File Info

Filename
HG03540_x_HG03579_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG03540_x_HG03579_FF_10.features.tsv
Size
170.4 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 366 142 224 76 2 11 0 53 0 0 221 0 3 0.5352 0.0000 0.0134 11.909 0.07 3.02 -2.95 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6902 0.3010 0.0088 1 0 0.6819 0.3078 0.0103 1 0 0.6699 0.3174 0.0126
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 626 210 416 2 69 38 71 30 0 0 413 3 0 0.0095 0.0000 0.0072 4.486 2.50 3.17 -0.67 2 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0005 0.0991 0.9004 1 2 0.0007 0.1067 0.8926 1 2 0.0010 0.1178 0.8812
chr1 6469122 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 2 629 213 416 65 5 65 0 78 0 0 413 0 3 0.3052 0.0000 0.0072 2.266 1.18 5.54 -4.35 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0526 0.5794 0.3680 1 1 0.0571 0.5727 0.3702 1 1 0.0634 0.5643 0.3723
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 520 127 393 49 1 12 0 65 0 0 390 0 3 0.3858 0.0000 0.0076 9.500 0.49 3.20 -2.71 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0168 0.3633 0.6199 1 2 0.0191 0.3685 0.6124 1 2 0.0225 0.3757 0.6018
chr1 11767056 GAC G 0.500000 0.100 1 -2 1 507 117 390 111 1 2 0 3 0 0 390 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 57.500 0.69 5.00 -4.31 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2774 0.7226 0.0000 0 0 0.9166 0.0834 0.0000 0 0 0.9709 0.0291 0.0000
chr1 13116317 GACA G 0.500000 0.100 1 -3 2 922 222 700 205 0 9 0 8 0 0 698 0 2 0.9234 0.0000 0.0029 23.667 0.15 3.25 -3.10 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3994 0.6006 0.0000 0 0 0.9715 0.0285 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 933 154 779 130 0 5 1 18 0 0 777 0 2 0.8442 0.0000 0.0026 29.800 0.18 3.39 -3.21 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000
chr1 22953362 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 685 186 499 170 0 6 0 10 0 0 499 0 0 0.9140 0.0000 0.0000 30.000 0.68 2.70 -2.02 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1038 0.8962 0.0000 0 0 0.8619 0.1381 0.0000
chr1 27549006 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 716 128 588 120 1 1 0 6 0 0 588 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 127.000 0.20 4.00 -3.80 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.4151 0.5849 0.0000 0 0 0.8830 0.1170 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 379 163 216 11 1 13 0 138 0 0 214 0 2 0.0675 0.0000 0.0093 11.538 0.00 3.07 -3.07 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.7107 0.2893
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.100 1 -3 1 764 154 610 140 0 10 0 4 0 0 610 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 14.400 0.19 2.25 -2.06 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1475 0.8525 0.0000 0 0 0.9390 0.0610 0.0000 0 0 0.9856 0.0144 0.0000
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 347 115 232 97 0 7 0 11 0 0 232 0 0 0.8435 0.0000 0.0000 15.429 0.28 3.18 -2.90 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0868 0.9132 0.0000
chr1 46533306 GAGCGCCAGCACCAGC G 0.500000 0.100 1 -15 2 599 134 465 87 0 8 0 39 0 0 460 0 5 0.6493 0.0000 0.0108 15.750 0.60 14.23 -13.63 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9490 0.0508 0.0002 1 0 0.9430 0.0568 0.0003 1 0 0.9339 0.0657 0.0004
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 666 145 521 0 1 17 0 127 0 0 521 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.471 5.55 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 278 108 170 7 0 13 1 87 0 1 169 0 0 0.0648 0.0000 0.0059 7.308 1.57 3.40 -1.83 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9786 0.0214 2 1 0.0000 0.6771 0.3229
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 550 129 421 74 0 19 0 36 0 0 420 0 1 0.5736 0.0000 0.0024 5.789 0.46 7.08 -6.62 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9185 0.0809 0.0006 1 0 0.9106 0.0887 0.0008 1 0 0.8987 0.1001 0.0011
chr1 55039879 ACTG A 0.500000 0.100 1 -3 2 485 155 330 118 0 16 1 20 0 0 328 0 2 0.7613 0.0000 0.0061 8.688 0.19 3.00 -2.81 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.100 1 6 2 410 133 277 117 0 12 0 4 0 0 275 0 2 0.8797 0.0000 0.0072 10.083 0.28 6.75 -6.47 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3671 0.6329 0.0000 0 0 0.8613 0.1387 0.0000
chr1 62207344 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 617 150 467 140 0 3 0 7 0 0 467 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 49.000 1.29 4.43 -3.14 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3868 0.6132 0.0000 0 0 0.9089 0.0911 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.100 1 6 1 291 89 202 45 0 6 0 38 0 0 201 1 0 0.5056 0.0000 0.0050 13.833 0.44 4.74 -4.29 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3434 0.5571 0.0995 1 1 0.3431 0.5526 0.1043 1 1 0.3422 0.5470 0.1108
chr1 84574315 C CGCAGCGCCA 0.500000 0.100 1 9 2 347 154 193 70 0 34 0 50 0 1 181 0 11 0.4545 0.0000 0.0622 3.529 8.73 7.54 1.19 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3889 0.5565 0.0546 1 1 0.3895 0.5514 0.0591 1 1 0.3896 0.5451 0.0653
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 347 172 175 69 0 32 0 71 0 0 174 0 1 0.4012 0.0000 0.0057 4.375 5.55 8.63 -3.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1221 0.6566 0.2213 1 1 0.1280 0.6454 0.2266 1 1 0.1357 0.6312 0.2332
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 480 149 331 134 0 12 0 3 0 0 330 0 1 0.8993 0.0000 0.0030 11.417 0.12 6.00 -5.88 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1130 0.8870 0.0000 0 0 0.9194 0.0806 0.0000 0 0 0.9808 0.0192 0.0000
chr1 92074651 C CCAT 0.500000 0.100 1 3 1 536 93 443 47 4 7 0 35 0 0 442 0 1 0.5054 0.0000 0.0023 12.143 1.40 3.40 -2.00 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5624 0.4063 0.0314 1 0 0.5549 0.4105 0.0346 1 0 0.5444 0.4163 0.0393
chr1 92182085 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 647 144 503 78 0 3 1 62 0 0 499 0 4 0.5417 0.0000 0.0080 47.000 0.29 3.53 -3.24 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4030 0.5515 0.0455 1 1 0.4040 0.5464 0.0496 1 1 0.4043 0.5402 0.0555
chr1 100152449 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 150 87 63 81 0 2 0 4 0 0 63 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 42.500 0.35 3.50 -3.15 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4469 0.5531 0.0000 0 0 0.7963 0.2037 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 189 90 99 0 0 3 1 86 0 0 99 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 29.000 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 420 103 317 61 0 4 1 37 0 0 311 1 5 0.5922 0.0000 0.0189 24.500 0.46 3.19 -2.73 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6102 0.3697 0.0201 1 0 0.6023 0.3751 0.0226 1 0 0.5912 0.3824 0.0264
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 724 159 565 78 0 20 1 60 0 0 565 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 6.950 0.92 14.15 -13.23 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5697 0.4113 0.0190 1 0 0.5649 0.4137 0.0215 1 0 0.5575 0.4172 0.0252
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 745 178 567 154 9 9 0 6 0 0 567 0 0 0.8652 0.0000 0.0000 18.556 5.51 3.00 2.51 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 0 0.8497 0.1503 0.0000 0 0 0.9826 0.0174 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 124 45 79 0 0 1 0 44 0 0 79 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 44.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0960 0.9040 2 2 0.0000 0.1000 0.9000 2 2 0.0000 0.1057 0.8943
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 269 99 170 37 3 12 3 44 0 0 170 0 0 0.3737 0.0000 0.0000 7.000 0.16 1.23 -1.07 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0908 0.5488 0.3604 1 1 0.0956 0.5449 0.3596 1 1 0.1020 0.5400 0.3580
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 229 79 150 0 0 11 0 68 0 0 131 0 19 0.0000 0.0000 0.1267 6.182 10.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr1 152776437 CAAGTGCCCCACACCG C 0.500000 0.100 1 -15 3 803 325 478 303 1 11 0 10 0 0 475 0 3 0.9323 0.0000 0.0063 28.455 0.27 13.00 -12.73 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7933 0.2067 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr1 152985344 GGAGCCCTGCCACCCCAAGGTGCCT G 0.500000 0.100 1 -24 2 484 194 290 96 0 29 1 68 0 0 275 0 15 0.4948 0.0000 0.0517 5.690 1.72 16.51 -14.80 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3932 0.5713 0.0356 1 1 0.3964 0.5643 0.0394 1 1 0.3994 0.5558 0.0448
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.100 1 6 2 715 237 478 117 0 18 1 101 0 0 470 0 8 0.4937 0.0000 0.0167 12.882 0.73 6.35 -5.62 85 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2402 0.7041 0.0557 1 1 0.2490 0.6900 0.0611 1 1 0.2596 0.6718 0.0686
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1169 317 852 136 2 49 3 127 0 0 829 2 21 0.4290 0.0000 0.0270 5.408 2.19 10.44 -8.25 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0187 0.6493 0.3320 1 1 0.0216 0.6360 0.3424 1 1 0.0259 0.6195 0.3547
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 488 219 269 115 0 13 2 89 0 0 267 1 1 0.5251 0.0000 0.0074 15.846 0.31 7.30 -6.99 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6101 0.3821 0.0078 1 0 0.6076 0.3832 0.0092 1 0 0.6030 0.3856 0.0114
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 887 238 649 85 1 67 0 85 1 2 633 0 13 0.3571 0.0015 0.0247 2.591 5.39 7.02 -1.64 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0536 0.6403 0.3061 1 1 0.0584 0.6297 0.3119 1 1 0.0652 0.6162 0.3186
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 205 81 124 43 1 0 1 36 0 0 123 0 1 0.5309 0.0000 0.0081 81.000 1.67 1.17 0.51 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3429 0.5559 0.1012 1 1 0.3425 0.5516 0.1060 1 1 0.3415 0.5461 0.1124
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 361 93 268 0 0 1 0 92 0 0 268 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 92.000 2.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr1 156913391 GTTCCAGGCCCGCTCT G 0.500000 0.100 1 -15 2 496 129 367 62 0 2 0 65 0 1 360 0 6 0.4806 0.0000 0.0191 63.500 0.77 13.74 -12.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0685 0.5897 0.3418 1 1 0.0733 0.5826 0.3441 1 1 0.0801 0.5737 0.3462
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 791 156 635 76 0 2 1 77 0 0 634 0 1 0.4872 0.0000 0.0016 77.000 0.16 1.34 -1.18 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1167 0.6718 0.2114 1 1 0.1228 0.6597 0.2174 1 1 0.1309 0.6443 0.2248
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.100 1 3 1 166 104 62 99 1 2 0 2 0 0 61 0 1 0.9519 0.0000 0.0161 50.500 0.11 4.50 -4.39 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1700 0.8300 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000 0 0 0.9485 0.0515 0.0000
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 317 88 229 46 0 5 0 37 0 0 229 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 16.600 0.54 1.11 -0.56 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4167 0.5132 0.0700 1 1 0.4139 0.5116 0.0745 1 1 0.4096 0.5096 0.0808
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 179 60 119 30 0 9 0 21 0 0 119 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 5.667 0.17 4.62 -4.45 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4504 0.4740 0.0756 1 1 0.4447 0.4753 0.0800 1 1 0.4368 0.4771 0.0861
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 398 177 221 81 0 36 0 60 0 0 209 0 12 0.4576 0.0000 0.0543 3.917 0.12 10.65 -10.53 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3444 0.5978 0.0578 1 1 0.3475 0.5899 0.0625 1 1 0.3508 0.5801 0.0691
chr1 223363360 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 2 310 147 163 122 2 19 0 4 0 0 163 0 0 0.8299 0.0000 0.0000 6.737 0.12 3.00 -2.88 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0713 0.9287 0.0000 0 0 0.8738 0.1262 0.0000 0 0 0.9692 0.0308 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 688 140 548 70 0 10 0 60 0 0 546 1 1 0.5000 0.0000 0.0036 13.000 0.44 8.12 -7.67 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3410 0.5893 0.0697 1 1 0.3431 0.5822 0.0746 1 1 0.3452 0.5734 0.0814
chr1 228408340 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 481 129 352 68 0 7 0 54 0 0 351 0 1 0.5271 0.0000 0.0028 17.429 0.21 2.94 -2.74 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4799 0.4836 0.0365 1 1 0.4771 0.4828 0.0401 1 1 0.4726 0.4822 0.0452
chr1 230978734 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 5 339 81 258 45 0 11 0 25 0 0 253 0 5 0.5556 0.0000 0.0194 6.364 0.67 6.56 -5.89 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5855 0.3843 0.0302 1 0 0.5768 0.3899 0.0334 1 0 0.5646 0.3974 0.0380
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 154 50 104 29 0 5 0 16 0 0 104 0 0 0.5800 0.0000 0.0000 9.000 0.03 2.94 -2.90 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5671 0.3898 0.0431 1 0 0.5572 0.3960 0.0468 1 0 0.5438 0.4041 0.0521
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 234 109 125 49 1 4 0 55 0 0 124 0 1 0.4495 0.0000 0.0080 26.000 0.16 1.11 -0.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0942 0.5842 0.3216 1 1 0.0992 0.5778 0.3230 1 1 0.1060 0.5697 0.3243
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 662 181 481 70 2 24 2 83 0 0 477 2 2 0.3867 0.0000 0.0083 6.542 0.24 3.24 -3.00 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0191 0.4452 0.5357 1 2 0.0217 0.4452 0.5331 1 2 0.0255 0.4458 0.5287
chr1 240207539 A ACCCCCT 0.500000 0.100 1 6 2 416 99 317 51 0 9 1 38 0 0 314 0 3 0.5152 0.0000 0.0095 9.889 2.29 5.66 -3.36 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4122 0.5213 0.0664 1 1 0.4100 0.5190 0.0709 1 1 0.4065 0.5163 0.0772
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 464 129 335 114 0 6 0 9 0 0 335 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 20.500 0.61 1.22 -0.62 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0203 0.9797 0.0000 0 1 0.4403 0.5597 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 656 174 482 82 1 2 0 89 0 0 477 0 5 0.4713 0.0000 0.0104 86.000 0.23 2.99 -2.76 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0419 0.5908 0.3673 1 1 0.0460 0.5829 0.3711 1 1 0.0519 0.5731 0.3750
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.100 1 -4 2 1123 265 858 144 9 18 79 15 0 0 844 5 9 0.5434 0.0000 0.0163 15.733 0.21 6.33 -6.12 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9318 0.0681 0.0001 1 0 0.9264 0.0734 0.0001 1 0 0.9182 0.0815 0.0002
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 946 218 728 198 0 4 0 16 0 0 728 0 0 0.9083 0.0000 0.0000 53.500 1.75 1.06 0.69 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.3413 0.6587 0.0000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 385 135 250 64 0 3 1 67 0 0 249 0 1 0.4741 0.0000 0.0040 44.000 1.08 4.40 -3.32 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1000 0.6305 0.2695 1 1 0.1055 0.6209 0.2736 1 1 0.1129 0.6088 0.2783
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 431 53 378 0 0 2 2 49 0 0 375 0 3 0.0000 0.0000 0.0079 25.500 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0601 0.9399 2 2 0.0000 0.0633 0.9367 2 2 0.0000 0.0680 0.9320
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.100 1 9 1 697 109 588 82 0 9 0 18 0 0 581 0 7 0.7523 0.0000 0.0119 11.111 0.15 9.61 -9.46 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9879 0.0121 0.0000 1 0 0.9159 0.0841 0.0000 0 1 0.0812 0.9188 0.0000
chr1 248522528 CAA C 0.500000 0.100 1 -2 3 586 150 436 145 0 2 0 3 0 0 436 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 74.000 0.32 1.67 -1.34 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6738 0.3262 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000
chr1 248626807 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 1 351 81 270 2 0 3 0 76 0 0 268 0 2 0.0247 0.0000 0.0074 26.000 0.00 2.74 -2.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6149 0.3851 2 2 0.0000 0.1460 0.8540 2 2 0.0000 0.0758 0.9242
chr1 248638622 CAGAT C 0.500000 0.100 1 -4 1 290 114 176 24 1 1 0 88 0 0 176 0 0 0.2105 0.0000 0.0000 113.000 0.75 9.84 -9.09 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0157 0.9843 2 1 0.0000 0.6517 0.3483 2 1 0.0000 0.9958 0.0042
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 291 109 182 27 0 5 0 77 0 0 182 0 0 0.2477 0.0000 0.0000 20.800 1.19 10.83 -9.65 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0229 0.9770 1 2 0.0001 0.0267 0.9732 1 2 0.0001 0.0676 0.9323
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 216 112 104 67 0 6 0 39 0 0 104 0 0 0.5982 0.0000 0.0000 17.667 0.13 3.69 -3.56 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8449 0.1527 0.0024 1 0 0.8355 0.1616 0.0029 1 0 0.8220 0.1742 0.0038
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 459 159 300 0 0 17 1 141 0 1 279 0 20 0.0000 0.0000 0.0700 8.353 8.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 547 200 347 97 0 12 0 91 0 1 344 0 2 0.4850 0.0000 0.0086 15.667 0.19 8.70 -8.52 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2929 0.6586 0.0484 1 1 0.3024 0.6456 0.0519 1 1 0.3142 0.6291 0.0567
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 425 101 324 39 0 16 2 44 0 0 318 0 6 0.3861 0.0000 0.0185 5.312 0.26 8.02 -7.77 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1270 0.7652 0.1078 1 1 0.1367 0.7581 0.1051 1 1 0.1504 0.7482 0.1014
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 201 55 146 0 0 1 0 54 0 0 145 0 1 0.0000 0.0000 0.0068 54.000 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0571 0.9429 2 2 0.0000 0.0603 0.9397 2 2 0.0000 0.0648 0.9352
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 350 103 247 52 0 11 0 40 0 0 245 0 2 0.5049 0.0000 0.0081 8.364 0.56 2.90 -2.34 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4320 0.5085 0.0595 1 1 0.4292 0.5069 0.0638 1 1 0.4249 0.5052 0.0699
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.100 1 -3 3 426 118 308 62 0 10 0 46 0 0 304 0 4 0.5254 0.0000 0.0130 10.800 0.44 2.65 -2.22 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4658 0.4911 0.0432 1 1 0.4628 0.4902 0.0470 1 1 0.4582 0.4893 0.0525
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.100 1 -3 1 216 100 116 60 0 8 0 32 0 0 116 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 11.500 0.10 3.12 -3.02 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8336 0.1632 0.0032 1 0 0.8228 0.1733 0.0040 1 0 0.8073 0.1876 0.0052
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 556 60 496 36 4 12 0 8 3 4 488 0 1 0.6000 0.0060 0.0161 3.833 3.28 5.50 -2.22 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0291 0.9709 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 420 192 228 147 3 16 1 25 0 0 228 0 0 0.7656 0.0000 0.0000 10.938 0.98 3.08 -2.10 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr2 70984816 TGCCCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 688 163 525 96 0 2 0 65 0 0 524 0 1 0.5890 0.0000 0.0019 80.500 1.04 6.69 -5.65 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8137 0.1841 0.0021 1 0 0.8049 0.1924 0.0026 1 0 0.7922 0.2043 0.0035
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 538 136 402 1 1 21 73 40 0 0 396 3 3 0.0074 0.0000 0.0149 5.700 0.00 3.65 -3.65 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0313 0.9687 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0077 0.9923
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 539 140 399 5 1 55 4 75 0 0 396 0 3 0.0357 0.0000 0.0075 1.537 1.20 12.12 -10.92 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8105 0.1895 2 2 0.0000 0.3627 0.6373
chr2 73385903 TGGAGGAGGAGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 543 143 400 63 2 13 2 63 0 0 392 0 8 0.4406 0.0000 0.0200 10.000 3.68 12.84 -9.16 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0688 0.5967 0.3345 1 1 0.0738 0.5891 0.3371 1 1 0.0806 0.5796 0.3398
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 408 87 321 72 0 5 0 10 0 0 321 0 0 0.8276 0.0000 0.0000 16.400 0.14 3.20 -3.06 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0510 0.9490 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.100 1 24 2 866 176 690 102 0 23 0 51 1 0 656 0 33 0.5795 0.0014 0.0493 6.652 0.28 12.61 -12.32 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5605 0.4266 0.0130 1 0 0.5585 0.4265 0.0149 1 0 0.5547 0.4273 0.0180
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 398 151 247 13 0 11 3 124 0 0 246 0 1 0.0861 0.0000 0.0040 12.727 0.00 3.31 -3.31 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8936 0.1064
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 464 128 336 0 0 13 9 106 0 0 331 0 5 0.0000 0.0000 0.0149 8.846 3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr2 96123863 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 468 117 351 107 0 0 0 10 0 0 351 0 0 0.9145 0.0000 0.0000 117.000 0.17 1.10 -0.93 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 1 0.2274 0.7726 0.0000
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 252 111 141 101 1 4 0 5 0 1 140 0 0 0.9099 0.0000 0.0071 26.500 0.21 2.80 -2.59 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.4597 0.5403 0.0000 0 0 0.8570 0.1430 0.0000
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 383 92 291 56 0 13 0 23 0 0 277 0 14 0.6087 0.0000 0.0481 6.077 0.32 19.78 -19.46 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6653 0.3193 0.0154 1 0 0.6555 0.3269 0.0175 1 0 0.6419 0.3373 0.0208
chr2 119367621 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 620 153 467 136 0 2 1 14 0 0 467 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 75.500 0.42 2.07 -1.65 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0470 0.9530 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 580 147 433 0 0 3 2 142 0 0 421 1 11 0.0000 0.0000 0.0277 47.667 5.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 309 140 169 114 0 17 0 9 0 0 169 0 0 0.8143 0.0000 0.0000 7.235 0.25 6.22 -5.97 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 0 1 0.4391 0.5609 0.0000
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 701 214 487 195 1 10 1 7 1 0 486 0 0 0.9112 0.0021 0.0021 20.400 0.38 1.71 -1.33 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 0 0.8826 0.1174 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.100 1 3 1 546 144 402 92 0 4 1 47 0 0 400 0 2 0.6389 0.0000 0.0050 35.000 0.26 2.68 -2.42 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9411 0.0586 0.0002 1 0 0.9348 0.0649 0.0003 1 0 0.9252 0.0743 0.0005
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 217 58 159 25 7 14 4 8 0 0 159 0 0 0.4310 0.0000 0.0000 2.857 1.08 2.00 -0.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7256 0.2596 0.0148 1 0 0.6823 0.3016 0.0162 1 0 0.5213 0.4638 0.0150
chr2 151465127 GAAAAATGTT G 0.500000 0.100 1 -9 1 731 166 565 158 0 1 0 7 0 0 564 0 1 0.9518 0.0000 0.0018 165.000 0.66 9.00 -8.34 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3483 0.6517 0.0000 0 0 0.9264 0.0736 0.0000
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 233 102 131 97 0 0 0 5 0 0 131 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 102.000 0.20 2.20 -2.00 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.3878 0.6122 0.0000 0 0 0.8185 0.1815 0.0000
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 208 97 111 46 3 15 0 33 0 0 110 0 1 0.4742 0.0000 0.0090 5.467 0.83 6.70 -5.87 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5750 0.3949 0.0301 1 0 0.5670 0.3997 0.0333 1 0 0.5558 0.4064 0.0379
chr2 184936239 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 659 138 521 72 0 0 1 65 0 0 518 0 3 0.5217 0.0000 0.0058 137.000 0.06 3.77 -3.71 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2256 0.6548 0.1196 1 1 0.2308 0.6437 0.1254 1 1 0.2372 0.6297 0.1331
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 271 121 150 2 6 10 0 103 0 0 150 0 0 0.0165 0.0000 0.0000 10.500 0.00 2.87 -2.87 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6448 0.3552 2 2 0.0000 0.1451 0.8549 2 2 0.0000 0.0660 0.9340
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 230 68 162 31 7 7 0 23 0 0 162 0 0 0.4559 0.0000 0.0000 7.714 0.32 1.04 -0.72 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5752 0.3880 0.0368 1 0 0.5659 0.3938 0.0403 1 0 0.5531 0.4017 0.0453
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 1 470 116 354 11 1 30 5 69 0 0 352 0 2 0.0948 0.0000 0.0056 2.867 1.91 3.54 -1.63 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9816 0.0184
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 229 90 139 4 0 1 0 85 0 0 139 0 0 0.0444 0.0000 0.0000 89.000 0.00 3.15 -3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9896 0.0104 2 1 0.0000 0.5034 0.4966 2 2 0.0000 0.1740 0.8260
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 555 173 382 1 0 32 2 138 0 0 379 0 3 0.0058 0.0000 0.0079 4.406 0.00 8.05 -8.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr2 231460718 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 644 131 513 121 1 3 0 6 1 0 512 0 0 0.9237 0.0019 0.0019 42.667 0.33 3.17 -2.84 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4389 0.5611 0.0000 0 0 0.8925 0.1075 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 357 161 196 135 0 7 4 15 0 0 196 0 0 0.8385 0.0000 0.0000 21.429 0.56 4.40 -3.84 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0213 0.9787 0.0000
chr2 240568861 GCGCCCCCGC G 0.500000 0.100 1 -9 1 419 117 302 102 0 10 1 4 3 0 298 0 1 0.8718 0.0099 0.0132 10.700 1.07 10.25 -9.18 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2567 0.7433 0.0000 0 0 0.7815 0.2185 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 396 108 288 0 0 26 39 43 0 0 287 0 1 0.0000 0.0000 0.0035 3.417 3.37 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0158 0.9842 2 2 0.0000 0.0176 0.9824
chr2 240757423 ATCCTCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 396 112 284 2 1 63 2 44 0 0 284 0 0 0.0179 0.0000 0.0000 0.778 0.50 5.16 -4.66 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9723 0.0277 2 1 0.0000 0.7023 0.2977 2 2 0.0000 0.4503 0.5497
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.100 1 -3 2 546 120 426 108 0 7 0 5 0 0 426 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 16.143 2.97 3.60 -0.63 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.5177 0.4823 0.0000 0 0 0.8841 0.1159 0.0000
chr2 241096075 CATT C 0.500000 0.100 1 -3 1 565 138 427 84 0 1 0 53 0 0 427 0 0 0.6087 0.0000 0.0000 137.000 0.69 6.94 -6.25 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8450 0.1532 0.0018 1 0 0.8356 0.1621 0.0023 1 0 0.8220 0.1749 0.0031
chr2 241096109 GTCATCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 592 172 420 91 1 13 0 67 0 0 420 0 0 0.5291 0.0000 0.0000 12.231 0.76 6.99 -6.23 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7281 0.2667 0.0051 1 0 0.7201 0.2737 0.0062 1 0 0.7086 0.2836 0.0078
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.100 1 -2 1 408 111 297 79 0 1 0 31 0 0 297 0 0 0.7117 0.0000 0.0000 110.000 0.29 2.35 -2.06 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9713 0.0286 0.0001 1 0 0.9670 0.0329 0.0001 1 0 0.9602 0.0397 0.0002
chr2 241317535 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 188 61 127 24 5 0 15 17 0 0 125 1 1 0.3934 0.0000 0.0157 46.000 0.42 1.12 -0.70 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1663 0.5610 0.2726 1 1 0.1701 0.5564 0.2735 1 1 0.1749 0.5507 0.2744
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 480 103 377 0 1 5 0 97 0 0 372 0 5 0.0000 0.0000 0.0133 19.600 3.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr3 9917537 G GTCTGGTCTT 0.000861 0.100 1 9 1 587 145 442 78 0 10 0 57 0 0 442 0 0 0.5379 0.0000 0.0000 13.500 0.33 7.65 -7.32 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8051 0.1949 0.0000 1 0 0.8003 0.1997 0.0000 1 0 0.7933 0.2067 0.0000
chr3 12004649 A AGCC 0.000549 0.100 1 3 1 458 104 354 76 0 19 0 9 0 0 354 0 0 0.7308 0.0000 0.0000 4.474 0.93 3.22 -2.29 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.8488 0.1512 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 461 101 360 0 0 13 0 88 0 0 335 0 25 0.0000 0.0000 0.0694 6.769 11.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 2 2 0.0000 0.0178 0.9822
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 501 107 394 62 1 0 1 43 0 0 394 0 0 0.5794 0.0000 0.0000 107.000 0.40 4.44 -4.04 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6553 0.3302 0.0146 1 0 0.6464 0.3369 0.0167 1 0 0.6339 0.3463 0.0199
chr3 30801021 ACAT A 0.500000 0.100 1 -3 1 187 105 82 58 0 3 0 44 0 0 82 0 0 0.5524 0.0000 0.0000 34.000 0.16 2.98 -2.82 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5303 0.4367 0.0330 1 0 0.5247 0.4389 0.0364 1 0 0.5166 0.4422 0.0413
chr3 38005965 C CAA 0.500000 0.100 1 2 1 492 126 366 121 0 2 0 3 0 0 366 0 0 0.9603 0.0000 0.0000 62.000 0.24 3.33 -3.09 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3784 0.6216 0.0000 0 0 0.9453 0.0547 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 437 123 314 0 0 1 0 122 0 0 313 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 122.000 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr3 40462029 ACTGCTGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 615 261 354 152 0 24 0 85 0 0 350 1 3 0.5824 0.0000 0.0113 9.875 2.30 8.72 -6.42 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9875 0.0125 0.0000 1 0 0.9855 0.0145 0.0000 1 0 0.9822 0.0178 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 597 191 406 59 2 48 6 76 0 0 404 0 2 0.3089 0.0000 0.0049 2.979 0.31 2.95 -2.64 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0075 0.2941 0.6984 1 2 0.0088 0.3008 0.6904 1 2 0.0109 0.3102 0.6788
chr3 44242333 T TCGTCAGACC 0.500000 0.100 1 9 1 440 183 257 89 0 11 0 83 0 0 257 0 0 0.4863 0.0000 0.0000 15.636 1.26 8.47 -7.21 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2584 0.6629 0.0787 1 1 0.2645 0.6512 0.0843 1 1 0.2717 0.6363 0.0920
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 427 131 296 0 0 9 0 122 0 0 291 0 5 0.0000 0.0000 0.0169 13.556 2.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 312 137 175 0 0 8 0 129 0 0 172 0 3 0.0000 0.0000 0.0171 16.125 3.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 488 126 362 0 1 10 13 102 0 0 362 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.400 3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 357 102 255 46 0 17 0 39 0 0 254 0 1 0.4510 0.0000 0.0039 5.000 0.17 5.92 -5.75 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3417 0.5597 0.0986 1 1 0.3416 0.5551 0.1034 1 1 0.3409 0.5492 0.1099
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 453 138 315 73 0 22 0 43 0 0 312 3 0 0.5290 0.0000 0.0095 5.524 0.22 9.98 -9.76 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7965 0.1996 0.0039 1 0 0.7863 0.2090 0.0048 1 0 0.7717 0.2222 0.0061
chr3 51993837 TCCTTGGCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -12 1 456 139 317 77 0 19 0 43 0 0 313 0 4 0.5540 0.0000 0.0126 6.667 0.22 9.14 -8.92 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8559 0.1424 0.0017 1 0 0.8463 0.1515 0.0022 1 0 0.8324 0.1646 0.0030
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 170 79 91 11 0 5 1 62 0 0 88 0 3 0.1392 0.0000 0.0330 14.800 0.73 7.02 -6.29 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9793 0.0207
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 222 93 129 0 0 6 0 87 0 0 126 0 3 0.0000 0.0000 0.0233 14.500 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr3 63912697 G GCCC 0.500000 0.100 1 3 1 293 68 225 31 3 1 1 32 0 0 224 0 1 0.4559 0.0000 0.0044 66.000 6.39 4.22 2.17 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2153 0.5818 0.2028 1 1 0.2182 0.5757 0.2060 1 1 0.2219 0.5680 0.2101
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 307 128 179 64 10 10 0 44 0 0 178 0 1 0.5000 0.0000 0.0056 11.800 0.30 2.95 -2.66 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8293 0.1680 0.0026 1 0 0.8192 0.1775 0.0033 1 0 0.8048 0.1909 0.0043
chr3 98087454 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 626 153 473 82 0 5 0 66 0 0 473 0 0 0.5359 0.0000 0.0000 29.600 0.23 1.58 -1.34 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5297 0.4481 0.0222 1 0 0.5266 0.4484 0.0250 1 0 0.5216 0.4493 0.0290
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 571 136 435 71 1 9 0 55 0 1 433 0 1 0.5221 0.0000 0.0046 14.111 0.17 1.58 -1.41 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5677 0.4112 0.0212 1 0 0.5623 0.4139 0.0238 1 0 0.5544 0.4179 0.0278
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 104 41 63 15 0 2 4 20 0 1 61 0 1 0.3659 0.0000 0.0317 19.500 0.33 1.20 -0.87 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0809 0.4646 0.4545 1 1 0.0853 0.4667 0.4481 1 1 0.0913 0.4695 0.4393
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 390 104 286 64 0 1 0 39 0 0 286 0 0 0.6154 0.0000 0.0000 103.000 0.09 1.28 -1.19 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7781 0.2164 0.0055 1 0 0.7673 0.2261 0.0065 1 0 0.7521 0.2396 0.0083
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1001 256 745 18 1 57 16 164 0 0 742 1 2 0.0703 0.0000 0.0040 3.491 0.17 2.98 -2.81 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9585 0.0415
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -6 1 1005 260 745 27 8 205 0 20 0 1 744 0 0 0.1038 0.0000 0.0013 0.242 0.15 4.50 -4.35 5 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7130 0.2718 0.0152 1 0 0.7007 0.2820 0.0174 1 0 0.6836 0.2958 0.0206
chr3 114236380 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 551 161 390 146 0 6 0 9 0 0 389 1 0 0.9068 0.0000 0.0026 25.833 1.82 3.00 -1.18 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0796 0.9204 0.0000 0 0 0.7614 0.2386 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 462 141 321 114 1 16 0 10 0 0 320 1 0 0.8085 0.0000 0.0031 7.812 0.11 6.30 -6.19 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.2237 0.7763 0.0000
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 249 100 149 56 0 1 0 43 0 0 146 0 3 0.5600 0.0000 0.0201 99.000 0.27 2.95 -2.69 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4234 0.5183 0.0583 1 1 0.4214 0.5160 0.0627 1 1 0.4180 0.5133 0.0687
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 523 177 346 167 0 5 0 5 0 0 346 0 0 0.9435 0.0000 0.0000 34.400 0.13 3.80 -3.67 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0691 0.9309 0.0000 0 0 0.9533 0.0467 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr3 124927858 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 3 448 115 333 66 0 5 0 44 0 0 330 0 3 0.5739 0.0000 0.0090 22.000 0.27 2.95 -2.68 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6441 0.3410 0.0149 1 0 0.6358 0.3472 0.0170 1 0 0.6240 0.3557 0.0202
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 668 123 545 51 1 24 0 47 0 0 545 0 0 0.4146 0.0000 0.0000 4.125 0.63 6.83 -6.20 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2984 0.5908 0.1108 1 1 0.3002 0.5840 0.1158 1 1 0.3020 0.5754 0.1225
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 191 109 82 61 0 0 0 48 0 0 82 0 0 0.5596 0.0000 0.0000 109.000 1.00 1.85 -0.85 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4956 0.4667 0.0377 1 0 0.4915 0.4672 0.0413 1 0 0.4853 0.4681 0.0465
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 406 145 261 73 1 1 0 70 0 0 261 0 0 0.5034 0.0000 0.0000 144.000 0.10 2.29 -2.19 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2392 0.6524 0.1084 1 1 0.2444 0.6415 0.1141 1 1 0.2506 0.6275 0.1219
chr3 158105764 A AGCTCCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 12 2 617 153 464 111 2 32 0 8 0 0 460 0 4 0.7255 0.0000 0.0086 3.781 0.38 10.75 -10.37 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0980 0.9020 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 410 191 219 74 2 25 6 84 0 0 216 1 2 0.3874 0.0000 0.0137 6.640 0.32 3.14 -2.82 48 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0182 0.4499 0.5319 1 2 0.0206 0.4494 0.5300 1 2 0.0243 0.4495 0.5262
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 595 147 448 4 1 20 2 120 0 0 442 0 6 0.0272 0.0000 0.0134 6.350 0.00 3.07 -3.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9885 0.0115 2 2 0.0000 0.2516 0.7484 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr3 194687682 G GCGGCAGAGGGAGATC 0.500000 0.100 1 15 1 566 127 439 62 1 20 1 43 1 0 426 0 12 0.4882 0.0023 0.0296 5.300 0.35 11.12 -10.76 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3647 0.5669 0.0684 1 1 0.3655 0.5614 0.0731 1 1 0.3658 0.5545 0.0797
chr3 195726176 GTTAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 1342 281 1061 276 0 1 0 4 0 0 1061 0 0 0.9822 0.0000 0.0000 280.000 2.17 6.50 -4.33 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.100 1 3 1 890 197 693 77 1 17 1 101 49 14 627 0 3 0.3909 0.0707 0.0952 11.188 2.03 6.44 -4.41 5 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8663 0.1332 0.0005 1 0 0.8598 0.1396 0.0006 1 0 0.8500 0.1491 0.0009
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 658 134 524 0 0 14 0 120 0 0 486 0 38 0.0000 0.0000 0.0725 8.571 11.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr3 196569054 G GCGGGCGCGGGCT 0.500000 0.100 1 12 1 329 108 221 47 0 16 0 45 0 0 221 0 0 0.4352 0.0000 0.0000 5.750 0.57 8.82 -8.25 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2354 0.6063 0.1583 1 1 0.2386 0.5984 0.1630 1 1 0.2425 0.5885 0.1690
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 254 118 136 23 0 3 78 14 0 0 134 1 1 0.1949 0.0000 0.0147 57.000 0.09 12.07 -11.98 21 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7252 0.2748 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr3 198153257 CTGGCAGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -12 2 254 122 132 24 69 2 1 26 0 0 132 0 0 0.1967 0.0000 0.0000 60.000 0.17 10.50 -10.33 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 1 0 0.7795 0.2205 0.0000 0 1 0.0195 0.9805 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 254 116 138 0 0 23 0 93 0 0 137 0 1 0.0000 0.0000 0.0072 4.043 7.22 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0103 0.9897
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 254 118 136 2 1 22 67 26 0 0 134 1 1 0.0169 0.0000 0.0147 4.364 0.00 10.85 -10.85 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8385 0.1615 2 2 0.0000 0.1706 0.8294 2 2 0.0000 0.0634 0.9366
chr4 161163 AAAGAT A 0.001991 0.100 1 -5 1 735 199 536 170 1 17 0 11 0 0 534 0 2 0.8543 0.0000 0.0037 10.706 0.15 5.27 -5.13 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7143 0.2857 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 506 103 403 0 0 1 0 102 0 0 324 4 75 0.0000 0.0000 0.1960 102.000 12.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCTGGCTGGAGCCAGCC 0.000275 0.100 1 21 1 506 103 403 0 0 1 0 102 0 0 324 4 75 0.0000 0.0000 0.1960 102.000 12.58 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2657 0.7343 2 2 0.0000 0.3037 0.6963 2 2 0.0000 0.3605 0.6395
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.100 1 9 2 481 178 303 149 3 12 1 13 8 2 293 0 0 0.8371 0.0264 0.0330 13.667 3.72 8.23 -4.51 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6020 0.3980 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 581 145 436 75 0 4 0 66 0 0 435 0 1 0.5172 0.0000 0.0023 35.250 0.40 12.42 -12.02 15 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5025 0.4899 0.0076 1 0 0.5077 0.4842 0.0082 1 0 0.5137 0.4774 0.0090
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.100 1 3 2 678 159 519 135 2 14 1 7 0 0 519 0 0 0.8491 0.0000 0.0000 10.286 1.24 3.86 -2.62 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2031 0.7969 0.0000 0 0 0.8373 0.1627 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 9 1 638 135 503 115 2 11 0 7 0 0 502 0 1 0.8519 0.0000 0.0020 11.182 0.33 11.71 -11.38 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0643 0.9357 0.0000 0 0 0.6312 0.3688 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 638 135 503 115 2 13 0 5 0 0 502 0 1 0.8519 0.0000 0.0020 9.308 0.33 12.40 -12.07 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3544 0.6456 0.0000 0 0 0.8548 0.1452 0.0000
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.100 1 -15 2 379 109 270 90 2 11 0 6 0 0 269 0 1 0.8257 0.0000 0.0037 8.909 0.07 13.50 -13.43 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0545 0.9455 0.0000 0 1 0.4939 0.5061 0.0000
chr4 68827423 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 423 185 238 79 1 7 0 98 0 0 238 0 0 0.4270 0.0000 0.0000 25.286 0.10 1.05 -0.95 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0150 0.4338 0.5512 1 2 0.0171 0.4338 0.5491 1 2 0.0204 0.4345 0.5450
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 1 465 205 260 84 67 39 3 12 0 1 257 1 1 0.4098 0.0000 0.0115 4.179 0.56 3.00 -2.44 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1437 0.8563 0.0000
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 465 214 251 99 3 35 4 73 0 0 250 0 1 0.4626 0.0000 0.0040 5.235 0.78 3.32 -2.54 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6961 0.2983 0.0055 1 0 0.6897 0.3037 0.0066 1 0 0.6801 0.3116 0.0083
chr4 78870982 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 464 174 290 111 6 40 1 16 0 0 290 0 0 0.6379 0.0000 0.0000 3.359 1.51 2.62 -1.11 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0073 0.9927 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 163 73 90 37 0 3 0 33 0 0 90 0 0 0.5068 0.0000 0.0000 23.333 0.08 1.15 -1.07 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2986 0.5663 0.1351 1 1 0.2991 0.5613 0.1396 1 1 0.2995 0.5550 0.1455
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 1536 288 1248 141 5 66 3 73 5 2 1231 1 9 0.4896 0.0040 0.0136 3.364 1.79 8.42 -6.63 51 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9911 0.0089 0.0000 1 0 0.9895 0.0105 0.0000 1 0 0.9869 0.0131 0.0000
chr4 87614693 CAGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 1559 306 1253 266 2 14 2 22 1 5 1243 0 4 0.8693 0.0008 0.0080 24.250 3.09 6.68 -3.59 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0167 0.9833 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 2182 427 1755 251 8 32 4 132 4 14 1729 1 7 0.5878 0.0023 0.0148 12.645 1.75 4.95 -3.21 11 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 2355 521 1834 2 7 16 11 485 30 25 1654 87 38 0.0038 0.0164 0.0981 33.133 2.50 9.30 -6.80 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9903 0.0097
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 2452 514 1938 222 9 79 5 199 20 51 1710 73 84 0.4319 0.0103 0.1176 5.456 3.84 11.03 -7.18 46 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.1091 0.8909 1 2 0.0000 0.1082 0.8918 1 2 0.0000 0.1084 0.8915
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 2242 698 1544 268 26 132 40 232 192 32 1298 8 14 0.3840 0.1244 0.1593 4.299 2.82 8.83 -6.01 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 158 81 77 41 0 7 0 33 0 0 75 0 2 0.5062 0.0000 0.0260 10.571 0.07 3.03 -2.96 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3441 0.5512 0.1047 1 1 0.3434 0.5472 0.1094 1 1 0.3420 0.5422 0.1158
chr4 104491307 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 439 71 368 29 2 17 1 22 0 0 368 0 0 0.4085 0.0000 0.0000 3.176 1.62 6.00 -4.38 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4200 0.4942 0.0858 1 1 0.4155 0.4942 0.0902 1 1 0.4093 0.4943 0.0964
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 602 139 463 72 0 10 0 57 0 0 462 0 1 0.5180 0.0000 0.0022 12.900 0.19 3.44 -3.24 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4983 0.4707 0.0311 1 0 0.4953 0.4704 0.0344 1 0 0.4904 0.4704 0.0392
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 511 224 287 1 0 26 15 182 0 0 281 0 6 0.0045 0.0000 0.0209 7.615 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 140392262 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 2 312 83 229 46 0 1 1 35 0 0 226 0 3 0.5542 0.0000 0.0131 82.000 0.37 2.94 -2.57 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3616 0.5481 0.0902 1 1 0.3608 0.5442 0.0950 1 1 0.3591 0.5394 0.1015
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 492 192 300 75 7 54 2 54 0 0 299 0 1 0.3906 0.0000 0.0033 2.556 0.72 3.13 -2.41 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7485 0.2463 0.0052 1 0 0.7394 0.2544 0.0062 1 0 0.7263 0.2658 0.0079
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 283 157 126 76 0 9 0 72 0 0 117 0 9 0.4841 0.0000 0.0714 16.444 0.34 4.82 -4.48 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0909 0.6557 0.2534 1 1 0.0966 0.6445 0.2589 1 1 0.1043 0.6303 0.2654
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 207 96 111 44 0 14 0 38 0 0 111 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 5.857 0.66 4.82 -4.16 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3392 0.5581 0.1027 1 1 0.3389 0.5536 0.1075 1 1 0.3381 0.5479 0.1140
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.100 1 -15 1 532 139 393 70 0 5 0 64 0 0 388 1 4 0.5036 0.0000 0.0127 26.800 0.13 14.38 -14.25 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1915 0.6616 0.1469 1 1 0.1971 0.6501 0.1528 1 1 0.2041 0.6355 0.1604
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 729 143 586 78 0 3 0 62 0 0 585 0 1 0.5455 0.0000 0.0017 46.667 0.15 3.08 -2.93 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5118 0.4621 0.0262 1 0 0.5089 0.4619 0.0292 1 0 0.5042 0.4621 0.0336
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.100 1 -9 2 248 83 165 48 0 1 0 34 0 0 164 0 1 0.5783 0.0000 0.0061 82.000 0.25 10.18 -9.93 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5251 0.4350 0.0399 1 0 0.5186 0.4378 0.0435 1 0 0.5094 0.4418 0.0488
chr5 11385089 C CGCG 0.001142 0.100 1 3 1 495 168 327 137 4 18 1 8 0 0 327 0 0 0.8155 0.0000 0.0000 8.333 0.74 2.00 -1.26 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.100 1 -21 1 295 155 140 139 0 11 0 5 0 0 140 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 13.091 0.25 21.00 -20.75 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0175 0.9825 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 657 144 513 8 0 20 4 112 0 0 508 0 5 0.0556 0.0000 0.0097 6.200 0.12 3.30 -3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9222 0.0778 2 2 0.0000 0.3236 0.6764
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 422 154 268 124 4 18 0 8 1 1 266 0 0 0.8052 0.0037 0.0075 7.556 0.53 4.12 -3.59 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1163 0.8837 0.0000 0 0 0.7625 0.2375 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 384 46 338 0 0 27 2 17 0 1 333 1 3 0.0000 0.0000 0.0148 0.731 6.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2871 0.7129 2 2 0.0000 0.2852 0.7148 2 2 0.0000 0.2847 0.7153
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 375 106 269 51 0 9 1 45 0 0 267 0 2 0.4811 0.0000 0.0074 10.778 0.10 5.64 -5.55 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2545 0.6079 0.1377 1 1 0.2574 0.5999 0.1426 1 1 0.2610 0.5899 0.1492
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 524 126 398 0 0 5 0 121 0 0 392 0 6 0.0000 0.0000 0.0151 24.200 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 148 81 67 46 0 6 0 29 0 0 66 0 1 0.5679 0.0000 0.0149 12.500 0.09 2.90 -2.81 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6111 0.3633 0.0256 1 0 0.6017 0.3698 0.0285 1 0 0.5887 0.3785 0.0328
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 312 107 205 77 12 14 0 4 0 1 203 0 1 0.7196 0.0000 0.0098 7.000 3.71 15.50 -11.79 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.3004 0.6996 0.0000 0 0 0.7579 0.2421 0.0000
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 295 80 215 73 1 3 0 3 0 0 215 0 0 0.9125 0.0000 0.0000 25.333 4.37 22.33 -17.96 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0521 0.9479 0.0000 0 0 0.6215 0.3785 0.0000 0 0 0.8402 0.1598 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 237 90 147 2 0 1 1 86 0 0 147 0 0 0.0222 0.0000 0.0000 89.000 0.00 2.92 -2.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5026 0.4974 2 2 0.0000 0.0983 0.9017 2 2 0.0000 0.0503 0.9497
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 659 205 454 121 2 19 1 62 0 0 453 1 0 0.5902 0.0000 0.0022 9.737 0.45 3.27 -2.82 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9868 0.0132 0.0000 1 0 0.9845 0.0154 0.0000 1 0 0.9809 0.0191 0.0000
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 559 137 422 72 0 3 0 62 0 0 422 0 0 0.5255 0.0000 0.0000 44.667 0.08 1.37 -1.29 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3891 0.5573 0.0536 1 1 0.3899 0.5521 0.0580 1 1 0.3901 0.5457 0.0642
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 532 158 374 6 0 31 1 120 0 0 362 0 12 0.0380 0.0000 0.0321 4.097 1.17 7.75 -6.58 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 2 0.0000 0.4368 0.5632 2 2 0.0000 0.0690 0.9310
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 545 137 408 93 0 28 0 16 0 0 406 0 2 0.6788 0.0000 0.0049 3.893 0.32 6.12 -5.80 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 314 85 229 81 0 2 0 2 0 0 229 0 0 0.9529 0.0000 0.0000 41.500 0.57 9.00 -8.43 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4215 0.5785 0.0000 0 0 0.8717 0.1283 0.0000 0 0 0.9338 0.0662 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 192 81 111 0 0 2 0 79 0 0 110 0 1 0.0000 0.0000 0.0090 39.500 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0181 0.9819 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.100 1 -6 3 379 32 347 15 0 2 2 13 0 0 343 0 4 0.4688 0.0000 0.0115 15.000 1.40 7.69 -6.29 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1491 0.5226 0.3283 1 1 0.1528 0.5209 0.3264 1 1 0.1577 0.5187 0.3236
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 223 104 119 57 0 0 2 45 0 0 116 0 3 0.5481 0.0000 0.0252 104.000 0.11 3.80 -3.69 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3400 0.5749 0.0851 1 1 0.3409 0.5690 0.0900 1 1 0.3415 0.5617 0.0968
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 223 105 118 57 0 1 3 44 0 0 114 1 3 0.5429 0.0000 0.0339 104.000 0.11 3.89 -3.78 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3183 0.5876 0.0941 1 1 0.3200 0.5809 0.0992 1 1 0.3215 0.5725 0.1060
chr5 140966860 TTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -6 1 544 187 357 98 0 6 1 82 0 0 357 0 0 0.5241 0.0000 0.0000 30.167 1.06 6.01 -4.95 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4659 0.5104 0.0237 1 1 0.4668 0.5066 0.0266 1 1 0.4668 0.5022 0.0310
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 359 98 261 87 0 5 0 6 0 0 260 0 1 0.8878 0.0000 0.0038 18.600 0.29 7.00 -6.71 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 1 0.4344 0.5656 0.0000
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 911 307 604 226 6 53 1 21 0 0 604 0 0 0.7362 0.0000 0.0000 4.736 0.51 10.52 -10.01 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0832 0.9168 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 309 126 183 55 3 27 0 41 0 1 180 0 2 0.4365 0.0000 0.0164 3.667 3.35 7.29 -3.95 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5816 0.3938 0.0246 1 0 0.5744 0.3981 0.0275 1 0 0.5641 0.4042 0.0317
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 309 130 179 48 2 24 3 53 0 0 179 0 0 0.3692 0.0000 0.0000 4.417 5.65 3.19 2.46 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0955 0.5860 0.3185 1 1 0.1005 0.5795 0.3200 1 1 0.1073 0.5712 0.3215
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 510 137 373 63 1 2 0 71 0 0 365 1 7 0.4599 0.0000 0.0214 67.500 0.59 4.01 -3.43 23 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0265 0.4666 0.5068 1 2 0.0296 0.4662 0.5043 1 2 0.0341 0.4661 0.4999
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 3 512 138 374 65 0 1 0 72 0 0 366 1 7 0.4710 0.0000 0.0214 137.000 0.75 3.97 -3.22 23 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0259 0.4671 0.5070 1 2 0.0290 0.4665 0.5045 1 2 0.0334 0.4663 0.5003
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 545 123 422 64 0 3 0 56 0 0 422 0 0 0.5203 0.0000 0.0000 40.000 0.61 1.88 -1.27 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3527 0.5750 0.0722 1 1 0.3539 0.5690 0.0771 1 1 0.3548 0.5615 0.0837
chr5 150903148 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 282 97 185 54 0 0 0 43 0 0 185 0 0 0.5567 0.0000 0.0000 97.000 0.70 3.19 -2.48 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4556 0.4929 0.0515 1 1 0.4522 0.4922 0.0556 1 1 0.4470 0.4916 0.0614
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.100 1 1 2 119 63 56 60 0 0 0 3 0 0 56 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 63.000 0.15 1.00 -0.85 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0270 0.9730 0.0000 0 1 0.4519 0.5481 0.0000 0 0 0.7286 0.2714 0.0000
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 387 159 228 150 1 3 0 5 0 0 228 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 52.000 3.05 5.00 -1.95 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 0 0 0.9018 0.0982 0.0000 0 0 0.9840 0.0160 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 386 159 227 61 2 14 7 75 0 0 227 0 0 0.3836 0.0000 0.0000 10.357 4.43 13.24 -8.81 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0149 0.3842 0.6009 1 2 0.0170 0.3875 0.5954 1 2 0.0203 0.3925 0.5872
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 385 145 240 0 54 6 0 85 0 0 238 0 2 0.0000 0.0000 0.0083 23.167 5.00 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0014 0.1364 0.8622 1 2 0.0017 0.1452 0.8531 1 2 0.0024 0.1578 0.8399
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 220 98 122 33 1 8 0 56 0 0 122 0 0 0.3367 0.0000 0.0000 11.250 0.52 3.27 -2.75 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0092 0.2562 0.7346 1 2 0.0108 0.2656 0.7236 1 2 0.0132 0.2786 0.7082
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 415 89 326 30 0 3 0 56 0 0 324 0 2 0.3371 0.0000 0.0061 28.667 1.00 3.71 -2.71 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0032 0.1605 0.8363 1 2 0.0040 0.1707 0.8253 1 2 0.0052 0.1851 0.8097
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 513 239 274 162 12 60 0 5 0 0 273 1 0 0.6778 0.0000 0.0036 2.983 0.88 3.40 -2.52 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0564 0.9436 0.0000 0 0 0.9484 0.0516 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr5 181125166 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 678 173 505 158 0 8 1 6 0 0 505 0 0 0.9133 0.0000 0.0000 20.625 0.28 3.00 -2.72 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 0 0.7610 0.2390 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 569 84 485 0 0 21 0 63 0 0 485 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.000 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0387 0.9613 2 2 0.0000 0.0412 0.9588 2 2 0.0000 0.0449 0.9551
chr6 1390041 C CCCG 0.017392 0.100 1 3 1 412 149 263 82 7 16 3 41 0 1 260 0 2 0.5503 0.0000 0.0114 8.250 1.72 4.51 -2.79 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9757 0.0243 0.0000 1 0 0.9727 0.0273 0.0000 1 0 0.9681 0.0318 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 512 130 382 3 1 26 2 98 0 0 381 1 0 0.0231 0.0000 0.0026 4.000 0.33 3.38 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9376 0.0624 2 2 0.0000 0.2498 0.7502 2 2 0.0000 0.0767 0.9233
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 593 123 470 99 7 13 0 4 1 0 468 0 1 0.8049 0.0021 0.0043 9.167 1.10 4.00 -2.90 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0115 0.9885 0.0000 0 0 0.7721 0.2279 0.0000 0 0 0.9602 0.0398 0.0000
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.100 1 3 1 934 229 705 64 12 71 5 77 0 0 705 0 0 0.2795 0.0000 0.0000 2.348 3.83 3.55 0.28 22 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1848 0.7548 0.0604 1 1 0.1965 0.7419 0.0617 1 1 0.2122 0.7248 0.0631
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 586 125 461 81 1 8 0 35 0 0 456 0 5 0.6480 0.0000 0.0108 14.625 0.23 11.60 -11.37 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9620 0.0379 0.0001 1 0 0.9575 0.0424 0.0001 1 0 0.9507 0.0491 0.0002
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 136 73 63 0 0 6 0 67 0 0 63 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.167 4.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0318 0.9682 2 2 0.0000 0.0340 0.9660 2 2 0.0000 0.0373 0.9627
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 354 112 242 0 0 4 1 107 0 0 241 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 27.000 1.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.100 1 -33 2 498 134 364 97 3 32 0 2 0 0 364 0 0 0.7239 0.0000 0.0000 3.188 0.13 0.50 -0.37 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6582 0.3418 0.0000 0 0 0.9461 0.0539 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 506 146 360 134 0 9 0 3 0 0 360 0 0 0.9178 0.0000 0.0000 15.222 0.37 2.00 -1.63 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5647 0.4353 0.0000 0 0 0.9711 0.0289 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 600 200 400 97 83 2 3 15 0 0 397 1 2 0.4850 0.0000 0.0075 197.000 0.40 3.60 -3.20 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0169 0.9831 0.0000
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.100 1 -6 3 738 138 600 122 1 10 0 5 0 0 600 0 0 0.8841 0.0000 0.0000 12.800 0.60 5.40 -4.80 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.6942 0.3058 0.0000 0 0 0.9405 0.0595 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 219 74 145 36 0 1 0 37 0 0 145 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 73.000 0.00 4.73 -4.73 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1859 0.5874 0.2267 1 1 0.1897 0.5809 0.2295 1 1 0.1944 0.5727 0.2329
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 142 109 33 42 6 58 0 3 0 1 32 0 0 0.3853 0.0000 0.0303 6.125 9.21 9.67 -0.45 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.0764 0.9236 0.0000 0 1 0.2397 0.7603 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 237 36 201 23 0 1 0 12 0 0 201 0 0 0.6389 0.0000 0.0000 35.000 6.39 8.17 -1.78 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5232 0.4176 0.0591 1 0 0.5142 0.4226 0.0632 1 0 0.5018 0.4293 0.0689
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 5 512 186 326 96 1 19 0 70 0 0 318 1 7 0.5161 0.0000 0.0245 8.737 0.47 5.69 -5.22 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5704 0.4159 0.0137 1 0 0.5674 0.4168 0.0158 1 0 0.5624 0.4187 0.0189
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.100 1 18 1 339 93 246 62 0 9 0 22 0 0 240 0 6 0.6667 0.0000 0.0244 9.333 0.61 13.91 -13.30 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9024 0.0965 0.0011 1 0 0.8934 0.1053 0.0014 1 0 0.8801 0.1180 0.0019
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 573 142 431 0 0 1 2 139 0 0 427 0 4 0.0000 0.0000 0.0093 141.000 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 3 349 135 214 15 0 22 0 98 0 0 213 0 1 0.1111 0.0000 0.0047 5.136 0.40 2.92 -2.52 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9920 0.0080
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 290 111 179 0 1 13 0 97 0 0 173 0 6 0.0000 0.0000 0.0335 7.538 5.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0250 0.9750 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 709 166 543 124 5 31 0 6 0 0 543 0 0 0.7470 0.0000 0.0000 4.323 0.37 3.67 -3.30 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.5097 0.4903 0.0000 0 0 0.9163 0.0837 0.0000
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 454 110 344 33 36 36 0 5 0 0 344 0 0 0.3000 0.0000 0.0000 2.056 2.33 3.80 -1.47 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1341 0.8659 0.0000 0 0 0.5374 0.4626 0.0000
chr6 44002766 CGCG C 0.500000 0.100 1 -3 1 456 113 343 39 1 34 2 37 0 0 343 0 0 0.3451 0.0000 0.0000 2.324 2.18 4.43 -2.25 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2251 0.5940 0.1810 1 1 0.2281 0.5870 0.1849 1 1 0.2318 0.5782 0.1900
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 643 145 498 4 0 86 1 54 0 0 462 0 36 0.0276 0.0000 0.0723 0.686 15.00 4.31 10.69 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9859 0.0141 2 2 0.0000 0.4288 0.5712 2 2 0.0000 0.1360 0.8640
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 30 2 643 145 498 4 1 100 2 38 0 0 462 5 31 0.0276 0.0000 0.0723 0.450 15.00 0.84 14.16 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7864 0.2136 2 2 0.0000 0.3510 0.6490
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 643 202 441 129 0 66 0 7 0 0 439 0 2 0.6386 0.0000 0.0045 2.061 2.22 9.29 -7.07 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0415 0.9585 0.0000 0 0 0.6186 0.3814 0.0000
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 719 130 589 41 4 42 2 41 0 1 582 2 4 0.3154 0.0000 0.0119 2.122 1.39 3.12 -1.73 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1550 0.6083 0.2367 1 1 0.1597 0.6003 0.2400 1 1 0.1659 0.5902 0.2439
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 768 199 569 147 2 3 0 47 0 0 569 0 0 0.7387 0.0000 0.0000 65.333 1.24 6.47 -5.23 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 1 0.1267 0.8733 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 742 143 599 0 0 7 0 136 0 0 590 0 9 0.0000 0.0000 0.0150 19.429 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.100 1 2 1 660 131 529 8 0 2 1 120 0 0 517 0 12 0.0611 0.0000 0.0227 64.500 0.50 5.79 -5.29 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8690 0.1310 2 2 0.0000 0.2136 0.7864
chr6 135036575 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 374 80 294 77 0 1 0 2 0 0 293 0 1 0.9625 0.0000 0.0034 79.000 0.25 1.00 -0.75 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0678 0.9322 0.0000 0 0 0.6638 0.3362 0.0000 0 0 0.8613 0.1387 0.0000
chr6 136360785 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 286 76 210 41 0 8 0 27 0 0 210 0 0 0.5395 0.0000 0.0000 8.500 0.29 2.89 -2.60 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5684 0.3962 0.0354 1 0 0.5598 0.4014 0.0388 1 0 0.5478 0.4084 0.0438
chr6 149970071 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 136 66 70 62 0 1 0 3 0 0 70 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 65.000 0.48 1.67 -1.18 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0298 0.9702 0.0000 0 1 0.4767 0.5233 0.0000 0 0 0.7474 0.2526 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 836 220 616 187 0 15 1 17 0 0 614 0 2 0.8500 0.0000 0.0032 13.667 0.09 3.00 -2.91 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0270 0.9730 0.0000
chr6 156778847 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 1 550 131 419 62 5 27 3 34 0 2 413 1 3 0.4733 0.0000 0.0143 4.333 1.53 3.74 -2.20 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8268 0.1702 0.0030 1 0 0.8164 0.1799 0.0037 1 0 0.8016 0.1936 0.0048
chr6 156778889 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 530 158 372 104 9 39 0 6 3 0 369 0 0 0.6582 0.0081 0.0081 3.105 2.37 8.33 -5.97 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3627 0.6373 0.0000 0 0 0.8587 0.1413 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 598 228 370 14 0 57 0 157 0 0 353 0 17 0.0614 0.0000 0.0459 3.000 0.07 13.40 -13.33 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.6323 0.3677
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 373 155 218 13 0 3 1 138 0 0 215 0 3 0.0839 0.0000 0.0138 50.667 0.23 4.90 -4.67 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8106 0.1894
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 217 79 138 0 0 8 0 71 0 0 136 0 2 0.0000 0.0000 0.0145 8.875 8.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0281 0.9719
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 351 170 181 0 0 16 11 143 0 0 178 1 2 0.0000 0.0000 0.0166 9.625 3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.100 1 12 3 638 102 536 43 0 16 0 43 0 0 530 0 6 0.4216 0.0000 0.0112 5.375 0.12 9.56 -9.44 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1002 0.5705 0.3293 1 1 0.1051 0.5651 0.3298 1 1 0.1117 0.5583 0.3300
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 583 196 387 4 5 17 88 82 0 0 387 0 0 0.0204 0.0000 0.0000 10.273 9.25 11.00 -1.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 2 0.0000 0.3607 0.6393 2 2 0.0000 0.0486 0.9514
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 276 92 184 45 0 7 1 39 0 0 181 0 3 0.4891 0.0000 0.0163 12.143 0.53 4.03 -3.49 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2386 0.6014 0.1599 1 1 0.2416 0.5939 0.1645 1 1 0.2452 0.5845 0.1703
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 227 98 129 72 1 23 0 2 0 0 129 0 0 0.7347 0.0000 0.0000 3.217 2.15 5.00 -2.85 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3252 0.6748 0.0000 0 0 0.8192 0.1808 0.0000 0 0 0.9049 0.0951 0.0000
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.100 1 -4 1 227 98 129 45 1 22 0 30 0 0 129 0 0 0.4592 0.0000 0.0000 3.455 0.89 4.33 -3.44 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6109 0.3634 0.0257 1 0 0.6015 0.3699 0.0286 1 0 0.5885 0.3787 0.0328
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.100 1 9 2 270 132 138 72 1 4 2 53 0 0 138 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 32.000 0.35 6.83 -6.48 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6032 0.3797 0.0170 1 0 0.5968 0.3838 0.0193 1 0 0.5874 0.3897 0.0228
chr7 5313034 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 646 69 577 46 12 6 1 4 1 0 576 0 0 0.6667 0.0017 0.0017 10.500 3.00 4.50 -1.50 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.1214 0.8786 0.0000 0 1 0.4552 0.5448 0.0000
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 1 289 51 238 27 0 8 0 16 0 0 237 0 1 0.5294 0.0000 0.0042 5.375 1.74 3.06 -1.32 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4857 0.4474 0.0669 1 0 0.4784 0.4504 0.0711 1 0 0.4685 0.4545 0.0771
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 207 108 99 61 1 2 0 44 0 0 99 0 0 0.5648 0.0000 0.0000 53.000 0.79 1.77 -0.99 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6276 0.3546 0.0177 1 0 0.6194 0.3605 0.0201 1 0 0.6077 0.3687 0.0236
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 694 204 490 1 0 33 4 166 0 0 489 0 1 0.0049 0.0000 0.0020 5.182 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr7 27095697 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 898 334 564 269 10 38 0 17 0 0 561 1 2 0.8054 0.0000 0.0053 7.789 0.21 4.82 -4.61 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.6709 0.3291 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 137 42 95 23 2 1 2 14 0 0 95 0 0 0.5476 0.0000 0.0000 39.000 0.04 1.21 -1.17 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4613 0.4608 0.0780 1 1 0.4546 0.4631 0.0823 1 1 0.4455 0.4662 0.0883
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 481 125 356 67 0 2 0 56 0 0 355 0 1 0.5360 0.0000 0.0028 61.500 0.16 1.25 -1.09 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3998 0.5451 0.0551 1 1 0.3997 0.5408 0.0595 1 1 0.3988 0.5356 0.0656
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 211 67 144 28 0 4 0 35 0 0 143 0 1 0.4179 0.0000 0.0069 15.750 0.04 3.37 -3.34 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0838 0.5069 0.4093 1 1 0.0883 0.5060 0.4057 1 1 0.0945 0.5049 0.4006
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 221 103 118 94 1 4 0 4 0 1 117 0 0 0.9126 0.0000 0.0085 24.750 0.18 3.00 -2.82 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0180 0.9820 0.0000 0 0 0.6302 0.3698 0.0000 0 0 0.8898 0.1102 0.0000
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 154 49 105 0 0 39 2 8 0 0 105 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.211 4.25 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0042 0.4438 0.5520 2 2 0.0047 0.4437 0.5517 2 2 0.0054 0.4437 0.5509
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.100 1 2 1 153 48 105 0 36 4 1 7 0 0 105 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 2.000 4.86 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5834 0.3722 0.0444 1 0 0.5359 0.4191 0.0451 1 1 0.4122 0.5489 0.0389
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 382 154 228 57 0 0 0 97 0 0 228 0 0 0.3701 0.0000 0.0000 154.000 2.46 1.92 0.54 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0747 0.9250 1 2 0.0004 0.0816 0.9179 1 2 0.0007 0.0919 0.9075
chr7 80664497 G GGTAA 0.500000 0.100 1 4 4 215 89 126 46 0 12 0 31 0 0 125 0 1 0.5169 0.0000 0.0079 6.417 0.00 3.71 -3.71 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5573 0.4079 0.0347 1 0 0.5495 0.4123 0.0381 1 0 0.5387 0.4183 0.0430
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 741 198 543 0 0 10 0 188 0 0 537 0 6 0.0000 0.0000 0.0110 18.800 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 578 143 435 120 0 13 0 10 1 1 432 0 1 0.8392 0.0023 0.0069 10.000 0.52 3.30 -2.78 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.2475 0.7525 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 261 95 166 0 0 4 0 91 0 0 164 0 2 0.0000 0.0000 0.0120 22.750 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 159 46 113 25 0 0 0 21 0 0 113 0 0 0.5435 0.0000 0.0000 46.000 0.04 1.05 -1.01 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3186 0.5372 0.1442 1 1 0.3175 0.5343 0.1482 1 1 0.3158 0.5308 0.1534
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 486 189 297 28 0 5 0 156 0 0 296 0 1 0.1481 0.0000 0.0034 46.000 0.25 3.82 -3.57 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 100124796 CAGGAGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 530 167 363 157 0 6 0 4 0 0 363 0 0 0.9401 0.0000 0.0000 26.833 0.23 7.25 -7.02 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2937 0.7063 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr7 100752851 TCCACGGAAAAACCCACCATCC T 0.500000 0.100 1 -21 1 1079 220 859 94 9 51 2 64 5 8 831 11 4 0.4273 0.0058 0.0326 3.260 2.14 8.97 -6.83 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8679 0.1314 0.0008 1 0 0.8600 0.1390 0.0010 1 0 0.8486 0.1500 0.0014
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.100 1 -7 1 931 321 610 183 1 11 0 126 0 0 604 0 6 0.5701 0.0000 0.0098 28.182 0.18 6.90 -6.72 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9484 0.0516 0.0000 1 0 0.9442 0.0558 0.0000 1 0 0.9378 0.0621 0.0001
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 515 141 374 69 0 9 0 63 0 0 373 0 1 0.4894 0.0000 0.0027 14.667 0.52 2.94 -2.41 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2695 0.6305 0.1000 1 1 0.2736 0.6209 0.1055 1 1 0.2783 0.6088 0.1129
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 408 143 265 58 3 34 1 47 0 0 259 0 6 0.4056 0.0000 0.0226 3.344 2.14 5.74 -3.61 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3215 0.5900 0.0885 1 1 0.3234 0.5831 0.0935 1 1 0.3251 0.5745 0.1004
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 649 155 494 128 2 12 0 13 0 0 494 0 0 0.8258 0.0000 0.0000 11.917 1.07 4.00 -2.93 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1153 0.8847 0.0000
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 787 204 583 151 2 29 1 21 0 0 581 0 2 0.7402 0.0000 0.0034 6.034 0.40 6.33 -5.93 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000
chr7 124032425 CTGCTGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 789 214 575 168 12 11 0 23 0 0 574 0 1 0.7850 0.0000 0.0017 17.636 0.38 5.83 -5.45 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000
chr7 128335924 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 4 334 90 244 79 1 1 1 8 0 1 243 0 0 0.8778 0.0000 0.0041 88.000 0.28 2.88 -2.60 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.1910 0.8090 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 642 227 415 105 0 30 0 92 0 0 415 0 0 0.4626 0.0000 0.0000 6.567 0.13 16.88 -16.75 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3961 0.5738 0.0301 1 1 0.4001 0.5663 0.0336 1 1 0.4042 0.5572 0.0387
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 394 220 174 179 3 34 0 4 1 0 172 0 1 0.8136 0.0057 0.0115 5.471 6.35 4.50 1.85 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1393 0.8607 0.0000 0 0 0.9777 0.0223 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 394 226 168 14 0 27 1 184 0 1 165 0 2 0.0619 0.0000 0.0179 7.370 1.36 6.26 -4.90 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.6264 0.3736
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 226 90 136 0 0 1 0 89 0 0 136 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 89.000 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0131 0.9869
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.100 1 19 1 215 108 107 75 0 32 0 1 0 0 106 0 1 0.6944 0.0000 0.0093 2.375 0.23 0.00 0.23 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3492 0.6508 0.0000 0 0 0.8343 0.1657 0.0000 0 0 0.9134 0.0866 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 890 261 629 104 2 39 9 107 0 0 627 0 2 0.3985 0.0000 0.0032 5.692 0.09 3.18 -3.09 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0307 0.6198 0.3495 1 1 0.0344 0.6094 0.3562 1 1 0.0397 0.5965 0.3638
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 808 196 612 25 0 11 0 160 0 0 612 0 0 0.1276 0.0000 0.0000 16.818 0.28 1.12 -0.84 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.100 1 -2 1 570 110 460 64 0 1 0 45 0 0 460 0 0 0.5818 0.0000 0.0000 109.000 0.75 2.67 -1.92 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6484 0.3366 0.0150 1 0 0.6398 0.3431 0.0171 1 0 0.6276 0.3520 0.0203
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 607 112 495 69 0 2 0 41 0 0 493 0 2 0.6161 0.0000 0.0040 55.000 0.87 4.22 -3.35 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7834 0.2118 0.0048 1 0 0.7730 0.2213 0.0057 1 0 0.7582 0.2345 0.0073
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.100 1 -15 3 416 130 286 96 0 2 0 32 0 0 271 1 14 0.7385 0.0000 0.0524 64.000 0.20 15.16 -14.96 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9696 0.0304 0.0001 1 0 0.9653 0.0346 0.0001 1 0 0.9587 0.0412 0.0001
chr7 149783003 A AC 0.500000 0.100 1 1 2 610 163 447 84 0 8 0 71 0 0 446 0 1 0.5153 0.0000 0.0022 19.375 0.60 1.30 -0.70 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4197 0.5423 0.0380 1 1 0.4207 0.5375 0.0418 1 1 0.4211 0.5317 0.0472
chr7 149791914 TG T 0.500000 0.100 1 -1 2 850 196 654 175 2 8 0 11 0 0 654 0 0 0.8929 0.0000 0.0000 23.500 1.45 1.27 0.18 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0555 0.9445 0.0000 0 0 0.8236 0.1764 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 212 61 151 31 0 3 1 26 0 0 148 0 3 0.5082 0.0000 0.0199 19.000 0.06 4.42 -4.36 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2459 0.5707 0.1833 1 1 0.2478 0.5654 0.1868 1 1 0.2499 0.5588 0.1913
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.100 1 5 1 523 101 422 51 0 16 0 34 0 0 414 0 8 0.5050 0.0000 0.0190 5.312 1.29 6.26 -4.97 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4063 0.5255 0.0682 1 1 0.4043 0.5229 0.0728 1 1 0.4011 0.5198 0.0790
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 656 152 504 19 1 1 1 130 0 0 503 0 1 0.1250 0.0000 0.0020 151.000 0.58 1.13 -0.55 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 468 127 341 64 1 2 0 60 0 0 341 0 0 0.5039 0.0000 0.0000 62.500 0.28 1.15 -0.87 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2776 0.6206 0.1018 1 1 0.2811 0.6117 0.1072 1 1 0.2852 0.6005 0.1144
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 670 139 531 0 0 4 2 133 0 2 517 1 11 0.0000 0.0000 0.0264 33.750 12.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 499 132 367 125 1 4 0 2 0 0 367 0 0 0.9470 0.0000 0.0000 32.000 0.54 4.00 -3.46 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8782 0.1218 0.0000 0 0 0.9846 0.0154 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 419 74 345 0 0 2 16 56 0 0 323 6 16 0.0000 0.0000 0.0638 36.000 7.11 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0104 0.9896
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 420 73 347 0 0 6 6 61 0 0 325 7 15 0.0000 0.0000 0.0634 16.250 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 427 74 353 0 0 10 3 61 0 0 296 24 33 0.0000 0.0000 0.1615 7.111 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 394 145 249 135 1 2 0 7 0 0 249 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 71.500 0.16 1.71 -1.56 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3417 0.6583 0.0000 0 0 0.8917 0.1083 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 376 93 283 85 1 2 0 5 0 0 283 0 0 0.9140 0.0000 0.0000 45.500 0.41 3.00 -2.59 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2633 0.7367 0.0000 0 0 0.7238 0.2762 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 782 141 641 0 0 24 1 116 0 0 638 0 3 0.0000 0.0000 0.0047 4.875 6.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 613 122 491 43 0 24 0 55 0 0 489 0 2 0.3525 0.0000 0.0041 4.083 0.33 5.65 -5.33 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0359 0.4460 0.5181 1 2 0.0395 0.4483 0.5122 1 2 0.0447 0.4515 0.5037
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 562 253 309 16 0 43 2 192 0 0 309 0 0 0.0632 0.0000 0.0000 4.976 0.12 5.81 -5.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9911 0.0089 2 2 0.0000 0.1433 0.8567
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 336 137 199 7 0 5 0 125 0 0 195 0 4 0.0511 0.0000 0.0201 26.400 0.00 7.38 -7.38 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9168 0.0832 2 2 0.0000 0.4066 0.5934
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.100 1 -1 2 242 122 120 65 0 2 0 55 0 0 120 0 0 0.5328 0.0000 0.0000 60.000 1.03 2.91 -1.88 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4918 0.4775 0.0307 1 0 0.4920 0.4748 0.0331 1 0 0.4916 0.4718 0.0366
chr8 61646850 AT A 0.000532 0.100 1 -1 2 189 101 88 95 1 1 0 4 0 0 88 0 0 0.9406 0.0000 0.0000 99.000 0.11 1.00 -0.89 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9721 0.0279 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.100 1 3 1 556 134 422 108 8 12 0 6 3 1 416 1 1 0.8060 0.0071 0.0142 10.083 1.40 3.83 -2.44 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4449 0.5551 0.0000 0 0 0.9454 0.0546 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.100 1 3 1 565 149 416 107 7 27 0 8 0 0 416 0 0 0.7181 0.0000 0.0000 4.519 0.53 2.75 -2.22 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4317 0.5683 0.0000 0 0 0.9500 0.0500 0.0000
chr8 66634667 TCAGTACCAC T 0.000144 0.100 1 -9 4 461 134 327 123 0 3 0 8 0 0 327 0 0 0.9179 0.0000 0.0000 43.667 0.11 9.12 -9.01 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0649 0.9351 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.100 1 -14 2 407 150 257 91 1 2 0 56 0 0 253 0 4 0.6067 0.0000 0.0156 74.000 0.58 11.23 -10.65 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9174 0.0825 0.0000 1 0 0.9123 0.0877 0.0000 1 0 0.9048 0.0952 0.0000
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.100 1 6 1 335 137 198 64 0 23 1 49 0 0 197 0 1 0.4672 0.0000 0.0051 4.913 0.50 5.49 -4.99 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4952 0.4688 0.0361 1 0 0.4914 0.4690 0.0396 1 0 0.4856 0.4696 0.0448
chr8 132948840 GGAT G 0.500000 0.100 1 -3 1 217 106 111 98 1 1 0 6 0 0 111 0 0 0.9245 0.0000 0.0000 104.000 0.33 3.50 -3.17 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1820 0.8180 0.0000 0 0 0.7103 0.2897 0.0000
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 229 107 122 101 0 1 0 5 0 0 122 0 0 0.9439 0.0000 0.0000 106.000 0.18 2.40 -2.22 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.4311 0.5689 0.0000 0 0 0.8447 0.1553 0.0000
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 310 146 164 135 0 5 0 6 0 0 164 0 0 0.9247 0.0000 0.0000 28.200 0.89 3.67 -2.78 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.5897 0.4103 0.0000 0 0 0.9372 0.0628 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 511 152 359 58 1 33 42 18 0 0 359 0 0 0.3816 0.0000 0.0000 3.839 1.22 4.83 -3.61 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1429 0.6368 0.2202 1 1 0.1483 0.6269 0.2248 1 1 0.1553 0.6144 0.2303
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 845 159 686 119 1 29 0 10 0 0 685 0 1 0.7484 0.0000 0.0015 4.483 0.39 14.00 -13.61 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.2249 0.7751 0.0000
chr8 144473068 G GGCAGGT 0.500000 0.100 1 6 4 599 148 451 127 0 13 0 8 0 0 450 0 1 0.8581 0.0000 0.0022 10.385 0.35 6.00 -5.65 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0376 0.9624 0.0000 0 0 0.5947 0.4053 0.0000
chr9 116848 T TA 0.003653 0.100 1 1 1 627 175 452 96 2 7 3 67 0 0 451 0 1 0.5486 0.0000 0.0022 23.857 0.23 1.12 -0.89 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8663 0.1337 0.0000 1 0 0.8614 0.1386 0.0000 1 0 0.8542 0.1458 0.0000
chr9 117363 T TC 0.002993 0.100 1 1 1 818 115 703 46 5 3 5 56 0 1 702 0 0 0.4000 0.0000 0.0014 36.667 1.87 4.59 -2.72 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1764 0.8197 0.0038 1 1 0.1883 0.8079 0.0038 1 1 0.2044 0.7919 0.0037
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 818 118 700 48 4 5 12 49 0 0 700 0 0 0.4068 0.0000 0.0000 113.000 1.85 4.47 -2.62 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1241 0.6980 0.1778 1 1 0.1331 0.6904 0.1765 1 1 0.1454 0.6804 0.1743
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 818 121 697 4 96 10 6 5 0 0 697 0 0 0.0331 0.0000 0.0000 5.429 4.50 2.60 1.90 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1627 0.8373 0.0000 0 0 0.7224 0.2776 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 591 175 416 65 0 38 5 67 0 0 416 0 0 0.3714 0.0000 0.0000 3.703 0.12 3.04 -2.92 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1686 0.7301 0.1012 1 1 0.1790 0.7187 0.1023 1 1 0.1930 0.7036 0.1033
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 366 103 263 0 0 27 0 76 0 0 247 0 16 0.0000 0.0000 0.0608 2.815 6.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 372 103 269 45 0 3 1 54 0 0 269 0 0 0.4369 0.0000 0.0000 33.333 0.24 1.54 -1.29 5 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0586 0.5159 0.4255 1 1 0.0630 0.5138 0.4232 1 1 0.0691 0.5113 0.4196
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.100 1 4 5 586 138 448 125 0 1 0 12 0 0 448 0 0 0.9058 0.0000 0.0000 137.000 0.86 4.17 -3.30 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1630 0.8370 0.0000
chr9 38411406 GCGGTCAT G 0.500000 0.100 1 -7 1 233 97 136 92 0 0 0 5 0 0 136 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 97.000 0.10 8.60 -8.50 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.3255 0.6745 0.0000 0 0 0.7782 0.2218 0.0000
chr9 38411418 A AT 0.500000 0.100 1 1 3 233 97 136 91 0 0 0 6 0 0 136 0 0 0.9381 0.0000 0.0000 97.000 0.10 7.33 -7.23 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1372 0.8628 0.0000 0 0 0.6379 0.3621 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 412 61 351 10 0 0 0 51 0 0 351 0 0 0.1639 0.0000 0.0000 61.000 0.70 1.08 -0.38 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9809 0.0191
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 388 108 280 8 0 4 0 96 0 0 265 0 15 0.0741 0.0000 0.0536 34.667 0.12 13.96 -13.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9550 0.0450 2 2 0.0000 0.4554 0.5446
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 636 147 489 61 0 14 0 72 0 0 481 0 8 0.4150 0.0000 0.0164 9.500 0.31 9.53 -9.22 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0142 0.3725 0.6133 1 2 0.0162 0.3765 0.6073 1 2 0.0194 0.3822 0.5984
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 427 119 308 58 0 2 0 59 0 0 307 0 1 0.4874 0.0000 0.0032 58.500 0.28 3.08 -2.81 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1469 0.6365 0.2166 1 1 0.1523 0.6266 0.2211 1 1 0.1592 0.6140 0.2267
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 231 71 160 65 0 0 0 6 0 0 160 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 71.000 0.14 3.67 -3.53 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0414 0.9586 0.0000 0 1 0.3325 0.6675 0.0000
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 330 116 214 8 1 22 3 82 0 0 211 0 3 0.0690 0.0000 0.0140 4.273 0.25 3.12 -2.87 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.8176 0.1824
chr9 93259430 CGCTGCCCCCTCAACCTGTGTTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGT C 0.500000 0.100 1 -54 1 452 113 339 100 0 7 0 6 0 0 336 0 3 0.8850 0.0000 0.0088 15.143 0.74 11.17 -10.43 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0101 0.9899 0.0000 0 1 0.2838 0.7162 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 459 180 279 0 0 8 0 172 0 0 279 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 21.500 8.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 586 240 346 88 2 1 0 149 0 0 345 0 1 0.3667 0.0000 0.0029 238.000 0.20 3.40 -3.19 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0161 0.9839 1 2 0.0000 0.0185 0.9815 1 2 0.0000 0.0223 0.9776
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 337 106 231 0 1 16 0 89 0 0 231 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.562 5.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 864 151 713 0 0 45 3 103 0 2 702 1 8 0.0000 0.0000 0.0154 2.333 5.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 350 82 268 0 0 0 0 82 0 0 268 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 82.000 2.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 705 142 563 6 0 2 0 134 0 0 562 0 1 0.0423 0.0000 0.0018 70.000 1.17 4.68 -3.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 2 0.0000 0.4124 0.5876 2 2 0.0000 0.0630 0.9370
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 645 159 486 0 0 3 2 154 0 1 482 0 3 0.0000 0.0000 0.0082 51.333 2.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 278 108 170 0 0 3 0 105 0 0 166 0 4 0.0000 0.0000 0.0235 35.000 4.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 2 805 196 609 80 2 34 2 78 0 0 603 0 6 0.4082 0.0000 0.0099 4.765 1.04 3.71 -2.67 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0995 0.6780 0.2225 1 1 0.1056 0.6655 0.2289 1 1 0.1138 0.6495 0.2367
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 468 107 361 0 0 17 1 89 0 0 361 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.294 6.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.100 1 6 1 659 148 511 74 1 9 1 63 0 0 500 0 11 0.5000 0.0000 0.0215 15.444 0.22 5.62 -5.40 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1620 0.6760 0.1620 1 1 0.1681 0.6637 0.1682 1 1 0.1760 0.6479 0.1761
chr9 127507286 GCCGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 477 152 325 136 1 9 0 6 0 0 324 0 1 0.8947 0.0000 0.0031 15.778 0.41 6.00 -5.59 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3494 0.6506 0.0000 0 0 0.8951 0.1049 0.0000
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 486 180 306 138 0 21 0 21 0 0 305 1 0 0.7667 0.0000 0.0033 7.571 0.33 3.29 -2.96 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 479 186 293 161 0 4 0 21 0 0 292 0 1 0.8656 0.0000 0.0034 45.500 0.11 2.95 -2.85 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 304 85 219 36 0 9 0 40 0 0 217 0 2 0.4235 0.0000 0.0091 8.444 0.31 7.88 -7.57 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1042 0.5536 0.3422 1 1 0.1089 0.5494 0.3417 1 1 0.1153 0.5442 0.3405
chr9 130681583 C CCGCACG 0.500000 0.100 1 6 4 505 155 350 15 1 21 0 118 0 0 342 1 7 0.0968 0.0000 0.0229 6.333 1.07 6.05 -4.98 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9767 0.0233
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 232 116 116 98 0 5 0 13 0 0 115 0 1 0.8448 0.0000 0.0086 22.200 1.69 1.54 0.16 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0144 0.9856 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 232 116 116 98 0 5 0 13 0 0 115 0 1 0.8448 0.0000 0.0086 22.200 1.69 1.54 0.16 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0144 0.9856 0.0000
chr9 136383542 C CGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 560 176 384 140 2 28 0 6 0 0 383 0 1 0.7955 0.0000 0.0026 5.286 0.36 5.17 -4.80 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4086 0.5914 0.0000 0 0 0.9160 0.0840 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 437 117 320 0 0 11 1 105 0 0 303 0 17 0.0000 0.0000 0.0531 9.636 13.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 193 94 99 10 29 17 2 36 0 0 99 0 0 0.1064 0.0000 0.0000 4.529 0.10 2.83 -2.73 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2231 0.5917 0.1852 1 1 0.2260 0.5849 0.1890 1 1 0.2297 0.5763 0.1940
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.100 1 -9 1 687 148 539 82 0 9 0 57 0 0 535 0 4 0.5541 0.0000 0.0074 15.444 0.21 8.63 -8.42 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7908 0.2086 0.0006 1 0 0.7862 0.2131 0.0007 1 0 0.7794 0.2197 0.0009
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.100 1 1 1 354 97 257 10 0 0 0 87 0 0 254 0 3 0.1031 0.0000 0.0117 97.000 1.10 1.67 -0.57 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.100 1 -9 1 674 154 520 115 1 33 0 5 0 0 520 0 0 0.7468 0.0000 0.0000 3.667 0.32 6.20 -5.88 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1590 0.8410 0.0000 0 0 0.9818 0.0182 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.100 1 -1 3 74 41 33 17 0 1 0 23 0 0 33 0 0 0.4146 0.0000 0.0000 40.000 0.35 1.00 -0.65 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3108 0.6868 0.0024 1 1 0.3190 0.6787 0.0023 1 1 0.3297 0.6680 0.0023
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 800 207 593 1 0 28 3 175 0 1 575 0 17 0.0048 0.0000 0.0304 6.393 0.00 5.67 -5.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 675 119 556 63 0 3 0 53 0 1 554 0 1 0.5294 0.0000 0.0036 38.667 0.35 3.98 -3.63 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5090 0.4652 0.0258 1 0 0.5094 0.4627 0.0278 1 0 0.5093 0.4600 0.0307
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.100 1 -2 1 237 103 134 63 0 2 0 38 0 1 133 0 0 0.6117 0.0000 0.0075 50.500 0.29 2.11 -1.82 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8860 0.1139 0.0001 1 0 0.8796 0.1203 0.0001 1 0 0.8706 0.1293 0.0001
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 513 149 364 126 0 7 0 16 0 0 364 0 0 0.8456 0.0000 0.0000 20.286 0.40 1.50 -1.10 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0303 0.9697 0.0000
chr10 30027571 A ACTG 0.007813 0.100 1 3 1 767 174 593 123 4 36 0 11 0 1 592 0 0 0.7069 0.0000 0.0017 3.833 0.15 3.18 -3.03 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3829 0.6171 0.0000 0 0 0.9818 0.0182 0.0000
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.100 1 18 4 222 82 140 42 0 6 0 34 0 0 121 0 19 0.5122 0.0000 0.1357 12.667 0.05 14.09 -14.04 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1728 0.8220 0.0052 1 1 0.1842 0.8107 0.0051 1 1 0.1996 0.7954 0.0050
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.100 1 1 1 491 161 330 109 0 2 0 50 0 1 328 0 1 0.6770 0.0000 0.0061 79.500 0.10 1.80 -1.70 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9927 0.0073 0.0000 1 0 0.9914 0.0086 0.0000 1 0 0.9893 0.0107 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.100 1 -2 1 911 234 677 139 0 5 0 90 0 0 676 0 1 0.5940 0.0000 0.0015 45.800 0.18 2.08 -1.90 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9660 0.0340 0.0000 1 0 0.9626 0.0374 0.0000 1 0 0.9574 0.0425 0.0001
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.100 1 3 2 318 67 251 62 0 2 0 3 0 0 251 0 0 0.9254 0.0000 0.0000 32.500 0.05 3.00 -2.95 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9219 0.0781 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.100 1 -3 1 529 126 403 67 0 8 0 51 0 0 403 0 0 0.5317 0.0000 0.0000 16.857 0.10 3.80 -3.70 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7216 0.2783 0.0001 1 0 0.7185 0.2814 0.0001 1 0 0.7138 0.2860 0.0001
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.100 1 -6 3 114 55 59 33 0 0 0 22 0 0 59 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 55.000 0.18 6.50 -6.32 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6494 0.3374 0.0132 1 0 0.6439 0.3419 0.0143 1 0 0.6362 0.3480 0.0158
chr10 63214835 TTCA T 0.005181 0.100 1 -3 1 666 139 527 129 2 3 0 5 0 0 527 0 0 0.9281 0.0000 0.0000 45.333 0.53 3.00 -2.47 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6957 0.3043 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.100 1 -6 3 182 97 85 94 0 1 0 2 0 0 85 0 0 0.9691 0.0000 0.0000 96.000 0.53 17.00 -16.47 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9955 0.0045 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.100 1 -9 1 181 100 81 96 0 1 0 3 0 0 81 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 99.000 0.66 12.00 -11.34 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9633 0.0367 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 358 79 279 0 0 15 3 61 0 0 279 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.267 3.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1656 0.8344 2 2 0.0000 0.1749 0.8251 2 2 0.0000 0.1884 0.8116
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.100 1 -6 2 502 221 281 113 4 16 1 87 0 0 280 0 1 0.5113 0.0000 0.0036 12.625 0.31 5.44 -5.13 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8422 0.1578 0.0000 1 0 0.8385 0.1615 0.0000 1 0 0.8328 0.1672 0.0001
chr10 89645083 G GC 0.000010 0.100 1 1 1 599 187 412 111 0 10 1 65 0 0 410 0 2 0.5936 0.0000 0.0049 17.700 0.44 2.46 -2.02 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9672 0.0328 0.0000 1 0 0.9640 0.0360 0.0000 1 0 0.9590 0.0410 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 619 128 491 114 0 5 0 9 0 0 491 0 0 0.8906 0.0000 0.0000 24.600 0.33 6.22 -5.89 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0559 0.9441 0.0000 0 0 0.6939 0.3061 0.0000
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.100 1 -3 3 462 148 314 78 0 1 0 69 0 0 310 0 4 0.5270 0.0000 0.0127 147.000 0.22 2.99 -2.77 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4231 0.5742 0.0028 1 1 0.4325 0.5646 0.0029 1 1 0.4440 0.5528 0.0031
chr10 102157285 C CGAG 0.000014 0.100 1 3 1 385 119 266 68 0 7 0 44 0 1 262 0 3 0.5714 0.0000 0.0150 16.000 0.21 3.11 -2.91 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8336 0.1664 0.0000 1 0 0.8278 0.1722 0.0000 1 0 0.8195 0.1805 0.0000
chr10 102450822 GCGGCGCAGGGC G 0.000013 0.100 1 -11 2 576 116 460 100 1 9 0 6 0 0 458 0 2 0.8621 0.0000 0.0043 11.889 0.29 9.33 -9.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2006 0.7994 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 398 92 306 42 0 7 0 43 0 0 304 0 2 0.4565 0.0000 0.0065 12.143 0.50 6.19 -5.69 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1524 0.5982 0.2494 1 1 0.1573 0.5910 0.2517 1 1 0.1638 0.5820 0.2542
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.100 1 18 1 436 127 309 60 0 14 0 53 0 0 295 0 14 0.4724 0.0000 0.0453 8.071 0.67 12.94 -12.28 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2062 0.7811 0.0127 1 1 0.2185 0.7688 0.0127 1 1 0.2350 0.7522 0.0127
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 355 157 198 81 0 4 0 72 0 0 197 0 1 0.5159 0.0000 0.0051 38.250 0.57 2.67 -2.10 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4332 0.5406 0.0262 1 1 0.4387 0.5331 0.0282 1 1 0.4450 0.5240 0.0311
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 215 79 136 41 0 4 2 32 0 0 135 0 1 0.5190 0.0000 0.0074 18.750 0.29 3.19 -2.89 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2160 0.6165 0.1675 1 1 0.2148 0.6105 0.1747 1 1 0.2130 0.6027 0.1843
chr10 119030318 G GCCA 0.000444 0.100 1 3 2 540 117 423 91 3 18 1 4 0 0 423 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 5.389 1.42 2.50 -1.08 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9647 0.0353 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 425 150 275 0 0 22 2 126 0 0 273 0 2 0.0000 0.0000 0.0073 5.727 2.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 602 113 489 61 1 9 0 42 0 0 472 0 17 0.5398 0.0000 0.0348 11.444 1.16 11.76 -10.60 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3765 0.5918 0.0316 1 1 0.3839 0.5831 0.0330 1 1 0.3930 0.5723 0.0347
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 303 119 184 69 1 6 0 43 0 0 183 1 0 0.5798 0.0000 0.0054 18.833 0.17 1.07 -0.90 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7849 0.2105 0.0046 1 0 0.7746 0.2199 0.0056 1 0 0.7598 0.2331 0.0071
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.100 1 -12 1 554 111 443 59 0 11 0 41 0 0 441 0 2 0.5315 0.0000 0.0045 9.091 0.69 10.88 -10.18 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7367 0.2617 0.0016 1 0 0.7320 0.2662 0.0018 1 0 0.7253 0.2726 0.0021
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.100 1 -3 2 1455 298 1157 161 5 23 2 107 2 4 1141 1 9 0.5403 0.0017 0.0138 11.913 0.93 3.83 -2.91 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9750 0.0250 0.0000 1 0 0.9727 0.0273 0.0000 1 0 0.9691 0.0309 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 768 172 596 49 0 61 1 61 0 0 596 0 0 0.2849 0.0000 0.0000 1.803 0.41 9.61 -9.20 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0338 0.4544 0.5118 1 2 0.0371 0.4548 0.5081 1 2 0.0417 0.4557 0.5025
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 856 256 600 10 0 86 3 157 0 0 600 0 0 0.0391 0.0000 0.0000 1.953 4.10 9.93 -5.83 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9081 0.0919 2 2 0.0000 0.1531 0.8469
chr11 2445250 A ACGCGCCCAT 0.000730 0.100 1 9 1 435 106 329 87 0 13 1 5 0 0 327 0 2 0.8208 0.0000 0.0061 7.077 0.74 7.60 -6.86 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0168 0.9832 0.0000 0 0 0.9813 0.0187 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 365 121 244 0 0 6 0 115 0 0 243 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 19.167 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 723 245 478 122 1 7 0 115 0 0 478 0 0 0.4980 0.0000 0.0000 34.000 0.20 1.11 -0.91 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2406 0.7086 0.0507 1 1 0.2498 0.6942 0.0559 1 1 0.2611 0.6756 0.0633
chr11 4545229 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 356 98 258 51 1 1 0 45 0 0 257 1 0 0.5204 0.0000 0.0039 96.000 0.16 1.27 -1.11 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3245 0.5768 0.0987 1 1 0.3254 0.5709 0.1037 1 1 0.3261 0.5635 0.1104
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 202 106 96 58 0 4 42 2 0 0 95 1 0 0.5472 0.0000 0.0104 20.333 0.02 3.00 -2.98 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8492 0.1488 0.0020 1 0 0.7554 0.2423 0.0022 1 1 0.4878 0.5103 0.0019
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 203 109 94 60 1 3 0 45 0 0 93 0 1 0.5505 0.0000 0.0106 105.000 0.03 2.00 -1.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5197 0.4467 0.0336 1 0 0.5147 0.4483 0.0370 1 0 0.5074 0.4507 0.0419
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 560 163 397 16 0 3 0 144 0 0 397 0 0 0.0982 0.0000 0.0000 53.333 0.25 1.10 -0.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9635 0.0365
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 490 115 375 0 0 3 0 112 0 0 373 0 2 0.0000 0.0000 0.0053 37.333 1.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 670 145 525 50 1 4 0 90 0 0 522 0 3 0.3448 0.0000 0.0057 35.250 0.10 5.87 -5.77 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0591 0.9407 1 2 0.0003 0.0654 0.9343 1 2 0.0005 0.0748 0.9247
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 473 127 346 55 0 4 0 68 0 0 346 0 0 0.4331 0.0000 0.0000 30.750 0.11 2.12 -2.01 7 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0365 0.4837 0.4799 1 1 0.0401 0.4828 0.4771 1 1 0.0452 0.4822 0.4726
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.100 1 -17 3 485 103 382 68 0 12 0 23 0 0 369 0 13 0.6602 0.0000 0.0340 7.583 0.24 16.04 -15.81 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8761 0.1223 0.0015 1 0 0.8665 0.1316 0.0019 1 0 0.8524 0.1449 0.0026
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 717 174 543 99 0 12 1 62 0 0 542 0 1 0.5690 0.0000 0.0018 13.500 0.39 4.34 -3.94 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8776 0.1215 0.0009 1 0 0.8693 0.1296 0.0011 1 0 0.8572 0.1413 0.0015
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 333 81 252 40 0 3 0 38 0 0 249 0 3 0.4938 0.0000 0.0119 26.000 0.42 1.21 -0.79 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1817 0.5968 0.2215 1 1 0.1857 0.5897 0.2247 1 1 0.1908 0.5806 0.2286
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.100 1 4 1 589 161 428 150 0 5 0 6 0 0 427 0 1 0.9317 0.0000 0.0023 31.200 1.52 6.00 -4.48 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.5097 0.4903 0.0000 0 0 0.9419 0.0581 0.0000
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.100 1 -18 2 762 237 525 180 2 45 0 10 0 0 523 0 2 0.7595 0.0000 0.0038 4.244 2.46 8.00 -5.54 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0243 0.9757 0.0000 0 0 0.7548 0.2452 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 667 129 538 0 0 14 0 115 0 0 518 0 20 0.0000 0.0000 0.0372 8.214 9.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 618 146 472 136 2 2 0 6 0 0 472 0 0 0.9315 0.0000 0.0000 71.000 0.96 1.50 -0.54 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.6217 0.3783 0.0000 0 0 0.9446 0.0554 0.0000
chr11 8921341 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 213 104 109 53 0 1 0 50 0 0 107 0 2 0.5096 0.0000 0.0183 103.000 0.32 2.32 -2.00 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2061 0.6248 0.1691 1 1 0.2104 0.6157 0.1739 1 1 0.2157 0.6042 0.1801
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 284 169 115 0 0 18 6 145 0 0 114 1 0 0.0000 0.0000 0.0087 8.389 3.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 3 184 94 90 48 0 0 0 46 0 0 90 0 0 0.5106 0.0000 0.0000 94.000 0.23 3.28 -3.05 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2340 0.6086 0.1574 1 1 0.2373 0.6006 0.1621 1 1 0.2413 0.5905 0.1682
chr11 27362901 TTCATCCACGTCTTCCTCA T 0.500000 0.100 1 -18 1 519 161 358 94 0 25 0 42 0 0 349 0 9 0.5839 0.0000 0.0251 5.440 0.14 16.43 -16.29 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9456 0.0543 0.0002 1 0 0.9395 0.0602 0.0003 1 0 0.9303 0.0693 0.0004
chr11 44309737 TGCTGCGGCTGCG T 0.500000 0.100 1 -12 1 489 100 389 48 0 4 0 48 0 0 388 1 0 0.4800 0.0000 0.0026 24.000 0.46 10.62 -10.17 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1749 0.6156 0.2095 1 1 0.1795 0.6071 0.2134 1 1 0.1853 0.5964 0.2183
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 732 254 478 238 1 7 0 8 0 0 478 0 0 0.9370 0.0000 0.0000 35.286 0.17 3.62 -3.46 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.9683 0.0317 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr11 55343758 G GCA 0.500000 0.100 1 2 2 663 171 492 168 1 2 0 0 0 0 492 0 0 0.9825 0.0000 0.0000 84.000 0.70 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr11 55555134 CTCTCTGAGAACACACAGTTCTGAAG C 0.500000 0.100 1 -25 1 559 151 408 149 0 0 0 2 0 0 408 0 0 0.9868 0.0000 0.0000 151.000 0.71 13.50 -12.79 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9589 0.0411 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.100 1 -5 2 717 146 571 76 0 1 0 69 0 0 567 1 3 0.5205 0.0000 0.0070 145.000 1.00 4.96 -3.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2198 0.6636 0.1165 1 1 0.2255 0.6520 0.1225 1 1 0.2324 0.6372 0.1304
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 697 146 551 0 0 2 1 143 0 0 548 0 3 0.0000 0.0000 0.0054 72.000 2.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 606 136 470 129 0 1 0 6 0 0 470 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 135.000 0.26 1.17 -0.90 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.5147 0.4853 0.0000 0 0 0.9176 0.0824 0.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 527 127 400 77 0 2 0 48 0 0 400 0 0 0.6063 0.0000 0.0000 62.500 0.12 1.48 -1.36 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8254 0.1720 0.0026 1 0 0.8154 0.1813 0.0032 1 0 0.8012 0.1945 0.0043
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 81 40 41 0 0 0 0 40 0 1 39 0 1 0.0000 0.0000 0.0488 40.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2043 0.7957 2 2 0.0000 0.1826 0.8174 2 2 0.0000 0.1702 0.8298
chr11 61490562 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 155 80 75 76 0 2 0 2 0 0 74 0 1 0.9500 0.0000 0.0133 39.000 0.07 1.50 -1.43 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0590 0.9410 0.0000 0 0 0.6470 0.3530 0.0000 0 0 0.8537 0.1463 0.0000
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.100 1 15 1 661 207 454 154 4 43 1 5 0 1 450 1 2 0.7440 0.0000 0.0088 3.857 0.44 3.20 -2.76 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4940 0.5060 0.0000 0 0 0.9417 0.0583 0.0000
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 245 81 164 41 0 12 0 28 0 0 163 0 1 0.5062 0.0000 0.0061 5.750 0.27 3.14 -2.87 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5126 0.4399 0.0475 1 0 0.5058 0.4428 0.0514 1 0 0.4963 0.4468 0.0569
chr11 63764047 C CCTCCTCCTCCTCTGG 0.500000 0.100 1 15 1 514 109 405 49 0 23 0 37 0 0 394 1 10 0.4495 0.0000 0.0272 3.739 0.67 9.73 -9.06 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2137 0.6150 0.1713 1 1 0.2175 0.6066 0.1759 1 1 0.2223 0.5959 0.1818
chr11 65557854 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 3 362 106 256 76 6 15 0 9 0 0 256 0 0 0.7170 0.0000 0.0000 6.067 0.53 3.11 -2.58 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.1418 0.8582 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 325 121 204 4 1 17 6 93 0 0 193 3 8 0.0331 0.0000 0.0539 6.118 0.25 5.20 -4.95 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 2 0.0000 0.4516 0.5484 2 2 0.0000 0.1057 0.8943
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 131 67 64 32 1 5 0 29 1 0 62 0 1 0.4776 0.0156 0.0312 12.400 0.47 3.72 -3.26 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3035 0.5591 0.1374 1 1 0.3037 0.5546 0.1417 1 1 0.3035 0.5490 0.1475
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 644 164 480 97 0 28 1 38 0 0 456 0 24 0.5915 0.0000 0.0500 4.857 0.13 3.61 -3.47 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8682 0.1308 0.0010 1 0 0.8596 0.1390 0.0013 1 0 0.8472 0.1510 0.0018
chr11 71548924 TTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTGCCAGTGCAGCTGCTGCAAGCCCTACTGCTCCCAGTGCAGCTGCTGTAAGCCCTGTTGCTCCTCCTCGGGTCGTGGGTCATCCTGCTGCCAATCCAGCTGCTGCAAGCCCTGCTGCTCATCC T 0.500000 0.100 1 -144 1 508 221 287 183 1 31 0 6 1 0 284 0 2 0.8281 0.0035 0.0105 6.129 0.36 3.17 -2.81 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6736 0.3264 0.0000 0 0 0.9790 0.0210 0.0000
chr11 71566054 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGCAATCCCTG C 0.500000 0.100 1 -30 1 871 265 606 158 0 31 0 76 1 0 577 2 26 0.5962 0.0017 0.0479 7.548 0.34 20.41 -20.07 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9709 0.0291 0.0000 1 0 0.9675 0.0325 0.0000 1 0 0.9621 0.0378 0.0000
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.100 1 -42 1 751 210 541 118 0 50 0 42 0 0 521 0 20 0.5619 0.0000 0.0370 3.200 0.29 16.17 -15.88 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9815 0.0184 0.0000 1 0 0.9787 0.0213 0.0000 1 0 0.9741 0.0259 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 777 208 569 0 0 1 0 207 0 0 569 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 207.000 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 700 158 542 132 2 13 0 11 0 0 542 0 0 0.8354 0.0000 0.0000 11.154 0.36 3.55 -3.18 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3642 0.6358 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 248 101 147 66 0 1 0 34 0 0 145 0 2 0.6535 0.0000 0.0136 100.000 0.30 18.21 -17.90 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8538 0.1439 0.0022 1 0 0.8436 0.1536 0.0028 1 0 0.8289 0.1674 0.0037
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 471 125 346 110 1 7 0 7 0 0 344 0 2 0.8800 0.0000 0.0058 16.857 0.16 4.43 -4.26 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0173 0.9827 0.0000 0 1 0.4037 0.5963 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1092 318 774 1 3 57 19 238 0 0 773 0 1 0.0031 0.0000 0.0013 4.474 0.00 7.54 -7.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.100 1 6 1 183 87 96 42 0 14 0 31 0 1 93 0 2 0.4828 0.0000 0.0312 5.214 0.43 4.74 -4.31 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4507 0.4869 0.0624 1 1 0.4463 0.4870 0.0668 1 1 0.4400 0.4873 0.0728
chr11 112255588 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 179 50 129 45 0 1 0 4 0 0 129 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 49.000 0.09 1.50 -1.41 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1187 0.8813 0.0000 0 1 0.4058 0.5942 0.0000
chr11 113808112 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 3 397 118 279 65 0 4 0 49 0 0 279 0 0 0.5508 0.0000 0.0000 28.500 0.48 3.20 -2.73 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5688 0.4074 0.0238 1 0 0.5626 0.4107 0.0267 1 0 0.5537 0.4155 0.0308
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 669 203 466 1 0 30 1 171 0 0 463 1 2 0.0049 0.0000 0.0064 5.733 2.00 10.10 -8.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr11 124016101 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 668 182 486 171 0 0 0 11 0 0 486 0 0 0.9396 0.0000 0.0000 182.000 1.47 4.18 -2.71 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0403 0.9597 0.0000 0 0 0.7752 0.2248 0.0000
chr11 124543152 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 623 122 501 59 0 5 0 58 0 0 500 0 1 0.4836 0.0000 0.0020 23.400 0.19 3.55 -3.37 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1796 0.6408 0.1796 1 1 0.1847 0.6306 0.1847 1 1 0.1911 0.6177 0.1911
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 297 105 192 0 1 10 0 94 0 0 192 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.400 5.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0117 0.9883
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 243 104 139 87 1 11 0 5 1 0 138 0 0 0.8365 0.0072 0.0072 8.455 0.23 5.00 -4.77 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2934 0.7066 0.0000 0 0 0.7517 0.2483 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 445 157 288 61 6 17 3 70 0 0 285 1 2 0.3885 0.0000 0.0104 8.235 0.82 3.53 -2.71 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0588 0.5836 0.3576 1 1 0.0634 0.5767 0.3598 1 1 0.0699 0.5682 0.3619
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 378 156 222 86 0 0 0 70 0 0 220 0 2 0.5513 0.0000 0.0090 156.000 0.92 1.86 -0.94 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4134 0.5492 0.0374 1 1 0.4128 0.5456 0.0416 1 1 0.4109 0.5414 0.0477
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 497 163 334 62 8 30 0 63 0 1 333 0 0 0.3804 0.0000 0.0030 4.433 0.15 2.92 -2.78 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3678 0.5731 0.0591 1 1 0.3705 0.5663 0.0633 1 1 0.3732 0.5578 0.0690
chr12 1953157 TTGCTGCTGC T 0.000191 0.100 1 -9 1 497 171 326 144 0 21 1 5 0 0 325 0 1 0.8421 0.0000 0.0031 7.143 1.40 9.00 -7.60 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6220 0.3780 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 359 124 235 0 0 18 12 94 0 0 234 0 1 0.0000 0.0000 0.0043 6.235 3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 278 103 175 3 1 7 0 92 0 0 168 0 7 0.0291 0.0000 0.0400 13.714 0.67 4.68 -4.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9557 0.0443 2 2 0.0000 0.2915 0.7085 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr12 11268099 GGTACGTTGGGGCTGGTTTCCTCCTTGTGGGCGTCGTCCTTCTGGCTTTCCTGGAGGAGGT G 0.000345 0.100 1 -60 4 843 380 463 254 18 38 14 56 0 0 459 0 4 0.6684 0.0000 0.0086 8.947 2.28 5.23 -2.95 116 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7992 0.2008 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.100 1 -9 1 616 165 451 78 0 18 0 69 0 0 445 0 6 0.4727 0.0000 0.0133 8.167 0.40 8.33 -7.94 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3766 0.6154 0.0081 1 1 0.3871 0.6045 0.0085 1 1 0.4002 0.5908 0.0090
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 326 191 135 160 0 12 0 19 0 0 135 0 0 0.8377 0.0000 0.0000 14.917 0.33 3.74 -3.41 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0056 0.9944 0.0000
chr12 25038133 GC G 0.000004 0.100 1 -1 2 157 63 94 56 0 2 0 5 0 0 94 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 30.500 0.09 1.20 -1.11 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9854 0.0146 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 31089927 A AGGC 0.000631 0.100 1 3 2 395 154 241 108 2 3 2 39 0 0 241 0 0 0.7013 0.0000 0.0000 50.333 0.30 3.13 -2.83 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9978 0.0022 0.0000 1 0 0.9972 0.0028 0.0000 1 0 0.9961 0.0039 0.0000
chr12 40487719 AGGACTATCAGCTGGGGTGACAGGGACAACTGGACCATCAGCTGGAATAGCAGGTACAAAT A 0.001206 0.100 1 -60 1 367 65 302 8 0 14 2 41 0 4 289 1 8 0.1231 0.0000 0.0430 3.643 1.75 3.66 -1.91 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0012 0.9946 0.0043 2 1 0.0002 0.9991 0.0007 2 1 0.0001 0.9998 0.0001
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 663 173 490 116 1 2 0 54 0 0 490 0 0 0.6705 0.0000 0.0000 85.500 0.28 1.26 -0.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9944 0.0056 0.0000 1 0 0.9933 0.0067 0.0000 1 0 0.9915 0.0085 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 849 166 683 70 1 14 1 80 1 0 682 0 0 0.4217 0.0015 0.0015 10.857 0.46 13.69 -13.23 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0638 0.6115 0.3246 1 1 0.0690 0.6034 0.3276 1 1 0.0762 0.5932 0.3305
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.100 1 3 2 485 154 331 2 74 19 0 59 0 0 325 2 4 0.0130 0.0000 0.0181 7.500 1.50 3.95 -2.45 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5190 0.4805 0.0005 1 0 0.5242 0.4752 0.0006 1 0 0.5304 0.4689 0.0006
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.100 1 21 2 445 119 326 64 0 21 0 34 0 0 315 0 11 0.5378 0.0000 0.0337 4.667 0.08 10.15 -10.07 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7862 0.2130 0.0008 1 0 0.7806 0.2184 0.0009 1 0 0.7727 0.2262 0.0011
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1060 280 780 206 2 59 0 13 0 0 780 0 0 0.7357 0.0000 0.0000 3.793 0.54 13.15 -12.61 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3761 0.6239 0.0000 0 0 0.9910 0.0090 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 307 61 246 34 0 0 0 27 0 0 246 0 0 0.5574 0.0000 0.0000 61.000 0.18 1.44 -1.27 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4817 0.4659 0.0524 1 0 0.4794 0.4656 0.0550 1 0 0.4759 0.4655 0.0586
chr12 55427118 C CT 0.003326 0.100 1 1 1 389 91 298 87 0 2 0 2 0 0 298 0 0 0.9560 0.0000 0.0000 44.500 0.55 1.00 -0.45 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 370 115 255 108 0 1 0 6 0 0 255 0 0 0.9391 0.0000 0.0000 114.000 0.94 4.17 -3.22 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3523 0.6477 0.0000 0 0 0.8551 0.1449 0.0000
chr12 69739850 GGATTAAAAAA G 0.000353 0.100 1 -10 3 167 93 74 87 0 2 1 3 0 0 73 0 1 0.9355 0.0000 0.0135 45.000 0.28 10.33 -10.06 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9590 0.0410 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.100 1 -1 1 266 91 175 13 6 32 24 16 0 0 169 6 0 0.1429 0.0000 0.0343 1.464 2.15 3.88 -1.72 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0207 0.3572 0.6221 1 2 0.0241 0.3717 0.6042 1 2 0.0292 0.3918 0.5790
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 117 52 65 28 0 6 0 18 0 0 65 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 7.667 0.04 3.06 -3.02 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5423 0.4107 0.0469 1 0 0.5356 0.4143 0.0501 1 0 0.5264 0.4192 0.0544
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 933 293 640 0 0 27 4 262 0 0 639 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 9.852 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 92424800 T TA 0.008305 0.100 1 1 1 478 167 311 87 0 5 0 75 0 0 310 0 1 0.5210 0.0000 0.0032 32.400 0.10 1.25 -1.15 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5699 0.4296 0.0005 1 0 0.5743 0.4251 0.0006 1 0 0.5793 0.4200 0.0007
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 9 1 527 148 379 46 0 39 0 63 0 0 364 0 15 0.3108 0.0000 0.0396 2.795 0.43 8.87 -8.44 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1341 0.8644 1 2 0.0019 0.1431 0.8549 1 2 0.0026 0.1561 0.8412
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 12 1 527 148 379 46 0 39 0 63 0 0 364 0 15 0.3108 0.0000 0.0396 2.795 0.43 8.87 -8.44 14 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0015 0.1341 0.8644 1 2 0.0019 0.1431 0.8549 1 2 0.0026 0.1561 0.8412
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 453 129 324 63 0 9 0 57 0 0 320 0 4 0.4884 0.0000 0.0123 13.333 0.49 3.89 -3.40 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2134 0.6431 0.1436 1 1 0.2182 0.6327 0.1491 1 1 0.2241 0.6196 0.1562
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -60 3 1552 365 1187 187 5 77 4 92 1 0 1142 1 43 0.5123 0.0008 0.0379 3.675 0.74 5.21 -4.46 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9508 0.0492 0.0000 1 0 0.9469 0.0531 0.0000 1 0 0.9408 0.0591 0.0001
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 606 182 424 0 0 26 8 148 0 0 424 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.962 4.13 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 151 94 57 0 0 0 0 94 0 0 57 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 94.000 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0103 0.9897
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 240 109 131 60 3 2 1 43 0 0 130 0 1 0.5505 0.0000 0.0076 53.500 0.17 2.86 -2.69 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6267 0.3557 0.0175 1 0 0.6186 0.3615 0.0199 1 0 0.6071 0.3695 0.0234
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 237 112 125 56 1 12 1 42 0 0 125 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 8.333 0.43 6.02 -5.60 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5391 0.4289 0.0320 1 0 0.5331 0.4316 0.0353 1 0 0.5245 0.4354 0.0401
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 371 99 272 0 0 6 0 93 0 0 261 0 11 0.0000 0.0000 0.0404 15.500 5.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 297 76 221 0 0 11 1 64 0 0 210 0 11 0.0000 0.0000 0.0498 5.909 12.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0245 0.9755
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 679 160 519 0 0 16 0 144 0 0 495 0 24 0.0000 0.0000 0.0462 9.000 7.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 224 99 125 42 5 26 0 26 0 0 123 0 2 0.4242 0.0000 0.0160 2.808 0.21 3.62 -3.40 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6864 0.2981 0.0155 1 0 0.6753 0.3070 0.0177 1 0 0.6600 0.3190 0.0209
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 217 79 138 9 2 12 0 56 0 0 134 0 4 0.1139 0.0000 0.0290 5.583 0.89 3.57 -2.68 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9840 0.0160
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 237 80 157 1 0 5 0 74 0 0 144 0 13 0.0125 0.0000 0.0828 15.000 0.00 8.42 -8.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0987 0.9013 2 2 0.0000 0.0362 0.9638 2 2 0.0000 0.0271 0.9729
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 568 142 426 5 1 37 4 95 0 0 422 0 4 0.0352 0.0000 0.0094 3.000 2.00 5.52 -3.52 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6369 0.3631 2 2 0.0000 0.1812 0.8188
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 546 159 387 12 7 40 8 92 0 0 382 0 5 0.0755 0.0000 0.0129 3.162 3.33 5.57 -2.23 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9968 0.0032
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.100 1 -36 5 544 148 396 64 3 36 1 44 0 0 396 0 0 0.4324 0.0000 0.0000 3.056 0.62 10.23 -9.60 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7126 0.2783 0.0091 1 0 0.7028 0.2865 0.0106 1 0 0.6890 0.2979 0.0130
chr13 44574554 CTGT C 0.001798 0.100 1 -3 1 634 143 491 56 0 21 6 60 0 0 491 0 0 0.3916 0.0000 0.0000 5.571 0.12 3.05 -2.92 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1888 0.8093 0.0019 1 1 0.2011 0.7970 0.0019 1 1 0.2176 0.7805 0.0019
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 520 221 299 204 2 9 0 6 0 0 299 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 23.333 0.55 10.17 -9.62 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0617 0.9383 0.0000 0 0 0.9821 0.0179 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr13 48303948 CGCCGCCGCT C 0.000995 0.100 1 -9 2 420 154 266 103 0 4 0 47 0 0 266 0 0 0.6688 0.0000 0.0000 37.500 0.38 8.53 -8.15 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 1 0 0.9906 0.0094 0.0000 1 0 0.9884 0.0116 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 697 158 539 9 0 46 1 102 0 0 534 1 4 0.0570 0.0000 0.0093 2.413 1.78 6.25 -4.48 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.9311 0.0689
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 125 60 65 33 0 1 0 26 0 0 65 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 59.000 0.15 4.38 -4.23 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5923 0.4043 0.0034 1 0 0.5911 0.4054 0.0035 1 0 0.5890 0.4072 0.0038
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.100 1 3 1 489 143 346 115 0 22 0 6 1 2 342 1 0 0.8042 0.0029 0.0116 5.500 3.10 4.00 -0.90 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0419 0.9581 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 519 67 452 1 0 5 2 59 0 1 443 3 5 0.0149 0.0000 0.0199 12.400 0.00 4.85 -4.85 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0947 0.9053 2 2 0.0000 0.0311 0.9689 2 2 0.0000 0.0208 0.9792
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 477 71 406 17 2 28 2 22 1 1 399 0 5 0.2394 0.0025 0.0172 1.556 3.94 5.05 -1.10 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0865 0.4882 0.4252 1 1 0.0910 0.4887 0.4203 1 1 0.0971 0.4894 0.4136
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.100 1 -6 2 680 167 513 142 0 14 0 11 1 1 511 0 0 0.8503 0.0019 0.0039 10.929 1.00 7.91 -6.91 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.4816 0.5184 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.100 1 6 1 269 95 174 81 0 10 0 4 0 0 174 0 0 0.8526 0.0000 0.0000 8.500 1.31 4.50 -3.19 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4469 0.5531 0.0000 0 0 0.7963 0.2037 0.0000
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -15 1 232 80 152 17 1 3 2 57 0 0 152 0 0 0.2125 0.0000 0.0000 25.667 0.24 10.21 -9.98 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0003 0.0507 0.9490 1 2 0.0003 0.1767 0.8230 2 1 0.0001 0.8512 0.1487
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 232 81 151 3 0 29 0 49 0 0 150 0 1 0.0370 0.0000 0.0066 1.793 1.67 10.69 -9.03 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9838 0.0162 2 1 0.0000 0.6669 0.3331 2 2 0.0000 0.3771 0.6229
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.100 1 4 1 396 89 307 4 0 2 0 83 0 0 307 0 0 0.0449 0.0000 0.0000 43.500 3.00 3.99 -0.99 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 1 0.0000 0.5283 0.4717 2 2 0.0000 0.1884 0.8116
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 477 93 384 41 0 4 0 48 0 0 382 0 2 0.4409 0.0000 0.0052 22.250 0.05 3.33 -3.28 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0686 0.5230 0.4084 1 1 0.0731 0.5206 0.4063 1 1 0.0794 0.5178 0.4028
chr14 19747835 CATGAACCCCCAGCT C 0.000951 0.100 1 -14 1 430 126 304 120 0 4 0 2 0 0 304 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 30.500 0.10 15.00 -14.90 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 779 200 579 97 0 6 0 97 0 0 577 0 2 0.4850 0.0000 0.0035 38.800 1.59 2.30 -0.71 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0558 0.6958 0.2485 1 1 0.0593 0.6814 0.2593 1 1 0.0640 0.6630 0.2730
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 504 120 384 53 0 10 1 56 0 0 384 0 0 0.4417 0.0000 0.0000 10.900 0.04 1.09 -1.05 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1365 0.6230 0.2405 1 1 0.1422 0.6143 0.2435 1 1 0.1499 0.6033 0.2468
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 388 105 283 18 0 3 0 84 0 0 276 0 7 0.1714 0.0000 0.0247 34.000 0.17 18.63 -18.46 14 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr14 20197747 C CA 0.001620 0.100 1 1 2 328 59 269 54 0 0 0 5 0 0 269 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 59.000 1.41 2.40 -0.99 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1306 0.8694 0.0000 0 0 0.9782 0.0218 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 357 86 271 77 0 7 0 2 0 0 271 0 0 0.8953 0.0000 0.0000 11.286 0.22 1.00 -0.78 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2121 0.7879 0.0000 0 0 0.7061 0.2939 0.0000 0 0 0.8329 0.1671 0.0000
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 604 129 475 110 1 13 0 5 0 0 475 0 0 0.8527 0.0000 0.0000 8.923 0.40 6.20 -5.80 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0169 0.9831 0.0000 0 0 0.8333 0.1667 0.0000 0 0 0.9725 0.0275 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 555 167 388 15 0 21 0 131 0 0 386 0 2 0.0898 0.0000 0.0052 7.300 0.80 3.11 -2.31 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9840 0.0160
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 384 101 283 49 0 3 0 49 0 0 283 0 0 0.4851 0.0000 0.0000 32.667 0.06 4.78 -4.71 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2756 0.6179 0.1065 1 1 0.2819 0.6093 0.1089 1 1 0.2898 0.5983 0.1119
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 291 39 252 32 1 2 1 3 0 0 252 0 0 0.8205 0.0000 0.0000 37.000 2.12 5.00 -2.88 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 1 0.1815 0.8185 0.0000 0 1 0.4601 0.5399 0.0000
chr14 24048774 TA T 0.000073 0.100 1 -1 2 274 143 131 132 2 2 0 7 0 0 131 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 70.500 0.57 2.14 -1.57 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6953 0.3047 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 294 81 213 70 1 6 0 4 0 0 213 0 0 0.8642 0.0000 0.0000 12.500 0.16 1.25 -1.09 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0623 0.9377 0.0000 0 0 0.8516 0.1484 0.0000 0 0 0.9653 0.0347 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 430 127 303 52 4 19 0 52 0 0 301 0 2 0.4094 0.0000 0.0066 5.632 0.33 2.85 -2.52 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3092 0.6095 0.0814 1 1 0.3152 0.6007 0.0841 1 1 0.3227 0.5896 0.0877
chr14 38210558 CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG C 0.001365 0.100 1 -24 1 267 60 207 39 0 17 1 3 0 0 207 0 0 0.6500 0.0000 0.0000 2.529 0.36 18.67 -18.31 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4712 0.5288 0.0000 0 0 0.9869 0.0131 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 688 133 555 65 1 20 0 47 0 0 547 0 8 0.4887 0.0000 0.0144 5.650 0.38 7.87 -7.49 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1976 0.6955 0.1069 1 1 0.1961 0.6884 0.1154 1 1 0.1937 0.6790 0.1273
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.100 1 3 1 202 74 128 50 0 1 0 23 0 0 126 0 2 0.6757 0.0000 0.0156 73.000 0.54 3.00 -2.46 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8929 0.1071 0.0000 1 0 0.8861 0.1138 0.0000 1 0 0.8765 0.1234 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.100 1 -3 2 136 62 74 37 0 1 0 24 0 0 74 0 0 0.5968 0.0000 0.0000 61.000 0.08 3.00 -2.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7245 0.2745 0.0011 1 0 0.7189 0.2799 0.0012 1 0 0.7113 0.2874 0.0013
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 644 168 476 70 0 24 1 73 0 0 473 0 3 0.4167 0.0000 0.0063 6.000 0.94 6.15 -5.21 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0256 0.5501 0.4243 1 1 0.0273 0.5422 0.4305 1 1 0.0297 0.5326 0.4377
chr14 73522300 GCTT G 0.001053 0.100 1 -3 2 399 114 285 105 1 2 0 6 0 0 285 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 56.000 0.21 2.50 -2.29 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2592 0.7408 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 462 109 353 38 0 25 0 46 0 0 350 1 2 0.3486 0.0000 0.0085 3.360 0.50 5.83 -5.33 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0704 0.5275 0.4021 1 1 0.0757 0.5267 0.3976 1 1 0.0832 0.5257 0.3911
chr14 77377808 TAAAG T 0.000474 0.100 1 -4 1 490 107 383 65 0 0 0 42 0 0 381 0 2 0.6075 0.0000 0.0052 107.000 0.29 3.88 -3.59 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8244 0.1756 0.0000 1 0 0.8185 0.1815 0.0000 1 0 0.8102 0.1898 0.0000
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 471 134 337 58 3 14 1 58 0 0 337 0 0 0.4328 0.0000 0.0000 8.500 0.24 3.12 -2.88 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1592 0.6510 0.1898 1 1 0.1624 0.6407 0.1969 1 1 0.1664 0.6276 0.2060
chr14 103126551 GAGA G 0.001202 0.100 1 -3 2 238 87 151 78 0 6 0 3 0 0 151 0 0 0.8966 0.0000 0.0000 13.500 0.37 4.33 -3.96 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9826 0.0174 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr14 103338419 A ACAC 0.016069 0.100 1 3 1 265 112 153 92 2 14 0 4 0 0 153 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 7.000 0.15 3.00 -2.85 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5048 0.4952 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 214 55 159 0 0 7 0 48 0 0 153 0 6 0.0000 0.0000 0.0377 6.857 8.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0763 0.9237 2 2 0.0000 0.0803 0.9197 2 2 0.0000 0.0862 0.9138
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.100 1 -6 2 474 90 384 33 1 20 2 34 1 0 383 0 0 0.3667 0.0026 0.0026 3.450 0.39 6.97 -6.58 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3566 0.6042 0.0392 1 1 0.3632 0.5972 0.0396 1 1 0.3715 0.5884 0.0401
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 479 92 387 38 0 46 3 5 1 0 386 0 0 0.4130 0.0026 0.0026 1.125 0.39 12.60 -12.21 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 0 1 0.3280 0.6720 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 381 123 258 57 0 12 1 53 0 0 256 0 2 0.4634 0.0000 0.0078 9.250 0.11 3.09 -2.99 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2888 0.6235 0.0877 1 1 0.2955 0.6140 0.0904 1 1 0.3039 0.6021 0.0940
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 338 108 230 16 1 8 2 81 0 0 228 0 2 0.1481 0.0000 0.0087 12.500 1.31 4.12 -2.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 266 60 206 0 0 2 1 57 0 0 196 7 3 0.0000 0.0000 0.0485 29.000 3.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 689 164 525 0 0 5 2 157 0 0 504 5 16 0.0000 0.0000 0.0400 31.800 3.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 190 93 97 3 0 9 43 38 0 0 94 2 1 0.0323 0.0000 0.0309 6.286 3.00 1.21 1.79 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9621 0.0379 2 2 0.0000 0.4873 0.5127 2 2 0.0000 0.2341 0.7659
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 190 94 96 3 1 44 1 45 0 0 95 0 1 0.0319 0.0000 0.0104 1.136 3.00 2.09 0.91 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9920 0.0080 2 1 0.0000 0.7447 0.2553 2 2 0.0000 0.4122 0.5878
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 703 164 539 0 0 28 4 132 0 0 534 1 4 0.0000 0.0000 0.0093 4.857 3.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.100 1 12 4 275 106 169 46 0 14 0 46 0 0 164 0 5 0.4340 0.0000 0.0296 6.571 0.78 10.54 -9.76 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2738 0.7247 0.0015 1 1 0.2849 0.7136 0.0015 1 1 0.2995 0.6990 0.0015
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 437 151 286 74 0 5 0 72 0 0 286 0 0 0.4901 0.0000 0.0000 29.200 0.80 2.11 -1.31 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2599 0.6532 0.0870 1 1 0.2675 0.6416 0.0909 1 1 0.2770 0.6270 0.0960
chr15 43366217 CCCT C 0.002275 0.100 1 -3 1 424 105 319 96 0 1 0 8 0 0 319 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 104.000 0.07 2.62 -2.55 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.9138 0.0862 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr15 45135574 CG C 0.000003 0.100 1 -1 1 828 258 570 230 2 8 1 17 0 0 569 0 1 0.8915 0.0000 0.0018 31.000 0.32 1.24 -0.91 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 50529817 A AT 0.001809 0.100 1 1 1 148 84 64 78 0 3 0 3 0 0 64 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 27.000 0.32 1.67 -1.35 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 265 157 108 84 0 6 0 67 0 0 107 0 1 0.5350 0.0000 0.0093 25.167 0.13 3.30 -3.17 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4739 0.4976 0.0285 1 1 0.4710 0.4970 0.0320 1 1 0.4661 0.4967 0.0372
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 447 105 342 48 1 11 0 45 0 0 341 0 1 0.4571 0.0000 0.0029 8.455 0.46 4.09 -3.63 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2105 0.6167 0.1728 1 1 0.2128 0.6086 0.1786 1 1 0.2156 0.5983 0.1861
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.100 1 -3 3 624 114 510 56 2 7 1 48 0 0 508 1 1 0.4912 0.0000 0.0039 15.143 1.16 5.04 -3.88 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5357 0.4617 0.0027 1 0 0.5388 0.4583 0.0028 1 0 0.5424 0.4545 0.0031
chr15 85247041 TCCC T 0.001521 0.100 1 -3 1 170 84 86 77 1 0 0 6 0 0 86 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 84.000 0.74 4.67 -3.93 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0535 0.9465 0.0000 0 0 0.9819 0.0181 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.100 1 -2 3 202 78 124 71 0 0 0 7 0 0 124 0 0 0.9103 0.0000 0.0000 78.000 0.23 2.86 -2.63 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.7723 0.2277 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 782 210 572 22 16 138 4 30 0 0 572 0 0 0.1048 0.0000 0.0000 0.938 1.50 3.60 -2.10 10 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0049 0.1862 0.8089 1 2 0.0060 0.1977 0.7964 1 2 0.0077 0.2138 0.7786
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 773 197 576 4 0 20 3 170 0 0 576 0 0 0.0203 0.0000 0.0000 8.850 1.25 6.81 -5.56 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3145 0.6855 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 350 110 240 3 1 9 0 97 0 0 234 0 6 0.0273 0.0000 0.0250 11.222 0.33 6.82 -6.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.100 1 6 2 565 242 323 176 1 59 0 6 5 3 313 0 2 0.7273 0.0155 0.0310 3.211 1.81 4.33 -2.53 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0687 0.9313 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 565 244 321 95 1 53 8 87 0 0 312 1 8 0.3893 0.0000 0.0280 3.604 0.37 2.98 -2.61 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1136 0.7905 0.0959 1 1 0.1241 0.7774 0.0985 1 1 0.1387 0.7598 0.1014
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.100 1 -9 2 338 134 204 59 0 30 2 43 2 0 196 0 6 0.4403 0.0098 0.0392 3.433 2.29 8.98 -6.69 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6064 0.3912 0.0024 1 0 0.6068 0.3906 0.0026 1 0 0.6068 0.3904 0.0028
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 41 16 25 10 0 1 0 5 0 0 25 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 15.000 0.40 1.20 -0.80 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5253 0.4289 0.0459 1 0 0.5176 0.4354 0.0469 1 0 0.5056 0.4470 0.0474
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 273 84 189 42 0 0 0 42 0 0 189 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 84.000 1.00 2.98 -1.98 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2731 0.6016 0.1254 1 1 0.2782 0.5941 0.1277 1 1 0.2847 0.5846 0.1307
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.100 1 -46 1 451 95 356 45 5 34 1 10 0 0 356 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 1.765 0.40 3.50 -3.10 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0185 0.9815 0.0000 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.6977 0.3023 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.100 1 -17 2 231 61 170 0 0 1 0 60 0 0 164 0 6 0.0000 0.0000 0.0353 60.000 14.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2605 0.7395 2 2 0.0000 0.2739 0.7261 2 2 0.0000 0.2929 0.7071
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 798 159 639 92 0 2 0 65 0 0 637 0 2 0.5786 0.0000 0.0031 78.500 0.32 1.63 -1.32 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8106 0.1879 0.0015 1 0 0.8046 0.1935 0.0018 1 0 0.7960 0.2016 0.0023
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 370 87 283 0 0 1 0 86 0 0 283 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 86.000 6.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 370 87 283 0 0 1 0 86 0 0 283 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 86.000 6.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCG 0.006791 0.100 1 3 6 571 147 424 13 2 45 1 86 0 0 418 1 5 0.0884 0.0000 0.0142 2.267 3.08 3.52 -0.45 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 235 105 130 52 0 4 0 49 0 1 129 0 0 0.4952 0.0000 0.0077 25.250 0.13 2.96 -2.82 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4613 0.5310 0.0077 1 1 0.4667 0.5252 0.0081 1 1 0.4733 0.5182 0.0085
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 413 111 302 105 0 3 0 3 0 0 302 0 0 0.9459 0.0000 0.0000 36.000 0.36 3.00 -2.64 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1449 0.8551 0.0000 0 0 0.8307 0.1693 0.0000 0 0 0.9376 0.0624 0.0000
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 440 160 280 42 5 66 4 43 1 0 276 0 3 0.2625 0.0036 0.0143 1.424 2.62 5.16 -2.54 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2773 0.6423 0.0804 1 1 0.2853 0.6330 0.0817 1 1 0.2957 0.6212 0.0831
chr16 11915673 C CCCGCCGCCG 0.001135 0.100 1 9 1 440 160 280 55 30 66 2 7 1 1 276 2 0 0.3438 0.0036 0.0143 1.394 3.44 6.14 -2.71 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.8033 0.1967 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr16 11927441 G GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA 0.000747 0.100 1 42 2 448 131 317 44 0 82 0 5 0 0 315 0 2 0.3359 0.0000 0.0063 0.598 1.36 3.00 -1.64 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.8748 0.1252 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000
chr16 11927872 ATTCTGACCTGTAGGGCCAAAGGAGGGAATGTTTTCACACATAT A 0.011371 0.100 1 -43 2 327 70 257 61 0 3 0 6 0 0 254 0 3 0.8714 0.0000 0.0117 22.333 0.25 29.00 -28.75 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1120 0.8880 0.0000 0 0 0.8387 0.1613 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 142 57 85 0 0 1 0 56 0 0 85 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 56.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr16 23068920 AGAG A 0.000823 0.100 1 -3 2 735 162 573 156 1 5 0 0 0 0 573 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 31.400 0.21 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 23149100 A AGAGGAGGGC 0.000809 0.100 1 9 1 363 103 260 80 2 18 0 3 0 0 259 0 1 0.7767 0.0000 0.0038 4.722 0.95 6.33 -5.38 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9167 0.0833 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.100 1 -12 1 655 222 433 191 3 14 0 14 0 0 433 0 0 0.8604 0.0000 0.0000 14.714 0.14 9.57 -9.44 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0238 0.9762 0.0000 0 0 0.8734 0.1266 0.0000
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 830 171 659 72 1 40 1 57 1 0 658 0 0 0.4211 0.0015 0.0015 3.250 0.43 16.65 -16.22 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6324 0.3557 0.0120 1 0 0.6284 0.3581 0.0134 1 0 0.6224 0.3620 0.0157
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 153 84 69 8 0 1 1 74 0 0 68 0 1 0.0952 0.0000 0.0145 83.000 0.62 2.00 -1.38 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9908 0.0092 2 1 0.0000 0.8076 0.1924
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 1013 249 764 10 3 47 5 184 0 0 763 0 1 0.0402 0.0000 0.0013 4.298 0.20 3.78 -3.58 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 2 0.0000 0.2930 0.7070
chr16 67195890 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 9 2 482 220 262 111 0 53 0 56 0 0 253 0 9 0.5045 0.0000 0.0344 3.151 0.69 7.54 -6.84 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9527 0.0472 0.0001 1 0 0.9474 0.0525 0.0001 1 0 0.9393 0.0605 0.0002
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 814 193 621 29 3 30 13 118 0 0 620 0 1 0.1503 0.0000 0.0016 5.367 3.07 3.07 0.00 7 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr16 67968592 GCCCGCCGCTGTC G 0.500000 0.100 1 -12 2 313 115 198 45 0 28 0 42 0 0 195 0 3 0.3913 0.0000 0.0152 3.107 0.71 11.76 -11.05 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1958 0.6086 0.1956 1 1 0.1998 0.6006 0.1996 1 1 0.2049 0.5905 0.2047
chr16 71922608 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 301 146 155 69 1 25 0 51 0 0 152 0 3 0.4726 0.0000 0.0194 4.840 9.16 5.71 3.45 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5563 0.4202 0.0235 1 0 0.5510 0.4226 0.0263 1 0 0.5433 0.4262 0.0305
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 301 150 151 72 0 17 0 61 0 0 151 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 7.824 4.04 10.56 -6.52 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4161 0.5370 0.0470 1 1 0.4159 0.5329 0.0511 1 1 0.4149 0.5281 0.0570
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.100 1 -3 2 587 134 453 104 5 18 0 7 0 0 453 0 0 0.7761 0.0000 0.0000 6.389 0.88 4.57 -3.69 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1171 0.8829 0.0000 0 0 0.6868 0.3132 0.0000
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.100 1 3 1 593 156 437 106 7 30 0 13 0 0 437 0 0 0.6795 0.0000 0.0000 4.200 0.34 2.92 -2.58 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0542 0.9458 0.0000
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 425 101 324 3 42 23 3 30 0 0 318 1 5 0.0297 0.0000 0.0185 3.348 1.00 7.00 -6.00 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3508 0.5529 0.0963 1 1 0.3502 0.5487 0.1011 1 1 0.3490 0.5435 0.1075
chr16 87604287 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 425 101 324 45 2 24 2 28 0 0 318 1 5 0.4455 0.0000 0.0185 3.125 3.33 7.21 -3.88 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5049 0.4500 0.0451 1 0 0.4990 0.4521 0.0489 1 0 0.4906 0.4550 0.0544
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 425 107 318 39 3 22 6 37 0 1 314 0 3 0.3645 0.0000 0.0126 3.864 5.46 3.03 2.43 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1413 0.5957 0.2631 1 1 0.1460 0.5886 0.2654 1 1 0.1523 0.5796 0.2681
chr16 88430089 TTCCGGCCCCAGAGGTCCCAGC T 0.500000 0.100 1 -21 2 733 161 572 145 0 10 0 6 0 0 570 1 1 0.9006 0.0000 0.0035 15.100 0.30 14.17 -13.87 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3775 0.6225 0.0000 0 0 0.9092 0.0908 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 617 137 480 62 0 4 3 68 0 0 475 0 5 0.4526 0.0000 0.0104 33.250 0.58 7.31 -6.73 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0300 0.4775 0.4925 1 2 0.0332 0.4766 0.4901 1 2 0.0380 0.4760 0.4860
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 612 125 487 58 0 3 5 59 0 0 482 0 5 0.4640 0.0000 0.0103 40.667 0.62 7.83 -7.21 2 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0491 0.5329 0.4180 1 1 0.0533 0.5292 0.4175 1 1 0.0592 0.5249 0.4159
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 612 124 488 59 0 2 0 63 0 0 482 1 5 0.4758 0.0000 0.0123 122.000 0.61 7.87 -7.26 1 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0549 0.5507 0.3944 1 1 0.0593 0.5460 0.3947 1 1 0.0655 0.5403 0.3943
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 689 145 544 8 0 10 0 127 0 0 541 0 3 0.0552 0.0000 0.0055 13.500 0.38 6.99 -6.62 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8834 0.1166 2 2 0.0000 0.2362 0.7638
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 472 118 354 66 0 1 0 51 0 0 354 0 0 0.5593 0.0000 0.0000 117.000 0.45 3.98 -3.53 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5413 0.4314 0.0273 1 0 0.5362 0.4335 0.0303 1 0 0.5286 0.4366 0.0348
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.100 1 6 2 565 144 421 123 2 10 0 9 0 0 420 0 1 0.8542 0.0000 0.0024 13.300 0.28 4.67 -4.38 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0120 0.9880 0.0000 0 1 0.4113 0.5887 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 167 70 97 40 0 2 0 28 0 0 96 0 1 0.5714 0.0000 0.0103 34.000 0.47 3.68 -3.20 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4864 0.4586 0.0549 1 0 0.4804 0.4605 0.0590 1 0 0.4720 0.4632 0.0648
chr17 1229370 GTCCCCGCGGGGAGACTCGGCCTCGGGGTCGGGGCGCCCGGGC G 0.500000 0.100 1 -42 4 652 157 495 83 1 10 1 62 0 0 493 0 2 0.5287 0.0000 0.0040 14.600 1.00 6.00 -5.00 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6014 0.3843 0.0143 1 0 0.5961 0.3875 0.0164 1 0 0.5881 0.3923 0.0195
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.100 1 3 1 222 116 106 88 2 15 0 11 0 0 105 0 1 0.7586 0.0000 0.0094 6.733 0.23 4.55 -4.32 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 0 0.6125 0.3875 0.0000
chr17 3197642 AATCTGCTCATC A 0.000837 0.100 1 -11 3 523 146 377 136 0 2 0 8 0 0 377 0 0 0.9315 0.0000 0.0000 72.000 0.28 9.62 -9.35 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 0 0.9953 0.0047 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr17 5145490 CAT C 0.001034 0.100 1 -2 1 337 143 194 136 1 1 0 5 0 0 194 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 142.000 0.18 2.00 -1.82 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9396 0.0604 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.100 1 -3 1 685 121 564 111 0 5 0 5 0 0 564 0 0 0.9174 0.0000 0.0000 23.200 0.14 4.20 -4.06 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3778 0.6222 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 675 190 485 20 1 37 1 131 0 0 479 0 6 0.1053 0.0000 0.0124 4.135 0.50 3.01 -2.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022
chr17 7289549 CGGGGGCCAGGGGCCTGCT C 0.001073 0.100 1 -18 2 355 110 245 69 0 7 0 34 2 0 236 0 7 0.6273 0.0082 0.0367 14.714 0.06 14.50 -14.44 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9186 0.0814 0.0000 1 0 0.9129 0.0871 0.0000 1 0 0.9047 0.0953 0.0000
chr17 15503228 C CCT 0.500000 0.100 1 2 2 236 33 203 16 0 1 0 16 0 0 203 0 0 0.4848 0.0000 0.0000 32.000 0.31 3.25 -2.94 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2304 0.5392 0.2304 1 1 0.2319 0.5362 0.2319 1 1 0.2338 0.5325 0.2338
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 447 114 333 0 0 12 0 102 0 0 332 0 1 0.0000 0.0000 0.0030 8.500 8.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 855 263 592 20 3 39 7 194 0 0 592 0 0 0.0760 0.0000 0.0000 6.727 0.60 4.13 -3.53 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9871 0.0129
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 852 255 597 19 33 6 16 181 0 0 597 0 0 0.0745 0.0000 0.0000 82.000 0.63 3.98 -3.35 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 736 162 574 141 0 5 0 16 0 0 573 0 1 0.8704 0.0000 0.0017 31.400 0.25 4.25 -4.00 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0168 0.9832 0.0000
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 140 80 60 46 0 3 0 31 0 0 60 0 0 0.5750 0.0000 0.0000 25.667 0.13 1.32 -1.19 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5845 0.3856 0.0299 1 0 0.5759 0.3911 0.0330 1 0 0.5639 0.3985 0.0376
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.100 1 3 4 632 172 460 85 3 10 1 73 0 1 458 0 1 0.4942 0.0000 0.0043 16.200 0.15 3.14 -2.98 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4601 0.5115 0.0285 1 1 0.4602 0.5080 0.0317 1 1 0.4593 0.5042 0.0365
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 177 107 70 58 0 4 0 45 0 0 69 0 1 0.5421 0.0000 0.0143 25.750 0.14 1.38 -1.24 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4747 0.4813 0.0440 1 1 0.4710 0.4811 0.0479 1 1 0.4655 0.4812 0.0534
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.100 1 27 1 818 161 657 114 3 37 0 7 1 0 654 0 2 0.7081 0.0015 0.0046 3.324 1.82 11.71 -9.90 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0245 0.9755 0.0000 0 1 0.4882 0.5118 0.0000
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 405 120 285 111 0 1 0 8 0 0 285 0 0 0.9250 0.0000 0.0000 119.000 0.13 1.62 -1.50 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0494 0.9506 0.0000 0 0 0.5641 0.4359 0.0000
chr17 41084358 GGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACCTGCTGTCGCCCCACCTGCTGTGAGACGACCTGCTGCCACCCTAGGTGCTGCATCTCCAGCTGCTGCCGCCCCAGCTGCTGTATGTCCAGCTGCTGCAA G 0.500000 0.100 1 -135 1 557 260 297 205 6 45 0 4 0 0 296 1 0 0.7885 0.0000 0.0034 4.733 1.91 3.00 -1.09 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8419 0.1581 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 428 94 334 59 0 10 0 25 0 0 334 0 0 0.6277 0.0000 0.0000 8.400 0.46 2.12 -1.66 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9049 0.0940 0.0011 1 0 0.8959 0.1027 0.0014 1 0 0.8825 0.1156 0.0019
chr17 41105490 CTGCAGGACCACCTGCTGCCGCCCCAGCTGTTGTGTATCCAGCTGCTGCAGGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACTTGTTCCCGCCCCAGCTGCTGTCAGACCACCTGT C 0.500000 0.100 1 -120 1 607 235 372 158 1 17 4 55 2 0 370 0 0 0.6723 0.0054 0.0054 12.765 1.70 3.00 -1.30 50 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.100 1 -30 1 571 234 337 140 0 44 0 50 0 0 324 0 13 0.5983 0.0000 0.0386 4.318 0.77 22.02 -21.25 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9974 0.0026 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000 1 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 472 88 384 1 0 9 4 74 0 0 363 1 20 0.0114 0.0000 0.0547 8.667 14.00 9.38 4.62 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0562 0.9438 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 585 175 410 151 1 20 0 3 0 0 408 0 2 0.8629 0.0000 0.0049 7.700 0.27 10.33 -10.06 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0338 0.9662 0.0000 0 0 0.9070 0.0930 0.0000 0 0 0.9849 0.0151 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1279 241 1038 224 0 4 0 13 0 0 1038 0 0 0.9295 0.0000 0.0000 59.250 0.36 3.00 -2.64 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0658 0.9342 0.0000 0 0 0.9259 0.0741 0.0000
chr17 45242067 T TCCG 0.500000 0.100 1 3 2 619 156 463 64 63 23 0 6 0 2 460 1 0 0.4103 0.0000 0.0065 5.783 0.94 2.83 -1.90 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4641 0.5359 0.0000 0 0 0.9029 0.0971 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 621 164 457 71 3 20 3 67 0 0 454 1 2 0.4329 0.0000 0.0066 7.200 1.00 3.37 -2.37 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1867 0.6704 0.1430 1 1 0.1926 0.6584 0.1490 1 1 0.2001 0.6430 0.1569
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 188 71 117 34 0 6 0 31 0 0 117 0 0 0.4789 0.0000 0.0000 10.833 0.21 3.84 -3.63 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2782 0.5684 0.1535 1 1 0.2792 0.5632 0.1576 1 1 0.2802 0.5568 0.1630
chr17 47836758 AAGGAGCTGGAGC A 0.500000 0.100 1 -12 1 626 102 524 69 0 7 0 26 0 0 516 0 8 0.6765 0.0000 0.0153 13.571 0.10 12.12 -12.01 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9056 0.0935 0.0009 1 0 0.8970 0.1019 0.0011 1 0 0.8842 0.1142 0.0016
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 443 105 338 80 0 20 0 5 0 0 338 0 0 0.7619 0.0000 0.0000 4.250 0.14 9.20 -9.06 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2095 0.7905 0.0000 0 0 0.6621 0.3379 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 859 221 638 10 1 16 4 190 0 0 631 1 6 0.0452 0.0000 0.0110 12.812 0.00 2.97 -2.97 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8376 0.1624 2 2 0.0000 0.0628 0.9372
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.100 1 3 2 477 99 378 74 2 20 0 3 0 0 377 0 1 0.7475 0.0000 0.0026 3.950 0.15 3.00 -2.85 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3864 0.6136 0.0000 0 0 0.7541 0.2459 0.0000
chr17 57979225 A ATGT 0.500000 0.100 1 3 1 458 211 247 173 12 18 1 7 1 0 245 1 0 0.8199 0.0040 0.0081 11.294 0.32 2.14 -1.82 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.6735 0.3265 0.0000 0 0 0.9775 0.0225 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 450 171 279 2 0 46 1 122 0 0 278 0 1 0.0117 0.0000 0.0036 2.778 0.00 5.51 -5.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1304 0.8696 2 2 0.0000 0.0165 0.9835 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr17 65536436 ACGGGGGGTGGTG A 0.500000 0.100 1 -12 1 376 136 240 123 0 10 1 2 0 0 240 0 0 0.9044 0.0000 0.0000 12.600 0.15 12.00 -11.85 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5649 0.4351 0.0000 0 0 0.9571 0.0429 0.0000 0 0 0.9838 0.0162 0.0000
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.100 1 -2 2 190 63 127 56 0 4 0 3 0 0 127 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 14.750 0.07 2.67 -2.60 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0217 0.9783 0.0000 0 1 0.4023 0.5977 0.0000 0 0 0.6883 0.3117 0.0000
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 121 53 68 22 0 2 0 29 0 0 68 0 0 0.4151 0.0000 0.0000 25.500 0.05 1.10 -1.06 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0986 0.5066 0.3948 1 1 0.1031 0.5059 0.3911 1 1 0.1091 0.5050 0.3859
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 214 74 140 37 0 4 0 33 0 0 140 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 17.500 0.05 1.21 -1.16 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2986 0.5663 0.1351 1 1 0.2991 0.5613 0.1396 1 1 0.2995 0.5550 0.1455
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 575 119 456 0 0 5 2 112 0 0 447 0 9 0.0000 0.0000 0.0197 22.800 8.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.100 1 36 2 525 183 342 0 0 135 4 44 0 0 311 2 29 0.0000 0.0000 0.0906 0.348 2.36 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0186 0.9814 2 2 0.0000 0.0208 0.9792
chr17 75262852 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 421 102 319 100 1 0 0 1 0 0 319 0 0 0.9804 0.0000 0.0000 102.000 0.22 1.00 -0.78 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9493 0.0507 0.0000 0 0 0.9817 0.0183 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 820 180 640 109 0 8 2 61 0 0 639 0 1 0.6056 0.0000 0.0016 21.500 0.43 2.39 -1.96 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9496 0.0503 0.0001 1 0 0.9440 0.0558 0.0002 1 0 0.9357 0.0641 0.0003
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 897 212 685 127 1 20 0 64 0 0 674 0 11 0.5991 0.0000 0.0161 9.600 0.57 18.91 -18.34 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9724 0.0275 0.0000 1 0 0.9688 0.0312 0.0000 1 0 0.9631 0.0368 0.0001
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.100 1 -27 1 925 197 728 138 0 3 0 56 0 0 706 3 19 0.7005 0.0000 0.0302 64.667 0.80 23.54 -22.74 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9848 0.0152 0.0000 1 0 0.9824 0.0176 0.0000 1 0 0.9785 0.0215 0.0000
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 2 343 124 219 107 0 1 1 15 0 0 218 0 1 0.8629 0.0000 0.0046 123.000 0.16 3.00 -2.84 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0039 0.9961 0.0000
chr17 75896675 CCGGGGCCGGGAT C 0.500000 0.100 1 -12 4 558 154 404 140 0 12 0 2 0 0 404 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 11.833 0.35 6.00 -5.65 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9365 0.0635 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 1976 498 1478 372 13 67 1 45 1 2 1471 0 4 0.7470 0.0007 0.0047 6.455 1.32 8.78 -7.46 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 1894 490 1404 401 7 22 1 59 2 3 1299 15 85 0.8184 0.0014 0.0748 22.190 1.28 4.95 -3.66 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 82060071 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 321 113 208 96 0 10 0 7 0 0 208 0 0 0.8496 0.0000 0.0000 10.300 0.28 4.00 -3.72 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0655 0.9345 0.0000 0 0 0.5413 0.4587 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 334 82 252 47 0 8 4 23 0 0 252 0 0 0.5732 0.0000 0.0000 8.875 0.34 1.22 -0.88 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7638 0.2283 0.0079 1 0 0.7535 0.2373 0.0092 1 0 0.7390 0.2499 0.0111
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.100 1 6 4 461 107 354 94 0 9 0 4 0 0 354 0 0 0.8785 0.0000 0.0000 12.250 2.86 2.25 0.61 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0919 0.9081 0.0000 0 0 0.9034 0.0966 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.100 1 -6 4 461 113 348 61 1 6 1 44 0 0 348 0 0 0.5398 0.0000 0.0000 17.833 0.67 5.50 -4.83 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7612 0.2388 0.0000 1 0 0.7565 0.2435 0.0000 1 0 0.7498 0.2501 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 142 69 73 0 0 4 0 65 0 0 71 0 2 0.0000 0.0000 0.0274 16.250 2.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.100 1 -2 4 341 73 268 43 0 1 0 29 0 0 268 0 0 0.5890 0.0000 0.0000 72.000 0.44 2.24 -1.80 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7373 0.2626 0.0001 1 0 0.7320 0.2679 0.0001 1 0 0.7247 0.2752 0.0001
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 219 110 109 64 0 3 0 43 0 0 109 0 0 0.5818 0.0000 0.0000 35.667 0.09 4.72 -4.63 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6738 0.3136 0.0127 1 0 0.6636 0.3217 0.0146 1 0 0.6494 0.3329 0.0177
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 123 70 53 67 0 1 0 2 0 0 53 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 69.000 0.12 3.00 -2.88 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2631 0.7369 0.0000 0 0 0.7715 0.2285 0.0000 0 0 0.8774 0.1226 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 238 126 112 64 0 3 0 59 0 0 108 0 4 0.5079 0.0000 0.0357 41.000 0.16 3.47 -3.32 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1924 0.6498 0.1578 1 1 0.1976 0.6390 0.1633 1 1 0.2042 0.6254 0.1705
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 432 126 306 57 2 8 1 58 0 0 306 0 0 0.4524 0.0000 0.0000 14.750 1.25 8.88 -7.63 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1794 0.6407 0.1799 1 1 0.1845 0.6306 0.1849 1 1 0.1909 0.6177 0.1914
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 270 161 109 0 0 4 1 156 0 0 109 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 39.250 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 677 162 515 85 0 6 1 70 0 0 508 0 7 0.5247 0.0000 0.0136 26.000 0.19 13.03 -12.84 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2880 0.6401 0.0719 1 1 0.2930 0.6298 0.0772 1 1 0.2989 0.6166 0.0845
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 412 99 313 7 0 14 6 72 0 1 310 1 1 0.0707 0.0000 0.0096 6.462 2.86 5.07 -2.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 2 1 0.0000 0.7580 0.2420
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 160 79 81 3 0 7 2 67 0 0 81 0 0 0.0380 0.0000 0.0000 10.286 1.67 2.97 -1.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9561 0.0439 2 2 0.0000 0.4349 0.5651 2 2 0.0000 0.1940 0.8060
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 137 77 60 33 4 5 0 35 0 0 59 0 1 0.4286 0.0000 0.0167 14.400 0.27 2.97 -2.70 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2265 0.5874 0.1861 1 1 0.2293 0.5809 0.1899 1 1 0.2327 0.5727 0.1946
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.100 1 6 1 627 162 465 148 0 8 0 6 2 0 462 0 1 0.9136 0.0043 0.0065 19.250 0.89 6.33 -5.44 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1320 0.8680 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.100 1 4 1 545 98 447 91 0 1 0 6 0 0 447 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 97.000 1.04 7.00 -5.96 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2852 0.7148 0.0000 0 0 0.8157 0.1843 0.0000
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.100 1 -27 1 399 102 297 96 0 2 0 4 0 0 296 0 1 0.9412 0.0000 0.0034 50.000 1.18 27.25 -26.07 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0071 0.9929 0.0000 0 0 0.6801 0.3199 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr19 1085846 A AGGACGG 0.001288 0.100 1 6 3 309 71 238 32 0 11 1 27 0 0 236 0 2 0.4507 0.0000 0.0084 5.364 0.19 4.85 -4.66 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4839 0.5157 0.0004 1 1 0.4873 0.5123 0.0004 1 1 0.4914 0.5082 0.0004
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 152 62 90 0 0 4 0 58 0 0 89 0 1 0.0000 0.0000 0.0111 14.500 4.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1402 0.8598 2 2 0.0000 0.1476 0.8524 2 2 0.0000 0.1585 0.8415
chr19 1827021 TGGAGGAGGAGGA T 0.000440 0.100 1 -12 2 354 77 277 35 0 9 0 33 0 0 277 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 7.556 0.71 9.45 -8.74 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4661 0.5338 0.0001 1 1 0.4704 0.5294 0.0001 1 1 0.4758 0.5240 0.0001
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 361 135 226 0 0 16 58 61 0 0 222 2 2 0.0000 0.0000 0.0177 7.438 4.52 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 361 138 223 2 1 75 2 58 0 0 221 0 2 0.0145 0.0000 0.0090 0.940 1.50 6.50 -5.00 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9667 0.0333 2 1 0.0000 0.7462 0.2538 2 1 0.0000 0.5658 0.4342
chr19 2253751 GGCGCGGTCTGCGCCTTCTTGC G 0.000218 0.100 1 -21 1 291 108 183 99 0 4 0 5 0 0 182 0 1 0.9167 0.0000 0.0055 26.000 0.70 8.40 -7.70 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5351 0.4649 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.100 1 3 1 709 175 534 86 2 33 1 53 0 0 532 0 2 0.4914 0.0000 0.0037 4.273 0.47 3.17 -2.70 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9082 0.0915 0.0003 1 0 0.9023 0.0974 0.0004 1 0 0.8936 0.1059 0.0005
chr19 6754316 G GCAGCGC 0.000687 0.100 1 6 2 429 117 312 58 0 21 0 38 0 0 305 1 6 0.4957 0.0000 0.0224 4.571 0.34 5.32 -4.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6939 0.3061 0.0000 1 0 0.6911 0.3089 0.0000 1 0 0.6869 0.3130 0.0000
chr19 7520777 TTGATCCTGTGCCCAGCCCAGACCC T 0.000409 0.100 1 -24 2 296 72 224 32 0 15 1 24 0 0 224 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 3.800 0.22 12.42 -12.20 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6021 0.3979 0.0001 1 0 0.6007 0.3992 0.0001 1 0 0.5986 0.4013 0.0001
chr19 7689204 GA G 0.000211 0.100 1 -1 1 201 71 130 37 0 1 0 33 0 0 130 0 0 0.5211 0.0000 0.0000 70.000 0.11 1.09 -0.98 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5132 0.4867 0.0000 1 0 0.5159 0.4841 0.0001 1 0 0.5190 0.4809 0.0001
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 400 110 290 52 0 5 1 52 0 0 289 0 1 0.4727 0.0000 0.0034 21.000 0.19 3.13 -2.94 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2862 0.6579 0.0559 1 1 0.2952 0.6479 0.0569 1 1 0.3070 0.6351 0.0580
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 266 61 205 34 0 1 0 26 0 0 199 0 6 0.5574 0.0000 0.0293 60.000 0.09 5.42 -5.33 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.5587 0.1060 1 1 0.3379 0.5536 0.1085 1 1 0.3410 0.5473 0.1117
chr19 9324201 TAAC T 0.000561 0.100 1 -3 2 127 62 65 61 0 0 0 1 0 0 65 0 0 0.9839 0.0000 0.0000 62.000 1.00 3.00 -2.00 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 736 264 472 13 1 35 116 99 0 1 460 5 6 0.0492 0.0000 0.0254 6.543 0.15 3.42 -3.27 11 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9839 0.0161 2 2 0.0000 0.2157 0.7843
chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.100 1 -6 1 736 269 467 16 3 126 3 121 0 0 459 2 6 0.0595 0.0000 0.0171 1.137 0.25 6.60 -6.35 14 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.100 1 -3 1 436 172 264 0 0 25 86 61 0 0 255 6 3 0.0000 0.0000 0.0341 6.125 3.39 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 436 174 262 0 2 83 0 89 0 0 255 1 6 0.0000 0.0000 0.0267 1.139 6.61 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0688 0.9312 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0450 0.9550
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.100 1 18 1 318 87 231 45 0 13 0 29 0 0 228 0 3 0.5172 0.0000 0.0130 5.692 0.13 10.90 -10.76 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7126 0.2872 0.0002 1 0 0.7082 0.2915 0.0003 1 0 0.7020 0.2977 0.0003
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 523 109 414 0 0 7 0 102 0 0 413 0 1 0.0000 0.0000 0.0024 14.571 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 17286668 G GTT 0.000535 0.100 1 2 1 382 105 277 20 26 34 4 21 0 0 276 1 0 0.1905 0.0000 0.0036 2.233 3.30 2.57 0.73 6 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7525 0.2474 0.0000 1 0 0.7468 0.2532 0.0000 1 0 0.7388 0.2612 0.0000
chr19 17286684 GTGTGTGTT G 0.020051 0.100 1 -8 1 381 90 291 6 13 12 5 54 0 0 291 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 6.909 1.83 5.83 -4.00 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0080 0.5890 0.4030 1 1 0.0097 0.6290 0.3613 1 1 0.0069 0.8199 0.1732
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.100 1 -3 2 306 102 204 53 0 6 0 43 0 0 204 0 0 0.5196 0.0000 0.0000 16.000 0.04 3.26 -3.22 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6009 0.3912 0.0079 1 0 0.5999 0.3916 0.0085 1 0 0.5980 0.3926 0.0094
chr19 22317080 ACCAAAGCTTTTAAGCAATCCTCACACCTTACTAGACAAAACAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTG A 0.000338 0.100 1 -82 1 105 34 71 31 0 0 0 3 0 0 71 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 34.000 1.00 1.67 -0.67 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9480 0.0520 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.100 1 1 2 135 36 99 16 0 0 0 20 0 0 78 1 20 0.4444 0.0000 0.2121 36.000 1.56 2.15 -0.59 6 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0312 0.5394 0.4294 1 1 0.0361 0.5545 0.4094 1 1 0.0432 0.5755 0.3813
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 292 94 198 70 2 18 0 4 0 0 198 0 0 0.7447 0.0000 0.0000 4.222 0.11 3.25 -3.14 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0933 0.9067 0.0000 0 1 0.3352 0.6648 0.0000
chr19 33301825 G GGCGGGT 0.027007 0.100 1 6 1 476 122 354 101 1 13 0 7 0 0 353 0 1 0.8279 0.0000 0.0028 8.385 0.52 5.00 -4.48 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5406 0.4594 0.0000 0 0 0.9677 0.0323 0.0000
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 533 131 402 5 0 6 1 119 0 0 402 0 0 0.0382 0.0000 0.0000 20.833 0.20 3.12 -2.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9810 0.0190 2 2 0.0000 0.1514 0.8486 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr19 37886681 TTTC T 0.000877 0.100 1 -3 5 391 51 340 29 0 6 0 16 0 0 340 0 0 0.5686 0.0000 0.0000 7.500 0.38 3.44 -3.06 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7440 0.2560 0.0000 1 0 0.7376 0.2623 0.0001 1 0 0.7289 0.2711 0.0001
chr19 38304914 AAGG A 0.000867 0.100 1 -3 1 298 83 215 78 0 3 0 2 0 0 215 0 0 0.9398 0.0000 0.0000 26.667 0.18 4.50 -4.32 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.100 1 -3 3 299 74 225 65 0 7 0 2 0 0 225 0 0 0.8784 0.0000 0.0000 9.571 0.18 4.50 -4.32 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9015 0.0985 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.100 1 24 2 538 142 396 118 1 19 0 4 0 0 387 0 9 0.8310 0.0000 0.0227 6.421 0.26 12.25 -11.99 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 0 0.5722 0.4278 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.100 1 3 1 132 73 59 49 5 13 0 6 0 0 59 0 0 0.6712 0.0000 0.0000 4.615 0.12 3.00 -2.88 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.4478 0.5522 0.0000 0 0 0.9047 0.0953 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 347 132 215 0 0 8 1 123 0 1 204 3 7 0.0000 0.0000 0.0512 15.500 2.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 199 30 169 0 0 1 28 1 0 0 169 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 23.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0644 0.9356 2 2 0.0000 0.0662 0.9338 2 2 0.0000 0.0687 0.9313
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 199 30 169 0 0 20 9 1 0 0 169 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.467 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1173 0.8827 2 2 0.0000 0.1190 0.8810 2 2 0.0000 0.1213 0.8787
chr19 40667960 TTGC T 0.034410 0.100 1 -3 1 438 120 318 103 6 2 2 7 0 0 317 0 1 0.8583 0.0000 0.0031 58.500 4.97 6.14 -1.17 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4056 0.5944 0.0000 0 0 0.9514 0.0486 0.0000
chr19 40667990 CTGT C 0.142266 0.100 1 -3 1 420 127 293 7 13 3 5 99 0 0 293 0 0 0.0551 0.0000 0.0000 37.000 1.00 6.07 -5.07 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.9504 0.0496
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 391 124 267 66 0 4 0 54 0 0 267 0 0 0.5323 0.0000 0.0000 30.000 4.30 1.70 2.60 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5850 0.4013 0.0136 1 0 0.5839 0.4012 0.0149 1 0 0.5818 0.4015 0.0168
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.100 1 -1 1 368 83 285 81 0 0 0 2 0 0 285 0 0 0.9759 0.0000 0.0000 83.000 1.56 2.50 -0.94 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9217 0.0783 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 288 102 186 96 0 0 0 6 0 0 186 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 102.000 0.18 6.83 -6.66 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2219 0.7781 0.0000 0 0 0.7588 0.2412 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 466 150 316 78 0 1 0 71 0 0 315 1 0 0.5200 0.0000 0.0032 149.000 0.13 3.01 -2.89 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2180 0.6714 0.1106 1 1 0.2214 0.6607 0.1179 1 1 0.2254 0.6470 0.1277
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 373 106 267 59 0 3 3 41 0 0 263 2 2 0.5566 0.0000 0.0150 34.333 0.41 2.32 -1.91 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6118 0.3779 0.0104 1 0 0.6099 0.3788 0.0113 1 0 0.6068 0.3806 0.0127
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.100 1 1 1 276 136 140 126 1 6 0 3 0 0 140 0 0 0.9265 0.0000 0.0000 21.667 0.19 2.67 -2.48 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9838 0.0162 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 45145565 GGACTCA G 0.000407 0.100 1 -6 3 573 109 464 96 1 6 0 6 0 0 463 0 1 0.8807 0.0000 0.0022 17.167 0.47 6.50 -6.03 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0568 0.9432 0.0000 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 572 209 363 12 0 47 1 149 0 0 342 0 21 0.0574 0.0000 0.0579 3.447 0.50 6.65 -6.15 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9868 0.0132 2 2 0.0000 0.3742 0.6258
chr19 45761789 A ATCCAGCTCCAGC 0.002328 0.100 1 12 2 572 209 363 13 2 165 3 26 0 0 344 6 13 0.0622 0.0000 0.0523 0.264 1.00 6.73 -5.73 7 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0145 0.9184 0.0671 1 1 0.0097 0.9568 0.0335 2 1 0.0019 0.9935 0.0046
chr19 49016076 AGAG A 0.000057 0.100 1 -3 2 797 204 593 113 1 5 0 85 1 0 591 0 1 0.5539 0.0017 0.0034 39.800 0.76 3.12 -2.36 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8686 0.1314 0.0000 1 0 0.8643 0.1357 0.0000 1 0 0.8581 0.1419 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 355 95 260 54 0 1 0 40 0 0 259 0 1 0.5684 0.0000 0.0038 94.000 0.13 4.08 -3.95 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6679 0.3264 0.0057 1 0 0.6644 0.3294 0.0063 1 0 0.6591 0.3338 0.0071
chr19 49108236 T TCGTGAC 0.000457 0.100 1 6 1 529 157 372 75 0 16 0 66 1 0 371 0 0 0.4777 0.0027 0.0027 8.812 0.61 5.41 -4.80 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5730 0.4269 0.0000 1 0 0.5766 0.4234 0.0000 1 0 0.5804 0.4196 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 791 214 577 77 2 48 59 28 0 0 572 2 3 0.3598 0.0000 0.0087 3.609 0.75 3.75 -3.00 41 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0464 0.6058 0.3478 1 1 0.0513 0.5994 0.3492 1 1 0.0585 0.5914 0.3501
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.100 1 9 1 813 189 624 70 0 52 1 66 0 0 624 0 0 0.3704 0.0000 0.0000 2.635 0.60 7.11 -6.51 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4047 0.5949 0.0004 1 1 0.4143 0.5853 0.0004 1 1 0.4263 0.5733 0.0004
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 525 155 370 0 0 26 0 129 0 0 362 0 8 0.0000 0.0000 0.0216 4.962 6.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.100 1 -18 2 611 265 346 123 0 65 1 76 0 0 346 0 0 0.4642 0.0000 0.0000 3.077 0.20 11.79 -11.59 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9702 0.0298 0.0000 1 0 0.9671 0.0329 0.0000 1 0 0.9623 0.0376 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 605 138 467 4 1 7 116 10 0 0 465 2 0 0.0290 0.0000 0.0043 18.571 0.00 4.20 -4.20 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9882 0.0118 2 2 0.0000 0.2705 0.7295 2 2 0.0000 0.0526 0.9474
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 605 137 468 0 0 7 10 120 0 0 466 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 18.571 3.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.100 1 6 2 532 115 417 102 0 10 0 3 0 0 416 0 1 0.8870 0.0000 0.0024 10.500 0.17 4.33 -4.17 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6563 0.3437 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 525 152 373 70 0 7 3 72 0 0 373 0 0 0.4605 0.0000 0.0000 20.571 0.76 2.72 -1.97 6 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0684 0.6212 0.3104 1 1 0.0722 0.6110 0.3168 1 1 0.0773 0.5983 0.3244
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 147 68 79 66 0 0 0 2 0 0 79 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 68.000 0.08 2.00 -1.92 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1160 0.8840 0.0000 0 0 0.5532 0.4468 0.0000 0 0 0.7242 0.2758 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 381 130 251 75 0 3 0 52 0 0 251 0 0 0.5769 0.0000 0.0000 42.333 0.13 1.79 -1.66 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7602 0.2349 0.0049 1 0 0.7521 0.2421 0.0058 1 0 0.7405 0.2523 0.0072
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 440 117 323 64 0 4 0 49 0 0 322 0 1 0.5470 0.0000 0.0031 28.250 0.11 3.33 -3.22 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5705 0.4069 0.0225 1 0 0.5665 0.4086 0.0249 1 0 0.5603 0.4113 0.0284
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.100 1 -3 1 300 100 200 61 0 1 1 37 0 0 200 0 0 0.6100 0.0000 0.0000 99.000 0.33 3.08 -2.75 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8574 0.1426 0.0000 1 0 0.8510 0.1490 0.0000 1 0 0.8419 0.1581 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 604 153 451 0 0 1 0 152 0 0 450 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 152.000 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 54219171 GGAA G 0.000010 0.100 1 -3 1 303 84 219 13 27 4 1 39 0 0 218 1 0 0.1548 0.0000 0.0046 19.500 2.31 5.67 -3.36 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3443 0.6557 0.0000 1 1 0.3532 0.6468 0.0000 1 1 0.3646 0.6354 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 589 180 409 11 0 16 0 153 0 0 409 0 0 0.0611 0.0000 0.0000 10.250 0.18 1.91 -1.73 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9644 0.0356 2 2 0.0000 0.2480 0.7520
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 656 118 538 98 0 7 0 13 0 0 538 0 0 0.8305 0.0000 0.0000 15.857 0.23 3.00 -2.77 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0318 0.9682 0.0000
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.100 1 4 2 773 147 626 73 0 7 1 66 0 0 625 0 1 0.4966 0.0000 0.0016 20.000 0.15 3.74 -3.59 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4413 0.5535 0.0052 1 1 0.4494 0.5451 0.0055 1 1 0.4592 0.5349 0.0059
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 444 94 350 0 0 17 0 77 0 0 339 0 11 0.0000 0.0000 0.0314 4.529 7.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0122 0.9878 2 2 0.0000 0.0139 0.9861
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 568 152 416 0 0 24 1 127 0 0 383 1 32 0.0000 0.0000 0.0793 5.333 20.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 755 190 565 112 1 31 1 45 0 0 555 2 8 0.5895 0.0000 0.0177 5.097 0.75 9.47 -8.72 90 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9883 0.0117 0.0000 1 0 0.9864 0.0136 0.0000 1 0 0.9833 0.0167 0.0000
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 512 92 420 38 0 7 0 47 0 0 418 0 2 0.4130 0.0000 0.0048 12.143 0.66 4.00 -3.34 12 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0473 0.4661 0.4866 1 2 0.0510 0.4666 0.4824 1 2 0.0563 0.4676 0.4762
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 338 153 185 91 0 0 1 61 0 1 183 0 1 0.5948 0.0000 0.0108 153.000 0.25 2.00 -1.75 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7828 0.2140 0.0032 1 0 0.7731 0.2230 0.0039 1 0 0.7591 0.2358 0.0051
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 88 46 42 21 0 0 0 25 0 0 42 0 0 0.4565 0.0000 0.0000 46.000 0.81 6.08 -5.27 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1093 0.5179 0.3728 1 1 0.1125 0.5157 0.3719 1 1 0.1166 0.5130 0.3704
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 517 187 330 178 2 2 0 5 0 0 330 0 0 0.9519 0.0000 0.0000 91.500 0.08 9.20 -9.12 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1874 0.8126 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 516 190 326 182 0 3 0 5 0 0 326 0 0 0.9579 0.0000 0.0000 62.333 0.08 9.20 -9.12 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2083 0.7917 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 517 198 319 193 0 3 0 2 0 0 318 0 1 0.9747 0.0000 0.0031 65.000 0.11 9.50 -9.39 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9769 0.0231 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 2207450 CGTGGGCTGCGAG C 0.000901 0.100 1 -12 1 325 105 220 101 1 1 0 2 0 0 220 0 0 0.9619 0.0000 0.0000 104.000 0.74 7.00 -6.26 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 3785200 T TTCC 0.003046 0.100 1 3 4 468 77 391 39 0 9 1 28 0 0 389 0 2 0.5065 0.0000 0.0051 7.556 0.64 5.21 -4.57 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6100 0.3896 0.0004 1 0 0.6089 0.3907 0.0004 1 0 0.6070 0.3925 0.0004
chr20 3785245 TTCC T 0.001133 0.100 1 -3 1 463 96 367 54 0 7 0 35 0 0 367 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 12.714 0.41 4.54 -4.14 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8093 0.1907 0.0000 1 0 0.8031 0.1969 0.0000 1 0 0.7944 0.2056 0.0000
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.100 1 -24 4 838 238 600 109 0 32 0 97 0 0 598 1 1 0.4580 0.0000 0.0033 6.645 0.69 8.52 -7.83 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4834 0.5159 0.0007 1 1 0.4934 0.5059 0.0007 1 0 0.5053 0.4939 0.0008
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 701 185 516 168 0 4 0 13 0 0 515 0 1 0.9081 0.0000 0.0019 45.250 0.26 6.15 -5.90 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3475 0.6525 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 440 129 311 0 0 2 1 126 0 0 296 1 14 0.0000 0.0000 0.0482 63.500 3.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr20 41404762 GTCT G 0.000048 0.100 1 -3 3 555 121 434 97 0 14 0 10 0 0 434 0 0 0.8017 0.0000 0.0000 7.643 0.28 4.00 -3.72 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.9845 0.0155 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 922 289 633 19 0 39 11 220 0 0 627 0 6 0.0657 0.0000 0.0095 6.410 0.11 3.34 -3.24 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5581 0.4419
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.100 1 -3 1 581 285 296 135 3 13 11 123 0 0 296 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 21.667 0.23 2.95 -2.72 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3632 0.6364 0.0005 1 1 0.3793 0.6201 0.0005 1 1 0.3996 0.5998 0.0006
chr20 51790423 ACAT A 0.000216 0.100 1 -3 1 694 153 541 144 0 6 0 3 0 0 541 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 24.500 0.49 3.00 -2.51 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 62065006 CGGCGGCGGG C 0.000783 0.100 1 -9 4 320 48 272 21 0 6 1 20 2 1 267 0 2 0.4375 0.0074 0.0184 7.000 2.10 11.75 -9.65 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4661 0.5336 0.0003 1 1 0.4695 0.5302 0.0003 1 1 0.4737 0.5260 0.0003
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 303 53 250 0 0 7 4 42 0 0 244 0 6 0.0000 0.0000 0.0240 6.429 6.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 273 138 135 0 0 1 0 137 0 0 135 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 137.000 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 748 183 565 97 1 2 1 82 0 0 563 0 2 0.5301 0.0000 0.0035 90.500 0.15 5.74 -5.59 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4095 0.5588 0.0317 1 1 0.4122 0.5525 0.0353 1 1 0.4145 0.5450 0.0405
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 202 101 101 4 1 2 0 94 0 0 101 0 0 0.0396 0.0000 0.0000 49.500 1.00 3.30 -2.30 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9918 0.0082 2 2 0.0000 0.4877 0.5123 2 2 0.0000 0.1401 0.8599
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 365 43 322 0 1 3 2 37 0 0 322 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.000 2.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.100 1 -3 1 917 214 703 187 0 17 0 10 0 0 703 0 0 0.8738 0.0000 0.0000 11.588 0.20 4.10 -3.90 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7998 0.2002 0.0000 0 0 0.9953 0.0047 0.0000
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.100 1 -3 1 775 211 564 115 0 22 1 73 0 0 559 0 5 0.5450 0.0000 0.0089 8.591 0.98 4.58 -3.59 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9323 0.0677 0.0000 1 0 0.9280 0.0720 0.0000 1 0 0.9216 0.0784 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 889 153 736 72 3 7 3 68 0 0 732 1 3 0.4706 0.0000 0.0054 24.167 0.65 3.40 -2.74 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1065 0.6706 0.2229 1 1 0.1108 0.6584 0.2308 1 1 0.1163 0.6429 0.2408
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 888 152 736 71 3 9 4 65 0 0 731 2 3 0.4671 0.0000 0.0068 17.500 0.58 3.54 -2.96 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1191 0.6730 0.2079 1 1 0.1233 0.6609 0.2158 1 1 0.1287 0.6455 0.2258
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 435 60 375 1 0 5 0 54 0 0 370 0 5 0.0167 0.0000 0.0133 11.000 5.00 11.63 -6.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2788 0.7212 2 2 0.0000 0.1143 0.8857 2 2 0.0000 0.0842 0.9158
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 344 167 177 1 2 19 0 145 0 0 176 0 1 0.0060 0.0000 0.0056 7.737 1.00 8.17 -7.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr22 17831912 T TTCC 0.001261 0.100 1 3 1 386 110 276 91 1 12 0 6 0 0 276 0 0 0.8273 0.0000 0.0000 8.167 0.34 3.17 -2.83 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr22 20366617 A ATG 0.000432 0.100 1 2 3 337 105 232 73 0 0 0 32 0 0 230 0 2 0.6952 0.0000 0.0086 105.000 0.11 2.12 -2.02 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9658 0.0342 0.0000 1 0 0.9620 0.0380 0.0000 1 0 0.9562 0.0438 0.0000
chr22 20564628 CCAG C 0.002397 0.100 1 -3 1 340 147 193 107 0 27 0 13 0 0 193 0 0 0.7279 0.0000 0.0000 4.444 0.29 2.85 -2.56 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0784 0.9216 0.0000 0 0 0.9469 0.0531 0.0000
chr22 20566526 ACAG A 0.027879 0.100 1 -3 2 743 247 496 172 3 42 2 28 0 0 496 0 0 0.6964 0.0000 0.0000 4.881 0.10 3.11 -3.01 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000
chr22 20858678 G GCCGCCTCCGCCT 0.001452 0.100 1 12 2 433 182 251 80 1 34 0 67 0 0 251 0 0 0.4396 0.0000 0.0000 4.353 0.30 7.48 -7.18 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6593 0.3407 0.0001 1 0 0.6596 0.3404 0.0001 1 0 0.6592 0.3407 0.0001
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 522 108 414 0 0 22 0 86 0 0 402 0 12 0.0000 0.0000 0.0290 3.909 14.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 695 204 491 194 1 3 0 6 0 0 491 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 67.000 0.13 3.00 -2.87 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0472 0.9528 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr22 29489138 G GAAACAA 0.000822 0.100 1 6 2 782 140 642 71 0 15 0 54 0 0 637 0 5 0.5071 0.0000 0.0078 8.333 0.44 5.44 -5.01 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6344 0.3656 0.0000 1 0 0.6349 0.3651 0.0001 1 0 0.6349 0.3650 0.0001
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.100 1 -6 1 425 123 302 69 0 5 0 49 0 0 299 0 3 0.5610 0.0000 0.0099 23.600 0.26 5.88 -5.62 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7479 0.2520 0.0001 1 0 0.7441 0.2558 0.0001 1 0 0.7384 0.2614 0.0001
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 422 190 232 75 0 40 1 74 0 0 230 0 2 0.3947 0.0000 0.0086 3.725 0.64 5.76 -5.12 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2112 0.6951 0.0937 1 1 0.2209 0.6824 0.0967 1 1 0.2335 0.6661 0.1004
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 221 114 107 4 0 7 0 103 0 0 104 0 3 0.0351 0.0000 0.0280 15.286 0.00 3.67 -3.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9849 0.0151 2 2 0.0000 0.4150 0.5850 2 2 0.0000 0.1319 0.8681
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 371 142 229 0 0 8 0 134 0 0 217 1 11 0.0000 0.0000 0.0524 16.750 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 477 183 294 86 0 14 8 75 0 0 293 0 1 0.4699 0.0000 0.0034 12.071 0.14 2.97 -2.83 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2673 0.6734 0.0593 1 1 0.2772 0.6604 0.0624 1 1 0.2897 0.6438 0.0665
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 890 196 694 98 0 1 0 97 3 0 675 1 15 0.5000 0.0043 0.0274 195.000 4.87 9.62 -4.75 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0529 0.7056 0.2415 1 1 0.0590 0.6950 0.2460 1 1 0.0679 0.6813 0.2508
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.100 1 -1 1 754 328 426 226 0 4 1 97 0 0 424 1 1 0.6890 0.0000 0.0047 80.750 0.17 2.78 -2.62 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.100 1 -6 1 652 119 533 55 1 12 0 51 0 0 527 0 6 0.4622 0.0000 0.0113 8.833 1.62 6.98 -5.36 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3192 0.6588 0.0220 1 1 0.3292 0.6484 0.0225 1 1 0.3419 0.6351 0.0230
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.100 1 -27 3 164 62 102 14 0 17 0 31 0 0 96 0 6 0.2258 0.0000 0.0588 2.647 0.00 18.52 -18.52 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0702 0.8866 0.0432 1 1 0.0777 0.8822 0.0401 1 1 0.0885 0.8752 0.0362
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1054 288 766 251 1 26 0 10 0 0 762 0 4 0.8715 0.0000 0.0052 10.077 0.62 15.40 -14.78 97 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2778 0.7222 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000
795 rows