File Info

Filename
HG03470_x_HG03486_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG03470_x_HG03486_FF_5.features.tsv
Size
170.3 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 972109 TGGA T 0.000144 0.050 1 -3 2 504 100 404 96 0 1 0 3 0 0 403 0 1 0.9600 0.0000 0.0025 99.000 0.41 6.00 -5.59 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr1 1353305 G GC 0.001365 0.050 1 1 2 276 78 198 35 0 2 0 41 0 0 196 1 1 0.4487 0.0000 0.0101 38.000 0.49 1.29 -0.81 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3791 0.6198 0.0011 1 1 0.3844 0.6145 0.0011 1 1 0.3913 0.6076 0.0011
chr1 1426150 C CGGA 0.000187 0.050 1 3 1 284 86 198 44 2 8 0 32 0 0 196 0 2 0.5116 0.0000 0.0101 9.750 1.48 4.25 -2.77 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6206 0.3794 0.0000 1 0 0.6169 0.3830 0.0000 1 0 0.6121 0.3879 0.0000
chr1 1752908 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 432 172 260 70 1 16 4 81 0 0 259 0 1 0.4070 0.0000 0.0038 9.750 0.31 3.22 -2.91 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0953 0.4847 0.4201 1 1 0.0996 0.4855 0.4149 1 1 0.1056 0.4866 0.4078
chr1 2529505 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 467 137 330 117 3 12 1 4 0 0 330 0 0 0.8540 0.0000 0.0000 10.333 1.14 3.00 -1.86 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0255 0.9745 0.0000 0 0 0.5422 0.4578 0.0000 0 0 0.7839 0.2161 0.0000
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 833 246 587 175 3 45 0 23 0 0 586 0 1 0.7114 0.0000 0.0017 4.444 0.26 3.13 -2.87 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0094 0.9906 0.0000
chr1 6469126 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 832 238 594 211 2 19 0 6 0 0 594 0 0 0.8866 0.0000 0.0000 217.000 0.30 3.67 -3.37 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0094 0.9906 0.0000 0 0 0.7203 0.2797 0.0000 0 0 0.9300 0.0700 0.0000
chr1 6469129 TCC T 0.500000 0.050 1 -2 2 837 241 596 213 0 7 15 6 0 0 596 0 0 0.8838 0.0000 0.0000 43.800 0.35 3.67 -3.31 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2939 0.7061 0.0000 0 0 0.7517 0.2483 0.0000
chr1 8359794 T TCGCTCC 0.500000 0.050 1 6 1 501 143 358 74 0 9 0 60 0 0 358 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 14.889 0.15 5.28 -5.13 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4116 0.4853 0.1031 1 1 0.4065 0.4861 0.1074 1 1 0.3995 0.4872 0.1132
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 563 141 422 3 70 17 1 50 0 0 420 0 2 0.0213 0.0000 0.0047 7.294 2.00 3.48 -1.48 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4974 0.4332 0.0694 1 0 0.4891 0.4373 0.0736 1 0 0.4779 0.4427 0.0795
chr1 11650722 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 563 143 420 51 6 11 0 75 0 0 420 0 0 0.3566 0.0000 0.0000 12.000 2.84 3.09 -0.25 31 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0783 0.4510 0.4706 1 2 0.0826 0.4541 0.4633 1 1 0.0886 0.4580 0.4534
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1004 216 788 93 0 9 1 113 0 0 784 0 4 0.4306 0.0000 0.0051 23.000 0.40 3.32 -2.92 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0460 0.4096 0.5443 1 2 0.0498 0.4146 0.5356 1 2 0.0552 0.4211 0.5237
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 326 85 241 68 0 3 0 14 0 0 241 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 27.333 0.28 1.14 -0.86 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0314 0.9684 0.0002 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0276 0.9724 0.0000
chr1 26282320 TCCAGGACAGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGA T 0.500000 0.050 1 -48 3 755 223 532 75 11 48 8 81 0 0 529 0 3 0.3363 0.0000 0.0056 4.385 6.40 22.19 -15.79 43 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1546 0.5395 0.3059 1 1 0.1584 0.5365 0.3051 1 1 0.1633 0.5328 0.3040
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 763 181 582 17 80 9 12 63 0 0 578 2 2 0.0939 0.0000 0.0069 15.333 6.82 25.89 -19.07 5 1/1 0/1 . . OK 1 1 0.3276 0.5273 0.1451 1 1 0.3259 0.5252 0.1490 1 1 0.3234 0.5226 0.1540
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 782 193 589 3 1 12 2 175 0 0 578 1 10 0.0155 0.0000 0.0187 25.857 1.67 13.51 -11.84 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8338 0.1662 2 2 0.0000 0.1249 0.8751 2 2 0.0000 0.0483 0.9517
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 654 140 514 75 0 2 0 63 0 0 509 0 5 0.5357 0.0000 0.0097 69.000 0.60 20.29 -19.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3139 0.5290 0.1571 1 1 0.3126 0.5268 0.1607 1 1 0.3106 0.5240 0.1654
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 405 181 224 15 0 14 0 152 0 0 220 0 4 0.0829 0.0000 0.0179 11.929 0.00 3.09 -3.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.8622 0.1378
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 421 117 304 108 0 7 0 2 1 0 302 0 1 0.9231 0.0033 0.0066 15.714 0.23 3.00 -2.77 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1040 0.8960 0.0000 0 0 0.6648 0.3352 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 605 156 449 1 0 23 2 130 0 0 446 1 2 0.0064 0.0000 0.0067 5.783 0.00 5.40 -5.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1464 0.8536 2 2 0.0000 0.0654 0.9346 2 2 0.0000 0.0540 0.9460
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 175 83 92 40 0 2 0 41 0 0 91 0 1 0.4819 0.0000 0.0109 40.500 1.05 3.39 -2.34 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2146 0.5238 0.2616 1 1 0.2163 0.5220 0.2617 1 1 0.2186 0.5198 0.2617
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 347 179 168 140 0 35 0 4 0 0 167 0 1 0.7821 0.0000 0.0060 4.114 0.69 8.00 -7.31 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 0 0.5285 0.4715 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 517 175 342 74 1 14 0 86 0 0 338 0 4 0.4229 0.0000 0.0117 11.429 0.34 5.79 -5.45 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0935 0.4852 0.4213 1 1 0.0978 0.4860 0.4162 1 1 0.1038 0.4870 0.4092
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 517 174 343 69 2 20 0 83 0 0 343 0 0 0.3966 0.0000 0.0000 7.650 0.42 6.04 -5.62 11 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1141 0.5037 0.3822 1 1 0.1183 0.5033 0.3784 1 1 0.1240 0.5028 0.3732
chr1 89150468 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 311 103 208 96 0 3 0 4 0 0 208 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 33.333 0.11 1.00 -0.89 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 1 0.4283 0.5717 0.0000 0 0 0.6941 0.3059 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 182 84 98 38 0 1 0 45 0 0 98 0 0 0.4524 0.0000 0.0000 83.000 0.16 3.16 -3.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1632 0.5107 0.3261 1 1 0.1664 0.5098 0.3237 1 1 0.1706 0.5088 0.3205
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 474 151 323 133 1 12 0 5 0 0 323 0 0 0.8808 0.0000 0.0000 11.583 0.57 5.60 -5.03 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0083 0.9917 0.0000 0 1 0.4912 0.5088 0.0000 0 0 0.7946 0.2054 0.0000
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 842 182 660 6 0 15 0 161 0 0 659 0 1 0.0330 0.0000 0.0015 11.133 1.33 14.86 -13.52 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.5030 0.4970 2 2 0.0000 0.1606 0.8394
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 836 228 608 210 12 2 3 1 0 0 608 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 221.000 10.20 3.00 7.20 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9734 0.0266 0.0000 0 0 0.9890 0.0110 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 694 213 481 117 2 21 5 68 0 0 480 0 1 0.5493 0.0000 0.0021 9.550 0.46 4.13 -3.67 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7814 0.2098 0.0088 1 0 0.7686 0.2211 0.0103 1 0 0.7508 0.2366 0.0126
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 156 64 92 1 0 4 0 59 0 0 92 0 0 0.0156 0.0000 0.0000 15.000 0.00 2.07 -2.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5363 0.4637 2 2 0.0000 0.3127 0.6873 2 2 0.0000 0.2606 0.7394
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 242 81 161 33 0 5 0 43 0 0 160 0 1 0.4074 0.0000 0.0062 15.200 0.76 6.16 -5.41 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1290 0.4882 0.3828 1 1 0.1329 0.4890 0.3781 1 1 0.1381 0.4900 0.3719
chr1 152214519 GTGT G 0.500000 0.050 1 -3 2 4759 1236 3523 1110 10 10 1 105 9 213 3292 3 6 0.8981 0.0026 0.0656 122.600 0.56 3.51 -2.96 154 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 319 112 207 41 5 13 3 50 0 0 207 0 0 0.3661 0.0000 0.0000 7.385 0.56 1.54 -0.98 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1603 0.5141 0.3256 1 1 0.1636 0.5130 0.3233 1 1 0.1680 0.5117 0.3203
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 267 82 185 0 0 15 0 67 0 0 166 0 19 0.0000 0.0000 0.1027 4.467 12.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1071 0.8929 2 2 0.0000 0.1129 0.8871
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 793 201 592 88 0 27 2 84 1 0 581 1 9 0.4378 0.0017 0.0186 6.444 1.45 6.32 -4.87 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1527 0.5415 0.3058 1 1 0.1565 0.5384 0.3051 1 1 0.1615 0.5344 0.3041
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1275 305 970 14 0 52 4 235 0 3 920 4 43 0.0459 0.0000 0.0515 4.865 2.21 10.31 -8.10 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9740 0.0260 2 2 0.0000 0.3111 0.6889
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 625 259 366 129 0 17 1 112 0 0 365 0 1 0.4981 0.0000 0.0027 14.235 0.35 7.36 -7.01 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3986 0.5110 0.0904 1 1 0.3952 0.5098 0.0950 1 1 0.3904 0.5084 0.1011
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1070 295 775 1 3 74 1 216 0 0 738 2 35 0.0034 0.0000 0.0477 2.986 9.00 8.03 0.97 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.4372 0.5628 2 2 0.0000 0.0253 0.9747 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr1 156242566 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 505 137 368 129 0 3 0 5 0 0 368 0 0 0.9416 0.0000 0.0000 44.667 0.30 1.20 -0.90 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.4619 0.5381 0.0000 0 0 0.7748 0.2252 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 207 71 136 37 0 1 0 33 0 0 135 0 1 0.5211 0.0000 0.0074 70.000 1.89 2.73 -0.84 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2759 0.5189 0.2051 1 1 0.2754 0.5175 0.2071 1 1 0.2747 0.5157 0.2097
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 384 108 276 59 0 4 0 45 0 0 275 0 1 0.5463 0.0000 0.0036 26.000 0.31 1.31 -1.01 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4045 0.4836 0.1119 1 1 0.3993 0.4847 0.1160 1 1 0.3923 0.4860 0.1217
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 458 106 352 0 0 1 0 105 0 0 351 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 105.000 2.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0682 0.9318 2 2 0.0000 0.0731 0.9269
chr1 158563508 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 512 130 382 74 1 7 0 48 0 0 382 0 0 0.5692 0.0000 0.0000 17.429 0.93 2.44 -1.51 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5914 0.3665 0.0421 1 0 0.5802 0.3741 0.0457 1 0 0.5651 0.3840 0.0509
chr1 158700284 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 776 186 590 183 0 0 0 3 0 0 590 0 0 0.9839 0.0000 0.0000 186.000 0.42 2.00 -1.58 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4276 0.5724 0.0000 0 0 0.9248 0.0752 0.0000 0 0 0.9634 0.0366 0.0000
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 824 165 659 1 0 12 0 152 0 0 658 0 1 0.0061 0.0000 0.0015 12.750 3.00 1.62 1.38 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0972 0.9028 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0357 0.9643
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 152 67 85 40 0 2 0 25 0 0 82 0 3 0.5970 0.0000 0.0353 32.500 1.07 4.08 -3.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3990 0.4791 0.1218 1 1 0.3936 0.4806 0.1258 1 1 0.3865 0.4824 0.1311
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 204 65 139 38 0 0 0 27 0 0 138 0 1 0.5846 0.0000 0.0072 65.000 0.47 1.11 -0.64 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3711 0.4908 0.1381 1 1 0.3668 0.4914 0.1418 1 1 0.3611 0.4922 0.1467
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 296 69 227 63 0 3 0 3 1 0 226 0 0 0.9130 0.0044 0.0044 22.000 0.32 3.33 -3.02 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0393 0.9607 0.0000 0 1 0.3984 0.6016 0.0000 0 0 0.6043 0.3957 0.0000
chr1 186304854 CAACAA C 0.500000 0.050 1 -5 2 282 110 172 107 0 0 0 3 0 0 172 0 0 0.9727 0.0000 0.0000 110.000 0.84 5.00 -4.16 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0993 0.9007 0.0000 0 0 0.6537 0.3463 0.0000 0 0 0.8100 0.1900 0.0000
chr1 186307744 CACCCCTAAGGAGCCTGCTCCAACT C 0.500000 0.050 1 -24 2 1889 579 1310 279 15 276 1 8 55 3 1251 0 1 0.4819 0.0420 0.0450 1.076 1.51 6.50 -4.99 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 643 154 489 146 1 3 1 3 0 0 489 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 50.333 0.85 4.67 -3.82 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1680 0.8320 0.0000 0 0 0.7877 0.2123 0.0000 0 0 0.8990 0.1010 0.0000
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 640 155 485 148 1 2 1 3 0 0 484 0 1 0.9548 0.0000 0.0021 76.500 0.81 4.67 -3.86 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 0 0.5891 0.4109 0.0000 0 0 0.8483 0.1517 0.0000
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 639 307 332 26 114 53 3 111 0 1 328 0 3 0.0847 0.0000 0.0120 4.792 0.15 3.06 -2.91 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5114 0.4384 0.0502 1 0 0.5043 0.4415 0.0541 1 0 0.4945 0.4457 0.0597
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 639 311 328 136 11 52 8 104 0 0 327 0 1 0.4373 0.0000 0.0030 4.981 2.32 3.17 -0.85 84 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6429 0.3341 0.0230 1 0 0.6323 0.3420 0.0257 1 0 0.6175 0.3527 0.0298
chr1 214383705 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 1 882 204 678 86 0 20 1 97 0 0 673 0 5 0.4216 0.0000 0.0074 9.200 0.42 6.11 -5.69 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0831 0.4801 0.4368 1 1 0.0875 0.4811 0.4314 1 1 0.0936 0.4825 0.4240
chr1 222544020 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 440 105 335 100 0 2 0 3 0 0 335 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 51.500 0.26 1.00 -0.74 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0882 0.9118 0.0000 0 0 0.6151 0.3849 0.0000 0 0 0.7831 0.2169 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 688 149 539 75 0 9 0 65 0 0 536 0 3 0.5034 0.0000 0.0056 15.556 0.53 8.68 -8.14 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3139 0.5290 0.1571 1 1 0.3126 0.5268 0.1607 1 1 0.3106 0.5240 0.1654
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 502 112 390 58 0 19 0 35 0 0 389 1 0 0.5179 0.0000 0.0026 4.895 2.19 5.40 -3.21 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5350 0.4043 0.0607 1 0 0.5251 0.4101 0.0648 1 0 0.5117 0.4178 0.0705
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 159 58 101 30 1 8 0 19 0 0 101 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 6.250 0.20 2.89 -2.69 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4026 0.4740 0.1235 1 1 0.3968 0.4758 0.1274 1 1 0.3892 0.4781 0.1327
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 681 178 503 0 0 22 0 156 0 0 498 2 3 0.0000 0.0000 0.0099 7.091 3.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0186 0.9814 2 2 0.0000 0.0208 0.9792
chr1 240092766 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 744 143 601 110 4 27 0 2 0 0 601 0 0 0.7692 0.0000 0.0000 4.296 1.03 3.50 -2.47 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4006 0.5994 0.0000 0 0 0.8128 0.1872 0.0000 0 0 0.8789 0.1211 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 510 148 362 73 0 3 0 72 0 0 362 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 48.333 0.63 1.44 -0.81 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5439 0.2168 1 1 0.2406 0.5406 0.2188 1 1 0.2422 0.5364 0.2214
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 719 198 521 102 0 2 0 94 0 0 520 0 1 0.5152 0.0000 0.0019 98.000 0.29 3.13 -2.83 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3030 0.5454 0.1516 1 1 0.3025 0.5419 0.1555 1 1 0.3017 0.5376 0.1606
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 382 101 281 53 0 4 0 44 0 0 281 0 0 0.5248 0.0000 0.0000 24.250 0.25 1.20 -0.96 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3504 0.5057 0.1439 1 1 0.3472 0.5052 0.1476 1 1 0.3429 0.5046 0.1525
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1183 311 872 7 0 2 1 301 0 0 872 0 0 0.0225 0.0000 0.0000 154.500 0.00 1.34 -1.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9782 0.0218 2 2 0.0000 0.0586 0.9414 2 2 0.0000 0.0096 0.9904
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 500 154 346 65 0 6 0 83 0 0 346 0 0 0.4221 0.0000 0.0000 24.667 2.14 5.14 -3.01 57 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0783 0.4572 0.4645 1 1 0.0827 0.4597 0.4576 1 1 0.0886 0.4631 0.4483
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 582 46 536 7 0 1 2 36 0 0 530 0 6 0.1522 0.0000 0.0112 45.000 2.43 4.17 -1.74 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9731 0.0269 2 1 0.0000 0.8243 0.1757
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.050 1 9 1 1067 178 889 119 0 28 0 31 0 0 881 0 8 0.6685 0.0000 0.0090 5.357 0.41 8.84 -8.43 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9553 0.0444 0.0004 1 0 0.9489 0.0506 0.0005 1 0 0.9345 0.0648 0.0007
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 469 145 324 124 0 1 0 20 0 0 324 0 0 0.8552 0.0000 0.0000 144.000 0.25 3.75 -3.50 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0116 0.9884 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 237 121 116 3 0 4 1 113 0 0 114 0 2 0.0248 0.0000 0.0172 29.000 0.00 2.98 -2.98 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9101 0.0899 2 2 0.0000 0.3729 0.6271 2 2 0.0000 0.2095 0.7905
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 446 159 287 0 0 19 1 139 0 0 274 0 13 0.0000 0.0000 0.0453 7.368 8.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0109 0.9891
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 594 231 363 207 0 20 0 4 0 0 363 0 0 0.8961 0.0000 0.0000 11.105 0.38 9.00 -8.62 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3672 0.6328 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000 0 0 0.9860 0.0140 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 240 66 174 0 0 2 0 64 0 0 172 0 2 0.0000 0.0000 0.0115 32.000 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1597 0.8403 2 2 0.0000 0.1642 0.8358 2 2 0.0000 0.1705 0.8295
chr2 27307769 C CG 0.500000 0.050 1 1 4 332 90 242 80 1 4 0 5 0 0 242 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 21.250 0.50 1.00 -0.50 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.2090 0.7910 0.0000 0 0 0.5212 0.4788 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 299 93 206 3 0 12 0 78 0 0 201 0 5 0.0323 0.0000 0.0243 6.750 0.33 3.00 -2.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9424 0.0576 2 2 0.0000 0.4886 0.5114 2 2 0.0000 0.2941 0.7059
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.050 1 -3 3 478 119 359 73 0 6 0 40 0 0 357 0 2 0.6134 0.0000 0.0056 18.833 0.21 2.85 -2.64 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6478 0.3220 0.0302 1 0 0.6352 0.3314 0.0333 1 0 0.6182 0.3440 0.0379
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 560 172 388 107 2 60 1 2 0 0 388 0 0 0.6221 0.0000 0.0000 1.850 0.34 2.50 -2.16 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3331 0.6669 0.0000 0 0 0.7696 0.2304 0.0000 0 0 0.8518 0.1482 0.0000
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 248 105 143 47 0 13 0 45 0 0 143 0 0 0.4476 0.0000 0.0000 7.077 0.47 5.80 -5.33 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2599 0.5269 0.2133 1 1 0.2601 0.5248 0.2151 1 1 0.2603 0.5223 0.2174
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 702 65 637 49 5 8 0 3 10 2 625 0 0 0.7538 0.0157 0.0188 7.000 4.00 6.00 -2.00 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0375 0.9625 0.0000 0 1 0.4050 0.5950 0.0000 0 0 0.6126 0.3874 0.0000
chr2 65072937 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 434 104 330 92 0 8 0 4 0 0 330 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 12.000 0.12 2.50 -2.38 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0146 0.9854 0.0000 0 1 0.4009 0.5991 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 441 171 270 77 2 18 1 73 0 0 269 0 1 0.4503 0.0000 0.0037 8.389 0.45 3.47 -3.01 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2732 0.5419 0.1849 1 1 0.2734 0.5388 0.1878 1 1 0.2735 0.5348 0.1916
chr2 72956998 CT C 0.500000 0.050 1 -1 4 214 86 128 54 0 0 0 32 0 0 128 0 0 0.6279 0.0000 0.0000 86.000 0.35 1.25 -0.90 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5370 0.4020 0.0610 1 0 0.5269 0.4081 0.0651 1 0 0.5133 0.4159 0.0708
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 626 149 477 2 1 29 53 64 0 0 469 6 2 0.0134 0.0000 0.0168 4.103 0.00 3.27 -3.27 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7533 0.2467 2 2 0.0000 0.2277 0.7723 2 2 0.0000 0.1256 0.8744
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 627 154 473 4 3 91 1 55 0 0 466 0 7 0.0260 0.0000 0.0148 0.663 0.00 6.33 -6.33 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9952 0.0048 2 1 0.0000 0.8163 0.1837 2 1 0.0000 0.5783 0.4217
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 480 122 358 110 0 5 0 7 0 0 358 0 0 0.9016 0.0000 0.0000 23.400 0.18 3.00 -2.82 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1232 0.8768 0.0000 0 0 0.5089 0.4911 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 961 192 769 109 0 28 0 55 0 0 742 0 27 0.5677 0.0000 0.0351 5.857 0.45 11.27 -10.82 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5767 0.3833 0.0399 1 0 0.5668 0.3897 0.0435 1 0 0.5533 0.3981 0.0486
chr2 74958681 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 290 72 218 65 1 1 0 5 0 0 218 0 0 0.9028 0.0000 0.0000 71.000 0.89 3.00 -2.11 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1532 0.8468 0.0000 0 1 0.4316 0.5684 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 426 157 269 71 1 17 3 65 0 0 266 0 3 0.4522 0.0000 0.0112 8.750 0.62 3.43 -2.81 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2346 0.5435 0.2219 1 1 0.2360 0.5402 0.2238 1 1 0.2378 0.5361 0.2261
chr2 85343751 CAGAT C 0.500000 0.050 1 -4 2 839 223 616 210 0 10 0 3 0 0 616 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 21.300 0.36 4.33 -3.98 64 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5955 0.4045 0.0000 0 0 0.9599 0.0401 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 501 150 351 0 0 24 4 122 0 0 346 1 4 0.0000 0.0000 0.0142 5.250 3.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0381 0.9619 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr2 108308425 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 208 95 113 90 0 1 0 4 0 0 113 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 94.000 0.04 1.00 -0.96 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0141 0.9859 0.0000 0 1 0.3894 0.6106 0.0000 0 0 0.6619 0.3381 0.0000
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 182 83 99 51 0 3 0 29 0 0 95 0 4 0.6145 0.0000 0.0404 26.667 0.55 16.90 -16.35 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4810 0.4378 0.0811 1 0 0.4728 0.4418 0.0854 1 0 0.4617 0.4470 0.0913
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 141 66 75 37 0 1 0 28 0 0 75 0 0 0.5606 0.0000 0.0000 65.000 0.16 3.21 -3.05 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3574 0.4959 0.1468 1 1 0.3536 0.4961 0.1503 1 1 0.3485 0.4965 0.1550
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 582 141 441 0 0 0 2 139 0 0 430 0 11 0.0000 0.0000 0.0249 139.000 5.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0231 0.9769 2 2 0.0000 0.0256 0.9744
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 376 119 257 0 0 21 0 98 0 0 252 0 5 0.0000 0.0000 0.0195 4.667 6.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 740 223 517 95 1 15 0 112 1 0 515 0 1 0.4260 0.0019 0.0039 13.867 0.60 1.43 -0.83 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0865 0.4929 0.4206 1 1 0.0909 0.4930 0.4161 1 1 0.0970 0.4933 0.4097
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 184 54 130 11 3 9 16 15 0 0 129 0 1 0.2037 0.0000 0.0077 3.333 1.45 1.53 -0.08 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.1014 0.4485 0.4501 1 1 0.1055 0.4520 0.4424 1 1 0.1112 0.4566 0.4322
chr2 151464366 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 827 196 631 101 0 2 0 93 0 0 630 0 1 0.5153 0.0000 0.0016 97.000 0.33 3.23 -2.90 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3034 0.5448 0.1518 1 1 0.3029 0.5414 0.1557 1 1 0.3021 0.5371 0.1608
chr2 165176265 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 268 104 164 100 0 1 0 3 0 0 164 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 103.000 0.30 3.00 -2.70 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0846 0.9154 0.0000 0 0 0.6136 0.3864 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 332 164 168 157 0 4 0 3 0 0 168 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 40.000 0.15 4.00 -3.85 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2797 0.7203 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000 0 0 0.9339 0.0661 0.0000
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 350 138 212 77 1 3 0 57 0 0 212 0 0 0.5580 0.0000 0.0000 45.000 0.53 4.04 -3.50 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5100 0.4260 0.0640 1 0 0.5013 0.4305 0.0681 1 0 0.4897 0.4364 0.0739
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.050 1 -18 1 372 108 264 53 0 20 0 35 0 0 258 0 6 0.4907 0.0000 0.0227 4.400 0.21 15.06 -14.85 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3930 0.4871 0.1200 1 1 0.3881 0.4879 0.1240 1 1 0.3815 0.4890 0.1295
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 336 149 187 6 2 20 51 70 0 0 184 0 3 0.0403 0.0000 0.0160 3.900 0.50 5.41 -4.91 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8709 0.1291 2 2 0.0000 0.4796 0.5204
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 336 149 187 59 1 26 2 61 0 0 184 0 3 0.3960 0.0000 0.0160 4.880 2.76 5.84 -3.07 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1702 0.5283 0.3015 1 1 0.1734 0.5262 0.3004 1 1 0.1776 0.5235 0.2989
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 336 154 182 10 52 22 10 60 0 0 182 0 0 0.0649 0.0000 0.0000 5.762 0.10 2.98 -2.88 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1140 0.4902 0.3958 1 1 0.1182 0.4907 0.3911 1 1 0.1238 0.4915 0.3847
chr2 202196839 TAGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 330 115 215 52 1 7 0 55 0 0 211 0 4 0.4522 0.0000 0.0186 15.429 0.29 3.05 -2.77 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1692 0.5231 0.3077 1 1 0.1723 0.5214 0.3063 1 1 0.1765 0.5192 0.3043
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 505 124 381 79 3 38 1 3 1 0 380 0 0 0.6371 0.0026 0.0026 2.297 1.80 4.00 -2.20 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0478 0.9522 0.0000 0 1 0.4707 0.5293 0.0000 0 0 0.6771 0.3229 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 279 98 181 51 0 6 0 41 0 0 180 0 1 0.5204 0.0000 0.0055 15.333 0.39 3.00 -2.61 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3513 0.5044 0.1443 1 1 0.3480 0.5040 0.1479 1 1 0.3436 0.5036 0.1528
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 601 178 423 70 0 22 1 85 0 0 421 0 2 0.3933 0.0000 0.0047 7.091 0.66 7.88 -7.23 24 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0779 0.4602 0.4619 1 1 0.0822 0.4626 0.4552 1 1 0.0882 0.4657 0.4461
chr2 219182152 G GGAGGAA 0.500000 0.050 1 6 1 669 141 528 111 0 26 0 4 0 0 528 0 0 0.7872 0.0000 0.0000 4.423 0.43 7.50 -7.07 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0233 0.9767 0.0000 0 0 0.5166 0.4834 0.0000 0 0 0.7639 0.2361 0.0000
chr2 229591816 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 1 516 204 312 187 0 15 0 2 0 0 312 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 12.600 0.47 12.00 -11.53 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8085 0.1915 0.0000 0 0 0.9636 0.0364 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 736 286 450 256 5 9 0 16 0 0 448 0 2 0.8951 0.0000 0.0044 30.444 0.72 18.00 -17.28 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.3916 0.6084 0.0000
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 703 151 552 73 0 5 1 72 0 0 551 0 1 0.4834 0.0000 0.0018 29.200 0.38 3.19 -2.81 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2166 0.5445 0.2390 1 1 0.2186 0.5411 0.2403 1 1 0.2212 0.5369 0.2419
chr2 232844199 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 4 629 194 435 74 1 44 2 73 2 0 430 0 3 0.3814 0.0046 0.0115 3.409 0.20 3.14 -2.93 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2161 0.5469 0.2370 1 1 0.2182 0.5434 0.2385 1 1 0.2208 0.5389 0.2402
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 429 190 239 177 1 2 6 4 0 0 239 0 0 0.9316 0.0000 0.0000 91.500 1.14 3.00 -1.86 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0185 0.9815 0.0000 0 0 0.6318 0.3682 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 157 61 96 41 0 2 0 18 0 0 95 0 1 0.6721 0.0000 0.0104 29.500 0.20 3.61 -3.42 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5438 0.3944 0.0618 1 0 0.5332 0.4010 0.0658 1 0 0.5189 0.4095 0.0716
chr2 233565576 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 212 65 147 60 0 3 0 2 0 0 147 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 20.667 0.13 1.00 -0.87 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1550 0.8450 0.0000 0 0 0.5380 0.4620 0.0000 0 0 0.6676 0.3324 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 414 100 314 5 0 21 5 69 0 0 314 0 0 0.0500 0.0000 0.0000 3.950 0.00 3.23 -3.23 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.8172 0.1828 2 1 0.0000 0.5172 0.4828
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.050 1 -3 2 597 137 460 65 0 3 0 69 0 0 460 0 0 0.4745 0.0000 0.0000 44.667 2.06 3.16 -1.10 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1867 0.5360 0.2773 1 1 0.1895 0.5333 0.2772 1 1 0.1932 0.5299 0.2769
chr2 241096100 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 627 171 456 92 0 4 0 75 0 0 456 0 0 0.5380 0.0000 0.0000 41.750 1.71 3.35 -1.64 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4450 0.4718 0.0832 1 1 0.4390 0.4734 0.0875 1 1 0.4309 0.4756 0.0935
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 498 156 342 144 2 2 0 8 0 0 342 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 77.000 1.01 2.00 -0.99 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1492 0.8508 0.0000 0 0 0.6288 0.3712 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 506 120 386 2 0 2 0 116 0 0 385 0 1 0.0167 0.0000 0.0026 59.000 0.00 3.23 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1580 0.8420 2 2 0.0000 0.0281 0.9719 2 2 0.0000 0.0170 0.9830
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 402 95 307 49 0 13 1 32 0 0 296 1 10 0.5158 0.0000 0.0358 6.308 1.78 11.00 -9.22 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4557 0.4824 0.0619 1 1 0.4547 0.4822 0.0631 1 1 0.4534 0.4820 0.0646
chr3 27721914 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 2 474 118 356 52 2 18 40 6 0 0 356 0 0 0.4407 0.0000 0.0000 5.556 0.50 4.67 -4.17 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3413 0.5095 0.1492 1 1 0.3385 0.5088 0.1528 1 1 0.3347 0.5078 0.1575
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 462 111 351 60 3 1 4 43 0 0 351 0 0 0.5405 0.0000 0.0000 110.000 0.78 5.12 -4.33 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4469 0.4616 0.0915 1 1 0.4401 0.4641 0.0958 1 1 0.4311 0.4673 0.1017
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 589 199 390 103 0 5 0 91 0 0 389 0 1 0.5176 0.0000 0.0026 38.800 0.24 3.26 -3.02 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3558 0.5243 0.1199 1 1 0.3535 0.5223 0.1242 1 1 0.3501 0.5199 0.1300
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 751 268 483 108 6 132 6 16 1 3 460 4 15 0.4030 0.0021 0.0476 1.008 3.27 3.81 -0.54 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9183 0.0805 0.0012 1 0 0.9092 0.0893 0.0015 1 0 0.8957 0.1022 0.0021
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 705 229 476 12 78 46 2 91 0 2 473 0 1 0.0524 0.0000 0.0063 3.978 0.25 3.24 -2.99 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1995 0.5550 0.2455 1 1 0.2023 0.5509 0.2468 1 1 0.2058 0.5457 0.2485
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 705 231 474 106 3 43 6 73 0 0 472 0 2 0.4589 0.0000 0.0042 4.372 2.78 2.97 -0.19 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5875 0.3749 0.0376 1 0 0.5772 0.3816 0.0411 1 0 0.5633 0.3906 0.0461
chr3 42691888 CGAG C 0.500000 0.050 1 -3 2 278 123 155 62 0 5 0 56 0 0 155 0 0 0.5041 0.0000 0.0000 23.600 0.73 3.55 -2.83 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3058 0.5252 0.1690 1 1 0.3046 0.5233 0.1722 1 1 0.3028 0.5209 0.1764
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 500 152 348 0 0 5 0 147 0 0 342 1 5 0.0000 0.0000 0.0172 29.400 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 325 128 197 0 0 0 1 127 0 0 196 0 1 0.0000 0.0000 0.0051 127.000 4.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0377 0.9623 2 2 0.0000 0.0401 0.9599 2 2 0.0000 0.0436 0.9564
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 650 156 494 0 0 21 11 124 0 0 494 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.429 3.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0324 0.9676 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0379 0.9621
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 400 109 291 0 0 20 47 42 0 0 290 1 0 0.0000 0.0000 0.0034 4.400 3.48 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0947 0.9053 2 2 0.0000 0.0986 0.9014 2 2 0.0000 0.1043 0.8957
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 400 111 289 5 1 59 0 46 0 0 288 0 1 0.0450 0.0000 0.0035 0.897 1.00 6.00 -5.00 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9323 0.0677 2 1 0.0000 0.7511 0.2489
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 515 163 352 82 0 25 0 56 0 0 350 0 2 0.5031 0.0000 0.0057 5.520 0.33 5.48 -5.15 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5502 0.3986 0.0513 1 0 0.5403 0.4045 0.0552 1 0 0.5271 0.4122 0.0607
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 242 95 147 0 0 1 1 93 0 0 147 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 94.000 3.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0935 0.9065 2 2 0.0000 0.0988 0.9012
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 3 297 81 216 26 0 11 0 44 0 0 213 0 3 0.3210 0.0000 0.0139 6.364 2.65 6.27 -3.62 12 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0676 0.4106 0.5218 1 2 0.0717 0.4163 0.5120 1 2 0.0775 0.4236 0.4989
chr3 63912710 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 303 89 214 84 1 1 1 2 0 0 214 0 0 0.9438 0.0000 0.0000 88.000 3.94 4.50 -0.56 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2056 0.7944 0.0000 0 0 0.6384 0.3616 0.0000 0 0 0.7572 0.2428 0.0000
chr3 63912713 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 303 91 212 40 47 2 0 2 0 0 212 0 0 0.4396 0.0000 0.0000 89.000 1.75 4.50 -2.75 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2575 0.7425 0.0000 0 0 0.6896 0.3104 0.0000 0 0 0.7906 0.2094 0.0000
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 381 162 219 65 4 17 3 73 0 0 217 0 2 0.4012 0.0000 0.0091 8.529 0.35 2.99 -2.63 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1401 0.5211 0.3388 1 1 0.1439 0.5195 0.3366 1 1 0.1491 0.5174 0.3334
chr3 65439885 T TCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 381 162 219 70 3 84 1 4 0 0 217 2 0 0.4321 0.0000 0.0091 0.939 0.64 3.75 -3.11 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.2039 0.7961 0.0000 0 1 0.4592 0.5408 0.0000
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 778 172 606 162 2 5 0 3 0 0 606 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 33.200 0.83 1.00 -0.17 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3254 0.6746 0.0000 0 0 0.8854 0.1146 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 834 222 612 192 0 21 0 9 0 0 610 0 2 0.8649 0.0000 0.0033 9.571 1.89 9.33 -7.45 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0685 0.9315 0.0000 0 0 0.6260 0.3740 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 117 47 70 22 3 2 0 20 0 0 68 1 1 0.4681 0.0000 0.0286 21.500 0.23 1.40 -1.17 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2768 0.5117 0.2114 1 1 0.2761 0.5109 0.2131 1 1 0.2750 0.5097 0.2152
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 452 128 324 62 0 1 0 65 0 0 324 0 0 0.4844 0.0000 0.0000 127.000 0.15 1.12 -0.98 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1978 0.5360 0.2662 1 1 0.2003 0.5333 0.2664 1 1 0.2035 0.5299 0.2666
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1295 321 974 14 0 95 19 193 0 0 971 0 3 0.0436 0.0000 0.0031 2.379 0.21 3.10 -2.88 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9828 0.0172 2 1 0.0000 0.5120 0.4880
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 591 183 408 105 0 6 0 72 0 0 405 0 3 0.5738 0.0000 0.0074 29.500 0.36 3.12 -2.76 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6185 0.3497 0.0318 1 0 0.6073 0.3576 0.0351 1 0 0.5922 0.3681 0.0397
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 798 163 635 75 0 34 0 54 0 0 633 0 2 0.4601 0.0000 0.0031 3.794 0.61 9.67 -9.05 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4830 0.4432 0.0738 1 0 0.4753 0.4467 0.0781 1 0 0.4648 0.4512 0.0840
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 520 132 388 70 0 1 1 60 0 0 388 0 0 0.5303 0.0000 0.0000 131.000 0.27 2.55 -2.28 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3431 0.5160 0.1409 1 1 0.3405 0.5148 0.1447 1 1 0.3370 0.5132 0.1498
chr3 127660520 AGAAGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 749 211 538 182 2 22 0 5 0 0 537 0 1 0.8626 0.0000 0.0019 8.591 0.33 5.00 -4.67 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 0 0.6296 0.3704 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 235 127 108 123 0 0 0 4 0 0 108 0 0 0.9685 0.0000 0.0000 127.000 0.72 3.00 -2.28 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0322 0.9678 0.0000 0 0 0.5906 0.4094 0.0000 0 0 0.8120 0.1880 0.0000
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 414 148 266 88 1 1 0 58 0 0 262 0 4 0.5946 0.0000 0.0150 147.000 1.19 2.19 -1.00 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5869 0.3723 0.0408 1 0 0.5761 0.3794 0.0444 1 0 0.5616 0.3888 0.0496
chr3 131165503 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 180 83 97 39 0 2 0 42 0 0 97 0 0 0.4699 0.0000 0.0000 40.500 0.13 1.71 -1.59 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2038 0.5220 0.2742 1 1 0.2059 0.5203 0.2738 1 1 0.2085 0.5182 0.2732
chr3 150762661 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 4 336 71 265 37 0 11 0 23 0 0 259 0 6 0.5211 0.0000 0.0226 5.455 1.46 2.74 -1.28 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3433 0.5011 0.1556 1 1 0.3401 0.5010 0.1590 1 1 0.3358 0.5008 0.1634
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 334 120 214 4 0 4 0 112 0 0 214 0 0 0.0333 0.0000 0.0000 29.000 0.25 1.12 -0.88 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9747 0.0253 2 2 0.0000 0.4752 0.5248 2 2 0.0000 0.2313 0.7687
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 662 163 499 10 2 34 1 116 0 0 493 0 6 0.0613 0.0000 0.0120 3.794 0.50 3.28 -2.78 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.8174 0.1826
chr3 195726176 GTTAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 1719 317 1402 271 1 6 0 39 0 0 1400 0 2 0.8549 0.0000 0.0014 51.833 1.79 6.87 -5.08 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr3 195751094 GGCCGGTGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 314 107 207 60 1 6 0 40 0 0 203 0 4 0.5607 0.0000 0.0193 16.667 0.87 9.50 -8.63 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4586 0.4543 0.0871 1 1 0.4514 0.4572 0.0914 1 1 0.4417 0.4610 0.0973
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 838 160 678 0 0 12 0 148 0 0 638 0 40 0.0000 0.0000 0.0590 12.333 9.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0109 0.9891
chr3 198153257 CTGGCAGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -12 2 371 162 209 36 44 3 2 77 0 0 207 1 1 0.2222 0.0000 0.0096 52.667 0.47 10.21 -9.74 20 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1923 0.5445 0.2632 1 1 0.1951 0.5411 0.2638 1 1 0.1987 0.5369 0.2644
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 371 151 220 2 0 29 0 120 0 0 216 1 3 0.0132 0.0000 0.0182 4.207 3.00 8.68 -5.68 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5345 0.4655 2 2 0.0000 0.1508 0.8492 2 2 0.0000 0.0967 0.9033
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 371 155 216 5 1 27 40 82 0 0 213 0 3 0.0323 0.0000 0.0139 4.704 1.20 9.85 -8.65 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9942 0.0058 2 1 0.0000 0.5911 0.4089 2 2 0.0000 0.2607 0.7393
chr4 161163 AAAGAT A 0.001991 0.050 1 -5 1 702 206 496 106 0 14 0 86 0 0 494 0 2 0.5146 0.0000 0.0040 13.714 0.17 5.87 -5.70 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6571 0.3427 0.0002 1 0 0.6534 0.3464 0.0002 1 0 0.6482 0.3515 0.0003
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 560 113 447 0 0 2 0 111 0 0 388 4 55 0.0000 0.0000 0.1320 55.500 15.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 460 188 272 9 0 47 7 125 0 0 262 0 10 0.0479 0.0000 0.0368 2.851 2.56 8.06 -5.50 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9737 0.0263 2 1 0.0000 0.7399 0.2601
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 592 154 438 6 0 8 0 140 0 0 435 0 3 0.0390 0.0000 0.0068 18.250 1.00 12.71 -11.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9561 0.0439 2 1 0.0000 0.8027 0.1973
chr4 8227957 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 814 180 634 97 0 8 0 75 0 0 633 0 1 0.5389 0.0000 0.0016 21.500 0.38 1.39 -1.01 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4999 0.4374 0.0627 1 0 0.4921 0.4410 0.0669 1 0 0.4815 0.4458 0.0727
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 775 253 522 229 2 17 1 4 1 0 520 0 1 0.9051 0.0019 0.0038 13.882 0.86 6.75 -5.89 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0275 0.9725 0.0000 0 0 0.8561 0.1439 0.0000 0 0 0.9662 0.0338 0.0000
chr4 40432687 AGCGGCTGCGGCGGCTGCGGCC A 0.500000 0.050 1 -21 1 251 91 160 60 0 4 0 27 0 0 151 0 9 0.6593 0.0000 0.0563 21.750 0.42 19.56 -19.14 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5619 0.3857 0.0524 1 0 0.5512 0.3926 0.0563 1 0 0.5367 0.4015 0.0618
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 709 163 546 85 0 19 0 59 0 0 515 0 31 0.5215 0.0000 0.0568 7.579 0.19 15.44 -15.25 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1721 0.5458 0.2821 1 1 0.1755 0.5423 0.2822 1 1 0.1799 0.5380 0.2822
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.050 1 -48 1 1014 285 729 119 5 96 3 62 0 0 727 2 0 0.4175 0.0000 0.0027 2.000 0.34 2.77 -2.44 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8601 0.1365 0.0034 1 0 0.8487 0.1472 0.0042 1 0 0.8322 0.1624 0.0054
chr4 77048380 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 442 133 309 71 0 2 1 59 0 0 309 0 0 0.5338 0.0000 0.0000 65.500 0.20 1.22 -1.02 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3705 0.5047 0.1248 1 1 0.3668 0.5042 0.1289 1 1 0.3619 0.5037 0.1344
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 582 234 348 95 16 37 1 85 0 0 340 0 8 0.4060 0.0000 0.0230 5.297 0.69 3.12 -2.42 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4405 0.4801 0.0794 1 1 0.4351 0.4810 0.0838 1 1 0.4278 0.4823 0.0899
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 582 251 331 176 15 38 9 13 0 0 331 0 0 0.7012 0.0000 0.0000 5.541 1.63 3.62 -1.98 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2057 0.7943 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 165 75 90 39 0 5 0 31 0 0 90 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 14.000 0.21 1.23 -1.02 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3424 0.5023 0.1553 1 1 0.3393 0.5021 0.1586 1 1 0.3351 0.5019 0.1631
chr4 87614933 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2993 787 2206 418 10 89 10 260 79 65 2019 9 34 0.5311 0.0358 0.0848 7.920 1.73 13.83 -12.09 82 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3869 890 2979 8 13 44 19 806 23 30 2599 242 85 0.0090 0.0077 0.1276 19.952 6.38 8.85 -2.48 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr4 87615491 CAGCAGTGAT C 0.500000 0.050 1 -9 1 3995 949 3046 499 17 76 13 344 10 27 2937 34 38 0.5258 0.0033 0.0358 11.863 2.19 9.24 -7.05 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9872 0.0128 0.0000 1 0 0.9852 0.0148 0.0000 1 0 0.9819 0.0181 0.0000
chr4 87615611 CGATAGCAGTGACAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -18 1 3838 1197 2641 566 33 177 37 384 51 64 2504 12 10 0.4728 0.0193 0.0519 5.864 2.34 12.31 -9.96 78 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87616280 TAGCAGTGACAGCAGTGAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2776 838 1938 305 78 118 42 295 10 25 1861 17 25 0.3640 0.0052 0.0397 7.010 7.78 10.73 -2.95 115 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5246 0.4602 0.0152 1 0 0.5242 0.4583 0.0174 1 0 0.5225 0.4568 0.0208
chr4 87616295 TGACAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 2777 794 1983 158 57 122 82 375 9 29 1911 22 12 0.1990 0.0045 0.0363 5.593 5.38 10.83 -5.45 34 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 602 254 348 0 0 40 10 204 0 0 345 0 3 0.0000 0.0000 0.0086 5.350 3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 573 219 354 91 3 31 0 94 1 0 345 0 8 0.4155 0.0028 0.0254 6.065 1.32 9.44 -8.12 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1513 0.5452 0.3035 1 1 0.1552 0.5418 0.3030 1 1 0.1603 0.5375 0.3022
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 235 100 135 60 0 11 0 29 0 0 135 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 8.091 0.43 4.66 -4.22 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6544 0.3151 0.0305 1 0 0.6414 0.3250 0.0337 1 0 0.6237 0.3380 0.0382
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 890 183 707 92 0 4 0 87 0 0 705 0 2 0.5027 0.0000 0.0028 44.750 0.24 3.28 -3.04 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2569 0.5523 0.1908 1 1 0.2578 0.5484 0.1938 1 1 0.2590 0.5435 0.1976
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 277 104 173 101 0 3 0 0 0 0 171 0 2 0.9712 0.0000 0.0116 33.667 0.74 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7759 0.2241 0.0000 0 0 0.9577 0.0423 0.0000 0 0 0.9745 0.0255 0.0000
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 537 128 409 113 0 10 0 5 1 0 408 0 0 0.8828 0.0024 0.0024 11.800 1.23 1.80 -0.57 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0051 0.9949 0.0000 0 1 0.3717 0.6283 0.0000 0 0 0.7059 0.2941 0.0000
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.050 1 -21 1 276 132 144 123 0 7 0 2 1 0 143 0 0 0.9318 0.0069 0.0069 17.857 0.46 10.50 -10.04 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4639 0.5361 0.0000 0 0 0.8484 0.1516 0.0000 0 0 0.9028 0.0972 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 805 170 635 1 0 33 6 130 0 0 632 0 3 0.0059 0.0000 0.0047 4.152 0.00 3.35 -3.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1340 0.8660 2 2 0.0000 0.0595 0.9405 2 2 0.0000 0.0493 0.9507
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 395 54 341 0 0 38 0 16 0 0 336 2 3 0.0000 0.0000 0.0147 0.421 6.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3727 0.6273 2 2 0.0000 0.3751 0.6249 2 2 0.0000 0.3785 0.6215
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 415 98 317 49 0 2 0 47 0 0 315 0 2 0.5000 0.0000 0.0063 48.000 0.22 6.32 -6.09 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2351 0.5299 0.2351 1 1 0.2362 0.5276 0.2362 1 1 0.2376 0.5248 0.2376
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 575 144 431 0 0 3 1 140 0 0 424 0 7 0.0000 0.0000 0.0162 46.667 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0281 0.9719
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.050 1 -4 1 241 106 135 103 0 1 0 2 0 0 135 0 0 0.9717 0.0000 0.0000 105.000 0.20 6.00 -5.80 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3378 0.6622 0.0000 0 0 0.7693 0.2307 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 241 100 141 98 0 0 0 2 0 0 141 0 0 0.9800 0.0000 0.0000 100.000 0.20 6.00 -5.80 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3138 0.6862 0.0000 0 0 0.7471 0.2529 0.0000 0 0 0.8329 0.1671 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 333 104 229 87 2 8 1 6 4 1 223 1 0 0.8365 0.0175 0.0262 13.429 3.75 16.50 -12.75 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0796 0.9204 0.0000 0 1 0.3828 0.6172 0.0000
chr5 80654908 G GCAGCGCCCCCAGCGCCCC 0.500000 0.050 1 18 2 321 87 234 44 2 20 0 21 1 1 227 1 4 0.5057 0.0043 0.0299 3.350 4.45 9.71 -5.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5445 0.3955 0.0600 1 0 0.5340 0.4020 0.0640 1 0 0.5200 0.4104 0.0697
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 316 92 224 82 0 6 0 4 1 1 220 2 0 0.8913 0.0045 0.0179 14.333 4.30 23.50 -19.20 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 1 0.2669 0.7331 0.0000 0 0 0.5553 0.4447 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 265 95 170 91 0 1 0 3 0 0 170 0 0 0.9579 0.0000 0.0000 94.000 0.15 3.33 -3.18 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0687 0.9313 0.0000 0 0 0.5599 0.4401 0.0000 0 0 0.7439 0.2561 0.0000
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 568 150 418 79 2 17 0 52 0 0 415 0 3 0.5267 0.0000 0.0072 7.824 0.57 3.56 -2.99 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5774 0.3782 0.0444 1 0 0.5667 0.3851 0.0481 1 0 0.5523 0.3943 0.0534
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 659 146 513 70 0 2 0 74 0 0 512 0 1 0.4795 0.0000 0.0019 72.000 0.16 1.43 -1.28 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1755 0.5366 0.2878 1 1 0.1787 0.5339 0.2874 1 1 0.1828 0.5304 0.2868
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 436 128 308 55 0 25 0 48 0 0 304 0 4 0.4297 0.0000 0.0130 4.120 2.00 7.94 -5.94 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2697 0.5299 0.2004 1 1 0.2696 0.5276 0.2027 1 1 0.2695 0.5248 0.2057
chr5 132873967 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 416 124 292 119 0 1 0 4 0 0 292 0 0 0.9597 0.0000 0.0000 123.000 0.24 1.00 -0.76 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0293 0.9707 0.0000 0 0 0.5667 0.4333 0.0000 0 0 0.7970 0.2030 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 194 60 134 30 0 1 0 29 0 0 134 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 59.000 0.47 4.07 -3.60 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2531 0.5177 0.2292 1 1 0.2533 0.5164 0.2303 1 1 0.2536 0.5147 0.2317
chr5 138467788 GCTACCTCTTACCCGTCCCCGGTTA G 0.500000 0.050 1 -24 2 808 183 625 83 0 18 1 81 0 0 625 0 0 0.4536 0.0000 0.0000 9.167 0.53 13.53 -13.00 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2362 0.5499 0.2139 1 1 0.2377 0.5462 0.2161 1 1 0.2396 0.5415 0.2189
chr5 140966860 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 621 178 443 83 0 8 0 87 0 0 443 0 0 0.4663 0.0000 0.0000 21.250 1.12 6.55 -5.43 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1823 0.5469 0.2708 1 1 0.1854 0.5434 0.2712 1 1 0.1894 0.5390 0.2716
chr5 141415641 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 903 147 756 56 10 19 10 52 2 2 746 2 4 0.3810 0.0026 0.0132 6.316 2.21 3.19 -0.98 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2576 0.5386 0.2038 1 1 0.2582 0.5357 0.2062 1 1 0.2588 0.5320 0.2091
chr5 141945390 C CCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 12 1 474 134 340 117 0 13 0 4 0 0 339 0 1 0.8731 0.0000 0.0029 9.308 0.38 5.25 -4.87 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 1 0.3884 0.6116 0.0000 0 0 0.7204 0.2796 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 396 143 253 46 1 24 0 72 1 1 242 0 9 0.3217 0.0040 0.0435 4.958 4.26 6.86 -2.60 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0278 0.3165 0.6556 1 2 0.0308 0.3261 0.6431 1 2 0.0352 0.3387 0.6261
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 396 152 244 76 7 19 2 48 0 1 241 0 2 0.5000 0.0000 0.0123 7.000 6.09 3.94 2.15 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6529 0.3191 0.0280 1 0 0.6405 0.3285 0.0310 1 0 0.6236 0.3410 0.0354
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 533 151 382 143 0 0 0 8 0 0 381 0 1 0.9470 0.0000 0.0026 151.000 0.47 3.88 -3.41 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0770 0.9230 0.0000 0 0 0.5209 0.4791 0.0000
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 535 155 380 145 0 2 0 8 0 0 379 0 1 0.9355 0.0000 0.0026 76.500 0.45 3.88 -3.43 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0806 0.9194 0.0000 0 0 0.5329 0.4671 0.0000
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 632 156 476 79 1 5 0 71 0 0 475 0 1 0.5064 0.0000 0.0021 30.200 0.30 1.15 -0.85 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3252 0.5273 0.1475 1 1 0.3235 0.5252 0.1513 1 1 0.3211 0.5226 0.1563
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 430 159 271 88 0 6 0 65 0 0 270 0 1 0.5535 0.0000 0.0037 25.500 3.05 4.77 -1.72 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5189 0.4221 0.0589 1 0 0.5102 0.4267 0.0630 1 0 0.4985 0.4328 0.0687
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 429 162 267 49 5 8 2 98 0 0 266 0 1 0.3025 0.0000 0.0037 19.250 3.73 13.38 -9.64 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0077 0.1902 0.8020 1 2 0.0091 0.2018 0.7891 1 2 0.0112 0.2178 0.7709
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 429 148 281 0 75 3 1 69 0 0 276 0 5 0.0000 0.0000 0.0178 48.333 4.28 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2285 0.5455 0.2260 1 1 0.2302 0.5421 0.2277 1 1 0.2323 0.5378 0.2299
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 193 71 122 1 0 8 0 62 0 0 122 0 0 0.0141 0.0000 0.0000 7.875 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5180 0.4820 2 2 0.0000 0.2971 0.7029 2 2 0.0000 0.2470 0.7530
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 502 240 262 104 5 44 2 85 1 0 261 0 0 0.4333 0.0038 0.0038 4.432 0.83 3.53 -2.70 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5266 0.4212 0.0522 1 0 0.5183 0.4256 0.0561 1 0 0.5069 0.4314 0.0617
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 187 51 136 16 1 1 0 33 0 0 135 0 1 0.3137 0.0000 0.0074 49.000 1.19 3.91 -2.72 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0873 0.4346 0.4781 1 2 0.0915 0.4390 0.4695 1 2 0.0973 0.4445 0.4581
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 675 124 551 0 0 13 2 109 0 0 551 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.538 3.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0653 0.9347
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 538 131 407 59 0 16 0 56 0 0 406 1 0 0.4504 0.0000 0.0025 7.188 0.73 3.27 -2.54 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2505 0.5347 0.2148 1 1 0.2510 0.5321 0.2169 1 1 0.2516 0.5288 0.2196
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 604 132 472 6 1 16 5 104 0 4 461 2 5 0.0455 0.0000 0.0233 7.600 0.67 3.83 -3.16 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9923 0.0077 2 1 0.0000 0.9026 0.0974
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.050 1 3 2 650 136 514 102 8 21 1 4 0 0 514 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 5.476 0.57 4.50 -3.93 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2610 0.7390 0.0000 0 0 0.9673 0.0327 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000
chr6 7727289 G GAGCAGC 0.000024 0.050 1 6 2 650 136 514 107 3 22 1 3 0 0 514 0 0 0.7868 0.0000 0.0000 5.182 0.68 6.67 -5.98 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 13615435 C CGGA 0.000044 0.050 1 3 1 511 146 365 114 4 23 0 5 0 0 365 0 0 0.7808 0.0000 0.0000 5.261 0.55 3.00 -2.45 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1058 228 830 77 18 48 5 80 1 1 818 0 10 0.3377 0.0012 0.0145 3.830 7.01 6.28 0.74 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3724 0.5472 0.0804 1 1 0.3752 0.5433 0.0815 1 1 0.3788 0.5383 0.0829
chr6 17291894 A AGCT 0.000307 0.050 1 3 1 385 144 241 67 1 14 0 62 0 0 241 0 0 0.4653 0.0000 0.0000 9.286 0.12 3.19 -3.07 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5343 0.4657 0.0001 1 0 0.5344 0.4655 0.0001 1 0 0.5344 0.4655 0.0001
chr6 26234545 C CTAG 0.001749 0.050 1 3 2 591 132 459 72 1 4 0 55 0 0 459 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 32.000 0.53 3.67 -3.14 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6750 0.3248 0.0002 1 0 0.6701 0.3297 0.0002 1 0 0.6634 0.3364 0.0002
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 651 129 522 113 0 4 0 12 0 0 522 0 0 0.8760 0.0000 0.0000 31.250 0.20 1.83 -1.63 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0581 0.9419 0.0000 0 0 0.6661 0.3339 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 672 131 541 70 0 3 0 58 0 0 519 0 22 0.5344 0.0000 0.0407 42.667 0.21 11.14 -10.92 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2085 0.5716 0.2199 1 1 0.2142 0.5683 0.2175 1 1 0.2218 0.5640 0.2142
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 166 77 89 36 0 9 1 31 0 0 89 0 0 0.4675 0.0000 0.0000 7.556 1.08 4.39 -3.30 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2893 0.5159 0.1948 1 1 0.2883 0.5147 0.1970 1 1 0.2868 0.5132 0.2000
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 405 124 281 4 0 1 0 119 0 0 280 1 0 0.0323 0.0000 0.0036 123.000 0.50 1.46 -0.96 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9702 0.0298 2 2 0.0000 0.4277 0.5723 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr6 31027315 CTCTACTGAAGGCTCTGAGACCACCACAGCT C 0.500000 0.050 1 -30 2 1327 362 965 199 8 26 6 123 29 10 921 2 3 0.5497 0.0301 0.0456 12.769 1.40 12.51 -11.12 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9878 0.0122 0.0000 1 0 0.9854 0.0146 0.0000 1 0 0.9815 0.0184 0.0000
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -33 2 574 169 405 114 2 51 0 2 0 0 405 0 0 0.6746 0.0000 0.0000 2.314 0.39 1.00 -0.61 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4153 0.5847 0.0000 0 0 0.8213 0.1787 0.0000 0 0 0.8846 0.1154 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 511 126 385 70 0 4 0 52 0 0 384 0 1 0.5556 0.0000 0.0026 30.500 0.71 2.44 -1.73 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4567 0.4582 0.0851 1 1 0.4498 0.4608 0.0894 1 1 0.4404 0.4642 0.0953
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 659 204 455 5 86 2 4 107 0 0 454 1 0 0.0245 0.0000 0.0022 100.500 0.00 2.81 -2.81 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0446 0.3988 0.5565 1 2 0.0484 0.4044 0.5472 1 2 0.0537 0.4118 0.5345
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 659 204 455 166 6 3 7 22 0 0 454 1 0 0.8137 0.0000 0.0022 100.000 3.60 4.00 -0.40 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0026 0.9974 0.0000
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 925 190 735 174 1 9 0 6 0 0 734 1 0 0.9158 0.0000 0.0014 20.111 1.01 7.83 -6.82 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 0 0.5321 0.4679 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 471 228 243 1 188 32 1 6 0 1 242 0 0 0.0044 0.0000 0.0041 6.500 0.00 4.83 -4.83 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 0 0.6539 0.3461 0.0000 0 0 0.9073 0.0927 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 255 86 169 57 0 0 0 29 0 0 168 0 1 0.6628 0.0000 0.0059 86.000 0.33 4.24 -3.91 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6043 0.3538 0.0419 1 0 0.5923 0.3622 0.0455 1 0 0.5762 0.3732 0.0507
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 665 290 375 148 13 55 1 73 0 0 373 0 2 0.5103 0.0000 0.0053 4.462 6.35 7.37 -1.02 74 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9667 0.0331 0.0002 1 0 0.9616 0.0381 0.0002 1 0 0.9538 0.0459 0.0003
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 663 273 390 185 3 13 1 71 0 0 387 0 3 0.6777 0.0000 0.0077 26.000 7.49 7.46 0.02 87 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9902 0.0098 0.0000 1 0 0.9881 0.0118 0.0000 1 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 313 71 242 37 0 0 0 34 0 0 242 0 0 0.5211 0.0000 0.0000 71.000 6.27 7.85 -1.58 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2759 0.5189 0.2051 1 1 0.2754 0.5175 0.2071 1 1 0.2747 0.5157 0.2096
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 534 180 354 84 0 20 1 75 0 0 345 0 9 0.4667 0.0000 0.0254 8.889 0.36 5.40 -5.04 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2202 0.5515 0.2283 1 1 0.2223 0.5476 0.2301 1 1 0.2249 0.5428 0.2324
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 407 99 308 47 0 20 0 32 0 0 296 0 12 0.4747 0.0000 0.0390 3.950 1.45 15.00 -13.55 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2724 0.5250 0.2025 1 1 0.2722 0.5231 0.2047 1 1 0.2718 0.5208 0.2074
chr6 36722044 C CGGGCCCAGCGGTGCAGGA 0.500000 0.050 1 18 2 732 156 576 84 1 24 0 47 0 0 554 0 22 0.5385 0.0000 0.0382 5.500 0.88 11.68 -10.80 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4347 0.4759 0.0894 1 1 0.4290 0.4773 0.0937 1 1 0.4212 0.4791 0.0997
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 363 140 223 102 5 29 0 4 0 0 223 0 0 0.7286 0.0000 0.0000 3.828 0.18 3.00 -2.82 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 327 115 212 3 0 13 0 99 0 0 205 0 7 0.0261 0.0000 0.0330 7.846 0.00 5.99 -5.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9029 0.0971 2 2 0.0000 0.3519 0.6481 2 2 0.0000 0.1937 0.8063
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 529 132 397 62 1 63 0 6 1 1 394 0 1 0.4697 0.0025 0.0076 1.113 5.98 10.00 -4.02 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0449 0.9551 0.0000 0 1 0.2633 0.7367 0.0000
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 529 150 379 74 0 45 0 31 1 0 373 0 5 0.4933 0.0026 0.0158 2.386 1.35 11.65 -10.29 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7419 0.2429 0.0152 1 0 0.7283 0.2544 0.0173 1 0 0.7095 0.2700 0.0205
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 749 172 577 22 1 49 2 98 0 0 553 4 20 0.1279 0.0000 0.0416 2.562 1.59 4.81 -3.22 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037
chr6 107634729 A AGCCCCCCGG 0.500000 0.050 1 9 1 498 79 419 39 0 15 1 24 0 0 415 0 4 0.4937 0.0000 0.0095 4.200 0.97 8.96 -7.98 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3733 0.4902 0.1364 1 1 0.3690 0.4909 0.1401 1 1 0.3631 0.4917 0.1451
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 700 181 519 147 0 8 0 26 0 0 514 0 5 0.8122 0.0000 0.0096 21.625 1.36 6.08 -4.72 7 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 652 155 497 67 0 3 0 85 0 0 492 0 5 0.4323 0.0000 0.0101 50.667 0.07 3.26 -3.18 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0547 0.4134 0.5319 1 2 0.0587 0.4184 0.5229 1 2 0.0643 0.4250 0.5106
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 844 176 668 0 0 9 0 167 0 0 655 0 13 0.0000 0.0000 0.0195 18.556 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0132 0.9868
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 747 173 574 166 0 1 0 6 0 0 574 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 172.000 0.23 7.17 -6.94 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 0 0.5217 0.4783 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr6 117563254 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 3 201 75 126 71 0 2 0 2 0 0 126 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 36.500 0.24 1.50 -1.26 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1858 0.8142 0.0000 0 0 0.6024 0.3976 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000
chr6 118491647 ATGT A 0.500000 0.050 1 -3 3 339 100 239 57 0 3 0 40 0 0 238 0 1 0.5700 0.0000 0.0042 32.333 0.46 2.95 -2.49 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4489 0.4588 0.0923 1 1 0.4420 0.4615 0.0966 1 1 0.4326 0.4649 0.1024
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 408 125 283 61 0 3 0 61 0 0 283 0 0 0.4880 0.0000 0.0000 40.667 0.08 1.30 -1.21 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5372 0.2314 1 1 0.2328 0.5344 0.2328 1 1 0.2346 0.5309 0.2346
chr6 150819774 GGTAA G 0.500000 0.050 1 -4 1 90 41 49 22 0 5 1 13 0 0 49 0 0 0.5366 0.0000 0.0000 7.200 0.14 3.69 -3.56 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3496 0.4919 0.1585 1 1 0.3459 0.4925 0.1616 1 1 0.3409 0.4932 0.1658
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 974 232 742 0 0 15 1 216 0 0 736 0 6 0.0000 0.0000 0.0081 14.467 3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0048 0.9952
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 185 81 104 45 0 3 0 33 0 0 103 0 1 0.5556 0.0000 0.0096 26.000 0.29 4.33 -4.04 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3823 0.4888 0.1288 1 1 0.3777 0.4896 0.1327 1 1 0.3715 0.4905 0.1380
chr6 156778268 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 868 277 591 200 0 73 2 2 2 0 589 0 0 0.7220 0.0034 0.0034 2.781 0.98 4.50 -3.52 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8045 0.1955 0.0000 0 0 0.9653 0.0347 0.0000 0 0 0.9792 0.0208 0.0000
chr6 156779414 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 238 95 143 73 0 20 0 2 0 0 143 0 0 0.7684 0.0000 0.0000 3.750 1.03 3.00 -1.97 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1934 0.8066 0.0000 0 0 0.6141 0.3859 0.0000 0 0 0.7324 0.2676 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 718 293 425 156 0 51 0 86 0 0 413 0 12 0.5324 0.0000 0.0282 4.745 0.26 15.10 -14.85 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8634 0.1339 0.0028 1 0 0.8524 0.1442 0.0034 1 0 0.8366 0.1589 0.0045
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 484 200 284 117 0 6 0 77 0 0 283 0 1 0.5850 0.0000 0.0035 32.333 0.33 4.74 -4.41 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7193 0.2655 0.0152 1 0 0.7067 0.2759 0.0173 1 0 0.6893 0.2901 0.0206
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 265 105 160 59 0 6 0 40 0 0 160 0 0 0.5619 0.0000 0.0000 16.500 0.17 7.75 -7.58 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4914 0.4335 0.0751 1 0 0.4829 0.4377 0.0793 1 0 0.4716 0.4432 0.0852
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 372 154 218 0 0 21 13 120 0 0 212 1 5 0.0000 0.0000 0.0275 6.333 3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0313 0.9687 2 2 0.0000 0.0344 0.9656
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 777 186 591 149 0 34 0 3 0 0 591 0 0 0.8011 0.0000 0.0000 4.471 0.32 10.67 -10.34 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2408 0.7592 0.0000 0 0 0.8417 0.1583 0.0000 0 0 0.9211 0.0789 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 711 237 474 3 2 9 88 135 0 0 474 0 0 0.0127 0.0000 0.0000 18.750 5.33 8.75 -3.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8085 0.1915 2 2 0.0000 0.1001 0.8999 2 2 0.0000 0.0370 0.9630
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 711 234 477 74 46 26 24 64 0 0 477 0 0 0.3162 0.0000 0.0000 10.867 3.05 13.55 -10.49 34 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5273 0.4196 0.0531 1 0 0.5188 0.4242 0.0571 1 0 0.5072 0.4302 0.0627
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 292 113 179 4 0 33 0 76 0 0 173 0 6 0.0354 0.0000 0.0335 2.424 0.50 3.76 -3.26 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9886 0.0114 2 1 0.0000 0.6568 0.3432 2 2 0.0000 0.3824 0.6176
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 611 166 445 159 0 5 0 2 0 0 445 0 0 0.9578 0.0000 0.0000 32.200 0.42 12.00 -11.58 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6761 0.3239 0.0000 0 0 0.9299 0.0701 0.0000 0 0 0.9556 0.0444 0.0000
chr7 5313004 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 792 103 689 12 27 22 9 33 0 1 686 0 2 0.1165 0.0000 0.0044 3.682 3.08 3.64 -0.55 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1788 0.5160 0.3051 1 1 0.1816 0.5148 0.3036 1 1 0.1853 0.5133 0.3014
chr7 5390542 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 298 158 140 153 0 3 0 2 0 0 140 0 0 0.9684 0.0000 0.0000 51.667 0.18 3.00 -2.82 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6423 0.3577 0.0000 0 0 0.9196 0.0804 0.0000 0 0 0.9490 0.0510 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 686 202 484 2 0 38 9 153 0 0 483 0 1 0.0099 0.0000 0.0021 4.316 0.00 3.20 -3.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3019 0.6981 2 2 0.0000 0.0639 0.9361 2 2 0.0000 0.0406 0.9594
chr7 19698487 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 5 364 131 233 60 1 11 0 59 0 0 232 0 1 0.4580 0.0000 0.0043 10.909 0.15 3.02 -2.87 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2423 0.5366 0.2211 1 1 0.2433 0.5338 0.2229 1 1 0.2446 0.5304 0.2251
chr7 26152597 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 375 119 256 103 1 12 0 3 0 0 256 0 0 0.8655 0.0000 0.0000 8.917 0.48 3.33 -2.86 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0929 0.9071 0.0000 0 0 0.6368 0.3632 0.0000 0 0 0.7987 0.2013 0.0000
chr7 26183722 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 204 89 115 56 0 2 0 31 0 0 115 0 0 0.6292 0.0000 0.0000 43.500 0.73 3.58 -2.85 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5778 0.3734 0.0488 1 0 0.5665 0.3809 0.0526 1 0 0.5513 0.3907 0.0580
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 154 72 82 47 4 1 3 17 0 0 82 0 0 0.6528 0.0000 0.0000 67.000 0.26 1.24 -0.98 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6536 0.3144 0.0320 1 0 0.6404 0.3244 0.0352 1 0 0.6220 0.3381 0.0398
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 567 146 421 78 0 5 0 63 0 0 421 0 0 0.5342 0.0000 0.0000 28.200 0.40 1.13 -0.73 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4239 0.4798 0.0962 1 1 0.4184 0.4810 0.1006 1 1 0.4110 0.4826 0.1065
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 223 61 162 27 0 4 0 30 0 0 162 0 0 0.4426 0.0000 0.0000 14.250 0.07 3.37 -3.29 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2069 0.5147 0.2784 1 1 0.2088 0.5136 0.2777 1 1 0.2112 0.5122 0.2767
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 266 89 177 51 1 3 0 34 0 0 176 0 1 0.5730 0.0000 0.0056 28.667 0.24 3.35 -3.12 19 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4653 0.4476 0.0871 1 0 0.4576 0.4511 0.0913 1 1 0.4473 0.4555 0.0972
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 181 51 130 0 2 24 0 25 0 0 129 0 1 0.0000 0.0000 0.0077 1.174 4.72 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6576 0.3424 2 1 0.0000 0.5587 0.4413 2 2 0.0000 0.4959 0.5041
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 181 51 130 0 23 3 0 25 0 0 129 0 1 0.0000 0.0000 0.0077 9.000 4.72 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1259 0.4717 0.4023 1 1 0.1291 0.4757 0.3952 1 1 0.1313 0.4840 0.3847
chr7 73865132 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 559 153 406 80 0 4 3 66 0 0 406 0 0 0.5229 0.0000 0.0000 37.250 0.34 2.21 -1.87 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3693 0.5088 0.1219 1 1 0.3660 0.5080 0.1260 1 1 0.3613 0.5070 0.1316
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 391 144 247 138 0 0 0 6 0 0 247 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 144.000 1.39 2.00 -0.61 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3544 0.6456 0.0000 0 0 0.7464 0.2536 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 921 214 707 0 0 10 1 203 0 0 699 0 8 0.0000 0.0000 0.0113 20.400 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0062 0.9938
chr7 83155155 AGCCAGGCTGTTGAGGTGGGGGCTTTGCTGG A 0.500000 0.050 1 -30 1 875 229 646 168 7 51 0 3 1 0 644 0 1 0.7336 0.0015 0.0031 3.451 1.79 12.33 -10.54 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1208 0.8792 0.0000 0 0 0.8431 0.1569 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 672 189 483 163 2 17 0 7 0 0 483 0 0 0.8624 0.0000 0.0000 10.059 0.67 5.29 -4.61 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3525 0.6475 0.0000 0 0 0.7943 0.2057 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 266 101 165 53 0 1 0 47 0 0 160 0 5 0.5248 0.0000 0.0303 100.000 0.17 3.19 -3.02 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2456 0.5317 0.2226 1 1 0.2464 0.5293 0.2242 1 1 0.2474 0.5263 0.2262
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 182 73 109 33 0 0 0 40 0 0 109 0 0 0.4521 0.0000 0.0000 73.000 0.48 1.40 -0.92 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.5076 0.3281 1 1 0.1674 0.5070 0.3256 1 1 0.1715 0.5063 0.3222
chr7 100114245 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 588 141 447 132 1 5 0 3 0 0 447 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 27.200 0.33 1.00 -0.67 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1831 0.8169 0.0000 0 0 0.7831 0.2169 0.0000 0 0 0.8884 0.1116 0.0000
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 509 146 363 62 1 12 0 71 0 0 360 0 3 0.4247 0.0000 0.0083 11.167 0.48 3.11 -2.63 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1241 0.5063 0.3696 1 1 0.1282 0.5057 0.3661 1 1 0.1337 0.5050 0.3613
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 202 79 123 60 0 0 0 19 0 0 120 0 3 0.7595 0.0000 0.0244 79.000 0.65 17.00 -16.35 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7347 0.2482 0.0171 1 0 0.7208 0.2598 0.0194 1 0 0.7012 0.2759 0.0229
chr7 102201853 G GGGCAGCGGT 0.500000 0.050 1 9 2 760 179 581 98 0 17 1 63 0 0 570 0 11 0.5475 0.0000 0.0189 9.471 0.29 8.02 -7.73 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5305 0.4160 0.0535 1 0 0.5217 0.4209 0.0575 1 0 0.5097 0.4272 0.0631
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 705 194 511 96 0 7 0 91 0 0 510 1 0 0.4948 0.0000 0.0020 26.714 0.50 3.46 -2.96 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2678 0.5523 0.1799 1 1 0.2684 0.5484 0.1832 1 1 0.2692 0.5434 0.1874
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 395 120 275 2 0 39 1 78 0 0 267 0 8 0.0167 0.0000 0.0291 2.189 0.50 5.69 -5.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7461 0.2539 2 2 0.0000 0.3112 0.6888 2 2 0.0000 0.2097 0.7903
chr7 120970792 AAAC A 0.500000 0.050 1 -3 1 160 60 100 36 0 1 0 23 0 0 99 0 1 0.6000 0.0000 0.0100 59.000 0.28 3.13 -2.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4009 0.4767 0.1224 1 1 0.3954 0.4783 0.1263 1 1 0.3880 0.4804 0.1317
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 800 190 610 167 1 13 0 9 0 0 610 0 0 0.8789 0.0000 0.0000 13.615 1.15 3.78 -2.63 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1340 0.8660 0.0000 0 0 0.6644 0.3356 0.0000
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 819 243 576 199 3 23 0 18 0 0 576 0 0 0.8189 0.0000 0.0000 9.565 0.55 3.50 -2.95 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.1362 0.8638 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 720 228 492 128 0 34 0 66 0 0 492 0 0 0.5614 0.0000 0.0000 5.706 0.28 17.88 -17.60 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8925 0.1055 0.0019 1 0 0.8823 0.1153 0.0024 1 0 0.8673 0.1294 0.0033
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 429 215 214 100 1 20 0 94 3 0 207 0 4 0.4651 0.0140 0.0327 9.750 6.72 5.11 1.61 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2887 0.5509 0.1604 1 1 0.2888 0.5470 0.1642 1 1 0.2887 0.5422 0.1691
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 429 223 206 110 0 14 1 98 0 0 202 0 4 0.4933 0.0000 0.0194 14.857 4.45 6.86 -2.40 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3032 0.5490 0.1478 1 1 0.3029 0.5453 0.1518 1 1 0.3023 0.5406 0.1571
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 254 82 172 2 0 1 0 79 0 0 169 0 3 0.0244 0.0000 0.0174 81.000 0.00 3.27 -3.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7687 0.2313 2 2 0.0000 0.3348 0.6652 2 2 0.0000 0.2275 0.7725
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 175 87 88 57 0 28 0 2 0 0 88 0 0 0.6552 0.0000 0.0000 2.107 1.07 9.50 -8.43 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1390 0.8610 0.0000 0 0 0.5192 0.4808 0.0000 0 0 0.6524 0.3476 0.0000
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 1000 272 728 119 98 47 0 8 0 1 727 0 0 0.4375 0.0000 0.0014 4.787 0.37 3.25 -2.88 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5090 0.4910 0.0000 0 0 0.9050 0.0950 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1003 273 730 125 2 44 1 101 0 0 728 0 2 0.4579 0.0000 0.0027 5.182 0.46 3.50 -3.05 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5082 0.4381 0.0538 1 0 0.5009 0.4413 0.0578 1 0 0.4908 0.4457 0.0634
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 710 178 532 1 0 6 0 171 0 0 531 1 0 0.0056 0.0000 0.0019 28.667 0.00 1.36 -1.36 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0624 0.9376 2 2 0.0000 0.0272 0.9728 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 670 150 520 77 0 1 0 72 0 0 520 0 0 0.5133 0.0000 0.0000 149.000 0.97 3.18 -2.21 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2870 0.5379 0.1751 1 1 0.2867 0.5350 0.1782 1 1 0.2862 0.5314 0.1824
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 798 192 606 5 1 6 0 180 0 0 599 0 7 0.0260 0.0000 0.0116 31.000 0.00 4.19 -4.19 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9868 0.0132 2 2 0.0000 0.3145 0.6855 2 2 0.0000 0.0898 0.9102
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 880 258 622 222 0 3 0 33 0 0 605 2 15 0.8605 0.0000 0.0273 85.000 0.24 14.73 -14.48 138 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6146 0.3854 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 149779543 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 508 120 388 63 0 1 0 56 1 0 386 0 1 0.5250 0.0026 0.0052 119.000 0.52 1.62 -1.10 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3184 0.5223 0.1594 1 1 0.3167 0.5206 0.1628 1 1 0.3143 0.5184 0.1673
chr7 149791914 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 931 240 691 117 1 8 1 113 0 0 691 0 0 0.4875 0.0000 0.0000 29.000 0.26 1.32 -1.05 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.5652 0.1736 1 1 0.2625 0.5603 0.1772 1 1 0.2639 0.5542 0.1819
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 207 57 150 0 0 7 0 50 0 0 146 0 4 0.0000 0.0000 0.0267 7.143 4.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2044 0.7956 2 2 0.0000 0.2089 0.7911 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 733 202 531 11 0 3 1 187 0 0 528 0 3 0.0545 0.0000 0.0056 66.333 0.55 1.44 -0.90 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9320 0.0680 2 2 0.0000 0.3783 0.6217
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 750 218 532 113 0 13 0 92 0 0 524 0 8 0.5183 0.0000 0.0150 15.769 0.57 11.10 -10.53 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3787 0.5166 0.1047 1 1 0.3757 0.5152 0.1092 1 1 0.3714 0.5134 0.1152
chr7 151066528 AGGAGGC A 0.500000 0.050 1 -6 2 443 139 304 80 1 8 2 48 0 0 302 0 2 0.5755 0.0000 0.0066 16.250 0.31 5.85 -5.54 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6219 0.3437 0.0344 1 0 0.6101 0.3522 0.0377 1 0 0.5941 0.3634 0.0425
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 403 99 304 0 0 2 16 81 0 1 285 5 13 0.0000 0.0000 0.0625 97.000 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0629 0.9371 2 2 0.0000 0.0644 0.9356 2 2 0.0000 0.0673 0.9327
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 403 97 306 0 0 3 14 80 0 1 284 8 13 0.0000 0.0000 0.0719 90.000 7.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0563 0.9437 2 2 0.0000 0.0590 0.9410 2 2 0.0000 0.0631 0.9369
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 404 95 309 0 0 9 5 81 0 1 250 23 35 0.0000 0.0000 0.1909 10.625 7.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0311 0.9689 2 2 0.0000 0.0327 0.9673 2 2 0.0000 0.0352 0.9648
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 409 146 263 139 1 3 0 3 0 0 263 0 0 0.9521 0.0000 0.0000 47.667 0.24 1.00 -0.76 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2037 0.7963 0.0000 0 0 0.8101 0.1899 0.0000 0 0 0.9039 0.0961 0.0000
chr7 154968830 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 1456 336 1120 192 4 37 1 102 1 0 1115 1 3 0.5714 0.0009 0.0045 8.054 0.42 3.50 -3.08 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9668 0.0330 0.0001 1 0 0.9619 0.0379 0.0002 1 0 0.9542 0.0455 0.0003
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 425 103 322 50 0 3 0 50 0 0 321 0 1 0.4854 0.0000 0.0031 33.333 0.24 3.16 -2.92 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5305 0.2463 1 1 0.2247 0.5282 0.2471 1 1 0.2267 0.5253 0.2480
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 756 175 581 4 0 23 1 147 1 0 571 1 8 0.0229 0.0017 0.0172 6.609 0.00 5.84 -5.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9824 0.0176 2 2 0.0000 0.3305 0.6695 2 2 0.0000 0.1114 0.8886
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1068 294 774 153 2 8 36 95 0 0 764 3 7 0.5204 0.0000 0.0129 42.833 1.91 5.72 -3.81 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6248 0.3682 0.0071 1 0 0.6220 0.3704 0.0076 1 0 0.6181 0.3736 0.0083
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 635 264 371 0 0 41 0 223 0 0 371 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.439 5.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 341 109 232 0 0 1 0 108 0 0 229 0 3 0.0000 0.0000 0.0129 108.000 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1972 0.8028 2 2 0.0000 0.2062 0.7938 2 2 0.0000 0.2190 0.7810
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 273 114 159 60 0 1 0 53 0 0 158 1 0 0.5263 0.0000 0.0063 113.000 0.50 2.96 -2.46 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4053 0.4960 0.0987 1 1 0.4040 0.4952 0.1008 1 1 0.4022 0.4943 0.1035
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 204 67 137 39 0 0 0 28 0 0 137 0 0 0.5821 0.0000 0.0000 67.000 0.79 2.50 -1.71 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3850 0.4852 0.1298 1 1 0.3802 0.4862 0.1336 1 1 0.3737 0.4875 0.1388
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 380 122 258 114 1 5 0 2 0 0 258 0 0 0.9344 0.0000 0.0000 23.400 0.90 7.50 -6.60 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4082 0.5918 0.0000 0 0 0.8176 0.1824 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 97 45 52 25 0 2 0 18 0 0 51 0 1 0.5556 0.0000 0.0192 21.500 0.16 3.44 -3.28 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3204 0.5026 0.1770 1 1 0.3179 0.5024 0.1797 1 1 0.3146 0.5021 0.1833
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 323 88 235 46 1 2 0 39 0 0 235 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 42.500 0.67 2.18 -1.51 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3364 0.5080 0.1556 1 1 0.3336 0.5074 0.1590 1 1 0.3299 0.5066 0.1635
chr8 120811814 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 3 499 153 346 119 5 25 0 4 0 0 346 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 5.120 0.50 3.25 -2.75 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0321 0.9679 0.0000 0 0 0.5955 0.4045 0.0000 0 0 0.8155 0.1845 0.0000
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 349 106 243 1 0 12 56 37 0 0 242 1 0 0.0094 0.0000 0.0041 7.750 0.00 5.57 -5.57 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3310 0.6690 2 2 0.0000 0.1652 0.8348 2 2 0.0000 0.1357 0.8643
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 349 106 243 36 4 22 0 44 0 0 242 0 1 0.3396 0.0000 0.0041 4.200 3.72 5.91 -2.19 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1855 0.5193 0.2952 1 1 0.1881 0.5179 0.2940 1 1 0.1915 0.5160 0.2924
chr8 123369924 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 349 112 237 9 27 11 13 52 0 0 237 0 0 0.0804 0.0000 0.0000 13.429 0.67 4.27 -3.60 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0400 0.3501 0.6099 1 2 0.0436 0.3585 0.5979 1 2 0.0487 0.3697 0.5816
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 211 95 116 1 0 0 0 94 0 0 114 0 2 0.0105 0.0000 0.0172 95.000 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3136 0.6864 2 2 0.0000 0.1545 0.8455 2 2 0.0000 0.1268 0.8732
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 324 136 188 76 0 3 0 57 0 0 188 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 44.333 1.08 3.70 -2.62 0 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4825 0.4438 0.0737 1 0 0.4748 0.4472 0.0780 1 0 0.4644 0.4517 0.0839
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 514 143 371 50 0 23 4 66 0 0 367 1 3 0.3497 0.0000 0.0108 5.217 1.82 5.39 -3.57 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0517 0.3940 0.5543 1 2 0.0556 0.4002 0.5441 1 2 0.0612 0.4084 0.5304
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 451 108 343 59 0 3 0 46 0 0 342 0 1 0.5463 0.0000 0.0029 35.000 3.07 3.54 -0.48 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3901 0.4907 0.1191 1 1 0.3855 0.4913 0.1232 1 1 0.3792 0.4920 0.1287
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 352 99 253 0 0 20 1 78 0 2 244 0 7 0.0000 0.0000 0.0356 3.950 7.44 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4860 0.5140 2 2 0.0000 0.2588 0.7412 2 2 0.0000 0.1950 0.8050
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 352 99 253 0 1 19 1 78 1 0 244 1 7 0.0000 0.0040 0.0356 4.211 7.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7158 0.2842 2 2 0.0000 0.3040 0.6960 2 2 0.0000 0.2068 0.7932
chr9 15459864 TAAGAATAGCTACACTCACAAA T 0.500000 0.050 1 -21 2 204 83 121 77 0 1 0 5 0 0 121 0 0 0.9277 0.0000 0.0000 82.000 0.18 8.80 -8.62 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.1917 0.8083 0.0000 0 1 0.4971 0.5029 0.0000
chr9 20414345 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 1 696 193 503 68 9 50 6 60 0 0 503 0 0 0.3523 0.0000 0.0000 2.840 0.90 2.75 -1.85 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3637 0.5099 0.1264 1 1 0.3605 0.5090 0.1305 1 1 0.3560 0.5080 0.1360
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 627 144 483 58 1 26 1 58 0 0 479 0 4 0.4028 0.0000 0.0083 4.500 0.48 7.91 -7.43 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1923 0.5332 0.2746 1 1 0.1948 0.5307 0.2745 1 1 0.1982 0.5275 0.2743
chr9 25678220 C CCGGCCGGAGCGGCCTGGCCCT 0.500000 0.050 1 21 3 581 120 461 47 0 37 1 35 0 1 445 0 15 0.3917 0.0000 0.0347 2.216 0.66 13.26 -12.60 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2016 0.5272 0.2712 1 1 0.2038 0.5252 0.2710 1 1 0.2066 0.5226 0.2707
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 320 85 235 44 0 2 0 39 0 0 235 0 0 0.5176 0.0000 0.0000 41.500 0.23 1.62 -1.39 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2995 0.5178 0.1827 1 1 0.2982 0.5164 0.1854 1 1 0.2964 0.5147 0.1889
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 445 139 306 101 0 36 0 2 0 0 306 0 0 0.7266 0.0000 0.0000 2.861 0.41 10.50 -10.09 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3277 0.6723 0.0000 0 0 0.7606 0.2394 0.0000 0 0 0.8426 0.1574 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 804 194 610 0 0 42 1 151 0 0 584 0 26 0.0000 0.0000 0.0426 3.595 11.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0139 0.9861
chr9 37441270 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 769 169 600 163 2 1 0 3 0 0 599 1 0 0.9645 0.0000 0.0017 168.000 0.40 3.00 -2.60 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1001 0.8999 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000 0 0 0.9226 0.0774 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 696 135 561 96 0 1 0 38 0 0 561 0 0 0.7111 0.0000 0.0000 134.000 1.70 1.18 0.51 90 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8794 0.1178 0.0028 1 0 0.8682 0.1283 0.0035 1 0 0.8521 0.1433 0.0046
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 459 140 319 132 0 2 0 6 0 0 319 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 69.000 0.39 13.00 -12.61 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3204 0.6796 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000
chr9 76706391 GTCCTGACACTGC G 0.500000 0.050 1 -12 1 761 170 591 91 1 2 0 76 0 0 586 0 5 0.5353 0.0000 0.0085 84.000 0.49 10.82 -10.32 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3608 0.5176 0.1216 1 1 0.3580 0.5161 0.1258 1 1 0.3541 0.5144 0.1315
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 736 165 571 142 1 14 0 8 0 0 570 0 1 0.8606 0.0000 0.0018 10.786 0.52 10.00 -9.48 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0768 0.9232 0.0000 0 0 0.5201 0.4799 0.0000
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 520 163 357 126 3 27 0 7 0 0 357 0 0 0.7730 0.0000 0.0000 5.037 0.30 3.43 -3.13 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1836 0.8164 0.0000 0 0 0.6204 0.3796 0.0000
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 352 98 254 61 11 21 0 5 0 0 253 0 1 0.6224 0.0000 0.0039 3.667 0.26 3.00 -2.74 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0972 0.9028 0.0000 0 1 0.3771 0.6229 0.0000
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 473 116 357 50 0 16 0 50 0 0 357 0 0 0.4310 0.0000 0.0000 6.250 0.30 7.14 -6.84 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2347 0.5305 0.2347 1 1 0.2359 0.5282 0.2359 1 1 0.2373 0.5253 0.2373
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 485 175 310 0 0 1 1 173 0 0 310 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 174.000 10.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 595 172 423 7 0 2 3 160 0 0 421 0 2 0.0407 0.0000 0.0047 84.500 0.29 3.33 -3.04 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.6476 0.3524 2 2 0.0000 0.2057 0.7943
chr9 96383603 C CCCTCGG 0.500000 0.050 1 6 1 185 79 106 65 0 11 0 3 0 0 105 0 1 0.8228 0.0000 0.0094 6.182 0.48 6.00 -5.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.2557 0.7443 0.0000 0 0 0.5179 0.4821 0.0000
chr9 96932301 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 753 208 545 76 0 8 3 121 0 0 535 5 5 0.3654 0.0000 0.0183 24.875 0.13 2.80 -2.67 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0029 0.1289 0.8683 1 2 0.0035 0.1393 0.8572 1 2 0.0046 0.1542 0.8412
chr9 96932306 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 748 199 549 74 0 1 2 122 0 0 538 5 6 0.3719 0.0000 0.0200 198.000 0.14 2.80 -2.66 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0021 0.1124 0.8855 1 2 0.0027 0.1223 0.8750 1 2 0.0036 0.1367 0.8598
chr9 96936443 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 253 90 163 6 0 5 0 79 0 0 159 0 4 0.0667 0.0000 0.0245 17.000 0.33 3.10 -2.77 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8764 0.1236 2 1 0.0000 0.5596 0.4404
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 441 117 324 2 0 18 2 95 0 0 323 0 1 0.0171 0.0000 0.0031 5.500 0.00 5.38 -5.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6890 0.3110 2 2 0.0000 0.2526 0.7474 2 2 0.0000 0.1667 0.8333
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 932 140 792 0 2 30 3 105 0 1 781 1 9 0.0000 0.0000 0.0139 3.690 6.21 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0920 0.9080 2 2 0.0000 0.0857 0.9143 2 2 0.0000 0.0830 0.9170
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 537 126 411 4 0 0 0 122 0 0 411 0 0 0.0317 0.0000 0.0000 126.000 1.00 2.58 -1.58 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 2 0.0000 0.4159 0.5841 2 2 0.0000 0.1917 0.8083
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 470 97 373 15 0 0 0 82 0 0 373 0 0 0.1546 0.0000 0.0000 97.000 0.87 4.72 -3.85 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9736 0.0264
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 473 106 367 5 0 5 5 91 0 0 362 1 4 0.0472 0.0000 0.0136 33.333 1.00 3.27 -2.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 1 0.0000 0.7152 0.2848 2 2 0.0000 0.3785 0.6215
chr9 104695275 G GTGAA 0.500000 0.050 1 4 2 547 127 420 84 0 1 0 42 0 0 414 0 6 0.6614 0.0000 0.0143 126.000 1.17 4.64 -3.48 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7019 0.2782 0.0200 1 0 0.6887 0.2888 0.0225 1 0 0.6707 0.3031 0.0262
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 306 127 179 0 0 1 0 126 0 0 174 0 5 0.0000 0.0000 0.0279 126.000 4.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0380 0.9620 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 897 206 691 3 0 46 1 156 0 1 681 0 9 0.0146 0.0000 0.0145 3.478 1.00 3.74 -2.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7628 0.2372 2 2 0.0000 0.1458 0.8542 2 2 0.0000 0.0669 0.9331
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 533 133 400 0 1 18 1 113 0 0 398 0 2 0.0000 0.0000 0.0050 6.389 6.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1527 0.8473 2 2 0.0000 0.0936 0.9064 2 2 0.0000 0.0805 0.9195
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 631 160 471 81 0 10 3 66 0 0 470 0 1 0.5062 0.0000 0.0021 15.000 0.64 1.52 -0.87 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3705 0.5086 0.1209 1 1 0.3671 0.5078 0.1251 1 1 0.3624 0.5069 0.1307
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 595 216 379 87 0 27 11 91 0 0 377 0 2 0.4028 0.0000 0.0053 7.000 0.34 3.51 -3.16 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0825 0.4798 0.4377 1 1 0.0869 0.4808 0.4323 1 1 0.0929 0.4822 0.4249
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 597 221 376 91 7 106 6 11 0 0 376 0 0 0.4118 0.0000 0.0000 1.049 0.33 7.00 -6.67 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0562 0.9438 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 536 161 375 0 0 4 1 156 0 0 371 0 4 0.0000 0.0000 0.0107 39.250 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 247 74 173 34 0 10 0 30 0 0 171 0 2 0.4595 0.0000 0.0116 6.400 0.18 7.60 -7.42 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2642 0.5189 0.2168 1 1 0.2641 0.5175 0.2184 1 1 0.2639 0.5157 0.2204
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 466 143 323 56 5 41 1 40 1 1 320 0 1 0.3916 0.0031 0.0093 2.463 0.88 3.75 -2.88 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5204 0.4154 0.0642 1 0 0.5110 0.4206 0.0683 1 0 0.4985 0.4274 0.0741
chr9 133071612 ACCCCCACGGGTGACTCCGAGACCGCCCCCGTGCCGCCCACGGGTGACTCCGGGGCCCCCCCTGTGC A 0.500000 0.050 1 -66 1 123 52 71 34 0 6 0 12 0 0 71 0 0 0.6538 0.0000 0.0000 9.200 1.44 2.67 -1.23 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5511 0.3879 0.0610 1 0 0.5397 0.3952 0.0650 1 0 0.5111 0.4201 0.0687
chr9 133255669 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 460 101 359 94 0 1 0 6 0 0 359 0 0 0.9307 0.0000 0.0000 100.000 1.48 1.00 0.48 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1572 0.8428 0.0000 0 0 0.5067 0.4933 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 288 126 162 118 1 1 0 6 0 0 162 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 125.000 1.99 1.67 0.32 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2555 0.7445 0.0000 0 0 0.6511 0.3489 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 288 126 162 118 1 1 0 6 0 0 162 0 0 0.9365 0.0000 0.0000 125.000 1.99 1.67 0.32 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2555 0.7445 0.0000 0 0 0.6511 0.3489 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 238 86 152 47 0 1 0 38 0 0 151 0 1 0.5465 0.0000 0.0066 85.000 0.43 2.37 -1.94 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3391 0.5072 0.1537 1 1 0.3362 0.5066 0.1572 1 1 0.3324 0.5059 0.1617
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.050 1 19 3 440 122 318 95 0 23 0 4 0 0 318 0 0 0.7787 0.0000 0.0000 4.304 0.53 0.00 0.53 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 1 0.4158 0.5842 0.0000 0 0 0.6857 0.3143 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 494 142 352 61 1 14 4 62 0 0 343 0 9 0.4296 0.0000 0.0256 9.071 1.48 13.15 -11.67 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1110 0.4945 0.3945 1 1 0.1152 0.4947 0.3901 1 1 0.1210 0.4950 0.3840
chr10 3166375 T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 0.004839 0.050 1 25 1 204 57 147 32 0 4 0 21 0 0 145 0 2 0.5614 0.0000 0.0136 13.250 0.16 11.81 -11.65 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5915 0.4074 0.0012 1 0 0.5885 0.4103 0.0012 1 0 0.5846 0.4142 0.0013
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 882 209 673 111 0 8 0 90 0 0 670 0 3 0.5311 0.0000 0.0045 25.125 0.33 8.24 -7.91 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6408 0.3540 0.0052 1 0 0.6370 0.3574 0.0056 1 0 0.6318 0.3622 0.0061
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.050 1 -1 3 78 35 43 32 0 0 0 3 0 0 43 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 35.000 0.16 1.00 -0.84 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8839 0.1161 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 257 121 136 117 1 0 0 3 0 0 136 0 0 0.9669 0.0000 0.0000 120.000 0.21 4.00 -3.79 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3828 0.6172 0.0000 0 0 0.9135 0.0865 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 902 205 697 0 0 26 0 179 0 0 682 0 15 0.0000 0.0000 0.0215 6.885 5.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 708 141 567 0 0 2 1 138 0 0 565 0 2 0.0000 0.0000 0.0035 69.500 3.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0759 0.9241 2 2 0.0000 0.0810 0.9190 2 2 0.0000 0.0886 0.9114
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 247 109 138 103 0 1 0 5 0 0 138 0 0 0.9450 0.0000 0.0000 108.000 0.31 2.00 -1.69 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2444 0.7556 0.0000 0 0 0.9745 0.0255 0.0000 0 0 0.9936 0.0064 0.0000
chr10 45303617 T TA 0.034347 0.050 1 1 2 668 126 542 73 0 2 0 51 0 0 542 0 0 0.5794 0.0000 0.0000 62.000 0.37 1.14 -0.77 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7091 0.2880 0.0029 1 0 0.7027 0.2942 0.0031 1 0 0.6940 0.3026 0.0034
chr10 49614241 AAG A 0.000146 0.050 1 -2 2 311 91 220 50 0 4 0 37 0 0 220 0 0 0.5495 0.0000 0.0000 21.750 1.54 3.38 -1.84 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6309 0.3690 0.0000 1 0 0.6270 0.3729 0.0000 1 0 0.6218 0.3782 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 637 158 479 146 0 5 0 7 0 0 479 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 30.600 0.29 3.43 -3.13 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1138 0.8862 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr10 56358652 T TGCCTCA 0.001075 0.050 1 6 1 595 174 421 141 0 29 0 4 0 0 421 0 0 0.8103 0.0000 0.0000 5.000 0.25 6.00 -5.75 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9792 0.0208 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 118 47 71 26 0 2 0 19 0 0 71 0 0 0.5532 0.0000 0.0000 22.500 0.50 7.42 -6.92 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5070 0.4473 0.0458 1 0 0.5043 0.4490 0.0467 1 0 0.5007 0.4513 0.0481
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 443 100 343 0 0 21 1 78 0 0 343 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.762 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4148 0.5852 2 2 0.0000 0.4244 0.5756 2 2 0.0000 0.4378 0.5622
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 511 220 291 184 3 28 0 5 0 0 291 0 0 0.8364 0.0000 0.0000 6.786 0.42 5.60 -5.18 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7943 0.2057 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 775 152 623 83 0 6 0 63 0 0 620 0 3 0.5461 0.0000 0.0048 24.333 0.42 6.03 -5.61 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5684 0.3952 0.0363 1 0 0.5629 0.3987 0.0384 1 0 0.5553 0.4035 0.0412
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 491 143 348 134 0 0 0 9 0 0 348 0 0 0.9371 0.0000 0.0000 143.000 0.24 3.44 -3.21 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.8060 0.1940 0.0000 0 0 0.9820 0.0180 0.0000
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 522 158 364 67 0 22 0 69 0 0 343 0 21 0.4241 0.0000 0.0577 6.182 1.00 12.52 -11.52 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2007 0.7695 0.0299 1 1 0.2103 0.7609 0.0287 1 1 0.2235 0.7494 0.0272
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 358 127 231 63 0 5 0 59 0 0 231 0 0 0.4961 0.0000 0.0000 24.400 0.73 2.69 -1.96 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4110 0.5072 0.0818 1 1 0.4112 0.5056 0.0831 1 1 0.4114 0.5038 0.0848
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 177 69 108 6 0 0 32 31 0 0 108 0 0 0.0870 0.0000 0.0000 69.000 0.83 3.23 -2.39 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8204 0.1796 2 2 0.0000 0.4466 0.5534
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 283 69 214 66 0 1 0 2 0 0 214 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 68.000 0.62 2.00 -1.38 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9783 0.0217 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 383 109 274 20 3 19 2 65 0 4 270 0 0 0.1835 0.0000 0.0146 4.632 1.05 2.35 -1.30 20 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0130 0.2238 0.7632 1 2 0.0149 0.2351 0.7500 1 2 0.0177 0.2506 0.7317
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 351 131 220 68 0 7 0 56 1 0 218 0 1 0.5191 0.0045 0.0091 17.714 0.29 1.30 -1.01 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3855 0.4968 0.1177 1 1 0.3812 0.4969 0.1218 1 1 0.3755 0.4971 0.1274
chr10 132330314 GAA G 0.000450 0.050 1 -2 1 342 99 243 91 0 3 0 5 0 0 243 0 0 0.9192 0.0000 0.0000 32.000 0.24 2.00 -1.76 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8633 0.1367 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr10 132785411 GCTT G 0.000266 0.050 1 -3 1 595 153 442 77 0 8 0 68 0 0 440 1 1 0.5033 0.0000 0.0045 18.125 1.23 3.53 -2.30 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5442 0.4557 0.0001 1 0 0.5442 0.4558 0.0001 1 0 0.5439 0.4560 0.0001
chr10 132785751 C CCGG 0.000004 0.050 1 3 3 425 91 334 46 0 9 0 36 0 0 332 0 2 0.5055 0.0000 0.0060 9.111 1.20 3.97 -2.78 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5727 0.4273 0.0000 1 0 0.5709 0.4291 0.0000 1 0 0.5683 0.4317 0.0000
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 607 131 476 120 1 4 0 6 0 0 475 0 1 0.9160 0.0000 0.0021 31.750 0.37 3.33 -2.97 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2612 0.7388 0.0000 0 0 0.7212 0.2788 0.0000
chr11 281784 GAGA G 0.001770 0.050 1 -3 2 541 155 386 145 0 7 0 3 0 0 386 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 21.143 0.42 3.00 -2.58 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9939 0.0061 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 762 188 574 95 0 22 0 71 0 0 570 0 4 0.5053 0.0000 0.0070 7.545 0.73 11.48 -10.75 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6717 0.3235 0.0048 1 0 0.6665 0.3283 0.0052 1 0 0.6595 0.3349 0.0056
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.050 1 -1 1 419 137 282 9 0 7 2 119 0 0 281 0 1 0.0657 0.0000 0.0035 18.429 0.44 2.16 -1.72 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.9585 0.0415
chr11 1188258 GACCAGCACAACCTCTGCTCCTACA G 0.001194 0.050 1 -24 1 2604 643 1961 522 10 100 0 11 4 4 1952 1 0 0.8118 0.0020 0.0046 5.390 0.72 17.00 -16.28 90 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8917 0.1083 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 2161 476 1685 341 5 118 0 12 2 2 1680 1 0 0.7164 0.0012 0.0030 3.008 1.57 14.83 -13.27 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9065 0.0935 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.050 1 -3 2 2022 409 1613 198 5 35 0 171 2 3 1583 3 22 0.4841 0.0012 0.0186 11.000 1.60 4.53 -2.94 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5035 0.4843 0.0122 1 0 0.5065 0.4806 0.0129 1 0 0.5099 0.4762 0.0138
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1076 242 834 150 1 81 1 9 0 0 834 0 0 0.6198 0.0000 0.0000 1.975 1.01 10.11 -9.10 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 1 0.4350 0.5650 0.0000
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1168 242 926 9 0 78 4 151 0 0 874 0 52 0.0372 0.0000 0.0562 2.090 2.33 12.92 -10.59 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9620 0.0380 2 1 0.0000 0.6712 0.3288
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 370 108 262 0 0 1 2 105 0 0 259 0 3 0.0000 0.0000 0.0115 106.000 3.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0593 0.9407 2 2 0.0000 0.0624 0.9376 2 2 0.0000 0.0670 0.9330
chr11 4450136 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 639 161 478 87 0 3 0 71 0 0 478 0 0 0.5404 0.0000 0.0000 52.667 0.31 1.62 -1.31 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4338 0.4771 0.0892 1 1 0.4281 0.4784 0.0935 1 1 0.4204 0.4801 0.0995
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 280 123 157 72 0 2 2 47 0 0 157 0 0 0.5854 0.0000 0.0000 59.500 0.08 2.34 -2.26 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5531 0.3944 0.0525 1 0 0.5429 0.4007 0.0564 1 0 0.5292 0.4089 0.0620
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 280 122 158 72 0 45 3 2 0 0 158 0 0 0.5902 0.0000 0.0000 25.667 0.08 2.00 -1.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.0515 0.9485 0.0000 0 1 0.1678 0.8322 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 682 174 508 106 0 2 0 66 0 1 506 0 1 0.6092 0.0000 0.0039 172.000 0.22 3.91 -3.69 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7310 0.2545 0.0145 1 0 0.7181 0.2653 0.0165 1 0 0.7003 0.2800 0.0197
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 547 114 433 65 0 4 0 45 0 0 432 0 1 0.5702 0.0000 0.0023 27.500 0.32 1.27 -0.94 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4882 0.4372 0.0746 1 0 0.4800 0.4411 0.0789 1 0 0.4690 0.4462 0.0848
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 545 140 405 66 0 6 0 68 0 0 405 0 0 0.4714 0.0000 0.0000 22.333 1.27 2.18 -0.90 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2075 0.5396 0.2529 1 1 0.2097 0.5366 0.2536 1 1 0.2126 0.5329 0.2545
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 666 160 506 77 1 3 0 79 0 0 496 0 10 0.4813 0.0000 0.0198 52.333 0.22 5.89 -5.67 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1220 0.5157 0.3623 1 1 0.1262 0.5144 0.3594 1 1 0.1319 0.5128 0.3553
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 486 119 367 52 0 9 0 58 0 0 367 0 0 0.4370 0.0000 0.0000 12.222 0.71 1.55 -0.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1699 0.5227 0.3074 1 1 0.1730 0.5210 0.3060 1 1 0.1771 0.5188 0.3040
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 815 220 595 96 1 14 1 108 0 0 593 0 2 0.4364 0.0000 0.0034 14.643 0.92 4.19 -3.28 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0971 0.5059 0.3970 1 1 0.1015 0.5052 0.3933 1 1 0.1076 0.5044 0.3880
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 472 140 332 6 0 1 0 133 0 0 332 0 0 0.0429 0.0000 0.0000 139.000 0.00 1.36 -1.36 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.6733 0.3267 2 2 0.0000 0.2769 0.7231
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 797 228 569 116 3 38 0 71 0 0 558 0 11 0.5088 0.0000 0.0193 5.108 4.58 13.97 -9.39 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6907 0.2906 0.0187 1 0 0.6785 0.3004 0.0211 1 0 0.6616 0.3136 0.0247
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 794 147 647 0 1 24 0 122 0 0 630 0 17 0.0000 0.0000 0.0263 5.125 8.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0439 0.9561 2 2 0.0000 0.0421 0.9579 2 2 0.0000 0.0426 0.9574
chr11 6891690 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 650 169 481 160 0 4 0 5 0 0 481 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 41.250 0.30 2.00 -1.70 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0158 0.9842 0.0000 0 0 0.6474 0.3526 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 276 128 148 0 0 27 39 62 0 0 145 3 0 0.0000 0.0000 0.0203 3.741 3.44 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0673 0.9327 2 2 0.0000 0.0707 0.9293 2 2 0.0000 0.0756 0.9244
chr11 9091461 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 276 129 147 3 4 75 1 46 0 0 144 0 3 0.0233 0.0000 0.0204 0.667 0.33 6.93 -6.60 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9877 0.0123 2 1 0.0000 0.8093 0.1907 2 1 0.0000 0.6235 0.3765
chr11 10580532 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 96 53 43 29 0 6 0 18 0 0 43 0 0 0.5472 0.0000 0.0000 7.833 0.21 3.11 -2.90 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3896 0.4791 0.1313 1 1 0.3844 0.4806 0.1351 1 1 0.3774 0.4824 0.1402
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 659 152 507 11 2 81 1 57 1 0 493 0 13 0.0724 0.0020 0.0276 0.875 4.27 10.39 -6.11 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9587 0.0413
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 659 167 492 135 0 29 0 3 0 0 491 0 1 0.8084 0.0000 0.0020 4.759 6.78 4.00 2.78 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0418 0.9582 0.0000 0 0 0.6588 0.3412 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr11 27362901 TTCATCCACGTCTTCCTCA T 0.500000 0.050 1 -18 1 530 186 344 162 1 19 0 4 0 0 344 0 0 0.8710 0.0000 0.0000 8.789 0.46 18.50 -18.04 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0810 0.9190 0.0000 0 0 0.7939 0.2061 0.0000 0 0 0.9184 0.0816 0.0000
chr11 34632610 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 137 65 72 41 1 1 0 22 0 0 70 0 2 0.6308 0.0000 0.0278 64.000 0.44 1.14 -0.70 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4856 0.4325 0.0819 1 0 0.4769 0.4369 0.0862 1 0 0.4654 0.4426 0.0920
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 921 298 623 160 0 8 0 130 0 0 622 0 1 0.5369 0.0000 0.0016 36.250 0.16 3.41 -3.25 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5756 0.3917 0.0327 1 0 0.5671 0.3969 0.0360 1 0 0.5552 0.4041 0.0408
chr11 49059038 C CGGGTCTATG 0.500000 0.050 1 9 2 636 197 439 91 1 36 1 68 0 0 434 1 4 0.4619 0.0000 0.0114 4.472 0.51 8.07 -7.57 19 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4628 0.4607 0.0765 1 1 0.4561 0.4630 0.0808 1 1 0.4472 0.4660 0.0868
chr11 54603834 GGACCCCAGTGATGGGCTGGCAGTGATGGT G 0.500000 0.050 1 -29 5 491 112 379 61 0 5 0 46 0 1 370 0 8 0.5446 0.0000 0.0237 21.400 0.23 22.30 -22.07 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3327 0.5164 0.1509 1 1 0.3304 0.5151 0.1545 1 1 0.3272 0.5135 0.1592
chr11 56252727 T TGCTTCCTACGTTGCTG 0.500000 0.050 1 16 1 851 215 636 93 0 41 0 81 0 0 616 0 20 0.4326 0.0000 0.0314 4.244 0.13 13.37 -13.24 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1435 0.5401 0.3164 1 1 0.1475 0.5371 0.3155 1 1 0.1528 0.5332 0.3140
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 753 166 587 0 0 3 1 162 0 0 579 0 8 0.0000 0.0000 0.0136 54.333 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0163 0.9837
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 687 145 542 82 0 0 0 63 0 0 542 0 0 0.5655 0.0000 0.0000 145.000 0.28 1.14 -0.86 22 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4796 0.4472 0.0732 1 0 0.4721 0.4504 0.0774 1 0 0.4620 0.4546 0.0834
chr11 59863993 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 228 104 124 58 1 0 0 45 0 0 124 0 0 0.5577 0.0000 0.0000 104.000 0.43 1.27 -0.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4186 0.4763 0.1051 1 1 0.4128 0.4778 0.1093 1 1 0.4051 0.4798 0.1151
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 81 44 37 21 0 0 0 23 0 0 37 0 0 0.4773 0.0000 0.0000 44.000 0.19 2.00 -1.81 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2199 0.5122 0.2679 1 1 0.2212 0.5113 0.2675 1 1 0.2229 0.5101 0.2669
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.050 1 15 1 763 219 544 162 5 48 1 3 0 0 541 0 3 0.7397 0.0000 0.0055 3.542 0.45 1.00 -0.55 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.4914 0.5086 0.0000 0 0 0.8393 0.1607 0.0000
chr11 68050524 A AGGCCTG 0.500000 0.050 1 6 1 637 154 483 136 0 14 0 4 0 0 483 0 0 0.8831 0.0000 0.0000 10.000 0.36 5.00 -4.64 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 0 0.6646 0.3354 0.0000 0 0 0.8549 0.1451 0.0000
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 131 57 74 20 3 2 0 32 0 0 72 0 2 0.3509 0.0000 0.0270 27.500 1.00 4.31 -3.31 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1305 0.4821 0.3874 1 1 0.1343 0.4833 0.3823 1 1 0.1394 0.4849 0.3756
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1075 189 886 4 0 51 3 131 0 0 810 1 75 0.0212 0.0000 0.0858 2.706 0.00 5.46 -5.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7750 0.2250 2 2 0.0000 0.0753 0.9247 2 2 0.0000 0.0280 0.9720
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1357 319 1038 102 3 147 2 65 1 1 986 1 49 0.3197 0.0010 0.0501 1.156 0.78 8.34 -7.55 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1283 0.5408 0.3309 1 1 0.1326 0.5377 0.3297 1 1 0.1384 0.5338 0.3279
chr11 71548924 TTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTGCCAGTGCAGCTGCTGCAAGCCCTACTGCTCCCAGTGCAGCTGCTGTAAGCCCTGTTGCTCCTCCTCGGGTCGTGGGTCATCCTGCTGCCAATCCAGCTGCTGCAAGCCCTGCTGCTCATCC T 0.500000 0.050 1 -144 1 643 249 394 155 1 30 0 63 1 0 386 0 7 0.6225 0.0025 0.0203 7.300 0.34 3.51 -3.17 23 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9653 0.0345 0.0002 1 0 0.9601 0.0397 0.0002 1 0 0.9520 0.0477 0.0004
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 1115 327 788 208 0 70 0 49 0 0 761 0 27 0.6361 0.0000 0.0343 3.671 0.18 13.96 -13.78 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000 1 0 0.9930 0.0069 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 914 255 659 136 1 2 1 115 0 0 658 0 1 0.5333 0.0000 0.0015 126.500 0.43 2.21 -1.78 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4626 0.4725 0.0649 1 1 0.4571 0.4737 0.0692 1 1 0.4495 0.4754 0.0752
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 827 173 654 158 2 10 0 3 0 0 654 0 0 0.9133 0.0000 0.0000 16.300 0.53 2.33 -1.80 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2971 0.7029 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000 0 0 0.9382 0.0618 0.0000
chr11 73660839 A AGGTAAGTCT 0.500000 0.050 1 9 2 266 107 159 102 1 1 0 3 0 0 159 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 106.000 0.38 12.33 -11.95 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0906 0.9094 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000
chr11 73660841 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 268 102 166 99 0 0 0 3 0 0 166 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 102.000 0.39 12.33 -11.94 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0837 0.9163 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000 0 0 0.7788 0.2212 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 262 91 171 51 0 3 0 37 0 0 171 0 0 0.5604 0.0000 0.0000 29.333 0.14 13.24 -13.11 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4228 0.4713 0.1059 1 1 0.4167 0.4732 0.1101 1 1 0.4086 0.4756 0.1158
chr11 83255888 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 190 95 95 50 3 3 3 36 0 0 92 0 3 0.5263 0.0000 0.0316 29.667 0.48 1.67 -1.19 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3761 0.4945 0.1294 1 1 0.3719 0.4948 0.1333 1 1 0.3662 0.4952 0.1386
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1449 403 1046 11 4 67 6 315 0 0 1044 1 1 0.0273 0.0000 0.0019 5.123 0.91 7.45 -6.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.5703 0.4297 2 2 0.0000 0.0450 0.9550
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.050 1 6 1 212 92 120 48 0 7 0 37 0 0 119 0 1 0.5217 0.0000 0.0083 12.143 0.88 6.08 -5.21 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3659 0.4972 0.1369 1 1 0.3620 0.4973 0.1406 1 1 0.3568 0.4975 0.1457
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 849 277 572 1 0 38 3 235 0 0 571 1 0 0.0036 0.0000 0.0017 6.263 1.00 9.30 -8.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 298 122 176 59 0 4 0 59 0 0 173 0 3 0.4836 0.0000 0.0170 29.500 0.27 7.66 -7.39 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1986 0.5342 0.2672 1 1 0.2010 0.5316 0.2674 1 1 0.2042 0.5284 0.2675
chr11 118557032 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 228 83 145 44 0 7 0 32 0 0 145 0 0 0.5301 0.0000 0.0000 10.857 0.34 2.97 -2.63 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3972 0.4816 0.1212 1 1 0.3919 0.4828 0.1252 1 1 0.3850 0.4844 0.1306
chr11 124249871 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 475 128 347 121 0 3 0 4 0 0 347 0 0 0.9453 0.0000 0.0000 41.667 0.21 1.00 -0.79 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0302 0.9698 0.0000 0 0 0.5780 0.4220 0.0000 0 0 0.8045 0.1955 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 367 114 253 0 0 9 0 105 0 0 253 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.667 5.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0698 0.9302 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 238 77 161 7 1 18 0 51 0 0 161 0 0 0.0909 0.0000 0.0000 3.222 0.14 5.39 -5.25 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9724 0.0276 2 1 0.0000 0.8174 0.1826
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 74 43 31 40 0 1 0 2 0 0 31 0 0 0.9302 0.0000 0.0000 42.000 0.38 2.50 -2.12 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0959 0.9041 0.0000 0 1 0.4141 0.5859 0.0000 0 0 0.5539 0.4461 0.0000
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 376 127 249 74 0 0 0 53 0 0 248 1 0 0.5827 0.0000 0.0040 127.000 0.54 1.66 -1.12 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6025 0.3648 0.0327 1 0 0.5952 0.3700 0.0349 1 0 0.5852 0.3769 0.0379
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 586 152 434 7 1 29 5 110 0 0 430 0 4 0.0461 0.0000 0.0092 4.241 0.29 3.31 -3.02 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9341 0.0659 2 1 0.0000 0.5934 0.4066
chr12 4626804 A ACTTGTCATCTCCCAGCTTGTCATCTCCCAG 0.003167 0.050 1 30 1 640 143 497 125 1 15 0 2 0 0 496 0 1 0.8741 0.0000 0.0020 8.467 0.26 16.00 -15.74 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9827 0.0173 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 503 185 318 74 10 42 3 56 0 0 318 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 3.381 5.36 3.14 2.22 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5253 0.4170 0.0578 1 0 0.5150 0.4228 0.0622 1 0 0.5011 0.4305 0.0685
chr12 6936716 CCAGCAA C 0.006744 0.050 1 -6 1 976 293 683 63 9 20 183 18 0 0 677 6 0 0.2150 0.0000 0.0088 16.875 0.57 12.44 -11.87 7 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0003 0.2538 0.7459 1 2 0.0005 0.2981 0.7014 1 2 0.0008 0.3628 0.6364
chr12 8843328 AAG A 0.001621 0.050 1 -2 1 242 78 164 75 0 1 0 2 0 0 164 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 77.000 0.61 2.50 -1.89 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9936 0.0064 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 304 125 179 68 0 8 0 49 0 0 174 0 5 0.5440 0.0000 0.0279 14.625 0.10 4.73 -4.63 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4126 0.4827 0.1048 1 1 0.4072 0.4838 0.1091 1 1 0.3999 0.4852 0.1149
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 351 163 188 63 0 17 1 82 0 0 188 0 0 0.3865 0.0000 0.0000 8.588 1.32 4.33 -3.01 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0378 0.3800 0.5822 1 2 0.0403 0.3847 0.5750 1 2 0.0438 0.3910 0.5652
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 537 141 396 137 1 0 0 3 0 0 396 0 0 0.9716 0.0000 0.0000 141.000 0.70 2.00 -1.30 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5818 0.4182 0.0000 0 0 0.9590 0.0410 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 1150 316 834 234 4 47 1 30 2 1 830 1 0 0.7405 0.0024 0.0048 5.804 1.45 11.17 -9.71 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0127 0.9873 0.0000
chr12 40487719 AGGACTATCAGCTGGGGTGACAGGGACAACTGGACCATCAGCTGGAATAGCAGGTACAAAT A 0.001206 0.050 1 -60 1 203 44 159 23 1 12 0 8 1 2 154 0 2 0.5227 0.0063 0.0314 2.583 3.13 3.25 -0.12 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6881 0.3118 0.0002 1 0 0.6818 0.3180 0.0002 0 0 0.8242 0.1757 0.0001
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1009 175 834 59 0 86 0 30 2 3 800 1 28 0.3371 0.0024 0.0408 1.035 1.15 4.07 -2.91 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2744 0.5334 0.1922 1 1 0.2739 0.5310 0.1951 1 1 0.2733 0.5279 0.1989
chr12 51807428 AGAG A 0.000201 0.050 1 -3 2 468 100 368 94 0 4 0 2 0 0 368 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 24.000 0.20 6.00 -5.80 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 329 103 226 51 0 17 0 35 0 0 225 0 1 0.4951 0.0000 0.0044 5.059 0.14 18.66 -18.52 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6369 0.3554 0.0077 1 0 0.6319 0.3600 0.0081 1 0 0.6253 0.3661 0.0086
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 969 233 736 1 0 35 1 196 0 0 733 0 3 0.0043 0.0000 0.0041 5.794 0.00 12.73 -12.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0386 0.9614 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 541 91 450 3 0 18 0 70 0 0 401 0 49 0.0330 0.0000 0.1089 4.056 0.67 11.84 -11.18 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 1 0.0000 0.9003 0.0997 2 1 0.0000 0.8012 0.1988
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 390 94 296 57 0 1 0 36 0 0 296 0 0 0.6064 0.0000 0.0000 93.000 0.32 1.56 -1.24 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6157 0.3507 0.0336 1 0 0.6072 0.3569 0.0359 1 0 0.5958 0.3651 0.0392
chr12 55247561 TACA T 0.000296 0.050 1 -3 2 595 156 439 82 0 1 0 73 0 0 439 0 0 0.5256 0.0000 0.0000 155.000 0.24 4.53 -4.29 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5634 0.4365 0.0001 1 0 0.5627 0.4372 0.0001 1 0 0.5616 0.4383 0.0001
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 591 129 462 63 0 1 0 65 0 0 456 0 6 0.4884 0.0000 0.0130 128.000 0.38 4.15 -3.77 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3607 0.6347 0.0046 1 1 0.3671 0.6283 0.0046 1 1 0.3754 0.6201 0.0045
chr12 56423649 T TTCC 0.001008 0.050 1 3 1 621 163 458 67 1 17 1 77 0 0 458 0 0 0.4110 0.0000 0.0000 8.588 0.25 3.31 -3.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3384 0.6606 0.0009 1 1 0.3457 0.6534 0.0009 1 1 0.3552 0.6439 0.0009
chr12 57225404 T TGGC 0.004341 0.050 1 3 1 632 159 473 80 0 3 0 76 1 0 472 0 0 0.5031 0.0021 0.0021 52.000 1.09 4.30 -3.22 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5122 0.4865 0.0014 1 0 0.5134 0.4852 0.0014 1 0 0.5148 0.4838 0.0014
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 379 99 280 51 0 3 0 45 0 0 275 0 5 0.5152 0.0000 0.0179 32.000 1.12 3.80 -2.68 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2919 0.5282 0.1799 1 1 0.2929 0.5260 0.1812 1 1 0.2940 0.5232 0.1828
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 128 49 79 26 0 3 0 20 0 0 77 0 2 0.5306 0.0000 0.0253 15.333 0.38 2.70 -2.32 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3521 0.4989 0.1490 1 1 0.3507 0.4986 0.1507 1 1 0.3489 0.4982 0.1529
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1115 320 795 0 0 32 3 285 0 0 792 0 3 0.0000 0.0000 0.0038 8.969 3.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 158 70 88 60 4 4 0 2 0 0 88 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 16.500 0.25 1.00 -0.75 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3373 0.6627 0.0000 0 0 0.7611 0.2389 0.0000 0 0 0.8454 0.1546 0.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 507 156 351 2 1 37 11 105 0 0 341 1 9 0.0128 0.0000 0.0285 3.216 1.00 5.34 -4.34 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8327 0.1673 2 2 0.0000 0.2461 0.7539 2 2 0.0000 0.1292 0.8708
chr12 102958393 C CGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 1 507 156 351 4 0 47 0 105 0 0 341 0 10 0.0256 0.0000 0.0285 2.422 2.00 5.77 -3.77 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9732 0.0268 2 2 0.0000 0.4620 0.5380 2 2 0.0000 0.2223 0.7777
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 407 99 308 0 1 15 1 82 0 0 303 1 4 0.0000 0.0000 0.0162 5.533 3.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1118 0.8882 2 2 0.0000 0.1145 0.8855 2 2 0.0000 0.1189 0.8811
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 388 159 229 85 1 22 1 50 0 0 229 0 0 0.5346 0.0000 0.0000 6.227 0.65 3.58 -2.93 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6902 0.2882 0.0215 1 0 0.6773 0.2986 0.0242 1 0 0.6595 0.3124 0.0280
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 695 185 510 58 5 33 27 62 0 0 506 2 2 0.3135 0.0000 0.0078 4.515 1.71 4.27 -2.57 4 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0365 0.3579 0.6056 1 2 0.0399 0.3657 0.5944 1 2 0.0449 0.3759 0.5792
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 155 77 78 0 0 1 0 76 0 0 78 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 76.000 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1287 0.8713 2 2 0.0000 0.1331 0.8669 2 2 0.0000 0.1392 0.8608
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 285 101 184 58 1 4 0 38 0 0 180 0 4 0.5743 0.0000 0.0217 24.250 0.24 3.03 -2.78 20 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4624 0.4515 0.0861 1 0 0.4550 0.4546 0.0904 1 1 0.4451 0.4587 0.0963
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 228 80 148 35 0 11 0 34 0 0 144 0 4 0.4375 0.0000 0.0270 6.273 0.34 6.68 -6.33 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2056 0.5197 0.2747 1 1 0.2075 0.5182 0.2743 1 1 0.2101 0.5163 0.2736
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 436 121 315 42 19 18 8 34 0 0 312 1 2 0.3471 0.0000 0.0095 5.500 1.74 4.24 -2.50 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4573 0.4546 0.0881 1 1 0.4501 0.4575 0.0924 1 1 0.4405 0.4613 0.0983
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 390 112 278 0 0 12 1 99 0 0 273 0 5 0.0000 0.0000 0.0180 8.250 5.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0666 0.9334 2 2 0.0000 0.0700 0.9300 2 2 0.0000 0.0749 0.9251
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 338 85 253 0 0 6 1 78 0 0 247 0 6 0.0000 0.0000 0.0237 13.167 10.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1054 0.8946 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr12 122192827 T TTGAAGAGGTTAC 0.500000 0.050 1 12 1 350 96 254 74 1 19 0 2 0 0 254 0 0 0.7708 0.0000 0.0000 4.053 0.20 6.00 -5.80 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2014 0.7986 0.0000 0 0 0.6257 0.3743 0.0000 0 0 0.7416 0.2584 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 761 194 567 0 0 21 0 173 0 0 545 0 22 0.0000 0.0000 0.0388 8.238 8.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0092 0.9908
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 276 105 171 61 8 34 0 2 0 0 171 0 0 0.5810 0.0000 0.0000 2.088 0.39 2.00 -1.61 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1792 0.8208 0.0000 0 0 0.5907 0.4093 0.0000 0 0 0.7132 0.2868 0.0000
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 216 72 144 28 3 14 0 27 0 0 141 0 3 0.3889 0.0000 0.0208 4.143 1.50 4.04 -2.54 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2527 0.5183 0.2290 1 1 0.2529 0.5169 0.2301 1 1 0.2532 0.5152 0.2316
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 253 73 180 0 0 8 0 65 0 0 173 0 7 0.0000 0.0000 0.0389 8.125 8.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1404 0.8596 2 2 0.0000 0.1449 0.8551 2 2 0.0000 0.1511 0.8489
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 698 191 507 3 5 44 13 126 0 0 503 1 3 0.0157 0.0000 0.0079 3.372 2.67 4.60 -1.94 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 1 0.0000 0.5905 0.4095 2 2 0.0000 0.2449 0.7551
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 554 171 383 71 0 47 1 52 0 0 383 0 0 0.4152 0.0000 0.0000 2.638 0.28 8.96 -8.68 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4708 0.4498 0.0794 1 0 0.4633 0.4530 0.0837 1 1 0.4534 0.4571 0.0896
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 781 167 614 72 1 35 1 58 0 0 609 0 5 0.4311 0.0000 0.0081 3.771 0.53 5.62 -5.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3511 0.5143 0.1346 1 1 0.3487 0.5130 0.1383 1 1 0.3453 0.5114 0.1433
chr13 27924562 T TGCC 0.002235 0.050 1 3 1 595 152 443 74 1 24 1 52 0 0 442 0 1 0.4868 0.0000 0.0023 5.333 0.42 2.96 -2.54 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7069 0.2929 0.0002 1 0 0.7010 0.2988 0.0002 1 0 0.6930 0.3068 0.0002
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 157 51 106 23 0 1 0 27 0 0 103 0 3 0.4510 0.0000 0.0283 50.000 0.13 5.00 -4.87 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3770 0.5920 0.0310 1 1 0.3814 0.5881 0.0305 1 1 0.3872 0.5829 0.0299
chr13 44574554 CTGTTGTTGT C 0.000005 0.050 1 -9 1 769 197 572 178 0 12 0 7 0 0 572 0 0 0.9036 0.0000 0.0000 15.417 0.56 8.29 -7.73 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9948 0.0052 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 693 254 439 234 2 12 0 6 0 1 438 0 0 0.9213 0.0000 0.0023 20.083 0.61 10.17 -9.56 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0240 0.9760 0.0000 0 0 0.8759 0.1241 0.0000 0 0 0.9725 0.0275 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 682 180 502 77 0 41 1 61 0 1 493 4 4 0.4278 0.0000 0.0179 3.390 1.31 6.31 -5.00 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5098 0.4602 0.0299 1 0 0.5089 0.4603 0.0308 1 0 0.5074 0.4606 0.0320
chr13 71866526 TGCC T 0.001361 0.050 1 -3 1 682 187 495 134 14 33 0 6 0 2 491 0 2 0.7166 0.0000 0.0081 4.812 3.11 3.00 0.11 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0662 0.9338 0.0000 0 0 0.9929 0.0071 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 128 63 65 0 0 7 0 56 0 0 65 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.000 3.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9148 0.0852 2 1 0.0000 0.9169 0.0831 2 1 0.0000 0.9199 0.0801
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 571 86 485 0 0 9 0 77 0 0 481 0 4 0.0000 0.0000 0.0082 8.556 5.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0284 0.9716 2 2 0.0000 0.0295 0.9705 2 2 0.0000 0.0312 0.9688
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 507 83 424 1 2 29 7 44 0 2 419 0 3 0.0120 0.0000 0.0118 1.893 2.00 4.93 -2.93 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6962 0.3038 2 2 0.0000 0.4527 0.5473 2 2 0.0000 0.3703 0.6297
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 610 155 455 71 1 22 0 61 1 0 452 0 2 0.4581 0.0022 0.0066 6.045 1.48 6.85 -5.37 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3565 0.5117 0.1318 1 1 0.3535 0.5108 0.1357 1 1 0.3493 0.5096 0.1411
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 295 100 195 22 2 5 1 70 0 0 194 0 1 0.2200 0.0000 0.0051 18.600 0.45 9.59 -9.13 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0073 0.1735 0.8192 1 2 0.0086 0.1854 0.8060 1 2 0.0103 0.2258 0.7638
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 295 103 192 7 1 30 1 64 0 0 190 0 2 0.0680 0.0000 0.0104 2.400 1.71 9.45 -7.74 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9713 0.0287 2 1 0.0000 0.7872 0.2128
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 419 107 312 4 0 6 0 97 0 0 309 0 3 0.0374 0.0000 0.0096 16.833 0.00 4.11 -4.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.5511 0.4489 2 2 0.0000 0.2869 0.7131
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 575 123 452 3 0 3 1 116 0 0 449 0 3 0.0244 0.0000 0.0066 40.000 1.33 3.18 -1.85 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8673 0.1327 2 2 0.0000 0.2777 0.7223 2 2 0.0000 0.1466 0.8534
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 737 175 562 55 0 8 0 112 0 0 559 0 3 0.3143 0.0000 0.0053 20.875 0.27 2.24 -1.97 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.0796 0.9195 1 2 0.0011 0.0871 0.9118 1 2 0.0015 0.0980 0.9005
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 508 136 372 48 1 9 0 78 0 0 372 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 14.111 0.06 1.33 -1.27 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0409 0.3656 0.5935 1 2 0.0448 0.3740 0.5813 1 2 0.0503 0.3850 0.5647
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 515 136 379 88 0 3 0 45 0 0 373 0 6 0.6471 0.0000 0.0158 44.333 0.49 19.49 -19.00 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7400 0.2458 0.0142 1 0 0.7278 0.2561 0.0161 1 0 0.7110 0.2701 0.0189
chr14 20197747 C CA 0.001620 0.050 1 1 2 398 91 307 55 0 0 0 36 0 0 306 0 1 0.6044 0.0000 0.0033 91.000 1.60 2.17 -0.57 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6847 0.3152 0.0002 1 0 0.6791 0.3207 0.0002 1 0 0.6715 0.3283 0.0002
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 415 100 315 3 0 6 1 90 0 0 312 0 3 0.0300 0.0000 0.0095 15.667 0.00 1.37 -1.37 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8330 0.1670 2 2 0.0000 0.2363 0.7637 2 2 0.0000 0.1204 0.8796
chr14 21092002 ACCT A 0.000017 0.050 1 -3 2 572 132 440 71 0 3 1 57 1 0 439 0 0 0.5379 0.0023 0.0023 43.000 0.52 3.37 -2.85 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6303 0.3697 0.0000 1 0 0.6269 0.3731 0.0000 1 0 0.6222 0.3778 0.0000
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 671 161 510 4 0 17 0 140 0 0 506 0 4 0.0248 0.0000 0.0078 8.471 0.50 6.20 -5.70 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9865 0.0135 2 1 0.0000 0.6245 0.3755 2 2 0.0000 0.3597 0.6403
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 484 121 363 47 0 9 1 64 0 0 363 0 0 0.3884 0.0000 0.0000 12.444 0.51 4.78 -4.27 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1404 0.5409 0.3187 1 1 0.1469 0.5415 0.3116 1 1 0.1559 0.5421 0.3021
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 320 72 248 25 1 11 3 32 0 0 247 0 1 0.3472 0.0000 0.0040 5.455 3.28 3.94 -0.66 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1896 0.5213 0.2891 1 1 0.1940 0.5208 0.2852 1 1 0.1997 0.5201 0.2802
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 335 68 267 27 4 1 1 35 0 0 267 0 0 0.3971 0.0000 0.0000 66.000 2.81 4.14 -1.33 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2355 0.5282 0.2364 1 1 0.2385 0.5266 0.2348 1 1 0.2426 0.5247 0.2327
chr14 23378766 C CCG 0.001327 0.050 1 2 7 549 142 407 134 1 2 0 5 0 0 407 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 70.000 0.51 2.20 -1.69 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8653 0.1347 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 396 116 280 33 4 19 0 60 0 0 278 0 2 0.2845 0.0000 0.0071 5.105 0.27 3.00 -2.73 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0926 0.4951 0.4123 1 1 0.0991 0.5002 0.4008 1 1 0.1080 0.5064 0.3856
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 751 143 608 74 0 16 1 52 0 0 600 0 8 0.5175 0.0000 0.0132 8.400 0.66 6.25 -5.59 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1752 0.6077 0.2171 1 1 0.1718 0.6040 0.2242 1 1 0.1672 0.5990 0.2337
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 547 122 425 113 1 0 0 8 0 0 425 0 0 0.9262 0.0000 0.0000 122.000 0.35 2.00 -1.65 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0104 0.9896 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.050 1 3 1 265 83 182 42 0 1 0 40 0 0 180 0 2 0.5060 0.0000 0.0110 82.000 0.31 3.12 -2.82 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4721 0.5256 0.0022 1 1 0.4741 0.5237 0.0022 1 1 0.4765 0.5213 0.0023
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.050 1 -3 2 733 164 569 0 4 35 62 63 0 0 566 0 3 0.0000 0.0000 0.0053 3.600 5.10 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5053 0.4947 2 2 0.0000 0.3855 0.6145 2 2 0.0000 0.3465 0.6535
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 735 171 564 9 6 85 5 66 0 0 563 1 0 0.0526 0.0000 0.0018 0.976 2.78 6.62 -3.84 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9873 0.0127 2 1 0.0000 0.7833 0.2167
chr14 74260844 A AGAG 0.000693 0.050 1 3 2 1102 228 874 102 1 16 0 109 0 0 867 0 7 0.4474 0.0000 0.0080 14.133 0.46 3.20 -2.74 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2904 0.7089 0.0007 1 1 0.2996 0.6997 0.0007 1 1 0.3117 0.6876 0.0007
chr14 74778564 AAAG A 0.000206 0.050 1 -3 4 235 92 143 31 1 6 1 53 0 0 143 0 0 0.3370 0.0000 0.0000 14.333 0.61 3.68 -3.07 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2326 0.7669 0.0004 1 1 0.2417 0.7579 0.0004 1 1 0.2538 0.7458 0.0004
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 507 115 392 0 0 24 2 89 0 0 384 2 6 0.0000 0.0000 0.0204 3.792 8.46 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1132 0.8868 2 2 0.0000 0.1183 0.8817 2 2 0.0000 0.1256 0.8744
chr14 77498757 AGAG A 0.000480 0.050 1 -3 1 192 86 106 41 0 4 0 41 0 0 105 0 1 0.4767 0.0000 0.0094 20.500 0.32 3.20 -2.88 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4621 0.5376 0.0002 1 1 0.4645 0.5352 0.0002 1 1 0.4675 0.5322 0.0002
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 523 157 366 2 0 17 1 137 0 0 366 0 0 0.0127 0.0000 0.0000 8.235 0.00 3.28 -3.28 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3214 0.6786 2 2 0.0000 0.0685 0.9315 2 2 0.0000 0.0426 0.9574
chr14 95436968 TGTA T 0.000176 0.050 1 -3 2 173 55 118 31 0 5 0 19 0 0 118 0 0 0.5636 0.0000 0.0000 10.000 0.48 3.11 -2.62 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6299 0.3700 0.0000 1 0 0.6257 0.3743 0.0000 1 0 0.6200 0.3800 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 263 81 182 0 0 11 0 70 0 0 177 0 5 0.0000 0.0000 0.0275 6.364 8.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1641 0.8359 2 2 0.0000 0.1693 0.8307 2 2 0.0000 0.1768 0.8232
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 430 122 308 0 0 19 1 102 0 0 305 0 3 0.0000 0.0000 0.0097 5.421 4.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1576 0.8424 2 2 0.0000 0.1648 0.8352 2 2 0.0000 0.1751 0.8249
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 329 82 247 6 0 7 3 66 0 0 247 0 0 0.0732 0.0000 0.0000 10.714 1.17 4.53 -3.36 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9726 0.0274 2 1 0.0000 0.8631 0.1369
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 223 52 171 0 1 1 0 50 0 1 156 9 5 0.0000 0.0000 0.0877 51.000 3.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0633 0.9367 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0093 0.9907
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 555 142 413 0 0 0 3 139 0 0 394 1 18 0.0000 0.0000 0.0460 141.000 2.90 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 339 90 249 54 0 5 1 30 2 2 234 1 10 0.6000 0.0080 0.0602 17.000 1.26 17.93 -16.67 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6556 0.3437 0.0007 1 0 0.6509 0.3484 0.0008 1 0 0.6446 0.3546 0.0008
chr15 23646762 AGCCATCGGCTGTGCAGGTGGG A 0.000488 0.050 1 -21 2 1148 268 880 144 0 53 1 70 0 0 864 0 16 0.5373 0.0000 0.0182 4.057 0.94 15.04 -14.10 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9269 0.0731 0.0000 1 0 0.9207 0.0793 0.0000 1 0 0.9118 0.0882 0.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 267 94 173 2 0 7 9 76 0 1 171 0 1 0.0213 0.0000 0.0116 11.143 6.00 1.55 4.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8772 0.1228 2 1 0.0000 0.5327 0.4673 2 2 0.0000 0.3989 0.6011
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 769 209 560 1 0 41 5 162 0 0 557 0 3 0.0048 0.0000 0.0054 4.098 0.00 3.48 -3.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0318 0.9682 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0113 0.9887
chr15 34038912 CCCGCCGCCGCCT C 0.202105 0.050 1 -12 4 230 88 142 49 0 5 0 34 0 0 139 0 3 0.5568 0.0000 0.0211 16.600 0.27 10.88 -10.62 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5416 0.4166 0.0419 1 0 0.5372 0.4194 0.0435 1 0 0.5312 0.4231 0.0457
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.050 1 -9 2 521 225 296 193 0 28 0 4 0 1 295 0 0 0.8578 0.0000 0.0034 7.036 0.73 9.00 -8.27 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5481 0.4519 0.0000 0 0 0.9812 0.0188 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 461 166 295 147 1 9 0 9 0 0 295 0 0 0.8855 0.0000 0.0000 19.625 1.39 2.00 -0.61 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1617 0.8383 0.0000 0 0 0.7144 0.2856 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 480 158 322 83 0 11 1 63 1 0 314 0 7 0.5253 0.0031 0.0248 13.364 0.16 4.71 -4.56 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4661 0.4618 0.0721 1 1 0.4622 0.4627 0.0751 1 1 0.4568 0.4640 0.0792
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 219 72 147 39 0 4 0 29 0 0 146 0 1 0.5417 0.0000 0.0068 17.000 0.23 4.31 -4.08 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5488 0.4258 0.0254 1 0 0.5458 0.4280 0.0262 1 0 0.5417 0.4311 0.0272
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 159 68 91 40 0 1 0 27 0 0 91 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 67.000 0.28 3.04 -2.76 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4295 0.4643 0.1062 1 1 0.4235 0.4664 0.1100 1 1 0.4156 0.4692 0.1152
chr15 72662575 C CAGGAGGAGAGGCTGCGAAAGG 0.000101 0.050 1 21 3 255 33 222 22 2 7 0 2 0 0 221 0 1 0.6667 0.0000 0.0045 3.714 0.09 10.50 -10.41 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9927 0.0073 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 282 157 125 6 0 3 0 148 0 1 120 0 4 0.0382 0.0000 0.0400 51.333 0.17 3.46 -3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.5785 0.4215 2 2 0.0000 0.1827 0.8173
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 530 135 395 1 0 11 0 123 0 0 390 0 5 0.0074 0.0000 0.0127 11.273 0.00 3.80 -3.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1246 0.8754 2 2 0.0000 0.0547 0.9453 2 2 0.0000 0.0449 0.9551
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 669 148 521 84 1 9 0 54 0 0 520 1 0 0.5676 0.0000 0.0019 15.444 1.54 5.20 -3.67 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7851 0.2141 0.0008 1 0 0.7774 0.2217 0.0009 1 0 0.7669 0.2320 0.0010
chr15 82830895 ACCACCACCG A 0.000275 0.050 1 -9 2 526 155 371 86 1 2 2 64 0 0 371 0 0 0.5548 0.0000 0.0000 76.000 0.14 8.11 -7.97 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7041 0.2958 0.0000 1 0 0.6986 0.3014 0.0000 1 0 0.6910 0.3090 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 460 107 353 56 0 16 0 35 0 0 350 0 3 0.5234 0.0000 0.0085 5.688 0.34 15.03 -14.69 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6223 0.3533 0.0244 1 0 0.6156 0.3585 0.0258 1 0 0.6066 0.3656 0.0279
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 362 138 224 6 0 0 0 132 0 0 220 0 4 0.0435 0.0000 0.0179 138.000 0.17 2.95 -2.79 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8291 0.1709 2 2 0.0000 0.4740 0.5260
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 200 81 119 6 0 0 0 75 0 0 119 0 0 0.0741 0.0000 0.0000 81.000 0.83 3.13 -2.30 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 718 191 527 68 2 48 0 73 0 0 526 0 1 0.3560 0.0000 0.0019 2.979 1.10 3.12 -2.02 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3610 0.5799 0.0590 1 1 0.3657 0.5754 0.0589 1 1 0.3717 0.5696 0.0587
chr15 89624859 TCTC T 0.000074 0.050 1 -3 1 546 131 415 68 0 3 0 60 0 0 412 0 3 0.5191 0.0000 0.0072 42.667 1.24 3.82 -2.58 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5217 0.4782 0.0000 1 0 0.5224 0.4776 0.0000 1 0 0.5230 0.4769 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 790 203 587 0 1 16 3 183 0 0 587 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.625 7.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 378 121 257 0 0 7 0 114 0 0 245 0 12 0.0000 0.0000 0.0467 16.286 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 365 135 230 78 0 3 0 54 0 0 230 0 0 0.5778 0.0000 0.0000 44.000 0.12 2.04 -1.92 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5412 0.4042 0.0546 1 0 0.5311 0.4102 0.0587 1 0 0.5175 0.4180 0.0645
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 684 260 424 109 2 55 6 88 0 0 413 1 10 0.4192 0.0000 0.0259 3.691 0.84 8.00 -7.16 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5160 0.4831 0.0008 1 0 0.5178 0.4814 0.0009 1 0 0.5198 0.4793 0.0009
chr15 99712543 G GCCA 0.000092 0.050 1 3 2 685 251 434 117 1 21 2 110 0 0 434 0 0 0.4661 0.0000 0.0000 10.952 0.73 7.32 -6.59 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5041 0.4959 0.0000 1 0 0.5065 0.4935 0.0000 1 0 0.5094 0.4906 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 276 103 173 49 0 30 0 24 0 0 172 0 1 0.4757 0.0000 0.0058 2.433 2.84 9.25 -6.41 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7425 0.2555 0.0021 1 0 0.7349 0.2629 0.0022 1 0 0.7246 0.2729 0.0025
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 50 27 23 19 0 3 0 5 0 0 23 0 0 0.7037 0.0000 0.0000 8.000 0.21 1.20 -0.99 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5469 0.4208 0.0322 1 1 0.4249 0.5537 0.0214 0 0 0.5223 0.4715 0.0062
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 332 86 246 50 0 1 0 35 0 0 246 0 0 0.5814 0.0000 0.0000 85.000 1.02 3.03 -2.01 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5332 0.4112 0.0556 1 0 0.5270 0.4149 0.0581 1 0 0.5186 0.4197 0.0617
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 259 74 185 0 0 3 0 71 0 0 176 0 9 0.0000 0.0000 0.0486 23.667 15.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5765 0.4235 2 1 0.0000 0.5862 0.4138 2 1 0.0000 0.5996 0.4004
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1054 214 840 204 2 3 0 5 0 0 840 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 70.333 0.83 1.80 -0.97 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1653 0.8347 0.0000 0 0 0.9556 0.0444 0.0000 0 0 0.9879 0.0121 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 327 68 259 0 0 0 2 66 0 0 259 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 68.000 6.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 327 68 259 0 0 0 2 66 0 0 259 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 68.000 6.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4740302 GC G 0.000174 0.050 1 -1 1 255 76 179 36 0 6 0 34 0 0 179 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 11.667 1.00 1.47 -0.47 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5033 0.4967 0.0001 1 0 0.5039 0.4960 0.0001 1 0 0.5047 0.4952 0.0001
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 424 96 328 62 0 3 0 31 0 0 327 0 1 0.6458 0.0000 0.0030 31.000 0.52 3.68 -3.16 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5751 0.3781 0.0469 1 0 0.5613 0.3874 0.0513 1 0 0.5429 0.3995 0.0577
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 374 142 232 74 0 37 1 30 1 0 222 0 9 0.5211 0.0043 0.0431 2.838 1.58 4.33 -2.75 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8170 0.1808 0.0022 1 0 0.8083 0.1892 0.0025 1 0 0.7963 0.2008 0.0029
chr16 11927872 ATTCTGACCTGTAGGGCCAAAGGAGGGAATGTTTTCACACATAT A 0.011371 0.050 1 -43 2 274 66 208 63 0 1 0 2 0 0 208 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 65.000 0.22 43.00 -42.78 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9419 0.0581 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 179 67 112 0 0 2 0 65 0 0 110 0 2 0.0000 0.0000 0.0179 32.500 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr16 18543716 GA G 0.002566 0.050 1 -1 1 390 178 212 101 4 6 2 65 0 0 212 0 0 0.5674 0.0000 0.0000 28.667 0.05 1.12 -1.07 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8418 0.1581 0.0000 1 0 0.8341 0.1658 0.0001 1 0 0.8234 0.1766 0.0001
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 746 241 505 8 1 10 0 222 0 0 505 0 0 0.0332 0.0000 0.0000 23.000 0.00 9.71 -9.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8217 0.1783 2 2 0.0000 0.3288 0.6712
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1041 226 815 94 0 59 2 71 0 0 814 0 1 0.4159 0.0000 0.0012 2.895 0.84 10.99 -10.15 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5806 0.3830 0.0365 1 0 0.5737 0.3873 0.0389 1 0 0.5644 0.3932 0.0424
chr16 29810108 AGCGGCAGCG A 0.002834 0.050 1 -9 1 529 218 311 196 1 12 0 9 0 0 311 0 0 0.8991 0.0000 0.0000 17.167 0.58 7.56 -6.98 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 718 188 530 175 0 10 0 3 0 0 530 0 0 0.9309 0.0000 0.0000 17.800 0.24 3.00 -2.76 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4761 0.5239 0.0000 0 0 0.9376 0.0624 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 167 84 83 2 0 9 0 73 0 0 82 0 1 0.0238 0.0000 0.0120 8.333 1.00 2.00 -1.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7925 0.2075 2 2 0.0000 0.3773 0.6227 2 2 0.0000 0.2619 0.7381
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 1114 303 811 236 19 44 0 4 0 0 811 0 0 0.7789 0.0000 0.0000 5.886 0.42 2.50 -2.08 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4753 0.5247 0.0000 0 0 0.9740 0.0260 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000
chr16 57795086 TGCACTTCGG T 0.500000 0.050 1 -9 1 278 100 178 53 0 7 0 40 0 0 177 0 1 0.5300 0.0000 0.0056 13.286 0.51 7.80 -7.29 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3930 0.4871 0.1200 1 1 0.3881 0.4879 0.1240 1 1 0.3815 0.4890 0.1295
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 327 125 202 67 3 2 2 51 0 0 196 0 6 0.5360 0.0000 0.0297 60.000 0.15 9.00 -8.85 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3617 0.5077 0.1306 1 1 0.3584 0.5070 0.1346 1 1 0.3539 0.5062 0.1399
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 327 123 204 70 0 0 1 52 0 0 198 0 6 0.5691 0.0000 0.0294 123.000 0.20 8.65 -8.45 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3712 0.5040 0.1248 1 1 0.3675 0.5036 0.1289 1 1 0.3626 0.5031 0.1344
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 398 69 329 35 8 3 3 20 0 0 328 0 1 0.5072 0.0000 0.0030 21.667 1.17 1.90 -0.73 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4854 0.4323 0.0823 1 0 0.4767 0.4368 0.0865 1 0 0.4652 0.4425 0.0924
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 1019 230 789 132 0 9 1 88 3 5 775 2 4 0.5739 0.0038 0.0177 24.556 0.34 1.26 -0.92 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7663 0.2244 0.0093 1 0 0.7539 0.2352 0.0108 1 0 0.7366 0.2502 0.0132
chr16 67195890 ACAGCAGCAG A 0.500000 0.050 1 -9 2 565 254 311 189 9 42 8 6 0 0 311 0 0 0.7441 0.0000 0.0000 4.857 0.84 9.67 -8.83 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4121 0.5879 0.0000 0 0 0.8376 0.1624 0.0000
chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 626 171 455 159 0 7 0 5 0 0 455 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 23.429 0.38 3.00 -2.62 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 0 0.6415 0.3585 0.0000 0 0 0.8758 0.1242 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 954 275 679 202 3 38 5 27 0 0 679 0 0 0.7345 0.0000 0.0000 6.237 0.42 3.59 -3.18 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000
chr16 72787713 GCCGCCA G 0.500000 0.050 1 -6 2 661 137 524 69 4 8 9 47 0 0 524 0 0 0.5036 0.0000 0.0000 15.375 0.93 6.89 -5.97 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4596 0.4568 0.0835 1 1 0.4526 0.4595 0.0878 1 1 0.4432 0.4630 0.0938
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 790 195 595 84 5 39 2 65 0 1 590 0 4 0.4308 0.0000 0.0084 4.000 0.37 3.57 -3.20 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4743 0.4528 0.0730 1 0 0.4672 0.4556 0.0773 1 1 0.4576 0.4592 0.0832
chr16 72797458 C CTTGTTG 0.500000 0.050 1 6 1 790 195 595 89 2 93 2 9 0 1 591 2 1 0.4564 0.0000 0.0067 1.088 0.60 6.44 -5.85 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.1343 0.8657 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 268 138 130 127 0 1 0 10 0 0 129 0 1 0.9203 0.0000 0.0077 137.000 0.56 4.20 -3.64 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0146 0.9854 0.0000 0 1 0.2606 0.7394 0.0000
chr16 85656376 GGAGCGCGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -12 3 543 135 408 118 1 14 0 2 0 0 408 0 0 0.8741 0.0000 0.0000 8.643 1.34 12.00 -10.66 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4327 0.5673 0.0000 0 0 0.8319 0.1681 0.0000 0 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 440 113 327 31 5 32 2 43 0 0 322 1 4 0.2743 0.0000 0.0153 2.613 0.13 5.21 -5.08 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1058 0.4703 0.4239 1 1 0.1100 0.4723 0.4177 1 1 0.1157 0.4748 0.4095
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 440 113 327 36 0 35 0 42 0 0 322 0 5 0.3186 0.0000 0.0153 2.229 0.58 5.50 -4.92 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1280 0.4897 0.3823 1 1 0.1319 0.4903 0.3777 1 1 0.1372 0.4912 0.3716
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 440 119 321 78 5 30 0 6 0 0 321 0 0 0.6555 0.0000 0.0000 3.069 2.90 3.00 -0.10 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1244 0.8756 0.0000 0 1 0.4420 0.5580 0.0000
chr16 88431998 ATGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 905 183 722 168 1 8 0 6 0 0 722 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 21.875 0.81 3.00 -2.19 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.5400 0.4600 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000
chr16 88528131 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 328 123 205 69 0 2 0 52 0 0 203 0 2 0.5610 0.0000 0.0098 60.500 0.23 2.92 -2.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4284 0.4744 0.0972 1 1 0.4225 0.4760 0.1015 1 1 0.4146 0.4780 0.1074
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 700 135 565 0 0 3 8 124 0 0 558 1 6 0.0000 0.0000 0.0124 43.667 7.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0321 0.9679 2 2 0.0000 0.0352 0.9648
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 699 129 570 0 0 6 12 111 0 0 562 4 4 0.0000 0.0000 0.0140 24.400 7.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0344 0.9656 2 2 0.0000 0.0367 0.9633 2 2 0.0000 0.0401 0.9599
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 700 130 570 0 0 3 2 125 0 0 555 6 9 0.0000 0.0000 0.0263 127.000 7.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0265 0.9735 2 2 0.0000 0.0285 0.9715 2 2 0.0000 0.0314 0.9686
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 819 180 639 90 0 8 1 81 0 0 637 0 2 0.5000 0.0000 0.0031 21.500 0.83 6.83 -5.99 48 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2949 0.5422 0.1629 1 1 0.2945 0.5390 0.1665 1 1 0.2938 0.5350 0.1711
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.050 1 4 1 814 177 637 148 1 12 1 15 0 0 637 0 0 0.8362 0.0000 0.0000 15.000 3.45 4.80 -1.35 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0969 0.9031 0.0000
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 621 158 463 90 1 6 0 61 0 0 462 0 1 0.5696 0.0000 0.0022 25.333 0.83 3.15 -2.31 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6127 0.3525 0.0349 1 0 0.6013 0.3604 0.0382 1 0 0.5859 0.3710 0.0431
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 920 258 662 193 10 39 0 16 0 0 662 0 0 0.7481 0.0000 0.0000 5.462 0.58 3.69 -3.11 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2507 0.7493 0.0000
chr16 88940199 G GGGGT 0.500000 0.050 1 4 1 250 104 146 65 0 3 0 36 0 0 143 0 3 0.6250 0.0000 0.0205 33.667 0.35 4.06 -3.70 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5867 0.3684 0.0449 1 0 0.5754 0.3760 0.0486 1 0 0.5601 0.3860 0.0539
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 183 90 93 47 0 1 0 42 0 0 93 0 0 0.5222 0.0000 0.0000 89.000 0.40 3.67 -3.26 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2984 0.5196 0.1820 1 1 0.2971 0.5181 0.1847 1 1 0.2954 0.5163 0.1883
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 900 214 686 108 0 10 0 96 0 0 684 0 2 0.5047 0.0000 0.0029 20.400 0.35 3.22 -2.87 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4713 0.4776 0.0512 1 1 0.4703 0.4766 0.0530 1 1 0.4688 0.4756 0.0556
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 819 162 657 84 0 9 0 69 0 0 655 0 2 0.5185 0.0000 0.0030 17.000 0.18 4.25 -4.07 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6090 0.3898 0.0012 1 0 0.6065 0.3922 0.0012 1 0 0.6030 0.3957 0.0013
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 748 211 537 95 6 32 1 77 0 1 535 0 1 0.4502 0.0000 0.0037 5.562 0.18 3.19 -3.02 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4217 0.4941 0.0842 1 1 0.4131 0.4970 0.0899 1 1 0.4013 0.5007 0.0980
chr17 7846859 T TACCACCACC 0.066744 0.050 1 9 2 1567 466 1101 9 19 141 13 284 0 1 1066 1 33 0.0193 0.0000 0.0318 2.372 3.33 6.73 -3.40 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9941 0.0059
chr17 15503228 C CCT 0.500000 0.050 1 2 2 238 29 209 18 0 0 0 11 0 0 209 0 0 0.6207 0.0000 0.0000 29.000 0.94 3.64 -2.69 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3371 0.4942 0.1687 1 1 0.3338 0.4946 0.1716 1 1 0.3295 0.4951 0.1754
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 623 181 442 90 0 8 0 83 0 0 442 0 0 0.4972 0.0000 0.0000 21.625 0.13 3.01 -2.88 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3078 0.5381 0.1541 1 1 0.3070 0.5352 0.1578 1 1 0.3057 0.5316 0.1627
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 559 232 327 86 1 42 4 99 0 0 324 2 1 0.3707 0.0000 0.0092 4.524 0.29 3.14 -2.85 42 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0711 0.4615 0.4674 1 1 0.0754 0.4636 0.4609 1 1 0.0814 0.4665 0.4521
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1101 291 810 168 1 7 105 10 0 0 809 1 0 0.5773 0.0000 0.0012 31.500 0.53 7.90 -7.37 48 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9632 0.0366 0.0002 1 0 0.9577 0.0420 0.0003 1 0 0.9493 0.0503 0.0004
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1100 279 821 157 4 108 4 6 0 0 821 0 0 0.5627 0.0000 0.0000 1.732 0.56 4.50 -3.94 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.2370 0.7630 0.0000 0 0 0.7201 0.2799 0.0000
chr17 18778544 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 540 166 374 161 3 0 0 2 0 0 374 0 0 0.9699 0.0000 0.0000 166.000 0.23 1.50 -1.27 95 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7043 0.2957 0.0000 0 0 0.9375 0.0625 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 800 167 633 8 0 4 0 155 0 0 628 2 3 0.0479 0.0000 0.0079 40.750 0.12 3.90 -3.77 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8017 0.1983 2 2 0.0000 0.2968 0.7032
chr17 35193772 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 1735 367 1368 352 1 6 0 8 0 0 1368 0 0 0.9591 0.0000 0.0000 60.000 0.31 1.00 -0.69 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 0 0.9666 0.0334 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000
chr17 40818878 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 1027 258 769 111 2 28 1 116 0 0 766 0 3 0.4302 0.0000 0.0039 8.179 1.87 3.77 -1.89 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1512 0.5576 0.2913 1 1 0.1552 0.5532 0.2916 1 1 0.1605 0.5478 0.2917
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.050 1 27 1 1000 224 776 92 4 46 0 82 0 1 762 0 13 0.4107 0.0000 0.0180 3.848 2.00 9.37 -7.37 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2376 0.5575 0.2050 1 1 0.2392 0.5532 0.2076 1 1 0.2413 0.5478 0.2109
chr17 40835263 CTGTT C 0.500000 0.050 1 -4 4 482 117 365 108 0 7 0 2 0 0 365 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 15.714 0.52 4.00 -3.48 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3665 0.6335 0.0000 0 0 0.7905 0.2095 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 596 162 434 0 0 6 0 156 0 0 431 0 3 0.0000 0.0000 0.0069 26.000 1.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0216 0.9784
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 775 156 619 0 0 24 2 130 0 0 583 2 34 0.0000 0.0000 0.0582 5.458 8.68 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0157 0.9843 2 2 0.0000 0.0176 0.9824
chr17 41567480 C CCCACTTCCTCCACTATGACCACCT 0.500000 0.050 1 24 5 767 215 552 159 1 46 3 6 0 0 547 0 5 0.7395 0.0000 0.0091 3.609 0.72 6.67 -5.94 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.3513 0.6487 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1879 394 1485 219 0 6 0 169 0 0 1479 0 6 0.5558 0.0000 0.0040 64.667 0.55 3.26 -2.71 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7244 0.2663 0.0093 1 0 0.7139 0.2752 0.0109 1 0 0.6992 0.2875 0.0133
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 681 200 481 4 0 24 5 167 0 0 474 1 6 0.0200 0.0000 0.0146 7.333 0.50 3.50 -3.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8833 0.1167 2 2 0.0000 0.1491 0.8509 2 2 0.0000 0.0572 0.9428
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 205 63 142 0 0 3 0 60 0 0 142 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.000 4.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1810 0.8190 2 2 0.0000 0.1855 0.8145 2 2 0.0000 0.1918 0.8082
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1009 260 749 5 0 7 1 247 0 0 743 0 6 0.0192 0.0000 0.0080 36.143 0.20 3.01 -2.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8545 0.1455 2 2 0.0000 0.0510 0.9490 2 2 0.0000 0.0143 0.9857
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 500 113 387 86 3 22 0 2 0 0 387 0 0 0.7611 0.0000 0.0000 4.136 0.33 4.50 -4.17 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2643 0.7357 0.0000 0 0 0.7025 0.2975 0.0000 0 0 0.8006 0.1994 0.0000
chr17 57106431 GGCTTGGATAGAAATGAGGAGA G 0.500000 0.050 1 -21 3 1012 229 783 111 2 36 4 76 0 0 782 1 0 0.4847 0.0000 0.0013 5.278 1.06 6.64 -5.58 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6450 0.3288 0.0262 1 0 0.6335 0.3374 0.0291 1 0 0.6177 0.3490 0.0334
chr17 57979225 A ATGT 0.500000 0.050 1 3 1 538 257 281 121 10 33 1 92 0 1 276 0 4 0.4708 0.0000 0.0178 7.690 2.76 2.51 0.25 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6785 0.3023 0.0192 1 0 0.6669 0.3115 0.0217 1 0 0.6507 0.3240 0.0253
chr17 57979243 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 539 276 263 87 10 68 6 105 0 0 263 0 0 0.3152 0.0000 0.0000 3.000 2.41 3.14 -0.73 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0908 0.4972 0.4119 1 1 0.0953 0.4971 0.4076 1 1 0.1014 0.4970 0.4017
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 455 162 293 63 2 38 2 57 0 0 293 0 0 0.3889 0.0000 0.0000 3.237 0.52 5.61 -5.09 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3074 0.5261 0.1664 1 1 0.3061 0.5242 0.1697 1 1 0.3043 0.5217 0.1740
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 397 139 258 118 0 16 0 5 0 0 258 0 0 0.8489 0.0000 0.0000 7.688 0.42 7.80 -7.38 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 1 0.3943 0.6057 0.0000 0 0 0.7252 0.2748 0.0000
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 308 69 239 2 0 11 0 56 0 0 235 0 4 0.0290 0.0000 0.0167 5.273 0.50 7.93 -7.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8526 0.1474 2 2 0.0000 0.4641 0.5359 2 2 0.0000 0.3329 0.6671
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 362 95 267 2 0 1 0 92 0 0 265 0 2 0.0211 0.0000 0.0075 94.000 0.00 2.28 -2.28 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7106 0.2894 2 2 0.0000 0.2724 0.7276 2 2 0.0000 0.1809 0.8191
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 138 56 82 20 0 4 0 32 0 0 81 0 1 0.3571 0.0000 0.0122 13.000 0.45 1.06 -0.61 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1153 0.4678 0.4169 1 1 0.1193 0.4700 0.4106 1 1 0.1248 0.4729 0.4023
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 310 96 214 93 0 1 0 2 0 0 214 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 95.000 0.29 1.00 -0.71 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2870 0.7130 0.0000 0 0 0.7231 0.2769 0.0000 0 0 0.8156 0.1844 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 599 106 493 1 0 10 0 95 0 0 476 0 17 0.0094 0.0000 0.0345 9.600 0.00 7.71 -7.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2340 0.7660 2 2 0.0000 0.1097 0.8903 2 2 0.0000 0.0901 0.9099
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.050 1 6 1 535 118 417 60 0 4 1 53 0 0 416 0 1 0.5085 0.0000 0.0024 28.500 0.53 6.55 -6.01 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2935 0.5275 0.1790 1 1 0.2927 0.5254 0.1819 1 1 0.2914 0.5228 0.1857
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 323 113 210 106 0 1 0 6 0 0 209 0 1 0.9381 0.0000 0.0048 112.000 0.19 2.00 -1.81 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1131 0.8869 0.0000 0 1 0.4850 0.5150 0.0000
chr17 75616380 C CAGG 0.500000 0.050 1 3 1 810 192 618 120 13 55 0 4 0 0 618 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 2.473 1.21 3.75 -2.54 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0397 0.9603 0.0000 0 0 0.6462 0.3538 0.0000 0 0 0.8449 0.1551 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2483 576 1907 274 6 69 9 218 2 3 1895 2 5 0.4757 0.0010 0.0063 7.290 1.48 7.81 -6.33 54 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7760 0.2196 0.0044 1 0 0.7663 0.2284 0.0053 1 0 0.7524 0.2408 0.0068
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2405 616 1789 295 9 27 9 276 1 1 1616 19 152 0.4789 0.0006 0.0967 23.400 1.54 4.56 -3.02 63 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0027 0.9973 1 2 0.0000 0.0034 0.9966 1 2 0.0000 0.0045 0.9955
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.050 1 3 2 1361 380 981 164 12 57 0 147 1 0 973 0 7 0.4316 0.0010 0.0082 5.667 0.56 3.24 -2.68 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4842 0.4659 0.0499 1 0 0.4790 0.4671 0.0539 1 0 0.4716 0.4688 0.0596
chr17 81120444 GTCCTCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 767 133 634 54 1 11 1 66 0 0 632 0 2 0.4060 0.0000 0.0032 11.000 1.26 6.38 -5.12 36 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1039 0.4822 0.4139 1 1 0.1082 0.4833 0.4085 1 1 0.1140 0.4847 0.4013
chr17 81869441 G GCAGCCCTGCGCGAAGCCC 0.500000 0.050 1 18 1 762 161 601 73 0 29 0 59 0 0 588 0 13 0.4534 0.0000 0.0216 4.552 0.37 11.25 -10.88 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5439 0.2168 1 1 0.2406 0.5406 0.2188 1 1 0.2422 0.5364 0.2214
chr18 47418 T TC 0.000370 0.050 1 1 2 595 112 483 59 0 1 1 51 0 1 482 0 0 0.5268 0.0000 0.0021 111.000 0.85 1.10 -0.25 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5623 0.4376 0.0001 1 0 0.5611 0.4388 0.0001 1 0 0.5595 0.4404 0.0001
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 479 104 375 42 1 8 1 52 0 0 375 0 0 0.4038 0.0000 0.0000 12.000 1.12 6.29 -5.17 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2764 0.5966 0.1270 1 1 0.2823 0.5928 0.1249 1 1 0.2902 0.5877 0.1221
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 178 82 96 0 0 3 0 79 0 0 95 0 1 0.0000 0.0000 0.0104 26.333 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 374 87 287 43 0 5 0 39 0 0 282 0 5 0.4943 0.0000 0.0174 16.400 0.95 9.08 -8.12 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3566 0.5333 0.1101 1 1 0.3587 0.5310 0.1103 1 1 0.3613 0.5282 0.1106
chr18 45730325 AGGACAGCCCCACTATGGTTAGAGT A 0.000176 0.050 1 -24 2 571 176 395 154 0 17 0 5 0 0 395 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 9.353 0.13 19.20 -19.07 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9874 0.0126 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 164 78 86 11 0 0 0 67 0 0 84 0 2 0.1410 0.0000 0.0233 78.000 0.00 3.36 -3.36 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.9193 0.0807
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 268 150 118 0 0 11 0 139 0 0 118 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.636 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 450 93 357 2 0 9 6 76 0 0 352 3 2 0.0215 0.0000 0.0140 9.333 2.00 5.78 -3.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7465 0.2535 2 2 0.0000 0.3092 0.6908 2 2 0.0000 0.2081 0.7919
chr18 62979014 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 3 640 149 491 84 0 7 0 58 0 0 491 0 0 0.5638 0.0000 0.0000 20.286 0.36 2.98 -2.63 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5766 0.3793 0.0441 1 0 0.5660 0.3862 0.0478 1 0 0.5517 0.3952 0.0531
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 153 57 96 2 0 3 0 52 0 0 93 0 3 0.0351 0.0000 0.0312 18.000 0.00 3.79 -3.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8677 0.1323 2 2 0.0000 0.4948 0.5052 2 2 0.0000 0.3600 0.6400
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 168 59 109 30 0 1 0 28 0 0 109 0 0 0.5085 0.0000 0.0000 58.000 1.10 4.18 -3.08 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3975 0.5037 0.0989 1 1 0.3975 0.5029 0.0996 1 1 0.3974 0.5020 0.1006
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 248 140 108 77 0 3 0 60 0 0 107 0 1 0.5500 0.0000 0.0093 45.667 0.12 3.12 -3.00 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5715 0.3947 0.0337 1 0 0.5663 0.3981 0.0355 1 0 0.5593 0.4027 0.0380
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 373 126 247 0 1 14 61 50 0 0 240 4 3 0.0000 0.0000 0.0283 7.929 3.40 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0570 0.9430 2 2 0.0000 0.0600 0.9400 2 2 0.0000 0.0646 0.9354
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 373 133 240 2 2 62 0 67 0 0 236 0 4 0.0150 0.0000 0.0167 1.228 1.00 6.48 -5.48 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9742 0.0258 2 1 0.0000 0.8441 0.1559 2 1 0.0000 0.7478 0.2522
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.050 1 -9 4 373 138 235 52 13 10 52 11 0 0 233 0 2 0.3768 0.0000 0.0085 12.300 2.83 8.09 -5.26 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4207 0.5556 0.0238 1 1 0.4241 0.5520 0.0238 1 1 0.4286 0.5475 0.0239
chr19 2917765 CAT C 0.000052 0.050 1 -2 2 951 196 755 182 2 2 0 10 1 0 754 0 0 0.9286 0.0013 0.0013 97.000 0.72 3.40 -2.68 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1417 0.8583 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 838 164 674 124 5 30 0 5 0 1 673 0 0 0.7561 0.0000 0.0015 4.467 0.16 3.00 -2.84 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0430 0.9570 0.0000 0 0 0.8392 0.1608 0.0000 0 0 0.9545 0.0455 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 521 156 365 78 0 14 1 63 0 0 363 0 2 0.5000 0.0000 0.0055 10.923 0.45 11.62 -11.17 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4795 0.4571 0.0634 1 0 0.4763 0.4580 0.0658 1 0 0.4718 0.4592 0.0690
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.050 1 -3 2 591 150 441 90 0 1 0 59 0 0 440 0 1 0.6000 0.0000 0.0023 149.000 0.53 3.17 -2.64 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7851 0.2147 0.0001 1 0 0.7777 0.2221 0.0002 1 0 0.7676 0.2323 0.0002
chr19 8971789 GGTGTGAAGGTTAACGTCT G 0.002451 0.050 1 -18 1 451 117 334 111 0 3 0 3 0 0 333 0 1 0.9487 0.0000 0.0030 38.000 0.14 20.00 -19.86 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9065 0.0935 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 8979162 A AGCC 0.002510 0.050 1 3 1 666 149 517 138 0 6 0 5 0 0 517 0 0 0.9262 0.0000 0.0000 23.833 0.25 3.00 -2.75 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7851 0.2149 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 302 70 232 34 0 5 0 31 0 0 230 0 2 0.4857 0.0000 0.0086 13.000 0.44 5.77 -5.33 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3397 0.5157 0.1446 1 1 0.3402 0.5144 0.1454 1 1 0.3409 0.5127 0.1464
chr19 11447525 A AGAG 0.036742 0.050 1 3 1 946 335 611 11 260 55 0 9 0 7 603 0 1 0.0328 0.0000 0.0131 5.036 1.45 3.33 -1.88 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.9694 0.0306 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 946 340 606 18 2 51 19 250 0 0 599 2 5 0.0529 0.0000 0.0116 5.667 1.94 3.33 -1.39 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.8066 0.1934
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 457 151 306 0 0 19 1 131 0 0 303 0 3 0.0000 0.0000 0.0098 6.947 6.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0702 0.9298 2 2 0.0000 0.0747 0.9253 2 2 0.0000 0.0814 0.9186
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 322 118 204 48 2 18 2 48 0 0 203 0 1 0.4068 0.0000 0.0049 5.556 0.54 3.12 -2.58 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4263 0.5409 0.0328 1 1 0.4289 0.5382 0.0329 1 1 0.4323 0.5348 0.0330
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 646 127 519 0 0 6 0 121 0 0 514 0 5 0.0000 0.0000 0.0096 20.167 3.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 17286647 GGTGTGT G 0.003296 0.050 1 -6 4 466 110 356 13 11 48 7 31 0 0 350 2 4 0.1182 0.0000 0.0169 1.311 2.23 6.13 -3.90 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2561 0.7380 0.0059 1 1 0.2645 0.7298 0.0057 1 1 0.2758 0.7188 0.0054
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 459 103 356 14 2 22 22 43 0 0 356 0 0 0.1359 0.0000 0.0000 8.778 0.57 3.07 -2.50 10 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0303 0.3961 0.5736 2 1 0.0127 0.7856 0.2017 2 1 0.0003 0.9929 0.0068
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 151 61 90 26 2 4 0 29 0 0 88 0 2 0.4262 0.0000 0.0222 14.000 0.54 4.69 -4.15 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3388 0.5389 0.1224 1 1 0.3414 0.5368 0.1218 1 1 0.3448 0.5342 0.1210
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 64 15 49 8 0 1 0 6 0 0 49 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 14.000 1.00 3.00 -2.00 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1527 0.5133 0.3340 1 1 0.1522 0.5127 0.3351 1 1 0.1515 0.5119 0.3366
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 308 115 193 110 0 1 0 4 0 0 193 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 114.000 0.15 3.25 -3.10 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1959 0.8041 0.0000 0 0 0.9161 0.0839 0.0000 0 0 0.9707 0.0293 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 330 95 235 41 0 14 1 39 0 0 233 0 2 0.4316 0.0000 0.0085 5.786 0.17 2.69 -2.52 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0741 0.5170 0.4090 1 1 0.0746 0.5154 0.4101 1 1 0.0752 0.5134 0.4114
chr19 33379692 GACCTC G 0.005617 0.050 1 -5 1 541 121 420 60 0 4 0 57 0 0 419 0 1 0.4959 0.0000 0.0024 29.250 0.13 4.88 -4.74 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4862 0.5116 0.0023 1 1 0.4879 0.5098 0.0023 1 1 0.4901 0.5076 0.0023
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 573 139 434 58 0 3 0 78 0 0 432 0 2 0.4173 0.0000 0.0046 45.333 0.34 3.10 -2.76 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0252 0.3418 0.6329 1 2 0.0271 0.3476 0.6253 1 2 0.0297 0.3554 0.6148
chr19 37886681 TTTC T 0.000877 0.050 1 -3 5 544 83 461 37 2 6 1 37 0 0 461 0 0 0.4458 0.0000 0.0000 12.667 0.68 4.76 -4.08 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4910 0.5087 0.0004 1 1 0.4921 0.5075 0.0004 1 1 0.4936 0.5060 0.0004
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 410 142 268 67 0 1 4 70 0 0 260 2 6 0.4718 0.0000 0.0299 139.000 0.21 3.00 -2.79 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1575 0.5540 0.2885 1 1 0.1637 0.5525 0.2838 1 1 0.1720 0.5505 0.2775
chr19 39605304 GT G 0.000529 0.050 1 -1 1 322 140 182 136 0 2 0 2 0 0 182 0 0 0.9714 0.0000 0.0000 69.000 0.21 1.00 -0.79 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 255 44 211 0 0 1 39 4 0 0 211 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 6.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0892 0.9108 2 2 0.0000 0.0909 0.9091 2 2 0.0000 0.0934 0.9066
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 254 42 212 0 0 28 13 1 0 0 211 1 0 0.0000 0.0000 0.0047 0.550 12.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1330 0.8670 2 2 0.0000 0.1344 0.8656 2 2 0.0000 0.1365 0.8635
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 441 128 313 0 1 9 1 117 0 0 313 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.222 5.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.0716 0.9284 2 2 0.0000 0.0633 0.9367
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 509 162 347 7 0 3 1 151 0 0 344 0 3 0.0432 0.0000 0.0086 53.000 0.14 1.87 -1.72 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9027 0.0973 2 1 0.0000 0.5662 0.4338
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.050 1 -1 1 517 109 408 10 0 0 0 99 0 0 408 0 0 0.0917 0.0000 0.0000 109.000 1.10 2.77 -1.67 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9838 0.0162
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 314 105 209 63 0 1 0 41 0 0 203 0 6 0.6000 0.0000 0.0287 104.000 0.48 6.78 -6.30 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4915 0.4365 0.0720 1 0 0.4850 0.4395 0.0755 1 0 0.4762 0.4435 0.0803
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 549 163 386 89 0 3 0 71 0 0 384 0 2 0.5460 0.0000 0.0052 53.333 0.19 3.13 -2.94 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3494 0.5266 0.1241 1 1 0.3438 0.5264 0.1298 1 1 0.3364 0.5261 0.1376
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 690 214 476 192 1 18 0 3 0 0 474 0 2 0.8972 0.0000 0.0042 10.889 0.51 3.33 -2.82 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9319 0.0681 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 463 135 328 65 0 1 1 68 0 0 328 0 0 0.4815 0.0000 0.0000 134.000 0.31 2.96 -2.65 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3393 0.5731 0.0876 1 1 0.3437 0.5689 0.0874 1 1 0.3494 0.5636 0.0870
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 291 120 171 67 0 5 0 48 0 0 170 0 1 0.5583 0.0000 0.0058 23.000 0.28 2.00 -1.72 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6749 0.3235 0.0016 1 0 0.6697 0.3286 0.0017 1 0 0.6626 0.3356 0.0018
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.050 1 -3 2 566 107 459 78 0 19 4 6 0 0 458 0 1 0.7290 0.0000 0.0022 4.632 0.91 3.50 -2.59 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0153 0.9847 0.0000 0 1 0.2666 0.7334 0.0000
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 380 80 300 39 1 11 1 28 0 0 298 0 2 0.4875 0.0000 0.0067 6.273 1.82 7.32 -5.50 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5328 0.4321 0.0351 1 0 0.5297 0.4342 0.0361 1 0 0.5255 0.4370 0.0375
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.050 1 -3 1 446 107 339 97 2 5 0 3 0 0 339 0 0 0.9065 0.0000 0.0000 20.400 0.87 5.00 -4.13 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4110 0.5890 0.0000 0 0 0.9230 0.0770 0.0000 0 0 0.9646 0.0354 0.0000
chr19 47802295 ATCGGGCCTGGGT A 0.001408 0.050 1 -12 3 1537 395 1142 194 22 40 12 127 2 3 1118 9 10 0.4911 0.0018 0.0210 9.081 5.96 11.36 -5.40 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9300 0.0700 0.0000 1 0 0.9244 0.0756 0.0000 1 0 0.9162 0.0838 0.0000
chr19 47802317 A AGATTGGGCCTGG 0.000181 0.050 1 12 1 1517 381 1136 97 25 95 8 156 1 1 1124 5 5 0.2546 0.0009 0.0106 3.329 9.76 8.34 1.42 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0678 0.9311 0.0011 1 1 0.0754 0.9236 0.0011 1 1 0.0864 0.9126 0.0010
chr19 48703766 AC A 0.000439 0.050 1 -1 1 675 165 510 154 0 4 0 7 0 0 510 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 40.250 0.54 1.29 -0.75 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5576 0.4424 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 415 121 294 53 0 1 0 67 0 0 294 0 0 0.4380 0.0000 0.0000 120.000 0.77 3.84 -3.06 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2486 0.6398 0.1115 1 1 0.2562 0.6349 0.1090 1 1 0.2662 0.6282 0.1056
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1035 251 784 2 3 48 182 16 0 0 775 8 1 0.0080 0.0000 0.0115 4.786 0.00 4.50 -4.50 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8721 0.1279 2 2 0.0000 0.1666 0.8334 2 2 0.0000 0.0652 0.9348
chr19 49423273 C CCAG 0.003387 0.050 1 3 1 359 146 213 63 2 15 0 66 0 1 211 0 1 0.4315 0.0000 0.0094 8.733 0.24 3.21 -2.97 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4449 0.5534 0.0017 1 1 0.4485 0.5499 0.0017 1 1 0.4529 0.5454 0.0017
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 555 144 411 114 2 23 0 5 1 0 409 1 0 0.7917 0.0024 0.0049 5.261 1.46 7.60 -6.14 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.3690 0.6310 0.0000 0 0 0.7583 0.2417 0.0000
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 674 256 418 108 0 63 1 84 0 0 415 2 1 0.4219 0.0000 0.0072 3.063 0.53 12.26 -11.73 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6516 0.3389 0.0095 1 0 0.6466 0.3432 0.0101 1 0 0.6398 0.3491 0.0111
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 716 156 560 4 1 7 89 55 0 0 558 1 1 0.0256 0.0000 0.0036 29.000 0.00 3.56 -3.56 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9429 0.0571 2 2 0.0000 0.2710 0.7290 2 2 0.0000 0.1094 0.8906
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 714 159 555 0 0 9 53 97 0 0 554 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 16.667 3.67 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0435 0.9565 2 2 0.0000 0.0468 0.9532 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 616 139 477 117 0 15 0 7 0 0 476 0 1 0.8417 0.0000 0.0021 8.267 0.22 5.14 -4.92 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 0 0.8675 0.1325 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 593 160 433 0 0 7 9 144 0 0 425 1 7 0.0000 0.0000 0.0185 21.857 2.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0110 0.9890
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 664 193 471 0 0 0 0 193 0 1 462 0 8 0.0000 0.0000 0.0191 193.000 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0124 0.9876
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 729 213 516 2 0 14 1 196 0 0 514 0 2 0.0094 0.0000 0.0039 16.583 2.50 1.58 0.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0729 0.9271 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0083 0.9917
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 744 144 600 67 0 9 0 68 0 0 599 0 1 0.4653 0.0000 0.0017 15.000 0.39 3.84 -3.45 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2257 0.5423 0.2319 1 1 0.2282 0.5392 0.2326 1 1 0.2313 0.5353 0.2334
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 538 134 404 72 0 21 0 41 0 0 397 0 7 0.5373 0.0000 0.0173 5.381 0.29 8.24 -7.95 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5569 0.3917 0.0514 1 0 0.5467 0.3981 0.0553 1 0 0.5328 0.4064 0.0608
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 655 150 505 3 0 29 0 118 0 0 473 1 31 0.0200 0.0000 0.0634 4.172 2.67 19.33 -16.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3158 0.6842 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr19 55518174 C CATCCCACCATGACTGCTG 0.004924 0.050 1 18 1 883 228 655 122 5 11 14 76 5 1 630 2 17 0.5351 0.0076 0.0382 21.400 2.18 8.36 -6.17 54 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7129 0.2868 0.0003 1 0 0.7078 0.2918 0.0003 1 0 0.7008 0.2988 0.0004
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 844 236 608 107 1 39 8 81 0 0 599 0 9 0.4534 0.0000 0.0148 5.270 0.95 4.41 -3.45 57 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4439 0.4885 0.0677 1 1 0.4426 0.4873 0.0702 1 1 0.4406 0.4859 0.0735
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 587 107 480 0 0 2 0 105 0 0 474 0 6 0.0000 0.0000 0.0125 52.500 3.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0528 0.9472 2 2 0.0000 0.0567 0.9433
chr19 55613894 C CTCCTCG 0.000276 0.050 1 6 3 437 115 322 50 2 16 0 47 0 0 321 0 1 0.4348 0.0000 0.0031 6.125 0.40 6.11 -5.71 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5160 0.4839 0.0001 1 0 0.5165 0.4834 0.0001 1 0 0.5171 0.4828 0.0001
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 160 70 90 35 2 16 0 17 0 0 82 0 8 0.5000 0.0000 0.0889 3.467 1.23 8.59 -7.36 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5444 0.4137 0.0419 1 0 0.5398 0.4168 0.0434 1 0 0.5336 0.4210 0.0454
chr19 58356935 AG A 0.000153 0.050 1 -1 2 637 139 498 59 3 8 0 69 1 5 488 0 4 0.4245 0.0020 0.0201 16.250 1.44 2.51 -1.07 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3903 0.6096 0.0001 1 1 0.3959 0.6040 0.0001 1 1 0.4031 0.5968 0.0001
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 330 101 229 50 0 4 0 47 0 0 228 0 1 0.4950 0.0000 0.0044 24.250 0.20 4.04 -3.84 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4251 0.5121 0.0628 1 1 0.4260 0.5106 0.0634 1 1 0.4271 0.5087 0.0642
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 333 141 192 65 0 3 0 73 0 0 192 0 0 0.4610 0.0000 0.0000 46.000 0.03 2.04 -2.01 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1286 0.5123 0.3591 1 1 0.1319 0.5109 0.3572 1 1 0.1363 0.5092 0.3545
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 137 72 65 65 0 3 0 4 0 0 65 0 0 0.9028 0.0000 0.0000 23.000 0.20 6.75 -6.55 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0048 0.9952 0.0000 0 1 0.1821 0.8179 0.0000 0 1 0.4105 0.5895 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 491 160 331 106 0 0 0 54 0 0 330 1 0 0.6625 0.0000 0.0030 160.000 0.37 9.28 -8.91 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8612 0.1354 0.0034 1 0 0.8507 0.1452 0.0041 1 0 0.8357 0.1591 0.0052
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 491 165 326 109 1 0 1 54 0 0 325 1 0 0.6606 0.0000 0.0031 164.000 0.36 9.31 -8.96 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8775 0.1200 0.0026 1 0 0.8674 0.1294 0.0031 1 0 0.8530 0.1429 0.0040
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 487 171 316 118 0 1 0 52 0 0 313 0 3 0.6901 0.0000 0.0095 170.000 0.27 8.73 -8.46 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9201 0.0789 0.0010 1 0 0.9120 0.0867 0.0013 1 0 0.9000 0.0983 0.0017
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 349 153 196 86 0 14 0 53 0 0 194 0 2 0.5621 0.0000 0.0102 9.929 0.44 5.47 -5.03 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7674 0.2271 0.0055 1 0 0.7588 0.2351 0.0061 1 0 0.7469 0.2461 0.0070
chr20 3864345 C CAAG 0.001475 0.050 1 3 2 438 145 293 139 0 2 0 4 0 0 293 0 0 0.9586 0.0000 0.0000 71.500 0.25 2.25 -2.00 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9703 0.0297 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr20 19886698 CT C 0.002304 0.050 1 -1 1 159 78 81 43 1 0 0 34 0 0 81 0 0 0.5513 0.0000 0.0000 78.000 0.65 3.59 -2.94 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5975 0.4020 0.0005 1 0 0.5946 0.4048 0.0005 1 0 0.5908 0.4087 0.0006
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 230 87 143 42 0 3 0 42 0 0 143 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 28.000 1.52 1.12 0.40 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1814 0.5256 0.2929 1 1 0.1822 0.5237 0.2941 1 1 0.1831 0.5213 0.2956
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 716 187 529 102 1 6 0 78 0 0 524 0 5 0.5455 0.0000 0.0095 30.167 0.26 5.88 -5.62 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5098 0.4325 0.0576 1 0 0.5029 0.4357 0.0614 1 0 0.4935 0.4399 0.0666
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 505 160 345 3 0 1 2 154 0 0 332 0 13 0.0187 0.0000 0.0377 158.000 0.00 3.56 -3.56 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4984 0.5016 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0270 0.9730
chr20 38926679 CGCG C 0.001907 0.050 1 -3 3 652 212 440 175 5 25 0 7 0 0 440 0 0 0.8255 0.0000 0.0000 7.480 0.26 3.43 -3.17 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3465 0.6535 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 41404762 GTCT G 0.000048 0.050 1 -3 3 605 152 453 62 1 18 0 71 0 0 452 0 1 0.4079 0.0000 0.0022 7.444 0.44 3.86 -3.42 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3515 0.6484 0.0000 1 1 0.3583 0.6416 0.0000 1 1 0.3672 0.6328 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1072 360 712 287 2 45 1 25 0 0 712 0 0 0.7972 0.0000 0.0000 6.978 0.30 3.16 -2.86 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0405 0.9595 0.0000
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.050 1 36 4 722 166 556 67 12 24 3 60 0 0 556 0 0 0.4036 0.0000 0.0000 5.667 0.55 2.22 -1.66 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6380 0.3607 0.0013 1 0 0.6342 0.3643 0.0014 1 0 0.6291 0.3694 0.0015
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 310 58 252 0 0 3 2 53 0 0 244 0 8 0.0000 0.0000 0.0317 18.333 5.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr21 14189118 A ACCC 0.000545 0.050 1 3 1 330 101 229 48 0 3 1 49 0 0 227 0 2 0.4752 0.0000 0.0087 32.667 0.25 2.98 -2.73 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4221 0.5776 0.0003 1 1 0.4261 0.5735 0.0003 1 1 0.4313 0.5683 0.0003
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 344 161 183 92 0 2 0 67 0 0 180 0 3 0.5714 0.0000 0.0164 79.500 0.02 2.01 -1.99 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3674 0.5283 0.1043 1 1 0.3589 0.5302 0.1109 1 1 0.3476 0.5325 0.1199
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 812 207 605 100 0 6 0 101 0 0 598 0 7 0.4831 0.0000 0.0116 33.500 0.18 5.50 -5.32 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1389 0.5425 0.3186 1 1 0.1429 0.5392 0.3179 1 1 0.1482 0.5351 0.3168
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 734 184 550 86 0 14 3 81 2 1 546 0 1 0.4674 0.0036 0.0073 12.143 1.66 15.14 -13.47 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4044 0.5212 0.0744 1 1 0.4057 0.5185 0.0758 1 1 0.4071 0.5152 0.0777
chr21 36413213 CGGA C 0.000047 0.050 1 -3 2 499 111 388 105 0 3 0 3 0 0 388 0 0 0.9459 0.0000 0.0000 36.000 0.18 3.00 -2.82 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 272 110 162 54 1 2 0 53 0 0 161 0 1 0.4909 0.0000 0.0062 53.500 0.13 3.04 -2.91 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2069 0.5344 0.2587 1 1 0.2077 0.5318 0.2605 1 1 0.2087 0.5286 0.2627
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.050 1 40 1 1179 298 881 70 5 151 0 72 7 9 813 14 38 0.2349 0.0079 0.0772 0.947 1.61 2.51 -0.90 8 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1141 0.7904 0.0954 1 1 0.1233 0.7859 0.0908 1 1 0.1361 0.7791 0.0848
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 317 53 264 0 1 2 0 50 0 0 264 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.500 2.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 977 203 774 103 0 13 1 86 0 0 771 0 3 0.5074 0.0000 0.0039 14.615 0.27 3.37 -3.10 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5786 0.4106 0.0108 1 0 0.5767 0.4120 0.0113 1 0 0.5738 0.4142 0.0120
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.050 1 -3 1 1222 301 921 270 2 19 0 10 0 0 921 0 0 0.8970 0.0000 0.0000 14.842 1.90 4.60 -2.70 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0274 0.9726 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1467 322 1145 198 2 6 9 107 2 0 1132 3 8 0.6149 0.0017 0.0114 78.250 1.35 3.28 -1.93 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9126 0.0866 0.0008 1 0 0.9027 0.0962 0.0011 1 0 0.8879 0.1105 0.0016
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1469 327 1142 199 5 6 14 103 2 1 1127 4 8 0.6086 0.0018 0.0131 64.200 1.33 3.28 -1.95 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9180 0.0813 0.0007 1 0 0.9084 0.0906 0.0010 1 0 0.8942 0.1044 0.0014
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 851 211 640 179 3 24 1 4 13 7 619 1 0 0.8483 0.0203 0.0328 7.792 1.07 16.50 -15.43 79 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2813 0.7187 0.0000 0 0 0.9581 0.0419 0.0000 0 0 0.9872 0.0128 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 654 148 506 74 3 19 0 52 0 0 502 0 4 0.5000 0.0000 0.0079 6.684 0.85 17.04 -16.19 28 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4802 0.4455 0.0743 1 0 0.4716 0.4495 0.0789 1 0 0.4601 0.4546 0.0853
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.050 1 -15 2 668 141 527 67 0 10 1 63 0 0 527 0 0 0.4752 0.0000 0.0000 13.100 0.91 14.83 -13.91 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4222 0.5140 0.0638 1 1 0.4233 0.5120 0.0647 1 1 0.4245 0.5096 0.0659
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 368 156 212 0 1 17 3 135 0 0 210 0 2 0.0000 0.0000 0.0094 8.059 7.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.050 1 6 2 474 197 277 68 0 47 2 80 0 0 277 0 0 0.3452 0.0000 0.0000 3.170 0.87 5.28 -4.41 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2968 0.6985 0.0047 1 1 0.3052 0.6902 0.0046 1 1 0.3162 0.6794 0.0044
chr22 20858678 G GCCGCCTCCGCCT 0.001452 0.050 1 12 2 474 197 277 69 2 107 7 12 0 0 277 0 0 0.3503 0.0000 0.0000 0.821 0.90 3.08 -2.18 19 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9028 0.0972 0.0000 1 0 0.7866 0.2133 0.0000 0 0 0.8652 0.1348 0.0000
chr22 21388339 A AC 0.001328 0.050 1 1 2 1116 115 1001 101 0 1 0 13 0 0 1001 0 0 0.8783 0.0000 0.0000 114.000 0.58 1.00 -0.42 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6103 0.3897 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 573 135 438 63 1 32 1 38 0 0 433 0 5 0.4667 0.0000 0.0114 3.188 1.11 16.97 -15.86 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1825 0.6349 0.1826 1 1 0.1768 0.6324 0.1908 1 1 0.1693 0.6288 0.2019
chr22 30694065 A ACAGACAGGT 0.001704 0.050 1 9 1 218 57 161 31 0 5 0 21 0 0 160 0 1 0.5439 0.0000 0.0062 10.400 8.55 15.10 -6.55 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5933 0.4063 0.0004 1 0 0.5903 0.4093 0.0004 1 0 0.5863 0.4132 0.0004
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 699 225 474 213 0 6 0 6 0 0 474 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 36.500 0.67 1.67 -1.00 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0125 0.9875 0.0000 0 0 0.7867 0.2133 0.0000 0 0 0.9495 0.0505 0.0000
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 555 135 420 75 0 1 0 59 0 0 418 0 2 0.5556 0.0000 0.0048 134.000 0.60 5.86 -5.26 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6273 0.3721 0.0006 1 0 0.6240 0.3754 0.0006 1 0 0.6194 0.3799 0.0007
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 501 233 268 116 0 42 0 75 0 0 263 0 5 0.4979 0.0000 0.0187 4.548 0.42 5.64 -5.22 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7752 0.2179 0.0069 1 0 0.7658 0.2264 0.0078 1 0 0.7527 0.2381 0.0092
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 403 198 205 91 0 25 0 82 0 0 199 0 6 0.4596 0.0000 0.0293 6.920 0.22 7.55 -7.33 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3318 0.5404 0.1278 1 1 0.3333 0.5369 0.1298 1 1 0.3350 0.5326 0.1324
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 248 135 113 126 0 8 0 1 0 0 113 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 15.875 0.66 3.00 -2.34 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9029 0.0971 0.0000 0 0 0.9582 0.0418 0.0000 0 0 0.9658 0.0342 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 381 124 257 0 0 6 1 117 0 0 251 0 6 0.0000 0.0000 0.0233 19.667 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0179 0.9821 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 553 192 361 158 0 13 1 20 0 0 361 0 0 0.8229 0.0000 0.0000 13.769 0.13 3.35 -3.22 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0656 0.9344 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1037 222 815 12 0 0 0 210 0 0 798 0 17 0.0541 0.0000 0.0209 222.000 1.50 10.21 -8.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9629 0.0371 2 2 0.0000 0.4677 0.5323
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 639 125 514 53 1 9 1 61 0 0 512 1 1 0.4240 0.0000 0.0039 12.889 1.17 7.20 -6.03 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3189 0.6348 0.0463 1 1 0.3256 0.6290 0.0455 1 1 0.3342 0.6213 0.0444
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 406 117 289 59 0 13 0 45 0 0 284 0 5 0.5043 0.0000 0.0173 8.000 0.49 13.89 -13.40 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5352 0.4386 0.0262 1 0 0.5331 0.4399 0.0270 1 0 0.5301 0.4418 0.0281
chr22 50603339 A AGAG 0.000143 0.050 1 3 2 408 123 285 59 1 19 0 44 0 0 284 0 1 0.4797 0.0000 0.0035 5.474 0.56 3.36 -2.80 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6486 0.3513 0.0000 1 0 0.6443 0.3557 0.0000 1 0 0.6385 0.3615 0.0000
794 rows