File Info

Filename
HG02657_x_HG02682_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/b5/38995d1b2cd57a23ed911eafbc13e3/HG02657_x_HG02682_FF_5.features.tsv
Size
138.1 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02657_x_HG02682_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 492 196 296 134 1 12 0 49 0 0 296 0 0 0.6837 0.0000 0.0000 15.333 0.78 8.06 -7.29 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9654 0.0344 0.0002 1 0 0.9601 0.0397 0.0003 1 0 0.9519 0.0477 0.0004
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 488 156 332 83 0 16 0 57 0 0 329 0 3 0.5321 0.0000 0.0090 8.750 0.63 8.60 -7.97 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5357 0.4092 0.0551 1 0 0.5263 0.4146 0.0591 1 0 0.5137 0.4216 0.0647
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 593 135 458 112 1 21 0 1 0 0 458 0 0 0.8296 0.0000 0.0000 5.381 0.65 2.00 -1.35 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7700 0.2300 0.0000 0 0 0.8924 0.1076 0.0000 0 0 0.9117 0.0883 0.0000
chr1 12879725 C CG 0.500000 0.050 1 1 3 879 264 615 247 0 13 0 4 0 0 615 0 0 0.9356 0.0000 0.0000 19.308 0.19 2.75 -2.56 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4467 0.5533 0.0000 0 0 0.9686 0.0314 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1111 235 876 220 0 8 0 7 0 0 876 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 28.375 0.42 3.57 -3.15 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 0 0.6793 0.3207 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 447 109 338 80 0 3 1 25 0 0 338 0 0 0.7339 0.0000 0.0000 35.333 0.06 1.08 -1.02 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8602 0.1357 0.0041 1 0 0.8481 0.1469 0.0050 1 0 0.7996 0.1942 0.0062
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 970 187 783 123 2 5 0 57 0 0 783 0 0 0.6578 0.0000 0.0000 36.000 1.73 1.91 -0.18 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9177 0.0812 0.0012 1 0 0.9086 0.0899 0.0015 1 0 0.8953 0.1027 0.0020
chr1 25835277 GTTTCACTGAT G 0.500000 0.050 1 -10 3 806 193 613 184 0 4 0 5 0 0 613 0 0 0.9534 0.0000 0.0000 47.250 0.24 10.20 -9.96 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0284 0.9716 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000
chr1 26183819 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 424 97 327 42 5 5 1 44 0 0 326 0 1 0.4330 0.0000 0.0031 23.000 1.17 1.23 -0.06 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2415 0.5280 0.2305 1 1 0.2424 0.5259 0.2317 1 1 0.2434 0.5233 0.2333
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 868 224 644 50 53 12 31 78 0 0 644 0 0 0.2232 0.0000 0.0000 17.091 6.80 26.81 -20.01 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1131 0.5188 0.3681 1 1 0.1175 0.5172 0.3653 1 1 0.1234 0.5153 0.3613
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 891 223 668 9 1 23 4 186 0 0 666 0 2 0.0404 0.0000 0.0030 9.524 1.67 15.65 -13.98 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8455 0.1545 2 2 0.0000 0.2757 0.7243
chr1 26697189 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 431 94 337 43 0 8 1 42 0 0 337 0 0 0.4574 0.0000 0.0000 10.625 0.49 4.21 -3.73 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2393 0.5261 0.2346 1 1 0.2402 0.5241 0.2356 1 1 0.2413 0.5217 0.2370
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 387 158 229 6 0 17 2 133 0 0 226 0 3 0.0380 0.0000 0.0131 8.294 0.67 3.06 -2.39 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6468 0.3532 2 2 0.0000 0.2541 0.7459
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 397 100 297 39 0 10 0 51 0 0 296 0 1 0.3900 0.0000 0.0034 9.000 0.64 3.20 -2.56 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1128 0.4794 0.4078 1 1 0.1169 0.4807 0.4024 1 1 0.1225 0.4825 0.3950
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 629 176 453 0 0 36 2 138 0 0 453 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.889 6.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0337 0.9663
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 237 99 138 47 0 4 1 47 0 0 138 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 23.750 0.26 3.30 -3.04 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2240 0.5287 0.2473 1 1 0.2255 0.5265 0.2480 1 1 0.2274 0.5238 0.2488
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 603 134 469 104 2 24 0 4 0 0 469 0 0 0.7761 0.0000 0.0000 4.583 0.26 4.00 -3.74 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0206 0.9794 0.0000 0 1 0.4857 0.5143 0.0000 0 0 0.7416 0.2584 0.0000
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 481 145 336 119 5 18 0 3 0 0 336 0 0 0.8207 0.0000 0.0000 7.056 0.24 3.00 -2.76 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1471 0.8529 0.0000 0 0 0.7448 0.2552 0.0000 0 0 0.8668 0.1332 0.0000
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 785 164 621 79 0 15 1 69 0 0 621 0 0 0.4817 0.0000 0.0000 9.867 0.43 3.16 -2.73 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3420 0.5204 0.1377 1 1 0.3396 0.5188 0.1416 1 1 0.3364 0.5168 0.1469
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 175 92 83 0 0 2 0 90 0 0 81 0 2 0.0000 0.0000 0.0241 45.000 4.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0937 0.9063 2 2 0.0000 0.0993 0.9007
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 374 161 213 88 0 2 0 71 0 0 213 0 0 0.5466 0.0000 0.0000 79.500 0.11 7.41 -7.29 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4476 0.4691 0.0833 1 1 0.4414 0.4709 0.0877 1 1 0.4331 0.4733 0.0937
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 527 173 354 79 1 3 1 89 0 0 349 0 5 0.4566 0.0000 0.0141 56.667 0.49 5.52 -5.02 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0934 0.4889 0.4177 1 1 0.0977 0.4894 0.4128 1 1 0.1038 0.4901 0.4062
chr1 86580219 A ACCTACT 0.500000 0.050 1 6 1 524 170 354 138 0 26 0 6 0 2 349 3 0 0.8118 0.0000 0.0141 5.538 3.50 6.00 -2.50 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.2179 0.7821 0.0000 0 0 0.6401 0.3599 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 193 87 106 4 0 6 0 77 0 0 105 0 1 0.0460 0.0000 0.0094 13.500 0.75 3.04 -2.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9897 0.0103 2 1 0.0000 0.6787 0.3213 2 2 0.0000 0.4053 0.5947
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 484 115 369 1 0 6 5 103 0 0 361 0 8 0.0087 0.0000 0.0217 17.667 0.00 3.35 -3.35 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2185 0.7815 2 2 0.0000 0.1015 0.8985 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr1 114695466 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 261 78 183 44 0 1 1 32 0 0 183 0 0 0.5641 0.0000 0.0000 77.000 1.20 1.38 -0.17 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3828 0.4882 0.1290 1 1 0.3782 0.4890 0.1329 1 1 0.3719 0.4900 0.1381
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 282 110 172 44 0 9 2 55 0 0 172 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 11.111 0.36 6.16 -5.80 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1136 0.4837 0.4027 1 1 0.1178 0.4848 0.3975 1 1 0.1234 0.4861 0.3905
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 315 126 189 4 2 19 7 94 0 0 189 0 0 0.0317 0.0000 0.0000 5.263 0.25 1.37 -1.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 2 1 0.0000 0.6261 0.3739 2 2 0.0000 0.3431 0.6569
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 269 106 163 53 0 12 0 41 0 0 148 0 15 0.5000 0.0000 0.0920 7.833 0.30 10.20 -9.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2002 0.5305 0.2693 1 1 0.2025 0.5282 0.2693 1 1 0.2055 0.5253 0.2692
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1261 287 974 11 2 54 8 212 0 0 922 5 47 0.0383 0.0000 0.0534 4.358 1.91 10.64 -8.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7296 0.2704 2 2 0.0000 0.1056 0.8944
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 648 287 361 139 17 30 8 93 0 0 361 0 0 0.4843 0.0000 0.0000 126.000 0.19 5.53 -5.33 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8067 0.1875 0.0058 1 0 0.7947 0.1984 0.0069 1 0 0.7777 0.2135 0.0087
chr1 155085169 GGGGGTGGGCCCC G 0.500000 0.050 1 -12 1 530 178 352 78 0 5 1 94 0 0 349 0 3 0.4382 0.0000 0.0085 34.600 0.50 10.40 -9.90 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0672 0.4477 0.4852 1 2 0.0714 0.4507 0.4779 1 2 0.0773 0.4547 0.4680
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 231 97 134 8 0 2 0 87 0 0 133 0 1 0.0825 0.0000 0.0075 47.500 1.25 2.22 -0.97 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9584 0.0416 2 1 0.0000 0.7011 0.2989
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 462 127 335 0 0 2 2 123 0 0 331 0 4 0.0000 0.0000 0.0119 62.500 2.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0376 0.9624 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0436 0.9564
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 864 163 701 0 0 6 0 157 0 0 699 0 2 0.0000 0.0000 0.0029 26.167 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0217 0.9783
chr1 159928402 AAGGGGGCTCTGC A 0.500000 0.050 1 -12 1 514 121 393 66 0 1 0 54 0 0 388 0 5 0.5455 0.0000 0.0127 120.000 0.67 11.87 -11.20 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5235 0.1589 1 1 0.3159 0.5217 0.1624 1 1 0.3136 0.5194 0.1670
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 346 77 269 43 0 6 0 28 0 0 268 0 1 0.5584 0.0000 0.0037 14.200 0.60 1.21 -0.61 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4229 0.4684 0.1088 1 1 0.4166 0.4705 0.1129 1 1 0.4082 0.4732 0.1185
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 516 172 344 81 0 28 0 63 0 0 315 0 29 0.4709 0.0000 0.0843 5.143 0.42 12.43 -12.01 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1216 0.5176 0.3608 1 1 0.1258 0.5161 0.3581 1 1 0.1315 0.5143 0.3542
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 488 240 248 4 0 39 0 197 0 0 234 0 14 0.0167 0.0000 0.0565 5.154 0.00 10.94 -10.94 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7711 0.2289 2 2 0.0000 0.0732 0.9268 2 2 0.0000 0.0272 0.9728
chr1 220880258 A AGCAGCAACAGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 543 157 386 77 3 9 1 67 1 0 385 0 0 0.4904 0.0026 0.0026 16.222 0.49 9.34 -8.85 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3931 0.4974 0.1096 1 1 0.3888 0.4974 0.1138 1 1 0.3829 0.4974 0.1196
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 699 153 546 4 0 7 0 142 0 0 542 1 3 0.0261 0.0000 0.0073 20.857 1.50 8.56 -7.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9456 0.0544 2 2 0.0000 0.2831 0.7169 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 301 131 170 3 0 3 0 125 0 0 170 0 0 0.0229 0.0000 0.0000 42.667 0.00 1.15 -1.15 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8450 0.1550 2 2 0.0000 0.2522 0.7478 2 2 0.0000 0.1320 0.8680
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 657 187 470 79 0 11 1 96 0 0 468 0 2 0.4225 0.0000 0.0043 16.000 0.99 3.30 -2.31 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0671 0.4483 0.4846 1 2 0.0713 0.4513 0.4774 1 2 0.0772 0.4552 0.4676
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 510 120 390 5 0 2 0 113 0 0 390 0 0 0.0417 0.0000 0.0000 59.000 0.40 1.23 -0.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.6335 0.3665 2 2 0.0000 0.2990 0.7010
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 774 208 566 0 0 3 0 205 0 0 560 0 6 0.0000 0.0000 0.0106 68.333 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 410 109 301 55 1 2 1 50 1 0 300 0 0 0.5046 0.0033 0.0033 53.500 1.69 1.18 0.51 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3078 0.5221 0.1701 1 1 0.3063 0.5204 0.1732 1 1 0.3043 0.5183 0.1773
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 822 170 652 88 0 0 0 82 0 0 652 0 0 0.5176 0.0000 0.0000 170.000 0.86 1.94 -1.08 66 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2957 0.5410 0.1634 1 1 0.2952 0.5379 0.1669 1 1 0.2945 0.5340 0.1715
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 909 290 619 164 1 29 2 94 0 0 619 0 0 0.5655 0.0000 0.0000 9.000 0.20 2.90 -2.71 78 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9159 0.0831 0.0010 1 0 0.9071 0.0916 0.0013 1 0 0.8941 0.1042 0.0018
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1180 277 903 124 1 2 0 150 0 0 903 0 0 0.4477 0.0000 0.0000 137.500 3.15 1.19 1.96 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0445 0.4285 0.5270 1 2 0.0482 0.4320 0.5197 1 2 0.0536 0.4368 0.5095
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 556 171 385 104 0 3 1 63 1 0 384 0 0 0.6082 0.0026 0.0026 56.000 2.15 4.65 -2.50 92 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7456 0.2415 0.0129 1 0 0.7326 0.2526 0.0149 1 0 0.7145 0.2677 0.0178
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 703 62 641 0 0 3 3 56 0 0 632 0 9 0.0000 0.0000 0.0140 19.667 3.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1531 0.8469 2 2 0.0000 0.1576 0.8424 2 2 0.0000 0.1639 0.8361
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 761 334 427 105 1 19 0 209 0 0 422 0 5 0.3144 0.0000 0.0117 16.579 0.93 6.78 -5.85 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0140 0.9860 1 2 0.0000 0.0166 0.9833 1 2 0.0001 0.0209 0.9790
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 837 197 640 172 1 13 0 11 0 0 640 0 0 0.8731 0.0000 0.0000 14.154 0.32 3.91 -3.59 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0440 0.9560 0.0000 0 0 0.5149 0.4851 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 453 123 330 0 1 12 3 107 1 0 314 0 15 0.0000 0.0030 0.0485 9.250 8.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2872 0.7128 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0430 0.9570
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 579 195 384 175 0 18 0 2 0 0 383 0 1 0.8974 0.0000 0.0026 9.833 0.42 9.00 -8.58 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5794 0.4206 0.0000 0 0 0.9580 0.0420 0.0000 0 0 0.9800 0.0200 0.0000
chr2 24164308 GC G 0.029697 0.050 1 -1 1 201 107 94 55 0 4 0 48 0 0 94 0 0 0.5140 0.0000 0.0000 25.750 0.25 1.12 -0.87 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5428 0.4489 0.0083 1 0 0.5418 0.4497 0.0085 1 0 0.5402 0.4510 0.0088
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 264 68 196 0 0 2 0 66 0 0 191 0 5 0.0000 0.0000 0.0255 33.000 3.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1435 0.8565 2 2 0.0000 0.1479 0.8521 2 2 0.0000 0.1542 0.8458
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 391 118 273 96 0 17 0 5 1 0 272 0 0 0.8136 0.0037 0.0037 5.941 0.20 3.00 -2.80 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.2795 0.7205 0.0000 0 0 0.6147 0.3853 0.0000
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 600 221 379 65 0 113 0 43 0 0 379 0 0 0.2941 0.0000 0.0000 0.956 0.57 0.86 -0.29 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5312 0.4085 0.0603 1 0 0.5215 0.4141 0.0644 1 0 0.5085 0.4213 0.0701
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 270 108 162 95 1 9 0 3 0 0 162 0 0 0.8796 0.0000 0.0000 10.889 0.40 6.00 -5.60 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0769 0.9231 0.0000 0 0 0.5893 0.4107 0.0000 0 0 0.7656 0.2344 0.0000
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 780 116 664 26 2 16 1 71 2 1 658 0 3 0.2241 0.0030 0.0090 6.188 3.04 6.82 -3.78 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0099 0.2015 0.7885 1 2 0.0116 0.2134 0.7750 1 2 0.0141 0.2297 0.7562
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.050 1 -3 1 803 228 575 219 1 6 0 2 0 0 574 0 1 0.9605 0.0000 0.0017 37.000 0.28 3.00 -2.72 129 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6547 0.3453 0.0000 0 0 0.9684 0.0316 0.0000 0 0 0.9846 0.0154 0.0000
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 377 96 281 90 0 1 0 5 0 0 281 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 95.000 0.18 3.00 -2.82 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2461 0.7539 0.0000 0 0 0.5743 0.4257 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 530 221 309 90 0 20 5 106 0 0 309 0 0 0.4072 0.0000 0.0000 9.850 1.28 3.23 -1.95 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0667 0.4553 0.4780 1 2 0.0709 0.4578 0.4713 1 2 0.0768 0.4611 0.4621
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 583 163 420 6 60 31 0 66 0 3 414 0 3 0.0368 0.0000 0.0143 4.258 0.17 3.36 -3.20 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2224 0.5416 0.2359 1 1 0.2242 0.5385 0.2373 1 1 0.2265 0.5345 0.2390
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 588 171 417 80 0 31 2 58 0 0 413 1 3 0.4678 0.0000 0.0096 4.484 2.80 7.16 -4.36 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4424 0.4697 0.0878 1 1 0.4363 0.4716 0.0922 1 1 0.4279 0.4739 0.0981
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 488 100 388 54 0 3 0 43 0 0 388 0 0 0.5400 0.0000 0.0000 32.333 0.09 2.93 -2.84 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3782 0.4943 0.1274 1 1 0.3739 0.4947 0.1314 1 1 0.3682 0.4951 0.1367
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 501 174 327 134 1 25 0 14 0 0 327 0 0 0.7701 0.0000 0.0000 5.960 0.31 3.36 -3.04 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.1228 0.8772 0.0000
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 845 220 625 206 1 10 0 3 0 0 625 0 0 0.9364 0.0000 0.0000 20.900 0.57 9.00 -8.43 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5765 0.4235 0.0000 0 0 0.9568 0.0432 0.0000 0 0 0.9790 0.0210 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.050 1 -22 1 512 100 412 0 0 7 0 93 0 0 386 0 26 0.0000 0.0000 0.0631 13.286 18.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 526 152 374 136 1 12 0 3 0 0 370 0 4 0.8947 0.0000 0.0107 11.667 0.46 25.33 -24.87 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2148 0.7852 0.0000 0 0 0.6643 0.3357 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 610 134 476 12 0 1 0 121 0 0 466 0 10 0.0896 0.0000 0.0210 133.000 0.25 5.94 -5.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9917 0.0083 2 1 0.0000 0.7890 0.2110
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 200 50 150 12 3 11 10 14 0 0 148 1 1 0.2400 0.0000 0.0133 2.727 1.17 1.57 -0.40 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1452 0.4847 0.3701 1 1 0.1487 0.4858 0.3655 1 1 0.1533 0.4872 0.3595
chr2 165176265 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 275 87 188 45 0 2 1 39 0 0 188 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 42.500 0.16 3.08 -2.92 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2992 0.5184 0.1824 1 1 0.2979 0.5170 0.1851 1 1 0.2961 0.5152 0.1887
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 186 68 118 22 0 12 0 34 0 0 117 1 0 0.3235 0.0000 0.0085 4.667 0.86 5.71 -4.84 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1150 0.4690 0.4159 1 1 0.1191 0.4712 0.4097 1 1 0.1246 0.4739 0.4016
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 234 98 136 44 0 20 1 33 0 0 136 0 0 0.4490 0.0000 0.0000 3.900 0.07 11.09 -11.02 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3685 0.4944 0.1371 1 1 0.3644 0.4948 0.1408 1 1 0.3590 0.4952 0.1458
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 514 147 367 4 0 13 0 130 0 0 367 0 0 0.0272 0.0000 0.0000 10.308 2.75 3.11 -0.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9629 0.0371 2 2 0.0000 0.3694 0.6306 2 2 0.0000 0.1639 0.8361
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 322 135 187 68 0 2 0 65 0 0 185 0 2 0.5037 0.0000 0.0107 66.500 0.10 3.06 -2.96 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2409 0.5408 0.2182 1 1 0.2421 0.5378 0.2201 1 1 0.2435 0.5339 0.2226
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 388 185 203 82 1 7 0 95 0 0 203 0 0 0.4432 0.0000 0.0000 25.429 0.51 4.09 -3.58 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1139 0.5127 0.3734 1 1 0.1183 0.5116 0.3702 1 1 0.1241 0.5102 0.3657
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 729 163 566 98 0 7 0 58 0 0 564 0 2 0.6012 0.0000 0.0035 22.286 0.35 3.91 -3.57 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7174 0.2659 0.0167 1 0 0.7044 0.2766 0.0190 1 0 0.6865 0.2911 0.0224
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 314 125 189 3 0 12 8 102 0 0 185 1 3 0.0240 0.0000 0.0212 8.917 0.00 3.01 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8861 0.1139 2 2 0.0000 0.3136 0.6864 2 2 0.0000 0.1689 0.8311
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 316 138 178 17 5 12 97 7 0 0 178 0 0 0.1232 0.0000 0.0000 3.000 0.06 2.86 -2.80 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0041 0.1319 0.8639 1 1 0.0028 0.5161 0.4811 2 1 0.0000 0.9950 0.0050
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 244 80 164 54 10 10 1 5 0 0 164 0 0 0.6750 0.0000 0.0000 6.000 0.09 0.80 -0.71 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1273 0.8727 0.0000 0 1 0.3829 0.6171 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 283 85 198 45 0 1 0 39 0 0 197 0 1 0.5294 0.0000 0.0051 84.000 0.04 3.00 -2.96 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2992 0.5184 0.1825 1 1 0.2978 0.5170 0.1852 1 1 0.2960 0.5152 0.1887
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 626 169 457 0 0 18 0 151 0 0 453 0 4 0.0000 0.0000 0.0088 8.389 7.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0238 0.9762
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 673 181 492 0 0 7 7 167 0 0 425 0 67 0.0000 0.0000 0.1362 24.571 17.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 789 156 633 138 2 13 0 3 0 0 633 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 10.923 0.32 4.67 -4.35 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2015 0.7985 0.0000 0 0 0.8094 0.1906 0.0000 0 0 0.9036 0.0964 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 381 143 238 7 0 6 0 130 0 0 237 0 1 0.0490 0.0000 0.0042 22.833 0.29 4.02 -3.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8091 0.1909 2 2 0.0000 0.3684 0.6316
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 183 60 123 30 0 2 0 28 0 0 122 0 1 0.5000 0.0000 0.0081 29.000 0.13 2.96 -2.83 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2531 0.5177 0.2292 1 1 0.2533 0.5164 0.2303 1 1 0.2536 0.5147 0.2317
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 263 112 151 49 1 5 0 57 0 0 149 0 2 0.4375 0.0000 0.0132 21.400 1.22 4.05 -2.83 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1428 0.5093 0.3479 1 1 0.1466 0.5086 0.3449 1 1 0.1515 0.5076 0.3409
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 759 206 553 121 0 0 0 85 0 0 550 0 3 0.5874 0.0000 0.0054 206.000 0.59 2.09 -1.51 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6479 0.3273 0.0248 1 0 0.6365 0.3359 0.0276 1 0 0.6208 0.3473 0.0318
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 415 124 291 76 1 30 4 13 0 0 291 0 0 0.6129 0.0000 0.0000 3.100 0.32 3.77 -3.45 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3082 0.6909 0.0008 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0117 0.9883 0.0000
chr3 3147456 C CTAAACT 0.000531 0.050 1 6 2 380 105 275 100 1 1 0 3 0 0 275 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 104.000 0.67 5.00 -4.33 66 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 580 150 430 0 0 3 3 144 0 0 427 0 3 0.0000 0.0000 0.0070 48.667 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0037 0.9963
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 378 93 285 83 0 9 0 1 0 0 282 0 3 0.8925 0.0000 0.0105 9.333 0.59 12.00 -11.41 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0487 0.9513 0.0000 0 0 0.6997 0.3003 0.0000 0 0 0.8780 0.1220 0.0000
chr3 12187460 CTCTTCCTCCTCT C 0.051892 0.050 1 -12 2 300 133 167 60 0 8 0 65 0 0 166 0 1 0.4511 0.0000 0.0060 15.625 1.05 11.78 -10.73 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3631 0.6009 0.0360 1 1 0.3684 0.5959 0.0357 1 1 0.3754 0.5894 0.0353
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 503 106 397 3 0 3 2 98 0 0 397 0 0 0.0283 0.0000 0.0000 34.333 0.00 5.13 -5.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9148 0.0852 2 2 0.0000 0.3869 0.6131 2 2 0.0000 0.2178 0.7822
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 791 279 512 11 4 32 5 227 0 0 470 1 41 0.0394 0.0000 0.0820 8.200 5.27 10.20 -4.93 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9640 0.0360 2 2 0.0000 0.2860 0.7140
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 770 234 536 4 5 52 3 170 0 0 527 1 8 0.0171 0.0000 0.0168 3.500 0.00 5.04 -5.04 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8069 0.1931 2 2 0.0000 0.2601 0.7399
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 770 234 536 9 1 77 0 147 0 0 528 0 8 0.0385 0.0000 0.0149 2.039 1.67 5.40 -3.73 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9306 0.0694 2 2 0.0000 0.4690 0.5310
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 771 245 526 188 5 47 0 5 0 0 526 0 0 0.7673 0.0000 0.0000 4.213 4.57 3.00 1.57 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0352 0.9648 0.0000 0 0 0.8040 0.1960 0.0000 0 0 0.9404 0.0596 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 528 170 358 0 0 6 0 164 0 0 354 0 4 0.0000 0.0000 0.0112 27.333 2.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 409 167 242 0 0 3 0 164 0 0 239 0 3 0.0000 0.0000 0.0124 54.667 3.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0179 0.9821
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 657 172 485 74 0 21 7 70 0 0 483 0 2 0.4302 0.0000 0.0041 7.190 0.32 3.47 -3.15 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1751 0.5392 0.2857 1 1 0.1783 0.5362 0.2855 1 1 0.1825 0.5325 0.2850
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 365 93 272 0 0 11 1 81 0 0 269 0 3 0.0000 0.0000 0.0110 7.455 6.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1052 0.8948 2 2 0.0000 0.1093 0.8907 2 2 0.0000 0.1152 0.8848
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 555 187 368 71 0 42 0 74 0 1 360 0 7 0.3797 0.0000 0.0217 3.452 0.28 5.58 -5.30 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1383 0.5223 0.3394 1 1 0.1422 0.5205 0.3372 1 1 0.1475 0.5184 0.3341
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 211 112 99 37 0 10 0 65 0 0 98 0 1 0.3304 0.0000 0.0101 10.200 0.11 6.68 -6.57 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0356 0.3385 0.6259 1 2 0.0390 0.3474 0.6137 1 2 0.0438 0.3591 0.5971
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 296 108 188 3 0 4 52 49 0 0 182 4 2 0.0278 0.0000 0.0319 26.000 0.33 3.33 -2.99 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9038 0.0962 2 2 0.0000 0.3544 0.6456 2 2 0.0000 0.1955 0.8045
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 296 113 183 3 0 6 46 58 0 0 180 0 3 0.0265 0.0000 0.0164 17.833 0.33 3.50 -3.17 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9056 0.0944 2 2 0.0000 0.3591 0.6409 2 2 0.0000 0.1987 0.8013
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 327 130 197 67 5 13 0 45 0 0 194 0 3 0.5154 0.0000 0.0152 9.000 0.43 3.22 -2.79 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5554 0.3928 0.0518 1 0 0.5451 0.3991 0.0557 1 0 0.5313 0.4074 0.0612
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 575 135 440 4 0 3 0 128 0 0 438 0 2 0.0296 0.0000 0.0045 44.000 0.00 1.53 -1.53 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9619 0.0381 2 2 0.0000 0.3684 0.6316 2 2 0.0000 0.1637 0.8363
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 825 220 605 105 1 11 0 103 0 0 585 0 20 0.4773 0.0000 0.0331 19.000 0.08 9.52 -9.45 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0800 0.4904 0.4296 1 1 0.0844 0.4906 0.4250 1 1 0.0905 0.4910 0.4185
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 534 141 393 61 0 8 0 72 0 0 393 0 0 0.4326 0.0000 0.0000 16.625 0.34 1.61 -1.27 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1247 0.5053 0.3699 1 1 0.1288 0.5048 0.3664 1 1 0.1343 0.5042 0.3615
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 421 129 292 60 0 5 3 61 0 0 289 0 3 0.4651 0.0000 0.0103 24.800 0.23 1.25 -1.01 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1604 0.5247 0.3150 1 1 0.1638 0.5228 0.3134 1 1 0.1683 0.5204 0.3113
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.050 1 8 2 283 119 164 111 0 6 0 2 0 0 164 0 0 0.9328 0.0000 0.0000 18.833 0.86 8.00 -7.14 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3842 0.6158 0.0000 0 0 0.8024 0.1976 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 129 49 80 26 2 0 1 20 0 0 79 0 1 0.5306 0.0000 0.0125 47.000 0.27 1.55 -1.28 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3167 0.5048 0.1785 1 1 0.3144 0.5044 0.1811 1 1 0.3114 0.5040 0.1847
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 457 154 303 82 1 0 0 71 0 0 302 1 0 0.5325 0.0000 0.0033 154.000 0.20 1.17 -0.97 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3650 0.5121 0.1230 1 1 0.3618 0.5110 0.1272 1 1 0.3575 0.5098 0.1327
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1256 299 957 0 0 72 116 111 0 0 955 1 1 0.0000 0.0000 0.0021 3.042 3.28 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1267 303 964 108 5 61 7 122 1 0 963 0 0 0.3564 0.0010 0.0010 3.951 2.69 8.03 -5.34 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0916 0.5120 0.3964 1 1 0.0961 0.5108 0.3931 1 1 0.1023 0.5093 0.3884
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 537 154 383 122 0 29 0 3 0 0 383 0 0 0.7922 0.0000 0.0000 4.310 0.18 8.33 -8.15 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1391 0.8609 0.0000 0 0 0.7322 0.2678 0.0000 0 0 0.8593 0.1407 0.0000
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 336 118 218 63 0 2 0 53 0 0 218 0 0 0.5339 0.0000 0.0000 58.000 0.16 4.00 -3.84 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3600 0.5060 0.1339 1 1 0.3567 0.5055 0.1378 1 1 0.3521 0.5049 0.1431
chr3 129436704 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 804 240 564 197 17 17 0 9 0 0 564 0 0 0.8208 0.0000 0.0000 12.294 0.43 1.00 -0.57 99 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3289 0.6711 0.0000 0 0 0.8543 0.1457 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 215 110 105 0 0 0 0 110 0 0 105 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 110.000 2.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 415 147 268 4 0 4 2 137 0 0 267 0 1 0.0272 0.0000 0.0037 35.750 1.75 2.07 -0.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9508 0.0492 2 2 0.0000 0.3127 0.6873 2 2 0.0000 0.1334 0.8666
chr3 150703735 A ACCTCCT 0.500000 0.050 1 6 2 524 98 426 25 5 18 2 48 0 0 421 1 4 0.2551 0.0000 0.0117 4.278 1.08 5.23 -4.15 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0481 0.3701 0.5818 1 2 0.0519 0.3777 0.5704 1 2 0.0573 0.3878 0.5550
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 626 135 491 6 0 25 1 103 0 0 489 0 2 0.0444 0.0000 0.0041 4.400 1.17 3.14 -1.97 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8011 0.1989 2 2 0.0000 0.4230 0.5770
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 455 158 297 146 0 8 0 4 0 0 297 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 18.750 0.18 2.00 -1.82 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.7183 0.2817 0.0000 0 0 0.8824 0.1176 0.0000
chr3 195779611 GTGTCGGTGACAGGAAGGGGGGTGGCGTGACCTGTGGATGCTGAGGAAC G 0.500000 0.050 1 -48 2 215 38 177 18 2 5 2 11 2 4 160 5 6 0.4737 0.0113 0.0960 7.750 4.83 7.45 -2.62 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2482 0.5143 0.2375 1 1 0.2486 0.5132 0.2382 1 1 0.2490 0.5118 0.2392
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 936 204 732 89 1 21 0 93 1 0 713 0 18 0.4363 0.0014 0.0260 8.714 0.53 12.18 -11.65 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0683 0.4597 0.4719 1 2 0.0726 0.4619 0.4655 1 1 0.0785 0.4649 0.4566
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 274 130 144 48 1 38 0 43 0 0 140 3 1 0.3692 0.0000 0.0278 2.459 0.77 8.98 -8.21 26 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2553 0.5283 0.2164 1 1 0.2557 0.5261 0.2182 1 1 0.2562 0.5235 0.2204
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 274 130 144 56 1 29 3 41 0 0 140 0 4 0.4308 0.0000 0.0278 3.483 1.02 8.98 -7.96 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3486 0.5081 0.1433 1 1 0.3455 0.5075 0.1470 1 1 0.3414 0.5066 0.1519
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 608 146 462 93 0 0 0 53 0 0 422 0 40 0.6370 0.0000 0.0866 146.000 0.35 15.74 -15.38 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1001 0.5566 0.3433 1 1 0.1011 0.5523 0.3466 1 1 0.1023 0.5470 0.3507
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 453 180 273 0 0 50 0 130 0 0 263 0 10 0.0000 0.0000 0.0366 2.766 7.49 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0885 0.9115 2 2 0.0000 0.0939 0.9061 2 2 0.0000 0.1019 0.8981
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 662 149 513 75 1 10 1 62 1 0 509 0 3 0.5034 0.0019 0.0078 13.800 1.35 11.94 -10.59 7 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5633 0.4223 0.0144 1 0 0.5612 0.4238 0.0149 1 0 0.5583 0.4261 0.0157
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.050 1 -6 2 481 130 351 68 0 1 1 60 0 0 348 0 3 0.5231 0.0000 0.0085 129.000 0.10 5.98 -5.88 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4828 0.4959 0.0213 1 1 0.4837 0.4946 0.0217 1 1 0.4847 0.4931 0.0222
chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.050 1 3 1 491 98 393 32 3 30 5 28 1 0 385 2 5 0.3265 0.0025 0.0204 2.310 2.41 3.64 -1.24 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1964 0.5184 0.2852 1 1 0.1987 0.5170 0.2843 1 1 0.2016 0.5153 0.2831
chr4 15511381 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 4 252 118 134 105 0 10 0 3 0 0 134 0 0 0.8898 0.0000 0.0000 10.800 0.24 3.00 -2.76 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0950 0.9050 0.0000 0 0 0.6425 0.3575 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 405 153 252 144 0 5 0 4 0 0 252 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 29.600 0.32 10.25 -9.93 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0518 0.9482 0.0000 0 0 0.7068 0.2932 0.0000 0 0 0.8771 0.1229 0.0000
chr4 54100743 GCACCACCAT G 0.500000 0.050 1 -9 1 627 175 452 106 0 5 1 63 0 0 447 0 5 0.6057 0.0000 0.0111 34.000 1.00 9.35 -8.35 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7028 0.2791 0.0181 1 0 0.6902 0.2894 0.0204 1 0 0.6728 0.3033 0.0240
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 699 140 559 70 1 14 0 55 0 0 526 0 33 0.5000 0.0000 0.0590 9.000 1.26 15.91 -14.65 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0832 0.4689 0.4479 1 1 0.0876 0.4707 0.4418 1 1 0.0935 0.4731 0.4334
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 450 127 323 121 0 3 0 3 0 2 321 0 0 0.9528 0.0000 0.0062 41.333 1.80 2.33 -0.53 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1464 0.8536 0.0000 0 0 0.7440 0.2560 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000
chr4 73258354 TCCGCCTCCACCG T 0.500000 0.050 1 -12 2 693 266 427 235 1 27 0 3 0 0 426 1 0 0.8835 0.0000 0.0023 9.192 0.88 9.33 -8.45 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5446 0.4554 0.0000 0 0 0.9648 0.0352 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2352 535 1817 343 9 156 3 24 2 4 1805 3 3 0.6411 0.0011 0.0066 2.442 1.38 9.83 -8.45 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0679 0.9321 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 3561 697 2864 613 15 47 8 14 7 26 2822 8 1 0.8795 0.0024 0.0147 14.884 1.59 6.14 -4.56 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4550 0.5450 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3893 888 3005 777 24 44 10 33 56 54 2690 164 41 0.8750 0.0186 0.1048 20.775 2.41 9.42 -7.01 123 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3982 1039 2943 401 35 172 36 395 273 73 2561 19 17 0.3859 0.0928 0.1298 5.072 2.07 9.38 -7.31 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 288 98 190 58 0 4 0 36 0 0 190 0 0 0.5918 0.0000 0.0000 23.500 0.14 1.19 -1.06 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5348 0.4044 0.0608 1 0 0.5249 0.4103 0.0649 1 0 0.5115 0.4179 0.0706
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 710 160 550 7 0 7 0 146 0 0 549 0 1 0.0437 0.0000 0.0018 21.857 0.00 3.92 -3.92 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7407 0.2593 2 2 0.0000 0.2844 0.7156
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 594 224 370 1 0 23 10 190 0 0 365 1 4 0.0045 0.0000 0.0135 8.739 1.00 3.00 -2.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0286 0.9714 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0105 0.9895
chr4 143611326 GCTCCCAGCTGTC G 0.500000 0.050 1 -12 2 216 77 139 51 0 1 0 25 0 0 138 0 1 0.6623 0.0000 0.0072 76.000 0.12 11.60 -11.48 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5804 0.3706 0.0490 1 0 0.5689 0.3782 0.0528 1 0 0.5535 0.3883 0.0582
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 551 187 364 13 2 52 6 114 0 0 358 5 1 0.0695 0.0000 0.0165 2.577 1.15 3.50 -2.35 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9293 0.0707
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 234 90 144 34 1 11 1 43 0 0 144 0 0 0.3778 0.0000 0.0000 7.182 0.56 5.35 -4.79 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1455 0.5001 0.3544 1 1 0.1491 0.5001 0.3508 1 1 0.1539 0.5000 0.3461
chr4 174977850 T TCAGAGTCAACCTCCTGTGATGCCTTCCCAGAGTCATCCTCAGTTGACGCCTTCC 0.500000 0.050 1 54 1 973 238 735 56 1 98 0 83 1 1 733 0 0 0.2353 0.0014 0.0027 1.443 0.66 5.48 -4.82 8 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0498 0.3955 0.5547 1 2 0.0537 0.4016 0.5448 1 2 0.0592 0.4095 0.5313
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 903 201 702 104 1 3 0 93 0 0 701 0 1 0.5174 0.0000 0.0014 66.000 0.15 3.08 -2.92 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3547 0.5256 0.1197 1 1 0.3524 0.5235 0.1240 1 1 0.3492 0.5210 0.1299
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 857 190 667 0 0 24 10 156 0 0 660 0 7 0.0000 0.0000 0.0105 6.917 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr5 59893368 CGGGGGCGGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -15 2 341 108 233 95 0 11 0 2 0 0 233 0 0 0.8796 0.0000 0.0000 8.818 1.28 8.00 -6.72 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2896 0.7104 0.0000 0 0 0.7282 0.2718 0.0000 0 0 0.8197 0.1803 0.0000
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 345 115 230 51 1 18 3 42 1 0 227 0 2 0.4435 0.0043 0.0130 5.333 0.53 4.69 -4.16 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3127 0.5186 0.1687 1 1 0.3110 0.5172 0.1718 1 1 0.3087 0.5154 0.1759
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 365 47 318 0 0 29 0 18 0 0 310 2 6 0.0000 0.0000 0.0252 0.621 9.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3425 0.6575 2 2 0.0000 0.3455 0.6545 2 2 0.0000 0.3495 0.6505
chr5 73447202 GGCGGCGGCGGCCTGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 478 115 363 77 0 4 0 34 1 0 356 0 6 0.6696 0.0028 0.0193 27.750 1.22 12.68 -11.46 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7266 0.2565 0.0170 1 0 0.7131 0.2677 0.0192 1 0 0.6945 0.2828 0.0227
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 402 108 294 47 0 4 0 57 0 0 292 0 2 0.4352 0.0000 0.0068 26.000 0.19 5.05 -4.86 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1191 0.4907 0.3902 1 1 0.1232 0.4913 0.3855 1 1 0.1287 0.4920 0.3793
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 609 164 445 152 0 7 0 5 0 0 444 0 1 0.9268 0.0000 0.0022 22.429 0.19 3.00 -2.81 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.4357 0.5643 0.0000 0 0 0.8044 0.1956 0.0000
chr5 78985127 GCCCCGGCGC G 0.500000 0.050 1 -9 2 492 127 365 74 0 7 0 46 1 0 363 0 1 0.5827 0.0027 0.0055 17.143 0.50 8.76 -8.26 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6082 0.3537 0.0382 1 0 0.5966 0.3618 0.0416 1 0 0.5808 0.3725 0.0467
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 265 87 178 35 1 11 1 39 0 0 174 0 4 0.4023 0.0000 0.0225 6.909 5.57 20.77 -15.20 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1543 0.5054 0.3404 1 1 0.1577 0.5049 0.3374 1 1 0.1622 0.5044 0.3334
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 255 66 189 27 1 0 0 38 0 0 187 0 2 0.4091 0.0000 0.0106 66.000 7.07 23.13 -16.06 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1213 0.4787 0.4000 1 1 0.1253 0.4802 0.3946 1 1 0.1307 0.4820 0.3873
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 190 86 104 41 0 5 0 40 0 0 103 0 1 0.4767 0.0000 0.0096 16.200 0.05 3.60 -3.55 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2375 0.5250 0.2375 1 1 0.2384 0.5231 0.2384 1 1 0.2396 0.5208 0.2396
chr5 113488351 T TGCCGCTGCC 0.500000 0.050 1 9 1 270 105 165 45 4 1 1 54 0 0 165 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 100.000 1.27 7.70 -6.44 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1592 0.5155 0.3253 1 1 0.1626 0.5143 0.3231 1 1 0.1670 0.5128 0.3202
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 595 162 433 2 0 21 4 135 0 0 425 0 8 0.0123 0.0000 0.0185 6.714 0.00 3.66 -3.66 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3896 0.6104 2 2 0.0000 0.0909 0.9091 2 2 0.0000 0.0577 0.9423
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 661 127 534 63 0 3 0 61 0 0 534 0 0 0.4961 0.0000 0.0000 41.333 0.24 1.23 -0.99 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2545 0.5366 0.2089 1 1 0.2552 0.5338 0.2110 1 1 0.2559 0.5304 0.2137
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 419 146 273 121 0 22 0 3 0 0 273 0 0 0.8288 0.0000 0.0000 5.636 0.58 6.00 -5.42 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1355 0.8645 0.0000 0 0 0.7272 0.2728 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 234 91 143 39 1 1 0 50 0 0 143 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 89.000 0.26 3.90 -3.64 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1345 0.4968 0.3687 1 1 0.1383 0.4970 0.3647 1 1 0.1434 0.4972 0.3594
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 317 123 194 121 0 0 0 2 0 0 194 0 0 0.9837 0.0000 0.0000 123.000 0.24 4.50 -4.26 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4454 0.5546 0.0000 0 0 0.8387 0.1613 0.0000 0 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 317 124 193 120 1 1 0 2 0 0 193 0 0 0.9677 0.0000 0.0000 123.000 0.23 4.50 -4.27 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4511 0.5489 0.0000 0 0 0.8408 0.1592 0.0000 0 0 0.8976 0.1024 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 992 265 727 124 2 14 0 125 0 0 727 0 0 0.4679 0.0000 0.0000 17.929 0.23 1.25 -1.01 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5756 0.2011 1 1 0.2258 0.5700 0.2042 1 1 0.2289 0.5629 0.2082
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 497 115 382 0 0 9 1 105 0 0 367 0 15 0.0000 0.0000 0.0393 11.778 8.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 330 118 212 91 0 24 0 3 0 0 212 0 0 0.7712 0.0000 0.0000 3.917 0.43 8.00 -7.57 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0757 0.9243 0.0000 0 0 0.5638 0.4362 0.0000 0 0 0.7449 0.2551 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 758 198 560 94 0 1 0 103 0 0 560 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 197.000 0.94 1.64 -0.70 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.5361 0.3288 1 1 0.1392 0.5334 0.3275 1 1 0.1447 0.5299 0.3254
chr5 150657039 T TCGGCTCAAGCGTGGCAGCCTC 0.500000 0.050 1 21 2 581 173 408 53 1 29 0 90 1 0 404 0 3 0.3064 0.0025 0.0098 4.966 0.81 7.48 -6.67 31 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0168 0.2636 0.7196 1 2 0.0191 0.2745 0.7065 1 2 0.0225 0.2891 0.6884
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 456 174 282 167 0 4 0 3 0 0 282 0 0 0.9598 0.0000 0.0000 42.500 3.07 5.67 -2.59 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3331 0.6669 0.0000 0 0 0.8924 0.1076 0.0000 0 0 0.9473 0.0527 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 453 168 285 4 1 18 1 144 0 0 285 0 0 0.0238 0.0000 0.0000 8.278 3.75 12.35 -8.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9873 0.0127 2 2 0.0000 0.4356 0.5644 2 2 0.0000 0.1648 0.8352
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 451 145 306 0 108 5 1 31 0 0 305 0 1 0.0000 0.0000 0.0033 28.000 6.29 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9434 0.0560 0.0006 1 0 0.9359 0.0633 0.0008 0 1 0.4590 0.5404 0.0006
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 225 74 151 34 0 4 0 36 0 0 151 0 0 0.4595 0.0000 0.0000 17.500 0.41 3.19 -2.78 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2163 0.5201 0.2636 1 1 0.2179 0.5186 0.2635 1 1 0.2199 0.5167 0.2633
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 499 122 377 50 1 11 0 60 0 0 373 0 4 0.4098 0.0000 0.0106 10.091 0.96 4.02 -3.06 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1108 0.4863 0.4028 1 1 0.1150 0.4871 0.3978 1 1 0.1207 0.4882 0.3910
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 455 204 251 89 2 38 2 73 0 0 251 0 0 0.4363 0.0000 0.0000 4.342 0.94 3.38 -2.44 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4318 0.4793 0.0889 1 1 0.4263 0.4805 0.0932 1 1 0.4188 0.4820 0.0992
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 697 123 574 3 0 13 0 107 0 0 574 0 0 0.0244 0.0000 0.0000 8.462 1.33 3.31 -1.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8986 0.1014 2 2 0.0000 0.3456 0.6544 2 2 0.0000 0.1898 0.8102
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 550 127 423 1 0 19 1 106 0 0 419 1 3 0.0079 0.0000 0.0095 5.684 2.00 3.40 -1.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2341 0.7659 2 2 0.0000 0.1096 0.8904 2 2 0.0000 0.0899 0.9101
chr6 1610525 GCGCGGCGGC G 0.000960 0.050 1 -9 2 523 130 393 67 4 12 0 47 1 0 390 0 2 0.5154 0.0025 0.0076 9.750 2.16 8.77 -6.60 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7267 0.2732 0.0001 1 0 0.7203 0.2797 0.0001 1 0 0.7115 0.2884 0.0001
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 639 158 481 74 1 23 2 58 6 0 469 1 5 0.4684 0.0125 0.0249 5.826 2.04 4.45 -2.41 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5612 0.4057 0.0330 1 0 0.5569 0.4085 0.0347 1 0 0.5509 0.4122 0.0369
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 584 127 457 68 5 15 1 38 0 1 450 2 4 0.5354 0.0000 0.0153 7.467 0.81 3.71 -2.90 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7285 0.2592 0.0123 1 0 0.7190 0.2674 0.0136 1 0 0.7059 0.2787 0.0154
chr6 16327663 C CTGA 0.002924 0.050 1 3 1 985 223 762 115 6 2 24 76 0 1 755 6 0 0.5157 0.0000 0.0092 101.500 1.16 6.07 -4.91 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6891 0.3106 0.0002 1 0 0.6846 0.3152 0.0003 1 0 0.6783 0.3214 0.0003
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 644 135 509 125 1 4 0 5 0 0 508 0 1 0.9259 0.0000 0.0020 32.500 0.30 10.00 -9.70 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 0 0.5084 0.4916 0.0000 0 0 0.8485 0.1515 0.0000
chr6 29828657 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 569 171 398 82 0 6 1 82 0 0 397 0 1 0.4795 0.0000 0.0025 27.333 0.84 1.85 -1.01 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2053 0.5494 0.2453 1 1 0.2078 0.5457 0.2465 1 1 0.2109 0.5410 0.2480
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 434 121 313 0 0 1 1 119 0 0 313 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 120.000 1.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0494 0.9506 2 2 0.0000 0.0534 0.9466
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 945 227 718 211 1 4 0 11 0 0 718 0 0 0.9295 0.0000 0.0000 55.750 1.04 4.27 -3.23 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1074 0.8926 0.0000 0 0 0.7299 0.2701 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 637 158 479 139 5 8 1 5 0 0 479 0 0 0.8797 0.0000 0.0000 18.500 0.52 1.40 -0.88 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 0 0.5133 0.4867 0.0000 0 0 0.8108 0.1892 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 759 213 546 104 87 4 0 18 0 0 546 0 0 0.4883 0.0000 0.0000 52.000 0.47 2.00 -1.53 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0932 0.9068 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 624 197 427 115 1 8 0 73 0 0 415 0 12 0.5838 0.0000 0.0281 23.625 0.47 11.26 -10.79 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6254 0.3454 0.0292 1 0 0.6143 0.3534 0.0323 1 0 0.5993 0.3640 0.0368
chr6 31954663 TGTCTCGATCCCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 922 242 680 217 1 20 0 4 1 0 679 0 0 0.8967 0.0015 0.0015 11.100 0.25 12.00 -11.75 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2652 0.7348 0.0000 0 0 0.9387 0.0613 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000
chr6 32129540 G GAGACTTATGAGA 0.500000 0.050 1 12 1 654 154 500 141 1 11 0 1 0 0 499 0 1 0.9156 0.0000 0.0020 12.909 0.62 12.00 -11.38 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5757 0.4243 0.0000 0 0 0.8969 0.1031 0.0000 0 0 0.9345 0.0655 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 305 88 217 58 0 1 0 29 0 0 217 0 0 0.6591 0.0000 0.0000 87.000 0.38 3.93 -3.55 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6300 0.3341 0.0358 1 0 0.6175 0.3433 0.0392 1 0 0.6005 0.3554 0.0441
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 45 25 20 8 0 2 2 13 0 0 20 0 0 0.3200 0.0000 0.0000 11.500 1.75 8.85 -7.10 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1715 0.4933 0.3352 1 1 0.1743 0.4938 0.3319 1 1 0.1779 0.4946 0.3275
chr6 32530180 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 224 99 125 7 62 7 13 10 0 0 125 0 0 0.0707 0.0000 0.0000 4.571 0.00 4.90 -4.90 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6782 0.2943 0.0275 1 0 0.6645 0.3051 0.0304 1 0 0.6312 0.3348 0.0340
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 778 307 471 213 11 40 1 42 1 0 468 0 2 0.6938 0.0021 0.0064 6.821 6.69 7.52 -0.83 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 776 303 473 239 9 13 1 41 1 0 470 0 2 0.7888 0.0021 0.0063 26.364 7.31 7.61 -0.30 109 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 556 139 417 0 4 5 0 130 0 0 414 0 3 0.0000 0.0000 0.0072 26.800 3.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6491 0.3509 2 2 0.0000 0.2426 0.7574 2 2 0.0000 0.1318 0.8682
chr6 43198673 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 2 255 80 175 74 0 1 0 5 0 0 174 0 1 0.9250 0.0000 0.0057 79.000 0.08 3.00 -2.92 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1014 0.8986 0.0000 0 1 0.3880 0.6120 0.0000
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 855 184 671 150 3 23 0 8 0 0 671 0 0 0.8152 0.0000 0.0000 7.000 0.65 3.38 -2.73 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1729 0.8271 0.0000 0 0 0.6679 0.3321 0.0000
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.050 1 -6 1 469 124 345 45 1 36 0 42 0 0 344 0 1 0.3629 0.0000 0.0029 2.444 2.60 8.19 -5.59 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2738 0.5243 0.2019 1 1 0.2735 0.5224 0.2041 1 1 0.2730 0.5201 0.2069
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 574 148 426 6 0 80 1 61 0 0 404 0 22 0.0405 0.0000 0.0516 0.850 15.33 8.15 7.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8739 0.1261 2 1 0.0000 0.5539 0.4461
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 574 188 386 121 0 57 0 10 0 0 386 0 0 0.6436 0.0000 0.0000 2.298 4.39 9.70 -5.31 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0243 0.9757 0.0000 0 1 0.3067 0.6933 0.0000
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 777 134 643 59 2 35 0 38 2 1 625 4 11 0.4403 0.0031 0.0280 2.829 1.14 3.97 -2.84 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3744 0.5001 0.1255 1 1 0.3705 0.5000 0.1296 1 1 0.3652 0.4999 0.1350
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 136 46 90 21 0 6 2 17 0 0 90 0 0 0.4565 0.0000 0.0000 6.667 0.19 3.65 -3.46 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2696 0.5108 0.2195 1 1 0.2691 0.5100 0.2209 1 1 0.2684 0.5090 0.2226
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 843 169 674 0 0 8 0 161 0 0 666 0 8 0.0000 0.0000 0.0119 20.125 3.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 2 2 0.0000 0.0171 0.9829
chr6 149749749 G GGCAGCGGCGGCGACGGCAGTAACA 0.500000 0.050 1 24 1 279 96 183 56 0 12 0 28 0 0 166 0 17 0.5833 0.0000 0.0929 7.000 0.16 13.07 -12.91 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3773 0.4956 0.1271 1 1 0.3731 0.4958 0.1311 1 1 0.3675 0.4961 0.1364
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 999 245 754 229 0 10 0 6 0 0 754 0 0 0.9347 0.0000 0.0000 23.500 0.22 3.00 -2.78 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0174 0.9826 0.0000 0 0 0.8376 0.1624 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000
chr6 156778871 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 523 146 377 114 9 15 5 3 1 1 375 0 0 0.7808 0.0027 0.0053 9.000 2.42 1.00 1.42 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0332 0.9668 0.0000 0 0 0.5086 0.4914 0.0000 0 0 0.7558 0.2442 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 668 240 428 0 0 35 2 203 0 0 404 0 24 0.0000 0.0000 0.0561 5.857 15.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 493 184 309 107 0 6 1 70 0 0 305 0 4 0.5815 0.0000 0.0129 29.667 0.17 4.90 -4.73 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6432 0.3297 0.0271 1 0 0.6316 0.3384 0.0300 1 0 0.6157 0.3499 0.0344
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 215 80 135 41 0 2 0 37 0 0 134 0 1 0.5125 0.0000 0.0074 39.000 5.59 10.35 -4.77 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2746 0.5214 0.2041 1 1 0.2741 0.5198 0.2061 1 1 0.2735 0.5177 0.2088
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 215 74 141 2 0 11 0 61 0 0 137 0 4 0.0270 0.0000 0.0284 5.727 0.00 9.87 -9.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8361 0.1639 2 2 0.0000 0.4336 0.5664 2 2 0.0000 0.3069 0.6931
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 378 165 213 1 0 18 9 137 0 0 210 0 3 0.0061 0.0000 0.0141 8.167 3.00 3.17 -0.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0971 0.9029 2 2 0.0000 0.0464 0.9536 2 2 0.0000 0.0390 0.9610
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 652 213 439 60 43 18 49 43 0 0 439 0 0 0.2817 0.0000 0.0000 11.286 1.92 9.95 -8.04 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5026 0.4350 0.0624 1 0 0.4946 0.4388 0.0666 1 0 0.4838 0.4438 0.0724
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 651 198 453 87 17 12 62 20 0 0 453 0 0 0.4394 0.0000 0.0000 16.750 3.22 16.55 -13.33 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6345 0.3358 0.0298 1 0 0.6228 0.3444 0.0329 1 0 0.6068 0.3558 0.0374
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 294 93 201 0 0 3 1 89 0 0 198 0 3 0.0000 0.0000 0.0149 30.000 3.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0878 0.9122 2 2 0.0000 0.0916 0.9084 2 2 0.0000 0.0971 0.9029
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 339 114 225 46 0 29 0 39 0 0 224 0 1 0.4035 0.0000 0.0044 2.931 0.37 3.79 -3.43 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.5154 0.1725 1 1 0.3103 0.5142 0.1754 1 1 0.3079 0.5128 0.1794
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 243 95 148 0 0 3 0 92 0 0 147 0 1 0.0000 0.0000 0.0068 30.667 1.71 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0879 0.9121 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 719 201 518 87 1 33 6 74 0 0 517 0 1 0.4328 0.0000 0.0019 5.219 0.21 3.18 -2.97 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3056 0.5377 0.1567 1 1 0.3048 0.5349 0.1603 1 1 0.3036 0.5313 0.1652
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 394 105 289 56 0 2 0 47 0 0 288 0 1 0.5333 0.0000 0.0035 51.500 0.21 3.15 -2.93 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.5127 0.1520 1 1 0.3327 0.5117 0.1555 1 1 0.3293 0.5105 0.1602
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 131 58 73 29 3 3 4 19 0 0 72 1 0 0.5000 0.0000 0.0137 17.333 0.14 1.26 -1.13 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3492 0.4961 0.1547 1 1 0.3457 0.4964 0.1580 1 1 0.3409 0.4967 0.1624
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 552 148 404 89 1 1 0 57 0 0 404 0 0 0.6014 0.0000 0.0000 147.000 0.21 1.30 -1.08 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6637 0.3109 0.0254 1 0 0.6513 0.3205 0.0283 1 0 0.6343 0.3332 0.0325
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 203 64 139 30 0 0 0 34 0 0 139 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 64.000 0.13 3.15 -3.01 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1953 0.5147 0.2900 1 1 0.1975 0.5136 0.2889 1 1 0.2004 0.5122 0.2874
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 270 106 164 46 0 2 1 57 0 0 163 0 1 0.4340 0.0000 0.0061 104.000 0.35 3.19 -2.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1093 0.4811 0.4096 1 1 0.1135 0.4823 0.4042 1 1 0.1191 0.4839 0.3970
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 339 108 231 52 1 24 0 31 0 0 231 0 0 0.4815 0.0000 0.0000 3.500 0.31 3.00 -2.69 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5374 0.4015 0.0611 1 0 0.5272 0.4076 0.0652 1 0 0.5136 0.4155 0.0709
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 381 131 250 69 0 0 0 62 0 0 250 0 0 0.5267 0.0000 0.0000 131.000 0.10 1.71 -1.61 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3164 0.5253 0.1583 1 1 0.3148 0.5234 0.1618 1 1 0.3126 0.5210 0.1664
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 895 245 650 0 0 19 1 225 0 0 640 0 10 0.0000 0.0000 0.0154 11.842 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 659 161 498 66 0 19 1 75 0 0 496 0 2 0.4099 0.0000 0.0040 7.474 0.39 3.57 -3.18 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1170 0.5028 0.3802 1 1 0.1212 0.5025 0.3763 1 1 0.1269 0.5020 0.3711
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 567 220 347 127 13 75 2 3 0 0 347 0 0 0.5773 0.0000 0.0000 1.907 1.12 4.67 -3.55 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1427 0.8573 0.0000 0 0 0.7534 0.2466 0.0000 0 0 0.8791 0.1209 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 505 144 361 68 0 3 1 72 0 0 359 0 2 0.4722 0.0000 0.0055 47.000 0.43 3.97 -3.55 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1571 0.5290 0.3139 1 1 0.1607 0.5268 0.3125 1 1 0.1654 0.5240 0.3106
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 201 84 117 55 0 0 0 29 0 0 111 0 6 0.6548 0.0000 0.0513 84.000 0.15 26.90 -26.75 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5079 0.4218 0.0703 1 0 0.4988 0.4268 0.0745 1 0 0.4865 0.4331 0.0803
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 668 210 458 99 0 12 0 99 1 0 455 0 2 0.4714 0.0022 0.0066 16.500 0.38 3.32 -2.94 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2087 0.5608 0.2305 1 1 0.2113 0.5562 0.2324 1 1 0.2146 0.5505 0.2349
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 399 127 272 3 0 34 1 89 1 0 256 0 15 0.0236 0.0037 0.0588 2.818 4.33 7.39 -3.06 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9769 0.0231 2 1 0.0000 0.5188 0.4812 2 2 0.0000 0.2646 0.7354
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 12 1 399 127 272 7 2 55 2 61 1 1 258 2 10 0.0551 0.0037 0.0515 1.315 3.86 7.28 -3.42 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9873 0.0127 2 1 0.0000 0.8511 0.1489
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 840 216 624 199 0 14 0 3 0 0 624 0 0 0.9213 0.0000 0.0000 14.429 0.69 4.00 -3.31 57 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5279 0.4721 0.0000 0 0 0.9481 0.0519 0.0000 0 0 0.9748 0.0252 0.0000
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 445 222 223 83 1 37 1 100 0 1 216 0 6 0.3739 0.0000 0.0314 4.973 7.27 6.07 1.20 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0584 0.4345 0.5071 1 2 0.0625 0.4382 0.4993 1 2 0.0682 0.4431 0.4887
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 445 231 214 112 0 31 0 88 0 0 212 0 2 0.4848 0.0000 0.0093 6.452 5.42 6.91 -1.49 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5060 0.4365 0.0575 1 0 0.4984 0.4401 0.0615 1 0 0.4880 0.4447 0.0673
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 263 86 177 42 1 1 1 41 0 0 174 0 3 0.4884 0.0000 0.0169 84.000 0.05 3.37 -3.32 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2117 0.5253 0.2631 1 1 0.2135 0.5234 0.2631 1 1 0.2159 0.5210 0.2632
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1008 266 742 3 1 35 9 218 0 0 737 1 4 0.0113 0.0000 0.0067 6.543 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3048 0.6952 2 2 0.0000 0.0263 0.9737 2 2 0.0000 0.0127 0.9873
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 813 208 605 183 2 14 0 9 0 0 605 0 0 0.8798 0.0000 0.0000 14.923 0.31 1.22 -0.92 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1879 0.8121 0.0000 0 0 0.7434 0.2566 0.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 780 162 618 92 0 4 0 66 0 0 617 0 1 0.5679 0.0000 0.0016 39.500 0.39 4.27 -3.88 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5586 0.3942 0.0472 1 0 0.5488 0.4002 0.0510 1 0 0.5355 0.4082 0.0564
chr7 144667784 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 211 96 115 91 0 3 0 2 0 0 115 0 0 0.9479 0.0000 0.0000 31.000 0.09 2.50 -2.41 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2798 0.7202 0.0000 0 0 0.7135 0.2865 0.0000 0 0 0.8083 0.1917 0.0000
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 880 207 673 3 0 5 0 199 0 0 668 0 5 0.0145 0.0000 0.0074 40.400 1.00 1.28 -0.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4358 0.5642 2 2 0.0000 0.0461 0.9539 2 2 0.0000 0.0224 0.9776
chr7 150331050 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 828 227 601 213 0 4 0 10 0 0 601 0 0 0.9383 0.0000 0.0000 55.750 0.21 1.00 -0.79 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1963 0.8037 0.0000 0 0 0.8013 0.1987 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 418 82 336 0 0 0 16 66 0 0 314 7 15 0.0000 0.0000 0.0655 81.000 6.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0668 0.9332 2 2 0.0000 0.0702 0.9298 2 2 0.0000 0.0751 0.9249
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 417 82 335 0 1 6 9 66 0 0 309 8 18 0.0000 0.0000 0.0776 36.000 6.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0701 0.9299 2 2 0.0000 0.0735 0.9265 2 2 0.0000 0.0784 0.9216
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 419 83 336 0 0 9 8 66 0 0 278 22 36 0.0000 0.0000 0.1726 9.125 6.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0350 0.9650 2 2 0.0000 0.0373 0.9627 2 2 0.0000 0.0408 0.9592
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 397 144 253 0 0 1 2 141 0 0 253 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 141.000 1.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0316 0.9684
chr7 157009949 A AGCGGCGGCGGCG 0.500000 0.050 1 12 5 530 62 468 6 6 22 9 19 1 0 464 0 3 0.0968 0.0021 0.0085 1.789 3.83 8.00 -4.17 4 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0801 0.4206 0.4994 1 2 0.0843 0.4259 0.4898 1 2 0.0896 0.4358 0.4746
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 438 105 333 55 0 3 0 47 0 0 331 0 2 0.5238 0.0000 0.0060 34.000 0.16 3.30 -3.13 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3086 0.5209 0.1705 1 1 0.3071 0.5193 0.1736 1 1 0.3050 0.5173 0.1777
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 274 120 154 113 0 4 0 3 0 0 154 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 29.000 0.39 6.33 -5.94 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1483 0.8517 0.0000 0 0 0.7482 0.2518 0.0000 0 0 0.8698 0.1302 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 918 191 727 162 0 19 0 10 0 0 727 0 0 0.8482 0.0000 0.0000 9.053 0.60 5.90 -5.30 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0544 0.9456 0.0000 0 1 0.4987 0.5013 0.0000
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 752 155 597 62 0 39 1 53 0 0 592 0 5 0.4000 0.0000 0.0084 2.949 0.31 6.60 -6.30 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2829 0.5316 0.1855 1 1 0.2830 0.5292 0.1878 1 1 0.2831 0.5261 0.1909
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 320 119 201 57 0 6 0 56 0 0 201 0 0 0.4790 0.0000 0.0000 18.833 0.35 3.00 -2.65 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2663 0.5330 0.2007 1 1 0.2673 0.5305 0.2022 1 1 0.2685 0.5273 0.2041
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1195 320 875 121 4 20 79 96 1 2 849 7 16 0.3781 0.0011 0.0297 16.643 3.39 6.04 -2.65 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0207 0.5389 0.4403 1 1 0.0245 0.5563 0.4192 1 1 0.0304 0.5784 0.3912
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 664 283 381 0 0 34 1 248 0 0 380 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 7.324 6.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 653 218 435 112 0 6 0 100 0 0 434 0 1 0.5138 0.0000 0.0023 35.333 0.39 3.34 -2.95 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4127 0.5018 0.0855 1 1 0.4109 0.5003 0.0888 1 1 0.4082 0.4985 0.0932
chr8 55786336 TGAAGAA T 0.000659 0.050 1 -6 1 596 176 420 166 1 6 0 3 0 0 420 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 28.333 0.16 4.00 -3.84 80 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 657 203 454 147 12 38 0 6 0 0 454 0 0 0.7241 0.0000 0.0000 4.342 0.41 3.50 -3.09 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0380 0.9620 0.0000 0 0 0.9218 0.0782 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 310 99 211 42 0 15 1 41 0 0 201 0 10 0.4242 0.0000 0.0474 5.600 0.29 12.73 -12.45 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1358 0.4993 0.3649 1 1 0.1396 0.4993 0.3611 1 1 0.1447 0.4993 0.3560
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 790 269 521 256 1 8 0 4 0 0 521 0 0 0.9517 0.0000 0.0000 32.625 2.57 14.75 -12.18 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4837 0.5163 0.0000 0 0 0.9750 0.0250 0.0000 0 0 0.9907 0.0093 0.0000
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 331 130 201 77 0 2 0 51 0 0 199 1 1 0.5923 0.0000 0.0100 64.000 1.00 3.98 -2.98 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5538 0.3950 0.0513 1 0 0.5437 0.4011 0.0552 1 0 0.5301 0.4092 0.0607
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 517 155 362 0 0 24 9 122 0 0 357 1 4 0.0000 0.0000 0.0138 5.458 4.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0317 0.9683 2 2 0.0000 0.0339 0.9661 2 2 0.0000 0.0371 0.9629
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1016 197 819 91 0 30 0 76 0 1 803 0 15 0.4619 0.0000 0.0195 5.567 0.53 12.29 -11.76 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2311 0.5554 0.2136 1 1 0.2329 0.5512 0.2159 1 1 0.2351 0.5460 0.2189
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 648 198 450 68 1 46 14 69 0 0 450 0 0 0.3434 0.0000 0.0000 3.304 0.31 3.57 -3.26 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2219 0.6277 0.1504 1 1 0.2295 0.6231 0.1474 1 1 0.2396 0.6170 0.1434
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 342 93 249 59 0 30 0 4 0 0 249 0 0 0.6344 0.0000 0.0000 2.100 0.44 5.50 -5.06 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.2289 0.7711 0.0000 0 1 0.4821 0.5179 0.0000
chr9 27524366 G GTGTT 0.500000 0.050 1 4 4 348 100 248 59 0 4 0 37 0 0 243 0 5 0.5900 0.0000 0.0202 24.000 0.14 6.41 -6.27 35 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4624 0.4515 0.0861 1 0 0.4550 0.4546 0.0904 1 1 0.4451 0.4586 0.0963
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 387 119 268 0 0 2 0 117 0 0 268 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 58.500 1.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 452 176 276 89 1 7 1 78 0 0 275 0 1 0.5057 0.0000 0.0036 24.143 0.93 3.05 -2.12 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3475 0.5227 0.1298 1 1 0.3452 0.5209 0.1339 1 1 0.3419 0.5187 0.1394
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 758 144 614 73 0 3 0 68 0 0 613 0 1 0.5069 0.0000 0.0016 47.000 0.68 4.66 -3.98 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2758 0.5384 0.1857 1 1 0.2759 0.5355 0.1886 1 1 0.2758 0.5319 0.1923
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 851 227 624 106 0 34 0 87 0 0 614 0 10 0.4670 0.0000 0.0160 5.676 0.42 11.14 -10.72 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3275 0.5380 0.1345 1 1 0.3263 0.5350 0.1387 1 1 0.3244 0.5314 0.1442
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 468 93 375 6 0 1 0 86 0 0 373 0 2 0.0645 0.0000 0.0053 92.000 1.00 1.06 -0.06 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8622 0.1378 2 1 0.0000 0.5297 0.4703
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 271 109 162 53 0 1 0 55 0 0 160 0 2 0.4862 0.0000 0.0123 108.000 0.13 3.16 -3.03 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1896 0.5287 0.2816 1 1 0.1923 0.5265 0.2812 1 1 0.1957 0.5238 0.2805
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 492 129 363 0 0 3 1 125 0 0 347 0 16 0.0000 0.0000 0.0441 42.000 12.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 796 157 639 0 0 16 0 141 0 0 630 0 9 0.0000 0.0000 0.0141 8.812 9.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0267 0.9733
chr9 77384631 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 497 162 335 80 0 20 5 57 0 0 334 0 1 0.4938 0.0000 0.0030 7.100 0.16 3.05 -2.89 60 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4518 0.4642 0.0841 1 1 0.4453 0.4663 0.0884 1 1 0.4365 0.4692 0.0944
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 509 137 372 5 0 7 0 125 0 0 367 0 5 0.0365 0.0000 0.0134 18.571 0.00 3.26 -3.26 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9925 0.0075 2 1 0.0000 0.5332 0.4668 2 2 0.0000 0.2213 0.7787
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 338 107 231 2 0 22 8 75 0 0 230 0 1 0.0187 0.0000 0.0043 3.864 0.50 3.40 -2.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7592 0.2408 2 2 0.0000 0.3239 0.6761 2 2 0.0000 0.2192 0.7808
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.050 1 -6 2 339 110 229 5 3 92 2 8 0 0 228 1 0 0.0455 0.0000 0.0044 0.159 0.20 6.00 -5.80 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2164 0.5033 0.2803 1 1 0.2177 0.5031 0.2792 1 1 0.2194 0.5029 0.2777
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 509 200 309 188 3 5 0 4 0 0 309 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 39.000 0.33 11.75 -11.42 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1514 0.8486 0.0000 0 0 0.8848 0.1152 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 614 234 380 119 0 0 0 115 0 0 375 0 5 0.5085 0.0000 0.0132 234.000 0.18 3.28 -3.09 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2034 0.5722 0.2245 1 1 0.2063 0.5668 0.2269 1 1 0.2101 0.5600 0.2299
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 442 106 336 5 0 16 1 84 0 0 335 0 1 0.0472 0.0000 0.0030 5.625 0.60 5.44 -4.84 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.7703 0.2297 2 2 0.0000 0.4473 0.5527
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 1049 158 891 2 2 56 3 95 0 4 870 2 15 0.0127 0.0000 0.0236 1.768 2.00 5.91 -3.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9261 0.0739 2 2 0.0000 0.4539 0.5461 2 2 0.0000 0.2521 0.7479
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 320 124 196 0 0 0 0 124 0 0 195 0 1 0.0000 0.0000 0.0051 124.000 4.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0413 0.9587 2 2 0.0000 0.0438 0.9562 2 2 0.0000 0.0476 0.9524
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 510 100 410 0 0 15 0 85 0 0 409 0 1 0.0000 0.0000 0.0024 5.667 6.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1071 0.8929 2 2 0.0000 0.1129 0.8871
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 618 137 481 2 0 12 2 121 0 0 480 0 1 0.0146 0.0000 0.0021 10.417 0.00 1.46 -1.46 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5226 0.4774 2 2 0.0000 0.1511 0.8489 2 2 0.0000 0.0974 0.9026
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 673 212 461 0 0 7 0 205 0 0 452 0 9 0.0000 0.0000 0.0195 29.286 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 286 103 183 47 0 19 0 37 1 0 181 0 1 0.4563 0.0055 0.0109 4.421 0.38 7.51 -7.13 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.4969 0.1364 1 1 0.3628 0.4970 0.1402 1 1 0.3575 0.4973 0.1453
chr9 130681605 T TCGCCGC 0.500000 0.050 1 6 1 498 146 352 58 1 45 0 42 1 2 344 0 5 0.3973 0.0028 0.0227 2.244 2.26 6.12 -3.86 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4265 0.4729 0.1006 1 1 0.4205 0.4747 0.1049 1 1 0.4124 0.4769 0.1107
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 283 122 161 2 0 1 1 118 0 0 161 0 0 0.0164 0.0000 0.0000 121.000 0.00 2.70 -2.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5654 0.4346 2 2 0.0000 0.1680 0.8320 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 283 122 161 2 0 1 1 118 0 0 161 0 0 0.0164 0.0000 0.0000 121.000 0.00 2.70 -2.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5654 0.4346 2 2 0.0000 0.1680 0.8320 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 265 99 166 2 0 3 1 93 0 0 165 0 1 0.0202 0.0000 0.0060 32.000 0.00 1.84 -1.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6960 0.3040 2 2 0.0000 0.2661 0.7339 2 2 0.0000 0.1770 0.8230
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 334 109 225 71 0 5 0 33 0 0 224 0 1 0.6514 0.0000 0.0044 20.800 0.32 3.18 -2.86 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7190 0.2624 0.0185 1 0 0.7054 0.2736 0.0209 1 0 0.6868 0.2887 0.0245
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 313 97 216 90 0 5 0 2 0 0 216 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 18.400 0.52 1.50 -0.98 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2748 0.7252 0.0000 0 0 0.7085 0.2915 0.0000 0 0 0.8046 0.1954 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 483 132 351 5 0 10 1 116 0 0 337 0 14 0.0379 0.0000 0.0399 12.200 0.20 12.71 -12.51 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9924 0.0076 2 1 0.0000 0.5271 0.4729 2 2 0.0000 0.2172 0.7828
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 249 106 143 44 41 14 0 7 0 1 141 1 0 0.4151 0.0000 0.0140 6.571 0.36 3.14 -2.78 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0674 0.9326 0.0000 0 1 0.3532 0.6468 0.0000
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 892 188 704 1 0 9 0 178 0 0 689 0 15 0.0053 0.0000 0.0213 19.889 0.00 8.31 -8.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4497 0.5503 2 2 0.0000 0.2555 0.7445 2 2 0.0000 0.2258 0.7742
chr10 7965424 GAAAGAT G 0.500000 0.050 1 -6 1 496 138 358 127 1 8 0 2 0 0 358 0 0 0.9203 0.0000 0.0000 16.250 0.32 6.00 -5.68 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4890 0.5110 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 282 116 166 107 0 5 0 4 0 0 166 0 0 0.9224 0.0000 0.0000 22.200 0.09 4.25 -4.16 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0844 0.9156 0.0000 0 0 0.8055 0.1945 0.0000 0 0 0.9263 0.0737 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 960 195 765 9 0 23 2 161 0 0 746 0 19 0.0462 0.0000 0.0248 7.435 0.00 5.45 -5.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8293 0.1707 2 2 0.0000 0.2772 0.7228
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 752 150 602 80 0 4 0 66 0 0 601 0 1 0.5333 0.0000 0.0017 36.500 0.14 3.89 -3.76 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5137 0.4366 0.0498 1 0 0.5099 0.4382 0.0519 1 0 0.5046 0.4405 0.0549
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 624 162 462 156 0 4 0 2 0 0 462 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 39.500 0.30 1.00 -0.70 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7979 0.2021 0.0000 0 0 0.9600 0.0400 0.0000 0 0 0.9749 0.0251 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 121 51 70 1 0 0 0 50 0 0 69 0 1 0.0196 0.0000 0.0143 51.000 0.00 6.34 -6.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8872 0.1128 2 1 0.0000 0.7546 0.2454 2 1 0.0000 0.7031 0.2969
chr10 73800402 CGAG C 0.000083 0.050 1 -3 3 743 231 512 221 0 4 0 6 0 0 512 0 0 0.9567 0.0000 0.0000 56.750 0.24 3.00 -2.76 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9943 0.0057 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 464 107 357 34 0 24 0 49 0 0 356 0 1 0.3178 0.0000 0.0028 3.458 0.18 3.22 -3.05 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2055 0.6005 0.1940 1 1 0.2127 0.5983 0.1889 1 1 0.2225 0.5952 0.1823
chr10 80081672 AAAAG A 0.045655 0.050 1 -4 10 273 59 214 49 3 5 0 2 0 0 214 0 0 0.8305 0.0000 0.0000 10.800 0.80 4.00 -3.20 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7464 0.2536 0.0000 0 0 0.9518 0.0482 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 764 171 593 159 0 7 0 5 0 0 593 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 23.429 0.38 6.60 -6.22 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0434 0.9566 0.0000 0 0 0.8391 0.1609 0.0000 0 0 0.9536 0.0464 0.0000
chr10 97865640 CGGCAGCAGCAGCGGCAGT C 0.000018 0.050 1 -18 1 411 184 227 92 0 27 0 65 1 0 220 0 6 0.5000 0.0044 0.0308 5.815 0.15 13.54 -13.39 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7083 0.2917 0.0000 1 0 0.7028 0.2972 0.0000 1 0 0.6952 0.3048 0.0000
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 737 234 503 108 1 29 0 96 0 0 499 0 4 0.4615 0.0000 0.0080 7.069 0.18 6.77 -6.59 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3540 0.5288 0.1171 1 1 0.3530 0.5261 0.1209 1 1 0.3514 0.5228 0.1258
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 418 87 331 0 0 9 0 78 1 0 318 3 9 0.0000 0.0030 0.0393 8.667 6.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3705 0.6295 2 2 0.0000 0.1900 0.8100 2 2 0.0000 0.1566 0.8434
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.050 1 -3 1 139 46 93 22 0 2 0 22 0 0 93 0 0 0.4783 0.0000 0.0000 22.000 0.82 2.77 -1.95 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4716 0.5134 0.0149 1 1 0.4726 0.5124 0.0150 1 1 0.4738 0.5111 0.0150
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 224 72 152 0 0 0 1 71 0 0 150 0 2 0.0000 0.0000 0.0132 72.000 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0561 0.9439 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0610 0.9390
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 368 69 299 31 6 6 5 21 0 10 284 0 5 0.4493 0.0000 0.0502 9.667 1.32 2.62 -1.30 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4325 0.4643 0.1032 1 1 0.4250 0.4672 0.1078 1 1 0.4150 0.4709 0.1141
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 740 139 601 76 0 8 1 54 2 0 579 0 20 0.5468 0.0033 0.0366 16.250 0.37 13.96 -13.59 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4377 0.5158 0.0465 1 1 0.4392 0.5135 0.0472 1 1 0.4411 0.5107 0.0482
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 653 150 503 71 0 8 0 71 0 0 502 0 1 0.4733 0.0000 0.0020 17.750 0.15 2.89 -2.73 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2875 0.5471 0.1654 1 1 0.2900 0.5437 0.1662 1 1 0.2933 0.5395 0.1672
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 292 104 188 52 0 1 0 51 0 0 188 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 103.000 0.29 2.12 -1.83 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2749 0.5296 0.1955 1 1 0.2758 0.5273 0.1968 1 1 0.2769 0.5245 0.1986
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1135 264 871 0 0 98 1 165 0 0 871 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 1.684 8.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1231 293 938 45 6 108 3 131 0 0 892 0 46 0.1536 0.0000 0.0490 1.704 3.56 13.52 -9.96 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0249 0.9751 1 2 0.0000 0.0312 0.9688 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 1149 336 813 24 3 128 9 172 0 0 812 1 0 0.0714 0.0000 0.0012 1.609 2.00 10.20 -8.20 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9944 0.0056
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 396 131 265 0 0 3 0 128 0 0 262 0 3 0.0000 0.0000 0.0113 42.667 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0380 0.9620 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 272 121 151 4 0 0 1 116 0 0 149 0 2 0.0331 0.0000 0.0132 121.000 0.00 2.03 -2.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9716 0.0284 2 2 0.0000 0.4344 0.5656 2 2 0.0000 0.2032 0.7968
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 766 196 570 105 0 4 1 86 0 0 570 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 64.000 0.07 4.17 -4.11 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4494 0.4728 0.0778 1 1 0.4436 0.4742 0.0821 1 1 0.4357 0.4762 0.0882
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 535 133 402 82 0 2 0 49 0 0 400 0 2 0.6165 0.0000 0.0050 65.500 0.28 2.61 -2.33 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6431 0.3269 0.0300 1 0 0.6309 0.3360 0.0331 1 0 0.6142 0.3481 0.0377
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 518 136 382 128 0 4 0 4 0 0 382 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 33.000 1.20 2.25 -1.05 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0374 0.9626 0.0000 0 0 0.6210 0.3790 0.0000 0 0 0.8298 0.1702 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 689 146 543 26 0 2 1 117 0 0 531 0 12 0.1781 0.0000 0.0221 72.000 0.23 5.97 -5.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 519 139 380 7 0 5 0 127 0 0 380 0 0 0.0504 0.0000 0.0000 26.800 0.57 1.57 -1.00 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8227 0.1773 2 2 0.0000 0.3904 0.6096
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 626 155 471 71 0 1 0 83 0 0 471 0 0 0.4581 0.0000 0.0000 154.000 0.04 2.06 -2.02 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1157 0.5054 0.3789 1 1 0.1199 0.5048 0.3752 1 1 0.1256 0.5042 0.3702
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 889 153 736 0 0 14 0 139 0 0 708 0 28 0.0000 0.0000 0.0380 9.929 9.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0179 0.9821
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 303 151 152 72 1 16 2 60 0 0 152 0 0 0.4768 0.0000 0.0000 8.438 0.22 4.33 -4.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3689 0.5062 0.1249 1 1 0.3654 0.5056 0.1290 1 1 0.3606 0.5049 0.1345
chr11 9265049 T TCCG 0.500000 0.050 1 3 5 141 73 68 33 2 10 2 26 0 0 68 0 0 0.4521 0.0000 0.0000 6.100 0.82 3.81 -2.99 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3358 0.5026 0.1616 1 1 0.3329 0.5024 0.1647 1 1 0.3289 0.5021 0.1689
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 202 72 130 70 0 0 0 2 1 0 129 0 0 0.9722 0.0077 0.0077 72.000 0.39 3.00 -2.61 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1857 0.8143 0.0000 0 0 0.6024 0.3976 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000
chr11 18477710 TAGG T 0.500000 0.050 1 -3 2 275 123 152 66 0 5 0 52 0 0 148 0 4 0.5366 0.0000 0.0263 23.600 0.08 3.08 -3.00 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3587 0.5079 0.1334 1 1 0.3554 0.5072 0.1374 1 1 0.3510 0.5064 0.1426
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 257 102 155 47 0 3 0 52 0 0 154 0 1 0.4608 0.0000 0.0065 33.000 0.64 6.04 -5.40 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1709 0.5197 0.3094 1 1 0.1740 0.5182 0.3078 1 1 0.1780 0.5163 0.3056
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 924 293 631 275 0 8 0 10 0 0 630 0 1 0.9386 0.0000 0.0016 35.625 0.25 3.10 -2.85 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3627 0.6373 0.0000 0 0 0.9245 0.0755 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 776 165 611 0 0 4 1 160 0 0 604 0 7 0.0000 0.0000 0.0115 40.250 2.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 81 32 49 30 0 0 0 2 0 0 49 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 32.000 0.53 2.00 -1.47 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0752 0.9248 0.0000 0 1 0.3553 0.6447 0.0000 0 1 0.4940 0.5060 0.0000
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1056 191 865 10 0 38 1 142 0 0 803 0 62 0.0524 0.0000 0.0717 4.026 0.00 5.02 -5.02 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8352 0.1648 2 2 0.0000 0.2318 0.7682
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1240 231 1009 52 4 118 2 55 0 1 955 2 51 0.2251 0.0000 0.0535 0.924 0.33 11.36 -11.04 8 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0045 0.1501 0.8454 1 2 0.0054 0.1613 0.8334 1 2 0.0069 0.1770 0.8162
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 979 248 731 0 0 12 0 236 0 0 730 0 1 0.0000 0.0000 0.0014 19.667 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 867 187 680 81 1 16 2 87 0 0 679 1 0 0.4332 0.0000 0.0015 10.625 0.23 2.95 -2.72 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1475 0.5343 0.3182 1 1 0.1513 0.5317 0.3170 1 1 0.1564 0.5284 0.3152
chr11 74994609 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 201 86 115 44 0 3 0 39 0 0 115 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 27.667 0.80 2.03 -1.23 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2995 0.5178 0.1827 1 1 0.2982 0.5164 0.1854 1 1 0.2963 0.5147 0.1889
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 259 93 166 62 0 3 0 28 0 0 163 0 3 0.6667 0.0000 0.0181 30.000 0.31 19.54 -19.23 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6534 0.3162 0.0305 1 0 0.6404 0.3259 0.0336 1 0 0.6229 0.3389 0.0382
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 169 94 75 91 0 0 0 3 0 0 75 0 0 0.9681 0.0000 0.0000 94.000 0.46 3.00 -2.54 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0701 0.9299 0.0000 0 0 0.5607 0.4393 0.0000 0 0 0.7441 0.2559 0.0000
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 464 109 355 9 0 7 0 93 0 0 355 0 0 0.0826 0.0000 0.0000 14.571 0.33 4.30 -3.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9763 0.0237 2 1 0.0000 0.7530 0.2470
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1388 389 999 0 2 71 6 310 0 0 999 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.551 7.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 107348963 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 95 51 44 38 0 3 0 10 0 0 44 0 0 0.7451 0.0000 0.0000 16.000 0.34 2.80 -2.46 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6207 0.3403 0.0390 1 1 0.3976 0.5747 0.0277 0 1 0.0980 0.8983 0.0036
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 897 276 621 131 1 48 1 95 0 1 618 0 2 0.4746 0.0000 0.0048 4.729 1.04 10.69 -9.66 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6652 0.3137 0.0211 1 0 0.6538 0.3226 0.0236 1 0 0.6380 0.3345 0.0275
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 317 130 187 73 0 2 0 55 0 0 185 0 2 0.5615 0.0000 0.0107 64.000 0.29 7.91 -7.62 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4408 0.4685 0.0906 1 1 0.4346 0.4705 0.0949 1 1 0.4261 0.4730 0.1009
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 458 141 317 74 1 6 1 59 0 0 316 0 1 0.5248 0.0000 0.0032 22.333 0.46 6.27 -5.81 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4084 0.4873 0.1043 1 1 0.4034 0.4880 0.1086 1 1 0.3966 0.4889 0.1144
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 263 91 172 35 2 15 1 38 0 0 172 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 5.067 0.37 5.55 -5.18 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2148 0.5218 0.2634 1 1 0.2164 0.5202 0.2634 1 1 0.2186 0.5181 0.2633
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 422 124 298 62 1 12 4 45 0 0 294 0 4 0.5000 0.0000 0.0134 9.250 0.84 3.53 -2.69 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3558 0.5076 0.1365 1 1 0.3526 0.5070 0.1404 1 1 0.3483 0.5062 0.1456
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 414 157 257 82 0 1 0 74 0 0 256 0 1 0.5223 0.0000 0.0039 156.000 0.85 2.03 -1.17 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.5489 0.1898 1 1 0.2601 0.5458 0.1941 1 1 0.2584 0.5419 0.1997
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 588 162 426 9 1 28 6 118 0 0 418 0 8 0.0556 0.0000 0.0188 4.786 0.00 3.24 -3.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9751 0.0249 2 1 0.0000 0.6925 0.3075
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 670 153 517 143 0 5 0 5 0 1 516 0 0 0.9346 0.0000 0.0019 29.600 0.29 3.00 -2.71 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0692 0.9308 0.0000 0 0 0.8913 0.1087 0.0000 0 0 0.9701 0.0299 0.0000
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 679 158 521 149 1 3 0 5 0 0 521 0 0 0.9430 0.0000 0.0000 51.667 0.26 3.00 -2.74 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0779 0.9221 0.0000 0 0 0.9055 0.0945 0.0000 0 0 0.9743 0.0257 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 451 137 314 46 2 27 5 57 0 0 314 0 0 0.3358 0.0000 0.0000 4.037 0.39 3.19 -2.80 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0904 0.4625 0.4471 1 1 0.0941 0.4643 0.4415 1 1 0.0992 0.4667 0.4341
chr12 6667903 TTGCTGCTGCTGC T 0.003876 0.050 1 -12 1 451 141 310 112 3 23 0 3 0 0 310 0 0 0.7943 0.0000 0.0000 5.130 1.73 8.00 -6.27 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9722 0.0278 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 1362 341 1021 312 2 5 0 22 0 1 1020 0 0 0.9150 0.0000 0.0010 67.000 1.65 3.77 -2.13 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2037 0.7963 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 279 94 185 86 0 2 0 6 0 0 185 0 0 0.9149 0.0000 0.0000 46.000 0.09 5.00 -4.91 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1301 0.8699 0.0000 0 1 0.4547 0.5453 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 326 143 183 0 0 9 6 128 0 0 183 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.889 4.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0170 0.9830 2 2 0.0000 0.0186 0.9814
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 565 124 441 61 0 3 0 60 0 0 440 0 1 0.4919 0.0000 0.0023 40.333 0.26 2.23 -1.97 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3945 0.5372 0.0683 1 1 0.3969 0.5344 0.0688 1 1 0.3999 0.5309 0.0693
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 421 93 328 50 0 0 0 43 0 0 327 0 1 0.5376 0.0000 0.0030 93.000 0.18 3.88 -3.70 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3644 0.5034 0.1322 1 1 0.3628 0.5025 0.1347 1 1 0.3606 0.5015 0.1379
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 1297 342 955 131 5 65 4 137 4 1 946 0 4 0.3830 0.0042 0.0094 4.333 1.56 9.03 -7.46 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2890 0.6138 0.0972 1 1 0.2955 0.6066 0.0979 1 1 0.3040 0.5975 0.0986
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.050 1 -30 1 1077 239 838 142 1 31 0 65 0 5 830 1 2 0.5941 0.0000 0.0095 6.710 1.95 12.40 -10.45 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9725 0.0274 0.0001 1 0 0.9687 0.0312 0.0001 1 0 0.9628 0.0371 0.0001
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1043 192 851 88 0 94 1 9 2 1 842 0 6 0.4583 0.0024 0.0106 1.043 3.12 4.33 -1.21 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0230 0.9770 0.0000
chr12 42144454 GGCCCGCGACGCCGGCGCCTCTCACGGCGCCGCGTCCGCC G 0.013087 0.050 1 -39 4 274 109 165 73 0 2 0 34 0 0 150 0 15 0.6697 0.0000 0.0909 53.500 2.74 22.15 -19.41 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7352 0.2639 0.0009 1 0 0.7283 0.2707 0.0010 1 0 0.7191 0.2798 0.0011
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 681 177 504 166 0 2 0 9 0 0 504 0 0 0.9379 0.0000 0.0000 87.500 0.25 1.11 -0.86 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3602 0.6398 0.0000 0 0 0.8777 0.1223 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 1033 254 779 125 2 21 1 105 0 0 779 0 0 0.4921 0.0000 0.0000 11.048 0.78 13.48 -12.69 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5024 0.4427 0.0549 1 0 0.4962 0.4452 0.0587 1 0 0.4875 0.4485 0.0640
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 365 83 282 42 0 2 0 39 0 0 282 0 0 0.5060 0.0000 0.0000 40.500 0.40 1.64 -1.24 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3718 0.5079 0.1203 1 1 0.3716 0.5068 0.1216 1 1 0.3713 0.5054 0.1234
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 380 98 282 4 0 0 0 94 0 0 281 0 1 0.0408 0.0000 0.0035 98.000 0.25 1.19 -0.94 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 1 0.0000 0.6692 0.3308 2 2 0.0000 0.3985 0.6015
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 478 99 379 57 17 13 3 9 0 0 379 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 6.154 0.60 1.11 -0.51 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0281 0.9719 0.0000 0 1 0.2875 0.7125 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 108 54 54 0 0 0 0 54 0 0 54 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 54.000 2.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1266 0.8734 2 2 0.0000 0.1296 0.8704 2 2 0.0000 0.1339 0.8661
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 411 115 296 54 0 2 0 59 0 0 295 0 1 0.4696 0.0000 0.0034 56.500 1.00 3.76 -2.76 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2071 0.5380 0.2549 1 1 0.2107 0.5357 0.2536 1 1 0.2156 0.5327 0.2517
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1053 307 746 0 0 18 2 287 0 0 744 0 2 0.0000 0.0000 0.0027 16.000 3.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 480 142 338 40 0 46 1 55 0 0 327 0 11 0.2817 0.0000 0.0325 2.087 0.65 7.18 -6.53 16 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0416 0.3595 0.5989 1 2 0.0452 0.3675 0.5873 1 2 0.0503 0.3780 0.5716
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 418 103 315 47 2 5 2 47 0 0 315 0 0 0.4563 0.0000 0.0000 19.600 0.66 3.68 -3.02 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2357 0.5299 0.2344 1 1 0.2368 0.5276 0.2356 1 1 0.2382 0.5248 0.2370
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 678 196 482 188 0 4 0 4 0 0 482 0 0 0.9592 0.0000 0.0000 48.000 0.26 7.25 -6.99 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1430 0.8570 0.0000 0 0 0.8772 0.1228 0.0000 0 0 0.9535 0.0465 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 619 160 459 0 1 26 7 126 0 0 459 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.154 4.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0491 0.9509 2 2 0.0000 0.0476 0.9524 2 2 0.0000 0.0483 0.9517
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 207 98 109 48 0 1 0 49 0 0 109 0 0 0.4898 0.0000 0.0000 97.000 0.46 2.41 -1.95 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2267 0.5294 0.2439 1 1 0.2281 0.5272 0.2447 1 1 0.2299 0.5244 0.2457
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 279 115 164 53 1 8 0 53 0 0 162 0 2 0.4609 0.0000 0.0122 13.375 0.11 2.91 -2.79 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2220 0.5329 0.2451 1 1 0.2236 0.5305 0.2459 1 1 0.2257 0.5273 0.2470
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 263 97 166 85 0 10 0 2 1 0 165 0 0 0.8763 0.0060 0.0060 8.700 0.32 6.00 -5.68 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2507 0.7493 0.0000 0 0 0.6881 0.3119 0.0000 0 0 0.7898 0.2102 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 363 105 258 0 0 10 0 95 0 0 249 0 9 0.0000 0.0000 0.0349 9.500 5.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 374 89 285 0 0 9 1 79 0 0 269 0 16 0.0000 0.0000 0.0561 8.889 11.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0820 0.9180 2 2 0.0000 0.0857 0.9143 2 2 0.0000 0.0910 0.9090
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 846 196 650 0 0 31 1 164 0 0 618 0 32 0.0000 0.0000 0.0492 5.323 9.97 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0088 0.9912
chr12 124340175 C CGCCGCTGCTGCCCCCACCCCCGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 30 5 846 196 650 75 4 18 1 98 0 0 618 0 32 0.3827 0.0000 0.0492 9.722 7.76 10.32 -2.56 19 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0046 0.1602 0.8352 1 2 0.0056 0.1712 0.8233 1 2 0.0071 0.1867 0.8062
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 290 112 178 2 1 28 4 77 0 0 173 0 5 0.0179 0.0000 0.0281 2.964 0.00 4.45 -4.45 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9317 0.0683 2 2 0.0000 0.4673 0.5327 2 2 0.0000 0.2794 0.7206
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 290 112 178 3 1 62 0 46 0 0 173 1 4 0.0268 0.0000 0.0281 0.820 5.00 5.85 -0.85 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9883 0.0117 2 1 0.0000 0.7695 0.2305 2 1 0.0000 0.5421 0.4579
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 199 69 130 5 1 12 0 51 0 0 127 1 2 0.0725 0.0000 0.0231 4.750 0.60 3.94 -3.34 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9347 0.0653 2 1 0.0000 0.7180 0.2820
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 271 80 191 0 0 9 1 70 0 0 180 0 11 0.0000 0.0000 0.0576 7.889 8.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1127 0.8873 2 2 0.0000 0.1169 0.8831 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 522 130 392 79 7 39 0 5 0 0 392 0 0 0.6077 0.0000 0.0000 2.333 0.28 3.20 -2.92 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2315 0.7685 0.0000 0 0 0.5518 0.4482 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 811 192 619 159 2 29 0 2 1 0 617 0 1 0.8281 0.0016 0.0032 5.786 0.61 6.50 -5.89 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3227 0.6773 0.0000 0 0 0.8880 0.1120 0.0000 0 0 0.9452 0.0548 0.0000
chr13 25097025 TTAAGC T 0.000305 0.050 1 -5 1 1622 381 1241 330 0 15 25 11 0 0 1218 4 19 0.8661 0.0000 0.0185 30.500 0.33 22.09 -21.76 138 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2230 0.7770 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 638 217 421 196 2 8 0 11 0 0 420 0 1 0.9032 0.0000 0.0024 26.000 0.26 12.82 -12.56 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0467 0.9533 0.0000 0 0 0.5991 0.4009 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 719 177 542 71 0 42 0 64 1 1 532 1 7 0.4011 0.0018 0.0185 3.214 1.79 6.66 -4.87 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4083 0.5399 0.0517 1 1 0.4110 0.5368 0.0522 1 1 0.4145 0.5328 0.0527
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 524 59 465 0 0 7 0 52 0 0 455 1 9 0.0000 0.0000 0.0215 7.429 4.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0469 0.9531 2 2 0.0000 0.0488 0.9512
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 502 101 401 30 4 47 2 18 0 2 395 1 3 0.2970 0.0000 0.0150 1.128 2.07 5.67 -3.60 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4025 0.4758 0.1217 1 1 0.3968 0.4775 0.1257 1 1 0.3894 0.4796 0.1310
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 2 744 206 538 193 1 1 0 11 0 0 538 0 0 0.9369 0.0000 0.0000 204.000 0.37 9.36 -9.00 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0715 0.9285 0.0000 0 0 0.6365 0.3635 0.0000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 357 129 228 44 1 44 1 39 0 0 227 1 0 0.3411 0.0000 0.0044 1.909 0.41 11.28 -10.87 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2840 0.5217 0.1943 1 1 0.2833 0.5200 0.1967 1 1 0.2822 0.5180 0.1998
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 613 145 468 73 0 4 1 67 0 0 465 0 3 0.5034 0.0000 0.0064 35.250 0.45 3.10 -2.65 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2512 0.5427 0.2061 1 1 0.2521 0.5394 0.2084 1 1 0.2532 0.5354 0.2114
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 597 138 459 132 0 2 0 4 0 0 459 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 68.000 0.29 1.25 -0.96 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0152 0.9848 0.0000 0 1 0.3973 0.6027 0.0000 0 0 0.6621 0.3379 0.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 500 130 370 49 0 8 1 72 0 0 368 0 2 0.3769 0.0000 0.0054 15.250 0.27 1.19 -0.93 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0513 0.3943 0.5544 1 2 0.0555 0.4013 0.5432 1 2 0.0615 0.4104 0.5281
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 460 118 342 7 0 2 0 109 0 0 328 0 14 0.0593 0.0000 0.0409 58.000 0.43 18.35 -17.92 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8738 0.1262 2 2 0.0000 0.4865 0.5135
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 392 89 303 1 0 5 0 83 0 0 303 0 0 0.0112 0.0000 0.0000 16.800 1.00 1.29 -0.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2090 0.7910 2 2 0.0000 0.0969 0.9031 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 648 148 500 81 0 3 0 64 0 0 497 0 3 0.5473 0.0000 0.0060 48.333 0.22 3.19 -2.97 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5431 0.4182 0.0387 1 0 0.5390 0.4205 0.0405 1 0 0.5334 0.4237 0.0430
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 609 155 454 5 2 12 1 135 0 0 447 0 7 0.0323 0.0000 0.0154 12.818 0.60 2.92 -2.32 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9895 0.0105 2 2 0.0000 0.4472 0.5528 2 2 0.0000 0.1643 0.8357
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 577 142 435 54 0 10 1 77 0 0 435 0 0 0.3803 0.0000 0.0000 14.667 0.28 5.23 -4.96 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0919 0.5047 0.4034 1 1 0.0983 0.5089 0.3929 1 1 0.1072 0.5140 0.3789
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 441 137 304 68 3 17 7 42 1 0 303 0 0 0.4964 0.0033 0.0033 16.286 0.34 3.93 -3.59 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4153 0.4877 0.0971 1 1 0.4061 0.4911 0.1029 1 1 0.3938 0.4953 0.1109
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 440 138 302 67 1 12 14 44 0 1 301 0 0 0.4855 0.0000 0.0033 9.917 0.36 3.95 -3.60 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3126 0.5352 0.1521 1 1 0.3075 0.5346 0.1579 1 1 0.3007 0.5338 0.1656
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 397 86 311 0 2 5 1 78 0 0 309 0 2 0.0000 0.0000 0.0064 15.800 3.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2254 0.7746 2 2 0.0000 0.2254 0.7746 2 2 0.0000 0.2278 0.7722
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 328 92 236 87 1 2 0 2 0 0 236 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 45.000 0.45 1.00 -0.55 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8038 0.1962 0.0000 0 0 0.9636 0.0364 0.0000 0 0 0.9782 0.0218 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 413 126 287 42 1 18 3 62 0 0 283 0 4 0.3333 0.0000 0.0139 6.000 0.36 5.00 -4.64 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0867 0.4919 0.4214 1 1 0.0930 0.4972 0.4097 1 1 0.1019 0.5039 0.3942
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 413 126 287 43 0 26 1 56 0 0 284 0 3 0.3413 0.0000 0.0105 3.960 0.42 5.45 -5.03 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1313 0.5154 0.3533 1 1 0.1372 0.5166 0.3462 1 1 0.1451 0.5180 0.3369
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 710 137 573 0 0 18 1 118 0 0 557 0 16 0.0000 0.0000 0.0279 6.611 7.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0081 0.9919
chr14 67204765 C CT 0.023603 0.050 1 1 1 474 116 358 112 0 1 0 3 0 0 357 0 1 0.9655 0.0000 0.0028 115.000 0.16 3.00 -2.84 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5181 0.4819 0.0000 0 0 0.9786 0.0214 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.050 1 -3 2 752 170 582 0 2 40 64 64 0 2 577 0 3 0.0000 0.0000 0.0086 3.368 4.91 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3107 0.6893 2 2 0.0000 0.3016 0.6984 2 2 0.0000 0.2993 0.7007
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 753 177 576 2 6 92 3 74 0 0 572 1 3 0.0113 0.0000 0.0069 0.909 2.00 7.32 -5.32 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9152 0.0848 2 2 0.0000 0.3759 0.6241 2 2 0.0000 0.1820 0.8180
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 465 114 351 38 1 24 1 50 0 2 347 0 2 0.3333 0.0000 0.0114 3.708 2.03 6.08 -4.05 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1567 0.5180 0.3254 1 1 0.1615 0.5177 0.3208 1 1 0.1680 0.5173 0.3146
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 571 177 394 75 0 22 0 80 0 0 394 0 0 0.4237 0.0000 0.0000 7.045 0.36 3.02 -2.67 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1205 0.5230 0.3565 1 1 0.1229 0.5206 0.3566 1 1 0.1259 0.5176 0.3565
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 227 67 160 36 0 2 0 29 0 0 158 0 2 0.5373 0.0000 0.0125 32.500 0.22 9.10 -8.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3672 0.4982 0.1345 1 1 0.3657 0.4978 0.1365 1 1 0.3636 0.4972 0.1392
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 199 65 134 32 0 2 0 31 0 0 134 0 0 0.4923 0.0000 0.0000 31.500 0.06 3.06 -3.00 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4334 0.5099 0.0567 1 1 0.4342 0.5088 0.0571 1 1 0.4351 0.5074 0.0575
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 723 163 560 90 1 8 0 64 0 0 550 0 10 0.5521 0.0000 0.0179 19.250 0.30 2.98 -2.68 10 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5572 0.4045 0.0383 1 0 0.5520 0.4075 0.0405 1 0 0.5449 0.4116 0.0435
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 558 123 435 93 1 25 2 2 0 0 435 0 0 0.7561 0.0000 0.0000 4.083 0.73 12.00 -11.27 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2919 0.7081 0.0000 0 0 0.8490 0.1510 0.0000 0 0 0.9296 0.0704 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 513 147 366 70 1 19 0 57 0 1 363 1 1 0.4762 0.0000 0.0082 6.737 0.49 3.72 -3.23 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5074 0.4383 0.0544 1 0 0.5034 0.4400 0.0566 1 0 0.4979 0.4425 0.0596
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 309 91 218 48 1 5 4 33 0 0 218 0 0 0.5275 0.0000 0.0000 17.000 1.96 4.03 -2.07 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5297 0.4232 0.0471 1 0 0.5253 0.4258 0.0488 1 0 0.5195 0.4293 0.0512
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.050 1 -4 5 341 60 281 33 0 2 0 25 0 0 280 0 1 0.5500 0.0000 0.0036 29.000 0.27 3.96 -3.69 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4526 0.4667 0.0807 1 1 0.4499 0.4677 0.0824 1 1 0.4464 0.4690 0.0847
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 263 73 190 0 1 2 1 69 0 0 183 4 3 0.0000 0.0000 0.0368 35.500 4.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 617 162 455 0 0 6 2 154 0 0 441 7 7 0.0000 0.0000 0.0308 26.000 3.30 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.050 1 21 1 443 70 373 22 1 18 2 27 0 1 371 1 0 0.3143 0.0000 0.0054 3.250 3.82 7.59 -3.77 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3293 0.5611 0.1096 1 1 0.3332 0.5585 0.1083 1 1 0.3383 0.5550 0.1067
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 180 58 122 0 0 1 0 57 0 0 122 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 57.000 2.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2845 0.7155 2 2 0.0000 0.2904 0.7096 2 2 0.0000 0.2986 0.7014
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 225 106 119 0 0 4 100 2 0 0 118 1 0 0.0000 0.0000 0.0084 1.500 1.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1795 0.8205 2 2 0.0000 0.1871 0.8129 2 2 0.0000 0.1978 0.8022
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 225 106 119 0 0 5 5 96 0 0 118 0 1 0.0000 0.0000 0.0084 20.000 2.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0396 0.9604 2 2 0.0000 0.0416 0.9584 2 2 0.0000 0.0445 0.9555
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 729 188 541 142 2 39 0 5 0 0 541 0 0 0.7553 0.0000 0.0000 3.821 0.80 3.40 -2.60 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 1 0.3635 0.6365 0.0000 0 0 0.6943 0.3057 0.0000
chr15 32446553 TCTC T 0.007746 0.050 1 -3 2 140 68 72 49 0 2 0 17 0 0 72 0 0 0.7206 0.0000 0.0000 33.000 0.57 3.06 -2.49 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8164 0.1833 0.0003 1 0 0.8080 0.1917 0.0003 1 0 0.7866 0.2130 0.0003
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 490 160 330 151 0 3 0 6 0 0 330 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 52.333 1.53 2.00 -0.47 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 0 0.6026 0.3974 0.0000 0 0 0.8898 0.1102 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 470 129 341 2 0 9 2 116 0 0 333 0 8 0.0155 0.0000 0.0235 13.333 0.00 4.61 -4.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6628 0.3372 2 2 0.0000 0.2332 0.7668 2 2 0.0000 0.1550 0.8450
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 193 52 141 30 0 1 0 21 0 0 141 0 0 0.5769 0.0000 0.0000 51.000 0.13 6.57 -6.44 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5539 0.4204 0.0257 1 0 0.5505 0.4231 0.0264 1 0 0.5460 0.4266 0.0274
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 178 89 89 44 0 3 0 42 0 0 89 0 0 0.4944 0.0000 0.0000 28.667 0.16 2.95 -2.79 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2747 0.5237 0.2016 1 1 0.2749 0.5218 0.2033 1 1 0.2751 0.5195 0.2054
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 345 183 162 173 1 5 0 4 0 0 162 0 0 0.9454 0.0000 0.0000 35.400 0.43 3.50 -3.07 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0749 0.9251 0.0000 0 0 0.7785 0.2215 0.0000 0 0 0.9106 0.0894 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 524 117 407 5 1 13 3 95 0 0 401 0 6 0.0427 0.0000 0.0147 7.923 1.00 4.15 -3.15 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 1 0.0000 0.6363 0.3637 2 2 0.0000 0.2941 0.7059
chr15 82809911 GGCCCGA G 0.000025 0.050 1 -6 4 431 113 318 104 0 6 0 3 0 0 318 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 17.833 0.83 6.00 -5.17 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 505 113 392 61 0 19 0 33 0 0 389 0 3 0.5398 0.0000 0.0077 4.947 0.15 15.36 -15.22 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7029 0.2833 0.0138 1 0 0.6942 0.2908 0.0150 1 0 0.6824 0.3010 0.0167
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 744 192 552 86 9 40 0 57 0 0 552 0 0 0.4479 0.0000 0.0000 3.800 0.35 3.02 -2.67 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8275 0.1704 0.0022 1 0 0.8188 0.1787 0.0025 1 0 0.8068 0.1902 0.0030
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 864 216 648 0 0 21 1 194 0 0 647 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 9.238 8.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 388 118 270 0 0 7 0 111 0 0 261 0 9 0.0000 0.0000 0.0333 15.857 6.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 374 117 257 51 0 2 0 64 0 0 256 0 1 0.4359 0.0000 0.0039 57.500 0.61 2.17 -1.56 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0989 0.4740 0.4272 1 1 0.1030 0.4754 0.4217 1 1 0.1085 0.4773 0.4142
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 618 210 408 10 1 43 0 156 0 0 391 0 17 0.0476 0.0000 0.0417 3.860 0.20 6.01 -5.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9649 0.0351 2 1 0.0000 0.6092 0.3908
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 38 19 19 2 0 0 0 17 0 0 19 0 0 0.1053 0.0000 0.0000 19.000 0.50 1.24 -0.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0065 0.9732 0.0204 2 1 0.0034 0.9081 0.0884 2 1 0.0023 0.8529 0.1448
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 394 110 284 65 0 0 0 45 0 0 282 0 2 0.5909 0.0000 0.0070 110.000 0.97 3.16 -2.19 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5667 0.3894 0.0439 1 0 0.5597 0.3939 0.0464 1 0 0.5502 0.3999 0.0499
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1148 236 912 140 0 3 1 92 0 0 912 0 0 0.5932 0.0000 0.0000 77.667 1.01 1.53 -0.52 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8566 0.1412 0.0022 1 0 0.8478 0.1496 0.0026 1 0 0.8353 0.1614 0.0032
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 328 95 233 0 0 0 0 95 0 0 233 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 95.000 7.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 328 95 233 0 0 0 0 95 0 0 233 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 95.000 7.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2798498 GGGCGCTGCTGCT G 0.076345 0.050 1 -12 4 443 150 293 81 0 10 0 59 0 0 289 0 4 0.5400 0.0000 0.0137 14.000 0.36 11.39 -11.03 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6476 0.3433 0.0090 1 0 0.6425 0.3479 0.0096 1 0 0.6356 0.3540 0.0104
chr16 3390049 TGTA T 0.014072 0.050 1 -3 4 138 58 80 30 0 0 0 28 0 0 78 0 2 0.5172 0.0000 0.0250 58.000 0.57 3.21 -2.65 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4749 0.5183 0.0068 1 1 0.4763 0.5169 0.0068 1 1 0.4780 0.5152 0.0068
chr16 3664410 C CCGG 0.006056 0.050 1 3 3 146 40 106 26 0 0 0 14 0 0 106 0 0 0.6500 0.0000 0.0000 40.000 0.08 3.00 -2.92 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6307 0.3681 0.0012 1 0 0.6262 0.3726 0.0012 1 0 0.6202 0.3785 0.0013
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 401 83 318 0 0 4 0 79 0 0 317 0 1 0.0000 0.0000 0.0031 19.750 3.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0778 0.9222 2 2 0.0000 0.0807 0.9193 2 2 0.0000 0.0850 0.9150
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 451 111 340 8 1 41 8 53 0 2 328 2 8 0.0721 0.0000 0.0353 1.659 2.75 5.25 -2.50 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9745 0.0255
chr16 11915673 C CCCGCCG 0.014470 0.050 1 6 1 451 111 340 9 1 70 1 30 1 2 331 0 6 0.0811 0.0029 0.0265 0.606 2.89 6.67 -3.78 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2080 0.7572 0.0348 1 1 0.2169 0.7501 0.0330 1 1 0.2285 0.7408 0.0308
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 157 55 102 0 0 0 0 55 0 0 102 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 55.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 169 91 78 48 0 5 0 38 0 0 78 0 0 0.5275 0.0000 0.0000 17.200 0.73 2.00 -1.27 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.4969 0.1365 1 1 0.3627 0.4970 0.1402 1 1 0.3574 0.4973 0.1453
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 451 94 357 39 8 8 6 33 0 0 355 2 0 0.4149 0.0000 0.0056 11.571 0.79 2.24 -1.45 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3100 0.5152 0.1748 1 1 0.3082 0.5140 0.1777 1 1 0.3059 0.5126 0.1816
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 397 182 215 151 1 28 0 2 0 0 215 0 0 0.8297 0.0000 0.0000 5.500 0.15 9.00 -8.85 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6364 0.3636 0.0000 0 0 0.9178 0.0822 0.0000 0 0 0.9479 0.0521 0.0000
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 95 52 43 27 0 0 0 25 0 0 43 0 0 0.5192 0.0000 0.0000 52.000 0.78 4.08 -3.30 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2666 0.5147 0.2188 1 1 0.2663 0.5136 0.2202 1 1 0.2658 0.5122 0.2220
chr16 71963256 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 236 103 133 53 1 0 0 49 0 0 133 0 0 0.5146 0.0000 0.0000 102.000 0.21 2.29 -2.08 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2921 0.5246 0.1834 1 1 0.2912 0.5227 0.1861 1 1 0.2899 0.5204 0.1897
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 379 112 267 97 0 9 1 5 0 0 267 0 0 0.8661 0.0000 0.0000 11.444 0.25 10.00 -9.75 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.1794 0.8206 0.0000 0 0 0.5319 0.4681 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 262 101 161 62 0 1 0 38 0 0 160 0 1 0.6139 0.0000 0.0062 100.000 0.77 4.55 -3.78 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5443 0.3986 0.0570 1 0 0.5342 0.4048 0.0610 1 0 0.5205 0.4128 0.0667
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 488 129 359 51 5 29 1 43 0 0 358 0 1 0.3953 0.0000 0.0028 3.448 0.22 3.33 -3.11 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3789 0.4948 0.1263 1 1 0.3746 0.4951 0.1302 1 1 0.3689 0.4955 0.1356
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 488 129 359 57 0 68 0 4 0 0 358 0 1 0.4419 0.0000 0.0028 0.910 0.61 4.50 -3.89 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 1 0.3721 0.6279 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 730 148 582 0 0 3 10 135 0 0 569 1 12 0.0000 0.0000 0.0223 145.000 7.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0187 0.9813 2 2 0.0000 0.0202 0.9798 2 2 0.0000 0.0225 0.9775
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 728 145 583 0 0 6 15 124 0 0 568 7 8 0.0000 0.0000 0.0257 23.000 7.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0250 0.9750
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 730 143 587 0 0 3 1 139 0 0 569 4 14 0.0000 0.0000 0.0307 46.333 7.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0221 0.9779
chr16 88534246 CCCCCGCGCCCGAGTCGCCGCGGCCCGGAAGCGGAAGCGGAAGCGGCCCCGGCCTCGCCCCTGCGCGCTCGCCCGG C 0.500000 0.050 1 -75 1 629 144 485 91 3 19 3 28 2 0 467 0 16 0.6319 0.0041 0.0371 6.722 2.27 1.29 0.99 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8258 0.1682 0.0061 1 0 0.8131 0.1797 0.0072 1 0 0.7952 0.1958 0.0091
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 951 209 742 103 2 6 1 97 0 0 737 0 5 0.4928 0.0000 0.0067 33.500 0.27 7.28 -7.01 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2407 0.5618 0.1975 1 1 0.2424 0.5571 0.2005 1 1 0.2445 0.5513 0.2042
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 727 181 546 102 0 4 0 75 0 0 546 0 0 0.5635 0.0000 0.0000 44.250 0.48 4.35 -3.87 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5805 0.3793 0.0402 1 0 0.5703 0.3860 0.0438 1 0 0.5564 0.3947 0.0489
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 148 73 75 36 0 4 0 33 0 0 75 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 17.250 0.50 4.00 -3.50 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2763 0.5183 0.2054 1 1 0.2757 0.5169 0.2073 1 1 0.2749 0.5152 0.2098
chr16 89971820 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 746 178 568 89 0 12 0 77 0 0 566 0 2 0.5000 0.0000 0.0035 13.833 0.11 1.14 -1.03 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3484 0.5219 0.1297 1 1 0.3461 0.5202 0.1338 1 1 0.3427 0.5180 0.1393
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 1014 249 765 108 1 8 1 131 0 0 760 1 4 0.4337 0.0000 0.0065 30.000 0.33 3.13 -2.80 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0755 0.5458 0.3787 1 1 0.0821 0.5490 0.3689 1 1 0.0914 0.5529 0.3557
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 451 157 294 5 0 5 0 147 0 0 294 0 0 0.0318 0.0000 0.0000 30.400 0.00 1.22 -1.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9735 0.0265 2 2 0.0000 0.2565 0.7435 2 2 0.0000 0.0806 0.9194
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1483 297 1186 228 24 33 0 12 0 1 1185 0 0 0.7677 0.0000 0.0008 8.125 2.77 2.42 0.35 22 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5164 0.4836 0.0000 0 0 0.9688 0.0312 0.0000
chr17 5183675 CTGAT C 0.000129 0.050 1 -4 1 887 218 669 110 0 7 0 101 0 1 663 0 5 0.5046 0.0000 0.0090 30.143 0.25 3.80 -3.55 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4954 0.5045 0.0000 1 1 0.4981 0.5019 0.0000 1 0 0.5012 0.4988 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 817 224 593 9 4 51 4 156 1 0 583 1 8 0.0402 0.0017 0.0169 3.373 0.00 3.02 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9802 0.0198 2 1 0.0000 0.5499 0.4501
chr17 7743481 C CA 0.001205 0.050 1 1 2 427 85 342 39 0 1 0 45 0 0 342 0 0 0.4588 0.0000 0.0000 84.000 0.31 1.22 -0.91 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4009 0.5983 0.0009 1 1 0.4055 0.5937 0.0009 1 1 0.4115 0.5877 0.0009
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.050 1 -6 2 1541 462 1079 182 6 87 1 186 0 0 1074 0 5 0.3939 0.0000 0.0046 4.299 4.61 7.12 -2.51 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3092 0.6490 0.0418 1 1 0.3180 0.6397 0.0424 1 1 0.3292 0.6278 0.0430
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.050 1 -6 1 1190 335 855 152 0 53 0 130 0 0 839 0 16 0.4537 0.0000 0.0187 5.423 0.75 6.88 -6.13 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4440 0.5292 0.0268 1 1 0.4476 0.5248 0.0277 1 1 0.4518 0.5194 0.0288
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 445 110 335 4 0 8 0 98 0 0 334 0 1 0.0364 0.0000 0.0030 12.750 0.00 8.30 -8.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9827 0.0173 2 1 0.0000 0.5572 0.4428 2 2 0.0000 0.2918 0.7082
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 595 231 364 1 0 33 21 176 0 0 361 0 3 0.0043 0.0000 0.0082 6.000 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0323 0.9677 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr17 17136247 CCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -6 1 595 240 355 13 10 194 2 21 0 0 355 0 0 0.0542 0.0000 0.0000 0.193 0.15 6.33 -6.18 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2974 0.5074 0.1952 1 1 0.2958 0.5068 0.1973 1 1 0.2937 0.5061 0.2001
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1136 319 817 164 4 20 8 123 0 0 817 0 0 0.5141 0.0000 0.0000 14.550 0.50 4.20 -3.70 72 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6958 0.2895 0.0147 1 0 0.6846 0.2986 0.0168 1 0 0.6691 0.3110 0.0199
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1135 317 818 161 19 14 13 110 0 0 818 0 0 0.5079 0.0000 0.0000 27.364 0.47 3.94 -3.46 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8394 0.1571 0.0035 1 0 0.8282 0.1675 0.0043 1 0 0.8121 0.1823 0.0056
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 857 215 642 3 0 12 1 199 0 0 635 0 7 0.0140 0.0000 0.0109 16.917 0.67 3.97 -3.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4228 0.5772 2 2 0.0000 0.0431 0.9569 2 2 0.0000 0.0209 0.9791
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 315 91 224 0 0 18 1 72 0 0 214 0 10 0.0000 0.0000 0.0446 4.056 7.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr17 35479822 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 927 219 708 214 0 2 0 3 0 0 708 0 0 0.9772 0.0000 0.0000 217.000 0.61 2.00 -1.39 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6248 0.3752 0.0000 0 0 0.9640 0.0360 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 156 76 80 0 0 4 0 72 0 0 79 0 1 0.0000 0.0000 0.0125 18.000 1.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr17 40818859 C CCGCCGTATCCGCCGCCGGAGCTGCTGCCTG 0.500000 0.050 1 30 1 934 221 713 13 13 47 12 136 2 0 683 0 28 0.0588 0.0028 0.0421 3.761 1.85 7.44 -5.60 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 545 163 382 91 1 2 0 69 0 0 382 0 0 0.5583 0.0000 0.0000 80.500 0.23 1.45 -1.22 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5304 0.4148 0.0547 1 0 0.5215 0.4198 0.0587 1 0 0.5094 0.4263 0.0644
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 565 147 418 72 0 3 0 72 0 0 418 0 0 0.4898 0.0000 0.0000 48.000 0.14 1.28 -1.14 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2281 0.5439 0.2281 1 1 0.2297 0.5406 0.2297 1 1 0.2318 0.5364 0.2318
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 634 119 515 61 1 10 1 46 0 0 502 0 13 0.5126 0.0000 0.0252 12.000 1.30 7.41 -6.12 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2568 0.5356 0.2076 1 1 0.2574 0.5329 0.2097 1 1 0.2580 0.5295 0.2125
chr17 41184543 ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG A 0.500000 0.050 1 -57 2 830 247 583 0 1 40 3 203 0 0 582 1 0 0.0000 0.0000 0.0017 5.175 4.09 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0232 0.9768 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0100 0.9900
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.050 1 -13 1 1240 323 917 308 0 10 0 5 0 0 917 0 0 0.9536 0.0000 0.0000 31.300 0.27 13.60 -13.33 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3984 0.6016 0.0000 0 0 0.9860 0.0140 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 684 226 458 194 0 29 0 3 0 0 458 0 0 0.8584 0.0000 0.0000 6.793 0.37 16.00 -15.63 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4960 0.5040 0.0000 0 0 0.9416 0.0584 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1740 372 1368 201 0 2 0 169 0 0 1365 0 3 0.5403 0.0000 0.0022 185.000 0.39 3.34 -2.95 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5528 0.4158 0.0314 1 0 0.5460 0.4193 0.0347 1 0 0.5364 0.4242 0.0394
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 758 197 561 157 4 29 1 6 0 1 560 0 0 0.7970 0.0000 0.0018 5.793 0.75 3.00 -2.25 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3391 0.6609 0.0000 0 0 0.7827 0.2173 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 200 70 130 41 0 1 0 28 0 0 129 0 1 0.5857 0.0000 0.0077 69.000 0.07 4.00 -3.93 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3986 0.4798 0.1217 1 1 0.3932 0.4811 0.1257 1 1 0.3861 0.4829 0.1310
chr17 50116034 T TATC 0.500000 0.050 1 3 2 544 141 403 125 0 9 0 7 0 0 403 0 0 0.8865 0.0000 0.0000 14.667 0.11 3.86 -3.75 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1691 0.8309 0.0000 0 0 0.5975 0.4025 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1021 269 752 134 0 11 0 124 0 0 748 0 4 0.4981 0.0000 0.0053 23.455 0.16 2.85 -2.69 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2778 0.5687 0.1535 1 1 0.2788 0.5636 0.1576 1 1 0.2799 0.5571 0.1630
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.050 1 9 1 688 176 512 80 1 18 0 77 0 0 512 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 8.722 0.33 6.99 -6.66 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2705 0.5437 0.1858 1 1 0.2709 0.5404 0.1888 1 1 0.2712 0.5362 0.1926
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 451 162 289 58 1 38 1 64 0 0 288 0 1 0.3580 0.0000 0.0035 3.263 0.64 5.44 -4.80 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1590 0.5235 0.3176 1 1 0.1624 0.5217 0.3159 1 1 0.1670 0.5194 0.3136
chr17 63477132 T TGCTGCC 0.500000 0.050 1 6 1 201 70 131 57 0 11 0 2 1 0 130 0 0 0.8143 0.0076 0.0076 5.364 0.75 6.00 -5.25 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1412 0.8588 0.0000 0 0 0.5236 0.4764 0.0000 0 0 0.6564 0.3436 0.0000
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 392 146 246 67 0 19 1 59 0 0 246 0 0 0.4589 0.0000 0.0000 6.632 0.37 7.80 -7.42 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3199 0.5231 0.1570 1 1 0.3182 0.5214 0.1605 1 1 0.3158 0.5192 0.1651
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.050 1 -2 2 181 55 126 26 0 2 0 27 0 0 125 0 1 0.4727 0.0000 0.0079 26.500 0.23 2.78 -2.55 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2185 0.5153 0.2663 1 1 0.2199 0.5141 0.2660 1 1 0.2218 0.5127 0.2656
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.050 1 -4 3 256 79 177 43 0 2 0 34 0 0 175 0 2 0.5443 0.0000 0.0113 38.500 1.02 4.09 -3.06 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3269 0.5094 0.1636 1 1 0.3245 0.5087 0.1668 1 1 0.3212 0.5078 0.1710
chr17 73751240 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 413 130 283 125 0 1 1 3 0 0 283 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 129.000 3.70 3.67 0.03 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0389 0.9611 0.0000 0 0 0.6080 0.3920 0.0000 0 0 0.8204 0.1796 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 663 166 497 62 1 11 0 92 0 0 494 0 3 0.3735 0.0000 0.0060 14.091 0.52 8.22 -7.70 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0274 0.3236 0.6490 1 2 0.0304 0.3326 0.6370 1 2 0.0348 0.3447 0.6205
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.050 1 6 1 558 135 423 62 2 6 0 65 0 0 413 0 10 0.4593 0.0000 0.0236 21.500 1.61 5.98 -4.37 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1217 0.5051 0.3732 1 1 0.1258 0.5046 0.3695 1 1 0.1314 0.5040 0.3646
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 765 158 607 77 1 4 1 75 0 1 605 0 1 0.4873 0.0000 0.0033 38.500 0.66 2.47 -1.80 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2509 0.5460 0.2031 1 1 0.2519 0.5425 0.2055 1 1 0.2531 0.5382 0.2087
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 899 228 671 133 0 20 0 75 1 0 650 0 20 0.5833 0.0015 0.0313 10.400 0.90 16.99 -16.08 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7113 0.2736 0.0150 1 0 0.6992 0.2837 0.0172 1 0 0.6824 0.2973 0.0204
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.050 1 -27 1 950 190 760 128 0 2 0 60 2 0 729 1 28 0.6737 0.0026 0.0408 188.000 1.24 19.62 -18.37 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7248 0.2614 0.0138 1 0 0.7125 0.2718 0.0158 1 0 0.6953 0.2859 0.0188
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2661 623 2038 298 11 75 6 233 2 0 2019 6 11 0.4783 0.0010 0.0093 7.528 1.42 6.28 -4.86 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7804 0.2158 0.0038 1 0 0.7711 0.2244 0.0046 1 0 0.7577 0.2364 0.0059
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2578 664 1914 273 7 56 9 319 5 5 1730 27 147 0.4111 0.0026 0.0961 11.222 1.52 4.76 -3.24 61 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0002 0.9998 1 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 312 142 170 121 0 19 0 2 0 0 170 0 0 0.8521 0.0000 0.0000 6.474 0.40 6.00 -5.60 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4452 0.5548 0.0000 0 0 0.8387 0.1613 0.0000 0 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1157 207 950 94 1 18 3 91 0 0 949 1 0 0.4541 0.0000 0.0011 10.444 0.65 5.33 -4.68 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2206 0.5577 0.2217 1 1 0.2228 0.5533 0.2239 1 1 0.2255 0.5479 0.2266
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 755 200 555 98 0 12 0 90 0 0 553 0 2 0.4900 0.0000 0.0036 15.667 0.31 3.19 -2.88 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2918 0.5470 0.1612 1 1 0.2916 0.5435 0.1649 1 1 0.2913 0.5390 0.1697
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.050 1 4 3 495 133 362 74 0 3 1 55 0 0 359 0 3 0.5564 0.0000 0.0083 43.333 0.41 4.20 -3.79 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4260 0.4774 0.0966 1 1 0.4203 0.4787 0.1010 1 1 0.4126 0.4805 0.1068
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 332 73 259 3 0 1 6 63 0 0 259 0 0 0.0411 0.0000 0.0000 67.000 0.00 1.30 -1.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9737 0.0263 2 1 0.0000 0.6817 0.3183 2 2 0.0000 0.4804 0.5196
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 149 71 78 0 0 3 0 68 0 0 78 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 22.667 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 374 72 302 38 0 5 0 29 0 0 299 0 3 0.5278 0.0000 0.0099 13.400 0.71 8.59 -7.88 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4565 0.4730 0.0706 1 1 0.4546 0.4735 0.0719 1 1 0.4522 0.4741 0.0737
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 197 87 110 40 0 0 0 47 0 0 110 0 0 0.4598 0.0000 0.0000 87.000 0.12 4.68 -4.56 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1453 0.5042 0.3506 1 1 0.1482 0.5035 0.3483 1 1 0.1521 0.5027 0.3451
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 154 63 91 37 0 1 0 25 0 0 91 0 0 0.5873 0.0000 0.0000 62.000 0.08 3.08 -3.00 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4004 0.4773 0.1222 1 1 0.3949 0.4789 0.1262 1 1 0.3876 0.4809 0.1315
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 228 115 113 108 0 1 0 6 0 0 113 0 0 0.9391 0.0000 0.0000 114.000 0.22 3.67 -3.44 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.2069 0.7931 0.0000 0 0 0.5889 0.4111 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 450 114 336 104 0 8 0 2 0 0 336 0 0 0.9123 0.0000 0.0000 13.250 1.56 11.00 -9.44 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3434 0.6566 0.0000 0 0 0.7736 0.2264 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 303 162 141 88 1 3 1 69 1 0 140 0 0 0.5432 0.0071 0.0071 53.000 0.27 3.36 -3.09 20 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4895 0.4428 0.0677 1 0 0.4818 0.4462 0.0720 1 0 0.4715 0.4506 0.0778
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 846 208 638 112 0 5 1 90 0 0 623 0 15 0.5385 0.0000 0.0235 40.600 0.34 14.16 -13.82 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2864 0.5555 0.1581 1 1 0.2867 0.5513 0.1620 1 1 0.2869 0.5461 0.1670
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 374 87 287 1 0 11 6 69 0 1 286 0 0 0.0115 0.0000 0.0035 6.818 1.00 5.78 -4.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4555 0.5445 2 2 0.0000 0.2477 0.7523 2 2 0.0000 0.2039 0.7961
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 183 74 109 0 0 3 0 71 0 0 107 0 2 0.0000 0.0000 0.0183 23.667 3.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 147 76 71 44 2 2 0 28 0 0 71 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 37.000 0.05 3.00 -2.95 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4836 0.4348 0.0816 1 0 0.4751 0.4391 0.0858 1 0 0.4637 0.4446 0.0917
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 440 145 295 65 1 16 0 63 0 0 293 0 2 0.4483 0.0000 0.0068 8.062 0.31 3.83 -3.52 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2415 0.5396 0.2189 1 1 0.2426 0.5366 0.2207 1 1 0.2440 0.5329 0.2231
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 474 193 281 19 2 24 1 147 1 0 280 0 0 0.0984 0.0036 0.0036 8.450 4.00 5.67 -1.67 7 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9971 0.0029
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 628 132 496 74 0 9 0 49 0 0 496 0 0 0.5606 0.0000 0.0000 13.667 0.34 3.10 -2.76 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7242 0.2695 0.0062 1 0 0.7167 0.2765 0.0068 1 0 0.7063 0.2861 0.0076
chr19 1395488 G GCGC 0.003752 0.050 1 3 1 1295 279 1016 198 10 64 0 7 0 0 1016 0 0 0.7097 0.0000 0.0000 3.359 0.54 4.00 -3.46 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3529 0.6471 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 172 59 113 2 0 1 0 56 0 0 113 0 0 0.0339 0.0000 0.0000 58.000 0.00 4.52 -4.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9546 0.0454 2 1 0.0000 0.7591 0.2409 2 1 0.0000 0.6443 0.3557
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 276 137 139 85 0 1 0 51 0 0 139 0 0 0.6204 0.0000 0.0000 136.000 0.08 3.27 -3.19 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7735 0.2188 0.0077 1 0 0.7637 0.2277 0.0086 1 0 0.7502 0.2397 0.0101
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 363 118 245 0 0 16 98 4 0 0 230 15 0 0.0000 0.0000 0.0612 6.375 6.75 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0559 0.9441 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0638 0.9362
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 363 119 244 0 1 18 1 99 0 0 228 1 15 0.0000 0.0000 0.0656 5.611 9.23 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5808 0.4192 2 2 0.0000 0.3909 0.6091 2 2 0.0000 0.3447 0.6553
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 610 189 421 171 0 14 0 4 0 0 420 0 1 0.9048 0.0000 0.0024 12.500 0.68 12.00 -11.32 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0484 0.9516 0.0000 0 0 0.8532 0.1468 0.0000 0 0 0.9578 0.0422 0.0000
chr19 9115483 TAA T 0.005195 0.050 1 -2 1 498 110 388 106 0 2 0 2 0 0 388 0 0 0.9636 0.0000 0.0000 54.000 0.53 3.50 -2.97 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 322 92 230 49 0 7 0 36 0 0 224 0 6 0.5326 0.0000 0.0261 12.143 0.06 5.28 -5.22 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4171 0.4848 0.0981 1 1 0.4150 0.4847 0.1002 1 1 0.4122 0.4847 0.1031
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 423 119 304 36 0 29 1 53 0 0 300 0 4 0.3025 0.0000 0.0132 3.103 0.56 6.36 -5.80 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1042 0.4959 0.3999 1 1 0.1104 0.4997 0.3899 1 1 0.1190 0.5043 0.3767
chr19 14073386 GC G 0.000009 0.050 1 -1 1 348 93 255 82 0 2 0 9 0 1 254 0 0 0.8817 0.0000 0.0039 45.500 0.46 1.22 -0.76 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2927 0.7073 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 635 129 506 0 0 8 3 118 0 0 498 1 7 0.0000 0.0000 0.0158 15.125 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 16209062 CAGG C 0.000003 0.050 1 -3 3 237 102 135 99 0 0 0 3 0 0 135 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 102.000 0.22 3.67 -3.44 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 17286670 G GTT 0.003784 0.050 1 2 1 470 105 365 3 6 18 19 59 0 0 362 2 1 0.0286 0.0000 0.0082 16.200 4.67 2.47 2.19 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9980 0.0020
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 143 53 90 48 1 1 0 3 0 0 90 0 0 0.9057 0.0000 0.0000 52.000 0.69 3.00 -2.31 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0889 0.9111 0.0000 0 0 0.6321 0.3679 0.0000 0 0 0.8015 0.1985 0.0000
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 80 16 64 0 0 0 0 16 0 0 59 0 5 0.0000 0.0000 0.0781 16.000 2.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1807 0.8193 2 2 0.0000 0.1824 0.8176 2 2 0.0000 0.1847 0.8153
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 407 100 307 81 0 17 0 2 1 1 305 0 0 0.8100 0.0033 0.0065 4.882 0.75 3.50 -2.75 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5446 0.4554 0.0000 0 0 0.8866 0.1134 0.0000 0 0 0.9302 0.0698 0.0000
chr19 23145949 A AT 0.003669 0.050 1 1 1 161 32 129 28 1 1 0 2 0 0 129 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 31.000 0.82 1.50 -0.68 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9562 0.0438 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000 0 0 0.9962 0.0038 0.0000
chr19 23754908 GACA G 0.000403 0.050 1 -3 1 99 37 62 18 0 2 0 17 0 0 62 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 17.500 0.00 3.71 -3.71 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5015 0.4983 0.0002 1 0 0.5018 0.4980 0.0002 1 0 0.5022 0.4976 0.0002
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 344 97 247 3 0 11 3 80 0 0 245 0 2 0.0309 0.0000 0.0081 7.818 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7580 0.2420 2 2 0.0000 0.1540 0.8460 2 2 0.0000 0.0736 0.9264
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 660 174 486 84 2 7 4 77 0 0 483 0 3 0.4828 0.0000 0.0062 23.571 0.45 3.75 -3.30 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1350 0.5651 0.2999 1 1 0.1354 0.5608 0.3038 1 1 0.1358 0.5553 0.3088
chr19 35511519 A ACTGCTGCTG 0.059465 0.050 1 9 2 656 235 421 220 1 6 0 8 0 0 421 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 38.167 0.23 7.75 -7.52 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 0 0.9462 0.0538 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000
chr19 35720472 CAAG C 0.035298 0.050 1 -3 1 843 181 662 174 0 1 0 6 0 0 660 0 2 0.9613 0.0000 0.0030 180.000 0.48 2.83 -2.36 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 0 0.9053 0.0947 0.0000 0 0 0.9891 0.0109 0.0000
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.050 1 4 5 631 124 507 65 0 3 0 56 0 0 497 0 10 0.5242 0.0000 0.0197 40.333 0.26 4.64 -4.38 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3826 0.5486 0.0688 1 1 0.3856 0.5453 0.0691 1 1 0.3895 0.5411 0.0694
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.050 1 -1 2 633 122 511 64 0 6 3 49 0 0 502 3 6 0.5246 0.0000 0.0176 19.333 0.27 5.06 -4.80 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4494 0.5009 0.0498 1 1 0.4499 0.4995 0.0506 1 1 0.4505 0.4979 0.0516
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 410 131 279 76 0 5 1 49 1 0 273 0 5 0.5802 0.0036 0.0215 25.200 0.57 3.27 -2.70 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6168 0.3522 0.0310 1 0 0.6087 0.3581 0.0332 1 0 0.5977 0.3659 0.0364
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 234 36 198 0 0 4 25 7 0 0 198 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.000 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1097 0.8903 2 2 0.0000 0.1113 0.8887 2 2 0.0000 0.1137 0.8863
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 234 35 199 0 0 25 7 3 0 0 199 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.444 5.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1510 0.8490 2 2 0.0000 0.1521 0.8479 2 2 0.0000 0.1537 0.8462
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 359 119 240 114 0 2 0 3 0 0 239 0 1 0.9580 0.0000 0.0042 58.500 0.25 4.00 -3.75 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3754 0.6246 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000 0 0 0.9878 0.0122 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 334 109 225 69 1 1 0 38 0 0 225 0 0 0.6330 0.0000 0.0000 108.000 0.23 6.53 -6.29 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6984 0.2806 0.0210 1 0 0.6865 0.2902 0.0234 1 0 0.6701 0.3031 0.0268
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 572 165 407 2 0 2 1 160 0 0 403 0 4 0.0121 0.0000 0.0098 81.500 0.00 3.14 -3.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1925 0.8075 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0228 0.9772
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 656 248 408 109 0 45 0 94 0 0 395 0 13 0.4395 0.0000 0.0319 4.511 0.31 5.88 -5.57 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2486 0.5634 0.1880 1 1 0.2505 0.5586 0.1909 1 1 0.2528 0.5526 0.1946
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 374 119 255 96 0 21 1 1 0 0 252 0 3 0.8067 0.0000 0.0118 4.667 0.30 5.00 -4.70 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0956 0.9044 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000 0 0 0.9419 0.0581 0.0000
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.050 1 -3 1 496 159 337 76 0 4 0 79 0 0 337 0 0 0.4780 0.0000 0.0000 38.750 1.13 4.30 -3.17 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3628 0.5742 0.0630 1 1 0.3672 0.5697 0.0631 1 1 0.3729 0.5640 0.0631
chr19 47802285 TGGGCCTGGGATCGGGCCTGGGTTC T 0.070835 0.050 1 -24 2 1566 418 1148 342 14 47 5 10 6 5 1132 5 0 0.8182 0.0052 0.0139 8.022 2.11 2.40 -0.29 110 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7764 0.2236 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr19 47802333 TGGGCCTGGGATC T 0.079245 0.050 1 -12 2 1550 391 1159 319 15 51 3 3 5 7 1145 2 0 0.8159 0.0043 0.0121 7.106 2.30 2.33 -0.03 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9950 0.0050 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 47802381 TGGGCCTGGGATC T 0.158449 0.050 1 -12 2 1552 379 1173 296 11 63 1 8 5 5 1155 7 1 0.7810 0.0043 0.0153 5.000 2.49 9.75 -7.26 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5674 0.4326 0.0000 0 0 0.9808 0.0192 0.0000
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 257 105 152 92 0 9 0 4 0 0 152 0 0 0.8762 0.0000 0.0000 10.667 0.23 1.50 -1.27 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0722 0.9278 0.0000 0 0 0.7601 0.2399 0.0000 0 0 0.9057 0.0943 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 416 123 293 117 0 1 0 5 0 0 293 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 122.000 0.26 3.80 -3.54 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0462 0.9538 0.0000 0 0 0.8503 0.1497 0.0000 0 0 0.9584 0.0416 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1184 317 867 100 32 54 8 123 0 0 861 0 6 0.3155 0.0000 0.0069 4.833 2.37 3.63 -1.26 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2002 0.5884 0.2114 1 1 0.2053 0.5825 0.2122 1 1 0.2120 0.5750 0.2130
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1188 272 916 114 8 63 4 83 0 1 914 0 1 0.4191 0.0000 0.0022 3.286 0.40 3.28 -2.87 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7401 0.2489 0.0109 1 0 0.7302 0.2575 0.0123 1 0 0.7164 0.2692 0.0144
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 626 162 464 68 0 25 0 69 0 0 461 1 2 0.4198 0.0000 0.0065 5.480 0.84 6.55 -5.71 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2451 0.5511 0.2038 1 1 0.2486 0.5477 0.2037 1 1 0.2531 0.5435 0.2035
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 677 265 412 119 0 65 0 81 0 0 412 0 0 0.4491 0.0000 0.0000 3.077 0.20 11.94 -11.74 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8209 0.1771 0.0020 1 0 0.8126 0.1850 0.0023 1 0 0.8012 0.1961 0.0028
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 766 152 614 0 0 2 0 150 0 0 606 0 8 0.0000 0.0000 0.0130 75.000 3.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr19 50481874 T TG 0.019409 0.050 1 1 2 279 91 188 40 0 3 3 45 0 0 188 0 0 0.4396 0.0000 0.0000 29.000 0.60 1.04 -0.44 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3730 0.6115 0.0154 1 1 0.3783 0.6065 0.0152 1 1 0.3851 0.6000 0.0149
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 579 168 411 85 2 3 5 73 0 0 409 0 2 0.5060 0.0000 0.0049 54.667 0.86 2.77 -1.91 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2215 0.5633 0.2152 1 1 0.2206 0.5595 0.2199 1 1 0.2192 0.5547 0.2261
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 214 82 132 3 0 2 0 77 0 0 129 1 2 0.0366 0.0000 0.0227 40.000 0.33 2.22 -1.89 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8727 0.1273 2 2 0.0000 0.2841 0.7159 2 2 0.0000 0.1472 0.8528
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 484 147 337 69 0 3 0 75 0 0 336 0 1 0.4694 0.0000 0.0030 48.000 0.19 2.29 -2.10 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2012 0.5498 0.2490 1 1 0.2055 0.5468 0.2477 1 1 0.2112 0.5430 0.2458
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 536 140 396 68 2 1 0 69 0 0 395 0 1 0.4857 0.0000 0.0025 139.000 1.16 3.39 -2.23 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2800 0.5427 0.1774 1 1 0.2819 0.5395 0.1786 1 1 0.2844 0.5354 0.1802
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 715 207 508 200 0 1 0 6 0 0 508 0 0 0.9662 0.0000 0.0000 206.000 0.24 3.17 -2.93 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0125 0.9875 0.0000 0 0 0.7891 0.2109 0.0000 0 0 0.9507 0.0493 0.0000
chr19 53258416 CAATA C 0.000164 0.050 1 -4 2 401 92 309 48 0 1 0 43 0 0 309 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 91.000 1.35 5.28 -3.92 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5339 0.4661 0.0001 1 0 0.5336 0.4663 0.0001 1 0 0.5331 0.4668 0.0001
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 846 166 680 79 0 6 0 81 0 0 677 0 3 0.4759 0.0000 0.0044 26.667 0.57 3.30 -2.73 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1900 0.5473 0.2627 1 1 0.1936 0.5439 0.2625 1 1 0.1982 0.5397 0.2621
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 872 201 671 179 0 18 0 4 0 0 671 0 0 0.8905 0.0000 0.0000 10.167 0.17 5.00 -4.83 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8063 0.1937 0.0000 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 507 126 381 5 0 24 1 96 0 0 359 0 22 0.0397 0.0000 0.0577 4.250 0.00 7.35 -7.35 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9944 0.0056 2 1 0.0000 0.6014 0.3986 2 2 0.0000 0.2713 0.7287
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 727 207 520 92 4 33 0 78 0 0 507 0 13 0.4444 0.0000 0.0250 5.581 2.37 17.51 -15.14 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0756 0.5891 0.3353 1 1 0.0756 0.5838 0.3406 1 1 0.0756 0.5770 0.3473
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 1079 277 802 217 3 47 1 9 0 1 801 0 0 0.7834 0.0000 0.0012 4.872 1.01 3.11 -2.10 105 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4154 0.5846 0.0000 0 0 0.9209 0.0791 0.0000
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 580 111 469 53 0 1 1 56 0 1 466 0 2 0.4775 0.0000 0.0064 110.000 0.42 4.45 -4.03 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.5223 0.3135 1 1 0.1669 0.5205 0.3126 1 1 0.1705 0.5181 0.3114
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 133 66 67 0 0 12 0 54 0 0 67 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.500 2.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3584 0.6416 2 2 0.0000 0.3646 0.6354 2 2 0.0000 0.3733 0.6267
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 371 136 235 65 0 5 0 66 0 0 233 0 2 0.4779 0.0000 0.0085 26.200 0.28 2.05 -1.77 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1726 0.5336 0.2938 1 1 0.1748 0.5309 0.2943 1 1 0.1778 0.5275 0.2947
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 112 52 60 0 0 0 0 52 0 0 59 0 1 0.0000 0.0000 0.0167 52.000 6.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1459 0.8541 2 2 0.0000 0.1492 0.8508 2 2 0.0000 0.1539 0.8461
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 504 121 383 105 2 11 0 3 1 0 382 0 0 0.8678 0.0026 0.0026 10.000 1.22 3.00 -1.78 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5892 0.4108 0.0000 0 0 0.9608 0.0392 0.0000 0 0 0.9822 0.0178 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 483 166 317 110 1 3 0 52 0 0 316 0 1 0.6627 0.0000 0.0032 54.333 0.18 8.75 -8.57 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8976 0.1006 0.0018 1 0 0.8883 0.1095 0.0022 1 0 0.8748 0.1223 0.0029
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 484 165 319 108 0 5 0 52 0 0 318 0 1 0.6545 0.0000 0.0031 32.000 0.21 8.75 -8.54 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8836 0.1141 0.0023 1 0 0.8738 0.1234 0.0028 1 0 0.8596 0.1367 0.0037
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 483 157 326 98 0 3 1 55 0 0 326 0 0 0.6242 0.0000 0.0000 51.000 0.24 8.27 -8.03 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8069 0.1863 0.0068 1 0 0.7957 0.1964 0.0079 1 0 0.7800 0.2104 0.0096
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 296 125 171 60 0 1 0 64 0 0 171 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 124.000 0.22 1.30 -1.08 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1408 0.5218 0.3375 1 1 0.1429 0.5197 0.3374 1 1 0.1457 0.5171 0.3372
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 802 211 591 128 0 3 0 80 0 0 585 0 6 0.6066 0.0000 0.0102 69.333 0.20 6.53 -6.32 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7642 0.2260 0.0098 1 0 0.7523 0.2363 0.0113 1 0 0.7358 0.2505 0.0137
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 556 170 386 6 0 4 1 159 0 0 373 0 13 0.0353 0.0000 0.0337 41.500 0.00 3.13 -3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9917 0.0083 2 2 0.0000 0.2871 0.7129 2 2 0.0000 0.0713 0.9287
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 250 74 176 28 0 26 1 19 0 0 174 0 2 0.3784 0.0000 0.0114 1.808 1.68 9.11 -7.43 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2781 0.5160 0.2059 1 1 0.2755 0.5153 0.2092 1 1 0.2721 0.5144 0.2135
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 164 63 101 25 0 2 0 36 0 0 100 0 1 0.3968 0.0000 0.0099 30.500 0.32 1.25 -0.93 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2810 0.6122 0.1068 1 1 0.2874 0.6084 0.1043 1 1 0.2957 0.6032 0.1011
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.050 1 3 3 665 218 447 171 7 35 0 5 0 0 447 0 0 0.7844 0.0000 0.0000 5.229 0.18 3.20 -3.02 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2210 0.7790 0.0000 0 0 0.9698 0.0302 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000
chr20 41084518 A AGAC 0.000868 0.050 1 3 2 175 80 95 46 0 0 0 34 0 0 94 0 1 0.5750 0.0000 0.0105 80.000 0.17 3.12 -2.94 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6091 0.3907 0.0002 1 0 0.6059 0.3939 0.0002 1 0 0.6015 0.3983 0.0002
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 642 194 448 183 1 7 0 3 0 0 448 0 0 0.9433 0.0000 0.0000 26.714 0.27 3.33 -3.07 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3321 0.6679 0.0000 0 0 0.8911 0.1089 0.0000 0 0 0.9460 0.0540 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1075 323 752 242 2 53 0 26 0 0 751 0 1 0.7492 0.0000 0.0013 5.094 0.24 2.92 -2.68 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0098 0.9902 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 624 287 337 232 6 30 1 18 0 0 337 0 0 0.8084 0.0000 0.0000 8.862 0.34 3.33 -2.99 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.3443 0.6557 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 181 22 159 0 0 0 0 22 0 0 157 0 2 0.0000 0.0000 0.0126 22.000 7.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 342 171 171 97 0 0 0 74 0 0 171 0 0 0.5673 0.0000 0.0000 171.000 0.31 1.96 -1.65 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3786 0.5239 0.0974 1 1 0.3698 0.5263 0.1039 1 1 0.3580 0.5291 0.1128
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 885 201 684 192 1 4 0 4 0 0 683 0 1 0.9552 0.0000 0.0015 49.250 0.27 6.00 -5.73 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0340 0.9660 0.0000 0 0 0.7991 0.2009 0.0000 0 0 0.9387 0.0613 0.0000
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 726 211 515 112 0 11 0 88 0 0 512 0 3 0.5308 0.0000 0.0058 18.182 0.21 5.03 -4.83 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6169 0.3608 0.0223 1 0 0.6110 0.3650 0.0240 1 0 0.6029 0.3708 0.0263
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 245 101 144 0 0 4 0 97 0 0 142 0 2 0.0000 0.0000 0.0139 24.250 3.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0578 0.9422 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0646 0.9354
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.050 1 40 1 1077 269 808 57 0 154 2 56 2 10 743 10 43 0.2119 0.0025 0.0804 0.740 1.67 3.30 -1.64 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0714 0.7715 0.1572 1 1 0.0790 0.7735 0.1475 1 1 0.0899 0.7747 0.1354
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 367 52 315 0 1 4 1 46 0 0 315 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 2.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1246 192 1054 14 4 7 6 161 1 0 1043 2 8 0.0729 0.0009 0.0104 46.000 1.36 3.09 -1.74 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.8583 0.1417
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1247 191 1056 13 5 8 11 154 1 0 1045 2 8 0.0681 0.0009 0.0104 36.000 1.31 3.21 -1.91 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.7937 0.2063
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 751 156 595 92 1 10 4 49 28 6 550 0 11 0.5897 0.0471 0.0756 14.500 1.66 14.04 -12.38 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9359 0.0636 0.0004 1 0 0.9293 0.0701 0.0006 1 0 0.9196 0.0796 0.0008
chr21 44637501 G GCC 0.000448 0.050 1 2 1 447 140 307 81 1 0 1 57 0 0 301 0 6 0.5786 0.0000 0.0195 140.000 1.32 7.33 -6.01 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6708 0.3291 0.0001 1 0 0.6662 0.3338 0.0001 1 0 0.6599 0.3401 0.0001
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 613 132 481 64 1 15 2 50 0 0 477 0 4 0.4848 0.0000 0.0083 8.923 5.12 11.36 -6.23 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3252 0.5207 0.1541 1 1 0.3223 0.5195 0.1582 1 1 0.3184 0.5179 0.1637
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.050 1 -15 2 628 132 496 61 4 9 5 53 0 0 496 0 0 0.4621 0.0000 0.0000 13.222 5.51 11.28 -5.77 21 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4846 0.4681 0.0473 1 0 0.4833 0.4682 0.0485 1 0 0.4814 0.4685 0.0501
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 367 164 203 1 0 17 4 142 0 0 203 0 0 0.0061 0.0000 0.0000 9.125 0.00 7.82 -7.82 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr21 45505226 C CGGCCCCCCA 0.000422 0.050 1 9 3 454 123 331 88 1 32 0 2 0 1 329 0 1 0.7154 0.0000 0.0060 2.844 0.66 9.00 -8.34 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9941 0.0059 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 577 211 366 178 6 25 0 2 0 0 366 0 0 0.8436 0.0000 0.0000 7.440 0.20 3.50 -3.30 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8932 0.1068 0.0000 0 0 0.9813 0.0187 0.0000 0 0 0.9882 0.0118 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 235 104 131 97 0 5 0 2 0 0 131 0 0 0.9327 0.0000 0.0000 19.800 0.14 3.00 -2.86 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5816 0.4184 0.0000 0 0 0.9010 0.0990 0.0000 0 0 0.9390 0.0610 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 507 106 401 0 0 25 3 78 0 0 380 0 21 0.0000 0.0000 0.0524 3.240 15.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 837 214 623 115 2 10 0 87 0 0 621 0 2 0.5374 0.0000 0.0032 20.400 0.30 4.09 -3.80 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6318 0.3413 0.0268 1 0 0.6225 0.3481 0.0294 1 0 0.6098 0.3571 0.0331
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 792 223 569 120 0 8 0 95 0 0 568 0 1 0.5381 0.0000 0.0018 26.875 0.65 2.05 -1.40 24 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5376 0.4152 0.0473 1 0 0.5294 0.4196 0.0510 1 0 0.5183 0.4254 0.0563
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 679 151 528 140 1 6 0 4 0 0 528 0 0 0.9272 0.0000 0.0000 24.167 0.41 12.75 -12.34 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0388 0.9612 0.0000 0 0 0.6391 0.3609 0.0000 0 0 0.8400 0.1600 0.0000
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 1186 464 722 260 1 8 1 194 0 2 714 1 5 0.5603 0.0000 0.0111 57.000 1.01 3.53 -2.52 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8718 0.1268 0.0015 1 0 0.8629 0.1353 0.0018 1 0 0.8501 0.1475 0.0025
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 399 180 219 99 0 3 0 78 0 0 205 0 14 0.5500 0.0000 0.0639 59.000 0.20 18.56 -18.36 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3955 0.5143 0.0902 1 1 0.3954 0.5120 0.0926 1 1 0.3950 0.5092 0.0958
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 402 186 216 97 0 21 0 68 0 0 206 0 10 0.5215 0.0000 0.0463 7.857 0.20 8.18 -7.98 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5513 0.4051 0.0436 1 0 0.5450 0.4086 0.0464 1 0 0.5365 0.4133 0.0502
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 257 126 131 59 0 6 0 61 0 0 129 0 2 0.4683 0.0000 0.0153 20.000 0.14 4.61 -4.47 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2587 0.5490 0.1923 1 1 0.2621 0.5460 0.1919 1 1 0.2666 0.5421 0.1913
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 377 143 234 64 0 2 0 77 0 0 231 0 3 0.4476 0.0000 0.0128 70.500 0.03 3.19 -3.16 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0459 0.4132 0.5409 1 2 0.0483 0.4162 0.5355 1 2 0.0516 0.4202 0.5282
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 567 181 386 0 0 16 9 156 0 0 383 0 3 0.0000 0.0000 0.0078 10.312 3.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0430 0.9570 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0520 0.9480
645 rows