File Info

Filename
HG02145_x_HG02148_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG02145_x_HG02148_FF_5.features.tsv
Size
159.9 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 424 179 245 164 1 9 0 5 0 0 245 0 0 0.9162 0.0000 0.0000 18.889 1.09 9.40 -8.31 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 0 0.6747 0.3253 0.0000 0 0 0.8906 0.1094 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 482 175 307 142 3 19 0 11 0 0 307 0 0 0.8114 0.0000 0.0000 8.211 0.23 2.82 -2.59 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0225 0.9775 0.0000 0 1 0.3515 0.6485 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 492 177 315 150 0 25 0 2 0 0 315 0 0 0.8475 0.0000 0.0000 6.080 0.48 5.00 -4.52 50 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6269 0.3731 0.0000 0 0 0.9141 0.0859 0.0000 0 0 0.9455 0.0545 0.0000
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 792 232 560 8 0 48 5 171 0 0 558 0 2 0.0345 0.0000 0.0036 3.833 0.25 3.19 -2.94 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7215 0.2785 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 579 135 444 1 0 12 1 121 0 0 438 0 6 0.0074 0.0000 0.0135 10.250 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1696 0.8304 2 2 0.0000 0.0767 0.9233 2 2 0.0000 0.0632 0.9368
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1103 189 914 86 1 10 0 92 0 0 911 0 3 0.4550 0.0000 0.0033 17.800 0.63 3.15 -2.52 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1430 0.5354 0.3216 1 1 0.1469 0.5327 0.3204 1 1 0.1522 0.5293 0.3185
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.050 1 3 2 300 112 188 56 0 4 0 52 0 0 186 0 2 0.5000 0.0000 0.0106 27.000 0.29 2.98 -2.70 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2569 0.5323 0.2108 1 1 0.2573 0.5299 0.2128 1 1 0.2578 0.5268 0.2153
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 2081 427 1654 371 14 33 1 8 0 0 1654 0 0 0.8689 0.0000 0.0000 11.606 1.59 3.75 -2.16 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0331 0.9669 0.0000 0 0 0.9816 0.0184 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 738 171 567 93 1 5 0 72 0 0 562 0 5 0.5439 0.0000 0.0088 33.200 1.30 18.14 -16.84 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4444 0.4728 0.0828 1 1 0.4385 0.4743 0.0872 1 1 0.4305 0.4763 0.0932
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 407 165 242 12 0 15 1 137 0 0 239 0 3 0.0727 0.0000 0.0124 10.000 0.33 3.02 -2.69 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9894 0.0106 2 1 0.0000 0.7464 0.2536
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 371 84 287 45 0 4 0 35 0 0 287 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 20.000 0.22 3.00 -2.78 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3680 0.4950 0.1369 1 1 0.3640 0.4953 0.1407 1 1 0.3586 0.4957 0.1457
chr1 44140851 GGGTCTGGTTACCAGTGGAGGTCGTCATCTGTCTCCCGTAGAA G 0.500000 0.050 1 -42 1 1469 532 937 485 10 23 0 14 4 1 929 0 3 0.9117 0.0043 0.0085 22.087 2.72 12.64 -9.92 199 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7269 0.2731 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 684 170 514 0 0 24 2 144 0 1 511 0 2 0.0000 0.0000 0.0058 6.083 5.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0336 0.9664 2 2 0.0000 0.0344 0.9656
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 243 93 150 48 0 4 0 41 0 0 150 0 0 0.5161 0.0000 0.0000 22.250 0.44 2.88 -2.44 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3249 0.5125 0.1626 1 1 0.3226 0.5115 0.1658 1 1 0.3196 0.5103 0.1701
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 479 145 334 62 3 14 1 65 0 0 333 0 1 0.4276 0.0000 0.0030 9.357 0.15 3.14 -2.99 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2083 0.5390 0.2527 1 1 0.2105 0.5361 0.2534 1 1 0.2133 0.5324 0.2543
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 853 171 682 159 1 9 0 2 0 0 682 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 17.889 0.66 3.00 -2.34 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6811 0.3189 0.0000 0 0 0.9313 0.0687 0.0000 0 0 0.9564 0.0436 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 313 122 191 7 1 4 6 104 0 0 191 0 0 0.0574 0.0000 0.0000 28.000 1.00 5.62 -4.62 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8926 0.1074 2 1 0.0000 0.5245 0.4755
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 168 80 88 0 0 2 0 78 0 0 86 0 2 0.0000 0.0000 0.0227 39.000 3.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1178 0.8822 2 2 0.0000 0.1221 0.8779 2 2 0.0000 0.1281 0.8719
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 333 164 169 72 1 26 0 65 0 0 164 0 5 0.4390 0.0000 0.0296 5.269 1.29 9.91 -8.62 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2610 0.5411 0.1979 1 1 0.2616 0.5380 0.2005 1 1 0.2621 0.5341 0.2037
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 515 141 374 5 0 10 1 125 0 0 371 0 3 0.0355 0.0000 0.0080 14.556 0.00 5.61 -5.61 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 1 0.0000 0.5447 0.4553 2 2 0.0000 0.2292 0.7708
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 515 144 371 4 0 19 1 120 0 0 371 0 0 0.0278 0.0000 0.0000 6.526 0.50 5.79 -5.29 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 2 0.0000 0.4225 0.5775 2 2 0.0000 0.1959 0.8041
chr1 92074651 C CCAT 0.500000 0.050 1 3 1 683 112 571 46 4 15 2 45 0 0 568 0 3 0.4107 0.0000 0.0053 6.467 1.50 3.33 -1.83 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2354 0.5305 0.2341 1 1 0.2366 0.5282 0.2353 1 1 0.2380 0.5253 0.2367
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 210 78 132 45 0 3 0 30 0 0 129 0 3 0.5769 0.0000 0.0227 25.000 0.33 3.00 -2.67 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3967 0.4822 0.1211 1 1 0.3915 0.4834 0.1251 1 1 0.3846 0.4849 0.1305
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 479 118 361 102 1 7 1 7 0 0 359 1 1 0.8644 0.0000 0.0055 15.714 0.67 3.29 -2.62 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 1 0.3230 0.6770 0.0000
chr1 144429757 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 101 37 64 18 0 0 0 19 0 0 64 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 37.000 0.28 1.11 -0.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2324 0.5110 0.2566 1 1 0.2333 0.5102 0.2566 1 1 0.2344 0.5091 0.2565
chr1 146994348 ATGGAAG A 0.500000 0.050 1 -6 1 152 56 96 27 0 1 0 28 0 0 93 0 3 0.4821 0.0000 0.0312 55.000 0.07 6.43 -6.35 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1960 0.5129 0.2911 1 1 0.1982 0.5119 0.2899 1 1 0.2011 0.5107 0.2883
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 1745 507 1238 290 15 172 4 26 20 5 1201 7 5 0.5720 0.0162 0.0299 1.953 2.44 3.50 -1.06 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1398 314 1084 254 0 50 0 10 3 0 1079 0 2 0.8089 0.0028 0.0046 5.388 0.37 3.80 -3.43 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1597 0.8403 0.0000 0 0 0.8475 0.1525 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 294 103 191 38 3 13 9 40 0 0 191 0 0 0.3689 0.0000 0.0000 6.154 0.26 1.68 -1.41 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1631 0.5116 0.3253 1 1 0.1663 0.5107 0.3229 1 1 0.1706 0.5096 0.3198
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 267 83 184 0 0 8 0 75 0 0 158 0 26 0.0000 0.0000 0.1413 9.375 10.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.050 1 18 5 266 107 159 2 0 4 2 99 0 0 159 0 0 0.0187 0.0000 0.0000 25.500 0.00 7.82 -7.82 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6728 0.3272 2 2 0.0000 0.2405 0.7595 2 2 0.0000 0.1582 0.8418
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 850 273 577 128 2 25 0 118 1 1 570 0 5 0.4689 0.0017 0.0121 10.783 1.38 6.19 -4.82 80 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3217 0.5515 0.1268 1 1 0.3212 0.5476 0.1312 1 1 0.3202 0.5427 0.1371
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1356 297 1059 0 0 55 4 238 0 2 1000 5 52 0.0000 0.0000 0.0557 4.444 10.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 646 271 375 252 11 5 0 3 0 0 375 0 0 0.9299 0.0000 0.0000 132.500 0.28 4.00 -3.72 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8535 0.1465 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 646 271 375 261 1 6 0 3 0 0 375 0 0 0.9631 0.0000 0.0000 44.167 0.39 4.00 -3.61 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8448 0.1552 0.0000 0 0 0.9885 0.0115 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 224 94 130 8 1 2 1 82 0 0 129 0 1 0.0851 0.0000 0.0077 45.500 1.62 2.06 -0.44 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9677 0.0323 2 1 0.0000 0.7467 0.2533
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 415 99 316 0 0 0 1 98 0 0 313 0 3 0.0000 0.0000 0.0095 99.000 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr1 156913391 GTTCCAGGCCCGCTCT G 0.500000 0.050 1 -15 2 694 153 541 85 0 2 1 65 0 0 536 0 5 0.5556 0.0000 0.0092 75.500 0.38 14.72 -14.35 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4124 0.4888 0.0989 1 1 0.4075 0.4893 0.1032 1 1 0.4008 0.4901 0.1092
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 848 191 657 98 0 6 1 86 0 0 653 0 4 0.5131 0.0000 0.0061 30.833 0.18 1.52 -1.34 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3046 0.5429 0.1524 1 1 0.3041 0.5397 0.1563 1 1 0.3031 0.5356 0.1613
chr1 182952865 T TCCGCCG 0.500000 0.050 1 6 2 592 182 410 82 0 31 0 69 0 0 404 0 6 0.4505 0.0000 0.0146 4.871 0.16 5.58 -5.42 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3094 0.5338 0.1569 1 1 0.3083 0.5312 0.1605 1 1 0.3068 0.5280 0.1653
chr1 183533735 T TACA 0.500000 0.050 1 3 2 231 77 154 41 1 2 0 33 0 0 154 0 0 0.5325 0.0000 0.0000 37.500 0.44 3.09 -2.65 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3552 0.4989 0.1459 1 1 0.3516 0.4990 0.1495 1 1 0.3468 0.4990 0.1542
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 630 161 469 88 0 6 4 63 0 0 467 1 1 0.5466 0.0000 0.0043 38.750 0.52 4.67 -4.14 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4666 0.4571 0.0763 1 0 0.4598 0.4596 0.0806 1 1 0.4505 0.4630 0.0866
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 624 160 464 90 1 0 5 64 0 0 461 0 3 0.5625 0.0000 0.0065 158.000 0.51 4.61 -4.10 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4880 0.4440 0.0680 1 0 0.4804 0.4473 0.0723 1 0 0.4702 0.4516 0.0782
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 464 190 274 155 0 29 0 6 1 0 272 0 1 0.8158 0.0036 0.0073 5.552 0.22 12.50 -12.28 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3041 0.6959 0.0000 0 0 0.7574 0.2426 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 701 357 344 301 4 46 0 6 0 0 343 0 1 0.8431 0.0000 0.0029 6.761 0.46 10.00 -9.54 149 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0232 0.9768 0.0000 0 0 0.9459 0.0541 0.0000 0 0 0.9912 0.0088 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 754 171 583 93 0 10 2 66 0 0 582 0 1 0.5439 0.0000 0.0017 16.100 0.34 9.36 -9.02 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5443 0.4050 0.0507 1 0 0.5350 0.4104 0.0546 1 0 0.5223 0.4176 0.0601
chr1 228409077 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 724 192 532 97 0 12 3 80 0 0 532 0 0 0.5052 0.0000 0.0000 15.000 0.32 1.23 -0.91 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4074 0.4954 0.0973 1 1 0.4029 0.4954 0.1017 1 1 0.3968 0.4955 0.1077
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 287 125 162 70 0 3 0 52 0 0 161 0 1 0.5600 0.0000 0.0062 40.667 0.16 1.02 -0.86 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4568 0.4582 0.0851 1 1 0.4498 0.4608 0.0894 1 1 0.4405 0.4642 0.0953
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 661 189 472 8 1 18 2 160 0 0 466 2 4 0.0423 0.0000 0.0127 9.500 1.12 3.50 -2.38 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8513 0.1487 2 2 0.0000 0.3259 0.6741
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 573 147 426 69 0 4 0 74 0 0 426 0 0 0.4694 0.0000 0.0000 35.750 1.14 1.14 0.01 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1758 0.5360 0.2882 1 1 0.1789 0.5333 0.2878 1 1 0.1830 0.5299 0.2871
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 758 194 564 105 0 3 1 85 0 0 559 0 5 0.5412 0.0000 0.0089 63.333 0.34 3.02 -2.68 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3993 0.5026 0.0981 1 1 0.3954 0.5021 0.1025 1 1 0.3899 0.5016 0.1085
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 471 121 350 115 1 3 0 2 0 0 350 0 0 0.9504 0.0000 0.0000 39.000 1.71 1.00 0.71 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4191 0.5809 0.0000 0 0 0.8213 0.1787 0.0000 0 0 0.8844 0.1156 0.0000
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 757 164 593 87 3 3 0 71 0 0 593 0 0 0.5305 0.0000 0.0000 53.667 0.90 1.99 -1.09 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4745 0.4526 0.0729 1 0 0.4674 0.4554 0.0771 1 1 0.4578 0.4591 0.0831
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1181 308 873 164 0 2 0 142 0 0 873 0 0 0.5325 0.0000 0.0000 153.000 0.27 1.35 -1.08 38 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4777 0.4680 0.0543 1 0 0.4725 0.4692 0.0584 1 1 0.4650 0.4709 0.0641
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 478 106 372 57 0 5 0 44 1 0 371 0 0 0.5377 0.0027 0.0027 20.200 2.14 5.23 -3.09 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4194 0.4755 0.1051 1 1 0.4136 0.4771 0.1093 1 1 0.4058 0.4792 0.1150
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 596 47 549 0 0 0 2 45 0 0 543 0 6 0.0000 0.0000 0.0109 47.000 4.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2086 0.7914 2 2 0.0000 0.2130 0.7870 2 2 0.0000 0.2192 0.7808
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 806 330 476 113 0 18 0 199 0 0 471 0 5 0.3424 0.0000 0.0105 17.333 1.16 6.71 -5.55 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0317 0.9682 1 2 0.0002 0.0364 0.9634 1 2 0.0003 0.0438 0.9559
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 632 182 450 127 0 3 0 52 0 0 450 0 0 0.6978 0.0000 0.0000 59.667 0.28 6.71 -6.44 73 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9419 0.0575 0.0006 1 0 0.9345 0.0648 0.0007 1 0 0.9233 0.0756 0.0011
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 263 124 139 56 0 5 0 63 0 0 136 0 3 0.4516 0.0000 0.0216 23.800 0.18 2.94 -2.76 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1616 0.5276 0.3108 1 1 0.1662 0.5262 0.3076 1 1 0.1722 0.5245 0.3033
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 473 131 342 1 0 14 0 116 0 0 320 0 22 0.0076 0.0000 0.0643 8.357 0.00 10.13 -10.13 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0641 0.9359 2 2 0.0000 0.0272 0.9728 2 2 0.0000 0.0224 0.9776
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 473 131 342 6 4 67 3 51 0 0 320 0 22 0.0458 0.0000 0.0643 0.909 6.50 12.12 -5.62 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9872 0.0128 2 1 0.0000 0.9166 0.0834
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 213 46 167 2 0 5 0 39 0 0 166 0 1 0.0435 0.0000 0.0060 8.200 0.00 3.49 -3.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9053 0.0947 2 1 0.0000 0.5864 0.4136 2 2 0.0000 0.4463 0.5537
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 330 116 214 4 0 13 0 99 0 0 212 0 2 0.0345 0.0000 0.0093 7.923 0.50 2.89 -2.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.5450 0.4550 2 2 0.0000 0.2820 0.7180
chr2 39178722 T TA 0.500000 0.050 1 1 4 409 142 267 72 0 1 0 69 0 0 267 0 0 0.5070 0.0000 0.0000 141.000 0.12 1.09 -0.96 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2637 0.5402 0.1960 1 1 0.2642 0.5372 0.1986 1 1 0.2646 0.5334 0.2020
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 521 161 360 61 0 95 0 5 0 0 360 0 0 0.3789 0.0000 0.0000 0.695 0.26 0.80 -0.54 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1377 0.8623 0.0000 0 1 0.4025 0.5975 0.0000
chr2 61186454 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 494 111 383 67 0 3 0 41 0 0 382 0 1 0.6036 0.0000 0.0026 36.000 0.13 3.10 -2.96 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5720 0.3797 0.0483 1 0 0.5611 0.3868 0.0521 1 0 0.5465 0.3960 0.0575
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 485 206 279 95 1 11 2 97 0 0 279 0 0 0.4612 0.0000 0.0000 17.636 1.15 3.29 -2.14 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1918 0.5569 0.2513 1 1 0.1948 0.5526 0.2526 1 1 0.1987 0.5473 0.2541
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 660 195 465 56 7 48 67 17 0 0 460 5 0 0.2872 0.0000 0.0108 3.000 0.12 3.29 -3.17 28 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0388 0.3651 0.5961 1 2 0.0423 0.3726 0.5851 1 2 0.0474 0.3824 0.5702
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 661 195 466 60 1 59 2 73 0 0 461 0 5 0.3077 0.0000 0.0107 2.288 0.22 6.03 -5.81 30 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0766 0.4516 0.4718 1 2 0.0809 0.4545 0.4646 1 1 0.0869 0.4584 0.4548
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 1044 221 823 99 1 52 2 67 0 0 779 0 44 0.4480 0.0000 0.0535 3.294 0.39 12.96 -12.56 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.5172 0.3774 1 1 0.1099 0.5157 0.3744 1 1 0.1159 0.5138 0.3702
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 453 165 288 11 0 11 3 140 0 1 285 0 2 0.0667 0.0000 0.0104 14.000 1.09 3.73 -2.64 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9802 0.0198 2 1 0.0000 0.6733 0.3267
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 482 134 348 0 0 22 3 109 0 0 346 0 2 0.0000 0.0000 0.0057 5.091 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0611 0.9389
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 877 254 623 105 1 24 0 124 0 0 623 0 0 0.4134 0.0000 0.0000 9.542 0.59 7.70 -7.11 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0737 0.4802 0.4461 1 1 0.0781 0.4810 0.4409 1 1 0.0842 0.4822 0.4336
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 587 176 411 83 0 2 1 90 0 0 407 0 4 0.4716 0.0000 0.0097 87.000 0.42 3.23 -2.81 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1141 0.5129 0.3730 1 1 0.1184 0.5117 0.3698 1 1 0.1243 0.5104 0.3654
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 210 98 112 73 0 5 0 20 0 0 109 0 3 0.7449 0.0000 0.0268 18.600 0.18 19.25 -19.07 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8354 0.1586 0.0060 1 0 0.8226 0.1704 0.0071 1 0 0.6780 0.3145 0.0075
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 151 64 87 30 0 1 0 33 0 0 86 0 1 0.4688 0.0000 0.0115 63.000 0.13 3.06 -2.93 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1953 0.5147 0.2900 1 1 0.1975 0.5136 0.2889 1 1 0.2004 0.5122 0.2874
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 519 177 342 155 0 18 0 4 0 0 342 0 0 0.8757 0.0000 0.0000 8.833 0.64 19.25 -18.61 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0672 0.9328 0.0000 0 0 0.7597 0.2403 0.0000 0 0 0.9028 0.0972 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 619 135 484 0 0 0 0 135 0 0 472 0 12 0.0000 0.0000 0.0248 135.000 5.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr2 127858100 T TCGCCGCGCCG 0.500000 0.050 1 10 1 218 102 116 46 0 13 0 43 0 0 113 0 3 0.4510 0.0000 0.0259 6.846 0.28 9.00 -8.72 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2360 0.5281 0.2360 1 1 0.2370 0.5260 0.2370 1 1 0.2384 0.5233 0.2383
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 370 140 230 11 0 18 0 111 0 1 225 0 4 0.0786 0.0000 0.0217 6.778 0.00 5.98 -5.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.8369 0.1631
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 229 63 166 27 13 10 3 10 0 0 166 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 5.667 1.48 1.30 0.18 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5872 0.3630 0.0498 1 0 0.5733 0.3733 0.0534 1 0 0.4940 0.4543 0.0518
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 529 161 368 65 0 16 0 80 0 0 368 0 0 0.4037 0.0000 0.0000 9.062 0.55 3.11 -2.56 7 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0960 0.4811 0.4230 1 1 0.1003 0.4821 0.4175 1 1 0.1062 0.4836 0.4102
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 282 130 152 124 0 2 0 4 0 0 151 0 1 0.9538 0.0000 0.0066 64.000 0.19 3.00 -2.81 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.4302 0.5698 0.0000 0 0 0.7530 0.2470 0.0000
chr2 178654033 G GT 0.500000 0.050 1 1 2 1410 159 1251 77 1 9 0 72 2 0 1247 0 2 0.4843 0.0016 0.0032 16.556 1.08 1.53 -0.45 41 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2962 0.5367 0.1671 1 1 0.2956 0.5339 0.1704 1 1 0.2947 0.5304 0.1749
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 766 164 602 152 1 7 0 4 0 0 602 0 0 0.9268 0.0000 0.0000 22.429 0.38 3.75 -3.37 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0642 0.9358 0.0000 0 0 0.7506 0.2494 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 324 132 192 4 0 19 52 57 0 0 191 0 1 0.0303 0.0000 0.0052 4.000 0.75 3.28 -2.53 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9826 0.0174 2 1 0.0000 0.5584 0.4416 2 2 0.0000 0.2926 0.7074
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 324 132 192 59 2 64 1 6 0 0 191 1 0 0.4470 0.0000 0.0052 1.098 2.90 5.50 -2.60 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0516 0.9484 0.0000 0 1 0.2442 0.7558 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 325 131 194 8 5 11 45 62 0 0 194 0 0 0.0611 0.0000 0.0000 6.909 0.00 2.95 -2.95 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9856 0.0144 2 1 0.0000 0.8310 0.1690
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 240 68 172 47 9 5 0 7 0 0 172 0 0 0.6912 0.0000 0.0000 10.800 0.15 2.29 -2.14 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0370 0.9630 0.0000 0 1 0.2205 0.7795 0.0000
chr2 199961847 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 191 75 116 72 0 1 0 2 0 1 115 0 0 0.9600 0.0000 0.0086 74.000 0.07 1.00 -0.93 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1981 0.8019 0.0000 0 0 0.6150 0.3850 0.0000 0 0 0.7325 0.2675 0.0000
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 514 114 400 41 2 26 0 45 1 0 397 0 2 0.3596 0.0025 0.0075 3.385 1.34 4.82 -3.48 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2000 0.5245 0.2755 1 1 0.2022 0.5226 0.2752 1 1 0.2051 0.5203 0.2746
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 267 72 195 0 0 1 0 71 0 0 192 0 3 0.0000 0.0000 0.0154 71.000 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.1388 0.8612 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 607 158 449 1 0 22 2 133 0 0 443 0 6 0.0063 0.0000 0.0134 6.182 3.00 7.52 -4.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1288 0.8712 2 2 0.0000 0.0570 0.9430 2 2 0.0000 0.0472 0.9528
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 959 231 728 99 1 44 1 86 0 0 716 0 12 0.4286 0.0000 0.0165 4.250 1.14 6.67 -5.53 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2287 0.5603 0.2111 1 1 0.2307 0.5558 0.2136 1 1 0.2332 0.5501 0.2168
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 697 218 479 129 3 7 2 77 0 0 447 0 32 0.5917 0.0000 0.0668 29.714 0.19 15.23 -15.04 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4841 0.4563 0.0595 1 0 0.4778 0.4585 0.0637 1 0 0.4690 0.4615 0.0695
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 353 157 196 76 0 3 5 73 0 0 196 0 0 0.4841 0.0000 0.0000 49.667 1.74 4.10 -2.36 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2182 0.5461 0.2357 1 1 0.2202 0.5426 0.2372 1 1 0.2227 0.5382 0.2390
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 1513 325 1188 159 0 1 0 165 0 1 1185 0 2 0.4892 0.0000 0.0025 324.000 0.75 1.22 -0.46 141 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1386 0.5844 0.2770 1 1 0.1432 0.5781 0.2787 1 1 0.1493 0.5702 0.2805
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 455 123 332 10 0 28 5 80 0 0 332 0 0 0.0813 0.0000 0.0000 3.357 0.70 3.29 -2.59 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9897 0.0103 2 1 0.0000 0.8423 0.1577
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.050 1 -3 2 653 154 499 86 1 8 0 59 0 0 497 0 2 0.5584 0.0000 0.0040 18.250 0.31 3.17 -2.86 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5744 0.3815 0.0441 1 0 0.5639 0.3882 0.0478 1 0 0.5498 0.3971 0.0531
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 542 141 401 0 0 3 0 138 0 0 398 0 3 0.0000 0.0000 0.0075 46.000 3.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.050 1 -3 1 513 149 364 94 0 3 0 52 0 0 364 0 0 0.6309 0.0000 0.0000 48.667 0.57 4.52 -3.94 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8693 0.1307 0.0000 1 0 0.8616 0.1384 0.0000 1 0 0.8507 0.1493 0.0001
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 487 133 354 58 1 3 6 65 0 1 353 0 0 0.4361 0.0000 0.0028 43.333 0.52 4.72 -4.21 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1269 0.5059 0.3672 1 1 0.1309 0.5053 0.3637 1 1 0.1363 0.5047 0.3590
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 798 300 498 137 2 31 0 130 0 0 457 0 41 0.4567 0.0000 0.0823 8.677 0.38 11.78 -11.40 21 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0257 0.3655 0.6087 1 2 0.0286 0.3719 0.5995 1 2 0.0329 0.3804 0.5867
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 743 239 504 172 13 44 0 10 0 0 504 0 0 0.7197 0.0000 0.0000 4.432 0.27 3.90 -3.63 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1139 0.8861 0.0000 0 0 0.6768 0.3232 0.0000
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 743 239 504 185 0 49 1 4 0 0 504 0 0 0.7741 0.0000 0.0000 3.857 0.50 6.00 -5.50 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1132 0.8868 0.0000 0 0 0.8495 0.1505 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 508 132 376 0 0 9 0 123 0 0 373 1 2 0.0000 0.0000 0.0080 13.667 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0404 0.9596 2 2 0.0000 0.0429 0.9571 2 2 0.0000 0.0467 0.9533
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 376 144 232 0 0 5 0 139 0 0 230 0 2 0.0000 0.0000 0.0086 27.800 4.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0300 0.9700 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 643 190 453 1 0 14 17 158 0 0 451 0 2 0.0053 0.0000 0.0044 12.571 0.00 3.23 -3.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0561 0.9439 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0204 0.9796
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 380 101 279 0 0 19 47 35 0 0 277 2 0 0.0000 0.0000 0.0072 4.316 3.83 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1179 0.8821
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 380 105 275 3 1 50 2 49 0 0 273 0 2 0.0286 0.0000 0.0073 1.122 1.33 5.98 -4.65 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.7478 0.2522 2 1 0.0000 0.5422 0.4578
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 573 157 416 59 0 38 0 60 0 0 405 1 10 0.3758 0.0000 0.0264 3.132 0.14 5.15 -5.01 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1174 0.4981 0.3845 1 1 0.1216 0.4981 0.3803 1 1 0.1272 0.4981 0.3747
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 201 105 96 47 0 9 0 49 0 0 95 0 1 0.4476 0.0000 0.0104 10.667 0.81 7.51 -6.70 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2017 0.5269 0.2714 1 1 0.2039 0.5248 0.2712 1 1 0.2068 0.5223 0.2709
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 258 87 171 42 0 2 0 43 0 0 168 1 2 0.4828 0.0000 0.0175 42.500 0.21 3.28 -3.06 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1924 0.5220 0.2856 1 1 0.1948 0.5203 0.2849 1 1 0.1980 0.5183 0.2838
chr3 62372545 G GCCGCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 504 116 388 54 0 14 1 47 0 0 388 0 0 0.4655 0.0000 0.0000 7.214 1.06 6.72 -5.67 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3117 0.5195 0.1688 1 1 0.3101 0.5180 0.1720 1 1 0.3078 0.5161 0.1761
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 315 92 223 43 1 13 0 35 0 0 221 1 1 0.4674 0.0000 0.0090 6.077 0.84 3.20 -2.36 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3278 0.5095 0.1627 1 1 0.3254 0.5088 0.1658 1 1 0.3221 0.5079 0.1701
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 381 164 217 80 6 22 1 55 0 0 217 0 0 0.4878 0.0000 0.0000 6.409 0.23 2.93 -2.70 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6315 0.3368 0.0318 1 0 0.6196 0.3454 0.0350 1 0 0.6034 0.3570 0.0396
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 853 232 621 207 0 23 0 2 0 0 620 0 1 0.8922 0.0000 0.0016 9.087 0.79 10.00 -9.21 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5772 0.4228 0.0000 0 0 0.9569 0.0431 0.0000 0 0 0.9791 0.0209 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 558 150 408 136 1 8 0 5 0 0 408 0 0 0.9067 0.0000 0.0000 17.750 0.46 1.00 -0.54 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0101 0.9899 0.0000 0 0 0.5145 0.4855 0.0000 0 0 0.8071 0.1929 0.0000
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 365 110 255 101 0 7 0 2 0 0 255 0 0 0.9182 0.0000 0.0000 14.714 0.24 1.00 -0.76 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3397 0.6603 0.0000 0 0 0.7619 0.2381 0.0000 0 0 0.8429 0.1571 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 113 42 71 24 0 0 2 16 0 0 71 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 42.000 0.12 2.06 -1.94 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3232 0.5012 0.1755 1 1 0.3206 0.5011 0.1783 1 1 0.3171 0.5010 0.1819
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 450 124 326 59 1 1 0 63 0 0 326 0 0 0.4758 0.0000 0.0000 123.000 0.90 1.22 -0.32 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1983 0.5348 0.2669 1 1 0.2008 0.5321 0.2671 1 1 0.2039 0.5288 0.2672
chr3 113657263 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 1166 289 877 5 182 96 0 6 0 0 877 0 0 0.0173 0.0000 0.0000 2.193 1.20 3.00 -1.80 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.5339 0.4661 0.0000 0 0 0.8615 0.1385 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1169 291 878 9 1 86 89 106 0 0 876 0 2 0.0309 0.0000 0.0023 2.400 2.11 3.04 -0.93 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7845 0.2155 2 2 0.0000 0.2258 0.7742
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1178 310 868 125 7 73 3 102 0 0 868 0 0 0.4032 0.0000 0.0000 3.219 2.54 7.52 -4.98 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5643 0.3965 0.0392 1 0 0.5553 0.4019 0.0427 1 0 0.5430 0.4092 0.0478
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 826 167 659 63 0 33 1 70 0 0 658 0 1 0.3772 0.0000 0.0015 4.030 0.63 10.16 -9.52 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1423 0.5182 0.3396 1 1 0.1461 0.5168 0.3372 1 1 0.1512 0.5150 0.3339
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 394 162 232 81 0 5 0 76 0 0 229 0 3 0.5000 0.0000 0.0129 31.400 0.73 4.14 -3.42 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2485 0.5475 0.2040 1 1 0.2496 0.5439 0.2065 1 1 0.2509 0.5395 0.2097
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 566 157 409 73 2 2 0 80 0 0 409 0 0 0.4650 0.0000 0.0000 77.500 0.19 2.21 -2.02 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1743 0.5397 0.2860 1 1 0.1775 0.5367 0.2858 1 1 0.1818 0.5329 0.2853
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 210 110 100 0 0 0 0 110 0 0 100 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 110.000 2.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 396 148 248 0 0 5 0 143 0 0 247 0 1 0.0000 0.0000 0.0040 28.600 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0279 0.9721 2 2 0.0000 0.0307 0.9693
chr3 150703735 A ACCTCCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 573 105 468 39 1 23 2 40 0 0 465 0 3 0.3714 0.0000 0.0064 3.565 0.85 8.10 -7.25 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1829 0.5184 0.2987 1 1 0.1856 0.5170 0.2974 1 1 0.1891 0.5153 0.2956
chr3 154217949 TA T 0.500000 0.050 1 -1 3 212 70 142 62 1 5 0 2 0 0 142 0 0 0.8857 0.0000 0.0000 12.800 0.18 1.00 -0.82 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1608 0.8392 0.0000 0 0 0.5546 0.4454 0.0000 0 0 0.6825 0.3175 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 447 177 270 11 0 27 8 131 0 0 265 1 4 0.0621 0.0000 0.0185 5.556 0.18 3.37 -3.18 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9779 0.0221 2 1 0.0000 0.6530 0.3470
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 627 152 475 6 0 23 2 121 0 0 470 0 5 0.0395 0.0000 0.0105 5.609 0.33 3.13 -2.80 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7008 0.2992 2 2 0.0000 0.3021 0.6979
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 1578 415 1163 387 6 8 0 14 1 0 1162 0 0 0.9325 0.0009 0.0009 50.875 2.72 2.00 0.72 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5937 0.4063 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr3 195751094 GGCCGGTGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 313 94 219 57 1 2 0 34 1 0 216 0 2 0.6064 0.0046 0.0137 46.000 0.89 9.38 -8.49 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5484 0.3951 0.0564 1 0 0.5381 0.4015 0.0604 1 0 0.5242 0.4098 0.0661
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 788 170 618 0 0 14 0 156 0 0 589 0 29 0.0000 0.0000 0.0469 11.143 12.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0117 0.9883
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 337 149 188 28 3 7 94 17 0 0 187 1 0 0.1879 0.0000 0.0053 35.500 0.32 10.35 -10.03 18 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0005 0.0493 0.9503 1 2 0.0006 0.0618 0.9376 2 1 0.0000 0.9899 0.0100
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 336 148 188 2 0 30 1 115 0 0 186 0 2 0.0135 0.0000 0.0106 3.933 0.00 7.63 -7.63 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5737 0.4263 2 2 0.0000 0.1718 0.8282 2 2 0.0000 0.1107 0.8893
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 336 149 187 6 3 25 56 59 0 0 186 0 1 0.0403 0.0000 0.0053 4.960 0.83 9.29 -8.45 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8909 0.1091 2 1 0.0000 0.5180 0.4820
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 547 111 436 0 0 2 0 109 0 0 372 0 64 0.0000 0.0000 0.1468 54.500 16.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 542 220 322 101 4 2 0 113 3 1 318 0 0 0.4591 0.0093 0.0124 108.500 7.32 6.44 0.87 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3800 0.6189 0.0010 1 1 0.3868 0.6121 0.0010 1 1 0.3955 0.6034 0.0011
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.050 1 -6 2 520 165 355 159 1 1 0 4 0 0 355 0 0 0.9636 0.0000 0.0000 164.000 0.16 7.00 -6.84 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5545 0.4455 0.0000 0 0 0.9820 0.0180 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr4 7192754 C CCTG 0.001642 0.050 1 3 1 543 119 424 51 2 23 0 43 1 0 421 0 2 0.4286 0.0024 0.0071 4.174 0.69 3.49 -2.80 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5796 0.4200 0.0004 1 0 0.5777 0.4219 0.0004 1 0 0.5750 0.4246 0.0004
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 838 233 605 128 0 28 4 73 1 1 589 0 14 0.5494 0.0017 0.0264 7.321 0.91 8.10 -7.19 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7125 0.2723 0.0152 1 0 0.7003 0.2824 0.0173 1 0 0.6833 0.2962 0.0205
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 844 272 572 139 4 38 5 86 0 0 566 0 6 0.5110 0.0000 0.0105 6.132 0.86 6.21 -5.35 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7792 0.2127 0.0081 1 0 0.7669 0.2236 0.0095 1 0 0.7496 0.2387 0.0117
chr4 15511381 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 4 274 128 146 114 2 9 0 3 0 0 146 0 0 0.8906 0.0000 0.0000 13.111 0.14 3.00 -2.86 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1213 0.8787 0.0000 0 0 0.7015 0.2985 0.0000 0 0 0.8406 0.1594 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 748 157 591 79 0 18 0 60 0 0 566 0 25 0.5032 0.0000 0.0423 7.722 0.28 14.68 -14.40 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1640 0.5392 0.2968 1 1 0.1675 0.5362 0.2963 1 1 0.1721 0.5325 0.2954
chr4 56378269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 294 99 195 46 0 4 0 49 0 0 194 0 1 0.4646 0.0000 0.0051 23.750 0.22 3.16 -2.95 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1914 0.5244 0.2842 1 1 0.1939 0.5226 0.2836 1 1 0.1971 0.5203 0.2826
chr4 75873297 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 240 72 168 36 0 8 0 28 0 0 168 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 8.000 0.53 1.50 -0.97 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3437 0.5005 0.1558 1 1 0.3405 0.5004 0.1591 1 1 0.3361 0.5003 0.1635
chr4 76896936 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 768 160 608 77 4 10 1 68 0 0 601 0 7 0.4813 0.0000 0.0115 15.000 1.31 3.19 -1.88 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2861 0.5401 0.1738 1 1 0.2859 0.5371 0.1770 1 1 0.2854 0.5333 0.1812
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 505 215 290 96 4 48 3 64 0 1 288 0 1 0.4465 0.0000 0.0069 3.458 1.15 3.02 -1.87 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6649 0.3110 0.0241 1 0 0.6527 0.3204 0.0269 1 0 0.6360 0.3330 0.0310
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4090 934 3156 62 14 45 23 790 46 55 2837 169 49 0.0664 0.0146 0.1011 20.881 4.29 9.38 -5.09 10 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 4323 963 3360 461 12 131 12 347 30 85 2967 111 167 0.4787 0.0089 0.1170 6.315 3.88 11.26 -7.38 63 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0076 0.5142 0.4782 1 1 0.0090 0.5061 0.4849 1 1 0.0113 0.4968 0.4919
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3879 1217 2662 400 80 229 64 444 330 56 2215 35 26 0.3287 0.1240 0.1679 4.165 3.25 7.49 -4.25 52 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87616295 TGACAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 2870 760 2110 280 75 159 73 173 14 25 2036 21 14 0.3684 0.0066 0.0351 3.747 7.36 14.06 -6.70 74 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9884 0.0116 0.0000 1 0 0.9863 0.0137 0.0000 1 0 0.9829 0.0171 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 176 83 93 76 0 4 0 3 0 0 93 0 0 0.9157 0.0000 0.0000 19.750 0.25 3.00 -2.75 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0481 0.9519 0.0000 0 1 0.4677 0.5323 0.0000 0 0 0.6697 0.3303 0.0000
chr4 104491307 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 509 91 418 36 0 22 2 31 0 0 415 0 3 0.3956 0.0000 0.0072 3.091 1.78 6.16 -4.38 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2418 0.5218 0.2364 1 1 0.2426 0.5202 0.2373 1 1 0.2435 0.5181 0.2384
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 730 203 527 96 1 5 0 101 0 0 525 0 2 0.4729 0.0000 0.0038 39.600 0.18 3.44 -3.26 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1600 0.5500 0.2900 1 1 0.1637 0.5462 0.2901 1 1 0.1686 0.5415 0.2899
chr4 121157144 CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C 0.500000 0.050 1 -18 1 232 115 117 75 0 8 0 32 0 0 117 0 0 0.6522 0.0000 0.0000 13.375 0.20 12.16 -11.96 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7775 0.2115 0.0111 1 0 0.7639 0.2233 0.0128 1 0 0.7450 0.2395 0.0155
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 593 251 342 1 0 33 7 210 0 0 338 0 4 0.0040 0.0000 0.0117 6.606 0.00 3.10 -3.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0193 0.9807 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0072 0.9928
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 580 210 370 134 16 53 2 5 5 4 361 0 0 0.6381 0.0135 0.0243 2.943 1.21 3.80 -2.59 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 0 0.5623 0.4377 0.0000 0 0 0.8434 0.1566 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 263 120 143 0 0 12 1 107 0 0 140 1 2 0.0000 0.0000 0.0210 9.000 5.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0654 0.9346
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 997 211 786 119 1 5 0 86 0 0 784 0 2 0.5640 0.0000 0.0025 41.200 0.13 3.20 -3.06 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6360 0.3371 0.0269 1 0 0.6248 0.3453 0.0298 1 0 0.6095 0.3563 0.0342
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.050 1 2 1 191 71 120 53 0 1 1 16 0 0 120 0 0 0.7465 0.0000 0.0000 70.000 0.40 3.62 -3.23 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8437 0.1562 0.0002 1 0 0.8347 0.1651 0.0002 1 0 0.7374 0.2624 0.0002
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.050 1 -2 3 189 69 120 52 0 4 1 12 0 0 120 0 0 0.7536 0.0000 0.0000 21.667 0.40 4.75 -4.35 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8196 0.1803 0.0001 0 1 0.2154 0.7846 0.0000 0 0 0.8593 0.1407 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 831 173 658 9 0 27 5 132 0 0 654 0 4 0.0520 0.0000 0.0061 5.407 0.11 3.11 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9264 0.0736 2 2 0.0000 0.4911 0.5089
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 451 70 381 0 0 43 3 24 0 0 377 1 3 0.0000 0.0000 0.0105 0.605 6.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3218 0.6782 2 2 0.0000 0.3248 0.6752 2 2 0.0000 0.3290 0.6710
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 414 98 316 47 0 7 1 43 0 0 315 0 1 0.4796 0.0000 0.0032 13.000 0.17 5.95 -5.78 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2599 0.5268 0.2132 1 1 0.2601 0.5248 0.2150 1 1 0.2603 0.5223 0.2174
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 563 130 433 64 0 2 0 64 0 0 431 0 2 0.4923 0.0000 0.0046 64.000 0.34 3.23 -2.89 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2080 0.5384 0.2535 1 1 0.2102 0.5355 0.2543 1 1 0.2130 0.5319 0.2551
chr5 80654908 GCAGCGCCCC G 0.500000 0.050 1 -9 2 312 91 221 50 0 10 1 30 0 0 220 0 1 0.5495 0.0000 0.0045 8.000 1.56 9.77 -8.21 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4845 0.4354 0.0801 1 0 0.4761 0.4395 0.0844 1 0 0.4648 0.4449 0.0902
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 226 105 121 99 2 2 0 2 0 0 121 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 51.500 0.14 2.00 -1.86 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3290 0.6710 0.0000 0 0 0.7604 0.2396 0.0000 0 0 0.8424 0.1576 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 271 121 150 48 6 20 2 45 0 0 150 0 0 0.3967 0.0000 0.0000 5.050 1.98 5.07 -3.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3212 0.5164 0.1624 1 1 0.3192 0.5151 0.1657 1 1 0.3164 0.5136 0.1700
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 635 181 454 159 1 19 0 2 1 0 453 0 0 0.8785 0.0022 0.0022 8.526 0.79 4.00 -3.21 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6873 0.3127 0.0000 0 0 0.9331 0.0669 0.0000 0 0 0.9575 0.0425 0.0000
chr5 119177418 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 210 78 132 72 0 3 0 3 0 0 132 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 25.000 0.44 3.00 -2.56 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0437 0.9563 0.0000 0 1 0.4433 0.5567 0.0000 0 0 0.6482 0.3518 0.0000
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 691 160 531 91 0 2 1 66 0 0 531 0 0 0.5687 0.0000 0.0000 78.500 0.18 1.18 -1.01 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5481 0.4018 0.0501 1 0 0.5386 0.4074 0.0540 1 0 0.5257 0.4149 0.0595
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 173 67 106 64 0 0 0 3 0 0 106 0 0 0.9552 0.0000 0.0000 67.000 0.62 3.33 -2.71 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0360 0.9640 0.0000 0 1 0.3953 0.6047 0.0000 0 0 0.6033 0.3967 0.0000
chr5 137753386 T TCCG 0.500000 0.050 1 3 2 793 225 568 197 1 18 3 6 0 1 567 0 0 0.8756 0.0000 0.0018 11.444 0.56 4.33 -3.77 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.4387 0.5613 0.0000 0 0 0.8613 0.1387 0.0000
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 251 89 162 46 1 0 1 41 0 0 158 0 4 0.5169 0.0000 0.0247 89.000 0.24 3.71 -3.47 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2472 0.5281 0.2247 1 1 0.2479 0.5260 0.2261 1 1 0.2487 0.5233 0.2280
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 252 90 162 46 0 1 3 40 0 0 158 1 3 0.5111 0.0000 0.0247 89.000 0.24 3.67 -3.44 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2251 0.5281 0.2468 1 1 0.2265 0.5259 0.2475 1 1 0.2284 0.5233 0.2484
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 471 118 353 53 0 9 0 56 0 0 346 0 7 0.4492 0.0000 0.0198 12.111 0.28 8.02 -7.73 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1340 0.5061 0.3599 1 1 0.1379 0.5056 0.3565 1 1 0.1431 0.5049 0.3520
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 410 141 269 47 1 30 0 63 0 0 261 0 8 0.3333 0.0000 0.0297 3.700 0.28 8.49 -8.22 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0558 0.4021 0.5421 1 2 0.0598 0.4080 0.5323 1 2 0.0654 0.4156 0.5190
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 18 1 410 141 269 48 3 72 4 14 0 0 263 2 4 0.3404 0.0000 0.0223 0.971 0.40 8.86 -8.46 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5510 0.3912 0.0578 1 0 0.5403 0.3979 0.0618 1 0 0.5260 0.4066 0.0675
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 529 116 413 4 0 2 2 108 0 0 403 0 10 0.0345 0.0000 0.0242 114.000 0.75 3.81 -3.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9721 0.0279 2 2 0.0000 0.4381 0.5619 2 2 0.0000 0.2052 0.7948
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 531 115 416 4 1 5 2 103 0 0 406 0 10 0.0348 0.0000 0.0240 21.800 0.75 4.08 -3.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9760 0.0240 2 2 0.0000 0.4745 0.5255 2 2 0.0000 0.2289 0.7711
chr5 148243107 GGGGAAGCCAGGGTTGTCTAGCCATCAA G 0.500000 0.050 1 -27 1 467 146 321 66 0 17 1 62 0 1 317 0 3 0.4521 0.0000 0.0125 7.588 0.44 18.39 -17.95 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2399 0.5403 0.2198 1 1 0.2411 0.5373 0.2217 1 1 0.2426 0.5335 0.2240
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 609 169 440 97 0 4 0 68 0 0 440 0 0 0.5740 0.0000 0.0000 41.250 0.24 1.06 -0.82 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6097 0.3557 0.0347 1 0 0.5985 0.3634 0.0380 1 0 0.5834 0.3737 0.0428
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 399 171 228 12 0 7 0 152 0 0 227 0 1 0.0702 0.0000 0.0044 23.429 3.83 4.99 -1.15 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9858 0.0142 2 1 0.0000 0.6881 0.3119
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 403 143 260 88 8 18 18 11 0 1 259 0 0 0.6154 0.0000 0.0038 7.294 3.84 11.00 -7.16 24 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9267 0.0723 0.0010 1 0 0.8230 0.1758 0.0012 0 1 0.0071 0.9929 0.0000
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 403 128 275 0 5 1 2 120 0 0 272 0 3 0.0000 0.0000 0.0109 127.000 4.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 2 1 0.0000 0.5342 0.4658 2 2 0.0000 0.2357 0.7643
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 222 94 128 0 0 7 0 87 0 0 128 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.429 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1007 0.8993 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr5 168529585 AGGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 569 166 403 81 2 13 1 69 0 0 403 0 0 0.4880 0.0000 0.0000 11.769 0.90 3.35 -2.45 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3926 0.4985 0.1089 1 1 0.3884 0.4984 0.1132 1 1 0.3827 0.4983 0.1190
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.050 1 -2 1 331 95 236 5 50 3 0 37 0 0 233 0 3 0.0526 0.0000 0.0127 30.333 0.40 2.05 -1.65 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3292 0.5092 0.1617 1 1 0.3267 0.5084 0.1649 1 1 0.3233 0.5075 0.1692
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 476 124 352 114 1 4 0 5 1 0 350 0 1 0.9194 0.0028 0.0057 30.000 0.88 4.00 -3.12 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2408 0.7592 0.0000 0 0 0.6339 0.3661 0.0000
chr5 179733341 CCGCCCGCCGCCACGGCCCCGG C 0.500000 0.050 1 -21 1 400 153 247 77 0 19 0 57 1 0 226 0 20 0.5033 0.0040 0.0850 7.053 0.70 16.63 -15.93 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2374 0.5469 0.2157 1 1 0.2388 0.5434 0.2178 1 1 0.2405 0.5390 0.2205
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 658 122 536 2 0 17 1 102 0 0 535 0 1 0.0164 0.0000 0.0019 6.176 0.00 3.12 -3.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6567 0.3433 2 2 0.0000 0.2266 0.7734 2 2 0.0000 0.1483 0.8517
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 567 123 444 1 0 17 5 100 0 0 437 0 7 0.0081 0.0000 0.0158 6.176 0.00 3.21 -3.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2246 0.7754 2 2 0.0000 0.1047 0.8953 2 2 0.0000 0.0859 0.9141
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 658 156 502 112 7 31 4 2 4 3 494 1 0 0.7179 0.0080 0.0159 4.032 2.21 3.00 -0.79 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2702 0.7298 0.0000 0 0 0.8278 0.1722 0.0000 0 0 0.9268 0.0732 0.0000
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 612 131 481 109 2 16 0 4 1 1 479 0 0 0.8321 0.0021 0.0042 7.188 1.32 6.75 -5.43 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0769 0.9231 0.0000 0 0 0.7878 0.2122 0.0000 0 0 0.9182 0.0818 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1120 249 871 80 22 59 7 81 1 0 862 2 6 0.3213 0.0011 0.0103 3.316 0.59 5.60 -5.02 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4276 0.5120 0.0604 1 1 0.4287 0.5095 0.0619 1 1 0.4297 0.5064 0.0638
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 1119 292 827 104 11 67 45 65 0 0 827 0 0 0.3562 0.0000 0.0000 3.484 0.62 6.32 -5.70 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4716 0.5004 0.0280 1 1 0.4733 0.4980 0.0288 1 1 0.4751 0.4951 0.0299
chr6 21595035 G GGGC 0.002798 0.050 1 3 5 641 147 494 65 0 23 3 56 1 0 491 0 2 0.4422 0.0020 0.0061 5.591 1.52 3.57 -2.05 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5217 0.4774 0.0009 1 0 0.5222 0.4769 0.0009 1 0 0.5227 0.4763 0.0009
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.050 1 -15 1 497 112 385 63 0 6 0 43 0 0 382 0 3 0.5625 0.0000 0.0078 17.667 0.92 13.49 -12.57 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6096 0.3658 0.0247 1 0 0.6036 0.3704 0.0260 1 0 0.5955 0.3765 0.0280
chr6 28073396 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 1 642 172 470 84 0 3 0 85 0 0 470 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 56.333 0.06 2.12 -2.06 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2133 0.5511 0.2355 1 1 0.2156 0.5473 0.2371 1 1 0.2185 0.5425 0.2391
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 129 48 81 21 0 3 1 23 0 0 81 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 15.000 1.24 3.91 -2.67 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2085 0.5110 0.2805 1 1 0.2102 0.5102 0.2796 1 1 0.2125 0.5091 0.2784
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 432 109 323 0 0 0 0 109 0 0 322 0 1 0.0000 0.0000 0.0031 109.000 1.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr6 31027789 TAC T 0.500000 0.050 1 -2 1 1776 350 1426 189 3 16 2 140 7 11 1402 1 5 0.5400 0.0049 0.0168 22.200 2.16 3.19 -1.03 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8651 0.1327 0.0021 1 0 0.8549 0.1425 0.0027 1 0 0.8400 0.1564 0.0036
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 894 243 651 124 1 6 1 111 0 0 651 0 0 0.5103 0.0000 0.0000 39.500 1.09 3.95 -2.87 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3729 0.5239 0.1031 1 1 0.3704 0.5219 0.1076 1 1 0.3668 0.5194 0.1138
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 617 174 443 160 0 9 0 5 0 1 442 0 0 0.9195 0.0000 0.0023 18.333 0.39 2.20 -1.81 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0183 0.9817 0.0000 0 0 0.6567 0.3433 0.0000 0 0 0.8814 0.1186 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 754 226 528 0 112 3 2 109 0 0 525 0 3 0.0000 0.0000 0.0057 74.000 2.20 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0725 0.4645 0.4630 1 1 0.0768 0.4665 0.4567 1 1 0.0828 0.4691 0.4481
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 621 210 411 189 1 19 0 1 0 0 411 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 10.053 0.27 12.00 -11.73 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9588 0.0412 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000 0 0 0.9850 0.0150 0.0000
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 921 177 744 88 1 15 0 73 0 0 742 0 2 0.4972 0.0000 0.0027 10.733 0.66 6.26 -5.60 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4016 0.4958 0.1026 1 1 0.3972 0.4959 0.1070 1 1 0.3911 0.4960 0.1129
chr6 31954663 TGTCTCGATCCCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 957 249 708 226 2 14 0 7 1 0 707 0 0 0.9076 0.0014 0.0014 16.786 1.20 8.00 -6.80 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 0 0.7257 0.2743 0.0000 0 0 0.9473 0.0527 0.0000
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 496 131 365 67 0 10 1 53 0 0 364 1 0 0.5115 0.0000 0.0027 12.100 1.01 4.15 -3.14 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3912 0.4932 0.1155 1 1 0.3867 0.4936 0.1197 1 1 0.3806 0.4940 0.1253
chr6 32129540 G GAGACTTATGAGA 0.500000 0.050 1 12 1 635 146 489 133 0 11 0 2 0 0 488 0 1 0.9110 0.0000 0.0020 12.273 0.15 6.00 -5.85 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1750 0.8250 0.0000 0 0 0.7818 0.2182 0.0000 0 0 0.8883 0.1117 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 296 95 201 59 1 1 0 34 0 0 201 0 0 0.6211 0.0000 0.0000 94.000 0.20 4.26 -4.06 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5892 0.3657 0.0451 1 0 0.5777 0.3735 0.0488 1 0 0.5621 0.3837 0.0541
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 342 158 184 147 2 2 1 6 0 0 184 0 0 0.9304 0.0000 0.0000 78.000 0.24 12.50 -12.26 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.3201 0.6799 0.0000 0 0 0.7431 0.2569 0.0000
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 575 212 363 99 2 32 2 77 0 0 353 0 10 0.4670 0.0000 0.0275 5.562 0.43 5.71 -5.28 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3651 0.5188 0.1161 1 1 0.3624 0.5172 0.1204 1 1 0.3585 0.5153 0.1262
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 426 98 328 53 0 11 0 34 0 0 315 0 13 0.5408 0.0000 0.0396 7.909 0.26 13.94 -13.68 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3094 0.5197 0.1709 1 1 0.3078 0.5182 0.1740 1 1 0.3056 0.5163 0.1780
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 499 179 320 170 1 4 0 4 0 0 320 0 0 0.9497 0.0000 0.0000 43.500 0.47 1.50 -1.03 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1080 0.8920 0.0000 0 0 0.8263 0.1737 0.0000 0 0 0.9318 0.0682 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 570 143 427 69 0 4 0 70 0 0 426 0 1 0.4825 0.0000 0.0023 46.333 0.42 3.19 -2.77 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2109 0.5419 0.2472 1 1 0.2130 0.5388 0.2482 1 1 0.2158 0.5348 0.2494
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 341 124 217 64 0 26 0 34 0 0 216 0 1 0.5161 0.0000 0.0046 3.769 0.22 3.00 -2.78 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6270 0.3374 0.0356 1 0 0.6146 0.3464 0.0390 1 0 0.5979 0.3582 0.0439
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 327 129 198 0 0 22 0 107 0 0 189 0 9 0.0000 0.0000 0.0455 4.864 6.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0512 0.9488 2 2 0.0000 0.0541 0.9459 2 2 0.0000 0.0584 0.9416
chr6 43021695 CCGGGGCCCGACGTCCCCG C 0.500000 0.050 1 -18 4 327 146 181 138 2 3 0 3 0 0 180 0 1 0.9452 0.0000 0.0055 47.667 4.74 19.67 -14.93 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0471 0.9529 0.0000 0 0 0.6860 0.3140 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 542 139 403 8 34 49 1 47 0 3 397 1 2 0.0576 0.0000 0.0149 1.796 1.00 4.62 -3.62 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1676 0.5163 0.3161 1 1 0.1707 0.5150 0.3142 1 1 0.1749 0.5135 0.3117
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.050 1 -6 1 546 147 399 66 1 35 2 43 1 0 394 0 4 0.4490 0.0025 0.0125 3.171 3.62 4.84 -1.22 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4905 0.4364 0.0730 1 0 0.4823 0.4404 0.0773 1 0 0.4713 0.4456 0.0832
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 611 153 458 33 3 73 1 43 0 0 434 1 23 0.2157 0.0000 0.0524 1.082 14.82 5.19 9.63 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0293 0.3144 0.6563 1 2 0.0324 0.3242 0.6434 1 2 0.0369 0.3372 0.6259
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 611 186 425 85 4 52 1 44 0 0 419 0 6 0.4570 0.0000 0.0141 2.577 2.86 11.34 -8.48 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7214 0.2618 0.0169 1 0 0.7082 0.2727 0.0191 1 0 0.6899 0.2875 0.0226
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 738 150 588 60 6 43 2 39 0 0 581 1 6 0.4000 0.0000 0.0119 2.465 1.33 5.44 -4.10 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4788 0.4434 0.0778 1 0 0.4709 0.4469 0.0821 1 0 0.4604 0.4516 0.0880
chr6 107634729 A AGCCCCCCGG 0.500000 0.050 1 9 1 528 75 453 42 1 14 0 18 0 0 449 0 4 0.5600 0.0000 0.0088 4.615 1.40 7.94 -6.54 8 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5141 0.4146 0.0713 1 0 0.5044 0.4201 0.0755 1 0 0.4916 0.4271 0.0813
chr6 108561444 T TCGG 0.500000 0.050 1 3 1 681 165 516 73 33 11 0 48 4 2 498 2 10 0.4424 0.0078 0.0349 15.400 1.04 4.40 -3.35 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8430 0.1525 0.0045 1 0 0.8309 0.1636 0.0055 1 0 0.8137 0.1793 0.0070
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 865 199 666 102 0 10 0 87 0 0 665 0 1 0.5126 0.0000 0.0015 18.900 0.17 2.99 -2.82 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3979 0.5024 0.0997 1 1 0.3940 0.5019 0.1041 1 1 0.3885 0.5014 0.1101
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 768 162 606 88 0 1 1 72 0 0 594 0 12 0.5432 0.0000 0.0198 160.000 0.49 6.67 -6.18 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2607 0.5494 0.1899 1 1 0.2615 0.5457 0.1928 1 1 0.2624 0.5411 0.1966
chr6 117563254 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 3 195 85 110 36 0 1 0 48 0 0 110 0 0 0.4235 0.0000 0.0000 84.000 0.25 2.94 -2.69 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.4840 0.3953 1 1 0.1247 0.4851 0.3902 1 1 0.1301 0.4864 0.3834
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 388 106 282 54 0 2 0 50 0 0 282 0 0 0.5094 0.0000 0.0000 52.000 0.07 1.14 -1.07 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2827 0.5269 0.1904 1 1 0.2822 0.5248 0.1930 1 1 0.2814 0.5223 0.1963
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 1042 245 797 116 0 11 0 118 0 0 796 0 1 0.4735 0.0000 0.0013 21.273 0.25 3.00 -2.75 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1834 0.5685 0.2481 1 1 0.1868 0.5634 0.2498 1 1 0.1912 0.5569 0.2519
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 214 110 104 54 1 3 0 52 0 0 102 0 2 0.4909 0.0000 0.0192 35.667 0.30 3.90 -3.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2449 0.5329 0.2222 1 1 0.2457 0.5305 0.2238 1 1 0.2468 0.5273 0.2259
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 673 278 395 129 1 46 0 102 0 0 382 0 13 0.4640 0.0000 0.0329 5.043 0.47 15.10 -14.63 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3980 0.5116 0.0903 1 1 0.3947 0.5104 0.0949 1 1 0.3900 0.5089 0.1010
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 534 197 337 112 0 3 0 82 0 0 337 0 0 0.5685 0.0000 0.0000 64.667 0.15 5.72 -5.57 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6147 0.3536 0.0317 1 0 0.6038 0.3613 0.0349 1 0 0.5890 0.3715 0.0395
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 237 92 145 83 0 5 0 4 0 0 145 0 0 0.9022 0.0000 0.0000 17.400 0.27 8.00 -7.73 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0116 0.9884 0.0000 0 1 0.3488 0.6512 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 236 79 157 71 0 5 0 3 0 0 157 0 0 0.8987 0.0000 0.0000 14.800 0.31 9.33 -9.02 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0434 0.9566 0.0000 0 1 0.4378 0.5622 0.0000 0 0 0.6429 0.3571 0.0000
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 341 128 213 0 0 11 12 105 0 0 210 1 2 0.0000 0.0000 0.0141 10.636 3.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0464 0.9536 2 2 0.0000 0.0491 0.9509 2 2 0.0000 0.0532 0.9468
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 795 156 639 6 0 39 1 110 0 0 622 0 17 0.0385 0.0000 0.0266 3.000 0.00 8.91 -8.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7007 0.2993 2 2 0.0000 0.3019 0.6981
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 755 242 513 10 1 12 100 119 0 0 513 0 0 0.0413 0.0000 0.0000 25.167 3.70 10.22 -6.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8634 0.1366 2 2 0.0000 0.2738 0.7262
chr7 291345 G GAGC 0.000001 0.050 1 3 2 520 145 375 132 1 8 0 4 0 0 375 0 0 0.9103 0.0000 0.0000 17.125 0.48 2.75 -2.27 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr7 2220958 CGG C 0.500000 0.050 1 -2 2 218 78 140 37 0 0 0 41 0 0 134 0 6 0.4744 0.0000 0.0429 78.000 0.81 2.93 -2.12 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1366 0.4963 0.3671 1 1 0.1404 0.4965 0.3632 1 1 0.1454 0.4968 0.3578
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 265 104 161 34 3 22 1 44 0 2 157 0 2 0.3269 0.0000 0.0248 3.727 3.94 4.16 -0.22 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1534 0.5067 0.3399 1 1 0.1568 0.5062 0.3370 1 1 0.1614 0.5055 0.3331
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 265 105 160 55 0 18 0 32 0 0 157 0 3 0.5238 0.0000 0.0187 4.833 3.40 4.47 -1.07 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5078 0.4219 0.0703 1 0 0.4986 0.4268 0.0745 1 0 0.4864 0.4332 0.0804
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 647 190 457 99 0 10 0 81 0 0 450 0 7 0.5211 0.0000 0.0153 18.000 0.25 11.17 -10.92 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3577 0.5218 0.1205 1 1 0.3551 0.5201 0.1248 1 1 0.3516 0.5179 0.1305
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 310 55 255 24 1 12 1 17 0 0 249 3 3 0.4364 0.0000 0.0235 3.583 3.29 6.29 -3.00 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2564 0.5145 0.2291 1 1 0.2564 0.5134 0.2302 1 1 0.2565 0.5120 0.2315
chr7 12342095 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 117 50 67 33 0 0 0 17 0 0 67 0 0 0.6600 0.0000 0.0000 50.000 0.24 1.94 -1.70 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4609 0.4443 0.0948 1 0 0.4530 0.4481 0.0990 1 1 0.4424 0.4529 0.1047
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 239 90 149 5 0 1 0 84 0 0 149 0 0 0.0556 0.0000 0.0000 89.000 0.60 1.71 -1.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.7794 0.2206 2 2 0.0000 0.4608 0.5392
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 813 233 580 4 0 43 8 178 0 0 577 0 3 0.0172 0.0000 0.0052 4.419 0.00 3.14 -3.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8544 0.1456 2 2 0.0000 0.1202 0.8798 2 2 0.0000 0.0454 0.9546
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 152 50 102 46 2 0 0 2 0 0 102 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 48.000 0.43 2.00 -1.57 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1216 0.8784 0.0000 0 1 0.4639 0.5361 0.0000 0 0 0.6001 0.3999 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 606 151 455 2 0 1 0 148 0 0 455 0 0 0.0132 0.0000 0.0000 150.000 0.00 1.26 -1.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3819 0.6181 2 2 0.0000 0.0897 0.9103 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 217 63 154 34 0 2 0 27 0 0 153 0 1 0.5397 0.0000 0.0065 30.500 0.26 3.26 -2.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3168 0.5081 0.1751 1 1 0.3147 0.5075 0.1779 1 1 0.3117 0.5067 0.1816
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 729 164 565 82 0 3 0 79 0 0 565 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 53.667 0.38 1.37 -0.99 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2603 0.5463 0.1935 1 1 0.2610 0.5428 0.1962 1 1 0.2618 0.5384 0.1998
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 248 102 146 46 0 3 0 53 0 0 146 0 0 0.4510 0.0000 0.0000 33.000 0.11 3.21 -3.10 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1616 0.5155 0.3229 1 1 0.1649 0.5144 0.3208 1 1 0.1692 0.5129 0.3179
chr7 55538631 C CAGAT 0.500000 0.050 1 4 1 75 40 35 27 0 1 0 12 0 0 34 0 1 0.6750 0.0000 0.0286 39.000 0.30 4.25 -3.95 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4345 0.4567 0.1088 1 1 0.4274 0.4597 0.1129 1 1 0.4180 0.4635 0.1185
chr7 56101805 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 191 74 117 71 1 1 0 1 0 0 117 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 72.000 0.76 1.00 -0.24 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5458 0.4542 0.0000 0 0 0.7514 0.2486 0.0000 0 0 0.7944 0.2056 0.0000
chr7 65399606 AAACAT A 0.500000 0.050 1 -5 1 321 71 250 37 0 1 0 33 4 2 243 0 1 0.5211 0.0160 0.0280 70.000 0.46 5.91 -5.45 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3506 0.5009 0.1485 1 1 0.3472 0.5008 0.1520 1 1 0.3426 0.5007 0.1567
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 261 78 183 31 2 15 1 29 0 0 183 0 0 0.3974 0.0000 0.0000 4.200 0.29 3.00 -2.71 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2793 0.5162 0.2045 1 1 0.2786 0.5150 0.2064 1 1 0.2776 0.5134 0.2089
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 446 192 254 128 0 0 0 64 0 0 254 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 192.000 2.54 2.05 0.49 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9020 0.0964 0.0016 1 0 0.8922 0.1058 0.0020 1 0 0.8777 0.1195 0.0028
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 935 210 725 0 0 11 2 197 0 0 716 0 9 0.0000 0.0000 0.0124 18.091 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 711 184 527 153 2 26 0 3 0 1 526 0 0 0.8315 0.0000 0.0019 6.038 0.54 3.67 -3.13 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2741 0.7259 0.0000 0 0 0.8630 0.1370 0.0000 0 0 0.9322 0.0678 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 281 107 174 67 1 1 0 38 0 0 172 0 2 0.6262 0.0000 0.0115 106.000 0.25 3.24 -2.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6116 0.3499 0.0385 1 0 0.5997 0.3583 0.0419 1 0 0.5836 0.3694 0.0470
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 613 249 364 79 8 83 3 76 0 0 364 0 0 0.3173 0.0000 0.0000 2.000 1.04 3.49 -2.45 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3225 0.5314 0.1461 1 1 0.3210 0.5290 0.1500 1 1 0.3189 0.5260 0.1551
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 525 163 362 83 0 5 0 75 0 0 362 0 0 0.5092 0.0000 0.0000 31.600 0.41 4.09 -3.68 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3240 0.5292 0.1469 1 1 0.3224 0.5269 0.1507 1 1 0.3201 0.5241 0.1557
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 142 47 95 6 0 1 1 39 0 0 87 0 8 0.1277 0.0000 0.0842 45.000 0.33 25.31 -24.97 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9441 0.0559 2 1 0.0000 0.7468 0.2532
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 629 180 449 167 0 9 0 4 1 0 447 0 1 0.9278 0.0022 0.0045 19.000 0.54 5.25 -4.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.6908 0.3092 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 689 184 505 1 0 12 1 170 0 0 502 1 2 0.0054 0.0000 0.0059 14.333 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0603 0.9397 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0219 0.9781
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 420 143 277 5 1 43 0 94 0 0 271 0 6 0.0350 0.0000 0.0217 2.564 0.20 6.13 -5.93 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.7548 0.2452 2 2 0.0000 0.4176 0.5824
chr7 112318220 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 110 52 58 50 0 0 0 2 0 0 58 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 52.000 0.62 5.00 -4.38 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1201 0.8799 0.0000 0 1 0.4749 0.5251 0.0000 0 0 0.6121 0.3879 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 845 230 615 99 0 16 3 112 0 0 614 0 1 0.4304 0.0000 0.0016 13.375 0.26 4.30 -4.04 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0807 0.4862 0.4331 1 1 0.0851 0.4867 0.4282 1 1 0.0912 0.4875 0.4213
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 868 278 590 129 3 29 13 104 0 0 588 2 0 0.4640 0.0000 0.0034 8.857 0.50 3.47 -2.97 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3703 0.5277 0.1020 1 1 0.3681 0.5254 0.1065 1 1 0.3647 0.5226 0.1127
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 872 282 590 139 2 123 0 18 0 0 588 0 2 0.4929 0.0000 0.0034 1.339 0.55 6.11 -5.56 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0186 0.9814 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 777 283 494 241 0 31 0 11 0 0 494 0 0 0.8516 0.0000 0.0000 8.129 0.37 14.18 -13.82 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1975 0.8025 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 493 240 253 189 3 42 0 6 0 1 252 0 0 0.7875 0.0000 0.0040 4.714 3.88 4.50 -0.62 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0071 0.9929 0.0000 0 0 0.6791 0.3209 0.0000 0 0 0.9163 0.0837 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 493 244 249 112 0 34 0 98 0 0 247 0 2 0.4590 0.0000 0.0080 6.176 0.57 7.22 -6.65 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3654 0.5231 0.1115 1 1 0.3628 0.5212 0.1160 1 1 0.3592 0.5189 0.1219
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 227 83 144 0 0 1 0 82 0 0 139 0 5 0.0000 0.0000 0.0347 82.000 3.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0992 0.9008 2 2 0.0000 0.1032 0.8968 2 2 0.0000 0.1090 0.8910
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 1014 285 729 8 110 63 2 102 0 2 724 0 3 0.0281 0.0000 0.0069 3.524 2.50 3.13 -0.63 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3654 0.5254 0.1092 1 1 0.3630 0.5233 0.1136 1 1 0.3596 0.5208 0.1197
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1016 289 727 108 5 61 1 114 0 0 724 1 2 0.3737 0.0000 0.0041 3.738 2.84 3.20 -0.36 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1662 0.5625 0.2713 1 1 0.1700 0.5578 0.2723 1 1 0.1749 0.5519 0.2732
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 781 204 577 110 2 6 0 86 0 0 577 0 0 0.5392 0.0000 0.0000 33.000 0.49 1.38 -0.89 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5614 0.3956 0.0430 1 0 0.5520 0.4013 0.0467 1 0 0.5392 0.4089 0.0519
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 842 218 624 107 0 7 0 104 0 0 623 0 1 0.4908 0.0000 0.0016 30.143 0.36 4.45 -4.10 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2399 0.5632 0.1969 1 1 0.2417 0.5585 0.1999 1 1 0.2438 0.5525 0.2037
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 866 221 645 6 0 5 0 210 0 0 639 1 5 0.0271 0.0000 0.0093 43.200 0.00 1.28 -1.28 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9868 0.0132 2 2 0.0000 0.2103 0.7897 2 2 0.0000 0.0499 0.9501
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 549 156 393 86 0 3 0 67 0 0 393 0 0 0.5513 0.0000 0.0000 51.000 0.62 1.40 -0.79 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4773 0.4498 0.0729 1 0 0.4700 0.4528 0.0772 1 0 0.4601 0.4568 0.0831
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 439 88 351 0 0 2 16 70 1 3 323 8 16 0.0000 0.0028 0.0798 86.000 7.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7161 0.2839 2 2 0.0000 0.3127 0.6873 2 2 0.0000 0.1899 0.8101
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 439 87 352 0 0 4 13 70 0 1 319 12 20 0.0000 0.0000 0.0938 78.000 7.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1569 0.8431 2 2 0.0000 0.0934 0.9066 2 2 0.0000 0.0801 0.9199
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 442 85 357 0 0 4 7 74 0 0 285 29 43 0.0000 0.0000 0.2017 27.000 7.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0227 0.9773 2 2 0.0000 0.0252 0.9748
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 378 149 229 75 0 0 0 74 0 0 229 0 0 0.5034 0.0000 0.0000 149.000 0.25 1.35 -1.10 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2387 0.5451 0.2162 1 1 0.2400 0.5417 0.2183 1 1 0.2417 0.5374 0.2209
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 280 127 153 112 0 9 1 5 10 0 142 0 1 0.8819 0.0654 0.0719 13.000 5.29 5.00 0.29 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3200 0.6800 0.0000 0 0 0.7204 0.2796 0.0000
chr8 1678294 T TCAC 0.045336 0.050 1 3 1 469 121 348 48 0 9 0 64 0 0 346 0 2 0.3967 0.0000 0.0057 12.444 0.46 3.05 -2.59 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2373 0.6958 0.0668 1 1 0.2459 0.6894 0.0647 1 1 0.2574 0.6808 0.0618
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 842 196 646 84 0 30 1 81 0 0 643 0 3 0.4286 0.0000 0.0046 5.533 0.68 6.02 -5.35 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1948 0.5501 0.2551 1 1 0.1969 0.5463 0.2568 1 1 0.1995 0.5415 0.2589
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 284 101 183 93 0 0 0 8 0 0 183 0 0 0.9208 0.0000 0.0000 101.000 0.38 3.00 -2.62 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0539 0.9461 0.0000 0 1 0.3637 0.6363 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 1061 271 790 143 2 21 4 101 4 10 754 11 11 0.5277 0.0051 0.0456 12.450 1.91 10.74 -8.83 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7733 0.2266 0.0001 1 0 0.7672 0.2327 0.0001 1 0 0.7587 0.2413 0.0001
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 687 288 399 0 0 45 1 242 0 0 394 2 3 0.0000 0.0000 0.0125 5.651 8.76 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.050 1 -12 1 687 296 391 14 2 149 4 127 0 0 386 0 5 0.0473 0.0000 0.0128 0.986 0.71 10.67 -9.96 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 394 133 261 81 0 2 0 50 0 0 258 0 3 0.6090 0.0000 0.0115 65.500 0.22 7.10 -6.88 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7239 0.2650 0.0112 1 0 0.7150 0.2727 0.0123 1 0 0.7029 0.2832 0.0139
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 290 128 162 5 0 2 0 121 0 0 162 0 0 0.0391 0.0000 0.0000 63.000 0.40 3.03 -2.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.7567 0.2433 2 2 0.0000 0.4369 0.5631
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 694 251 443 240 0 7 0 4 1 0 441 0 1 0.9562 0.0023 0.0045 34.857 0.50 3.25 -2.75 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1665 0.8335 0.0000 0 0 0.9565 0.0435 0.0000 0 0 0.9879 0.0121 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 402 97 305 53 0 3 0 41 0 0 302 0 3 0.5464 0.0000 0.0098 31.333 0.25 7.07 -6.83 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3504 0.5057 0.1439 1 1 0.3472 0.5052 0.1476 1 1 0.3429 0.5046 0.1525
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 111 52 59 29 0 3 0 20 0 0 59 0 0 0.5577 0.0000 0.0000 16.333 0.69 2.95 -2.26 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3608 0.4910 0.1482 1 1 0.3568 0.4916 0.1516 1 1 0.3514 0.4924 0.1562
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 346 99 247 57 0 2 0 40 0 0 246 0 1 0.5758 0.0000 0.0040 48.500 0.42 2.33 -1.90 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4489 0.4588 0.0923 1 1 0.4419 0.4615 0.0966 1 1 0.4326 0.4650 0.1024
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 786 256 530 143 0 9 0 104 0 0 530 0 0 0.5586 0.0000 0.0000 27.444 0.30 18.24 -17.94 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7070 0.2780 0.0149 1 0 0.6951 0.2878 0.0171 1 0 0.6787 0.3011 0.0202
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 322 89 233 51 0 5 0 33 0 0 233 0 0 0.5730 0.0000 0.0000 16.800 0.57 4.45 -3.89 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4822 0.4371 0.0807 1 0 0.4739 0.4412 0.0849 1 0 0.4627 0.4464 0.0908
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 383 127 256 54 4 13 17 39 0 0 256 0 0 0.4252 0.0000 0.0000 8.462 0.17 5.54 -5.37 30 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2625 0.5323 0.2052 1 1 0.2628 0.5299 0.2073 1 1 0.2630 0.5268 0.2101
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 383 127 256 57 0 17 1 52 0 0 256 0 0 0.4488 0.0000 0.0000 6.412 0.39 6.10 -5.71 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2833 0.5282 0.1884 1 1 0.2828 0.5261 0.1911 1 1 0.2820 0.5234 0.1945
chr8 140458378 T TGTGACCCTCACGGTACCCCCC 0.500000 0.050 1 21 5 379 136 243 52 1 29 0 54 0 0 243 0 0 0.3824 0.0000 0.0000 3.690 0.44 9.30 -8.85 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2205 0.5321 0.2474 1 1 0.2222 0.5297 0.2481 1 1 0.2243 0.5267 0.2490
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 577 157 420 0 0 26 10 121 0 0 412 0 8 0.0000 0.0000 0.0190 5.038 4.63 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0295 0.9705 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0346 0.9654
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 959 202 757 94 0 38 0 70 0 0 745 1 11 0.4653 0.0000 0.0159 4.316 0.57 11.41 -10.84 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3753 0.5114 0.1134 1 1 0.3720 0.5103 0.1177 1 1 0.3674 0.5091 0.1235
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 1037 223 814 217 0 3 0 3 0 0 814 0 0 0.9731 0.0000 0.0000 73.333 0.35 2.33 -1.98 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6392 0.3608 0.0000 0 0 0.9661 0.0339 0.0000 0 0 0.9835 0.0165 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1107 200 907 102 5 9 6 78 0 0 906 1 0 0.5100 0.0000 0.0011 27.143 1.49 3.28 -1.79 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6590 0.3271 0.0139 1 0 0.6527 0.3323 0.0150 1 0 0.6441 0.3393 0.0166
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1109 203 906 18 91 8 6 80 0 0 902 0 4 0.0887 0.0000 0.0044 22.667 0.56 3.27 -2.72 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3997 0.5351 0.0652 1 1 0.4021 0.5319 0.0660 1 1 0.4050 0.5278 0.0671
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 629 203 426 11 0 52 13 127 0 0 425 0 1 0.0542 0.0000 0.0023 2.961 0.00 3.12 -3.12 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.9267 0.0733
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 356 91 265 33 0 23 0 35 0 0 257 1 7 0.3626 0.0000 0.0302 2.957 0.30 5.54 -5.24 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1362 0.4931 0.3706 1 1 0.1400 0.4936 0.3664 1 1 0.1450 0.4941 0.3608
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 361 97 264 93 1 1 0 2 0 0 264 0 0 0.9588 0.0000 0.0000 96.000 0.14 2.50 -2.36 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2923 0.7077 0.0000 0 0 0.7279 0.2721 0.0000 0 0 0.8191 0.1809 0.0000
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 779 175 604 167 1 3 0 4 0 1 603 0 0 0.9543 0.0000 0.0017 57.333 1.46 3.50 -2.04 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0930 0.9070 0.0000 0 0 0.8170 0.1830 0.0000 0 0 0.9285 0.0715 0.0000
chr9 38396908 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 710 162 548 91 0 2 0 69 0 0 548 0 0 0.5617 0.0000 0.0000 80.000 0.31 1.28 -0.97 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5173 0.4239 0.0588 1 0 0.5088 0.4284 0.0628 1 0 0.4972 0.4343 0.0686
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 480 77 403 6 0 0 0 71 0 0 403 0 0 0.0779 0.0000 0.0000 77.000 1.00 1.14 -0.14 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9049 0.0951 2 1 0.0000 0.6287 0.3713
chr9 65738388 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 655 150 505 137 0 10 0 3 0 0 505 0 0 0.9133 0.0000 0.0000 14.000 0.65 3.00 -2.35 111 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1901 0.8099 0.0000 0 0 0.7982 0.2018 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000
chr9 66141076 TTAAG T 0.500000 0.050 1 -4 5 139 60 79 47 0 1 0 12 0 0 79 0 0 0.7833 0.0000 0.0000 59.000 0.66 3.75 -3.09 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6993 0.2788 0.0220 0 1 0.2904 0.6992 0.0104 0 1 0.0461 0.9534 0.0005
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 459 139 320 77 0 4 0 58 0 0 312 0 8 0.5540 0.0000 0.0250 33.750 0.21 14.21 -14.00 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3677 0.5084 0.1239 1 1 0.3643 0.5076 0.1280 1 1 0.3597 0.5067 0.1336
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 872 180 692 70 0 21 0 89 0 0 675 0 17 0.3889 0.0000 0.0246 7.571 0.53 11.13 -10.61 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0197 0.2891 0.6912 1 2 0.0221 0.2991 0.6787 1 2 0.0259 0.3126 0.6615
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 540 157 383 82 0 2 1 72 0 0 381 0 2 0.5223 0.0000 0.0052 77.500 0.49 3.33 -2.85 54 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3111 0.5332 0.1557 1 1 0.3100 0.5307 0.1593 1 1 0.3084 0.5275 0.1641
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 255 86 169 36 0 4 0 46 0 0 168 0 1 0.4186 0.0000 0.0059 20.500 0.06 4.63 -4.57 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1285 0.4901 0.3814 1 1 0.1324 0.4907 0.3769 1 1 0.1377 0.4915 0.3708
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 381 113 268 7 3 20 0 83 0 0 268 0 0 0.0619 0.0000 0.0000 4.650 0.00 3.45 -3.45 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9898 0.0102 2 1 0.0000 0.8464 0.1536
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 381 116 265 83 11 19 0 3 0 0 265 0 0 0.7155 0.0000 0.0000 5.389 2.70 3.00 -0.30 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0746 0.9254 0.0000 0 0 0.5802 0.4198 0.0000 0 0 0.7589 0.2411 0.0000
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 468 98 370 42 0 17 1 38 0 1 369 0 0 0.4286 0.0000 0.0027 4.765 0.52 8.95 -8.42 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2847 0.5204 0.1948 1 1 0.2839 0.5189 0.1972 1 1 0.2828 0.5169 0.2002
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 522 203 319 5 0 3 0 195 0 0 319 0 0 0.0246 0.0000 0.0000 66.667 0.00 9.22 -9.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9629 0.0371 2 2 0.0000 0.1870 0.8130 2 2 0.0000 0.0565 0.9435
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 786 337 449 121 0 3 0 213 0 0 440 1 8 0.3591 0.0000 0.0200 111.333 0.33 3.45 -3.12 35 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0202 0.9797 1 2 0.0001 0.0237 0.9763 1 2 0.0001 0.0291 0.9708
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 437 116 321 49 0 20 1 46 0 0 320 0 1 0.4224 0.0000 0.0031 4.800 0.59 6.74 -6.15 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2440 0.5294 0.2266 1 1 0.2448 0.5272 0.2280 1 1 0.2458 0.5244 0.2298
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 1060 155 905 2 1 42 2 108 0 2 889 1 13 0.0129 0.0000 0.0177 2.667 7.00 6.32 0.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6857 0.3143 2 2 0.0000 0.2297 0.7703 2 2 0.0000 0.1388 0.8612
chr9 97904745 A AGACACCAAG 0.500000 0.050 1 9 1 253 84 169 76 0 7 0 1 0 0 167 0 2 0.9048 0.0000 0.0118 11.000 0.30 9.00 -8.70 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0481 0.9519 0.0000 0 1 0.4677 0.5323 0.0000 0 0 0.6697 0.3303 0.0000
chr9 99828333 TCAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 901 252 649 197 7 33 1 14 0 0 649 0 0 0.7817 0.0000 0.0000 6.781 0.72 3.79 -3.06 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0091 0.9909 0.0000 0 1 0.3624 0.6376 0.0000
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 563 139 424 80 1 0 0 58 0 0 424 0 0 0.5755 0.0000 0.0000 138.000 0.44 2.66 -2.22 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5337 0.4101 0.0562 1 0 0.5243 0.4155 0.0602 1 0 0.5117 0.4224 0.0658
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 955 204 751 128 0 0 0 76 0 0 749 0 2 0.6275 0.0000 0.0027 204.000 0.20 4.80 -4.61 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8168 0.1774 0.0058 1 0 0.8045 0.1885 0.0069 1 0 0.7871 0.2042 0.0087
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 890 221 669 125 0 2 0 94 0 0 668 1 0 0.5656 0.0000 0.0015 109.500 0.38 2.91 -2.54 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6087 0.3602 0.0311 1 0 0.5983 0.3674 0.0343 1 0 0.5841 0.3770 0.0390
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 301 113 188 0 0 5 0 108 0 0 186 0 2 0.0000 0.0000 0.0106 21.600 4.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr9 113425365 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 555 143 412 112 4 22 0 5 0 0 412 0 0 0.7832 0.0000 0.0000 5.500 0.12 2.40 -2.27 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.3827 0.6173 0.0000 0 0 0.7156 0.2844 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 524 118 406 47 0 21 0 50 0 0 406 0 0 0.3983 0.0000 0.0000 4.850 0.36 5.92 -5.56 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2064 0.5276 0.2660 1 1 0.2085 0.5255 0.2660 1 1 0.2111 0.5229 0.2659
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 725 164 561 89 0 14 0 61 0 0 557 1 3 0.5427 0.0000 0.0071 10.714 0.20 1.23 -1.03 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5465 0.4026 0.0509 1 0 0.5370 0.4082 0.0548 1 0 0.5241 0.4156 0.0603
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 603 203 400 0 0 21 96 86 0 0 399 1 0 0.0000 0.0000 0.0025 8.524 3.63 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0124 0.9876
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 605 207 398 2 2 100 5 98 0 0 397 0 1 0.0097 0.0000 0.0025 1.062 0.00 6.45 -6.45 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7745 0.2255 2 2 0.0000 0.3329 0.6671 2 2 0.0000 0.2175 0.7825
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 598 177 421 0 0 2 1 174 0 0 417 0 4 0.0000 0.0000 0.0095 87.500 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0135 0.9865
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 232 69 163 0 0 8 0 61 0 0 161 0 2 0.0000 0.0000 0.0123 7.625 7.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1718 0.8282 2 2 0.0000 0.1763 0.8237 2 2 0.0000 0.1826 0.8174
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 519 159 360 12 0 44 6 97 0 0 355 0 5 0.0755 0.0000 0.0139 2.591 2.75 3.89 -1.14 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 1 0.0000 0.8672 0.1328
chr9 131038976 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 1 544 171 373 156 0 7 0 8 0 0 373 0 0 0.9123 0.0000 0.0000 27.333 0.54 2.00 -1.46 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1862 0.8138 0.0000 0 0 0.6865 0.3135 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 217 67 150 4 0 2 0 61 0 0 150 0 0 0.0597 0.0000 0.0000 32.500 0.00 1.80 -1.80 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.7595 0.2405 2 1 0.0000 0.5042 0.4958
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 486 141 345 133 0 3 0 5 0 0 345 0 0 0.9433 0.0000 0.0000 46.000 0.31 1.40 -1.09 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.4858 0.5142 0.0000 0 0 0.7910 0.2090 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 278 89 189 43 0 9 1 36 0 0 189 0 0 0.4831 0.0000 0.0000 8.778 0.84 1.94 -1.11 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3161 0.5127 0.1712 1 1 0.3141 0.5118 0.1742 1 1 0.3113 0.5105 0.1781
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 492 143 349 76 0 16 0 51 0 0 345 0 4 0.5315 0.0000 0.0115 7.938 0.88 13.45 -12.57 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5111 0.4248 0.0641 1 0 0.5024 0.4294 0.0682 1 0 0.4907 0.4353 0.0740
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 255 115 140 47 34 29 0 5 0 0 140 0 0 0.4087 0.0000 0.0000 2.966 0.28 2.80 -2.52 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.2074 0.7926 0.0000 0 0 0.5210 0.4790 0.0000
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 375 95 280 46 0 1 0 48 0 0 279 0 1 0.4842 0.0000 0.0036 94.000 1.20 1.12 0.07 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4276 0.5646 0.0079 1 1 0.4311 0.5610 0.0078 1 1 0.4356 0.5565 0.0078
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 945 218 727 5 0 30 2 181 0 0 712 0 15 0.0229 0.0000 0.0206 6.483 1.20 5.53 -4.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9608 0.0392 2 2 0.0000 0.1795 0.8205 2 2 0.0000 0.0541 0.9459
chr10 21516768 C CGGT 0.000687 0.050 1 3 3 862 208 654 96 4 38 1 69 1 0 652 0 1 0.4615 0.0015 0.0031 4.474 1.00 3.32 -2.32 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7815 0.2185 0.0000 1 0 0.7744 0.2256 0.0000 1 0 0.7645 0.2354 0.0000
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 776 169 607 11 0 2 0 156 0 0 596 1 10 0.0651 0.0000 0.0181 83.500 0.00 3.28 -3.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9863 0.0137 2 1 0.0000 0.7564 0.2436
chr10 27398605 C CT 0.021536 0.050 1 1 2 851 223 628 206 1 12 0 4 0 0 628 0 0 0.9238 0.0000 0.0000 17.583 0.41 1.00 -0.59 68 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9308 0.0692 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr10 45303617 T TA 0.034347 0.050 1 1 2 706 190 516 95 0 1 0 94 0 0 515 0 1 0.5000 0.0000 0.0019 189.000 0.25 1.26 -1.00 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4271 0.5578 0.0152 1 1 0.4312 0.5534 0.0153 1 1 0.4365 0.5480 0.0155
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 137 62 75 39 0 0 0 23 0 0 74 0 1 0.6290 0.0000 0.0133 62.000 0.56 7.91 -7.35 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6067 0.3684 0.0248 1 0 0.6008 0.3732 0.0260 1 0 0.5928 0.3795 0.0277
chr10 67885122 AGGC A 0.000161 0.050 1 -3 1 593 200 393 92 2 19 1 86 1 0 390 0 2 0.4600 0.0025 0.0076 9.526 0.62 3.45 -2.83 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5181 0.4819 0.0000 1 0 0.5194 0.4805 0.0000 1 0 0.5210 0.4790 0.0000
chr10 68306803 TCTTG T 0.000227 0.050 1 -4 1 195 102 93 53 0 3 0 46 0 0 93 0 0 0.5196 0.0000 0.0000 33.000 0.09 4.11 -4.01 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5560 0.4440 0.0001 1 0 0.5549 0.4450 0.0001 1 0 0.5534 0.4465 0.0001
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 199 89 110 39 0 8 0 42 0 0 109 0 1 0.4382 0.0000 0.0091 10.125 0.26 1.07 -0.82 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4219 0.5729 0.0052 1 1 0.4256 0.5693 0.0052 1 1 0.4304 0.5645 0.0051
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 432 107 325 0 0 23 0 84 0 0 324 0 1 0.0000 0.0000 0.0031 3.652 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3786 0.6214 2 2 0.0000 0.3887 0.6113 2 2 0.0000 0.4028 0.5972
chr10 75043841 TAGA T 0.000651 0.050 1 -3 3 245 87 158 54 0 3 0 30 0 0 158 0 0 0.6207 0.0000 0.0000 28.000 0.19 5.03 -4.85 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7471 0.2529 0.0000 1 0 0.7398 0.2601 0.0000 1 0 0.7300 0.2699 0.0001
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 240 39 201 24 0 0 3 12 0 0 200 0 1 0.6154 0.0000 0.0050 39.000 0.42 2.50 -2.08 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5495 0.4228 0.0277 1 0 0.5460 0.4255 0.0285 1 0 0.5415 0.4291 0.0295
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 765 160 605 91 0 6 0 63 0 0 599 0 6 0.5687 0.0000 0.0099 25.667 0.35 5.65 -5.30 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6292 0.3463 0.0245 1 0 0.6219 0.3517 0.0264 1 0 0.6120 0.3590 0.0290
chr10 89738577 AAAG A 0.001385 0.050 1 -3 4 527 102 425 54 0 10 1 37 0 0 425 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 9.100 0.56 4.62 -4.07 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6683 0.3316 0.0002 1 0 0.6632 0.3367 0.0002 1 0 0.6563 0.3435 0.0002
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 399 112 287 45 0 9 0 58 0 1 281 0 5 0.4018 0.0000 0.0209 11.444 0.33 5.90 -5.56 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0918 0.4627 0.4455 1 1 0.0964 0.4654 0.4382 1 1 0.1026 0.4689 0.4285
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 405 169 236 82 0 2 1 84 0 0 235 0 1 0.4852 0.0000 0.0042 83.000 0.73 2.68 -1.95 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2986 0.5729 0.1285 1 1 0.3031 0.5684 0.1285 1 1 0.3088 0.5627 0.1285
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 241 50 191 26 0 1 0 23 0 0 191 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 49.000 0.12 2.00 -1.88 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5201 0.4782 0.0017 1 0 0.5198 0.4785 0.0017 1 0 0.5193 0.4789 0.0018
chr10 118594523 A ATGACCAGCAGAGGGAGCAGGTAGG 0.500000 0.050 1 24 2 681 150 531 130 0 18 0 2 0 0 530 0 1 0.8667 0.0000 0.0019 7.333 0.32 12.00 -11.68 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1643 0.8357 0.0000 0 0 0.7689 0.2311 0.0000 0 0 0.8809 0.1191 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 384 118 266 2 3 18 11 84 0 1 263 0 2 0.0169 0.0000 0.0113 4.944 4.00 2.58 1.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8951 0.1049 2 2 0.0000 0.4581 0.5419 2 2 0.0000 0.2727 0.7273
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.050 1 1 1 194 49 145 34 1 7 0 7 0 0 145 0 0 0.6939 0.0000 0.0000 5.857 0.24 1.57 -1.34 8 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0907 0.9087 0.0006 0 1 0.1758 0.8242 0.0000 0 0 0.6087 0.3913 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 773 182 591 168 2 10 0 2 0 0 589 0 2 0.9231 0.0000 0.0034 17.200 1.04 13.50 -12.46 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4188 0.5812 0.0000 0 0 0.9691 0.0309 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000
chr10 127738728 G GGCC 0.003313 0.050 1 3 1 442 119 323 104 2 5 0 8 0 0 323 0 0 0.8739 0.0000 0.0000 22.800 0.69 3.62 -2.93 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.9516 0.0484 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 325 111 214 4 0 3 0 104 0 0 213 0 1 0.0360 0.0000 0.0047 36.000 1.00 1.31 -0.31 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 1 0.0000 0.5173 0.4827 2 2 0.0000 0.2618 0.7382
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 656 178 478 83 0 7 2 86 0 0 476 0 2 0.4663 0.0000 0.0042 24.429 0.31 2.99 -2.68 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2130 0.5655 0.2216 1 1 0.2178 0.5616 0.2206 1 1 0.2242 0.5566 0.2192
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 744 162 582 90 1 15 1 55 0 0 579 0 3 0.5556 0.0000 0.0052 9.800 0.80 10.87 -10.07 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7925 0.2058 0.0017 1 0 0.7845 0.2135 0.0019 1 0 0.7736 0.2242 0.0022
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 285 100 185 92 1 2 0 5 0 0 185 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 48.500 0.27 2.20 -1.93 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3093 0.6907 0.0000 0 0 0.6484 0.3516 0.0000
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 2319 546 1773 252 5 168 5 116 5 3 1761 2 2 0.4615 0.0028 0.0068 2.253 3.16 12.09 -8.93 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9981 0.0019 0.0000 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.050 1 -3 2 2061 449 1612 405 4 27 2 11 9 5 1597 0 1 0.9020 0.0056 0.0093 15.556 1.17 4.00 -2.83 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1298 262 1036 98 1 87 0 76 0 0 1035 0 1 0.3740 0.0000 0.0010 2.011 0.87 7.29 -6.42 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4881 0.4461 0.0658 1 0 0.4798 0.4499 0.0704 1 0 0.4685 0.4548 0.0767
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1246 280 966 51 2 92 5 130 0 0 921 0 45 0.1821 0.0000 0.0466 2.022 2.41 10.83 -8.42 15 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0283 0.9716 1 2 0.0001 0.0350 0.9649 2 1 0.0000 0.9531 0.0469
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 1166 341 825 39 1 118 3 180 0 0 823 2 0 0.1144 0.0000 0.0024 1.890 0.64 7.91 -7.26 11 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9789 0.0211 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 2884860 GGGGGCCGGGGCC G 0.024360 0.050 1 -12 1 549 144 405 118 3 19 0 4 1 1 402 0 1 0.8194 0.0025 0.0074 6.474 1.49 10.25 -8.76 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2012 0.7988 0.0000 0 0 0.9670 0.0330 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 395 118 277 0 0 5 0 113 0 0 276 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 22.600 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0611 0.9389
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 793 252 541 115 1 2 0 134 1 0 540 0 0 0.4563 0.0018 0.0018 125.000 0.32 1.31 -0.99 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0793 0.4978 0.4229 1 1 0.0838 0.4974 0.4188 1 1 0.0900 0.4971 0.4130
chr11 4450136 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 646 148 498 85 0 1 0 62 0 0 498 0 0 0.5743 0.0000 0.0000 147.000 0.31 1.79 -1.48 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5346 0.4104 0.0550 1 0 0.5253 0.4157 0.0590 1 0 0.5128 0.4226 0.0646
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 274 112 162 2 0 4 0 106 0 0 158 0 4 0.0179 0.0000 0.0247 27.000 0.50 2.14 -1.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6211 0.3789 2 2 0.0000 0.2014 0.7986 2 2 0.0000 0.1308 0.8692
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 753 165 588 100 0 3 0 62 0 0 586 0 2 0.6061 0.0000 0.0034 54.000 0.19 4.44 -4.25 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6943 0.2860 0.0197 1 0 0.6816 0.2962 0.0222 1 0 0.6641 0.3099 0.0259
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 600 170 430 97 0 3 0 70 0 0 430 0 0 0.5706 0.0000 0.0000 55.667 0.20 1.19 -0.99 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5831 0.3765 0.0404 1 0 0.5727 0.3833 0.0440 1 0 0.5586 0.3923 0.0491
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 528 125 403 64 0 2 1 58 0 0 403 0 0 0.5120 0.0000 0.0000 61.500 0.20 1.28 -1.07 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2920 0.5299 0.1781 1 1 0.2913 0.5277 0.1810 1 1 0.2902 0.5248 0.1850
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 572 145 427 137 0 6 0 2 0 0 427 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 23.167 1.14 2.00 -0.86 91 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5528 0.4472 0.0000 0 0 0.8856 0.1144 0.0000 0 0 0.9270 0.0730 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 677 152 525 6 0 6 0 140 0 0 512 0 13 0.0395 0.0000 0.0248 24.333 0.33 6.06 -5.73 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.5578 0.4422 2 2 0.0000 0.1918 0.8082
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 514 136 378 5 0 3 0 128 0 0 378 0 0 0.0368 0.0000 0.0000 44.333 0.40 1.88 -1.48 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.5442 0.4558 2 2 0.0000 0.2294 0.7706
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 649 182 467 95 0 2 1 84 0 0 467 0 0 0.5220 0.0000 0.0000 90.000 0.14 2.21 -2.08 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3461 0.5254 0.1285 1 1 0.3440 0.5234 0.1326 1 1 0.3409 0.5209 0.1382
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.050 1 4 1 745 178 567 170 0 2 0 6 0 0 567 0 0 0.9551 0.0000 0.0000 88.000 1.32 5.17 -3.85 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5462 0.4538 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 876 159 717 0 0 8 0 151 0 0 696 0 21 0.0000 0.0000 0.0293 18.875 9.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 697 195 502 156 10 24 0 5 0 0 502 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 7.125 0.34 3.60 -3.26 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0184 0.9816 0.0000 0 0 0.6803 0.3197 0.0000 0 0 0.8929 0.1071 0.0000
chr11 8921341 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 193 78 115 37 0 0 0 41 0 0 115 0 0 0.4744 0.0000 0.0000 78.000 0.51 2.27 -1.75 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1936 0.5190 0.2875 1 1 0.1959 0.5175 0.2866 1 1 0.1990 0.5157 0.2853
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 328 159 169 71 1 19 2 66 0 0 169 0 0 0.4465 0.0000 0.0000 7.316 0.56 4.00 -3.44 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2790 0.5372 0.1838 1 1 0.2789 0.5344 0.1867 1 1 0.2786 0.5308 0.1905
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 628 137 491 45 1 49 1 41 0 0 475 0 16 0.3285 0.0000 0.0326 1.833 2.73 9.17 -6.44 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1156 0.4869 0.3975 1 1 0.1198 0.4877 0.3925 1 1 0.1253 0.4888 0.3859
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 250 89 161 87 0 2 0 0 0 0 161 0 0 0.9775 0.0000 0.0000 43.500 0.34 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8993 0.1007 0.0000 0 0 0.8952 0.1048 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 199 74 125 39 1 2 0 32 0 0 125 0 0 0.5270 0.0000 0.0000 36.000 1.08 3.41 -2.33 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3419 0.5029 0.1551 1 1 0.3388 0.5027 0.1585 1 1 0.3347 0.5024 0.1629
chr11 20363835 C CGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 383 132 251 65 1 13 1 52 0 0 245 0 6 0.4924 0.0000 0.0239 9.154 0.31 6.15 -5.85 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3140 0.5246 0.1614 1 1 0.3125 0.5227 0.1648 1 1 0.3103 0.5204 0.1693
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.050 1 -12 1 352 93 259 88 0 2 0 3 0 0 259 0 0 0.9462 0.0000 0.0000 45.500 0.30 12.00 -11.70 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0640 0.9360 0.0000 0 0 0.5416 0.4584 0.0000 0 0 0.7300 0.2700 0.0000
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 275 103 172 62 0 1 0 40 0 0 170 0 2 0.6019 0.0000 0.0116 102.000 0.35 6.10 -5.75 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5042 0.4260 0.0698 1 0 0.4954 0.4306 0.0740 1 0 0.4835 0.4366 0.0798
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 893 269 624 114 0 6 0 149 0 0 623 0 1 0.4238 0.0000 0.0016 43.833 0.35 3.27 -2.92 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0190 0.3117 0.6693 1 2 0.0215 0.3204 0.6582 1 2 0.0251 0.3321 0.6428
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 795 178 617 0 0 6 2 170 0 0 610 0 7 0.0000 0.0000 0.0113 28.500 2.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0136 0.9864
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 627 155 472 80 0 2 2 71 0 1 471 0 0 0.5161 0.0000 0.0021 76.500 0.84 1.58 -0.74 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3243 0.5281 0.1476 1 1 0.3227 0.5259 0.1514 1 1 0.3203 0.5232 0.1564
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 86 42 44 39 0 0 0 3 0 0 44 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 42.000 0.41 2.00 -1.59 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0196 0.9804 0.0000 0 1 0.2608 0.7392 0.0000 0 1 0.4552 0.5448 0.0000
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 264 91 173 43 0 15 0 33 0 0 172 0 1 0.4725 0.0000 0.0058 5.067 0.23 3.36 -3.13 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3548 0.4995 0.1457 1 1 0.3512 0.4995 0.1493 1 1 0.3465 0.4995 0.1540
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 117 43 74 26 1 5 1 10 0 0 73 0 1 0.6047 0.0000 0.0135 7.600 0.85 4.80 -3.95 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4492 0.4488 0.1019 1 1 0.4416 0.4524 0.1061 1 1 0.4313 0.4570 0.1117
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1187 207 980 6 0 53 1 147 0 0 899 0 81 0.0290 0.0000 0.0827 2.906 0.17 6.12 -5.96 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9825 0.0175 2 2 0.0000 0.1621 0.8379 2 2 0.0000 0.0369 0.9631
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1506 327 1179 9 2 174 3 139 1 0 1098 1 79 0.0275 0.0008 0.0687 0.874 2.11 9.19 -7.08 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8617 0.1383 2 2 0.0000 0.2346 0.7654
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 1135 334 801 198 1 88 0 47 0 0 782 0 19 0.5928 0.0000 0.0237 2.795 0.17 8.57 -8.40 84 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9962 0.0038 0.0000 1 0 0.9952 0.0048 0.0000 1 0 0.9934 0.0066 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 853 221 632 2 0 2 0 217 0 0 629 0 3 0.0090 0.0000 0.0047 109.500 0.00 2.25 -2.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0934 0.9066 2 2 0.0000 0.0165 0.9835 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 267 115 152 54 0 5 0 56 0 0 149 0 3 0.4696 0.0000 0.0197 22.000 0.39 18.84 -18.45 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1792 0.5269 0.2938 1 1 0.1821 0.5249 0.2930 1 1 0.1860 0.5223 0.2917
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 512 141 371 66 0 3 0 72 0 0 368 0 3 0.4681 0.0000 0.0081 46.000 0.38 4.35 -3.97 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1400 0.5191 0.3409 1 1 0.1439 0.5176 0.3385 1 1 0.1491 0.5157 0.3352
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1474 418 1056 0 0 86 13 319 0 0 1054 1 1 0.0000 0.0000 0.0019 3.860 7.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 860 275 585 0 0 41 5 229 0 0 582 1 2 0.0000 0.0000 0.0051 5.683 9.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 318 124 194 116 0 4 0 4 0 0 194 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 30.000 0.43 8.25 -7.82 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 0 0.5473 0.4527 0.0000 0 0 0.7849 0.2151 0.0000
chr11 124249871 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 503 121 382 64 1 3 0 53 0 0 382 0 0 0.5289 0.0000 0.0000 39.333 0.19 1.15 -0.96 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3873 0.4944 0.1183 1 1 0.3829 0.4947 0.1224 1 1 0.3770 0.4951 0.1280
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 408 132 276 7 0 9 1 115 0 0 276 0 0 0.0530 0.0000 0.0000 13.556 0.14 5.92 -5.78 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8602 0.1398 2 2 0.0000 0.4560 0.5440
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 424 125 299 43 0 17 3 62 0 1 297 0 1 0.3440 0.0000 0.0067 6.235 0.51 3.69 -3.18 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0626 0.4137 0.5236 1 2 0.0667 0.4190 0.5142 1 2 0.0725 0.4259 0.5016
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 61 30 31 3 0 1 0 26 0 0 31 0 0 0.1000 0.0000 0.0000 29.000 0.00 2.38 -2.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.7955 0.2045 2 1 0.0000 0.6202 0.3798
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 365 143 222 68 0 2 0 73 0 0 219 0 3 0.4755 0.0000 0.0135 70.500 1.07 2.03 -0.95 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1166 0.5077 0.3757 1 1 0.1196 0.5064 0.3740 1 1 0.1237 0.5048 0.3715
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 572 173 399 64 5 33 0 71 0 0 397 0 2 0.3699 0.0000 0.0050 4.242 0.28 3.04 -2.76 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2130 0.5448 0.2422 1 1 0.2162 0.5417 0.2422 1 1 0.2203 0.5377 0.2420
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 675 162 513 150 0 6 0 6 0 0 513 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 26.000 0.23 2.17 -1.94 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0171 0.9829 0.0000 0 0 0.8304 0.1696 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 680 162 518 153 0 3 0 6 0 0 518 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 53.000 0.22 2.17 -1.94 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0174 0.9826 0.0000 0 0 0.8395 0.1605 0.0000 0 0 0.9652 0.0348 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 442 130 312 1 0 21 12 96 0 0 309 0 3 0.0077 0.0000 0.0096 5.190 0.00 3.46 -3.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1999 0.8001 2 2 0.0000 0.0916 0.9084 2 2 0.0000 0.0749 0.9251
chr12 6667903 TTGCTGCTGCTGC T 0.003876 0.050 1 -12 1 442 140 302 109 2 25 0 4 0 0 302 0 0 0.7786 0.0000 0.0000 4.600 3.06 8.50 -5.44 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8626 0.1374 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr12 6936725 GCAA G 0.000848 0.050 1 -3 1 932 259 673 40 110 10 29 70 0 0 671 1 1 0.1544 0.0000 0.0030 27.111 0.53 4.21 -3.69 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8497 0.1503 0.0000 1 0 0.8423 0.1577 0.0000 1 0 0.8320 0.1679 0.0000
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 1466 374 1092 190 0 4 2 178 0 1 1084 0 7 0.5080 0.0000 0.0073 92.500 1.23 4.16 -2.93 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1544 0.6253 0.2202 1 1 0.1566 0.6168 0.2266 1 1 0.1591 0.6060 0.2348
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 272 114 158 67 0 2 0 45 0 0 156 0 2 0.5877 0.0000 0.0127 56.000 0.25 4.44 -4.19 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4996 0.4303 0.0701 1 0 0.4910 0.4346 0.0743 1 0 0.4794 0.4403 0.0802
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 752 208 544 110 1 26 0 71 0 0 534 0 10 0.5288 0.0000 0.0184 7.000 0.37 8.44 -8.06 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7692 0.2293 0.0015 1 0 0.7620 0.2363 0.0017 1 0 0.7522 0.2459 0.0020
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 335 164 171 74 1 11 1 77 0 0 171 0 0 0.4512 0.0000 0.0000 13.909 0.45 4.12 -3.67 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1217 0.5310 0.3473 1 1 0.1235 0.5282 0.3483 1 1 0.1258 0.5247 0.3496
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 531 126 405 123 0 0 0 3 0 0 405 0 0 0.9762 0.0000 0.0000 126.000 0.43 1.00 -0.57 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4905 0.5095 0.0000 0 0 0.9418 0.0582 0.0000 0 0 0.9731 0.0269 0.0000
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 458 94 364 45 0 0 0 49 0 0 363 0 1 0.4787 0.0000 0.0027 94.000 0.40 3.43 -3.03 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2243 0.5343 0.2414 1 1 0.2275 0.5322 0.2403 1 1 0.2318 0.5295 0.2387
chr12 40406131 C CGTCAGGATG 0.058262 0.050 1 9 2 158 81 77 71 1 7 0 2 0 0 77 0 0 0.8765 0.0000 0.0000 10.571 0.21 9.50 -9.29 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7907 0.2093 0.0000 0 0 0.9617 0.0383 0.0000 0 0 0.9774 0.0226 0.0000
chr12 40482547 CCAT C 0.001528 0.050 1 -3 1 974 193 781 101 0 6 0 86 0 0 779 0 2 0.5233 0.0000 0.0026 31.167 0.23 3.33 -3.10 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6010 0.3987 0.0003 1 0 0.5992 0.4005 0.0003 1 0 0.5967 0.4030 0.0003
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 947 178 769 108 4 65 0 1 7 0 759 1 2 0.6067 0.0091 0.0130 1.738 1.17 8.00 -6.83 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0563 0.9437 0.0000 0 0 0.5912 0.4088 0.0000 0 0 0.7953 0.2047 0.0000
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 591 137 454 74 0 2 0 61 1 0 453 0 0 0.5401 0.0022 0.0022 67.500 0.12 1.15 -1.03 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5516 0.4120 0.0364 1 0 0.5473 0.4146 0.0381 1 0 0.5414 0.4181 0.0405
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 373 104 269 43 1 24 0 36 0 0 267 0 2 0.4135 0.0000 0.0074 3.333 0.19 15.28 -15.09 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5261 0.4582 0.0157 1 0 0.5250 0.4589 0.0161 1 0 0.5235 0.4600 0.0165
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.050 1 -3 1 452 101 351 59 0 3 1 38 0 0 351 0 0 0.5842 0.0000 0.0000 32.667 0.41 2.89 -2.49 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7041 0.2957 0.0002 1 0 0.6980 0.3018 0.0002 1 0 0.6898 0.3100 0.0002
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 1150 275 875 135 0 26 0 114 1 0 873 0 1 0.4909 0.0011 0.0023 9.577 0.54 11.87 -11.33 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5002 0.4462 0.0536 1 0 0.4943 0.4484 0.0573 1 0 0.4860 0.4514 0.0626
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 512 124 388 54 1 25 0 44 1 0 367 0 20 0.4355 0.0026 0.0541 3.960 0.04 10.82 -10.78 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3459 0.6208 0.0333 1 1 0.3519 0.6152 0.0329 1 1 0.3598 0.6080 0.0323
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1233 322 911 137 1 69 1 114 0 0 906 0 5 0.4255 0.0000 0.0055 3.667 0.26 13.47 -13.21 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6250 0.3696 0.0054 1 0 0.6223 0.3720 0.0057 1 0 0.6185 0.3753 0.0062
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 403 92 311 53 0 7 0 32 0 0 311 0 0 0.5761 0.0000 0.0000 12.143 0.28 1.47 -1.19 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6178 0.3484 0.0337 1 0 0.6092 0.3548 0.0360 1 0 0.5975 0.3632 0.0393
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 400 99 301 55 0 0 0 44 0 0 299 0 2 0.5556 0.0000 0.0066 99.000 0.29 1.70 -1.41 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3997 0.4880 0.1123 1 1 0.3967 0.4880 0.1153 1 1 0.3925 0.4882 0.1193
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 452 87 365 52 10 11 5 9 0 0 365 0 0 0.5977 0.0000 0.0000 6.545 1.00 2.78 -1.78 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0063 0.9937 0.0000 0 1 0.0098 0.9902 0.0000 0 1 0.1576 0.8424 0.0000
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 564 114 450 70 0 0 0 44 0 0 445 0 5 0.6140 0.0000 0.0111 114.000 0.19 4.00 -3.81 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7079 0.2916 0.0005 1 0 0.7019 0.2976 0.0006 1 0 0.6937 0.3057 0.0006
chr12 55743400 C CGCGGCGGCGGCG 0.000220 0.050 1 12 4 453 113 340 48 0 12 2 51 0 0 333 0 7 0.4248 0.0000 0.0206 8.333 0.62 10.00 -9.38 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3285 0.6713 0.0002 1 1 0.3356 0.6641 0.0002 1 1 0.3451 0.6547 0.0002
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 407 104 303 53 0 6 0 45 0 0 300 0 3 0.5096 0.0000 0.0099 16.333 1.00 3.73 -2.73 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3449 0.5120 0.1431 1 1 0.3439 0.5107 0.1454 1 1 0.3425 0.5090 0.1485
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1081 307 774 0 1 24 8 274 0 0 772 0 2 0.0000 0.0000 0.0026 11.750 6.00 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 157 75 82 58 3 8 1 5 0 0 82 0 0 0.7733 0.0000 0.0000 8.375 0.14 1.00 -0.86 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.2170 0.7830 0.0000 0 0 0.5648 0.4352 0.0000
chr12 92424891 AT A 0.000308 0.050 1 -1 1 510 171 339 91 0 1 0 79 0 0 339 0 0 0.5322 0.0000 0.0000 170.000 0.33 1.34 -1.01 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5951 0.4048 0.0001 1 0 0.5934 0.4066 0.0001 1 0 0.5909 0.4091 0.0001
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 523 151 372 8 3 29 2 109 0 0 368 0 4 0.0530 0.0000 0.0108 4.207 0.38 3.50 -3.12 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9886 0.0114 2 1 0.0000 0.7892 0.2108
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 345 96 249 81 0 12 0 3 0 0 249 0 0 0.8438 0.0000 0.0000 7.000 0.28 3.00 -2.72 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0543 0.9457 0.0000 0 1 0.4985 0.5015 0.0000 0 0 0.6957 0.3043 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 474 114 360 61 1 10 1 41 0 0 360 0 0 0.5351 0.0000 0.0000 11.556 1.51 4.39 -2.88 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5106 0.4218 0.0676 1 0 0.5016 0.4267 0.0717 1 0 0.4894 0.4330 0.0775
chr12 107775724 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 479 190 289 172 0 10 0 8 0 0 289 0 0 0.9053 0.0000 0.0000 18.000 0.32 1.75 -1.43 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2544 0.7456 0.0000 0 0 0.7609 0.2391 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 594 139 455 7 0 4 0 128 0 0 445 0 10 0.0504 0.0000 0.0220 33.750 0.43 8.85 -8.42 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7810 0.2190 2 2 0.0000 0.3303 0.6697
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 680 205 475 0 2 20 16 167 0 0 473 1 1 0.0000 0.0000 0.0042 9.050 3.57 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0459 0.9541 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0186 0.9814
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 162 81 81 0 0 0 0 81 0 0 81 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 81.000 2.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1153 0.8847 2 2 0.0000 0.1195 0.8805 2 2 0.0000 0.1255 0.8745
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 230 102 128 92 1 6 0 3 0 0 128 0 0 0.9020 0.0000 0.0000 16.000 0.26 6.33 -6.07 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0721 0.9279 0.0000 0 0 0.5725 0.4275 0.0000 0 0 0.7533 0.2467 0.0000
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 474 113 361 37 24 23 10 19 0 0 359 0 2 0.3274 0.0000 0.0055 3.391 0.89 5.21 -4.32 11 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6477 0.3202 0.0321 1 0 0.6348 0.3299 0.0353 1 0 0.6173 0.3427 0.0400
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 408 148 260 0 0 14 0 134 0 0 257 0 3 0.0000 0.0000 0.0115 9.571 5.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0308 0.9692 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 352 84 268 1 0 10 1 72 0 0 252 0 16 0.0119 0.0000 0.0597 7.400 0.00 12.49 -12.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3528 0.6472 2 2 0.0000 0.1784 0.8216 2 2 0.0000 0.1466 0.8534
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 447 128 319 59 0 17 1 51 0 0 319 0 0 0.4609 0.0000 0.0000 6.529 1.00 2.35 -1.35 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3227 0.5184 0.1589 1 1 0.3207 0.5170 0.1623 1 1 0.3179 0.5152 0.1668
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 769 197 572 88 1 16 0 92 0 0 566 0 6 0.4467 0.0000 0.0105 11.250 0.17 8.23 -8.06 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1344 0.5319 0.3337 1 1 0.1385 0.5295 0.3321 1 1 0.1439 0.5264 0.3297
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 290 114 176 76 6 30 0 2 0 0 176 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 2.800 0.34 3.00 -2.66 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2320 0.7680 0.0000 0 0 0.6657 0.3343 0.0000 0 0 0.7728 0.2272 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 239 79 160 0 0 6 1 72 0 0 149 1 10 0.0000 0.0000 0.0688 12.000 8.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1081 0.8919 2 2 0.0000 0.1122 0.8878 2 2 0.0000 0.1181 0.8819
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 725 194 531 11 7 62 5 109 0 0 527 0 4 0.0567 0.0000 0.0075 2.113 2.09 3.35 -1.26 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.9253 0.0747
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 701 190 511 54 5 74 0 57 0 0 511 0 0 0.2842 0.0000 0.0000 1.583 2.85 3.54 -0.69 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2467 0.5347 0.2186 1 1 0.2476 0.5321 0.2203 1 1 0.2486 0.5288 0.2226
chr13 44574729 TCCA T 0.014416 0.050 1 -3 1 864 180 684 160 3 14 0 3 0 0 684 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 11.857 0.29 3.00 -2.71 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9686 0.0314 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 584 201 383 181 0 12 0 8 0 0 382 1 0 0.9005 0.0000 0.0026 15.750 0.31 8.38 -8.06 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2982 0.7018 0.0000 0 0 0.8024 0.1976 0.0000
chr13 48095042 GCTCCTT G 0.000003 0.050 1 -6 2 271 138 133 86 1 10 1 40 0 0 128 0 5 0.6232 0.0000 0.0376 12.800 0.29 6.08 -5.78 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8658 0.1342 0.0000 1 0 0.8580 0.1420 0.0000 1 0 0.8470 0.1530 0.0000
chr13 49496005 GCCCAGGCGTCGCCGCCCCGGC G 0.000260 0.050 1 -21 2 138 62 76 52 1 1 0 8 0 0 76 0 0 0.8387 0.0000 0.0000 61.000 1.56 18.75 -17.19 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0306 0.9694 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 758 183 575 63 1 43 1 75 3 0 565 0 7 0.3443 0.0052 0.0174 3.256 4.10 6.16 -2.06 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2131 0.6466 0.1403 1 1 0.2213 0.6418 0.1369 1 1 0.2321 0.6354 0.1324
chr13 71866566 G GGCC 0.000641 0.050 1 3 1 739 192 547 98 2 29 0 63 1 0 538 1 7 0.5104 0.0018 0.0165 5.621 3.83 4.71 -0.89 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7811 0.2188 0.0000 1 0 0.7740 0.2260 0.0000 1 0 0.7642 0.2358 0.0000
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 157 79 78 37 0 2 0 40 0 0 78 0 0 0.4684 0.0000 0.0000 38.500 0.86 3.95 -3.09 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4285 0.5584 0.0131 1 1 0.4316 0.5553 0.0131 1 1 0.4356 0.5514 0.0130
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 607 94 513 0 0 5 0 89 0 0 509 1 3 0.0000 0.0000 0.0078 17.800 4.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0216 0.9784 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0240 0.9760
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 504 86 418 0 2 36 4 44 0 1 410 2 5 0.0000 0.0000 0.0191 1.361 4.59 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3086 0.6914 2 2 0.0000 0.2899 0.7101 2 2 0.0000 0.2773 0.7227
chr13 112067748 CGGCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 2 459 131 328 119 1 5 1 5 0 0 328 0 0 0.9084 0.0000 0.0000 25.200 1.51 6.00 -4.49 79 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.2896 0.7104 0.0000 0 0 0.6690 0.3310 0.0000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 308 114 194 7 0 37 0 70 0 0 190 0 4 0.0614 0.0000 0.0206 2.081 1.29 9.54 -8.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9460 0.0540 2 1 0.0000 0.6982 0.3018
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 576 131 445 61 0 5 1 64 0 0 444 0 1 0.4656 0.0000 0.0022 25.200 0.74 3.36 -2.62 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1776 0.5312 0.2912 1 1 0.1807 0.5288 0.2905 1 1 0.1846 0.5259 0.2895
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 491 119 372 115 1 1 0 2 0 0 371 0 1 0.9664 0.0000 0.0027 118.000 1.10 2.50 -1.40 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0497 0.9503 0.0000 0 1 0.4638 0.5362 0.0000 0 0 0.6593 0.3407 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 565 166 399 109 0 1 0 56 0 0 387 0 12 0.6566 0.0000 0.0301 165.000 0.37 19.62 -19.26 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7702 0.2199 0.0100 1 0 0.7583 0.2303 0.0115 1 0 0.7417 0.2445 0.0138
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 402 92 310 43 0 5 1 43 0 0 308 0 2 0.4674 0.0000 0.0065 17.400 0.44 1.63 -1.19 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1182 0.5101 0.3717 1 1 0.1196 0.5088 0.3716 1 1 0.1213 0.5072 0.3715
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 733 169 564 146 0 18 0 5 0 0 564 0 0 0.8639 0.0000 0.0000 8.389 0.64 7.00 -6.36 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 0 0.8389 0.1611 0.0000 0 0 0.9539 0.0461 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 667 169 498 155 1 6 0 7 0 0 498 0 0 0.9172 0.0000 0.0000 27.167 0.68 3.14 -2.46 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.6018 0.3982 0.0000 0 0 0.9152 0.0848 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 587 161 426 147 1 7 0 6 0 0 426 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 22.000 0.24 3.33 -3.10 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3545 0.6455 0.0000 0 0 0.7457 0.2543 0.0000
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 458 116 342 6 0 4 1 105 1 0 341 0 0 0.0517 0.0029 0.0029 28.000 0.00 5.46 -5.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9529 0.0471 2 1 0.0000 0.7329 0.2671
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 722 205 517 108 4 12 0 81 0 0 517 0 0 0.5268 0.0000 0.0000 16.083 0.64 3.36 -2.72 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7697 0.2279 0.0024 1 0 0.7622 0.2351 0.0027 1 0 0.7520 0.2449 0.0031
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 424 123 301 21 5 92 1 4 0 0 301 0 0 0.1707 0.0000 0.0000 0.300 0.48 3.50 -3.02 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0271 0.9667 0.0062 0 1 0.0638 0.9347 0.0015 0 1 0.1688 0.8307 0.0005
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 421 125 296 23 2 4 92 4 0 0 294 2 0 0.1840 0.0000 0.0068 8.000 0.48 3.50 -3.02 5 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0037 0.1316 0.8647 1 2 0.0044 0.1416 0.8540 1 2 0.0046 0.2923 0.7031
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 356 66 290 0 0 4 1 61 0 0 289 0 1 0.0000 0.0000 0.0034 15.500 3.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2537 0.7463 2 2 0.0000 0.2598 0.7402 2 2 0.0000 0.2682 0.7318
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 448 134 314 57 5 20 0 52 0 0 313 0 1 0.4254 0.0000 0.0032 5.700 0.23 3.12 -2.89 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4610 0.4678 0.0711 1 1 0.4585 0.4683 0.0732 1 1 0.4550 0.4690 0.0760
chr14 24409748 A ACAGTTTCCAAAGCACCTG 0.001352 0.050 1 18 1 794 182 612 79 0 31 0 72 0 0 593 0 19 0.4341 0.0000 0.0310 4.871 0.41 10.90 -10.50 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3091 0.6895 0.0014 1 1 0.3174 0.6813 0.0013 1 1 0.3283 0.6704 0.0013
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 723 158 565 0 0 29 2 127 0 0 547 1 17 0.0000 0.0000 0.0319 4.778 7.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.050 1 3 1 267 88 179 52 0 1 0 35 0 0 178 0 1 0.5909 0.0000 0.0056 87.000 0.35 3.09 -2.74 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6630 0.3363 0.0006 1 0 0.6580 0.3413 0.0007 1 0 0.6512 0.3480 0.0007
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 194 71 123 43 1 0 0 27 0 0 120 0 3 0.6056 0.0000 0.0244 71.000 0.12 2.85 -2.74 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6394 0.3575 0.0031 1 0 0.6348 0.3620 0.0032 1 0 0.6285 0.3681 0.0034
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 760 198 562 97 1 31 0 69 2 0 555 2 3 0.4899 0.0036 0.0125 5.387 1.37 6.86 -5.48 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3277 0.5730 0.0993 1 1 0.3177 0.5756 0.1067 1 1 0.3044 0.5785 0.1171
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 534 120 414 0 2 15 1 102 0 1 410 0 3 0.0000 0.0000 0.0097 6.933 5.85 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3685 0.6315 2 2 0.0000 0.2079 0.7921 2 2 0.0000 0.1715 0.8285
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 532 121 411 9 43 10 13 46 1 2 405 2 1 0.0744 0.0024 0.0146 25.250 0.22 4.72 -4.50 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1302 0.5006 0.3692 1 1 0.1349 0.5012 0.3639 1 1 0.1413 0.5019 0.3568
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 522 175 347 11 0 25 2 137 0 0 347 0 0 0.0629 0.0000 0.0000 6.000 0.36 3.20 -2.83 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9649 0.0351 2 1 0.0000 0.5381 0.4619
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 230 86 144 80 0 4 0 2 0 0 144 0 0 0.9302 0.0000 0.0000 20.500 0.44 9.00 -8.56 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3225 0.6775 0.0000 0 0 0.7590 0.2410 0.0000 0 0 0.8435 0.1565 0.0000
chr14 98717267 AG A 0.000615 0.050 1 -1 1 250 74 176 38 0 1 0 35 0 0 176 0 0 0.5135 0.0000 0.0000 73.000 0.13 1.09 -0.95 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5145 0.4853 0.0002 1 0 0.5148 0.4850 0.0002 1 0 0.5150 0.4848 0.0002
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 334 101 233 50 0 15 0 36 0 0 229 0 4 0.4950 0.0000 0.0172 5.733 0.36 9.19 -8.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4011 0.4838 0.1151 1 1 0.3972 0.4843 0.1185 1 1 0.3920 0.4850 0.1229
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 563 110 453 0 1 13 0 96 0 0 446 0 7 0.0000 0.0000 0.0155 7.462 11.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5691 0.4309 2 2 0.0000 0.4321 0.5679 2 2 0.0000 0.3907 0.6093
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.050 1 -6 1 491 101 390 57 0 4 1 39 0 0 390 0 0 0.5644 0.0000 0.0000 24.250 0.40 5.82 -5.42 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6472 0.3421 0.0106 1 0 0.6416 0.3472 0.0113 1 0 0.6339 0.3540 0.0121
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 477 139 338 59 1 24 0 55 1 0 335 0 2 0.4245 0.0030 0.0089 4.750 0.64 3.64 -2.99 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3893 0.5113 0.0995 1 1 0.3894 0.5096 0.1010 1 1 0.3895 0.5076 0.1029
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 338 98 240 77 1 10 1 9 0 0 240 0 0 0.7857 0.0000 0.0000 8.700 1.36 4.44 -3.08 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0300 0.9700 0.0000 0 1 0.3588 0.6412 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 310 93 217 1 0 5 2 85 0 0 213 1 3 0.0108 0.0000 0.0184 17.600 0.00 5.13 -5.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 627 164 463 0 0 6 0 158 0 2 436 10 15 0.0000 0.0000 0.0583 26.333 2.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.050 1 21 1 289 47 242 15 0 16 1 15 1 0 240 1 0 0.3191 0.0041 0.0083 1.938 1.20 4.60 -3.40 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4036 0.5167 0.0798 1 1 0.4046 0.5156 0.0797 1 1 0.4059 0.5144 0.0797
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 267 79 188 73 0 2 0 4 0 0 188 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 38.500 0.48 1.50 -1.02 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0151 0.9849 0.0000 0 1 0.4113 0.5887 0.0000 0 0 0.6848 0.3152 0.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 258 95 163 28 4 4 11 48 0 1 161 0 1 0.2947 0.0000 0.0123 20.500 1.79 1.94 -0.15 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0795 0.4603 0.4602 1 1 0.0853 0.4668 0.4479 1 1 0.0936 0.4749 0.4315
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 258 95 163 28 6 51 2 8 1 0 161 1 0 0.2947 0.0061 0.0123 0.857 1.79 2.00 -0.21 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4971 0.4386 0.0643 0 1 0.2154 0.7540 0.0306 0 1 0.0637 0.9325 0.0037
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 750 196 554 0 0 41 5 150 0 0 548 1 5 0.0000 0.0000 0.0108 3.780 4.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr15 32446553 TCTC T 0.007746 0.050 1 -3 2 212 121 91 88 0 5 0 28 0 0 91 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 23.200 0.27 2.79 -2.51 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9436 0.0564 0.0000 1 0 0.9378 0.0622 0.0000 1 0 0.8489 0.1510 0.0000
chr15 34927077 ACTT A 0.000123 0.050 1 -3 1 127 54 73 30 0 1 1 22 0 0 73 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 53.000 0.17 2.82 -2.65 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5717 0.4283 0.0000 1 0 0.5695 0.4304 0.0000 1 0 0.5666 0.4333 0.0000
chr15 40281980 T TGGCCGCGGG 0.001310 0.050 1 9 1 559 85 474 43 1 13 0 28 1 0 470 1 2 0.5059 0.0021 0.0084 5.538 1.21 7.50 -6.29 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6453 0.3545 0.0002 1 0 0.6408 0.3590 0.0002 1 0 0.6347 0.3651 0.0002
chr15 43525606 AGGT A 0.006433 0.050 1 -3 2 699 186 513 171 2 8 0 5 1 0 512 0 0 0.9194 0.0019 0.0019 22.250 0.20 2.60 -2.40 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7791 0.2209 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 225 88 137 48 0 2 0 38 0 0 133 0 4 0.5455 0.0000 0.0292 43.000 0.50 4.13 -3.63 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5036 0.4650 0.0314 1 0 0.5025 0.4654 0.0320 1 0 0.5010 0.4661 0.0329
chr15 65133406 G GCGC 0.007439 0.050 1 3 2 531 112 419 106 2 2 0 2 0 0 419 0 0 0.9464 0.0000 0.0000 54.500 0.70 2.00 -1.30 44 0/1 0/0 . . OK 0 0 0.9872 0.0128 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 171 90 81 45 1 0 0 44 0 0 81 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 90.000 0.11 3.09 -2.98 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2736 0.5249 0.2014 1 1 0.2739 0.5230 0.2031 1 1 0.2741 0.5206 0.2053
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 291 152 139 83 0 2 0 67 0 0 139 0 0 0.5461 0.0000 0.0000 75.000 0.18 4.04 -3.86 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3817 0.5058 0.1125 1 1 0.3759 0.5064 0.1177 1 1 0.3680 0.5072 0.1248
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 540 157 383 79 0 16 0 62 0 0 382 0 1 0.5032 0.0000 0.0026 8.812 0.61 3.53 -2.92 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3835 0.5034 0.1131 1 1 0.3775 0.5042 0.1183 1 1 0.3694 0.5052 0.1254
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 722 142 580 13 0 10 2 117 0 0 575 2 3 0.0915 0.0000 0.0086 13.200 1.08 5.68 -4.61 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9968 0.0032
chr15 83982688 CAGCGAAGCCAAT C 0.000878 0.050 1 -12 1 761 169 592 98 3 4 0 64 0 0 584 0 8 0.5799 0.0000 0.0135 41.250 0.22 10.73 -10.51 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7722 0.2277 0.0000 1 0 0.7653 0.2347 0.0000 1 0 0.7557 0.2443 0.0000
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 178 76 102 39 0 0 0 37 0 0 101 0 1 0.5132 0.0000 0.0098 76.000 0.08 3.43 -3.36 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4861 0.5113 0.0026 1 1 0.4874 0.5100 0.0026 1 1 0.4890 0.5084 0.0026
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 736 196 540 80 9 35 4 68 0 0 540 0 0 0.4082 0.0000 0.0000 4.600 0.35 3.21 -2.86 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6233 0.3638 0.0129 1 0 0.6187 0.3675 0.0137 1 0 0.6125 0.3727 0.0148
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 945 226 719 20 15 154 10 27 0 1 716 1 1 0.0885 0.0000 0.0042 1.088 1.45 5.48 -4.03 2 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0177 0.2544 0.7279 1 2 0.0203 0.2670 0.7127 1 2 0.0241 0.2841 0.6918
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 932 216 716 0 0 15 3 198 0 1 714 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 13.267 8.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr15 92472964 AC A 0.000463 0.050 1 -1 1 336 130 206 64 0 2 0 64 0 0 205 1 0 0.4923 0.0000 0.0049 64.000 0.39 2.05 -1.66 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4508 0.5490 0.0002 1 1 0.4541 0.5457 0.0002 1 1 0.4583 0.5415 0.0002
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 385 111 274 0 0 8 0 103 0 0 264 0 10 0.0000 0.0000 0.0365 12.875 7.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 636 234 402 178 6 35 4 11 0 1 401 0 0 0.7607 0.0000 0.0025 5.686 1.33 3.00 -1.67 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0395 0.9605 0.0000 0 0 0.6994 0.3006 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 285 100 185 33 0 33 0 34 2 0 178 0 5 0.3300 0.0108 0.0378 2.030 1.70 9.91 -8.21 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4136 0.5681 0.0182 1 1 0.4171 0.5648 0.0181 1 1 0.4217 0.5604 0.0179
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 55 25 30 10 0 0 0 15 0 0 30 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 25.000 1.10 1.47 -0.37 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3316 0.5406 0.1278 1 1 0.3345 0.5390 0.1265 1 1 0.3383 0.5368 0.1248
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 312 110 202 70 0 1 0 39 0 0 201 0 1 0.6364 0.0000 0.0050 109.000 0.54 16.03 -15.48 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7751 0.2209 0.0039 1 0 0.7666 0.2290 0.0043 1 0 0.7550 0.2401 0.0050
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1067 227 840 119 1 5 0 102 0 0 840 0 0 0.5242 0.0000 0.0000 44.400 0.81 1.84 -1.04 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5776 0.3961 0.0262 1 0 0.5734 0.3987 0.0279 1 0 0.5676 0.4022 0.0302
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 596 103 493 46 1 6 1 49 0 0 492 0 1 0.4466 0.0000 0.0020 16.167 0.37 4.35 -3.98 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3348 0.5581 0.1071 1 1 0.3385 0.5549 0.1066 1 1 0.3432 0.5508 0.1060
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 350 94 256 0 0 3 1 90 0 0 255 1 0 0.0000 0.0000 0.0039 30.333 6.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 350 94 256 0 0 3 1 90 0 0 255 1 0 0.0000 0.0000 0.0039 30.333 6.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 281 101 180 58 0 3 0 40 0 0 179 0 1 0.5743 0.0000 0.0056 32.667 0.16 3.15 -2.99 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6614 0.3340 0.0046 1 0 0.6560 0.3391 0.0048 1 0 0.6488 0.3460 0.0052
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 478 128 350 61 0 4 0 63 0 0 348 0 2 0.4766 0.0000 0.0057 31.000 0.34 3.14 -2.80 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1424 0.5228 0.3348 1 1 0.1446 0.5207 0.3347 1 1 0.1474 0.5180 0.3346
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 449 135 314 43 5 49 8 30 0 0 310 0 4 0.3185 0.0000 0.0127 1.755 1.53 6.67 -5.13 25 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4734 0.4730 0.0536 1 1 0.4721 0.4732 0.0547 1 1 0.4703 0.4735 0.0562
chr16 11915673 C CCCGCCG 0.014470 0.050 1 6 1 449 135 314 46 2 53 0 34 0 0 310 0 4 0.3407 0.0000 0.0127 1.547 1.67 7.59 -5.91 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5885 0.4082 0.0033 1 0 0.5859 0.4107 0.0034 1 0 0.5822 0.4142 0.0035
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 302 116 186 46 1 42 0 27 0 0 184 0 2 0.3966 0.0000 0.0108 1.762 0.15 4.15 -4.00 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6646 0.3258 0.0096 1 0 0.6582 0.3316 0.0102 1 0 0.6497 0.3393 0.0110
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 175 72 103 38 0 1 0 33 0 0 101 0 2 0.5278 0.0000 0.0194 71.000 0.13 2.03 -1.90 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0021 0.5588 0.4391 1 1 0.0020 0.5557 0.4422 1 1 0.0020 0.5518 0.4462
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 721 245 476 118 1 10 1 115 0 0 476 0 0 0.4816 0.0000 0.0000 23.500 0.27 10.08 -9.81 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3899 0.5464 0.0637 1 1 0.3930 0.5420 0.0649 1 1 0.3968 0.5366 0.0666
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1198 286 912 205 7 65 0 9 2 0 910 0 0 0.7168 0.0022 0.0022 3.369 0.93 9.00 -8.07 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.5046 0.4954 0.0000 0 0 0.9267 0.0733 0.0000
chr16 29810102 G GGCGGCA 0.001131 0.050 1 6 1 535 230 305 106 0 24 0 100 0 0 296 1 8 0.4609 0.0000 0.0295 8.583 0.32 5.68 -5.36 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3984 0.6009 0.0006 1 1 0.4046 0.5948 0.0006 1 1 0.4124 0.5870 0.0006
chr16 30036282 CAAAAT C 0.001568 0.050 1 -5 6 342 118 224 63 1 7 0 47 0 0 223 0 1 0.5339 0.0000 0.0045 15.857 0.30 4.49 -4.19 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6574 0.3423 0.0002 1 0 0.6529 0.3469 0.0002 1 0 0.6467 0.3530 0.0002
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 165 85 80 44 1 2 2 36 0 0 80 0 0 0.5176 0.0000 0.0000 41.500 0.27 2.03 -1.76 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3307 0.5091 0.1602 1 1 0.3281 0.5084 0.1635 1 1 0.3247 0.5075 0.1678
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 428 81 347 34 11 11 5 20 0 0 346 0 1 0.4198 0.0000 0.0029 5.909 0.82 2.35 -1.53 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4839 0.4335 0.0826 1 0 0.4753 0.4378 0.0869 1 0 0.4638 0.4435 0.0927
chr16 67195890 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 639 257 382 174 18 61 0 4 0 1 379 0 2 0.6770 0.0000 0.0079 3.213 0.28 3.00 -2.72 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 0 0.6789 0.3211 0.0000 0 0 0.9162 0.0838 0.0000
chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 644 168 476 81 0 2 1 84 0 0 476 0 0 0.4821 0.0000 0.0000 83.000 0.33 3.29 -2.95 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1828 0.5457 0.2714 1 1 0.1859 0.5423 0.2718 1 1 0.1899 0.5380 0.2722
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 952 266 686 102 2 36 5 121 0 0 685 0 1 0.3835 0.0000 0.0015 6.361 0.88 3.35 -2.46 36 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0535 0.4374 0.5091 1 2 0.0575 0.4407 0.5017 1 2 0.0632 0.4452 0.4916
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 293 126 167 61 0 18 0 47 0 0 165 0 2 0.4841 0.0000 0.0120 6.000 0.38 5.64 -5.26 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3892 0.4920 0.1188 1 1 0.3847 0.4924 0.1229 1 1 0.3785 0.4930 0.1284
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 93 42 51 2 0 0 0 40 0 0 50 1 0 0.0476 0.0000 0.0196 42.000 0.00 4.20 -4.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9032 0.0968 2 1 0.0000 0.5804 0.4196 2 2 0.0000 0.4404 0.5596
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 2 719 149 570 132 3 10 0 4 0 0 569 0 1 0.8859 0.0000 0.0018 13.900 0.95 3.50 -2.55 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4980 0.5020 0.0000 0 0 0.7989 0.2011 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 379 122 257 61 0 8 0 53 0 0 240 0 17 0.5000 0.0000 0.0661 14.250 0.18 11.09 -10.91 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1409 0.5160 0.3431 1 1 0.1447 0.5148 0.3405 1 1 0.1498 0.5132 0.3370
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 250 114 136 68 0 3 0 43 0 0 132 1 3 0.5965 0.0000 0.0294 37.000 0.69 4.86 -4.17 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5182 0.4181 0.0637 1 0 0.5090 0.4232 0.0678 1 0 0.4967 0.4297 0.0736
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 574 161 413 62 3 23 1 72 0 0 412 0 1 0.3851 0.0000 0.0024 5.913 2.95 6.04 -3.09 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1402 0.5182 0.3416 1 1 0.1441 0.5168 0.3391 1 1 0.1492 0.5150 0.3358
chr16 87604287 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 476 122 354 45 2 26 0 49 0 0 345 0 9 0.3689 0.0000 0.0254 3.692 3.64 7.04 -3.40 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1280 0.4977 0.3743 1 1 0.1319 0.4977 0.3703 1 1 0.1373 0.4979 0.3649
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 476 133 343 55 7 26 4 41 0 0 343 0 0 0.4135 0.0000 0.0000 4.280 5.85 3.07 2.78 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4598 0.4538 0.0863 1 1 0.4526 0.4568 0.0906 1 1 0.4429 0.4606 0.0965
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 712 136 576 0 1 5 9 121 0 0 565 0 11 0.0000 0.0000 0.0191 25.600 7.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0345 0.9655 2 2 0.0000 0.0371 0.9629
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 708 130 578 0 0 7 10 113 0 0 566 2 10 0.0000 0.0000 0.0208 20.000 8.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0316 0.9684 2 2 0.0000 0.0338 0.9662 2 2 0.0000 0.0370 0.9630
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 707 129 578 0 0 3 2 124 0 0 561 6 11 0.0000 0.0000 0.0294 125.000 7.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0271 0.9729 2 2 0.0000 0.0290 0.9710 2 2 0.0000 0.0319 0.9681
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 822 190 632 0 0 5 0 185 0 0 629 0 3 0.0000 0.0000 0.0047 37.000 7.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0109 0.9891
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 190 86 104 0 0 4 0 82 0 0 103 0 1 0.0000 0.0000 0.0096 20.500 3.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr17 1229370 GTCCCCGCGGGGAGACTCGGCCTCGGGGTCGGGGCGCCCGGGC G 0.500000 0.050 1 -42 4 560 166 394 93 1 12 1 59 2 0 392 0 0 0.5602 0.0051 0.0051 12.833 1.08 6.90 -5.82 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6961 0.2841 0.0198 1 0 0.6833 0.2944 0.0223 1 0 0.6657 0.3083 0.0260
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 963 225 738 208 2 13 0 2 0 0 736 0 2 0.9244 0.0000 0.0027 16.308 0.33 3.00 -2.67 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4966 0.5034 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 419 172 247 156 1 5 0 10 0 0 247 0 0 0.9070 0.0000 0.0000 33.400 0.30 1.40 -1.10 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0280 0.9720 0.0000 0 1 0.3296 0.6704 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 810 253 557 106 9 43 1 94 0 1 551 0 5 0.4190 0.0000 0.0108 4.884 0.11 3.05 -2.94 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3228 0.5515 0.1257 1 1 0.3184 0.5498 0.1318 1 1 0.3123 0.5476 0.1401
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.050 1 3 2 1549 487 1062 20 3 117 17 330 0 1 1034 3 24 0.0411 0.0000 0.0264 3.190 1.70 5.14 -3.44 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9059 0.0941
chr17 8077151 TGG T 0.500000 0.050 1 -2 1 538 140 398 134 1 3 0 2 1 0 397 0 0 0.9571 0.0025 0.0025 68.500 0.28 2.50 -2.22 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5285 0.4715 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000 0 0 0.9227 0.0773 0.0000
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 644 183 461 176 1 2 0 4 0 0 461 0 0 0.9617 0.0000 0.0000 90.500 0.20 3.25 -3.05 110 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1114 0.8886 0.0000 0 0 0.8446 0.1554 0.0000 0 0 0.9402 0.0598 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 488 127 361 66 1 12 1 47 0 0 361 0 0 0.5197 0.0000 0.0000 9.583 0.36 7.70 -7.34 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4872 0.4383 0.0744 1 0 0.4791 0.4422 0.0787 1 0 0.4682 0.4472 0.0846
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 639 262 377 102 3 34 5 118 0 0 373 1 3 0.3893 0.0000 0.0106 6.706 0.28 3.05 -2.77 46 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0569 0.4461 0.4970 1 2 0.0610 0.4489 0.4901 1 2 0.0667 0.4527 0.4805
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1112 302 810 264 6 5 23 4 0 0 810 0 0 0.8742 0.0000 0.0000 68.750 0.32 6.00 -5.68 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0520 0.9480 0.0000 0 0 0.7931 0.2069 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1110 299 811 263 5 24 4 3 0 0 811 0 0 0.8796 0.0000 0.0000 11.652 0.35 5.67 -5.32 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7678 0.2322 0.0000 0 0 0.9845 0.0155 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 825 181 644 7 0 8 1 165 0 0 641 0 3 0.0387 0.0000 0.0047 21.625 0.00 3.95 -3.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.6241 0.3759 2 2 0.0000 0.1900 0.8100
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 272 119 153 98 0 21 0 0 0 0 151 0 2 0.8235 0.0000 0.0131 4.667 0.26 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3102 0.6898 0.0000 0 0 0.7467 0.2533 0.0000 0 0 0.8328 0.1672 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 138 71 67 68 0 2 0 1 0 0 67 0 0 0.9577 0.0000 0.0000 34.500 0.15 2.00 -1.85 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5206 0.4794 0.0000 0 0 0.7329 0.2671 0.0000 0 0 0.7788 0.2212 0.0000
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 1069 306 763 250 8 43 1 4 4 0 757 0 2 0.8170 0.0052 0.0079 6.262 1.97 6.75 -4.78 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0171 0.9829 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000 0 0 0.9770 0.0230 0.0000
chr17 41060049 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 567 191 376 90 15 3 6 77 0 0 376 0 0 0.4712 0.0000 0.0000 92.500 1.40 2.47 -1.07 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5113 0.4309 0.0577 1 0 0.5033 0.4349 0.0618 1 0 0.4924 0.4400 0.0675
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 567 191 376 8 0 5 1 177 0 0 375 0 1 0.0419 0.0000 0.0027 37.000 1.25 1.90 -0.65 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7141 0.2859 2 2 0.0000 0.2111 0.7889
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 673 203 470 4 0 3 0 196 0 0 467 0 3 0.0197 0.0000 0.0064 66.667 0.75 1.36 -0.61 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8164 0.1836 2 2 0.0000 0.0962 0.9038 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 861 168 693 3 2 15 11 137 0 0 657 3 33 0.0179 0.0000 0.0519 10.000 10.33 8.01 2.32 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.6479 0.3521 2 2 0.0000 0.0965 0.9035 2 2 0.0000 0.0454 0.9546
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 697 191 506 86 0 35 2 68 0 0 496 0 10 0.4503 0.0000 0.0198 4.429 0.21 13.43 -13.22 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2993 0.5389 0.1618 1 1 0.2987 0.5359 0.1654 1 1 0.2977 0.5322 0.1700
chr17 45242067 T TCCG 0.500000 0.050 1 3 2 758 232 526 15 110 41 0 66 0 2 520 1 3 0.0647 0.0000 0.0114 4.634 1.73 3.21 -1.48 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8675 0.1295 0.0030 1 0 0.8563 0.1400 0.0037 1 0 0.8402 0.1550 0.0048
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 760 242 518 81 5 37 2 117 0 0 515 0 3 0.3347 0.0000 0.0058 5.514 2.69 3.52 -0.83 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0192 0.2958 0.6849 1 2 0.0217 0.3054 0.6729 1 2 0.0254 0.3184 0.6563
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1061 294 767 149 1 7 0 137 0 0 762 0 5 0.5068 0.0000 0.0065 40.857 0.21 3.04 -2.83 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2937 0.5705 0.1358 1 1 0.2945 0.5652 0.1403 1 1 0.2952 0.5585 0.1462
chr17 57979243 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 593 262 331 99 2 64 11 86 0 0 330 1 0 0.3779 0.0000 0.0030 3.062 0.30 2.92 -2.62 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2598 0.5565 0.1837 1 1 0.2609 0.5522 0.1869 1 1 0.2620 0.5469 0.1911
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 387 140 247 67 0 15 0 58 0 0 247 0 0 0.4786 0.0000 0.0000 8.333 0.21 7.36 -7.15 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3444 0.5142 0.1414 1 1 0.3417 0.5131 0.1452 1 1 0.3380 0.5117 0.1503
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.050 1 -2 2 188 76 112 74 0 1 0 1 0 0 112 0 0 0.9737 0.0000 0.0000 75.000 0.09 3.00 -2.91 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5577 0.4423 0.0000 0 0 0.7609 0.2391 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.050 1 -4 3 254 105 149 98 0 4 0 3 0 0 149 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 25.250 0.91 4.67 -3.76 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0808 0.9192 0.0000 0 0 0.6019 0.3981 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr17 73209719 A ATGC 0.500000 0.050 1 3 1 402 155 247 73 3 25 0 54 0 0 244 0 3 0.4710 0.0000 0.0121 5.200 1.04 3.83 -2.79 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4820 0.4441 0.0739 1 0 0.4743 0.4475 0.0782 1 0 0.4639 0.4520 0.0841
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 161 72 89 41 0 0 0 31 0 0 89 0 0 0.5694 0.0000 0.0000 72.000 0.41 1.00 -0.59 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3698 0.4926 0.1376 1 1 0.3656 0.4931 0.1413 1 1 0.3600 0.4937 0.1463
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 678 146 532 0 2 7 0 137 0 0 520 0 12 0.0000 0.0000 0.0226 19.714 7.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0368 0.9632 2 2 0.0000 0.0364 0.9636
chr17 76072413 TACCGCCGCCGCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 648 292 356 162 0 19 2 109 0 0 344 0 12 0.5548 0.0000 0.0337 14.316 0.53 13.33 -12.80 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7002 0.2853 0.0145 1 0 0.6889 0.2946 0.0166 1 0 0.6731 0.3072 0.0197
chr17 76077366 TGTCCTGGCCC T 0.500000 0.050 1 -10 3 573 172 401 90 0 14 0 68 0 0 399 0 2 0.5233 0.0000 0.0050 11.286 0.36 9.12 -8.76 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4895 0.4428 0.0677 1 0 0.4818 0.4462 0.0720 1 0 0.4715 0.4506 0.0778
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2713 668 2045 557 18 74 2 17 2 5 2032 5 1 0.8338 0.0010 0.0064 7.932 1.15 7.00 -5.85 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6632 0.3368 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2599 651 1948 569 16 27 9 30 8 3 1764 26 147 0.8740 0.0041 0.0945 23.846 1.67 5.03 -3.36 107 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 323 147 176 128 1 15 0 3 0 0 176 0 0 0.8707 0.0000 0.0000 8.800 0.26 4.33 -4.08 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1609 0.8391 0.0000 0 0 0.7645 0.2355 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr17 79834441 CGTGGTG C 0.500000 0.050 1 -6 2 1551 484 1067 390 4 78 0 12 1 0 1065 0 1 0.8058 0.0009 0.0019 5.329 0.52 5.92 -5.40 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7501 0.2499 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr17 81456347 CGTGGCCCACAGG C 0.500000 0.050 1 -12 2 261 78 183 8 0 4 1 65 0 0 178 0 5 0.1026 0.0000 0.0273 18.500 1.00 11.32 -10.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9732 0.0268 2 1 0.0000 0.7808 0.2192
chr17 82316265 GCAGGGAGGGCAGAGGCTGCTGGCGGGT G 0.500000 0.050 1 -27 2 500 224 276 196 1 22 0 5 1 0 273 0 2 0.8750 0.0036 0.0109 9.136 0.25 14.00 -13.75 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5511 0.4489 0.0000 0 0 0.8949 0.1051 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 313 77 236 52 2 2 1 20 0 0 236 0 0 0.6753 0.0000 0.0000 37.000 0.40 1.10 -0.70 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7272 0.2550 0.0177 1 0 0.7150 0.2652 0.0198 1 0 0.6981 0.2791 0.0228
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.050 1 -6 4 497 114 383 60 0 4 1 49 0 0 383 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 27.500 0.58 6.20 -5.62 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.4102 0.0003 1 0 0.5873 0.4124 0.0003 1 0 0.5842 0.4154 0.0003
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 179 92 87 0 0 1 1 90 0 0 85 0 2 0.0000 0.0000 0.0230 91.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 434 94 340 46 1 4 0 43 0 0 336 0 4 0.4894 0.0000 0.0118 22.500 0.61 9.12 -8.51 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3683 0.5287 0.1031 1 1 0.3699 0.5265 0.1035 1 1 0.3721 0.5238 0.1041
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 138 68 70 63 0 2 0 3 0 0 70 0 0 0.9265 0.0000 0.0000 33.000 0.19 3.00 -2.81 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0352 0.9648 0.0000 0 1 0.3894 0.6106 0.0000 0 0 0.5976 0.4024 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 218 121 97 53 0 6 0 62 0 0 96 0 1 0.4380 0.0000 0.0103 23.000 0.04 3.60 -3.56 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1371 0.5082 0.3547 1 1 0.1409 0.5076 0.3515 1 1 0.1461 0.5067 0.3472
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 267 151 116 1 0 7 0 143 0 0 116 0 0 0.0066 0.0000 0.0000 20.571 0.00 3.69 -3.69 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1228 0.8772 2 2 0.0000 0.0542 0.9458 2 2 0.0000 0.0450 0.9550
chr18 57436244 G GCAC 0.500000 0.050 1 3 2 835 212 623 110 4 27 2 69 0 0 618 1 4 0.5189 0.0000 0.0080 6.852 0.34 3.28 -2.94 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7120 0.2717 0.0163 1 0 0.6994 0.2820 0.0185 1 0 0.6821 0.2961 0.0219
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 926 205 721 108 0 4 1 92 0 0 714 0 7 0.5268 0.0000 0.0097 50.250 0.13 13.38 -13.25 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3136 0.5443 0.1421 1 1 0.3129 0.5409 0.1461 1 1 0.3117 0.5367 0.1515
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 185 74 111 0 0 3 0 71 0 0 110 0 1 0.0000 0.0000 0.0090 23.667 2.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1404 0.8596 2 2 0.0000 0.1449 0.8551 2 2 0.0000 0.1511 0.8489
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 156 78 78 31 1 8 0 38 0 0 76 0 2 0.3974 0.0000 0.0256 8.750 0.10 2.89 -2.80 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1550 0.5029 0.3420 1 1 0.1584 0.5027 0.3389 1 1 0.1629 0.5024 0.3348
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 455 109 346 58 1 2 0 48 0 0 344 0 2 0.5321 0.0000 0.0058 53.000 0.50 23.56 -23.06 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4819 0.4607 0.0574 1 0 0.4796 0.4613 0.0590 1 0 0.4764 0.4624 0.0612
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 287 167 120 157 2 0 0 8 0 0 119 1 0 0.9401 0.0000 0.0083 167.000 0.24 3.25 -3.01 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4373 0.5627 0.0000 0 0 0.8826 0.1174 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 347 106 241 0 1 17 87 1 0 0 236 5 0 0.0000 0.0000 0.0207 5.176 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1031 0.8969 2 2 0.0000 0.1071 0.8929 2 2 0.0000 0.1129 0.8871
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 348 106 242 0 0 17 1 88 0 0 234 3 5 0.0000 0.0000 0.0331 5.235 9.91 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3412 0.6588 2 2 0.0000 0.3523 0.6477 2 2 0.0000 0.3678 0.6322
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 348 113 235 8 2 50 1 52 0 0 226 1 8 0.0708 0.0000 0.0383 1.286 1.25 12.04 -10.79 8 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.9726 0.0274
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 920 197 723 16 0 34 3 144 0 0 721 0 2 0.0812 0.0000 0.0028 4.794 0.50 3.35 -2.85 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9847 0.0153
chr19 5711908 CCTT C 0.000317 0.050 1 -3 1 281 100 181 52 0 0 0 48 0 0 181 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 100.000 0.48 2.94 -2.46 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5187 0.4811 0.0001 1 0 0.5191 0.4807 0.0001 1 0 0.5195 0.4803 0.0001
chr19 5832066 A AG 0.000937 0.050 1 1 1 1043 245 798 14 0 3 0 228 0 0 797 0 1 0.0571 0.0000 0.0013 80.667 0.71 1.38 -0.66 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 442 139 303 74 1 4 0 60 0 0 302 0 1 0.5324 0.0000 0.0033 33.500 0.24 3.20 -2.96 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5815 0.3980 0.0205 1 0 0.5778 0.4008 0.0214 1 0 0.5727 0.4046 0.0227
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 627 182 445 170 2 5 1 4 0 1 444 0 0 0.9341 0.0000 0.0022 35.000 0.40 12.75 -12.35 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0765 0.9235 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000 0 0 0.9604 0.0396 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 294 69 225 3 0 8 0 58 0 0 216 0 9 0.0435 0.0000 0.0400 7.625 0.00 5.34 -5.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9814 0.0186 2 1 0.0000 0.7515 0.2485 2 1 0.0000 0.5656 0.4344
chr19 11447525 A AGAG 0.036742 0.050 1 3 1 950 313 637 120 21 49 1 122 0 0 635 0 2 0.3834 0.0000 0.0031 5.388 0.33 3.16 -2.84 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6037 0.3916 0.0047 1 0 0.6020 0.3930 0.0050 1 0 0.5995 0.3951 0.0054
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 951 322 629 252 5 43 3 19 0 0 628 1 0 0.7826 0.0000 0.0016 6.488 1.64 3.32 -1.67 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1593 0.8407 0.0000
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.050 1 2 3 847 167 680 6 2 4 5 150 0 1 663 3 13 0.0359 0.0000 0.0250 54.000 2.00 4.30 -2.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9565 0.0435 2 1 0.0000 0.7946 0.2054
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.050 1 -2 3 847 167 680 6 1 7 8 145 0 0 665 2 13 0.0359 0.0000 0.0221 22.571 1.50 4.37 -2.87 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9527 0.0473 2 1 0.0000 0.7821 0.2179
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 515 192 323 0 0 25 2 165 0 0 318 0 5 0.0000 0.0000 0.0155 6.640 6.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0290 0.9710 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0353 0.9647
chr19 13877744 C CGAG 0.002385 0.050 1 3 2 366 97 269 6 0 13 1 77 0 0 265 0 4 0.0619 0.0000 0.0149 6.462 0.00 3.04 -3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr19 13937965 CGGGG C 0.000007 0.050 1 -4 3 286 70 216 67 1 0 0 2 0 1 215 0 0 0.9571 0.0000 0.0046 70.000 0.13 4.50 -4.37 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 341 128 213 63 1 8 1 55 0 0 211 0 2 0.4922 0.0000 0.0094 15.000 0.05 3.00 -2.95 13 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5105 0.4698 0.0196 1 0 0.5102 0.4697 0.0201 1 0 0.5096 0.4697 0.0207
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 619 134 485 0 0 5 0 129 0 0 481 0 4 0.0000 0.0000 0.0082 32.250 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 556 146 410 3 1 20 18 104 0 0 410 0 0 0.0205 0.0000 0.0000 7.000 3.67 10.88 -7.21 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9944 0.0056 2 1 0.0000 0.8282 0.1718 2 1 0.0000 0.6220 0.3780
chr19 18280864 CGCGCCCCCG C 0.000645 0.050 1 -9 6 519 151 368 76 2 8 0 65 0 0 368 0 0 0.5033 0.0000 0.0000 17.750 0.99 8.28 -7.29 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6126 0.3873 0.0001 1 0 0.6099 0.3899 0.0001 1 0 0.6062 0.3936 0.0001
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 178 75 103 64 2 3 0 6 0 0 103 0 0 0.8533 0.0000 0.0000 23.667 0.83 4.33 -3.51 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2602 0.7398 0.0000 0 0 0.6652 0.3348 0.0000
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 44 9 35 3 0 0 1 5 0 0 32 3 0 0.3333 0.0000 0.0857 8.000 0.67 2.80 -2.13 1 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0938 0.4781 0.4280 1 1 0.0870 0.4918 0.4212 1 1 0.0680 0.4742 0.4577
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 328 115 213 0 0 8 1 106 0 0 212 0 1 0.0000 0.0000 0.0047 13.375 2.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4112 0.5888 2 2 0.0000 0.4243 0.5757 2 2 0.0000 0.4425 0.5575
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 341 86 255 58 1 18 0 9 0 0 254 0 1 0.6744 0.0000 0.0039 3.778 0.24 2.67 -2.43 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0196 0.9804 0.0000
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 615 144 471 75 0 2 1 66 0 0 466 0 5 0.5208 0.0000 0.0106 71.000 0.27 3.20 -2.93 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1403 0.5603 0.2994 1 1 0.1404 0.5565 0.3031 1 1 0.1405 0.5516 0.3079
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 583 301 282 263 2 30 0 6 0 0 280 0 2 0.8738 0.0000 0.0071 9.345 3.63 0.83 2.80 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0083 0.9917 0.0000 0 0 0.9421 0.0579 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.050 1 -3 1 701 154 547 139 2 7 0 6 0 0 547 0 0 0.9026 0.0000 0.0000 20.857 0.29 3.50 -3.21 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0405 0.9595 0.0000 0 0 0.9276 0.0724 0.0000 0 0 0.9857 0.0143 0.0000
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 414 99 315 87 1 5 0 6 2 0 313 0 0 0.8788 0.0063 0.0063 18.800 3.97 3.83 0.13 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.4610 0.5390 0.0000 0 0 0.8262 0.1738 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 390 114 276 3 0 4 4 103 0 0 264 2 10 0.0263 0.0000 0.0435 27.250 0.00 2.55 -2.55 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9366 0.0634 2 2 0.0000 0.4714 0.5286 2 2 0.0000 0.2854 0.7146
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 225 36 189 0 0 4 27 5 0 0 189 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.250 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1117 0.8883 2 2 0.0000 0.1133 0.8867 2 2 0.0000 0.1156 0.8844
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 225 35 190 0 0 21 13 1 0 0 190 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.714 12.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1401 0.8599 2 2 0.0000 0.1415 0.8585 2 2 0.0000 0.1433 0.8567
chr19 40394272 TTCC T 0.017263 0.050 1 -3 1 626 154 472 118 2 25 0 9 0 0 472 0 0 0.7662 0.0000 0.0000 5.160 0.31 4.56 -4.25 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.7289 0.2711 0.0000 0 0 0.9727 0.0273 0.0000
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 479 118 361 9 0 8 0 101 0 0 361 0 0 0.0763 0.0000 0.0000 13.750 0.11 5.66 -5.55 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9652 0.0348 2 1 0.0000 0.6743 0.3257
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 553 173 380 7 0 7 0 159 0 0 377 0 3 0.0405 0.0000 0.0079 23.714 0.57 1.78 -1.21 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8863 0.1137 2 1 0.0000 0.5243 0.4757
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.050 1 -1 1 566 157 409 94 0 3 0 60 0 0 409 0 0 0.5987 0.0000 0.0000 51.333 3.04 2.68 0.36 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8051 0.1931 0.0018 1 0 0.7970 0.2010 0.0020 1 0 0.7857 0.2120 0.0023
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 704 155 549 104 0 16 0 35 0 0 523 0 26 0.6710 0.0000 0.0474 8.688 0.43 4.37 -3.94 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8723 0.1277 0.0000 1 0 0.8647 0.1353 0.0000 1 0 0.8540 0.1460 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 470 138 332 73 0 7 1 57 0 0 331 0 1 0.5290 0.0000 0.0030 26.200 0.25 2.25 -2.00 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5725 0.4018 0.0256 1 0 0.5686 0.4046 0.0268 1 0 0.5632 0.4084 0.0285
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 290 123 167 68 0 8 0 47 0 0 167 0 0 0.5528 0.0000 0.0000 14.375 1.21 2.26 -1.05 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7067 0.2921 0.0012 1 0 0.7005 0.2981 0.0013 1 0 0.6922 0.3064 0.0015
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 621 240 381 104 0 60 1 75 0 0 370 0 11 0.4333 0.0000 0.0289 3.000 0.29 6.44 -6.15 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4507 0.4719 0.0773 1 1 0.4453 0.4732 0.0815 1 1 0.4378 0.4749 0.0873
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 360 105 255 47 0 24 0 34 0 0 238 0 17 0.4476 0.0000 0.0667 3.375 1.02 11.18 -10.16 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3691 0.5664 0.0645 1 1 0.3730 0.5628 0.0642 1 1 0.3780 0.5583 0.0637
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.050 1 -3 1 489 140 349 126 1 8 0 5 0 0 349 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 16.500 0.79 3.80 -3.01 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0512 0.9488 0.0000 0 0 0.8629 0.1371 0.0000 0 0 0.9621 0.0379 0.0000
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 227 90 137 78 1 9 0 2 0 0 137 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 9.000 0.81 1.00 -0.19 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5800 0.4200 0.0000 0 0 0.8967 0.1033 0.0000 0 0 0.9366 0.0634 0.0000
chr19 49108236 T TCGTGAC 0.000457 0.050 1 6 1 592 169 423 145 0 22 0 2 0 0 423 0 0 0.8580 0.0000 0.0000 6.682 0.54 6.50 -5.96 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1105 290 815 113 7 55 9 106 0 1 804 4 6 0.3897 0.0000 0.0135 4.218 0.43 3.55 -3.11 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2084 0.5815 0.2101 1 1 0.2132 0.5760 0.2108 1 1 0.2195 0.5691 0.2115
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1107 302 805 215 12 69 0 6 0 0 804 1 0 0.7119 0.0000 0.0012 3.377 0.34 3.33 -2.99 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0325 0.9675 0.0000 0 0 0.9073 0.0927 0.0000 0 0 0.9803 0.0197 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 657 170 487 0 0 25 1 144 0 0 470 0 17 0.0000 0.0000 0.0349 5.800 6.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0289 0.9711 2 2 0.0000 0.0312 0.9688 2 2 0.0000 0.0348 0.9652
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 617 237 380 15 0 60 0 162 0 0 379 1 0 0.0633 0.0000 0.0026 2.950 0.40 12.73 -12.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9804 0.0196
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 752 168 584 4 0 7 2 155 0 0 574 0 10 0.0238 0.0000 0.0171 23.000 0.25 3.39 -3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8759 0.1241 2 2 0.0000 0.1395 0.8605 2 2 0.0000 0.0527 0.9473
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 664 134 530 63 0 6 0 65 0 0 525 0 5 0.4701 0.0000 0.0094 21.333 0.44 4.94 -4.49 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3689 0.6215 0.0096 1 1 0.3749 0.6156 0.0095 1 1 0.3826 0.6080 0.0094
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 599 172 427 88 0 8 6 70 0 1 425 0 1 0.5116 0.0000 0.0047 20.500 0.53 2.74 -2.21 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2842 0.5531 0.1627 1 1 0.2808 0.5508 0.1684 1 1 0.2761 0.5479 0.1760
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 508 172 336 94 1 7 0 70 0 0 335 1 0 0.5465 0.0000 0.0030 23.429 0.41 2.71 -2.30 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6000 0.3650 0.0350 1 0 0.5914 0.3708 0.0378 1 0 0.5797 0.3785 0.0418
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 585 142 443 79 1 4 0 58 0 0 439 0 4 0.5563 0.0000 0.0090 34.500 0.97 3.57 -2.59 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5250 0.4189 0.0561 1 0 0.5183 0.4224 0.0593 1 0 0.5092 0.4271 0.0638
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 735 203 532 0 0 3 0 200 0 0 530 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 66.667 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr19 54217135 A AGAG 0.001307 0.050 1 3 2 684 298 386 188 0 2 0 108 0 0 378 1 7 0.6309 0.0000 0.0207 148.000 0.40 6.23 -5.83 90 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9602 0.0398 0.0000 1 0 0.9558 0.0442 0.0000 1 0 0.9493 0.0507 0.0000
chr19 54217137 GTTC G 0.001135 0.050 1 -3 2 686 308 378 198 1 2 0 107 0 0 368 0 10 0.6429 0.0000 0.0265 153.000 0.44 6.25 -5.81 88 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9751 0.0249 0.0000 1 0 0.9718 0.0282 0.0000 1 0 0.9668 0.0332 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 841 224 617 0 0 32 16 176 0 0 614 0 3 0.0000 0.0000 0.0049 7.440 1.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.050 1 1 1 845 235 610 189 1 0 1 44 0 0 604 3 3 0.8043 0.0000 0.0098 234.000 1.87 3.41 -1.54 49 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.8384 0.1616 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 776 160 616 0 0 2 0 158 0 0 606 0 10 0.0000 0.0000 0.0162 79.000 3.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0170 0.9830 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 830 179 651 156 0 20 0 3 0 0 651 0 0 0.8715 0.0000 0.0000 7.950 0.26 4.00 -3.74 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9226 0.0774 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 450 113 337 51 0 9 0 53 0 0 331 0 6 0.4513 0.0000 0.0178 11.556 0.35 8.32 -7.97 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1519 0.5148 0.3333 1 1 0.1555 0.5136 0.3309 1 1 0.1602 0.5122 0.3276
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 691 174 517 99 1 20 0 54 0 0 494 0 23 0.5690 0.0000 0.0445 7.700 2.39 16.91 -14.51 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2136 0.6421 0.1443 1 1 0.2072 0.6401 0.1527 1 1 0.1987 0.6370 0.1643
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 1071 329 742 130 1 63 0 135 0 0 737 0 5 0.3951 0.0000 0.0067 4.222 1.14 3.95 -2.81 92 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1963 0.6044 0.1993 1 1 0.2027 0.5984 0.1989 1 1 0.2112 0.5907 0.1981
chr19 55518546 CCCA C 0.003059 0.050 1 -3 1 751 188 563 97 0 2 0 89 0 0 563 0 0 0.5160 0.0000 0.0000 93.000 0.43 2.96 -2.52 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5408 0.4584 0.0008 1 0 0.5413 0.4580 0.0008 1 0 0.5416 0.4576 0.0008
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 632 107 525 3 0 3 1 100 1 0 520 0 4 0.0280 0.0019 0.0095 34.667 0.33 3.37 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9767 0.0233 2 2 0.0000 0.4828 0.5172 2 2 0.0000 0.2349 0.7651
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.050 1 3 2 374 79 295 31 35 7 0 6 0 0 295 0 0 0.3924 0.0000 0.0000 10.000 2.58 4.67 -2.09 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0122 0.9878 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000 0 0 0.9562 0.0438 0.0000
chr19 56088071 CTCGTCG C 0.000755 0.050 1 -6 2 376 82 294 44 1 3 0 34 0 0 289 0 5 0.5366 0.0000 0.0170 26.333 3.09 7.32 -4.23 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5480 0.4518 0.0002 1 0 0.5471 0.4527 0.0002 1 0 0.5458 0.4540 0.0002
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 150 79 71 68 0 8 0 3 0 0 71 0 0 0.8608 0.0000 0.0000 8.875 0.13 3.00 -2.87 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0825 0.9175 0.0000 0 0 0.6106 0.3894 0.0000 0 0 0.7844 0.2156 0.0000
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 150 85 65 41 4 21 0 19 0 0 58 0 7 0.4824 0.0000 0.1077 2.905 1.39 2.79 -1.40 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6220 0.3520 0.0261 1 0 0.6149 0.3575 0.0275 1 0 0.6055 0.3649 0.0296
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 382 144 238 137 0 2 0 5 0 0 237 0 1 0.9514 0.0000 0.0042 71.000 0.55 2.20 -1.65 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2968 0.7032 0.0000 0 0 0.6941 0.3059 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 111 71 40 4 0 3 0 64 0 0 40 0 0 0.0563 0.0000 0.0000 22.667 0.00 6.80 -6.80 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 1 0.0000 0.6591 0.3409 2 2 0.0000 0.3819 0.6181
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 488 156 332 117 0 1 0 38 0 0 328 0 4 0.7500 0.0000 0.0120 155.000 0.31 8.89 -8.59 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9548 0.0449 0.0003 1 0 0.9488 0.0507 0.0004 1 0 0.9398 0.0596 0.0006
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 488 159 329 118 1 1 1 38 0 0 325 0 4 0.7421 0.0000 0.0122 156.000 0.31 8.89 -8.59 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9554 0.0442 0.0003 1 0 0.9495 0.0500 0.0004 1 0 0.9406 0.0588 0.0006
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 478 163 315 110 1 1 0 51 0 0 310 0 5 0.6748 0.0000 0.0159 162.000 0.18 8.45 -8.27 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8859 0.1120 0.0022 1 0 0.8762 0.1211 0.0026 1 0 0.8624 0.1342 0.0034
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 432 199 233 179 0 17 0 3 0 0 233 0 0 0.8995 0.0000 0.0000 10.706 0.41 10.67 -10.26 61 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8157 0.1843 0.0000 0 0 0.9865 0.0135 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr20 3785200 T TTCC 0.003046 0.050 1 3 4 503 97 406 52 0 6 1 38 0 0 403 0 3 0.5361 0.0000 0.0074 15.000 1.98 5.87 -3.89 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5952 0.4042 0.0007 1 0 0.5926 0.4068 0.0007 1 0 0.5890 0.4103 0.0007
chr20 3785245 TTCC T 0.001133 0.050 1 -3 1 514 106 408 58 1 2 1 44 0 0 407 0 1 0.5472 0.0000 0.0025 51.500 1.59 5.32 -3.73 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6278 0.3720 0.0002 1 0 0.6242 0.3756 0.0002 1 0 0.6193 0.3805 0.0002
chr20 5946423 CTCT C 0.007166 0.050 1 -3 3 163 75 88 70 0 3 0 2 0 0 88 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 24.000 0.31 3.00 -2.69 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9686 0.0314 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr20 23365273 CGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGA C 0.000109 0.050 1 -21 2 741 128 613 68 0 12 1 47 0 0 606 0 7 0.5312 0.0000 0.0114 9.667 1.78 21.28 -19.50 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6207 0.3793 0.0000 1 0 0.6175 0.3825 0.0000 1 0 0.6132 0.3868 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 784 188 596 4 1 3 0 180 0 0 584 0 12 0.0213 0.0000 0.0201 61.333 0.00 6.34 -6.34 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8883 0.1117 2 2 0.0000 0.1526 0.8474 2 2 0.0000 0.0577 0.9423
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 756 219 537 116 0 9 0 94 0 0 529 0 8 0.5297 0.0000 0.0149 23.333 0.44 13.81 -13.37 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6038 0.3957 0.0005 1 0 0.6022 0.3973 0.0005 1 0 0.5998 0.3996 0.0006
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 536 181 355 112 0 2 1 66 0 0 350 0 5 0.6188 0.0000 0.0141 89.000 0.38 4.20 -3.81 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6511 0.3255 0.0234 1 0 0.6359 0.3374 0.0267 1 0 0.6151 0.3534 0.0315
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 179 77 102 41 0 2 0 34 0 0 100 0 2 0.5325 0.0000 0.0196 37.500 0.56 1.29 -0.73 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4930 0.4721 0.0349 1 0 0.4921 0.4724 0.0355 1 0 0.4908 0.4729 0.0363
chr20 38926679 CGCG C 0.001907 0.050 1 -3 3 679 220 459 101 2 21 3 93 0 0 457 0 2 0.4591 0.0000 0.0044 9.476 0.19 3.24 -3.05 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4993 0.5002 0.0006 1 0 0.5015 0.4979 0.0006 1 0 0.5042 0.4952 0.0006
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1157 367 790 0 0 40 15 312 0 0 781 3 6 0.0000 0.0000 0.0114 8.175 3.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 675 314 361 124 3 52 6 129 0 0 361 0 0 0.3949 0.0000 0.0000 5.038 0.20 3.29 -3.09 48 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1896 0.5912 0.2192 1 1 0.1954 0.5856 0.2190 1 1 0.2030 0.5785 0.2185
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 441 106 335 3 0 9 1 93 0 0 330 0 5 0.0283 0.0000 0.0149 10.778 0.00 3.05 -3.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9747 0.0253 2 1 0.0000 0.6921 0.3079 2 2 0.0000 0.4974 0.5026
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.050 1 36 4 776 161 615 48 6 19 11 77 0 2 612 1 0 0.2981 0.0000 0.0049 7.105 0.42 2.25 -1.83 28 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1366 0.8302 0.0332 1 1 0.1460 0.8227 0.0314 1 1 0.1590 0.8120 0.0290
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 305 62 243 0 0 13 3 46 0 0 235 0 8 0.0000 0.0000 0.0329 3.917 6.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr20 62861177 GCCGCGC G 0.000431 0.050 1 -6 1 532 130 402 62 1 14 0 53 0 0 400 0 2 0.4769 0.0000 0.0050 8.214 1.15 6.66 -5.52 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5600 0.4399 0.0001 1 0 0.5590 0.4409 0.0001 1 0 0.5575 0.4423 0.0001
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 340 153 187 0 0 2 0 151 0 0 187 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 75.500 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0106 0.9894
chr21 31559541 AC A 0.000554 0.050 1 -1 1 330 89 241 53 0 0 0 36 0 0 241 0 0 0.5955 0.0000 0.0000 89.000 0.60 1.97 -1.37 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6750 0.3249 0.0001 1 0 0.6697 0.3302 0.0001 1 0 0.6625 0.3374 0.0001
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 805 197 608 92 0 3 0 102 0 0 603 0 5 0.4670 0.0000 0.0082 64.667 0.22 5.95 -5.73 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0905 0.4945 0.4150 1 1 0.0949 0.4944 0.4108 1 1 0.1008 0.4944 0.4048
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 235 103 132 5 1 6 0 91 0 0 129 0 3 0.0485 0.0000 0.0227 16.167 0.20 3.74 -3.54 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.7952 0.2048 2 2 0.0000 0.4171 0.5829
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 369 53 316 0 0 2 1 50 0 0 315 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 25.500 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 1013 218 795 112 0 21 0 85 0 0 792 0 3 0.5138 0.0000 0.0038 9.381 0.44 3.15 -2.72 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7030 0.2926 0.0044 1 0 0.6971 0.2981 0.0048 1 0 0.6889 0.3057 0.0054
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1413 258 1155 10 4 9 16 219 1 0 1144 3 7 0.0388 0.0009 0.0095 34.857 1.30 3.19 -1.89 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8030 0.1970 2 2 0.0000 0.1361 0.8639
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1411 264 1147 10 5 13 17 219 0 1 1137 2 7 0.0379 0.0000 0.0087 22.364 1.00 3.16 -2.16 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7016 0.2984 2 2 0.0000 0.1066 0.8934
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 893 188 705 94 3 23 1 67 33 14 647 2 9 0.5000 0.0468 0.0823 7.455 1.35 14.58 -13.23 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9350 0.0645 0.0004 1 0 0.9285 0.0710 0.0005 1 0 0.9189 0.0804 0.0007
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.050 1 -2 2 930 288 642 190 1 4 3 90 0 0 633 4 5 0.6597 0.0000 0.0140 94.667 1.81 8.33 -6.53 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9828 0.0172 0.0000 1 0 0.9802 0.0198 0.0000 1 0 0.9761 0.0239 0.0000
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.050 1 2 1 932 285 647 188 3 4 6 84 0 0 638 1 8 0.6596 0.0000 0.0139 69.500 1.80 8.56 -6.76 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9855 0.0145 0.0000 1 0 0.9831 0.0168 0.0000 1 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr21 44591798 G GCAGCAGACGGGCACA 0.500000 0.050 1 15 1 1225 232 993 208 5 9 0 10 62 4 911 10 6 0.8966 0.0624 0.0826 27.875 2.53 8.80 -6.27 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1292 0.8708 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 729 151 578 82 2 6 1 60 0 0 572 0 6 0.5430 0.0000 0.0104 23.833 2.00 12.98 -10.98 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4233 0.4822 0.0945 1 1 0.4170 0.4838 0.0993 1 1 0.4084 0.4858 0.1058
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 413 164 249 1 1 21 0 141 0 0 249 0 0 0.0061 0.0000 0.0000 7.100 2.00 7.80 -5.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0062 0.9938 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 584 224 360 98 0 25 0 101 0 0 357 0 3 0.4375 0.0000 0.0083 7.960 0.45 3.14 -2.69 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2285 0.5777 0.1938 1 1 0.2335 0.5729 0.1936 1 1 0.2400 0.5668 0.1931
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 3240 1032 2208 513 2 20 3 494 0 0 2169 0 39 0.4971 0.0000 0.0177 50.550 0.23 5.81 -5.58 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0886 0.9018 0.0096 1 1 0.1002 0.8898 0.0101 1 1 0.1168 0.8726 0.0106
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.050 1 6 2 542 194 348 76 1 39 0 78 0 0 348 0 0 0.3918 0.0000 0.0000 3.974 0.46 5.21 -4.74 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4381 0.5599 0.0020 1 1 0.4421 0.5559 0.0020 1 1 0.4471 0.5508 0.0020
chr22 21867418 C CCCG 0.004356 0.050 1 3 1 210 107 103 81 2 21 0 3 0 0 103 0 0 0.7570 0.0000 0.0000 4.095 0.74 3.00 -2.26 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9325 0.0675 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 600 138 462 68 0 32 0 38 0 0 451 0 11 0.4928 0.0000 0.0238 3.312 0.90 16.97 -16.08 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1732 0.6373 0.1895 1 1 0.1681 0.6343 0.1976 1 1 0.1613 0.6300 0.2087
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1056 250 806 88 5 37 6 114 0 0 806 0 0 0.3520 0.0000 0.0000 5.703 0.81 3.25 -2.44 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1675 0.8220 0.0106 1 1 0.1776 0.8123 0.0101 1 1 0.1915 0.7990 0.0095
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 816 233 583 222 0 6 0 5 0 0 583 0 0 0.9528 0.0000 0.0000 37.833 1.16 3.40 -2.24 158 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1023 0.8977 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr22 31085246 GTGTCTTCC G 0.001106 0.050 1 -8 3 348 112 236 57 0 3 0 52 1 0 231 0 4 0.5089 0.0042 0.0212 54.500 0.11 7.54 -7.43 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4839 0.5156 0.0005 1 1 0.4858 0.5137 0.0005 1 1 0.4881 0.5114 0.0005
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 751 248 503 228 0 9 0 11 0 0 503 0 0 0.9194 0.0000 0.0000 26.556 0.68 3.27 -2.59 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1593 0.8407 0.0000 0 0 0.8080 0.1920 0.0000
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 453 212 241 93 0 38 0 81 0 0 239 0 2 0.4387 0.0000 0.0083 4.579 0.91 5.58 -4.67 29 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4748 0.4703 0.0549 1 0 0.4731 0.4700 0.0569 1 0 0.4707 0.4698 0.0595
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 657 158 499 150 3 2 0 3 0 0 499 0 0 0.9494 0.0000 0.0000 77.500 0.49 21.33 -20.85 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2165 0.7835 0.0000 0 0 0.8222 0.1778 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 362 177 185 166 0 2 0 9 0 0 182 1 2 0.9379 0.0000 0.0162 87.500 0.60 32.89 -32.29 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0688 0.9312 0.0000 0 0 0.6368 0.3632 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 449 217 232 187 0 22 0 8 0 0 232 0 0 0.8618 0.0000 0.0000 8.864 0.58 4.75 -4.17 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.4818 0.5182 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000
chr22 38991390 TG T 0.004074 0.050 1 -1 2 488 136 352 82 0 2 0 52 0 0 351 0 1 0.6029 0.0000 0.0028 67.000 0.29 1.98 -1.69 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7797 0.2201 0.0002 1 0 0.7722 0.2276 0.0002 1 0 0.7620 0.2377 0.0002
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 236 130 106 116 0 7 0 7 0 0 106 0 0 0.8923 0.0000 0.0000 17.571 0.53 5.14 -4.61 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2457 0.7543 0.0000 0 0 0.7051 0.2949 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 374 130 244 0 0 3 1 126 0 0 234 0 10 0.0000 0.0000 0.0410 42.333 3.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0153 0.9847
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 558 169 389 87 0 10 1 71 1 0 386 0 2 0.5148 0.0026 0.0077 15.900 0.15 2.93 -2.78 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5282 0.4285 0.0433 1 0 0.5243 0.4303 0.0453 1 0 0.5190 0.4329 0.0481
chr22 40861830 T TA 0.018262 0.050 1 1 2 737 189 548 175 0 1 0 13 0 0 547 0 1 0.9259 0.0000 0.0018 188.000 0.50 1.15 -0.66 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2624 0.7376 0.0000 0 0 0.9518 0.0482 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1130 292 838 165 1 4 2 120 1 0 828 0 9 0.5651 0.0012 0.0119 72.000 0.64 10.19 -9.56 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7364 0.2547 0.0089 1 0 0.7277 0.2622 0.0101 1 0 0.7156 0.2726 0.0119
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 697 283 414 228 0 7 0 48 0 0 414 0 0 0.8057 0.0000 0.0000 39.429 0.17 2.85 -2.68 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000
747 rows