chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2 chr1 945083 CCCTCCTCCTCGT C 0.000573 0.100 1 -12 1 276 88 188 56 0 2 0 30 0 0 188 0 0 0.6364 0.0000 0.0000 43.000 0.34 10.10 -9.76 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8961 0.1039 0.0000 1 0 0.8896 0.1104 0.0000 1 0 0.8804 0.1196 0.0000 chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 380 124 256 95 0 13 0 16 0 0 256 0 0 0.7661 0.0000 0.0000 8.538 0.33 9.81 -9.49 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 578 261 317 179 1 29 0 52 0 0 317 0 0 0.6858 0.0000 0.0000 8.000 0.34 8.67 -8.33 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.5863 0.4137 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 367 139 228 64 4 16 1 54 0 0 226 0 2 0.4604 0.0000 0.0088 7.688 0.30 3.37 -3.07 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4294 0.5236 0.0470 1 1 0.4284 0.5205 0.0511 1 1 0.4262 0.5169 0.0569 chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 553 192 361 90 0 24 0 78 0 0 358 1 2 0.4688 0.0000 0.0083 7.000 0.57 8.28 -7.72 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3265 0.6188 0.0548 1 1 0.3310 0.6095 0.0595 1 1 0.3360 0.5978 0.0662 chr1 11650722 CGCG C 0.500000 0.100 1 -3 1 480 122 358 106 1 8 0 7 0 0 358 0 0 0.8689 0.0000 0.0000 14.250 0.45 2.43 -1.98 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1083 0.8917 0.0000 0 0 0.6675 0.3325 0.0000 chr1 12879725 C CG 0.500000 0.100 1 1 3 789 236 553 135 0 12 1 88 0 0 553 0 0 0.5720 0.0000 0.0000 18.667 0.24 2.23 -1.99 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9417 0.0582 0.0001 1 0 0.9363 0.0635 0.0001 1 0 0.9282 0.0716 0.0002 chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 926 154 772 135 0 8 0 11 0 0 770 0 2 0.8766 0.0000 0.0026 18.250 0.44 2.73 -2.28 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1427 0.8573 0.0000 chr1 16759094 AGCGCTG A 0.500000 0.100 1 -6 2 1929 507 1422 408 1 9 0 89 0 0 1418 0 4 0.8047 0.0000 0.0028 55.333 0.80 8.84 -8.04 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 chr1 16759500 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 1346 284 1062 165 3 17 3 96 0 0 1061 1 0 0.5810 0.0000 0.0009 15.529 1.36 1.89 -0.53 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9912 0.0088 0.0000 1 0 0.9896 0.0104 0.0000 1 0 0.9872 0.0128 0.0000 chr1 27373179 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 251 93 158 53 1 3 0 36 0 0 157 0 1 0.5699 0.0000 0.0063 45.000 0.15 1.42 -1.27 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6283 0.3515 0.0201 1 0 0.6193 0.3580 0.0227 1 0 0.6067 0.3669 0.0264 chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 371 149 222 70 1 15 0 63 0 0 222 0 0 0.4698 0.0000 0.0000 8.933 0.13 2.95 -2.82 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3345 0.5946 0.0710 1 1 0.3369 0.5872 0.0759 1 1 0.3394 0.5779 0.0827 chr1 35738058 TTTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 203 52 151 20 1 7 0 24 0 0 151 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 6.429 2.20 5.25 -3.05 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1611 0.5436 0.2953 1 1 0.1647 0.5403 0.2950 1 1 0.1695 0.5362 0.2943 chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 316 88 228 33 0 10 0 45 0 0 223 0 5 0.3750 0.0000 0.0219 7.800 0.48 3.09 -2.60 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0216 0.3501 0.6283 1 2 0.0242 0.3569 0.6189 1 2 0.0282 0.3661 0.6057 chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 557 136 421 0 0 22 2 112 0 0 420 0 1 0.0000 0.0000 0.0024 5.136 5.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 249 100 149 91 1 6 0 2 0 0 149 0 0 0.9100 0.0000 0.0000 15.500 0.19 3.00 -2.81 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5596 0.4404 0.0000 0 0 0.9213 0.0787 0.0000 0 0 0.9599 0.0401 0.0000 chr1 52033398 CGCCCGCCACCTGAGGTCCCGCGATCGG C 0.500000 0.100 1 -27 1 696 218 478 207 2 5 0 4 0 0 478 0 0 0.9495 0.0000 0.0000 42.600 0.19 27.00 -26.81 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8535 0.1465 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 563 142 421 71 2 23 0 46 0 0 417 0 4 0.5000 0.0000 0.0095 5.087 0.39 5.24 -4.84 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7147 0.2772 0.0081 1 0 0.7053 0.2851 0.0095 1 0 0.6921 0.2962 0.0117 chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.100 1 3 2 970 270 700 122 5 33 0 110 0 0 697 0 3 0.4519 0.0000 0.0043 7.182 0.39 3.57 -3.19 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3726 0.6041 0.0233 1 1 0.3796 0.5940 0.0264 1 1 0.3874 0.5816 0.0310 chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.100 1 6 2 395 120 275 105 0 7 0 8 0 0 275 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 16.143 0.25 6.38 -6.13 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0365 0.9635 0.0000 0 1 0.4901 0.5099 0.0000 chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 716 152 564 93 0 7 0 52 0 0 563 0 1 0.6118 0.0000 0.0018 20.714 1.08 3.63 -2.56 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9276 0.0720 0.0003 1 0 0.9206 0.0789 0.0005 1 0 0.9101 0.0892 0.0007 chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 146 67 79 4 0 2 0 61 0 0 75 0 4 0.0597 0.0000 0.0506 32.500 0.00 3.72 -3.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 1 0.0000 0.7335 0.2665 2 2 0.0000 0.3573 0.6427 chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 423 168 255 89 0 23 0 56 0 0 250 0 5 0.5298 0.0000 0.0196 6.304 0.30 10.80 -10.50 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7911 0.2058 0.0031 1 0 0.7820 0.2142 0.0038 1 0 0.7689 0.2262 0.0049 chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 449 144 305 0 0 11 0 133 0 0 302 0 3 0.0000 0.0000 0.0098 12.091 5.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 182 95 87 48 0 1 0 46 0 0 83 0 4 0.5053 0.0000 0.0460 94.000 0.21 2.93 -2.73 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1555 0.6133 0.2312 1 1 0.1603 0.6050 0.2347 1 1 0.1666 0.5944 0.2390 chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 424 110 314 0 0 9 3 98 0 1 303 0 10 0.0000 0.0000 0.0350 10.889 3.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 773 152 621 93 0 17 8 34 0 0 615 2 4 0.6118 0.0000 0.0097 7.941 0.17 3.24 -3.06 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9533 0.0465 0.0001 1 0 0.9478 0.0520 0.0002 1 0 0.9393 0.0604 0.0003 chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 766 174 592 104 0 11 9 50 0 0 592 0 0 0.5977 0.0000 0.0000 14.545 0.78 4.00 -3.22 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9567 0.0432 0.0001 1 0 0.9515 0.0483 0.0001 1 0 0.9436 0.0561 0.0002 chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 233 96 137 13 0 12 1 70 0 0 135 0 2 0.1354 0.0000 0.0146 7.000 0.00 5.97 -5.97 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1718 491 1227 159 6 171 9 146 14 7 1139 5 62 0.3238 0.0114 0.0717 1.841 2.25 9.95 -7.70 43 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0006 0.2892 0.7102 1 2 0.0008 0.2868 0.7124 1 2 0.0011 0.2854 0.7135 chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1142 258 884 130 0 36 1 91 0 0 878 0 6 0.5039 0.0000 0.0068 6.139 0.43 3.64 -3.21 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7989 0.1998 0.0013 1 0 0.7923 0.2060 0.0017 1 0 0.7824 0.2153 0.0023 chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 234 89 145 1 0 12 6 70 0 0 145 0 0 0.0112 0.0000 0.0000 5.917 0.00 1.36 -1.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1592 0.8408 2 2 0.0000 0.0626 0.9374 2 2 0.0000 0.0467 0.9533 chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 247 96 151 80 0 14 0 2 0 0 151 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 5.857 0.24 9.00 -8.76 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4091 0.5909 0.0000 0 0 0.8660 0.1340 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000 chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 873 296 577 214 0 73 0 9 0 0 573 0 4 0.7230 0.0000 0.0069 3.055 0.18 10.89 -10.71 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0410 0.9590 0.0000 0 0 0.8850 0.1150 0.0000 chr1 153934829 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 543 234 309 104 6 40 5 79 0 0 309 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 64.000 0.20 4.01 -3.81 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4693 0.5105 0.0203 1 1 0.4709 0.5062 0.0230 1 1 0.4717 0.5013 0.0270 chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.100 1 2 1 543 236 307 113 13 27 2 81 0 0 307 0 0 0.4788 0.0000 0.0000 7.259 0.41 3.96 -3.56 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8789 0.1205 0.0006 1 0 0.8715 0.1278 0.0008 1 0 0.8605 0.1384 0.0011 chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 212 83 129 43 0 0 1 39 0 0 128 1 0 0.5181 0.0000 0.0078 83.000 1.70 1.79 -0.10 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2487 0.5944 0.1568 1 1 0.2513 0.5874 0.1613 1 1 0.2543 0.5786 0.1671 chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 729 209 520 0 0 4 0 205 0 0 517 0 3 0.0000 0.0000 0.0058 51.250 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1621 338 1283 0 0 8 0 330 0 0 1272 0 11 0.0000 0.0000 0.0086 41.250 1.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 284 80 204 68 1 7 0 4 0 0 204 0 0 0.8500 0.0000 0.0000 10.286 0.49 0.75 -0.26 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.3109 0.6891 0.0000 0 0 0.6863 0.3137 0.0000 chr1 175160809 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 724 128 596 20 43 4 53 8 0 0 596 0 0 0.1562 0.0000 0.0000 16.750 0.35 6.00 -5.65 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7076 0.2809 0.0115 1 0 0.6968 0.2898 0.0133 1 0 0.6818 0.3021 0.0161 chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 168 58 110 30 0 9 0 19 0 0 110 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 5.444 0.10 4.32 -4.22 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5082 0.4344 0.0574 1 0 0.5004 0.4381 0.0615 1 0 0.4898 0.4430 0.0672 chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 799 202 597 2 0 35 0 165 0 0 549 0 48 0.0099 0.0000 0.0804 4.771 0.00 10.86 -10.86 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 412 228 184 0 0 34 1 193 0 0 171 0 13 0.0000 0.0000 0.0707 5.676 11.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -15 1 412 238 174 5 5 31 5 192 0 0 172 0 2 0.0210 0.0000 0.0115 6.733 1.60 10.98 -9.38 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8362 0.1638 2 2 0.0000 0.0192 0.9808 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 chr1 223363360 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 272 110 162 60 1 14 0 35 0 0 162 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 6.857 0.20 3.31 -3.11 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7993 0.1960 0.0047 1 0 0.7883 0.2060 0.0056 1 0 0.7727 0.2201 0.0072 chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.100 1 -18 1 501 133 368 77 1 52 0 3 0 0 368 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 1.538 0.51 12.00 -11.49 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0631 0.9369 0.0000 0 0 0.6673 0.3327 0.0000 0 0 0.8646 0.1354 0.0000 chr1 230978734 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 5 351 88 263 49 1 5 1 32 0 0 262 0 1 0.5568 0.0000 0.0038 16.600 1.29 3.75 -2.46 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6051 0.3700 0.0248 1 0 0.5963 0.3760 0.0277 1 0 0.5840 0.3841 0.0319 chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 235 111 124 99 0 4 0 8 0 0 123 0 1 0.8919 0.0000 0.0081 26.750 0.13 1.62 -1.49 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 1 0.2767 0.7233 0.0000 chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 608 155 453 6 0 11 1 137 0 0 450 1 2 0.0387 0.0000 0.0066 14.400 1.50 3.42 -1.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 2 0.0000 0.3358 0.6642 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 463 130 333 122 0 1 0 7 0 0 333 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 129.000 0.29 1.00 -0.71 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2059 0.7941 0.0000 0 0 0.8070 0.1930 0.0000 chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 674 170 504 0 0 2 1 167 0 0 501 0 3 0.0000 0.0000 0.0060 83.500 2.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 chr1 247896477 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 340 83 257 43 0 1 0 39 0 0 257 0 0 0.5181 0.0000 0.0000 82.000 0.70 1.23 -0.53 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2887 0.5807 0.1307 1 1 0.2900 0.5746 0.1354 1 1 0.2914 0.5670 0.1416 chr1 247921312 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 693 143 550 135 0 5 0 3 0 0 550 0 0 0.9441 0.0000 0.0000 27.600 1.91 4.00 -2.09 61 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5533 0.4467 0.0000 0 0 0.9720 0.0280 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000 chr1 248273727 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 1159 224 935 132 0 6 0 86 0 0 933 0 2 0.5893 0.0000 0.0021 43.600 0.40 1.28 -0.88 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9283 0.0716 0.0002 1 0 0.9223 0.0775 0.0002 1 0 0.9133 0.0863 0.0003 chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1050 242 808 5 0 1 1 235 0 0 807 0 1 0.0207 0.0000 0.0012 241.000 0.40 1.32 -0.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2708 0.7292 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 1004 303 701 213 2 10 1 77 0 0 701 0 0 0.7030 0.0000 0.0000 29.300 1.33 3.18 -1.85 165 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1271 127 1144 9 0 6 3 109 0 0 1137 0 7 0.0709 0.0000 0.0061 20.000 0.89 2.97 -2.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9745 0.0255 2 1 0.0000 0.5018 0.4982 chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 402 151 251 0 0 6 0 145 0 0 246 0 5 0.0000 0.0000 0.0199 24.167 6.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 212 106 106 95 0 5 0 6 0 0 106 0 0 0.8962 0.0000 0.0000 20.200 0.23 3.83 -3.60 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2128 0.7872 0.0000 0 0 0.7491 0.2509 0.0000 chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 403 141 262 0 0 20 2 119 0 0 252 1 9 0.0000 0.0000 0.0382 6.050 8.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.100 1 18 5 403 141 262 10 6 109 4 12 0 0 253 0 9 0.0709 0.0000 0.0344 0.231 8.10 7.58 0.52 10 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0393 0.4637 0.4970 1 1 0.0433 0.4908 0.4659 1 1 0.0412 0.6009 0.3579 chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 637 208 429 183 0 20 0 5 0 0 429 0 0 0.8798 0.0000 0.0000 9.400 0.33 9.40 -9.07 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2746 0.7254 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 209 55 154 0 0 0 0 55 0 0 151 0 3 0.0000 0.0000 0.0195 55.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0494 0.9506 2 2 0.0000 0.0523 0.9477 2 2 0.0000 0.0565 0.9435 chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 731 138 593 127 0 9 0 2 1 0 592 0 0 0.9203 0.0017 0.0017 14.333 0.36 3.00 -2.64 59 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8890 0.1110 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000 chr2 37084557 C CAGAGAGCTGTCAGGTA 0.500000 0.100 1 16 1 141 79 62 37 0 21 0 21 0 0 60 0 2 0.4684 0.0000 0.0323 2.762 0.16 10.71 -10.55 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5772 0.3868 0.0360 1 0 0.5679 0.3927 0.0394 1 0 0.5551 0.4006 0.0444 chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.100 1 39 1 511 180 331 66 0 55 0 59 0 1 330 0 0 0.3667 0.0000 0.0030 2.273 0.29 1.73 -1.44 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3459 0.5827 0.0713 1 1 0.3477 0.5762 0.0762 1 1 0.3491 0.5679 0.0829 chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.100 1 -3 1 724 187 537 172 1 6 0 8 0 0 537 0 0 0.9198 0.0000 0.0000 30.000 0.25 3.00 -2.75 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5293 0.4707 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000 chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 423 174 249 13 0 16 0 145 0 0 248 0 1 0.0747 0.0000 0.0040 9.875 0.38 3.26 -2.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.7885 0.2115 chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 658 169 489 57 10 32 0 70 0 0 485 0 4 0.3373 0.0000 0.0082 4.419 0.60 3.31 -2.72 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0724 0.6077 0.3199 1 1 0.0775 0.5995 0.3231 1 1 0.0844 0.5891 0.3265 chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 455 90 365 41 0 12 0 37 0 0 364 0 1 0.4556 0.0000 0.0027 6.500 0.17 3.19 -3.02 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2674 0.5851 0.1475 1 1 0.2692 0.5788 0.1520 1 1 0.2713 0.5708 0.1579 chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 1 387 134 253 88 0 13 1 32 0 0 249 0 4 0.6567 0.0000 0.0158 9.308 0.30 8.34 -8.05 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9770 0.0230 0.0000 1 0 0.9733 0.0266 0.0001 1 0 0.9676 0.0323 0.0001 chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 342 117 225 4 0 10 3 100 0 0 223 0 2 0.0342 0.0000 0.0089 10.700 1.75 3.98 -2.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9717 0.0283 2 2 0.0000 0.2720 0.7280 2 2 0.0000 0.0740 0.9260 chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 681 157 524 74 0 22 4 57 0 0 519 0 5 0.4713 0.0000 0.0095 6.136 0.31 3.63 -3.32 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3332 0.5987 0.0681 1 1 0.3360 0.5910 0.0730 1 1 0.3388 0.5813 0.0799 chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 712 188 524 166 1 14 0 7 0 0 524 0 0 0.8830 0.0000 0.0000 12.357 0.33 9.43 -9.10 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.7072 0.2928 0.0000 0 0 0.9735 0.0265 0.0000 chr2 97702739 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 478 194 284 106 0 8 0 80 0 0 284 0 0 0.5464 0.0000 0.0000 23.250 0.43 1.15 -0.72 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7218 0.2740 0.0042 1 0 0.7151 0.2798 0.0051 1 0 0.7051 0.2884 0.0065 chr2 99593872 CG C 0.500000 0.100 1 -1 4 633 144 489 136 0 1 0 7 1 0 488 0 0 0.9444 0.0020 0.0020 143.000 0.92 7.43 -6.51 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3573 0.6427 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000 chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.100 1 -5 2 633 152 481 142 0 3 0 7 1 0 480 0 0 0.9342 0.0021 0.0021 49.667 0.92 7.43 -6.51 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4225 0.5775 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000 chr2 104855612 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 5 284 77 207 41 4 12 4 16 3 1 202 1 0 0.5325 0.0145 0.0242 5.250 1.32 5.06 -3.75 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8343 0.1617 0.0040 1 0 0.8227 0.1724 0.0049 1 0 0.8061 0.1876 0.0062 chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 605 166 439 81 2 4 0 79 0 0 427 0 12 0.4880 0.0000 0.0273 40.500 1.02 18.70 -17.67 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0614 0.6379 0.3007 1 1 0.0665 0.6276 0.3060 1 1 0.0735 0.6145 0.3121 chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 116 56 60 25 0 2 0 29 0 0 60 0 0 0.4464 0.0000 0.0000 27.000 0.28 3.00 -2.72 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1411 0.5469 0.3119 1 1 0.1453 0.5433 0.3114 1 1 0.1508 0.5389 0.3104 chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 576 141 435 53 0 2 0 86 0 0 429 0 6 0.3759 0.0000 0.0138 69.500 0.21 7.45 -7.25 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0004 0.0786 0.9210 1 2 0.0005 0.0858 0.9137 1 2 0.0008 0.0964 0.9028 chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 312 108 204 54 0 13 0 41 0 0 203 0 1 0.5000 0.0000 0.0049 7.308 0.33 6.22 -5.89 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4837 0.4715 0.0448 1 0 0.4792 0.4721 0.0487 1 1 0.4727 0.4730 0.0542 chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 202 54 148 4 1 12 15 22 0 0 147 1 0 0.0741 0.0000 0.0068 2.250 3.00 2.09 0.91 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9383 0.0617 2 1 0.0000 0.7426 0.2574 chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 155 56 99 10 1 10 3 32 0 0 90 0 9 0.1786 0.0000 0.0909 4.500 0.10 6.91 -6.81 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0005 0.6876 0.3119 2 1 0.0001 0.9521 0.0478 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 228 100 128 36 0 22 0 42 0 0 127 0 1 0.3600 0.0000 0.0078 3.545 0.06 10.48 -10.42 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0917 0.5409 0.3674 1 1 0.0964 0.5375 0.3660 1 1 0.1028 0.5334 0.3638 chr2 176130574 G GCGCACC 0.500000 0.100 1 6 1 403 73 330 58 1 11 0 3 0 0 330 0 0 0.7945 0.0000 0.0000 5.636 0.66 4.00 -3.34 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0251 0.9749 0.0000 0 1 0.4384 0.5616 0.0000 0 0 0.7185 0.2815 0.0000 chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 281 131 150 0 0 1 0 130 0 0 144 0 6 0.0000 0.0000 0.0400 130.000 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 777 294 483 191 2 4 0 97 1 0 482 0 0 0.6497 0.0021 0.0021 72.500 0.54 3.18 -2.63 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000 1 0 0.9990 0.0010 0.0000 chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 680 138 542 7 0 4 0 127 0 0 532 0 10 0.0507 0.0000 0.0185 33.500 0.29 3.94 -3.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6480 0.3520 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 274 124 150 9 2 15 44 54 0 0 149 0 1 0.0726 0.0000 0.0067 4.400 1.22 3.11 -1.89 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9255 0.0745 chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 274 130 144 10 2 13 49 56 0 0 144 0 0 0.0769 0.0000 0.0000 6.636 0.70 3.12 -2.42 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9234 0.0766 chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 357 126 231 105 0 9 0 12 0 0 231 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 13.000 0.19 3.08 -2.89 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0687 0.9313 0.0000 chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 575 153 422 1 0 18 4 130 0 0 416 0 6 0.0065 0.0000 0.0142 7.500 15.00 7.76 7.24 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 585 196 389 175 2 6 0 13 0 0 383 0 6 0.8929 0.0000 0.0154 31.500 0.31 23.23 -22.92 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 622 122 500 62 0 9 0 51 0 0 498 0 2 0.5082 0.0000 0.0040 12.556 0.32 3.25 -2.93 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3834 0.5523 0.0644 1 1 0.3833 0.5477 0.0690 1 1 0.3826 0.5421 0.0754 chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 331 137 194 120 1 2 2 12 0 0 194 0 0 0.8759 0.0000 0.0000 66.500 0.43 3.42 -2.98 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1000 0.9000 0.0000 chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 228 85 143 43 0 3 0 39 0 0 142 0 1 0.5059 0.0000 0.0070 27.333 1.02 4.10 -3.08 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2643 0.5899 0.1458 1 1 0.2664 0.5832 0.1504 1 1 0.2688 0.5748 0.1564 chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.100 1 -3 4 480 172 308 94 0 11 0 67 0 0 305 0 3 0.5465 0.0000 0.0097 14.636 0.41 4.30 -3.88 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7029 0.2911 0.0060 1 0 0.6956 0.2972 0.0072 1 0 0.6850 0.3060 0.0090 chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 355 105 250 2 0 22 6 75 0 0 247 0 3 0.0190 0.0000 0.0120 3.773 0.00 3.27 -3.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5382 0.4618 2 2 0.0000 0.1124 0.8876 2 2 0.0000 0.0578 0.9422 chr2 241317535 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 181 53 128 17 17 7 3 9 0 3 124 1 0 0.3208 0.0000 0.0312 4.143 1.88 3.33 -1.45 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7538 0.2346 0.0116 1 0 0.7094 0.2778 0.0128 1 0 0.5217 0.4667 0.0116 chr2 241317535 A ATT 0.500000 0.100 1 2 1 181 53 128 16 18 16 0 3 0 3 124 0 1 0.3019 0.0000 0.0312 2.400 2.00 3.00 -1.00 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0810 0.9190 0.0000 0 1 0.3111 0.6889 0.0000 chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 818 205 613 0 0 5 0 200 0 1 599 0 13 0.0000 0.0000 0.0228 40.000 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 796 183 613 151 1 25 0 6 2 2 608 0 1 0.8251 0.0033 0.0082 6.280 1.00 12.50 -11.50 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.8566 0.1434 0.0000 0 0 0.9893 0.0107 0.0000 chr3 12187460 CTCTTCCTCCTCT C 0.051892 0.100 1 -12 2 295 120 175 61 0 13 0 46 0 0 175 0 0 0.5083 0.0000 0.0000 8.231 0.89 10.76 -9.88 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7113 0.2867 0.0020 1 0 0.7075 0.2903 0.0022 1 0 0.7020 0.2955 0.0026 chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 392 80 312 0 0 1 3 76 0 0 312 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 79.000 5.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 661 238 423 105 10 36 1 86 0 1 398 4 20 0.4412 0.0000 0.0591 5.583 3.43 8.28 -4.85 11 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2252 0.7119 0.0630 1 1 0.2338 0.6974 0.0687 1 1 0.2445 0.6788 0.0767 chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 674 210 464 155 2 36 2 15 0 0 463 0 1 0.7381 0.0000 0.0022 4.833 0.17 2.67 -2.50 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0195 0.9805 0.0000 chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 926 256 670 0 0 13 0 243 0 0 668 0 2 0.0000 0.0000 0.0030 18.692 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 344 137 207 0 0 6 2 129 0 0 204 0 3 0.0000 0.0000 0.0145 21.833 3.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 615 152 463 1 0 17 19 115 0 0 459 1 3 0.0066 0.0000 0.0086 7.882 1.00 3.34 -2.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 321 60 261 0 0 13 0 47 0 0 260 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 3.615 5.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0797 0.9203 2 2 0.0000 0.0834 0.9166 2 2 0.0000 0.0887 0.9113 chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 431 131 300 17 0 32 0 82 0 0 291 0 9 0.1298 0.0000 0.0300 3.094 0.24 5.74 -5.51 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 167 87 80 4 0 12 0 71 0 0 74 0 6 0.0460 0.0000 0.0750 6.250 0.00 7.41 -7.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9931 0.0069 2 1 0.0000 0.6018 0.3982 2 2 0.0000 0.2370 0.7630 chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 238 82 156 0 0 7 2 73 0 0 152 0 4 0.0000 0.0000 0.0256 10.714 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0212 0.9788 chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 323 141 182 66 5 12 2 56 0 0 180 0 2 0.4681 0.0000 0.0110 10.750 0.21 3.05 -2.84 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4208 0.5325 0.0467 1 1 0.4204 0.5288 0.0508 1 1 0.4190 0.5243 0.0566 chr3 69122345 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 221 72 149 40 0 2 0 30 0 0 147 0 2 0.5556 0.0000 0.0134 35.000 0.12 2.93 -2.81 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4011 0.5167 0.0821 1 1 0.3982 0.5151 0.0867 1 1 0.3940 0.5130 0.0930 chr3 73062330 C CA 0.500000 0.100 1 1 5 498 128 370 76 0 7 0 45 0 0 369 0 1 0.5938 0.0000 0.0027 17.286 0.53 3.80 -3.27 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8413 0.1565 0.0022 1 0 0.8314 0.1658 0.0027 1 0 0.8172 0.1791 0.0036 chr3 73062352 T TTGG 0.500000 0.100 1 3 1 509 126 383 76 0 7 0 43 0 0 383 0 0 0.6032 0.0000 0.0000 17.000 0.38 3.95 -3.57 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8791 0.1197 0.0013 1 0 0.8698 0.1286 0.0016 1 0 0.8564 0.1414 0.0022 chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 854 213 641 127 0 15 0 71 0 0 631 0 10 0.5962 0.0000 0.0156 13.200 1.20 9.48 -8.27 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9450 0.0549 0.0001 1 0 0.9396 0.0602 0.0001 1 0 0.9314 0.0683 0.0002 chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 502 127 375 13 0 8 0 106 0 0 375 0 0 0.1024 0.0000 0.0000 14.875 0.15 1.18 -1.03 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9599 0.0401 chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 349 104 245 12 0 6 0 86 0 0 245 0 0 0.1154 0.0000 0.0000 16.333 0.08 1.20 -1.11 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9708 0.0292 chr3 107772911 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 648 170 478 153 1 10 0 6 0 0 478 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 17.778 0.24 2.67 -2.42 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 0 0.7909 0.2091 0.0000 0 0 0.9746 0.0254 0.0000 chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 99 44 55 6 0 2 1 35 0 0 54 0 1 0.1364 0.0000 0.0182 21.000 0.00 1.09 -1.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9888 0.0112 2 1 0.0000 0.8852 0.1148 chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 394 106 288 61 0 0 0 45 0 0 288 0 0 0.5755 0.0000 0.0000 106.000 0.15 1.36 -1.21 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5778 0.3980 0.0242 1 0 0.5710 0.4020 0.0271 1 0 0.5611 0.4076 0.0313 chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1148 268 880 0 3 64 92 109 0 0 879 0 1 0.0000 0.0000 0.0011 3.125 3.26 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -6 1 1149 277 872 4 2 170 1 100 0 0 871 0 1 0.0144 0.0000 0.0011 0.633 0.00 5.66 -5.66 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9867 0.0133 2 2 0.0000 0.4403 0.5597 2 2 0.0000 0.1377 0.8623 chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1152 286 866 120 17 55 80 14 0 0 865 1 0 0.4196 0.0000 0.0012 4.111 2.55 7.21 -4.66 24 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8907 0.1089 0.0004 1 0 0.8839 0.1156 0.0005 1 0 0.8738 0.1254 0.0007 chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 491 132 359 107 0 21 0 4 0 0 359 0 0 0.8106 0.0000 0.0000 5.286 0.35 12.00 -11.65 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0312 0.9688 0.0000 0 0 0.7475 0.2525 0.0000 0 0 0.9325 0.0675 0.0000 chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 758 159 599 94 1 4 1 59 0 0 599 0 0 0.5912 0.0000 0.0000 38.750 0.27 4.05 -3.78 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8817 0.1175 0.0009 1 0 0.8733 0.1256 0.0011 1 0 0.8610 0.1375 0.0016 chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.100 1 -9 1 338 148 190 84 0 2 1 61 0 0 187 0 3 0.5676 0.0000 0.0158 73.000 0.23 8.26 -8.04 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6044 0.3817 0.0140 1 0 0.5990 0.3850 0.0160 1 0 0.5910 0.3899 0.0191 chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.100 1 3 2 258 78 180 43 0 5 0 30 0 0 179 0 1 0.5513 0.0000 0.0056 14.600 0.93 3.20 -2.27 15 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5082 0.4447 0.0471 1 0 0.5018 0.4473 0.0510 1 0 0.4927 0.4508 0.0565 chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 340 115 225 106 0 1 0 8 0 0 225 0 0 0.9217 0.0000 0.0000 114.000 0.18 3.62 -3.45 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0383 0.9617 0.0000 0 0 0.5023 0.4977 0.0000 chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 187 93 94 54 1 0 0 38 0 0 94 0 0 0.5806 0.0000 0.0000 92.000 0.41 2.58 -2.17 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6130 0.3651 0.0219 1 0 0.6045 0.3710 0.0246 1 0 0.5925 0.3790 0.0285 chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 378 141 237 73 0 4 0 64 0 0 235 0 2 0.5177 0.0000 0.0084 34.250 1.10 2.11 -1.01 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3100 0.6125 0.0774 1 1 0.3134 0.6040 0.0826 1 1 0.3170 0.5933 0.0897 chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 487 122 365 57 0 19 1 45 0 0 363 0 2 0.4672 0.0000 0.0055 5.368 0.35 3.18 -2.83 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3995 0.5361 0.0644 1 1 0.3983 0.5327 0.0690 1 1 0.3962 0.5285 0.0753 chr3 187199724 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 413 103 310 58 0 1 0 44 0 0 310 0 0 0.5631 0.0000 0.0000 102.000 0.22 1.36 -1.14 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5314 0.4357 0.0328 1 0 0.5258 0.4380 0.0362 1 0 0.5176 0.4414 0.0410 chr3 190388282 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 603 169 434 159 0 3 0 7 0 0 433 0 1 0.9408 0.0000 0.0023 55.333 0.27 1.86 -1.59 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3647 0.6353 0.0000 0 0 0.9301 0.0699 0.0000 chr3 195781275 GGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCT G 0.500000 0.100 1 -48 2 5908 1434 4474 954 38 177 21 244 200 189 4061 22 2 0.6653 0.0447 0.0923 7.150 3.49 5.20 -1.71 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 819 191 628 0 0 17 0 174 0 0 604 0 24 0.0000 0.0000 0.0382 10.235 12.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 218 110 108 33 0 23 1 53 0 0 107 0 1 0.3000 0.0000 0.0093 3.783 0.58 8.70 -8.12 11 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0093 0.2546 0.7361 1 2 0.0109 0.2641 0.7250 1 2 0.0133 0.2773 0.7094 chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 218 110 108 35 0 19 8 48 0 0 107 0 1 0.3182 0.0000 0.0093 4.789 0.63 8.60 -7.98 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0094 0.2597 0.7310 1 2 0.0109 0.2690 0.7201 1 2 0.0133 0.2818 0.7049 chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 524 113 411 0 0 0 1 112 0 0 351 1 59 0.0000 0.0000 0.1460 113.000 15.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr4 1728037 ACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATG A 0.021146 0.100 1 -36 1 679 148 531 68 0 35 0 45 0 0 494 0 37 0.4595 0.0000 0.0697 3.229 0.21 16.76 -16.55 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1011 0.8638 0.0351 1 1 0.1115 0.8537 0.0347 1 1 0.1262 0.8396 0.0341 chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.100 1 -6 2 716 277 439 0 1 104 2 170 0 0 418 6 15 0.0000 0.0000 0.0478 1.680 6.91 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.100 1 3 1 720 280 440 181 37 14 34 14 0 4 434 1 1 0.6464 0.0000 0.0136 27.222 5.57 5.79 -0.21 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 580 144 436 78 1 8 0 57 0 0 435 0 1 0.5417 0.0000 0.0023 17.000 1.15 12.23 -11.07 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7914 0.2077 0.0009 1 0 0.7864 0.2126 0.0011 1 0 0.7791 0.2196 0.0013 chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.100 1 3 1 429 95 334 65 7 16 4 3 4 1 329 0 0 0.6842 0.0120 0.0150 5.500 1.86 3.33 -1.47 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.1215 0.8785 0.0000 0 0 0.5069 0.4931 0.0000 chr4 15511381 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 4 361 138 223 69 0 15 0 54 0 0 220 0 3 0.5000 0.0000 0.0135 8.200 0.22 2.98 -2.76 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4500 0.5083 0.0417 1 1 0.4484 0.5060 0.0456 1 1 0.4454 0.5035 0.0511 chr4 15688397 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 1287 268 1019 107 0 3 0 158 0 0 1015 0 4 0.3993 0.0000 0.0039 88.333 0.63 1.47 -0.85 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0311 0.9689 1 2 0.0000 0.0346 0.9653 1 2 0.0000 0.0401 0.9599 chr4 38927132 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 730 209 521 99 0 12 0 98 0 0 520 0 1 0.4737 0.0000 0.0019 16.417 0.48 3.97 -3.48 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1374 0.7252 0.1374 1 1 0.1449 0.7103 0.1448 1 1 0.1545 0.6910 0.1545 chr4 54100743 GCACCACCAT G 0.500000 0.100 1 -9 1 522 156 366 143 1 8 0 4 0 0 366 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 18.500 1.48 7.25 -5.77 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1787 0.8213 0.0000 0 0 0.9503 0.0497 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000 chr4 68337193 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 395 50 345 46 0 2 0 2 0 0 345 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 24.000 0.61 3.50 -2.89 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1091 0.8909 0.0000 0 0 0.5419 0.4581 0.0000 0 0 0.7208 0.2792 0.0000 chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 3 420 115 305 109 1 3 0 2 0 7 298 0 0 0.9478 0.0000 0.0230 37.333 0.94 3.00 -2.06 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8314 0.1686 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 chr4 73258354 TCCGCCTCCACCG T 0.500000 0.100 1 -12 2 583 238 345 115 1 26 1 95 0 0 344 0 1 0.4832 0.0000 0.0029 8.154 0.55 9.59 -9.04 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5299 0.4579 0.0122 1 0 0.5304 0.4555 0.0142 1 0 0.5296 0.4532 0.0172 chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2537 515 2022 170 6 166 7 166 4 3 1990 7 18 0.3301 0.0020 0.0158 2.116 1.45 9.15 -7.70 38 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0134 0.7365 0.2501 1 1 0.0159 0.7187 0.2653 1 1 0.0198 0.6958 0.2843 chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3845 797 3048 404 15 60 11 307 5 26 2984 10 23 0.5069 0.0016 0.0210 13.036 1.80 5.12 -3.32 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9955 0.0045 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000 chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 4208 903 3305 378 24 46 20 435 68 67 2940 183 47 0.4186 0.0206 0.1104 18.756 2.59 8.43 -5.84 46 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0018 0.9982 1 2 0.0000 0.0020 0.9980 1 2 0.0000 0.0022 0.9978 chr4 87615632 TAGCAGTGAC T 0.500000 0.100 1 -9 1 4280 1174 3106 916 45 178 13 22 21 101 2946 31 7 0.7802 0.0068 0.0515 5.615 2.47 6.77 -4.30 210 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0770 0.9230 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 370 111 259 53 0 8 0 50 0 0 252 0 7 0.4775 0.0000 0.0270 12.875 0.25 2.12 -1.87 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1204 0.6136 0.2659 1 1 0.1256 0.6053 0.2691 1 1 0.1326 0.5947 0.2727 chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 179 80 99 50 0 5 0 25 0 0 99 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 15.000 0.22 2.80 -2.58 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8004 0.1940 0.0056 1 0 0.7887 0.2046 0.0067 1 0 0.7721 0.2194 0.0085 chr4 110011233 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 542 166 376 72 0 9 0 85 0 0 376 0 0 0.4337 0.0000 0.0000 17.444 0.06 1.09 -1.04 34 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0336 0.5253 0.4412 1 1 0.0371 0.5213 0.4416 1 1 0.0422 0.5167 0.4410 chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 460 182 278 0 0 19 5 158 0 0 276 0 2 0.0000 0.0000 0.0072 8.579 2.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 507 196 311 12 4 42 4 134 0 0 304 3 4 0.0612 0.0000 0.0225 3.667 1.42 3.53 -2.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9614 0.0386 chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 206 106 100 90 0 9 0 7 0 0 99 0 1 0.8491 0.0000 0.0100 10.778 0.44 5.14 -4.70 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0176 0.9824 0.0000 0 1 0.3170 0.6830 0.0000 chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 287 113 174 0 0 24 0 89 0 0 169 0 5 0.0000 0.0000 0.0287 3.708 5.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 791 143 648 140 0 0 0 3 0 0 648 0 0 0.9790 0.0000 0.0000 143.000 0.17 2.00 -1.83 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6161 0.3839 0.0000 0 0 0.9781 0.0219 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000 chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.100 1 -12 4 214 98 116 53 0 6 0 39 0 0 109 1 6 0.5408 0.0000 0.0603 15.333 0.34 11.51 -11.17 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5153 0.4673 0.0174 1 0 0.5170 0.4646 0.0184 1 0 0.5186 0.4616 0.0199 chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 746 161 585 6 0 26 3 126 0 1 579 0 5 0.0373 0.0000 0.0103 5.192 0.00 3.49 -3.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 2 0.0000 0.4476 0.5524 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 365 55 310 0 0 41 0 14 0 0 302 2 6 0.0000 0.0000 0.0258 0.350 7.21 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2419 0.7581 2 2 0.0000 0.2462 0.7538 2 2 0.0000 0.2522 0.7478 chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 358 110 248 61 1 9 0 39 0 0 246 0 2 0.5545 0.0000 0.0081 11.222 0.38 6.08 -5.70 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6994 0.2897 0.0109 1 0 0.6895 0.2979 0.0127 1 0 0.6755 0.3092 0.0153 chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 540 149 391 0 0 5 0 144 0 0 387 0 4 0.0000 0.0000 0.0102 28.800 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 382 109 273 61 1 14 0 33 0 0 270 0 3 0.5596 0.0000 0.0110 6.714 1.59 20.33 -18.74 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7960 0.1992 0.0048 1 0 0.7850 0.2092 0.0058 1 0 0.7695 0.2232 0.0073 chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 381 83 298 48 0 4 0 31 0 0 293 0 5 0.5783 0.0000 0.0168 26.333 1.65 23.58 -21.93 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4902 0.4621 0.0477 1 0 0.4849 0.4634 0.0517 1 0 0.4773 0.4654 0.0573 chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 164 77 87 73 0 2 0 2 0 0 87 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 37.500 0.12 3.00 -2.88 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3265 0.6735 0.0000 0 0 0.8200 0.1800 0.0000 0 0 0.9054 0.0946 0.0000 chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 231 91 140 42 1 14 1 33 0 0 140 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 5.429 0.17 5.64 -5.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4315 0.5001 0.0684 1 1 0.4278 0.4994 0.0729 1 1 0.4224 0.4986 0.0790 chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 1261 280 981 2 1 31 0 246 0 1 967 2 11 0.0071 0.0000 0.0143 8.032 1.50 3.76 -2.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 389 123 266 8 0 20 0 95 0 0 257 0 9 0.0650 0.0000 0.0338 5.150 0.00 8.24 -8.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9652 0.0348 2 1 0.0000 0.5220 0.4780 chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 200 81 119 74 0 0 0 7 0 0 119 0 0 0.9136 0.0000 0.0000 81.000 0.18 4.00 -3.82 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0228 0.9772 0.0000 0 1 0.2887 0.7113 0.0000 chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 226 89 137 43 0 0 2 44 0 0 133 0 4 0.4831 0.0000 0.0292 89.000 0.19 3.91 -3.72 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0884 0.5580 0.3537 1 1 0.0932 0.5533 0.3535 1 1 0.0998 0.5476 0.3526 chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 226 89 137 42 0 1 3 43 0 0 133 3 1 0.4719 0.0000 0.0292 88.000 0.19 4.00 -3.81 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0791 0.5426 0.3784 1 1 0.0837 0.5390 0.3773 1 1 0.0902 0.5345 0.3753 chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 365 109 256 50 1 8 0 50 0 0 252 0 4 0.4587 0.0000 0.0156 12.625 0.14 8.34 -8.20 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1367 0.6157 0.2476 1 1 0.1418 0.6072 0.2510 1 1 0.1485 0.5965 0.2550 chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 345 124 221 53 0 29 0 42 0 0 217 0 4 0.4274 0.0000 0.0181 3.276 0.72 7.62 -6.90 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3481 0.5650 0.0868 1 1 0.3484 0.5599 0.0917 1 1 0.3482 0.5535 0.0983 chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 641 149 492 11 0 4 0 134 0 0 492 0 0 0.0738 0.0000 0.0000 36.250 0.55 1.89 -1.34 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.6347 0.3653 chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 343 134 209 125 1 2 0 6 0 0 209 0 0 0.9328 0.0000 0.0000 66.000 3.39 5.33 -1.94 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.4760 0.5240 0.0000 0 0 0.9057 0.0943 0.0000 chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 341 136 205 6 1 17 1 111 0 0 204 0 1 0.0441 0.0000 0.0049 7.000 3.50 12.43 -8.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8515 0.1485 2 2 0.0000 0.2663 0.7337 chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 341 124 217 0 80 9 1 34 0 0 216 1 0 0.0000 0.0000 0.0046 12.778 5.82 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9571 0.0428 0.0002 1 0 0.9515 0.0483 0.0002 1 0 0.9431 0.0566 0.0003 chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 382 84 298 3 0 1 1 79 0 0 296 0 2 0.0357 0.0000 0.0067 83.000 1.00 3.97 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9230 0.0770 2 2 0.0000 0.2887 0.7113 2 2 0.0000 0.1137 0.8863 chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 571 89 482 70 1 13 0 5 0 0 482 0 0 0.7865 0.0000 0.0000 5.846 0.31 3.00 -2.69 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1446 0.8554 0.0000 0 0 0.5585 0.4415 0.0000 chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 469 117 352 1 0 18 1 97 0 0 347 1 4 0.0085 0.0000 0.0142 5.500 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0451 0.9549 2 2 0.0000 0.0162 0.9838 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 571 134 437 58 1 24 5 46 2 1 427 3 4 0.4328 0.0046 0.0229 4.583 1.33 4.72 -3.39 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3792 0.5770 0.0439 1 1 0.3850 0.5690 0.0459 1 1 0.3921 0.5592 0.0487 chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 516 110 406 50 6 14 1 39 0 0 400 1 5 0.4545 0.0000 0.0148 6.786 1.52 4.05 -2.53 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5388 0.4378 0.0234 1 0 0.5379 0.4370 0.0251 1 0 0.5360 0.4363 0.0277 chr6 13711474 T TGCG 0.005977 0.100 1 3 1 282 88 194 40 1 14 1 32 0 0 193 0 1 0.4545 0.0000 0.0052 5.214 1.35 3.53 -2.18 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5854 0.4137 0.0008 1 0 0.5854 0.4137 0.0009 1 0 0.5849 0.4141 0.0009 chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1757 463 1294 146 25 155 62 75 0 1 1262 7 24 0.3153 0.0000 0.0247 2.089 0.74 7.79 -7.05 66 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2313 0.7544 0.0143 1 1 0.2487 0.7350 0.0162 1 1 0.2713 0.7097 0.0190 chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 377 97 280 0 0 2 0 95 0 0 280 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 47.500 1.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.100 1 -3 1 2427 487 1940 239 7 51 6 184 2 4 1885 19 30 0.4908 0.0010 0.0284 8.720 1.55 4.47 -2.92 53 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1188 0.8679 0.0134 1 1 0.1336 0.8500 0.0164 1 1 0.1539 0.8250 0.0211 chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 762 161 601 76 0 2 0 83 0 0 601 0 0 0.4720 0.0000 0.0000 79.500 0.33 4.05 -3.72 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0728 0.6356 0.2916 1 1 0.0781 0.6255 0.2964 1 1 0.0853 0.6128 0.3019 chr6 31138080 AG A 0.500000 0.100 1 -1 4 441 144 297 135 2 1 0 6 0 0 297 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 143.000 1.10 1.83 -0.74 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.6136 0.3864 0.0000 0 0 0.9427 0.0573 0.0000 chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 512 134 378 75 1 3 3 52 0 0 378 0 0 0.5597 0.0000 0.0000 43.000 0.45 2.23 -1.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6778 0.3122 0.0101 1 0 0.6695 0.3188 0.0117 1 0 0.6577 0.3281 0.0142 chr6 31412224 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 664 192 472 185 1 2 0 4 0 0 472 0 0 0.9635 0.0000 0.0000 95.000 0.23 2.75 -2.52 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6507 0.3493 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 591 159 432 153 0 1 0 5 1 0 431 0 0 0.9623 0.0023 0.0023 158.000 0.50 11.60 -11.10 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0368 0.9632 0.0000 0 0 0.9143 0.0857 0.0000 0 0 0.9861 0.0139 0.0000 chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 495 153 342 138 0 8 0 7 0 0 342 0 0 0.9020 0.0000 0.0000 18.125 0.59 9.57 -8.98 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3638 0.6362 0.0000 0 0 0.9006 0.0994 0.0000 chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 327 139 188 0 108 21 0 10 0 0 187 0 1 0.0000 0.0000 0.0053 5.619 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1422 0.8578 0.0000 chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 659 251 408 148 10 37 1 55 0 0 407 0 1 0.5896 0.0000 0.0025 5.917 3.67 7.78 -4.11 50 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9984 0.0016 0.0000 chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 659 239 420 169 5 12 0 53 0 0 419 0 1 0.7071 0.0000 0.0024 22.500 4.83 7.94 -3.11 65 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 1 0.0341 0.9659 0.0000 chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 124 51 73 0 17 0 3 31 0 0 72 0 1 0.0000 0.0000 0.0137 34.000 8.84 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0005 0.8350 0.1645 2 1 0.0003 0.8038 0.1959 2 1 0.0002 0.7473 0.2525 chr6 35141212 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 204 64 140 42 0 1 0 21 0 0 140 0 0 0.6562 0.0000 0.0000 63.000 3.98 1.33 2.64 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7377 0.2508 0.0115 1 0 0.7256 0.2611 0.0133 1 0 0.7086 0.2753 0.0160 chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 1116 262 854 126 123 9 1 3 0 0 854 0 0 0.4809 0.0000 0.0000 36.143 0.67 1.67 -0.99 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9795 0.0205 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 325 117 208 55 0 17 0 45 0 0 207 0 1 0.4701 0.0000 0.0048 5.882 0.64 5.73 -5.10 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3979 0.5352 0.0668 1 1 0.3967 0.5319 0.0714 1 1 0.3944 0.5279 0.0777 chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 738 167 571 135 1 24 0 7 0 0 571 0 0 0.8084 0.0000 0.0000 5.958 0.73 3.71 -2.98 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3409 0.6591 0.0000 0 0 0.8916 0.1084 0.0000 chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 830 176 654 39 5 90 0 42 0 1 637 0 16 0.2216 0.0000 0.0260 0.956 13.92 5.93 7.99 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0376 0.4561 0.5063 1 2 0.0412 0.4574 0.5015 1 2 0.0463 0.4593 0.4944 chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 842 221 621 86 2 73 1 59 0 0 616 0 5 0.3891 0.0000 0.0081 2.027 3.14 10.07 -6.93 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6852 0.3071 0.0077 1 0 0.6779 0.3131 0.0090 1 0 0.6672 0.3217 0.0112 chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 138 57 81 52 0 4 0 1 0 0 81 0 0 0.9123 0.0000 0.0000 13.250 0.50 3.00 -2.50 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6055 0.3945 0.0000 0 0 0.8224 0.1776 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000 chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 775 157 618 0 0 8 0 149 0 0 612 0 6 0.0000 0.0000 0.0097 18.625 3.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 357 129 228 82 0 2 0 45 0 0 228 0 0 0.6357 0.0000 0.0000 63.500 0.09 1.09 -1.00 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9125 0.0869 0.0006 1 0 0.9045 0.0947 0.0008 1 0 0.8927 0.1062 0.0011 chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 871 236 635 211 0 8 0 17 0 0 634 0 1 0.8941 0.0000 0.0016 28.500 0.16 3.06 -2.90 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2118 0.7882 0.0000 chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 545 199 346 13 0 36 0 150 0 0 324 0 22 0.0653 0.0000 0.0636 4.528 0.23 15.90 -15.67 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 2 0.0000 0.4994 0.5006 chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 325 137 188 69 0 5 0 63 0 0 188 0 0 0.5036 0.0000 0.0000 26.400 0.12 5.65 -5.53 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2924 0.6181 0.0895 1 1 0.2959 0.6093 0.0948 1 1 0.2998 0.5982 0.1020 chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 206 64 142 35 0 9 0 20 0 0 142 0 0 0.5469 0.0000 0.0000 6.111 0.09 8.20 -8.11 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6085 0.3604 0.0311 1 0 0.5981 0.3676 0.0343 1 0 0.5838 0.3772 0.0390 chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 310 135 175 0 0 17 8 110 0 0 175 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.941 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 chr6 170561925 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 1020 346 674 11 2 69 52 212 0 0 663 11 0 0.0318 0.0000 0.0163 3.942 1.00 3.25 -2.25 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.2443 0.7557 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 1034 353 681 80 13 26 124 110 0 0 681 0 0 0.2266 0.0000 0.0000 13.562 2.08 3.75 -1.68 22 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0002 0.9998 1 2 0.0000 0.0003 0.9997 1 2 0.0000 0.0005 0.9995 chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 240 83 157 10 1 4 0 68 0 0 154 0 3 0.1205 0.0000 0.0191 19.750 0.30 4.18 -3.88 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9702 0.0298 chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 254 92 162 73 0 17 0 2 0 0 162 0 0 0.7935 0.0000 0.0000 4.412 0.47 4.00 -3.53 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3265 0.6735 0.0000 0 0 0.8200 0.1800 0.0000 0 0 0.9054 0.0946 0.0000 chr7 3951786 G GCCT 0.500000 0.100 1 3 2 242 92 150 50 1 7 0 34 0 0 149 0 1 0.5435 0.0000 0.0067 12.000 0.44 3.21 -2.77 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5900 0.3831 0.0269 1 0 0.5816 0.3884 0.0299 1 0 0.5700 0.3957 0.0343 chr7 12351642 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 229 108 121 61 0 1 0 46 0 0 121 0 0 0.5648 0.0000 0.0000 107.000 0.30 1.83 -1.53 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5509 0.4209 0.0282 1 0 0.5449 0.4238 0.0312 1 0 0.5363 0.4280 0.0358 chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 445 102 343 45 3 12 1 41 0 0 342 1 0 0.4412 0.0000 0.0029 7.333 2.11 3.73 -1.62 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3047 0.5806 0.1147 1 1 0.3059 0.5745 0.1196 1 1 0.3070 0.5669 0.1261 chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 340 90 250 46 0 2 0 42 0 0 250 0 0 0.5111 0.0000 0.0000 44.000 0.13 3.14 -3.01 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2838 0.5878 0.1284 1 1 0.2855 0.5813 0.1332 1 1 0.2874 0.5730 0.1396 chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 120 46 74 10 1 1 4 30 0 0 73 0 1 0.2174 0.0000 0.0135 44.000 0.20 1.23 -1.03 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0072 0.2130 0.7799 1 2 0.0070 0.3616 0.6315 2 1 0.0037 0.7270 0.2693 chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 515 122 393 62 0 1 0 59 0 0 392 0 1 0.5082 0.0000 0.0025 121.000 0.19 1.22 -1.03 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2148 0.6408 0.1445 1 1 0.2195 0.6306 0.1499 1 1 0.2253 0.6177 0.1570 chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 203 56 147 27 0 0 0 29 0 0 147 0 0 0.4821 0.0000 0.0000 56.000 0.15 2.93 -2.78 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1824 0.5652 0.2525 1 1 0.1858 0.5603 0.2540 1 1 0.1902 0.5541 0.2557 chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 247 108 139 61 0 4 0 43 0 0 138 0 1 0.5648 0.0000 0.0072 26.000 0.23 2.79 -2.56 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6033 0.3758 0.0209 1 0 0.5956 0.3809 0.0235 1 0 0.5848 0.3878 0.0274 chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 269 85 184 9 0 23 0 53 0 0 182 0 2 0.1059 0.0000 0.0109 2.696 0.33 3.09 -2.76 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9571 0.0429 chr7 70790590 G GCCACCA 0.500000 0.100 1 6 1 809 240 569 105 1 36 0 98 0 0 561 1 7 0.4375 0.0000 0.0141 5.667 0.36 6.06 -5.70 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1323 0.7382 0.1294 1 1 0.1401 0.7228 0.1371 1 1 0.1502 0.7026 0.1472 chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 357 144 213 12 0 2 0 130 0 0 211 0 2 0.0833 0.0000 0.0094 71.000 0.08 2.00 -1.92 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.7847 0.2153 chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 853 219 634 0 1 15 0 203 0 0 622 0 12 0.0000 0.0000 0.0189 13.533 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 245 83 162 35 0 6 0 42 0 0 160 0 2 0.4217 0.0000 0.0123 12.833 0.63 3.29 -2.66 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0707 0.5083 0.4210 1 1 0.0752 0.5071 0.4178 1 1 0.0814 0.5056 0.4130 chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 515 227 288 130 6 85 2 4 0 1 287 0 0 0.5727 0.0000 0.0035 1.647 1.11 4.50 -3.39 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1026 0.8974 0.0000 0 0 0.9120 0.0880 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 799 240 559 113 2 4 0 121 0 0 553 0 6 0.4708 0.0000 0.0107 59.000 0.44 3.65 -3.21 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0300 0.6460 0.3240 1 1 0.0337 0.6340 0.3323 1 1 0.0392 0.6190 0.3418 chr7 100430828 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 1 855 200 655 165 0 25 0 10 0 0 655 0 0 0.8250 0.0000 0.0000 7.000 0.62 3.10 -2.48 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0828 0.9172 0.0000 0 0 0.8304 0.1696 0.0000 chr7 100755390 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 1 227 75 152 41 0 8 0 26 0 0 151 0 1 0.5467 0.0000 0.0066 8.375 0.05 3.27 -3.22 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5684 0.3962 0.0354 1 0 0.5598 0.4014 0.0388 1 0 0.5478 0.4084 0.0438 chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 236 109 127 105 1 1 0 2 0 0 125 0 2 0.9633 0.0000 0.0157 107.000 1.08 17.50 -16.42 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0295 0.9705 0.0000 0 0 0.7368 0.2632 0.0000 0 0 0.9289 0.0711 0.0000 chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 635 187 448 10 0 6 0 171 0 0 447 0 1 0.0535 0.0000 0.0022 30.167 0.00 3.11 -3.11 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8866 0.1134 2 2 0.0000 0.1269 0.8731 chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 438 127 311 0 0 39 2 86 0 0 304 0 7 0.0000 0.0000 0.0225 2.289 6.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 15 1 438 127 311 15 50 37 1 24 0 2 304 1 4 0.1181 0.0000 0.0225 2.500 7.33 3.50 3.83 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9200 0.0793 0.0007 1 0 0.9119 0.0873 0.0009 1 0 0.8998 0.0990 0.0012 chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 736 174 562 0 0 18 0 156 0 0 561 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 8.667 4.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 682 196 486 6 8 24 149 9 0 0 480 6 0 0.0306 0.0000 0.0123 6.833 0.50 2.89 -2.39 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6492 0.3508 2 2 0.0000 0.0909 0.9091 chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 683 195 488 6 1 28 2 158 0 0 481 0 7 0.0308 0.0000 0.0143 5.929 0.50 6.15 -5.65 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 2 0.0000 0.1523 0.8477 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 622 197 425 103 0 32 0 62 0 0 423 0 2 0.5228 0.0000 0.0047 5.156 0.31 16.40 -16.09 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9129 0.0867 0.0004 1 0 0.9055 0.0939 0.0005 1 0 0.8947 0.1045 0.0008 chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 383 184 199 9 0 30 1 144 0 0 193 0 6 0.0489 0.0000 0.0302 5.133 7.00 5.51 1.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8857 0.1143 2 2 0.0000 0.1763 0.8237 chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 384 195 189 163 3 20 0 9 0 0 189 0 0 0.8359 0.0000 0.0000 8.750 4.90 7.00 -2.10 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2098 0.7902 0.0000 0 0 0.9043 0.0957 0.0000 chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 245 77 168 31 0 0 0 46 0 0 166 0 2 0.4026 0.0000 0.0119 77.000 0.29 3.00 -2.71 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0218 0.3456 0.6326 1 2 0.0244 0.3527 0.6229 1 2 0.0283 0.3623 0.6093 chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 920 273 647 108 4 53 5 103 0 0 645 0 2 0.3956 0.0000 0.0031 4.132 0.33 3.19 -2.86 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1458 0.7452 0.1090 1 1 0.1540 0.7295 0.1165 1 1 0.1647 0.7089 0.1264 chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 2063 521 1542 0 0 26 2 493 0 0 1541 0 1 0.0000 0.0000 0.0006 19.000 1.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr7 143756094 C CTA 0.500000 0.100 1 2 1 335 59 276 51 0 0 0 8 0 0 275 0 1 0.8644 0.0000 0.0036 59.000 0.57 4.75 -4.18 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0355 0.9645 0.0000 chr7 143756097 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 1 338 60 278 35 16 1 0 8 0 0 277 0 1 0.5833 0.0000 0.0036 46.000 0.34 4.75 -4.41 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 617 108 509 0 0 4 0 104 0 0 505 0 4 0.0000 0.0000 0.0079 26.000 4.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 184 47 137 20 0 0 0 27 0 0 137 0 0 0.4255 0.0000 0.0000 47.000 0.15 5.11 -4.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0995 0.5017 0.3987 1 1 0.1040 0.5013 0.3947 1 1 0.1100 0.5009 0.3891 chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 760 190 570 96 1 2 1 90 0 0 570 0 0 0.5053 0.0000 0.0000 94.000 0.78 1.13 -0.35 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2444 0.6806 0.0751 1 1 0.2513 0.6679 0.0808 1 1 0.2597 0.6516 0.0887 chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 614 160 454 77 1 2 0 80 0 0 454 0 0 0.4813 0.0000 0.0000 78.500 0.34 1.64 -1.30 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1260 0.6790 0.1950 1 1 0.1323 0.6665 0.2012 1 1 0.1405 0.6505 0.2090 chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 510 85 425 0 0 4 11 70 1 0 393 12 19 0.0000 0.0024 0.0753 27.000 7.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0258 0.9742 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 513 85 428 0 1 7 8 69 0 0 391 17 20 0.0000 0.0000 0.0864 15.000 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 535 80 455 0 0 8 1 71 0 1 378 24 52 0.0000 0.0000 0.1692 9.000 7.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 613 194 419 105 0 0 0 89 0 0 419 0 0 0.5412 0.0000 0.0000 194.000 0.15 1.55 -1.40 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4757 0.5044 0.0199 1 1 0.4770 0.5004 0.0226 1 1 0.4774 0.4960 0.0266 chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 360 84 276 49 0 1 0 34 0 0 274 0 2 0.5833 0.0000 0.0072 83.000 0.45 3.09 -2.64 29 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5229 0.4374 0.0397 1 0 0.5166 0.4401 0.0434 1 0 0.5076 0.4438 0.0486 chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 199 101 98 89 0 8 0 4 0 0 95 0 3 0.8812 0.0000 0.0306 11.625 0.40 6.25 -5.85 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0642 0.9358 0.0000 0 0 0.5381 0.4619 0.0000 chr8 2001252 G GGAGAGC 0.000383 0.100 1 6 4 512 181 331 147 2 22 0 10 0 0 331 0 0 0.8122 0.0000 0.0000 7.182 0.74 4.70 -3.96 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 chr8 7319799 TG T 0.006394 0.100 1 -1 3 273 121 152 113 0 0 0 8 0 0 152 0 0 0.9339 0.0000 0.0000 121.000 0.13 1.00 -0.87 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.8982 0.1018 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000 chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 783 179 604 89 0 18 0 72 0 0 603 0 1 0.4972 0.0000 0.0017 8.944 0.99 6.69 -5.71 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4898 0.4858 0.0244 1 0 0.4880 0.4845 0.0275 1 0 0.4845 0.4835 0.0321 chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 677 164 513 123 0 31 0 10 0 0 513 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 4.290 0.54 6.30 -5.76 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0122 0.9878 0.0000 0 1 0.4149 0.5851 0.0000 chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 313 100 213 11 0 6 0 83 0 0 211 0 2 0.1100 0.0000 0.0094 15.667 0.36 3.02 -2.66 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9577 0.0423 chr8 10554002 TG T 0.027786 0.100 1 -1 2 142 80 62 74 0 1 0 5 0 0 62 0 0 0.9250 0.0000 0.0000 79.000 0.53 1.60 -1.07 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0236 0.9764 0.0000 0 0 0.8742 0.1258 0.0000 0 0 0.9809 0.0191 0.0000 chr8 11808709 G GTCCCACTCCCACTCCCACTCCCAC 0.001696 0.100 1 24 1 563 224 339 173 8 32 0 11 0 0 337 0 2 0.7723 0.0000 0.0059 6.194 6.14 6.91 -0.76 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8418 0.1582 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 563 232 331 13 0 27 0 192 0 0 331 0 0 0.0560 0.0000 0.0000 7.593 5.85 5.84 0.01 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8227 0.1773 2 2 0.0000 0.0244 0.9756 chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 356 147 209 137 0 4 0 6 0 0 209 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 35.750 0.20 7.17 -6.96 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 0 0.8633 0.1367 0.0000 0 0 0.9850 0.0150 0.0000 chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.100 1 3 1 140 55 85 31 1 3 0 20 0 0 85 0 0 0.5636 0.0000 0.0000 17.333 0.23 3.00 -2.77 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7041 0.2922 0.0037 1 0 0.6983 0.2977 0.0040 1 0 0.6904 0.3052 0.0045 chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 557 169 388 83 0 7 0 79 0 0 384 0 4 0.4911 0.0000 0.0103 23.143 0.35 3.29 -2.94 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1901 0.6930 0.1169 1 1 0.1983 0.6797 0.1220 1 1 0.2089 0.6626 0.1285 chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 258 98 160 89 0 4 0 5 0 0 160 0 0 0.9082 0.0000 0.0000 23.500 0.40 2.40 -2.00 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2936 0.7064 0.0000 0 0 0.7521 0.2479 0.0000 chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.100 1 3 1 616 213 403 152 9 45 0 7 0 0 403 0 0 0.7136 0.0000 0.0000 3.733 0.67 3.29 -2.61 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 0 0.9584 0.0416 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.100 1 -7 1 347 87 260 4 0 4 0 79 0 0 259 0 1 0.0460 0.0000 0.0038 20.750 0.25 7.54 -7.29 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 1 0.0000 0.5654 0.4346 2 2 0.0000 0.2117 0.7883 chr8 80486812 TGTC T 0.500000 0.100 1 -3 1 330 99 231 87 2 2 2 6 0 0 231 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 97.000 1.54 3.00 -1.46 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0184 0.9816 0.0000 0 1 0.3169 0.6831 0.0000 chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.100 1 16 1 249 62 187 28 0 10 0 24 0 0 177 0 10 0.4516 0.0000 0.0535 5.200 0.43 11.88 -11.45 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1106 0.5360 0.3535 1 1 0.1151 0.5331 0.3518 1 1 0.1212 0.5296 0.3492 chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 217 76 141 42 0 0 0 34 0 0 140 0 1 0.5526 0.0000 0.0071 76.000 0.19 4.03 -3.84 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3694 0.5384 0.0922 1 1 0.3678 0.5353 0.0969 1 1 0.3654 0.5314 0.1033 chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 640 225 415 133 0 6 0 86 0 0 415 0 0 0.5911 0.0000 0.0000 36.500 2.70 15.88 -13.18 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9473 0.0526 0.0001 1 0 0.9422 0.0577 0.0001 1 0 0.9343 0.0655 0.0002 chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 471 131 340 0 2 18 8 103 0 0 336 0 4 0.0000 0.0000 0.0118 6.278 4.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0625 0.9375 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 chr8 143440216 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 359 127 232 101 7 15 0 4 0 0 232 0 0 0.7953 0.0000 0.0000 7.400 0.30 2.50 -2.20 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0325 0.9675 0.0000 0 0 0.7551 0.2449 0.0000 0 0 0.9349 0.0651 0.0000 chr8 143567371 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 363 96 267 49 1 3 0 43 0 0 267 0 0 0.5104 0.0000 0.0000 31.000 2.94 5.07 -2.13 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3537 0.5579 0.0884 1 1 0.3535 0.5533 0.0932 1 1 0.3526 0.5475 0.0998 chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 995 229 766 92 1 40 0 96 1 0 750 0 15 0.4017 0.0013 0.0209 4.725 0.37 9.60 -9.23 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0166 0.4933 0.4901 1 2 0.0190 0.4895 0.4915 1 2 0.0226 0.4854 0.4920 chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1171 236 935 218 10 5 0 3 0 0 935 0 0 0.9237 0.0000 0.0000 46.200 1.32 3.00 -1.68 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1171 238 933 113 112 10 0 3 0 0 932 0 1 0.4748 0.0000 0.0011 20.000 0.70 3.00 -2.30 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9744 0.0256 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 1221 378 843 123 5 101 15 134 0 0 839 0 4 0.3254 0.0000 0.0047 2.770 0.34 3.09 -2.75 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0131 0.6967 0.2902 1 1 0.0159 0.6928 0.2914 1 1 0.0204 0.6883 0.2914 chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 361 99 262 0 0 14 0 85 0 0 251 0 11 0.0000 0.0000 0.0420 6.071 8.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 830 257 573 8 0 2 1 246 0 0 573 0 0 0.0311 0.0000 0.0000 127.500 0.00 1.79 -1.79 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9941 0.0059 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 710 183 527 82 0 26 0 75 0 0 519 0 8 0.4481 0.0000 0.0152 6.038 0.18 10.65 -10.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1423 0.6914 0.1664 1 1 0.1489 0.6782 0.1730 1 1 0.1574 0.6612 0.1814 chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 374 72 302 12 1 0 0 59 0 0 301 0 1 0.1667 0.0000 0.0033 72.000 0.83 1.14 -0.30 12 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9950 0.0050 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 chr9 66141076 TTAAG T 0.500000 0.100 1 -4 5 170 83 87 68 2 4 0 9 0 0 87 0 0 0.8193 0.0000 0.0000 19.750 0.37 4.56 -4.19 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.0847 0.9153 0.0000 chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 415 124 291 0 0 2 1 121 0 0 279 0 12 0.0000 0.0000 0.0412 61.000 12.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 696 131 565 1 0 12 0 118 0 0 534 0 31 0.0076 0.0000 0.0549 9.917 0.00 10.30 -10.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 chr9 77384631 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 483 161 322 78 2 24 3 54 0 0 322 0 0 0.4845 0.0000 0.0000 5.708 0.17 3.28 -3.11 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7077 0.2848 0.0075 1 0 0.6992 0.2920 0.0088 1 0 0.6869 0.3022 0.0109 chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 470 112 358 7 0 3 1 101 0 0 355 0 3 0.0625 0.0000 0.0084 36.333 0.43 3.62 -3.20 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9010 0.0990 2 2 0.0000 0.3538 0.6462 chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 252 90 162 83 0 2 0 5 0 0 162 0 0 0.9222 0.0000 0.0000 44.000 0.07 4.80 -4.73 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2354 0.7646 0.0000 0 0 0.6939 0.3061 0.0000 chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 300 93 207 0 0 14 8 71 0 0 207 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.643 3.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0188 0.9812 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.100 1 -6 2 300 94 206 3 4 79 0 8 0 0 206 0 0 0.0319 0.0000 0.0000 0.156 0.33 5.50 -5.17 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2264 0.5163 0.2573 1 1 0.2275 0.5152 0.2573 1 1 0.2288 0.5140 0.2572 chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 668 237 431 108 2 2 0 125 1 0 427 1 2 0.4557 0.0023 0.0093 117.500 0.72 3.17 -2.45 26 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0155 0.5373 0.4472 1 1 0.0179 0.5302 0.4519 1 1 0.0214 0.5220 0.4565 chr9 96935372 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 444 201 243 186 0 3 0 12 0 0 243 0 0 0.9254 0.0000 0.0000 66.000 0.21 3.67 -3.46 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0297 0.9703 0.0000 0 0 0.7898 0.2102 0.0000 chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 382 99 283 51 0 14 0 34 0 0 282 1 0 0.5152 0.0000 0.0035 6.071 0.49 4.06 -3.57 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6016 0.3734 0.0250 1 0 0.5930 0.3792 0.0279 1 0 0.5809 0.3870 0.0321 chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 845 146 699 0 2 36 2 106 0 1 694 2 2 0.0000 0.0000 0.0072 3.000 6.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1320 0.8680 2 2 0.0000 0.0319 0.9681 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 chr9 99105255 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 204 113 91 96 0 13 0 4 0 0 91 0 0 0.8496 0.0000 0.0000 7.692 0.75 9.50 -8.75 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0180 0.9820 0.0000 0 0 0.6308 0.3692 0.0000 0 0 0.8900 0.1100 0.0000 chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 523 138 385 84 0 0 0 54 0 1 384 0 0 0.6087 0.0000 0.0026 138.000 0.20 2.61 -2.41 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8437 0.1545 0.0018 1 0 0.8343 0.1634 0.0023 1 0 0.8208 0.1762 0.0031 chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 924 192 732 112 1 0 0 79 0 0 730 0 2 0.5833 0.0000 0.0027 192.000 0.25 4.80 -4.55 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8204 0.1782 0.0014 1 0 0.8125 0.1856 0.0018 1 0 0.8011 0.1964 0.0025 chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 842 209 633 107 0 4 3 95 0 0 633 0 0 0.5120 0.0000 0.0000 50.750 0.21 2.89 -2.69 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3064 0.6474 0.0462 1 1 0.3131 0.6361 0.0508 1 1 0.3209 0.6218 0.0573 chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 250 109 141 0 0 3 0 106 0 0 141 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.333 4.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 452 106 346 0 0 14 1 91 0 0 344 0 2 0.0000 0.0000 0.0058 6.571 6.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 524 123 401 64 0 14 1 44 0 0 400 0 1 0.5203 0.0000 0.0025 7.786 0.45 1.09 -0.64 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6276 0.3553 0.0172 1 0 0.6195 0.3610 0.0195 1 0 0.6081 0.3690 0.0230 chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 484 177 307 141 4 19 0 13 0 1 306 0 0 0.7966 0.0000 0.0033 8.316 0.42 3.54 -3.12 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2198 0.7802 0.0000 chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 477 159 318 82 1 5 0 71 0 0 317 0 1 0.5157 0.0000 0.0031 30.800 0.41 3.90 -3.49 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3905 0.5648 0.0447 1 1 0.3924 0.5587 0.0488 1 1 0.3939 0.5513 0.0547 chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 635 186 449 83 2 11 1 89 0 0 443 0 6 0.4462 0.0000 0.0134 15.727 0.23 7.43 -7.20 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0389 0.5853 0.3758 1 1 0.0429 0.5776 0.3795 1 1 0.0486 0.5681 0.3833 chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 453 139 314 83 10 42 0 4 1 0 312 0 1 0.5971 0.0032 0.0064 2.310 1.24 4.50 -3.26 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3532 0.6468 0.0000 0 0 0.7958 0.2042 0.0000 chr9 133256234 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 514 98 416 46 0 2 0 50 0 0 416 0 0 0.4694 0.0000 0.0000 48.000 1.00 1.54 -0.54 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1255 0.5973 0.2773 1 1 0.1304 0.5901 0.2795 1 1 0.1370 0.5809 0.2821 chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 239 101 138 58 1 1 0 41 0 0 138 0 0 0.5743 0.0000 0.0000 99.000 0.14 2.61 -2.47 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6297 0.3518 0.0185 1 0 0.6211 0.3580 0.0209 1 0 0.6090 0.3665 0.0245 chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 239 101 138 58 1 1 0 41 0 0 138 0 0 0.5743 0.0000 0.0000 99.000 0.14 2.61 -2.47 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6297 0.3518 0.0185 1 0 0.6211 0.3580 0.0209 1 0 0.6090 0.3665 0.0245 chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 266 88 178 79 0 4 0 5 1 1 176 0 0 0.8977 0.0056 0.0112 21.000 0.37 3.00 -2.63 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2178 0.7822 0.0000 0 0 0.6728 0.3272 0.0000 chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 451 129 322 110 0 13 0 6 0 0 321 0 1 0.8527 0.0000 0.0031 8.923 0.40 10.67 -10.27 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1237 0.8763 0.0000 0 0 0.6996 0.3004 0.0000 chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 209 100 109 8 7 19 0 66 0 0 109 0 0 0.0800 0.0000 0.0000 4.263 0.50 3.36 -2.86 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9892 0.0108 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.100 1 -4 1 191 35 156 20 0 2 0 13 0 0 156 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 16.500 0.30 4.62 -4.32 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5714 0.4009 0.0277 1 0 0.5672 0.4038 0.0290 1 0 0.5614 0.4077 0.0308 chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 832 184 648 11 0 20 0 153 0 0 633 0 15 0.0598 0.0000 0.0231 8.200 0.18 5.99 -5.81 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9665 0.0335 2 2 0.0000 0.2596 0.7404 chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 679 153 526 13 0 4 1 135 0 0 520 0 6 0.0850 0.0000 0.0114 37.250 0.00 4.21 -4.21 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9243 0.0757 chr10 27053356 CTCT C 0.017074 0.100 1 -3 1 137 72 65 5 0 0 0 67 0 0 62 0 3 0.0694 0.0000 0.0462 72.000 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.9795 0.0205 chr10 27398605 C CT 0.021536 0.100 1 1 2 942 223 719 17 0 9 0 197 0 0 714 0 5 0.0762 0.0000 0.0070 23.778 0.53 1.42 -0.89 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 547 135 412 118 1 10 1 5 0 0 412 0 0 0.8741 0.0000 0.0000 12.400 0.25 1.00 -0.75 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0097 0.9903 0.0000 0 0 0.7274 0.2726 0.0000 0 0 0.9512 0.0488 0.0000 chr10 49988921 AC A 0.048828 0.100 1 -1 1 707 229 478 215 2 4 0 8 0 0 478 0 0 0.9389 0.0000 0.0000 56.250 0.36 2.50 -2.14 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0270 0.9730 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.100 1 -6 3 115 52 63 30 0 0 0 22 0 0 63 0 0 0.5769 0.0000 0.0000 52.000 1.03 6.36 -5.33 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5793 0.3993 0.0214 1 0 0.5759 0.4015 0.0226 1 0 0.5711 0.4046 0.0243 chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 396 116 280 49 0 23 3 41 0 0 280 0 0 0.4224 0.0000 0.0000 4.043 0.29 3.34 -3.06 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4498 0.5177 0.0325 1 1 0.4529 0.5132 0.0340 1 1 0.4563 0.5077 0.0360 chr10 80081665 C CA 0.104724 0.100 1 1 1 213 35 178 16 2 2 0 15 0 0 177 0 1 0.4571 0.0000 0.0056 15.500 0.12 1.33 -1.21 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4519 0.5093 0.0388 1 1 0.4531 0.5075 0.0394 1 1 0.4546 0.5052 0.0402 chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 635 119 516 0 0 7 0 112 0 0 509 1 6 0.0000 0.0000 0.0136 16.000 5.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 609 189 420 17 0 22 0 150 0 0 410 0 10 0.0899 0.0000 0.0238 7.591 1.12 5.83 -4.71 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9665 0.0335 chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 333 92 241 0 0 9 1 82 0 0 230 0 11 0.0000 0.0000 0.0456 9.111 5.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.100 1 -3 1 145 67 78 58 1 3 0 5 0 0 78 0 0 0.8657 0.0000 0.0000 21.333 0.17 3.00 -2.83 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0094 0.9906 0.0000 0 0 0.7455 0.2545 0.0000 0 0 0.9571 0.0429 0.0000 chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 167 61 106 0 0 4 17 40 0 0 106 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 19.000 3.25 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0235 0.9765 chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 344 125 219 0 2 13 0 110 0 0 218 1 0 0.0000 0.0000 0.0046 8.615 2.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 504 162 342 79 0 8 0 75 0 0 342 0 0 0.4877 0.0000 0.0000 19.250 0.19 1.36 -1.17 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2317 0.6634 0.1049 1 1 0.2374 0.6518 0.1108 1 1 0.2443 0.6370 0.1187 chr11 637361 CGCGGGGGCATCT C 0.071834 0.100 1 -12 2 305 104 201 92 1 6 0 5 0 0 201 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 16.333 0.60 12.00 -11.40 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 0 0.8676 0.1324 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 284 103 181 97 0 2 0 4 0 0 181 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 50.500 0.20 1.75 -1.55 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.6966 0.3034 0.0000 0 0 0.9155 0.0845 0.0000 chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 555 166 389 14 0 8 6 138 0 0 387 1 1 0.0843 0.0000 0.0051 19.750 0.57 2.14 -1.57 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9768 0.0232 chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 899 267 632 93 3 84 2 85 0 0 632 0 0 0.3483 0.0000 0.0000 2.155 0.45 11.25 -10.80 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2699 0.6641 0.0660 1 1 0.2746 0.6535 0.0719 1 1 0.2798 0.6400 0.0803 chr11 2884878 CGGGGCCGGGGCT C 0.000415 0.100 1 -12 2 456 101 355 58 5 12 1 25 0 2 353 0 0 0.5743 0.0000 0.0056 7.333 2.22 10.08 -7.86 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9666 0.0334 0.0000 1 0 0.9627 0.0373 0.0000 1 0 0.9565 0.0435 0.0000 chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 352 87 265 0 0 3 0 84 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 28.000 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 638 211 427 116 0 6 0 89 0 0 427 0 0 0.5498 0.0000 0.0000 34.167 0.18 1.07 -0.89 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7241 0.2724 0.0034 1 0 0.7181 0.2777 0.0042 1 0 0.7091 0.2855 0.0054 chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 235 105 130 48 0 0 3 54 0 0 129 0 1 0.4571 0.0000 0.0077 103.000 0.12 2.06 -1.93 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0646 0.5366 0.3988 1 1 0.0692 0.5331 0.3977 1 1 0.0755 0.5289 0.3956 chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 235 106 129 48 0 54 2 2 0 0 129 0 0 0.4528 0.0000 0.0000 51.000 0.12 2.00 -1.88 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6721 0.3090 0.0189 1 0 0.6605 0.3181 0.0213 1 0 0.6437 0.3313 0.0250 chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 1193 302 891 139 1 9 1 152 0 0 891 0 0 0.4603 0.0000 0.0000 32.556 0.38 1.30 -0.91 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0220 0.6803 0.2978 1 1 0.0252 0.6658 0.3090 1 1 0.0301 0.6476 0.3224 chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1516 358 1158 11 0 7 0 340 0 0 1129 0 29 0.0307 0.0000 0.0250 50.143 0.64 5.76 -5.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1049 262 787 9 0 11 2 240 0 0 785 0 2 0.0344 0.0000 0.0025 22.818 0.00 1.70 -1.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 737 127 610 67 0 4 0 56 0 0 610 0 0 0.5276 0.0000 0.0000 30.750 1.10 4.04 -2.93 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4270 0.5247 0.0482 1 1 0.4260 0.5216 0.0524 1 1 0.4238 0.5180 0.0582 chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.100 1 4 1 681 164 517 155 0 3 0 6 0 0 517 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 53.667 1.37 4.50 -3.13 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 0 0.7947 0.2053 0.0000 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 734 125 609 0 0 12 1 112 0 0 579 0 30 0.0000 0.0000 0.0493 9.417 9.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 241 124 117 55 0 13 7 49 0 0 115 0 2 0.4435 0.0000 0.0171 8.538 0.35 4.27 -3.92 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1326 0.6246 0.2429 1 1 0.1378 0.6155 0.2467 1 1 0.1448 0.6039 0.2513 chr11 9091461 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 241 128 113 60 5 55 0 8 0 0 113 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 1.302 0.35 6.12 -5.78 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.1325 0.8675 0.0000 chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 182 71 111 42 0 0 0 29 0 0 110 0 1 0.5915 0.0000 0.0090 71.000 0.50 3.31 -2.81 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5104 0.4423 0.0473 1 0 0.5038 0.4451 0.0512 1 0 0.4945 0.4488 0.0567 chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 796 249 547 109 0 6 0 134 0 0 543 0 4 0.4378 0.0000 0.0073 40.500 0.25 3.25 -3.00 43 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0023 0.2743 0.7234 1 2 0.0029 0.2780 0.7192 1 2 0.0038 0.2840 0.7122 chr11 56093801 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 832 202 630 187 1 5 1 8 0 0 630 0 0 0.9257 0.0000 0.0000 39.400 0.33 2.88 -2.55 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4655 0.5345 0.0000 0 0 0.9666 0.0334 0.0000 chr11 56093830 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 814 218 596 206 3 3 0 6 0 0 596 0 0 0.9450 0.0000 0.0000 71.333 0.28 3.00 -2.72 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0647 0.9353 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1494 353 1141 8 0 8 3 334 0 0 1129 0 12 0.0227 0.0000 0.0105 43.125 0.00 2.37 -2.37 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4941 0.5059 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.100 1 -8 1 1058 270 788 261 0 4 0 5 0 0 787 0 1 0.9667 0.0000 0.0013 66.500 0.16 8.00 -7.84 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 chr11 58031636 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 700 152 548 145 0 1 0 6 0 0 548 0 0 0.9539 0.0000 0.0000 151.000 0.48 1.17 -0.68 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.6954 0.3046 0.0000 0 0 0.9592 0.0408 0.0000 chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 96 38 58 35 0 0 0 3 0 0 58 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 38.000 0.03 2.00 -1.97 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.1906 0.8094 0.0000 0 1 0.4435 0.5565 0.0000 chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 3 292 95 197 46 0 12 0 37 0 1 196 0 0 0.4842 0.0000 0.0051 6.917 0.37 6.59 -6.23 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4425 0.4964 0.0611 1 1 0.4388 0.4958 0.0654 1 1 0.4334 0.4952 0.0714 chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 277 100 177 14 1 13 1 71 0 0 177 0 0 0.1400 0.0000 0.0000 6.692 0.14 3.56 -3.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 997 274 723 0 0 5 0 269 0 0 721 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 53.800 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 712 145 567 131 0 5 0 9 1 0 566 0 0 0.9034 0.0018 0.0018 28.000 0.69 3.00 -2.31 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0479 0.9521 0.0000 0 0 0.6523 0.3477 0.0000 chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 137 56 81 34 0 0 0 22 0 0 81 0 0 0.6071 0.0000 0.0000 56.000 0.09 3.14 -3.05 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5280 0.4231 0.0489 1 0 0.5199 0.4272 0.0528 1 0 0.5089 0.4328 0.0584 chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 649 175 474 95 0 1 1 78 0 0 471 0 3 0.5429 0.0000 0.0063 173.000 0.16 4.13 -3.97 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4241 0.5450 0.0310 1 1 0.4261 0.5395 0.0344 1 1 0.4276 0.5329 0.0395 chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 563 67 496 65 0 0 0 2 0 0 496 0 0 0.9701 0.0000 0.0000 67.000 0.51 1.50 -0.99 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2453 0.7547 0.0000 0 0 0.7537 0.2463 0.0000 0 0 0.8666 0.1334 0.0000 chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1257 351 906 9 2 77 3 260 0 0 905 1 0 0.0256 0.0000 0.0011 3.532 0.33 7.14 -6.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 2 0.0000 0.0378 0.9622 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 739 207 532 0 0 27 0 180 0 1 531 0 0 0.0000 0.0000 0.0019 6.667 10.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 chr11 124396801 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 890 190 700 84 0 13 0 93 1 0 697 0 2 0.4421 0.0014 0.0043 13.615 0.39 1.15 -0.76 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0475 0.6133 0.3392 1 1 0.0520 0.6042 0.3439 1 1 0.0583 0.5927 0.3490 chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 351 127 224 8 0 5 2 112 0 0 224 0 0 0.0630 0.0000 0.0000 24.200 0.00 5.65 -5.65 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9446 0.0554 2 2 0.0000 0.4049 0.5951 chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 228 94 134 70 3 15 0 6 0 0 134 0 0 0.7447 0.0000 0.0000 5.267 0.11 3.00 -2.89 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0610 0.9390 0.0000 0 1 0.4253 0.5747 0.0000 chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 382 118 264 0 0 12 6 100 0 0 262 0 2 0.0000 0.0000 0.0076 8.833 3.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 363 159 204 148 1 3 0 7 0 0 204 0 0 0.9308 0.0000 0.0000 52.000 0.64 1.00 -0.36 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4075 0.5925 0.0000 0 0 0.9144 0.0856 0.0000 chr12 3638431 A ACCT 0.000009 0.100 1 3 1 384 83 301 70 0 10 0 3 0 0 301 0 0 0.8434 0.0000 0.0000 7.300 0.39 3.33 -2.95 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 592 131 461 72 0 2 0 57 0 0 456 0 5 0.5496 0.0000 0.0108 64.500 0.19 2.89 -2.70 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5418 0.4469 0.0113 1 0 0.5441 0.4436 0.0123 1 0 0.5462 0.4401 0.0137 chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 597 133 464 74 0 2 0 57 0 0 459 0 5 0.5564 0.0000 0.0108 65.500 0.19 2.91 -2.72 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5892 0.4025 0.0083 1 0 0.5898 0.4011 0.0091 1 0 0.5898 0.3999 0.0103 chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 388 133 255 2 0 22 19 90 0 0 255 0 0 0.0150 0.0000 0.0000 5.045 0.00 3.33 -3.33 2 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2079 0.7921 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 4394 1066 3328 547 3 9 0 507 0 0 3312 0 16 0.5131 0.0000 0.0048 117.333 1.30 4.13 -2.83 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0233 0.9764 0.0002 1 1 0.0311 0.9685 0.0004 1 1 0.0442 0.9550 0.0007 chr12 8224771 TG T 0.014915 0.100 1 -1 1 1179 445 734 433 0 1 0 11 0 0 734 0 0 0.9730 0.0000 0.0000 444.000 0.58 2.55 -1.96 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8702 0.1298 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr12 8863966 GGC G 0.048699 0.100 1 -2 2 192 58 134 37 0 0 1 20 0 0 134 0 0 0.6379 0.0000 0.0000 57.000 0.92 2.75 -1.83 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7842 0.2142 0.0015 1 0 0.7770 0.2213 0.0017 1 0 0.7669 0.2311 0.0020 chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 243 88 155 0 0 2 0 86 0 0 150 0 5 0.0000 0.0000 0.0323 43.000 4.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0118 0.9882 chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.100 1 -5 3 616 156 460 86 4 2 2 62 0 0 460 0 0 0.5513 0.0000 0.0000 153.000 0.33 8.89 -8.56 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8499 0.1500 0.0001 1 0 0.8447 0.1552 0.0002 1 0 0.8371 0.1627 0.0002 chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.100 1 -4 1 614 157 457 89 0 4 2 62 0 0 457 0 0 0.5669 0.0000 0.0000 38.250 0.37 8.89 -8.52 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8481 0.1518 0.0001 1 0 0.8429 0.1570 0.0002 1 0 0.8353 0.1645 0.0002 chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 246 112 134 47 1 9 1 54 0 0 132 2 0 0.4196 0.0000 0.0149 11.444 2.17 4.28 -2.11 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0377 0.4822 0.4801 1 1 0.0404 0.4798 0.4798 1 2 0.0441 0.4772 0.4787 chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.100 1 -2 1 468 110 358 66 0 0 0 44 0 0 358 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 110.000 0.47 2.36 -1.89 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8133 0.1849 0.0018 1 0 0.8064 0.1915 0.0021 1 0 0.7966 0.2008 0.0026 chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1771 331 1440 1 0 141 2 187 0 1 1341 2 96 0.0030 0.0000 0.0688 1.348 0.00 4.75 -4.75 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 1428 334 1094 191 0 5 1 137 0 0 1092 0 2 0.5719 0.0000 0.0018 65.800 0.13 1.30 -1.17 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9607 0.0392 0.0000 1 0 0.9579 0.0421 0.0000 1 0 0.9536 0.0464 0.0000 chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 908 210 698 181 0 20 0 9 0 1 697 0 0 0.8619 0.0000 0.0014 9.500 0.49 8.67 -8.17 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4175 0.5825 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000 chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1052 274 778 97 1 67 0 109 0 0 772 0 6 0.3540 0.0000 0.0077 3.090 0.16 12.74 -12.58 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0538 0.8667 0.0795 1 1 0.0616 0.8586 0.0798 1 1 0.0731 0.8471 0.0798 chr12 53938949 C CTTA 0.021360 0.100 1 3 2 297 102 195 52 0 1 0 49 0 0 191 0 4 0.5098 0.0000 0.0205 101.000 0.17 3.14 -2.97 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3431 0.6478 0.0091 1 1 0.3527 0.6380 0.0093 1 1 0.3649 0.6255 0.0095 chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 352 83 269 72 0 3 0 8 0 0 269 0 0 0.8675 0.0000 0.0000 26.667 0.32 1.75 -1.43 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0169 0.9831 0.0000 0 1 0.3100 0.6900 0.0000 chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 378 95 283 84 0 0 0 11 0 0 283 0 0 0.8842 0.0000 0.0000 95.000 0.17 1.18 -1.02 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0693 0.9307 0.0000 chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 147 69 78 0 0 1 0 68 0 0 78 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 68.000 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 305 74 231 31 0 4 0 39 0 0 229 0 2 0.4189 0.0000 0.0087 17.500 0.94 3.85 -2.91 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0807 0.5204 0.3988 1 1 0.0861 0.5200 0.3939 1 1 0.0936 0.5195 0.3870 chr12 70353913 TA T 0.224313 0.100 1 -1 1 273 85 188 7 29 25 10 14 0 0 186 1 1 0.0824 0.0000 0.0106 1.920 2.43 3.86 -1.43 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5306 0.4318 0.0376 1 0 0.5275 0.4330 0.0394 1 0 0.5231 0.4349 0.0420 chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 982 280 702 0 0 20 2 258 0 0 699 0 3 0.0000 0.0000 0.0043 13.000 3.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 115 47 68 23 1 3 1 19 0 0 68 0 0 0.4894 0.0000 0.0000 14.333 0.04 1.11 -1.06 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4265 0.4963 0.0771 1 1 0.4257 0.4950 0.0794 1 1 0.4243 0.4934 0.0824 chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 465 127 338 10 0 24 3 90 0 0 328 1 9 0.0787 0.0000 0.0296 4.292 0.60 5.07 -4.47 8 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 1 0.0000 0.8055 0.1945 chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 9 1 465 127 338 13 36 24 1 53 0 1 328 0 9 0.1024 0.0000 0.0296 4.250 1.46 6.85 -5.39 9 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0375 0.4702 0.4923 1 2 0.0411 0.4704 0.4885 1 2 0.0463 0.4710 0.4826 chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 397 98 299 85 2 8 0 3 0 0 298 1 0 0.8673 0.0000 0.0033 11.250 0.65 3.33 -2.69 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0185 0.9815 0.0000 0 0 0.5477 0.4523 0.0000 0 0 0.8446 0.1554 0.0000 chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -60 3 1789 490 1299 390 6 87 0 7 1 1 1294 0 3 0.7959 0.0008 0.0038 4.621 0.78 3.86 -3.08 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1257 0.8743 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 550 126 424 8 0 9 0 109 0 1 417 0 6 0.0635 0.0000 0.0165 13.000 0.50 8.72 -8.22 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9687 0.0313 2 1 0.0000 0.5047 0.4953 chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 606 193 413 0 0 28 13 152 0 0 413 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.857 3.56 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 249 113 136 49 1 0 0 63 0 0 136 0 0 0.4336 0.0000 0.0000 113.000 0.47 2.35 -1.88 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0371 0.4704 0.4925 1 2 0.0407 0.4706 0.4887 1 2 0.0459 0.4712 0.4829 chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 229 87 142 39 0 11 0 37 0 0 141 0 1 0.4483 0.0000 0.0070 6.909 0.10 5.95 -5.84 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2269 0.5918 0.1813 1 1 0.2298 0.5850 0.1852 1 1 0.2334 0.5764 0.1902 chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 344 111 233 0 0 8 0 103 0 0 227 0 6 0.0000 0.0000 0.0258 12.875 5.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 chr12 121626873 C CA 0.500000 0.100 1 1 4 344 112 232 4 91 0 1 16 0 0 232 0 0 0.0357 0.0000 0.0000 27.000 0.50 2.44 -1.94 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 chr12 121626882 G GT 0.500000 0.100 1 1 2 346 112 234 102 3 2 0 5 0 0 234 0 0 0.9107 0.0000 0.0000 110.000 4.57 3.80 0.77 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.4745 0.5255 0.0000 0 0 0.8658 0.1342 0.0000 chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 333 86 247 48 0 4 0 34 0 0 241 0 6 0.5581 0.0000 0.0243 20.500 0.60 12.74 -12.13 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3849 0.5363 0.0788 1 1 0.3834 0.5331 0.0835 1 1 0.3809 0.5293 0.0899 chr12 122266132 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 686 228 458 197 7 17 1 6 0 0 458 0 0 0.8640 0.0000 0.0000 12.176 1.70 2.67 -0.97 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0422 0.9578 0.0000 0 0 0.9705 0.0295 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 702 160 542 0 0 17 1 142 0 0 524 0 18 0.0000 0.0000 0.0332 8.412 8.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 218 92 126 5 2 25 0 60 0 0 120 0 6 0.0543 0.0000 0.0476 2.680 1.40 3.10 -1.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9669 0.0331 2 1 0.0000 0.7090 0.2910 chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 3 218 92 126 6 1 81 1 3 0 0 123 2 1 0.0652 0.0000 0.0238 0.114 3.17 4.33 -1.17 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2180 0.5134 0.2685 1 1 0.2194 0.5125 0.2681 1 1 0.2210 0.5117 0.2673 chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 186 61 125 1 0 8 9 43 0 0 122 0 3 0.0164 0.0000 0.0240 6.625 7.00 5.53 1.47 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3597 0.6403 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1169 0.8831 chr12 124993835 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 186 61 125 2 1 16 1 41 0 0 122 0 3 0.0328 0.0000 0.0240 3.000 5.50 6.39 -0.89 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9849 0.0151 2 1 0.0000 0.7168 0.2832 2 2 0.0000 0.4375 0.5625 chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 229 53 176 0 0 4 0 49 0 0 168 0 8 0.0000 0.0000 0.0455 12.250 9.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0519 0.9481 2 2 0.0000 0.0548 0.9452 2 2 0.0000 0.0592 0.9408 chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 681 165 516 75 0 25 1 64 0 0 511 0 5 0.4545 0.0000 0.0097 5.600 0.88 6.03 -5.15 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2669 0.6405 0.0926 1 1 0.2718 0.6302 0.0980 1 1 0.2777 0.6170 0.1053 chr13 20988343 C CGGGGCGGGGGCG 0.013140 0.100 1 12 2 681 165 516 75 2 76 2 10 0 0 512 1 3 0.4545 0.0000 0.0078 1.187 0.88 3.30 -2.42 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0871 0.9129 0.0000 chr13 23891474 TTTTTAC T 0.000343 0.100 1 -6 1 785 184 601 170 0 5 0 9 0 0 601 0 0 0.9239 0.0000 0.0000 35.800 0.47 6.00 -5.53 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0335 0.9665 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr13 52642566 CA C 0.003742 0.100 1 -1 3 782 224 558 123 0 1 1 99 0 0 557 0 1 0.5491 0.0000 0.0018 222.000 0.34 1.37 -1.03 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7502 0.2497 0.0000 1 0 0.7499 0.2501 0.0000 1 0 0.7484 0.2515 0.0001 chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 129 55 74 48 1 1 0 5 0 0 74 0 0 0.8727 0.0000 0.0000 54.000 0.62 4.40 -3.78 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0079 0.9921 0.0000 0 0 0.7122 0.2878 0.0000 0 0 0.9503 0.0497 0.0000 chr13 78602132 CCCGCCGCCCGGGCCGCCGCCG C 0.000067 0.100 1 -21 1 799 159 640 145 0 9 1 4 3 1 636 0 0 0.9119 0.0047 0.0063 16.556 2.79 23.50 -20.71 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 755 131 624 0 0 21 0 110 0 0 615 0 9 0.0000 0.0000 0.0144 5.238 4.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -12 2 1223 387 836 209 1 3 0 174 0 0 836 0 0 0.5401 0.0000 0.0000 127.667 0.62 9.51 -8.89 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7255 0.2739 0.0006 1 0 0.7264 0.2728 0.0008 1 0 0.7259 0.2730 0.0011 chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.100 1 -6 2 598 128 470 112 1 11 1 3 1 1 467 0 1 0.8750 0.0021 0.0064 10.636 1.44 7.67 -6.23 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0274 0.9726 0.0000 0 0 0.7410 0.2590 0.0000 0 0 0.9356 0.0644 0.0000 chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.100 1 6 1 301 97 204 81 1 8 1 6 0 0 204 0 0 0.8351 0.0000 0.0000 11.125 1.35 5.17 -3.82 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0678 0.9322 0.0000 0 1 0.4644 0.5356 0.0000 chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 280 83 197 29 0 25 0 29 0 0 193 0 4 0.3494 0.0000 0.0203 2.320 0.34 12.72 -12.38 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1381 0.5566 0.3053 1 1 0.1424 0.5523 0.3052 1 1 0.1481 0.5469 0.3049 chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 503 98 405 0 0 7 1 90 0 0 404 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 12.857 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1850 446 1404 0 0 13 1 432 0 0 1398 0 6 0.0000 0.0000 0.0043 33.308 1.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 507 171 336 163 1 4 0 3 0 0 335 0 1 0.9532 0.0000 0.0030 41.500 0.48 15.33 -14.85 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4393 0.5607 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000 chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 368 63 305 4 0 3 0 56 0 0 303 0 2 0.0635 0.0000 0.0066 20.000 0.00 1.25 -1.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 1 0.0000 0.6203 0.3797 2 2 0.0000 0.2490 0.7510 chr14 21092541 GGGCTCC G 0.000747 0.100 1 -6 1 597 151 446 76 0 20 0 55 0 0 443 0 3 0.5033 0.0000 0.0067 6.550 0.37 6.07 -5.70 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7551 0.2448 0.0000 1 0 0.7516 0.2484 0.0000 1 0 0.7462 0.2537 0.0000 chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 524 146 378 73 0 17 2 54 0 0 376 0 2 0.5000 0.0000 0.0053 7.588 0.26 3.19 -2.92 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6237 0.3645 0.0117 1 0 0.6207 0.3662 0.0131 1 0 0.6159 0.3689 0.0152 chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 476 121 355 100 0 9 0 12 0 0 354 0 1 0.8264 0.0000 0.0028 12.444 0.15 2.92 -2.77 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 458 92 366 48 0 5 0 39 0 0 366 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 17.400 0.08 5.72 -5.63 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5167 0.4498 0.0335 1 0 0.5150 0.4492 0.0358 1 0 0.5121 0.4489 0.0390 chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.100 1 -3 1 566 173 393 78 2 10 3 80 0 0 393 0 0 0.4509 0.0000 0.0000 16.300 0.32 3.31 -2.99 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2333 0.7393 0.0275 1 1 0.2460 0.7256 0.0283 1 1 0.2628 0.7078 0.0294 chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 876 231 645 1 8 23 12 187 0 0 645 0 0 0.0043 0.0000 0.0000 51.250 1.00 4.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 873 227 646 1 2 26 3 195 0 0 646 0 0 0.0044 0.0000 0.0000 7.731 1.00 4.12 -3.12 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 304 47 257 12 2 7 2 24 0 0 256 0 1 0.2553 0.0000 0.0039 5.714 3.08 3.21 -0.12 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0634 0.4451 0.4915 1 2 0.0685 0.4507 0.4808 1 2 0.0757 0.4579 0.4664 chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 316 48 268 22 2 3 0 21 0 0 268 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 22.000 2.59 3.43 -0.84 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3510 0.5283 0.1207 1 1 0.3511 0.5255 0.1234 1 1 0.3511 0.5220 0.1269 chr14 24001481 T TA 0.049020 0.100 1 1 2 295 77 218 6 0 0 0 71 0 0 217 0 1 0.0779 0.0000 0.0046 77.000 0.00 1.14 -1.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.9651 0.0349 chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 268 85 183 45 1 0 1 38 0 0 183 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 85.000 0.07 1.21 -1.14 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5408 0.4473 0.0119 1 0 0.5416 0.4458 0.0126 1 0 0.5422 0.4443 0.0135 chr14 29927416 G GCCCGGA 0.058217 0.100 1 6 3 193 36 157 23 2 7 1 3 1 0 156 0 0 0.6389 0.0064 0.0064 4.000 1.22 4.33 -3.12 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0131 0.9869 0.0000 0 1 0.4669 0.5331 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000 chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 636 137 499 0 0 22 1 114 0 0 489 0 10 0.0000 0.0000 0.0200 5.227 7.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 571 140 431 0 0 14 4 122 0 0 426 1 4 0.0000 0.0000 0.0116 8.857 6.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 chr14 77027418 TTGC T 0.008855 0.100 1 -3 1 413 77 336 0 1 16 45 15 0 0 332 3 1 0.0000 0.0000 0.0119 3.933 6.93 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8475 0.1525 2 1 0.0000 0.8537 0.1463 2 1 0.0000 0.8624 0.1376 chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 410 75 335 0 1 4 14 56 0 0 331 2 2 0.0000 0.0000 0.0119 20.333 5.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0490 0.9510 2 2 0.0000 0.0485 0.9515 2 2 0.0000 0.0496 0.9504 chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 446 152 294 0 0 18 0 134 0 0 294 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.444 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 chr14 94079474 C CCCT 0.001890 0.100 1 3 3 525 124 401 108 0 6 1 9 0 0 401 0 0 0.8710 0.0000 0.0000 19.667 0.28 3.00 -2.72 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8251 0.1749 0.0000 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 396 111 285 106 0 2 0 3 0 0 285 0 0 0.9550 0.0000 0.0000 54.500 0.39 6.00 -5.61 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3197 0.6803 0.0000 0 0 0.9315 0.0685 0.0000 0 0 0.9765 0.0235 0.0000 chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 169 67 102 59 0 5 0 3 0 0 102 0 0 0.8806 0.0000 0.0000 12.400 0.27 3.00 -2.73 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1514 0.8486 0.0000 0 0 0.8441 0.1559 0.0000 0 0 0.9465 0.0535 0.0000 chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 251 83 168 68 0 9 0 6 0 0 168 0 0 0.8193 0.0000 0.0000 8.222 0.12 7.50 -7.38 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0611 0.9389 0.0000 0 1 0.4275 0.5725 0.0000 chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.100 1 -42 1 6274 2594 3680 1707 108 440 26 313 90 61 3509 16 4 0.6581 0.0245 0.0465 4.905 1.81 5.05 -3.23 233 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.100 1 -6 1 6936 1019 5917 691 18 149 7 154 84 153 5453 168 59 0.6781 0.0142 0.0784 5.938 1.59 5.90 -4.30 267 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 289 73 216 56 2 5 1 9 0 0 216 0 0 0.7671 0.0000 0.0000 13.200 1.91 3.67 -1.76 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.1379 0.8621 0.0000 chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 908 121 787 0 0 4 0 117 1 9 674 78 25 0.0000 0.0013 0.1436 29.250 4.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 2720 731 1989 0 0 14 8 709 0 2 1949 9 29 0.0000 0.0000 0.0201 51.143 4.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 754 183 571 70 0 3 0 110 0 0 568 0 3 0.3825 0.0000 0.0053 60.000 0.24 1.92 -1.68 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0837 0.9160 1 2 0.0004 0.0915 0.9081 1 2 0.0006 0.1030 0.8964 chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 174 76 98 0 0 6 2 68 0 0 97 0 1 0.0000 0.0000 0.0102 11.667 2.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 652 170 482 118 6 38 1 7 0 0 481 1 0 0.6941 0.0000 0.0021 3.447 1.28 3.00 -1.72 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0159 0.9841 0.0000 0 1 0.3707 0.6293 0.0000 chr15 34038912 CCCGCCGCCGCCT C 0.202105 0.100 1 -12 4 199 77 122 48 0 8 0 21 0 0 119 0 3 0.6234 0.0000 0.0246 8.625 0.40 11.76 -11.37 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8566 0.1416 0.0019 1 0 0.8481 0.1497 0.0022 1 0 0.8362 0.1610 0.0028 chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.100 1 6 1 362 94 268 6 0 12 1 75 0 0 268 0 0 0.0638 0.0000 0.0000 6.833 0.83 5.87 -5.03 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9908 0.0092 2 1 0.0000 0.9047 0.0953 chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 499 131 368 54 0 8 2 67 0 0 364 0 4 0.4122 0.0000 0.0109 15.375 0.30 4.55 -4.26 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0226 0.4316 0.5458 1 2 0.0258 0.4364 0.5378 1 2 0.0305 0.4431 0.5264 chr15 69360110 TAGC T 0.000211 0.100 1 -3 3 108 49 59 33 0 0 0 16 0 0 58 0 1 0.6735 0.0000 0.0169 49.000 0.27 3.00 -2.73 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7926 0.2074 0.0000 1 0 0.7854 0.2145 0.0000 1 0 0.7756 0.2244 0.0000 chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 184 72 112 44 0 1 0 27 0 0 112 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 71.000 0.16 3.33 -3.17 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6543 0.3256 0.0201 1 0 0.6442 0.3332 0.0226 1 0 0.6302 0.3436 0.0262 chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 268 149 119 85 0 0 0 64 0 0 116 0 3 0.5705 0.0000 0.0252 149.000 0.38 3.09 -2.72 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5259 0.4529 0.0213 1 0 0.5213 0.4546 0.0242 1 0 0.5141 0.4573 0.0286 chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 446 101 345 88 1 5 2 5 0 0 344 0 1 0.8713 0.0000 0.0029 19.200 0.56 3.00 -2.44 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 1 0.2389 0.7611 0.0000 chr15 82344656 TCCTCTCCAGCTCCCGCAG T 0.000194 0.100 1 -18 1 1560 313 1247 187 2 96 1 27 0 0 1246 0 1 0.5974 0.0000 0.0008 2.260 0.52 2.56 -2.04 107 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2969 0.7031 0.0000 chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 411 86 325 40 0 19 0 27 0 0 321 0 4 0.4651 0.0000 0.0123 3.526 0.15 14.26 -14.11 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5700 0.4078 0.0222 1 0 0.5672 0.4091 0.0237 1 0 0.5631 0.4111 0.0258 chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.100 1 3 1 1283 352 931 161 8 55 5 123 0 0 930 0 1 0.4574 0.0000 0.0011 5.400 0.34 3.07 -2.73 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9169 0.0831 0.0000 1 0 0.9135 0.0864 0.0000 1 0 0.9084 0.0915 0.0001 chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 762 192 570 8 6 99 8 71 0 0 566 0 4 0.0417 0.0000 0.0070 1.518 1.38 13.39 -12.02 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.9027 0.0973 chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 756 181 575 2 0 23 1 155 0 0 575 0 0 0.0110 0.0000 0.0000 7.136 0.00 10.57 -10.57 2 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 340 113 227 0 0 7 2 104 0 0 216 0 11 0.0000 0.0000 0.0485 15.143 7.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 281 93 188 6 0 0 0 87 0 0 188 0 0 0.0645 0.0000 0.0000 93.000 0.67 2.05 -1.38 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8760 0.1240 2 2 0.0000 0.3887 0.6113 chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 518 186 332 85 1 41 0 59 0 0 324 1 7 0.4570 0.0000 0.0241 3.537 0.21 5.98 -5.77 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6794 0.3136 0.0070 1 0 0.6750 0.3169 0.0081 1 0 0.6683 0.3220 0.0097 chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 22 10 12 4 0 0 0 6 0 0 12 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 10.000 0.50 1.17 -0.67 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3409 0.5399 0.1192 1 1 0.3432 0.5386 0.1182 1 1 0.3457 0.5375 0.1168 chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 289 89 200 37 2 0 0 50 0 0 199 0 1 0.4157 0.0000 0.0050 88.000 0.16 3.00 -2.84 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0725 0.5516 0.3759 1 1 0.0785 0.5511 0.3704 1 1 0.0869 0.5504 0.3627 chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 933 190 743 111 1 3 1 74 0 0 741 0 2 0.5842 0.0000 0.0027 62.000 1.34 1.30 0.05 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9076 0.0921 0.0002 1 0 0.9021 0.0976 0.0003 1 0 0.8940 0.1055 0.0004 chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 521 109 412 51 1 17 0 40 0 0 411 1 0 0.4679 0.0000 0.0024 5.412 0.84 4.10 -3.26 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5992 0.3861 0.0146 1 0 0.5967 0.3875 0.0158 1 0 0.5928 0.3896 0.0176 chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 517 77 440 0 0 1 1 75 0 0 440 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 76.000 6.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 517 77 440 0 0 1 1 75 0 0 440 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 76.000 6.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 426 103 323 4 0 5 0 94 0 0 317 0 6 0.0388 0.0000 0.0186 19.600 0.00 3.17 -3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9656 0.0344 2 2 0.0000 0.2323 0.7677 2 2 0.0000 0.0604 0.9396 chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 237 56 181 0 0 1 0 55 0 0 179 0 2 0.0000 0.0000 0.0110 55.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 932 227 705 172 2 51 0 2 1 0 703 0 1 0.7577 0.0014 0.0028 3.431 0.84 27.00 -26.16 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9533 0.0467 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 chr16 29810099 GGCGGCGGCAGCGGCA G 0.015416 0.100 1 -15 1 790 283 507 250 0 22 0 11 0 0 506 0 1 0.8834 0.0000 0.0020 11.864 0.36 11.45 -11.09 156 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 553 132 421 120 0 6 0 6 1 0 420 0 0 0.9091 0.0024 0.0024 21.000 0.23 3.17 -2.94 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.5132 0.4868 0.0000 0 0 0.9182 0.0818 0.0000 chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 128 58 70 6 0 4 0 48 0 0 69 0 1 0.1034 0.0000 0.0143 13.500 0.67 2.06 -1.40 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9803 0.0197 2 1 0.0000 0.8117 0.1883 chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 323 126 197 68 5 2 3 48 0 0 193 1 3 0.5397 0.0000 0.0203 59.500 0.16 9.60 -9.44 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5560 0.4208 0.0233 1 0 0.5508 0.4231 0.0261 1 0 0.5432 0.4266 0.0302 chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 323 129 194 74 1 2 0 52 0 0 187 0 7 0.5736 0.0000 0.0361 63.500 0.22 8.90 -8.69 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5418 0.4347 0.0235 1 0 0.5375 0.4361 0.0263 1 0 0.5310 0.4384 0.0305 chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 444 89 355 10 3 9 5 62 0 0 354 1 0 0.1124 0.0000 0.0028 9.375 1.00 2.11 -1.11 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9794 0.0206 chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 538 141 397 132 0 3 0 6 0 0 397 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 46.000 0.47 3.00 -2.53 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5510 0.4490 0.0000 0 0 0.9279 0.0721 0.0000 chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 1128 358 770 268 5 56 3 26 0 0 769 0 1 0.7486 0.0000 0.0013 5.473 0.37 3.00 -2.63 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 chr16 67968592 G GCCCGCCGCTGTC 0.500000 0.100 1 12 2 256 109 147 75 0 28 0 6 0 0 147 0 0 0.6881 0.0000 0.0000 2.893 0.48 12.17 -11.69 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0665 0.9335 0.0000 0 1 0.4473 0.5527 0.0000 chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 269 122 147 96 1 21 0 4 0 0 147 0 0 0.7869 0.0000 0.0000 4.810 2.60 8.00 -5.40 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0190 0.9810 0.0000 0 0 0.6424 0.3576 0.0000 0 0 0.8947 0.1053 0.0000 chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 556 101 455 49 0 20 0 32 0 0 450 0 5 0.4851 0.0000 0.0110 4.050 1.20 6.09 -4.89 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4922 0.4613 0.0465 1 0 0.4869 0.4627 0.0504 1 0 0.4794 0.4647 0.0560 chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 299 88 211 37 0 9 0 42 0 0 201 0 10 0.4205 0.0000 0.0474 8.778 0.05 13.02 -12.97 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0292 0.3996 0.5712 1 2 0.0323 0.4041 0.5636 1 2 0.0369 0.4102 0.5529 chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 191 85 106 14 0 2 1 68 0 0 101 0 5 0.1647 0.0000 0.0472 41.500 0.71 4.60 -3.89 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.100 1 -6 3 496 119 377 99 4 8 0 8 0 0 377 0 0 0.8319 0.0000 0.0000 13.750 0.93 6.38 -5.45 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0329 0.9671 0.0000 0 1 0.4644 0.5356 0.0000 chr16 85710272 GGCTGCT G 0.500000 0.100 1 -6 1 428 220 208 113 0 13 0 94 0 0 205 1 2 0.5136 0.0000 0.0144 15.923 0.23 6.74 -6.51 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4691 0.5129 0.0180 1 1 0.4715 0.5080 0.0205 1 1 0.4733 0.5025 0.0243 chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 649 146 503 0 0 3 10 133 0 0 496 0 7 0.0000 0.0000 0.0139 47.333 7.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 648 143 505 0 0 5 10 128 0 0 496 3 6 0.0000 0.0000 0.0178 27.400 7.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 647 142 505 0 0 4 2 136 0 1 490 7 7 0.0000 0.0000 0.0297 46.000 8.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 790 180 610 87 0 10 0 83 0 0 608 0 2 0.4833 0.0000 0.0033 17.000 0.36 6.87 -6.51 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1823 0.6951 0.1226 1 1 0.1891 0.6817 0.1292 1 1 0.1977 0.6645 0.1378 chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 520 129 391 116 1 1 0 11 0 0 391 0 0 0.8992 0.0000 0.0000 128.000 0.70 4.18 -3.48 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2004 0.7996 0.0000 chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 133 62 71 0 0 3 0 59 0 0 69 0 2 0.0000 0.0000 0.0282 19.667 4.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 756 162 594 81 1 7 0 73 0 0 591 0 3 0.5000 0.0000 0.0051 22.143 0.32 3.38 -3.06 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3794 0.5869 0.0337 1 1 0.3867 0.5773 0.0360 1 1 0.3955 0.5654 0.0391 chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 361 127 234 60 0 2 1 64 0 0 234 0 0 0.4724 0.0000 0.0000 62.500 0.42 1.31 -0.90 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0619 0.5854 0.3527 1 1 0.0652 0.5773 0.3575 1 1 0.0696 0.5672 0.3632 chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 683 163 520 8 1 38 1 115 0 0 516 0 4 0.0491 0.0000 0.0077 3.289 0.50 3.05 -2.55 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9490 0.0510 2 2 0.0000 0.3329 0.6671 chr17 7848540 T TCAC 0.003062 0.100 1 3 1 1047 307 740 207 17 66 0 17 0 1 736 0 3 0.6743 0.0000 0.0054 3.636 0.94 3.12 -2.18 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 0 0.9797 0.0203 0.0000 chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 336 90 246 0 0 5 0 85 0 0 245 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 17.000 7.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 452 180 272 6 0 26 9 139 0 0 267 0 5 0.0333 0.0000 0.0184 5.923 0.17 3.01 -2.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 2 0.0000 0.2222 0.7778 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 894 244 650 0 2 43 2 197 0 0 649 1 0 0.0000 0.0000 0.0015 4.786 4.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 893 245 648 0 38 9 24 174 0 0 648 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 77.000 4.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9899 0.0101 2 1 0.0000 0.8274 0.1726 chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 738 135 603 0 0 6 0 129 0 0 602 0 1 0.0000 0.0000 0.0017 21.500 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 145 86 59 34 0 2 0 50 0 0 59 0 0 0.3953 0.0000 0.0000 42.000 0.15 1.20 -1.05 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0253 0.3724 0.6023 1 2 0.0281 0.3783 0.5936 1 2 0.0324 0.3862 0.5814 chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.100 1 -15 1 865 201 664 89 1 50 0 61 1 0 654 0 9 0.4428 0.0015 0.0151 3.000 2.78 14.34 -11.57 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6346 0.3551 0.0103 1 0 0.6289 0.3591 0.0119 1 0 0.6204 0.3650 0.0145 chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 859 200 659 163 1 26 0 10 3 1 650 1 4 0.8150 0.0046 0.0137 7.909 5.39 10.70 -5.31 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.2058 0.7942 0.0000 chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 862 199 663 187 0 6 0 6 0 0 663 0 0 0.9397 0.0000 0.0000 32.167 0.42 1.50 -1.08 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 0 0.9509 0.0491 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 449 122 327 0 0 3 0 119 0 0 325 0 2 0.0000 0.0000 0.0061 39.667 1.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 513 108 405 0 0 17 0 91 0 0 388 2 15 0.0000 0.0000 0.0420 5.353 9.19 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1663 315 1348 157 0 4 0 154 0 0 1347 0 1 0.4984 0.0000 0.0007 77.750 0.60 3.14 -2.54 61 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1081 0.8192 0.0727 1 1 0.1179 0.8016 0.0805 1 1 0.1310 0.7777 0.0913 chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 609 183 426 135 4 20 1 23 0 1 425 0 0 0.7377 0.0000 0.0023 8.050 0.63 3.30 -2.67 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 325 112 213 106 0 3 0 3 0 0 213 0 0 0.9464 0.0000 0.0000 36.333 0.14 4.33 -4.19 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2201 0.7799 0.0000 0 0 0.8909 0.1091 0.0000 0 0 0.9615 0.0385 0.0000 chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 853 216 637 196 0 10 0 10 0 0 637 0 0 0.9074 0.0000 0.0000 20.600 0.19 3.00 -2.81 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2978 0.7022 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000 chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 385 134 251 59 0 23 0 52 0 0 250 1 0 0.4403 0.0000 0.0040 4.826 0.61 5.42 -4.81 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3113 0.5941 0.0945 1 1 0.3134 0.5870 0.0996 1 1 0.3154 0.5781 0.1065 chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 332 125 207 106 0 13 0 6 0 0 207 0 0 0.8480 0.0000 0.0000 8.615 0.16 7.67 -7.51 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2508 0.7492 0.0000 0 0 0.7846 0.2154 0.0000 chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 527 99 428 53 0 8 0 38 0 0 419 0 9 0.5354 0.0000 0.0210 11.375 0.66 7.55 -6.89 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3219 0.5801 0.0980 1 1 0.3231 0.5740 0.1030 1 1 0.3240 0.5663 0.1097 chr17 75616380 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 1537 346 1191 223 3 95 3 22 1 1 1189 0 0 0.6445 0.0008 0.0017 2.632 0.59 3.27 -2.69 145 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0101 0.9899 0.0000 chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2174 537 1637 412 15 70 4 36 3 3 1625 3 3 0.7672 0.0018 0.0073 6.629 1.22 5.44 -4.23 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2128 548 1580 446 14 35 9 44 10 4 1459 13 94 0.8139 0.0063 0.0766 15.394 1.50 4.34 -2.85 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9982 0.0018 0.0000 chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 273 111 162 90 0 12 0 9 0 0 161 0 1 0.8108 0.0000 0.0062 8.250 0.26 4.11 -3.86 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.1140 0.8860 0.0000 chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 1037 181 856 85 0 15 2 79 0 0 855 1 0 0.4696 0.0000 0.0012 11.067 0.44 5.30 -4.87 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2061 0.6832 0.1106 1 1 0.2126 0.6705 0.1169 1 1 0.2206 0.6541 0.1252 chr17 81119470 C CGGGCGTGGGCGT 0.500000 0.100 1 12 1 374 129 245 105 0 18 0 6 0 0 243 0 2 0.8140 0.0000 0.0082 6.167 0.54 10.83 -10.29 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0365 0.9635 0.0000 0 1 0.4901 0.5099 0.0000 chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 546 130 416 6 0 4 1 119 0 0 404 0 12 0.0462 0.0000 0.0288 31.500 0.17 3.24 -3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 2 0.0000 0.4490 0.5510 2 2 0.0000 0.0721 0.9279 chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 430 105 325 62 0 2 0 41 0 0 316 0 9 0.5905 0.0000 0.0277 51.500 0.37 3.98 -3.60 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4658 0.4911 0.0432 1 1 0.4628 0.4902 0.0470 1 1 0.4582 0.4893 0.0525 chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 270 73 197 63 4 1 0 5 0 0 197 0 0 0.8630 0.0000 0.0000 71.000 0.67 1.00 -0.33 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1770 0.8230 0.0000 0 0 0.6176 0.3824 0.0000 chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 323 133 190 0 0 12 1 120 0 0 185 0 5 0.0000 0.0000 0.0263 10.909 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 218 105 113 98 0 5 0 2 0 0 113 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 20.000 0.17 5.00 -4.83 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5893 0.4107 0.0000 0 0 0.9293 0.0707 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000 chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 339 156 183 0 0 7 0 149 0 0 181 0 2 0.0000 0.0000 0.0109 21.286 3.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 555 129 426 6 0 8 0 115 0 0 425 0 1 0.0465 0.0000 0.0023 15.125 0.33 9.26 -8.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6444 0.3556 2 2 0.0000 0.1446 0.8554 chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 232 140 92 0 0 4 1 135 0 0 92 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 34.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 5 609 122 487 10 0 2 0 110 0 0 482 0 5 0.0820 0.0000 0.0103 60.000 0.10 3.33 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.6980 0.3020 chr18 62523553 C CCCGCCG 0.500000 0.100 1 6 6 360 62 298 52 2 4 0 4 0 0 296 1 1 0.8387 0.0000 0.0067 14.000 2.60 9.00 -6.40 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0340 0.9660 0.0000 0 1 0.2505 0.7495 0.0000 chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 176 74 102 0 0 2 0 72 0 0 100 0 2 0.0000 0.0000 0.0196 36.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 150 87 63 51 3 4 0 29 0 0 61 0 2 0.5862 0.0000 0.0317 20.750 0.04 2.93 -2.89 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7569 0.2351 0.0079 1 0 0.7456 0.2451 0.0093 1 0 0.7296 0.2589 0.0115 chr18 76496529 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 289 75 214 65 0 5 0 5 2 1 211 0 0 0.8667 0.0093 0.0140 14.000 0.48 0.80 -0.32 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1305 0.8695 0.0000 0 0 0.5251 0.4749 0.0000 chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 369 126 243 47 0 14 2 63 0 0 242 0 1 0.3730 0.0000 0.0041 8.000 0.45 3.60 -3.16 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0152 0.3431 0.6417 1 2 0.0173 0.3492 0.6334 1 2 0.0206 0.3577 0.6217 chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 579 263 316 101 5 38 7 112 0 3 312 1 0 0.3840 0.0000 0.0127 6.727 1.66 5.30 -3.64 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0654 0.7665 0.1680 1 1 0.0731 0.7544 0.1725 1 1 0.0841 0.7384 0.1775 chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.100 1 4 1 574 120 454 58 0 0 0 62 0 0 452 0 2 0.4833 0.0000 0.0044 120.000 0.47 5.16 -4.70 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1446 0.6664 0.1890 1 1 0.1526 0.6569 0.1905 1 1 0.1634 0.6446 0.1920 chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.100 1 -3 2 482 92 390 42 0 3 0 47 0 0 390 0 0 0.4565 0.0000 0.0000 29.667 0.69 3.30 -2.61 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2454 0.6870 0.0676 1 1 0.2550 0.6775 0.0676 1 1 0.2676 0.6650 0.0674 chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.100 1 -27 1 338 84 254 49 0 6 2 27 0 0 251 0 3 0.5833 0.0000 0.0118 13.000 0.51 19.11 -18.60 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7344 0.2586 0.0070 1 0 0.7270 0.2651 0.0079 1 0 0.7166 0.2742 0.0092 chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 151 57 94 7 0 3 1 46 0 0 93 0 1 0.1228 0.0000 0.0106 18.000 0.86 4.78 -3.93 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.9663 0.0337 chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 266 89 177 0 0 13 3 73 0 0 170 2 5 0.0000 0.0000 0.0395 5.846 12.33 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0802 0.9198 2 2 0.0000 0.0868 0.9132 2 2 0.0000 0.0966 0.9034 chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 266 90 176 3 0 18 1 68 0 0 165 0 11 0.0333 0.0000 0.0625 3.944 2.67 12.47 -9.80 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9828 0.0172 2 1 0.0000 0.6650 0.3350 2 2 0.0000 0.3846 0.6154 chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.100 1 3 1 763 165 598 79 1 30 3 52 0 0 597 0 1 0.4788 0.0000 0.0017 4.500 0.32 3.33 -3.01 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8284 0.1705 0.0011 1 0 0.8221 0.1765 0.0014 1 0 0.8131 0.1852 0.0017 chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 612 160 452 8 0 8 0 144 0 0 442 1 9 0.0500 0.0000 0.0221 19.000 0.12 11.09 -10.97 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8477 0.1523 2 2 0.0000 0.1903 0.8097 chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.100 1 -3 2 529 124 405 68 1 3 1 51 0 0 404 0 1 0.5484 0.0000 0.0025 40.333 1.47 3.18 -1.71 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7278 0.2721 0.0001 1 0 0.7246 0.2752 0.0001 1 0 0.7199 0.2800 0.0001 chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 269 68 201 62 0 3 0 3 0 0 201 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 21.667 0.47 5.00 -4.53 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0599 0.9401 0.0000 0 0 0.6587 0.3413 0.0000 0 0 0.8628 0.1372 0.0000 chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 792 272 520 11 0 45 111 105 0 0 509 7 4 0.0404 0.0000 0.0212 5.044 0.91 3.44 -2.53 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7342 0.2658 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.100 1 -6 1 792 277 515 14 5 144 1 113 0 0 508 0 7 0.0505 0.0000 0.0136 0.921 0.86 6.30 -5.44 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 chr19 11831416 TG T 0.000836 0.100 1 -1 1 648 167 481 164 0 0 0 3 0 0 481 0 0 0.9820 0.0000 0.0000 167.000 0.34 1.33 -1.00 126 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 389 132 257 44 1 25 0 62 0 0 251 0 6 0.3333 0.0000 0.0233 4.240 0.75 6.60 -5.85 28 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0143 0.3565 0.6292 1 2 0.0167 0.3664 0.6169 1 2 0.0205 0.3798 0.5997 chr19 13208877 G GGGT 0.007683 0.100 1 3 5 631 195 436 18 79 28 2 68 0 0 433 0 3 0.0923 0.0000 0.0069 6.185 0.72 4.43 -3.70 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7783 0.2216 0.0001 1 0 0.7750 0.2249 0.0001 1 0 0.7699 0.2300 0.0001 chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 542 102 440 0 0 7 0 95 0 0 439 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 13.571 3.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 356 81 275 0 3 14 19 45 0 1 274 0 0 0.0000 0.0000 0.0036 9.143 5.16 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7260 0.2740 2 1 0.0000 0.6113 0.3887 2 1 0.0000 0.5234 0.4766 chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.100 1 -2 1 354 79 275 0 4 7 14 54 0 1 274 0 0 0.0000 0.0000 0.0036 23.000 4.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.9538 0.0462 2 1 0.0000 0.8265 0.1735 chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 110 39 71 22 0 1 0 16 0 0 71 0 0 0.5641 0.0000 0.0000 38.000 0.55 4.44 -3.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5210 0.4373 0.0416 1 0 0.5180 0.4386 0.0434 1 0 0.5138 0.4405 0.0457 chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 1420 322 1098 0 0 10 6 306 0 0 1024 11 63 0.0000 0.0000 0.0674 39.000 2.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 324 85 239 2 0 19 4 60 0 0 236 0 3 0.0235 0.0000 0.0126 3.421 0.50 3.45 -2.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3587 0.6413 2 2 0.0000 0.0561 0.9439 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 586 157 429 64 0 5 0 88 0 0 427 0 2 0.4076 0.0000 0.0047 30.400 0.28 3.12 -2.84 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0016 0.1787 0.8197 1 2 0.0020 0.1850 0.8130 1 2 0.0026 0.1939 0.8035 chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 414 182 232 120 0 22 0 40 0 0 207 0 25 0.6593 0.0000 0.1078 7.273 0.65 24.43 -23.78 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9874 0.0126 0.0000 1 0 0.9855 0.0145 0.0000 1 0 0.9825 0.0174 0.0000 chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.100 1 12 2 410 145 265 69 3 66 0 7 0 0 261 4 0 0.4759 0.0000 0.0151 1.258 1.81 6.43 -4.62 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1313 0.8687 0.0000 0 0 0.7404 0.2596 0.0000 chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.100 1 4 5 822 162 660 156 0 1 0 5 0 0 658 0 2 0.9630 0.0000 0.0030 161.000 0.38 5.20 -4.82 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000 0 0 0.9927 0.0073 0.0000 chr19 37388952 AT A 0.140069 0.100 1 -1 2 825 169 656 159 2 2 1 5 0 0 654 0 2 0.9408 0.0000 0.0030 82.500 0.35 5.20 -4.85 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 0 0.9091 0.0909 0.0000 0 0 0.9936 0.0064 0.0000 chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 218 27 191 0 0 1 24 2 0 0 191 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0706 0.9294 2 2 0.0000 0.0724 0.9276 2 2 0.0000 0.0749 0.9251 chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 218 26 192 0 0 12 13 1 0 0 192 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 1.125 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1031 0.8969 2 2 0.0000 0.1050 0.8950 2 2 0.0000 0.1075 0.8925 chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 485 155 330 122 9 19 0 5 0 0 330 0 0 0.7871 0.0000 0.0000 6.684 0.22 4.80 -4.58 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.7212 0.2788 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000 chr19 42402688 TGAG T 0.000234 0.100 1 -3 3 408 146 262 131 2 8 0 5 0 0 262 0 0 0.8973 0.0000 0.0000 17.250 0.21 3.20 -2.99 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9825 0.0175 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 468 144 324 136 1 1 0 6 0 0 324 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 143.000 0.38 6.83 -6.46 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 0 0.6885 0.3115 0.0000 0 0 0.9583 0.0417 0.0000 chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 510 151 359 0 0 3 0 148 0 0 357 0 2 0.0000 0.0000 0.0056 49.333 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 580 164 416 95 0 1 4 64 0 0 413 2 1 0.5793 0.0000 0.0072 163.000 0.55 3.44 -2.89 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8070 0.1918 0.0011 1 0 0.8019 0.1967 0.0014 1 0 0.7943 0.2040 0.0017 chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1323 460 863 364 0 83 0 13 0 0 860 0 3 0.7913 0.0000 0.0035 4.542 0.40 6.46 -6.06 160 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7731 0.2269 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 300 95 205 71 0 20 0 4 0 0 202 0 3 0.7474 0.0000 0.0146 3.750 0.42 4.50 -4.08 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1458 0.8542 0.0000 0 0 0.7486 0.2514 0.0000 chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 389 73 316 37 0 8 0 28 0 0 314 0 2 0.5068 0.0000 0.0063 8.125 2.41 6.11 -3.70 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5419 0.4364 0.0217 1 0 0.5408 0.4364 0.0229 1 0 0.5389 0.4366 0.0245 chr19 48077775 TG T 0.019136 0.100 1 -1 1 94 44 50 39 0 1 0 4 0 0 50 0 0 0.8864 0.0000 0.0000 43.000 0.26 1.50 -1.24 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0530 0.9470 0.0000 0 0 0.8376 0.1624 0.0000 0 0 0.9633 0.0367 0.0000 chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 958 260 698 99 20 48 6 87 0 1 695 1 1 0.3808 0.0000 0.0043 4.468 2.65 3.83 -1.18 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6991 0.2973 0.0037 1 0 0.6959 0.2997 0.0044 1 0 0.6907 0.3038 0.0055 chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 968 241 727 98 3 43 5 92 0 0 721 0 6 0.4066 0.0000 0.0083 4.581 0.59 3.22 -2.63 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1637 0.7372 0.0991 1 1 0.1737 0.7222 0.1042 1 1 0.1869 0.7025 0.1106 chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 524 139 385 102 0 32 0 5 0 0 384 1 0 0.7338 0.0000 0.0026 3.452 1.22 7.40 -6.18 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.4096 0.5904 0.0000 0 0 0.8573 0.1427 0.0000 chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 647 123 524 3 0 3 51 66 0 0 514 8 2 0.0244 0.0000 0.0191 40.000 0.00 3.15 -3.15 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5140 0.4860 2 2 0.0000 0.0364 0.9636 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 647 126 521 1 1 10 63 51 0 0 513 1 7 0.0079 0.0000 0.0154 11.500 0.00 3.10 -3.10 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1620 0.8380 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0197 0.9803 chr19 50481874 T TG 0.019409 0.100 1 1 2 308 92 216 80 0 2 0 10 0 0 216 0 0 0.8696 0.0000 0.0000 45.000 0.30 1.00 -0.70 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0652 0.9348 0.0000 0 0 0.8036 0.1964 0.0000 chr19 51354360 T TG 0.039193 0.100 1 1 2 542 130 412 111 1 9 0 9 0 0 412 0 0 0.8538 0.0000 0.0000 13.444 0.16 1.00 -0.84 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3202 0.6798 0.0000 0 0 0.9463 0.0537 0.0000 chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 507 140 367 63 1 3 1 72 0 0 364 0 3 0.4500 0.0000 0.0082 68.500 0.89 2.74 -1.85 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0263 0.4770 0.4967 1 2 0.0288 0.4740 0.4973 1 2 0.0323 0.4706 0.4971 chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 207 85 122 40 0 1 0 44 0 0 122 0 0 0.4706 0.0000 0.0000 84.000 0.28 2.16 -1.88 30 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0675 0.5450 0.3874 1 1 0.0701 0.5400 0.3900 1 1 0.0735 0.5337 0.3928 chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 451 130 321 65 0 2 0 63 0 1 320 0 0 0.5000 0.0000 0.0031 64.000 0.18 2.14 -1.96 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2772 0.6279 0.0948 1 1 0.2830 0.6180 0.0991 1 1 0.2900 0.6054 0.1046 chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 527 146 381 79 0 4 1 62 0 0 378 0 3 0.5411 0.0000 0.0079 35.500 0.16 3.44 -3.27 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5090 0.4665 0.0245 1 0 0.5086 0.4643 0.0270 1 0 0.5072 0.4621 0.0307 chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1408 316 1092 6 0 4 0 306 0 1 1084 0 7 0.0190 0.0000 0.0073 78.000 0.17 3.37 -3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1879 0.8121 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 769 224 545 82 0 27 4 111 0 0 544 0 1 0.3661 0.0000 0.0018 8.522 0.17 1.54 -1.37 46 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0967 0.9030 1 2 0.0004 0.1026 0.8970 1 2 0.0006 0.1112 0.8882 chr19 54251009 C CA 0.002394 0.100 1 1 1 777 211 566 194 0 1 0 16 0 0 559 1 6 0.9194 0.0000 0.0124 210.000 1.17 3.38 -2.20 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.7037 0.2963 0.0000 chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 659 123 536 49 0 6 0 68 0 0 535 0 1 0.3984 0.0000 0.0019 19.500 0.33 3.47 -3.14 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0141 0.3414 0.6445 1 2 0.0162 0.3481 0.6357 1 2 0.0195 0.3574 0.6231 chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 375 101 274 1 0 12 0 88 0 0 263 0 11 0.0099 0.0000 0.0401 7.417 0.00 8.10 -8.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0200 0.9800 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 592 139 453 0 0 20 0 119 0 0 421 0 32 0.0000 0.0000 0.0706 5.950 18.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr19 55359476 GGCTGGGGCCTTCTGGGATGGAGCAGGTACA G 0.000459 0.100 1 -30 1 728 208 520 181 5 13 1 8 0 0 520 0 0 0.8702 0.0000 0.0000 14.846 0.41 4.88 -4.46 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2840 0.7160 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 466 96 370 44 0 3 0 49 0 0 369 0 1 0.4583 0.0000 0.0027 31.000 0.36 3.45 -3.09 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0906 0.5633 0.3461 1 1 0.0951 0.5579 0.3469 1 1 0.1012 0.5513 0.3475 chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 122 47 75 4 0 4 0 39 0 0 75 0 0 0.0851 0.0000 0.0000 10.750 0.25 2.92 -2.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9564 0.0436 2 1 0.0000 0.8102 0.1898 chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 128 60 68 7 0 0 0 53 0 0 66 0 2 0.1167 0.0000 0.0294 60.000 0.86 1.25 -0.39 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.9201 0.0799 chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.100 1 -48 1 156 75 81 48 1 10 1 15 0 0 71 0 10 0.6400 0.0000 0.1235 6.400 1.40 9.80 -8.40 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8404 0.1574 0.0022 1 0 0.8320 0.1654 0.0026 1 0 0.8202 0.1766 0.0032 chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.100 1 -4 2 334 104 230 98 0 2 0 4 0 0 230 0 0 0.9423 0.0000 0.0000 51.000 0.05 3.50 -3.45 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1024 0.8976 0.0000 0 0 0.9131 0.0869 0.0000 0 0 0.9802 0.0198 0.0000 chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 334 150 184 74 0 1 0 75 0 0 184 0 0 0.4933 0.0000 0.0000 149.000 0.20 2.08 -1.88 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1292 0.6714 0.1994 1 1 0.1346 0.6592 0.2061 1 1 0.1416 0.6437 0.2147 chr20 187984 G GT 0.028509 0.100 1 1 1 227 81 146 45 0 4 1 31 0 0 146 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 19.000 0.16 1.48 -1.33 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7162 0.2824 0.0015 1 0 0.7113 0.2871 0.0016 1 0 0.7045 0.2936 0.0018 chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 436 121 315 57 0 14 1 49 0 1 310 0 4 0.4711 0.0000 0.0159 7.571 0.75 3.82 -3.06 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4478 0.5375 0.0147 1 1 0.4534 0.5312 0.0154 1 1 0.4602 0.5235 0.0163 chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 289 106 183 11 0 0 2 93 0 0 179 0 4 0.1038 0.0000 0.0219 106.000 0.18 8.63 -8.45 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9396 0.0604 chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 290 106 184 11 0 3 3 89 0 0 180 0 4 0.1038 0.0000 0.0217 34.333 0.18 8.70 -8.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9479 0.0521 chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 290 97 193 9 0 2 0 86 0 0 189 0 4 0.0928 0.0000 0.0207 47.500 0.00 8.06 -8.06 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.8789 0.1211 chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 184 82 102 46 0 2 0 34 0 0 102 0 0 0.5610 0.0000 0.0000 40.000 0.22 1.06 -0.84 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4296 0.5061 0.0643 1 1 0.4234 0.5071 0.0695 1 1 0.4148 0.5084 0.0768 chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 679 161 518 75 0 5 0 81 0 1 512 0 5 0.4658 0.0000 0.0116 31.200 0.15 6.17 -6.03 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0562 0.6096 0.3343 1 1 0.0612 0.6016 0.3372 1 1 0.0683 0.5917 0.3400 chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 474 161 313 142 3 1 0 15 0 0 312 0 1 0.8820 0.0000 0.0032 159.000 0.74 2.60 -1.86 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 242 63 179 6 1 27 0 29 0 0 176 0 3 0.0952 0.0000 0.0168 1.333 3.17 8.38 -5.21 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0003 0.9426 0.0571 2 1 0.0001 0.9800 0.0199 2 1 0.0000 0.9228 0.0772 chr20 35226927 A AGCGGTG 0.019389 0.100 1 6 1 249 106 143 61 0 10 0 35 0 1 141 0 1 0.5755 0.0000 0.0140 9.600 0.90 7.09 -6.18 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8882 0.1117 0.0001 1 0 0.8818 0.1181 0.0001 1 0 0.8726 0.1273 0.0002 chr20 35627312 C CA 0.103940 0.100 1 1 1 148 64 84 34 0 2 0 28 0 0 83 0 1 0.5312 0.0000 0.0119 31.000 0.68 1.14 -0.47 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5079 0.4703 0.0219 1 0 0.5084 0.4688 0.0227 1 0 0.5088 0.4672 0.0239 chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 497 146 351 84 2 1 0 59 0 0 350 0 1 0.5753 0.0000 0.0028 144.000 0.26 3.07 -2.81 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7085 0.2850 0.0066 1 0 0.6983 0.2938 0.0079 1 0 0.6839 0.3061 0.0100 chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 919 294 625 1 0 38 17 238 0 0 622 0 3 0.0034 0.0000 0.0048 6.711 0.00 3.09 -3.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 509 228 281 189 5 17 3 14 0 0 280 0 1 0.8289 0.0000 0.0036 12.353 0.34 3.36 -3.01 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2043 0.7957 0.0000 chr20 56472382 CAAG C 0.000378 0.100 1 -3 6 162 97 65 65 0 1 0 31 0 0 65 0 0 0.6701 0.0000 0.0000 96.000 0.15 3.39 -3.23 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9485 0.0515 0.0000 1 0 0.9437 0.0563 0.0000 1 0 0.9365 0.0635 0.0000 chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.100 1 3 1 390 98 292 81 0 9 0 8 0 0 292 0 0 0.8265 0.0000 0.0000 9.889 0.53 3.12 -2.59 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0383 0.9617 0.0000 0 0 0.5108 0.4892 0.0000 chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 234 43 191 0 0 9 3 31 0 0 182 1 8 0.0000 0.0000 0.0471 4.125 6.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 237 108 129 55 0 1 0 52 0 0 129 0 0 0.5093 0.0000 0.0000 107.000 0.05 2.31 -2.25 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1476 0.6487 0.2037 1 1 0.1496 0.6392 0.2112 1 1 0.1519 0.6269 0.2211 chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 734 155 579 61 0 5 0 89 0 0 570 0 9 0.3935 0.0000 0.0155 30.000 0.46 5.27 -4.81 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.0984 0.9010 1 2 0.0007 0.1060 0.8932 1 2 0.0011 0.1171 0.8818 chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 617 191 426 99 0 5 1 86 0 0 421 0 5 0.5183 0.0000 0.0117 37.200 0.38 5.09 -4.71 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3684 0.6051 0.0265 1 1 0.3777 0.5936 0.0287 1 1 0.3889 0.5793 0.0317 chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.100 1 -30 1 747 191 556 89 2 19 0 81 1 0 552 1 2 0.4660 0.0018 0.0072 9.500 1.24 14.64 -13.41 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4074 0.5685 0.0241 1 1 0.4150 0.5590 0.0260 1 1 0.4240 0.5472 0.0288 chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 224 100 124 9 0 5 0 86 0 0 123 0 1 0.0900 0.0000 0.0081 19.000 0.11 2.92 -2.81 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.7780 0.2220 chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.100 1 40 1 908 245 663 116 0 112 3 14 12 6 617 12 16 0.4735 0.0181 0.0694 1.198 1.77 3.21 -1.45 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000 1 0 0.6372 0.3628 0.0000 chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 330 51 279 0 0 2 1 48 0 0 279 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 24.000 2.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.100 1 -3 1 903 176 727 159 1 12 0 4 0 0 726 1 0 0.9034 0.0000 0.0014 13.583 0.21 3.00 -2.79 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6122 0.3878 0.0000 0 0 0.9961 0.0039 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1061 182 879 5 5 3 8 161 0 0 869 4 6 0.0275 0.0000 0.0114 58.000 0.60 3.17 -2.57 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 2 0.0000 0.1219 0.8781 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1063 181 882 5 4 7 12 153 0 0 873 4 5 0.0276 0.0000 0.0102 34.000 0.60 3.34 -2.74 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9811 0.0189 2 2 0.0000 0.0769 0.9231 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 616 127 489 56 1 23 0 47 14 9 454 1 11 0.4409 0.0286 0.0716 4.478 1.96 12.96 -10.99 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7613 0.2356 0.0031 1 0 0.7556 0.2408 0.0036 1 0 0.7474 0.2482 0.0044 chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 555 118 437 14 0 6 1 97 0 0 432 0 5 0.1186 0.0000 0.0114 18.667 2.07 11.81 -9.74 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9786 0.0214 chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 325 147 178 1 0 21 0 125 0 0 178 0 0 0.0068 0.0000 0.0000 6.000 2.00 7.92 -5.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 chr21 45505226 C CGGCCCCCCA 0.000422 0.100 1 9 3 381 95 286 39 3 26 0 27 0 0 284 0 2 0.4105 0.0000 0.0070 2.615 0.56 6.93 -6.36 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7137 0.2863 0.0000 1 0 0.7090 0.2909 0.0000 1 0 0.7025 0.2974 0.0000 chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 495 188 307 62 3 27 0 96 0 0 300 1 6 0.3298 0.0000 0.0228 5.963 0.32 3.08 -2.76 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0010 0.1416 0.8574 1 2 0.0013 0.1520 0.8467 1 2 0.0019 0.1671 0.8311 chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 190 108 82 53 0 5 0 50 0 0 80 0 2 0.4907 0.0000 0.0244 20.600 0.17 3.02 -2.85 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3073 0.6130 0.0797 1 1 0.3138 0.6043 0.0820 1 1 0.3219 0.5932 0.0849 chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 688 130 558 5 0 40 1 84 0 0 540 1 17 0.0385 0.0000 0.0323 2.250 0.40 13.43 -13.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9800 0.0200 2 2 0.0000 0.1430 0.8570 2 2 0.0000 0.0228 0.9772 chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 697 220 477 103 2 4 1 110 0 0 476 0 1 0.4682 0.0000 0.0021 54.000 0.31 3.65 -3.34 67 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0744 0.7238 0.2018 1 1 0.0812 0.7099 0.2089 1 1 0.0907 0.6918 0.2174 chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 608 182 426 78 0 8 0 96 0 1 425 0 0 0.4286 0.0000 0.0023 24.857 0.36 2.24 -1.88 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0201 0.4757 0.5042 1 2 0.0228 0.4740 0.5032 1 2 0.0268 0.4725 0.5007 chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 445 215 230 166 0 35 0 14 0 0 227 0 3 0.7721 0.0000 0.0130 5.143 0.57 6.29 -5.71 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1504 0.8496 0.0000 chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 463 80 383 6 0 4 1 69 0 0 383 0 0 0.0750 0.0000 0.0000 19.000 0.83 9.93 -9.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9344 0.0656 2 1 0.0000 0.5545 0.4455 chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 914 331 583 169 0 10 3 149 0 0 574 2 7 0.5106 0.0000 0.0154 35.667 1.15 3.70 -2.56 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2043 0.7678 0.0279 1 1 0.2182 0.7500 0.0319 1 1 0.2360 0.7264 0.0376 chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 326 144 182 89 1 3 0 51 0 0 171 0 11 0.6181 0.0000 0.0604 46.667 0.25 23.24 -22.99 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8353 0.1631 0.0015 1 0 0.8281 0.1700 0.0019 1 0 0.8176 0.1799 0.0025 chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 348 175 173 95 0 21 0 59 0 0 165 0 8 0.5429 0.0000 0.0462 7.333 0.25 7.44 -7.19 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8255 0.1729 0.0017 1 0 0.8183 0.1796 0.0020 1 0 0.8079 0.1894 0.0027 chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 219 96 123 3 0 15 0 78 0 0 119 0 4 0.0312 0.0000 0.0325 5.400 0.67 4.49 -3.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9601 0.0399 2 2 0.0000 0.4479 0.5521 2 2 0.0000 0.2040 0.7960 chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 313 139 174 53 0 1 0 85 0 0 171 0 3 0.3813 0.0000 0.0172 138.000 0.25 2.98 -2.73 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0004 0.0807 0.9189 1 2 0.0005 0.0870 0.9125 1 2 0.0007 0.0962 0.9031 chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 487 161 326 85 0 9 2 65 0 0 326 0 0 0.5280 0.0000 0.0000 16.889 0.18 3.06 -2.89 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6767 0.3171 0.0062 1 0 0.6734 0.3196 0.0071 1 0 0.6681 0.3235 0.0084 chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1476 315 1161 157 0 2 0 156 10 0 1132 0 19 0.4984 0.0086 0.0250 156.500 6.97 10.60 -3.62 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0503 0.8458 0.1040 1 1 0.0578 0.8299 0.1124 1 1 0.0687 0.8081 0.1232 chr22 42144326 CA C 0.011227 0.100 1 -1 1 893 357 536 301 1 4 0 51 0 0 536 0 0 0.8431 0.0000 0.0000 88.000 0.16 2.71 -2.54 145 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1075 252 823 129 2 25 0 96 0 1 779 0 43 0.5119 0.0000 0.0535 9.040 0.86 12.98 -12.12 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0828 0.8224 0.0947 1 1 0.0925 0.8075 0.0999 1 1 0.1063 0.7873 0.1065