File Info

Filename
HG02717_x_HG02723_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/users/tdouglas/nipt_caller/adaptive_alpha_features/6a271fed/features/HG02717_x_HG02723_FF_10.features.tsv
Size
175.3 KB
Workflow Run
adaptive-alpha-features-6a271fed
Published
Jun 08, 2026 1:08 PM

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 964529 AGGTCCGCAGTGGGGCTGCGGGGAGGGGGGCGCG A 0.000081 0.100 1 -33 1 478 135 343 69 6 33 16 11 1 1 339 2 0 0.5111 0.0029 0.0117 3.800 4.99 14.64 -9.65 9 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9869 0.0131 0.0000 1 0 0.9583 0.0417 0.0000 0 0 0.6160 0.3840 0.0000
chr1 1708843 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 428 175 253 146 3 17 0 9 0 0 253 0 0 0.8343 0.0000 0.0000 9.176 1.32 6.22 -4.90 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1067 0.8933 0.0000 0 0 0.8097 0.1903 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 298 131 167 124 0 1 0 6 0 0 167 0 0 0.9466 0.0000 0.0000 130.000 0.37 3.50 -3.13 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4514 0.5486 0.0000 0 0 0.8972 0.1028 0.0000
chr1 2641827 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 402 125 277 73 0 1 0 51 0 0 277 0 0 0.5840 0.0000 0.0000 124.000 0.70 1.67 -0.97 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7004 0.2907 0.0089 1 0 0.6914 0.2982 0.0104 1 0 0.6786 0.3086 0.0128
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 770 258 512 170 2 47 4 35 0 0 511 0 1 0.6589 0.0000 0.0020 4.489 0.31 3.11 -2.81 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.100 1 -6 2 569 115 454 95 2 14 0 4 0 0 454 0 0 0.8261 0.0000 0.0000 7.214 1.69 5.50 -3.81 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.6446 0.3554 0.0000 0 0 0.8955 0.1045 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 502 123 379 8 0 14 1 100 0 0 373 1 5 0.0650 0.0000 0.0158 7.786 0.50 3.26 -2.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9599 0.0401 2 2 0.0000 0.4862 0.5138
chr1 12847504 CT C 0.500000 0.100 1 -1 5 493 72 421 68 0 0 0 4 0 0 421 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 72.000 1.03 1.75 -0.72 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.2974 0.7026 0.0000 0 0 0.6756 0.3244 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 891 162 729 142 0 11 0 9 0 0 729 0 0 0.8765 0.0000 0.0000 13.727 0.29 3.11 -2.82 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0766 0.9234 0.0000 0 0 0.7529 0.2471 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 434 103 331 66 0 2 1 34 0 0 331 0 0 0.6408 0.0000 0.0000 50.500 0.41 1.09 -0.68 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8665 0.1317 0.0019 1 0 0.8565 0.1412 0.0023 1 0 0.8420 0.1548 0.0031
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.100 1 -9 1 193 78 115 53 0 0 0 25 0 0 115 0 0 0.6795 0.0000 0.0000 78.000 1.25 9.08 -7.83 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8427 0.1540 0.0033 1 0 0.8316 0.1644 0.0040 1 0 0.8157 0.1790 0.0052
chr1 26282316 TGGGTCCAGGACA T 0.500000 0.100 1 -12 1 772 174 598 108 4 15 4 43 0 1 578 10 9 0.6207 0.0000 0.0334 13.000 2.05 20.81 -18.77 76 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9599 0.0400 0.0001 1 0 0.9551 0.0448 0.0001 1 0 0.9477 0.0521 0.0002
chr1 26282362 GCCGGGACCGGGA G 0.500000 0.100 1 -12 4 799 185 614 71 20 29 3 62 0 0 610 2 2 0.3838 0.0000 0.0065 5.370 2.13 14.45 -12.32 57 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5515 0.4298 0.0187 1 0 0.5481 0.4308 0.0212 1 0 0.5424 0.4327 0.0249
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -24 1 622 157 465 138 0 3 0 16 0 0 459 0 6 0.8790 0.0000 0.0129 51.333 1.07 19.69 -18.62 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 367 156 211 6 0 13 1 136 0 0 208 0 3 0.0385 0.0000 0.0142 11.000 0.00 2.99 -2.99 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 2 0.0000 0.3503 0.6497 2 2 0.0000 0.0495 0.9505
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.100 1 -3 1 775 170 605 159 0 4 0 7 0 0 605 0 0 0.9353 0.0000 0.0000 41.500 0.40 3.14 -2.74 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 0 0.6197 0.3803 0.0000 0 0 0.9617 0.0383 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 599 151 448 0 1 17 2 131 0 0 448 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.824 5.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 231 83 148 64 3 9 0 7 0 0 148 0 0 0.7711 0.0000 0.0000 8.222 0.22 2.57 -2.35 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0161 0.9839 0.0000 0 1 0.2233 0.7767 0.0000
chr1 55214867 G GGCC 0.500000 0.100 1 3 4 199 70 129 33 1 8 0 28 0 0 127 0 2 0.4714 0.0000 0.0155 7.750 0.58 3.79 -3.21 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3036 0.5590 0.1374 1 1 0.3037 0.5546 0.1417 1 1 0.3035 0.5490 0.1475
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.100 1 -30 1 521 120 401 102 0 12 0 6 0 0 400 0 1 0.8500 0.0000 0.0025 9.000 0.35 26.17 -25.81 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0864 0.9136 0.0000 0 0 0.6122 0.3878 0.0000
chr1 74109528 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 149 67 82 40 0 4 3 20 0 0 82 0 0 0.5970 0.0000 0.0000 15.500 0.15 1.00 -0.85 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6616 0.3177 0.0207 1 0 0.6504 0.3263 0.0233 1 0 0.6349 0.3380 0.0271
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 775 157 618 137 0 12 0 8 0 0 617 0 1 0.8726 0.0000 0.0016 12.083 0.59 3.00 -2.41 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0607 0.9393 0.0000 0 0 0.7051 0.2949 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 154 72 82 26 0 6 0 40 0 0 80 0 2 0.3611 0.0000 0.0244 11.000 0.12 3.67 -3.56 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0260 0.3543 0.6198 1 2 0.0289 0.3613 0.6097 1 2 0.0332 0.3709 0.5959
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 442 179 263 84 0 34 0 61 0 0 257 0 6 0.4693 0.0000 0.0228 4.265 0.37 9.80 -9.43 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5484 0.4322 0.0194 1 0 0.5449 0.4332 0.0219 1 0 0.5393 0.4350 0.0257
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 423 143 280 13 0 9 3 118 0 0 276 0 4 0.0909 0.0000 0.0143 16.750 0.54 5.81 -5.27 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9107 0.0893
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.100 1 -6 1 421 150 271 12 0 15 0 123 0 0 271 0 0 0.0800 0.0000 0.0000 9.000 0.75 5.67 -4.92 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.8488 0.1512
chr1 92074789 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 656 196 460 187 0 1 0 8 0 0 460 0 0 0.9541 0.0000 0.0000 195.000 0.37 1.00 -0.63 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.6958 0.3042 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 180 88 92 50 0 4 0 34 0 0 92 0 0 0.5682 0.0000 0.0000 21.000 0.12 3.24 -3.12 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6023 0.3724 0.0253 1 0 0.5936 0.3783 0.0281 1 0 0.5814 0.3862 0.0324
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 434 129 305 70 0 5 2 52 0 1 300 0 4 0.5426 0.0000 0.0164 24.800 0.59 3.12 -2.53 58 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4739 0.4903 0.0358 1 1 0.4716 0.4890 0.0394 1 1 0.4678 0.4877 0.0446
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 805 217 588 114 0 27 1 75 0 0 588 0 0 0.5253 0.0000 0.0000 7.000 1.79 8.85 -7.06 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8965 0.1030 0.0005 1 0 0.8891 0.1103 0.0006 1 0 0.8782 0.1209 0.0009
chr1 113812303 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 461 127 334 114 1 8 0 4 0 0 334 0 0 0.8976 0.0000 0.0000 14.750 0.40 1.00 -0.60 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0520 0.9480 0.0000 0 0 0.8179 0.1821 0.0000 0 0 0.9533 0.0467 0.0000
chr1 113838118 A AATT 0.500000 0.100 1 3 1 775 199 576 185 1 5 0 8 0 0 576 0 0 0.9296 0.0000 0.0000 38.800 0.38 2.62 -2.24 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6840 0.3160 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr1 116579647 GGTCGTC G 0.500000 0.100 1 -6 3 600 197 403 162 2 24 0 9 0 0 403 0 0 0.8223 0.0000 0.0000 7.208 0.28 6.56 -6.28 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2039 0.7961 0.0000 0 0 0.9011 0.0989 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 327 131 196 7 0 9 1 114 0 0 196 0 0 0.0534 0.0000 0.0000 13.556 0.29 2.04 -1.76 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8463 0.1537 2 2 0.0000 0.2519 0.7481
chr1 121095875 T TCCAGTTA 0.500000 0.100 1 7 2 519 141 378 129 0 9 0 3 0 0 377 0 1 0.9149 0.0000 0.0026 14.667 0.29 7.00 -6.71 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0899 0.9101 0.0000 0 0 0.8988 0.1012 0.0000 0 0 0.9757 0.0243 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 223 98 125 46 0 11 1 40 0 0 124 0 1 0.4694 0.0000 0.0080 7.909 0.78 5.78 -4.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2838 0.5878 0.1284 1 1 0.2856 0.5812 0.1332 1 1 0.2875 0.5730 0.1396
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1175 248 927 126 0 47 0 75 0 0 913 0 14 0.5081 0.0000 0.0151 4.277 0.60 3.60 -3.00 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8716 0.1278 0.0006 1 0 0.8644 0.1348 0.0007 1 0 0.8537 0.1452 0.0011
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 236 83 153 11 1 13 4 54 0 0 153 0 0 0.1325 0.0000 0.0000 5.077 1.09 1.65 -0.56 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9889 0.0111
chr1 152515515 G GGGCTGCTGCGGCGACTCA 0.500000 0.100 1 18 4 204 69 135 40 0 26 0 3 0 0 135 0 0 0.5797 0.0000 0.0000 1.654 0.42 6.33 -5.91 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0097 0.9903 0.0000 0 1 0.2321 0.7679 0.0000 0 0 0.5039 0.4961 0.0000
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 253 88 165 0 0 11 0 77 0 0 145 0 20 0.0000 0.0000 0.1212 7.000 10.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0089 0.9911
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1175 281 894 136 2 58 2 83 3 2 865 5 19 0.4840 0.0034 0.0324 3.828 1.62 11.51 -9.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8075 0.1915 0.0010 1 0 0.8015 0.1973 0.0013 1 0 0.7923 0.2059 0.0018
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1704 503 1201 4 19 142 1 337 0 0 1158 1 42 0.0080 0.0000 0.0358 2.542 9.00 7.58 1.42 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 2 0.0000 0.0191 0.9809
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 213 75 138 63 1 7 0 4 0 0 138 0 0 0.8400 0.0000 0.0000 9.571 1.76 1.50 0.26 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.2602 0.7398 0.0000 0 0 0.6320 0.3680 0.0000
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 301 68 233 40 0 1 0 27 0 0 233 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 67.000 0.10 1.33 -1.23 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5429 0.4158 0.0413 1 0 0.5350 0.4201 0.0449 1 0 0.5240 0.4258 0.0502
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 745 229 516 0 0 4 2 223 0 0 514 0 2 0.0000 0.0000 0.0039 75.000 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1739 403 1336 192 0 10 0 201 0 0 1335 0 1 0.4764 0.0000 0.0007 39.300 0.24 1.43 -1.19 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0220 0.8183 0.1597 1 1 0.0259 0.8001 0.1740 1 1 0.0317 0.7756 0.1927
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 252 63 189 49 1 9 1 3 1 0 188 0 0 0.7778 0.0053 0.0053 6.000 0.55 1.00 -0.45 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0126 0.9874 0.0000 0 1 0.2775 0.7225 0.0000 0 0 0.5718 0.4282 0.0000
chr1 175160809 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 721 129 592 6 6 4 66 47 0 0 592 0 0 0.0465 0.0000 0.0000 30.000 1.17 9.51 -8.34 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.8344 0.1656
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 177 62 115 37 0 5 1 19 0 0 115 0 0 0.5968 0.0000 0.0000 11.400 0.16 4.74 -4.57 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6569 0.3207 0.0224 1 0 0.6455 0.3294 0.0251 1 0 0.6298 0.3411 0.0291
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 458 241 217 9 103 47 3 79 0 2 215 0 0 0.0373 0.0000 0.0092 4.196 0.00 2.76 -2.76 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8115 0.1869 0.0016 1 0 0.8037 0.1942 0.0020 1 0 0.7924 0.2049 0.0027
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 458 241 217 88 6 45 86 16 0 0 215 2 0 0.3651 0.0000 0.0092 4.535 2.43 3.19 -0.76 48 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0381 0.6095 0.3524 1 1 0.0421 0.6002 0.3577 1 1 0.0479 0.5886 0.3635
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 458 250 208 127 0 33 2 88 0 0 200 0 8 0.5080 0.0000 0.0385 6.576 2.31 11.66 -9.35 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7511 0.2466 0.0022 1 0 0.7453 0.2519 0.0028 1 0 0.7364 0.2599 0.0037
chr1 214383705 GCCTCCT G 0.500000 0.100 1 -6 1 849 213 636 104 1 24 1 83 0 0 634 0 2 0.4883 0.0000 0.0031 7.875 0.44 6.20 -5.76 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5650 0.4228 0.0122 1 0 0.5631 0.4228 0.0140 1 0 0.5594 0.4236 0.0170
chr1 225204248 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 3 73 39 34 34 0 1 0 4 0 0 34 0 0 0.8718 0.0000 0.0000 38.000 0.12 4.50 -4.38 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0717 0.9283 0.0000 0 1 0.2855 0.7145 0.0000
chr1 225240637 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 222 85 137 81 0 2 0 2 0 0 137 0 0 0.9529 0.0000 0.0000 41.500 0.12 1.00 -0.88 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4336 0.5664 0.0000 0 0 0.8726 0.1274 0.0000 0 0 0.9340 0.0660 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 681 138 543 106 1 19 0 12 0 0 538 0 5 0.7681 0.0000 0.0092 6.263 0.73 9.83 -9.11 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0033 0.9967 0.0000
chr1 231185061 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 221 84 137 50 0 0 2 32 0 0 136 1 0 0.5952 0.0000 0.0073 83.000 0.18 7.09 -6.91 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.3833 0.0273 1 0 0.5811 0.3886 0.0303 1 0 0.5694 0.3959 0.0347
chr1 231185064 CCTGG C 0.500000 0.100 1 -4 1 221 90 131 54 0 0 2 34 0 0 129 0 2 0.6000 0.0000 0.0153 89.000 0.19 6.79 -6.61 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5954 0.3799 0.0247 1 0 0.5872 0.3852 0.0276 1 0 0.5758 0.3924 0.0318
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 207 113 94 107 0 4 0 2 0 0 94 0 0 0.9469 0.0000 0.0000 27.250 0.14 1.50 -1.36 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7407 0.2593 0.0000 0 0 0.9616 0.0384 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 561 162 399 13 0 15 5 129 0 0 392 3 4 0.0802 0.0000 0.0175 9.800 0.38 3.46 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.8271 0.1729
chr1 240092723 T TGCA 0.500000 0.100 1 3 2 666 134 532 53 4 27 0 50 1 0 527 0 4 0.3955 0.0019 0.0094 3.963 0.70 3.44 -2.74 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2643 0.6160 0.1197 1 1 0.2675 0.6075 0.1250 1 1 0.2714 0.5967 0.1319
chr1 240207539 A ACCCCCT 0.500000 0.100 1 6 2 415 123 292 91 2 22 0 8 0 0 291 0 1 0.7398 0.0000 0.0034 4.591 1.44 5.75 -4.31 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0071 0.9929 0.0000 0 1 0.2197 0.7803 0.0000
chr1 243165367 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 632 114 518 62 0 6 0 46 0 0 518 0 0 0.5439 0.0000 0.0000 18.000 0.15 2.98 -2.83 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5756 0.4003 0.0241 1 0 0.5689 0.4042 0.0270 1 0 0.5593 0.4096 0.0312
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 472 117 355 51 1 2 0 63 0 0 355 0 0 0.4359 0.0000 0.0000 57.500 0.65 1.17 -0.53 13 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0492 0.5148 0.4360 1 1 0.0533 0.5124 0.4343 1 1 0.0591 0.5097 0.4312
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 625 161 464 107 0 1 0 53 0 0 462 0 2 0.6646 0.0000 0.0043 160.000 0.78 3.04 -2.26 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9750 0.0249 0.0000 1 0 0.9714 0.0285 0.0000 1 0 0.9657 0.0342 0.0001
chr1 248022826 CAAG C 0.500000 0.100 1 -3 3 636 157 479 148 0 1 0 8 0 0 479 0 0 0.9427 0.0000 0.0000 156.000 0.44 3.12 -2.69 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2449 0.7551 0.0000 0 0 0.8857 0.1143 0.0000
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.100 1 -4 2 1263 313 950 181 1 7 0 124 0 0 942 0 8 0.5783 0.0000 0.0084 43.571 0.15 6.66 -6.51 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9373 0.0627 0.0000 1 0 0.9327 0.0672 0.0001 1 0 0.9258 0.0741 0.0001
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1087 258 829 140 1 3 0 114 0 0 827 0 2 0.5426 0.0000 0.0024 85.000 2.37 1.46 0.92 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6253 0.3703 0.0044 1 0 0.6247 0.3700 0.0053 1 0 0.6223 0.3709 0.0068
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 671 223 448 170 0 2 0 51 0 0 448 0 0 0.7623 0.0000 0.0000 110.500 1.35 4.82 -3.47 114 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9775 0.0225 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 797 69 728 0 0 3 2 64 0 0 717 0 11 0.0000 0.0000 0.0151 22.000 2.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 1149 316 833 177 0 8 0 131 0 0 833 0 0 0.5601 0.0000 0.0000 38.500 0.16 4.23 -4.07 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9133 0.0866 0.0001 1 0 0.9082 0.0916 0.0001 1 0 0.9005 0.0992 0.0002
chr1 248626807 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 1 450 114 336 105 0 3 0 6 0 0 336 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 37.000 0.75 2.83 -2.08 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2417 0.7583 0.0000 0 0 0.7763 0.2237 0.0000
chr1 248638528 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 333 113 220 104 1 1 0 7 0 0 220 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 112.000 0.56 3.71 -3.16 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1002 0.8998 0.0000 0 0 0.6470 0.3530 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 359 123 236 101 0 15 0 7 0 0 236 0 0 0.8211 0.0000 0.0000 7.200 0.24 7.00 -6.76 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0825 0.9175 0.0000 0 0 0.6006 0.3994 0.0000
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 1257 327 930 206 0 8 2 111 0 0 930 0 0 0.6300 0.0000 0.0000 39.875 0.24 5.52 -5.28 140 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9991 0.0009 0.0000 1 0 0.9988 0.0012 0.0000 1 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 1552 307 1245 279 0 18 0 10 0 0 1245 0 0 0.9088 0.0000 0.0000 16.056 0.79 3.40 -2.61 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 200 81 119 7 0 1 0 73 0 0 116 0 3 0.0864 0.0000 0.0252 80.000 1.14 3.60 -2.46 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9819 0.0181 2 1 0.0000 0.7576 0.2424
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 375 130 245 52 1 18 2 57 0 0 237 1 7 0.4000 0.0000 0.0327 6.222 1.15 8.49 -7.34 16 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0172 0.3936 0.5892 1 2 0.0190 0.3947 0.5863 1 2 0.0216 0.3967 0.5817
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 610 176 434 87 0 15 0 74 0 0 432 0 2 0.4943 0.0000 0.0046 10.733 0.36 8.68 -8.32 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4698 0.5067 0.0235 1 1 0.4731 0.5011 0.0258 1 1 0.4766 0.4944 0.0290
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 639 158 481 125 0 26 0 7 0 0 481 0 0 0.7911 0.0000 0.0000 5.077 0.50 8.86 -8.36 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.8217 0.1783 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 220 68 152 6 0 1 0 61 0 0 149 0 3 0.0882 0.0000 0.0197 67.000 0.17 3.03 -2.87 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9605 0.0395 2 1 0.0000 0.6782 0.3218
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 705 140 565 49 1 14 0 76 0 0 560 0 5 0.3500 0.0000 0.0088 9.000 0.39 2.99 -2.60 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0017 0.1465 0.8517 1 2 0.0022 0.1556 0.8422 1 2 0.0030 0.1685 0.8285
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.100 1 -3 1 191 75 116 37 0 6 0 32 0 0 116 0 0 0.4933 0.0000 0.0000 11.500 0.05 3.03 -2.98 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3247 0.5549 0.1205 1 1 0.3243 0.5507 0.1251 1 1 0.3234 0.5454 0.1312
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.100 1 39 1 513 179 334 52 1 55 2 69 0 0 333 1 0 0.2905 0.0000 0.0030 2.255 0.31 1.94 -1.63 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0150 0.3576 0.6274 1 2 0.0171 0.3627 0.6201 1 2 0.0204 0.3700 0.6097
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 417 176 241 89 0 16 0 71 0 0 241 0 0 0.5057 0.0000 0.0000 10.000 0.57 3.23 -2.65 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5665 0.4175 0.0160 1 0 0.5629 0.4189 0.0183 1 0 0.5571 0.4213 0.0217
chr2 71364133 A ACAGATC 0.500000 0.100 1 6 1 284 83 201 68 0 10 0 5 0 0 201 0 0 0.8193 0.0000 0.0000 7.300 0.40 4.00 -3.60 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1273 0.8727 0.0000 0 0 0.5229 0.4771 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 664 173 491 1 5 41 2 124 0 0 477 1 13 0.0058 0.0000 0.0285 3.333 2.00 9.47 -7.47 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2809 0.7191 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0182 0.9818
chr2 73385903 TGGAGGAGGAGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 667 181 486 82 9 31 1 58 0 0 476 0 10 0.4530 0.0000 0.0206 4.806 5.16 12.48 -7.32 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6535 0.3374 0.0091 1 0 0.6472 0.3421 0.0107 1 0 0.6380 0.3490 0.0131
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 437 103 334 41 0 10 0 52 0 0 331 0 3 0.3981 0.0000 0.0090 9.300 0.05 3.62 -3.57 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0335 0.4294 0.5371 1 2 0.0368 0.4322 0.5309 1 2 0.0417 0.4362 0.5221
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.100 1 24 2 932 246 686 199 1 39 0 7 1 0 683 0 2 0.8089 0.0015 0.0044 5.282 0.27 7.14 -6.87 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6111 0.3889 0.0000 0 0 0.9815 0.0185 0.0000
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 1 353 113 240 14 0 6 1 92 0 0 232 0 8 0.1239 0.0000 0.0333 17.833 0.07 8.64 -8.57 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9835 0.0165
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 372 138 234 69 1 8 0 60 0 0 233 0 1 0.5000 0.0000 0.0043 16.250 1.14 3.48 -2.34 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.5717 0.0616 1 1 0.3680 0.5657 0.0663 1 1 0.3690 0.5583 0.0728
chr2 85343677 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 677 127 550 97 0 2 1 27 0 0 538 0 12 0.7638 0.0000 0.0218 62.500 0.23 6.41 -6.18 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9864 0.0136 0.0000 1 0 0.9840 0.0160 0.0000 1 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr2 85754556 ACGC A 0.500000 0.100 1 -3 4 611 171 440 75 3 14 3 76 0 0 440 0 0 0.4386 0.0000 0.0000 11.214 0.95 3.88 -2.93 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1424 0.6822 0.1753 1 1 0.1488 0.6695 0.1817 1 1 0.1570 0.6533 0.1897
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 704 170 534 3 0 23 5 139 0 1 526 0 7 0.0176 0.0000 0.0150 6.391 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3063 0.6937 2 2 0.0000 0.0154 0.9846 2 2 0.0000 0.0053 0.9947
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.100 1 3 4 454 131 323 69 0 2 0 60 0 0 321 0 2 0.5267 0.0000 0.0062 64.500 0.17 3.00 -2.83 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3175 0.6032 0.0793 1 1 0.3203 0.5954 0.0844 1 1 0.3232 0.5855 0.0914
chr2 101405989 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 143 72 71 63 0 2 0 7 0 0 71 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 35.000 0.33 3.00 -2.67 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0133 0.9867 0.0000 0 1 0.1922 0.8078 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 528 115 413 0 0 1 0 114 0 0 400 0 13 0.0000 0.0000 0.0315 114.000 5.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 312 106 206 5 0 10 0 91 0 0 203 0 3 0.0472 0.0000 0.0146 9.600 0.20 6.34 -6.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6522 0.3478 2 2 0.0000 0.2055 0.7945
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 698 181 517 161 0 12 0 8 0 2 514 1 0 0.8895 0.0000 0.0058 14.083 0.56 1.38 -0.82 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1987 0.8013 0.0000 0 0 0.8945 0.1055 0.0000
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.100 1 3 1 528 139 389 127 0 7 0 5 0 0 387 0 2 0.9137 0.0000 0.0051 18.857 0.27 3.00 -2.73 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2479 0.7521 0.0000 0 0 0.8416 0.1584 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 179 53 126 6 2 11 8 26 0 0 124 1 1 0.1132 0.0000 0.0159 3.091 0.00 1.27 -1.27 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9786 0.0213 2 1 0.0000 0.9884 0.0116 2 1 0.0000 0.9317 0.0683
chr2 173221473 C CAAT 0.500000 0.100 1 3 1 303 72 231 40 0 2 0 30 0 0 230 0 1 0.5556 0.0000 0.0043 35.000 0.42 2.80 -2.38 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4294 0.4985 0.0721 1 1 0.4255 0.4980 0.0766 1 1 0.4198 0.4975 0.0827
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 843 308 535 194 1 7 0 106 0 0 533 0 2 0.6299 0.0000 0.0037 42.857 0.55 4.16 -3.61 88 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9984 0.0016 0.0000 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.9973 0.0027 0.0000
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.100 1 -18 1 317 105 212 84 0 16 0 5 0 0 212 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 5.562 0.13 14.80 -14.67 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2445 0.7555 0.0000 0 0 0.7041 0.2959 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 673 143 530 83 0 6 0 54 0 0 527 0 3 0.5804 0.0000 0.0057 22.833 0.42 3.89 -3.47 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7647 0.2309 0.0044 1 0 0.7554 0.2393 0.0053 1 0 0.7422 0.2510 0.0068
chr2 186694302 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 9 2 310 139 171 59 1 20 2 57 0 0 163 0 8 0.4245 0.0000 0.0468 5.900 2.42 7.32 -4.89 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0817 0.5997 0.3185 1 1 0.0868 0.5921 0.3210 1 1 0.0938 0.5826 0.3236
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 309 143 166 17 52 25 2 47 0 0 166 0 0 0.1189 0.0000 0.0000 4.720 0.29 3.17 -2.88 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5218 0.4448 0.0334 1 0 0.5167 0.4465 0.0368 1 0 0.5093 0.4490 0.0417
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 194 63 131 24 5 10 2 22 0 0 131 0 0 0.3810 0.0000 0.0000 4.800 0.38 1.36 -0.99 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3247 0.5392 0.1361 1 1 0.3236 0.5362 0.1403 1 1 0.3218 0.5324 0.1458
chr2 202196839 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 292 113 179 100 1 4 0 8 0 0 179 0 0 0.8850 0.0000 0.0000 27.250 0.19 3.38 -3.19 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0301 0.9699 0.0000 0 1 0.4417 0.5583 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 1 488 108 380 10 0 29 9 60 0 0 376 2 2 0.0926 0.0000 0.0105 2.655 0.90 5.10 -4.20 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9475 0.0525
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 1 488 108 380 10 5 57 2 34 1 0 376 2 1 0.0926 0.0026 0.0105 0.909 0.90 5.74 -4.84 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0066 0.1905 0.8029 1 2 0.0079 0.2027 0.7894 1 2 0.0096 0.2385 0.7519
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 313 107 206 97 0 6 0 4 0 0 206 0 0 0.9065 0.0000 0.0000 16.833 0.33 2.00 -1.67 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.6421 0.3579 0.0000 0 0 0.8944 0.1056 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 502 143 359 0 0 25 1 117 0 1 354 0 4 0.0000 0.0000 0.0139 4.720 7.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0062 0.9938 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr2 217897939 GTCC G 0.500000 0.100 1 -3 1 258 108 150 69 0 1 0 38 0 0 150 0 0 0.6389 0.0000 0.0000 107.000 0.55 2.89 -2.34 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8631 0.1351 0.0018 1 0 0.8532 0.1445 0.0023 1 0 0.8389 0.1580 0.0031
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 569 224 345 210 2 6 0 6 0 0 345 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 36.333 0.57 18.50 -17.93 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0745 0.9255 0.0000 0 0 0.9852 0.0148 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 622 124 498 61 2 8 1 52 0 1 496 0 1 0.4919 0.0000 0.0040 14.375 0.33 3.06 -2.73 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3979 0.5434 0.0587 1 1 0.3976 0.5393 0.0631 1 1 0.3963 0.5344 0.0694
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 310 126 184 66 0 5 8 47 0 0 182 0 2 0.5238 0.0000 0.0109 24.200 0.68 4.23 -3.55 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4087 0.5374 0.0538 1 1 0.4082 0.5336 0.0582 1 1 0.4067 0.5291 0.0642
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 310 123 187 66 39 9 1 8 0 2 185 0 0 0.5366 0.0000 0.0107 8.444 0.68 5.50 -4.82 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0118 0.9882 0.0000 0 1 0.3094 0.6906 0.0000
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 155 69 86 37 0 7 1 24 0 0 86 0 0 0.5362 0.0000 0.0000 8.857 0.11 2.88 -2.77 7 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5216 0.4301 0.0483 1 0 0.5140 0.4338 0.0522 1 0 0.5036 0.4387 0.0577
chr2 233822976 AGGACGGCG A 0.500000 0.100 1 -8 1 393 136 257 67 1 9 0 59 0 0 256 0 1 0.4926 0.0000 0.0039 14.111 0.27 7.66 -7.39 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3442 0.5849 0.0708 1 1 0.3461 0.5782 0.0757 1 1 0.3478 0.5698 0.0824
chr2 240568861 GCGCCCCCGC G 0.500000 0.100 1 -9 1 357 107 250 97 0 5 0 5 4 2 242 2 0 0.9065 0.0160 0.0320 20.400 1.67 7.60 -5.93 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1658 0.8342 0.0000 0 0 0.6953 0.3047 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 1371 324 1047 308 0 1 0 15 0 0 1047 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 323.000 1.15 1.07 0.08 160 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3596 0.6404 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 381 106 275 0 0 23 5 78 0 0 274 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 3.565 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0168 0.9832
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.100 1 -3 2 547 163 384 150 0 3 0 10 0 0 384 0 0 0.9202 0.0000 0.0000 53.333 0.47 3.20 -2.73 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0409 0.9591 0.0000 0 0 0.7028 0.2972 0.0000
chr2 241096100 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 581 200 381 181 0 9 0 10 0 0 381 0 0 0.9050 0.0000 0.0000 21.222 0.44 3.20 -2.76 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1670 0.8330 0.0000 0 0 0.9141 0.0859 0.0000
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.100 1 -2 1 454 112 342 59 0 1 0 52 1 0 341 0 0 0.5268 0.0029 0.0029 111.000 0.34 2.25 -1.91 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3607 0.5654 0.0739 1 1 0.3613 0.5601 0.0786 1 1 0.3613 0.5535 0.0853
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 786 233 553 0 0 2 1 230 0 0 544 0 9 0.0000 0.0000 0.0163 115.500 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 793 187 606 79 1 27 1 79 1 0 589 0 16 0.4225 0.0017 0.0281 5.889 0.37 11.16 -10.80 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0554 0.7037 0.2409 1 1 0.0620 0.6972 0.2408 1 1 0.0717 0.6887 0.2396
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.100 1 -3 1 430 128 302 121 0 4 0 3 0 0 302 0 0 0.9453 0.0000 0.0000 31.000 0.62 6.00 -5.38 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.100 1 3 1 448 147 301 89 0 4 0 54 0 0 300 0 1 0.6054 0.0000 0.0033 35.750 0.30 3.19 -2.88 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8768 0.1222 0.0010 1 0 0.8680 0.1306 0.0013 1 0 0.8553 0.1429 0.0018
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.100 1 -3 1 480 148 332 78 0 2 0 68 0 0 331 0 1 0.5270 0.0000 0.0030 73.000 0.28 3.21 -2.92 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3505 0.5907 0.0589 1 1 0.3531 0.5833 0.0635 1 1 0.3557 0.5742 0.0701
chr3 39101054 T TCTAC 0.500000 0.100 1 4 1 451 97 354 56 0 0 1 40 0 0 352 0 2 0.5773 0.0000 0.0056 97.000 0.34 4.38 -4.04 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5072 0.4543 0.0385 1 0 0.5022 0.4557 0.0421 1 0 0.4948 0.4578 0.0473
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.100 1 -3 3 727 297 430 265 6 9 7 10 0 0 430 0 0 0.8923 0.0000 0.0000 31.222 6.93 3.40 3.53 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8436 0.1564 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 725 250 475 18 11 30 5 186 0 1 433 0 41 0.0720 0.0000 0.0884 7.300 2.00 9.23 -7.23 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 647 207 440 92 1 39 0 75 0 0 436 0 4 0.4444 0.0000 0.0091 4.308 0.55 5.71 -5.15 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4369 0.5330 0.0301 1 1 0.4383 0.5282 0.0335 1 1 0.4389 0.5226 0.0384
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 647 211 436 162 8 28 1 12 0 0 436 0 0 0.7678 0.0000 0.0000 6.536 2.66 2.75 -0.09 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0048 0.9952 0.0000 0 1 0.4770 0.5230 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 852 243 609 0 0 20 0 223 0 0 606 0 3 0.0000 0.0000 0.0049 11.150 2.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 329 141 188 0 0 5 1 135 0 0 187 0 1 0.0000 0.0000 0.0053 27.200 4.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 633 168 465 2 0 20 15 131 0 0 461 1 3 0.0119 0.0000 0.0086 7.400 0.50 3.44 -2.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0391 0.9609 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 329 94 235 7 0 21 60 6 0 0 230 5 0 0.0745 0.0000 0.0213 3.650 0.14 3.67 -3.52 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9800 0.0200 2 1 0.0000 0.7373 0.2627
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 329 96 233 7 0 24 0 65 0 0 228 0 5 0.0729 0.0000 0.0215 3.000 0.14 5.85 -5.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9821 0.0179 2 1 0.0000 0.7578 0.2422
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 436 140 296 60 0 19 0 61 0 0 293 0 3 0.4286 0.0000 0.0101 6.368 0.13 5.54 -5.41 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1153 0.6298 0.2548 1 1 0.1208 0.6204 0.2588 1 1 0.1281 0.6084 0.2636
chr3 52693748 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 760 198 562 115 0 6 0 77 0 0 562 0 0 0.5808 0.0000 0.0000 32.000 0.96 3.86 -2.90 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8935 0.1060 0.0005 1 0 0.8861 0.1132 0.0006 1 0 0.8752 0.1239 0.0009
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 188 94 94 43 0 8 0 43 0 0 94 0 0 0.4574 0.0000 0.0000 10.750 0.14 6.95 -6.81 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1980 0.6039 0.1980 1 1 0.2019 0.5962 0.2019 1 1 0.2067 0.5865 0.2067
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 257 92 165 0 0 5 39 48 0 0 162 1 2 0.0000 0.0000 0.0182 17.200 3.31 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0133 0.9867
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 257 94 163 2 0 2 48 42 0 0 162 0 1 0.0213 0.0000 0.0061 46.000 1.00 3.90 -2.90 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4785 0.5215 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 3 243 49 194 6 3 16 3 21 0 0 193 0 1 0.1224 0.0000 0.0052 2.357 0.67 3.14 -2.48 4 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0164 0.2894 0.6942 1 2 0.0155 0.4146 0.5699 2 1 0.0097 0.6865 0.3038
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 300 130 170 55 4 14 1 56 0 0 168 0 2 0.4231 0.0000 0.0118 8.286 0.18 3.00 -2.82 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1813 0.6405 0.1781 1 1 0.1864 0.6304 0.1832 1 1 0.1928 0.6175 0.1897
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 621 147 474 82 0 12 3 50 0 0 474 0 0 0.5578 0.0000 0.0000 11.250 0.67 1.08 -0.41 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8263 0.1713 0.0024 1 0 0.8166 0.1804 0.0030 1 0 0.8028 0.1933 0.0039
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 465 126 339 70 0 5 1 50 0 0 339 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 24.000 0.31 1.18 -0.87 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6392 0.3464 0.0144 1 0 0.6314 0.3521 0.0165 1 0 0.6202 0.3601 0.0196
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 325 109 216 56 0 9 1 43 0 0 215 0 1 0.5138 0.0000 0.0046 11.111 0.50 1.33 -0.83 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4513 0.4977 0.0510 1 1 0.4482 0.4967 0.0551 1 1 0.4435 0.4956 0.0609
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 97 32 65 20 0 1 1 10 0 0 63 1 1 0.6250 0.0000 0.0308 31.000 0.65 1.20 -0.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4225 0.4787 0.0987 1 1 0.4169 0.4800 0.1031 1 1 0.4093 0.4818 0.1090
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 430 128 302 70 0 1 1 56 0 0 301 0 1 0.5469 0.0000 0.0033 127.000 0.14 1.59 -1.45 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4479 0.5106 0.0415 1 1 0.4465 0.5082 0.0453 1 1 0.4437 0.5055 0.0508
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1146 315 831 117 2 61 10 125 0 0 830 0 1 0.3714 0.0000 0.0012 4.164 0.26 3.11 -2.85 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0145 0.5527 0.4328 1 1 0.0168 0.5444 0.4389 1 1 0.0202 0.5346 0.4452
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 273 97 176 59 0 6 0 32 0 0 174 0 2 0.6082 0.0000 0.0114 15.167 0.41 3.16 -2.75 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7863 0.2082 0.0055 1 0 0.7751 0.2182 0.0066 1 0 0.7594 0.2322 0.0083
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 503 149 354 94 0 1 0 54 0 0 351 0 3 0.6309 0.0000 0.0085 148.000 0.09 3.11 -3.03 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9027 0.0967 0.0006 1 0 0.8948 0.1044 0.0008 1 0 0.8831 0.1158 0.0011
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 728 144 584 67 1 25 0 51 0 1 583 0 0 0.4653 0.0000 0.0017 4.760 1.30 10.24 -8.94 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6120 0.3707 0.0173 1 0 0.6049 0.3754 0.0196 1 0 0.5947 0.3821 0.0231
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 307 109 198 64 0 1 0 44 0 0 195 0 3 0.5872 0.0000 0.0152 108.000 0.95 3.86 -2.91 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5975 0.3819 0.0205 1 0 0.5904 0.3865 0.0231 1 0 0.5801 0.3929 0.0270
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.100 1 -2 4 442 130 312 118 0 3 0 9 0 0 312 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 42.333 0.41 2.44 -2.04 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 1 0.4874 0.5126 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 213 109 104 104 0 0 0 5 0 0 104 0 0 0.9541 0.0000 0.0000 109.000 0.07 3.20 -3.13 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.4695 0.5305 0.0000 0 0 0.8629 0.1371 0.0000
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 357 134 223 118 1 1 0 14 0 0 223 0 0 0.8806 0.0000 0.0000 133.000 0.80 2.07 -1.27 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0391 0.9609 0.0000
chr3 150703735 A ACCTCCT 0.500000 0.100 1 6 2 468 83 385 35 1 16 2 29 0 0 382 0 3 0.4217 0.0000 0.0078 4.188 0.51 5.83 -5.31 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2529 0.5796 0.1675 1 1 0.2549 0.5737 0.1715 1 1 0.2572 0.5662 0.1767
chr3 150762661 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 4 310 68 242 27 1 14 1 25 0 0 241 0 1 0.3971 0.0000 0.0041 3.857 0.56 3.36 -2.80 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2410 0.5654 0.1936 1 1 0.2428 0.5605 0.1967 1 1 0.2450 0.5543 0.2007
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 300 92 208 48 0 1 0 43 0 0 208 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 91.000 0.06 1.33 -1.26 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3053 0.5813 0.1134 1 1 0.3066 0.5752 0.1183 1 1 0.3077 0.5674 0.1248
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 386 162 224 125 1 19 2 15 0 0 224 0 0 0.7716 0.0000 0.0000 7.526 0.36 3.40 -3.04 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0083 0.9917 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 526 135 391 110 4 17 0 4 0 0 391 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 6.882 0.25 3.00 -2.75 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0438 0.9562 0.0000 0 0 0.8068 0.1932 0.0000 0 0 0.9507 0.0493 0.0000
chr3 185480514 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 382 119 263 114 0 1 0 4 0 0 263 0 0 0.9580 0.0000 0.0000 118.000 0.18 3.50 -3.32 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0439 0.9561 0.0000 0 0 0.8077 0.1923 0.0000 0 0 0.9510 0.0490 0.0000
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 613 175 438 164 2 6 0 3 0 0 437 0 1 0.9371 0.0000 0.0023 33.600 0.18 2.33 -2.15 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4257 0.5743 0.0000 0 0 0.9824 0.0176 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr3 193364162 GCCCACA G 0.500000 0.100 1 -6 2 211 79 132 48 0 2 0 29 0 0 130 0 2 0.6076 0.0000 0.0152 38.500 0.54 7.00 -6.46 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6326 0.3456 0.0218 1 0 0.6229 0.3527 0.0244 1 0 0.6093 0.3623 0.0283
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.100 1 3 1 4542 823 3719 84 2 92 13 632 230 133 3353 3 0 0.1021 0.0618 0.0984 8.679 2.98 6.36 -3.39 16 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 788 179 609 84 1 11 0 83 0 0 596 0 13 0.4693 0.0000 0.0213 15.273 0.36 9.87 -9.51 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0411 0.5947 0.3642 1 1 0.0452 0.5865 0.3683 1 1 0.0511 0.5763 0.3726
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 233 89 144 20 1 5 54 9 0 0 141 2 1 0.2247 0.0000 0.0208 83.000 0.40 10.78 -10.38 18 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0347 0.9652 1 2 0.0002 0.0722 0.9276 2 1 0.0001 0.7159 0.2840
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 233 90 143 5 0 16 1 68 0 0 140 0 3 0.0556 0.0000 0.0210 4.625 0.60 9.10 -8.50 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8491 0.1509 2 2 0.0000 0.4293 0.5707
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 522 104 418 0 0 0 0 104 0 0 344 1 73 0.0000 0.0000 0.1770 104.000 14.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 1395636 TCA T 0.001231 0.100 1 -2 1 839 223 616 114 6 43 3 57 19 23 555 6 13 0.5112 0.0308 0.0990 4.390 2.79 4.12 -1.33 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9990 0.0010 0.0000 1 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.100 1 -6 2 781 287 494 1 1 76 6 203 0 0 473 9 12 0.0035 0.0000 0.0425 2.797 14.00 9.45 4.55 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 607 168 439 147 1 11 0 9 0 0 439 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 14.273 1.07 14.67 -13.59 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6012 0.3988 0.0000 0 0 0.9821 0.0179 0.0000
chr4 13599332 A ATGC 0.500000 0.100 1 3 2 654 140 514 128 0 3 0 9 0 0 514 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 45.667 0.29 2.89 -2.60 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0396 0.9604 0.0000 0 0 0.6070 0.3930 0.0000
chr4 15003254 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 714 187 527 88 2 22 6 69 0 0 517 1 9 0.4706 0.0000 0.0190 7.857 0.84 7.72 -6.88 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2222 0.6834 0.0944 1 1 0.2288 0.6706 0.1005 1 1 0.2370 0.6542 0.1088
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 2 714 187 527 89 1 29 0 68 0 0 516 0 11 0.4759 0.0000 0.0209 5.643 0.87 8.53 -7.66 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3516 0.5998 0.0486 1 1 0.3554 0.5915 0.0531 1 1 0.3594 0.5813 0.0594
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 720 211 509 106 2 38 2 63 1 0 497 2 9 0.5024 0.0020 0.0236 4.553 0.84 8.46 -7.62 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8429 0.1559 0.0012 1 0 0.8348 0.1637 0.0015 1 0 0.8229 0.1750 0.0021
chr4 56314410 C CGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 9 1 645 166 479 85 0 14 0 67 0 0 465 0 14 0.5120 0.0000 0.0292 10.857 0.45 9.04 -8.60 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2228 0.6765 0.1008 1 1 0.2290 0.6641 0.1069 1 1 0.2368 0.6482 0.1150
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.100 1 -15 2 310 79 231 4 0 10 1 64 0 0 222 0 9 0.0506 0.0000 0.0390 6.900 0.00 11.19 -11.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9941 0.0059 2 1 0.0000 0.6372 0.3628 2 2 0.0000 0.2644 0.7356
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.100 1 -48 1 870 234 636 100 4 78 2 50 0 0 636 0 0 0.4274 0.0000 0.0000 2.013 0.39 2.68 -2.29 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9753 0.0246 0.0000 1 0 0.9717 0.0283 0.0001 1 0 0.9660 0.0339 0.0001
chr4 76896936 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 713 173 540 136 4 23 1 9 0 0 540 0 0 0.7861 0.0000 0.0000 6.478 0.69 3.11 -2.42 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0374 0.9626 0.0000 0 0 0.6343 0.3657 0.0000
chr4 76897475 G GCGC 0.500000 0.100 1 3 1 523 109 414 90 0 14 0 5 0 0 414 0 0 0.8257 0.0000 0.0000 6.786 0.98 4.00 -3.02 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3041 0.6959 0.0000 0 0 0.7610 0.2390 0.0000
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 1 1065 442 623 176 5 75 5 181 0 0 620 0 3 0.3982 0.0000 0.0048 4.946 0.32 3.13 -2.81 88 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0302 0.8207 0.1490 1 1 0.0350 0.8029 0.1622 1 1 0.0420 0.7786 0.1794
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 151 66 85 38 0 5 0 23 0 0 85 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 12.200 0.11 1.00 -0.89 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6020 0.3672 0.0308 1 0 0.5921 0.3739 0.0340 1 0 0.5784 0.3830 0.0386
chr4 87614693 CAGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 2573 571 2002 486 11 38 7 29 5 4 1986 5 2 0.8511 0.0025 0.0080 14.694 1.37 5.83 -4.46 202 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3944 0.6056 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 4018 937 3081 12 14 45 37 829 54 53 2751 156 67 0.0128 0.0175 0.1071 23.026 2.25 10.13 -7.88 12 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 4145 852 3293 7 4 118 9 714 19 81 2871 92 230 0.0082 0.0058 0.1282 6.178 7.57 11.37 -3.80 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9245 0.0755
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 362 114 248 107 0 3 0 4 0 0 248 0 0 0.9386 0.0000 0.0000 37.000 0.32 2.00 -1.68 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0345 0.9655 0.0000 0 0 0.7508 0.2492 0.0000 0 0 0.9328 0.0672 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 130 53 77 7 0 1 0 45 0 0 75 0 2 0.1321 0.0000 0.0260 52.000 0.00 3.07 -3.07 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 1 0.0000 0.9013 0.0987
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 664 162 502 75 0 5 0 82 0 0 499 0 3 0.4630 0.0000 0.0060 31.400 0.45 3.99 -3.53 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0498 0.5885 0.3617 1 1 0.0542 0.5810 0.3648 1 1 0.0605 0.5718 0.3678
chr4 121157144 CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C 0.500000 0.100 1 -18 1 213 110 103 98 1 5 0 6 0 0 103 0 0 0.8909 0.0000 0.0000 21.000 0.18 15.17 -14.98 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1913 0.8087 0.0000 0 0 0.7219 0.2781 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 448 196 252 0 0 26 12 158 0 0 249 0 3 0.0000 0.0000 0.0119 6.538 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 429 141 288 2 59 26 7 47 0 5 276 3 4 0.0142 0.0000 0.0417 4.346 0.50 6.28 -5.78 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2556 0.6302 0.1142 1 1 0.2596 0.6207 0.1196 1 1 0.2644 0.6087 0.1269
chr4 146639305 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 429 141 288 63 13 26 4 35 4 1 275 2 6 0.4468 0.0139 0.0451 4.346 10.33 7.69 2.65 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8855 0.1134 0.0011 1 0 0.8766 0.1221 0.0014 1 0 0.8636 0.1346 0.0019
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 2 430 161 269 72 3 20 0 66 0 1 258 1 9 0.4472 0.0000 0.0409 6.950 4.93 9.55 -4.61 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1597 0.6764 0.1639 1 1 0.1659 0.6641 0.1700 1 1 0.1738 0.6483 0.1779
chr4 154237107 A AGTT 0.500000 0.100 1 3 1 937 211 726 185 0 20 0 6 0 0 726 0 0 0.8768 0.0000 0.0000 9.550 0.30 3.33 -3.04 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0198 0.9802 0.0000 0 0 0.9454 0.0546 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 359 167 192 81 0 23 0 63 1 0 188 0 3 0.4850 0.0052 0.0208 6.261 0.81 5.56 -4.74 13 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5296 0.4482 0.0222 1 0 0.5266 0.4485 0.0250 1 0 0.5215 0.4494 0.0291
chr4 158715313 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 186 63 123 54 0 4 0 5 0 0 123 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 14.750 0.00 1.60 -1.60 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0688 0.9312 0.0000 0 1 0.3587 0.6413 0.0000
chr4 173332110 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 149 48 101 28 0 0 0 20 0 0 101 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 48.000 0.39 2.95 -2.56 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4255 0.4873 0.0871 1 1 0.4206 0.4879 0.0916 1 1 0.4137 0.4886 0.0976
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.100 1 -9 2 280 74 206 71 0 2 0 1 0 0 206 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 36.000 0.45 11.00 -10.55 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8016 0.1984 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.100 1 -21 1 200 103 97 49 0 10 0 44 0 0 93 0 4 0.4757 0.0000 0.0412 9.300 0.27 17.82 -17.55 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2112 0.6156 0.1732 1 1 0.2151 0.6071 0.1778 1 1 0.2200 0.5964 0.1837
chr5 41158762 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 274 82 192 46 0 1 0 35 0 0 191 0 1 0.5610 0.0000 0.0052 81.000 1.59 1.94 -0.36 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4442 0.4942 0.0615 1 1 0.4404 0.4938 0.0658 1 1 0.4348 0.4934 0.0719
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 738 168 570 0 0 24 8 136 0 0 567 0 3 0.0000 0.0000 0.0053 6.000 3.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 366 123 243 71 1 13 1 37 1 0 240 0 2 0.5772 0.0041 0.0123 10.000 1.24 3.19 -1.95 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8737 0.1249 0.0015 1 0 0.8641 0.1340 0.0019 1 0 0.8503 0.1471 0.0025
chr5 61332713 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 1 402 61 341 14 2 21 2 22 3 0 334 1 3 0.2295 0.0088 0.0205 1.900 3.57 6.50 -2.93 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0807 0.4747 0.4446 1 1 0.0851 0.4761 0.4388 1 1 0.0911 0.4779 0.4310
chr5 73447067 G GGCGGCC 0.500000 0.100 1 6 1 396 108 288 47 1 20 0 40 0 0 288 0 0 0.4352 0.0000 0.0000 4.400 1.15 5.70 -4.55 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3840 0.5368 0.0792 1 1 0.3825 0.5336 0.0839 1 1 0.3800 0.5297 0.0903
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 369 120 249 0 0 5 0 115 0 0 247 0 2 0.0000 0.0000 0.0080 23.000 5.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 513 133 380 0 0 0 0 133 0 0 376 0 4 0.0000 0.0000 0.0105 133.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr5 75611679 GGGGCTGCTGCTCC G 0.500000 0.100 1 -13 6 214 79 135 74 0 3 0 2 0 0 135 0 0 0.9367 0.0000 0.0000 25.333 0.43 13.50 -13.07 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3377 0.6623 0.0000 0 0 0.8273 0.1727 0.0000 0 0 0.9095 0.0905 0.0000
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 143 71 72 31 0 2 0 38 0 1 71 0 0 0.4366 0.0000 0.0139 34.500 0.06 3.18 -3.12 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1062 0.5436 0.3501 1 1 0.1109 0.5402 0.3489 1 1 0.1171 0.5359 0.3469
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 385 105 280 60 4 30 4 7 0 0 280 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 2.667 4.88 9.86 -4.97 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0408 0.9592 0.0000
chr5 80654889 TGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 379 102 277 10 3 18 24 47 0 0 276 0 1 0.0980 0.0000 0.0036 4.611 2.20 7.96 -5.76 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9858 0.0142
chr5 80654905 G GCCGCAGCGC 0.500000 0.100 1 9 2 375 92 283 74 3 10 0 5 0 0 283 0 0 0.8043 0.0000 0.0000 8.200 8.09 4.00 4.09 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1861 0.8139 0.0000 0 0 0.6291 0.3709 0.0000
chr5 80654908 GCAGCGCCCC G 0.500000 0.100 1 -9 2 379 92 287 21 0 9 21 41 0 0 284 0 3 0.2283 0.0000 0.0105 10.375 2.38 9.83 -7.45 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0002 0.0369 0.9629 1 2 0.0002 0.0583 0.9415 2 1 0.0001 0.5697 0.4302
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 260 94 166 49 0 3 0 42 0 0 166 0 0 0.5213 0.0000 0.0000 30.333 0.16 3.00 -2.84 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3557 0.5555 0.0888 1 1 0.3554 0.5510 0.0936 1 1 0.3543 0.5455 0.1002
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 1176 272 904 204 2 43 1 22 1 0 898 4 1 0.7500 0.0011 0.0066 5.302 0.46 4.00 -3.54 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000
chr5 116051474 ACAAT A 0.500000 0.100 1 -4 2 189 61 128 56 0 0 0 5 0 0 127 0 1 0.9180 0.0000 0.0078 61.000 0.41 4.00 -3.59 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000 0 1 0.2435 0.7565 0.0000
chr5 119193899 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 138 75 63 44 1 1 1 28 0 0 63 0 0 0.5867 0.0000 0.0000 73.000 0.20 2.96 -2.76 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6197 0.3555 0.0248 1 0 0.6100 0.3624 0.0276 1 0 0.5965 0.3717 0.0318
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 605 130 475 60 0 4 0 66 0 0 475 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 31.500 0.20 1.11 -0.91 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0908 0.6108 0.2984 1 1 0.0961 0.6025 0.3014 1 1 0.1032 0.5920 0.3048
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 400 120 280 87 0 24 0 9 0 0 279 0 1 0.7250 0.0000 0.0036 4.000 0.25 10.22 -9.97 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1000 0.9000 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 433 103 330 58 0 12 0 33 0 0 325 0 5 0.5631 0.0000 0.0152 7.583 0.55 4.85 -4.30 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6849 0.3021 0.0130 1 0 0.6749 0.3102 0.0149 1 0 0.6609 0.3212 0.0179
chr5 134115108 ATCCCGGGGG A 0.500000 0.100 1 -9 3 264 75 189 69 1 2 0 3 0 0 189 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 36.500 0.87 7.00 -6.13 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 0 0.5749 0.4251 0.0000 0 0 0.8133 0.1867 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 160 66 94 0 0 1 0 65 0 0 93 0 1 0.0000 0.0000 0.0106 65.000 3.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0391 0.9609
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.100 1 -6 3 334 53 281 46 1 2 0 4 0 0 281 0 0 0.8679 0.0000 0.0000 25.000 2.41 5.75 -3.34 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1283 0.8717 0.0000 0 1 0.4275 0.5725 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 386 99 287 43 0 7 0 49 0 0 278 0 9 0.4343 0.0000 0.0314 13.143 0.30 7.43 -7.13 25 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0285 0.4139 0.5576 1 2 0.0316 0.4173 0.5510 1 2 0.0362 0.4221 0.5417
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 385 131 254 41 0 30 0 60 1 1 245 0 7 0.3130 0.0039 0.0354 3.367 1.24 8.33 -7.09 5 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0061 0.2334 0.7605 1 2 0.0073 0.2426 0.7501 1 2 0.0091 0.2555 0.7354
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 385 131 254 41 0 30 0 60 1 1 245 0 7 0.3130 0.0039 0.0354 3.367 1.24 8.33 -7.09 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0062 0.2343 0.7595 1 2 0.0073 0.2436 0.7491 1 2 0.0092 0.2564 0.7344
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 1136 281 855 264 1 6 0 10 0 0 855 0 0 0.9395 0.0000 0.0000 45.667 0.34 4.00 -3.66 118 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9298 0.0702 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 3 1144 283 861 266 1 6 0 10 0 0 861 0 0 0.9399 0.0000 0.0000 46.167 0.32 4.00 -3.68 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9364 0.0636 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 631 142 489 118 1 2 0 21 0 0 489 0 0 0.8310 0.0000 0.0000 70.000 0.97 2.00 -1.03 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.100 1 -1 4 587 149 438 82 0 1 0 66 0 0 438 0 0 0.5503 0.0000 0.0000 148.000 0.15 1.27 -1.13 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5296 0.4482 0.0222 1 0 0.5266 0.4485 0.0250 1 0 0.5215 0.4494 0.0291
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.100 1 1 2 103 49 54 25 0 0 0 24 0 0 54 0 0 0.5102 0.0000 0.0000 49.000 0.24 1.42 -1.18 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2425 0.5586 0.1989 1 1 0.2441 0.5542 0.2017 1 1 0.2460 0.5486 0.2054
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 309 111 198 0 53 3 0 55 0 0 197 0 1 0.0000 0.0000 0.0051 36.000 4.29 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1010 0.5888 0.3102 1 1 0.1060 0.5821 0.3119 1 1 0.1129 0.5736 0.3135
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 165 74 91 28 1 6 0 39 0 0 90 0 1 0.3784 0.0000 0.0110 11.333 0.36 3.18 -2.82 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0547 0.4579 0.4874 1 2 0.0588 0.4598 0.4814 1 2 0.0645 0.4625 0.4730
chr5 168529585 AGGC A 0.500000 0.100 1 -3 1 949 234 715 201 4 20 0 9 0 0 715 0 0 0.8590 0.0000 0.0000 10.600 1.47 6.00 -4.53 107 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6539 0.3461 0.0000 0 0 0.9845 0.0155 0.0000
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.100 1 -2 1 358 105 253 84 8 7 0 6 1 0 252 0 0 0.8000 0.0040 0.0040 13.714 0.13 2.00 -1.87 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1439 0.8561 0.0000 0 0 0.6503 0.3497 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 393 87 306 46 0 5 0 36 0 0 305 0 1 0.5287 0.0000 0.0033 16.400 0.17 3.94 -3.77 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4168 0.5132 0.0700 1 1 0.4139 0.5116 0.0745 1 1 0.4096 0.5097 0.0807
chr5 178712817 T TAGG 0.500000 0.100 1 3 1 782 185 597 88 1 6 2 88 0 0 594 0 3 0.4757 0.0000 0.0050 29.500 0.17 2.89 -2.72 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0958 0.6926 0.2116 1 1 0.1020 0.6794 0.2186 1 1 0.1105 0.6623 0.2273
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 428 178 250 81 5 30 3 59 0 0 250 0 0 0.4551 0.0000 0.0000 5.103 1.56 2.98 -1.43 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7232 0.2709 0.0059 1 0 0.7148 0.2781 0.0071 1 0 0.7028 0.2884 0.0089
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.100 1 -4 3 796 197 599 95 1 10 0 91 0 0 591 0 8 0.4822 0.0000 0.0134 18.700 1.34 4.11 -2.77 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1018 0.7135 0.1847 1 1 0.1085 0.6992 0.1924 1 1 0.1174 0.6806 0.2020
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 580 111 469 0 0 14 0 97 0 0 467 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 6.929 3.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0081 0.9919
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 461 119 342 38 1 26 0 54 0 0 341 0 1 0.3193 0.0000 0.0029 3.577 0.79 2.83 -2.04 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0233 0.3753 0.6015 1 2 0.0260 0.3805 0.5935 1 2 0.0300 0.3877 0.5823
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 516 102 414 81 6 11 0 4 1 2 408 1 2 0.7941 0.0024 0.0145 8.273 1.20 5.25 -4.05 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1681 0.8319 0.0000 0 0 0.7505 0.2495 0.0000
chr6 13711474 T TGCG 0.005977 0.100 1 3 1 328 81 247 34 1 14 1 31 0 0 246 0 1 0.4198 0.0000 0.0040 4.643 1.59 3.42 -1.83 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4625 0.5356 0.0019 1 1 0.4668 0.5312 0.0020 1 1 0.4722 0.5258 0.0020
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1786 452 1334 53 10 127 13 249 0 1 1317 3 13 0.1173 0.0000 0.0127 2.496 1.45 3.90 -2.45 17 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.100 1 3 1 1774 542 1232 205 15 129 5 188 0 1 1227 1 3 0.3782 0.0000 0.0041 3.238 1.50 4.20 -2.70 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5026 0.4966 0.0008 1 0 0.5203 0.4788 0.0009 1 0 0.5410 0.4578 0.0012
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.100 1 2 1 1369 294 1075 269 0 9 0 16 0 0 1075 0 0 0.9150 0.0000 0.0000 31.667 0.28 2.12 -1.84 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2393 0.7607 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 1267 238 1029 118 0 8 0 112 0 0 996 1 32 0.4958 0.0000 0.0321 28.750 0.23 12.36 -12.13 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0064 0.4672 0.5264 1 2 0.0078 0.4680 0.5243 1 2 0.0101 0.4702 0.5197
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 113 46 67 32 0 10 1 3 0 0 67 0 0 0.6957 0.0000 0.0000 3.500 1.75 3.67 -1.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.1334 0.8666 0.0000 0 1 0.3539 0.6461 0.0000
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 345 111 234 0 0 2 1 108 0 0 234 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 54.500 1.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr6 31027337 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 1270 299 971 168 4 25 3 99 2 10 957 0 2 0.5619 0.0021 0.0144 10.880 1.84 2.36 -0.52 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9967 0.0033 0.0000 1 0 0.9960 0.0040 0.0000 1 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr6 31111507 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTCCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.100 1 -66 2 460 143 317 74 0 32 0 37 0 0 317 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 3.469 0.53 2.32 -1.80 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9185 0.0809 0.0006 1 0 0.9106 0.0887 0.0008 1 0 0.8987 0.1001 0.0011
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 524 151 373 77 8 6 1 59 0 0 372 0 1 0.5099 0.0000 0.0027 27.400 0.55 2.03 -1.49 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6874 0.3043 0.0083 1 0 0.6796 0.3107 0.0097 1 0 0.6683 0.3198 0.0119
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 524 152 372 78 62 4 0 8 0 0 372 0 0 0.5132 0.0000 0.0000 36.500 0.55 2.00 -1.45 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1453 0.8547 0.0000 0 0 0.8002 0.1998 0.0000
chr6 31412224 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 625 175 450 103 1 4 0 67 0 0 450 0 0 0.5886 0.0000 0.0000 42.750 0.36 3.00 -2.64 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8938 0.1057 0.0006 1 0 0.8860 0.1133 0.0008 1 0 0.8745 0.1244 0.0011
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 562 153 409 6 70 0 3 74 0 0 407 0 2 0.0392 0.0000 0.0049 152.000 0.00 8.88 -8.88 4 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0317 0.4810 0.4873 1 2 0.0351 0.4801 0.4848 1 2 0.0400 0.4794 0.4806
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 562 153 409 85 3 0 1 64 0 0 407 0 2 0.5556 0.0000 0.0049 153.000 1.55 10.20 -8.65 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6470 0.3430 0.0100 1 0 0.6407 0.3477 0.0116 1 0 0.6314 0.3545 0.0141
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 539 190 349 165 0 7 0 18 0 0 348 0 1 0.8684 0.0000 0.0029 26.143 0.65 11.94 -11.29 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0150 0.9850 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 248 96 152 59 0 3 0 34 0 0 152 0 0 0.6146 0.0000 0.0000 31.000 0.27 4.44 -4.17 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7862 0.2082 0.0055 1 0 0.7751 0.2183 0.0066 1 0 0.7594 0.2323 0.0083
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 112 26 86 0 3 17 1 5 0 0 86 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.529 11.40 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2064 0.5119 0.2817 1 1 0.2065 0.5136 0.2799 1 1 0.2053 0.5159 0.2787
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 698 314 384 188 13 53 0 60 1 1 382 0 0 0.5987 0.0026 0.0052 5.396 7.59 8.10 -0.51 56 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.3790 0.6210 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 698 303 395 211 12 21 0 59 2 0 393 0 0 0.6964 0.0051 0.0051 16.412 8.24 8.19 0.05 85 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8073 0.1927 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 233 45 188 28 0 0 0 17 0 0 188 0 0 0.6222 0.0000 0.0000 45.000 4.71 8.47 -3.76 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5125 0.4296 0.0579 1 0 0.5043 0.4337 0.0620 1 0 0.4932 0.4390 0.0678
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 5 473 180 293 149 2 19 1 9 1 1 291 0 0 0.8278 0.0034 0.0068 8.368 0.49 6.56 -6.07 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0959 0.9041 0.0000 0 0 0.8010 0.1990 0.0000
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.100 1 18 1 352 82 270 53 0 8 0 21 0 0 257 0 13 0.6463 0.0000 0.0481 10.571 1.06 13.67 -12.61 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6616 0.3217 0.0166 1 0 0.6517 0.3294 0.0189 1 0 0.6377 0.3400 0.0223
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 1114 266 848 137 0 5 1 123 0 0 845 0 3 0.5150 0.0000 0.0035 52.000 0.33 3.26 -2.93 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2643 0.7007 0.0350 1 1 0.2745 0.6862 0.0393 1 1 0.2869 0.6676 0.0455
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 354 149 205 69 0 24 0 56 0 0 203 0 2 0.4631 0.0000 0.0098 5.208 0.48 5.91 -5.43 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4226 0.5297 0.0478 1 1 0.4219 0.5262 0.0519 1 1 0.4202 0.5221 0.0577
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 792 172 620 77 2 31 0 62 0 0 620 0 0 0.4477 0.0000 0.0000 4.516 0.40 3.31 -2.90 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5553 0.4242 0.0204 1 0 0.5510 0.4259 0.0231 1 0 0.5444 0.4286 0.0269
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 444 101 343 37 4 31 0 29 0 0 343 0 0 0.3663 0.0000 0.0000 2.258 1.81 4.28 -2.47 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5118 0.4405 0.0477 1 0 0.5050 0.4434 0.0516 1 0 0.4955 0.4473 0.0572
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 857 200 657 5 0 111 2 82 0 0 620 0 37 0.0250 0.0000 0.0563 0.793 0.40 9.67 -9.27 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 2 0.0000 0.3288 0.6712 2 2 0.0000 0.0656 0.9344
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 633 140 493 22 3 42 1 72 0 1 472 1 19 0.1571 0.0000 0.0426 2.390 2.00 3.99 -1.99 8 1/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0179 0.9821 2 1 0.0000 0.7663 0.2337 2 1 0.0000 0.9980 0.0020
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 1463 351 1112 334 0 13 0 4 0 0 1111 0 1 0.9516 0.0000 0.0009 26.000 0.91 6.25 -5.34 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 554 118 436 63 0 6 0 49 0 0 436 0 0 0.5339 0.0000 0.0000 18.667 0.16 3.24 -3.09 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5189 0.4488 0.0323 1 0 0.5142 0.4501 0.0357 1 0 0.5072 0.4522 0.0405
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 117 38 79 22 0 1 0 15 0 0 79 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 37.000 0.45 3.13 -2.68 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4085 0.4895 0.1020 1 1 0.4036 0.4900 0.1063 1 1 0.3970 0.4907 0.1122
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 749 180 569 0 0 7 0 173 0 0 563 0 6 0.0000 0.0000 0.0105 24.714 3.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.100 1 -3 5 680 145 535 90 0 3 0 52 0 0 535 0 0 0.6207 0.0000 0.0000 47.333 0.36 3.08 -2.72 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9146 0.0849 0.0005 1 0 0.9070 0.0924 0.0006 1 0 0.8956 0.1034 0.0009
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.100 1 2 1 643 133 510 3 0 2 2 126 0 0 494 1 15 0.0226 0.0000 0.0314 65.500 0.00 6.33 -6.33 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3419 0.6581 2 2 0.0000 0.0183 0.9817 2 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 316 93 223 56 0 0 0 37 0 0 222 0 1 0.6022 0.0000 0.0045 93.000 0.14 1.22 -1.07 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6407 0.3412 0.0181 1 0 0.6315 0.3480 0.0205 1 0 0.6187 0.3573 0.0240
chr6 151349194 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 710 177 533 98 1 3 0 75 0 0 531 0 2 0.5537 0.0000 0.0038 58.000 0.48 3.13 -2.65 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6455 0.3463 0.0083 1 0 0.6403 0.3500 0.0097 1 0 0.6323 0.3558 0.0120
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 893 213 680 0 0 8 3 202 0 0 672 0 8 0.0000 0.0000 0.0118 25.625 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr6 156778268 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 960 245 715 97 3 68 1 76 2 1 706 3 3 0.3959 0.0028 0.0126 2.588 1.20 5.59 -4.40 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5850 0.4036 0.0114 1 0 0.5821 0.4047 0.0133 1 0 0.5770 0.4069 0.0161
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 555 205 350 13 0 31 0 161 0 0 330 0 20 0.0634 0.0000 0.0571 5.613 0.31 15.06 -14.75 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9918 0.0082 2 2 0.0000 0.3919 0.6081
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 471 183 288 168 1 7 0 7 0 0 288 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 25.143 0.16 4.57 -4.41 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.7290 0.2710 0.0000 0 0 0.9761 0.0239 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 218 85 133 72 1 9 0 3 0 0 133 0 0 0.8471 0.0000 0.0000 8.333 0.24 6.33 -6.10 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0496 0.9504 0.0000 0 0 0.6097 0.3903 0.0000 0 0 0.8336 0.1664 0.0000
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 348 136 212 0 0 11 11 114 0 0 206 1 5 0.0000 0.0000 0.0283 11.364 3.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 875 246 629 10 5 15 96 120 0 0 628 1 0 0.0407 0.0000 0.0016 11.231 7.40 10.66 -3.26 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9925 0.0075 2 2 0.0000 0.3747 0.6253
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 285 99 186 92 1 2 0 4 0 0 186 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 48.500 0.33 3.25 -2.92 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0158 0.9842 0.0000 0 0 0.5960 0.4040 0.0000 0 0 0.8751 0.1249 0.0000
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 250 104 146 41 4 23 0 36 0 0 146 0 0 0.3942 0.0000 0.0000 3.636 3.56 4.22 -0.66 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4252 0.5065 0.0683 1 1 0.4220 0.5053 0.0727 1 1 0.4171 0.5039 0.0789
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.100 1 -4 1 250 105 145 49 0 18 0 38 0 0 145 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 4.833 3.10 4.37 -1.27 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4665 0.4807 0.0528 1 1 0.4622 0.4810 0.0569 1 1 0.4558 0.4815 0.0627
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 1 265 35 230 15 0 14 0 6 0 0 230 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 1.500 3.53 2.50 1.03 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4744 0.4432 0.0824 1 0 0.4599 0.4546 0.0855 1 1 0.4305 0.4825 0.0870
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 596 197 399 1 0 35 7 154 0 0 399 0 0 0.0051 0.0000 0.0000 4.600 0.00 3.12 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 509 155 354 139 1 2 1 12 0 0 354 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 76.000 0.19 1.17 -0.97 79 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1887 0.8113 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 172 46 126 30 0 1 0 15 0 0 126 0 0 0.6522 0.0000 0.0000 45.000 0.07 3.53 -3.47 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6192 0.3491 0.0317 1 0 0.6080 0.3571 0.0349 1 0 0.5927 0.3678 0.0395
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 639 127 512 61 0 1 1 64 0 0 512 0 0 0.4803 0.0000 0.0000 126.000 0.59 1.28 -0.69 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1147 0.6321 0.2532 1 1 0.1202 0.6225 0.2573 1 1 0.1275 0.6103 0.2622
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 207 100 107 36 0 5 0 59 0 0 105 0 2 0.3600 0.0000 0.0187 19.000 0.25 3.41 -3.16 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0055 0.2115 0.7830 1 2 0.0066 0.2214 0.7721 1 2 0.0083 0.2352 0.7565
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 962 230 732 2 1 108 2 117 0 0 723 4 5 0.0087 0.0000 0.0123 1.140 14.50 5.28 9.22 2 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4195 0.5805 2 2 0.0000 0.0549 0.9451 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.100 1 2 1 961 231 730 2 99 10 3 117 0 0 720 1 9 0.0087 0.0000 0.0137 15.375 14.50 5.26 9.24 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0325 0.9675 1 2 0.0000 0.3053 0.6947 2 1 0.0000 0.8986 0.1014
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 269 81 188 32 4 14 0 31 0 0 188 0 0 0.3951 0.0000 0.0000 4.786 0.28 2.87 -2.59 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3262 0.5525 0.1213 1 1 0.3257 0.5485 0.1258 1 1 0.3247 0.5434 0.1319
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 448 127 321 95 0 0 0 32 0 0 321 0 0 0.7480 0.0000 0.0000 127.000 0.20 2.53 -2.33 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9928 0.0072 0.0000 1 0 0.9911 0.0089 0.0000 1 0 0.8658 0.1342 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 906 224 682 0 0 18 1 205 0 0 680 0 2 0.0000 0.0000 0.0029 11.444 3.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 558 125 433 18 0 17 3 87 0 0 424 0 9 0.1440 0.0000 0.0208 6.294 0.39 3.56 -3.17 12 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 236 82 154 46 0 4 0 32 0 0 151 0 3 0.5610 0.0000 0.0195 19.500 0.00 3.22 -3.22 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4732 0.4733 0.0535 1 1 0.4683 0.4741 0.0576 1 1 0.4613 0.4753 0.0634
chr7 93102446 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 876 189 687 100 1 15 0 73 0 0 687 0 0 0.5291 0.0000 0.0000 11.533 0.39 1.34 -0.95 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7682 0.2287 0.0031 1 0 0.7602 0.2360 0.0038 1 0 0.7485 0.2466 0.0050
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 182 47 135 31 0 1 0 15 0 0 135 0 0 0.6596 0.0000 0.0000 46.000 0.00 1.00 -1.00 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6430 0.3300 0.0270 1 0 0.6314 0.3387 0.0299 1 0 0.6153 0.3505 0.0343
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 829 252 577 130 0 9 1 112 0 0 577 0 0 0.5159 0.0000 0.0000 27.000 0.35 3.89 -3.54 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4434 0.5414 0.0152 1 1 0.4485 0.5340 0.0176 1 1 0.4536 0.5253 0.0211
chr7 100075318 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 532 172 360 152 1 10 0 9 0 0 360 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 16.200 0.18 1.11 -0.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1313 0.8687 0.0000 0 0 0.8409 0.1591 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 183 69 114 55 0 0 1 13 0 0 107 1 6 0.7971 0.0000 0.0614 68.000 0.25 24.92 -24.67 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9124 0.0866 0.0010 1 0 0.9032 0.0955 0.0013 1 0 0.8707 0.1275 0.0017
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.100 1 -7 1 1313 417 896 278 2 15 1 121 0 0 883 0 13 0.6667 0.0000 0.0145 26.800 0.26 7.00 -6.74 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 560 143 417 15 0 4 0 124 0 0 415 0 2 0.1049 0.0000 0.0048 34.750 0.20 3.08 -2.88 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9711 0.0289
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 469 109 360 2 0 28 1 78 1 0 350 0 9 0.0183 0.0028 0.0278 2.857 1.00 5.95 -4.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8991 0.1009 2 2 0.0000 0.2322 0.7678 2 2 0.0000 0.0879 0.9121
chr7 104328788 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 419 123 296 53 0 1 1 68 1 0 291 0 4 0.4309 0.0034 0.0169 122.000 3.91 6.91 -3.01 25 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0147 0.3579 0.6274 1 2 0.0168 0.3629 0.6203 1 2 0.0200 0.3701 0.6099
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 717 150 567 10 0 12 1 127 0 0 567 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 11.500 1.40 3.90 -2.50 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9857 0.0143 2 1 0.0000 0.5500 0.4500
chr7 124787828 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 50 29 21 27 0 0 0 2 0 0 21 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 29.000 0.22 1.00 -0.78 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0451 0.9549 0.0000 0 1 0.3148 0.6852 0.0000 0 0 0.5069 0.4931 0.0000
chr7 128794394 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 351 97 254 60 0 0 1 36 0 0 251 1 2 0.6186 0.0000 0.0118 97.000 0.27 3.11 -2.84 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6809 0.3062 0.0129 1 0 0.6712 0.3140 0.0148 1 0 0.6575 0.3247 0.0178
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 391 182 209 74 1 36 0 71 0 0 206 0 3 0.4066 0.0000 0.0144 4.056 7.55 4.89 2.67 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1790 0.6739 0.1471 1 1 0.1851 0.6617 0.1532 1 1 0.1928 0.6461 0.1612
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 392 188 204 77 4 27 0 80 0 0 204 0 0 0.4096 0.0000 0.0000 5.926 4.51 7.21 -2.71 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1684 0.6867 0.1449 1 1 0.1749 0.6738 0.1513 1 1 0.1831 0.6572 0.1597
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -12 1 392 193 199 97 3 84 2 7 0 0 198 0 1 0.5026 0.0000 0.0050 1.293 3.82 11.29 -7.46 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0478 0.9522 0.0000 0 0 0.5633 0.4367 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 232 72 160 35 0 2 0 35 0 0 160 0 0 0.4861 0.0000 0.0000 35.000 0.20 3.57 -3.37 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2075 0.5850 0.2075 1 1 0.2106 0.5787 0.2107 1 1 0.2146 0.5707 0.2147
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.100 1 19 1 181 99 82 67 0 30 0 2 0 0 82 0 0 0.6768 0.0000 0.0000 2.300 0.06 19.00 -18.94 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2630 0.7370 0.0000 0 0 0.7715 0.2285 0.0000 0 0 0.8774 0.1226 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 869 263 606 118 6 35 3 101 0 1 602 0 3 0.4487 0.0000 0.0066 6.486 0.33 3.36 -3.03 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4656 0.5193 0.0151 1 1 0.4693 0.5134 0.0173 1 1 0.4726 0.5066 0.0208
chr7 143222622 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 664 133 531 73 0 6 0 54 0 0 530 0 1 0.5489 0.0000 0.0019 21.167 0.53 3.24 -2.71 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6033 0.3796 0.0170 1 0 0.5969 0.3838 0.0193 1 0 0.5875 0.3896 0.0228
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1951 446 1505 0 0 18 4 424 0 0 1503 0 2 0.0000 0.0000 0.0013 23.722 1.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 143727510 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 1 252 88 164 46 0 5 0 37 0 0 158 2 4 0.5227 0.0000 0.0366 16.600 0.13 4.19 -4.06 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2597 0.5970 0.1433 1 1 0.2622 0.5898 0.1480 1 1 0.2651 0.5807 0.1542
chr7 143727511 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 252 84 168 45 2 4 13 20 0 0 164 2 2 0.5357 0.0000 0.0238 77.000 0.11 7.30 -7.19 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4649 0.4799 0.0553 1 1 0.4603 0.4803 0.0594 1 1 0.4537 0.4810 0.0653
chr7 143727518 A AACTGGCAGTTC 0.500000 0.100 1 11 1 252 78 174 44 0 3 5 26 0 0 165 0 9 0.5641 0.0000 0.0517 25.000 0.14 5.62 -5.48 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2898 0.5818 0.1284 1 1 0.2911 0.5757 0.1331 1 1 0.2926 0.5680 0.1395
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 633 142 491 15 0 5 1 121 0 0 485 0 6 0.1056 0.0000 0.0122 27.400 1.07 3.93 -2.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9682 0.0318
chr7 144318430 CTGTT C 0.500000 0.100 1 -4 1 666 408 258 395 0 7 0 6 0 0 258 0 0 0.9681 0.0000 0.0000 57.286 1.33 3.83 -2.51 109 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr7 149790295 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 323 93 230 52 0 3 0 38 0 0 230 0 0 0.5591 0.0000 0.0000 30.000 0.94 1.58 -0.64 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5438 0.4223 0.0339 1 0 0.5371 0.4256 0.0373 1 0 0.5276 0.4302 0.0422
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 192 56 136 33 0 5 0 18 0 0 136 0 0 0.5893 0.0000 0.0000 10.200 1.06 4.83 -3.77 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6128 0.3559 0.0313 1 0 0.6021 0.3634 0.0345 1 0 0.5874 0.3734 0.0392
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.100 1 5 1 536 115 421 60 2 9 0 44 0 0 417 0 4 0.5217 0.0000 0.0095 11.778 1.87 6.70 -4.84 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5210 0.4465 0.0325 1 0 0.5162 0.4480 0.0359 1 0 0.5090 0.4503 0.0407
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.100 1 8 1 672 176 496 92 0 18 0 66 0 0 494 0 2 0.5227 0.0000 0.0040 8.778 0.85 7.68 -6.83 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7069 0.2871 0.0061 1 0 0.6994 0.2934 0.0072 1 0 0.6884 0.3025 0.0090
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 709 184 525 79 0 3 0 102 0 0 524 0 1 0.4293 0.0000 0.0019 60.333 0.94 1.27 -0.34 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0059 0.3097 0.6844 1 2 0.0070 0.3145 0.6784 1 2 0.0088 0.3218 0.6694
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 433 122 311 110 0 2 0 10 0 0 311 0 0 0.9016 0.0000 0.0000 60.000 0.59 1.20 -0.61 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.2556 0.7444 0.0000
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 659 189 470 112 0 4 0 73 0 0 464 0 6 0.5926 0.0000 0.0128 46.250 0.73 11.84 -11.10 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8367 0.1621 0.0012 1 0 0.8287 0.1698 0.0015 1 0 0.8170 0.1808 0.0021
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 571 156 415 97 0 3 0 56 0 0 415 0 0 0.6218 0.0000 0.0000 51.000 0.73 3.61 -2.88 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9319 0.0678 0.0003 1 0 0.9252 0.0744 0.0004 1 0 0.9151 0.0843 0.0006
chr7 151066528 AGGAGGC A 0.500000 0.100 1 -6 2 402 118 284 68 0 10 0 40 0 0 284 0 0 0.5763 0.0000 0.0000 10.800 1.12 5.80 -4.68 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8226 0.1742 0.0032 1 0 0.8122 0.1839 0.0039 1 0 0.7972 0.1977 0.0051
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 535 99 436 0 0 1 18 80 0 3 403 11 19 0.0000 0.0000 0.0757 98.000 7.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 540 98 442 0 0 4 19 75 0 0 408 11 23 0.0000 0.0000 0.0769 44.500 7.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 557 94 463 0 0 6 3 85 0 0 383 29 51 0.0000 0.0000 0.1728 14.500 6.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 212 102 110 63 0 6 0 33 0 0 107 0 3 0.6176 0.0000 0.0273 16.000 0.98 7.30 -6.32 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8347 0.1624 0.0029 1 0 0.8249 0.1716 0.0036 1 0 0.8109 0.1845 0.0046
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 753 171 582 68 1 30 1 71 0 0 582 0 0 0.3977 0.0000 0.0000 4.667 0.69 6.10 -5.41 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1133 0.6522 0.2345 1 1 0.1186 0.6411 0.2403 1 1 0.1256 0.6270 0.2474
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 660 140 520 111 0 22 1 6 0 0 518 0 2 0.7929 0.0000 0.0038 5.364 0.41 4.00 -3.59 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0213 0.9787 0.0000 0 1 0.4389 0.5611 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.100 1 -48 3 996 286 710 120 1 26 6 133 1 3 682 9 15 0.4196 0.0014 0.0394 10.320 2.22 10.78 -8.57 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0054 0.9726 0.0220 1 1 0.0069 0.9720 0.0211 1 1 0.0096 0.9706 0.0198
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCACTCCCAC 0.013640 0.100 1 18 1 517 222 295 170 8 32 0 12 0 1 286 1 7 0.7658 0.0000 0.0305 6.267 6.71 13.83 -7.12 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5921 0.4079 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 518 233 285 19 0 27 1 186 0 0 285 0 0 0.0815 0.0000 0.0000 7.593 8.74 6.44 2.30 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.6010 0.3990
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 324 117 207 0 0 2 0 115 0 0 203 1 3 0.0000 0.0000 0.0193 57.500 7.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0123 0.9877
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.100 1 -1 2 252 113 139 66 0 1 0 46 0 0 139 0 0 0.5841 0.0000 0.0000 112.000 0.29 3.04 -2.76 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7379 0.2558 0.0063 1 0 0.7305 0.2622 0.0073 1 0 0.7199 0.2713 0.0088
chr8 53881042 GGCC G 0.000725 0.100 1 -3 2 68 42 26 15 0 1 0 26 0 0 26 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 41.000 0.27 3.42 -3.16 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2152 0.7834 0.0014 1 1 0.2250 0.7736 0.0013 1 1 0.2383 0.7604 0.0013
chr8 61676164 T TTTC 0.000496 0.100 1 3 1 243 87 156 37 3 9 0 38 0 0 154 0 2 0.4253 0.0000 0.0128 8.667 0.22 3.08 -2.86 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4028 0.5970 0.0002 1 1 0.4100 0.5898 0.0002 1 1 0.4191 0.5807 0.0002
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.100 1 3 1 596 137 459 67 2 21 1 46 2 1 449 4 3 0.4891 0.0044 0.0218 6.105 2.07 4.20 -2.12 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7361 0.2613 0.0026 1 0 0.7316 0.2654 0.0029 1 0 0.7251 0.2714 0.0035
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.100 1 3 1 677 221 456 82 4 38 2 95 0 0 455 0 1 0.3710 0.0000 0.0022 4.763 0.49 3.76 -3.27 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0920 0.8250 0.0830 1 1 0.1019 0.8145 0.0836 1 1 0.1160 0.8000 0.0840
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.100 1 -14 2 365 140 225 88 0 3 0 49 0 0 219 0 6 0.6286 0.0000 0.0267 45.667 0.55 12.76 -12.21 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9280 0.0720 0.0000 1 0 0.9229 0.0771 0.0000 1 0 0.9155 0.0845 0.0000
chr8 90645735 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 487 123 364 48 0 19 0 56 0 0 364 0 0 0.3902 0.0000 0.0000 5.474 0.75 3.23 -2.48 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0755 0.5558 0.3687 1 1 0.0802 0.5511 0.3686 1 1 0.0868 0.5454 0.3678
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 104 48 56 26 0 0 0 22 0 0 56 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 48.000 0.23 3.00 -2.77 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3170 0.5396 0.1434 1 1 0.3160 0.5366 0.1474 1 1 0.3144 0.5328 0.1528
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 628 194 434 10 1 7 3 173 0 0 434 0 0 0.0515 0.0000 0.0000 31.000 0.00 18.54 -18.54 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8878 0.1122 2 2 0.0000 0.1267 0.8733
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 307 91 216 84 0 3 0 4 0 0 216 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 29.333 1.58 4.00 -2.42 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 1 0.4842 0.5158 0.0000 0 0 0.8189 0.1811 0.0000
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 1 304 98 206 10 0 12 69 7 0 0 206 0 0 0.1020 0.0000 0.0000 7.083 0.70 4.43 -3.73 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9444 0.0556
chr8 123369924 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 304 101 203 7 4 2 4 84 0 0 203 0 0 0.0693 0.0000 0.0000 45.500 0.43 3.00 -2.57 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9805 0.0195 2 1 0.0000 0.7247 0.2753
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 369 166 203 105 0 0 0 61 0 0 201 0 2 0.6325 0.0000 0.0099 166.000 0.12 3.02 -2.89 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9336 0.0662 0.0002 1 0 0.9271 0.0726 0.0003 1 0 0.9175 0.0821 0.0005
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 482 135 347 0 0 23 14 98 0 0 339 2 6 0.0000 0.0000 0.0231 4.826 4.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 356 108 248 59 0 6 2 41 0 0 247 0 1 0.5463 0.0000 0.0040 17.000 3.12 3.90 -0.78 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5555 0.4161 0.0284 1 0 0.5492 0.4193 0.0315 1 0 0.5401 0.4239 0.0360
chr8 144397775 GCCACTGC G 0.500000 0.100 1 -7 3 1069 225 844 216 0 1 1 7 0 0 843 0 1 0.9600 0.0000 0.0012 224.000 1.55 8.29 -6.74 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.8372 0.1628 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr8 144397788 CCG C 0.500000 0.100 1 -2 5 1068 228 840 220 1 1 0 6 0 0 838 1 1 0.9649 0.0000 0.0024 226.000 1.55 9.50 -7.95 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 0 0.9444 0.0556 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1011 177 834 115 5 7 6 44 0 0 834 0 0 0.6497 0.0000 0.0000 42.250 1.50 4.84 -3.34 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9972 0.0028 0.0000 1 0 0.9965 0.0035 0.0000 1 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1014 182 832 19 104 6 5 48 0 0 828 0 4 0.1044 0.0000 0.0048 58.000 0.79 5.00 -4.21 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9786 0.0214 0.0000 1 0 0.9757 0.0243 0.0000 1 0 0.9713 0.0287 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 2 330 104 226 0 0 27 1 76 0 0 225 1 0 0.0000 0.0000 0.0044 2.852 5.34 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0183 0.9817 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0221 0.9779
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 330 104 226 2 24 30 3 45 0 0 225 1 0 0.0192 0.0000 0.0044 1.690 2.50 4.36 -1.86 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9916 0.0084 2 1 0.0000 0.9233 0.0767 2 1 0.0000 0.8053 0.1947
chr9 12775862 T TGGTGGC 0.500000 0.100 1 6 2 330 104 226 12 0 6 3 83 0 0 225 1 0 0.1154 0.0000 0.0044 16.333 0.00 4.88 -4.88 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9710 0.0290
chr9 35560354 AGAAGAG A 0.500000 0.100 1 -6 2 650 118 532 100 1 12 0 5 0 0 532 0 0 0.8475 0.0000 0.0000 8.750 0.36 6.40 -6.04 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.4290 0.5710 0.0000 0 0 0.8436 0.1564 0.0000
chr9 38411406 GCGGTCAT G 0.500000 0.100 1 -7 1 221 103 118 99 0 1 0 3 0 0 116 1 1 0.9612 0.0000 0.0169 102.000 0.34 8.00 -7.66 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 0 0.6020 0.3980 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000
chr9 38411418 A AT 0.500000 0.100 1 1 3 221 102 119 99 0 0 0 3 0 1 117 0 1 0.9706 0.0000 0.0168 102.000 0.34 8.00 -7.66 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.6753 0.3247 0.0000 0 0 0.9072 0.0928 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 274 39 235 18 0 0 0 21 0 0 235 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 39.000 0.39 1.14 -0.75 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1647 0.5369 0.2984 1 1 0.1682 0.5341 0.2978 1 1 0.1727 0.5306 0.2967
chr9 72059357 TGAAAG T 0.500000 0.100 1 -5 1 144 47 97 38 0 6 0 3 0 0 97 0 0 0.8085 0.0000 0.0000 6.833 0.24 5.00 -4.76 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 1 0.2148 0.7852 0.0000 0 1 0.4796 0.5204 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 423 123 300 61 0 1 0 61 0 0 294 0 6 0.4959 0.0000 0.0200 122.000 0.21 13.56 -13.34 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0903 0.6131 0.2966 1 1 0.0955 0.6047 0.2998 1 1 0.1027 0.5940 0.3033
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 591 130 461 66 0 15 0 49 1 0 453 0 7 0.5077 0.0022 0.0174 7.667 0.56 8.82 -8.26 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4270 0.5247 0.0482 1 1 0.4260 0.5216 0.0524 1 1 0.4238 0.5180 0.0582
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.100 1 3 1 387 148 239 112 11 17 0 8 0 0 239 0 0 0.7568 0.0000 0.0000 7.706 0.13 3.25 -3.12 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0853 0.9147 0.0000 0 0 0.6973 0.3027 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 494 127 367 52 1 5 1 68 0 0 365 0 2 0.4094 0.0000 0.0054 24.400 0.37 3.21 -2.84 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0170 0.3737 0.6093 1 2 0.0193 0.3782 0.6024 1 2 0.0228 0.3846 0.5926
chr9 87919269 C CCAGCGTCATCTTGTCTCT 0.500000 0.100 1 18 3 329 125 204 29 1 12 1 82 0 0 204 0 0 0.2320 0.0000 0.0000 9.250 0.21 8.06 -7.85 9 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0184 0.9816 1 2 0.0000 0.0216 0.9784 1 2 0.0001 0.0361 0.9639
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 186 76 110 1 0 0 0 75 0 0 109 0 1 0.0132 0.0000 0.0091 76.000 0.00 4.64 -4.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1609 0.8391 2 2 0.0000 0.0612 0.9388 2 2 0.0000 0.0454 0.9546
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 333 92 241 7 3 18 2 62 0 0 236 0 5 0.0761 0.0000 0.0207 4.111 0.00 3.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9544 0.0456
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 333 98 235 71 7 17 0 3 0 0 235 0 0 0.7245 0.0000 0.0000 4.765 2.37 3.00 -0.63 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0633 0.9367 0.0000 0 0 0.6672 0.3328 0.0000 0 0 0.8645 0.1355 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 434 173 261 0 0 7 0 166 0 0 258 0 3 0.0000 0.0000 0.0115 23.714 8.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 699 276 423 60 10 3 0 203 0 0 418 0 5 0.2174 0.0000 0.0118 91.000 7.58 3.20 4.39 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0774 0.9226
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 329 88 241 70 1 11 0 6 0 0 241 0 0 0.7955 0.0000 0.0000 7.000 0.30 4.00 -3.70 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0549 0.9451 0.0000 0 1 0.3984 0.6016 0.0000
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 882 129 753 52 2 25 1 49 1 2 740 3 7 0.4031 0.0013 0.0173 4.120 1.31 7.02 -5.71 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.6224 0.2569 1 1 0.1261 0.6134 0.2605 1 1 0.1331 0.6021 0.2648
chr9 99105255 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 204 118 86 54 2 19 4 39 0 0 86 0 0 0.4576 0.0000 0.0000 5.158 1.70 3.79 -2.09 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5017 0.4585 0.0398 1 0 0.4968 0.4597 0.0435 1 0 0.4897 0.4615 0.0488
chr9 103005527 ATGCCAAGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -12 1 553 155 398 129 0 19 0 7 0 0 398 0 0 0.8323 0.0000 0.0000 7.158 0.32 10.43 -10.11 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2670 0.7330 0.0000 0 0 0.8541 0.1459 0.0000
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 464 96 368 9 1 1 0 85 0 0 368 0 0 0.0938 0.0000 0.0000 95.000 0.00 2.65 -2.65 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.8721 0.1279
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 797 165 632 85 0 1 0 79 0 0 630 0 2 0.5152 0.0000 0.0032 164.000 0.87 4.95 -4.08 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2227 0.6765 0.1008 1 1 0.2290 0.6641 0.1069 1 1 0.2368 0.6482 0.1150
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 738 169 569 9 0 3 5 152 0 0 566 0 3 0.0533 0.0000 0.0053 54.333 0.00 2.80 -2.80 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8342 0.1658 2 2 0.0000 0.1232 0.8768
chr9 104694528 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 470 144 326 84 0 3 0 57 0 0 326 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 47.000 0.30 1.11 -0.81 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7815 0.2148 0.0037 1 0 0.7721 0.2234 0.0045 1 0 0.7587 0.2355 0.0058
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 267 111 156 0 0 3 0 108 0 0 150 0 6 0.0000 0.0000 0.0385 36.000 4.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 5 456 127 329 106 1 16 0 4 0 0 328 0 1 0.8346 0.0000 0.0030 6.938 0.51 3.00 -2.49 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 0 0.5053 0.4947 0.0000 0 0 0.8790 0.1210 0.0000
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 2 648 152 496 112 4 29 0 7 0 1 495 0 0 0.7368 0.0000 0.0020 4.241 0.92 3.00 -2.08 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1667 0.8333 0.0000 0 0 0.7656 0.2344 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 471 131 340 61 4 20 0 46 0 0 339 0 1 0.4656 0.0000 0.0029 5.500 0.79 5.59 -4.80 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6129 0.3685 0.0186 1 0 0.6054 0.3736 0.0210 1 0 0.5946 0.3808 0.0247
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 1626 375 1251 325 3 31 0 16 0 0 1251 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 11.097 0.26 1.31 -1.05 113 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3631 0.6369 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 497 131 366 64 1 12 2 52 0 0 364 0 2 0.4885 0.0000 0.0055 9.750 0.25 1.29 -1.04 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3809 0.5565 0.0627 1 1 0.3812 0.5516 0.0673 1 1 0.3808 0.5455 0.0737
chr9 122675656 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 727 161 566 134 3 12 0 12 0 0 565 0 1 0.8323 0.0000 0.0018 12.250 0.40 1.33 -0.93 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.1589 0.8411 0.0000
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.100 1 -6 2 536 195 341 161 1 25 0 8 1 2 338 0 0 0.8256 0.0029 0.0088 6.800 0.29 6.75 -6.46 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4371 0.5629 0.0000 0 0 0.9476 0.0524 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 549 192 357 169 1 5 0 17 0 0 357 0 0 0.8802 0.0000 0.0000 37.400 0.22 4.00 -3.78 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0652 0.9348 0.0000
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 723 217 506 104 0 13 0 100 0 0 498 0 8 0.4793 0.0000 0.0158 15.692 0.28 7.72 -7.44 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0861 0.7238 0.1902 1 1 0.0926 0.7089 0.1985 1 1 0.1015 0.6896 0.2089
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 375 121 254 43 1 32 0 45 1 0 248 2 3 0.3554 0.0039 0.0236 2.781 1.42 4.00 -2.58 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1123 0.5863 0.3014 1 1 0.1173 0.5798 0.3029 1 1 0.1239 0.5716 0.3045
chr9 130681605 T TCGCCGC 0.500000 0.100 1 6 1 375 121 254 44 1 73 0 3 1 2 248 1 2 0.3636 0.0039 0.0236 0.658 1.45 4.33 -2.88 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0415 0.9585 0.0000 0 1 0.2540 0.7460 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 249 99 150 50 0 2 0 47 0 0 149 1 0 0.5051 0.0000 0.0067 48.500 1.76 1.87 -0.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2323 0.6129 0.1548 1 1 0.2358 0.6046 0.1596 1 1 0.2400 0.5941 0.1658
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 249 99 150 50 0 2 0 47 0 0 149 1 0 0.5051 0.0000 0.0067 48.500 1.76 1.87 -0.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2323 0.6129 0.1548 1 1 0.2358 0.6046 0.1596 1 1 0.2400 0.5941 0.1658
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 324 140 184 73 1 3 1 62 0 0 182 0 2 0.5214 0.0000 0.0109 45.667 0.11 1.94 -1.83 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3594 0.5805 0.0600 1 1 0.3614 0.5739 0.0647 1 1 0.3632 0.5656 0.0712
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCTGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.100 1 38 3 369 93 276 52 0 14 0 27 0 0 260 0 16 0.5591 0.0000 0.0580 5.643 0.42 8.59 -8.17 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4042 0.5279 0.0679 1 1 0.4024 0.5252 0.0724 1 1 0.3995 0.5218 0.0787
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 460 117 343 11 0 13 2 91 0 0 333 0 10 0.0940 0.0000 0.0292 7.923 0.82 13.85 -13.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.8877 0.1123
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 177 69 108 5 18 15 0 31 0 0 108 0 0 0.0725 0.0000 0.0000 3.857 0.00 2.77 -2.77 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0910 0.5020 0.4069 1 1 0.0955 0.5015 0.4029 1 1 0.1017 0.5010 0.3974
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.100 1 -9 1 766 172 594 9 0 14 0 149 0 0 578 0 16 0.0523 0.0000 0.0269 11.286 0.44 8.72 -8.27 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9875 0.0125 2 1 0.0000 0.6890 0.3110
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.100 1 1 1 347 95 252 40 0 1 0 54 0 0 252 0 0 0.4211 0.0000 0.0000 94.000 0.35 1.20 -0.85 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1306 0.8407 0.0287 1 1 0.1411 0.8311 0.0278 1 1 0.1556 0.8177 0.0266
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.100 1 -2 3 253 70 183 36 0 2 0 32 0 0 181 0 2 0.5143 0.0000 0.0109 34.000 0.14 2.25 -2.11 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4622 0.5365 0.0013 1 1 0.4667 0.5320 0.0013 1 1 0.4723 0.5263 0.0014
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.100 1 -1 3 74 36 38 31 0 2 0 3 0 0 38 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 17.000 0.29 1.00 -0.71 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7389 0.2611 0.0000 0 0 0.9882 0.0118 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 826 175 651 1 0 27 1 146 0 0 637 1 13 0.0057 0.0000 0.0215 5.481 0.00 5.60 -5.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 630 135 495 71 0 3 0 61 1 0 492 0 2 0.5259 0.0020 0.0061 44.000 0.17 3.75 -3.59 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4691 0.5033 0.0276 1 1 0.4718 0.4984 0.0298 1 1 0.4746 0.4926 0.0328
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 504 134 370 75 0 9 1 49 0 0 370 0 0 0.5597 0.0000 0.0000 13.778 0.48 1.16 -0.68 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8152 0.1821 0.0027 1 0 0.8070 0.1898 0.0033 1 0 0.7952 0.2007 0.0041
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.100 1 18 4 307 91 216 7 0 10 0 74 0 0 185 0 31 0.0769 0.0000 0.1435 8.100 0.57 13.22 -12.64 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9938 0.0062
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.100 1 3 2 320 95 225 51 0 7 0 37 0 0 224 0 1 0.5368 0.0000 0.0044 12.571 0.24 3.11 -2.87 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7004 0.2995 0.0001 1 0 0.6968 0.3030 0.0001 1 0 0.6917 0.3081 0.0002
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.100 1 -3 1 536 153 383 68 0 9 0 76 0 0 383 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 16.000 0.25 3.09 -2.84 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1815 0.8155 0.0030 1 1 0.1943 0.8027 0.0030 1 1 0.2117 0.7853 0.0030
chr10 56358652 T TGCCTCA 0.001075 0.100 1 6 1 505 133 372 62 0 22 0 49 0 0 368 0 4 0.4662 0.0000 0.0108 5.045 0.39 5.43 -5.04 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5810 0.4189 0.0001 1 0 0.5830 0.4169 0.0001 1 0 0.5850 0.4149 0.0001
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 385 74 311 3 1 20 1 49 0 0 311 0 0 0.0405 0.0000 0.0000 2.650 0.67 3.02 -2.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.9251 0.0749 2 1 0.0000 0.7849 0.2151
chr10 75028901 G GGAAGAGGAA 0.002182 0.100 1 9 1 781 148 633 60 0 43 0 45 0 0 633 0 0 0.4054 0.0000 0.0000 2.442 0.58 6.07 -5.48 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7250 0.2749 0.0001 1 0 0.7213 0.2786 0.0001 1 0 0.7159 0.2840 0.0001
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.100 1 -6 2 485 211 274 180 7 16 0 8 0 0 273 0 1 0.8531 0.0000 0.0036 11.812 0.32 5.62 -5.30 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr10 81875718 GACCACC G 0.001436 0.100 1 -6 1 457 109 348 107 0 2 0 0 0 0 348 0 0 0.9817 0.0000 0.0000 53.500 0.46 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 690 162 528 87 0 2 0 73 0 0 523 0 5 0.5370 0.0000 0.0095 80.000 0.23 5.90 -5.67 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4359 0.5390 0.0251 1 1 0.4414 0.5313 0.0273 1 1 0.4476 0.5221 0.0303
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.100 1 -3 3 463 138 325 74 0 3 0 61 0 0 321 0 4 0.5362 0.0000 0.0123 45.000 0.31 3.33 -3.02 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5476 0.4509 0.0015 1 0 0.5518 0.4466 0.0016 1 0 0.5565 0.4417 0.0018
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 371 100 271 43 0 5 0 52 0 0 264 0 7 0.4300 0.0000 0.0258 19.000 0.70 5.83 -5.13 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0264 0.4048 0.5688 1 2 0.0295 0.4090 0.5615 1 2 0.0340 0.4149 0.5511
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.100 1 18 1 439 128 311 8 0 15 1 104 0 0 272 0 39 0.0625 0.0000 0.1254 7.533 1.25 13.03 -11.78 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 1 0.0000 0.9109 0.0891
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 302 120 182 51 0 4 0 65 0 0 182 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 29.000 0.84 2.80 -1.96 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0671 0.6148 0.3181 1 1 0.0736 0.6127 0.3137 1 1 0.0830 0.6099 0.3071
chr10 119030300 C CCCGCCG 0.000575 0.100 1 6 1 497 119 378 87 1 16 0 15 3 0 374 0 1 0.7311 0.0079 0.0106 6.375 1.83 7.33 -5.51 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 0 0.8323 0.1677 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 379 119 260 2 0 69 43 5 0 0 256 4 0 0.0168 0.0000 0.0154 0.119 1.50 1.60 -0.10 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9110 0.0890 2 1 0.0000 0.5321 0.4679 2 2 0.0000 0.3400 0.6600
chr10 124021236 CGG C 0.089512 0.100 1 -2 1 380 119 261 2 59 12 8 38 0 0 257 0 4 0.0168 0.0000 0.0153 4.900 1.50 2.45 -0.95 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2331 0.6917 0.0751 1 1 0.2428 0.6826 0.0746 1 1 0.2555 0.6706 0.0739
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 613 109 504 63 1 9 0 36 0 0 491 0 13 0.5780 0.0000 0.0258 11.000 1.40 11.97 -10.58 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6819 0.3128 0.0053 1 0 0.6783 0.3159 0.0059 1 0 0.6729 0.3204 0.0068
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 461 140 321 62 0 5 1 72 0 0 319 0 2 0.4429 0.0000 0.0062 26.800 0.35 1.42 -1.06 16 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0363 0.5046 0.4591 1 1 0.0400 0.5023 0.4577 1 1 0.0452 0.4998 0.4551
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 789 161 628 88 0 6 1 66 0 0 628 0 0 0.5466 0.0000 0.0000 25.833 0.15 3.15 -3.00 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7073 0.2869 0.0057 1 0 0.7019 0.2914 0.0067 1 0 0.6939 0.2979 0.0082
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.100 1 -12 1 635 135 500 73 1 7 0 54 0 0 499 0 1 0.5407 0.0000 0.0020 18.143 0.33 11.06 -10.73 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7612 0.2378 0.0010 1 0 0.7568 0.2421 0.0011 1 0 0.7504 0.2483 0.0014
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.100 1 -24 1 4498 1030 3468 469 10 328 14 209 2 9 3451 1 5 0.4553 0.0006 0.0049 2.119 2.40 13.17 -10.77 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.100 1 -3 2 1710 345 1365 192 3 29 0 121 4 4 1343 1 13 0.5565 0.0029 0.0161 11.704 1.10 4.07 -2.96 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9933 0.0067 0.0000 1 0 0.9923 0.0077 0.0000 1 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1039 235 804 123 1 103 0 8 0 0 804 0 0 0.5234 0.0000 0.0000 1.282 0.69 7.75 -7.06 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0762 0.9238 0.0000 0 0 0.6707 0.3293 0.0000
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.100 1 -30 2 889 249 640 87 0 67 1 94 0 0 640 0 0 0.3494 0.0000 0.0000 2.758 0.70 7.17 -6.47 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0499 0.6293 0.3208 1 1 0.0540 0.6183 0.3277 1 1 0.0596 0.6045 0.3359
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 349 94 255 0 0 2 0 92 0 0 255 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 46.000 2.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 214 97 117 0 1 2 2 92 0 0 112 0 5 0.0000 0.0000 0.0427 47.000 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0088 0.9912 2 2 0.0000 0.0093 0.9907 2 2 0.0000 0.0102 0.9898
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 1143 303 840 138 0 6 0 159 0 0 834 0 6 0.4554 0.0000 0.0071 49.500 0.30 1.16 -0.86 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0029 0.3771 0.6199 1 2 0.0036 0.3747 0.6216 1 2 0.0048 0.3731 0.6221
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1517 367 1150 180 0 14 0 173 0 0 1134 0 16 0.4905 0.0000 0.0139 25.214 0.31 5.87 -5.56 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0272 0.8109 0.1619 1 1 0.0316 0.7929 0.1755 1 1 0.0381 0.7688 0.1931
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1063 272 791 132 0 13 1 126 0 0 791 0 0 0.4853 0.0000 0.0000 19.923 0.47 1.57 -1.10 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1752 0.7598 0.0650 1 1 0.1851 0.7435 0.0714 1 1 0.1978 0.7220 0.0802
chr11 5200208 TAAAG T 0.500000 0.100 1 -4 2 649 147 502 79 0 1 1 66 0 0 501 0 1 0.5374 0.0000 0.0020 146.000 0.41 4.70 -4.29 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4022 0.5528 0.0450 1 1 0.4033 0.5476 0.0491 1 1 0.4038 0.5413 0.0549
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.100 1 -17 3 519 126 393 70 0 11 0 45 0 0 386 0 7 0.5556 0.0000 0.0178 10.455 0.51 18.18 -17.66 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6100 0.3727 0.0172 1 0 0.6031 0.3774 0.0195 1 0 0.5931 0.3839 0.0230
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1645 370 1275 188 1 15 0 166 0 0 1268 0 7 0.5081 0.0000 0.0055 23.667 1.12 4.24 -3.12 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2890 0.6988 0.0121 1 1 0.3035 0.6821 0.0144 1 1 0.3212 0.6609 0.0179
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 382 99 283 54 0 4 1 40 0 0 283 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 23.750 0.19 1.40 -1.21 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5117 0.4494 0.0389 1 0 0.5063 0.4512 0.0425 1 0 0.4985 0.4538 0.0477
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.100 1 -18 2 940 316 624 255 1 52 0 8 0 1 623 0 0 0.8070 0.0000 0.0016 5.077 2.97 7.75 -4.78 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.9867 0.0133 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 753 147 606 0 0 10 0 137 0 0 587 0 19 0.0000 0.0000 0.0314 13.700 9.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 5 599 173 426 90 1 29 0 53 0 0 425 0 1 0.5202 0.0000 0.0023 4.966 0.33 2.98 -2.65 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9052 0.0942 0.0006 1 0 0.8973 0.1019 0.0008 1 0 0.8856 0.1133 0.0011
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 240 112 128 0 0 15 3 94 0 0 128 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.467 3.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 9 1 541 142 399 48 0 51 0 43 1 0 391 0 7 0.3380 0.0025 0.0201 1.784 6.19 6.65 -0.46 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1745 0.6182 0.2073 1 1 0.1791 0.6095 0.2113 1 1 0.1850 0.5986 0.2164
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.100 1 -6 1 542 149 393 53 0 44 0 52 0 0 391 0 2 0.3557 0.0000 0.0051 2.386 5.43 5.75 -0.32 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1668 0.6270 0.2063 1 1 0.1717 0.6177 0.2106 1 1 0.1780 0.6060 0.2160
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 749 262 487 26 0 14 1 221 0 0 486 0 1 0.0992 0.0000 0.0021 17.643 0.12 3.71 -3.59 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9972 0.0028
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1334 270 1064 0 0 4 0 266 0 0 1049 1 14 0.0000 0.0000 0.0141 66.500 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 699 156 543 82 0 3 0 71 0 0 542 0 1 0.5256 0.0000 0.0018 51.000 0.26 1.20 -0.94 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3680 0.5813 0.0507 1 1 0.3705 0.5744 0.0551 1 1 0.3729 0.5658 0.0613
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 81 36 45 33 0 0 0 3 0 0 45 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 36.000 0.30 2.00 -1.70 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 1 0.1757 0.8243 0.0000 0 1 0.4197 0.5803 0.0000
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 231 92 139 6 0 13 0 73 0 0 139 0 0 0.0652 0.0000 0.0000 6.077 0.17 2.92 -2.75 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9395 0.0605 2 1 0.0000 0.5765 0.4235
chr11 63229302 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 341 71 270 68 0 1 0 2 0 1 269 0 0 0.9577 0.0000 0.0037 70.000 0.63 1.00 -0.37 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2866 0.7134 0.0000 0 0 0.7891 0.2109 0.0000 0 0 0.8875 0.1125 0.0000
chr11 63764047 C CCTCCTCCTCCTCTGG 0.500000 0.100 1 15 1 539 99 440 52 0 15 0 32 0 0 426 0 14 0.5253 0.0000 0.0318 5.600 0.87 9.97 -9.10 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3238 0.5777 0.0985 1 1 0.3248 0.5717 0.1035 1 1 0.3255 0.5643 0.1102
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 235 80 155 30 4 13 0 33 0 1 154 0 0 0.3750 0.0000 0.0065 5.154 0.40 3.24 -2.84 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2602 0.5762 0.1636 1 1 0.2619 0.5705 0.1676 1 1 0.2638 0.5633 0.1729
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 897 179 718 15 0 35 3 126 0 1 662 0 55 0.0838 0.0000 0.0780 4.235 0.33 6.99 -6.66 15 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7796 0.2204
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.100 1 57 2 1083 213 870 7 0 96 5 105 0 1 817 2 50 0.0329 0.0000 0.0609 1.219 1.00 10.81 -9.81 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.4557 0.5443 2 2 0.0000 0.0469 0.9531
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.100 1 -42 1 964 284 680 175 1 72 1 35 0 0 661 0 19 0.6162 0.0000 0.0279 2.931 0.17 14.46 -14.29 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 1 0.0461 0.9539 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 1029 317 712 140 0 3 0 174 0 0 711 0 1 0.4416 0.0000 0.0014 104.667 0.39 2.14 -1.76 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0007 0.2258 0.7735 1 2 0.0010 0.2288 0.7703 1 2 0.0014 0.2339 0.7647
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 746 153 593 4 0 19 0 130 0 0 591 0 2 0.0261 0.0000 0.0034 7.053 0.25 3.58 -3.33 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8966 0.1034 2 2 0.0000 0.0883 0.9117 2 2 0.0000 0.0211 0.9789
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 402 120 282 71 0 1 0 48 0 0 278 0 4 0.5917 0.0000 0.0142 119.000 0.24 17.02 -16.78 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6333 0.3521 0.0146 1 0 0.6257 0.3575 0.0167 1 0 0.6150 0.3651 0.0199
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 868 104 764 67 0 0 0 37 0 0 764 0 0 0.6442 0.0000 0.0000 104.000 0.48 1.14 -0.66 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8526 0.1452 0.0022 1 0 0.8424 0.1548 0.0028 1 0 0.8277 0.1686 0.0037
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1012 278 734 234 4 31 0 9 0 0 733 1 0 0.8417 0.0000 0.0014 7.968 0.32 3.11 -2.79 138 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8167 0.1833 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1174 349 825 1 2 66 9 271 0 1 824 0 0 0.0029 0.0000 0.0012 4.227 3.00 7.64 -4.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 108481346 GCT G 0.500000 0.100 1 -2 3 138 45 93 19 0 2 0 24 0 0 93 0 0 0.4222 0.0000 0.0000 21.500 0.42 2.54 -2.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1291 0.5232 0.3478 1 1 0.1332 0.5214 0.3454 1 1 0.1388 0.5191 0.3422
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.100 1 6 1 182 91 91 72 0 13 0 6 0 0 91 0 0 0.7912 0.0000 0.0000 6.000 0.36 6.17 -5.81 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0577 0.9423 0.0000 0 1 0.4116 0.5884 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 734 237 497 0 0 27 0 210 0 0 495 1 1 0.0000 0.0000 0.0040 7.778 9.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918719 AGCTGGAGATGCCTGG A 0.500000 0.100 1 -15 3 729 197 532 121 0 26 0 50 0 0 521 0 11 0.6142 0.0000 0.0207 6.577 1.07 13.22 -12.15 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9874 0.0126 0.0000 1 0 0.9852 0.0148 0.0000 1 0 0.9817 0.0183 0.0000
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 266 114 152 106 0 3 0 5 0 0 152 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 37.000 0.42 8.40 -7.98 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.4926 0.5074 0.0000 0 0 0.8738 0.1262 0.0000
chr11 123906734 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 542 120 422 101 0 13 0 6 0 0 422 0 0 0.8417 0.0000 0.0000 8.231 1.01 2.83 -1.82 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2133 0.7867 0.0000 0 0 0.7433 0.2567 0.0000
chr11 124249871 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 747 239 508 226 0 4 0 9 0 0 508 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 58.750 0.13 1.11 -0.98 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.8470 0.1530 0.0000 0 0 0.9945 0.0055 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 397 135 262 0 0 18 1 116 0 0 262 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.500 5.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr11 124880556 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 396 126 270 8 5 19 91 3 0 0 270 0 0 0.0635 0.0000 0.0000 1.500 0.50 4.67 -4.17 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9729 0.0271
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 329 134 195 84 0 0 0 50 0 0 195 0 0 0.6269 0.0000 0.0000 134.000 0.94 1.82 -0.88 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8588 0.1397 0.0015 1 0 0.8485 0.1496 0.0019 1 0 0.8335 0.1639 0.0026
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 456 128 328 54 4 28 2 40 0 0 325 0 3 0.4219 0.0000 0.0091 3.571 0.22 3.10 -2.88 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5462 0.4242 0.0296 1 0 0.5414 0.4261 0.0326 1 0 0.5343 0.4289 0.0368
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 574 142 432 78 0 3 0 61 0 0 427 0 5 0.5493 0.0000 0.0116 46.333 0.49 2.95 -2.46 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5798 0.4120 0.0082 1 0 0.5812 0.4099 0.0090 1 0 0.5821 0.4078 0.0101
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 578 143 435 78 2 3 0 60 0 0 430 0 5 0.5455 0.0000 0.0115 46.333 0.36 3.02 -2.66 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6405 0.3540 0.0054 1 0 0.6396 0.3543 0.0061 1 0 0.6377 0.3553 0.0070
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 386 122 264 0 0 31 10 81 0 0 262 0 2 0.0000 0.0000 0.0076 2.935 3.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0087 0.9913
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 237 83 154 3 0 3 0 77 0 0 153 0 1 0.0361 0.0000 0.0065 26.667 1.33 4.62 -3.29 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9358 0.0642 2 2 0.0000 0.3285 0.6715 2 2 0.0000 0.1332 0.8668
chr12 10930830 AGCCACAAGGACCACCCCAACAGGGAGGCCATCCCCCTCCTCCTCAAGGAAG A 0.000012 0.100 1 -51 3 727 278 449 190 5 79 0 4 0 0 449 0 0 0.6835 0.0000 0.0000 2.506 0.51 2.25 -1.74 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 278 130 148 10 1 6 2 111 0 0 148 0 0 0.0769 0.0000 0.0000 20.667 0.80 4.19 -3.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.6925 0.3075
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.100 1 -2 1 498 118 380 55 0 1 0 62 0 0 380 0 0 0.4661 0.0000 0.0000 117.000 0.53 2.40 -1.88 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1706 0.7110 0.1184 1 1 0.1804 0.7009 0.1187 1 1 0.1936 0.6877 0.1187
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2185 783 1402 397 22 123 10 231 2 3 1395 0 2 0.5070 0.0014 0.0050 5.336 2.61 7.87 -5.26 75 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40516466 AG A 0.017348 0.100 1 -1 1 243 64 179 34 0 0 0 30 0 0 179 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 64.000 1.47 1.57 -0.10 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5142 0.4817 0.0041 1 0 0.5162 0.4796 0.0043 1 0 0.5185 0.4771 0.0044
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 1367 328 1039 189 0 7 0 132 0 0 1039 0 0 0.5762 0.0000 0.0000 45.857 0.15 1.11 -0.95 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9790 0.0210 0.0000 1 0 0.9768 0.0232 0.0000 1 0 0.9735 0.0265 0.0000
chr12 49330292 GA G 0.000352 0.100 1 -1 1 753 167 586 93 0 2 4 68 0 0 584 0 2 0.5569 0.0000 0.0034 82.000 0.32 9.56 -9.24 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7517 0.2482 0.0000 1 0 0.7494 0.2506 0.0000 1 0 0.7455 0.2545 0.0000
chr12 49330294 GCATAACTC G 0.000352 0.100 1 -8 1 767 172 595 100 0 2 2 68 0 0 592 0 3 0.5814 0.0000 0.0050 85.000 0.31 9.68 -9.37 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8626 0.1374 0.0000 1 0 0.8578 0.1422 0.0000 1 0 0.8509 0.1491 0.0000
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.100 1 1 2 207 69 138 63 1 2 0 3 0 0 138 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 33.500 0.13 1.00 -0.87 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0857 0.9143 0.0000 0 0 0.7269 0.2731 0.0000 0 0 0.8955 0.1045 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 957 239 718 200 2 19 1 17 1 0 716 0 1 0.8368 0.0014 0.0028 11.526 0.74 17.18 -16.44 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1453 0.8547 0.0000
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.100 1 3 2 460 141 319 3 67 19 3 49 0 3 311 0 5 0.0213 0.0000 0.0251 6.421 2.33 3.82 -1.48 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6997 0.3002 0.0002 1 0 0.6976 0.3022 0.0002 1 0 0.6943 0.3055 0.0002
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.100 1 21 2 448 108 340 53 1 24 0 30 1 0 327 0 12 0.4907 0.0029 0.0382 3.458 0.11 12.83 -12.72 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6784 0.3193 0.0023 1 0 0.6753 0.3221 0.0026 1 0 0.6708 0.3263 0.0029
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1104 278 826 130 1 55 1 91 0 0 820 0 6 0.4676 0.0000 0.0073 4.055 0.35 13.92 -13.57 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8919 0.1080 0.0001 1 0 0.8878 0.1121 0.0001 1 0 0.8816 0.1183 0.0001
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 301 72 229 36 0 1 0 35 0 0 227 0 2 0.5000 0.0000 0.0087 71.000 0.25 1.66 -1.41 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2635 0.5968 0.1396 1 1 0.2687 0.5900 0.1413 1 1 0.2753 0.5814 0.1433
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 347 81 266 7 0 3 0 71 0 0 263 0 3 0.0864 0.0000 0.0113 26.000 1.00 4.01 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9844 0.0156 2 1 0.0000 0.7837 0.2163
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 994 307 687 0 0 27 1 279 0 0 683 0 4 0.0000 0.0000 0.0058 10.370 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 131 60 71 30 2 6 1 21 0 0 70 0 1 0.5000 0.0000 0.0141 8.833 0.07 1.05 -0.98 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5467 0.4153 0.0379 1 0 0.5421 0.4176 0.0403 1 0 0.5357 0.4208 0.0435
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 536 161 375 9 0 37 17 98 0 0 367 2 6 0.0559 0.0000 0.0213 3.351 0.00 4.69 -4.69 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 2 0.0000 0.4533 0.5467
chr12 102958393 C CGCAGCA 0.500000 0.100 1 6 1 536 161 375 10 1 80 1 69 0 0 367 0 8 0.0621 0.0000 0.0213 1.025 0.30 6.42 -6.12 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9589 0.0411
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 441 124 317 0 0 16 1 107 0 1 312 0 4 0.0000 0.0000 0.0158 6.688 4.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -60 3 1775 416 1359 196 12 104 7 97 0 0 1330 1 28 0.4712 0.0000 0.0213 3.449 3.17 4.49 -1.33 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9907 0.0093 0.0000 1 0 0.9892 0.0108 0.0000 1 0 0.9869 0.0131 0.0000
chr12 108623665 GAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -30 2 1753 340 1413 45 14 46 18 217 1 0 1385 16 11 0.1324 0.0007 0.0198 6.523 2.31 5.79 -3.48 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 318 134 184 53 2 23 2 54 0 0 184 0 0 0.3955 0.0000 0.0000 4.739 0.91 3.44 -2.54 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1548 0.6282 0.2170 1 1 0.1599 0.6189 0.2213 1 1 0.1665 0.6070 0.2265
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 557 139 418 10 0 5 0 124 0 0 412 0 6 0.0719 0.0000 0.0144 26.800 1.00 8.65 -7.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9845 0.0155 2 1 0.0000 0.5275 0.4725
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 718 221 497 2 86 39 9 85 0 0 497 0 0 0.0090 0.0000 0.0000 4.590 4.50 3.62 0.88 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0662 0.6519 0.2819 1 1 0.0715 0.6408 0.2878 1 1 0.0788 0.6266 0.2946
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 247 132 115 0 0 1 0 131 0 0 115 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 131.000 2.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 450 109 341 36 23 20 3 27 0 1 336 1 3 0.3303 0.0000 0.0147 4.050 1.81 3.67 -1.86 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7883 0.2061 0.0056 1 0 0.7771 0.2162 0.0067 1 0 0.7612 0.2304 0.0084
chr12 121420274 AGAT A 0.500000 0.100 1 -3 2 201 74 127 64 1 2 0 7 0 0 127 0 0 0.8649 0.0000 0.0000 36.000 0.52 3.14 -2.63 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0147 0.9853 0.0000 0 1 0.2077 0.7923 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 350 105 245 0 0 9 1 95 0 0 235 0 10 0.0000 0.0000 0.0408 10.667 5.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 301 67 234 0 0 8 0 59 0 0 224 0 10 0.0000 0.0000 0.0427 7.375 8.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0288 0.9712 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0339 0.9661
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 709 236 473 207 3 19 1 6 0 0 473 0 0 0.8771 0.0000 0.0000 11.368 1.73 1.83 -0.10 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0572 0.9428 0.0000 0 0 0.9783 0.0217 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 691 163 528 0 0 26 1 136 0 0 506 0 22 0.0000 0.0000 0.0417 5.269 8.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 242 95 147 63 5 23 0 4 0 0 147 0 0 0.6632 0.0000 0.0000 3.130 0.17 2.00 -1.83 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.2973 0.7027 0.0000 0 0 0.6755 0.3245 0.0000
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 171 58 113 24 2 7 0 25 0 0 112 1 0 0.4138 0.0000 0.0088 7.286 1.38 3.76 -2.38 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2193 0.5633 0.2174 1 1 0.2217 0.5585 0.2198 1 1 0.2246 0.5526 0.2228
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 198 64 134 34 0 5 0 25 0 0 130 0 4 0.5312 0.0000 0.0299 11.800 0.88 8.24 -7.36 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3300 0.5476 0.1225 1 1 0.3292 0.5439 0.1269 1 1 0.3277 0.5393 0.1329
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 629 193 436 70 11 52 4 56 0 0 434 0 2 0.3627 0.0000 0.0046 2.800 0.59 4.04 -3.45 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5647 0.4160 0.0192 1 0 0.5601 0.4181 0.0218 1 0 0.5531 0.4213 0.0255
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.100 1 5 1 153 55 98 52 0 0 0 3 0 0 98 0 0 0.9455 0.0000 0.0000 55.000 0.02 5.00 -4.98 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3043 0.6957 0.0000 0 0 0.9305 0.0695 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 651 165 486 57 1 46 2 59 0 0 478 1 7 0.3455 0.0000 0.0165 2.543 1.46 6.73 -5.27 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1142 0.7415 0.1442 1 1 0.1237 0.7333 0.1431 1 1 0.1368 0.7221 0.1411
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 101 46 55 28 0 0 1 17 0 0 54 0 1 0.6087 0.0000 0.0182 46.000 0.36 3.88 -3.53 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6530 0.3445 0.0025 1 0 0.6490 0.3483 0.0027 1 0 0.6435 0.3536 0.0029
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 687 118 569 0 0 18 1 99 0 0 565 0 4 0.0000 0.0000 0.0070 5.500 5.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 423 69 354 3 2 27 3 34 0 0 348 1 5 0.0435 0.0000 0.0169 1.481 1.33 4.15 -2.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 1 0.0000 0.8066 0.1934 2 1 0.0000 0.5410 0.4590
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.100 1 -6 2 549 108 441 90 1 14 0 3 2 1 438 0 0 0.8333 0.0045 0.0068 6.714 1.38 11.00 -9.62 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1321 0.8679 0.0000 0 0 0.8168 0.1832 0.0000 0 0 0.9328 0.0672 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.100 1 6 1 247 86 161 73 2 8 0 3 0 0 161 0 0 0.8488 0.0000 0.0000 9.750 1.01 9.33 -8.32 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0549 0.9451 0.0000 0 0 0.6345 0.3655 0.0000 0 0 0.8473 0.1527 0.0000
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -15 1 245 87 158 0 0 5 2 80 0 0 157 0 1 0.0000 0.0000 0.0063 16.400 8.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 245 84 161 9 2 27 3 43 0 0 161 0 0 0.1071 0.0000 0.0000 2.074 2.00 12.56 -10.56 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.8597 0.1401 2 1 0.0000 0.9822 0.0177 2 1 0.0000 0.9894 0.0106
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.100 1 4 1 359 102 257 96 0 3 0 3 0 0 257 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 33.000 0.44 3.67 -3.23 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1456 0.8544 0.0000 0 0 0.8322 0.1678 0.0000 0 0 0.9390 0.0610 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 518 106 412 14 0 1 0 91 0 0 411 0 1 0.1321 0.0000 0.0024 105.000 0.29 3.19 -2.90 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9892 0.0108
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1847 472 1375 164 1 9 1 297 0 0 1373 0 2 0.3475 0.0000 0.0015 51.333 0.32 2.18 -1.86 32 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 1230 339 891 276 4 37 0 22 1 0 890 0 0 0.8142 0.0011 0.0011 8.135 0.43 1.77 -1.35 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4350 0.5650 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 512 164 348 153 0 1 0 10 0 0 347 0 1 0.9329 0.0000 0.0029 163.000 0.85 19.70 -18.85 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0224 0.9776 0.0000 0 0 0.6587 0.3413 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 351 73 278 31 1 9 0 32 0 0 275 0 3 0.4247 0.0000 0.0108 7.111 0.32 1.19 -0.86 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0871 0.5437 0.3692 1 1 0.0896 0.5393 0.3711 1 1 0.0929 0.5338 0.3733
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.100 1 -3 1 493 77 416 8 0 3 0 66 0 0 411 0 5 0.1039 0.0000 0.0120 24.667 0.50 4.18 -3.68 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 531 158 373 80 0 17 0 61 0 0 372 0 1 0.5063 0.0000 0.0027 8.294 0.39 3.13 -2.74 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6780 0.3147 0.0072 1 0 0.6738 0.3179 0.0082 1 0 0.6675 0.3227 0.0098
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 429 114 315 46 0 5 1 62 0 0 315 0 0 0.4035 0.0000 0.0000 21.600 0.35 5.37 -5.02 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0412 0.5142 0.4446 1 1 0.0460 0.5174 0.4366 1 1 0.0531 0.5215 0.4254
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 363 59 304 4 1 2 1 51 0 0 302 0 2 0.0678 0.0000 0.0066 28.500 5.00 3.63 1.37 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9385 0.0615 2 1 0.0000 0.7151 0.2849
chr14 23275617 TTCCTCC T 0.001309 0.100 1 -6 1 378 72 306 57 4 6 1 4 0 0 306 0 0 0.7917 0.0000 0.0000 11.000 2.74 5.00 -2.26 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4992 0.5008 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 288 76 212 70 1 0 0 5 0 0 212 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 76.000 0.33 1.40 -1.07 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 0 0.6652 0.3348 0.0000 0 0 0.9366 0.0634 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 382 106 276 40 2 20 3 41 0 0 276 0 0 0.3774 0.0000 0.0000 4.300 0.33 5.15 -4.82 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2445 0.6208 0.1347 1 1 0.2510 0.6127 0.1363 1 1 0.2594 0.6025 0.1381
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 382 106 276 42 1 24 1 38 0 0 276 0 0 0.3962 0.0000 0.0000 3.375 0.45 5.61 -5.15 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3658 0.5505 0.0836 1 1 0.3678 0.5455 0.0868 1 1 0.3699 0.5392 0.0909
chr14 39431999 C CGCCGGCT 0.000009 0.100 1 7 2 338 103 235 83 0 18 0 2 0 0 235 0 0 0.8058 0.0000 0.0000 5.000 0.54 7.00 -6.46 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 665 146 519 113 3 22 0 8 0 0 519 0 0 0.7740 0.0000 0.0000 5.636 0.73 6.50 -5.77 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0136 0.9864 0.0000 0 1 0.2558 0.7442 0.0000
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.100 1 2 1 489 105 384 98 0 1 0 6 0 0 384 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 104.000 0.58 2.00 -1.42 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0625 0.9375 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.100 1 -3 2 148 57 91 30 0 2 0 25 0 0 88 0 3 0.5263 0.0000 0.0330 27.500 0.37 3.12 -2.75 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4709 0.5231 0.0060 1 1 0.4743 0.5196 0.0062 1 1 0.4784 0.5153 0.0064
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 596 147 449 0 0 30 0 117 0 0 442 0 7 0.0000 0.0000 0.0156 3.900 6.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr14 74778564 AAAG A 0.000206 0.100 1 -3 4 240 113 127 52 0 7 0 54 0 0 127 0 0 0.4602 0.0000 0.0000 15.143 0.12 3.30 -3.18 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.6722 0.0001 1 1 0.3382 0.6617 0.0001 1 1 0.3516 0.6483 0.0001
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 426 107 319 42 4 17 2 42 2 1 312 0 4 0.3925 0.0063 0.0219 5.118 3.12 4.69 -1.57 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2320 0.6149 0.1531 1 1 0.2371 0.6065 0.1564 1 1 0.2436 0.5958 0.1605
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 416 99 317 37 10 5 14 33 3 1 311 2 0 0.3737 0.0095 0.0189 27.667 3.05 4.09 -1.04 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2755 0.5959 0.1286 1 1 0.2788 0.5885 0.1327 1 1 0.2827 0.5792 0.1381
chr14 92071020 C CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 0.000608 0.100 1 21 1 493 199 294 65 0 25 2 107 0 0 294 0 0 0.3266 0.0000 0.0000 7.565 0.17 2.00 -1.83 25 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0050 0.9740 0.0210 1 1 0.0063 0.9748 0.0189 1 1 0.0085 0.9751 0.0164
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 447 157 290 55 2 18 1 81 0 0 290 0 0 0.3503 0.0000 0.0000 7.722 0.33 2.94 -2.61 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0031 0.2032 0.7937 1 2 0.0037 0.2104 0.7859 1 2 0.0047 0.2206 0.7747
chr14 92931578 AGAG A 0.000692 0.100 1 -3 2 565 141 424 66 2 24 1 48 0 0 424 0 0 0.4681 0.0000 0.0000 4.875 0.56 3.48 -2.92 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7883 0.2117 0.0000 1 0 0.7833 0.2167 0.0000 1 0 0.7762 0.2238 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 434 118 316 115 0 1 0 2 0 0 316 0 0 0.9746 0.0000 0.0000 117.000 0.42 10.50 -10.08 75 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8729 0.1271 0.0000 0 0 0.9841 0.0159 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr14 94469278 AC A 0.002528 0.100 1 -1 1 423 116 307 101 3 2 0 10 0 0 307 0 0 0.8707 0.0000 0.0000 57.000 0.50 1.10 -0.60 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6294 0.3706 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 152 66 86 38 1 1 0 26 0 0 86 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 65.000 0.32 2.73 -2.41 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6914 0.3009 0.0076 1 0 0.6855 0.3061 0.0084 1 0 0.6773 0.3133 0.0094
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 236 65 171 0 0 8 0 57 0 0 166 0 5 0.0000 0.0000 0.0292 7.125 8.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0521 0.9479 2 2 0.0000 0.0553 0.9447 2 2 0.0000 0.0601 0.9399
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 417 117 300 42 0 14 0 61 0 0 298 0 2 0.3590 0.0000 0.0067 7.357 0.79 4.15 -3.36 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0231 0.4253 0.5516 1 2 0.0266 0.4338 0.5397 1 2 0.0318 0.4451 0.5231
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 285 98 187 9 0 14 2 73 0 0 185 0 2 0.0918 0.0000 0.0107 6.000 3.67 4.16 -0.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9646 0.0354
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.100 1 -4 5 233 45 188 43 0 0 0 2 0 0 188 0 0 0.9556 0.0000 0.0000 45.000 0.28 4.00 -3.72 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2276 0.7724 0.0000 0 0 0.7408 0.2592 0.0000 0 0 0.8623 0.1377 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 1136 209 927 1 0 4 2 202 0 3 866 42 16 0.0048 0.0000 0.0658 51.250 12.00 4.44 7.56 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 2667 658 2009 1 1 15 4 637 0 1 1917 35 56 0.0015 0.0000 0.0458 49.462 4.00 3.39 0.61 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.100 1 21 1 2672 490 2182 180 9 123 7 171 5 1 2171 1 4 0.3673 0.0023 0.0050 2.967 2.42 8.57 -6.15 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2740 0.7198 0.0062 1 1 0.2938 0.6990 0.0072 1 1 0.3192 0.6721 0.0087
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.100 1 -21 1 1644 416 1228 221 2 64 2 127 2 4 1178 3 41 0.5312 0.0016 0.0407 5.453 1.67 15.93 -14.26 93 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9720 0.0280 0.0000 1 0 0.9702 0.0298 0.0000 1 0 0.9673 0.0327 0.0000
chr15 30144828 T TGAA 0.000910 0.100 1 3 2 115 59 56 52 1 1 2 3 0 0 56 0 0 0.8814 0.0000 0.0000 58.000 0.27 3.33 -3.06 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5396 0.4604 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 237 60 177 55 0 1 0 4 0 0 177 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 59.000 0.15 2.00 -1.85 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.2691 0.7309 0.0000 0 0 0.6488 0.3512 0.0000
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 208 75 133 31 0 5 0 39 0 0 131 0 2 0.4133 0.0000 0.0150 14.000 1.90 2.33 -0.43 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0396 0.4327 0.5277 1 2 0.0424 0.4340 0.5236 1 2 0.0463 0.4361 0.5176
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 662 162 500 1 4 35 2 120 0 0 490 1 9 0.0062 0.0000 0.0200 3.629 7.00 3.93 3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.100 1 12 4 251 93 158 36 0 12 1 44 0 0 150 0 8 0.3871 0.0000 0.0506 6.667 0.78 10.30 -9.52 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1111 0.8830 0.0059 1 1 0.1210 0.8734 0.0057 1 1 0.1349 0.8597 0.0054
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.100 1 6 1 322 87 235 37 0 7 0 43 0 0 235 0 0 0.4253 0.0000 0.0000 11.429 0.68 5.56 -4.88 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2264 0.6822 0.0914 1 1 0.2356 0.6735 0.0909 1 1 0.2479 0.6622 0.0900
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 431 152 279 85 0 5 1 61 0 0 278 0 1 0.5592 0.0000 0.0036 29.200 0.89 2.20 -1.30 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7418 0.2537 0.0045 1 0 0.7354 0.2593 0.0053 1 0 0.7262 0.2673 0.0066
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 534 141 393 74 1 7 0 59 1 0 387 0 5 0.5248 0.0025 0.0153 19.143 0.23 5.36 -5.13 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5012 0.4728 0.0260 1 0 0.5014 0.4701 0.0285 1 0 0.5007 0.4672 0.0321
chr15 50529817 A AT 0.001809 0.100 1 1 1 96 38 58 34 0 0 0 4 0 0 58 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 38.000 0.91 1.75 -0.84 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3147 0.6853 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 272 147 125 129 1 0 1 16 0 0 124 0 1 0.8776 0.0000 0.0080 147.000 0.94 3.62 -2.69 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0037 0.9963 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 426 96 330 48 0 11 3 34 0 0 326 0 4 0.5000 0.0000 0.0121 7.727 0.56 3.32 -2.76 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3088 0.5808 0.1104 1 1 0.3080 0.5757 0.1162 1 1 0.3065 0.5694 0.1241
chr15 82688452 CG C 0.003305 0.100 1 -1 2 668 222 446 197 0 12 0 13 0 0 446 0 0 0.8874 0.0000 0.0000 19.091 0.18 1.38 -1.20 113 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8437 0.1563 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 437 115 322 101 0 11 0 3 0 0 321 0 1 0.8783 0.0000 0.0031 9.455 0.28 12.33 -12.06 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0938 0.9062 0.0000 0 0 0.9045 0.0955 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000
chr15 84817274 G GGGCCA 0.000443 0.100 1 5 1 461 108 353 65 0 7 0 36 0 0 352 0 1 0.6019 0.0000 0.0028 14.429 0.46 4.86 -4.40 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9068 0.0932 0.0000 1 0 0.9007 0.0993 0.0000 1 0 0.8920 0.1080 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 336 122 214 11 0 1 0 110 0 0 209 0 5 0.0902 0.0000 0.0234 121.000 0.18 3.20 -3.02 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9173 0.0827
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.100 1 -2 3 387 139 248 82 0 1 0 56 0 0 246 0 2 0.5899 0.0000 0.0081 138.000 0.43 3.16 -2.73 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8437 0.1562 0.0000 1 0 0.8384 0.1616 0.0001 1 0 0.8306 0.1693 0.0001
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.100 1 6 1 1329 373 956 282 1 78 1 11 0 0 956 0 0 0.7560 0.0000 0.0000 3.769 0.60 5.00 -4.40 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 819 244 575 170 3 59 0 12 2 0 571 0 2 0.6967 0.0035 0.0070 3.700 1.39 11.50 -10.11 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.3334 0.6666 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 807 226 581 118 9 44 7 48 0 2 578 0 1 0.5221 0.0000 0.0052 4.023 1.25 6.06 -4.81 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9932 0.0068 0.0000 1 0 0.9910 0.0090 0.0000
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 339 129 210 57 0 13 0 59 0 0 206 0 4 0.4419 0.0000 0.0190 8.923 0.16 6.85 -6.69 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.4988 0.5009 1 2 0.0003 0.4934 0.5063 1 2 0.0003 0.4870 0.5127
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 533 205 328 138 5 47 2 13 0 0 328 0 0 0.6732 0.0000 0.0000 3.362 0.23 3.69 -3.46 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.3084 0.6916 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.100 1 -9 2 230 78 152 34 0 24 0 20 0 0 149 0 3 0.4359 0.0000 0.0197 2.250 1.29 10.30 -9.01 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6844 0.3133 0.0023 1 0 0.6798 0.3177 0.0025 1 0 0.6733 0.3239 0.0027
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 305 96 209 52 0 0 0 44 0 0 208 0 1 0.5417 0.0000 0.0048 96.000 0.17 3.05 -2.87 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4371 0.5128 0.0501 1 1 0.4379 0.5091 0.0530 1 1 0.4385 0.5046 0.0569
chr16 770621 CGCCGCCTGGGGGGACGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGA C 0.000566 0.100 1 -45 4 1031 199 832 101 1 41 2 54 2 0 820 1 9 0.5075 0.0024 0.0144 3.805 1.51 4.37 -2.86 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9503 0.0497 0.0000 1 0 0.9462 0.0538 0.0000 1 0 0.9401 0.0599 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.100 1 -17 2 281 84 197 48 0 1 0 35 0 0 195 0 2 0.5714 0.0000 0.0102 83.000 0.90 15.97 -15.08 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6365 0.3564 0.0071 1 0 0.6337 0.3586 0.0076 1 0 0.6295 0.3620 0.0085
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 563 87 476 0 0 1 2 84 0 0 476 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 85.000 6.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 563 87 476 0 0 1 2 84 0 0 476 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 85.000 6.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 CGCGGCG C 0.000274 0.100 1 -6 6 485 94 391 47 3 16 1 27 0 1 383 2 5 0.5000 0.0000 0.0205 5.133 2.09 6.37 -4.29 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7623 0.2377 0.0000 1 0 0.7568 0.2431 0.0000 1 0 0.7492 0.2507 0.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 246 86 160 40 1 3 1 41 0 0 159 0 1 0.4651 0.0000 0.0063 27.667 0.03 3.07 -3.05 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3364 0.6449 0.0187 1 1 0.3450 0.6361 0.0189 1 1 0.3561 0.6248 0.0191
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 400 97 303 6 0 7 0 84 0 0 303 0 0 0.0619 0.0000 0.0000 12.857 0.17 2.95 -2.79 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8497 0.1503 2 2 0.0000 0.3352 0.6648
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 448 142 306 16 5 48 4 69 0 3 294 3 6 0.1127 0.0000 0.0392 1.917 2.06 5.03 -2.97 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.2125 0.7875 2 1 0.0000 0.9488 0.0512 2 1 0.0000 0.9990 0.0010
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.100 1 -42 2 2118 551 1567 386 3 138 0 24 0 0 1564 1 2 0.7005 0.0000 0.0019 2.993 1.31 6.21 -4.90 226 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr16 11927631 AGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCC A 0.000767 0.100 1 -57 2 2093 1112 981 923 2 174 1 12 0 0 980 0 1 0.8300 0.0000 0.0010 5.391 0.88 0.17 0.72 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 250 66 184 0 0 1 0 65 0 0 184 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 65.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 969 230 739 162 1 58 0 9 0 0 739 0 0 0.7043 0.0000 0.0000 2.948 1.19 8.11 -6.93 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3341 0.6659 0.0000 0 0 0.9471 0.0529 0.0000
chr16 29810108 AGCGGCAGCG A 0.002834 0.100 1 -9 1 846 272 574 240 1 18 1 12 1 0 573 0 0 0.8824 0.0017 0.0017 14.056 0.35 8.08 -7.73 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 29983215 GGAGGAGGAGGAGGAA G 0.000039 0.100 1 -15 1 789 221 568 113 1 26 0 81 0 0 567 0 1 0.5113 0.0000 0.0018 7.462 0.36 10.49 -10.13 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8996 0.1004 0.0000 1 0 0.8950 0.1050 0.0000 1 0 0.8883 0.1117 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 146 75 71 70 0 4 0 1 0 0 71 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 17.750 0.34 2.00 -1.66 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7989 0.2011 0.0000 0 0 0.9196 0.0804 0.0000 0 0 0.9403 0.0597 0.0000
chr16 48143986 CTT C 0.500000 0.100 1 -2 2 221 107 114 102 0 1 0 4 0 0 114 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 106.000 0.26 2.00 -1.74 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.6976 0.3024 0.0000 0 0 0.9155 0.0845 0.0000
chr16 49396542 ACCTTCATAAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 2 266 107 159 52 0 1 0 54 0 0 156 0 3 0.4860 0.0000 0.0189 106.000 0.33 11.33 -11.01 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1075 0.6026 0.2899 1 1 0.1127 0.5950 0.2924 1 1 0.1196 0.5853 0.2951
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 882 229 653 88 13 39 4 85 0 2 651 0 0 0.3843 0.0000 0.0031 4.821 2.22 3.33 -1.11 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4400 0.5349 0.0251 1 1 0.4423 0.5295 0.0282 1 1 0.4440 0.5232 0.0327
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 298 118 180 0 70 0 4 44 0 0 176 2 2 0.0000 0.0000 0.0222 47.000 8.50 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1566 0.5982 0.2451 1 1 0.1613 0.5910 0.2478 1 1 0.1673 0.5818 0.2509
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 298 118 180 71 0 2 0 45 0 0 175 0 5 0.6017 0.0000 0.0278 58.000 1.20 8.29 -7.09 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6813 0.3081 0.0106 1 0 0.6726 0.3151 0.0123 1 0 0.6601 0.3250 0.0149
chr16 57949370 T TTCC 0.500000 0.100 1 3 1 155 60 95 30 0 1 1 28 0 0 94 0 1 0.5000 0.0000 0.0105 58.000 0.70 3.46 -2.76 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2180 0.5726 0.2094 1 1 0.2206 0.5671 0.2123 1 1 0.2239 0.5603 0.2158
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 246 104 142 51 0 15 0 38 0 0 141 0 1 0.4904 0.0000 0.0070 5.933 0.33 5.63 -5.30 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4904 0.4642 0.0454 1 0 0.4854 0.4653 0.0493 1 0 0.4782 0.4670 0.0548
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 152 72 80 8 0 1 0 63 0 0 76 0 4 0.1111 0.0000 0.0500 71.000 0.00 4.03 -4.03 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.8678 0.1322
chr16 72797458 CTTGTTG C 0.500000 0.100 1 -6 1 684 169 515 132 3 30 0 4 0 0 515 0 0 0.7811 0.0000 0.0000 4.633 0.40 6.50 -6.10 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1218 0.8782 0.0000 0 0 0.9253 0.0747 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000
chr16 84463730 T TAGTGGA 0.500000 0.100 1 6 1 211 94 117 81 0 5 0 8 0 0 117 0 0 0.8617 0.0000 0.0000 17.800 0.22 6.38 -6.15 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0113 0.9887 0.0000 0 1 0.2307 0.7693 0.0000
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.100 1 -6 3 470 101 369 45 2 16 0 38 1 1 367 0 0 0.4455 0.0027 0.0054 5.312 1.36 6.00 -4.64 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4633 0.4830 0.0538 1 1 0.4590 0.4831 0.0579 1 1 0.4528 0.4834 0.0637
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 590 169 421 61 37 37 3 31 0 0 420 1 0 0.3609 0.0000 0.0024 3.771 0.61 3.06 -2.46 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9927 0.0073 0.0000 1 0 0.9912 0.0088 0.0000 1 0 0.9769 0.0230 0.0000
chr16 88528131 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 291 118 173 64 0 3 0 51 0 0 172 0 1 0.5424 0.0000 0.0058 38.333 0.48 3.25 -2.77 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4613 0.4960 0.0427 1 1 0.4587 0.4947 0.0466 1 1 0.4545 0.4934 0.0521
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 654 125 529 0 0 6 9 110 0 0 514 1 14 0.0000 0.0000 0.0284 23.600 8.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 649 118 531 0 0 5 10 103 0 0 516 2 13 0.0000 0.0000 0.0282 27.750 8.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 648 119 529 0 0 3 1 115 0 2 504 8 15 0.0000 0.0000 0.0473 58.000 8.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0319 0.9681 2 2 0.0000 0.0068 0.9932 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 831 205 626 186 0 9 0 10 0 0 626 0 0 0.9073 0.0000 0.0000 21.778 0.59 7.90 -7.31 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2047 0.7953 0.0000 0 0 0.9313 0.0687 0.0000
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 557 130 427 14 0 2 0 114 0 0 424 0 3 0.1077 0.0000 0.0070 64.000 0.86 3.31 -2.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9647 0.0353
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.100 1 6 2 684 163 521 140 0 16 0 7 0 0 521 0 0 0.8589 0.0000 0.0000 9.188 0.39 6.43 -6.04 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3868 0.6132 0.0000 0 0 0.9089 0.0911 0.0000
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 820 259 561 204 5 28 13 9 0 0 561 0 0 0.7876 0.0000 0.0000 7.786 0.52 3.78 -3.25 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 0 0.8257 0.1743 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 151 70 81 37 0 0 0 33 0 0 81 0 0 0.5286 0.0000 0.0000 70.000 0.41 3.91 -3.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2986 0.5663 0.1351 1 1 0.2992 0.5613 0.1396 1 1 0.2995 0.5550 0.1455
chr17 1229370 GTCCCCGCGGGGAGACTCGGCCTCGGGGTCGGGGCGCCCGGGC G 0.500000 0.100 1 -42 4 1296 336 960 263 7 16 2 48 1 0 958 1 0 0.7827 0.0010 0.0021 19.875 1.89 2.65 -0.75 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.100 1 3 1 500 215 285 94 0 39 2 80 0 0 285 0 0 0.4372 0.0000 0.0000 4.513 0.44 3.02 -2.59 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5765 0.4223 0.0012 1 0 0.5811 0.4176 0.0013 1 0 0.5861 0.4124 0.0015
chr17 3240728 CAG C 0.002492 0.100 1 -2 1 812 292 520 169 1 1 0 121 0 0 517 0 3 0.5788 0.0000 0.0058 291.000 0.22 2.11 -1.89 101 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9575 0.0425 0.0000 1 0 0.9547 0.0453 0.0000 1 0 0.9504 0.0496 0.0000
chr17 5182582 GCT G 0.001794 0.100 1 -2 1 1285 355 930 174 4 19 1 157 0 1 925 1 3 0.4901 0.0000 0.0054 19.706 1.15 3.15 -2.00 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4954 0.5046 0.0000 1 0 0.5110 0.4890 0.0000 1 0 0.5296 0.4703 0.0000
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.100 1 3 2 1242 365 877 1 1 97 27 239 0 1 844 4 28 0.0027 0.0000 0.0376 2.771 1.00 5.82 -4.82 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 370 104 266 5 0 6 0 93 0 0 265 0 1 0.0481 0.0000 0.0038 16.333 0.00 8.00 -8.00 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6523 0.3477 2 2 0.0000 0.2055 0.7945
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 472 180 292 0 0 23 10 147 0 1 287 0 4 0.0000 0.0000 0.0171 6.826 3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 882 257 625 16 2 45 5 189 0 0 625 0 0 0.0623 0.0000 0.0000 4.644 0.44 4.32 -3.88 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8417 0.1583
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 880 257 623 17 34 18 17 171 0 0 622 1 0 0.0661 0.0000 0.0016 33.714 0.41 4.13 -3.72 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 723 157 566 5 0 14 1 137 0 0 562 0 4 0.0318 0.0000 0.0071 10.143 0.20 4.11 -3.91 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9798 0.0202 2 2 0.0000 0.1464 0.8536 2 2 0.0000 0.0247 0.9753
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 263 87 176 61 0 20 0 6 0 0 176 0 0 0.7011 0.0000 0.0000 3.350 0.20 9.67 -9.47 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0342 0.9658 0.0000 0 1 0.2910 0.7090 0.0000
chr17 21551124 CACGAAGTACAGG C 0.500000 0.100 1 -12 2 423 145 278 134 1 4 0 6 0 0 277 0 1 0.9241 0.0000 0.0036 35.250 0.14 13.17 -13.02 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3289 0.6711 0.0000 0 0 0.8865 0.1135 0.0000
chr17 21551320 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 424 125 299 111 0 6 0 8 0 0 299 0 0 0.8880 0.0000 0.0000 19.833 0.33 1.38 -1.04 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0505 0.9495 0.0000 0 0 0.5659 0.4341 0.0000
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.100 1 3 4 660 173 487 79 2 16 1 75 1 1 481 1 3 0.4566 0.0021 0.0123 9.750 0.53 3.31 -2.78 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2252 0.6723 0.1025 1 1 0.2313 0.6601 0.1086 1 1 0.2388 0.6446 0.1166
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 155 78 77 45 0 8 0 25 0 1 76 0 0 0.5769 0.0000 0.0130 8.750 0.51 1.20 -0.69 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7300 0.2586 0.0114 1 0 0.7182 0.2686 0.0132 1 0 0.7019 0.2822 0.0159
chr17 40936600 T TCATGGTCC 0.500000 0.100 1 8 2 342 85 257 46 0 8 0 31 0 0 253 0 4 0.5412 0.0000 0.0156 9.625 0.17 7.35 -7.18 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4733 0.4733 0.0535 1 1 0.4684 0.4741 0.0576 1 1 0.4613 0.4753 0.0634
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 707 145 562 53 1 2 1 88 0 0 562 0 0 0.3655 0.0000 0.0000 71.000 1.68 1.38 0.30 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1130 0.8861 1 2 0.0012 0.1213 0.8775 1 2 0.0016 0.1334 0.8650
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 460 120 340 8 0 6 1 105 0 0 338 0 2 0.0667 0.0000 0.0059 19.000 1.38 2.10 -0.72 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9573 0.0427 2 2 0.0000 0.4724 0.5276
chr17 41140276 TGACAGCAGCTGG T 0.500000 0.100 1 -12 1 878 127 751 65 1 17 0 44 3 2 735 1 10 0.5118 0.0040 0.0213 6.471 0.85 9.57 -8.72 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5607 0.4166 0.0227 1 0 0.5554 0.4192 0.0255 1 0 0.5475 0.4229 0.0296
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 568 124 444 0 0 12 0 112 0 0 420 2 22 0.0000 0.0000 0.0541 9.333 8.98 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 599 199 400 97 1 45 0 56 0 0 389 0 11 0.4874 0.0000 0.0275 3.400 0.48 13.41 -12.93 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8218 0.1764 0.0019 1 0 0.8130 0.1846 0.0024 1 0 0.8004 0.1965 0.0032
chr17 42405289 G GCTCGCCCTCGCCCAGCTC 0.500000 0.100 1 18 2 1256 348 908 254 1 83 0 10 0 1 905 0 2 0.7299 0.0000 0.0033 3.193 0.45 9.30 -8.85 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5027 0.4973 0.0000 0 0 0.9912 0.0088 0.0000
chr17 44399551 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 748 148 600 82 0 8 0 58 0 0 598 0 2 0.5541 0.0000 0.0033 17.500 0.18 3.21 -3.02 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6821 0.3092 0.0087 1 0 0.6743 0.3155 0.0102 1 0 0.6630 0.3244 0.0125
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1581 326 1255 188 1 7 0 130 0 0 1253 0 2 0.5767 0.0000 0.0016 45.571 0.49 3.35 -2.85 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9671 0.0329 0.0000 1 0 0.9638 0.0362 0.0000 1 0 0.9587 0.0413 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 638 196 442 11 0 32 7 146 0 0 437 1 4 0.0561 0.0000 0.0113 5.094 1.55 3.38 -1.83 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9787 0.0213 2 2 0.0000 0.3546 0.6454
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 272 119 153 60 0 2 0 57 0 0 153 0 0 0.5042 0.0000 0.0000 58.500 0.08 4.60 -4.51 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2387 0.6295 0.1317 1 1 0.2428 0.6201 0.1371 1 1 0.2477 0.6082 0.1441
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 897 250 647 0 0 11 0 239 0 0 640 0 7 0.0000 0.0000 0.0108 21.727 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 393 178 215 117 11 43 0 7 0 0 215 0 0 0.6573 0.0000 0.0000 3.116 0.26 3.43 -3.16 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2566 0.7434 0.0000 0 0 0.8472 0.1528 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 361 119 242 83 1 30 1 4 0 0 242 0 0 0.6975 0.0000 0.0000 2.967 0.53 5.50 -4.97 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.2539 0.7461 0.0000 0 0 0.7079 0.2921 0.0000
chr17 65536436 ACGGGGGGTGGTG A 0.500000 0.100 1 -12 1 385 131 254 85 0 8 0 38 0 0 248 0 6 0.6489 0.0000 0.0236 15.375 0.26 11.26 -11.00 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9390 0.0607 0.0003 1 0 0.9323 0.0673 0.0004 1 0 0.9224 0.0771 0.0006
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 379 143 236 69 1 13 0 60 0 0 236 0 0 0.4825 0.0000 0.0000 10.000 0.19 7.00 -6.81 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3933 0.5525 0.0542 1 1 0.3938 0.5476 0.0586 1 1 0.3935 0.5417 0.0648
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.100 1 8 2 306 73 233 35 1 9 0 28 0 0 230 0 3 0.4795 0.0000 0.0129 7.875 0.43 6.82 -6.39 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3280 0.5514 0.1206 1 1 0.3274 0.5475 0.1251 1 1 0.3263 0.5425 0.1312
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.100 1 -2 3 335 96 239 56 0 1 0 39 0 0 238 0 1 0.5833 0.0000 0.0042 95.000 0.36 2.90 -2.54 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5890 0.3863 0.0247 1 0 0.5813 0.3911 0.0276 1 0 0.5704 0.3978 0.0318
chr17 74842534 ACTGTCT A 0.500000 0.100 1 -6 5 442 129 313 123 0 1 0 5 0 0 313 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 128.000 0.85 5.00 -4.15 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.6942 0.3058 0.0000 0 0 0.9405 0.0595 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 554 108 446 5 0 9 0 94 0 0 437 0 9 0.0463 0.0000 0.0202 11.000 0.40 7.76 -7.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.5447 0.4553 2 2 0.0000 0.1432 0.8568
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.100 1 36 2 337 82 255 0 1 56 0 25 0 0 230 0 25 0.0000 0.0000 0.0980 0.464 1.96 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1101 0.8899 2 2 0.0000 0.1086 0.8914
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.100 1 -54 1 340 118 222 95 1 7 0 15 0 0 222 0 0 0.8051 0.0000 0.0000 15.714 0.71 8.53 -7.83 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0069 0.9931 0.0000
chr17 75239519 G GGGT 0.500000 0.100 1 3 4 665 169 496 82 0 12 2 73 1 0 494 0 1 0.4852 0.0020 0.0040 13.083 0.41 3.27 -2.86 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2947 0.6335 0.0718 1 1 0.2994 0.6235 0.0771 1 1 0.3048 0.6110 0.0843
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 2 965 310 655 172 1 7 1 129 0 0 648 1 6 0.5548 0.0000 0.0107 43.143 0.35 2.26 -1.91 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7918 0.2075 0.0007 1 0 0.7880 0.2112 0.0009 1 0 0.7816 0.2172 0.0012
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2227 541 1686 432 8 54 0 47 5 4 1673 2 2 0.7985 0.0030 0.0077 9.170 1.19 9.36 -8.17 58 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2223 557 1666 454 12 39 4 48 5 2 1533 15 111 0.8151 0.0030 0.0798 15.176 2.02 5.00 -2.98 100 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 1013 170 843 86 0 14 0 70 0 1 841 0 1 0.5059 0.0000 0.0024 11.143 0.49 4.94 -4.45 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5097 0.4674 0.0229 1 0 0.5079 0.4664 0.0257 1 0 0.5044 0.4657 0.0299
chr17 81672586 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 337 95 242 84 2 4 0 5 0 0 241 0 1 0.8842 0.0000 0.0041 22.750 0.69 4.40 -3.71 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1096 0.8904 0.0000 0 0 0.5794 0.4206 0.0000
chr17 82060071 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 303 103 200 99 0 2 0 2 0 0 200 0 0 0.9612 0.0000 0.0000 50.500 0.59 3.50 -2.91 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6459 0.3541 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000 0 0 0.9713 0.0287 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 278 68 210 7 0 4 0 57 0 0 210 0 0 0.1029 0.0000 0.0000 21.333 0.14 1.39 -1.24 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.9014 0.0986
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 290 126 164 0 0 0 0 126 0 0 164 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 126.000 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.100 1 -2 4 430 86 344 76 1 2 0 7 0 0 343 0 1 0.8837 0.0000 0.0029 42.000 0.26 2.57 -2.31 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.8029 0.1971 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 167 82 85 47 0 1 0 34 0 0 85 0 0 0.5732 0.0000 0.0000 81.000 0.06 4.82 -4.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5007 0.4533 0.0459 1 0 0.4939 0.4561 0.0501 1 0 0.4842 0.4598 0.0560
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 100 44 56 16 0 1 0 27 0 0 56 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 43.000 0.06 2.93 -2.86 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0581 0.4272 0.5147 1 2 0.0622 0.4314 0.5063 1 2 0.0680 0.4370 0.4950
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 326 154 172 145 0 3 0 6 0 0 172 0 0 0.9416 0.0000 0.0000 50.333 0.17 3.67 -3.50 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.7014 0.2986 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 549 137 412 120 0 8 0 9 0 0 412 0 0 0.8759 0.0000 0.0000 16.125 2.21 7.11 -4.90 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0269 0.9731 0.0000 0 0 0.5116 0.4884 0.0000
chr18 54224211 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 353 81 272 70 2 2 1 6 0 0 271 0 1 0.8642 0.0000 0.0037 39.000 1.51 5.50 -3.99 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 1 0.1676 0.8324 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 241 142 99 0 0 8 0 134 0 0 98 0 1 0.0000 0.0000 0.0101 16.750 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 796 169 627 102 0 2 1 64 0 0 616 0 11 0.6036 0.0000 0.0175 83.500 0.29 14.25 -13.96 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7303 0.2655 0.0042 1 0 0.7231 0.2718 0.0051 1 0 0.7124 0.2810 0.0065
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 378 85 293 41 0 9 2 33 0 2 291 0 0 0.4824 0.0000 0.0068 8.333 2.56 4.52 -1.95 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3780 0.5330 0.0890 1 1 0.3761 0.5302 0.0936 1 1 0.3732 0.5268 0.1000
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.100 1 4 2 358 87 271 62 0 2 1 22 0 0 267 0 4 0.7126 0.0000 0.0148 42.500 0.24 5.91 -5.67 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9115 0.0876 0.0009 1 0 0.9029 0.0960 0.0011 1 0 0.8900 0.1084 0.0016
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 358 89 269 64 1 2 1 21 0 0 265 1 3 0.7191 0.0000 0.0149 43.000 0.27 6.00 -5.73 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9402 0.0594 0.0004 1 0 0.9332 0.0663 0.0005 1 0 0.9217 0.0775 0.0008
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 168 68 100 32 0 2 0 34 0 0 100 0 0 0.4706 0.0000 0.0000 33.000 0.56 3.29 -2.73 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1707 0.5755 0.2538 1 1 0.1746 0.5698 0.2556 1 1 0.1796 0.5627 0.2577
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 126 66 60 58 1 3 0 4 0 0 60 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 21.000 0.10 3.50 -3.40 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2122 0.7878 0.0000 0 0 0.5734 0.4266 0.0000
chr19 615946 C CCCG 0.001020 0.100 1 3 2 359 110 249 80 5 20 1 4 0 0 249 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 4.500 0.36 3.25 -2.89 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7619 0.2381 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 146 58 88 31 0 3 0 24 0 0 88 0 0 0.5345 0.0000 0.0000 18.333 0.13 4.17 -4.04 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5186 0.4422 0.0392 1 0 0.5160 0.4428 0.0412 1 0 0.5122 0.4439 0.0439
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 245 154 91 141 0 0 0 13 0 0 91 0 0 0.9156 0.0000 0.0000 154.000 0.13 3.08 -2.94 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 1 0.4370 0.5630 0.0000
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.100 1 3 2 368 79 289 42 3 28 0 6 1 0 288 0 0 0.5316 0.0035 0.0035 1.821 0.60 3.00 -2.40 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3154 0.6846 0.0000 0 0 0.8450 0.1550 0.0000
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.100 1 -9 4 324 102 222 0 0 14 1 87 0 0 201 3 18 0.0000 0.0000 0.0946 6.286 11.20 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0736 0.9264 2 2 0.0000 0.0816 0.9184 2 2 0.0000 0.0940 0.9060
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 324 108 216 2 2 13 3 88 0 0 199 1 16 0.0185 0.0000 0.0787 7.750 0.50 11.01 -10.51 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6861 0.3139 2 2 0.0000 0.1869 0.8131 2 2 0.0000 0.0977 0.9023
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.100 1 3 1 756 166 590 58 4 32 1 71 0 0 590 0 0 0.3494 0.0000 0.0000 4.188 0.41 3.06 -2.64 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1195 0.7320 0.1486 1 1 0.1289 0.7228 0.1483 1 1 0.1419 0.7106 0.1475
chr19 7488963 G GC 0.000555 0.100 1 1 2 84 41 43 19 0 3 0 19 0 0 43 0 0 0.4634 0.0000 0.0000 12.667 0.84 1.32 -0.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4533 0.5464 0.0003 1 1 0.4568 0.5429 0.0003 1 1 0.4612 0.5385 0.0003
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 357 106 251 51 0 3 1 51 0 0 249 0 2 0.4811 0.0000 0.0080 34.333 0.69 2.96 -2.27 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2632 0.6726 0.0642 1 1 0.2726 0.6624 0.0649 1 1 0.2849 0.6492 0.0658
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.100 1 -3 2 481 127 354 82 0 3 1 41 0 0 352 0 2 0.6457 0.0000 0.0056 41.000 1.35 2.95 -1.60 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9595 0.0405 0.0000 1 0 0.9554 0.0446 0.0000 1 0 0.9494 0.0506 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 269 88 181 55 1 1 0 31 0 0 177 0 4 0.6250 0.0000 0.0221 86.000 0.29 5.35 -5.06 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7688 0.2253 0.0059 1 0 0.7599 0.2332 0.0068 1 0 0.7475 0.2442 0.0083
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.100 1 -1 5 352 70 282 45 0 0 0 25 0 0 282 0 0 0.6429 0.0000 0.0000 70.000 0.29 2.36 -2.07 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8286 0.1705 0.0009 1 0 0.8212 0.1777 0.0011 1 0 0.8108 0.1879 0.0013
chr19 9324201 TAAC T 0.000561 0.100 1 -3 2 136 63 73 43 0 0 0 20 0 0 73 0 0 0.6825 0.0000 0.0000 63.000 1.09 3.55 -2.46 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8776 0.1224 0.0000 1 0 0.8705 0.1295 0.0000 1 0 0.8604 0.1396 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 873 314 559 25 1 50 15 223 0 0 557 0 2 0.0796 0.0000 0.0036 5.280 0.28 3.36 -3.08 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9953 0.0047
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.100 1 2 3 1293 249 1044 5 115 12 5 112 0 1 1030 2 11 0.0201 0.0000 0.0134 14.889 4.00 4.24 -0.24 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0032 0.4727 0.5241 1 2 0.0042 0.4929 0.5029 1 1 0.0059 0.5201 0.4739
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.100 1 -2 3 1295 250 1045 1 8 13 15 213 0 0 1031 0 14 0.0040 0.0000 0.0134 19.583 1.00 3.81 -2.81 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.100 1 -3 1 421 131 290 1 0 29 64 37 0 0 289 1 0 0.0076 0.0000 0.0034 3.517 1.00 3.03 -2.03 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1930 0.8070 2 2 0.0000 0.0772 0.9228 2 2 0.0000 0.0596 0.9404
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 421 132 289 3 1 64 0 64 0 0 288 0 1 0.0227 0.0000 0.0035 1.062 1.33 6.20 -4.87 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9896 0.0104 2 1 0.0000 0.7632 0.2368 2 2 0.0000 0.4860 0.5140
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.100 1 18 1 360 97 263 47 0 9 0 41 0 0 254 0 9 0.4845 0.0000 0.0342 9.778 0.15 8.83 -8.68 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3140 0.6834 0.0026 1 1 0.3243 0.6730 0.0027 1 1 0.3376 0.6597 0.0027
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.100 1 3 1 266 101 165 52 1 10 1 37 0 1 164 0 0 0.5149 0.0000 0.0061 9.100 0.44 3.00 -2.56 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7474 0.2505 0.0021 1 0 0.7419 0.2557 0.0023 1 0 0.7341 0.2632 0.0027
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 626 136 490 0 0 6 0 130 0 0 483 0 7 0.0000 0.0000 0.0143 21.667 3.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.100 1 -2 1 331 71 260 0 2 3 12 54 0 0 260 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.000 3.94 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2399 0.7601 2 2 0.0000 0.2478 0.7522 2 2 0.0000 0.2600 0.7400
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 121 46 75 17 0 2 0 27 0 0 72 0 3 0.3696 0.0000 0.0400 22.000 2.12 4.33 -2.22 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0978 0.5641 0.3381 1 1 0.1050 0.5664 0.3286 1 1 0.1151 0.5689 0.3160
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 1432 296 1136 21 0 8 3 264 0 0 1060 11 65 0.0709 0.0000 0.0669 36.000 0.90 2.77 -1.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9512 0.0488 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.100 1 -3 2 941 200 741 93 0 10 0 97 0 0 739 0 2 0.4650 0.0000 0.0027 19.000 0.12 2.98 -2.86 59 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1533 0.7966 0.0501 1 1 0.1657 0.7828 0.0516 1 1 0.1825 0.7641 0.0534
chr19 21973234 C CTTA 0.000740 0.100 1 3 1 3109 698 2411 626 2 54 1 15 17 11 2382 1 0 0.8968 0.0071 0.0120 11.926 1.00 3.40 -2.40 108 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.100 1 1 2 2946 628 2318 278 8 46 7 289 3 1 1871 18 425 0.4427 0.0013 0.1928 13.136 1.21 1.90 -0.68 24 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 280 76 204 6 0 7 6 57 0 0 204 0 0 0.0789 0.0000 0.0000 9.857 0.33 3.16 -2.82 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8363 0.1637 2 2 0.0000 0.3066 0.6934
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 624 168 456 8 0 6 0 154 0 0 446 0 10 0.0476 0.0000 0.0219 27.000 0.12 3.35 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 2 0.0000 0.3255 0.6745 2 2 0.0000 0.0203 0.9797
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 453 212 241 179 5 19 0 9 0 0 240 0 1 0.8443 0.0000 0.0041 11.353 7.21 7.22 -0.02 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5197 0.4803 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 504 147 357 60 0 6 1 80 0 1 352 0 4 0.4082 0.0000 0.0140 23.500 0.17 2.60 -2.43 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0118 0.3766 0.6116 1 2 0.0139 0.3847 0.6014 1 2 0.0173 0.3959 0.5868
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 208 29 179 0 0 1 28 0 0 0 179 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.000 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0641 0.9359 2 2 0.0000 0.0659 0.9341 2 2 0.0000 0.0684 0.9316
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 208 29 179 0 0 16 13 0 0 0 179 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.727 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1011 0.8989 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1055 0.8945
chr19 40667960 TTGC T 0.034410 0.100 1 -3 1 437 130 307 117 2 8 0 3 0 0 307 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 15.250 5.51 7.00 -1.49 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9388 0.0612 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 424 136 288 0 0 8 3 125 0 0 288 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.875 5.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr19 40667990 CTGT C 0.142266 0.100 1 -3 1 422 132 290 3 16 4 2 107 0 0 290 0 0 0.0227 0.0000 0.0000 111.000 1.00 6.09 -5.09 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.8457 0.1543 2 1 0.0000 0.5838 0.4162
chr19 40848284 CTT C 0.000331 0.100 1 -2 1 748 251 497 229 0 8 0 14 0 0 497 0 0 0.9124 0.0000 0.0000 30.375 0.23 2.21 -1.98 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.100 1 -1 1 469 111 358 65 0 0 0 46 0 0 358 0 0 0.5856 0.0000 0.0000 111.000 1.37 2.11 -0.74 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7812 0.2177 0.0011 1 0 0.7756 0.2231 0.0013 1 0 0.7677 0.2307 0.0016
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 444 123 321 5 0 0 0 118 0 0 313 0 8 0.0407 0.0000 0.0249 123.000 0.00 6.64 -6.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 2 0.0000 0.3474 0.6526 2 2 0.0000 0.0713 0.9287
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 488 153 335 86 1 2 0 64 0 0 333 0 2 0.5621 0.0000 0.0060 75.000 0.14 3.08 -2.94 44 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5676 0.4165 0.0159 1 0 0.5606 0.4210 0.0184 1 0 0.5503 0.4274 0.0223
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 523 134 389 13 0 4 2 115 0 0 384 2 3 0.0970 0.0000 0.0129 43.333 0.69 2.53 -1.84 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9847 0.0153
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.100 1 -3 2 511 94 417 77 0 7 2 8 0 0 416 0 1 0.8191 0.0000 0.0024 12.429 0.62 4.00 -3.38 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1068 0.8932 0.0000
chr19 45669521 A ATGACTACCT 0.000070 0.100 1 9 1 102 49 53 32 0 0 0 17 0 0 49 0 4 0.6531 0.0000 0.0755 49.000 0.09 9.12 -9.02 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6964 0.3036 0.0000 1 0 0.6916 0.3083 0.0000 1 0 0.6850 0.3149 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1340 404 936 4 0 85 1 314 0 0 888 0 48 0.0099 0.0000 0.0513 3.753 1.00 6.27 -5.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 337 109 228 44 1 28 0 36 0 1 216 0 11 0.4037 0.0000 0.0526 2.857 0.45 10.14 -9.68 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3115 0.6385 0.0500 1 1 0.3197 0.6296 0.0507 1 1 0.3303 0.6181 0.0516
chr19 46016106 TCGTCCCGGGAGCGCTCCG T 0.003109 0.100 1 -18 1 352 100 252 86 1 6 0 7 0 0 252 0 0 0.8600 0.0000 0.0000 15.500 0.44 20.29 -19.84 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 0 0.9344 0.0656 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.100 1 -3 1 446 101 345 53 0 4 0 44 0 0 345 0 0 0.5248 0.0000 0.0000 24.250 0.98 4.05 -3.06 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5661 0.4216 0.0123 1 0 0.5660 0.4208 0.0132 1 0 0.5653 0.4203 0.0144
chr19 47681104 AGCAGCCCCC A 0.000031 0.100 1 -9 1 390 95 295 58 0 5 0 32 0 0 294 0 1 0.6105 0.0000 0.0034 18.000 1.09 8.25 -7.16 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8841 0.1159 0.0000 1 0 0.8776 0.1224 0.0000 1 0 0.8683 0.1317 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 387 109 278 0 0 2 0 107 0 0 275 0 3 0.0000 0.0000 0.0108 53.500 4.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0316 0.9684 2 2 0.0000 0.0353 0.9647 2 2 0.0000 0.0410 0.9590
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 921 194 727 0 0 34 78 82 0 1 714 6 6 0.0000 0.0000 0.0179 5.161 3.79 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 923 230 693 142 14 47 2 25 0 0 693 0 0 0.6174 0.0000 0.0000 3.851 0.53 5.76 -5.23 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.100 1 9 1 923 230 693 153 14 47 3 13 0 0 693 0 0 0.6652 0.0000 0.0000 3.809 0.78 8.62 -7.83 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5963 0.4037 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 491 131 360 0 1 29 1 100 0 0 353 0 7 0.0000 0.0000 0.0194 3.483 6.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0103 0.9897
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.100 1 -18 2 616 226 390 95 0 61 0 70 1 0 389 0 0 0.4204 0.0026 0.0026 2.705 0.25 11.43 -11.18 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8401 0.1594 0.0005 1 0 0.8348 0.1645 0.0006 1 0 0.8272 0.1720 0.0008
chr19 49908948 G GTGC 0.000984 0.100 1 3 2 845 218 627 122 4 11 2 79 1 0 626 0 0 0.5596 0.0016 0.0016 18.818 0.41 3.34 -2.93 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9716 0.0284 0.0000 1 0 0.9688 0.0312 0.0000 1 0 0.9644 0.0356 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 656 144 512 5 1 5 62 71 0 0 508 1 3 0.0347 0.0000 0.0078 34.750 0.00 3.15 -3.15 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 2 0.0000 0.3551 0.6449 2 2 0.0000 0.0513 0.9487
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 654 150 504 1 0 10 71 68 0 0 503 0 1 0.0067 0.0000 0.0020 14.000 0.00 3.13 -3.13 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0048 0.9952
chr19 50514486 GCTAC G 0.000153 0.100 1 -4 2 98 52 46 46 1 0 0 5 0 0 46 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 52.000 1.02 4.60 -3.58 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5166 0.4834 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.100 1 6 2 519 109 410 47 0 7 0 55 0 0 407 0 3 0.4312 0.0000 0.0073 14.571 0.30 5.76 -5.47 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1623 0.8189 0.0188 1 1 0.1737 0.8078 0.0185 1 1 0.1892 0.7928 0.0180
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 554 160 394 0 0 2 10 148 0 0 392 0 2 0.0000 0.0000 0.0051 79.000 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 425 125 300 68 0 3 0 54 0 0 300 0 0 0.5440 0.0000 0.0000 40.667 0.34 2.98 -2.64 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5636 0.4146 0.0218 1 0 0.5603 0.4156 0.0241 1 0 0.5551 0.4174 0.0275
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 518 136 382 76 0 5 0 55 0 0 382 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 26.200 0.83 3.51 -2.68 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7157 0.2772 0.0071 1 0 0.7085 0.2833 0.0082 1 0 0.6981 0.2919 0.0100
chr19 52613680 GCCACACTCATTACATTTGTAAGGTTTCTCTCCAGTGTGGATTCTCTGATGTTGTGCAAGGTGTGAAATATGATGGAAGACCTTT G 0.063910 0.100 1 -84 2 1135 374 761 352 4 13 0 5 26 2 732 0 1 0.9412 0.0342 0.0381 27.538 0.69 1.80 -1.11 64 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1404 302 1102 0 0 4 1 297 0 0 1096 0 6 0.0000 0.0000 0.0054 74.500 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 53455109 TACTC T 0.000036 0.100 1 -4 2 1621 396 1225 368 1 10 2 15 0 0 1225 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 38.400 0.46 4.13 -3.67 186 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 755 241 514 104 9 44 3 81 0 0 513 0 1 0.4315 0.0000 0.0019 8.208 0.30 2.23 -1.94 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5004 0.4849 0.0147 1 0 0.4970 0.4858 0.0172 1 0 0.4911 0.4877 0.0211
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.100 1 1 1 758 234 524 214 1 0 0 19 0 0 520 2 2 0.9145 0.0000 0.0076 234.000 1.75 3.47 -1.72 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 0 0.8599 0.1401 0.0000
chr19 55228340 GCAGCGAACCAGGA G 0.000013 0.100 1 -13 3 423 143 280 137 0 2 0 4 0 0 280 0 0 0.9580 0.0000 0.0000 70.500 0.36 10.75 -10.39 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 463 125 338 93 1 22 0 9 0 0 337 0 1 0.7440 0.0000 0.0030 4.682 0.32 7.78 -7.46 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.1364 0.8636 0.0000
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 624 183 441 113 0 16 0 54 0 0 426 0 15 0.6175 0.0000 0.0340 10.438 0.30 16.72 -16.42 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8093 0.1899 0.0009 1 0 0.7930 0.2058 0.0012 1 0 0.7692 0.2290 0.0018
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 1073 270 803 213 3 45 0 9 1 0 799 2 1 0.7889 0.0012 0.0050 5.000 0.98 6.11 -5.13 131 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4343 0.5657 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr19 55518546 CCCA C 0.003059 0.100 1 -3 1 661 172 489 87 1 3 0 81 0 0 488 0 1 0.5058 0.0000 0.0020 56.000 0.15 3.12 -2.97 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4351 0.5644 0.0004 1 1 0.4452 0.5544 0.0005 1 1 0.4575 0.5420 0.0005
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 475 75 400 31 0 1 0 43 0 0 398 0 2 0.4133 0.0000 0.0050 74.000 0.58 3.47 -2.88 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0310 0.3902 0.5788 1 2 0.0341 0.3949 0.5710 1 2 0.0385 0.4013 0.5602
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 118 58 60 5 0 6 1 46 0 0 59 0 1 0.0862 0.0000 0.0167 8.667 0.00 3.04 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9760 0.0240 2 1 0.0000 0.8399 0.1601
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.100 1 -4 2 327 102 225 93 0 1 0 8 0 0 225 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 101.000 0.55 4.00 -3.45 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1036 0.8964 0.0000 0 0 0.7489 0.2511 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 327 151 176 141 0 1 0 9 0 0 176 0 0 0.9338 0.0000 0.0000 150.000 0.31 2.11 -1.80 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0588 0.9412 0.0000 0 0 0.6966 0.3034 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 80 37 43 0 0 0 0 37 0 0 43 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 6.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0895 0.9105 2 2 0.0000 0.0927 0.9073 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 439 100 339 83 3 10 0 4 0 1 338 0 0 0.8300 0.0000 0.0029 8.900 1.11 4.50 -3.39 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1278 0.8722 0.0000 0 0 0.9321 0.0679 0.0000 0 0 0.9850 0.0150 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 585 199 386 186 1 3 1 8 0 0 386 0 0 0.9347 0.0000 0.0000 65.333 0.18 8.12 -7.94 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6142 0.3858 0.0000 0 0 0.9796 0.0204 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 585 200 385 188 0 4 0 8 0 0 385 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 49.000 0.19 8.12 -7.93 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.7965 0.2035 0.0000 0 0 0.9888 0.0112 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 584 191 393 179 0 6 0 6 0 0 390 0 3 0.9372 0.0000 0.0076 37.000 0.47 7.67 -7.19 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4901 0.5099 0.0000 0 0 0.9710 0.0290 0.0000
chr20 3668985 ATCTGGACT A 0.038221 0.100 1 -8 1 258 77 181 52 0 0 0 25 0 0 180 0 1 0.6753 0.0000 0.0055 77.000 0.81 9.60 -8.79 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8960 0.1038 0.0002 1 0 0.8892 0.1105 0.0002 1 0 0.8795 0.1202 0.0003
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.100 1 -24 4 832 265 567 225 0 26 0 14 1 0 566 0 0 0.8491 0.0018 0.0018 9.192 0.56 8.36 -7.79 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7405 0.2595 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 264 91 173 80 0 3 0 8 0 0 173 0 0 0.8791 0.0000 0.0000 29.333 0.57 1.38 -0.80 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 1 0.1512 0.8488 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 616 167 449 19 0 1 0 147 0 0 448 0 1 0.1138 0.0000 0.0022 166.000 0.58 6.35 -5.77 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9944 0.0056
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.100 1 -15 1 558 166 392 152 0 11 0 3 0 0 391 0 1 0.9157 0.0000 0.0026 14.091 0.39 15.33 -14.94 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9896 0.0104 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 456 151 305 9 0 2 1 139 0 1 291 0 13 0.0596 0.0000 0.0459 74.000 0.11 3.33 -3.22 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8231 0.1769 2 2 0.0000 0.1104 0.8896
chr20 35277779 C CGGGCTG 0.014046 0.100 1 6 1 532 235 297 157 0 69 1 8 0 0 297 0 0 0.6681 0.0000 0.0000 2.391 0.42 3.75 -3.33 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 0 0.9697 0.0303 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.100 1 1 1 150 72 78 28 1 6 1 36 0 0 75 0 3 0.3889 0.0000 0.0385 10.833 0.29 1.78 -1.49 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1442 0.6958 0.1600 1 1 0.1534 0.6907 0.1560 1 1 0.1660 0.6836 0.1505
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 523 181 342 162 2 6 0 11 0 0 342 0 0 0.8950 0.0000 0.0000 29.167 0.47 3.18 -2.71 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0189 0.9811 0.0000 0 0 0.6146 0.3854 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 961 313 648 137 0 34 5 137 0 0 646 1 1 0.4377 0.0000 0.0031 8.206 0.32 3.22 -2.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0363 0.7371 0.2265 1 1 0.0405 0.7203 0.2392 1 1 0.0464 0.6984 0.2552
chr20 60012728 T TA 0.009952 0.100 1 1 2 220 58 162 28 1 3 0 26 0 0 162 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 18.000 0.25 1.00 -0.75 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4989 0.4982 0.0029 1 0 0.5012 0.4958 0.0029 1 0 0.5040 0.4930 0.0030
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 222 39 183 0 0 6 0 33 0 0 176 0 7 0.0000 0.0000 0.0383 5.500 6.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr20 62367030 GCCGCGCGCC G 0.002179 0.100 1 -9 1 156 53 103 30 3 0 0 20 0 1 102 0 0 0.5660 0.0000 0.0097 50.000 0.70 9.10 -8.40 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7451 0.2548 0.0001 1 0 0.7389 0.2609 0.0001 1 0 0.7305 0.2693 0.0001
chr20 62861177 GCCGCGC G 0.000431 0.100 1 -6 1 509 122 387 68 1 6 0 47 0 0 384 0 3 0.5574 0.0000 0.0078 19.167 1.25 7.17 -5.92 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7825 0.2175 0.0000 1 0 0.7777 0.2223 0.0000 1 0 0.7708 0.2292 0.0000
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 253 109 144 0 0 1 0 108 0 0 143 0 1 0.0000 0.0000 0.0069 108.000 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr21 30598756 T TA 0.001158 0.100 1 1 1 191 79 112 70 0 3 0 6 0 0 112 0 0 0.8861 0.0000 0.0000 25.333 0.39 1.67 -1.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0493 0.9507 0.0000 0 0 0.9797 0.0203 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 688 164 524 11 0 4 0 149 0 0 514 0 10 0.0671 0.0000 0.0191 40.000 0.27 5.74 -5.47 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9766 0.0234 2 2 0.0000 0.3330 0.6670
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 191 95 96 53 0 6 0 36 0 0 94 0 2 0.5579 0.0000 0.0208 14.833 0.02 3.83 -3.81 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5265 0.4372 0.0363 1 0 0.5187 0.4411 0.0402 1 0 0.5078 0.4464 0.0458
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 350 51 299 0 0 4 0 47 0 0 299 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.750 1.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.100 1 -3 1 959 215 744 200 0 9 0 6 0 0 743 0 1 0.9302 0.0000 0.0013 22.889 0.21 3.50 -3.29 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0647 0.9353 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 949 171 778 22 1 6 15 127 1 0 769 5 3 0.1287 0.0013 0.0116 40.750 1.50 3.16 -1.66 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 949 173 776 21 3 6 18 125 0 2 765 4 5 0.1214 0.0000 0.0142 27.333 1.05 3.20 -2.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.100 1 -2 2 690 234 456 146 1 4 1 82 0 0 453 0 3 0.6239 0.0000 0.0066 57.500 1.75 8.41 -6.67 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9926 0.0074 0.0000 1 0 0.9914 0.0086 0.0000 1 0 0.9896 0.0104 0.0000
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.100 1 2 1 690 224 466 141 0 2 3 78 0 0 463 0 3 0.6295 0.0000 0.0064 111.000 1.74 8.33 -6.59 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9892 0.0108 0.0000 1 0 0.9876 0.0124 0.0000 1 0 0.9852 0.0148 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 564 107 457 0 0 12 3 92 0 0 451 0 6 0.0000 0.0000 0.0131 7.750 14.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 303 135 168 2 0 12 1 120 0 0 164 1 3 0.0148 0.0000 0.0238 10.167 1.00 11.56 -10.56 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 45504511 CGGCCCCCCAGGCCCCCCA C 0.019360 0.100 1 -18 7 303 142 161 16 7 64 2 53 0 0 161 0 0 0.1127 0.0000 0.0000 10.857 1.38 15.04 -13.66 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2241 0.7553 0.0207 1 1 0.2351 0.7445 0.0204 1 1 0.2498 0.7302 0.0200
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 533 201 332 27 1 27 1 145 0 0 325 1 6 0.1343 0.0000 0.0211 6.444 0.04 3.32 -3.28 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.100 1 39 1 691 226 465 106 4 106 0 10 0 0 465 0 0 0.4690 0.0000 0.0000 1.113 0.55 4.00 -3.45 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2831 0.7169 0.0000 0 0 0.9584 0.0416 0.0000
chr22 17109651 TGGAGGAAGA T 0.001153 0.100 1 -9 3 1391 368 1023 193 1 36 1 137 0 1 1015 0 7 0.5245 0.0000 0.0078 9.194 0.40 8.59 -8.19 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9632 0.0368 0.0000 1 0 0.9609 0.0391 0.0000 1 0 0.9572 0.0428 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 826 183 643 138 2 42 0 1 0 0 642 0 1 0.7541 0.0000 0.0016 3.310 1.13 2.00 -0.87 60 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6673 0.3327 0.0000 0 0 0.9463 0.0537 0.0000 0 0 0.9712 0.0288 0.0000
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.100 1 3 1 1556 484 1072 231 6 62 12 173 0 0 1067 1 4 0.4773 0.0000 0.0047 6.885 0.76 3.20 -2.44 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9391 0.0609 0.0000 1 0 0.9374 0.0626 0.0000 1 0 0.9346 0.0654 0.0000
chr22 27798945 TTGC T 0.002444 0.100 1 -3 1 1538 489 1049 346 12 97 7 27 0 0 1049 0 0 0.7076 0.0000 0.0000 4.042 1.60 3.37 -1.77 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9568 0.0432 0.0000
chr22 30428672 T TA 0.000840 0.100 1 1 2 225 77 148 73 0 0 0 4 0 0 148 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 77.000 0.26 3.75 -3.49 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8749 0.1251 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.100 1 -6 1 490 125 365 66 0 7 0 52 0 0 362 0 3 0.5280 0.0000 0.0082 16.857 0.97 6.15 -5.18 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6207 0.3791 0.0003 1 0 0.6213 0.3784 0.0003 1 0 0.6215 0.3781 0.0003
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 465 220 245 81 0 45 0 94 0 0 239 1 5 0.3682 0.0000 0.0245 3.889 0.90 5.90 -5.00 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0282 0.5914 0.3804 1 1 0.0324 0.5902 0.3774 1 1 0.0387 0.5889 0.3724
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 351 172 179 150 0 19 0 3 0 0 179 0 0 0.8721 0.0000 0.0000 8.053 0.19 9.00 -8.81 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8369 0.1631 0.0000 0 0 0.9930 0.0070 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 213 111 102 62 1 7 0 41 0 0 99 0 3 0.5586 0.0000 0.0294 14.857 0.44 3.63 -3.20 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7144 0.2772 0.0084 1 0 0.7069 0.2835 0.0096 1 0 0.6963 0.2922 0.0114
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 314 124 190 0 0 6 2 116 0 0 186 0 4 0.0000 0.0000 0.0211 19.500 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 498 184 314 91 1 16 3 73 0 0 313 0 1 0.4946 0.0000 0.0032 10.500 0.33 3.01 -2.68 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5870 0.4032 0.0098 1 0 0.5876 0.4014 0.0110 1 0 0.5873 0.4000 0.0128
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1697 422 1275 393 4 6 0 19 8 0 1264 0 3 0.9313 0.0063 0.0086 69.333 2.93 9.53 -6.59 169 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0918 0.9082 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.100 1 -6 1 668 141 527 59 0 12 0 70 0 0 525 0 2 0.4184 0.0000 0.0038 10.750 1.46 7.49 -6.03 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1113 0.8092 0.0795 1 1 0.1214 0.8001 0.0785 1 1 0.1356 0.7874 0.0769
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.100 1 -27 3 249 116 133 91 0 21 0 4 0 0 133 0 0 0.7845 0.0000 0.0000 4.524 0.16 20.25 -20.09 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6883 0.3117 0.0000 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.100 1 -18 2 318 91 227 72 0 12 0 7 1 0 225 0 1 0.7912 0.0044 0.0088 6.583 0.33 18.57 -18.24 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0604 0.9396 0.0000 0 0 0.6307 0.3693 0.0000
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1043 226 817 118 1 34 0 73 1 1 779 0 36 0.5221 0.0012 0.0465 5.647 0.76 14.18 -13.42 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4444 0.5441 0.0115 1 1 0.4537 0.5334 0.0129 1 1 0.4646 0.5205 0.0148
818 rows