File Info

Filename
HG03540_x_HG03579_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/52/daec24e665744f8e580ea82b327434/HG03540_x_HG03579_FF_5.features.tsv
Size
159.4 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG03540_x_HG03579_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 367 151 216 74 5 13 0 59 0 0 213 0 3 0.4901 0.0000 0.0139 10.615 0.07 2.98 -2.92 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4521 0.4637 0.0843 1 1 0.4455 0.4659 0.0886 1 1 0.4367 0.4688 0.0945
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 627 205 422 2 74 36 80 13 0 0 419 3 0 0.0098 0.0000 0.0071 4.657 2.50 3.15 -0.65 2 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0483 0.3984 0.5533 1 2 0.0521 0.4042 0.5437 1 2 0.0576 0.4118 0.5306
chr1 6469122 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 2 630 209 421 69 5 47 0 88 0 0 418 0 3 0.3301 0.0000 0.0071 3.457 1.17 5.53 -4.36 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0838 0.4714 0.4448 1 1 0.0882 0.4731 0.4388 1 1 0.0942 0.4753 0.4306
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 516 124 392 50 1 13 0 60 0 0 389 0 3 0.4032 0.0000 0.0077 8.462 0.48 3.20 -2.72 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1171 0.4917 0.3912 1 1 0.1212 0.4922 0.3866 1 1 0.1268 0.4928 0.3804
chr1 13116317 GACA G 0.500000 0.050 1 -3 2 918 225 693 211 0 9 0 5 0 0 691 0 2 0.9378 0.0000 0.0029 24.000 0.16 3.20 -3.04 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.6292 0.3708 0.0000 0 0 0.9210 0.0790 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 940 163 777 147 0 5 1 10 0 0 775 0 2 0.9018 0.0000 0.0026 31.600 0.16 3.70 -3.54 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.2145 0.7855 0.0000
chr1 22953362 TAGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 692 187 505 176 0 6 0 5 0 0 505 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 30.167 0.68 3.00 -2.32 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 0 0.7313 0.2687 0.0000 0 0 0.9138 0.0862 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 381 166 215 11 1 14 0 140 0 0 213 0 2 0.0663 0.0000 0.0093 10.857 0.00 3.04 -3.04 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 1 0.0000 0.7405 0.2595
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 344 116 228 101 0 8 0 7 0 0 228 0 0 0.8707 0.0000 0.0000 13.500 0.27 3.00 -2.73 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1012 0.8988 0.0000 0 1 0.4551 0.5449 0.0000
chr1 46533306 GAGCGCCAGCACCAGC G 0.500000 0.050 1 -15 2 559 119 440 71 0 9 0 39 0 0 435 0 5 0.5966 0.0000 0.0114 12.222 0.65 14.23 -13.58 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5970 0.3616 0.0414 1 0 0.5856 0.3695 0.0450 1 0 0.5701 0.3798 0.0501
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 652 146 506 0 1 18 0 127 0 0 506 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.056 5.57 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0465 0.9535 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0511 0.9489
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 280 109 171 4 0 13 1 91 0 1 170 0 0 0.0367 0.0000 0.0058 7.385 2.25 3.37 -1.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 1 0.0000 0.7019 0.2981 2 2 0.0000 0.3949 0.6051
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 565 129 436 71 0 18 0 40 0 0 435 0 1 0.5504 0.0000 0.0023 6.167 0.48 7.10 -6.62 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6362 0.3311 0.0328 1 0 0.6238 0.3402 0.0360 1 0 0.6070 0.3523 0.0407
chr1 55039879 ACTG A 0.500000 0.050 1 -3 2 451 142 309 117 0 11 0 14 0 0 307 0 2 0.8239 0.0000 0.0065 11.909 0.21 2.79 -2.57 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0414 0.9586 0.0000
chr1 62207344 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 618 150 468 143 0 3 0 4 0 0 468 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 49.000 1.30 4.50 -3.20 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0506 0.9494 0.0000 0 0 0.7017 0.2983 0.0000 0 0 0.8745 0.1255 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 297 93 204 48 0 7 0 38 0 0 203 1 0 0.5161 0.0000 0.0049 12.286 0.48 4.74 -4.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3561 0.5012 0.1427 1 1 0.3526 0.5010 0.1464 1 1 0.3479 0.5009 0.1513
chr1 84574315 C CGCAGCGCCA 0.500000 0.050 1 9 2 358 160 198 70 0 34 0 56 0 1 185 0 12 0.4375 0.0000 0.0657 3.706 8.90 7.70 1.20 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2629 0.5398 0.1974 1 1 0.2633 0.5368 0.1999 1 1 0.2638 0.5330 0.2032
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 358 179 179 74 0 32 0 73 0 0 178 0 1 0.4134 0.0000 0.0056 4.594 5.86 8.60 -2.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2275 0.5451 0.2275 1 1 0.2292 0.5417 0.2291 1 1 0.2313 0.5374 0.2313
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 504 165 339 150 0 13 0 2 0 0 338 0 1 0.9091 0.0000 0.0029 11.692 0.14 6.00 -5.86 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2454 0.7546 0.0000 0 0 0.8450 0.1550 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr1 92074651 C CCAT 0.500000 0.050 1 3 1 536 92 444 43 4 7 1 37 0 0 442 0 2 0.4674 0.0000 0.0045 12.000 1.05 3.41 -2.36 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3208 0.5131 0.1661 1 1 0.3187 0.5121 0.1692 1 1 0.3158 0.5108 0.1734
chr1 92182085 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 654 148 506 77 0 3 1 67 0 0 502 0 4 0.5203 0.0000 0.0079 48.333 0.32 3.52 -3.20 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2871 0.5379 0.1751 1 1 0.2868 0.5350 0.1782 1 1 0.2862 0.5314 0.1824
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 189 92 97 0 0 3 1 88 0 0 97 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 29.667 3.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 420 105 315 58 0 4 1 42 0 0 309 1 5 0.5524 0.0000 0.0190 25.000 0.45 3.14 -2.69 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3514 0.5074 0.1412 1 1 0.3483 0.5068 0.1449 1 1 0.3440 0.5060 0.1499
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 720 158 562 75 0 18 0 65 0 0 562 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 7.778 1.09 13.49 -12.40 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3578 0.5121 0.1301 1 1 0.3547 0.5111 0.1342 1 1 0.3506 0.5099 0.1396
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 742 179 563 157 10 9 0 3 0 0 563 0 0 0.8771 0.0000 0.0000 18.667 5.48 3.33 2.15 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3336 0.6664 0.0000 0 0 0.8914 0.1086 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 120 43 77 0 0 1 0 42 0 0 77 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 42.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2579 0.7421 2 2 0.0000 0.2620 0.7380 2 2 0.0000 0.2676 0.7324
chr1 146994348 ATGGAAG A 0.500000 0.050 1 -6 1 157 59 98 42 0 2 0 15 0 0 98 0 0 0.7119 0.0000 0.0000 28.500 0.48 6.87 -6.39 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6121 0.3455 0.0424 1 0 0.5996 0.3544 0.0460 1 0 0.5776 0.3717 0.0508
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 273 98 175 35 3 12 3 45 0 0 175 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 6.917 0.17 1.22 -1.05 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1370 0.4965 0.3665 1 1 0.1407 0.4967 0.3625 1 1 0.1458 0.4970 0.3572
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 224 77 147 0 0 11 0 66 0 0 129 0 18 0.0000 0.0000 0.1224 6.000 11.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr1 152776437 CAAGTGCCCCACACCG C 0.500000 0.050 1 -15 3 807 333 474 317 1 11 0 4 0 0 472 0 2 0.9520 0.0000 0.0042 29.182 0.27 13.50 -13.23 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1423 0.8577 0.0000 0 0 0.9788 0.0212 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr1 152985344 GGAGCCCTGCCACCCCAAGGTGCCT G 0.500000 0.050 1 -24 2 494 198 296 93 0 31 1 73 0 0 281 0 15 0.4697 0.0000 0.0507 5.387 1.78 16.15 -14.37 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2701 0.5502 0.1797 1 1 0.2706 0.5464 0.1829 1 1 0.2712 0.5417 0.1871
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 729 242 487 114 0 19 1 108 0 0 479 0 8 0.4711 0.0000 0.0164 12.389 0.72 6.40 -5.68 82 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1881 0.5680 0.2439 1 1 0.1914 0.5629 0.2457 1 1 0.1956 0.5565 0.2478
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1175 322 853 142 2 48 4 126 0 0 830 3 20 0.4410 0.0000 0.0270 5.646 2.06 10.33 -8.27 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1334 0.5698 0.2968 1 1 0.1379 0.5646 0.2975 1 1 0.1439 0.5580 0.2981
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 488 225 263 112 0 13 2 98 0 0 261 1 1 0.4978 0.0000 0.0076 16.308 0.32 7.31 -6.98 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3383 0.5359 0.1258 1 1 0.3368 0.5331 0.1301 1 1 0.3345 0.5296 0.1359
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 834 226 608 82 2 63 0 79 1 1 595 0 11 0.3628 0.0016 0.0214 2.629 5.87 7.19 -1.32 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1837 0.5492 0.2671 1 1 0.1868 0.5455 0.2677 1 1 0.1908 0.5408 0.2683
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 205 81 124 42 1 0 1 37 0 0 123 0 1 0.5185 0.0000 0.0081 81.000 1.67 1.16 0.50 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2888 0.5197 0.1915 1 1 0.2879 0.5182 0.1939 1 1 0.2866 0.5163 0.1971
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 337 85 252 0 0 1 0 84 0 0 252 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 84.000 2.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr1 156913391 GTTCCAGGCCCGCTCT G 0.500000 0.050 1 -15 2 480 126 354 57 0 2 0 67 0 1 347 0 6 0.4524 0.0000 0.0198 62.000 0.51 13.79 -13.28 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0961 0.4759 0.4281 1 1 0.1004 0.4773 0.4223 1 1 0.1063 0.4793 0.4145
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 754 149 605 75 0 2 1 71 0 0 605 0 0 0.5034 0.0000 0.0000 73.500 0.15 1.27 -1.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2627 0.5420 0.1952 1 1 0.2632 0.5389 0.1979 1 1 0.2638 0.5349 0.2013
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 316 86 230 44 0 4 0 38 0 0 230 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 20.500 0.59 1.11 -0.51 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3129 0.5142 0.1729 1 1 0.3110 0.5131 0.1759 1 1 0.3085 0.5117 0.1798
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 182 62 120 32 0 8 0 22 0 0 120 0 0 0.5161 0.0000 0.0000 6.750 0.16 4.59 -4.43 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3738 0.4871 0.1391 1 1 0.3693 0.4880 0.1427 1 1 0.3633 0.4891 0.1476
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 375 173 202 75 0 35 0 63 0 0 189 0 13 0.4335 0.0000 0.0644 3.943 0.15 10.92 -10.77 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2159 0.5457 0.2384 1 1 0.2180 0.5423 0.2397 1 1 0.2206 0.5379 0.2414
chr1 223363360 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 2 302 143 159 121 2 19 0 1 0 0 159 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 6.526 0.12 3.00 -2.88 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8120 0.1880 0.0000 0 0 0.9142 0.0858 0.0000 0 0 0.9293 0.0707 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 680 145 535 70 0 10 0 65 0 0 533 1 1 0.4828 0.0000 0.0037 13.500 0.40 8.09 -7.69 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2645 0.5390 0.1965 1 1 0.2649 0.5361 0.1991 1 1 0.2653 0.5324 0.2024
chr1 228408340 TAGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 481 132 349 66 0 7 0 59 0 0 348 0 1 0.5000 0.0000 0.0029 17.857 0.21 3.00 -2.79 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3043 0.5276 0.1681 1 1 0.3031 0.5255 0.1714 1 1 0.3015 0.5229 0.1756
chr1 230978734 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 5 336 80 256 42 0 12 0 26 0 0 251 0 5 0.5250 0.0000 0.0195 5.667 0.71 6.69 -5.98 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3830 0.4873 0.1297 1 1 0.3783 0.4882 0.1335 1 1 0.3720 0.4893 0.1387
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 155 49 106 26 0 6 0 17 0 0 106 0 0 0.5306 0.0000 0.0000 7.167 0.04 2.94 -2.90 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3621 0.4892 0.1487 1 1 0.3579 0.4899 0.1521 1 1 0.3524 0.4909 0.1567
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 237 110 127 49 1 4 0 56 0 0 126 0 1 0.4455 0.0000 0.0079 26.250 0.16 1.11 -0.94 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1590 0.5171 0.3239 1 1 0.1624 0.5157 0.3218 1 1 0.1669 0.5141 0.3190
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 661 180 481 74 2 26 2 76 0 0 477 2 2 0.4111 0.0000 0.0083 5.923 0.23 3.25 -3.02 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1665 0.5379 0.2956 1 1 0.1699 0.5350 0.2951 1 1 0.1744 0.5314 0.2942
chr1 240207539 A ACCCCCT 0.500000 0.050 1 6 2 398 99 299 53 0 9 1 36 0 0 297 0 2 0.5354 0.0000 0.0067 9.889 2.23 5.69 -3.47 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4249 0.4708 0.1043 1 1 0.4187 0.4728 0.1085 1 1 0.4105 0.4752 0.1142
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 458 132 326 121 0 6 0 5 0 0 326 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 21.000 0.59 1.20 -0.61 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0062 0.9938 0.0000 0 1 0.4134 0.5866 0.0000 0 0 0.7396 0.2604 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 666 178 488 88 1 2 0 87 0 0 483 0 5 0.4944 0.0000 0.0102 88.000 0.23 3.01 -2.78 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1913 0.5524 0.2562 1 1 0.1943 0.5485 0.2572 1 1 0.1981 0.5435 0.2584
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.050 1 -4 2 1107 259 848 141 10 17 81 10 0 0 834 5 9 0.5444 0.0000 0.0165 15.400 0.19 6.40 -6.21 9 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7819 0.2104 0.0077 1 0 0.7697 0.2213 0.0091 1 0 0.7525 0.2363 0.0112
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 934 209 725 200 0 4 0 5 0 0 725 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 51.250 1.70 1.20 0.50 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 0 0.8314 0.1686 0.0000 0 0 0.9496 0.0504 0.0000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 378 135 243 63 0 3 1 68 0 0 242 0 1 0.4667 0.0000 0.0041 44.000 1.00 4.38 -3.38 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1581 0.5259 0.3159 1 1 0.1616 0.5239 0.3144 1 1 0.1663 0.5215 0.3123
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 415 50 365 0 0 2 2 46 0 0 362 0 3 0.0000 0.0000 0.0082 24.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2172 0.7828 2 2 0.0000 0.2216 0.7784 2 2 0.0000 0.2277 0.7723
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.050 1 9 1 702 107 595 78 0 9 0 20 0 0 588 0 7 0.7290 0.0000 0.0118 10.889 0.14 9.15 -9.01 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8409 0.1536 0.0054 1 0 0.8283 0.1652 0.0065 1 0 0.8090 0.1828 0.0082
chr1 248522528 CAA C 0.500000 0.050 1 -2 3 591 154 437 151 0 2 0 1 0 0 437 0 0 0.9805 0.0000 0.0000 76.000 0.31 0.00 0.31 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8973 0.1027 0.0000 0 0 0.9550 0.0450 0.0000 0 0 0.9626 0.0374 0.0000
chr1 248626807 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 358 88 270 1 0 3 0 84 0 0 268 0 2 0.0114 0.0000 0.0074 28.333 0.00 2.76 -2.76 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3700 0.6300 2 2 0.0000 0.1895 0.8105 2 2 0.0000 0.1558 0.8442
chr1 248638622 CAGAT C 0.500000 0.050 1 -4 1 266 111 155 19 0 1 0 91 0 0 155 0 0 0.1712 0.0000 0.0000 110.000 0.95 9.88 -8.93 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9781 0.0219 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9924 0.0076
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 268 106 162 21 0 5 0 80 0 0 162 0 0 0.1981 0.0000 0.0000 20.200 1.52 10.84 -9.31 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0026 0.1090 0.8884 1 1 0.0018 0.5037 0.4944 2 1 0.0000 0.9954 0.0046
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 226 117 109 71 0 7 0 39 0 0 109 0 0 0.6068 0.0000 0.0000 15.714 0.13 3.72 -3.59 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6970 0.2818 0.0212 1 0 0.6851 0.2914 0.0235 1 0 0.6688 0.3043 0.0269
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 468 160 308 0 0 19 1 140 0 1 287 0 20 0.0000 0.0000 0.0682 7.421 8.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 541 201 340 96 0 13 0 92 0 1 337 0 2 0.4776 0.0000 0.0088 14.462 0.18 8.72 -8.54 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3445 0.5418 0.1137 1 1 0.3462 0.5382 0.1156 1 1 0.3484 0.5336 0.1181
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 412 105 307 41 0 17 2 45 0 0 303 0 4 0.3905 0.0000 0.0130 5.176 0.29 8.04 -7.75 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3199 0.6245 0.0556 1 1 0.3261 0.6193 0.0545 1 1 0.3343 0.6126 0.0532
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 201 57 144 0 0 1 0 56 0 0 143 0 1 0.0000 0.0000 0.0069 56.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1924 0.8076 2 2 0.0000 0.1969 0.8031 2 2 0.0000 0.2032 0.7968
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 333 104 229 51 0 10 0 43 0 0 226 0 3 0.4904 0.0000 0.0131 9.400 0.59 2.91 -2.32 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2969 0.5220 0.1811 1 1 0.2958 0.5204 0.1839 1 1 0.2942 0.5183 0.1875
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.050 1 -3 3 435 119 316 62 0 8 0 49 0 0 312 0 4 0.5210 0.0000 0.0127 13.875 0.45 2.67 -2.22 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3465 0.5111 0.1423 1 1 0.3437 0.5103 0.1461 1 1 0.3398 0.5091 0.1511
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 214 97 117 52 0 10 0 35 0 0 117 0 0 0.5361 0.0000 0.0000 8.700 0.08 3.11 -3.04 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4660 0.4472 0.0868 1 0 0.4583 0.4507 0.0910 1 1 0.4480 0.4551 0.0969
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 546 57 489 37 4 12 0 4 3 4 482 0 0 0.6491 0.0061 0.0143 3.583 3.19 6.25 -3.06 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0048 0.9952 0.0000 0 1 0.1832 0.8168 0.0000 0 1 0.4151 0.5849 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 408 182 226 154 3 15 1 9 0 0 226 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 11.067 0.99 2.89 -1.90 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0957 0.9043 0.0000 0 0 0.5809 0.4191 0.0000
chr2 70984816 TGCCCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 681 166 515 95 0 2 0 69 0 0 514 0 1 0.5723 0.0000 0.0019 82.000 0.95 6.71 -5.76 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5570 0.3960 0.0470 1 0 0.5473 0.4019 0.0508 1 0 0.5341 0.4096 0.0562
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 531 136 395 1 1 19 73 42 0 0 389 3 3 0.0074 0.0000 0.0152 6.444 0.00 3.69 -3.69 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2344 0.7656 2 2 0.0000 0.1064 0.8936 2 2 0.0000 0.0847 0.9153
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 532 140 392 5 1 56 4 74 0 0 389 0 3 0.0357 0.0000 0.0077 1.491 1.20 12.65 -11.45 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8111 0.1889 2 1 0.0000 0.5057 0.4943
chr2 73385903 TGGAGGAGGAGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 535 146 389 64 2 12 2 66 0 0 381 0 8 0.4384 0.0000 0.0206 11.167 3.47 12.95 -9.49 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1320 0.5141 0.3539 1 1 0.1360 0.5130 0.3510 1 1 0.1414 0.5115 0.3471
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 406 87 319 77 0 5 0 5 0 0 319 0 0 0.8851 0.0000 0.0000 16.400 0.13 3.00 -2.87 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.1915 0.8085 0.0000 0 1 0.4970 0.5030 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 869 172 697 101 0 24 0 47 1 0 664 0 32 0.5872 0.0014 0.0473 6.167 0.29 13.11 -12.82 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5255 0.4205 0.0541 1 0 0.5169 0.4250 0.0580 1 0 0.5053 0.4310 0.0637
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 403 151 252 4 0 12 3 132 0 0 251 0 1 0.0265 0.0000 0.0040 11.583 0.00 3.39 -3.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9547 0.0453 2 2 0.0000 0.3337 0.6663 2 2 0.0000 0.1448 0.8552
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 447 122 325 0 0 12 9 101 0 0 320 0 5 0.0000 0.0000 0.0154 9.167 3.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0528 0.9472 2 2 0.0000 0.0557 0.9443 2 2 0.0000 0.0601 0.9399
chr2 96123863 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 466 117 349 111 0 0 0 6 0 0 349 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 117.000 0.16 1.17 -1.00 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2200 0.7800 0.0000 0 0 0.6064 0.3936 0.0000
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 240 109 131 101 1 4 0 3 0 1 130 0 0 0.9266 0.0000 0.0076 26.000 0.18 4.00 -3.82 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0970 0.9030 0.0000 0 0 0.6328 0.3672 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 386 89 297 52 0 13 0 24 0 0 282 0 15 0.5843 0.0000 0.0505 5.846 0.29 20.12 -19.84 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4078 0.4794 0.1128 1 1 0.4024 0.4807 0.1169 1 1 0.3950 0.4825 0.1225
chr2 119367621 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 612 147 465 139 0 2 1 5 0 0 465 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 72.500 0.42 2.20 -1.78 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.3656 0.6344 0.0000 0 0 0.7524 0.2476 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 581 146 435 0 0 3 2 141 0 0 422 2 11 0.0000 0.0000 0.0299 47.333 5.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 318 135 183 115 0 16 0 4 0 0 183 0 0 0.8519 0.0000 0.0000 7.438 0.24 6.00 -5.76 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.5411 0.4589 0.0000 0 0 0.7808 0.2192 0.0000
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 533 141 392 86 0 4 1 50 0 0 390 0 2 0.6099 0.0000 0.0051 34.250 0.24 2.70 -2.46 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6661 0.3085 0.0254 1 0 0.6535 0.3182 0.0283 1 0 0.6363 0.3312 0.0325
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 229 62 167 29 7 14 4 8 0 0 167 0 0 0.4677 0.0000 0.0000 3.143 0.93 1.88 -0.94 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5696 0.3754 0.0550 1 0 0.5309 0.4131 0.0560 1 1 0.3089 0.6583 0.0328
chr2 151465127 GAAAAATGTT G 0.500000 0.050 1 -9 1 748 169 579 165 0 1 0 3 0 0 579 0 0 0.9763 0.0000 0.0000 168.000 0.67 9.00 -8.33 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3218 0.6782 0.0000 0 0 0.8875 0.1125 0.0000 0 0 0.9448 0.0552 0.0000
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 238 107 131 103 0 0 0 4 0 0 131 0 0 0.9626 0.0000 0.0000 107.000 0.19 2.00 -1.81 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0209 0.9791 0.0000 0 1 0.4706 0.5294 0.0000 0 0 0.7285 0.2715 0.0000
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 205 99 106 48 2 16 0 33 0 0 105 0 1 0.4848 0.0000 0.0094 5.188 0.79 6.70 -5.91 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4521 0.4548 0.0932 1 1 0.4448 0.4577 0.0974 1 1 0.4352 0.4616 0.1032
chr2 184936239 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 665 141 524 71 0 0 1 69 0 0 521 0 3 0.5035 0.0000 0.0057 140.000 0.06 3.74 -3.68 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2083 0.5428 0.2489 1 1 0.2106 0.5396 0.2499 1 1 0.2135 0.5355 0.2510
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 275 123 152 2 5 9 0 107 0 0 152 0 0 0.0163 0.0000 0.0000 12.111 0.00 2.88 -2.88 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7667 0.2333 2 2 0.0000 0.3188 0.6812 2 2 0.0000 0.2046 0.7954
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 237 73 164 31 8 7 0 27 0 0 164 0 0 0.4247 0.0000 0.0000 8.286 0.32 1.22 -0.90 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3815 0.4859 0.1326 1 1 0.3768 0.4869 0.1363 1 1 0.3705 0.4881 0.1414
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 469 117 352 7 1 32 5 72 0 0 350 0 2 0.0598 0.0000 0.0057 2.656 2.00 3.51 -1.51 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9648 0.0352 2 1 0.0000 0.7414 0.2586
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 238 95 143 3 0 2 0 90 0 0 143 0 0 0.0316 0.0000 0.0000 46.500 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9329 0.0671 2 2 0.0000 0.4462 0.5538 2 2 0.0000 0.2607 0.7393
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 568 173 395 1 0 34 2 136 0 0 392 0 3 0.0058 0.0000 0.0076 4.088 0.00 8.13 -8.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1284 0.8716 2 2 0.0000 0.0568 0.9432 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr2 231460718 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 641 129 512 121 1 3 0 4 1 0 511 0 0 0.9380 0.0020 0.0020 42.000 0.33 2.75 -2.42 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0312 0.9688 0.0000 0 0 0.5894 0.4106 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 362 163 199 143 0 7 5 8 0 0 199 0 0 0.8773 0.0000 0.0000 21.714 0.55 4.12 -3.58 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0510 0.9490 0.0000 0 1 0.4252 0.5748 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 394 108 286 0 1 24 42 41 0 0 285 0 1 0.0000 0.0000 0.0035 3.727 3.34 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1154 0.8846 2 2 0.0000 0.1191 0.8809 2 2 0.0000 0.1244 0.8756
chr2 240757423 ATCCTCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 394 112 282 2 1 59 2 48 0 0 282 0 0 0.0179 0.0000 0.0000 0.898 0.50 5.06 -4.56 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9478 0.0522 2 1 0.0000 0.6658 0.3342 2 2 0.0000 0.4877 0.5123
chr2 241096075 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 568 139 429 81 0 1 0 57 0 0 429 0 0 0.5827 0.0000 0.0000 138.000 0.58 7.09 -6.51 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5507 0.3980 0.0513 1 0 0.5408 0.4039 0.0552 1 0 0.5275 0.4118 0.0607
chr2 241096109 GTCATCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 595 175 420 87 2 13 0 73 0 0 420 0 0 0.4971 0.0000 0.0000 12.462 0.64 7.07 -6.42 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4324 0.4785 0.0891 1 1 0.4268 0.4797 0.0935 1 1 0.4193 0.4813 0.0995
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 408 110 298 74 0 1 0 35 0 0 298 0 0 0.6727 0.0000 0.0000 109.000 0.16 2.29 -2.12 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7389 0.2455 0.0156 1 0 0.7253 0.2570 0.0178 1 0 0.7064 0.2725 0.0211
chr2 241317535 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 203 65 138 25 5 1 18 16 0 0 135 2 1 0.3846 0.0000 0.0217 46.000 0.40 1.12 -0.72 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1988 0.5137 0.2875 1 1 0.2009 0.5127 0.2864 1 1 0.2036 0.5114 0.2850
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 468 103 365 0 1 5 0 97 0 0 360 0 5 0.0000 0.0000 0.0137 19.600 3.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0149 0.9851
chr3 9917537 G GTCTGGTCTT 0.000861 0.050 1 9 1 584 148 436 76 0 10 0 62 0 0 436 0 0 0.5135 0.0000 0.0000 13.800 0.30 7.37 -7.07 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6277 0.3722 0.0001 1 0 0.6244 0.3754 0.0001 1 0 0.6199 0.3799 0.0002
chr3 12004649 A AGCC 0.000549 0.050 1 3 1 430 97 333 76 0 17 0 4 0 0 333 0 0 0.7835 0.0000 0.0000 4.706 1.04 3.75 -2.71 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9475 0.0525 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 430 95 335 0 0 13 0 82 0 0 310 0 25 0.0000 0.0000 0.0746 6.308 11.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2276 0.7724 2 2 0.0000 0.2372 0.7628 2 2 0.0000 0.2508 0.7492
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 495 105 390 57 3 0 1 44 0 0 390 0 0 0.5429 0.0000 0.0000 105.000 0.44 4.36 -3.93 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4334 0.4685 0.0981 1 1 0.4271 0.4706 0.1024 1 1 0.4186 0.4732 0.1082
chr3 30801021 ACAT A 0.500000 0.050 1 -3 1 195 111 84 60 0 3 0 48 0 0 84 0 0 0.5405 0.0000 0.0000 36.000 0.15 2.98 -2.83 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3897 0.4913 0.1190 1 1 0.3851 0.4919 0.1231 1 1 0.3789 0.4925 0.1286
chr3 38005965 C CAA 0.500000 0.050 1 2 1 492 132 360 128 0 2 0 2 0 0 360 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 65.000 0.23 4.00 -3.77 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4896 0.5104 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 439 130 309 0 0 2 0 128 0 0 308 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 64.000 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0399 0.9601 2 2 0.0000 0.0434 0.9566
chr3 40462029 ACTGCTGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 612 266 346 148 0 25 0 93 0 0 342 1 3 0.5564 0.0000 0.0116 9.640 2.36 8.65 -6.29 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8175 0.1772 0.0053 1 0 0.8056 0.1881 0.0063 1 0 0.7886 0.2034 0.0080
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 618 210 408 67 2 54 10 77 0 0 406 0 2 0.3190 0.0000 0.0049 2.889 0.33 2.95 -2.62 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0689 0.4441 0.4869 1 2 0.0732 0.4475 0.4794 1 2 0.0791 0.4518 0.4691
chr3 44242333 T TCGTCAGACC 0.500000 0.050 1 9 1 444 188 256 88 0 12 0 88 0 0 256 0 0 0.4681 0.0000 0.0000 14.667 1.24 8.35 -7.11 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5535 0.2232 1 1 0.2252 0.5495 0.2252 1 1 0.2278 0.5445 0.2278
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 405 122 283 0 0 8 0 114 0 0 278 0 5 0.0000 0.0000 0.0177 14.250 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 310 140 170 0 0 7 0 133 0 0 168 0 2 0.0000 0.0000 0.0118 19.000 3.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0326 0.9674 2 2 0.0000 0.0348 0.9652 2 2 0.0000 0.0380 0.9620
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 475 122 353 0 1 10 14 97 0 0 353 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.000 3.21 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0680 0.9320 2 2 0.0000 0.0699 0.9301 2 2 0.0000 0.0733 0.9267
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 359 106 253 51 0 17 0 38 0 0 252 0 1 0.4811 0.0000 0.0040 5.235 0.16 5.79 -5.63 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3977 0.4841 0.1182 1 1 0.3926 0.4851 0.1223 1 1 0.3858 0.4864 0.1278
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 443 135 308 74 0 21 0 40 0 0 305 3 0 0.5481 0.0000 0.0097 5.700 0.22 10.55 -10.33 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6451 0.3243 0.0307 1 0 0.6326 0.3336 0.0338 1 0 0.6156 0.3460 0.0384
chr3 51993837 TCCTTGGCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 446 136 310 78 0 14 0 44 0 0 306 0 4 0.5735 0.0000 0.0129 9.385 0.22 9.20 -8.99 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6421 0.3272 0.0306 1 0 0.6298 0.3364 0.0338 1 0 0.6131 0.3486 0.0384
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 172 80 92 5 0 5 1 69 0 0 88 0 4 0.0625 0.0000 0.0435 15.000 0.60 6.81 -6.21 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.8197 0.1803 2 1 0.0000 0.5210 0.4790
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 230 99 131 0 0 6 0 93 0 0 128 0 3 0.0000 0.0000 0.0229 15.500 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0820 0.9180 2 2 0.0000 0.0857 0.9143 2 2 0.0000 0.0911 0.9089
chr3 63912697 G GCCC 0.500000 0.050 1 3 1 296 66 230 31 3 1 1 30 0 0 229 0 1 0.4697 0.0000 0.0043 64.000 6.58 4.23 2.35 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2681 0.5184 0.2135 1 1 0.2678 0.5170 0.2152 1 1 0.2674 0.5152 0.2174
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 320 135 185 62 10 12 0 51 0 0 183 0 2 0.4593 0.0000 0.0108 10.250 0.29 3.02 -2.73 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4844 0.4415 0.0741 1 0 0.4765 0.4451 0.0784 1 0 0.4659 0.4498 0.0843
chr3 98087454 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 631 164 467 80 0 6 0 78 0 0 467 0 0 0.4878 0.0000 0.0000 26.333 0.23 1.49 -1.26 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2489 0.5469 0.2042 1 1 0.2500 0.5434 0.2067 1 1 0.2513 0.5389 0.2098
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 562 134 428 69 1 9 0 55 0 1 426 0 1 0.5149 0.0000 0.0047 13.889 0.13 1.55 -1.42 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4219 0.4785 0.0997 1 1 0.4163 0.4798 0.1040 1 1 0.4087 0.4815 0.1098
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 102 40 62 13 0 2 4 21 0 1 60 0 1 0.3250 0.0000 0.0323 19.000 0.38 1.19 -0.81 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1263 0.4719 0.4018 1 1 0.1301 0.4739 0.3960 1 1 0.1353 0.4764 0.3883
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 391 96 295 54 0 0 0 42 0 0 295 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 96.000 0.11 1.26 -1.15 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3925 0.4877 0.1198 1 1 0.3877 0.4885 0.1239 1 1 0.3812 0.4895 0.1294
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1003 254 749 9 1 56 13 175 0 0 745 1 3 0.0354 0.0000 0.0053 3.536 0.00 2.98 -2.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8397 0.1603 2 2 0.0000 0.2693 0.7307
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1007 259 748 18 8 215 1 17 0 1 747 0 0 0.0695 0.0000 0.0013 0.178 0.06 4.41 -4.36 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4184 0.4652 0.1164 1 1 0.4119 0.4677 0.1204 1 1 0.4035 0.4707 0.1258
chr3 114236380 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 560 165 395 152 0 6 0 7 0 0 394 1 0 0.9212 0.0000 0.0025 26.500 1.84 3.00 -1.16 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2674 0.7326 0.0000 0 0 0.7242 0.2758 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 463 140 323 116 1 18 0 5 0 0 322 1 0 0.8286 0.0000 0.0031 6.778 0.13 5.00 -4.87 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3204 0.6796 0.0000 0 0 0.6736 0.3264 0.0000
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 252 102 150 55 0 1 0 46 0 0 147 0 3 0.5392 0.0000 0.0200 101.000 0.27 2.96 -2.68 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3086 0.5209 0.1705 1 1 0.3071 0.5193 0.1736 1 1 0.3050 0.5173 0.1777
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 530 177 353 170 0 5 0 2 0 0 353 0 0 0.9605 0.0000 0.0000 34.400 0.13 3.00 -2.87 94 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7336 0.2664 0.0000 0 0 0.9457 0.0543 0.0000 0 0 0.9655 0.0345 0.0000
chr3 124927858 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 3 447 113 334 61 0 6 0 46 0 0 331 0 3 0.5398 0.0000 0.0090 17.833 0.26 2.96 -2.69 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3892 0.4920 0.1188 1 1 0.3847 0.4924 0.1229 1 1 0.3785 0.4930 0.1285
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 659 124 535 50 1 27 0 46 0 0 535 0 0 0.4032 0.0000 0.0000 3.593 0.64 6.91 -6.27 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2969 0.5220 0.1811 1 1 0.2957 0.5204 0.1839 1 1 0.2942 0.5183 0.1875
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 188 107 81 62 0 0 0 45 0 0 81 0 0 0.5794 0.0000 0.0000 107.000 1.11 1.89 -0.78 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4608 0.4534 0.0859 1 1 0.4535 0.4564 0.0902 1 1 0.4437 0.4602 0.0961
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 428 157 271 82 1 1 0 73 0 0 271 0 0 0.5223 0.0000 0.0000 156.000 0.06 2.27 -2.21 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3511 0.5183 0.1307 1 1 0.3484 0.5168 0.1347 1 1 0.3448 0.5150 0.1402
chr3 158105764 A AGCTCCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 12 2 619 152 467 115 2 30 0 5 0 0 464 0 3 0.7566 0.0000 0.0064 4.067 0.39 9.80 -9.41 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0789 0.9211 0.0000 0 1 0.4580 0.5420 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 410 188 222 71 3 26 7 81 0 0 220 0 2 0.3777 0.0000 0.0090 6.231 0.32 3.15 -2.82 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0884 0.4781 0.4335 1 1 0.0927 0.4793 0.4279 1 1 0.0987 0.4810 0.4203
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 586 145 441 4 1 21 2 117 0 0 436 0 5 0.0276 0.0000 0.0113 5.905 0.00 3.00 -3.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 1 0.0000 0.5657 0.4343 2 2 0.0000 0.2464 0.7536
chr3 194687682 G GCGGCAGAGGGAGATC 0.500000 0.050 1 15 1 572 128 444 59 1 21 1 46 1 0 431 0 12 0.4609 0.0023 0.0293 5.048 0.31 11.13 -10.83 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2607 0.5345 0.2048 1 1 0.2611 0.5319 0.2070 1 1 0.2615 0.5287 0.2098
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 645 133 512 0 0 15 0 118 0 0 473 0 39 0.0000 0.0000 0.0762 7.867 12.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0189 0.9811 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr3 196569054 G GCGGGCGCGGGCT 0.500000 0.050 1 12 1 328 111 217 45 0 16 0 50 0 0 217 0 0 0.4054 0.0000 0.0000 5.938 0.60 8.98 -8.38 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1813 0.5214 0.2973 1 1 0.1841 0.5198 0.2961 1 1 0.1877 0.5178 0.2945
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 251 116 135 21 0 3 80 12 0 0 133 1 1 0.1810 0.0000 0.0148 56.000 0.05 11.75 -11.70 19 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0010 0.1760 0.8230 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.9963 0.0037
chr3 198153257 CTGGCAGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -12 2 251 120 131 22 74 2 1 21 0 0 131 0 0 0.1833 0.0000 0.0000 59.000 0.14 10.29 -10.15 20 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8358 0.1634 0.0008 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.0032 0.9968 0.0000
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 251 114 137 0 0 21 0 93 0 0 136 0 1 0.0000 0.0000 0.0073 4.429 6.92 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0896 0.9104 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 251 116 135 2 1 20 72 21 0 0 133 1 1 0.0172 0.0000 0.0148 4.800 0.00 10.71 -10.71 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9126 0.0874 2 2 0.0000 0.4102 0.5898 2 2 0.0000 0.2371 0.7629
chr4 161163 AAAGAT A 0.001991 0.050 1 -5 1 699 189 510 166 1 15 0 7 0 0 510 0 0 0.8783 0.0000 0.0000 11.600 0.14 5.86 -5.71 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2673 0.7327 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 492 102 390 0 0 2 0 100 0 0 312 4 74 0.0000 0.0000 0.2000 50.000 13.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr4 1093539 G GCTGCCCTGGCTGGAGCCAGCC 0.000275 0.050 1 21 1 492 102 390 0 0 2 0 100 0 0 312 4 74 0.0000 0.0000 0.2000 50.000 13.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9765 0.0235 2 1 0.0000 0.9784 0.0216 2 1 0.0000 0.9809 0.0191
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 462 174 288 153 3 11 1 6 10 2 276 0 0 0.8793 0.0347 0.0417 14.636 3.73 6.83 -3.10 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6615 0.3385 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 575 143 432 78 0 5 0 60 0 0 431 0 1 0.5455 0.0000 0.0023 27.600 0.42 12.30 -11.88 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6398 0.3514 0.0088 1 0 0.6350 0.3556 0.0094 1 0 0.6285 0.3614 0.0101
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 670 156 514 134 2 15 1 4 0 0 514 0 0 0.8590 0.0000 0.0000 9.333 1.28 3.50 -2.22 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 0 0.5584 0.4416 0.0000 0 0 0.8149 0.1851 0.0000
chr4 68827423 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 447 199 248 87 1 7 0 104 0 0 248 0 0 0.4372 0.0000 0.0000 27.286 0.09 1.04 -0.95 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0863 0.4857 0.4280 1 1 0.0907 0.4864 0.4229 1 1 0.0968 0.4872 0.4160
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 438 194 244 78 71 37 3 5 0 1 242 1 0 0.4021 0.0000 0.0082 4.162 0.44 3.00 -2.56 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 1 0.4463 0.5537 0.0000 0 0 0.7874 0.2126 0.0000
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 438 202 236 84 3 34 4 77 0 0 234 1 1 0.4158 0.0000 0.0085 5.061 0.51 3.31 -2.80 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2760 0.5456 0.1784 1 1 0.2762 0.5421 0.1816 1 1 0.2764 0.5378 0.1858
chr4 78870982 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 439 160 279 110 6 35 1 8 0 0 279 0 0 0.6875 0.0000 0.0000 3.588 1.50 2.62 -1.12 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0644 0.9356 0.0000 0 1 0.4113 0.5887 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 160 70 90 34 0 3 0 33 0 0 90 0 0 0.4857 0.0000 0.0000 22.333 0.06 1.15 -1.09 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2518 0.5201 0.2281 1 1 0.2521 0.5186 0.2293 1 1 0.2525 0.5167 0.2308
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 1478 267 1211 116 5 64 3 79 5 2 1194 1 9 0.4345 0.0041 0.0140 3.172 1.36 8.52 -7.16 34 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6720 0.3074 0.0206 1 0 0.6603 0.3166 0.0231 1 0 0.6442 0.3289 0.0269
chr4 87614693 CAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 1499 289 1210 262 2 15 1 9 1 5 1201 0 3 0.9066 0.0008 0.0074 21.000 3.32 6.33 -3.02 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1806 0.8194 0.0000 0 0 0.8667 0.1333 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 2083 392 1691 214 6 33 4 135 4 14 1665 1 7 0.5459 0.0024 0.0154 11.188 1.58 4.93 -3.35 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9678 0.0321 0.0001 1 0 0.9631 0.0368 0.0001 1 0 0.9558 0.0440 0.0002
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 2263 504 1759 2 6 17 12 467 27 27 1580 92 33 0.0040 0.0153 0.1018 30.000 2.50 9.31 -6.81 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9916 0.0084
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 2358 486 1872 206 9 76 4 191 18 47 1654 71 82 0.4239 0.0096 0.1165 5.342 3.78 11.01 -7.23 38 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0009 0.1201 0.8790 1 2 0.0012 0.1283 0.8705 1 2 0.0017 0.1402 0.8581
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2176 676 1500 253 24 126 41 232 179 29 1271 8 13 0.3743 0.1193 0.1527 4.380 2.75 8.63 -5.88 25 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 165 82 83 42 0 7 0 33 0 0 81 0 2 0.5122 0.0000 0.0241 10.714 0.07 3.03 -2.96 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3273 0.5088 0.1638 1 1 0.3249 0.5081 0.1670 1 1 0.3215 0.5073 0.1712
chr4 104491307 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 444 71 373 28 1 17 1 24 0 0 373 0 0 0.3944 0.0000 0.0000 3.176 1.68 6.17 -4.49 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2921 0.5115 0.1964 1 1 0.2908 0.5107 0.1985 1 1 0.2891 0.5096 0.2013
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 596 139 457 73 0 9 0 57 0 0 456 0 1 0.5252 0.0000 0.0022 14.444 0.21 3.44 -3.23 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4264 0.4768 0.0968 1 1 0.4207 0.4782 0.1011 1 1 0.4130 0.4800 0.1070
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 515 227 288 1 0 24 13 189 0 0 282 0 6 0.0044 0.0000 0.0208 8.458 0.00 3.01 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0098 0.9902
chr4 140392262 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 2 316 82 234 45 0 1 1 35 0 0 231 0 3 0.5488 0.0000 0.0128 81.000 0.38 2.94 -2.57 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3126 0.5148 0.1726 1 1 0.3107 0.5137 0.1756 1 1 0.3082 0.5123 0.1795
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 500 191 309 74 7 50 1 59 0 0 307 1 1 0.3874 0.0000 0.0065 2.820 0.74 3.10 -2.36 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4804 0.4464 0.0732 1 0 0.4729 0.4497 0.0774 1 0 0.4627 0.4539 0.0833
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 292 162 130 76 0 10 0 76 0 0 120 0 10 0.4691 0.0000 0.0769 15.200 0.29 4.83 -4.54 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1301 0.5201 0.3498 1 1 0.1342 0.5185 0.3473 1 1 0.1397 0.5165 0.3438
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 208 95 113 46 0 13 0 36 0 0 113 0 0 0.4842 0.0000 0.0000 6.308 0.63 4.81 -4.18 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3679 0.4955 0.1365 1 1 0.3639 0.4958 0.1403 1 1 0.3585 0.4961 0.1453
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 533 140 393 70 0 5 0 65 0 0 388 1 4 0.5000 0.0000 0.0127 27.000 0.13 14.18 -14.06 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2326 0.5425 0.2250 1 1 0.2340 0.5393 0.2267 1 1 0.2359 0.5352 0.2289
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 738 141 597 73 0 3 0 65 0 0 596 0 1 0.5177 0.0000 0.0017 46.000 0.16 3.08 -2.91 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3147 0.5277 0.1575 1 1 0.3133 0.5256 0.1611 1 1 0.3113 0.5230 0.1657
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.050 1 -9 2 241 81 160 45 0 1 0 35 0 0 159 0 1 0.5556 0.0000 0.0063 80.000 0.22 10.20 -9.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3539 0.5008 0.1453 1 1 0.3504 0.5007 0.1489 1 1 0.3457 0.5005 0.1537
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.050 1 -21 1 293 156 137 143 0 11 0 2 0 0 137 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 13.182 0.24 21.00 -20.76 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5826 0.4174 0.0000 0 0 0.8994 0.1006 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 643 138 505 3 0 20 3 112 0 0 500 0 5 0.0217 0.0000 0.0099 5.900 0.00 3.33 -3.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8671 0.1329 2 2 0.0000 0.2777 0.7223 2 2 0.0000 0.1466 0.8534
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 428 157 271 131 4 18 0 4 1 1 269 0 0 0.8344 0.0037 0.0074 7.722 0.52 3.25 -2.73 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0449 0.9551 0.0000 0 0 0.6697 0.3303 0.0000 0 0 0.8574 0.1426 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 385 47 338 0 0 29 1 17 0 1 333 1 3 0.0000 0.0000 0.0148 0.643 6.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3981 0.6019 2 2 0.0000 0.3963 0.6037 2 2 0.0000 0.3953 0.6047
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 384 109 275 53 0 10 1 45 0 0 273 0 2 0.4862 0.0000 0.0073 9.900 0.09 5.64 -5.55 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2974 0.5229 0.1797 1 1 0.2963 0.5212 0.1825 1 1 0.2948 0.5190 0.1862
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 539 131 408 0 0 5 0 126 0 0 403 0 5 0.0000 0.0000 0.0123 25.200 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0361 0.9639 2 2 0.0000 0.0385 0.9615 2 2 0.0000 0.0419 0.9581
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 152 82 70 44 0 6 0 32 0 0 69 0 1 0.5366 0.0000 0.0143 12.667 0.09 2.91 -2.82 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3828 0.4882 0.1290 1 1 0.3781 0.4890 0.1329 1 1 0.3719 0.4900 0.1381
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 304 104 200 76 12 13 0 3 0 1 199 0 0 0.7308 0.0000 0.0050 7.417 3.95 11.00 -7.05 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0650 0.9350 0.0000 0 0 0.5456 0.4544 0.0000 0 0 0.7331 0.2669 0.0000
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 283 80 203 74 1 4 0 1 0 0 203 0 0 0.9250 0.0000 0.0000 25.000 4.53 28.00 -23.47 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5661 0.4339 0.0000 0 0 0.7672 0.2328 0.0000 0 0 0.8079 0.1921 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 243 96 147 0 0 1 1 94 0 0 147 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 95.000 2.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0839 0.9161 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 604 200 404 107 1 23 1 68 0 0 403 1 0 0.5350 0.0000 0.0025 7.652 0.44 3.19 -2.75 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7206 0.2637 0.0157 1 0 0.7078 0.2744 0.0178 1 0 0.6901 0.2888 0.0211
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 556 130 426 68 0 3 0 59 0 0 426 0 0 0.5231 0.0000 0.0000 42.333 0.10 1.25 -1.15 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3439 0.5148 0.1413 1 1 0.3413 0.5136 0.1451 1 1 0.3377 0.5122 0.1502
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 540 165 375 3 0 33 1 128 0 0 363 0 12 0.0182 0.0000 0.0320 4.000 2.00 7.79 -5.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7941 0.2059 2 2 0.0000 0.1864 0.8136 2 2 0.0000 0.0941 0.9059
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 549 139 410 103 0 28 0 8 0 0 408 0 2 0.7410 0.0000 0.0049 3.964 0.29 7.00 -6.71 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0157 0.9843 0.0000 0 1 0.2233 0.7767 0.0000
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 328 90 238 86 0 2 0 2 0 0 238 0 0 0.9556 0.0000 0.0000 44.000 0.58 9.00 -8.42 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2496 0.7504 0.0000 0 0 0.6868 0.3132 0.0000 0 0 0.7889 0.2111 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 195 84 111 0 0 2 0 82 0 0 109 0 2 0.0000 0.0000 0.0180 41.000 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 371 32 339 15 0 2 1 14 0 0 335 0 4 0.4688 0.0000 0.0118 15.000 1.40 8.36 -6.96 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1990 0.5055 0.2955 1 1 0.2010 0.5051 0.2939 1 1 0.2036 0.5046 0.2918
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 223 102 121 59 0 0 2 41 0 0 118 0 3 0.5784 0.0000 0.0248 102.000 0.10 3.78 -3.68 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4043 0.4837 0.1120 1 1 0.3991 0.4848 0.1161 1 1 0.3921 0.4861 0.1218
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 223 103 120 59 0 1 3 40 0 0 116 1 3 0.5728 0.0000 0.0333 102.000 0.10 3.88 -3.77 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3923 0.4897 0.1180 1 1 0.3875 0.4903 0.1221 1 1 0.3812 0.4912 0.1277
chr5 140966860 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 543 186 357 91 0 7 1 87 0 0 357 0 0 0.4892 0.0000 0.0000 25.571 1.07 6.07 -5.00 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2574 0.5517 0.1909 1 1 0.2584 0.5478 0.1938 1 1 0.2595 0.5429 0.1976
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 360 98 262 89 0 6 0 3 0 0 261 0 1 0.9082 0.0000 0.0038 15.333 0.26 8.00 -7.74 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0149 0.9851 0.0000 0 1 0.3866 0.6134 0.0000 0 0 0.6574 0.3426 0.0000
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 904 308 596 233 6 57 1 11 0 0 596 0 0 0.7565 0.0000 0.0000 4.351 0.50 9.82 -9.32 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1746 0.8254 0.0000 0 0 0.8249 0.1751 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 306 128 178 54 3 27 0 44 0 1 175 0 2 0.4219 0.0000 0.0169 3.741 3.35 7.34 -3.99 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3901 0.4903 0.1196 1 1 0.3854 0.4909 0.1237 1 1 0.3792 0.4916 0.1292
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 306 132 174 51 2 24 3 52 0 0 174 0 0 0.3864 0.0000 0.0000 4.500 5.78 3.19 2.59 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2102 0.5316 0.2583 1 1 0.2122 0.5292 0.2586 1 1 0.2147 0.5262 0.2591
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 491 134 357 63 1 2 0 68 0 0 351 1 5 0.4701 0.0000 0.0168 66.000 0.59 3.97 -3.38 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1331 0.5133 0.3536 1 1 0.1371 0.5122 0.3507 1 1 0.1424 0.5109 0.3467
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 492 134 358 64 0 1 0 69 0 0 352 1 5 0.4776 0.0000 0.0168 133.000 0.58 3.93 -3.35 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1243 0.5072 0.3685 1 1 0.1284 0.5066 0.3651 1 1 0.1339 0.5058 0.3604
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 547 124 423 65 0 3 0 56 0 0 423 0 0 0.5242 0.0000 0.0000 40.333 0.63 1.88 -1.24 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3452 0.5130 0.1418 1 1 0.3425 0.5119 0.1456 1 1 0.3387 0.5107 0.1506
chr5 150903148 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 287 96 191 53 0 0 0 43 0 0 191 0 0 0.5521 0.0000 0.0000 96.000 0.75 3.19 -2.43 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3645 0.4999 0.1356 1 1 0.3607 0.4999 0.1394 1 1 0.3557 0.4998 0.1445
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 389 165 224 61 2 15 7 80 0 0 224 0 0 0.3697 0.0000 0.0000 10.000 4.49 13.14 -8.65 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0524 0.4048 0.5429 1 2 0.0563 0.4103 0.5334 1 2 0.0619 0.4176 0.5205
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 388 150 238 0 58 6 0 86 0 0 236 0 2 0.0000 0.0000 0.0084 24.000 5.02 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0334 0.3445 0.6221 1 2 0.0367 0.3529 0.6104 1 2 0.0415 0.3640 0.5946
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 225 102 123 36 1 9 0 56 0 0 123 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 10.333 0.50 3.23 -2.73 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0750 0.4311 0.4940 1 2 0.0792 0.4355 0.4853 1 2 0.0851 0.4411 0.4738
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 409 84 325 32 0 3 0 49 0 0 323 0 2 0.3810 0.0000 0.0062 27.000 1.00 3.63 -2.63 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0757 0.4287 0.4955 1 2 0.0800 0.4333 0.4867 1 2 0.0858 0.4392 0.4750
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 528 250 278 169 12 65 0 4 0 0 277 1 0 0.6760 0.0000 0.0036 2.846 0.93 3.50 -2.57 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0910 0.9090 0.0000 0 0 0.8233 0.1767 0.0000 0 0 0.9347 0.0653 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 563 83 480 0 0 20 0 63 0 0 480 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.150 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1701 0.8299 2 2 0.0000 0.1746 0.8254 2 2 0.0000 0.1809 0.8191
chr6 1390041 C CCCG 0.017392 0.050 1 3 1 411 150 261 78 8 17 3 44 0 1 258 0 2 0.5200 0.0000 0.0115 7.765 1.69 4.43 -2.74 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8454 0.1542 0.0003 1 0 0.8374 0.1622 0.0004 1 0 0.8262 0.1734 0.0005
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 491 125 366 3 1 24 2 95 0 0 365 1 0 0.0240 0.0000 0.0027 4.208 0.33 3.45 -3.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9602 0.0398 2 1 0.0000 0.5041 0.4959 2 2 0.0000 0.2733 0.7267
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 888 208 680 59 10 61 4 74 0 0 680 0 0 0.2837 0.0000 0.0000 2.589 3.95 3.50 0.45 25 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3076 0.6143 0.0781 1 1 0.3139 0.6088 0.0773 1 1 0.3221 0.6018 0.0761
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 558 114 444 69 1 8 0 36 0 0 439 0 5 0.6053 0.0000 0.0113 13.250 0.26 11.31 -11.04 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7130 0.2711 0.0159 1 0 0.7029 0.2796 0.0175 1 0 0.6891 0.2910 0.0199
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 132 71 61 0 0 6 0 65 0 0 61 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.833 4.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1631 0.8369 2 2 0.0000 0.1676 0.8324 2 2 0.0000 0.1739 0.8261
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 346 111 235 0 0 4 1 106 0 0 234 0 1 0.0000 0.0000 0.0043 26.750 1.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0620 0.9380 2 2 0.0000 0.0653 0.9347 2 2 0.0000 0.0700 0.9300
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 506 148 358 136 0 10 0 2 0 0 358 0 0 0.9189 0.0000 0.0000 13.800 0.36 2.00 -1.64 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5538 0.4462 0.0000 0 0 0.8835 0.1165 0.0000 0 0 0.9254 0.0746 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 601 202 399 100 84 2 3 13 0 0 396 1 2 0.4950 0.0000 0.0075 199.000 0.40 3.62 -3.22 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0974 0.9026 0.0000
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 722 138 584 123 1 10 0 4 0 0 584 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 12.800 0.61 5.25 -4.64 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0320 0.9680 0.0000 0 0 0.5955 0.4045 0.0000 0 0 0.8155 0.1845 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 223 76 147 37 0 1 0 38 0 0 147 0 0 0.4868 0.0000 0.0000 75.000 0.00 4.71 -4.71 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2269 0.5226 0.2505 1 1 0.2282 0.5209 0.2509 1 1 0.2298 0.5187 0.2515
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 231 36 195 22 0 1 0 13 0 0 195 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 35.000 6.64 8.15 -1.52 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3638 0.4867 0.1494 1 1 0.3595 0.4877 0.1528 1 1 0.3538 0.4889 0.1573
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 505 185 320 89 1 20 0 75 0 0 312 1 7 0.4811 0.0000 0.0250 8.200 0.49 5.76 -5.27 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3054 0.5387 0.1559 1 1 0.3047 0.5357 0.1596 1 1 0.3035 0.5321 0.1645
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 324 87 237 55 0 8 0 24 0 0 230 0 7 0.6322 0.0000 0.0295 9.875 0.71 13.54 -12.83 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5645 0.3829 0.0526 1 0 0.5536 0.3899 0.0565 1 0 0.5389 0.3991 0.0621
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 508 131 377 0 0 0 2 129 0 0 374 0 3 0.0000 0.0000 0.0080 131.000 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0332 0.9668 2 2 0.0000 0.0354 0.9646 2 2 0.0000 0.0387 0.9613
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 350 134 216 12 0 22 0 100 0 0 215 0 1 0.0896 0.0000 0.0046 5.091 0.50 2.91 -2.41 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 1 0.0000 0.8847 0.1153
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 287 113 174 0 1 13 0 99 0 0 168 0 6 0.0000 0.0000 0.0345 7.692 5.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1733 0.8267 2 2 0.0000 0.1161 0.8839 2 2 0.0000 0.1013 0.8987
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 701 162 539 123 5 31 0 3 0 0 539 0 0 0.7593 0.0000 0.0000 4.194 0.33 3.00 -2.67 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1566 0.8434 0.0000 0 0 0.7587 0.2413 0.0000 0 0 0.8750 0.1250 0.0000
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 452 110 342 33 37 36 0 4 0 0 342 0 0 0.3000 0.0000 0.0000 2.056 2.33 2.25 0.08 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.2811 0.7189 0.0000 0 0 0.5491 0.4509 0.0000
chr6 44002766 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 453 113 340 39 0 34 2 38 0 0 340 0 0 0.3451 0.0000 0.0000 2.324 2.18 4.42 -2.24 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2275 0.5238 0.2487 1 1 0.2288 0.5220 0.2492 1 1 0.2304 0.5197 0.2498
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 623 142 481 2 0 86 1 53 0 0 446 0 35 0.0141 0.0000 0.0728 0.651 15.00 4.64 10.36 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7361 0.2639 2 2 0.0000 0.2975 0.7025 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 30 2 623 142 481 2 1 101 2 36 0 0 446 5 30 0.0141 0.0000 0.0728 0.406 15.00 0.83 14.17 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9237 0.0763 2 1 0.0000 0.5139 0.4861 2 2 0.0000 0.3285 0.6715
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 623 198 425 129 0 65 0 4 0 0 424 0 1 0.6515 0.0000 0.0024 2.046 2.33 8.25 -5.92 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 1 0.4608 0.5392 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 728 125 603 44 4 38 2 37 0 1 597 2 3 0.3520 0.0000 0.0100 2.324 1.30 3.14 -1.84 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3091 0.5178 0.1731 1 1 0.3074 0.5165 0.1761 1 1 0.3052 0.5148 0.1800
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 721 187 534 130 2 4 0 51 0 0 533 0 1 0.6952 0.0000 0.0019 45.750 1.12 6.47 -5.35 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9538 0.0458 0.0004 1 0 0.9474 0.0521 0.0005 1 0 0.9376 0.0617 0.0007
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 737 144 593 0 0 7 0 137 0 0 584 0 9 0.0000 0.0000 0.0152 19.571 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 670 131 539 5 0 2 1 123 0 0 527 0 12 0.0382 0.0000 0.0223 64.500 0.80 5.77 -4.97 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9914 0.0086 2 2 0.0000 0.4984 0.5016 2 2 0.0000 0.1988 0.8012
chr6 135036575 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 380 83 297 80 0 1 0 2 0 0 297 0 0 0.9639 0.0000 0.0000 82.000 0.25 1.00 -0.75 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2350 0.7650 0.0000 0 0 0.6573 0.3427 0.0000 0 0 0.7652 0.2348 0.0000
chr6 136360785 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 294 77 217 41 0 7 0 29 0 0 217 0 0 0.5325 0.0000 0.0000 10.000 0.29 2.90 -2.60 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3986 0.4798 0.1217 1 1 0.3932 0.4811 0.1257 1 1 0.3861 0.4829 0.1310
chr6 149970071 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 143 69 74 65 0 1 0 3 0 0 74 0 0 0.9420 0.0000 0.0000 68.000 0.48 1.67 -1.19 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0377 0.9623 0.0000 0 1 0.4020 0.5980 0.0000 0 0 0.6093 0.3907 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 840 230 610 206 0 14 1 9 0 0 609 0 1 0.8957 0.0000 0.0016 15.429 0.09 3.00 -2.91 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1215 0.8785 0.0000 0 0 0.7239 0.2761 0.0000
chr6 156778847 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 544 129 415 59 5 27 3 35 0 1 409 1 4 0.4574 0.0000 0.0145 4.250 1.41 3.71 -2.31 15 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5364 0.4049 0.0588 1 0 0.5265 0.4107 0.0628 1 0 0.5133 0.4182 0.0685
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 586 219 367 8 0 54 0 157 0 0 349 0 18 0.0365 0.0000 0.0490 3.056 0.00 13.63 -13.63 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7363 0.2637 2 2 0.0000 0.2276 0.7724
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 373 150 223 7 0 3 1 139 0 0 219 0 4 0.0467 0.0000 0.0179 49.000 0.29 4.87 -4.58 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7547 0.2453 2 2 0.0000 0.2994 0.7006
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 214 75 139 0 0 8 0 67 0 0 138 0 1 0.0000 0.0000 0.0072 8.375 8.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1638 0.8362
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 345 170 175 0 0 16 11 143 0 0 172 1 2 0.0000 0.0000 0.0171 9.625 3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0228 0.9772
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 648 102 546 40 0 17 0 45 0 0 540 0 6 0.3922 0.0000 0.0110 5.000 0.23 9.67 -9.44 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1279 0.4925 0.3796 1 1 0.1318 0.4930 0.3752 1 1 0.1371 0.4936 0.3693
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 559 189 370 4 5 19 86 75 0 0 370 0 0 0.0212 0.0000 0.0000 8.077 9.25 10.45 -1.20 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.6889 0.3111 2 2 0.0000 0.2860 0.7140
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 277 93 184 46 0 7 1 39 0 0 181 0 3 0.4946 0.0000 0.0163 12.286 0.54 3.95 -3.41 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2730 0.5244 0.2026 1 1 0.2728 0.5225 0.2047 1 1 0.2723 0.5202 0.2075
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 223 101 122 75 1 23 0 2 0 0 122 0 0 0.7426 0.0000 0.0000 3.348 2.25 5.00 -2.75 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2050 0.7950 0.0000 0 0 0.6308 0.3692 0.0000 0 0 0.7457 0.2543 0.0000
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 223 101 122 44 1 22 0 34 0 0 122 0 0 0.4356 0.0000 0.0000 3.591 0.86 4.29 -3.43 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3822 0.4889 0.1289 1 1 0.3776 0.4896 0.1328 1 1 0.3714 0.4906 0.1380
chr7 4803582 C CCTGCCAGGG 0.500000 0.050 1 9 2 262 125 137 61 1 4 2 57 0 0 137 0 0 0.4880 0.0000 0.0000 30.250 0.38 6.77 -6.39 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2671 0.5342 0.1987 1 1 0.2673 0.5316 0.2011 1 1 0.2674 0.5284 0.2042
chr7 5313034 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 647 69 578 46 14 6 1 2 1 0 577 0 0 0.6667 0.0017 0.0017 10.500 2.41 5.50 -3.09 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0908 0.9092 0.0000 0 1 0.4456 0.5544 0.0000 0 0 0.6115 0.3885 0.0000
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 282 50 232 25 0 9 0 16 0 0 231 0 1 0.5000 0.0000 0.0043 4.556 1.60 3.06 -1.46 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3483 0.4938 0.1579 1 1 0.3447 0.4942 0.1611 1 1 0.3399 0.4948 0.1654
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 209 110 99 58 1 3 0 48 0 0 99 0 0 0.5273 0.0000 0.0000 35.667 0.81 1.79 -0.98 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3759 0.4974 0.1267 1 1 0.3718 0.4975 0.1307 1 1 0.3663 0.4976 0.1361
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 682 199 483 1 0 33 3 162 0 0 482 0 1 0.0050 0.0000 0.0021 5.030 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0728 0.9272 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0264 0.9736
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 140 46 94 24 3 2 2 15 0 0 94 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 20.500 0.04 1.27 -1.22 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3734 0.4848 0.1419 1 1 0.3687 0.4858 0.1454 1 1 0.3626 0.4872 0.1502
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 475 130 345 68 0 2 0 60 0 0 344 0 1 0.5231 0.0000 0.0029 64.000 0.16 1.22 -1.05 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3168 0.5247 0.1586 1 1 0.3152 0.5228 0.1620 1 1 0.3129 0.5204 0.1666
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 219 71 148 29 0 5 0 37 0 0 147 0 1 0.4085 0.0000 0.0068 13.200 0.07 3.35 -3.28 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1466 0.4965 0.3569 1 1 0.1501 0.4967 0.3532 1 1 0.1548 0.4970 0.3482
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 134 47 87 0 0 39 2 6 0 0 87 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.158 4.83 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0228 0.4862 0.4910 2 2 0.0240 0.4859 0.4901 2 2 0.0258 0.4856 0.4887
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 133 46 87 0 36 3 1 6 0 0 87 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 2.333 4.83 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4367 0.4541 0.1092 1 1 0.3963 0.4997 0.1040 1 1 0.2898 0.6450 0.0652
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 360 142 218 57 0 0 0 85 0 0 218 0 0 0.4014 0.0000 0.0000 142.000 2.46 1.98 0.48 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0378 0.3593 0.6029 1 2 0.0413 0.3670 0.5916 1 2 0.0463 0.3773 0.5764
chr7 80664497 G GGTAA 0.500000 0.050 1 4 4 220 90 130 45 0 12 0 33 0 0 129 0 1 0.5000 0.0000 0.0077 6.500 0.00 3.73 -3.73 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3823 0.4889 0.1288 1 1 0.3777 0.4896 0.1327 1 1 0.3715 0.4905 0.1380
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 757 199 558 0 0 11 0 188 0 0 552 0 6 0.0000 0.0000 0.0108 17.091 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0075 0.9925 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0095 0.9905
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 584 140 444 120 0 14 0 6 1 1 441 0 1 0.8571 0.0023 0.0068 9.000 0.51 3.33 -2.83 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1609 0.8391 0.0000 0 0 0.5835 0.4165 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 261 97 164 0 0 5 0 92 0 0 163 0 1 0.0000 0.0000 0.0061 18.400 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0878 0.9122 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 158 48 110 25 0 0 0 23 0 0 110 0 0 0.5208 0.0000 0.0000 48.000 0.04 1.09 -1.05 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2673 0.5134 0.2193 1 1 0.2669 0.5124 0.2207 1 1 0.2664 0.5111 0.2225
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 466 185 281 17 0 5 0 163 0 0 280 0 1 0.0919 0.0000 0.0036 45.000 0.29 3.83 -3.53 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9150 0.0850
chr7 100752851 TCCACGGAAAAACCCACCATCC T 0.500000 0.050 1 -21 1 1075 217 858 87 8 48 2 72 5 8 831 11 3 0.4009 0.0058 0.0315 3.468 2.01 9.54 -7.53 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4870 0.4480 0.0649 1 0 0.4798 0.4510 0.0692 1 0 0.4701 0.4549 0.0750
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 932 320 612 172 1 10 0 137 0 0 605 0 7 0.5375 0.0000 0.0114 31.000 0.15 6.82 -6.67 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5684 0.3993 0.0323 1 0 0.5604 0.4040 0.0356 1 0 0.5492 0.4104 0.0403
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 523 146 377 70 0 9 0 67 0 0 376 0 1 0.4795 0.0000 0.0027 15.222 0.49 2.99 -2.50 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2522 0.5408 0.2070 1 1 0.2530 0.5378 0.2092 1 1 0.2540 0.5339 0.2121
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 395 145 250 59 3 36 1 46 0 0 244 0 6 0.4069 0.0000 0.0240 3.147 2.10 5.87 -3.77 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3401 0.5133 0.1466 1 1 0.3375 0.5123 0.1503 1 1 0.3339 0.5110 0.1552
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 644 151 493 131 2 11 0 7 0 0 493 0 0 0.8675 0.0000 0.0000 12.727 1.07 4.00 -2.93 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1985 0.8015 0.0000 0 0 0.6424 0.3576 0.0000
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 775 202 573 158 2 30 1 11 0 0 572 0 1 0.7822 0.0000 0.0017 5.733 0.39 6.45 -6.06 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 1 0.2866 0.7134 0.0000
chr7 124032425 CTGCTGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 773 209 564 173 12 13 0 11 0 0 563 0 1 0.8278 0.0000 0.0018 14.385 0.38 6.45 -6.08 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0305 0.9695 0.0000 0 1 0.4889 0.5111 0.0000
chr7 128335924 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 4 338 90 248 83 1 1 1 4 0 1 247 0 0 0.9222 0.0000 0.0040 88.000 0.27 2.75 -2.48 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0102 0.9898 0.0000 0 1 0.3250 0.6750 0.0000 0 0 0.6045 0.3955 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 644 230 414 104 1 29 0 96 0 0 414 0 0 0.4522 0.0000 0.0000 6.931 0.14 16.54 -16.40 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3275 0.5375 0.1350 1 1 0.3263 0.5346 0.1391 1 1 0.3243 0.5310 0.1446
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 402 221 181 179 3 36 0 3 1 0 179 0 1 0.8100 0.0055 0.0110 5.139 6.49 6.00 0.49 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1252 0.8748 0.0000 0 0 0.8609 0.1391 0.0000 0 0 0.9470 0.0530 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 402 227 175 9 0 28 1 189 0 2 171 0 2 0.0396 0.0000 0.0229 7.107 2.11 6.23 -4.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9106 0.0894 2 2 0.0000 0.3492 0.6508
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 222 91 131 0 0 1 0 90 0 0 131 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 90.000 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0941 0.9059 2 2 0.0000 0.0980 0.9020 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 202 104 98 74 0 29 0 1 0 0 97 0 1 0.7115 0.0000 0.0102 2.586 0.23 0.00 0.23 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1973 0.8027 0.0000 0 0 0.6199 0.3801 0.0000 0 0 0.7370 0.2630 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 869 253 616 98 2 37 7 109 0 0 615 0 1 0.3874 0.0000 0.0016 5.838 0.10 3.17 -3.06 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0791 0.4843 0.4366 1 1 0.0835 0.4849 0.4315 1 1 0.0896 0.4858 0.4246
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 719 178 541 14 0 10 0 154 0 0 541 0 0 0.0787 0.0000 0.0000 16.800 0.29 1.12 -0.84 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 1 0.0000 0.8177 0.1823
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 578 110 468 61 0 1 0 48 0 0 468 0 0 0.5545 0.0000 0.0000 109.000 0.75 2.67 -1.91 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4035 0.4849 0.1116 1 1 0.3984 0.4858 0.1158 1 1 0.3915 0.4870 0.1214
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 606 111 495 67 0 2 0 42 0 0 492 0 3 0.6036 0.0000 0.0061 54.500 0.90 4.17 -3.27 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5264 0.4122 0.0614 1 0 0.5169 0.4176 0.0655 1 0 0.5042 0.4246 0.0712
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 411 123 288 89 0 2 0 32 0 0 273 1 14 0.7236 0.0000 0.0521 60.500 0.16 15.16 -15.00 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7624 0.2256 0.0120 1 0 0.7491 0.2371 0.0138 1 0 0.7305 0.2529 0.0166
chr7 149783003 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 602 161 441 82 0 6 0 73 0 0 440 0 1 0.5093 0.0000 0.0023 25.833 0.63 1.29 -0.65 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3260 0.5279 0.1460 1 1 0.3243 0.5258 0.1498 1 1 0.3220 0.5231 0.1549
chr7 149791914 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 835 192 643 175 2 8 0 7 0 0 643 0 0 0.9115 0.0000 0.0000 23.000 1.49 1.43 0.06 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.4276 0.5724 0.0000 0 0 0.8384 0.1616 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 215 62 153 31 0 3 1 27 0 0 150 0 3 0.5000 0.0000 0.0196 19.333 0.06 4.41 -4.34 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2464 0.5186 0.2350 1 1 0.2469 0.5172 0.2359 1 1 0.2475 0.5155 0.2370
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.050 1 5 1 509 95 414 46 1 14 0 34 0 0 406 0 8 0.4842 0.0000 0.0193 5.786 1.26 6.26 -5.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2983 0.5196 0.1820 1 1 0.2971 0.5181 0.1848 1 1 0.2954 0.5163 0.1883
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 660 157 503 16 0 2 1 138 0 0 502 0 1 0.1019 0.0000 0.0020 77.500 0.56 1.14 -0.58 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9295 0.0705
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 460 127 333 65 0 1 0 61 0 0 333 0 0 0.5118 0.0000 0.0000 126.000 0.25 1.16 -0.92 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2795 0.5334 0.1870 1 1 0.2793 0.5309 0.1898 1 1 0.2789 0.5277 0.1934
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 680 142 538 0 0 4 2 136 0 2 526 0 10 0.0000 0.0000 0.0223 34.500 12.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1052 0.8948 2 2 0.0000 0.0513 0.9487 2 2 0.0000 0.0428 0.9572
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 510 138 372 131 1 5 0 1 0 0 372 0 0 0.9493 0.0000 0.0000 26.600 0.52 5.00 -4.48 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8439 0.1561 0.0000 0 0 0.9300 0.0700 0.0000 0 0 0.9422 0.0578 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 415 71 344 0 0 2 15 54 0 0 322 6 16 0.0000 0.0000 0.0640 34.500 7.11 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0932 0.9068 2 2 0.0000 0.0971 0.9029 2 2 0.0000 0.1027 0.8973
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 415 71 344 0 0 6 6 59 0 0 322 8 14 0.0000 0.0000 0.0640 12.800 6.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0971 0.9029 2 2 0.0000 0.1012 0.8988 2 2 0.0000 0.1070 0.8930
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 421 72 349 0 0 9 2 61 0 0 291 25 33 0.0000 0.0000 0.1662 7.000 6.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0534 0.9466
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 363 139 224 132 1 1 0 5 0 0 224 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 138.000 0.17 2.00 -1.83 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.4858 0.5142 0.0000 0 0 0.7910 0.2090 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 382 92 290 87 1 2 0 2 0 0 290 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 45.000 0.34 3.00 -2.66 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2591 0.7409 0.0000 0 0 0.6972 0.3028 0.0000 0 0 0.7967 0.2033 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 786 144 642 0 0 24 1 119 0 0 639 0 3 0.0000 0.0000 0.0047 5.000 6.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0367 0.9633 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0423 0.9577
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 606 121 485 43 0 23 0 55 0 0 483 0 2 0.3554 0.0000 0.0041 4.261 0.35 5.65 -5.31 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1126 0.4830 0.4044 1 1 0.1171 0.4844 0.3986 1 1 0.1231 0.4861 0.3908
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 567 249 318 10 0 44 2 193 0 0 318 0 0 0.0402 0.0000 0.0000 4.744 0.00 5.76 -5.76 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 2 0.0000 0.3086 0.6914 2 2 0.0000 0.0256 0.9744
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 329 135 194 5 0 5 1 124 0 0 191 0 3 0.0370 0.0000 0.0155 25.800 0.00 7.38 -7.38 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.8284 0.1716 2 1 0.0000 0.5453 0.4547
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 254 129 125 68 0 2 0 59 0 0 125 0 0 0.5271 0.0000 0.0000 63.500 1.06 2.90 -1.84 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4399 0.4783 0.0818 1 1 0.4376 0.4783 0.0842 1 1 0.4342 0.4784 0.0874
chr8 61646850 AT A 0.000532 0.050 1 -1 2 183 98 85 94 1 1 0 2 0 0 85 0 0 0.9592 0.0000 0.0000 96.000 0.11 1.00 -0.89 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.050 1 3 1 561 130 431 107 7 14 0 2 3 2 424 1 1 0.8231 0.0070 0.0162 8.846 1.27 3.00 -1.73 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3405 0.6595 0.0000 0 0 0.9269 0.0731 0.0000 0 0 0.9716 0.0284 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 574 147 427 106 7 29 0 5 0 0 427 0 0 0.7211 0.0000 0.0000 4.069 0.59 3.00 -2.41 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0592 0.9408 0.0000 0 0 0.8804 0.1196 0.0000 0 0 0.9677 0.0323 0.0000
chr8 66634667 TCAGTACCAC T 0.000144 0.050 1 -9 4 485 139 346 133 0 3 0 3 0 0 346 0 0 0.9568 0.0000 0.0000 45.333 0.13 9.00 -8.87 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.050 1 -14 2 412 153 259 90 1 2 0 60 0 0 255 0 4 0.5882 0.0000 0.0154 75.500 0.57 11.18 -10.62 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7552 0.2440 0.0007 1 0 0.7483 0.2509 0.0008 1 0 0.7388 0.2603 0.0009
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 334 137 197 63 0 21 1 52 0 0 196 0 1 0.4599 0.0000 0.0051 5.476 0.52 5.37 -4.84 35 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3491 0.5105 0.1404 1 1 0.3461 0.5097 0.1442 1 1 0.3421 0.5086 0.1493
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 228 108 120 105 0 1 0 2 0 0 120 0 0 0.9722 0.0000 0.0000 107.000 0.18 3.00 -2.82 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3494 0.6506 0.0000 0 0 0.7781 0.2219 0.0000 0 0 0.8550 0.1450 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 509 152 357 60 2 37 43 10 0 0 356 1 0 0.3947 0.0000 0.0028 3.382 1.22 4.90 -3.68 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3155 0.5219 0.1626 1 1 0.3139 0.5202 0.1659 1 1 0.3116 0.5181 0.1703
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 817 157 660 122 1 28 0 6 0 0 660 0 0 0.7771 0.0000 0.0000 4.607 0.38 13.33 -12.96 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2741 0.7259 0.0000 0 0 0.6723 0.3277 0.0000
chr8 144473068 G GGCAGGT 0.500000 0.050 1 6 4 588 143 445 127 0 13 0 3 0 0 445 0 0 0.8881 0.0000 0.0000 10.000 0.31 6.00 -5.69 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1540 0.8460 0.0000 0 0 0.7553 0.2447 0.0000 0 0 0.8730 0.1270 0.0000
chr9 116848 T TA 0.003653 0.050 1 1 1 608 169 439 86 2 8 3 70 0 0 438 0 1 0.5089 0.0000 0.0023 20.000 0.23 1.11 -0.88 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6224 0.3770 0.0006 1 0 0.6196 0.3799 0.0006 1 0 0.6155 0.3838 0.0006
chr9 117363 T TC 0.002993 0.050 1 1 1 788 111 677 43 5 2 4 57 0 1 676 0 0 0.3874 0.0000 0.0015 53.500 1.81 4.63 -2.82 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3139 0.6827 0.0034 1 1 0.3214 0.6753 0.0033 1 1 0.3314 0.6654 0.0032
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 787 116 671 45 4 6 12 49 0 0 671 0 0 0.3879 0.0000 0.0000 110.000 1.80 4.55 -2.75 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2289 0.6042 0.1669 1 1 0.2358 0.6007 0.1635 1 1 0.2450 0.5961 0.1589
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 786 120 666 5 95 10 6 4 0 0 666 0 0 0.0417 0.0000 0.0000 6.167 3.80 2.50 1.30 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0076 0.9924 0.0000 0 1 0.4505 0.5495 0.0000 0 0 0.7888 0.2112 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 556 160 396 53 1 38 4 64 0 0 396 0 0 0.3312 0.0000 0.0000 3.297 0.09 3.09 -3.00 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2322 0.6180 0.1498 1 1 0.2394 0.6139 0.1466 1 1 0.2491 0.6085 0.1424
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 376 106 270 0 0 30 0 76 0 0 254 0 16 0.0000 0.0000 0.0593 2.533 6.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0937 0.9063 2 2 0.0000 0.0993 0.9007
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 345 98 247 42 0 3 1 52 0 0 247 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 31.667 0.26 1.50 -1.24 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1276 0.4938 0.3786 1 1 0.1316 0.4941 0.3743 1 1 0.1369 0.4946 0.3685
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 592 138 454 129 0 1 0 8 0 0 454 0 0 0.9348 0.0000 0.0000 137.000 0.91 4.25 -3.34 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1033 0.8967 0.0000 0 0 0.5298 0.4702 0.0000
chr9 38411406 GCGGTCAT G 0.500000 0.050 1 -7 1 230 100 130 97 0 0 0 3 0 0 130 0 0 0.9700 0.0000 0.0000 100.000 0.14 8.67 -8.52 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0789 0.9211 0.0000 0 0 0.5959 0.4041 0.0000 0 0 0.7704 0.2296 0.0000
chr9 38411418 A AT 0.500000 0.050 1 1 3 230 101 129 97 0 0 0 4 0 0 129 0 0 0.9604 0.0000 0.0000 101.000 0.15 6.75 -6.60 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0167 0.9833 0.0000 0 1 0.4312 0.5688 0.0000 0 0 0.6983 0.3017 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 397 60 337 9 0 0 0 51 0 0 337 0 0 0.1500 0.0000 0.0000 60.000 0.78 1.08 -0.30 7 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.9914 0.0086 2 1 0.0000 0.8928 0.1072
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 383 105 278 7 0 4 0 94 0 0 262 0 16 0.0667 0.0000 0.0576 33.667 0.14 13.94 -13.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8811 0.1189 2 1 0.0000 0.5004 0.4996
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 642 152 490 59 0 17 0 76 0 0 479 0 11 0.3882 0.0000 0.0224 7.941 0.31 9.30 -9.00 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0378 0.3604 0.6018 1 2 0.0412 0.3681 0.5907 1 2 0.0462 0.3782 0.5755
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 432 120 312 61 0 2 0 57 0 0 311 0 1 0.5083 0.0000 0.0032 59.000 0.26 3.16 -2.90 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2681 0.5335 0.1984 1 1 0.2682 0.5310 0.2008 1 1 0.2683 0.5278 0.2040
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 236 72 164 71 0 0 0 1 0 0 164 0 0 0.9861 0.0000 0.0000 72.000 0.13 4.00 -3.87 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5385 0.4615 0.0000 0 0 0.7471 0.2529 0.0000 0 0 0.7909 0.2091 0.0000
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 349 119 230 8 1 22 4 84 0 0 226 1 3 0.0672 0.0000 0.0174 4.409 0.25 3.08 -2.83 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9764 0.0236 2 1 0.0000 0.7569 0.2431
chr9 93259430 CGCTGCCCCCTCAACCTGTGTTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGT C 0.500000 0.050 1 -54 1 452 111 341 101 0 7 0 3 0 0 339 0 2 0.9099 0.0000 0.0059 14.857 0.73 20.33 -19.60 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.2996 0.7004 0.0000 0 0 0.6370 0.3630 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 450 180 270 0 0 8 0 172 0 0 270 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 21.500 8.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0160 0.9840
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 593 239 354 87 2 1 0 149 0 0 353 0 1 0.3640 0.0000 0.0028 237.000 0.20 3.40 -3.21 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0021 0.1140 0.8840 1 2 0.0026 0.1238 0.8736 1 2 0.0034 0.1381 0.8585
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 338 105 233 0 1 16 0 88 0 0 233 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.500 5.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1101 0.8899 2 2 0.0000 0.1129 0.8871 2 2 0.0000 0.1174 0.8826
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 870 146 724 0 0 42 3 101 0 2 713 1 8 0.0000 0.0000 0.0152 2.452 5.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0739 0.9261 2 2 0.0000 0.0762 0.9238
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 352 83 269 0 0 0 0 83 0 0 269 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 83.000 2.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.1144 0.8856 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 697 138 559 2 0 2 0 134 0 0 558 0 1 0.0145 0.0000 0.0018 68.000 1.00 4.71 -3.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4671 0.5329 2 2 0.0000 0.1199 0.8801 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 646 154 492 0 0 3 2 149 0 1 488 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 49.667 2.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0235 0.9765 2 2 0.0000 0.0259 0.9741
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 281 109 172 0 0 3 0 106 0 0 168 0 4 0.0000 0.0000 0.0233 35.333 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 804 197 607 82 2 35 2 76 0 0 601 0 6 0.4162 0.0000 0.0099 4.629 1.01 3.66 -2.65 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2238 0.5511 0.2251 1 1 0.2258 0.5473 0.2270 1 1 0.2282 0.5424 0.2294
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 471 107 364 0 0 18 1 88 0 0 364 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.944 6.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1003 0.8997 2 2 0.0000 0.1060 0.8940
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 647 142 505 68 1 9 1 63 0 0 494 0 11 0.4789 0.0000 0.0218 14.778 0.21 5.62 -5.41 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1662 0.5331 0.3008 1 1 0.1695 0.5306 0.2999 1 1 0.1739 0.5274 0.2986
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 500 195 305 154 0 23 0 18 0 0 304 1 0 0.7897 0.0000 0.0033 7.478 0.34 3.28 -2.94 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0364 0.9636 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 481 189 292 174 0 4 0 11 0 0 291 0 1 0.9206 0.0000 0.0034 46.250 0.11 3.18 -3.07 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0236 0.9764 0.0000 0 1 0.4285 0.5715 0.0000
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 287 75 212 35 0 6 0 34 0 0 210 0 2 0.4667 0.0000 0.0094 11.500 0.31 7.76 -7.45 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2275 0.5214 0.2511 1 1 0.2287 0.5198 0.2515 1 1 0.2303 0.5177 0.2520
chr9 130681583 C CCGCACG 0.500000 0.050 1 6 4 500 156 344 10 1 22 0 123 0 0 336 1 7 0.0641 0.0000 0.0233 6.045 1.40 6.02 -4.62 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9732 0.0268 2 1 0.0000 0.6669 0.3331
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 234 117 117 107 0 5 0 5 0 0 117 0 0 0.9145 0.0000 0.0000 22.400 1.70 1.60 0.10 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.3323 0.6677 0.0000 0 0 0.6699 0.3301 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 234 117 117 107 0 5 0 5 0 0 117 0 0 0.9145 0.0000 0.0000 22.400 1.70 1.60 0.10 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.3323 0.6677 0.0000 0 0 0.6699 0.3301 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 435 113 322 0 0 11 1 101 0 0 306 0 16 0.0000 0.0000 0.0497 9.273 13.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 194 96 98 9 32 16 2 37 0 0 98 0 0 0.0938 0.0000 0.0000 5.000 0.11 2.76 -2.65 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2600 0.5232 0.2168 1 1 0.2601 0.5214 0.2184 1 1 0.2602 0.5192 0.2205
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 694 146 548 76 0 9 0 61 0 0 544 0 4 0.5205 0.0000 0.0073 15.222 0.18 8.66 -8.47 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5749 0.4157 0.0094 1 0 0.5728 0.4175 0.0098 1 0 0.5698 0.4200 0.0103
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 356 101 255 7 0 0 0 94 0 0 251 0 4 0.0693 0.0000 0.0157 101.000 1.14 1.65 -0.51 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.9895 0.0105
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 668 155 513 116 1 35 0 3 0 0 513 0 0 0.7484 0.0000 0.0000 3.429 0.28 6.67 -6.38 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8287 0.1713 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr10 18655037 AT A 0.002315 0.050 1 -1 3 75 41 34 15 0 1 0 25 0 0 34 0 0 0.3659 0.0000 0.0000 40.000 0.27 1.00 -0.73 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3661 0.6316 0.0023 1 1 0.3714 0.6264 0.0022 1 1 0.3784 0.6195 0.0022
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 816 209 607 1 0 29 4 175 0 1 590 0 16 0.0048 0.0000 0.0280 6.207 0.00 5.65 -5.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0170 0.9830
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 677 121 556 68 0 3 0 50 0 1 554 0 1 0.5620 0.0000 0.0036 39.333 0.32 3.92 -3.60 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5847 0.3799 0.0354 1 0 0.5782 0.3843 0.0375 1 0 0.5694 0.3902 0.0403
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 236 100 136 56 0 2 0 42 0 1 135 0 0 0.5600 0.0000 0.0074 49.000 0.23 2.10 -1.86 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6449 0.3534 0.0018 1 0 0.6404 0.3577 0.0018 1 0 0.6344 0.3636 0.0020
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 513 145 368 129 0 7 0 9 0 0 368 0 0 0.8897 0.0000 0.0000 19.714 0.40 1.22 -0.82 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1058 0.8942 0.0000 0 0 0.6034 0.3966 0.0000
chr10 30027571 A ACTG 0.007813 0.050 1 3 1 762 165 597 124 4 32 0 5 0 1 596 0 0 0.7515 0.0000 0.0017 4.156 0.15 3.00 -2.85 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4813 0.5187 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.050 1 18 4 221 84 137 40 0 7 0 37 0 0 118 0 19 0.4762 0.0000 0.1387 11.000 0.03 13.95 -13.92 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2853 0.7100 0.0047 1 1 0.2934 0.7020 0.0046 1 1 0.3042 0.6914 0.0044
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.050 1 1 1 475 160 315 106 0 1 0 53 0 1 313 0 1 0.6625 0.0000 0.0063 159.000 0.09 1.79 -1.70 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9063 0.0929 0.0007 1 0 0.8987 0.1004 0.0009 1 0 0.8877 0.1111 0.0012
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.050 1 -2 1 903 228 675 124 1 5 0 98 0 0 674 0 1 0.5439 0.0000 0.0015 44.600 0.19 2.07 -1.89 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6636 0.3199 0.0165 1 0 0.6563 0.3256 0.0180 1 0 0.6463 0.3335 0.0202
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 541 130 411 69 0 9 0 52 0 0 411 0 0 0.5308 0.0000 0.0000 15.125 0.10 3.79 -3.69 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6599 0.3397 0.0004 1 0 0.6553 0.3442 0.0005 1 0 0.6491 0.3504 0.0005
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 119 57 62 34 0 0 0 23 0 0 62 0 0 0.5965 0.0000 0.0000 57.000 0.21 6.22 -6.01 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5570 0.4092 0.0338 1 0 0.5526 0.4124 0.0350 1 0 0.5468 0.4166 0.0366
chr10 63214835 TTCA T 0.005181 0.050 1 -3 1 674 143 531 134 2 3 0 4 0 0 531 0 0 0.9371 0.0000 0.0000 46.667 0.57 3.00 -2.43 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8959 0.1041 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 188 100 88 97 0 2 0 1 0 0 88 0 0 0.9700 0.0000 0.0000 49.000 0.53 18.00 -17.47 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 187 104 83 100 0 2 0 2 0 0 83 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 51.000 0.64 10.00 -9.36 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9865 0.0135 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 344 77 267 0 0 15 3 59 0 0 267 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.133 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5210 0.4790 2 1 0.0000 0.5288 0.4712 2 1 0.0000 0.5395 0.4605
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 502 223 279 109 4 16 1 93 0 0 278 0 1 0.4888 0.0000 0.0036 12.750 0.31 5.46 -5.15 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6416 0.3574 0.0010 1 0 0.6385 0.3605 0.0010 1 0 0.6340 0.3649 0.0011
chr10 89645083 G GC 0.000010 0.050 1 1 1 587 185 402 107 0 10 1 67 0 0 400 0 2 0.5784 0.0000 0.0050 17.500 0.36 2.45 -2.09 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8339 0.1661 0.0000 1 0 0.8262 0.1738 0.0000 1 0 0.8156 0.1844 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 631 132 499 120 0 7 0 5 0 0 499 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 17.857 0.37 6.40 -6.03 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0167 0.9833 0.0000 0 0 0.6651 0.3349 0.0000 0 0 0.8894 0.1106 0.0000
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 458 151 307 79 0 1 0 71 0 0 304 0 3 0.5232 0.0000 0.0098 150.000 0.20 3.01 -2.81 21 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5030 0.4919 0.0052 1 0 0.5043 0.4905 0.0053 1 0 0.5058 0.4888 0.0054
chr10 102157285 C CGAG 0.000014 0.050 1 3 1 387 117 270 64 0 8 0 45 0 1 266 0 3 0.5470 0.0000 0.0148 13.625 0.22 3.11 -2.89 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6687 0.3313 0.0000 1 0 0.6638 0.3362 0.0000 1 0 0.6572 0.3428 0.0000
chr10 102450822 GCGGCGCAGGGC G 0.000013 0.050 1 -11 2 577 121 456 108 1 9 0 3 0 0 455 0 1 0.8926 0.0000 0.0022 12.444 0.32 7.67 -7.34 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 396 90 306 38 0 6 0 46 0 0 304 0 2 0.4222 0.0000 0.0065 14.000 0.53 6.22 -5.69 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1451 0.5028 0.3522 1 1 0.1490 0.5027 0.3483 1 1 0.1543 0.5027 0.3430
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 431 122 309 58 0 14 0 50 0 0 294 0 15 0.4754 0.0000 0.0485 7.714 0.69 13.36 -12.67 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3706 0.6181 0.0113 1 1 0.3764 0.6124 0.0112 1 1 0.3839 0.6051 0.0111
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 339 147 192 78 0 4 0 65 0 0 191 0 1 0.5306 0.0000 0.0052 35.750 0.51 2.66 -2.15 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5145 0.4391 0.0464 1 0 0.5112 0.4405 0.0483 1 0 0.5067 0.4425 0.0508
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 218 83 135 43 0 4 1 35 0 0 134 0 1 0.5181 0.0000 0.0074 19.750 0.30 3.17 -2.87 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1855 0.5480 0.2664 1 1 0.1840 0.5457 0.2704 1 1 0.1819 0.5426 0.2755
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 431 157 274 0 0 23 2 132 0 0 271 0 3 0.0000 0.0000 0.0109 5.739 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0314 0.9686
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 593 109 484 55 1 9 0 44 0 0 467 0 17 0.5046 0.0000 0.0351 11.000 1.20 12.34 -11.14 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3385 0.5788 0.0827 1 1 0.3431 0.5747 0.0822 1 1 0.3491 0.5694 0.0815
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 296 117 179 66 1 7 0 43 0 0 178 1 0 0.5641 0.0000 0.0056 15.714 0.18 1.07 -0.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5430 0.4007 0.0564 1 0 0.5330 0.4066 0.0604 1 0 0.5196 0.4144 0.0660
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 545 112 433 56 0 12 0 44 0 0 431 0 2 0.5000 0.0000 0.0046 8.333 0.73 10.95 -10.22 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5728 0.4162 0.0110 1 0 0.5702 0.4184 0.0114 1 0 0.5667 0.4213 0.0119
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.050 1 -3 2 1423 299 1124 155 4 23 2 115 2 2 1109 1 10 0.5184 0.0018 0.0133 11.957 0.86 3.79 -2.93 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7769 0.2210 0.0022 1 0 0.7700 0.2276 0.0025 1 0 0.7604 0.2368 0.0029
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 756 169 587 52 0 61 1 55 0 0 587 0 0 0.3077 0.0000 0.0000 1.754 0.42 10.04 -9.61 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1739 0.5244 0.3017 1 1 0.1762 0.5224 0.3014 1 1 0.1793 0.5199 0.3008
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 862 261 601 10 0 87 2 162 0 0 601 0 0 0.0383 0.0000 0.0000 1.989 5.00 9.72 -4.72 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9056 0.0944 2 2 0.0000 0.3571 0.6429
chr11 2445250 A ACGCGCCCAT 0.000730 0.050 1 9 1 425 111 314 94 0 14 1 2 0 0 314 0 0 0.8468 0.0000 0.0000 6.857 0.70 9.00 -8.30 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 361 120 241 0 0 6 0 114 0 0 240 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 19.000 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0525 0.9475 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0597 0.9403
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 720 245 475 118 1 7 0 119 0 0 475 0 0 0.4816 0.0000 0.0000 34.000 0.23 1.11 -0.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2124 0.5721 0.2155 1 1 0.2152 0.5667 0.2182 1 1 0.2186 0.5599 0.2215
chr11 4545229 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 358 100 258 49 1 1 0 49 0 0 257 1 0 0.4900 0.0000 0.0039 98.000 0.16 1.27 -1.10 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2349 0.5303 0.2348 1 1 0.2360 0.5280 0.2360 1 1 0.2375 0.5251 0.2374
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 211 116 95 63 1 1 0 51 0 0 94 0 1 0.5431 0.0000 0.0105 114.000 0.06 2.12 -2.05 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3851 0.4950 0.1199 1 1 0.3807 0.4952 0.1240 1 1 0.3749 0.4956 0.1295
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 538 151 387 10 0 3 0 138 0 0 387 0 0 0.0662 0.0000 0.0000 49.333 0.20 1.11 -0.91 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9632 0.0368 2 1 0.0000 0.5998 0.4002
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 477 113 364 0 0 3 0 110 0 0 362 0 2 0.0000 0.0000 0.0055 36.667 1.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0564 0.9436 2 2 0.0000 0.0594 0.9406 2 2 0.0000 0.0639 0.9361
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 617 130 487 54 1 4 0 71 0 0 484 0 3 0.4154 0.0000 0.0062 31.500 0.09 5.99 -5.89 30 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0737 0.4422 0.4840 1 2 0.0780 0.4458 0.4762 1 2 0.0839 0.4504 0.4657
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 437 123 314 58 0 4 0 61 0 0 314 0 0 0.4715 0.0000 0.0000 29.750 0.22 2.26 -2.04 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1989 0.5335 0.2676 1 1 0.2013 0.5310 0.2677 1 1 0.2044 0.5278 0.2678
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 495 106 389 67 0 12 0 27 0 0 375 0 14 0.6321 0.0000 0.0360 7.833 0.25 15.96 -15.71 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5856 0.3696 0.0448 1 0 0.5744 0.3771 0.0485 1 0 0.5592 0.3870 0.0538
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 678 159 519 81 0 11 1 66 0 0 516 0 3 0.5094 0.0000 0.0058 13.455 0.17 4.33 -4.16 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3659 0.5108 0.1233 1 1 0.3627 0.5099 0.1274 1 1 0.3583 0.5087 0.1330
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 330 83 247 37 0 5 0 41 0 0 244 0 3 0.4458 0.0000 0.0121 15.600 0.19 1.22 -1.03 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1634 0.5101 0.3265 1 1 0.1666 0.5093 0.3241 1 1 0.1708 0.5083 0.3209
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.050 1 4 1 593 159 434 150 0 5 0 4 0 0 434 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 30.800 1.53 5.75 -4.22 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0598 0.9402 0.0000 0 0 0.7365 0.2635 0.0000 0 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 756 235 521 182 2 46 0 5 0 0 520 0 1 0.7745 0.0000 0.0019 4.087 2.37 8.60 -6.23 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 0 0.6290 0.3710 0.0000 0 0 0.8983 0.1017 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 658 126 532 0 0 14 0 112 0 0 514 0 18 0.0000 0.0000 0.0338 8.000 9.71 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0366 0.9634 2 2 0.0000 0.0389 0.9611 2 2 0.0000 0.0425 0.9575
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 626 145 481 139 2 2 0 2 0 0 481 0 0 0.9586 0.0000 0.0000 70.500 0.96 1.50 -0.54 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5707 0.4293 0.0000 0 0 0.8944 0.1056 0.0000 0 0 0.9328 0.0672 0.0000
chr11 8921341 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 211 101 110 49 0 0 0 52 0 0 108 0 2 0.4851 0.0000 0.0182 101.000 0.31 2.31 -2.00 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1804 0.5239 0.2957 1 1 0.1832 0.5221 0.2947 1 1 0.1869 0.5198 0.2933
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 284 166 118 0 0 18 6 142 0 0 117 1 0 0.0000 0.0000 0.0085 8.222 3.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 187 93 94 45 0 0 0 48 0 0 94 0 0 0.4839 0.0000 0.0000 93.000 0.24 3.29 -3.05 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2023 0.5256 0.2721 1 1 0.2044 0.5237 0.2719 1 1 0.2072 0.5213 0.2715
chr11 27362901 TTCATCCACGTCTTCCTCA T 0.500000 0.050 1 -18 1 528 168 360 92 0 29 0 47 0 0 351 0 9 0.5476 0.0000 0.0250 4.793 0.14 16.23 -16.09 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6980 0.2821 0.0199 1 0 0.6851 0.2925 0.0224 1 0 0.6674 0.3066 0.0261
chr11 44309737 TGCTGCGGCTGCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 479 93 386 44 0 5 0 44 0 0 386 0 0 0.4731 0.0000 0.0000 17.600 0.45 10.23 -9.77 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2366 0.5269 0.2366 1 1 0.2376 0.5248 0.2376 1 1 0.2389 0.5223 0.2389
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 738 250 488 238 1 7 0 4 0 0 488 0 0 0.9520 0.0000 0.0000 34.714 0.17 3.50 -3.33 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3739 0.6261 0.0000 0 0 0.9617 0.0383 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr11 55555134 CTCTCTGAGAACACACAGTTCTGAAG C 0.500000 0.050 1 -25 1 563 150 413 148 0 0 0 2 0 0 413 0 0 0.9867 0.0000 0.0000 150.000 0.74 13.50 -12.76 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6129 0.3871 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.050 1 -5 2 700 145 555 69 0 1 0 75 0 0 551 1 3 0.4759 0.0000 0.0072 144.000 1.04 4.96 -3.92 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1329 0.5168 0.3502 1 1 0.1369 0.5155 0.3476 1 1 0.1423 0.5138 0.3439
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 687 147 540 0 0 3 1 143 0 0 538 0 2 0.0000 0.0000 0.0037 48.000 2.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 616 133 483 126 0 2 0 5 0 0 483 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 65.500 0.27 1.20 -0.93 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 1 0.4429 0.5571 0.0000 0 0 0.7619 0.2381 0.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 524 125 399 70 0 2 0 53 0 0 399 0 0 0.5600 0.0000 0.0000 61.500 0.13 1.43 -1.31 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4568 0.4581 0.0851 1 1 0.4499 0.4608 0.0894 1 1 0.4405 0.4642 0.0953
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 83 40 43 0 0 0 0 40 0 1 41 0 1 0.0000 0.0000 0.0465 40.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3540 0.6460 2 2 0.0000 0.3319 0.6681 2 2 0.0000 0.3188 0.6812
chr11 61490562 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 153 82 71 78 0 2 0 2 0 0 71 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 40.000 0.06 1.50 -1.44 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2163 0.7837 0.0000 0 0 0.6434 0.3566 0.0000 0 0 0.7553 0.2447 0.0000
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.050 1 15 1 647 208 439 155 5 43 1 4 0 1 437 0 1 0.7452 0.0000 0.0046 3.881 0.43 3.75 -3.32 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0141 0.9859 0.0000 0 0 0.6235 0.3765 0.0000 0 0 0.8687 0.1313 0.0000
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 243 78 165 38 0 11 0 29 0 0 164 0 1 0.4872 0.0000 0.0061 6.091 0.29 3.17 -2.88 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3429 0.5017 0.1554 1 1 0.3397 0.5015 0.1588 1 1 0.3354 0.5013 0.1632
chr11 63764047 C CCTCCTCCTCCTCTGG 0.500000 0.050 1 15 1 511 109 402 46 0 23 0 40 0 0 390 1 11 0.4220 0.0000 0.0299 3.739 0.65 9.75 -9.10 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1723 0.5194 0.3083 1 1 0.1753 0.5179 0.3067 1 1 0.1793 0.5161 0.3046
chr11 65557854 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 3 358 102 256 76 7 15 0 4 0 0 256 0 0 0.7451 0.0000 0.0000 5.800 0.53 3.25 -2.72 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0118 0.9882 0.0000 0 1 0.3488 0.6512 0.0000 0 0 0.6229 0.3771 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 328 120 208 4 1 18 6 91 0 0 197 3 8 0.0333 0.0000 0.0529 5.667 0.25 5.22 -4.97 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.6587 0.3413 2 2 0.0000 0.3239 0.6761
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 123 64 59 31 1 6 0 26 1 0 57 0 1 0.4844 0.0169 0.0339 9.667 0.45 3.77 -3.32 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3172 0.5075 0.1753 1 1 0.3150 0.5069 0.1781 1 1 0.3120 0.5062 0.1818
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 627 161 466 92 0 29 1 39 0 0 441 0 25 0.5714 0.0000 0.0536 4.552 0.14 3.56 -3.42 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5859 0.3735 0.0406 1 0 0.5753 0.3806 0.0441 1 0 0.5609 0.3898 0.0493
chr11 71566054 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGCAATCCCTG C 0.500000 0.050 1 -30 1 875 267 608 151 0 32 0 84 1 0 577 2 28 0.5655 0.0016 0.0510 7.344 0.40 19.60 -19.20 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6956 0.2887 0.0157 1 0 0.6841 0.2981 0.0178 1 0 0.6681 0.3108 0.0211
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 750 215 535 121 0 51 0 43 0 0 515 0 20 0.5628 0.0000 0.0374 3.216 0.29 16.77 -16.48 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8729 0.1243 0.0028 1 0 0.8618 0.1347 0.0035 1 0 0.8458 0.1496 0.0046
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 774 210 564 0 0 1 0 209 0 0 564 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 209.000 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0057 0.9943 2 2 0.0000 0.0066 0.9934
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 682 158 524 135 2 15 0 6 0 0 524 0 0 0.8544 0.0000 0.0000 9.533 0.37 3.50 -3.13 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3479 0.6521 0.0000 0 0 0.7416 0.2584 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 233 91 142 55 0 1 0 35 0 0 140 0 2 0.6044 0.0000 0.0141 90.000 0.35 18.31 -17.97 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4790 0.4402 0.0808 1 0 0.4709 0.4441 0.0851 1 0 0.4600 0.4490 0.0909
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 475 122 353 112 1 7 0 2 0 0 352 0 1 0.9180 0.0000 0.0028 16.429 0.17 4.00 -3.83 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1137 0.8863 0.0000 0 0 0.6864 0.3136 0.0000 0 0 0.8312 0.1688 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1076 306 770 0 2 54 16 234 0 0 769 0 1 0.0000 0.0000 0.0013 4.574 7.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.050 1 6 1 183 89 94 39 0 16 0 34 0 1 91 0 2 0.4382 0.0000 0.0319 4.562 0.36 4.68 -4.32 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2875 0.5184 0.1941 1 1 0.2865 0.5170 0.1965 1 1 0.2852 0.5153 0.1995
chr11 113808112 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 3 402 123 279 65 0 4 0 54 0 0 278 0 1 0.5285 0.0000 0.0036 29.750 0.49 3.30 -2.80 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3591 0.5073 0.1336 1 1 0.3558 0.5066 0.1375 1 1 0.3514 0.5059 0.1428
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 668 200 468 1 0 28 1 170 0 0 465 1 2 0.0050 0.0000 0.0064 6.107 2.00 10.36 -8.36 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0262 0.9738 2 2 0.0000 0.0221 0.9779
chr11 124016101 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 675 188 487 184 0 0 0 4 0 0 487 0 0 0.9787 0.0000 0.0000 188.000 1.48 4.25 -2.77 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1302 0.8698 0.0000 0 0 0.8660 0.1340 0.0000 0 0 0.9490 0.0510 0.0000
chr11 124543152 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 626 118 508 51 0 6 0 61 0 0 507 0 1 0.4322 0.0000 0.0020 18.667 0.22 3.57 -3.36 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1262 0.4992 0.3745 1 1 0.1302 0.4992 0.3706 1 1 0.1356 0.4991 0.3652
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 291 104 187 0 1 10 0 93 0 0 187 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.300 5.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0947 0.9053 2 2 0.0000 0.0981 0.9019 2 2 0.0000 0.1031 0.8969
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 240 103 137 88 1 12 0 2 1 0 136 0 0 0.8544 0.0073 0.0073 7.583 0.23 6.00 -5.77 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2686 0.7314 0.0000 0 0 0.7074 0.2926 0.0000 0 0 0.8042 0.1958 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 451 157 294 60 6 16 3 72 0 0 291 1 2 0.3822 0.0000 0.0102 8.812 0.70 3.51 -2.81 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1156 0.5015 0.3829 1 1 0.1198 0.5012 0.3789 1 1 0.1255 0.5009 0.3735
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 372 157 215 83 0 0 0 74 0 0 213 0 2 0.5287 0.0000 0.0093 157.000 0.90 1.85 -0.95 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2609 0.5495 0.1896 1 1 0.2597 0.5464 0.1939 1 1 0.2581 0.5424 0.1995
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 497 162 335 63 6 30 0 63 0 1 334 0 0 0.3889 0.0000 0.0030 4.400 0.14 2.97 -2.83 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3483 0.5159 0.1358 1 1 0.3469 0.5142 0.1389 1 1 0.3449 0.5122 0.1429
chr12 1953157 TTGCTGCTGC T 0.000191 0.050 1 -9 1 497 171 326 146 0 21 1 3 0 0 326 0 0 0.8538 0.0000 0.0000 7.143 1.40 9.00 -7.60 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 343 122 221 0 0 17 10 95 0 0 220 0 1 0.0000 0.0000 0.0045 6.562 3.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0540 0.9460 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0607 0.9393
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 283 105 178 1 1 7 0 96 0 0 171 0 7 0.0095 0.0000 0.0393 14.000 0.00 4.73 -4.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5012 0.4988 2 2 0.0000 0.2051 0.7949 2 2 0.0000 0.1434 0.8566
chr12 11268099 GGTACGTTGGGGCTGGTTTCCTCCTTGTGGGCGTCGTCCTTCTGGCTTTCCTGGAGGAGGT G 0.000345 0.050 1 -60 4 832 375 457 261 16 37 13 48 0 0 453 0 4 0.6960 0.0000 0.0088 9.108 2.31 3.50 -1.19 123 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5364 0.4636 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 630 173 457 89 0 17 0 67 0 0 452 0 5 0.5145 0.0000 0.0109 9.176 0.35 8.34 -7.99 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6439 0.3514 0.0047 1 0 0.6398 0.3553 0.0049 1 0 0.6340 0.3606 0.0053
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 333 192 141 165 0 14 0 13 0 0 141 0 0 0.8594 0.0000 0.0000 12.714 0.32 3.77 -3.45 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.1643 0.8357 0.0000
chr12 25038133 GC G 0.000004 0.050 1 -1 2 150 60 90 55 0 2 0 3 0 0 90 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 29.000 0.09 1.00 -0.91 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 31089927 A AGGC 0.000631 0.050 1 3 2 364 142 222 94 2 3 2 41 0 0 222 0 0 0.6620 0.0000 0.0000 46.333 0.32 3.15 -2.83 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9205 0.0794 0.0000 1 0 0.9139 0.0861 0.0000 1 0 0.9042 0.0958 0.0000
chr12 40487719 AGGACTATCAGCTGGGGTGACAGGGACAACTGGACCATCAGCTGGAATAGCAGGTACAAAT A 0.001206 0.050 1 -60 1 208 37 171 9 0 9 0 19 0 2 164 0 5 0.2432 0.0000 0.0409 3.111 1.56 2.84 -1.29 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3330 0.6656 0.0015 1 1 0.3393 0.6593 0.0014 1 1 0.3476 0.6510 0.0014
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 621 162 459 102 0 2 0 58 0 0 459 0 0 0.6296 0.0000 0.0000 80.000 0.21 1.24 -1.04 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8489 0.1482 0.0029 1 0 0.8396 0.1570 0.0034 1 0 0.8265 0.1694 0.0041
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 857 171 686 79 1 14 1 76 1 0 685 0 0 0.4620 0.0015 0.0015 11.214 0.49 14.01 -13.52 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2923 0.5395 0.1682 1 1 0.2927 0.5364 0.1709 1 1 0.2930 0.5325 0.1746
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.050 1 3 2 482 157 325 2 72 22 0 61 0 0 318 2 5 0.0127 0.0000 0.0215 6.750 3.00 3.90 -0.90 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4838 0.5144 0.0018 1 1 0.4859 0.5123 0.0018 1 1 0.4884 0.5098 0.0018
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 437 117 320 63 0 20 0 34 0 0 308 0 12 0.5385 0.0000 0.0375 4.850 0.03 10.15 -10.12 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6568 0.3379 0.0053 1 0 0.6516 0.3428 0.0056 1 0 0.6445 0.3494 0.0061
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1048 278 770 209 2 63 0 4 0 0 770 0 0 0.7518 0.0000 0.0000 3.452 0.56 18.50 -17.94 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8509 0.1491 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 305 59 246 32 1 0 0 26 0 0 246 0 0 0.5424 0.0000 0.0000 59.000 0.19 1.54 -1.35 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4326 0.4728 0.0946 1 1 0.4299 0.4736 0.0965 1 1 0.4263 0.4746 0.0991
chr12 55427118 C CT 0.003326 0.050 1 1 1 404 96 308 92 0 2 0 2 0 0 308 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 47.000 0.55 1.00 -0.45 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9916 0.0084 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 375 70 305 33 9 17 1 10 0 0 305 0 0 0.4714 0.0000 0.0000 3.059 0.73 1.20 -0.47 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7232 0.2625 0.0144 0 1 0.3630 0.6291 0.0080 0 1 0.1572 0.8421 0.0007
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 367 110 257 106 0 1 0 3 0 0 257 0 0 0.9636 0.0000 0.0000 109.000 0.96 4.00 -3.04 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1365 0.8635 0.0000 0 0 0.7302 0.2698 0.0000 0 0 0.8595 0.1405 0.0000
chr12 69739850 GGATTAAAAAA G 0.000353 0.050 1 -10 3 172 92 80 87 0 2 1 2 0 0 79 0 1 0.9457 0.0000 0.0125 44.500 0.29 10.00 -9.71 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9937 0.0063 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 268 90 178 13 6 30 25 16 0 0 170 8 0 0.1444 0.0000 0.0449 1.538 2.15 3.88 -1.72 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1041 0.5132 0.3827 1 1 0.1111 0.5186 0.3703 1 1 0.1208 0.5254 0.3539
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 121 54 67 30 0 5 0 19 0 0 67 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 9.800 0.07 3.00 -2.93 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4514 0.4530 0.0956 1 1 0.4462 0.4553 0.0985 1 1 0.4393 0.4581 0.1025
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 936 285 651 0 0 27 4 254 0 0 650 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 9.556 3.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 92424800 T TA 0.008305 0.050 1 1 1 491 171 320 89 1 4 0 77 0 0 319 0 1 0.5205 0.0000 0.0031 41.750 0.12 1.25 -1.12 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5929 0.4056 0.0015 1 0 0.5911 0.4074 0.0016 1 0 0.5884 0.4099 0.0017
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 511 139 372 45 0 37 0 57 0 0 357 0 15 0.3237 0.0000 0.0403 2.757 0.44 9.04 -8.59 13 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0415 0.3629 0.5956 1 2 0.0451 0.3707 0.5842 1 2 0.0503 0.3809 0.5688
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 12 1 511 139 372 45 0 37 0 57 0 0 357 0 15 0.3237 0.0000 0.0403 2.757 0.44 9.04 -8.59 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0415 0.3629 0.5956 1 2 0.0451 0.3707 0.5842 1 2 0.0503 0.3809 0.5688
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 449 127 322 64 0 7 0 56 0 0 318 0 4 0.5039 0.0000 0.0124 17.143 0.48 3.84 -3.35 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2791 0.5330 0.1879 1 1 0.2788 0.5305 0.1907 1 1 0.2784 0.5274 0.1942
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1546 370 1176 186 5 75 4 100 1 0 1135 1 39 0.5027 0.0009 0.0349 3.867 0.75 5.00 -4.25 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7782 0.2152 0.0066 1 0 0.7668 0.2254 0.0078 1 0 0.7507 0.2396 0.0097
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 599 181 418 0 0 25 8 148 0 0 418 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.200 4.13 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 151 94 57 0 0 0 0 94 0 0 57 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 94.000 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0896 0.9104 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 241 106 135 57 3 2 1 43 0 0 134 0 1 0.5377 0.0000 0.0074 52.000 0.14 2.86 -2.72 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4336 0.4685 0.0980 1 1 0.4273 0.4705 0.1022 1 1 0.4188 0.4732 0.1080
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 235 110 125 53 1 12 1 43 0 0 125 0 0 0.4818 0.0000 0.0000 8.167 0.43 6.02 -5.59 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3675 0.4991 0.1334 1 1 0.3637 0.4991 0.1372 1 1 0.3585 0.4991 0.1424
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 441 106 335 30 16 26 11 23 0 0 331 0 4 0.2830 0.0000 0.0119 2.962 0.70 5.00 -4.30 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3537 0.5005 0.1458 1 1 0.3502 0.5004 0.1494 1 1 0.3455 0.5003 0.1542
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 377 105 272 0 0 5 0 100 0 0 261 0 11 0.0000 0.0000 0.0404 20.000 5.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0653 0.9347
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 289 78 211 0 0 12 1 65 0 0 200 0 11 0.0000 0.0000 0.0521 5.500 11.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1260 0.8740 2 2 0.0000 0.1303 0.8697 2 2 0.0000 0.1365 0.8635
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 663 155 508 0 0 16 0 139 0 0 486 0 22 0.0000 0.0000 0.0433 8.688 8.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 225 100 125 40 5 27 0 28 0 0 123 0 2 0.4000 0.0000 0.0160 2.704 0.20 3.57 -3.37 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4420 0.4588 0.0991 1 1 0.4350 0.4616 0.1034 1 1 0.4258 0.4651 0.1091
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 215 78 137 6 0 12 0 60 0 0 133 0 4 0.0769 0.0000 0.0292 5.500 1.33 3.65 -2.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9184 0.0816 2 1 0.0000 0.6657 0.3343
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 240 82 158 1 0 6 0 75 0 0 143 0 15 0.0122 0.0000 0.0949 12.667 0.00 8.45 -8.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3470 0.6530 2 2 0.0000 0.1749 0.8251 2 2 0.0000 0.1436 0.8564
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 568 146 422 7 1 41 3 94 0 0 418 0 4 0.0479 0.0000 0.0095 2.763 1.71 5.33 -3.62 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9159 0.0841 2 1 0.0000 0.5804 0.4196
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 545 162 383 7 5 45 9 96 0 0 379 0 4 0.0432 0.0000 0.0104 2.829 2.57 5.34 -2.77 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.7878 0.2122
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 533 146 387 62 3 35 1 45 0 0 387 0 0 0.4247 0.0000 0.0000 3.114 0.65 9.96 -9.31 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4882 0.4371 0.0747 1 0 0.4800 0.4410 0.0790 1 0 0.4690 0.4461 0.0849
chr13 44574554 CTGT C 0.001798 0.050 1 -3 1 638 142 496 57 0 20 6 59 0 0 496 0 0 0.4014 0.0000 0.0000 5.850 0.11 3.05 -2.95 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3814 0.6172 0.0013 1 1 0.3871 0.6116 0.0013 1 1 0.3944 0.6043 0.0013
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 531 224 307 210 2 9 0 3 0 0 307 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 23.667 0.58 13.00 -12.42 84 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6346 0.3654 0.0000 0 0 0.9656 0.0344 0.0000 0 0 0.9833 0.0167 0.0000
chr13 48303948 CGCCGCCGCT C 0.000995 0.050 1 -9 2 405 149 256 97 0 4 0 48 0 0 256 0 0 0.6510 0.0000 0.0000 36.250 0.35 8.58 -8.23 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9042 0.0958 0.0000 1 0 0.8970 0.1030 0.0000 1 0 0.8868 0.1132 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 700 151 549 6 0 41 1 103 0 0 542 2 5 0.0397 0.0000 0.0128 2.659 2.67 6.39 -3.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9650 0.0350 2 1 0.0000 0.8340 0.1660
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 127 61 66 33 0 1 0 27 0 0 66 0 0 0.5410 0.0000 0.0000 60.000 0.15 4.37 -4.22 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5463 0.4469 0.0069 1 0 0.5447 0.4483 0.0070 1 0 0.5426 0.4502 0.0072
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 488 142 346 117 0 22 0 3 1 2 342 1 0 0.8239 0.0029 0.0116 5.455 3.05 4.00 -0.95 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9497 0.0503 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 515 64 451 1 0 5 2 56 0 1 442 3 5 0.0156 0.0000 0.0200 11.800 0.00 4.89 -4.89 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2276 0.7724 2 2 0.0000 0.0988 0.9012 2 2 0.0000 0.0750 0.9250
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 472 69 403 18 2 26 2 21 1 1 397 0 4 0.2609 0.0025 0.0149 1.680 3.83 5.14 -1.31 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1864 0.5071 0.3065 1 1 0.1889 0.5065 0.3046 1 1 0.1921 0.5058 0.3021
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 698 167 531 145 0 16 0 6 1 1 529 0 0 0.8683 0.0019 0.0038 9.438 0.98 8.17 -7.19 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.4055 0.5945 0.0000 0 0 0.7847 0.2153 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 271 96 175 83 0 10 0 3 0 0 175 0 0 0.8646 0.0000 0.0000 8.600 1.29 6.00 -4.71 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0568 0.9432 0.0000 0 0 0.5108 0.4892 0.0000 0 0 0.7057 0.2943 0.0000
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 228 77 151 17 2 4 2 52 0 0 151 0 0 0.2208 0.0000 0.0000 24.000 0.24 9.94 -9.71 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0223 0.2737 0.7040 1 2 0.0249 0.2849 0.6902 1 2 0.0286 0.3067 0.6646
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 228 78 150 3 0 30 0 45 0 0 149 0 1 0.0385 0.0000 0.0067 1.600 1.67 10.20 -8.53 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9765 0.0235 2 1 0.0000 0.7041 0.2959 2 1 0.0000 0.5029 0.4971
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 394 90 304 1 0 2 0 87 0 0 304 0 0 0.0111 0.0000 0.0000 44.000 0.00 3.99 -3.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3643 0.6357 2 2 0.0000 0.1858 0.8142 2 2 0.0000 0.1527 0.8473
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 463 86 377 44 0 4 0 38 0 0 375 0 2 0.5116 0.0000 0.0053 20.500 0.05 3.24 -3.19 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2864 0.5208 0.1928 1 1 0.2856 0.5192 0.1952 1 1 0.2844 0.5172 0.1984
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 698 176 522 76 0 4 0 96 0 0 520 0 2 0.4318 0.0000 0.0038 43.000 1.68 2.20 -0.51 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0258 0.3534 0.6208 1 2 0.0277 0.3585 0.6138 1 2 0.0304 0.3654 0.6041
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 481 111 370 52 0 8 1 50 0 0 369 0 1 0.4685 0.0000 0.0027 12.750 0.08 1.00 -0.92 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2586 0.5314 0.2101 1 1 0.2598 0.5290 0.2112 1 1 0.2613 0.5260 0.2127
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 385 100 285 8 0 3 0 89 0 0 276 0 9 0.0800 0.0000 0.0316 32.333 0.00 18.69 -18.69 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9616 0.0384 2 1 0.0000 0.7144 0.2856
chr14 20197747 C CA 0.001620 0.050 1 1 2 331 59 272 56 0 0 0 3 0 0 272 0 0 0.9492 0.0000 0.0000 59.000 1.43 2.33 -0.90 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9506 0.0494 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 602 125 477 107 1 14 0 3 0 0 477 0 0 0.8560 0.0000 0.0000 7.929 0.36 7.67 -7.31 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3118 0.6882 0.0000 0 0 0.8858 0.1142 0.0000 0 0 0.9460 0.0540 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 558 172 386 11 0 21 0 140 0 0 384 0 2 0.0640 0.0000 0.0052 7.550 0.45 3.08 -2.62 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 1 0.0000 0.8382 0.1618
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 386 104 282 51 0 3 0 50 0 0 282 0 0 0.4904 0.0000 0.0000 33.667 0.06 4.86 -4.80 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3518 0.5251 0.1231 1 1 0.3530 0.5230 0.1240 1 1 0.3545 0.5204 0.1251
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 283 31 252 1 0 4 1 25 0 0 250 0 2 0.0323 0.0000 0.0079 6.750 4.00 3.36 0.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8036 0.1964 2 1 0.0000 0.6185 0.3815 2 1 0.0000 0.5521 0.4479
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 289 38 251 32 1 2 1 2 0 0 251 0 0 0.8421 0.0000 0.0000 36.000 2.12 6.00 -3.88 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0919 0.9081 0.0000 0 1 0.4303 0.5697 0.0000 0 0 0.5902 0.4098 0.0000
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 288 81 207 73 1 6 0 1 0 0 207 0 0 0.9012 0.0000 0.0000 12.500 0.16 2.00 -1.84 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9358 0.0642 0.0000 0 0 0.9733 0.0267 0.0000 0 0 0.9790 0.0210 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 431 120 311 48 4 21 0 47 0 0 309 0 2 0.4000 0.0000 0.0064 4.667 0.23 2.87 -2.64 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3789 0.5132 0.1079 1 1 0.3792 0.5117 0.1092 1 1 0.3795 0.5097 0.1108
chr14 38210558 CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG C 0.001365 0.050 1 -24 1 265 61 204 40 0 19 1 1 0 0 204 0 0 0.6557 0.0000 0.0000 2.211 0.38 27.00 -26.62 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9891 0.0109 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 687 133 554 59 1 22 0 51 0 0 546 0 8 0.4436 0.0000 0.0144 5.045 0.37 7.90 -7.53 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0855 0.5441 0.3705 1 1 0.0858 0.5410 0.3732 1 1 0.0861 0.5372 0.3766
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.050 1 3 1 218 79 139 51 0 1 0 27 0 0 137 0 2 0.6456 0.0000 0.0144 78.000 0.53 3.04 -2.51 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7294 0.2702 0.0004 1 0 0.7224 0.2772 0.0004 1 0 0.7130 0.2865 0.0005
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 139 65 74 39 0 1 0 25 0 0 74 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 64.000 0.08 3.00 -2.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6425 0.3544 0.0031 1 0 0.6377 0.3591 0.0032 1 0 0.6312 0.3654 0.0034
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 648 166 482 73 1 24 1 67 0 0 480 0 2 0.4398 0.0000 0.0041 5.875 0.90 6.12 -5.22 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1085 0.5710 0.3205 1 1 0.1083 0.5668 0.3248 1 1 0.1080 0.5615 0.3304
chr14 73522300 GCTT G 0.001053 0.050 1 -3 2 396 113 283 106 1 3 0 3 0 0 283 0 0 0.9381 0.0000 0.0000 36.667 0.22 2.00 -1.78 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9908 0.0092 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 464 105 359 40 0 24 0 41 0 0 357 1 1 0.3810 0.0000 0.0056 3.375 0.60 5.27 -4.67 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2508 0.5304 0.2187 1 1 0.2532 0.5284 0.2183 1 1 0.2564 0.5259 0.2178
chr14 77377808 TAAAG T 0.000474 0.050 1 -4 1 498 112 386 64 0 1 0 47 0 0 384 0 2 0.5714 0.0000 0.0052 111.000 0.31 3.85 -3.54 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6463 0.3536 0.0001 1 0 0.6422 0.3578 0.0001 1 0 0.6365 0.3634 0.0001
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 461 135 326 60 2 14 1 58 0 0 326 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 8.571 0.23 3.19 -2.96 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1968 0.5451 0.2581 1 1 0.1967 0.5421 0.2611 1 1 0.1965 0.5384 0.2651
chr14 103126551 GAGA G 0.001202 0.050 1 -3 2 239 89 150 81 0 6 0 2 0 0 150 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 13.833 0.44 5.00 -4.56 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr14 103338419 A ACAC 0.016069 0.050 1 3 1 275 115 160 96 3 14 0 2 0 0 160 0 0 0.8348 0.0000 0.0000 7.214 0.17 3.00 -2.83 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9659 0.0341 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 214 58 156 0 0 6 0 52 0 0 151 0 5 0.0000 0.0000 0.0321 8.667 8.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2359 0.7641 2 2 0.0000 0.2411 0.7589 2 2 0.0000 0.2484 0.7516
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.050 1 -6 2 471 93 378 31 1 23 4 34 1 0 377 0 0 0.3333 0.0026 0.0026 3.000 0.42 6.79 -6.37 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3752 0.5694 0.0554 1 1 0.3790 0.5661 0.0549 1 1 0.3839 0.5618 0.0543
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 476 96 380 39 0 49 4 4 1 0 379 0 0 0.4062 0.0026 0.0026 1.070 0.38 12.75 -12.37 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.2270 0.7730 0.0000 0 0 0.5979 0.4021 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 388 123 265 59 0 12 1 51 0 0 263 0 2 0.4797 0.0000 0.0075 9.250 0.12 3.06 -2.94 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4074 0.5005 0.0921 1 1 0.4068 0.4994 0.0938 1 1 0.4060 0.4981 0.0959
chr15 20535052 TCC T 0.033305 0.050 1 -2 1 124 24 100 10 0 3 3 8 0 1 99 0 0 0.4167 0.0000 0.0100 7.000 5.50 4.88 0.62 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4749 0.5085 0.0166 1 1 0.4754 0.5079 0.0167 1 1 0.4761 0.5072 0.0167
chr15 20535057 T TGA 0.035606 0.050 1 2 2 124 24 100 10 0 3 3 8 0 2 97 0 1 0.4167 0.0000 0.0300 7.000 5.50 4.88 0.62 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4735 0.5088 0.0177 1 1 0.4741 0.5082 0.0177 1 1 0.4748 0.5074 0.0177
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 339 102 237 5 1 7 2 87 0 0 235 0 2 0.0490 0.0000 0.0084 13.571 1.40 4.22 -2.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9518 0.0482 2 1 0.0000 0.7852 0.2148
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 207 52 155 0 0 2 1 49 0 0 147 5 3 0.0000 0.0000 0.0516 25.000 3.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0051 0.9949
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 565 130 435 0 0 4 2 124 0 0 425 1 9 0.0000 0.0000 0.0230 31.500 3.45 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 198 99 99 3 0 8 49 39 0 0 96 2 1 0.0303 0.0000 0.0303 7.500 3.00 1.21 1.79 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9675 0.0325 2 1 0.0000 0.6548 0.3452 2 2 0.0000 0.4566 0.5434
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 198 100 98 3 1 44 1 51 0 0 97 0 1 0.0300 0.0000 0.0102 1.273 3.00 2.12 0.88 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9747 0.0253 2 1 0.0000 0.6371 0.3629 2 2 0.0000 0.3935 0.6065
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 696 161 535 0 0 27 4 130 0 0 529 1 5 0.0000 0.0000 0.0112 4.963 3.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.050 1 12 4 279 109 170 45 0 16 0 48 0 0 163 0 7 0.4128 0.0000 0.0412 5.812 0.80 10.38 -9.57 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3494 0.6487 0.0019 1 1 0.3559 0.6422 0.0019 1 1 0.3643 0.6338 0.0018
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 439 152 287 74 0 7 0 71 0 0 287 0 0 0.4868 0.0000 0.0000 20.714 0.76 2.14 -1.38 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3435 0.5295 0.1270 1 1 0.3444 0.5268 0.1288 1 1 0.3454 0.5234 0.1311
chr15 43366217 CCCT C 0.002275 0.050 1 -3 1 428 105 323 100 0 1 0 4 0 0 323 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 104.000 0.08 2.25 -2.17 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8880 0.1120 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr15 45135574 CG C 0.000003 0.050 1 -1 1 822 256 566 234 2 9 1 10 0 0 566 0 0 0.9141 0.0000 0.0000 27.222 0.30 1.10 -0.80 82 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9185 0.0815 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 261 156 105 82 0 6 0 68 0 0 104 0 1 0.5256 0.0000 0.0095 25.000 0.13 3.28 -3.15 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3407 0.5243 0.1350 1 1 0.3365 0.5234 0.1401 1 1 0.3307 0.5223 0.1470
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 436 104 332 52 1 12 0 39 0 0 331 0 1 0.5000 0.0000 0.0030 7.583 0.46 4.23 -3.77 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3508 0.5075 0.1417 1 1 0.3455 0.5079 0.1466 1 1 0.3385 0.5083 0.1531
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 626 103 523 42 2 8 1 50 0 0 521 1 1 0.4078 0.0000 0.0038 11.750 1.14 5.06 -3.92 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3528 0.6299 0.0173 1 1 0.3588 0.6242 0.0170 1 1 0.3666 0.6167 0.0166
chr15 85247041 TCCC T 0.001521 0.050 1 -3 1 170 84 86 81 1 0 0 2 0 0 86 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 84.000 0.73 5.00 -4.27 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9950 0.0050 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 195 76 119 70 0 0 0 6 0 0 119 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 76.000 0.29 2.83 -2.55 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0522 0.9478 0.0000 0 0 0.9452 0.0548 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 762 197 565 3 0 19 2 173 0 0 565 0 0 0.0152 0.0000 0.0000 9.368 1.00 6.75 -5.75 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4132 0.5868 2 2 0.0000 0.0408 0.9592 2 2 0.0000 0.0194 0.9806
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 342 107 235 1 1 9 0 96 0 0 229 0 6 0.0093 0.0000 0.0255 10.889 0.00 6.82 -6.82 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 558 241 317 181 1 56 0 3 5 3 308 0 1 0.7510 0.0158 0.0284 3.426 1.82 6.33 -4.51 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9821 0.0179 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 558 242 316 94 1 50 10 87 0 0 307 1 8 0.3884 0.0000 0.0285 3.840 0.30 2.98 -2.68 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2443 0.6318 0.1239 1 1 0.2518 0.6259 0.1224 1 1 0.2616 0.6180 0.1203
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 332 134 198 57 0 29 2 46 2 0 190 0 6 0.4254 0.0101 0.0404 3.586 2.37 9.07 -6.70 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5182 0.4726 0.0092 1 0 0.5182 0.4724 0.0094 1 0 0.5181 0.4723 0.0096
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 41 18 23 11 0 1 0 6 0 0 23 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 17.000 0.36 1.33 -0.97 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4698 0.4628 0.0674 1 0 0.4673 0.4643 0.0683 1 1 0.4639 0.4668 0.0693
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 281 88 193 46 0 0 0 42 0 0 193 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 88.000 1.07 2.98 -1.91 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3784 0.5046 0.1170 1 1 0.3779 0.5035 0.1186 1 1 0.3770 0.5023 0.1207
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 412 91 321 47 5 35 1 3 0 0 321 0 0 0.5165 0.0000 0.0000 1.571 0.38 1.00 -0.62 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6011 0.3989 0.0000 0 0 0.9837 0.0163 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 234 60 174 0 0 1 0 59 0 0 168 0 6 0.0000 0.0000 0.0345 59.000 13.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6650 0.3350 2 1 0.0000 0.6722 0.3278 2 1 0.0000 0.6821 0.3179
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 789 162 627 89 0 3 0 70 0 0 625 0 2 0.5494 0.0000 0.0032 53.000 0.25 1.60 -1.35 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5831 0.3880 0.0289 1 0 0.5780 0.3914 0.0306 1 0 0.5710 0.3960 0.0329
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 364 88 276 0 0 1 0 87 0 0 276 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 87.000 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 364 88 276 0 0 1 0 87 0 0 276 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 87.000 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCG 0.006791 0.050 1 3 6 578 149 429 9 2 48 1 89 0 0 422 1 6 0.0604 0.0000 0.0163 2.104 2.67 3.62 -0.95 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9988 0.0012
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 235 101 134 51 0 4 0 46 0 1 133 0 0 0.5050 0.0000 0.0075 24.250 0.14 2.96 -2.82 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5292 0.4599 0.0108 1 0 0.5285 0.4604 0.0111 1 0 0.5274 0.4612 0.0114
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 415 116 299 111 0 4 0 1 0 0 299 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 28.000 0.34 3.00 -2.66 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6685 0.3315 0.0000 0 0 0.8334 0.1666 0.0000 0 0 0.8617 0.1383 0.0000
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 446 154 292 40 5 66 3 40 0 0 289 0 3 0.2597 0.0000 0.0103 1.333 2.73 4.83 -2.10 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3822 0.5335 0.0843 1 1 0.3843 0.5312 0.0845 1 1 0.3870 0.5283 0.0848
chr16 11927872 ATTCTGACCTGTAGGGCCAAAGGAGGGAATGTTTTCACACATAT A 0.011371 0.050 1 -43 2 240 56 184 53 0 2 0 1 0 0 183 0 1 0.9464 0.0000 0.0054 27.000 0.25 43.00 -42.75 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9265 0.0735 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 137 54 83 0 0 1 0 53 0 0 83 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 53.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr16 23149100 A AGAGGAGGGC 0.000809 0.050 1 9 1 360 105 255 84 2 17 0 2 0 0 254 0 1 0.8000 0.0000 0.0039 5.176 0.95 5.00 -4.05 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9876 0.0124 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 830 166 664 69 1 41 1 54 1 0 663 0 0 0.4157 0.0015 0.0015 3.024 0.45 17.39 -16.94 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5367 0.4126 0.0507 1 0 0.5307 0.4160 0.0533 1 0 0.5226 0.4204 0.0570
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 148 81 67 3 0 1 1 76 0 0 66 0 1 0.0370 0.0000 0.0149 80.000 0.33 1.99 -1.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9452 0.0548 2 1 0.0000 0.5174 0.4826 2 2 0.0000 0.3194 0.6806
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 993 242 751 10 2 48 5 177 0 0 750 0 1 0.0413 0.0000 0.0013 4.042 0.20 3.80 -3.60 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9699 0.0301 2 1 0.0000 0.5179 0.4821
chr16 67195890 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 482 217 265 102 0 56 0 59 0 0 255 0 10 0.4700 0.0000 0.0377 2.875 0.65 7.25 -6.61 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6578 0.3170 0.0252 1 0 0.6458 0.3262 0.0280 1 0 0.6293 0.3385 0.0322
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 778 181 597 10 2 31 15 123 0 0 596 0 1 0.0552 0.0000 0.0017 4.774 3.90 3.11 0.79 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9808 0.0192 2 1 0.0000 0.6971 0.3029
chr16 67968592 GCCCGCCGCTGTC G 0.500000 0.050 1 -12 2 309 116 193 45 0 27 0 44 0 0 190 0 3 0.3879 0.0000 0.0155 3.296 0.69 11.77 -11.08 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2133 0.5269 0.2598 1 1 0.2151 0.5248 0.2600 1 1 0.2175 0.5223 0.2602
chr16 71922608 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 310 147 163 66 1 28 0 52 0 0 160 0 3 0.4490 0.0000 0.0184 4.250 9.97 5.71 4.26 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3858 0.4959 0.1183 1 1 0.3815 0.4961 0.1224 1 1 0.3757 0.4963 0.1280
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 310 151 159 67 0 20 0 64 0 0 159 0 0 0.4437 0.0000 0.0000 6.550 4.43 10.47 -6.04 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2655 0.5372 0.1973 1 1 0.2658 0.5344 0.1998 1 1 0.2661 0.5309 0.2031
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 2 594 135 459 107 5 17 0 6 0 0 459 0 0 0.7926 0.0000 0.0000 6.882 0.91 3.67 -2.76 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2227 0.7773 0.0000 0 0 0.6106 0.3894 0.0000
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 579 149 430 108 6 29 0 6 0 0 430 0 0 0.7248 0.0000 0.0000 4.138 0.35 3.00 -2.65 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2324 0.7676 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 429 101 328 2 44 24 3 28 0 0 322 1 5 0.0198 0.0000 0.0183 3.167 1.50 7.25 -5.75 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3608 0.4984 0.1408 1 1 0.3571 0.4985 0.1445 1 1 0.3521 0.4985 0.1494
chr16 87604287 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 429 101 328 46 0 25 2 28 0 0 322 1 5 0.4554 0.0000 0.0183 2.960 3.46 7.21 -3.76 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3846 0.4881 0.1272 1 1 0.3799 0.4889 0.1311 1 1 0.3737 0.4899 0.1364
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 429 107 322 36 3 23 7 38 0 1 318 0 3 0.3364 0.0000 0.0124 3.652 5.72 3.03 2.70 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1524 0.5071 0.3405 1 1 0.1559 0.5065 0.3376 1 1 0.1605 0.5058 0.3337
chr16 88430089 TTCCGGCCCCAGAGGTCCCAGC T 0.500000 0.050 1 -21 2 729 164 565 149 0 11 0 4 0 0 563 1 1 0.9085 0.0000 0.0035 13.909 0.30 10.50 -10.20 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0100 0.9900 0.0000 0 0 0.5450 0.4550 0.0000 0 0 0.8301 0.1699 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 622 138 484 64 0 4 2 68 0 0 479 0 5 0.4638 0.0000 0.0103 33.500 0.56 7.41 -6.85 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1232 0.5063 0.3704 1 1 0.1274 0.5057 0.3669 1 1 0.1329 0.5050 0.3621
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 618 126 492 60 0 2 5 59 0 0 487 0 5 0.4762 0.0000 0.0102 62.000 0.60 7.95 -7.35 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1429 0.5163 0.3408 1 1 0.1467 0.5150 0.3383 1 1 0.1517 0.5134 0.3348
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 618 125 493 61 0 1 0 63 0 0 487 1 5 0.4880 0.0000 0.0122 124.000 0.59 7.98 -7.39 1 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1530 0.5223 0.3247 1 1 0.1566 0.5206 0.3228 1 1 0.1613 0.5184 0.3202
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 686 140 546 5 0 9 0 126 0 0 542 0 4 0.0357 0.0000 0.0073 14.556 0.60 6.97 -6.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9925 0.0075 2 1 0.0000 0.5333 0.4667 2 2 0.0000 0.2213 0.7787
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 466 114 352 66 0 1 0 47 0 0 352 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 113.000 0.42 4.17 -3.75 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4887 0.4371 0.0742 1 0 0.4806 0.4410 0.0784 1 0 0.4696 0.4462 0.0843
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 575 144 431 128 1 10 0 5 0 0 431 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 13.400 0.29 6.00 -5.71 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.4609 0.5391 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 175 76 99 45 0 2 0 29 0 0 98 0 1 0.5921 0.0000 0.0101 37.000 0.42 3.72 -3.30 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4403 0.4598 0.0999 1 1 0.4334 0.4624 0.1041 1 1 0.4242 0.4659 0.1099
chr17 1229370 GTCCCCGCGGGGAGACTCGGCCTCGGGGTCGGGGCGCCCGGGC G 0.500000 0.050 1 -42 4 605 148 457 71 1 9 1 66 0 0 455 0 2 0.4797 0.0000 0.0044 15.333 0.99 6.36 -5.38 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2618 0.5404 0.1978 1 1 0.2623 0.5374 0.2003 1 1 0.2629 0.5335 0.2036
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.050 1 3 1 202 106 96 88 2 11 0 5 0 0 95 0 1 0.8302 0.0000 0.0104 8.636 0.25 4.60 -4.35 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0235 0.9765 0.0000 0 0 0.8814 0.1186 0.0000 0 0 0.9763 0.0237 0.0000
chr17 3197642 AATCTGCTCATC A 0.000837 0.050 1 -11 3 528 146 382 140 0 2 0 4 0 0 382 0 0 0.9589 0.0000 0.0000 72.000 0.25 11.00 -10.75 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9833 0.0167 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 5145490 CAT C 0.001034 0.050 1 -2 1 341 149 192 144 1 1 1 2 0 0 192 0 0 0.9664 0.0000 0.0000 148.000 0.17 2.00 -1.83 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 691 124 567 116 0 5 0 3 0 0 567 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 23.800 0.16 4.33 -4.18 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9516 0.0484 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 664 180 484 12 0 36 1 131 0 0 478 0 6 0.0667 0.0000 0.0124 4.000 0.17 3.00 -2.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9815 0.0185 2 1 0.0000 0.6249 0.3751
chr17 7289549 CGGGGGCCAGGGGCCTGCT C 0.001073 0.050 1 -18 2 363 113 250 68 0 6 0 39 1 0 242 0 7 0.6018 0.0040 0.0320 17.833 0.04 14.10 -14.06 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7301 0.2698 0.0001 1 0 0.7235 0.2764 0.0001 1 0 0.7146 0.2853 0.0001
chr17 15503228 C CCT 0.500000 0.050 1 2 2 237 33 204 16 0 1 0 16 0 0 204 0 0 0.4848 0.0000 0.0000 32.000 0.19 3.25 -3.06 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2451 0.5098 0.2451 1 1 0.2455 0.5090 0.2455 1 1 0.2459 0.5081 0.2459
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 443 110 333 0 0 12 0 98 0 0 332 0 1 0.0000 0.0000 0.0030 8.167 8.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0853 0.9147
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 842 250 592 9 3 37 9 192 0 0 592 0 0 0.0360 0.0000 0.0000 6.774 1.33 4.11 -2.78 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8931 0.1069 2 2 0.0000 0.3189 0.6811
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 840 243 597 9 32 7 15 180 0 0 597 0 0 0.0370 0.0000 0.0000 58.500 1.33 3.98 -2.64 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9823 0.0177
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 733 163 570 149 0 6 0 8 0 0 569 0 1 0.9141 0.0000 0.0018 26.167 0.25 4.00 -3.75 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0882 0.9118 0.0000 0 0 0.5566 0.4434 0.0000
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 144 83 61 47 0 3 0 33 0 0 61 0 0 0.5663 0.0000 0.0000 26.667 0.13 1.30 -1.18 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4247 0.4688 0.1064 1 1 0.4185 0.4709 0.1106 1 1 0.4101 0.4736 0.1163
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.050 1 3 4 653 177 476 87 3 11 1 75 0 1 474 0 1 0.4915 0.0000 0.0042 15.091 0.16 3.13 -2.97 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4038 0.4954 0.1008 1 1 0.3993 0.4955 0.1052 1 1 0.3932 0.4956 0.1111
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 176 107 69 56 0 4 0 47 0 0 68 0 1 0.5234 0.0000 0.0145 25.750 0.12 1.36 -1.24 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.5127 0.1520 1 1 0.3328 0.5117 0.1555 1 1 0.3293 0.5105 0.1602
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 389 117 272 112 0 1 0 4 0 0 272 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 116.000 0.12 1.00 -0.88 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0249 0.9751 0.0000 0 0 0.5242 0.4758 0.0000 0 0 0.7686 0.2314 0.0000
chr17 41084358 GGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACCTGCTGTCGCCCCACCTGCTGTGAGACGACCTGCTGCCACCCTAGGTGCTGCATCTCCAGCTGCTGCCGCCCCAGCTGCTGTATGTCCAGCTGCTGCAA G 0.500000 0.050 1 -135 1 555 263 292 210 6 44 0 3 0 0 291 1 0 0.7985 0.0000 0.0034 4.932 1.84 3.33 -1.50 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6147 0.3853 0.0000 0 0 0.9611 0.0389 0.0000 0 0 0.9812 0.0188 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 411 92 319 57 0 8 0 27 0 0 319 0 0 0.6196 0.0000 0.0000 10.500 0.37 2.07 -1.71 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6433 0.3235 0.0331 1 0 0.6305 0.3331 0.0364 1 0 0.6130 0.3458 0.0411
chr17 41105490 CTGCAGGACCACCTGCTGCCGCCCCAGCTGTTGTGTATCCAGCTGCTGCAGGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACTTGTTCCCGCCCCAGCTGCTGTCAGACCACCTGT C 0.500000 0.050 1 -120 1 597 233 364 153 0 18 5 57 2 0 362 0 0 0.6567 0.0055 0.0055 11.944 1.75 3.07 -1.32 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9744 0.0255 0.0001 1 0 0.9701 0.0298 0.0001 1 0 0.9634 0.0364 0.0002
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.050 1 -30 1 564 229 335 136 0 43 0 50 0 0 320 0 15 0.5939 0.0000 0.0448 4.326 0.73 22.02 -21.29 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9282 0.0709 0.0008 1 0 0.9199 0.0790 0.0011 1 0 0.9075 0.0910 0.0015
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 466 86 380 0 0 9 2 75 0 0 359 1 20 0.0000 0.0000 0.0553 8.444 9.35 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0785 0.9215 2 2 0.0000 0.0821 0.9179 2 2 0.0000 0.0874 0.9126
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 593 177 416 156 1 19 0 1 0 0 414 0 2 0.8814 0.0000 0.0048 8.263 0.25 1.00 -0.75 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2814 0.7186 0.0000 0 0 0.8668 0.1332 0.0000 0 0 0.9342 0.0658 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1280 242 1038 232 1 4 0 5 0 0 1038 0 0 0.9587 0.0000 0.0000 59.250 0.37 3.20 -2.83 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0907 0.9093 0.0000 0 0 0.9169 0.0831 0.0000 0 0 0.9764 0.0236 0.0000
chr17 45242067 T TCCG 0.500000 0.050 1 3 2 617 153 464 61 68 21 0 3 0 2 461 1 0 0.3987 0.0000 0.0065 6.286 0.95 3.00 -2.05 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1531 0.8469 0.0000 0 0 0.7548 0.2452 0.0000 0 0 0.8736 0.1264 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 620 161 459 64 3 19 4 71 0 0 456 1 2 0.3975 0.0000 0.0065 7.474 0.95 3.35 -2.40 6 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1265 0.5110 0.3625 1 1 0.1306 0.5101 0.3594 1 1 0.1361 0.5089 0.3550
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 189 69 120 30 0 6 0 33 0 0 120 0 0 0.4348 0.0000 0.0000 10.500 0.23 3.79 -3.55 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2062 0.5165 0.2773 1 1 0.2080 0.5153 0.2767 1 1 0.2105 0.5137 0.2758
chr17 47836758 AAGGAGCTGGAGC A 0.500000 0.050 1 -12 1 607 99 508 67 0 7 0 25 0 0 501 0 7 0.6768 0.0000 0.0138 13.143 0.09 12.12 -12.03 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6986 0.2794 0.0219 1 0 0.6851 0.2903 0.0246 1 0 0.6667 0.3048 0.0285
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 433 104 329 80 1 19 0 4 0 0 329 0 0 0.7692 0.0000 0.0000 4.474 0.12 9.25 -9.12 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 1 0.3375 0.6625 0.0000 0 0 0.6117 0.3883 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 853 217 636 6 0 16 4 191 0 0 629 1 6 0.0276 0.0000 0.0110 12.562 0.00 2.95 -2.95 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9911 0.0089 2 2 0.0000 0.2743 0.7257 2 2 0.0000 0.0684 0.9316
chr17 57979225 A ATGT 0.500000 0.050 1 3 1 469 213 256 177 13 18 1 4 1 0 254 1 0 0.8310 0.0039 0.0078 11.412 0.33 1.50 -1.17 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0551 0.9449 0.0000 0 0 0.7989 0.2011 0.0000 0 0 0.9349 0.0651 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 460 177 283 2 0 46 1 128 0 0 282 0 1 0.0113 0.0000 0.0035 2.911 0.00 5.53 -5.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4957 0.5043 2 2 0.0000 0.1323 0.8677 2 2 0.0000 0.0845 0.9155
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 124 57 67 24 0 2 0 31 0 0 67 0 0 0.4211 0.0000 0.0000 27.500 0.04 1.10 -1.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1661 0.5021 0.3318 1 1 0.1691 0.5019 0.3289 1 1 0.1731 0.5017 0.3252
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 215 76 139 38 0 4 0 34 0 0 139 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 18.000 0.05 1.18 -1.12 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2886 0.5171 0.1943 1 1 0.2876 0.5158 0.1966 1 1 0.2862 0.5142 0.1996
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 558 118 440 0 0 4 2 112 0 0 429 0 11 0.0000 0.0000 0.0250 28.500 7.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0413 0.9587 2 2 0.0000 0.0439 0.9561 2 2 0.0000 0.0477 0.9523
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.050 1 36 2 523 181 342 0 0 135 4 42 0 0 309 2 31 0.0000 0.0000 0.0965 0.333 2.31 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1194 0.8806 2 2 0.0000 0.1237 0.8763 2 2 0.0000 0.1298 0.8702
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 751 160 591 86 0 8 2 64 0 0 590 0 1 0.5375 0.0000 0.0017 19.000 0.40 2.38 -1.98 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4798 0.4481 0.0721 1 0 0.4724 0.4512 0.0763 1 0 0.4624 0.4553 0.0823
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 824 201 623 115 0 17 0 69 0 0 612 0 11 0.5721 0.0000 0.0177 10.824 0.56 18.71 -18.15 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6751 0.3037 0.0212 1 0 0.6631 0.3131 0.0238 1 0 0.6465 0.3258 0.0276
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.050 1 -27 1 854 182 672 119 0 2 0 61 0 0 649 3 20 0.6538 0.0000 0.0342 90.000 0.82 24.07 -23.25 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6701 0.3083 0.0216 1 0 0.6582 0.3176 0.0242 1 0 0.6419 0.3300 0.0281
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 304 111 193 99 0 1 1 10 0 0 193 0 0 0.8919 0.0000 0.0000 110.000 0.14 3.30 -3.16 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 1 0.1665 0.8335 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 1956 499 1457 398 13 65 1 22 1 2 1452 0 2 0.7976 0.0007 0.0034 6.703 1.29 7.50 -6.21 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 0 0.7177 0.2823 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1873 487 1386 426 8 22 1 30 2 3 1291 13 77 0.8747 0.0014 0.0685 22.000 1.23 5.50 -4.27 8 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 82060071 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 317 111 206 100 0 9 0 2 0 0 206 0 0 0.9009 0.0000 0.0000 11.333 0.26 3.00 -2.74 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3212 0.6788 0.0000 0 0 0.7559 0.2441 0.0000 0 0 0.8394 0.1606 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 332 79 253 46 0 6 4 23 0 0 253 0 0 0.5823 0.0000 0.0000 11.667 0.35 1.22 -0.87 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5669 0.3818 0.0513 1 0 0.5579 0.3876 0.0545 1 0 0.5459 0.3952 0.0589
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 456 109 347 97 1 9 0 2 0 0 347 0 0 0.8899 0.0000 0.0000 12.500 2.90 3.50 -0.60 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7278 0.2722 0.0000 0 0 0.9460 0.0540 0.0000 0 0 0.9673 0.0327 0.0000
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.050 1 -6 4 456 115 341 61 1 6 1 46 0 0 341 0 0 0.5304 0.0000 0.0000 18.167 0.64 5.52 -4.88 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6472 0.3526 0.0002 1 0 0.6429 0.3569 0.0002 1 0 0.6372 0.3626 0.0002
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 130 61 69 0 0 2 0 59 0 0 67 0 2 0.0000 0.0000 0.0290 29.500 2.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.050 1 -2 4 346 71 275 38 0 1 0 32 0 0 275 0 0 0.5352 0.0000 0.0000 70.000 0.50 2.25 -1.75 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5516 0.4477 0.0007 1 0 0.5504 0.4489 0.0007 1 0 0.5487 0.4506 0.0007
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 219 109 110 63 0 2 0 44 0 0 110 0 0 0.5780 0.0000 0.0000 53.500 0.10 4.68 -4.59 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4613 0.4536 0.0851 1 1 0.4529 0.4573 0.0898 1 1 0.4417 0.4619 0.0964
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 124 70 54 67 0 1 0 2 0 0 54 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 69.000 0.13 3.00 -2.87 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1710 0.8290 0.0000 0 0 0.5785 0.4215 0.0000 0 0 0.7032 0.2968 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 237 125 112 64 0 3 0 58 0 0 108 0 4 0.5120 0.0000 0.0357 40.667 0.16 3.53 -3.38 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2542 0.5372 0.2086 1 1 0.2549 0.5344 0.2107 1 1 0.2556 0.5309 0.2135
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 422 123 299 54 2 7 1 59 0 0 299 0 0 0.4390 0.0000 0.0000 16.571 1.28 8.88 -7.60 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1888 0.5305 0.2807 1 1 0.1914 0.5282 0.2804 1 1 0.1949 0.5253 0.2798
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 276 165 111 0 0 4 1 160 0 0 111 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 40.250 3.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 671 158 513 80 0 6 1 71 0 0 508 0 5 0.5063 0.0000 0.0097 25.333 0.19 13.30 -13.11 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2609 0.5451 0.1940 1 1 0.2616 0.5417 0.1967 1 1 0.2623 0.5374 0.2002
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 416 103 313 5 0 15 6 77 0 1 310 1 1 0.0485 0.0000 0.0096 6.214 3.20 5.01 -1.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.8481 0.1519 2 1 0.0000 0.5303 0.4697
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 162 82 80 3 0 7 2 70 0 0 80 0 0 0.0366 0.0000 0.0000 10.714 1.67 2.97 -1.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9535 0.0465 2 1 0.0000 0.5547 0.4453 2 2 0.0000 0.3515 0.6485
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 136 77 59 30 4 6 0 37 0 0 58 0 1 0.3896 0.0000 0.0169 11.833 0.30 2.97 -2.67 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1942 0.5171 0.2887 1 1 0.1965 0.5158 0.2877 1 1 0.1995 0.5142 0.2863
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.050 1 6 1 618 160 458 150 0 8 0 2 2 0 456 0 0 0.9375 0.0044 0.0044 19.000 0.88 6.50 -5.62 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 549 92 457 89 0 1 0 2 0 0 457 0 0 0.9674 0.0000 0.0000 91.000 1.13 6.50 -5.37 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4740 0.5260 0.0000 0 0 0.8557 0.1443 0.0000 0 0 0.9098 0.0902 0.0000
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.050 1 -27 1 399 105 294 100 0 3 0 2 0 0 293 0 1 0.9524 0.0000 0.0034 34.000 1.19 27.00 -25.81 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2501 0.7499 0.0000 0 0 0.8514 0.1486 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000
chr19 1085846 A AGGACGG 0.001288 0.050 1 6 3 307 70 237 32 0 11 0 27 0 0 234 0 3 0.4571 0.0000 0.0127 5.364 0.12 5.07 -4.95 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5054 0.4941 0.0005 1 0 0.5058 0.4936 0.0005 1 0 0.5064 0.4931 0.0005
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 157 63 94 0 0 4 0 59 0 0 93 0 1 0.0000 0.0000 0.0106 14.750 4.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4216 0.5784 2 2 0.0000 0.4290 0.5710 2 2 0.0000 0.4391 0.5609
chr19 1827021 TGGAGGAGGAGGA T 0.000440 0.050 1 -12 2 353 78 275 33 0 10 0 35 0 0 275 0 0 0.4231 0.0000 0.0000 6.800 0.70 9.69 -8.99 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4544 0.5453 0.0002 1 1 0.4569 0.5428 0.0002 1 1 0.4601 0.5396 0.0002
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 367 138 229 0 0 15 59 64 0 0 225 2 2 0.0000 0.0000 0.0175 8.200 4.86 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0443 0.9557 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0512 0.9488
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 367 141 226 2 1 74 3 61 0 0 223 1 2 0.0142 0.0000 0.0133 1.000 1.50 6.49 -4.99 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9709 0.0291 2 1 0.0000 0.8317 0.1683 2 1 0.0000 0.7351 0.2649
chr19 2253751 GGCGCGGTCTGCGCCTTCTTGC G 0.000218 0.050 1 -21 1 291 111 180 104 0 5 0 2 0 0 180 0 0 0.9369 0.0000 0.0000 21.200 0.64 10.50 -9.86 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 709 169 540 77 2 33 1 56 0 0 537 0 3 0.4556 0.0000 0.0056 4.091 0.47 3.16 -2.69 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6364 0.3471 0.0166 1 0 0.6305 0.3519 0.0177 1 0 0.6225 0.3584 0.0192
chr19 6754316 G GCAGCGC 0.000687 0.050 1 6 2 431 117 314 56 0 21 0 40 0 0 307 1 6 0.4786 0.0000 0.0223 4.571 0.34 5.20 -4.86 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5830 0.4168 0.0002 1 0 0.5810 0.4188 0.0002 1 0 0.5782 0.4216 0.0002
chr19 7520777 TTGATCCTGTGCCCAGCCCAGACCC T 0.000409 0.050 1 -24 2 299 77 222 33 0 16 1 27 0 0 222 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 3.812 0.21 12.30 -12.08 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5429 0.4569 0.0001 1 0 0.5420 0.4579 0.0001 1 0 0.5406 0.4593 0.0001
chr19 7689204 GA G 0.000211 0.050 1 -1 1 203 71 132 36 0 1 0 34 0 0 132 0 0 0.5070 0.0000 0.0000 70.000 0.11 1.09 -0.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5032 0.4967 0.0001 1 0 0.5039 0.4960 0.0001 1 0 0.5047 0.4952 0.0001
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 404 114 290 58 0 6 1 49 0 0 289 0 1 0.5088 0.0000 0.0034 18.000 0.17 3.10 -2.93 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5055 0.4608 0.0336 1 0 0.5042 0.4613 0.0345 1 0 0.5024 0.4620 0.0356
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 264 57 207 35 0 1 0 21 0 0 200 0 7 0.6140 0.0000 0.0338 56.000 0.09 5.33 -5.25 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4240 0.4762 0.0997 1 1 0.4214 0.4768 0.1018 1 1 0.4178 0.4777 0.1045
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 729 256 473 9 1 34 118 94 0 1 460 5 7 0.0352 0.0000 0.0275 6.529 0.22 3.26 -3.03 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8411 0.1589 2 2 0.0000 0.2714 0.7286
chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.050 1 -6 1 729 262 467 12 3 122 2 123 0 0 459 2 6 0.0458 0.0000 0.0171 1.149 0.33 6.59 -6.25 12 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9870 0.0130
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 433 167 266 0 0 23 81 63 0 0 257 6 3 0.0000 0.0000 0.0338 6.545 3.38 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0891 0.9109 2 2 0.0000 0.0956 0.9044 2 2 0.0000 0.1052 0.8948
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 433 169 264 0 2 83 0 84 0 0 257 1 6 0.0000 0.0000 0.0265 1.076 6.67 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3589 0.6411 2 2 0.0000 0.3052 0.6948 2 2 0.0000 0.2819 0.7181
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.050 1 18 1 309 83 226 41 0 11 0 31 0 0 222 0 4 0.4940 0.0000 0.0177 6.545 0.12 10.77 -10.65 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5492 0.4494 0.0014 1 0 0.5481 0.4505 0.0014 1 0 0.5465 0.4521 0.0015
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 506 102 404 0 0 8 0 94 0 0 403 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 11.750 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr19 17286668 G GTT 0.000535 0.050 1 2 1 381 108 273 20 28 35 4 21 0 0 272 1 0 0.1852 0.0000 0.0037 2.226 3.40 2.57 0.83 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6739 0.3261 0.0001 1 0 0.6684 0.3315 0.0001 1 0 0.6610 0.3389 0.0001
chr19 17286684 GTGTGTGTT G 0.020051 0.050 1 -8 1 381 91 290 3 13 13 5 57 0 0 290 0 0 0.0330 0.0000 0.0000 6.333 3.33 5.65 -2.32 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0738 0.7916 0.1345 2 1 0.0303 0.9232 0.0465 2 1 0.0010 0.9973 0.0017
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 279 100 179 50 0 5 0 45 0 0 179 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 19.000 0.04 3.24 -3.20 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4953 0.4759 0.0288 1 0 0.4948 0.4758 0.0294 1 0 0.4941 0.4758 0.0301
chr19 22317080 ACCAAAGCTTTTAAGCAATCCTCACACCTTACTAGACAAAACAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTG A 0.000338 0.050 1 -82 1 58 18 40 15 0 0 0 3 0 0 40 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 18.000 1.20 1.67 -0.47 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9642 0.0358 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.050 1 1 2 72 16 56 8 0 0 0 8 0 0 44 1 11 0.5000 0.0000 0.2143 16.000 1.25 2.50 -1.25 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2967 0.6092 0.0941 1 1 0.3025 0.6058 0.0917 1 1 0.3096 0.6020 0.0884
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 299 94 205 73 2 17 0 2 0 0 205 0 0 0.7766 0.0000 0.0000 4.529 0.08 3.50 -3.42 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0480 0.9520 0.0000 0 1 0.2504 0.7496 0.0000 0 1 0.3645 0.6355 0.0000
chr19 33301825 G GGCGGGT 0.027007 0.050 1 6 1 469 121 348 104 1 14 0 2 0 0 347 0 1 0.8595 0.0000 0.0029 7.643 0.50 2.00 -1.50 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7923 0.2077 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 520 125 395 0 0 5 1 119 0 0 395 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 24.000 3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0192 0.9808
chr19 37886681 TTTC T 0.000877 0.050 1 -3 5 380 53 327 31 0 6 0 16 0 0 327 0 0 0.5849 0.0000 0.0000 7.833 0.35 3.44 -3.08 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6644 0.3355 0.0001 1 0 0.6590 0.3409 0.0001 1 0 0.6517 0.3482 0.0001
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 538 145 393 123 1 19 0 2 0 0 389 0 4 0.8483 0.0000 0.0102 6.579 0.26 12.50 -12.24 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 0 0.8715 0.1285 0.0000 0 0 0.9736 0.0264 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.050 1 3 1 126 70 56 49 5 14 0 2 0 0 56 0 0 0.7000 0.0000 0.0000 4.000 0.12 3.00 -2.88 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8287 0.1713 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000 0 0 0.9826 0.0174 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 347 132 215 0 0 8 1 123 0 1 205 2 7 0.0000 0.0000 0.0465 15.500 2.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1013 0.8987 2 2 0.0000 0.0999 0.9001 2 2 0.0000 0.1022 0.8978
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 199 29 170 0 0 1 27 1 0 0 170 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 22.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1246 0.8754 2 2 0.0000 0.1262 0.8738 2 2 0.0000 0.1283 0.8717
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 199 29 170 0 0 19 9 1 0 0 170 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.467 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1581 0.8419 2 2 0.0000 0.1591 0.8409 2 2 0.0000 0.1604 0.8395
chr19 40667960 TTGC T 0.034410 0.050 1 -3 1 434 123 311 107 6 3 2 5 0 0 310 0 1 0.8699 0.0000 0.0032 39.667 5.06 5.80 -0.74 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0171 0.9829 0.0000 0 0 0.8536 0.1464 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 419 128 291 0 0 12 1 115 0 0 291 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.583 5.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0451 0.9549 2 2 0.0000 0.0487 0.9513
chr19 40667990 CTGT C 0.142266 0.050 1 -3 1 417 128 289 7 13 4 5 99 0 0 289 0 0 0.0547 0.0000 0.0000 27.750 1.00 6.10 -5.10 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.9423 0.0577
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 394 129 265 68 0 4 0 57 0 0 265 0 0 0.5271 0.0000 0.0000 31.250 3.99 1.67 2.32 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5179 0.4382 0.0438 1 0 0.5148 0.4397 0.0454 1 0 0.5105 0.4418 0.0476
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 302 103 199 101 0 0 0 2 0 0 199 0 0 0.9806 0.0000 0.0000 103.000 0.19 6.50 -6.31 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4050 0.5950 0.0000 0 0 0.8167 0.1833 0.0000 0 0 0.8825 0.1175 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 457 144 313 76 0 1 0 67 0 0 312 1 0 0.5278 0.0000 0.0032 143.000 0.12 3.01 -2.90 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2538 0.5508 0.1954 1 1 0.2520 0.5480 0.2000 1 1 0.2494 0.5444 0.2063
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 366 111 255 60 0 2 3 46 0 0 252 2 1 0.5405 0.0000 0.0118 54.500 0.42 2.39 -1.97 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5138 0.4487 0.0375 1 0 0.5117 0.4497 0.0386 1 0 0.5088 0.4511 0.0401
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 271 134 137 126 1 6 0 1 0 0 137 0 0 0.9403 0.0000 0.0000 21.333 0.17 3.00 -2.83 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr19 45145565 GGACTCA G 0.000407 0.050 1 -6 3 554 104 450 97 0 6 0 1 0 0 449 0 1 0.9327 0.0000 0.0022 16.333 0.59 6.00 -5.41 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 536 201 335 3 0 45 1 152 0 0 316 0 19 0.0149 0.0000 0.0567 3.467 0.00 6.61 -6.61 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6572 0.3428 2 2 0.0000 0.1037 0.8963 2 2 0.0000 0.0509 0.9491
chr19 45761789 A ATCCAGCTCCAGC 0.002328 0.050 1 12 2 536 201 335 4 2 170 3 22 0 0 318 6 11 0.0199 0.0000 0.0507 0.179 1.75 6.32 -4.57 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9989 0.0011
chr19 49016076 AGAG A 0.000057 0.050 1 -3 2 781 193 588 101 1 5 0 86 0 0 587 0 1 0.5233 0.0000 0.0017 37.600 0.78 3.12 -2.33 21 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6249 0.3751 0.0000 1 0 0.6223 0.3777 0.0000 1 0 0.6186 0.3814 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 349 92 257 51 0 1 0 40 0 0 255 0 2 0.5543 0.0000 0.0078 91.000 0.12 4.08 -3.96 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5421 0.4329 0.0250 1 0 0.5396 0.4346 0.0258 1 0 0.5362 0.4370 0.0268
chr19 49108236 T TCGTGAC 0.000457 0.050 1 6 1 511 144 367 59 0 17 0 68 1 0 366 0 0 0.4097 0.0027 0.0027 7.471 0.51 5.43 -4.92 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3652 0.6344 0.0004 1 1 0.3715 0.6282 0.0004 1 1 0.3797 0.6200 0.0004
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 772 204 568 81 2 47 60 14 0 0 563 2 3 0.3971 0.0000 0.0088 3.489 0.73 3.71 -2.99 39 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3359 0.5312 0.1329 1 1 0.3363 0.5284 0.1353 1 1 0.3368 0.5248 0.1384
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.050 1 9 1 788 188 600 67 0 51 1 69 0 0 600 0 0 0.3564 0.0000 0.0000 2.686 0.57 7.19 -6.62 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4198 0.5792 0.0010 1 1 0.4243 0.5747 0.0010 1 1 0.4301 0.5689 0.0010
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 528 152 376 0 0 25 0 127 0 0 368 0 8 0.0000 0.0000 0.0213 5.080 6.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0590 0.9410 2 2 0.0000 0.0644 0.9356
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 602 263 339 118 0 64 1 80 0 0 339 0 0 0.4487 0.0000 0.0000 3.109 0.14 11.70 -11.56 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8139 0.1839 0.0022 1 0 0.8057 0.1918 0.0025 1 0 0.7943 0.2027 0.0030
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 598 136 462 4 1 8 116 7 0 0 461 1 0 0.0294 0.0000 0.0022 15.875 0.00 4.71 -4.71 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9905 0.0095 2 1 0.0000 0.5282 0.4718 2 2 0.0000 0.2220 0.7780
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 598 134 464 0 0 7 7 120 0 0 463 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 18.143 3.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0719 0.9281 2 2 0.0000 0.0763 0.9237 2 2 0.0000 0.0827 0.9173
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 523 114 409 102 0 10 0 2 0 0 409 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 10.400 0.17 3.50 -3.33 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9744 0.0256 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 520 153 367 73 0 7 3 70 0 0 367 0 0 0.4771 0.0000 0.0000 20.714 0.78 2.73 -1.95 7 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1625 0.5464 0.2911 1 1 0.1634 0.5430 0.2936 1 1 0.1646 0.5387 0.2967
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 375 128 247 71 1 3 0 53 0 0 247 0 0 0.5547 0.0000 0.0000 41.667 0.14 1.77 -1.63 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5457 0.4026 0.0517 1 0 0.5382 0.4070 0.0548 1 0 0.5281 0.4128 0.0592
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 432 115 317 60 0 4 0 51 0 0 316 0 1 0.5217 0.0000 0.0032 27.750 0.08 3.35 -3.27 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3924 0.4949 0.1127 1 1 0.3901 0.4944 0.1155 1 1 0.3869 0.4938 0.1192
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.050 1 -3 1 280 99 181 57 0 1 1 40 0 0 181 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 98.000 0.30 3.02 -2.73 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6614 0.3384 0.0002 1 0 0.6566 0.3432 0.0002 1 0 0.6501 0.3497 0.0002
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 574 143 431 0 0 1 0 142 0 0 430 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 142.000 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0459 0.9541
chr19 54219171 GGAA G 0.000010 0.050 1 -3 1 285 82 203 12 25 4 1 40 0 0 201 2 0 0.1463 0.0000 0.0099 19.000 2.00 5.65 -3.65 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3853 0.6146 0.0000 1 1 0.3904 0.6095 0.0000 1 1 0.3971 0.6029 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 567 175 392 6 0 16 0 153 0 0 392 0 0 0.0343 0.0000 0.0000 9.938 0.33 1.93 -1.60 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 2 0.0000 0.3746 0.6254 2 2 0.0000 0.1022 0.8978
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 650 118 532 105 0 7 0 6 0 0 532 0 0 0.8898 0.0000 0.0000 15.857 0.23 3.17 -2.94 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2233 0.7767 0.0000 0 0 0.6126 0.3874 0.0000
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 766 148 618 73 0 7 1 67 0 0 616 0 2 0.4932 0.0000 0.0032 20.143 0.11 3.75 -3.64 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4802 0.5085 0.0113 1 1 0.4820 0.5066 0.0115 1 1 0.4841 0.5042 0.0117
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 441 98 343 0 0 17 0 81 0 0 331 0 12 0.0000 0.0000 0.0350 4.765 7.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0883 0.9117 2 2 0.0000 0.0921 0.9079 2 2 0.0000 0.0976 0.9024
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 546 151 395 0 0 24 1 126 0 0 364 1 30 0.0000 0.0000 0.0785 5.292 20.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 742 188 554 109 1 31 1 46 0 0 543 2 9 0.5798 0.0000 0.0199 5.032 0.69 9.33 -8.64 89 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8788 0.1190 0.0022 1 0 0.8694 0.1279 0.0027 1 0 0.8560 0.1405 0.0034
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 504 90 414 39 0 7 0 44 0 0 413 0 1 0.4333 0.0000 0.0024 11.857 0.62 4.05 -3.43 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1580 0.5095 0.3325 1 1 0.1608 0.5085 0.3307 1 1 0.1645 0.5074 0.3282
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 338 152 186 89 0 0 1 62 0 1 184 0 1 0.5855 0.0000 0.0108 152.000 0.26 2.00 -1.74 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5397 0.4081 0.0522 1 0 0.5291 0.4144 0.0565 1 0 0.5147 0.4227 0.0626
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 89 45 44 19 0 0 0 26 0 0 44 0 0 0.4222 0.0000 0.0000 45.000 0.84 6.19 -5.35 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1269 0.4819 0.3912 1 1 0.1293 0.4825 0.3881 1 1 0.1325 0.4834 0.3841
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 517 187 330 180 2 2 0 3 0 0 330 0 0 0.9626 0.0000 0.0000 91.500 0.08 10.00 -9.92 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5405 0.4595 0.0000 0 0 0.9509 0.0491 0.0000 0 0 0.9765 0.0235 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 516 190 326 184 0 3 0 3 0 0 326 0 0 0.9684 0.0000 0.0000 62.333 0.08 10.00 -9.92 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5576 0.4424 0.0000 0 0 0.9540 0.0460 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 516 194 322 189 0 3 0 2 0 0 322 0 0 0.9742 0.0000 0.0000 63.667 0.11 9.50 -9.39 75 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8874 0.1126 0.0000 0 0 0.9801 0.0199 0.0000 0 0 0.9874 0.0126 0.0000
chr20 3785200 T TTCC 0.003046 0.050 1 3 4 454 74 380 35 0 9 1 29 0 1 377 0 2 0.4730 0.0000 0.0079 7.222 0.71 5.24 -4.53 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5220 0.4768 0.0011 1 0 0.5219 0.4770 0.0011 1 0 0.5216 0.4772 0.0012
chr20 3785245 TTCC T 0.001133 0.050 1 -3 1 450 97 353 54 0 6 0 37 0 0 353 0 0 0.5567 0.0000 0.0000 15.167 0.41 4.54 -4.13 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6743 0.3255 0.0001 1 0 0.6690 0.3308 0.0002 1 0 0.6619 0.3380 0.0002
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.050 1 -24 4 828 234 594 108 0 31 0 95 0 0 592 1 1 0.4615 0.0000 0.0034 6.767 0.66 8.19 -7.53 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5662 0.4319 0.0018 1 0 0.5658 0.4323 0.0019 1 0 0.5650 0.4330 0.0020
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 705 178 527 170 0 5 0 3 0 0 527 0 0 0.9551 0.0000 0.0000 34.600 0.24 6.67 -6.43 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3973 0.6027 0.0000 0 0 0.9162 0.0838 0.0000 0 0 0.9594 0.0406 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 445 130 315 0 0 2 1 127 0 0 300 1 14 0.0000 0.0000 0.0476 64.000 3.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0141 0.9859 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr20 41404762 GTCT G 0.000048 0.050 1 -3 3 561 116 445 97 0 14 0 5 0 0 445 0 0 0.8362 0.0000 0.0000 7.286 0.28 3.80 -3.52 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9856 0.0144 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 894 282 612 9 0 40 11 222 0 0 606 0 6 0.0319 0.0000 0.0098 6.050 0.11 3.35 -3.24 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 2 0.0000 0.4176 0.5824 2 2 0.0000 0.0556 0.9444
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.050 1 -3 1 577 282 295 128 3 13 11 127 0 0 295 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 21.417 0.26 2.96 -2.70 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3765 0.6204 0.0031 1 1 0.3837 0.6132 0.0031 1 1 0.3930 0.6039 0.0031
chr20 51790423 ACAT A 0.000216 0.050 1 -3 1 704 154 550 146 0 6 0 2 0 0 550 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 24.667 0.53 3.00 -2.47 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 62065006 CGGCGGCGGG C 0.000783 0.050 1 -9 4 332 49 283 21 1 6 1 20 2 1 278 0 2 0.4286 0.0071 0.0177 7.167 2.95 11.75 -8.80 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5092 0.4904 0.0003 1 0 0.5094 0.4903 0.0003 1 0 0.5096 0.4901 0.0003
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 320 59 261 0 0 9 4 46 0 0 255 0 6 0.0000 0.0000 0.0230 5.444 6.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 276 144 132 0 0 1 0 143 0 0 132 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 143.000 2.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0128 0.9872
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 745 184 561 99 1 2 1 81 0 0 560 0 1 0.5380 0.0000 0.0018 91.000 0.15 5.67 -5.52 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4373 0.4789 0.0838 1 1 0.4316 0.4801 0.0883 1 1 0.4238 0.4817 0.0945
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 202 98 104 3 1 2 0 92 0 0 104 0 0 0.0306 0.0000 0.0000 48.000 1.33 3.34 -2.00 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9477 0.0523 2 2 0.0000 0.4590 0.5410 2 2 0.0000 0.2455 0.7545
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 353 41 312 0 1 3 2 35 0 0 312 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.333 2.34 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 917 214 703 191 1 17 0 5 0 0 703 0 0 0.8925 0.0000 0.0000 11.588 0.20 5.00 -4.80 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3457 0.6543 0.0000 0 0 0.9835 0.0165 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.050 1 -3 1 772 217 555 112 0 23 1 81 0 0 550 0 5 0.5161 0.0000 0.0090 8.435 0.98 4.54 -3.56 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7298 0.2701 0.0002 1 0 0.7239 0.2759 0.0002 1 0 0.7159 0.2839 0.0002
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 878 153 725 73 3 7 2 68 0 0 722 1 2 0.4771 0.0000 0.0041 24.167 0.70 3.43 -2.73 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1814 0.5521 0.2665 1 1 0.1818 0.5486 0.2696 1 1 0.1824 0.5440 0.2736
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 877 152 725 71 4 8 4 65 0 0 721 2 2 0.4671 0.0000 0.0055 20.143 0.58 3.57 -2.99 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1805 0.5511 0.2684 1 1 0.1810 0.5475 0.2715 1 1 0.1816 0.5431 0.2754
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 442 63 379 1 0 5 0 57 0 0 373 0 6 0.0159 0.0000 0.0158 11.600 5.00 11.60 -6.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4705 0.5295 2 2 0.0000 0.2590 0.7410 2 2 0.0000 0.2135 0.7865
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 342 167 175 1 2 18 0 146 0 0 174 0 1 0.0060 0.0000 0.0057 8.222 1.00 7.95 -6.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr22 20366617 A ATG 0.000432 0.050 1 2 3 333 98 235 64 0 0 0 34 0 0 233 0 2 0.6531 0.0000 0.0085 98.000 0.12 2.15 -2.02 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7793 0.2207 0.0000 1 0 0.7716 0.2284 0.0000 1 0 0.7611 0.2388 0.0000
chr22 20564628 CCAG C 0.002397 0.050 1 -3 1 351 157 194 116 0 28 1 12 0 0 194 0 0 0.7389 0.0000 0.0000 4.607 0.28 2.83 -2.56 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5574 0.4426 0.0000 0 0 0.9818 0.0182 0.0000
chr22 20566526 ACAG A 0.027879 0.050 1 -3 2 751 259 492 183 3 43 2 28 0 0 492 0 0 0.7066 0.0000 0.0000 5.023 0.10 2.96 -2.86 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0421 0.9579 0.0000
chr22 20858678 G GCCGCCTCCGCCT 0.001452 0.050 1 12 2 428 179 249 72 1 34 0 72 0 0 249 0 0 0.4022 0.0000 0.0000 4.265 0.33 7.29 -6.96 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4674 0.5319 0.0006 1 1 0.4703 0.5291 0.0006 1 1 0.4739 0.5255 0.0006
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 501 103 398 0 0 20 0 83 0 0 386 0 12 0.0000 0.0000 0.0302 4.150 14.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0141 0.9859
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 706 206 500 199 1 3 0 3 0 0 500 0 0 0.9660 0.0000 0.0000 67.667 0.12 3.00 -2.88 93 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6285 0.3715 0.0000 0 0 0.9651 0.0349 0.0000 0 0 0.9832 0.0168 0.0000
chr22 29489138 G GAAACAA 0.000822 0.050 1 6 2 770 138 632 63 0 17 0 58 0 0 627 0 5 0.4565 0.0000 0.0079 7.118 0.33 5.40 -5.06 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4612 0.5384 0.0004 1 1 0.4641 0.5355 0.0004 1 1 0.4677 0.5319 0.0004
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 419 118 301 62 0 5 0 51 0 0 297 0 4 0.5254 0.0000 0.0133 22.600 0.29 5.88 -5.59 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5491 0.4498 0.0010 1 0 0.5485 0.4505 0.0010 1 0 0.5475 0.4514 0.0011
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 427 197 230 82 0 45 1 69 0 0 228 0 2 0.4162 0.0000 0.0087 3.356 0.67 5.78 -5.11 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4837 0.4615 0.0548 1 0 0.4814 0.4618 0.0567 1 0 0.4783 0.4624 0.0593
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 219 112 107 2 0 9 0 101 0 0 104 0 3 0.0179 0.0000 0.0280 11.444 0.00 3.68 -3.68 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7924 0.2076 2 2 0.0000 0.3689 0.6311 2 2 0.0000 0.2578 0.7422
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 373 143 230 0 0 8 0 135 0 0 218 1 11 0.0000 0.0000 0.0522 16.875 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 476 182 294 88 0 14 8 72 0 0 293 0 1 0.4835 0.0000 0.0034 12.000 0.14 2.97 -2.84 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4310 0.4984 0.0706 1 1 0.4307 0.4969 0.0724 1 1 0.4301 0.4950 0.0749
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 848 181 667 91 0 1 0 89 3 0 648 1 15 0.5028 0.0045 0.0285 180.000 5.41 9.62 -4.21 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1858 0.5808 0.2334 1 1 0.1919 0.5768 0.2313 1 1 0.2001 0.5717 0.2282
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 735 329 406 223 0 4 1 101 0 0 404 1 1 0.6778 0.0000 0.0049 81.000 0.16 2.78 -2.63 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9950 0.0050 0.0000 1 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 651 118 533 55 1 11 0 51 0 0 527 0 6 0.4661 0.0000 0.0113 9.636 1.71 6.69 -4.98 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4265 0.5475 0.0261 1 1 0.4295 0.5444 0.0261 1 1 0.4333 0.5405 0.0262
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 161 56 105 8 0 17 0 31 0 0 99 0 6 0.1429 0.0000 0.0571 2.294 0.00 18.52 -18.52 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1717 0.8088 0.0195 1 1 0.0994 0.8904 0.0101 2 1 0.0216 0.9758 0.0026
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1045 290 755 254 1 28 0 7 0 0 753 0 2 0.8759 0.0000 0.0026 9.357 0.61 14.71 -14.10 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.8370 0.1630 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000
745 rows