File Info

Filename
HG03864_x_HG03874_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG03864_x_HG03874_FF_5.features.tsv
Size
134.0 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 945083 CCCTCCTCCTCGT C 0.000573 0.050 1 -12 1 266 84 182 52 0 2 0 30 0 0 182 0 0 0.6190 0.0000 0.0000 41.000 0.37 10.10 -9.73 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7284 0.2715 0.0000 1 0 0.7216 0.2783 0.0001 1 0 0.7123 0.2876 0.0001
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 370 121 249 92 0 13 0 16 0 0 249 0 0 0.7603 0.0000 0.0000 8.308 0.34 9.81 -9.48 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0232 0.9768 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 565 257 308 175 1 27 0 54 0 0 308 0 0 0.6809 0.0000 0.0000 8.519 0.35 8.70 -8.36 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9937 0.0063 0.0000 1 0 0.9922 0.0078 0.0000 1 0 0.6848 0.3152 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 344 127 217 60 4 15 1 47 0 0 215 0 2 0.4724 0.0000 0.0092 7.467 0.32 3.47 -3.15 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4188 0.4779 0.1033 1 1 0.4132 0.4793 0.1075 1 1 0.4056 0.4811 0.1133
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 544 189 355 90 0 23 0 76 0 0 352 1 2 0.4762 0.0000 0.0085 7.217 0.57 8.26 -7.70 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3618 0.5163 0.1219 1 1 0.3589 0.5150 0.1261 1 1 0.3549 0.5133 0.1318
chr1 11650722 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 462 115 347 104 1 7 0 3 0 0 347 0 0 0.9043 0.0000 0.0000 15.429 0.47 2.33 -1.86 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0959 0.9041 0.0000 0 0 0.6424 0.3576 0.0000 0 0 0.8023 0.1977 0.0000
chr1 12879725 C CG 0.500000 0.050 1 1 3 773 231 542 130 0 12 1 88 0 0 542 0 0 0.5628 0.0000 0.0000 18.250 0.26 2.23 -1.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7360 0.2514 0.0126 1 0 0.7236 0.2620 0.0145 1 0 0.7062 0.2764 0.0174
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 897 151 746 137 0 7 0 7 0 0 745 0 1 0.9073 0.0000 0.0013 20.571 0.50 2.57 -2.08 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1230 0.8770 0.0000 0 0 0.5772 0.4228 0.0000
chr1 16759094 AGCGCTG A 0.500000 0.050 1 -6 2 1816 481 1335 381 1 9 0 90 0 0 1332 0 3 0.7921 0.0000 0.0022 52.444 0.80 8.89 -8.09 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1258 258 1000 141 2 14 2 99 0 0 999 1 0 0.5465 0.0000 0.0010 17.286 1.38 1.99 -0.61 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7278 0.2595 0.0128 1 0 0.7156 0.2697 0.0147 1 0 0.6988 0.2836 0.0176
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 242 90 152 48 1 3 0 38 0 0 151 0 1 0.5333 0.0000 0.0066 43.500 0.15 1.39 -1.25 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3713 0.4954 0.1333 1 1 0.3672 0.4957 0.1371 1 1 0.3617 0.4960 0.1423
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 355 141 214 64 0 14 0 63 0 0 214 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 9.071 0.14 2.95 -2.81 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2422 0.5384 0.2194 1 1 0.2433 0.5355 0.2212 1 1 0.2446 0.5319 0.2235
chr1 35738058 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 202 51 151 18 1 7 0 25 0 0 151 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 6.286 2.44 5.84 -3.40 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1765 0.5024 0.3212 1 1 0.1792 0.5022 0.3187 1 1 0.1827 0.5019 0.3153
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 304 84 220 30 0 11 0 43 0 0 215 0 5 0.3571 0.0000 0.0227 6.636 0.53 3.07 -2.54 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0814 0.4360 0.4826 1 2 0.0857 0.4402 0.4742 1 2 0.0915 0.4455 0.4629
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 536 133 403 0 0 22 2 109 0 0 402 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 5.000 5.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0565 0.9435 2 2 0.0000 0.0596 0.9404 2 2 0.0000 0.0641 0.9359
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 232 92 140 84 1 6 0 1 0 0 140 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 14.167 0.20 3.00 -2.80 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6234 0.3766 0.0000 0 0 0.8062 0.1938 0.0000 0 0 0.8407 0.1593 0.0000
chr1 52033398 CGCCCGCCACCTGAGGTCCCGCGATCGG C 0.500000 0.050 1 -27 1 660 210 450 201 2 5 0 2 0 0 450 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 41.000 0.20 27.00 -26.80 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8633 0.1367 0.0000 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 0 0 0.9841 0.0159 0.0000
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 545 135 410 64 2 22 0 47 0 0 406 0 4 0.4741 0.0000 0.0098 5.045 0.39 5.15 -4.76 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4244 0.4754 0.1002 1 1 0.4186 0.4769 0.1045 1 1 0.4107 0.4790 0.1103
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 955 265 690 115 5 35 0 110 0 0 687 0 3 0.4340 0.0000 0.0043 6.571 0.40 3.57 -3.17 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2956 0.5563 0.1481 1 1 0.2958 0.5520 0.1522 1 1 0.2957 0.5467 0.1576
chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.050 1 6 2 384 114 270 102 0 8 0 4 0 0 270 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 13.250 0.25 6.25 -6.00 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0186 0.9814 0.0000 0 1 0.4611 0.5389 0.0000 0 0 0.7228 0.2772 0.0000
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 692 145 547 86 0 7 0 52 0 0 546 0 1 0.5931 0.0000 0.0018 19.714 1.09 3.63 -2.54 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6658 0.3087 0.0255 1 0 0.6532 0.3184 0.0283 1 0 0.6360 0.3314 0.0326
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 136 63 73 2 0 1 0 60 0 0 70 0 3 0.0317 0.0000 0.0411 62.000 0.00 3.77 -3.77 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8428 0.1572 2 2 0.0000 0.4457 0.5543 2 2 0.0000 0.3171 0.6829
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 412 160 252 85 0 21 0 54 0 0 248 0 4 0.5312 0.0000 0.0159 6.619 0.26 10.80 -10.54 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5896 0.3696 0.0408 1 0 0.5787 0.3769 0.0444 1 0 0.5639 0.3865 0.0496
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 434 140 294 0 0 10 0 130 0 0 291 0 3 0.0000 0.0000 0.0102 13.000 5.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0340 0.9660 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0396 0.9604
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 176 96 80 48 0 2 0 46 0 0 77 0 3 0.5000 0.0000 0.0375 47.000 0.21 2.93 -2.73 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2237 0.5293 0.2470 1 1 0.2252 0.5271 0.2477 1 1 0.2271 0.5243 0.2486
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 403 103 300 0 0 8 3 92 0 1 289 0 10 0.0000 0.0000 0.0367 11.500 3.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1790 0.8210 2 2 0.0000 0.1178 0.8822 2 2 0.0000 0.1024 0.8976
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 740 146 594 90 0 16 8 32 0 0 589 1 4 0.6164 0.0000 0.0084 8.125 0.18 3.38 -3.20 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7868 0.2037 0.0095 1 0 0.7736 0.2154 0.0111 1 0 0.7551 0.2315 0.0135
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 732 168 564 100 0 11 9 48 0 0 564 0 0 0.5952 0.0000 0.0000 14.000 0.81 4.10 -3.29 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7785 0.2116 0.0099 1 0 0.7654 0.2231 0.0115 1 0 0.7471 0.2390 0.0140
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 224 89 135 6 0 12 1 70 0 0 133 0 2 0.0674 0.0000 0.0148 6.417 0.00 5.97 -5.97 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9009 0.0991 2 1 0.0000 0.6177 0.3823
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 1688 478 1210 158 4 167 9 140 14 7 1122 5 62 0.3305 0.0116 0.0727 1.820 2.27 9.68 -7.41 40 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0227 0.3771 0.6003 1 2 0.0254 0.3823 0.5924 1 2 0.0294 0.3894 0.5812
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1118 252 866 127 0 35 1 89 0 0 860 0 6 0.5040 0.0000 0.0069 6.171 0.44 3.56 -3.12 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6227 0.3489 0.0284 1 0 0.6120 0.3565 0.0314 1 0 0.5974 0.3668 0.0358
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 222 83 139 1 0 10 5 67 0 0 139 0 0 0.0120 0.0000 0.0000 6.800 0.00 1.37 -1.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4485 0.5515 2 2 0.0000 0.2497 0.7503 2 2 0.0000 0.2070 0.7930
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 839 284 555 208 0 70 0 6 0 0 554 0 1 0.7324 0.0000 0.0018 3.057 0.19 10.17 -9.98 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.6118 0.3882 0.0000 0 0 0.9156 0.0844 0.0000
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 518 222 296 98 4 36 5 79 0 0 296 0 0 0.4414 0.0000 0.0000 61.333 0.20 4.01 -3.81 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3298 0.5338 0.1365 1 1 0.3283 0.5312 0.1405 1 1 0.3261 0.5279 0.1460
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 518 224 294 105 12 24 2 81 0 0 294 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 7.833 0.37 3.96 -3.59 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5960 0.3684 0.0356 1 0 0.5856 0.3754 0.0390 1 0 0.5713 0.3848 0.0439
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 203 81 122 44 0 0 1 36 0 0 121 1 0 0.5432 0.0000 0.0082 81.000 1.68 1.86 -0.18 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3174 0.5128 0.1698 1 1 0.3153 0.5118 0.1728 1 1 0.3126 0.5106 0.1768
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 725 211 514 0 0 4 0 207 0 0 511 0 3 0.0000 0.0000 0.0058 51.750 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1601 330 1271 0 0 6 0 324 0 0 1260 0 11 0.0000 0.0000 0.0087 54.000 1.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 279 80 199 70 1 7 0 2 0 0 199 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 10.286 0.46 0.50 -0.04 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1944 0.8056 0.0000 0 0 0.6037 0.3963 0.0000 0 0 0.7228 0.2772 0.0000
chr1 175160809 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 716 123 593 20 43 4 50 6 0 0 593 0 0 0.1626 0.0000 0.0000 16.250 0.35 4.67 -4.32 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5722 0.3775 0.0504 1 0 0.5610 0.3848 0.0542 1 0 0.5460 0.3943 0.0597
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 157 54 103 29 0 6 0 19 0 0 103 0 0 0.5370 0.0000 0.0000 8.000 0.10 4.32 -4.21 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.4853 0.1396 1 1 0.3705 0.4863 0.1432 1 1 0.3643 0.4876 0.1480
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 788 197 591 1 0 35 0 161 0 0 542 0 49 0.0051 0.0000 0.0829 4.629 0.00 10.98 -10.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0251 0.9749 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0093 0.9907
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 394 217 177 0 0 33 1 183 0 0 165 0 12 0.0000 0.0000 0.0678 5.545 10.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0072 0.9928 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0091 0.9909
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -15 1 394 226 168 4 5 31 5 181 0 0 166 0 2 0.0177 0.0000 0.0119 6.333 2.00 10.92 -8.92 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8926 0.1074 2 2 0.0000 0.1661 0.8339 2 2 0.0000 0.0627 0.9373
chr1 223363360 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 263 106 157 54 1 15 0 36 0 0 157 0 0 0.5094 0.0000 0.0000 6.067 0.22 3.33 -3.11 0 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4923 0.4318 0.0758 1 0 0.4837 0.4362 0.0801 1 0 0.4722 0.4418 0.0860
chr1 230978734 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 333 89 244 49 1 5 1 33 0 0 243 0 1 0.5506 0.0000 0.0041 16.800 1.33 3.73 -2.40 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4394 0.4619 0.0987 1 1 0.4326 0.4645 0.1029 1 1 0.4236 0.4677 0.1087
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 223 105 118 99 0 3 0 3 0 0 118 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 34.000 0.13 2.33 -2.20 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0870 0.9130 0.0000 0 0 0.6096 0.3904 0.0000 0 0 0.7791 0.2209 0.0000
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 582 154 428 4 0 10 1 139 0 0 425 1 2 0.0260 0.0000 0.0070 16.000 0.25 3.41 -3.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9486 0.0514 2 2 0.0000 0.2954 0.7046 2 2 0.0000 0.1241 0.8759
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 446 123 323 120 0 1 0 2 0 0 323 0 0 0.9756 0.0000 0.0000 122.000 0.29 1.00 -0.71 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4426 0.5574 0.0000 0 0 0.8356 0.1644 0.0000 0 0 0.8941 0.1059 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 645 158 487 0 0 1 1 156 0 0 484 0 3 0.0000 0.0000 0.0062 156.000 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0212 0.9788
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 335 82 253 42 0 1 0 39 0 0 253 0 0 0.5122 0.0000 0.0000 81.000 0.67 1.23 -0.56 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2742 0.5220 0.2038 1 1 0.2738 0.5203 0.2059 1 1 0.2732 0.5182 0.2085
chr1 247921312 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 678 143 535 136 0 5 0 2 0 0 535 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 27.600 1.91 4.00 -2.09 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5393 0.4607 0.0000 0 0 0.8827 0.1173 0.0000 0 0 0.9253 0.0747 0.0000
chr1 248273727 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 1117 211 906 118 0 6 0 87 0 0 904 0 2 0.5592 0.0000 0.0022 41.000 0.45 1.43 -0.98 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5951 0.3702 0.0347 1 0 0.5849 0.3770 0.0381 1 0 0.5709 0.3861 0.0429
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1020 241 779 4 0 1 1 235 0 0 778 0 1 0.0166 0.0000 0.0013 240.000 0.00 1.34 -1.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6344 0.3656 2 2 0.0000 0.0401 0.9599 2 2 0.0000 0.0148 0.9852
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 1005 306 699 214 2 10 1 79 0 0 699 0 0 0.6993 0.0000 0.0000 29.600 1.34 3.19 -1.85 164 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9965 0.0035 0.0000 1 0 0.9956 0.0044 0.0000 1 0 0.9940 0.0060 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1274 124 1150 6 0 6 3 109 0 0 1143 0 7 0.0484 0.0000 0.0061 19.500 0.83 2.97 -2.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.7454 0.2546 2 2 0.0000 0.3497 0.6503
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 394 150 244 0 0 7 0 143 0 0 239 0 5 0.0000 0.0000 0.0205 20.429 6.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0253 0.9747 2 2 0.0000 0.0280 0.9720
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 205 103 102 94 0 5 0 4 0 0 102 0 0 0.9126 0.0000 0.0000 19.600 0.23 3.75 -3.52 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0213 0.9787 0.0000 0 1 0.4954 0.5046 0.0000 0 0 0.7506 0.2494 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 384 138 246 0 0 21 2 115 0 0 238 1 7 0.0000 0.0000 0.0325 5.571 8.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0182 0.9818 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0211 0.9789
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 384 138 246 9 6 107 4 12 0 0 239 0 7 0.0652 0.0000 0.0285 0.226 8.33 6.08 2.25 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1772 0.5853 0.2376 1 1 0.1843 0.5865 0.2292 1 1 0.1852 0.6058 0.2091
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 618 205 413 186 0 18 0 1 0 0 413 0 0 0.9073 0.0000 0.0000 10.389 0.34 9.00 -8.66 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 196 55 141 0 0 0 0 55 0 0 138 0 3 0.0000 0.0000 0.0213 55.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1886 0.8114 2 2 0.0000 0.1931 0.8069 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 730 141 589 128 0 11 0 2 1 0 588 0 0 0.9078 0.0017 0.0017 11.818 0.36 3.00 -2.64 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4955 0.5045 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000 0 0 0.9128 0.0872 0.0000
chr2 37084557 C CAGAGAGCTGTCAGGTA 0.500000 0.050 1 16 1 138 76 62 34 0 21 0 21 0 0 60 0 2 0.4474 0.0000 0.0323 2.619 0.18 10.71 -10.54 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3873 0.4821 0.1305 1 1 0.3823 0.4834 0.1343 1 1 0.3756 0.4850 0.1395
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 501 176 325 66 0 56 0 54 0 1 324 0 0 0.3750 0.0000 0.0031 2.143 0.29 1.83 -1.55 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4002 0.4888 0.1110 1 1 0.3953 0.4894 0.1153 1 1 0.3888 0.4903 0.1210
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.050 1 -3 1 708 182 526 169 2 6 0 5 0 0 526 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 29.167 0.31 3.00 -2.69 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0206 0.9794 0.0000 0 0 0.7058 0.2942 0.0000 0 0 0.9036 0.0964 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 403 165 238 4 0 16 0 145 0 0 237 0 1 0.0242 0.0000 0.0042 9.312 0.25 3.24 -2.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9469 0.0531 2 2 0.0000 0.2894 0.7106 2 2 0.0000 0.1209 0.8791
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 642 165 477 58 10 33 0 64 0 0 473 0 4 0.3515 0.0000 0.0084 4.125 0.59 3.23 -2.65 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2237 0.5414 0.2349 1 1 0.2255 0.5383 0.2363 1 1 0.2277 0.5343 0.2380
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 444 92 352 42 0 12 0 38 0 0 351 0 1 0.4565 0.0000 0.0028 6.667 0.17 3.18 -3.02 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2742 0.5220 0.2038 1 1 0.2738 0.5203 0.2059 1 1 0.2732 0.5182 0.2085
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 370 130 240 84 0 12 1 33 0 0 236 0 4 0.6462 0.0000 0.0167 9.833 0.27 8.36 -8.09 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8004 0.1912 0.0085 1 0 0.7871 0.2029 0.0099 1 0 0.7686 0.2192 0.0122
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 327 108 219 2 0 10 3 93 0 0 217 0 2 0.0185 0.0000 0.0091 9.800 2.00 3.97 -1.97 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6896 0.3104 2 2 0.0000 0.2534 0.7466 2 2 0.0000 0.1673 0.8327
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 654 148 506 71 0 20 4 53 0 0 503 0 3 0.4797 0.0000 0.0059 6.400 0.31 3.60 -3.29 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3705 0.5047 0.1248 1 1 0.3669 0.5042 0.1289 1 1 0.3620 0.5037 0.1343
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 698 183 515 164 1 15 0 3 0 0 515 0 0 0.8962 0.0000 0.0000 11.133 0.34 10.00 -9.66 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3211 0.6789 0.0000 0 0 0.8872 0.1128 0.0000 0 0 0.9447 0.0553 0.0000
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 476 192 284 104 0 8 0 80 0 0 284 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 23.000 0.44 1.15 -0.71 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5378 0.4118 0.0503 1 0 0.5290 0.4168 0.0542 1 0 0.5169 0.4234 0.0597
chr2 99593872 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 604 134 470 131 0 1 0 2 1 0 469 0 0 0.9776 0.0021 0.0021 133.000 0.95 7.00 -6.05 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5191 0.4809 0.0000 0 0 0.8727 0.1273 0.0000 0 0 0.9187 0.0813 0.0000
chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.050 1 -5 2 604 142 462 137 0 3 0 2 1 0 461 0 0 0.9648 0.0022 0.0022 46.333 0.95 7.00 -6.05 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5515 0.4485 0.0000 0 0 0.8876 0.1124 0.0000 0 0 0.9285 0.0715 0.0000
chr2 104855612 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 5 270 70 200 35 3 11 4 17 3 1 195 1 0 0.5000 0.0150 0.0250 5.273 1.37 5.00 -3.63 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5059 0.4196 0.0746 1 0 0.4965 0.4247 0.0788 1 0 0.4840 0.4314 0.0846
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.050 1 -22 1 587 164 423 82 2 4 0 76 0 0 411 0 12 0.5000 0.0000 0.0284 40.000 1.02 18.57 -17.54 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1820 0.5475 0.2706 1 1 0.1851 0.5439 0.2710 1 1 0.1891 0.5394 0.2714
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 110 53 57 25 0 2 0 26 0 0 57 0 0 0.4717 0.0000 0.0000 25.500 0.28 2.96 -2.68 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2304 0.5153 0.2543 1 1 0.2314 0.5141 0.2545 1 1 0.2327 0.5127 0.2546
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 546 135 411 53 0 2 0 80 0 0 405 0 6 0.3926 0.0000 0.0146 66.500 0.21 7.55 -7.34 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0255 0.3087 0.6658 1 2 0.0283 0.3184 0.6532 1 2 0.0326 0.3314 0.6360
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 296 99 197 45 0 12 0 42 0 0 196 0 1 0.4545 0.0000 0.0051 7.250 0.31 6.21 -5.90 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2606 0.5256 0.2138 1 1 0.2607 0.5237 0.2156 1 1 0.2609 0.5213 0.2179
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 190 49 141 4 1 10 15 19 0 0 140 1 0 0.0816 0.0000 0.0071 2.400 2.75 2.26 0.49 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 1 0.0000 0.8795 0.1205 2 1 0.0000 0.6942 0.3058
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 147 53 94 8 0 10 3 32 0 0 85 0 9 0.1509 0.0000 0.0957 4.200 0.12 6.91 -6.78 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0002 0.9928 0.0070 2 1 0.0000 0.9857 0.0143 2 1 0.0000 0.8723 0.1277
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 214 96 118 36 0 20 0 40 0 0 117 0 1 0.3750 0.0000 0.0085 3.800 0.06 10.35 -10.29 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1834 0.5160 0.3007 1 1 0.1860 0.5147 0.2992 1 1 0.1895 0.5132 0.2973
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 264 119 145 0 0 1 0 118 0 0 139 0 6 0.0000 0.0000 0.0414 118.000 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0423 0.9577 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0487 0.9513
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 766 283 483 186 2 4 0 91 1 0 482 0 0 0.6572 0.0021 0.0021 69.750 0.50 3.19 -2.69 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9782 0.0217 0.0001 1 0 0.9745 0.0254 0.0001 1 0 0.9686 0.0313 0.0001
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 654 135 519 2 0 5 0 128 0 0 509 0 10 0.0148 0.0000 0.0193 26.000 0.00 3.93 -3.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4482 0.5518 2 2 0.0000 0.1123 0.8877 2 2 0.0000 0.0715 0.9285
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 265 121 144 10 2 15 40 54 0 0 143 0 1 0.0826 0.0000 0.0069 4.467 1.30 3.11 -1.81 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 1 0.0000 0.9073 0.0927
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 265 127 138 10 2 14 49 52 0 0 138 0 0 0.0787 0.0000 0.0000 5.750 0.70 3.13 -2.43 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 1 0.0000 0.8728 0.1272
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 348 120 228 106 0 9 0 5 0 0 228 0 0 0.8833 0.0000 0.0000 12.333 0.19 3.00 -2.81 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.3263 0.6737 0.0000 0 0 0.6644 0.3356 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 557 150 407 1 0 17 3 129 0 0 402 0 5 0.0067 0.0000 0.0123 7.824 15.00 7.81 7.19 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1401 0.8599 2 2 0.0000 0.0624 0.9376 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 564 193 371 179 2 5 0 7 0 0 368 0 3 0.9275 0.0000 0.0081 37.400 0.30 19.86 -19.56 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0982 0.9018 0.0000 0 0 0.6502 0.3498 0.0000
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 595 120 475 61 0 9 0 50 0 0 473 0 2 0.5083 0.0000 0.0042 12.333 0.33 3.26 -2.93 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3470 0.5105 0.1425 1 1 0.3441 0.5097 0.1462 1 1 0.3401 0.5086 0.1512
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 320 130 190 117 1 2 3 7 0 0 190 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 62.500 0.45 3.71 -3.26 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1086 0.8914 0.0000 0 1 0.4846 0.5154 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 219 82 137 41 0 3 0 38 0 0 136 0 1 0.5000 0.0000 0.0073 26.333 1.02 4.11 -3.08 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2619 0.5232 0.2149 1 1 0.2620 0.5214 0.2166 1 1 0.2620 0.5192 0.2188
chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.050 1 -3 4 461 165 296 88 0 10 0 67 0 0 293 0 3 0.5333 0.0000 0.0101 15.500 0.40 4.30 -3.90 46 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4619 0.4602 0.0779 1 1 0.4552 0.4625 0.0822 1 1 0.4462 0.4656 0.0882
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 337 98 239 0 0 21 6 71 0 0 236 0 3 0.0000 0.0000 0.0126 3.667 3.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1179 0.8821 2 2 0.0000 0.1222 0.8778 2 2 0.0000 0.1282 0.8718
chr2 241317535 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 172 50 122 17 16 5 3 9 0 3 118 1 0 0.3400 0.0000 0.0328 5.800 1.88 3.33 -1.45 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5244 0.4049 0.0707 1 0 0.5131 0.4122 0.0747 1 0 0.4773 0.4461 0.0766
chr2 241317535 A ATT 0.500000 0.050 1 2 1 172 50 122 16 17 14 0 3 0 3 118 0 1 0.3200 0.0000 0.0328 2.692 2.00 3.00 -1.00 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.1431 0.8569 0.0000 0 1 0.3466 0.6534 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 811 205 606 0 0 5 0 200 0 1 592 0 13 0.0000 0.0000 0.0231 40.000 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 784 181 603 151 1 26 0 3 2 2 599 0 0 0.8343 0.0033 0.0066 5.923 1.01 12.33 -11.33 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6196 0.3804 0.0000 0 0 0.9645 0.0355 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr3 12187460 CTCTTCCTCCTCT C 0.051892 0.050 1 -12 2 284 116 168 56 0 13 0 47 0 0 168 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 7.923 0.89 10.60 -9.70 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5590 0.4285 0.0126 1 0 0.5569 0.4302 0.0130 1 0 0.5540 0.4325 0.0135
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 388 79 309 0 0 1 2 76 0 0 309 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 78.000 5.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1232 0.8768 2 2 0.0000 0.1275 0.8725 2 2 0.0000 0.1336 0.8664
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 628 228 400 102 10 33 1 82 0 1 375 4 20 0.4474 0.0000 0.0625 5.879 3.30 7.82 -4.51 8 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3045 0.5494 0.1461 1 1 0.3042 0.5457 0.1502 1 1 0.3035 0.5410 0.1555
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 652 206 446 153 2 36 2 13 0 0 445 0 1 0.7427 0.0000 0.0022 4.722 0.17 2.62 -2.45 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0983 0.9017 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 921 253 668 0 0 13 0 240 0 0 666 0 2 0.0000 0.0000 0.0030 18.462 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 324 124 200 0 0 6 2 116 0 0 197 0 3 0.0000 0.0000 0.0150 19.667 3.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0481 0.9519 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 596 147 449 1 0 18 19 109 0 0 445 1 3 0.0068 0.0000 0.0089 7.111 1.00 3.34 -2.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1564 0.8436 2 2 0.0000 0.0703 0.9297 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 311 59 252 0 0 14 0 45 0 0 251 0 1 0.0000 0.0000 0.0040 3.214 5.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2391 0.7609 2 2 0.0000 0.2434 0.7566 2 2 0.0000 0.2493 0.7507
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 412 121 291 6 0 31 0 84 0 0 282 0 9 0.0496 0.0000 0.0309 2.903 0.17 5.62 -5.45 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8470 0.1530 2 2 0.0000 0.4999 0.5001
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 168 88 80 4 0 11 0 73 0 0 74 0 6 0.0455 0.0000 0.0750 7.000 0.00 7.36 -7.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9895 0.0105 2 1 0.0000 0.6733 0.3267 2 2 0.0000 0.3996 0.6004
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 234 81 153 0 0 6 2 73 0 0 149 0 4 0.0000 0.0000 0.0261 12.500 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1206 0.8794 2 2 0.0000 0.1248 0.8752 2 2 0.0000 0.1309 0.8691
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 308 139 169 64 5 13 2 55 0 0 167 0 2 0.4604 0.0000 0.0118 9.692 0.22 3.07 -2.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3586 0.5091 0.1322 1 1 0.3554 0.5084 0.1362 1 1 0.3511 0.5074 0.1415
chr3 69122345 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 211 69 142 37 0 2 0 30 0 0 140 0 2 0.5362 0.0000 0.0141 33.500 0.11 2.93 -2.83 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3022 0.5135 0.1843 1 1 0.3006 0.5125 0.1869 1 1 0.2985 0.5112 0.1903
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 481 126 355 72 0 7 0 47 0 0 354 0 1 0.5714 0.0000 0.0028 17.000 0.58 3.81 -3.23 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5555 0.3927 0.0518 1 0 0.5452 0.3991 0.0557 1 0 0.5314 0.4074 0.0612
chr3 73062352 T TTGG 0.500000 0.050 1 3 1 490 121 369 69 0 7 0 45 0 0 369 0 0 0.5702 0.0000 0.0000 16.286 0.45 3.96 -3.51 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5571 0.3910 0.0519 1 0 0.5467 0.3974 0.0558 1 0 0.5328 0.4059 0.0614
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 821 205 616 119 0 15 0 71 0 0 606 0 10 0.5805 0.0000 0.0162 12.667 1.29 9.48 -8.19 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7075 0.2760 0.0165 1 0 0.6951 0.2862 0.0188 1 0 0.6779 0.3000 0.0221
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 485 122 363 6 0 8 0 108 0 0 363 0 0 0.0492 0.0000 0.0000 14.250 0.33 1.19 -0.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.7894 0.2106 2 2 0.0000 0.4095 0.5905
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 332 100 232 7 0 6 0 87 0 0 232 0 0 0.0700 0.0000 0.0000 15.667 0.14 1.20 -1.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9241 0.0759 2 1 0.0000 0.6239 0.3761
chr3 107772911 TAGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 629 163 466 150 1 9 0 3 0 0 466 0 0 0.9202 0.0000 0.0000 17.111 0.25 3.00 -2.75 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2502 0.7498 0.0000 0 0 0.8481 0.1519 0.0000 0 0 0.9244 0.0756 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 93 40 53 2 0 1 1 36 0 0 52 0 1 0.0500 0.0000 0.0189 39.000 0.00 1.08 -1.08 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9029 0.0971 2 1 0.0000 0.5961 0.4039 2 2 0.0000 0.4579 0.5421
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 384 105 279 58 0 0 0 47 0 0 279 0 0 0.5524 0.0000 0.0000 105.000 0.16 1.34 -1.19 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3764 0.4968 0.1268 1 1 0.3723 0.4969 0.1308 1 1 0.3667 0.4971 0.1362
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1117 264 853 0 3 63 91 107 0 0 852 0 1 0.0000 0.0000 0.0012 3.127 3.23 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1118 273 845 4 2 167 1 99 0 0 844 0 1 0.0147 0.0000 0.0012 0.638 0.00 5.60 -5.60 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9864 0.0136 2 1 0.0000 0.6175 0.3825 2 2 0.0000 0.3407 0.6593
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1121 282 839 118 17 54 81 12 0 0 838 1 0 0.4184 0.0000 0.0012 4.132 2.52 6.92 -4.40 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7060 0.2781 0.0159 1 0 0.6938 0.2881 0.0181 1 0 0.6770 0.3016 0.0214
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 464 127 337 103 0 21 0 3 0 0 337 0 0 0.8110 0.0000 0.0000 5.048 0.32 12.00 -11.68 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0906 0.9094 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 738 152 586 87 1 4 1 59 0 0 586 0 0 0.5724 0.0000 0.0000 37.000 0.29 4.05 -3.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6012 0.3610 0.0378 1 0 0.5901 0.3687 0.0412 1 0 0.5750 0.3788 0.0462
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.050 1 -9 1 323 137 186 76 0 1 1 59 0 0 184 0 2 0.5547 0.0000 0.0108 136.000 0.25 8.37 -8.12 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4107 0.4865 0.1028 1 1 0.4056 0.4872 0.1071 1 1 0.3988 0.4883 0.1130
chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.050 1 3 2 246 74 172 37 0 5 0 32 0 0 171 0 1 0.5000 0.0000 0.0058 13.800 0.97 3.19 -2.21 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2889 0.5165 0.1945 1 1 0.2879 0.5153 0.1968 1 1 0.2865 0.5137 0.1998
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 333 109 224 105 0 1 0 3 0 0 224 0 0 0.9633 0.0000 0.0000 108.000 0.18 3.00 -2.82 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0953 0.9047 0.0000 0 0 0.6426 0.3574 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 167 83 84 45 0 0 0 38 0 0 84 0 0 0.5422 0.0000 0.0000 83.000 0.36 2.58 -2.22 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3261 0.5107 0.1632 1 1 0.3237 0.5098 0.1664 1 1 0.3205 0.5088 0.1707
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 359 129 230 67 0 4 0 58 0 0 228 0 2 0.5194 0.0000 0.0087 31.250 1.10 2.12 -1.02 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3172 0.5241 0.1588 1 1 0.3155 0.5222 0.1622 1 1 0.3133 0.5199 0.1668
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 469 115 354 51 0 18 1 45 0 0 352 0 2 0.4435 0.0000 0.0056 5.333 0.39 3.18 -2.79 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2736 0.5270 0.1994 1 1 0.2734 0.5249 0.2017 1 1 0.2730 0.5224 0.2046
chr3 187199724 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 393 98 295 53 0 0 0 45 0 0 295 0 0 0.5408 0.0000 0.0000 98.000 0.25 1.36 -1.11 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3371 0.5107 0.1522 1 1 0.3345 0.5098 0.1557 1 1 0.3309 0.5088 0.1604
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 592 164 428 156 0 4 0 4 0 0 428 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 40.000 0.24 2.00 -1.76 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0720 0.9280 0.0000 0 0 0.7654 0.2346 0.0000 0 0 0.9051 0.0949 0.0000
chr3 195781275 GGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCT G 0.500000 0.050 1 -48 2 5966 1449 4517 966 38 179 21 245 200 190 4103 22 2 0.6667 0.0443 0.0917 7.143 3.49 5.18 -1.69 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 795 183 612 0 0 17 0 166 0 0 589 0 23 0.0000 0.0000 0.0376 9.765 12.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 212 105 107 34 0 22 1 48 0 0 106 0 1 0.3238 0.0000 0.0093 3.773 0.56 8.69 -8.13 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0934 0.4551 0.4515 1 1 0.0977 0.4580 0.4443 1 1 0.1035 0.4618 0.4346
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 212 105 107 36 0 19 7 43 0 0 106 0 1 0.3429 0.0000 0.0093 4.526 0.61 8.70 -8.09 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0993 0.4635 0.4372 1 1 0.1036 0.4659 0.4305 1 1 0.1093 0.4690 0.4217
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 510 108 402 0 0 0 1 107 0 0 343 1 58 0.0000 0.0000 0.1468 108.000 15.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0053 0.9947
chr4 1728037 ACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATG A 0.021146 0.050 1 -36 1 651 145 506 68 0 34 0 43 0 0 470 0 36 0.4690 0.0000 0.0711 3.265 0.21 14.23 -14.03 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3154 0.6643 0.0202 1 1 0.3230 0.6572 0.0199 1 1 0.3329 0.6477 0.0194
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 716 270 446 0 1 101 2 166 0 0 424 6 16 0.0000 0.0000 0.0493 1.690 6.88 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 2 2 0.0000 0.0524 0.9476 2 2 0.0000 0.0454 0.9546
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.050 1 3 1 719 275 444 175 37 14 34 15 0 4 438 1 1 0.6364 0.0000 0.0135 26.556 5.54 5.47 0.07 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0160 0.9840 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 555 139 416 73 1 8 0 57 0 0 415 0 1 0.5252 0.0000 0.0024 16.375 1.22 12.18 -10.96 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6299 0.3605 0.0096 1 0 0.6254 0.3645 0.0101 1 0 0.6192 0.3700 0.0109
chr4 15511381 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 4 345 128 217 60 0 14 0 54 0 0 214 0 3 0.4688 0.0000 0.0138 8.143 0.23 2.98 -2.75 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2679 0.5329 0.1991 1 1 0.2680 0.5305 0.2015 1 1 0.2681 0.5273 0.2046
chr4 15688397 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 1259 256 1003 106 0 3 0 147 0 0 999 0 4 0.4141 0.0000 0.0040 84.333 0.64 1.51 -0.87 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0089 0.2264 0.7647 1 2 0.0104 0.2370 0.7525 1 2 0.0128 0.2517 0.7355
chr4 38927132 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 720 205 515 95 0 12 0 98 0 0 514 0 1 0.4634 0.0000 0.0019 16.083 0.49 3.97 -3.47 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1794 0.5541 0.2664 1 1 0.1827 0.5501 0.2672 1 1 0.1870 0.5450 0.2680
chr4 54100743 GCACCACCAT G 0.500000 0.050 1 -9 1 512 154 358 143 1 7 0 3 0 0 358 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 21.000 1.47 9.00 -7.53 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2199 0.7801 0.0000 0 0 0.8256 0.1744 0.0000 0 0 0.9125 0.0875 0.0000
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 406 113 293 108 1 3 0 1 0 7 286 0 0 0.9558 0.0000 0.0239 36.667 0.93 3.00 -2.07 66 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7873 0.2127 0.0000 0 0 0.9015 0.0985 0.0000 0 0 0.9190 0.0810 0.0000
chr4 73258354 TCCGCCTCCACCG T 0.500000 0.050 1 -12 2 561 228 333 106 1 24 1 96 0 0 332 0 1 0.4649 0.0000 0.0030 8.500 0.53 9.61 -9.09 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3272 0.5385 0.1343 1 1 0.3259 0.5356 0.1385 1 1 0.3241 0.5319 0.1440
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2510 513 1997 171 7 161 7 167 4 3 1965 7 18 0.3333 0.0020 0.0160 2.201 1.46 8.99 -7.53 35 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0890 0.5613 0.3497 1 1 0.0938 0.5565 0.3497 1 1 0.1004 0.5505 0.3491
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 3803 792 3011 394 15 61 11 311 5 25 2947 11 23 0.4975 0.0017 0.0213 12.702 1.77 5.11 -3.33 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9287 0.0711 0.0002 1 0 0.9225 0.0773 0.0003 1 0 0.9131 0.0865 0.0004
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4174 892 3282 384 24 46 18 420 66 64 2920 185 47 0.4305 0.0201 0.1103 18.511 2.56 8.50 -5.94 46 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0300 0.9700 1 2 0.0000 0.0334 0.9666 1 2 0.0000 0.0385 0.9614
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 354 107 247 49 0 8 0 50 0 0 240 0 7 0.4579 0.0000 0.0283 12.375 0.14 2.14 -2.00 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1519 0.5133 0.3348 1 1 0.1554 0.5123 0.3323 1 1 0.1601 0.5110 0.3289
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 174 78 96 47 0 5 0 26 0 0 96 0 0 0.6026 0.0000 0.0000 14.600 0.21 2.81 -2.59 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5265 0.4076 0.0660 1 0 0.5165 0.4134 0.0701 1 0 0.5032 0.4209 0.0759
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 534 163 371 68 0 9 0 86 0 0 371 0 0 0.4172 0.0000 0.0000 17.111 0.06 1.09 -1.03 34 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0781 0.4590 0.4629 1 1 0.0824 0.4614 0.4561 1 1 0.0884 0.4647 0.4469
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 446 176 270 0 0 19 5 152 0 0 268 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 8.263 2.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0216 0.9784
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 491 188 303 12 4 41 4 127 0 0 297 2 4 0.0638 0.0000 0.0198 3.585 1.42 3.49 -2.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9331 0.0669
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 198 100 98 89 0 9 0 2 0 0 98 0 0 0.8900 0.0000 0.0000 10.111 0.46 5.00 -4.54 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2640 0.7360 0.0000 0 0 0.7025 0.2975 0.0000 0 0 0.8006 0.1994 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 276 103 173 0 0 20 0 83 0 0 168 0 5 0.0000 0.0000 0.0289 4.150 5.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0985 0.9015 2 2 0.0000 0.1025 0.8975 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 756 134 622 132 0 0 0 2 0 0 622 0 0 0.9851 0.0000 0.0000 134.000 0.17 1.50 -1.33 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5152 0.4848 0.0000 0 0 0.8722 0.1278 0.0000 0 0 0.9184 0.0816 0.0000
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 210 95 115 50 0 6 0 39 0 0 108 1 6 0.5263 0.0000 0.0609 14.833 0.36 11.51 -11.15 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4685 0.4881 0.0434 1 1 0.4684 0.4875 0.0441 1 1 0.4681 0.4869 0.0450
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 715 156 559 3 0 23 3 127 0 1 553 0 5 0.0192 0.0000 0.0107 5.783 0.00 3.50 -3.50 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8250 0.1750 2 2 0.0000 0.2180 0.7820 2 2 0.0000 0.1113 0.8887
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 349 53 296 0 0 41 0 12 0 0 289 2 5 0.0000 0.0000 0.0236 0.300 7.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3802 0.6198 2 2 0.0000 0.3826 0.6174 2 2 0.0000 0.3858 0.6142
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 342 105 237 56 1 9 0 39 0 0 235 0 2 0.5333 0.0000 0.0084 10.667 0.41 6.08 -5.67 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4486 0.4590 0.0924 1 1 0.4417 0.4616 0.0967 1 1 0.4324 0.4651 0.1025
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 514 141 373 0 0 5 0 136 0 0 369 0 4 0.0000 0.0000 0.0107 27.200 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0337 0.9663
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 374 103 271 56 1 13 0 33 0 0 267 0 4 0.5437 0.0000 0.0148 6.846 1.71 20.33 -18.62 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5041 0.4247 0.0712 1 0 0.4951 0.4295 0.0754 1 0 0.4831 0.4356 0.0812
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 375 83 292 48 0 3 0 32 0 0 287 0 5 0.5783 0.0000 0.0171 26.667 1.67 23.16 -21.49 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3809 0.4907 0.1284 1 1 0.3764 0.4913 0.1323 1 1 0.3704 0.4921 0.1376
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 162 75 87 71 0 2 0 2 0 0 87 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 36.500 0.13 3.00 -2.87 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1857 0.8143 0.0000 0 0 0.6024 0.3976 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 221 86 135 41 1 12 1 31 0 0 135 0 0 0.4767 0.0000 0.0000 6.083 0.17 5.65 -5.47 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3735 0.4914 0.1351 1 1 0.3692 0.4920 0.1388 1 1 0.3634 0.4927 0.1439
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1244 277 967 2 1 33 0 241 0 1 954 2 10 0.0072 0.0000 0.0134 7.394 1.50 3.77 -2.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1732 0.8268 2 2 0.0000 0.0154 0.9846 2 2 0.0000 0.0077 0.9923
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 375 120 255 3 0 19 0 98 0 0 246 0 9 0.0250 0.0000 0.0353 5.316 0.00 8.29 -8.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9007 0.0993 2 2 0.0000 0.3463 0.6537 2 2 0.0000 0.1900 0.8100
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 198 78 120 75 0 0 0 3 0 0 120 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 78.000 0.17 3.67 -3.49 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0470 0.9530 0.0000 0 1 0.4616 0.5384 0.0000 0 0 0.6644 0.3356 0.0000
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 214 85 129 43 0 0 2 40 0 0 125 0 4 0.5059 0.0000 0.0310 85.000 0.19 3.95 -3.76 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2028 0.5244 0.2727 1 1 0.2050 0.5226 0.2725 1 1 0.2077 0.5203 0.2720
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 214 85 129 42 0 1 2 40 0 0 125 3 1 0.4941 0.0000 0.0310 84.000 0.19 3.95 -3.76 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1932 0.5221 0.2847 1 1 0.1956 0.5205 0.2840 1 1 0.1987 0.5184 0.2829
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 350 105 245 45 1 9 0 50 0 0 241 0 4 0.4286 0.0000 0.0163 10.667 0.07 8.40 -8.33 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1524 0.5115 0.3361 1 1 0.1559 0.5106 0.3335 1 1 0.1606 0.5095 0.3300
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 330 120 210 48 0 29 0 43 0 0 206 0 4 0.4000 0.0000 0.0190 3.138 0.79 7.65 -6.86 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2474 0.5287 0.2240 1 1 0.2480 0.5265 0.2254 1 1 0.2489 0.5238 0.2273
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 621 142 479 3 0 4 0 135 0 0 479 0 0 0.0211 0.0000 0.0000 34.500 0.33 1.88 -1.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8143 0.1857 2 2 0.0000 0.2094 0.7906 2 2 0.0000 0.1070 0.8930
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 331 132 199 126 1 2 0 3 0 0 199 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 65.000 3.39 5.00 -1.61 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1543 0.8457 0.0000 0 0 0.7555 0.2445 0.0000 0 0 0.8731 0.1269 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 329 128 201 1 0 17 0 110 0 0 200 0 1 0.0078 0.0000 0.0050 6.529 4.00 12.53 -8.53 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2386 0.7614 2 2 0.0000 0.1121 0.8879 2 2 0.0000 0.0920 0.9080
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 373 83 290 2 0 1 1 79 0 0 288 0 2 0.0241 0.0000 0.0069 82.000 1.00 3.97 -2.97 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7680 0.2320 2 2 0.0000 0.3347 0.6653 2 2 0.0000 0.2275 0.7725
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 542 87 455 70 1 13 0 3 0 0 455 0 0 0.8046 0.0000 0.0000 5.692 0.30 3.67 -3.37 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 1 0.4371 0.5629 0.0000 0 0 0.6426 0.3574 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 457 114 343 1 0 19 1 93 0 0 338 1 4 0.0088 0.0000 0.0146 5.000 0.00 3.22 -3.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2903 0.7097 2 2 0.0000 0.1408 0.8592 2 2 0.0000 0.1154 0.8846
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 549 130 419 57 1 22 6 44 2 1 409 3 4 0.4385 0.0048 0.0239 4.909 1.35 4.84 -3.49 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4248 0.5032 0.0721 1 1 0.4250 0.5018 0.0732 1 1 0.4251 0.5002 0.0747
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 493 103 390 44 6 13 1 39 0 0 384 1 5 0.4272 0.0000 0.0154 6.846 1.45 4.05 -2.60 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4130 0.5012 0.0859 1 1 0.4128 0.5001 0.0871 1 1 0.4124 0.4989 0.0887
chr6 13711474 T TGCG 0.005977 0.050 1 3 1 270 85 185 38 1 13 1 32 0 0 184 0 1 0.4471 0.0000 0.0054 5.462 1.53 3.53 -2.00 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5401 0.4579 0.0019 1 0 0.5393 0.4587 0.0020 1 0 0.5381 0.4599 0.0020
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1748 459 1289 146 21 154 62 76 0 1 1258 7 23 0.3181 0.0000 0.0240 2.083 0.74 7.87 -7.13 64 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3553 0.5782 0.0664 1 1 0.3603 0.5716 0.0681 1 1 0.3664 0.5633 0.0703
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 363 89 274 0 0 2 0 87 0 0 274 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 43.500 1.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1007 0.8993 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.050 1 -3 1 2404 485 1919 232 7 52 6 188 2 5 1863 19 30 0.4784 0.0010 0.0292 8.660 1.51 4.44 -2.93 50 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1827 0.6439 0.1735 1 1 0.1878 0.6335 0.1787 1 1 0.1943 0.6204 0.1853
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 738 156 582 74 0 2 0 80 0 0 582 0 0 0.4744 0.0000 0.0000 77.000 0.28 4.06 -3.78 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1651 0.5361 0.2988 1 1 0.1685 0.5334 0.2981 1 1 0.1730 0.5300 0.2970
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 495 125 370 67 1 2 3 52 0 0 370 0 0 0.5360 0.0000 0.0000 60.500 0.39 2.23 -1.84 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4038 0.4871 0.1091 1 1 0.3989 0.4878 0.1133 1 1 0.3921 0.4888 0.1190
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 583 160 423 157 0 1 0 2 1 0 422 0 0 0.9812 0.0024 0.0024 159.000 0.50 9.50 -9.00 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6706 0.3294 0.0000 0 0 0.9283 0.0717 0.0000 0 0 0.9545 0.0455 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 472 151 321 138 0 8 0 5 0 0 321 0 0 0.9139 0.0000 0.0000 17.875 0.59 8.00 -7.41 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.5163 0.4837 0.0000 0 0 0.8101 0.1899 0.0000
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 305 131 174 0 106 20 0 5 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.550 3.20 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.3289 0.6711 0.0000 0 0 0.6668 0.3332 0.0000
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 635 238 397 142 9 32 1 54 0 0 396 0 1 0.5966 0.0000 0.0025 6.613 3.56 7.70 -4.15 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9796 0.0204 0.0001 1 0 0.9759 0.0240 0.0001 1 0 0.9701 0.0297 0.0001
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 635 229 406 160 5 12 0 52 0 0 405 0 1 0.6987 0.0000 0.0025 21.500 4.68 7.87 -3.18 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9894 0.0105 0.0000 1 0 0.9872 0.0127 0.0000 1 0 0.9799 0.0201 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 117 48 69 0 17 0 3 28 0 0 68 0 1 0.0000 0.0000 0.0145 31.000 8.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0226 0.6543 0.3231 2 1 0.0133 0.6674 0.3193 2 1 0.0068 0.6502 0.3430
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 193 57 136 35 0 1 0 21 0 0 136 0 0 0.6140 0.0000 0.0000 56.000 3.83 1.33 2.50 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4305 0.4616 0.1079 1 1 0.4238 0.4642 0.1120 1 1 0.4148 0.4676 0.1176
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 313 110 203 49 0 16 0 45 0 0 202 0 1 0.4455 0.0000 0.0049 5.875 0.61 5.73 -5.12 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2718 0.5263 0.2020 1 1 0.2716 0.5243 0.2042 1 1 0.2712 0.5218 0.2070
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 713 162 551 135 1 22 0 4 0 0 551 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.364 0.73 3.75 -3.02 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.6643 0.3357 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 817 170 647 35 5 89 0 41 0 1 629 0 17 0.2059 0.0000 0.0278 0.910 15.51 6.07 9.44 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0856 0.4498 0.4647 1 2 0.0898 0.4530 0.4572 1 1 0.0957 0.4572 0.4471
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 829 216 613 82 2 72 1 59 0 0 608 0 5 0.3796 0.0000 0.0082 2.000 3.29 10.07 -6.78 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4736 0.4516 0.0748 1 0 0.4663 0.4546 0.0791 1 1 0.4566 0.4584 0.0850
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 131 55 76 51 0 4 0 0 0 0 76 0 0 0.9273 0.0000 0.0000 12.750 0.51 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7830 0.2170 0.0000 0 0 0.7786 0.2214 0.0000 0 0 0.7725 0.2275 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 746 152 594 0 0 8 0 144 0 0 588 0 6 0.0000 0.0000 0.0101 18.000 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0267 0.9733
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 339 120 219 74 0 1 0 45 0 0 219 0 0 0.6167 0.0000 0.0000 119.000 0.09 1.09 -0.99 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6217 0.3429 0.0354 1 0 0.6097 0.3515 0.0387 1 0 0.5935 0.3629 0.0436
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 850 232 618 216 0 8 0 8 0 0 618 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 28.000 0.15 3.00 -2.85 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.4961 0.5039 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 521 187 334 6 0 36 0 145 0 0 312 0 22 0.0321 0.0000 0.0659 4.194 0.00 15.68 -15.68 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 2 0.0000 0.4722 0.5278 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 311 131 180 69 0 5 0 57 0 0 180 0 0 0.5267 0.0000 0.0000 25.200 0.12 5.68 -5.57 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3851 0.4970 0.1179 1 1 0.3809 0.4971 0.1220 1 1 0.3752 0.4972 0.1276
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 192 56 136 30 0 8 0 18 0 0 136 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 6.000 0.00 8.50 -8.50 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4037 0.4731 0.1232 1 1 0.3979 0.4749 0.1272 1 1 0.3902 0.4773 0.1324
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 292 126 166 0 0 16 8 102 0 0 166 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.875 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr6 170561925 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 1006 343 663 11 2 65 53 212 0 0 652 11 0 0.0321 0.0000 0.0166 4.200 1.00 3.24 -2.24 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7395 0.2605 2 2 0.0000 0.1039 0.8961
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 1020 350 670 80 13 25 122 110 0 0 670 0 0 0.2286 0.0000 0.0000 14.467 2.08 3.78 -1.71 22 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0165 0.9835 1 2 0.0001 0.0196 0.9804 1 2 0.0001 0.0244 0.9755
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 227 76 151 2 1 3 0 70 0 0 148 0 3 0.0263 0.0000 0.0199 24.333 0.50 4.17 -3.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8954 0.1046 2 2 0.0000 0.4948 0.5052 2 2 0.0000 0.3275 0.6725
chr7 3951786 G GCCT 0.500000 0.050 1 3 2 232 87 145 45 1 7 0 34 0 0 144 0 1 0.5172 0.0000 0.0069 11.286 0.40 3.21 -2.81 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3760 0.4918 0.1322 1 1 0.3716 0.4924 0.1360 1 1 0.3658 0.4930 0.1412
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 219 102 117 57 0 1 0 44 0 0 117 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 101.000 0.32 1.89 -1.57 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4055 0.4824 0.1121 1 1 0.4002 0.4835 0.1163 1 1 0.3931 0.4850 0.1219
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.050 1 -3 2 428 94 334 38 3 11 1 41 0 0 333 1 0 0.4043 0.0000 0.0030 7.364 2.05 3.73 -1.68 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2137 0.5239 0.2623 1 1 0.2155 0.5221 0.2624 1 1 0.2177 0.5199 0.2624
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 333 88 245 44 0 2 0 42 0 0 244 0 1 0.5000 0.0000 0.0041 43.000 0.14 3.14 -3.01 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2486 0.5262 0.2252 1 1 0.2492 0.5243 0.2266 1 1 0.2499 0.5218 0.2284
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 110 43 67 7 0 1 4 31 0 0 66 0 1 0.1628 0.0000 0.0149 42.000 0.29 1.23 -0.94 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0035 0.9381 0.0584 2 1 0.0003 0.9722 0.0275 2 1 0.0000 0.8491 0.1508
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 492 115 377 59 0 1 0 55 0 0 376 0 1 0.5130 0.0000 0.0027 114.000 0.20 1.24 -1.03 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2683 0.5323 0.1994 1 1 0.2683 0.5299 0.2018 1 1 0.2683 0.5268 0.2048
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 189 54 135 27 0 0 0 27 0 0 135 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 54.000 0.15 2.89 -2.74 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2461 0.5165 0.2375 1 1 0.2465 0.5152 0.2382 1 1 0.2471 0.5137 0.2392
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 236 104 132 60 0 3 0 41 0 0 131 0 1 0.5769 0.0000 0.0076 33.667 0.23 2.78 -2.55 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4764 0.4432 0.0804 1 0 0.4685 0.4469 0.0846 1 0 0.4579 0.4515 0.0905
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 257 82 175 6 0 23 0 53 0 0 173 0 2 0.0732 0.0000 0.0114 2.565 0.00 3.09 -3.09 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9340 0.0660 2 1 0.0000 0.7131 0.2869
chr7 70790590 G GCCACCA 0.500000 0.050 1 6 1 786 230 556 97 1 34 0 98 0 0 548 1 7 0.4217 0.0000 0.0144 5.765 0.39 6.06 -5.67 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1435 0.5435 0.3131 1 1 0.1475 0.5402 0.3123 1 1 0.1529 0.5360 0.3111
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 339 137 202 3 0 2 0 132 0 0 200 0 2 0.0219 0.0000 0.0099 67.500 0.33 2.01 -1.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8190 0.1810 2 2 0.0000 0.2136 0.7864 2 2 0.0000 0.1093 0.8907
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 830 218 612 0 1 15 0 202 0 0 601 0 11 0.0000 0.0000 0.0180 13.467 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 234 76 158 35 0 6 0 35 0 0 157 0 1 0.4605 0.0000 0.0063 11.667 0.63 3.17 -2.54 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2275 0.5214 0.2511 1 1 0.2287 0.5198 0.2515 1 1 0.2303 0.5177 0.2520
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 797 237 560 114 2 4 0 117 0 0 554 0 6 0.4810 0.0000 0.0107 58.250 0.44 3.66 -3.22 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1474 0.5580 0.2946 1 1 0.1515 0.5537 0.2949 1 1 0.1569 0.5482 0.2949
chr7 100430828 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 822 188 634 159 0 25 0 4 0 0 634 0 0 0.8457 0.0000 0.0000 6.520 0.64 3.25 -2.61 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0740 0.9260 0.0000 0 0 0.7773 0.2227 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr7 100755390 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 1 216 68 148 35 0 7 0 26 0 0 147 0 1 0.5147 0.0000 0.0068 8.714 0.06 3.27 -3.21 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3441 0.4999 0.1560 1 1 0.3408 0.4998 0.1593 1 1 0.3365 0.4998 0.1637
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 611 173 438 4 0 6 0 163 0 0 437 0 1 0.0231 0.0000 0.0023 27.833 0.00 3.08 -3.08 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9170 0.0830 2 2 0.0000 0.2021 0.7979 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 427 121 306 0 0 37 2 82 0 0 302 0 4 0.0000 0.0000 0.0131 2.243 6.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0992 0.9008 2 2 0.0000 0.1032 0.8968 2 2 0.0000 0.1089 0.8911
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 427 121 306 14 50 36 1 20 0 2 302 1 1 0.1157 0.0000 0.0131 2.429 7.86 1.85 6.01 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7765 0.2119 0.0117 1 0 0.7627 0.2238 0.0135 1 0 0.7414 0.2424 0.0162
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 713 170 543 0 0 18 0 152 0 0 542 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 8.444 4.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 652 189 463 2 8 25 150 4 0 0 457 6 0 0.0106 0.0000 0.0130 6.240 0.00 2.50 -2.50 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7945 0.2055 2 2 0.0000 0.2255 0.7745 2 2 0.0000 0.1081 0.8919
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 653 188 465 2 1 24 2 159 0 0 458 0 7 0.0106 0.0000 0.0151 6.792 0.00 6.15 -6.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3011 0.6989 2 2 0.0000 0.0630 0.9370 2 2 0.0000 0.0395 0.9605
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 597 188 409 94 0 32 0 62 0 0 407 0 2 0.5000 0.0000 0.0049 4.875 0.34 16.40 -16.06 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6242 0.3436 0.0321 1 0 0.6127 0.3519 0.0354 1 0 0.5970 0.3630 0.0400
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 356 170 186 3 0 29 1 137 0 0 180 0 6 0.0176 0.0000 0.0323 4.862 7.00 5.50 1.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7823 0.2177 2 2 0.0000 0.1762 0.8238 2 2 0.0000 0.0885 0.9115
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 357 181 176 156 3 19 0 3 0 0 176 0 0 0.8619 0.0000 0.0000 8.526 4.87 7.00 -2.13 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2860 0.7140 0.0000 0 0 0.8699 0.1301 0.0000 0 0 0.9358 0.0642 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 235 75 160 31 0 0 0 44 0 0 158 0 2 0.4133 0.0000 0.0125 75.000 0.29 3.00 -2.71 17 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0998 0.4604 0.4398 1 1 0.1040 0.4630 0.4330 1 1 0.1098 0.4664 0.4238
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 883 266 617 110 4 51 4 97 0 0 615 0 2 0.4135 0.0000 0.0032 4.196 0.33 3.19 -2.86 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3439 0.5339 0.1222 1 1 0.3422 0.5312 0.1265 1 1 0.3397 0.5279 0.1324
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 2052 514 1538 0 0 26 2 486 0 0 1537 0 1 0.0000 0.0000 0.0007 18.731 1.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 143756094 C CTA 0.500000 0.050 1 2 1 319 57 262 49 0 0 0 8 0 0 261 0 1 0.8596 0.0000 0.0038 57.000 0.59 4.75 -4.16 49 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0044 0.9955 0.0001 0 1 0.0083 0.9917 0.0000 0 1 0.1025 0.8975 0.0000
chr7 143756097 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 1 322 58 264 32 17 1 0 8 0 0 263 0 1 0.5517 0.0000 0.0038 43.000 0.34 4.75 -4.41 32 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0303 0.9689 0.0009 0 1 0.0088 0.9912 0.0000 0 1 0.0971 0.9029 0.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 597 104 493 0 0 3 0 101 0 0 489 0 4 0.0000 0.0000 0.0081 33.667 4.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0698 0.9302 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 173 46 127 20 0 0 0 26 0 0 127 0 0 0.4348 0.0000 0.0000 46.000 0.15 5.12 -4.97 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1768 0.5032 0.3200 1 1 0.1795 0.5030 0.3175 1 1 0.1831 0.5026 0.3143
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 730 185 545 94 1 2 1 87 0 0 545 0 0 0.5081 0.0000 0.0000 91.500 0.79 1.14 -0.35 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3053 0.5413 0.1535 1 1 0.3046 0.5381 0.1573 1 1 0.3035 0.5342 0.1623
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 600 153 447 75 1 2 0 75 0 0 447 0 0 0.4902 0.0000 0.0000 75.000 0.35 1.68 -1.33 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2361 0.5457 0.2182 1 1 0.2376 0.5422 0.2202 1 1 0.2393 0.5379 0.2227
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 494 81 413 0 0 4 10 67 1 0 382 12 18 0.0000 0.0024 0.0751 25.667 7.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2363 0.7637 2 2 0.0000 0.1187 0.8813 2 2 0.0000 0.0981 0.9019
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 497 81 416 0 1 6 8 66 0 0 381 16 19 0.0000 0.0000 0.0841 18.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0619 0.9381 2 2 0.0000 0.0648 0.9352 2 2 0.0000 0.0691 0.9309
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 519 76 443 0 0 7 1 68 0 1 367 24 51 0.0000 0.0000 0.1716 9.857 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0481 0.9519 2 2 0.0000 0.0421 0.9579 2 2 0.0000 0.0408 0.9592
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 605 190 415 100 0 0 0 90 0 0 415 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 190.000 0.12 1.56 -1.44 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3436 0.5286 0.1278 1 1 0.3416 0.5264 0.1320 1 1 0.3388 0.5236 0.1377
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 346 80 266 45 0 1 0 34 0 0 264 0 2 0.5625 0.0000 0.0075 79.000 0.49 3.09 -2.60 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3539 0.5008 0.1453 1 1 0.3504 0.5007 0.1489 1 1 0.3457 0.5005 0.1537
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 188 94 94 85 0 8 0 1 0 0 92 0 2 0.9043 0.0000 0.0213 10.750 0.40 6.00 -5.60 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0799 0.9201 0.0000 0 0 0.6005 0.3995 0.0000 0 0 0.7750 0.2250 0.0000
chr8 2001252 G GGAGAGC 0.000383 0.050 1 6 4 502 179 323 148 2 22 0 7 0 0 323 0 0 0.8268 0.0000 0.0000 7.091 0.79 4.00 -3.21 50 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5526 0.4474 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 7319799 TG T 0.006394 0.050 1 -1 3 262 115 147 112 0 0 0 3 0 0 147 0 0 0.9739 0.0000 0.0000 115.000 0.15 1.00 -0.85 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9516 0.0484 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 749 173 576 82 0 18 0 73 0 0 575 0 1 0.4740 0.0000 0.0017 8.611 1.06 6.68 -5.62 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3011 0.5367 0.1622 1 1 0.2994 0.5343 0.1663 1 1 0.2971 0.5311 0.1718
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 657 159 498 121 0 32 0 6 0 0 498 0 0 0.7610 0.0000 0.0000 3.969 0.54 6.33 -5.80 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.2855 0.7145 0.0000 0 0 0.6850 0.3150 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 302 96 206 5 0 6 0 85 0 0 204 0 2 0.0521 0.0000 0.0097 15.000 0.80 2.99 -2.19 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.7986 0.2014 2 2 0.0000 0.4891 0.5109
chr8 10554002 TG T 0.027786 0.050 1 -1 2 136 75 61 71 0 1 0 3 0 0 61 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 74.000 0.55 1.67 -1.12 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6173 0.3827 0.0000 0 0 0.9647 0.0353 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCACTCCCACTCCCAC 0.001696 0.050 1 24 1 538 216 322 171 8 31 0 6 0 0 321 0 1 0.7917 0.0000 0.0031 6.167 6.14 12.50 -6.36 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3783 0.6217 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 538 223 315 7 0 26 0 190 0 0 315 0 0 0.0314 0.0000 0.0000 7.577 10.71 5.83 4.88 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9807 0.0193 2 2 0.0000 0.0614 0.9386 2 2 0.0000 0.0093 0.9907
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 331 142 189 133 0 4 0 5 0 0 189 0 0 0.9366 0.0000 0.0000 34.500 0.19 7.40 -7.21 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0315 0.9685 0.0000 0 0 0.7908 0.2092 0.0000 0 0 0.9381 0.0619 0.0000
chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.050 1 3 1 131 52 79 28 1 3 0 20 0 0 79 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 16.333 0.21 3.00 -2.79 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5740 0.4127 0.0133 1 0 0.5708 0.4155 0.0137 1 0 0.5664 0.4194 0.0142
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 533 160 373 78 0 7 0 75 0 0 369 0 4 0.4875 0.0000 0.0107 21.857 0.38 3.31 -2.92 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2678 0.5504 0.1818 1 1 0.2704 0.5468 0.1828 1 1 0.2737 0.5421 0.1842
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 252 96 156 87 0 4 0 5 0 0 156 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 23.000 0.41 2.40 -1.99 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.2327 0.7673 0.0000 0 0 0.5567 0.4433 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 596 209 387 151 9 44 0 5 0 0 387 0 0 0.7225 0.0000 0.0000 3.750 0.70 3.40 -2.70 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1704 0.8296 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9893 0.0107 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 338 84 254 2 0 3 0 79 0 0 253 0 1 0.0238 0.0000 0.0039 27.000 0.50 7.54 -7.04 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7776 0.2224 2 2 0.0000 0.3459 0.6541 2 2 0.0000 0.2361 0.7639
chr8 80486812 TGTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 329 99 230 90 2 2 1 4 0 0 230 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 97.000 1.53 2.75 -1.22 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2624 0.7376 0.0000 0 0 0.5906 0.4094 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 240 60 180 27 0 10 0 23 0 0 172 0 8 0.4500 0.0000 0.0444 5.000 0.41 12.39 -11.98 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1975 0.5132 0.2893 1 1 0.1996 0.5122 0.2882 1 1 0.2024 0.5109 0.2866
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.050 1 3 5 212 73 139 40 0 0 0 33 0 0 138 0 1 0.5479 0.0000 0.0072 73.000 0.20 4.03 -3.83 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3145 0.5118 0.1738 1 1 0.3125 0.5109 0.1766 1 1 0.3098 0.5097 0.1805
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 609 211 398 119 0 6 0 86 0 0 398 0 0 0.5640 0.0000 0.0000 34.167 2.71 15.88 -13.18 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6490 0.3262 0.0248 1 0 0.6375 0.3348 0.0277 1 0 0.6218 0.3464 0.0318
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 451 126 325 0 2 16 9 99 0 0 321 0 4 0.0000 0.0000 0.0123 6.875 5.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3443 0.6557 2 2 0.0000 0.1569 0.8431 2 2 0.0000 0.1155 0.8845
chr8 143440216 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 350 124 226 102 7 13 0 2 0 0 226 0 0 0.8226 0.0000 0.0000 8.462 0.29 3.00 -2.71 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3716 0.6284 0.0000 0 0 0.7937 0.2063 0.0000 0 0 0.8658 0.1342 0.0000
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 348 94 254 47 1 2 0 44 0 0 254 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 46.000 2.89 5.07 -2.17 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2849 0.5232 0.1919 1 1 0.2842 0.5215 0.1944 1 1 0.2831 0.5193 0.1976
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 975 224 751 92 1 39 0 92 1 0 735 0 15 0.4107 0.0013 0.0213 4.744 0.37 9.70 -9.33 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1050 0.5125 0.3825 1 1 0.1095 0.5113 0.3792 1 1 0.1155 0.5099 0.3746
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1215 380 835 124 5 101 15 135 0 0 831 0 4 0.3263 0.0000 0.0048 2.790 0.27 3.09 -2.82 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1175 0.6567 0.2258 1 1 0.1259 0.6539 0.2202 1 1 0.1375 0.6499 0.2126
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 346 98 248 0 0 14 0 84 0 0 238 0 10 0.0000 0.0000 0.0403 6.000 8.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0896 0.9104 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 825 256 569 5 0 2 1 248 0 0 569 0 0 0.0195 0.0000 0.0000 127.000 0.00 1.78 -1.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8652 0.1348 2 2 0.0000 0.0570 0.9430 2 2 0.0000 0.0161 0.9839
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 683 172 511 76 0 25 0 71 0 0 503 0 8 0.4419 0.0000 0.0157 5.880 0.16 10.86 -10.70 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1964 0.5449 0.2587 1 1 0.1991 0.5415 0.2595 1 1 0.2025 0.5373 0.2603
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 366 70 296 11 1 0 0 58 0 0 295 0 1 0.1571 0.0000 0.0034 70.000 0.91 1.14 -0.23 11 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0003 0.9671 0.0326 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.9541 0.0459
chr9 66141076 TTAAG T 0.500000 0.050 1 -4 5 169 81 88 67 2 4 0 8 0 0 88 0 0 0.8272 0.0000 0.0000 19.250 0.37 4.62 -4.25 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0256 0.9744 0.0000 0 1 0.2110 0.7890 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 396 121 275 0 0 2 1 118 0 0 265 0 10 0.0000 0.0000 0.0364 59.500 12.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0435 0.9565
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 680 133 547 1 0 13 0 119 0 0 517 0 30 0.0075 0.0000 0.0548 9.231 0.00 10.43 -10.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1075 0.8925 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0392 0.9608
chr9 77384631 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 470 158 312 74 2 24 4 54 0 0 312 0 0 0.4684 0.0000 0.0000 5.583 0.16 3.28 -3.12 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4675 0.4533 0.0792 1 0 0.4603 0.4562 0.0835 1 1 0.4506 0.4599 0.0895
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 456 106 350 3 0 2 1 100 0 0 347 0 3 0.0283 0.0000 0.0086 52.000 0.67 3.63 -2.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9072 0.0928 2 2 0.0000 0.3633 0.6367 2 2 0.0000 0.2013 0.7987
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 240 88 152 83 0 2 0 3 0 0 152 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 43.000 0.11 4.67 -4.56 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.5108 0.4892 0.0000 0 0 0.7057 0.2943 0.0000
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 282 88 194 0 0 13 7 68 0 0 194 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.769 3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1316 0.8684 2 2 0.0000 0.1360 0.8640 2 2 0.0000 0.1422 0.8578
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.050 1 -6 2 282 88 194 3 4 75 0 6 0 0 194 0 0 0.0341 0.0000 0.0000 0.137 0.33 6.17 -5.83 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2625 0.5032 0.2344 1 1 0.2621 0.5029 0.2350 1 1 0.2614 0.5028 0.2358
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 627 217 410 103 2 2 0 110 0 0 407 1 2 0.4747 0.0000 0.0073 107.500 0.41 3.19 -2.78 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1418 0.5475 0.3107 1 1 0.1459 0.5439 0.3102 1 1 0.1513 0.5394 0.3093
chr9 96935372 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 431 189 242 182 0 3 0 4 0 0 242 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 62.000 0.21 4.00 -3.79 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1246 0.8754 0.0000 0 0 0.8602 0.1398 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 370 98 272 51 0 15 0 32 0 0 271 1 0 0.5204 0.0000 0.0037 5.533 0.49 4.09 -3.60 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4817 0.4374 0.0809 1 0 0.4734 0.4414 0.0852 1 0 0.4623 0.4466 0.0911
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 814 145 669 0 2 36 2 105 0 1 664 2 2 0.0000 0.0000 0.0075 2.972 6.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4576 0.5424 2 2 0.0000 0.1954 0.8046 2 2 0.0000 0.1352 0.8648
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 510 137 373 83 0 0 0 54 0 1 372 0 0 0.6058 0.0000 0.0027 137.000 0.20 2.61 -2.41 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6294 0.3382 0.0324 1 0 0.6175 0.3468 0.0357 1 0 0.6013 0.3583 0.0404
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 897 183 714 103 1 0 0 79 0 0 712 0 2 0.5628 0.0000 0.0028 183.000 0.27 4.80 -4.53 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5243 0.4217 0.0540 1 0 0.5159 0.4262 0.0579 1 0 0.5044 0.4320 0.0636
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 818 206 612 103 0 3 3 97 0 0 612 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 67.000 0.20 2.90 -2.69 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2595 0.5576 0.1828 1 1 0.2606 0.5533 0.1861 1 1 0.2618 0.5479 0.1903
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 238 100 138 0 0 2 0 98 0 0 138 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 49.000 4.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0819 0.9181 2 2 0.0000 0.0871 0.9129
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 434 104 330 0 0 14 1 89 0 0 328 0 2 0.0000 0.0000 0.0061 6.429 6.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0937 0.9063 2 2 0.0000 0.0993 0.9007
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 511 119 392 61 0 13 1 44 0 0 391 0 1 0.5126 0.0000 0.0026 8.154 0.44 1.09 -0.65 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4347 0.4681 0.0971 1 1 0.4284 0.4702 0.1014 1 1 0.4199 0.4728 0.1072
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 477 176 301 141 4 20 0 11 0 1 300 0 0 0.8011 0.0000 0.0033 7.800 0.42 3.91 -3.49 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0230 0.9770 0.0000 0 1 0.3563 0.6437 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 449 150 299 77 1 5 0 67 0 0 298 0 1 0.5133 0.0000 0.0033 29.000 0.44 3.96 -3.51 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3525 0.5155 0.1320 1 1 0.3497 0.5143 0.1360 1 1 0.3459 0.5127 0.1414
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 630 184 446 84 1 11 1 87 0 0 439 0 7 0.4565 0.0000 0.0157 15.636 0.23 7.43 -7.20 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1271 0.5243 0.3485 1 1 0.1313 0.5224 0.3463 1 1 0.1369 0.5200 0.3431
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 434 134 300 83 10 39 0 2 1 0 299 0 0 0.6194 0.0033 0.0033 2.436 1.24 5.00 -3.76 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2897 0.7103 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000 0 0 0.8190 0.1810 0.0000
chr9 133256234 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 498 96 402 44 0 2 0 50 0 0 402 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 47.000 1.09 1.54 -0.45 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1716 0.5179 0.3106 1 1 0.1746 0.5165 0.3089 1 1 0.1786 0.5148 0.3066
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 231 93 138 55 1 1 0 36 0 0 138 0 0 0.5914 0.0000 0.0000 91.000 0.15 2.56 -2.41 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5046 0.4241 0.0713 1 0 0.4956 0.4289 0.0755 1 0 0.4835 0.4351 0.0813
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 231 93 138 55 1 1 0 36 0 0 138 0 0 0.5914 0.0000 0.0000 91.000 0.15 2.56 -2.41 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5046 0.4241 0.0713 1 0 0.4956 0.4289 0.0755 1 0 0.4835 0.4351 0.0813
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 255 84 171 78 0 4 0 2 1 1 169 0 0 0.9286 0.0058 0.0117 20.000 0.37 3.00 -2.63 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2224 0.7776 0.0000 0 0 0.6541 0.3459 0.0000 0 0 0.7639 0.2361 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 427 120 307 109 0 9 0 2 0 0 306 0 1 0.9083 0.0000 0.0033 12.333 0.40 8.00 -7.60 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1043 0.8957 0.0000 0 0 0.6649 0.3351 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 194 96 98 8 6 16 0 66 0 0 98 0 0 0.0833 0.0000 0.0000 5.000 0.50 3.36 -2.86 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0004 0.9229 0.0767 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9722 0.0278
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 186 34 152 19 0 2 0 13 0 0 152 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 16.000 0.32 4.62 -4.30 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4925 0.4546 0.0529 1 0 0.4900 0.4562 0.0538 1 0 0.4867 0.4582 0.0551
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 799 176 623 3 0 20 0 153 0 0 608 0 15 0.0170 0.0000 0.0241 7.800 0.00 5.90 -5.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6742 0.3258 2 2 0.0000 0.1109 0.8891 2 2 0.0000 0.0545 0.9455
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 662 147 515 7 0 4 1 135 0 0 509 0 6 0.0476 0.0000 0.0117 35.750 0.00 4.21 -4.21 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9021 0.0979 2 1 0.0000 0.5611 0.4389
chr10 27053356 CTCT C 0.017074 0.050 1 -3 1 128 65 63 1 0 0 0 64 0 0 60 0 3 0.0154 0.0000 0.0476 65.000 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9820 0.0180 2 1 0.0000 0.9556 0.0444 2 1 0.0000 0.9437 0.0563
chr10 27398605 C CT 0.021536 0.050 1 1 2 915 218 697 9 0 9 0 200 0 0 692 0 5 0.0413 0.0000 0.0072 23.222 0.89 1.41 -0.52 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9913 0.0087 2 1 0.0000 0.9035 0.0965
chr10 49988921 AC A 0.048828 0.050 1 -1 1 691 223 468 214 2 4 0 3 0 0 468 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 54.750 0.34 2.33 -2.00 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9724 0.0276 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 107 48 59 26 0 0 0 22 0 0 59 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 48.000 0.96 6.36 -5.40 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4655 0.4780 0.0565 1 1 0.4643 0.4784 0.0572 1 1 0.4628 0.4790 0.0582
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 383 110 273 47 0 21 2 40 0 0 273 0 0 0.4273 0.0000 0.0000 4.238 0.30 3.35 -3.05 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4631 0.4821 0.0548 1 1 0.4624 0.4819 0.0558 1 1 0.4613 0.4817 0.0570
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 203 34 169 16 2 2 0 14 0 0 168 0 1 0.4706 0.0000 0.0059 15.000 0.12 1.29 -1.16 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4729 0.4842 0.0430 1 1 0.4722 0.4845 0.0433 1 1 0.4714 0.4848 0.0438
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 616 114 502 0 0 5 0 109 0 0 495 1 6 0.0000 0.0000 0.0139 21.800 5.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1359 0.8641 2 2 0.0000 0.1429 0.8571 2 2 0.0000 0.1530 0.8470
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 585 183 402 8 0 22 0 153 0 0 392 0 10 0.0437 0.0000 0.0249 7.318 1.00 5.86 -4.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8234 0.1766 2 2 0.0000 0.3278 0.6722
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 321 90 231 0 0 9 1 80 0 0 220 0 11 0.0000 0.0000 0.0476 8.889 5.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0988 0.9012 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1090 0.8910
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.050 1 -3 1 140 65 75 58 1 3 0 3 0 0 75 0 0 0.8923 0.0000 0.0000 20.667 0.17 3.00 -2.83 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5098 0.4902 0.0000 0 0 0.9480 0.0520 0.0000 0 0 0.9770 0.0230 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 160 60 100 0 0 4 16 40 0 0 100 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 18.667 3.27 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0853 0.9147 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0908 0.9092
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 326 121 205 0 1 11 0 109 0 0 204 1 0 0.0000 0.0000 0.0049 10.000 2.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0621 0.9379 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0660 0.9340
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 488 160 328 80 0 7 0 73 0 0 328 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 21.857 0.19 1.36 -1.17 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3119 0.5320 0.1561 1 1 0.3107 0.5296 0.1597 1 1 0.3090 0.5265 0.1645
chr11 637361 CGCGGGGGCATCT C 0.071834 0.050 1 -12 2 297 102 195 90 1 7 0 4 0 0 195 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 13.571 0.61 12.00 -11.39 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1569 0.8431 0.0000 0 0 0.8939 0.1061 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 276 102 174 98 0 2 0 2 0 0 174 0 0 0.9608 0.0000 0.0000 50.000 0.24 1.50 -1.26 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3662 0.6338 0.0000 0 0 0.7899 0.2101 0.0000 0 0 0.8640 0.1360 0.0000
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 536 158 378 4 0 8 6 140 0 0 376 1 1 0.0253 0.0000 0.0053 18.750 1.00 2.13 -1.13 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9894 0.0106 2 1 0.0000 0.7021 0.2979 2 2 0.0000 0.4469 0.5531
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 889 260 629 91 3 81 2 83 0 0 629 0 0 0.3500 0.0000 0.0000 2.185 0.45 11.48 -11.03 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2813 0.5505 0.1682 1 1 0.2796 0.5474 0.1730 1 1 0.2771 0.5436 0.1794
chr11 2884878 CGGGGCCGGGGCT C 0.000415 0.050 1 -12 2 436 95 341 54 5 10 1 25 0 2 339 0 0 0.5684 0.0000 0.0059 8.400 2.33 10.08 -7.75 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8313 0.1687 0.0000 1 0 0.8231 0.1769 0.0000 1 0 0.8117 0.1883 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 336 80 256 0 0 2 0 78 0 0 256 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 39.000 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1232 0.8768 2 2 0.0000 0.1275 0.8725 2 2 0.0000 0.1336 0.8664
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 620 203 417 109 0 5 0 89 0 0 417 0 0 0.5369 0.0000 0.0000 39.600 0.19 1.07 -0.87 13 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4793 0.4543 0.0664 1 0 0.4726 0.4568 0.0706 1 0 0.4633 0.4602 0.0765
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 226 100 126 48 0 0 1 51 0 0 125 0 1 0.4800 0.0000 0.0079 100.000 0.12 2.06 -1.93 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1806 0.5233 0.2961 1 1 0.1835 0.5215 0.2950 1 1 0.1872 0.5193 0.2935
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 1185 301 884 140 1 9 1 150 0 0 884 0 0 0.4651 0.0000 0.0000 32.444 0.38 1.29 -0.91 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1184 0.5586 0.3229 1 1 0.1230 0.5542 0.3228 1 1 0.1292 0.5485 0.3222
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1506 352 1154 4 0 6 0 342 0 0 1125 0 29 0.0114 0.0000 0.0251 57.667 1.50 5.75 -4.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0570 0.9430 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1038 256 782 5 0 11 2 238 0 0 780 0 2 0.0195 0.0000 0.0026 22.273 0.00 1.71 -1.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8845 0.1155 2 2 0.0000 0.0670 0.9330 2 2 0.0000 0.0190 0.9810
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 711 120 591 60 0 4 0 56 0 0 591 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 29.000 1.08 4.04 -2.95 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2806 0.5305 0.1889 1 1 0.2802 0.5282 0.1916 1 1 0.2796 0.5253 0.1950
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.050 1 4 1 656 157 499 152 0 3 0 2 0 0 499 0 0 0.9682 0.0000 0.0000 51.333 1.38 3.00 -1.62 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6364 0.3636 0.0000 0 0 0.9178 0.0822 0.0000 0 0 0.9479 0.0521 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 710 125 585 0 0 12 1 112 0 0 556 0 29 0.0000 0.0000 0.0496 9.417 9.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 229 117 112 55 0 12 4 46 0 0 110 0 2 0.4701 0.0000 0.0179 8.750 0.35 4.37 -4.02 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2698 0.5299 0.2004 1 1 0.2697 0.5276 0.2026 1 1 0.2696 0.5248 0.2056
chr11 9091461 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 229 121 108 60 3 54 0 4 0 0 108 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 1.250 0.35 7.25 -6.90 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.2565 0.7435 0.0000 0 0 0.5192 0.4808 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 172 67 105 38 0 0 0 29 0 0 104 0 1 0.5672 0.0000 0.0095 67.000 0.53 3.31 -2.78 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3429 0.5017 0.1554 1 1 0.3397 0.5015 0.1588 1 1 0.3355 0.5013 0.1632
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 767 246 521 111 0 6 0 129 0 0 517 0 4 0.4512 0.0000 0.0077 40.000 0.24 3.19 -2.95 45 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0562 0.4492 0.4946 1 2 0.0603 0.4518 0.4880 1 2 0.0660 0.4553 0.4787
chr11 56093830 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 784 211 573 204 3 2 0 2 0 0 573 0 0 0.9668 0.0000 0.0000 104.000 0.24 3.00 -2.76 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8751 0.1249 0.0000 0 0 0.9774 0.0226 0.0000 0 0 0.9854 0.0146 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1478 352 1126 5 0 7 3 337 0 0 1115 0 11 0.0142 0.0000 0.0098 49.286 0.00 2.36 -2.36 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3361 0.6639 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.050 1 -8 1 1007 264 743 257 0 4 0 3 0 0 743 0 0 0.9735 0.0000 0.0000 65.000 0.16 8.00 -7.84 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8277 0.1723 0.0000 0 0 0.9871 0.0129 0.0000 0 0 0.9936 0.0064 0.0000
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 670 142 528 140 0 1 0 1 0 0 528 0 0 0.9859 0.0000 0.0000 141.000 0.49 1.00 -0.51 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8672 0.1328 0.0000 0 0 0.9410 0.0590 0.0000 0 0 0.9512 0.0488 0.0000
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 3 272 86 186 39 0 10 0 37 0 1 185 0 0 0.4535 0.0000 0.0054 7.600 0.54 6.59 -6.06 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2748 0.5208 0.2045 1 1 0.2743 0.5192 0.2065 1 1 0.2737 0.5172 0.2091
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 261 93 168 8 1 11 1 72 0 0 168 0 0 0.0860 0.0000 0.0000 7.455 0.00 3.57 -3.57 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9791 0.0209 2 1 0.0000 0.8088 0.1912
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 974 266 708 0 0 5 0 261 0 0 706 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 52.200 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 687 140 547 132 0 5 0 3 1 0 546 0 0 0.9429 0.0018 0.0018 27.000 0.68 3.00 -2.32 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1752 0.8248 0.0000 0 0 0.7819 0.2181 0.0000 0 0 0.8883 0.1117 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 124 51 73 29 0 0 0 22 0 0 73 0 0 0.5686 0.0000 0.0000 51.000 0.07 3.14 -3.07 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3326 0.5009 0.1665 1 1 0.3297 0.5008 0.1695 1 1 0.3258 0.5007 0.1735
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 640 172 468 93 0 1 1 77 0 0 465 0 3 0.5407 0.0000 0.0064 170.000 0.16 4.12 -3.96 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3771 0.5101 0.1128 1 1 0.3737 0.5091 0.1172 1 1 0.3690 0.5080 0.1230
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 547 68 479 67 0 0 0 1 0 0 479 0 0 0.9853 0.0000 0.0000 68.000 0.51 2.00 -1.49 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5143 0.4857 0.0000 0 0 0.7281 0.2719 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1208 329 879 2 2 71 3 251 0 0 878 1 0 0.0061 0.0000 0.0011 3.606 1.50 7.12 -5.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0462 0.9538 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 712 194 518 0 0 26 0 168 0 1 517 0 0 0.0000 0.0000 0.0019 6.462 10.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0232 0.9768 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0221 0.9779
chr11 124396801 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 866 188 678 80 0 13 0 95 1 0 675 0 2 0.4255 0.0015 0.0044 13.462 0.40 1.15 -0.75 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0886 0.4838 0.4276 1 1 0.0930 0.4846 0.4224 1 1 0.0990 0.4857 0.4152
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 336 123 213 4 0 6 2 111 0 0 213 0 0 0.0325 0.0000 0.0000 19.333 0.00 5.65 -5.65 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9757 0.0243 2 2 0.0000 0.4727 0.5273 2 2 0.0000 0.2286 0.7714
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 213 87 126 67 1 16 0 3 0 0 126 0 0 0.7701 0.0000 0.0000 4.438 0.12 3.00 -2.88 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0400 0.9600 0.0000 0 1 0.4205 0.5795 0.0000 0 0 0.6272 0.3728 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 369 111 258 0 0 11 6 94 0 0 256 0 2 0.0000 0.0000 0.0078 9.091 3.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 354 157 197 146 1 3 0 7 0 0 197 0 0 0.9299 0.0000 0.0000 51.333 0.64 1.00 -0.36 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1954 0.8046 0.0000 0 0 0.6346 0.3654 0.0000
chr12 3638431 A ACCT 0.000009 0.050 1 3 1 365 79 286 67 0 10 0 2 0 0 286 0 0 0.8481 0.0000 0.0000 6.900 0.40 3.50 -3.10 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 565 121 444 61 0 2 0 58 0 0 439 0 5 0.5041 0.0000 0.0113 59.500 0.23 2.90 -2.67 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3753 0.5552 0.0695 1 1 0.3786 0.5518 0.0696 1 1 0.3830 0.5474 0.0697
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 568 122 446 62 0 2 0 58 0 0 441 0 5 0.5082 0.0000 0.0112 60.000 0.23 2.91 -2.69 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3879 0.5470 0.0651 1 1 0.3909 0.5438 0.0653 1 1 0.3946 0.5398 0.0656
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 374 127 247 1 0 20 18 88 0 0 247 0 0 0.0079 0.0000 0.0000 5.350 0.00 3.34 -3.34 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2209 0.7791 2 2 0.0000 0.1024 0.8976 2 2 0.0000 0.0837 0.9163
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 4397 1061 3336 535 4 9 0 513 0 0 3320 0 16 0.5042 0.0000 0.0048 116.778 1.27 4.11 -2.84 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1134 0.7965 0.0902 1 1 0.1203 0.7804 0.0993 1 1 0.1292 0.7588 0.1120
chr12 8224771 TG T 0.014915 0.050 1 -1 1 1169 435 734 427 0 1 0 7 0 0 734 0 0 0.9816 0.0000 0.0000 434.000 0.60 2.43 -1.83 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9723 0.0277 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 8863966 GGC G 0.048699 0.050 1 -2 2 180 56 124 35 0 0 1 20 0 0 124 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 55.000 0.91 2.75 -1.84 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6396 0.3525 0.0079 1 0 0.6343 0.3575 0.0082 1 0 0.6272 0.3641 0.0088
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 227 85 142 0 0 2 0 83 0 0 137 0 5 0.0000 0.0000 0.0352 41.500 4.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0973 0.9027 2 2 0.0000 0.1012 0.8988 2 2 0.0000 0.1069 0.8931
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.050 1 -5 3 594 149 445 78 4 2 2 63 0 0 445 0 0 0.5235 0.0000 0.0000 146.000 0.23 8.90 -8.67 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6448 0.3522 0.0031 1 0 0.6406 0.3561 0.0032 1 0 0.6350 0.3615 0.0035
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.050 1 -4 1 592 150 442 81 0 4 2 63 0 0 442 0 0 0.5400 0.0000 0.0000 36.500 0.28 8.90 -8.62 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6429 0.3540 0.0031 1 0 0.6389 0.3579 0.0033 1 0 0.6333 0.3632 0.0035
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 241 109 132 47 1 8 1 52 0 0 130 2 0 0.4312 0.0000 0.0152 12.625 2.17 4.29 -2.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0974 0.4882 0.4144 1 1 0.0996 0.4879 0.4125 1 1 0.1025 0.4876 0.4099
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 454 105 349 62 0 0 0 43 0 0 349 0 0 0.5905 0.0000 0.0000 105.000 0.50 2.35 -1.85 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6461 0.3368 0.0171 1 0 0.6395 0.3423 0.0182 1 0 0.6305 0.3497 0.0197
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1750 334 1416 1 0 140 2 191 0 1 1317 2 96 0.0030 0.0000 0.0699 1.386 0.00 4.74 -4.74 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1423 328 1095 181 0 5 1 141 0 0 1093 0 2 0.5518 0.0000 0.0018 64.600 0.13 1.33 -1.20 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7642 0.2306 0.0052 1 0 0.7564 0.2377 0.0059 1 0 0.7455 0.2475 0.0070
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 868 203 665 179 0 19 0 5 0 0 665 0 0 0.8818 0.0000 0.0000 9.684 0.51 2.40 -1.89 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0297 0.9703 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000 0 0 0.9303 0.0697 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1014 269 745 94 1 65 0 109 0 0 739 0 6 0.3494 0.0000 0.0081 3.138 0.17 12.92 -12.75 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1993 0.7276 0.0731 1 1 0.2089 0.7201 0.0710 1 1 0.2219 0.7099 0.0682
chr12 53938949 C CTTA 0.021360 0.050 1 3 2 286 98 188 48 0 1 0 49 0 0 184 0 4 0.4898 0.0000 0.0213 97.000 0.17 3.14 -2.98 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3975 0.5883 0.0142 1 1 0.4020 0.5839 0.0141 1 1 0.4078 0.5782 0.0140
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 341 80 261 73 0 3 0 4 0 0 261 0 0 0.9125 0.0000 0.0000 25.667 0.32 1.50 -1.18 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0220 0.9780 0.0000 0 1 0.4926 0.5074 0.0000 0 0 0.7499 0.2501 0.0000
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 364 91 273 86 0 0 0 5 0 0 273 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 91.000 0.16 1.20 -1.04 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3031 0.6969 0.0000 0 0 0.6423 0.3577 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 139 66 73 0 0 1 0 65 0 0 73 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 65.000 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0990 0.9010 2 2 0.0000 0.1020 0.8980 2 2 0.0000 0.1062 0.8938
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 290 70 220 30 0 4 0 36 0 0 218 0 2 0.4286 0.0000 0.0091 16.500 0.97 3.86 -2.89 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1919 0.5203 0.2879 1 1 0.1957 0.5194 0.2849 1 1 0.2008 0.5183 0.2808
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 263 83 180 8 29 24 9 13 0 0 178 1 1 0.0964 0.0000 0.0111 2.000 2.12 3.92 -1.80 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5138 0.4305 0.0557 1 0 0.5095 0.4331 0.0574 1 0 0.5038 0.4366 0.0596
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 943 270 673 0 0 19 1 250 0 0 670 0 3 0.0000 0.0000 0.0045 13.211 3.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 108 43 65 20 1 3 0 19 0 0 65 0 0 0.4651 0.0000 0.0000 13.333 0.05 1.11 -1.06 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3735 0.5016 0.1249 1 1 0.3732 0.5011 0.1256 1 1 0.3728 0.5005 0.1266
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 444 121 323 7 0 21 3 90 0 0 313 1 9 0.0579 0.0000 0.0310 4.762 0.86 5.07 -4.21 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8940 0.1060 2 1 0.0000 0.5330 0.4670
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 444 121 323 10 36 21 1 53 0 1 313 0 9 0.0826 0.0000 0.0310 4.714 1.90 6.85 -4.95 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0918 0.4622 0.4460 1 1 0.0961 0.4646 0.4393 1 1 0.1020 0.4678 0.4303
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 372 95 277 84 2 8 0 1 0 0 276 1 0 0.8842 0.0000 0.0036 10.875 0.63 3.00 -2.37 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3374 0.6626 0.0000 0 0 0.7032 0.2968 0.0000 0 0 0.7931 0.2069 0.0000
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1741 481 1260 388 6 83 0 4 1 1 1257 0 1 0.8067 0.0008 0.0024 4.783 0.76 4.00 -3.24 130 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8584 0.1416 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 532 125 407 5 0 9 0 111 0 1 400 0 6 0.0400 0.0000 0.0172 12.889 0.80 8.72 -7.92 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.6976 0.3024 2 2 0.0000 0.3346 0.6654
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 592 191 401 0 0 27 12 152 0 0 401 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.037 3.49 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0174 0.9826 2 2 0.0000 0.0195 0.9805
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 245 110 135 51 1 0 0 58 0 0 135 0 0 0.4636 0.0000 0.0000 110.000 0.47 2.36 -1.89 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1695 0.5226 0.3080 1 1 0.1726 0.5208 0.3066 1 1 0.1767 0.5187 0.3046
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 216 81 135 35 0 9 0 37 0 0 134 0 1 0.4321 0.0000 0.0074 8.000 0.11 5.95 -5.83 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2063 0.5198 0.2739 1 1 0.2082 0.5183 0.2735 1 1 0.2107 0.5164 0.2728
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 324 105 219 0 0 9 0 96 0 0 213 0 6 0.0000 0.0000 0.0274 10.667 5.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr12 121626873 C CA 0.500000 0.050 1 1 4 324 105 219 4 87 0 1 13 0 0 219 0 0 0.0381 0.0000 0.0000 24.000 0.50 2.08 -1.58 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.0487 0.9513 0.0000
chr12 121626882 G GT 0.500000 0.050 1 1 2 326 106 220 99 3 2 0 2 0 0 220 0 0 0.9340 0.0000 0.0000 104.000 4.48 3.50 0.98 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3303 0.6697 0.0000 0 0 0.7625 0.2375 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 318 84 234 46 0 4 0 34 0 0 228 0 6 0.5476 0.0000 0.0256 20.000 0.63 12.74 -12.10 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.5154 0.1725 1 1 0.3103 0.5142 0.1754 1 1 0.3079 0.5128 0.1794
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 678 228 450 201 7 17 0 3 0 0 450 0 0 0.8816 0.0000 0.0000 12.176 1.71 2.33 -0.62 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6046 0.3954 0.0000 0 0 0.9581 0.0419 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 661 150 511 0 0 17 1 132 0 0 496 0 15 0.0000 0.0000 0.0294 7.824 7.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0280 0.9720
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 216 92 124 5 2 23 0 62 0 0 119 0 5 0.0543 0.0000 0.0403 3.000 1.40 2.98 -1.58 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9242 0.0758 2 1 0.0000 0.6794 0.3206
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 173 56 117 1 0 7 9 39 0 0 114 0 3 0.0179 0.0000 0.0256 7.000 7.00 5.79 1.21 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5868 0.4132 2 2 0.0000 0.3573 0.6427 2 2 0.0000 0.2998 0.7002
chr12 124993835 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 173 56 117 2 1 12 0 41 0 0 114 0 3 0.0357 0.0000 0.0256 3.667 5.50 6.39 -0.89 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9728 0.0272 2 1 0.0000 0.7063 0.2937 2 1 0.0000 0.5103 0.4897
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 216 50 166 0 0 3 0 47 0 0 158 0 8 0.0000 0.0000 0.0482 15.667 9.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2004 0.7996 2 2 0.0000 0.2048 0.7952 2 2 0.0000 0.2111 0.7889
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 659 159 500 77 0 22 1 59 0 0 496 0 4 0.4843 0.0000 0.0080 6.227 0.87 5.98 -5.11 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4053 0.4899 0.1048 1 1 0.4008 0.4903 0.1089 1 1 0.3948 0.4908 0.1145
chr13 23891474 TTTTTAC T 0.000343 0.050 1 -6 1 755 173 582 165 0 4 0 4 0 0 582 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 42.250 0.50 6.00 -5.50 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr13 52642566 CA C 0.003742 0.050 1 -1 3 760 219 541 115 0 1 1 102 0 0 540 0 1 0.5251 0.0000 0.0018 217.000 0.35 1.39 -1.04 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5699 0.4294 0.0007 1 0 0.5696 0.4297 0.0007 1 0 0.5689 0.4304 0.0008
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 116 47 69 43 1 1 0 2 0 0 69 0 0 0.9149 0.0000 0.0000 46.000 0.70 4.00 -3.30 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8354 0.1646 0.0000 0 0 0.9716 0.0284 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000
chr13 78602132 CCCGCCGCCCGGGCCGCCGCCG C 0.000067 0.050 1 -21 1 778 159 619 146 0 9 1 3 3 1 614 0 1 0.9182 0.0048 0.0081 16.556 2.84 23.00 -20.16 78 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 732 131 601 0 0 21 0 110 0 0 592 0 9 0.0000 0.0000 0.0150 5.238 4.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0119 0.9881 2 2 0.0000 0.0129 0.9871
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 2 1206 380 826 199 1 3 0 177 0 0 826 0 0 0.5237 0.0000 0.0000 125.333 0.63 9.49 -8.86 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4693 0.4815 0.0492 1 1 0.4652 0.4816 0.0532 1 1 0.4593 0.4818 0.0589
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 270 76 194 28 0 20 0 28 0 0 191 0 3 0.3684 0.0000 0.0155 2.800 0.36 12.71 -12.36 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2067 0.5153 0.2781 1 1 0.2085 0.5141 0.2774 1 1 0.2109 0.5127 0.2764
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 489 96 393 0 0 7 1 88 0 0 392 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 12.571 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0943 0.9057 2 2 0.0000 0.0983 0.9017 2 2 0.0000 0.1039 0.8961
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1829 442 1387 0 0 13 2 427 0 0 1381 0 6 0.0000 0.0000 0.0043 33.000 1.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 498 174 324 166 1 4 0 3 0 0 323 0 1 0.9540 0.0000 0.0031 42.250 0.47 15.33 -14.86 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1153 0.8847 0.0000 0 0 0.8504 0.1496 0.0000 0 0 0.9431 0.0569 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 353 61 292 1 0 3 0 57 0 0 290 0 2 0.0164 0.0000 0.0068 19.333 0.00 1.25 -1.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3258 0.6742 2 2 0.0000 0.1625 0.8375 2 2 0.0000 0.1309 0.8691
chr14 21092541 GGGCTCC G 0.000747 0.050 1 -6 1 594 150 444 75 0 20 0 55 0 0 441 0 3 0.5000 0.0000 0.0068 6.500 0.37 6.07 -5.70 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6631 0.3368 0.0001 1 0 0.6586 0.3413 0.0001 1 0 0.6524 0.3475 0.0001
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 497 135 362 62 0 17 2 54 0 0 360 0 2 0.4593 0.0000 0.0055 6.941 0.27 3.19 -2.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3919 0.5097 0.0984 1 1 0.3919 0.5081 0.1000 1 1 0.3918 0.5062 0.1021
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 449 116 333 101 0 9 0 6 0 0 333 0 0 0.8707 0.0000 0.0000 11.889 0.15 3.17 -3.02 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1470 0.8530 0.0000 0 1 0.4873 0.5127 0.0000
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 441 86 355 42 0 5 0 39 0 0 355 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 16.200 0.07 5.72 -5.65 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3836 0.5062 0.1101 1 1 0.3835 0.5051 0.1114 1 1 0.3832 0.5038 0.1130
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 547 172 375 74 2 10 3 83 0 0 375 0 0 0.4302 0.0000 0.0000 16.200 0.34 3.34 -3.00 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3026 0.6439 0.0535 1 1 0.3099 0.6374 0.0527 1 1 0.3194 0.6289 0.0517
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 860 222 638 1 8 22 12 179 0 0 638 0 0 0.0045 0.0000 0.0000 49.250 1.00 4.00 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2839 0.7161 2 2 0.0000 0.0539 0.9461 2 2 0.0000 0.0271 0.9729
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 857 218 639 1 2 25 3 187 0 0 639 0 0 0.0046 0.0000 0.0000 7.720 1.00 4.09 -3.09 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0645 0.9355 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0141 0.9859
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 297 47 250 11 2 7 2 25 0 0 249 0 1 0.2340 0.0000 0.0040 5.714 3.18 3.20 -0.02 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1402 0.4925 0.3673 1 1 0.1454 0.4947 0.3600 1 1 0.1524 0.4974 0.3502
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 309 49 260 23 2 3 0 21 0 0 260 0 0 0.4694 0.0000 0.0000 22.500 2.52 3.43 -0.91 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3553 0.4981 0.1466 1 1 0.3540 0.4978 0.1482 1 1 0.3522 0.4974 0.1503
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.050 1 1 2 287 74 213 3 0 0 0 71 0 0 212 0 1 0.0405 0.0000 0.0047 74.000 0.00 1.14 -1.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.9605 0.0395 2 1 0.0000 0.9132 0.0868
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 257 79 178 39 1 0 1 38 0 0 178 0 0 0.4937 0.0000 0.0000 79.000 0.10 1.21 -1.11 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4502 0.5140 0.0357 1 1 0.4514 0.5126 0.0360 1 1 0.4529 0.5108 0.0363
chr14 29927416 G GCCCGGA 0.058217 0.050 1 6 3 186 34 152 23 2 7 1 1 1 0 151 0 0 0.6765 0.0066 0.0066 3.714 1.22 6.00 -4.78 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5830 0.4170 0.0000 0 0 0.8926 0.1074 0.0000 0 0 0.9356 0.0644 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 606 131 475 0 0 20 1 110 0 0 467 0 8 0.0000 0.0000 0.0168 5.550 7.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 543 134 409 0 0 14 4 116 0 0 404 1 4 0.0000 0.0000 0.0122 8.429 6.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr14 77027418 TTGC T 0.008855 0.050 1 -3 1 396 75 321 0 1 15 46 13 0 0 317 3 1 0.0000 0.0000 0.0125 4.143 7.46 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9632 0.0368 2 1 0.0000 0.9640 0.0360 2 1 0.0000 0.9652 0.0348
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 393 74 319 0 1 4 13 56 0 0 315 2 2 0.0000 0.0000 0.0125 20.333 5.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2168 0.7832 2 2 0.0000 0.2141 0.7859 2 2 0.0000 0.2146 0.7854
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 423 145 278 0 0 16 0 129 0 0 278 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.062 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0245 0.9755
chr14 94079474 C CCCT 0.001890 0.050 1 3 3 503 115 388 103 0 7 1 4 0 0 388 0 0 0.8957 0.0000 0.0000 15.429 0.29 3.00 -2.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8727 0.1273 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 390 106 284 102 0 2 0 2 0 0 284 0 0 0.9623 0.0000 0.0000 52.000 0.40 4.50 -4.10 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4530 0.5470 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000 0 0 0.9013 0.0987 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 245 81 164 68 0 10 0 3 0 0 164 0 0 0.8395 0.0000 0.0000 7.100 0.12 9.00 -8.88 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0508 0.9492 0.0000 0 1 0.4832 0.5168 0.0000 0 0 0.6845 0.3155 0.0000
chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.050 1 -42 1 6337 2615 3722 1720 109 445 26 315 90 61 3551 16 4 0.6577 0.0242 0.0459 4.884 1.82 5.04 -3.22 236 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.050 1 -6 1 7009 1029 5980 698 18 150 7 156 85 153 5509 171 62 0.6783 0.0142 0.0788 5.959 1.59 5.94 -4.35 274 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 284 71 213 56 2 4 1 8 0 0 213 0 0 0.7887 0.0000 0.0000 16.250 2.02 3.75 -1.73 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0614 0.9386 0.0000 0 1 0.4045 0.5955 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 900 118 782 0 0 4 0 114 1 9 670 77 25 0.0000 0.0013 0.1432 28.500 4.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2725 732 1993 0 0 14 8 710 0 2 1952 9 30 0.0000 0.0000 0.0206 51.214 4.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 747 177 570 69 0 3 0 105 0 0 567 0 3 0.3898 0.0000 0.0053 58.000 0.25 1.94 -1.70 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0231 0.3166 0.6603 1 2 0.0262 0.3281 0.6457 1 2 0.0309 0.3435 0.6256
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 172 74 98 0 0 6 2 66 0 0 97 0 1 0.0000 0.0000 0.0102 11.333 2.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0854 0.9146 2 2 0.0000 0.0881 0.9119 2 2 0.0000 0.0920 0.9080
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 630 162 468 114 6 37 1 4 0 0 467 1 0 0.7037 0.0000 0.0021 3.351 1.32 3.00 -1.68 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1432 0.8568 0.0000 0 1 0.4700 0.5300 0.0000
chr15 34038912 CCCGCCGCCGCCT C 0.202105 0.050 1 -12 4 189 71 118 43 0 7 0 21 0 0 115 0 3 0.6056 0.0000 0.0254 9.143 0.44 11.76 -11.32 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6368 0.3386 0.0246 1 0 0.6291 0.3447 0.0262 1 0 0.6189 0.3528 0.0283
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 350 90 260 2 0 12 1 75 0 0 260 0 0 0.0222 0.0000 0.0000 6.500 1.00 5.87 -4.87 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 1 0.0000 0.8253 0.1747 2 1 0.0000 0.7336 0.2664
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 486 126 360 54 0 8 2 62 0 0 356 0 4 0.4286 0.0000 0.0111 14.750 0.30 4.48 -4.19 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1461 0.5280 0.3259 1 1 0.1516 0.5277 0.3207 1 1 0.1591 0.5271 0.3138
chr15 69360110 TAGC T 0.000211 0.050 1 -3 3 103 47 56 31 0 0 0 16 0 0 55 0 1 0.6596 0.0000 0.0179 47.000 0.29 3.00 -2.71 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6532 0.3467 0.0000 1 0 0.6482 0.3518 0.0000 1 0 0.6414 0.3586 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 170 69 101 40 0 1 0 28 0 0 101 0 0 0.5797 0.0000 0.0000 68.000 0.05 3.32 -3.27 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4149 0.4718 0.1133 1 1 0.4095 0.4735 0.1170 1 1 0.4023 0.4756 0.1221
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 257 140 117 75 0 0 0 65 0 0 114 0 3 0.5357 0.0000 0.0256 140.000 0.43 3.09 -2.67 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2654 0.5442 0.1904 1 1 0.2641 0.5414 0.1945 1 1 0.2621 0.5379 0.2000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 431 102 329 90 1 5 2 4 0 0 329 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 19.400 0.56 3.00 -2.44 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1105 0.8895 0.0000 0 1 0.4020 0.5980 0.0000
chr15 82344656 TCCTCTCCAGCTCCCGCAG T 0.000194 0.050 1 -18 1 1555 313 1242 188 2 94 1 28 0 0 1241 0 1 0.6006 0.0000 0.0008 2.330 0.52 2.50 -1.98 110 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 396 83 313 38 0 18 0 27 0 0 309 0 4 0.4578 0.0000 0.0128 3.611 0.16 13.59 -13.43 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4843 0.4594 0.0563 1 0 0.4820 0.4604 0.0576 1 0 0.4789 0.4618 0.0592
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 1265 347 918 159 7 52 5 124 0 0 917 0 1 0.4582 0.0000 0.0011 5.673 0.29 3.06 -2.78 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7862 0.2114 0.0025 1 0 0.7789 0.2182 0.0028 1 0 0.7688 0.2278 0.0033
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 742 183 559 9 6 95 7 66 0 0 555 0 4 0.0492 0.0000 0.0072 1.500 1.33 13.88 -12.55 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.9114 0.0886
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 736 172 564 2 0 21 1 148 0 0 564 0 0 0.0116 0.0000 0.0000 7.500 0.00 10.57 -10.57 2 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2089 0.7911 2 2 0.0000 0.0408 0.9592 2 2 0.0000 0.0255 0.9745
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 330 110 220 0 0 7 2 101 0 0 209 0 11 0.0000 0.0000 0.0500 14.714 7.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 269 89 180 3 0 0 0 86 0 0 180 0 0 0.0337 0.0000 0.0000 89.000 0.67 2.07 -1.40 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9329 0.0671 2 2 0.0000 0.4503 0.5497 2 2 0.0000 0.2638 0.7362
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 507 180 327 83 1 40 0 56 0 0 320 0 7 0.4611 0.0000 0.0214 3.500 0.20 6.07 -5.87 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5978 0.3678 0.0344 1 0 0.5902 0.3731 0.0368 1 0 0.5798 0.3800 0.0402
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 20 9 11 4 0 0 0 5 0 0 11 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 9.000 0.50 1.20 -0.70 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3888 0.5102 0.1010 1 1 0.3894 0.5098 0.1007 1 1 0.3901 0.5096 0.1004
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 282 87 195 37 2 0 0 48 0 0 194 0 1 0.4253 0.0000 0.0051 86.000 0.16 3.02 -2.86 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2018 0.5434 0.2547 1 1 0.2069 0.5419 0.2512 1 1 0.2137 0.5399 0.2464
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 300 108 192 102 1 3 0 2 0 0 192 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 35.000 0.70 20.00 -19.30 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8383 0.1617 0.0000 0 0 0.9713 0.0287 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 901 187 714 107 1 3 1 75 0 0 712 0 2 0.5722 0.0000 0.0028 61.000 1.35 1.29 0.05 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7256 0.2643 0.0102 1 0 0.7171 0.2717 0.0112 1 0 0.7053 0.2818 0.0128
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 514 105 409 47 1 16 0 41 0 0 408 1 0 0.4476 0.0000 0.0024 5.562 0.91 4.10 -3.18 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4699 0.4740 0.0561 1 1 0.4686 0.4742 0.0573 1 1 0.4667 0.4745 0.0588
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 502 75 427 0 0 1 1 73 0 0 427 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 74.000 6.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 502 75 427 0 0 1 1 73 0 0 427 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 74.000 6.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 404 101 303 2 0 5 0 94 0 0 297 0 6 0.0198 0.0000 0.0198 19.200 0.00 3.17 -3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5718 0.4282 2 2 0.0000 0.1694 0.8306 2 2 0.0000 0.1078 0.8922
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 235 55 180 0 0 1 0 54 0 0 178 0 2 0.0000 0.0000 0.0111 54.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 906 225 681 171 1 51 0 2 1 0 679 0 1 0.7600 0.0015 0.0029 3.392 0.84 27.00 -26.16 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5546 0.4454 0.0000 0 0 0.9535 0.0465 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000
chr16 29810099 GGCGGCGGCAGCGGCA G 0.015416 0.050 1 -15 1 782 278 504 250 0 22 0 6 0 0 504 0 0 0.8993 0.0000 0.0000 11.636 0.38 13.17 -12.79 158 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6576 0.3424 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 538 127 411 120 0 5 0 2 1 0 410 0 0 0.9449 0.0024 0.0024 24.400 0.23 3.00 -2.77 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5443 0.4557 0.0000 0 0 0.8855 0.1145 0.0000 0 0 0.9279 0.0721 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 122 54 68 4 0 4 0 46 0 0 67 0 1 0.0741 0.0000 0.0147 12.500 1.00 2.04 -1.04 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9947 0.0053 2 1 0.0000 0.8168 0.1832 2 1 0.0000 0.5877 0.4123
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 316 123 193 66 4 2 3 48 0 0 189 1 3 0.5366 0.0000 0.0207 58.500 0.15 9.60 -9.45 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4001 0.4891 0.1107 1 1 0.3953 0.4898 0.1149 1 1 0.3888 0.4906 0.1206
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 316 126 190 71 1 2 0 52 0 0 182 0 8 0.5635 0.0000 0.0421 62.000 0.18 8.90 -8.72 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3818 0.4997 0.1185 1 1 0.3777 0.4996 0.1227 1 1 0.3722 0.4995 0.1283
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 430 88 342 10 3 9 5 61 0 0 341 1 0 0.1136 0.0000 0.0029 9.250 1.00 2.11 -1.11 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9957 0.0043 2 1 0.0000 0.9240 0.0760
chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 523 134 389 129 0 3 0 2 0 0 389 0 0 0.9627 0.0000 0.0000 43.667 0.47 3.00 -2.53 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4953 0.5047 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000 0 0 0.9128 0.0872 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1112 353 759 267 5 56 3 22 0 0 758 0 1 0.7564 0.0000 0.0013 5.382 0.37 3.00 -2.63 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0609 0.9391 0.0000
chr16 67968592 G GCCCGCCGCTGTC 0.500000 0.050 1 12 2 241 103 138 74 0 26 0 3 0 0 138 0 0 0.7184 0.0000 0.0000 2.962 0.49 12.33 -11.85 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0459 0.9541 0.0000 0 1 0.4555 0.5445 0.0000 0 0 0.6590 0.3410 0.0000
chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 536 96 440 44 0 20 0 32 0 0 435 0 5 0.4583 0.0000 0.0114 3.800 1.48 6.09 -4.62 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3252 0.5105 0.1644 1 1 0.3228 0.5097 0.1675 1 1 0.3197 0.5086 0.1717
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 282 84 198 36 0 8 0 40 0 0 188 0 10 0.4286 0.0000 0.0505 9.500 0.06 13.10 -13.04 22 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1060 0.4707 0.4233 1 1 0.1102 0.4726 0.4172 1 1 0.1159 0.4751 0.4090
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 183 80 103 8 0 2 1 69 0 0 98 0 5 0.1000 0.0000 0.0485 39.000 0.75 4.62 -3.87 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9701 0.0299 2 1 0.0000 0.7617 0.2383
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 478 112 366 96 4 8 0 4 0 0 366 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 12.875 1.12 6.50 -5.38 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0177 0.9823 0.0000 0 1 0.4481 0.5519 0.0000 0 0 0.7125 0.2875 0.0000
chr16 85710272 GGCTGCT G 0.500000 0.050 1 -6 1 406 205 201 99 0 12 0 94 0 0 199 0 2 0.4829 0.0000 0.0100 16.083 0.25 6.74 -6.49 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2566 0.5562 0.1871 1 1 0.2577 0.5520 0.1903 1 1 0.2590 0.5467 0.1943
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 625 138 487 0 0 3 10 125 0 0 480 0 7 0.0000 0.0000 0.0144 44.667 8.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0277 0.9723 2 2 0.0000 0.0296 0.9704 2 2 0.0000 0.0326 0.9674
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 624 137 487 0 0 5 11 121 0 0 479 2 6 0.0000 0.0000 0.0164 26.200 8.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0304 0.9696 2 2 0.0000 0.0334 0.9666
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 623 136 487 0 0 4 2 130 0 1 472 7 7 0.0000 0.0000 0.0308 44.000 8.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0837 0.9163 2 2 0.0000 0.0472 0.9528 2 2 0.0000 0.0407 0.9593
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 766 178 588 88 0 10 0 80 0 0 586 0 2 0.4944 0.0000 0.0034 16.800 0.36 6.85 -6.49 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2957 0.5410 0.1634 1 1 0.2952 0.5379 0.1669 1 1 0.2945 0.5340 0.1715
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 501 124 377 116 1 1 0 6 0 0 377 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 123.000 0.70 4.17 -3.47 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2456 0.7544 0.0000 0 0 0.6398 0.3602 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 125 60 65 0 0 3 0 57 0 0 63 0 2 0.0000 0.0000 0.0308 19.000 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1847 0.8153 2 2 0.0000 0.1892 0.8108 2 2 0.0000 0.1956 0.8044
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 732 157 575 80 1 6 0 70 0 0 572 0 3 0.5096 0.0000 0.0052 25.167 0.33 3.40 -3.07 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4582 0.4811 0.0606 1 1 0.4572 0.4805 0.0624 1 1 0.4555 0.4798 0.0647
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 355 123 232 58 0 2 1 62 0 0 232 0 0 0.4715 0.0000 0.0000 60.500 0.43 1.32 -0.89 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1093 0.5087 0.3820 1 1 0.1112 0.5072 0.3815 1 1 0.1138 0.5054 0.3808
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 658 159 499 7 1 38 1 112 0 0 495 0 4 0.0440 0.0000 0.0080 3.184 0.57 3.08 -2.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8579 0.1421 2 2 0.0000 0.3828 0.6172
chr17 7848540 T TCAC 0.003062 0.050 1 3 1 997 295 702 209 16 61 0 9 0 1 699 0 2 0.7085 0.0000 0.0043 3.820 0.96 3.11 -2.15 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.9824 0.0176 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 320 88 232 0 0 5 0 83 0 0 231 0 1 0.0000 0.0000 0.0043 16.600 7.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 441 176 265 4 0 26 7 139 0 0 260 0 5 0.0227 0.0000 0.0189 5.769 0.00 3.04 -3.04 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9386 0.0614 2 2 0.0000 0.2589 0.7411 2 2 0.0000 0.1060 0.8940
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 863 240 623 0 1 45 2 192 0 0 622 1 0 0.0000 0.0000 0.0016 4.432 4.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0118 0.9882 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 862 242 620 0 40 9 24 169 0 0 620 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 76.000 4.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.9685 0.0315 2 1 0.0000 0.8341 0.1659
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 715 131 584 0 0 6 0 125 0 0 583 0 1 0.0000 0.0000 0.0017 20.833 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0403 0.9597 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0465 0.9535
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 140 80 60 34 0 2 0 44 0 0 60 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 39.000 0.15 1.23 -1.08 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1371 0.4944 0.3685 1 1 0.1408 0.4948 0.3644 1 1 0.1458 0.4952 0.3589
chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.050 1 -15 1 834 188 646 83 1 46 0 58 1 0 637 0 8 0.4415 0.0015 0.0139 3.065 2.37 13.88 -11.51 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4751 0.4509 0.0740 1 0 0.4678 0.4539 0.0783 1 0 0.4580 0.4577 0.0843
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 829 188 641 159 1 24 0 4 2 2 634 1 2 0.8457 0.0031 0.0109 7.810 5.19 14.50 -9.31 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.3695 0.6305 0.0000 0 0 0.7995 0.2005 0.0000
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 855 195 660 186 0 6 0 3 0 0 660 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 31.500 0.42 1.33 -0.91 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4542 0.5458 0.0000 0 0 0.9301 0.0699 0.0000 0 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 440 122 318 0 0 3 0 119 0 0 316 0 2 0.0000 0.0000 0.0063 39.667 1.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 501 107 394 0 0 17 0 90 0 0 377 2 15 0.0000 0.0000 0.0431 5.294 9.21 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0636 0.9364 2 2 0.0000 0.0669 0.9331 2 2 0.0000 0.0716 0.9284
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1619 315 1304 154 0 4 0 157 0 0 1303 0 1 0.4889 0.0000 0.0008 77.750 0.62 3.14 -2.52 60 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1652 0.5895 0.2453 1 1 0.1694 0.5828 0.2478 1 1 0.1749 0.5745 0.2507
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 583 167 416 135 4 20 0 8 0 1 415 0 0 0.8084 0.0000 0.0024 7.250 0.63 3.12 -2.50 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1318 0.8682 0.0000 0 0 0.5956 0.4044 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 316 108 208 103 0 3 0 2 0 0 208 0 0 0.9537 0.0000 0.0000 35.000 0.15 4.50 -4.35 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3378 0.6622 0.0000 0 0 0.7693 0.2307 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 823 211 612 195 0 10 0 6 0 0 612 0 0 0.9242 0.0000 0.0000 20.100 0.20 3.00 -2.80 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 0 0.6904 0.3096 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 366 129 237 57 0 23 0 49 0 0 236 1 0 0.4419 0.0000 0.0042 4.609 0.61 5.39 -4.77 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3214 0.5179 0.1607 1 1 0.3195 0.5166 0.1640 1 1 0.3167 0.5148 0.1684
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 313 117 196 104 0 11 0 2 0 0 196 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 9.636 0.16 5.00 -4.84 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3434 0.6566 0.0000 0 0 0.7736 0.2264 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 512 97 415 50 0 8 0 39 0 0 407 0 8 0.5155 0.0000 0.0193 11.125 0.84 7.62 -6.78 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2714 0.5269 0.2017 1 1 0.2712 0.5248 0.2039 1 1 0.2709 0.5223 0.2068
chr17 75616380 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 1520 337 1183 223 3 90 2 19 1 1 1181 0 0 0.6617 0.0008 0.0017 2.744 0.59 3.26 -2.67 147 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0883 0.9117 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2107 524 1583 418 15 68 1 22 3 3 1573 2 2 0.7977 0.0019 0.0063 6.676 1.23 3.09 -1.86 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.7291 0.2709 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2068 524 1544 449 14 33 8 20 11 4 1422 11 96 0.8569 0.0071 0.0790 15.677 1.49 4.20 -2.71 25 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 264 108 156 90 0 12 0 6 0 0 155 0 1 0.8333 0.0000 0.0064 8.000 0.26 5.17 -4.91 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0791 0.9209 0.0000 0 1 0.3909 0.6091 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 991 175 816 78 0 13 2 82 0 0 815 1 0 0.4457 0.0000 0.0012 12.462 0.45 5.22 -4.77 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1564 0.5354 0.3082 1 1 0.1600 0.5327 0.3072 1 1 0.1648 0.5294 0.3058
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 528 125 403 2 0 3 1 119 0 0 391 0 12 0.0160 0.0000 0.0298 40.667 0.00 3.26 -3.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4858 0.5142 2 2 0.0000 0.1279 0.8721 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.050 1 4 3 412 99 313 55 0 2 0 42 0 0 304 0 9 0.5556 0.0000 0.0288 48.500 0.40 3.98 -3.58 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2824 0.5275 0.1901 1 1 0.2819 0.5254 0.1927 1 1 0.2811 0.5228 0.1961
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 265 72 193 65 4 1 0 2 0 0 193 0 0 0.9028 0.0000 0.0000 70.000 0.65 1.00 -0.35 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2534 0.7466 0.0000 0 0 0.6917 0.3083 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 321 132 189 0 0 11 1 120 0 0 184 0 5 0.0000 0.0000 0.0265 12.000 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 337 151 186 0 0 7 0 144 0 0 184 0 2 0.0000 0.0000 0.0108 20.571 3.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 540 125 415 3 0 8 0 114 0 0 414 0 1 0.0240 0.0000 0.0024 14.625 0.00 9.41 -9.41 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8812 0.1188 2 2 0.0000 0.3031 0.6969 2 2 0.0000 0.1622 0.8378
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 224 134 90 0 0 4 1 129 0 0 90 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 32.500 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0366 0.9634 2 2 0.0000 0.0389 0.9611 2 2 0.0000 0.0425 0.9575
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 581 120 461 8 0 2 0 110 0 0 456 0 5 0.0667 0.0000 0.0108 59.000 0.12 3.33 -3.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9246 0.0754 2 1 0.0000 0.5538 0.4462
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 167 70 97 0 0 2 0 68 0 0 95 0 2 0.0000 0.0000 0.0206 34.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1466 0.8534 2 2 0.0000 0.1511 0.8489 2 2 0.0000 0.1574 0.8426
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 140 80 60 44 3 4 0 29 0 0 58 0 2 0.5500 0.0000 0.0333 19.000 0.05 2.93 -2.89 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4538 0.4528 0.0934 1 1 0.4465 0.4559 0.0976 1 1 0.4366 0.4600 0.1034
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 282 74 208 66 0 5 0 3 2 1 205 0 0 0.8919 0.0096 0.0144 13.800 0.47 0.67 -0.20 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0447 0.9553 0.0000 0 1 0.4285 0.5715 0.0000 0 0 0.6325 0.3675 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 361 121 240 47 0 14 2 58 0 0 239 0 1 0.3884 0.0000 0.0042 7.643 0.45 3.64 -3.19 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.4781 0.4164 1 1 0.1097 0.4795 0.4108 1 1 0.1154 0.4813 0.4032
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 569 260 309 98 5 38 7 112 0 3 305 1 0 0.3769 0.0000 0.0129 6.636 1.63 5.28 -3.64 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1804 0.6114 0.2082 1 1 0.1877 0.6068 0.2055 1 1 0.1976 0.6008 0.2016
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 556 115 441 54 0 0 0 61 0 0 439 0 2 0.4696 0.0000 0.0045 115.000 0.50 5.16 -4.66 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2229 0.5610 0.2161 1 1 0.2281 0.5583 0.2136 1 1 0.2350 0.5547 0.2104
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 468 91 377 41 0 3 0 47 0 0 377 0 0 0.4505 0.0000 0.0000 29.333 0.68 3.30 -2.61 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3526 0.5822 0.0652 1 1 0.3572 0.5783 0.0645 1 1 0.3631 0.5732 0.0637
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 332 83 249 48 0 5 2 28 0 0 246 0 3 0.5783 0.0000 0.0120 15.600 0.48 19.43 -18.95 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5766 0.3872 0.0362 1 0 0.5707 0.3914 0.0380 1 0 0.5627 0.3969 0.0404
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 142 51 91 4 0 3 1 43 0 0 90 0 1 0.0784 0.0000 0.0110 16.000 0.75 4.79 -4.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.9402 0.0598 2 1 0.0000 0.8322 0.1678
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 245 83 162 0 0 11 3 69 0 0 155 2 5 0.0000 0.0000 0.0432 6.545 12.59 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4479 0.5521 2 2 0.0000 0.4578 0.5422 2 2 0.0000 0.4714 0.5286
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 245 84 161 1 0 15 1 67 0 0 150 0 11 0.0119 0.0000 0.0683 4.533 0.00 12.48 -12.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7432 0.2568 2 1 0.0000 0.5361 0.4639 2 2 0.0000 0.4756 0.5244
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 739 154 585 69 1 29 3 52 0 0 584 0 1 0.4481 0.0000 0.0017 4.310 0.35 3.33 -2.98 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5831 0.3929 0.0239 1 0 0.5788 0.3961 0.0251 1 0 0.5729 0.4004 0.0267
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 596 152 444 5 0 7 0 140 0 0 434 1 9 0.0329 0.0000 0.0225 20.714 0.20 11.06 -10.86 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.6289 0.3711 2 2 0.0000 0.2994 0.7006
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.050 1 -3 2 509 114 395 60 0 1 1 52 0 0 394 0 1 0.5263 0.0000 0.0025 113.000 1.48 3.17 -1.69 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5378 0.4611 0.0011 1 0 0.5376 0.4613 0.0011 1 0 0.5371 0.4618 0.0011
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 773 271 502 9 0 44 113 105 0 0 492 7 3 0.0332 0.0000 0.0199 5.159 1.00 3.43 -2.43 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7392 0.2608 2 2 0.0000 0.1894 0.8106
chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.050 1 -6 1 773 276 497 13 4 142 1 116 0 0 490 0 7 0.0471 0.0000 0.0141 0.942 0.85 6.26 -5.41 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9915 0.0085
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 370 128 242 46 1 24 0 57 0 0 237 0 5 0.3594 0.0000 0.0207 4.292 0.80 6.65 -5.84 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1540 0.5383 0.3077 1 1 0.1601 0.5381 0.3018 1 1 0.1683 0.5377 0.2940
chr19 13208877 G GGGT 0.007683 0.050 1 3 5 607 186 421 12 75 28 2 69 0 0 418 0 3 0.0645 0.0000 0.0071 5.852 0.83 4.51 -3.67 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5733 0.4251 0.0016 1 0 0.5721 0.4262 0.0017 1 0 0.5703 0.4279 0.0018
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 528 97 431 0 0 6 0 91 0 0 430 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 15.167 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 333 74 259 0 3 14 18 39 0 1 258 0 0 0.0000 0.0000 0.0039 8.143 5.38 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.8454 0.1546 2 1 0.0000 0.7917 0.2083 2 1 0.0000 0.7500 0.2500
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 331 72 259 0 4 7 14 47 0 1 258 0 0 0.0000 0.0000 0.0039 20.667 4.64 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 1 0.0000 0.9576 0.0424 2 1 0.0000 0.8916 0.1084
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 108 38 70 21 0 1 0 16 0 0 70 0 0 0.5526 0.0000 0.0000 37.000 0.57 4.44 -3.87 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4562 0.4707 0.0731 1 1 0.4543 0.4715 0.0742 1 1 0.4517 0.4727 0.0756
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 1433 327 1106 0 0 10 6 311 0 0 1030 12 64 0.0000 0.0000 0.0687 39.625 2.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 317 86 231 2 0 19 4 61 0 0 228 0 3 0.0233 0.0000 0.0130 3.474 0.50 3.46 -2.96 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4850 0.5150 2 2 0.0000 0.1246 0.8754 2 2 0.0000 0.0763 0.9237
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 569 151 418 61 0 5 0 85 0 0 416 0 2 0.4040 0.0000 0.0048 29.200 0.28 3.12 -2.84 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0181 0.3032 0.6787 1 2 0.0197 0.3102 0.6701 1 2 0.0220 0.3197 0.6582
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 386 168 218 106 0 22 0 40 0 0 193 0 25 0.6310 0.0000 0.1147 6.636 0.31 24.43 -24.11 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8349 0.1623 0.0029 1 0 0.8259 0.1708 0.0033 1 0 0.8132 0.1828 0.0040
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.050 1 4 5 818 160 658 156 0 1 0 3 0 0 657 0 1 0.9750 0.0000 0.0015 159.000 0.38 5.00 -4.62 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3152 0.6848 0.0000 0 0 0.9528 0.0472 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.050 1 -1 2 821 167 654 159 2 2 1 3 0 0 653 0 1 0.9521 0.0000 0.0015 81.500 0.35 5.00 -4.65 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3304 0.6696 0.0000 0 0 0.9553 0.0447 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 211 27 184 0 0 1 24 2 0 0 184 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1273 0.8727 2 2 0.0000 0.1288 0.8712 2 2 0.0000 0.1308 0.8692
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 211 26 185 0 0 12 13 1 0 0 185 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 1.125 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1471 0.8529 2 2 0.0000 0.1483 0.8517 2 2 0.0000 0.1500 0.8500
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 458 137 321 132 1 1 0 3 0 0 321 0 0 0.9635 0.0000 0.0000 136.000 0.42 7.00 -6.58 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2293 0.7707 0.0000 0 0 0.8341 0.1659 0.0000 0 0 0.9177 0.0823 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 495 147 348 0 0 3 0 144 0 0 346 0 2 0.0000 0.0000 0.0057 48.000 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0154 0.9846 2 2 0.0000 0.0170 0.9830
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 564 155 409 86 0 1 4 64 0 0 406 2 1 0.5548 0.0000 0.0073 154.000 0.52 3.44 -2.91 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5864 0.3912 0.0224 1 0 0.5823 0.3942 0.0235 1 0 0.5766 0.3983 0.0252
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1304 453 851 370 0 78 0 5 0 0 849 0 2 0.8168 0.0000 0.0024 4.808 0.40 7.00 -6.60 162 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1155 0.8845 0.0000 0 0 0.9893 0.0107 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 377 71 306 36 0 7 0 28 0 0 304 0 2 0.5070 0.0000 0.0065 9.143 2.33 6.11 -3.77 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4941 0.4620 0.0438 1 0 0.4924 0.4629 0.0447 1 0 0.4901 0.4641 0.0458
chr19 48077775 TG T 0.019136 0.050 1 -1 1 85 39 46 36 0 1 0 2 0 0 46 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 38.000 0.28 1.50 -1.22 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8341 0.1659 0.0000 0 0 0.9705 0.0295 0.0000 0 0 0.9830 0.0170 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 928 254 674 95 20 49 5 85 0 1 671 1 1 0.3740 0.0000 0.0045 4.229 2.79 3.68 -0.89 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5791 0.3846 0.0363 1 0 0.5717 0.3892 0.0391 1 0 0.5616 0.3954 0.0430
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 938 233 705 95 2 42 5 89 0 0 699 0 6 0.4077 0.0000 0.0085 4.524 0.61 3.22 -2.61 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2724 0.5679 0.1597 1 1 0.2762 0.5632 0.1606 1 1 0.2811 0.5572 0.1617
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 511 139 372 103 0 32 0 4 0 0 371 1 0 0.7410 0.0000 0.0027 3.452 1.20 7.75 -6.55 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0188 0.9812 0.0000 0 0 0.5075 0.4925 0.0000 0 0 0.7795 0.2205 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 626 120 506 3 0 3 51 63 0 0 496 8 2 0.0250 0.0000 0.0198 39.000 0.00 3.19 -3.19 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8194 0.1806 2 2 0.0000 0.2129 0.7871 2 2 0.0000 0.1081 0.8919
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 626 123 503 1 1 9 61 51 0 0 495 1 7 0.0081 0.0000 0.0159 12.556 0.00 3.10 -3.10 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5963 0.4037 2 2 0.0000 0.2655 0.7345 2 2 0.0000 0.1896 0.8104
chr19 50481874 T TG 0.019409 0.050 1 1 2 299 89 210 82 0 2 0 5 0 0 210 0 0 0.9213 0.0000 0.0000 43.500 0.30 1.00 -0.70 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1182 0.8818 0.0000 0 0 0.9327 0.0673 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000
chr19 51354360 T TG 0.039193 0.050 1 1 2 520 127 393 111 1 9 0 6 0 0 393 0 0 0.8740 0.0000 0.0000 13.111 0.16 1.00 -0.84 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0255 0.9745 0.0000 0 0 0.8779 0.1221 0.0000 0 0 0.9749 0.0251 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 486 137 349 62 1 3 1 70 0 0 347 0 2 0.4526 0.0000 0.0057 67.000 0.89 2.81 -1.93 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0876 0.4822 0.4302 1 1 0.0903 0.4821 0.4276 1 1 0.0940 0.4820 0.4240
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 204 83 121 39 0 1 0 43 0 0 121 0 0 0.4699 0.0000 0.0000 82.000 0.46 2.16 -1.70 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1031 0.4994 0.3975 1 1 0.1045 0.4986 0.3969 1 1 0.1064 0.4977 0.3959
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 446 132 314 67 0 2 0 63 0 1 313 0 0 0.5076 0.0000 0.0032 65.000 0.19 2.14 -1.95 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3493 0.5186 0.1321 1 1 0.3489 0.5166 0.1345 1 1 0.3482 0.5142 0.1376
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 519 144 375 76 0 4 1 63 0 0 372 0 3 0.5278 0.0000 0.0080 35.000 0.14 3.43 -3.28 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3990 0.4973 0.1037 1 1 0.3968 0.4965 0.1068 1 1 0.3937 0.4955 0.1108
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1397 311 1086 1 0 4 0 306 0 1 1078 0 7 0.0032 0.0000 0.0074 76.750 0.00 3.37 -3.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 755 220 535 85 0 28 5 102 0 0 534 0 1 0.3864 0.0000 0.0019 8.304 0.16 1.56 -1.39 49 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0243 0.3366 0.6391 1 2 0.0264 0.3428 0.6308 1 2 0.0295 0.3510 0.6195
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.050 1 1 1 763 206 557 187 0 1 0 18 0 0 550 1 6 0.9078 0.0000 0.0126 205.000 1.13 3.33 -2.20 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 0 0.7926 0.2074 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 654 123 531 48 0 6 0 69 0 0 530 0 1 0.3902 0.0000 0.0019 19.500 0.33 3.48 -3.14 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0672 0.4272 0.5056 1 2 0.0717 0.4324 0.4959 1 2 0.0780 0.4390 0.4830
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 359 96 263 0 0 11 0 85 0 0 253 0 10 0.0000 0.0000 0.0380 7.727 8.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0836 0.9164 2 2 0.0000 0.0873 0.9127 2 2 0.0000 0.0928 0.9072
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 576 132 444 0 0 19 0 113 0 0 412 0 32 0.0000 0.0000 0.0721 5.947 18.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr19 55359476 GGCTGGGGCCTTCTGGGATGGAGCAGGTACA G 0.000459 0.050 1 -30 1 700 202 498 180 5 12 1 4 0 0 498 0 0 0.8911 0.0000 0.0000 15.667 0.43 1.00 -0.57 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 453 94 359 44 0 3 0 47 0 0 358 0 1 0.4681 0.0000 0.0028 30.333 0.36 3.53 -3.17 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1762 0.5196 0.3042 1 1 0.1785 0.5180 0.3035 1 1 0.1815 0.5159 0.3025
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 119 44 75 1 0 4 0 39 0 0 75 0 0 0.0227 0.0000 0.0000 10.000 1.00 2.92 -1.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8065 0.1935 2 1 0.0000 0.6183 0.3817 2 1 0.0000 0.5531 0.4469
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 120 55 65 2 0 0 0 53 0 0 63 0 2 0.0364 0.0000 0.0308 55.000 0.50 1.25 -0.75 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9238 0.0762 2 1 0.0000 0.6456 0.3544 2 1 0.0000 0.5115 0.4885
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 150 73 77 46 1 10 1 15 0 0 67 0 10 0.6301 0.0000 0.1299 6.200 1.43 9.80 -8.37 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6598 0.3201 0.0201 1 0 0.6518 0.3267 0.0215 1 0 0.6409 0.3356 0.0235
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 319 99 220 96 0 1 0 2 0 0 220 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 98.000 0.05 4.50 -4.45 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7037 0.2963 0.0000 0 0 0.9397 0.0603 0.0000 0 0 0.9635 0.0365 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 319 143 176 74 0 1 0 68 0 0 176 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 142.000 0.20 2.10 -1.90 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2701 0.5410 0.1889 1 1 0.2692 0.5383 0.1926 1 1 0.2678 0.5348 0.1974
chr20 187984 G GT 0.028509 0.050 1 1 1 216 76 140 41 0 3 1 31 0 0 140 0 0 0.5395 0.0000 0.0000 24.000 0.12 1.48 -1.36 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5827 0.4105 0.0067 1 0 0.5799 0.4132 0.0069 1 0 0.5760 0.4168 0.0072
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 410 117 293 55 0 13 1 48 0 1 288 0 4 0.4701 0.0000 0.0171 7.923 0.76 3.77 -3.01 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4771 0.4960 0.0268 1 1 0.4778 0.4950 0.0272 1 1 0.4785 0.4938 0.0277
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 271 102 169 4 0 0 2 96 0 0 165 0 4 0.0392 0.0000 0.0237 102.000 0.00 8.69 -8.69 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9884 0.0116 2 1 0.0000 0.6556 0.3444 2 2 0.0000 0.3846 0.6154
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 272 102 170 4 0 4 3 91 0 0 166 0 4 0.0392 0.0000 0.0235 24.500 0.00 8.77 -8.77 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9896 0.0104 2 1 0.0000 0.6797 0.3203 2 2 0.0000 0.4098 0.5902
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 272 91 181 4 0 2 0 85 0 0 177 0 4 0.0440 0.0000 0.0221 44.500 0.00 8.20 -8.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9923 0.0077 2 1 0.0000 0.7408 0.2592 2 2 0.0000 0.4816 0.5184
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 175 77 98 43 0 2 0 32 0 0 98 0 0 0.5584 0.0000 0.0000 37.500 0.21 1.06 -0.85 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3118 0.5186 0.1696 1 1 0.3073 0.5184 0.1744 1 1 0.3013 0.5180 0.1807
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 654 158 496 77 0 5 0 76 0 1 490 0 5 0.4873 0.0000 0.0121 30.600 0.14 6.14 -6.00 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2145 0.5494 0.2361 1 1 0.2175 0.5458 0.2367 1 1 0.2214 0.5413 0.2373
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 451 151 300 142 2 1 0 6 0 0 299 0 1 0.9404 0.0000 0.0033 150.000 0.74 2.67 -1.93 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1452 0.8548 0.0000 0 0 0.5501 0.4499 0.0000
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 226 59 167 4 1 25 0 29 0 0 164 0 3 0.0678 0.0000 0.0180 1.360 3.00 8.38 -5.38 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9962 0.0037 2 1 0.0000 0.8913 0.1087 2 1 0.0000 0.6706 0.3294
chr20 35226927 A AGCGGTG 0.019389 0.050 1 6 1 233 99 134 55 0 9 0 35 0 1 132 0 1 0.5556 0.0000 0.0149 10.000 1.00 7.09 -6.09 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7003 0.2978 0.0019 1 0 0.6940 0.3039 0.0021 1 0 0.6855 0.3123 0.0022
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 142 62 80 32 0 2 0 28 0 0 79 0 1 0.5161 0.0000 0.0125 30.000 0.72 1.14 -0.42 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4711 0.4883 0.0406 1 1 0.4708 0.4881 0.0411 1 1 0.4704 0.4879 0.0417
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 483 140 343 77 2 1 0 60 0 0 342 0 1 0.5500 0.0000 0.0029 138.000 0.27 3.07 -2.79 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3977 0.4969 0.1054 1 1 0.3907 0.4985 0.1108 1 1 0.3813 0.5005 0.1182
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 891 283 608 1 0 35 16 231 0 0 604 0 4 0.0035 0.0000 0.0066 7.057 0.00 3.12 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 490 218 272 185 4 17 3 9 0 0 272 0 0 0.8486 0.0000 0.0000 11.824 0.29 2.89 -2.60 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0808 0.9192 0.0000 0 0 0.6930 0.3070 0.0000
chr20 56472382 CAAG C 0.000378 0.050 1 -3 6 153 91 62 59 0 1 0 31 0 0 62 0 0 0.6484 0.0000 0.0000 90.000 0.17 3.39 -3.22 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7827 0.2173 0.0000 1 0 0.7749 0.2251 0.0000 1 0 0.7642 0.2358 0.0000
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 379 90 289 77 0 9 0 4 0 0 289 0 0 0.8556 0.0000 0.0000 9.000 0.40 3.25 -2.85 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0341 0.9659 0.0000 0 0 0.6165 0.3835 0.0000 0 0 0.8329 0.1671 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 223 41 182 0 0 9 2 30 0 0 173 1 8 0.0000 0.0000 0.0495 4.000 6.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 228 106 122 56 0 1 0 49 0 0 122 0 0 0.5283 0.0000 0.0000 105.000 0.05 2.35 -2.29 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1973 0.5556 0.2470 1 1 0.1956 0.5529 0.2515 1 1 0.1933 0.5493 0.2574
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 701 146 555 61 0 4 0 81 0 0 547 0 8 0.4178 0.0000 0.0144 35.500 0.46 5.25 -4.79 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0366 0.3576 0.6059 1 2 0.0399 0.3652 0.5949 1 2 0.0448 0.3753 0.5799
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 583 186 397 98 0 4 1 83 0 0 392 0 5 0.5269 0.0000 0.0126 45.500 0.39 5.10 -4.71 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4637 0.4813 0.0550 1 1 0.4629 0.4803 0.0568 1 1 0.4615 0.4793 0.0592
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 728 184 544 88 2 17 0 77 1 0 541 1 1 0.4783 0.0018 0.0055 9.765 1.24 14.78 -13.54 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5126 0.4443 0.0431 1 0 0.5099 0.4452 0.0449 1 0 0.5061 0.4465 0.0473
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 210 91 119 3 0 4 0 84 0 0 119 0 0 0.0330 0.0000 0.0000 21.750 0.33 2.92 -2.58 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9229 0.0771 2 2 0.0000 0.4088 0.5912 2 2 0.0000 0.2316 0.7684
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 312 50 262 0 0 1 1 48 0 0 262 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 48.000 2.69 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 863 173 690 158 1 11 0 3 0 0 689 1 0 0.9133 0.0000 0.0014 14.636 0.20 3.00 -2.80 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6876 0.3124 0.0000 0 0 0.9832 0.0168 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1025 179 846 4 5 3 8 159 0 0 836 4 6 0.0223 0.0000 0.0118 57.000 0.75 3.16 -2.41 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9782 0.0218 2 2 0.0000 0.2719 0.7281 2 2 0.0000 0.0761 0.9239
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1027 178 849 4 4 7 12 151 0 0 840 4 5 0.0225 0.0000 0.0106 33.400 0.75 3.32 -2.57 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9565 0.0435 2 2 0.0000 0.2108 0.7892 2 2 0.0000 0.0654 0.9346
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 592 121 471 52 1 22 0 46 13 9 437 1 11 0.4298 0.0276 0.0722 4.455 2.00 13.24 -11.24 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5928 0.3787 0.0285 1 0 0.5871 0.3827 0.0302 1 0 0.5795 0.3881 0.0324
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 538 112 426 7 0 6 1 98 0 0 421 0 5 0.0625 0.0000 0.0117 17.667 2.29 11.87 -9.58 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8749 0.1251 2 2 0.0000 0.4857 0.5143
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 312 138 174 1 0 18 0 119 0 0 174 0 0 0.0072 0.0000 0.0000 6.667 2.00 7.98 -5.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr21 45505226 C CGGCCCCCCA 0.000422 0.050 1 9 3 373 91 282 38 3 23 0 27 0 0 280 0 2 0.4176 0.0000 0.0071 2.913 0.58 6.93 -6.35 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6209 0.3791 0.0001 1 0 0.6171 0.3828 0.0001 1 0 0.6121 0.3878 0.0001
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 469 177 292 63 3 26 0 85 0 0 286 1 5 0.3559 0.0000 0.0205 5.808 0.32 3.08 -2.76 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0789 0.4830 0.4381 1 1 0.0847 0.4875 0.4278 1 1 0.0929 0.4932 0.4139
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 179 101 78 45 0 5 0 51 0 0 76 0 2 0.4455 0.0000 0.0256 19.200 0.22 3.02 -2.80 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2564 0.5649 0.1787 1 1 0.2613 0.5619 0.1767 1 1 0.2679 0.5581 0.1740
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 673 127 546 3 0 40 1 83 0 0 528 1 17 0.0236 0.0000 0.0330 2.175 0.67 13.34 -12.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5894 0.4106 2 2 0.0000 0.0772 0.9228 2 2 0.0000 0.0356 0.9644
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 670 214 456 101 2 4 1 106 0 0 456 0 0 0.4720 0.0000 0.0000 52.500 0.32 3.66 -3.34 65 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2152 0.5684 0.2164 1 1 0.2192 0.5637 0.2171 1 1 0.2245 0.5577 0.2179
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 579 177 402 78 0 8 0 91 0 0 402 0 0 0.4407 0.0000 0.0000 24.143 0.36 2.25 -1.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1152 0.5107 0.3742 1 1 0.1196 0.5099 0.3705 1 1 0.1256 0.5089 0.3655
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 428 207 221 167 0 34 0 6 0 0 219 0 2 0.8068 0.0000 0.0090 5.088 0.57 6.17 -5.59 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4798 0.5202 0.0000 0 0 0.8980 0.1020 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 439 76 363 2 0 4 1 69 0 0 363 0 0 0.0263 0.0000 0.0000 18.000 2.00 9.93 -7.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7804 0.2196 2 2 0.0000 0.3484 0.6516 2 2 0.0000 0.2368 0.7632
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 898 324 574 165 0 10 3 146 0 0 564 2 8 0.5093 0.0000 0.0174 34.889 1.15 3.71 -2.55 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3057 0.5743 0.1200 1 1 0.3078 0.5683 0.1239 1 1 0.3101 0.5608 0.1290
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 309 133 176 79 1 1 0 52 0 0 165 0 11 0.5940 0.0000 0.0625 131.000 0.25 23.60 -23.34 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5426 0.4103 0.0471 1 0 0.5367 0.4136 0.0497 1 0 0.5288 0.4180 0.0532
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 337 167 170 88 0 20 0 59 0 0 162 0 8 0.5269 0.0000 0.0471 7.350 0.27 7.44 -7.17 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5833 0.3789 0.0379 1 0 0.5758 0.3837 0.0405 1 0 0.5656 0.3902 0.0442
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 208 91 117 2 0 14 0 75 0 0 113 0 4 0.0220 0.0000 0.0342 5.500 1.00 4.52 -3.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8775 0.1225 2 1 0.0000 0.5199 0.4801 2 2 0.0000 0.3874 0.6126
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 303 136 167 54 0 1 0 81 0 0 164 0 3 0.3971 0.0000 0.0180 135.000 0.33 2.98 -2.64 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0152 0.2709 0.7139 1 2 0.0168 0.2793 0.7039 1 2 0.0191 0.2906 0.6903
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 471 157 314 81 0 8 2 66 0 0 314 0 0 0.5159 0.0000 0.0000 18.625 0.19 3.06 -2.88 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5194 0.4340 0.0466 1 0 0.5157 0.4357 0.0487 1 0 0.5106 0.4380 0.0514
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1450 313 1137 160 0 2 0 151 10 0 1108 0 19 0.5112 0.0088 0.0255 155.500 7.00 10.68 -3.68 58 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2793 0.6023 0.1183 1 1 0.2846 0.5948 0.1206 1 1 0.2913 0.5853 0.1234
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 870 343 527 288 1 4 0 50 0 0 527 0 0 0.8397 0.0000 0.0000 84.500 0.16 2.70 -2.54 142 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1035 237 798 120 2 23 0 92 0 1 756 0 41 0.5063 0.0000 0.0526 9.261 0.85 12.50 -11.65 40 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2164 0.6247 0.1590 1 1 0.2237 0.6184 0.1579 1 1 0.2334 0.6102 0.1564
629 rows