File Info

Filename
HG03492_x_HG03516_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/fe/69e68b8d8738e7466309ee69c45105/HG03492_x_HG03516_FF_5.features.tsv
Size
157.6 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG03492_x_HG03516_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 544 204 340 173 0 14 0 17 0 0 340 0 0 0.8480 0.0000 0.0000 13.571 0.47 9.41 -8.94 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1025 0.8975 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 284 125 159 65 0 13 0 47 0 0 159 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 8.615 1.25 7.64 -6.39 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4738 0.4463 0.0799 1 0 0.4661 0.4497 0.0842 1 0 0.4558 0.4541 0.0901
chr1 6469126 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 869 289 580 246 4 27 0 12 0 0 580 0 0 0.8512 0.0000 0.0000 65.500 0.32 3.75 -3.43 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1021 0.8979 0.0000 0 0 0.7689 0.2311 0.0000
chr1 6469129 TCC T 0.500000 0.050 1 -2 2 873 289 584 253 1 9 14 12 0 0 584 0 0 0.8754 0.0000 0.0000 44.167 0.36 3.75 -3.39 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 1 0.4944 0.5056 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 579 103 476 60 1 8 0 34 0 0 474 0 2 0.5825 0.0000 0.0042 11.875 1.30 6.76 -5.46 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5751 0.3763 0.0486 1 0 0.5640 0.3836 0.0524 1 0 0.5491 0.3931 0.0578
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 588 139 449 117 0 20 0 2 0 0 449 0 0 0.8417 0.0000 0.0000 5.950 0.44 4.50 -4.06 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4207 0.5793 0.0000 0 0 0.8249 0.1751 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr1 11767056 GAC G 0.500000 0.050 1 -2 1 640 142 498 131 2 5 1 3 0 0 498 0 0 0.9225 0.0000 0.0000 27.000 0.71 3.67 -2.96 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1393 0.8607 0.0000 0 0 0.7419 0.2581 0.0000 0 0 0.8699 0.1301 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1090 209 881 99 0 12 0 98 0 0 875 0 6 0.4737 0.0000 0.0068 16.417 0.85 3.26 -2.41 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1689 0.5542 0.2769 1 1 0.1725 0.5502 0.2774 1 1 0.1771 0.5450 0.2778
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1727 310 1417 229 13 23 2 43 0 0 1417 0 0 0.7387 0.0000 0.0000 12.000 1.60 1.60 -0.00 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 26282316 TGGGTCCAGGACA T 0.500000 0.050 1 -12 1 842 176 666 130 10 6 4 26 1 1 645 12 7 0.7386 0.0015 0.0315 55.333 7.07 26.69 -19.62 100 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9767 0.0232 0.0001 1 0 0.9727 0.0272 0.0001 1 0 0.5333 0.4666 0.0001
chr1 26282362 GCCGGGACCGGGA G 0.500000 0.050 1 -12 4 892 214 678 80 27 24 6 77 2 2 665 2 7 0.3738 0.0029 0.0192 8.364 4.29 21.12 -16.83 54 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4458 0.4760 0.0782 1 1 0.4402 0.4772 0.0826 1 1 0.4325 0.4788 0.0887
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 897 204 693 71 66 6 33 28 8 2 680 1 2 0.3480 0.0115 0.0188 34.200 5.01 27.25 -22.24 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9486 0.0510 0.0004 1 0 0.9418 0.0577 0.0006 1 0 0.9314 0.0678 0.0008
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 916 245 671 64 9 41 6 125 0 0 663 0 8 0.2612 0.0000 0.0119 9.571 1.62 14.01 -12.38 42 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0026 0.1229 0.8746 1 2 0.0032 0.1331 0.8637 1 2 0.0042 0.1478 0.8480
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 670 162 508 157 0 2 0 3 0 0 507 0 1 0.9691 0.0000 0.0020 80.000 0.61 16.00 -15.39 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0705 0.9295 0.0000 0 0 0.7686 0.2314 0.0000 0 0 0.9069 0.0931 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 382 146 236 54 5 16 1 70 0 0 236 0 0 0.3699 0.0000 0.0000 8.062 0.13 3.14 -3.01 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1160 0.4967 0.3873 1 1 0.1202 0.4968 0.3831 1 1 0.1258 0.4969 0.3773
chr1 32895614 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 706 195 511 186 0 4 0 5 0 0 511 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 47.750 0.29 1.20 -0.91 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0322 0.9678 0.0000 0 0 0.7788 0.2212 0.0000 0 0 0.9311 0.0689 0.0000
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 788 225 563 217 0 2 0 6 0 0 563 0 0 0.9644 0.0000 0.0000 111.500 0.23 1.67 -1.44 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0138 0.9862 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000 0 0 0.9514 0.0486 0.0000
chr1 43222837 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 1 345 98 247 53 0 2 0 43 0 0 243 0 4 0.5408 0.0000 0.0162 48.000 0.15 3.26 -3.10 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3094 0.5197 0.1709 1 1 0.3078 0.5182 0.1740 1 1 0.3056 0.5163 0.1780
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 427 121 306 54 0 10 0 57 0 0 305 0 1 0.4463 0.0000 0.0033 11.100 0.28 3.04 -2.76 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1894 0.5293 0.2813 1 1 0.1920 0.5271 0.2809 1 1 0.1955 0.5243 0.2802
chr1 46402196 GTGGGAAAGGTAAGGCCAGCCAAGGCCAGCCCCTCCC G 0.500000 0.050 1 -36 1 144 74 70 51 0 21 0 2 0 0 70 0 0 0.6892 0.0000 0.0000 2.524 0.25 0.50 -0.25 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1225 0.8775 0.0000 0 1 0.4810 0.5190 0.0000 0 0 0.6177 0.3823 0.0000
chr1 46668333 G GCCT 0.500000 0.050 1 3 5 444 194 250 173 5 12 1 3 0 1 249 0 0 0.8918 0.0000 0.0040 15.000 0.91 2.00 -1.09 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1509 0.8491 0.0000 0 0 0.8568 0.1432 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 711 191 520 0 0 31 2 158 0 0 520 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.129 6.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0212 0.9788
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 289 109 180 51 2 6 0 50 0 0 180 0 0 0.4679 0.0000 0.0000 17.167 0.31 3.04 -2.73 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2700 0.5287 0.2013 1 1 0.2699 0.5266 0.2035 1 1 0.2698 0.5238 0.2064
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 473 151 322 119 4 22 0 6 0 0 321 0 1 0.7881 0.0000 0.0031 5.864 0.40 3.33 -2.93 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1624 0.8376 0.0000 0 0 0.5860 0.4140 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 196 103 93 62 0 5 0 36 0 0 91 0 2 0.6019 0.0000 0.0215 19.600 0.08 3.42 -3.34 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5608 0.3869 0.0523 1 0 0.5502 0.3936 0.0562 1 0 0.5358 0.4025 0.0617
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 361 169 192 81 0 31 0 57 0 0 191 0 1 0.4793 0.0000 0.0052 4.452 0.17 10.32 -10.14 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5367 0.4080 0.0552 1 0 0.5273 0.4135 0.0592 1 0 0.5146 0.4206 0.0648
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 565 189 376 93 1 8 1 86 0 0 368 0 8 0.4921 0.0000 0.0213 22.500 0.35 5.50 -5.15 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2084 0.5569 0.2346 1 1 0.2109 0.5527 0.2364 1 1 0.2142 0.5473 0.2386
chr1 92074789 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 823 254 569 250 0 1 0 3 0 0 568 0 1 0.9843 0.0000 0.0018 253.000 0.47 1.33 -0.87 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4443 0.5557 0.0000 0 0 0.9706 0.0294 0.0000 0 0 0.9891 0.0109 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 204 80 124 6 0 2 0 72 0 0 122 0 2 0.0750 0.0000 0.0161 39.000 0.17 3.17 -3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8986 0.1014 2 1 0.0000 0.6120 0.3880
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 475 142 333 11 0 6 6 119 0 0 324 1 8 0.0775 0.0000 0.0270 22.500 0.36 3.24 -2.87 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9829 0.0171 2 1 0.0000 0.7079 0.2921
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 778 201 577 109 5 18 2 67 0 0 576 0 1 0.5423 0.0000 0.0017 10.056 0.38 3.75 -3.37 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7713 0.2188 0.0099 1 0 0.7584 0.2300 0.0115 1 0 0.7404 0.2455 0.0140
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 192 82 110 76 0 3 0 3 0 0 110 0 0 0.9268 0.0000 0.0000 26.333 0.29 3.33 -3.04 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0484 0.9516 0.0000 0 1 0.4680 0.5320 0.0000 0 0 0.6698 0.3302 0.0000
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1366 284 1082 142 0 37 0 105 0 0 1071 1 10 0.5000 0.0000 0.0102 6.676 0.51 3.85 -3.34 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5455 0.4129 0.0416 1 0 0.5373 0.4174 0.0453 1 0 0.5261 0.4234 0.0505
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 316 105 211 4 2 8 6 85 0 0 210 1 0 0.0381 0.0000 0.0047 11.500 1.00 1.38 -0.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9900 0.0100 2 1 0.0000 0.6925 0.3075 2 2 0.0000 0.4044 0.5956
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.050 1 18 5 272 106 166 42 0 7 1 56 0 0 166 0 0 0.3962 0.0000 0.0000 14.000 0.10 9.05 -8.96 8 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1008 0.4695 0.4297 1 1 0.1050 0.4715 0.4235 1 1 0.1108 0.4740 0.4152
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1321 330 991 7 1 65 5 252 0 0 927 3 61 0.0212 0.0000 0.0646 4.031 0.57 10.35 -9.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 2 0.0000 0.0409 0.9591 2 2 0.0000 0.0066 0.9934
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 597 266 331 147 0 16 1 102 0 0 331 0 0 0.5526 0.0000 0.0000 15.625 0.39 7.72 -7.33 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7568 0.2334 0.0098 1 0 0.7446 0.2440 0.0114 1 0 0.7276 0.2586 0.0138
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1216 262 954 3 1 69 1 188 0 0 871 0 83 0.0115 0.0000 0.0870 2.783 16.00 8.47 7.53 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1868 0.8132 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0057 0.9943
chr1 155738163 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 262 130 132 71 0 5 0 54 0 0 131 0 1 0.5462 0.0000 0.0076 25.000 0.32 2.91 -2.58 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4419 0.4673 0.0908 1 1 0.4355 0.4694 0.0951 1 1 0.4269 0.4720 0.1011
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 243 89 154 1 0 3 0 85 0 0 153 0 1 0.0112 0.0000 0.0065 28.667 1.00 2.12 -1.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3625 0.6375 2 2 0.0000 0.1884 0.8116 2 2 0.0000 0.1552 0.8448
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 376 96 280 53 0 3 0 40 0 0 279 0 1 0.5521 0.0000 0.0036 31.000 0.21 1.15 -0.94 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3941 0.4866 0.1194 1 1 0.3891 0.4874 0.1234 1 1 0.3825 0.4885 0.1289
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 426 108 318 0 0 0 0 108 0 0 316 1 1 0.0000 0.0000 0.0063 108.000 2.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0594 0.9406 2 2 0.0000 0.0626 0.9374 2 2 0.0000 0.0672 0.9328
chr1 156913391 GTTCCAGGCCCGCTCT G 0.500000 0.050 1 -15 2 660 176 484 174 0 2 0 0 0 0 484 0 0 0.9886 0.0000 0.0000 87.000 0.23 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9876 0.0124 0.0000 0 0 0.9865 0.0135 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 830 168 662 0 0 8 0 160 0 0 659 0 3 0.0000 0.0000 0.0045 20.000 1.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0197 0.9803
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 342 85 257 50 0 12 0 23 0 0 257 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 6.083 0.30 1.17 -0.87 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6079 0.3500 0.0422 1 0 0.5956 0.3586 0.0458 1 0 0.5791 0.3699 0.0510
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 167 40 127 2 1 7 1 29 0 0 127 0 0 0.0500 0.0000 0.0000 4.571 0.00 4.72 -4.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9291 0.0709 2 1 0.0000 0.6588 0.3412 2 1 0.0000 0.5200 0.4800
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 673 173 500 90 0 1 1 81 0 0 493 4 3 0.5202 0.0000 0.0140 172.000 0.87 4.90 -4.03 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2344 0.5541 0.2115 1 1 0.2361 0.5500 0.2139 1 1 0.2382 0.5449 0.2169
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 670 177 493 92 0 0 0 85 0 0 486 0 7 0.5198 0.0000 0.0142 177.000 0.85 4.79 -3.94 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2220 0.5560 0.2220 1 1 0.2241 0.5518 0.2241 1 1 0.2268 0.5465 0.2267
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 543 184 359 81 0 24 0 79 0 0 323 0 36 0.4402 0.0000 0.1003 6.667 0.40 13.11 -12.72 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0230 0.3138 0.6632 1 2 0.0257 0.3229 0.6514 1 2 0.0297 0.3352 0.6351
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 589 305 284 168 0 43 0 94 0 0 280 0 4 0.5508 0.0000 0.0141 6.093 0.46 11.66 -11.20 72 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9194 0.0797 0.0009 1 0 0.9108 0.0881 0.0012 1 0 0.8980 0.1004 0.0016
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 492 175 317 117 0 53 1 4 0 0 316 0 1 0.6686 0.0000 0.0032 2.283 0.81 9.00 -8.19 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0049 0.9951 0.0000 0 1 0.3686 0.6314 0.0000 0 0 0.7054 0.2946 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 704 144 560 73 0 15 0 56 0 0 557 0 3 0.5069 0.0000 0.0054 8.600 0.47 8.86 -8.39 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4076 0.4871 0.1054 1 1 0.4026 0.4878 0.1096 1 1 0.3958 0.4888 0.1154
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 662 178 484 7 0 13 4 154 1 1 474 2 6 0.0393 0.0021 0.0207 12.692 1.00 3.77 -2.77 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8508 0.1492 2 2 0.0000 0.3327 0.6673
chr1 240207539 A ACCCCCT 0.500000 0.050 1 6 2 458 118 340 101 1 11 0 5 0 0 340 0 0 0.8559 0.0000 0.0000 9.727 1.18 6.20 -5.02 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.3049 0.6951 0.0000 0 0 0.6426 0.3574 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 774 203 571 6 0 2 0 195 0 0 568 0 3 0.0296 0.0000 0.0053 100.500 0.00 3.08 -3.08 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 2 0.0000 0.2940 0.7060 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 435 113 322 108 0 1 0 4 0 0 322 0 0 0.9558 0.0000 0.0000 112.000 1.17 1.00 0.17 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 1 0.4996 0.5004 0.0000 0 0 0.7511 0.2489 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1305 318 987 166 0 2 0 150 0 0 985 0 2 0.5220 0.0000 0.0020 158.000 0.36 1.28 -0.92 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3668 0.5414 0.0919 1 1 0.3655 0.5380 0.0966 1 1 0.3632 0.5338 0.1029
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 727 188 539 74 2 5 0 107 0 0 538 0 1 0.3936 0.0000 0.0019 36.400 2.45 4.50 -2.05 56 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0267 0.3284 0.6449 1 2 0.0296 0.3371 0.6332 1 2 0.0340 0.3488 0.6173
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 923 163 760 109 0 2 0 52 0 0 751 0 9 0.6687 0.0000 0.0118 80.500 1.54 3.69 -2.15 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8059 0.1869 0.0072 1 0 0.7932 0.1984 0.0084 1 0 0.7752 0.2143 0.0105
chr1 248626807 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 473 127 346 123 0 2 0 2 0 0 346 0 0 0.9685 0.0000 0.0000 62.500 0.99 2.50 -1.51 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4580 0.5420 0.0000 0 0 0.8452 0.1548 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000
chr1 248638622 CAGAT C 0.500000 0.050 1 -4 1 370 127 243 118 0 3 0 6 0 0 243 0 0 0.9291 0.0000 0.0000 41.333 4.58 11.00 -6.42 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2503 0.7497 0.0000 0 0 0.6454 0.3546 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 371 123 248 33 0 3 0 87 0 0 244 0 4 0.2683 0.0000 0.0161 40.000 0.88 6.86 -5.98 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0028 0.1165 0.8806 1 2 0.0035 0.1270 0.8695 1 2 0.0046 0.1421 0.8533
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 244 116 128 50 0 10 1 55 0 0 128 0 0 0.4310 0.0000 0.0000 10.500 0.22 3.65 -3.43 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2084 0.5342 0.2574 1 1 0.2118 0.5320 0.2562 1 1 0.2163 0.5293 0.2544
chr2 11771478 AC A 0.000001 0.050 1 -1 2 326 114 212 64 0 2 0 48 0 0 212 0 0 0.5614 0.0000 0.0000 56.000 0.19 1.00 -0.81 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6579 0.3421 0.0000 1 0 0.6534 0.3466 0.0000 1 0 0.6472 0.3528 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 438 132 306 0 0 25 0 107 0 0 277 0 29 0.0000 0.0000 0.0948 4.280 10.66 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5977 0.4023 2 1 0.0000 0.6141 0.3859 2 1 0.0000 0.6361 0.3639
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 438 132 306 0 2 23 0 107 0 0 277 0 29 0.0000 0.0000 0.0948 4.739 10.66 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2195 0.7805 2 2 0.0000 0.0521 0.9479 2 2 0.0000 0.0332 0.9668
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 438 132 306 5 6 65 2 54 0 1 278 1 26 0.0379 0.0000 0.0915 1.000 4.80 12.48 -7.68 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9937 0.0063 2 1 0.0000 0.9450 0.0550
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 623 212 411 114 0 22 0 76 0 0 410 0 1 0.5377 0.0000 0.0024 8.636 0.43 8.26 -7.83 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7669 0.2243 0.0088 1 0 0.7567 0.2334 0.0099 1 0 0.7425 0.2457 0.0117
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 449 114 335 94 0 18 0 2 0 0 334 0 1 0.8246 0.0000 0.0030 5.333 0.97 9.00 -8.03 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5513 0.4487 0.0000 0 0 0.9549 0.0451 0.0000 0 0 0.9797 0.0203 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 234 58 176 0 0 2 0 56 0 0 174 0 2 0.0000 0.0000 0.0114 28.000 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1886 0.8114 2 2 0.0000 0.1931 0.8069 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr2 27581795 CCATCACAGTCCCTCTGAGAGAAGA C 0.500000 0.050 1 -24 1 1545 419 1126 328 21 61 4 5 15 31 1076 4 0 0.7828 0.0133 0.0444 5.800 1.52 3.60 -2.08 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2581 0.7419 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 343 121 222 103 0 16 0 2 0 0 222 0 0 0.8512 0.0000 0.0000 6.562 0.12 3.00 -2.88 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3380 0.6620 0.0000 0 0 0.7693 0.2307 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 638 222 416 56 0 111 2 53 0 0 414 0 2 0.2523 0.0000 0.0048 1.000 0.27 1.04 -0.77 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2215 0.5342 0.2444 1 1 0.2231 0.5316 0.2453 1 1 0.2253 0.5283 0.2464
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 759 111 648 27 1 15 1 67 6 0 639 0 3 0.2432 0.0093 0.0139 6.333 2.41 5.94 -3.53 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0188 0.2642 0.7170 1 2 0.0213 0.2753 0.7034 1 2 0.0249 0.2903 0.6848
chr2 61134190 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 250 133 117 75 0 0 0 58 0 0 117 0 0 0.5639 0.0000 0.0000 133.000 0.29 1.14 -0.84 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4542 0.4612 0.0846 1 1 0.4475 0.4636 0.0889 1 1 0.4384 0.4667 0.0949
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 567 141 426 6 10 34 6 85 0 1 418 1 6 0.0426 0.0000 0.0188 3.281 0.17 4.25 -4.08 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9721 0.0279
chr2 73385903 T TGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 567 141 426 18 0 86 1 36 0 1 419 0 6 0.1277 0.0000 0.0164 0.663 4.56 6.00 -1.44 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0481 0.3632 0.5887 1 2 0.0519 0.3713 0.5768 1 2 0.0573 0.3819 0.5608
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 572 152 420 111 1 29 0 11 1 0 418 0 1 0.7303 0.0024 0.0048 4.357 3.56 6.73 -3.17 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 1 0.1491 0.8509 0.0000
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 537 121 416 113 0 6 0 2 0 0 416 0 0 0.9339 0.0000 0.0000 19.167 0.25 3.00 -2.75 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3962 0.6038 0.0000 0 0 0.8102 0.1898 0.0000 0 0 0.8771 0.1229 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 1105 302 803 235 0 58 1 8 0 0 801 1 1 0.7781 0.0000 0.0025 4.207 0.47 9.12 -8.66 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2663 0.7337 0.0000 0 0 0.8570 0.1430 0.0000
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 468 137 331 63 0 10 0 64 0 0 329 0 2 0.4599 0.0000 0.0060 12.700 0.56 8.28 -7.73 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1976 0.5366 0.2658 1 1 0.2001 0.5338 0.2661 1 1 0.2033 0.5304 0.2663
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 413 136 277 116 2 11 0 7 0 0 276 0 1 0.8529 0.0000 0.0036 11.364 0.77 3.29 -2.52 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0807 0.9193 0.0000 0 1 0.4637 0.5363 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 493 149 344 5 0 21 9 114 0 0 339 0 5 0.0336 0.0000 0.0145 6.095 0.60 3.13 -2.53 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.5455 0.4545 2 2 0.0000 0.2298 0.7702
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 850 204 646 99 0 13 1 91 0 0 645 0 1 0.4853 0.0000 0.0015 14.615 0.46 7.73 -7.26 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2940 0.5468 0.1592 1 1 0.2938 0.5433 0.1629 1 1 0.2933 0.5389 0.1678
chr2 96123863 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 553 152 401 150 0 1 0 1 0 0 401 0 0 0.9868 0.0000 0.0000 151.000 0.21 1.00 -0.79 72 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8953 0.1047 0.0000 0 0 0.9540 0.0460 0.0000 0 0 0.9617 0.0383 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 153 73 80 69 1 0 0 3 0 0 80 0 0 0.9452 0.0000 0.0000 73.000 0.33 3.00 -2.67 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0416 0.9584 0.0000 0 1 0.4311 0.5689 0.0000 0 0 0.6371 0.3629 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 667 170 497 77 1 1 0 91 0 0 492 0 5 0.4529 0.0000 0.0101 168.000 0.64 5.95 -5.31 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0762 0.4632 0.4607 1 1 0.0805 0.4653 0.4542 1 1 0.0865 0.4681 0.4455
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 345 119 226 100 0 15 0 4 0 0 226 0 0 0.8403 0.0000 0.0000 6.933 0.59 6.00 -5.41 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0177 0.9823 0.0000 0 1 0.4489 0.5511 0.0000 0 0 0.7131 0.2869 0.0000
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 756 216 540 201 1 6 0 8 1 1 538 0 0 0.9306 0.0019 0.0037 35.000 0.36 1.75 -1.39 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4268 0.5732 0.0000 0 0 0.8724 0.1276 0.0000
chr2 132645460 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 666 192 474 179 0 8 0 5 0 0 474 0 0 0.9323 0.0000 0.0000 23.000 0.35 3.00 -2.65 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0251 0.9749 0.0000 0 0 0.7456 0.2544 0.0000 0 0 0.9193 0.0807 0.0000
chr2 170770974 T TGCCCCC 0.500000 0.050 1 6 4 351 88 263 39 0 17 1 31 0 0 263 0 0 0.4432 0.0000 0.0000 4.118 1.54 6.06 -4.53 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3314 0.5061 0.1626 1 1 0.3287 0.5056 0.1657 1 1 0.3251 0.5050 0.1699
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 240 103 137 2 0 24 0 77 0 0 134 0 3 0.0194 0.0000 0.0219 3.292 1.00 9.49 -8.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7776 0.2224 2 2 0.0000 0.3459 0.6541 2 2 0.0000 0.2361 0.7639
chr2 176130574 G GCGCACC 0.500000 0.050 1 6 1 466 97 369 82 1 12 0 2 0 0 369 0 0 0.8454 0.0000 0.0000 7.083 0.48 4.00 -3.52 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2357 0.7643 0.0000 0 0 0.6706 0.3294 0.0000 0 0 0.7767 0.2233 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 339 148 191 15 0 1 0 132 0 0 183 0 8 0.1014 0.0000 0.0419 147.000 0.47 3.07 -2.60 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.9018 0.0982
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 835 187 648 87 1 7 1 91 0 0 641 0 7 0.4652 0.0000 0.0108 25.714 0.31 4.02 -3.71 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1210 0.5221 0.3569 1 1 0.1252 0.5204 0.3544 1 1 0.1310 0.5182 0.3509
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 331 140 191 118 2 14 2 4 0 0 191 0 0 0.8429 0.0000 0.0000 9.538 2.72 6.00 -3.28 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0223 0.9777 0.0000 0 0 0.5136 0.4864 0.0000 0 0 0.7678 0.2322 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 332 149 183 11 6 17 0 115 0 0 183 0 0 0.0738 0.0000 0.0000 7.647 0.82 3.02 -2.20 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.9223 0.0777
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 239 53 186 35 5 10 1 2 0 0 186 0 0 0.6604 0.0000 0.0000 3.800 0.86 1.50 -0.64 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0828 0.9172 0.0000 0 1 0.3701 0.6299 0.0000 0 0 0.5153 0.4847 0.0000
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 295 58 237 23 18 9 3 5 0 2 234 0 1 0.3966 0.0000 0.0127 3.778 0.61 5.80 -5.19 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0206 0.9785 0.0009 0 1 0.0301 0.9698 0.0001 0 1 0.1567 0.8433 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 288 92 196 7 0 1 0 84 0 0 196 0 0 0.0761 0.0000 0.0000 91.000 0.29 3.06 -2.77 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9311 0.0689 2 1 0.0000 0.6428 0.3572
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 624 203 421 7 0 26 1 169 0 0 413 1 7 0.0345 0.0000 0.0190 6.808 0.00 7.83 -7.83 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.5702 0.4298 2 2 0.0000 0.1588 0.8412
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 423 159 264 150 1 2 3 3 0 0 264 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 77.000 0.63 4.00 -3.37 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1836 0.8164 0.0000 0 0 0.7982 0.2018 0.0000 0 0 0.9013 0.0987 0.0000
chr2 233450046 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 343 127 216 118 0 7 0 2 0 0 216 0 0 0.9291 0.0000 0.0000 17.143 0.19 3.00 -2.81 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4267 0.5733 0.0000 0 0 0.8284 0.1716 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000
chr2 233743541 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 464 128 336 116 0 8 0 4 0 0 336 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 15.000 0.30 1.50 -1.20 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0295 0.9705 0.0000 0 0 0.5514 0.4486 0.0000 0 0 0.7857 0.2143 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 266 119 147 59 0 4 0 56 0 0 146 0 1 0.4958 0.0000 0.0068 28.750 1.31 3.88 -2.57 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2560 0.5341 0.2099 1 1 0.2565 0.5316 0.2119 1 1 0.2571 0.5283 0.2145
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 433 116 317 40 1 27 3 45 0 0 317 0 0 0.3448 0.0000 0.0000 3.296 0.47 3.40 -2.92 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1622 0.5123 0.3255 1 1 0.1654 0.5113 0.3232 1 1 0.1697 0.5102 0.3201
chr2 241094358 A ACGGAGTCAC 0.500000 0.050 1 9 2 363 159 204 150 0 6 0 3 0 0 204 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 25.500 0.19 6.67 -6.48 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2454 0.7546 0.0000 0 0 0.8450 0.1550 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 551 130 421 3 0 4 0 123 0 0 417 0 4 0.0231 0.0000 0.0095 31.500 0.00 3.07 -3.07 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4274 0.5726 2 2 0.0000 0.0422 0.9578 2 2 0.0000 0.0194 0.9806
chr3 9917537 G GTCTGGTCTT 0.000861 0.050 1 9 1 675 160 515 149 1 5 0 5 0 0 515 0 0 0.9313 0.0000 0.0000 30.800 0.37 7.80 -7.43 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9352 0.0648 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 382 99 283 76 0 14 0 9 2 0 281 0 0 0.7677 0.0071 0.0071 6.071 0.62 10.11 -9.49 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0681 0.9319 0.0000 0 1 0.4990 0.5010 0.0000
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.050 1 -3 1 506 145 361 137 3 3 0 2 0 0 361 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 47.000 0.44 4.00 -3.56 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr3 27721914 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 2 518 124 394 50 4 21 42 7 0 0 394 0 0 0.4032 0.0000 0.0000 4.857 0.42 1.57 -1.15 22 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2943 0.5240 0.1816 1 1 0.2934 0.5222 0.1844 1 1 0.2920 0.5199 0.1881
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 507 114 393 56 6 2 2 48 0 0 393 0 0 0.4912 0.0000 0.0000 55.500 0.34 5.31 -4.97 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3846 0.4943 0.1212 1 1 0.3802 0.4946 0.1252 1 1 0.3743 0.4950 0.1307
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 610 176 434 168 1 3 0 4 0 0 434 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 57.667 0.45 1.75 -1.30 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0937 0.9063 0.0000 0 0 0.8172 0.1828 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 761 261 500 8 94 59 3 97 0 1 496 0 3 0.0307 0.0000 0.0080 3.424 0.00 3.04 -3.04 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2258 0.5623 0.2120 1 1 0.2279 0.5576 0.2145 1 1 0.2306 0.5518 0.2177
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 762 266 496 111 3 55 10 87 0 0 494 1 1 0.4173 0.0000 0.0040 3.836 2.68 3.06 -0.38 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4039 0.5030 0.0932 1 1 0.4000 0.5024 0.0976 1 1 0.3945 0.5018 0.1037
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 522 145 377 0 0 8 1 136 0 0 375 0 2 0.0000 0.0000 0.0053 17.125 2.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0298 0.9702 2 2 0.0000 0.0318 0.9682 2 2 0.0000 0.0349 0.9651
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 372 144 228 0 0 5 1 138 0 0 220 0 8 0.0000 0.0000 0.0351 27.800 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 637 178 459 140 0 21 2 15 0 1 457 0 1 0.7865 0.0000 0.0044 7.476 0.48 3.60 -3.12 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0357 0.9643 0.0000
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 1 542 192 350 95 2 12 0 83 0 0 348 1 1 0.4948 0.0000 0.0057 15.000 0.15 3.08 -2.94 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3724 0.5140 0.1137 1 1 0.3692 0.5127 0.1180 1 1 0.3649 0.5113 0.1238
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 383 106 277 1 0 12 0 93 0 0 274 0 3 0.0094 0.0000 0.0108 7.833 0.00 5.94 -5.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3136 0.6864 2 2 0.0000 0.1545 0.8455 2 2 0.0000 0.1268 0.8732
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 541 171 370 87 0 37 1 46 0 1 360 0 9 0.5088 0.0000 0.0270 3.622 0.45 5.83 -5.38 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6478 0.3237 0.0285 1 0 0.6356 0.3329 0.0315 1 0 0.6189 0.3451 0.0360
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 545 186 359 153 1 26 0 6 0 0 358 0 1 0.8226 0.0000 0.0028 6.154 1.86 4.33 -2.47 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2945 0.7055 0.0000 0 0 0.7486 0.2514 0.0000
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 281 97 184 0 0 6 85 6 0 0 181 1 2 0.0000 0.0000 0.0163 15.167 3.33 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0903 0.9097 2 2 0.0000 0.0943 0.9057 2 2 0.0000 0.0999 0.9001
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 281 95 186 0 0 2 3 90 0 0 183 0 3 0.0000 0.0000 0.0161 46.500 3.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0823 0.9177 2 2 0.0000 0.0860 0.9140 2 2 0.0000 0.0914 0.9086
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 303 97 206 40 33 22 0 2 0 0 205 1 0 0.4124 0.0000 0.0049 3.571 0.80 3.00 -2.20 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0546 0.9454 0.0000 0 1 0.4495 0.5505 0.0000 0 0 0.6480 0.3520 0.0000
chr3 63912697 G GCCC 0.500000 0.050 1 3 1 309 96 213 52 0 4 0 40 0 0 212 0 1 0.5417 0.0000 0.0047 30.667 1.00 3.05 -2.05 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3758 0.4946 0.1296 1 1 0.3716 0.4949 0.1335 1 1 0.3660 0.4953 0.1388
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 664 157 507 138 1 15 0 3 0 0 507 0 0 0.8790 0.0000 0.0000 10.071 0.49 4.67 -4.17 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2232 0.7768 0.0000 0 0 0.8107 0.1893 0.0000 0 0 0.9031 0.0969 0.0000
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 873 187 686 179 0 4 0 4 0 0 686 0 0 0.9572 0.0000 0.0000 45.750 0.44 1.00 -0.56 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1228 0.8772 0.0000 0 0 0.8521 0.1479 0.0000 0 0 0.9430 0.0570 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 812 201 611 100 0 12 0 89 0 0 602 0 9 0.4975 0.0000 0.0147 15.750 0.36 8.99 -8.63 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2423 0.5590 0.1988 1 1 0.2438 0.5546 0.2016 1 1 0.2458 0.5490 0.2052
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 558 153 405 74 0 5 0 74 0 0 405 0 0 0.4837 0.0000 0.0000 29.600 0.32 1.32 -1.00 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2275 0.5450 0.2275 1 1 0.2292 0.5417 0.2292 1 1 0.2313 0.5374 0.2313
chr3 100848802 AGG A 0.500000 0.050 1 -2 2 113 54 59 30 0 2 21 1 0 0 55 4 0 0.5556 0.0000 0.0678 26.000 0.70 17.00 -16.30 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2957 0.5113 0.1930 1 1 0.2943 0.5104 0.1953 1 1 0.2924 0.5093 0.1983
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 151 64 87 3 0 4 5 52 0 0 85 1 1 0.0469 0.0000 0.0230 15.000 1.00 1.31 -0.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9646 0.0354 2 1 0.0000 0.6330 0.3670 2 2 0.0000 0.4278 0.5722
chr3 113657263 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 1426 365 1061 23 14 99 3 226 0 0 1057 0 4 0.0630 0.0000 0.0038 2.687 0.57 3.06 -2.50 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1429 377 1052 227 31 104 3 12 0 0 1052 0 0 0.6021 0.0000 0.0000 2.720 2.47 3.00 -0.53 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0236 0.9764 0.0000 0 0 0.6262 0.3738 0.0000
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1440 384 1056 300 2 78 1 3 0 0 1056 0 0 0.7812 0.0000 0.0000 3.974 2.48 3.33 -0.85 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7653 0.2347 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 525 173 352 145 1 23 0 4 0 0 352 0 0 0.8382 0.0000 0.0000 6.478 0.21 6.75 -6.54 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0544 0.9456 0.0000 0 0 0.7164 0.2836 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 647 182 465 178 1 2 0 1 0 0 465 0 0 0.9780 0.0000 0.0000 90.000 0.22 3.00 -2.78 118 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9464 0.0536 0.0000 0 0 0.9769 0.0231 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.050 1 -9 1 416 166 250 89 0 10 0 67 0 0 247 0 3 0.5361 0.0000 0.0120 15.600 0.12 8.67 -8.55 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4757 0.4516 0.0727 1 0 0.4686 0.4545 0.0770 1 0 0.4588 0.4583 0.0829
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 403 132 271 69 0 8 1 54 0 0 271 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 15.375 0.43 4.46 -4.03 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4180 0.4801 0.1019 1 1 0.4125 0.4813 0.1062 1 1 0.4051 0.4829 0.1120
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 259 124 135 121 0 0 0 3 0 0 135 0 0 0.9758 0.0000 0.0000 124.000 0.50 1.67 -1.17 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1382 0.8618 0.0000 0 0 0.7278 0.2722 0.0000 0 0 0.8565 0.1435 0.0000
chr3 136145062 G GATGA 0.500000 0.050 1 4 1 236 97 139 90 1 3 0 3 0 0 139 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 31.000 0.13 4.67 -4.53 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0685 0.9315 0.0000 0 0 0.5592 0.4408 0.0000 0 0 0.7434 0.2566 0.0000
chr3 150703735 A ACCTCCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 549 107 442 82 3 20 0 2 0 0 442 0 0 0.7664 0.0000 0.0000 4.350 0.84 11.00 -10.16 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2444 0.7556 0.0000 0 0 0.6810 0.3190 0.0000 0 0 0.7845 0.2155 0.0000
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 369 134 235 117 1 7 0 9 1 0 234 0 0 0.8731 0.0043 0.0043 18.143 0.21 1.00 -0.79 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0449 0.9551 0.0000 0 1 0.3808 0.6192 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 443 177 266 4 0 16 9 148 0 0 262 1 3 0.0226 0.0000 0.0150 10.062 2.25 3.32 -1.07 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9225 0.0775 2 2 0.0000 0.2146 0.7854 2 2 0.0000 0.0854 0.9146
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 613 153 460 9 1 31 1 111 0 0 456 0 4 0.0588 0.0000 0.0087 3.935 0.44 3.02 -2.57 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9781 0.0219 2 1 0.0000 0.7169 0.2831
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 2105 581 1524 420 7 15 0 139 0 0 1524 0 0 0.7229 0.0000 0.0000 37.733 2.20 2.37 -0.17 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 200 39 161 22 1 6 1 9 9 2 150 0 0 0.5641 0.0559 0.0683 5.500 1.59 8.22 -6.63 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5814 0.3671 0.0516 1 0 0.5261 0.4227 0.0512 0 1 0.2286 0.7503 0.0211
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 840 184 656 89 0 13 0 82 0 0 644 0 12 0.4837 0.0000 0.0183 13.154 0.18 10.94 -10.76 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1712 0.5482 0.2806 1 1 0.1746 0.5446 0.2808 1 1 0.1791 0.5400 0.2809
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 278 111 167 2 0 23 3 83 0 0 162 2 3 0.0180 0.0000 0.0299 3.826 0.00 7.40 -7.40 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7300 0.2700 2 2 0.0000 0.2911 0.7089 2 2 0.0000 0.1945 0.8055
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 278 112 166 2 1 22 48 39 0 0 161 1 4 0.0179 0.0000 0.0301 4.091 0.00 8.62 -8.62 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9023 0.0977 2 2 0.0000 0.4200 0.5800 2 2 0.0000 0.2489 0.7511
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 649 192 457 128 0 0 0 64 0 1 418 0 38 0.6667 0.0000 0.0853 192.000 0.41 13.45 -13.05 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3568 0.5567 0.0864 1 1 0.3477 0.5590 0.0933 1 1 0.3355 0.5616 0.1029
chr4 1395636 TCA T 0.001231 0.050 1 -2 1 1339 324 1015 153 11 52 4 104 33 45 891 14 32 0.4722 0.0325 0.1222 5.380 2.41 4.27 -1.86 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9804 0.0196 0.0000 1 0 0.9777 0.0223 0.0000 1 0 0.9735 0.0265 0.0000
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 366 168 198 87 0 7 0 74 0 0 196 0 2 0.5179 0.0000 0.0101 23.000 0.28 8.30 -8.02 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3631 0.5145 0.1224 1 1 0.3601 0.5133 0.1266 1 1 0.3560 0.5118 0.1322
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 729 163 566 77 1 21 0 64 0 0 544 0 22 0.4724 0.0000 0.0389 6.714 0.71 15.77 -15.05 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1446 0.5299 0.3254 1 1 0.1485 0.5276 0.3239 1 1 0.1536 0.5248 0.3216
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 398 132 266 121 0 9 1 1 0 0 266 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 13.556 0.17 0.00 0.17 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7757 0.2243 0.0000 0 0 0.8975 0.1025 0.0000 0 0 0.9175 0.0825 0.0000
chr4 70409914 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 619 221 398 206 1 10 0 4 0 0 398 0 0 0.9321 0.0000 0.0000 21.000 0.20 1.00 -0.80 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2254 0.7746 0.0000 0 0 0.9201 0.0799 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 485 142 343 139 0 0 0 3 0 5 338 0 0 0.9789 0.0000 0.0146 142.000 0.91 4.33 -3.43 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2295 0.7705 0.0000 0 0 0.8331 0.1669 0.0000 0 0 0.9164 0.0836 0.0000
chr4 82918480 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 735 177 558 90 0 7 1 79 0 0 556 1 1 0.5085 0.0000 0.0036 24.286 0.36 2.86 -2.51 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3211 0.5334 0.1455 1 1 0.3198 0.5308 0.1494 1 1 0.3178 0.5276 0.1545
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2683 582 2101 20 3 154 9 396 1 3 2048 6 43 0.0344 0.0005 0.0252 2.796 2.00 8.94 -6.94 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9935 0.0065 2 2 0.0000 0.1575 0.8425
chr4 87614933 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3369 943 2426 798 16 107 7 15 105 73 2232 7 9 0.8462 0.0433 0.0800 7.802 1.76 12.33 -10.58 154 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9918 0.0082 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615161 CGATAGCAGCAACAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -18 1 4069 900 3169 743 30 99 11 17 12 23 3127 4 3 0.8256 0.0038 0.0133 8.167 2.51 8.47 -5.96 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9414 0.0586 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4261 982 3279 33 21 45 21 862 53 64 2915 176 71 0.0336 0.0162 0.1110 22.900 2.42 8.61 -6.19 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3588 1022 2566 25 18 229 49 701 254 73 2165 37 37 0.0245 0.0990 0.1563 3.480 6.28 8.78 -2.50 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 99139119 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 260 108 152 105 1 0 0 2 0 0 152 0 0 0.9722 0.0000 0.0000 108.000 0.41 1.50 -1.09 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3566 0.6434 0.0000 0 0 0.7823 0.2177 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 191 88 103 54 0 5 0 29 0 0 101 0 2 0.6136 0.0000 0.0194 16.600 0.37 3.10 -2.73 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5511 0.3922 0.0567 1 0 0.5405 0.3988 0.0607 1 0 0.5264 0.4073 0.0663
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 284 97 187 57 0 5 0 35 0 0 187 0 0 0.5876 0.0000 0.0000 18.400 0.12 1.40 -1.28 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5353 0.4038 0.0608 1 0 0.5253 0.4097 0.0649 1 0 0.5119 0.4174 0.0706
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 759 177 582 91 0 4 0 82 0 0 580 0 2 0.5141 0.0000 0.0034 43.250 0.19 3.94 -3.75 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3074 0.5387 0.1539 1 1 0.3066 0.5358 0.1576 1 1 0.3053 0.5321 0.1626
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 602 236 366 0 0 25 19 192 0 0 362 1 3 0.0000 0.0000 0.0109 8.440 3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 566 189 377 72 5 43 4 65 1 0 371 4 1 0.3810 0.0027 0.0159 3.395 0.94 3.49 -2.55 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2810 0.5398 0.1792 1 1 0.2809 0.5368 0.1823 1 1 0.2807 0.5330 0.1863
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 331 161 170 7 0 6 0 148 0 0 155 0 15 0.0435 0.0000 0.0882 31.000 0.14 4.86 -4.72 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.6549 0.3451 2 2 0.0000 0.2108 0.7892
chr4 154237107 A AGTT 0.500000 0.050 1 3 1 535 141 394 126 0 9 0 6 0 0 394 0 0 0.8936 0.0000 0.0000 14.667 0.28 3.33 -3.06 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.2892 0.7108 0.0000 0 0 0.6880 0.3120 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 206 87 119 2 1 12 0 72 0 0 115 0 4 0.0230 0.0000 0.0336 6.250 1.00 5.57 -4.57 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8400 0.1600 2 2 0.0000 0.4258 0.5742 2 2 0.0000 0.2898 0.7102
chr4 174977850 T TCAGAGTCAACCTCCTGTGATGCCTTCCCAGAGTCATCCTCAGTTGACGCCTTCC 0.500000 0.050 1 54 1 1108 265 843 71 0 116 3 75 0 0 842 0 1 0.2679 0.0000 0.0012 1.276 0.41 4.53 -4.12 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1495 0.5276 0.3229 1 1 0.1533 0.5255 0.3213 1 1 0.1582 0.5228 0.3190
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 889 154 735 11 0 2 0 141 0 0 730 0 5 0.0714 0.0000 0.0068 76.000 0.18 3.11 -2.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9769 0.0231 2 1 0.0000 0.6428 0.3572
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.050 1 2 1 211 96 115 80 0 1 0 15 0 0 115 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 95.000 0.84 4.00 -3.16 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0413 0.9587 0.0000 0 0 0.7712 0.2288 0.0000
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.050 1 -2 3 211 96 115 81 0 2 2 11 0 0 115 0 0 0.8438 0.0000 0.0000 47.000 0.81 5.45 -4.64 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2095 0.7905 0.0000 0 0 0.9164 0.0836 0.0000
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 622 123 499 110 1 9 0 3 0 0 499 0 0 0.8943 0.0000 0.0000 12.667 0.85 3.33 -2.48 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1094 0.8906 0.0000 0 0 0.6759 0.3241 0.0000 0 0 0.8244 0.1756 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 910 211 699 100 2 27 1 81 0 0 696 0 3 0.4739 0.0000 0.0043 7.077 0.43 3.63 -3.20 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4334 0.4818 0.0848 1 1 0.4281 0.4827 0.0892 1 1 0.4208 0.4839 0.0952
chr5 61332336 G GGCGGCGGCGGGGGCA 0.500000 0.050 1 15 1 447 168 279 85 2 27 2 52 0 0 273 0 6 0.5060 0.0000 0.0215 5.111 1.35 7.63 -6.28 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5919 0.3680 0.0401 1 0 0.5809 0.3754 0.0437 1 0 0.5661 0.3851 0.0488
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 401 59 342 0 0 26 1 32 0 0 339 0 3 0.0000 0.0000 0.0088 1.269 7.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2888 0.7112 2 2 0.0000 0.2924 0.7076 2 2 0.0000 0.2975 0.7025
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 399 116 283 109 0 4 0 3 0 0 282 1 0 0.9397 0.0000 0.0035 28.000 0.10 4.33 -4.23 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0994 0.9006 0.0000 0 0 0.6538 0.3462 0.0000 0 0 0.8105 0.1895 0.0000
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 566 159 407 0 0 8 0 151 0 0 401 0 6 0.0000 0.0000 0.0147 18.875 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0189 0.9811 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr5 77077779 T TCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 1 452 103 349 93 0 9 0 1 1 0 348 0 0 0.9029 0.0029 0.0029 10.444 0.77 7.00 -6.23 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6754 0.3246 0.0000 0 0 0.8389 0.1611 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 343 102 241 90 1 8 0 3 0 0 240 0 1 0.8824 0.0000 0.0041 11.625 1.21 19.67 -18.46 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0142 0.9858 0.0000 0 1 0.3941 0.6059 0.0000 0 0 0.6664 0.3336 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 301 113 188 110 0 0 0 3 1 0 187 0 0 0.9735 0.0053 0.0053 113.000 0.08 3.00 -2.92 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1087 0.8913 0.0000 0 0 0.6757 0.3243 0.0000 0 0 0.8243 0.1757 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 260 108 152 6 5 15 41 41 0 0 152 0 0 0.0556 0.0000 0.0000 6.429 1.00 4.78 -3.78 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9749 0.0251 2 1 0.0000 0.8073 0.1927
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 594 181 413 84 1 23 2 71 3 0 408 0 2 0.4641 0.0073 0.0121 6.870 0.54 3.62 -3.08 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3920 0.5006 0.1074 1 1 0.3880 0.5003 0.1117 1 1 0.3824 0.5001 0.1175
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 712 155 557 72 1 2 0 80 0 0 557 0 0 0.4645 0.0000 0.0000 76.500 0.32 1.38 -1.06 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1561 0.5320 0.3119 1 1 0.1597 0.5295 0.3107 1 1 0.1645 0.5265 0.3090
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 478 133 345 51 0 22 0 60 0 0 339 0 6 0.3835 0.0000 0.0174 5.045 0.53 6.98 -6.45 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0976 0.4725 0.4299 1 1 0.1018 0.4743 0.4239 1 1 0.1077 0.4765 0.4158
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 548 119 429 4 1 12 0 102 0 0 423 0 6 0.0336 0.0000 0.0140 8.833 1.00 5.68 -4.68 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9812 0.0188 2 1 0.0000 0.5326 0.4674 2 2 0.0000 0.2691 0.7309
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 200 65 135 5 0 0 0 60 0 0 135 0 0 0.0769 0.0000 0.0000 65.000 0.60 3.38 -2.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.8652 0.1348 2 1 0.0000 0.6034 0.3966
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 351 40 311 25 0 3 0 12 0 0 311 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 12.333 2.44 5.00 -2.56 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4207 0.4629 0.1163 1 1 0.4141 0.4655 0.1203 1 1 0.4054 0.4689 0.1257
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 276 106 170 49 0 0 0 57 0 0 168 0 2 0.4623 0.0000 0.0118 106.000 0.06 3.86 -3.80 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1346 0.5036 0.3618 1 1 0.1385 0.5033 0.3583 1 1 0.1436 0.5028 0.3535
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 276 106 170 49 0 2 0 55 0 0 168 0 2 0.4623 0.0000 0.0118 52.000 0.06 3.98 -3.92 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1508 0.5128 0.3364 1 1 0.1543 0.5118 0.3339 1 1 0.1591 0.5105 0.3304
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.050 1 -6 2 582 133 449 75 0 1 0 57 0 0 444 0 5 0.5639 0.0000 0.0111 132.000 0.19 5.84 -5.66 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3969 0.4934 0.1097 1 1 0.3923 0.4937 0.1140 1 1 0.3861 0.4941 0.1197
chr5 141415641 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 990 165 825 68 12 18 12 55 1 7 809 7 1 0.4121 0.0012 0.0194 7.556 1.65 2.53 -0.88 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4022 0.4936 0.1043 1 1 0.3976 0.4938 0.1086 1 1 0.3914 0.4942 0.1145
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 486 105 381 2 0 3 0 100 0 0 365 0 16 0.0190 0.0000 0.0420 34.000 0.00 7.61 -7.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5854 0.4146 2 2 0.0000 0.1786 0.8214 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr5 146459072 TCAGGCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1097 394 703 282 6 97 0 9 1 0 701 0 1 0.7157 0.0014 0.0028 3.149 0.52 7.89 -7.36 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6067 0.3933 0.0000 0 0 0.9607 0.0393 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 422 161 261 55 0 42 0 64 0 0 251 0 10 0.3416 0.0000 0.0383 2.833 1.00 11.06 -10.06 17 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0739 0.4426 0.4836 1 2 0.0781 0.4461 0.4758 1 2 0.0840 0.4507 0.4652
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 15 1 422 161 261 55 0 42 0 64 0 0 251 0 10 0.3416 0.0000 0.0383 2.833 1.00 11.06 -10.06 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0739 0.4426 0.4835 1 2 0.0782 0.4461 0.4757 1 2 0.0841 0.4507 0.4652
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 423 172 251 118 8 39 1 6 0 0 251 0 0 0.6860 0.0000 0.0000 3.410 5.26 3.00 2.26 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1752 0.8248 0.0000 0 0 0.6044 0.3956 0.0000
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 560 158 402 147 0 0 0 11 0 0 401 0 1 0.9304 0.0000 0.0025 158.000 0.81 3.18 -2.37 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 1 0.2820 0.7180 0.0000
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 565 163 402 152 1 0 0 10 0 0 401 0 1 0.9325 0.0000 0.0025 163.000 0.77 3.40 -2.63 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0273 0.9727 0.0000 0 1 0.3966 0.6034 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 727 160 567 77 0 0 0 83 0 0 565 0 2 0.4813 0.0000 0.0035 160.000 0.27 1.95 -1.68 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1465 0.5304 0.3231 1 1 0.1503 0.5280 0.3216 1 1 0.1554 0.5251 0.3194
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 621 155 466 152 0 1 0 2 0 0 466 0 0 0.9806 0.0000 0.0000 154.000 0.34 1.00 -0.66 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6416 0.3584 0.0000 0 0 0.9180 0.0820 0.0000 0 0 0.9479 0.0521 0.0000
chr5 151663455 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 257 84 173 40 0 1 0 43 1 0 171 0 1 0.4762 0.0058 0.0116 83.000 0.35 2.21 -1.86 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2033 0.5232 0.2735 1 1 0.2054 0.5215 0.2732 1 1 0.2081 0.5193 0.2727
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 463 189 274 175 0 4 0 10 0 0 272 0 2 0.9259 0.0000 0.0073 46.250 2.83 4.70 -1.87 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0242 0.9758 0.0000 0 1 0.4344 0.5656 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 464 178 286 4 0 22 0 152 0 0 285 0 1 0.0225 0.0000 0.0035 7.091 3.50 12.95 -9.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9358 0.0642 2 2 0.0000 0.2494 0.7506 2 2 0.0000 0.1015 0.8985
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 463 154 309 0 110 10 1 33 0 0 308 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 14.300 7.64 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9440 0.0554 0.0006 1 0 0.9367 0.0626 0.0008 1 0 0.8520 0.1470 0.0010
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 446 108 338 56 0 9 0 43 0 0 336 0 2 0.5185 0.0000 0.0059 11.000 1.00 4.26 -3.26 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3773 0.4956 0.1271 1 1 0.3731 0.4958 0.1311 1 1 0.3675 0.4961 0.1364
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 513 219 294 165 12 39 1 2 1 0 293 0 0 0.7534 0.0034 0.0034 4.615 1.21 3.00 -1.79 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6565 0.3435 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000 0 0 0.9632 0.0368 0.0000
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 360 133 227 126 0 3 0 4 0 0 227 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 43.333 0.67 3.25 -2.58 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0336 0.9664 0.0000 0 0 0.6073 0.3927 0.0000 0 0 0.8226 0.1774 0.0000
chr5 179733341 CCGCCCGCCGCCACGGCCCCGG C 0.500000 0.050 1 -21 1 335 139 196 131 1 5 0 2 2 0 193 0 1 0.9424 0.0102 0.0153 26.600 0.65 11.00 -10.35 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1795 0.8205 0.0000 0 0 0.7857 0.2143 0.0000 0 0 0.8904 0.1096 0.0000
chr5 181125166 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 828 203 625 189 0 9 0 5 0 0 625 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 21.556 0.29 3.00 -2.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0321 0.9679 0.0000 0 0 0.7895 0.2105 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 689 124 565 106 1 9 0 8 0 0 565 0 0 0.8548 0.0000 0.0000 12.778 0.46 4.00 -3.54 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0628 0.9372 0.0000 0 1 0.3995 0.6005 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 517 122 395 3 2 11 0 106 0 1 392 0 2 0.0246 0.0000 0.0076 10.000 2.67 3.45 -0.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9553 0.0447 2 2 0.0000 0.4923 0.5077 2 2 0.0000 0.2631 0.7369
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 610 156 454 81 3 18 2 52 1 2 445 2 4 0.5192 0.0022 0.0198 7.611 0.99 3.87 -2.88 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7028 0.2830 0.0142 1 0 0.6940 0.2904 0.0156 1 0 0.6819 0.3005 0.0176
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1226 267 959 5 30 84 97 51 0 0 938 7 14 0.0187 0.0000 0.0219 2.136 5.80 7.29 -1.49 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9974 0.0026
chr6 16327663 C CTGA 0.002924 0.050 1 3 1 1221 305 916 57 75 38 29 106 0 0 910 6 0 0.1869 0.0000 0.0066 12.700 2.74 5.53 -2.79 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2591 0.7377 0.0033 1 1 0.2691 0.7277 0.0032 1 1 0.2825 0.7144 0.0031
chr6 22570117 G GGGC 0.051576 0.050 1 3 1 713 162 551 68 1 41 2 50 0 0 549 0 2 0.4198 0.0000 0.0036 2.951 0.28 3.24 -2.96 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6271 0.3652 0.0077 1 0 0.6228 0.3691 0.0081 1 0 0.6170 0.3743 0.0087
chr6 24697903 TC T 0.000150 0.050 1 -1 1 214 73 141 41 0 1 0 31 0 0 141 0 0 0.5616 0.0000 0.0000 72.000 0.12 1.26 -1.14 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6002 0.3998 0.0000 1 0 0.5972 0.4028 0.0000 1 0 0.5932 0.4068 0.0000
chr6 29828657 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 589 152 437 144 0 2 0 6 0 0 437 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 75.000 0.76 2.00 -1.24 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.3895 0.6105 0.0000 0 0 0.7728 0.2272 0.0000
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 431 117 314 0 0 3 0 114 0 0 313 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 38.000 1.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0525 0.9475 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0597 0.9403
chr6 30986486 TAGCCACCAACTCTGAGTCCAGCACAACCTCCAGTGGGGCCAGCAC T 0.500000 0.050 1 -45 1 1567 453 1114 324 37 77 9 6 74 49 990 1 0 0.7152 0.0664 0.1113 5.056 2.99 3.67 -0.67 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0152 0.9848 0.0000 0 0 0.9888 0.0112 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 711 204 507 96 2 3 0 103 0 0 507 0 0 0.4706 0.0000 0.0000 67.000 0.44 2.62 -2.18 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1666 0.5526 0.2808 1 1 0.1702 0.5486 0.2812 1 1 0.1749 0.5437 0.2814
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 711 204 507 177 3 3 5 16 0 0 507 0 0 0.8676 0.0000 0.0000 66.333 1.26 4.44 -3.18 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.0801 0.9199 0.0000
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 758 212 546 135 0 16 0 61 0 0 546 0 0 0.6368 0.0000 0.0000 12.250 0.92 3.23 -2.31 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9380 0.0614 0.0006 1 0 0.9303 0.0689 0.0008 1 0 0.9188 0.0800 0.0012
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 424 116 308 98 0 16 0 2 0 0 308 0 0 0.8448 0.0000 0.0000 6.250 0.87 9.00 -8.13 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3102 0.6898 0.0000 0 0 0.7467 0.2533 0.0000 0 0 0.8328 0.1672 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 569 154 415 76 0 3 1 74 0 0 414 0 1 0.4935 0.0000 0.0024 50.333 0.42 3.32 -2.90 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2269 0.5463 0.2268 1 1 0.2286 0.5428 0.2286 1 1 0.2308 0.5384 0.2307
chr6 42104971 ACTCCTC A 0.500000 0.050 1 -6 2 765 185 580 88 0 17 0 80 0 0 577 0 3 0.4757 0.0000 0.0052 9.882 0.22 7.28 -7.06 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2779 0.5458 0.1763 1 1 0.2781 0.5423 0.1796 1 1 0.2782 0.5380 0.1838
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 338 147 191 116 0 24 0 7 0 0 190 0 1 0.7891 0.0000 0.0052 5.125 0.41 9.14 -8.74 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0771 0.9229 0.0000 0 1 0.4521 0.5479 0.0000
chr6 43021675 CGCCGGGGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -12 1 338 150 188 134 0 13 0 3 0 0 187 0 1 0.8933 0.0000 0.0053 10.538 0.39 12.67 -12.28 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0417 0.9583 0.0000 0 0 0.6583 0.3417 0.0000 0 0 0.8516 0.1484 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 710 197 513 0 0 96 1 100 0 0 478 0 35 0.0000 0.0000 0.0682 1.052 8.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0316 0.9684 2 2 0.0000 0.0338 0.9662 2 2 0.0000 0.0370 0.9630
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.050 1 45 5 378 124 254 44 0 18 0 62 0 0 253 0 1 0.3548 0.0000 0.0039 5.889 0.07 0.76 -0.69 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0748 0.4359 0.4893 1 2 0.0790 0.4400 0.4810 1 2 0.0849 0.4452 0.4699
chr6 84186595 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 392 107 285 46 0 5 0 56 0 0 285 0 0 0.4299 0.0000 0.0000 20.400 0.24 3.16 -2.92 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.5018 0.3631 1 1 0.1389 0.5016 0.3595 1 1 0.1441 0.5013 0.3546
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 771 164 607 122 5 32 1 4 1 0 605 0 1 0.7439 0.0016 0.0033 4.125 2.18 3.75 -1.57 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.3635 0.6365 0.0000 0 0 0.7217 0.2783 0.0000
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 615 143 472 130 2 9 0 2 0 2 470 0 0 0.9091 0.0000 0.0042 14.889 1.27 6.50 -5.23 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5301 0.4699 0.0000 0 0 0.8789 0.1211 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 669 163 506 151 1 7 0 4 0 0 506 0 0 0.9264 0.0000 0.0000 22.286 0.31 3.00 -2.69 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0627 0.9373 0.0000 0 0 0.7458 0.2542 0.0000 0 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 168 53 115 0 0 10 1 42 0 0 115 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.300 2.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2532 0.7468 2 2 0.0000 0.2573 0.7427 2 2 0.0000 0.2631 0.7369
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 846 186 660 96 1 5 0 84 0 0 659 0 1 0.5161 0.0000 0.0015 36.200 0.38 3.06 -2.68 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3723 0.5140 0.1137 1 1 0.3692 0.5128 0.1180 1 1 0.3648 0.5113 0.1239
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 5 849 172 677 163 1 5 0 3 0 0 677 0 0 0.9477 0.0000 0.0000 33.400 0.36 3.00 -2.64 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3164 0.6836 0.0000 0 0 0.8850 0.1150 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 786 179 607 175 0 1 0 3 0 0 607 0 0 0.9777 0.0000 0.0000 178.000 0.33 5.00 -4.67 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3813 0.6187 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000 0 0 0.9561 0.0439 0.0000
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 401 177 224 92 1 15 0 69 0 0 224 0 0 0.5198 0.0000 0.0000 10.800 0.49 5.54 -5.05 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5442 0.4050 0.0507 1 0 0.5349 0.4105 0.0546 1 0 0.5222 0.4177 0.0601
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 1070 246 824 3 0 9 3 231 0 0 817 0 7 0.0122 0.0000 0.0085 26.333 0.00 3.01 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2377 0.7623 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr6 156778847 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 580 132 448 72 3 16 7 34 3 3 430 5 7 0.5455 0.0067 0.0402 7.667 2.33 4.12 -1.78 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6065 0.3557 0.0378 1 0 0.5950 0.3637 0.0413 1 0 0.5795 0.3743 0.0463
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 725 283 442 148 0 50 0 85 0 0 430 0 12 0.5230 0.0000 0.0271 4.660 0.18 14.79 -14.61 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8175 0.1772 0.0053 1 0 0.8056 0.1881 0.0063 1 0 0.7886 0.2034 0.0080
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 448 147 301 9 0 4 0 134 0 0 297 0 4 0.0612 0.0000 0.0133 35.750 0.78 4.89 -4.11 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9313 0.0687 2 1 0.0000 0.5091 0.4909
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 280 81 199 44 0 5 0 32 0 0 197 0 2 0.5432 0.0000 0.0101 15.200 0.05 9.31 -9.27 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3685 0.4944 0.1371 1 1 0.3644 0.4948 0.1408 1 1 0.3589 0.4952 0.1458
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 376 164 212 0 0 15 17 132 0 0 208 0 4 0.0000 0.0000 0.0189 9.933 3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr6 168042716 GGT G 0.500000 0.050 1 -2 1 410 138 272 84 2 0 0 52 0 0 272 0 0 0.6087 0.0000 0.0000 138.000 0.18 2.08 -1.90 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6777 0.2988 0.0235 1 0 0.6649 0.3088 0.0263 1 0 0.6475 0.3222 0.0303
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 733 194 539 149 0 40 0 5 2 0 536 0 1 0.7680 0.0037 0.0056 3.850 0.46 9.80 -9.34 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.4298 0.5702 0.0000 0 0 0.8006 0.1994 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 833 287 546 12 14 8 115 138 0 0 546 0 0 0.0418 0.0000 0.0000 31.333 2.92 7.79 -4.87 8 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.7985 0.2015
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 832 275 557 94 16 17 79 69 0 0 557 0 0 0.3418 0.0000 0.0000 15.750 3.04 11.38 -8.33 44 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0936 0.5028 0.4036 1 1 0.0980 0.5023 0.3997 1 1 0.1041 0.5017 0.3942
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 832 278 554 99 18 91 64 6 0 1 553 0 0 0.3561 0.0000 0.0018 13.769 3.11 8.67 -5.56 43 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9165 0.0823 0.0012 1 0 0.9074 0.0911 0.0015 1 0 0.8940 0.1040 0.0021
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 286 119 167 46 3 24 1 45 0 3 163 0 1 0.3866 0.0000 0.0240 4.043 3.80 3.91 -0.11 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2913 0.5234 0.1853 1 1 0.2904 0.5217 0.1879 1 1 0.2891 0.5194 0.1914
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 286 120 166 55 1 19 0 45 0 0 163 0 3 0.4583 0.0000 0.0181 5.611 3.33 4.13 -0.81 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3292 0.5148 0.1560 1 1 0.3269 0.5136 0.1595 1 1 0.3237 0.5122 0.1640
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 631 164 467 153 0 8 0 3 0 0 466 0 1 0.9329 0.0000 0.0021 19.500 0.54 13.33 -12.80 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0642 0.9358 0.0000 0 0 0.7506 0.2494 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 277 115 162 71 0 1 0 43 0 0 162 0 0 0.6174 0.0000 0.0000 114.000 0.21 1.79 -1.58 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6103 0.3514 0.0383 1 0 0.5985 0.3597 0.0418 1 0 0.5825 0.3707 0.0468
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 801 252 549 187 3 47 0 15 0 0 549 0 0 0.7421 0.0000 0.0000 4.362 0.35 3.07 -2.72 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0048 0.9952 0.0000 0 1 0.2649 0.7351 0.0000
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 551 131 420 63 1 6 3 58 0 0 419 0 1 0.4809 0.0000 0.0024 20.667 0.56 3.10 -2.55 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2573 0.5367 0.2060 1 1 0.2579 0.5340 0.2082 1 1 0.2585 0.5305 0.2110
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 161 64 97 36 4 0 4 20 0 1 95 1 0 0.5625 0.0000 0.0206 60.000 0.31 1.15 -0.84 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4550 0.4497 0.0952 1 1 0.4475 0.4531 0.0995 1 1 0.4374 0.4574 0.1052
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 206 60 146 57 0 1 0 2 0 0 146 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 59.000 0.26 3.00 -2.74 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1382 0.8618 0.0000 0 0 0.5175 0.4825 0.0000 0 0 0.6509 0.3491 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 224 103 121 38 2 7 0 56 0 0 120 0 1 0.3689 0.0000 0.0083 13.714 0.21 3.20 -2.99 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0863 0.4502 0.4635 1 2 0.0905 0.4534 0.4560 1 1 0.0964 0.4576 0.4460
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 482 142 340 138 1 1 0 2 0 0 340 0 0 0.9718 0.0000 0.0000 141.000 0.14 2.00 -1.86 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5597 0.4403 0.0000 0 0 0.8902 0.1098 0.0000 0 0 0.9301 0.0699 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 948 226 722 0 0 12 0 214 0 0 710 0 12 0.0000 0.0000 0.0166 17.833 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr7 83155517 T TGCTGAGCTGGAGGCTTAGCAGGACCAAGAG 0.500000 0.050 1 30 1 842 125 717 8 0 42 1 74 0 0 648 1 68 0.0640 0.0000 0.0962 1.976 0.50 6.30 -5.80 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8558 0.1442 2 2 0.0000 0.3801 0.6199
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 632 167 465 75 1 27 2 62 0 0 462 0 3 0.4491 0.0000 0.0065 5.185 0.80 3.60 -2.80 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3412 0.5194 0.1394 1 1 0.3388 0.5179 0.1433 1 1 0.3355 0.5160 0.1485
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 309 94 215 46 0 6 0 42 0 0 214 0 1 0.4894 0.0000 0.0047 14.667 0.11 3.26 -3.15 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2726 0.5245 0.2030 1 1 0.2723 0.5226 0.2051 1 1 0.2719 0.5203 0.2078
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 570 265 305 89 13 88 3 72 0 0 305 0 0 0.3358 0.0000 0.0000 2.011 1.29 3.92 -2.62 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5833 0.3771 0.0396 1 0 0.5730 0.3839 0.0431 1 0 0.5590 0.3928 0.0482
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 217 85 132 80 0 0 0 5 0 0 132 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 85.000 0.26 1.20 -0.94 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.2037 0.7963 0.0000 0 0 0.5151 0.4849 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 533 192 341 101 0 5 0 86 0 0 340 0 1 0.5260 0.0000 0.0029 37.400 0.29 4.05 -3.76 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3984 0.5018 0.0998 1 1 0.3944 0.5014 0.1042 1 1 0.3889 0.5009 0.1102
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 595 168 427 76 0 6 0 86 0 0 426 0 1 0.4524 0.0000 0.0023 27.000 0.63 3.41 -2.78 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1224 0.5145 0.3631 1 1 0.1266 0.5133 0.3601 1 1 0.1322 0.5118 0.3560
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 428 142 286 1 1 48 4 88 0 0 276 0 10 0.0070 0.0000 0.0350 1.957 0.00 6.53 -6.53 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3078 0.6922 2 2 0.0000 0.1494 0.8506 2 2 0.0000 0.1209 0.8791
chr7 121064295 ATAGT A 0.500000 0.050 1 -4 3 212 108 104 102 0 3 0 3 0 0 104 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 35.000 0.40 4.67 -4.26 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0886 0.9114 0.0000 0 0 0.6253 0.3747 0.0000 0 0 0.7909 0.2091 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 835 204 631 81 0 17 1 105 0 0 629 0 2 0.3971 0.0000 0.0032 11.000 1.14 4.07 -2.93 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0401 0.3832 0.5766 1 2 0.0437 0.3896 0.5667 1 2 0.0488 0.3980 0.5531
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 679 192 487 4 0 37 1 150 0 0 486 0 1 0.0208 0.0000 0.0021 4.189 0.25 14.92 -14.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9374 0.0626 2 2 0.0000 0.2541 0.7459 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 469 222 247 90 1 29 1 101 0 0 237 0 10 0.4054 0.0000 0.0405 6.655 0.72 5.87 -5.15 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0623 0.4477 0.4899 1 2 0.0665 0.4506 0.4829 1 2 0.0724 0.4545 0.4732
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 469 237 232 209 2 22 0 4 0 0 232 0 0 0.8819 0.0000 0.0000 9.773 3.11 6.00 -2.89 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2278 0.7722 0.0000 0 0 0.9263 0.0737 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 193 95 98 67 0 27 0 1 0 0 98 0 0 0.7053 0.0000 0.0000 2.519 0.15 19.00 -18.85 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5134 0.4866 0.0000 0 0 0.7280 0.2720 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 1064 308 756 11 224 66 0 7 0 1 755 0 0 0.0357 0.0000 0.0013 3.667 3.27 3.29 -0.01 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 0 0.7617 0.2383 0.0000 0 0 0.9556 0.0444 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1068 312 756 9 3 58 6 236 0 0 755 1 0 0.0288 0.0000 0.0013 4.362 2.78 3.11 -0.33 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7735 0.2265 2 2 0.0000 0.1605 0.8395
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 842 199 643 94 1 5 1 98 0 0 643 0 0 0.4724 0.0000 0.0000 38.600 0.34 1.24 -0.90 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1819 0.5546 0.2636 1 1 0.1851 0.5505 0.2644 1 1 0.1893 0.5453 0.2654
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 859 217 642 108 0 3 1 105 0 0 641 0 1 0.4977 0.0000 0.0016 71.333 0.22 4.08 -3.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2283 0.5650 0.2067 1 1 0.2304 0.5601 0.2095 1 1 0.2331 0.5540 0.2129
chr7 149815254 GTGCCAGCCAGGCTCTGTGGGC G 0.500000 0.050 1 -21 1 660 191 469 177 0 12 0 2 0 0 469 0 0 0.9267 0.0000 0.0000 14.917 0.53 21.00 -20.47 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7665 0.2335 0.0000 0 0 0.9539 0.0461 0.0000 0 0 0.9707 0.0293 0.0000
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 832 218 614 190 0 24 0 4 0 0 612 0 2 0.8716 0.0000 0.0033 8.083 0.36 6.75 -6.39 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 0 0.6634 0.3366 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 853 222 631 0 0 4 0 218 0 0 624 0 7 0.0000 0.0000 0.0111 54.500 1.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0045 0.9955
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 513 153 360 148 1 1 0 3 0 1 359 0 0 0.9673 0.0000 0.0028 152.000 0.44 1.67 -1.23 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2491 0.7509 0.0000 0 0 0.8450 0.1550 0.0000 0 0 0.9226 0.0774 0.0000
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 607 170 437 163 0 5 0 2 0 0 437 0 0 0.9588 0.0000 0.0000 33.000 0.75 4.00 -3.25 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6978 0.3022 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 394 77 317 0 0 2 15 60 0 4 295 6 12 0.0000 0.0000 0.0694 37.500 7.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6225 0.3775 2 2 0.0000 0.3328 0.6672 2 2 0.0000 0.2334 0.7666
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 393 76 317 0 0 4 10 62 0 2 290 14 11 0.0000 0.0000 0.0852 22.000 6.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2040 0.7960 2 2 0.0000 0.1523 0.8477 2 2 0.0000 0.1342 0.8658
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 395 75 320 0 1 7 4 63 0 1 271 18 30 0.0000 0.0000 0.1531 9.714 6.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1967 0.8033 2 2 0.0000 0.1039 0.8961 2 2 0.0000 0.0867 0.9133
chr7 156950334 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 728 194 534 178 2 5 0 9 0 0 534 0 0 0.9175 0.0000 0.0000 37.800 0.69 3.67 -2.98 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1720 0.8280 0.0000 0 0 0.7252 0.2748 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 432 112 320 59 0 1 0 52 0 0 318 0 2 0.5268 0.0000 0.0063 111.000 0.25 3.17 -2.92 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2938 0.5269 0.1792 1 1 0.2930 0.5249 0.1821 1 1 0.2917 0.5223 0.1860
chr8 673457 CACCGTCCTCCTCCCTGGTGTCTTT C 0.000344 0.050 1 -24 1 724 209 515 193 3 9 0 4 0 0 515 0 0 0.9234 0.0000 0.0000 22.111 0.83 7.00 -6.17 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 882 212 670 4 0 32 1 175 0 0 664 0 6 0.0189 0.0000 0.0090 5.625 0.00 6.30 -6.30 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8555 0.1445 2 2 0.0000 0.1204 0.8796 2 2 0.0000 0.0453 0.9547
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 360 126 234 71 0 2 0 53 0 0 234 0 0 0.5635 0.0000 0.0000 62.000 0.45 3.15 -2.70 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4961 0.4343 0.0696 1 0 0.4888 0.4378 0.0734 1 0 0.4789 0.4423 0.0788
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 608 251 357 0 0 52 0 199 0 0 357 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.827 5.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 451 196 255 186 0 4 0 6 0 0 255 0 0 0.9490 0.0000 0.0000 48.000 0.38 7.33 -6.95 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0235 0.9765 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000
chr8 33496717 A AGAT 0.026718 0.050 1 3 5 183 77 106 65 1 8 0 3 0 0 106 0 0 0.8442 0.0000 0.0000 8.625 0.49 4.00 -3.51 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5896 0.4104 0.0000 0 0 0.9616 0.0384 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 733 241 492 130 0 5 0 106 0 0 489 0 3 0.5394 0.0000 0.0061 47.200 0.41 3.33 -2.92 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5427 0.4155 0.0418 1 0 0.5368 0.4184 0.0448 1 0 0.5285 0.4224 0.0490
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 214 83 131 46 0 0 0 37 0 0 131 0 0 0.5542 0.0000 0.0000 83.000 0.93 2.43 -1.50 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3535 0.5014 0.1452 1 1 0.3500 0.5012 0.1488 1 1 0.3454 0.5010 0.1536
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 703 217 486 150 14 49 0 4 0 0 486 0 0 0.6912 0.0000 0.0000 3.429 0.59 3.25 -2.66 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5371 0.4629 0.0000 0 0 0.9806 0.0194 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 392 112 280 104 1 4 0 3 0 0 280 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 26.750 0.78 6.33 -5.55 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0947 0.9053 0.0000 0 0 0.6418 0.3582 0.0000 0 0 0.8021 0.1979 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 736 251 485 132 1 1 0 117 0 0 484 0 1 0.5259 0.0000 0.0021 250.000 2.55 17.85 -15.30 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3963 0.5136 0.0901 1 1 0.3931 0.5122 0.0947 1 1 0.3886 0.5106 0.1009
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 388 118 270 113 0 2 0 3 0 0 270 0 0 0.9576 0.0000 0.0000 58.000 1.32 4.67 -3.35 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1137 0.8863 0.0000 0 0 0.6864 0.3136 0.0000 0 0 0.8312 0.1688 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 549 135 414 0 0 19 10 106 0 0 412 0 2 0.0000 0.0000 0.0048 6.053 4.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0490 0.9510 2 2 0.0000 0.0518 0.9482 2 2 0.0000 0.0560 0.9440
chr8 143440216 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 476 174 302 130 9 29 0 6 0 0 302 0 0 0.7471 0.0000 0.0000 5.179 0.27 3.17 -2.90 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.3626 0.6374 0.0000 0 0 0.7533 0.2467 0.0000
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1024 220 804 91 0 38 0 91 0 0 794 0 10 0.4136 0.0000 0.0124 4.789 0.40 11.58 -11.19 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1277 0.5292 0.3431 1 1 0.1319 0.5269 0.3412 1 1 0.1375 0.5241 0.3384
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 751 226 525 94 2 53 5 72 0 0 525 0 0 0.4159 0.0000 0.0000 3.264 0.21 3.15 -2.94 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6279 0.3559 0.0162 1 0 0.6226 0.3601 0.0173 1 0 0.6154 0.3657 0.0188
chr9 6329010 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 349 107 242 62 0 2 0 43 0 0 242 0 0 0.5794 0.0000 0.0000 52.500 1.15 2.05 -0.90 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4898 0.4353 0.0749 1 0 0.4815 0.4394 0.0791 1 0 0.4703 0.4447 0.0850
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 422 112 310 8 0 15 1 88 1 0 298 0 11 0.0714 0.0032 0.0387 6.929 0.12 6.56 -6.43 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9724 0.0276 2 1 0.0000 0.7238 0.2762
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 412 110 302 67 0 0 0 43 0 0 302 0 0 0.6091 0.0000 0.0000 110.000 0.33 1.63 -1.30 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5581 0.3898 0.0520 1 0 0.5477 0.3964 0.0559 1 0 0.5336 0.4049 0.0615
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 349 81 268 42 0 2 2 35 0 0 265 0 3 0.5185 0.0000 0.0112 39.500 0.14 2.23 -2.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2594 0.5240 0.2166 1 1 0.2596 0.5222 0.2183 1 1 0.2597 0.5199 0.2204
chr9 35657947 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 477 136 341 125 0 1 0 10 0 0 341 0 0 0.9191 0.0000 0.0000 135.000 0.44 2.70 -2.26 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000 0 1 0.3279 0.6721 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 847 213 634 178 1 30 0 4 0 0 634 0 0 0.8357 0.0000 0.0000 6.310 0.52 12.50 -11.98 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1131 0.8869 0.0000 0 0 0.8470 0.1530 0.0000 0 0 0.9413 0.0587 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 516 133 383 0 0 5 0 128 0 0 374 0 9 0.0000 0.0000 0.0235 25.600 13.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0308 0.9692 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr9 76703941 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 511 146 365 137 0 4 0 5 0 0 365 0 0 0.9384 0.0000 0.0000 35.500 1.11 3.40 -2.29 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.5099 0.4901 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 858 194 664 0 0 22 0 172 0 0 641 0 23 0.0000 0.0000 0.0346 7.818 10.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0093 0.9907
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 561 202 359 151 10 31 0 10 0 0 359 0 0 0.7475 0.0000 0.0000 5.667 0.30 2.80 -2.50 121 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0634 0.9366 0.0000 0 0 0.5391 0.4609 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 592 188 404 184 0 2 0 2 0 0 404 0 0 0.9787 0.0000 0.0000 93.000 0.28 3.00 -2.72 94 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7966 0.2034 0.0000 0 0 0.9609 0.0391 0.0000 0 0 0.9751 0.0249 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 278 80 198 36 0 0 0 44 0 0 195 0 3 0.4500 0.0000 0.0152 80.000 0.22 3.41 -3.19 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1285 0.4901 0.3814 1 1 0.1324 0.4907 0.3769 1 1 0.1377 0.4915 0.3708
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 406 129 277 46 4 35 0 44 0 0 275 0 2 0.3566 0.0000 0.0072 2.686 0.52 3.41 -2.89 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2862 0.5241 0.1897 1 1 0.2855 0.5222 0.1923 1 1 0.2844 0.5200 0.1956
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 506 191 315 92 2 3 1 93 0 0 315 0 0 0.4817 0.0000 0.0000 62.333 0.34 9.18 -8.85 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2193 0.5570 0.2237 1 1 0.2215 0.5528 0.2258 1 1 0.2243 0.5474 0.2284
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 566 205 361 6 0 1 0 198 0 0 356 0 5 0.0293 0.0000 0.0139 204.000 0.17 3.23 -3.06 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 2 0.0000 0.2691 0.7309 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 482 149 333 131 0 12 1 5 0 0 333 0 0 0.8792 0.0000 0.0000 11.333 0.73 4.80 -4.07 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.4417 0.5583 0.0000 0 0 0.7644 0.2356 0.0000
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 1051 191 860 82 2 47 2 58 1 2 846 0 11 0.4293 0.0012 0.0163 3.043 1.52 6.10 -4.58 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4415 0.4725 0.0860 1 1 0.4355 0.4741 0.0904 1 1 0.4274 0.4762 0.0963
chr9 99105255 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 225 126 99 111 0 11 0 4 1 0 98 0 0 0.8810 0.0101 0.0101 10.455 1.03 9.50 -8.47 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0239 0.9761 0.0000 0 0 0.5226 0.4774 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 525 127 398 0 0 0 0 127 0 0 398 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 127.000 2.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 917 198 719 1 0 1 0 196 0 0 718 0 1 0.0051 0.0000 0.0014 197.000 5.00 4.74 0.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0347 0.9653 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0127 0.9873
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 873 217 656 0 2 2 2 211 0 0 651 0 5 0.0000 0.0000 0.0076 106.500 2.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0075 0.9925
chr9 104695275 G GTGAA 0.500000 0.050 1 4 2 598 151 447 148 0 1 0 2 0 0 447 0 0 0.9801 0.0000 0.0000 150.000 1.07 5.50 -4.43 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6128 0.3872 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 317 132 185 0 0 0 0 132 0 0 183 0 2 0.0000 0.0000 0.0108 132.000 4.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0332 0.9668 2 2 0.0000 0.0354 0.9646 2 2 0.0000 0.0387 0.9613
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 490 108 382 58 1 8 0 41 0 0 381 0 1 0.5370 0.0000 0.0026 12.500 0.67 6.29 -5.62 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4632 0.4510 0.0858 1 0 0.4557 0.4542 0.0901 1 1 0.4458 0.4583 0.0960
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 615 171 444 75 0 18 5 73 0 0 443 0 1 0.4386 0.0000 0.0023 8.500 0.63 1.45 -0.83 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1913 0.5431 0.2656 1 1 0.1940 0.5399 0.2660 1 1 0.1977 0.5358 0.2665
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 617 194 423 82 0 26 6 80 0 0 422 0 1 0.4227 0.0000 0.0024 6.462 0.50 3.27 -2.77 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1675 0.5422 0.2903 1 1 0.1709 0.5390 0.2901 1 1 0.1754 0.5350 0.2896
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 619 199 420 89 1 101 2 6 0 0 418 1 1 0.4472 0.0000 0.0048 0.990 0.48 5.67 -5.18 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0510 0.9490 0.0000 0 1 0.3214 0.6786 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 604 210 394 11 0 2 1 196 0 0 388 0 6 0.0524 0.0000 0.0152 104.000 0.09 3.10 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9121 0.0879 2 2 0.0000 0.3146 0.6854
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 470 150 320 58 4 37 2 49 2 0 316 0 2 0.3867 0.0063 0.0125 3.054 1.12 4.61 -3.49 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3751 0.4997 0.1251 1 1 0.3712 0.4997 0.1292 1 1 0.3659 0.4996 0.1346
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 313 137 176 76 0 2 2 57 0 0 176 0 0 0.5547 0.0000 0.0000 67.500 0.22 1.16 -0.93 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4541 0.4615 0.0843 1 1 0.4474 0.4639 0.0887 1 1 0.4384 0.4670 0.0946
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 313 137 176 76 0 2 2 57 0 0 176 0 0 0.5547 0.0000 0.0000 67.500 0.22 1.16 -0.93 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4541 0.4615 0.0843 1 1 0.4474 0.4639 0.0887 1 1 0.4384 0.4670 0.0946
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 262 99 163 89 0 5 0 5 0 0 163 0 0 0.8990 0.0000 0.0000 18.800 0.26 2.00 -1.74 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.2445 0.7555 0.0000 0 0 0.5696 0.4304 0.0000
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 429 121 308 69 0 1 0 51 0 0 308 0 0 0.5702 0.0000 0.0000 120.000 0.33 1.10 -0.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4717 0.4487 0.0796 1 0 0.4642 0.4519 0.0839 1 1 0.4541 0.4561 0.0898
chr9 137192572 T TTCC 0.500000 0.050 1 3 1 675 173 502 83 4 38 1 47 0 0 502 0 0 0.4798 0.0000 0.0000 3.553 0.20 3.04 -2.84 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7330 0.2514 0.0155 1 0 0.7197 0.2626 0.0177 1 0 0.7013 0.2778 0.0209
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 471 122 349 2 0 13 2 105 0 0 330 1 18 0.0164 0.0000 0.0544 8.385 0.50 13.35 -12.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5237 0.4763 2 2 0.0000 0.1454 0.8546 2 2 0.0000 0.0931 0.9069
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 860 200 660 111 0 8 0 81 0 0 648 0 12 0.5550 0.0000 0.0182 24.000 0.41 8.51 -8.10 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6408 0.3540 0.0052 1 0 0.6370 0.3574 0.0056 1 0 0.6318 0.3622 0.0061
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 210 47 163 24 0 2 0 21 0 0 161 0 2 0.5106 0.0000 0.0123 22.500 0.75 4.38 -3.63 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4202 0.5059 0.0739 1 1 0.4206 0.5051 0.0743 1 1 0.4211 0.5042 0.0748
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 266 99 167 56 0 2 1 40 0 0 165 0 2 0.5657 0.0000 0.0120 48.500 0.39 4.30 -3.91 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5567 0.4074 0.0360 1 0 0.5521 0.4104 0.0375 1 0 0.5459 0.4145 0.0395
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 938 223 715 95 1 28 0 99 0 0 712 0 3 0.4260 0.0000 0.0042 6.964 0.48 5.79 -5.30 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1622 0.5503 0.2875 1 1 0.1661 0.5467 0.2872 1 1 0.1713 0.5420 0.2867
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 770 174 596 160 1 6 0 7 0 0 596 0 0 0.9195 0.0000 0.0000 28.000 0.11 2.29 -2.18 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.5872 0.4128 0.0000 0 0 0.9101 0.0899 0.0000
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 248 102 146 96 0 1 0 5 0 0 146 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 101.000 0.25 2.20 -1.95 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2134 0.7866 0.0000 0 0 0.9698 0.0302 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr10 27398605 C CT 0.021536 0.050 1 1 2 810 223 587 121 1 14 0 87 0 0 584 0 3 0.5426 0.0000 0.0051 14.929 0.36 1.28 -0.92 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7854 0.2139 0.0007 1 0 0.7783 0.2209 0.0008 1 0 0.7685 0.2306 0.0009
chr10 30027571 A ACTG 0.007813 0.050 1 3 1 959 210 749 170 10 26 0 4 0 1 748 0 0 0.8095 0.0000 0.0013 7.077 0.32 3.00 -2.68 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9463 0.0537 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr10 42593598 CAGA C 0.000282 0.050 1 -3 1 1022 221 801 100 0 5 0 116 0 0 796 1 4 0.4525 0.0000 0.0062 43.200 0.52 3.40 -2.88 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2136 0.7859 0.0005 1 1 0.2239 0.7757 0.0005 1 1 0.2377 0.7618 0.0004
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.050 1 -1 1 801 171 630 139 2 0 0 30 0 0 629 0 1 0.8129 0.0000 0.0016 171.000 0.27 1.13 -0.87 51 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.1638 0.8362 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0116 0.9884 0.0000
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.050 1 1 1 638 217 421 142 0 3 0 72 0 0 420 0 1 0.6544 0.0000 0.0024 71.333 0.14 1.90 -1.76 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9526 0.0473 0.0002 1 0 0.9472 0.0525 0.0002 1 0 0.9393 0.0604 0.0003
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.050 1 -2 1 1222 317 905 177 1 3 0 136 0 0 900 0 5 0.5584 0.0000 0.0055 104.667 0.36 2.28 -1.92 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7558 0.2378 0.0064 1 0 0.7477 0.2451 0.0072 1 0 0.7363 0.2551 0.0086
chr10 53822891 G GTGTT 0.000319 0.050 1 4 1 526 124 402 115 0 4 0 5 0 0 402 0 0 0.9274 0.0000 0.0000 30.000 0.30 3.20 -2.90 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9417 0.0583 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 157 68 89 66 0 0 0 2 0 0 89 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 68.000 0.64 9.00 -8.36 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5272 0.4728 0.0000 0 0 0.8813 0.1187 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 220 91 129 84 0 5 0 2 0 0 129 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 17.200 0.21 1.00 -0.79 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9756 0.0244 0.0000 0 0 0.9961 0.0039 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 513 139 374 53 0 26 4 56 0 0 374 0 0 0.3813 0.0000 0.0000 4.346 0.51 3.09 -2.58 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3011 0.5827 0.1161 1 1 0.3063 0.5787 0.1150 1 1 0.3129 0.5736 0.1135
chr10 75028901 G GGAAGAGGAA 0.002182 0.050 1 9 1 742 119 623 81 2 31 0 5 0 0 623 0 0 0.6807 0.0000 0.0000 2.839 1.15 7.80 -6.65 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5140 0.4860 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr10 75043841 TAGA T 0.000651 0.050 1 -3 3 237 98 139 94 1 1 0 2 0 0 139 0 0 0.9592 0.0000 0.0000 97.000 0.57 4.00 -3.43 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 513 197 316 177 2 11 0 7 0 1 315 0 0 0.8985 0.0000 0.0032 16.818 0.33 6.29 -5.96 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1104 0.8896 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 245 53 192 38 6 7 0 2 0 0 192 0 0 0.7170 0.0000 0.0000 5.714 0.66 1.50 -0.84 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5136 0.4864 0.0000 0 0 0.8689 0.1311 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 764 148 616 4 0 7 0 137 0 0 602 0 14 0.0270 0.0000 0.0227 20.143 1.25 6.20 -4.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9781 0.0219 2 1 0.0000 0.5042 0.4958 2 2 0.0000 0.2566 0.7434
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 603 198 405 191 1 3 0 3 0 0 405 0 0 0.9646 0.0000 0.0000 65.000 0.22 3.33 -3.11 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9831 0.0169 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 717 275 442 233 0 38 0 4 0 0 442 0 0 0.8473 0.0000 0.0000 6.237 1.22 6.00 -4.78 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3893 0.6107 0.0000 0 0 0.9641 0.0359 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 400 97 303 5 0 5 0 87 0 0 296 0 7 0.0515 0.0000 0.0231 18.400 0.20 6.28 -6.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.7545 0.2455 2 2 0.0000 0.4271 0.5729
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 519 157 362 132 0 23 0 2 0 0 361 0 1 0.8408 0.0000 0.0028 5.826 0.77 18.00 -17.23 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9310 0.0690 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 394 148 246 82 0 2 0 64 0 0 245 0 1 0.5541 0.0000 0.0041 73.000 1.16 2.61 -1.45 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5800 0.3881 0.0319 1 0 0.5746 0.3917 0.0337 1 0 0.5671 0.3966 0.0363
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 176 69 107 0 0 1 0 68 0 0 105 0 2 0.0000 0.0000 0.0187 68.000 3.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0616 0.9384 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0666 0.9334
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 299 74 225 70 0 1 0 3 0 0 225 0 0 0.9459 0.0000 0.0000 73.000 0.10 2.00 -1.90 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9072 0.0928 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr10 121975076 C CGAGCGG 0.000097 0.050 1 6 1 355 127 228 111 0 11 0 5 1 0 227 0 0 0.8740 0.0044 0.0044 10.545 0.81 5.20 -4.39 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9801 0.0199 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 124021236 C CG 0.056607 0.050 1 1 1 410 91 319 32 25 17 9 8 1 1 307 9 1 0.3516 0.0031 0.0376 2.647 2.38 1.88 0.50 20 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7982 0.1996 0.0022 1 0 0.7895 0.2080 0.0025 1 0 0.7769 0.2202 0.0029
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 410 93 317 32 20 16 10 15 0 3 313 0 1 0.3441 0.0000 0.0126 3.750 2.28 3.87 -1.59 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5872 0.3652 0.0475 1 0 0.5746 0.3738 0.0516 1 0 0.5577 0.3850 0.0573
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 744 166 578 154 0 10 0 2 2 0 576 0 0 0.9277 0.0035 0.0035 15.600 0.38 12.00 -11.62 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9300 0.0700 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 353 98 255 87 0 6 0 5 0 0 255 0 0 0.8878 0.0000 0.0000 15.333 0.22 1.20 -0.98 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 1 0.2358 0.7642 0.0000 0 0 0.5580 0.4420 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 253 95 158 44 0 1 1 49 0 0 158 0 0 0.4632 0.0000 0.0000 94.000 0.27 2.02 -1.75 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1956 0.5267 0.2777 1 1 0.1989 0.5250 0.2761 1 1 0.2033 0.5229 0.2738
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 374 104 270 46 0 6 0 52 0 0 268 1 1 0.4423 0.0000 0.0074 16.333 0.35 1.90 -1.56 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3049 0.5895 0.1056 1 1 0.3102 0.5855 0.1043 1 1 0.3172 0.5803 0.1025
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.050 1 -21 2 2063 499 1564 245 16 208 14 16 19 11 1379 31 124 0.4910 0.0121 0.1183 1.356 2.46 10.44 -7.98 93 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9917 0.0083 0.0000 1 0 0.9902 0.0098 0.0000 1 0 0.9878 0.0122 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1243 282 961 97 1 100 1 83 0 0 960 1 0 0.3440 0.0000 0.0010 1.820 0.30 8.84 -8.54 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3628 0.5192 0.1180 1 1 0.3591 0.5181 0.1228 1 1 0.3540 0.5167 0.1292
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 420 111 309 0 0 3 0 108 0 0 307 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 36.000 2.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 802 267 535 144 1 6 0 116 0 0 534 0 1 0.5393 0.0000 0.0019 43.333 0.19 1.28 -1.08 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5671 0.3963 0.0365 1 0 0.5584 0.4016 0.0400 1 0 0.5464 0.4086 0.0450
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 233 90 143 40 0 0 0 50 0 0 141 0 2 0.4444 0.0000 0.0140 90.000 0.00 2.08 -2.08 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1201 0.4865 0.3934 1 1 0.1242 0.4873 0.3885 1 1 0.1296 0.4885 0.3819
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 757 198 559 189 2 3 1 3 0 0 559 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 64.667 0.22 4.33 -4.12 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4186 0.5814 0.0000 0 0 0.9245 0.0755 0.0000 0 0 0.9646 0.0354 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 576 160 416 74 0 6 1 79 0 0 414 0 2 0.4625 0.0000 0.0048 25.667 0.50 1.20 -0.70 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1475 0.5287 0.3238 1 1 0.1512 0.5265 0.3222 1 1 0.1563 0.5238 0.3200
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 610 164 446 85 1 6 2 70 0 0 445 0 1 0.5183 0.0000 0.0022 26.000 1.09 2.09 -0.99 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3914 0.5001 0.1085 1 1 0.3873 0.4999 0.1128 1 1 0.3817 0.4997 0.1187
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 646 139 507 71 0 4 0 64 0 0 506 0 1 0.5108 0.0000 0.0020 33.750 0.10 6.08 -5.98 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3023 0.5307 0.1670 1 1 0.3013 0.5283 0.1703 1 1 0.2999 0.5254 0.1747
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 482 134 348 58 0 7 0 69 0 0 347 0 1 0.4328 0.0000 0.0029 18.143 0.12 1.54 -1.42 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1175 0.4975 0.3850 1 1 0.1217 0.4975 0.3808 1 1 0.1273 0.4976 0.3751
chr11 5901221 GTCATCATTGTCAGGACTTTGGTATTTGTGACTCCAT G 0.500000 0.050 1 -36 1 988 259 729 246 0 4 0 9 0 0 729 0 0 0.9498 0.0000 0.0000 63.750 0.21 28.11 -27.90 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.5142 0.4858 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 856 158 698 0 0 14 0 144 0 0 676 0 22 0.0000 0.0000 0.0315 10.286 9.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 309 156 153 59 0 22 1 74 0 0 151 1 1 0.3782 0.0000 0.0131 6.091 0.71 3.43 -2.72 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0812 0.4569 0.4620 1 1 0.0855 0.4595 0.4550 1 1 0.0914 0.4630 0.4456
chr11 9091461 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 309 158 151 61 4 91 1 1 0 0 149 2 0 0.3861 0.0000 0.0132 0.716 0.69 7.00 -6.31 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1072 0.8928 0.0000 0 1 0.4713 0.5287 0.0000 0 0 0.6433 0.3567 0.0000
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 718 187 531 126 1 58 0 2 0 0 531 0 0 0.6738 0.0000 0.0000 2.224 0.96 12.50 -11.54 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4827 0.5173 0.0000 0 0 0.8577 0.1423 0.0000 0 0 0.9090 0.0910 0.0000
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 232 86 146 53 0 4 0 29 0 0 145 0 1 0.6163 0.0000 0.0068 20.500 0.11 6.07 -5.96 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5516 0.3916 0.0567 1 0 0.5410 0.3982 0.0608 1 0 0.5268 0.4068 0.0664
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 911 284 627 143 1 12 0 128 0 0 626 0 1 0.5035 0.0000 0.0016 22.667 0.16 3.82 -3.66 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3911 0.5201 0.0888 1 1 0.3884 0.5183 0.0933 1 1 0.3844 0.5160 0.0996
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 848 198 650 95 0 9 1 93 0 0 646 0 4 0.4798 0.0000 0.0062 20.889 0.33 2.25 -1.92 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1914 0.5562 0.2524 1 1 0.1944 0.5520 0.2536 1 1 0.1982 0.5467 0.2551
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.050 1 -4 1 1206 278 928 139 0 9 0 130 0 0 926 0 2 0.5000 0.0000 0.0022 29.889 0.24 4.05 -3.80 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2881 0.5677 0.1442 1 1 0.2889 0.5626 0.1485 1 1 0.2896 0.5562 0.1542
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 91 53 38 34 1 1 0 17 0 0 38 0 0 0.6415 0.0000 0.0000 52.000 0.06 2.06 -2.00 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4893 0.4282 0.0825 1 0 0.4803 0.4329 0.0868 1 0 0.4684 0.4390 0.0926
chr11 62146762 GGAGCAGGAGCGGCGGGAGCAGGAGCGGCGC G 0.500000 0.050 1 -30 3 696 243 453 135 5 33 0 70 1 0 428 0 24 0.5556 0.0022 0.0552 6.273 0.70 10.96 -10.25 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7822 0.2099 0.0080 1 0 0.7698 0.2208 0.0093 1 0 0.7525 0.2360 0.0115
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 293 105 188 49 0 20 2 34 0 0 187 0 1 0.4667 0.0000 0.0053 4.250 0.53 3.24 -2.70 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3956 0.4843 0.1202 1 1 0.3905 0.4853 0.1242 1 1 0.3837 0.4866 0.1296
chr11 68157814 GTCA G 0.500000 0.050 1 -3 3 510 133 377 114 0 13 0 6 0 0 377 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 9.231 0.31 3.17 -2.86 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2323 0.7677 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1058 221 837 117 0 28 1 75 0 0 792 0 45 0.5294 0.0000 0.0538 6.893 0.61 6.33 -5.73 73 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1741 0.5674 0.2585 1 1 0.1777 0.5624 0.2599 1 1 0.1825 0.5560 0.2615
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 1001 271 730 3 0 1 1 266 0 0 729 1 0 0.0111 0.0000 0.0014 270.000 0.00 2.32 -2.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1357 0.8643 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr11 72240115 GGCGCCCGCC G 0.500000 0.050 1 -9 5 407 122 285 99 0 21 0 2 0 0 285 0 0 0.8115 0.0000 0.0000 4.810 0.36 9.00 -8.64 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3156 0.6844 0.0000 0 0 0.7513 0.2487 0.0000 0 0 0.8361 0.1639 0.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 875 189 686 173 1 12 0 3 0 0 686 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 14.750 0.45 3.00 -2.55 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3734 0.6266 0.0000 0 0 0.9078 0.0922 0.0000 0 0 0.9550 0.0450 0.0000
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 843 90 753 81 0 0 0 9 0 0 753 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 90.000 0.30 1.78 -1.48 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 1 0.1977 0.8023 0.0000
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1371 374 997 327 5 37 0 5 0 0 997 0 0 0.8743 0.0000 0.0000 9.054 0.43 3.80 -3.37 199 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5464 0.4536 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1584 441 1143 0 2 86 7 346 0 0 1142 1 0 0.0000 0.0000 0.0009 4.106 7.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 949 318 631 156 2 46 2 112 0 2 628 1 0 0.4906 0.0000 0.0048 5.891 0.98 10.02 -9.04 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7639 0.2274 0.0087 1 0 0.7519 0.2379 0.0101 1 0 0.7351 0.2524 0.0124
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 304 121 183 67 1 4 1 48 0 0 181 0 2 0.5537 0.0000 0.0109 29.250 0.27 7.04 -6.77 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4585 0.4565 0.0850 1 1 0.4515 0.4592 0.0893 1 1 0.4420 0.4628 0.0952
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 444 135 309 71 0 7 1 56 0 0 308 1 0 0.5259 0.0000 0.0032 18.286 1.13 5.32 -4.19 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4017 0.4894 0.1089 1 1 0.3969 0.4900 0.1131 1 1 0.3904 0.4908 0.1189
chr11 125495476 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 359 97 262 90 0 2 0 5 0 0 262 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 47.500 0.12 1.20 -1.08 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2471 0.7529 0.0000 0 0 0.5747 0.4253 0.0000
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 258 90 168 76 1 11 0 2 0 0 168 0 0 0.8444 0.0000 0.0000 7.182 0.26 6.00 -5.74 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2096 0.7904 0.0000 0 0 0.6372 0.3628 0.0000 0 0 0.7507 0.2493 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 460 136 324 72 0 11 2 51 0 0 322 0 2 0.5294 0.0000 0.0062 11.364 0.68 4.04 -3.36 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4558 0.4593 0.0849 1 1 0.4489 0.4619 0.0892 1 1 0.4397 0.4652 0.0951
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 439 173 266 166 0 2 0 5 0 0 266 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 85.500 0.88 1.00 -0.12 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0131 0.9869 0.0000 0 0 0.5956 0.4044 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 603 187 416 12 4 31 1 139 0 0 411 0 5 0.0642 0.0000 0.0120 5.032 0.00 3.02 -3.02 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9373 0.0627
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 483 170 313 0 0 39 14 117 0 0 312 1 0 0.0000 0.0000 0.0032 3.333 3.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr12 6936716 CCAGCAA C 0.006744 0.050 1 -6 1 999 268 731 131 15 11 100 11 0 0 729 2 0 0.4888 0.0000 0.0027 22.909 0.61 7.82 -7.21 39 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8163 0.1835 0.0002 1 0 0.8092 0.1906 0.0002 1 0 0.7993 0.2005 0.0002
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 1512 399 1113 224 0 3 0 172 0 0 1111 0 2 0.5614 0.0000 0.0018 132.000 1.27 4.17 -2.90 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6948 0.2949 0.0104 1 0 0.6812 0.3065 0.0123 1 0 0.6622 0.3225 0.0153
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 293 101 192 0 0 5 0 96 0 0 183 0 9 0.0000 0.0000 0.0469 19.200 4.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0656 0.9344 2 2 0.0000 0.0689 0.9311 2 2 0.0000 0.0738 0.9262
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 349 176 173 0 0 11 3 162 0 0 173 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.909 4.21 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 555 130 425 54 0 1 0 75 0 0 423 0 2 0.4154 0.0000 0.0047 129.000 0.61 2.40 -1.79 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1433 0.6153 0.2414 1 1 0.1515 0.6148 0.2337 1 1 0.1626 0.6138 0.2236
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 468 115 353 60 1 2 0 52 0 0 353 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 56.500 0.35 3.83 -3.48 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4016 0.4899 0.1085 1 1 0.3988 0.4897 0.1115 1 1 0.3949 0.4896 0.1155
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1002 145 857 4 0 70 1 70 0 0 820 3 34 0.0276 0.0000 0.0432 1.071 1.00 5.09 -4.09 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9769 0.0231 2 2 0.0000 0.4870 0.5130 2 2 0.0000 0.2383 0.7617
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 226 92 134 43 0 2 0 47 0 0 134 0 0 0.4674 0.0000 0.0000 45.000 0.23 1.38 -1.15 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2900 0.5453 0.1647 1 1 0.2933 0.5427 0.1640 1 1 0.2975 0.5394 0.1631
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 377 112 265 58 0 24 0 30 0 0 263 0 2 0.5179 0.0000 0.0075 3.667 0.41 17.80 -17.39 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7523 0.2446 0.0031 1 0 0.7444 0.2522 0.0034 1 0 0.7337 0.2626 0.0038
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 1006 219 787 8 0 23 3 185 0 0 785 1 1 0.0365 0.0000 0.0025 8.478 0.00 12.82 -12.82 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6937 0.3063 2 2 0.0000 0.1945 0.8055
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 388 75 313 39 0 3 0 33 0 0 312 0 1 0.5200 0.0000 0.0032 24.000 0.41 1.58 -1.17 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4014 0.4920 0.1066 1 1 0.4001 0.4917 0.1083 1 1 0.3982 0.4913 0.1105
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 382 94 288 55 0 0 0 39 0 0 288 0 0 0.5851 0.0000 0.0000 94.000 0.44 1.08 -0.64 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5008 0.4288 0.0704 1 0 0.4939 0.4323 0.0738 1 0 0.4847 0.4368 0.0785
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 505 112 393 39 8 16 3 46 0 0 393 0 0 0.3482 0.0000 0.0000 5.812 0.46 1.35 -0.89 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3091 0.5414 0.1496 1 1 0.3118 0.5388 0.1494 1 1 0.3154 0.5356 0.1491
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 631 150 481 143 0 1 0 6 0 0 481 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 149.000 0.17 4.17 -3.99 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2595 0.7405 0.0000 0 0 0.9907 0.0093 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 89 45 44 2 0 1 0 42 0 0 44 0 0 0.0444 0.0000 0.0000 44.000 0.00 2.45 -2.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8367 0.1633 2 2 0.0000 0.4322 0.5678 2 2 0.0000 0.3023 0.6977
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 433 109 324 62 0 1 0 46 0 0 319 0 5 0.5688 0.0000 0.0154 108.000 0.85 3.83 -2.97 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4257 0.4767 0.0976 1 1 0.4218 0.4773 0.1008 1 1 0.4165 0.4782 0.1052
chr12 69574374 A AGTGCCC 0.000382 0.050 1 6 1 598 112 486 57 0 9 0 46 0 0 475 0 11 0.5089 0.0000 0.0226 11.444 0.18 5.09 -4.91 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4651 0.5348 0.0002 1 1 0.4677 0.5321 0.0002 1 1 0.4710 0.5289 0.0002
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 312 102 210 6 8 26 43 19 0 0 206 4 0 0.0588 0.0000 0.0190 1.423 2.83 2.84 -0.01 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0003 0.9919 0.0078 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.9766 0.0234
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1138 326 812 0 0 26 3 297 0 0 809 0 3 0.0000 0.0000 0.0037 11.538 3.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 79797287 TCTCTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -9 3 382 116 266 64 0 7 0 45 0 0 265 0 1 0.5517 0.0000 0.0038 15.571 0.28 8.56 -8.27 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4743 0.4456 0.0800 1 0 0.4666 0.4491 0.0843 1 0 0.4563 0.4536 0.0902
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 468 126 342 43 32 49 0 2 0 1 341 0 0 0.3413 0.0000 0.0029 1.571 0.19 3.50 -3.31 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2059 0.7941 0.0000 0 0 0.6315 0.3685 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr12 102958393 CGCAGCAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 1 477 130 347 59 0 30 0 41 0 0 344 0 3 0.4538 0.0000 0.0086 3.333 0.41 6.83 -6.42 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4326 0.4687 0.0987 1 1 0.4263 0.4707 0.1030 1 1 0.4179 0.4733 0.1088
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 405 100 305 78 4 9 0 9 0 0 305 0 0 0.7800 0.0000 0.0000 10.111 0.81 2.89 -2.08 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 1 0.2011 0.7989 0.0000
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 2016 563 1453 450 9 93 0 11 2 1 1447 1 2 0.7993 0.0014 0.0041 4.978 0.84 3.64 -2.79 128 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8972 0.1028 0.0000 0 0 0.9973 0.0027 0.0000
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1924 550 1374 299 3 84 0 164 4 15 1275 4 76 0.5436 0.0029 0.0721 5.548 1.19 19.51 -18.31 117 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9203 0.0793 0.0004 1 0 0.9129 0.0865 0.0006 1 0 0.9019 0.0973 0.0008
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 665 190 475 108 0 3 0 79 0 0 470 0 5 0.5684 0.0000 0.0105 62.333 0.21 8.62 -8.41 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5362 0.4139 0.0500 1 0 0.5274 0.4187 0.0539 1 0 0.5156 0.4251 0.0594
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 667 197 470 0 0 24 2 171 0 0 470 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.167 4.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 197 103 94 52 0 0 0 51 0 0 94 0 0 0.5049 0.0000 0.0000 103.000 0.58 2.43 -1.85 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2460 0.5311 0.2229 1 1 0.2468 0.5288 0.2244 1 1 0.2478 0.5258 0.2264
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 378 105 273 0 0 10 0 95 0 0 265 0 8 0.0000 0.0000 0.0293 9.500 5.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 370 101 269 52 0 10 0 39 0 0 265 0 4 0.5149 0.0000 0.0149 9.100 0.08 10.26 -10.18 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3509 0.5050 0.1441 1 1 0.3476 0.5046 0.1477 1 1 0.3433 0.5041 0.1526
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 766 183 583 3 0 19 0 161 0 0 563 0 20 0.0164 0.0000 0.0343 8.632 1.67 8.03 -6.36 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5849 0.4151 2 2 0.0000 0.0787 0.9213 2 2 0.0000 0.0383 0.9617
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 271 117 154 5 1 31 1 79 0 0 152 0 2 0.0427 0.0000 0.0130 2.774 1.40 3.14 -1.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8774 0.1226 2 1 0.0000 0.5649 0.4351
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 250 85 165 0 0 7 4 74 0 0 161 0 4 0.0000 0.0000 0.0242 11.000 8.86 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1130 0.8870 2 2 0.0000 0.1172 0.8828 2 2 0.0000 0.1232 0.8768
chr12 131828558 C CCGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 9 1 250 88 162 2 0 6 0 80 0 0 161 0 1 0.0227 0.0000 0.0062 13.667 3.50 8.31 -4.81 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7718 0.2282 2 2 0.0000 0.3402 0.6598 2 2 0.0000 0.2318 0.7682
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 591 164 427 112 0 45 0 7 0 0 427 0 0 0.6829 0.0000 0.0000 2.644 0.79 11.86 -11.07 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1287 0.8713 0.0000 0 0 0.5209 0.4791 0.0000
chr12 133121909 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 379 84 295 82 0 0 0 2 0 0 295 0 0 0.9762 0.0000 0.0000 84.000 0.89 1.00 -0.11 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2339 0.7661 0.0000 0 0 0.6657 0.3343 0.0000 0 0 0.7726 0.2274 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 819 185 634 87 0 28 0 70 0 0 628 0 6 0.4703 0.0000 0.0095 5.607 0.54 5.49 -4.95 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3723 0.5104 0.1173 1 1 0.3693 0.5093 0.1214 1 1 0.3652 0.5080 0.1268
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 204 64 140 33 1 2 0 28 0 0 137 0 3 0.5156 0.0000 0.0214 31.000 0.24 4.82 -4.58 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4994 0.4854 0.0153 1 0 0.4993 0.4852 0.0154 1 0 0.4992 0.4851 0.0157
chr13 50956450 T TA 0.033831 0.050 1 1 6 496 132 364 113 4 3 2 10 0 0 364 0 0 0.8561 0.0000 0.0000 41.667 0.69 1.30 -0.61 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3228 0.6772 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.050 1 -3 4 467 122 345 72 0 2 0 48 0 0 344 0 1 0.5902 0.0000 0.0029 60.000 0.26 3.33 -3.07 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6750 0.3090 0.0160 1 0 0.6672 0.3155 0.0173 1 0 0.6566 0.3243 0.0191
chr13 71866406 T TGCCGCC 0.060439 0.050 1 6 1 830 204 626 81 1 40 0 82 0 0 619 0 7 0.3971 0.0000 0.0112 4.205 1.15 6.48 -5.33 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3385 0.6192 0.0423 1 1 0.3449 0.6131 0.0420 1 1 0.3532 0.6052 0.0416
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 756 197 559 82 2 38 1 74 0 0 553 0 6 0.4162 0.0000 0.0107 4.184 0.76 6.22 -5.46 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4375 0.5198 0.0426 1 1 0.4394 0.5173 0.0433 1 1 0.4417 0.5141 0.0442
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 535 148 387 128 1 15 0 4 1 0 386 0 0 0.8649 0.0026 0.0026 8.867 3.55 5.25 -1.70 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9512 0.0488 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 564 87 477 1 0 9 1 76 0 0 471 2 4 0.0115 0.0000 0.0126 8.667 1.00 4.76 -3.76 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1257 0.8743 2 2 0.0000 0.0541 0.9459 2 2 0.0000 0.0431 0.9569
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 470 65 405 16 2 27 2 18 0 1 399 2 3 0.2462 0.0000 0.0148 1.370 2.69 6.61 -3.92 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1680 0.4988 0.3332 1 1 0.1710 0.4988 0.3302 1 1 0.1749 0.4989 0.3262
chr13 102686054 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 479 122 357 116 1 3 0 2 0 0 357 0 0 0.9508 0.0000 0.0000 39.667 0.40 1.00 -0.60 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4318 0.5682 0.0000 0 0 0.8258 0.1742 0.0000 0 0 0.8872 0.1128 0.0000
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 2 816 205 611 113 0 2 0 90 0 0 611 0 0 0.5512 0.0000 0.0000 203.000 0.57 10.39 -9.82 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5131 0.4317 0.0553 1 0 0.5052 0.4355 0.0593 1 0 0.4945 0.4405 0.0650
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 300 97 203 3 0 4 1 89 0 0 203 0 0 0.0309 0.0000 0.0000 23.250 1.67 7.81 -6.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9317 0.0683 2 2 0.0000 0.4456 0.5544 2 2 0.0000 0.2606 0.7394
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 301 96 205 8 2 31 0 55 0 0 205 0 0 0.0833 0.0000 0.0000 2.097 2.50 10.60 -8.10 6 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.9153 0.0847
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 404 103 301 96 0 4 0 3 0 0 301 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 24.750 0.41 4.33 -3.93 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0771 0.9229 0.0000 0 0 0.5900 0.4100 0.0000 0 0 0.7661 0.2339 0.0000
chr13 113404036 TGAGCCCGTTCCTGAGCCCCTTTCTGGGCCTGTTCCC T 0.500000 0.050 1 -36 2 1517 415 1102 163 42 200 4 6 6 22 1071 3 0 0.3928 0.0054 0.0281 0.995 2.17 3.00 -0.83 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 0 0.6057 0.3943 0.0000 0 0 0.9133 0.0867 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 636 171 465 159 1 8 1 2 0 0 465 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 20.375 0.48 1.50 -1.02 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5025 0.4975 0.0000 0 0 0.8944 0.1056 0.0000 0 0 0.9414 0.0586 0.0000
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1253 305 948 125 1 6 0 173 0 0 943 0 5 0.4098 0.0000 0.0053 49.667 0.46 1.84 -1.37 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.1301 0.8681 1 2 0.0022 0.1383 0.8595 1 2 0.0028 0.1500 0.8472
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 521 152 369 126 2 14 0 10 0 0 369 0 0 0.8289 0.0000 0.0000 9.857 0.26 1.70 -1.44 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0358 0.9642 0.0000 0 1 0.3897 0.6103 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 511 118 393 5 0 2 0 111 0 0 378 0 15 0.0424 0.0000 0.0382 58.000 1.80 17.58 -15.78 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9950 0.0050 2 1 0.0000 0.6283 0.3717 2 2 0.0000 0.2954 0.7046
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 444 98 346 52 1 6 0 39 0 0 343 0 3 0.5306 0.0000 0.0087 15.167 0.65 1.10 -0.45 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2490 0.5492 0.2018 1 1 0.2454 0.5476 0.2071 1 1 0.2405 0.5453 0.2142
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 739 189 550 158 0 28 0 3 0 0 550 0 0 0.8360 0.0000 0.0000 5.750 0.47 7.00 -6.53 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6146 0.3854 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 636 161 475 86 0 12 0 63 0 0 470 0 5 0.5342 0.0000 0.0105 12.417 0.29 3.17 -2.88 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5726 0.3910 0.0365 1 0 0.5666 0.3947 0.0386 1 0 0.5585 0.3998 0.0417
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 594 175 419 11 5 14 2 143 0 0 411 0 8 0.0629 0.0000 0.0191 12.077 0.45 3.24 -2.78 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9887 0.0113 2 1 0.0000 0.7251 0.2749
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 496 112 384 60 1 6 0 45 0 0 384 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 17.667 0.60 5.73 -5.13 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5571 0.3986 0.0442 1 0 0.5510 0.4025 0.0465 1 0 0.5428 0.4076 0.0496
chr14 23079574 A AGAACGTGAACGT 0.001238 0.050 1 12 1 496 112 384 60 3 40 0 9 0 0 384 0 0 0.5357 0.0000 0.0000 1.795 0.60 3.67 -3.07 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.8725 0.1275 0.0000 0 0 0.9896 0.0104 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 387 120 267 11 6 11 6 86 0 1 266 0 0 0.0917 0.0000 0.0037 104.000 0.36 3.95 -3.59 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.9079 0.0921
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 386 124 262 10 0 20 2 92 0 1 261 0 0 0.0806 0.0000 0.0038 5.778 0.40 4.20 -3.80 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9835 0.0165 2 1 0.0000 0.7454 0.2546
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 370 79 291 39 0 5 0 35 0 1 290 0 0 0.4937 0.0000 0.0034 14.800 0.44 3.89 -3.45 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3650 0.5008 0.1342 1 1 0.3636 0.5001 0.1363 1 1 0.3617 0.4994 0.1390
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 347 101 246 93 1 3 0 4 0 0 246 0 0 0.9208 0.0000 0.0000 32.667 0.22 1.25 -1.03 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1570 0.8430 0.0000 0 0 0.8901 0.1099 0.0000 0 0 0.9611 0.0389 0.0000
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 444 143 301 113 1 23 0 6 1 0 299 0 1 0.7902 0.0033 0.0066 5.174 0.44 5.33 -4.89 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2344 0.7656 0.0000 0 0 0.6923 0.3077 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 711 148 563 4 0 22 1 121 0 0 548 0 15 0.0270 0.0000 0.0266 5.952 0.50 7.42 -6.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8193 0.1807 2 2 0.0000 0.0929 0.9071 2 2 0.0000 0.0333 0.9667
chr14 58364425 CAGA C 0.000003 0.050 1 -3 6 776 211 565 93 0 7 0 111 0 0 561 0 4 0.4408 0.0000 0.0071 29.143 0.43 3.36 -2.93 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2072 0.7928 0.0000 1 1 0.2174 0.7826 0.0000 1 1 0.2312 0.7688 0.0000
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 549 131 418 124 0 1 0 6 0 0 418 0 0 0.9466 0.0000 0.0000 130.000 0.45 2.83 -2.38 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2608 0.7392 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 793 202 591 2 2 36 2 160 0 0 579 1 11 0.0099 0.0000 0.0203 4.556 0.50 6.72 -6.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2280 0.7720 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0117 0.9883
chr14 73491507 CCTGCGACGGCGT C 0.000745 0.050 1 -12 4 643 163 480 160 1 0 0 2 0 0 480 0 0 0.9816 0.0000 0.0000 163.000 0.61 12.00 -11.39 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 495 112 383 0 0 21 2 89 0 0 380 1 2 0.0000 0.0000 0.0078 4.286 6.30 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1259 0.8741 2 2 0.0000 0.1312 0.8688 2 2 0.0000 0.1389 0.8611
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 487 105 382 2 38 9 9 47 0 1 381 0 0 0.0190 0.0000 0.0026 22.000 2.50 4.34 -1.84 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0795 0.4377 0.4828 1 2 0.0843 0.4428 0.4730 1 2 0.0910 0.4492 0.4598
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 591 203 388 179 2 12 1 9 1 0 387 0 0 0.8818 0.0026 0.0026 15.917 0.45 3.22 -2.78 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0614 0.9386 0.0000 0 0 0.5183 0.4817 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 247 107 140 102 1 1 0 3 0 0 140 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 105.000 0.27 6.33 -6.06 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1421 0.8579 0.0000 0 0 0.7396 0.2604 0.0000 0 0 0.8654 0.1346 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 194 72 122 41 0 2 0 29 0 0 122 0 0 0.5694 0.0000 0.0000 35.000 0.32 2.66 -2.34 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5771 0.3975 0.0255 1 0 0.5726 0.4009 0.0264 1 0 0.5666 0.4056 0.0278
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 549 119 430 57 1 4 0 57 0 0 427 0 3 0.4790 0.0000 0.0070 28.500 0.93 3.21 -2.28 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.5473 0.1406 1 1 0.3150 0.5442 0.1407 1 1 0.3188 0.5403 0.1408
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 324 82 242 32 0 12 0 38 0 0 238 0 4 0.3902 0.0000 0.0165 5.833 1.12 8.84 -7.72 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1602 0.5085 0.3313 1 1 0.1643 0.5084 0.3272 1 1 0.1699 0.5083 0.3218
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 570 108 462 47 2 19 1 39 0 0 460 0 2 0.4352 0.0000 0.0043 4.944 2.11 10.69 -8.59 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4882 0.4648 0.0469 1 0 0.4867 0.4654 0.0480 1 0 0.4845 0.4662 0.0494
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.050 1 -6 1 516 115 401 62 0 0 0 53 0 0 400 0 1 0.5391 0.0000 0.0025 115.000 0.94 6.17 -5.23 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5307 0.4481 0.0212 1 0 0.5292 0.4489 0.0218 1 0 0.5272 0.4501 0.0227
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 506 168 338 145 1 18 0 4 0 1 337 0 0 0.8631 0.0000 0.0030 8.333 0.83 3.75 -2.92 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1371 0.8629 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000 0 0 0.9537 0.0463 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 359 104 255 90 2 8 0 4 0 0 255 0 0 0.8654 0.0000 0.0000 12.000 1.98 4.25 -2.27 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0500 0.9500 0.0000 0 0 0.7035 0.2965 0.0000 0 0 0.8792 0.1208 0.0000
chr15 23360743 AAGG A 0.036305 0.050 1 -3 1 722 175 547 93 0 4 2 76 0 0 547 0 0 0.5314 0.0000 0.0000 42.750 0.24 3.14 -2.91 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6183 0.3765 0.0053 1 0 0.6151 0.3793 0.0056 1 0 0.6107 0.3834 0.0060
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 240 45 195 0 0 4 0 41 1 0 167 21 6 0.0000 0.0051 0.1436 10.250 3.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 618 173 445 0 0 4 0 169 0 0 431 7 7 0.0000 0.0000 0.0315 42.250 3.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 368 106 262 98 1 2 0 5 0 3 257 0 2 0.9245 0.0000 0.0191 51.500 1.29 18.00 -16.71 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 0 0.9533 0.0467 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 449 115 334 33 0 1 0 81 0 0 334 0 0 0.2870 0.0000 0.0000 114.000 0.06 2.06 -2.00 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0111 0.2199 0.7690 1 2 0.0131 0.2335 0.7534 1 2 0.0162 0.2524 0.7315
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 241 90 151 1 0 5 49 35 0 0 151 0 0 0.0111 0.0000 0.0000 7.200 0.00 1.49 -1.49 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.6003 0.3997 2 2 0.0000 0.3812 0.6188 2 2 0.0000 0.3275 0.6725
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 241 90 151 2 0 38 4 46 0 0 151 0 0 0.0222 0.0000 0.0000 1.368 0.00 2.22 -2.22 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8054 0.1946 2 2 0.0000 0.3903 0.6097 2 2 0.0000 0.2681 0.7319
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 686 173 513 0 0 31 7 135 0 0 507 0 6 0.0000 0.0000 0.0117 4.581 3.80 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0119 0.9881 2 2 0.0000 0.0132 0.9868
chr15 38484532 ATTATGGTGGAAGAGGGGG A 0.001195 0.050 1 -18 1 567 140 427 61 0 23 0 56 0 0 415 0 12 0.4357 0.0000 0.0281 5.087 0.33 14.27 -13.94 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3761 0.6230 0.0009 1 1 0.3820 0.6171 0.0009 1 1 0.3897 0.6094 0.0009
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 506 182 324 0 0 4 0 178 0 0 321 0 3 0.0000 0.0000 0.0093 44.500 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0207 0.9793 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0256 0.9744
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 468 146 322 78 0 9 0 59 0 0 314 0 8 0.5342 0.0000 0.0248 15.222 0.44 4.61 -4.17 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4408 0.4762 0.0830 1 1 0.4376 0.4764 0.0860 1 1 0.4333 0.4768 0.0899
chr15 50529817 A AT 0.001809 0.050 1 1 1 150 75 75 71 0 3 0 1 0 0 75 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 24.000 0.27 2.00 -1.73 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr15 50583143 TCTA T 0.002158 0.050 1 -3 2 143 64 79 60 0 1 0 3 0 1 78 0 0 0.9375 0.0000 0.0127 63.000 0.38 2.00 -1.62 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9413 0.0587 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 151 69 82 34 2 2 0 31 0 0 81 0 1 0.4928 0.0000 0.0122 33.500 0.68 3.26 -2.58 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3038 0.5132 0.1830 1 1 0.3027 0.5121 0.1852 1 1 0.3013 0.5107 0.1880
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 296 156 140 151 2 0 0 3 0 0 140 0 0 0.9679 0.0000 0.0000 155.000 0.59 3.00 -2.41 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1960 0.8040 0.0000 0 0 0.8030 0.1970 0.0000 0 0 0.8992 0.1008 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 538 140 398 67 0 17 2 54 0 0 397 0 1 0.4786 0.0000 0.0025 7.235 0.69 3.83 -3.15 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3067 0.5297 0.1636 1 1 0.3035 0.5283 0.1682 1 1 0.2992 0.5264 0.1743
chr15 82344656 T TCCTCTCCAGCTCCCGCAG 0.012568 0.050 1 18 1 614 196 418 89 2 47 0 58 0 0 417 1 0 0.4541 0.0000 0.0024 3.170 0.62 6.97 -6.35 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7999 0.1997 0.0004 1 0 0.7922 0.2073 0.0005 1 0 0.7816 0.2178 0.0006
chr15 82830889 TCCACCACCA T 0.000241 0.050 1 -9 2 573 137 436 130 1 3 0 3 0 0 436 0 0 0.9489 0.0000 0.0000 44.667 0.42 6.33 -5.92 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 494 105 389 66 0 15 0 24 0 0 389 0 0 0.6286 0.0000 0.0000 6.000 0.36 12.42 -12.05 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8503 0.1466 0.0031 1 0 0.8407 0.1557 0.0036 1 0 0.8267 0.1689 0.0044
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 376 133 243 77 0 2 0 54 0 0 242 0 1 0.5789 0.0000 0.0041 65.500 0.57 3.24 -2.67 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6259 0.3460 0.0281 1 0 0.6179 0.3519 0.0302 1 0 0.6071 0.3598 0.0331
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 894 214 680 0 0 21 1 192 0 0 679 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 9.190 7.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 357 103 254 0 0 4 0 99 0 0 242 0 12 0.0000 0.0000 0.0472 24.750 7.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 353 113 240 57 0 4 0 52 0 0 240 0 0 0.5044 0.0000 0.0000 27.250 0.75 2.15 -1.40 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2843 0.5281 0.1876 1 1 0.2834 0.5261 0.1906 1 1 0.2820 0.5235 0.1945
chr15 99712504 CCAGCAGCAGCAGCAG C 0.005699 0.050 1 -15 2 600 247 353 155 0 26 0 66 0 0 348 0 5 0.6275 0.0000 0.0142 8.500 0.35 23.48 -23.13 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9796 0.0204 0.0000 1 0 0.9766 0.0234 0.0000 1 0 0.9720 0.0280 0.0000
chr15 99712549 ACCGCAGCCCCAGCCACAACCC A 0.000157 0.050 1 -21 2 599 208 391 143 1 11 1 52 0 0 378 0 13 0.6875 0.0000 0.0332 17.818 0.24 28.02 -27.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9729 0.0271 0.0000 1 0 0.9693 0.0307 0.0000 1 0 0.9638 0.0362 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 37 18 19 9 0 1 0 8 0 0 19 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 17.000 0.44 1.25 -0.81 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4144 0.4974 0.0883 1 1 0.4141 0.4973 0.0886 1 1 0.4138 0.4972 0.0890
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 391 100 291 3 0 3 0 94 0 0 291 0 0 0.0300 0.0000 0.0000 48.500 0.00 2.89 -2.89 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9642 0.0358 2 1 0.0000 0.6101 0.3899 2 2 0.0000 0.4072 0.5928
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 487 119 368 81 4 31 1 2 0 0 367 1 0 0.6807 0.0000 0.0027 2.774 1.31 4.00 -2.69 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9741 0.0259 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 349 122 227 116 0 5 0 1 0 0 227 0 0 0.9508 0.0000 0.0000 23.400 0.41 18.00 -17.59 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9733 0.0267 0.0000 0 0 0.9890 0.0110 0.0000 0 0 0.9912 0.0088 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1044 198 846 188 3 3 0 4 1 0 845 0 0 0.9495 0.0012 0.0012 64.667 0.80 1.25 -0.45 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4132 0.5868 0.0000 0 0 0.9673 0.0327 0.0000 0 0 0.9883 0.0117 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 339 93 246 0 0 1 2 90 0 0 245 1 0 0.0000 0.0000 0.0041 91.000 7.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 339 93 246 0 0 1 2 90 0 0 245 1 0 0.0000 0.0000 0.0041 91.000 7.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.050 1 -1 2 615 211 404 121 0 3 0 87 0 1 401 0 2 0.5735 0.0000 0.0074 69.333 0.31 1.45 -1.13 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7861 0.2121 0.0018 1 0 0.7786 0.2194 0.0020 1 0 0.7683 0.2294 0.0023
chr16 3390049 TGTA T 0.014072 0.050 1 -3 4 157 58 99 34 0 0 0 24 0 0 99 0 0 0.5862 0.0000 0.0000 58.000 0.15 3.08 -2.94 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5990 0.3978 0.0032 1 0 0.5957 0.4010 0.0033 1 0 0.5912 0.4054 0.0034
chr16 4885975 T TCCA 0.001019 0.050 1 3 2 370 102 268 95 0 6 0 1 0 0 267 0 1 0.9314 0.0000 0.0037 16.000 0.27 10.00 -9.73 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 463 120 343 57 1 5 0 57 0 0 341 0 2 0.4750 0.0000 0.0058 23.000 0.30 3.30 -3.00 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1701 0.5326 0.2973 1 1 0.1714 0.5300 0.2985 1 1 0.1732 0.5268 0.3000
chr16 11927438 ATGG A 0.003336 0.050 1 -3 1 393 125 268 72 2 1 1 49 0 0 257 3 8 0.5760 0.0000 0.0410 123.000 1.35 5.88 -4.53 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6145 0.3849 0.0006 1 0 0.6117 0.3877 0.0006 1 0 0.6077 0.3917 0.0006
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 185 61 124 0 0 0 0 61 0 0 124 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 61.000 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 320 183 137 82 0 2 0 99 0 0 137 0 0 0.4481 0.0000 0.0000 90.500 0.51 1.04 -0.53 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2162 0.6806 0.1032 1 1 0.2250 0.6743 0.1006 1 1 0.2368 0.6659 0.0973
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1042 241 801 94 1 68 3 75 0 0 801 0 0 0.3900 0.0000 0.0000 2.485 0.63 10.84 -10.21 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5424 0.4127 0.0449 1 0 0.5368 0.4157 0.0475 1 0 0.5291 0.4197 0.0511
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 737 184 553 101 0 10 0 73 0 0 552 0 1 0.5489 0.0000 0.0018 17.400 0.39 3.23 -2.85 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6284 0.3424 0.0292 1 0 0.6188 0.3493 0.0319 1 0 0.6057 0.3585 0.0358
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 153 82 71 34 1 4 0 43 0 0 70 0 1 0.4146 0.0000 0.0141 19.500 0.18 2.09 -1.92 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1455 0.5001 0.3543 1 1 0.1491 0.5001 0.3508 1 1 0.1539 0.5000 0.3461
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 1186 292 894 231 15 39 0 7 0 0 894 0 0 0.7911 0.0000 0.0000 6.487 0.56 2.86 -2.29 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 0 0.8007 0.1993 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000
chr16 52439600 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 828 234 594 190 4 32 0 8 0 0 594 0 0 0.8120 0.0000 0.0000 6.250 0.34 3.00 -2.66 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3628 0.6372 0.0000 0 0 0.8418 0.1582 0.0000
chr16 67842896 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 985 306 679 142 1 24 1 138 0 0 679 0 0 0.4641 0.0000 0.0000 12.261 0.67 5.23 -4.56 54 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2558 0.5795 0.1647 1 1 0.2577 0.5736 0.1688 1 1 0.2599 0.5661 0.1740
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1000 277 723 196 5 54 0 22 1 0 722 0 0 0.7076 0.0014 0.0014 4.130 3.06 3.82 -0.76 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0345 0.9655 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 322 144 178 69 0 23 0 52 0 0 177 0 1 0.4792 0.0000 0.0056 5.261 0.38 8.17 -7.80 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4429 0.4661 0.0910 1 1 0.4364 0.4682 0.0953 1 1 0.4277 0.4710 0.1013
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 129 70 59 67 0 2 0 1 0 0 59 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 34.000 0.60 4.00 -3.40 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5134 0.4866 0.0000 0 0 0.7280 0.2720 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 672 123 549 59 2 21 1 40 0 0 541 1 7 0.4797 0.0000 0.0146 4.810 0.97 5.60 -4.63 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3836 0.4944 0.1220 1 1 0.3793 0.4947 0.1260 1 1 0.3734 0.4951 0.1315
chr16 72797458 CTTGTTG C 0.500000 0.050 1 -6 1 782 204 578 86 0 33 0 85 0 0 571 1 6 0.4216 0.0000 0.0121 5.344 0.47 5.73 -5.26 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1622 0.5433 0.2944 1 1 0.1658 0.5401 0.2941 1 1 0.1705 0.5360 0.2935
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 236 93 143 5 0 2 2 84 0 0 140 0 3 0.0538 0.0000 0.0210 45.500 1.40 4.74 -3.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.7587 0.2413 2 2 0.0000 0.4319 0.5681
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 480 127 353 51 0 30 1 45 0 0 347 1 5 0.4016 0.0000 0.0170 3.233 0.71 5.18 -4.47 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2237 0.5311 0.2452 1 1 0.2253 0.5288 0.2460 1 1 0.2272 0.5258 0.2470
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 701 133 568 0 0 4 4 125 0 0 559 1 8 0.0000 0.0000 0.0158 43.000 8.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0297 0.9703 2 2 0.0000 0.0317 0.9683 2 2 0.0000 0.0348 0.9652
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 697 128 569 0 0 4 6 118 0 0 561 2 6 0.0000 0.0000 0.0141 31.000 8.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0369 0.9631 2 2 0.0000 0.0403 0.9597
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 696 132 564 0 0 4 2 126 0 4 548 4 8 0.0000 0.0000 0.0284 128.000 8.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8341 0.1659 2 2 0.0000 0.2585 0.7415 2 2 0.0000 0.1210 0.8790
chr16 88534246 CCCCCGCGCCCGAGTCGCCGCGGCCCGGAAGCGGAAGCGGAAGCGGCCCCGGCCTCGCCCCTGCGCGCTCGCCCGG C 0.500000 0.050 1 -75 1 634 157 477 115 2 5 2 33 1 0 461 0 15 0.7325 0.0021 0.0335 30.000 1.26 1.12 0.14 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9203 0.0786 0.0011 1 0 0.9113 0.0872 0.0014 1 0 0.8981 0.0999 0.0020
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 897 192 705 7 0 8 0 177 0 0 701 0 4 0.0365 0.0000 0.0057 23.000 0.14 7.50 -7.36 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.5526 0.4474 2 2 0.0000 0.1496 0.8504
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 585 143 442 78 0 1 0 64 0 0 442 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 142.000 0.77 4.89 -4.12 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4096 0.4877 0.1026 1 1 0.4047 0.4884 0.1069 1 1 0.3979 0.4893 0.1128
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 771 198 573 173 0 22 0 3 0 0 573 0 0 0.8737 0.0000 0.0000 8.000 0.49 6.00 -5.51 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3672 0.6328 0.0000 0 0 0.9057 0.0943 0.0000 0 0 0.9540 0.0460 0.0000
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 954 273 681 233 1 18 11 10 0 0 681 0 0 0.8535 0.0000 0.0000 13.556 0.48 4.10 -3.62 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0837 0.9163 0.0000 0 0 0.6830 0.3170 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 160 66 94 4 0 2 0 60 0 0 93 0 1 0.0606 0.0000 0.0106 32.000 0.50 4.52 -4.02 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.7626 0.2374 2 1 0.0000 0.5060 0.4940
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.050 1 3 3 542 150 392 85 0 11 2 52 0 0 390 0 2 0.5667 0.0000 0.0051 12.636 0.28 3.00 -2.72 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6174 0.3479 0.0347 1 0 0.6058 0.3562 0.0381 1 0 0.5900 0.3671 0.0429
chr17 3197642 AATCTGCTCATC A 0.000837 0.050 1 -11 3 643 184 459 170 0 11 0 3 0 0 459 0 0 0.9239 0.0000 0.0000 15.727 0.32 11.67 -11.35 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 423 147 276 7 0 4 0 136 0 0 276 0 0 0.0476 0.0000 0.0000 35.750 0.00 1.41 -1.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.6311 0.3689 2 2 0.0000 0.1932 0.8068
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 943 187 756 98 73 12 0 4 1 0 755 0 0 0.5241 0.0013 0.0013 15.818 0.22 3.50 -3.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9365 0.0635 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 783 233 550 20 0 43 2 168 0 0 542 0 8 0.0858 0.0000 0.0145 4.419 0.15 3.22 -3.07 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9258 0.0742
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.050 1 -6 2 1388 454 934 191 6 92 1 164 0 0 926 0 8 0.4207 0.0000 0.0086 3.924 4.79 6.90 -2.11 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6506 0.3437 0.0057 1 0 0.6477 0.3461 0.0062 1 0 0.6434 0.3496 0.0070
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.050 1 -6 1 1138 349 789 173 0 53 0 123 0 0 782 0 7 0.4957 0.0000 0.0089 5.804 0.60 6.53 -5.93 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8358 0.1629 0.0013 1 0 0.8282 0.1702 0.0016 1 0 0.8176 0.1805 0.0019
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 698 201 497 194 0 5 0 2 0 0 497 0 0 0.9652 0.0000 0.0000 39.200 0.17 3.00 -2.83 106 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8344 0.1656 0.0000 0 0 0.9692 0.0308 0.0000 0 0 0.9803 0.0197 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 444 105 339 50 1 6 0 48 0 0 339 0 0 0.4762 0.0000 0.0000 16.500 0.34 7.67 -7.33 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2710 0.5275 0.2015 1 1 0.2709 0.5254 0.2037 1 1 0.2706 0.5228 0.2066
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 534 197 337 3 1 29 12 152 0 0 334 0 3 0.0152 0.0000 0.0089 5.793 0.33 3.03 -2.69 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7298 0.2702 2 2 0.0000 0.1323 0.8677 2 2 0.0000 0.0623 0.9377
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1015 255 760 144 0 14 14 83 0 0 759 0 1 0.5647 0.0000 0.0013 16.500 0.65 4.51 -3.85 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8091 0.1849 0.0059 1 0 0.7970 0.1960 0.0071 1 0 0.7798 0.2113 0.0089
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1017 253 764 142 9 18 14 70 0 0 763 0 1 0.5613 0.0000 0.0013 19.417 0.66 4.14 -3.48 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8999 0.0986 0.0015 1 0 0.8901 0.1079 0.0019 1 0 0.8759 0.1215 0.0026
chr17 18673034 G GCGCCGCCGC 0.500000 0.050 1 9 3 469 148 321 102 0 40 2 4 8 2 311 0 0 0.6892 0.0249 0.0312 2.675 2.24 8.00 -5.76 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0140 0.9860 0.0000 0 1 0.4169 0.5831 0.0000 0 0 0.7047 0.2953 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 891 198 693 5 0 4 0 189 0 0 685 0 8 0.0253 0.0000 0.0115 48.500 0.80 3.94 -3.14 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9609 0.0391 2 2 0.0000 0.1793 0.8207 2 2 0.0000 0.0539 0.9461
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 283 113 170 54 0 19 0 40 0 0 168 0 2 0.4779 0.0000 0.0118 4.947 0.30 6.70 -6.40 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3925 0.4877 0.1198 1 1 0.3877 0.4885 0.1239 1 1 0.3812 0.4895 0.1293
chr17 28898530 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 534 179 355 173 1 1 0 4 0 0 355 0 0 0.9665 0.0000 0.0000 178.000 0.24 1.00 -0.76 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1070 0.8930 0.0000 0 0 0.8353 0.1647 0.0000 0 0 0.9362 0.0638 0.0000
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.050 1 -6 1 963 196 767 108 0 4 0 84 0 0 758 0 9 0.5510 0.0000 0.0117 48.000 0.32 6.17 -5.84 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4090 0.4981 0.0928 1 1 0.4048 0.4980 0.0973 1 1 0.3989 0.4978 0.1033
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 983 273 710 134 0 42 0 97 2 3 691 2 12 0.4908 0.0028 0.0268 5.775 2.76 11.34 -8.58 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5821 0.3835 0.0344 1 0 0.5728 0.3895 0.0377 1 0 0.5600 0.3974 0.0425
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 627 184 443 4 0 7 1 172 0 0 443 0 0 0.0217 0.0000 0.0000 25.286 4.00 1.54 2.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8951 0.1049 2 2 0.0000 0.1682 0.8318 2 2 0.0000 0.0654 0.9346
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 793 161 632 5 0 27 2 127 0 0 600 1 31 0.0311 0.0000 0.0506 4.963 0.40 10.02 -9.62 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9840 0.0160 2 2 0.0000 0.3488 0.6512 2 2 0.0000 0.1198 0.8802
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.050 1 -15 1 654 152 502 111 1 14 0 26 1 0 493 0 8 0.7303 0.0020 0.0179 9.786 3.83 12.77 -8.94 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9532 0.0464 0.0004 1 0 0.9467 0.0528 0.0005 0 1 0.3308 0.6689 0.0003
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 685 212 473 176 0 26 0 10 0 0 472 0 1 0.8302 0.0000 0.0021 7.154 0.24 6.70 -6.46 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0477 0.9523 0.0000 0 0 0.5349 0.4651 0.0000
chr17 41567480 C CCCACTTCCTCCACTATGACCACCT 0.500000 0.050 1 24 5 744 191 553 147 2 40 0 2 0 0 551 0 2 0.7696 0.0000 0.0036 3.775 0.50 13.00 -12.50 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0584 0.9416 0.0000 0 0 0.7316 0.2684 0.0000 0 0 0.8894 0.1106 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1997 412 1585 397 1 5 0 9 0 0 1585 0 0 0.9636 0.0000 0.0000 81.200 0.43 3.22 -2.80 153 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.9782 0.0218 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 707 218 489 171 5 33 1 8 2 0 482 2 3 0.7844 0.0041 0.0143 5.545 0.77 4.12 -3.36 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 1 0.3134 0.6866 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 224 81 143 75 0 6 0 0 0 0 143 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 12.500 0.25 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8684 0.1316 0.0000 0 0 0.8641 0.1359 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 445 121 324 53 0 25 1 42 0 0 320 0 4 0.4380 0.0000 0.0123 3.800 0.08 8.29 -8.21 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.5189 0.1690 1 1 0.3104 0.5174 0.1722 1 1 0.3081 0.5156 0.1763
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1044 269 775 247 0 10 0 12 0 0 775 0 0 0.9182 0.0000 0.0000 25.900 0.30 2.83 -2.54 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1277 0.8723 0.0000 0 0 0.8119 0.1881 0.0000
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 581 134 447 103 2 25 0 4 0 0 446 0 1 0.7687 0.0000 0.0022 4.360 0.21 2.50 -2.29 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.3212 0.6788 0.0000 0 0 0.6591 0.3409 0.0000
chr17 58155318 CCA C 0.500000 0.050 1 -2 1 740 195 545 182 0 3 0 10 0 0 545 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 64.000 0.29 2.00 -1.71 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1009 0.8991 0.0000 0 0 0.6565 0.3435 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 464 155 309 116 0 35 0 4 0 0 308 0 1 0.7484 0.0000 0.0032 3.429 0.34 4.50 -4.16 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.3826 0.6174 0.0000 0 0 0.7156 0.2844 0.0000
chr17 64055860 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 1 385 132 253 115 1 14 0 2 0 0 253 0 0 0.8712 0.0000 0.0000 8.429 0.24 3.50 -3.26 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4147 0.5853 0.0000 0 0 0.8213 0.1787 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 403 159 244 140 0 11 0 8 0 0 244 0 0 0.8805 0.0000 0.0000 13.455 0.38 9.00 -8.62 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1312 0.8688 0.0000 0 0 0.5946 0.4054 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 622 163 459 70 0 12 0 81 0 0 455 0 4 0.4294 0.0000 0.0087 12.583 0.53 7.44 -6.92 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0954 0.4841 0.4205 1 1 0.0998 0.4850 0.4153 1 1 0.1057 0.4861 0.4082
chr17 74893497 CGGTTCCATGGGCTCCGTA C 0.500000 0.050 1 -18 2 339 85 254 35 0 45 0 5 0 0 254 0 0 0.4118 0.0000 0.0000 0.909 0.29 5.00 -4.71 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9986 0.0000 0 1 0.0755 0.9245 0.0000 0 1 0.2599 0.7401 0.0000
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 337 97 240 84 1 3 0 9 0 0 240 0 0 0.8660 0.0000 0.0000 31.333 0.79 1.33 -0.55 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0196 0.9804 0.0000 0 1 0.2132 0.7868 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2671 657 2014 320 9 78 8 242 2 1 1993 3 15 0.4871 0.0010 0.0104 7.333 1.32 6.94 -5.62 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8496 0.1489 0.0015 1 0 0.8406 0.1575 0.0019 1 0 0.8275 0.1699 0.0026
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2590 658 1932 290 8 35 4 321 7 1 1758 22 144 0.4407 0.0036 0.0901 18.206 1.85 4.39 -2.54 28 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0006 0.9994 1 2 0.0000 0.0008 0.9992 1 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 661 188 473 90 1 5 0 92 0 1 468 0 4 0.4787 0.0000 0.0106 36.600 0.58 3.29 -2.72 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1800 0.5523 0.2676 1 1 0.1833 0.5484 0.2683 1 1 0.1875 0.5435 0.2690
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 503 126 377 110 0 11 0 5 0 0 377 0 0 0.8730 0.0000 0.0000 10.455 0.50 5.40 -4.90 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0259 0.9741 0.0000 0 0 0.7577 0.2423 0.0000 0 0 0.9273 0.0727 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 146 75 71 0 0 5 0 70 0 0 70 0 1 0.0000 0.0000 0.0141 14.000 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 385 87 298 48 0 3 0 36 0 0 293 0 5 0.5517 0.0000 0.0168 28.000 0.52 8.61 -8.09 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4653 0.4696 0.0651 1 1 0.4633 0.4701 0.0666 1 1 0.4607 0.4707 0.0686
chr18 26548258 TTCC T 0.006179 0.050 1 -3 1 808 182 626 75 0 17 0 90 0 0 625 0 1 0.4121 0.0000 0.0016 9.706 0.83 3.48 -2.65 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2668 0.7252 0.0081 1 1 0.2758 0.7163 0.0079 1 1 0.2879 0.7045 0.0076
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 245 109 136 60 1 1 0 47 0 0 136 0 0 0.5505 0.0000 0.0000 108.000 0.28 4.85 -4.57 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3900 0.4919 0.1181 1 1 0.3844 0.4929 0.1227 1 1 0.3768 0.4942 0.1290
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 160 74 86 34 0 0 0 40 0 0 85 0 1 0.4595 0.0000 0.0116 74.000 0.09 3.08 -2.99 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1640 0.5082 0.3277 1 1 0.1672 0.5076 0.3252 1 1 0.1714 0.5068 0.3219
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 279 129 150 7 0 5 1 116 0 0 147 0 3 0.0543 0.0000 0.0200 24.800 0.00 3.31 -3.31 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8475 0.1525 2 2 0.0000 0.4316 0.5684
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 463 144 319 134 0 3 0 7 0 0 319 0 0 0.9306 0.0000 0.0000 47.000 1.65 9.29 -7.64 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1964 0.8036 0.0000 0 0 0.6401 0.3599 0.0000
chr18 54224214 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 353 77 276 4 0 12 0 61 0 0 274 0 2 0.0519 0.0000 0.0072 5.417 0.50 3.97 -3.47 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.7535 0.2465 2 2 0.0000 0.4940 0.5060
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 298 166 132 0 0 10 0 156 0 0 132 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.600 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 412 69 343 52 4 9 1 3 0 2 341 0 0 0.7536 0.0000 0.0058 6.444 3.15 3.00 0.15 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0264 0.9736 0.0000 0 1 0.3280 0.6720 0.0000 0 0 0.5395 0.4605 0.0000
chr18 62979014 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 3 746 177 569 167 1 4 0 5 0 0 569 0 0 0.9435 0.0000 0.0000 43.250 0.52 3.00 -2.48 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.6908 0.3092 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.050 1 4 2 391 118 273 113 0 2 0 3 1 0 272 0 0 0.9576 0.0037 0.0037 58.000 0.25 6.00 -5.75 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1162 0.8838 0.0000 0 0 0.6916 0.3084 0.0000 0 0 0.8345 0.1655 0.0000
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 391 119 272 115 1 0 0 3 0 1 271 0 0 0.9664 0.0000 0.0037 119.000 0.25 6.00 -5.75 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1252 0.8748 0.0000 0 0 0.7071 0.2929 0.0000 0 0 0.8440 0.1560 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 192 82 110 0 0 4 0 78 0 0 108 0 2 0.0000 0.0000 0.0182 19.500 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1178 0.8822 2 2 0.0000 0.1221 0.8779 2 2 0.0000 0.1281 0.8719
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 165 76 89 40 2 2 0 32 0 0 87 0 2 0.5263 0.0000 0.0225 37.000 0.10 3.31 -3.21 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3344 0.5064 0.1592 1 1 0.3317 0.5059 0.1624 1 1 0.3279 0.5053 0.1668
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.050 1 6 1 721 168 553 151 0 10 0 7 1 0 552 0 0 0.8988 0.0018 0.0018 15.800 0.83 5.29 -4.45 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1718 0.8282 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.050 1 3 1 285 132 153 1 4 102 1 24 0 0 153 0 0 0.0076 0.0000 0.0000 2.455 1.00 1.54 -0.54 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6192 0.3791 0.0017 1 0 0.6151 0.3832 0.0017 1 0 0.6096 0.3886 0.0018
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 592 148 444 130 1 11 0 6 0 0 443 1 0 0.8784 0.0000 0.0023 12.455 0.53 3.17 -2.64 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.7062 0.2938 0.0000 0 0 0.9444 0.0556 0.0000
chr19 1395488 G GCGC 0.003752 0.050 1 3 1 1436 293 1143 221 4 65 0 3 0 0 1143 0 0 0.7543 0.0000 0.0000 3.492 0.52 3.00 -2.48 103 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1568011 G GCCGCCC 0.005506 0.050 1 6 2 250 57 193 25 0 10 2 20 0 0 187 4 2 0.4386 0.0000 0.0311 4.600 4.32 7.05 -2.73 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4520 0.5448 0.0032 1 1 0.4543 0.5425 0.0032 1 1 0.4573 0.5396 0.0031
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 281 151 130 77 0 1 0 73 0 0 130 0 0 0.5099 0.0000 0.0000 150.000 0.13 3.29 -3.16 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4062 0.5153 0.0785 1 1 0.4070 0.5131 0.0799 1 1 0.4079 0.5104 0.0817
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 398 80 318 26 3 22 1 28 0 0 318 0 0 0.3250 0.0000 0.0000 2.636 0.62 2.86 -2.24 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4646 0.5184 0.0170 1 1 0.4660 0.5170 0.0170 1 1 0.4676 0.5153 0.0171
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 371 128 243 0 1 17 2 108 0 0 227 2 14 0.0000 0.0000 0.0658 6.471 10.34 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2095 0.7905 2 2 0.0000 0.2193 0.7807 2 2 0.0000 0.2336 0.7664
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.050 1 -9 4 371 135 236 1 4 16 43 71 0 0 222 3 11 0.0074 0.0000 0.0593 7.800 0.00 12.39 -12.39 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9370 0.0630 2 1 0.0000 0.8127 0.1873 2 1 0.0000 0.7345 0.2655
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 371 143 228 7 6 57 4 69 0 0 218 0 10 0.0490 0.0000 0.0439 1.491 3.14 11.83 -8.68 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.9549 0.0451
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 906 181 725 81 4 29 1 66 0 0 724 0 1 0.4475 0.0000 0.0014 5.393 0.22 3.48 -3.26 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6169 0.3649 0.0183 1 0 0.6117 0.3689 0.0194 1 0 0.6047 0.3744 0.0209
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 454 126 328 119 1 3 0 3 1 0 327 0 0 0.9444 0.0030 0.0030 40.667 0.88 3.00 -2.12 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5376 0.4624 0.0000 0 0 0.9518 0.0482 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 551 161 390 5 0 13 2 141 0 0 382 0 8 0.0311 0.0000 0.0205 11.308 0.40 11.30 -10.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.6237 0.3763 2 2 0.0000 0.2949 0.7051
chr19 8979162 A AGCC 0.002510 0.050 1 3 1 640 139 501 132 0 3 0 4 0 0 501 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 45.333 0.35 3.00 -2.65 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9414 0.0586 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 304 82 222 0 0 9 0 73 0 0 210 0 12 0.0000 0.0000 0.0541 8.111 5.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2004 0.7996 2 2 0.0000 0.2074 0.7926 2 2 0.0000 0.2172 0.7828
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 399 109 290 107 0 0 0 2 0 0 290 0 0 0.9817 0.0000 0.0000 109.000 1.11 2.00 -0.89 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9059 0.0941 0.0000 0 0 0.9841 0.0159 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 968 321 647 4 0 56 21 240 0 0 641 4 2 0.0125 0.0000 0.0093 4.732 0.00 3.46 -3.46 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6187 0.3813 2 2 0.0000 0.0378 0.9622 2 2 0.0000 0.0143 0.9857
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 449 135 314 0 0 26 6 103 0 0 309 1 4 0.0000 0.0000 0.0159 4.192 11.71 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1137 0.8863 2 2 0.0000 0.1196 0.8804 2 2 0.0000 0.1281 0.8719
chr19 13207858 CCTGCTGCTG C 0.002693 0.050 1 -9 1 449 135 314 1 0 23 4 107 0 0 309 0 5 0.0074 0.0000 0.0159 4.870 3.00 11.13 -8.13 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9892 0.0108 2 1 0.0000 0.9759 0.0241 2 1 0.0000 0.9706 0.0294
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.050 1 -18 1 449 141 308 21 4 64 2 50 0 0 301 0 7 0.1489 0.0000 0.0227 1.190 1.95 13.40 -11.45 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1470 0.6629 0.1901 1 1 0.1557 0.6623 0.1819 1 1 0.1677 0.6608 0.1714
chr19 14799825 GA G 0.002726 0.050 1 -1 1 769 196 573 82 6 15 1 92 0 0 571 0 2 0.4184 0.0000 0.0035 11.933 1.83 1.90 -0.07 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3495 0.6484 0.0021 1 1 0.3568 0.6411 0.0021 1 1 0.3662 0.6317 0.0021
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 659 142 517 0 0 3 0 139 0 0 513 0 4 0.0000 0.0000 0.0077 46.333 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 451 105 346 1 1 12 15 76 0 0 346 0 0 0.0095 0.0000 0.0000 15.333 11.00 4.45 6.55 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7931 0.2069 2 1 0.0000 0.5884 0.4116 2 1 0.0000 0.5154 0.4846
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 446 105 341 1 2 11 16 75 0 0 341 0 0 0.0095 0.0000 0.0000 22.750 11.00 4.28 6.72 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9653 0.0347 2 1 0.0000 0.8137 0.1863 2 1 0.0000 0.6924 0.3076
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 100 24 76 13 1 0 0 10 0 0 71 1 4 0.5417 0.0000 0.0658 24.000 0.92 1.60 -0.68 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1255 0.5011 0.3734 1 1 0.1261 0.5008 0.3731 1 1 0.1268 0.5003 0.3728
chr19 21423588 GACATAAGATAATTCATAATGGAGAAAAACCCTATAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAGTATTTTCTCAACCCCTACTAA G 0.000521 0.050 1 -84 2 280 49 231 46 0 2 0 1 0 0 230 0 1 0.9388 0.0000 0.0043 23.500 1.63 0.00 1.63 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9957 0.0043 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 22759478 AT A 0.000086 0.050 1 -1 1 313 86 227 79 0 4 0 3 0 0 227 0 0 0.9186 0.0000 0.0000 20.500 0.25 2.33 -2.08 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 23754908 GACA G 0.000403 0.050 1 -3 1 120 45 75 23 0 2 0 20 0 0 75 0 0 0.5111 0.0000 0.0000 21.500 0.48 3.20 -2.72 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5237 0.4761 0.0002 1 0 0.5233 0.4765 0.0002 1 0 0.5227 0.4772 0.0002
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 660 157 503 9 1 6 2 139 0 1 496 0 6 0.0573 0.0000 0.0139 25.000 0.11 3.29 -3.18 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9116 0.0884 2 2 0.0000 0.3505 0.6495
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 502 211 291 146 0 16 0 49 0 0 274 0 17 0.6919 0.0000 0.0584 12.188 0.85 17.20 -16.35 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9711 0.0289 0.0001 1 0 0.9671 0.0328 0.0001 1 0 0.9610 0.0389 0.0001
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 494 174 320 90 2 74 1 7 0 0 319 1 0 0.5172 0.0000 0.0031 1.356 1.94 5.00 -3.06 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5115 0.4885 0.0000 0 0 0.8880 0.1120 0.0000
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 430 106 324 48 1 5 0 52 0 1 322 0 1 0.4528 0.0000 0.0062 20.200 0.58 3.35 -2.76 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3519 0.5549 0.0931 1 1 0.3553 0.5517 0.0930 1 1 0.3597 0.5477 0.0927
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.050 1 3 1 163 62 101 47 1 12 0 2 0 0 101 0 0 0.7581 0.0000 0.0000 4.167 0.11 3.00 -2.89 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8062 0.1938 0.0000 0 0 0.9654 0.0346 0.0000 0 0 0.9799 0.0201 0.0000
chr19 38565185 G GCACGGCGGC 0.000654 0.050 1 9 3 625 156 469 130 0 22 0 4 1 0 468 0 0 0.8333 0.0021 0.0021 6.091 0.75 8.50 -7.75 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9837 0.0163 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 390 138 252 69 0 0 2 67 0 1 251 0 0 0.5000 0.0000 0.0040 136.000 0.54 2.25 -1.72 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3369 0.5344 0.1287 1 1 0.3384 0.5316 0.1300 1 1 0.3403 0.5280 0.1317
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 261 43 218 0 0 4 35 4 0 0 218 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.750 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0947 0.9053 2 2 0.0000 0.0965 0.9035 2 2 0.0000 0.0989 0.9011
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 261 43 218 0 0 22 20 1 0 0 218 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.579 5.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1290 0.8710 2 2 0.0000 0.1304 0.8696 2 2 0.0000 0.1325 0.8675
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 485 141 344 2 0 9 1 129 0 0 344 0 0 0.0142 0.0000 0.0000 14.556 0.00 5.79 -5.79 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4495 0.5505 2 2 0.0000 0.1128 0.8872 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 552 177 375 93 0 3 0 81 0 0 375 0 0 0.5254 0.0000 0.0000 58.000 0.41 1.78 -1.37 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5177 0.4426 0.0397 1 0 0.5152 0.4435 0.0414 1 0 0.5116 0.4448 0.0436
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 293 84 209 1 0 0 0 83 0 0 202 0 7 0.0119 0.0000 0.0335 84.000 0.00 6.87 -6.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4272 0.5728 2 2 0.0000 0.2292 0.7708 2 2 0.0000 0.1905 0.8095
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 448 140 308 130 1 4 1 4 0 0 308 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 33.750 0.37 3.25 -2.88 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0672 0.9328 0.0000 0 0 0.8492 0.1508 0.0000 0 0 0.9553 0.0447 0.0000
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.050 1 -3 2 530 106 424 44 0 12 2 48 0 0 421 0 3 0.4151 0.0000 0.0071 7.833 0.39 3.90 -3.51 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2473 0.5678 0.1849 1 1 0.2526 0.5650 0.1824 1 1 0.2596 0.5612 0.1792
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 632 238 394 22 0 52 0 164 0 0 372 0 22 0.0924 0.0000 0.0558 3.577 0.36 6.27 -5.91 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9781 0.0219
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 236 109 127 56 1 6 0 46 0 0 127 0 0 0.5138 0.0000 0.0000 17.167 0.25 1.93 -1.68 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5341 0.4273 0.0387 1 0 0.5306 0.4293 0.0401 1 0 0.5258 0.4322 0.0420
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 465 128 337 122 0 3 0 3 0 0 337 0 0 0.9531 0.0000 0.0000 41.667 0.28 3.67 -3.39 74 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5887 0.4113 0.0000 0 0 0.9605 0.0395 0.0000 0 0 0.9819 0.0181 0.0000
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.050 1 9 1 1100 263 837 197 4 58 0 4 0 0 837 0 0 0.7490 0.0000 0.0000 3.534 0.67 7.00 -6.33 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9925 0.0075 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 555 153 402 68 0 28 0 57 0 0 394 1 7 0.4444 0.0000 0.0199 4.464 1.24 7.68 -6.45 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3314 0.5280 0.1406 1 1 0.3320 0.5255 0.1425 1 1 0.3327 0.5224 0.1450
chr19 49969702 A ATGC 0.001079 0.050 1 3 1 469 102 367 91 0 7 0 4 0 1 366 0 0 0.8922 0.0000 0.0027 13.571 0.52 3.25 -2.73 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9320 0.0680 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 49970457 TC T 0.000567 0.050 1 -1 1 497 88 409 76 1 4 0 7 0 0 409 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 20.750 0.47 1.00 -0.53 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1287 0.8713 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 746 179 567 9 0 3 89 78 0 0 565 1 1 0.0503 0.0000 0.0035 87.500 0.22 3.26 -3.03 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8415 0.1585 2 2 0.0000 0.2935 0.7065
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 747 180 567 1 0 16 73 90 0 0 566 0 1 0.0056 0.0000 0.0018 10.188 0.00 3.26 -3.26 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1459 0.8541 2 2 0.0000 0.0663 0.9337 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 606 155 451 70 0 3 3 79 0 0 450 0 1 0.4516 0.0000 0.0022 50.667 0.87 2.94 -2.07 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0691 0.4582 0.4727 1 2 0.0719 0.4593 0.4688 1 2 0.0759 0.4607 0.4634
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 229 114 115 0 0 3 0 111 0 0 111 0 4 0.0000 0.0000 0.0348 37.000 2.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0221 0.9779 2 2 0.0000 0.0239 0.9761
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 545 164 381 86 0 3 0 75 0 0 380 0 1 0.5244 0.0000 0.0026 53.667 0.15 2.05 -1.90 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4107 0.4946 0.0947 1 1 0.4084 0.4938 0.0978 1 1 0.4051 0.4929 0.1020
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 615 175 440 94 0 7 0 74 0 0 438 0 2 0.5371 0.0000 0.0045 24.000 0.14 3.43 -3.29 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5171 0.4275 0.0554 1 0 0.5110 0.4304 0.0586 1 0 0.5027 0.4342 0.0631
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 736 200 536 102 0 1 1 96 1 0 533 0 2 0.5100 0.0019 0.0056 199.000 0.20 2.95 -2.75 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3115 0.5473 0.1412 1 1 0.3127 0.5434 0.1439 1 1 0.3141 0.5385 0.1475
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 756 212 544 103 0 9 2 98 0 0 543 0 1 0.4858 0.0000 0.0018 22.444 0.17 1.61 -1.44 53 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1601 0.5695 0.2704 1 1 0.1611 0.5646 0.2742 1 1 0.1623 0.5585 0.2792
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 767 167 600 89 0 11 0 67 0 0 594 0 6 0.5329 0.0000 0.0100 14.182 0.79 3.19 -2.41 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4563 0.4647 0.0791 1 1 0.4507 0.4662 0.0830 1 1 0.4432 0.4683 0.0884
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 510 143 367 67 0 23 0 53 0 0 357 0 10 0.4685 0.0000 0.0272 5.217 0.82 8.00 -7.18 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2787 0.5347 0.1866 1 1 0.2786 0.5320 0.1894 1 1 0.2782 0.5287 0.1930
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 651 152 499 0 0 28 0 124 0 0 465 0 34 0.0000 0.0000 0.0681 4.429 19.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr19 55386752 A AT 0.003360 0.050 1 1 1 442 102 340 94 0 5 0 3 0 0 340 0 0 0.9216 0.0000 0.0000 19.400 0.28 1.67 -1.39 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9623 0.0377 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 1086 305 781 124 1 42 2 136 0 0 776 1 4 0.4066 0.0000 0.0064 6.262 0.77 3.99 -3.22 76 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1209 0.5794 0.2996 1 1 0.1277 0.5769 0.2954 1 1 0.1370 0.5734 0.2896
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 604 119 485 0 0 3 0 116 0 0 475 0 10 0.0000 0.0000 0.0206 38.667 4.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0349 0.9651 2 2 0.0000 0.0371 0.9629 2 2 0.0000 0.0403 0.9597
chr19 56159903 ACCCCGGCAG A 0.044059 0.050 1 -9 1 527 155 372 136 0 17 0 2 0 0 372 0 0 0.8774 0.0000 0.0000 8.118 0.71 9.00 -8.29 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9621 0.0379 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 157 82 75 43 0 5 0 34 0 0 75 0 0 0.5244 0.0000 0.0000 15.400 0.23 2.97 -2.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4511 0.4637 0.0852 1 1 0.4477 0.4648 0.0875 1 1 0.4430 0.4663 0.0906
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 196 105 91 83 1 19 0 2 0 0 88 0 3 0.7905 0.0000 0.0330 5.000 1.27 0.50 0.77 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 0 0.5475 0.4525 0.0000 0 0 0.8335 0.1665 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 387 146 241 71 0 3 0 72 0 0 241 0 0 0.4863 0.0000 0.0000 47.667 0.07 2.25 -2.18 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1912 0.5418 0.2670 1 1 0.1929 0.5386 0.2685 1 1 0.1952 0.5346 0.2702
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 102 53 49 1 0 2 1 49 0 0 49 0 0 0.0189 0.0000 0.0000 25.500 1.00 6.80 -5.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4852 0.5148 2 2 0.0000 0.2692 0.7308 2 2 0.0000 0.2209 0.7791
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 514 165 349 115 0 1 2 47 0 0 346 0 3 0.6970 0.0000 0.0086 164.000 0.34 8.55 -8.21 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9183 0.0806 0.0011 1 0 0.9099 0.0887 0.0014 1 0 0.8976 0.1005 0.0019
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 513 165 348 113 1 4 2 45 0 0 345 0 3 0.6848 0.0000 0.0086 40.250 0.30 8.62 -8.32 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9225 0.0765 0.0010 1 0 0.9144 0.0844 0.0013 1 0 0.9024 0.0959 0.0017
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 517 171 346 102 0 2 1 66 0 0 342 0 4 0.5965 0.0000 0.0116 84.500 0.16 8.24 -8.09 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6929 0.2889 0.0182 1 0 0.6826 0.2972 0.0202 1 0 0.6686 0.3083 0.0231
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 227 101 126 48 0 1 0 52 0 0 126 0 0 0.4752 0.0000 0.0000 100.000 0.19 1.21 -1.02 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1429 0.5145 0.3426 1 1 0.1449 0.5129 0.3422 1 1 0.1475 0.5110 0.3414
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 801 206 595 121 0 3 1 81 0 0 590 0 5 0.5874 0.0000 0.0084 67.667 0.39 6.74 -6.35 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6832 0.2975 0.0193 1 0 0.6721 0.3063 0.0216 1 0 0.6567 0.3182 0.0250
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 671 227 444 211 0 11 0 5 0 0 444 0 0 0.9295 0.0000 0.0000 19.636 0.22 15.40 -15.18 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9445 0.0555 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 551 177 374 6 1 3 0 167 0 0 368 0 6 0.0339 0.0000 0.0160 58.000 0.00 3.25 -3.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 2 0.0000 0.4268 0.5732 2 2 0.0000 0.0986 0.9014
chr20 36793328 ACCT A 0.000479 0.050 1 -3 1 472 120 352 115 0 4 0 1 0 0 352 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 29.000 0.21 3.00 -2.79 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 580 161 419 79 0 4 2 76 0 0 416 1 2 0.4907 0.0000 0.0072 39.000 0.44 3.21 -2.77 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1663 0.5447 0.2890 1 1 0.1680 0.5412 0.2907 1 1 0.1703 0.5368 0.2929
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1116 363 753 152 1 57 6 147 0 0 748 0 5 0.4187 0.0000 0.0066 5.368 0.26 3.14 -2.87 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1203 0.5740 0.3057 1 1 0.1237 0.5680 0.3084 1 1 0.1281 0.5604 0.3115
chr20 60012728 T TA 0.009952 0.050 1 1 2 257 71 186 57 4 2 1 7 1 0 185 0 0 0.8028 0.0054 0.0054 32.500 0.53 1.00 -0.47 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.7087 0.2913 0.0000 0 0 0.9584 0.0416 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 265 51 214 0 0 3 0 48 0 0 209 1 4 0.0000 0.0000 0.0234 16.000 5.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 324 143 181 77 0 0 0 66 0 0 181 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 143.000 0.17 2.17 -2.00 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2346 0.5677 0.1977 1 1 0.2316 0.5649 0.2035 1 1 0.2275 0.5611 0.2113
chr21 31559412 CGG C 0.000290 0.050 1 -2 2 301 92 209 84 0 3 0 5 0 0 208 0 1 0.9130 0.0000 0.0048 29.667 0.85 2.00 -1.15 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6162 0.3838 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 831 221 610 205 0 6 0 10 0 0 610 0 0 0.9276 0.0000 0.0000 35.833 0.25 6.30 -6.05 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1595 0.8405 0.0000 0 0 0.7611 0.2389 0.0000
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 721 199 522 108 0 8 0 83 0 0 515 0 7 0.5427 0.0000 0.0134 23.875 0.32 4.92 -4.59 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5804 0.3913 0.0283 1 0 0.5756 0.3943 0.0300 1 0 0.5690 0.3985 0.0325
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 826 218 608 118 6 13 3 78 2 0 602 2 2 0.5413 0.0033 0.0099 15.462 1.57 13.27 -11.70 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8168 0.1792 0.0040 1 0 0.8075 0.1879 0.0046 1 0 0.7946 0.1998 0.0056
chr21 39452057 CAG C 0.000765 0.050 1 -2 1 287 109 178 60 3 1 1 44 0 0 176 0 2 0.5505 0.0000 0.0112 107.000 1.33 3.07 -1.73 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6561 0.3438 0.0001 1 0 0.6516 0.3483 0.0001 1 0 0.6455 0.3544 0.0001
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 251 125 126 61 0 6 0 58 0 0 126 0 0 0.4880 0.0000 0.0000 19.833 0.15 3.10 -2.96 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2327 0.5391 0.2283 1 1 0.2326 0.5364 0.2310 1 1 0.2324 0.5329 0.2346
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.050 1 40 1 1132 297 835 62 0 149 4 82 7 6 766 12 44 0.2088 0.0084 0.0826 0.993 2.08 2.89 -0.81 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0160 0.5977 0.3863 1 1 0.0193 0.6208 0.3599 1 1 0.0245 0.6495 0.3260
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 361 55 306 0 0 3 1 51 0 0 305 0 1 0.0000 0.0000 0.0033 17.333 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1413 233 1180 125 4 8 5 91 1 1 1175 1 2 0.5365 0.0008 0.0042 37.167 1.01 3.01 -2.00 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5292 0.4261 0.0447 1 0 0.5176 0.4331 0.0492 1 0 0.5019 0.4423 0.0558
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1411 234 1177 124 6 8 5 91 0 0 1174 1 2 0.5299 0.0000 0.0025 27.875 0.98 3.12 -2.14 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5029 0.4455 0.0516 1 0 0.4921 0.4514 0.0564 1 0 0.4775 0.4591 0.0634
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 905 182 723 86 2 28 2 64 30 7 677 4 5 0.4725 0.0415 0.0636 5.500 1.94 13.80 -11.86 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8882 0.1104 0.0014 1 0 0.8799 0.1185 0.0017 1 0 0.8679 0.1300 0.0021
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 746 155 591 85 0 12 0 58 0 0 583 0 8 0.5484 0.0000 0.0135 13.000 2.26 11.86 -9.60 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4573 0.4624 0.0803 1 1 0.4498 0.4653 0.0850 1 1 0.4396 0.4690 0.0915
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 386 156 230 0 0 16 1 139 0 0 230 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.750 7.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr21 45505235 A AGGCCCCCCC 0.016294 0.050 1 9 6 413 121 292 104 2 9 0 6 0 0 292 0 0 0.8595 0.0000 0.0000 12.444 0.48 7.67 -7.19 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0465 0.9535 0.0000 0 0 0.9374 0.0626 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 540 220 320 177 8 22 0 13 0 0 319 0 1 0.8045 0.0000 0.0031 9.000 0.28 2.85 -2.56 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0175 0.9825 0.0000 0 1 0.4982 0.5018 0.0000
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.050 1 39 1 807 257 550 74 2 116 4 61 0 0 549 1 0 0.2879 0.0000 0.0018 1.190 0.41 2.54 -2.14 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5773 0.4196 0.0031 1 0 0.5756 0.4212 0.0032 1 0 0.5733 0.4234 0.0033
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 2152 789 1363 750 2 30 0 7 0 0 1363 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 25.300 0.40 5.29 -4.89 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 19444307 AG A 0.000131 0.050 1 -1 2 310 162 148 154 0 2 0 6 0 0 148 0 0 0.9506 0.0000 0.0000 80.000 0.62 1.00 -0.38 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.050 1 6 2 449 159 290 125 0 29 0 5 0 0 290 0 0 0.7862 0.0000 0.0000 4.483 0.43 4.80 -4.37 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6143 0.3857 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr22 20982391 CG C 0.000032 0.050 1 -1 1 349 115 234 59 2 4 0 50 0 0 234 0 0 0.5130 0.0000 0.0000 27.750 0.25 1.20 -0.95 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5983 0.4016 0.0000 1 0 0.5959 0.4041 0.0000 1 0 0.5924 0.4076 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 236 111 125 103 0 7 0 1 0 0 125 0 0 0.9279 0.0000 0.0000 14.857 0.26 3.00 -2.74 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8921 0.1079 0.0000 0 0 0.9537 0.0463 0.0000 0 0 0.9626 0.0374 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 576 130 446 4 0 33 1 92 0 0 435 0 11 0.0308 0.0000 0.0247 2.939 0.25 13.68 -13.43 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8748 0.1252 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.0486 0.9514
chr22 31602713 CCCA C 0.001203 0.050 1 -3 1 470 158 312 153 0 2 0 3 0 0 312 0 0 0.9684 0.0000 0.0000 78.000 0.17 3.67 -3.50 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9966 0.0034 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 737 229 508 13 0 11 2 203 0 1 501 0 6 0.0568 0.0000 0.0138 19.727 0.23 2.25 -2.02 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9733 0.0267 2 2 0.0000 0.4714 0.5286
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 544 285 259 216 0 61 0 8 0 1 258 0 0 0.7579 0.0000 0.0039 3.672 0.21 5.50 -5.29 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.7633 0.2367 0.0000 0 0 0.9674 0.0326 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 546 97 449 61 0 5 0 31 0 0 449 0 0 0.6289 0.0000 0.0000 18.400 0.90 11.84 -10.94 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6096 0.3507 0.0397 1 0 0.5963 0.3601 0.0436 1 0 0.5784 0.3725 0.0491
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 244 121 123 107 1 5 0 8 0 0 123 0 0 0.8843 0.0000 0.0000 23.200 0.20 4.25 -4.05 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1206 0.8794 0.0000 0 0 0.5764 0.4236 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 398 144 254 0 0 4 1 139 0 0 249 0 5 0.0000 0.0000 0.0197 35.000 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 617 206 411 168 0 17 2 19 0 0 411 0 0 0.8155 0.0000 0.0000 11.118 0.14 3.26 -3.12 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0667 0.9333 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1191 310 881 167 0 2 0 141 8 0 866 0 7 0.5387 0.0091 0.0170 154.000 7.72 9.34 -1.62 81 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6317 0.3499 0.0184 1 0 0.6256 0.3541 0.0202 1 0 0.6171 0.3601 0.0228
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 819 335 484 223 0 8 1 103 0 0 484 0 0 0.6657 0.0000 0.0000 40.875 0.16 2.93 -2.77 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9958 0.0042 0.0000 1 0 0.9949 0.0051 0.0000 1 0 0.9934 0.0066 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 769 146 623 134 0 9 0 3 0 1 622 0 0 0.9178 0.0000 0.0016 15.222 1.45 5.67 -4.22 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8035 0.1965 0.0000 0 0 0.9857 0.0143 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 189 74 115 48 0 22 0 4 0 0 115 0 0 0.6486 0.0000 0.0000 2.364 0.60 6.75 -6.15 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4310 0.5690 0.0000 0 0 0.9723 0.0277 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000
chr22 46537150 GGGC G 0.001229 0.050 1 -3 1 351 103 248 81 2 17 0 3 0 0 248 0 0 0.7864 0.0000 0.0000 5.000 0.62 4.00 -3.38 57 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9800 0.0200 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 404 134 270 107 0 25 0 2 0 0 269 0 1 0.7985 0.0000 0.0037 4.360 0.23 18.00 -17.77 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4806 0.5194 0.0000 0 0 0.9406 0.0594 0.0000 0 0 0.9728 0.0272 0.0000
734 rows