File Info

Filename
HG03687_x_HG03780_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG03687_x_HG03780_FF_10.features.tsv
Size
145.0 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 364 163 201 96 0 8 0 59 0 0 201 0 0 0.5890 0.0000 0.0000 19.375 1.06 8.36 -7.29 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9010 0.0984 0.0006 1 0 0.8931 0.1061 0.0008 1 0 0.8815 0.1174 0.0011
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 412 158 254 124 5 17 1 11 2 0 251 0 1 0.7848 0.0079 0.0118 8.294 0.20 3.91 -3.71 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1260 0.8740 0.0000
chr1 1752908 C CCCTCCT 0.500000 0.100 1 6 1 412 158 254 128 1 24 0 5 2 0 251 0 1 0.8101 0.0079 0.0118 6.091 0.29 3.80 -3.51 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.5299 0.4701 0.0000 0 0 0.9223 0.0777 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 582 206 376 159 2 32 0 13 0 0 376 0 0 0.7718 0.0000 0.0000 5.406 0.42 8.77 -8.35 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.3706 0.6294 0.0000
chr1 2498647 G GGTGGGGGCC 0.500000 0.100 1 9 1 385 113 272 95 0 12 0 6 0 0 271 0 1 0.8407 0.0000 0.0037 8.417 0.53 7.50 -6.97 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0625 0.9375 0.0000 0 0 0.5292 0.4708 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 532 135 397 67 0 15 4 49 0 0 396 0 1 0.4963 0.0000 0.0025 7.933 0.64 3.45 -2.81 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4937 0.4716 0.0346 1 0 0.4903 0.4716 0.0381 1 0 0.4850 0.4718 0.0431
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 375 61 314 19 0 0 2 40 0 0 314 0 0 0.3115 0.0000 0.0000 60.000 0.00 1.15 -1.15 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0086 0.2190 0.7724 1 2 0.0101 0.2299 0.7600 1 2 0.0124 0.2450 0.7426
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 1222 275 947 220 33 17 0 5 0 0 947 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 13.412 1.76 3.20 -1.44 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8584 0.1416 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr1 19270780 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 712 197 515 193 1 0 0 3 0 0 515 0 0 0.9797 0.0000 0.0000 197.000 0.42 3.00 -2.58 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9621 0.0379 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -24 1 602 140 462 79 0 5 0 56 0 0 457 0 5 0.5643 0.0000 0.0108 27.000 0.48 20.04 -19.55 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5898 0.3936 0.0166 1 0 0.5844 0.3967 0.0189 1 0 0.5763 0.4013 0.0224
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 277 106 171 101 0 1 0 4 0 0 171 0 0 0.9528 0.0000 0.0000 105.000 0.25 1.00 -0.75 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0243 0.9757 0.0000 0 0 0.6887 0.3113 0.0000 0 0 0.9119 0.0881 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 408 152 256 70 0 16 0 66 0 0 251 0 5 0.4605 0.0000 0.0195 8.500 0.43 3.08 -2.65 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1508 0.6652 0.1839 1 1 0.1568 0.6535 0.1897 1 1 0.1644 0.6386 0.1970
chr1 39387289 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 1 563 142 421 82 1 4 0 55 0 0 418 0 3 0.5775 0.0000 0.0071 34.250 0.59 3.18 -2.60 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7387 0.2557 0.0056 1 0 0.7298 0.2635 0.0067 1 0 0.7170 0.2746 0.0084
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 327 106 221 48 0 11 0 47 0 0 219 0 2 0.4528 0.0000 0.0090 8.636 0.10 3.15 -3.04 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1732 0.6156 0.2112 1 1 0.1778 0.6071 0.2151 1 1 0.1837 0.5964 0.2200
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 353 87 266 45 0 0 0 42 0 0 265 0 1 0.5172 0.0000 0.0038 87.000 0.36 2.43 -2.07 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2382 0.6016 0.1602 1 1 0.2412 0.5941 0.1647 1 1 0.2448 0.5846 0.1706
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 656 171 485 0 0 18 0 153 0 0 484 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 8.500 6.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.100 1 -6 6 710 145 565 121 2 12 1 9 1 3 561 0 0 0.8345 0.0018 0.0071 11.083 2.69 7.11 -4.42 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 1 0.4664 0.5336 0.0000
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 219 67 152 55 1 5 0 6 0 0 152 0 0 0.8209 0.0000 0.0000 12.400 0.18 3.00 -2.82 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000 0 1 0.2433 0.7567 0.0000
chr1 54610464 CCACTCCACATTCAGACCGTCATCCCCAGG C 0.500000 0.100 1 -29 1 266 114 152 78 0 2 0 34 0 0 146 0 6 0.6842 0.0000 0.0395 56.000 1.03 19.03 -18.00 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9238 0.0757 0.0005 1 0 0.9162 0.0831 0.0006 1 0 0.9049 0.0941 0.0009
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 189 87 102 51 0 1 0 35 0 0 101 0 1 0.5862 0.0000 0.0098 86.000 0.08 3.34 -3.26 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5734 0.3973 0.0293 1 0 0.5657 0.4019 0.0324 1 0 0.5548 0.4082 0.0370
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 458 217 241 183 0 23 0 11 0 0 240 0 1 0.8433 0.0000 0.0041 8.435 0.87 9.91 -9.03 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.7646 0.2354 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 483 157 326 65 0 13 0 79 1 0 324 0 1 0.4140 0.0031 0.0061 11.077 0.23 5.41 -5.17 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0299 0.4903 0.4798 1 1 0.0332 0.4885 0.4783 1 1 0.0380 0.4866 0.4754
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 161 72 89 34 0 4 0 34 0 0 89 0 0 0.4722 0.0000 0.0000 17.000 0.32 3.03 -2.71 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2087 0.5826 0.2087 1 1 0.2118 0.5765 0.2118 1 1 0.2157 0.5687 0.2157
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 407 105 302 46 2 7 1 49 0 0 300 0 2 0.4381 0.0000 0.0066 16.000 0.57 3.45 -2.88 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1279 0.6033 0.2689 1 1 0.1329 0.5956 0.2715 1 1 0.1395 0.5860 0.2745
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 796 204 592 178 1 16 2 7 0 0 588 1 3 0.8725 0.0000 0.0068 11.688 0.27 10.86 -10.59 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0224 0.9776 0.0000 0 0 0.7111 0.2889 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 814 220 594 191 1 18 1 9 0 0 594 0 0 0.8682 0.0000 0.0000 11.222 0.38 10.56 -10.18 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3078 0.6922 0.0000 0 0 0.9525 0.0475 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 184 73 111 34 28 7 0 4 0 0 111 0 0 0.4658 0.0000 0.0000 6.286 0.03 2.00 -1.97 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2045 0.7955 0.0000 0 0 0.5611 0.4389 0.0000
chr1 146019625 G GCCT 0.500000 0.100 1 3 2 477 115 362 57 0 19 2 37 0 0 358 0 4 0.4957 0.0000 0.0110 5.053 0.26 3.43 -3.17 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5351 0.4321 0.0328 1 0 0.5292 0.4347 0.0361 1 0 0.5208 0.4383 0.0410
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 210 82 128 41 0 2 0 39 0 0 128 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 40.000 0.44 5.95 -5.51 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2438 0.5921 0.1640 1 1 0.2464 0.5853 0.1683 1 1 0.2495 0.5767 0.1739
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1690 457 1233 122 6 168 10 151 21 5 1130 13 64 0.2670 0.0170 0.0835 1.729 2.43 8.15 -5.73 16 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0038 0.9962 1 2 0.0000 0.0045 0.9955 1 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1210 250 960 120 0 40 0 90 1 0 948 0 11 0.4800 0.0010 0.0125 5.250 0.31 4.13 -3.83 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5443 0.4454 0.0103 1 0 0.5447 0.4432 0.0120 1 0 0.5439 0.4414 0.0147
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 242 75 167 7 1 11 5 51 0 0 167 0 0 0.0933 0.0000 0.0000 5.455 0.00 1.31 -1.31 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.8850 0.1150
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 250 83 167 0 0 7 0 76 0 0 148 0 19 0.0000 0.0000 0.1138 10.857 11.86 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.100 1 18 5 250 100 150 2 0 1 0 97 0 0 148 0 2 0.0200 0.0000 0.0133 99.000 0.00 9.57 -9.57 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3519 0.6481 2 2 0.0000 0.0564 0.9436 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr1 152761247 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 415 122 293 66 0 0 1 55 0 0 292 0 1 0.5410 0.0000 0.0034 122.000 0.27 1.45 -1.18 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.5619 0.0630 1 1 0.3758 0.5566 0.0676 1 1 0.3759 0.5501 0.0740
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 862 302 560 234 0 58 0 10 0 0 556 0 4 0.7748 0.0000 0.0071 4.207 0.20 13.80 -13.60 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0385 0.9615 0.0000 0 0 0.9145 0.0855 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1181 288 893 12 1 65 4 206 0 1 849 4 39 0.0417 0.0000 0.0493 3.581 2.75 9.82 -7.07 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7743 0.2257 2 2 0.0000 0.0211 0.9789
chr1 153261783 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 2 980 340 640 240 1 97 0 2 11 9 607 13 0 0.7059 0.0172 0.0516 2.531 1.12 4.00 -2.88 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0624 0.9376 0.0000 0 0 0.9689 0.0311 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 593 247 346 218 2 21 1 5 0 0 346 0 0 0.8826 0.0000 0.0000 11.842 1.89 7.40 -5.51 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5178 0.4822 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 580 241 339 100 5 51 10 75 0 0 339 0 0 0.4149 0.0000 0.0000 23.125 0.27 4.03 -3.76 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2943 0.6504 0.0553 1 1 0.3005 0.6392 0.0603 1 1 0.3077 0.6251 0.0672
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.100 1 2 1 579 239 340 105 10 40 5 79 0 0 340 0 0 0.4393 0.0000 0.0000 4.750 0.63 4.20 -3.57 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7248 0.2714 0.0038 1 0 0.7183 0.2771 0.0047 1 0 0.7086 0.2854 0.0060
chr1 155085169 GGGGGTGGGCCCC G 0.500000 0.100 1 -12 1 498 176 322 91 1 8 1 75 0 0 315 0 7 0.5170 0.0000 0.0217 20.875 0.49 10.19 -9.69 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3275 0.6197 0.0529 1 1 0.3322 0.6103 0.0575 1 1 0.3374 0.5985 0.0641
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 213 96 117 3 0 6 2 85 0 0 115 1 1 0.0312 0.0000 0.0171 15.000 0.00 1.13 -1.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8853 0.1147 2 2 0.0000 0.2215 0.7785 2 2 0.0000 0.0841 0.9159
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 665 156 509 0 0 1 0 155 0 0 507 1 1 0.0000 0.0000 0.0039 155.000 2.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1217 249 968 0 0 9 0 240 0 0 964 0 4 0.0000 0.0000 0.0041 26.667 1.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 293 72 221 11 0 5 4 52 0 0 221 0 0 0.1528 0.0000 0.0000 13.400 1.27 1.44 -0.17 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9870 0.0130
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 146 47 99 0 0 8 0 39 0 0 99 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.875 4.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1205 0.8795 2 2 0.0000 0.1248 0.8752 2 2 0.0000 0.1310 0.8690
chr1 200409603 T TGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 433 127 306 104 1 17 0 5 0 0 306 0 0 0.8189 0.0000 0.0000 6.412 1.03 4.80 -3.77 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.4798 0.5202 0.0000 0 0 0.8675 0.1325 0.0000
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 628 173 455 9 2 7 149 6 0 0 450 5 0 0.0520 0.0000 0.0110 3.000 0.33 4.67 -4.33 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9798 0.0202 2 1 0.0000 0.5439 0.4561
chr1 201386873 CCCA C 0.500000 0.100 1 -3 1 627 172 455 6 0 8 1 157 0 0 450 0 5 0.0349 0.0000 0.0110 20.500 0.00 3.98 -3.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 2 0.0000 0.1477 0.8523 2 2 0.0000 0.0170 0.9830
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.100 1 -2 3 625 175 450 8 0 2 155 10 0 0 450 0 0 0.0457 0.0000 0.0000 86.500 0.12 3.80 -3.67 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.5931 0.4069 2 2 0.0000 0.0591 0.9409
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 657 190 467 79 0 29 0 82 0 0 434 0 33 0.4158 0.0000 0.0707 5.552 0.20 11.40 -11.20 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0007 0.1274 0.8720 1 2 0.0009 0.1348 0.8643 1 2 0.0013 0.1458 0.8530
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 445 237 208 11 0 33 0 193 0 0 203 0 5 0.0464 0.0000 0.0240 6.182 0.91 11.27 -10.36 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8609 0.1391 2 2 0.0000 0.0726 0.9274
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 199 58 141 28 0 0 0 30 0 0 141 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 58.000 0.07 3.00 -2.93 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1746 0.5659 0.2595 1 1 0.1782 0.5609 0.2609 1 1 0.1829 0.5547 0.2624
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.100 1 -18 1 468 135 333 48 0 61 0 26 0 0 329 0 4 0.3556 0.0000 0.0120 1.213 1.25 13.58 -12.33 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6577 0.3237 0.0185 1 0 0.6474 0.3317 0.0209 1 0 0.6330 0.3424 0.0246
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 675 150 525 67 0 11 0 72 1 0 520 0 4 0.4467 0.0019 0.0095 12.636 0.33 8.74 -8.41 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0674 0.6035 0.3291 1 1 0.0723 0.5955 0.3322 1 1 0.0792 0.5854 0.3355
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 220 95 125 9 0 4 0 82 0 0 125 0 0 0.0947 0.0000 0.0000 22.750 0.00 1.20 -1.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9957 0.0043 2 1 0.0000 0.8564 0.1436
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 595 164 431 73 1 22 1 67 0 1 427 0 3 0.4451 0.0000 0.0093 6.455 0.64 3.30 -2.65 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2369 0.6549 0.1082 1 1 0.2422 0.6438 0.1140 1 1 0.2485 0.6297 0.1218
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 472 123 349 76 0 3 0 44 0 0 348 0 1 0.6179 0.0000 0.0029 40.000 0.46 1.39 -0.93 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8549 0.1433 0.0018 1 0 0.8451 0.1526 0.0023 1 0 0.8311 0.1658 0.0031
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 664 166 498 0 0 1 0 165 0 0 495 0 3 0.0000 0.0000 0.0060 165.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 248273727 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 1349 219 1130 205 1 4 0 9 0 0 1130 0 0 0.9361 0.0000 0.0000 53.750 0.48 1.78 -1.29 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000 0 0 0.9856 0.0144 0.0000
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 798 142 656 129 0 0 0 13 0 0 656 0 0 0.9085 0.0000 0.0000 142.000 0.35 1.92 -1.57 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1110 0.8890 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1067 246 821 106 3 2 0 135 0 0 821 0 0 0.4309 0.0000 0.0000 121.500 0.57 1.32 -0.75 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0037 0.3275 0.6688 1 2 0.0045 0.3295 0.6660 1 2 0.0058 0.3332 0.6610
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1105 124 981 0 0 2 2 120 0 0 973 0 8 0.0000 0.0000 0.0082 60.500 2.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 420 182 238 12 0 5 1 164 0 0 232 0 6 0.0659 0.0000 0.0252 35.400 0.92 6.63 -5.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9855 0.0145 2 2 0.0000 0.3539 0.6461
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 430 137 293 1 1 21 1 113 0 0 260 0 33 0.0073 0.0000 0.1126 5.524 5.00 10.69 -5.69 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.020747 0.100 1 21 5 430 137 293 17 50 21 2 47 1 0 260 2 30 0.1241 0.0034 0.1126 5.476 8.12 13.38 -5.27 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1126 0.8565 0.0309 1 1 0.1234 0.8459 0.0307 1 1 0.1387 0.8310 0.0303
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 569 134 435 101 0 23 0 10 0 0 435 0 0 0.7537 0.0000 0.0000 4.826 0.32 8.50 -8.18 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0539 0.9461 0.0000 0 0 0.7722 0.2278 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 232 55 177 22 0 0 0 33 0 0 175 0 2 0.4000 0.0000 0.0113 55.000 0.00 3.12 -3.12 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0421 0.4039 0.5540 1 2 0.0458 0.4091 0.5452 1 2 0.0510 0.4159 0.5331
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 538 139 399 68 0 13 0 58 0 0 395 0 4 0.4892 0.0000 0.0100 9.692 0.13 2.97 -2.83 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2948 0.6154 0.0897 1 1 0.2981 0.6068 0.0950 1 1 0.3018 0.5960 0.1022
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 39 2 502 179 323 77 0 94 0 8 0 0 323 0 0 0.4302 0.0000 0.0000 0.904 0.22 0.75 -0.53 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0093 0.9907 0.0000 0 1 0.1981 0.8019 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 436 151 285 72 0 16 4 59 0 0 285 0 0 0.4768 0.0000 0.0000 8.188 0.85 3.17 -2.32 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3919 0.5549 0.0532 1 1 0.3925 0.5499 0.0576 1 1 0.3925 0.5437 0.0638
chr2 73269451 AGCGGCGGCGGCGGCCGCG A 0.500000 0.100 1 -18 1 387 79 308 67 0 8 0 4 0 0 308 0 0 0.8481 0.0000 0.0000 8.875 0.85 10.25 -9.40 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.2865 0.7135 0.0000 0 0 0.6646 0.3354 0.0000
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 634 186 448 9 75 36 3 63 0 4 439 0 5 0.0484 0.0000 0.0201 4.167 1.11 3.59 -2.48 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5398 0.4411 0.0191 1 0 0.5370 0.4414 0.0217 1 0 0.5322 0.4424 0.0255
chr2 73385903 T TGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 634 186 448 81 4 89 1 11 2 2 440 1 3 0.4355 0.0045 0.0179 1.105 6.17 4.64 1.54 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0047 0.9953 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 635 191 444 79 1 33 0 78 0 0 438 0 6 0.4136 0.0000 0.0135 4.788 3.03 6.71 -3.68 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1023 0.6748 0.2229 1 1 0.1084 0.6625 0.2292 1 1 0.1165 0.6468 0.2368
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 438 98 340 48 0 4 0 46 0 0 340 0 0 0.4898 0.0000 0.0000 23.500 0.19 2.91 -2.73 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2340 0.6086 0.1574 1 1 0.2373 0.6006 0.1621 1 1 0.2413 0.5905 0.1682
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 383 150 233 73 2 10 3 62 0 0 232 0 1 0.4867 0.0000 0.0043 14.000 0.62 3.48 -2.87 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3548 0.5846 0.0606 1 1 0.3570 0.5777 0.0653 1 1 0.3590 0.5691 0.0719
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 602 162 440 5 0 28 5 124 0 0 436 0 4 0.0309 0.0000 0.0091 4.786 0.20 3.18 -2.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 2 0.0000 0.2109 0.7891 2 2 0.0000 0.0375 0.9625
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 759 200 559 183 2 4 2 9 0 0 559 0 0 0.9150 0.0000 0.0000 65.000 0.42 8.22 -7.80 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0882 0.9118 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 112 46 66 31 0 0 0 15 0 0 66 0 0 0.6739 0.0000 0.0000 46.000 0.10 3.40 -3.30 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6431 0.3300 0.0270 1 0 0.6314 0.3387 0.0299 1 0 0.6153 0.3504 0.0343
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 553 117 436 0 0 0 0 117 0 0 427 0 9 0.0000 0.0000 0.0206 117.000 5.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr2 127701591 GGCCGCGGAGCCGCTGCTC G 0.500000 0.100 1 -18 1 433 112 321 69 0 7 0 36 0 0 311 0 10 0.6161 0.0000 0.0312 15.000 0.80 15.39 -14.59 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7299 0.2625 0.0076 1 0 0.7200 0.2710 0.0090 1 0 0.7060 0.2828 0.0111
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 315 131 184 54 0 14 0 63 0 0 181 0 3 0.4122 0.0000 0.0163 8.357 0.19 6.08 -5.89 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0423 0.5009 0.4568 1 1 0.0462 0.4992 0.4546 1 1 0.0517 0.4974 0.4509
chr2 158123882 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 1 210 89 121 12 0 4 1 72 0 0 121 0 0 0.1348 0.0000 0.0000 21.000 0.08 2.04 -1.96 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9847 0.0153
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 183 87 96 67 0 15 0 5 0 0 94 0 2 0.7701 0.0000 0.0208 4.800 0.97 6.40 -5.43 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0162 0.9838 0.0000 0 1 0.2243 0.7757 0.0000
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.100 1 3 4 182 71 111 54 0 13 0 4 0 0 111 0 0 0.7606 0.0000 0.0000 4.462 0.83 6.00 -5.17 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.1735 0.8265 0.0000 0 0 0.5133 0.4867 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 172 74 98 4 0 21 0 49 0 0 98 0 0 0.0541 0.0000 0.0000 2.524 0.00 10.49 -10.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8596 0.1404 2 1 0.0000 0.5473 0.4527
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 413 103 310 44 0 10 0 49 0 0 310 0 0 0.4272 0.0000 0.0000 9.300 0.39 3.00 -2.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1127 0.5837 0.3036 1 1 0.1176 0.5774 0.3050 1 1 0.1242 0.5695 0.3063
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 320 142 178 12 0 3 0 127 0 0 172 0 6 0.0845 0.0000 0.0337 46.333 0.00 3.07 -3.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.7769 0.2231
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 590 227 363 124 0 6 0 97 1 0 362 0 0 0.5463 0.0028 0.0028 36.833 0.54 3.32 -2.78 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7277 0.2695 0.0028 1 0 0.7223 0.2742 0.0035 1 0 0.7140 0.2815 0.0046
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 684 140 544 77 0 6 1 56 0 0 544 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 22.333 0.26 4.07 -3.81 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6463 0.3416 0.0121 1 0 0.6390 0.3470 0.0140 1 0 0.6284 0.3548 0.0169
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 372 158 214 0 0 21 5 132 0 0 203 0 11 0.0000 0.0000 0.0514 6.524 5.46 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 372 158 214 0 0 29 0 129 0 0 203 0 11 0.0000 0.0000 0.0514 4.448 5.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 381 72 309 33 16 10 6 7 0 0 308 1 0 0.4583 0.0000 0.0032 5.000 0.91 2.57 -1.66 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0952 0.9047 0.0001 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 1 0.0225 0.9775 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 291 110 181 56 0 2 0 52 0 0 180 0 1 0.5091 0.0000 0.0055 54.000 0.11 3.02 -2.91 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2447 0.6203 0.1350 1 1 0.2483 0.6115 0.1402 1 1 0.2526 0.6004 0.1470
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.100 1 -21 2 692 179 513 169 0 6 0 4 0 0 512 0 1 0.9441 0.0000 0.0019 28.833 1.00 10.50 -9.50 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0759 0.9241 0.0000 0 0 0.9576 0.0424 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 516 135 381 0 0 18 2 115 0 0 376 0 5 0.0000 0.0000 0.0131 6.500 7.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 625 192 433 108 4 13 1 66 0 0 401 0 32 0.5625 0.0000 0.0739 13.615 0.24 19.86 -19.62 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3715 0.5979 0.0306 1 1 0.3769 0.5889 0.0342 1 1 0.3828 0.5777 0.0394
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 655 112 543 91 0 6 0 15 0 0 542 0 1 0.8125 0.0000 0.0018 17.667 0.21 3.27 -3.06 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0029 0.9971 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 355 133 222 50 1 3 6 73 0 0 221 0 1 0.3759 0.0000 0.0045 42.000 0.88 4.40 -3.52 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0032 0.1904 0.8064 1 2 0.0039 0.1995 0.7966 1 2 0.0050 0.2125 0.7825
chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.100 1 -3 4 499 172 327 155 0 8 0 9 0 0 327 0 0 0.9012 0.0000 0.0000 20.500 0.46 4.44 -3.99 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1387 0.8613 0.0000 0 0 0.8520 0.1480 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 344 87 257 4 0 17 3 63 0 0 257 0 0 0.0460 0.0000 0.0000 4.118 0.00 3.25 -3.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 1 0.0000 0.7235 0.2765 2 2 0.0000 0.3463 0.6537
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 683 194 489 15 0 1 0 178 0 0 476 0 13 0.0773 0.0000 0.0266 193.000 0.20 3.22 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9887 0.0113 2 2 0.0000 0.1673 0.8327
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 640 155 485 75 0 26 0 54 2 0 469 0 14 0.4839 0.0041 0.0330 4.962 0.41 11.02 -10.61 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4836 0.4976 0.0188 1 1 0.4877 0.4921 0.0203 1 0 0.4921 0.4855 0.0224
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 484 114 370 62 2 0 4 46 0 0 370 0 0 0.5439 0.0000 0.0000 112.000 0.66 5.26 -4.60 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5323 0.4380 0.0297 1 0 0.5272 0.4398 0.0329 1 0 0.5197 0.4427 0.0376
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 484 142 342 68 0 4 0 70 0 0 342 0 0 0.4789 0.0000 0.0000 34.500 0.24 3.04 -2.81 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1373 0.6587 0.2041 1 1 0.1431 0.6474 0.2095 1 1 0.1508 0.6330 0.2163
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 643 221 422 158 5 47 0 11 2 0 419 0 1 0.7149 0.0047 0.0071 3.761 2.13 2.91 -0.78 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0109 0.9891 0.0000 0 0 0.5827 0.4173 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 643 224 419 82 1 44 11 86 0 0 416 0 3 0.3661 0.0000 0.0072 4.091 0.57 3.10 -2.53 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0177 0.4674 0.5150 1 2 0.0201 0.4656 0.5144 1 2 0.0238 0.4639 0.5123
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 672 176 496 0 0 13 0 163 0 0 494 0 2 0.0000 0.0000 0.0040 12.538 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 377 157 220 0 0 6 0 151 0 0 216 0 4 0.0000 0.0000 0.0182 25.167 3.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 612 154 458 58 0 15 8 73 0 0 457 0 1 0.3766 0.0000 0.0022 9.267 0.40 3.58 -3.18 32 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0063 0.2677 0.7260 1 2 0.0074 0.2753 0.7173 1 2 0.0093 0.2859 0.7048
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 388 105 283 0 0 13 56 36 0 0 279 4 0 0.0000 0.0000 0.0141 7.077 4.19 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 388 106 282 2 1 48 0 55 0 0 278 0 4 0.0189 0.0000 0.0142 1.208 0.50 5.78 -5.28 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9695 0.0305 2 1 0.0000 0.6113 0.3887 2 2 0.0000 0.3373 0.6627
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 474 152 322 67 0 26 1 58 0 0 317 0 5 0.4408 0.0000 0.0155 4.846 0.15 5.55 -5.40 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2286 0.6454 0.1260 1 1 0.2334 0.6349 0.1317 1 1 0.2392 0.6216 0.1392
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 187 89 98 4 0 6 0 79 0 0 96 0 2 0.0449 0.0000 0.0204 13.833 0.00 7.94 -7.94 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9915 0.0085 2 1 0.0000 0.5529 0.4471 2 2 0.0000 0.2037 0.7963
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 240 86 154 0 0 2 5 79 0 0 150 0 4 0.0000 0.0000 0.0260 42.000 3.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0139 0.9861
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 241 91 150 2 0 2 80 7 0 0 150 0 0 0.0220 0.0000 0.0000 44.500 1.00 4.29 -3.29 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5516 0.4484 2 2 0.0000 0.1181 0.8819 2 2 0.0000 0.0611 0.9389
chr3 63912684 G GGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 9 3 299 81 218 37 1 10 0 33 1 0 210 0 7 0.4568 0.0046 0.0367 7.100 1.16 8.21 -7.05 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1824 0.5944 0.2232 1 1 0.1863 0.5874 0.2263 1 1 0.1914 0.5786 0.2301
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.100 1 1 5 523 159 364 71 0 1 1 86 0 0 364 0 0 0.4465 0.0000 0.0000 158.000 0.24 1.56 -1.32 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0223 0.4636 0.5141 1 2 0.0250 0.4628 0.5121 1 2 0.0292 0.4624 0.5084
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 732 176 556 82 0 9 0 85 0 0 552 0 4 0.4659 0.0000 0.0072 18.556 0.28 9.51 -9.23 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0701 0.6491 0.2808 1 1 0.0754 0.6382 0.2864 1 1 0.0828 0.6243 0.2929
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 501 130 371 70 0 9 0 51 0 0 371 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 13.444 0.33 1.18 -0.85 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6353 0.3499 0.0147 1 0 0.6277 0.3555 0.0168 1 0 0.6167 0.3633 0.0200
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 346 99 247 46 0 6 0 47 0 0 246 0 1 0.4646 0.0000 0.0040 15.500 0.35 1.34 -0.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1574 0.6085 0.2340 1 1 0.1621 0.6005 0.2373 1 1 0.1682 0.5904 0.2413
chr3 108444683 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 3 238 87 151 80 0 1 0 6 0 0 151 0 0 0.9195 0.0000 0.0000 86.000 0.15 2.00 -1.85 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0838 0.9162 0.0000 0 0 0.5078 0.4922 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 105 35 70 12 2 0 2 19 0 0 70 0 0 0.3429 0.0000 0.0000 33.000 0.42 1.05 -0.64 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1025 0.4851 0.4125 1 1 0.1068 0.4859 0.4073 1 1 0.1127 0.4871 0.4003
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1088 284 804 1 0 87 13 183 0 0 800 0 4 0.0035 0.0000 0.0050 2.253 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 531 168 363 67 1 16 2 82 0 0 363 0 0 0.3988 0.0000 0.0000 9.500 0.54 6.55 -6.01 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0220 0.4531 0.5249 1 2 0.0248 0.4530 0.5222 1 2 0.0288 0.4535 0.5177
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 748 151 597 75 0 3 0 73 0 0 595 0 2 0.4967 0.0000 0.0034 49.333 0.49 3.47 -2.97 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1620 0.6761 0.1620 1 1 0.1681 0.6637 0.1681 1 1 0.1760 0.6479 0.1760
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 704 129 575 48 1 36 0 44 0 0 575 0 0 0.3721 0.0000 0.0000 2.583 0.50 8.70 -8.20 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3035 0.5837 0.1127 1 1 0.3049 0.5774 0.1177 1 1 0.3062 0.5695 0.1243
chr3 125055810 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 5 309 97 212 48 0 8 1 40 0 0 212 0 0 0.4948 0.0000 0.0000 11.125 1.60 3.50 -1.90 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3578 0.5530 0.0893 1 1 0.3572 0.5487 0.0940 1 1 0.3560 0.5434 0.1006
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 208 100 108 17 0 0 0 83 0 0 108 0 0 0.1700 0.0000 0.0000 100.000 0.35 2.60 -2.25 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 429 165 264 9 0 4 1 151 0 0 263 0 1 0.0545 0.0000 0.0038 40.250 1.00 2.22 -1.22 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8723 0.1277 2 2 0.0000 0.1605 0.8395
chr3 168024565 GTCC G 0.500000 0.100 1 -3 2 307 112 195 103 1 6 0 2 0 0 195 0 0 0.9196 0.0000 0.0000 17.667 0.17 3.50 -3.33 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7016 0.2984 0.0000 0 0 0.9554 0.0446 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000
chr3 183427959 CTTT C 0.500000 0.100 1 -3 2 191 104 87 101 1 0 0 2 0 0 87 0 0 0.9712 0.0000 0.0000 104.000 0.47 4.00 -3.53 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6800 0.3200 0.0000 0 0 0.9510 0.0490 0.0000 0 0 0.9751 0.0249 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 390 172 218 83 1 18 7 63 0 0 216 0 2 0.4826 0.0000 0.0092 8.556 0.22 3.38 -3.16 63 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4157 0.5455 0.0388 1 1 0.4169 0.5405 0.0426 1 1 0.4174 0.5345 0.0482
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 582 163 419 63 2 23 0 75 0 0 416 0 3 0.3865 0.0000 0.0072 6.087 0.32 2.99 -2.67 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0348 0.5083 0.4569 1 1 0.0383 0.5056 0.4560 1 1 0.0435 0.5026 0.4539
chr3 195781275 GGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCT G 0.500000 0.100 1 -48 2 5729 1598 4131 1165 53 160 18 202 159 182 3776 13 1 0.7290 0.0385 0.0859 9.503 3.27 4.93 -1.66 151 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 768 155 613 5 0 21 0 129 0 0 584 1 28 0.0323 0.0000 0.0473 6.381 0.00 11.65 -11.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9553 0.0447 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 219 89 130 0 0 19 2 68 0 0 127 0 3 0.0000 0.0000 0.0231 3.684 7.93 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0237 0.9763 2 2 0.0000 0.0255 0.9745 2 2 0.0000 0.0282 0.9718
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 219 92 127 1 1 19 29 42 0 0 126 0 1 0.0109 0.0000 0.0079 3.842 0.00 9.10 -9.10 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5894 0.4106 2 2 0.0000 0.1748 0.8252 2 2 0.0000 0.0962 0.9038
chr4 441751 CAG C 0.002391 0.100 1 -2 1 686 154 532 70 0 5 0 79 0 0 529 0 3 0.4545 0.0000 0.0056 37.250 0.74 2.34 -1.60 54 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1205 0.8761 0.0034 1 1 0.1320 0.8646 0.0034 1 1 0.1481 0.8486 0.0034
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 537 145 392 91 0 1 1 52 0 0 357 0 35 0.6276 0.0000 0.0893 144.000 0.11 15.10 -14.99 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0926 0.7324 0.1750 1 1 0.0959 0.7184 0.1856 1 1 0.1001 0.7002 0.1997
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.100 1 -6 2 635 260 375 8 0 75 2 175 0 0 355 1 19 0.0308 0.0000 0.0533 2.467 2.12 6.33 -4.21 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.4462 0.5538 2 2 0.0000 0.0350 0.9650
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 620 156 464 83 1 8 0 64 0 0 464 0 0 0.5321 0.0000 0.0000 18.500 1.07 12.00 -10.93 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7650 0.2339 0.0011 1 0 0.7609 0.2378 0.0012 1 0 0.7549 0.2436 0.0015
chr4 15003254 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 742 231 511 188 4 28 0 11 1 0 509 0 1 0.8139 0.0020 0.0039 7.214 5.14 3.45 1.69 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0414 0.9586 0.0000 0 0 0.8400 0.1600 0.0000
chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.100 1 3 1 481 95 386 37 2 19 7 30 2 1 379 0 4 0.3895 0.0052 0.0181 3.947 1.97 5.30 -3.33 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2236 0.5971 0.1793 1 1 0.2268 0.5899 0.1834 1 1 0.2306 0.5808 0.1886
chr4 38927132 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 549 157 392 81 0 7 0 69 0 0 392 0 0 0.5159 0.0000 0.0000 21.429 0.37 3.77 -3.40 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4232 0.5376 0.0392 1 1 0.4238 0.5331 0.0431 1 1 0.4235 0.5279 0.0486
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 698 134 564 68 1 10 0 55 0 0 542 0 22 0.5075 0.0000 0.0390 12.400 0.34 14.24 -13.90 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0670 0.6058 0.3272 1 1 0.0719 0.5976 0.3305 1 1 0.0788 0.5873 0.3339
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 3 455 123 332 68 4 1 1 49 1 4 324 0 3 0.5528 0.0030 0.0241 120.000 0.97 3.65 -2.68 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7334 0.2600 0.0065 1 0 0.7241 0.2681 0.0078 1 0 0.7108 0.2795 0.0097
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2350 488 1862 186 7 148 6 141 4 3 1831 5 19 0.3811 0.0021 0.0166 2.310 1.46 8.52 -7.06 42 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5552 0.4424 0.0024 1 0 0.5625 0.4345 0.0030 1 0 0.5699 0.4260 0.0040
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3925 882 3043 409 23 35 11 404 53 51 2750 148 41 0.4637 0.0174 0.0963 27.833 2.41 8.03 -5.62 55 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0000 0.6576 0.3424 1 1 0.0000 0.6123 0.3876 1 1 0.0000 0.5558 0.4441
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3910 1136 2774 454 39 234 46 363 273 70 2378 30 23 0.3996 0.0984 0.1428 3.799 2.18 8.55 -6.37 6 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615749 CAGCAGTGACAGCAGCGAT C 0.500000 0.100 1 -18 2 3902 1061 2841 328 25 408 33 267 120 77 2581 39 24 0.3091 0.0422 0.0915 1.603 2.39 9.82 -7.43 28 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 380 116 264 109 0 2 0 5 0 0 264 0 0 0.9397 0.0000 0.0000 57.000 0.15 2.00 -1.85 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 0 0.5357 0.4643 0.0000 0 0 0.8897 0.1103 0.0000
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 425 144 281 133 0 3 0 8 0 0 281 0 0 0.9236 0.0000 0.0000 47.000 0.16 1.00 -0.84 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1363 0.8637 0.0000 0 0 0.7907 0.2093 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 680 149 531 129 0 4 0 16 0 0 531 0 0 0.8658 0.0000 0.0000 36.250 0.79 4.12 -3.33 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0178 0.9822 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 516 188 328 0 0 22 8 158 0 0 322 1 5 0.0000 0.0000 0.0183 7.545 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 476 181 295 51 65 51 1 13 0 5 289 0 1 0.2818 0.0000 0.0203 2.653 0.86 2.92 -2.06 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0264 0.9736 0.0000
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 2 477 191 286 77 1 36 0 77 1 1 276 1 7 0.4031 0.0035 0.0350 4.429 1.32 8.68 -7.35 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0867 0.6623 0.2509 1 1 0.0925 0.6507 0.2568 1 1 0.1003 0.6359 0.2638
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 260 121 139 104 2 6 0 9 0 0 139 0 0 0.8595 0.0000 0.0000 19.167 1.06 4.44 -3.39 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3465 0.6535 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 280 121 159 56 1 19 0 45 0 0 157 0 2 0.4628 0.0000 0.0126 5.368 0.73 5.09 -4.36 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4211 0.5208 0.0581 1 1 0.4192 0.5183 0.0624 1 1 0.4161 0.5154 0.0685
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 789 154 635 8 0 27 7 112 0 0 631 1 3 0.0519 0.0000 0.0063 4.704 0.62 3.28 -2.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9148 0.0852 2 2 0.0000 0.3028 0.6972
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 424 41 383 0 2 28 0 11 0 2 372 3 6 0.0000 0.0000 0.0287 0.423 14.09 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4503 0.5497 2 2 0.0000 0.4337 0.5663 2 2 0.0000 0.4168 0.5832
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 538 141 397 18 0 6 0 117 0 0 395 0 2 0.1277 0.0000 0.0050 22.500 0.11 3.03 -2.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9970 0.0030
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 361 100 261 29 4 9 0 58 1 0 256 0 4 0.2900 0.0038 0.0192 15.167 5.38 19.19 -13.81 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0024 0.1455 0.8521 1 2 0.0030 0.1553 0.8417 1 2 0.0040 0.1693 0.8268
chr5 80654908 G GCAGCGCCCC 0.500000 0.100 1 9 2 355 83 272 47 2 11 0 23 0 1 270 0 1 0.5663 0.0000 0.0074 6.545 24.13 7.04 17.08 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8172 0.1781 0.0047 1 0 0.8056 0.1888 0.0057 1 0 0.7891 0.2037 0.0072
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 358 83 275 32 0 3 1 47 1 0 272 0 2 0.3855 0.0036 0.0109 26.667 5.91 24.45 -18.54 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0214 0.3488 0.6298 1 2 0.0240 0.3556 0.6203 1 2 0.0279 0.3649 0.6071
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 273 91 182 50 0 1 0 40 0 0 180 1 1 0.5495 0.0000 0.0110 90.000 0.22 3.27 -3.05 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3844 0.5388 0.0768 1 1 0.3831 0.5354 0.0814 1 1 0.3809 0.5313 0.0878
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 164 71 93 64 0 2 0 5 0 0 93 0 0 0.9014 0.0000 0.0000 34.500 0.14 3.20 -3.06 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1065 0.8935 0.0000 0 1 0.4742 0.5258 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 241 94 147 37 1 16 8 32 0 0 146 0 1 0.3936 0.0000 0.0068 5.200 1.19 5.03 -3.84 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1444 0.5833 0.2723 1 1 0.1489 0.5770 0.2740 1 1 0.1549 0.5692 0.2759
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 924 215 709 10 0 23 3 179 0 0 695 3 11 0.0465 0.0000 0.0197 8.304 1.00 3.72 -2.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7061 0.2939 2 2 0.0000 0.0442 0.9558
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 616 142 474 71 2 6 0 63 0 0 474 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 22.667 0.21 1.21 -1.00 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3869 0.5598 0.0534 1 1 0.3879 0.5544 0.0578 1 1 0.3883 0.5478 0.0640
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 378 105 273 52 0 11 0 42 0 0 266 0 7 0.4952 0.0000 0.0256 8.545 0.27 7.50 -7.23 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2506 0.6111 0.1383 1 1 0.2538 0.6029 0.1433 1 1 0.2576 0.5925 0.1499
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 373 96 277 56 1 2 1 36 0 0 266 0 11 0.5833 0.0000 0.0397 47.000 1.45 9.06 -7.61 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3817 0.5481 0.0702 1 1 0.3812 0.5439 0.0748 1 1 0.3799 0.5388 0.0813
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 174 59 115 0 0 0 0 59 0 0 114 0 1 0.0000 0.0000 0.0087 59.000 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0476 0.9524 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.100 1 -6 3 361 42 319 26 1 0 0 15 0 1 317 1 0 0.6190 0.0000 0.0063 41.000 1.62 7.60 -5.98 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5371 0.4115 0.0514 1 0 0.5281 0.4166 0.0553 1 0 0.5158 0.4233 0.0609
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 204 82 122 0 0 3 5 74 0 0 114 0 8 0.0000 0.0000 0.0656 26.333 3.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 204 79 125 0 0 1 8 70 0 0 117 3 5 0.0000 0.0000 0.0640 77.000 3.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.100 1 -6 2 596 152 444 87 0 4 1 60 0 0 443 0 1 0.5724 0.0000 0.0023 36.750 0.10 5.87 -5.76 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7420 0.2530 0.0050 1 0 0.7334 0.2606 0.0060 1 0 0.7209 0.2714 0.0076
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 437 108 329 50 0 8 0 50 0 0 320 0 9 0.4630 0.0000 0.0274 12.500 0.10 7.88 -7.78 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0655 0.5450 0.3895 1 1 0.0700 0.5410 0.3890 1 1 0.0764 0.5361 0.3875
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 380 145 235 98 0 42 0 5 1 0 232 0 2 0.6759 0.0043 0.0128 2.452 0.70 7.40 -6.70 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0753 0.9247 0.0000 0 0 0.5772 0.4228 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 533 121 412 11 0 1 0 109 0 0 411 0 1 0.0909 0.0000 0.0024 120.000 0.91 1.95 -1.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8476 0.1524
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 444 174 270 0 0 24 0 150 0 0 268 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 6.250 13.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 415 110 305 0 0 1 0 109 0 0 300 0 5 0.0000 0.0000 0.0164 109.000 4.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 607 102 505 7 0 8 1 86 0 0 502 0 3 0.0686 0.0000 0.0059 11.750 0.00 3.43 -3.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9506 0.0494 2 1 0.0000 0.5313 0.4687
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 529 125 404 2 0 16 3 104 0 0 395 3 6 0.0160 0.0000 0.0223 6.812 3.00 3.26 -0.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1817 0.8183 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0124 0.9876
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 594 136 458 95 2 28 1 10 4 1 451 1 1 0.6985 0.0087 0.0153 4.000 1.93 3.80 -1.87 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1460 0.8540 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1482 354 1128 15 110 119 8 102 0 1 1117 1 9 0.0424 0.0000 0.0098 2.009 2.20 5.34 -3.14 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2073 0.7481 0.0446 1 1 0.2204 0.7319 0.0477 1 1 0.2376 0.7107 0.0518
chr6 22570099 G GGGCGGCGGAAGCGGAGAGGGC 0.002528 0.100 1 21 1 692 175 517 70 0 39 0 66 0 0 513 0 4 0.4000 0.0000 0.0077 3.487 0.73 7.14 -6.41 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3339 0.6652 0.0008 1 1 0.3456 0.6535 0.0009 1 1 0.3605 0.6386 0.0009
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 972 194 778 94 1 7 0 92 0 0 755 0 23 0.4845 0.0000 0.0296 26.714 0.16 11.65 -11.49 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0200 0.5663 0.4138 1 1 0.0232 0.5641 0.4127 1 1 0.0283 0.5619 0.4099
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 375 101 274 0 0 4 0 97 0 0 273 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 24.250 1.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 854 220 634 33 0 4 0 183 0 0 634 0 0 0.1500 0.0000 0.0000 54.000 0.88 3.97 -3.09 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.100 1 -1 4 470 139 331 70 1 1 0 67 0 0 331 0 0 0.5036 0.0000 0.0000 138.000 1.04 2.10 -1.06 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2439 0.6457 0.1104 1 1 0.2487 0.6352 0.1161 1 1 0.2545 0.6218 0.1237
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 563 149 414 63 0 17 1 68 0 0 413 0 1 0.4228 0.0000 0.0024 7.765 0.33 1.76 -1.43 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0805 0.6074 0.3121 1 1 0.0857 0.5993 0.3151 1 1 0.0927 0.5890 0.3183
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 621 162 459 0 1 5 0 156 0 0 457 0 2 0.0000 0.0000 0.0044 31.400 3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 621 162 459 113 2 6 3 38 0 0 457 0 2 0.6975 0.0000 0.0044 26.000 2.31 5.37 -3.06 31 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9967 0.0033 0.0000 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9940 0.0060 0.0000
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 419 98 321 44 0 9 1 44 0 0 320 0 1 0.4490 0.0000 0.0031 9.889 0.68 3.80 -3.11 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1593 0.6039 0.2367 1 1 0.1639 0.5963 0.2398 1 1 0.1698 0.5866 0.2436
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 353 183 170 2 127 35 1 18 0 1 166 0 3 0.0109 0.0000 0.0235 4.353 1.00 5.17 -4.17 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 277 89 188 82 1 3 0 3 0 0 188 0 0 0.9213 0.0000 0.0000 28.667 0.20 4.33 -4.14 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0823 0.9177 0.0000 0 0 0.7217 0.2783 0.0000 0 0 0.8909 0.1091 0.0000
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 68 44 24 1 3 24 3 13 0 0 24 0 0 0.0227 0.0000 0.0000 1.357 9.00 8.77 0.23 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0039 0.9115 0.0846 2 1 0.0025 0.8310 0.1665 2 1 0.0016 0.7132 0.2852
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 710 267 443 158 10 48 1 50 0 0 440 0 3 0.5918 0.0000 0.0068 4.955 6.57 7.32 -0.75 28 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 1 0.0378 0.9622 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 707 255 452 193 3 9 1 49 0 0 449 0 3 0.7569 0.0000 0.0066 30.750 7.23 7.41 -0.18 37 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 227 107 120 69 3 0 1 34 0 0 119 1 0 0.6449 0.0000 0.0083 104.000 0.16 9.29 -9.13 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9153 0.0840 0.0007 1 0 0.9071 0.0920 0.0009 1 0 0.8949 0.1038 0.0013
chr6 32977921 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 535 130 405 70 1 1 0 58 0 0 401 0 4 0.5385 0.0000 0.0099 129.000 0.30 3.21 -2.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3636 0.5747 0.0617 1 1 0.3651 0.5685 0.0663 1 1 0.3663 0.5608 0.0728
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 253 73 180 64 0 2 0 7 0 0 180 0 0 0.8767 0.0000 0.0000 35.500 3.27 1.14 2.12 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 1 0.2013 0.7987 0.0000
chr6 36986143 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 443 131 312 119 2 5 0 5 0 0 312 0 0 0.9084 0.0000 0.0000 25.200 0.56 2.20 -1.64 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 0 0.6748 0.3252 0.0000 0 0 0.9350 0.0650 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 844 216 628 12 0 5 0 199 0 0 622 0 6 0.0556 0.0000 0.0096 42.200 0.08 3.09 -3.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9267 0.0733 2 2 0.0000 0.0957 0.9043
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 780 144 636 9 0 26 0 109 0 0 634 0 2 0.0625 0.0000 0.0031 4.538 1.56 3.77 -2.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9826 0.0174 2 1 0.0000 0.5961 0.4039
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 717 174 543 34 2 93 0 45 0 0 527 1 15 0.1954 0.0000 0.0295 0.860 14.82 9.49 5.33 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0052 0.2062 0.7886 1 2 0.0063 0.2162 0.7776 1 2 0.0079 0.2301 0.7620
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 45 2 717 174 543 58 5 93 0 18 0 0 527 3 13 0.3333 0.0000 0.0295 0.849 15.05 1.17 13.89 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8342 0.1627 0.0031 1 0 0.8235 0.1727 0.0038 1 0 0.8082 0.1869 0.0050
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 721 207 514 96 0 65 0 46 0 0 510 0 4 0.4638 0.0000 0.0078 2.185 4.48 11.78 -7.30 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9588 0.0411 0.0001 1 0 0.9537 0.0462 0.0001 1 0 0.9458 0.0539 0.0002
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 692 152 540 57 4 39 2 50 0 0 532 0 8 0.3750 0.0000 0.0148 2.897 2.21 4.14 -1.93 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1969 0.6429 0.1603 1 1 0.2018 0.6326 0.1656 1 1 0.2080 0.6195 0.1725
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 114 41 73 2 0 3 1 35 0 0 73 0 0 0.0488 0.0000 0.0000 12.667 0.50 3.54 -3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9314 0.0686 2 1 0.0000 0.5822 0.4178 2 2 0.0000 0.3864 0.6136
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 787 176 611 0 0 7 0 169 0 0 599 0 12 0.0000 0.0000 0.0196 24.143 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 360 130 230 122 0 2 0 6 0 0 230 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 64.000 0.25 1.33 -1.09 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4313 0.5687 0.0000 0 0 0.8885 0.1115 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 890 231 659 107 0 7 1 116 0 0 653 0 6 0.4632 0.0000 0.0091 32.000 0.44 3.10 -2.66 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0183 0.5491 0.4326 1 1 0.0209 0.5418 0.4374 1 1 0.0248 0.5332 0.4421
chr6 157206358 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 744 193 551 172 2 13 0 6 0 0 551 0 0 0.8912 0.0000 0.0000 13.769 0.23 3.17 -2.94 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0113 0.9887 0.0000 0 0 0.9085 0.0915 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 574 195 379 0 0 40 1 154 0 0 359 0 20 0.0000 0.0000 0.0528 3.875 15.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 448 163 285 0 0 3 0 160 0 0 285 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 53.333 5.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 210 70 140 56 0 4 0 10 0 0 140 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 16.500 2.98 10.10 -7.12 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0241 0.9759 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 210 67 143 38 0 1 0 28 0 0 142 0 1 0.5672 0.0000 0.0070 66.000 0.79 8.82 -8.03 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4336 0.4936 0.0728 1 1 0.4293 0.4935 0.0772 1 1 0.4232 0.4934 0.0834
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 356 164 192 1 0 15 8 140 0 0 189 0 3 0.0061 0.0000 0.0156 9.933 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 867 307 560 10 49 18 107 123 0 0 560 0 0 0.0326 0.0000 0.0000 20.778 1.20 4.28 -3.08 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 242 94 148 10 1 5 0 78 0 0 145 0 3 0.1064 0.0000 0.0203 17.800 0.10 3.76 -3.66 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9525 0.0475
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 252 86 166 38 0 16 0 32 0 0 165 0 1 0.4419 0.0000 0.0060 4.375 0.58 4.09 -3.51 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3229 0.5573 0.1198 1 1 0.3227 0.5529 0.1244 1 1 0.3220 0.5474 0.1306
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.100 1 -12 2 230 122 108 105 0 11 0 6 0 0 107 0 1 0.8607 0.0000 0.0093 10.091 2.56 12.17 -9.60 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1021 0.8979 0.0000 0 0 0.6536 0.3464 0.0000
chr7 11831870 A AGCAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 228 118 110 58 0 12 0 48 0 0 110 0 0 0.4915 0.0000 0.0000 8.833 1.59 5.52 -3.93 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4191 0.5232 0.0577 1 1 0.4174 0.5205 0.0621 1 1 0.4145 0.5174 0.0682
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 673 199 474 10 0 40 3 146 0 0 473 0 1 0.0503 0.0000 0.0021 3.975 0.40 3.17 -2.77 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9590 0.0410 2 2 0.0000 0.2971 0.7029
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 352 96 256 59 0 3 0 34 0 0 255 1 0 0.6146 0.0000 0.0039 31.000 0.15 3.26 -3.11 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7679 0.2255 0.0066 1 0 0.7569 0.2353 0.0078 1 0 0.7413 0.2490 0.0097
chr7 30026458 CAAA C 0.500000 0.100 1 -3 1 162 60 102 36 0 0 0 24 0 0 102 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 60.000 0.19 2.96 -2.76 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5236 0.4278 0.0485 1 0 0.5159 0.4317 0.0524 1 0 0.5053 0.4368 0.0579
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 111 44 67 38 1 3 0 2 0 0 67 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 13.333 0.79 1.00 -0.21 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0853 0.9147 0.0000 0 1 0.4573 0.5427 0.0000 0 0 0.6477 0.3523 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 535 141 394 64 0 0 0 77 0 0 394 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 141.000 0.09 1.12 -1.02 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0349 0.5057 0.4594 1 1 0.0385 0.5032 0.4583 1 1 0.0437 0.5005 0.4559
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 212 62 150 56 0 2 0 4 0 0 150 0 0 0.9032 0.0000 0.0000 30.000 0.20 3.00 -2.80 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.1882 0.8118 0.0000 0 0 0.5375 0.4625 0.0000
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 225 101 124 90 1 4 0 6 0 0 124 0 0 0.8911 0.0000 0.0000 24.250 0.19 3.17 -2.98 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1367 0.8633 0.0000 0 0 0.6376 0.3624 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 203 79 124 48 0 3 0 28 0 0 121 0 3 0.6076 0.0000 0.0242 25.333 0.12 2.93 -2.80 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6326 0.3456 0.0218 1 0 0.6229 0.3527 0.0244 1 0 0.6093 0.3623 0.0283
chr7 70790590 G GCCA 0.500000 0.100 1 3 1 896 267 629 126 3 46 4 88 1 1 619 2 6 0.4719 0.0016 0.0159 4.804 0.52 3.32 -2.79 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7813 0.2171 0.0016 1 0 0.7751 0.2229 0.0020 1 0 0.7657 0.2316 0.0027
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 349 133 216 7 0 0 0 126 0 0 215 0 1 0.0526 0.0000 0.0046 133.000 0.00 1.63 -1.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7545 0.2455 2 2 0.0000 0.1604 0.8396
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 822 201 621 0 0 18 0 183 0 0 615 0 6 0.0000 0.0000 0.0097 10.167 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 91265105 GGGCCAGGGGCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 582 128 454 78 0 9 0 41 0 0 447 0 7 0.6094 0.0000 0.0154 13.222 0.81 11.32 -10.51 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8387 0.1591 0.0022 1 0 0.8290 0.1683 0.0027 1 0 0.8149 0.1815 0.0036
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 596 138 458 117 1 11 0 9 0 0 458 0 0 0.8478 0.0000 0.0000 11.545 3.26 3.00 0.26 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0237 0.9763 0.0000 0 1 0.4805 0.5195 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 284 104 180 54 0 1 0 49 0 0 178 0 2 0.5192 0.0000 0.0111 103.000 0.37 3.31 -2.94 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2477 0.6157 0.1366 1 1 0.2510 0.6072 0.1417 1 1 0.2551 0.5965 0.1484
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 516 220 296 123 14 77 1 5 0 0 296 0 0 0.5591 0.0000 0.0000 1.844 0.73 4.60 -3.87 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0125 0.9875 0.0000 0 0 0.7863 0.2137 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 620 203 417 193 0 5 0 5 0 0 417 0 0 0.9507 0.0000 0.0000 39.600 0.33 4.60 -4.27 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2183 0.7817 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr7 100779516 A AGGGC 0.500000 0.100 1 4 1 237 98 139 87 0 8 0 3 0 0 139 0 0 0.8878 0.0000 0.0000 11.250 0.52 4.00 -3.48 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0968 0.9032 0.0000 0 0 0.7597 0.2403 0.0000 0 0 0.9086 0.0914 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 195 87 108 68 0 2 0 17 0 0 106 0 2 0.7816 0.0000 0.0185 42.500 0.12 27.00 -26.88 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9301 0.0698 0.0001 0 1 0.2568 0.7432 0.0000 0 1 0.0089 0.9911 0.0000
chr7 102485102 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 104 30 74 28 0 0 0 2 0 0 74 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 30.000 0.39 1.00 -0.61 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0470 0.9530 0.0000 0 1 0.3253 0.6747 0.0000 0 0 0.5189 0.4811 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 584 175 409 77 0 6 0 92 0 0 408 0 1 0.4400 0.0000 0.0024 28.167 0.38 3.01 -2.63 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0211 0.4750 0.5039 1 2 0.0238 0.4732 0.5029 1 2 0.0279 0.4716 0.5005
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 464 133 331 0 1 46 4 82 0 0 327 0 4 0.0000 0.0000 0.0121 1.886 6.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 15 1 464 133 331 24 49 39 5 16 1 0 327 1 2 0.1805 0.0030 0.0121 2.342 6.75 2.81 3.94 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9755 0.0244 0.0000 1 0 0.7353 0.2646 0.0000 0 1 0.0485 0.9515 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 676 179 497 9 0 16 4 150 0 0 496 0 1 0.0503 0.0000 0.0020 10.188 1.44 4.04 -2.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8616 0.1384 2 2 0.0000 0.1482 0.8518
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 639 176 463 12 0 22 1 141 0 0 461 1 1 0.0682 0.0000 0.0043 7.000 0.00 14.50 -14.50 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.6717 0.3283
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 395 204 191 12 1 33 0 158 0 0 179 2 10 0.0588 0.0000 0.0628 5.182 4.58 5.51 -0.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.5047 0.4953
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 395 220 175 191 2 19 0 8 1 0 174 0 0 0.8682 0.0057 0.0057 10.526 4.61 6.88 -2.26 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.7623 0.2377 0.0000 0 0 0.9863 0.0137 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 244 88 156 49 0 1 0 38 0 0 154 0 2 0.5568 0.0000 0.0128 87.000 0.12 3.34 -3.22 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4105 0.5206 0.0689 1 1 0.4082 0.5184 0.0734 1 1 0.4045 0.5158 0.0797
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 976 264 712 3 0 45 10 206 0 0 707 0 5 0.0114 0.0000 0.0070 4.844 0.67 3.14 -2.47 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1408 345 1063 0 0 18 2 325 0 0 1063 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 18.111 1.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 702 157 545 85 0 5 0 67 0 0 543 0 2 0.5414 0.0000 0.0037 30.400 0.28 4.10 -3.82 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5226 0.4555 0.0219 1 0 0.5201 0.4552 0.0247 1 0 0.5158 0.4554 0.0287
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 193 56 137 24 0 3 0 29 0 0 133 0 4 0.4286 0.0000 0.0292 17.667 0.17 4.55 -4.39 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0746 0.4813 0.4441 1 1 0.0790 0.4821 0.4389 1 1 0.0851 0.4832 0.4317
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 755 172 583 69 0 3 0 100 0 0 581 0 2 0.4012 0.0000 0.0034 56.333 0.71 1.42 -0.71 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0012 0.1492 0.8495 1 2 0.0016 0.1574 0.8411 1 2 0.0021 0.1691 0.8287
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 676 167 509 102 1 1 0 63 0 0 506 0 3 0.6108 0.0000 0.0059 166.000 0.40 1.68 -1.28 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8947 0.1047 0.0006 1 0 0.8869 0.1124 0.0008 1 0 0.8754 0.1235 0.0011
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 683 156 527 87 1 2 0 66 0 0 520 0 7 0.5577 0.0000 0.0133 77.000 0.74 11.73 -10.99 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4803 0.4935 0.0262 1 1 0.4797 0.4911 0.0293 1 1 0.4777 0.4886 0.0338
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 509 106 403 0 0 1 15 90 0 3 375 9 16 0.0000 0.0000 0.0695 105.000 7.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0033 0.9967
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 513 106 407 0 0 4 9 93 0 1 377 9 20 0.0000 0.0000 0.0737 49.500 7.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 525 99 426 0 0 3 4 92 0 1 368 25 32 0.0000 0.0000 0.1362 32.000 7.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 499 153 346 90 0 0 1 62 0 0 346 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 153.000 0.33 1.58 -1.25 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7716 0.2248 0.0037 1 0 0.7627 0.2328 0.0044 1 0 0.7500 0.2443 0.0057
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 827 154 673 129 0 15 0 10 1 1 671 0 0 0.8377 0.0015 0.0030 9.929 0.83 7.10 -6.27 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0139 0.9861 0.0000 0 1 0.4459 0.5541 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 281 100 181 36 0 3 0 61 0 0 181 0 0 0.3600 0.0000 0.0000 32.333 1.03 3.05 -2.02 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0065 0.2277 0.7658 1 2 0.0077 0.2381 0.7542 1 2 0.0097 0.2525 0.7378
chr8 10608455 TCCTTCTGCCTCTGGGGCCTCTACATCTTCTGACTCTGGCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTCCTGGGCATCC T 0.001252 0.100 1 -69 1 929 262 667 218 5 31 2 6 46 6 610 2 3 0.8321 0.0690 0.0855 7.387 1.44 8.17 -6.73 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0454 0.9546 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 605 276 329 0 0 42 0 234 0 1 328 0 0 0.0000 0.0000 0.0030 5.571 5.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 379 131 248 82 0 5 1 43 0 0 246 0 2 0.6260 0.0000 0.0081 25.200 0.29 7.35 -7.06 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9379 0.0619 0.0002 1 0 0.9324 0.0674 0.0002 1 0 0.9242 0.0754 0.0003
chr8 28447195 AGTTCT A 0.000487 0.100 1 -5 1 126 55 71 53 0 0 0 2 0 0 71 0 0 0.9636 0.0000 0.0000 55.000 0.43 5.00 -4.57 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 599 190 409 99 0 6 0 85 0 0 407 0 2 0.5211 0.0000 0.0049 30.667 0.55 3.35 -2.81 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4384 0.5366 0.0250 1 1 0.4428 0.5296 0.0277 1 1 0.4473 0.5211 0.0315
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 215 96 119 89 0 2 0 5 0 0 119 0 0 0.9271 0.0000 0.0000 47.000 0.22 2.40 -2.18 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2936 0.7064 0.0000 0 0 0.7521 0.2479 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.100 1 -7 1 315 88 227 41 0 2 0 45 0 0 225 0 2 0.4659 0.0000 0.0088 43.000 0.39 7.29 -6.90 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1014 0.5657 0.3330 1 1 0.1062 0.5606 0.3332 1 1 0.1128 0.5543 0.3330
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.100 1 -4 1 191 58 133 8 0 4 0 46 0 0 132 0 1 0.1379 0.0000 0.0075 13.500 0.38 3.80 -3.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.9455 0.0545
chr8 85214592 CAACATT C 0.500000 0.100 1 -6 1 440 147 293 134 0 4 0 9 0 0 293 0 0 0.9116 0.0000 0.0000 35.750 0.13 5.44 -5.31 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0527 0.9473 0.0000 0 0 0.6739 0.3261 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.100 1 16 1 291 87 204 41 2 16 0 28 0 0 200 0 4 0.4713 0.0000 0.0196 4.438 0.51 10.18 -9.67 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4774 0.4676 0.0550 1 0 0.4720 0.4689 0.0591 1 1 0.4644 0.4707 0.0649
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 692 209 483 15 0 8 0 186 0 0 481 0 2 0.0718 0.0000 0.0041 28.714 2.47 18.77 -16.31 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.6302 0.3698
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 508 155 353 0 0 29 8 118 0 0 347 0 6 0.0000 0.0000 0.0170 4.345 4.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 386 97 289 8 1 4 0 84 0 0 287 0 2 0.0825 0.0000 0.0069 23.250 3.25 3.96 -0.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 1 0.0000 0.8294 0.1706
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1014 243 771 200 0 33 0 10 0 0 768 0 3 0.8230 0.0000 0.0039 6.364 0.67 7.70 -7.03 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0208 0.9792 0.0000 0 0 0.7960 0.2040 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1303 280 1023 260 6 4 1 9 0 0 1023 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 68.750 0.74 3.67 -2.93 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1302 284 1018 222 47 3 0 12 0 0 1018 0 0 0.7817 0.0000 0.0000 127.000 0.65 3.25 -2.60 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8932 0.1068 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 946 347 599 140 1 66 5 135 0 0 599 0 0 0.4035 0.0000 0.0000 4.258 0.29 3.10 -2.80 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1891 0.7853 0.0255 1 1 0.2044 0.7678 0.0278 1 1 0.2247 0.7444 0.0309
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 358 105 253 31 0 20 0 54 0 0 246 0 7 0.2952 0.0000 0.0277 4.250 0.23 8.20 -7.98 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0022 0.1380 0.8597 1 2 0.0028 0.1479 0.8493 1 2 0.0037 0.1619 0.8344
chr9 27524366 G GTGTT 0.500000 0.100 1 4 4 296 95 201 93 0 1 0 1 0 0 200 0 1 0.9789 0.0000 0.0050 94.000 0.14 4.00 -3.86 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5735 0.4265 0.0000 0 0 0.9252 0.0748 0.0000 0 0 0.9619 0.0381 0.0000
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 578 148 430 139 0 3 0 6 0 0 430 0 0 0.9392 0.0000 0.0000 48.333 0.42 1.83 -1.41 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.6370 0.3630 0.0000 0 0 0.9477 0.0523 0.0000
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 401 157 244 87 1 5 0 64 0 0 240 0 4 0.5541 0.0000 0.0164 30.400 0.40 3.09 -2.69 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6207 0.3676 0.0118 1 0 0.6152 0.3712 0.0136 1 0 0.6069 0.3766 0.0164
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.100 1 4 5 693 166 527 81 1 5 0 79 0 0 524 0 3 0.4880 0.0000 0.0057 32.200 0.73 4.73 -4.01 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1545 0.6909 0.1546 1 1 0.1611 0.6777 0.1612 1 1 0.1696 0.6608 0.1696
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 372 60 312 37 0 0 0 23 0 0 312 0 0 0.6167 0.0000 0.0000 60.000 0.49 1.00 -0.51 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5772 0.3868 0.0360 1 0 0.5679 0.3927 0.0394 1 0 0.5551 0.4006 0.0444
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 232 104 128 100 2 1 0 1 0 0 128 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 103.000 0.49 0.00 0.49 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9515 0.0485 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000 0 0 0.9867 0.0133 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 490 147 343 138 0 4 0 5 0 0 340 0 3 0.9388 0.0000 0.0087 35.750 0.13 12.40 -12.27 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1645 0.8355 0.0000 0 0 0.8266 0.1734 0.0000
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 755 157 598 141 0 11 0 5 0 0 597 0 1 0.8981 0.0000 0.0017 13.273 0.39 14.20 -13.81 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.6579 0.3421 0.0000 0 0 0.9522 0.0478 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 464 121 343 56 0 2 0 63 0 0 339 0 4 0.4628 0.0000 0.0117 59.500 0.18 3.21 -3.03 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0482 0.5247 0.4270 1 1 0.0524 0.5216 0.4260 1 1 0.0582 0.5180 0.4238
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 299 80 219 35 25 14 0 6 0 0 219 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 4.571 0.37 3.33 -2.96 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0322 0.9678 0.0000 0 1 0.2781 0.7219 0.0000
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 299 80 219 39 2 12 1 26 0 0 219 0 0 0.4875 0.0000 0.0000 5.667 0.64 2.92 -2.28 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5682 0.3963 0.0355 1 0 0.5595 0.4016 0.0389 1 0 0.5476 0.4086 0.0438
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 445 168 277 80 0 4 2 82 0 0 277 0 0 0.4762 0.0000 0.0000 40.750 0.21 9.26 -9.04 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1039 0.6756 0.2205 1 1 0.1100 0.6632 0.2268 1 1 0.1182 0.6475 0.2344
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 601 235 366 122 0 2 1 110 0 0 365 0 1 0.5191 0.0000 0.0027 116.500 0.38 3.43 -3.05 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2877 0.6727 0.0396 1 1 0.2962 0.6597 0.0440 1 1 0.3063 0.6433 0.0504
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 930 147 783 57 4 31 0 55 0 2 774 2 5 0.3878 0.0000 0.0115 3.742 1.35 6.09 -4.74 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1982 0.6459 0.1559 1 1 0.2032 0.6354 0.1613 1 1 0.2095 0.6221 0.1684
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 532 154 378 95 1 0 0 58 0 0 378 0 0 0.6169 0.0000 0.0000 154.000 0.25 2.81 -2.56 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9098 0.0898 0.0005 1 0 0.9021 0.0972 0.0006 1 0 0.8908 0.1082 0.0009
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 872 199 673 123 1 0 0 75 0 0 671 0 2 0.6181 0.0000 0.0030 199.000 0.15 4.76 -4.61 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9516 0.0484 0.0001 1 0 0.9464 0.0534 0.0001 1 0 0.9386 0.0612 0.0002
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 793 200 593 112 0 4 0 84 0 0 593 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 49.000 0.07 2.96 -2.89 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7520 0.2451 0.0029 1 0 0.7450 0.2514 0.0036 1 0 0.7347 0.2606 0.0047
chr9 110048735 TCCCCCGGAGTCTCCTGGA T 0.500000 0.100 1 -18 2 208 99 109 43 0 23 0 33 0 0 108 0 1 0.4343 0.0000 0.0092 3.304 1.42 13.03 -11.61 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4231 0.5059 0.0710 1 1 0.4197 0.5048 0.0755 1 1 0.4147 0.5036 0.0817
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 640 146 494 116 0 16 0 14 0 0 494 0 0 0.7945 0.0000 0.0000 8.125 0.25 5.14 -4.89 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0337 0.9663 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 299 117 182 0 0 1 0 116 0 0 177 0 5 0.0000 0.0000 0.0275 116.000 4.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr9 113425365 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 494 171 323 79 3 21 1 67 0 0 322 0 1 0.4620 0.0000 0.0031 7.143 0.16 2.87 -2.70 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4493 0.5169 0.0338 1 1 0.4491 0.5135 0.0374 1 1 0.4478 0.5097 0.0425
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 517 109 408 82 2 18 1 6 0 0 408 0 0 0.7523 0.0000 0.0000 5.056 0.78 5.67 -4.89 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0443 0.9557 0.0000 0 1 0.4154 0.5846 0.0000
chr9 122477644 TG T 0.500000 0.100 1 -1 2 712 185 527 106 0 2 0 77 0 0 527 0 0 0.5730 0.0000 0.0000 91.500 0.13 1.12 -0.98 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7811 0.2164 0.0025 1 0 0.7733 0.2236 0.0031 1 0 0.7618 0.2342 0.0041
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 559 135 424 116 3 11 0 5 0 0 423 0 1 0.8593 0.0000 0.0024 11.182 0.68 1.60 -0.92 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.3973 0.6027 0.0000 0 0 0.8732 0.1268 0.0000
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 560 200 360 85 3 23 5 84 0 2 357 0 1 0.4250 0.0000 0.0083 7.955 0.48 3.63 -3.15 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1435 0.7061 0.1503 1 1 0.1505 0.6922 0.1574 1 1 0.1595 0.6741 0.1664
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 539 176 363 0 0 2 1 173 0 0 357 0 6 0.0000 0.0000 0.0165 87.000 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 476 159 317 73 0 14 1 71 0 0 316 0 1 0.4591 0.0000 0.0032 10.357 0.45 7.85 -7.39 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.6717 0.1641 1 1 0.1702 0.6597 0.1701 1 1 0.1779 0.6442 0.1779
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 482 130 352 9 36 44 2 39 0 1 346 0 5 0.0692 0.0000 0.0170 2.048 0.11 4.26 -4.15 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2103 0.6102 0.1795 1 1 0.2141 0.6021 0.1838 1 1 0.2188 0.5918 0.1894
chr9 130681605 T TCGCCGC 0.500000 0.100 1 6 1 482 130 352 46 0 78 1 5 1 0 346 5 0 0.3538 0.0028 0.0170 0.689 11.93 4.20 7.73 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0239 0.9761 0.0000 0 1 0.1695 0.8305 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 307 132 175 71 0 1 1 59 0 0 175 0 0 0.5379 0.0000 0.0000 131.000 0.38 1.31 -0.92 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4183 0.5345 0.0472 1 1 0.4180 0.5306 0.0514 1 1 0.4167 0.5261 0.0572
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 307 132 175 71 0 1 1 59 0 0 175 0 0 0.5379 0.0000 0.0000 131.000 0.38 1.31 -0.92 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4183 0.5345 0.0472 1 1 0.4180 0.5306 0.0514 1 1 0.4167 0.5261 0.0572
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 447 124 323 64 0 1 0 59 0 0 323 0 0 0.5161 0.0000 0.0000 123.000 0.31 1.24 -0.92 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2779 0.6190 0.1031 1 1 0.2813 0.6102 0.1085 1 1 0.2852 0.5991 0.1157
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 248 81 167 41 0 4 1 35 0 0 167 0 0 0.5062 0.0000 0.0000 19.000 0.66 1.86 -1.20 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3300 0.5583 0.1118 1 1 0.3297 0.5538 0.1165 1 1 0.3290 0.5482 0.1228
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 566 169 397 75 1 22 3 68 0 0 396 0 1 0.4438 0.0000 0.0025 6.682 0.29 3.31 -3.02 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2363 0.6568 0.1069 1 1 0.2417 0.6456 0.1127 1 1 0.2482 0.6313 0.1205
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 495 144 351 131 0 7 0 6 1 0 349 0 1 0.9097 0.0028 0.0057 19.571 0.50 13.50 -13.00 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2973 0.7027 0.0000 0 0 0.8713 0.1287 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 220 105 115 3 32 27 2 41 0 1 114 0 0 0.0286 0.0000 0.0087 2.889 6.33 3.00 3.33 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0943 0.5432 0.3626 1 1 0.0990 0.5397 0.3613 1 1 0.1054 0.5354 0.3593
chr10 5761385 GATC G 0.000187 0.100 1 -3 1 198 94 104 79 1 9 0 5 0 0 104 0 0 0.8404 0.0000 0.0000 9.444 0.23 3.60 -3.37 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8248 0.1752 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.100 1 1 1 391 120 271 110 0 1 0 9 0 0 271 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 119.000 0.15 1.00 -0.85 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5539 0.4461 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.100 1 -4 1 211 48 163 26 0 2 0 20 0 0 162 0 1 0.5417 0.0000 0.0061 23.000 0.38 4.35 -3.97 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5030 0.4608 0.0363 1 0 0.5019 0.4606 0.0376 1 0 0.5001 0.4605 0.0394
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 197 62 135 0 0 0 0 62 0 0 131 0 4 0.0000 0.0000 0.0296 62.000 4.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1289 0.8711 2 2 0.0000 0.1367 0.8633 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 905 215 690 114 0 18 1 82 1 0 682 0 7 0.5302 0.0014 0.0116 10.944 0.25 5.76 -5.50 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6987 0.2971 0.0042 1 0 0.6937 0.3013 0.0051 1 0 0.6858 0.3077 0.0065
chr10 21516890 TGCCGCCGCC T 0.000443 0.100 1 -9 1 951 136 815 37 1 50 0 48 1 0 813 0 1 0.2721 0.0012 0.0025 1.735 1.57 7.98 -6.41 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1945 0.8049 0.0006 1 1 0.2058 0.7935 0.0006 1 1 0.2212 0.7782 0.0006
chr10 26567149 GCCGCCGCCGCCA G 0.000237 0.100 1 -12 1 340 107 233 59 0 9 0 39 0 0 228 1 4 0.5514 0.0000 0.0215 10.889 0.44 10.74 -10.30 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7290 0.2710 0.0000 1 0 0.7251 0.2749 0.0000 1 0 0.7195 0.2805 0.0000
chr10 27053356 CTCT C 0.017074 0.100 1 -3 1 146 74 72 43 0 4 0 27 0 0 72 0 0 0.5811 0.0000 0.0000 17.500 0.05 3.00 -2.95 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7726 0.2269 0.0006 1 0 0.7663 0.2331 0.0006 1 0 0.7575 0.2418 0.0007
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 572 156 416 10 0 10 3 133 0 0 414 0 2 0.0641 0.0000 0.0048 14.500 0.10 1.26 -1.16 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9876 0.0124 2 1 0.0000 0.5929 0.4071
chr10 32847890 TAA T 0.041560 0.100 1 -2 1 128 73 55 41 0 3 1 28 0 0 55 0 0 0.5616 0.0000 0.0000 23.333 0.22 2.61 -2.39 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6889 0.3083 0.0028 1 0 0.6845 0.3125 0.0030 1 0 0.6782 0.3184 0.0034
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.100 1 -6 3 137 61 76 56 0 1 0 4 0 0 76 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 60.000 1.14 6.00 -4.86 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0131 0.9869 0.0000 0 0 0.5624 0.4376 0.0000 0 0 0.8657 0.1343 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 402 84 318 0 0 15 1 68 0 0 318 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.533 3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1341 0.8659 2 2 0.0000 0.1425 0.8575 2 2 0.0000 0.1549 0.8451
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.100 1 1 1 213 45 168 32 4 4 0 5 0 0 168 0 0 0.7111 0.0000 0.0000 9.250 0.94 1.00 -0.06 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2043 0.7957 0.0000 0 0 0.6631 0.3369 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 698 152 546 131 0 4 0 17 0 0 545 0 1 0.8618 0.0000 0.0018 37.000 0.44 5.41 -4.98 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0159 0.9841 0.0000
chr10 94402759 CGGAGGAGGCTGACGAGGA C 0.005649 0.100 1 -18 2 521 140 381 71 0 16 0 53 1 0 366 0 14 0.5071 0.0026 0.0394 7.750 0.54 15.47 -14.94 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4518 0.5473 0.0010 1 1 0.4598 0.5392 0.0010 1 1 0.4696 0.5293 0.0011
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 612 216 396 174 0 30 0 12 0 0 395 0 1 0.8056 0.0000 0.0025 6.200 1.05 6.50 -5.45 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 0 0.5785 0.4215 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 443 118 325 0 0 7 0 111 0 0 314 0 11 0.0000 0.0000 0.0338 15.857 5.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 326 143 183 73 0 4 0 66 0 0 182 0 1 0.5105 0.0000 0.0055 34.750 0.99 2.86 -1.88 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3984 0.5658 0.0358 1 1 0.4042 0.5577 0.0381 1 1 0.4111 0.5477 0.0412
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 211 80 131 40 0 3 0 37 0 0 131 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 25.667 0.28 2.97 -2.70 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1572 0.6159 0.2269 1 1 0.1580 0.6086 0.2334 1 1 0.1588 0.5993 0.2418
chr10 124021236 C CG 0.056607 0.100 1 1 1 348 76 272 20 15 21 7 13 0 5 266 1 0 0.2632 0.0000 0.0221 1.810 1.85 1.92 -0.07 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8009 0.1976 0.0016 1 0 0.7932 0.2050 0.0018 1 0 0.7825 0.2154 0.0021
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 653 140 513 124 1 10 0 5 0 0 511 0 2 0.8857 0.0000 0.0039 13.000 0.89 18.80 -17.91 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.6716 0.3284 0.0000 0 0 0.9706 0.0294 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 403 118 285 67 0 7 0 44 0 0 284 0 1 0.5678 0.0000 0.0035 15.857 0.12 1.32 -1.20 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7122 0.2787 0.0091 1 0 0.7025 0.2869 0.0106 1 0 0.6887 0.2983 0.0130
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 698 148 550 63 2 6 0 77 0 0 545 0 5 0.4257 0.0000 0.0091 23.667 0.21 3.09 -2.88 21 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0301 0.5099 0.4600 1 1 0.0340 0.5105 0.4555 1 1 0.0398 0.5116 0.4487
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 296 103 193 46 0 2 2 53 0 0 193 0 0 0.4466 0.0000 0.0000 50.500 0.43 2.00 -1.57 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0785 0.5581 0.3635 1 1 0.0837 0.5542 0.3621 1 1 0.0910 0.5494 0.3596
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 518 181 337 155 0 13 0 13 0 0 337 0 0 0.8564 0.0000 0.0000 12.923 0.79 2.08 -1.28 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.7397 0.2603 0.0000
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.100 1 -21 2 1647 362 1285 100 6 184 13 59 4 8 1147 16 110 0.2762 0.0031 0.1074 0.940 2.68 13.93 -11.25 36 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0504 0.9496 1 2 0.0000 0.0605 0.9395 1 2 0.0000 0.0772 0.9228
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.100 1 -24 1 3631 851 2780 396 7 231 8 209 2 5 2772 0 1 0.4653 0.0007 0.0029 2.686 2.59 12.59 -10.00 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1120 243 877 8 0 90 3 142 0 0 877 0 0 0.0329 0.0000 0.0000 1.700 1.62 6.88 -5.26 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7512 0.2488 2 2 0.0000 0.1118 0.8882
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.100 1 -30 1 1002 240 762 115 5 68 1 51 0 0 745 0 17 0.4792 0.0000 0.0223 2.500 1.12 18.67 -17.54 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9827 0.0173 0.0000 1 0 0.9804 0.0196 0.0000 1 0 0.9768 0.0231 0.0000
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 930 257 673 77 1 92 1 86 0 0 672 1 0 0.2996 0.0000 0.0015 1.793 0.34 11.09 -10.76 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0377 0.5635 0.3987 1 1 0.0412 0.5561 0.4027 1 1 0.0460 0.5470 0.4070
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 534 143 391 107 1 29 0 6 3 1 386 0 1 0.7483 0.0077 0.0128 4.071 1.31 11.33 -10.02 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3345 0.6655 0.0000 0 0 0.8926 0.1074 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 344 102 242 0 0 2 0 100 0 0 240 0 2 0.0000 0.0000 0.0083 50.000 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 988 311 677 268 0 13 0 30 0 0 677 0 0 0.8617 0.0000 0.0000 22.923 0.18 1.07 -0.89 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0020 0.9980 0.0000
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 214 91 123 5 0 1 0 85 0 0 119 1 3 0.0549 0.0000 0.0325 90.000 0.40 2.00 -1.60 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7061 0.2939 2 2 0.0000 0.2479 0.7521
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 662 150 512 141 2 3 0 4 0 0 512 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 49.000 0.18 4.50 -4.32 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1700 0.8300 0.0000 0 0 0.9471 0.0529 0.0000 0 0 0.9875 0.0125 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 829 219 610 129 0 7 0 83 0 0 609 0 1 0.5890 0.0000 0.0016 30.286 0.28 1.14 -0.87 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9382 0.0617 0.0001 1 0 0.9325 0.0673 0.0002 1 0 0.9240 0.0757 0.0003
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 481 120 361 68 0 6 1 45 0 0 361 0 0 0.5667 0.0000 0.0000 19.000 1.38 1.98 -0.60 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7097 0.2812 0.0091 1 0 0.7001 0.2893 0.0106 1 0 0.6865 0.3005 0.0130
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1193 290 903 271 0 4 0 15 0 0 901 0 2 0.9345 0.0000 0.0022 71.500 0.31 5.33 -5.03 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 0 0.9038 0.0962 0.0000
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 810 198 612 179 0 9 0 10 0 0 612 0 0 0.9040 0.0000 0.0000 21.000 0.26 1.50 -1.24 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1554 0.8446 0.0000 0 0 0.9066 0.0934 0.0000
chr11 5301188 CATCACAGTGA C 0.500000 0.100 1 -10 3 601 132 469 80 0 0 0 52 0 1 464 0 4 0.6061 0.0000 0.0107 132.000 0.15 9.19 -9.04 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7486 0.2461 0.0053 1 0 0.7395 0.2542 0.0063 1 0 0.7263 0.2657 0.0080
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1283 295 988 267 0 18 0 10 0 0 988 0 0 0.9051 0.0000 0.0000 15.389 0.44 3.00 -2.56 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9364 0.0636 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 563 143 420 128 0 0 0 15 0 0 420 0 0 0.8951 0.0000 0.0000 143.000 0.38 2.27 -1.89 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0318 0.9682 0.0000
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 734 149 585 77 0 4 0 68 0 0 582 0 3 0.5168 0.0000 0.0051 36.250 0.83 4.04 -3.21 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2790 0.6361 0.0849 1 1 0.2835 0.6261 0.0904 1 1 0.2888 0.6135 0.0978
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 746 134 612 0 0 15 0 119 0 0 591 0 21 0.0000 0.0000 0.0343 7.933 8.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 233 114 119 11 1 12 4 86 0 1 118 0 0 0.0965 0.0000 0.0084 8.500 0.36 4.27 -3.90 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9752 0.0248
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 678 163 515 1 1 51 16 94 0 0 505 1 9 0.0061 0.0000 0.0194 2.196 0.00 4.99 -4.99 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1403 0.8597 2 2 0.0000 0.0202 0.9798 2 2 0.0000 0.0105 0.9895
chr11 17372490 CTT C 0.500000 0.100 1 -2 2 681 172 509 105 0 5 0 62 0 0 508 0 1 0.6105 0.0000 0.0020 33.400 0.35 2.98 -2.63 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9325 0.0672 0.0002 1 0 0.9261 0.0736 0.0003 1 0 0.9163 0.0832 0.0005
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 386 217 169 177 2 28 0 10 0 0 168 0 1 0.8157 0.0000 0.0059 6.750 0.37 2.60 -2.23 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0589 0.9411 0.0000 0 0 0.8357 0.1643 0.0000
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.100 1 -12 1 320 105 215 96 1 4 0 4 0 0 215 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 25.000 0.17 9.25 -9.08 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0190 0.9810 0.0000 0 0 0.6413 0.3587 0.0000 0 0 0.8942 0.1058 0.0000
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 255 91 164 48 0 4 0 39 0 0 161 0 3 0.5275 0.0000 0.0183 21.750 0.33 6.18 -5.85 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3311 0.5681 0.1008 1 1 0.3315 0.5629 0.1057 1 1 0.3315 0.5563 0.1122
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 799 241 558 124 0 11 0 106 0 0 556 0 2 0.5145 0.0000 0.0036 20.909 0.37 3.07 -2.70 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4311 0.5508 0.0181 1 1 0.4360 0.5434 0.0207 1 1 0.4409 0.5346 0.0246
chr11 56093801 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 847 212 635 196 0 3 0 13 0 0 635 0 0 0.9245 0.0000 0.0000 69.667 0.28 2.77 -2.49 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0176 0.9824 0.0000 0 0 0.7644 0.2356 0.0000
chr11 56093830 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 839 201 638 185 3 1 1 11 0 0 638 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 198.000 0.27 2.91 -2.64 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0336 0.9664 0.0000 0 0 0.8055 0.1945 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1022 219 803 0 0 4 2 213 0 0 794 0 9 0.0000 0.0000 0.0112 53.750 2.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.100 1 -8 1 967 236 731 218 0 3 0 15 0 0 730 0 1 0.9237 0.0000 0.0014 77.667 0.20 6.93 -6.73 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.5767 0.4233 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 87 44 43 40 0 0 0 4 0 0 43 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 44.000 0.20 2.00 -1.80 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0944 0.9056 0.0000 0 1 0.3484 0.6516 0.0000
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 3 318 110 208 53 0 25 0 32 0 0 205 2 1 0.4818 0.0000 0.0144 3.542 1.38 6.16 -4.78 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6601 0.3231 0.0168 1 0 0.6502 0.3308 0.0190 1 0 0.6363 0.3412 0.0225
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 321 138 183 5 2 17 5 109 0 0 182 0 1 0.0362 0.0000 0.0055 7.118 0.00 3.23 -3.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8410 0.1590 2 2 0.0000 0.2503 0.7497
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 850 200 650 106 1 28 1 64 0 0 613 0 37 0.5300 0.0000 0.0569 6.143 0.24 5.72 -5.48 66 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2098 0.7124 0.0779 1 1 0.2179 0.6980 0.0841 1 1 0.2280 0.6795 0.0925
chr11 71565608 C CAGAGGCTGTGGCTCCGGCTGT 0.500000 0.100 1 21 2 877 201 676 134 2 1 5 59 1 0 646 0 29 0.6667 0.0015 0.0444 199.000 0.70 4.00 -3.30 98 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9295 0.0704 0.0001 1 0 0.9237 0.0761 0.0002 1 0 0.9149 0.0848 0.0003
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 952 260 692 0 0 3 0 257 0 0 691 0 1 0.0000 0.0000 0.0014 85.667 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 782 159 623 123 1 17 0 18 0 0 623 0 0 0.7736 0.0000 0.0000 8.353 0.67 3.72 -3.05 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0039 0.9961 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 114 49 65 3 0 0 0 46 0 0 64 0 1 0.0612 0.0000 0.0154 49.000 0.00 2.72 -2.72 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9859 0.0141 2 1 0.0000 0.6990 0.3010 2 2 0.0000 0.4118 0.5882
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 551 123 428 66 0 3 0 54 0 0 423 0 5 0.5366 0.0000 0.0117 40.000 0.53 4.52 -3.99 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3232 0.5962 0.0807 1 1 0.3255 0.5888 0.0857 1 1 0.3278 0.5795 0.0927
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 716 99 617 82 0 0 0 17 0 0 617 0 0 0.8283 0.0000 0.0000 99.000 0.22 1.47 -1.25 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1293 361 932 13 1 65 5 277 0 0 932 0 0 0.0360 0.0000 0.0000 4.609 0.38 7.53 -7.14 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.4602 0.5398 2 2 0.0000 0.0051 0.9949
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 793 258 535 0 1 46 1 210 0 0 535 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.587 9.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 316 128 188 108 0 4 0 16 0 0 187 0 1 0.8438 0.0000 0.0053 31.000 0.28 5.81 -5.53 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000
chr11 124396801 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 890 203 687 102 0 10 0 91 0 0 687 0 0 0.5025 0.0000 0.0000 19.300 0.16 1.37 -1.22 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3515 0.6087 0.0397 1 1 0.3566 0.5995 0.0439 1 1 0.3621 0.5881 0.0498
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 390 136 254 79 0 10 0 47 0 0 254 0 0 0.5809 0.0000 0.0000 12.600 0.37 5.62 -5.25 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8641 0.1344 0.0015 1 0 0.8547 0.1434 0.0019 1 0 0.8410 0.1564 0.0026
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 378 117 261 3 86 17 3 8 0 1 260 0 0 0.0256 0.0000 0.0038 5.765 0.33 4.12 -3.79 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0071 0.9929 0.0000 0 1 0.1873 0.8127 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 378 119 259 10 2 15 0 92 0 0 257 1 1 0.0840 0.0000 0.0077 7.429 2.40 3.75 -1.35 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9532 0.0468
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 338 107 231 102 0 1 0 4 0 0 231 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 106.000 1.66 2.00 -0.34 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0635 0.9365 0.0000 0 0 0.8558 0.1442 0.0000 0 0 0.9651 0.0349 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 338 121 217 54 0 0 0 67 0 0 214 0 3 0.4463 0.0000 0.0138 121.000 1.87 1.87 0.00 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0174 0.3817 0.6009 1 2 0.0195 0.3845 0.5961 1 2 0.0226 0.3886 0.5888
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 591 134 457 55 0 4 0 75 0 0 454 0 3 0.4104 0.0000 0.0066 43.333 0.07 3.08 -3.01 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0255 0.5739 0.4006 1 1 0.0297 0.5808 0.3895 1 1 0.0361 0.5899 0.3740
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 600 135 465 57 1 1 0 76 0 0 462 0 3 0.4222 0.0000 0.0065 133.000 0.07 3.05 -2.98 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0332 0.6197 0.3471 1 1 0.0382 0.6234 0.3385 1 1 0.0456 0.6280 0.3263
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 374 114 260 0 0 27 9 78 0 0 258 0 2 0.0000 0.0000 0.0077 3.222 2.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0104 0.9896
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 3220 785 2435 365 2 6 1 411 0 0 2419 0 16 0.4650 0.0000 0.0066 129.833 1.97 4.05 -2.08 73 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.1472 0.8528 1 2 0.0000 0.1396 0.8604 1 2 0.0000 0.1322 0.8678
chr12 8224771 TG T 0.014915 0.100 1 -1 1 804 330 474 179 0 2 0 149 0 0 474 0 0 0.5424 0.0000 0.0000 164.000 0.38 2.32 -1.94 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7941 0.2058 0.0000 1 0 0.7952 0.2047 0.0000 1 0 0.7955 0.2044 0.0001
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.100 1 3 3 191 61 130 30 0 4 0 27 0 0 130 0 0 0.4918 0.0000 0.0000 14.250 0.87 3.07 -2.21 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4593 0.5085 0.0322 1 1 0.4612 0.5057 0.0331 1 1 0.4634 0.5023 0.0343
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 226 80 146 38 0 5 0 37 0 0 143 0 3 0.4750 0.0000 0.0205 15.000 0.32 4.78 -4.47 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1636 0.5894 0.2470 1 1 0.1678 0.5827 0.2495 1 1 0.1733 0.5743 0.2524
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 299 145 154 64 0 7 2 72 0 0 152 0 2 0.4414 0.0000 0.0130 19.714 2.27 4.19 -1.93 12 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0226 0.4603 0.5171 1 2 0.0248 0.4578 0.5174 1 2 0.0280 0.4552 0.5169
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.100 1 -2 1 478 108 370 51 0 3 0 54 0 0 369 0 1 0.4722 0.0000 0.0027 35.000 0.51 2.31 -1.81 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2317 0.6796 0.0887 1 1 0.2411 0.6694 0.0895 1 1 0.2534 0.6563 0.0904
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 433 104 329 94 0 1 0 9 0 0 328 0 1 0.9038 0.0000 0.0030 103.000 0.17 4.00 -3.83 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 1 0.1921 0.8079 0.0000
chr12 40406131 C CGTCAGGATG 0.058262 0.100 1 9 2 249 112 137 103 0 5 0 4 0 0 137 0 0 0.9196 0.0000 0.0000 21.400 0.17 4.75 -4.58 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3009 0.6991 0.0000 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2203 830 1373 400 22 131 13 264 3 3 1362 1 4 0.4819 0.0022 0.0080 5.357 3.16 8.14 -4.98 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1450 275 1175 91 1 114 4 65 0 3 1122 1 49 0.3309 0.0000 0.0451 1.412 4.00 3.78 0.22 15 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0053 0.3369 0.6578 1 2 0.0063 0.3393 0.6544 1 2 0.0080 0.3435 0.6485
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.100 1 1 2 224 82 142 72 3 2 0 5 0 0 142 0 0 0.8780 0.0000 0.0000 39.500 0.19 1.20 -1.01 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3541 0.6459 0.0000 0 0 0.8010 0.1990 0.0000
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.100 1 -23 2 367 118 249 52 0 21 0 45 0 0 247 0 2 0.4407 0.0000 0.0080 4.619 0.31 18.00 -17.69 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4848 0.5056 0.0096 1 1 0.4889 0.5010 0.0101 1 1 0.4938 0.4955 0.0107
chr12 52321002 TCTC T 0.000784 0.100 1 -3 2 664 226 438 197 2 20 0 7 0 0 437 0 1 0.8717 0.0000 0.0023 10.300 0.23 2.71 -2.49 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3831 0.6169 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 919 217 702 16 1 16 3 181 0 0 701 1 0 0.0737 0.0000 0.0014 12.500 0.06 13.23 -13.17 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8734 0.1266
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1134 310 824 142 1 81 0 86 0 0 816 0 8 0.4581 0.0000 0.0097 2.815 0.29 13.90 -13.61 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9740 0.0259 0.0000 1 0 0.9714 0.0286 0.0000 1 0 0.9674 0.0326 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 317 67 250 0 0 4 1 62 0 0 249 0 1 0.0000 0.0000 0.0040 15.750 1.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0809 0.9191 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0933 0.9067
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 320 79 241 7 0 0 0 72 0 0 239 0 2 0.0886 0.0000 0.0083 79.000 0.00 1.19 -1.19 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9841 0.0159 2 1 0.0000 0.7822 0.2178
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.100 1 -1 1 403 89 314 60 5 11 2 11 0 0 314 0 0 0.6742 0.0000 0.0000 6.909 1.30 1.55 -0.25 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0324 0.9676 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 129 68 61 0 0 1 0 67 0 0 61 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 67.000 2.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0182 0.9818 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0214 0.9786
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 351 106 245 90 0 4 0 12 0 0 244 0 1 0.8491 0.0000 0.0041 25.500 1.04 4.00 -2.96 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 152 55 97 30 0 2 0 23 0 0 97 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 26.500 0.17 3.22 -3.05 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4521 0.4770 0.0709 1 1 0.4488 0.4769 0.0743 1 1 0.4441 0.4770 0.0789
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1053 283 770 0 0 21 1 261 0 0 769 0 1 0.0000 0.0000 0.0013 12.476 3.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 497 140 357 22 3 34 1 80 0 0 352 1 4 0.1571 0.0000 0.0140 3.118 0.86 3.23 -2.36 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0112 0.9888 1 2 0.0000 0.3940 0.6060 2 1 0.0000 0.9884 0.0116
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 433 111 322 97 1 10 0 3 0 0 322 0 0 0.8739 0.0000 0.0000 10.100 0.49 3.33 -2.84 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1582 0.8418 0.0000 0 0 0.8456 0.1544 0.0000 0 0 0.9443 0.0557 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 408 109 299 7 1 5 2 94 0 0 297 0 2 0.0642 0.0000 0.0067 20.600 1.71 3.74 -2.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9492 0.0508 2 1 0.0000 0.5084 0.4916
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.100 1 -30 1 1760 458 1302 242 0 101 3 112 4 11 1233 0 54 0.5284 0.0031 0.0530 3.515 1.07 20.97 -19.90 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9974 0.0026 0.0000 1 0 0.9968 0.0032 0.0000 1 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 639 143 496 13 0 7 0 123 0 0 484 0 12 0.0909 0.0000 0.0242 19.429 0.69 8.43 -7.74 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8573 0.1427
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 681 190 491 10 1 24 14 141 0 0 491 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 6.875 3.30 4.23 -0.93 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9809 0.0191 2 2 0.0000 0.3850 0.6150
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 206 99 107 51 0 1 0 47 0 0 107 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 98.000 0.59 2.40 -1.82 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2756 0.5996 0.1247 1 1 0.2780 0.5922 0.1297 1 1 0.2807 0.5829 0.1364
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 431 90 341 31 21 13 11 14 1 0 336 0 4 0.3444 0.0029 0.0147 5.385 1.77 4.07 -2.30 5 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7913 0.2025 0.0062 1 0 0.7796 0.2131 0.0074 1 0 0.7630 0.2278 0.0092
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 398 132 266 0 0 11 1 120 0 0 255 0 11 0.0000 0.0000 0.0414 11.000 5.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 330 81 249 31 0 8 0 42 0 0 241 0 8 0.3827 0.0000 0.0321 9.125 0.42 12.29 -11.87 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0157 0.3067 0.6777 1 2 0.0178 0.3151 0.6671 1 2 0.0211 0.3265 0.6524
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 594 195 399 177 2 12 0 4 0 0 399 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 15.083 0.28 2.25 -1.97 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6145 0.3855 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 719 194 525 0 0 25 0 169 0 0 502 0 23 0.0000 0.0000 0.0438 6.760 8.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 250 92 158 8 3 26 1 54 0 0 154 1 3 0.0870 0.0000 0.0253 2.500 0.00 2.93 -2.93 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9848 0.0152
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 170 55 115 27 1 11 1 15 0 0 113 0 2 0.4909 0.0000 0.0174 4.000 1.04 3.40 -2.36 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4834 0.4499 0.0667 1 0 0.4763 0.4528 0.0710 1 0 0.4666 0.4566 0.0769
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 250 77 173 0 0 7 3 67 0 0 172 0 1 0.0000 0.0000 0.0058 10.000 9.30 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0281 0.9719 2 2 0.0000 0.0309 0.9691
chr12 131828558 C CCGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 9 1 250 75 175 1 0 3 0 71 0 0 174 0 1 0.0133 0.0000 0.0057 24.000 0.00 8.94 -8.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1896 0.8104 2 2 0.0000 0.0736 0.9264 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr12 132701283 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 194 91 103 83 1 2 0 5 0 0 103 0 0 0.9121 0.0000 0.0000 44.000 0.43 1.60 -1.17 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.2488 0.7512 0.0000 0 0 0.7051 0.2949 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 743 159 584 83 4 29 1 42 0 1 582 0 1 0.5220 0.0000 0.0034 4.483 0.27 6.00 -5.73 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9543 0.0456 0.0001 1 0 0.9487 0.0511 0.0002 1 0 0.9403 0.0594 0.0003
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.100 1 -1 2 348 179 169 87 0 32 0 60 0 0 169 0 0 0.4860 0.0000 0.0000 4.594 0.25 1.07 -0.81 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8648 0.1348 0.0004 1 0 0.8589 0.1406 0.0005 1 0 0.8504 0.1489 0.0007
chr13 24498192 TCCA T 0.000161 0.100 1 -3 1 202 87 115 45 0 4 1 37 0 0 115 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 20.750 0.22 2.97 -2.75 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5718 0.4282 0.0000 1 0 0.5728 0.4272 0.0000 1 0 0.5736 0.4264 0.0000
chr13 41068626 CAGAAAGAAA C 0.000516 0.100 1 -9 2 177 89 88 36 0 3 0 50 0 0 87 0 1 0.4045 0.0000 0.0114 28.667 0.33 7.66 -7.33 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1284 0.8703 0.0013 1 1 0.1388 0.8600 0.0012 1 1 0.1532 0.8456 0.0012
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.100 1 5 1 187 79 108 71 0 2 0 6 0 0 106 0 2 0.8987 0.0000 0.0185 38.500 0.39 5.00 -4.61 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1442 0.8558 0.0000 0 0 0.8178 0.1822 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 556 163 393 85 0 6 1 71 0 0 392 0 1 0.5215 0.0000 0.0025 26.167 0.21 13.03 -12.82 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4292 0.5355 0.0353 1 1 0.4306 0.5305 0.0389 1 1 0.4314 0.5246 0.0440
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.100 1 -3 4 407 101 306 0 0 5 0 96 0 0 301 0 5 0.0000 0.0000 0.0163 19.200 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0307 0.9693
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 661 102 559 0 0 9 1 92 0 0 552 1 6 0.0000 0.0000 0.0125 10.333 4.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 302 117 185 66 0 45 0 6 0 0 184 0 1 0.5641 0.0000 0.0054 1.600 0.77 13.00 -12.23 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 1 0.2158 0.7842 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 506 110 396 48 0 4 0 58 0 0 395 0 1 0.4364 0.0000 0.0025 26.500 1.19 3.57 -2.38 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0502 0.5052 0.4446 1 1 0.0544 0.5035 0.4421 1 1 0.0602 0.5017 0.4381
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1720 408 1312 203 0 9 0 196 0 0 1311 0 1 0.4975 0.0000 0.0008 44.333 0.24 1.88 -1.65 59 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0607 0.8888 0.0505 1 1 0.0676 0.8735 0.0589 1 1 0.0770 0.8516 0.0714
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 839 218 621 191 1 22 0 4 0 0 621 0 0 0.8761 0.0000 0.0000 9.333 0.26 2.00 -1.74 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7644 0.2356 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 433 107 326 0 0 2 0 105 0 0 316 0 10 0.0000 0.0000 0.0307 52.500 17.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 393 95 298 1 0 6 1 87 0 0 295 0 3 0.0105 0.0000 0.0101 14.833 0.00 1.18 -1.18 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0358 0.9642 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 711 178 533 155 3 16 0 4 1 0 532 0 0 0.8708 0.0019 0.0019 10.062 0.55 5.50 -4.95 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6459 0.3541 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 1126 300 826 142 0 11 1 146 0 0 823 0 3 0.4733 0.0000 0.0036 28.900 0.23 3.10 -2.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0725 0.8334 0.0941 1 1 0.0817 0.8183 0.1000 1 1 0.0948 0.7977 0.1075
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 548 142 406 71 0 14 0 57 0 0 405 0 1 0.5000 0.0000 0.0025 9.143 0.30 2.88 -2.58 11 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5735 0.4100 0.0165 1 0 0.5721 0.4098 0.0181 1 0 0.5694 0.4100 0.0206
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 516 139 377 5 1 13 45 75 0 0 375 0 2 0.0360 0.0000 0.0053 6.308 0.60 2.93 -2.33 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 2 0.0000 0.3969 0.6031 2 2 0.0000 0.0837 0.9163
chr14 22902056 G GGCA 0.026182 0.100 1 3 1 516 138 378 7 1 17 66 47 0 0 377 1 0 0.0507 0.0000 0.0026 3.500 0.57 2.83 -2.26 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.9722 0.0278
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.100 1 6 2 439 104 335 51 0 3 0 50 0 0 331 0 4 0.4904 0.0000 0.0119 33.667 0.24 5.28 -5.04 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2506 0.6670 0.0824 1 1 0.2596 0.6570 0.0835 1 1 0.2713 0.6440 0.0846
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 644 187 457 1 8 28 8 142 0 0 456 1 0 0.0053 0.0000 0.0022 25.500 1.00 3.94 -2.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0274 0.9726 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 642 182 460 1 2 27 5 147 0 0 458 1 1 0.0055 0.0000 0.0043 6.160 1.00 4.04 -3.04 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr14 23275591 ACATCAT A 0.007529 0.100 1 -6 1 340 54 286 7 0 8 0 39 0 0 284 0 2 0.1296 0.0000 0.0070 5.750 1.29 6.21 -4.92 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9994 0.0005 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9993 0.0007
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 365 62 303 51 1 6 0 4 0 0 303 0 0 0.8226 0.0000 0.0000 9.333 3.55 6.50 -2.95 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.2395 0.7605 0.0000 0 0 0.6135 0.3865 0.0000
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 362 112 250 43 0 26 0 43 0 0 247 0 3 0.3839 0.0000 0.0120 3.308 0.40 5.12 -4.72 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1955 0.6201 0.1844 1 1 0.2018 0.6122 0.1860 1 1 0.2101 0.6021 0.1877
chr14 36581064 A ACCG 0.000469 0.100 1 3 2 350 119 231 66 1 13 0 39 0 1 227 0 3 0.5546 0.0000 0.0173 8.154 0.42 3.51 -3.09 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8844 0.1156 0.0000 1 0 0.8783 0.1217 0.0000 1 0 0.8695 0.1305 0.0000
chr14 45246836 TAGG T 0.000016 0.100 1 -3 2 370 92 278 54 0 1 0 37 0 0 277 0 1 0.5870 0.0000 0.0036 91.000 0.37 3.22 -2.85 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7567 0.2433 0.0000 1 0 0.7517 0.2483 0.0000 1 0 0.7446 0.2554 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 670 133 537 5 0 19 1 108 1 0 520 0 16 0.0376 0.0019 0.0317 6.000 0.20 7.56 -7.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 2 0.0000 0.1908 0.8092 2 2 0.0000 0.0219 0.9781
chr14 54702332 C CCAG 0.081686 0.100 1 3 1 407 145 262 134 0 7 0 4 0 0 262 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 19.714 0.19 3.00 -2.81 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5890 0.4110 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr14 61792843 TA T 0.004435 0.100 1 -1 3 67 38 29 24 0 0 0 14 0 0 29 0 0 0.6316 0.0000 0.0000 38.000 0.08 1.21 -1.13 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6898 0.3098 0.0004 1 0 0.6845 0.3150 0.0005 1 0 0.6774 0.3221 0.0005
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 623 156 467 0 0 25 2 129 0 0 464 0 3 0.0000 0.0000 0.0064 5.200 7.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 479 109 370 1 0 16 5 87 0 0 370 0 0 0.0092 0.0000 0.0000 5.688 3.00 4.80 -1.80 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1163 0.8837 2 2 0.0000 0.0435 0.9565 2 2 0.0000 0.0328 0.9672
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 472 104 368 2 3 5 9 85 0 0 367 1 0 0.0192 0.0000 0.0027 23.750 2.50 4.76 -2.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7640 0.2360 2 2 0.0000 0.2261 0.7739 2 2 0.0000 0.1034 0.8966
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 496 167 329 62 0 14 2 89 0 0 329 0 0 0.3713 0.0000 0.0000 10.929 0.50 3.22 -2.72 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1565 0.8420 1 2 0.0018 0.1637 0.8344 1 2 0.0024 0.1741 0.8234
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 334 113 221 103 0 1 0 9 0 0 220 0 1 0.9115 0.0000 0.0045 112.000 0.22 8.44 -8.22 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 1 0.2869 0.7131 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 184 62 122 34 0 2 0 26 0 0 122 0 0 0.5484 0.0000 0.0000 30.000 0.00 3.27 -3.27 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5798 0.4030 0.0172 1 0 0.5772 0.4046 0.0182 1 0 0.5735 0.4070 0.0196
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.100 1 3 1 588 125 463 108 1 7 0 9 0 0 463 0 0 0.8640 0.0000 0.0000 16.714 0.61 2.78 -2.17 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0419 0.9581 0.0000 0 0 0.6277 0.3723 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 294 100 194 55 0 14 1 30 0 0 192 0 2 0.5500 0.0000 0.0103 6.143 0.36 8.63 -8.27 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7588 0.2337 0.0075 1 0 0.7485 0.2428 0.0087 1 0 0.7340 0.2553 0.0107
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.100 1 -6 2 504 91 413 38 0 12 0 41 0 0 409 0 4 0.4176 0.0000 0.0097 7.182 1.05 5.80 -4.75 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2104 0.7092 0.0805 1 1 0.2203 0.7001 0.0797 1 1 0.2335 0.6881 0.0785
chr14 104931765 CTGTCCCCA C 0.000527 0.100 1 -8 1 488 146 342 137 0 2 0 7 0 0 342 0 0 0.9384 0.0000 0.0000 72.000 0.26 8.00 -7.74 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2634 0.7366 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.100 1 -42 1 2091 742 1349 436 35 93 12 166 32 37 1274 4 2 0.5876 0.0237 0.0556 7.033 1.38 5.48 -4.10 48 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 22786677 A AGCG 0.006077 0.100 1 3 1 339 87 252 4 40 8 1 34 0 0 250 1 1 0.0460 0.0000 0.0079 11.143 2.75 4.26 -1.51 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5651 0.4340 0.0009 1 0 0.5661 0.4329 0.0010 1 0 0.5670 0.4320 0.0010
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 339 89 250 33 7 7 1 41 0 1 249 0 0 0.3708 0.0000 0.0040 11.571 3.64 4.95 -1.31 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2763 0.6178 0.1059 1 1 0.2829 0.6099 0.1072 1 1 0.2914 0.5999 0.1087
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.100 1 -4 5 266 48 218 24 0 3 0 21 0 0 217 0 1 0.5000 0.0000 0.0046 15.000 0.67 4.19 -3.52 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3797 0.5293 0.0910 1 1 0.3810 0.5262 0.0928 1 1 0.3826 0.5224 0.0950
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 635 105 530 0 0 3 0 102 1 1 438 67 23 0.0000 0.0019 0.1736 34.000 3.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 1871 503 1368 0 1 5 3 494 0 1 1340 7 20 0.0000 0.0000 0.0205 99.400 3.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 497 136 361 45 1 4 0 86 0 0 358 0 3 0.3309 0.0000 0.0083 33.000 0.22 2.02 -1.80 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0679 0.9318 1 2 0.0004 0.0755 0.9240 1 2 0.0006 0.0870 0.9124
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 246 100 146 0 0 3 4 93 0 0 141 0 5 0.0000 0.0000 0.0342 32.333 2.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0037 0.9963
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 663 160 503 72 6 25 1 56 0 0 500 0 3 0.4500 0.0000 0.0060 5.625 1.57 3.64 -2.07 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4802 0.4916 0.0282 1 1 0.4738 0.4942 0.0320 1 1 0.4644 0.4979 0.0377
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.100 1 -3 3 267 80 187 54 0 3 0 23 0 0 185 0 2 0.6750 0.0000 0.0107 25.667 0.33 3.30 -2.97 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9104 0.0891 0.0005 1 0 0.9034 0.0960 0.0006 1 0 0.8933 0.1059 0.0008
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.100 1 6 1 334 91 243 69 0 17 0 5 0 0 243 0 0 0.7582 0.0000 0.0000 4.353 0.96 6.00 -5.04 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 0 0.5545 0.4455 0.0000 0 0 0.9034 0.0966 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 563 160 403 142 0 15 0 3 0 0 402 0 1 0.8875 0.0000 0.0025 9.667 0.27 5.00 -4.73 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2551 0.7449 0.0000 0 0 0.9682 0.0318 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr15 40856876 A ACAC 0.001692 0.100 1 3 2 307 113 194 52 0 12 0 49 0 0 191 0 3 0.4602 0.0000 0.0155 8.417 0.19 3.69 -3.50 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3746 0.6248 0.0006 1 1 0.3837 0.6157 0.0007 1 1 0.3952 0.6041 0.0007
chr15 41876809 GTGTGTGCAGCTGGGTGCTGGCTC G 0.004196 0.100 1 -23 1 802 269 533 249 1 9 0 10 0 0 532 0 1 0.9257 0.0000 0.0019 28.778 0.17 14.30 -14.13 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 230 64 166 35 0 2 0 27 0 0 164 0 2 0.5469 0.0000 0.0120 31.000 0.14 5.44 -5.30 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5334 0.4483 0.0183 1 0 0.5332 0.4477 0.0192 1 0 0.5324 0.4472 0.0203
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 185 94 91 51 0 0 0 43 0 0 91 0 0 0.5426 0.0000 0.0000 94.000 0.22 2.98 -2.76 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3934 0.5346 0.0720 1 1 0.3925 0.5311 0.0764 1 1 0.3907 0.5269 0.0824
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 234 121 113 67 0 2 0 52 0 0 111 0 2 0.5537 0.0000 0.0177 59.500 0.87 3.25 -2.38 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4304 0.5227 0.0469 1 1 0.4273 0.5213 0.0514 1 1 0.4222 0.5199 0.0579
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 468 122 346 49 0 14 4 55 0 1 345 0 0 0.4016 0.0000 0.0029 7.714 0.78 3.33 -2.55 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0511 0.5154 0.4335 1 1 0.0547 0.5120 0.4333 1 1 0.0597 0.5080 0.4323
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 460 99 361 71 0 22 0 6 0 0 361 0 0 0.7172 0.0000 0.0000 3.500 0.21 18.17 -17.96 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2006 0.7994 0.0000 0 0 0.7415 0.2585 0.0000
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.100 1 6 1 1036 313 723 243 1 62 0 7 0 0 723 0 0 0.7764 0.0000 0.0000 4.048 0.61 5.43 -4.82 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6040 0.3960 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 881 220 661 15 5 126 7 67 0 0 640 0 21 0.0682 0.0000 0.0318 1.559 1.60 15.24 -13.64 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 863 215 648 7 5 19 5 179 0 0 647 0 1 0.0326 0.0000 0.0015 10.053 0.57 11.04 -10.47 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.5035 0.4965 2 2 0.0000 0.0286 0.9714
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 387 133 254 0 1 11 1 120 0 0 247 0 7 0.0000 0.0000 0.0276 11.091 6.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 355 131 224 66 0 3 0 62 0 0 224 0 0 0.5038 0.0000 0.0000 42.667 0.17 2.15 -1.98 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2431 0.6378 0.1190 1 1 0.2472 0.6280 0.1248 1 1 0.2520 0.6155 0.1325
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 513 177 336 0 0 44 116 17 0 0 327 9 0 0.0000 0.0000 0.0268 3.023 3.82 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0057 0.9943
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 513 177 336 2 0 45 0 130 0 0 327 0 9 0.0113 0.0000 0.0268 2.933 0.00 6.47 -6.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1367 0.8633 2 2 0.0000 0.0179 0.9821 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr15 99712504 CCAGCAGCAGCAGCAG C 0.005699 0.100 1 -15 2 514 198 316 161 2 26 3 6 0 0 316 0 0 0.8131 0.0000 0.0000 6.577 4.89 13.17 -8.27 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0153 0.9847 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 38 11 27 1 0 1 0 9 0 0 27 0 0 0.0909 0.0000 0.0000 10.000 0.00 1.22 -1.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0411 0.8803 0.0786 2 1 0.0367 0.8307 0.1326 2 1 0.0352 0.7951 0.1697
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 343 101 242 42 0 2 0 57 0 0 238 0 4 0.4158 0.0000 0.0165 49.500 0.29 2.98 -2.70 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0272 0.4327 0.5401 1 2 0.0309 0.4393 0.5298 1 2 0.0364 0.4483 0.5154
chr16 805517 GGCAGCT G 0.053997 0.100 1 -6 4 409 121 288 114 0 3 0 4 0 0 288 0 0 0.9421 0.0000 0.0000 39.333 0.34 6.25 -5.91 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4460 0.5540 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 580 128 452 61 0 14 0 53 0 0 451 0 1 0.4766 0.0000 0.0022 8.143 0.39 4.13 -3.74 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4712 0.5033 0.0254 1 1 0.4743 0.4987 0.0270 1 1 0.4777 0.4931 0.0292
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 446 78 368 0 0 2 0 76 0 0 367 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 38.000 6.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 446 78 368 0 0 2 0 76 0 0 367 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 38.000 6.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2769159 CTCT C 0.000744 0.100 1 -3 2 296 72 224 62 0 5 0 5 0 0 224 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 13.400 0.66 4.00 -3.34 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3212 0.6788 0.0000 0 0 0.9931 0.0069 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 387 90 297 0 0 6 0 84 0 0 292 0 5 0.0000 0.0000 0.0168 14.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0083 0.9917
chr16 11915673 C CCCGCCG 0.014470 0.100 1 6 1 460 131 329 36 0 56 1 38 2 3 318 0 6 0.2748 0.0061 0.0334 1.321 2.53 7.97 -5.45 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2993 0.6908 0.0099 1 1 0.3093 0.6808 0.0099 1 1 0.3222 0.6679 0.0099
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 205 67 138 0 0 0 1 66 0 0 138 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 67.000 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.100 1 -12 1 732 256 476 106 2 13 3 132 0 0 476 0 0 0.4141 0.0000 0.0000 18.615 0.17 8.77 -8.60 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0097 0.5560 0.4343 1 1 0.0118 0.5579 0.4303 1 1 0.0153 0.5612 0.4235
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 965 213 752 84 1 60 1 67 0 0 750 1 1 0.3944 0.0000 0.0027 2.533 0.77 9.51 -8.73 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5855 0.4014 0.0132 1 0 0.5842 0.4011 0.0148 1 0 0.5815 0.4014 0.0171
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 384 163 221 152 2 0 1 8 0 0 221 0 0 0.9325 0.0000 0.0000 162.000 0.09 9.75 -9.66 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1741 0.8259 0.0000 0 0 0.8620 0.1380 0.0000
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 384 161 223 151 1 0 0 9 0 0 223 0 0 0.9379 0.0000 0.0000 160.000 0.11 8.78 -8.67 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1196 0.8804 0.0000 0 0 0.8311 0.1689 0.0000
chr16 70920692 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 453 139 314 121 0 6 0 12 0 0 314 0 0 0.8705 0.0000 0.0000 22.167 0.28 3.08 -2.80 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.1382 0.8618 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 268 122 146 13 1 21 0 87 0 1 144 0 1 0.1066 0.0000 0.0137 4.762 0.00 7.36 -7.36 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9911 0.0089
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 369 117 252 106 0 7 0 4 0 0 249 0 3 0.9060 0.0000 0.0119 15.714 0.11 11.25 -11.14 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1035 0.8965 0.0000 0 0 0.6572 0.3428 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 193 85 108 0 0 1 0 84 0 0 103 0 5 0.0000 0.0000 0.0463 84.000 4.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0131 0.9869
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 483 126 357 6 0 35 0 85 0 0 337 0 20 0.0476 0.0000 0.0560 2.600 1.67 7.85 -6.18 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7574 0.2426 2 2 0.0000 0.2228 0.7772
chr16 88436563 GCTTCCCGGGAACACC G 0.500000 0.100 1 -15 3 685 155 530 84 0 3 0 68 0 0 526 0 4 0.5419 0.0000 0.0075 50.667 0.80 13.56 -12.76 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4165 0.5449 0.0386 1 1 0.4176 0.5399 0.0424 1 1 0.4181 0.5340 0.0479
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 659 140 519 0 1 5 6 128 0 0 510 1 8 0.0000 0.0000 0.0173 27.000 7.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 657 132 525 0 0 3 9 120 0 0 516 1 8 0.0000 0.0000 0.0171 42.333 7.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 656 136 520 0 0 4 0 132 0 0 506 6 8 0.0000 0.0000 0.0269 66.000 7.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 791 163 628 0 0 11 1 151 0 0 625 0 3 0.0000 0.0000 0.0048 13.818 6.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 572 134 438 22 0 2 0 110 0 0 437 0 1 0.1642 0.0000 0.0023 66.000 0.86 4.60 -3.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.100 1 6 2 659 164 495 136 2 20 0 6 0 0 495 0 0 0.8293 0.0000 0.0000 7.150 0.26 5.17 -4.91 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.6220 0.3780 0.0000 0 0 0.9448 0.0552 0.0000
chr16 88733987 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 838 227 611 106 6 19 3 93 0 0 611 0 0 0.4670 0.0000 0.0000 10.632 0.55 3.19 -2.65 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4326 0.5444 0.0230 1 1 0.4359 0.5381 0.0260 1 1 0.4390 0.5306 0.0304
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 159 77 82 4 0 3 0 70 0 0 82 0 0 0.0519 0.0000 0.0000 24.667 0.00 4.23 -4.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.6819 0.3181 2 2 0.0000 0.3038 0.6962
chr16 89971820 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 666 153 513 144 0 4 0 5 0 0 513 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 37.250 0.50 1.00 -0.50 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.8680 0.1320 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 376 160 216 5 0 3 0 152 0 0 216 0 0 0.0312 0.0000 0.0000 52.333 0.00 1.32 -1.32 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9240 0.0760 2 2 0.0000 0.0452 0.9548 2 2 0.0000 0.0071 0.9929
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.100 1 -16 1 1354 271 1083 224 18 12 11 6 0 0 1083 0 0 0.8266 0.0000 0.0000 25.700 3.72 2.17 1.55 24 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5606 0.4394 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 722 200 522 10 1 41 2 146 0 0 512 0 10 0.0500 0.0000 0.0192 3.878 0.00 3.15 -3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9591 0.0409 2 2 0.0000 0.2218 0.7782
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 456 107 349 0 1 9 0 97 0 0 349 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.889 7.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0166 0.9834
chr17 16353372 G GCGGGGGCCGCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 18 2 456 107 349 7 7 68 7 18 0 0 349 0 0 0.0654 0.0000 0.0000 0.600 0.43 7.83 -7.40 3 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0253 0.3132 0.6615 1 2 0.0281 0.3231 0.6488 1 2 0.0321 0.3402 0.6277
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 491 181 310 10 0 24 13 134 0 0 306 0 4 0.0552 0.0000 0.0129 6.542 0.10 3.01 -2.91 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9568 0.0432 2 2 0.0000 0.2864 0.7136
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 944 276 668 120 81 33 20 22 0 1 667 0 0 0.4348 0.0000 0.0015 4.839 0.62 4.68 -4.07 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 945 274 671 195 29 27 3 20 1 0 670 0 0 0.7117 0.0015 0.0015 10.652 0.79 4.55 -3.76 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0383 0.9617 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 754 168 586 102 1 6 0 59 0 0 583 0 3 0.6071 0.0000 0.0051 27.000 0.37 4.10 -3.73 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9281 0.0716 0.0003 1 0 0.9213 0.0783 0.0004 1 0 0.9113 0.0882 0.0006
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 245 81 164 37 0 19 0 25 0 0 160 0 4 0.4568 0.0000 0.0244 3.263 0.05 6.04 -5.99 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4072 0.5094 0.0834 1 1 0.4038 0.5083 0.0879 1 1 0.3989 0.5069 0.0942
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.100 1 -6 1 850 196 654 180 0 9 0 7 0 0 654 0 0 0.9184 0.0000 0.0000 20.778 0.66 6.00 -5.34 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.8235 0.1765 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 155 76 79 69 0 2 0 5 0 0 79 0 0 0.9079 0.0000 0.0000 37.000 0.29 1.00 -0.71 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1331 0.8669 0.0000 0 0 0.5350 0.4650 0.0000
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 962 223 739 116 1 39 2 65 4 3 716 2 14 0.5202 0.0054 0.0311 4.816 3.11 12.08 -8.96 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9209 0.0789 0.0002 1 0 0.9144 0.0853 0.0003 1 0 0.9048 0.0947 0.0005
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 668 174 494 82 2 6 0 84 0 0 492 0 2 0.4713 0.0000 0.0040 28.000 0.22 1.26 -1.04 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1228 0.6926 0.1846 1 1 0.1293 0.6793 0.1913 1 1 0.1379 0.6623 0.1998
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 507 117 390 43 0 3 0 71 0 0 388 0 2 0.3675 0.0000 0.0051 38.000 0.14 1.58 -1.44 35 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0022 0.1526 0.8451 1 2 0.0027 0.1621 0.8352 1 2 0.0037 0.1756 0.8208
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 553 115 438 38 3 16 0 58 1 2 421 1 13 0.3304 0.0023 0.0388 6.188 0.24 9.41 -9.18 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0030 0.1737 0.8233 1 2 0.0036 0.1833 0.8131 1 2 0.0048 0.1968 0.7985
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1684 356 1328 308 3 4 0 41 0 0 1325 0 3 0.8652 0.0000 0.0023 87.750 0.44 3.12 -2.68 108 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 250 78 172 36 0 3 1 38 0 0 170 0 2 0.4615 0.0000 0.0116 24.667 0.22 4.74 -4.51 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1213 0.5666 0.3121 1 1 0.1260 0.5615 0.3125 1 1 0.1322 0.5552 0.3126
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 449 127 322 52 0 21 0 54 0 0 318 0 4 0.4094 0.0000 0.0124 5.048 0.21 7.57 -7.36 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0952 0.5920 0.3128 1 1 0.1003 0.5850 0.3147 1 1 0.1072 0.5762 0.3166
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 924 245 679 109 1 9 0 126 0 0 677 0 2 0.4449 0.0000 0.0029 26.111 0.33 3.21 -2.88 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0130 0.5069 0.4801 1 1 0.0151 0.5013 0.4836 1 1 0.0182 0.4950 0.4868
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 408 134 274 57 0 34 0 43 0 0 273 0 1 0.4254 0.0000 0.0036 2.941 0.84 5.26 -4.41 31 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5049 0.4568 0.0384 1 0 0.5000 0.4580 0.0420 1 0 0.4929 0.4599 0.0472
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 573 138 435 3 0 8 1 126 0 0 424 0 11 0.0217 0.0000 0.0253 16.250 0.00 8.01 -8.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4096 0.5904 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr17 75624890 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 1431 369 1062 190 0 10 0 169 0 0 1061 0 1 0.5149 0.0000 0.0009 35.900 0.31 1.45 -1.14 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3804 0.6124 0.0072 1 1 0.3933 0.5980 0.0087 1 1 0.4083 0.5806 0.0111
chr17 76072446 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 567 232 335 95 5 54 2 76 0 0 331 0 4 0.4095 0.0000 0.0119 3.296 0.32 3.38 -3.07 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5432 0.4417 0.0151 1 0 0.5415 0.4412 0.0173 1 0 0.5382 0.4412 0.0206
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2235 533 1702 249 13 72 4 195 1 3 1691 1 6 0.4672 0.0006 0.0065 6.423 1.10 7.17 -6.07 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9485 0.0515 0.0000 1 0 0.9458 0.0542 0.0000 1 0 0.9415 0.0585 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2181 584 1597 283 9 31 5 256 4 1 1444 22 126 0.4846 0.0025 0.0958 17.742 1.61 4.31 -2.70 43 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0009 0.9991 1 2 0.0000 0.0011 0.9989 1 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 278 102 176 36 0 9 1 56 0 0 175 0 1 0.3529 0.0000 0.0057 10.333 0.11 5.82 -5.71 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0093 0.2613 0.7293 1 2 0.0109 0.2705 0.7186 1 2 0.0133 0.2832 0.7035
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.100 1 3 2 1516 392 1124 295 16 65 0 16 0 1 1122 0 1 0.7526 0.0000 0.0018 5.000 0.51 3.44 -2.93 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0740 0.9260 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 648 155 493 5 0 1 0 149 0 0 486 0 7 0.0323 0.0000 0.0142 154.000 1.40 3.27 -1.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9593 0.0407 2 2 0.0000 0.0781 0.9219 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 476 120 356 42 0 3 0 75 0 0 352 0 4 0.3500 0.0000 0.0112 39.000 0.38 3.93 -3.55 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.0846 0.9148 1 2 0.0008 0.0924 0.9068 1 2 0.0011 0.1039 0.8950
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.100 1 -15 1 392 85 307 65 1 12 0 7 0 0 307 0 0 0.7647 0.0000 0.0000 6.083 1.77 16.86 -15.09 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 1 0.2163 0.7837 0.0000
chr18 5891374 GGCGGCGGCGGCC G 0.006401 0.100 1 -12 1 836 138 698 106 2 28 0 2 0 0 698 0 0 0.7681 0.0000 0.0000 3.893 1.47 6.00 -4.53 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 183 67 116 0 0 3 1 63 0 0 114 0 2 0.0000 0.0000 0.0172 21.333 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.100 1 -9 2 374 100 274 51 0 4 1 44 0 0 270 0 4 0.5100 0.0000 0.0146 24.000 1.00 9.18 -8.18 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3446 0.5906 0.0648 1 1 0.3503 0.5828 0.0669 1 1 0.3573 0.5731 0.0696
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 207 91 116 60 0 3 1 27 0 0 116 0 0 0.6593 0.0000 0.0000 29.000 0.10 4.11 -4.01 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8785 0.1198 0.0017 1 0 0.8680 0.1298 0.0022 1 0 0.8529 0.1442 0.0030
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 119 58 61 54 0 2 0 2 0 0 60 0 1 0.9310 0.0000 0.0164 28.000 0.24 3.00 -2.76 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0195 0.9805 0.0000 0 1 0.3782 0.6218 0.0000 0 0 0.6671 0.3329 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 283 137 146 63 0 6 0 68 0 0 146 0 0 0.4599 0.0000 0.0000 21.833 0.06 3.50 -3.44 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1006 0.6282 0.2712 1 1 0.1061 0.6188 0.2751 1 1 0.1134 0.6069 0.2797
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 503 125 378 65 0 7 1 52 0 0 378 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 16.857 1.31 8.81 -7.50 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4591 0.4984 0.0425 1 1 0.4567 0.4969 0.0464 1 1 0.4528 0.4953 0.0519
chr18 54224214 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 320 74 246 33 3 13 0 25 0 0 244 0 2 0.4459 0.0000 0.0081 4.615 1.58 3.96 -2.38 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4324 0.4919 0.0757 1 1 0.4280 0.4919 0.0801 1 1 0.4217 0.4921 0.0863
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 252 134 118 7 0 3 1 123 0 0 117 0 1 0.0522 0.0000 0.0085 43.667 0.14 3.04 -2.90 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7702 0.2298 2 2 0.0000 0.1718 0.8282
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 422 85 337 0 0 18 24 43 0 1 332 2 2 0.0000 0.0000 0.0148 3.667 7.40 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0385 0.9615
chr18 62523553 C CCCGCCG 0.500000 0.100 1 6 6 422 85 337 0 1 24 1 59 0 0 333 0 4 0.0000 0.0000 0.0119 2.652 7.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0603 0.9397 2 2 0.0000 0.0596 0.9404 2 2 0.0000 0.0604 0.9396
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 158 61 97 0 0 2 0 59 0 0 95 0 2 0.0000 0.0000 0.0206 29.500 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0493 0.9507
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 117 53 64 1 0 4 0 48 0 0 57 0 7 0.0189 0.0000 0.1094 12.250 0.00 2.94 -2.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3586 0.6414 2 2 0.0000 0.1568 0.8432 2 2 0.0000 0.1164 0.8836
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 287 68 219 60 0 4 1 3 1 1 217 0 0 0.8824 0.0046 0.0091 16.000 0.48 1.33 -0.85 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 1 0.4005 0.5995 0.0000 0 0 0.6953 0.3047 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 416 140 276 51 0 23 1 65 0 0 276 0 0 0.3643 0.0000 0.0000 5.087 0.25 3.98 -3.73 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0286 0.4381 0.5333 1 2 0.0317 0.4398 0.5285 1 2 0.0363 0.4425 0.5212
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 589 280 309 13 4 32 6 225 0 0 309 0 0 0.0464 0.0000 0.0000 9.538 5.69 5.06 0.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.6661 0.3339
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 188 66 122 31 0 3 0 32 0 0 122 0 0 0.4697 0.0000 0.0000 21.000 0.65 5.00 -4.35 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3003 0.5886 0.1110 1 1 0.3054 0.5825 0.1120 1 1 0.3119 0.5748 0.1133
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 273 156 117 152 0 0 0 4 0 0 117 0 0 0.9744 0.0000 0.0000 156.000 0.08 2.75 -2.67 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5279 0.4721 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 297 104 193 0 0 17 19 68 0 0 190 0 3 0.0000 0.0000 0.0155 5.059 4.25 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0141 0.9859
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 297 114 183 80 3 17 1 13 0 0 182 0 1 0.7018 0.0000 0.0055 5.647 3.40 12.15 -8.75 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0241 0.9759 0.0000
chr19 3613228 G GCCTCGC 0.017854 0.100 1 6 2 345 86 259 75 0 8 0 3 0 0 259 0 0 0.8721 0.0000 0.0000 9.750 0.64 6.33 -5.69 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7617 0.2383 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr19 4292698 GGGGCTGGGGCAGGGTCTC G 0.000032 0.100 1 -18 1 154 79 75 67 0 9 0 3 0 0 75 0 0 0.8481 0.0000 0.0000 7.778 0.37 18.00 -17.63 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 614 158 456 140 0 8 0 10 0 0 456 0 0 0.8861 0.0000 0.0000 18.750 0.61 12.00 -11.39 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0589 0.9411 0.0000 0 0 0.7790 0.2210 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 306 86 220 74 0 4 0 8 0 0 219 0 1 0.8605 0.0000 0.0045 20.500 0.16 5.88 -5.71 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.1930 0.8070 0.0000
chr19 10560338 A ATCTTCCTCCTCC 0.000295 0.100 1 12 1 291 93 198 51 0 8 0 34 0 0 189 0 9 0.5484 0.0000 0.0455 10.625 0.29 9.91 -9.62 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5821 0.4178 0.0000 1 0 0.5832 0.4168 0.0000 1 0 0.5840 0.4159 0.0000
chr19 11400296 AGC A 0.000350 0.100 1 -2 1 285 67 218 41 0 1 0 25 0 0 217 0 1 0.6119 0.0000 0.0046 66.000 0.32 1.92 -1.60 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7609 0.2391 0.0000 1 0 0.7549 0.2450 0.0000 1 0 0.7466 0.2533 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 836 286 550 111 1 39 11 124 0 0 548 0 2 0.3881 0.0000 0.0036 6.333 0.41 3.32 -2.91 33 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0076 0.4572 0.5352 1 2 0.0092 0.4572 0.5337 1 2 0.0117 0.4583 0.5300
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.100 1 2 3 1130 244 886 230 3 4 0 7 0 0 885 0 1 0.9426 0.0000 0.0011 59.250 0.53 4.29 -3.76 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0451 0.9549 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.100 1 -2 3 1127 245 882 229 2 4 0 10 0 0 881 0 1 0.9347 0.0000 0.0011 60.000 0.45 4.10 -3.65 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9376 0.0624 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 426 141 285 6 0 29 0 106 0 0 278 0 7 0.0426 0.0000 0.0246 3.862 0.33 9.94 -9.61 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8250 0.1750 2 2 0.0000 0.3047 0.6953
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.100 1 -18 1 426 146 280 81 0 22 0 43 0 0 271 0 9 0.5548 0.0000 0.0321 5.636 4.99 14.88 -9.90 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8983 0.1014 0.0002 1 0 0.8923 0.1074 0.0003 1 0 0.8837 0.1159 0.0004
chr19 14090062 GGCT G 0.000004 0.100 1 -3 1 258 45 213 38 1 3 1 2 0 0 202 9 2 0.8444 0.0000 0.0516 13.667 1.53 1.00 0.53 28 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9018 0.0982 0.0000 0 0 0.9248 0.0752 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.100 1 3 1 305 101 204 52 2 4 0 43 0 0 202 0 2 0.5149 0.0000 0.0098 24.250 0.12 3.02 -2.91 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5798 0.4133 0.0068 1 0 0.5801 0.4126 0.0073 1 0 0.5799 0.4121 0.0080
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 606 133 473 0 0 2 0 131 0 0 470 0 3 0.0000 0.0000 0.0063 65.500 3.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.100 1 -14 1 390 80 310 34 11 12 9 14 0 0 310 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 6.500 4.41 2.93 1.48 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8460 0.1524 0.0016 1 0 0.8379 0.1602 0.0019 1 0 0.8265 0.1712 0.0023
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 387 75 312 11 9 4 8 43 0 0 311 1 0 0.1467 0.0000 0.0032 67.000 0.09 5.74 -5.65 11 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0084 0.2895 0.7020 1 2 0.0103 0.3084 0.6812 1 2 0.0132 0.3466 0.6402
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 104 28 76 16 0 1 0 11 0 0 75 0 1 0.5714 0.0000 0.0132 27.000 1.69 4.09 -2.40 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4777 0.4655 0.0568 1 0 0.4758 0.4659 0.0583 1 0 0.4731 0.4666 0.0604
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 860 189 671 0 0 2 4 183 0 0 623 11 37 0.0000 0.0000 0.0715 93.500 2.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 318 86 232 39 1 13 3 30 0 0 231 0 1 0.4535 0.0000 0.0043 5.538 0.21 3.00 -2.79 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1405 0.6541 0.2054 1 1 0.1394 0.6468 0.2138 1 1 0.1378 0.6373 0.2249
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 648 150 498 73 1 3 0 73 0 0 494 0 4 0.4867 0.0000 0.0080 49.000 0.77 3.33 -2.56 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0583 0.6378 0.3039 1 1 0.0613 0.6266 0.3121 1 1 0.0653 0.6124 0.3224
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 428 203 225 131 0 20 0 52 0 0 201 0 24 0.6453 0.0000 0.1067 9.150 0.24 15.04 -14.79 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9860 0.0140 0.0000 1 0 0.9840 0.0159 0.0000 1 0 0.9809 0.0190 0.0000
chr19 37886746 TCCTTTCCTCCTCCTCCTC T 0.059111 0.100 1 -18 2 559 102 457 33 0 21 2 46 0 0 457 0 0 0.3235 0.0000 0.0000 3.810 1.18 11.93 -10.75 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1109 0.7583 0.1308 1 1 0.1201 0.7534 0.1265 1 1 0.1331 0.7462 0.1208
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 394 101 293 86 2 9 0 4 1 4 288 0 0 0.8515 0.0034 0.0171 10.222 2.41 3.25 -0.84 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0741 0.9259 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 205 31 174 0 0 2 26 3 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0623 0.9377 2 2 0.0000 0.0640 0.9360 2 2 0.0000 0.0666 0.9334
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 205 31 174 0 0 23 8 0 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.429 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1161 0.8839 2 2 0.0000 0.1178 0.8822 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 446 151 295 13 3 7 0 128 0 0 295 0 0 0.0861 0.0000 0.0000 23.500 0.23 6.56 -6.33 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9190 0.0810
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.100 1 3 1 338 113 225 61 0 6 0 46 0 0 225 0 0 0.5398 0.0000 0.0000 17.833 0.07 4.24 -4.17 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7140 0.2845 0.0016 1 0 0.7102 0.2881 0.0017 1 0 0.7047 0.2933 0.0020
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 367 106 261 99 0 1 0 6 0 1 260 0 0 0.9340 0.0000 0.0038 105.000 0.22 7.17 -6.94 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2582 0.7418 0.0000 0 0 0.7925 0.2075 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 544 162 382 80 0 1 0 81 0 0 381 0 1 0.4938 0.0000 0.0026 161.000 0.07 3.04 -2.96 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0915 0.6735 0.2350 1 1 0.0961 0.6609 0.2430 1 1 0.1021 0.6448 0.2531
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.100 1 1 1 278 116 162 104 0 3 0 9 0 0 162 0 0 0.8966 0.0000 0.0000 37.667 0.49 2.00 -1.51 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4738 0.5262 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 994 308 686 3 0 69 1 235 0 0 649 0 37 0.0097 0.0000 0.0539 3.464 0.67 6.30 -5.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 45768813 CCCGCGCTCGGCT C 0.000026 0.100 1 -12 4 511 183 328 99 0 16 0 68 0 0 324 0 4 0.5410 0.0000 0.0122 10.438 0.85 10.19 -9.34 83 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8627 0.1373 0.0000 1 0 0.8579 0.1421 0.0000 1 0 0.8508 0.1492 0.0000
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 321 92 229 44 0 16 0 32 0 0 217 0 12 0.4783 0.0000 0.0524 4.750 0.32 14.28 -13.96 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3523 0.6063 0.0415 1 1 0.3593 0.5984 0.0423 1 1 0.3681 0.5885 0.0434
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 380 75 305 27 0 16 1 31 0 0 302 0 3 0.3600 0.0000 0.0098 3.688 3.11 8.26 -5.15 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1902 0.6608 0.1490 1 1 0.1988 0.6547 0.1465 1 1 0.2104 0.6466 0.1430
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 228 106 122 69 0 4 0 33 0 0 122 0 0 0.6509 0.0000 0.0000 25.500 0.16 1.52 -1.36 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9463 0.0535 0.0002 1 0 0.9410 0.0588 0.0002 1 0 0.9330 0.0667 0.0003
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 393 97 296 58 0 2 0 37 0 1 293 0 2 0.5979 0.0000 0.0101 47.500 1.84 3.86 -2.02 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7956 0.2026 0.0018 1 0 0.7889 0.2090 0.0021 1 0 0.7795 0.2180 0.0025
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 977 252 725 70 22 62 7 91 0 1 718 2 4 0.2778 0.0000 0.0097 3.048 2.29 3.62 -1.33 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0501 0.6547 0.2951 1 1 0.0555 0.6452 0.2993 1 1 0.0632 0.6331 0.3037
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 998 248 750 104 6 45 4 89 0 0 746 2 2 0.4194 0.0000 0.0053 4.467 0.67 2.99 -2.32 56 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4607 0.5220 0.0173 1 1 0.4664 0.5143 0.0193 1 1 0.4727 0.5051 0.0222
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 584 153 431 74 1 21 1 56 0 0 429 0 2 0.4837 0.0000 0.0046 6.238 1.93 7.68 -5.75 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6133 0.3726 0.0141 1 0 0.6093 0.3748 0.0159 1 0 0.6032 0.3783 0.0185
chr19 50007714 CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG C 0.010131 0.100 1 -21 1 270 119 151 100 0 12 0 7 0 1 149 0 1 0.8403 0.0000 0.0132 8.917 0.22 21.00 -20.78 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.7559 0.2441 0.0000 0 0 0.9875 0.0125 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 688 133 555 0 0 1 7 125 0 0 550 0 5 0.0000 0.0000 0.0090 132.000 3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 686 138 548 1 0 7 120 10 0 0 548 0 0 0.0072 0.0000 0.0000 18.714 0.00 3.10 -3.10 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0295 0.9705 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 558 173 385 0 0 6 10 157 0 0 381 0 4 0.0000 0.0000 0.0104 27.833 2.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 202 88 114 0 0 2 0 86 0 0 112 0 2 0.0000 0.0000 0.0175 43.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1084 264 820 152 0 2 1 109 0 0 817 0 3 0.5758 0.0000 0.0037 131.000 0.15 3.14 -2.99 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8858 0.1139 0.0003 1 0 0.8805 0.1192 0.0004 1 0 0.8725 0.1270 0.0005
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 674 194 480 84 0 9 1 100 0 0 479 0 1 0.4330 0.0000 0.0021 20.556 0.37 1.44 -1.07 42 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0084 0.3802 0.6114 1 2 0.0096 0.3797 0.6107 1 2 0.0115 0.3799 0.6086
chr19 54575935 GGC G 0.000047 0.100 1 -2 1 518 129 389 122 0 3 1 3 1 0 387 0 1 0.9457 0.0026 0.0051 42.000 0.57 11.00 -10.43 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54575938 C CTT 0.000047 0.100 1 2 2 513 119 394 111 0 2 2 4 1 0 390 0 3 0.9328 0.0025 0.0102 58.500 0.52 10.75 -10.23 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0832 0.9168 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 471 119 352 60 0 13 0 46 0 0 339 0 13 0.5042 0.0000 0.0369 8.154 0.47 7.52 -7.06 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1978 0.6407 0.1614 1 1 0.2027 0.6306 0.1667 1 1 0.2089 0.6177 0.1735
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 673 167 506 9 0 30 0 128 0 0 473 0 33 0.0539 0.0000 0.0652 4.567 2.00 17.74 -15.74 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.4170 0.5830 2 2 0.0000 0.0196 0.9804
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 583 114 469 102 0 0 0 12 0 0 469 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 114.000 0.88 4.58 -3.70 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0520 0.9480 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 139 68 71 5 0 11 1 51 0 0 68 0 3 0.0735 0.0000 0.0423 5.182 0.20 3.10 -2.90 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9662 0.0338 2 1 0.0000 0.7886 0.2114
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 153 66 87 28 0 0 0 38 0 0 86 0 1 0.4242 0.0000 0.0115 66.000 0.50 1.11 -0.61 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0826 0.5247 0.3927 1 1 0.0884 0.5252 0.3864 1 1 0.0966 0.5259 0.3776
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.100 1 -4 2 311 108 203 60 0 5 0 43 0 0 202 0 1 0.5556 0.0000 0.0049 20.600 0.15 3.98 -3.83 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7093 0.2854 0.0054 1 0 0.7041 0.2898 0.0060 1 0 0.6968 0.2962 0.0070
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 311 116 195 107 0 4 0 5 0 0 195 0 0 0.9224 0.0000 0.0000 28.000 0.12 2.00 -1.88 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.4468 0.5532 0.0000 0 0 0.8517 0.1483 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 79 39 40 0 0 0 0 39 0 0 40 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 39.000 6.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0815 0.9185 2 2 0.0000 0.0846 0.9154 2 2 0.0000 0.0890 0.9110
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 457 122 335 99 1 15 0 7 0 1 333 0 1 0.8115 0.0000 0.0060 7.133 0.62 3.86 -3.24 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2777 0.7223 0.0000 0 0 0.9076 0.0924 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 484 143 341 96 0 1 1 45 0 0 339 0 2 0.6713 0.0000 0.0059 142.000 0.38 8.71 -8.34 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9729 0.0271 0.0000 1 0 0.9692 0.0308 0.0001 1 0 0.9634 0.0365 0.0001
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 484 143 341 95 0 3 1 44 0 0 339 0 2 0.6643 0.0000 0.0059 46.667 0.21 8.73 -8.52 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9732 0.0267 0.0000 1 0 0.9696 0.0304 0.0001 1 0 0.9639 0.0360 0.0001
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 486 156 330 95 0 1 0 60 0 0 328 0 2 0.6090 0.0000 0.0061 155.000 0.14 8.40 -8.26 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8857 0.1135 0.0007 1 0 0.8785 0.1206 0.0009 1 0 0.8680 0.1308 0.0013
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.100 1 5 1 340 151 189 131 0 16 0 4 0 0 188 0 1 0.8675 0.0000 0.0053 8.438 0.36 6.75 -6.39 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0717 0.9283 0.0000 0 0 0.9567 0.0433 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr20 3668985 ATCTGGACT A 0.038221 0.100 1 -8 1 265 74 191 71 0 1 0 2 0 0 191 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 73.000 1.14 9.50 -8.36 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9168 0.0832 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 261 110 151 36 0 5 1 68 0 0 151 0 0 0.3273 0.0000 0.0000 20.800 0.19 1.46 -1.26 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0008 0.0948 0.9044 1 2 0.0011 0.1025 0.8965 1 2 0.0015 0.1136 0.8849
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 467 141 326 7 4 2 0 128 0 0 321 1 4 0.0496 0.0000 0.0153 67.500 0.14 3.19 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7604 0.2396 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.100 1 1 1 180 91 89 50 0 2 0 39 0 0 89 0 0 0.5495 0.0000 0.0000 44.500 0.24 1.23 -0.99 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6275 0.3642 0.0082 1 0 0.6250 0.3661 0.0089 1 0 0.6212 0.3689 0.0099
chr20 36803016 A AGGT 0.001598 0.100 1 3 2 276 89 187 79 0 3 0 7 0 0 187 0 0 0.8876 0.0000 0.0000 28.667 0.14 3.00 -2.86 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 0 0.9493 0.0507 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.100 1 3 3 706 189 517 89 3 21 0 76 0 0 508 0 9 0.4709 0.0000 0.0174 8.000 0.58 3.20 -2.61 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4312 0.5592 0.0096 1 1 0.4404 0.5493 0.0103 1 1 0.4515 0.5372 0.0114
chr20 45857313 C CATCT 0.008877 0.100 1 4 1 341 144 197 77 0 8 0 59 0 0 194 0 3 0.5347 0.0000 0.0152 17.000 0.43 3.90 -3.47 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6889 0.3107 0.0003 1 0 0.6877 0.3120 0.0004 1 0 0.6853 0.3143 0.0004
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 971 316 655 135 0 39 2 140 0 0 652 0 3 0.4272 0.0000 0.0046 7.103 0.54 3.15 -2.61 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0254 0.6890 0.2855 1 1 0.0287 0.6734 0.2980 1 1 0.0333 0.6534 0.3133
chr20 47238822 T TTGC 0.002509 0.100 1 3 4 562 178 384 80 2 18 1 77 0 0 381 0 3 0.4494 0.0000 0.0078 8.889 0.21 2.91 -2.70 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3325 0.6668 0.0007 1 1 0.3451 0.6542 0.0007 1 1 0.3612 0.6380 0.0008
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 591 308 283 13 1 32 10 252 0 0 282 0 1 0.0422 0.0000 0.0035 8.594 0.00 3.21 -3.21 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8163 0.1837 2 2 0.0000 0.0254 0.9746
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 203 33 170 0 0 0 1 32 0 0 165 0 5 0.0000 0.0000 0.0294 32.000 6.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 296 141 155 79 0 1 0 61 0 0 154 0 1 0.5603 0.0000 0.0065 140.000 0.25 2.05 -1.80 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4198 0.5441 0.0361 1 1 0.4148 0.5446 0.0406 1 1 0.4072 0.5454 0.0474
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 763 182 581 109 0 3 0 70 0 0 574 0 7 0.5989 0.0000 0.0120 59.667 0.18 5.63 -5.45 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8232 0.1753 0.0015 1 0 0.8150 0.1831 0.0019 1 0 0.8030 0.1944 0.0026
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 209 102 107 54 0 6 1 41 0 0 106 0 1 0.5294 0.0000 0.0093 16.000 0.09 3.85 -3.76 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4130 0.5242 0.0628 1 1 0.4094 0.5228 0.0677 1 1 0.4040 0.5213 0.0747
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 332 50 282 2 0 2 0 46 0 0 280 0 2 0.0400 0.0000 0.0071 24.000 7.50 2.17 5.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1101 220 881 115 3 5 6 91 2 1 875 0 3 0.5227 0.0023 0.0068 42.800 0.98 3.03 -2.05 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4856 0.5008 0.0136 1 1 0.4846 0.4995 0.0159 1 1 0.4818 0.4986 0.0196
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1104 222 882 116 1 8 7 90 1 2 876 0 3 0.5225 0.0011 0.0068 30.571 0.97 3.14 -2.17 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4664 0.5183 0.0153 1 1 0.4660 0.5161 0.0178 1 1 0.4641 0.5142 0.0218
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.100 1 -15 2 629 114 515 61 0 10 0 43 0 0 515 0 0 0.5351 0.0000 0.0000 11.556 1.25 11.21 -9.96 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7371 0.2583 0.0046 1 0 0.7311 0.2637 0.0052 1 0 0.7226 0.2713 0.0061
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 356 150 206 2 2 17 2 127 0 0 206 0 0 0.0133 0.0000 0.0000 7.824 0.00 7.91 -7.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr22 18609475 C CGG 0.080580 0.100 1 2 2 1015 96 919 85 2 2 0 7 3 0 916 0 0 0.8854 0.0033 0.0033 46.500 0.51 2.00 -1.49 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3704 0.6296 0.0000 0 0 0.9090 0.0910 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 679 124 555 0 0 30 0 94 0 0 526 0 29 0.0000 0.0000 0.0523 3.133 14.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr22 27798906 CTGCTGT C 0.030620 0.100 1 -6 1 1247 374 873 307 11 46 4 6 0 0 873 0 0 0.8209 0.0000 0.0000 7.089 1.40 6.00 -4.60 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9727 0.0273 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 1237 355 882 153 13 83 5 101 0 0 880 0 2 0.4310 0.0000 0.0023 3.253 0.94 3.50 -2.55 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9860 0.0140 0.0000 1 0 0.9842 0.0158 0.0000 1 0 0.9814 0.0186 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 689 217 472 107 0 17 0 93 0 0 470 0 2 0.4931 0.0000 0.0042 11.765 0.38 2.30 -1.92 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3745 0.5931 0.0323 1 1 0.3798 0.5843 0.0360 1 1 0.3854 0.5734 0.0412
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 482 73 409 0 0 6 0 67 0 0 409 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.167 10.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0253 0.9747 2 2 0.0000 0.0271 0.9729 2 2 0.0000 0.0297 0.9703
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 953 324 629 137 1 8 2 176 0 0 623 1 5 0.4228 0.0000 0.0095 39.375 0.99 3.81 -2.82 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.1087 0.8912 1 2 0.0002 0.1142 0.8856 1 2 0.0003 0.1225 0.8772
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 332 161 171 108 0 4 0 49 0 0 158 0 13 0.6708 0.0000 0.0760 39.250 0.15 26.73 -26.59 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9661 0.0339 0.0000 1 0 0.9621 0.0378 0.0001 1 0 0.9561 0.0437 0.0001
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 420 225 195 115 0 16 0 94 0 0 185 0 10 0.5111 0.0000 0.0513 13.062 0.20 7.14 -6.94 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3918 0.5852 0.0229 1 1 0.4000 0.5745 0.0255 1 1 0.4095 0.5613 0.0291
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 228 113 115 69 0 3 0 41 0 0 113 0 2 0.6106 0.0000 0.0174 36.667 0.54 4.61 -4.07 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8331 0.1645 0.0024 1 0 0.8245 0.1726 0.0029 1 0 0.8123 0.1840 0.0037
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 348 142 206 0 0 7 1 134 0 0 202 0 4 0.0000 0.0000 0.0194 19.286 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 974 224 750 121 1 40 1 61 0 0 706 0 44 0.5402 0.0000 0.0587 4.600 0.73 17.72 -16.99 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5564 0.4375 0.0060 1 0 0.5616 0.4315 0.0069 1 0 0.5670 0.4248 0.0082
677 rows