File Info

Filename
HG01243_x_HG01258_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/00/8c0e8052d01f59ace67150491fb729/HG01243_x_HG01258_FF_5.features.tsv
Size
156.7 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG01243_x_HG01258_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 385 146 239 128 1 14 0 3 0 0 239 0 0 0.8767 0.0000 0.0000 9.429 0.41 6.33 -5.92 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1609 0.8391 0.0000 0 0 0.7645 0.2355 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr1 2529505 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 463 137 326 67 1 16 0 53 0 0 326 0 0 0.4891 0.0000 0.0000 7.562 1.33 3.85 -2.52 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4282 0.4741 0.0977 1 1 0.4223 0.4758 0.1020 1 1 0.4143 0.4779 0.1078
chr1 8359808 G GCTCCTT 0.500000 0.050 1 6 3 438 135 303 76 1 12 0 46 0 0 298 0 5 0.5630 0.0000 0.0165 10.250 0.20 5.48 -5.28 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5800 0.3756 0.0445 1 0 0.5691 0.3827 0.0482 1 0 0.5545 0.3921 0.0535
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 573 117 456 44 4 10 1 58 0 0 453 0 3 0.3761 0.0000 0.0066 10.600 1.48 7.12 -5.64 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1056 0.4789 0.4155 1 1 0.1098 0.4802 0.4100 1 1 0.1156 0.4820 0.4025
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 539 115 424 50 1 19 0 45 0 0 422 0 2 0.4348 0.0000 0.0047 5.053 0.36 3.18 -2.82 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2838 0.5251 0.1911 1 1 0.2832 0.5232 0.1937 1 1 0.2823 0.5208 0.1969
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1014 189 825 101 0 8 0 80 0 0 820 0 5 0.5344 0.0000 0.0061 22.625 0.23 3.08 -2.85 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4267 0.4856 0.0877 1 1 0.4216 0.4863 0.0921 1 1 0.4147 0.4872 0.0981
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 466 129 337 101 0 2 0 26 0 0 337 0 0 0.7829 0.0000 0.0000 63.500 0.13 1.12 -0.99 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9451 0.0543 0.0006 0 1 0.2531 0.7467 0.0002 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1396 217 1179 95 3 16 3 100 0 1 1177 0 1 0.4378 0.0000 0.0017 12.312 1.67 1.95 -0.28 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1683 0.5531 0.2786 1 1 0.1718 0.5491 0.2791 1 1 0.1765 0.5441 0.2794
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 713 151 562 8 0 2 1 140 0 0 532 0 30 0.0530 0.0000 0.0534 74.500 0.00 18.96 -18.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7550 0.2450 2 2 0.0000 0.2449 0.7551
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 358 166 192 62 5 19 0 80 0 0 191 0 1 0.3735 0.0000 0.0052 7.737 0.10 3.15 -3.05 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1018 0.4890 0.4092 1 1 0.1061 0.4895 0.4044 1 1 0.1120 0.4903 0.3977
chr1 38046230 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 1 774 154 620 128 3 17 3 3 4 1 614 1 0 0.8312 0.0065 0.0097 8.000 1.28 4.33 -3.05 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0454 0.9546 0.0000 0 0 0.5760 0.4240 0.0000 0 0 0.8039 0.1961 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 632 153 479 0 0 28 0 125 0 0 478 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 4.464 5.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0403 0.9597 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0465 0.9535
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 227 92 135 5 0 8 1 78 0 0 135 0 0 0.0543 0.0000 0.0000 10.500 1.60 3.24 -1.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.8006 0.1994 2 2 0.0000 0.4910 0.5090
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 805 186 619 77 1 30 1 77 0 1 617 0 1 0.4140 0.0000 0.0032 5.200 0.31 3.08 -2.77 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2255 0.5480 0.2264 1 1 0.2273 0.5444 0.2282 1 1 0.2296 0.5399 0.2305
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.050 1 -30 1 519 134 385 67 0 10 0 57 0 0 377 0 8 0.5000 0.0000 0.0208 12.400 0.90 21.26 -20.37 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2532 0.5390 0.2078 1 1 0.2539 0.5361 0.2100 1 1 0.2548 0.5324 0.2128
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 127 65 62 0 0 5 0 60 0 0 60 0 2 0.0000 0.0000 0.0323 12.000 3.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1737 0.8263 2 2 0.0000 0.1782 0.8218 2 2 0.0000 0.1846 0.8154
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 420 124 296 0 0 7 1 116 0 0 288 0 8 0.0000 0.0000 0.0270 16.571 5.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0414 0.9586 2 2 0.0000 0.0440 0.9560 2 2 0.0000 0.0477 0.9523
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 154 64 90 31 0 2 0 31 0 0 90 0 0 0.4844 0.0000 0.0000 31.000 0.26 3.10 -2.84 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2405 0.5189 0.2405 1 1 0.2412 0.5175 0.2413 1 1 0.2421 0.5157 0.2422
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 435 116 319 5 1 6 2 102 0 0 306 2 11 0.0431 0.0000 0.0408 18.000 3.20 3.68 -0.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.6467 0.3533 2 2 0.0000 0.3055 0.6945
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 862 213 649 119 0 17 0 77 0 0 647 0 2 0.5587 0.0000 0.0031 11.529 0.24 14.62 -14.39 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7290 0.2570 0.0140 1 0 0.7164 0.2676 0.0160 1 0 0.6989 0.2821 0.0191
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 680 206 474 189 4 5 0 8 0 0 474 0 0 0.9175 0.0000 0.0000 40.000 0.35 3.62 -3.28 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3601 0.6399 0.0000 0 0 0.8396 0.1604 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 210 91 119 0 50 5 0 36 0 0 119 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.000 1.97 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2798 0.5174 0.2027 1 1 0.2792 0.5161 0.2048 1 1 0.2782 0.5144 0.2074
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 1664 507 1157 129 9 199 8 162 7 4 1062 10 74 0.2544 0.0061 0.0821 1.548 2.73 9.07 -6.34 21 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0169 0.9831 1 2 0.0000 0.0199 0.9801 1 2 0.0001 0.0246 0.9753
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1218 272 946 128 2 47 1 94 0 0 938 1 7 0.4706 0.0000 0.0085 4.766 0.45 3.69 -3.24 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5680 0.3934 0.0386 1 0 0.5589 0.3990 0.0421 1 0 0.5464 0.4064 0.0472
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 273 113 160 6 0 16 2 89 0 0 159 1 0 0.0531 0.0000 0.0063 5.938 0.17 1.54 -1.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8468 0.1532 2 1 0.0000 0.5052 0.4948
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 245 72 173 0 0 7 0 65 0 0 155 0 18 0.0000 0.0000 0.1040 9.286 11.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1148 298 850 1 2 69 3 223 3 1 777 4 65 0.0034 0.0035 0.0859 3.338 0.00 9.36 -9.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7878 0.2122 2 2 0.0000 0.0338 0.9662 2 2 0.0000 0.0082 0.9918
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 640 288 352 259 0 21 0 8 0 0 352 0 0 0.8993 0.0000 0.0000 12.714 0.37 7.00 -6.63 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 0 0.7398 0.2602 0.0000 0 0 0.9621 0.0379 0.0000
chr1 154869854 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1446 509 937 401 3 93 0 12 0 1 936 0 0 0.7878 0.0000 0.0011 4.473 0.58 9.25 -8.67 155 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8779 0.1221 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr1 154961829 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 605 168 437 162 1 2 0 3 0 0 436 0 1 0.9643 0.0000 0.0023 82.500 0.75 1.00 -0.25 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0831 0.9169 0.0000 0 0 0.7941 0.2059 0.0000 0 0 0.9183 0.0817 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 224 90 134 34 0 2 0 54 0 1 132 0 1 0.3778 0.0000 0.0149 44.000 1.79 1.15 0.65 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0682 0.4177 0.5141 1 2 0.0724 0.4229 0.5048 1 2 0.0782 0.4296 0.4922
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 620 179 441 0 0 0 0 179 0 0 436 0 5 0.0000 0.0000 0.0113 179.000 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1317 253 1064 0 0 9 0 244 0 0 1062 1 1 0.0000 0.0000 0.0019 27.111 1.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr1 160681128 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 503 189 314 179 0 7 0 3 0 0 314 0 0 0.9471 0.0000 0.0000 26.000 2.21 2.00 0.21 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4164 0.5836 0.0000 0 0 0.9182 0.0818 0.0000 0 0 0.9600 0.0400 0.0000
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 123 66 57 34 0 3 0 29 0 0 56 0 1 0.5152 0.0000 0.0175 21.000 0.09 4.03 -3.95 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2900 0.5147 0.1953 1 1 0.2889 0.5136 0.1975 1 1 0.2874 0.5122 0.2004
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 194 68 126 46 0 1 0 21 0 0 126 0 0 0.6765 0.0000 0.0000 67.000 0.07 1.00 -0.93 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5831 0.3677 0.0492 1 0 0.5714 0.3756 0.0531 1 0 0.5556 0.3859 0.0585
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 288 61 227 54 0 3 0 4 0 0 227 0 0 0.8852 0.0000 0.0000 19.333 0.41 1.00 -0.59 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.2104 0.7896 0.0000 0 1 0.4535 0.5465 0.0000
chr1 175160809 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 564 135 429 7 11 10 62 45 0 0 429 0 0 0.0519 0.0000 0.0000 9.667 2.14 9.56 -7.41 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9872 0.0128 2 1 0.0000 0.8609 0.1391
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 149 48 101 3 0 6 3 36 0 0 101 0 0 0.0625 0.0000 0.0000 8.400 1.00 5.14 -4.14 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9809 0.0191 2 1 0.0000 0.7441 0.2559 2 1 0.0000 0.5508 0.4492
chr1 202214229 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 94 44 50 20 0 1 0 23 0 0 50 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 43.000 0.95 2.17 -1.22 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2088 0.5104 0.2808 1 1 0.2105 0.5096 0.2799 1 1 0.2127 0.5086 0.2787
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 709 225 484 104 0 38 0 83 1 0 455 0 28 0.4622 0.0021 0.0599 4.921 0.31 13.41 -13.10 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1604 0.5557 0.2839 1 1 0.1642 0.5515 0.2843 1 1 0.1692 0.5463 0.2845
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 554 282 272 234 0 35 0 13 0 0 270 0 2 0.8298 0.0000 0.0074 7.057 0.59 13.08 -12.48 136 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0142 0.9858 0.0000 0 0 0.5098 0.4902 0.0000
chr1 223363360 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 2 272 120 152 48 0 18 1 53 0 1 150 0 1 0.4000 0.0000 0.0132 5.667 0.29 2.98 -2.69 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1663 0.5190 0.3146 1 1 0.1695 0.5176 0.3129 1 1 0.1737 0.5158 0.3105
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 462 124 338 36 0 56 1 31 1 0 331 0 6 0.2903 0.0030 0.0207 1.214 0.61 10.84 -10.23 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2269 0.5226 0.2505 1 1 0.2282 0.5209 0.2509 1 1 0.2298 0.5187 0.2514
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 678 147 531 73 1 19 0 54 0 0 528 0 3 0.4966 0.0000 0.0056 6.684 1.18 8.63 -7.45 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4520 0.4622 0.0859 1 1 0.4453 0.4645 0.0902 1 1 0.4363 0.4676 0.0961
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 221 95 126 44 0 2 0 49 0 0 125 0 1 0.4632 0.0000 0.0079 46.500 0.05 1.33 -1.28 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1716 0.5179 0.3105 1 1 0.1746 0.5165 0.3089 1 1 0.1786 0.5148 0.3066
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 659 195 464 80 2 20 3 90 0 0 460 1 3 0.4103 0.0000 0.0086 8.750 0.45 3.42 -2.97 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0947 0.4921 0.4133 1 1 0.0991 0.4923 0.4086 1 1 0.1051 0.4927 0.4022
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 501 134 367 1 0 2 0 131 0 0 367 0 0 0.0075 0.0000 0.0000 66.000 0.00 1.58 -1.58 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1580 0.8420 2 2 0.0000 0.0715 0.9285 2 2 0.0000 0.0590 0.9410
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 655 183 472 173 0 1 0 9 0 0 472 0 0 0.9454 0.0000 0.0000 182.000 0.76 3.78 -3.02 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1488 0.8512 0.0000 0 0 0.6905 0.3095 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1108 313 795 167 1 4 0 141 0 0 793 0 2 0.5335 0.0000 0.0025 103.000 0.25 1.33 -1.08 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5132 0.4422 0.0446 1 0 0.5069 0.4448 0.0483 1 0 0.4979 0.4484 0.0537
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 571 160 411 45 1 5 0 109 0 0 411 0 0 0.2812 0.0000 0.0000 31.000 1.98 4.55 -2.57 37 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.0967 0.9015 1 2 0.0022 0.1063 0.8915 1 2 0.0030 0.1202 0.8768
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 718 48 670 7 0 2 1 38 0 0 664 0 6 0.1458 0.0000 0.0090 23.000 1.71 3.84 -2.13 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9724 0.0276 2 1 0.0000 0.8208 0.1792
chr1 248453245 T TG 0.500000 0.050 1 1 2 1604 324 1280 264 1 11 0 48 0 0 1280 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 28.455 0.25 1.17 -0.92 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 248522528 CAA C 0.500000 0.050 1 -2 3 592 172 420 89 0 2 0 81 0 0 420 0 0 0.5174 0.0000 0.0000 85.000 0.66 2.35 -1.68 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3215 0.5328 0.1457 1 1 0.3201 0.5303 0.1496 1 1 0.3181 0.5272 0.1548
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 418 123 295 33 0 8 0 82 0 0 294 0 1 0.2683 0.0000 0.0034 14.375 0.67 6.49 -5.82 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0059 0.1619 0.8321 1 2 0.0071 0.1735 0.8194 1 2 0.0089 0.1898 0.8014
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 213 96 117 48 0 3 0 45 0 0 116 0 1 0.5000 0.0000 0.0085 31.000 0.19 3.73 -3.55 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3003 0.5234 0.1763 1 1 0.3007 0.5215 0.1778 1 1 0.3010 0.5191 0.1799
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 447 152 295 0 0 32 0 120 1 0 280 0 14 0.0000 0.0034 0.0508 3.750 7.33 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.8890 0.1110 2 1 0.0000 0.7655 0.2345 2 1 0.0000 0.7271 0.2729
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 447 152 295 0 3 30 6 113 1 0 280 1 13 0.0000 0.0034 0.0508 4.033 7.33 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6346 0.3654 2 2 0.0000 0.1124 0.8876 2 2 0.0000 0.0548 0.9452
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 575 182 393 84 1 16 0 81 0 0 390 0 3 0.4615 0.0000 0.0076 10.375 0.45 8.57 -8.12 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3236 0.5465 0.1299 1 1 0.3259 0.5428 0.1313 1 1 0.3287 0.5382 0.1331
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 207 52 155 25 0 2 0 25 0 0 154 0 1 0.4808 0.0000 0.0065 25.000 0.16 3.08 -2.92 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2304 0.5153 0.2543 1 1 0.2314 0.5141 0.2545 1 1 0.2327 0.5127 0.2546
chr2 26311665 AT A 0.500000 0.050 1 -1 3 857 201 656 195 0 2 0 4 0 0 656 0 0 0.9701 0.0000 0.0000 199.000 0.47 1.00 -0.53 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1615 0.8385 0.0000 0 0 0.8912 0.1088 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 601 133 468 71 0 8 0 54 0 1 467 0 0 0.5338 0.0000 0.0021 15.625 0.24 2.93 -2.69 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4701 0.4505 0.0793 1 0 0.4627 0.4536 0.0836 1 1 0.4528 0.4576 0.0896
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 560 191 369 85 2 99 0 5 0 0 369 0 0 0.4450 0.0000 0.0000 0.919 0.29 1.00 -0.71 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.2321 0.7679 0.0000 0 0 0.5559 0.4441 0.0000
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 225 86 139 43 0 4 1 38 0 0 137 0 2 0.5000 0.0000 0.0144 20.250 0.47 5.08 -4.61 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2655 0.5238 0.2107 1 1 0.2654 0.5220 0.2126 1 1 0.2653 0.5198 0.2150
chr2 61134190 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 213 106 107 103 0 1 0 2 0 0 107 0 0 0.9717 0.0000 0.0000 105.000 0.51 1.00 -0.49 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3411 0.6589 0.0000 0 0 0.7697 0.2303 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 282 75 207 69 0 1 0 5 0 0 207 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 74.000 0.17 3.00 -2.83 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.1628 0.8372 0.0000 0 1 0.4492 0.5508 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 446 187 259 163 1 20 2 1 0 0 259 0 0 0.8717 0.0000 0.0000 8.200 0.42 3.00 -2.58 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9043 0.0957 0.0000 0 0 0.9592 0.0408 0.0000 0 0 0.9668 0.0332 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 642 177 465 72 1 41 1 62 0 0 458 1 6 0.4068 0.0000 0.0151 3.293 0.89 6.15 -5.26 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2683 0.5399 0.1918 1 1 0.2686 0.5369 0.1946 1 1 0.2688 0.5331 0.1981
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 423 107 316 0 0 5 0 102 0 0 314 0 2 0.0000 0.0000 0.0063 20.400 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 393 146 247 119 4 10 2 11 0 0 247 0 0 0.8151 0.0000 0.0000 13.400 0.78 4.09 -3.31 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.1325 0.8675 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 713 173 540 0 0 31 4 138 0 0 534 0 6 0.0000 0.0000 0.0111 4.581 3.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0235 0.9765 2 2 0.0000 0.0253 0.9747 2 2 0.0000 0.0279 0.9721
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 865 228 637 3 0 14 0 211 0 0 637 0 0 0.0132 0.0000 0.0000 15.286 0.00 8.02 -8.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3985 0.6015 2 2 0.0000 0.0392 0.9608 2 2 0.0000 0.0190 0.9810
chr2 96809390 ACGGGTGCAC A 0.500000 0.050 1 -9 1 398 159 239 86 0 1 0 72 0 0 233 0 6 0.5409 0.0000 0.0251 158.000 0.27 8.15 -7.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3227 0.5310 0.1463 1 1 0.3212 0.5286 0.1501 1 1 0.3191 0.5257 0.1553
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 396 150 246 72 0 9 0 69 0 0 246 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 15.667 0.31 1.22 -0.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2636 0.5402 0.1962 1 1 0.2640 0.5372 0.1988 1 1 0.2645 0.5334 0.2021
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 519 155 364 85 0 2 0 68 0 0 361 0 3 0.5484 0.0000 0.0082 76.500 0.15 3.40 -3.24 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4048 0.4928 0.1024 1 1 0.4002 0.4930 0.1068 1 1 0.3939 0.4935 0.1127
chr2 106423375 TTTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 391 89 302 80 0 7 0 2 0 0 302 0 0 0.8989 0.0000 0.0000 11.714 0.82 3.00 -2.17 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2225 0.7775 0.0000 0 0 0.6541 0.3459 0.0000 0 0 0.7639 0.2361 0.0000
chr2 109614645 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 414 95 319 52 0 3 0 40 0 0 318 0 1 0.5474 0.0000 0.0031 30.667 1.10 3.00 -1.90 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3791 0.4931 0.1278 1 1 0.3748 0.4935 0.1317 1 1 0.3689 0.4941 0.1370
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 185 97 88 81 0 0 0 16 0 0 85 0 3 0.8351 0.0000 0.0341 97.000 0.28 17.31 -17.03 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8305 0.1677 0.0018 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 130 57 73 54 0 0 0 3 0 0 73 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 57.000 0.24 3.00 -2.76 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0282 0.9718 0.0000 0 1 0.3381 0.6619 0.0000 0 0 0.5448 0.4552 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 613 146 467 0 0 0 0 146 0 0 457 0 10 0.0000 0.0000 0.0214 146.000 5.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 309 111 198 2 0 9 0 100 0 0 193 1 4 0.0180 0.0000 0.0253 11.333 0.00 6.24 -6.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6509 0.3491 2 2 0.0000 0.2221 0.7779 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 741 202 539 185 1 10 0 6 0 1 538 0 0 0.9158 0.0000 0.0019 19.200 0.64 1.33 -0.70 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 0 0.6497 0.3503 0.0000 0 0 0.9053 0.0947 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 156 37 119 3 1 5 11 17 0 0 118 0 1 0.0811 0.0000 0.0084 4.200 0.33 1.94 -1.61 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9851 0.0148 2 1 0.0000 0.8119 0.1881 2 1 0.0000 0.6404 0.3595
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 157 70 87 1 0 18 0 51 0 0 83 0 4 0.0143 0.0000 0.0460 2.889 0.00 5.73 -5.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5618 0.4382 2 2 0.0000 0.3344 0.6656 2 2 0.0000 0.2795 0.7205
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 186 94 92 75 0 17 0 2 0 0 92 0 0 0.7979 0.0000 0.0000 4.529 0.05 6.50 -6.45 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2014 0.7986 0.0000 0 0 0.6257 0.3743 0.0000 0 0 0.7416 0.2584 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 271 131 140 57 0 6 0 68 0 0 137 0 3 0.4351 0.0000 0.0214 20.833 0.26 3.10 -2.84 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1035 0.4835 0.4131 1 1 0.1077 0.4844 0.4078 1 1 0.1136 0.4857 0.4007
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 619 131 488 67 0 7 0 57 0 0 487 0 1 0.5115 0.0000 0.0020 17.714 0.09 4.00 -3.91 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3444 0.5142 0.1414 1 1 0.3417 0.5131 0.1452 1 1 0.3380 0.5117 0.1503
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 357 149 208 10 0 23 53 63 0 0 197 0 11 0.0671 0.0000 0.0529 3.727 0.30 7.63 -7.33 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9760 0.0240 2 1 0.0000 0.6975 0.3025
chr2 186694302 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 357 149 208 55 6 22 2 64 0 0 197 0 11 0.3691 0.0000 0.0529 5.682 2.42 8.23 -5.82 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0932 0.4746 0.4322 1 1 0.0975 0.4762 0.4263 1 1 0.1035 0.4782 0.4184
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 357 158 199 6 60 31 8 53 0 0 199 0 0 0.0380 0.0000 0.0000 4.250 0.00 2.87 -2.87 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2166 0.5332 0.2502 1 1 0.2184 0.5307 0.2509 1 1 0.2208 0.5275 0.2517
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 193 51 142 20 5 6 1 19 0 0 142 0 0 0.3922 0.0000 0.0000 6.667 0.15 1.21 -1.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2937 0.5082 0.1981 1 1 0.2923 0.5076 0.2001 1 1 0.2904 0.5068 0.2028
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 494 121 373 52 2 20 1 46 2 1 367 1 2 0.4298 0.0054 0.0161 5.316 1.81 4.04 -2.24 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3299 0.5152 0.1549 1 1 0.3276 0.5140 0.1584 1 1 0.3245 0.5125 0.1630
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 270 95 175 1 0 2 0 92 0 0 175 0 0 0.0105 0.0000 0.0000 46.500 0.00 3.28 -3.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3357 0.6643 2 2 0.0000 0.1678 0.8322 2 2 0.0000 0.1378 0.8622
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 562 148 414 0 0 34 1 113 0 1 407 1 5 0.0000 0.0000 0.0169 3.353 8.65 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0491 0.9509 2 2 0.0000 0.0518 0.9482 2 2 0.0000 0.0557 0.9443
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 565 143 422 5 4 18 3 113 0 0 418 0 4 0.0350 0.0000 0.0095 6.722 0.80 8.58 -7.78 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.8047 0.1953 2 2 0.0000 0.4206 0.5794
chr2 217897939 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 298 113 185 51 0 1 0 61 0 0 185 0 0 0.4513 0.0000 0.0000 112.000 0.16 3.00 -2.84 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1343 0.5048 0.3609 1 1 0.1381 0.5044 0.3575 1 1 0.1434 0.5038 0.3528
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 640 201 439 122 1 3 1 74 1 0 414 1 23 0.6070 0.0023 0.0569 66.000 0.50 15.51 -15.01 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5414 0.4130 0.0457 1 0 0.5329 0.4176 0.0495 1 0 0.5213 0.4239 0.0548
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 702 145 557 129 1 8 2 5 0 0 557 0 0 0.8897 0.0000 0.0000 17.000 0.37 3.60 -3.23 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.2909 0.7091 0.0000 0 0 0.6899 0.3101 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 340 146 194 76 0 0 5 65 0 0 193 0 1 0.5205 0.0000 0.0052 141.000 0.70 4.17 -3.47 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3040 0.5324 0.1636 1 1 0.3031 0.5299 0.1670 1 1 0.3016 0.5268 0.1715
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 173 74 99 69 0 4 0 1 0 0 99 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 17.500 0.45 3.00 -2.55 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5260 0.4740 0.0000 0 0 0.7376 0.2624 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.050 1 -3 4 495 164 331 69 0 11 0 84 0 0 329 0 2 0.4207 0.0000 0.0060 13.909 0.45 4.48 -4.03 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0835 0.4679 0.4486 1 1 0.0879 0.4698 0.4424 1 1 0.0939 0.4723 0.4339
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 1196 293 903 123 0 0 0 170 0 0 903 0 0 0.4198 0.0000 0.0000 293.000 0.29 1.18 -0.89 49 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0074 0.2172 0.7754 1 2 0.0088 0.2277 0.7636 1 2 0.0108 0.2422 0.7470
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 401 108 293 29 1 26 6 46 0 0 290 0 3 0.2685 0.0000 0.0102 3.077 0.45 3.37 -2.92 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0488 0.3727 0.5785 1 2 0.0527 0.3802 0.5671 1 2 0.0581 0.3900 0.5519
chr2 241317535 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 260 57 203 14 18 9 1 15 0 1 199 3 0 0.2456 0.0000 0.0197 3.444 1.43 2.53 -1.10 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3890 0.4790 0.1321 1 1 0.3838 0.4804 0.1358 1 1 0.3768 0.4823 0.1409
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 676 198 478 97 0 2 1 98 0 0 476 0 2 0.4899 0.0000 0.0042 98.000 0.37 3.39 -3.02 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0402 0.5211 0.4387 1 1 0.0411 0.5181 0.4408 1 1 0.0421 0.5144 0.4434
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 634 141 493 61 0 12 0 68 0 0 473 0 20 0.4326 0.0000 0.0406 10.750 0.93 10.84 -9.90 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1008 0.5649 0.3344 1 1 0.1082 0.5680 0.3238 1 1 0.1185 0.5717 0.3099
chr3 12187460 CTCTTCCTCCTCT C 0.051892 0.050 1 -12 2 252 113 139 73 0 4 0 36 0 0 139 0 0 0.6460 0.0000 0.0000 27.250 0.22 10.86 -10.64 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8369 0.1619 0.0012 1 0 0.8284 0.1702 0.0013 1 0 0.8166 0.1818 0.0016
chr3 19915303 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 128 61 67 59 0 0 0 2 0 0 67 0 0 0.9672 0.0000 0.0000 61.000 0.17 1.00 -0.83 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1452 0.8548 0.0000 0 0 0.5301 0.4699 0.0000 0 0 0.6618 0.3382 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 480 104 376 7 1 1 2 93 0 0 375 1 0 0.0673 0.0000 0.0027 103.000 0.00 5.34 -5.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9414 0.0586 2 1 0.0000 0.6460 0.3540
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 206 89 117 87 0 0 0 2 0 0 117 0 0 0.9775 0.0000 0.0000 89.000 0.11 1.00 -0.89 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2572 0.7428 0.0000 0 0 0.6925 0.3075 0.0000 0 0 0.7929 0.2071 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 705 219 486 13 4 48 1 153 0 0 483 0 3 0.0594 0.0000 0.0062 3.562 0.31 3.07 -2.76 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9258 0.0742
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 705 219 486 18 1 187 5 8 0 0 484 1 1 0.0822 0.0000 0.0041 0.162 1.22 3.25 -2.03 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2411 0.5098 0.2491 1 1 0.2416 0.5090 0.2493 1 1 0.2423 0.5081 0.2496
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 693 190 503 0 0 12 0 178 0 0 499 0 4 0.0000 0.0000 0.0080 14.833 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 355 141 214 0 0 2 0 139 0 0 213 0 1 0.0000 0.0000 0.0047 69.500 3.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0337 0.9663
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 627 151 476 4 0 18 5 124 0 0 472 1 3 0.0265 0.0000 0.0084 7.389 0.75 3.42 -2.67 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9596 0.0404 2 2 0.0000 0.3497 0.6503 2 2 0.0000 0.1528 0.8472
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 389 102 287 50 0 19 31 2 0 0 286 1 0 0.4902 0.0000 0.0035 4.368 0.64 3.50 -2.86 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4582 0.4512 0.0906 1 1 0.4507 0.4544 0.0949 1 1 0.4408 0.4585 0.1007
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 389 102 287 53 0 18 0 31 0 0 286 0 1 0.5196 0.0000 0.0035 4.667 0.62 5.94 -5.31 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5265 0.4089 0.0645 1 0 0.5167 0.4146 0.0686 1 0 0.5036 0.4220 0.0744
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 509 150 359 85 1 24 0 40 0 0 358 0 1 0.5667 0.0000 0.0028 5.208 0.18 6.08 -5.90 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7894 0.2012 0.0094 1 0 0.7761 0.2129 0.0110 1 0 0.7575 0.2291 0.0134
chr3 52693748 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 802 201 601 111 0 5 0 85 0 0 599 0 2 0.5522 0.0000 0.0033 39.200 1.21 4.02 -2.82 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5345 0.4157 0.0498 1 0 0.5259 0.4204 0.0537 1 0 0.5142 0.4266 0.0592
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 274 153 121 4 0 8 0 141 0 0 118 0 3 0.0261 0.0000 0.0248 18.125 0.25 5.85 -5.60 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9482 0.0518 2 2 0.0000 0.2932 0.7068 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 240 93 147 0 0 3 2 88 0 0 146 0 1 0.0000 0.0000 0.0068 30.000 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0921 0.9079 2 2 0.0000 0.0960 0.9040 2 2 0.0000 0.1016 0.8984
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 240 92 148 0 0 1 88 3 0 0 148 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 91.000 4.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1022 0.8978 2 2 0.0000 0.1064 0.8936 2 2 0.0000 0.1125 0.8875
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 3 261 74 187 56 0 14 0 4 0 0 187 0 0 0.7568 0.0000 0.0000 4.615 3.38 4.75 -1.38 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 1 0.2188 0.7812 0.0000 0 1 0.4682 0.5318 0.0000
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 290 123 167 61 1 10 1 50 0 0 166 0 1 0.4959 0.0000 0.0060 11.200 0.10 2.86 -2.76 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3676 0.5023 0.1301 1 1 0.3639 0.5020 0.1340 1 1 0.3589 0.5017 0.1393
chr3 72817280 TATCA T 0.500000 0.050 1 -4 1 164 83 81 80 0 0 0 3 0 0 81 0 0 0.9639 0.0000 0.0000 83.000 0.12 2.67 -2.54 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0530 0.9470 0.0000 0 1 0.4924 0.5076 0.0000 0 0 0.6906 0.3094 0.0000
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 524 135 389 76 1 1 0 57 0 0 387 0 2 0.5630 0.0000 0.0051 134.000 0.38 3.86 -3.48 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4676 0.4535 0.0789 1 0 0.4604 0.4564 0.0832 1 1 0.4507 0.4601 0.0891
chr3 73062352 T TTGG 0.500000 0.050 1 3 1 532 130 402 69 1 9 0 51 0 0 400 0 2 0.5308 0.0000 0.0050 13.333 0.22 4.04 -3.82 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4540 0.4597 0.0862 1 1 0.4472 0.4623 0.0906 1 1 0.4380 0.4655 0.0965
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 793 213 580 191 0 15 0 7 0 0 580 0 0 0.8967 0.0000 0.0000 13.200 0.97 10.00 -9.03 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5088 0.4912 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 467 118 349 109 0 7 0 2 0 0 349 0 0 0.9237 0.0000 0.0000 15.857 0.50 1.00 -0.50 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3845 0.6155 0.0000 0 0 0.7957 0.2043 0.0000 0 0 0.8666 0.1334 0.0000
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 315 104 211 89 1 9 1 4 0 0 211 0 0 0.8558 0.0000 0.0000 10.444 0.46 1.00 -0.54 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0134 0.9866 0.0000 0 1 0.3619 0.6381 0.0000 0 0 0.6378 0.3622 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 115 47 68 21 0 2 2 22 0 0 68 0 0 0.4468 0.0000 0.0000 22.500 0.14 1.27 -1.13 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2123 0.5114 0.2763 1 1 0.2139 0.5105 0.2756 1 1 0.2160 0.5094 0.2746
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 406 110 296 4 0 3 0 103 0 0 293 0 3 0.0364 0.0000 0.0101 35.667 0.25 1.16 -0.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9791 0.0209 2 1 0.0000 0.5138 0.4862 2 2 0.0000 0.2582 0.7418
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1142 271 871 0 0 64 191 16 0 0 870 1 0 0.0000 0.0000 0.0011 3.172 5.12 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1153 283 870 4 1 56 1 221 0 0 869 0 1 0.0141 0.0000 0.0011 4.091 3.25 7.91 -4.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6591 0.3409 2 2 0.0000 0.0596 0.9404 2 2 0.0000 0.0225 0.9775
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 696 209 487 99 1 13 0 96 0 0 484 0 3 0.4737 0.0000 0.0062 15.077 0.25 3.10 -2.85 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2307 0.5602 0.2091 1 1 0.2327 0.5557 0.2116 1 1 0.2351 0.5500 0.2149
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 688 123 565 49 2 28 0 44 0 0 564 1 0 0.3984 0.0000 0.0018 3.357 0.71 8.98 -8.26 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3076 0.5191 0.1734 1 1 0.3061 0.5176 0.1763 1 1 0.3039 0.5158 0.1803
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 355 135 220 130 0 3 0 2 1 0 218 0 1 0.9630 0.0045 0.0091 44.000 0.56 4.00 -3.44 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1678 0.8322 0.0000 0 0 0.7733 0.2267 0.0000 0 0 0.8834 0.1166 0.0000
chr3 126423590 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 455 142 313 74 0 4 0 64 0 0 313 0 0 0.5211 0.0000 0.0000 34.500 0.27 3.02 -2.75 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3551 0.5128 0.1321 1 1 0.3522 0.5117 0.1361 1 1 0.3481 0.5104 0.1414
chr3 127660520 AGAAGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 759 188 571 87 0 17 0 84 0 0 567 0 4 0.4628 0.0000 0.0070 10.059 0.21 5.94 -5.73 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2125 0.5529 0.2346 1 1 0.2148 0.5490 0.2362 1 1 0.2178 0.5440 0.2383
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 209 118 91 52 0 0 0 66 0 0 90 0 1 0.4407 0.0000 0.0110 118.000 0.38 2.45 -2.07 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0975 0.4731 0.4294 1 1 0.1017 0.4748 0.4234 1 1 0.1076 0.4770 0.4154
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 363 117 246 55 0 5 0 57 0 0 245 0 1 0.4701 0.0000 0.0041 22.400 1.18 1.98 -0.80 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1998 0.5317 0.2684 1 1 0.2021 0.5293 0.2685 1 1 0.2052 0.5263 0.2685
chr3 138949615 CGGCATTCGAA C 0.500000 0.050 1 -10 2 156 82 74 76 0 1 0 5 0 0 74 0 0 0.9268 0.0000 0.0000 81.000 0.30 10.20 -9.90 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.1877 0.8123 0.0000 0 1 0.4910 0.5090 0.0000
chr3 158684636 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 195 83 112 41 0 1 0 41 0 0 112 0 0 0.4940 0.0000 0.0000 82.000 0.12 1.54 -1.41 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2375 0.5250 0.2375 1 1 0.2384 0.5231 0.2384 1 1 0.2396 0.5208 0.2396
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 269 89 180 48 0 3 0 38 0 0 180 0 0 0.5393 0.0000 0.0000 28.667 0.06 1.21 -1.15 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.4969 0.1364 1 1 0.3628 0.4970 0.1402 1 1 0.3575 0.4973 0.1453
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 432 193 239 80 2 27 7 77 0 0 236 0 3 0.4145 0.0000 0.0126 6.148 0.33 3.31 -2.99 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1726 0.5438 0.2836 1 1 0.1759 0.5405 0.2836 1 1 0.1803 0.5364 0.2834
chr3 184100433 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 304 95 209 64 0 0 0 31 0 0 209 0 0 0.6737 0.0000 0.0000 95.000 0.36 1.19 -0.83 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6767 0.2974 0.0259 1 0 0.6634 0.3078 0.0288 1 0 0.6453 0.3216 0.0331
chr3 184321978 AAGGAGAAGC A 0.500000 0.050 1 -9 1 693 142 551 113 0 26 0 3 0 1 549 0 1 0.7958 0.0000 0.0036 4.462 0.66 9.00 -8.34 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0250 0.9750 0.0000 0 0 0.5343 0.4657 0.0000 0 0 0.7762 0.2238 0.0000
chr3 184353343 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 1 702 168 534 155 1 7 0 5 0 0 534 0 0 0.9226 0.0000 0.0000 23.000 0.84 3.00 -2.16 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 0 0.6243 0.3757 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 576 158 418 12 0 27 1 118 0 0 415 0 3 0.0759 0.0000 0.0072 4.852 0.58 3.25 -2.67 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.8226 0.1774
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 538 172 366 92 1 4 3 72 0 0 362 0 4 0.5349 0.0000 0.0109 41.750 0.33 2.22 -1.90 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4005 0.4978 0.1017 1 1 0.3962 0.4977 0.1061 1 1 0.3903 0.4976 0.1120
chr3 195779135 TGGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACTGAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCCTGACCTGTGGATGCAGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.050 1 -96 1 2900 806 2094 477 21 193 13 102 2 0 2051 7 34 0.5918 0.0010 0.0205 3.135 4.68 4.03 0.65 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.6160 0.3840 0.0000
chr3 195783188 TGTGACCTGTGGATGCTGAGGAAGGGCTGGTGACATGAAGAGGGGTGGC T 0.500000 0.050 1 -48 2 3246 1374 1872 968 72 113 27 194 288 82 1415 47 40 0.7045 0.1538 0.2441 12.118 3.18 5.48 -2.30 250 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 4294 1001 3293 639 14 86 8 254 210 74 2996 4 9 0.6384 0.0638 0.0902 10.893 2.13 5.51 -3.38 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 735 155 580 3 0 20 0 132 0 0 552 1 27 0.0194 0.0000 0.0483 6.750 0.00 11.45 -11.45 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7064 0.2936 2 2 0.0000 0.1261 0.8739 2 2 0.0000 0.0622 0.9378
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 266 127 139 48 0 29 1 49 0 0 138 0 1 0.3780 0.0000 0.0072 3.500 0.46 8.67 -8.22 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1974 0.5268 0.2758 1 1 0.1998 0.5247 0.2755 1 1 0.2028 0.5222 0.2750
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 266 128 138 54 0 21 6 47 0 0 138 0 0 0.4219 0.0000 0.0000 5.095 0.70 8.40 -7.70 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2456 0.5323 0.2221 1 1 0.2464 0.5299 0.2237 1 1 0.2474 0.5268 0.2258
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 564 114 450 0 0 2 0 112 0 0 376 3 71 0.0000 0.0000 0.1644 56.000 14.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0033 0.9967
chr4 1394781 CGATGT C 0.001624 0.050 1 -5 2 880 243 637 97 8 30 8 100 1 6 617 2 11 0.3992 0.0016 0.0314 7.500 4.84 6.41 -1.57 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3324 0.6664 0.0012 1 1 0.3407 0.6581 0.0012 1 1 0.3514 0.6474 0.0012
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 628 238 390 12 2 5 7 212 1 2 384 3 0 0.0504 0.0026 0.0154 45.600 5.58 7.30 -1.72 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.050 1 -6 2 494 150 344 144 1 0 0 5 2 0 341 0 1 0.9600 0.0058 0.0087 150.000 0.21 6.80 -6.59 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0332 0.9668 0.0000 0 0 0.9123 0.0877 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000
chr4 13599332 A ATGC 0.500000 0.050 1 3 2 698 158 540 80 1 5 0 72 0 0 539 0 1 0.5063 0.0000 0.0019 30.400 0.23 3.17 -2.94 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3203 0.5294 0.1503 1 1 0.3188 0.5271 0.1541 1 1 0.3167 0.5243 0.1590
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 669 194 475 107 1 25 1 60 2 1 463 0 9 0.5515 0.0042 0.0253 7.000 0.94 7.98 -7.04 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7470 0.2405 0.0125 1 0 0.7341 0.2515 0.0143 1 0 0.7162 0.2666 0.0172
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 667 226 441 112 3 38 4 69 0 0 440 0 1 0.4956 0.0000 0.0023 5.081 1.30 6.81 -5.51 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7474 0.2404 0.0122 1 0 0.7346 0.2514 0.0140 1 0 0.7168 0.2663 0.0169
chr4 15003723 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 591 107 484 49 0 20 2 36 5 2 470 2 5 0.4579 0.0103 0.0289 4.833 1.47 5.83 -4.36 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3715 0.4980 0.1305 1 1 0.3675 0.4981 0.1344 1 1 0.3622 0.4982 0.1396
chr4 49032652 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 260 130 130 128 1 0 0 1 0 0 129 0 1 0.9846 0.0000 0.0077 129.000 0.19 1.00 -0.81 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4963 0.5037 0.0000 0 0 0.8633 0.1367 0.0000 0 0 0.9126 0.0874 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 678 153 525 80 1 13 0 59 0 0 494 0 31 0.5229 0.0000 0.0590 10.692 0.57 13.66 -13.09 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1357 0.5271 0.3372 1 1 0.1398 0.5250 0.3353 1 1 0.1452 0.5223 0.3325
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 349 113 236 53 1 21 0 38 0 0 234 0 2 0.4690 0.0000 0.0085 4.333 0.28 13.71 -13.43 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4174 0.4751 0.1076 1 1 0.4116 0.4767 0.1118 1 1 0.4038 0.4788 0.1174
chr4 56809985 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 186 64 122 38 0 1 0 25 0 0 121 0 1 0.5938 0.0000 0.0082 63.000 0.13 1.20 -1.07 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4000 0.4779 0.1221 1 1 0.3945 0.4794 0.1261 1 1 0.3872 0.4814 0.1314
chr4 71758133 TCAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 210 96 114 51 0 3 0 42 0 0 114 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 31.000 0.18 3.05 -2.87 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3513 0.5044 0.1443 1 1 0.3480 0.5040 0.1479 1 1 0.3436 0.5036 0.1528
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.050 1 3 1 318 106 212 64 1 0 1 40 0 0 211 0 1 0.6038 0.0000 0.0047 105.000 0.20 3.35 -3.15 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5481 0.3966 0.0553 1 0 0.5379 0.4028 0.0593 1 0 0.5242 0.4109 0.0649
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2525 533 1992 356 9 150 4 14 3 2 1979 0 8 0.6679 0.0015 0.0065 2.585 1.46 5.86 -4.40 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.4435 0.5565 0.0000
chr4 87614861 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3137 776 2361 693 7 53 6 17 9 5 2336 9 2 0.8930 0.0038 0.0106 13.865 1.41 11.12 -9.71 223 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1794 0.8206 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4012 887 3125 30 10 53 21 773 53 39 2801 173 59 0.0338 0.0170 0.1037 16.078 2.80 9.91 -7.11 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 4134 858 3276 46 4 140 14 654 18 69 2882 100 207 0.0536 0.0055 0.1203 5.241 3.43 11.19 -7.76 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 661 165 496 89 0 10 0 66 0 0 492 0 4 0.5394 0.0000 0.0081 15.500 0.61 4.00 -3.39 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4757 0.4516 0.0727 1 0 0.4686 0.4545 0.0770 1 0 0.4588 0.4583 0.0829
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 556 229 327 0 0 28 14 187 0 0 324 0 3 0.0000 0.0000 0.0092 7.179 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0075 0.9925
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 456 180 276 64 71 39 1 5 1 5 270 0 0 0.3556 0.0036 0.0217 3.615 1.39 4.80 -3.41 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0063 0.9937 0.0000 0 1 0.4539 0.5461 0.0000 0 0 0.7851 0.2149 0.0000
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 458 189 269 85 0 30 1 73 0 0 258 1 10 0.4497 0.0000 0.0409 5.300 1.48 9.78 -8.30 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2260 0.5516 0.2224 1 1 0.2279 0.5477 0.2244 1 1 0.2302 0.5428 0.2269
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 213 84 129 0 0 9 0 75 0 0 127 0 2 0.0000 0.0000 0.0155 8.333 5.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1259 0.8741 2 2 0.0000 0.1302 0.8698 2 2 0.0000 0.1364 0.8636
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 847 165 682 85 0 1 0 79 0 0 681 0 1 0.5152 0.0000 0.0015 164.000 0.27 3.06 -2.79 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2840 0.5427 0.1732 1 1 0.2840 0.5395 0.1765 1 1 0.2837 0.5355 0.1808
chr5 1038307 GCACGAGCACCACCACCAC G 0.001474 0.050 1 -18 2 918 360 558 190 1 42 0 127 0 0 536 0 22 0.5278 0.0000 0.0394 7.571 0.86 15.83 -14.97 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8393 0.1607 0.0000 1 0 0.8326 0.1674 0.0000 1 0 0.8233 0.1767 0.0000
chr5 14488084 TGGAGCTCCATCC T 0.001036 0.050 1 -12 1 399 91 308 50 0 1 0 40 0 0 307 0 1 0.5495 0.0000 0.0032 90.000 1.34 9.78 -8.44 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5823 0.4175 0.0002 1 0 0.5802 0.4196 0.0003 1 0 0.5772 0.4225 0.0003
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 758 164 594 0 0 20 7 137 0 0 591 1 2 0.0000 0.0000 0.0051 7.200 3.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 341 99 242 46 23 23 5 2 0 4 238 0 0 0.4646 0.0000 0.0165 3.650 2.80 3.00 -0.20 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0453 0.9547 0.0000 0 1 0.3399 0.6601 0.0000 0 0 0.5429 0.4571 0.0000
chr5 61332327 GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGGGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -27 3 346 107 239 59 1 14 0 33 0 0 229 0 10 0.5514 0.0000 0.0418 6.643 1.27 16.27 -15.00 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4642 0.4507 0.0851 1 0 0.4568 0.4539 0.0893 1 1 0.4468 0.4580 0.0952
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 361 31 330 0 0 20 0 11 0 0 316 3 11 0.0000 0.0000 0.0424 0.550 6.55 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3502 0.6498 2 2 0.0000 0.3530 0.6470 2 2 0.0000 0.3570 0.6430
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 356 97 259 3 0 6 0 88 0 0 254 1 4 0.0309 0.0000 0.0193 15.167 0.00 6.01 -6.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9283 0.0717 2 2 0.0000 0.4290 0.5710 2 2 0.0000 0.2478 0.7522
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 456 134 322 8 0 5 1 120 0 0 320 0 2 0.0597 0.0000 0.0062 25.600 0.25 3.17 -2.92 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9099 0.0901 2 1 0.0000 0.5068 0.4932
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.050 1 -4 1 302 99 203 52 0 1 2 44 0 0 203 0 0 0.5253 0.0000 0.0000 97.000 0.08 6.05 -5.97 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3127 0.5182 0.1691 1 1 0.3110 0.5168 0.1722 1 1 0.3086 0.5151 0.1763
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 302 96 206 48 0 4 1 43 0 0 206 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 23.000 0.06 6.05 -5.98 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2825 0.5236 0.1938 1 1 0.2819 0.5219 0.1962 1 1 0.2810 0.5196 0.1994
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 155 76 79 36 0 1 0 39 0 0 79 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 75.000 0.53 3.00 -2.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2046 0.5202 0.2753 1 1 0.2066 0.5186 0.2748 1 1 0.2092 0.5167 0.2741
chr5 80321231 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 702 155 547 74 0 8 0 73 0 0 547 0 0 0.4774 0.0000 0.0000 18.375 0.16 1.55 -1.39 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2390 0.5445 0.2165 1 1 0.2403 0.5411 0.2185 1 1 0.2420 0.5369 0.2211
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 371 118 253 47 1 14 2 54 1 0 249 1 2 0.3983 0.0040 0.0158 7.357 1.30 17.43 -16.13 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1332 0.5025 0.3643 1 1 0.1371 0.5022 0.3607 1 1 0.1423 0.5019 0.3558
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 368 87 281 46 1 1 0 39 1 0 268 1 11 0.5287 0.0036 0.0463 86.000 1.15 24.28 -23.13 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1999 0.5272 0.2730 1 1 0.2021 0.5251 0.2727 1 1 0.2051 0.5225 0.2724
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 245 95 150 41 0 3 0 51 0 0 149 0 1 0.4316 0.0000 0.0067 30.667 0.12 3.10 -2.98 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1278 0.4931 0.3791 1 1 0.1317 0.4935 0.3748 1 1 0.1370 0.4941 0.3689
chr5 112839053 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 871 190 681 112 1 6 0 71 0 0 678 1 2 0.5895 0.0000 0.0044 30.667 0.32 3.55 -3.23 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7209 0.2638 0.0153 1 0 0.7082 0.2744 0.0174 1 0 0.6906 0.2887 0.0207
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 960 220 740 4 1 33 4 178 0 1 729 4 6 0.0182 0.0000 0.0149 5.636 0.50 4.02 -3.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8683 0.1317 2 2 0.0000 0.1312 0.8688 2 2 0.0000 0.0491 0.9509
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 445 129 316 51 0 22 0 56 0 0 312 0 4 0.3953 0.0000 0.0127 4.864 0.80 7.46 -6.66 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1427 0.5099 0.3474 1 1 0.1464 0.5091 0.3445 1 1 0.1514 0.5081 0.3405
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 500 119 381 54 0 18 0 47 0 0 376 0 5 0.4538 0.0000 0.0131 5.611 0.65 5.64 -4.99 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2575 0.5311 0.2113 1 1 0.2579 0.5288 0.2133 1 1 0.2584 0.5258 0.2158
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 157 65 92 61 0 1 0 3 0 0 92 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 64.000 0.43 2.67 -2.24 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0336 0.9664 0.0000 0 1 0.3779 0.6221 0.0000 0 0 0.5860 0.4140 0.0000
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 325 33 292 24 0 2 0 7 0 1 291 0 0 0.7273 0.0000 0.0034 15.500 1.08 2.86 -1.77 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4873 0.4292 0.0835 1 1 0.4175 0.5064 0.0761 0 1 0.2552 0.7082 0.0366
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 275 112 163 106 1 1 0 4 0 0 163 0 0 0.9464 0.0000 0.0000 111.000 0.19 2.25 -2.06 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 275 113 162 109 0 1 0 3 0 0 162 0 0 0.9646 0.0000 0.0000 112.000 0.19 2.67 -2.47 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1053 0.8947 0.0000 0 0 0.6652 0.3348 0.0000 0 0 0.8174 0.1826 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 904 234 670 108 0 6 0 120 0 0 668 0 2 0.4615 0.0000 0.0030 38.000 0.31 1.25 -0.94 20 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0977 0.5152 0.3871 1 1 0.1022 0.5138 0.3840 1 1 0.1084 0.5121 0.3796
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 2 664 165 499 116 7 38 0 4 1 0 498 0 0 0.7030 0.0020 0.0020 3.342 0.51 1.75 -1.24 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0329 0.9671 0.0000 0 0 0.5975 0.4025 0.0000 0 0 0.8163 0.1837 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 446 108 338 9 1 7 0 91 0 0 328 0 10 0.0833 0.0000 0.0296 14.429 0.56 8.01 -7.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.7838 0.2162
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 18 1 460 144 316 3 0 40 0 101 0 0 271 1 44 0.0208 0.0000 0.1424 2.667 2.00 9.34 -7.34 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7694 0.2306 2 2 0.0000 0.1659 0.8341 2 2 0.0000 0.0830 0.9170
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 817 188 629 112 0 1 1 74 0 0 621 0 8 0.5957 0.0000 0.0127 187.000 0.11 4.15 -4.04 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6033 0.3628 0.0339 1 0 0.5928 0.3701 0.0372 1 0 0.5783 0.3797 0.0420
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 822 191 631 116 0 0 1 74 0 0 621 0 10 0.6073 0.0000 0.0158 191.000 0.10 4.15 -4.05 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6257 0.3452 0.0291 1 0 0.6147 0.3531 0.0322 1 0 0.5996 0.3637 0.0367
chr5 148243107 GGGGAAGCCAGGGTTGTCTAGCCATCAA G 0.500000 0.050 1 -27 1 839 244 595 117 1 29 0 97 0 1 590 0 4 0.4795 0.0000 0.0084 7.379 0.38 18.96 -18.58 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4294 0.4891 0.0815 1 1 0.4247 0.4894 0.0860 1 1 0.4181 0.4899 0.0921
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 649 170 479 97 0 1 0 72 0 0 479 0 0 0.5706 0.0000 0.0000 169.000 0.79 1.82 -1.03 19 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5559 0.3971 0.0469 1 0 0.5463 0.4030 0.0507 1 0 0.5332 0.4106 0.0561
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 118 66 52 39 1 2 0 24 0 0 52 0 0 0.5909 0.0000 0.0000 31.500 0.05 1.04 -0.99 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4532 0.4508 0.0960 1 1 0.4456 0.4541 0.1002 1 1 0.4356 0.4583 0.1060
chr5 156757714 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 320 144 176 76 3 3 0 62 0 0 175 0 1 0.5278 0.0000 0.0057 47.000 0.34 3.02 -2.67 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4368 0.4727 0.0904 1 1 0.4308 0.4744 0.0948 1 1 0.4227 0.4765 0.1007
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 397 167 230 72 1 20 1 73 1 0 229 0 0 0.4311 0.0043 0.0043 7.350 1.22 13.18 -11.96 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2254 0.5450 0.2296 1 1 0.2272 0.5416 0.2313 1 1 0.2294 0.5373 0.2333
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 396 152 244 8 110 11 1 22 0 2 241 1 0 0.0526 0.0000 0.0123 12.727 0.62 6.91 -6.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0031 0.9969 0.0000
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 185 69 116 42 0 1 0 26 0 0 116 0 0 0.6087 0.0000 0.0000 68.000 0.40 3.81 -3.40 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4565 0.4497 0.0938 1 1 0.4489 0.4531 0.0981 1 1 0.4388 0.4574 0.1039
chr5 175879068 G GCAGATCCGAGATAAGGT 0.500000 0.050 1 17 1 366 113 253 43 0 23 0 47 0 0 249 0 4 0.3805 0.0000 0.0158 3.913 0.28 12.51 -12.23 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1530 0.5096 0.3374 1 1 0.1564 0.5089 0.3347 1 1 0.1610 0.5079 0.3310
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 493 124 369 61 0 7 0 56 0 0 368 0 1 0.4919 0.0000 0.0027 16.714 1.07 3.71 -2.65 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2804 0.5311 0.1885 1 1 0.2801 0.5288 0.1912 1 1 0.2795 0.5258 0.1947
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 444 188 256 139 12 32 0 5 1 0 255 0 0 0.7394 0.0039 0.0039 4.844 1.10 4.40 -3.30 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0130 0.9870 0.0000 0 0 0.6004 0.3996 0.0000 0 0 0.8560 0.1440 0.0000
chr5 180618917 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 486 146 340 139 2 3 0 2 0 0 340 0 0 0.9521 0.0000 0.0000 47.333 0.33 3.00 -2.67 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5695 0.4305 0.0000 0 0 0.8946 0.1054 0.0000 0 0 0.9330 0.0670 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 631 119 512 3 0 16 4 96 0 0 511 0 1 0.0252 0.0000 0.0020 6.438 1.00 3.22 -2.22 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9134 0.0866 2 2 0.0000 0.3807 0.6193 2 2 0.0000 0.2132 0.7868
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 534 144 390 10 1 19 3 111 0 0 382 3 5 0.0694 0.0000 0.0205 6.579 0.70 3.18 -2.48 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9863 0.0137 2 1 0.0000 0.7534 0.2466
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 560 133 427 2 2 23 9 97 0 0 424 1 2 0.0150 0.0000 0.0070 4.955 0.00 4.57 -4.57 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 1 0.0000 0.6748 0.3252 2 2 0.0000 0.4806 0.5194
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 531 112 419 4 1 7 4 96 0 1 408 3 7 0.0357 0.0000 0.0263 14.857 1.25 3.99 -2.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8832 0.1168 2 1 0.0000 0.6437 0.3563
chr6 13711474 T TGCG 0.005977 0.050 1 3 1 333 80 253 33 0 14 2 31 0 0 252 0 1 0.4125 0.0000 0.0040 4.643 0.70 3.35 -2.66 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4618 0.5351 0.0031 1 1 0.4639 0.5330 0.0031 1 1 0.4665 0.5303 0.0031
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1461 342 1119 24 116 105 7 90 0 6 1109 0 4 0.0702 0.0000 0.0089 2.248 1.33 3.60 -2.27 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8214 0.1753 0.0033 1 0 0.8126 0.1836 0.0039 1 0 0.8002 0.1952 0.0047
chr6 16327669 CTGCTGCTGA C 0.000057 0.050 1 -9 1 1475 387 1088 171 8 20 7 181 0 0 1087 1 0 0.4419 0.0000 0.0009 22.750 2.05 5.68 -3.63 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2683 0.7317 0.0000 1 1 0.2792 0.7207 0.0000 1 1 0.2936 0.7063 0.0000
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.050 1 -15 1 501 125 376 117 0 3 0 5 0 0 376 0 0 0.9360 0.0000 0.0000 40.667 0.21 9.20 -8.99 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0249 0.9751 0.0000 0 0 0.7458 0.2542 0.0000 0 0 0.9223 0.0777 0.0000
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 1162 289 873 154 0 7 0 128 0 0 871 0 2 0.5329 0.0000 0.0023 40.286 0.18 2.26 -2.08 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6768 0.3177 0.0055 1 0 0.6722 0.3218 0.0060 1 0 0.6658 0.3275 0.0067
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 899 161 738 95 0 3 0 63 0 0 703 0 35 0.5901 0.0000 0.0474 52.667 0.13 13.67 -13.54 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2799 0.5723 0.1478 1 1 0.2842 0.5675 0.1483 1 1 0.2897 0.5614 0.1489
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 423 115 308 9 0 2 0 104 0 0 308 0 0 0.0783 0.0000 0.0000 56.500 0.56 1.28 -0.72 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9688 0.0312 2 1 0.0000 0.7002 0.2998
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -33 2 546 149 397 46 0 48 0 55 0 0 397 0 0 0.3087 0.0000 0.0000 2.104 0.57 4.40 -3.83 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1436 0.5069 0.3496 1 1 0.1473 0.5063 0.3464 1 1 0.1522 0.5056 0.3422
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 701 216 485 114 5 0 0 97 0 0 484 0 1 0.5278 0.0000 0.0021 216.000 0.24 2.09 -1.86 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4777 0.4576 0.0647 1 0 0.4712 0.4599 0.0689 1 1 0.4623 0.4629 0.0749
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 584 183 401 106 0 4 0 73 0 0 390 0 11 0.5792 0.0000 0.0274 44.750 0.12 12.41 -12.29 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5092 0.4329 0.0578 1 0 0.5013 0.4367 0.0619 1 0 0.4906 0.4417 0.0677
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 504 248 256 4 96 34 0 114 0 3 250 0 3 0.0161 0.0000 0.0234 6.688 0.75 3.75 -3.00 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1016 0.5158 0.3827 1 1 0.1060 0.5144 0.3796 1 1 0.1121 0.5126 0.3753
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 269 68 201 42 0 0 0 26 0 0 201 0 0 0.6176 0.0000 0.0000 68.000 0.07 4.12 -4.04 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4564 0.4497 0.0938 1 1 0.4488 0.4531 0.0981 1 1 0.4387 0.4574 0.1039
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 88 53 35 32 0 2 1 18 0 0 35 0 0 0.6038 0.0000 0.0000 25.500 8.81 9.17 -0.35 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4184 0.4667 0.1149 1 1 0.4121 0.4690 0.1189 1 1 0.4037 0.4719 0.1244
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 497 178 319 98 0 28 3 49 0 0 313 0 6 0.5506 0.0000 0.0188 5.357 0.36 5.76 -5.40 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7369 0.2488 0.0143 1 0 0.7238 0.2598 0.0164 1 0 0.7056 0.2749 0.0195
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 647 217 430 202 1 8 1 5 0 0 430 0 0 0.9309 0.0000 0.0000 26.125 0.53 1.00 -0.47 108 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0284 0.9716 0.0000 0 0 0.7825 0.2175 0.0000 0 0 0.9395 0.0605 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 915 219 696 4 0 5 1 209 0 0 688 0 8 0.0183 0.0000 0.0115 42.800 0.00 3.09 -3.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7397 0.2603 2 2 0.0000 0.0627 0.9373 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 349 126 223 56 1 18 1 50 0 0 223 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 6.000 0.16 2.90 -2.74 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3078 0.5221 0.1701 1 1 0.3064 0.5204 0.1732 1 1 0.3044 0.5183 0.1773
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 316 113 203 3 1 30 0 79 0 0 200 0 3 0.0265 0.0000 0.0148 2.767 1.67 6.75 -5.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 1 0.0000 0.6507 0.3493 2 2 0.0000 0.3804 0.6196
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 859 173 686 5 0 25 1 142 0 0 684 0 2 0.0289 0.0000 0.0029 5.920 0.80 3.31 -2.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9891 0.0109 2 2 0.0000 0.4411 0.5589 2 2 0.0000 0.1655 0.8345
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 766 185 581 2 1 101 0 81 0 0 552 0 29 0.0108 0.0000 0.0499 0.822 9.00 7.19 1.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6383 0.3617 2 2 0.0000 0.2121 0.7879 2 2 0.0000 0.1375 0.8625
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.050 1 45 5 257 87 170 37 1 17 0 32 0 0 170 0 0 0.4253 0.0000 0.0000 4.059 0.19 0.91 -0.72 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3127 0.5111 0.1762 1 1 0.3107 0.5103 0.1790 1 1 0.3080 0.5092 0.1827
chr6 84186595 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 339 89 250 50 0 0 0 39 0 0 249 0 1 0.5618 0.0000 0.0040 89.000 0.50 2.87 -2.37 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3657 0.4981 0.1361 1 1 0.3619 0.4982 0.1399 1 1 0.3567 0.4983 0.1450
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 619 140 479 74 1 7 0 58 0 0 477 0 2 0.5286 0.0000 0.0042 19.000 0.15 3.12 -2.97 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4252 0.4781 0.0967 1 1 0.4196 0.4794 0.1010 1 1 0.4120 0.4812 0.1069
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 824 172 652 6 0 7 1 158 0 0 643 0 9 0.0349 0.0000 0.0138 23.571 0.00 3.15 -3.15 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 2 0.0000 0.4660 0.5340 2 2 0.0000 0.1422 0.8578
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 662 145 517 73 0 3 1 68 0 0 513 0 4 0.5034 0.0000 0.0077 47.333 0.29 5.44 -5.15 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2285 0.5444 0.2270 1 1 0.2302 0.5411 0.2287 1 1 0.2322 0.5369 0.2309
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 925 217 708 97 0 11 2 107 0 0 706 0 2 0.4470 0.0000 0.0028 18.727 0.27 3.13 -2.86 3 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0987 0.5081 0.3932 1 1 0.1032 0.5072 0.3896 1 1 0.1092 0.5061 0.3846
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 602 223 379 1 1 40 0 181 0 0 363 0 16 0.0045 0.0000 0.0422 4.575 3.00 15.43 -12.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1348 0.8652 2 2 0.0000 0.0279 0.9721 2 2 0.0000 0.0182 0.9818
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 436 158 278 75 0 11 0 72 0 0 278 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 13.364 0.17 4.88 -4.70 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2627 0.5421 0.1953 1 1 0.2632 0.5389 0.1979 1 1 0.2638 0.5349 0.2013
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 231 66 165 35 0 4 1 26 0 0 164 0 1 0.5303 0.0000 0.0061 15.500 0.23 7.58 -7.35 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3302 0.5045 0.1652 1 1 0.3275 0.5042 0.1683 1 1 0.3239 0.5037 0.1724
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 359 160 199 1 0 13 5 141 0 0 199 0 0 0.0063 0.0000 0.0000 11.231 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1151 0.8849 2 2 0.0000 0.0507 0.9493 2 2 0.0000 0.0421 0.9579
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 887 297 590 136 85 15 19 42 0 0 590 0 0 0.4579 0.0000 0.0000 19.143 1.60 2.62 -1.02 90 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 170561958 ACAGCAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 887 297 590 1 1 120 7 168 0 0 589 1 0 0.0034 0.0000 0.0017 1.483 5.00 5.39 -0.39 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0843 0.9157 2 2 0.0000 0.0339 0.9661 2 2 0.0000 0.0266 0.9734
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 246 83 163 49 1 4 1 28 1 0 161 0 1 0.5904 0.0061 0.0123 19.750 0.90 3.57 -2.67 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5244 0.4099 0.0657 1 0 0.5146 0.4156 0.0699 1 0 0.5015 0.4229 0.0757
chr7 2220958 CGG C 0.500000 0.050 1 -2 2 197 70 127 41 0 0 0 29 0 0 122 0 5 0.5857 0.0000 0.0394 70.000 1.24 2.00 -0.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.5082 0.1640 1 1 0.3252 0.5076 0.1672 1 1 0.3219 0.5068 0.1713
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 256 99 157 45 0 21 0 33 0 0 155 0 2 0.4545 0.0000 0.0127 3.714 1.18 3.76 -2.58 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3680 0.4951 0.1369 1 1 0.3640 0.4953 0.1407 1 1 0.3586 0.4957 0.1457
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 256 102 154 75 3 19 0 5 0 0 154 0 0 0.7353 0.0000 0.0000 4.368 2.04 4.20 -2.16 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.1953 0.8047 0.0000 0 0 0.5029 0.4971 0.0000
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 706 190 516 98 0 7 1 84 0 0 509 0 7 0.5158 0.0000 0.0136 26.143 0.43 10.39 -9.96 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2918 0.5470 0.1612 1 1 0.2917 0.5435 0.1648 1 1 0.2913 0.5390 0.1697
chr7 5313028 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 701 76 625 6 1 4 23 42 0 0 625 0 0 0.0789 0.0000 0.0000 34.500 1.33 2.98 -1.64 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9262 0.0738 2 1 0.0000 0.6867 0.3133
chr7 5489915 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 281 54 227 22 0 1 0 31 0 0 226 0 1 0.4074 0.0000 0.0044 53.000 0.18 1.32 -1.14 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.4845 0.3805 1 1 0.1388 0.4855 0.3756 1 1 0.1438 0.4869 0.3693
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 293 49 244 23 1 6 0 19 0 1 242 0 1 0.4694 0.0000 0.0082 7.167 3.96 4.26 -0.31 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3066 0.5062 0.1872 1 1 0.3047 0.5057 0.1896 1 1 0.3022 0.5051 0.1927
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 682 203 479 0 0 28 6 169 0 0 479 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.250 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0121 0.9879 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0149 0.9851
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 578 154 424 0 0 3 0 151 0 0 422 0 2 0.0000 0.0000 0.0047 50.333 1.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 228 92 136 87 0 3 0 2 0 0 136 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 29.667 0.25 3.00 -2.75 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2544 0.7456 0.0000 0 0 0.6921 0.3079 0.0000 0 0 0.7929 0.2071 0.0000
chr7 48279104 AAAT A 0.500000 0.050 1 -3 1 706 170 536 102 0 0 2 66 0 0 533 0 3 0.6000 0.0000 0.0056 170.000 0.25 3.67 -3.41 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6341 0.3366 0.0293 1 0 0.6225 0.3451 0.0324 1 0 0.6067 0.3564 0.0369
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 216 76 140 6 0 4 0 66 0 0 138 0 2 0.0789 0.0000 0.0143 18.000 0.00 3.09 -3.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9113 0.0887 2 1 0.0000 0.6455 0.3545
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 342 126 216 89 0 0 0 37 0 0 216 0 0 0.7063 0.0000 0.0000 126.000 2.40 2.51 -0.11 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8444 0.1507 0.0049 1 0 0.8321 0.1620 0.0059 1 0 0.8144 0.1780 0.0075
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 859 197 662 0 0 13 1 183 0 0 653 0 9 0.0000 0.0000 0.0136 14.154 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 256 77 179 39 0 2 0 36 0 0 176 0 3 0.5065 0.0000 0.0168 37.500 0.10 3.42 -3.31 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2381 0.5238 0.2381 1 1 0.2390 0.5220 0.2390 1 1 0.2401 0.5198 0.2401
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 719 225 494 213 0 7 0 5 0 0 494 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 31.143 0.45 4.40 -3.95 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0572 0.9428 0.0000 0 0 0.8714 0.1286 0.0000 0 0 0.9626 0.0374 0.0000
chr7 100114245 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 704 193 511 99 1 4 0 89 0 0 509 0 2 0.5130 0.0000 0.0039 47.000 0.16 1.46 -1.30 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3269 0.5354 0.1376 1 1 0.3256 0.5327 0.1417 1 1 0.3235 0.5293 0.1471
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 615 174 441 84 2 9 0 79 0 0 441 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 18.333 0.19 3.19 -3.00 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3086 0.5359 0.1555 1 1 0.3077 0.5332 0.1592 1 1 0.3062 0.5298 0.1640
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 397 100 297 43 0 27 1 29 0 0 294 0 3 0.4300 0.0000 0.0101 2.704 1.28 5.55 -4.27 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3692 0.4937 0.1371 1 1 0.3651 0.4941 0.1408 1 1 0.3596 0.4946 0.1458
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 706 158 548 71 1 13 1 72 0 0 547 0 1 0.4494 0.0000 0.0018 11.154 1.01 3.92 -2.90 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2049 0.5431 0.2520 1 1 0.2072 0.5398 0.2529 1 1 0.2103 0.5358 0.2540
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 782 223 559 109 1 27 0 86 0 0 557 0 2 0.4888 0.0000 0.0036 7.500 0.64 6.33 -5.68 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5022 0.4387 0.0591 1 0 0.4946 0.4422 0.0632 1 0 0.4843 0.4467 0.0690
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 750 280 470 243 1 31 0 5 0 0 470 0 0 0.8679 0.0000 0.0000 8.000 0.28 13.00 -12.72 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1165 0.8835 0.0000 0 0 0.9353 0.0647 0.0000 0 0 0.9817 0.0183 0.0000
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 372 180 192 71 2 36 1 70 1 0 185 0 6 0.3944 0.0052 0.0365 4.000 7.48 5.70 1.78 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1937 0.5431 0.2632 1 1 0.1964 0.5398 0.2638 1 1 0.1999 0.5357 0.2643
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 217 73 144 46 0 0 0 27 0 0 143 0 1 0.6301 0.0000 0.0069 73.000 0.11 3.63 -3.52 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4836 0.4348 0.0816 1 0 0.4751 0.4391 0.0858 1 0 0.4638 0.4445 0.0917
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1009 270 739 0 0 43 7 220 0 0 735 0 4 0.0000 0.0000 0.0054 5.279 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr7 143443837 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 805 201 604 102 0 5 0 94 0 0 600 0 4 0.5075 0.0000 0.0066 39.200 0.25 3.04 -2.79 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2652 0.5560 0.1788 1 1 0.2660 0.5518 0.1822 1 1 0.2670 0.5465 0.1865
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1601 369 1232 7 0 16 1 345 0 0 1232 0 0 0.0190 0.0000 0.0000 22.062 0.29 1.31 -1.02 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9319 0.0681 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0033 0.9967
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 725 161 564 7 0 8 0 146 0 0 559 0 5 0.0435 0.0000 0.0089 19.125 0.00 3.97 -3.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7213 0.2787 2 2 0.0000 0.2653 0.7347
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.050 1 5 1 624 123 501 51 0 13 0 59 0 0 493 0 8 0.4146 0.0000 0.0160 8.462 2.27 6.15 -3.88 19 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0912 0.4649 0.4439 1 1 0.0955 0.4671 0.4373 1 1 0.1014 0.4700 0.4286
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 809 210 599 200 0 6 0 4 0 0 599 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 34.000 0.27 1.00 -0.73 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1895 0.8105 0.0000 0 0 0.9071 0.0929 0.0000 0 0 0.9652 0.0348 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 707 188 519 183 0 1 0 4 0 0 519 0 0 0.9734 0.0000 0.0000 187.000 0.42 1.00 -0.58 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1324 0.8676 0.0000 0 0 0.8639 0.1361 0.0000 0 0 0.9479 0.0521 0.0000
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 811 232 579 136 0 7 0 89 0 0 571 0 8 0.5862 0.0000 0.0138 32.143 0.63 11.24 -10.60 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7104 0.2746 0.0150 1 0 0.6983 0.2846 0.0171 1 0 0.6816 0.2981 0.0203
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 536 96 440 0 2 3 18 73 0 1 413 8 18 0.0000 0.0000 0.0614 46.000 7.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0688 0.9312 2 2 0.0000 0.0692 0.9308 2 2 0.0000 0.0711 0.9289
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 540 94 446 0 0 7 15 72 0 0 415 12 19 0.0000 0.0000 0.0695 27.667 8.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0447 0.9553 2 2 0.0000 0.0474 0.9526 2 2 0.0000 0.0514 0.9486
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 553 92 461 0 0 6 4 82 0 0 391 25 45 0.0000 0.0000 0.1518 17.200 7.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0202 0.9798 2 2 0.0000 0.0218 0.9782 2 2 0.0000 0.0242 0.9758
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 580 209 371 199 0 0 0 10 0 0 371 0 0 0.9522 0.0000 0.0000 209.000 0.33 1.20 -0.87 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1464 0.8536 0.0000 0 0 0.7421 0.2579 0.0000
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 707 159 548 130 1 23 0 5 0 0 548 0 0 0.8176 0.0000 0.0000 5.913 0.46 5.00 -4.54 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4993 0.5007 0.0000 0 0 0.8003 0.1997 0.0000
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCACTCCCAC 0.013640 0.050 1 18 1 651 257 394 111 1 45 0 100 0 0 362 0 32 0.4319 0.0000 0.0812 4.711 6.41 11.60 -5.19 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2112 0.7681 0.0207 1 1 0.2214 0.7584 0.0201 1 1 0.2353 0.7454 0.0194
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 652 295 357 139 0 37 0 119 0 0 357 0 0 0.4712 0.0000 0.0000 6.973 8.40 6.06 2.34 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0883 0.7266 0.1851 1 1 0.0861 0.7190 0.1949 1 1 0.0832 0.7087 0.2081
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 248 99 149 51 0 0 1 47 0 0 149 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 99.000 0.08 2.91 -2.84 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3637 0.5140 0.1223 1 1 0.3639 0.5124 0.1238 1 1 0.3639 0.5104 0.1257
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 610 191 419 101 0 9 0 81 0 0 418 0 1 0.5288 0.0000 0.0024 20.222 0.70 3.38 -2.68 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5310 0.4191 0.0499 1 0 0.5247 0.4223 0.0530 1 0 0.5162 0.4265 0.0573
chr8 64581463 G GGCAGCA 0.003542 0.050 1 6 1 629 178 451 74 0 36 1 67 0 0 443 0 8 0.4157 0.0000 0.0177 3.944 0.72 6.22 -5.51 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4255 0.5726 0.0019 1 1 0.4299 0.5682 0.0019 1 1 0.4356 0.5625 0.0019
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 98 40 58 24 0 1 0 15 0 0 58 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 39.000 0.12 3.00 -2.88 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3630 0.4879 0.1491 1 1 0.3587 0.4888 0.1525 1 1 0.3531 0.4899 0.1570
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 273 76 197 41 0 15 0 20 0 0 190 0 7 0.5395 0.0000 0.0355 4.067 1.12 11.90 -10.78 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4277 0.4652 0.1071 1 1 0.4212 0.4675 0.1113 1 1 0.4125 0.4706 0.1169
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.050 1 3 5 209 78 131 39 0 1 0 38 0 0 130 0 1 0.5000 0.0000 0.0076 77.000 0.03 4.61 -4.58 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2367 0.5238 0.2394 1 1 0.2377 0.5220 0.2403 1 1 0.2389 0.5198 0.2414
chr8 100596815 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 216 73 143 35 0 3 0 35 0 0 143 0 0 0.4795 0.0000 0.0000 23.333 0.31 1.74 -1.43 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5214 0.2393 1 1 0.2401 0.5197 0.2401 1 1 0.2411 0.5177 0.2411
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 283 78 205 36 0 2 0 40 0 0 205 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 38.000 0.39 2.83 -2.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1938 0.5183 0.2878 1 1 0.1961 0.5170 0.2869 1 1 0.1992 0.5152 0.2856
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 693 234 459 131 3 15 6 79 0 0 459 0 0 0.5598 0.0000 0.0000 18.000 2.96 16.77 -13.81 9 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8115 0.1825 0.0060 1 0 0.7992 0.1936 0.0072 1 0 0.7819 0.2091 0.0090
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 270 71 199 36 0 0 0 35 0 0 198 0 1 0.5070 0.0000 0.0050 71.000 0.25 4.14 -3.89 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2390 0.5220 0.2390 1 1 0.2398 0.5203 0.2398 1 1 0.2409 0.5182 0.2409
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 314 87 227 7 0 14 5 61 0 0 227 0 0 0.0805 0.0000 0.0000 5.214 0.14 4.15 -4.00 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9547 0.0453 2 1 0.0000 0.7352 0.2648
chr8 123369942 A ATCATCG 0.500000 0.050 1 6 1 312 97 215 17 30 6 3 41 0 0 215 0 0 0.1753 0.0000 0.0000 14.750 0.29 4.29 -4.00 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1792 0.5130 0.3078 1 1 0.1820 0.5120 0.3060 1 1 0.1856 0.5108 0.3036
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 530 144 386 0 1 30 6 107 0 0 379 1 6 0.0000 0.0000 0.0181 4.036 4.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0491 0.9509 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0556 0.9444
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 387 97 290 43 0 3 0 51 0 0 289 0 1 0.4433 0.0000 0.0034 31.333 2.98 3.65 -0.67 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1441 0.5050 0.3508 1 1 0.1478 0.5046 0.3476 1 1 0.1527 0.5041 0.3433
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1025 238 787 12 1 46 1 178 0 0 750 0 37 0.0504 0.0000 0.0470 4.152 0.50 12.20 -11.70 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9393 0.0607 2 2 0.0000 0.3381 0.6619
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 971 187 784 104 1 4 0 78 0 0 784 0 0 0.5561 0.0000 0.0000 45.500 0.27 3.23 -2.96 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5758 0.3833 0.0408 1 0 0.5658 0.3897 0.0444 1 0 0.5522 0.3982 0.0496
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1083 219 864 200 7 9 0 3 0 0 863 0 1 0.9132 0.0000 0.0012 29.857 0.91 3.33 -2.42 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5756 0.4244 0.0000 0 0 0.9829 0.0171 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1082 225 857 139 77 6 0 3 0 0 856 0 1 0.6178 0.0000 0.0012 175.000 0.50 3.33 -2.84 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5814 0.4186 0.0000 0 0 0.9833 0.0167 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1044 372 672 254 13 76 3 26 0 0 672 0 0 0.6828 0.0000 0.0000 3.895 1.38 3.27 -1.89 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0848 0.9152 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 376 101 275 1 0 25 1 74 0 0 266 0 9 0.0099 0.0000 0.0327 3.000 3.00 6.69 -3.69 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3798 0.6202 2 2 0.0000 0.1969 0.8031 2 2 0.0000 0.1621 0.8379
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 376 101 275 1 2 24 2 72 0 0 266 0 9 0.0099 0.0000 0.0327 3.125 3.00 6.64 -3.64 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7516 0.2484 2 2 0.0000 0.3390 0.6610 2 2 0.0000 0.2325 0.7675
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 656 198 458 107 1 2 0 88 0 0 458 0 0 0.5404 0.0000 0.0000 98.000 0.18 1.64 -1.46 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4798 0.4537 0.0664 1 0 0.4730 0.4563 0.0707 1 0 0.4637 0.4597 0.0766
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 485 177 308 83 1 5 0 88 0 0 304 1 3 0.4689 0.0000 0.0130 34.400 1.41 3.17 -1.76 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1458 0.5349 0.3193 1 1 0.1497 0.5322 0.3181 1 1 0.1548 0.5289 0.3163
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 745 213 532 127 0 1 3 82 0 0 528 1 3 0.5962 0.0000 0.0075 212.000 0.22 2.28 -2.06 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7066 0.2773 0.0161 1 0 0.6944 0.2873 0.0183 1 0 0.6775 0.3009 0.0216
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 828 219 609 117 0 34 0 68 0 0 598 1 10 0.5342 0.0000 0.0181 5.441 0.33 10.88 -10.55 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7124 0.2716 0.0160 1 0 0.6999 0.2819 0.0182 1 0 0.6826 0.2959 0.0215
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 286 40 246 14 1 2 0 23 0 0 246 0 0 0.3500 0.0000 0.0000 19.000 0.86 1.04 -0.19 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1583 0.4925 0.3492 1 1 0.1614 0.4931 0.3455 1 1 0.1657 0.4937 0.3406
chr9 67868516 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 123 46 77 39 2 0 0 5 0 0 77 0 0 0.8478 0.0000 0.0000 46.000 0.26 2.60 -2.34 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0888 0.9112 0.0000 0 1 0.2942 0.7058 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 425 138 287 78 0 4 0 56 0 0 279 0 8 0.5652 0.0000 0.0279 33.500 0.14 13.57 -13.43 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4097 0.4877 0.1026 1 1 0.4047 0.4884 0.1069 1 1 0.3979 0.4893 0.1128
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 740 153 587 68 0 17 1 67 0 0 577 0 10 0.4444 0.0000 0.0170 8.000 0.26 10.00 -9.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1315 0.5152 0.3533 1 1 0.1355 0.5140 0.3505 1 1 0.1409 0.5125 0.3466
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 477 121 356 3 0 4 0 114 0 0 346 0 10 0.0248 0.0000 0.0281 29.250 0.33 3.31 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8553 0.1447 2 2 0.0000 0.2584 0.7416 2 2 0.0000 0.1350 0.8650
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 226 80 146 47 0 2 0 31 0 0 146 0 0 0.5875 0.0000 0.0000 39.000 0.06 4.74 -4.68 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4539 0.4528 0.0933 1 1 0.4466 0.4559 0.0976 1 1 0.4367 0.4599 0.1034
chr9 92474742 C CTCATCA 0.500000 0.050 1 6 2 317 90 227 43 1 21 0 25 0 0 225 0 2 0.4778 0.0000 0.0088 3.286 3.63 4.68 -1.05 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4668 0.4443 0.0889 1 0 0.4588 0.4480 0.0931 1 1 0.4483 0.4527 0.0990
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 317 92 225 34 0 17 5 36 0 0 225 0 0 0.3696 0.0000 0.0000 4.412 3.71 3.33 0.37 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1636 0.5080 0.3284 1 1 0.1668 0.5074 0.3259 1 1 0.1709 0.5066 0.3225
chr9 93035380 CTGAG C 0.500000 0.050 1 -4 3 642 181 461 95 0 4 0 82 0 0 459 0 2 0.5249 0.0000 0.0043 44.250 0.42 4.10 -3.68 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3595 0.5194 0.1211 1 1 0.3568 0.5178 0.1254 1 1 0.3530 0.5159 0.1311
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 447 111 336 49 0 7 1 54 0 0 336 0 0 0.4414 0.0000 0.0000 14.714 0.61 7.35 -6.74 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1757 0.5227 0.3017 1 1 0.1787 0.5209 0.3004 1 1 0.1825 0.5188 0.2987
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 487 196 291 99 1 6 1 89 0 0 291 0 0 0.5051 0.0000 0.0000 31.500 0.27 9.40 -9.13 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3380 0.5308 0.1312 1 1 0.3363 0.5284 0.1353 1 1 0.3337 0.5254 0.1409
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 632 229 403 106 0 3 0 120 0 0 401 0 2 0.4629 0.0000 0.0050 75.333 0.23 3.52 -3.29 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0855 0.4984 0.4160 1 1 0.0900 0.4981 0.4119 1 1 0.0961 0.4978 0.4060
chr9 96932301 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 658 179 479 122 0 3 1 53 0 0 475 0 4 0.6816 0.0000 0.0084 58.667 0.28 2.92 -2.65 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9035 0.0949 0.0016 1 0 0.8937 0.1043 0.0020 1 0 0.8793 0.1180 0.0027
chr9 96932306 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 654 174 480 121 1 1 1 50 0 0 476 0 4 0.6954 0.0000 0.0083 172.000 0.26 2.88 -2.62 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9133 0.0854 0.0013 1 0 0.9040 0.0943 0.0017 1 0 0.8903 0.1075 0.0023
chr9 96936443 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 252 100 152 53 0 3 0 44 0 0 151 0 1 0.5300 0.0000 0.0066 32.333 0.38 3.02 -2.65 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3366 0.5109 0.1526 1 1 0.3339 0.5100 0.1561 1 1 0.3303 0.5089 0.1607
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 355 84 271 1 0 9 0 74 0 0 270 1 0 0.0119 0.0000 0.0037 8.333 0.00 5.76 -5.76 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4370 0.5630 2 2 0.0000 0.2350 0.7650 2 2 0.0000 0.1939 0.8061
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 930 152 778 60 3 28 1 60 3 2 760 5 8 0.3947 0.0039 0.0231 4.357 1.28 6.60 -5.32 28 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1731 0.5340 0.2929 1 1 0.1762 0.5314 0.2923 1 1 0.1804 0.5282 0.2914
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 559 143 416 83 0 1 0 59 0 0 416 0 0 0.5804 0.0000 0.0000 142.000 0.37 3.24 -2.86 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5497 0.3991 0.0512 1 0 0.5399 0.4050 0.0551 1 0 0.5267 0.4127 0.0606
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 759 179 580 81 0 1 0 97 0 0 579 0 1 0.4525 0.0000 0.0017 178.000 0.51 2.89 -2.38 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0824 0.4752 0.4425 1 1 0.0868 0.4765 0.4367 1 1 0.0928 0.4783 0.4289
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 270 98 172 0 0 2 0 96 0 0 168 0 4 0.0000 0.0000 0.0233 48.000 4.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0747 0.9253 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr9 114178296 CCCTGGGCTA C 0.500000 0.050 1 -9 5 102 60 42 33 0 3 0 24 0 0 39 0 3 0.5500 0.0000 0.0714 19.000 1.21 8.29 -7.08 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3172 0.5075 0.1753 1 1 0.3150 0.5069 0.1781 1 1 0.3120 0.5062 0.1818
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 724 177 547 74 1 31 3 68 0 0 543 0 4 0.4181 0.0000 0.0073 4.710 1.54 3.65 -2.11 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2288 0.5456 0.2256 1 1 0.2304 0.5422 0.2274 1 1 0.2325 0.5379 0.2296
chr9 116154344 T TCGCCGC 0.500000 0.050 1 6 2 724 177 547 76 3 94 0 4 0 0 543 1 3 0.4294 0.0000 0.0073 0.920 1.66 5.25 -3.59 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0513 0.9487 0.0000 0 1 0.2931 0.7069 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 584 113 471 45 1 16 3 48 0 0 471 0 0 0.3982 0.0000 0.0000 6.000 0.82 6.08 -5.26 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1832 0.5225 0.2943 1 1 0.1859 0.5208 0.2932 1 1 0.1895 0.5187 0.2918
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 560 128 432 59 0 12 3 54 0 0 429 0 3 0.4609 0.0000 0.0069 10.545 0.46 1.54 -1.08 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2215 0.5358 0.2426 1 1 0.2232 0.5331 0.2436 1 1 0.2254 0.5297 0.2449
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 600 216 384 100 0 9 1 106 0 0 380 0 4 0.4630 0.0000 0.0104 22.889 0.45 3.23 -2.78 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1215 0.5312 0.3472 1 1 0.1258 0.5288 0.3454 1 1 0.1317 0.5257 0.3426
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 499 146 353 65 0 18 1 62 0 0 352 0 1 0.4452 0.0000 0.0028 7.056 0.17 7.73 -7.56 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2428 0.5389 0.2184 1 1 0.2439 0.5359 0.2202 1 1 0.2452 0.5323 0.2226
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 282 128 154 116 0 4 0 8 0 0 154 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 31.000 0.88 1.75 -0.87 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0774 0.9226 0.0000 0 1 0.4525 0.5475 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 282 128 154 116 0 4 0 8 0 0 154 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 31.000 0.88 1.75 -0.87 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0774 0.9226 0.0000 0 1 0.4525 0.5475 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 300 124 176 65 0 2 0 57 0 0 176 0 0 0.5242 0.0000 0.0000 61.000 0.23 1.19 -0.96 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3316 0.5181 0.1503 1 1 0.3294 0.5167 0.1539 1 1 0.3263 0.5150 0.1587
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 424 110 314 102 1 3 0 4 0 0 314 0 0 0.9273 0.0000 0.0000 35.667 0.27 1.50 -1.23 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0194 0.9806 0.0000 0 1 0.4678 0.5322 0.0000 0 0 0.7277 0.2723 0.0000
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 639 186 453 94 0 27 5 60 0 0 451 0 2 0.5054 0.0000 0.0044 5.889 0.24 3.28 -3.04 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5808 0.3778 0.0414 1 0 0.5703 0.3846 0.0451 1 0 0.5562 0.3936 0.0502
chr9 136687306 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 382 144 238 67 0 11 1 65 0 0 238 0 0 0.4653 0.0000 0.0000 12.000 0.19 3.12 -2.93 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2437 0.5400 0.2164 1 1 0.2447 0.5370 0.2183 1 1 0.2460 0.5332 0.2208
chr9 136833769 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 503 182 321 83 0 12 0 87 0 0 320 1 0 0.4560 0.0000 0.0031 14.167 0.16 3.13 -2.97 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1745 0.5450 0.2805 1 1 0.1778 0.5416 0.2806 1 1 0.1821 0.5374 0.2806
chr9 137110665 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 331 106 225 43 0 5 0 58 0 0 224 0 1 0.4057 0.0000 0.0044 20.200 0.07 1.05 -0.98 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0921 0.4601 0.4478 1 1 0.0964 0.4626 0.4410 1 1 0.1023 0.4660 0.4318
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 425 128 297 75 0 10 0 43 0 0 294 0 3 0.5859 0.0000 0.0101 11.800 0.48 12.60 -12.12 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6210 0.3436 0.0354 1 0 0.6091 0.3522 0.0387 1 0 0.5929 0.3635 0.0436
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 234 115 119 2 2 22 0 89 0 0 119 0 0 0.0174 0.0000 0.0000 4.227 2.00 3.15 -1.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9827 0.0173 2 1 0.0000 0.6078 0.3922 2 2 0.0000 0.3409 0.6591
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 804 174 630 101 0 6 0 67 0 0 624 0 6 0.5805 0.0000 0.0095 33.600 0.33 7.99 -7.66 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7486 0.2490 0.0024 1 0 0.7416 0.2558 0.0026 1 0 0.7319 0.2651 0.0030
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 345 100 245 57 0 0 0 43 0 0 245 0 0 0.5700 0.0000 0.0000 100.000 1.02 1.21 -0.19 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6342 0.3636 0.0022 1 0 0.6301 0.3676 0.0023 1 0 0.6246 0.3730 0.0024
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 854 203 651 3 2 23 3 172 0 0 638 0 13 0.0148 0.0000 0.0200 9.000 0.67 4.73 -4.06 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8264 0.1736 2 2 0.0000 0.1480 0.8520 2 2 0.0000 0.0570 0.9430
chr10 21516554 C CTCT 0.000302 0.050 1 3 2 842 212 630 18 85 5 10 94 0 0 629 0 1 0.0849 0.0000 0.0016 49.750 0.78 3.96 -3.18 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3573 0.6425 0.0002 1 1 0.3645 0.6353 0.0002 1 1 0.3739 0.6259 0.0002
chr10 21516791 A ATGG 0.000199 0.050 1 3 1 823 167 656 77 7 26 3 54 0 1 655 0 0 0.4611 0.0000 0.0015 5.385 0.68 3.17 -2.49 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7716 0.2284 0.0000 1 0 0.7644 0.2356 0.0000 1 0 0.7545 0.2455 0.0000
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 683 150 533 142 1 3 0 4 0 0 533 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 48.667 0.61 3.25 -2.64 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1318 0.8682 0.0000 0 0 0.8700 0.1300 0.0000 0 0 0.9520 0.0480 0.0000
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 293 100 193 57 0 1 0 42 0 0 193 0 0 0.5700 0.0000 0.0000 99.000 0.32 2.10 -1.78 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6466 0.3517 0.0017 1 0 0.6421 0.3561 0.0018 1 0 0.6360 0.3621 0.0019
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 529 105 424 54 0 2 1 48 0 0 422 0 2 0.5143 0.0000 0.0047 51.500 0.61 1.25 -0.64 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3508 0.5168 0.1324 1 1 0.3509 0.5150 0.1340 1 1 0.3509 0.5129 0.1362
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 98 50 48 31 0 2 0 17 0 0 47 0 1 0.6200 0.0000 0.0208 24.000 0.55 6.65 -6.10 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5852 0.3856 0.0292 1 0 0.5798 0.3899 0.0304 1 0 0.5725 0.3955 0.0320
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 199 81 118 42 1 6 0 32 0 0 118 0 0 0.5185 0.0000 0.0000 12.333 0.17 1.28 -1.11 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6061 0.3922 0.0017 1 0 0.6028 0.3954 0.0018 1 0 0.5983 0.3998 0.0019
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 401 90 311 4 0 28 1 57 0 0 311 0 0 0.0444 0.0000 0.0000 2.214 0.00 3.47 -3.47 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.9471 0.0529 2 1 0.0000 0.8506 0.1494
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 213 44 169 16 1 4 4 19 0 0 168 0 1 0.3636 0.0000 0.0059 9.750 1.62 1.42 0.20 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3487 0.5716 0.0797 1 1 0.3527 0.5687 0.0786 1 1 0.3580 0.5649 0.0771
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 658 201 457 90 1 29 0 81 0 0 449 0 8 0.4478 0.0000 0.0175 5.897 1.32 6.44 -5.12 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2680 0.5513 0.1807 1 1 0.2696 0.5474 0.1830 1 1 0.2716 0.5424 0.1860
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 347 132 215 10 0 2 0 120 0 0 214 0 1 0.0758 0.0000 0.0047 65.000 0.50 2.78 -2.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 1 0.0000 0.8843 0.1157
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 199 73 126 62 0 0 0 11 0 0 126 0 0 0.8493 0.0000 0.0000 73.000 0.39 3.55 -3.16 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0276 0.9724 0.0000
chr10 116455798 G GA 0.049925 0.050 1 1 3 167 92 75 88 0 1 0 3 0 0 75 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 91.000 0.06 1.33 -1.28 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5681 0.4319 0.0000 0 0 0.9575 0.0425 0.0000 0 0 0.9809 0.0191 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 350 100 250 0 2 14 12 72 0 1 247 1 1 0.0000 0.0000 0.0120 5.286 2.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2426 0.7574 2 2 0.0000 0.1859 0.8141 2 2 0.0000 0.1619 0.8381
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 418 131 287 61 0 7 0 63 0 0 286 0 1 0.4656 0.0000 0.0035 17.714 0.16 1.10 -0.93 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1973 0.5352 0.2675 1 1 0.1998 0.5326 0.2677 1 1 0.2030 0.5292 0.2678
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 724 173 551 67 2 5 1 98 0 0 547 0 4 0.3873 0.0000 0.0073 33.400 0.16 3.01 -2.85 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0389 0.3879 0.5732 1 2 0.0432 0.3974 0.5594 1 2 0.0494 0.4099 0.5407
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.050 1 -1 1 476 144 332 134 2 6 0 2 0 0 332 0 0 0.9306 0.0000 0.0000 23.000 1.13 2.00 -0.87 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9494 0.0506 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1119 226 893 68 2 72 3 81 0 0 893 0 0 0.3009 0.0000 0.0000 2.125 1.01 6.33 -5.32 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0927 0.4812 0.4261 1 1 0.0966 0.4818 0.4216 1 1 0.1020 0.4826 0.4154
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1037 212 825 30 4 67 3 108 0 0 792 0 33 0.1415 0.0000 0.0400 2.134 2.67 14.08 -11.42 4 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0002 0.0656 0.9342 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 961 244 717 20 0 85 1 138 0 0 717 0 0 0.0820 0.0000 0.0000 1.871 0.40 10.97 -10.57 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9763 0.0237
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 386 124 262 0 0 2 0 122 0 0 261 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 61.000 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0433 0.9567 2 2 0.0000 0.0459 0.9541 2 2 0.0000 0.0498 0.9502
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 691 217 474 210 0 3 0 4 0 0 474 0 0 0.9677 0.0000 0.0000 71.333 0.29 1.00 -0.71 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2313 0.7687 0.0000 0 0 0.9251 0.0749 0.0000 0 0 0.9720 0.0280 0.0000
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 227 98 129 46 0 4 0 48 0 0 129 0 0 0.4694 0.0000 0.0000 23.500 0.09 2.08 -2.00 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2130 0.5275 0.2596 1 1 0.2148 0.5254 0.2598 1 1 0.2172 0.5228 0.2600
chr11 4573328 T TG 0.500000 0.050 1 1 4 200 74 126 71 0 0 0 3 0 0 126 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 74.000 0.20 1.33 -1.14 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 1 0.4380 0.5620 0.0000 0 0 0.6430 0.3570 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 611 151 460 80 1 0 0 70 0 0 460 0 0 0.5298 0.0000 0.0000 151.000 0.29 3.29 -3.00 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3658 0.5108 0.1233 1 1 0.3626 0.5099 0.1275 1 1 0.3582 0.5088 0.1330
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 829 209 620 95 1 7 0 106 1 0 619 0 0 0.4545 0.0016 0.0016 28.857 0.18 1.55 -1.37 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1342 0.5377 0.3281 1 1 0.1384 0.5348 0.3268 1 1 0.1439 0.5312 0.3249
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 490 120 370 114 0 4 0 2 0 0 370 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 29.000 0.26 2.50 -2.24 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4094 0.5906 0.0000 0 0 0.8145 0.1855 0.0000 0 0 0.8798 0.1202 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1187 262 925 246 0 6 0 10 0 0 923 0 2 0.9389 0.0000 0.0022 42.667 0.22 6.10 -5.88 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1248 0.8752 0.0000 0 0 0.8081 0.1919 0.0000
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 880 232 648 209 0 9 0 14 0 0 648 0 0 0.9009 0.0000 0.0000 24.778 0.19 1.86 -1.67 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0151 0.9849 0.0000 0 1 0.4532 0.5468 0.0000
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1319 285 1034 6 0 18 0 261 0 0 1021 0 13 0.0211 0.0000 0.0126 14.833 0.00 4.43 -4.43 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9479 0.0521 2 2 0.0000 0.0601 0.9399 2 2 0.0000 0.0129 0.9871
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 608 151 457 146 0 3 0 2 0 0 457 0 0 0.9669 0.0000 0.0000 49.333 0.18 2.00 -1.82 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6013 0.3987 0.0000 0 0 0.9059 0.0941 0.0000 0 0 0.9403 0.0597 0.0000
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.050 1 4 1 705 145 560 79 1 3 0 62 0 0 556 0 4 0.5448 0.0000 0.0071 47.333 0.37 5.24 -4.87 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4086 0.4890 0.1024 1 1 0.4037 0.4895 0.1067 1 1 0.3971 0.4903 0.1126
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 815 213 602 110 0 35 0 68 0 0 592 0 10 0.5164 0.0000 0.0166 5.086 4.30 13.69 -9.39 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6412 0.3317 0.0271 1 0 0.6297 0.3402 0.0301 1 0 0.6139 0.3517 0.0344
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 779 138 641 0 0 15 0 123 0 0 618 0 23 0.0000 0.0000 0.0359 8.200 8.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 649 176 473 172 1 0 1 2 0 0 473 0 0 0.9773 0.0000 0.0000 175.000 0.73 1.00 -0.27 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7159 0.2841 0.0000 0 0 0.9419 0.0581 0.0000 0 0 0.9639 0.0361 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 282 142 140 0 0 15 1 126 0 0 140 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.467 3.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 580 147 433 47 1 60 0 39 0 0 432 0 1 0.3197 0.0000 0.0023 1.450 4.26 6.51 -2.26 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3355 0.5088 0.1557 1 1 0.3328 0.5081 0.1590 1 1 0.3292 0.5073 0.1635
chr11 17372490 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 2 742 207 535 196 0 3 0 8 0 0 535 0 0 0.9469 0.0000 0.0000 68.000 0.98 3.75 -2.77 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3756 0.6244 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 328 159 169 131 0 23 0 5 0 0 169 0 0 0.8239 0.0000 0.0000 5.913 0.37 3.00 -2.63 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0077 0.9923 0.0000 0 1 0.4730 0.5270 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr11 44309737 TGCTGCGGCTGCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 538 133 405 64 0 8 0 61 0 0 405 0 0 0.4812 0.0000 0.0000 15.625 0.67 9.26 -8.59 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2665 0.5354 0.1981 1 1 0.2667 0.5327 0.2005 1 1 0.2669 0.5294 0.2037
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 251 96 155 88 0 4 0 4 0 0 154 0 1 0.9167 0.0000 0.0065 23.000 0.56 6.50 -5.94 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.2370 0.7630 0.0000 0 0 0.5625 0.4375 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 884 258 626 141 1 4 1 111 0 0 623 0 3 0.5465 0.0000 0.0048 63.250 0.24 3.65 -3.41 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5615 0.4004 0.0381 1 0 0.5528 0.4055 0.0416 1 0 0.5410 0.4123 0.0467
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.050 1 -5 2 736 160 576 103 0 4 0 53 0 0 573 0 3 0.6438 0.0000 0.0052 39.000 0.42 4.94 -4.53 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8017 0.1906 0.0077 1 0 0.7888 0.2022 0.0090 1 0 0.7707 0.2181 0.0112
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1077 241 836 0 0 2 1 238 0 0 831 0 5 0.0000 0.0000 0.0060 119.500 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.050 1 -4 1 1113 247 866 225 1 18 0 3 0 0 866 0 0 0.9109 0.0000 0.0000 12.722 0.17 4.00 -3.83 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6877 0.3123 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000
chr11 57312739 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 590 171 419 91 1 5 0 74 0 0 417 0 2 0.5322 0.0000 0.0048 33.200 0.29 3.34 -3.05 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4306 0.4805 0.0889 1 1 0.4251 0.4815 0.0933 1 1 0.4177 0.4830 0.0993
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 592 138 454 89 0 1 0 48 0 0 454 0 0 0.6449 0.0000 0.0000 137.000 0.24 1.98 -1.74 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7525 0.2344 0.0131 1 0 0.7392 0.2458 0.0150 1 0 0.7207 0.2614 0.0180
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 62 34 28 30 1 0 0 3 0 0 28 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 34.000 0.07 2.00 -1.93 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0161 0.9839 0.0000 0 1 0.2246 0.7754 0.0000 0 1 0.4081 0.5919 0.0000
chr11 65557854 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 3 319 110 209 87 5 16 0 2 0 0 209 0 0 0.7909 0.0000 0.0000 5.875 0.56 3.00 -2.44 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2793 0.7207 0.0000 0 0 0.7177 0.2823 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr11 66744819 G GGGGGGC 0.500000 0.050 1 6 5 311 91 220 48 0 2 2 39 0 0 217 0 3 0.5275 0.0000 0.0136 87.000 0.77 5.26 -4.49 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2881 0.5224 0.1895 1 1 0.2873 0.5207 0.1921 1 1 0.2861 0.5185 0.1954
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 231 99 132 56 3 9 1 30 0 0 131 0 1 0.5657 0.0000 0.0076 10.000 0.93 5.03 -4.10 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6040 0.3543 0.0416 1 0 0.5921 0.3627 0.0452 1 0 0.5760 0.3736 0.0504
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 898 227 671 199 1 23 0 4 0 0 670 0 1 0.8767 0.0000 0.0015 8.870 0.38 3.50 -3.12 109 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0419 0.9581 0.0000 0 0 0.8310 0.1690 0.0000 0 0 0.9496 0.0504 0.0000
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 999 299 700 172 0 70 0 57 0 0 681 0 19 0.5753 0.0000 0.0271 3.271 0.27 15.25 -14.97 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9770 0.0230 0.0001 1 0 0.9730 0.0269 0.0001 1 0 0.9669 0.0330 0.0002
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 986 292 694 0 0 6 1 285 0 0 693 0 1 0.0000 0.0000 0.0014 57.200 2.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 344 115 229 65 0 4 0 46 0 0 225 0 4 0.5652 0.0000 0.0175 27.750 0.17 13.67 -13.50 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4304 0.4719 0.0977 1 1 0.4244 0.4737 0.1020 1 1 0.4162 0.4760 0.1078
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 562 149 413 140 0 7 0 2 0 0 413 0 0 0.9396 0.0000 0.0000 20.286 0.25 4.00 -3.75 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5642 0.4358 0.0000 0 0 0.8925 0.1075 0.0000 0 0 0.9317 0.0683 0.0000
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1138 304 834 146 2 36 3 117 0 0 834 0 0 0.4803 0.0000 0.0000 7.444 0.38 3.27 -2.90 88 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5665 0.3972 0.0362 1 0 0.5579 0.4024 0.0396 1 0 0.5460 0.4094 0.0446
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1315 380 935 9 15 66 10 280 0 0 935 0 0 0.0237 0.0000 0.0000 4.470 1.00 9.10 -8.10 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.5089 0.4911 2 2 0.0000 0.0678 0.9322
chr11 112255588 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 200 53 147 25 0 1 0 27 0 0 147 0 0 0.4717 0.0000 0.0000 52.000 0.24 0.96 -0.72 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2188 0.5147 0.2666 1 1 0.2202 0.5135 0.2663 1 1 0.2220 0.5122 0.2658
chr11 113986841 GTGCA G 0.500000 0.050 1 -4 1 568 184 384 103 0 3 0 78 0 0 381 0 3 0.5598 0.0000 0.0078 60.333 0.26 4.23 -3.97 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5109 0.4311 0.0580 1 0 0.5028 0.4351 0.0621 1 0 0.4919 0.4402 0.0678
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 794 273 521 118 2 42 2 109 0 0 520 0 1 0.4322 0.0000 0.0019 5.452 0.36 10.14 -9.77 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3066 0.5521 0.1413 1 1 0.3064 0.5482 0.1454 1 1 0.3058 0.5432 0.1510
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 418 127 291 70 2 8 1 46 0 0 291 0 0 0.5512 0.0000 0.0000 14.875 0.49 6.15 -5.67 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5693 0.3826 0.0481 1 0 0.5586 0.3895 0.0519 1 0 0.5443 0.3984 0.0573
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 203 76 127 37 0 8 0 31 0 0 127 0 0 0.4868 0.0000 0.0000 8.500 0.00 5.19 -5.19 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3157 0.5099 0.1744 1 1 0.3136 0.5092 0.1773 1 1 0.3108 0.5082 0.1810
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 450 140 310 71 1 11 2 55 0 0 310 0 0 0.5071 0.0000 0.0000 11.727 0.93 3.64 -2.71 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4270 0.4762 0.0969 1 1 0.4212 0.4776 0.1012 1 1 0.4134 0.4795 0.1071
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 318 112 206 108 0 2 0 2 0 0 206 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 55.000 0.78 1.00 -0.22 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6026 0.3974 0.0000 0 0 0.9060 0.0940 0.0000 0 0 0.9416 0.0584 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 320 135 185 75 0 1 0 59 0 0 184 0 1 0.5556 0.0000 0.0054 134.000 0.79 1.14 -0.35 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3705 0.5084 0.1211 1 1 0.3649 0.5088 0.1263 1 1 0.3572 0.5093 0.1334
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 539 143 396 11 0 29 2 101 0 0 393 0 3 0.0769 0.0000 0.0076 3.931 0.45 3.18 -2.72 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.8590 0.1410
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 640 136 504 8 0 3 0 125 0 0 501 0 3 0.0588 0.0000 0.0060 44.333 0.38 3.01 -2.63 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9828 0.0172 2 1 0.0000 0.8549 0.1451
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 643 138 505 9 0 0 0 129 0 0 501 1 3 0.0652 0.0000 0.0079 138.000 0.33 2.98 -2.64 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 1 0.0000 0.8849 0.1151
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 431 118 313 0 0 22 11 85 0 0 312 1 0 0.0000 0.0000 0.0032 4.364 3.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0679 0.9321 2 2 0.0000 0.0723 0.9277
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 3489 847 2642 28 0 9 1 809 0 0 2608 1 33 0.0331 0.0000 0.0129 93.111 1.21 4.08 -2.87 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.0546 0.9454 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 243 99 144 90 0 5 0 4 0 0 144 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 18.800 0.48 5.50 -5.02 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0137 0.9863 0.0000 0 1 0.3857 0.6143 0.0000 0 0 0.6587 0.3413 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 323 155 168 4 0 9 5 137 0 0 168 0 0 0.0258 0.0000 0.0000 16.222 1.75 4.05 -2.30 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9003 0.0997 2 2 0.0000 0.1704 0.8296 2 2 0.0000 0.0648 0.9352
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.050 1 -30 1 1878 379 1499 182 4 50 5 138 7 7 1473 7 5 0.4802 0.0047 0.0173 6.771 2.16 12.94 -10.78 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8200 0.1779 0.0020 1 0 0.8125 0.1851 0.0024 1 0 0.8018 0.1953 0.0029
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1673 310 1363 99 0 138 0 73 1 2 1300 1 59 0.3194 0.0007 0.0462 1.246 1.84 5.41 -3.57 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0262 0.3428 0.6310 1 2 0.0291 0.3503 0.6206 1 2 0.0333 0.3604 0.6063
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1055 255 800 113 0 6 0 136 0 0 799 0 1 0.4431 0.0000 0.0013 41.500 0.26 1.26 -1.00 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1059 0.5946 0.2995 1 1 0.1133 0.5941 0.2926 1 1 0.1237 0.5932 0.2831
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 219 75 144 66 0 4 0 5 0 0 144 0 0 0.8800 0.0000 0.0000 17.750 0.11 1.20 -1.09 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.3246 0.6754 0.0000 0 0 0.6662 0.3338 0.0000
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 416 130 286 58 0 34 0 38 0 0 284 0 2 0.4462 0.0000 0.0070 2.824 0.12 17.47 -17.35 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6682 0.3258 0.0060 1 0 0.6624 0.3313 0.0064 1 0 0.6545 0.3386 0.0069
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 978 249 729 223 2 10 1 13 1 0 728 0 0 0.8956 0.0014 0.0014 23.800 0.64 17.00 -16.36 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0365 0.9635 0.0000 0 0 0.6255 0.3745 0.0000
chr12 52691336 TCCGCCGCCATAGCCCCCACCGCTG T 0.002176 0.050 1 -24 2 421 156 265 92 0 9 0 55 0 0 252 0 13 0.5897 0.0000 0.0491 16.333 0.77 20.24 -19.46 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7287 0.2712 0.0001 1 0 0.7225 0.2773 0.0002 1 0 0.7141 0.2857 0.0002
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 483 113 370 64 0 14 1 34 0 0 358 0 12 0.5664 0.0000 0.0324 7.071 0.19 16.56 -16.37 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6564 0.3382 0.0053 1 0 0.6513 0.3431 0.0056 1 0 0.6443 0.3497 0.0061
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 306 66 240 61 0 1 0 4 0 0 240 0 0 0.9242 0.0000 0.0000 65.000 0.15 1.00 -0.85 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0163 0.9837 0.0000 0 1 0.4191 0.5809 0.0000 0 0 0.6921 0.3079 0.0000
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 405 94 311 30 6 22 4 32 0 0 311 0 0 0.3191 0.0000 0.0000 3.091 1.30 1.78 -0.48 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3453 0.5226 0.1321 1 1 0.3466 0.5210 0.1325 1 1 0.3482 0.5189 0.1329
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 122 61 61 1 0 0 0 60 0 0 61 0 0 0.0164 0.0000 0.0000 61.000 0.00 2.23 -2.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3892 0.6108 2 2 0.0000 0.2003 0.7997 2 2 0.0000 0.1626 0.8374
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 322 92 230 43 0 2 0 47 0 0 229 0 1 0.4674 0.0000 0.0043 45.000 1.09 3.83 -2.74 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2212 0.5320 0.2468 1 1 0.2244 0.5300 0.2456 1 1 0.2286 0.5275 0.2439
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 245 66 179 8 8 19 15 16 0 0 176 3 0 0.1212 0.0000 0.0168 1.737 6.62 2.69 3.94 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1810 0.5534 0.2656 1 1 0.1876 0.5538 0.2586 1 1 0.1964 0.5542 0.2494
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 121 50 71 1 0 4 1 44 0 0 70 0 1 0.0200 0.0000 0.0141 11.500 0.00 3.00 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7190 0.2810 2 2 0.0000 0.4995 0.5005 2 2 0.0000 0.4338 0.5662
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1063 308 755 0 0 28 4 276 0 0 755 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.964 3.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 122 64 58 52 4 3 0 5 0 0 58 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 20.000 0.06 1.20 -1.14 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.2639 0.7361 0.0000 0 0 0.5982 0.4018 0.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 455 102 353 38 3 20 0 41 0 0 352 0 1 0.3725 0.0000 0.0028 4.100 0.18 3.15 -2.96 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2263 0.5250 0.2487 1 1 0.2276 0.5232 0.2492 1 1 0.2293 0.5208 0.2499
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 408 102 306 4 0 7 2 89 0 0 303 0 3 0.0392 0.0000 0.0098 13.429 2.25 3.90 -1.65 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.5880 0.4120 2 2 0.0000 0.3178 0.6822
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1836 584 1252 501 2 78 0 3 8 12 1223 0 9 0.8579 0.0064 0.0232 6.487 1.38 30.33 -28.95 107 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 616 168 448 94 0 6 0 68 0 0 442 0 6 0.5595 0.0000 0.0134 27.000 0.28 8.53 -8.25 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4873 0.4452 0.0674 1 0 0.4799 0.4484 0.0717 1 0 0.4698 0.4526 0.0776
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 606 174 432 1 45 42 18 68 0 0 432 0 0 0.0057 0.0000 0.0000 2.325 4.00 2.74 1.26 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0094 0.1985 0.7920 1 2 0.0110 0.2104 0.7786 1 2 0.0134 0.2271 0.7595
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 206 99 107 0 0 0 1 98 0 0 107 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 99.000 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0853 0.9147
chr12 113955166 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 136 82 54 78 0 2 0 2 0 0 54 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 40.000 0.81 4.00 -3.19 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2138 0.7862 0.0000 0 0 0.6429 0.3571 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 448 78 370 3 13 14 14 34 0 0 367 1 2 0.0385 0.0000 0.0081 3.786 0.00 5.41 -5.41 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0096 0.6856 0.3048 2 1 0.0009 0.9581 0.0410 2 1 0.0001 0.8998 0.1001
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 425 140 285 0 0 10 0 130 0 0 273 0 12 0.0000 0.0000 0.0421 13.000 5.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 296 72 224 0 0 7 0 65 0 0 204 0 20 0.0000 0.0000 0.0893 9.286 12.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1054 0.8946 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 559 177 382 75 2 15 1 84 0 0 382 0 0 0.4237 0.0000 0.0000 10.800 1.23 2.12 -0.89 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1477 0.5309 0.3214 1 1 0.1515 0.5285 0.3200 1 1 0.1566 0.5255 0.3179
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 708 174 534 1 0 17 0 156 0 0 509 0 25 0.0057 0.0000 0.0468 9.235 0.00 7.97 -7.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0511 0.9489 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0186 0.9814
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 247 105 142 30 3 35 1 36 0 0 141 0 1 0.2857 0.0000 0.0070 1.971 0.60 5.75 -5.15 8 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1825 0.5135 0.3041 1 1 0.1851 0.5124 0.3024 1 1 0.1886 0.5112 0.3003
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 247 105 142 31 2 38 0 34 0 0 141 0 1 0.2952 0.0000 0.0070 1.737 0.68 6.09 -5.41 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2128 0.5190 0.2682 1 1 0.2145 0.5175 0.2679 1 1 0.2167 0.5157 0.2675
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 198 81 117 33 2 12 1 33 0 0 115 1 1 0.4074 0.0000 0.0171 5.667 0.91 3.64 -2.73 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2299 0.5211 0.2490 1 1 0.2310 0.5195 0.2495 1 1 0.2324 0.5175 0.2500
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 225 61 164 0 0 3 2 56 0 0 159 1 4 0.0000 0.0000 0.0305 19.333 9.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1701 0.8299 2 2 0.0000 0.1746 0.8254 2 2 0.0000 0.1810 0.8190
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 646 181 465 69 7 46 2 57 1 0 462 0 2 0.3812 0.0022 0.0065 3.045 0.38 4.42 -4.04 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4114 0.4860 0.1027 1 1 0.4063 0.4868 0.1070 1 1 0.3994 0.4878 0.1128
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 590 179 411 74 2 46 2 55 0 0 410 1 0 0.4134 0.0000 0.0024 2.891 0.58 12.00 -11.42 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4682 0.4529 0.0789 1 0 0.4610 0.4558 0.0832 1 1 0.4513 0.4596 0.0892
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 571 189 382 175 1 9 1 3 0 2 380 0 0 0.9259 0.0000 0.0052 22.375 0.37 13.33 -12.97 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3801 0.6199 0.0000 0 0 0.9123 0.0877 0.0000 0 0 0.9583 0.0417 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.050 1 -3 4 386 99 287 92 0 5 0 2 0 0 287 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 18.800 0.38 3.00 -2.62 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6262 0.3738 0.0000 0 0 0.9167 0.0833 0.0000 0 0 0.9492 0.0508 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 668 159 509 56 3 44 1 55 1 0 502 0 6 0.3522 0.0020 0.0138 2.738 1.59 6.18 -4.59 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3747 0.5610 0.0643 1 1 0.3784 0.5573 0.0643 1 1 0.3831 0.5527 0.0642
chr13 75873684 CTGGAAGTGCGGTG C 0.000706 0.050 1 -13 1 208 70 138 44 0 2 0 24 0 0 135 0 3 0.6286 0.0000 0.0217 34.000 0.18 12.38 -12.19 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6798 0.3201 0.0001 1 0 0.6741 0.3258 0.0001 1 0 0.6665 0.3334 0.0001
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 708 94 614 0 0 12 2 80 0 0 607 1 6 0.0000 0.0000 0.0114 6.750 5.26 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0238 0.9762 2 2 0.0000 0.0249 0.9751 2 2 0.0000 0.0264 0.9736
chr13 94504960 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 1 196 68 128 38 0 0 0 30 0 0 128 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 68.000 0.21 2.93 -2.72 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3429 0.5017 0.1554 1 1 0.3397 0.5015 0.1588 1 1 0.3354 0.5013 0.1632
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 243 76 167 3 0 2 0 71 0 0 167 0 0 0.0395 0.0000 0.0000 37.000 1.00 8.75 -7.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9571 0.0429 2 1 0.0000 0.5626 0.4374 2 2 0.0000 0.3572 0.6428
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 243 75 168 8 1 22 2 42 0 0 168 0 0 0.1067 0.0000 0.0000 2.409 1.62 12.10 -10.47 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0017 0.9454 0.0529 2 1 0.0001 0.9881 0.0118 2 1 0.0000 0.8981 0.1019
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 371 100 271 4 0 3 1 92 0 0 270 0 1 0.0400 0.0000 0.0037 32.333 0.25 4.36 -4.11 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.5874 0.4126 2 2 0.0000 0.3172 0.6828
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 562 127 435 0 0 3 0 124 0 0 426 0 9 0.0000 0.0000 0.0207 41.333 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0340 0.9660 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0396 0.9604
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 964 216 748 93 0 6 0 117 0 0 748 0 0 0.4306 0.0000 0.0000 35.000 1.70 2.05 -0.35 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0218 0.3434 0.6348 1 2 0.0236 0.3486 0.6278 1 2 0.0262 0.3557 0.6181
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 827 215 612 4 0 25 2 184 0 0 611 0 1 0.0186 0.0000 0.0016 7.560 0.00 1.60 -1.60 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8697 0.1303 2 2 0.0000 0.1462 0.8538 2 2 0.0000 0.0569 0.9431
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 505 153 352 91 0 2 0 60 0 0 346 0 6 0.5948 0.0000 0.0170 75.500 0.43 18.87 -18.44 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5962 0.3663 0.0375 1 0 0.5867 0.3727 0.0406 1 0 0.5739 0.3811 0.0450
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 398 86 312 1 0 7 0 78 0 0 309 0 3 0.0116 0.0000 0.0096 11.286 0.00 1.23 -1.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2168 0.7832 2 2 0.0000 0.1010 0.8990 2 2 0.0000 0.0814 0.9186
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1233 342 891 171 0 15 0 156 0 0 887 1 3 0.5000 0.0000 0.0045 23.357 0.16 3.18 -3.02 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4466 0.5089 0.0445 1 1 0.4482 0.5053 0.0465 1 1 0.4497 0.5011 0.0492
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 581 160 421 2 0 20 1 137 0 0 416 0 5 0.0125 0.0000 0.0119 7.000 0.00 3.07 -3.07 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6549 0.3451 2 2 0.0000 0.2286 0.7714 2 2 0.0000 0.1532 0.8468
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 557 143 414 65 1 8 1 68 0 0 410 1 3 0.4545 0.0000 0.0097 16.750 0.31 2.90 -2.59 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1364 0.5179 0.3457 1 1 0.1395 0.5161 0.3443 1 1 0.1437 0.5139 0.3424
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 498 132 366 113 3 11 0 5 0 1 365 0 0 0.8561 0.0000 0.0027 11.000 0.42 6.00 -5.58 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0137 0.9863 0.0000 0 0 0.6201 0.3799 0.0000 0 0 0.8688 0.1312 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 756 215 541 100 7 18 7 83 0 1 540 0 0 0.4651 0.0000 0.0018 24.250 0.52 4.04 -3.52 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3024 0.5546 0.1430 1 1 0.2986 0.5525 0.1489 1 1 0.2934 0.5496 0.1569
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 753 216 537 100 1 21 6 88 0 0 536 1 0 0.4630 0.0000 0.0019 10.053 0.49 4.28 -3.79 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2282 0.5718 0.2000 1 1 0.2272 0.5676 0.2052 1 1 0.2255 0.5623 0.2122
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 361 63 298 25 2 5 2 29 0 0 298 0 0 0.3968 0.0000 0.0000 11.600 0.56 3.69 -3.13 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2509 0.5253 0.2238 1 1 0.2535 0.5238 0.2227 1 1 0.2569 0.5220 0.2211
chr14 24150351 CTGTGCTA C 0.000001 0.050 1 -7 1 643 153 490 144 0 3 0 6 0 0 490 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 50.000 0.47 7.50 -7.03 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 378 102 276 4 0 21 0 77 0 0 272 0 4 0.0392 0.0000 0.0145 3.857 0.00 3.39 -3.39 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.8393 0.1607 2 1 0.0000 0.6282 0.3718
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 378 102 276 4 1 91 0 6 0 0 275 1 0 0.0392 0.0000 0.0036 0.124 0.00 4.67 -4.67 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2653 0.5163 0.2184 1 1 0.2672 0.5167 0.2161 1 1 0.2677 0.5194 0.2128
chr14 24369695 A AGGGGGTGCT 0.025589 0.050 1 9 2 672 184 488 84 0 26 0 74 0 0 467 0 21 0.4565 0.0000 0.0430 6.077 0.24 8.30 -8.06 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3051 0.6712 0.0238 1 1 0.3131 0.6635 0.0234 1 1 0.3236 0.6535 0.0229
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 611 137 474 73 1 12 1 50 0 0 468 0 6 0.5328 0.0000 0.0127 10.250 1.23 7.28 -6.05 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2045 0.6076 0.1879 1 1 0.1996 0.6049 0.1955 1 1 0.1932 0.6012 0.2056
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 495 131 364 122 2 2 0 5 0 0 364 0 0 0.9313 0.0000 0.0000 64.500 0.34 2.00 -1.66 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6445 0.3555 0.0000 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 142 56 86 27 0 3 0 26 0 0 86 0 0 0.4821 0.0000 0.0000 17.667 0.26 2.92 -2.66 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4873 0.5043 0.0084 1 1 0.4880 0.5035 0.0085 1 1 0.4889 0.5026 0.0085
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 653 175 478 0 0 24 2 149 0 0 473 0 5 0.0000 0.0000 0.0105 6.292 6.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 464 106 358 0 0 19 2 85 0 1 350 1 6 0.0000 0.0000 0.0223 4.833 5.67 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3728 0.6272 2 2 0.0000 0.2192 0.7808 2 2 0.0000 0.1856 0.8144
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 454 104 350 7 40 7 11 39 0 1 346 1 2 0.0673 0.0000 0.0114 22.000 0.43 4.44 -4.01 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1646 0.5151 0.3203 1 1 0.1687 0.5145 0.3168 1 1 0.1742 0.5137 0.3121
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 532 174 358 63 0 27 0 84 0 1 355 0 2 0.3621 0.0000 0.0084 5.444 0.60 3.17 -2.56 33 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0372 0.3717 0.5911 1 2 0.0399 0.3771 0.5830 1 2 0.0437 0.3842 0.5721
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 340 105 235 59 1 3 0 42 0 0 234 0 1 0.5619 0.0000 0.0043 33.667 0.41 8.81 -8.40 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5229 0.4165 0.0606 1 0 0.5160 0.4203 0.0637 1 0 0.5068 0.4252 0.0680
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 175 61 114 32 0 1 0 28 0 0 114 0 0 0.5246 0.0000 0.0000 60.000 0.19 2.89 -2.71 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4744 0.4794 0.0462 1 1 0.4736 0.4796 0.0468 1 1 0.4725 0.4799 0.0476
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 632 124 508 72 0 7 0 45 0 0 501 0 7 0.5806 0.0000 0.0138 16.714 0.24 3.22 -2.99 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6098 0.3596 0.0306 1 0 0.6025 0.3649 0.0326 1 0 0.5926 0.3720 0.0354
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 258 76 182 45 0 11 0 20 0 0 180 0 2 0.5921 0.0000 0.0110 5.909 0.38 8.70 -8.32 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5896 0.3636 0.0468 1 0 0.5790 0.3708 0.0502 1 0 0.5649 0.3802 0.0549
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.050 1 -6 2 522 108 414 34 2 25 1 46 0 0 412 0 2 0.3148 0.0000 0.0048 3.417 0.94 5.96 -5.02 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2734 0.6353 0.0913 1 1 0.2805 0.6305 0.0891 1 1 0.2898 0.6241 0.0861
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.050 1 -6 1 467 92 375 52 0 0 0 40 0 0 372 0 3 0.5652 0.0000 0.0080 92.000 0.60 6.12 -5.53 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5496 0.4305 0.0199 1 0 0.5472 0.4322 0.0205 1 0 0.5440 0.4347 0.0214
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 428 140 288 115 1 22 0 2 0 1 287 0 0 0.8214 0.0000 0.0035 5.364 0.56 3.00 -2.44 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6616 0.3384 0.0000 0 0 0.9269 0.0731 0.0000 0 0 0.9548 0.0452 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 741 113 628 0 0 8 0 105 0 6 540 58 24 0.0000 0.0000 0.1401 13.125 4.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 193 53 140 7 0 0 0 46 0 0 138 0 2 0.1321 0.0000 0.0143 53.000 0.14 2.02 -1.88 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9821 0.0179 2 1 0.0000 0.8768 0.1232
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 187 67 120 3 0 3 6 55 0 0 117 2 1 0.0448 0.0000 0.0250 20.000 3.67 1.35 2.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.7724 0.2276 2 1 0.0000 0.5960 0.4040
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 187 68 119 3 2 59 0 4 0 0 117 0 2 0.0441 0.0000 0.0168 0.138 3.67 2.00 1.67 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1951 0.5104 0.2945 1 1 0.1942 0.5100 0.2958 1 1 0.1930 0.5097 0.2973
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 700 168 532 64 2 36 0 66 0 0 530 0 2 0.3810 0.0000 0.0038 3.667 1.11 3.92 -2.81 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1289 0.5306 0.3405 1 1 0.1304 0.5280 0.3417 1 1 0.1323 0.5246 0.3431
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.050 1 -3 3 291 96 195 90 0 3 0 3 0 0 195 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 31.000 0.41 3.00 -2.59 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2890 0.7110 0.0000 0 0 0.8752 0.1248 0.0000 0 0 0.9413 0.0587 0.0000
chr15 34038912 CCCGCCGCCGCCT C 0.202105 0.050 1 -12 4 218 89 129 44 0 7 0 38 0 0 127 0 2 0.4944 0.0000 0.0155 11.714 0.32 11.16 -10.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4329 0.4933 0.0738 1 1 0.4324 0.4927 0.0749 1 1 0.4317 0.4920 0.0763
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.050 1 -9 2 413 166 247 79 0 34 0 53 0 0 247 0 0 0.4759 0.0000 0.0000 3.882 0.72 8.96 -8.24 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7201 0.2711 0.0087 1 0 0.7121 0.2783 0.0095 1 0 0.7012 0.2881 0.0107
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 474 171 303 164 0 4 0 3 0 0 303 0 0 0.9591 0.0000 0.0000 41.750 1.22 2.00 -0.78 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4828 0.5172 0.0000 0 0 0.9393 0.0607 0.0000 0 0 0.9711 0.0289 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 150 67 83 38 0 2 0 27 0 0 83 0 0 0.5672 0.0000 0.0000 32.500 0.16 3.19 -3.03 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4013 0.4778 0.1209 1 1 0.3964 0.4790 0.1246 1 1 0.3899 0.4807 0.1295
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 278 151 127 146 1 1 0 3 0 0 127 0 0 0.9669 0.0000 0.0000 149.000 0.45 3.33 -2.89 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1735 0.8265 0.0000 0 0 0.7788 0.2212 0.0000 0 0 0.8855 0.1145 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 480 120 360 0 1 10 1 108 0 0 356 0 4 0.0000 0.0000 0.0111 10.900 3.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0460 0.9540 2 2 0.0000 0.0473 0.9527 2 2 0.0000 0.0496 0.9504
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 687 140 547 73 2 6 0 59 0 0 543 2 2 0.5214 0.0000 0.0073 22.333 2.36 5.37 -3.02 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5996 0.3968 0.0037 1 0 0.5970 0.3992 0.0038 1 0 0.5934 0.4026 0.0040
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 451 109 342 91 0 15 0 3 0 0 342 0 0 0.8349 0.0000 0.0000 6.267 0.73 18.33 -17.61 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2409 0.7591 0.0000 0 0 0.8456 0.1544 0.0000 0 0 0.9260 0.0740 0.0000
chr15 85247041 TCCC T 0.001521 0.050 1 -3 1 157 79 78 38 1 0 0 40 0 0 78 0 0 0.4810 0.0000 0.0000 79.000 1.05 4.53 -3.47 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4615 0.5378 0.0008 1 1 0.4638 0.5354 0.0008 1 1 0.4668 0.5325 0.0008
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 299 118 181 69 0 1 0 48 0 0 181 0 0 0.5847 0.0000 0.0000 117.000 0.33 2.69 -2.35 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7084 0.2911 0.0005 1 0 0.7023 0.2971 0.0006 1 0 0.6940 0.3053 0.0006
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.050 1 6 1 1121 287 834 204 4 69 2 8 0 0 832 2 0 0.7108 0.0000 0.0024 3.116 5.24 5.38 -0.14 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.8485 0.1515 0.0000 0 0 0.9887 0.0113 0.0000
chr15 89333596 TTGCTGCTGCTGC T 0.000646 0.050 1 -12 1 1124 318 806 149 1 37 0 131 0 0 806 0 0 0.4686 0.0000 0.0000 7.568 0.66 8.62 -7.95 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6482 0.3518 0.0001 1 0 0.6457 0.3542 0.0001 1 0 0.6421 0.3579 0.0001
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 835 223 612 55 4 38 6 120 0 0 612 0 0 0.2466 0.0000 0.0000 4.842 1.75 6.99 -5.25 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0006 0.0626 0.9369 1 2 0.0007 0.0693 0.9300 1 2 0.0010 0.0793 0.9198
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 370 134 236 54 1 14 0 65 0 0 232 0 4 0.4030 0.0000 0.0169 8.571 0.44 6.89 -6.45 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.3683 0.6313 1 2 0.0003 0.3719 0.6278 1 2 0.0004 0.3767 0.6229
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 364 125 239 116 0 4 0 5 0 0 239 0 0 0.9280 0.0000 0.0000 30.250 0.17 2.40 -2.23 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 1 0.3654 0.6346 0.0000 0 0 0.6996 0.3004 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 251 71 180 33 0 16 0 22 1 0 173 0 6 0.4648 0.0056 0.0389 3.438 1.33 10.05 -8.71 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5429 0.4482 0.0089 1 0 0.5414 0.4495 0.0091 1 0 0.5393 0.4513 0.0093
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 41 23 18 15 0 0 0 8 0 0 18 0 0 0.6522 0.0000 0.0000 23.000 0.07 1.12 -1.06 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4959 0.4457 0.0584 1 0 0.4926 0.4478 0.0596 1 0 0.4881 0.4508 0.0611
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 308 92 216 53 0 1 0 38 0 0 216 0 0 0.5761 0.0000 0.0000 91.000 0.13 4.00 -3.87 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5316 0.4130 0.0554 1 0 0.5255 0.4165 0.0580 1 0 0.5173 0.4212 0.0615
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 896 184 712 67 6 52 2 57 0 0 709 0 3 0.3641 0.0000 0.0042 2.462 1.91 2.47 -0.56 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5877 0.4115 0.0009 1 0 0.5857 0.4134 0.0009 1 0 0.5830 0.4160 0.0010
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 329 102 227 61 0 1 0 40 0 0 226 0 1 0.5980 0.0000 0.0044 101.000 0.69 16.60 -15.91 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6773 0.3134 0.0092 1 0 0.6707 0.3194 0.0098 1 0 0.6618 0.3275 0.0107
chr16 1093978 G GC 0.001284 0.050 1 1 2 405 129 276 62 0 6 0 61 0 0 275 0 1 0.4806 0.0000 0.0036 20.500 0.87 1.16 -0.29 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4616 0.5378 0.0006 1 1 0.4645 0.5349 0.0006 1 1 0.4680 0.5314 0.0006
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1122 205 917 109 0 3 1 92 0 0 914 0 3 0.5317 0.0000 0.0033 67.000 0.51 1.92 -1.41 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5231 0.4396 0.0373 1 0 0.5206 0.4404 0.0390 1 0 0.5170 0.4416 0.0414
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 475 86 389 0 0 0 1 85 0 0 389 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 86.000 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 475 86 389 0 0 0 1 85 0 0 389 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 86.000 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2798498 GGGCGCTGCTGCT G 0.076345 0.050 1 -12 4 435 167 268 95 0 9 1 62 1 0 263 0 4 0.5689 0.0037 0.0187 17.556 1.05 10.50 -9.45 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7578 0.2387 0.0036 1 0 0.7501 0.2459 0.0039 1 0 0.7396 0.2559 0.0045
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 386 100 286 43 0 5 0 52 0 0 285 0 1 0.4300 0.0000 0.0035 19.000 0.30 3.12 -2.81 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0998 0.4754 0.4248 1 1 0.1028 0.4761 0.4211 1 1 0.1068 0.4771 0.4161
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 1680 359 1321 151 1 111 1 95 0 0 1304 0 17 0.4206 0.0000 0.0129 2.225 1.25 4.32 -3.07 99 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8211 0.1774 0.0015 1 0 0.8135 0.1848 0.0017 1 0 0.8029 0.1951 0.0020
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 198 58 140 0 0 0 0 58 0 0 139 0 1 0.0000 0.0000 0.0071 58.000 2.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 15873504 T TCTA 0.057892 0.050 1 3 2 101 39 62 16 0 2 0 21 0 0 62 0 0 0.4103 0.0000 0.0000 18.500 0.19 3.00 -2.81 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3964 0.5637 0.0399 1 1 0.3996 0.5609 0.0395 1 1 0.4038 0.5573 0.0389
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 659 239 420 123 2 15 1 98 0 0 419 1 0 0.5146 0.0000 0.0024 14.867 0.33 10.13 -9.80 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6743 0.3132 0.0124 1 0 0.6678 0.3187 0.0135 1 0 0.6587 0.3262 0.0151
chr16 29779608 GGTCCGA G 0.002877 0.050 1 -6 3 398 127 271 119 0 2 0 6 0 0 271 0 0 0.9370 0.0000 0.0000 62.500 0.75 7.33 -6.59 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2793 0.7207 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 656 184 472 173 0 9 0 2 0 1 471 0 0 0.9402 0.0000 0.0021 19.444 0.28 3.00 -2.72 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8184 0.1816 0.0000 0 0 0.9660 0.0340 0.0000 0 0 0.9785 0.0215 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 130 55 75 25 0 4 0 26 0 0 75 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 12.750 0.00 2.00 -2.00 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2304 0.5153 0.2543 1 1 0.2314 0.5141 0.2545 1 1 0.2327 0.5127 0.2546
chr16 50729867 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 138 67 71 37 0 1 0 29 0 0 71 0 0 0.5522 0.0000 0.0000 66.000 0.19 1.21 -1.02 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3433 0.5011 0.1557 1 1 0.3401 0.5010 0.1590 1 1 0.3358 0.5008 0.1634
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 427 77 350 14 3 7 5 48 0 0 348 1 1 0.1818 0.0000 0.0057 9.571 1.64 1.96 -0.32 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0187 0.2542 0.7271 1 2 0.0211 0.2682 0.7107 1 1 0.0159 0.5369 0.4473
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 1556 354 1202 331 3 13 0 7 8 6 1186 2 0 0.9350 0.0067 0.0133 26.154 0.49 3.00 -2.51 159 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0170 0.9830 0.0000 0 0 0.9570 0.0430 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr16 66566827 T TAAATGAGATGGCGATC 0.500000 0.050 1 16 2 460 125 335 106 0 17 0 2 0 0 335 0 0 0.8480 0.0000 0.0000 6.353 0.40 8.00 -7.60 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3558 0.6442 0.0000 0 0 0.7823 0.2177 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1178 346 832 250 3 59 5 29 0 0 832 0 0 0.7225 0.0000 0.0000 4.864 0.64 3.38 -2.74 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0016 0.9984 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 280 123 157 59 0 18 0 46 0 0 157 0 0 0.4797 0.0000 0.0000 5.833 0.69 10.13 -9.44 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4045 0.4836 0.1119 1 1 0.3993 0.4847 0.1160 1 1 0.3923 0.4860 0.1217
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 316 94 222 85 0 7 0 2 0 0 221 0 1 0.9043 0.0000 0.0045 12.429 0.13 11.00 -10.87 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0596 0.9404 0.0000 0 0 0.5231 0.4769 0.0000 0 0 0.7156 0.2844 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 239 116 123 110 0 2 0 4 0 0 123 0 0 0.9483 0.0000 0.0000 57.000 1.15 4.75 -3.60 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0228 0.9772 0.0000 0 0 0.5105 0.4895 0.0000 0 0 0.7596 0.2404 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 486 138 348 2 0 30 2 104 0 0 336 1 11 0.0145 0.0000 0.0345 3.600 1.50 6.80 -5.30 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5733 0.4267 2 2 0.0000 0.1716 0.8284 2 2 0.0000 0.1106 0.8894
chr16 87604287 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 486 138 348 2 3 27 3 103 0 0 336 1 11 0.0145 0.0000 0.0345 4.111 1.50 6.77 -5.27 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9786 0.0214 2 1 0.0000 0.5211 0.4789 2 2 0.0000 0.2496 0.7504
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 666 133 533 0 1 4 4 124 0 0 523 2 8 0.0000 0.0000 0.0188 32.000 7.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0854 0.9146 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0489 0.9511
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 661 127 534 0 0 5 12 110 0 0 522 9 3 0.0000 0.0000 0.0225 24.200 8.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0331 0.9669 2 2 0.0000 0.0353 0.9647 2 2 0.0000 0.0386 0.9614
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 664 126 538 0 0 2 1 123 0 2 521 5 10 0.0000 0.0000 0.0316 62.000 7.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1519 0.8481 2 2 0.0000 0.0782 0.9218 2 2 0.0000 0.0616 0.9384
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 810 171 639 0 0 10 1 160 0 0 633 0 6 0.0000 0.0000 0.0094 16.000 7.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0180 0.9820
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 733 190 543 96 1 10 0 83 0 0 538 0 5 0.5053 0.0000 0.0092 17.900 0.23 6.02 -5.79 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3288 0.5334 0.1378 1 1 0.3273 0.5308 0.1418 1 1 0.3252 0.5276 0.1472
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 139 67 72 34 0 0 0 33 0 0 72 0 0 0.5075 0.0000 0.0000 67.000 0.24 4.79 -4.55 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2518 0.5201 0.2281 1 1 0.2521 0.5186 0.2293 1 1 0.2525 0.5167 0.2308
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 1000 223 777 202 1 14 0 6 0 0 777 0 0 0.9058 0.0000 0.0000 14.929 0.47 3.00 -2.53 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0307 0.9693 0.0000 0 0 0.9029 0.0971 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1369 306 1063 264 19 13 6 4 0 0 1063 0 0 0.8627 0.0000 0.0000 24.083 3.90 3.00 0.90 30 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 0 0.9640 0.0360 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 727 191 536 80 10 35 2 64 1 0 532 0 3 0.4188 0.0019 0.0075 4.588 0.23 3.06 -2.84 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4225 0.4904 0.0871 1 1 0.4135 0.4936 0.0928 1 1 0.4015 0.4977 0.1008
chr17 16948884 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 253 99 154 97 0 0 0 2 0 0 154 0 0 0.9798 0.0000 0.0000 99.000 0.24 1.00 -0.76 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3081 0.6919 0.0000 0 0 0.7424 0.2576 0.0000 0 0 0.8296 0.1704 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 527 198 329 4 0 28 8 158 0 0 325 0 4 0.0202 0.0000 0.0122 6.036 0.25 3.06 -2.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9033 0.0967 2 2 0.0000 0.1785 0.8215 2 2 0.0000 0.0696 0.9304
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1136 315 821 285 2 2 22 4 1 0 819 0 1 0.9048 0.0012 0.0024 295.000 0.40 4.00 -3.60 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0274 0.9726 0.0000 0 0 0.8051 0.1949 0.0000 0 0 0.9558 0.0442 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1129 312 817 281 2 25 0 4 1 0 815 1 0 0.9006 0.0012 0.0024 14.350 0.41 4.00 -3.59 91 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6585 0.3415 0.0000 0 0 0.9867 0.0133 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000
chr17 18246773 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 994 203 791 100 1 17 1 84 1 0 789 0 1 0.4926 0.0013 0.0025 10.941 0.51 3.31 -2.80 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4253 0.4867 0.0880 1 1 0.4203 0.4873 0.0924 1 1 0.4134 0.4881 0.0985
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 804 176 628 8 0 5 1 162 0 0 626 0 2 0.0455 0.0000 0.0032 34.200 0.12 3.98 -3.85 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7815 0.2185 2 2 0.0000 0.2725 0.7275
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 268 93 175 39 0 25 0 29 0 0 169 0 6 0.4194 0.0000 0.0343 2.720 0.44 8.45 -8.01 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2882 0.5177 0.1941 1 1 0.2872 0.5164 0.1964 1 1 0.2859 0.5147 0.1994
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 147 73 74 32 0 1 0 40 0 0 74 0 0 0.4384 0.0000 0.0000 72.000 0.81 1.25 -0.44 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1551 0.5029 0.3420 1 1 0.1584 0.5027 0.3389 1 1 0.1629 0.5024 0.3348
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 104 58 46 50 0 1 0 7 0 0 46 0 0 0.8621 0.0000 0.0000 57.000 0.12 1.29 -1.17 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0311 0.9689 0.0000 0 1 0.1976 0.8024 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 507 119 388 51 0 4 0 64 0 0 388 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 28.750 0.67 1.45 -0.79 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1112 0.4867 0.4021 1 1 0.1154 0.4875 0.3971 1 1 0.1211 0.4886 0.3904
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.050 1 -30 1 746 221 525 124 1 39 1 56 0 0 506 0 19 0.5611 0.0000 0.0362 4.763 0.81 20.68 -19.86 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8055 0.1878 0.0067 1 0 0.7930 0.1991 0.0079 1 0 0.7754 0.2147 0.0099
chr17 41149253 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 476 134 342 67 2 6 0 59 0 0 342 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 21.333 0.16 1.27 -1.11 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3542 0.5108 0.1349 1 1 0.3512 0.5100 0.1388 1 1 0.3471 0.5089 0.1441
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 548 122 426 4 0 16 2 100 0 0 409 1 16 0.0328 0.0000 0.0399 6.562 0.00 7.43 -7.43 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9726 0.0274 2 2 0.0000 0.4440 0.5560 2 2 0.0000 0.2092 0.7908
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 732 213 519 2 0 29 5 177 0 0 516 1 2 0.0094 0.0000 0.0058 6.345 0.00 3.50 -3.50 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1991 0.8009 2 2 0.0000 0.0382 0.9618 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 245 76 169 35 0 3 0 38 0 0 167 0 2 0.4605 0.0000 0.0118 24.333 0.14 3.63 -3.49 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1836 0.5153 0.3010 1 1 0.1862 0.5142 0.2996 1 1 0.1897 0.5127 0.2976
chr17 48724360 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 483 141 342 73 0 10 3 55 0 0 341 1 0 0.5177 0.0000 0.0029 14.556 0.25 3.05 -2.81 35 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4310 0.4742 0.0948 1 1 0.4251 0.4758 0.0991 1 1 0.4172 0.4779 0.1050
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 873 247 626 111 1 7 2 126 0 0 620 0 6 0.4494 0.0000 0.0096 34.286 0.20 3.03 -2.83 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0556 0.4484 0.4960 1 2 0.0597 0.4511 0.4892 1 2 0.0654 0.4546 0.4800
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 373 165 208 60 3 48 3 51 0 0 208 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 2.417 0.70 3.33 -2.63 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3426 0.5130 0.1444 1 1 0.3399 0.5119 0.1481 1 1 0.3363 0.5107 0.1531
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.050 1 9 1 647 159 488 135 0 19 0 5 0 0 488 0 0 0.8491 0.0000 0.0000 7.368 0.50 7.20 -6.70 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.4975 0.5025 0.0000 0 0 0.7987 0.2013 0.0000
chr17 58488072 T TCGGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 421 84 337 66 0 14 0 4 0 0 337 0 0 0.7857 0.0000 0.0000 5.000 0.79 6.50 -5.71 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0077 0.9923 0.0000 0 1 0.2606 0.7394 0.0000 0 0 0.5240 0.4760 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 452 161 291 2 2 44 1 112 0 0 290 0 1 0.0124 0.0000 0.0034 2.636 0.50 5.46 -4.96 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8560 0.1440 2 2 0.0000 0.3403 0.6597 2 2 0.0000 0.1884 0.8116
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.050 1 -2 2 181 57 124 31 0 4 0 22 0 0 124 0 0 0.5439 0.0000 0.0000 13.250 0.39 2.77 -2.39 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3600 0.4922 0.1478 1 1 0.3560 0.4928 0.1513 1 1 0.3507 0.4934 0.1559
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 298 80 218 55 0 0 0 25 0 0 218 0 0 0.6875 0.0000 0.0000 80.000 0.09 2.28 -2.19 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6444 0.3225 0.0332 1 0 0.6314 0.3321 0.0364 1 0 0.6139 0.3449 0.0412
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.050 1 -4 3 171 64 107 29 0 2 0 33 0 0 107 0 0 0.4531 0.0000 0.0000 31.000 0.69 4.00 -3.31 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1955 0.5141 0.2904 1 1 0.1978 0.5130 0.2892 1 1 0.2007 0.5117 0.2877
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 239 63 176 37 0 1 0 25 0 0 176 0 0 0.5873 0.0000 0.0000 62.000 0.19 1.16 -0.97 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4004 0.4773 0.1223 1 1 0.3949 0.4789 0.1262 1 1 0.3876 0.4809 0.1315
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 633 144 489 74 0 6 0 64 0 0 479 0 10 0.5139 0.0000 0.0204 23.000 0.68 7.97 -7.29 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2279 0.5451 0.2270 1 1 0.2296 0.5417 0.2287 1 1 0.2317 0.5374 0.2309
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 338 118 220 91 1 4 1 21 0 0 220 0 0 0.7712 0.0000 0.0000 28.250 1.99 2.29 -0.30 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8604 0.1388 0.0008 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.0033 0.9967 0.0000
chr17 75616380 CAGGAGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 1285 293 992 101 2 94 2 94 1 0 989 0 2 0.3447 0.0010 0.0030 2.118 0.44 6.21 -5.78 51 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2919 0.5498 0.1584 1 1 0.2918 0.5460 0.1621 1 1 0.2916 0.5413 0.1671
chr17 76077366 TGTCCTGGCCC T 0.500000 0.050 1 -10 3 535 152 383 89 0 10 0 53 0 0 379 0 4 0.5855 0.0000 0.0104 14.200 0.40 9.58 -9.18 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6521 0.3204 0.0275 1 0 0.6398 0.3297 0.0305 1 0 0.6231 0.3420 0.0349
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2577 588 1989 270 12 61 10 235 2 3 1965 6 13 0.4592 0.0010 0.0121 8.814 1.53 8.28 -6.75 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4371 0.5220 0.0409 1 1 0.4365 0.5188 0.0447 1 1 0.4348 0.5150 0.0502
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2517 667 1850 314 13 44 7 289 7 4 1679 14 146 0.4708 0.0038 0.0924 15.744 1.75 4.47 -2.72 64 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0148 0.9852 1 2 0.0000 0.0172 0.9828 1 2 0.0000 0.0210 0.9790
chr17 81907242 G GT 0.500000 0.050 1 1 3 649 150 499 79 0 4 1 66 0 0 499 0 0 0.5267 0.0000 0.0000 36.500 0.51 1.18 -0.68 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3808 0.5029 0.1162 1 1 0.3770 0.5026 0.1205 1 1 0.3717 0.5021 0.1261
chr17 82316265 GCAGGGAGGGCAGAGGCTGCTGGCGGGT G 0.500000 0.050 1 -27 2 644 237 407 204 0 31 0 2 0 0 407 0 0 0.8608 0.0000 0.0000 6.645 0.31 27.50 -27.19 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8663 0.1337 0.0000 0 0 0.9758 0.0242 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 316 78 238 43 1 0 1 33 0 0 238 0 0 0.5513 0.0000 0.0000 77.000 0.40 1.30 -0.91 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4306 0.4689 0.1005 1 1 0.4264 0.4701 0.1035 1 1 0.4208 0.4717 0.1075
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 220 97 123 0 0 2 1 94 0 0 122 0 1 0.0000 0.0000 0.0081 47.500 3.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 190 78 112 2 0 1 0 75 0 0 112 0 0 0.0256 0.0000 0.0000 77.000 0.00 4.69 -4.69 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7666 0.2334 2 2 0.0000 0.3312 0.6688 2 2 0.0000 0.2239 0.7761
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 516 124 392 108 0 9 0 7 0 0 392 0 0 0.8710 0.0000 0.0000 12.778 2.26 6.00 -3.74 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1181 0.8819 0.0000 0 1 0.4970 0.5030 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 247 152 95 70 0 6 0 76 0 0 95 0 0 0.4605 0.0000 0.0000 24.333 0.26 3.08 -2.82 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1660 0.5337 0.3004 1 1 0.1693 0.5311 0.2995 1 1 0.1738 0.5279 0.2983
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 793 186 607 178 1 3 0 4 0 0 607 0 0 0.9570 0.0000 0.0000 61.000 0.28 16.00 -15.72 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1165 0.8835 0.0000 0 0 0.8511 0.1489 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 333 61 272 28 2 7 1 23 1 0 271 0 0 0.4590 0.0037 0.0037 7.714 3.32 5.30 -1.98 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3327 0.5018 0.1655 1 1 0.3298 0.5016 0.1685 1 1 0.3260 0.5015 0.1725
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 186 103 83 0 0 7 1 95 0 0 81 0 2 0.0000 0.0000 0.0241 13.714 3.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0819 0.9181 2 2 0.0000 0.0872 0.9128
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 159 73 86 37 0 3 0 33 0 0 86 0 0 0.5068 0.0000 0.0000 35.000 0.14 3.09 -2.96 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2858 0.5171 0.1971 1 1 0.2848 0.5158 0.1993 1 1 0.2836 0.5142 0.2022
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.050 1 3 1 257 127 130 0 57 12 1 57 0 0 129 0 1 0.0000 0.0000 0.0077 7.250 3.39 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3024 0.6877 0.0099 1 1 0.3100 0.6804 0.0097 1 1 0.3200 0.6707 0.0093
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 666 145 521 140 0 1 0 4 0 0 521 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 144.000 1.14 5.75 -4.61 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1105 0.8895 0.0000 0 0 0.8458 0.1542 0.0000 0 0 0.9422 0.0578 0.0000
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 580 146 434 75 1 8 1 61 0 0 434 0 0 0.5137 0.0000 0.0000 17.250 0.41 3.64 -3.23 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5948 0.3898 0.0153 1 0 0.5911 0.3928 0.0161 1 0 0.5861 0.3969 0.0171
chr19 1046907 GCTGCGGGACACCATGCGCGCCATGGGGCTCAGCCGCGCGGTGCT G 0.001648 0.050 1 -44 2 674 198 476 118 0 8 0 72 1 0 453 0 22 0.5960 0.0021 0.0483 23.750 0.49 24.79 -24.30 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7262 0.2737 0.0001 1 0 0.7205 0.2793 0.0001 1 0 0.7128 0.2871 0.0001
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 171 60 111 1 0 3 0 56 0 0 111 0 0 0.0167 0.0000 0.0000 19.000 1.00 4.38 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8048 0.1952 2 1 0.0000 0.6178 0.3822 2 1 0.0000 0.5555 0.4445
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 252 132 120 66 0 0 0 66 0 0 119 0 1 0.5000 0.0000 0.0083 132.000 0.20 3.14 -2.94 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3439 0.5471 0.1090 1 1 0.3467 0.5438 0.1094 1 1 0.3503 0.5397 0.1100
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 388 93 295 29 1 31 2 30 0 0 295 0 0 0.3118 0.0000 0.0000 2.067 0.76 3.47 -2.71 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4347 0.5454 0.0199 1 1 0.4372 0.5430 0.0198 1 1 0.4404 0.5399 0.0197
chr19 1827021 T TGGAGGA 0.002927 0.050 1 6 2 388 93 295 29 2 57 0 5 0 0 295 0 0 0.3118 0.0000 0.0000 0.643 0.86 4.00 -3.14 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1787 0.8213 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 317 119 198 0 0 21 48 50 0 1 188 4 5 0.0000 0.0000 0.0505 4.900 4.26 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1699 0.8301 2 2 0.0000 0.1194 0.8806 2 2 0.0000 0.1057 0.8943
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 317 124 193 1 2 67 2 52 1 0 189 0 3 0.0081 0.0052 0.0207 0.900 0.00 6.94 -6.94 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9787 0.0213 2 1 0.0000 0.8718 0.1282 2 1 0.0000 0.7900 0.2100
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 890 205 685 86 4 38 0 77 0 0 683 0 2 0.4195 0.0000 0.0029 4.395 0.47 3.13 -2.66 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5291 0.4410 0.0299 1 0 0.5272 0.4418 0.0311 1 0 0.5244 0.4429 0.0327
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 608 175 433 86 0 17 0 72 0 0 425 0 8 0.4914 0.0000 0.0185 9.294 0.93 11.42 -10.49 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3977 0.5116 0.0907 1 1 0.3976 0.5095 0.0928 1 1 0.3974 0.5070 0.0956
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 970 341 629 141 2 51 126 21 0 0 618 10 1 0.4135 0.0000 0.0175 5.686 0.45 4.05 -3.60 49 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1288 0.5856 0.2856 1 1 0.1353 0.5814 0.2834 1 1 0.1440 0.5760 0.2800
chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.050 1 -6 1 970 341 629 144 0 67 0 130 0 0 619 0 10 0.4223 0.0000 0.0159 4.090 0.46 6.72 -6.26 50 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4382 0.5352 0.0266 1 1 0.4420 0.5307 0.0273 1 1 0.4465 0.5252 0.0283
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 406 154 252 54 0 30 1 69 1 0 251 0 0 0.3506 0.0040 0.0040 4.276 1.13 6.75 -5.62 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1513 0.5429 0.3059 1 1 0.1574 0.5423 0.3003 1 1 0.1657 0.5415 0.2928
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 576 122 454 0 0 2 0 120 0 0 453 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 60.000 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 567 131 436 9 22 26 20 54 0 0 436 0 0 0.0687 0.0000 0.0000 5.158 2.78 9.02 -6.24 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0485 0.5025 0.4489 1 1 0.0545 0.5161 0.4294 1 1 0.0633 0.5332 0.4036
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 564 124 440 3 1 19 22 79 0 0 440 0 0 0.0242 0.0000 0.0000 11.222 0.67 8.10 -7.43 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.8551 0.1449 2 1 0.0000 0.6818 0.3182
chr19 18869245 T TGCC 0.049608 0.050 1 3 1 613 172 441 81 1 23 2 65 0 0 440 0 1 0.4709 0.0000 0.0023 6.478 0.79 3.69 -2.90 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6084 0.3837 0.0079 1 0 0.6051 0.3866 0.0083 1 0 0.6006 0.3906 0.0088
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 933 189 744 0 0 4 4 181 0 0 678 11 55 0.0000 0.0000 0.0887 46.000 2.71 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 1296 379 917 349 4 21 1 4 9 10 898 0 0 0.9208 0.0098 0.0207 17.000 0.96 2.50 -1.54 119 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9653 0.0347 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 21536641 TAGAG T 0.000016 0.050 1 -4 2 859 195 664 94 0 3 0 98 0 0 660 0 4 0.4821 0.0000 0.0060 64.000 0.72 4.14 -3.42 60 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3464 0.6536 0.0000 1 1 0.3539 0.6461 0.0000 1 1 0.3638 0.6362 0.0000
chr19 23744939 CCA C 0.187747 0.050 1 -2 4 710 160 550 72 0 7 0 81 0 0 549 0 1 0.4500 0.0000 0.0018 21.857 0.32 2.38 -2.06 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2465 0.6004 0.1531 1 1 0.2529 0.5959 0.1512 1 1 0.2614 0.5900 0.1486
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 280 58 222 1 0 11 1 45 0 0 219 1 2 0.0172 0.0000 0.0135 4.273 0.00 3.07 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2297 0.7703 2 2 0.0000 0.1044 0.8956 2 2 0.0000 0.0823 0.9177
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 558 150 408 79 0 7 1 63 0 0 402 0 6 0.5267 0.0000 0.0147 20.429 0.47 3.13 -2.66 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1912 0.5770 0.2318 1 1 0.1894 0.5732 0.2374 1 1 0.1869 0.5684 0.2447
chr19 35511519 A ACTGCTGCTG 0.059465 0.050 1 9 2 516 191 325 84 0 3 0 104 0 0 324 0 1 0.4398 0.0000 0.0031 62.667 0.27 7.51 -7.24 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1891 0.7155 0.0954 1 1 0.1985 0.7091 0.0924 1 1 0.2112 0.7003 0.0885
chr19 37886746 TCCTTTCCTCCTCCTCCTC T 0.059111 0.050 1 -18 2 535 94 441 44 2 14 2 32 0 0 440 0 1 0.4681 0.0000 0.0023 5.714 0.82 10.38 -9.56 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5874 0.4001 0.0124 1 0 0.5840 0.4031 0.0129 1 0 0.5793 0.4072 0.0135
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 379 92 287 86 1 2 0 3 0 0 287 0 0 0.9348 0.0000 0.0000 45.000 0.95 4.00 -3.05 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2541 0.7459 0.0000 0 0 0.8548 0.1452 0.0000 0 0 0.9309 0.0691 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 500 160 340 149 0 5 0 6 0 0 340 0 0 0.9313 0.0000 0.0000 31.000 0.45 3.33 -2.88 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 0 0.6201 0.3799 0.0000 0 0 0.8966 0.1034 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 247 38 209 0 0 2 29 7 0 0 209 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.000 8.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1025 0.8975 2 2 0.0000 0.1042 0.8958 2 2 0.0000 0.1066 0.8934
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 247 33 214 0 0 21 12 0 0 0 213 1 0 0.0000 0.0000 0.0047 0.769 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1433 0.8567 2 2 0.0000 0.1446 0.8554 2 2 0.0000 0.1463 0.8537
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 492 166 326 83 6 9 0 68 0 0 326 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 16.889 0.25 6.00 -5.75 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4565 0.4636 0.0799 1 1 0.4488 0.4665 0.0847 1 1 0.4385 0.4702 0.0913
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 484 136 348 129 0 4 0 3 0 0 348 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 33.000 0.20 2.33 -2.13 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4385 0.5615 0.0000 0 0 0.9284 0.0716 0.0000 0 0 0.9664 0.0336 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 339 101 238 63 0 2 0 36 0 0 234 0 4 0.6238 0.0000 0.0168 49.500 0.30 6.67 -6.37 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.3673 0.0432 1 0 0.5798 0.3738 0.0464 1 0 0.5667 0.3824 0.0509
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 503 153 350 149 0 2 0 2 0 0 350 0 0 0.9739 0.0000 0.0000 75.500 0.19 3.00 -2.81 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4844 0.5156 0.0000 0 0 0.8572 0.1428 0.0000 0 0 0.9073 0.0927 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 453 126 327 72 0 3 1 50 0 0 325 1 1 0.5714 0.0000 0.0061 41.000 0.32 3.32 -3.00 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6485 0.3355 0.0161 1 0 0.6420 0.3408 0.0172 1 0 0.6333 0.3481 0.0187
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.050 1 -3 2 576 109 467 91 2 8 1 7 0 0 466 0 1 0.8349 0.0000 0.0021 12.625 0.93 3.43 -2.49 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0747 0.9253 0.0000 0 0 0.5178 0.4822 0.0000
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 358 71 287 34 0 9 0 28 0 0 285 0 2 0.4789 0.0000 0.0070 6.889 2.12 7.89 -5.78 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4678 0.4817 0.0506 1 1 0.4670 0.4817 0.0512 1 1 0.4660 0.4819 0.0522
chr19 47802285 TGGGCCTGGGATCGGGCCTGGGTTC T 0.070835 0.050 1 -24 2 1260 330 930 186 31 29 9 75 2 1 925 2 0 0.5636 0.0022 0.0054 10.103 2.91 7.17 -4.26 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9977 0.0023 0.0000 1 0 0.9971 0.0029 0.0000 1 0 0.9961 0.0039 0.0000
chr19 47802333 TGGGCCTGGGATC T 0.079245 0.050 1 -12 2 1252 296 956 187 22 39 20 28 2 4 948 2 0 0.6318 0.0021 0.0084 7.839 3.84 5.86 -2.02 45 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000
chr19 48446744 TGAA T 0.043442 0.050 1 -3 1 393 104 289 94 2 5 0 3 0 0 289 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 19.800 0.38 2.33 -1.95 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6492 0.3508 0.0000 0 0 0.9694 0.0306 0.0000 0 0 0.9863 0.0137 0.0000
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 228 84 144 41 0 7 1 35 0 0 144 0 0 0.4881 0.0000 0.0000 11.000 0.51 1.40 -0.89 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4613 0.4787 0.0600 1 1 0.4602 0.4788 0.0610 1 1 0.4586 0.4790 0.0623
chr19 48944491 GGA G 0.076452 0.050 1 -2 3 373 114 259 112 0 0 0 2 0 0 259 0 0 0.9825 0.0000 0.0000 114.000 0.27 2.00 -1.73 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8856 0.1144 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1023 247 776 1 0 50 11 185 0 0 767 1 8 0.0040 0.0000 0.0116 4.083 0.00 3.62 -3.62 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0507 0.9493 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0187 0.9813
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1039 257 782 9 2 55 3 188 1 1 777 1 2 0.0350 0.0013 0.0064 3.655 0.11 3.20 -3.09 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9813 0.0187 2 1 0.0000 0.6404 0.3596
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 651 186 465 83 0 34 0 69 0 1 462 0 2 0.4462 0.0000 0.0065 4.471 1.43 7.90 -6.46 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4619 0.4641 0.0739 1 1 0.4580 0.4650 0.0770 1 1 0.4527 0.4661 0.0812
chr19 49958881 G GTT 0.000144 0.050 1 2 2 1339 336 1003 174 1 16 0 145 0 1 1002 0 0 0.5179 0.0000 0.0010 20.000 0.32 2.48 -2.16 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7563 0.2437 0.0000 1 0 0.7509 0.2491 0.0000 1 0 0.7433 0.2567 0.0000
chr19 49960906 GACTGTA G 0.000286 0.050 1 -6 2 1370 266 1104 185 0 22 2 57 0 0 1102 0 2 0.6955 0.0000 0.0018 11.045 0.23 5.49 -5.26 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9971 0.0029 0.0000 1 0 0.9964 0.0036 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 710 153 557 8 0 7 131 7 0 0 554 3 0 0.0523 0.0000 0.0054 36.500 0.00 5.57 -5.57 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8545 0.1455 2 2 0.0000 0.3773 0.6227
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 709 152 557 0 0 10 2 140 0 0 554 0 3 0.0000 0.0000 0.0054 14.200 3.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0478 0.9522 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0564 0.9436
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 570 118 452 59 0 5 0 54 0 0 445 0 7 0.5000 0.0000 0.0155 22.600 0.24 5.17 -4.93 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4331 0.5600 0.0069 1 1 0.4367 0.5564 0.0069 1 1 0.4413 0.5518 0.0069
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 580 186 394 74 0 16 6 90 0 0 394 0 0 0.3978 0.0000 0.0000 10.625 0.41 2.80 -2.39 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0365 0.3783 0.5852 1 2 0.0391 0.3831 0.5778 1 2 0.0428 0.3895 0.5677
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 227 97 130 92 0 2 0 3 0 0 130 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 47.500 0.34 2.67 -2.33 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0284 0.9716 0.0000 0 1 0.3345 0.6655 0.0000 0 0 0.5341 0.4659 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 446 137 309 128 0 2 0 7 0 0 309 0 0 0.9343 0.0000 0.0000 67.500 0.25 1.00 -0.75 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2649 0.7351 0.0000 0 0 0.7214 0.2786 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 514 140 374 131 0 6 0 3 0 0 374 0 0 0.9357 0.0000 0.0000 22.333 0.14 2.33 -2.20 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2417 0.7583 0.0000 0 0 0.8434 0.1566 0.0000 0 0 0.9229 0.0771 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1021 231 790 8 0 1 3 219 0 0 787 0 3 0.0346 0.0000 0.0038 229.000 0.12 3.30 -3.17 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5477 0.4523 2 2 0.0000 0.1168 0.8832
chr19 54217135 A AGAG 0.001307 0.050 1 3 2 846 287 559 191 1 4 1 90 0 0 548 2 9 0.6655 0.0000 0.0197 70.750 0.28 6.16 -5.88 103 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9835 0.0165 0.0000 1 0 0.9810 0.0190 0.0000 1 0 0.9771 0.0229 0.0000
chr19 54217137 GTTC G 0.001135 0.050 1 -3 2 848 299 549 207 2 3 0 87 0 0 536 0 13 0.6923 0.0000 0.0237 98.667 0.27 6.29 -6.02 97 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9934 0.0066 0.0000 1 0 0.9921 0.0079 0.0000 1 0 0.9900 0.0100 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 854 253 601 0 0 28 10 215 0 0 601 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.333 1.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 739 151 588 75 0 5 1 70 0 0 581 0 7 0.4967 0.0000 0.0119 29.200 0.43 3.24 -2.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2123 0.5470 0.2407 1 1 0.2152 0.5436 0.2412 1 1 0.2189 0.5393 0.2418
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 473 111 362 2 1 19 1 88 0 0 347 0 15 0.0180 0.0000 0.0414 4.842 1.00 8.01 -7.01 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8950 0.1050 2 2 0.0000 0.3593 0.6407 2 2 0.0000 0.2010 0.7990
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 849 232 617 134 0 38 0 60 0 0 596 0 21 0.5776 0.0000 0.0340 5.105 0.20 19.83 -19.63 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5723 0.4079 0.0198 1 0 0.5509 0.4258 0.0233 1 0 0.5219 0.4493 0.0288
chr19 55518174 C CATCCCACCATGACTGCTG 0.004924 0.050 1 18 1 938 230 708 128 8 10 12 72 7 3 683 2 13 0.5565 0.0099 0.0353 21.500 2.38 8.36 -5.98 72 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8820 0.1180 0.0000 1 0 0.8748 0.1251 0.0001 1 0 0.8647 0.1352 0.0001
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 869 258 611 115 0 46 5 92 0 0 609 0 2 0.4457 0.0000 0.0033 4.818 1.06 4.86 -3.80 85 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5140 0.4397 0.0463 1 0 0.5104 0.4408 0.0488 1 0 0.5052 0.4426 0.0522
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 616 125 491 69 0 2 0 54 0 0 490 0 1 0.5520 0.0000 0.0020 61.500 0.70 4.37 -3.67 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3921 0.4938 0.1142 1 1 0.3867 0.4945 0.1188 1 1 0.3795 0.4954 0.1250
chr19 56824610 AGGAC A 0.000219 0.050 1 -4 3 393 107 286 58 0 0 5 44 0 0 284 0 2 0.5421 0.0000 0.0070 106.000 0.24 8.48 -8.24 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5594 0.4405 0.0001 1 0 0.5584 0.4416 0.0001 1 0 0.5568 0.4431 0.0001
chr19 56824617 C CAGAT 0.000219 0.050 1 4 2 389 108 281 59 0 0 5 44 0 0 277 0 4 0.5463 0.0000 0.0142 107.000 0.25 8.48 -8.22 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5484 0.4516 0.0001 1 0 0.5478 0.4522 0.0001 1 0 0.5468 0.4531 0.0001
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 139 69 70 32 0 6 0 31 0 0 70 0 0 0.4638 0.0000 0.0000 10.500 0.19 3.45 -3.26 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3428 0.5144 0.1428 1 1 0.3433 0.5131 0.1436 1 1 0.3439 0.5116 0.1446
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 159 64 95 31 0 0 0 33 0 0 95 0 0 0.4844 0.0000 0.0000 64.000 0.19 1.33 -1.14 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2866 0.5258 0.1876 1 1 0.2885 0.5242 0.1874 1 1 0.2909 0.5220 0.1871
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 359 130 229 123 0 3 0 4 0 0 229 0 0 0.9462 0.0000 0.0000 42.333 0.23 6.75 -6.52 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1518 0.8482 0.0000 0 0 0.8886 0.1114 0.0000 0 0 0.9599 0.0401 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 359 133 226 58 0 6 0 69 0 0 226 0 0 0.4361 0.0000 0.0000 21.167 0.03 2.00 -1.97 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1074 0.4894 0.4032 1 1 0.1110 0.4895 0.3996 1 1 0.1158 0.4896 0.3946
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 121 69 52 44 0 2 0 23 0 0 52 0 0 0.6377 0.0000 0.0000 33.500 0.07 6.96 -6.89 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4607 0.4502 0.0891 1 1 0.4504 0.4552 0.0944 1 1 0.4367 0.4616 0.1017
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 466 161 305 120 1 2 0 38 0 0 304 0 1 0.7453 0.0000 0.0033 79.500 0.25 9.05 -8.80 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9669 0.0329 0.0002 1 0 0.9620 0.0377 0.0002 1 0 0.9393 0.0603 0.0004
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 467 161 306 118 0 6 0 37 0 0 305 0 1 0.7329 0.0000 0.0033 25.833 0.25 9.05 -8.80 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9638 0.0359 0.0002 1 0 0.9587 0.0410 0.0003 1 0 0.9330 0.0666 0.0004
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 472 146 326 104 0 2 0 40 0 0 324 0 2 0.7123 0.0000 0.0061 72.000 0.27 8.80 -8.53 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9188 0.0801 0.0011 1 0 0.9105 0.0881 0.0014 1 0 0.8983 0.0998 0.0019
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 312 134 178 76 0 12 0 46 0 2 171 0 5 0.5672 0.0000 0.0393 10.167 0.29 5.63 -5.34 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7278 0.2642 0.0081 1 0 0.7196 0.2715 0.0088 1 0 0.7085 0.2815 0.0099
chr20 3694277 CAG C 0.000048 0.050 1 -2 1 649 205 444 186 1 11 0 7 0 1 443 0 0 0.9073 0.0000 0.0023 17.545 0.62 2.29 -1.67 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9626 0.0374 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 3785200 T TTCC 0.003046 0.050 1 3 4 486 85 401 48 0 4 0 33 0 0 400 0 1 0.5647 0.0000 0.0025 20.250 0.65 3.58 -2.93 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6428 0.3567 0.0005 1 0 0.6384 0.3611 0.0005 1 0 0.6325 0.3670 0.0005
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 228 95 133 51 0 2 0 42 0 0 133 0 0 0.5368 0.0000 0.0000 46.500 0.18 1.10 -0.92 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2825 0.5302 0.1873 1 1 0.2794 0.5289 0.1917 1 1 0.2752 0.5272 0.1976
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 749 222 527 215 0 5 0 2 0 0 527 0 0 0.9685 0.0000 0.0000 43.400 0.29 6.50 -6.21 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9133 0.0867 0.0000 0 0 0.9849 0.0151 0.0000 0 0 0.9902 0.0098 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 504 190 314 101 0 2 6 81 0 0 307 0 7 0.5316 0.0000 0.0223 94.000 0.52 3.93 -3.40 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2197 0.5719 0.2084 1 1 0.2190 0.5675 0.2135 1 1 0.2179 0.5620 0.2201
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 212 83 129 38 2 19 0 24 0 0 126 0 3 0.4578 0.0000 0.0233 3.368 1.16 9.12 -7.97 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3606 0.4978 0.1416 1 1 0.3548 0.4989 0.1463 1 1 0.3471 0.5002 0.1527
chr20 35652818 A AGGGCCG 0.080534 0.050 1 6 2 850 195 655 152 2 34 0 7 0 0 655 0 0 0.7795 0.0000 0.0000 4.735 0.36 4.14 -3.78 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.8262 0.1738 0.0000 0 0 0.9714 0.0286 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 553 165 388 152 0 2 0 11 0 0 387 0 1 0.9212 0.0000 0.0026 81.500 0.49 3.45 -2.96 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 1 0.2233 0.7767 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1064 323 741 138 3 41 11 130 0 0 737 0 4 0.4272 0.0000 0.0054 6.878 0.27 3.12 -2.85 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1291 0.5711 0.2998 1 1 0.1323 0.5654 0.3023 1 1 0.1364 0.5582 0.3054
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 565 267 298 102 8 29 12 116 0 0 295 1 2 0.3820 0.0000 0.0101 8.214 1.98 3.22 -1.24 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0966 0.5321 0.3714 1 1 0.1026 0.5322 0.3653 1 1 0.1109 0.5322 0.3569
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 231 37 194 0 0 4 1 32 0 0 186 1 7 0.0000 0.0000 0.0412 8.250 6.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr20 62308470 G GGTAA 0.001282 0.050 1 4 1 675 161 514 87 0 9 0 65 0 0 512 0 2 0.5404 0.0000 0.0039 16.889 0.34 3.78 -3.44 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6898 0.3101 0.0001 1 0 0.6846 0.3152 0.0001 1 0 0.6776 0.3223 0.0001
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 302 130 172 76 0 2 0 52 0 0 172 0 0 0.5846 0.0000 0.0000 64.000 0.21 2.08 -1.87 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4028 0.5033 0.0939 1 1 0.3924 0.5073 0.1002 1 1 0.3787 0.5122 0.1091
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 696 188 508 91 0 4 0 93 0 0 505 0 3 0.4840 0.0000 0.0059 46.000 0.15 5.25 -5.09 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1670 0.5482 0.2848 1 1 0.1704 0.5445 0.2851 1 1 0.1748 0.5399 0.2853
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 257 119 138 60 0 9 2 48 0 0 136 1 1 0.5042 0.0000 0.0145 12.222 0.12 2.94 -2.82 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2921 0.5295 0.1785 1 1 0.2897 0.5278 0.1825 1 1 0.2865 0.5256 0.1879
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 328 51 277 1 0 1 2 47 0 0 276 0 1 0.0196 0.0000 0.0036 49.000 0.00 2.38 -2.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 1008 221 787 108 1 18 1 93 0 0 785 0 2 0.4887 0.0000 0.0025 11.278 0.34 3.12 -2.78 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5742 0.4150 0.0108 1 0 0.5725 0.4162 0.0113 1 0 0.5700 0.4180 0.0120
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1066 186 880 7 4 5 4 166 2 0 867 2 9 0.0376 0.0023 0.0148 35.800 2.57 3.40 -0.83 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9348 0.0652 2 2 0.0000 0.3682 0.6318
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1066 187 879 6 3 11 12 155 1 1 866 2 9 0.0321 0.0011 0.0148 25.143 2.33 3.53 -1.20 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.6928 0.3072 2 2 0.0000 0.1896 0.8104
chr21 44540070 ACAG A 0.000715 0.050 1 -3 1 751 263 488 158 0 11 0 94 0 0 483 0 5 0.6008 0.0000 0.0102 22.909 1.15 4.07 -2.92 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9310 0.0690 0.0000 1 0 0.9251 0.0749 0.0000 1 0 0.9165 0.0835 0.0000
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.050 1 -2 2 816 290 526 276 1 6 0 7 0 0 525 0 1 0.9517 0.0000 0.0019 47.333 1.70 7.00 -5.30 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3312 0.6688 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.050 1 2 1 817 288 529 270 4 6 2 6 0 0 528 0 1 0.9375 0.0000 0.0019 46.500 1.76 7.50 -5.74 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3165 0.6835 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 525 113 412 2 0 6 2 103 0 0 405 0 7 0.0177 0.0000 0.0170 17.667 0.50 13.59 -13.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5618 0.4382 2 2 0.0000 0.1688 0.8312 2 2 0.0000 0.1086 0.8914
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 350 153 197 4 0 18 0 131 0 0 197 0 0 0.0261 0.0000 0.0000 7.500 1.25 7.87 -6.62 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4753 0.5247 2 2 0.0000 0.0200 0.9800 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 614 250 364 96 3 45 2 104 0 0 360 0 4 0.3840 0.0000 0.0110 4.556 0.20 3.17 -2.98 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1772 0.5774 0.2454 1 1 0.1832 0.5735 0.2433 1 1 0.1912 0.5684 0.2404
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.050 1 39 1 825 263 562 58 3 125 4 73 0 1 561 0 0 0.2205 0.0000 0.0018 1.096 0.55 2.26 -1.71 28 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2783 0.7037 0.0180 1 1 0.2868 0.6957 0.0175 1 1 0.2980 0.6851 0.0169
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 4232 1376 2856 1153 4 47 1 171 0 0 2841 0 15 0.8379 0.0000 0.0053 28.255 0.31 5.93 -5.62 119 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 191 91 100 47 0 2 1 41 0 0 98 1 1 0.5165 0.0000 0.0200 44.500 0.36 2.95 -2.59 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4010 0.5058 0.0933 1 1 0.4010 0.5046 0.0944 1 1 0.4010 0.5032 0.0958
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 678 119 559 0 0 37 1 81 0 0 532 2 25 0.0000 0.0000 0.0483 2.216 16.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0090 0.9910 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0102 0.9898
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1316 387 929 174 4 50 14 145 0 0 928 0 1 0.4496 0.0000 0.0011 6.776 0.89 3.28 -2.39 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6341 0.3655 0.0004 1 0 0.6326 0.3670 0.0004 1 0 0.6302 0.3693 0.0005
chr22 30428672 T TA 0.000840 0.050 1 1 2 253 76 177 45 0 0 0 31 0 0 177 0 0 0.5921 0.0000 0.0000 76.000 0.04 1.10 -1.05 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6452 0.3547 0.0001 1 0 0.6407 0.3592 0.0001 1 0 0.6346 0.3652 0.0002
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 426 190 236 74 0 38 0 78 0 0 233 0 3 0.3895 0.0000 0.0127 4.000 0.73 5.78 -5.05 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2588 0.5799 0.1612 1 1 0.2641 0.5757 0.1602 1 1 0.2710 0.5702 0.1588
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 1083 395 688 203 2 8 4 178 0 0 679 1 8 0.5139 0.0000 0.0131 55.000 1.36 3.90 -2.54 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3834 0.5443 0.0722 1 1 0.3839 0.5398 0.0763 1 1 0.3839 0.5342 0.0819
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 334 170 164 163 0 5 0 2 0 1 162 0 1 0.9588 0.0000 0.0122 33.000 0.34 21.50 -21.16 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5024 0.4976 0.0000 0 0 0.9438 0.0562 0.0000 0 0 0.9733 0.0267 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 406 207 199 104 1 17 0 85 0 0 188 0 11 0.5024 0.0000 0.0553 11.118 0.44 7.33 -6.89 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4029 0.5087 0.0885 1 1 0.4021 0.5067 0.0913 1 1 0.4008 0.5042 0.0950
chr22 38087167 A ACATGGAGGT 0.087531 0.050 1 9 5 404 231 173 167 0 60 0 4 0 0 173 0 0 0.7229 0.0000 0.0000 2.850 3.53 7.75 -4.22 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5041 0.4959 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000
chr22 38991390 TG T 0.004074 0.050 1 -1 2 511 156 355 104 0 5 0 47 0 0 355 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 30.200 0.26 2.47 -2.21 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9327 0.0673 0.0000 1 0 0.9265 0.0735 0.0000 1 0 0.9175 0.0825 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 209 101 108 41 0 7 0 53 0 0 107 0 1 0.4059 0.0000 0.0093 13.429 0.59 3.66 -3.08 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1663 0.5328 0.3009 1 1 0.1718 0.5323 0.2959 1 1 0.1792 0.5316 0.2892
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 376 146 230 0 0 7 0 139 0 0 225 0 5 0.0000 0.0000 0.0217 19.857 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0129 0.9871
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 526 185 341 8 0 18 6 153 0 0 340 0 1 0.0432 0.0000 0.0029 9.278 0.00 2.99 -2.99 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9257 0.0743 2 1 0.0000 0.5655 0.4345
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1506 367 1139 204 0 3 1 159 4 0 1123 0 12 0.5559 0.0035 0.0140 121.333 6.94 10.04 -3.10 98 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7175 0.2739 0.0086 1 0 0.7099 0.2802 0.0098 1 0 0.6993 0.2891 0.0116
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 844 354 490 346 1 4 0 3 0 0 490 0 0 0.9774 0.0000 0.0000 87.250 0.22 2.67 -2.44 102 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 43946300 ACTT A 0.000569 0.050 1 -3 2 517 168 349 81 0 14 0 73 0 0 343 0 6 0.4821 0.0000 0.0172 11.000 0.74 3.74 -3.00 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4756 0.5242 0.0002 1 1 0.4784 0.5214 0.0002 1 1 0.4817 0.5180 0.0002
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 708 132 576 71 1 6 1 53 2 0 568 0 6 0.5379 0.0035 0.0139 21.000 2.08 6.25 -4.16 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6116 0.3801 0.0083 1 0 0.6080 0.3833 0.0087 1 0 0.6030 0.3877 0.0093
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 229 94 135 41 0 23 0 30 0 0 133 0 2 0.4362 0.0000 0.0148 3.087 0.22 20.90 -20.68 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5856 0.4129 0.0015 1 0 0.5830 0.4154 0.0016 1 0 0.5796 0.4188 0.0017
chr22 50547883 TAACCCCAGTCCC T 0.185453 0.050 1 -12 3 1065 267 798 128 2 14 2 121 2 0 795 0 1 0.4794 0.0025 0.0038 18.000 1.04 11.41 -10.37 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4505 0.5039 0.0456 1 1 0.4516 0.5012 0.0472 1 1 0.4528 0.4979 0.0493
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1102 229 873 138 0 41 1 49 1 0 833 0 39 0.6026 0.0011 0.0458 4.585 0.80 14.45 -13.65 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8753 0.1231 0.0016 1 0 0.8668 0.1313 0.0020 1 0 0.8546 0.1429 0.0025
731 rows