File Info

Filename
HG02855_x_HG02886_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG02855_x_HG02886_FF_5.features.tsv
Size
165.8 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708843 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 678 278 400 234 9 31 0 4 0 0 400 0 0 0.8417 0.0000 0.0000 8.033 0.85 7.00 -6.15 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3844 0.6156 0.0000 0 0 0.9633 0.0367 0.0000 0 0 0.9864 0.0136 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 311 153 158 69 0 2 0 82 0 0 158 0 0 0.4510 0.0000 0.0000 75.500 0.38 3.68 -3.31 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1094 0.4983 0.3924 1 1 0.1137 0.4982 0.3881 1 1 0.1195 0.4982 0.3824
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 757 214 543 163 4 40 0 7 0 1 541 1 0 0.7617 0.0000 0.0037 4.325 0.41 2.71 -2.30 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2365 0.7635 0.0000 0 0 0.7436 0.2564 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 603 118 485 99 3 14 0 2 0 0 485 0 0 0.8390 0.0000 0.0000 8.000 1.70 4.00 -2.30 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3365 0.6635 0.0000 0 0 0.7683 0.2317 0.0000 0 0 0.8481 0.1519 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 515 104 411 41 5 22 0 36 1 0 409 0 1 0.3942 0.0024 0.0049 3.727 0.56 3.33 -2.77 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3670 0.4963 0.1367 1 1 0.3630 0.4965 0.1404 1 1 0.3577 0.4968 0.1455
chr1 11650722 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 515 109 406 83 2 19 0 5 0 0 405 0 1 0.7615 0.0000 0.0025 4.737 1.61 3.80 -2.19 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1289 0.8711 0.0000 0 1 0.4520 0.5480 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 930 165 765 157 0 6 0 2 0 0 764 0 1 0.9515 0.0000 0.0013 26.500 0.61 3.00 -2.39 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2796 0.7204 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000 0 0 0.9339 0.0661 0.0000
chr1 15410070 A AGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 391 129 262 66 0 14 0 49 0 0 262 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 8.214 0.44 6.55 -6.11 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4570 0.4568 0.0862 1 1 0.4499 0.4596 0.0905 1 1 0.4405 0.4631 0.0964
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.050 1 3 2 291 113 178 62 0 7 0 44 0 0 176 0 2 0.5487 0.0000 0.0112 15.143 0.18 3.16 -2.98 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4464 0.4619 0.0918 1 1 0.4397 0.4643 0.0960 1 1 0.4306 0.4675 0.1019
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 323 92 231 65 0 0 0 27 0 0 231 0 0 0.7065 0.0000 0.0000 92.000 0.18 1.33 -1.15 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7324 0.2505 0.0171 1 0 0.7186 0.2620 0.0194 1 0 0.6996 0.2776 0.0229
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 294 116 178 57 0 1 0 58 0 1 176 0 1 0.4914 0.0000 0.0112 115.000 0.28 1.14 -0.86 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2194 0.5352 0.2454 1 1 0.2211 0.5325 0.2463 1 1 0.2234 0.5292 0.2474
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 409 165 244 77 4 9 0 75 0 0 244 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 17.222 0.26 3.08 -2.82 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2951 0.5375 0.1674 1 1 0.2946 0.5347 0.1707 1 1 0.2937 0.5311 0.1752
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 691 195 496 190 0 2 0 3 0 0 496 0 0 0.9744 0.0000 0.0000 96.500 0.15 1.67 -1.51 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4793 0.5207 0.0000 0 0 0.9362 0.0638 0.0000 0 0 0.9690 0.0310 0.0000
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 357 105 252 94 0 10 0 1 0 0 252 0 0 0.8952 0.0000 0.0000 9.500 0.29 3.00 -2.71 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6755 0.3245 0.0000 0 0 0.8389 0.1611 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000
chr1 46668333 G GCCT 0.500000 0.050 1 3 5 372 166 206 142 5 13 0 6 0 0 206 0 0 0.8554 0.0000 0.0000 11.769 0.82 4.50 -3.68 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.4056 0.5944 0.0000 0 0 0.7847 0.2153 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 609 143 466 60 0 21 1 61 0 1 465 0 0 0.4196 0.0000 0.0021 5.762 0.95 5.90 -4.95 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2215 0.5371 0.2414 1 1 0.2232 0.5343 0.2424 1 1 0.2254 0.5308 0.2438
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 210 84 126 35 2 7 1 39 0 1 125 0 0 0.4167 0.0000 0.0079 10.857 0.11 2.90 -2.78 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2111 0.5219 0.2670 1 1 0.2129 0.5202 0.2669 1 1 0.2152 0.5182 0.2666
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 518 127 391 46 1 31 0 49 0 0 386 0 5 0.3622 0.0000 0.0128 3.097 0.39 5.45 -5.06 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1614 0.5161 0.3225 1 1 0.1647 0.5149 0.3204 1 1 0.1690 0.5134 0.3176
chr1 74764057 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 4 186 64 122 31 0 3 0 30 0 0 122 0 0 0.4844 0.0000 0.0000 20.333 0.10 3.30 -3.20 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2527 0.5183 0.2289 1 1 0.2530 0.5169 0.2301 1 1 0.2533 0.5152 0.2315
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 477 200 277 167 0 29 0 4 0 0 277 0 0 0.8350 0.0000 0.0000 5.897 0.73 11.00 -10.27 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0888 0.9112 0.0000 0 0 0.8095 0.1905 0.0000 0 0 0.9253 0.0747 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 420 142 278 78 0 7 1 56 0 0 278 0 0 0.5493 0.0000 0.0000 19.286 0.14 6.04 -5.89 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5106 0.4256 0.0638 1 0 0.5019 0.4301 0.0679 1 0 0.4903 0.4360 0.0737
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 418 143 275 64 1 19 0 59 0 0 275 0 0 0.4476 0.0000 0.0000 6.526 0.19 5.75 -5.56 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3046 0.5270 0.1684 1 1 0.3035 0.5250 0.1716 1 1 0.3018 0.5224 0.1758
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 155 65 90 0 0 1 0 64 0 0 88 0 2 0.0000 0.0000 0.0222 64.000 3.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1597 0.8403 2 2 0.0000 0.1642 0.8358 2 2 0.0000 0.1705 0.8295
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 463 128 335 7 0 7 4 110 0 0 329 0 6 0.0547 0.0000 0.0179 17.143 0.14 3.15 -3.01 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8480 0.1520 2 2 0.0000 0.4325 0.5675
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 842 179 663 91 1 17 1 69 0 0 663 0 0 0.5084 0.0000 0.0000 9.529 0.47 14.90 -14.43 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5150 0.4257 0.0593 1 0 0.5066 0.4301 0.0634 1 0 0.4951 0.4358 0.0691
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 204 70 134 2 0 5 0 63 0 0 133 0 1 0.0286 0.0000 0.0075 13.000 0.00 2.40 -2.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8389 0.1611 2 2 0.0000 0.4395 0.5605 2 2 0.0000 0.3119 0.6881
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1146 219 927 0 0 44 1 174 0 1 915 0 11 0.0000 0.0000 0.0129 3.977 3.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0129 0.9871
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 219 74 145 19 2 15 3 35 0 0 145 0 0 0.2568 0.0000 0.0000 3.733 0.68 1.66 -0.97 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0905 0.4415 0.4680 1 2 0.0947 0.4454 0.4599 1 1 0.1005 0.4504 0.4491
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 195 64 131 0 0 14 0 50 0 0 122 0 9 0.0000 0.0000 0.0687 3.571 10.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1847 0.8153 2 2 0.0000 0.1892 0.8108 2 2 0.0000 0.1956 0.8044
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 745 232 513 200 4 22 0 6 1 0 512 0 0 0.8621 0.0019 0.0019 9.905 0.94 7.00 -6.05 136 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0097 0.9903 0.0000 0 0 0.7422 0.2578 0.0000 0 0 0.9366 0.0634 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1179 294 885 118 6 51 4 115 4 3 862 1 15 0.4014 0.0045 0.0260 4.725 1.92 10.16 -8.24 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1665 0.5742 0.2593 1 1 0.1705 0.5686 0.2609 1 1 0.1756 0.5617 0.2628
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 208 77 131 40 3 2 3 29 0 0 131 0 0 0.5195 0.0000 0.0000 36.500 1.60 2.14 -0.54 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3850 0.4865 0.1285 1 1 0.3802 0.4874 0.1324 1 1 0.3738 0.4886 0.1376
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 637 172 465 0 0 4 0 168 0 0 464 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 42.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0153 0.9847 2 2 0.0000 0.0171 0.9829
chr1 158700284 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 663 159 504 154 0 1 0 4 0 0 504 0 0 0.9686 0.0000 0.0000 158.000 0.23 2.25 -2.02 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0658 0.9342 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1216 236 980 0 0 4 1 231 0 0 979 0 1 0.0000 0.0000 0.0010 58.000 1.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 119 67 52 33 0 4 0 30 0 0 51 0 1 0.4925 0.0000 0.0192 15.750 0.03 4.10 -4.07 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2646 0.5183 0.2171 1 1 0.2644 0.5169 0.2186 1 1 0.2642 0.5152 0.2206
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 196 54 142 30 0 0 0 24 0 0 142 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 54.000 0.07 1.08 -1.02 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3184 0.5056 0.1759 1 1 0.3161 0.5052 0.1787 1 1 0.3130 0.5047 0.1823
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 168 63 105 29 0 11 0 23 0 0 105 0 0 0.4603 0.0000 0.0000 4.727 0.17 4.22 -4.04 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3188 0.5050 0.1761 1 1 0.3165 0.5046 0.1789 1 1 0.3133 0.5042 0.1825
chr1 201039955 AGTAGCTCT A 0.500000 0.050 1 -8 1 793 178 615 169 1 4 0 4 0 0 613 0 2 0.9494 0.0000 0.0033 43.500 0.78 8.00 -7.22 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5462 0.4538 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 565 266 299 113 9 45 1 98 0 0 297 0 2 0.4248 0.0000 0.0067 4.911 0.26 2.85 -2.59 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4889 0.4509 0.0603 1 0 0.4821 0.4535 0.0644 1 0 0.4728 0.4570 0.0702
chr1 225514758 AGGAGGGGGC A 0.500000 0.050 1 -9 5 261 88 173 43 1 6 2 36 0 0 173 0 0 0.4886 0.0000 0.0000 13.500 0.28 7.06 -6.78 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3157 0.5134 0.1710 1 1 0.3137 0.5123 0.1740 1 1 0.3110 0.5111 0.1779
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 460 146 314 80 0 65 0 1 0 0 314 0 0 0.5479 0.0000 0.0000 1.246 0.44 18.00 -17.56 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5940 0.4060 0.0000 0 0 0.7867 0.2133 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 633 174 459 152 0 16 0 6 0 0 459 0 0 0.8736 0.0000 0.0000 9.875 0.57 7.50 -6.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.4357 0.5643 0.0000 0 0 0.8044 0.1956 0.0000
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 172 61 111 54 0 3 1 3 0 0 111 0 0 0.8852 0.0000 0.0000 19.000 0.19 1.33 -1.15 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0238 0.9762 0.0000 0 1 0.3042 0.6958 0.0000 0 0 0.5130 0.4870 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 227 110 117 44 0 5 0 61 0 0 117 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 21.000 0.18 1.18 -1.00 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0859 0.4527 0.4613 1 1 0.0902 0.4557 0.4540 1 1 0.0961 0.4597 0.4442
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 592 157 435 0 0 10 2 145 0 0 431 0 4 0.0000 0.0000 0.0092 14.700 3.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0261 0.9739
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1036 241 795 17 1 2 0 221 0 0 791 1 3 0.0705 0.0000 0.0050 119.500 0.65 1.37 -0.72 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.7834 0.2166
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 429 167 262 90 0 5 0 72 0 0 262 0 0 0.5389 0.0000 0.0000 32.400 2.57 4.43 -1.86 62 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4609 0.4614 0.0777 1 1 0.4543 0.4637 0.0821 1 1 0.4453 0.4667 0.0880
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 513 26 487 0 0 2 1 23 0 0 486 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 12.000 3.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3477 0.6523 2 2 0.0000 0.3506 0.6494 2 2 0.0000 0.3545 0.6455
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1761 335 1426 262 0 12 0 61 0 0 1422 0 4 0.7821 0.0000 0.0028 26.917 0.38 2.97 -2.59 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 177 87 90 80 0 4 0 3 0 0 90 0 0 0.9195 0.0000 0.0000 20.750 0.14 3.67 -3.53 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0725 0.9275 0.0000 0 0 0.5755 0.4245 0.0000 0 0 0.7573 0.2427 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 406 135 271 0 0 15 0 120 0 0 253 1 17 0.0000 0.0000 0.0664 8.000 11.76 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5866 0.4134 2 1 0.0000 0.6033 0.3967 2 1 0.0000 0.6259 0.3741
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGC 0.009356 0.050 1 12 5 406 135 271 1 0 19 0 115 0 0 253 2 16 0.0074 0.0000 0.0664 6.105 11.00 11.91 -0.91 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9497 0.0503 2 1 0.0000 0.8851 0.1149 2 1 0.0000 0.8627 0.1373
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 406 135 271 6 0 19 0 110 0 0 253 2 16 0.0444 0.0000 0.0664 6.105 8.67 12.04 -3.37 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9233 0.0767 2 1 0.0000 0.6902 0.3098
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 616 184 432 99 1 16 1 67 0 0 430 1 1 0.5380 0.0000 0.0046 10.500 0.38 9.12 -8.74 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7014 0.2826 0.0160 1 0 0.6918 0.2905 0.0177 1 0 0.6786 0.3012 0.0202
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 599 143 456 75 0 18 1 49 0 0 448 0 8 0.5245 0.0000 0.0175 6.944 0.16 7.06 -6.90 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6442 0.3481 0.0078 1 0 0.6393 0.3525 0.0082 1 0 0.6327 0.3585 0.0089
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 194 54 140 24 0 1 0 29 0 0 140 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 53.000 0.04 3.07 -3.03 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1862 0.5086 0.3052 1 1 0.1886 0.5080 0.3034 1 1 0.1919 0.5071 0.3010
chr2 28628564 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 144 55 89 50 2 2 0 1 0 0 89 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 26.000 0.22 1.00 -0.78 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4146 0.5854 0.0000 0 0 0.6431 0.3569 0.0000 0 0 0.7006 0.2994 0.0000
chr2 29052032 A ACAGAGGGGTGGC 0.500000 0.050 1 12 1 283 96 187 89 0 4 0 3 0 0 186 0 1 0.9271 0.0000 0.0053 23.000 0.12 8.33 -8.21 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3831 0.6169 0.0000 0 0 0.6563 0.3437 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 580 146 434 3 0 14 1 128 0 0 429 0 5 0.0205 0.0000 0.0115 9.429 0.00 3.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8212 0.1788 2 2 0.0000 0.2140 0.7860 2 2 0.0000 0.1094 0.8906
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 218 98 120 52 1 7 0 38 0 0 120 0 0 0.5306 0.0000 0.0000 13.000 0.15 3.32 -3.16 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4359 0.4649 0.0992 1 1 0.4294 0.4672 0.1035 1 1 0.4206 0.4701 0.1093
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 591 194 397 37 0 95 0 62 0 0 396 1 0 0.1907 0.0000 0.0025 1.042 0.65 0.84 -0.19 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0450 0.3673 0.5877 1 2 0.0487 0.3750 0.5763 1 2 0.0540 0.3851 0.5609
chr2 47905586 AGGCTGCTGCTGGGGC A 0.500000 0.050 1 -15 2 508 237 271 118 0 46 3 70 0 0 260 0 11 0.4979 0.0000 0.0406 4.130 0.82 13.64 -12.82 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6644 0.3130 0.0225 1 0 0.6526 0.3222 0.0252 1 0 0.6364 0.3344 0.0292
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 711 116 595 21 0 24 1 70 4 2 586 0 3 0.1810 0.0067 0.0151 3.833 4.33 6.59 -2.25 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0078 0.1798 0.8124 1 2 0.0091 0.1917 0.7992 1 2 0.0113 0.2083 0.7804
chr2 61186454 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 425 117 308 62 0 3 0 52 0 0 307 0 1 0.5299 0.0000 0.0032 57.000 0.11 3.12 -3.00 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3417 0.5130 0.1453 1 1 0.3390 0.5119 0.1490 1 1 0.3354 0.5107 0.1539
chr2 65072937 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 546 141 405 73 0 5 0 63 0 0 402 0 3 0.5177 0.0000 0.0074 27.200 0.21 3.02 -2.81 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3147 0.5277 0.1575 1 1 0.3133 0.5256 0.1611 1 1 0.3113 0.5230 0.1657
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 609 175 434 1 6 48 54 66 0 0 431 2 1 0.0057 0.0000 0.0069 2.583 5.00 3.65 1.35 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8814 0.1186 2 2 0.0000 0.3814 0.6186 2 2 0.0000 0.2005 0.7995
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 612 178 434 4 1 111 5 57 0 0 431 1 2 0.0225 0.0000 0.0069 0.629 4.50 6.63 -2.13 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.8541 0.1459 2 1 0.0000 0.5853 0.4147
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 391 89 302 40 0 5 0 44 0 0 301 0 1 0.4494 0.0000 0.0033 16.800 0.33 3.11 -2.79 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1825 0.5184 0.2991 1 1 0.1852 0.5170 0.2978 1 1 0.1887 0.5152 0.2960
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 919 213 706 98 0 50 1 64 0 0 665 0 41 0.4601 0.0000 0.0581 3.260 0.26 13.64 -13.39 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1426 0.5432 0.3143 1 1 0.1466 0.5399 0.3135 1 1 0.1520 0.5358 0.3123
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 417 135 282 79 0 12 0 44 0 0 277 0 5 0.5852 0.0000 0.0177 10.250 0.52 8.66 -8.14 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6321 0.3354 0.0325 1 0 0.6200 0.3442 0.0358 1 0 0.6036 0.3560 0.0405
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 363 124 239 65 1 7 0 51 1 0 236 0 2 0.5242 0.0042 0.0126 16.714 0.85 3.65 -2.80 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4137 0.4817 0.1046 1 1 0.4083 0.4828 0.1089 1 1 0.4010 0.4843 0.1147
chr2 85754556 ACGC A 0.500000 0.050 1 -3 4 649 165 484 148 0 15 0 2 1 1 482 0 0 0.8970 0.0021 0.0041 10.000 0.87 3.50 -2.63 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6250 0.3750 0.0000 0 0 0.9140 0.0860 0.0000 0 0 0.9454 0.0546 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 614 148 466 0 0 19 4 125 0 0 463 0 3 0.0000 0.0000 0.0064 6.789 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0348 0.9652 2 2 0.0000 0.0371 0.9629 2 2 0.0000 0.0406 0.9594
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 487 152 335 91 0 0 0 61 0 0 330 0 5 0.5987 0.0000 0.0149 152.000 0.22 3.08 -2.86 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5589 0.3938 0.0473 1 0 0.5490 0.3999 0.0511 1 0 0.5357 0.4079 0.0565
chr2 107827072 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 203 109 94 67 0 0 0 42 0 0 94 0 0 0.6147 0.0000 0.0000 109.000 0.60 3.21 -2.62 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5720 0.3797 0.0483 1 0 0.5611 0.3868 0.0521 1 0 0.5465 0.3960 0.0575
chr2 107848361 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 50 8 42 3 0 0 0 5 0 0 42 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 8.000 0.00 2.00 -2.00 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2244 0.5020 0.2735 1 1 0.2243 0.5036 0.2721 1 1 0.2220 0.5062 0.2718
chr2 118846529 CGCCGCCGCCGCCACTGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -24 2 426 116 310 58 0 10 1 47 0 0 309 1 0 0.5000 0.0000 0.0032 13.250 3.66 15.45 -11.79 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3511 0.5077 0.1412 1 1 0.3480 0.5071 0.1450 1 1 0.3438 0.5063 0.1500
chr2 118846553 G GGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 426 104 322 27 6 18 6 47 0 0 321 0 1 0.2596 0.0000 0.0031 4.778 18.59 5.83 12.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0650 0.4105 0.5244 1 2 0.0692 0.4161 0.5147 1 2 0.0750 0.4234 0.5017
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 577 148 429 0 0 1 0 147 0 0 423 0 6 0.0000 0.0000 0.0140 147.000 5.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 301 113 188 96 0 11 0 6 1 0 187 0 0 0.8496 0.0053 0.0053 9.273 0.72 6.50 -5.78 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1659 0.8341 0.0000 0 0 0.5239 0.4761 0.0000
chr2 131363120 CTGTT C 0.500000 0.050 1 -4 1 645 104 541 66 1 0 0 37 0 0 540 0 1 0.6346 0.0000 0.0018 104.000 0.35 3.92 -3.57 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6254 0.3391 0.0356 1 0 0.6132 0.3479 0.0389 1 0 0.5966 0.3596 0.0438
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 179 54 125 27 4 6 4 13 0 0 125 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 7.333 0.48 1.85 -1.36 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4383 0.4558 0.1059 1 1 0.4312 0.4588 0.1100 1 1 0.4217 0.4627 0.1156
chr2 152619537 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 1 491 133 358 17 93 15 4 4 0 0 358 0 0 0.1278 0.0000 0.0000 14.500 1.47 4.25 -2.78 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.1647 0.8353 0.0000 0 0 0.5044 0.4956 0.0000
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 206 91 115 53 0 1 0 37 0 0 112 1 2 0.5824 0.0000 0.0261 90.000 0.30 2.27 -1.97 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4031 0.4821 0.1149 1 1 0.3978 0.4832 0.1190 1 1 0.3907 0.4847 0.1245
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 441 136 305 115 1 17 0 3 0 0 305 0 0 0.8456 0.0000 0.0000 7.000 0.40 3.00 -2.60 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1216 0.8784 0.0000 0 0 0.7021 0.2979 0.0000 0 0 0.8410 0.1590 0.0000
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 582 210 372 124 0 4 0 82 0 0 370 0 2 0.5905 0.0000 0.0054 51.500 0.44 4.10 -3.66 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7267 0.2594 0.0139 1 0 0.7142 0.2699 0.0159 1 0 0.6969 0.2841 0.0190
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 313 143 170 8 1 23 49 62 0 0 167 0 3 0.0559 0.0000 0.0176 3.318 0.00 3.03 -3.03 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9661 0.0339 2 1 0.0000 0.6858 0.3142
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 313 143 170 58 3 75 1 6 0 0 169 1 0 0.4056 0.0000 0.0059 0.918 2.60 4.17 -1.56 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0286 0.9714 0.0000 0 1 0.1884 0.8116 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 314 143 171 14 4 17 53 55 0 0 171 0 0 0.0979 0.0000 0.0000 4.562 0.14 2.98 -2.84 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9757 0.0243
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 228 67 161 49 8 5 1 4 0 0 161 0 0 0.7313 0.0000 0.0000 13.500 0.63 1.50 -0.87 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.1901 0.8099 0.0000 0 1 0.4287 0.5713 0.0000
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 348 65 283 36 16 5 3 5 0 0 282 1 0 0.5538 0.0000 0.0035 8.800 1.67 2.40 -0.73 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0623 0.9377 0.0000 0 1 0.2369 0.7631 0.0000
chr2 200571705 TAATGAACAGCTGGCTCAGATG T 0.500000 0.050 1 -21 2 852 240 612 218 0 18 0 4 0 0 611 0 1 0.9083 0.0000 0.0016 12.333 0.36 16.50 -16.14 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0646 0.9354 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000 0 0 0.9667 0.0333 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 466 113 353 46 2 27 1 37 1 1 350 1 0 0.4071 0.0028 0.0085 3.148 1.35 4.73 -3.38 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3833 0.4904 0.1263 1 1 0.3788 0.4910 0.1303 1 1 0.3727 0.4918 0.1356
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 466 113 353 47 4 60 0 2 2 1 350 0 0 0.4159 0.0057 0.0085 0.895 1.55 7.00 -5.45 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1200 0.8800 0.0000 0 1 0.4784 0.5216 0.0000 0 0 0.6162 0.3838 0.0000
chr2 210315041 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 187 53 134 27 2 6 2 16 0 0 134 0 0 0.5094 0.0000 0.0000 7.500 1.07 1.69 -0.61 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3874 0.4797 0.1329 1 1 0.3822 0.4811 0.1367 1 1 0.3754 0.4830 0.1417
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 285 102 183 93 0 3 0 6 0 0 183 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 33.000 0.34 3.67 -3.32 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1529 0.8471 0.0000 0 0 0.5000 0.5000 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 605 181 424 0 0 18 2 161 0 1 416 3 4 0.0000 0.0000 0.0189 9.056 7.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0240 0.9760 2 2 0.0000 0.0226 0.9774
chr2 219182152 G GGAGGAA 0.500000 0.050 1 6 1 560 120 440 59 0 22 0 39 0 0 434 0 6 0.4917 0.0000 0.0136 4.455 0.29 6.33 -6.05 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4189 0.4761 0.1049 1 1 0.4132 0.4777 0.1092 1 1 0.4054 0.4797 0.1149
chr2 229591816 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 1 434 145 289 87 0 18 0 40 0 0 287 0 2 0.6000 0.0000 0.0069 7.056 0.36 11.05 -10.69 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7907 0.2001 0.0092 1 0 0.7774 0.2118 0.0108 1 0 0.7588 0.2280 0.0132
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 653 171 482 0 0 6 2 163 0 0 418 0 64 0.0000 0.0000 0.1328 27.500 16.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr2 232844199 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 4 597 198 399 83 2 33 1 79 0 0 396 0 3 0.4192 0.0000 0.0075 5.000 0.30 3.19 -2.89 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2484 0.5497 0.2019 1 1 0.2495 0.5460 0.2045 1 1 0.2509 0.5413 0.2078
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 344 144 200 74 0 3 1 66 0 0 199 0 1 0.5139 0.0000 0.0050 46.667 0.84 4.12 -3.28 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2985 0.5331 0.1684 1 1 0.2977 0.5306 0.1717 1 1 0.2965 0.5275 0.1760
chr2 233729636 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1007 220 787 189 4 21 1 5 0 0 786 1 0 0.8591 0.0000 0.0013 9.333 1.06 1.80 -0.74 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0323 0.9677 0.0000 0 0 0.7716 0.2284 0.0000 0 0 0.9299 0.0701 0.0000
chr2 240030012 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 1540 335 1205 313 3 14 0 5 1 0 1204 0 0 0.9343 0.0008 0.0008 22.857 0.72 1.00 -0.28 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4712 0.5288 0.0000 0 0 0.9888 0.0112 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 382 107 275 1 0 22 3 81 0 0 274 0 1 0.0093 0.0000 0.0036 3.864 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3738 0.6262 2 2 0.0000 0.1932 0.8068 2 2 0.0000 0.1589 0.8411
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 471 120 351 69 1 2 0 48 0 0 349 0 2 0.5750 0.0000 0.0057 59.000 1.57 2.29 -0.73 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5000 0.4308 0.0692 1 0 0.4915 0.4351 0.0734 1 0 0.4801 0.4407 0.0793
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 681 170 511 0 0 1 0 169 0 0 504 0 7 0.0000 0.0000 0.0137 169.000 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 590 126 464 54 0 22 0 50 1 0 448 0 15 0.4286 0.0022 0.0345 4.727 0.83 10.38 -9.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2530 0.5907 0.1563 1 1 0.2591 0.5869 0.1541 1 1 0.2671 0.5819 0.1511
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.050 1 -3 1 465 125 340 64 0 4 0 57 0 0 339 0 1 0.5120 0.0000 0.0029 30.250 0.52 4.09 -3.57 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5356 0.4635 0.0009 1 0 0.5356 0.4635 0.0009 1 0 0.5353 0.4637 0.0009
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 729 230 499 89 83 54 0 4 0 0 499 0 0 0.3870 0.0000 0.0000 3.259 0.22 3.25 -3.03 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1005 0.8995 0.0000 0 0 0.8286 0.1714 0.0000 0 0 0.9334 0.0666 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 729 231 498 95 2 50 5 79 0 0 498 0 0 0.4113 0.0000 0.0000 3.620 0.32 3.06 -2.75 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3771 0.5115 0.1114 1 1 0.3738 0.5104 0.1158 1 1 0.3692 0.5092 0.1216
chr3 42691888 CGAG C 0.500000 0.050 1 -3 2 248 124 124 118 1 3 0 2 0 0 124 0 0 0.9516 0.0000 0.0000 40.333 0.94 3.50 -2.56 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4327 0.5673 0.0000 0 0 0.8318 0.1682 0.0000 0 0 0.8917 0.1083 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 676 192 484 0 0 8 1 183 0 0 480 1 3 0.0000 0.0000 0.0083 22.875 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0088 0.9912 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0110 0.9890
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 312 120 192 0 0 2 0 118 0 0 189 0 3 0.0000 0.0000 0.0156 59.000 4.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 633 156 477 2 0 18 6 130 0 0 471 0 6 0.0128 0.0000 0.0126 7.667 0.00 3.23 -3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4231 0.5769 2 2 0.0000 0.1028 0.8972 2 2 0.0000 0.0654 0.9346
chr3 48562913 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 320 97 223 46 1 3 0 47 0 0 223 0 0 0.4742 0.0000 0.0000 31.333 0.15 3.15 -3.00 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2356 0.5287 0.2358 1 1 0.2366 0.5265 0.2368 1 1 0.2380 0.5238 0.2382
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 353 93 260 44 1 12 31 5 0 0 256 4 0 0.4731 0.0000 0.0154 6.750 0.52 3.40 -2.88 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3081 0.5159 0.1760 1 1 0.3064 0.5147 0.1789 1 1 0.3042 0.5132 0.1827
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 353 95 258 46 0 16 0 33 0 0 254 0 4 0.4842 0.0000 0.0155 4.938 0.85 5.79 -4.94 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3590 0.4993 0.1417 1 1 0.3553 0.4993 0.1454 1 1 0.3504 0.4993 0.1503
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 462 152 310 70 1 24 0 57 0 0 307 0 3 0.4605 0.0000 0.0097 5.333 0.31 5.51 -5.19 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3704 0.5047 0.1249 1 1 0.3668 0.5043 0.1289 1 1 0.3619 0.5037 0.1344
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 183 87 96 5 0 8 0 74 0 0 93 0 3 0.0575 0.0000 0.0312 9.875 0.00 7.53 -7.53 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8082 0.1918 2 1 0.0000 0.5029 0.4971
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 236 82 154 0 0 5 4 73 0 0 153 0 1 0.0000 0.0000 0.0065 15.400 3.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1235 0.8765 2 2 0.0000 0.1278 0.8722 2 2 0.0000 0.1339 0.8661
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 236 83 153 2 0 3 72 6 0 0 153 0 0 0.0241 0.0000 0.0000 26.667 1.00 4.17 -3.17 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7999 0.2001 2 2 0.0000 0.3784 0.6216 2 2 0.0000 0.2623 0.7377
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 277 71 206 48 4 15 1 3 1 1 204 0 0 0.6761 0.0049 0.0097 3.733 0.79 3.00 -2.21 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0163 0.9837 0.0000 0 1 0.2590 0.7410 0.0000 0 1 0.4804 0.5196 0.0000
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 290 129 161 108 7 12 0 2 0 0 160 0 1 0.8372 0.0000 0.0062 9.750 0.20 3.00 -2.80 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1197 0.8803 0.0000 0 0 0.6980 0.3020 0.0000 0 0 0.8384 0.1616 0.0000
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 470 106 364 56 0 3 0 47 0 0 363 0 1 0.5283 0.0000 0.0027 34.333 0.36 1.53 -1.17 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.5127 0.1520 1 1 0.3327 0.5117 0.1556 1 1 0.3293 0.5105 0.1602
chr3 75730470 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 250 109 141 64 0 0 0 45 0 0 139 0 2 0.5872 0.0000 0.0142 109.000 2.27 1.33 0.93 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4598 0.4545 0.0856 1 1 0.4526 0.4574 0.0899 1 1 0.4430 0.4612 0.0958
chr3 75737855 G GT 0.500000 0.050 1 1 3 1007 245 762 143 6 19 1 76 2 11 746 3 0 0.5837 0.0026 0.0210 11.789 1.87 1.75 0.12 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9538 0.0459 0.0003 1 0 0.9475 0.0521 0.0004 1 0 0.9379 0.0615 0.0006
chr3 75738710 GCA G 0.500000 0.050 1 -2 2 671 163 508 142 1 4 2 14 0 0 506 0 2 0.8712 0.0000 0.0039 39.500 0.98 8.21 -7.24 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0488 0.9512 0.0000
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 788 156 632 84 0 4 2 66 0 1 629 0 2 0.5385 0.0000 0.0047 38.000 1.38 1.39 -0.01 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4179 0.4855 0.0966 1 1 0.4128 0.4862 0.1010 1 1 0.4058 0.4873 0.1069
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 782 224 558 106 0 20 0 98 0 0 546 0 12 0.4732 0.0000 0.0215 10.200 1.41 9.31 -7.90 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1767 0.5608 0.2625 1 1 0.1802 0.5563 0.2636 1 1 0.1847 0.5505 0.2648
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 457 133 324 65 1 9 0 58 0 0 323 0 1 0.4887 0.0000 0.0031 13.778 0.35 1.10 -0.75 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3175 0.5235 0.1590 1 1 0.3159 0.5217 0.1624 1 1 0.3136 0.5194 0.1670
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 327 96 231 5 0 7 0 84 0 0 230 0 1 0.0521 0.0000 0.0043 12.714 0.60 1.13 -0.53 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.7717 0.2283 2 2 0.0000 0.4528 0.5472
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 103 33 70 26 4 1 0 2 0 0 70 0 0 0.7879 0.0000 0.0000 28.000 0.23 1.00 -0.77 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0810 0.9190 0.0000 0 1 0.3578 0.6422 0.0000 0 1 0.4946 0.5054 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1169 315 854 102 3 79 12 119 0 1 852 0 1 0.3238 0.0000 0.0023 2.962 0.29 3.13 -2.84 30 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0413 0.4042 0.5545 1 2 0.0449 0.4093 0.5458 1 2 0.0501 0.4160 0.5339
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1174 318 856 113 5 187 1 12 0 0 856 0 0 0.3553 0.0000 0.0000 0.699 0.33 5.00 -4.67 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.1492 0.8508 0.0000
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 278 115 163 111 0 1 0 3 0 0 163 0 0 0.9652 0.0000 0.0000 114.000 0.31 3.00 -2.69 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1087 0.8913 0.0000 0 0 0.6757 0.3243 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 703 138 565 61 0 30 0 47 0 0 563 0 2 0.4420 0.0000 0.0035 3.600 0.34 10.09 -9.74 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3892 0.4920 0.1188 1 1 0.3847 0.4924 0.1229 1 1 0.3785 0.4930 0.1284
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 300 113 187 108 0 3 0 2 0 0 187 0 0 0.9558 0.0000 0.0000 36.667 0.12 2.00 -1.88 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3665 0.6335 0.0000 0 0 0.7905 0.2095 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 198 102 96 54 0 0 0 48 0 0 96 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 102.000 0.57 2.33 -1.76 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3090 0.5203 0.1707 1 1 0.3074 0.5188 0.1738 1 1 0.3053 0.5168 0.1779
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 363 117 246 111 2 0 0 4 0 1 245 0 0 0.9487 0.0000 0.0041 116.000 1.34 2.25 -0.91 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0261 0.9739 0.0000 0 0 0.5355 0.4645 0.0000 0 0 0.7762 0.2238 0.0000
chr3 183775955 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 2 391 169 222 75 7 30 1 56 0 0 221 0 1 0.4438 0.0000 0.0045 4.633 0.23 3.11 -2.88 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5507 0.3982 0.0511 1 0 0.5408 0.4041 0.0550 1 0 0.5275 0.4119 0.0606
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 391 175 216 133 5 30 1 6 0 0 216 0 0 0.7600 0.0000 0.0000 4.833 1.38 3.00 -1.62 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2218 0.7782 0.0000 0 0 0.6704 0.3296 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 568 141 427 117 3 17 0 4 0 1 425 0 1 0.8298 0.0000 0.0047 7.294 0.50 3.25 -2.75 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 1 0.4121 0.5879 0.0000 0 0 0.7392 0.2608 0.0000
chr3 195786700 GTGGATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTGACCTGTAGATGCTGAGGAAGGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTCACCTT G 0.500000 0.050 1 -96 1 2485 632 1853 11 7 429 23 162 0 3 1816 21 13 0.0174 0.0000 0.0200 0.456 4.73 2.37 2.36 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.7249 0.2751
chr3 195788493 GTCGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGCA G 0.500000 0.050 1 -96 1 2367 613 1754 329 14 61 12 197 34 21 1686 2 11 0.5367 0.0194 0.0388 9.768 4.34 4.77 -0.43 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr3 195788495 CGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGGGCT C 0.500000 0.050 1 -48 1 2314 444 1870 144 21 100 5 174 26 27 1779 9 29 0.3243 0.0139 0.0487 3.568 5.49 5.16 0.33 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1881 0.6272 0.1847 1 1 0.1927 0.6180 0.1894 1 1 0.1985 0.6062 0.1952
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 323 116 207 21 3 12 66 14 0 0 199 2 6 0.1810 0.0000 0.0386 12.750 0.14 9.36 -9.21 17 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0016 0.0875 0.9109 1 2 0.0012 0.4481 0.5507 2 1 0.0000 0.9972 0.0028
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 322 116 206 2 0 31 3 80 0 0 198 3 5 0.0172 0.0000 0.0388 2.742 0.00 8.97 -8.97 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7246 0.2754 2 2 0.0000 0.2859 0.7141 2 2 0.0000 0.1909 0.8091
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 322 117 205 2 0 29 4 82 0 0 196 1 8 0.0171 0.0000 0.0439 3.034 0.00 8.65 -8.65 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7057 0.2943 2 2 0.0000 0.2676 0.7324 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 512 107 405 0 0 2 1 104 0 0 340 0 65 0.0000 0.0000 0.1605 52.500 15.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr4 1394781 CGATGT C 0.001624 0.050 1 -5 2 956 186 770 85 7 23 0 71 5 1 753 4 7 0.4570 0.0065 0.0221 7.182 3.69 6.80 -3.11 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6318 0.3680 0.0002 1 0 0.6288 0.3710 0.0002 1 0 0.6246 0.3752 0.0003
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.050 1 -1 1 629 250 379 133 9 71 35 2 2 3 374 0 0 0.5320 0.0053 0.0132 6.696 6.18 21.50 -15.32 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 0 0.5198 0.4802 0.0000 0 0 0.9099 0.0901 0.0000
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 629 215 414 3 1 6 7 198 0 2 385 6 21 0.0140 0.0000 0.0700 34.667 0.67 8.66 -7.99 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9668 0.0332 2 1 0.0000 0.9135 0.0865
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 565 140 425 1 0 10 0 129 1 0 417 0 7 0.0071 0.0024 0.0188 13.000 0.00 12.22 -12.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9186 0.0814 2 1 0.0000 0.6411 0.3589 2 1 0.0000 0.5209 0.4791
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 700 207 493 174 1 27 0 5 3 0 490 0 0 0.8406 0.0061 0.0061 6.667 0.78 1.60 -0.82 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0305 0.9695 0.0000 0 0 0.7476 0.2524 0.0000 0 0 0.9184 0.0816 0.0000
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 711 227 484 194 3 26 2 2 0 0 483 0 1 0.8546 0.0000 0.0021 7.654 1.17 5.50 -4.33 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2234 0.7766 0.0000 0 0 0.8999 0.1001 0.0000 0 0 0.9610 0.0390 0.0000
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 562 200 362 109 0 2 0 89 0 0 359 0 3 0.5450 0.0000 0.0083 99.000 0.54 9.25 -8.71 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4368 0.4819 0.0813 1 1 0.4316 0.4827 0.0857 1 1 0.4243 0.4839 0.0918
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 634 162 472 78 4 12 1 67 0 0 472 0 0 0.4815 0.0000 0.0000 13.273 1.58 3.84 -2.26 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4036 0.4921 0.1043 1 1 0.3990 0.4924 0.1086 1 1 0.3926 0.4929 0.1145
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 633 131 502 117 1 12 0 1 0 0 501 0 1 0.8931 0.0000 0.0020 9.917 1.24 19.00 -17.76 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4266 0.5734 0.0000 0 0 0.8284 0.1716 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 146 74 72 41 0 1 0 32 1 0 71 0 0 0.5541 0.0139 0.0139 73.000 0.17 1.25 -1.08 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3694 0.4932 0.1374 1 1 0.3652 0.4937 0.1412 1 1 0.3596 0.4942 0.1461
chr4 87614933 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3016 866 2150 739 12 93 6 16 93 91 1952 6 8 0.8533 0.0433 0.0921 8.429 1.60 12.62 -11.03 135 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9523 0.0477 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3713 824 2889 6 15 35 21 747 38 55 2575 170 51 0.0073 0.0132 0.1087 23.545 6.67 9.96 -3.30 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 3910 815 3095 15 6 103 15 676 26 78 2696 114 181 0.0184 0.0084 0.1289 7.040 5.80 11.17 -5.37 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 121157144 CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C 0.500000 0.050 1 -18 1 172 87 85 50 0 5 0 32 0 0 85 0 0 0.5747 0.0000 0.0000 16.400 0.10 14.62 -14.53 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4816 0.4372 0.0812 1 0 0.4732 0.4413 0.0855 1 0 0.4621 0.4465 0.0914
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 534 227 307 0 0 28 9 190 0 0 305 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 7.107 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0080 0.9920
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 485 167 318 49 79 32 1 6 1 5 312 0 0 0.2934 0.0031 0.0189 4.323 0.94 4.67 -3.73 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2555 0.7445 0.0000 0 0 0.6760 0.3240 0.0000
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 486 178 308 75 3 25 0 75 1 1 298 1 7 0.4213 0.0032 0.0325 6.120 1.29 9.68 -8.39 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1991 0.5476 0.2533 1 1 0.2017 0.5441 0.2542 1 1 0.2051 0.5396 0.2554
chr4 149733320 TGG T 0.500000 0.050 1 -2 1 294 105 189 97 0 3 1 4 0 0 189 0 0 0.9238 0.0000 0.0000 34.000 0.08 2.00 -1.92 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0136 0.9864 0.0000 0 1 0.3897 0.6103 0.0000 0 0 0.6686 0.3314 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 274 130 144 60 0 14 1 55 0 0 144 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 8.286 0.72 5.18 -4.47 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2806 0.5305 0.1889 1 1 0.2802 0.5282 0.1915 1 1 0.2797 0.5253 0.1950
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 536 136 400 71 0 6 0 59 0 0 393 0 7 0.5221 0.0000 0.0175 21.667 0.13 13.69 -13.57 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2893 0.5342 0.1765 1 1 0.2888 0.5316 0.1795 1 1 0.2880 0.5284 0.1836
chr4 173332110 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 150 41 109 22 1 0 0 18 0 0 109 0 0 0.5366 0.0000 0.0000 41.000 1.36 3.50 -2.14 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3074 0.5050 0.1876 1 1 0.3054 0.5046 0.1900 1 1 0.3028 0.5041 0.1931
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 789 158 631 80 0 2 0 76 0 0 627 0 4 0.5063 0.0000 0.0063 78.000 0.14 3.43 -3.30 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2256 0.5487 0.2256 1 1 0.2275 0.5451 0.2275 1 1 0.2298 0.5405 0.2298
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 219 103 116 93 1 5 0 4 1 0 115 0 0 0.9029 0.0086 0.0086 24.500 0.70 10.75 -10.05 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1013 0.8987 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000 0 0 0.9392 0.0608 0.0000
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 745 141 604 57 1 12 1 70 0 0 602 0 2 0.4043 0.0000 0.0033 10.667 1.14 2.69 -1.55 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0990 0.4792 0.4218 1 1 0.1033 0.4805 0.4162 1 1 0.1092 0.4821 0.4087
chr5 11385089 C CGCG 0.001142 0.050 1 3 1 512 161 351 66 5 21 0 69 0 0 350 0 1 0.4099 0.0000 0.0028 7.263 0.76 3.36 -2.60 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4656 0.5339 0.0005 1 1 0.4684 0.5311 0.0005 1 1 0.4720 0.5275 0.0005
chr5 16179479 TCGG T 0.500000 0.050 1 -3 1 301 91 210 83 2 4 0 2 0 0 210 0 0 0.9121 0.0000 0.0000 21.750 1.46 3.00 -1.54 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2450 0.7550 0.0000 0 0 0.6814 0.3186 0.0000 0 0 0.7848 0.2152 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 740 176 564 70 0 29 6 71 0 0 563 0 1 0.3977 0.0000 0.0018 5.069 0.20 3.08 -2.88 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1489 0.5266 0.3245 1 1 0.1526 0.5246 0.3229 1 1 0.1576 0.5220 0.3204
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 344 49 295 0 0 28 1 20 1 2 278 2 12 0.0000 0.0034 0.0576 0.750 8.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9176 0.0824 2 1 0.0000 0.6659 0.3341 2 1 0.0000 0.5218 0.4782
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 344 104 240 50 0 3 0 51 0 0 240 0 0 0.4808 0.0000 0.0000 33.667 0.26 5.90 -5.64 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5305 0.2463 1 1 0.2247 0.5282 0.2471 1 1 0.2267 0.5253 0.2480
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 502 129 373 0 0 2 0 127 0 0 369 0 4 0.0000 0.0000 0.0107 63.500 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0380 0.9620 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.050 1 -4 1 281 81 200 50 0 2 0 29 0 0 198 0 2 0.6173 0.0000 0.0100 39.500 0.28 5.69 -5.41 10 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4961 0.4281 0.0758 1 0 0.4872 0.4327 0.0800 1 0 0.4754 0.4387 0.0859
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 281 78 203 48 0 2 1 27 0 0 201 0 2 0.6154 0.0000 0.0099 37.500 0.29 6.07 -5.78 10 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4817 0.4365 0.0818 1 0 0.4733 0.4407 0.0861 1 0 0.4621 0.4460 0.0919
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 331 89 242 75 4 7 0 3 1 0 241 0 0 0.8427 0.0041 0.0041 11.714 3.45 28.67 -25.21 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0537 0.9463 0.0000 0 1 0.4963 0.5037 0.0000 0 0 0.6938 0.3062 0.0000
chr5 80654908 G GCAGCGCCCC 0.500000 0.050 1 9 2 318 77 241 35 1 14 0 27 1 0 239 0 1 0.4545 0.0041 0.0083 4.500 4.74 6.63 -1.89 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3548 0.4968 0.1484 1 1 0.3512 0.4970 0.1518 1 1 0.3463 0.4973 0.1565
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 319 75 244 70 0 2 0 3 0 0 244 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 36.500 3.91 28.67 -24.75 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0416 0.9584 0.0000 0 1 0.4311 0.5689 0.0000 0 0 0.6372 0.3628 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 261 101 160 95 0 1 0 5 0 0 160 0 0 0.9406 0.0000 0.0000 100.000 0.25 3.00 -2.75 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.2697 0.7303 0.0000 0 0 0.6033 0.3967 0.0000
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 894 200 694 84 2 20 0 94 1 2 684 2 5 0.4200 0.0014 0.0144 8.950 0.62 3.52 -2.90 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1094 0.5123 0.3783 1 1 0.1137 0.5112 0.3750 1 1 0.1196 0.5099 0.3705
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 608 143 465 138 0 2 0 3 0 0 465 0 0 0.9650 0.0000 0.0000 70.500 0.17 1.33 -1.17 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1992 0.8008 0.0000 0 0 0.8029 0.1971 0.0000 0 0 0.8997 0.1003 0.0000
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 441 141 300 113 2 24 0 2 0 0 299 0 1 0.8014 0.0000 0.0033 4.833 0.49 4.50 -4.01 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1185 0.8815 0.0000 0 0 0.6963 0.3037 0.0000 0 0 0.8374 0.1626 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 474 135 339 115 1 17 0 2 1 0 338 0 0 0.8519 0.0029 0.0029 6.941 0.59 3.00 -2.41 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4204 0.5796 0.0000 0 0 0.8249 0.1751 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 153 52 101 0 0 2 0 50 0 0 97 0 4 0.0000 0.0000 0.0396 25.000 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2044 0.7956 2 2 0.0000 0.2089 0.7911 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 248 92 156 87 1 0 0 4 0 0 156 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 91.000 0.23 3.00 -2.77 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0132 0.9868 0.0000 0 1 0.3764 0.6236 0.0000 0 0 0.6500 0.3500 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 248 96 152 91 0 1 0 4 0 0 152 0 0 0.9479 0.0000 0.0000 95.000 0.22 3.00 -2.78 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0147 0.9853 0.0000 0 1 0.3960 0.6040 0.0000 0 0 0.6674 0.3326 0.0000
chr5 141415641 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 801 119 682 47 9 15 9 39 0 2 678 1 1 0.3950 0.0000 0.0059 6.400 1.77 2.62 -0.85 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3363 0.5117 0.1520 1 1 0.3337 0.5108 0.1555 1 1 0.3302 0.5096 0.1602
chr5 141432807 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 2 973 268 705 254 0 4 0 10 0 0 705 0 0 0.9478 0.0000 0.0000 66.000 0.37 2.70 -2.33 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3982 0.6018 0.0000 0 0 0.9147 0.0853 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 413 102 311 2 0 4 0 96 0 0 294 0 17 0.0196 0.0000 0.0547 24.500 0.00 9.76 -9.76 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6039 0.3961 2 2 0.0000 0.1899 0.8101 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr5 141945390 C CCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 12 1 413 102 311 2 0 5 1 94 0 0 294 0 17 0.0196 0.0000 0.0547 19.400 0.00 9.80 -9.80 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6085 0.3915 2 2 0.0000 0.1928 0.8072 2 2 0.0000 0.1249 0.8751
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 930 301 629 139 3 37 1 121 0 0 626 2 1 0.4618 0.0000 0.0048 7.543 0.60 9.81 -9.21 43 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4089 0.5087 0.0824 1 1 0.4055 0.5076 0.0869 1 1 0.4006 0.5063 0.0931
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 353 133 220 41 2 32 0 58 0 0 214 1 5 0.3083 0.0000 0.0273 3.156 3.54 8.10 -4.57 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0644 0.4166 0.5190 1 2 0.0685 0.4217 0.5097 1 2 0.0743 0.4284 0.4972
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 353 141 212 61 7 30 4 39 0 0 212 0 0 0.4326 0.0000 0.0000 3.700 7.44 3.18 4.26 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5682 0.3827 0.0492 1 0 0.5574 0.3896 0.0530 1 0 0.5430 0.3986 0.0584
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 765 188 577 113 0 1 0 74 0 0 569 5 3 0.6011 0.0000 0.0139 187.000 0.69 4.05 -3.36 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6350 0.3371 0.0279 1 0 0.6237 0.3454 0.0309 1 0 0.6082 0.3565 0.0353
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 771 189 582 114 0 1 2 72 0 0 572 5 5 0.6032 0.0000 0.0172 188.000 0.72 4.17 -3.45 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6141 0.3544 0.0315 1 0 0.6033 0.3620 0.0347 1 0 0.5885 0.3721 0.0394
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 533 132 401 6 0 0 0 126 0 0 400 0 1 0.0455 0.0000 0.0025 132.000 0.17 1.25 -1.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.7038 0.2962 2 2 0.0000 0.3063 0.6937
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 123 63 60 6 0 0 0 57 0 0 59 0 1 0.0952 0.0000 0.0167 63.000 0.00 1.19 -1.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9289 0.0711 2 1 0.0000 0.6979 0.3021
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 382 156 226 4 0 12 0 140 0 0 224 0 2 0.0256 0.0000 0.0088 12.000 0.00 13.51 -13.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9506 0.0494 2 2 0.0000 0.3035 0.6965 2 2 0.0000 0.1282 0.8718
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 188 77 111 41 2 3 0 31 0 0 111 0 0 0.5325 0.0000 0.0000 24.333 0.15 3.00 -2.85 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3913 0.4837 0.1250 1 1 0.3863 0.4848 0.1289 1 1 0.3795 0.4862 0.1342
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.050 1 -2 1 340 104 236 95 2 3 0 4 0 0 236 0 0 0.9135 0.0000 0.0000 33.333 0.16 2.00 -1.84 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0166 0.9834 0.0000 0 1 0.4295 0.5705 0.0000 0 0 0.6970 0.3030 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 425 120 305 54 0 7 0 59 0 0 305 0 0 0.4500 0.0000 0.0000 16.143 1.02 3.85 -2.83 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1792 0.5269 0.2938 1 1 0.1821 0.5249 0.2930 1 1 0.1860 0.5223 0.2917
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 387 136 251 88 0 1 0 47 0 0 251 0 0 0.6471 0.0000 0.0000 135.000 0.83 4.68 -3.85 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7530 0.2339 0.0131 1 0 0.7396 0.2454 0.0150 1 0 0.7211 0.2610 0.0180
chr5 181125166 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 693 169 524 150 3 8 0 8 0 0 524 0 0 0.8876 0.0000 0.0000 20.000 0.27 3.62 -3.36 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1718 0.8282 0.0000 0 0 0.6663 0.3337 0.0000
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.050 1 -4 3 805 219 586 112 1 13 0 93 1 0 583 0 2 0.5114 0.0017 0.0051 15.846 0.37 4.03 -3.67 68 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4625 0.4668 0.0707 1 1 0.4565 0.4685 0.0750 1 1 0.4481 0.4709 0.0810
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 614 99 515 51 0 14 3 31 0 0 514 0 1 0.5152 0.0000 0.0019 6.071 0.27 3.16 -2.89 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4520 0.4551 0.0928 1 1 0.4448 0.4581 0.0971 1 1 0.4352 0.4619 0.1029
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 550 128 422 2 0 15 4 107 0 0 417 0 5 0.0156 0.0000 0.0118 7.533 0.00 3.62 -3.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5730 0.4270 2 2 0.0000 0.1714 0.8286 2 2 0.0000 0.1103 0.8897
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 544 127 417 65 3 10 2 47 0 3 406 3 5 0.5118 0.0000 0.0264 13.000 1.42 3.91 -2.50 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5398 0.4179 0.0423 1 0 0.5353 0.4205 0.0442 1 0 0.5293 0.4239 0.0468
chr6 13711474 T TGCGGCG 0.000130 0.050 1 6 1 300 86 214 36 0 12 0 38 1 1 206 1 5 0.4186 0.0047 0.0374 6.167 0.92 6.32 -5.40 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3991 0.6008 0.0001 1 1 0.4037 0.5962 0.0001 1 1 0.4098 0.5901 0.0001
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1444 385 1059 34 46 128 61 116 0 0 1056 0 3 0.0883 0.0000 0.0028 2.261 2.00 3.34 -1.34 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0002 0.0452 0.9546 1 2 0.0003 0.0530 0.9467 1 2 0.0004 0.0654 0.9342
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 1449 392 1057 138 12 112 10 120 0 0 1056 1 0 0.3520 0.0000 0.0009 2.528 1.72 5.45 -3.73 50 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5935 0.3943 0.0121 1 0 0.5913 0.3958 0.0129 1 0 0.5880 0.3980 0.0140
chr6 18263865 C CTCG 0.000049 0.050 1 3 2 247 117 130 111 1 2 0 3 0 0 130 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 57.500 0.35 2.33 -1.98 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.050 1 -15 1 492 127 365 112 0 11 0 4 0 0 365 0 0 0.8819 0.0000 0.0000 10.545 0.52 11.25 -10.73 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1011 0.8989 0.0000 0 0 0.8344 0.1656 0.0000 0 0 0.9385 0.0615 0.0000
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 993 228 765 217 0 7 0 4 0 0 765 0 0 0.9518 0.0000 0.0000 31.571 0.31 2.25 -1.94 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7982 0.2018 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr6 29173644 TA T 0.001133 0.050 1 -1 2 498 140 358 124 2 10 0 4 0 0 358 0 0 0.8857 0.0000 0.0000 13.000 0.21 1.25 -1.04 98 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9718 0.0282 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 135 65 70 25 0 8 1 31 0 0 70 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 7.125 1.48 4.65 -3.17 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1673 0.5033 0.3294 1 1 0.1703 0.5031 0.3266 1 1 0.1743 0.5027 0.3230
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 387 115 272 59 0 2 0 54 0 0 271 0 1 0.5130 0.0000 0.0037 56.500 0.31 1.46 -1.16 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2809 0.5299 0.1892 1 1 0.2805 0.5277 0.1918 1 1 0.2799 0.5248 0.1953
chr6 30602901 AGGACCCCCT A 0.500000 0.050 1 -9 5 622 162 460 98 2 4 0 58 0 0 458 0 2 0.6049 0.0000 0.0043 39.500 0.86 7.41 -6.56 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7375 0.2484 0.0141 1 0 0.7244 0.2594 0.0162 1 0 0.7063 0.2744 0.0193
chr6 30949583 CACACCATCCCCAGCAGAGCCTACAGAACATGGAGAAAGGACAGCCAATGAGAACACT C 0.500000 0.050 1 -57 2 1877 521 1356 239 15 116 7 144 1 6 1183 37 129 0.4587 0.0007 0.1276 3.443 1.56 1.99 -0.43 41 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0045 0.2332 0.7623 1 2 0.0054 0.2414 0.7531 1 2 0.0069 0.2531 0.7400
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 566 159 407 82 66 9 0 2 0 0 407 0 0 0.5157 0.0000 0.0000 10.500 0.80 1.50 -0.70 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5992 0.4008 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000 0 0 0.9363 0.0637 0.0000
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 566 159 407 82 2 8 0 67 0 0 404 1 2 0.5157 0.0000 0.0074 18.875 0.80 2.18 -1.37 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4024 0.4936 0.1041 1 1 0.3978 0.4938 0.1084 1 1 0.3916 0.4942 0.1143
chr6 31412224 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 709 192 517 181 1 4 0 6 0 0 517 0 0 0.9427 0.0000 0.0000 47.000 0.88 2.83 -1.95 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 0 0.6195 0.3805 0.0000 0 0 0.8942 0.1058 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 613 197 416 0 3 0 1 193 0 0 416 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 197.000 2.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0146 0.9854
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 613 197 416 161 6 1 7 22 0 0 416 0 0 0.8173 0.0000 0.0000 195.000 2.45 4.27 -1.82 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0045 0.9955 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 493 155 338 83 0 10 0 62 0 0 334 0 4 0.5355 0.0000 0.0118 14.500 1.35 11.29 -9.94 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4501 0.4660 0.0838 1 1 0.4438 0.4681 0.0882 1 1 0.4351 0.4707 0.0941
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 437 213 224 2 180 26 0 5 0 1 222 0 1 0.0094 0.0000 0.0089 7.480 0.50 3.60 -3.10 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0058 0.9942 0.0000 0 0 0.6318 0.3682 0.0000 0 0 0.8992 0.1008 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 290 87 203 60 0 3 0 24 0 0 203 0 0 0.6897 0.0000 0.0000 42.000 0.23 4.42 -4.18 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7103 0.2690 0.0207 1 0 0.6965 0.2802 0.0233 1 0 0.6776 0.2952 0.0271
chr6 32530180 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 163 58 105 0 34 10 12 2 0 0 104 0 1 0.0000 0.0000 0.0095 1.750 9.50 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3896 0.4759 0.1345 1 1 0.3842 0.4776 0.1381 1 1 0.3771 0.4799 0.1431
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 740 301 439 181 5 52 1 62 0 0 438 0 1 0.6013 0.0000 0.0023 4.843 7.96 7.95 0.00 59 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9944 0.0056 0.0000 1 0 0.9930 0.0070 0.0000 1 0 0.9907 0.0092 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 738 296 442 208 8 19 1 60 0 0 441 0 1 0.7027 0.0000 0.0023 16.235 8.33 8.18 0.15 74 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGA 0.500000 0.050 1 18 1 392 85 307 42 0 10 0 33 0 0 291 0 16 0.4941 0.0000 0.0521 7.500 1.00 14.27 -13.27 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1624 0.5131 0.3245 1 1 0.1656 0.5121 0.3223 1 1 0.1699 0.5108 0.3192
chr6 36722044 C CGGGCCCAGCGGTGCAGGA 0.500000 0.050 1 18 2 684 134 550 68 0 35 0 31 0 0 527 0 23 0.5075 0.0000 0.0418 2.829 0.88 12.71 -11.83 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4145 0.4816 0.1038 1 1 0.4091 0.4828 0.1081 1 1 0.4019 0.4842 0.1139
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 856 225 631 8 0 9 2 206 0 0 628 1 2 0.0356 0.0000 0.0048 24.000 0.12 3.13 -3.01 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5354 0.4646 2 2 0.0000 0.1109 0.8891
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 337 117 220 6 0 15 0 96 0 0 220 0 0 0.0513 0.0000 0.0000 6.800 0.50 6.26 -5.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8369 0.1631 2 2 0.0000 0.4818 0.5182
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 857 197 660 165 1 29 0 2 0 0 660 0 0 0.8376 0.0000 0.0000 5.793 0.68 3.50 -2.82 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7134 0.2866 0.0000 0 0 0.9403 0.0597 0.0000 0 0 0.9621 0.0379 0.0000
chr6 44172317 T TGGCTGCC 0.500000 0.050 1 7 1 202 90 112 35 0 1 0 54 0 0 112 0 0 0.3889 0.0000 0.0000 89.000 0.29 4.48 -4.20 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0755 0.4306 0.4939 1 2 0.0797 0.4350 0.4852 1 2 0.0856 0.4407 0.4736
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 756 223 533 92 0 70 0 61 0 1 528 0 4 0.4126 0.0000 0.0094 2.186 1.48 11.66 -10.18 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5983 0.3640 0.0376 1 0 0.5874 0.3715 0.0411 1 0 0.5725 0.3814 0.0461
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.050 1 45 5 291 80 211 68 0 8 0 4 0 0 211 0 0 0.8500 0.0000 0.0000 9.000 0.18 0.50 -0.32 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 1 0.2700 0.7300 0.0000 0 0 0.5358 0.4642 0.0000
chr6 84186595 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 310 88 222 84 0 1 0 3 0 0 222 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 87.000 0.08 1.00 -0.92 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0584 0.9416 0.0000 0 0 0.5171 0.4829 0.0000 0 0 0.7107 0.2893 0.0000
chr6 84764181 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 346 121 225 107 1 7 0 6 0 0 225 0 0 0.8843 0.0000 0.0000 16.286 0.64 2.17 -1.52 79 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2111 0.7889 0.0000 0 0 0.5909 0.4091 0.0000
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 661 114 547 71 7 33 0 3 3 0 543 1 0 0.6228 0.0055 0.0073 2.531 1.14 2.00 -0.86 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0383 0.9617 0.0000 0 1 0.4316 0.5684 0.0000 0 0 0.6532 0.3468 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 105 45 60 23 0 2 0 20 0 0 60 0 0 0.5111 0.0000 0.0000 21.500 0.09 2.75 -2.66 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2808 0.5104 0.2088 1 1 0.2799 0.5096 0.2105 1 1 0.2787 0.5086 0.2127
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 779 188 591 92 1 6 0 89 0 0 586 0 5 0.4894 0.0000 0.0085 30.333 0.24 3.07 -2.83 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2107 0.5566 0.2327 1 1 0.2132 0.5523 0.2345 1 1 0.2163 0.5470 0.2367
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 5 704 131 573 72 1 0 0 58 0 0 572 0 1 0.5496 0.0000 0.0017 131.000 0.25 3.17 -2.92 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4121 0.4847 0.1032 1 1 0.4069 0.4856 0.1075 1 1 0.3999 0.4868 0.1134
chr6 118491647 ATGT A 0.500000 0.050 1 -3 3 323 119 204 111 0 6 0 2 0 0 204 0 0 0.9328 0.0000 0.0000 18.833 0.18 3.00 -2.82 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3843 0.6157 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr6 123464887 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 333 99 234 50 1 4 0 44 0 0 234 0 0 0.5051 0.0000 0.0000 23.750 0.44 1.14 -0.70 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3215 0.5149 0.1636 1 1 0.3194 0.5138 0.1669 1 1 0.3165 0.5123 0.1711
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 323 95 228 40 0 4 0 51 0 0 228 0 0 0.4211 0.0000 0.0000 22.750 0.33 1.43 -1.11 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1279 0.4925 0.3795 1 1 0.1319 0.4930 0.3752 1 1 0.1372 0.4936 0.3693
chr6 138334829 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 764 192 572 180 0 10 0 2 0 0 572 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 18.200 0.41 3.00 -2.59 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7798 0.2202 0.0000 0 0 0.9570 0.0430 0.0000 0 0 0.9727 0.0273 0.0000
chr6 139373346 TTGCCGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 588 151 437 83 0 13 0 55 0 0 434 0 3 0.5497 0.0000 0.0069 10.615 1.06 6.24 -5.18 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5635 0.3890 0.0476 1 0 0.5533 0.3954 0.0514 1 0 0.5395 0.4038 0.0568
chr6 139373408 AGAGCCGCCGGGGGTGCTGCTGCCGCCC A 0.500000 0.050 1 -27 2 650 186 464 166 0 17 0 3 0 0 464 0 0 0.8925 0.0000 0.0000 9.941 1.46 19.00 -17.54 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3273 0.6727 0.0000 0 0 0.8899 0.1101 0.0000 0 0 0.9460 0.0540 0.0000
chr6 149942091 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 1 118 57 61 33 0 0 0 24 0 0 61 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 57.000 0.79 6.42 -5.63 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3591 0.4934 0.1475 1 1 0.3552 0.4939 0.1509 1 1 0.3500 0.4944 0.1556
chr6 149970071 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 152 72 80 40 0 2 0 30 0 0 79 0 1 0.5556 0.0000 0.0125 35.000 0.60 1.13 -0.53 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3560 0.4977 0.1462 1 1 0.3524 0.4978 0.1498 1 1 0.3475 0.4980 0.1545
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 873 207 666 0 0 13 0 194 0 0 661 0 5 0.0000 0.0000 0.0075 14.923 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 186 85 101 38 1 2 1 43 0 0 101 0 0 0.4471 0.0000 0.0000 41.000 0.11 4.23 -4.13 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1849 0.5183 0.2968 1 1 0.1875 0.5169 0.2956 1 1 0.1910 0.5152 0.2938
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 673 271 402 144 0 44 0 83 0 0 395 0 7 0.5314 0.0000 0.0174 5.159 0.26 15.39 -15.13 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8408 0.1551 0.0040 1 0 0.8292 0.1659 0.0049 1 0 0.8126 0.1812 0.0063
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 427 175 252 88 1 7 0 79 0 0 252 0 0 0.5029 0.0000 0.0000 24.000 0.12 5.66 -5.53 48 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3481 0.5220 0.1298 1 1 0.3458 0.5203 0.1339 1 1 0.3424 0.5181 0.1394
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 229 78 151 4 0 12 0 62 0 0 149 0 2 0.0513 0.0000 0.0132 5.500 0.00 8.23 -8.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 1 0.0000 0.7490 0.2510 2 2 0.0000 0.4881 0.5119
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 322 135 187 0 0 20 7 108 0 0 184 1 2 0.0000 0.0000 0.0160 5.750 3.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 682 169 513 131 0 35 0 3 0 0 511 0 2 0.7751 0.0000 0.0039 3.829 0.59 12.33 -11.75 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0076 0.9924 0.0000 0 1 0.4729 0.5271 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 754 245 509 3 4 14 113 111 0 0 509 0 0 0.0122 0.0000 0.0000 13.000 0.33 11.54 -11.21 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8610 0.1390 2 2 0.0000 0.1295 0.8705 2 2 0.0000 0.0463 0.9537
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 269 91 178 41 2 7 2 39 0 0 175 0 3 0.4505 0.0000 0.0169 12.000 0.76 4.36 -3.60 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2248 0.5262 0.2490 1 1 0.2262 0.5242 0.2496 1 1 0.2280 0.5217 0.2503
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 269 99 170 39 0 20 0 40 0 1 168 0 1 0.3939 0.0000 0.0118 3.950 3.82 3.60 0.22 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2296 0.5245 0.2459 1 1 0.2308 0.5227 0.2465 1 1 0.2323 0.5204 0.2473
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 269 100 169 45 1 17 0 37 0 0 167 0 2 0.4500 0.0000 0.0118 4.882 3.20 4.05 -0.85 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3256 0.5113 0.1631 1 1 0.3233 0.5104 0.1663 1 1 0.3201 0.5093 0.1706
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.050 1 9 2 256 123 133 56 0 4 0 63 0 0 133 0 0 0.4553 0.0000 0.0000 29.750 0.39 7.78 -7.38 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1595 0.5216 0.3188 1 1 0.1630 0.5200 0.3170 1 1 0.1675 0.5179 0.3146
chr7 12342095 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 137 57 80 56 0 0 0 1 0 0 80 0 0 0.9825 0.0000 0.0000 57.000 0.18 2.00 -1.82 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4453 0.5547 0.0000 0 0 0.6712 0.3288 0.0000 0 0 0.7253 0.2747 0.0000
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 197 88 109 82 0 0 0 6 0 1 108 0 0 0.9318 0.0000 0.0092 88.000 0.76 1.67 -0.91 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1241 0.8759 0.0000 0 1 0.4407 0.5593 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 618 183 435 0 0 29 5 149 0 0 435 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.310 3.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr7 26152597 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 364 104 260 51 0 6 1 46 0 0 256 0 4 0.4904 0.0000 0.0154 16.333 0.41 3.63 -3.22 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2345 0.5311 0.2344 1 1 0.2357 0.5288 0.2356 1 1 0.2371 0.5258 0.2371
chr7 26185767 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 351 61 290 36 0 3 0 22 0 0 290 0 0 0.5902 0.0000 0.0000 19.333 0.64 1.18 -0.54 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4301 0.4622 0.1078 1 1 0.4234 0.4647 0.1119 1 1 0.4145 0.4681 0.1175
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 123 55 68 44 1 4 0 6 0 1 67 0 0 0.8000 0.0000 0.0147 25.000 0.57 1.17 -0.60 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0515 0.9485 0.0000 0 1 0.2338 0.7662 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 467 137 330 73 0 2 0 62 0 0 329 0 1 0.5328 0.0000 0.0030 67.500 0.21 1.24 -1.04 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3556 0.5121 0.1323 1 1 0.3526 0.5112 0.1363 1 1 0.3485 0.5099 0.1416
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 201 71 130 38 0 4 0 29 0 0 127 0 3 0.5352 0.0000 0.0231 16.750 0.26 3.17 -2.91 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3153 0.5105 0.1742 1 1 0.3132 0.5097 0.1771 1 1 0.3104 0.5087 0.1808
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 663 143 520 74 0 4 0 65 0 0 520 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 34.750 0.32 1.28 -0.95 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3424 0.5181 0.1395 1 1 0.3399 0.5166 0.1434 1 1 0.3365 0.5149 0.1486
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 210 86 124 44 0 3 1 38 0 0 122 0 2 0.5116 0.0000 0.0161 27.333 0.00 2.84 -2.84 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2761 0.5227 0.2012 1 1 0.2757 0.5210 0.2033 1 1 0.2750 0.5188 0.2061
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 269 83 186 43 2 14 1 23 0 0 185 0 1 0.5181 0.0000 0.0054 4.929 0.60 3.26 -2.66 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5138 0.4154 0.0708 1 0 0.5043 0.4208 0.0750 1 0 0.4915 0.4278 0.0808
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 288 152 136 0 0 0 1 151 0 0 136 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 151.000 1.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0231 0.9769 2 2 0.0000 0.0256 0.9744
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 777 186 591 0 0 8 2 176 0 0 584 0 7 0.0000 0.0000 0.0118 22.250 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0117 0.9883
chr7 87359354 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 187 58 129 55 0 1 0 2 0 0 129 0 0 0.9483 0.0000 0.0000 57.000 0.27 1.00 -0.73 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1340 0.8660 0.0000 0 0 0.5057 0.4943 0.0000 0 0 0.6401 0.3599 0.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 552 149 403 63 1 14 2 69 0 0 399 1 3 0.4228 0.0000 0.0099 9.643 0.79 3.59 -2.80 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1247 0.5075 0.3678 1 1 0.1288 0.5068 0.3644 1 1 0.1343 0.5060 0.3597
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 230 83 147 4 0 6 0 73 0 0 141 0 6 0.0482 0.0000 0.0408 15.400 0.00 3.23 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9893 0.0107 2 1 0.0000 0.6708 0.3292 2 2 0.0000 0.3970 0.6030
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 623 199 424 106 0 3 1 89 0 0 422 0 2 0.5327 0.0000 0.0047 65.000 0.23 4.10 -3.87 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4017 0.5016 0.0967 1 1 0.3976 0.5012 0.1011 1 1 0.3921 0.5008 0.1072
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 466 130 336 61 1 14 0 54 0 0 336 0 0 0.4692 0.0000 0.0000 8.286 0.26 3.00 -2.74 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3323 0.5165 0.1512 1 1 0.3300 0.5152 0.1548 1 1 0.3268 0.5136 0.1596
chr7 102541185 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 710 221 489 188 6 4 0 23 0 0 489 0 0 0.8507 0.0000 0.0000 54.250 0.61 1.35 -0.74 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0201 0.9799 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 610 193 417 91 0 8 0 94 0 0 417 0 0 0.4715 0.0000 0.0000 23.125 0.19 3.06 -2.88 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1904 0.5536 0.2561 1 1 0.1933 0.5495 0.2571 1 1 0.1972 0.5445 0.2583
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 419 121 298 39 1 30 1 50 0 0 289 1 8 0.3223 0.0000 0.0302 3.033 1.33 7.20 -5.87 13 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0713 0.4272 0.5014 1 2 0.0756 0.4318 0.4926 1 2 0.0814 0.4377 0.4808
chr7 103989356 T TGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 419 121 298 39 1 31 1 49 0 0 289 1 8 0.3223 0.0000 0.0302 3.000 1.33 7.33 -5.99 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0747 0.4327 0.4926 1 2 0.0789 0.4370 0.4841 1 2 0.0848 0.4425 0.4727
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 712 179 533 77 0 23 0 79 0 0 533 0 0 0.4302 0.0000 0.0000 6.783 1.29 3.85 -2.56 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2045 0.5463 0.2492 1 1 0.2069 0.5428 0.2503 1 1 0.2101 0.5384 0.2515
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 785 217 568 86 1 22 100 8 0 0 562 5 1 0.3963 0.0000 0.0106 9.190 0.45 4.75 -4.30 2 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0457 0.4041 0.5503 1 2 0.0494 0.4094 0.5412 1 2 0.0548 0.4164 0.5288
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 787 221 566 89 2 26 2 102 0 0 562 0 4 0.4027 0.0000 0.0071 8.042 0.49 6.44 -5.95 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0804 0.4794 0.4402 1 1 0.0848 0.4804 0.4348 1 1 0.0909 0.4818 0.4273
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 743 282 461 240 0 37 0 5 1 0 460 0 0 0.8511 0.0022 0.0022 6.622 0.36 7.00 -6.64 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1101 0.8899 0.0000 0 0 0.9312 0.0688 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 310 142 168 1 0 12 0 129 0 0 159 0 9 0.0070 0.0000 0.0536 10.833 6.00 10.86 -4.86 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1371 0.8629 2 2 0.0000 0.0609 0.9391 2 2 0.0000 0.0504 0.9496
chr7 137846769 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 379 98 281 38 0 13 1 46 0 0 276 0 5 0.3878 0.0000 0.0178 7.083 0.66 6.00 -5.34 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1081 0.4744 0.4175 1 1 0.1123 0.4761 0.4116 1 1 0.1180 0.4782 0.4038
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 234 84 150 44 0 2 0 38 0 0 149 0 1 0.5238 0.0000 0.0067 41.000 0.20 3.05 -2.85 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2995 0.5178 0.1827 1 1 0.2982 0.5164 0.1854 1 1 0.2964 0.5147 0.1889
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 157 82 75 36 0 28 0 18 0 0 73 0 2 0.4390 0.0000 0.0267 1.929 0.17 13.89 -13.72 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4595 0.4461 0.0944 1 0 0.4516 0.4497 0.0987 1 1 0.4412 0.4544 0.1044
chr7 141918996 AAC A 0.500000 0.050 1 -2 3 484 107 377 59 0 7 0 41 0 0 374 0 3 0.5514 0.0000 0.0080 14.286 0.24 2.02 -1.79 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4334 0.4683 0.0983 1 1 0.4271 0.4703 0.1026 1 1 0.4186 0.4730 0.1084
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 922 261 661 7 209 37 1 7 0 5 656 0 0 0.0268 0.0000 0.0076 6.000 2.29 3.00 -0.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.6678 0.3322 0.0000 0 0 0.9326 0.0674 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 923 268 655 9 0 35 8 216 0 0 650 0 5 0.0336 0.0000 0.0076 6.657 2.44 3.13 -0.69 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.5606 0.4394 2 2 0.0000 0.1013 0.8987
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1569 398 1171 0 0 14 0 384 0 0 1169 0 2 0.0000 0.0000 0.0017 27.429 1.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 613 112 501 110 0 1 0 1 0 0 501 0 0 0.9821 0.0000 0.0000 111.000 1.38 2.00 -0.62 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7569 0.2431 0.0000 0 0 0.8854 0.1146 0.0000 0 0 0.9059 0.0941 0.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 683 171 512 94 0 8 0 69 0 0 508 0 4 0.5497 0.0000 0.0078 20.375 0.98 3.88 -2.91 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5059 0.4326 0.0615 1 0 0.4978 0.4366 0.0656 1 0 0.4868 0.4418 0.0714
chr7 149474819 ACCGCTGCCGCCACCGCCGCCGCCACTG A 0.500000 0.050 1 -27 5 692 198 494 177 1 17 0 3 0 0 494 0 0 0.8939 0.0000 0.0000 10.647 0.30 28.33 -28.03 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3969 0.6031 0.0000 0 0 0.9158 0.0842 0.0000 0 0 0.9590 0.0410 0.0000
chr7 149783003 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 694 169 525 159 0 6 0 4 0 0 525 0 0 0.9408 0.0000 0.0000 27.167 0.29 1.50 -1.21 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0803 0.9197 0.0000 0 0 0.7794 0.2206 0.0000 0 0 0.9112 0.0888 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 219 57 162 52 0 3 0 2 0 0 161 0 1 0.9123 0.0000 0.0062 18.000 0.85 4.50 -3.65 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0269 0.9731 0.0000 0 1 0.3271 0.6729 0.0000 0 0 0.5329 0.4671 0.0000
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.050 1 5 1 591 120 471 54 0 16 0 50 0 0 465 0 6 0.4500 0.0000 0.0127 6.500 1.83 6.52 -4.69 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2107 0.5323 0.2569 1 1 0.2127 0.5299 0.2574 1 1 0.2153 0.5268 0.2579
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 675 191 484 100 0 13 0 78 0 0 479 0 5 0.5236 0.0000 0.0103 13.692 0.77 8.15 -7.38 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4414 0.4764 0.0822 1 1 0.4358 0.4776 0.0866 1 1 0.4281 0.4793 0.0926
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 764 199 565 110 0 2 1 86 0 0 564 0 1 0.5528 0.0000 0.0018 98.000 0.50 1.33 -0.83 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5101 0.4332 0.0568 1 0 0.5022 0.4369 0.0608 1 0 0.4916 0.4419 0.0665
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 679 183 496 178 0 1 0 4 0 1 495 0 0 0.9727 0.0000 0.0020 182.000 0.33 1.00 -0.67 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1212 0.8788 0.0000 0 0 0.8518 0.1482 0.0000 0 0 0.9430 0.0570 0.0000
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 720 172 548 12 0 9 0 151 0 0 542 0 6 0.0698 0.0000 0.0109 18.111 1.83 11.41 -9.58 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9842 0.0158 2 1 0.0000 0.6656 0.3344
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 515 88 427 0 0 5 23 60 0 1 390 11 25 0.0000 0.0000 0.0867 16.600 7.63 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0717 0.9283 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0655 0.9345
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 515 87 428 0 0 9 19 59 0 0 390 14 24 0.0000 0.0000 0.0888 12.167 7.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0474 0.9526 2 2 0.0000 0.0503 0.9497 2 2 0.0000 0.0545 0.9455
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 530 83 447 0 0 13 3 67 0 1 369 32 45 0.0000 0.0000 0.1745 5.308 7.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0629 0.9371 2 2 0.0000 0.0447 0.9553 2 2 0.0000 0.0405 0.9595
chr7 156950334 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 700 171 529 90 0 5 1 75 0 0 526 0 3 0.5263 0.0000 0.0057 33.000 0.37 3.41 -3.05 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3646 0.5150 0.1204 1 1 0.3616 0.5137 0.1247 1 1 0.3575 0.5122 0.1303
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 280 97 183 51 0 2 1 43 0 0 182 0 1 0.5258 0.0000 0.0055 47.500 0.20 3.00 -2.80 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3347 0.5118 0.1535 1 1 0.3331 0.5107 0.1563 1 1 0.3308 0.5092 0.1600
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 577 257 320 115 0 42 0 100 0 0 317 1 2 0.4475 0.0000 0.0094 5.244 0.28 11.63 -11.35 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0563 0.6709 0.2728 1 1 0.0556 0.6632 0.2812 1 1 0.0545 0.6531 0.2924
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.050 1 -12 1 577 261 316 125 1 39 1 95 0 0 313 0 3 0.4789 0.0000 0.0095 5.692 0.30 11.80 -11.50 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7432 0.2559 0.0009 1 0 0.7371 0.2619 0.0010 1 0 0.7287 0.2703 0.0011
chr8 17754357 ATTG A 0.000068 0.050 1 -3 1 764 175 589 162 1 5 0 7 0 0 589 0 0 0.9257 0.0000 0.0000 34.000 0.86 2.71 -1.85 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9072 0.0928 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 423 183 240 173 0 6 0 4 0 0 240 0 0 0.9454 0.0000 0.0000 29.500 0.12 7.75 -7.63 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3127 0.6873 0.0000 0 0 0.9518 0.0482 0.0000 0 0 0.9829 0.0171 0.0000
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 222 103 119 54 1 1 0 47 0 0 118 1 0 0.5243 0.0000 0.0084 101.000 0.22 3.00 -2.78 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4201 0.4859 0.0940 1 1 0.4182 0.4857 0.0961 1 1 0.4155 0.4855 0.0990
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 197 77 120 46 0 0 0 31 0 0 120 0 0 0.5974 0.0000 0.0000 77.000 0.57 2.35 -1.79 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4398 0.4604 0.0998 1 1 0.4330 0.4630 0.1040 1 1 0.4238 0.4664 0.1098
chr8 64581450 T TAGCGGC 0.096175 0.050 1 6 2 615 184 431 161 4 15 1 3 1 0 430 0 0 0.8750 0.0023 0.0023 11.929 1.96 4.67 -2.71 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8130 0.1870 0.0000 0 0 0.9864 0.0136 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 612 186 426 70 7 34 4 71 0 0 426 0 0 0.3763 0.0000 0.0000 4.441 0.79 3.48 -2.69 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4484 0.5232 0.0284 1 1 0.4506 0.5206 0.0288 1 1 0.4533 0.5174 0.0293
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 313 86 227 4 0 0 0 82 0 0 224 0 3 0.0465 0.0000 0.0132 86.000 0.00 2.49 -2.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9874 0.0126 2 1 0.0000 0.6391 0.3609 2 2 0.0000 0.3654 0.6346
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 695 210 485 4 0 8 0 198 0 0 484 0 1 0.0190 0.0000 0.0021 25.250 2.75 18.16 -15.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8209 0.1791 2 2 0.0000 0.0966 0.9034 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 289 85 204 80 1 2 0 2 0 0 204 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 41.500 0.29 4.50 -4.21 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2267 0.7733 0.0000 0 0 0.6596 0.3404 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr8 116938485 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 2 466 163 303 75 3 29 0 56 0 0 302 0 1 0.4601 0.0000 0.0033 4.621 1.00 3.04 -2.04 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5100 0.4260 0.0640 1 0 0.5014 0.4305 0.0681 1 0 0.4897 0.4363 0.0739
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 320 94 226 0 2 8 16 68 0 0 226 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.500 5.57 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3292 0.6708 2 2 0.0000 0.2302 0.7698 2 2 0.0000 0.1898 0.8102
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 320 94 226 0 3 15 4 72 0 0 226 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.500 5.69 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3153 0.6847 2 2 0.0000 0.2386 0.7614 2 2 0.0000 0.2086 0.7914
chr8 123369942 A ATCATCG 0.500000 0.050 1 6 1 319 104 215 11 11 2 7 73 0 0 215 0 0 0.1058 0.0000 0.0000 45.500 0.18 5.47 -5.28 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9668 0.0332
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 309 145 164 79 0 1 0 65 0 0 162 0 2 0.5448 0.0000 0.0122 144.000 0.08 3.18 -3.11 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3808 0.5030 0.1162 1 1 0.3770 0.5026 0.1205 1 1 0.3717 0.5021 0.1261
chr8 140458378 T TGTGACCCTCACGGTACCCCCC 0.500000 0.050 1 21 5 452 137 315 56 0 19 0 62 0 0 313 0 2 0.4088 0.0000 0.0063 6.211 0.39 10.18 -9.78 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1505 0.5176 0.3319 1 1 0.1541 0.5162 0.3297 1 1 0.1589 0.5145 0.3266
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 466 114 352 2 1 23 10 78 0 0 350 1 1 0.0175 0.0000 0.0057 3.913 1.50 5.24 -3.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7644 0.2356 2 2 0.0000 0.3351 0.6649 2 2 0.0000 0.2225 0.7775
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 423 111 312 55 1 6 2 47 0 0 310 0 2 0.4955 0.0000 0.0064 17.167 2.22 3.60 -1.38 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2925 0.5253 0.1822 1 1 0.2916 0.5234 0.1850 1 1 0.2903 0.5210 0.1886
chr8 144846107 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 489 191 298 90 0 8 0 93 0 0 295 0 3 0.4712 0.0000 0.0101 22.875 0.34 3.06 -2.72 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1616 0.5458 0.2925 1 1 0.1653 0.5424 0.2924 1 1 0.1700 0.5380 0.2919
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1036 345 691 211 9 93 1 31 0 0 691 0 0 0.6116 0.0000 0.0000 2.699 0.18 3.39 -3.20 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0080 0.9920 0.0000
chr9 12775862 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 349 91 258 34 1 23 3 30 0 0 257 0 1 0.3736 0.0000 0.0039 2.913 0.82 5.03 -4.21 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2555 0.5203 0.2243 1 1 0.2557 0.5187 0.2256 1 1 0.2559 0.5168 0.2273
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 349 91 258 37 20 27 1 6 0 0 257 0 1 0.4066 0.0000 0.0039 1.741 1.14 3.50 -2.36 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0276 0.9724 0.0000 0 1 0.1830 0.8170 0.0000
chr9 12775862 T TGGTGGC 0.500000 0.050 1 6 2 349 91 258 41 0 8 1 41 0 0 257 0 1 0.4505 0.0000 0.0039 13.833 0.71 4.32 -3.61 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2172 0.5247 0.2580 1 1 0.2189 0.5229 0.2583 1 1 0.2210 0.5205 0.2585
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 587 148 439 61 1 26 1 59 0 0 438 0 1 0.4122 0.0000 0.0023 4.692 0.26 3.37 -3.11 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2430 0.5372 0.2198 1 1 0.2440 0.5344 0.2216 1 1 0.2453 0.5309 0.2239
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 680 196 484 187 1 5 0 3 0 0 484 0 0 0.9541 0.0000 0.0000 38.200 0.45 1.33 -0.88 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4633 0.5367 0.0000 0 0 0.9330 0.0670 0.0000 0 0 0.9674 0.0326 0.0000
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 454 143 311 42 0 33 0 68 0 0 311 0 0 0.2937 0.0000 0.0000 3.333 0.14 11.34 -11.20 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0447 0.3701 0.5851 1 2 0.0485 0.3776 0.5739 1 2 0.0537 0.3875 0.5588
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 764 193 571 98 0 33 0 62 0 0 565 0 6 0.5078 0.0000 0.0105 4.848 0.23 10.50 -10.27 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6221 0.3458 0.0320 1 0 0.6108 0.3540 0.0353 1 0 0.5952 0.3648 0.0399
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 276 35 241 1 0 1 0 33 0 0 241 0 0 0.0286 0.0000 0.0000 34.000 1.00 1.09 -0.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6896 0.3104 2 2 0.0000 0.4634 0.5366 2 2 0.0000 0.3966 0.6034
chr9 68303201 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 4 467 77 390 58 1 0 0 18 0 0 390 0 0 0.7532 0.0000 0.0000 77.000 0.98 2.28 -1.30 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7652 0.2215 0.0133 1 0 0.7496 0.2352 0.0152 1 1 0.4364 0.5527 0.0108
chr9 72059357 TGAAAG T 0.500000 0.050 1 -5 1 176 75 101 70 0 3 0 2 0 0 101 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 24.000 0.29 5.00 -4.71 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1819 0.8181 0.0000 0 0 0.5964 0.4036 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 406 104 302 1 0 2 0 101 0 0 283 0 19 0.0096 0.0000 0.0629 51.000 0.00 14.28 -14.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1999 0.8001 2 2 0.0000 0.0918 0.9082 2 2 0.0000 0.0755 0.9245
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 665 165 500 75 0 10 0 80 0 0 494 0 6 0.4545 0.0000 0.0120 15.500 0.48 10.31 -9.83 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1225 0.5139 0.3636 1 1 0.1267 0.5127 0.3606 1 1 0.1323 0.5113 0.3564
chr9 85741905 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 194 95 99 48 0 9 0 38 0 0 99 0 0 0.5053 0.0000 0.0000 9.556 1.04 5.13 -4.09 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.4969 0.1364 1 1 0.3628 0.4970 0.1402 1 1 0.3575 0.4973 0.1453
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 482 150 332 142 1 2 0 5 0 0 332 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 74.000 0.21 3.00 -2.79 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 0 0.5466 0.4534 0.0000 0 0 0.8277 0.1723 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 204 71 133 40 0 1 0 30 0 0 132 0 1 0.5634 0.0000 0.0075 70.000 0.17 4.80 -4.62 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3561 0.4977 0.1462 1 1 0.3524 0.4978 0.1498 1 1 0.3475 0.4980 0.1545
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 296 80 216 35 2 14 0 29 0 0 214 0 2 0.4375 0.0000 0.0093 4.714 0.51 3.24 -2.73 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3156 0.5099 0.1745 1 1 0.3135 0.5092 0.1773 1 1 0.3107 0.5082 0.1811
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 451 98 353 82 0 13 0 3 0 0 353 0 0 0.8367 0.0000 0.0000 6.538 0.62 15.33 -14.71 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0557 0.9443 0.0000 0 0 0.5048 0.4952 0.0000 0 0 0.7008 0.2992 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 454 176 278 74 0 14 0 88 0 0 278 0 0 0.4205 0.0000 0.0000 11.571 1.19 9.12 -7.94 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1013 0.4938 0.4049 1 1 0.1057 0.4940 0.4003 1 1 0.1116 0.4943 0.3941
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 783 277 506 101 0 3 0 173 0 0 502 0 4 0.3646 0.0000 0.0079 91.333 0.19 3.31 -3.12 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0005 0.0615 0.9380 1 2 0.0007 0.0687 0.9306 1 2 0.0010 0.0796 0.9195
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 371 100 271 0 0 23 3 74 0 0 271 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.261 5.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1250 0.8750 2 2 0.0000 0.1294 0.8706 2 2 0.0000 0.1356 0.8644
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 914 144 770 0 0 46 4 94 0 2 750 3 15 0.0000 0.0000 0.0260 2.087 6.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1884 0.8116 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.0904 0.9096
chr9 99828333 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 1 850 213 637 92 4 34 6 77 0 0 634 0 3 0.4319 0.0000 0.0047 5.235 0.76 3.22 -2.46 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3547 0.5219 0.1234 1 1 0.3522 0.5201 0.1276 1 1 0.3487 0.5179 0.1333
chr9 103005527 ATGCCAAGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -12 1 591 170 421 147 1 16 0 6 0 0 421 0 0 0.8647 0.0000 0.0000 9.625 0.33 9.33 -9.01 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.4117 0.5883 0.0000 0 0 0.7889 0.2111 0.0000
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 464 116 348 3 0 0 0 113 0 0 347 0 1 0.0259 0.0000 0.0029 116.000 0.00 2.94 -2.94 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8826 0.1174 2 2 0.0000 0.3080 0.6920 2 2 0.0000 0.1655 0.8345
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 796 176 620 7 0 1 0 168 0 0 613 0 7 0.0398 0.0000 0.0113 175.000 0.43 4.62 -4.20 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5889 0.4111 2 2 0.0000 0.1689 0.8311
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 710 165 545 10 0 3 3 149 0 0 543 0 2 0.0606 0.0000 0.0037 53.667 0.10 2.87 -2.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9470 0.0530 2 1 0.0000 0.5070 0.4930
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 276 103 173 0 1 3 0 99 0 0 172 0 1 0.0000 0.0000 0.0058 33.333 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1023 0.8977 2 2 0.0000 0.0994 0.9006 2 2 0.0000 0.0996 0.9004
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 5 400 102 298 79 1 18 0 4 0 0 298 0 0 0.7745 0.0000 0.0000 4.667 0.19 3.25 -3.06 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.3322 0.6678 0.0000 0 0 0.6062 0.3938 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 467 111 356 51 0 19 0 41 0 0 356 0 0 0.4595 0.0000 0.0000 4.842 0.22 6.02 -5.81 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3671 0.4980 0.1349 1 1 0.3632 0.4981 0.1387 1 1 0.3580 0.4982 0.1438
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 627 135 492 61 1 8 0 65 0 0 482 0 10 0.4519 0.0000 0.0203 15.875 0.48 5.74 -5.26 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1092 0.4928 0.3981 1 1 0.1134 0.4931 0.3935 1 1 0.1192 0.4936 0.3872
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 540 137 403 67 0 18 1 51 0 0 403 0 0 0.4891 0.0000 0.0000 6.611 0.31 1.33 -1.02 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4317 0.4718 0.0965 1 1 0.4257 0.4736 0.1008 1 1 0.4175 0.4759 0.1066
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 520 170 350 0 1 24 64 81 0 0 344 3 3 0.0000 0.0000 0.0171 6.042 3.77 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0245 0.9755 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0284 0.9716
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 521 175 346 4 4 91 9 67 0 0 343 0 3 0.0229 0.0000 0.0087 0.920 0.25 6.13 -5.88 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 1 0.0000 0.8339 0.1661 2 1 0.0000 0.5840 0.4160
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 534 180 354 91 1 5 0 83 0 0 352 0 2 0.5056 0.0000 0.0056 35.000 0.21 3.22 -3.01 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3067 0.5394 0.1539 1 1 0.3059 0.5364 0.1577 1 1 0.3047 0.5327 0.1626
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 472 126 346 8 0 15 1 102 0 0 341 0 5 0.0635 0.0000 0.0145 7.400 0.00 7.70 -7.70 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9358 0.0642 2 1 0.0000 0.5949 0.4051
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 448 137 311 5 2 40 1 89 0 0 306 0 5 0.0365 0.0000 0.0161 2.425 0.20 4.01 -3.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9082 0.0918 2 1 0.0000 0.5773 0.4227
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 295 128 167 122 0 2 0 4 0 0 167 0 0 0.9531 0.0000 0.0000 63.000 0.54 2.00 -1.46 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0309 0.9691 0.0000 0 0 0.5840 0.4160 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 295 128 167 122 0 2 0 4 0 0 167 0 0 0.9531 0.0000 0.0000 63.000 0.54 2.00 -1.46 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0309 0.9691 0.0000 0 0 0.5840 0.4160 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 242 99 143 6 0 4 0 89 0 0 141 0 2 0.0606 0.0000 0.0140 23.750 0.33 1.80 -1.46 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8507 0.1493 2 1 0.0000 0.5097 0.4903
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 280 100 180 88 2 8 0 2 0 0 180 0 0 0.8800 0.0000 0.0000 11.375 0.92 2.00 -1.08 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2742 0.7258 0.0000 0 0 0.7078 0.2922 0.0000 0 0 0.8041 0.1959 0.0000
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.050 1 19 3 435 119 316 103 0 14 0 2 0 0 316 0 0 0.8655 0.0000 0.0000 7.500 0.48 0.00 0.48 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3378 0.6622 0.0000 0 0 0.7693 0.2307 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr9 137110665 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 328 117 211 58 0 5 1 53 0 0 211 0 0 0.4957 0.0000 0.0000 22.400 0.09 1.21 -1.12 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2834 0.5288 0.1878 1 1 0.2829 0.5266 0.1905 1 1 0.2821 0.5239 0.1940
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 480 122 358 7 0 11 2 102 0 0 339 0 19 0.0574 0.0000 0.0531 10.000 0.71 13.15 -12.43 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8381 0.1619 2 2 0.0000 0.4147 0.5853
chr10 5102144 T TA 0.000084 0.050 1 1 3 357 97 260 94 0 0 1 2 0 0 260 0 0 0.9691 0.0000 0.0000 96.000 0.82 1.00 -0.18 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 791 205 586 190 1 11 0 3 0 0 586 0 0 0.9268 0.0000 0.0000 17.636 0.44 9.00 -8.56 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9495 0.0505 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 374 96 278 46 0 1 0 49 0 0 276 0 2 0.4792 0.0000 0.0072 95.000 0.26 1.24 -0.98 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4026 0.5883 0.0090 1 1 0.4071 0.5839 0.0090 1 1 0.4128 0.5783 0.0089
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.050 1 -2 3 296 71 225 40 1 2 0 28 0 0 224 0 1 0.5634 0.0000 0.0044 34.000 0.12 2.46 -2.34 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6195 0.3796 0.0008 1 0 0.6158 0.3834 0.0008 1 0 0.6107 0.3884 0.0009
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 772 214 558 177 0 36 0 1 0 0 558 0 0 0.8271 0.0000 0.0000 4.944 0.33 9.00 -8.67 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.050 1 -1 3 79 38 41 35 0 1 0 2 0 0 41 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 37.000 0.34 1.00 -0.66 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9763 0.0237 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 246 98 148 91 1 3 0 3 0 0 148 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 31.667 0.30 4.67 -4.37 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2443 0.7557 0.0000 0 0 0.8480 0.1520 0.0000 0 0 0.9272 0.0728 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 829 182 647 0 0 19 1 162 0 0 640 0 7 0.0000 0.0000 0.0108 8.579 5.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0157 0.9843 2 2 0.0000 0.0176 0.9824
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 632 138 494 5 0 3 1 129 0 0 491 0 3 0.0362 0.0000 0.0061 45.000 0.60 3.89 -3.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.7517 0.2483 2 2 0.0000 0.4300 0.5700
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 544 146 398 70 0 9 0 67 0 0 398 0 0 0.4795 0.0000 0.0000 15.222 0.09 1.18 -1.09 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3414 0.5276 0.1310 1 1 0.3421 0.5250 0.1328 1 1 0.3429 0.5219 0.1351
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.050 1 18 4 277 92 185 48 0 7 0 37 0 0 173 0 12 0.5217 0.0000 0.0649 12.143 0.08 12.97 -12.89 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4565 0.5418 0.0017 1 1 0.4592 0.5391 0.0017 1 1 0.4626 0.5357 0.0017
chr10 50093906 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 206 113 93 86 1 0 0 26 0 0 93 0 0 0.7611 0.0000 0.0000 113.000 0.50 3.23 -2.73 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8969 0.1009 0.0022 1 0 0.8859 0.1114 0.0027 0 1 0.2745 0.7244 0.0011
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 331 88 243 82 0 4 0 2 0 0 243 0 0 0.9318 0.0000 0.0000 21.000 0.27 3.00 -2.73 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9916 0.0084 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 515 136 379 126 0 6 0 4 0 0 378 1 0 0.9265 0.0000 0.0026 21.667 0.17 4.00 -3.83 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9025 0.0975 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr10 56358652 T TGCCTCA 0.001075 0.050 1 6 1 584 155 429 72 0 21 0 62 0 0 425 0 4 0.4645 0.0000 0.0093 6.381 0.15 5.60 -5.44 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5315 0.4681 0.0003 1 0 0.5319 0.4678 0.0003 1 0 0.5321 0.4676 0.0003
chr10 63214835 TTCA T 0.005181 0.050 1 -3 1 656 139 517 122 1 2 0 14 0 0 517 0 0 0.8777 0.0000 0.0000 68.500 0.30 3.36 -3.06 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2575 0.7425 0.0000 0 0 0.9527 0.0473 0.0000
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 159 91 68 61 0 2 0 28 0 0 66 1 1 0.6703 0.0000 0.0294 44.500 0.66 13.36 -12.70 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8050 0.1948 0.0002 1 0 0.7968 0.2029 0.0003 1 0 0.7857 0.2140 0.0003
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 159 85 74 59 0 1 0 25 0 0 68 1 5 0.6941 0.0000 0.0811 84.000 0.71 14.92 -14.21 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7802 0.2195 0.0003 1 0 0.7724 0.2273 0.0003 1 0 0.7617 0.2379 0.0004
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 352 77 275 0 0 18 3 56 0 0 274 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 3.278 3.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5334 0.4666 2 1 0.0000 0.5409 0.4591 2 1 0.0000 0.5512 0.4488
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 481 175 306 83 4 16 0 72 0 0 305 0 1 0.4743 0.0000 0.0033 9.688 0.46 5.75 -5.29 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6054 0.3932 0.0014 1 0 0.6030 0.3955 0.0015 1 0 0.5997 0.3988 0.0015
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 655 129 526 61 0 4 0 64 0 0 522 0 4 0.4729 0.0000 0.0076 31.250 0.70 6.06 -5.36 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2558 0.5687 0.1755 1 1 0.2607 0.5651 0.1741 1 1 0.2672 0.5606 0.1723
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 515 158 357 96 0 1 1 60 0 0 356 0 1 0.6076 0.0000 0.0028 157.000 0.52 3.17 -2.65 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8120 0.1876 0.0005 1 0 0.8042 0.1953 0.0005 1 0 0.7935 0.2059 0.0006
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 669 228 441 190 1 32 0 5 0 0 441 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.125 0.69 5.80 -5.11 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0417 0.9583 0.0000 0 0 0.8303 0.1697 0.0000 0 0 0.9496 0.0504 0.0000
chr10 101136859 TGAC T 0.000066 0.050 1 -3 1 279 84 195 76 0 5 0 3 0 0 195 0 0 0.9048 0.0000 0.0000 15.800 0.24 3.00 -2.76 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 424 105 319 55 0 8 1 41 0 0 315 0 4 0.5238 0.0000 0.0125 12.125 0.27 6.12 -5.85 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3636 0.5016 0.1348 1 1 0.3604 0.5012 0.1383 1 1 0.3562 0.5007 0.1430
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 407 104 303 46 0 15 0 43 0 0 281 0 22 0.4423 0.0000 0.0726 5.933 0.87 9.42 -8.55 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2454 0.7300 0.0246 1 1 0.2543 0.7220 0.0237 1 1 0.2661 0.7113 0.0226
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 343 141 202 75 0 3 0 63 0 0 198 1 3 0.5319 0.0000 0.0198 46.000 0.89 2.97 -2.07 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4584 0.4792 0.0624 1 1 0.4572 0.4788 0.0641 1 1 0.4553 0.4783 0.0664
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 221 44 177 1 0 0 0 43 0 0 177 0 0 0.0227 0.0000 0.0000 44.000 0.00 2.07 -2.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.9934 0.0066 2 1 0.0000 0.9915 0.0085
chr10 119030082 GGGCGCTGGGGCC G 0.000710 0.050 1 -12 4 450 71 379 35 1 6 0 29 1 0 373 0 5 0.4930 0.0026 0.0158 10.833 0.94 12.72 -11.78 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5148 0.4849 0.0003 1 0 0.5150 0.4847 0.0003 1 0 0.5152 0.4845 0.0003
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 350 105 245 2 0 14 12 77 0 0 244 1 0 0.0190 0.0000 0.0041 5.643 3.50 1.97 1.53 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6872 0.3128 2 2 0.0000 0.2654 0.7346 2 2 0.0000 0.1766 0.8234
chr10 131311321 C CGCG 0.026812 0.050 1 3 1 374 140 234 52 0 18 3 67 0 0 234 0 0 0.3714 0.0000 0.0000 7.176 1.52 3.61 -2.09 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2439 0.7155 0.0407 1 1 0.2527 0.7080 0.0393 1 1 0.2644 0.6980 0.0376
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 410 123 287 114 0 7 0 2 0 1 286 0 0 0.9268 0.0000 0.0035 16.571 0.28 1.00 -0.72 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4147 0.5853 0.0000 0 0 0.8177 0.1823 0.0000 0 0 0.8820 0.1180 0.0000
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 728 155 573 79 1 19 0 56 0 0 568 0 5 0.5097 0.0000 0.0087 7.556 0.30 11.23 -10.93 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6714 0.3234 0.0052 1 0 0.6660 0.3285 0.0055 1 0 0.6586 0.3354 0.0060
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.050 1 -1 1 529 175 354 87 0 8 0 80 0 0 353 0 1 0.4971 0.0000 0.0028 20.875 0.29 1.88 -1.59 35 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4978 0.4842 0.0181 1 0 0.4985 0.4829 0.0185 1 0 0.4993 0.4816 0.0191
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.050 1 -21 2 1584 402 1182 109 12 190 14 77 5 6 1049 14 108 0.2711 0.0042 0.1125 1.090 2.49 14.61 -12.12 17 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0057 0.4801 0.5143 1 1 0.0072 0.5098 0.4830 1 1 0.0099 0.5487 0.4414
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1015 240 775 8 0 79 3 150 0 0 736 0 39 0.0333 0.0000 0.0503 2.025 1.00 11.54 -10.54 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9498 0.0502 2 1 0.0000 0.6686 0.3314
chr11 3638889 G GC 0.000158 0.050 1 1 2 388 110 278 65 0 3 1 41 0 0 277 0 1 0.5909 0.0000 0.0036 35.667 0.46 2.15 -1.68 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7226 0.2774 0.0000 1 0 0.7161 0.2838 0.0000 1 0 0.7074 0.2926 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 334 106 228 0 0 1 1 104 0 0 227 0 1 0.0000 0.0000 0.0044 105.000 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0682 0.9318 2 2 0.0000 0.0731 0.9269
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 695 247 448 134 0 6 0 107 0 0 448 0 0 0.5425 0.0000 0.0000 48.200 0.22 1.21 -0.99 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5572 0.4025 0.0403 1 0 0.5485 0.4076 0.0439 1 0 0.5365 0.4144 0.0491
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 215 87 128 45 0 0 0 42 0 0 127 0 1 0.5172 0.0000 0.0078 87.000 0.13 2.19 -2.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2606 0.5256 0.2138 1 1 0.2607 0.5237 0.2156 1 1 0.2609 0.5213 0.2179
chr11 4587654 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 828 250 578 241 0 1 0 8 0 0 578 0 0 0.9640 0.0000 0.0000 249.000 0.38 2.62 -2.25 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.6468 0.3532 0.0000 0 0 0.9430 0.0570 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 563 138 425 71 0 1 0 66 0 0 421 0 4 0.5145 0.0000 0.0094 137.000 0.41 4.29 -3.88 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2400 0.5426 0.2174 1 1 0.2412 0.5394 0.2193 1 1 0.2427 0.5354 0.2218
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 829 188 641 89 0 9 0 90 0 0 640 0 1 0.4734 0.0000 0.0016 19.889 0.30 1.37 -1.06 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2012 0.5535 0.2452 1 1 0.2039 0.5495 0.2466 1 1 0.2073 0.5445 0.2482
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1014 217 797 96 0 5 0 116 0 0 785 0 12 0.4424 0.0000 0.0151 42.400 0.38 5.97 -5.59 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0267 0.3413 0.6320 1 2 0.0296 0.3493 0.6211 1 2 0.0339 0.3599 0.6062
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 721 216 505 110 0 8 0 98 0 0 505 0 0 0.5093 0.0000 0.0000 29.714 0.30 1.69 -1.39 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3698 0.5202 0.1100 1 1 0.3671 0.5185 0.1144 1 1 0.3632 0.5164 0.1204
chr11 5200208 TAAAG T 0.500000 0.050 1 -4 2 643 177 466 168 0 6 0 3 1 0 465 0 0 0.9492 0.0021 0.0021 28.500 0.24 6.67 -6.43 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3441 0.6559 0.0000 0 0 0.8970 0.1030 0.0000 0 0 0.9496 0.0504 0.0000
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 513 134 379 120 1 9 0 4 0 0 378 0 1 0.8955 0.0000 0.0026 13.889 0.44 19.75 -19.31 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 1 0.4121 0.5879 0.0000 0 0 0.7393 0.2607 0.0000
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1185 293 892 266 0 16 0 11 0 0 891 0 1 0.9078 0.0000 0.0011 17.312 0.23 4.09 -3.86 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1896 0.8104 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr11 6390700 CCTGGTGCTGGCG C 0.500000 0.050 1 -12 3 803 238 565 78 137 16 0 7 0 0 565 0 0 0.3277 0.0000 0.0000 6.846 0.36 10.14 -9.78 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 0 0.5213 0.4787 0.0000 0 0 0.8823 0.1177 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 764 158 606 0 0 19 0 139 0 0 587 0 19 0.0000 0.0000 0.0314 7.316 8.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 632 150 482 74 0 2 0 74 0 0 481 0 1 0.4933 0.0000 0.0021 74.000 1.55 1.28 0.27 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2162 0.5451 0.2387 1 1 0.2183 0.5417 0.2400 1 1 0.2209 0.5374 0.2417
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 250 105 145 0 0 10 3 92 0 0 143 2 0 0.0000 0.0000 0.0138 9.500 3.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0838 0.9162 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 191 66 125 23 0 1 0 42 0 0 125 0 0 0.3485 0.0000 0.0000 65.000 0.00 3.21 -3.21 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0764 0.4234 0.5002 1 2 0.0807 0.4283 0.4910 1 2 0.0865 0.4347 0.4788
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 791 205 586 104 0 8 0 93 0 0 583 0 3 0.5073 0.0000 0.0051 24.625 0.23 3.98 -3.75 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3152 0.5419 0.1429 1 1 0.3143 0.5387 0.1469 1 1 0.3130 0.5347 0.1523
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 993 223 770 6 0 4 0 213 0 0 763 0 7 0.0269 0.0000 0.0091 54.750 0.50 2.31 -1.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 2 2 0.0000 0.1948 0.8052 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 647 141 506 64 0 2 0 75 0 0 506 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 69.500 0.16 1.19 -1.03 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1242 0.5072 0.3686 1 1 0.1283 0.5065 0.3652 1 1 0.1338 0.5057 0.3604
chr11 59124903 C CA 0.500000 0.050 1 1 3 734 164 570 129 13 15 0 7 0 0 569 1 0 0.7866 0.0000 0.0018 9.067 0.81 1.00 -0.19 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2082 0.7918 0.0000 0 0 0.6556 0.3444 0.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 603 154 449 151 0 2 0 1 0 0 449 0 0 0.9805 0.0000 0.0000 76.000 0.34 2.00 -1.66 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8976 0.1024 0.0000 0 0 0.9551 0.0449 0.0000 0 0 0.9626 0.0374 0.0000
chr11 59478365 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 416 76 340 30 1 17 1 27 0 0 340 0 0 0.3947 0.0000 0.0000 3.353 0.30 1.30 -1.00 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2816 0.5144 0.2039 1 1 0.2808 0.5133 0.2059 1 1 0.2796 0.5120 0.2084
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 71 36 35 3 0 0 0 33 0 0 35 0 0 0.0833 0.0000 0.0000 36.000 0.00 2.27 -2.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9831 0.0169 2 1 0.0000 0.7667 0.2333 2 1 0.0000 0.5802 0.4198
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 277 108 169 56 1 16 1 34 0 0 169 0 0 0.5185 0.0000 0.0000 5.750 0.18 2.97 -2.79 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5356 0.4036 0.0607 1 0 0.5256 0.4096 0.0648 1 0 0.5122 0.4173 0.0705
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 293 97 196 39 2 16 2 38 1 0 195 0 0 0.4021 0.0051 0.0051 5.000 0.62 3.24 -2.62 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2658 0.5232 0.2110 1 1 0.2658 0.5214 0.2128 1 1 0.2656 0.5192 0.2152
chr11 68050524 A AGGCCTG 0.500000 0.050 1 6 1 838 185 653 158 0 23 0 4 0 0 652 0 1 0.8541 0.0000 0.0015 7.043 0.36 6.00 -5.64 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.6358 0.3642 0.0000 0 0 0.8732 0.1268 0.0000
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 806 226 580 195 1 23 0 7 0 0 579 0 1 0.8628 0.0000 0.0017 8.826 0.22 3.29 -3.07 117 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3762 0.6238 0.0000 0 0 0.8492 0.1508 0.0000
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 974 285 689 154 0 87 0 44 0 0 666 0 23 0.5404 0.0000 0.0334 2.276 0.21 16.66 -16.45 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9655 0.0343 0.0002 1 0 0.9603 0.0394 0.0002 1 0 0.9522 0.0474 0.0004
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 911 258 653 3 0 2 1 252 0 0 651 0 2 0.0116 0.0000 0.0031 128.000 0.67 2.22 -1.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1793 0.8207 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 753 174 579 5 0 8 1 160 0 0 578 0 1 0.0287 0.0000 0.0017 20.750 0.00 3.34 -3.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9834 0.0166 2 2 0.0000 0.3418 0.6582 2 2 0.0000 0.1166 0.8834
chr11 75402313 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 305 129 176 124 1 1 0 3 0 0 176 0 0 0.9612 0.0000 0.0000 128.000 0.23 3.00 -2.77 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1478 0.8522 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000 0 0 0.8677 0.1323 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 320 103 217 60 0 2 1 40 0 0 214 0 3 0.5825 0.0000 0.0138 50.000 0.30 11.90 -11.60 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4504 0.4589 0.0907 1 1 0.4434 0.4615 0.0950 1 1 0.4341 0.4650 0.1009
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1301 375 926 273 8 76 2 16 0 1 925 0 0 0.7280 0.0000 0.0011 4.000 0.72 6.62 -5.91 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 0 0.5249 0.4751 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 783 238 545 1 0 30 4 203 0 0 542 2 1 0.0042 0.0000 0.0055 7.138 0.00 10.32 -10.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0250 0.9750 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0093 0.9907
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 293 117 176 75 0 2 0 40 0 0 174 0 2 0.6410 0.0000 0.0114 57.500 0.19 7.62 -7.44 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6713 0.3030 0.0257 1 0 0.6584 0.3131 0.0286 1 0 0.6407 0.3265 0.0328
chr11 119312056 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 974 184 790 175 0 0 0 9 0 0 790 0 0 0.9511 0.0000 0.0000 184.000 0.46 3.00 -2.54 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1551 0.8449 0.0000 0 0 0.7007 0.2993 0.0000
chr11 123906734 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 623 143 480 68 1 10 2 62 0 0 477 0 3 0.4755 0.0000 0.0063 13.200 1.37 3.34 -1.97 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2519 0.5399 0.2082 1 1 0.2527 0.5369 0.2104 1 1 0.2536 0.5331 0.2133
chr11 124249871 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 576 172 404 91 0 3 0 78 0 0 404 0 0 0.5291 0.0000 0.0000 56.333 0.20 1.12 -0.92 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3892 0.5032 0.1076 1 1 0.3853 0.5027 0.1120 1 1 0.3799 0.5022 0.1178
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 405 124 281 61 1 13 0 49 0 0 280 1 0 0.4919 0.0000 0.0036 8.538 0.28 5.18 -4.90 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3916 0.4911 0.1172 1 1 0.3870 0.4917 0.1214 1 1 0.3808 0.4923 0.1269
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 453 141 312 117 0 16 0 8 1 0 311 0 0 0.8298 0.0032 0.0032 7.812 1.15 3.38 -2.22 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0801 0.9199 0.0000 0 1 0.4621 0.5379 0.0000
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 327 111 216 63 1 1 0 46 0 0 216 0 0 0.5676 0.0000 0.0000 109.000 0.75 2.83 -2.08 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5769 0.3835 0.0395 1 0 0.5702 0.3881 0.0418 1 0 0.5610 0.3941 0.0449
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 327 148 179 139 0 3 0 6 0 0 179 0 0 0.9392 0.0000 0.0000 48.333 1.68 1.67 0.02 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.2799 0.7201 0.0000 0 0 0.6752 0.3248 0.0000
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 563 163 400 5 1 30 1 126 0 0 394 0 6 0.0307 0.0000 0.0150 4.433 0.20 3.18 -2.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7245 0.2755 2 2 0.0000 0.3307 0.6693
chr12 4626804 A ACTTGTCATCTCCCAGCTTGTCATCTCCCAG 0.003167 0.050 1 30 1 586 136 450 123 0 11 0 2 0 0 449 0 1 0.9044 0.0000 0.0022 11.364 0.22 16.00 -15.78 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9811 0.0189 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 404 142 262 1 0 27 10 104 0 0 261 0 1 0.0070 0.0000 0.0038 4.259 0.00 3.38 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1837 0.8163 2 2 0.0000 0.0837 0.9163 2 2 0.0000 0.0685 0.9315
chr12 6778354 G GGAGCCC 0.001563 0.050 1 6 2 437 198 239 92 2 26 2 76 0 0 238 1 0 0.4646 0.0000 0.0042 6.577 0.17 4.99 -4.81 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6268 0.3729 0.0002 1 0 0.6239 0.3758 0.0002 1 0 0.6199 0.3798 0.0003
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 239 78 161 4 0 6 0 68 0 0 155 0 6 0.0513 0.0000 0.0373 12.000 0.50 4.88 -4.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 1 0.0000 0.6969 0.3031 2 2 0.0000 0.4253 0.5747
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 630 179 451 87 0 21 1 70 0 0 448 0 3 0.4860 0.0000 0.0067 7.524 0.23 8.73 -8.50 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5970 0.3966 0.0064 1 0 0.5945 0.3988 0.0067 1 0 0.5909 0.4020 0.0071
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 301 155 146 132 1 14 1 7 0 0 146 0 0 0.8516 0.0000 0.0000 10.071 1.28 3.57 -2.29 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0576 0.9424 0.0000 0 1 0.3703 0.6297 0.0000
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 406 87 319 49 0 1 0 37 0 0 318 0 1 0.5632 0.0000 0.0031 86.000 0.10 3.78 -3.68 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4365 0.4669 0.0966 1 1 0.4321 0.4682 0.0997 1 1 0.4262 0.4699 0.1039
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 1507 448 1059 361 4 74 1 8 8 0 1050 1 0 0.8058 0.0076 0.0085 5.054 0.74 10.25 -9.51 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0355 0.9645 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr12 47751144 A ACGGGCT 0.000467 0.050 1 6 1 430 112 318 89 2 19 0 2 0 0 317 0 1 0.7946 0.0000 0.0031 4.895 1.33 7.00 -5.67 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9937 0.0063 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.050 1 -3 1 390 102 288 52 0 5 0 45 0 0 287 0 1 0.5098 0.0000 0.0035 19.400 0.21 2.98 -2.77 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5434 0.4561 0.0005 1 0 0.5428 0.4567 0.0005 1 0 0.5419 0.4576 0.0006
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 855 200 655 94 1 16 0 89 0 0 654 0 1 0.4700 0.0000 0.0015 11.500 0.62 11.45 -10.83 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3001 0.5440 0.1559 1 1 0.3004 0.5405 0.1591 1 1 0.3006 0.5361 0.1633
chr12 52691347 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 500 171 329 162 0 0 0 9 0 0 329 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 171.000 0.44 1.89 -1.45 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1181 0.8819 0.0000 0 0 0.6319 0.3681 0.0000
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 498 129 369 56 0 32 0 41 0 0 347 0 22 0.4341 0.0000 0.0596 3.031 0.12 11.46 -11.34 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3580 0.6108 0.0312 1 1 0.3636 0.6055 0.0309 1 1 0.3710 0.5986 0.0304
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 298 80 218 72 1 2 0 5 0 0 218 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 39.000 0.21 1.60 -1.39 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.3326 0.6674 0.0000 0 0 0.6741 0.3259 0.0000
chr12 55427118 C CT 0.003326 0.050 1 1 1 450 107 343 99 0 2 0 6 2 0 341 0 0 0.9252 0.0058 0.0058 52.500 0.45 1.17 -0.71 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1816 0.8184 0.0000 0 0 0.9851 0.0149 0.0000 0 0 0.9973 0.0027 0.0000
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 418 86 332 53 10 12 2 9 0 0 332 0 0 0.6163 0.0000 0.0000 5.917 0.36 1.22 -0.86 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0229 0.9771 0.0000 0 1 0.2474 0.7526 0.0000
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 516 109 407 61 0 0 0 48 0 0 406 0 1 0.5596 0.0000 0.0025 109.000 0.31 3.81 -3.50 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6107 0.3882 0.0011 1 0 0.6077 0.3912 0.0011 1 0 0.6035 0.3953 0.0012
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 144 78 66 75 0 0 0 3 0 0 66 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 78.000 0.53 2.67 -2.13 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0271 0.9729 0.0000 0 1 0.3260 0.6740 0.0000 0 0 0.5276 0.4724 0.0000
chr12 63150773 CCAGAGGCCA C 0.000196 0.050 1 -9 2 396 90 306 45 0 1 0 44 0 0 306 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 89.000 1.16 8.05 -6.89 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4851 0.5148 0.0001 1 1 0.4867 0.5132 0.0001 1 1 0.4886 0.5113 0.0001
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 344 104 240 58 0 1 0 45 0 0 238 0 2 0.5577 0.0000 0.0083 103.000 1.00 3.80 -2.80 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4277 0.4743 0.0980 1 1 0.4236 0.4751 0.1013 1 1 0.4181 0.4762 0.1056
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 995 287 708 0 0 38 4 245 0 0 706 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 6.553 3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 141 62 79 55 1 4 0 2 0 0 79 0 0 0.8871 0.0000 0.0000 14.500 0.18 1.00 -0.82 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2953 0.7047 0.0000 0 0 0.7248 0.2752 0.0000 0 0 0.8198 0.1802 0.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 429 128 301 6 3 34 2 83 0 0 298 0 3 0.0469 0.0000 0.0100 2.765 1.67 3.16 -1.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9777 0.0223 2 1 0.0000 0.7715 0.2285
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 385 89 296 0 0 8 0 81 0 0 287 0 9 0.0000 0.0000 0.0304 11.571 4.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0978 0.9022 2 2 0.0000 0.1016 0.8984 2 2 0.0000 0.1071 0.8929
chr12 110531583 GGAAA G 0.500000 0.050 1 -4 1 145 67 78 40 0 2 0 25 0 0 77 0 1 0.5970 0.0000 0.0128 32.500 0.42 4.00 -3.58 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4282 0.4646 0.1073 1 1 0.4216 0.4670 0.1114 1 1 0.4129 0.4701 0.1170
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 633 195 438 0 0 27 7 161 0 0 438 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.222 3.96 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0174 0.9826
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 180 90 90 0 0 0 0 90 0 0 90 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 90.000 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0941 0.9059 2 2 0.0000 0.0980 0.9020 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 216 87 129 39 0 11 0 37 0 0 128 0 1 0.4483 0.0000 0.0078 6.909 0.31 5.81 -5.50 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2518 0.5231 0.2251 1 1 0.2522 0.5214 0.2264 1 1 0.2527 0.5192 0.2282
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 387 97 290 53 34 8 0 2 0 0 290 0 0 0.5464 0.0000 0.0000 10.000 1.00 6.50 -5.50 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2693 0.7307 0.0000 0 0 0.6900 0.3100 0.0000 0 0 0.7895 0.2105 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 379 107 272 0 0 14 0 93 0 0 261 0 11 0.0000 0.0000 0.0404 6.643 5.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 329 84 245 50 0 7 0 27 0 0 240 0 5 0.5952 0.0000 0.0204 11.000 0.20 12.44 -12.24 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4816 0.4372 0.0812 1 0 0.4732 0.4413 0.0855 1 0 0.4621 0.4465 0.0914
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 596 190 406 92 0 20 6 72 0 0 406 0 0 0.4842 0.0000 0.0000 8.450 1.15 2.12 -0.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4151 0.4893 0.0956 1 1 0.4102 0.4898 0.1000 1 1 0.4036 0.4904 0.1060
chr12 122995576 TGCCACCACC T 0.500000 0.050 1 -9 1 411 153 258 83 1 5 0 64 0 0 255 0 3 0.5425 0.0000 0.0116 29.600 0.11 7.75 -7.64 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4496 0.4667 0.0837 1 1 0.4433 0.4686 0.0881 1 1 0.4347 0.4713 0.0940
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 710 173 537 81 0 22 0 70 0 0 526 0 11 0.4682 0.0000 0.0205 6.864 0.12 8.47 -8.35 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2253 0.5493 0.2253 1 1 0.2272 0.5456 0.2272 1 1 0.2295 0.5410 0.2295
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 231 57 174 1 0 7 2 47 0 0 166 0 8 0.0175 0.0000 0.0460 7.143 1.00 8.70 -7.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5481 0.4519 2 2 0.0000 0.3233 0.6767 2 2 0.0000 0.2700 0.7300
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 609 155 454 6 0 20 1 128 0 0 450 0 4 0.0387 0.0000 0.0088 6.700 0.83 3.33 -2.49 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.6747 0.3253 2 2 0.0000 0.2779 0.7221
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 550 144 406 56 2 38 1 47 0 0 406 0 0 0.3889 0.0000 0.0000 2.763 0.57 11.81 -11.24 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3645 0.5020 0.1335 1 1 0.3609 0.5017 0.1374 1 1 0.3560 0.5015 0.1426
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 743 167 576 68 0 22 0 77 0 0 568 0 8 0.4072 0.0000 0.0139 6.591 1.01 6.32 -5.31 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0874 0.4729 0.4397 1 1 0.0919 0.4747 0.4334 1 1 0.0981 0.4771 0.4248
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.050 1 -1 2 314 177 137 74 0 34 0 69 0 0 137 0 0 0.4181 0.0000 0.0000 4.206 0.20 1.10 -0.90 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4794 0.4910 0.0296 1 1 0.4800 0.4898 0.0302 1 1 0.4806 0.4884 0.0310
chr13 27924562 T TGCC 0.002235 0.050 1 3 1 533 123 410 102 0 17 0 4 0 0 410 0 0 0.8293 0.0000 0.0000 6.235 0.32 3.25 -2.93 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8949 0.1051 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr13 44574554 CTGT C 0.001798 0.050 1 -3 1 762 180 582 152 2 16 3 7 0 0 582 0 0 0.8444 0.0000 0.0000 10.062 0.33 2.43 -2.10 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1622 0.8378 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr13 71866406 T TGCCGCC 0.060439 0.050 1 6 1 718 182 536 138 0 40 0 4 2 0 534 0 0 0.7582 0.0037 0.0037 3.550 0.93 3.75 -2.82 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4591 0.5409 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000 0 0 0.9902 0.0098 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 645 159 486 57 1 44 1 56 0 0 481 1 4 0.3585 0.0000 0.0103 2.614 1.12 6.05 -4.93 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3560 0.5730 0.0710 1 1 0.3603 0.5690 0.0707 1 1 0.3658 0.5639 0.0703
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 479 138 341 114 5 15 0 4 0 0 341 0 0 0.8261 0.0000 0.0000 8.200 2.88 4.50 -1.62 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9342 0.0658 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 651 94 557 0 0 12 4 78 0 0 550 1 6 0.0000 0.0000 0.0126 6.833 5.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0251 0.9749 2 2 0.0000 0.0267 0.9733
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 626 152 474 136 3 11 0 2 0 0 473 0 1 0.8947 0.0000 0.0021 12.818 0.83 7.00 -6.17 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1903 0.8097 0.0000 0 0 0.7989 0.2011 0.0000 0 0 0.8981 0.1019 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 256 84 172 69 2 7 1 5 0 0 172 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 11.000 1.14 4.60 -3.46 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1149 0.8851 0.0000 0 1 0.3881 0.6119 0.0000
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 247 85 162 21 0 5 2 57 0 0 161 0 1 0.2471 0.0000 0.0062 16.000 0.24 10.09 -9.85 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0163 0.2425 0.7413 1 2 0.0185 0.2542 0.7273 1 2 0.0218 0.2722 0.7060
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 247 84 163 3 0 24 3 54 0 0 162 0 1 0.0357 0.0000 0.0061 2.500 2.33 10.26 -7.93 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9685 0.0315 2 1 0.0000 0.6390 0.3610 2 2 0.0000 0.4313 0.5687
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 347 92 255 88 0 1 0 3 0 0 255 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 91.000 0.26 4.00 -3.74 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0640 0.9360 0.0000 0 0 0.5416 0.4584 0.0000 0 0 0.7300 0.2700 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 584 140 444 0 0 9 0 131 0 0 442 0 2 0.0000 0.0000 0.0045 14.556 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0338 0.9662 2 2 0.0000 0.0360 0.9640 2 2 0.0000 0.0394 0.9606
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 893 220 673 107 0 4 0 109 0 0 671 0 2 0.4864 0.0000 0.0030 54.000 0.77 2.06 -1.29 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0909 0.5399 0.3692 1 1 0.0927 0.5361 0.3712 1 1 0.0952 0.5313 0.3735
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 769 183 586 0 0 15 1 167 0 0 584 0 2 0.0000 0.0000 0.0034 11.200 2.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0165 0.9835 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 366 89 277 5 0 3 0 81 0 0 269 0 8 0.0562 0.0000 0.0289 28.667 0.20 19.19 -18.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8081 0.1919 2 1 0.0000 0.5045 0.4955
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 423 108 315 1 0 9 1 97 0 0 308 1 6 0.0093 0.0000 0.0222 11.000 0.00 1.28 -1.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1314 0.8686 2 2 0.0000 0.0587 0.9413 2 2 0.0000 0.0476 0.9524
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 464 131 333 58 0 8 1 64 0 0 333 0 0 0.4427 0.0000 0.0000 15.375 0.14 5.14 -5.00 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5624 0.1906 1 1 0.2517 0.5592 0.1891 1 1 0.2579 0.5550 0.1871
chr14 23080657 TTCA T 0.000055 0.050 1 -3 1 590 195 395 183 2 5 0 5 0 0 395 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 37.800 0.56 3.20 -2.64 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 589 202 387 169 2 22 1 8 0 0 387 0 0 0.8366 0.0000 0.0000 8.182 0.40 3.00 -2.60 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.7199 0.2801 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 667 206 461 22 6 112 3 63 0 0 461 0 0 0.1068 0.0000 0.0000 0.948 0.32 4.10 -3.78 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0067 0.1740 0.8193 1 2 0.0077 0.1843 0.8079 1 2 0.0093 0.1989 0.7918
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 659 202 457 20 1 17 101 63 0 0 457 0 0 0.0990 0.0000 0.0000 5.688 0.25 4.38 -4.13 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9733 0.0267
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 306 57 249 26 4 6 1 20 0 0 248 0 1 0.4561 0.0000 0.0040 8.500 2.81 3.40 -0.59 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4160 0.4729 0.1111 1 1 0.4124 0.4740 0.1136 1 1 0.4076 0.4753 0.1170
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 323 64 259 24 2 7 0 31 0 0 258 0 1 0.3750 0.0000 0.0039 9.333 1.67 3.77 -2.11 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2265 0.5252 0.2483 1 1 0.2298 0.5240 0.2462 1 1 0.2342 0.5224 0.2434
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 306 82 224 34 0 3 0 45 0 0 224 0 0 0.4146 0.0000 0.0000 26.333 0.18 1.20 -1.02 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3011 0.6210 0.0780 1 1 0.3074 0.6163 0.0763 1 1 0.3157 0.6101 0.0742
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 392 106 286 45 2 20 0 39 0 0 285 0 1 0.4245 0.0000 0.0035 4.300 0.09 3.13 -3.04 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4405 0.4767 0.0828 1 1 0.4384 0.4770 0.0846 1 1 0.4356 0.4774 0.0871
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 392 106 286 47 0 56 0 3 0 0 285 0 1 0.4434 0.0000 0.0035 0.909 0.28 2.33 -2.06 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0086 0.9914 0.0000 0 1 0.2848 0.7152 0.0000 0 0 0.5583 0.4417 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 661 132 529 3 0 20 1 108 0 0 517 0 12 0.0227 0.0000 0.0227 5.600 1.00 6.59 -5.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5716 0.4284 2 2 0.0000 0.0728 0.9272 2 2 0.0000 0.0339 0.9661
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 649 177 472 0 0 28 2 147 0 0 471 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 5.321 6.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 480 125 355 48 2 25 0 50 0 0 353 0 2 0.3840 0.0000 0.0056 4.000 3.44 6.32 -2.88 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2592 0.5351 0.2057 1 1 0.2615 0.5327 0.2059 1 1 0.2644 0.5296 0.2061
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 510 145 365 0 0 10 0 135 0 0 363 0 2 0.0000 0.0000 0.0055 13.500 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0204 0.9796
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 327 86 241 52 0 1 0 33 0 0 238 0 3 0.6047 0.0000 0.0124 85.000 0.31 9.00 -8.69 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5177 0.4183 0.0639 1 0 0.5109 0.4221 0.0670 1 0 0.5016 0.4271 0.0713
chr14 102930656 C CGCCGGG 0.008312 0.050 1 6 2 523 116 407 102 1 11 0 2 0 0 407 0 0 0.8793 0.0000 0.0000 9.545 1.86 6.50 -4.64 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9838 0.0162 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 241 81 160 0 0 12 0 69 0 0 155 0 5 0.0000 0.0000 0.0312 5.750 8.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1676 0.8324 2 2 0.0000 0.1728 0.8272 2 2 0.0000 0.1803 0.8197
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 436 127 309 0 0 22 2 103 0 0 304 1 4 0.0000 0.0000 0.0162 4.773 3.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1456 0.8544 2 2 0.0000 0.1526 0.8474 2 2 0.0000 0.1627 0.8373
chr15 20535052 TCC T 0.033305 0.050 1 -2 1 2165 627 1538 327 20 127 35 118 23 19 1482 6 8 0.5215 0.0150 0.0364 4.160 2.23 4.69 -2.45 111 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 20535057 T TGA 0.035606 0.050 1 2 2 2164 608 1556 334 11 125 20 118 30 16 1495 4 11 0.5493 0.0193 0.0392 4.175 2.21 4.68 -2.47 108 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 830 161 669 0 0 9 2 150 0 1 625 30 13 0.0000 0.0000 0.0658 16.889 4.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1863 504 1359 0 0 10 4 490 0 2 1287 19 51 0.0000 0.0000 0.0530 49.200 3.55 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 31229302 C CG 0.001240 0.050 1 1 2 215 87 128 3 78 3 1 2 0 3 125 0 0 0.0345 0.0000 0.0234 4.000 1.33 1.00 0.33 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 215 87 128 3 3 3 34 44 0 0 125 2 1 0.0345 0.0000 0.0234 17.333 1.33 1.89 -0.55 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.8020 0.1980 2 1 0.0000 0.6165 0.3835
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 217 89 128 4 4 47 1 33 0 0 126 0 2 0.0449 0.0000 0.0156 0.891 1.00 2.24 -1.24 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0084 0.7710 0.2206 2 1 0.0011 0.9241 0.0748 2 1 0.0001 0.7496 0.2503
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 692 167 525 0 0 28 3 136 0 0 520 0 5 0.0000 0.0000 0.0095 4.964 3.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 402 132 270 50 0 5 0 77 0 0 269 0 1 0.3788 0.0000 0.0037 25.400 0.90 2.06 -1.16 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0628 0.4391 0.4980 1 2 0.0682 0.4463 0.4856 1 2 0.0757 0.4554 0.4688
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 450 117 333 60 0 8 0 49 1 0 325 0 7 0.5128 0.0030 0.0240 13.625 0.60 4.47 -3.87 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3642 0.5116 0.1242 1 1 0.3636 0.5101 0.1264 1 1 0.3626 0.5082 0.1292
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 210 82 128 43 0 5 0 34 0 0 128 0 0 0.5244 0.0000 0.0000 15.400 0.21 3.82 -3.61 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5465 0.4282 0.0253 1 0 0.5437 0.4303 0.0261 1 0 0.5398 0.4331 0.0271
chr15 65611120 G GTCCGTCGGCATAAACTT 0.000467 0.050 1 17 1 259 87 172 27 0 30 0 30 0 0 164 1 7 0.3103 0.0000 0.0465 1.900 1.37 9.30 -7.93 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3534 0.6461 0.0005 1 1 0.3594 0.6402 0.0005 1 1 0.3673 0.6323 0.0004
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 161 81 80 37 0 2 0 42 0 0 80 0 0 0.4568 0.0000 0.0000 39.500 0.05 3.26 -3.21 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1947 0.5200 0.2854 1 1 0.1974 0.5186 0.2840 1 1 0.2011 0.5168 0.2821
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 260 156 104 147 0 4 0 5 0 0 104 0 0 0.9423 0.0000 0.0000 38.000 0.59 3.00 -2.41 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 1 0.4815 0.5185 0.0000 0 0 0.7868 0.2132 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 470 117 353 1 0 10 1 105 0 0 347 0 6 0.0085 0.0000 0.0170 10.700 1.00 3.87 -2.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1755 0.8245 2 2 0.0000 0.0791 0.9209 2 2 0.0000 0.0645 0.9355
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 652 118 534 2 0 11 0 105 0 0 530 1 3 0.0169 0.0000 0.0075 9.727 2.00 5.58 -3.58 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9882 0.0118 2 1 0.0000 0.9279 0.0721 2 1 0.0000 0.8846 0.1154
chr15 81332887 CTCT C 0.001806 0.050 1 -3 2 643 129 514 58 0 5 0 66 0 0 513 0 1 0.4496 0.0000 0.0019 24.800 0.22 3.41 -3.18 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3539 0.6445 0.0016 1 1 0.3605 0.6380 0.0015 1 1 0.3691 0.6294 0.0015
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.050 1 1 1 136 33 103 18 3 4 1 7 0 0 102 0 1 0.5455 0.0000 0.0097 6.750 0.83 2.00 -1.17 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5626 0.3978 0.0396 1 0 0.5569 0.4021 0.0410 1 0 0.5469 0.4106 0.0425
chr15 84817274 G GGGCCA 0.000443 0.050 1 5 1 451 95 356 83 0 9 0 3 0 0 356 0 0 0.8737 0.0000 0.0000 9.556 0.64 5.33 -4.69 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9927 0.0073 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 359 139 220 71 0 2 0 66 0 0 217 0 3 0.5108 0.0000 0.0136 68.500 0.11 3.47 -3.36 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3539 0.5311 0.1150 1 1 0.3553 0.5283 0.1163 1 1 0.3570 0.5249 0.1181
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 248 96 152 46 0 1 0 49 0 0 149 0 3 0.4792 0.0000 0.0197 95.000 0.07 2.59 -2.53 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3943 0.6015 0.0042 1 1 0.3992 0.5966 0.0042 1 1 0.4056 0.5903 0.0041
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 874 202 672 56 5 30 4 107 0 0 672 0 0 0.2772 0.0000 0.0000 5.600 1.36 6.85 -5.49 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0027 0.1301 0.8672 1 2 0.0032 0.1392 0.8576 1 2 0.0041 0.1522 0.8438
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 362 119 243 0 0 8 0 111 0 0 235 0 8 0.0000 0.0000 0.0329 13.875 6.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 344 123 221 68 0 5 0 50 0 0 221 0 0 0.5528 0.0000 0.0000 23.600 0.18 2.20 -2.02 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4608 0.4551 0.0841 1 1 0.4532 0.4582 0.0886 1 1 0.4430 0.4622 0.0948
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 595 213 382 81 0 57 0 75 0 1 365 0 16 0.3803 0.0000 0.0445 2.737 0.57 5.31 -4.74 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3362 0.6611 0.0026 1 1 0.3438 0.6536 0.0026 1 1 0.3537 0.6438 0.0026
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 595 233 362 178 4 41 1 9 0 0 361 0 1 0.7639 0.0000 0.0028 4.683 2.43 2.78 -0.35 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2569 0.7431 0.0000 0 0 0.8865 0.1135 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 269 97 172 68 1 26 0 2 2 0 169 0 1 0.7010 0.0116 0.0174 2.692 2.78 10.50 -7.72 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6010 0.3990 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000 0 0 0.9837 0.0163 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 43 22 21 9 0 0 0 13 0 0 21 0 0 0.4091 0.0000 0.0000 22.000 0.00 1.08 -1.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3454 0.5340 0.1206 1 1 0.3478 0.5326 0.1196 1 1 0.3509 0.5307 0.1183
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 305 86 219 46 0 2 0 38 0 0 219 0 0 0.5349 0.0000 0.0000 42.000 0.89 3.05 -2.16 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4354 0.4740 0.0906 1 1 0.4326 0.4745 0.0929 1 1 0.4289 0.4753 0.0958
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 245 62 183 1 0 1 2 58 0 0 178 0 5 0.0161 0.0000 0.0273 61.000 1.00 16.22 -15.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9104 0.0896 2 1 0.0000 0.8000 0.2000 2 1 0.0000 0.7567 0.2433
chr16 1093978 G GC 0.001284 0.050 1 1 2 401 112 289 64 0 8 0 40 0 0 289 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 13.000 0.27 1.40 -1.13 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7422 0.2577 0.0001 1 0 0.7353 0.2646 0.0001 1 0 0.7258 0.2741 0.0001
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 927 207 720 200 3 1 0 3 0 0 720 0 0 0.9662 0.0000 0.0000 206.000 0.93 1.33 -0.40 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8256 0.1744 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 479 98 381 0 0 2 0 96 0 0 381 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 48.000 6.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 479 98 381 0 0 2 0 96 0 0 381 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 48.000 6.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 252 95 157 50 0 4 0 41 0 0 156 0 1 0.5263 0.0000 0.0064 22.750 0.46 3.49 -3.03 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5561 0.4345 0.0094 1 0 0.5543 0.4361 0.0096 1 0 0.5518 0.4382 0.0100
chr16 4740302 GC G 0.000174 0.050 1 -1 1 251 65 186 33 0 4 0 28 0 0 186 0 0 0.5077 0.0000 0.0000 15.250 0.30 1.04 -0.73 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5430 0.4570 0.0001 1 0 0.5420 0.4579 0.0001 1 0 0.5406 0.4593 0.0001
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 391 100 291 51 0 4 0 45 0 0 290 0 1 0.5100 0.0000 0.0034 24.000 0.96 3.20 -2.24 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2360 0.5361 0.2279 1 1 0.2349 0.5339 0.2312 1 1 0.2334 0.5311 0.2355
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 374 120 254 25 5 46 4 40 1 1 249 1 2 0.2083 0.0039 0.0197 1.587 2.48 5.88 -3.40 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2189 0.5934 0.1876 1 1 0.2258 0.5911 0.1832 1 1 0.2349 0.5878 0.1773
chr16 11915673 C CCCGCCGCCG 0.001135 0.050 1 9 1 374 120 254 42 22 46 3 7 2 0 248 1 3 0.3500 0.0079 0.0236 1.543 4.83 6.00 -1.17 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.7868 0.2132 0.0000 0 0 0.9864 0.0136 0.0000
chr16 11927441 G GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA 0.000747 0.050 1 42 2 1776 340 1436 143 4 190 0 3 0 1 1434 0 1 0.4206 0.0000 0.0014 0.779 1.37 4.00 -2.63 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9877 0.0123 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 179 56 123 0 0 0 0 56 0 0 121 0 2 0.0000 0.0000 0.0163 56.000 2.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 29810102 G GGCGGCA 0.001131 0.050 1 6 1 692 231 461 206 3 19 0 3 2 0 459 0 0 0.8918 0.0043 0.0043 11.158 0.45 4.67 -4.22 110 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 30659842 AGAG A 0.002875 0.050 1 -3 2 794 200 594 170 3 20 0 7 0 0 594 0 0 0.8500 0.0000 0.0000 9.000 0.47 3.43 -2.96 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2292 0.7708 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 142 69 73 39 0 3 0 27 0 0 72 0 1 0.5652 0.0000 0.0137 22.000 0.13 2.19 -2.06 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3850 0.4852 0.1298 1 1 0.3801 0.4862 0.1337 1 1 0.3737 0.4875 0.1388
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 332 128 204 1 82 0 3 42 0 0 203 0 1 0.0078 0.0000 0.0049 46.000 6.00 8.64 -2.64 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4026 0.4812 0.1161 1 1 0.3973 0.4825 0.1202 1 1 0.3902 0.4841 0.1257
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 332 133 199 87 1 0 0 45 0 0 197 0 2 0.6541 0.0000 0.0101 133.000 1.08 7.89 -6.81 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7529 0.2340 0.0131 1 0 0.7396 0.2454 0.0150 1 0 0.7210 0.2610 0.0180
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 411 85 326 42 10 10 3 20 0 0 325 0 1 0.4941 0.0000 0.0031 7.300 0.71 1.85 -1.14 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6046 0.3523 0.0430 1 0 0.5924 0.3609 0.0467 1 0 0.5760 0.3720 0.0519
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1014 294 720 0 1 67 10 216 0 0 716 0 4 0.0000 0.0000 0.0056 3.388 3.81 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0051 0.9949
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 284 131 153 49 0 15 0 67 0 0 152 0 1 0.3740 0.0000 0.0065 7.733 3.24 5.48 -2.23 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0744 0.4389 0.4867 1 2 0.0786 0.4428 0.4786 1 2 0.0845 0.4477 0.4678
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 136 66 70 45 0 1 0 20 0 0 69 0 1 0.6818 0.0000 0.0143 65.000 0.20 4.10 -3.90 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5698 0.3771 0.0531 1 0 0.5585 0.3845 0.0570 1 0 0.5432 0.3942 0.0626
chr16 72788664 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 585 176 409 74 2 33 63 4 0 0 405 3 1 0.4205 0.0000 0.0098 4.333 0.77 3.25 -2.48 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2972 0.5344 0.1684 1 1 0.2965 0.5318 0.1717 1 1 0.2954 0.5285 0.1761
chr16 72788664 TTGCTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -12 2 587 180 407 90 1 23 0 66 0 0 400 0 7 0.5000 0.0000 0.0172 6.826 0.81 11.47 -10.66 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4603 0.4620 0.0777 1 1 0.4538 0.4643 0.0820 1 1 0.4449 0.4672 0.0880
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 667 154 513 66 9 28 0 51 0 0 509 0 4 0.4286 0.0000 0.0078 4.500 0.38 3.24 -2.86 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4971 0.4339 0.0689 1 0 0.4888 0.4380 0.0732 1 0 0.4777 0.4433 0.0790
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 304 97 207 86 0 8 0 3 0 0 207 0 0 0.8866 0.0000 0.0000 11.125 0.51 7.67 -7.16 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0610 0.9390 0.0000 0 0 0.5293 0.4707 0.0000 0 0 0.7204 0.2796 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 256 135 121 131 0 2 0 2 0 0 121 0 0 0.9704 0.0000 0.0000 66.500 0.40 4.00 -3.60 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5093 0.4907 0.0000 0 0 0.8698 0.1302 0.0000 0 0 0.9169 0.0831 0.0000
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 498 130 368 71 0 16 0 43 0 0 367 0 1 0.5462 0.0000 0.0027 7.125 1.63 6.30 -4.67 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5970 0.3616 0.0414 1 0 0.5856 0.3695 0.0450 1 0 0.5701 0.3798 0.0501
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 415 106 309 39 1 31 0 35 0 0 304 1 4 0.3679 0.0000 0.0162 2.387 3.28 5.54 -2.26 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2369 0.5241 0.2391 1 1 0.2378 0.5222 0.2399 1 1 0.2390 0.5200 0.2410
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 415 113 302 42 6 24 2 39 0 0 302 0 0 0.3717 0.0000 0.0000 3.667 4.57 3.03 1.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3185 0.5142 0.1673 1 1 0.3165 0.5131 0.1704 1 1 0.3137 0.5117 0.1745
chr16 88528131 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 323 116 207 107 1 4 0 4 0 0 207 0 0 0.9224 0.0000 0.0000 28.000 0.22 3.00 -2.78 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 1 0.4980 0.5020 0.0000 0 0 0.7507 0.2493 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 674 119 555 0 0 4 4 111 0 0 543 1 11 0.0000 0.0000 0.0216 28.750 7.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0395 0.9605 2 2 0.0000 0.0420 0.9580 2 2 0.0000 0.0457 0.9543
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 672 113 559 0 0 3 4 106 0 0 548 2 9 0.0000 0.0000 0.0197 36.333 7.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 673 111 562 0 0 2 0 109 0 2 544 5 11 0.0000 0.0000 0.0320 109.000 7.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3595 0.6405 2 2 0.0000 0.1320 0.8680 2 2 0.0000 0.0903 0.9097
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 815 194 621 2 0 11 1 180 0 0 620 0 1 0.0103 0.0000 0.0016 16.636 6.00 6.98 -0.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2116 0.7884 2 2 0.0000 0.0410 0.9590 2 2 0.0000 0.0261 0.9739
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.050 1 4 1 807 194 613 142 1 13 2 36 0 0 611 1 1 0.7320 0.0000 0.0033 13.769 7.58 4.50 3.08 40 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9853 0.0147 0.0000 1 0 0.9373 0.0627 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 699 162 537 74 2 25 0 61 0 0 530 0 7 0.4568 0.0000 0.0130 5.440 0.50 5.79 -5.29 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3243 0.5257 0.1500 1 1 0.3225 0.5237 0.1537 1 1 0.3201 0.5213 0.1586
chr16 88733964 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 918 291 627 110 12 50 4 115 0 0 623 1 3 0.3780 0.0000 0.0064 4.720 0.59 2.97 -2.38 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2055 0.5735 0.2210 1 1 0.2084 0.5680 0.2236 1 1 0.2122 0.5611 0.2267
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 919 298 621 243 3 42 1 9 0 1 620 0 0 0.8154 0.0000 0.0016 6.024 1.72 3.33 -1.61 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4817 0.5183 0.0000 0 0 0.9201 0.0799 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 152 57 95 2 0 0 0 55 0 0 93 0 2 0.0351 0.0000 0.0211 57.000 0.00 4.31 -4.31 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8618 0.1382 2 2 0.0000 0.4825 0.5175 2 2 0.0000 0.3491 0.6509
chr17 3197642 AATCTGCTCATC A 0.000837 0.050 1 -11 3 582 153 429 73 0 14 0 66 0 0 423 0 6 0.4771 0.0000 0.0140 9.929 0.23 10.50 -10.27 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4678 0.5319 0.0004 1 1 0.4706 0.5290 0.0004 1 1 0.4742 0.5255 0.0004
chr17 4672141 ATCC A 0.002914 0.050 1 -3 1 730 155 575 72 1 10 2 70 0 0 575 0 0 0.4645 0.0000 0.0000 16.111 0.36 3.14 -2.78 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4686 0.5301 0.0012 1 1 0.4714 0.5273 0.0012 1 1 0.4749 0.5239 0.0013
chr17 5182147 CACT C 0.000174 0.050 1 -3 2 1005 258 747 141 3 12 2 100 0 0 746 0 1 0.5465 0.0000 0.0013 20.417 0.73 3.24 -2.51 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8468 0.1532 0.0000 1 0 0.8396 0.1604 0.0000 1 0 0.8294 0.1706 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 783 144 639 136 3 4 0 1 0 0 639 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 35.000 0.43 4.00 -3.57 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 773 187 586 71 3 31 5 77 0 0 570 1 15 0.3797 0.0000 0.0273 5.032 0.28 9.77 -9.48 5 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0309 0.3567 0.6125 1 2 0.0333 0.3624 0.6043 1 2 0.0369 0.3701 0.5931
chr17 7024700 C CCAGCAGCAGCAG 0.000310 0.050 1 12 1 773 187 586 79 0 32 0 76 0 0 570 0 16 0.4225 0.0000 0.0273 4.844 0.56 10.22 -9.67 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3014 0.6982 0.0003 1 1 0.3099 0.6897 0.0003 1 1 0.3211 0.6786 0.0003
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 393 104 289 51 0 8 0 45 0 0 288 0 1 0.4904 0.0000 0.0035 12.000 0.43 7.93 -7.50 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2969 0.5220 0.1811 1 1 0.2958 0.5204 0.1839 1 1 0.2942 0.5183 0.1875
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 520 193 327 71 3 33 4 82 0 0 327 0 0 0.3679 0.0000 0.0000 4.818 0.24 2.98 -2.74 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1163 0.5080 0.3757 1 1 0.1206 0.5073 0.3722 1 1 0.1263 0.5064 0.3674
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1011 278 733 254 1 2 16 5 0 0 733 0 0 0.9137 0.0000 0.0000 130.500 0.50 4.00 -3.50 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 0 0 0.8124 0.1876 0.0000 0 0 0.9517 0.0483 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1015 277 738 251 5 16 0 5 0 0 738 0 0 0.9061 0.0000 0.0000 17.333 0.47 4.00 -3.53 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1745 0.8255 0.0000 0 0 0.9548 0.0452 0.0000 0 0 0.9871 0.0129 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 796 163 633 69 0 9 0 85 0 0 630 0 3 0.4233 0.0000 0.0047 17.111 0.20 3.96 -3.76 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0728 0.4510 0.4762 1 2 0.0770 0.4539 0.4690 1 2 0.0830 0.4578 0.4593
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.050 1 -6 1 824 169 655 91 0 5 0 73 0 0 650 1 4 0.5385 0.0000 0.0076 32.800 0.41 6.59 -6.18 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3910 0.5022 0.1068 1 1 0.3870 0.5019 0.1111 1 1 0.3816 0.5014 0.1170
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 153 82 71 2 0 3 0 77 0 0 70 0 1 0.0244 0.0000 0.0141 26.333 0.00 1.30 -1.30 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7849 0.2151 2 2 0.0000 0.3569 0.6431 2 2 0.0000 0.2448 0.7552
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.050 1 -30 1 791 218 573 129 0 38 0 51 2 1 549 0 21 0.5917 0.0035 0.0419 4.737 0.72 22.37 -21.65 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8802 0.1174 0.0024 1 0 0.8695 0.1276 0.0030 1 0 0.8539 0.1422 0.0039
chr17 41140276 TGACAGCAGCTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 670 163 507 128 7 24 1 3 1 4 501 0 1 0.7853 0.0020 0.0118 5.667 1.47 9.00 -7.53 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0208 0.9792 0.0000 0 0 0.5709 0.4291 0.0000 0 0 0.8256 0.1744 0.0000
chr17 41149253 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 476 148 328 71 0 2 0 75 0 0 328 0 0 0.4797 0.0000 0.0000 73.000 0.32 1.29 -0.97 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1853 0.5396 0.2751 1 1 0.1882 0.5366 0.2752 1 1 0.1919 0.5329 0.2752
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 545 116 429 4 0 18 2 92 0 0 409 1 19 0.0345 0.0000 0.0466 5.444 0.50 8.93 -8.43 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9749 0.0251 2 2 0.0000 0.4658 0.5342 2 2 0.0000 0.2239 0.7761
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.050 1 -13 1 1035 274 761 265 0 4 0 5 0 0 760 0 1 0.9672 0.0000 0.0013 67.500 0.25 13.60 -13.35 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0420 0.9580 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000 0 0 0.9841 0.0159 0.0000
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 591 199 392 166 0 29 0 4 0 0 391 0 1 0.8342 0.0000 0.0026 5.862 0.36 16.00 -15.64 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 0 0.6802 0.3198 0.0000 0 0 0.8929 0.1071 0.0000
chr17 41567480 C CCCACTTCCTCCACTATGACCACCT 0.500000 0.050 1 24 5 744 161 583 67 2 34 0 58 1 0 540 0 42 0.4161 0.0017 0.0738 3.735 0.79 10.36 -9.57 13 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0319 0.3466 0.6214 1 2 0.0351 0.3548 0.6101 1 2 0.0398 0.3655 0.5947
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1602 312 1290 150 0 4 1 157 0 0 1284 1 5 0.4808 0.0000 0.0047 76.750 0.41 3.43 -3.02 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0934 0.5416 0.3650 1 1 0.0981 0.5382 0.3637 1 1 0.1044 0.5340 0.3615
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 664 183 481 3 0 39 5 136 0 0 473 0 8 0.0164 0.0000 0.0166 3.667 0.33 3.38 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7592 0.2408 2 2 0.0000 0.1587 0.8413 2 2 0.0000 0.0792 0.9208
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 220 83 137 36 1 3 0 43 0 0 134 0 3 0.4337 0.0000 0.0219 26.333 0.22 4.98 -4.75 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1435 0.5002 0.3563 1 1 0.1471 0.5001 0.3528 1 1 0.1519 0.5001 0.3480
chr17 48724362 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 475 160 315 83 0 5 0 72 0 0 314 0 1 0.5188 0.0000 0.0032 31.000 0.28 1.19 -0.92 53 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3511 0.5182 0.1307 1 1 0.3485 0.5168 0.1347 1 1 0.3448 0.5150 0.1402
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 851 223 628 0 0 12 0 211 0 0 622 0 6 0.0000 0.0000 0.0096 17.583 2.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 474 101 373 69 3 24 0 5 0 0 372 0 1 0.6832 0.0000 0.0027 3.208 0.28 3.00 -2.72 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0969 0.9031 0.0000 0 1 0.3762 0.6238 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 429 153 276 120 0 30 0 3 0 0 276 0 0 0.7843 0.0000 0.0000 4.100 0.46 7.33 -6.88 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1326 0.8674 0.0000 0 0 0.7223 0.2777 0.0000 0 0 0.8534 0.1466 0.0000
chr17 65536436 ACGGGGGGTGGTG A 0.500000 0.050 1 -12 1 414 130 284 59 0 11 0 60 1 0 278 0 5 0.4538 0.0035 0.0211 10.818 0.44 10.27 -9.83 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1779 0.5306 0.2915 1 1 0.1809 0.5283 0.2908 1 1 0.1849 0.5254 0.2897
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.050 1 -2 2 177 76 101 74 0 1 0 1 0 0 101 0 0 0.9737 0.0000 0.0000 75.000 0.19 3.00 -2.81 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5577 0.4423 0.0000 0 0 0.7608 0.2392 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 263 69 194 33 0 10 0 26 0 0 192 0 2 0.4783 0.0000 0.0103 5.900 0.64 7.92 -7.29 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3037 0.5111 0.1852 1 1 0.3020 0.5102 0.1878 1 1 0.2998 0.5092 0.1911
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 287 66 221 38 0 0 0 28 0 0 220 0 1 0.5758 0.0000 0.0045 66.000 0.21 2.21 -2.00 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3569 0.4965 0.1466 1 1 0.3532 0.4967 0.1501 1 1 0.3482 0.4970 0.1548
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.050 1 -4 3 181 71 110 67 0 1 0 3 0 0 110 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 70.000 0.52 4.33 -3.81 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0387 0.9613 0.0000 0 1 0.4131 0.5869 0.0000 0 0 0.6204 0.3796 0.0000
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 119 46 73 23 0 1 0 22 0 0 73 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 45.000 0.48 1.18 -0.70 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2553 0.5134 0.2313 1 1 0.2554 0.5124 0.2322 1 1 0.2554 0.5111 0.2334
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 230 81 149 41 0 1 1 38 0 0 149 0 0 0.5062 0.0000 0.0000 79.000 0.37 1.00 -0.63 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2658 0.5226 0.2116 1 1 0.2657 0.5209 0.2134 1 1 0.2655 0.5188 0.2157
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 575 124 451 59 1 12 1 51 0 0 442 0 9 0.4758 0.0000 0.0200 9.333 0.39 8.31 -7.92 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2225 0.5367 0.2408 1 1 0.2242 0.5339 0.2419 1 1 0.2264 0.5304 0.2432
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 186 49 137 0 0 3 2 44 0 0 137 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.000 6.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2397 0.7603 2 2 0.0000 0.2439 0.7561 2 2 0.0000 0.2498 0.7502
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 1380 340 1040 175 2 12 7 144 0 0 1036 1 3 0.5147 0.0000 0.0038 27.250 0.86 2.44 -1.58 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4704 0.4760 0.0536 1 1 0.4657 0.4766 0.0577 1 1 0.4589 0.4776 0.0635
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 1484 346 1138 192 2 34 1 117 1 0 1114 0 23 0.5549 0.0009 0.0211 9.176 0.94 17.17 -16.23 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8239 0.1721 0.0040 1 0 0.8128 0.1824 0.0048 1 0 0.7969 0.1969 0.0062
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.050 1 -27 1 1548 319 1229 208 0 7 0 104 1 2 1179 2 45 0.6520 0.0008 0.0407 52.000 0.79 22.54 -21.75 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8582 0.1395 0.0023 1 0 0.8478 0.1493 0.0029 1 0 0.8328 0.1634 0.0038
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 720 235 485 224 1 6 0 4 0 0 485 0 0 0.9532 0.0000 0.0000 38.167 0.29 3.25 -2.96 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2965 0.7035 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000 0 0 0.9803 0.0197 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2307 499 1808 230 9 60 7 193 1 5 1788 4 10 0.4609 0.0006 0.0111 7.288 1.30 6.52 -5.22 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5551 0.4188 0.0261 1 0 0.5493 0.4216 0.0290 1 0 0.5410 0.4257 0.0334
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2242 577 1665 248 10 34 3 282 2 2 1507 13 141 0.4298 0.0012 0.0949 15.882 1.37 4.42 -3.06 36 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0007 0.9993 1 2 0.0000 0.0009 0.9991 1 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr17 82060071 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 380 120 260 64 0 1 0 55 0 0 260 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 119.000 1.33 3.44 -2.11 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3457 0.5124 0.1420 1 1 0.3429 0.5114 0.1457 1 1 0.3391 0.5102 0.1508
chr18 5891374 GGCGGCGGCGGCC G 0.006401 0.050 1 -12 1 939 179 760 63 1 43 0 72 0 0 750 0 10 0.3520 0.0000 0.0132 3.163 2.65 12.18 -9.53 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2520 0.7383 0.0096 1 1 0.2612 0.7295 0.0093 1 1 0.2734 0.7177 0.0089
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 438 101 337 47 0 5 0 49 0 0 337 0 0 0.4653 0.0000 0.0000 19.200 0.36 5.43 -5.07 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3757 0.5460 0.0782 1 1 0.3785 0.5432 0.0782 1 1 0.3822 0.5397 0.0782
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 232 89 143 0 0 5 0 84 0 0 140 0 3 0.0000 0.0000 0.0210 16.800 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 354 81 273 27 1 5 1 47 0 0 269 0 4 0.3333 0.0000 0.0147 15.000 2.89 8.68 -5.79 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1174 0.5371 0.3455 1 1 0.1245 0.5406 0.3348 1 1 0.1344 0.5447 0.3208
chr18 26548258 TTCC T 0.006179 0.050 1 -3 1 756 178 578 85 2 23 0 68 0 0 577 1 0 0.4775 0.0000 0.0017 6.696 0.44 3.63 -3.20 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6638 0.3355 0.0007 1 0 0.6594 0.3398 0.0008 1 0 0.6534 0.3458 0.0008
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 302 141 161 76 0 0 1 64 0 0 159 0 2 0.5390 0.0000 0.0124 141.000 0.12 3.52 -3.40 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3407 0.5196 0.1397 1 1 0.3384 0.5181 0.1436 1 1 0.3351 0.5162 0.1488
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 261 141 120 0 0 2 0 139 0 0 120 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 69.500 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 740 184 556 94 0 3 2 85 0 0 551 0 5 0.5109 0.0000 0.0090 60.333 0.28 13.35 -13.08 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2444 0.5553 0.2003 1 1 0.2458 0.5512 0.2030 1 1 0.2475 0.5460 0.2065
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.050 1 4 2 349 92 257 9 0 1 0 82 0 0 244 2 11 0.0978 0.0000 0.0506 91.000 0.00 5.28 -5.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9751 0.0249 2 1 0.0000 0.7442 0.2558
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 349 90 259 9 0 2 6 73 0 0 246 4 9 0.1000 0.0000 0.0502 43.500 0.00 5.66 -5.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9768 0.0232 2 1 0.0000 0.7580 0.2420
chr18 63954437 AGATGGAGATATTCATC A 0.500000 0.050 1 -16 2 121 44 77 34 0 0 0 10 0 0 74 0 3 0.7727 0.0000 0.0390 44.000 0.41 15.20 -14.79 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5332 0.3999 0.0668 1 0 0.5227 0.4063 0.0710 1 0 0.5070 0.4165 0.0765
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 162 60 102 3 0 2 1 54 0 0 100 0 2 0.0500 0.0000 0.0196 29.000 0.00 3.61 -3.61 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9696 0.0304 2 1 0.0000 0.6453 0.3547 2 2 0.0000 0.4376 0.5624
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 641 130 511 77 0 0 0 53 0 0 508 0 3 0.5923 0.0000 0.0059 130.000 0.53 5.25 -4.71 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6127 0.3568 0.0306 1 0 0.6050 0.3622 0.0327 1 0 0.5947 0.3696 0.0357
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 353 62 291 2 1 5 0 54 0 0 286 0 5 0.0323 0.0000 0.0172 11.200 6.00 20.70 -14.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9580 0.0420 2 1 0.0000 0.7725 0.2275 2 1 0.0000 0.6603 0.3397
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 171 71 100 0 0 3 0 68 0 0 99 0 1 0.0000 0.0000 0.0100 22.667 4.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3676 0.6324 2 2 0.0000 0.3757 0.6243 2 2 0.0000 0.3869 0.6131
chr19 1578372 GCTC G 0.001595 0.050 1 -3 3 403 170 233 79 1 14 5 71 0 0 230 1 2 0.4647 0.0000 0.0129 11.143 0.14 3.20 -3.06 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4627 0.5366 0.0007 1 1 0.4659 0.5334 0.0007 1 1 0.4699 0.5294 0.0007
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 251 144 107 77 0 2 1 64 0 0 106 0 1 0.5347 0.0000 0.0093 70.500 0.12 2.94 -2.82 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5062 0.4458 0.0480 1 0 0.5033 0.4469 0.0498 1 0 0.4993 0.4484 0.0523
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 364 85 279 30 1 27 1 26 0 0 279 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 2.111 0.50 3.27 -2.77 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5199 0.4677 0.0124 1 0 0.5191 0.4683 0.0126 1 0 0.5180 0.4692 0.0128
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 330 122 208 0 0 26 90 6 0 0 199 8 1 0.0000 0.0000 0.0433 3.692 5.17 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0724 0.9276 2 2 0.0000 0.0761 0.9239 2 2 0.0000 0.0815 0.9185
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 330 122 208 0 0 29 0 93 0 0 198 0 10 0.0000 0.0000 0.0481 3.321 6.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3033 0.6967 2 2 0.0000 0.3144 0.6856 2 2 0.0000 0.3300 0.6700
chr19 4529242 TGAG T 0.001023 0.050 1 -3 1 267 81 186 77 0 2 0 2 0 0 186 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 39.500 0.23 3.00 -2.77 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9961 0.0039 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 730 148 582 73 1 26 2 46 0 0 582 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 4.654 0.36 3.22 -2.86 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7229 0.2680 0.0091 1 0 0.7147 0.2754 0.0099 1 0 0.7035 0.2854 0.0111
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 422 112 310 103 1 3 0 5 2 0 308 0 0 0.9196 0.0065 0.0065 36.333 0.93 3.00 -2.07 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 0 0.7825 0.2175 0.0000 0 0 0.9363 0.0637 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 604 161 443 83 1 9 0 68 1 0 436 0 6 0.5155 0.0023 0.0158 19.000 0.31 9.94 -9.63 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4717 0.4642 0.0641 1 0 0.4689 0.4646 0.0665 1 1 0.4650 0.4652 0.0697
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.050 1 -3 2 552 137 415 65 0 5 0 67 0 0 415 0 0 0.4745 0.0000 0.0000 26.400 1.15 3.37 -2.22 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4336 0.5645 0.0019 1 1 0.4376 0.5606 0.0019 1 1 0.4426 0.5556 0.0019
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 324 83 241 76 0 5 0 2 0 0 241 0 0 0.9157 0.0000 0.0000 15.600 0.34 5.00 -4.66 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3549 0.6451 0.0000 0 0 0.7848 0.2152 0.0000 0 0 0.8622 0.1378 0.0000
chr19 10560338 ATCTTCCTCCTCC A 0.000985 0.050 1 -12 1 278 100 178 92 0 7 0 1 0 0 178 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 13.286 0.32 12.00 -11.68 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 835 299 536 127 2 50 11 109 0 0 532 0 4 0.4247 0.0000 0.0075 4.980 0.37 3.29 -2.92 47 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3427 0.5507 0.1065 1 1 0.3447 0.5462 0.1092 1 1 0.3469 0.5405 0.1127
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 426 152 274 2 0 30 0 120 0 0 271 0 3 0.0132 0.0000 0.0109 4.067 0.00 6.43 -6.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7269 0.2731 2 2 0.0000 0.2914 0.7086 2 2 0.0000 0.1984 0.8016
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.050 1 18 1 390 123 267 113 0 8 0 2 0 0 266 0 1 0.9187 0.0000 0.0037 14.375 0.25 0.00 0.25 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9653 0.0347 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 13877744 C CGAG 0.002385 0.050 1 3 2 369 92 277 41 2 14 0 35 0 0 277 0 0 0.4457 0.0000 0.0000 5.571 0.44 2.74 -2.30 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5735 0.4259 0.0006 1 0 0.5715 0.4278 0.0006 1 0 0.5688 0.4305 0.0007
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 288 91 197 46 0 7 0 38 0 1 195 0 1 0.5055 0.0000 0.0102 12.000 0.09 3.16 -3.07 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5415 0.4407 0.0178 1 0 0.5396 0.4421 0.0183 1 0 0.5370 0.4441 0.0189
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 558 116 442 0 0 4 1 111 0 0 439 0 3 0.0000 0.0000 0.0068 27.750 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 384 81 303 1 3 4 7 66 0 0 303 0 0 0.0123 0.0000 0.0000 18.500 2.00 3.92 -1.92 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 1 0.0000 0.9199 0.0801 2 1 0.0000 0.8201 0.1799
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 123 54 69 25 0 4 0 25 0 0 69 0 0 0.4630 0.0000 0.0000 12.500 0.52 3.56 -3.04 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3839 0.5153 0.1008 1 1 0.3848 0.5141 0.1011 1 1 0.3860 0.5127 0.1014
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 632 150 482 72 0 7 0 71 0 0 481 0 1 0.4800 0.0000 0.0021 20.429 0.18 2.93 -2.75 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4164 0.5439 0.0397 1 1 0.4194 0.5406 0.0400 1 1 0.4232 0.5364 0.0404
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.050 1 1 2 2086 409 1677 201 5 16 4 183 4 0 1237 14 422 0.4914 0.0024 0.2624 26.067 1.70 1.99 -0.29 33 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 G GTGA 0.000599 0.050 1 3 1 345 98 247 12 72 12 0 2 0 3 244 0 0 0.1224 0.0000 0.0121 7.167 1.33 3.00 -1.67 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 345 98 247 4 0 9 4 81 0 0 244 1 2 0.0408 0.0000 0.0121 9.889 1.50 2.96 -1.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9229 0.0771 2 2 0.0000 0.2418 0.7582 2 2 0.0000 0.0959 0.9041
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 588 140 448 75 0 3 1 61 0 0 447 0 1 0.5357 0.0000 0.0022 45.667 0.71 3.25 -2.54 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2274 0.5743 0.1983 1 1 0.2240 0.5715 0.2045 1 1 0.2194 0.5678 0.2128
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 441 188 253 126 0 16 0 46 0 0 231 0 22 0.6702 0.0000 0.0870 10.750 2.50 22.57 -20.07 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9200 0.0794 0.0006 1 0 0.9129 0.0864 0.0007 1 0 0.9025 0.0966 0.0010
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 429 152 277 78 3 60 0 11 0 0 273 4 0 0.5132 0.0000 0.0144 1.636 5.08 3.91 1.17 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0291 0.9709 0.0000 0 1 0.4686 0.5314 0.0000
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 442 155 287 28 2 21 11 93 0 0 287 0 0 0.1806 0.0000 0.0000 7.765 1.00 3.16 -2.16 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0039 0.2182 0.7779 1 2 0.0049 0.2593 0.7358 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr19 36141122 GGGCGGCGGCGGC G 0.001299 0.050 1 -12 5 470 169 301 142 2 15 0 10 2 1 297 0 1 0.8402 0.0066 0.0133 10.133 1.04 12.30 -11.26 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.9486 0.0514 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.050 1 -3 1 650 137 513 131 2 2 0 2 0 0 513 0 0 0.9562 0.0000 0.0000 67.500 0.42 3.50 -3.08 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9594 0.0406 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 562 129 433 70 2 16 1 40 0 0 405 0 28 0.5426 0.0000 0.0647 7.062 0.73 9.22 -8.50 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4702 0.5098 0.0200 1 1 0.4718 0.5079 0.0203 1 1 0.4738 0.5055 0.0207
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.050 1 3 1 128 66 62 39 2 11 1 13 0 0 59 0 3 0.5909 0.0000 0.0484 5.000 0.18 3.08 -2.90 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7467 0.2512 0.0021 1 0 0.7389 0.2588 0.0023 1 0 0.7281 0.2693 0.0026
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 435 134 301 123 0 2 0 9 0 1 298 0 2 0.9179 0.0000 0.0100 132.000 0.39 2.89 -2.50 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0300 0.9700 0.0000 0 1 0.4231 0.5769 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 226 38 188 0 0 3 33 2 0 0 188 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.667 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1065 0.8935 2 2 0.0000 0.1088 0.8912
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 226 38 188 0 0 26 11 1 0 0 188 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.450 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1449 0.8551 2 2 0.0000 0.1462 0.8538 2 2 0.0000 0.1480 0.8520
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 458 126 332 0 0 7 2 117 0 1 331 0 0 0.0000 0.0000 0.0030 19.833 5.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0510 0.9490 2 2 0.0000 0.0511 0.9489 2 2 0.0000 0.0527 0.9473
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 455 138 317 66 0 2 2 68 0 0 315 0 2 0.4783 0.0000 0.0063 68.000 0.12 1.78 -1.66 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2902 0.5780 0.1318 1 1 0.2952 0.5738 0.1311 1 1 0.3016 0.5684 0.1300
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 339 76 263 46 0 0 0 30 0 0 259 0 4 0.6053 0.0000 0.0152 76.000 0.22 6.57 -6.35 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4423 0.4615 0.0962 1 1 0.4372 0.4633 0.0996 1 1 0.4303 0.4656 0.1041
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 524 165 359 157 1 3 0 4 0 0 359 0 0 0.9515 0.0000 0.0000 54.000 0.21 3.25 -3.04 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 0 0.6633 0.3367 0.0000 0 0 0.8524 0.1476 0.0000
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 540 70 470 9 1 10 1 49 0 0 435 0 35 0.1286 0.0000 0.0745 5.900 0.33 3.63 -3.30 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 466 135 331 0 0 6 3 126 0 0 328 1 2 0.0000 0.0000 0.0091 32.250 2.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1711 0.8289 2 2 0.0000 0.1808 0.8192 2 2 0.0000 0.1948 0.8052
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 241 115 126 63 0 1 0 51 0 0 126 0 0 0.5478 0.0000 0.0000 114.000 0.22 2.12 -1.90 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6067 0.3907 0.0026 1 0 0.6037 0.3936 0.0027 1 0 0.5996 0.3976 0.0029
chr19 46016106 TCGTCCCGGGAGCGCTCCG T 0.003109 0.050 1 -18 1 331 88 243 10 0 2 1 75 0 0 236 0 7 0.1136 0.0000 0.0288 42.500 0.30 15.92 -15.62 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr19 47681104 AGCAGCCCCC A 0.000031 0.050 1 -9 1 397 83 314 75 1 5 0 2 1 0 313 0 0 0.9036 0.0032 0.0032 15.600 0.76 10.00 -9.24 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 48703766 AC A 0.000439 0.050 1 -1 1 634 144 490 69 0 2 0 73 0 0 489 0 1 0.4792 0.0000 0.0020 71.000 0.93 1.11 -0.18 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3959 0.6039 0.0003 1 1 0.4013 0.5984 0.0003 1 1 0.4083 0.5914 0.0003
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 585 159 426 3 1 28 1 126 0 0 421 1 4 0.0189 0.0000 0.0117 4.679 0.67 6.65 -5.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9520 0.0480 2 2 0.0000 0.4503 0.5497 2 2 0.0000 0.2349 0.7651
chr19 49908948 G GTGC 0.000984 0.050 1 3 2 851 221 630 108 2 14 3 94 0 0 630 0 0 0.4887 0.0000 0.0000 14.786 1.16 3.30 -2.14 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5997 0.4001 0.0002 1 0 0.5982 0.4016 0.0002 1 0 0.5959 0.4039 0.0002
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 721 158 563 2 0 4 1 151 0 0 559 0 4 0.0127 0.0000 0.0071 38.500 0.50 3.43 -2.93 2 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4987 0.5013 2 2 0.0000 0.1352 0.8648 2 2 0.0000 0.0878 0.9122
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 531 145 386 4 0 2 8 131 0 0 376 0 10 0.0276 0.0000 0.0259 71.500 0.25 2.72 -2.47 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8885 0.1115 2 2 0.0000 0.1607 0.8393 2 2 0.0000 0.0613 0.9387
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 216 98 118 54 0 4 0 40 0 0 118 0 0 0.5510 0.0000 0.0000 23.500 0.26 2.20 -1.94 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2725 0.5502 0.1773 1 1 0.2673 0.5494 0.1833 1 1 0.2603 0.5482 0.1915
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 413 130 283 60 0 1 0 69 0 0 283 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 129.000 0.17 2.20 -2.04 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1829 0.5411 0.2759 1 1 0.1876 0.5390 0.2734 1 1 0.1938 0.5363 0.2700
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 480 122 358 59 0 6 0 57 0 0 357 0 1 0.4836 0.0000 0.0028 19.333 0.93 3.19 -2.26 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2970 0.5326 0.1704 1 1 0.2982 0.5301 0.1717 1 1 0.2997 0.5269 0.1735
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.050 1 -3 1 658 167 491 85 2 0 0 80 0 0 489 0 2 0.5090 0.0000 0.0041 167.000 0.54 3.36 -2.82 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5088 0.4907 0.0005 1 0 0.5103 0.4892 0.0005 1 0 0.5121 0.4874 0.0005
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1022 233 789 7 0 2 1 223 0 0 783 0 6 0.0300 0.0000 0.0076 115.000 1.29 3.29 -2.01 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 2 0.0000 0.3544 0.6456 2 2 0.0000 0.0748 0.9252
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 706 204 502 92 0 11 0 101 0 0 502 0 0 0.4510 0.0000 0.0000 17.545 1.01 1.44 -0.42 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0824 0.5009 0.4167 1 1 0.0851 0.4993 0.4156 1 1 0.0887 0.4974 0.4140
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 756 140 616 68 0 5 2 65 0 0 614 0 2 0.4857 0.0000 0.0032 26.800 0.72 3.20 -2.48 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2396 0.5423 0.2182 1 1 0.2415 0.5391 0.2193 1 1 0.2441 0.5351 0.2208
chr19 55014192 C CGGGA 0.000722 0.050 1 4 2 371 69 302 38 0 0 0 31 0 0 302 0 0 0.5507 0.0000 0.0000 69.000 1.37 5.19 -3.83 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5648 0.4350 0.0002 1 0 0.5631 0.4367 0.0002 1 0 0.5607 0.4391 0.0002
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 492 129 363 97 0 27 0 5 0 0 361 0 2 0.7519 0.0000 0.0055 3.778 0.22 9.20 -8.98 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0932 0.9068 0.0000 0 1 0.4333 0.5667 0.0000
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 655 148 507 0 0 19 0 129 0 0 475 0 32 0.0000 0.0000 0.0631 6.789 20.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr19 55386752 A AT 0.003360 0.050 1 1 1 655 213 442 206 2 2 0 3 0 0 442 0 0 0.9671 0.0000 0.0000 105.500 0.23 1.00 -0.77 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 55518174 C CATCCCACCATGACTGCTG 0.004924 0.050 1 18 1 787 195 592 12 5 9 24 145 1 5 535 5 46 0.0615 0.0017 0.0963 22.500 5.58 8.58 -3.00 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 713 226 487 9 1 33 12 171 0 0 474 1 12 0.0398 0.0000 0.0267 5.818 1.67 5.02 -3.36 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9312 0.0688 2 2 0.0000 0.4630 0.5370
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 557 112 445 0 0 1 1 110 0 0 441 0 4 0.0000 0.0000 0.0090 111.000 3.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0480 0.9520 2 2 0.0000 0.0518 0.9482
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 120 61 59 56 0 4 0 1 0 0 59 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 14.250 0.16 3.00 -2.84 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6349 0.3651 0.0000 0 0 0.8160 0.1840 0.0000 0 0 0.8516 0.1484 0.0000
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 320 86 234 48 0 7 0 31 0 0 233 0 1 0.5581 0.0000 0.0043 11.286 0.21 3.77 -3.57 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6147 0.3626 0.0227 1 0 0.6086 0.3674 0.0239 1 0 0.6005 0.3739 0.0256
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 321 135 186 0 0 4 0 131 0 0 185 0 1 0.0000 0.0000 0.0054 32.750 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0277 0.9723 2 2 0.0000 0.0296 0.9704 2 2 0.0000 0.0323 0.9677
chr20 187984 G GT 0.028509 0.050 1 1 1 231 83 148 44 2 3 0 34 0 0 148 0 0 0.5301 0.0000 0.0000 26.333 0.36 1.41 -1.05 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6089 0.3856 0.0056 1 0 0.6051 0.3891 0.0058 1 0 0.6001 0.3938 0.0061
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 113 60 53 22 0 1 0 37 0 0 53 0 0 0.3667 0.0000 0.0000 59.000 0.23 6.08 -5.85 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0739 0.4238 0.5023 1 2 0.0771 0.4276 0.4952 1 2 0.0816 0.4326 0.4858
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 585 186 399 181 0 1 0 4 0 0 398 0 1 0.9731 0.0000 0.0025 185.000 0.20 8.75 -8.55 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.8341 0.1659 0.0000 0 0 0.9512 0.0488 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 586 189 397 180 0 5 1 3 0 0 396 0 1 0.9524 0.0000 0.0025 36.800 0.21 9.33 -9.12 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0534 0.9466 0.0000 0 0 0.8375 0.1625 0.0000 0 0 0.9511 0.0489 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 585 188 397 185 0 1 0 2 0 0 396 0 1 0.9840 0.0000 0.0025 187.000 0.12 10.50 -10.38 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5822 0.4178 0.0000 0 0 0.9582 0.0418 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr20 3668985 ATCTGGACT A 0.038221 0.050 1 -8 1 218 61 157 41 0 0 0 20 0 0 156 0 1 0.6721 0.0000 0.0064 61.000 1.44 9.05 -7.61 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7029 0.2933 0.0039 1 0 0.6959 0.2999 0.0041 1 0 0.6866 0.3089 0.0045
chr20 18465360 T TTC 0.004672 0.050 1 2 4 154 44 110 15 6 12 0 11 0 0 109 0 1 0.3409 0.0000 0.0091 2.667 7.67 6.82 0.85 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5979 0.4009 0.0012 1 0 0.5945 0.4043 0.0012 1 0 0.5900 0.4088 0.0012
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 265 119 146 114 0 3 0 2 0 0 146 0 0 0.9580 0.0000 0.0000 38.667 0.37 1.00 -0.63 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2988 0.7012 0.0000 0 0 0.7310 0.2690 0.0000 0 0 0.8192 0.1808 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 714 184 530 6 0 5 0 173 0 0 522 0 8 0.0326 0.0000 0.0151 35.800 0.67 6.58 -5.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9957 0.0043 2 2 0.0000 0.4369 0.5631 2 2 0.0000 0.1294 0.8706
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 622 197 425 179 2 9 0 7 0 0 425 0 0 0.9086 0.0000 0.0000 20.889 0.29 15.29 -15.00 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2341 0.7659 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 483 162 321 0 1 2 0 159 0 0 307 0 14 0.0000 0.0000 0.0436 79.500 2.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0092 0.9908
chr20 34997397 CGAGGGCTGCCGCAAGCGG C 0.000009 0.050 1 -18 1 702 192 510 179 0 4 0 9 0 0 510 0 0 0.9323 0.0000 0.0000 47.000 0.30 14.22 -13.93 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8069 0.1931 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 131 63 68 31 0 2 1 29 0 0 67 0 1 0.4921 0.0000 0.0147 30.500 0.16 1.21 -1.05 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4311 0.5189 0.0500 1 1 0.4324 0.5175 0.0501 1 1 0.4340 0.5157 0.0503
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 998 310 688 0 0 41 14 255 0 0 683 0 5 0.0000 0.0000 0.0073 6.561 3.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr20 46013368 A ACAGCTGGCCCCACAGGTCCCCCCT 0.000080 0.050 1 24 4 509 118 391 43 1 46 0 28 0 0 380 0 11 0.3644 0.0000 0.0281 1.543 0.19 9.32 -9.14 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5324 0.4676 0.0000 1 0 0.5321 0.4679 0.0000 1 0 0.5316 0.4684 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 545 262 283 196 5 38 5 18 0 0 283 0 0 0.7481 0.0000 0.0000 6.027 1.11 3.11 -2.00 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0892 0.9108 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 224 28 196 0 0 2 1 25 0 0 193 1 2 0.0000 0.0000 0.0153 12.500 6.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr20 62367030 GCCGCGCGCC G 0.002179 0.050 1 -9 1 174 66 108 42 0 0 1 23 0 0 106 0 2 0.6364 0.0000 0.0185 66.000 0.93 9.35 -8.42 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6693 0.3304 0.0003 1 0 0.6639 0.3358 0.0003 1 0 0.6567 0.3430 0.0003
chr20 62861177 GCCGCGC G 0.000431 0.050 1 -6 1 472 125 347 58 0 16 1 50 0 0 343 0 4 0.4640 0.0000 0.0115 6.812 1.66 6.40 -4.74 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5040 0.4958 0.0002 1 0 0.5051 0.4947 0.0002 1 0 0.5065 0.4934 0.0002
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 299 146 153 0 0 0 0 146 0 0 151 0 2 0.0000 0.0000 0.0131 146.000 1.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 700 173 527 95 1 4 0 73 0 0 521 0 6 0.5491 0.0000 0.0114 42.250 0.36 5.67 -5.31 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4378 0.4774 0.0848 1 1 0.4320 0.4787 0.0893 1 1 0.4240 0.4805 0.0954
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 211 107 104 2 0 4 0 101 0 0 102 0 2 0.0187 0.0000 0.0192 25.750 0.00 3.50 -3.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5920 0.4080 2 2 0.0000 0.1817 0.8183 2 2 0.0000 0.1165 0.8835
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 324 50 274 0 0 3 1 46 0 0 272 1 1 0.0000 0.0000 0.0073 15.667 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1164 177 987 92 6 7 4 68 0 1 980 1 5 0.5198 0.0000 0.0071 28.167 1.04 3.51 -2.47 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4006 0.5051 0.0943 1 1 0.3928 0.5070 0.1002 1 1 0.3823 0.5095 0.1082
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1161 178 983 93 6 9 4 66 0 1 975 1 6 0.5225 0.0000 0.0081 24.143 0.90 3.61 -2.70 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4398 0.4820 0.0781 1 1 0.4306 0.4857 0.0837 1 1 0.4181 0.4904 0.0915
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 541 92 449 46 3 7 1 35 0 0 445 0 4 0.5000 0.0000 0.0089 21.000 5.02 14.80 -9.78 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3464 0.5059 0.1476 1 1 0.3424 0.5058 0.1518 1 1 0.3371 0.5056 0.1573
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 373 156 217 0 0 15 1 140 0 0 217 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.333 8.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 539 206 333 86 4 24 0 92 2 0 329 0 2 0.4175 0.0060 0.0120 7.583 0.20 3.21 -3.01 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2772 0.5643 0.1585 1 1 0.2808 0.5598 0.1594 1 1 0.2854 0.5542 0.1604
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.050 1 39 1 746 244 502 49 3 113 4 75 0 0 501 0 1 0.2008 0.0000 0.0020 1.133 0.69 2.41 -1.72 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1697 0.7922 0.0381 1 1 0.1793 0.7845 0.0362 1 1 0.1924 0.7738 0.0339
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.050 1 6 2 425 142 283 58 0 29 1 54 0 0 283 0 0 0.4085 0.0000 0.0000 3.897 0.43 5.41 -4.98 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5008 0.4977 0.0015 1 0 0.5020 0.4965 0.0016 1 0 0.5033 0.4951 0.0016
chr22 21867418 C CCCG 0.004356 0.050 1 3 1 184 82 102 39 1 5 0 37 0 0 102 0 0 0.4756 0.0000 0.0000 15.400 1.23 3.11 -1.88 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5112 0.4872 0.0017 1 0 0.5115 0.4868 0.0017 1 0 0.5119 0.4864 0.0017
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 169 66 103 0 0 2 2 62 0 0 102 0 1 0.0000 0.0000 0.0097 32.000 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3814 0.6186 2 2 0.0000 0.3891 0.6109 2 2 0.0000 0.3998 0.6002
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 630 112 518 0 0 31 0 81 0 0 495 0 23 0.0000 0.0000 0.0444 2.613 15.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 1183 317 866 122 11 72 7 105 1 0 862 0 3 0.3849 0.0012 0.0046 3.375 0.66 3.10 -2.45 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5998 0.3823 0.0180 1 0 0.5960 0.3848 0.0192 1 0 0.5907 0.3884 0.0209
chr22 30694065 A ACAGACAGGT 0.001704 0.050 1 9 1 177 39 138 17 0 2 0 20 0 0 135 0 3 0.4359 0.0000 0.0217 18.500 8.65 17.40 -8.75 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4135 0.5852 0.0013 1 1 0.4172 0.5815 0.0013 1 1 0.4220 0.5768 0.0012
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 445 232 213 181 1 46 0 4 0 0 213 0 0 0.7802 0.0000 0.0000 4.022 0.54 7.25 -6.71 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3103 0.6897 0.0000 0 0 0.9511 0.0489 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 350 186 164 161 0 21 0 4 0 0 163 0 1 0.8656 0.0000 0.0061 7.857 0.32 6.75 -6.43 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0307 0.9693 0.0000 0 0 0.7840 0.2160 0.0000 0 0 0.9346 0.0654 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 340 145 195 0 0 8 1 136 0 0 191 0 4 0.0000 0.0000 0.0205 17.125 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0118 0.9882 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0139 0.9861
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 531 187 344 73 3 28 4 79 0 0 339 0 5 0.3904 0.0000 0.0145 5.643 0.16 2.95 -2.78 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1984 0.5864 0.2151 1 1 0.2050 0.5829 0.2121 1 1 0.2136 0.5783 0.2080
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1269 306 963 9 0 2 0 295 0 0 947 0 16 0.0294 0.0000 0.0166 152.000 0.22 9.54 -9.32 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 2 0.0000 0.3068 0.6932 2 2 0.0000 0.0371 0.9629
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 824 356 468 307 0 6 0 43 0 0 468 0 0 0.8624 0.0000 0.0000 58.333 3.43 3.07 0.36 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0159 0.9841 0.0000
chr22 42144367 TAGCGTGCAGCCC T 0.000092 0.050 1 -12 3 817 310 507 164 0 21 0 125 0 0 497 0 10 0.5290 0.0000 0.0197 13.762 0.24 10.94 -10.69 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7443 0.2557 0.0000 1 0 0.7390 0.2610 0.0000 1 0 0.7316 0.2684 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 677 120 557 5 2 12 1 100 0 0 551 0 6 0.0417 0.0000 0.0108 8.917 1.40 7.21 -5.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9874 0.0126 2 1 0.0000 0.9347 0.0653
chr22 50248392 CAG C 0.000684 0.050 1 -2 1 895 225 670 216 0 3 0 6 0 0 670 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 74.000 0.37 2.00 -1.63 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9493 0.0507 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 371 127 244 101 1 22 0 3 0 0 241 0 3 0.7953 0.0000 0.0123 4.773 0.27 18.33 -18.07 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 0 0.6538 0.3462 0.0000 0 0 0.9124 0.0876 0.0000
775 rows