File Info

Filename
HG03086_x_HG03195_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG03086_x_HG03195_FF_5.features.tsv
Size
168.5 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:07 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1353305 G GC 0.001365 0.050 1 1 2 246 88 158 83 0 2 0 3 0 0 158 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 43.000 0.42 1.00 -0.58 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9792 0.0208 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 393 145 248 56 6 19 1 63 0 0 246 0 2 0.3862 0.0000 0.0081 6.579 0.38 3.10 -2.72 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1862 0.5337 0.2801 1 1 0.1890 0.5312 0.2799 1 1 0.1926 0.5280 0.2794
chr1 6469122 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 2 739 216 523 164 3 41 0 8 0 0 523 0 0 0.7593 0.0000 0.0000 4.350 0.84 4.12 -3.28 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2358 0.7642 0.0000 0 0 0.7421 0.2579 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 510 110 400 48 0 16 3 43 0 0 397 0 3 0.4364 0.0000 0.0075 5.812 0.27 3.33 -3.05 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2269 0.5293 0.2439 1 1 0.2282 0.5271 0.2447 1 1 0.2300 0.5243 0.2457
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 938 171 767 86 0 10 1 74 0 0 764 0 3 0.5029 0.0000 0.0039 16.000 0.34 3.04 -2.70 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3255 0.5299 0.1446 1 1 0.3239 0.5276 0.1485 1 1 0.3216 0.5248 0.1536
chr1 22913752 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 425 106 319 88 6 7 0 5 0 0 319 0 0 0.8302 0.0000 0.0000 14.143 0.35 1.60 -1.25 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.2670 0.7330 0.0000 0 0 0.5961 0.4039 0.0000
chr1 26282316 TGGGTCCAGGACA T 0.500000 0.050 1 -12 1 663 146 517 79 8 10 3 46 0 1 504 3 9 0.5411 0.0000 0.0251 33.500 11.48 25.89 -14.41 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6135 0.3514 0.0351 1 0 0.6021 0.3594 0.0385 1 0 0.5865 0.3701 0.0434
chr1 26282362 GCCGGGACCGGGA G 0.500000 0.050 1 -12 4 712 158 554 31 15 15 6 91 0 0 530 1 23 0.1962 0.0000 0.0433 10.000 6.45 22.64 -16.19 23 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0006 0.0584 0.9410 1 2 0.0008 0.0658 0.9334 1 2 0.0011 0.0768 0.9221
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 718 176 542 12 78 24 32 30 0 1 541 0 0 0.0682 0.0000 0.0018 5.864 11.42 25.67 -14.25 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5797 0.3766 0.0437 1 0 0.5690 0.3836 0.0474 1 0 0.5545 0.3928 0.0526
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 739 180 559 46 7 18 12 97 0 0 555 0 4 0.2556 0.0000 0.0072 9.235 2.67 17.21 -14.53 18 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0021 0.1062 0.8917 1 2 0.0026 0.1162 0.8812 1 2 0.0035 0.1305 0.8659
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 627 151 476 77 0 4 0 70 0 0 465 0 11 0.5099 0.0000 0.0231 36.750 0.30 18.43 -18.13 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1838 0.5433 0.2729 1 1 0.1868 0.5400 0.2732 1 1 0.1907 0.5359 0.2734
chr1 31429409 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 2 400 145 255 76 0 4 0 65 0 0 255 0 0 0.5241 0.0000 0.0000 35.250 0.24 2.20 -1.96 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3681 0.5078 0.1241 1 1 0.3647 0.5071 0.1282 1 1 0.3601 0.5062 0.1337
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 368 163 205 7 1 11 0 144 0 1 199 0 5 0.0429 0.0000 0.0293 13.818 0.00 2.93 -2.93 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9068 0.0932 2 2 0.0000 0.4393 0.5607
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 717 197 520 189 0 4 0 4 0 0 520 0 0 0.9594 0.0000 0.0000 48.250 0.25 1.00 -0.75 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1507 0.8493 0.0000 0 0 0.8804 0.1196 0.0000 0 0 0.9546 0.0454 0.0000
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.050 1 -3 1 787 156 631 99 0 2 0 55 0 0 629 0 2 0.6346 0.0000 0.0032 77.000 0.40 3.20 -2.80 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7581 0.2300 0.0119 1 0 0.7449 0.2413 0.0137 1 0 0.7266 0.2568 0.0165
chr1 37612794 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 3 361 169 192 152 2 12 0 3 0 0 192 0 0 0.8994 0.0000 0.0000 13.083 0.12 3.00 -2.88 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2649 0.7351 0.0000 0 0 0.8575 0.1425 0.0000 0 0 0.9293 0.0707 0.0000
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 331 80 251 79 0 0 0 1 0 0 250 0 1 0.9875 0.0000 0.0040 80.000 0.38 3.00 -2.62 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2186 0.7814 0.0000 0 0 0.6490 0.3510 0.0000 0 0 0.7599 0.2401 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 646 167 479 0 1 30 0 136 0 0 479 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.567 5.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0971 0.9029 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0514 0.9486
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 223 83 140 40 1 7 1 34 0 1 139 0 0 0.4819 0.0000 0.0071 10.857 0.38 2.94 -2.57 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3271 0.5089 0.1640 1 1 0.3247 0.5082 0.1671 1 1 0.3213 0.5073 0.1713
chr1 54715916 AAC A 0.500000 0.050 1 -2 1 360 168 192 165 0 1 0 2 0 0 192 0 0 0.9821 0.0000 0.0000 167.000 0.15 2.00 -1.85 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7084 0.2916 0.0000 0 0 0.9390 0.0610 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 277 102 175 56 2 3 0 41 0 0 175 0 0 0.5490 0.0000 0.0000 32.667 0.86 5.83 -4.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4593 0.4529 0.0878 1 1 0.4520 0.4560 0.0921 1 1 0.4422 0.4599 0.0979
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 150 67 83 28 0 1 0 38 0 0 80 0 3 0.4179 0.0000 0.0361 66.000 0.50 3.71 -3.21 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1142 0.4727 0.4131 1 1 0.1183 0.4745 0.4072 1 1 0.1238 0.4769 0.3993
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 379 151 228 67 0 21 0 63 0 0 225 0 3 0.4437 0.0000 0.0132 6.190 0.07 10.68 -10.61 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2412 0.5402 0.2185 1 1 0.2424 0.5372 0.2204 1 1 0.2438 0.5334 0.2228
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 410 121 289 8 1 6 0 106 0 0 282 0 7 0.0661 0.0000 0.0242 19.000 0.00 5.42 -5.42 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9371 0.0629 2 1 0.0000 0.5948 0.4052
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 185 92 93 48 0 3 0 41 0 0 93 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 29.667 0.15 3.00 -2.85 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3241 0.5127 0.1632 1 1 0.3219 0.5118 0.1664 1 1 0.3188 0.5105 0.1706
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 430 131 299 62 1 5 2 61 0 0 297 0 2 0.4733 0.0000 0.0067 24.800 0.32 3.39 -3.07 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2129 0.5380 0.2491 1 1 0.2149 0.5352 0.2499 1 1 0.2175 0.5316 0.2509
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 820 216 604 107 0 22 0 87 0 0 604 0 0 0.4954 0.0000 0.0000 8.818 0.89 11.30 -10.41 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4804 0.4531 0.0665 1 0 0.4736 0.4557 0.0707 1 0 0.4642 0.4592 0.0766
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 214 85 129 4 24 11 0 46 0 0 129 0 0 0.0471 0.0000 0.0000 5.091 1.00 2.63 -1.63 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0569 0.3856 0.5575 1 2 0.0609 0.3926 0.5465 1 2 0.0665 0.4018 0.5317
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 217 82 135 35 0 15 0 32 0 0 132 0 3 0.4268 0.0000 0.0222 4.467 1.03 6.25 -5.22 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5214 0.2393 1 1 0.2401 0.5198 0.2401 1 1 0.2411 0.5177 0.2411
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1080 247 833 106 1 43 1 96 0 0 824 0 9 0.4291 0.0000 0.0108 4.744 0.45 4.45 -4.00 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2288 0.5644 0.2069 1 1 0.2309 0.5595 0.2096 1 1 0.2335 0.5535 0.2130
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 246 74 172 8 0 10 4 52 0 0 171 0 1 0.1081 0.0000 0.0058 6.000 0.50 1.52 -1.02 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9801 0.0199 2 1 0.0000 0.8322 0.1678
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 242 79 163 0 0 9 0 70 0 0 151 0 12 0.0000 0.0000 0.0736 7.778 12.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1127 0.8873 2 2 0.0000 0.1169 0.8831 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 750 213 537 179 2 26 0 6 0 1 535 0 1 0.8404 0.0000 0.0037 7.115 1.28 7.50 -6.22 123 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.4520 0.5480 0.0000 0 0 0.8526 0.1474 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1207 322 885 233 4 72 1 12 9 1 870 2 3 0.7236 0.0102 0.0169 3.543 2.09 9.33 -7.25 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.3592 0.6408 0.0000
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1434 430 1004 2 4 129 1 294 0 1 969 0 34 0.0047 0.0000 0.0349 2.352 1.50 8.13 -6.63 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2143 0.7857 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 234 86 148 81 1 2 0 2 0 0 148 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 41.500 1.91 1.50 0.41 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2414 0.7586 0.0000 0 0 0.6665 0.3335 0.0000 0 0 0.7724 0.2276 0.0000
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 346 103 243 97 0 4 0 2 0 0 243 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 24.750 0.32 1.50 -1.18 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3097 0.6903 0.0000 0 0 0.7426 0.2574 0.0000 0 0 0.8296 0.1704 0.0000
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 565 151 414 0 0 0 1 150 0 0 414 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 150.000 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0237 0.9763 2 2 0.0000 0.0263 0.9737
chr1 156913391 GTTCCAGGCCCGCTCT G 0.500000 0.050 1 -15 2 619 123 496 68 0 2 0 53 0 0 489 0 7 0.5528 0.0000 0.0141 60.500 0.24 13.85 -13.61 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3303 0.5200 0.1497 1 1 0.3282 0.5185 0.1534 1 1 0.3252 0.5165 0.1582
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1164 254 910 245 2 6 0 1 0 0 909 0 1 0.9646 0.0000 0.0011 41.333 0.21 1.00 -0.79 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9513 0.0487 0.0000 0 0 0.9915 0.0085 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 140 70 70 35 0 2 0 33 0 0 70 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 34.000 0.03 4.00 -3.97 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2639 0.5195 0.2166 1 1 0.2638 0.5181 0.2181 1 1 0.2636 0.5162 0.2202
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 171 57 114 25 1 0 0 31 0 0 114 0 0 0.4386 0.0000 0.0000 57.000 0.12 1.13 -1.01 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1857 0.5098 0.3045 1 1 0.1882 0.5091 0.3027 1 1 0.1914 0.5081 0.3004
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 268 78 190 34 0 7 2 35 0 0 190 0 0 0.4359 0.0000 0.0000 10.143 0.65 1.23 -0.58 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2074 0.5192 0.2734 1 1 0.2093 0.5177 0.2730 1 1 0.2118 0.5159 0.2723
chr1 183533735 T TACA 0.500000 0.050 1 3 2 190 70 120 39 0 2 0 29 0 0 120 0 0 0.5571 0.0000 0.0000 34.000 0.46 3.03 -2.57 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3707 0.4914 0.1379 1 1 0.3664 0.4920 0.1416 1 1 0.3607 0.4927 0.1466
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 591 152 439 8 0 5 68 71 0 0 433 5 1 0.0526 0.0000 0.0137 16.000 0.75 4.51 -3.76 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8916 0.1084 2 2 0.0000 0.4617 0.5383
chr1 201386873 CCCA C 0.500000 0.050 1 -3 1 590 150 440 5 0 5 1 139 0 0 434 0 6 0.0333 0.0000 0.0136 29.000 0.60 4.20 -3.60 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 2 0.0000 0.4351 0.5649 2 2 0.0000 0.1623 0.8377
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 589 153 436 8 0 0 74 71 0 0 434 1 1 0.0523 0.0000 0.0046 153.000 0.38 4.51 -4.13 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8501 0.1499 2 2 0.0000 0.3710 0.6290
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 460 236 224 88 86 59 0 3 0 1 223 0 0 0.3729 0.0000 0.0045 2.966 0.14 3.00 -2.86 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3804 0.6196 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000 0 0 0.9561 0.0439 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 460 239 221 112 0 44 0 83 0 0 217 0 4 0.4686 0.0000 0.0181 4.432 0.61 10.77 -10.16 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5491 0.4050 0.0459 1 0 0.5401 0.4102 0.0497 1 0 0.5278 0.4172 0.0551
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 654 146 508 72 0 13 0 61 0 0 507 0 1 0.4932 0.0000 0.0020 10.231 0.72 9.00 -8.28 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3560 0.5115 0.1324 1 1 0.3530 0.5106 0.1364 1 1 0.3488 0.5094 0.1417
chr1 229342125 TCGGCCTCCGCGTCCC T 0.500000 0.050 1 -15 2 626 244 382 224 0 18 0 2 0 0 382 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 12.556 0.41 15.50 -15.09 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9146 0.0854 0.0000 0 0 0.9851 0.0149 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000
chr1 231337730 A ACATCGC 0.500000 0.050 1 6 1 397 99 298 87 0 9 0 3 0 0 298 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 10.000 0.55 3.33 -2.78 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0623 0.9377 0.0000 0 0 0.5343 0.4657 0.0000 0 0 0.7244 0.2756 0.0000
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 472 106 366 41 4 14 0 47 1 1 361 0 3 0.3868 0.0027 0.0137 6.571 1.80 5.21 -3.41 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2011 0.5267 0.2722 1 1 0.2033 0.5247 0.2720 1 1 0.2061 0.5222 0.2717
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 154 51 103 26 0 3 0 22 0 0 103 0 0 0.5098 0.0000 0.0000 16.000 0.04 3.14 -3.10 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2929 0.5098 0.1973 1 1 0.2916 0.5091 0.1994 1 1 0.2898 0.5081 0.2021
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 601 168 433 0 0 14 2 152 0 0 429 0 4 0.0000 0.0000 0.0092 11.000 3.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 363 91 272 52 0 0 0 39 0 0 272 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 91.000 0.23 1.13 -0.90 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4078 0.4794 0.1128 1 1 0.4023 0.4807 0.1169 1 1 0.3950 0.4825 0.1225
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1220 302 918 141 1 2 2 156 0 0 915 0 3 0.4669 0.0000 0.0033 150.000 0.34 2.19 -1.85 23 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0666 0.4947 0.4387 1 1 0.0709 0.4943 0.4347 1 1 0.0770 0.4940 0.4290
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 542 156 386 69 0 2 1 84 0 0 386 0 0 0.4423 0.0000 0.0000 77.000 3.36 4.29 -0.92 51 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0895 0.4760 0.4346 1 1 0.0938 0.4774 0.4288 1 1 0.0998 0.4792 0.4210
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 721 51 670 0 0 2 1 48 0 0 661 0 9 0.0000 0.0000 0.0134 24.500 3.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1886 0.8114 2 2 0.0000 0.1931 0.8069 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.050 1 9 1 1056 141 915 56 0 13 0 72 0 0 899 0 16 0.3972 0.0000 0.0175 9.846 0.29 8.40 -8.12 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0276 0.3199 0.6525 1 2 0.0306 0.3292 0.6402 1 2 0.0349 0.3416 0.6235
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 231 121 110 6 0 8 0 107 0 0 108 0 2 0.0496 0.0000 0.0182 14.125 0.33 3.29 -2.96 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8394 0.1606 2 2 0.0000 0.4879 0.5121
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 402 125 277 0 0 21 1 103 0 0 254 0 23 0.0000 0.0000 0.0830 5.200 8.87 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6570 0.3430 2 1 0.0000 0.6709 0.3291 2 1 0.0000 0.6897 0.3103
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 402 125 277 1 1 19 1 103 0 0 254 0 23 0.0080 0.0000 0.0830 5.579 5.00 8.87 -3.87 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2748 0.7252 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0410 0.9590
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 204 46 158 0 0 1 0 45 0 0 158 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 45.000 2.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2437 0.7563 2 2 0.0000 0.2479 0.7521 2 2 0.0000 0.2538 0.7462
chr2 29052032 A ACAGAGGGGTGGC 0.500000 0.050 1 12 1 265 86 179 39 0 4 0 43 0 0 178 0 1 0.4535 0.0000 0.0056 20.500 0.05 9.30 -9.25 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1827 0.5178 0.2995 1 1 0.1854 0.5164 0.2982 1 1 0.1889 0.5147 0.2964
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 564 139 425 7 0 9 1 122 0 0 420 0 5 0.0504 0.0000 0.0118 14.444 0.00 3.10 -3.10 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8203 0.1797 2 2 0.0000 0.3854 0.6146
chr2 29070995 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 1 606 97 509 50 1 3 0 43 1 2 504 0 2 0.5155 0.0020 0.0098 31.000 0.80 3.33 -2.53 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3442 0.5082 0.1476 1 1 0.3413 0.5076 0.1512 1 1 0.3373 0.5067 0.1560
chr2 38602455 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 2 391 158 233 72 0 10 0 76 1 1 226 0 5 0.4557 0.0043 0.0300 14.800 1.68 3.75 -2.07 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1548 0.5320 0.3133 1 1 0.1584 0.5296 0.3120 1 1 0.1632 0.5265 0.3103
chr2 43541311 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 170 65 105 60 0 1 0 4 0 0 105 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 64.000 0.07 2.25 -2.18 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.2330 0.7670 0.0000 0 1 0.4880 0.5120 0.0000
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 220 97 123 88 0 7 0 2 0 0 122 0 1 0.9072 0.0000 0.0081 12.857 0.10 3.50 -3.40 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0640 0.9360 0.0000 0 0 0.5416 0.4584 0.0000 0 0 0.7300 0.2700 0.0000
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 506 172 334 49 1 54 1 67 0 0 332 0 2 0.2849 0.0000 0.0060 2.148 0.22 2.54 -2.31 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0692 0.4306 0.5002 1 2 0.0734 0.4349 0.4917 1 2 0.0793 0.4404 0.4803
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 244 93 151 46 0 7 1 39 0 0 145 0 6 0.4946 0.0000 0.0397 12.143 0.41 5.87 -5.46 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2400 0.5279 0.2322 1 1 0.2409 0.5258 0.2334 1 1 0.2420 0.5231 0.2349
chr2 50346870 GCGCCGCCGC G 0.500000 0.050 1 -9 1 326 122 204 53 0 23 0 46 0 0 199 0 5 0.4344 0.0000 0.0245 4.304 0.32 9.20 -8.87 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2579 0.5305 0.2116 1 1 0.2582 0.5282 0.2136 1 1 0.2586 0.5253 0.2160
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 644 95 549 20 0 9 0 66 3 1 542 0 3 0.2105 0.0055 0.0128 9.556 3.80 6.65 -2.85 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0092 0.1920 0.7988 1 2 0.0107 0.2040 0.7853 1 2 0.0131 0.2244 0.7625
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 431 184 247 88 0 11 2 83 0 0 247 0 0 0.4783 0.0000 0.0000 15.636 0.61 3.20 -2.59 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2615 0.5493 0.1892 1 1 0.2622 0.5456 0.1922 1 1 0.2631 0.5409 0.1960
chr2 70984816 TGCCCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 705 161 544 154 1 3 0 3 0 0 544 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 52.667 1.05 6.67 -5.62 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2693 0.7307 0.0000 0 0 0.8603 0.1397 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 721 165 556 1 0 44 0 120 0 0 540 0 16 0.0061 0.0000 0.0288 2.750 9.00 6.33 2.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1433 0.8567 2 2 0.0000 0.0639 0.9361 2 2 0.0000 0.0528 0.9472
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 504 112 392 3 0 3 1 105 0 0 388 0 4 0.0268 0.0000 0.0102 36.333 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8937 0.1063 2 2 0.0000 0.3298 0.6702 2 2 0.0000 0.1792 0.8208
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 911 194 717 109 0 29 0 56 0 0 681 0 36 0.5619 0.0000 0.0502 5.690 0.21 13.75 -13.54 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4368 0.4819 0.0813 1 1 0.4316 0.4827 0.0857 1 1 0.4243 0.4839 0.0918
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 373 135 238 0 0 14 1 120 0 0 237 0 1 0.0000 0.0000 0.0042 8.643 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0470 0.9530 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 653 195 458 0 0 27 9 159 0 0 453 0 5 0.0000 0.0000 0.0109 6.222 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr2 96123863 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 449 108 341 105 0 0 0 3 0 0 341 0 0 0.9722 0.0000 0.0000 108.000 0.48 1.00 -0.52 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0959 0.9041 0.0000 0 0 0.6428 0.3572 0.0000 0 0 0.8026 0.1974 0.0000
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 359 133 226 77 0 3 0 53 0 0 226 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 43.333 0.29 1.19 -0.90 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5527 0.3957 0.0516 1 0 0.5427 0.4018 0.0555 1 0 0.5291 0.4099 0.0610
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 518 152 366 143 1 3 0 5 0 0 366 0 0 0.9408 0.0000 0.0000 49.333 0.27 3.00 -2.73 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 0 0.5521 0.4479 0.0000 0 0 0.8307 0.1693 0.0000
chr2 108308425 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 162 84 78 4 0 0 0 80 0 0 78 0 0 0.0476 0.0000 0.0000 84.000 0.00 1.05 -1.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9890 0.0110 2 1 0.0000 0.6674 0.3326 2 2 0.0000 0.3937 0.6063
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 510 116 394 0 0 2 0 114 0 1 383 0 10 0.0000 0.0000 0.0279 57.000 5.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0883 0.9117 2 2 0.0000 0.0699 0.9301 2 2 0.0000 0.0646 0.9354
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 352 122 230 106 0 9 0 7 0 0 229 0 1 0.8689 0.0000 0.0043 12.556 0.42 7.00 -6.58 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0613 0.9387 0.0000 0 1 0.3937 0.6063 0.0000
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 780 203 577 105 0 11 0 87 0 0 576 0 1 0.5172 0.0000 0.0017 17.455 0.47 1.46 -0.99 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4388 0.4794 0.0817 1 1 0.4334 0.4805 0.0861 1 1 0.4260 0.4819 0.0922
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 176 37 139 7 3 9 3 15 0 0 139 0 0 0.1892 0.0000 0.0000 2.778 2.43 1.93 0.50 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1614 0.4899 0.3487 1 1 0.1644 0.4907 0.3449 1 1 0.1685 0.4917 0.3398
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 173 71 102 24 0 13 0 34 0 0 99 0 3 0.3380 0.0000 0.0294 4.462 1.21 6.47 -5.26 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1148 0.4702 0.4150 1 1 0.1188 0.4723 0.4089 1 1 0.1243 0.4749 0.4008
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 472 135 337 62 0 18 1 54 0 0 336 0 1 0.4593 0.0000 0.0030 6.500 0.71 3.06 -2.35 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3069 0.5248 0.1682 1 1 0.3056 0.5230 0.1714 1 1 0.3038 0.5206 0.1757
chr2 176130417 T TGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 316 75 241 36 0 11 1 27 1 0 238 1 1 0.4800 0.0041 0.0124 5.818 1.06 5.81 -4.76 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3349 0.5040 0.1611 1 1 0.3321 0.5036 0.1643 1 1 0.3282 0.5032 0.1685
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 699 147 552 78 0 4 0 65 0 0 546 1 5 0.5306 0.0000 0.0109 35.750 0.35 4.17 -3.82 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3130 0.5307 0.1563 1 1 0.3118 0.5283 0.1599 1 1 0.3099 0.5254 0.1646
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 289 117 172 6 2 10 46 53 0 0 167 0 5 0.0513 0.0000 0.0291 6.500 0.33 3.13 -2.80 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9162 0.0838 2 1 0.0000 0.5944 0.4056
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 289 117 172 48 5 59 1 4 0 0 168 3 1 0.4103 0.0000 0.0233 0.983 2.65 5.00 -2.35 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0372 0.9628 0.0000 0 1 0.1893 0.8107 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 289 125 164 7 7 12 47 52 0 0 164 0 0 0.0560 0.0000 0.0000 5.909 0.00 2.94 -2.94 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9916 0.0084 2 1 0.0000 0.8770 0.1230
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 203 69 134 33 4 9 4 19 0 0 134 0 0 0.4783 0.0000 0.0000 6.222 0.21 1.42 -1.21 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4269 0.4637 0.1094 1 1 0.4203 0.4662 0.1135 1 1 0.4116 0.4694 0.1191
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 475 111 364 37 0 36 3 35 0 0 362 1 1 0.3333 0.0000 0.0055 2.083 1.54 7.03 -5.49 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2078 0.5212 0.2710 1 1 0.2097 0.5196 0.2707 1 1 0.2122 0.5176 0.2703
chr2 210315041 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 180 58 122 42 2 9 2 3 0 0 122 0 0 0.7241 0.0000 0.0000 5.111 0.19 1.67 -1.48 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0194 0.9806 0.0000 0 1 0.2446 0.7554 0.0000 0 1 0.4392 0.5608 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 297 92 205 37 0 3 0 52 0 0 204 0 1 0.4022 0.0000 0.0049 29.667 0.24 3.00 -2.76 11 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0927 0.4564 0.4509 1 1 0.0970 0.4592 0.4438 1 1 0.1028 0.4629 0.4343
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 549 162 387 1 1 23 2 135 0 0 382 2 3 0.0062 0.0000 0.0129 5.957 3.00 7.92 -4.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1903 0.8097 2 2 0.0000 0.0768 0.9232 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 878 217 661 169 7 37 0 4 1 0 660 0 0 0.7788 0.0015 0.0015 4.865 1.44 8.25 -6.81 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1109 0.8891 0.0000 0 0 0.8439 0.1561 0.0000 0 0 0.9399 0.0601 0.0000
chr2 229591816 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 1 440 166 274 143 0 17 0 6 0 0 274 0 0 0.8614 0.0000 0.0000 8.765 0.45 12.00 -11.55 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3821 0.6179 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 560 227 333 212 4 8 0 3 0 0 331 0 2 0.9339 0.0000 0.0060 27.250 0.54 27.00 -26.46 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0612 0.9388 0.0000 0 0 0.8791 0.1209 0.0000 0 0 0.9650 0.0350 0.0000
chr2 232844199 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 4 560 167 393 132 3 30 0 2 0 0 393 0 0 0.7904 0.0000 0.0000 4.567 0.33 3.00 -2.67 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5334 0.4666 0.0000 0 0 0.8801 0.1199 0.0000 0 0 0.9236 0.0764 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 321 133 188 69 0 2 4 58 0 0 188 0 0 0.5188 0.0000 0.0000 64.000 0.42 4.07 -3.65 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3269 0.5216 0.1516 1 1 0.3249 0.5199 0.1552 1 1 0.3222 0.5178 0.1600
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 807 196 611 117 0 0 0 79 1 0 609 0 1 0.5969 0.0016 0.0033 196.000 0.56 1.28 -0.72 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7079 0.2755 0.0165 1 0 0.6955 0.2857 0.0188 1 0 0.6783 0.2996 0.0221
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 399 103 296 1 1 19 9 73 0 0 295 0 1 0.0097 0.0000 0.0034 4.368 0.00 3.12 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4291 0.5709 2 2 0.0000 0.2257 0.7743 2 2 0.0000 0.1828 0.8172
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 468 137 331 62 0 1 0 74 0 0 329 0 2 0.4526 0.0000 0.0060 136.000 1.24 2.01 -0.77 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1029 0.4865 0.4106 1 1 0.1072 0.4873 0.4056 1 1 0.1130 0.4883 0.3987
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 673 172 501 0 0 5 0 167 0 0 496 0 5 0.0000 0.0000 0.0100 33.400 3.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr3 9917537 G GTCTGGTCTT 0.000861 0.050 1 9 1 611 158 453 143 1 9 0 5 0 0 453 0 0 0.9051 0.0000 0.0000 16.444 0.31 4.20 -3.89 59 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9252 0.0748 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 631 117 514 3 0 12 1 101 0 1 482 0 31 0.0256 0.0000 0.0623 8.750 0.33 10.47 -10.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9586 0.0414 2 1 0.0000 0.5748 0.4252 2 2 0.0000 0.3749 0.6251
chr3 27721914 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 2 487 105 382 34 3 28 37 3 0 1 380 0 1 0.3238 0.0000 0.0052 2.714 0.68 3.00 -2.32 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2091 0.5219 0.2690 1 1 0.2110 0.5202 0.2688 1 1 0.2134 0.5182 0.2685
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 487 94 393 41 6 4 4 39 0 0 393 0 0 0.4362 0.0000 0.0000 22.000 0.98 5.31 -4.33 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2806 0.5229 0.1965 1 1 0.2801 0.5211 0.1988 1 1 0.2792 0.5190 0.2018
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 704 266 438 201 5 48 0 12 0 2 430 4 2 0.7556 0.0000 0.0183 4.638 3.00 4.25 -1.25 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 1 0.3361 0.6639 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 630 187 443 60 83 42 0 2 0 3 440 0 0 0.3209 0.0000 0.0068 3.452 0.33 3.00 -2.67 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6016 0.3984 0.0000 0 0 0.9060 0.0940 0.0000 0 0 0.9403 0.0597 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 630 188 442 66 1 38 9 74 0 0 439 0 3 0.3511 0.0000 0.0068 3.947 0.38 3.07 -2.69 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0727 0.4494 0.4778 1 2 0.0770 0.4525 0.4705 1 2 0.0829 0.4564 0.4606
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 653 180 473 0 0 10 0 170 0 0 468 0 5 0.0000 0.0000 0.0106 17.000 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0121 0.9879 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0149 0.9851
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 357 140 217 0 0 0 1 139 0 0 215 0 2 0.0000 0.0000 0.0092 140.000 4.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 568 125 443 0 0 15 12 98 0 0 441 1 1 0.0000 0.0000 0.0045 7.333 3.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0564 0.9436 2 2 0.0000 0.0595 0.9405 2 2 0.0000 0.0640 0.9360
chr3 48373610 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 366 154 212 71 0 1 2 80 0 0 212 0 0 0.4610 0.0000 0.0000 153.000 0.77 1.91 -1.14 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1238 0.5120 0.3641 1 1 0.1280 0.5110 0.3610 1 1 0.1336 0.5097 0.3567
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 406 133 273 64 0 18 1 50 0 1 272 0 0 0.4812 0.0000 0.0037 6.389 0.89 4.18 -3.29 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4125 0.4816 0.1060 1 1 0.4071 0.4827 0.1102 1 1 0.3998 0.4842 0.1160
chr3 52693748 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 759 185 574 179 0 3 0 3 0 0 574 0 0 0.9676 0.0000 0.0000 60.667 0.30 3.67 -3.37 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4031 0.5969 0.0000 0 0 0.9176 0.0824 0.0000 0 0 0.9599 0.0401 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 185 86 99 36 0 9 0 41 0 0 98 0 1 0.4186 0.0000 0.0101 8.556 0.36 7.73 -7.37 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1733 0.5130 0.3137 1 1 0.1762 0.5120 0.3118 1 1 0.1801 0.5107 0.3092
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 225 98 127 0 0 8 40 50 0 0 126 0 1 0.0000 0.0000 0.0079 12.857 3.42 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0933 0.9067 2 2 0.0000 0.0972 0.9028 2 2 0.0000 0.1029 0.8971
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 225 95 130 1 0 2 47 45 0 0 130 0 0 0.0105 0.0000 0.0000 46.500 1.00 3.89 -2.89 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3475 0.6525 2 2 0.0000 0.1759 0.8241 2 2 0.0000 0.1447 0.8553
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 313 70 243 54 4 10 0 2 0 0 243 0 0 0.7714 0.0000 0.0000 6.000 0.48 4.50 -4.02 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1421 0.8579 0.0000 0 0 0.5249 0.4751 0.0000 0 0 0.6574 0.3426 0.0000
chr3 75730470 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 267 122 145 76 1 0 0 45 0 0 144 0 1 0.6230 0.0000 0.0069 121.000 1.74 1.44 0.29 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6433 0.3260 0.0306 1 0 0.6310 0.3353 0.0338 1 0 0.6141 0.3475 0.0383
chr3 75737855 G GT 0.500000 0.050 1 1 3 935 191 744 115 1 5 2 68 3 8 733 0 0 0.6021 0.0040 0.0148 37.200 1.54 1.44 0.10 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8619 0.1348 0.0033 1 0 0.8505 0.1455 0.0040 1 0 0.8342 0.1606 0.0052
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 613 182 431 162 2 13 0 5 0 0 431 0 0 0.8901 0.0000 0.0000 12.923 0.66 3.00 -2.34 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 0 0.6740 0.3260 0.0000 0 0 0.8887 0.1113 0.0000
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 871 178 693 106 1 6 1 64 0 0 691 2 0 0.5955 0.0000 0.0029 28.333 0.14 1.55 -1.41 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7377 0.2486 0.0137 1 0 0.7247 0.2596 0.0157 1 0 0.7068 0.2745 0.0188
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 749 205 544 102 0 19 0 84 0 0 539 0 5 0.4976 0.0000 0.0092 9.789 1.29 9.33 -8.04 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3839 0.5099 0.1062 1 1 0.3805 0.5090 0.1106 1 1 0.3757 0.5078 0.1165
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 489 149 340 68 0 10 0 71 0 0 340 0 0 0.4564 0.0000 0.0000 13.900 0.21 1.42 -1.22 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1963 0.5396 0.2641 1 1 0.1989 0.5366 0.2645 1 1 0.2022 0.5329 0.2649
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 335 102 233 50 0 7 0 45 0 0 232 0 1 0.4902 0.0000 0.0043 13.571 1.16 1.18 -0.02 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2842 0.5244 0.1914 1 1 0.2835 0.5226 0.1939 1 1 0.2826 0.5203 0.1971
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.050 1 8 2 266 116 150 106 0 7 0 3 0 0 150 0 0 0.9138 0.0000 0.0000 15.571 0.16 8.00 -7.84 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0971 0.9029 0.0000 0 0 0.6481 0.3519 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 460 133 327 127 0 2 0 4 0 0 327 0 0 0.9549 0.0000 0.0000 65.500 0.64 1.50 -0.86 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0349 0.9651 0.0000 0 0 0.6137 0.3863 0.0000 0 0 0.8261 0.1739 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1107 285 822 10 0 73 95 107 0 0 820 0 2 0.0351 0.0000 0.0024 2.847 0.10 3.26 -3.16 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8378 0.1622 2 2 0.0000 0.2355 0.7645
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1118 295 823 119 5 60 11 100 0 0 823 0 0 0.4034 0.0000 0.0000 3.900 2.47 7.33 -4.86 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3787 0.5204 0.1009 1 1 0.3760 0.5186 0.1054 1 1 0.3720 0.5164 0.1115
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 252 85 167 44 1 2 1 37 0 0 167 0 0 0.5176 0.0000 0.0000 41.000 0.34 3.22 -2.88 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3289 0.5097 0.1614 1 1 0.3264 0.5090 0.1646 1 1 0.3231 0.5080 0.1689
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 497 160 337 91 0 1 0 68 0 0 332 0 5 0.5687 0.0000 0.0148 159.000 0.21 3.09 -2.88 67 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4604 0.4620 0.0776 1 1 0.4538 0.4642 0.0820 1 1 0.4449 0.4672 0.0879
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 683 127 556 50 0 36 0 41 0 0 555 1 0 0.3937 0.0000 0.0018 2.528 0.56 10.17 -9.61 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3379 0.5090 0.1531 1 1 0.3351 0.5083 0.1566 1 1 0.3314 0.5074 0.1612
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 195 103 92 4 0 0 0 99 0 0 91 0 1 0.0388 0.0000 0.0109 103.000 0.25 1.67 -1.42 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9817 0.0183 2 1 0.0000 0.5500 0.4500 2 2 0.0000 0.2866 0.7134
chr3 140956593 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 196 77 119 75 0 0 0 2 0 0 119 0 0 0.9740 0.0000 0.0000 77.000 0.69 3.00 -2.31 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2014 0.7986 0.0000 0 0 0.6257 0.3743 0.0000 0 0 0.7417 0.2583 0.0000
chr3 149520808 C CTTAA 0.500000 0.050 1 4 1 218 79 139 42 0 0 0 37 0 0 138 0 1 0.5316 0.0000 0.0072 79.000 0.05 3.97 -3.93 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2871 0.5196 0.1933 1 1 0.2862 0.5181 0.1957 1 1 0.2850 0.5162 0.1988
chr3 169796284 TAAAGG T 0.500000 0.050 1 -5 2 264 100 164 47 1 5 0 47 0 0 164 0 0 0.4700 0.0000 0.0000 19.000 0.28 5.11 -4.83 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5287 0.2243 1 1 0.2477 0.5265 0.2258 1 1 0.2486 0.5238 0.2276
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 294 94 200 88 0 3 0 3 0 0 200 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 30.333 0.14 1.00 -0.86 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0667 0.9333 0.0000 0 0 0.5431 0.4569 0.0000 0 0 0.7304 0.2696 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 385 177 208 79 0 27 3 68 0 0 208 0 0 0.4463 0.0000 0.0000 5.556 0.24 3.26 -3.02 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3259 0.5266 0.1475 1 1 0.3242 0.5246 0.1512 1 1 0.3217 0.5220 0.1563
chr3 184059998 CA C 0.500000 0.050 1 -1 4 938 246 692 122 1 0 1 122 0 0 692 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 246.000 0.28 1.34 -1.06 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2125 0.5745 0.2130 1 1 0.2153 0.5690 0.2157 1 1 0.2188 0.5620 0.2192
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 585 144 441 2 0 18 0 124 0 0 434 0 7 0.0139 0.0000 0.0159 7.000 0.00 3.31 -3.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4918 0.5082 2 2 0.0000 0.1307 0.8693 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr3 184711345 A ATCCTCC 0.500000 0.050 1 6 1 585 144 441 2 0 137 2 3 0 0 435 1 5 0.0139 0.0000 0.0136 0.052 0.00 4.33 -4.33 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0003 0.9358 0.0639 2 1 0.0001 0.6874 0.3125 2 1 0.0001 0.5541 0.4458
chr3 186666127 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 285 125 160 67 0 3 0 55 0 0 158 0 2 0.5360 0.0000 0.0125 40.667 0.15 1.25 -1.11 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3582 0.5085 0.1333 1 1 0.3550 0.5078 0.1372 1 1 0.3506 0.5069 0.1425
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 767 160 607 0 0 14 0 146 0 0 574 0 33 0.0000 0.0000 0.0544 10.429 11.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0135 0.9865
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 268 104 164 23 2 4 62 13 0 0 162 1 1 0.2212 0.0000 0.0122 33.333 0.17 10.00 -9.83 13 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0062 0.1618 0.8320 1 2 0.0074 0.1735 0.8191 1 2 0.0091 0.2038 0.7871
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 268 102 166 3 0 23 1 75 0 0 164 0 2 0.0294 0.0000 0.0120 3.435 0.67 8.28 -7.61 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9492 0.0508 2 1 0.0000 0.5188 0.4812 2 2 0.0000 0.3188 0.6812
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 268 104 164 5 0 22 32 45 0 0 162 0 2 0.0481 0.0000 0.0122 3.727 0.60 9.56 -8.96 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.8008 0.1992 2 2 0.0000 0.4913 0.5087
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 520 76 444 0 0 0 0 76 0 0 380 0 64 0.0000 0.0000 0.1441 76.000 14.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0101 0.9899
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 683 262 421 95 1 71 8 87 1 0 413 4 3 0.3626 0.0024 0.0190 2.620 0.77 10.98 -10.21 29 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2896 0.5771 0.1333 1 1 0.2942 0.5721 0.1338 1 1 0.3001 0.5657 0.1342
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.050 1 -2 1 681 295 386 179 5 16 91 4 3 3 379 1 0 0.6068 0.0078 0.0181 32.625 3.07 13.25 -10.18 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9905 0.0095 0.0000 1 0 0.9888 0.0112 0.0000 1 0 0.9860 0.0140 0.0000
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.050 1 -1 1 681 290 391 175 18 84 13 0 1 6 384 0 0 0.6034 0.0026 0.0179 23.875 3.19 3 0/1 0/0 . . OK 0 0 0.5039 0.4961 0.0000 0 0 0.9698 0.0302 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 810 221 589 110 0 25 0 86 2 0 574 2 11 0.4977 0.0034 0.0255 7.840 1.40 7.63 -6.23 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3752 0.5180 0.1068 1 1 0.3723 0.5165 0.1112 1 1 0.3682 0.5146 0.1172
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 813 258 555 115 3 39 3 98 0 1 539 1 14 0.4457 0.0000 0.0288 5.737 1.50 7.02 -5.52 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2483 0.5683 0.1834 1 1 0.2500 0.5632 0.1868 1 1 0.2520 0.5568 0.1912
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 707 193 514 91 3 22 3 74 0 0 514 0 0 0.4715 0.0000 0.0000 7.727 1.26 4.08 -2.82 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4426 0.4738 0.0836 1 1 0.4368 0.4753 0.0880 1 1 0.4288 0.4772 0.0940
chr4 56314410 C CGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 9 1 595 123 472 1 0 16 1 105 0 0 440 0 32 0.0081 0.0000 0.0678 6.688 0.00 12.20 -12.20 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1371 0.8629 2 2 0.0000 0.0609 0.9391 2 2 0.0000 0.0504 0.9496
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 595 123 472 1 0 66 0 56 0 0 442 1 29 0.0081 0.0000 0.0636 0.864 0.00 13.68 -13.68 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2720 0.7280 2 2 0.0000 0.1311 0.8689 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr4 56316659 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 3 446 116 330 108 0 3 0 5 0 0 330 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 37.667 0.26 3.20 -2.94 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.3372 0.6628 0.0000 0 0 0.6750 0.3250 0.0000
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 358 119 239 104 0 11 1 3 0 0 239 0 0 0.8739 0.0000 0.0000 9.727 0.32 15.00 -14.68 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0810 0.9190 0.0000 0 0 0.6066 0.3934 0.0000 0 0 0.7809 0.2191 0.0000
chr4 68827423 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 403 162 241 80 0 4 0 78 0 0 241 0 0 0.4938 0.0000 0.0000 39.500 0.09 1.18 -1.09 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2489 0.5469 0.2042 1 1 0.2500 0.5433 0.2067 1 1 0.2512 0.5389 0.2098
chr4 69638978 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 428 115 313 57 0 5 0 53 0 0 313 0 0 0.4957 0.0000 0.0000 22.000 0.18 1.28 -1.11 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2816 0.5287 0.1897 1 1 0.2812 0.5265 0.1923 1 1 0.2805 0.5238 0.1957
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 402 114 288 68 1 0 0 45 0 3 284 0 1 0.5965 0.0000 0.0139 114.000 0.68 3.67 -2.99 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5933 0.3646 0.0421 1 0 0.5820 0.3723 0.0457 1 0 0.5667 0.3824 0.0509
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 805 311 494 131 7 52 3 118 0 0 485 0 9 0.4212 0.0000 0.0182 4.962 0.44 3.01 -2.57 53 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3075 0.5598 0.1327 1 1 0.3076 0.5553 0.1371 1 1 0.3074 0.5496 0.1430
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 157 68 89 35 0 0 0 33 0 0 89 0 0 0.5147 0.0000 0.0000 68.000 0.31 1.18 -0.87 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2639 0.5195 0.2166 1 1 0.2638 0.5181 0.2181 1 1 0.2636 0.5162 0.2202
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3768 809 2959 6 14 43 25 721 31 35 2644 200 49 0.0074 0.0105 0.1065 19.868 5.00 9.56 -4.56 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9444 0.0556
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 3981 825 3156 385 14 112 7 307 21 70 2745 121 199 0.4667 0.0067 0.1302 6.418 5.83 11.27 -5.44 105 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0064 0.9936 1 2 0.0000 0.0075 0.9925 1 2 0.0000 0.0095 0.9905
chr4 87615491 CAGCAGTGAT C 0.500000 0.050 1 -9 1 3879 875 3004 383 15 67 17 393 16 28 2897 29 34 0.4377 0.0053 0.0356 12.469 3.12 9.03 -5.91 81 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0257 0.5944 0.3799 1 1 0.0290 0.5851 0.3859 1 1 0.0337 0.5738 0.3924
chr4 87615611 CGATAGCAGTGACAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -18 1 3849 1112 2737 465 41 153 32 421 43 55 2607 18 14 0.4182 0.0157 0.0475 6.521 2.60 12.22 -9.61 75 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9740 0.0260 0.0000 1 0 0.9708 0.0292 0.0000 1 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr4 87616295 TGACAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 2792 827 1965 508 81 159 50 29 17 32 1899 11 6 0.6143 0.0087 0.0336 4.032 4.94 13.72 -8.78 150 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 374 95 279 58 0 2 1 34 0 0 277 0 2 0.6105 0.0000 0.0072 46.500 0.22 2.29 -2.07 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5209 0.4139 0.0652 1 0 0.5114 0.4192 0.0693 1 0 0.4987 0.4262 0.0751
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 656 151 505 85 0 3 0 63 0 0 505 0 0 0.5629 0.0000 0.0000 49.333 0.66 4.00 -3.34 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5205 0.4204 0.0591 1 0 0.5117 0.4251 0.0632 1 0 0.4998 0.4313 0.0689
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 522 211 311 1 0 25 15 170 0 0 304 2 5 0.0047 0.0000 0.0225 7.440 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0168 0.9832 2 2 0.0000 0.0143 0.9857
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 488 190 298 84 1 24 0 81 2 1 292 0 3 0.4421 0.0067 0.0201 6.917 1.12 9.68 -8.56 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2645 0.5484 0.1871 1 1 0.2652 0.5448 0.1900 1 1 0.2659 0.5402 0.1939
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 276 125 151 62 0 5 0 58 1 0 145 1 4 0.4960 0.0066 0.0397 24.000 0.08 4.95 -4.87 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5384 0.2302 1 1 0.2329 0.5355 0.2317 1 1 0.2346 0.5319 0.2335
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 319 132 187 104 0 23 0 5 0 0 187 0 0 0.7879 0.0000 0.0000 4.739 0.93 4.00 -3.07 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.3162 0.6838 0.0000 0 0 0.6538 0.3462 0.0000
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 568 147 421 139 0 5 0 3 0 0 421 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 28.400 0.14 11.00 -10.86 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1978 0.8022 0.0000 0 0 0.8060 0.1940 0.0000 0 0 0.9018 0.0982 0.0000
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.050 1 2 1 127 43 84 32 0 0 2 9 0 0 84 0 0 0.7442 0.0000 0.0000 43.000 0.25 5.00 -4.75 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7263 0.2730 0.0007 1 0 0.7177 0.2815 0.0008 1 0 0.7433 0.2561 0.0006
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.050 1 -2 3 127 43 84 33 0 1 3 6 0 0 84 0 0 0.7674 0.0000 0.0000 42.000 0.24 7.50 -7.26 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7035 0.2961 0.0003 0 0 0.7358 0.2641 0.0001 0 0 0.9566 0.0434 0.0000
chr5 11385089 C CGCG 0.001142 0.050 1 3 1 535 163 372 142 7 12 0 2 1 0 371 0 0 0.8712 0.0027 0.0027 12.583 1.07 4.50 -3.43 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 724 164 560 0 0 25 7 132 0 0 555 2 3 0.0000 0.0000 0.0089 5.560 3.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0308 0.9692
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 424 151 273 64 1 21 7 58 0 0 269 1 3 0.4238 0.0000 0.0147 6.737 0.95 4.07 -3.12 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1870 0.5357 0.2773 1 1 0.1898 0.5330 0.2772 1 1 0.1935 0.5296 0.2769
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 418 53 365 0 0 32 2 19 1 0 355 3 6 0.0000 0.0027 0.0274 0.656 11.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7015 0.2985 2 2 0.0000 0.4815 0.5185 2 2 0.0000 0.4141 0.5859
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 393 100 293 49 0 9 0 42 0 0 292 0 1 0.4900 0.0000 0.0034 10.111 0.24 6.12 -5.87 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3109 0.5173 0.1718 1 1 0.3092 0.5159 0.1748 1 1 0.3069 0.5143 0.1788
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 543 144 399 75 0 6 0 63 0 0 397 0 2 0.5208 0.0000 0.0050 23.000 0.17 3.08 -2.91 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3547 0.5134 0.1319 1 1 0.3518 0.5123 0.1359 1 1 0.3478 0.5109 0.1413
chr5 75611679 GGGGCTGCTGCTCC G 0.500000 0.050 1 -13 6 233 64 169 61 0 2 0 1 0 0 168 0 1 0.9531 0.0000 0.0059 31.000 0.52 13.00 -12.48 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1506 0.8494 0.0000 0 0 0.5421 0.4579 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.050 1 -4 1 302 106 196 67 0 1 1 37 0 0 196 0 0 0.6321 0.0000 0.0000 105.000 0.21 5.68 -5.47 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6271 0.3377 0.0352 1 0 0.6148 0.3466 0.0386 1 0 0.5982 0.3584 0.0434
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 302 96 206 59 0 2 0 35 0 0 206 0 0 0.6146 0.0000 0.0000 47.000 0.24 6.00 -5.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5586 0.3879 0.0535 1 0 0.5479 0.3946 0.0574 1 0 0.5336 0.4034 0.0630
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 153 68 85 40 0 1 0 27 0 0 85 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 67.000 0.00 3.11 -3.11 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4136 0.4721 0.1144 1 1 0.4076 0.4740 0.1184 1 1 0.3997 0.4764 0.1239
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 387 114 273 56 2 7 0 49 0 0 266 0 7 0.4912 0.0000 0.0256 15.143 1.20 20.00 -18.80 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2537 0.5337 0.2126 1 1 0.2543 0.5311 0.2145 1 1 0.2550 0.5279 0.2170
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 370 94 276 49 0 1 0 44 0 0 271 1 4 0.5213 0.0000 0.0181 93.000 1.67 23.20 -21.53 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2382 0.5299 0.2319 1 1 0.2392 0.5277 0.2332 1 1 0.2405 0.5248 0.2347
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 242 80 162 42 1 3 0 34 0 0 159 0 3 0.5250 0.0000 0.0185 25.667 0.21 2.97 -2.76 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3131 0.5136 0.1733 1 1 0.3112 0.5126 0.1762 1 1 0.3086 0.5113 0.1801
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 971 239 732 104 1 20 3 111 1 0 724 2 5 0.4351 0.0014 0.0109 10.950 0.59 4.13 -3.54 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0960 0.5117 0.3923 1 1 0.1005 0.5105 0.3890 1 1 0.1066 0.5091 0.3842
chr5 119193899 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 157 67 90 33 0 1 0 33 0 0 90 0 0 0.4925 0.0000 0.0000 66.000 0.12 3.18 -3.06 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2399 0.5201 0.2399 1 1 0.2407 0.5186 0.2407 1 1 0.2416 0.5167 0.2416
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 569 110 459 59 0 2 0 49 0 0 458 0 1 0.5364 0.0000 0.0022 54.000 0.22 1.22 -1.00 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3478 0.5093 0.1429 1 1 0.3449 0.5086 0.1466 1 1 0.3408 0.5076 0.1516
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 163 75 88 71 0 1 0 3 0 0 87 0 1 0.9467 0.0000 0.0114 74.000 0.42 3.00 -2.58 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 1 0.2850 0.7150 0.0000 0 0 0.5537 0.4463 0.0000
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 340 39 301 1 0 6 0 32 0 0 299 0 2 0.0256 0.0000 0.0066 5.500 0.00 5.88 -5.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6841 0.3159 2 2 0.0000 0.4573 0.5427 2 2 0.0000 0.3909 0.6091
chr5 140858035 ACTGTG A 0.500000 0.050 1 -5 2 956 218 738 208 0 7 1 2 0 0 737 0 1 0.9541 0.0000 0.0014 30.143 1.00 5.00 -4.00 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3230 0.6770 0.0000 0 0 0.9288 0.0712 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 892 216 676 207 1 5 0 3 1 0 675 0 0 0.9583 0.0015 0.0015 42.200 0.25 1.67 -1.42 57 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6005 0.3995 0.0000 0 0 0.9592 0.0408 0.0000 0 0 0.9801 0.0199 0.0000
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 2 630 169 461 10 64 40 1 54 0 0 460 0 1 0.0592 0.0000 0.0022 3.200 0.20 3.63 -3.43 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4758 0.4475 0.0768 1 0 0.4682 0.4507 0.0810 1 0 0.4581 0.4550 0.0870
chr5 141573996 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 630 171 459 64 6 37 6 58 0 0 459 0 0 0.3743 0.0000 0.0000 3.622 2.53 3.66 -1.12 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2999 0.5307 0.1694 1 1 0.2990 0.5284 0.1726 1 1 0.2976 0.5255 0.1769
chr5 141945390 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 386 122 264 110 1 6 0 5 0 0 264 0 0 0.9016 0.0000 0.0000 19.333 0.33 3.60 -3.27 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.3539 0.6461 0.0000 0 0 0.6905 0.3095 0.0000
chr5 146233607 G GCCAGGTCCAGGCCCAGGCCCGGGC 0.500000 0.050 1 24 1 174 39 135 8 0 29 0 2 0 0 131 0 4 0.2051 0.0000 0.0296 0.345 3.62 0.00 3.62 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2730 0.5031 0.2240 1 1 0.2721 0.5028 0.2250 1 1 0.2710 0.5027 0.2263
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 365 111 254 40 0 24 0 47 0 0 248 1 5 0.3604 0.0000 0.0236 3.625 0.20 7.15 -6.95 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1160 0.4829 0.4012 1 1 0.1201 0.4840 0.3960 1 1 0.1256 0.4854 0.3890
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 15 1 365 111 254 40 6 26 1 38 0 0 248 1 5 0.3604 0.0000 0.0236 3.360 0.20 7.63 -7.43 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2531 0.5267 0.2202 1 1 0.2535 0.5247 0.2217 1 1 0.2540 0.5222 0.2238
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 802 187 615 108 1 2 1 75 0 0 611 2 2 0.5775 0.0000 0.0065 92.500 0.73 3.89 -3.16 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6047 0.3613 0.0341 1 0 0.5940 0.3686 0.0374 1 0 0.5794 0.3784 0.0422
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 803 188 615 112 0 2 1 73 0 0 610 3 2 0.5957 0.0000 0.0081 93.000 0.70 4.05 -3.36 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6535 0.3217 0.0248 1 0 0.6418 0.3306 0.0277 1 0 0.6257 0.3425 0.0318
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 593 142 451 63 0 4 0 75 0 0 451 0 0 0.4437 0.0000 0.0000 46.000 0.27 1.81 -1.54 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1149 0.4988 0.3863 1 1 0.1191 0.4987 0.3821 1 1 0.1248 0.4987 0.3765
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 540 159 381 4 0 2 1 152 0 0 380 0 1 0.0252 0.0000 0.0026 78.500 0.00 1.26 -1.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9315 0.0685 2 2 0.0000 0.2437 0.7563 2 2 0.0000 0.0991 0.9009
chr5 150656742 ACCGCCCCCGCCC A 0.500000 0.050 1 -12 2 617 137 480 53 0 19 1 64 0 0 473 0 7 0.3869 0.0000 0.0146 6.211 2.57 11.03 -8.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0740 0.4414 0.4846 1 2 0.0783 0.4450 0.4767 1 2 0.0842 0.4497 0.4661
chr5 150903148 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 260 94 166 47 1 2 0 44 0 0 165 0 1 0.5000 0.0000 0.0060 46.000 0.81 3.80 -2.99 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2721 0.5256 0.2023 1 1 0.2718 0.5237 0.2044 1 1 0.2715 0.5213 0.2073
chr5 156757714 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 295 128 167 80 1 5 0 42 0 0 162 0 5 0.6250 0.0000 0.0299 24.400 0.20 3.17 -2.97 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6780 0.2980 0.0240 1 0 0.6651 0.3082 0.0268 1 0 0.6475 0.3217 0.0309
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 376 162 214 64 2 15 7 74 0 0 214 0 0 0.3951 0.0000 0.0000 9.800 3.67 11.11 -7.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0980 0.4841 0.4179 1 1 0.1024 0.4849 0.4127 1 1 0.1083 0.4861 0.4056
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 374 144 230 0 50 7 0 87 0 0 228 0 2 0.0000 0.0000 0.0087 19.571 3.87 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0151 0.2498 0.7351 1 2 0.0173 0.2609 0.7218 1 2 0.0205 0.2761 0.7034
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 196 87 109 44 0 9 0 34 0 0 108 0 1 0.5057 0.0000 0.0092 8.667 0.18 3.09 -2.91 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3543 0.5002 0.1455 1 1 0.3508 0.5001 0.1491 1 1 0.3461 0.5000 0.1539
chr5 172283665 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 121 61 60 35 0 3 1 22 0 0 60 0 0 0.5738 0.0000 0.0000 19.000 0.37 3.05 -2.67 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4043 0.4747 0.1210 1 1 0.3986 0.4764 0.1250 1 1 0.3910 0.4787 0.1304
chr5 176290103 G GAGC 0.500000 0.050 1 3 2 704 173 531 153 3 15 0 2 0 1 530 0 0 0.8844 0.0000 0.0019 10.533 0.48 3.00 -2.52 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6653 0.3347 0.0000 0 0 0.9266 0.0734 0.0000 0 0 0.9535 0.0465 0.0000
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.050 1 -2 1 305 96 209 89 0 4 0 3 0 0 209 0 0 0.9271 0.0000 0.0000 23.000 0.36 2.00 -1.64 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0661 0.9339 0.0000 0 0 0.5480 0.4520 0.0000 0 0 0.7348 0.2652 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 396 89 307 0 0 6 0 83 0 0 307 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.833 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 490 206 284 82 6 38 7 73 0 0 284 0 0 0.3981 0.0000 0.0000 4.395 1.09 3.51 -2.42 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3265 0.5304 0.1431 1 1 0.3249 0.5281 0.1470 1 1 0.3226 0.5251 0.1522
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 379 143 236 100 0 3 0 40 0 0 235 0 1 0.6993 0.0000 0.0042 46.667 0.37 4.20 -3.83 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8838 0.1136 0.0026 1 0 0.8729 0.1239 0.0032 1 0 0.8570 0.1388 0.0042
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.050 1 -4 3 799 213 586 198 0 11 0 4 0 0 586 0 0 0.9296 0.0000 0.0000 18.364 0.74 4.25 -3.51 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1754 0.8246 0.0000 0 0 0.9013 0.0987 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 629 96 533 0 0 9 0 87 0 0 531 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 9.667 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 505 137 368 70 2 20 0 45 0 0 366 1 1 0.5109 0.0000 0.0054 5.750 0.57 3.02 -2.45 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5565 0.3918 0.0517 1 0 0.5460 0.3984 0.0556 1 0 0.5318 0.4070 0.0613
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 593 145 448 108 5 29 1 2 6 3 438 1 0 0.7448 0.0134 0.0223 3.931 2.30 1.50 0.80 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4482 0.5518 0.0000 0 0 0.9140 0.0860 0.0000 0 0 0.9586 0.0414 0.0000
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 555 133 422 100 7 23 1 2 1 2 418 1 0 0.7519 0.0024 0.0095 4.783 1.18 3.50 -2.32 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5737 0.4263 0.0000 0 0 0.9032 0.0968 0.0000 0 0 0.9433 0.0567 0.0000
chr6 13711236 AGGCGGGGGCGGC A 0.000517 0.050 1 -12 5 454 157 297 75 1 24 0 57 0 0 290 0 7 0.4777 0.0000 0.0236 5.542 1.33 11.39 -10.05 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6038 0.3961 0.0001 1 0 0.6014 0.3985 0.0001 1 0 0.5981 0.4018 0.0001
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1457 337 1120 108 17 108 9 95 1 1 1097 8 13 0.3205 0.0009 0.0205 2.142 5.09 5.81 -0.72 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3634 0.5613 0.0753 1 1 0.3672 0.5562 0.0767 1 1 0.3718 0.5498 0.0784
chr6 16327684 A ATGCTGCTGC 0.015710 0.050 1 9 1 1442 415 1027 118 7 97 9 184 0 0 1025 0 2 0.2843 0.0000 0.0019 3.326 4.64 5.86 -1.21 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0150 0.7319 0.2530 1 1 0.0181 0.7488 0.2331 1 1 0.0230 0.7688 0.2082
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 378 80 298 3 0 2 0 75 0 0 297 0 1 0.0375 0.0000 0.0034 39.000 0.33 1.29 -0.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9508 0.0492 2 1 0.0000 0.5315 0.4685 2 2 0.0000 0.3301 0.6699
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 473 141 332 66 1 7 0 67 0 0 331 1 0 0.4681 0.0000 0.0030 19.000 0.50 2.63 -2.13 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2161 0.5406 0.2433 1 1 0.2181 0.5375 0.2444 1 1 0.2206 0.5337 0.2458
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 547 152 395 6 0 0 2 144 0 0 394 0 1 0.0395 0.0000 0.0025 152.000 1.00 6.85 -5.85 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.5937 0.4063 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 547 152 395 58 4 0 2 88 0 0 394 0 1 0.3816 0.0000 0.0025 151.000 2.16 9.88 -7.72 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0342 0.3496 0.6162 1 2 0.0375 0.3577 0.6047 1 2 0.0424 0.3685 0.5892
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 346 154 192 1 134 16 0 3 0 3 189 0 0 0.0065 0.0000 0.0156 8.562 1.00 4.00 -3.00 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1932 0.8068 0.0000 0 0 0.8009 0.1991 0.0000 0 0 0.8989 0.1011 0.0000
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 524 199 325 94 1 33 0 71 0 0 323 0 2 0.4724 0.0000 0.0062 5.030 0.41 5.55 -5.13 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5116 0.4288 0.0596 1 0 0.5033 0.4330 0.0637 1 0 0.4921 0.4384 0.0695
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 389 85 304 45 0 13 0 27 0 0 299 0 5 0.5294 0.0000 0.0164 5.538 1.18 14.30 -13.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4127 0.4744 0.1129 1 1 0.4069 0.4761 0.1170 1 1 0.3991 0.4783 0.1226
chr6 36722044 C CGGGCCCAGCGGTGCAGGA 0.500000 0.050 1 18 2 683 147 536 76 0 24 0 47 0 0 522 0 14 0.5170 0.0000 0.0261 5.125 0.89 8.98 -8.08 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4250 0.4786 0.0964 1 1 0.4194 0.4799 0.1008 1 1 0.4118 0.4816 0.1067
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 879 230 649 98 0 3 0 129 0 0 647 0 2 0.4261 0.0000 0.0031 75.667 0.33 3.35 -3.02 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0248 0.3339 0.6412 1 2 0.0277 0.3421 0.6302 1 2 0.0318 0.3530 0.6151
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 338 115 223 59 1 13 0 42 0 0 219 0 4 0.5130 0.0000 0.0179 7.846 0.34 3.17 -2.83 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4184 0.4768 0.1048 1 1 0.4127 0.4783 0.1091 1 1 0.4050 0.4802 0.1148
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 321 125 196 68 0 15 1 41 0 0 191 0 5 0.5440 0.0000 0.0255 7.333 0.47 6.12 -5.65 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5154 0.4200 0.0646 1 0 0.5064 0.4249 0.0687 1 0 0.4942 0.4313 0.0745
chr6 43198673 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 2 240 82 158 75 0 3 0 4 0 0 158 0 0 0.9146 0.0000 0.0000 26.333 0.16 3.25 -3.09 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 1 0.3054 0.6946 0.0000 0 0 0.5772 0.4228 0.0000
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 465 117 348 39 7 43 2 26 0 0 346 1 1 0.3333 0.0000 0.0057 1.721 2.72 4.65 -1.94 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4565 0.4509 0.0925 1 1 0.4490 0.4542 0.0968 1 1 0.4390 0.4583 0.1026
chr6 44172317 T TGGCTGCC 0.500000 0.050 1 7 1 210 98 112 89 1 3 0 5 0 0 112 0 0 0.9082 0.0000 0.0000 31.333 0.13 5.80 -5.67 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2455 0.7545 0.0000 0 0 0.5736 0.4264 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 30 2 773 176 597 42 2 95 0 37 0 1 575 0 21 0.2386 0.0000 0.0369 0.842 0.69 3.30 -2.61 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1089 0.4799 0.4112 1 1 0.1131 0.4811 0.4057 1 1 0.1188 0.4828 0.3984
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 704 155 549 61 6 51 0 37 1 0 540 3 5 0.3935 0.0018 0.0164 2.039 1.48 4.73 -3.25 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5439 0.4002 0.0559 1 0 0.5339 0.4062 0.0599 1 0 0.5204 0.4140 0.0655
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 1076 257 819 240 2 11 0 4 0 0 819 0 0 0.9339 0.0000 0.0000 22.364 1.65 6.25 -4.60 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3929 0.6071 0.0000 0 0 0.9645 0.0355 0.0000 0 0 0.9869 0.0131 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 637 154 483 140 0 9 0 5 0 0 483 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 16.111 0.31 3.00 -2.69 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 0 0.5283 0.4717 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 770 156 614 0 0 12 2 142 0 0 604 0 10 0.0000 0.0000 0.0163 12.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0244 0.9756
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 656 144 512 69 0 2 0 73 0 0 507 0 5 0.4792 0.0000 0.0098 71.000 0.32 5.30 -4.98 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1408 0.5217 0.3375 1 1 0.1446 0.5200 0.3353 1 1 0.1498 0.5179 0.3323
chr6 122781253 A ACCTCCTTCCTTCTTCTTCCCT 0.500000 0.050 1 21 1 209 47 162 22 0 9 0 16 0 0 155 0 7 0.4681 0.0000 0.0432 4.222 0.59 16.00 -15.41 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2313 0.5134 0.2553 1 1 0.2322 0.5124 0.2554 1 1 0.2334 0.5111 0.2554
chr6 136360785 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 303 78 225 41 0 4 0 33 0 0 224 0 1 0.5256 0.0000 0.0044 18.500 0.56 3.15 -2.59 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.5082 0.1640 1 1 0.3252 0.5076 0.1672 1 1 0.3219 0.5068 0.1714
chr6 151349194 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 789 164 625 92 0 3 0 69 0 0 625 0 0 0.5610 0.0000 0.0000 53.667 0.62 3.51 -2.89 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4145 0.0546 1 0 0.5219 0.4195 0.0586 1 0 0.5098 0.4260 0.0642
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 918 231 687 5 0 12 1 213 0 0 674 0 13 0.0216 0.0000 0.0189 18.250 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9204 0.0796 2 2 0.0000 0.0946 0.9054 2 2 0.0000 0.0270 0.9730
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 563 195 368 8 0 44 0 143 0 0 356 0 12 0.0410 0.0000 0.0326 3.432 0.00 15.41 -15.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8204 0.1796 2 2 0.0000 0.3223 0.6777
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 422 164 258 103 0 4 0 57 0 0 257 0 1 0.6280 0.0000 0.0039 40.000 0.19 5.12 -4.93 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7808 0.2097 0.0095 1 0 0.7678 0.2211 0.0111 1 0 0.7496 0.2369 0.0135
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 237 91 146 77 1 10 0 3 0 0 146 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 8.000 0.35 9.00 -8.65 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0503 0.9497 0.0000 0 1 0.4793 0.5207 0.0000 0 0 0.6796 0.3204 0.0000
chr6 160992012 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 581 269 312 131 1 37 2 98 1 0 296 6 9 0.4870 0.0032 0.0513 6.270 0.50 4.38 -3.88 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4505 0.4796 0.0699 1 1 0.4454 0.4804 0.0742 1 1 0.4382 0.4816 0.0803
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 328 137 191 0 0 17 6 114 0 0 185 1 5 0.0000 0.0000 0.0314 7.059 3.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0415 0.9585 2 2 0.0000 0.0440 0.9560 2 2 0.0000 0.0477 0.9523
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 800 259 541 5 1 11 133 109 0 0 541 0 0 0.0193 0.0000 0.0000 18.875 6.00 10.13 -4.13 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 2 0.0000 0.1816 0.8184 2 2 0.0000 0.0442 0.9558
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 255 104 151 35 2 21 0 46 0 0 150 0 1 0.3365 0.0000 0.0066 4.100 3.77 3.83 -0.05 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1389 0.4978 0.3634 1 1 0.1426 0.4979 0.3595 1 1 0.1476 0.4980 0.3544
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 256 106 150 52 1 17 0 36 0 0 150 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 5.235 3.38 3.89 -0.50 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4653 0.4479 0.0867 1 0 0.4577 0.4513 0.0910 1 1 0.4474 0.4557 0.0969
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 728 183 545 178 0 3 0 2 0 0 545 0 0 0.9727 0.0000 0.0000 60.000 0.37 12.00 -11.63 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7710 0.2290 0.0000 0 0 0.9550 0.0450 0.0000 0 0 0.9713 0.0287 0.0000
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 227 107 120 99 1 1 0 6 0 0 120 0 0 0.9252 0.0000 0.0000 106.000 0.81 1.83 -1.03 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1773 0.8227 0.0000 0 0 0.5423 0.4577 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 696 224 472 7 0 42 9 166 0 0 472 0 0 0.0312 0.0000 0.0000 4.333 0.14 3.36 -3.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5891 0.4109 2 2 0.0000 0.1691 0.8309
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 357 98 259 48 2 4 0 44 0 0 259 0 0 0.4898 0.0000 0.0000 23.500 0.19 3.11 -2.93 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3105 0.5179 0.1716 1 1 0.3088 0.5165 0.1747 1 1 0.3065 0.5148 0.1787
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 128 44 84 24 2 4 2 12 0 0 82 1 1 0.5455 0.0000 0.0238 9.750 0.12 1.00 -0.88 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3786 0.4823 0.1391 1 1 0.3737 0.4835 0.1427 1 1 0.3673 0.4851 0.1476
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 520 130 390 5 0 0 1 124 0 0 389 0 1 0.0385 0.0000 0.0026 130.000 0.00 1.16 -1.16 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.5557 0.4443 2 2 0.0000 0.2378 0.7622
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 173 49 124 22 0 1 0 26 0 0 124 0 0 0.4490 0.0000 0.0000 48.000 0.36 3.50 -3.14 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1972 0.5098 0.2929 1 1 0.1993 0.5091 0.2916 1 1 0.2021 0.5081 0.2898
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 592 152 440 80 0 2 0 70 0 0 440 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 75.000 0.71 1.49 -0.77 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3524 0.5164 0.1311 1 1 0.3497 0.5151 0.1352 1 1 0.3460 0.5135 0.1406
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 213 84 129 33 0 4 0 47 0 0 129 0 0 0.3929 0.0000 0.0000 20.000 0.03 2.98 -2.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1064 0.4688 0.4248 1 1 0.1106 0.4709 0.4185 1 1 0.1162 0.4736 0.4102
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 290 87 203 0 0 0 0 87 0 0 203 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 87.000 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1007 0.8993 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr7 80671012 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 190 95 95 59 1 0 1 34 0 0 95 0 0 0.6211 0.0000 0.0000 95.000 0.14 1.24 -1.10 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5745 0.3765 0.0489 1 0 0.5634 0.3838 0.0528 1 0 0.5484 0.3934 0.0582
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 853 215 638 0 0 9 4 202 0 0 632 0 6 0.0000 0.0000 0.0094 22.778 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0062 0.9938
chr7 83155155 AGCCAGGCTGTTGAGGTGGGGGCTTTGCTGG A 0.500000 0.050 1 -30 1 811 195 616 78 4 46 2 65 0 0 616 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 3.196 1.45 6.05 -4.60 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4215 0.4824 0.0961 1 1 0.4162 0.4834 0.1004 1 1 0.4089 0.4847 0.1064
chr7 87359354 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 198 65 133 62 1 0 0 2 0 0 133 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 65.000 0.16 1.00 -0.84 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1591 0.8409 0.0000 0 0 0.5548 0.4452 0.0000 0 0 0.6830 0.3170 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 262 91 171 45 0 1 0 45 0 0 171 0 0 0.4945 0.0000 0.0000 90.000 0.27 3.00 -2.73 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2363 0.5275 0.2363 1 1 0.2373 0.5254 0.2373 1 1 0.2386 0.5228 0.2386
chr7 93104296 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 3 835 203 632 194 2 3 0 4 0 0 631 0 1 0.9557 0.0000 0.0016 66.667 0.25 2.25 -2.00 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0382 0.9618 0.0000 0 0 0.8168 0.1832 0.0000 0 0 0.9448 0.0552 0.0000
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 198 56 142 30 0 1 0 25 0 0 141 0 1 0.5357 0.0000 0.0070 55.000 0.03 1.28 -1.25 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2915 0.5122 0.1963 1 1 0.2902 0.5113 0.1984 1 1 0.2886 0.5102 0.2013
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 190 67 123 66 0 0 0 1 0 0 123 0 0 0.9851 0.0000 0.0000 67.000 0.17 1.00 -0.83 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5080 0.4920 0.0000 0 0 0.7232 0.2768 0.0000 0 0 0.7704 0.2296 0.0000
chr7 102541185 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 786 221 565 198 4 3 0 16 0 0 565 0 0 0.8959 0.0000 0.0000 72.667 0.74 1.38 -0.64 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2501 0.7499 0.0000
chr7 102541593 G GA 0.500000 0.050 1 1 2 1118 452 666 412 3 4 1 32 0 0 662 1 3 0.9115 0.0000 0.0060 112.000 0.27 1.84 -1.57 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0236 0.9764 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 535 136 399 4 0 7 1 124 0 0 397 1 1 0.0294 0.0000 0.0050 18.429 0.50 3.06 -2.56 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9653 0.0347 2 2 0.0000 0.3871 0.6129 2 2 0.0000 0.1743 0.8257
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 520 132 388 2 0 43 1 86 0 0 381 0 7 0.0152 0.0000 0.0180 2.095 1.00 6.22 -5.22 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7142 0.2858 2 2 0.0000 0.2755 0.7245 2 2 0.0000 0.1831 0.8169
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 676 159 517 71 1 16 0 71 0 0 517 0 0 0.4465 0.0000 0.0000 8.938 1.14 4.04 -2.90 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2392 0.5433 0.2175 1 1 0.2405 0.5400 0.2195 1 1 0.2421 0.5359 0.2220
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 759 212 547 178 1 24 0 9 0 1 546 0 0 0.8396 0.0000 0.0018 7.792 0.51 7.00 -6.49 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1744 0.8256 0.0000 0 0 0.7284 0.2716 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 630 211 419 108 0 32 0 71 0 0 418 0 1 0.5118 0.0000 0.0024 5.594 0.32 16.39 -16.07 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6903 0.2901 0.0196 1 0 0.6778 0.3001 0.0221 1 0 0.6607 0.3135 0.0258
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 350 180 170 0 0 26 3 151 0 0 164 0 6 0.0000 0.0000 0.0353 5.923 8.34 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0217 0.9783
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 350 186 164 12 1 97 1 75 0 0 159 0 5 0.0645 0.0000 0.0305 0.907 0.92 10.48 -9.56 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0013 0.7235 0.2752 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.9731 0.0269
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 232 81 151 0 0 2 0 79 0 0 149 0 2 0.0000 0.0000 0.0132 39.500 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1152 0.8848 2 2 0.0000 0.1195 0.8805 2 2 0.0000 0.1255 0.8745
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 143 61 82 22 0 19 0 20 0 0 80 0 2 0.3607 0.0000 0.0244 2.211 0.09 8.70 -8.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2433 0.5134 0.2433 1 1 0.2438 0.5124 0.2438 1 1 0.2444 0.5111 0.2444
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 1004 262 742 14 95 52 2 99 0 0 733 0 9 0.0534 0.0000 0.0121 4.118 0.79 3.39 -2.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2179 0.5663 0.2158 1 1 0.2203 0.5613 0.2184 1 1 0.2234 0.5551 0.2215
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1005 273 732 114 7 48 4 100 0 0 730 0 2 0.4176 0.0000 0.0027 4.688 2.71 3.30 -0.59 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3989 0.5080 0.0930 1 1 0.3954 0.5071 0.0975 1 1 0.3903 0.5060 0.1036
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1525 345 1180 0 0 16 0 329 0 0 1178 0 2 0.0000 0.0000 0.0017 20.562 1.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 625 138 487 132 0 0 0 6 0 0 487 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 138.000 1.09 2.67 -1.58 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3205 0.6795 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 700 163 537 92 1 7 0 63 0 0 537 0 0 0.5644 0.0000 0.0000 22.286 0.43 3.86 -3.42 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6247 0.3431 0.0322 1 0 0.6132 0.3514 0.0354 1 0 0.5974 0.3625 0.0401
chr7 144667784 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 169 82 87 44 0 2 0 36 0 0 87 0 0 0.5366 0.0000 0.0000 40.000 0.77 2.39 -1.62 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3403 0.5054 0.1543 1 1 0.3374 0.5049 0.1577 1 1 0.3334 0.5044 0.1622
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 737 200 537 100 0 3 1 96 0 0 535 0 2 0.5000 0.0000 0.0037 65.667 0.29 1.40 -1.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2309 0.5602 0.2090 1 1 0.2328 0.5557 0.2115 1 1 0.2352 0.5500 0.2148
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 694 179 515 101 0 11 1 66 0 1 507 0 7 0.5642 0.0000 0.0155 15.182 0.52 11.52 -10.99 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5957 0.3674 0.0369 1 0 0.5850 0.3746 0.0403 1 0 0.5706 0.3841 0.0453
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 506 140 366 78 1 6 1 54 0 0 366 0 0 0.5571 0.0000 0.0000 22.333 0.67 3.52 -2.85 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5516 0.3969 0.0515 1 0 0.5416 0.4030 0.0554 1 0 0.5282 0.4109 0.0609
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 517 98 419 0 0 2 14 82 0 6 392 9 12 0.0000 0.0000 0.0644 96.000 8.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6987 0.3013 2 2 0.0000 0.3033 0.6967 2 2 0.0000 0.1829 0.8171
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 518 97 421 0 0 6 7 84 0 0 394 11 16 0.0000 0.0000 0.0641 90.000 8.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0453 0.9547 2 2 0.0000 0.0480 0.9520 2 2 0.0000 0.0520 0.9480
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 528 90 438 0 0 6 3 81 0 0 371 23 44 0.0000 0.0000 0.1530 16.600 8.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0223 0.9777 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0266 0.9734
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 561 195 366 184 1 2 0 8 0 0 366 0 0 0.9436 0.0000 0.0000 96.500 0.40 1.12 -0.73 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3148 0.6852 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 747 157 590 72 0 20 0 65 0 0 587 0 3 0.4586 0.0000 0.0051 6.850 0.68 5.62 -4.93 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2544 0.5420 0.2036 1 1 0.2543 0.5390 0.2066 1 1 0.2541 0.5352 0.2106
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 947 263 684 139 1 26 3 94 8 8 653 8 7 0.5285 0.0117 0.0453 9.077 2.44 12.38 -9.94 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8632 0.1368 0.0000 1 0 0.8560 0.1439 0.0000 1 0 0.8460 0.1540 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 580 246 334 0 0 43 1 202 0 0 334 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.833 6.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr8 13567550 CAG C 0.000361 0.050 1 -2 4 659 160 499 155 0 1 0 4 0 0 499 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 159.000 0.31 2.25 -1.94 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9950 0.0050 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 366 162 204 87 0 5 0 70 0 0 200 0 4 0.5370 0.0000 0.0196 31.400 0.54 7.54 -7.00 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5389 0.4250 0.0361 1 0 0.5355 0.4267 0.0378 1 0 0.5308 0.4292 0.0400
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.050 1 3 1 616 149 467 65 4 24 0 56 4 1 452 4 6 0.4362 0.0086 0.0321 5.391 1.66 4.82 -3.16 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5219 0.4516 0.0265 1 0 0.5206 0.4521 0.0274 1 0 0.5186 0.4529 0.0285
chr8 64581450 T TAGCGGC 0.096175 0.050 1 6 2 642 181 461 82 0 17 0 82 0 1 459 0 1 0.4530 0.0000 0.0043 9.647 1.07 5.29 -4.22 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4026 0.5533 0.0441 1 1 0.4061 0.5494 0.0445 1 1 0.4106 0.5445 0.0449
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 634 183 451 76 62 39 1 5 0 0 451 0 0 0.4153 0.0000 0.0000 3.667 1.04 3.00 -1.96 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0957 0.9043 0.0000 0 0 0.9252 0.0748 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000
chr8 86576034 CTTTATCTTCATTTTCTTTTTG C 0.500000 0.050 1 -21 2 498 124 374 51 0 28 0 45 0 0 373 0 1 0.4113 0.0000 0.0027 3.429 0.24 13.13 -12.90 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2969 0.5220 0.1811 1 1 0.2958 0.5204 0.1839 1 1 0.2942 0.5183 0.1875
chr8 90645735 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 523 137 386 117 0 17 0 3 0 0 386 0 0 0.8540 0.0000 0.0000 7.059 0.61 3.00 -2.39 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1239 0.8761 0.0000 0 0 0.7065 0.2935 0.0000 0 0 0.8438 0.1562 0.0000
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 79 41 38 18 0 0 0 23 0 0 38 0 0 0.4390 0.0000 0.0000 41.000 0.06 3.00 -2.94 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1875 0.5050 0.3075 1 1 0.1899 0.5046 0.3055 1 1 0.1930 0.5041 0.3028
chr8 100596815 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 233 77 156 43 0 4 0 30 0 0 155 0 1 0.5584 0.0000 0.0064 18.250 0.47 1.43 -0.97 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3976 0.4810 0.1214 1 1 0.3923 0.4823 0.1254 1 1 0.3853 0.4839 0.1308
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 321 96 225 65 0 1 0 30 0 0 225 0 0 0.6771 0.0000 0.0000 95.000 0.38 2.20 -1.82 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6995 0.2785 0.0220 1 0 0.6860 0.2894 0.0246 1 0 0.6675 0.3040 0.0286
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 685 242 443 162 0 6 1 73 0 0 443 0 0 0.6694 0.0000 0.0000 39.333 2.60 16.15 -13.55 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9667 0.0332 0.0002 1 0 0.9616 0.0382 0.0002 1 0 0.9537 0.0459 0.0003
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 303 101 202 40 0 3 0 58 0 0 202 0 0 0.3960 0.0000 0.0000 32.667 1.55 3.97 -2.42 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0805 0.4420 0.4774 1 2 0.0848 0.4457 0.4695 1 2 0.0907 0.4505 0.4588
chr8 116938485 AGGCGGC A 0.500000 0.050 1 -6 2 448 162 286 63 0 14 0 85 0 0 285 0 1 0.3889 0.0000 0.0035 10.571 0.30 5.47 -5.17 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0553 0.4118 0.5329 1 2 0.0593 0.4170 0.5238 1 2 0.0649 0.4238 0.5113
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 327 94 233 30 3 11 0 50 0 0 230 0 3 0.3191 0.0000 0.0129 7.455 0.37 3.34 -2.97 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0695 0.4188 0.5117 1 2 0.0737 0.4239 0.5023 1 2 0.0795 0.4306 0.4899
chr8 123369942 A ATCATCG 0.500000 0.050 1 6 1 327 109 218 51 50 3 2 3 0 1 217 0 0 0.4679 0.0000 0.0046 18.333 0.33 3.33 -3.00 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0607 0.9393 0.0000 0 0 0.5264 0.4736 0.0000 0 0 0.7194 0.2806 0.0000
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 319 145 174 99 0 0 0 46 0 0 173 0 1 0.6828 0.0000 0.0057 145.000 0.15 3.13 -2.98 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8413 0.1538 0.0049 1 0 0.8290 0.1651 0.0059 1 0 0.8115 0.1810 0.0075
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 515 130 385 26 1 30 7 66 0 0 376 0 9 0.2000 0.0000 0.0234 3.448 2.19 4.91 -2.72 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0036 0.1282 0.8682 1 2 0.0044 0.1391 0.8565 1 2 0.0055 0.1788 0.8156
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 406 107 299 35 0 5 0 67 0 0 297 0 2 0.3271 0.0000 0.0067 20.400 3.17 3.66 -0.49 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0238 0.2902 0.6860 1 2 0.0266 0.3007 0.6727 1 2 0.0307 0.3148 0.6546
chr8 143859347 CGGGCCT C 0.500000 0.050 1 -6 3 503 33 470 20 2 1 2 8 0 0 470 0 0 0.6061 0.0000 0.0000 32.000 0.00 6.00 -6.00 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4074 0.4682 0.1244 1 1 0.4013 0.4704 0.1282 1 1 0.3930 0.4737 0.1333
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 964 209 755 74 0 28 0 107 0 1 737 0 17 0.3541 0.0000 0.0238 6.704 1.00 12.00 -11.00 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0062 0.1805 0.8133 1 2 0.0073 0.1917 0.8009 1 2 0.0092 0.2074 0.7834
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 945 174 771 115 1 0 3 55 0 0 766 2 3 0.6609 0.0000 0.0065 174.000 0.69 3.51 -2.82 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9021 0.0970 0.0009 1 0 0.8943 0.1046 0.0011 1 0 0.8830 0.1156 0.0014
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 943 174 769 115 2 1 3 53 0 0 763 1 5 0.6609 0.0000 0.0078 172.000 0.70 3.64 -2.95 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9098 0.0894 0.0008 1 0 0.9022 0.0969 0.0010 1 0 0.8912 0.1076 0.0012
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1013 328 685 133 3 69 13 110 0 0 684 0 1 0.4055 0.0000 0.0015 3.809 0.30 3.14 -2.84 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5207 0.4536 0.0257 1 0 0.5202 0.4529 0.0269 1 0 0.5191 0.4524 0.0286
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 328 84 244 30 0 18 0 36 0 0 244 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 3.667 0.63 5.03 -4.39 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1739 0.5091 0.3170 1 1 0.1768 0.5084 0.3149 1 1 0.1805 0.5075 0.3120
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 637 194 443 187 1 5 0 1 1 0 442 0 0 0.9639 0.0023 0.0023 37.800 0.17 2.00 -1.83 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9581 0.0419 0.0000 0 0 0.9819 0.0181 0.0000 0 0 0.9846 0.0154 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 753 189 564 150 1 35 0 3 0 0 564 0 0 0.7937 0.0000 0.0000 4.400 0.33 12.00 -11.67 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2501 0.7499 0.0000 0 0 0.8482 0.1518 0.0000 0 0 0.9245 0.0755 0.0000
chr9 35906602 C CCCCCACCGCCACCAT 0.500000 0.050 1 15 1 607 171 436 18 2 51 87 13 0 0 436 0 0 0.1053 0.0000 0.0000 3.105 1.28 12.23 -10.95 16 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9862 0.0138 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9939 0.0061
chr9 37441270 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 625 136 489 65 1 1 1 68 0 0 489 0 0 0.4779 0.0000 0.0000 135.000 0.26 3.29 -3.03 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1968 0.5384 0.2648 1 1 0.1993 0.5355 0.2651 1 1 0.2026 0.5319 0.2655
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 442 72 370 5 0 0 1 66 0 0 370 0 0 0.0694 0.0000 0.0000 72.000 1.40 1.11 0.29 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.8435 0.1565 2 1 0.0000 0.5624 0.4376
chr9 72059357 TGAAAG T 0.500000 0.050 1 -5 1 186 76 110 41 0 4 0 31 0 0 108 0 2 0.5395 0.0000 0.0182 18.000 0.12 4.97 -4.85 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3416 0.5035 0.1549 1 1 0.3385 0.5032 0.1582 1 1 0.3344 0.5029 0.1627
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 422 107 315 0 0 2 0 105 0 0 298 0 17 0.0000 0.0000 0.0540 52.500 14.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0470 0.9530 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 689 137 552 116 0 19 0 2 1 0 550 0 1 0.8467 0.0018 0.0036 6.211 0.10 13.00 -12.90 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1242 0.8758 0.0000 0 0 0.7072 0.2928 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 431 151 280 14 69 18 0 50 0 2 277 0 1 0.0927 0.0000 0.0107 7.824 0.14 3.12 -2.98 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6786 0.2979 0.0235 1 0 0.6658 0.3080 0.0262 1 0 0.6483 0.3215 0.0303
chr9 77384631 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 432 153 279 63 3 17 6 64 0 0 277 0 2 0.4118 0.0000 0.0072 8.000 2.33 3.14 -0.81 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1662 0.5310 0.3028 1 1 0.1696 0.5286 0.3018 1 1 0.1740 0.5257 0.3004
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 496 140 356 134 0 0 0 6 0 0 356 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 140.000 0.31 2.67 -2.36 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.3314 0.6686 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr9 88130024 A AAGG 0.500000 0.050 1 3 1 1175 295 880 281 0 9 0 5 0 0 880 0 0 0.9525 0.0000 0.0000 31.778 0.29 3.40 -3.11 129 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2515 0.7485 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 220 75 145 43 0 4 0 28 0 0 145 0 0 0.5733 0.0000 0.0000 17.750 0.14 4.75 -4.61 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4413 0.4585 0.1001 1 1 0.4343 0.4613 0.1043 1 1 0.4250 0.4649 0.1101
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 314 83 231 8 2 10 2 61 0 0 226 0 5 0.0964 0.0000 0.0216 7.300 0.00 2.89 -2.89 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 1 0.0000 0.8883 0.1117
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 476 102 374 0 0 14 2 86 0 0 372 1 1 0.0000 0.0000 0.0053 6.692 7.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0933 0.9067 2 2 0.0000 0.0973 0.9027 2 2 0.0000 0.1029 0.8971
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 467 176 291 0 0 3 0 173 0 0 291 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 57.667 9.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 796 321 475 121 0 2 0 198 0 0 471 0 4 0.3769 0.0000 0.0084 159.500 0.27 3.27 -2.99 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0513 0.9484 1 2 0.0004 0.0577 0.9419 1 2 0.0006 0.0674 0.9320
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 375 98 277 0 1 21 3 73 0 0 276 1 0 0.0000 0.0000 0.0036 3.619 5.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2909 0.7091 2 2 0.0000 0.2056 0.7944 2 2 0.0000 0.1797 0.8203
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 912 169 743 1 1 45 2 120 0 0 729 4 10 0.0059 0.0000 0.0188 2.756 0.00 5.75 -5.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3389 0.6611 2 2 0.0000 0.1087 0.8913 2 2 0.0000 0.0733 0.9267
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 465 101 364 0 0 1 0 100 0 0 364 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 100.000 2.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0747 0.9253 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 864 213 651 104 0 0 0 109 0 0 651 0 0 0.4883 0.0000 0.0000 213.000 0.88 4.94 -4.05 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1677 0.5572 0.2750 1 1 0.1714 0.5529 0.2757 1 1 0.1761 0.5475 0.2763
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 780 166 614 0 1 2 3 160 0 0 611 1 2 0.0000 0.0000 0.0049 81.500 3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0221 0.9779
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 248 101 147 0 0 3 0 98 0 0 146 0 1 0.0000 0.0000 0.0068 32.667 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0853 0.9147
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 5 432 105 327 50 0 20 0 35 0 0 327 0 0 0.4762 0.0000 0.0000 4.250 0.12 3.00 -2.88 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4379 0.4628 0.0994 1 1 0.4312 0.4653 0.1036 1 1 0.4222 0.4684 0.1094
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 745 170 575 137 0 28 0 5 0 0 575 0 0 0.8059 0.0000 0.0000 5.071 0.53 5.00 -4.47 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.5100 0.4900 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 494 105 389 43 0 17 0 45 0 0 389 0 0 0.4095 0.0000 0.0000 5.176 0.28 6.18 -5.90 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2138 0.5256 0.2606 1 1 0.2156 0.5237 0.2607 1 1 0.2179 0.5213 0.2609
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 495 113 382 62 0 13 1 37 0 1 381 0 0 0.5487 0.0000 0.0026 7.692 0.53 1.19 -0.66 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5704 0.3800 0.0496 1 0 0.5594 0.3871 0.0534 1 0 0.5447 0.3964 0.0589
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 530 190 340 70 3 26 85 6 0 0 337 3 0 0.3684 0.0000 0.0088 6.440 0.60 3.50 -2.90 8 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0632 0.4355 0.5014 1 2 0.0673 0.4393 0.4934 1 2 0.0731 0.4442 0.4826
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 530 193 337 76 0 28 1 88 0 0 333 1 3 0.3938 0.0000 0.0119 5.857 0.74 6.07 -5.33 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0885 0.4800 0.4316 1 1 0.0928 0.4811 0.4261 1 1 0.0988 0.4825 0.4186
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 518 186 332 83 1 5 1 96 0 0 328 0 4 0.4462 0.0000 0.0120 36.000 0.33 3.33 -3.01 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0810 0.4752 0.4437 1 1 0.0854 0.4766 0.4380 1 1 0.0915 0.4783 0.4302
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 492 147 345 65 0 14 0 68 0 0 342 0 3 0.4422 0.0000 0.0087 9.500 0.22 6.65 -6.43 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1670 0.5307 0.3023 1 1 0.1703 0.5283 0.3013 1 1 0.1747 0.5254 0.2999
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 456 132 324 50 4 39 0 39 0 0 321 0 3 0.3788 0.0000 0.0093 2.385 1.46 4.08 -2.62 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3942 0.4869 0.1189 1 1 0.3893 0.4877 0.1230 1 1 0.3827 0.4888 0.1285
chr9 133255669 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 596 133 463 59 0 4 0 70 0 0 461 0 2 0.4436 0.0000 0.0043 32.250 1.00 2.83 -1.83 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1101 0.4916 0.3983 1 1 0.1144 0.4920 0.3936 1 1 0.1201 0.4926 0.3873
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 302 136 166 71 0 0 0 65 0 0 165 0 1 0.5221 0.0000 0.0060 136.000 0.89 1.26 -0.37 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2895 0.5342 0.1763 1 1 0.2890 0.5316 0.1794 1 1 0.2882 0.5284 0.1834
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 302 136 166 71 0 0 0 65 0 0 165 0 1 0.5221 0.0000 0.0060 136.000 0.89 1.26 -0.37 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2895 0.5342 0.1763 1 1 0.2890 0.5316 0.1794 1 1 0.2882 0.5284 0.1834
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 303 118 185 72 1 5 0 40 0 0 184 0 1 0.6102 0.0000 0.0054 22.400 0.35 1.65 -1.30 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6579 0.3137 0.0283 1 0 0.6452 0.3234 0.0314 1 0 0.6278 0.3364 0.0358
chr9 136383542 C CGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 619 175 444 77 2 40 0 56 0 0 437 1 6 0.4400 0.0000 0.0158 3.375 0.58 6.25 -5.67 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4359 0.4732 0.0909 1 1 0.4300 0.4748 0.0952 1 1 0.4219 0.4769 0.1011
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 620 185 435 145 4 27 2 7 0 0 434 0 1 0.7838 0.0000 0.0023 5.852 2.54 2.86 -0.31 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0490 0.9510 0.0000 0 1 0.4668 0.5332 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 540 168 372 126 3 19 4 16 1 0 371 0 0 0.7500 0.0027 0.0027 8.706 1.63 5.25 -3.62 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0179 0.9821 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 202 107 95 3 3 25 1 75 0 0 95 0 0 0.0280 0.0000 0.0000 3.565 0.00 3.12 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8962 0.1038 2 1 0.0000 0.6137 0.3863
chr10 3138992 CTT C 0.000027 0.050 1 -2 1 280 120 160 112 1 1 0 6 0 0 159 0 1 0.9333 0.0000 0.0063 118.000 0.88 2.33 -1.46 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8736 0.1264 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 3166375 T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 0.004839 0.050 1 25 1 197 68 129 4 0 20 0 44 0 0 117 0 12 0.0588 0.0000 0.0930 2.400 0.00 7.50 -7.50 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.9958 0.0042
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 365 103 262 94 0 2 0 7 0 0 262 0 0 0.9126 0.0000 0.0000 50.500 0.57 1.14 -0.57 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.050 1 -2 3 272 60 212 52 0 5 0 3 0 0 212 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 11.000 0.15 2.00 -1.85 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8701 0.1299 0.0000 0 0 0.9915 0.0085 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 763 173 590 67 0 27 0 79 0 0 586 0 4 0.3873 0.0000 0.0068 5.407 0.21 8.00 -7.79 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2585 0.7048 0.0366 1 1 0.2673 0.6971 0.0356 1 1 0.2789 0.6868 0.0343
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.050 1 -1 3 82 52 30 47 0 1 0 4 0 0 30 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 51.000 0.11 1.00 -0.89 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6886 0.3114 0.0000 0 0 0.9897 0.0103 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 894 202 692 2 0 25 1 174 0 0 677 1 14 0.0099 0.0000 0.0217 7.080 3.50 5.72 -2.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1786 0.8214 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr10 21516554 C CTCT 0.000302 0.050 1 3 2 891 212 679 34 143 9 4 22 0 0 679 0 0 0.1604 0.0000 0.0000 24.625 1.56 2.82 -1.26 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0271 0.9729 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 691 151 540 76 0 3 1 71 0 0 539 1 0 0.5033 0.0000 0.0019 49.333 0.45 3.94 -3.50 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3766 0.5255 0.0979 1 1 0.3778 0.5229 0.0994 1 1 0.3791 0.5197 0.1012
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 502 134 368 74 0 6 0 54 1 0 367 0 0 0.5522 0.0027 0.0027 21.333 0.42 1.17 -0.75 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5905 0.3713 0.0383 1 0 0.5825 0.3766 0.0409 1 0 0.5716 0.3838 0.0446
chr10 30027571 A ACTG 0.007813 0.050 1 3 1 884 171 713 77 4 31 0 59 0 0 708 0 5 0.4503 0.0000 0.0070 4.484 0.27 3.25 -2.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6554 0.3436 0.0010 1 0 0.6511 0.3478 0.0010 1 0 0.6453 0.3535 0.0011
chr10 31461077 AGAT A 0.000905 0.050 1 -3 1 166 78 88 70 0 2 0 6 0 0 88 0 0 0.8974 0.0000 0.0000 38.000 0.20 3.17 -2.97 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2639 0.7361 0.0000 0 0 0.9912 0.0088 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr10 44292818 AC A 0.006843 0.050 1 -1 1 417 169 248 6 0 11 0 152 0 0 246 0 2 0.0355 0.0000 0.0081 14.364 0.50 1.31 -0.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.9709 0.0291
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.050 1 18 4 262 80 182 31 0 9 0 40 0 0 169 0 13 0.3875 0.0000 0.0714 7.889 0.26 13.03 -12.77 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2310 0.7621 0.0069 1 1 0.2400 0.7534 0.0066 1 1 0.2521 0.7417 0.0062
chr10 51697903 CTGTATACCTCCTCCT C 0.001304 0.050 1 -15 5 790 183 607 90 0 40 0 53 0 0 598 0 9 0.4918 0.0000 0.0148 3.575 0.19 12.75 -12.57 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7680 0.2319 0.0001 1 0 0.7609 0.2390 0.0001 1 0 0.7512 0.2487 0.0001
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 355 88 267 48 0 6 0 34 0 0 267 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 13.667 0.08 3.06 -2.98 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6430 0.3566 0.0004 1 0 0.6386 0.3610 0.0004 1 0 0.6326 0.3669 0.0005
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 567 152 415 61 0 6 0 85 0 0 413 0 2 0.4013 0.0000 0.0048 24.333 0.30 3.15 -2.86 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1855 0.8064 0.0081 1 1 0.1953 0.7970 0.0077 1 1 0.2086 0.7841 0.0073
chr10 56358652 T TGCCTCA 0.001075 0.050 1 6 1 587 135 452 56 0 19 0 60 0 0 448 0 4 0.4148 0.0000 0.0088 6.105 0.41 5.35 -4.94 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3671 0.6320 0.0009 1 1 0.3733 0.6259 0.0009 1 1 0.3812 0.6179 0.0008
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 152 72 80 69 0 0 0 3 0 0 80 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 72.000 1.48 6.00 -4.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1903 0.8097 0.0000 0 0 0.8039 0.1961 0.0000 0 0 0.9048 0.0952 0.0000
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 204 77 127 37 0 4 0 36 0 0 127 0 0 0.4805 0.0000 0.0000 18.250 0.08 1.14 -1.06 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4862 0.5101 0.0037 1 1 0.4874 0.5089 0.0037 1 1 0.4889 0.5074 0.0037
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 133 72 61 53 0 1 0 18 0 0 59 0 2 0.7361 0.0000 0.0328 71.000 0.43 12.56 -12.12 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8179 0.1819 0.0002 1 0 0.8095 0.1902 0.0002 1 0 0.7979 0.2018 0.0003
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 133 69 64 52 0 2 0 15 0 0 57 1 6 0.7536 0.0000 0.1094 33.500 0.46 14.73 -14.27 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8005 0.1993 0.0003 1 0 0.7923 0.2074 0.0003 1 0 0.7810 0.2186 0.0003
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 357 88 269 30 0 19 2 37 0 0 269 0 0 0.3409 0.0000 0.0000 3.632 0.50 3.57 -3.07 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2869 0.5790 0.1341 1 1 0.2921 0.5759 0.1319 1 1 0.2990 0.5719 0.1291
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 461 196 265 99 2 11 3 81 0 0 264 0 1 0.5051 0.0000 0.0038 16.545 0.20 5.58 -5.38 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6336 0.3653 0.0011 1 0 0.6305 0.3684 0.0011 1 0 0.6262 0.3726 0.0012
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 202 37 165 13 1 4 0 19 0 0 165 0 0 0.3514 0.0000 0.0000 8.000 0.23 1.32 -1.09 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3708 0.5568 0.0724 1 1 0.3740 0.5544 0.0716 1 1 0.3782 0.5513 0.0705
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 658 166 492 86 0 5 0 75 0 0 487 0 5 0.5181 0.0000 0.0102 32.200 0.34 5.76 -5.42 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4145 0.5069 0.0786 1 1 0.4146 0.5050 0.0804 1 1 0.4144 0.5027 0.0829
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 495 172 323 95 0 2 1 74 0 0 320 0 3 0.5523 0.0000 0.0093 85.000 0.26 3.16 -2.90 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6476 0.3505 0.0019 1 0 0.6438 0.3542 0.0021 1 0 0.6385 0.3593 0.0022
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 384 89 295 48 0 7 0 34 1 0 290 0 4 0.5393 0.0034 0.0169 11.714 0.88 6.50 -5.62 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3948 0.4851 0.1202 1 1 0.3903 0.4858 0.1239 1 1 0.3843 0.4868 0.1289
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 428 128 300 107 0 18 0 3 0 0 299 0 1 0.8359 0.0000 0.0033 6.111 0.79 13.33 -12.54 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5843 0.4157 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr10 104057110 CGCCACCAACACCGCCACCTCCTCCACT C 0.001817 0.050 1 -27 1 295 106 189 59 1 7 0 39 0 0 181 0 8 0.5566 0.0000 0.0423 14.143 0.36 17.56 -17.21 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6246 0.3751 0.0003 1 0 0.6211 0.3785 0.0003 1 0 0.6164 0.3833 0.0003
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 363 166 197 91 1 2 0 72 0 0 195 0 2 0.5482 0.0000 0.0102 82.000 0.65 2.83 -2.18 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5874 0.3832 0.0293 1 0 0.5820 0.3869 0.0311 1 0 0.5745 0.3919 0.0336
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 237 49 188 27 0 1 0 21 0 0 188 0 0 0.5510 0.0000 0.0000 48.000 0.11 2.38 -2.27 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5574 0.4413 0.0014 1 0 0.5556 0.4430 0.0014 1 0 0.5533 0.4453 0.0014
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 350 68 282 3 0 15 19 31 0 1 279 1 1 0.0441 0.0000 0.0106 2.267 0.33 1.90 -1.57 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9815 0.0185 2 1 0.0000 0.7315 0.2685 2 1 0.0000 0.5073 0.4927
chr10 128107489 T TGCTGGG 0.001110 0.050 1 6 1 1047 233 814 125 0 5 3 100 0 0 800 1 13 0.5365 0.0000 0.0172 45.600 0.47 6.70 -6.23 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5255 0.4743 0.0003 1 0 0.5272 0.4725 0.0003 1 0 0.5291 0.4706 0.0003
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 413 114 299 59 0 2 0 53 0 0 298 0 1 0.5175 0.0000 0.0033 56.000 0.19 1.26 -1.08 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2938 0.5269 0.1792 1 1 0.2930 0.5249 0.1822 1 1 0.2917 0.5223 0.1860
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 695 152 543 68 0 8 0 76 0 0 540 0 3 0.4474 0.0000 0.0055 18.000 0.15 3.08 -2.93 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1760 0.5519 0.2722 1 1 0.1814 0.5496 0.2690 1 1 0.1886 0.5466 0.2648
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 282 101 181 91 2 3 0 5 0 0 181 0 0 0.9010 0.0000 0.0000 32.333 0.23 2.00 -1.77 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3089 0.6911 0.0000 0 0 0.6479 0.3521 0.0000
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.050 1 -1 1 471 169 302 81 1 5 0 82 0 0 301 0 1 0.4793 0.0000 0.0033 32.800 1.22 2.21 -0.99 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4090 0.5612 0.0298 1 1 0.4130 0.5571 0.0300 1 1 0.4180 0.5518 0.0302
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 3047 717 2330 539 6 163 1 8 6 3 2320 1 0 0.7517 0.0026 0.0043 3.399 1.80 12.38 -10.58 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8308 0.1692 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1073 212 861 72 2 79 0 59 0 0 861 0 0 0.3396 0.0000 0.0000 1.671 1.22 8.61 -7.39 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3980 0.4926 0.1094 1 1 0.3924 0.4934 0.1141 1 1 0.3849 0.4946 0.1205
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 935 255 680 21 3 77 5 149 0 0 680 0 0 0.0824 0.0000 0.0000 2.329 1.48 9.69 -8.22 11 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9895 0.0105
chr11 2445250 A ACGCGCCCAT 0.000730 0.050 1 9 1 542 154 388 65 0 17 0 72 2 0 372 0 14 0.4221 0.0052 0.0412 8.059 0.85 7.99 -7.14 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2444 0.7544 0.0012 1 1 0.2538 0.7450 0.0011 1 1 0.2664 0.7325 0.0011
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 310 89 221 0 0 0 0 89 0 0 221 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 89.000 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 664 218 446 212 1 4 0 1 0 0 446 0 0 0.9725 0.0000 0.0000 53.500 0.20 1.00 -0.80 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9767 0.0233 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000
chr11 4545229 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 392 110 282 56 0 0 1 53 0 0 282 0 0 0.5091 0.0000 0.0000 109.000 1.07 1.19 -0.12 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2594 0.5320 0.2087 1 1 0.2597 0.5295 0.2107 1 1 0.2601 0.5265 0.2133
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 198 81 117 46 0 1 0 34 0 0 115 0 2 0.5679 0.0000 0.0171 80.000 0.15 2.53 -2.38 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3676 0.4957 0.1368 1 1 0.3636 0.4959 0.1405 1 1 0.3582 0.4962 0.1455
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 634 164 470 156 0 6 0 2 0 0 470 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 26.333 0.15 3.00 -2.85 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6610 0.3390 0.0000 0 0 0.9250 0.0750 0.0000 0 0 0.9524 0.0476 0.0000
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 938 270 668 126 0 6 1 137 0 0 668 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 44.000 0.18 1.25 -1.07 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1080 0.5390 0.3530 1 1 0.1125 0.5359 0.3515 1 1 0.1187 0.5321 0.3492
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 817 212 605 101 0 6 0 105 0 0 605 0 0 0.4764 0.0000 0.0000 34.333 0.25 1.23 -0.98 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1779 0.5578 0.2643 1 1 0.1813 0.5534 0.2652 1 1 0.1857 0.5480 0.2663
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1024 223 801 4 0 10 0 209 0 0 785 0 16 0.0179 0.0000 0.0200 21.300 0.25 5.91 -5.66 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7044 0.2956 2 2 0.0000 0.0533 0.9467 2 2 0.0000 0.0197 0.9803
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 710 168 542 3 0 4 1 160 0 0 542 0 0 0.0179 0.0000 0.0000 40.750 0.33 1.69 -1.36 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6956 0.3044 2 2 0.0000 0.1227 0.8773 2 2 0.0000 0.0605 0.9395
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 550 151 399 142 1 5 0 3 0 0 399 0 0 0.9404 0.0000 0.0000 29.200 2.27 20.33 -18.06 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2143 0.7857 0.0000 0 0 0.8210 0.1790 0.0000 0 0 0.9099 0.0901 0.0000
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1312 313 999 2 0 22 0 289 0 0 991 1 7 0.0064 0.0000 0.0080 13.227 0.50 4.42 -3.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 376 85 291 2 0 2 0 81 0 0 290 0 1 0.0235 0.0000 0.0034 41.500 0.00 1.23 -1.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7675 0.2325 2 2 0.0000 0.3346 0.6654 2 2 0.0000 0.2275 0.7725
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 906 303 603 250 4 44 0 5 0 0 603 0 0 0.8251 0.0000 0.0000 5.864 4.57 11.40 -6.83 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1454 0.8546 0.0000 0 0 0.9488 0.0512 0.0000 0 0 0.9856 0.0144 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 758 134 624 0 0 19 1 114 0 0 590 0 34 0.0000 0.0000 0.0545 6.000 9.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0231 0.9769 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 261 147 114 0 0 14 2 131 0 0 113 1 0 0.0000 0.0000 0.0088 9.500 3.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0332 0.9668 2 2 0.0000 0.0354 0.9646 2 2 0.0000 0.0387 0.9613
chr11 10580532 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 80 46 34 41 0 3 0 2 0 0 34 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 14.333 0.10 3.00 -2.90 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0969 0.9031 0.0000 0 1 0.4196 0.5804 0.0000 0 0 0.5596 0.4404 0.0000
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 585 145 440 0 4 40 1 100 0 0 431 1 8 0.0000 0.0000 0.0205 2.625 8.29 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9624 0.0376 2 2 0.0000 0.4697 0.5303 2 2 0.0000 0.2358 0.7642
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 585 145 440 4 0 51 0 90 0 0 431 1 8 0.0276 0.0000 0.0205 1.843 3.25 8.67 -5.42 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9824 0.0176 2 1 0.0000 0.5532 0.4468 2 2 0.0000 0.2886 0.7114
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 777 231 546 130 0 11 0 90 0 0 542 0 4 0.5628 0.0000 0.0073 20.000 0.16 3.89 -3.73 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6794 0.3013 0.0193 1 0 0.6676 0.3106 0.0218 1 0 0.6514 0.3232 0.0255
chr11 49208393 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 273 113 160 54 0 2 0 57 0 0 160 0 0 0.4779 0.0000 0.0000 55.500 0.43 2.81 -2.38 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1999 0.5311 0.2690 1 1 0.2022 0.5288 0.2690 1 1 0.2053 0.5258 0.2689
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1072 243 829 0 0 4 1 238 0 0 824 0 5 0.0000 0.0000 0.0060 59.500 2.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr11 59863993 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 230 92 138 53 0 0 0 39 0 0 138 0 0 0.5761 0.0000 0.0000 92.000 0.04 1.28 -1.24 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4218 0.4725 0.1057 1 1 0.4158 0.4743 0.1099 1 1 0.4078 0.4766 0.1156
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 228 84 144 69 0 12 0 3 0 0 144 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 6.000 0.29 4.00 -3.71 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0407 0.9593 0.0000 0 1 0.4251 0.5749 0.0000 0 0 0.6316 0.3684 0.0000
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 3 316 77 239 30 1 19 0 27 0 0 239 0 0 0.3896 0.0000 0.0000 3.167 0.33 6.33 -6.00 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2909 0.5128 0.1964 1 1 0.2897 0.5118 0.1985 1 1 0.2880 0.5106 0.2014
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 205 87 118 37 2 11 0 37 0 0 114 0 4 0.4253 0.0000 0.0339 6.909 0.41 3.78 -3.38 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2149 0.5232 0.2619 1 1 0.2166 0.5214 0.2620 1 1 0.2188 0.5192 0.2620
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 985 174 811 0 0 36 1 137 0 0 735 0 76 0.0000 0.0000 0.0937 3.833 7.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1136 236 900 59 0 119 1 57 1 0 870 1 28 0.2500 0.0011 0.0333 0.983 0.90 9.49 -8.59 17 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0408 0.3708 0.5884 1 2 0.0444 0.3780 0.5776 1 2 0.0495 0.3875 0.5630
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 1112 367 745 285 1 77 0 4 0 1 744 0 0 0.7766 0.0000 0.0013 3.766 0.19 10.50 -10.31 115 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6651 0.3349 0.0000 0 0 0.9879 0.0121 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 893 258 635 245 0 1 1 11 0 0 634 1 0 0.9496 0.0000 0.0016 257.000 0.27 2.00 -1.73 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1157 0.8843 0.0000 0 0 0.7934 0.2066 0.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 757 163 594 5 0 19 1 138 0 0 593 1 0 0.0307 0.0000 0.0017 7.579 0.60 3.42 -2.82 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 2 0.0000 0.4716 0.5284 2 2 0.0000 0.1827 0.8173
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 318 123 195 59 0 4 0 60 0 0 191 0 4 0.4797 0.0000 0.0205 29.750 0.20 17.00 -16.80 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1781 0.5300 0.2920 1 1 0.1811 0.5277 0.2912 1 1 0.1850 0.5249 0.2902
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1014 306 708 16 0 33 4 253 0 0 708 0 0 0.0523 0.0000 0.0000 8.273 0.12 3.20 -3.07 12 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9872 0.0128 2 2 0.0000 0.4464 0.5536
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1176 304 872 2 21 57 16 208 0 0 871 0 1 0.0066 0.0000 0.0011 4.055 1.50 11.02 -9.52 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9423 0.0577 2 2 0.0000 0.2785 0.7215 2 2 0.0000 0.0860 0.9140
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 735 228 507 1 1 39 0 187 0 0 502 1 4 0.0044 0.0000 0.0099 4.846 0.00 9.39 -9.39 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0616 0.9384 2 2 0.0000 0.0234 0.9766 2 2 0.0000 0.0181 0.9819
chr11 118557032 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 185 61 124 28 0 6 0 27 0 0 124 0 0 0.4590 0.0000 0.0000 9.167 0.21 2.96 -2.75 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2537 0.5165 0.2298 1 1 0.2539 0.5152 0.2309 1 1 0.2541 0.5137 0.2322
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 387 129 258 61 2 11 1 54 0 0 258 0 0 0.4729 0.0000 0.0000 10.636 0.21 5.70 -5.49 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3298 0.5178 0.1525 1 1 0.3276 0.5164 0.1560 1 1 0.3246 0.5147 0.1608
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 295 89 206 84 0 1 0 4 0 0 206 0 0 0.9438 0.0000 0.0000 88.000 1.46 1.75 -0.29 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 0 0 0.5851 0.4149 0.0000 0 0 0.8121 0.1879 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 295 108 187 59 0 0 0 49 0 0 186 0 1 0.5463 0.0000 0.0053 108.000 1.59 1.86 -0.26 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2953 0.5292 0.1755 1 1 0.2924 0.5278 0.1799 1 1 0.2885 0.5259 0.1857
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 526 130 396 49 3 23 0 55 0 0 391 0 5 0.3769 0.0000 0.0126 4.652 0.12 3.00 -2.88 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1747 0.5275 0.2978 1 1 0.1787 0.5258 0.2955 1 1 0.1840 0.5238 0.2922
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 440 146 294 0 0 35 9 102 0 0 293 0 1 0.0000 0.0000 0.0034 3.171 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0480 0.9520 2 2 0.0000 0.0517 0.9483
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 249 84 165 0 0 4 0 80 0 0 162 0 3 0.0000 0.0000 0.0182 20.000 4.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1089 0.8911 2 2 0.0000 0.1130 0.8870 2 2 0.0000 0.1189 0.8811
chr12 10723069 G GGGT 0.002430 0.050 1 3 1 303 109 194 90 5 12 0 2 0 0 194 0 0 0.8257 0.0000 0.0000 8.818 0.38 3.50 -3.12 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9943 0.0057 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 678 195 483 75 0 41 0 79 0 0 480 0 3 0.3846 0.0000 0.0062 3.756 0.05 7.86 -7.81 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3501 0.6227 0.0272 1 1 0.3564 0.6166 0.0269 1 1 0.3647 0.6087 0.0266
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 285 149 136 5 0 9 4 131 0 0 136 0 0 0.0336 0.0000 0.0000 15.556 0.00 4.00 -4.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9822 0.0178 2 2 0.0000 0.3225 0.6775 2 2 0.0000 0.1062 0.8938
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 485 111 374 51 0 1 1 58 0 0 372 0 2 0.4595 0.0000 0.0053 109.000 0.76 2.03 -1.27 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2748 0.5998 0.1254 1 1 0.2809 0.5956 0.1235 1 1 0.2889 0.5901 0.1210
chr12 40487719 AGGACTATCAGCTGGGGTGACAGGGACAACTGGACCATCAGCTGGAATAGCAGGTACAAAT A 0.001206 0.050 1 -60 1 2738 576 2162 286 6 147 5 132 18 21 2065 4 54 0.4965 0.0083 0.0449 2.918 3.65 4.34 -0.69 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.9975 0.0025 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1530 284 1246 95 2 110 1 76 2 1 1195 1 47 0.3345 0.0016 0.0409 1.573 0.98 5.22 -4.24 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0425 0.4038 0.5537 1 2 0.0460 0.4087 0.5453 1 2 0.0511 0.4152 0.5337
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1012 226 786 107 1 3 0 115 0 0 786 0 0 0.4735 0.0000 0.0000 74.333 1.03 1.23 -0.21 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2582 0.6057 0.1361 1 1 0.2645 0.5998 0.1357 1 1 0.2727 0.5921 0.1351
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 975 213 762 106 2 15 1 89 0 0 761 0 1 0.4977 0.0000 0.0013 13.200 0.81 12.57 -11.76 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4562 0.4698 0.0740 1 1 0.4510 0.4710 0.0780 1 1 0.4440 0.4725 0.0835
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1106 282 824 207 3 65 0 7 0 0 824 0 0 0.7340 0.0000 0.0000 3.308 0.29 13.57 -13.29 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0404 0.9596 0.0000 0 0 0.9701 0.0299 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr12 53290469 G GGT 0.000115 0.050 1 2 1 362 84 278 42 0 4 0 38 0 0 277 0 1 0.5000 0.0000 0.0036 20.000 0.10 2.21 -2.12 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5123 0.4877 0.0000 1 0 0.5127 0.4872 0.0000 1 0 0.5132 0.4868 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 365 81 284 37 0 1 0 43 0 0 283 0 1 0.4568 0.0000 0.0035 80.000 0.22 1.30 -1.09 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2433 0.5450 0.2116 1 1 0.2475 0.5429 0.2096 1 1 0.2530 0.5402 0.2068
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 346 101 245 98 0 0 0 3 0 0 245 0 0 0.9703 0.0000 0.0000 101.000 0.10 1.00 -0.90 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1162 0.8838 0.0000 0 0 0.6893 0.3107 0.0000 0 0 0.8342 0.1658 0.0000
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 508 110 398 66 0 0 0 44 0 0 395 0 3 0.6000 0.0000 0.0075 110.000 0.39 3.93 -3.54 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6886 0.3108 0.0006 1 0 0.6830 0.3163 0.0007 1 0 0.6755 0.3238 0.0007
chr12 56423649 T TTCC 0.001008 0.050 1 3 1 558 153 405 71 1 21 0 60 0 0 405 0 0 0.4641 0.0000 0.0000 6.286 0.04 3.60 -3.56 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6057 0.3941 0.0002 1 0 0.6032 0.3966 0.0002 1 0 0.5996 0.4002 0.0002
chr12 57225404 T TGGC 0.004341 0.050 1 3 1 575 158 417 148 0 5 0 5 0 0 417 0 0 0.9367 0.0000 0.0000 30.600 1.66 4.00 -2.34 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7306 0.2694 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 409 114 295 52 0 0 0 62 0 0 292 0 3 0.4561 0.0000 0.0102 114.000 1.08 3.63 -2.55 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1399 0.5158 0.3442 1 1 0.1450 0.5157 0.3394 1 1 0.1517 0.5154 0.3328
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 129 57 72 30 0 2 0 25 0 0 72 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 27.500 0.10 3.20 -3.10 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3645 0.4958 0.1397 1 1 0.3627 0.4956 0.1417 1 1 0.3603 0.4953 0.1443
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1109 309 800 0 0 26 3 280 0 0 795 0 5 0.0000 0.0000 0.0063 10.885 3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 462 135 327 50 4 29 0 52 0 0 327 0 0 0.3704 0.0000 0.0000 3.655 0.64 3.75 -3.11 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2575 0.5311 0.2114 1 1 0.2579 0.5288 0.2133 1 1 0.2584 0.5258 0.2158
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 462 135 327 60 41 30 0 4 0 0 327 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 3.500 1.48 6.25 -4.77 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 1 0.4546 0.5454 0.0000 0 0 0.7176 0.2824 0.0000
chr12 106247620 TGCCGCCGCC T 0.500000 0.050 1 -9 2 461 82 379 31 1 6 1 43 1 1 374 1 2 0.3780 0.0026 0.0132 12.667 3.35 9.58 -6.23 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1145 0.4772 0.4084 1 1 0.1186 0.4787 0.4028 1 1 0.1241 0.4806 0.3953
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 450 123 327 0 0 7 2 114 0 0 325 0 2 0.0000 0.0000 0.0061 16.571 4.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1699 386 1313 174 5 82 7 118 2 0 1283 0 28 0.4508 0.0015 0.0228 3.622 0.86 4.99 -4.14 72 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5540 0.4119 0.0341 1 0 0.5466 0.4159 0.0374 1 0 0.5363 0.4214 0.0423
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1658 575 1083 475 3 93 1 3 3 14 1062 0 4 0.8261 0.0028 0.0194 5.217 1.09 10.33 -9.24 139 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5283 0.4717 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 331 134 197 61 2 13 1 57 0 0 196 0 1 0.4552 0.0000 0.0051 10.000 0.52 3.61 -3.09 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2780 0.5325 0.1895 1 1 0.2778 0.5300 0.1922 1 1 0.2774 0.5270 0.1956
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 573 162 411 154 0 6 0 2 0 0 410 0 1 0.9506 0.0000 0.0024 26.000 0.17 9.00 -8.83 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2646 0.7354 0.0000 0 0 0.8574 0.1426 0.0000 0 0 0.9293 0.0707 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 742 213 529 7 73 47 8 78 0 0 527 0 2 0.0329 0.0000 0.0038 3.489 2.86 4.38 -1.53 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1298 0.5206 0.3496 1 1 0.1339 0.5189 0.3472 1 1 0.1394 0.5169 0.3437
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 190 111 79 0 0 0 0 111 0 0 79 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 111.000 2.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0653 0.9347
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 208 83 125 40 1 13 0 29 0 0 125 0 0 0.4819 0.0000 0.0000 5.385 0.57 5.97 -5.39 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4014 0.4785 0.1202 1 1 0.3959 0.4799 0.1242 1 1 0.3886 0.4818 0.1296
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 464 102 362 38 23 10 6 25 0 0 361 0 1 0.3725 0.0000 0.0028 8.000 1.03 4.48 -3.45 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6148 0.3459 0.0393 1 0 0.6026 0.3546 0.0428 1 0 0.5861 0.3660 0.0479
chr12 121420274 AGAT A 0.500000 0.050 1 -3 2 182 53 129 50 0 1 0 2 0 0 129 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 52.000 0.20 3.00 -2.80 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1186 0.8814 0.0000 0 1 0.4744 0.5256 0.0000 0 0 0.6119 0.3881 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 368 114 254 0 0 5 2 107 0 0 250 0 4 0.0000 0.0000 0.0157 21.600 5.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0552 0.9448 2 2 0.0000 0.0582 0.9418 2 2 0.0000 0.0626 0.9374
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 317 62 255 3 0 5 0 54 0 0 240 0 15 0.0484 0.0000 0.0588 11.400 0.33 13.20 -12.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9594 0.0406 2 1 0.0000 0.5749 0.4251 2 2 0.0000 0.3684 0.6316
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 621 182 439 159 2 14 1 6 0 0 439 0 0 0.8736 0.0000 0.0000 11.857 1.10 2.00 -0.90 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.4531 0.5469 0.0000 0 0 0.8163 0.1837 0.0000
chr12 122995576 TGCCACCACC T 0.500000 0.050 1 -9 1 405 160 245 143 1 8 0 8 0 0 244 0 1 0.8938 0.0000 0.0041 18.875 0.35 9.00 -8.65 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0780 0.9220 0.0000 0 0 0.5242 0.4758 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 661 179 482 6 0 24 0 149 0 0 459 0 23 0.0335 0.0000 0.0477 6.458 0.33 7.87 -7.54 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 2 0.0000 0.4416 0.5584 2 2 0.0000 0.1309 0.8691
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 235 109 126 39 0 31 0 39 0 0 124 1 1 0.3578 0.0000 0.0159 2.516 0.44 3.21 -2.77 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2149 0.5232 0.2619 1 1 0.2166 0.5214 0.2619 1 1 0.2188 0.5192 0.2619
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 203 63 140 34 1 5 1 22 0 0 137 0 3 0.5397 0.0000 0.0214 11.200 1.38 3.82 -2.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3584 0.4944 0.1472 1 1 0.3545 0.4948 0.1507 1 1 0.3494 0.4953 0.1553
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 234 74 160 0 0 4 0 70 0 0 149 0 11 0.0000 0.0000 0.0688 17.500 8.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1152 0.8848 2 2 0.0000 0.1195 0.8805 2 2 0.0000 0.1255 0.8745
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 723 180 543 6 14 70 6 84 0 0 536 0 7 0.0333 0.0000 0.0129 1.618 0.83 3.82 -2.99 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.9397 0.0603
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 780 197 583 0 0 36 2 159 0 0 573 0 10 0.0000 0.0000 0.0172 4.472 6.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0174 0.9826
chr13 27924562 T TGCC 0.002235 0.050 1 3 1 553 128 425 61 0 17 0 50 0 0 420 0 5 0.4766 0.0000 0.0118 6.529 0.23 3.10 -2.87 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5377 0.4616 0.0007 1 0 0.5376 0.4618 0.0007 1 0 0.5372 0.4621 0.0007
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 187 65 122 59 0 2 0 4 0 0 122 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 31.500 0.44 5.25 -4.81 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1354 0.8646 0.0000 0 0 0.8781 0.1219 0.0000 0 0 0.9577 0.0423 0.0000
chr13 45465068 A AGGC 0.000221 0.050 1 3 1 313 118 195 66 1 2 2 47 0 0 192 0 3 0.5593 0.0000 0.0154 57.500 0.12 2.91 -2.79 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6498 0.3502 0.0000 1 0 0.6456 0.3544 0.0000 1 0 0.6399 0.3601 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 571 184 387 100 0 4 0 80 0 0 386 0 1 0.5435 0.0000 0.0026 45.000 0.42 13.35 -12.93 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4861 0.4478 0.0660 1 0 0.4795 0.4504 0.0700 1 0 0.4705 0.4539 0.0756
chr13 71866526 TGCC T 0.001361 0.050 1 -3 1 669 170 499 67 2 39 1 61 0 0 499 0 0 0.3941 0.0000 0.0000 3.359 1.07 3.66 -2.58 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5402 0.4594 0.0004 1 0 0.5401 0.4595 0.0004 1 0 0.5398 0.4598 0.0004
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 486 151 335 67 2 23 1 58 0 1 334 0 0 0.4437 0.0000 0.0030 5.522 2.79 6.52 -3.73 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5940 0.4056 0.0004 1 0 0.5918 0.4077 0.0004 1 0 0.5888 0.4108 0.0004
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 722 98 624 0 0 9 0 89 0 1 615 0 8 0.0000 0.0000 0.0144 9.889 4.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 446 92 354 41 10 39 0 2 0 4 349 0 1 0.4457 0.0000 0.0141 1.359 3.37 7.50 -4.13 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0274 0.9726 0.0000 0 1 0.3308 0.6692 0.0000 0 0 0.5375 0.4625 0.0000
chr13 99970578 GGGCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 528 112 416 91 7 10 0 4 1 0 414 1 0 0.8125 0.0024 0.0048 9.900 1.70 6.75 -5.05 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 1 0.4157 0.5843 0.0000 0 0 0.6872 0.3128 0.0000
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 636 139 497 62 0 18 1 58 0 0 489 1 7 0.4460 0.0000 0.0161 6.722 1.50 7.38 -5.88 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1777 0.5319 0.2905 1 1 0.1807 0.5295 0.2899 1 1 0.1846 0.5264 0.2889
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 280 90 190 32 0 6 0 52 0 0 190 0 0 0.3556 0.0000 0.0000 14.000 0.97 5.38 -4.42 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0705 0.4200 0.5095 1 2 0.0747 0.4251 0.5002 1 2 0.0805 0.4316 0.4878
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 258 85 173 14 1 8 1 61 0 0 170 1 2 0.1647 0.0000 0.0173 9.500 1.29 11.10 -9.81 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0031 0.5644 0.4325 2 1 0.0000 0.9957 0.0042 2 1 0.0000 0.9771 0.0229
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 258 86 172 5 0 21 1 59 0 0 169 0 3 0.0581 0.0000 0.0174 3.095 2.20 11.29 -9.09 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.8551 0.1449 2 1 0.0000 0.5841 0.4159
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 418 100 318 3 1 5 0 91 0 0 318 0 0 0.0300 0.0000 0.0000 18.800 0.00 4.25 -4.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9415 0.0585 2 2 0.0000 0.4764 0.5236 2 2 0.0000 0.2796 0.7204
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 563 103 460 0 0 4 1 98 0 0 456 0 4 0.0000 0.0000 0.0087 24.750 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1240 296 944 182 0 9 0 105 0 0 944 0 0 0.6149 0.0000 0.0000 31.889 0.96 1.83 -0.87 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8934 0.1054 0.0012 1 0 0.8812 0.1172 0.0016 1 0 0.8630 0.1347 0.0023
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 824 229 595 98 0 21 0 110 0 0 595 0 0 0.4279 0.0000 0.0000 9.905 0.32 1.15 -0.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1255 0.5347 0.3398 1 1 0.1303 0.5325 0.3372 1 1 0.1368 0.5297 0.3334
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 497 159 338 156 0 2 0 1 0 0 337 0 1 0.9811 0.0000 0.0030 78.500 0.62 22.00 -21.38 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7219 0.2781 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000 0 0 0.9641 0.0359 0.0000
chr14 20197747 C CA 0.001620 0.050 1 1 2 367 88 279 49 0 2 0 37 0 0 279 0 0 0.5568 0.0000 0.0000 43.000 1.22 1.95 -0.72 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6191 0.3806 0.0003 1 0 0.6156 0.3841 0.0003 1 0 0.6108 0.3889 0.0003
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 382 82 300 43 2 5 0 32 0 0 298 0 2 0.5244 0.0000 0.0067 15.400 0.33 1.06 -0.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2548 0.5441 0.2010 1 1 0.2508 0.5429 0.2063 1 1 0.2455 0.5412 0.2134
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 501 129 372 64 0 15 0 50 0 0 370 0 2 0.4961 0.0000 0.0054 7.600 0.22 3.06 -2.84 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5019 0.4402 0.0579 1 0 0.4979 0.4420 0.0601 1 0 0.4924 0.4445 0.0631
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 446 109 337 0 0 15 0 94 0 0 337 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.267 5.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1956 0.8044 2 2 0.0000 0.2031 0.7969 2 2 0.0000 0.2139 0.7861
chr14 23079574 A AGAACGTGAACGT 0.001238 0.050 1 12 1 446 109 337 0 0 96 1 12 0 0 337 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.128 2.83 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.9971 0.0029 2 1 0.0000 0.9972 0.0028
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 537 158 379 78 0 12 2 66 0 0 379 0 0 0.4937 0.0000 0.0000 12.167 0.67 3.82 -3.15 24 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5551 0.4313 0.0136 1 0 0.5535 0.4324 0.0141 1 0 0.5512 0.4341 0.0147
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 642 176 466 168 1 6 0 1 0 0 466 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 28.167 0.33 5.00 -4.67 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8806 0.1194 0.0000 0 0 0.9460 0.0540 0.0000 0 0 0.9544 0.0456 0.0000
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 638 173 465 168 0 2 2 1 0 0 465 0 0 0.9711 0.0000 0.0000 169.000 0.33 5.00 -4.67 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8400 0.1600 0.0000 0 0 0.9288 0.0712 0.0000 0 0 0.9417 0.0583 0.0000
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 298 47 251 2 0 4 4 37 0 0 250 0 1 0.0426 0.0000 0.0040 10.500 0.00 3.38 -3.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9382 0.0618 2 1 0.0000 0.6927 0.3073 2 1 0.0000 0.5620 0.4380
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.050 1 1 2 280 87 193 57 0 2 0 28 0 0 193 0 0 0.6552 0.0000 0.0000 42.500 0.12 1.14 -1.02 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7806 0.2171 0.0023 1 0 0.7722 0.2252 0.0025 1 0 0.7608 0.2363 0.0029
chr14 24208137 TACG T 0.003500 0.050 1 -3 2 343 84 259 45 0 2 0 37 0 0 259 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 41.000 0.44 3.08 -2.64 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5719 0.4272 0.0009 1 0 0.5700 0.4290 0.0009 1 0 0.5674 0.4316 0.0010
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 268 63 205 2 0 1 0 60 0 0 204 0 1 0.0317 0.0000 0.0049 62.000 0.00 1.20 -1.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9844 0.0156 2 1 0.0000 0.9061 0.0939 2 1 0.0000 0.8480 0.1520
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 385 101 284 6 0 19 0 76 0 0 278 0 6 0.0594 0.0000 0.0211 4.316 0.00 3.49 -3.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9509 0.0491 2 1 0.0000 0.7761 0.2239
chr14 24507398 AT A 0.000090 0.050 1 -1 2 189 76 113 41 1 0 0 34 0 0 112 0 1 0.5395 0.0000 0.0088 76.000 0.29 1.03 -0.74 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5612 0.4388 0.0000 1 0 0.5597 0.4403 0.0000 1 0 0.5576 0.4424 0.0000
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.050 1 24 1 312 69 243 13 0 38 0 18 0 0 238 0 5 0.1884 0.0000 0.0206 0.816 0.46 7.56 -7.09 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2694 0.5663 0.1643 1 1 0.2745 0.5643 0.1612 1 1 0.2813 0.5616 0.1571
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 704 143 561 2 0 22 1 118 0 0 550 0 11 0.0140 0.0000 0.0196 5.500 0.00 6.91 -6.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1716 0.8284 2 2 0.0000 0.0311 0.9689 2 2 0.0000 0.0191 0.9809
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 688 163 525 56 1 25 2 79 1 1 521 0 2 0.3436 0.0019 0.0076 5.480 0.80 6.24 -5.44 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0141 0.3002 0.6857 1 2 0.0153 0.3068 0.6779 1 2 0.0170 0.3158 0.6672
chr14 77027304 AGCG A 0.024120 0.050 1 -3 1 475 135 340 52 4 25 6 48 1 0 339 0 0 0.3852 0.0029 0.0029 5.000 2.15 4.27 -2.12 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5010 0.4904 0.0086 1 0 0.5017 0.4895 0.0088 1 0 0.5025 0.4885 0.0089
chr14 77027418 TTGC T 0.008855 0.050 1 -3 1 514 118 396 2 10 27 31 48 0 0 393 3 0 0.0169 0.0000 0.0076 3.154 0.50 4.31 -3.81 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 1 0.0000 0.9870 0.0130
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 515 119 396 3 0 62 9 45 0 0 393 0 3 0.0252 0.0000 0.0076 0.932 0.33 5.51 -5.18 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.7597 0.2403 2 1 0.0000 0.5731 0.4269
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 479 162 317 0 0 17 1 144 0 1 316 0 0 0.0000 0.0000 0.0032 8.529 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 2 2 0.0000 0.0162 0.9838 2 2 0.0000 0.0178 0.9822
chr14 94469278 AC A 0.002528 0.050 1 -1 1 466 124 342 68 1 1 0 54 0 0 341 0 1 0.5484 0.0000 0.0029 123.000 0.38 1.13 -0.75 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6311 0.3685 0.0004 1 0 0.6275 0.3720 0.0004 1 0 0.6227 0.3769 0.0004
chr14 102930656 C CGCCGGG 0.008312 0.050 1 6 2 515 108 407 53 0 10 0 45 0 0 405 0 2 0.4907 0.0000 0.0049 9.800 1.04 5.53 -4.50 11 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5401 0.4574 0.0025 1 0 0.5395 0.4579 0.0026 1 0 0.5386 0.4588 0.0026
chr14 103127080 T TGGC 0.001756 0.050 1 3 1 423 150 273 60 3 21 1 65 0 0 271 0 2 0.4000 0.0000 0.0073 6.450 0.95 3.71 -2.76 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4036 0.5953 0.0011 1 1 0.4086 0.5903 0.0011 1 1 0.4150 0.5839 0.0011
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 234 66 168 0 0 8 0 58 0 0 162 0 6 0.0000 0.0000 0.0357 7.250 8.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2057 0.7943 2 2 0.0000 0.2110 0.7890 2 2 0.0000 0.2184 0.7816
chr14 105399471 G GA 0.001351 0.050 1 1 3 159 61 98 59 0 0 0 2 0 0 98 0 0 0.9672 0.0000 0.0000 61.000 0.19 1.00 -0.81 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9922 0.0078 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 410 114 296 58 1 19 1 35 0 1 295 0 0 0.5088 0.0000 0.0034 5.000 0.53 3.69 -3.15 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6630 0.3138 0.0232 1 0 0.6539 0.3211 0.0251 1 0 0.6415 0.3307 0.0277
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 321 88 233 45 2 4 1 36 0 0 232 0 1 0.5114 0.0000 0.0043 20.750 1.80 4.53 -2.73 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4888 0.4527 0.0585 1 0 0.4860 0.4539 0.0601 1 0 0.4820 0.4557 0.0623
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 606 95 511 0 0 3 1 91 0 6 442 46 17 0.0000 0.0000 0.1350 30.333 4.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1823 507 1316 0 0 11 3 493 0 0 1293 7 16 0.0000 0.0000 0.0175 45.000 3.88 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 1103 290 813 159 0 26 2 103 3 1 784 2 23 0.5483 0.0037 0.0357 10.520 2.33 15.59 -13.26 89 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7769 0.2229 0.0002 1 0 0.7708 0.2291 0.0002 1 0 0.7622 0.2376 0.0002
chr15 31229302 C CG 0.001240 0.050 1 1 2 231 89 142 24 55 7 0 3 0 0 142 0 0 0.2697 0.0000 0.0000 4.429 2.00 5.33 -3.33 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9772 0.0228 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 231 89 142 23 4 6 9 47 0 0 142 0 0 0.2584 0.0000 0.0000 12.500 1.22 1.53 -0.31 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0696 0.4398 0.4906 1 2 0.0752 0.4477 0.4771 1 2 0.0832 0.4577 0.4591
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 682 157 525 0 0 23 2 132 0 0 522 1 2 0.0000 0.0000 0.0057 5.826 4.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0172 0.9828
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.050 1 -9 2 409 160 249 86 1 37 0 36 0 1 246 1 1 0.5375 0.0000 0.0120 3.324 0.48 7.94 -7.47 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8970 0.1020 0.0010 1 0 0.8889 0.1099 0.0012 1 0 0.8773 0.1211 0.0015
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 454 180 274 3 0 5 0 172 0 0 273 0 1 0.0167 0.0000 0.0036 35.000 1.33 2.13 -0.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7754 0.2246 2 2 0.0000 0.1730 0.8270 2 2 0.0000 0.0884 0.9116
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 444 134 310 76 0 7 0 51 0 0 308 0 2 0.5672 0.0000 0.0065 18.143 0.24 5.25 -5.02 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6086 0.3563 0.0350 1 0 0.5998 0.3625 0.0377 1 0 0.5878 0.3708 0.0414
chr15 42690384 GGCA G 0.000425 0.050 1 -3 2 774 196 578 91 0 7 0 98 0 0 572 0 6 0.4643 0.0000 0.0104 27.000 0.13 3.10 -2.97 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2926 0.7070 0.0005 1 1 0.3015 0.6980 0.0004 1 1 0.3133 0.6863 0.0004
chr15 43366217 CCCT C 0.002275 0.050 1 -3 1 454 129 325 64 0 2 0 63 0 0 321 0 4 0.4961 0.0000 0.0123 63.500 0.16 2.95 -2.80 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4224 0.5763 0.0013 1 1 0.4268 0.5719 0.0013 1 1 0.4323 0.5664 0.0013
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 257 126 131 66 0 1 0 59 0 0 129 0 2 0.5238 0.0000 0.0153 125.000 0.30 3.27 -2.97 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2443 0.5422 0.2136 1 1 0.2436 0.5394 0.2170 1 1 0.2425 0.5359 0.2216
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 459 114 345 4 0 5 6 99 0 0 343 0 2 0.0351 0.0000 0.0058 21.800 0.50 3.90 -3.40 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9699 0.0301 2 2 0.0000 0.4187 0.5813 2 2 0.0000 0.1917 0.8083
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 672 132 540 73 0 3 1 55 0 0 536 1 3 0.5530 0.0000 0.0074 43.000 2.60 5.49 -2.89 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6112 0.3854 0.0034 1 0 0.6081 0.3883 0.0036 1 0 0.6039 0.3923 0.0038
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 423 86 337 48 0 12 0 26 0 0 335 0 2 0.5581 0.0000 0.0059 6.167 0.06 13.31 -13.25 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6514 0.3277 0.0209 1 0 0.6437 0.3340 0.0223 1 0 0.6332 0.3425 0.0243
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 351 130 221 126 0 2 0 2 0 0 221 0 0 0.9692 0.0000 0.0000 64.000 0.38 3.00 -2.62 68 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6968 0.3032 0.0000 0 0 0.9369 0.0631 0.0000 0 0 0.9610 0.0390 0.0000
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 1148 315 833 126 14 65 3 107 0 0 832 0 1 0.4000 0.0000 0.0012 3.815 0.40 2.88 -2.47 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7346 0.2608 0.0045 1 0 0.7279 0.2670 0.0050 1 0 0.7187 0.2756 0.0057
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 834 205 629 18 5 101 9 72 0 0 617 0 12 0.0878 0.0000 0.0191 1.645 1.72 14.10 -12.38 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9968 0.0032
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 827 191 636 12 4 22 4 149 0 0 635 0 1 0.0628 0.0000 0.0016 8.300 1.17 11.24 -10.07 8 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.7349 0.2651
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 366 116 250 0 0 6 0 110 0 0 241 1 8 0.0000 0.0000 0.0360 18.333 6.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968530 CT C 0.000805 0.050 1 -1 1 307 101 206 50 0 1 1 49 0 0 206 0 0 0.4950 0.0000 0.0000 100.000 0.42 1.12 -0.70 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4692 0.5305 0.0004 1 1 0.4715 0.5282 0.0004 1 1 0.4743 0.5253 0.0004
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 58 25 33 20 0 0 0 5 0 0 33 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 25.000 0.35 1.20 -0.85 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5248 0.4471 0.0280 0 1 0.3728 0.6125 0.0147 0 0 0.5248 0.4718 0.0034
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 327 99 228 54 0 1 0 44 0 0 226 0 2 0.5455 0.0000 0.0088 98.000 1.09 3.14 -2.04 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4313 0.4789 0.0898 1 1 0.4289 0.4790 0.0920 1 1 0.4256 0.4793 0.0951
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 279 84 195 0 0 0 0 84 0 0 187 0 8 0.0000 0.0000 0.0410 84.000 15.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5016 0.4984 2 1 0.0000 0.5131 0.4869 2 1 0.0000 0.5290 0.4710
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 889 206 683 0 0 4 2 200 0 0 682 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 50.250 1.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0223 0.9777 2 2 0.0000 0.0246 0.9754 2 2 0.0000 0.0282 0.9718
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 448 90 358 0 0 2 0 88 0 0 357 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 44.000 6.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 448 90 358 0 0 2 0 88 0 0 357 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 44.000 6.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 225 81 144 41 0 4 0 36 1 0 142 0 1 0.5062 0.0069 0.0139 19.250 0.29 3.28 -2.99 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5223 0.4659 0.0118 1 0 0.5216 0.4663 0.0120 1 0 0.5207 0.4670 0.0123
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 410 89 321 53 0 4 0 32 0 0 320 0 1 0.5955 0.0000 0.0031 21.250 0.40 2.91 -2.51 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4373 0.4668 0.0958 1 1 0.4280 0.4708 0.1012 1 1 0.4155 0.4759 0.1086
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 1599 394 1205 162 1 117 1 113 0 0 1184 1 20 0.4112 0.0000 0.0174 2.368 1.25 4.94 -3.68 94 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7150 0.2811 0.0039 1 0 0.7095 0.2862 0.0043 1 0 0.7018 0.2933 0.0049
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 179 55 124 0 0 3 0 52 0 0 123 0 1 0.0000 0.0000 0.0081 17.333 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr16 21141362 GCTT G 0.000250 0.050 1 -3 1 206 79 127 41 0 4 0 34 0 0 127 0 0 0.5190 0.0000 0.0000 18.750 0.20 2.85 -2.66 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5632 0.4368 0.0001 1 0 0.5616 0.4383 0.0001 1 0 0.5594 0.4405 0.0001
chr16 28593494 G GT 0.000605 0.050 1 1 3 503 131 372 70 0 1 2 58 0 0 372 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 129.000 0.40 1.36 -0.96 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5855 0.4144 0.0001 1 0 0.5836 0.4162 0.0001 1 0 0.5811 0.4188 0.0001
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 145 69 76 67 0 0 0 2 0 0 76 0 0 0.9710 0.0000 0.0000 69.000 0.33 2.00 -1.67 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1795 0.8205 0.0000 0 0 0.5805 0.4195 0.0000 0 0 0.7038 0.2962 0.0000
chr16 51141732 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 981 233 748 102 5 32 5 89 1 0 743 0 4 0.4378 0.0013 0.0067 6.094 0.76 3.09 -2.33 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3316 0.5361 0.1323 1 1 0.3302 0.5333 0.1364 1 1 0.3281 0.5299 0.1420
chr16 67195890 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 477 202 275 88 0 48 1 65 0 0 270 0 5 0.4356 0.0000 0.0182 3.188 0.75 5.78 -5.03 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4475 0.4691 0.0834 1 1 0.4414 0.4709 0.0878 1 1 0.4330 0.4733 0.0937
chr16 67195890 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 477 202 275 88 9 42 7 56 0 1 269 0 5 0.4356 0.0000 0.0218 3.714 0.75 5.55 -4.80 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6104 0.3550 0.0346 1 0 0.5992 0.3628 0.0380 1 0 0.5840 0.3732 0.0428
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1138 335 803 4 0 56 13 262 0 0 797 0 6 0.0119 0.0000 0.0075 4.982 0.75 3.35 -2.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3651 0.6349 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0053 0.9947
chr16 69330122 AGGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 605 184 421 175 2 3 0 4 0 0 421 0 0 0.9511 0.0000 0.0000 60.333 0.46 4.25 -3.79 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1114 0.8886 0.0000 0 0 0.8446 0.1554 0.0000 0 0 0.9402 0.0598 0.0000
chr16 70973408 TG T 0.500000 0.050 1 -1 3 138 35 103 32 0 0 0 3 0 0 103 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 35.000 0.22 1.00 -0.78 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0170 0.9830 0.0000 0 1 0.2298 0.7702 0.0000 0 1 0.4143 0.5857 0.0000
chr16 71999722 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 270 70 200 34 1 1 0 34 0 0 200 0 0 0.4857 0.0000 0.0000 69.000 0.35 1.09 -0.74 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2514 0.5208 0.2278 1 1 0.2518 0.5192 0.2290 1 1 0.2522 0.5172 0.2306
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 312 94 218 88 1 2 0 3 0 0 217 0 1 0.9362 0.0000 0.0046 46.000 0.19 8.00 -7.81 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0136 0.9864 0.0000 0 1 0.3832 0.6168 0.0000 0 0 0.6563 0.3437 0.0000
chr16 81160723 GCTGCT G 0.500000 0.050 1 -5 1 239 96 143 58 0 2 0 36 0 0 141 0 2 0.6042 0.0000 0.0140 47.000 1.36 5.92 -4.55 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5063 0.4236 0.0701 1 0 0.4973 0.4284 0.0743 1 0 0.4852 0.4346 0.0801
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 400 113 287 37 6 29 0 41 0 0 286 0 1 0.3274 0.0000 0.0035 2.897 0.08 3.32 -3.24 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2488 0.5256 0.2256 1 1 0.2494 0.5237 0.2270 1 1 0.2500 0.5213 0.2287
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 690 154 536 0 0 7 6 141 0 0 528 2 6 0.0000 0.0000 0.0149 24.333 8.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 2 2 0.0000 0.0237 0.9763
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 684 145 539 0 0 9 12 124 0 0 530 3 6 0.0000 0.0000 0.0167 15.000 8.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0249 0.9751 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 2 2 0.0000 0.0295 0.9705
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 688 143 545 0 0 6 1 136 0 1 528 8 8 0.0000 0.0000 0.0312 22.833 8.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0710 0.9290 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0346 0.9654
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 796 177 619 0 0 10 2 165 0 0 618 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 16.700 6.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr16 88715208 A ACTGT 0.500000 0.050 1 4 3 742 179 563 168 0 8 0 3 0 0 563 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 21.375 0.36 5.00 -4.64 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3385 0.6615 0.0000 0 0 0.8947 0.1053 0.0000 0 0 0.9484 0.0516 0.0000
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 672 161 511 85 0 17 0 59 0 0 507 0 4 0.5280 0.0000 0.0078 8.471 0.54 5.63 -5.09 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5205 0.4204 0.0591 1 0 0.5117 0.4251 0.0632 1 0 0.4998 0.4313 0.0689
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 144 67 77 62 0 3 0 2 0 0 77 0 0 0.9254 0.0000 0.0000 21.333 0.52 4.00 -3.48 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1538 0.8462 0.0000 0 0 0.5482 0.4518 0.0000 0 0 0.6776 0.3224 0.0000
chr17 3433106 CCTTGCAGATA C 0.003246 0.050 1 -10 2 837 170 667 101 0 11 0 58 0 0 660 0 7 0.5941 0.0000 0.0105 14.455 0.20 10.29 -10.10 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8283 0.1717 0.0001 1 0 0.8205 0.1794 0.0001 1 0 0.8099 0.1900 0.0001
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1239 244 995 195 22 12 9 6 0 1 994 0 0 0.7992 0.0000 0.0010 24.889 6.95 2.17 4.79 7 0/1 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4351 0.5649 0.0000 0 0 0.9357 0.0643 0.0000
chr17 5141483 AATAG A 0.000611 0.050 1 -4 4 306 138 168 127 1 3 0 7 0 0 167 0 1 0.9203 0.0000 0.0060 45.000 0.39 4.14 -3.76 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0802 0.9198 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 718 142 576 74 3 6 0 59 0 0 575 1 0 0.5211 0.0000 0.0017 22.667 0.31 3.86 -3.55 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6586 0.3405 0.0009 1 0 0.6542 0.3449 0.0009 1 0 0.6482 0.3508 0.0010
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 659 169 490 55 4 36 0 74 1 1 486 0 2 0.3254 0.0020 0.0082 3.694 0.25 3.66 -3.41 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0601 0.4337 0.5061 1 2 0.0630 0.4361 0.5008 1 2 0.0670 0.4394 0.4936
chr17 7024700 C CCAGCAGCAG 0.001009 0.050 1 9 1 659 169 490 64 65 36 0 4 1 1 486 0 2 0.3787 0.0020 0.0082 3.694 0.88 6.50 -5.62 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6259 0.3741 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.050 1 3 2 1237 356 881 16 114 80 4 142 0 0 866 3 12 0.0449 0.0000 0.0170 3.579 0.88 3.37 -2.49 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1001 0.7495 0.1504 1 1 0.1089 0.7465 0.1446 1 1 0.1213 0.7417 0.1370
chr17 7846859 T TACCACCACC 0.066744 0.050 1 9 2 1237 356 881 136 123 80 6 11 0 7 869 1 4 0.3820 0.0000 0.0136 3.513 8.85 4.27 4.57 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0879 0.9121 0.0000 0 0 0.9074 0.0926 0.0000
chr17 7846859 TACCACCACC T 0.027442 0.050 1 -9 2 1244 393 851 199 1 63 1 129 0 0 846 2 3 0.5064 0.0000 0.0059 5.222 2.61 9.40 -6.79 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9430 0.0569 0.0000 1 0 0.9378 0.0622 0.0001 1 0 0.9300 0.0699 0.0001
chr17 7848540 T TCAC 0.003062 0.050 1 3 1 992 282 710 120 6 52 4 100 0 1 703 1 5 0.4255 0.0000 0.0099 4.423 0.57 3.37 -2.80 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6362 0.3635 0.0004 1 0 0.6336 0.3660 0.0004 1 0 0.6299 0.3697 0.0004
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 423 91 332 77 0 10 0 4 0 0 332 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 8.100 0.75 9.00 -8.25 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0100 0.9900 0.0000 0 1 0.3159 0.6841 0.0000 0 0 0.5889 0.4111 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCCCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 18 2 423 91 332 77 0 12 0 2 0 0 332 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 7.900 0.75 9.00 -8.25 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2044 0.7956 0.0000 0 0 0.6303 0.3697 0.0000 0 0 0.7455 0.2545 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 459 173 286 0 0 19 10 144 0 0 281 0 5 0.0000 0.0000 0.0175 8.105 3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0217 0.9783
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 926 241 685 43 2 9 181 6 0 1 681 3 0 0.1784 0.0000 0.0058 26.000 0.14 4.00 -3.86 19 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0132 0.9867 1 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 1 0.0000 0.9963 0.0037
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 927 241 686 45 7 182 1 6 0 1 684 1 0 0.1867 0.0000 0.0029 0.707 0.38 4.00 -3.62 17 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5886 0.3637 0.0478 1 0 0.5742 0.3745 0.0514 1 0 0.5296 0.4171 0.0533
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 717 151 566 7 0 7 1 136 0 0 554 0 12 0.0464 0.0000 0.0212 20.429 0.43 4.01 -3.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7316 0.2684 2 2 0.0000 0.2753 0.7247
chr17 21551124 CACGAAGTACAGG C 0.500000 0.050 1 -12 2 441 141 300 8 0 2 0 131 0 1 289 0 10 0.0567 0.0000 0.0367 69.500 0.00 12.13 -12.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9072 0.0928 2 2 0.0000 0.4668 0.5332
chr17 21551320 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 435 122 313 5 0 6 0 111 0 0 311 0 2 0.0410 0.0000 0.0064 19.333 1.20 1.41 -0.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9945 0.0055 2 1 0.0000 0.6308 0.3692 2 2 0.0000 0.2982 0.7018
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 139 62 77 36 0 1 0 25 0 0 77 0 0 0.5806 0.0000 0.0000 61.000 0.64 1.20 -0.56 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3864 0.4834 0.1302 1 1 0.3814 0.4845 0.1341 1 1 0.3748 0.4860 0.1392
chr17 29969182 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 492 117 375 106 1 7 0 3 0 0 375 0 0 0.9060 0.0000 0.0000 15.714 0.29 3.00 -2.71 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0994 0.9006 0.0000 0 0 0.6537 0.3463 0.0000 0 0 0.8100 0.1900 0.0000
chr17 35745217 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 735 156 579 77 1 3 0 75 0 0 576 0 3 0.4936 0.0000 0.0052 50.667 0.14 3.21 -3.07 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2236 0.5474 0.2291 1 1 0.2254 0.5438 0.2308 1 1 0.2278 0.5393 0.2329
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.050 1 3 4 643 177 466 153 7 15 0 2 0 0 466 0 0 0.8644 0.0000 0.0000 10.800 0.65 3.00 -2.35 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6820 0.3180 0.0000 0 0 0.9315 0.0685 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000
chr17 40819075 T TAGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 10 1 954 221 733 106 17 12 8 78 6 3 697 3 24 0.4796 0.0082 0.0491 22.222 2.59 10.69 -8.10 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4268 0.4933 0.0799 1 1 0.4224 0.4933 0.0843 1 1 0.4162 0.4934 0.0904
chr17 40819077 G GAGCTT 0.500000 0.050 1 5 2 955 221 734 140 8 10 6 57 5 3 695 2 29 0.6335 0.0068 0.0531 20.700 2.56 13.56 -11.00 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8841 0.1139 0.0020 1 0 0.8738 0.1237 0.0025 1 0 0.8588 0.1379 0.0034
chr17 40936600 T TCATGGTCC 0.500000 0.050 1 8 2 316 84 232 74 0 8 0 2 0 0 232 0 0 0.8810 0.0000 0.0000 9.500 0.27 9.00 -8.73 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1973 0.8027 0.0000 0 0 0.6199 0.3801 0.0000 0 0 0.7370 0.2630 0.0000
chr17 41026898 G GCAGCAGCTTGGCTGACAGCAGCTGGTCTCA 0.500000 0.050 1 30 2 846 210 636 112 3 16 1 78 0 0 613 0 23 0.5333 0.0000 0.0362 12.000 0.53 1.15 -0.63 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3724 0.5204 0.1072 1 1 0.3697 0.5187 0.1116 1 1 0.3658 0.5166 0.1176
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 716 195 521 9 9 2 1 174 0 0 521 0 0 0.0462 0.0000 0.0000 96.000 0.11 1.93 -1.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.8631 0.1369
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 517 131 386 0 1 5 0 125 0 0 385 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 25.000 1.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0475 0.9525 2 2 0.0000 0.0492 0.9508 2 2 0.0000 0.0522 0.9478
chr17 41140276 TGACAGCAGCTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 1007 151 856 3 0 36 3 109 1 2 828 3 22 0.0199 0.0012 0.0327 3.194 1.67 10.55 -8.88 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9760 0.0240 2 2 0.0000 0.4461 0.5539 2 2 0.0000 0.1922 0.8078
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 505 106 399 0 0 14 2 90 0 0 386 0 13 0.0000 0.0000 0.0326 6.500 7.80 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0676 0.9324 2 2 0.0000 0.0710 0.9290 2 2 0.0000 0.0758 0.9242
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.050 1 -15 1 17 9 8 3 0 1 0 5 0 0 8 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 8.000 3.00 15.00 -12.00 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2244 0.5020 0.2735 1 1 0.2243 0.5036 0.2721 1 1 0.2220 0.5062 0.2718
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 583 186 397 145 0 38 0 3 0 0 396 0 1 0.7796 0.0000 0.0025 3.895 0.39 15.33 -14.95 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0531 0.9469 0.0000 0 0 0.7119 0.2881 0.0000 0 0 0.8797 0.1203 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1602 322 1280 172 1 5 0 144 1 0 1273 1 5 0.5342 0.0008 0.0055 63.400 0.45 3.23 -2.78 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5006 0.4530 0.0464 1 0 0.4948 0.4549 0.0503 1 0 0.4866 0.4576 0.0558
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 590 157 433 63 1 17 2 74 0 0 429 1 3 0.4013 0.0000 0.0092 8.176 0.54 3.96 -3.42 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0896 0.4722 0.4383 1 1 0.0939 0.4738 0.4322 1 1 0.0999 0.4760 0.4241
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 244 82 162 3 0 1 0 78 0 0 161 0 1 0.0366 0.0000 0.0062 81.000 0.00 4.45 -4.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9479 0.0521 2 1 0.0000 0.5135 0.4865 2 2 0.0000 0.3145 0.6855
chr17 48724362 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 467 142 325 130 1 7 0 4 0 0 325 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 19.286 0.35 1.25 -0.90 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0425 0.9575 0.0000 0 0 0.6401 0.3599 0.0000 0 0 0.8400 0.1600 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 901 246 655 124 0 15 1 106 0 0 650 0 5 0.5041 0.0000 0.0076 15.400 0.31 3.09 -2.78 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3603 0.5301 0.1096 1 1 0.3582 0.5277 0.1141 1 1 0.3552 0.5247 0.1201
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 477 108 369 77 3 20 0 8 0 0 369 0 0 0.7130 0.0000 0.0000 4.400 0.55 3.00 -2.45 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0333 0.9667 0.0000 0 1 0.2584 0.7416 0.0000
chr17 57106431 GGCTTGGATAGAAATGAGGAGA G 0.500000 0.050 1 -21 3 972 219 753 95 3 30 6 85 0 0 753 0 0 0.4338 0.0000 0.0000 6.267 1.03 8.51 -7.47 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3023 0.5436 0.1542 1 1 0.3018 0.5403 0.1580 1 1 0.3009 0.5361 0.1630
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 425 190 235 64 64 59 0 3 0 0 235 0 0 0.3368 0.0000 0.0000 2.259 0.81 2.67 -1.85 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1593 0.8407 0.0000 0 0 0.7617 0.2383 0.0000 0 0 0.8767 0.1233 0.0000
chr17 57979245 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 425 187 238 95 4 20 9 59 0 0 238 0 0 0.5080 0.0000 0.0000 8.789 0.29 4.58 -4.28 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6016 0.3622 0.0362 1 0 0.5907 0.3697 0.0396 1 0 0.5759 0.3795 0.0445
chr17 57979247 TGC T 0.500000 0.050 1 -2 1 425 188 237 98 1 16 11 62 0 0 237 0 0 0.5213 0.0000 0.0000 10.500 0.38 4.34 -3.96 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6099 0.3558 0.0343 1 0 0.5988 0.3635 0.0376 1 0 0.5838 0.3738 0.0425
chr17 58155318 CCA C 0.500000 0.050 1 -2 1 645 167 478 80 0 4 0 83 0 0 476 0 2 0.4790 0.0000 0.0042 40.750 0.26 2.18 -1.92 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1733 0.5427 0.2840 1 1 0.1766 0.5395 0.2839 1 1 0.1809 0.5355 0.2837
chr17 58156083 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 337 73 264 36 0 4 0 33 0 0 264 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 17.250 0.39 1.82 -1.43 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2763 0.5183 0.2054 1 1 0.2757 0.5169 0.2073 1 1 0.2749 0.5152 0.2099
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 427 154 273 0 0 36 1 117 0 0 273 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.278 5.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 279 76 203 38 0 6 0 32 0 0 202 0 1 0.5000 0.0000 0.0049 11.667 0.55 6.31 -5.76 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3018 0.5141 0.1841 1 1 0.3003 0.5130 0.1867 1 1 0.2982 0.5117 0.1901
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 303 81 222 47 1 1 0 32 0 0 222 0 0 0.5802 0.0000 0.0000 80.000 0.28 2.19 -1.91 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4534 0.4534 0.0932 1 1 0.4460 0.4565 0.0975 1 1 0.4363 0.4604 0.1033
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 542 105 437 46 0 9 0 50 0 0 428 0 9 0.4381 0.0000 0.0206 10.667 0.46 8.18 -7.72 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1119 0.4836 0.4045 1 1 0.1160 0.4847 0.3993 1 1 0.1217 0.4860 0.3923
chr17 75239519 G GGGT 0.500000 0.050 1 3 4 690 196 494 178 1 11 0 6 0 0 494 0 0 0.9082 0.0000 0.0000 16.818 0.53 3.00 -2.47 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 0 0.6005 0.3995 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr17 75616380 CAGGAGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 1207 285 922 199 2 69 3 12 0 0 922 0 0 0.6982 0.0000 0.0000 3.101 0.63 7.00 -6.37 99 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 0 0.5102 0.4898 0.0000
chr17 76077366 TGTCCTGGCCC T 0.500000 0.050 1 -10 3 494 148 346 83 0 7 0 58 0 0 345 0 1 0.5608 0.0000 0.0029 20.143 0.52 9.40 -8.88 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5496 0.3991 0.0512 1 0 0.5399 0.4050 0.0551 1 0 0.5266 0.4127 0.0606
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2182 475 1707 2 13 62 13 385 0 1 1684 5 17 0.0042 0.0000 0.0135 6.574 4.50 7.18 -2.68 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4999 0.5001 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2144 525 1619 0 0 37 3 485 0 0 1438 14 167 0.0000 0.0000 0.1118 13.528 4.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1100 204 896 181 4 15 0 4 0 0 896 0 0 0.8873 0.0000 0.0000 12.600 0.43 6.25 -5.82 97 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1330 0.8670 0.0000 0 0 0.8688 0.1312 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000
chr17 81869441 G GCAGCCCTGCGCGAAGCCC 0.500000 0.050 1 18 1 698 149 549 61 1 35 1 51 0 0 531 0 18 0.4094 0.0000 0.0328 3.229 0.72 10.10 -9.38 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1491 0.5209 0.3301 1 1 0.1527 0.5192 0.3280 1 1 0.1576 0.5172 0.3251
chr17 82060071 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 362 91 271 43 0 0 0 48 0 0 271 0 0 0.4725 0.0000 0.0000 91.000 0.65 3.69 -3.04 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1818 0.5202 0.2980 1 1 0.1845 0.5187 0.2968 1 1 0.1881 0.5168 0.2951
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 309 70 239 38 1 1 2 28 0 0 239 0 0 0.5429 0.0000 0.0000 68.000 0.45 1.25 -0.80 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4186 0.4736 0.1079 1 1 0.4148 0.4745 0.1107 1 1 0.4097 0.4758 0.1145
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 261 110 151 0 0 7 0 103 0 0 148 1 2 0.0000 0.0000 0.0199 14.714 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.050 1 -2 4 387 86 301 38 0 2 0 46 0 0 300 0 1 0.4419 0.0000 0.0033 42.000 0.55 2.22 -1.66 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3649 0.6331 0.0020 1 1 0.3707 0.6273 0.0020 1 1 0.3783 0.6198 0.0020
chr18 36783106 G GATCC 0.000032 0.050 1 4 1 216 91 125 37 0 5 0 49 0 0 122 0 3 0.4066 0.0000 0.0240 17.200 0.14 4.47 -4.33 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2994 0.7006 0.0000 1 1 0.3071 0.6928 0.0000 1 1 0.3174 0.6826 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 222 97 125 90 0 4 0 3 0 0 125 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 23.250 0.29 5.33 -5.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0562 0.9438 0.0000 0 0 0.5068 0.4932 0.0000 0 0 0.7014 0.2986 0.0000
chr18 45730325 AGGACAGCCCCACTATGGTTAGAGT A 0.000176 0.050 1 -24 2 475 159 316 82 0 14 0 63 0 0 305 0 11 0.5157 0.0000 0.0348 10.357 0.27 19.30 -19.03 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5510 0.4490 0.0000 1 0 0.5508 0.4492 0.0000 1 0 0.5503 0.4497 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 295 141 154 124 0 10 0 7 0 0 154 0 0 0.8794 0.0000 0.0000 13.100 0.15 3.57 -3.43 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1657 0.8343 0.0000 0 0 0.5918 0.4082 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 252 149 103 0 0 8 1 140 0 0 102 0 1 0.0000 0.0000 0.0097 17.625 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 732 156 576 4 0 3 0 149 0 0 558 0 18 0.0256 0.0000 0.0312 51.000 0.00 14.70 -14.70 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9112 0.0888 2 2 0.0000 0.1905 0.8095 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 397 75 322 33 3 7 2 30 2 2 315 2 1 0.4400 0.0062 0.0217 9.571 2.30 5.20 -2.90 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2946 0.5162 0.1893 1 1 0.2933 0.5149 0.1917 1 1 0.2917 0.5134 0.1949
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 164 67 97 0 0 3 0 64 0 0 96 0 1 0.0000 0.0000 0.0103 21.333 3.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1631 0.8369 2 2 0.0000 0.1676 0.8324 2 2 0.0000 0.1739 0.8261
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 130 53 77 28 0 4 0 21 0 0 75 0 2 0.5283 0.0000 0.0260 12.250 0.14 2.90 -2.76 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3056 0.5080 0.1864 1 1 0.3038 0.5074 0.1888 1 1 0.3013 0.5066 0.1921
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 407 151 256 136 5 7 0 3 0 0 256 0 0 0.9007 0.0000 0.0000 20.571 0.39 5.33 -4.94 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2062 0.7938 0.0000 0 0 0.8136 0.1864 0.0000 0 0 0.9059 0.0941 0.0000
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.050 1 3 1 246 112 134 7 1 89 2 13 0 0 134 0 0 0.0625 0.0000 0.0000 4.400 1.14 2.31 -1.16 5 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7409 0.2584 0.0007 1 0 0.7330 0.2663 0.0007 1 0 0.7154 0.2839 0.0007
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 631 118 513 115 0 0 0 3 0 1 511 0 1 0.9746 0.0000 0.0039 118.000 0.51 5.33 -4.82 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0635 0.9365 0.0000 0 0 0.7521 0.2479 0.0000 0 0 0.9015 0.0985 0.0000
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 388 102 286 51 1 2 1 47 0 0 285 0 1 0.5000 0.0000 0.0035 49.500 0.51 19.04 -18.53 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4107 0.5064 0.0830 1 1 0.4109 0.5050 0.0840 1 1 0.4111 0.5035 0.0854
chr19 1085846 A AGGACGG 0.001288 0.050 1 6 3 286 73 213 31 0 20 0 22 0 0 208 0 5 0.4247 0.0000 0.0235 2.650 0.42 5.23 -4.81 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5311 0.4684 0.0005 1 0 0.5306 0.4690 0.0005 1 0 0.5297 0.4698 0.0005
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 153 55 98 25 0 2 0 28 0 0 97 0 1 0.4545 0.0000 0.0102 26.500 0.96 4.25 -3.29 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3178 0.5391 0.1431 1 1 0.3207 0.5372 0.1422 1 1 0.3244 0.5346 0.1410
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 251 145 106 71 0 2 0 72 0 0 104 0 2 0.4897 0.0000 0.0189 71.500 0.24 3.14 -2.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3156 0.5625 0.1219 1 1 0.3195 0.5586 0.1220 1 1 0.3244 0.5536 0.1220
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 373 91 282 1 1 26 2 61 0 0 282 0 0 0.0110 0.0000 0.0000 2.462 0.00 3.23 -3.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9924 0.0076 2 1 0.0000 0.9561 0.0439 2 1 0.0000 0.9273 0.0727
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 291 98 193 1 0 19 45 33 0 0 185 6 2 0.0102 0.0000 0.0415 4.389 3.00 3.91 -0.91 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3697 0.6303 2 2 0.0000 0.2046 0.7954 2 2 0.0000 0.1705 0.8295
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 291 100 191 1 1 52 1 45 0 0 183 2 6 0.0100 0.0000 0.0419 0.960 3.00 12.09 -9.09 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9512 0.0488 2 1 0.0000 0.8378 0.1622 2 1 0.0000 0.7666 0.2334
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 291 103 188 40 1 20 0 42 0 0 180 0 8 0.3883 0.0000 0.0426 4.150 3.50 12.29 -8.79 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2694 0.5743 0.1563 1 1 0.2747 0.5711 0.1542 1 1 0.2815 0.5670 0.1514
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 440 127 313 122 0 2 0 3 6 0 306 0 1 0.9606 0.0192 0.0224 125.000 1.12 3.00 -1.88 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2158 0.7842 0.0000 0 0 0.9243 0.0757 0.0000 0 0 0.9734 0.0266 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 602 144 458 5 0 6 0 133 0 0 446 0 12 0.0347 0.0000 0.0262 23.000 1.00 10.90 -9.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.6565 0.3435 2 2 0.0000 0.3245 0.6755
chr19 8971789 GGTGTGAAGGTTAACGTCT G 0.002451 0.050 1 -18 1 390 104 286 92 1 9 0 2 0 0 286 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 10.556 0.28 10.00 -9.72 56 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9938 0.0062 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr19 8979162 A AGCC 0.002510 0.050 1 3 1 569 127 442 114 1 8 0 4 0 0 442 0 0 0.8976 0.0000 0.0000 14.875 0.49 3.00 -2.51 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9129 0.0871 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 255 74 181 65 0 6 0 3 0 0 181 0 0 0.8784 0.0000 0.0000 11.333 0.32 3.67 -3.34 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0757 0.9243 0.0000 0 0 0.5879 0.4121 0.0000 0 0 0.7683 0.2317 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 791 235 556 89 4 40 9 93 0 0 555 0 1 0.3787 0.0000 0.0018 4.850 0.47 3.41 -2.94 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1769 0.5691 0.2540 1 1 0.1826 0.5656 0.2519 1 1 0.1902 0.5609 0.2489
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 457 162 295 1 0 29 128 4 0 0 288 7 0 0.0062 0.0000 0.0237 4.750 1.00 3.00 -2.00 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4165 0.5835 2 2 0.0000 0.2262 0.7738 2 2 0.0000 0.1932 0.8068
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 457 163 294 1 0 31 0 131 0 0 287 0 7 0.0061 0.0000 0.0238 4.258 1.00 6.34 -5.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2643 0.7357 2 2 0.0000 0.1280 0.8720 2 2 0.0000 0.1071 0.8929
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 289 112 177 100 3 7 0 2 0 0 177 0 0 0.8929 0.0000 0.0000 15.000 0.33 3.00 -2.67 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8794 0.1206 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 0 0 0.9877 0.0123 0.0000
chr19 14799631 CAGA C 0.002283 0.050 1 -3 1 741 149 592 81 0 4 1 63 0 0 590 0 2 0.5436 0.0000 0.0034 36.000 1.53 5.33 -3.80 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6386 0.3611 0.0003 1 0 0.6350 0.3647 0.0003 1 0 0.6301 0.3696 0.0004
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 552 117 435 0 0 3 1 113 0 0 431 0 4 0.0000 0.0000 0.0092 38.000 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 415 84 331 0 1 6 10 67 0 0 331 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.800 5.28 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4580 0.5420 2 2 0.0000 0.4625 0.5375 2 2 0.0000 0.4704 0.5296
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 414 84 330 0 0 5 20 59 0 0 330 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 19.000 3.83 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.4749 0.5251 2 2 0.0000 0.4849 0.5151 2 2 0.0000 0.4986 0.5014
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 813 180 633 0 0 11 3 166 0 0 584 14 35 0.0000 0.0000 0.0774 15.364 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 291 80 211 58 2 11 0 9 0 0 211 0 0 0.7250 0.0000 0.0000 6.273 0.22 3.22 -3.00 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.0289 0.9711 0.0000
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 531 210 321 51 5 47 10 97 0 0 321 0 0 0.2429 0.0000 0.0000 3.522 11.69 5.82 5.86 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0342 0.5609 0.4050 1 1 0.0393 0.5770 0.3837 1 1 0.0471 0.5970 0.3559
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 540 193 347 149 7 12 2 23 0 0 347 0 0 0.7720 0.0000 0.0000 16.273 7.97 3.35 4.62 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0568 0.9432 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 448 120 328 0 0 1 4 115 0 0 318 1 9 0.0000 0.0000 0.0305 117.000 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0816 0.9184 2 2 0.0000 0.0866 0.9134 2 2 0.0000 0.0939 0.9061
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 210 30 180 0 0 3 24 3 1 0 179 0 0 0.0000 0.0056 0.0056 8.000 2.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4214 0.5786 2 2 0.0000 0.2203 0.7797 2 2 0.0000 0.1764 0.8236
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 211 29 182 0 0 20 8 1 1 0 181 0 0 0.0000 0.0055 0.0055 0.385 2.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0006 0.4871 0.5123 2 2 0.0003 0.2688 0.7309 2 2 0.0002 0.2167 0.7831
chr19 40213998 GCCCTCCCCACCA G 0.000299 0.050 1 -12 1 401 135 266 68 0 6 1 60 0 0 257 0 9 0.5037 0.0000 0.0338 21.333 0.31 11.45 -11.14 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4359 0.5639 0.0002 1 1 0.4399 0.5599 0.0002 1 1 0.4450 0.5549 0.0002
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 433 108 325 0 0 10 1 97 0 0 325 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.800 5.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0653 0.9347 2 2 0.0000 0.0684 0.9316 2 2 0.0000 0.0728 0.9272
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 481 156 325 0 0 4 0 152 0 0 324 0 1 0.0000 0.0000 0.0031 38.000 1.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0781 0.9219 2 2 0.0000 0.0838 0.9162 2 2 0.0000 0.0923 0.9077
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 351 101 250 61 1 0 0 39 0 0 249 0 1 0.6040 0.0000 0.0040 100.000 0.20 6.51 -6.32 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5739 0.3788 0.0474 1 0 0.5646 0.3848 0.0506 1 0 0.5520 0.3927 0.0552
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 460 130 330 61 0 4 3 62 0 0 329 0 1 0.4692 0.0000 0.0030 31.500 0.38 3.00 -2.62 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3301 0.5770 0.0929 1 1 0.3348 0.5728 0.0924 1 1 0.3407 0.5675 0.0918
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 322 132 190 125 0 5 0 2 0 0 190 0 0 0.9470 0.0000 0.0000 25.400 1.15 2.00 -0.85 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9847 0.0153 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr19 45152510 C CCTG 0.000765 0.050 1 3 5 529 81 448 34 0 10 0 37 0 0 446 0 2 0.4198 0.0000 0.0045 7.100 0.71 3.32 -2.62 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4163 0.5832 0.0005 1 1 0.4203 0.5792 0.0005 1 1 0.4254 0.5741 0.0005
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1026 355 671 147 0 64 0 144 0 0 652 1 18 0.4141 0.0000 0.0283 4.547 0.47 6.06 -5.59 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0862 0.5309 0.3830 1 1 0.0910 0.5285 0.3806 1 1 0.0976 0.5255 0.3769
chr19 48297459 CGCG C 0.000021 0.050 1 -3 2 684 202 482 88 1 16 1 96 0 0 479 0 3 0.4356 0.0000 0.0062 11.625 0.45 3.27 -2.82 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3152 0.6848 0.0000 1 1 0.3236 0.6764 0.0000 1 1 0.3345 0.6655 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 352 94 258 86 0 4 0 4 0 0 258 0 0 0.9149 0.0000 0.0000 22.500 0.67 3.25 -2.58 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1016 0.8984 0.0000 0 0 0.8369 0.1631 0.0000 0 0 0.9405 0.0595 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 898 209 689 4 1 37 82 85 0 0 678 7 4 0.0191 0.0000 0.0160 5.059 0.75 4.18 -3.43 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9711 0.0289 2 2 0.0000 0.3545 0.6455 2 2 0.0000 0.1342 0.8658
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 897 208 689 9 84 46 2 67 0 0 685 1 3 0.0433 0.0000 0.0058 3.370 1.22 3.34 -2.12 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5591 0.3990 0.0418 1 0 0.5528 0.4028 0.0444 1 0 0.5443 0.4078 0.0480
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.050 1 9 1 897 208 689 89 60 48 7 4 0 1 685 2 1 0.4279 0.0000 0.0058 3.217 3.24 4.25 -1.01 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7523 0.2477 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr19 49154632 TTCC T 0.001916 0.050 1 -3 1 898 215 683 73 5 46 5 86 0 0 682 0 1 0.3395 0.0000 0.0015 3.674 2.84 3.34 -0.50 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2871 0.7107 0.0022 1 1 0.2958 0.7020 0.0022 1 1 0.3074 0.6905 0.0021
chr19 49196501 TGCTGCGGGGGCC T 0.003841 0.050 1 -12 2 381 111 270 103 0 4 0 4 0 0 269 0 1 0.9279 0.0000 0.0037 26.750 0.34 9.00 -8.66 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4969 0.5031 0.0000 0 0 0.9915 0.0085 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 534 145 389 0 0 32 2 111 0 0 378 0 11 0.0000 0.0000 0.0283 3.531 7.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0719 0.9281 2 2 0.0000 0.0762 0.9238 2 2 0.0000 0.0824 0.9176
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 577 189 388 81 2 47 0 59 0 0 388 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 3.000 0.44 12.47 -12.03 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7064 0.2865 0.0071 1 0 0.6994 0.2929 0.0077 1 0 0.6898 0.3016 0.0086
chr19 49969702 A ATGC 0.001079 0.050 1 3 1 1127 237 890 212 1 22 0 2 0 0 890 0 0 0.8945 0.0000 0.0000 9.773 0.42 3.00 -2.58 86 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 49970457 TC T 0.000567 0.050 1 -1 1 1478 240 1238 221 1 15 0 3 0 1 1236 1 0 0.9208 0.0000 0.0016 14.933 0.37 1.00 -0.63 125 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 719 153 566 0 0 5 6 142 0 0 558 0 8 0.0000 0.0000 0.0141 29.600 3.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0163 0.9837
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 720 160 560 3 0 8 136 13 0 0 560 0 0 0.0187 0.0000 0.0000 21.571 0.00 4.62 -4.62 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8712 0.1288 2 2 0.0000 0.2915 0.7085 2 2 0.0000 0.1582 0.8418
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 552 111 441 49 0 9 1 52 0 0 440 0 1 0.4414 0.0000 0.0023 11.333 0.20 5.46 -5.26 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4012 0.5902 0.0086 1 1 0.4058 0.5857 0.0085 1 1 0.4117 0.5798 0.0085
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 560 180 380 85 0 6 4 85 0 0 380 0 0 0.4722 0.0000 0.0000 29.000 0.32 2.66 -2.34 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1240 0.5349 0.3411 1 1 0.1261 0.5318 0.3421 1 1 0.1289 0.5278 0.3433
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 225 103 122 54 0 2 0 47 0 0 121 0 1 0.5243 0.0000 0.0082 50.500 0.28 2.34 -2.06 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1782 0.5532 0.2686 1 1 0.1771 0.5504 0.2726 1 1 0.1755 0.5467 0.2778
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.050 1 -3 1 633 138 495 65 0 1 0 72 0 0 495 0 0 0.4710 0.0000 0.0000 137.000 0.34 3.19 -2.86 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3736 0.6252 0.0012 1 1 0.3797 0.6192 0.0012 1 1 0.3876 0.6113 0.0012
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1031 224 807 0 0 2 0 222 0 0 803 1 3 0.0000 0.0000 0.0050 111.000 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 660 156 504 149 0 3 0 4 0 0 504 0 0 0.9551 0.0000 0.0000 51.000 0.98 1.75 -0.77 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0312 0.9688 0.0000 0 0 0.5703 0.4297 0.0000 0 0 0.7954 0.2046 0.0000
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.050 1 1 1 660 151 509 96 0 5 3 47 0 0 506 2 1 0.6358 0.0000 0.0059 73.000 0.40 2.51 -2.11 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8688 0.1312 0.0000 1 0 0.8610 0.1389 0.0000 1 0 0.8502 0.1498 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 762 166 596 80 0 6 0 80 0 1 590 0 5 0.4819 0.0000 0.0101 26.667 0.35 3.25 -2.90 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1960 0.5491 0.2549 1 1 0.1994 0.5456 0.2550 1 1 0.2038 0.5412 0.2550
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 426 114 312 47 0 22 2 43 0 0 306 0 6 0.4123 0.0000 0.0192 4.182 0.23 7.21 -6.98 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1917 0.5252 0.2831 1 1 0.1942 0.5233 0.2825 1 1 0.1975 0.5209 0.2816
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 673 145 528 0 0 27 0 118 0 0 487 0 41 0.0000 0.0000 0.0777 4.370 17.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 828 251 577 121 1 34 13 82 0 0 571 0 6 0.4821 0.0000 0.0104 6.545 1.05 4.38 -3.33 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5849 0.3846 0.0305 1 0 0.5790 0.3883 0.0327 1 0 0.5709 0.3933 0.0358
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 558 93 465 1 0 3 0 89 0 0 456 0 9 0.0108 0.0000 0.0194 30.000 0.00 3.70 -3.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2716 0.7284 2 2 0.0000 0.1299 0.8701 2 2 0.0000 0.1062 0.8938
chr19 57456271 TAA T 0.000987 0.050 1 -2 2 520 140 380 82 0 0 0 58 0 0 379 0 1 0.5857 0.0000 0.0026 140.000 0.28 2.21 -1.93 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7238 0.2761 0.0001 1 0 0.7176 0.2823 0.0001 1 0 0.7092 0.2907 0.0001
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 126 71 55 30 0 8 0 33 0 0 54 0 1 0.4225 0.0000 0.0182 7.875 0.10 2.91 -2.81 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2772 0.5334 0.1894 1 1 0.2800 0.5315 0.1884 1 1 0.2837 0.5292 0.1871
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 316 103 213 96 0 0 0 7 0 0 213 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 103.000 0.25 4.00 -3.75 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3560 0.6440 0.0000 0 0 0.8045 0.1955 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 317 136 181 61 0 7 0 68 0 0 181 0 0 0.4485 0.0000 0.0000 18.429 0.30 2.06 -1.76 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1374 0.5151 0.3474 1 1 0.1405 0.5136 0.3459 1 1 0.1446 0.5117 0.3437
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 86 46 40 0 0 0 0 46 0 0 40 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 46.000 6.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1692 0.8308 2 2 0.0000 0.1725 0.8275 2 2 0.0000 0.1771 0.8229
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 484 105 379 53 1 14 0 37 1 0 376 1 1 0.5048 0.0026 0.0079 6.500 1.51 3.54 -2.03 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6377 0.3518 0.0105 1 0 0.6325 0.3565 0.0110 1 0 0.6254 0.3628 0.0118
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 598 198 400 195 0 0 0 3 0 0 400 0 0 0.9848 0.0000 0.0000 198.000 0.31 9.67 -9.36 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6222 0.3778 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 598 198 400 192 0 3 0 3 0 0 400 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 65.000 0.31 9.67 -9.36 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6066 0.3934 0.0000 0 0 0.9619 0.0381 0.0000 0 0 0.9817 0.0183 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 600 171 429 162 1 4 0 4 0 0 428 0 1 0.9474 0.0000 0.0023 41.750 0.22 10.00 -9.78 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0311 0.9689 0.0000 0 0 0.7793 0.2207 0.0000 0 0 0.9325 0.0675 0.0000
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 325 149 176 86 0 11 1 51 0 0 174 0 2 0.5772 0.0000 0.0114 12.545 0.50 5.57 -5.07 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7766 0.2184 0.0050 1 0 0.7678 0.2266 0.0056 1 0 0.7558 0.2377 0.0065
chr20 3668985 ATCTGGACT A 0.038221 0.050 1 -8 1 238 81 157 77 0 1 0 3 0 0 157 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 80.000 0.55 9.00 -8.45 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5660 0.4340 0.0000 0 0 0.9577 0.0423 0.0000 0 0 0.9812 0.0188 0.0000
chr20 3864345 C CAAG 0.001475 0.050 1 3 2 454 149 305 144 0 3 0 2 0 0 305 0 0 0.9664 0.0000 0.0000 48.667 0.16 1.50 -1.34 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 17621690 CGAG C 0.000581 0.050 1 -3 2 514 134 380 61 1 4 0 68 0 0 377 0 3 0.4552 0.0000 0.0079 32.500 0.13 3.00 -2.87 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3518 0.6477 0.0005 1 1 0.3586 0.6410 0.0005 1 1 0.3674 0.6322 0.0005
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 704 192 512 7 0 7 0 178 0 0 509 0 3 0.0365 0.0000 0.0059 26.429 0.00 6.75 -6.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.6019 0.3981 2 2 0.0000 0.1773 0.8227
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 420 138 282 2 1 0 0 135 0 0 277 0 5 0.0145 0.0000 0.0177 137.000 0.50 3.41 -2.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3205 0.6795 2 2 0.0000 0.0673 0.9327 2 2 0.0000 0.0412 0.9588
chr20 35277779 C CGGGCTG 0.014046 0.050 1 6 1 526 190 336 65 0 64 0 61 1 0 335 0 0 0.3421 0.0030 0.0030 1.969 1.17 5.49 -4.32 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5182 0.4773 0.0045 1 0 0.5187 0.4767 0.0046 1 0 0.5191 0.4762 0.0047
chr20 38926679 CGCG C 0.001907 0.050 1 -3 3 690 185 505 86 2 16 3 78 0 1 503 0 1 0.4649 0.0000 0.0040 10.562 0.23 3.14 -2.91 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5326 0.4669 0.0005 1 0 0.5333 0.4662 0.0005 1 0 0.5339 0.4656 0.0005
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 931 303 628 132 1 43 2 125 1 0 627 0 0 0.4356 0.0016 0.0016 6.047 0.27 3.72 -3.45 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2344 0.5828 0.1828 1 1 0.2347 0.5774 0.1879 1 1 0.2349 0.5704 0.1947
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 595 283 312 123 6 32 15 107 0 0 311 0 1 0.4346 0.0000 0.0032 8.032 1.24 3.21 -1.98 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3677 0.5366 0.0957 1 1 0.3687 0.5328 0.0986 1 1 0.3696 0.5281 0.1023
chr20 53253540 AAAG A 0.000290 0.050 1 -3 4 550 136 414 125 2 3 1 5 0 0 414 0 0 0.9191 0.0000 0.0000 44.000 0.29 4.20 -3.91 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9531 0.0469 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.050 1 36 4 734 149 585 55 9 20 5 60 1 1 582 0 1 0.3691 0.0017 0.0051 5.950 0.67 2.80 -2.13 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4501 0.5454 0.0045 1 1 0.4532 0.5423 0.0045 1 1 0.4572 0.5382 0.0046
chr20 60012728 T TA 0.009952 0.050 1 1 2 226 57 169 28 0 7 2 20 0 0 168 0 1 0.4912 0.0000 0.0059 7.143 0.89 1.50 -0.61 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5461 0.4506 0.0032 1 0 0.5447 0.4520 0.0033 1 0 0.5428 0.4538 0.0034
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 248 32 216 0 0 4 1 27 0 0 211 0 5 0.0000 0.0000 0.0231 7.000 5.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 304 155 149 0 0 1 0 154 0 0 148 0 1 0.0000 0.0000 0.0067 154.000 2.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0096 0.9904
chr21 30598756 T TA 0.001158 0.050 1 1 1 258 101 157 97 0 0 0 4 0 0 157 0 0 0.9604 0.0000 0.0000 101.000 0.05 1.00 -0.95 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9371 0.0629 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 707 179 528 0 0 2 1 176 0 0 513 0 15 0.0000 0.0000 0.0284 88.500 5.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0084 0.9916 2 2 0.0000 0.0096 0.9904
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 730 207 523 105 1 15 4 82 1 1 521 0 0 0.5072 0.0019 0.0038 14.615 1.30 15.39 -14.09 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6435 0.3378 0.0187 1 0 0.6369 0.3429 0.0202 1 0 0.6278 0.3499 0.0223
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 219 99 120 40 0 10 0 49 0 0 120 0 0 0.4040 0.0000 0.0000 8.900 0.05 3.92 -3.87 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1194 0.4881 0.3926 1 1 0.1225 0.4883 0.3892 1 1 0.1266 0.4886 0.3847
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 351 52 299 0 0 1 0 51 0 0 295 0 4 0.0000 0.0000 0.0134 51.000 2.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.050 1 -3 1 939 259 680 129 0 16 2 112 0 0 679 0 1 0.4981 0.0000 0.0015 15.125 2.04 4.61 -2.57 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5989 0.4007 0.0004 1 0 0.5978 0.4018 0.0004 1 0 0.5960 0.4035 0.0004
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1137 187 950 0 3 12 11 161 1 0 939 2 8 0.0000 0.0011 0.0116 16.900 3.16 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0391 0.9609 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 2 2 0.0000 0.0134 0.9866
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1142 193 949 0 1 13 18 161 0 1 936 4 8 0.0000 0.0000 0.0137 17.600 3.20 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0098 0.9902
chr21 44592279 G GCCT 0.000301 0.050 1 3 1 658 216 442 178 0 23 2 13 1 0 436 2 3 0.8241 0.0023 0.0136 8.773 1.03 2.77 -1.74 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5402 0.4598 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 620 114 506 4 1 10 3 96 0 0 498 0 8 0.0351 0.0000 0.0158 10.200 3.75 12.06 -8.31 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9789 0.0211 2 1 0.0000 0.5036 0.4964 2 2 0.0000 0.2457 0.7543
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 317 145 172 1 1 12 0 131 0 0 171 1 0 0.0069 0.0000 0.0058 11.000 0.00 7.44 -7.44 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr22 17109651 TGGAGGAAGA T 0.001153 0.050 1 -9 3 985 258 727 123 1 27 0 107 0 0 719 0 8 0.4767 0.0000 0.0110 8.556 0.41 8.99 -8.58 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5377 0.4620 0.0003 1 0 0.5389 0.4608 0.0003 1 0 0.5402 0.4595 0.0003
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 3445 1090 2355 880 5 22 1 182 0 0 2345 0 10 0.8073 0.0000 0.0042 48.545 0.26 6.12 -5.86 88 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 18609475 C CGG 0.080580 0.050 1 2 2 943 95 848 71 1 2 1 20 1 1 845 0 1 0.7474 0.0012 0.0035 46.500 0.99 2.05 -1.06 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9140 0.0855 0.0005 1 0 0.9045 0.0949 0.0006 0 1 0.2695 0.7302 0.0002
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.050 1 6 2 495 186 309 66 0 32 1 87 0 0 309 0 0 0.3548 0.0000 0.0000 4.781 0.56 5.39 -4.83 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2199 0.7724 0.0077 1 1 0.2296 0.7630 0.0074 1 1 0.2426 0.7504 0.0070
chr22 21030044 GGGGCCAGGGCTGGCT G 0.000265 0.050 1 -15 5 614 147 467 77 0 11 1 58 0 0 455 0 12 0.5238 0.0000 0.0257 12.273 0.51 12.79 -12.29 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5314 0.4685 0.0001 1 0 0.5319 0.4681 0.0001 1 0 0.5323 0.4677 0.0001
chr22 21867418 C CCCG 0.004356 0.050 1 3 1 207 89 118 27 1 19 1 41 1 0 117 0 0 0.3034 0.0085 0.0085 3.632 0.59 3.12 -2.53 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3250 0.6700 0.0050 1 1 0.3318 0.6633 0.0049 1 1 0.3408 0.6544 0.0047
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 189 93 96 39 1 8 0 45 0 0 96 0 0 0.4194 0.0000 0.0000 10.500 0.26 2.98 -2.72 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2927 0.5525 0.1547 1 1 0.2965 0.5498 0.1537 1 1 0.3015 0.5463 0.1522
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 693 165 528 132 0 31 0 2 0 1 527 0 0 0.8000 0.0000 0.0019 4.323 1.19 3.00 -1.81 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1316 0.8684 0.0000 0 1 0.4939 0.5061 0.0000 0 0 0.6168 0.3832 0.0000
chr22 27798673 T TGCG 0.000703 0.050 1 3 1 1248 267 981 251 1 11 0 4 2 0 979 0 0 0.9401 0.0020 0.0020 23.273 0.67 2.50 -1.83 85 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 789 218 571 207 0 7 0 4 0 0 571 0 0 0.9495 0.0000 0.0000 30.143 0.36 3.00 -2.64 125 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2830 0.7170 0.0000 0 0 0.9440 0.0560 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr22 30694065 A ACAGACAGGT 0.001704 0.050 1 9 1 197 55 142 26 0 0 0 29 0 0 138 0 4 0.4727 0.0000 0.0282 55.000 6.96 15.38 -8.42 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3960 0.6026 0.0014 1 1 0.4005 0.5982 0.0013 1 1 0.4064 0.5923 0.0013
chr22 31602713 CCCA C 0.001203 0.050 1 -3 1 396 153 243 77 1 6 0 69 0 0 243 0 0 0.5033 0.0000 0.0000 24.333 0.52 3.45 -2.93 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5632 0.4366 0.0003 1 0 0.5624 0.4373 0.0003 1 0 0.5611 0.4386 0.0003
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 501 127 374 2 0 1 0 124 0 0 368 0 6 0.0157 0.0000 0.0160 126.000 1.00 6.03 -5.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.9765 0.0235 2 1 0.0000 0.9617 0.0383
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 502 242 260 105 0 51 0 86 0 0 253 0 7 0.4339 0.0000 0.0269 3.745 0.99 6.07 -5.08 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4955 0.4574 0.0472 1 0 0.4933 0.4575 0.0492 1 0 0.4902 0.4579 0.0519
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 902 284 618 154 0 3 6 121 0 0 614 1 3 0.5423 0.0000 0.0065 93.333 0.94 3.94 -3.01 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5394 0.4204 0.0401 1 0 0.5333 0.4234 0.0434 1 0 0.5246 0.4274 0.0480
chr22 38078443 TCGCCCCGGGCG T 0.000387 0.050 1 -11 1 416 131 285 68 0 2 0 61 0 0 282 0 3 0.5191 0.0000 0.0105 64.500 0.09 10.41 -10.32 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5090 0.4909 0.0001 1 0 0.5101 0.4898 0.0001 1 0 0.5114 0.4884 0.0001
chr22 38087182 A AGGTCATGGG 0.001043 0.050 1 9 2 358 181 177 152 0 24 0 5 0 0 177 0 0 0.8398 0.0000 0.0000 6.542 0.26 6.00 -5.74 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9260 0.0740 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 230 121 109 60 0 10 0 51 0 0 106 0 3 0.4959 0.0000 0.0275 11.100 0.58 3.65 -3.06 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3908 0.5011 0.1081 1 1 0.3897 0.5001 0.1103 1 1 0.3880 0.4988 0.1131
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 366 149 217 0 0 6 1 142 0 0 209 0 8 0.0000 0.0000 0.0369 23.833 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 504 188 316 84 1 20 2 81 0 0 312 0 4 0.4468 0.0000 0.0127 8.400 0.20 3.09 -2.88 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3117 0.5641 0.1241 1 1 0.3155 0.5598 0.1247 1 1 0.3204 0.5543 0.1253
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1300 294 1006 163 1 3 1 126 6 1 989 0 10 0.5544 0.0060 0.0169 97.000 6.24 9.67 -3.44 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7138 0.2757 0.0105 1 0 0.7056 0.2826 0.0118 1 0 0.6941 0.2921 0.0138
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 816 347 469 291 0 4 0 52 0 0 469 0 0 0.8386 0.0000 0.0000 85.750 0.18 3.04 -2.86 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 713 157 556 72 1 16 1 67 3 0 550 1 2 0.4586 0.0054 0.0108 8.750 0.89 7.60 -6.71 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4931 0.4903 0.0166 1 0 0.4940 0.4890 0.0170 1 0 0.4950 0.4876 0.0174
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 357 87 270 39 0 14 1 33 0 0 263 0 7 0.4483 0.0000 0.0259 5.214 0.62 10.85 -10.23 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3986 0.5434 0.0580 1 1 0.4012 0.5409 0.0579 1 1 0.4046 0.5376 0.0578
789 rows