File Info

Filename
HG03391_x_HG03453_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/8f/8ee6d6abdae1d4d80a0e83020549d3/HG03391_x_HG03453_FF_10.features.tsv
Size
174.9 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG03391_x_HG03453_FF_10)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 980796 GTCC G 0.000285 0.100 1 -3 1 732 174 558 96 1 11 0 66 0 0 555 0 3 0.5517 0.0000 0.0054 14.818 0.43 3.02 -2.59 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8766 0.1234 0.0000 1 0 0.8716 0.1284 0.0000 1 0 0.8643 0.1357 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 520 178 342 85 0 30 1 62 0 1 338 0 3 0.4775 0.0000 0.0117 4.933 0.52 8.10 -7.58 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6245 0.3636 0.0119 1 0 0.6187 0.3675 0.0138 1 0 0.6101 0.3733 0.0166
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 331 126 205 118 0 0 0 8 0 0 204 0 1 0.9365 0.0000 0.0049 126.000 0.14 3.50 -3.36 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0245 0.9755 0.0000 0 1 0.4876 0.5124 0.0000
chr1 6469122 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 2 741 264 477 24 7 35 10 188 0 0 476 0 1 0.0909 0.0000 0.0021 6.735 0.62 5.03 -4.40 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr1 6469126 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 741 251 490 29 6 107 13 96 0 0 489 1 0 0.1155 0.0000 0.0020 34.000 0.24 4.23 -3.99 11 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 6469129 TCC T 0.500000 0.100 1 -2 2 744 256 488 37 11 17 91 100 0 0 488 0 0 0.1445 0.0000 0.0000 78.667 0.43 4.21 -3.78 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 580 135 445 100 12 19 0 4 0 0 445 0 0 0.7407 0.0000 0.0000 6.053 0.28 3.25 -2.97 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0392 0.9608 0.0000 0 0 0.7886 0.2114 0.0000 0 0 0.9453 0.0547 0.0000
chr1 11650722 CGCG C 0.500000 0.100 1 -3 1 580 137 443 114 1 13 0 9 0 0 443 0 0 0.8321 0.0000 0.0000 9.538 0.38 4.00 -3.62 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0213 0.9787 0.0000 0 1 0.4522 0.5478 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 1031 185 846 87 1 11 0 86 0 0 839 0 7 0.4703 0.0000 0.0083 15.818 0.20 3.02 -2.83 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0857 0.6834 0.2309 1 1 0.0916 0.6706 0.2378 1 1 0.0998 0.6542 0.2461
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.100 1 3 2 317 118 199 107 0 5 0 6 0 0 198 1 0 0.9068 0.0000 0.0050 22.600 0.22 2.50 -2.28 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1406 0.8594 0.0000 0 0 0.6948 0.3052 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 254 42 212 8 0 0 1 33 0 0 212 0 0 0.1905 0.0000 0.0000 42.000 0.00 1.27 -1.27 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0009 0.8450 0.1541 2 1 0.0003 0.9627 0.0371 2 1 0.0001 0.9617 0.0383
chr1 25805164 C CGAG 0.500000 0.100 1 3 1 310 160 150 74 0 14 0 72 0 0 148 0 2 0.4625 0.0000 0.0133 10.429 1.09 2.92 -1.82 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1630 0.6739 0.1631 1 1 0.1691 0.6617 0.1692 1 1 0.1769 0.6461 0.1770
chr1 26282316 TGGGTCCAGGACA T 0.500000 0.100 1 -12 1 713 164 549 89 8 14 7 46 0 0 543 1 5 0.5427 0.0000 0.0109 16.444 11.54 25.80 -14.27 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9184 0.0812 0.0004 1 0 0.9111 0.0884 0.0005 1 0 0.9002 0.0990 0.0008
chr1 26282362 GCCGGGACCGGGA G 0.500000 0.100 1 -12 4 766 183 583 44 14 31 3 91 0 0 562 0 21 0.2404 0.0000 0.0360 5.000 6.41 20.81 -14.40 28 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0183 0.9817 1 2 0.0000 0.0212 0.9788 1 2 0.0000 0.0257 0.9742
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.100 1 -6 4 795 199 596 51 4 31 10 103 0 0 596 0 0 0.2563 0.0000 0.0000 7.217 2.86 17.26 -14.40 23 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0168 0.9832 1 2 0.0000 0.0195 0.9805 1 2 0.0000 0.0239 0.9761
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -24 1 620 166 454 160 0 3 0 3 0 0 451 0 3 0.9639 0.0000 0.0066 54.333 0.96 24.00 -23.04 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 0 0.8345 0.1655 0.0000 0 0 0.9807 0.0193 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 417 161 256 6 0 13 1 141 0 0 253 0 3 0.0373 0.0000 0.0117 11.385 0.00 2.97 -2.97 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 2 0.0000 0.2956 0.7044 2 2 0.0000 0.0392 0.9608
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 811 229 582 16 0 5 1 207 0 1 581 0 0 0.0699 0.0000 0.0017 44.800 1.06 1.90 -0.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.6032 0.3968
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 632 160 472 0 0 35 2 123 0 0 472 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.514 5.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 240 84 156 72 2 4 0 6 0 0 156 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 20.000 0.19 2.83 -2.64 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0634 0.9366 0.0000 0 1 0.4350 0.5650 0.0000
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.100 1 3 2 680 198 482 99 1 28 0 70 0 0 478 0 4 0.5000 0.0000 0.0083 6.071 0.26 3.11 -2.85 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7339 0.2619 0.0042 1 0 0.7264 0.2685 0.0051 1 0 0.7155 0.2780 0.0066
chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.100 1 6 2 443 118 325 108 1 7 0 2 0 0 325 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 15.714 0.27 6.00 -5.73 60 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7512 0.2488 0.0000 0 0 0.9647 0.0353 0.0000 0 0 0.9820 0.0180 0.0000
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.100 1 -30 1 567 134 433 76 0 16 0 42 0 0 423 0 10 0.5672 0.0000 0.0231 7.375 0.66 22.10 -21.44 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7376 0.2561 0.0063 1 0 0.7282 0.2643 0.0075 1 0 0.7148 0.2758 0.0094
chr1 63323312 CGGCCGGAGCCGG C 0.500000 0.100 1 -12 2 588 143 445 86 2 6 0 49 1 1 436 0 7 0.6014 0.0022 0.0202 22.833 0.77 10.69 -9.93 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8749 0.1240 0.0011 1 0 0.8662 0.1324 0.0013 1 0 0.8535 0.1447 0.0019
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 158 68 90 4 0 2 0 62 0 0 88 0 2 0.0588 0.0000 0.0222 33.000 0.25 3.81 -3.56 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.7430 0.2570 2 2 0.0000 0.3685 0.6315
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 477 125 352 5 0 4 1 115 0 0 344 0 8 0.0400 0.0000 0.0227 30.250 0.20 5.26 -5.06 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9916 0.0084 2 2 0.0000 0.2947 0.7053 2 2 0.0000 0.0569 0.9431
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.100 1 -6 1 474 134 340 5 0 24 2 103 0 0 340 0 0 0.0373 0.0000 0.0000 4.542 0.00 5.71 -5.71 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.5204 0.4796 2 2 0.0000 0.1323 0.8677
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 190 98 92 6 0 2 0 90 0 0 89 0 3 0.0612 0.0000 0.0326 48.000 0.00 3.06 -3.06 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8511 0.1489 2 2 0.0000 0.3403 0.6597
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 506 127 379 57 0 7 0 63 1 1 370 1 6 0.4488 0.0026 0.0237 20.000 0.46 3.24 -2.78 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0499 0.5393 0.4108 1 1 0.0541 0.5353 0.4106 1 1 0.0601 0.5304 0.4095
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 940 237 703 24 0 26 1 186 0 0 703 0 0 0.1013 0.0000 0.0000 8.115 0.58 8.52 -7.93 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr1 116579647 GGTCGTC G 0.500000 0.100 1 -6 3 683 216 467 174 0 35 0 7 0 0 467 0 0 0.8056 0.0000 0.0000 5.171 0.36 6.29 -5.92 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7816 0.2184 0.0000 0 0 0.9818 0.0182 0.0000
chr1 116961400 TGTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 428 132 296 63 0 6 0 63 0 0 295 0 1 0.4773 0.0000 0.0034 21.000 0.25 3.17 -2.92 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1578 0.6498 0.1924 1 1 0.1633 0.6390 0.1976 1 1 0.1705 0.6254 0.2042
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 172 67 105 4 0 4 0 59 0 0 105 0 0 0.0597 0.0000 0.0000 15.750 0.00 2.14 -2.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.7876 0.2124 2 2 0.0000 0.4265 0.5735
chr1 146019625 G GCCT 0.500000 0.100 1 3 2 521 121 400 97 0 17 0 7 0 0 399 0 1 0.8017 0.0000 0.0025 6.118 0.35 3.14 -2.79 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0248 0.9752 0.0000 0 1 0.3948 0.6052 0.0000
chr1 146994348 ATGGAAG A 0.500000 0.100 1 -6 1 575 277 298 136 0 9 1 131 0 0 293 0 5 0.4910 0.0000 0.0168 29.778 0.28 6.40 -6.12 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0940 0.7915 0.1145 1 1 0.1021 0.7743 0.1235 1 1 0.1131 0.7514 0.1355
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 258 84 174 5 0 6 1 72 0 0 172 0 2 0.0595 0.0000 0.0115 13.000 1.60 6.04 -4.44 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8289 0.1711 2 2 0.0000 0.3941 0.6059
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1320 270 1050 17 0 48 1 204 0 0 1028 0 22 0.0630 0.0000 0.0210 4.625 0.53 3.72 -3.19 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 2 0.0000 0.4740 0.5260
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 254 87 167 3 0 17 4 63 0 0 167 0 0 0.0345 0.0000 0.0000 3.882 0.00 1.13 -1.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9588 0.0412 2 2 0.0000 0.4637 0.5363 2 2 0.0000 0.2135 0.7865
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 256 79 177 0 0 9 0 70 0 0 163 0 14 0.0000 0.0000 0.0791 7.778 10.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0136 0.9864 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.100 1 6 2 774 222 552 103 3 27 0 89 0 0 543 1 8 0.4640 0.0000 0.0163 7.500 1.18 6.07 -4.88 69 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2844 0.6631 0.0525 1 1 0.2915 0.6510 0.0575 1 1 0.2998 0.6357 0.0644
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1224 300 924 131 1 62 2 104 4 2 899 0 19 0.4367 0.0043 0.0271 3.885 1.39 9.78 -8.39 17 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3153 0.6584 0.0263 1 1 0.3247 0.6455 0.0298 1 1 0.3358 0.6292 0.0350
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 565 266 299 151 0 12 0 103 0 0 299 0 0 0.5677 0.0000 0.0000 21.167 0.36 8.39 -8.03 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9436 0.0564 0.0001 1 0 0.9386 0.0613 0.0001 1 0 0.9310 0.0688 0.0002
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1287 299 988 1 1 87 3 207 0 0 915 2 71 0.0033 0.0000 0.0739 2.453 6.00 9.94 -3.94 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 237 79 158 50 0 2 1 26 0 0 157 0 1 0.6329 0.0000 0.0063 38.500 1.64 3.15 -1.51 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7474 0.2433 0.0092 1 0 0.7358 0.2534 0.0108 1 0 0.7196 0.2672 0.0132
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 339 81 258 43 0 3 0 35 0 0 257 1 0 0.5309 0.0000 0.0039 26.000 0.35 1.54 -1.19 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3677 0.5407 0.0916 1 1 0.3663 0.5374 0.0963 1 1 0.3640 0.5332 0.1027
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 592 146 446 0 0 3 1 142 0 0 444 0 2 0.0000 0.0000 0.0045 47.667 2.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1184 242 942 23 0 6 0 213 0 0 940 0 2 0.0950 0.0000 0.0021 39.333 0.13 1.41 -1.28 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9868 0.0132
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 164 53 111 34 0 4 0 15 0 0 111 0 0 0.6415 0.0000 0.0000 12.250 0.06 4.20 -4.14 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7093 0.2743 0.0164 1 0 0.6967 0.2846 0.0186 1 0 0.6785 0.2995 0.0220
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 698 140 558 10 0 3 11 116 0 0 550 5 3 0.0714 0.0000 0.0143 68.500 1.50 4.78 -3.28 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9796 0.0204 2 2 0.0000 0.4623 0.5377
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.100 1 -2 3 693 139 554 10 0 0 8 121 0 0 546 0 8 0.0719 0.0000 0.0144 138.000 1.50 4.64 -3.14 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 2 0.0000 0.4465 0.5535
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 511 239 272 14 117 47 1 60 0 3 268 0 1 0.0586 0.0000 0.0147 4.085 1.07 3.42 -2.35 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9956 0.0044 0.0000 1 0 0.9946 0.0054 0.0000 1 0 0.9929 0.0071 0.0000
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 511 241 270 73 5 44 10 109 0 0 267 0 3 0.3029 0.0000 0.0111 4.477 2.66 3.01 -0.35 49 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0627 0.9371 1 2 0.0002 0.0685 0.9313 1 2 0.0003 0.0773 0.9224
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 511 254 257 207 0 41 0 6 0 0 256 0 1 0.8150 0.0000 0.0039 5.195 2.74 12.33 -9.59 111 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 0 0.9488 0.0512 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr1 228409077 A AC 0.500000 0.100 1 1 2 653 161 492 76 1 19 0 65 0 0 492 0 0 0.4720 0.0000 0.0000 7.421 0.33 1.34 -1.01 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4277 0.5311 0.0411 1 1 0.4277 0.5272 0.0450 1 1 0.4267 0.5226 0.0506
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 142 41 101 22 0 4 1 14 0 0 101 0 0 0.5366 0.0000 0.0000 9.000 0.91 2.43 -1.52 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4141 0.4863 0.0996 1 1 0.4090 0.4870 0.1040 1 1 0.4021 0.4880 0.1099
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 255 113 142 4 0 6 0 103 0 0 142 0 0 0.0354 0.0000 0.0000 17.833 0.00 1.25 -1.25 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9723 0.0277 2 2 0.0000 0.2891 0.7109 2 2 0.0000 0.0805 0.9195
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 597 162 435 9 1 10 1 141 0 0 428 1 6 0.0556 0.0000 0.0161 15.200 0.89 3.30 -2.42 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9495 0.0505 2 2 0.0000 0.2845 0.7155
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 770 203 567 113 0 6 0 84 0 0 563 0 4 0.5567 0.0000 0.0071 32.833 0.99 3.29 -2.29 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6864 0.3087 0.0048 1 0 0.6812 0.3129 0.0058 1 0 0.6732 0.3194 0.0074
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1104 269 835 136 1 2 0 130 0 0 834 1 0 0.5056 0.0000 0.0012 133.500 0.35 1.63 -1.28 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1850 0.7588 0.0562 1 1 0.1954 0.7425 0.0621 1 1 0.2086 0.7209 0.0705
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 460 139 321 36 0 0 0 103 0 0 321 0 0 0.2590 0.0000 0.0000 139.000 2.03 4.38 -2.35 32 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0051 0.9949 1 2 0.0000 0.0063 0.9937 1 2 0.0000 0.0235 0.9765
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 558 37 521 18 0 0 2 17 0 0 519 0 2 0.4865 0.0000 0.0038 37.000 2.78 3.29 -0.52 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1648 0.5369 0.2983 1 1 0.1682 0.5341 0.2977 1 1 0.1728 0.5306 0.2966
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.100 1 9 1 1079 142 937 38 1 17 0 86 0 0 924 0 13 0.2676 0.0000 0.0139 7.353 0.42 8.67 -8.25 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0102 0.9898 1 2 0.0000 0.0121 0.9878 1 2 0.0000 0.0154 0.9846
chr1 248522528 CAA C 0.500000 0.100 1 -2 3 641 170 471 86 0 1 0 83 0 0 471 0 0 0.5059 0.0000 0.0000 169.000 0.35 2.16 -1.81 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2018 0.6868 0.1114 1 1 0.2084 0.6739 0.1177 1 1 0.2167 0.6572 0.1261
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 632 176 456 162 1 6 0 7 0 0 456 0 0 0.9205 0.0000 0.0000 28.333 0.34 6.57 -6.23 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.6655 0.3345 0.0000 0 0 0.9682 0.0318 0.0000
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 994 286 708 275 0 2 0 9 0 0 707 0 1 0.9615 0.0000 0.0014 142.000 0.41 4.00 -3.59 151 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.9576 0.0424 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 212 104 108 44 1 7 0 52 0 0 108 0 0 0.4231 0.0000 0.0000 13.857 0.16 2.83 -2.67 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1062 0.5881 0.3057 1 1 0.1121 0.5824 0.3055 1 1 0.1200 0.5753 0.3048
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGC 0.009356 0.100 1 12 5 389 114 275 50 1 19 0 44 0 0 255 0 20 0.4386 0.0000 0.0727 5.000 2.96 14.05 -11.09 16 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1326 0.8510 0.0164 1 1 0.1436 0.8403 0.0161 1 1 0.1589 0.8255 0.0156
chr2 20667362 GGGC G 0.002551 0.100 1 -3 5 389 135 254 55 18 12 1 49 0 0 254 0 0 0.4074 0.0000 0.0000 10.250 10.22 2.98 7.24 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8406 0.1594 0.0000 1 0 0.8349 0.1651 0.0000 1 0 0.8267 0.1732 0.0000
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 561 207 354 180 0 22 0 5 0 1 353 0 0 0.8696 0.0000 0.0028 8.409 0.23 7.80 -7.57 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2565 0.7435 0.0000 0 0 0.9894 0.0106 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 541 127 414 61 1 24 0 41 0 0 409 0 5 0.4803 0.0000 0.0121 4.250 0.59 7.56 -6.97 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7247 0.2733 0.0020 1 0 0.7204 0.2773 0.0023 1 0 0.7142 0.2831 0.0027
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 230 60 170 0 0 2 0 58 0 0 167 0 3 0.0000 0.0000 0.0176 29.000 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0493 0.9507
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 493 126 367 10 0 21 0 95 0 0 364 0 3 0.0794 0.0000 0.0082 5.000 1.20 3.09 -1.89 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.8406 0.1594
chr2 37084557 C CAGAGAGCTGTCAGGTA 0.500000 0.100 1 16 1 187 117 70 92 0 24 0 1 0 0 69 0 1 0.7863 0.0000 0.0143 3.875 0.09 16.00 -15.91 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5607 0.4393 0.0000 0 0 0.9217 0.0783 0.0000 0 0 0.9601 0.0399 0.0000
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.100 1 -3 3 442 126 316 109 0 9 0 8 0 0 316 0 0 0.8651 0.0000 0.0000 13.000 0.17 3.00 -2.83 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0442 0.9558 0.0000 0 0 0.5386 0.4614 0.0000
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.100 1 -3 1 234 93 141 84 0 6 0 3 0 0 141 0 0 0.9032 0.0000 0.0000 14.500 0.07 3.00 -2.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0843 0.9157 0.0000 0 0 0.7313 0.2687 0.0000 0 0 0.8957 0.1043 0.0000
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.100 1 6 1 254 88 166 78 0 8 0 2 0 0 166 0 0 0.8864 0.0000 0.0000 10.000 0.42 6.00 -5.58 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3847 0.6153 0.0000 0 0 0.8540 0.1460 0.0000 0 0 0.9242 0.0758 0.0000
chr2 65072937 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 3 531 135 396 66 0 6 0 63 0 0 394 0 2 0.4889 0.0000 0.0051 21.500 0.32 3.46 -3.14 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1900 0.6542 0.1558 1 1 0.1953 0.6432 0.1615 1 1 0.2021 0.6292 0.1687
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 592 154 438 1 2 43 54 54 0 0 431 5 2 0.0065 0.0000 0.0160 2.571 0.00 3.31 -3.31 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0329 0.9671 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0089 0.9911
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 593 158 435 3 1 94 0 60 0 0 430 0 5 0.0190 0.0000 0.0115 0.696 0.00 6.17 -6.17 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.7392 0.2608 2 2 0.0000 0.3815 0.6185
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 470 108 362 40 0 8 0 60 0 0 360 0 2 0.3704 0.0000 0.0055 12.500 0.28 3.08 -2.81 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0092 0.2689 0.7218 1 2 0.0107 0.2777 0.7115 1 2 0.0131 0.2898 0.6970
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 1 441 167 274 153 0 11 0 3 0 0 274 0 0 0.9162 0.0000 0.0000 14.182 0.31 10.33 -10.02 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7560 0.2440 0.0000 0 0 0.9884 0.0116 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 377 148 229 74 1 10 2 61 0 0 229 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 15.333 0.88 3.49 -2.61 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4424 0.5184 0.0393 1 1 0.4417 0.5153 0.0430 1 1 0.4398 0.5117 0.0485
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 553 169 384 0 0 25 9 135 0 0 376 0 8 0.0000 0.0000 0.0208 5.760 3.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 364 153 211 64 0 6 0 83 0 0 211 0 0 0.4183 0.0000 0.0000 24.500 0.38 1.20 -0.83 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0140 0.3794 0.6065 1 2 0.0161 0.3829 0.6010 1 2 0.0192 0.3880 0.5927
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.100 1 3 4 502 138 364 64 2 1 0 71 0 0 364 0 0 0.4638 0.0000 0.0000 137.000 0.19 3.21 -3.02 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0987 0.6350 0.2663 1 1 0.1043 0.6251 0.2706 1 1 0.1117 0.6126 0.2757
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 463 138 325 124 0 10 0 4 0 0 325 0 0 0.8986 0.0000 0.0000 12.800 0.60 18.75 -18.15 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0717 0.9283 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000 0 0 0.9695 0.0305 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 585 124 461 0 0 0 0 124 0 0 451 0 10 0.0000 0.0000 0.0217 124.000 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr2 130075142 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 1300 385 915 352 2 15 0 16 0 0 915 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 24.667 0.11 2.88 -2.77 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6565 0.3435 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 347 126 221 0 0 23 2 101 0 0 214 0 7 0.0000 0.0000 0.0317 4.478 5.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0048 0.9952
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 702 191 511 176 1 9 0 5 0 0 510 0 1 0.9215 0.0000 0.0020 20.222 0.73 2.40 -1.67 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.9223 0.0777 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000
chr2 151379531 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 228 62 166 21 14 12 2 13 0 0 166 0 0 0.3387 0.0000 0.0000 3.417 1.00 2.92 -1.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6863 0.2935 0.0201 1 0 0.6739 0.3035 0.0227 1 0 0.6557 0.3179 0.0264
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 228 62 166 21 15 14 6 6 0 0 166 0 0 0.3387 0.0000 0.0000 3.231 0.86 2.33 -1.48 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7310 0.2597 0.0094 1 0 0.5609 0.4306 0.0085 0 1 0.2601 0.7352 0.0047
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 170 59 111 16 0 20 1 22 1 0 107 0 3 0.2712 0.0090 0.0360 1.950 0.31 5.41 -5.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0780 0.4656 0.4564 1 1 0.0823 0.4676 0.4501 1 1 0.0884 0.4702 0.4414
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 503 122 381 60 0 18 0 44 0 0 381 0 0 0.4918 0.0000 0.0000 5.778 0.52 3.07 -2.55 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5801 0.3956 0.0243 1 0 0.5730 0.3998 0.0272 1 0 0.5630 0.4056 0.0314
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 377 145 232 132 0 1 0 12 0 0 232 0 0 0.9103 0.0000 0.0000 144.000 0.63 4.08 -3.45 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.2151 0.7849 0.0000
chr2 184936130 GATT G 0.500000 0.100 1 -3 2 702 170 532 86 0 0 0 84 0 0 531 0 1 0.5059 0.0000 0.0019 170.000 0.12 3.62 -3.50 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1664 0.6972 0.1365 1 1 0.1732 0.6837 0.1431 1 1 0.1819 0.6663 0.1519
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 337 139 198 10 0 20 48 61 0 0 193 0 5 0.0719 0.0000 0.0253 3.750 0.10 5.07 -4.97 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.7756 0.2244
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 337 139 198 51 1 28 3 56 0 0 193 0 5 0.3669 0.0000 0.0253 3.857 2.45 5.48 -3.03 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0445 0.5000 0.4555 1 1 0.0485 0.4985 0.4531 1 1 0.0541 0.4969 0.4491
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 337 137 200 13 46 21 11 46 0 0 200 0 0 0.0949 0.0000 0.0000 5.190 0.23 2.83 -2.60 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1842 0.6244 0.1914 1 1 0.1889 0.6153 0.1958 1 1 0.1947 0.6038 0.2015
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 283 98 185 50 1 5 0 42 0 0 184 0 1 0.5102 0.0000 0.0054 18.600 0.14 3.00 -2.86 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3787 0.5437 0.0776 1 1 0.3778 0.5399 0.0823 1 1 0.3759 0.5354 0.0888
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 556 156 400 56 0 19 1 80 0 1 398 0 1 0.3590 0.0000 0.0050 7.211 0.93 7.69 -6.76 30 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0051 0.2442 0.7507 1 2 0.0061 0.2524 0.7415 1 2 0.0077 0.2639 0.7284
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 935 208 727 97 3 52 0 56 0 0 722 0 5 0.4663 0.0000 0.0069 3.059 2.25 7.48 -5.23 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9122 0.0874 0.0004 1 0 0.9047 0.0947 0.0006 1 0 0.8937 0.1054 0.0008
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 660 235 425 211 1 7 3 13 0 0 421 0 4 0.8979 0.0000 0.0094 32.286 0.51 13.92 -13.41 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1534 0.8466 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 330 139 191 73 0 5 0 61 0 0 191 0 0 0.5252 0.0000 0.0000 26.800 0.48 4.21 -3.73 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4416 0.5176 0.0407 1 1 0.4407 0.5147 0.0446 1 1 0.4386 0.5113 0.0501
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 193 79 114 45 0 4 0 30 0 0 113 0 1 0.5696 0.0000 0.0088 18.750 0.27 3.03 -2.77 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5596 0.4056 0.0349 1 0 0.5516 0.4101 0.0383 1 0 0.5405 0.4163 0.0432
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 942 242 700 229 2 1 0 10 0 0 700 0 0 0.9463 0.0000 0.0000 241.000 0.71 1.00 -0.29 119 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7104 0.2896 0.0000 0 0 0.9918 0.0082 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 383 104 279 2 0 25 6 71 0 0 279 0 0 0.0192 0.0000 0.0000 3.160 0.00 3.11 -3.11 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6267 0.3733 2 2 0.0000 0.1523 0.8477 2 2 0.0000 0.0792 0.9208
chr2 241096075 CATT C 0.500000 0.100 1 -3 1 633 164 469 154 0 1 1 8 1 0 468 0 0 0.9390 0.0021 0.0021 163.000 0.46 8.00 -7.54 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1949 0.8051 0.0000 0 0 0.8732 0.1268 0.0000
chr2 241096109 GTCATCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 654 197 457 167 0 19 0 11 1 0 456 0 0 0.8477 0.0022 0.0022 9.368 0.59 7.45 -6.86 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0349 0.9651 0.0000 0 0 0.7489 0.2511 0.0000
chr2 241200178 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 153 81 72 71 1 4 0 5 0 0 72 0 0 0.8765 0.0000 0.0000 25.667 0.51 1.00 -0.49 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1572 0.8428 0.0000 0 0 0.5782 0.4218 0.0000
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.100 1 -2 1 489 120 369 9 0 0 0 111 0 0 368 0 1 0.0750 0.0000 0.0027 120.000 0.56 2.23 -1.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.5845 0.4155
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 649 164 485 81 0 1 0 82 0 0 482 0 3 0.4939 0.0000 0.0062 163.000 0.37 3.29 -2.92 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0221 0.6191 0.3588 1 1 0.0234 0.6076 0.3689 1 1 0.0252 0.5933 0.3815
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 556 135 421 7 0 18 1 109 0 0 394 0 27 0.0519 0.0000 0.0641 6.500 0.86 10.67 -9.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8890 0.1110 2 2 0.0000 0.3352 0.6648
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.100 1 -3 1 519 127 392 85 0 6 0 36 0 0 392 0 0 0.6693 0.0000 0.0000 20.167 0.52 3.89 -3.37 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9861 0.0139 0.0000 1 0 0.9840 0.0160 0.0000 1 0 0.9807 0.0193 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 449 101 348 9 0 3 5 84 0 0 348 0 0 0.0891 0.0000 0.0000 32.667 0.22 5.83 -5.61 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.8143 0.1857
chr3 33093215 GTCC G 0.500000 0.100 1 -3 1 681 176 505 89 1 4 0 82 0 0 502 0 3 0.5057 0.0000 0.0059 43.000 0.28 3.13 -2.85 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2355 0.6771 0.0874 1 1 0.2420 0.6646 0.0934 1 1 0.2499 0.6487 0.1014
chr3 40462029 ACTGCTGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 563 196 367 86 3 21 2 84 0 0 360 0 7 0.4388 0.0000 0.0191 8.286 2.60 8.60 -5.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0939 0.6914 0.2147 1 1 0.1001 0.6782 0.2217 1 1 0.1085 0.6612 0.2304
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 704 241 463 82 10 46 2 101 0 0 461 0 2 0.3402 0.0000 0.0043 4.239 0.20 3.25 -3.05 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0307 0.5765 0.3928 1 1 0.0342 0.5689 0.3969 1 1 0.0394 0.5595 0.4011
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 704 241 463 93 1 130 3 14 0 0 462 0 1 0.3859 0.0000 0.0022 0.881 0.56 4.29 -3.73 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 738 207 531 0 0 10 0 197 0 0 526 0 5 0.0000 0.0000 0.0094 19.700 2.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 304 129 175 0 0 4 1 124 0 0 170 0 5 0.0000 0.0000 0.0286 31.250 5.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 609 146 463 0 0 18 9 119 0 0 459 0 4 0.0000 0.0000 0.0086 7.056 3.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 366 81 285 0 0 9 43 29 0 0 285 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.000 3.38 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0250 0.9750 2 2 0.0000 0.0269 0.9731 2 2 0.0000 0.0297 0.9703
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 366 83 283 4 0 36 0 43 0 0 283 0 0 0.0482 0.0000 0.0000 1.382 0.75 6.00 -5.25 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9145 0.0855 2 1 0.0000 0.6740 0.3260
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 491 162 329 77 0 20 0 65 0 0 327 0 2 0.4753 0.0000 0.0061 7.474 0.25 5.12 -4.88 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3664 0.5782 0.0554 1 1 0.3684 0.5716 0.0600 1 1 0.3702 0.5634 0.0663
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 214 123 91 0 0 11 0 112 0 0 88 0 3 0.0000 0.0000 0.0330 10.182 6.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 237 77 160 0 0 4 0 73 0 0 158 0 2 0.0000 0.0000 0.0125 18.250 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0231 0.9769 2 2 0.0000 0.0256 0.9744
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.100 1 1 5 592 163 429 157 0 1 0 5 0 0 429 0 0 0.9632 0.0000 0.0000 162.000 0.45 1.20 -0.75 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0444 0.9556 0.0000 0 0 0.9259 0.0741 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 638 160 478 133 2 14 0 11 0 0 478 0 0 0.8313 0.0000 0.0000 10.429 0.46 1.36 -0.90 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.3811 0.6189 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 789 241 548 115 0 14 0 112 0 0 533 0 15 0.4772 0.0000 0.0274 16.214 1.27 9.33 -8.06 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0300 0.6461 0.3239 1 1 0.0337 0.6341 0.3321 1 1 0.0392 0.6191 0.3417
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 547 138 409 67 0 16 0 55 0 0 409 0 0 0.4855 0.0000 0.0000 7.625 0.19 1.16 -0.97 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4545 0.5034 0.0422 1 1 0.4525 0.5015 0.0460 1 1 0.4490 0.4994 0.0515
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 352 101 251 50 0 8 0 43 0 0 251 0 0 0.4950 0.0000 0.0000 11.625 0.58 1.33 -0.75 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3538 0.5578 0.0884 1 1 0.3536 0.5532 0.0932 1 1 0.3528 0.5475 0.0998
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 138 52 86 43 4 1 0 4 0 0 86 0 0 0.8269 0.0000 0.0000 47.000 0.21 1.00 -0.79 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1300 0.8700 0.0000 0 1 0.4265 0.5735 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1263 338 925 14 3 91 21 209 0 0 923 0 2 0.0414 0.0000 0.0022 2.670 1.21 3.10 -1.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9742 0.0258 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1272 347 925 237 14 73 11 12 0 0 925 0 0 0.6830 0.0000 0.0000 3.803 2.54 8.00 -5.46 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1518 0.8482 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 542 165 377 4 0 20 1 140 0 0 377 0 0 0.0242 0.0000 0.0000 7.250 0.00 6.66 -6.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8438 0.1562 2 2 0.0000 0.0575 0.9425 2 2 0.0000 0.0136 0.9864
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 612 177 435 163 0 2 0 12 0 0 435 0 0 0.9209 0.0000 0.0000 87.500 0.15 3.08 -2.93 105 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 0 0.5517 0.4483 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 768 134 634 59 0 30 0 45 0 0 633 0 1 0.4403 0.0000 0.0016 3.467 0.39 8.18 -7.79 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5003 0.4617 0.0380 1 0 0.4958 0.4625 0.0416 1 0 0.4892 0.4640 0.0468
chr3 127660520 AGAAGAG A 0.500000 0.100 1 -6 2 796 196 600 102 2 13 0 79 0 0 599 0 1 0.5204 0.0000 0.0017 14.077 0.17 5.76 -5.59 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6823 0.3119 0.0059 1 0 0.6764 0.3166 0.0070 1 0 0.6676 0.3237 0.0088
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 200 90 110 48 1 1 0 40 0 0 110 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 89.000 0.04 2.62 -2.58 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4104 0.5206 0.0690 1 1 0.4081 0.5184 0.0735 1 1 0.4045 0.5158 0.0797
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 438 153 285 88 1 5 0 59 0 0 284 0 1 0.5752 0.0000 0.0035 29.600 0.43 2.19 -1.75 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8079 0.1895 0.0026 1 0 0.7987 0.1981 0.0032 1 0 0.7854 0.2104 0.0042
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 382 166 216 121 0 30 1 14 0 0 216 0 0 0.7289 0.0000 0.0000 4.533 0.24 3.14 -2.90 75 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0229 0.9771 0.0000
chr3 184059998 CA C 0.500000 0.100 1 -1 4 1002 252 750 238 1 1 0 12 0 0 750 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 251.000 0.32 1.00 -0.68 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3034 0.6966 0.0000 0 0 0.9801 0.0199 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 580 165 415 12 2 25 1 125 0 0 412 0 3 0.0727 0.0000 0.0072 5.600 0.08 3.31 -3.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9375 0.0625
chr3 187698970 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 420 108 312 69 1 1 2 35 0 0 311 1 0 0.6389 0.0000 0.0032 106.000 0.22 3.43 -3.21 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8705 0.1278 0.0016 1 0 0.8608 0.1371 0.0021 1 0 0.8467 0.1505 0.0028
chr3 187698974 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 419 106 313 71 0 0 1 34 0 0 312 1 0 0.6698 0.0000 0.0032 106.000 0.21 3.59 -3.38 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9050 0.0942 0.0009 1 0 0.8963 0.1026 0.0011 1 0 0.8836 0.1148 0.0016
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 564 182 382 167 2 4 0 9 0 0 381 0 1 0.9176 0.0000 0.0026 44.500 0.11 2.33 -2.23 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1015 0.8985 0.0000 0 0 0.8571 0.1429 0.0000
chr3 194617730 CG C 0.500000 0.100 1 -1 4 289 68 221 60 2 0 0 6 0 0 221 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 68.000 0.47 4.33 -3.87 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0360 0.9640 0.0000 0 1 0.3013 0.6987 0.0000
chr3 195527869 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 318 105 213 64 15 19 0 7 0 3 210 0 0 0.6095 0.0000 0.0141 3.789 0.95 2.00 -1.05 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0335 0.9665 0.0000 0 1 0.3618 0.6382 0.0000
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.100 1 -3 4 251 146 105 131 0 10 0 5 0 0 105 0 0 0.8973 0.0000 0.0000 13.600 0.57 4.20 -3.63 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.7720 0.2280 0.0000 0 0 0.9588 0.0412 0.0000
chr3 195781111 T TGAAGAGGGGTGGTGTGTCCTGTGGATAATGAGGAAGCATTGGTGACAG 0.500000 0.100 1 48 1 3242 714 2528 422 13 152 13 114 9 13 2491 7 8 0.5910 0.0036 0.0146 3.841 2.25 5.86 -3.61 106 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 916 205 711 185 0 13 0 7 0 1 709 1 0 0.9024 0.0000 0.0028 14.769 0.39 13.00 -12.61 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.8476 0.1524 0.0000 0 0 0.9882 0.0118 0.0000
chr3 196515122 A AGACC 0.500000 0.100 1 4 1 102 52 50 48 0 0 0 4 0 0 50 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 52.000 0.25 4.00 -3.75 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.1345 0.8655 0.0000 0 1 0.4408 0.5592 0.0000
chr3 196569036 A AGCG 0.500000 0.100 1 3 1 264 79 185 37 0 3 1 38 0 0 183 0 2 0.4684 0.0000 0.0108 25.333 1.92 3.29 -1.37 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1333 0.5763 0.2904 1 1 0.1379 0.5706 0.2915 1 1 0.1440 0.5634 0.2926
chr3 196569044 CGGCGCG C 0.500000 0.100 1 -6 2 264 91 173 75 1 6 0 9 0 0 172 0 1 0.8242 0.0000 0.0058 14.167 1.92 6.33 -4.41 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0616 0.9384 0.0000
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 322 128 194 23 2 14 70 19 0 0 191 1 2 0.1797 0.0000 0.0155 12.667 0.04 10.00 -9.96 15 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.1359 0.8641 2 1 0.0000 0.9650 0.0350 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 319 128 191 1 0 31 3 93 0 0 188 0 3 0.0078 0.0000 0.0157 3.097 0.00 8.15 -8.15 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0569 0.9431 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 319 128 191 3 0 29 28 68 0 0 187 1 3 0.0234 0.0000 0.0209 3.414 0.00 8.87 -8.87 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8284 0.1716 2 2 0.0000 0.1426 0.8574 2 2 0.0000 0.0511 0.9489
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 578 119 459 0 0 3 0 116 0 0 391 4 64 0.0000 0.0000 0.1481 38.667 15.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.100 1 -2 1 605 250 355 198 5 6 40 1 1 3 351 0 0 0.7920 0.0028 0.0113 45.600 3.90 9.00 -5.10 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0063 0.9937 0.0000 0 0 0.5445 0.4555 0.0000
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.100 1 -1 1 605 248 357 145 57 37 8 1 2 2 353 0 0 0.5847 0.0056 0.0112 23.111 3.22 9.00 -5.78 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.100 1 9 2 603 227 376 104 3 11 6 103 1 1 370 1 3 0.4581 0.0027 0.0160 19.545 2.17 8.32 -6.15 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1962 0.8031 0.0007 1 1 0.2116 0.7877 0.0007 1 1 0.2322 0.7670 0.0007
chr4 3075022 AGCCGCCCCCGCC A 0.000900 0.100 1 -12 1 603 229 374 178 2 35 0 14 1 1 372 0 0 0.7773 0.0027 0.0053 5.543 2.17 12.14 -9.97 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7659 0.2341 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 638 148 490 5 0 12 0 131 0 0 481 0 9 0.0338 0.0000 0.0184 11.333 1.40 11.52 -10.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.7191 0.2809 2 2 0.0000 0.2736 0.7264
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 2 723 206 517 172 0 25 0 9 5 2 510 0 0 0.8350 0.0097 0.0135 7.240 0.92 9.78 -8.86 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3475 0.6525 0.0000 0 0 0.9488 0.0512 0.0000
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 732 233 499 189 4 30 0 10 1 0 497 0 1 0.8112 0.0020 0.0040 6.700 0.99 9.60 -8.61 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1182 0.8818 0.0000 0 0 0.9140 0.0860 0.0000
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.100 1 3 2 617 176 441 152 2 17 0 5 0 0 441 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 9.235 1.30 2.80 -1.50 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0368 0.9632 0.0000 0 0 0.9136 0.0864 0.0000 0 0 0.9860 0.0140 0.0000
chr4 56314410 C CGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 9 1 660 154 506 138 0 12 0 4 0 0 505 0 1 0.8961 0.0000 0.0020 11.833 0.89 10.00 -9.11 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0166 0.9834 0.0000 0 0 0.8276 0.1724 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr4 56378269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 267 89 178 81 0 2 0 6 0 0 178 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 43.500 0.10 3.00 -2.90 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0877 0.9123 0.0000 0 0 0.5199 0.4801 0.0000
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.100 1 -15 2 371 112 259 96 0 13 0 3 0 0 259 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 7.615 0.11 5.00 -4.89 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1449 0.8551 0.0000 0 0 0.8321 0.1679 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr4 70409914 A AC 0.500000 0.100 1 1 2 636 258 378 236 3 11 0 8 0 0 378 0 0 0.9147 0.0000 0.0000 22.364 0.26 1.00 -0.74 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 0 0.9691 0.0309 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.100 1 3 1 324 95 229 87 0 5 0 3 0 0 229 0 0 0.9158 0.0000 0.0000 18.000 0.24 5.00 -4.76 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0968 0.9032 0.0000 0 0 0.7597 0.2403 0.0000 0 0 0.9086 0.0914 0.0000
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 1 663 246 417 97 77 43 12 17 0 2 414 0 1 0.3943 0.0000 0.0072 4.442 0.43 3.12 -2.68 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0119 0.9881 0.0000
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 664 256 408 118 5 32 6 95 0 0 406 0 2 0.4609 0.0000 0.0049 6.906 0.74 3.14 -2.40 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5621 0.4288 0.0091 1 0 0.5621 0.4273 0.0107 1 0 0.5606 0.4263 0.0131
chr4 78870982 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 665 211 454 143 10 47 0 11 1 0 452 1 0 0.6777 0.0022 0.0044 3.468 1.46 2.36 -0.90 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0157 0.9843 0.0000 0 0 0.5748 0.4252 0.0000
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 165 77 88 2 0 3 0 72 0 0 88 0 0 0.0260 0.0000 0.0000 24.667 0.00 1.10 -1.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6811 0.3189 2 2 0.0000 0.1870 0.8130 2 2 0.0000 0.0988 0.9012
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2372 479 1893 169 9 151 4 146 4 3 1872 5 9 0.3528 0.0021 0.0111 2.188 1.73 8.77 -7.05 51 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4009 0.5918 0.0073 1 1 0.4126 0.5786 0.0088 1 1 0.4260 0.5629 0.0111
chr4 87614693 CAGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 2414 506 1908 430 7 41 7 21 2 4 1899 3 0 0.8498 0.0010 0.0047 11.846 3.97 6.14 -2.17 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 0 0.9815 0.0185 0.0000
chr4 87614933 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.100 1 -18 1 2944 741 2203 388 13 90 13 237 101 75 1979 4 44 0.5236 0.0458 0.1017 7.295 1.48 11.58 -10.10 102 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615161 CGATAGCAGCAACAGCAGT C 0.500000 0.100 1 -18 1 3529 744 2785 354 25 90 18 257 6 26 2730 10 13 0.4758 0.0022 0.0197 7.747 4.40 12.59 -8.20 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9993 0.0007 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3462 641 2821 102 81 63 137 258 6 26 2764 13 12 0.1591 0.0021 0.0202 9.433 2.31 5.23 -2.92 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3824 854 2970 8 16 38 20 772 37 30 2575 211 117 0.0094 0.0125 0.1330 22.472 6.25 8.68 -2.43 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 4068 928 3140 694 15 136 8 75 39 77 2754 130 140 0.7478 0.0124 0.1229 5.858 3.85 11.23 -7.38 108 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 88521914 TCTTA T 0.500000 0.100 1 -4 2 330 90 240 82 0 3 0 5 0 0 240 0 0 0.9111 0.0000 0.0000 29.000 0.12 3.40 -3.28 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2267 0.7733 0.0000 0 0 0.6836 0.3164 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 372 108 264 65 0 4 0 39 0 0 262 0 2 0.6019 0.0000 0.0076 26.000 0.15 2.21 -2.05 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7574 0.2361 0.0065 1 0 0.7469 0.2454 0.0077 1 0 0.7320 0.2584 0.0096
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 173 74 99 8 0 3 0 63 0 0 97 0 2 0.1081 0.0000 0.0202 23.667 0.25 3.06 -2.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.8787 0.1213
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 525 204 321 0 0 19 9 176 0 0 311 1 9 0.0000 0.0000 0.0312 9.737 3.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 140392262 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 2 318 101 217 68 0 0 0 33 0 0 215 0 2 0.6733 0.0000 0.0092 101.000 0.19 3.18 -2.99 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8871 0.1116 0.0013 1 0 0.8777 0.1206 0.0016 1 0 0.8641 0.1337 0.0022
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 515 197 318 0 148 35 0 14 1 5 309 3 0 0.0000 0.0031 0.0283 4.909 3.36 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1164 0.8836 0.0000
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 2 520 206 314 16 0 20 3 167 1 1 298 1 13 0.0777 0.0032 0.0510 9.250 3.12 9.40 -6.28 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9162 0.0838
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 269 129 140 61 0 4 0 64 0 0 135 0 5 0.4729 0.0000 0.0357 31.250 0.10 4.80 -4.70 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0702 0.5870 0.3428 1 1 0.0751 0.5801 0.3448 1 1 0.0818 0.5715 0.3467
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 278 108 170 86 0 14 0 8 0 0 170 0 0 0.7963 0.0000 0.0000 6.714 0.71 5.38 -4.67 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0145 0.9855 0.0000 0 1 0.2769 0.7231 0.0000
chr4 158715313 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 240 92 148 81 1 3 0 7 1 0 147 0 0 0.8804 0.0068 0.0068 29.667 0.22 1.00 -0.78 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0364 0.9636 0.0000 0 1 0.3882 0.6118 0.0000
chr4 164197133 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 603 138 465 109 0 17 0 12 0 0 465 0 0 0.7899 0.0000 0.0000 7.118 0.38 3.33 -2.96 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.0822 0.9178 0.0000
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.100 1 -9 2 307 90 217 85 0 2 0 3 0 0 217 0 0 0.9444 0.0000 0.0000 44.000 0.28 10.33 -10.05 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0882 0.9118 0.0000 0 0 0.7410 0.2590 0.0000 0 0 0.9002 0.0998 0.0000
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.100 1 2 1 321 138 183 133 1 0 0 4 0 0 183 0 0 0.9638 0.0000 0.0000 138.000 0.38 5.50 -5.12 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9426 0.0574 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.100 1 -2 3 321 136 185 129 1 2 1 3 0 0 185 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 66.000 0.41 7.33 -6.92 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9934 0.0066 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr5 35965506 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 561 187 374 172 0 5 0 10 0 0 374 0 0 0.9198 0.0000 0.0000 36.400 0.17 3.20 -3.03 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1134 0.8866 0.0000 0 0 0.8730 0.1270 0.0000
chr5 55172603 ACTTCT A 0.500000 0.100 1 -5 1 134 51 83 48 0 1 0 2 0 0 82 0 1 0.9412 0.0000 0.0120 50.000 0.17 5.00 -4.83 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0145 0.9855 0.0000 0 1 0.3107 0.6893 0.0000 0 0 0.5996 0.4004 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 797 186 611 72 2 26 1 85 0 0 607 0 4 0.3871 0.0000 0.0065 6.154 0.24 3.16 -2.93 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0211 0.4652 0.5137 1 2 0.0238 0.4641 0.5121 1 2 0.0278 0.4633 0.5088
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 372 121 251 93 5 18 0 5 1 1 249 0 0 0.7686 0.0040 0.0080 6.438 0.86 3.40 -2.54 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.4128 0.5872 0.0000 0 0 0.8351 0.1649 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 341 40 301 0 0 27 1 12 0 2 288 1 10 0.0000 0.0000 0.0432 0.481 6.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7553 0.2447 2 1 0.0000 0.5787 0.4213 2 2 0.0000 0.4646 0.5354
chr5 66596840 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 463 91 372 38 0 26 0 27 0 0 368 0 4 0.4176 0.0000 0.0108 2.500 2.50 5.89 -3.39 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3821 0.5260 0.0920 1 1 0.3797 0.5237 0.0966 1 1 0.3762 0.5209 0.1029
chr5 73447067 G GGCGGCC 0.500000 0.100 1 6 1 372 97 275 72 3 15 2 5 0 0 275 0 0 0.7423 0.0000 0.0000 5.467 1.32 8.20 -6.88 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0309 0.9691 0.0000 0 1 0.3199 0.6801 0.0000
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 346 90 256 42 0 4 0 44 0 0 255 0 1 0.4667 0.0000 0.0039 21.500 0.19 5.48 -5.29 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1441 0.5946 0.2612 1 1 0.1488 0.5876 0.2636 1 1 0.1550 0.5787 0.2663
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 554 147 407 72 0 7 0 68 0 0 403 0 4 0.4898 0.0000 0.0098 20.000 0.22 3.06 -2.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1652 0.6696 0.1652 1 1 0.1712 0.6576 0.1712 1 1 0.1788 0.6423 0.1788
chr5 75635851 CCCAG C 0.500000 0.100 1 -4 1 265 93 172 46 0 2 0 45 0 0 172 0 0 0.4946 0.0000 0.0000 45.500 0.61 5.64 -5.04 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2150 0.6086 0.1764 1 1 0.2187 0.6006 0.1807 1 1 0.2232 0.5905 0.1863
chr5 75635856 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 265 88 177 44 0 0 1 43 0 0 177 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 88.000 0.64 5.88 -5.25 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1976 0.6062 0.1962 1 1 0.2015 0.5983 0.2002 1 1 0.2064 0.5884 0.2051
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 190 92 98 42 0 3 0 47 0 0 98 0 0 0.4565 0.0000 0.0000 29.667 0.19 2.87 -2.68 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1140 0.5789 0.3071 1 1 0.1188 0.5730 0.3082 1 1 0.1254 0.5655 0.3091
chr5 80321231 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 804 207 597 190 2 9 0 6 0 0 597 0 0 0.9179 0.0000 0.0000 22.000 0.67 1.33 -0.66 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0292 0.9708 0.0000 0 0 0.9610 0.0390 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 300 82 218 39 0 5 1 37 0 0 216 1 1 0.4756 0.0000 0.0092 15.400 1.31 19.03 -17.72 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1844 0.5943 0.2213 1 1 0.1883 0.5873 0.2244 1 1 0.1933 0.5785 0.2282
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 287 67 220 29 1 2 1 34 0 1 214 2 3 0.4328 0.0000 0.0273 32.500 1.86 23.09 -21.23 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0734 0.5004 0.4262 1 1 0.0779 0.4997 0.4224 1 1 0.0841 0.4991 0.4169
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 246 99 147 55 0 0 0 44 0 0 147 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 99.000 0.18 3.00 -2.82 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4534 0.4953 0.0512 1 1 0.4502 0.4945 0.0553 1 1 0.4453 0.4936 0.0611
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 682 143 539 76 0 4 0 63 0 0 539 0 0 0.5315 0.0000 0.0000 34.750 0.11 1.25 -1.15 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4616 0.5033 0.0351 1 1 0.4604 0.5010 0.0387 1 1 0.4577 0.4984 0.0438
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 466 123 343 7 0 14 0 102 0 0 327 0 16 0.0569 0.0000 0.0466 7.786 0.57 8.32 -7.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8262 0.1738 2 2 0.0000 0.2256 0.7744
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 178 66 112 32 0 3 0 31 0 0 111 0 1 0.4848 0.0000 0.0089 21.000 0.06 3.35 -3.29 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2111 0.5778 0.2111 1 1 0.2140 0.5720 0.2140 1 1 0.2177 0.5647 0.2176
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 268 122 146 67 0 1 2 52 0 0 144 1 1 0.5492 0.0000 0.0137 121.000 0.10 3.81 -3.70 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4277 0.5242 0.0481 1 1 0.4267 0.5211 0.0522 1 1 0.4245 0.5175 0.0580
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 267 121 146 66 0 2 3 50 0 0 143 2 1 0.5455 0.0000 0.0205 59.500 0.11 3.94 -3.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4035 0.5415 0.0551 1 1 0.4031 0.5374 0.0594 1 1 0.4019 0.5325 0.0656
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 390 141 249 1 1 34 0 105 0 0 236 1 12 0.0071 0.0000 0.0522 3.147 3.00 8.90 -5.90 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1522 0.8478 2 2 0.0000 0.0221 0.9779 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 390 141 249 2 0 34 0 105 0 0 236 1 12 0.0142 0.0000 0.0522 3.147 3.00 8.90 -5.90 2 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1723 0.8277 2 2 0.0000 0.0227 0.9773 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 390 141 249 2 0 34 1 104 0 0 236 1 12 0.0142 0.0000 0.0522 3.147 3.00 8.82 -5.82 2 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1725 0.8275 2 2 0.0000 0.0227 0.9773 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr5 148116440 AGTG A 0.500000 0.100 1 -3 2 200 103 97 49 0 2 0 52 0 0 97 0 0 0.4757 0.0000 0.0000 50.500 0.18 3.04 -2.85 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1383 0.6111 0.2507 1 1 0.1433 0.6029 0.2538 1 1 0.1499 0.5925 0.2576
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 773 191 582 110 0 3 0 78 0 0 576 1 5 0.5759 0.0000 0.0103 94.000 0.55 3.82 -3.28 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7112 0.2845 0.0042 1 0 0.7051 0.2898 0.0051 1 0 0.6958 0.2976 0.0066
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 3 778 195 583 114 0 0 1 80 0 0 575 1 7 0.5846 0.0000 0.0137 194.000 0.53 3.73 -3.20 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6954 0.3002 0.0045 1 0 0.6900 0.3046 0.0054 1 0 0.6817 0.3114 0.0069
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 687 170 517 84 0 2 0 84 0 0 516 0 1 0.4941 0.0000 0.0019 84.000 0.32 1.65 -1.33 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1374 0.6950 0.1675 1 1 0.1441 0.6817 0.1743 1 1 0.1527 0.6644 0.1829
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.100 1 1 2 107 68 39 64 0 1 0 3 0 0 39 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 67.000 0.77 1.33 -0.57 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0329 0.9671 0.0000 0 0 0.5017 0.4983 0.0000 0 0 0.7652 0.2348 0.0000
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 377 135 242 68 0 4 1 62 0 0 241 0 1 0.5037 0.0000 0.0041 32.500 2.65 5.02 -2.37 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2532 0.6367 0.1101 1 1 0.2575 0.6268 0.1156 1 1 0.2627 0.6142 0.1231
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 376 158 218 117 5 16 9 11 0 0 217 0 1 0.7405 0.0000 0.0046 8.875 3.67 8.27 -4.61 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0024 0.9976 0.0000
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 376 144 232 4 4 2 0 134 0 1 227 0 4 0.0278 0.0000 0.0216 71.000 0.25 3.95 -3.70 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8417 0.1583 2 2 0.0000 0.1891 0.8109
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 217 98 119 9 0 5 0 84 0 0 119 0 0 0.0918 0.0000 0.0000 18.600 0.22 3.29 -3.06 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 1 0.0000 0.8455 0.1545
chr5 172339475 GCCGCTC G 0.500000 0.100 1 -6 1 832 201 631 167 1 23 0 10 0 0 631 0 0 0.8308 0.0000 0.0000 7.739 0.29 5.40 -5.11 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0950 0.9050 0.0000 0 0 0.8500 0.1500 0.0000
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.100 1 -2 1 351 109 242 101 0 5 0 3 0 0 242 0 0 0.9266 0.0000 0.0000 20.800 0.80 2.33 -1.53 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1811 0.8189 0.0000 0 0 0.8644 0.1356 0.0000 0 0 0.9515 0.0485 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 450 112 338 1 0 4 1 106 0 0 334 0 4 0.0089 0.0000 0.0118 27.000 1.00 4.11 -3.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0312 0.9688 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0086 0.9914
chr5 177509601 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 378 126 252 113 0 8 0 5 0 0 252 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 14.750 0.83 2.40 -1.57 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 0 0.5820 0.4180 0.0000 0 0 0.9070 0.0930 0.0000
chr5 179345240 G GGCGGCAGGA 0.500000 0.100 1 9 1 449 205 244 169 1 25 2 8 0 0 243 0 1 0.8244 0.0000 0.0041 7.200 1.02 6.75 -5.73 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0436 0.9564 0.0000 0 0 0.7753 0.2247 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 638 104 534 41 0 11 0 52 0 0 533 1 0 0.3942 0.0000 0.0019 8.455 0.12 3.06 -2.94 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0450 0.4691 0.4859 1 2 0.0489 0.4698 0.4813 1 2 0.0544 0.4710 0.4745
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 549 139 410 57 1 29 2 50 0 0 407 1 2 0.4101 0.0000 0.0073 3.793 0.53 3.18 -2.65 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2469 0.6232 0.1299 1 1 0.2504 0.6143 0.1353 1 1 0.2546 0.6029 0.1425
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 544 112 432 62 2 11 0 37 0 0 422 6 4 0.5536 0.0000 0.0231 10.100 1.21 3.84 -2.63 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7091 0.2839 0.0069 1 0 0.7033 0.2889 0.0078 1 0 0.6948 0.2960 0.0092
chr6 21595035 G GGGC 0.002798 0.100 1 3 5 562 124 438 105 3 13 1 2 0 0 437 0 1 0.8468 0.0000 0.0023 8.538 1.35 5.00 -3.65 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9863 0.0137 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr6 22570091 G GGCGGAGAGGGCGGCGGAA 0.000638 0.100 1 18 1 697 170 527 117 0 49 0 4 0 0 527 0 0 0.6882 0.0000 0.0000 2.469 0.57 4.75 -4.18 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9882 0.0118 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.100 1 -15 1 431 98 333 85 0 8 0 5 0 0 333 0 0 0.8673 0.0000 0.0000 11.250 0.31 12.00 -11.69 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 0 0.6103 0.3897 0.0000 0 0 0.9200 0.0800 0.0000
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.100 1 2 1 916 215 701 122 0 6 0 87 0 0 701 0 0 0.5674 0.0000 0.0000 34.833 0.25 2.31 -2.06 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9137 0.0862 0.0001 1 0 0.9091 0.0908 0.0001 1 0 0.9023 0.0975 0.0001
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 428 130 298 68 0 4 0 58 0 0 298 0 0 0.5231 0.0000 0.0000 31.500 0.12 2.28 -2.16 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3977 0.5475 0.0548 1 1 0.3978 0.5431 0.0592 1 1 0.3971 0.5376 0.0653
chr6 31027337 AC A 0.500000 0.100 1 -1 2 1452 331 1121 195 4 32 1 99 7 10 1097 0 7 0.5891 0.0062 0.0214 9.967 1.93 2.56 -0.63 23 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 608 159 449 94 0 6 0 59 0 0 448 1 0 0.5912 0.0000 0.0022 25.500 0.39 2.12 -1.73 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8735 0.1255 0.0010 1 0 0.8650 0.1338 0.0013 1 0 0.8524 0.1458 0.0018
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 709 197 512 10 4 4 1 178 0 0 509 1 2 0.0508 0.0000 0.0059 48.250 1.30 6.54 -5.24 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9835 0.0165 2 2 0.0000 0.3531 0.6469
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 709 197 512 97 1 4 3 92 0 0 509 1 2 0.4924 0.0000 0.0059 48.250 2.27 10.66 -8.40 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1446 0.7222 0.1332 1 1 0.1520 0.7075 0.1405 1 1 0.1617 0.6883 0.1500
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 393 183 210 12 130 30 0 11 0 2 208 0 0 0.0656 0.0000 0.0095 5.393 0.25 3.09 -2.84 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0110 0.9890 0.0000 0 1 0.4856 0.5144 0.0000
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 264 81 183 52 0 2 0 27 0 0 183 0 0 0.6420 0.0000 0.0000 39.500 0.37 4.44 -4.08 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7972 0.1971 0.0056 1 0 0.7857 0.2076 0.0067 1 0 0.7693 0.2223 0.0084
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 418 190 228 167 0 8 1 14 2 1 223 0 2 0.8789 0.0088 0.0219 22.750 2.49 7.86 -5.37 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0686 0.9314 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 164 68 96 37 7 1 1 22 0 0 95 0 1 0.5441 0.0000 0.0104 64.000 6.81 8.91 -2.10 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6909 0.2929 0.0162 1 0 0.6794 0.3022 0.0184 1 0 0.6634 0.3148 0.0218
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.100 1 18 1 374 96 278 45 0 10 0 41 0 0 268 0 10 0.4688 0.0000 0.0360 8.600 1.02 15.05 -14.03 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0991 0.5753 0.3256 1 1 0.1040 0.5695 0.3264 1 1 0.1107 0.5623 0.3270
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 783 198 585 0 0 3 0 195 0 0 583 0 2 0.0000 0.0000 0.0034 65.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 3 350 122 228 99 3 18 0 2 0 1 227 0 0 0.8115 0.0000 0.0044 5.778 0.23 3.00 -2.77 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6912 0.3088 0.0000 0 0 0.9532 0.0468 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 310 125 185 59 0 11 0 55 0 0 183 0 2 0.4720 0.0000 0.0108 10.364 0.51 5.69 -5.18 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2188 0.6340 0.1472 1 1 0.2232 0.6243 0.1525 1 1 0.2287 0.6119 0.1594
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 890 199 691 79 2 37 2 79 0 0 691 0 0 0.3970 0.0000 0.0000 4.324 0.48 3.27 -2.78 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1571 0.6877 0.1552 1 1 0.1636 0.6747 0.1617 1 1 0.1719 0.6580 0.1700
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.100 1 -6 1 454 94 360 11 0 20 2 61 0 0 355 0 5 0.1170 0.0000 0.0139 3.700 4.55 6.23 -1.68 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9772 0.0228
chr6 44172317 T TGGCTGCC 0.500000 0.100 1 7 1 212 101 111 4 0 6 3 88 0 0 111 0 0 0.0396 0.0000 0.0000 15.833 0.00 5.34 -5.34 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9860 0.0140 2 2 0.0000 0.4290 0.5710 2 2 0.0000 0.1361 0.8639
chr6 52403417 CCT C 0.500000 0.100 1 -2 1 779 187 592 92 0 6 0 89 0 0 589 0 3 0.4920 0.0000 0.0051 30.167 0.35 2.08 -1.73 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1443 0.7114 0.1443 1 1 0.1514 0.6972 0.1514 1 1 0.1606 0.6788 0.1606
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 675 189 486 53 0 98 1 37 0 0 467 0 19 0.2804 0.0000 0.0391 0.929 2.60 6.30 -3.69 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1209 0.6139 0.2652 1 1 0.1261 0.6055 0.2684 1 1 0.1330 0.5949 0.2720
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 30 2 675 189 486 53 0 114 3 19 0 0 468 0 18 0.2804 0.0000 0.0370 0.652 2.60 1.16 1.45 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5186 0.4430 0.0384 1 0 0.5128 0.4452 0.0420 1 0 0.5044 0.4483 0.0472
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 682 231 451 149 2 72 1 7 0 0 449 0 2 0.6450 0.0000 0.0044 2.208 2.05 13.29 -11.24 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0543 0.9457 0.0000 0 0 0.7327 0.2673 0.0000
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 643 115 528 48 4 31 0 32 0 0 520 0 8 0.4174 0.0000 0.0152 2.710 1.94 4.50 -2.56 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4886 0.4663 0.0451 1 0 0.4838 0.4672 0.0490 1 0 0.4768 0.4687 0.0545
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 993 263 730 197 1 12 0 53 0 0 728 0 2 0.7490 0.0000 0.0027 22.818 1.14 6.98 -5.84 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 1 0.0357 0.9643 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 111 35 76 1 0 4 0 30 0 0 75 0 1 0.0286 0.0000 0.0132 7.750 0.00 3.00 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6554 0.3446 2 2 0.0000 0.3816 0.6184 2 2 0.0000 0.2970 0.7030
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 777 154 623 0 0 13 0 141 0 0 610 0 13 0.0000 0.0000 0.0209 10.846 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr6 125889243 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 650 124 526 50 12 4 1 57 0 0 521 0 5 0.4032 0.0000 0.0095 30.000 0.22 3.04 -2.82 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1454 0.6426 0.2120 1 1 0.1508 0.6324 0.2168 1 1 0.1580 0.6193 0.2227
chr6 151349194 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 754 182 572 89 1 1 0 91 0 0 571 0 1 0.4890 0.0000 0.0017 181.000 0.38 3.32 -2.94 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1183 0.7053 0.1764 1 1 0.1250 0.6914 0.1836 1 1 0.1339 0.6734 0.1927
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 943 241 702 91 1 12 0 137 0 0 694 0 8 0.3776 0.0000 0.0114 19.083 0.15 3.08 -2.93 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0323 0.9676 1 2 0.0000 0.0362 0.9638 1 2 0.0001 0.0420 0.9579
chr6 156778052 CGCGGCGGCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 811 169 642 85 0 9 0 75 0 0 636 0 6 0.5030 0.0000 0.0093 17.778 1.15 9.68 -8.53 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2227 0.6765 0.1008 1 1 0.2290 0.6641 0.1069 1 1 0.2367 0.6482 0.1150
chr6 156778268 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 820 219 601 81 4 58 1 75 2 1 592 0 6 0.3699 0.0033 0.0150 2.741 1.30 5.17 -3.88 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2468 0.6673 0.0860 1 1 0.2529 0.6554 0.0918 1 1 0.2602 0.6402 0.0996
chr6 156778909 G GAGGAGC 0.500000 0.100 1 6 2 458 116 342 51 1 17 5 42 2 1 336 1 2 0.4397 0.0058 0.0175 5.588 3.33 7.17 -3.83 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3077 0.5898 0.1025 1 1 0.3094 0.5830 0.1075 1 1 0.3111 0.5745 0.1143
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 645 210 435 5 0 41 0 164 0 0 404 0 31 0.0238 0.0000 0.0713 4.122 0.40 14.84 -14.44 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7638 0.2362 2 2 0.0000 0.0119 0.9881 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 396 144 252 12 0 6 0 126 0 0 250 0 2 0.0833 0.0000 0.0079 23.000 0.25 5.40 -5.15 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8162 0.1838
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 213 69 144 5 0 3 1 60 0 0 143 0 1 0.0725 0.0000 0.0069 22.000 0.00 7.27 -7.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9027 0.0973 2 1 0.0000 0.5502 0.4498
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 321 142 179 1 0 17 5 119 0 0 177 0 2 0.0070 0.0000 0.0112 7.353 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.100 1 12 3 728 137 591 60 0 25 1 51 0 0 581 0 10 0.4380 0.0000 0.0169 4.480 0.42 7.82 -7.41 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1445 0.6408 0.2147 1 1 0.1500 0.6306 0.2194 1 1 0.1571 0.6177 0.2252
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 783 261 522 6 2 16 116 121 0 0 522 0 0 0.0230 0.0000 0.0000 14.000 3.17 8.82 -5.65 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 2 0.0000 0.0791 0.9209 2 2 0.0000 0.0043 0.9957
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 783 244 539 84 20 17 27 96 0 0 539 0 0 0.3443 0.0000 0.0000 13.176 3.15 10.05 -6.90 56 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0114 0.4607 0.5279 1 2 0.0133 0.4578 0.5289 1 2 0.0162 0.4551 0.5288
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 782 244 538 82 23 34 66 39 0 0 538 0 0 0.3361 0.0000 0.0000 12.625 3.16 7.38 -4.23 60 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1195 0.7265 0.1540 1 1 0.1267 0.7115 0.1618 1 1 0.1362 0.6921 0.1717
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 310 119 191 108 5 3 0 3 0 0 191 0 0 0.9076 0.0000 0.0000 38.667 0.45 2.67 -2.21 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2867 0.7133 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000 0 0 0.9722 0.0278 0.0000
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 322 136 186 12 0 19 0 105 0 0 182 0 4 0.0882 0.0000 0.0215 6.158 1.17 3.80 -2.63 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9178 0.0822
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.100 1 -12 1 748 188 560 114 0 3 0 71 0 0 553 0 7 0.6064 0.0000 0.0125 61.667 0.37 11.11 -10.74 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8730 0.1263 0.0007 1 0 0.8653 0.1338 0.0009 1 0 0.8540 0.1447 0.0013
chr7 5313004 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 720 75 645 42 2 27 3 1 0 0 644 0 1 0.5600 0.0000 0.0016 1.778 2.83 4.00 -1.17 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0116 0.9884 0.0000 0 1 0.1645 0.8355 0.0000 0 1 0.4048 0.5952 0.0000
chr7 5313028 G GGAT 0.500000 0.100 1 3 1 734 73 661 5 43 3 7 15 0 0 659 2 0 0.0685 0.0000 0.0030 10.333 6.00 2.40 3.60 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5741 0.3861 0.0399 1 0 0.5643 0.3922 0.0435 1 0 0.5510 0.4004 0.0486
chr7 6484057 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 1 103 56 47 25 1 4 0 26 0 0 47 0 0 0.4464 0.0000 0.0000 13.000 0.36 3.04 -2.68 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2183 0.5634 0.2183 1 1 0.2206 0.5587 0.2207 1 1 0.2236 0.5527 0.2237
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 681 214 467 0 0 47 11 156 0 0 466 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 3.553 2.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 378 120 258 64 0 7 0 49 0 0 257 0 1 0.5333 0.0000 0.0039 16.143 0.22 3.14 -2.92 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5166 0.4512 0.0322 1 0 0.5121 0.4523 0.0355 1 0 0.5054 0.4542 0.0404
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 137 47 90 6 1 0 3 37 0 0 89 1 0 0.1277 0.0000 0.0111 45.000 0.00 1.16 -1.16 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 1 0.0000 0.8923 0.1077
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 192 55 137 35 0 2 0 18 0 0 137 0 0 0.6364 0.0000 0.0000 26.500 0.11 3.44 -3.33 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6599 0.3174 0.0227 1 0 0.6483 0.3263 0.0254 1 0 0.6323 0.3383 0.0294
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 693 157 536 91 1 3 0 62 0 0 536 0 0 0.5796 0.0000 0.0000 51.333 0.43 1.31 -0.88 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8189 0.1790 0.0022 1 0 0.8098 0.1875 0.0027 1 0 0.7967 0.1997 0.0036
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 245 101 144 8 0 2 1 90 0 0 144 0 0 0.0792 0.0000 0.0000 49.500 0.00 2.99 -2.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9815 0.0185 2 1 0.0000 0.6723 0.3277
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 467 108 359 0 2 63 3 40 0 0 359 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.721 4.97 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5669 0.4331 2 2 0.0000 0.4151 0.5849 2 2 0.0000 0.3247 0.6753
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.100 1 2 1 467 107 360 0 64 1 1 41 0 0 359 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 44.000 5.05 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1282 0.5567 0.3151 1 1 0.1327 0.5525 0.3148 1 1 0.1388 0.5471 0.3141
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 556 172 384 163 0 1 0 8 0 0 384 0 0 0.9477 0.0000 0.0000 171.000 1.15 2.25 -1.10 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4083 0.5917 0.0000 0 0 0.9414 0.0586 0.0000
chr7 80674137 CAATAA C 0.500000 0.100 1 -5 4 281 88 193 80 0 5 0 3 0 0 193 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 16.600 0.07 5.00 -4.92 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.6903 0.3097 0.0000 0 0 0.8762 0.1238 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 851 197 654 0 0 16 3 178 0 0 645 0 9 0.0000 0.0000 0.0138 11.250 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 285 97 188 41 0 0 0 56 0 0 186 0 2 0.4227 0.0000 0.0106 97.000 0.34 3.25 -2.91 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0210 0.3681 0.6109 1 2 0.0236 0.3737 0.6027 1 2 0.0275 0.3813 0.5912
chr7 97006061 GCAGCAGCAGCAGCAA G 0.500000 0.100 1 -15 1 461 266 195 228 1 25 0 12 1 0 194 0 0 0.8571 0.0051 0.0051 9.640 0.73 10.42 -9.68 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2162 0.7838 0.0000 0 0 0.9695 0.0305 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 641 212 429 104 1 2 0 105 0 0 426 0 3 0.4906 0.0000 0.0070 104.500 0.12 3.94 -3.82 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0930 0.7293 0.1778 1 1 0.0998 0.7142 0.1860 1 1 0.1090 0.6945 0.1965
chr7 100114245 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 662 171 491 95 0 7 0 69 0 0 491 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 23.429 0.24 1.39 -1.15 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7431 0.2526 0.0043 1 0 0.7351 0.2597 0.0052 1 0 0.7234 0.2699 0.0066
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 503 142 361 67 0 18 0 57 0 0 361 0 0 0.4718 0.0000 0.0000 6.889 0.48 2.88 -2.40 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3998 0.5451 0.0551 1 1 0.3997 0.5408 0.0594 1 1 0.3988 0.5356 0.0656
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 191 64 127 48 0 0 0 16 0 0 119 0 8 0.7500 0.0000 0.0630 64.000 0.31 20.44 -20.12 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7859 0.2073 0.0067 1 0 0.7741 0.2180 0.0080 1 0 0.7573 0.2327 0.0100
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 641 182 459 155 1 8 0 18 0 0 459 0 0 0.8516 0.0000 0.0000 21.750 0.69 3.39 -2.70 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0182 0.9818 0.0000
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 389 120 269 7 0 41 3 69 0 0 262 0 7 0.0583 0.0000 0.0260 1.902 0.86 5.83 -4.97 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9703 0.0297 2 1 0.0000 0.6545 0.3455
chr7 108116050 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 232 116 116 110 0 2 0 4 0 0 116 0 0 0.9483 0.0000 0.0000 57.000 0.21 2.00 -1.79 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0373 0.9627 0.0000 0 0 0.7757 0.2243 0.0000 0 0 0.9412 0.0588 0.0000
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 793 195 598 77 0 13 2 103 0 0 597 0 1 0.3949 0.0000 0.0017 14.000 1.25 3.80 -2.55 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0025 0.2164 0.7811 1 2 0.0031 0.2237 0.7732 1 2 0.0041 0.2342 0.7617
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 703 227 476 92 1 21 1 112 0 0 473 0 3 0.4053 0.0000 0.0063 9.810 0.35 16.16 -15.81 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0064 0.3566 0.6370 1 2 0.0076 0.3588 0.6336 1 2 0.0096 0.3625 0.6279
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 382 184 198 1 0 18 1 164 0 0 194 1 3 0.0054 0.0000 0.0202 9.222 0.00 6.77 -6.77 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 261 80 181 32 0 1 1 46 0 0 179 0 2 0.4000 0.0000 0.0110 79.000 0.25 3.33 -3.08 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0217 0.3482 0.6301 1 2 0.0244 0.3551 0.6205 1 2 0.0283 0.3645 0.6072
chr7 141918996 AAC A 0.500000 0.100 1 -2 3 510 117 393 106 0 2 1 8 0 0 393 0 0 0.9060 0.0000 0.0000 57.500 0.18 1.88 -1.70 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0173 0.9827 0.0000 0 1 0.3697 0.6303 0.0000
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 3 1006 286 720 105 119 50 1 11 0 0 720 0 0 0.3671 0.0000 0.0000 4.660 0.72 2.82 -2.09 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3466 0.6534 0.0000 0 0 0.9760 0.0240 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 1007 292 715 112 11 46 7 116 0 0 715 0 0 0.3836 0.0000 0.0000 5.348 0.83 3.10 -2.27 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1100 0.7686 0.1215 1 1 0.1181 0.7520 0.1299 1 1 0.1288 0.7301 0.1411
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1229 310 919 1 0 16 2 291 0 0 919 0 0 0.0032 0.0000 0.0000 18.375 1.00 1.33 -0.33 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 694 135 559 67 0 3 0 65 0 0 555 0 4 0.4963 0.0000 0.0072 44.000 1.18 4.18 -3.01 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1382 0.6564 0.2054 1 1 0.1440 0.6453 0.2107 1 1 0.1515 0.6311 0.2174
chr7 144318430 CTGTT C 0.500000 0.100 1 -4 1 577 342 235 276 0 10 0 56 0 0 235 0 0 0.8070 0.0000 0.0000 33.200 1.07 4.43 -3.36 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 149790295 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 356 95 261 38 0 2 0 55 0 0 261 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 46.500 0.68 1.69 -1.01 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0212 0.3614 0.6174 1 2 0.0239 0.3674 0.6088 1 2 0.0278 0.3756 0.5966
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 220 55 165 48 0 2 0 5 0 0 165 0 0 0.8727 0.0000 0.0000 26.500 0.77 7.00 -6.23 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0509 0.9491 0.0000 0 1 0.2932 0.7068 0.0000
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.100 1 5 1 627 128 499 60 2 13 2 51 0 0 494 0 5 0.4688 0.0000 0.0100 8.846 1.55 6.82 -5.27 8 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.2584 0.6250 0.1166 1 1 0.2621 0.6159 0.1220 1 1 0.2665 0.6043 0.1292
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.100 1 8 1 737 222 515 130 0 14 0 78 0 0 511 0 4 0.5856 0.0000 0.0078 14.857 0.90 8.36 -7.46 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9536 0.0463 0.0001 1 0 0.9487 0.0512 0.0001 1 0 0.9412 0.0586 0.0002
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 833 235 598 133 0 2 0 100 0 0 595 0 3 0.5660 0.0000 0.0050 116.500 0.92 1.42 -0.50 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7531 0.2450 0.0020 1 0 0.7476 0.2499 0.0025 1 0 0.7392 0.2575 0.0033
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 682 160 522 154 2 1 0 3 0 1 521 0 0 0.9625 0.0000 0.0019 159.000 0.55 1.00 -0.45 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7975 0.2025 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr7 150331068 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 716 201 515 109 0 3 0 89 1 0 514 0 0 0.5423 0.0019 0.0019 66.000 0.14 1.83 -1.69 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5961 0.3946 0.0093 1 0 0.5936 0.3956 0.0109 1 0 0.5890 0.3977 0.0133
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 744 213 531 131 0 2 0 80 0 0 524 0 7 0.6150 0.0000 0.0132 105.500 0.50 11.32 -10.82 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9307 0.0692 0.0002 1 0 0.9247 0.0751 0.0002 1 0 0.9158 0.0838 0.0003
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 559 135 424 129 0 3 0 3 0 1 423 0 0 0.9556 0.0000 0.0024 44.000 0.57 3.33 -2.77 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4880 0.5120 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000 0 0 0.9876 0.0124 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 460 89 371 0 0 1 14 74 1 2 343 13 12 0.0000 0.0027 0.0755 88.000 6.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0327 0.9673 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0095 0.9905
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 462 88 374 0 1 6 11 70 0 1 344 16 13 0.0000 0.0000 0.0802 19.250 6.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0298 0.9702 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0110 0.9890
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 469 86 383 0 1 6 9 70 0 0 317 26 40 0.0000 0.0000 0.1723 13.000 6.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 520 172 348 92 0 1 1 78 0 0 348 0 0 0.5349 0.0000 0.0000 171.000 0.21 1.14 -0.93 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4262 0.5416 0.0322 1 1 0.4279 0.5364 0.0357 1 1 0.4289 0.5303 0.0408
chr7 155738095 C CTGGAACAGCGAA 0.500000 0.100 1 12 5 546 138 408 125 2 6 0 5 1 0 406 0 1 0.9058 0.0025 0.0049 22.000 0.27 5.00 -4.73 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.5011 0.4989 0.0000 0 0 0.9137 0.0863 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 399 100 299 44 0 5 0 51 0 0 296 0 3 0.4400 0.0000 0.0100 19.000 0.41 3.10 -2.69 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0589 0.5133 0.4278 1 1 0.0632 0.5114 0.4253 1 1 0.0693 0.5092 0.4215
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 229 109 120 98 1 6 1 3 0 0 120 0 0 0.8991 0.0000 0.0000 17.000 0.79 6.00 -5.21 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0394 0.9606 0.0000 0 0 0.7405 0.2595 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 760 174 586 67 0 26 0 81 0 0 582 1 3 0.3851 0.0000 0.0068 5.692 0.33 6.27 -5.94 33 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0152 0.3978 0.5871 1 2 0.0172 0.3996 0.5832 1 2 0.0204 0.4026 0.5771
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 769 171 598 137 1 25 0 8 0 0 598 0 0 0.8012 0.0000 0.0000 5.840 0.31 5.38 -5.06 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1795 0.8205 0.0000 0 0 0.8412 0.1588 0.0000
chr8 10610137 G GCACCCCCTCTTCTTGCAGCCCTTCTTCTGTTTTAGTTTCCTCTAACTC 0.000152 0.100 1 48 1 1062 316 746 135 8 11 14 148 0 0 746 0 0 0.4272 0.0000 0.0000 27.545 2.85 4.74 -1.88 53 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0334 0.9663 0.0002 1 1 0.0400 0.9598 0.0002 1 1 0.0501 0.9496 0.0002
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 590 271 319 0 0 39 0 232 0 0 319 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.949 5.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 22034158 GGAGGAA G 0.000406 0.100 1 -6 1 285 74 211 58 0 15 0 1 0 0 211 0 0 0.7838 0.0000 0.0000 3.933 0.17 6.00 -5.83 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 301 110 191 0 0 1 0 109 0 0 187 0 4 0.0000 0.0000 0.0209 109.000 7.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0164 0.9836
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 615 218 397 200 2 4 0 12 0 0 397 0 0 0.9174 0.0000 0.0000 53.250 0.41 3.75 -3.34 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0982 0.9018 0.0000 0 0 0.9290 0.0710 0.0000
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.100 1 -14 2 388 163 225 154 2 1 0 6 0 0 225 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 161.000 0.23 15.17 -14.94 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2532 0.7468 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 716 232 484 127 0 5 1 99 0 0 484 0 0 0.5474 0.0000 0.0000 45.400 2.49 17.48 -15.00 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7025 0.2941 0.0033 1 0 0.6980 0.2979 0.0041 1 0 0.6908 0.3039 0.0053
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 314 96 218 60 1 1 0 34 0 0 218 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 95.000 1.32 3.88 -2.57 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8167 0.1794 0.0039 1 0 0.8058 0.1895 0.0047 1 0 0.7902 0.2037 0.0061
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.100 1 6 1 375 116 259 51 1 20 0 44 0 0 259 0 0 0.4397 0.0000 0.0000 4.800 0.84 5.61 -4.77 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3824 0.5426 0.0750 1 1 0.3814 0.5389 0.0797 1 1 0.3794 0.5344 0.0862
chr8 127416885 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 937 217 720 126 0 5 1 85 1 0 719 0 0 0.5806 0.0014 0.0014 42.400 0.40 1.25 -0.84 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9108 0.0890 0.0003 1 0 0.9041 0.0955 0.0004 1 0 0.8943 0.1052 0.0005
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 284 131 153 72 0 0 0 59 0 0 151 1 1 0.5496 0.0000 0.0131 131.000 0.11 3.07 -2.96 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4168 0.5363 0.0468 1 1 0.4167 0.5324 0.0509 1 1 0.4156 0.5276 0.0568
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 510 141 369 0 0 29 7 105 0 0 366 1 2 0.0000 0.0000 0.0081 3.828 4.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1053 212 841 100 1 43 0 68 1 1 821 0 18 0.4717 0.0012 0.0238 3.930 0.56 11.91 -11.35 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5024 0.4796 0.0180 1 0 0.5025 0.4770 0.0205 1 0 0.5014 0.4744 0.0242
chr8 144846107 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 1 538 235 303 212 3 12 0 8 0 0 302 0 1 0.9021 0.0000 0.0033 18.500 0.21 3.12 -2.91 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7592 0.2408 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr9 116848 T TA 0.003653 0.100 1 1 1 663 176 487 157 1 8 0 10 0 0 486 0 1 0.8920 0.0000 0.0021 20.875 0.31 1.90 -1.59 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8637 0.1363 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr9 117363 T TC 0.002993 0.100 1 1 1 904 178 726 157 9 8 0 4 0 0 725 0 1 0.8820 0.0000 0.0014 27.500 0.84 3.50 -2.66 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9581 0.0419 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 883 301 582 114 5 70 8 104 0 0 581 0 1 0.3787 0.0000 0.0017 3.300 0.25 3.21 -2.97 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3202 0.6624 0.0174 1 1 0.3337 0.6474 0.0189 1 1 0.3506 0.6283 0.0211
chr9 12775862 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 352 94 258 4 0 23 3 64 0 0 252 1 5 0.0426 0.0000 0.0233 3.087 0.25 5.72 -5.47 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.6492 0.3508 2 2 0.0000 0.2745 0.7255
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 352 94 258 6 22 23 1 42 0 0 252 0 6 0.0638 0.0000 0.0233 3.043 2.00 7.50 -5.50 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0117 0.2674 0.7208 1 2 0.0135 0.2771 0.7094 1 2 0.0163 0.2902 0.6935
chr9 15459864 TAAGAATAGCTACACTCACAAA T 0.500000 0.100 1 -21 2 209 86 123 46 0 3 0 37 0 0 119 0 4 0.5349 0.0000 0.0325 27.667 0.61 17.27 -16.66 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3088 0.5765 0.1146 1 1 0.3098 0.5708 0.1195 1 1 0.3106 0.5635 0.1260
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 3 495 135 360 104 4 20 0 7 0 0 360 0 0 0.7704 0.0000 0.0000 5.750 0.72 3.14 -2.42 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1133 0.8867 0.0000 0 0 0.6788 0.3212 0.0000
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 503 146 357 10 0 3 1 132 0 0 356 1 0 0.0685 0.0000 0.0028 47.333 0.10 1.77 -1.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9810 0.0190 2 2 0.0000 0.4792 0.5208
chr9 35560263 TGGCCCG T 0.500000 0.100 1 -6 1 711 135 576 116 1 10 0 8 0 1 574 0 1 0.8593 0.0000 0.0035 12.500 0.42 5.25 -4.83 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0244 0.9756 0.0000 0 1 0.4872 0.5128 0.0000
chr9 35561936 C CCCA 0.500000 0.100 1 3 1 529 149 380 81 0 10 0 58 0 0 378 0 2 0.5436 0.0000 0.0053 13.900 0.30 3.57 -3.27 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6606 0.3291 0.0103 1 0 0.6533 0.3347 0.0119 1 0 0.6427 0.3428 0.0145
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 775 175 600 0 0 38 0 137 0 0 581 0 19 0.0000 0.0000 0.0317 3.605 10.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 370 51 319 16 3 0 0 32 0 0 319 0 0 0.3137 0.0000 0.0000 51.000 2.25 1.19 1.06 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0425 0.3967 0.5608 1 2 0.0462 0.4023 0.5514 1 2 0.0515 0.4098 0.5387
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 450 135 315 86 1 0 0 48 0 0 312 0 3 0.6370 0.0000 0.0095 135.000 0.65 14.12 -13.47 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8994 0.0998 0.0007 1 0 0.8912 0.1079 0.0009 1 0 0.8790 0.1196 0.0013
chr9 76706391 GTCCTGACACTGC G 0.500000 0.100 1 -12 1 788 183 605 101 0 3 0 79 0 0 598 0 7 0.5519 0.0000 0.0116 60.000 1.01 10.99 -9.98 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4582 0.5184 0.0234 1 1 0.4597 0.5139 0.0264 1 1 0.4604 0.5088 0.0307
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 740 167 573 86 0 20 0 61 0 0 558 0 15 0.5150 0.0000 0.0262 7.350 0.28 10.05 -9.77 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3651 0.5868 0.0481 1 1 0.3681 0.5794 0.0525 1 1 0.3711 0.5702 0.0586
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 470 130 340 60 0 3 1 66 0 0 340 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 42.333 0.43 3.15 -2.72 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0802 0.5986 0.3212 1 1 0.0853 0.5910 0.3237 1 1 0.0923 0.5815 0.3262
chr9 87919269 C CCAGCGTCATCTTGTCTCT 0.500000 0.100 1 18 3 354 149 205 43 5 15 1 85 0 0 205 0 0 0.2886 0.0000 0.0000 8.800 0.07 8.29 -8.22 17 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0005 0.0828 0.9167 1 2 0.0007 0.0904 0.9090 1 2 0.0010 0.1015 0.8976
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 241 75 166 3 0 0 0 72 0 0 164 0 2 0.0400 0.0000 0.0120 75.000 0.00 3.88 -3.88 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9476 0.0524 2 2 0.0000 0.3771 0.6229 2 2 0.0000 0.1590 0.8410
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 354 104 250 73 5 16 1 9 0 0 249 1 0 0.7019 0.0000 0.0040 5.500 0.18 3.44 -3.27 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0346 0.9654 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 497 192 305 1 0 4 0 187 0 0 302 1 2 0.0052 0.0000 0.0098 47.000 2.00 9.75 -7.75 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 610 198 412 15 0 2 0 181 0 0 403 0 9 0.0758 0.0000 0.0218 98.000 0.20 3.09 -2.89 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6001 0.3999
chr9 96932301 ACT A 0.500000 0.100 1 -2 1 609 174 435 115 1 4 0 54 0 0 434 0 1 0.6609 0.0000 0.0023 42.500 0.31 3.04 -2.72 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9891 0.0108 0.0000 1 0 0.9872 0.0128 0.0000 1 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr9 96932306 TG T 0.500000 0.100 1 -1 2 609 166 443 108 0 3 0 55 0 0 442 0 1 0.6506 0.0000 0.0023 54.333 0.33 3.05 -2.72 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9748 0.0251 0.0000 1 0 0.9712 0.0288 0.0000 1 0 0.9655 0.0344 0.0001
chr9 96936443 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 217 84 133 42 0 4 0 38 0 0 132 0 1 0.5000 0.0000 0.0075 20.000 0.31 3.26 -2.95 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2658 0.5875 0.1467 1 1 0.2678 0.5810 0.1512 1 1 0.2701 0.5728 0.1572
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 367 102 265 54 1 13 0 34 0 0 265 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 6.846 0.81 5.88 -5.07 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7068 0.2815 0.0117 1 0 0.6962 0.2903 0.0135 1 0 0.6812 0.3025 0.0163
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 891 133 758 0 1 45 1 86 0 0 751 2 5 0.0000 0.0000 0.0092 1.933 6.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr9 98012441 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 73 27 46 15 1 0 0 11 0 0 46 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 27.000 0.40 4.09 -3.69 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3616 0.5037 0.1346 1 1 0.3581 0.5034 0.1385 1 1 0.3533 0.5030 0.1437
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 881 253 628 239 0 4 0 10 0 0 628 0 0 0.9447 0.0000 0.0000 62.250 0.27 3.00 -2.73 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7843 0.2157 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 269 101 168 0 0 3 0 98 0 0 168 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 32.667 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0085 0.9915
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 5 464 128 336 102 4 20 0 2 0 0 336 0 0 0.7969 0.0000 0.0000 5.400 0.26 3.00 -2.74 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7228 0.2772 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 2 718 162 556 73 5 32 1 51 0 0 550 1 5 0.4506 0.0000 0.0108 4.129 0.81 3.51 -2.70 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6349 0.3521 0.0130 1 0 0.6279 0.3571 0.0149 1 0 0.6178 0.3642 0.0179
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 456 100 356 3 1 18 0 78 0 0 356 0 0 0.0300 0.0000 0.0000 4.500 1.33 5.85 -4.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9530 0.0470 2 2 0.0000 0.3946 0.6054 2 2 0.0000 0.1636 0.8364
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.100 1 6 1 634 140 494 68 2 6 0 64 0 0 486 0 8 0.4857 0.0000 0.0162 22.333 0.60 5.84 -5.24 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1348 0.6627 0.2025 1 1 0.1407 0.6512 0.2081 1 1 0.1485 0.6364 0.2151
chr9 122477173 AATAG A 0.500000 0.100 1 -4 1 525 115 410 103 0 8 0 4 1 0 409 0 0 0.8957 0.0024 0.0024 13.375 0.07 4.00 -3.93 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0269 0.9731 0.0000 0 0 0.7182 0.2818 0.0000 0 0 0.9227 0.0773 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 534 112 422 8 0 7 6 91 0 0 420 0 2 0.0714 0.0000 0.0047 15.000 0.00 1.45 -1.45 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9721 0.0279 2 1 0.0000 0.5845 0.4155
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 562 188 374 9 3 30 66 80 0 0 370 3 1 0.0479 0.0000 0.0107 5.167 0.00 3.31 -3.31 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9734 0.0266 2 2 0.0000 0.3965 0.6035
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.100 1 -6 2 564 189 375 13 1 104 3 68 0 0 373 0 2 0.0688 0.0000 0.0053 0.824 1.31 6.28 -4.97 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9960 0.0040
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 574 190 384 77 0 4 0 109 0 0 381 1 2 0.4053 0.0000 0.0078 46.500 0.12 3.31 -3.20 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0008 0.1363 0.8628 1 2 0.0011 0.1440 0.8549 1 2 0.0015 0.1551 0.8433
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 394 108 286 0 0 5 1 102 0 0 284 0 2 0.0000 0.0000 0.0070 20.600 7.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0061 0.9939
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 438 129 309 10 0 40 7 72 0 0 300 4 5 0.0775 0.0000 0.0291 2.225 0.60 4.39 -3.79 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.9033 0.0967
chr9 130681605 T TCGCCGC 0.500000 0.100 1 6 1 438 129 309 10 0 83 0 36 1 0 300 1 7 0.0775 0.0032 0.0291 0.590 0.60 6.47 -5.87 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0011 0.3875 0.6114 2 1 0.0004 0.8463 0.1533 2 1 0.0001 0.9729 0.0270
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 308 146 162 141 0 0 0 5 0 0 162 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 146.000 0.67 1.60 -0.93 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0197 0.9803 0.0000 0 0 0.8484 0.1516 0.0000 0 0 0.9743 0.0257 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 308 146 162 141 0 0 0 5 0 0 162 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 146.000 0.67 1.60 -0.93 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0197 0.9803 0.0000 0 0 0.8484 0.1516 0.0000 0 0 0.9743 0.0257 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 280 109 171 51 1 2 0 55 0 0 170 0 1 0.4679 0.0000 0.0058 53.000 0.08 2.13 -2.05 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1188 0.6093 0.2720 1 1 0.1239 0.6012 0.2749 1 1 0.1308 0.5910 0.2782
chr9 136383542 C CGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 653 178 475 77 0 34 0 67 0 0 464 0 11 0.4326 0.0000 0.0232 4.235 2.79 5.54 -2.75 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1435 0.6803 0.1762 1 1 0.1498 0.6677 0.1825 1 1 0.1579 0.6516 0.1905
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 653 187 466 90 2 25 1 69 0 2 463 0 1 0.4813 0.0000 0.0064 6.480 4.13 3.03 1.10 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6708 0.3215 0.0077 1 0 0.6644 0.3266 0.0090 1 0 0.6548 0.3340 0.0112
chr9 137051216 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 857 177 680 97 0 2 0 78 0 0 679 0 1 0.5480 0.0000 0.0015 87.500 0.31 3.13 -2.82 23 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5481 0.4364 0.0155 1 0 0.5460 0.4363 0.0177 1 0 0.5420 0.4369 0.0210
chr9 137479113 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 279 135 144 124 0 2 0 9 0 0 144 0 0 0.9185 0.0000 0.0000 66.500 0.10 1.22 -1.13 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0330 0.9670 0.0000 0 0 0.5610 0.4390 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 468 136 332 59 1 13 1 62 0 0 329 0 3 0.4338 0.0000 0.0090 9.462 1.51 13.23 -11.72 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0905 0.6103 0.2993 1 1 0.0957 0.6020 0.3023 1 1 0.1028 0.5916 0.3056
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 212 99 113 1 23 30 2 43 0 0 112 0 1 0.0101 0.0000 0.0088 2.464 4.00 3.26 0.74 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0113 0.2559 0.7328 1 2 0.0130 0.2660 0.7210 1 2 0.0157 0.2798 0.7045
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.100 1 1 1 401 96 305 94 0 0 0 2 0 0 305 0 0 0.9792 0.0000 0.0000 96.000 1.18 1.00 0.18 64 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 973 195 778 0 0 25 0 170 0 0 760 0 18 0.0000 0.0000 0.0231 6.800 5.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 759 148 611 78 0 3 0 67 0 0 607 0 4 0.5270 0.0000 0.0065 48.333 0.28 3.91 -3.63 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4018 0.5630 0.0352 1 1 0.4075 0.5549 0.0376 1 1 0.4140 0.5449 0.0410
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.100 1 -2 1 262 110 152 93 0 0 0 17 0 0 151 0 1 0.8455 0.0000 0.0066 110.000 0.13 3.00 -2.87 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0692 0.9308 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 533 148 385 59 0 11 1 77 0 0 382 0 3 0.3986 0.0000 0.0078 12.455 0.37 1.32 -0.95 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0156 0.3993 0.5851 1 2 0.0181 0.4057 0.5762 1 2 0.0220 0.4145 0.5635
chr10 31461077 AGAT A 0.000905 0.100 1 -3 1 165 77 88 44 0 1 0 32 0 0 85 0 3 0.5714 0.0000 0.0341 76.000 0.48 3.00 -2.52 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6233 0.3766 0.0001 1 0 0.6221 0.3778 0.0001 1 0 0.6200 0.3798 0.0001
chr10 44292818 AC A 0.006843 0.100 1 -1 1 400 174 226 154 3 8 0 9 0 0 226 0 0 0.8851 0.0000 0.0000 20.750 0.35 1.33 -0.98 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.9639 0.0361 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.100 1 -1 1 851 219 632 209 0 2 0 8 0 0 632 0 0 0.9543 0.0000 0.0000 108.500 0.26 1.88 -1.62 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0320 0.9680 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.100 1 3 2 359 77 282 44 0 7 1 25 0 0 282 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 10.000 0.25 3.08 -2.83 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8090 0.1909 0.0001 1 0 0.8022 0.1977 0.0001 1 0 0.7928 0.2071 0.0001
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.100 1 -3 1 594 162 432 80 0 6 0 76 0 0 432 0 0 0.4938 0.0000 0.0000 26.000 0.65 3.13 -2.48 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4131 0.5863 0.0006 1 1 0.4232 0.5762 0.0006 1 1 0.4358 0.5635 0.0007
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.100 1 -6 3 126 57 69 37 0 2 0 18 0 0 69 0 0 0.6491 0.0000 0.0000 27.500 0.78 6.61 -5.83 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8069 0.1897 0.0034 1 0 0.7984 0.1978 0.0039 1 0 0.7864 0.2090 0.0046
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.100 1 1 1 217 87 130 77 0 3 0 7 0 0 130 0 0 0.8851 0.0000 0.0000 28.000 0.30 1.57 -1.27 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7714 0.2286 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.100 1 -6 3 125 54 71 5 0 1 0 48 0 0 69 1 1 0.0926 0.0000 0.0282 53.000 1.60 14.23 -12.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9971 0.0029
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.100 1 -9 1 124 54 70 5 0 0 0 49 0 0 65 0 5 0.0926 0.0000 0.0714 54.000 1.60 13.96 -12.36 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9964 0.0036
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 432 103 329 2 0 20 6 75 0 0 329 0 0 0.0194 0.0000 0.0000 4.150 0.00 2.99 -2.99 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8764 0.1236 2 2 0.0000 0.4323 0.5677 2 2 0.0000 0.2683 0.7317
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.100 1 -6 2 478 187 291 90 2 14 2 79 0 0 289 0 2 0.4813 0.0000 0.0069 12.286 0.20 5.39 -5.19 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5028 0.4965 0.0007 1 0 0.5105 0.4888 0.0008 1 0 0.5196 0.4795 0.0009
chr10 77637505 AGAG A 0.002012 0.100 1 -3 2 831 247 584 116 2 37 5 87 0 2 580 0 2 0.4696 0.0000 0.0068 5.676 0.98 3.54 -2.56 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8146 0.1854 0.0000 1 0 0.8118 0.1882 0.0000 1 0 0.8073 0.1927 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 652 133 519 113 0 4 0 16 0 0 519 0 0 0.8496 0.0000 0.0000 32.250 0.30 6.31 -6.01 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0242 0.9758 0.0000
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.100 1 -3 3 541 195 346 192 0 0 0 3 0 0 346 0 0 0.9846 0.0000 0.0000 195.000 0.21 4.33 -4.12 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 654 226 428 186 2 31 0 7 0 0 427 0 1 0.8230 0.0000 0.0023 6.258 0.25 5.43 -5.18 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.7467 0.2533 0.0000 0 0 0.9852 0.0148 0.0000
chr10 101694600 G GCCT 0.000619 0.100 1 3 2 457 101 356 81 4 10 0 6 0 0 356 0 0 0.8020 0.0000 0.0000 9.100 1.06 3.33 -2.27 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1664 0.8336 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.100 1 18 1 499 151 348 77 0 19 0 55 0 0 330 0 18 0.5099 0.0000 0.0517 6.947 0.29 12.80 -12.51 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4111 0.5860 0.0029 1 1 0.4209 0.5761 0.0030 1 1 0.4329 0.5638 0.0032
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 318 127 191 76 0 1 0 50 0 0 190 0 1 0.5984 0.0000 0.0052 126.000 0.55 2.76 -2.21 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8301 0.1682 0.0017 1 0 0.8228 0.1751 0.0021 1 0 0.8125 0.1848 0.0026
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 223 80 143 32 0 10 1 37 0 0 143 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 7.000 0.09 3.00 -2.91 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0536 0.4917 0.4547 1 1 0.0560 0.4897 0.4543 1 1 0.0594 0.4873 0.4533
chr10 119029820 GCGCCCCGCT G 0.000225 0.100 1 -9 3 229 48 181 28 0 3 0 17 0 0 180 0 1 0.5833 0.0000 0.0055 15.000 1.50 10.06 -8.56 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6825 0.3175 0.0000 1 0 0.6779 0.3221 0.0000 1 0 0.6715 0.3285 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 391 124 267 7 1 15 7 94 0 0 266 1 0 0.0565 0.0000 0.0037 6.800 0.57 2.30 -1.73 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9462 0.0538 2 2 0.0000 0.4724 0.5276
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 393 126 267 115 0 3 0 8 0 0 267 0 0 0.9127 0.0000 0.0000 41.000 0.23 1.50 -1.27 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0600 0.9400 0.0000 0 0 0.6115 0.3885 0.0000
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.100 1 -1 1 470 162 308 143 1 6 0 12 0 0 307 0 1 0.8827 0.0000 0.0032 26.000 0.99 1.92 -0.93 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0205 0.9795 0.0000 0 0 0.7998 0.2002 0.0000
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.100 1 -21 2 1708 432 1276 178 17 200 6 31 13 10 1120 22 111 0.4120 0.0102 0.1223 1.161 2.50 15.90 -13.40 36 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9396 0.0604 0.0000 1 0 0.9374 0.0626 0.0000 1 0 0.9338 0.0662 0.0000
chr11 1557337 G GCTCAGGCCGCCCTCC 0.000190 0.100 1 15 1 430 107 323 52 1 7 0 47 0 0 308 0 15 0.4860 0.0000 0.0464 14.143 0.83 13.51 -12.68 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1862 0.8136 0.0002 1 1 0.1983 0.8015 0.0002 1 1 0.2147 0.7851 0.0002
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1193 259 934 82 2 108 0 67 0 0 933 0 1 0.3166 0.0000 0.0011 1.398 0.67 6.51 -5.84 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5015 0.4735 0.0250 1 0 0.4987 0.4732 0.0281 1 0 0.4940 0.4733 0.0327
chr11 2445250 A ACGCGCCCAT 0.000730 0.100 1 9 1 477 134 343 58 0 20 0 56 0 0 333 0 10 0.4328 0.0000 0.0292 6.000 0.52 8.50 -7.98 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2049 0.7944 0.0007 1 1 0.2174 0.7819 0.0007 1 1 0.2342 0.7652 0.0007
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 409 129 280 0 0 4 2 123 0 0 278 0 2 0.0000 0.0000 0.0071 31.000 2.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 236 102 134 59 0 0 5 38 0 0 133 1 0 0.5784 0.0000 0.0075 97.000 0.19 2.13 -1.95 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6125 0.3668 0.0207 1 0 0.6043 0.3724 0.0232 1 0 0.5928 0.3801 0.0271
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 236 106 130 62 1 37 0 6 0 0 130 0 0 0.5849 0.0000 0.0000 34.000 0.18 2.17 -1.99 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 1 0.0083 0.9917 0.0000 0 1 0.0329 0.9671 0.0000
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 880 273 607 165 3 2 0 103 0 0 606 0 1 0.6044 0.0000 0.0016 135.500 0.26 1.14 -0.88 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9868 0.0132 0.0000 1 0 0.9848 0.0152 0.0000 1 0 0.9816 0.0184 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 757 193 564 106 0 6 0 81 1 0 563 0 0 0.5492 0.0018 0.0018 31.167 0.21 1.10 -0.89 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7205 0.2754 0.0042 1 0 0.7139 0.2811 0.0050 1 0 0.7040 0.2895 0.0065
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1025 238 787 39 0 5 0 194 0 0 767 1 19 0.1639 0.0000 0.0254 46.600 0.41 6.04 -5.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 743 198 545 13 0 3 0 182 0 0 545 0 0 0.0657 0.0000 0.0000 65.000 0.15 1.63 -1.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9913 0.0087 2 2 0.0000 0.3788 0.6212
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.100 1 -17 3 618 198 420 178 0 13 0 7 0 0 420 0 0 0.8990 0.0000 0.0000 14.231 0.34 19.29 -18.95 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.8080 0.1920 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1133 282 851 147 0 22 0 113 0 0 848 0 3 0.5213 0.0000 0.0035 11.818 0.20 4.42 -4.23 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7472 0.2512 0.0016 1 0 0.7429 0.2551 0.0020 1 0 0.7359 0.2614 0.0027
chr11 5901221 GTCATCATTGTCAGGACTTTGGTATTTGTGACTCCAT G 0.500000 0.100 1 -36 1 1263 266 997 174 0 5 0 87 0 0 980 0 17 0.6541 0.0000 0.0171 52.200 0.86 24.20 -23.33 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9925 0.0075 0.0000 1 0 0.9911 0.0089 0.0000 1 0 0.9889 0.0111 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 835 127 708 0 0 13 0 114 0 0 685 0 23 0.0000 0.0000 0.0325 8.769 8.44 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 701 181 520 96 0 1 1 83 0 0 520 0 0 0.5304 0.0000 0.0000 180.000 0.82 1.45 -0.62 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3900 0.5739 0.0361 1 1 0.3933 0.5668 0.0399 1 1 0.3965 0.5581 0.0454
chr11 7796614 AGGACGCATTC A 0.500000 0.100 1 -10 2 843 237 606 232 0 3 0 2 0 0 605 0 1 0.9789 0.0000 0.0017 78.000 0.66 10.00 -9.34 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 285 126 159 0 0 14 4 108 0 0 159 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.000 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0043 0.9957
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 9 1 599 124 475 6 4 41 8 65 0 0 459 0 16 0.0484 0.0000 0.0337 1.976 2.67 7.46 -4.79 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.8227 0.1773
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 12 1 599 124 475 10 3 69 2 40 0 0 461 0 14 0.0806 0.0000 0.0295 0.773 3.10 8.40 -5.30 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9890 0.0110
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 248 92 156 51 1 2 0 38 0 0 155 0 1 0.5543 0.0000 0.0064 44.500 0.33 3.21 -2.88 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5111 0.4485 0.0404 1 0 0.5055 0.4504 0.0441 1 0 0.4974 0.4532 0.0494
chr11 18269807 CAA C 0.500000 0.100 1 -2 2 548 221 327 208 0 5 0 8 0 0 326 0 1 0.9412 0.0000 0.0031 43.200 0.12 2.00 -1.88 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6917 0.3083 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000
chr11 31106879 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 331 148 183 141 0 1 0 6 0 0 183 0 0 0.9527 0.0000 0.0000 147.000 0.16 1.00 -0.84 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 0 0.6626 0.3374 0.0000 0 0 0.9525 0.0475 0.0000
chr11 34632610 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 136 68 68 32 0 0 0 36 0 0 67 0 1 0.4706 0.0000 0.0147 68.000 0.34 1.17 -0.82 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1205 0.5549 0.3246 1 1 0.1251 0.5507 0.3242 1 1 0.1312 0.5454 0.3234
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 880 284 596 148 0 10 0 126 0 0 591 0 5 0.5211 0.0000 0.0084 27.400 0.25 3.76 -3.51 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4014 0.5848 0.0138 1 1 0.4096 0.5743 0.0160 1 1 0.4188 0.5617 0.0195
chr11 56361197 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 516 98 418 49 0 3 1 45 0 0 418 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 47.500 0.86 1.98 -1.12 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2625 0.6017 0.1357 1 1 0.2651 0.5942 0.1406 1 1 0.2682 0.5847 0.1471
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 991 219 772 0 0 5 1 213 0 0 767 0 5 0.0000 0.0000 0.0065 42.600 2.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 586 133 453 65 0 0 0 68 0 0 453 0 0 0.4887 0.0000 0.0000 133.000 0.46 1.74 -1.27 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1253 0.6476 0.2271 1 1 0.1310 0.6370 0.2320 1 1 0.1385 0.6235 0.2380
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 83 36 47 22 0 0 0 14 0 0 47 0 0 0.6111 0.0000 0.0000 36.000 0.00 2.14 -2.14 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4377 0.4726 0.0896 1 1 0.4317 0.4743 0.0940 1 1 0.4236 0.4764 0.1000
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.100 1 15 1 682 203 479 132 9 53 1 8 1 0 477 0 1 0.6502 0.0021 0.0042 2.792 5.33 6.75 -1.42 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0432 0.9568 0.0000 0 0 0.6616 0.3384 0.0000
chr11 62146777 GGAGCAGGAGCGGCGC G 0.500000 0.100 1 -15 3 682 230 452 103 9 36 2 80 0 1 451 0 0 0.4478 0.0000 0.0022 5.457 1.39 8.71 -7.32 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7869 0.2110 0.0021 1 0 0.7793 0.2180 0.0026 1 0 0.7682 0.2283 0.0035
chr11 65557854 CCAGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 3 266 82 184 37 1 5 1 38 0 0 182 1 1 0.4512 0.0000 0.0109 15.200 1.16 9.45 -8.29 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1478 0.5835 0.2687 1 1 0.1523 0.5772 0.2705 1 1 0.1582 0.5694 0.2724
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 287 127 160 50 6 14 2 55 0 0 160 0 0 0.3937 0.0000 0.0000 8.692 0.58 3.16 -2.58 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1707 0.6346 0.1948 1 1 0.1757 0.6248 0.1995 1 1 0.1822 0.6124 0.2054
chr11 68157814 GTCA G 0.500000 0.100 1 -3 3 491 121 370 63 2 11 1 44 0 0 365 0 5 0.5207 0.0000 0.0135 10.000 0.17 3.23 -3.05 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5405 0.4316 0.0279 1 0 0.5353 0.4337 0.0310 1 0 0.5276 0.4369 0.0355
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 175 81 94 38 3 10 0 30 0 0 94 0 0 0.4691 0.0000 0.0000 7.100 0.66 3.97 -3.31 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4841 0.4612 0.0547 1 0 0.4783 0.4629 0.0588 1 0 0.4701 0.4653 0.0646
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 976 178 798 0 0 50 2 126 0 0 723 1 74 0.0000 0.0000 0.0940 2.560 5.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.100 1 57 2 1242 269 973 13 0 144 6 106 0 0 883 0 90 0.0483 0.0000 0.0925 0.861 0.77 11.11 -10.34 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9769 0.0231 2 2 0.0000 0.1889 0.8111
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.100 1 -42 1 895 168 727 21 0 60 0 87 0 0 689 0 38 0.1250 0.0000 0.0523 1.800 0.19 11.48 -11.29 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 914 270 644 0 0 1 1 268 0 0 644 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 269.000 2.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 769 167 602 4 0 21 2 140 0 0 598 0 4 0.0240 0.0000 0.0066 6.952 1.50 3.68 -2.18 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8098 0.1902 2 2 0.0000 0.0460 0.9540 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 329 107 222 63 0 3 0 41 0 0 219 0 3 0.5888 0.0000 0.0135 34.667 0.16 16.37 -16.21 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6505 0.3344 0.0150 1 0 0.6418 0.3410 0.0172 1 0 0.6294 0.3502 0.0204
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 149 70 79 32 0 1 0 37 0 0 79 0 0 0.4571 0.0000 0.0000 69.000 0.34 1.81 -1.47 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1205 0.5548 0.3247 1 1 0.1251 0.5506 0.3243 1 1 0.1312 0.5454 0.3234
chr11 89691465 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 267 93 174 56 1 5 0 31 0 0 174 0 0 0.6022 0.0000 0.0000 17.600 3.54 1.06 2.47 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8064 0.1889 0.0047 1 0 0.7952 0.1992 0.0056 1 0 0.7792 0.2136 0.0072
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 913 94 819 93 0 0 0 1 0 0 819 0 0 0.9894 0.0000 0.0000 94.000 0.38 2.00 -1.62 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9257 0.0743 0.0000 0 0 0.9729 0.0271 0.0000 0 0 0.9796 0.0204 0.0000
chr11 94380552 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 522 159 363 144 0 4 0 11 0 0 363 0 0 0.9057 0.0000 0.0000 38.750 0.30 3.27 -2.97 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.4819 0.5181 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1246 322 924 14 5 69 3 231 0 0 924 0 0 0.0435 0.0000 0.0000 3.580 1.57 7.39 -5.82 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9799 0.0201 2 2 0.0000 0.1465 0.8535
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 898 301 597 238 1 37 1 24 0 0 596 0 1 0.7907 0.0000 0.0017 7.135 1.44 13.88 -12.43 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0062 0.9938 0.0000
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 274 99 175 54 0 6 0 39 0 0 174 0 1 0.5455 0.0000 0.0057 15.500 0.13 7.64 -7.51 22 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5393 0.4271 0.0336 1 0 0.5330 0.4300 0.0370 1 0 0.5239 0.4342 0.0419
chr11 124016101 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 1048 286 762 271 0 3 0 12 0 0 762 0 0 0.9476 0.0000 0.0000 94.333 0.68 4.17 -3.48 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6813 0.3187 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 390 124 266 0 1 8 2 113 0 0 266 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.250 6.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr11 125495476 CG C 0.500000 0.100 1 -1 4 496 167 329 142 1 0 0 24 0 0 329 0 0 0.8503 0.0000 0.0000 167.000 0.30 1.33 -1.03 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 264 90 174 41 0 10 1 38 0 0 174 0 0 0.4556 0.0000 0.0000 7.900 0.29 5.71 -5.42 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2521 0.5897 0.1582 1 1 0.2544 0.5830 0.1626 1 1 0.2571 0.5746 0.1683
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 429 138 291 67 2 18 3 48 0 0 290 0 1 0.4855 0.0000 0.0034 6.611 0.52 3.44 -2.92 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5918 0.3887 0.0195 1 0 0.5853 0.3926 0.0221 1 0 0.5759 0.3983 0.0258
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 103 46 57 26 0 0 0 20 0 0 57 0 0 0.5652 0.0000 0.0000 46.000 1.42 2.45 -1.03 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3721 0.5146 0.1133 1 1 0.3691 0.5133 0.1176 1 1 0.3647 0.5118 0.1235
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 388 123 265 53 0 3 0 67 0 0 265 0 0 0.4309 0.0000 0.0000 40.000 0.91 1.96 -1.05 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0577 0.5791 0.3633 1 1 0.0634 0.5775 0.3590 1 1 0.0718 0.5756 0.3526
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 391 140 251 65 0 3 1 71 0 0 249 0 2 0.4643 0.0000 0.0080 45.667 0.89 1.96 -1.07 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0467 0.5512 0.4022 1 1 0.0503 0.5451 0.4046 1 1 0.0554 0.5376 0.4070
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 562 157 405 13 1 22 3 118 0 0 399 0 6 0.0828 0.0000 0.0148 6.136 0.00 2.97 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9560 0.0440
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 456 143 313 10 0 32 17 84 0 0 311 0 2 0.0699 0.0000 0.0064 3.469 0.50 3.25 -2.75 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.7679 0.2321
chr12 6936725 GCAA G 0.000848 0.100 1 -3 1 1008 298 710 66 103 9 38 82 0 0 709 1 0 0.2215 0.0000 0.0014 40.286 1.59 4.41 -2.82 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9435 0.0565 0.0000 1 0 0.9401 0.0599 0.0000 1 0 0.9351 0.0649 0.0000
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 2752 667 2085 390 3 2 3 269 0 0 2076 0 9 0.5847 0.0000 0.0043 331.500 1.17 4.09 -2.92 76 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9987 0.0013 0.0000 1 0 0.9985 0.0015 0.0000 1 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr12 8843328 AAG A 0.001621 0.100 1 -2 1 244 89 155 86 0 1 0 2 0 0 155 0 0 0.9663 0.0000 0.0000 88.000 0.45 3.00 -2.55 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 8932728 CGCAGCA C 0.001972 0.100 1 -6 2 577 268 309 223 0 40 0 5 0 0 309 0 0 0.8321 0.0000 0.0000 5.700 0.29 6.20 -5.91 101 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 237 84 153 4 0 4 0 76 0 0 151 0 2 0.0476 0.0000 0.0131 20.000 0.50 4.57 -4.07 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.5865 0.4135 2 2 0.0000 0.2259 0.7741
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.100 1 -9 1 718 200 518 164 1 29 0 6 1 0 517 0 0 0.8200 0.0019 0.0019 5.897 0.20 9.33 -9.14 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1643 0.8357 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 279 151 128 15 0 6 2 128 0 0 127 0 1 0.0993 0.0000 0.0078 24.167 0.13 4.25 -4.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9254 0.0746
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2005 610 1395 272 10 96 6 226 3 3 1382 3 4 0.4459 0.0022 0.0093 5.543 1.90 7.78 -5.88 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8906 0.1094 0.0000 1 0 0.8912 0.1087 0.0000 1 0 0.8909 0.1090 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1388 273 1115 142 2 120 0 9 3 4 1101 1 6 0.5201 0.0027 0.0126 1.267 3.23 4.22 -1.00 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0672 0.9328 0.0000
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 929 195 734 35 0 3 0 157 0 0 730 0 4 0.1795 0.0000 0.0054 64.000 0.14 1.16 -1.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr12 49051373 CAGGTGTGGCTCCTCAGCCTGCGGAGAT C 0.000420 0.100 1 -27 1 736 153 583 133 0 15 0 5 1 0 581 1 0 0.8693 0.0017 0.0034 9.200 0.59 13.20 -12.61 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9657 0.0343 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.100 1 -3 1 425 102 323 57 0 5 0 40 1 0 322 0 0 0.5588 0.0031 0.0031 19.400 0.30 2.92 -2.63 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7861 0.2138 0.0000 1 0 0.7806 0.2194 0.0000 1 0 0.7728 0.2272 0.0001
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 1004 236 768 104 1 27 3 101 2 0 765 1 0 0.4407 0.0026 0.0039 7.667 0.75 12.61 -11.86 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1806 0.7274 0.0920 1 1 0.1893 0.7123 0.0984 1 1 0.2005 0.6926 0.1070
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.100 1 3 2 564 161 403 80 60 14 0 7 0 2 401 0 0 0.4969 0.0000 0.0050 10.500 0.45 3.71 -3.26 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0492 0.9508 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.100 1 21 2 521 137 384 111 0 18 0 8 0 0 381 0 3 0.8102 0.0000 0.0078 6.611 0.14 7.88 -7.74 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0458 0.9542 0.0000 0 0 0.8112 0.1888 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1121 290 831 128 0 56 0 106 0 0 828 0 3 0.4414 0.0000 0.0036 4.179 0.32 13.46 -13.14 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6613 0.3379 0.0008 1 0 0.6646 0.3345 0.0009 1 0 0.6678 0.3312 0.0011
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 351 89 262 46 0 5 0 38 0 0 262 0 0 0.5169 0.0000 0.0000 16.800 0.22 1.47 -1.26 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4831 0.4738 0.0431 1 0 0.4819 0.4724 0.0457 1 0 0.4798 0.4708 0.0493
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 342 76 266 39 0 0 0 37 0 0 266 0 0 0.5132 0.0000 0.0000 76.000 0.10 1.11 -1.01 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2886 0.5786 0.1328 1 1 0.2915 0.5724 0.1361 1 1 0.2949 0.5646 0.1405
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.100 1 -4 2 566 117 449 109 0 0 0 8 0 0 449 0 0 0.9316 0.0000 0.0000 117.000 0.15 3.88 -3.73 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.8884 0.1116 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000
chr12 57225404 T TGGC 0.004341 0.100 1 3 1 629 152 477 85 2 4 1 60 0 0 473 0 4 0.5592 0.0000 0.0084 36.750 1.26 4.37 -3.11 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8101 0.1899 0.0000 1 0 0.8056 0.1944 0.0001 1 0 0.7991 0.2009 0.0001
chr12 58876497 CTGG C 0.000469 0.100 1 -3 3 220 109 111 105 1 1 0 2 0 0 111 0 0 0.9633 0.0000 0.0000 108.000 0.20 3.50 -3.30 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 417 107 310 5 0 5 0 97 0 0 307 0 3 0.0467 0.0000 0.0097 20.400 0.60 3.92 -3.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.6713 0.3287 2 2 0.0000 0.2213 0.7787
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1004 295 709 0 0 30 3 262 0 0 707 1 1 0.0000 0.0000 0.0028 8.800 3.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 459 117 342 65 7 37 1 7 0 0 342 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 2.162 0.54 3.86 -3.32 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.1872 0.8128 0.0000
chr12 106247620 TGCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 420 50 370 15 2 12 2 19 1 2 365 0 2 0.3000 0.0027 0.0135 3.455 4.73 6.68 -1.95 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1667 0.5429 0.2904 1 1 0.1702 0.5396 0.2902 1 1 0.1747 0.5356 0.2897
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 410 102 308 0 0 8 2 92 0 0 306 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 11.750 4.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -60 3 1933 459 1474 259 2 80 8 110 0 1 1434 0 39 0.5643 0.0000 0.0271 4.797 0.96 5.11 -4.15 75 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr12 108623665 GAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -30 2 1899 388 1511 228 24 61 17 58 1 1 1471 18 20 0.5876 0.0007 0.0265 6.038 1.07 3.66 -2.59 74 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 206 110 96 0 0 1 0 109 0 0 96 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 109.000 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 243 93 150 52 0 11 0 30 0 0 148 0 2 0.5591 0.0000 0.0133 7.455 0.37 5.40 -5.03 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6969 0.2899 0.0132 1 0 0.6862 0.2987 0.0152 1 0 0.6711 0.3107 0.0182
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 464 99 365 6 5 23 20 45 0 0 359 0 6 0.0606 0.0000 0.0164 3.174 2.83 4.42 -1.59 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 1 0.0000 0.9061 0.0939
chr12 121420274 AGAT A 0.500000 0.100 1 -3 2 231 75 156 38 2 1 0 34 0 0 155 0 1 0.5067 0.0000 0.0064 74.000 0.50 3.41 -2.91 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3189 0.5623 0.1188 1 1 0.3190 0.5575 0.1235 1 1 0.3187 0.5516 0.1297
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 343 98 245 0 0 10 0 88 0 0 234 0 11 0.0000 0.0000 0.0449 8.800 5.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0081 0.9919
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 372 90 282 0 0 13 0 77 0 0 266 0 16 0.0000 0.0000 0.0567 5.923 11.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 770 195 575 12 0 18 1 164 0 0 555 0 20 0.0615 0.0000 0.0348 9.833 0.33 8.11 -7.78 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9718 0.0282 2 2 0.0000 0.2186 0.7814
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 254 96 158 5 1 31 1 58 0 0 154 1 3 0.0521 0.0000 0.0253 2.097 0.40 3.76 -3.36 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9612 0.0388 2 1 0.0000 0.6863 0.3137
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 3 254 96 158 6 0 64 1 25 0 0 154 0 4 0.0625 0.0000 0.0253 0.484 0.83 5.04 -4.21 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0001 0.9885 0.0114 2 1 0.0000 0.9880 0.0120 2 1 0.0000 0.9078 0.0922
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 193 64 129 21 2 11 0 30 0 0 127 0 2 0.3281 0.0000 0.0155 4.818 0.57 4.13 -3.56 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0748 0.4787 0.4464 1 1 0.0792 0.4797 0.4411 1 1 0.0853 0.4810 0.4337
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 202 63 139 1 0 5 1 56 0 0 137 0 2 0.0159 0.0000 0.0144 11.600 2.00 7.71 -5.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3133 0.6867 2 2 0.0000 0.1322 0.8678 2 2 0.0000 0.0979 0.9021
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 538 154 384 60 1 23 1 69 0 0 382 0 2 0.3896 0.0000 0.0052 5.696 1.18 3.06 -1.87 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0465 0.5349 0.4186 1 1 0.0506 0.5310 0.4184 1 1 0.0564 0.5264 0.4172
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.100 1 -36 5 549 138 411 6 0 34 1 97 0 0 408 0 3 0.0435 0.0000 0.0073 3.152 1.17 13.15 -11.99 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7888 0.2112 2 2 0.0000 0.2546 0.7454
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 792 180 612 85 2 25 0 68 0 0 606 0 6 0.4722 0.0000 0.0098 6.120 0.36 5.57 -5.21 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4356 0.5308 0.0335 1 1 0.4367 0.5262 0.0370 1 1 0.4371 0.5208 0.0421
chr13 25170698 G GCTCGGGGGGTGCCCGGGGCTT 0.001234 0.100 1 21 2 637 140 497 123 0 8 1 8 0 0 497 0 0 0.8786 0.0000 0.0000 16.375 0.89 18.75 -17.86 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr13 44574554 CTGT C 0.001798 0.100 1 -3 1 827 184 643 145 1 22 2 14 0 1 642 0 0 0.7880 0.0000 0.0016 7.273 0.23 3.14 -2.91 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1543 0.8457 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr13 46553473 C CCCA 0.000465 0.100 1 3 4 286 99 187 72 3 11 0 13 0 0 187 0 0 0.7273 0.0000 0.0000 8.000 0.35 3.54 -3.19 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0817 0.9183 0.0000 0 0 0.9512 0.0488 0.0000
chr13 52642566 CA C 0.003742 0.100 1 -1 3 641 201 440 98 0 1 0 102 0 0 440 0 0 0.4876 0.0000 0.0000 200.000 0.19 1.13 -0.93 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2005 0.7978 0.0017 1 1 0.2153 0.7830 0.0017 1 1 0.2350 0.7632 0.0018
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.100 1 -3 4 440 95 345 52 0 1 0 42 0 0 341 0 4 0.5474 0.0000 0.0116 94.000 0.23 3.26 -3.03 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4611 0.5064 0.0324 1 1 0.4636 0.5023 0.0341 1 1 0.4662 0.4974 0.0365
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 623 144 479 54 0 28 1 61 2 0 473 0 4 0.3750 0.0042 0.0125 4.143 1.65 6.56 -4.91 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1318 0.7390 0.1293 1 1 0.1416 0.7299 0.1285 1 1 0.1551 0.7178 0.1271
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 116 47 69 32 0 2 0 13 0 0 69 0 0 0.6809 0.0000 0.0000 22.500 0.12 4.15 -4.03 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8371 0.1624 0.0004 1 0 0.8287 0.1708 0.0005 1 0 0.8080 0.1914 0.0006
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 611 90 521 1 0 5 1 83 0 0 516 2 3 0.0111 0.0000 0.0096 17.000 4.00 4.93 -0.93 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0057 0.9943
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 485 73 412 3 1 31 3 35 0 1 403 1 7 0.0411 0.0000 0.0218 1.400 5.33 4.86 0.48 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.8827 0.1173 2 1 0.0000 0.6319 0.3681
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -15 1 258 83 175 14 2 5 0 62 0 0 175 0 0 0.1687 0.0000 0.0000 19.500 0.86 9.85 -9.00 10 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0001 0.5278 0.4721 2 1 0.0000 0.9655 0.0345 2 1 0.0000 0.9973 0.0027
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.100 1 -15 1 257 84 173 9 0 21 0 54 0 0 172 0 1 0.1071 0.0000 0.0058 3.000 1.67 10.67 -9.00 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9571 0.0429
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.100 1 4 1 429 110 319 68 0 3 0 39 0 0 318 0 1 0.6182 0.0000 0.0031 35.667 0.81 4.10 -3.29 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8227 0.1741 0.0032 1 0 0.8122 0.1839 0.0039 1 0 0.7972 0.1977 0.0051
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 590 131 459 59 0 5 0 67 0 0 457 0 2 0.4504 0.0000 0.0044 25.200 0.29 3.18 -2.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0545 0.5500 0.3955 1 1 0.0589 0.5453 0.3958 1 1 0.0650 0.5396 0.3953
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 856 191 665 75 0 11 0 105 0 0 663 0 2 0.3927 0.0000 0.0030 16.364 0.80 1.92 -1.12 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.1226 0.8769 1 2 0.0007 0.1286 0.8707 1 2 0.0010 0.1374 0.8616
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 761 209 552 0 0 21 1 187 0 0 550 0 2 0.0000 0.0000 0.0036 8.905 1.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 438 100 338 2 0 6 1 91 0 0 334 0 4 0.0200 0.0000 0.0118 15.500 0.00 1.30 -1.30 2 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2045 0.7955 2 2 0.0000 0.0288 0.9712 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr14 21074796 AGAGGAG A 0.000871 0.100 1 -6 2 603 125 478 112 0 10 0 3 0 0 477 0 1 0.8960 0.0000 0.0021 11.500 0.50 6.00 -5.50 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 708 167 541 86 0 24 0 57 0 0 539 0 2 0.5150 0.0000 0.0037 5.958 0.74 6.44 -5.69 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8501 0.1489 0.0010 1 0 0.8436 0.1552 0.0012 1 0 0.8341 0.1644 0.0016
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 597 184 413 155 0 22 0 7 0 0 413 0 0 0.8424 0.0000 0.0000 7.364 0.23 3.00 -2.77 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7796 0.2204 0.0000 0 0 0.9821 0.0179 0.0000
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 495 111 384 0 0 6 1 104 0 0 384 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.500 5.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0121 0.9879 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr14 23079574 A AGAACGTGAACGT 0.001238 0.100 1 12 1 495 111 384 6 2 90 2 11 0 0 384 0 0 0.0541 0.0000 0.0000 0.213 6.00 5.27 0.73 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1178 0.8765 0.0057 1 1 0.1141 0.8811 0.0048 1 1 0.1026 0.8937 0.0036
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.100 1 6 2 493 114 379 6 1 10 5 92 0 0 379 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 11.556 0.33 5.95 -5.61 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9802 0.0198 2 1 0.0000 0.7876 0.2124
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 312 40 272 2 1 4 1 32 0 0 269 0 3 0.0500 0.0000 0.0110 9.000 3.50 3.66 -0.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9893 0.0107 2 1 0.0000 0.8463 0.1537 2 1 0.0000 0.6477 0.3523
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 324 47 277 32 5 4 1 5 0 0 277 0 0 0.6809 0.0000 0.0000 43.000 1.84 7.00 -5.16 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0276 0.9724 0.0000 0 1 0.2118 0.7882 0.0000
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 308 76 232 39 0 3 0 34 0 0 231 0 1 0.5132 0.0000 0.0043 24.333 0.08 1.09 -1.01 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4783 0.5028 0.0189 1 1 0.4809 0.4995 0.0196 1 1 0.4840 0.4955 0.0205
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 435 127 308 59 0 29 0 39 1 0 306 0 1 0.4646 0.0032 0.0065 3.379 0.42 5.62 -5.19 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7393 0.2534 0.0073 1 0 0.7310 0.2606 0.0084 1 0 0.7193 0.2706 0.0101
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 716 148 568 60 0 12 0 76 0 0 563 0 5 0.4054 0.0000 0.0088 11.333 1.25 6.66 -5.41 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0025 0.2309 0.7666 1 2 0.0029 0.2358 0.7613 1 2 0.0036 0.2430 0.7535
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 703 176 527 8 2 37 2 127 0 0 519 1 7 0.0455 0.0000 0.0152 3.730 1.38 6.80 -5.43 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8999 0.1001 2 2 0.0000 0.1484 0.8516
chr14 77027418 TTGC T 0.008855 0.100 1 -3 1 445 108 337 0 1 17 41 49 0 0 336 1 0 0.0000 0.0000 0.0030 5.176 4.45 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5525 0.4475 2 1 0.0000 0.5730 0.4270 2 1 0.0000 0.6013 0.3987
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 446 109 337 0 3 55 5 46 0 0 336 0 1 0.0000 0.0000 0.0030 1.020 6.41 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3193 0.6807 2 2 0.0000 0.2794 0.7206 2 2 0.0000 0.2501 0.7499
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 518 173 345 5 67 17 4 80 0 1 343 0 1 0.0289 0.0000 0.0058 9.118 4.60 3.19 1.41 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0059 0.2721 0.7220 1 2 0.0069 0.2777 0.7154 1 2 0.0084 0.2858 0.7058
chr14 92931413 AGAG A 0.000504 0.100 1 -3 2 633 155 478 74 2 13 0 66 0 0 477 0 1 0.4774 0.0000 0.0021 10.923 0.35 3.21 -2.86 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5453 0.4547 0.0000 1 0 0.5500 0.4500 0.0001 1 0 0.5553 0.4446 0.0001
chr14 94290570 CAGG C 0.000333 0.100 1 -3 1 500 130 370 64 0 5 0 61 0 0 369 0 1 0.4923 0.0000 0.0027 25.000 0.52 3.46 -2.94 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3965 0.6034 0.0001 1 1 0.4059 0.5940 0.0001 1 1 0.4177 0.5822 0.0001
chr14 94469426 TGAC T 0.001735 0.100 1 -3 2 625 153 472 88 0 5 0 60 0 0 470 0 2 0.5752 0.0000 0.0042 29.600 0.19 3.07 -2.87 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8629 0.1371 0.0000 1 0 0.8576 0.1424 0.0000 1 0 0.8500 0.1500 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 241 82 159 0 0 13 0 69 0 0 153 0 6 0.0000 0.0000 0.0377 5.308 8.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0275 0.9725 2 2 0.0000 0.0297 0.9703 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 558 104 454 72 3 21 1 7 0 0 454 0 0 0.6923 0.0000 0.0000 3.905 0.88 9.14 -8.27 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0562 0.9438 0.0000 0 0 0.5768 0.4232 0.0000
chr14 105399471 G GA 0.001351 0.100 1 1 3 159 53 106 29 0 1 0 23 0 0 106 0 0 0.5472 0.0000 0.0000 52.000 0.66 1.13 -0.48 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5836 0.4161 0.0002 1 0 0.5827 0.4170 0.0003 1 0 0.5813 0.4185 0.0003
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 424 125 299 52 0 25 0 48 1 1 295 0 2 0.4160 0.0033 0.0134 4.000 0.48 3.58 -3.10 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3695 0.5682 0.0622 1 1 0.3737 0.5614 0.0649 1 1 0.3787 0.5529 0.0684
chr15 20534590 ATCTCCTCCTGCTCTCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCT A 0.000272 0.100 1 -42 1 2003 708 1295 451 54 79 15 109 16 20 1217 8 34 0.6370 0.0124 0.0602 7.935 2.48 8.91 -6.43 11 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 716 146 570 1 1 4 3 137 0 4 548 12 6 0.0068 0.0000 0.0386 34.750 0.00 5.01 -5.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 1510 337 1173 0 0 11 0 326 0 0 1106 23 44 0.0000 0.0000 0.0571 29.636 3.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.100 1 21 1 1311 255 1056 108 2 61 4 80 1 2 1051 1 1 0.4235 0.0009 0.0047 3.131 1.60 8.25 -6.65 48 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8215 0.1778 0.0007 1 0 0.8169 0.1822 0.0009 1 0 0.8101 0.1887 0.0012
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 222 90 132 1 2 5 38 44 0 1 131 0 0 0.0111 0.0000 0.0076 9.400 0.00 1.68 -1.68 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4786 0.5214 2 2 0.0000 0.2211 0.7789 2 2 0.0000 0.1550 0.8450
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 222 90 132 2 2 46 2 38 0 1 131 0 0 0.0222 0.0000 0.0076 1.000 0.00 2.39 -2.39 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.8888 0.1112 2 1 0.0000 0.6135 0.3865
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 746 172 574 5 0 39 2 126 0 0 565 0 9 0.0291 0.0000 0.0157 3.500 1.00 4.05 -3.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9688 0.0312 2 2 0.0000 0.0984 0.9016 2 2 0.0000 0.0157 0.9843
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 480 183 297 70 0 5 0 108 0 0 295 0 2 0.3825 0.0000 0.0067 35.600 1.70 2.01 -0.31 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.1213 0.8781 1 2 0.0009 0.1307 0.8684 1 2 0.0013 0.1447 0.8541
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 507 147 360 67 0 9 1 70 0 0 358 0 2 0.4558 0.0000 0.0056 15.333 0.31 4.56 -4.24 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1183 0.6644 0.2173 1 1 0.1256 0.6541 0.2203 1 1 0.1354 0.6410 0.2235
chr15 42685460 ACCCCATTGTGAGCTCCAG A 0.000539 0.100 1 -18 2 928 219 709 85 0 22 4 108 0 1 708 0 0 0.3881 0.0000 0.0014 8.864 1.65 6.36 -4.71 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0288 0.9687 0.0025 1 1 0.0340 0.9636 0.0025 1 1 0.0420 0.9556 0.0024
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 232 80 152 11 0 3 0 66 0 0 147 0 5 0.1375 0.0000 0.0329 25.667 1.00 5.09 -4.09 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9970 0.0030
chr15 50529817 A AT 0.001809 0.100 1 1 1 121 58 63 54 0 1 0 3 0 0 63 0 0 0.9310 0.0000 0.0000 57.000 0.74 1.67 -0.93 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9204 0.0796 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr15 65650738 AGAGGAGGAGGAAGAGCAGGAGGAAGAG A 0.000145 0.100 1 -27 2 552 139 413 106 0 25 0 8 0 0 413 0 0 0.7626 0.0000 0.0000 4.560 0.56 11.00 -10.44 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0282 0.9718 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 174 98 76 58 0 4 0 36 0 0 76 0 0 0.5918 0.0000 0.0000 23.500 0.09 2.94 -2.86 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7404 0.2512 0.0084 1 0 0.7299 0.2602 0.0099 1 0 0.7153 0.2727 0.0121
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 301 147 154 87 0 1 0 59 0 0 152 0 2 0.5918 0.0000 0.0130 146.000 0.76 3.27 -2.51 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7192 0.2748 0.0060 1 0 0.7094 0.2835 0.0072 1 0 0.6952 0.2956 0.0091
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 488 106 382 0 0 15 4 87 0 0 378 0 4 0.0000 0.0000 0.0105 6.067 4.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0069 0.9931
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.100 1 -3 3 756 135 621 120 2 8 0 5 0 0 620 0 1 0.8889 0.0000 0.0016 15.625 1.43 5.80 -4.37 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0380 0.9620 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.100 1 -18 1 510 125 385 105 1 17 0 2 0 0 384 0 1 0.8400 0.0000 0.0026 6.353 0.32 18.50 -18.18 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5485 0.4515 0.0000 0 0 0.9723 0.0277 0.0000 0 0 0.9908 0.0092 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 367 146 221 80 0 4 0 62 0 0 220 0 1 0.5479 0.0000 0.0045 35.500 0.50 2.92 -2.42 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6512 0.3399 0.0089 1 0 0.6478 0.3422 0.0100 1 0 0.6423 0.3459 0.0118
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.100 1 -2 3 268 105 163 100 0 1 0 4 0 0 163 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 104.000 0.22 2.50 -2.28 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7925 0.2075 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.100 1 6 1 988 243 745 165 1 65 0 12 0 0 744 1 0 0.6790 0.0000 0.0013 2.738 0.58 5.58 -5.00 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2561 0.7439 0.0000 0 0 0.9777 0.0223 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 905 210 695 59 5 32 2 112 1 0 694 0 0 0.2810 0.0014 0.0014 5.531 1.27 7.53 -6.26 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0251 0.9749 1 2 0.0000 0.0283 0.9716 1 2 0.0001 0.0332 0.9667
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 349 106 243 0 0 8 0 98 0 0 232 0 11 0.0000 0.0000 0.0453 12.250 6.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 599 232 367 100 3 47 2 80 0 0 363 1 3 0.4310 0.0000 0.0109 3.936 0.21 3.24 -3.03 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6424 0.3538 0.0038 1 0 0.6432 0.3525 0.0043 1 0 0.6433 0.3516 0.0051
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 352 94 258 86 1 0 0 7 0 0 258 0 0 0.9149 0.0000 0.0000 93.000 0.86 3.14 -2.28 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0879 0.9121 0.0000 0 0 0.6214 0.3786 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.100 1 -17 2 332 93 239 55 0 4 0 34 0 0 235 0 4 0.5914 0.0000 0.0167 22.250 0.51 14.79 -14.29 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7549 0.2426 0.0025 1 0 0.7490 0.2481 0.0029 1 0 0.7406 0.2560 0.0034
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 1139 206 933 195 2 1 0 8 0 0 933 0 0 0.9466 0.0000 0.0000 205.000 0.88 1.00 -0.12 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.9342 0.0658 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 449 110 339 0 0 1 2 107 0 0 338 0 1 0.0000 0.0000 0.0029 109.000 7.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 449 110 339 0 0 1 2 107 0 0 338 0 1 0.0000 0.0000 0.0029 109.000 7.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCGGCG 0.000567 0.100 1 6 6 541 142 399 90 1 44 1 6 2 0 397 0 0 0.6338 0.0050 0.0050 2.227 1.71 5.33 -3.62 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0560 0.9440 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 300 109 191 105 1 1 0 2 0 0 190 0 1 0.9633 0.0000 0.0052 107.000 0.23 3.00 -2.77 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8833 0.1167 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 396 126 270 48 4 37 6 31 1 1 254 8 6 0.3810 0.0037 0.0593 2.405 2.38 10.23 -7.85 26 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3826 0.5738 0.0436 1 1 0.3882 0.5665 0.0453 1 1 0.3951 0.5574 0.0475
chr16 11915673 C CCCGCCGCCGCCGCCG 0.000522 0.100 1 15 1 396 126 270 59 1 36 1 29 2 1 253 1 13 0.4683 0.0074 0.0630 2.472 2.76 12.66 -9.89 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8028 0.1972 0.0000 1 0 0.7972 0.2028 0.0000 1 0 0.7892 0.2107 0.0000
chr16 11927441 G GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA 0.000747 0.100 1 42 2 1355 284 1071 56 0 166 1 61 0 0 1058 0 13 0.1972 0.0000 0.0121 0.711 1.46 4.31 -2.85 38 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0740 0.9236 0.0024 1 1 0.0828 0.9149 0.0023 1 1 0.0955 0.9023 0.0022
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.100 1 -42 2 1370 364 1006 259 4 87 0 14 1 0 1003 0 2 0.7115 0.0010 0.0030 3.138 1.61 3.93 -2.31 141 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1965 0.8035 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr16 11927872 ATTCTGACCTGTAGGGCCAAAGGAGGGAATGTTTTCACACATAT A 0.011371 0.100 1 -43 2 1182 205 977 145 0 2 0 58 0 0 970 0 7 0.7073 0.0000 0.0072 101.500 0.20 27.86 -27.66 115 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9990 0.0010 0.0000 1 0 0.9987 0.0013 0.0000 1 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 157 51 106 4 0 0 0 47 0 0 106 0 0 0.0784 0.0000 0.0000 51.000 0.00 2.06 -2.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6964 0.3036 2 2 0.0000 0.0229 0.9771 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr16 18543716 GA G 0.002566 0.100 1 -1 1 242 112 130 101 1 1 0 9 0 0 130 0 0 0.9018 0.0000 0.0000 111.000 0.38 1.22 -0.85 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.8148 0.1852 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr16 19067678 G GGGC 0.000803 0.100 1 3 4 159 73 86 61 0 7 0 5 0 0 86 0 0 0.8356 0.0000 0.0000 9.429 1.13 4.60 -3.47 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2941 0.7059 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr16 21141362 GCTT G 0.000250 0.100 1 -3 1 234 96 138 51 1 3 0 41 0 0 138 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 31.000 0.31 3.12 -2.81 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6529 0.3470 0.0000 1 0 0.6512 0.3487 0.0000 1 0 0.6485 0.3515 0.0000
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.100 1 -1 1 302 180 122 86 0 2 0 92 1 0 120 0 1 0.4778 0.0082 0.0164 89.000 0.80 1.11 -0.31 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1649 0.7869 0.0481 1 1 0.1773 0.7732 0.0494 1 1 0.1941 0.7550 0.0509
chr16 28593494 G GT 0.000605 0.100 1 1 3 534 160 374 91 0 0 1 68 0 0 374 0 0 0.5687 0.0000 0.0000 160.000 0.32 1.24 -0.92 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8015 0.1985 0.0000 1 0 0.7975 0.2025 0.0000 1 0 0.7915 0.2084 0.0000
chr16 30698196 A AGTG 0.000373 0.100 1 3 1 734 187 547 73 1 7 1 105 0 0 547 0 0 0.3904 0.0000 0.0000 25.714 0.55 3.15 -2.60 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0172 0.9792 0.0036 1 1 0.0207 0.9759 0.0034 1 1 0.0263 0.9706 0.0031
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 1039 271 768 123 10 51 2 85 0 0 768 0 0 0.4539 0.0000 0.0000 4.294 0.66 2.88 -2.22 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9436 0.0563 0.0001 1 0 0.9382 0.0616 0.0001 1 0 0.9301 0.0697 0.0002
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 377 156 221 71 75 2 0 8 0 0 221 0 0 0.4551 0.0000 0.0000 40.000 0.10 8.38 -8.28 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1320 0.8680 0.0000 0 0 0.7852 0.2148 0.0000
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 377 163 214 154 1 1 0 7 0 0 214 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 162.000 0.57 9.43 -8.86 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5706 0.4294 0.0000 0 0 0.9537 0.0463 0.0000
chr16 57949370 T TTCC 0.500000 0.100 1 3 1 177 66 111 64 0 0 0 2 0 1 110 0 0 0.9697 0.0000 0.0090 66.000 0.19 3.00 -2.81 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2438 0.7562 0.0000 0 0 0.7533 0.2467 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 437 83 354 26 9 14 4 30 0 0 353 0 1 0.3133 0.0000 0.0028 5.000 1.31 2.23 -0.93 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1801 0.5778 0.2421 1 1 0.1838 0.5720 0.2442 1 1 0.1885 0.5647 0.2468
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 1026 296 730 26 1 50 12 207 0 0 726 0 4 0.0878 0.0000 0.0055 4.900 0.15 3.51 -3.36 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018
chr16 69715020 ACACT A 0.500000 0.100 1 -4 2 135 77 58 73 0 0 0 4 0 0 58 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 77.000 0.29 5.00 -4.71 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.3514 0.6486 0.0000 0 0 0.7261 0.2739 0.0000
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 110 61 49 28 0 1 0 32 0 0 49 0 0 0.4590 0.0000 0.0000 60.000 0.07 4.31 -4.24 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1389 0.5542 0.3069 1 1 0.1431 0.5501 0.3068 1 1 0.1488 0.5449 0.3063
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.100 1 -3 2 665 135 530 63 0 18 1 53 0 0 528 0 2 0.4667 0.0000 0.0038 6.500 0.67 3.83 -3.16 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3275 0.5898 0.0826 1 1 0.3294 0.5829 0.0877 1 1 0.3312 0.5742 0.0946
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.100 1 3 1 741 174 567 72 2 26 1 73 0 0 566 0 1 0.4138 0.0000 0.0018 5.692 0.65 3.22 -2.57 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1485 0.6739 0.1776 1 1 0.1547 0.6617 0.1836 1 1 0.1626 0.6461 0.1913
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 285 126 159 112 1 4 0 9 0 0 159 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 30.500 0.79 4.22 -3.44 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0191 0.9809 0.0000 0 1 0.4264 0.5736 0.0000
chr16 84236959 G GCCAGCTCCT 0.500000 0.100 1 9 2 652 149 503 72 0 31 0 46 0 0 496 0 7 0.4832 0.0000 0.0139 3.806 0.42 8.13 -7.71 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6310 0.3544 0.0146 1 0 0.6237 0.3596 0.0167 1 0 0.6131 0.3670 0.0199
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 497 87 410 5 0 21 0 61 0 0 393 1 16 0.0575 0.0000 0.0415 3.143 0.20 8.30 -8.10 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.8064 0.1936 2 2 0.0000 0.3598 0.6402
chr16 87604287 C CCTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 497 87 410 5 28 21 1 32 0 1 393 0 16 0.0575 0.0000 0.0415 3.143 0.20 9.97 -9.77 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0291 0.3900 0.5809 1 2 0.0322 0.3951 0.5727 1 2 0.0368 0.4020 0.5612
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 658 115 543 0 0 2 7 106 0 0 529 1 13 0.0000 0.0000 0.0258 56.000 7.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 653 108 545 0 0 3 6 99 0 0 530 4 11 0.0000 0.0000 0.0275 34.667 8.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 654 109 545 0 0 1 4 104 0 1 529 1 14 0.0000 0.0000 0.0294 107.000 8.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 834 192 642 72 5 7 4 104 0 0 642 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 26.286 5.75 8.46 -2.71 28 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0019 0.1913 0.8068 1 2 0.0023 0.1989 0.7987 1 2 0.0031 0.2099 0.7869
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.100 1 4 1 826 190 636 75 8 8 2 97 0 0 635 0 1 0.3947 0.0000 0.0016 22.500 9.43 5.87 3.56 35 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0165 0.4542 0.5293 1 2 0.0188 0.4531 0.5281 1 2 0.0223 0.4524 0.5253
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.100 1 -3 1 907 265 642 101 1 46 3 114 0 0 639 1 2 0.3811 0.0000 0.0047 4.739 0.74 3.41 -2.67 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0142 0.4950 0.4908 1 2 0.0164 0.4906 0.4931 1 2 0.0197 0.4857 0.4947
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 164 74 90 41 0 3 0 30 0 0 89 0 1 0.5541 0.0000 0.0111 23.667 0.37 4.10 -3.73 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4557 0.4815 0.0628 1 1 0.4509 0.4820 0.0671 1 1 0.4441 0.4828 0.0731
chr17 3433106 CCTTGCAGATA C 0.003246 0.100 1 -10 2 1087 222 865 140 0 8 0 74 0 0 859 0 6 0.6306 0.0000 0.0069 26.750 0.24 9.11 -8.87 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9923 0.0077 0.0000 1 0 0.9911 0.0089 0.0000 1 0 0.9892 0.0108 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 413 167 246 83 2 6 1 75 0 0 246 0 0 0.4970 0.0000 0.0000 26.833 0.29 1.19 -0.90 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2371 0.6765 0.0864 1 1 0.2397 0.6668 0.0936 1 1 0.2423 0.6542 0.1035
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.100 1 -3 1 859 167 692 71 0 6 0 90 0 1 689 0 2 0.4251 0.0000 0.0043 26.833 0.35 3.87 -3.51 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0562 0.9227 0.0211 1 1 0.0639 0.9155 0.0206 1 1 0.0755 0.9047 0.0199
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 768 198 570 12 2 44 5 135 0 1 557 0 12 0.0606 0.0000 0.0228 3.500 0.17 4.15 -3.98 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8150 0.1850
chr17 7024700 C CCAGCAG 0.006500 0.100 1 6 1 768 198 570 15 1 116 2 64 0 1 559 1 9 0.0758 0.0000 0.0193 0.732 0.73 5.23 -4.50 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.100 1 3 2 1410 412 998 0 2 116 46 248 0 0 967 7 24 0.0000 0.0000 0.0311 2.534 6.55 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 7846859 T TACCACCACC 0.066744 0.100 1 9 2 1410 412 998 4 22 114 23 249 0 1 967 0 30 0.0097 0.0000 0.0311 2.605 6.25 6.64 -0.39 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9866 0.0134
chr17 12980176 G GCCAGCC 0.500000 0.100 1 6 1 325 136 189 68 0 19 0 49 0 0 184 0 5 0.5000 0.0000 0.0265 6.158 0.37 4.47 -4.10 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5075 0.4609 0.0316 1 0 0.5037 0.4613 0.0350 1 0 0.4979 0.4623 0.0398
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 1 639 175 464 114 0 6 0 55 0 0 464 0 0 0.6514 0.0000 0.0000 28.167 0.13 3.22 -3.09 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9869 0.0130 0.0000 1 0 0.9847 0.0153 0.0000 1 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr17 16058489 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 266 102 164 100 0 0 0 2 0 0 164 0 0 0.9804 0.0000 0.0000 102.000 0.33 3.00 -2.67 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6575 0.3425 0.0000 0 0 0.9461 0.0539 0.0000 0 0 0.9726 0.0274 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 492 209 283 0 0 36 6 167 1 0 279 1 2 0.0000 0.0035 0.0141 4.778 3.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 979 236 743 0 2 36 11 187 0 1 742 0 0 0.0000 0.0000 0.0013 5.333 4.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 977 243 734 0 29 19 24 171 0 1 733 0 0 0.0000 0.0000 0.0014 18.250 4.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.8405 0.1595 2 2 0.0000 0.3505 0.6495
chr17 18673034 G GCGCCGCCGC 0.500000 0.100 1 9 3 674 191 483 74 0 44 2 71 6 1 468 0 8 0.3874 0.0124 0.0311 3.341 1.99 8.54 -6.55 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1416 0.6883 0.1700 1 1 0.1481 0.6753 0.1766 1 1 0.1565 0.6586 0.1849
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 821 174 647 80 0 9 1 84 0 0 644 0 3 0.4598 0.0000 0.0046 18.333 0.20 3.85 -3.65 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0628 0.6315 0.3057 1 1 0.0678 0.6216 0.3106 1 1 0.0748 0.6090 0.3161
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 271 104 167 8 0 22 0 74 0 0 155 0 12 0.0769 0.0000 0.0719 3.727 0.12 8.51 -8.39 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9855 0.0145 2 1 0.0000 0.7234 0.2766
chr17 21551124 CACGAAGTACAGG C 0.500000 0.100 1 -12 2 439 153 286 143 0 5 0 5 0 0 286 0 0 0.9346 0.0000 0.0000 29.600 0.19 12.20 -12.01 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0214 0.9786 0.0000 0 0 0.8604 0.1396 0.0000 0 0 0.9766 0.0234 0.0000
chr17 21551320 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 434 124 310 116 0 2 0 6 0 0 310 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 61.000 0.22 1.33 -1.12 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3616 0.6384 0.0000 0 0 0.8566 0.1434 0.0000
chr17 29969182 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 544 129 415 71 1 9 0 48 0 0 415 0 0 0.5504 0.0000 0.0000 13.333 0.21 3.08 -2.87 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7432 0.2503 0.0065 1 0 0.7334 0.2589 0.0077 1 0 0.7194 0.2710 0.0096
chr17 35930229 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 3 324 114 210 105 0 3 0 6 0 0 210 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 37.000 0.19 2.50 -2.31 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2417 0.7583 0.0000 0 0 0.7763 0.2237 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 532 130 402 109 1 5 0 15 0 0 402 0 0 0.8385 0.0000 0.0000 24.800 0.57 2.53 -1.96 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0134 0.9866 0.0000
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.100 1 -30 1 600 199 401 117 0 30 0 52 0 0 389 0 12 0.5879 0.0000 0.0299 5.633 0.54 21.23 -20.69 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9752 0.0248 0.0000 1 0 0.9717 0.0283 0.0000 1 0 0.9662 0.0338 0.0001
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 550 134 416 0 1 16 2 115 0 0 394 2 20 0.0000 0.0000 0.0529 7.312 8.71 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 706 191 515 0 0 32 0 159 0 0 493 0 22 0.0000 0.0000 0.0427 4.969 12.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1755 377 1378 359 0 3 0 15 0 0 1378 0 0 0.9523 0.0000 0.0000 124.667 0.40 3.20 -2.80 111 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8767 0.1233 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 45242067 T TCCG 0.500000 0.100 1 3 2 675 175 500 8 132 30 1 4 0 1 498 1 0 0.0457 0.0000 0.0040 4.833 0.50 5.25 -4.75 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0597 0.9403 0.0000 0 0 0.8821 0.1179 0.0000 0 0 0.9761 0.0239 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 677 177 500 12 2 28 2 133 0 0 496 1 3 0.0678 0.0000 0.0080 5.321 2.08 3.65 -1.56 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8990 0.1010
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 259 98 161 0 0 6 1 91 0 0 160 0 1 0.0000 0.0000 0.0062 15.333 4.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 987 259 728 0 0 9 1 249 0 0 720 0 8 0.0000 0.0000 0.0110 27.778 2.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 50542076 A ACCGCCCCCAGCTGGCCTG 0.500000 0.100 1 18 1 374 121 253 114 0 4 0 3 0 0 252 0 1 0.9421 0.0000 0.0040 29.250 0.29 13.33 -13.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0439 0.9561 0.0000 0 0 0.8077 0.1923 0.0000 0 0 0.9510 0.0490 0.0000
chr17 57979225 A ATGT 0.500000 0.100 1 3 1 443 197 246 110 14 60 2 11 0 0 246 0 0 0.5584 0.0000 0.0000 9.571 0.61 2.55 -1.94 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0045 0.9955 0.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 445 200 245 65 4 67 9 55 0 0 244 1 0 0.3250 0.0000 0.0041 1.866 0.40 3.58 -3.18 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2899 0.6180 0.0921 1 1 0.2933 0.6092 0.0975 1 1 0.2972 0.5981 0.1047
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 412 142 270 55 0 23 0 64 0 0 270 0 0 0.3873 0.0000 0.0000 5.174 0.44 5.47 -5.03 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0637 0.5571 0.3792 1 1 0.0683 0.5522 0.3795 1 1 0.0747 0.5461 0.3792
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.100 1 -2 2 199 65 134 32 0 2 0 31 0 0 133 0 1 0.4923 0.0000 0.0075 31.500 0.09 2.74 -2.65 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2111 0.5778 0.2111 1 1 0.2140 0.5720 0.2140 1 1 0.2176 0.5647 0.2177
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.100 1 8 2 318 98 220 86 0 5 0 7 2 0 217 0 1 0.8776 0.0091 0.0136 18.600 0.33 8.00 -7.67 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0159 0.9841 0.0000 0 1 0.2964 0.7036 0.0000
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.100 1 -2 3 353 87 266 84 0 1 0 2 0 0 266 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 86.000 0.45 2.00 -1.55 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4596 0.5404 0.0000 0 0 0.8876 0.1124 0.0000 0 0 0.9423 0.0577 0.0000
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.100 1 -4 3 232 81 151 42 0 1 0 38 0 1 150 0 0 0.5185 0.0000 0.0066 80.000 0.69 4.39 -3.70 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3137 0.5695 0.1168 1 1 0.3142 0.5642 0.1216 1 1 0.3145 0.5576 0.1279
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 131 63 68 25 0 5 0 33 0 0 68 0 0 0.3968 0.0000 0.0000 11.600 0.04 1.67 -1.63 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0851 0.4996 0.4153 1 1 0.0896 0.4992 0.4112 1 1 0.0957 0.4988 0.4055
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 644 140 504 9 0 5 0 126 0 0 495 0 9 0.0643 0.0000 0.0179 27.000 0.00 7.85 -7.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9448 0.0552 2 2 0.0000 0.3155 0.6845
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.100 1 -54 1 355 116 239 85 1 0 1 29 0 0 239 0 0 0.7328 0.0000 0.0000 116.000 1.14 5.07 -3.93 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9865 0.0135 0.0000 1 0 0.9839 0.0161 0.0000 1 0 0.9478 0.0521 0.0000
chr17 75239519 G GGGT 0.500000 0.100 1 3 4 773 204 569 109 1 10 1 83 0 0 567 0 2 0.5343 0.0000 0.0035 19.400 0.38 3.06 -2.68 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6718 0.3225 0.0057 1 0 0.6668 0.3265 0.0068 1 0 0.6590 0.3325 0.0085
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.100 1 6 1 561 144 417 134 2 3 0 5 0 0 417 0 0 0.9306 0.0000 0.0000 46.667 1.20 6.60 -5.40 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0150 0.9850 0.0000 0 0 0.8120 0.1880 0.0000 0 0 0.9672 0.0328 0.0000
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 1173 275 898 241 0 9 0 25 1 1 896 0 0 0.8764 0.0011 0.0022 29.556 0.71 2.52 -1.81 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0143 0.9857 0.0000
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 1358 368 990 307 1 38 0 22 3 1 980 0 6 0.8342 0.0030 0.0101 8.658 0.87 17.09 -16.22 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0549 0.9451 0.0000
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.100 1 -27 1 1416 317 1099 290 0 7 2 18 2 2 1089 0 6 0.9148 0.0018 0.0091 44.143 1.29 20.17 -18.88 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1530 0.8470 0.0000
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 2 583 196 387 119 0 3 0 74 0 0 384 0 3 0.6071 0.0000 0.0078 64.333 0.26 2.27 -2.01 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9245 0.0752 0.0002 1 0 0.9181 0.0816 0.0003 1 0 0.9085 0.0911 0.0005
chr17 75616380 C CAGG 0.500000 0.100 1 3 1 1143 252 891 154 12 76 0 10 0 2 887 1 1 0.6111 0.0000 0.0045 2.316 0.86 5.10 -4.24 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0283 0.9717 0.0000 0 0 0.7122 0.2878 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2347 525 1822 20 9 74 23 399 0 2 1802 3 15 0.0381 0.0000 0.0110 6.197 1.80 6.67 -4.87 12 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 2 0.0000 0.0320 0.9680
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2296 605 1691 19 0 37 5 544 0 0 1522 20 149 0.0314 0.0000 0.0999 15.778 0.84 4.43 -3.59 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9957 0.0043 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 78891339 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 911 232 679 219 1 2 0 10 0 0 679 0 0 0.9440 0.0000 0.0000 115.000 0.34 1.00 -0.66 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5913 0.4087 0.0000 0 0 0.9862 0.0138 0.0000
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 438 124 314 115 0 3 0 6 0 1 313 0 0 0.9274 0.0000 0.0032 40.333 0.63 3.50 -2.87 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3542 0.6458 0.0000 0 0 0.8547 0.1453 0.0000
chr18 47446 CCTGATATTG C 0.001071 0.100 1 -9 1 949 177 772 99 0 10 0 68 0 0 768 0 4 0.5593 0.0000 0.0052 16.700 1.34 9.41 -8.07 97 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8625 0.1375 0.0000 1 0 0.8577 0.1423 0.0000 1 0 0.8507 0.1493 0.0000
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.100 1 6 4 450 131 319 58 1 13 2 57 0 0 319 0 0 0.4427 0.0000 0.0000 9.077 6.31 5.98 0.33 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3069 0.6407 0.0524 1 1 0.3155 0.6306 0.0539 1 1 0.3266 0.6177 0.0558
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.100 1 -6 4 451 137 314 65 1 9 0 62 0 0 314 0 0 0.4745 0.0000 0.0000 14.222 5.34 6.02 -0.68 35 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4419 0.5578 0.0003 1 1 0.4499 0.5498 0.0003 1 1 0.4597 0.5400 0.0003
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 205 94 111 0 0 4 0 90 0 0 107 0 4 0.0000 0.0000 0.0360 22.500 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.100 1 -9 2 349 75 274 34 0 8 0 33 0 0 271 0 3 0.4533 0.0000 0.0109 8.375 1.06 8.85 -7.79 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2766 0.6084 0.1150 1 1 0.2828 0.6014 0.1158 1 1 0.2908 0.5925 0.1167
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.100 1 -2 4 472 95 377 88 0 2 0 5 0 0 377 0 0 0.9263 0.0000 0.0000 46.500 0.23 2.00 -1.77 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3658 0.6342 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 204 92 112 88 0 1 0 3 0 0 112 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 91.000 0.14 4.00 -3.86 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0858 0.9142 0.0000 0 0 0.7337 0.2663 0.0000 0 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr18 45730325 AGGACAGCCCCACTATGGTTAGAGT A 0.000176 0.100 1 -24 2 512 164 348 89 0 22 0 53 0 0 337 0 11 0.5427 0.0000 0.0316 6.455 0.17 21.15 -20.98 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8491 0.1509 0.0000 1 0 0.8440 0.1560 0.0000 1 0 0.8367 0.1633 0.0000
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 101 44 57 22 0 1 0 21 0 0 57 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 43.000 0.18 3.43 -3.25 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2465 0.5513 0.2022 1 1 0.2478 0.5475 0.2048 1 1 0.2493 0.5426 0.2081
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 247 131 116 0 0 9 1 121 0 0 116 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.556 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 863 217 646 117 1 5 0 94 0 0 640 0 6 0.5392 0.0000 0.0093 42.400 0.26 12.98 -12.71 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4983 0.4876 0.0141 1 0 0.5002 0.4836 0.0162 1 0 0.5012 0.4793 0.0195
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 342 61 281 44 1 11 0 5 1 1 279 0 0 0.7213 0.0036 0.0071 4.545 2.68 4.00 -1.32 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0488 0.9512 0.0000 0 1 0.2813 0.7187 0.0000
chr18 62979014 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 3 647 138 509 75 0 5 0 58 0 0 507 0 2 0.5435 0.0000 0.0039 26.600 0.40 3.36 -2.96 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5187 0.4548 0.0265 1 0 0.5153 0.4551 0.0296 1 0 0.5099 0.4561 0.0340
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.100 1 4 2 371 119 252 106 0 4 0 9 0 0 252 0 0 0.8908 0.0000 0.0000 28.750 0.14 6.33 -6.19 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3469 0.6531 0.0000
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 371 113 258 104 0 0 0 9 0 0 258 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 113.000 0.14 6.33 -6.19 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0124 0.9876 0.0000 0 1 0.3260 0.6740 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 167 78 89 5 0 3 0 70 0 0 89 0 0 0.0641 0.0000 0.0000 25.000 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8614 0.1386 2 2 0.0000 0.4532 0.5468
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 142 75 67 45 0 3 0 27 0 0 67 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 24.000 0.20 4.04 -3.84 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6639 0.3174 0.0187 1 0 0.6531 0.3258 0.0211 1 0 0.6382 0.3370 0.0248
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.100 1 3 1 247 109 138 1 37 19 3 49 0 0 138 0 0 0.0092 0.0000 0.0000 4.909 1.00 2.88 -1.88 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0845 0.8806 0.0349 1 1 0.0931 0.8739 0.0330 1 1 0.1054 0.8641 0.0306
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.100 1 4 1 639 138 501 77 0 1 0 60 0 0 500 0 1 0.5580 0.0000 0.0020 137.000 2.27 4.63 -2.36 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6330 0.3565 0.0106 1 0 0.6298 0.3583 0.0119 1 0 0.6248 0.3613 0.0139
chr19 1009551 GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 0.217031 0.100 1 -27 1 373 95 278 40 1 4 1 49 0 0 276 0 2 0.4211 0.0000 0.0072 22.500 2.23 17.67 -15.45 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1084 0.6360 0.2557 1 1 0.1161 0.6317 0.2522 1 1 0.1269 0.6260 0.2471
chr19 1044708 GGGGCACCTGGT G 0.000129 0.100 1 -11 1 320 105 215 97 1 1 0 6 0 0 215 0 0 0.9238 0.0000 0.0000 104.000 1.09 12.00 -10.91 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6487 0.3513 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1395488 G GCGC 0.003752 0.100 1 3 1 1069 236 833 162 2 62 0 10 1 0 832 0 0 0.6864 0.0012 0.0012 2.790 0.55 2.80 -2.25 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.9598 0.0402 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 187 56 131 0 0 3 0 53 0 0 131 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.667 4.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1812 0.8188 2 2 0.0000 0.1895 0.8105 2 2 0.0000 0.2013 0.7987
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.100 1 3 2 402 87 315 5 0 22 7 53 0 0 310 1 4 0.0575 0.0000 0.0159 2.955 2.60 5.85 -3.25 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 1 0.0000 0.9668 0.0332
chr19 1827021 T TGGAGGAGGTGGA 0.000087 0.100 1 12 2 402 87 315 45 1 6 1 34 0 0 310 1 4 0.5172 0.0000 0.0159 16.200 2.58 7.35 -4.78 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5523 0.4477 0.0000 1 0 0.5541 0.4459 0.0000 1 0 0.5561 0.4439 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 321 113 208 1 0 15 10 87 0 0 204 0 4 0.0088 0.0000 0.0192 6.533 1.00 3.70 -2.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0570 0.9430 2 2 0.0000 0.0206 0.9794 2 2 0.0000 0.0157 0.9843
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 321 117 204 1 2 100 4 10 0 0 204 0 0 0.0085 0.0000 0.0000 0.149 1.00 6.60 -5.60 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0833 0.8045 0.1122 2 1 0.0685 0.8300 0.1015 2 1 0.0565 0.8360 0.1075
chr19 2248153 T TGGAGTCCACCCTCCAGCCCCC 0.063774 0.100 1 21 2 272 61 211 50 0 9 0 2 1 0 209 0 1 0.8197 0.0047 0.0095 5.778 1.62 12.00 -10.38 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2040 0.7960 0.0000 0 0 0.8853 0.1147 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.100 1 3 1 896 182 714 134 4 38 0 6 0 0 714 0 0 0.7363 0.0000 0.0000 3.789 0.29 3.00 -2.71 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0110 0.9890 0.0000 0 0 0.9087 0.0913 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000
chr19 7488963 G GC 0.000555 0.100 1 1 2 100 57 43 51 0 1 0 5 0 0 43 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 56.000 0.31 3.00 -2.69 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2865 0.7135 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 452 133 319 0 0 3 0 130 0 0 317 0 2 0.0000 0.0000 0.0063 43.333 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0088 0.9912 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0121 0.9879
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.100 1 -3 2 603 153 450 142 0 9 0 2 0 0 450 0 0 0.9281 0.0000 0.0000 16.000 1.36 3.50 -2.14 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 8959333 C CAGT 0.000478 0.100 1 3 1 564 119 445 71 0 8 0 40 0 0 443 0 2 0.5966 0.0000 0.0045 13.875 0.52 3.55 -3.03 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9105 0.0895 0.0000 1 0 0.9047 0.0953 0.0000 1 0 0.8963 0.1037 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 299 80 219 40 0 7 0 33 0 0 217 0 2 0.5000 0.0000 0.0091 10.429 0.35 5.27 -4.92 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4052 0.5242 0.0707 1 1 0.4059 0.5205 0.0736 1 1 0.4064 0.5161 0.0775
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 894 296 598 218 2 38 5 33 0 0 594 3 1 0.7365 0.0000 0.0067 6.789 0.38 3.15 -2.78 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.100 1 -3 1 416 137 279 0 0 26 108 3 0 0 275 3 1 0.0000 0.0000 0.0143 4.269 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0169 0.9831
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 416 138 278 1 0 25 1 111 0 0 272 0 6 0.0072 0.0000 0.0216 4.520 0.00 6.50 -6.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0178 0.9822 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.100 1 3 1 288 97 191 85 2 8 0 2 0 0 191 0 0 0.8763 0.0000 0.0000 11.125 0.32 3.00 -2.68 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9340 0.0660 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 603 128 475 0 0 9 0 119 0 0 473 0 2 0.0000 0.0000 0.0042 13.222 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.100 1 -14 1 387 92 295 26 15 14 13 24 0 0 295 0 0 0.2826 0.0000 0.0000 5.692 3.69 7.17 -3.47 8 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4796 0.4932 0.0272 1 1 0.4813 0.4904 0.0283 1 1 0.4831 0.4871 0.0297
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 385 87 298 4 2 12 21 48 0 0 298 0 0 0.0460 0.0000 0.0000 12.000 0.25 5.92 -5.67 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9818 0.0182 2 1 0.0000 0.8861 0.1139
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.100 1 -2 1 384 85 299 4 17 7 17 40 0 0 299 0 0 0.0471 0.0000 0.0000 14.400 0.25 4.65 -4.40 4 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0048 0.2538 0.7414 1 2 0.0061 0.2752 0.7187 1 2 0.0078 0.3426 0.6496
chr19 18280864 CGCGCCCCCG C 0.000645 0.100 1 -9 6 416 123 293 112 2 3 0 6 0 0 293 0 0 0.9106 0.0000 0.0000 39.667 1.20 10.17 -8.97 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4536 0.5464 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 18869186 T TCCGCGC 0.000008 0.100 1 6 4 617 166 451 81 0 20 1 64 1 0 444 0 6 0.4880 0.0022 0.0155 7.300 1.10 5.25 -4.15 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5944 0.4056 0.0000 1 0 0.5976 0.4024 0.0000 1 0 0.6009 0.3991 0.0000
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 719 143 576 90 2 1 2 48 0 1 544 6 25 0.6294 0.0000 0.0556 140.000 1.44 2.88 -1.43 26 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1603 0.7211 0.1186 1 1 0.1640 0.7087 0.1274 1 1 0.1682 0.6924 0.1393
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.100 1 -3 2 592 157 435 86 0 6 0 65 0 0 434 0 1 0.5478 0.0000 0.0023 25.167 0.08 2.95 -2.87 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7577 0.2409 0.0014 1 0 0.7538 0.2446 0.0016 1 0 0.7480 0.2501 0.0019
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.100 1 1 2 1372 320 1052 187 3 15 4 111 1 1 853 5 192 0.5844 0.0010 0.1892 25.417 0.75 2.23 -1.48 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0009 0.9991 1 2 0.0000 0.0012 0.9988 1 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 307 91 216 36 1 16 3 35 0 0 216 0 0 0.3956 0.0000 0.0000 4.625 0.11 2.94 -2.83 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0585 0.5703 0.3711 1 1 0.0598 0.5643 0.3758 1 1 0.0615 0.5568 0.3817
chr19 33379692 GACCTC G 0.005617 0.100 1 -5 1 534 121 413 8 0 6 3 104 0 0 412 0 1 0.0661 0.0000 0.0024 19.000 1.00 4.85 -3.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9938 0.0062
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 600 133 467 0 0 4 0 129 0 0 459 0 8 0.0000 0.0000 0.0171 32.250 3.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 683 251 432 103 4 25 3 116 0 0 431 0 1 0.4104 0.0000 0.0023 11.737 4.27 3.20 1.07 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0615 0.8299 0.1085 1 1 0.0698 0.8198 0.1105 1 1 0.0818 0.8059 0.1124
chr19 38304914 AAGG A 0.000867 0.100 1 -3 1 383 98 285 96 0 0 0 2 1 0 284 0 0 0.9796 0.0035 0.0035 98.000 0.60 6.50 -5.90 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.100 1 -3 3 389 100 289 94 1 3 0 2 0 0 288 0 1 0.9400 0.0000 0.0035 32.333 0.52 6.50 -5.98 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8205 0.1795 0.0000 0 0 0.9926 0.0074 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.100 1 3 1 136 62 74 26 1 10 1 24 0 0 74 0 0 0.4194 0.0000 0.0000 5.200 0.27 3.25 -2.98 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4736 0.5166 0.0098 1 1 0.4763 0.5137 0.0100 1 1 0.4797 0.5100 0.0103
chr19 38565185 G GCACGGCGGC 0.000654 0.100 1 9 3 491 140 351 58 0 18 1 63 0 0 346 0 5 0.4143 0.0000 0.0142 6.722 1.71 8.41 -6.71 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1554 0.8438 0.0009 1 1 0.1673 0.8318 0.0009 1 1 0.1838 0.8154 0.0008
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 406 127 279 11 0 5 2 109 0 0 275 1 3 0.0866 0.0000 0.0143 24.000 0.09 3.11 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9098 0.0902
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 232 27 205 0 0 4 20 3 0 0 205 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.250 3.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0809 0.9191 2 2 0.0000 0.0827 0.9173 2 2 0.0000 0.0853 0.9147
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 232 26 206 0 0 20 5 1 0 0 206 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.231 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1279 0.8721 2 2 0.0000 0.1296 0.8703 2 2 0.0000 0.1320 0.8680
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 469 148 321 0 0 7 1 140 0 0 320 1 0 0.0000 0.0000 0.0031 20.143 5.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 545 185 360 77 0 3 0 105 0 0 359 0 1 0.4162 0.0000 0.0028 60.667 0.22 1.78 -1.56 43 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0075 0.4052 0.5873 1 2 0.0091 0.4149 0.5759 1 2 0.0119 0.4285 0.5596
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.100 1 -1 1 535 119 416 68 0 1 0 50 1 1 413 0 1 0.5714 0.0024 0.0072 118.000 0.53 3.02 -2.49 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7727 0.2262 0.0011 1 0 0.7676 0.2311 0.0013 1 0 0.7604 0.2381 0.0016
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 493 133 360 7 0 4 3 119 0 0 356 3 1 0.0526 0.0000 0.0111 43.000 0.14 2.13 -1.99 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9484 0.0516 2 1 0.0000 0.5337 0.4663
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 918 331 587 145 0 63 0 123 0 0 561 0 26 0.4381 0.0000 0.0443 4.254 0.32 6.40 -6.07 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0661 0.7991 0.1347 1 1 0.0733 0.7819 0.1448 1 1 0.0833 0.7588 0.1580
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 355 110 245 82 0 22 0 6 0 0 243 0 2 0.7455 0.0000 0.0082 4.000 0.44 12.00 -11.56 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0926 0.9074 0.0000 0 0 0.7279 0.2721 0.0000
chr19 46016106 TCGTCCCGGGAGCGCTCCG T 0.003109 0.100 1 -18 1 360 90 270 47 0 4 0 39 0 0 266 0 4 0.5222 0.0000 0.0148 21.500 0.38 16.00 -15.62 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4876 0.5117 0.0007 1 1 0.4921 0.5071 0.0007 1 1 0.4976 0.5017 0.0008
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 376 80 296 42 1 12 1 24 1 0 294 0 1 0.5250 0.0034 0.0068 5.583 2.10 10.29 -8.20 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7854 0.2112 0.0034 1 0 0.7777 0.2185 0.0039 1 0 0.7668 0.2286 0.0046
chr19 47802317 AGATTGGGCCTGG A 0.001318 0.100 1 -12 1 1504 405 1099 304 19 60 3 19 5 0 1092 0 2 0.7506 0.0045 0.0064 5.633 2.49 10.58 -8.09 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1700 0.8300 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 1107 254 853 99 7 42 10 96 0 0 845 2 6 0.3898 0.0000 0.0094 5.000 0.59 3.57 -2.99 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0672 0.7201 0.2127 1 1 0.0739 0.7068 0.2193 1 1 0.0832 0.6896 0.2272
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.100 1 9 1 1136 286 850 119 4 55 0 108 1 0 849 0 0 0.4161 0.0012 0.0012 4.200 0.71 6.56 -5.85 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6092 0.3907 0.0000 1 0 0.6152 0.3848 0.0001 1 0 0.6217 0.3783 0.0001
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 594 140 454 0 0 31 1 108 0 0 444 0 10 0.0000 0.0000 0.0220 3.516 7.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.100 1 -18 2 627 227 400 9 0 49 1 168 0 0 400 0 0 0.0396 0.0000 0.0000 3.633 0.11 12.86 -12.75 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9673 0.0327 2 2 0.0000 0.4550 0.5450
chr19 49960906 GACTGTA G 0.000286 0.100 1 -6 2 927 201 726 187 0 10 0 4 0 0 726 0 0 0.9303 0.0000 0.0000 19.100 0.32 5.50 -5.18 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 691 162 529 6 1 8 140 7 0 0 526 2 1 0.0370 0.0000 0.0057 30.400 0.00 3.00 -3.00 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.5580 0.4420 2 2 0.0000 0.0759 0.9241
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 690 164 526 0 0 9 9 146 0 0 524 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 17.222 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 614 162 452 81 0 5 3 73 0 0 448 1 3 0.5000 0.0000 0.0088 31.400 0.86 2.74 -1.88 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1215 0.6932 0.1853 1 1 0.1260 0.6802 0.1938 1 1 0.1317 0.6634 0.2049
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 250 114 136 64 1 0 0 49 0 0 135 0 1 0.5614 0.0000 0.0074 113.000 0.05 2.08 -2.03 52 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3834 0.5627 0.0539 1 1 0.3780 0.5625 0.0595 1 1 0.3701 0.5623 0.0676
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.100 1 -3 1 590 145 445 72 1 1 0 71 0 0 445 0 0 0.4966 0.0000 0.0000 144.000 0.50 3.41 -2.91 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3554 0.6441 0.0004 1 1 0.3668 0.6328 0.0005 1 1 0.3811 0.6184 0.0005
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1025 255 770 111 0 2 0 142 1 0 767 0 2 0.4353 0.0013 0.0039 126.500 0.14 3.13 -3.00 45 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0019 0.2671 0.7310 1 2 0.0024 0.2724 0.7252 1 2 0.0033 0.2806 0.7161
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 864 262 602 103 0 25 2 132 0 0 602 0 0 0.3931 0.0000 0.0000 9.875 0.31 1.91 -1.60 47 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0007 0.1630 0.8364 1 2 0.0009 0.1678 0.8313 1 2 0.0012 0.1751 0.8237
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 813 158 655 1 0 8 0 149 0 0 648 0 7 0.0063 0.0000 0.0107 18.750 0.00 3.36 -3.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.100 1 4 2 849 180 669 95 0 18 1 66 0 0 664 0 5 0.5278 0.0000 0.0075 8.944 0.21 3.86 -3.65 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8104 0.1894 0.0003 1 0 0.8061 0.1936 0.0003 1 0 0.7998 0.1998 0.0004
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 464 117 347 0 0 24 0 93 0 0 328 0 19 0.0000 0.0000 0.0548 3.875 7.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 694 197 497 97 0 27 0 73 0 0 487 0 10 0.4924 0.0000 0.0201 6.296 0.44 17.29 -16.84 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1680 0.7636 0.0684 1 1 0.1684 0.7553 0.0763 1 1 0.1681 0.7441 0.0877
chr19 55518174 C CATCCCACCATGACTGCTG 0.004924 0.100 1 18 1 879 172 707 23 3 6 9 131 2 5 657 9 34 0.1337 0.0028 0.0707 40.250 3.09 12.24 -9.15 17 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 784 249 535 16 0 40 5 188 0 0 519 3 13 0.0643 0.0000 0.0299 5.200 0.69 4.73 -4.05 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.7309 0.2691
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 593 114 479 0 0 3 0 111 0 1 471 0 7 0.0000 0.0000 0.0167 37.000 3.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr19 56159903 ACCCCGGCAG A 0.044059 0.100 1 -9 1 525 139 386 122 1 12 0 4 0 1 385 0 0 0.8777 0.0000 0.0026 10.583 0.57 10.25 -9.68 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6197 0.3803 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 118 57 61 21 0 3 1 32 0 0 59 0 2 0.3684 0.0000 0.0328 18.000 0.14 3.25 -3.11 7 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0626 0.4795 0.4578 1 1 0.0681 0.4843 0.4475 1 1 0.0760 0.4905 0.4335
chr19 57874165 CATA C 0.001160 0.100 1 -3 2 969 253 716 120 3 10 3 117 7 8 699 0 2 0.4743 0.0098 0.0237 24.200 0.77 3.70 -2.93 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6132 0.3868 0.0000 1 0 0.6201 0.3798 0.0000 1 0 0.6278 0.3722 0.0000
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.100 1 -48 1 114 44 70 3 0 7 0 34 0 0 46 0 24 0.0682 0.0000 0.3429 5.286 1.00 7.24 -6.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.8506 0.1494 2 1 0.0000 0.6348 0.3652
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 339 139 200 117 0 8 0 14 0 0 200 0 0 0.8417 0.0000 0.0000 16.375 0.62 2.14 -1.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0281 0.9719 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 107 58 49 31 0 1 0 26 0 0 49 0 0 0.5345 0.0000 0.0000 57.000 0.52 6.62 -6.10 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2761 0.5657 0.1581 1 1 0.2748 0.5618 0.1635 1 1 0.2727 0.5567 0.1706
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 461 115 346 106 2 4 0 3 1 1 344 0 0 0.9217 0.0029 0.0058 27.250 0.70 3.00 -2.30 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8119 0.1881 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 496 162 334 96 0 2 0 64 0 0 330 0 4 0.5926 0.0000 0.0120 160.000 0.29 8.55 -8.26 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8109 0.1870 0.0020 1 0 0.8036 0.1940 0.0025 1 0 0.7929 0.2039 0.0033
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 496 163 333 91 0 9 2 61 0 0 329 0 4 0.5583 0.0000 0.0120 17.111 0.29 8.61 -8.32 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7560 0.2402 0.0038 1 0 0.7492 0.2463 0.0046 1 0 0.7392 0.2550 0.0057
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 493 143 350 81 0 1 0 61 1 0 349 0 0 0.5664 0.0029 0.0029 142.000 0.33 8.18 -7.85 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7133 0.2805 0.0063 1 0 0.7070 0.2857 0.0073 1 0 0.6978 0.2933 0.0089
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 707 181 526 103 0 2 0 76 0 0 525 0 1 0.5691 0.0000 0.0019 89.500 0.34 6.84 -6.50 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7472 0.2493 0.0035 1 0 0.7404 0.2553 0.0043 1 0 0.7305 0.2641 0.0055
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.100 1 -15 1 646 185 461 169 1 12 0 3 1 0 459 0 1 0.9135 0.0022 0.0043 14.417 0.35 15.00 -14.65 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9960 0.0040 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 508 157 351 8 0 0 3 146 0 0 345 0 6 0.0510 0.0000 0.0171 157.000 0.00 3.08 -3.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.5314 0.4686 2 2 0.0000 0.0458 0.9542
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 904 259 645 112 1 34 5 107 0 0 639 0 6 0.4324 0.0000 0.0093 6.588 0.47 3.20 -2.72 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0561 0.7165 0.2275 1 1 0.0609 0.7011 0.2380 1 1 0.0675 0.6812 0.2513
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.100 1 -3 1 545 246 299 109 15 11 9 102 0 0 299 0 0 0.4431 0.0000 0.0000 21.400 0.17 3.34 -3.18 35 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4771 0.5225 0.0004 1 1 0.4880 0.5116 0.0004 1 0 0.5010 0.4985 0.0005
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.100 1 36 4 710 165 545 69 4 17 7 68 0 0 545 0 0 0.4182 0.0000 0.0000 8.529 0.38 2.88 -2.51 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2947 0.7016 0.0037 1 1 0.3072 0.6890 0.0038 1 1 0.3235 0.6726 0.0039
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 206 30 176 0 0 2 0 28 0 0 168 1 7 0.0000 0.0000 0.0455 14.000 6.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 339 167 172 10 0 1 0 156 0 0 172 0 0 0.0599 0.0000 0.0000 166.000 0.20 1.78 -1.58 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8735 0.1265 2 2 0.0000 0.1120 0.8880
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 836 209 627 0 0 3 0 206 0 0 612 0 15 0.0000 0.0000 0.0239 68.667 5.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 299 47 252 0 0 5 0 42 0 0 252 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.400 2.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.100 1 -3 1 906 239 667 133 1 18 0 87 0 0 665 0 2 0.5565 0.0000 0.0030 12.278 1.20 4.64 -3.45 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9665 0.0335 0.0000 1 0 0.9635 0.0365 0.0000 1 0 0.9589 0.0411 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1136 171 965 97 1 4 0 69 1 0 959 0 5 0.5673 0.0010 0.0062 55.667 1.73 3.26 -1.53 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6263 0.3648 0.0089 1 0 0.6183 0.3712 0.0106 1 0 0.6065 0.3802 0.0133
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1138 171 967 94 1 5 4 67 0 0 962 0 5 0.5497 0.0000 0.0052 32.800 1.53 3.36 -1.83 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5013 0.4790 0.0197 1 0 0.4970 0.4803 0.0226 1 0 0.4901 0.4827 0.0272
chr21 44558380 GGGCACACAGCAGACTGGCTTGCAGCAGACA G 0.000053 0.100 1 -30 1 1105 203 902 190 2 5 0 6 1 0 901 0 0 0.9360 0.0011 0.0011 39.400 0.27 20.33 -20.06 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.100 1 -2 2 744 247 497 153 0 7 1 86 1 0 491 2 3 0.6194 0.0020 0.0121 34.286 1.65 7.81 -6.16 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9930 0.0070 0.0000 1 0 0.9919 0.0081 0.0000 1 0 0.9901 0.0099 0.0000
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.100 1 2 1 747 238 509 149 1 1 4 83 1 0 502 1 5 0.6261 0.0020 0.0138 235.000 1.67 7.92 -6.24 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9896 0.0104 0.0000 1 0 0.9881 0.0119 0.0000 1 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 680 140 540 70 2 22 2 44 0 0 538 0 2 0.5000 0.0000 0.0037 6.158 4.56 11.14 -6.58 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7550 0.2392 0.0058 1 0 0.7444 0.2486 0.0070 1 0 0.7294 0.2618 0.0088
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 355 155 200 0 0 17 1 137 0 0 200 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.118 7.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 571 235 336 96 9 23 0 107 0 0 335 0 1 0.4085 0.0000 0.0030 9.217 0.49 3.19 -2.70 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1336 0.7524 0.1140 1 1 0.1434 0.7372 0.1195 1 1 0.1564 0.7172 0.1264
chr21 46302071 ATGG A 0.001115 0.100 1 -3 1 572 237 335 206 4 18 1 8 0 0 335 0 0 0.8692 0.0000 0.0000 12.167 1.78 3.00 -1.22 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0860 0.9140 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.100 1 6 1 3768 1160 2608 535 3 45 2 575 0 0 2575 0 33 0.4612 0.0000 0.0127 24.778 0.67 5.93 -5.26 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0000 0.9412 0.0588 1 1 0.0000 0.9323 0.0677 1 1 0.0000 0.9206 0.0794
chr22 20564628 CCAG C 0.002397 0.100 1 -3 1 387 162 225 72 1 28 5 56 0 0 225 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 4.786 0.29 3.04 -2.74 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6294 0.3705 0.0001 1 0 0.6302 0.3696 0.0002 1 0 0.6307 0.3692 0.0002
chr22 20858678 G GCCGCCT 0.004141 0.100 1 6 2 488 168 320 121 2 41 0 4 0 0 320 0 0 0.7202 0.0000 0.0000 3.098 0.48 6.50 -6.02 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9458 0.0542 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 228 118 110 71 1 5 2 39 0 0 109 0 1 0.6017 0.0000 0.0091 22.600 0.17 3.41 -3.24 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8941 0.1052 0.0007 1 0 0.8869 0.1122 0.0009 1 0 0.8764 0.1223 0.0012
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 631 149 482 70 0 27 0 52 0 1 464 0 17 0.4698 0.0000 0.0373 4.519 0.77 15.54 -14.77 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0523 0.6956 0.2521 1 1 0.0537 0.6834 0.2629 1 1 0.0554 0.6677 0.2769
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.100 1 3 1 1181 313 868 140 9 38 3 123 0 1 866 0 1 0.4473 0.0000 0.0023 7.237 0.85 3.07 -2.22 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7168 0.2831 0.0000 1 0 0.7197 0.2803 0.0000 1 0 0.7221 0.2778 0.0000
chr22 30428672 T TA 0.000840 0.100 1 1 2 302 108 194 59 0 0 0 49 0 0 194 0 0 0.5463 0.0000 0.0000 108.000 0.15 1.33 -1.17 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6131 0.3868 0.0001 1 0 0.6136 0.3864 0.0001 1 0 0.6135 0.3864 0.0001
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.100 1 -6 1 558 154 404 89 0 2 0 63 0 0 403 0 1 0.5779 0.0000 0.0025 76.000 0.69 6.05 -5.36 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8486 0.1514 0.0000 1 0 0.8435 0.1564 0.0000 1 0 0.8362 0.1638 0.0000
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 494 227 267 180 0 40 0 7 0 0 267 0 0 0.7930 0.0000 0.0000 4.675 0.54 6.00 -5.46 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 0 0.9372 0.0628 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 375 187 188 173 0 5 0 9 0 0 186 0 2 0.9251 0.0000 0.0106 36.400 0.46 32.89 -32.43 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0923 0.9077 0.0000 0 0 0.8929 0.1071 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 441 207 234 109 1 18 0 79 0 0 228 0 6 0.5266 0.0000 0.0256 10.500 0.23 7.37 -7.14 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7484 0.2489 0.0027 1 0 0.7436 0.2531 0.0033 1 0 0.7363 0.2595 0.0042
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 222 111 111 56 0 4 1 50 0 0 110 0 1 0.5045 0.0000 0.0090 26.750 0.68 4.42 -3.74 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3439 0.5804 0.0757 1 1 0.3479 0.5731 0.0790 1 1 0.3526 0.5639 0.0835
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 346 154 192 4 0 7 0 143 0 0 188 0 4 0.0260 0.0000 0.0208 21.000 0.00 3.01 -3.01 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6256 0.3744 2 2 0.0000 0.0186 0.9814 2 2 0.0000 0.0043 0.9957
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 507 165 342 63 0 26 6 70 0 0 339 0 3 0.3818 0.0000 0.0088 5.346 0.22 3.26 -3.03 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0458 0.5968 0.3574 1 1 0.0513 0.5953 0.3534 1 1 0.0592 0.5935 0.3473
chr22 42128927 T TGGGGCGAAAGGGGCGAAA 0.000188 0.100 1 18 2 1294 319 975 182 0 49 0 88 0 0 938 1 36 0.5705 0.0000 0.0379 5.510 0.38 11.48 -11.10 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9845 0.0155 0.0000 1 0 0.9828 0.0172 0.0000 1 0 0.9802 0.0198 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1192 309 883 178 0 2 0 129 5 0 871 0 7 0.5761 0.0057 0.0136 153.500 7.08 10.67 -3.60 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9394 0.0606 0.0000 1 0 0.9357 0.0642 0.0001 1 0 0.9302 0.0697 0.0001
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.100 1 -1 1 864 381 483 284 2 3 0 92 0 0 483 0 0 0.7454 0.0000 0.0000 126.000 0.20 2.86 -2.65 84 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.2759 0.7241 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.100 1 -6 1 699 152 547 125 2 16 0 9 0 0 546 0 1 0.8224 0.0000 0.0018 8.500 1.90 6.33 -4.43 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1999 0.8001 0.0000 0 0 0.9346 0.0654 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.100 1 -18 2 356 121 235 59 0 20 0 42 0 0 229 1 5 0.4876 0.0000 0.0255 5.050 0.63 14.50 -13.87 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6092 0.3828 0.0080 1 0 0.6080 0.3832 0.0087 1 0 0.6060 0.3843 0.0097
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1254 399 855 338 2 53 0 6 0 2 848 0 5 0.8471 0.0000 0.0082 6.528 0.80 17.17 -16.36 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
816 rows