File Info

Filename
HG02572_x_HG02583_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/22/c9592181f5d4c9fdb24adccecefe9e/HG02572_x_HG02583_FF_5.features.tsv
Size
170.5 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02572_x_HG02583_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 964529 AGGTCCGCAGTGGGGCTGCGGGGAGGGGGGCGCG A 0.000081 0.050 1 -33 1 474 140 334 109 3 24 1 3 0 0 331 0 3 0.7786 0.0000 0.0090 4.833 3.36 24.67 -21.31 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9042 0.0958 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 308 125 183 67 0 0 0 58 0 0 182 0 1 0.5360 0.0000 0.0055 125.000 0.31 3.53 -3.22 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3307 0.5194 0.1499 1 1 0.3285 0.5179 0.1536 1 1 0.3256 0.5160 0.1584
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 727 210 517 156 4 38 0 12 0 0 517 0 0 0.7429 0.0000 0.0000 4.526 0.17 2.67 -2.50 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0168 0.9832 0.0000 0 1 0.3481 0.6519 0.0000
chr1 8359808 GCTCCTT G 0.500000 0.050 1 -6 3 437 132 305 114 0 13 0 5 0 0 304 0 1 0.8636 0.0000 0.0033 9.154 0.38 6.00 -5.62 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2322 0.7678 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 521 121 400 54 2 14 1 50 0 0 398 0 2 0.4463 0.0000 0.0050 7.643 1.56 6.66 -5.10 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2676 0.5307 0.2017 1 1 0.2677 0.5284 0.2040 1 1 0.2676 0.5255 0.2069
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 487 110 377 3 0 13 1 93 0 0 375 0 2 0.0273 0.0000 0.0053 7.462 0.00 3.13 -3.13 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9228 0.0772 2 2 0.0000 0.4100 0.5900 2 2 0.0000 0.2339 0.7661
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 974 187 787 95 1 11 0 80 0 0 787 0 0 0.5080 0.0000 0.0000 16.000 0.35 3.16 -2.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4292 0.4826 0.0882 1 1 0.4239 0.4835 0.0926 1 1 0.4167 0.4847 0.0986
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 453 99 354 72 0 5 0 22 0 0 354 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 18.800 0.42 1.05 -0.63 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8362 0.1578 0.0059 1 0 0.8229 0.1701 0.0070 1 1 0.4598 0.5352 0.0051
chr1 19138035 TTTCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 268 125 143 73 0 5 0 47 0 0 141 0 2 0.5840 0.0000 0.0140 24.000 0.11 5.70 -5.59 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5550 0.3933 0.0517 1 0 0.5448 0.3996 0.0556 1 0 0.5310 0.4078 0.0611
chr1 26282320 TCCAGGACAGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGA T 0.500000 0.050 1 -48 3 711 180 531 48 6 34 5 87 0 0 500 0 31 0.2667 0.0000 0.0584 4.531 5.58 16.68 -11.09 24 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0009 0.0712 0.9279 1 2 0.0012 0.0794 0.9195 1 2 0.0016 0.0915 0.9069
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 717 176 541 41 21 37 45 32 0 0 541 0 0 0.2330 0.0000 0.0000 4.731 8.05 28.25 -20.20 17 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0829 0.4567 0.4604 1 1 0.0872 0.4594 0.4534 1 1 0.0931 0.4629 0.4440
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 739 177 562 43 3 26 13 92 0 0 560 1 1 0.2429 0.0000 0.0036 6.217 1.23 18.00 -16.77 23 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0025 0.1126 0.8849 1 2 0.0031 0.1228 0.8741 1 2 0.0041 0.1376 0.8583
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 254 91 163 49 0 2 0 40 0 0 163 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 44.500 0.27 1.10 -0.83 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3521 0.5032 0.1446 1 1 0.3488 0.5029 0.1483 1 1 0.3443 0.5026 0.1531
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 367 148 219 8 0 16 0 124 0 0 217 0 2 0.0541 0.0000 0.0091 8.250 0.00 2.99 -2.99 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9033 0.0967 2 2 0.0000 0.4880 0.5120
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 699 179 520 165 1 4 0 9 0 0 520 0 0 0.9218 0.0000 0.0000 43.500 0.24 2.67 -2.43 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1296 0.8704 0.0000 0 0 0.6540 0.3460 0.0000
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.050 1 -3 1 830 185 645 90 0 8 0 87 0 0 644 0 1 0.4865 0.0000 0.0016 22.125 0.16 3.54 -3.38 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2456 0.5529 0.2015 1 1 0.2469 0.5490 0.2041 1 1 0.2485 0.5440 0.2075
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 638 166 472 0 0 22 5 139 0 0 469 1 2 0.0000 0.0000 0.0064 6.545 6.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.050 1 -6 6 658 143 515 62 0 22 0 59 0 1 513 0 1 0.4336 0.0000 0.0039 5.762 3.37 7.86 -4.49 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2608 0.5355 0.2037 1 1 0.2612 0.5328 0.2060 1 1 0.2616 0.5295 0.2089
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 987 248 739 106 5 38 1 98 0 0 737 0 2 0.4274 0.0000 0.0027 5.526 0.31 3.22 -2.91 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3395 0.5349 0.1256 1 1 0.3379 0.5322 0.1299 1 1 0.3356 0.5288 0.1356
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.050 1 -30 1 553 124 429 65 0 23 0 36 1 0 413 0 15 0.5242 0.0023 0.0373 4.391 0.43 18.64 -18.21 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4299 0.4725 0.0976 1 1 0.4239 0.4743 0.1018 1 1 0.4158 0.4765 0.1077
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 740 152 588 141 2 7 0 2 0 0 588 0 0 0.9276 0.0000 0.0000 20.714 0.97 3.00 -2.03 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5826 0.4174 0.0000 0 0 0.8994 0.1006 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 381 162 219 72 0 38 0 52 0 0 215 0 4 0.4444 0.0000 0.0183 3.263 1.54 10.27 -8.73 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4413 0.4679 0.0907 1 1 0.4350 0.4699 0.0950 1 1 0.4265 0.4725 0.1010
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 462 162 300 80 0 11 0 71 0 0 299 0 1 0.4938 0.0000 0.0033 13.727 0.16 5.92 -5.75 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3252 0.5273 0.1474 1 1 0.3235 0.5252 0.1512 1 1 0.3211 0.5226 0.1562
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 462 155 307 73 0 15 0 67 0 0 307 0 0 0.4710 0.0000 0.0000 9.333 0.16 6.16 -6.00 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3016 0.5318 0.1665 1 1 0.3007 0.5294 0.1699 1 1 0.2993 0.5264 0.1743
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 164 69 95 0 0 1 0 68 0 0 93 0 2 0.0000 0.0000 0.0211 68.000 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1466 0.8534 2 2 0.0000 0.1511 0.8489 2 2 0.0000 0.1574 0.8426
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 398 114 284 47 0 8 0 59 0 0 279 1 4 0.4123 0.0000 0.0176 13.250 0.87 3.25 -2.38 27 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0864 0.4555 0.4580 1 1 0.0907 0.4584 0.4509 1 1 0.0966 0.4620 0.4413
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 771 165 606 80 6 26 8 45 0 0 597 0 9 0.4848 0.0000 0.0149 5.192 1.16 3.07 -1.90 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5203 0.4203 0.0595 1 0 0.5115 0.4250 0.0635 1 0 0.4995 0.4312 0.0693
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 764 192 572 105 1 15 8 63 0 1 571 0 0 0.5469 0.0000 0.0017 11.467 1.04 3.52 -2.49 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7103 0.2726 0.0171 1 0 0.6976 0.2831 0.0193 1 0 0.6800 0.2972 0.0228
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 309 110 199 59 0 13 0 38 0 0 199 0 0 0.5364 0.0000 0.0000 7.462 0.17 2.55 -2.38 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5201 0.4147 0.0652 1 0 0.5107 0.4200 0.0694 1 0 0.4980 0.4269 0.0751
chr1 150280899 AAAT A 0.500000 0.050 1 -3 1 124 59 65 55 0 2 0 2 0 0 65 0 0 0.9322 0.0000 0.0000 28.500 0.18 3.00 -2.82 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1323 0.8677 0.0000 0 0 0.5052 0.4948 0.0000 0 0 0.6400 0.3600 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 240 78 162 10 0 10 1 57 0 0 161 0 1 0.1282 0.0000 0.0062 6.700 0.40 1.88 -1.48 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0001 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.9076 0.0924
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 222 76 146 0 0 13 0 63 0 0 136 0 10 0.0000 0.0000 0.0685 4.846 11.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr1 152759703 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 535 152 383 140 1 8 0 3 0 0 383 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 17.875 0.51 2.00 -1.49 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2131 0.7869 0.0000 0 0 0.8141 0.1859 0.0000 0 0 0.9058 0.0942 0.0000
chr1 152761321 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 331 74 257 67 2 4 0 1 0 0 257 0 0 0.9054 0.0000 0.0000 17.500 0.30 1.00 -0.70 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5313 0.4687 0.0000 0 0 0.7381 0.2619 0.0000 0 0 0.7829 0.2171 0.0000
chr1 152776437 CAAGTGCCCCACACCG C 0.500000 0.050 1 -15 3 886 316 570 167 0 17 0 132 0 0 561 0 9 0.5285 0.0000 0.0158 17.588 0.34 12.95 -12.61 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5313 0.4281 0.0406 1 0 0.5243 0.4314 0.0443 1 0 0.5145 0.4360 0.0495
chr1 152797827 GCCCC G 0.500000 0.050 1 -4 1 654 185 469 120 4 2 0 59 0 0 462 1 6 0.6486 0.0000 0.0149 181.000 0.54 13.88 -13.34 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8669 0.1300 0.0031 1 0 0.8556 0.1406 0.0038 1 0 0.8394 0.1557 0.0049
chr1 152797835 CCAAGTGCA C 0.500000 0.050 1 -8 3 654 185 469 119 2 4 0 60 0 0 459 1 9 0.6432 0.0000 0.0213 45.000 0.45 13.27 -12.82 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8247 0.1698 0.0055 1 0 0.8124 0.1810 0.0066 1 0 0.7950 0.1968 0.0083
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 755 193 562 95 0 18 1 79 0 0 555 0 7 0.4922 0.0000 0.0125 9.722 1.02 5.92 -4.90 57 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3168 0.5372 0.1460 1 1 0.3158 0.5344 0.1499 1 1 0.3141 0.5308 0.1551
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1149 286 863 130 2 49 0 105 1 3 831 1 27 0.4545 0.0012 0.0371 4.796 2.01 11.06 -9.05 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2318 0.5797 0.1885 1 1 0.2342 0.5738 0.1920 1 1 0.2372 0.5663 0.1965
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 214 95 119 53 0 3 1 38 0 0 119 0 0 0.5579 0.0000 0.0000 30.667 2.02 1.95 0.07 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4242 0.4712 0.1046 1 1 0.4181 0.4731 0.1088 1 1 0.4099 0.4755 0.1145
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 292 87 205 4 0 3 0 80 0 0 205 0 0 0.0460 0.0000 0.0000 28.000 0.00 1.14 -1.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9887 0.0113 2 1 0.0000 0.6664 0.3336 2 2 0.0000 0.3934 0.6066
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 799 226 573 0 0 2 0 224 0 0 572 0 1 0.0000 0.0000 0.0017 112.000 2.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0045 0.9955
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1669 304 1365 141 0 8 0 155 0 0 1362 0 3 0.4638 0.0000 0.0022 37.000 0.18 1.61 -1.43 3 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0767 0.5118 0.4115 1 1 0.0812 0.5104 0.4084 1 1 0.0874 0.5087 0.4039
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 117 60 57 43 0 1 0 16 0 0 56 0 1 0.7167 0.0000 0.0175 59.000 0.21 4.19 -3.98 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5982 0.3560 0.0457 1 0 0.5861 0.3645 0.0495 1 0 0.5695 0.3757 0.0548
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 185 67 118 35 0 1 0 31 0 0 118 0 0 0.5224 0.0000 0.0000 66.000 0.17 1.10 -0.93 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2897 0.5153 0.1950 1 1 0.2886 0.5141 0.1973 1 1 0.2871 0.5127 0.2002
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 275 62 213 55 0 5 0 2 0 0 213 0 0 0.8871 0.0000 0.0000 11.400 0.62 1.00 -0.38 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1392 0.8608 0.0000 0 0 0.5073 0.4927 0.0000 0 0 0.6405 0.3595 0.0000
chr1 183533735 T TACA 0.500000 0.050 1 3 2 193 77 116 45 0 2 0 30 0 0 115 0 1 0.5844 0.0000 0.0086 37.500 0.31 3.23 -2.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4257 0.4676 0.1066 1 1 0.4194 0.4698 0.1108 1 1 0.4109 0.4726 0.1165
chr1 203797705 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 609 142 467 67 1 3 0 71 0 0 464 0 3 0.4718 0.0000 0.0064 46.333 0.52 3.23 -2.70 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1664 0.5325 0.3012 1 1 0.1697 0.5300 0.3003 1 1 0.1741 0.5269 0.2989
chr1 205849937 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 1 290 116 174 111 0 2 0 3 0 0 174 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 57.000 0.14 2.00 -1.86 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1089 0.8911 0.0000 0 0 0.6757 0.3243 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 521 245 276 174 12 55 0 4 0 0 276 0 0 0.7102 0.0000 0.0000 3.455 0.28 3.00 -2.72 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1366 0.8634 0.0000 0 0 0.8717 0.1283 0.0000 0 0 0.9513 0.0487 0.0000
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 509 148 361 54 1 67 0 26 0 0 353 0 8 0.3649 0.0000 0.0222 1.194 0.83 9.23 -8.40 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5195 0.4141 0.0664 1 0 0.5100 0.4194 0.0706 1 0 0.4972 0.4264 0.0764
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 625 141 484 70 0 13 0 58 1 0 480 0 3 0.4965 0.0021 0.0083 9.846 0.56 8.60 -8.05 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3565 0.5109 0.1326 1 1 0.3534 0.5100 0.1366 1 1 0.3492 0.5089 0.1419
chr1 231185061 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 266 116 150 111 0 0 0 5 0 0 150 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 116.000 0.09 7.20 -7.11 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.3546 0.6454 0.0000 0 0 0.6908 0.3092 0.0000
chr1 231185064 CCTGG C 0.500000 0.050 1 -4 1 266 124 142 119 0 0 0 5 0 0 142 0 0 0.9597 0.0000 0.0000 124.000 0.09 7.20 -7.11 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.4002 0.5998 0.0000 0 0 0.7300 0.2700 0.0000
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 178 50 128 43 0 5 0 2 0 0 128 0 0 0.8600 0.0000 0.0000 9.000 0.16 2.00 -1.84 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1018 0.8982 0.0000 0 1 0.4318 0.5682 0.0000 0 0 0.5715 0.4285 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 228 101 127 53 0 2 0 46 0 0 127 0 0 0.5248 0.0000 0.0000 49.500 0.17 1.28 -1.11 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3228 0.5155 0.1616 1 1 0.3208 0.5143 0.1649 1 1 0.3179 0.5129 0.1693
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 649 172 477 0 0 16 1 155 0 0 472 0 5 0.0000 0.0000 0.0105 10.400 3.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0178 0.9822 2 2 0.0000 0.0192 0.9808 2 2 0.0000 0.0214 0.9786
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 484 150 334 69 0 5 0 76 0 0 334 0 0 0.4600 0.0000 0.0000 29.000 0.41 1.96 -1.55 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1569 0.5296 0.3135 1 1 0.1605 0.5273 0.3122 1 1 0.1652 0.5245 0.3103
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 744 250 494 120 1 4 0 125 0 0 493 0 1 0.4800 0.0000 0.0020 61.500 2.28 5.09 -2.80 88 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1638 0.5674 0.2687 1 1 0.1677 0.5624 0.2699 1 1 0.1728 0.5561 0.2712
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 891 47 844 0 0 3 1 43 0 0 839 0 5 0.0000 0.0000 0.0059 14.667 4.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2257 0.7743 2 2 0.0000 0.2300 0.7700 2 2 0.0000 0.2361 0.7639
chr1 248574594 T TGGATGAGGA 0.500000 0.050 1 9 1 434 74 360 32 0 8 0 34 0 0 359 0 1 0.4324 0.0000 0.0028 8.250 0.31 6.74 -6.42 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2056 0.5177 0.2766 1 1 0.2076 0.5164 0.2761 1 1 0.2101 0.5147 0.2752
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 340 111 229 26 0 9 0 76 0 0 227 0 2 0.2342 0.0000 0.0087 11.333 0.54 6.71 -6.17 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0050 0.1473 0.8478 1 2 0.0060 0.1587 0.8354 1 2 0.0075 0.1843 0.8082
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 881 284 597 177 0 2 0 105 0 0 597 0 0 0.6232 0.0000 0.0000 141.000 0.22 3.85 -3.63 123 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9249 0.0743 0.0007 1 0 0.9167 0.0823 0.0010 1 0 0.9045 0.0941 0.0014
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1468 272 1196 125 0 7 0 140 0 0 1188 0 8 0.4596 0.0000 0.0067 37.857 0.87 3.34 -2.47 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0514 0.4479 0.5006 1 2 0.0554 0.4505 0.4941 1 2 0.0610 0.4539 0.4851
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 224 108 116 56 0 2 0 50 0 0 114 0 2 0.5185 0.0000 0.0172 53.000 0.25 3.80 -3.55 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3238 0.5201 0.1560 1 1 0.3235 0.5183 0.1582 1 1 0.3228 0.5160 0.1611
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 453 157 296 67 0 23 2 65 0 0 284 0 12 0.4268 0.0000 0.0405 5.826 0.91 7.95 -7.04 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0636 0.4555 0.4809 1 2 0.0661 0.4565 0.4775 1 2 0.0694 0.4578 0.4727
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 601 125 476 59 1 20 1 44 0 0 470 0 6 0.4720 0.0000 0.0126 5.250 0.24 8.14 -7.90 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5558 0.4297 0.0145 1 0 0.5538 0.4313 0.0149 1 0 0.5510 0.4335 0.0155
chr2 25161587 C CGCCGCTGCTGCCGCTGCT 0.000358 0.050 1 18 1 601 125 476 60 2 51 3 9 0 2 469 2 3 0.4800 0.0000 0.0147 1.480 0.33 3.78 -3.44 24 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8773 0.1227 0.0000 1 0 0.8589 0.1411 0.0000 0 0 0.9600 0.0400 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 188 47 141 24 0 1 0 22 0 0 141 0 0 0.5106 0.0000 0.0000 46.000 0.17 3.14 -2.97 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2676 0.5128 0.2196 1 1 0.2672 0.5119 0.2209 1 1 0.2667 0.5106 0.2227
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 755 150 605 59 0 21 0 70 0 0 605 0 0 0.3933 0.0000 0.0000 6.143 0.39 3.09 -2.70 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1250 0.5041 0.3709 1 1 0.1291 0.5037 0.3672 1 1 0.1345 0.5032 0.3623
chr2 38868268 TCCA T 0.500000 0.050 1 -3 2 383 168 215 82 0 13 1 72 0 0 214 0 1 0.4881 0.0000 0.0047 11.923 0.16 2.96 -2.80 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3244 0.5285 0.1470 1 1 0.3228 0.5264 0.1508 1 1 0.3205 0.5236 0.1559
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 203 90 113 80 0 5 0 5 0 0 112 0 1 0.8889 0.0000 0.0088 17.000 0.25 4.00 -3.75 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1158 0.8842 0.0000 0 1 0.4228 0.5772 0.0000
chr2 54255566 G GGGGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 602 59 543 26 1 22 0 10 4 1 533 1 4 0.4407 0.0074 0.0184 1.682 3.85 9.10 -5.25 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4704 0.4384 0.0912 1 0 0.4620 0.4425 0.0954 1 0 0.4509 0.4478 0.1012
chr2 65072937 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 672 177 495 160 1 10 0 6 0 0 495 0 0 0.9040 0.0000 0.0000 16.600 0.41 3.33 -2.92 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.4902 0.5098 0.0000 0 0 0.8358 0.1642 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 420 173 247 80 0 12 2 79 0 0 247 0 0 0.4624 0.0000 0.0000 13.250 0.41 3.43 -3.02 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2205 0.5487 0.2308 1 1 0.2225 0.5450 0.2325 1 1 0.2250 0.5404 0.2346
chr2 73385903 T TGGAGGAGGA 0.500000 0.050 1 9 1 674 155 519 55 3 38 3 56 0 4 501 0 14 0.3548 0.0000 0.0347 3.053 6.58 8.12 -1.54 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1223 0.5038 0.3739 1 1 0.1264 0.5034 0.3701 1 1 0.1320 0.5029 0.3651
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 676 172 504 73 2 35 2 60 0 0 500 0 4 0.4244 0.0000 0.0079 3.971 6.29 6.37 -0.08 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3466 0.5166 0.1368 1 1 0.3440 0.5153 0.1407 1 1 0.3404 0.5137 0.1459
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 447 104 343 44 0 6 0 54 0 0 341 0 2 0.4231 0.0000 0.0058 16.333 0.23 3.00 -2.77 22 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1195 0.4889 0.3916 1 1 0.1236 0.4896 0.3868 1 1 0.1291 0.4905 0.3804
chr2 74958681 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 248 76 172 67 0 5 0 4 0 0 172 0 0 0.8816 0.0000 0.0000 14.200 0.84 3.75 -2.91 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 1 0.2653 0.7347 0.0000 0 0 0.5299 0.4701 0.0000
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 372 141 231 67 0 11 1 62 0 0 223 0 8 0.4752 0.0000 0.0346 11.818 0.40 8.92 -8.52 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1862 0.5372 0.2765 1 1 0.1891 0.5344 0.2765 1 1 0.1928 0.5309 0.2763
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 353 142 211 62 2 9 1 68 0 0 211 0 0 0.4366 0.0000 0.0000 16.625 0.73 3.29 -2.57 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1725 0.5316 0.2959 1 1 0.1756 0.5292 0.2952 1 1 0.1798 0.5262 0.2940
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 739 180 559 0 0 19 9 152 0 0 555 0 4 0.0000 0.0000 0.0072 8.421 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0169 0.9831 2 2 0.0000 0.0189 0.9811
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 765 212 553 106 2 10 0 94 0 0 553 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 20.100 0.59 7.96 -7.36 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3922 0.5075 0.1003 1 1 0.3886 0.5067 0.1047 1 1 0.3835 0.5057 0.1108
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 497 160 337 151 1 5 0 3 0 0 337 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 31.000 0.40 1.33 -0.93 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2707 0.7293 0.0000 0 0 0.8531 0.1469 0.0000 0 0 0.9265 0.0735 0.0000
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 534 155 379 76 0 3 0 76 0 0 376 1 2 0.4903 0.0000 0.0079 50.667 0.25 3.16 -2.91 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1959 0.5447 0.2595 1 1 0.1985 0.5413 0.2602 1 1 0.2020 0.5371 0.2609
chr2 101405989 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 147 58 89 34 0 1 0 23 0 1 88 0 0 0.5862 0.0000 0.0112 57.000 0.38 3.30 -2.92 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3961 0.4783 0.1255 1 1 0.3907 0.4798 0.1294 1 1 0.3836 0.4818 0.1347
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 253 136 117 133 1 0 0 2 0 0 117 0 0 0.9779 0.0000 0.0000 136.000 0.53 27.50 -26.97 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5267 0.4733 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000 0 0 0.9219 0.0781 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 104 46 58 27 0 1 0 18 0 0 58 0 0 0.5870 0.0000 0.0000 45.000 0.37 3.22 -2.85 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3617 0.4898 0.1485 1 1 0.3575 0.4905 0.1520 1 1 0.3521 0.4914 0.1565
chr2 118846529 CGCCGCCGCCGCCACTGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -24 2 422 93 329 55 0 9 0 29 0 0 328 0 1 0.5914 0.0000 0.0030 9.333 1.11 15.83 -14.72 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5788 0.3725 0.0487 1 0 0.5675 0.3800 0.0525 1 0 0.5522 0.3899 0.0579
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 517 121 396 0 0 1 2 118 0 0 390 0 6 0.0000 0.0000 0.0152 119.000 5.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0404 0.9596 2 2 0.0000 0.0429 0.9571 2 2 0.0000 0.0467 0.9533
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 293 103 190 40 0 15 0 48 0 0 188 0 2 0.3883 0.0000 0.0105 5.867 0.28 6.25 -5.97 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1361 0.4981 0.3658 1 1 0.1399 0.4982 0.3620 1 1 0.1450 0.4983 0.3568
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 727 197 530 180 1 10 0 6 1 0 528 1 0 0.9137 0.0019 0.0038 20.778 0.52 1.00 -0.48 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 0 0.5805 0.4195 0.0000 0 0 0.8801 0.1199 0.0000
chr2 131528321 C CCTGG 0.500000 0.050 1 4 1 763 231 532 220 1 8 0 2 0 0 532 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 27.750 0.30 4.00 -3.70 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9083 0.0917 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 537 134 403 71 0 4 0 59 0 0 402 0 1 0.5299 0.0000 0.0025 32.500 0.18 3.00 -2.82 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3704 0.5047 0.1248 1 1 0.3668 0.5043 0.1289 1 1 0.3619 0.5037 0.1344
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 182 49 133 16 5 14 4 10 0 0 133 0 0 0.3265 0.0000 0.0000 2.071 0.62 1.30 -0.68 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3339 0.4958 0.1702 1 1 0.3308 0.4961 0.1731 1 1 0.3267 0.4965 0.1768
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 190 86 104 83 0 0 0 3 0 0 104 0 0 0.9651 0.0000 0.0000 86.000 0.20 2.00 -1.80 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0606 0.9394 0.0000 0 0 0.5133 0.4867 0.0000 0 0 0.7064 0.2936 0.0000
chr2 167250827 TA T 0.500000 0.050 1 -1 4 784 225 559 121 0 11 1 92 0 0 559 0 0 0.5378 0.0000 0.0000 19.455 0.32 1.28 -0.96 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5847 0.3789 0.0364 1 0 0.5748 0.3853 0.0398 1 0 0.5614 0.3938 0.0448
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 192 83 109 62 0 16 0 5 2 0 107 0 0 0.7470 0.0183 0.0183 4.188 1.05 6.00 -4.95 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1468 0.8532 0.0000 0 1 0.4198 0.5802 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 200 76 124 5 0 17 0 54 0 0 124 0 0 0.0658 0.0000 0.0000 3.471 0.20 10.76 -10.56 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.8815 0.1185 2 1 0.0000 0.6372 0.3628
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 274 113 161 2 3 9 1 98 0 0 161 0 0 0.0177 0.0000 0.0000 11.222 0.00 2.89 -2.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9063 0.0937 2 2 0.0000 0.4293 0.5707 2 2 0.0000 0.2514 0.7486
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 237 69 168 39 7 10 2 11 0 0 168 0 0 0.5652 0.0000 0.0000 5.200 0.08 1.09 -1.01 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6721 0.2991 0.0288 1 0 0.5921 0.3792 0.0287 0 1 0.1300 0.8640 0.0060
chr2 202194209 CAAG C 0.500000 0.050 1 -3 2 306 144 162 139 0 2 0 3 0 0 162 0 0 0.9653 0.0000 0.0000 71.000 0.22 4.33 -4.11 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1979 0.8021 0.0000 0 0 0.8060 0.1940 0.0000 0 0 0.9018 0.0982 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 450 102 348 47 4 22 3 26 0 0 348 0 0 0.4608 0.0000 0.0000 3.714 1.77 4.00 -2.23 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5319 0.4047 0.0634 1 0 0.5219 0.4106 0.0675 1 0 0.5084 0.4183 0.0733
chr2 210315041 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 198 73 125 22 4 18 5 24 0 0 125 0 0 0.3014 0.0000 0.0000 2.889 1.18 1.17 0.02 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2103 0.5137 0.2760 1 1 0.2120 0.5126 0.2753 1 1 0.2142 0.5113 0.2744
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 321 95 226 4 0 3 0 88 0 0 224 0 2 0.0421 0.0000 0.0088 30.667 0.25 3.00 -2.75 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.6111 0.3889 2 2 0.0000 0.3383 0.6617
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.050 1 -21 2 689 193 496 185 0 6 0 2 0 0 495 0 1 0.9585 0.0000 0.0020 31.167 0.52 22.00 -21.48 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4397 0.5603 0.0000 0 0 0.9282 0.0718 0.0000 0 0 0.9651 0.0349 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 546 158 388 0 0 23 2 133 0 0 382 1 5 0.0000 0.0000 0.0155 5.826 7.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0302 0.9698 2 2 0.0000 0.0332 0.9668
chr2 217848163 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 1 816 170 646 134 11 20 0 5 0 0 644 0 2 0.7882 0.0000 0.0031 7.500 1.70 4.60 -2.90 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2501 0.7499 0.0000 0 0 0.7048 0.2952 0.0000
chr2 218383007 TCCAGCCCGA T 0.500000 0.050 1 -9 1 339 139 200 68 0 19 0 52 0 0 198 0 2 0.4892 0.0000 0.0100 6.316 0.47 7.73 -7.26 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4149 0.4814 0.1037 1 1 0.4095 0.4826 0.1079 1 1 0.4022 0.4840 0.1137
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 615 220 395 199 1 11 1 8 0 0 392 0 3 0.9045 0.0000 0.0076 18.909 0.57 14.62 -14.06 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0517 0.9483 0.0000 0 0 0.5977 0.4023 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 334 140 194 10 0 0 1 129 0 0 193 0 1 0.0714 0.0000 0.0052 139.000 1.90 3.75 -1.85 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9693 0.0307 2 1 0.0000 0.6409 0.3591
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 160 71 89 44 0 4 0 23 0 0 88 0 1 0.6197 0.0000 0.0112 16.750 0.23 3.00 -2.77 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5136 0.4153 0.0711 1 0 0.5040 0.4207 0.0753 1 0 0.4912 0.4277 0.0811
chr2 233729636 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1103 241 862 110 2 18 7 104 0 0 858 0 4 0.4564 0.0000 0.0046 12.222 0.28 1.12 -0.83 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1945 0.5666 0.2388 1 1 0.1976 0.5617 0.2407 1 1 0.2016 0.5554 0.2430
chr2 240568861 GCGCCCCCGC G 0.500000 0.050 1 -9 1 347 93 254 50 0 6 0 37 0 1 252 0 1 0.5376 0.0000 0.0079 14.500 0.96 9.97 -9.01 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3957 0.4847 0.1196 1 1 0.3906 0.4857 0.1236 1 1 0.3839 0.4870 0.1291
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 358 108 250 2 1 30 0 75 0 0 249 0 1 0.0185 0.0000 0.0040 2.567 0.50 3.60 -3.10 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8043 0.1957 2 2 0.0000 0.3828 0.6172 2 2 0.0000 0.2643 0.7357
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.050 1 -3 2 602 143 459 77 1 2 0 63 0 0 455 0 4 0.5385 0.0000 0.0087 70.500 0.22 3.16 -2.94 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3672 0.5090 0.1238 1 1 0.3639 0.5082 0.1279 1 1 0.3593 0.5073 0.1334
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 833 225 608 0 0 0 1 224 0 1 601 0 6 0.0000 0.0000 0.0115 225.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr3 10290077 ACT A 0.000063 0.050 1 -2 2 275 76 199 73 0 1 0 2 0 0 199 0 0 0.9605 0.0000 0.0000 75.000 0.11 2.00 -1.89 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 864 203 661 0 0 35 1 167 0 0 622 1 38 0.0000 0.0000 0.0590 4.800 10.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0232 0.9768 2 2 0.0000 0.0257 0.9743 2 2 0.0000 0.0296 0.9704
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.050 1 -3 1 457 138 319 123 5 5 0 5 0 0 319 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 26.600 0.50 4.80 -4.30 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7040 0.2960 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 438 116 322 59 0 2 3 52 0 0 322 0 0 0.5086 0.0000 0.0000 57.000 0.71 5.44 -4.73 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2867 0.5285 0.1847 1 1 0.2861 0.5264 0.1875 1 1 0.2852 0.5237 0.1911
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.050 1 -3 3 652 242 410 214 6 9 4 9 0 0 410 0 0 0.8843 0.0000 0.0000 25.222 4.50 3.11 1.39 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2961 0.7039 0.0000 0 0 0.8423 0.1577 0.0000
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 652 216 436 95 1 31 0 89 0 0 410 0 26 0.4398 0.0000 0.0596 5.968 0.69 10.85 -10.16 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0706 0.4673 0.4621 1 1 0.0749 0.4690 0.4561 1 1 0.0809 0.4713 0.4478
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 687 215 472 77 88 44 0 6 0 3 469 0 0 0.3581 0.0000 0.0064 3.886 0.30 3.00 -2.70 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 0 0.5344 0.4656 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 687 216 471 84 1 42 6 83 0 0 468 2 1 0.3889 0.0000 0.0064 4.143 0.49 3.33 -2.84 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1531 0.5390 0.3080 1 1 0.1568 0.5360 0.3072 1 1 0.1618 0.5323 0.3059
chr3 42659294 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1029 229 800 114 1 5 1 108 0 1 799 0 0 0.4978 0.0000 0.0013 44.600 0.49 3.40 -2.91 66 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2996 0.5530 0.1474 1 1 0.2996 0.5490 0.1515 1 1 0.2992 0.5440 0.1568
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 906 254 652 0 0 21 3 230 0 0 647 0 5 0.0000 0.0000 0.0077 11.095 2.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0033 0.9967
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 300 123 177 0 0 4 0 119 0 0 177 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 29.750 4.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr3 46709583 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 606 159 447 1 128 24 1 5 0 4 443 0 0 0.0063 0.0000 0.0089 5.870 3.00 3.00 0.00 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 1 0.4182 0.5818 0.0000 0 0 0.7572 0.2428 0.0000
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 606 160 446 7 0 21 16 116 0 0 441 1 4 0.0437 0.0000 0.0112 6.619 3.00 3.32 -0.32 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.7684 0.2316 2 2 0.0000 0.3288 0.6712
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 362 88 274 0 0 17 69 2 0 0 271 3 0 0.0000 0.0000 0.0109 4.438 4.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1333 0.8667 2 2 0.0000 0.1377 0.8623 2 2 0.0000 0.1439 0.8561
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 362 88 274 0 0 18 1 69 0 0 271 0 3 0.0000 0.0000 0.0109 3.889 5.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1378 0.8622 2 2 0.0000 0.1422 0.8578 2 2 0.0000 0.1485 0.8515
chr3 51993837 TCCTTGGCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 405 115 290 64 0 16 0 35 0 0 287 0 3 0.5565 0.0000 0.0103 6.188 0.09 10.20 -10.11 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5892 0.3664 0.0444 1 0 0.5778 0.3741 0.0481 1 0 0.5624 0.3842 0.0534
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 185 102 83 90 2 6 0 4 0 0 83 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 16.000 0.21 10.50 -10.29 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0146 0.9854 0.0000 0 1 0.4007 0.5993 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 218 91 127 0 0 6 81 4 0 0 124 3 0 0.0000 0.0000 0.0236 14.000 4.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 2 2 0.0000 0.1080 0.8920 2 2 0.0000 0.1140 0.8860
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 220 90 130 0 0 5 2 83 0 0 127 0 3 0.0000 0.0000 0.0231 17.000 3.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0987 0.9013 2 2 0.0000 0.1027 0.8973 2 2 0.0000 0.1084 0.8916
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 253 62 191 30 1 11 1 19 0 0 189 0 2 0.4839 0.0000 0.0105 4.636 0.87 3.32 -2.45 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3600 0.4922 0.1478 1 1 0.3560 0.4927 0.1513 1 1 0.3507 0.4934 0.1559
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 3 253 62 191 31 0 27 0 4 0 0 190 1 0 0.5000 0.0000 0.0052 1.346 0.94 5.50 -4.56 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9958 0.0001 0 1 0.1140 0.8859 0.0000 0 1 0.2959 0.7041 0.0000
chr3 65439885 T TCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 327 154 173 65 1 17 0 71 1 0 169 0 3 0.4221 0.0058 0.0231 8.000 0.22 5.48 -5.26 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1551 0.5272 0.3177 1 1 0.1587 0.5251 0.3162 1 1 0.1634 0.5225 0.3141
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 509 121 388 114 0 5 0 2 0 0 388 0 0 0.9421 0.0000 0.0000 23.200 0.65 1.00 -0.35 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4058 0.5942 0.0000 0 0 0.8142 0.1858 0.0000 0 0 0.8797 0.1203 0.0000
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 610 147 463 65 1 12 6 63 0 0 461 0 2 0.4422 0.0000 0.0043 11.167 0.98 1.06 -0.08 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1832 0.5354 0.2814 1 1 0.1861 0.5328 0.2812 1 1 0.1899 0.5294 0.2807
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 926 205 721 195 1 5 0 4 0 0 721 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 40.000 0.23 1.75 -1.52 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1774 0.8226 0.0000 0 0 0.8976 0.1024 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 109 47 62 23 1 3 2 18 0 0 62 0 0 0.4894 0.0000 0.0000 14.333 0.13 1.06 -0.93 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2958 0.5079 0.1962 1 1 0.2943 0.5073 0.1984 1 1 0.2923 0.5066 0.2011
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 419 123 296 117 0 2 0 4 0 0 296 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 60.500 0.14 1.50 -1.36 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0274 0.9726 0.0000 0 0 0.5538 0.4462 0.0000 0 0 0.7890 0.2110 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1082 265 817 1 1 66 100 97 0 0 815 1 1 0.0038 0.0000 0.0024 2.970 1.00 3.52 -2.52 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0128 0.9872
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1097 273 824 99 5 49 2 118 0 0 822 0 2 0.3626 0.0000 0.0024 4.551 2.48 7.89 -5.40 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0714 0.4741 0.4545 1 1 0.0757 0.4753 0.4489 1 1 0.0818 0.4770 0.4412
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 260 98 162 96 0 0 0 2 0 0 162 0 0 0.9796 0.0000 0.0000 98.000 0.16 3.00 -2.84 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2997 0.7003 0.0000 0 0 0.7373 0.2627 0.0000 0 0 0.8261 0.1739 0.0000
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 558 177 381 92 0 2 0 83 0 0 378 0 3 0.5198 0.0000 0.0079 87.500 0.16 3.17 -3.01 66 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2941 0.5434 0.1625 1 1 0.2938 0.5401 0.1661 1 1 0.2932 0.5360 0.1708
chr3 124927858 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 3 448 131 317 70 0 2 0 59 0 0 315 0 2 0.5344 0.0000 0.0063 64.500 0.17 3.25 -3.08 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3433 0.5160 0.1408 1 1 0.3407 0.5147 0.1446 1 1 0.3372 0.5131 0.1497
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 198 103 95 50 0 0 0 53 0 0 95 0 0 0.4854 0.0000 0.0000 103.000 0.68 2.13 -1.45 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2010 0.5287 0.2704 1 1 0.2032 0.5265 0.2703 1 1 0.2061 0.5238 0.2701
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 362 130 232 123 0 3 0 4 0 0 232 0 0 0.9462 0.0000 0.0000 42.333 1.54 1.75 -0.21 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0326 0.9674 0.0000 0 0 0.5911 0.4089 0.0000 0 0 0.8121 0.1879 0.0000
chr3 140566154 AGAGGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 237 100 137 56 0 7 0 37 0 0 136 0 1 0.5600 0.0000 0.0073 13.286 0.09 6.32 -6.24 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4785 0.4408 0.0807 1 0 0.4704 0.4446 0.0850 1 0 0.4596 0.4495 0.0909
chr3 149520808 C CTTAA 0.500000 0.050 1 4 1 224 72 152 43 0 1 0 28 0 0 149 0 3 0.5972 0.0000 0.0197 71.000 0.12 3.68 -3.56 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3976 0.4810 0.1214 1 1 0.3924 0.4823 0.1254 1 1 0.3853 0.4839 0.1308
chr3 150703735 A ACCTCCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 423 85 338 9 6 22 8 40 0 0 335 0 3 0.1059 0.0000 0.0089 2.762 1.67 7.12 -5.46 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0163 0.3248 0.6589 2 1 0.0022 0.9203 0.0776 2 1 0.0001 0.9525 0.0474
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 270 97 173 53 0 0 0 44 0 0 173 0 0 0.5464 0.0000 0.0000 97.000 0.34 1.14 -0.80 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3504 0.5056 0.1439 1 1 0.3472 0.5052 0.1476 1 1 0.3429 0.5046 0.1525
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 351 133 218 59 0 11 6 57 0 0 218 0 0 0.4436 0.0000 0.0000 11.091 0.19 3.14 -2.95 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1883 0.5324 0.2793 1 1 0.1910 0.5299 0.2791 1 1 0.1945 0.5269 0.2786
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 578 164 414 14 0 19 2 129 0 0 406 0 8 0.0854 0.0000 0.0193 7.632 0.50 2.92 -2.42 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.8664 0.1336
chr3 185480514 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 368 102 266 56 0 2 0 44 0 0 266 0 0 0.5490 0.0000 0.0000 50.000 0.21 3.16 -2.94 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3916 0.4889 0.1195 1 1 0.3868 0.4896 0.1236 1 1 0.3804 0.4905 0.1291
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 327 180 147 173 0 5 0 2 0 0 147 0 0 0.9611 0.0000 0.0000 35.000 0.31 4.50 -4.19 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7481 0.2519 0.0000 0 0 0.9493 0.0507 0.0000 0 0 0.9678 0.0322 0.0000
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 3470 495 2975 8 0 31 20 436 211 88 2674 2 0 0.0162 0.0709 0.1012 15.931 6.38 6.66 -0.28 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0040 0.9960 1 2 0.0000 0.0049 0.9951 1 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 783 186 597 0 0 14 0 172 0 0 562 0 35 0.0000 0.0000 0.0586 12.286 11.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr3 198153257 CTGGCAGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -12 2 261 111 150 69 27 4 0 11 0 0 148 0 2 0.6216 0.0000 0.0133 26.750 0.46 11.64 -11.17 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.0726 0.9274 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 260 109 151 41 0 29 0 39 0 0 150 1 0 0.3761 0.0000 0.0066 2.759 0.34 7.33 -6.99 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2501 0.5244 0.2256 1 1 0.2506 0.5225 0.2269 1 1 0.2512 0.5202 0.2286
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 260 109 151 48 0 22 28 11 0 0 148 2 1 0.4404 0.0000 0.0199 3.955 0.58 11.64 -11.05 18 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3153 0.5154 0.1693 1 1 0.3134 0.5142 0.1724 1 1 0.3108 0.5128 0.1764
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 520 97 423 0 0 2 1 94 0 0 359 1 63 0.0000 0.0000 0.1513 47.500 14.71 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0057 0.9943 2 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.050 1 -2 1 675 255 420 59 23 22 148 3 1 4 414 1 0 0.2314 0.0024 0.0143 15.929 9.42 10.67 -1.24 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0236 0.7126 0.2639 1 1 0.0277 0.7284 0.2439 1 1 0.0341 0.7470 0.2189
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.050 1 -1 1 675 255 420 62 24 86 79 4 1 7 412 0 0 0.2431 0.0024 0.0190 7.778 9.40 13.00 -3.60 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3174 0.6729 0.0096 1 1 0.3252 0.6653 0.0095 1 1 0.3355 0.6553 0.0092
chr4 3074945 A ACCGCCGCCG 0.064236 0.050 1 9 2 676 239 437 1 0 26 7 205 2 0 427 4 4 0.0042 0.0046 0.0229 8.115 2.00 9.70 -7.70 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8776 0.1224 2 2 0.0000 0.3223 0.6777 2 2 0.0000 0.1868 0.8132
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 612 153 459 80 1 15 0 57 0 0 455 0 4 0.5229 0.0000 0.0087 9.857 0.53 11.54 -11.02 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6768 0.3165 0.0067 1 0 0.6709 0.3219 0.0072 1 0 0.6629 0.3292 0.0079
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 696 213 483 103 1 18 0 91 1 0 473 1 8 0.4836 0.0021 0.0207 11.412 1.25 7.88 -6.63 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2733 0.5554 0.1712 1 1 0.2740 0.5513 0.1748 1 1 0.2746 0.5460 0.1794
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 696 241 455 106 3 49 2 81 1 0 445 0 9 0.4398 0.0022 0.0220 4.000 1.27 7.22 -5.95 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4454 0.4767 0.0779 1 1 0.4399 0.4779 0.0822 1 1 0.4323 0.4795 0.0883
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 653 183 470 73 3 14 8 85 0 0 470 0 0 0.3989 0.0000 0.0000 11.857 2.16 4.14 -1.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0855 0.4755 0.4390 1 1 0.0899 0.4768 0.4333 1 1 0.0959 0.4787 0.4254
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 661 157 504 144 0 11 0 2 0 0 501 0 3 0.9172 0.0000 0.0060 13.273 0.24 0.50 -0.26 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0106 0.9894 0.0000 0 0 0.5528 0.4472 0.0000 0 0 0.8311 0.1689 0.0000
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 344 114 230 91 0 20 0 3 0 0 230 0 0 0.7982 0.0000 0.0000 4.700 0.12 15.33 -15.21 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0686 0.9314 0.0000 0 0 0.5599 0.4401 0.0000 0 0 0.7439 0.2561 0.0000
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.050 1 -48 1 956 248 708 112 2 80 5 49 0 0 708 0 0 0.4516 0.0000 0.0000 2.101 0.46 2.59 -2.13 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8874 0.1103 0.0023 1 0 0.8768 0.1204 0.0028 1 0 0.8613 0.1349 0.0038
chr4 68827423 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 416 188 228 95 0 5 2 86 0 0 228 0 0 0.5053 0.0000 0.0000 36.200 0.19 1.06 -0.87 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3106 0.5394 0.1500 1 1 0.3098 0.5364 0.1539 1 1 0.3084 0.5326 0.1589
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 1091 446 645 348 16 75 1 6 0 0 644 0 1 0.7803 0.0000 0.0016 4.933 0.38 3.67 -3.29 176 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0704 0.9296 0.0000 0 0 0.9830 0.0170 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 169 74 95 69 1 2 0 2 0 0 95 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 35.500 0.26 1.00 -0.74 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1838 0.8162 0.0000 0 0 0.5963 0.4037 0.0000 0 0 0.7176 0.2824 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2667 553 2114 368 7 159 3 16 4 2 2099 4 5 0.6655 0.0019 0.0071 2.513 1.91 11.19 -9.28 154 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3966 0.6034 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4423 1019 3404 7 18 65 21 908 38 72 3071 171 52 0.0069 0.0112 0.0978 16.224 2.71 9.45 -6.74 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 4561 1019 3542 408 17 167 7 420 31 89 3141 103 178 0.4004 0.0088 0.1132 5.134 4.64 11.28 -6.63 110 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0023 0.9977 1 2 0.0000 0.0029 0.9971 1 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr4 88008021 C CGAG 0.500000 0.050 1 3 2 492 94 398 46 0 9 0 39 0 1 396 0 1 0.4894 0.0000 0.0050 9.444 1.04 3.31 -2.26 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3232 0.5124 0.1643 1 1 0.3210 0.5115 0.1675 1 1 0.3180 0.5103 0.1717
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 678 177 501 163 0 8 0 6 0 0 501 0 0 0.9209 0.0000 0.0000 21.125 0.18 4.33 -4.15 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 0 0.5032 0.4968 0.0000 0 0 0.8426 0.1574 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 475 186 289 1 0 19 6 160 0 0 285 0 4 0.0054 0.0000 0.0138 8.789 0.00 3.21 -3.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0661 0.9339 2 2 0.0000 0.0286 0.9714 2 2 0.0000 0.0240 0.9760
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 476 163 313 15 2 35 5 106 1 0 305 3 4 0.0920 0.0032 0.0256 3.629 0.80 3.42 -2.62 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9736 0.0264
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 282 103 179 0 0 15 0 88 0 0 174 0 5 0.0000 0.0000 0.0279 5.867 5.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0879 0.9121 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.050 1 -9 2 318 95 223 91 0 2 0 2 0 0 223 0 0 0.9579 0.0000 0.0000 46.500 0.38 11.00 -10.62 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2739 0.7261 0.0000 0 0 0.7127 0.2873 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 252 105 147 49 0 4 1 51 0 0 145 0 2 0.4667 0.0000 0.0136 25.000 0.51 11.35 -10.84 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3492 0.5722 0.0786 1 1 0.3534 0.5684 0.0782 1 1 0.3589 0.5636 0.0775
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.050 1 2 1 263 91 172 61 0 0 1 29 0 0 172 0 0 0.6703 0.0000 0.0000 91.000 1.30 5.00 -3.70 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8042 0.1956 0.0003 1 0 0.7960 0.2036 0.0003 1 0 0.7849 0.2147 0.0004
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.050 1 -2 3 262 89 173 60 0 1 1 27 0 0 173 0 0 0.6742 0.0000 0.0000 88.000 1.33 5.37 -4.04 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8096 0.1902 0.0002 1 0 0.8014 0.1984 0.0002 1 0 0.7902 0.2095 0.0002
chr5 14488084 TGGAGCTCCATCC T 0.001036 0.050 1 -12 1 364 93 271 89 0 0 0 4 0 0 271 0 0 0.9570 0.0000 0.0000 93.000 0.30 9.25 -8.95 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9296 0.0704 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr5 23527584 TGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTCGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTAC T 0.500000 0.050 1 -84 1 1236 337 899 141 25 46 24 101 76 23 784 15 1 0.4184 0.0845 0.1279 5.978 1.28 2.04 -0.76 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9930 0.0070 0.0000 1 0 0.9915 0.0085 0.0000 1 0 0.9890 0.0110 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 778 178 600 92 0 23 5 58 0 0 595 1 4 0.5169 0.0000 0.0083 6.739 0.28 3.31 -3.03 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5451 0.4042 0.0507 1 0 0.5356 0.4098 0.0546 1 0 0.5229 0.4170 0.0601
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 347 59 288 0 1 33 2 23 0 1 275 4 8 0.0000 0.0000 0.0451 0.727 7.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6739 0.3261 2 2 0.0000 0.4921 0.5079 2 2 0.0000 0.4189 0.5811
chr5 66596939 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 480 179 301 163 1 10 0 5 2 1 298 0 0 0.9106 0.0066 0.0100 16.900 1.83 3.20 -1.37 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0187 0.9813 0.0000 0 0 0.6848 0.3152 0.0000 0 0 0.8949 0.1051 0.0000
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 341 86 255 34 0 2 0 50 0 0 249 0 6 0.3953 0.0000 0.0235 42.000 0.29 5.22 -4.93 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0609 0.4032 0.5359 1 2 0.0649 0.4092 0.5259 1 2 0.0707 0.4169 0.5124
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 499 131 368 7 0 3 0 121 0 0 362 0 6 0.0534 0.0000 0.0163 42.667 0.14 3.10 -2.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8239 0.1761 2 2 0.0000 0.3910 0.6090
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.050 1 -4 1 337 113 224 110 0 2 0 1 0 0 224 0 0 0.9735 0.0000 0.0000 55.500 0.65 6.00 -5.35 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7568 0.2432 0.0000 0 0 0.8854 0.1146 0.0000 0 0 0.9059 0.0941 0.0000
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 336 112 224 109 1 1 0 1 0 0 224 0 0 0.9732 0.0000 0.0000 111.000 0.64 6.00 -5.36 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7584 0.2416 0.0000 0 0 0.8855 0.1145 0.0000 0 0 0.9060 0.0940 0.0000
chr5 77077768 A AGGCGTC 0.500000 0.050 1 6 3 396 114 282 94 1 13 0 6 0 0 282 0 0 0.8246 0.0000 0.0000 7.769 0.77 7.00 -6.23 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1592 0.8408 0.0000 0 0 0.5119 0.4881 0.0000
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 162 83 79 78 0 1 1 3 0 0 79 0 0 0.9398 0.0000 0.0000 81.000 0.09 3.00 -2.91 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0447 0.9553 0.0000 0 1 0.4523 0.5477 0.0000 0 0 0.6593 0.3407 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 378 92 286 77 2 6 0 7 0 0 286 0 0 0.8370 0.0000 0.0000 14.333 1.10 24.43 -23.32 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0614 0.9386 0.0000 0 1 0.3302 0.6698 0.0000
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 378 85 293 75 0 4 0 6 0 0 293 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 20.250 1.33 28.17 -26.83 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1036 0.8964 0.0000 0 1 0.3937 0.6063 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 244 90 154 44 0 2 0 44 0 0 152 0 2 0.4889 0.0000 0.0130 44.000 0.07 3.20 -3.14 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2135 0.5262 0.2602 1 1 0.2153 0.5243 0.2604 1 1 0.2176 0.5218 0.2606
chr5 112839053 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 784 168 616 92 1 3 1 71 0 0 613 0 3 0.5476 0.0000 0.0049 55.000 0.16 3.17 -3.01 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4591 0.4633 0.0775 1 1 0.4527 0.4655 0.0819 1 1 0.4439 0.4683 0.0879
chr5 113488342 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 225 83 142 36 35 4 0 8 0 0 142 0 0 0.4337 0.0000 0.0000 15.333 0.42 3.50 -3.08 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0235 0.9765 0.0000 0 1 0.1967 0.8033 0.0000
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1218 275 943 123 2 31 0 119 3 1 932 1 6 0.4473 0.0032 0.0117 7.871 0.65 3.88 -3.23 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2465 0.5741 0.1795 1 1 0.2484 0.5686 0.1831 1 1 0.2506 0.5616 0.1878
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 635 142 493 73 0 3 0 66 0 0 493 0 0 0.5141 0.0000 0.0000 46.333 0.16 1.24 -1.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3147 0.5277 0.1575 1 1 0.3133 0.5256 0.1611 1 1 0.3113 0.5230 0.1657
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 511 147 364 56 0 28 1 62 0 0 358 0 6 0.3810 0.0000 0.0165 4.250 1.02 5.97 -4.95 22 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1106 0.4898 0.3997 1 1 0.1148 0.4903 0.3949 1 1 0.1205 0.4911 0.3884
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 301 75 226 63 1 7 0 4 0 0 226 0 0 0.8400 0.0000 0.0000 9.714 1.17 6.75 -5.58 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.2547 0.7453 0.0000 0 0 0.5165 0.4835 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 161 57 104 3 0 0 0 54 0 0 100 0 4 0.0526 0.0000 0.0385 57.000 0.67 3.44 -2.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9689 0.0311 2 1 0.0000 0.6395 0.3605 2 2 0.0000 0.4315 0.5685
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 306 30 276 15 1 3 0 11 0 0 275 0 1 0.5000 0.0000 0.0036 9.000 1.40 5.82 -4.42 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2966 0.5037 0.1997 1 1 0.2949 0.5034 0.2017 1 1 0.2927 0.5031 0.2042
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 202 71 131 35 0 0 1 35 0 0 130 0 1 0.4930 0.0000 0.0076 71.000 0.11 3.57 -3.46 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2160 0.5208 0.2632 1 1 0.2177 0.5192 0.2631 1 1 0.2197 0.5172 0.2630
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 202 71 131 35 0 1 3 32 0 0 129 0 2 0.4930 0.0000 0.0153 70.000 0.11 3.88 -3.76 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2152 0.5206 0.2641 1 1 0.2169 0.5191 0.2641 1 1 0.2190 0.5171 0.2639
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 405 104 301 48 0 7 0 49 0 0 291 0 10 0.4615 0.0000 0.0332 13.857 0.35 10.47 -10.12 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1267 0.4974 0.3759 1 1 0.1307 0.4975 0.3718 1 1 0.1360 0.4976 0.3663
chr5 141945390 C CCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 12 1 405 104 301 48 0 7 0 49 0 0 291 0 10 0.4615 0.0000 0.0332 13.857 0.35 10.47 -10.12 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1267 0.4974 0.3759 1 1 0.1307 0.4975 0.3718 1 1 0.1360 0.4976 0.3663
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 881 293 588 136 1 55 1 100 0 0 588 0 0 0.4642 0.0000 0.0000 4.327 0.54 8.62 -8.08 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6751 0.3056 0.0193 1 0 0.6635 0.3147 0.0218 1 0 0.6476 0.3269 0.0255
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 341 120 221 38 2 25 0 55 0 0 218 0 3 0.3167 0.0000 0.0136 3.760 0.21 6.47 -6.26 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0793 0.4399 0.4809 1 2 0.0835 0.4437 0.4727 1 2 0.0894 0.4487 0.4619
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 341 120 221 39 1 29 0 51 0 0 218 1 2 0.3250 0.0000 0.0136 3.103 0.28 6.47 -6.19 7 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1019 0.4689 0.4292 1 1 0.1061 0.4710 0.4229 1 1 0.1119 0.4736 0.4145
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 573 163 410 74 0 7 0 82 0 0 409 0 1 0.4540 0.0000 0.0024 22.286 0.19 2.24 -2.05 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1386 0.5239 0.3375 1 1 0.1425 0.5221 0.3354 1 1 0.1478 0.5198 0.3324
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 119 51 68 25 0 0 0 26 0 0 68 0 0 0.4902 0.0000 0.0000 51.000 0.20 1.15 -0.95 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2304 0.5153 0.2543 1 1 0.2314 0.5141 0.2545 1 1 0.2327 0.5127 0.2546
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 359 139 220 128 0 4 0 7 0 0 219 0 1 0.9209 0.0000 0.0045 33.750 1.45 5.00 -3.55 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1011 0.8989 0.0000 0 0 0.5240 0.4760 0.0000
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 361 127 234 2 47 5 0 73 0 0 232 0 2 0.0157 0.0000 0.0085 24.400 3.50 3.70 -0.20 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0372 0.3496 0.6132 1 2 0.0407 0.3579 0.6014 1 2 0.0456 0.3689 0.5854
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 192 81 111 69 3 4 0 5 0 0 111 0 0 0.8519 0.0000 0.0000 19.250 0.35 3.00 -2.65 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.1730 0.8270 0.0000 0 1 0.4668 0.5332 0.0000
chr5 168454037 GGGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 191 81 110 72 5 1 0 3 0 0 110 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 80.000 0.33 3.33 -3.00 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0493 0.9507 0.0000 0 1 0.4738 0.5262 0.0000 0 0 0.6750 0.3250 0.0000
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.050 1 -2 1 379 124 255 60 0 8 0 56 0 0 254 0 1 0.4839 0.0000 0.0039 14.500 0.33 2.14 -1.81 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2679 0.5329 0.1991 1 1 0.2680 0.5305 0.2015 1 1 0.2681 0.5273 0.2046
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 403 98 305 50 0 3 0 45 0 0 304 0 1 0.5102 0.0000 0.0033 31.667 1.76 4.91 -3.15 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2842 0.5244 0.1914 1 1 0.2835 0.5226 0.1939 1 1 0.2826 0.5203 0.1971
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 569 100 469 0 0 15 1 84 0 0 465 0 4 0.0000 0.0000 0.0085 5.667 2.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 489 126 363 10 0 18 1 97 0 0 361 0 2 0.0794 0.0000 0.0055 6.000 0.70 3.24 -2.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.7814 0.2186
chr6 13615435 C CGGA 0.000044 0.050 1 3 1 426 112 314 54 0 14 0 44 0 0 311 0 3 0.4821 0.0000 0.0096 7.000 0.35 3.18 -2.83 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5554 0.4446 0.0000 1 0 0.5544 0.4456 0.0000 1 0 0.5530 0.4470 0.0000
chr6 16295186 A AC 0.000921 0.050 1 1 2 284 104 180 53 0 5 0 46 0 0 180 0 0 0.5096 0.0000 0.0000 19.800 0.28 1.22 -0.93 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5557 0.4441 0.0003 1 0 0.5546 0.4451 0.0003 1 0 0.5531 0.4466 0.0003
chr6 16327675 CTGA C 0.005412 0.050 1 -3 1 1720 442 1278 8 8 53 191 182 0 0 1268 1 9 0.0181 0.0000 0.0078 26.429 0.50 5.02 -4.52 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.8922 0.1078
chr6 16327687 C CTGA 0.001111 0.050 1 3 1 1713 437 1276 41 119 93 32 152 0 0 1273 1 2 0.0938 0.0000 0.0024 19.375 3.76 4.01 -0.25 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0278 0.9564 0.0158 1 1 0.0323 0.9533 0.0144 1 1 0.0391 0.9482 0.0128
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 1559 350 1209 183 0 6 1 160 0 0 1206 0 3 0.5229 0.0000 0.0025 57.333 0.15 2.08 -1.93 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6015 0.3905 0.0080 1 0 0.6002 0.3912 0.0086 1 0 0.5979 0.3927 0.0094
chr6 29397419 TG T 0.000417 0.050 1 -1 1 755 172 583 164 0 1 0 7 0 0 583 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 171.000 0.75 2.71 -1.96 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6299 0.3701 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 1388 291 1097 144 0 14 0 133 0 0 1051 0 46 0.4948 0.0000 0.0419 19.786 0.21 12.13 -11.92 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0398 0.4635 0.4967 1 2 0.0444 0.4701 0.4855 1 1 0.0512 0.4786 0.4701
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 364 104 260 55 0 2 1 46 0 0 260 0 0 0.5288 0.0000 0.0000 51.000 0.11 1.52 -1.41 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3363 0.5119 0.1518 1 1 0.3337 0.5109 0.1554 1 1 0.3302 0.5098 0.1600
chr6 31111540 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -33 2 500 141 359 64 1 32 1 43 0 0 359 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 3.406 0.17 4.98 -4.80 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5167 0.4184 0.0649 1 0 0.5075 0.4234 0.0691 1 0 0.4952 0.4300 0.0749
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 763 217 546 202 1 6 0 8 0 0 546 0 0 0.9309 0.0000 0.0000 35.000 1.28 3.25 -1.97 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4163 0.5837 0.0000 0 0 0.8688 0.1312 0.0000
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 467 134 333 128 0 2 0 4 0 0 333 0 0 0.9552 0.0000 0.0000 66.000 1.09 2.75 -1.66 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0375 0.9625 0.0000 0 0 0.6212 0.3788 0.0000 0 0 0.8299 0.1701 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 538 140 398 130 0 6 0 4 0 1 397 0 0 0.9286 0.0000 0.0025 22.333 0.97 2.25 -1.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0424 0.9576 0.0000 0 0 0.6397 0.3603 0.0000 0 0 0.8397 0.1603 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 611 183 428 0 66 2 2 113 0 0 425 2 1 0.0000 0.0000 0.0070 90.500 2.40 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0034 0.1349 0.8617 1 2 0.0042 0.1456 0.8502 1 2 0.0054 0.1609 0.8336
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 449 145 304 68 0 17 1 59 0 0 299 0 5 0.4690 0.0000 0.0164 7.938 0.62 5.49 -4.87 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2748 0.5361 0.1891 1 1 0.2748 0.5334 0.1919 1 1 0.2746 0.5300 0.1954
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 357 91 266 46 0 13 0 32 0 0 254 0 12 0.5055 0.0000 0.0451 6.000 0.43 15.56 -15.13 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2602 0.5262 0.2135 1 1 0.2604 0.5243 0.2153 1 1 0.2606 0.5218 0.2176
chr6 36722044 C CGGGCCCAGCGGTGCAGGA 0.500000 0.050 1 18 2 651 155 496 128 1 23 0 3 0 0 494 0 2 0.8258 0.0000 0.0040 5.696 0.88 12.33 -11.46 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 1 0.4597 0.5403 0.0000 0 0 0.7739 0.2261 0.0000
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 836 244 592 124 0 10 5 105 0 0 590 0 2 0.5082 0.0000 0.0034 23.300 0.34 1.35 -1.01 64 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3717 0.5241 0.1042 1 1 0.3692 0.5221 0.1087 1 1 0.3656 0.5196 0.1148
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 1066 279 787 121 2 6 0 150 0 0 783 0 4 0.4337 0.0000 0.0051 45.333 0.27 3.21 -2.93 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0278 0.3644 0.6078 1 2 0.0308 0.3710 0.5982 1 2 0.0352 0.3799 0.5849
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 315 126 189 102 6 16 0 2 0 0 189 0 0 0.8095 0.0000 0.0000 6.875 0.07 3.50 -3.43 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3668 0.6332 0.0000 0 0 0.7905 0.2095 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 345 121 224 5 0 21 0 95 0 0 218 1 5 0.0413 0.0000 0.0268 4.762 0.60 6.57 -5.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.7002 0.2998 2 2 0.0000 0.3628 0.6372
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 790 166 624 75 0 21 1 69 0 0 623 0 1 0.4518 0.0000 0.0016 6.905 0.43 3.30 -2.88 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2739 0.5399 0.1862 1 1 0.2740 0.5369 0.1891 1 1 0.2740 0.5331 0.1929
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 824 161 663 2 0 83 0 76 0 0 632 0 31 0.0124 0.0000 0.0468 0.940 15.00 6.97 8.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6384 0.3616 2 2 0.0000 0.2136 0.7864 2 2 0.0000 0.1392 0.8608
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 635 130 505 62 5 23 1 39 0 0 493 1 11 0.4769 0.0000 0.0238 4.609 1.81 5.77 -3.96 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4296 0.4729 0.0974 1 1 0.4236 0.4746 0.1017 1 1 0.4156 0.4768 0.1076
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 1687 427 1260 312 2 23 1 89 2 1 1252 1 4 0.7307 0.0016 0.0063 18.273 1.33 6.29 -4.96 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 1 0.0043 0.9957 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 583 110 473 60 0 7 0 43 0 0 466 0 7 0.5455 0.0000 0.0148 14.714 0.30 3.19 -2.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3614 0.5042 0.1344 1 1 0.3579 0.5038 0.1383 1 1 0.3532 0.5033 0.1435
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 776 163 613 5 0 4 1 153 0 0 606 0 7 0.0307 0.0000 0.0114 39.750 0.60 3.07 -2.47 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9839 0.0161 2 2 0.0000 0.3473 0.6527 2 2 0.0000 0.1191 0.8809
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 5 662 134 528 128 0 4 0 2 0 0 528 0 0 0.9552 0.0000 0.0000 32.500 0.38 3.00 -2.62 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4890 0.5110 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 646 153 493 146 0 2 0 5 0 0 493 0 0 0.9542 0.0000 0.0000 75.500 0.20 8.00 -7.80 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 0 0.5650 0.4350 0.0000 0 0 0.8378 0.1622 0.0000
chr6 117563254 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 3 170 80 90 49 0 2 0 29 0 0 87 0 3 0.6125 0.0000 0.0333 39.000 0.02 3.14 -3.12 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4675 0.4454 0.0870 1 0 0.4597 0.4490 0.0913 1 1 0.4492 0.4536 0.0972
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 924 227 697 8 0 10 0 209 0 0 693 0 4 0.0352 0.0000 0.0057 21.700 0.38 2.91 -2.54 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.5222 0.4778 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 174 82 92 78 0 1 0 3 0 0 92 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 81.000 0.18 4.00 -3.82 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0505 0.9495 0.0000 0 1 0.4800 0.5200 0.0000 0 0 0.6802 0.3198 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 607 229 378 97 0 44 0 88 0 1 367 1 9 0.4236 0.0000 0.0291 4.205 0.35 15.07 -14.72 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2200 0.5596 0.2204 1 1 0.2223 0.5551 0.2226 1 1 0.2251 0.5495 0.2254
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 211 81 130 0 0 4 0 77 0 0 128 0 2 0.0000 0.0000 0.0154 19.250 8.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1205 0.8795 2 2 0.0000 0.1248 0.8752 2 2 0.0000 0.1308 0.8692
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 339 134 205 0 0 11 13 110 0 0 195 4 6 0.0000 0.0000 0.0488 11.182 3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0369 0.9631 2 2 0.0000 0.0403 0.9597
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 644 138 506 62 0 30 0 46 1 0 498 0 7 0.4493 0.0020 0.0158 3.600 0.82 9.48 -8.66 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3618 0.5053 0.1329 1 1 0.3583 0.5049 0.1368 1 1 0.3537 0.5043 0.1421
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 955 298 657 8 1 13 131 145 0 0 657 0 0 0.0268 0.0000 0.0000 14.308 8.38 10.10 -1.72 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 2 0.0000 0.3185 0.6815 2 2 0.0000 0.0497 0.9503
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 955 280 675 100 14 12 41 113 0 0 675 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 22.250 3.30 11.30 -8.00 54 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0156 0.2875 0.6969 1 2 0.0178 0.2969 0.6853 1 2 0.0210 0.3097 0.6693
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 955 283 672 103 18 31 84 47 0 0 672 0 0 0.3640 0.0000 0.0000 78.333 3.32 7.49 -4.17 57 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1020 0.5235 0.3745 1 1 0.1065 0.5215 0.3720 1 1 0.1126 0.5191 0.3683
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 274 97 177 89 0 3 0 5 0 0 177 0 0 0.9175 0.0000 0.0000 31.333 0.12 4.40 -4.28 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2421 0.7579 0.0000 0 0 0.5687 0.4313 0.0000
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 260 100 160 36 0 25 1 38 0 2 157 0 1 0.3600 0.0000 0.0187 3.125 4.17 3.58 0.59 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2194 0.5230 0.2576 1 1 0.2209 0.5213 0.2578 1 1 0.2229 0.5191 0.2580
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 261 102 159 44 2 19 0 37 0 0 157 0 2 0.4314 0.0000 0.0126 4.368 3.09 4.11 -1.02 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3245 0.5116 0.1639 1 1 0.3222 0.5107 0.1671 1 1 0.3191 0.5096 0.1713
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 740 173 567 104 0 5 0 64 0 0 562 0 5 0.6012 0.0000 0.0088 33.600 0.31 11.45 -11.15 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6806 0.2980 0.0214 1 0 0.6682 0.3078 0.0240 1 0 0.6512 0.3209 0.0278
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 653 218 435 1 1 31 10 175 0 0 435 0 0 0.0046 0.0000 0.0000 6.233 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1576 0.8424 2 2 0.0000 0.0360 0.9640 2 2 0.0000 0.0236 0.9764
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 345 110 235 62 0 5 0 43 0 0 235 0 0 0.5636 0.0000 0.0000 21.000 0.29 3.09 -2.80 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4898 0.4353 0.0748 1 0 0.4815 0.4394 0.0791 1 0 0.4703 0.4447 0.0850
chr7 26152597 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 345 104 241 49 0 13 0 42 0 0 241 0 0 0.4712 0.0000 0.0000 7.000 0.39 3.45 -3.06 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3245 0.5131 0.1624 1 1 0.3223 0.5121 0.1656 1 1 0.3192 0.5108 0.1699
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 109 46 63 41 1 1 0 3 0 0 63 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 44.000 0.51 1.33 -0.82 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0237 0.9763 0.0000 0 1 0.2785 0.7215 0.0000 0 1 0.4738 0.5262 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 518 140 378 69 0 2 0 69 0 0 378 0 0 0.4929 0.0000 0.0000 69.000 0.20 1.09 -0.88 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2290 0.5420 0.2290 1 1 0.2306 0.5389 0.2306 1 1 0.2325 0.5349 0.2326
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 209 83 126 7 0 4 1 71 0 0 126 0 0 0.0843 0.0000 0.0000 19.750 0.14 3.31 -3.17 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9477 0.0523 2 1 0.0000 0.7057 0.2943
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 977 203 774 93 1 12 3 94 1 0 763 4 6 0.4581 0.0013 0.0142 15.917 0.52 4.96 -4.44 57 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1173 0.5240 0.3587 1 1 0.1216 0.5221 0.3563 1 1 0.1275 0.5197 0.3528
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 970 198 772 92 2 12 3 89 1 2 763 1 5 0.4646 0.0013 0.0117 15.500 0.53 5.15 -4.61 58 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1965 0.5575 0.2460 1 1 0.1994 0.5531 0.2475 1 1 0.2031 0.5477 0.2492
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 443 125 318 66 0 1 0 58 0 0 318 0 0 0.5280 0.0000 0.0000 124.000 3.17 1.78 1.39 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3311 0.5188 0.1501 1 1 0.3289 0.5173 0.1537 1 1 0.3259 0.5155 0.1586
chr7 80664497 G GGTAA 0.500000 0.050 1 4 4 225 106 119 49 0 15 1 41 0 0 119 0 0 0.4623 0.0000 0.0000 6.067 0.08 3.93 -3.85 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3245 0.5131 0.1624 1 1 0.3223 0.5121 0.1656 1 1 0.3193 0.5108 0.1699
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 869 219 650 0 0 17 0 202 0 0 645 0 5 0.0000 0.0000 0.0077 11.882 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 592 139 453 117 1 16 0 5 0 1 452 0 0 0.8417 0.0000 0.0022 7.688 0.94 3.00 -2.06 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.4003 0.5997 0.0000 0 0 0.7299 0.2701 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 257 88 169 5 0 2 0 81 0 0 165 0 4 0.0568 0.0000 0.0237 43.000 0.00 3.28 -3.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.7761 0.2239 2 2 0.0000 0.4552 0.5448
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 844 263 581 251 0 8 0 4 1 0 580 0 0 0.9544 0.0017 0.0017 31.875 0.22 4.00 -3.78 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4529 0.5471 0.0000 0 0 0.9719 0.0281 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 177 62 115 48 0 0 0 14 0 0 110 0 5 0.7742 0.0000 0.0435 62.000 0.21 27.57 -27.36 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6352 0.3287 0.0361 1 0 0.6223 0.3382 0.0395 1 0 0.6047 0.3509 0.0444
chr7 102541593 G GA 0.500000 0.050 1 1 2 974 352 622 311 1 2 1 37 0 0 622 0 0 0.8835 0.0000 0.0000 175.000 0.32 1.84 -1.51 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 494 129 365 5 1 37 5 81 0 0 359 1 5 0.0388 0.0000 0.0164 2.486 4.60 6.27 -1.67 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8431 0.1569 2 1 0.0000 0.5017 0.4983
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 494 129 365 40 37 38 3 11 0 1 359 2 3 0.3101 0.0000 0.0164 2.342 6.67 3.09 3.58 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8589 0.1384 0.0027 0 1 0.0255 0.9744 0.0001 0 1 0.0072 0.9928 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 777 198 579 181 1 10 0 6 0 0 579 0 0 0.9141 0.0000 0.0000 18.800 0.63 3.67 -3.04 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 0 0.6176 0.3824 0.0000 0 0 0.8939 0.1061 0.0000
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 741 194 547 93 1 21 71 8 0 0 544 3 0 0.4794 0.0000 0.0055 8.048 0.32 3.00 -2.68 17 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3914 0.5029 0.1057 1 1 0.3875 0.5025 0.1100 1 1 0.3821 0.5020 0.1159
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 742 196 546 96 0 29 0 71 0 0 543 0 3 0.4898 0.0000 0.0055 5.964 0.32 6.42 -6.10 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5162 0.4258 0.0579 1 0 0.5079 0.4301 0.0620 1 0 0.4965 0.4358 0.0677
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 605 182 423 3 0 33 0 146 0 0 423 0 0 0.0165 0.0000 0.0000 4.515 0.00 16.49 -16.49 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7727 0.2273 2 2 0.0000 0.1684 0.8316 2 2 0.0000 0.0843 0.9157
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 281 132 149 0 0 15 0 117 0 0 142 0 7 0.0000 0.0000 0.0470 7.800 10.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0423 0.9577 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0487 0.9513
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 229 65 164 0 0 1 0 64 0 0 157 0 7 0.0000 0.0000 0.0427 64.000 3.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1435 0.8565 2 2 0.0000 0.1479 0.8521 2 2 0.0000 0.1542 0.8458
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 912 269 643 113 14 47 2 93 0 0 640 0 3 0.4201 0.0000 0.0047 4.723 0.46 3.06 -2.60 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5954 0.3712 0.0334 1 0 0.5854 0.3778 0.0367 1 0 0.5718 0.3868 0.0415
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 912 272 640 207 6 44 0 15 0 0 640 0 0 0.7610 0.0000 0.0000 5.182 1.58 3.40 -1.82 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.3836 0.6164 0.0000
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 2113 489 1624 0 0 19 1 469 0 0 1621 0 3 0.0000 0.0000 0.0018 24.684 1.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 626 141 485 11 0 1 0 129 0 0 482 0 3 0.0780 0.0000 0.0062 140.000 0.64 3.91 -3.28 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9835 0.0165 2 1 0.0000 0.7157 0.2843
chr7 144187108 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 652 174 478 164 1 6 0 3 0 0 478 0 0 0.9425 0.0000 0.0000 27.833 0.30 1.67 -1.36 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3289 0.6711 0.0000 0 0 0.8877 0.1123 0.0000 0 0 0.9447 0.0553 0.0000
chr7 144318430 CTGTT C 0.500000 0.050 1 -4 1 735 420 315 294 1 4 0 121 0 0 314 0 1 0.7000 0.0000 0.0032 104.000 1.10 4.55 -3.44 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9991 0.0009 0.0000 1 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr7 149779543 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 459 111 348 105 0 2 0 4 0 0 348 0 0 0.9459 0.0000 0.0000 54.500 0.43 3.25 -2.82 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 1 0.4801 0.5199 0.0000 0 0 0.7371 0.2629 0.0000
chr7 149791914 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 914 219 695 199 0 10 0 10 0 0 695 0 0 0.9087 0.0000 0.0000 20.900 0.48 1.00 -0.52 97 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1488 0.8512 0.0000 0 0 0.7431 0.2569 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 201 56 145 1 0 2 0 53 0 0 144 0 1 0.0179 0.0000 0.0069 27.000 1.00 4.83 -3.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5680 0.4320 2 2 0.0000 0.3399 0.6601 2 2 0.0000 0.2844 0.7156
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 693 211 482 188 2 15 0 6 0 0 481 0 1 0.8910 0.0000 0.0021 13.000 0.95 7.83 -6.88 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5015 0.4985 0.0000 0 0 0.8753 0.1247 0.0000
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 762 193 569 176 0 3 0 14 1 0 568 0 0 0.9119 0.0018 0.0018 63.333 0.80 1.36 -0.56 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 1 0.2774 0.7226 0.0000
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 442 110 332 103 0 3 0 4 1 0 331 0 0 0.9364 0.0030 0.0030 35.667 1.17 1.00 0.17 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 1 0.4748 0.5252 0.0000 0 0 0.7327 0.2673 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 631 168 463 91 1 0 0 76 0 0 461 0 2 0.5417 0.0000 0.0043 168.000 0.70 1.63 -0.93 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4028 0.4963 0.1009 1 1 0.3984 0.4963 0.1053 1 1 0.3924 0.4964 0.1113
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 680 171 509 85 0 9 0 77 0 0 499 0 10 0.4971 0.0000 0.0196 18.000 0.45 11.49 -11.05 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2023 0.5511 0.2466 1 1 0.2049 0.5473 0.2478 1 1 0.2082 0.5425 0.2493
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 562 113 449 0 0 0 20 93 0 1 413 13 22 0.0000 0.0000 0.0802 113.000 7.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0304 0.9696
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 569 111 458 0 0 2 18 91 0 0 417 16 25 0.0000 0.0000 0.0895 104.000 7.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0223 0.9777 2 2 0.0000 0.0240 0.9760 2 2 0.0000 0.0266 0.9734
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 589 111 478 0 2 7 5 97 0 2 398 35 43 0.0000 0.0000 0.1674 20.200 7.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0170 0.9830 2 2 0.0000 0.0185 0.9815
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 606 186 420 100 0 1 0 85 1 0 418 1 0 0.5376 0.0024 0.0048 185.000 0.40 1.16 -0.76 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4126 0.4938 0.0936 1 1 0.4081 0.4939 0.0980 1 1 0.4018 0.4942 0.1040
chr7 154968830 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 1501 383 1118 168 3 55 1 156 1 0 1103 3 11 0.4386 0.0009 0.0134 5.964 0.51 3.27 -2.76 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2123 0.6025 0.1852 1 1 0.2158 0.5950 0.1892 1 1 0.2202 0.5854 0.1944
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 738 189 549 72 0 30 0 87 0 0 548 0 1 0.3810 0.0000 0.0018 5.300 0.75 6.11 -5.36 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0791 0.4639 0.4570 1 1 0.0830 0.4656 0.4514 1 1 0.0884 0.4677 0.4439
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 687 178 509 137 3 35 0 3 0 0 509 0 0 0.7697 0.0000 0.0000 4.057 0.29 6.00 -5.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2189 0.7811 0.0000 0 0 0.8251 0.1749 0.0000 0 0 0.9124 0.0876 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 1018 284 734 215 7 35 2 25 6 5 706 14 3 0.7570 0.0082 0.0381 7.545 2.98 4.64 -1.66 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0832 0.9168 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 576 245 331 0 0 26 0 219 0 0 331 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.423 5.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 330 122 208 2 0 4 0 116 0 0 203 0 5 0.0164 0.0000 0.0240 29.500 0.00 7.16 -7.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8333 0.1667 2 2 0.0000 0.4356 0.5644 2 2 0.0000 0.3169 0.6831
chr8 38268959 G GTCTC 0.000252 0.050 1 4 1 446 123 323 111 0 9 0 3 0 0 323 0 0 0.9024 0.0000 0.0000 12.667 0.41 6.00 -5.59 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 61676164 T TTTC 0.000496 0.050 1 3 1 293 110 183 94 2 12 0 2 0 0 183 0 0 0.8545 0.0000 0.0000 8.167 0.11 3.00 -2.89 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.050 1 -14 2 354 112 242 64 0 2 0 46 0 0 240 0 2 0.5714 0.0000 0.0083 55.000 0.41 12.43 -12.03 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6538 0.3444 0.0018 1 0 0.6491 0.3489 0.0019 1 0 0.6429 0.3551 0.0020
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 338 82 256 44 0 3 0 35 0 0 254 0 2 0.5366 0.0000 0.0078 26.333 0.11 6.74 -6.63 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3265 0.5101 0.1634 1 1 0.3241 0.5093 0.1666 1 1 0.3209 0.5083 0.1708
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 91 41 50 24 0 2 0 15 0 0 50 0 0 0.5854 0.0000 0.0000 19.500 0.04 2.67 -2.62 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3630 0.4879 0.1491 1 1 0.3587 0.4888 0.1525 1 1 0.3531 0.4899 0.1570
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 242 86 156 75 1 8 0 2 0 0 156 0 0 0.8721 0.0000 0.0000 9.750 0.47 9.00 -8.53 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2062 0.7938 0.0000 0 0 0.6316 0.3684 0.0000 0 0 0.7463 0.2537 0.0000
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 293 63 230 36 0 0 0 27 0 0 228 0 2 0.5714 0.0000 0.0087 63.000 0.22 2.22 -2.00 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3298 0.5052 0.1651 1 1 0.3271 0.5048 0.1681 1 1 0.3235 0.5042 0.1722
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 638 218 420 129 3 10 1 75 0 0 420 0 0 0.5917 0.0000 0.0000 20.700 2.64 20.87 -18.22 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8554 0.1411 0.0035 1 0 0.8439 0.1518 0.0043 1 0 0.8275 0.1670 0.0055
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 294 99 195 95 0 3 0 1 0 0 195 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 32.000 0.35 4.00 -3.65 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6809 0.3191 0.0000 0 0 0.8422 0.1578 0.0000 0 0 0.8705 0.1295 0.0000
chr8 120811835 T TACCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 403 118 285 103 0 7 0 8 0 0 285 0 0 0.8729 0.0000 0.0000 15.857 0.75 4.00 -3.25 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0572 0.9428 0.0000 0 1 0.3767 0.6233 0.0000
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 337 102 235 35 0 14 0 53 0 0 235 0 0 0.3431 0.0000 0.0000 6.286 0.97 5.02 -4.05 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0804 0.4381 0.4815 1 2 0.0846 0.4421 0.4733 1 2 0.0905 0.4473 0.4622
chr8 133238956 C CCCCTCGCTGGTGTGCGAGCGGCTGCGGGTG 0.500000 0.050 1 30 5 1112 223 889 82 1 97 3 40 0 0 874 0 15 0.3677 0.0000 0.0169 1.278 0.46 2.65 -2.19 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5644 0.3882 0.0474 1 0 0.5541 0.3947 0.0512 1 0 0.5403 0.4031 0.0566
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 354 147 207 3 0 0 0 144 0 0 197 0 10 0.0204 0.0000 0.0483 147.000 0.33 3.38 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7354 0.2646 2 2 0.0000 0.1426 0.8574 2 2 0.0000 0.0707 0.9293
chr8 140458378 T TGTGACCCTCACGGTACCCCCC 0.500000 0.050 1 21 5 546 159 387 133 0 19 0 7 0 0 387 0 0 0.8365 0.0000 0.0000 7.368 0.38 9.43 -9.05 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1986 0.8014 0.0000 0 0 0.6427 0.3573 0.0000
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 256 99 157 48 0 2 0 49 0 0 155 0 2 0.4848 0.0000 0.0127 48.500 0.98 3.78 -2.80 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2015 0.5275 0.2711 1 1 0.2037 0.5254 0.2709 1 1 0.2066 0.5228 0.2707
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 444 115 329 0 0 19 5 91 0 0 323 1 5 0.0000 0.0000 0.0182 5.053 4.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 994 260 734 115 0 38 1 106 1 0 723 0 10 0.4423 0.0014 0.0150 5.816 0.88 11.24 -10.36 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2100 0.5706 0.2194 1 1 0.2128 0.5653 0.2220 1 1 0.2162 0.5587 0.2251
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1188 200 988 183 10 3 1 3 0 0 988 0 0 0.9150 0.0000 0.0000 197.000 2.30 3.00 -0.70 67 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7147 0.2853 0.0000 0 0 0.9807 0.0193 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1187 203 984 4 187 6 3 3 0 0 984 0 0 0.0197 0.0000 0.0000 13.800 7.00 3.00 4.00 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3288 0.6712 0.0000 0 0 0.9414 0.0586 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1280 441 839 161 4 89 170 17 0 0 839 0 0 0.3651 0.0000 0.0000 3.989 0.30 3.35 -3.05 39 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1402 0.6845 0.1752 1 1 0.1492 0.6783 0.1725 1 1 0.1614 0.6700 0.1686
chr9 12775862 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 338 94 244 2 0 18 4 70 0 0 238 0 6 0.0213 0.0000 0.0246 4.222 0.00 5.19 -5.19 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7775 0.2225 2 2 0.0000 0.3460 0.6540 2 2 0.0000 0.2362 0.7638
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 338 94 244 2 29 20 1 42 0 0 238 0 6 0.0213 0.0000 0.0246 3.700 0.00 6.62 -6.62 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0815 0.4369 0.4816 1 2 0.0858 0.4410 0.4732 1 2 0.0917 0.4463 0.4621
chr9 20414312 ACTG A 0.500000 0.050 1 -3 1 620 188 432 67 5 33 6 77 0 0 432 0 0 0.3564 0.0000 0.0000 4.606 0.54 3.62 -3.09 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1211 0.5098 0.3691 1 1 0.1253 0.5089 0.3658 1 1 0.1309 0.5079 0.3612
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 563 113 450 53 2 20 0 38 0 0 447 0 3 0.4690 0.0000 0.0067 4.650 0.79 3.34 -2.55 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4208 0.4737 0.1055 1 1 0.4149 0.4755 0.1097 1 1 0.4070 0.4777 0.1154
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 908 280 628 269 0 4 1 6 0 0 628 0 0 0.9607 0.0000 0.0000 69.000 0.26 1.83 -1.58 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0214 0.9786 0.0000 0 0 0.8951 0.1049 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 391 145 246 62 1 29 0 53 0 0 244 0 2 0.4276 0.0000 0.0081 4.000 0.24 11.74 -11.49 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3322 0.5170 0.1508 1 1 0.3300 0.5157 0.1543 1 1 0.3268 0.5140 0.1591
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 734 193 541 93 1 31 0 68 0 0 532 0 9 0.4819 0.0000 0.0166 5.226 0.33 10.75 -10.42 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4425 0.4739 0.0836 1 1 0.4367 0.4754 0.0880 1 1 0.4287 0.4773 0.0940
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 275 40 235 4 0 0 0 36 0 0 235 0 0 0.1000 0.0000 0.0000 40.000 0.75 1.08 -0.33 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.8559 0.1441 2 1 0.0000 0.6508 0.3492
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 446 117 329 69 0 0 0 48 0 0 325 0 4 0.5897 0.0000 0.0122 117.000 0.19 14.12 -13.94 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4573 0.4575 0.0852 1 1 0.4503 0.4602 0.0895 1 1 0.4409 0.4637 0.0954
chr9 76703941 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 439 118 321 65 0 3 0 50 0 0 321 0 0 0.5508 0.0000 0.0000 38.333 0.22 3.60 -3.38 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4304 0.4719 0.0977 1 1 0.4244 0.4737 0.1020 1 1 0.4162 0.4760 0.1078
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 748 165 583 82 0 16 0 67 0 0 565 0 18 0.4970 0.0000 0.0309 9.312 0.20 10.12 -9.92 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1927 0.5481 0.2592 1 1 0.1955 0.5445 0.2600 1 1 0.1991 0.5400 0.2609
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 525 156 369 7 0 4 1 144 0 0 364 1 4 0.0449 0.0000 0.0136 37.750 0.14 3.26 -3.12 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7268 0.2732 2 2 0.0000 0.2706 0.7294
chr9 88130024 A AAGG 0.500000 0.050 1 3 1 1252 321 931 291 1 22 0 7 0 0 931 0 0 0.9065 0.0000 0.0000 13.591 0.47 3.43 -2.96 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0181 0.9819 0.0000 0 0 0.9268 0.0732 0.0000 0 0 0.9879 0.0121 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 252 71 181 33 0 0 0 38 0 0 178 0 3 0.4648 0.0000 0.0166 71.000 0.24 3.71 -3.47 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1549 0.5035 0.3416 1 1 0.1582 0.5032 0.3385 1 1 0.1627 0.5029 0.3344
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 299 88 211 37 4 14 0 33 0 0 209 0 2 0.4205 0.0000 0.0095 5.214 0.41 3.36 -2.96 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3092 0.5135 0.1773 1 1 0.3074 0.5125 0.1801 1 1 0.3050 0.5112 0.1838
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 464 166 298 73 0 7 0 86 0 0 298 0 0 0.4398 0.0000 0.0000 22.714 0.15 8.45 -8.30 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1083 0.5001 0.3916 1 1 0.1126 0.4999 0.3875 1 1 0.1184 0.4997 0.3819
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 810 315 495 105 0 3 0 207 0 0 490 0 5 0.3333 0.0000 0.0101 104.000 0.24 3.24 -3.00 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0146 0.9853 1 2 0.0000 0.0174 0.9826 1 2 0.0001 0.0218 0.9781
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 419 112 307 49 1 10 1 51 0 0 307 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 10.100 0.57 5.33 -4.76 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2098 0.5295 0.2607 1 1 0.2117 0.5273 0.2610 1 1 0.2143 0.5245 0.2612
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 843 136 707 0 0 41 0 95 0 1 695 2 9 0.0000 0.0000 0.0170 2.317 7.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2077 0.7923 2 2 0.0000 0.1214 0.8786 2 2 0.0000 0.1029 0.8971
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 490 133 357 68 1 0 0 64 0 0 357 0 0 0.5113 0.0000 0.0000 132.000 0.21 2.80 -2.59 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2876 0.5335 0.1789 1 1 0.2871 0.5310 0.1819 1 1 0.2864 0.5278 0.1859
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 470 130 340 125 0 1 0 4 0 0 340 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 129.000 0.17 4.75 -4.58 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0328 0.9672 0.0000 0 0 0.6014 0.3986 0.0000 0 0 0.8190 0.1810 0.0000
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 433 90 343 81 0 0 4 5 0 0 343 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 89.000 0.11 2.60 -2.49 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0348 0.9652 0.0000 0 1 0.2536 0.7464 0.0000
chr9 111484717 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 3 271 51 220 49 0 0 0 2 0 0 220 0 0 0.9608 0.0000 0.0000 51.000 0.61 5.50 -4.89 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1160 0.8840 0.0000 0 1 0.4683 0.5317 0.0000 0 0 0.6062 0.3938 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 262 90 172 0 0 3 0 87 0 0 169 0 3 0.0000 0.0000 0.0174 29.000 4.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0941 0.9059 2 2 0.0000 0.0980 0.9020 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 5 448 108 340 3 1 19 1 84 0 0 339 0 1 0.0278 0.0000 0.0029 4.944 0.00 2.80 -2.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9862 0.0138 2 1 0.0000 0.6356 0.3644 2 2 0.0000 0.3640 0.6360
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 695 173 522 141 3 26 0 3 0 0 522 0 0 0.8150 0.0000 0.0000 5.654 1.08 3.33 -2.26 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2190 0.7810 0.0000 0 0 0.8246 0.1754 0.0000 0 0 0.9119 0.0881 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 505 123 382 49 1 18 1 54 0 0 382 0 0 0.3984 0.0000 0.0000 5.778 0.55 5.48 -4.93 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1849 0.5256 0.2895 1 1 0.1876 0.5237 0.2887 1 1 0.1912 0.5213 0.2876
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 615 145 470 68 1 7 1 68 0 0 466 0 4 0.4690 0.0000 0.0085 19.714 0.37 5.99 -5.62 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1858 0.5384 0.2758 1 1 0.1886 0.5355 0.2758 1 1 0.1924 0.5319 0.2757
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 512 175 337 142 2 20 0 11 0 0 336 1 0 0.8114 0.0000 0.0030 7.700 0.47 3.27 -2.80 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0191 0.9809 0.0000 0 1 0.3202 0.6798 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 503 145 358 0 0 2 0 143 0 0 352 0 6 0.0000 0.0000 0.0168 71.500 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0247 0.9753 2 2 0.0000 0.0273 0.9727
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 649 186 463 4 0 19 0 163 0 0 450 0 13 0.0215 0.0000 0.0281 8.789 0.00 7.55 -7.55 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8910 0.1090 2 2 0.0000 0.1586 0.8414 2 2 0.0000 0.0611 0.9389
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 456 144 312 50 7 39 3 45 0 1 307 0 4 0.3472 0.0000 0.0160 2.763 2.72 3.98 -1.26 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3036 0.5237 0.1727 1 1 0.3023 0.5219 0.1758 1 1 0.3006 0.5196 0.1798
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 267 110 157 66 0 0 0 44 0 0 156 0 1 0.6000 0.0000 0.0064 110.000 0.64 2.11 -1.48 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5164 0.4188 0.0648 1 0 0.5073 0.4238 0.0689 1 0 0.4950 0.4303 0.0747
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 267 110 157 66 0 0 0 44 0 0 156 0 1 0.6000 0.0000 0.0064 110.000 0.64 2.11 -1.48 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5164 0.4188 0.0648 1 0 0.5073 0.4238 0.0689 1 0 0.4950 0.4303 0.0747
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 266 103 163 13 0 3 0 87 0 0 161 0 2 0.1262 0.0000 0.0123 33.333 0.38 1.74 -1.35 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.9361 0.0639
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 560 179 381 76 0 33 1 69 0 0 379 0 2 0.4246 0.0000 0.0052 4.424 0.59 3.41 -2.81 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2748 0.5402 0.1850 1 1 0.2749 0.5372 0.1879 1 1 0.2749 0.5334 0.1917
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.050 1 19 3 372 96 276 43 0 12 0 41 0 0 272 0 4 0.4479 0.0000 0.0145 7.000 0.30 11.95 -11.65 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2138 0.5256 0.2606 1 1 0.2156 0.5237 0.2607 1 1 0.2179 0.5213 0.2609
chr9 137087116 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 3 407 126 281 61 0 17 0 48 1 0 280 0 0 0.4841 0.0036 0.0036 6.412 1.11 4.29 -3.18 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4174 0.4780 0.1046 1 1 0.4118 0.4794 0.1088 1 1 0.4042 0.4812 0.1146
chr9 137228812 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 436 107 329 57 0 1 0 49 0 0 329 0 0 0.5327 0.0000 0.0000 106.000 0.40 2.55 -2.15 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3349 0.5133 0.1518 1 1 0.3324 0.5123 0.1554 1 1 0.3290 0.5110 0.1601
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 184 90 94 5 28 14 0 43 0 0 93 0 1 0.0556 0.0000 0.0106 5.846 0.80 2.98 -2.18 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1317 0.4903 0.3780 1 1 0.1356 0.4909 0.3735 1 1 0.1407 0.4918 0.3675
chr9 138217086 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 1 184 90 94 32 1 53 2 2 0 0 93 0 1 0.3556 0.0000 0.0106 0.673 9.84 4.00 5.84 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 1 0.2018 0.7982 0.0000 0 1 0.3796 0.6204 0.0000
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 788 197 591 185 1 6 0 5 0 0 591 0 0 0.9391 0.0000 0.0000 31.833 0.42 9.20 -8.78 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3878 0.6122 0.0000 0 0 0.9863 0.0137 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 712 155 557 126 2 24 0 3 1 0 556 0 0 0.8129 0.0018 0.0018 5.417 0.29 9.33 -9.04 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8677 0.1323 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 186 40 146 22 0 2 0 16 0 0 146 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 19.000 0.18 4.38 -4.19 8 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4909 0.4564 0.0527 1 0 0.4885 0.4579 0.0536 1 0 0.4853 0.4597 0.0549
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 213 91 122 5 0 2 0 84 0 0 119 0 3 0.0549 0.0000 0.0246 44.500 0.20 4.11 -3.91 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9338 0.0662 2 1 0.0000 0.7731 0.2269
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 840 180 660 1 0 25 1 153 0 0 641 0 19 0.0056 0.0000 0.0288 6.200 27.00 5.74 21.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0650 0.9350 2 2 0.0000 0.0281 0.9719 2 2 0.0000 0.0237 0.9763
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 673 138 535 69 0 4 0 65 0 0 533 0 2 0.5000 0.0000 0.0037 33.500 0.29 3.58 -3.29 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3660 0.5287 0.1053 1 1 0.3674 0.5261 0.1065 1 1 0.3691 0.5229 0.1080
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 344 143 201 73 0 2 0 68 0 0 201 0 0 0.5105 0.0000 0.0000 70.500 0.07 1.97 -1.90 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5139 0.4824 0.0037 1 0 0.5147 0.4815 0.0038 1 0 0.5156 0.4805 0.0039
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 501 113 388 53 0 6 0 54 0 0 388 0 0 0.4690 0.0000 0.0000 17.833 0.36 1.06 -0.70 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2954 0.5363 0.1684 1 1 0.2974 0.5337 0.1689 1 1 0.3001 0.5304 0.1695
chr10 45303617 T TA 0.034347 0.050 1 1 2 613 155 458 81 0 3 0 71 1 0 456 0 1 0.5226 0.0022 0.0044 50.667 0.26 1.08 -0.83 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5632 0.4294 0.0075 1 0 0.5618 0.4304 0.0077 1 0 0.5599 0.4320 0.0081
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.050 1 18 4 282 90 192 39 0 11 0 40 0 0 186 0 6 0.4333 0.0000 0.0312 7.182 0.97 13.90 -12.93 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3875 0.6098 0.0026 1 1 0.3926 0.6048 0.0026 1 1 0.3991 0.5983 0.0026
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 353 91 262 78 0 9 0 4 0 0 262 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 9.111 0.76 3.00 -2.24 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8037 0.1963 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 587 157 430 141 1 6 0 9 0 0 430 0 0 0.8981 0.0000 0.0000 25.167 0.20 2.78 -2.58 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 0 0.9605 0.0395 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 145 69 76 65 0 1 0 3 2 0 74 0 0 0.9420 0.0263 0.0263 68.000 0.75 6.00 -5.25 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1826 0.8174 0.0000 0 0 0.7961 0.2039 0.0000 0 0 0.9006 0.0994 0.0000
chr10 63214835 TTCA T 0.005181 0.050 1 -3 1 765 141 624 134 0 1 0 6 0 0 624 0 0 0.9504 0.0000 0.0000 140.000 0.78 3.00 -2.22 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2377 0.7623 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 395 97 298 0 0 22 1 74 0 0 298 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.409 3.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4394 0.5606 2 2 0.0000 0.4487 0.5513 2 2 0.0000 0.4616 0.5384
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 410 154 256 4 0 13 1 136 0 0 251 0 5 0.0260 0.0000 0.0195 10.846 0.00 5.42 -5.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.9478 0.0522
chr10 80144341 G GAGA 0.037415 0.050 1 3 2 210 74 136 63 0 7 1 3 0 0 136 0 0 0.8514 0.0000 0.0000 9.571 0.21 4.67 -4.46 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2876 0.7124 0.0000 0 0 0.9096 0.0904 0.0000 0 0 0.9657 0.0343 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 629 134 495 6 0 4 0 124 0 0 486 0 9 0.0448 0.0000 0.0182 32.500 0.33 5.75 -5.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8583 0.1417 2 1 0.0000 0.5288 0.4712
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 633 227 406 190 1 25 0 11 0 0 405 0 1 0.8370 0.0000 0.0025 8.080 1.53 7.27 -5.75 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 0 0.5832 0.4168 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 363 89 274 50 1 7 0 31 0 0 270 0 4 0.5618 0.0000 0.0146 11.714 0.56 5.87 -5.31 18 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4664 0.4470 0.0866 1 0 0.4592 0.4502 0.0906 1 1 0.4496 0.4543 0.0961
chr10 104057110 CGCCACCAACACCGCCACCTCCTCCACT C 0.001817 0.050 1 -27 1 295 102 193 90 0 6 0 6 0 0 191 0 2 0.8824 0.0000 0.0104 16.000 0.48 27.00 -26.52 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000
chr10 113588989 CCTT C 0.001011 0.050 1 -3 3 1159 251 908 241 1 6 0 3 0 0 907 0 1 0.9602 0.0000 0.0011 40.833 0.27 3.00 -2.73 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 360 147 213 134 0 3 0 10 0 0 213 0 0 0.9116 0.0000 0.0000 48.000 0.85 2.20 -1.35 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1040 0.8960 0.0000 0 0 0.6716 0.3284 0.0000
chr10 119670135 A AGCG 0.000723 0.050 1 3 1 290 107 183 64 0 6 1 36 0 0 181 0 2 0.5981 0.0000 0.0109 16.833 0.27 3.28 -3.01 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7529 0.2470 0.0000 1 0 0.7457 0.2542 0.0000 1 0 0.7359 0.2640 0.0001
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 385 106 279 0 2 9 13 82 0 1 277 0 1 0.0000 0.0000 0.0072 9.333 2.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6371 0.3629 2 2 0.0000 0.2610 0.7390 2 2 0.0000 0.1736 0.8264
chr10 131311321 C CGCG 0.026812 0.050 1 3 1 371 113 258 45 4 15 2 47 0 0 254 0 4 0.3982 0.0000 0.0155 6.929 1.29 4.40 -3.12 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4057 0.5775 0.0168 1 1 0.4098 0.5735 0.0167 1 1 0.4152 0.5683 0.0165
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 479 144 335 5 0 8 1 130 0 0 334 0 1 0.0347 0.0000 0.0030 17.000 1.00 1.16 -0.16 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9916 0.0084 2 1 0.0000 0.5183 0.4817 2 2 0.0000 0.2126 0.7874
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 769 163 606 70 0 10 1 82 0 0 605 0 1 0.4294 0.0000 0.0017 15.300 0.17 3.11 -2.94 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1482 0.5436 0.3082 1 1 0.1540 0.5423 0.3037 1 1 0.1619 0.5406 0.2976
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 623 146 477 125 0 17 0 4 0 0 476 0 1 0.8562 0.0000 0.0021 7.588 0.42 12.25 -11.83 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1136 0.8864 0.0000 0 0 0.9374 0.0626 0.0000 0 0 0.9837 0.0163 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1049 208 841 5 0 76 1 126 0 0 841 0 0 0.0240 0.0000 0.0000 1.724 1.80 7.93 -6.13 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9918 0.0082 2 1 0.0000 0.5095 0.4905 2 2 0.0000 0.2050 0.7950
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 950 259 691 7 0 81 4 167 0 0 689 2 0 0.0270 0.0000 0.0029 2.198 5.00 11.65 -6.65 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.5091 0.4909 2 2 0.0000 0.1281 0.8719
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 373 105 268 0 0 5 0 100 0 0 264 0 4 0.0000 0.0000 0.0149 20.000 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 728 238 490 17 0 8 0 213 0 0 490 0 0 0.0714 0.0000 0.0000 28.750 0.00 1.10 -1.10 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.7690 0.2310
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 229 100 129 0 0 1 5 94 0 0 129 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 94.000 2.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0786 0.9214 2 2 0.0000 0.0822 0.9178 2 2 0.0000 0.0875 0.9125
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 229 103 126 3 2 91 3 4 0 0 126 0 0 0.0291 0.0000 0.0000 11.000 0.33 2.00 -1.67 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 1 0.0000 0.8235 0.1765 2 1 0.0000 0.5612 0.4388
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 605 141 464 11 0 0 0 130 0 0 462 0 2 0.0780 0.0000 0.0043 141.000 0.27 4.29 -4.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9834 0.0166 2 1 0.0000 0.7147 0.2853
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 1141 294 847 272 1 16 0 5 0 0 847 0 0 0.9252 0.0000 0.0000 17.312 0.24 1.00 -0.76 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2245 0.7755 0.0000 0 0 0.9676 0.0324 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1590 363 1227 195 0 4 0 164 0 0 1220 0 7 0.5372 0.0000 0.0057 89.750 0.10 5.86 -5.76 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4883 0.4662 0.0455 1 0 0.4835 0.4672 0.0494 1 0 0.4765 0.4686 0.0549
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1070 264 806 150 0 4 0 110 0 0 806 0 0 0.5682 0.0000 0.0000 65.000 0.77 1.60 -0.83 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7145 0.2718 0.0137 1 0 0.7027 0.2816 0.0157 1 0 0.6863 0.2950 0.0187
chr11 5200208 TAAAG T 0.500000 0.050 1 -4 2 603 132 471 72 0 2 0 58 0 0 469 1 1 0.5455 0.0000 0.0042 65.000 0.32 4.79 -4.47 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3842 0.4986 0.1172 1 1 0.3801 0.4986 0.1213 1 1 0.3745 0.4985 0.1270
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 879 266 613 213 2 46 1 4 0 0 613 0 0 0.8008 0.0000 0.0000 4.783 3.07 18.00 -14.93 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1178 0.8822 0.0000 0 0 0.8933 0.1067 0.0000 0 0 0.9662 0.0338 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 694 124 570 0 0 13 0 111 0 0 554 0 16 0.0000 0.0000 0.0281 8.538 9.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr11 6795057 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 759 140 619 130 2 5 0 3 0 0 619 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 26.800 0.12 1.67 -1.54 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1715 0.8285 0.0000 0 0 0.7770 0.2230 0.0000 0 0 0.8855 0.1145 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 257 128 129 0 0 16 3 109 0 0 128 0 1 0.0000 0.0000 0.0078 7.000 3.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 599 142 457 13 1 43 0 85 0 0 437 0 20 0.0915 0.0000 0.0438 2.302 6.54 8.98 -2.44 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.9358 0.0642
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 599 142 457 14 0 51 1 76 0 0 438 0 19 0.0986 0.0000 0.0416 1.784 6.29 9.26 -2.98 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9469 0.0531
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 599 167 432 116 0 40 1 10 0 0 432 0 0 0.6946 0.0000 0.0000 3.175 6.55 7.90 -1.35 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0126 0.9874 0.0000 0 1 0.2207 0.7793 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 197 73 124 34 0 2 1 36 0 0 124 0 0 0.4658 0.0000 0.0000 35.000 0.24 3.22 -2.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2074 0.5192 0.2735 1 1 0.2092 0.5177 0.2730 1 1 0.2117 0.5159 0.2724
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 189 105 84 100 0 0 0 5 0 0 84 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 105.000 0.40 3.40 -3.00 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.2946 0.7054 0.0000 0 0 0.6316 0.3684 0.0000
chr11 34632610 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 106 58 48 54 0 0 0 4 0 0 48 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 58.000 0.19 1.00 -0.81 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0059 0.9941 0.0000 0 1 0.2086 0.7914 0.0000 0 1 0.4527 0.5473 0.0000
chr11 44309737 TGCTGCGGCTGCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 496 107 389 51 0 4 1 51 0 1 388 0 0 0.4766 0.0000 0.0026 25.500 0.51 10.69 -10.18 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2361 0.5316 0.2323 1 1 0.2373 0.5292 0.2335 1 1 0.2387 0.5262 0.2351
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 800 258 542 124 0 10 1 123 0 0 539 0 3 0.4806 0.0000 0.0055 24.800 0.12 3.21 -3.09 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1819 0.5734 0.2447 1 1 0.1855 0.5679 0.2466 1 1 0.1900 0.5610 0.2489
chr11 54603834 GGACCCCAGTGATGGGCTGGCAGTGATGGT G 0.500000 0.050 1 -29 5 465 126 339 75 1 4 0 46 0 0 331 0 8 0.5952 0.0000 0.0236 30.500 0.19 22.28 -22.10 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5253 0.4151 0.0597 1 0 0.5161 0.4202 0.0638 1 0 0.5037 0.4268 0.0695
chr11 55343758 G GCA 0.500000 0.050 1 2 2 810 195 615 179 0 3 3 10 0 2 610 1 2 0.9179 0.0000 0.0081 64.000 1.12 12.60 -11.48 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.2094 0.7906 0.0000
chr11 55555134 CTCTCTGAGAACACACAGTTCTGAAG C 0.500000 0.050 1 -25 1 571 131 440 81 0 1 0 49 0 0 425 0 15 0.6183 0.0000 0.0341 130.000 0.14 21.63 -21.50 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4512 0.4648 0.0840 1 1 0.4447 0.4669 0.0883 1 1 0.4360 0.4697 0.0943
chr11 55572294 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 403 97 306 52 0 1 0 44 0 0 306 0 0 0.5361 0.0000 0.0000 96.000 1.63 2.14 -0.50 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5103 0.1528 1 1 0.3343 0.5094 0.1563 1 1 0.3307 0.5084 0.1609
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1459 345 1114 0 0 5 2 338 0 0 1105 0 9 0.0000 0.0000 0.0081 68.000 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 704 155 549 79 0 0 0 76 0 0 549 0 0 0.5097 0.0000 0.0000 155.000 0.33 1.14 -0.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2613 0.5445 0.1942 1 1 0.2619 0.5411 0.1969 1 1 0.2626 0.5369 0.2004
chr11 59503626 TACTC T 0.500000 0.050 1 -4 2 468 121 347 116 0 1 0 4 0 0 347 0 0 0.9587 0.0000 0.0000 120.000 0.30 4.50 -4.20 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 0 0.5472 0.4528 0.0000 0 0 0.7849 0.2151 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 69 38 31 21 0 0 0 17 0 0 31 0 0 0.5526 0.0000 0.0000 38.000 0.14 2.06 -1.92 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2948 0.5067 0.1985 1 1 0.2933 0.5062 0.2005 1 1 0.2913 0.5056 0.2031
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.050 1 15 1 654 181 473 79 3 45 2 52 0 0 460 1 12 0.4365 0.0000 0.0275 2.978 0.34 8.27 -7.93 45 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4251 0.4804 0.0946 1 1 0.4196 0.4815 0.0989 1 1 0.4122 0.4830 0.1048
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 246 92 154 43 0 15 1 33 0 0 154 0 0 0.4674 0.0000 0.0000 5.133 0.35 3.27 -2.92 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3548 0.4995 0.1457 1 1 0.3512 0.4995 0.1492 1 1 0.3465 0.4995 0.1540
chr11 62614650 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 681 148 533 66 0 1 0 81 0 1 531 0 1 0.4459 0.0000 0.0038 147.000 0.15 1.28 -1.13 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0957 0.4823 0.4220 1 1 0.1001 0.4833 0.4167 1 1 0.1060 0.4846 0.4094
chr11 63382198 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 166 59 107 39 9 4 1 6 0 0 106 0 1 0.6610 0.0000 0.0093 13.500 0.51 2.33 -1.82 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0259 0.9741 0.0000 0 1 0.1699 0.8301 0.0000
chr11 65557854 CCAGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 3 249 82 167 41 1 7 0 33 0 0 165 0 2 0.5000 0.0000 0.0120 10.714 0.56 8.82 -8.26 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3267 0.5090 0.1643 1 1 0.3242 0.5083 0.1675 1 1 0.3209 0.5074 0.1716
chr11 65636776 ACCTCAGCCTCAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 573 113 460 54 0 15 0 44 0 0 448 0 12 0.4779 0.0000 0.0261 6.533 0.41 11.86 -11.46 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2108 0.5323 0.2569 1 1 0.2128 0.5299 0.2573 1 1 0.2153 0.5268 0.2578
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 845 184 661 99 0 29 1 55 0 0 638 0 23 0.5380 0.0000 0.0348 5.345 0.21 7.05 -6.84 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4847 0.4482 0.0671 1 0 0.4775 0.4512 0.0713 1 0 0.4677 0.4551 0.0772
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 950 256 694 148 0 78 0 30 0 0 666 0 28 0.5781 0.0000 0.0403 2.282 0.15 16.93 -16.78 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9707 0.0292 0.0001 1 0 0.9660 0.0338 0.0002 1 0 0.9587 0.0410 0.0003
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 899 242 657 0 0 3 1 238 0 0 654 1 2 0.0000 0.0000 0.0046 79.667 2.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 699 139 560 0 0 14 1 124 0 0 559 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 8.929 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0403 0.9597 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0465 0.9535
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 426 168 258 95 0 4 0 69 0 0 254 0 4 0.5655 0.0000 0.0155 41.000 0.25 16.20 -15.95 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5152 0.4263 0.0585 1 0 0.5068 0.4306 0.0626 1 0 0.4954 0.4362 0.0683
chr11 77214658 G GCCATGAGCAAACAGCGGGGCT 0.500000 0.050 1 21 1 528 122 406 98 1 19 0 4 0 0 404 0 2 0.8033 0.0000 0.0049 5.421 0.29 16.00 -15.71 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1728 0.8272 0.0000 0 0 0.5358 0.4642 0.0000
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 690 219 471 108 1 8 0 102 0 0 468 0 3 0.4932 0.0000 0.0064 30.143 0.32 4.51 -4.19 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2660 0.5596 0.1745 1 1 0.2669 0.5551 0.1780 1 1 0.2680 0.5495 0.1825
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 907 113 794 101 1 2 0 9 0 0 794 0 0 0.8938 0.0000 0.0000 55.500 0.30 1.67 -1.37 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 1 0.2895 0.7105 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1304 354 950 15 1 81 9 248 1 0 947 1 1 0.0424 0.0011 0.0032 3.333 0.80 7.53 -6.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 2 0.0000 0.4458 0.5542
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 755 257 498 0 0 41 1 215 0 0 496 1 1 0.0000 0.0000 0.0040 5.375 9.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0053 0.9947
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 343 117 226 60 0 5 0 52 0 0 226 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 22.400 0.50 6.29 -5.79 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3336 0.5151 0.1513 1 1 0.3312 0.5140 0.1548 1 1 0.3279 0.5125 0.1596
chr11 125495476 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 813 288 525 3 0 1 0 284 0 0 525 0 0 0.0104 0.0000 0.0000 287.000 0.33 1.74 -1.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0935 0.9065 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 425 132 293 14 45 19 3 51 0 0 290 2 1 0.1061 0.0000 0.0102 5.895 0.21 3.29 -3.08 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2661 0.5324 0.2015 1 1 0.2662 0.5300 0.2038 1 1 0.2663 0.5269 0.2068
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 425 135 290 62 8 15 2 48 0 0 286 1 3 0.4593 0.0000 0.0138 7.933 2.40 3.62 -1.22 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4498 0.4623 0.0880 1 1 0.4431 0.4646 0.0923 1 1 0.4341 0.4677 0.0982
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 173 95 78 44 0 1 0 50 0 0 78 0 0 0.4632 0.0000 0.0000 94.000 0.18 2.50 -2.32 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1716 0.5179 0.3106 1 1 0.1746 0.5165 0.3089 1 1 0.1786 0.5148 0.3066
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 357 91 266 53 0 3 0 35 0 0 265 0 1 0.5824 0.0000 0.0038 29.333 0.72 2.80 -2.08 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5736 0.3844 0.0420 1 0 0.5667 0.3891 0.0443 1 0 0.5573 0.3952 0.0474
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 358 113 245 110 0 0 0 3 1 0 244 0 0 0.9735 0.0041 0.0041 113.000 1.62 1.00 0.62 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0795 0.9205 0.0000 0 0 0.5903 0.4097 0.0000 0 0 0.7639 0.2361 0.0000
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 514 152 362 60 4 31 3 54 0 1 358 0 3 0.3947 0.0000 0.0110 3.903 0.35 3.04 -2.69 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3237 0.5230 0.1533 1 1 0.3231 0.5210 0.1559 1 1 0.3222 0.5185 0.1594
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 575 128 447 121 0 3 0 4 0 0 447 0 0 0.9453 0.0000 0.0000 41.667 0.18 3.00 -2.82 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1742 0.8258 0.0000 0 0 0.9005 0.0995 0.0000 0 0 0.9644 0.0356 0.0000
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 582 129 453 123 0 2 0 4 0 0 453 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 63.500 0.19 3.00 -2.81 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1771 0.8229 0.0000 0 0 0.9045 0.0955 0.0000 0 0 0.9660 0.0340 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 414 154 260 1 0 28 16 109 0 0 259 0 1 0.0065 0.0000 0.0038 4.500 3.00 3.15 -0.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1324 0.8676 2 2 0.0000 0.0639 0.9361 2 2 0.0000 0.0531 0.9469
chr12 7715294 CTGT C 0.000299 0.050 1 -3 1 272 89 183 45 0 1 0 43 0 0 182 0 1 0.5056 0.0000 0.0055 88.000 0.27 3.09 -2.83 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4850 0.5148 0.0001 1 1 0.4866 0.5132 0.0001 1 1 0.4886 0.5113 0.0001
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 4208 970 3238 940 1 12 0 17 1 0 3237 0 0 0.9691 0.0003 0.0003 79.833 0.71 4.41 -3.71 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0083 0.9917 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 234 84 150 0 0 1 2 81 0 0 145 0 5 0.0000 0.0000 0.0333 83.000 4.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0973 0.9027 2 2 0.0000 0.1012 0.8988 2 2 0.0000 0.1069 0.8931
chr12 10723069 G GGGT 0.002430 0.050 1 3 1 302 104 198 52 5 13 0 34 0 0 195 0 3 0.5000 0.0000 0.0152 7.000 0.44 3.12 -2.68 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7044 0.2953 0.0002 1 0 0.6983 0.3015 0.0003 1 0 0.6900 0.3098 0.0003
chr12 12477731 T TGCACGCTGG 0.000440 0.050 1 9 1 639 162 477 71 0 41 0 50 0 0 467 0 10 0.4383 0.0000 0.0210 2.951 0.24 7.40 -7.16 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5946 0.4053 0.0001 1 0 0.5925 0.4074 0.0001 1 0 0.5895 0.4104 0.0001
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 266 125 141 64 0 7 4 50 0 0 141 0 0 0.5120 0.0000 0.0000 16.857 0.41 4.14 -3.73 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2512 0.5513 0.1975 1 1 0.2482 0.5491 0.2027 1 1 0.2441 0.5463 0.2096
chr12 16194406 A AGAG 0.000389 0.050 1 3 2 111 60 51 29 0 3 1 27 0 0 51 0 0 0.4833 0.0000 0.0000 19.000 0.41 2.74 -2.33 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4948 0.5050 0.0002 1 1 0.4956 0.5042 0.0002 1 1 0.4967 0.5032 0.0002
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 407 87 320 45 0 1 0 41 0 0 320 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 86.000 0.33 3.73 -3.40 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3387 0.5115 0.1498 1 1 0.3380 0.5102 0.1517 1 1 0.3370 0.5087 0.1543
chr12 40482547 CCAT C 0.001528 0.050 1 -3 1 1480 276 1204 150 0 12 0 114 0 0 1203 0 1 0.5435 0.0000 0.0008 22.000 0.31 3.61 -3.30 80 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8030 0.1970 0.0000 1 0 0.7962 0.2038 0.0000 1 0 0.7868 0.2132 0.0001
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1391 314 1077 298 1 10 0 5 0 0 1077 0 0 0.9490 0.0000 0.0000 30.400 0.23 1.00 -0.77 50 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6755 0.3245 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 200 71 129 67 0 2 0 2 0 0 129 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 34.500 0.22 1.50 -1.28 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3605 0.6395 0.0000 0 0 0.7832 0.2168 0.0000 0 0 0.8613 0.1387 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 887 205 682 6 1 19 1 178 0 1 679 0 2 0.0293 0.0000 0.0044 9.737 0.83 14.44 -13.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.6200 0.3800 2 2 0.0000 0.1873 0.8127
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 322 73 249 34 0 1 0 38 0 0 249 0 0 0.4658 0.0000 0.0000 72.000 0.12 1.47 -1.36 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2812 0.5370 0.1818 1 1 0.2841 0.5350 0.1809 1 1 0.2880 0.5323 0.1797
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 385 103 282 58 0 0 0 45 1 0 279 0 2 0.5631 0.0035 0.0106 103.000 0.31 1.07 -0.76 50 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4410 0.4670 0.0921 1 1 0.4364 0.4682 0.0954 1 1 0.4302 0.4699 0.0999
chr12 55427118 C CT 0.003326 0.050 1 1 1 438 117 321 112 0 2 0 3 0 0 321 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 57.500 0.61 2.00 -1.39 56 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9746 0.0254 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 409 73 336 40 14 11 1 7 0 0 336 0 0 0.5479 0.0000 0.0000 5.545 0.90 1.14 -0.24 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0761 0.9239 0.0000 0 1 0.3865 0.6135 0.0000
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 501 111 390 52 1 2 0 56 0 0 389 0 1 0.4685 0.0000 0.0026 54.500 0.08 4.29 -4.21 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4148 0.5816 0.0036 1 1 0.4191 0.5773 0.0036 1 1 0.4247 0.5718 0.0035
chr12 56423649 T TTCC 0.001008 0.050 1 3 1 547 150 397 60 4 26 2 58 0 0 397 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 4.654 0.32 3.48 -3.17 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5129 0.4867 0.0003 1 0 0.5138 0.4858 0.0004 1 0 0.5148 0.4848 0.0004
chr12 57225404 T TGGC 0.004341 0.050 1 3 1 576 152 424 80 0 5 1 66 1 0 420 0 3 0.5263 0.0024 0.0094 29.400 1.69 4.45 -2.77 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.4096 0.0009 1 0 0.5877 0.4114 0.0009 1 0 0.5851 0.4139 0.0009
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 348 80 268 25 0 3 0 52 0 0 266 0 2 0.3125 0.0000 0.0075 25.667 0.84 3.94 -3.10 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0482 0.3744 0.5773 1 2 0.0526 0.3836 0.5638 1 2 0.0589 0.3955 0.5456
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 133 57 76 6 0 7 0 44 0 0 76 0 0 0.1053 0.0000 0.0000 7.143 0.50 2.77 -2.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9673 0.0327 2 1 0.0000 0.8374 0.1626
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1012 301 711 0 2 20 6 273 0 0 707 0 4 0.0000 0.0000 0.0056 13.850 3.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 130 67 63 54 3 5 0 5 0 0 63 0 0 0.8060 0.0000 0.0000 12.400 0.02 1.20 -1.18 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.2697 0.7303 0.0000 0 0 0.6051 0.3949 0.0000
chr12 101162014 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 147 69 78 39 1 1 0 28 0 0 78 0 0 0.5652 0.0000 0.0000 68.000 0.13 1.11 -0.98 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3990 0.4792 0.1219 1 1 0.3936 0.4806 0.1258 1 1 0.3864 0.4824 0.1312
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 12 1 435 110 325 76 0 30 0 4 1 0 323 0 1 0.6909 0.0031 0.0062 2.667 0.58 6.75 -6.17 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.1920 0.8080 0.0000 0 1 0.4976 0.5024 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 428 116 312 54 2 7 2 51 0 0 310 0 2 0.4655 0.0000 0.0064 15.571 0.80 3.24 -2.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2453 0.5335 0.2213 1 1 0.2461 0.5310 0.2229 1 1 0.2472 0.5278 0.2250
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1732 413 1319 231 7 72 7 96 1 0 1285 2 31 0.5593 0.0008 0.0258 4.694 0.66 4.31 -3.65 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9808 0.0191 0.0000 1 0 0.9775 0.0224 0.0001 1 0 0.9723 0.0276 0.0001
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1697 493 1204 267 5 90 0 131 2 8 1139 2 53 0.5416 0.0017 0.0540 4.444 1.02 18.02 -17.00 79 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9695 0.0304 0.0001 1 0 0.9651 0.0348 0.0001 1 0 0.9583 0.0415 0.0002
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 563 149 414 140 2 4 0 3 0 0 414 0 0 0.9396 0.0000 0.0000 36.250 0.17 9.00 -8.83 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2101 0.7899 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000 0 0 0.9079 0.0921 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 624 170 454 0 1 28 9 132 0 0 452 2 0 0.0000 0.0000 0.0044 5.259 3.83 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0350 0.9650 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0376 0.9624
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 256 151 105 0 0 0 0 151 0 0 105 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 151.000 2.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0261 0.9739
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 215 90 125 82 0 6 0 2 0 0 125 0 0 0.9111 0.0000 0.0000 14.000 0.17 6.00 -5.83 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2317 0.7683 0.0000 0 0 0.6658 0.3342 0.0000 0 0 0.7730 0.2270 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 357 97 260 0 0 14 0 83 0 0 252 0 8 0.0000 0.0000 0.0308 5.929 5.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0920 0.9080 2 2 0.0000 0.0959 0.9041 2 2 0.0000 0.1015 0.8985
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 309 67 242 0 0 5 0 62 0 0 231 0 11 0.0000 0.0000 0.0455 12.400 11.84 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 753 255 498 232 1 17 0 5 0 0 498 0 0 0.9098 0.0000 0.0000 13.941 0.25 2.40 -2.15 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1059 0.8941 0.0000 0 0 0.9189 0.0811 0.0000 0 0 0.9766 0.0234 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 614 149 465 72 0 9 0 68 1 0 456 0 8 0.4832 0.0022 0.0194 15.556 0.50 8.16 -7.66 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.5427 0.2623 1 1 0.1977 0.5395 0.2629 1 1 0.2011 0.5354 0.2635
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 185 74 111 6 13 30 0 25 0 0 111 0 0 0.0811 0.0000 0.0000 1.467 0.33 2.84 -2.51 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1768 0.5025 0.3207 1 1 0.1795 0.5023 0.3182 1 1 0.1830 0.5020 0.3149
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 157 53 104 28 0 7 0 18 0 0 103 0 1 0.5283 0.0000 0.0096 6.571 0.89 3.39 -2.50 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3613 0.4904 0.1484 1 1 0.3572 0.4911 0.1518 1 1 0.3517 0.4919 0.1564
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 189 50 139 0 0 3 0 47 0 0 131 0 8 0.0000 0.0000 0.0576 15.667 9.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2004 0.7996 2 2 0.0000 0.2048 0.7952 2 2 0.0000 0.2111 0.7889
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 627 179 448 81 3 24 4 67 0 0 445 0 3 0.4525 0.0000 0.0067 6.417 0.38 3.16 -2.78 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3493 0.5192 0.1316 1 1 0.3468 0.5176 0.1356 1 1 0.3432 0.5157 0.1410
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 707 177 530 92 1 25 0 59 0 0 528 0 2 0.5198 0.0000 0.0038 6.080 0.65 6.81 -6.16 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6580 0.3160 0.0260 1 0 0.6461 0.3251 0.0288 1 0 0.6297 0.3373 0.0330
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.050 1 -1 2 303 134 169 56 0 27 0 51 0 0 169 0 0 0.4179 0.0000 0.0000 3.963 0.09 1.06 -0.97 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4898 0.4800 0.0302 1 0 0.4896 0.4796 0.0308 1 0 0.4892 0.4793 0.0315
chr13 37105243 CTGT C 0.000775 0.050 1 -3 1 465 123 342 112 1 8 0 2 0 0 342 0 0 0.9106 0.0000 0.0000 14.375 0.48 3.00 -2.52 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 667 230 437 208 1 8 0 13 1 0 435 0 1 0.9043 0.0023 0.0046 27.750 0.26 12.15 -11.89 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0171 0.9829 0.0000 0 1 0.4872 0.5128 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.050 1 -3 4 426 118 308 58 0 4 0 56 0 0 306 0 2 0.4915 0.0000 0.0065 28.500 0.09 2.93 -2.84 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3774 0.5354 0.0872 1 1 0.3796 0.5327 0.0877 1 1 0.3823 0.5294 0.0883
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 671 157 514 8 2 35 3 109 0 1 501 2 10 0.0510 0.0000 0.0253 3.429 1.62 7.30 -5.68 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 1 0.0000 0.9247 0.0753
chr13 71866526 T TGCCGCCGCC 0.000826 0.050 1 9 1 671 157 514 10 6 33 10 98 0 3 501 2 8 0.0637 0.0000 0.0253 3.935 2.80 7.13 -4.33 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 461 128 333 108 2 14 1 3 0 1 332 0 0 0.8438 0.0000 0.0030 8.769 2.92 5.33 -2.42 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9754 0.0246 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 763 142 621 0 0 23 6 113 0 1 611 0 9 0.0000 0.0000 0.0161 5.130 4.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0114 0.9886
chr13 80337414 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 771 204 567 197 0 3 0 4 0 0 567 0 0 0.9657 0.0000 0.0000 67.000 0.16 1.00 -0.84 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1763 0.8237 0.0000 0 0 0.8994 0.1006 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000
chr13 99606717 AGGGCGGCGCGCGGAGCTGCGGCGGC A 0.500000 0.050 1 -25 2 167 84 83 53 0 1 0 30 0 0 82 0 1 0.6310 0.0000 0.0120 83.000 0.62 17.27 -16.64 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5375 0.4014 0.0610 1 0 0.5274 0.4075 0.0651 1 0 0.5137 0.4154 0.0708
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 481 94 387 27 1 41 3 22 1 2 377 4 3 0.2872 0.0026 0.0258 1.293 1.11 6.91 -5.80 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2324 0.5188 0.2488 1 1 0.2334 0.5173 0.2493 1 1 0.2347 0.5156 0.2498
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 595 126 469 66 3 5 0 52 1 0 467 0 1 0.5238 0.0021 0.0043 24.000 1.27 6.37 -5.09 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4471 0.4637 0.0893 1 1 0.4405 0.4660 0.0936 1 1 0.4316 0.4689 0.0995
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 285 90 195 32 2 7 0 49 0 0 195 0 0 0.3556 0.0000 0.0000 11.857 1.19 6.06 -4.87 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0979 0.4601 0.4420 1 1 0.1021 0.4627 0.4352 1 1 0.1079 0.4661 0.4260
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 269 89 180 2 0 26 0 61 0 0 178 0 2 0.0225 0.0000 0.0111 2.423 5.50 9.41 -3.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8429 0.1571 2 2 0.0000 0.4457 0.5543 2 2 0.0000 0.3171 0.6829
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 488 105 383 4 0 3 0 98 0 0 380 0 3 0.0381 0.0000 0.0078 34.000 0.50 3.19 -2.69 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.5450 0.4550 2 2 0.0000 0.2820 0.7180
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 2603 588 2015 285 0 13 1 289 0 0 2015 0 0 0.4847 0.0000 0.0000 44.154 0.68 1.55 -0.87 79 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0673 0.6397 0.2930 1 1 0.0704 0.6287 0.3009 1 1 0.0744 0.6148 0.3108
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 1191 310 881 138 0 35 1 136 0 0 881 0 0 0.4452 0.0000 0.0000 7.857 0.14 1.32 -1.19 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2391 0.5817 0.1792 1 1 0.2422 0.5756 0.1822 1 1 0.2461 0.5679 0.1860
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 488 136 352 82 0 2 0 52 0 0 346 0 6 0.6029 0.0000 0.0170 67.000 0.32 19.04 -18.72 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5876 0.3716 0.0408 1 0 0.5782 0.3778 0.0440 1 0 0.5654 0.3860 0.0486
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 662 174 488 158 0 13 0 3 0 0 488 0 0 0.9080 0.0000 0.0000 12.385 0.65 6.33 -5.68 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6146 0.3854 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.050 1 -3 1 425 94 331 44 0 4 0 46 0 0 329 0 2 0.4681 0.0000 0.0060 22.500 1.64 4.63 -2.99 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4216 0.5766 0.0019 1 1 0.4255 0.5726 0.0019 1 1 0.4306 0.5676 0.0018
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 444 113 331 39 0 7 0 67 0 0 330 0 1 0.3451 0.0000 0.0030 15.143 0.56 5.25 -4.69 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0693 0.4595 0.4712 1 1 0.0752 0.4671 0.4577 1 1 0.0836 0.4766 0.4398
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.050 1 6 2 447 114 333 43 0 10 0 61 0 0 332 0 1 0.3772 0.0000 0.0030 11.556 0.51 5.67 -5.16 19 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1826 0.6115 0.2059 1 1 0.1904 0.6095 0.2001 1 1 0.2009 0.6066 0.1925
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 659 198 461 177 2 11 0 8 0 0 461 0 0 0.8939 0.0000 0.0000 17.000 0.41 4.12 -3.71 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.8571 0.1429 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 297 59 238 40 9 5 1 4 0 0 238 0 0 0.6780 0.0000 0.0000 13.000 3.12 4.00 -0.88 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.2601 0.7399 0.0000 0 0 0.5302 0.4698 0.0000
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 305 62 243 3 0 4 3 52 0 0 243 0 0 0.0484 0.0000 0.0000 14.500 2.00 4.00 -2.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9816 0.0184 2 1 0.0000 0.7592 0.2408 2 1 0.0000 0.5750 0.4250
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 288 72 216 35 0 0 0 37 0 0 216 0 0 0.4861 0.0000 0.0000 72.000 0.40 1.27 -0.87 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4137 0.5422 0.0440 1 1 0.4162 0.5398 0.0439 1 1 0.4194 0.5368 0.0438
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 398 111 287 44 1 23 5 38 0 0 283 0 4 0.3964 0.0000 0.0139 3.826 0.39 5.21 -4.82 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3179 0.5378 0.1443 1 1 0.3203 0.5354 0.1443 1 1 0.3234 0.5323 0.1443
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 398 111 287 44 1 25 0 41 0 0 283 0 4 0.3964 0.0000 0.0139 3.440 0.32 5.41 -5.10 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3104 0.5279 0.1617 1 1 0.3118 0.5258 0.1624 1 1 0.3136 0.5232 0.1632
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 626 129 497 8 0 20 1 100 0 0 486 0 11 0.0620 0.0000 0.0221 5.450 0.75 7.08 -6.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7298 0.2702 2 2 0.0000 0.2165 0.7835
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 207 77 130 75 0 0 0 2 0 0 130 0 0 0.9740 0.0000 0.0000 77.000 0.12 3.00 -2.88 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9297 0.0703 0.0000 0 0 0.9887 0.0113 0.0000 0 0 0.9934 0.0066 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 614 150 464 0 0 22 3 125 0 0 459 0 5 0.0000 0.0000 0.0108 5.773 7.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr14 77027304 AGCG A 0.024120 0.050 1 -3 1 447 138 309 41 4 19 6 68 0 0 309 0 0 0.2971 0.0000 0.0000 6.556 1.10 4.16 -3.06 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1529 0.7774 0.0697 1 1 0.1623 0.7716 0.0661 1 1 0.1752 0.7632 0.0616
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 447 100 347 0 0 21 2 77 0 0 345 0 2 0.0000 0.0000 0.0058 3.762 6.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1697 0.8303 2 2 0.0000 0.1753 0.8247 2 2 0.0000 0.1834 0.8166
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 434 87 347 5 31 8 35 8 0 2 345 0 0 0.0575 0.0000 0.0058 18.750 0.60 2.88 -2.27 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1704 0.5122 0.3173 1 1 0.1744 0.5118 0.3138 1 1 0.1796 0.5113 0.3091
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 475 142 333 0 0 13 2 127 0 0 330 1 2 0.0000 0.0000 0.0090 9.923 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0197 0.9803 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 543 113 430 104 0 5 0 4 0 0 430 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 21.600 0.40 2.25 -1.85 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0523 0.9477 0.0000 0 0 0.7127 0.2873 0.0000 0 0 0.8831 0.1169 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 212 45 167 0 0 4 0 41 0 0 162 0 5 0.0000 0.0000 0.0299 10.250 8.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2894 0.7106 2 2 0.0000 0.2942 0.7058 2 2 0.0000 0.3008 0.6992
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.050 1 -6 2 492 76 416 5 0 6 2 63 0 0 411 0 5 0.0658 0.0000 0.0120 11.500 0.80 9.33 -8.53 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9822 0.0178 2 1 0.0000 0.9294 0.0706
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 498 78 420 7 3 30 2 36 0 0 416 0 4 0.0897 0.0000 0.0095 1.586 1.29 12.00 -10.71 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1198 0.5673 0.3129 1 1 0.1231 0.5865 0.2904 1 1 0.0757 0.7634 0.1609
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 371 83 288 0 0 17 1 65 0 0 285 2 1 0.0000 0.0000 0.0104 3.882 3.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3220 0.6780 2 2 0.0000 0.3296 0.6704 2 2 0.0000 0.3402 0.6598
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 264 69 195 36 0 5 4 24 0 0 195 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 12.800 1.42 3.88 -2.46 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4857 0.4524 0.0618 1 0 0.4827 0.4539 0.0634 1 0 0.4787 0.4559 0.0654
chr15 22786677 AGCGGCG A 0.001053 0.050 1 -6 1 264 70 194 38 1 28 0 3 0 0 194 0 0 0.5429 0.0000 0.0000 1.640 1.26 7.00 -5.74 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9485 0.0515 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.050 1 -4 5 265 49 216 27 0 2 0 20 0 0 215 0 1 0.5510 0.0000 0.0046 23.500 0.19 4.15 -3.96 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4413 0.4718 0.0869 1 1 0.4390 0.4726 0.0884 1 1 0.4358 0.4737 0.0905
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 1212 210 1002 0 0 8 1 201 0 2 937 47 16 0.0000 0.0000 0.0649 25.125 4.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2817 707 2110 0 0 14 4 689 0 5 1999 34 72 0.0000 0.0000 0.0526 49.500 3.51 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30961018 A ACCT 0.000726 0.050 1 3 2 147 54 93 20 1 14 0 19 0 0 92 0 1 0.3704 0.0000 0.0108 2.857 0.25 3.16 -2.91 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4995 0.5002 0.0003 1 0 0.4999 0.4997 0.0003 1 0 0.5005 0.4992 0.0003
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 222 80 142 1 1 6 6 66 0 0 142 0 0 0.0125 0.0000 0.0000 11.500 0.00 1.91 -1.91 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8135 0.1865 2 1 0.0000 0.5498 0.4502 2 2 0.0000 0.4420 0.5580
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 666 179 487 0 0 40 2 137 0 0 483 1 3 0.0000 0.0000 0.0082 3.475 3.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0148 0.9852
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.050 1 12 4 242 89 153 36 0 10 2 41 0 0 148 0 5 0.4045 0.0000 0.0327 7.800 0.39 10.66 -10.27 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3349 0.6629 0.0022 1 1 0.3416 0.6563 0.0021 1 1 0.3505 0.6475 0.0020
chr15 35084193 TCA T 0.022764 0.050 1 -2 2 813 178 635 175 0 0 0 3 0 0 635 0 0 0.9831 0.0000 0.0000 178.000 1.06 5.67 -4.61 143 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9634 0.0366 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 431 145 286 0 0 7 0 138 0 0 285 0 1 0.0000 0.0000 0.0035 19.714 2.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0574 0.9426 2 2 0.0000 0.0613 0.9387 2 2 0.0000 0.0670 0.9330
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 537 139 398 76 2 13 1 47 0 0 394 0 4 0.5468 0.0000 0.0101 9.692 0.30 4.21 -3.91 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6447 0.3275 0.0279 1 0 0.6349 0.3348 0.0303 1 0 0.6217 0.3446 0.0338
chr15 65611120 G GTCCGTCGGCATAAACTT 0.000467 0.050 1 17 1 405 112 293 39 0 42 0 31 1 0 282 0 10 0.3482 0.0034 0.0375 1.667 0.69 11.58 -10.89 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4627 0.5370 0.0002 1 1 0.4651 0.5347 0.0002 1 1 0.4680 0.5317 0.0002
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 163 82 81 40 0 3 0 39 0 0 80 0 1 0.4878 0.0000 0.0123 26.333 0.17 3.03 -2.85 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2511 0.5244 0.2245 1 1 0.2520 0.5226 0.2254 1 1 0.2533 0.5203 0.2265
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 283 157 126 79 1 3 0 74 0 0 126 0 0 0.5032 0.0000 0.0000 51.333 0.23 3.51 -3.29 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2505 0.5493 0.2003 1 1 0.2497 0.5461 0.2042 1 1 0.2486 0.5420 0.2094
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 445 104 341 3 0 15 2 84 0 0 338 0 3 0.0288 0.0000 0.0088 5.933 0.33 4.27 -3.94 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9085 0.0915 2 2 0.0000 0.3654 0.6346 2 2 0.0000 0.2011 0.7989
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 666 114 552 103 1 6 0 4 0 0 552 0 0 0.9035 0.0000 0.0000 18.000 1.24 5.00 -3.76 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4963 0.5037 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000
chr15 82688452 CG C 0.003305 0.050 1 -1 2 653 215 438 98 0 4 0 113 0 0 438 0 0 0.4558 0.0000 0.0000 52.750 0.30 1.23 -0.93 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2667 0.7294 0.0039 1 1 0.2762 0.7200 0.0038 1 1 0.2888 0.7075 0.0037
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 436 107 329 61 0 11 1 34 0 0 326 0 3 0.5701 0.0000 0.0091 8.727 0.11 13.56 -13.44 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6807 0.3031 0.0162 1 0 0.6725 0.3100 0.0175 1 0 0.6614 0.3193 0.0193
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 350 133 217 70 0 3 0 60 0 0 217 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 65.000 0.24 3.40 -3.16 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4619 0.4680 0.0701 1 1 0.4593 0.4684 0.0723 1 1 0.4557 0.4690 0.0753
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 356 145 211 82 0 1 1 61 0 0 209 0 2 0.5655 0.0000 0.0095 143.000 0.30 2.67 -2.37 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6713 0.3281 0.0007 1 0 0.6666 0.3327 0.0007 1 0 0.6601 0.3391 0.0008
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 1257 321 936 127 8 75 4 107 0 0 936 0 0 0.3956 0.0000 0.0000 3.280 0.24 3.10 -2.86 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6840 0.3091 0.0069 1 0 0.6786 0.3139 0.0075 1 0 0.6710 0.3206 0.0084
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 790 179 611 13 8 87 5 66 1 0 595 0 15 0.0726 0.0016 0.0262 2.179 3.38 10.83 -7.45 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9907 0.0093
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 778 186 592 6 3 18 3 156 0 1 591 0 0 0.0323 0.0000 0.0017 9.765 0.67 9.42 -8.76 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7544 0.2456 2 2 0.0000 0.2221 0.7779
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 356 112 244 59 1 4 0 48 0 0 242 0 2 0.5268 0.0000 0.0082 27.000 0.46 6.83 -6.38 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0019 0.6512 0.3470 1 1 0.0018 0.6446 0.3536 1 1 0.0018 0.6359 0.3623
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 591 229 362 160 3 55 0 11 0 0 361 0 1 0.6987 0.0000 0.0028 3.164 0.84 5.00 -4.16 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8539 0.1461 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 591 234 357 169 1 49 4 11 0 0 357 0 0 0.7222 0.0000 0.0000 3.776 0.91 3.18 -2.27 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0610 0.9390 0.0000 0 0 0.7025 0.2975 0.0000
chr16 286888 C CA 0.009296 0.050 1 1 1 551 128 423 124 0 2 0 2 0 0 423 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 63.000 0.24 1.00 -0.76 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9895 0.0105 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 327 101 226 58 1 0 0 42 0 0 226 0 0 0.5743 0.0000 0.0000 101.000 0.09 2.98 -2.89 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5562 0.3962 0.0476 1 0 0.5494 0.4005 0.0501 1 0 0.5402 0.4062 0.0537
chr16 666909 TGGA T 0.000064 0.050 1 -3 2 548 121 427 62 1 1 1 56 0 0 427 0 0 0.5124 0.0000 0.0000 120.000 0.73 3.38 -2.65 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5374 0.4626 0.0000 1 0 0.5373 0.4626 0.0000 1 0 0.5371 0.4629 0.0000
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 982 207 775 58 4 67 1 77 1 0 771 0 3 0.2802 0.0013 0.0052 2.075 1.78 3.36 -1.59 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2546 0.7391 0.0064 1 1 0.2637 0.7302 0.0061 1 1 0.2759 0.7183 0.0059
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 253 81 172 0 0 1 0 80 0 0 165 0 7 0.0000 0.0000 0.0407 80.000 16.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5330 0.4670 2 1 0.0000 0.5438 0.4562 2 1 0.0000 0.5587 0.4413
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 973 208 765 101 3 4 0 100 0 1 763 0 1 0.4856 0.0000 0.0026 67.667 1.00 1.23 -0.23 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3923 0.5344 0.0733 1 1 0.3944 0.5309 0.0748 1 1 0.3969 0.5265 0.0766
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 524 103 421 0 0 0 0 103 0 0 419 1 1 0.0000 0.0000 0.0048 103.000 7.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 524 103 421 0 0 0 0 103 0 0 419 1 1 0.0000 0.0000 0.0048 103.000 7.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2768163 TTCA T 0.000974 0.050 1 -3 1 432 111 321 104 1 5 0 1 0 0 320 1 0 0.9369 0.0000 0.0031 21.000 0.83 4.00 -3.17 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 4885975 T TCCA 0.001019 0.050 1 3 2 334 92 242 85 1 3 0 3 0 0 242 0 0 0.9239 0.0000 0.0000 29.667 0.15 3.00 -2.85 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9846 0.0154 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 422 100 322 2 1 5 0 92 0 0 318 0 4 0.0200 0.0000 0.0124 18.800 0.00 3.07 -3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6315 0.3685 2 2 0.0000 0.2039 0.7961 2 2 0.0000 0.1290 0.8710
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 420 134 286 33 2 65 1 33 1 1 278 2 4 0.2463 0.0035 0.0280 1.046 2.70 4.15 -1.45 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3525 0.5477 0.0998 1 1 0.3555 0.5451 0.0994 1 1 0.3594 0.5418 0.0988
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 209 70 139 0 0 2 0 68 0 0 139 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 34.000 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 335 170 165 83 0 5 0 82 1 0 163 0 1 0.4882 0.0061 0.0121 33.000 0.42 1.07 -0.65 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4253 0.5405 0.0342 1 1 0.4283 0.5371 0.0346 1 1 0.4321 0.5328 0.0351
chr16 22534766 TTCCACCCTCAGC T 0.000774 0.050 1 -12 4 3268 240 3028 158 1 20 0 61 0 1 2974 14 39 0.6583 0.0000 0.0178 11.000 1.66 12.85 -11.19 26 1/1 0/1 . . OK 1 0 0.8715 0.1285 0.0000 1 0 0.8644 0.1356 0.0000 1 0 0.8545 0.1455 0.0000
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 685 226 459 10 0 13 0 203 0 0 458 0 1 0.0442 0.0000 0.0022 16.385 0.50 9.14 -8.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9594 0.0406 2 1 0.0000 0.5844 0.4156
chr16 28495952 TCTCAGGCGGGGAGGAGGCTGAGACAGC T 0.000535 0.050 1 -27 2 1004 243 761 112 2 35 2 92 0 0 750 1 10 0.4609 0.0000 0.0145 5.914 0.99 12.58 -11.59 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5453 0.4546 0.0001 1 0 0.5460 0.4539 0.0001 1 0 0.5466 0.4532 0.0001
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 167 91 76 3 0 5 2 81 0 0 75 0 1 0.0330 0.0000 0.0132 17.200 0.33 2.04 -1.70 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9369 0.0631 2 2 0.0000 0.4804 0.5196 2 2 0.0000 0.2890 0.7110
chr16 49396542 ACCTTCATAAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 2 254 109 145 50 0 0 1 58 0 0 140 0 5 0.4587 0.0000 0.0345 109.000 0.30 11.00 -10.70 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1043 0.4792 0.4164 1 1 0.1086 0.4805 0.4109 1 1 0.1144 0.4822 0.4034
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 930 257 673 198 8 43 0 8 0 0 673 0 0 0.7704 0.0000 0.0000 4.953 0.50 3.12 -2.62 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4345 0.5655 0.0000 0 0 0.8768 0.1232 0.0000
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 2051 462 1589 232 4 18 1 207 4 4 1564 8 9 0.5022 0.0025 0.0157 24.611 0.61 1.51 -0.90 90 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3880 0.5497 0.0622 1 1 0.3879 0.5453 0.0668 1 1 0.3871 0.5399 0.0731
chr16 71922608 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 282 135 147 112 0 21 0 2 0 0 147 0 0 0.8296 0.0000 0.0000 5.429 2.11 4.00 -1.89 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3901 0.6099 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000 0 0 0.8745 0.1255 0.0000
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 189 102 87 57 0 1 0 44 0 0 87 0 0 0.5588 0.0000 0.0000 101.000 0.18 4.00 -3.82 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4055 0.4824 0.1121 1 1 0.4002 0.4835 0.1163 1 1 0.3931 0.4850 0.1219
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 682 161 521 74 5 29 0 53 0 0 517 0 4 0.4596 0.0000 0.0077 4.552 0.41 3.51 -3.10 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5244 0.4163 0.0593 1 0 0.5153 0.4213 0.0634 1 0 0.5030 0.4279 0.0691
chr16 72957801 GCCGCCGCCGCAGCCA G 0.500000 0.050 1 -15 2 730 237 493 203 8 12 2 12 0 0 493 0 0 0.8565 0.0000 0.0000 25.000 1.95 6.33 -4.39 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0219 0.9781 0.0000 0 0 0.5027 0.4973 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 310 112 198 55 0 6 0 51 0 0 191 0 7 0.4911 0.0000 0.0354 17.667 1.16 14.10 -12.93 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1997 0.5317 0.2686 1 1 0.2020 0.5293 0.2686 1 1 0.2051 0.5263 0.2686
chr16 84236959 G GCCAGCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 641 170 471 132 0 32 0 6 0 0 470 0 1 0.7765 0.0000 0.0021 4.312 0.37 6.67 -6.30 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1950 0.8050 0.0000 0 0 0.6373 0.3627 0.0000
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 469 98 371 47 0 19 0 32 0 0 370 0 1 0.4796 0.0000 0.0027 4.158 1.94 6.12 -4.19 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4248 0.4688 0.1064 1 1 0.4185 0.4709 0.1106 1 1 0.4102 0.4736 0.1162
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 441 121 320 7 0 43 1 70 0 0 311 1 8 0.0579 0.0000 0.0281 1.814 2.14 5.74 -3.60 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9363 0.0637 2 1 0.0000 0.6616 0.3384
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 441 131 310 88 9 29 0 5 0 0 310 0 0 0.6718 0.0000 0.0000 3.643 4.47 3.00 1.47 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.2809 0.7191 0.0000 0 0 0.6161 0.3839 0.0000
chr16 88528131 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 290 116 174 105 1 5 0 5 0 0 174 0 0 0.9052 0.0000 0.0000 27.750 0.18 3.60 -3.42 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.3286 0.6714 0.0000 0 0 0.6666 0.3334 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 634 115 519 4 0 3 4 104 0 0 504 0 15 0.0348 0.0000 0.0289 37.333 0.75 7.96 -7.21 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9686 0.0314 2 2 0.0000 0.4101 0.5899 2 2 0.0000 0.1880 0.8120
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 631 111 520 4 0 3 7 97 0 0 503 5 12 0.0360 0.0000 0.0327 54.000 0.75 8.21 -7.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9692 0.0308 2 2 0.0000 0.4174 0.5826 2 2 0.0000 0.1928 0.8072
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 633 112 521 5 0 2 1 104 0 1 496 9 15 0.0446 0.0000 0.0480 55.000 0.60 8.19 -7.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.6961 0.3039 2 2 0.0000 0.3050 0.6950
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 715 162 553 67 0 6 3 86 1 0 550 0 2 0.4136 0.0018 0.0054 25.833 4.34 6.97 -2.62 37 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0555 0.4159 0.5286 1 2 0.0595 0.4208 0.5197 1 2 0.0652 0.4272 0.5076
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.050 1 4 1 712 155 557 75 9 4 3 64 0 1 554 0 2 0.4839 0.0000 0.0054 37.500 6.09 5.62 0.47 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4266 0.4801 0.0933 1 1 0.4212 0.4812 0.0976 1 1 0.4137 0.4827 0.1036
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 540 145 395 139 1 2 0 3 0 0 395 0 0 0.9586 0.0000 0.0000 71.500 0.92 3.00 -2.08 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2027 0.7973 0.0000 0 0 0.8099 0.1901 0.0000 0 0 0.9039 0.0961 0.0000
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 858 243 615 94 4 29 11 105 0 0 614 0 1 0.3868 0.0000 0.0016 7.241 0.74 3.15 -2.41 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0673 0.4620 0.4707 1 2 0.0716 0.4640 0.4644 1 1 0.0775 0.4667 0.4558
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 141 68 73 2 0 2 0 64 0 0 73 0 0 0.0294 0.0000 0.0000 33.000 0.00 3.94 -3.94 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8395 0.1605 2 2 0.0000 0.4396 0.5604 2 2 0.0000 0.3120 0.6880
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 863 202 661 174 2 11 0 15 0 0 661 0 0 0.8614 0.0000 0.0000 19.100 0.30 3.33 -3.03 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 1 0.4642 0.5358 0.0000
chr17 3433106 CCTTGCAGATA C 0.003246 0.050 1 -10 2 1070 227 843 216 0 7 0 4 0 0 843 0 0 0.9515 0.0000 0.0000 31.429 0.32 10.25 -9.93 102 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9904 0.0096 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 382 155 227 84 0 6 0 65 0 0 227 0 0 0.5419 0.0000 0.0000 24.833 0.18 1.22 -1.04 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3564 0.5265 0.1171 1 1 0.3492 0.5275 0.1233 1 1 0.3395 0.5286 0.1319
chr17 4672141 ATCC A 0.002914 0.050 1 -3 1 855 177 678 162 6 5 0 4 0 0 678 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 34.200 0.56 3.00 -2.44 76 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9715 0.0285 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 730 198 532 84 6 48 0 60 0 0 526 0 6 0.4242 0.0000 0.0113 3.125 0.20 2.97 -2.76 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4449 0.4763 0.0787 1 1 0.4351 0.4806 0.0844 1 1 0.4218 0.4859 0.0922
chr17 7848540 T TCAC 0.003062 0.050 1 3 1 1044 298 746 137 15 47 0 99 1 0 736 2 7 0.4597 0.0013 0.0134 5.319 1.02 4.01 -2.99 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8702 0.1298 0.0000 1 0 0.8630 0.1369 0.0000 1 0 0.8530 0.1470 0.0000
chr17 7848990 CCCT C 0.000015 0.050 1 -3 4 1040 239 801 122 0 5 0 112 0 0 800 0 1 0.5105 0.0000 0.0012 46.800 1.06 3.84 -2.78 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5394 0.4606 0.0000 1 0 0.5405 0.4595 0.0000 1 0 0.5417 0.4583 0.0000
chr17 12980176 G GCCAGCC 0.500000 0.050 1 6 1 287 127 160 111 0 14 0 2 0 0 160 0 0 0.8740 0.0000 0.0000 8.071 0.19 3.00 -2.81 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3844 0.6156 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 383 110 273 49 0 4 0 57 0 0 272 0 1 0.4455 0.0000 0.0037 26.500 0.67 7.79 -7.12 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1430 0.5087 0.3483 1 1 0.1467 0.5080 0.3453 1 1 0.1517 0.5071 0.3412
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 489 186 303 1 0 29 10 146 0 0 299 2 2 0.0054 0.0000 0.0132 5.414 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0836 0.9164 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0304 0.9696
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 856 247 609 120 0 23 17 87 0 0 608 1 0 0.4858 0.0000 0.0016 9.636 0.54 4.43 -3.88 66 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4631 0.4675 0.0694 1 1 0.4571 0.4692 0.0737 1 1 0.4489 0.4714 0.0797
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 855 244 611 116 20 20 12 76 0 0 611 0 0 0.4754 0.0000 0.0000 13.875 0.55 4.12 -3.57 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7755 0.2157 0.0088 1 0 0.7630 0.2267 0.0103 1 0 0.7454 0.2419 0.0126
chr17 18778544 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 822 268 554 157 3 2 1 105 0 0 553 1 0 0.5858 0.0000 0.0018 132.500 0.18 1.19 -1.01 85 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8262 0.1692 0.0045 1 0 0.8146 0.1800 0.0054 1 0 0.7980 0.1951 0.0069
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 712 155 557 87 0 4 1 63 0 0 555 0 2 0.5613 0.0000 0.0036 37.500 0.38 3.79 -3.41 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5082 0.4294 0.0625 1 0 0.4998 0.4336 0.0666 1 0 0.4886 0.4391 0.0724
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 133 62 71 30 0 1 0 31 0 0 71 0 0 0.4839 0.0000 0.0000 61.000 0.13 1.48 -1.35 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2289 0.5183 0.2527 1 1 0.2301 0.5169 0.2530 1 1 0.2315 0.5152 0.2533
chr17 34962049 TGAGGAGGAGGAG T 0.500000 0.050 1 -12 1 755 145 610 85 2 1 1 56 0 0 603 0 7 0.5862 0.0000 0.0115 144.000 0.36 10.80 -10.44 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5335 0.4116 0.0549 1 0 0.5243 0.4168 0.0589 1 0 0.5119 0.4236 0.0645
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 144 80 64 69 1 6 0 4 0 0 64 0 0 0.8625 0.0000 0.0000 12.333 0.41 1.00 -0.59 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.2801 0.7199 0.0000 0 0 0.5476 0.4524 0.0000
chr17 40818962 T TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC 0.500000 0.050 1 27 1 950 200 750 64 4 58 5 69 0 0 742 0 8 0.3200 0.0000 0.0107 2.362 2.25 8.52 -6.27 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1028 0.4901 0.4072 1 1 0.1071 0.4906 0.4023 1 1 0.1129 0.4912 0.3958
chr17 40819089 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 946 271 675 245 4 19 1 2 7 5 661 1 1 0.9041 0.0104 0.0207 13.211 2.16 16.00 -13.84 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6120 0.3880 0.0000 0 0 0.9766 0.0234 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr17 41041248 GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCACAGCAGCGTGGCTGGCAGGAGCTGGTCTCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCGCAGGTCCCACTGGTGGAGCAGCTGGGAAATCCACAGAAGCTGGTCTGA G 0.500000 0.050 1 -138 2 916 350 566 299 0 10 0 41 0 0 566 0 0 0.8543 0.0000 0.0000 34.000 1.92 2.56 -0.64 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr17 41060049 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 804 214 590 103 7 5 10 89 0 0 587 1 2 0.4813 0.0000 0.0051 206.000 1.57 2.52 -0.94 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3105 0.5458 0.1437 1 1 0.3099 0.5423 0.1478 1 1 0.3089 0.5379 0.1532
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 805 216 589 10 2 9 5 190 0 0 585 0 4 0.0463 0.0000 0.0068 23.000 0.20 2.01 -1.81 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9366 0.0634 2 2 0.0000 0.3866 0.6134
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 474 126 348 59 0 2 0 65 0 0 348 0 0 0.4683 0.0000 0.0000 62.000 0.66 1.43 -0.77 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1683 0.5270 0.3047 1 1 0.1716 0.5250 0.3035 1 1 0.1758 0.5224 0.3018
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 521 112 409 0 1 9 4 98 1 0 382 0 26 0.0000 0.0024 0.0660 11.111 7.01 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1862 0.8138 2 2 0.0000 0.0842 0.9158 2 2 0.0000 0.0687 0.9313
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 593 180 413 152 1 23 0 4 0 0 413 0 0 0.8444 0.0000 0.0000 6.826 0.41 13.00 -12.59 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0642 0.9358 0.0000 0 0 0.7506 0.2494 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1744 310 1434 168 0 3 1 138 0 0 1431 0 3 0.5419 0.0000 0.0021 102.333 0.33 3.25 -2.93 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5310 0.4285 0.0405 1 0 0.5240 0.4318 0.0442 1 0 0.5143 0.4364 0.0494
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 598 168 430 10 1 17 1 139 0 0 426 1 3 0.0595 0.0000 0.0093 8.882 0.30 3.73 -3.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9750 0.0250 2 1 0.0000 0.6436 0.3564
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 302 104 198 57 0 5 0 42 0 0 198 0 0 0.5481 0.0000 0.0000 19.800 0.05 4.57 -4.52 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4344 0.4670 0.0986 1 1 0.4280 0.4692 0.1028 1 1 0.4194 0.4720 0.1086
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 477 116 361 46 0 20 0 50 0 0 351 0 10 0.3966 0.0000 0.0277 4.800 0.43 7.16 -6.73 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1048 0.4768 0.4184 1 1 0.1090 0.4782 0.4127 1 1 0.1148 0.4802 0.4050
chr17 48724360 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 444 157 287 149 1 2 1 4 0 0 287 0 0 0.9490 0.0000 0.0000 77.000 0.42 2.75 -2.33 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0282 0.9718 0.0000 0 0 0.6290 0.3710 0.0000 0 0 0.8574 0.1426 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 891 238 653 4 0 4 1 229 0 0 644 0 9 0.0168 0.0000 0.0138 58.500 1.25 2.89 -1.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6226 0.3774 2 2 0.0000 0.0383 0.9617 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr17 55822764 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 142 80 62 79 0 0 0 1 0 0 62 0 0 0.9875 0.0000 0.0000 80.000 0.66 2.00 -1.34 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5882 0.4118 0.0000 0 0 0.7825 0.2175 0.0000 0 0 0.8208 0.1792 0.0000
chr17 57106431 GGCTTGGATAGAAATGAGGAGA G 0.500000 0.050 1 -21 3 1005 230 775 188 10 28 0 4 0 0 775 0 0 0.8174 0.0000 0.0000 7.143 1.44 7.50 -6.06 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1745 0.8255 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 373 116 257 0 0 23 1 92 0 0 255 0 2 0.0000 0.0000 0.0078 4.043 5.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0839 0.9161 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr17 58756096 G GGAACCCGAACCC 0.500000 0.050 1 12 2 373 116 257 2 3 95 4 12 0 0 255 1 1 0.0172 0.0000 0.0078 0.194 10.00 5.00 5.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0018 0.9737 0.0245 2 1 0.0005 0.8379 0.1616 2 1 0.0002 0.6761 0.3237
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 306 72 234 60 0 6 0 6 0 0 234 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 11.000 0.47 6.83 -6.37 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0740 0.9260 0.0000 0 1 0.3119 0.6881 0.0000
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 306 86 220 82 0 0 0 4 0 0 220 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 86.000 0.26 2.00 -1.74 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 1 0.3433 0.6567 0.0000 0 0 0.6176 0.3824 0.0000
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 139 69 70 60 1 3 0 5 0 0 70 0 0 0.8696 0.0000 0.0000 22.000 0.07 0.80 -0.73 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1393 0.8607 0.0000 0 1 0.4033 0.5967 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 525 106 419 0 0 6 0 100 0 0 402 0 17 0.0000 0.0000 0.0406 16.667 7.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 278 88 190 63 0 5 0 20 0 0 190 0 0 0.7159 0.0000 0.0000 16.600 0.49 1.10 -0.61 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7823 0.2066 0.0111 1 0 0.7683 0.2188 0.0129 1 0 0.6460 0.3406 0.0134
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 924 318 606 172 0 7 0 139 0 0 601 0 5 0.5409 0.0000 0.0083 44.429 0.19 2.10 -1.91 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5548 0.4101 0.0350 1 0 0.5472 0.4144 0.0384 1 0 0.5366 0.4201 0.0433
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2261 517 1744 2 6 77 18 414 0 4 1721 4 15 0.0039 0.0000 0.0132 5.618 2.50 6.94 -4.44 2 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1094 0.8906 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2171 547 1624 0 0 28 3 516 0 0 1442 25 157 0.0000 0.0000 0.1121 18.536 4.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.050 1 -15 1 340 76 264 43 1 6 0 26 0 0 260 0 4 0.5658 0.0000 0.0152 11.500 2.33 13.35 -11.02 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4236 0.4683 0.1081 1 1 0.4173 0.4704 0.1122 1 1 0.4090 0.4732 0.1179
chr18 48226 ATG A 0.000609 0.050 1 -2 2 2369 611 1758 514 1 18 0 78 1 0 1757 0 0 0.8412 0.0006 0.0006 34.824 0.48 2.54 -2.06 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 283 67 216 41 0 2 0 24 0 0 216 0 0 0.6119 0.0000 0.0000 32.500 0.73 1.42 -0.68 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5304 0.4064 0.0632 1 0 0.5225 0.4111 0.0665 1 0 0.5119 0.4172 0.0709
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.050 1 -6 4 430 114 316 57 0 3 0 54 0 0 316 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 37.000 0.54 5.69 -5.14 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5026 0.4969 0.0005 1 0 0.5037 0.4958 0.0005 1 0 0.5050 0.4944 0.0005
chr18 21452083 GCGATGACCTAGA G 0.000946 0.050 1 -12 2 384 121 263 1 0 1 0 119 0 0 248 0 15 0.0083 0.0000 0.0570 120.000 0.00 11.44 -11.44 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 1 0.0000 0.9869 0.0131 2 1 0.0000 0.9840 0.0160
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 293 123 170 0 0 6 1 116 0 0 165 1 4 0.0000 0.0000 0.0294 19.500 2.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 204 81 123 47 0 1 1 32 0 0 123 0 0 0.5802 0.0000 0.0000 79.000 0.04 4.88 -4.83 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3996 0.4819 0.1185 1 1 0.3933 0.4836 0.1231 1 1 0.3848 0.4859 0.1293
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 123 55 68 27 0 0 0 28 0 0 68 0 0 0.4909 0.0000 0.0000 55.000 0.04 3.00 -2.96 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2298 0.5165 0.2537 1 1 0.2309 0.5152 0.2539 1 1 0.2322 0.5137 0.2541
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 370 173 197 84 0 5 0 84 0 0 196 1 0 0.4855 0.0000 0.0051 33.600 0.24 3.19 -2.95 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2169 0.5511 0.2319 1 1 0.2191 0.5473 0.2336 1 1 0.2218 0.5425 0.2357
chr18 54224211 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 324 68 256 35 0 5 0 28 0 0 256 0 0 0.5147 0.0000 0.0000 12.600 0.71 4.00 -3.29 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3326 0.5038 0.1635 1 1 0.3298 0.5035 0.1667 1 1 0.3261 0.5031 0.1708
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 249 139 110 0 0 10 0 129 0 0 110 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.900 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0399 0.9601 2 2 0.0000 0.0434 0.9566
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 748 158 590 6 0 2 2 148 0 0 573 0 17 0.0380 0.0000 0.0288 78.000 0.33 13.11 -12.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 2 0.0000 0.4722 0.5278 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 344 67 277 31 2 9 2 23 0 1 273 1 2 0.4627 0.0000 0.0144 6.444 2.10 4.83 -2.73 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3227 0.5065 0.1708 1 1 0.3203 0.5060 0.1738 1 1 0.3170 0.5053 0.1776
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.050 1 4 2 348 86 262 50 0 4 0 32 0 0 255 1 6 0.5814 0.0000 0.0267 20.500 0.18 6.03 -5.85 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3806 0.4916 0.1278 1 1 0.3761 0.4922 0.1317 1 1 0.3702 0.4928 0.1370
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 348 86 262 51 0 4 1 30 0 0 255 3 4 0.5930 0.0000 0.0267 20.500 0.18 6.50 -6.32 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4084 0.4787 0.1129 1 1 0.4028 0.4801 0.1170 1 1 0.3954 0.4819 0.1226
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 155 68 87 1 0 6 0 61 0 0 85 0 2 0.0147 0.0000 0.0230 10.333 0.00 2.80 -2.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5117 0.4883 2 2 0.0000 0.2920 0.7080 2 2 0.0000 0.2426 0.7574
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 143 64 79 54 6 3 0 1 0 0 78 0 1 0.8438 0.0000 0.0127 20.333 0.06 3.00 -2.94 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1475 0.8525 0.0000 0 0 0.5359 0.4641 0.0000 0 0 0.6671 0.3329 0.0000
chr18 74556356 GTGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 143 67 76 60 0 1 0 6 0 0 76 0 0 0.8955 0.0000 0.0000 66.000 0.12 3.33 -3.22 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0740 0.9260 0.0000 0 1 0.3119 0.6881 0.0000
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 526 253 273 80 3 30 3 137 0 1 272 0 0 0.3162 0.0000 0.0037 8.185 3.36 5.41 -2.05 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0111 0.2793 0.7096 1 2 0.0133 0.2957 0.6911 1 2 0.0168 0.3180 0.6652
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.050 1 6 1 600 144 456 64 0 11 0 69 0 0 445 0 11 0.4444 0.0000 0.0241 12.091 0.75 6.04 -5.29 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2741 0.7227 0.0032 1 1 0.2829 0.7140 0.0031 1 1 0.2946 0.7024 0.0030
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 624 132 492 128 0 0 0 4 0 0 492 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 132.000 0.72 5.25 -4.53 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0841 0.9159 0.0000 0 0 0.8032 0.1968 0.0000 0 0 0.9244 0.0756 0.0000
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 317 70 247 42 0 2 1 25 1 0 244 0 2 0.6000 0.0040 0.0121 34.000 1.81 23.16 -21.35 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5793 0.3843 0.0364 1 0 0.5731 0.3887 0.0382 1 0 0.5649 0.3945 0.0405
chr19 1395488 G GCGC 0.003752 0.050 1 3 1 1001 191 810 141 3 44 0 3 0 0 810 0 0 0.7382 0.0000 0.0000 3.341 0.67 6.33 -5.66 67 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 141 46 95 32 0 1 0 13 0 0 95 0 0 0.6957 0.0000 0.0000 45.000 0.34 5.31 -4.96 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6311 0.3396 0.0292 1 0 0.6229 0.3461 0.0310 1 0 0.6110 0.3555 0.0335
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 234 127 107 123 0 1 0 3 0 0 107 0 0 0.9685 0.0000 0.0000 126.000 0.17 2.33 -2.16 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3662 0.6338 0.0000 0 0 0.9071 0.0929 0.0000 0 0 0.9561 0.0439 0.0000
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 331 69 262 46 5 16 0 2 0 0 262 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 3.312 0.57 3.50 -2.93 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7916 0.2084 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 287 96 191 0 1 8 1 86 0 0 189 0 2 0.0000 0.0000 0.0105 10.875 7.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4019 0.5981 2 2 0.0000 0.4114 0.5886 2 2 0.0000 0.4248 0.5752
chr19 2934014 CAT C 0.000001 0.050 1 -2 1 647 145 502 74 0 1 2 68 0 0 502 0 0 0.5103 0.0000 0.0000 144.000 0.57 2.28 -1.71 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5075 0.4925 0.0000 1 0 0.5088 0.4912 0.0000 1 0 0.5104 0.4896 0.0000
chr19 3613266 G GTCGCCC 0.000354 0.050 1 6 2 317 69 248 43 0 5 0 21 0 0 247 0 1 0.6232 0.0000 0.0040 12.800 1.09 4.90 -3.81 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7228 0.2772 0.0000 1 0 0.7159 0.2840 0.0000 1 0 0.7067 0.2933 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 800 193 607 144 7 39 0 3 0 0 607 0 0 0.7461 0.0000 0.0000 3.949 0.55 3.67 -3.12 60 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6662 0.3338 0.0000 0 0 0.9709 0.0291 0.0000 0 0 0.9865 0.0135 0.0000
chr19 5832066 A AG 0.000937 0.050 1 1 1 899 223 676 112 1 5 0 105 0 0 676 0 0 0.5022 0.0000 0.0000 43.600 0.47 1.17 -0.70 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5319 0.4679 0.0002 1 0 0.5331 0.4667 0.0002 1 0 0.5344 0.4654 0.0002
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 625 168 457 86 0 14 0 68 0 0 450 0 7 0.5119 0.0000 0.0153 11.000 0.69 11.54 -10.86 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4678 0.4671 0.0651 1 1 0.4652 0.4673 0.0675 1 1 0.4615 0.4678 0.0708
chr19 8906017 A AGGT 0.002480 0.050 1 3 1 376 135 241 66 0 4 0 65 0 0 239 0 2 0.4889 0.0000 0.0083 32.750 0.29 3.88 -3.59 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4461 0.5527 0.0012 1 1 0.4496 0.5492 0.0012 1 1 0.4540 0.5448 0.0012
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 288 64 224 2 0 9 0 53 0 0 213 0 11 0.0312 0.0000 0.0491 6.111 0.00 5.47 -5.47 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9176 0.0824 2 1 0.0000 0.6254 0.3746 2 2 0.0000 0.4911 0.5089
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 393 120 273 0 0 16 96 8 0 0 269 4 0 0.0000 0.0000 0.0147 6.500 3.38 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2340 0.7660 2 2 0.0000 0.2440 0.7560 2 2 0.0000 0.2582 0.7418
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 393 121 272 0 0 19 2 100 0 0 268 0 4 0.0000 0.0000 0.0147 5.667 5.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1355 0.8645 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1509 0.8491
chr19 13208877 G GGGT 0.007683 0.050 1 3 5 609 183 426 87 75 17 1 3 1 0 425 0 0 0.4754 0.0023 0.0023 9.765 0.83 3.33 -2.51 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9316 0.0684 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr19 14053768 TCGG T 0.001329 0.050 1 -3 2 433 106 327 51 1 1 0 53 0 0 323 0 4 0.4811 0.0000 0.0122 105.000 0.12 3.30 -3.18 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4053 0.5938 0.0009 1 1 0.4100 0.5891 0.0009 1 1 0.4161 0.5830 0.0009
chr19 14799631 CAGA C 0.002283 0.050 1 -3 1 737 167 570 82 0 4 0 81 0 0 568 0 2 0.4910 0.0000 0.0035 40.750 1.39 5.20 -3.81 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4365 0.5624 0.0011 1 1 0.4407 0.5581 0.0011 1 1 0.4461 0.5528 0.0011
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 548 95 453 0 0 3 0 92 0 0 451 0 2 0.0000 0.0000 0.0044 30.667 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr19 17286674 GTGTGTGTGTGTGTGTGTT G 0.001437 0.050 1 -18 1 347 77 270 28 4 14 4 27 0 0 270 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 4.357 4.11 4.96 -0.86 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4958 0.5036 0.0006 1 1 0.4966 0.5028 0.0006 1 1 0.4976 0.5018 0.0006
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 345 67 278 0 1 1 13 52 0 0 278 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 63.000 3.27 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5993 0.4007 2 1 0.0000 0.6021 0.3979 2 1 0.0000 0.6077 0.3923
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 107 43 64 3 0 2 0 38 0 0 62 0 2 0.0698 0.0000 0.0312 20.500 1.00 4.26 -3.26 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9947 0.0053 2 1 0.0000 0.9132 0.0868 2 1 0.0000 0.8165 0.1835
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 987 219 768 110 0 5 0 104 0 0 763 0 5 0.5023 0.0000 0.0065 42.800 0.21 3.12 -2.91 78 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4083 0.5564 0.0353 1 1 0.4124 0.5518 0.0358 1 1 0.4176 0.5460 0.0364
chr19 21727814 GTTTAA G 0.000004 0.050 1 -5 2 1028 200 828 108 0 6 0 86 0 0 827 0 1 0.5400 0.0000 0.0012 32.333 0.19 4.88 -4.70 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6900 0.3100 0.0000 1 0 0.6853 0.3147 0.0000 1 0 0.6787 0.3213 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 303 94 209 72 0 12 1 9 0 0 209 0 0 0.7660 0.0000 0.0000 6.750 0.33 2.78 -2.44 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.0339 0.9661 0.0000
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 568 132 436 54 0 5 0 73 0 0 434 0 2 0.4091 0.0000 0.0046 25.400 0.59 3.32 -2.72 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0272 0.3487 0.6240 1 2 0.0291 0.3543 0.6165 1 2 0.0318 0.3618 0.6063
chr19 35511476 TGCC T 0.000477 0.050 1 -3 1 586 229 357 31 110 16 7 65 0 0 357 0 0 0.1354 0.0000 0.0000 69.000 1.52 14.65 -13.13 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9305 0.0695 0.0000 1 0 0.9243 0.0757 0.0000 1 0 0.9155 0.0845 0.0000
chr19 35511483 ACTGCTGCCG A 0.000396 0.050 1 -9 2 589 234 355 40 25 6 11 152 0 0 355 0 0 0.1709 0.0000 0.0000 45.600 3.02 11.29 -8.26 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0055 0.9568 0.0377 1 1 0.0069 0.9611 0.0320 1 1 0.0091 0.9651 0.0258
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 591 211 380 25 1 16 64 105 0 0 379 0 1 0.1185 0.0000 0.0026 11.938 3.72 10.91 -7.19 7 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005
chr19 36141122 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGA 0.000083 0.050 1 18 5 503 151 352 126 2 20 0 3 2 0 349 0 1 0.8344 0.0057 0.0085 6.550 0.90 10.33 -9.43 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 38081727 GGCCACC G 0.001020 0.050 1 -6 3 668 216 452 122 0 32 1 61 0 0 450 0 2 0.5648 0.0000 0.0044 5.719 0.38 5.64 -5.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9340 0.0660 0.0000 1 0 0.9279 0.0721 0.0000 1 0 0.9192 0.0808 0.0000
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 349 94 255 47 1 5 0 41 0 1 254 0 0 0.5000 0.0000 0.0039 17.800 0.47 3.34 -2.87 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5030 0.4523 0.0447 1 0 0.5008 0.4534 0.0459 1 0 0.4977 0.4549 0.0474
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 543 135 408 119 0 14 0 2 0 0 407 0 1 0.8815 0.0000 0.0025 8.643 0.42 29.50 -29.08 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7237 0.2763 0.0000 0 0 0.9781 0.0219 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 441 128 313 1 1 2 4 120 0 0 307 0 6 0.0078 0.0000 0.0192 61.000 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3235 0.6765 2 2 0.0000 0.1627 0.8373 2 2 0.0000 0.1356 0.8644
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 226 41 185 0 0 1 35 5 0 0 185 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0945 0.9055 2 2 0.0000 0.0962 0.9038 2 2 0.0000 0.0987 0.9013
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 226 39 187 0 0 22 14 3 0 0 186 1 0 0.0000 0.0000 0.0053 1.091 1.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1259 0.8741 2 2 0.0000 0.1275 0.8725 2 2 0.0000 0.1296 0.8704
chr19 40394272 TTCC T 0.017263 0.050 1 -3 1 606 142 464 57 1 23 1 60 0 0 464 0 0 0.4014 0.0000 0.0000 5.174 0.33 3.93 -3.60 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4175 0.5725 0.0100 1 1 0.4216 0.5684 0.0099 1 1 0.4268 0.5632 0.0099
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 423 108 315 0 0 4 0 104 0 0 315 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 26.000 6.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0595 0.9405 2 2 0.0000 0.0637 0.9363
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 472 143 329 132 0 6 0 5 0 1 328 0 0 0.9231 0.0000 0.0030 22.833 0.46 2.00 -1.54 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0324 0.9676 0.0000 0 0 0.7904 0.2096 0.0000 0 0 0.9378 0.0622 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 445 132 313 130 0 0 0 2 0 0 313 0 0 0.9848 0.0000 0.0000 132.000 0.18 7.00 -6.82 74 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5854 0.4146 0.0000 0 0 0.9011 0.0989 0.0000 0 0 0.9377 0.0623 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 540 156 384 80 0 1 1 74 0 0 381 0 3 0.5128 0.0000 0.0078 154.000 0.19 3.20 -3.02 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1867 0.5538 0.2595 1 1 0.1874 0.5500 0.2626 1 1 0.1881 0.5453 0.2666
chr19 44273268 T TA 0.000227 0.050 1 1 1 509 126 383 61 1 4 0 60 0 0 380 0 3 0.4841 0.0000 0.0078 30.250 0.08 1.22 -1.13 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4472 0.5527 0.0001 1 1 0.4506 0.5493 0.0001 1 1 0.4549 0.5449 0.0001
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 561 135 426 60 0 3 1 71 0 0 425 0 1 0.4444 0.0000 0.0023 44.000 0.47 2.94 -2.48 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2334 0.6181 0.1485 1 1 0.2406 0.6138 0.1456 1 1 0.2502 0.6081 0.1417
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 264 114 150 61 0 8 0 45 0 0 150 0 0 0.5351 0.0000 0.0000 13.250 1.20 2.11 -0.91 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6552 0.3429 0.0019 1 0 0.6505 0.3475 0.0020 1 0 0.6441 0.3538 0.0021
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1261 395 866 172 0 82 0 141 0 0 833 0 33 0.4354 0.0000 0.0381 3.817 0.23 6.11 -5.89 80 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1866 0.6039 0.2095 1 1 0.1909 0.5963 0.2128 1 1 0.1965 0.5867 0.2168
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 304 80 224 41 0 21 1 17 0 0 212 0 12 0.5125 0.0000 0.0536 2.810 0.49 13.76 -13.28 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5725 0.4048 0.0227 1 0 0.5686 0.4079 0.0235 1 0 0.5634 0.4120 0.0246
chr19 47379900 T TGGA 0.000410 0.050 1 3 1 244 100 144 83 2 12 0 3 0 0 143 0 1 0.8300 0.0000 0.0069 7.333 0.19 3.00 -2.81 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9680 0.0320 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 49153600 T TTCC 0.000490 0.050 1 3 1 426 86 340 44 3 5 0 34 0 0 340 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 16.200 0.86 4.53 -3.67 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6277 0.3722 0.0001 1 0 0.6239 0.3761 0.0001 1 0 0.6186 0.3813 0.0001
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 979 231 748 91 4 51 66 19 0 2 741 3 2 0.3939 0.0000 0.0094 3.653 0.69 3.47 -2.78 23 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3728 0.5194 0.1078 1 1 0.3722 0.5171 0.1108 1 1 0.3711 0.5142 0.1147
chr19 49423273 C CCAG 0.003387 0.050 1 3 1 297 134 163 57 1 14 0 62 0 0 162 1 0 0.4254 0.0000 0.0061 8.571 0.23 2.98 -2.76 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4009 0.5969 0.0022 1 1 0.4059 0.5919 0.0022 1 1 0.4123 0.5855 0.0022
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 539 133 406 0 0 25 1 107 0 2 399 1 4 0.0000 0.0000 0.0172 4.280 6.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2471 0.7529 2 2 0.0000 0.1830 0.8170 2 2 0.0000 0.1598 0.8402
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 645 221 424 104 1 49 0 67 0 0 424 0 0 0.4706 0.0000 0.0000 3.510 0.40 10.39 -9.98 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8258 0.1722 0.0020 1 0 0.8173 0.1803 0.0023 1 0 0.8056 0.1916 0.0028
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 671 140 531 4 1 7 127 1 0 0 526 5 0 0.0286 0.0000 0.0094 26.000 0.00 3.00 -3.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9895 0.0105 2 2 0.0000 0.4838 0.5162 2 2 0.0000 0.1921 0.8079
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 671 143 528 1 0 6 3 133 0 0 523 0 5 0.0070 0.0000 0.0095 22.833 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2206 0.7794 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 2 2 0.0000 0.0868 0.9132
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 526 105 421 53 0 5 0 47 0 0 418 0 3 0.5048 0.0000 0.0071 20.000 0.15 5.68 -5.53 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4999 0.4952 0.0049 1 0 0.5008 0.4942 0.0049 1 0 0.5019 0.4931 0.0050
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 553 155 398 67 0 8 10 70 0 0 394 0 4 0.4323 0.0000 0.0101 18.375 0.40 2.90 -2.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0542 0.4249 0.5209 1 2 0.0571 0.4276 0.5153 1 2 0.0611 0.4313 0.5076
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 218 92 126 5 0 6 0 81 0 0 125 0 1 0.0543 0.0000 0.0079 14.333 0.00 2.09 -2.09 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9942 0.0058 2 1 0.0000 0.5894 0.4106 2 2 0.0000 0.2569 0.7431
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.050 1 -3 1 1058 228 830 125 1 2 0 100 0 0 826 0 4 0.5482 0.0000 0.0048 113.000 0.42 3.21 -2.79 87 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6907 0.3092 0.0001 1 0 0.6862 0.3136 0.0001 1 0 0.6801 0.3198 0.0001
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1425 317 1108 0 0 5 1 311 0 0 1106 1 1 0.0000 0.0000 0.0018 62.400 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 655 161 494 2 3 20 1 135 0 0 494 0 0 0.0124 0.0000 0.0000 10.071 3.50 2.12 1.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7122 0.2878 2 2 0.0000 0.1702 0.8298 2 2 0.0000 0.0769 0.9231
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 719 152 567 87 0 5 1 59 0 0 565 0 2 0.5724 0.0000 0.0035 29.400 0.44 3.76 -3.33 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5850 0.3738 0.0412 1 0 0.5751 0.3803 0.0446 1 0 0.5618 0.3888 0.0494
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 444 104 340 43 0 20 1 40 0 0 330 1 9 0.4135 0.0000 0.0294 4.200 0.88 8.22 -7.34 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1539 0.5101 0.3360 1 1 0.1574 0.5093 0.3333 1 1 0.1620 0.5083 0.3297
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 612 132 480 0 0 20 0 112 0 1 442 0 37 0.0000 0.0000 0.0792 5.600 19.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0068 0.9932 2 2 0.0000 0.0060 0.9940
chr19 55518174 C CATCCCACCATGACTGCTG 0.004924 0.050 1 18 1 840 202 638 116 4 10 16 56 0 3 613 4 18 0.5743 0.0000 0.0392 21.222 3.44 9.45 -6.01 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7607 0.2391 0.0002 1 0 0.7543 0.2455 0.0002 1 0 0.7454 0.2543 0.0003
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 805 249 556 6 0 37 9 197 0 0 546 0 10 0.0241 0.0000 0.0180 5.861 0.00 4.56 -4.56 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9945 0.0055 2 2 0.0000 0.3833 0.6167 2 2 0.0000 0.1089 0.8911
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 525 98 427 0 0 5 1 92 0 0 418 1 8 0.0000 0.0000 0.0211 18.600 3.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0630 0.9370 2 2 0.0000 0.0661 0.9339 2 2 0.0000 0.0705 0.9295
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 341 118 223 55 0 4 0 59 0 0 223 0 0 0.4661 0.0000 0.0000 28.500 0.18 2.07 -1.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1652 0.5243 0.3105 1 1 0.1676 0.5222 0.3102 1 1 0.1707 0.5197 0.3096
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 91 43 48 23 0 1 0 19 0 0 48 0 0 0.5349 0.0000 0.0000 42.000 0.22 6.84 -6.62 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2361 0.5186 0.2453 1 1 0.2348 0.5176 0.2476 1 1 0.2330 0.5163 0.2507
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 407 101 306 56 0 4 0 41 0 0 304 1 1 0.5545 0.0000 0.0065 24.250 1.04 3.59 -2.55 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6056 0.3816 0.0128 1 0 0.6014 0.3852 0.0134 1 0 0.5958 0.3901 0.0142
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 654 217 437 210 1 3 1 2 0 0 437 0 0 0.9677 0.0000 0.0000 71.333 0.13 10.00 -9.87 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7783 0.2217 0.0000 0 0 0.9770 0.0230 0.0000 0 0 0.9885 0.0115 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 654 224 430 210 3 9 1 1 0 0 430 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 23.778 0.12 12.00 -11.88 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9582 0.0418 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 658 220 438 208 2 2 0 8 0 0 438 0 0 0.9455 0.0000 0.0000 109.000 0.18 8.12 -7.95 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.6010 0.3990 0.0000 0 0 0.9331 0.0669 0.0000
chr20 3785200 T TTCC 0.003046 0.050 1 3 4 510 90 420 74 1 12 1 2 0 0 420 0 0 0.8222 0.0000 0.0000 6.500 0.89 6.00 -5.11 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9669 0.0331 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr20 3785245 TTCC T 0.001133 0.050 1 -3 1 513 124 389 109 3 4 0 8 0 0 389 0 0 0.8790 0.0000 0.0000 30.000 0.60 4.00 -3.40 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0306 0.9694 0.0000 0 0 0.9852 0.0148 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.050 1 -24 4 846 260 586 232 2 21 0 5 0 0 586 0 0 0.8923 0.0000 0.0000 11.381 0.37 5.80 -5.43 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9166 0.0834 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 232 90 142 3 0 1 0 86 0 0 142 0 0 0.0333 0.0000 0.0000 89.000 0.00 1.27 -1.27 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9012 0.0988 2 2 0.0000 0.3538 0.6462 2 2 0.0000 0.1935 0.8065
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 676 203 473 101 0 4 0 98 0 0 470 0 3 0.4975 0.0000 0.0063 49.750 0.24 5.59 -5.35 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2415 0.5614 0.1971 1 1 0.2440 0.5568 0.1992 1 1 0.2472 0.5510 0.2018
chr20 31605404 GCAGCAC G 0.000501 0.050 1 -6 2 392 105 287 100 0 2 0 3 0 0 285 1 1 0.9524 0.0000 0.0070 51.500 0.64 5.00 -4.36 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9060 0.0940 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 33037687 AG A 0.000600 0.050 1 -1 1 248 119 129 115 0 0 0 4 0 0 128 0 1 0.9664 0.0000 0.0078 119.000 0.12 2.00 -1.88 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8974 0.1026 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 577 168 409 82 0 12 0 74 0 0 407 0 2 0.4881 0.0000 0.0049 13.000 0.49 12.86 -12.38 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5245 0.4745 0.0010 1 0 0.5253 0.4737 0.0010 1 0 0.5261 0.4729 0.0010
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 435 147 288 0 3 1 0 143 0 0 276 0 12 0.0000 0.0000 0.0417 143.000 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0168 0.9832 2 2 0.0000 0.0169 0.9831 2 2 0.0000 0.0176 0.9824
chr20 41361519 G GCTGAAGTTTCTGGGCTGTGTC 0.000578 0.050 1 21 1 717 160 557 72 0 20 0 68 0 0 557 0 0 0.4500 0.0000 0.0000 7.000 0.26 9.12 -8.85 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5064 0.4934 0.0002 1 0 0.5078 0.4920 0.0002 1 0 0.5093 0.4905 0.0002
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 938 289 649 121 0 44 13 111 0 0 644 1 4 0.4187 0.0000 0.0077 5.568 0.18 3.29 -3.11 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1050 0.5380 0.3570 1 1 0.1084 0.5343 0.3573 1 1 0.1128 0.5297 0.3574
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 562 286 276 118 4 40 108 16 0 0 275 1 0 0.4126 0.0000 0.0036 6.105 0.33 4.06 -3.73 56 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3914 0.5196 0.0890 1 1 0.3913 0.5168 0.0918 1 1 0.3908 0.5135 0.0957
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.050 1 -3 1 563 281 282 120 7 12 11 131 0 0 282 0 0 0.4270 0.0000 0.0000 22.909 0.23 3.28 -3.06 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2666 0.7273 0.0061 1 1 0.2766 0.7175 0.0060 1 1 0.2897 0.7045 0.0058
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 211 31 180 0 0 5 0 26 0 0 173 1 6 0.0000 0.0000 0.0389 5.200 5.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 274 159 115 73 0 3 0 83 0 0 115 0 0 0.4591 0.0000 0.0000 52.000 0.27 2.59 -2.32 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0682 0.4735 0.4583 1 1 0.0705 0.4734 0.4561 1 1 0.0736 0.4734 0.4530
chr21 30598756 T TA 0.001158 0.050 1 1 1 223 108 115 54 0 2 0 52 0 0 115 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 53.000 0.13 1.10 -0.97 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4918 0.5077 0.0005 1 1 0.4933 0.5062 0.0005 1 1 0.4951 0.5044 0.0005
chr21 31559541 AC A 0.000554 0.050 1 -1 1 656 141 515 135 1 3 0 2 0 0 515 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 46.000 0.61 1.00 -0.39 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 745 195 550 185 0 4 0 6 0 0 550 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 47.750 0.30 5.17 -4.87 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000 0 0 0.8960 0.1040 0.0000
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 778 211 567 107 2 21 1 80 2 1 560 2 2 0.5071 0.0035 0.0123 8.952 1.24 13.79 -12.54 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6959 0.2913 0.0128 1 0 0.6880 0.2979 0.0141 1 0 0.6771 0.3070 0.0159
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 225 101 124 6 0 5 0 90 0 0 122 0 2 0.0594 0.0000 0.0161 19.200 0.00 3.12 -3.12 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8080 0.1920 2 2 0.0000 0.4313 0.5687
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 325 50 275 0 0 3 2 45 0 0 273 1 1 0.0000 0.0000 0.0073 15.333 2.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1001 176 825 88 1 7 4 76 0 0 820 2 3 0.5000 0.0000 0.0061 28.000 0.95 3.22 -2.27 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2099 0.5639 0.2262 1 1 0.2095 0.5599 0.2306 1 1 0.2089 0.5547 0.2363
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1006 177 829 88 2 7 6 74 0 0 824 2 3 0.4972 0.0000 0.0060 28.000 0.85 3.32 -2.47 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2097 0.5641 0.2262 1 1 0.2093 0.5600 0.2306 1 1 0.2087 0.5549 0.2363
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 553 104 449 33 2 12 0 57 0 0 445 0 4 0.3173 0.0000 0.0089 10.222 5.48 13.56 -8.08 9 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0434 0.3624 0.5942 1 2 0.0468 0.3698 0.5834 1 2 0.0517 0.3794 0.5689
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 336 142 194 0 0 14 2 126 0 0 194 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.143 8.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 4635 1469 3166 1242 4 36 1 186 0 0 3152 0 14 0.8455 0.0000 0.0044 39.778 0.26 6.34 -6.07 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 212 105 107 53 1 5 1 45 0 0 106 0 1 0.5048 0.0000 0.0093 20.000 0.34 3.00 -2.66 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4515 0.4767 0.0718 1 1 0.4498 0.4768 0.0734 1 1 0.4474 0.4769 0.0756
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 791 159 632 3 0 37 0 119 0 1 610 1 20 0.0189 0.0000 0.0348 3.297 0.33 15.37 -15.04 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3701 0.6299 2 2 0.0000 0.0337 0.9663 2 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1499 519 980 209 11 67 8 224 1 1 977 0 1 0.4027 0.0010 0.0031 6.731 0.53 3.25 -2.72 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2498 0.7470 0.0032 1 1 0.2616 0.7351 0.0033 1 1 0.2773 0.7194 0.0033
chr22 27798944 G GC 0.000153 0.050 1 1 1 1507 508 999 264 21 212 7 4 0 0 999 0 0 0.5197 0.0000 0.0000 1.446 0.66 2.75 -2.09 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 27798945 T TGC 0.000131 0.050 1 2 1 1505 508 997 413 75 13 2 5 0 0 997 0 0 0.8130 0.0000 0.0000 60.250 1.57 5.20 -3.63 59 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 28800510 T TGCC 0.004563 0.050 1 3 1 350 117 233 105 1 8 0 3 0 0 233 0 0 0.8974 0.0000 0.0000 13.625 1.67 3.33 -1.67 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9592 0.0408 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr22 29489138 G GAAACAA 0.000822 0.050 1 6 2 994 222 772 198 1 17 0 6 0 0 771 0 1 0.8919 0.0000 0.0013 12.059 0.48 6.00 -5.52 118 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6641 0.3359 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr22 30428672 T TA 0.000840 0.050 1 1 2 228 68 160 66 0 0 0 2 0 0 160 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 68.000 0.42 1.00 -0.58 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 595 198 397 185 0 7 0 6 0 0 396 0 1 0.9343 0.0000 0.0025 27.286 0.55 2.00 -1.45 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.4872 0.5128 0.0000 0 0 0.8692 0.1308 0.0000
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 477 128 349 68 0 1 0 59 0 0 349 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 127.000 0.50 6.19 -5.69 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5705 0.4286 0.0009 1 0 0.5692 0.4299 0.0009 1 0 0.5673 0.4318 0.0009
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 463 228 235 109 0 43 0 76 0 0 232 1 2 0.4781 0.0000 0.0128 4.302 0.13 5.86 -5.73 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7191 0.2693 0.0115 1 0 0.7104 0.2768 0.0128 1 0 0.6983 0.2871 0.0146
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 325 171 154 149 1 16 0 5 0 0 153 0 1 0.8713 0.0000 0.0065 9.688 0.12 9.00 -8.88 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 0 0.5864 0.4136 0.0000 0 0 0.8832 0.1168 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 224 106 118 3 0 7 0 96 0 0 116 0 2 0.0283 0.0000 0.0169 14.143 1.00 4.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9578 0.0422 2 1 0.0000 0.5693 0.4307 2 2 0.0000 0.3677 0.6323
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 290 113 177 1 0 3 0 109 0 0 174 0 3 0.0088 0.0000 0.0169 36.667 0.00 2.97 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1120 0.8880 2 2 0.0000 0.0484 0.9516 2 2 0.0000 0.0393 0.9607
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 483 177 306 90 0 13 3 71 0 0 306 0 0 0.5085 0.0000 0.0000 12.615 0.13 3.06 -2.92 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5549 0.4080 0.0372 1 0 0.5501 0.4107 0.0392 1 0 0.5436 0.4144 0.0419
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1584 395 1189 381 1 6 0 7 6 0 1182 0 1 0.9646 0.0050 0.0059 64.833 2.80 8.43 -5.63 143 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0872 0.9128 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 568 107 461 0 0 10 1 96 0 0 457 0 4 0.0000 0.0000 0.0087 9.700 7.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5920 0.4080 2 1 0.0000 0.6042 0.3958 2 1 0.0000 0.6208 0.3792
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 254 120 134 58 0 27 0 35 1 0 126 0 7 0.4833 0.0075 0.0597 3.444 0.38 20.14 -19.76 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6700 0.3292 0.0008 1 0 0.6649 0.3343 0.0009 1 0 0.6579 0.3412 0.0009
chr22 46364133 CGTGCGCGAGGAT C 0.000801 0.050 1 -12 1 407 104 303 36 0 3 0 65 0 0 301 0 2 0.3462 0.0000 0.0066 33.667 1.14 11.49 -10.35 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1594 0.8378 0.0027 1 1 0.1688 0.8286 0.0026 1 1 0.1818 0.8158 0.0024
796 rows