0.94 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1139 0.6344 0.2517 1 1 0.1195 0.6246 0.2559 1 1 0.1268 0.6122 0.2610
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.100 1 -13 1 1083 262 821 0 0 9 0 253 0 0 783 0 38 0.0000 0.0000 0.0463 28.111 11.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 653 195 458 81 1 31 1 81 0 0 444 0 14 0.4154 0.0000 0.0306 5.258 0.14 13.81 -13.68 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0269 0.5247 0.4485 1 1 0.0300 0.5202 0.4498 1 1 0.0347 0.5150 0.4503
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 249 85 164 42 0 3 0 40 0 0 163 0 1 0.4941 0.0000 0.0061 27.333 0.55 4.38 -3.83 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2202 0.5992 0.1806 1 1 0.2235 0.5919 0.1847 1 1 0.2275 0.5826 0.1899
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 447 101 346 73 0 20 0 8 0 0 344 1 1 0.7228 0.0000 0.0058 4.050 0.26 8.00 -7.74 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.0668 0.9332 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 905 255 650 228 1 11 0 15 0 0 650 0 0 0.8941 0.0000 0.0000 22.182 0.27 3.33 -3.06 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0106 0.9894 0.0000 0 0 0.8152 0.1848 0.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 411 165 246 103 10 45 0 7 0 0 246 0 0 0.6242 0.0000 0.0000 2.644 0.50 1.71 -1.21 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1401 0.8599 0.0000 0 0 0.7279 0.2721 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 377 134 243 53 0 30 0 51 0 0 243 0 0 0.3955 0.0000 0.0000 3.467 0.47 5.73 -5.25 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2271 0.6202 0.1527 1 1 0.2309 0.6114 0.1577 1 1 0.2356 0.6003 0.1641
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 369 112 257 10 0 9 0 93 0 0 256 0 1 0.0893 0.0000 0.0039 11.444 0.00 7.28 -7.28 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.8649 0.1351
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.100 1 8 2 295 73 222 39 0 4 0 30 1 0 219 0 2 0.5342 0.0045 0.0135 17.250 0.87 8.17 -7.29 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4011 0.5168 0.0821 1 1 0.3982 0.5151 0.0867 1 1 0.3940 0.5130 0.0930
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.100 1 -2 3 337 99 238 57 0 2 2 38 0 0 238 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 48.000 0.74 2.13 -1.39 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6185 0.3611 0.0204 1 0 0.6100 0.3670 0.0230 1 0 0.5981 0.3751 0.0268
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 626 113 513 0 1 9 0 103 0 0 500 0 13 0.0000 0.0000 0.0253 11.444 8.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 1415 313 1102 172 2 19 2 118 0 0 1098 0 4 0.5495 0.0000 0.0036 15.474 0.87 2.63 -1.76 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9436 0.0563 0.0000 1 0 0.9391 0.0608 0.0001 1 0 0.9322 0.0677 0.0001
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 1608 396 1212 224 1 44 2 125 2 0 1189 0 21 0.5657 0.0017 0.0190 8.000 0.84 16.65 -15.81 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9950 0.0050 0.0000 1 0 0.9941 0.0059 0.0000 1 0 0.9927 0.0073 0.0000
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.100 1 -27 1 1685 335 1350 220 0 8 0 107 4 0 1306 3 37 0.6567 0.0030 0.0326 54.500 1.05 25.07 -24.03 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9935 0.0065 0.0000 1 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 2 752 251 501 137 0 3 0 111 0 1 497 0 3 0.5458 0.0000 0.0080 82.667 0.26 2.20 -1.94 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6046 0.3900 0.0053 1 0 0.6045 0.3892 0.0064 1 0 0.6027 0.3892 0.0081
chr17 75616380 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 1338 325 1013 106 1 80 7 131 0 0 1012 0 1 0.3262 0.0000 0.0010 3.062 0.76 3.66 -2.90 46 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0014 0.2184 0.7803 1 2 0.0017 0.2237 0.7746 1 2 0.0024 0.2318 0.7659
chr17 76077366 TGTCCTGGCCC T 0.500000 0.100 1 -10 3 487 130 357 74 0 3 0 53 0 0 352 0 5 0.5692 0.0000 0.0140 42.333 0.50 8.15 -7.65 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5482 0.4289 0.0230 1 0 0.5436 0.4306 0.0258 1 0 0.5367 0.4334 0.0299
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2496 602 1894 297 14 72 9 210 3 4 1873 4 10 0.4934 0.0016 0.0111 7.250 1.68 7.29 -5.61 71 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9929 0.0071 0.0000 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 1 0 0.9906 0.0094 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2398 650 1748 311 7 40 3 289 3 4 1579 15 147 0.4785 0.0017 0.0967 15.590 1.62 4.41 -2.79 47 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0002 0.9998 1 2 0.0000 0.0003 0.9997 1 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 296 111 185 0 0 16 1 94 0 0 179 0 6 0.0000 0.0000 0.0324 5.938 5.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0074 0.9926
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.100 1 3 2 1613 382 1231 168 15 61 3 135 0 3 1222 0 6 0.4398 0.0000 0.0073 5.230 0.86 3.66 -2.80 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8596 0.1401 0.0002 1 0 0.8550 0.1447 0.0003 1 0 0.8477 0.1518 0.0005
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 585 140 445 131 0 3 0 6 1 0 444 0 0 0.9357 0.0022 0.0022 45.667 0.42 3.33 -2.91 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5510 0.4490 0.0000 0 0 0.9279 0.0721 0.0000
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 483 151 332 90 0 3 0 58 0 0 326 0 6 0.5960 0.0000 0.0181 49.333 0.32 4.17 -3.85 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7523 0.2433 0.0043 1 0 0.7438 0.2510 0.0052 1 0 0.7314 0.2619 0.0067
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.100 1 -15 1 284 73 211 27 0 11 0 35 0 0 207 0 4 0.3699 0.0000 0.0190 5.636 1.41 12.91 -11.51 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0479 0.4351 0.5170 1 2 0.0518 0.4384 0.5099 1 2 0.0573 0.4428 0.4999
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 291 78 213 72 0 1 1 4 0 0 213 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 76.000 0.43 1.00 -0.57 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0063 0.9937 0.0000 0 1 0.3829 0.6171 0.0000 0 0 0.7601 0.2399 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 234 117 117 0 0 4 0 113 0 0 116 0 1 0.0000 0.0000 0.0085 28.250 3.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.100 1 -9 2 367 93 274 52 1 7 1 32 0 0 271 0 3 0.5591 0.0000 0.0109 12.286 1.63 9.03 -7.40 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7263 0.2667 0.0070 1 0 0.7194 0.2727 0.0079 1 0 0.7096 0.2812 0.0092
chr18 24377418 C CAATT 0.003371 0.100 1 4 1 102 44 58 31 0 0 0 13 0 0 55 0 3 0.7045 0.0000 0.0517 44.000 0.35 4.23 -3.88 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7777 0.2222 0.0001 1 0 0.7707 0.2292 0.0001 1 0 0.7610 0.2388 0.0002
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 172 58 114 32 0 1 0 25 0 0 114 0 0 0.5517 0.0000 0.0000 57.000 0.09 5.04 -4.95 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3623 0.5285 0.1092 1 1 0.3590 0.5268 0.1142 1 1 0.3544 0.5246 0.1210
chr18 47098221 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 267 85 182 35 10 11 3 26 0 0 182 0 0 0.4118 0.0000 0.0000 5.727 0.29 1.81 -1.52 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5851 0.3832 0.0317 1 0 0.5761 0.3890 0.0349 1 0 0.5636 0.3967 0.0396
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 318 143 175 129 0 6 0 8 0 0 175 0 0 0.9021 0.0000 0.0000 22.833 0.23 3.25 -3.02 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1118 0.8882 0.0000 0 0 0.7551 0.2449 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 568 143 425 63 1 6 0 73 0 0 425 0 0 0.4406 0.0000 0.0000 22.833 1.78 8.59 -6.81 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0607 0.5790 0.3603 1 1 0.0653 0.5725 0.3622 1 1 0.0718 0.5644 0.3638
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 256 140 116 71 0 6 0 63 0 0 115 0 1 0.5071 0.0000 0.0086 22.333 0.18 3.22 -3.04 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3138 0.6079 0.0783 1 1 0.3168 0.5997 0.0835 1 1 0.3201 0.5894 0.0905
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 795 204 591 120 0 6 1 77 0 0 578 0 13 0.5882 0.0000 0.0220 33.000 0.29 13.97 -13.68 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7572 0.2404 0.0024 1 0 0.7507 0.2463 0.0030 1 0 0.7410 0.2550 0.0039
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 365 73 292 1 2 15 5 50 0 1 289 1 1 0.0137 0.0000 0.0103 3.800 0.00 5.90 -5.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8483 0.1517 2 2 0.0000 0.4680 0.5320 2 2 0.0000 0.2797 0.7203
chr18 68691277 TAA T 0.500000 0.100 1 -2 2 78 36 42 32 1 0 0 3 0 0 42 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 36.000 0.19 2.33 -2.15 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 1 0.1757 0.8243 0.0000 0 1 0.4196 0.5804 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 165 76 89 0 1 2 0 73 0 0 89 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0874 0.9126 2 2 0.0000 0.0573 0.9427 2 2 0.0000 0.0480 0.9520
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 132 73 59 31 3 7 1 31 0 0 57 0 2 0.4247 0.0000 0.0339 9.429 0.00 2.97 -2.97 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2097 0.5825 0.2078 1 1 0.2127 0.5763 0.2109 1 1 0.2166 0.5686 0.2148
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 288 63 225 43 0 3 1 16 2 1 220 0 2 0.6825 0.0089 0.0222 20.000 0.95 1.19 -0.23 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8377 0.1583 0.0040 1 0 0.8261 0.1691 0.0048 1 0 0.8084 0.1855 0.0062
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 414 145 269 122 2 19 0 2 0 0 268 0 1 0.8414 0.0000 0.0037 6.632 1.10 4.00 -2.90 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4142 0.5858 0.0000 0 0 0.9525 0.0475 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.100 1 4 1 628 128 500 70 0 3 0 55 0 0 496 0 4 0.5469 0.0000 0.0080 41.667 0.61 5.22 -4.60 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5107 0.4650 0.0243 1 0 0.5112 0.4624 0.0264 1 0 0.5111 0.4594 0.0294
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.100 1 -27 1 371 98 273 56 0 4 0 38 0 0 270 0 3 0.5714 0.0000 0.0110 23.500 1.88 18.18 -16.31 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6762 0.3142 0.0096 1 0 0.6709 0.3185 0.0107 1 0 0.6632 0.3246 0.0123
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 163 66 97 58 0 2 0 6 0 0 97 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 32.000 0.71 4.50 -3.79 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0913 0.9087 0.0000 0 0 0.5392 0.4608 0.0000
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 256 145 111 0 0 1 0 144 0 0 107 1 3 0.0000 0.0000 0.0360 144.000 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 299 105 194 0 0 16 76 13 0 0 187 7 0 0.0000 0.0000 0.0361 5.562 4.31 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0103 0.9897
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 299 106 193 1 0 27 1 77 0 0 185 0 8 0.0094 0.0000 0.0415 3.000 1.00 7.36 -6.36 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4083 0.5917 2 2 0.0000 0.1927 0.8073 2 2 0.0000 0.1501 0.8499
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 619 167 452 91 1 10 1 64 1 0 445 0 6 0.5449 0.0022 0.0155 15.600 0.68 12.72 -12.04 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7307 0.2653 0.0040 1 0 0.7257 0.2696 0.0047 1 0 0.7182 0.2760 0.0058
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 896 297 599 133 2 34 7 121 0 0 596 0 3 0.4478 0.0000 0.0050 7.735 0.41 3.45 -3.04 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1907 0.7595 0.0498 1 1 0.2032 0.7424 0.0544 1 1 0.2193 0.7199 0.0608
chr19 12076500 TCA T 0.003508 0.100 1 -2 2 1310 349 961 324 3 7 2 13 1 1 959 0 0 0.9284 0.0010 0.0021 48.857 0.61 2.62 -2.00 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 436 135 301 10 0 32 0 93 0 0 295 0 6 0.0741 0.0000 0.0199 3.219 1.10 6.37 -5.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9184 0.0816
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 615 134 481 7 0 5 0 122 0 0 477 0 4 0.0522 0.0000 0.0083 25.800 0.14 3.40 -3.26 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 2 0.0000 0.0440 0.9560 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr19 16529769 TTGCTGCTGC T 0.000303 0.100 1 -9 1 340 136 204 73 1 16 0 46 0 0 204 0 0 0.5368 0.0000 0.0000 7.500 0.32 8.11 -7.79 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8990 0.1010 0.0000 1 0 0.8932 0.1068 0.0000 1 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.100 1 -14 1 401 102 299 34 2 20 9 37 0 0 299 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 6.583 1.82 13.41 -11.58 18 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1879 0.6869 0.1253 1 1 0.1971 0.6790 0.1238 1 1 0.2096 0.6687 0.1217
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 107 45 62 22 0 2 0 21 0 0 61 0 1 0.4889 0.0000 0.0161 43.000 0.86 3.48 -2.61 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3601 0.5501 0.0898 1 1 0.3631 0.5462 0.0908 1 1 0.3668 0.5413 0.0919
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 955 181 774 0 0 3 4 174 0 0 717 16 41 0.0000 0.0000 0.0736 88.500 2.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.100 1 -84 2 1283 337 946 192 2 32 1 110 7 9 929 0 1 0.5697 0.0074 0.0180 9.531 0.49 3.06 -2.57 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr19 30009211 G GTGA 0.000599 0.100 1 3 1 292 85 207 6 41 12 1 25 0 0 206 0 1 0.0706 0.0000 0.0048 6.000 0.83 3.72 -2.89 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8372 0.1628 0.0000 1 0 0.8303 0.1697 0.0000 1 0 0.8205 0.1794 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 292 87 205 28 2 10 5 42 0 0 205 0 0 0.3218 0.0000 0.0000 7.700 2.75 2.76 -0.01 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0051 0.2430 0.7519 1 2 0.0058 0.2496 0.7446 1 2 0.0068 0.2589 0.7344
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 572 127 445 8 0 5 0 114 0 0 441 0 4 0.0630 0.0000 0.0090 24.400 0.25 3.22 -2.97 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8276 0.1724 2 2 0.0000 0.1616 0.8384
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 518 201 317 108 0 9 0 84 0 0 317 0 0 0.5373 0.0000 0.0000 21.333 0.22 3.08 -2.86 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7909 0.2084 0.0007 1 0 0.7874 0.2118 0.0009 1 0 0.7819 0.2170 0.0011
chr19 37363186 CAG C 0.000049 0.100 1 -2 1 679 160 519 87 0 2 1 70 3 0 514 2 0 0.5437 0.0058 0.0096 79.000 1.26 2.59 -1.32 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7097 0.2903 0.0000 1 0 0.7086 0.2914 0.0000 1 0 0.7065 0.2935 0.0000
chr19 37886746 TCCTTTCCTCCTCCTCCTC T 0.059111 0.100 1 -18 2 596 110 486 85 4 16 0 5 0 0 486 0 0 0.7727 0.0000 0.0000 5.750 0.67 16.00 -15.33 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0214 0.9786 0.0000 0 0 0.8673 0.1327 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.100 1 -3 1 661 157 504 92 1 3 0 61 0 0 501 0 3 0.5860 0.0000 0.0060 51.333 0.22 3.51 -3.29 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8867 0.1132 0.0001 1 0 0.8813 0.1186 0.0002 1 0 0.8734 0.1264 0.0002
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 397 93 304 49 1 3 0 40 3 2 299 0 0 0.5269 0.0099 0.0164 30.000 7.43 3.33 4.10 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6933 0.2997 0.0070 1 0 0.6881 0.3041 0.0078 1 0 0.6807 0.3103 0.0089
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 464 126 338 64 0 7 2 53 0 0 335 0 3 0.5079 0.0000 0.0089 16.857 0.30 3.21 -2.91 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3944 0.5552 0.0504 1 1 0.3980 0.5486 0.0534 1 1 0.4021 0.5405 0.0575
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 216 36 180 0 0 2 31 3 0 0 180 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 2.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0496 0.9504 2 2 0.0000 0.0512 0.9488 2 2 0.0000 0.0535 0.9465
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 216 35 181 0 0 22 12 1 0 0 180 1 0 0.0000 0.0000 0.0055 0.500 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0985 0.9015 2 2 0.0000 0.1003 0.8997 2 2 0.0000 0.1030 0.8970
chr19 40394272 TTCC T 0.017263 0.100 1 -3 1 642 142 500 54 2 19 0 67 0 0 500 0 0 0.3803 0.0000 0.0000 6.421 0.19 3.58 -3.40 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1463 0.8297 0.0240 1 1 0.1578 0.8185 0.0237 1 1 0.1735 0.8032 0.0233
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 517 162 355 153 0 4 0 5 0 0 355 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 39.500 0.37 1.20 -0.83 107 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1311 0.8689 0.0000 0 0 0.9760 0.0240 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.100 1 3 1 287 105 182 94 0 4 0 7 0 0 182 0 0 0.8952 0.0000 0.0000 25.250 0.07 3.71 -3.64 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5972 0.4028 0.0000 0 0 0.9616 0.0384 0.0000
chr19 43361520 G GA 0.000769 0.100 1 1 6 345 97 248 51 0 1 0 45 0 0 247 0 1 0.5258 0.0000 0.0040 96.000 0.24 1.07 -0.83 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5047 0.4951 0.0001 1 0 0.5089 0.4909 0.0002 1 0 0.5139 0.4859 0.0002
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 388 97 291 93 0 2 0 2 0 0 291 0 0 0.9588 0.0000 0.0000 47.500 0.39 6.50 -6.11 57 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6534 0.3466 0.0000 0 0 0.9455 0.0545 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 516 134 382 65 0 1 0 68 0 0 379 0 3 0.4851 0.0000 0.0079 133.000 0.15 3.24 -3.08 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0613 0.5907 0.3480 1 1 0.0651 0.5823 0.3527 1 1 0.0702 0.5718 0.3580
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 516 122 394 63 0 4 1 54 0 0 391 1 2 0.5164 0.0000 0.0076 29.500 0.27 3.46 -3.19 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4045 0.5653 0.0302 1 1 0.4107 0.5577 0.0317 1 1 0.4182 0.5482 0.0337
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.100 1 -3 2 545 94 451 74 0 13 0 7 0 0 451 0 0 0.7872 0.0000 0.0000 6.231 0.54 4.71 -4.17 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0707 0.9293 0.0000 0 0 0.5693 0.4307 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1072 356 716 39 0 59 0 258 0 0 690 0 26 0.1096 0.0000 0.0363 5.034 0.21 6.41 -6.21 23 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 394 79 315 61 2 13 0 3 0 0 315 0 0 0.7722 0.0000 0.0000 5.000 2.00 5.00 -3.00 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1632 0.8368 0.0000 0 0 0.8550 0.1450 0.0000 0 0 0.9504 0.0496 0.0000
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.100 1 -3 1 459 111 348 56 1 5 0 49 0 0 348 0 0 0.5045 0.0000 0.0000 26.500 0.39 3.69 -3.30 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5203 0.4648 0.0149 1 0 0.5223 0.4619 0.0158 1 0 0.5243 0.4585 0.0171
chr19 47802381 TGGGCCTGGGATC T 0.158449 0.100 1 -12 2 1371 320 1051 153 9 40 6 112 0 2 1044 1 4 0.4781 0.0000 0.0067 7.026 2.33 10.36 -8.03 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9191 0.0808 0.0001 1 0 0.9153 0.0846 0.0001 1 0 0.9096 0.0903 0.0001
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 212 81 131 41 1 4 2 33 0 0 131 0 0 0.5062 0.0000 0.0000 25.333 0.24 1.55 -1.30 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5273 0.4466 0.0261 1 0 0.5265 0.4459 0.0276 1 0 0.5249 0.4455 0.0296
chr19 48944491 GGA G 0.076452 0.100 1 -2 3 332 112 220 60 1 3 0 48 0 0 219 0 1 0.5357 0.0000 0.0045 36.333 0.57 2.12 -1.56 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6354 0.3597 0.0049 1 0 0.6340 0.3607 0.0053 1 0 0.6315 0.3625 0.0060
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 1024 279 745 205 8 46 2 18 0 3 738 1 3 0.7348 0.0000 0.0094 5.065 0.79 3.39 -2.60 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0127 0.9873 0.0000
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 1052 267 785 183 13 58 1 12 0 0 785 0 0 0.6854 0.0000 0.0000 3.552 0.58 2.83 -2.25 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0795 0.9205 0.0000 0 0 0.9145 0.0855 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 620 185 435 145 2 26 0 12 1 1 432 1 0 0.7838 0.0023 0.0069 6.115 1.13 6.92 -5.79 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 1 0.4574 0.5426 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 661 115 546 9 0 2 3 101 0 0 538 1 7 0.0783 0.0000 0.0147 56.500 0.11 3.50 -3.38 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9743 0.0257 2 2 0.0000 0.4967 0.5033
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 663 125 538 12 0 3 105 5 0 0 537 0 1 0.0960 0.0000 0.0019 40.333 0.08 6.00 -5.92 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9609 0.0391
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 565 172 393 77 0 8 5 82 0 0 392 0 1 0.4477 0.0000 0.0025 20.500 0.53 2.99 -2.46 17 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0283 0.5279 0.4439 1 1 0.0309 0.5215 0.4475 1 1 0.0347 0.5140 0.4513
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 210 98 112 0 0 0 0 98 0 0 110 0 2 0.0000 0.0000 0.0179 98.000 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 471 154 317 143 0 2 0 9 0 0 317 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 76.000 0.27 1.89 -1.62 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1268 0.8732 0.0000 0 0 0.8392 0.1608 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 556 130 426 119 0 4 0 7 0 0 426 0 0 0.9154 0.0000 0.0000 31.500 0.29 2.57 -2.28 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2591 0.7409 0.0000 0 0 0.8506 0.1494 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1098 244 854 156 0 2 0 86 0 0 854 0 0 0.6393 0.0000 0.0000 121.000 0.27 3.09 -2.82 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9947 0.0053 0.0000 1 0 0.9937 0.0063 0.0000 1 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 771 233 538 206 2 9 0 16 0 0 538 0 0 0.8841 0.0000 0.0000 24.778 0.15 1.69 -1.54 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.2906 0.7094 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 705 137 568 70 0 3 0 64 0 0 564 0 4 0.5109 0.0000 0.0070 44.667 0.70 3.06 -2.36 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2202 0.6549 0.1249 1 1 0.2261 0.6437 0.1302 1 1 0.2334 0.6295 0.1371
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.100 1 4 2 807 177 630 97 0 18 1 61 0 0 625 0 5 0.5480 0.0000 0.0079 8.833 0.26 4.15 -3.89 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8946 0.1053 0.0001 1 0 0.8894 0.1105 0.0001 1 0 0.8818 0.1181 0.0001
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 446 118 328 6 1 24 0 87 0 0 314 1 13 0.0508 0.0000 0.0427 3.917 0.33 7.93 -7.60 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8668 0.1332 2 2 0.0000 0.3422 0.6578
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 697 157 540 11 1 24 0 121 0 0 504 0 36 0.0701 0.0000 0.0667 5.500 1.82 18.84 -17.02 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9082 0.0918 2 2 0.0000 0.1007 0.8993
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 792 215 577 107 0 40 1 67 0 0 567 2 8 0.4977 0.0000 0.0173 4.375 0.87 6.34 -5.47 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8301 0.1687 0.0012 1 0 0.8240 0.1746 0.0014 1 0 0.8150 0.1831 0.0019
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 527 95 432 7 0 3 0 85 0 0 428 0 4 0.0737 0.0000 0.0093 30.667 0.14 4.02 -3.88 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9457 0.0543 2 1 0.0000 0.5059 0.4941
chr19 56159903 ACCCCGGCAG A 0.044059 0.100 1 -9 1 460 138 322 117 0 14 1 6 0 0 322 0 0 0.8478 0.0000 0.0000 8.786 0.41 8.00 -7.59 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 0 0.9116 0.0884 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 154 75 79 34 0 8 0 33 0 0 79 0 0 0.4533 0.0000 0.0000 8.375 0.03 3.15 -3.12 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3111 0.5715 0.1174 1 1 0.3146 0.5658 0.1196 1 1 0.3189 0.5586 0.1225
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 346 141 205 83 0 4 0 54 0 0 205 0 0 0.5887 0.0000 0.0000 34.250 0.17 1.98 -1.81 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7972 0.1996 0.0032 1 0 0.7868 0.2092 0.0040 1 0 0.7719 0.2229 0.0052
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 116 59 57 4 0 2 0 53 0 0 56 0 1 0.0678 0.0000 0.0175 28.500 0.00 7.92 -7.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.7554 0.2446 2 2 0.0000 0.3806 0.6194
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 458 111 347 47 0 15 2 47 0 0 345 0 2 0.4234 0.0000 0.0058 6.400 0.81 4.21 -3.40 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2667 0.6873 0.0460 1 1 0.2766 0.6771 0.0463 1 1 0.2896 0.6639 0.0466
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 493 166 327 122 1 2 0 41 1 0 321 1 4 0.7349 0.0031 0.0183 82.000 0.27 8.61 -8.34 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9984 0.0016 0.0000 1 0 0.9979 0.0021 0.0000 1 0 0.9971 0.0029 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 493 168 325 122 2 7 0 37 0 0 320 0 5 0.7262 0.0000 0.0154 23.000 0.23 8.73 -8.50 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9989 0.0011 0.0000 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.9493 0.0507 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 502 149 353 97 0 3 0 49 0 1 349 0 3 0.6510 0.0000 0.0113 48.667 0.07 7.90 -7.83 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9669 0.0330 0.0001 1 0 0.9628 0.0371 0.0001 1 0 0.9565 0.0433 0.0001
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 230 95 135 45 0 2 0 48 0 0 135 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 46.500 1.00 1.15 -0.15 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.5858 0.3087 1 1 0.1091 0.5788 0.3121 1 1 0.1139 0.5699 0.3161
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 720 165 555 85 0 2 0 78 1 0 551 0 3 0.5152 0.0018 0.0072 81.500 0.52 6.78 -6.26 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2622 0.6583 0.0795 1 1 0.2688 0.6465 0.0847 1 1 0.2768 0.6315 0.0917
chr20 33037687 AG A 0.000600 0.100 1 -1 1 284 117 167 62 0 2 0 53 0 0 167 0 0 0.5299 0.0000 0.0000 57.500 0.18 1.23 -1.05 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5811 0.4188 0.0001 1 0 0.5831 0.4168 0.0001 1 0 0.5851 0.4148 0.0001
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 494 179 315 0 1 4 2 172 0 0 307 0 8 0.0000 0.0000 0.0254 43.250 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 228 85 143 28 1 25 1 30 1 0 140 0 2 0.3294 0.0070 0.0210 2.458 1.89 9.97 -8.07 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1274 0.5552 0.3174 1 1 0.1308 0.5506 0.3187 1 1 0.1352 0.5448 0.3200
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.100 1 3 3 706 212 494 23 97 27 1 64 0 0 490 1 3 0.1085 0.0000 0.0081 6.852 0.48 3.09 -2.62 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9822 0.0178 0.0000 1 0 0.9799 0.0201 0.0000 1 0 0.9763 0.0237 0.0000
chr20 38926679 CGCG C 0.001907 0.100 1 -3 3 707 216 491 89 4 25 1 97 0 0 490 0 1 0.4120 0.0000 0.0020 7.640 2.27 3.46 -1.19 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1750 0.8238 0.0011 1 1 0.1891 0.8097 0.0012 1 1 0.2083 0.7905 0.0012
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 582 160 422 147 1 4 0 8 0 0 422 0 0 0.9187 0.0000 0.0000 39.000 0.41 3.25 -2.84 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1739 0.8261 0.0000 0 0 0.8341 0.1659 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 1044 364 680 18 0 48 15 283 0 0 678 0 2 0.0495 0.0000 0.0029 6.583 0.22 3.14 -2.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9770 0.0230 2 2 0.0000 0.0312 0.9688
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.100 1 -9 1 541 251 290 227 1 14 0 9 1 0 289 0 0 0.9044 0.0034 0.0034 18.231 0.61 8.33 -7.73 81 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 541 244 297 186 12 28 3 15 0 0 297 0 0 0.7623 0.0000 0.0000 7.714 0.35 3.53 -3.18 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2361 0.7639 0.0000
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.100 1 3 1 394 96 298 78 0 11 0 7 0 0 298 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 7.727 0.54 3.00 -2.46 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0903 0.9097 0.0000 0 0 0.6317 0.3683 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 198 31 167 0 0 4 0 27 0 1 161 2 3 0.0000 0.0000 0.0359 6.750 5.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 263 119 144 15 0 0 0 104 0 1 143 0 0 0.1261 0.0000 0.0069 119.000 0.07 2.08 -2.01 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9775 0.0225
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 776 175 601 8 0 3 0 164 0 0 591 0 10 0.0457 0.0000 0.0166 57.333 0.38 5.71 -5.33 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.4472 0.5528 2 2 0.0000 0.0340 0.9660
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 641 176 465 163 1 9 0 3 0 0 465 0 0 0.9261 0.0000 0.0000 18.556 0.25 3.33 -3.08 77 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9495 0.0505 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.100 1 -30 1 734 191 543 95 1 18 2 75 3 1 535 1 3 0.4974 0.0055 0.0147 9.500 1.37 15.05 -13.68 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6789 0.3168 0.0043 1 0 0.6772 0.3179 0.0049 1 0 0.6738 0.3202 0.0060
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 257 134 123 66 0 10 0 58 0 0 123 0 0 0.4925 0.0000 0.0000 12.400 0.09 3.09 -3.00 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3095 0.6049 0.0856 1 1 0.3107 0.5979 0.0914 1 1 0.3116 0.5891 0.0993
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 270 48 222 0 0 3 2 43 0 0 221 0 1 0.0000 0.0000 0.0045 15.000 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1279 199 1080 179 1 9 0 10 1 0 1078 0 1 0.8995 0.0009 0.0019 27.143 0.64 3.60 -2.96 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0346 0.9654 0.0000 0 0 0.7447 0.2553 0.0000
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1280 199 1081 176 0 9 4 10 1 0 1079 0 1 0.8844 0.0009 0.0019 23.625 0.65 3.60 -2.95 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0051 0.9949 0.0000 0 1 0.3945 0.6055 0.0000
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 698 151 547 77 2 17 0 55 21 5 513 2 6 0.5099 0.0384 0.0622 7.882 1.25 13.40 -12.15 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9603 0.0396 0.0001 1 0 0.9563 0.0437 0.0001 1 0 0.9501 0.0498 0.0001
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 582 127 455 61 0 11 1 54 0 0 452 0 3 0.4803 0.0000 0.0066 10.545 1.23 13.44 -12.21 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2181 0.6378 0.1441 1 1 0.2220 0.6280 0.1500 1 1 0.2267 0.6156 0.1577
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.100 1 -15 2 592 123 469 60 2 5 3 53 0 0 469 0 0 0.4878 0.0000 0.0000 29.250 1.23 13.66 -12.43 22 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4518 0.5216 0.0266 1 1 0.4558 0.5159 0.0282 1 1 0.4605 0.5091 0.0303
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 331 131 200 2 1 12 0 116 0 0 200 0 0 0.0153 0.0000 0.0000 9.917 0.50 8.26 -7.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0559 0.9441 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 592 226 366 103 2 26 1 94 0 0 361 0 5 0.4558 0.0000 0.0137 7.692 0.39 3.32 -2.93 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2777 0.6745 0.0477 1 1 0.2879 0.6607 0.0514 1 1 0.3005 0.6430 0.0565
chr22 18609475 C CGG 0.080580 0.100 1 2 2 1140 121 1019 84 3 2 1 31 2 1 1016 0 0 0.6942 0.0020 0.0029 59.500 0.26 2.13 -1.87 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9937 0.0063 0.0000 1 0 0.9925 0.0075 0.0000 1 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr22 21939548 TTCC T 0.004632 0.100 1 -3 4 285 116 169 71 0 2 0 43 0 0 168 0 1 0.6121 0.0000 0.0059 57.000 0.20 3.21 -3.01 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8916 0.1084 0.0000 1 0 0.8856 0.1144 0.0000 1 0 0.8770 0.1230 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 188 95 93 83 0 7 0 5 0 0 93 0 0 0.8737 0.0000 0.0000 12.571 0.12 3.20 -3.08 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.4936 0.5064 0.0000 0 0 0.8777 0.1223 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 700 132 568 1 0 43 0 88 0 1 547 0 20 0.0076 0.0000 0.0370 2.070 6.00 14.07 -8.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 1270 357 913 233 14 92 2 16 1 0 910 0 2 0.6527 0.0011 0.0033 2.890 0.65 3.62 -2.97 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.7784 0.2216 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 742 208 534 110 0 3 0 95 0 0 531 0 3 0.5288 0.0000 0.0056 68.333 0.23 3.86 -3.64 78 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4036 0.5711 0.0253 1 1 0.4098 0.5621 0.0282 1 1 0.4167 0.5510 0.0323
chr22 32247460 AC A 0.008210 0.100 1 -1 1 100 45 55 22 0 1 0 22 0 0 55 0 0 0.4889 0.0000 0.0000 44.000 0.41 1.95 -1.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4426 0.5537 0.0037 1 1 0.4466 0.5497 0.0037 1 1 0.4517 0.5446 0.0037
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 639 193 446 0 1 3 0 189 0 0 438 0 8 0.0000 0.0000 0.0179 63.333 2.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 489 214 275 83 0 50 0 81 0 0 270 0 5 0.3879 0.0000 0.0182 3.280 0.36 6.00 -5.64 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1782 0.7210 0.1007 1 1 0.1884 0.7076 0.1040 1 1 0.2018 0.6900 0.1081
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 484 91 393 6 0 5 3 77 0 0 393 0 0 0.0659 0.0000 0.0000 17.200 0.00 14.51 -14.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8962 0.1038 2 2 0.0000 0.4337 0.5663
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 315 134 181 78 1 2 0 53 0 0 169 0 12 0.5821 0.0000 0.0663 66.000 0.46 26.53 -26.07 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5661 0.4177 0.0161 1 0 0.5650 0.4170 0.0179 1 0 0.5627 0.4167 0.0206
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 350 163 187 84 0 9 0 70 0 0 183 0 4 0.5153 0.0000 0.0214 17.111 0.20 7.77 -7.57 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4359 0.5330 0.0311 1 1 0.4395 0.5266 0.0339 1 1 0.4433 0.5189 0.0378
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 337 116 221 9 0 5 0 102 0 0 212 0 9 0.0776 0.0000 0.0407 22.200 0.00 3.00 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9591 0.0409 2 2 0.0000 0.3789 0.6211
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 488 184 304 78 0 23 4 79 0 0 302 0 2 0.4239 0.0000 0.0066 6.957 0.24 2.97 -2.73 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1245 0.7195 0.1560 1 1 0.1336 0.7076 0.1588 1 1 0.1459 0.6922 0.1619
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1490 358 1132 175 0 7 2 174 0 0 1117 0 15 0.4888 0.0000 0.0133 58.500 0.39 10.49 -10.10 59 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0196 0.7943 0.1861 1 1 0.0234 0.7796 0.1970 1 1 0.0293 0.7602 0.2105
679 rows