File Info

Filename
HG02717_x_HG02723_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/9d/8edb185f75de9e1d069cc8a93a7a4b/HG02717_x_HG02723_FF_5.features.tsv
Size
164.7 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02717_x_HG02723_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 964529 AGGTCCGCAGTGGGGCTGCGGGGAGGGGGGCGCG A 0.000081 0.050 1 -33 1 485 145 340 73 8 37 19 8 1 1 336 2 0 0.5034 0.0029 0.0118 3.379 5.21 11.38 -6.17 9 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9297 0.0703 0.0000 1 0 0.8044 0.1956 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000
chr1 1708843 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 421 166 255 144 3 14 0 5 0 0 255 0 0 0.8675 0.0000 0.0000 10.714 1.43 6.60 -5.17 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 0 0.5719 0.4281 0.0000 0 0 0.8403 0.1597 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 304 139 165 133 0 3 0 3 0 0 165 0 0 0.9568 0.0000 0.0000 45.333 0.40 3.00 -2.60 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1754 0.8246 0.0000 0 0 0.7823 0.2177 0.0000 0 0 0.8885 0.1115 0.0000
chr1 2641827 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 395 123 272 70 0 1 0 52 0 0 272 0 0 0.5691 0.0000 0.0000 122.000 0.86 1.67 -0.82 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4712 0.4493 0.0795 1 0 0.4638 0.4525 0.0838 1 1 0.4537 0.4566 0.0897
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 773 257 516 180 3 47 3 24 0 1 514 0 1 0.7004 0.0000 0.0039 4.447 0.32 3.17 -2.85 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 514 124 390 4 0 13 1 106 0 0 384 1 5 0.0323 0.0000 0.0154 8.538 1.00 3.32 -2.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9755 0.0245 2 2 0.0000 0.4715 0.5285 2 2 0.0000 0.2278 0.7722
chr1 12847504 CT C 0.500000 0.050 1 -1 5 475 73 402 70 0 0 0 3 0 0 402 0 0 0.9589 0.0000 0.0000 73.000 1.04 2.00 -0.96 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0421 0.9579 0.0000 0 1 0.4315 0.5685 0.0000 0 0 0.6373 0.3627 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 884 161 723 146 0 10 0 5 0 0 723 0 0 0.9068 0.0000 0.0000 15.100 0.28 3.20 -2.92 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0111 0.9889 0.0000 0 0 0.5650 0.4350 0.0000 0 0 0.8378 0.1622 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 440 104 336 67 0 2 1 34 0 0 336 0 0 0.6442 0.0000 0.0000 51.000 0.40 1.09 -0.69 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6631 0.3088 0.0280 1 0 0.6502 0.3188 0.0310 1 0 0.6325 0.3321 0.0354
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.050 1 -9 1 186 75 111 49 0 0 0 26 0 0 111 0 0 0.6533 0.0000 0.0000 75.000 1.29 9.12 -7.83 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5537 0.3893 0.0570 1 0 0.5430 0.3961 0.0610 1 0 0.5285 0.4049 0.0666
chr1 26282316 TGGGTCCAGGACA T 0.500000 0.050 1 -12 1 763 176 587 115 3 14 4 40 0 1 568 9 9 0.6534 0.0000 0.0324 14.545 2.28 19.82 -17.55 77 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8724 0.1247 0.0029 1 0 0.8612 0.1352 0.0036 1 0 0.8451 0.1502 0.0047
chr1 26282362 GCCGGGACCGGGA G 0.500000 0.050 1 -12 4 791 183 608 67 20 33 4 59 0 0 604 2 2 0.3661 0.0000 0.0066 4.452 2.51 13.46 -10.95 51 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4269 0.4791 0.0940 1 1 0.4214 0.4803 0.0983 1 1 0.4138 0.4819 0.1043
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 629 159 470 147 0 3 0 9 0 0 467 0 3 0.9245 0.0000 0.0064 52.000 1.02 18.89 -17.87 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 1 0.2819 0.7181 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 369 154 215 7 0 13 1 133 0 0 211 0 4 0.0455 0.0000 0.0186 10.846 0.00 2.97 -2.97 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7798 0.2202 2 2 0.0000 0.3289 0.6711
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.050 1 -3 1 776 179 597 172 0 3 0 4 0 0 597 0 0 0.9609 0.0000 0.0000 58.667 0.48 3.00 -2.52 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0996 0.9004 0.0000 0 0 0.8278 0.1722 0.0000 0 0 0.9332 0.0668 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 604 156 448 0 1 16 2 137 0 0 448 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.688 5.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0312 0.9688 2 2 0.0000 0.0333 0.9667 2 2 0.0000 0.0363 0.9637
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 236 85 151 69 3 9 0 4 0 0 151 0 0 0.8118 0.0000 0.0000 8.444 0.20 2.75 -2.55 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 1 0.2895 0.7105 0.0000 0 0 0.5590 0.4410 0.0000
chr1 55214867 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 197 69 128 30 1 8 0 30 0 0 126 0 2 0.4348 0.0000 0.0156 7.625 0.63 3.97 -3.33 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2286 0.5189 0.2524 1 1 0.2298 0.5175 0.2527 1 1 0.2312 0.5157 0.2531
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.050 1 -30 1 534 123 411 108 0 12 0 3 0 0 410 0 1 0.8780 0.0000 0.0024 9.250 0.36 31.00 -30.64 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 1 0.4980 0.5020 0.0000 0 0 0.7507 0.2493 0.0000
chr1 74109528 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 144 66 78 38 0 4 3 21 0 0 78 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 15.250 0.13 1.00 -0.87 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4361 0.4596 0.1043 1 1 0.4292 0.4623 0.1084 1 1 0.4201 0.4659 0.1141
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 784 158 626 140 0 13 0 5 0 0 625 0 1 0.8861 0.0000 0.0016 11.154 0.59 3.00 -2.41 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.3649 0.6351 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 158 72 86 28 0 6 0 38 0 0 84 0 2 0.3889 0.0000 0.0233 11.000 0.11 3.68 -3.58 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1218 0.4791 0.3990 1 1 0.1258 0.4806 0.3936 1 1 0.1311 0.4824 0.3865
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 435 175 260 82 0 33 0 60 0 0 254 0 6 0.4686 0.0000 0.0231 4.303 0.37 9.88 -9.52 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4344 0.4751 0.0905 1 1 0.4286 0.4766 0.0948 1 1 0.4207 0.4785 0.1008
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 421 144 277 10 0 8 2 124 0 0 273 0 4 0.0694 0.0000 0.0144 17.000 0.30 5.74 -5.44 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 1 0.0000 0.6454 0.3546
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 419 152 267 10 0 16 0 126 0 0 267 0 0 0.0658 0.0000 0.0000 8.500 0.50 5.75 -5.25 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9725 0.0275 2 1 0.0000 0.6662 0.3338
chr1 92074789 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 667 198 469 194 0 1 0 3 0 0 469 0 0 0.9798 0.0000 0.0000 197.000 0.37 1.00 -0.63 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4988 0.5012 0.0000 0 0 0.9417 0.0583 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 172 80 92 46 0 4 0 30 0 0 92 0 0 0.5750 0.0000 0.0000 19.000 0.13 3.27 -3.14 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4544 0.4522 0.0934 1 1 0.4470 0.4553 0.0977 1 1 0.4371 0.4594 0.1035
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 429 124 305 69 0 6 2 47 0 1 299 0 5 0.5565 0.0000 0.0197 19.667 0.58 3.04 -2.46 55 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4428 0.4665 0.0908 1 1 0.4363 0.4686 0.0951 1 1 0.4277 0.4713 0.1010
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 799 216 583 111 0 26 1 78 0 0 583 0 0 0.5139 0.0000 0.0000 7.269 1.40 10.26 -8.86 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6433 0.3301 0.0266 1 0 0.6317 0.3387 0.0296 1 0 0.6159 0.3502 0.0339
chr1 113838118 A AATT 0.500000 0.050 1 3 1 782 201 581 191 1 4 0 5 0 0 581 0 0 0.9502 0.0000 0.0000 49.250 0.35 3.00 -2.65 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0345 0.9655 0.0000 0 0 0.8015 0.1985 0.0000 0 0 0.9396 0.0604 0.0000
chr1 116579647 GGTCGTC G 0.500000 0.050 1 -6 3 597 199 398 168 2 24 0 5 0 0 398 0 0 0.8442 0.0000 0.0000 7.292 0.27 7.00 -6.73 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 0 0.7043 0.2957 0.0000 0 0 0.9030 0.0970 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 337 134 203 3 0 9 1 121 0 0 203 0 0 0.0224 0.0000 0.0000 13.889 0.33 2.04 -1.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8606 0.1394 2 2 0.0000 0.2678 0.7322 2 2 0.0000 0.1407 0.8593
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 219 98 121 44 0 10 1 43 0 0 120 0 1 0.4490 0.0000 0.0083 8.800 0.80 5.74 -4.95 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2249 0.5269 0.2482 1 1 0.2263 0.5248 0.2488 1 1 0.2281 0.5223 0.2496
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1155 249 906 125 0 47 0 77 0 0 892 0 14 0.5020 0.0000 0.0155 4.298 0.60 3.57 -2.97 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6581 0.3191 0.0228 1 0 0.6466 0.3279 0.0255 1 0 0.6308 0.3397 0.0295
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 250 88 162 0 0 10 0 78 0 0 143 0 19 0.0000 0.0000 0.1173 7.800 10.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0838 0.9162 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1161 274 887 126 2 59 2 85 2 2 857 6 20 0.4599 0.0023 0.0338 3.627 1.59 11.54 -9.95 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4525 0.4777 0.0698 1 1 0.4473 0.4786 0.0741 1 1 0.4399 0.4799 0.0801
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1723 499 1224 5 13 138 1 342 0 0 1177 1 46 0.0100 0.0000 0.0384 2.616 11.40 7.63 3.77 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8937 0.1063 2 2 0.0000 0.0598 0.9402
chr1 156583439 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 301 70 231 41 0 1 0 28 0 0 231 0 0 0.5857 0.0000 0.0000 69.000 0.10 1.32 -1.22 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4131 0.4727 0.1142 1 1 0.4071 0.4745 0.1183 1 1 0.3992 0.4769 0.1238
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 760 233 527 0 0 5 3 225 0 0 525 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 57.000 2.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1756 399 1357 188 0 11 0 200 0 0 1356 0 1 0.4712 0.0000 0.0007 35.273 0.24 1.43 -1.19 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0932 0.5699 0.3369 1 1 0.0981 0.5645 0.3375 1 1 0.1047 0.5577 0.3376
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 254 64 190 49 1 10 1 3 0 0 190 0 0 0.7656 0.0000 0.0000 5.400 0.43 1.00 -0.57 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0227 0.9773 0.0000 0 1 0.2820 0.7180 0.0000 0 1 0.4865 0.5135 0.0000
chr1 175160809 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 732 136 596 5 7 4 69 51 0 0 596 0 0 0.0368 0.0000 0.0000 31.500 0.40 9.43 -9.03 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9618 0.0382 2 1 0.0000 0.7119 0.2881
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 174 61 113 35 0 6 1 19 0 0 113 0 0 0.5738 0.0000 0.0000 9.167 0.09 4.74 -4.65 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4459 0.4534 0.1008 1 1 0.4385 0.4565 0.1049 1 1 0.4288 0.4606 0.1106
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 458 236 222 9 98 46 3 80 0 3 219 0 0 0.0381 0.0000 0.0135 4.200 0.00 2.76 -2.76 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5705 0.3882 0.0413 1 0 0.5608 0.3943 0.0449 1 0 0.5475 0.4024 0.0501
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 458 236 222 89 6 43 88 10 0 0 219 3 0 0.3771 0.0000 0.0135 4.683 2.44 3.00 -0.56 49 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1498 0.5439 0.3063 1 1 0.1537 0.5405 0.3058 1 1 0.1589 0.5364 0.3048
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 458 244 214 120 0 29 2 93 0 0 204 0 10 0.4918 0.0000 0.0467 7.414 2.29 11.45 -9.16 58 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4053 0.5041 0.0905 1 1 0.4015 0.5035 0.0950 1 1 0.3962 0.5027 0.1011
chr1 214383705 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 1 842 211 631 99 1 25 1 85 0 0 629 0 2 0.4692 0.0000 0.0032 7.440 0.40 6.20 -5.80 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3760 0.5133 0.1107 1 1 0.3728 0.5122 0.1150 1 1 0.3684 0.5107 0.1209
chr1 225240637 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 224 85 139 81 0 2 0 2 0 0 139 0 0 0.9529 0.0000 0.0000 41.500 0.12 1.00 -0.88 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2347 0.7653 0.0000 0 0 0.6611 0.3389 0.0000 0 0 0.7685 0.2315 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 672 137 535 111 1 19 0 6 0 0 533 0 2 0.8102 0.0000 0.0037 6.211 0.74 10.50 -9.76 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0706 0.9294 0.0000 0 1 0.4292 0.5708 0.0000
chr1 231185061 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 227 86 141 49 0 0 2 35 0 0 140 1 0 0.5698 0.0000 0.0071 85.000 0.10 7.09 -6.98 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3878 0.4879 0.1243 1 1 0.3830 0.4887 0.1283 1 1 0.3766 0.4897 0.1336
chr1 231185064 CCTGG C 0.500000 0.050 1 -4 1 227 91 136 52 0 0 2 37 0 0 134 0 2 0.5714 0.0000 0.0147 90.000 0.10 6.81 -6.71 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3799 0.4927 0.1275 1 1 0.3755 0.4931 0.1314 1 1 0.3696 0.4937 0.1367
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 556 159 397 9 0 15 4 131 0 0 391 3 3 0.0566 0.0000 0.0151 9.600 0.56 3.46 -2.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9287 0.0713 2 2 0.0000 0.4991 0.5009
chr1 240092723 T TGCA 0.500000 0.050 1 3 2 668 137 531 54 3 28 0 52 1 0 526 0 4 0.3942 0.0019 0.0094 3.893 0.63 3.42 -2.79 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2560 0.5336 0.2104 1 1 0.2565 0.5310 0.2125 1 1 0.2571 0.5279 0.2151
chr1 240207539 A ACCCCCT 0.500000 0.050 1 6 2 403 113 290 88 1 21 0 3 0 0 289 0 1 0.7788 0.0000 0.0034 4.381 1.44 4.67 -3.22 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3826 0.6174 0.0000 0 0 0.6559 0.3441 0.0000
chr1 243165367 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 623 117 506 61 0 7 0 49 0 0 506 0 0 0.5214 0.0000 0.0000 15.714 0.13 2.98 -2.85 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3892 0.4920 0.1188 1 1 0.3847 0.4924 0.1229 1 1 0.3785 0.4930 0.1285
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 468 119 349 53 1 2 0 63 0 0 349 0 0 0.4454 0.0000 0.0000 58.500 0.64 1.17 -0.53 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1421 0.5117 0.3462 1 1 0.1458 0.5108 0.3434 1 1 0.1509 0.5096 0.3395
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 629 164 465 102 0 1 0 61 0 0 463 0 2 0.6220 0.0000 0.0043 163.000 0.77 3.03 -2.26 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7263 0.2584 0.0154 1 0 0.7133 0.2692 0.0175 1 0 0.6954 0.2839 0.0207
chr1 248022826 CAAG C 0.500000 0.050 1 -3 3 630 159 471 155 0 1 0 3 0 0 471 0 0 0.9748 0.0000 0.0000 158.000 0.42 3.33 -2.91 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2695 0.7305 0.0000 0 0 0.8604 0.1396 0.0000 0 0 0.9309 0.0691 0.0000
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.050 1 -4 2 1264 302 962 167 1 6 0 128 0 0 953 0 9 0.5530 0.0000 0.0094 49.167 0.14 6.73 -6.59 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5951 0.3766 0.0283 1 0 0.5862 0.3825 0.0314 1 0 0.5738 0.3904 0.0358
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1085 260 825 132 1 4 0 123 0 0 823 0 2 0.5077 0.0000 0.0024 64.000 2.83 1.44 1.39 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3031 0.5595 0.1375 1 1 0.3032 0.5550 0.1418 1 1 0.3031 0.5493 0.1475
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 667 217 450 161 0 2 0 54 0 0 450 0 0 0.7419 0.0000 0.0000 107.500 1.26 4.80 -3.54 105 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9870 0.0129 0.0000 1 0 0.9844 0.0155 0.0000 1 0 0.9802 0.0198 0.0001
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 795 69 726 0 0 3 2 64 0 0 715 0 11 0.0000 0.0000 0.0152 22.000 2.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1259 0.8741 2 2 0.0000 0.1303 0.8697 2 2 0.0000 0.1364 0.8636
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 1173 320 853 174 0 7 0 139 0 0 853 0 0 0.5437 0.0000 0.0000 44.714 0.14 4.22 -4.09 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6448 0.3350 0.0203 1 0 0.6348 0.3425 0.0228 1 0 0.6208 0.3526 0.0266
chr1 248626807 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 435 111 324 103 0 4 0 4 0 0 324 0 0 0.9279 0.0000 0.0000 26.750 0.78 3.00 -2.22 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 1 0.4673 0.5327 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr1 248638528 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 310 103 207 97 1 1 0 4 0 0 207 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 102.000 0.55 2.75 -2.20 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0177 0.9823 0.0000 0 1 0.4383 0.5617 0.0000 0 0 0.7036 0.2964 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 332 117 215 100 0 13 0 4 0 0 215 0 0 0.8547 0.0000 0.0000 8.000 0.23 5.75 -5.52 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0177 0.9823 0.0000 0 1 0.4489 0.5511 0.0000 0 0 0.7131 0.2869 0.0000
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 1213 330 883 205 0 7 2 116 0 0 883 0 0 0.6212 0.0000 0.0000 46.143 0.26 5.49 -5.23 137 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9612 0.0386 0.0002 1 0 0.9557 0.0440 0.0002 1 0 0.9474 0.0523 0.0004
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1498 290 1208 268 0 16 0 6 0 0 1208 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 17.125 0.87 3.50 -2.63 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0453 0.9547 0.0000 0 0 0.9312 0.0688 0.0000 0 0 0.9852 0.0148 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 199 79 120 2 0 1 0 76 0 0 117 0 3 0.0253 0.0000 0.0250 78.000 0.00 3.61 -3.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8336 0.1664 2 2 0.0000 0.4310 0.5690 2 2 0.0000 0.3067 0.6933
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 376 132 244 57 0 19 0 56 0 0 236 1 7 0.4318 0.0000 0.0328 5.947 1.33 8.41 -7.08 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0923 0.4937 0.4140 1 1 0.0944 0.4929 0.4127 1 1 0.0971 0.4920 0.4108
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 618 177 441 89 0 16 0 72 0 0 439 0 2 0.5028 0.0000 0.0045 10.062 0.38 9.07 -8.69 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5156 0.4325 0.0518 1 0 0.5111 0.4345 0.0544 1 0 0.5048 0.4373 0.0579
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 634 149 485 124 0 22 0 3 0 0 485 0 0 0.8322 0.0000 0.0000 5.773 0.47 9.00 -8.53 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7233 0.2767 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 218 64 154 2 0 1 0 61 0 0 151 0 3 0.0312 0.0000 0.0195 63.000 0.00 3.08 -3.08 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8395 0.1605 2 2 0.0000 0.4396 0.5604 2 2 0.0000 0.3120 0.6880
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 708 141 567 52 1 12 0 76 0 0 561 0 6 0.3688 0.0000 0.0106 10.750 0.37 3.00 -2.63 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0345 0.3450 0.6206 1 2 0.0378 0.3534 0.6088 1 2 0.0426 0.3645 0.5929
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 189 75 114 37 0 6 0 32 0 0 114 0 0 0.4933 0.0000 0.0000 11.500 0.05 3.03 -2.98 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3022 0.5135 0.1843 1 1 0.3006 0.5125 0.1869 1 1 0.2985 0.5112 0.1903
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 510 182 328 54 2 56 2 68 0 0 327 1 0 0.2967 0.0000 0.0030 2.250 0.31 1.99 -1.67 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0981 0.4767 0.4252 1 1 0.1024 0.4782 0.4195 1 1 0.1082 0.4800 0.4118
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 419 176 243 86 0 15 0 75 0 0 243 0 0 0.4886 0.0000 0.0000 10.733 0.56 3.23 -2.67 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3634 0.5140 0.1226 1 1 0.3604 0.5128 0.1268 1 1 0.3562 0.5114 0.1324
chr2 71364133 A ACAGATC 0.500000 0.050 1 6 1 282 82 200 70 0 9 0 3 0 0 200 0 0 0.8537 0.0000 0.0000 8.111 0.40 4.33 -3.93 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0420 0.9580 0.0000 0 1 0.4315 0.5685 0.0000 0 0 0.6373 0.3627 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 663 168 495 1 5 40 2 120 0 0 479 1 15 0.0060 0.0000 0.0323 3.316 2.00 9.58 -7.58 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6286 0.3714 2 2 0.0000 0.2577 0.7423 2 2 0.0000 0.1487 0.8513
chr2 73385903 TGGAGGAGGAGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 666 179 487 81 8 30 1 59 0 0 476 0 11 0.4525 0.0000 0.0226 4.933 5.01 12.54 -7.53 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4553 0.4644 0.0803 1 1 0.4489 0.4665 0.0846 1 1 0.4401 0.4693 0.0906
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 451 109 342 46 0 10 0 53 0 0 339 0 3 0.4220 0.0000 0.0088 9.900 0.04 3.62 -3.58 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.5018 0.3631 1 1 0.1389 0.5016 0.3595 1 1 0.1441 0.5013 0.3546
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 345 110 235 4 0 6 1 99 0 0 226 0 9 0.0364 0.0000 0.0383 17.333 0.00 8.74 -8.74 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9778 0.0222 2 2 0.0000 0.4958 0.5042 2 2 0.0000 0.2448 0.7552
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 378 136 242 66 1 7 0 62 0 0 241 0 1 0.4853 0.0000 0.0041 18.429 0.97 3.47 -2.50 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2780 0.5348 0.1872 1 1 0.2778 0.5322 0.1900 1 1 0.2775 0.5289 0.1936
chr2 85343677 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 676 123 553 92 0 2 1 28 0 0 540 0 13 0.7480 0.0000 0.0235 60.500 0.23 6.36 -6.13 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8292 0.1649 0.0059 1 0 0.8166 0.1764 0.0070 1 0 0.7986 0.1925 0.0088
chr2 85754556 ACGC A 0.500000 0.050 1 -3 4 611 171 440 74 2 14 3 78 0 0 440 0 0 0.4327 0.0000 0.0000 11.214 1.00 3.86 -2.86 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1737 0.5401 0.2861 1 1 0.1770 0.5371 0.2859 1 1 0.1812 0.5333 0.2855
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 699 172 527 1 0 23 5 143 0 1 519 0 7 0.0058 0.0000 0.0152 6.478 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 2 2 0.0000 0.0450 0.9550 2 2 0.0000 0.0370 0.9630
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 458 132 326 70 0 2 0 60 0 0 324 0 2 0.5303 0.0000 0.0061 65.000 0.17 3.03 -2.86 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3294 0.5212 0.1494 1 1 0.3274 0.5196 0.1530 1 1 0.3245 0.5176 0.1579
chr2 101405989 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 141 70 71 65 0 3 0 2 0 0 71 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 22.333 0.35 3.00 -2.65 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1640 0.8360 0.0000 0 0 0.5664 0.4336 0.0000 0 0 0.6932 0.3068 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 522 115 407 0 0 1 0 114 0 0 394 0 13 0.0000 0.0000 0.0319 114.000 5.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 300 104 196 1 0 10 0 93 0 0 194 0 2 0.0096 0.0000 0.0102 9.400 1.00 6.33 -5.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3191 0.6809 2 2 0.0000 0.1578 0.8422 2 2 0.0000 0.1295 0.8705
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 693 187 506 172 0 13 0 2 0 2 504 0 0 0.9198 0.0000 0.0040 13.385 0.57 1.00 -0.43 56 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7561 0.2439 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000 0 0 0.9683 0.0317 0.0000
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 535 139 396 129 0 7 0 3 0 0 395 0 1 0.9281 0.0000 0.0025 18.857 0.22 3.00 -2.78 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0361 0.9639 0.0000 0 0 0.6248 0.3752 0.0000 0 0 0.8328 0.1672 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 184 56 128 6 2 11 9 28 0 0 126 1 1 0.1071 0.0000 0.0156 3.273 0.00 1.25 -1.25 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0011 0.9775 0.0213 2 1 0.0001 0.9645 0.0354 2 1 0.0000 0.8287 0.1713
chr2 173221473 C CAAT 0.500000 0.050 1 3 1 302 71 231 37 0 1 0 33 0 0 230 0 1 0.5211 0.0000 0.0043 70.000 0.35 2.79 -2.44 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2760 0.5189 0.2051 1 1 0.2754 0.5175 0.2071 1 1 0.2747 0.5157 0.2096
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 853 303 550 191 1 8 0 103 0 0 548 0 2 0.6304 0.0000 0.0036 36.750 0.52 4.17 -3.65 85 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9618 0.0380 0.0002 1 0 0.9564 0.0434 0.0003 1 0 0.9480 0.0516 0.0004
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.050 1 -18 1 317 102 215 84 0 14 1 3 0 0 215 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 6.214 0.06 12.00 -11.94 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0523 0.9477 0.0000 0 1 0.4921 0.5079 0.0000 0 0 0.6928 0.3072 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 677 144 533 83 0 7 0 54 0 0 530 0 3 0.5764 0.0000 0.0056 19.571 0.41 3.89 -3.48 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5771 0.3787 0.0441 1 0 0.5665 0.3856 0.0478 1 0 0.5522 0.3947 0.0531
chr2 186694302 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 307 134 173 51 1 21 2 59 0 0 164 0 9 0.3806 0.0000 0.0520 5.333 2.75 7.37 -4.63 27 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0803 0.4503 0.4695 1 2 0.0846 0.4534 0.4620 1 1 0.0905 0.4574 0.4521
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 306 139 167 11 55 25 2 46 0 0 167 0 0 0.0791 0.0000 0.0000 4.520 0.27 3.22 -2.94 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3810 0.4940 0.1250 1 1 0.3766 0.4943 0.1290 1 1 0.3708 0.4948 0.1344
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 198 67 131 24 6 12 2 23 0 0 131 0 0 0.3582 0.0000 0.0000 4.083 0.38 1.30 -0.93 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2946 0.5107 0.1947 1 1 0.2932 0.5099 0.1969 1 1 0.2913 0.5088 0.1998
chr2 202196839 TAGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 281 109 172 102 1 4 0 2 0 0 172 0 0 0.9358 0.0000 0.0000 26.250 0.19 3.00 -2.81 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3378 0.6622 0.0000 0 0 0.7692 0.2308 0.0000 0 0 0.8488 0.1512 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 480 106 374 9 0 26 9 62 0 0 370 2 2 0.0849 0.0000 0.0107 3.000 1.00 5.11 -4.11 5 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.8255 0.1745
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 480 106 374 9 5 54 2 36 1 0 370 2 1 0.0849 0.0027 0.0107 0.981 1.00 5.75 -4.75 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0415 0.3420 0.6165 1 2 0.0450 0.3517 0.6032 1 2 0.0470 0.4019 0.5510
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 507 142 365 0 0 28 1 113 0 1 360 0 4 0.0000 0.0000 0.0137 4.071 7.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1726 0.8274 2 2 0.0000 0.0928 0.9072 2 2 0.0000 0.0780 0.9220
chr2 217897939 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 253 103 150 60 0 2 0 41 0 0 150 0 0 0.5825 0.0000 0.0000 50.500 0.55 2.90 -2.35 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4909 0.4341 0.0750 1 0 0.4824 0.4383 0.0792 1 0 0.4712 0.4437 0.0851
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 571 228 343 217 2 6 0 3 0 0 343 0 0 0.9518 0.0000 0.0000 37.000 0.59 27.33 -26.75 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6486 0.3514 0.0000 0 0 0.9676 0.0324 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 601 121 480 62 2 7 0 50 0 1 478 0 1 0.5124 0.0000 0.0042 16.143 0.32 3.06 -2.74 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4113 0.4821 0.1066 1 1 0.4059 0.4832 0.1108 1 1 0.3987 0.4847 0.1166
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 310 128 182 66 0 5 5 52 0 0 180 0 2 0.5156 0.0000 0.0110 24.600 0.68 4.33 -3.65 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3291 0.5194 0.1515 1 1 0.3270 0.5179 0.1551 1 1 0.3241 0.5161 0.1598
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 310 125 185 66 44 9 1 5 0 2 183 0 0 0.5280 0.0000 0.0108 8.111 0.68 5.40 -4.72 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2072 0.7928 0.0000 0 0 0.5837 0.4163 0.0000
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 157 70 87 37 0 7 1 25 0 0 87 0 0 0.5286 0.0000 0.0000 9.000 0.11 2.88 -2.77 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3860 0.4839 0.1300 1 1 0.3811 0.4850 0.1339 1 1 0.3745 0.4865 0.1390
chr2 233822976 AGGACGGCG A 0.500000 0.050 1 -8 1 399 138 261 66 1 9 0 62 0 0 260 0 1 0.4783 0.0000 0.0038 14.333 0.27 7.68 -7.40 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2777 0.5348 0.1875 1 1 0.2776 0.5322 0.1902 1 1 0.2773 0.5289 0.1938
chr2 240568861 GCGCCCCCGC G 0.500000 0.050 1 -9 1 355 110 245 102 0 5 0 3 4 2 237 2 0 0.9273 0.0163 0.0327 21.000 1.55 6.67 -5.12 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.4504 0.5496 0.0000 0 0 0.7175 0.2825 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 1350 318 1032 308 0 1 0 9 0 0 1032 0 0 0.9686 0.0000 0.0000 317.000 1.17 1.11 0.06 158 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.8306 0.1694 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 373 101 272 0 0 23 4 74 0 0 271 0 1 0.0000 0.0000 0.0037 3.348 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1208 0.8792 2 2 0.0000 0.1251 0.8749 2 2 0.0000 0.1312 0.8688
chr2 241096043 CTCG C 0.500000 0.050 1 -3 2 541 158 383 152 0 3 0 3 0 0 383 0 0 0.9620 0.0000 0.0000 51.667 0.41 3.33 -2.93 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2551 0.7449 0.0000 0 0 0.8513 0.1487 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000
chr2 241096100 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 574 197 377 184 0 9 0 4 0 0 377 0 0 0.9340 0.0000 0.0000 20.889 0.34 3.25 -2.91 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1302 0.8698 0.0000 0 0 0.8660 0.1340 0.0000 0 0 0.9490 0.0510 0.0000
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 460 114 346 56 0 1 0 57 1 0 345 0 0 0.4912 0.0029 0.0029 113.000 0.36 2.23 -1.87 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2326 0.5348 0.2326 1 1 0.2339 0.5321 0.2339 1 1 0.2356 0.5289 0.2356
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 790 232 558 0 0 2 1 229 0 0 549 0 9 0.0000 0.0000 0.0161 115.000 3.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 806 197 609 85 1 30 1 80 1 0 593 0 15 0.4315 0.0016 0.0263 5.533 0.32 11.11 -10.79 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2546 0.6053 0.1401 1 1 0.2610 0.6001 0.1389 1 1 0.2695 0.5933 0.1372
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.050 1 3 1 455 148 307 87 0 3 0 58 0 0 306 0 1 0.5878 0.0000 0.0033 48.333 0.28 3.21 -2.93 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6018 0.3604 0.0378 1 0 0.5907 0.3681 0.0412 1 0 0.5755 0.3783 0.0462
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 469 146 323 74 0 2 0 70 0 0 322 0 1 0.5068 0.0000 0.0031 72.000 0.28 3.20 -2.92 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2630 0.5415 0.1955 1 1 0.2635 0.5383 0.1981 1 1 0.2641 0.5344 0.2015
chr3 39101054 T TCTAC 0.500000 0.050 1 4 1 450 104 346 60 0 0 1 43 0 0 344 0 2 0.5769 0.0000 0.0058 104.000 0.43 4.35 -3.92 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4185 0.4767 0.1048 1 1 0.4128 0.4782 0.1090 1 1 0.4051 0.4802 0.1148
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.050 1 -3 3 732 303 429 274 7 9 7 6 0 0 429 0 0 0.9043 0.0000 0.0000 31.889 6.98 3.17 3.81 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0304 0.9696 0.0000 0 0 0.9078 0.0922 0.0000 0 0 0.9814 0.0186 0.0000
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 730 255 475 11 11 32 6 195 0 1 432 0 42 0.0431 0.0000 0.0905 6.938 1.91 9.14 -7.23 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9128 0.0872
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 648 207 441 91 1 40 0 75 0 0 438 0 3 0.4396 0.0000 0.0068 4.175 0.41 5.65 -5.25 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3964 0.4997 0.1040 1 1 0.3922 0.4994 0.1083 1 1 0.3865 0.4992 0.1142
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 648 210 438 162 8 30 0 10 0 0 438 0 0 0.7714 0.0000 0.0000 6.000 2.61 2.70 -0.09 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0767 0.9233 0.0000 0 0 0.5880 0.4120 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 856 244 612 0 0 19 0 225 0 0 609 0 3 0.0000 0.0000 0.0049 11.842 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 337 147 190 0 0 5 1 141 0 0 188 0 2 0.0000 0.0000 0.0105 28.400 4.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0279 0.9721 2 2 0.0000 0.0307 0.9693
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 626 160 466 2 0 18 15 125 0 0 462 1 3 0.0125 0.0000 0.0086 7.889 0.50 3.43 -2.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4110 0.5890 2 2 0.0000 0.0984 0.9016 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 337 95 242 4 0 21 66 4 0 0 237 5 0 0.0421 0.0000 0.0207 3.700 0.25 4.00 -3.75 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 1 0.0000 0.6928 0.3072 2 2 0.0000 0.4209 0.5791
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 337 97 240 4 0 22 0 71 0 0 235 0 5 0.0412 0.0000 0.0208 3.409 0.25 5.87 -5.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 1 0.0000 0.6924 0.3076 2 2 0.0000 0.4202 0.5798
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 447 144 303 61 0 21 0 62 0 0 299 0 4 0.4236 0.0000 0.0132 5.857 0.13 5.55 -5.42 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1776 0.5312 0.2912 1 1 0.1806 0.5288 0.2905 1 1 0.1846 0.5259 0.2896
chr3 52693748 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 746 191 555 104 0 6 0 81 0 0 555 0 0 0.5445 0.0000 0.0000 30.833 0.97 3.86 -2.89 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5244 0.4217 0.0539 1 0 0.5159 0.4261 0.0579 1 0 0.5044 0.4320 0.0636
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 185 92 93 43 0 8 0 41 0 0 93 0 0 0.4674 0.0000 0.0000 10.500 0.14 6.78 -6.64 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.5244 0.2144 1 1 0.2613 0.5226 0.2161 1 1 0.2614 0.5203 0.2183
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 249 89 160 0 0 5 39 45 0 0 157 1 2 0.0000 0.0000 0.0187 16.600 3.36 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1033 0.8967 2 2 0.0000 0.1074 0.8926 2 2 0.0000 0.1133 0.8867
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 249 91 158 2 0 2 45 42 0 0 157 0 1 0.0220 0.0000 0.0063 44.500 1.00 3.90 -2.90 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7488 0.2512 2 2 0.0000 0.3147 0.6853 2 2 0.0000 0.2128 0.7872
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 235 50 185 5 3 18 3 21 0 0 184 0 1 0.1000 0.0000 0.0054 2.000 0.80 3.14 -2.34 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0688 0.4132 0.5180 1 1 0.0537 0.5683 0.3780 2 1 0.0154 0.8019 0.1828
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 295 124 171 54 4 13 1 52 0 0 169 0 2 0.4355 0.0000 0.0117 8.538 0.19 2.92 -2.74 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2698 0.5315 0.1987 1 1 0.2698 0.5291 0.2011 1 1 0.2697 0.5261 0.2042
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 630 147 483 81 0 12 3 51 0 0 483 0 0 0.5510 0.0000 0.0000 11.250 0.74 1.08 -0.34 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5984 0.3621 0.0395 1 0 0.5872 0.3698 0.0430 1 0 0.5720 0.3799 0.0481
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 466 129 337 67 0 5 1 56 0 0 337 0 0 0.5194 0.0000 0.0000 24.600 0.33 1.21 -0.89 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3603 0.5076 0.1322 1 1 0.3570 0.5069 0.1361 1 1 0.3525 0.5061 0.1414
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 319 104 215 52 0 9 1 42 0 0 214 0 1 0.5000 0.0000 0.0047 10.556 0.50 1.33 -0.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5102 0.1528 1 1 0.3343 0.5094 0.1563 1 1 0.3307 0.5084 0.1609
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 98 34 64 20 0 1 2 11 0 0 62 1 1 0.5882 0.0000 0.0312 33.000 0.65 1.18 -0.53 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3156 0.5013 0.1832 1 1 0.3132 0.5012 0.1857 1 1 0.3100 0.5010 0.1889
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 427 125 302 66 0 1 1 57 0 0 301 0 1 0.5280 0.0000 0.0033 124.000 0.09 1.61 -1.52 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5235 0.1589 1 1 0.3160 0.5217 0.1624 1 1 0.3136 0.5194 0.1669
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1128 315 813 118 2 60 10 125 0 0 813 0 0 0.3746 0.0000 0.0000 4.250 0.26 3.18 -2.91 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0890 0.5135 0.3974 1 1 0.0936 0.5122 0.3943 1 1 0.0998 0.5105 0.3897
chr3 121677324 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 267 96 171 60 0 4 0 32 0 0 169 0 2 0.6250 0.0000 0.0117 23.000 0.40 3.16 -2.76 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5893 0.3656 0.0451 1 0 0.5778 0.3734 0.0488 1 0 0.5623 0.3836 0.0541
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 499 143 356 86 0 1 0 56 0 0 353 0 3 0.6014 0.0000 0.0084 142.000 0.09 3.11 -3.01 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5890 0.3702 0.0408 1 0 0.5782 0.3774 0.0444 1 0 0.5635 0.3870 0.0495
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 735 147 588 64 1 25 0 57 0 1 587 0 0 0.4354 0.0000 0.0017 4.880 1.42 10.18 -8.75 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3446 0.5136 0.1417 1 1 0.3419 0.5126 0.1455 1 1 0.3382 0.5112 0.1505
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 301 105 196 56 0 1 0 48 0 0 193 0 3 0.5333 0.0000 0.0153 104.000 0.88 3.90 -3.02 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2950 0.5251 0.1799 1 1 0.2940 0.5232 0.1828 1 1 0.2926 0.5208 0.1865
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 430 125 305 118 0 3 0 4 0 0 305 0 0 0.9440 0.0000 0.0000 40.667 0.39 2.50 -2.11 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0277 0.9723 0.0000 0 0 0.5594 0.4406 0.0000 0 0 0.7928 0.2072 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 210 109 101 106 0 0 0 3 0 0 101 0 0 0.9725 0.0000 0.0000 109.000 0.07 3.00 -2.93 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0991 0.9009 0.0000 0 0 0.6488 0.3512 0.0000 0 0 0.8064 0.1936 0.0000
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 358 135 223 125 1 1 0 8 0 0 223 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 134.000 0.82 2.12 -1.30 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0977 0.9023 0.0000 0 0 0.5128 0.4872 0.0000
chr3 150703735 A ACCTCCT 0.500000 0.050 1 6 2 452 77 375 27 1 17 2 30 0 0 372 0 3 0.3506 0.0000 0.0080 3.529 0.26 5.83 -5.57 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1660 0.5048 0.3291 1 1 0.1691 0.5044 0.3265 1 1 0.1731 0.5040 0.3229
chr3 150762661 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 4 314 70 244 29 1 13 1 26 0 0 243 0 1 0.4143 0.0000 0.0041 4.385 0.72 3.35 -2.62 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2669 0.5163 0.2168 1 1 0.2666 0.5151 0.2183 1 1 0.2662 0.5135 0.2203
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 299 95 204 48 0 1 0 46 0 0 204 0 0 0.5053 0.0000 0.0000 94.000 0.06 1.30 -1.24 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2595 0.5274 0.2130 1 1 0.2598 0.5254 0.2148 1 1 0.2600 0.5228 0.2172
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 386 161 225 130 1 19 2 9 0 0 225 0 0 0.8075 0.0000 0.0000 7.474 0.36 3.67 -3.31 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0167 0.9833 0.0000 0 1 0.2819 0.7181 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 530 137 393 113 4 18 0 2 0 0 393 0 0 0.8248 0.0000 0.0000 6.556 0.26 3.00 -2.74 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4201 0.5799 0.0000 0 0 0.8245 0.1755 0.0000 0 0 0.8868 0.1132 0.0000
chr3 185480514 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 393 117 276 115 0 1 0 1 0 0 276 0 0 0.9829 0.0000 0.0000 116.000 0.18 4.00 -3.82 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7792 0.2208 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000 0 0 0.9157 0.0843 0.0000
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 626 177 449 168 2 6 0 1 0 0 448 0 1 0.9492 0.0000 0.0022 34.000 0.20 3.00 -2.80 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7542 0.2458 0.0000 0 0 0.9457 0.0543 0.0000 0 0 0.9651 0.0349 0.0000
chr3 193364162 GCCCACA G 0.500000 0.050 1 -6 2 209 77 132 45 0 2 0 30 0 0 130 0 2 0.5844 0.0000 0.0152 37.500 0.53 6.97 -6.43 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4112 0.4751 0.1137 1 1 0.4054 0.4768 0.1178 1 1 0.3977 0.4789 0.1233
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 4595 836 3759 48 2 96 14 676 231 130 3395 2 1 0.0574 0.0615 0.0968 8.581 3.69 6.42 -2.73 20 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 781 180 601 84 1 11 0 84 0 0 589 0 12 0.4667 0.0000 0.0200 15.364 0.35 10.08 -9.74 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1210 0.5200 0.3591 1 1 0.1252 0.5184 0.3564 1 1 0.1309 0.5163 0.3527
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 226 88 138 17 1 5 57 8 0 0 135 2 1 0.1932 0.0000 0.0217 82.000 0.29 9.38 -9.08 15 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0061 0.1584 0.8355 1 1 0.0040 0.5380 0.4580 2 1 0.0000 0.9891 0.0108
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 226 88 138 2 0 16 1 69 0 0 135 0 3 0.0227 0.0000 0.0217 4.500 0.00 9.03 -9.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8066 0.1934 2 2 0.0000 0.3859 0.6141 2 2 0.0000 0.2676 0.7324
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 520 103 417 0 0 0 0 103 0 0 345 1 71 0.0000 0.0000 0.1727 103.000 14.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr4 1395636 TCA T 0.001231 0.050 1 -2 1 834 227 607 113 6 42 3 63 20 21 546 6 14 0.4978 0.0329 0.1005 4.625 2.63 3.98 -1.36 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9667 0.0333 0.0000 1 0 0.9626 0.0374 0.0000 1 0 0.9565 0.0435 0.0000
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 788 283 505 1 0 76 7 199 0 0 483 10 12 0.0035 0.0000 0.0436 2.743 14.00 9.54 4.46 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0532 0.9468 2 2 0.0000 0.0233 0.9767 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 610 173 437 156 1 10 0 6 0 0 437 0 0 0.9017 0.0000 0.0000 16.300 1.04 13.83 -12.79 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0376 0.9624 0.0000 0 0 0.9217 0.0783 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000
chr4 13599332 A ATGC 0.500000 0.050 1 3 2 644 139 505 130 0 4 0 5 0 0 505 0 0 0.9353 0.0000 0.0000 33.750 0.31 3.40 -3.09 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.4668 0.5332 0.0000 0 0 0.7787 0.2213 0.0000
chr4 15003254 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 711 189 522 85 3 23 6 72 0 0 511 1 10 0.4497 0.0000 0.0211 7.500 1.00 7.62 -6.62 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2029 0.5527 0.2444 1 1 0.2055 0.5487 0.2458 1 1 0.2088 0.5438 0.2474
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 711 189 522 86 2 29 0 72 0 0 510 0 12 0.4550 0.0000 0.0230 5.679 1.02 8.31 -7.28 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2576 0.5497 0.1927 1 1 0.2585 0.5460 0.1956 1 1 0.2595 0.5413 0.1992
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 714 213 501 102 2 39 2 68 1 0 489 2 9 0.4789 0.0020 0.0240 4.462 1.01 8.16 -7.15 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5400 0.4105 0.0496 1 0 0.5311 0.4155 0.0534 1 0 0.5189 0.4222 0.0589
chr4 56314410 C CGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 9 1 645 167 478 83 0 14 0 70 0 0 463 0 15 0.4970 0.0000 0.0314 10.929 0.42 9.13 -8.71 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2029 0.5499 0.2472 1 1 0.2054 0.5462 0.2484 1 1 0.2087 0.5415 0.2499
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 307 78 229 1 0 11 1 65 0 0 220 0 9 0.0128 0.0000 0.0393 6.091 0.00 11.49 -11.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4367 0.5633 2 2 0.0000 0.2348 0.7652 2 2 0.0000 0.1937 0.8063
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.050 1 -48 1 854 231 623 96 4 77 2 52 0 0 623 0 0 0.4156 0.0000 0.0000 2.013 0.34 2.69 -2.35 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7927 0.1987 0.0086 1 0 0.7797 0.2102 0.0100 1 0 0.7615 0.2262 0.0123
chr4 76896936 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 717 176 541 143 3 23 1 6 0 0 541 0 0 0.8125 0.0000 0.0000 6.609 0.66 3.50 -2.84 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.3126 0.6874 0.0000 0 0 0.7331 0.2669 0.0000
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 1062 435 627 167 5 76 6 181 0 0 624 0 3 0.3839 0.0000 0.0048 4.773 0.31 3.18 -2.87 85 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0694 0.5229 0.4077 1 1 0.0739 0.5206 0.4055 1 1 0.0802 0.5177 0.4021
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 152 62 90 35 0 4 0 23 0 0 90 0 0 0.5645 0.0000 0.0000 14.500 0.11 1.00 -0.89 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4014 0.4761 0.1225 1 1 0.3958 0.4778 0.1265 1 1 0.3883 0.4799 0.1318
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3996 939 3057 12 15 47 34 831 53 48 2735 156 65 0.0128 0.0173 0.1053 21.900 2.25 10.17 -7.92 12 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 4124 856 3268 7 4 119 7 719 21 81 2838 96 232 0.0082 0.0064 0.1316 6.151 7.57 11.25 -3.67 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 354 112 242 107 0 3 0 2 0 0 242 0 0 0.9554 0.0000 0.0000 36.333 0.32 2.00 -1.68 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3716 0.6284 0.0000 0 0 0.7874 0.2126 0.0000 0 0 0.8610 0.1390 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 124 51 73 4 0 1 0 46 0 0 71 0 2 0.0784 0.0000 0.0274 50.000 0.00 3.07 -3.07 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.8157 0.1843 2 1 0.0000 0.5831 0.4169
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 673 165 508 76 0 6 0 83 0 0 505 0 3 0.4606 0.0000 0.0059 26.500 0.45 4.06 -3.61 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1301 0.5201 0.3498 1 1 0.1342 0.5185 0.3473 1 1 0.1397 0.5165 0.3438
chr4 121157144 CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C 0.500000 0.050 1 -18 1 214 113 101 102 1 5 0 5 0 0 101 0 0 0.9027 0.0000 0.0000 21.600 0.18 14.60 -14.42 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3105 0.6895 0.0000 0 0 0.6483 0.3517 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 444 191 253 0 0 23 12 156 0 0 251 0 2 0.0000 0.0000 0.0079 7.304 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 439 146 293 2 67 25 7 45 0 6 280 3 4 0.0137 0.0000 0.0444 4.760 0.50 6.58 -6.08 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4268 0.4767 0.0965 1 1 0.4210 0.4782 0.1008 1 1 0.4133 0.4800 0.1067
chr4 146639305 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 439 146 293 71 9 25 3 38 4 2 279 2 6 0.4863 0.0137 0.0478 4.760 10.32 7.92 2.40 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7120 0.2695 0.0184 1 0 0.6988 0.2804 0.0208 1 0 0.6806 0.2950 0.0244
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 440 165 275 69 3 19 0 74 0 1 263 1 10 0.4182 0.0000 0.0436 7.579 5.28 9.62 -4.35 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1146 0.5053 0.3801 1 1 0.1188 0.5047 0.3765 1 1 0.1246 0.5041 0.3714
chr4 154237107 A AGTT 0.500000 0.050 1 3 1 950 215 735 192 0 21 0 2 0 0 735 0 0 0.8930 0.0000 0.0000 9.238 0.33 3.00 -2.67 90 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8273 0.1727 0.0000 0 0 0.9677 0.0323 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 363 165 198 74 0 24 0 67 1 0 194 0 3 0.4485 0.0051 0.0202 5.875 0.74 5.61 -4.87 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2878 0.5367 0.1755 1 1 0.2874 0.5339 0.1787 1 1 0.2868 0.5304 0.1828
chr4 158715313 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 187 65 122 58 0 4 0 3 0 0 122 0 0 0.8923 0.0000 0.0000 15.250 0.00 1.67 -1.67 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0332 0.9668 0.0000 0 1 0.3627 0.6373 0.0000 0 0 0.5692 0.4308 0.0000
chr4 173332110 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 148 49 99 27 0 0 0 22 0 0 99 0 0 0.5510 0.0000 0.0000 49.000 0.41 2.91 -2.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3060 0.5074 0.1866 1 1 0.3041 0.5068 0.1891 1 1 0.3016 0.5061 0.1923
chr5 14664886 CCGGCGCGGGAGGCGGCGGCCA C 0.500000 0.050 1 -21 1 192 95 97 43 0 10 0 42 0 0 94 0 3 0.4526 0.0000 0.0309 8.500 0.21 17.67 -17.46 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2138 0.5256 0.2606 1 1 0.2156 0.5237 0.2607 1 1 0.2179 0.5213 0.2609
chr5 41158762 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 275 84 191 46 0 1 0 37 0 0 190 0 1 0.5476 0.0000 0.0052 83.000 1.59 1.92 -0.33 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3391 0.5067 0.1542 1 1 0.3363 0.5062 0.1576 1 1 0.3324 0.5055 0.1621
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 732 166 566 0 0 26 8 132 0 0 563 0 3 0.0000 0.0000 0.0053 5.385 3.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0286 0.9714 2 2 0.0000 0.0315 0.9685
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 353 116 237 64 1 12 1 38 1 0 234 0 2 0.5517 0.0042 0.0127 10.400 1.33 3.24 -1.91 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5619 0.3868 0.0512 1 0 0.5513 0.3935 0.0551 1 0 0.5371 0.4023 0.0606
chr5 61332713 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 391 59 332 11 2 21 2 23 2 0 326 1 3 0.1864 0.0060 0.0181 1.800 3.82 7.00 -3.18 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1115 0.4605 0.4281 1 1 0.1155 0.4632 0.4213 1 1 0.1210 0.4667 0.4123
chr5 73447067 G GGCGGCC 0.500000 0.050 1 6 1 393 109 284 44 1 22 1 41 0 0 284 0 0 0.4037 0.0000 0.0000 4.143 1.36 5.71 -4.34 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2671 0.5247 0.2082 1 1 0.2670 0.5228 0.2102 1 1 0.2669 0.5205 0.2127
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 366 120 246 0 0 5 0 115 0 0 245 0 1 0.0000 0.0000 0.0041 23.000 5.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0508 0.9492 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 503 129 374 0 0 0 0 129 0 0 370 0 4 0.0000 0.0000 0.0107 129.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0340 0.9660 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0396 0.9604
chr5 75611679 GGGGCTGCTGCTCC G 0.500000 0.050 1 -13 6 224 84 140 79 0 3 0 2 0 0 140 0 0 0.9405 0.0000 0.0000 27.000 0.41 13.50 -13.09 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2180 0.7820 0.0000 0 0 0.6485 0.3515 0.0000 0 0 0.7596 0.2404 0.0000
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 146 75 71 34 0 2 0 39 0 1 70 0 0 0.4533 0.0000 0.0141 36.500 0.06 3.15 -3.10 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1939 0.5177 0.2884 1 1 0.1962 0.5164 0.2874 1 1 0.1993 0.5147 0.2861
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 401 111 290 62 4 35 4 6 0 0 290 0 0 0.5586 0.0000 0.0000 2.281 4.68 6.67 -1.99 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0190 0.9810 0.0000 0 1 0.1638 0.8362 0.0000
chr5 80654889 TGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 395 107 288 10 3 19 24 51 0 0 287 0 1 0.0935 0.0000 0.0035 4.579 0.90 7.80 -6.90 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.9330 0.0670
chr5 80654908 GCAGCGCCCC G 0.500000 0.050 1 -9 2 395 97 298 21 0 9 24 43 0 0 295 0 3 0.2165 0.0000 0.0101 11.000 1.86 9.35 -7.49 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0064 0.1632 0.8304 1 2 0.0076 0.1768 0.8156 2 1 0.0035 0.7022 0.2943
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 261 97 164 48 0 3 0 46 0 0 163 0 1 0.4948 0.0000 0.0061 31.333 0.17 3.04 -2.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2473 0.5287 0.2240 1 1 0.2480 0.5265 0.2255 1 1 0.2488 0.5238 0.2274
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1181 272 909 211 3 42 1 15 1 0 904 4 0 0.7757 0.0011 0.0055 5.429 0.48 4.27 -3.79 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 1 0.2312 0.7688 0.0000
chr5 116051474 ACAAT A 0.500000 0.050 1 -4 2 189 60 129 57 0 0 0 3 0 0 129 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 60.000 0.40 4.00 -3.60 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0304 0.9696 0.0000 0 1 0.3548 0.6452 0.0000 0 0 0.5626 0.4374 0.0000
chr5 119193899 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 138 77 61 44 1 1 1 30 0 0 61 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 75.000 0.20 2.97 -2.76 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4293 0.4657 0.1050 1 1 0.4228 0.4680 0.1092 1 1 0.4141 0.4710 0.1149
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 606 132 474 59 0 3 0 70 0 0 474 0 0 0.4470 0.0000 0.0000 43.000 0.22 1.10 -0.88 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1250 0.5041 0.3709 1 1 0.1291 0.5037 0.3672 1 1 0.1345 0.5032 0.3623
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 398 120 278 90 0 24 0 6 0 0 278 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 4.000 0.27 10.33 -10.07 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1434 0.8566 0.0000 0 1 0.4820 0.5180 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 430 98 332 53 0 12 0 33 0 0 327 0 5 0.5408 0.0000 0.0151 7.167 0.57 4.85 -4.28 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4364 0.4646 0.0990 1 1 0.4298 0.4669 0.1033 1 1 0.4210 0.4699 0.1090
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 163 66 97 0 0 1 0 65 0 0 95 0 2 0.0000 0.0000 0.0206 65.000 3.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1563 0.8437 2 2 0.0000 0.1608 0.8392 2 2 0.0000 0.1672 0.8328
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 383 96 287 45 0 6 0 45 0 0 279 0 8 0.4688 0.0000 0.0279 15.000 0.36 7.09 -6.73 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1526 0.5109 0.3365 1 1 0.1561 0.5100 0.3339 1 1 0.1608 0.5090 0.3303
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 379 133 246 41 0 32 0 60 1 1 238 0 6 0.3083 0.0041 0.0325 3.156 1.24 8.08 -6.84 5 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0547 0.3959 0.5494 1 2 0.0587 0.4021 0.5392 1 2 0.0643 0.4103 0.5254
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 15 1 379 133 246 41 0 32 0 60 1 1 238 0 6 0.3083 0.0041 0.0325 3.156 1.24 8.08 -6.84 5 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0549 0.3964 0.5486 1 2 0.0589 0.4026 0.5385 1 2 0.0645 0.4107 0.5247
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 1161 292 869 278 1 6 0 7 0 0 869 0 0 0.9521 0.0000 0.0000 47.500 0.33 3.86 -3.52 118 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0120 0.9880 0.0000 0 0 0.9005 0.0995 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 1170 294 876 280 1 6 0 7 0 0 876 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 48.000 0.31 3.86 -3.55 126 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0127 0.9873 0.0000 0 0 0.9051 0.0949 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 628 136 492 121 1 1 0 13 0 0 492 0 0 0.8897 0.0000 0.0000 135.000 0.97 2.15 -1.19 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.1300 0.8700 0.0000
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 588 154 434 80 0 2 0 72 0 0 434 0 0 0.5195 0.0000 0.0000 76.000 0.16 1.31 -1.14 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3252 0.5273 0.1475 1 1 0.3235 0.5252 0.1512 1 1 0.3211 0.5226 0.1563
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 104 49 55 25 0 0 0 24 0 0 55 0 0 0.5102 0.0000 0.0000 49.000 0.24 1.33 -1.09 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2547 0.5147 0.2307 1 1 0.2548 0.5135 0.2317 1 1 0.2549 0.5122 0.2329
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 308 109 199 0 53 2 0 54 0 0 198 0 1 0.0000 0.0000 0.0050 53.500 4.35 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1840 0.5248 0.2911 1 1 0.1868 0.5230 0.2903 1 1 0.1904 0.5206 0.2890
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 166 75 91 30 1 6 0 38 0 0 90 0 1 0.4000 0.0000 0.0110 11.500 0.33 3.18 -2.85 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1549 0.5021 0.3429 1 1 0.1583 0.5019 0.3398 1 1 0.1627 0.5017 0.3356
chr5 168529585 AGGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 956 230 726 200 4 21 0 5 0 0 726 0 0 0.8696 0.0000 0.0000 9.857 1.49 5.40 -3.91 108 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0458 0.9542 0.0000 0 0 0.8431 0.1569 0.0000 0 0 0.9535 0.0465 0.0000
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.050 1 -2 1 358 104 254 93 2 7 0 2 1 0 253 0 0 0.8942 0.0039 0.0039 13.714 0.13 2.00 -1.87 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2996 0.7004 0.0000 0 0 0.7362 0.2638 0.0000 0 0 0.8252 0.1748 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 400 90 310 49 0 4 0 37 0 0 308 0 2 0.5444 0.0000 0.0065 21.500 0.18 3.95 -3.76 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3663 0.4975 0.1363 1 1 0.3624 0.4976 0.1400 1 1 0.3571 0.4978 0.1451
chr5 178712817 T TAGG 0.500000 0.050 1 3 1 784 188 596 87 1 5 2 93 0 0 593 0 3 0.4628 0.0000 0.0050 36.200 0.16 2.92 -2.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1282 0.5272 0.3446 1 1 0.1324 0.5251 0.3425 1 1 0.1380 0.5224 0.3396
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 432 179 253 81 6 29 3 60 0 0 253 0 0 0.4525 0.0000 0.0000 5.357 1.42 2.93 -1.51 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5504 0.3994 0.0502 1 0 0.5407 0.4052 0.0541 1 0 0.5276 0.4128 0.0596
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.050 1 -4 3 799 197 602 88 1 12 0 96 0 0 594 0 8 0.4467 0.0000 0.0133 15.417 1.45 4.19 -2.73 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0932 0.4956 0.4111 1 1 0.0976 0.4956 0.4067 1 1 0.1037 0.4957 0.4006
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 573 106 467 0 0 13 0 93 0 0 465 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 7.154 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0839 0.9161 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 453 119 334 41 1 25 0 52 0 0 333 0 1 0.3445 0.0000 0.0030 3.760 0.78 2.90 -2.12 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1227 0.4898 0.3875 1 1 0.1265 0.4904 0.3831 1 1 0.1318 0.4911 0.3772
chr6 13711474 T TGCG 0.005977 0.050 1 3 1 323 81 242 32 1 12 2 34 0 0 241 0 1 0.3951 0.0000 0.0041 5.583 1.62 3.38 -1.76 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4258 0.5704 0.0038 1 1 0.4293 0.5669 0.0038 1 1 0.4337 0.5625 0.0038
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1787 457 1330 52 10 127 13 255 0 1 1313 3 13 0.1138 0.0000 0.0128 2.535 1.37 3.85 -2.49 14 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 1774 545 1229 215 14 132 5 179 0 1 1224 1 3 0.3945 0.0000 0.0041 3.163 1.48 4.22 -2.74 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7930 0.2052 0.0018 1 0 0.7867 0.2113 0.0020 1 0 0.7776 0.2199 0.0024
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 1386 304 1082 286 0 11 0 7 0 0 1082 0 0 0.9408 0.0000 0.0000 26.636 0.29 2.43 -2.14 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1440 0.8560 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 1273 238 1035 123 0 7 0 108 0 0 1001 1 33 0.5168 0.0000 0.0329 33.000 0.22 12.56 -12.35 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1178 0.5799 0.3024 1 1 0.1247 0.5776 0.2977 1 1 0.1341 0.5747 0.2912
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 349 109 240 0 0 2 1 106 0 0 240 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 53.500 1.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0715 0.9285
chr6 31027337 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 1270 296 974 162 5 24 3 102 3 11 958 0 2 0.5473 0.0031 0.0164 11.208 1.85 2.33 -0.49 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9257 0.0736 0.0007 1 0 0.9175 0.0816 0.0010 1 0 0.9053 0.0933 0.0014
chr6 31111507 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTCCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -66 2 454 146 308 72 0 35 0 39 0 0 308 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 3.171 0.51 2.31 -1.79 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6728 0.3015 0.0257 1 0 0.6598 0.3116 0.0286 1 0 0.6420 0.3251 0.0329
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 516 146 370 75 3 6 1 61 0 0 369 0 1 0.5137 0.0000 0.0027 27.400 0.64 2.03 -1.39 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4132 0.4855 0.1013 1 1 0.4081 0.4863 0.1056 1 1 0.4011 0.4874 0.1115
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 516 147 369 76 64 4 0 3 0 0 369 0 0 0.5170 0.0000 0.0000 35.250 0.64 2.00 -1.36 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1913 0.8087 0.0000 0 0 0.7884 0.2116 0.0000 0 0 0.8909 0.1091 0.0000
chr6 31412224 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 634 178 456 103 1 4 0 70 0 0 456 0 0 0.5787 0.0000 0.0000 43.500 0.33 3.00 -2.67 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6687 0.3081 0.0232 1 0 0.6565 0.3176 0.0259 1 0 0.6398 0.3302 0.0300
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 572 152 420 2 75 0 3 72 0 0 418 0 2 0.0132 0.0000 0.0048 151.000 0.00 9.46 -9.46 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.5018 0.3774 1 1 0.1249 0.5016 0.3736 1 1 0.1305 0.5013 0.3683
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 572 152 420 80 3 0 1 68 0 0 418 0 2 0.5263 0.0000 0.0048 152.000 1.57 10.15 -8.57 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3797 0.5050 0.1153 1 1 0.3760 0.5045 0.1195 1 1 0.3709 0.5038 0.1253
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 518 185 333 168 0 8 0 9 0 0 332 0 1 0.9081 0.0000 0.0030 22.125 0.64 12.33 -11.69 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0734 0.9266 0.0000 0 0 0.5772 0.4228 0.0000
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 124 28 96 0 4 18 1 5 0 0 96 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.500 11.40 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2392 0.5031 0.2578 1 1 0.2392 0.5033 0.2575 1 1 0.2385 0.5039 0.2576
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 708 316 392 189 12 53 0 62 1 1 390 0 0 0.5981 0.0026 0.0051 5.438 7.49 8.16 -0.67 57 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9979 0.0021 0.0000 1 0 0.9973 0.0027 0.0000 0 1 0.0379 0.9621 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 708 305 403 211 12 21 0 61 2 0 400 0 1 0.6918 0.0050 0.0074 16.529 8.14 8.25 -0.11 85 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9991 0.0009 0.0000 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 230 45 185 27 0 0 0 18 0 0 185 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 45.000 4.81 8.44 -3.63 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3617 0.4898 0.1486 1 1 0.3575 0.4905 0.1520 1 1 0.3520 0.4914 0.1565
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 468 181 287 151 2 21 1 6 1 1 285 0 0 0.8343 0.0035 0.0070 7.524 0.49 6.50 -6.01 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.4146 0.5854 0.0000 0 0 0.7944 0.2056 0.0000
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 345 78 267 49 0 7 0 22 0 0 253 0 14 0.6282 0.0000 0.0524 11.833 1.16 13.91 -12.75 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4033 0.4805 0.1162 1 1 0.3979 0.4818 0.1203 1 1 0.3907 0.4835 0.1258
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 1128 264 864 135 0 6 1 122 0 0 861 0 3 0.5114 0.0000 0.0035 42.833 0.33 3.19 -2.86 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3177 0.5544 0.1279 1 1 0.3174 0.5502 0.1323 1 1 0.3167 0.5450 0.1383
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 352 141 211 61 0 23 0 57 0 0 209 0 2 0.4326 0.0000 0.0095 5.130 0.49 5.91 -5.42 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2552 0.5354 0.2094 1 1 0.2558 0.5327 0.2115 1 1 0.2564 0.5294 0.2142
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 792 176 616 75 2 32 1 66 0 0 616 0 0 0.4261 0.0000 0.0000 4.438 0.43 3.29 -2.86 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3521 0.5151 0.1328 1 1 0.3493 0.5139 0.1368 1 1 0.3455 0.5124 0.1422
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 452 101 351 35 4 30 0 32 0 0 351 0 0 0.3465 0.0000 0.0000 2.367 1.80 4.47 -2.67 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3281 0.5071 0.1648 1 1 0.3256 0.5066 0.1679 1 1 0.3221 0.5059 0.1720
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 859 198 661 2 0 109 2 85 0 0 624 0 37 0.0101 0.0000 0.0560 0.807 0.00 9.47 -9.47 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5369 0.4631 2 2 0.0000 0.1520 0.8480 2 2 0.0000 0.0974 0.9026
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 630 134 496 15 2 39 1 77 0 1 475 1 19 0.1119 0.0000 0.0423 2.500 1.80 4.05 -2.25 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9870 0.0130
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 559 119 440 61 0 6 0 52 0 0 440 0 0 0.5126 0.0000 0.0000 18.833 0.16 3.27 -3.11 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3470 0.5105 0.1425 1 1 0.3441 0.5097 0.1462 1 1 0.3401 0.5086 0.1512
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 114 37 77 20 0 1 0 16 0 0 77 0 0 0.5405 0.0000 0.0000 36.000 0.45 3.12 -2.67 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2951 0.5061 0.1987 1 1 0.2936 0.5057 0.2007 1 1 0.2915 0.5051 0.2034
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 740 173 567 0 0 7 0 166 0 0 561 0 6 0.0000 0.0000 0.0106 23.714 3.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 5 675 138 537 82 0 3 0 53 0 0 537 0 0 0.5942 0.0000 0.0000 45.000 0.35 3.09 -2.74 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6176 0.3473 0.0351 1 0 0.6059 0.3556 0.0385 1 0 0.5901 0.3666 0.0433
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 641 131 510 0 0 2 2 127 0 0 493 1 16 0.0000 0.0000 0.0333 64.500 6.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0250 0.9750 2 2 0.0000 0.0268 0.9732 2 2 0.0000 0.0296 0.9704
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 303 88 215 48 0 0 0 40 0 0 214 0 1 0.5455 0.0000 0.0047 88.000 0.15 1.20 -1.05 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3249 0.5125 0.1626 1 1 0.3226 0.5115 0.1658 1 1 0.3196 0.5103 0.1701
chr6 151349194 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 714 176 538 93 2 3 0 78 0 0 536 0 2 0.5284 0.0000 0.0037 57.333 0.30 3.14 -2.84 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4126 0.4918 0.0957 1 1 0.4079 0.4921 0.1000 1 1 0.4014 0.4925 0.1060
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 888 219 669 0 0 8 3 208 0 0 661 0 8 0.0000 0.0000 0.0120 26.375 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0052 0.9948
chr6 156778268 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 945 238 707 85 3 71 1 78 2 1 698 3 3 0.3571 0.0028 0.0127 2.338 1.25 5.58 -4.33 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2929 0.5428 0.1643 1 1 0.2926 0.5395 0.1679 1 1 0.2920 0.5355 0.1725
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 544 205 339 7 0 31 0 167 0 0 319 0 20 0.0341 0.0000 0.0590 5.613 0.43 15.07 -14.64 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.5158 0.4842 2 2 0.0000 0.1322 0.8678
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 474 190 284 178 2 7 0 3 0 0 284 0 0 0.9368 0.0000 0.0000 26.143 0.17 4.33 -4.16 104 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4112 0.5888 0.0000 0 0 0.9196 0.0804 0.0000 0 0 0.9608 0.0392 0.0000
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 359 144 215 0 0 12 12 120 0 0 208 1 6 0.0000 0.0000 0.0326 11.000 3.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 873 241 632 9 4 12 97 119 0 0 631 1 0 0.0373 0.0000 0.0016 13.091 8.22 10.66 -2.44 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9531 0.0469 2 2 0.0000 0.4439 0.5561
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 292 101 191 95 1 2 0 3 0 0 191 0 0 0.9406 0.0000 0.0000 49.500 0.32 3.00 -2.68 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0781 0.9219 0.0000 0 0 0.5905 0.4095 0.0000 0 0 0.7662 0.2338 0.0000
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 242 99 143 39 1 22 0 37 0 0 143 0 0 0.3939 0.0000 0.0000 3.667 3.87 4.11 -0.24 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2874 0.5188 0.1938 1 1 0.2865 0.5174 0.1961 1 1 0.2852 0.5156 0.1992
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 242 100 142 47 0 17 0 36 0 0 141 0 1 0.4700 0.0000 0.0070 4.882 3.23 4.33 -1.10 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3671 0.4963 0.1366 1 1 0.3631 0.4965 0.1404 1 1 0.3578 0.4968 0.1455
chr7 7969479 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 1 257 34 223 14 0 14 0 6 0 0 223 0 0 0.4118 0.0000 0.0000 1.429 4.00 2.50 1.50 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3505 0.4879 0.1616 1 1 0.3461 0.4895 0.1644 1 1 0.3388 0.4946 0.1666
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 594 198 396 1 0 37 7 153 0 0 396 0 0 0.0051 0.0000 0.0000 4.444 0.00 3.10 -3.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0869 0.9131 2 2 0.0000 0.0378 0.9622 2 2 0.0000 0.0315 0.9685
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 507 152 355 143 2 1 1 5 0 0 355 0 0 0.9408 0.0000 0.0000 149.000 0.22 0.80 -0.58 81 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.4331 0.5669 0.0000 0 0 0.7858 0.2142 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 171 47 124 30 0 1 0 16 0 0 124 0 0 0.6383 0.0000 0.0000 46.000 0.07 3.50 -3.43 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4330 0.4585 0.1085 1 1 0.4261 0.4614 0.1126 1 1 0.4168 0.4650 0.1181
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 642 126 516 59 0 1 1 65 0 0 516 0 0 0.4683 0.0000 0.0000 125.000 0.63 1.38 -0.76 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1590 0.5235 0.3175 1 1 0.1624 0.5217 0.3159 1 1 0.1670 0.5194 0.3136
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 211 99 112 36 0 5 0 58 0 0 110 0 2 0.3636 0.0000 0.0179 18.800 0.25 3.26 -3.01 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0524 0.3857 0.5619 1 2 0.0563 0.3926 0.5511 1 2 0.0618 0.4015 0.5367
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 965 224 741 2 1 106 2 113 0 0 732 4 5 0.0089 0.0000 0.0121 1.113 14.50 5.28 9.22 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7604 0.2396 2 2 0.0000 0.2811 0.7189 2 2 0.0000 0.1676 0.8324
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 964 225 739 2 98 9 3 113 0 0 729 1 9 0.0089 0.0000 0.0135 17.000 14.50 5.26 9.24 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0015 0.0909 0.9076 1 2 0.0019 0.1227 0.8755 2 1 0.0012 0.5858 0.4131
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 267 81 186 29 3 17 0 32 0 0 186 0 0 0.3580 0.0000 0.0000 3.765 0.17 2.88 -2.70 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2402 0.5195 0.2403 1 1 0.2409 0.5181 0.2410 1 1 0.2418 0.5162 0.2420
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 440 122 318 93 0 0 0 29 0 0 318 0 0 0.7623 0.0000 0.0000 122.000 0.19 2.59 -2.39 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9092 0.0892 0.0016 1 0 0.8994 0.0986 0.0020 1 0 0.7112 0.2866 0.0022
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 882 214 668 0 0 17 1 196 0 0 666 0 2 0.0000 0.0000 0.0030 11.588 3.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 557 122 435 12 0 16 3 91 0 0 426 0 9 0.0984 0.0000 0.0207 6.562 0.33 3.55 -3.22 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.8803 0.1197
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 234 82 152 45 0 4 0 33 0 0 149 0 3 0.5488 0.0000 0.0197 19.500 0.00 3.21 -3.21 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3539 0.5008 0.1453 1 1 0.3504 0.5007 0.1489 1 1 0.3457 0.5005 0.1537
chr7 93102446 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 872 185 687 92 1 14 0 78 0 0 687 0 0 0.4973 0.0000 0.0000 12.143 0.38 1.42 -1.04 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4140 0.4903 0.0957 1 1 0.4092 0.4907 0.1001 1 1 0.4026 0.4913 0.1061
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 183 46 137 29 0 1 0 16 0 0 137 0 0 0.6304 0.0000 0.0000 45.000 0.00 1.06 -1.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4188 0.4654 0.1158 1 1 0.4124 0.4678 0.1198 1 1 0.4039 0.4708 0.1253
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 831 257 574 128 0 8 1 120 0 1 573 0 0 0.4981 0.0000 0.0017 31.125 0.36 3.88 -3.52 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3042 0.5572 0.1386 1 1 0.3042 0.5529 0.1429 1 1 0.3040 0.5475 0.1486
chr7 100075318 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 542 180 362 161 1 12 0 6 0 0 362 0 0 0.8944 0.0000 0.0000 14.000 0.16 1.00 -0.84 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.5033 0.4967 0.0000 0 0 0.8404 0.1596 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 182 62 120 48 0 0 1 13 0 0 113 1 6 0.7742 0.0000 0.0583 61.000 0.29 24.92 -24.63 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6153 0.3440 0.0407 1 0 0.6028 0.3529 0.0443 1 0 0.5860 0.3646 0.0494
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 1300 421 879 275 1 16 1 128 0 0 864 0 15 0.6532 0.0000 0.0171 25.312 0.27 7.02 -6.74 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9951 0.0049 0.0000 1 0 0.9940 0.0060 0.0000 1 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 554 141 413 8 0 5 0 128 0 0 411 0 2 0.0567 0.0000 0.0048 27.200 0.12 3.08 -2.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8944 0.1056 2 2 0.0000 0.4642 0.5358
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 478 108 370 1 0 29 1 77 1 0 359 0 10 0.0093 0.0027 0.0297 2.690 2.00 5.83 -3.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7413 0.2587 2 2 0.0000 0.3032 0.6968 2 2 0.0000 0.2037 0.7963
chr7 104328788 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 420 123 297 52 0 1 1 69 1 0 292 0 4 0.4228 0.0034 0.0168 122.000 4.17 6.86 -2.68 24 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0645 0.4242 0.5113 1 2 0.0687 0.4288 0.5025 1 2 0.0745 0.4348 0.4907
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 723 159 564 6 0 13 1 139 0 0 564 0 0 0.0377 0.0000 0.0000 11.231 1.17 3.97 -2.80 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.6322 0.3678 2 2 0.0000 0.2441 0.7559
chr7 128794394 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 352 96 256 58 0 0 1 37 0 0 253 1 2 0.6042 0.0000 0.0117 96.000 0.16 3.11 -2.95 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4630 0.4508 0.0862 1 0 0.4555 0.4540 0.0905 1 1 0.4456 0.4581 0.0963
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 386 184 202 75 0 35 0 74 0 0 199 0 3 0.4076 0.0000 0.0149 4.257 7.19 4.86 2.32 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2050 0.5451 0.2499 1 1 0.2074 0.5417 0.2509 1 1 0.2105 0.5374 0.2521
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 387 191 196 81 4 26 0 80 0 0 196 0 0 0.4241 0.0000 0.0000 6.308 4.44 6.81 -2.37 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2815 0.5432 0.1753 1 1 0.2815 0.5400 0.1785 1 1 0.2814 0.5359 0.1828
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 387 196 191 102 3 87 2 2 0 0 191 0 0 0.5204 0.0000 0.0000 1.247 3.76 6.00 -2.24 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4157 0.5843 0.0000 0 0 0.8238 0.1762 0.0000 0 0 0.8875 0.1125 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 232 73 159 36 0 2 0 35 0 0 159 0 0 0.4932 0.0000 0.0000 35.500 0.19 3.57 -3.38 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2511 0.5214 0.2275 1 1 0.2515 0.5198 0.2287 1 1 0.2520 0.5177 0.2303
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 177 95 82 66 0 28 0 1 0 0 82 0 0 0.6947 0.0000 0.0000 2.393 0.05 19.00 -18.95 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5071 0.4929 0.0000 0 0 0.7231 0.2769 0.0000 0 0 0.7704 0.2296 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 856 267 589 118 6 37 2 104 0 1 585 0 3 0.4419 0.0000 0.0068 6.189 0.31 3.34 -3.02 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4053 0.5054 0.0892 1 1 0.4016 0.5047 0.0937 1 1 0.3964 0.5038 0.0999
chr7 143222622 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 652 132 520 69 0 7 0 56 0 0 519 0 1 0.5227 0.0000 0.0019 17.857 0.54 3.21 -2.68 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3855 0.4968 0.1177 1 1 0.3812 0.4969 0.1218 1 1 0.3755 0.4971 0.1274
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1973 445 1528 0 0 18 4 423 0 0 1526 0 2 0.0000 0.0000 0.0013 23.667 1.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 143727510 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 256 93 163 49 0 5 0 39 0 0 156 2 5 0.5269 0.0000 0.0429 17.600 0.12 3.97 -3.85 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2718 0.5262 0.2020 1 1 0.2716 0.5243 0.2042 1 1 0.2712 0.5218 0.2070
chr7 143727511 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 256 89 167 48 2 4 14 21 0 0 163 2 2 0.5393 0.0000 0.0240 82.000 0.10 6.95 -6.85 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3849 0.4894 0.1257 1 1 0.3802 0.4901 0.1296 1 1 0.3740 0.4910 0.1350
chr7 143727518 A AACTGGCAGTTC 0.500000 0.050 1 11 1 256 81 175 46 0 3 5 27 0 0 165 0 10 0.5679 0.0000 0.0571 26.000 0.13 5.41 -5.28 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2870 0.5217 0.1913 1 1 0.2862 0.5200 0.1937 1 1 0.2851 0.5180 0.1970
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 622 134 488 7 0 5 1 121 0 0 482 0 6 0.0522 0.0000 0.0123 25.800 1.29 3.92 -2.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8203 0.1797 2 2 0.0000 0.3853 0.6147
chr7 149790295 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 321 90 231 48 0 3 0 39 0 0 231 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 29.000 1.00 1.62 -0.62 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3525 0.5026 0.1448 1 1 0.3492 0.5024 0.1485 1 1 0.3446 0.5021 0.1533
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 183 50 133 29 0 4 0 17 0 0 133 0 0 0.5800 0.0000 0.0000 11.500 1.00 4.82 -3.82 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4042 0.4724 0.1234 1 1 0.3983 0.4744 0.1273 1 1 0.3906 0.4768 0.1326
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.050 1 5 1 533 118 415 60 2 11 0 45 0 0 411 0 4 0.5085 0.0000 0.0096 9.727 1.85 6.76 -4.91 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4030 0.4855 0.1115 1 1 0.3979 0.4864 0.1157 1 1 0.3911 0.4876 0.1214
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 673 176 497 87 0 17 0 72 0 0 495 0 2 0.4943 0.0000 0.0040 9.353 0.82 7.71 -6.89 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3911 0.5007 0.1081 1 1 0.3871 0.5005 0.1125 1 1 0.3815 0.5002 0.1183
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 716 186 530 83 0 3 0 100 0 0 529 0 1 0.4462 0.0000 0.0019 61.000 0.96 1.19 -0.23 3 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0768 0.4681 0.4551 1 1 0.0811 0.4699 0.4490 1 1 0.0871 0.4722 0.4407
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 429 123 306 117 0 2 0 4 0 0 306 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 60.500 0.64 1.25 -0.61 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0279 0.9721 0.0000 0 0 0.5552 0.4448 0.0000 0 0 0.7896 0.2104 0.0000
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 665 194 471 109 0 4 0 81 0 0 465 0 6 0.5619 0.0000 0.0127 47.500 0.72 11.73 -11.01 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5076 0.4347 0.0577 1 0 0.4999 0.4384 0.0617 1 0 0.4893 0.4432 0.0675
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 577 156 421 93 0 3 0 60 0 0 421 0 0 0.5962 0.0000 0.0000 51.000 0.73 3.62 -2.89 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6623 0.3124 0.0253 1 0 0.6499 0.3219 0.0282 1 0 0.6330 0.3345 0.0324
chr7 151066528 AGGAGGC A 0.500000 0.050 1 -6 2 389 108 281 56 0 10 0 42 0 0 281 0 0 0.5185 0.0000 0.0000 9.800 1.07 5.81 -4.74 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4204 0.4743 0.1053 1 1 0.4145 0.4760 0.1095 1 1 0.4066 0.4781 0.1152
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 533 101 432 0 0 1 19 81 0 3 398 11 20 0.0000 0.0000 0.0787 100.000 7.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0621 0.9379 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0582 0.9418
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 538 100 438 0 0 4 20 76 0 0 403 12 23 0.0000 0.0000 0.0799 45.000 7.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0339 0.9661 2 2 0.0000 0.0362 0.9638 2 2 0.0000 0.0396 0.9604
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 555 96 459 0 0 6 4 86 0 0 376 31 52 0.0000 0.0000 0.1808 14.833 6.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 210 96 114 55 0 8 0 33 0 0 111 0 3 0.5729 0.0000 0.0263 11.000 1.09 7.30 -6.21 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5339 0.4058 0.0603 1 0 0.5255 0.4106 0.0639 1 0 0.5142 0.4170 0.0687
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 759 177 582 72 1 29 1 74 1 0 581 0 0 0.4068 0.0017 0.0017 5.069 0.65 6.23 -5.58 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1993 0.5442 0.2564 1 1 0.2012 0.5409 0.2580 1 1 0.2035 0.5367 0.2599
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 669 139 530 112 0 22 1 4 0 0 528 0 2 0.8058 0.0000 0.0038 5.318 0.41 3.00 -2.59 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1504 0.8496 0.0000 0 0 0.5535 0.4465 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 980 279 701 127 1 22 6 123 1 3 671 10 16 0.4552 0.0014 0.0428 12.143 2.14 10.55 -8.41 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1831 0.8133 0.0037 1 1 0.1938 0.8027 0.0036 1 1 0.2084 0.7882 0.0034
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCACTCCCAC 0.013640 0.050 1 18 1 508 213 295 170 8 32 0 3 0 1 288 1 5 0.7981 0.0000 0.0237 5.967 6.75 7.33 -0.58 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0086 0.9914 0.0000 0 0 0.9537 0.0463 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 509 224 285 8 0 27 1 188 0 0 285 0 0 0.0357 0.0000 0.0000 7.259 2.75 6.42 -3.67 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 2 0.0000 0.1159 0.8841 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 320 113 207 0 0 2 0 111 0 0 203 1 3 0.0000 0.0000 0.0193 55.500 7.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1817 0.8183 2 2 0.0000 0.1905 0.8095 2 2 0.0000 0.2031 0.7969
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 252 118 134 64 0 1 0 53 0 0 134 0 0 0.5424 0.0000 0.0000 117.000 0.30 3.02 -2.72 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4705 0.4577 0.0718 1 0 0.4669 0.4588 0.0743 1 0 0.4620 0.4604 0.0776
chr8 53881042 GGCC G 0.000725 0.050 1 -3 2 66 42 24 14 0 1 0 27 0 0 24 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 41.000 0.29 3.41 -3.12 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3330 0.6662 0.0009 1 1 0.3393 0.6598 0.0008 1 1 0.3478 0.6514 0.0008
chr8 61676164 T TTTC 0.000496 0.050 1 3 1 248 90 158 39 2 10 0 39 0 0 156 0 2 0.4333 0.0000 0.0127 8.000 0.15 3.08 -2.92 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4747 0.5251 0.0002 1 1 0.4766 0.5232 0.0002 1 1 0.4790 0.5208 0.0002
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.050 1 3 1 600 137 463 64 2 20 1 50 2 0 453 5 3 0.4672 0.0043 0.0216 6.500 2.16 4.20 -2.04 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5315 0.4427 0.0258 1 0 0.5297 0.4437 0.0266 1 0 0.5271 0.4452 0.0277
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 672 219 453 82 4 39 2 92 0 0 452 0 1 0.3744 0.0000 0.0022 4.564 0.49 3.75 -3.26 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3006 0.6402 0.0592 1 1 0.3079 0.6336 0.0585 1 1 0.3174 0.6250 0.0575
chr8 68331068 TCCGGCTCTCAGCGC T 0.013267 0.050 1 -14 2 351 137 214 85 0 3 0 49 0 0 208 0 6 0.6204 0.0000 0.0280 44.667 0.55 12.76 -12.20 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7852 0.2142 0.0005 1 0 0.7776 0.2218 0.0006 1 0 0.7672 0.2321 0.0007
chr8 90645735 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 480 124 356 45 0 20 0 59 0 0 356 0 0 0.3629 0.0000 0.0000 5.200 0.62 3.22 -2.60 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1049 0.4761 0.4189 1 1 0.1092 0.4777 0.4132 1 1 0.1149 0.4797 0.4054
chr8 93728272 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 105 47 58 25 0 0 0 22 0 0 58 0 0 0.5319 0.0000 0.0000 47.000 0.24 3.00 -2.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2801 0.5116 0.2082 1 1 0.2793 0.5107 0.2100 1 1 0.2781 0.5096 0.2123
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 622 191 431 11 1 7 4 168 0 0 431 0 0 0.0576 0.0000 0.0000 30.500 0.27 18.52 -18.25 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9613 0.0387 2 1 0.0000 0.5157 0.4843
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 300 88 212 83 0 3 0 2 0 0 212 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 28.333 1.57 2.00 -0.43 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2358 0.7642 0.0000 0 0 0.6707 0.3293 0.0000 0 0 0.7767 0.2233 0.0000
chr8 123369924 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 297 96 201 2 4 1 2 87 0 0 201 0 0 0.0208 0.0000 0.0000 89.000 0.50 3.01 -2.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8213 0.1787 2 2 0.0000 0.3969 0.6031 2 2 0.0000 0.2663 0.7337
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 372 167 205 102 0 0 0 65 0 0 203 0 2 0.6108 0.0000 0.0098 167.000 0.12 3.03 -2.91 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6816 0.2970 0.0214 1 0 0.6692 0.3068 0.0240 1 0 0.6521 0.3201 0.0279
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 485 139 346 0 0 23 14 102 0 0 338 2 6 0.0000 0.0000 0.0231 5.000 4.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0426 0.9574 2 2 0.0000 0.0453 0.9547 2 2 0.0000 0.0491 0.9509
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 362 111 251 59 0 6 2 44 0 0 250 0 1 0.5315 0.0000 0.0040 17.500 3.24 4.09 -0.85 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3902 0.4907 0.1191 1 1 0.3856 0.4912 0.1232 1 1 0.3793 0.4920 0.1287
chr8 144397775 GCCACTGC G 0.500000 0.050 1 -7 3 1071 228 843 223 0 1 1 3 0 0 843 0 0 0.9781 0.0000 0.0000 227.000 1.52 7.67 -6.14 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5428 0.4572 0.0000 0 0 0.9580 0.0420 0.0000 0 0 0.9816 0.0184 0.0000
chr8 144397788 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 5 1070 233 837 228 1 1 0 3 0 0 836 1 0 0.9785 0.0000 0.0012 231.000 1.53 7.67 -6.14 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5497 0.4503 0.0000 0 0 0.9611 0.0389 0.0000 0 0 0.9833 0.0167 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1008 171 837 107 6 7 7 44 0 0 837 0 0 0.6257 0.0000 0.0000 40.750 1.55 4.84 -3.29 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9333 0.0663 0.0004 1 0 0.9266 0.0728 0.0005 1 0 0.9168 0.0824 0.0007
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1011 175 836 9 106 6 6 48 0 0 833 0 3 0.0514 0.0000 0.0036 54.000 0.67 5.00 -4.33 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8295 0.1673 0.0033 1 0 0.8202 0.1760 0.0038 1 0 0.8073 0.1881 0.0045
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 333 107 226 0 0 27 1 79 0 0 225 1 0 0.0000 0.0000 0.0044 2.963 5.38 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1151 0.8849 2 2 0.0000 0.1193 0.8807 2 2 0.0000 0.1253 0.8747
chr9 12775862 T TGGTGGC 0.500000 0.050 1 6 2 333 107 226 12 0 6 2 87 0 0 225 1 0 0.1121 0.0000 0.0044 16.833 0.00 4.99 -4.99 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9970 0.0030 2 1 0.0000 0.9101 0.0899
chr9 35560354 AGAAGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 650 116 534 99 1 13 0 3 0 0 534 0 0 0.8534 0.0000 0.0000 7.846 0.34 6.67 -6.32 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0844 0.9156 0.0000 0 0 0.6128 0.3872 0.0000 0 0 0.7823 0.2177 0.0000
chr9 38411406 GCGGTCAT G 0.500000 0.050 1 -7 1 229 103 126 100 0 1 0 2 0 0 124 1 1 0.9709 0.0000 0.0159 102.000 0.32 8.00 -7.68 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0723 0.9277 0.0000 0 0 0.5787 0.4213 0.0000 0 0 0.7618 0.2382 0.0000
chr9 38411418 A AT 0.500000 0.050 1 1 3 229 102 127 100 0 0 0 2 0 1 125 0 1 0.9804 0.0000 0.0157 102.000 0.32 8.00 -7.68 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0873 0.9127 0.0000 0 0 0.6191 0.3809 0.0000 0 0 0.7865 0.2135 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 266 37 229 13 0 0 0 24 0 0 229 0 0 0.3514 0.0000 0.0000 37.000 0.62 1.12 -0.51 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1321 0.4760 0.3919 1 1 0.1358 0.4777 0.3864 1 1 0.1408 0.4799 0.3792
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 428 122 306 66 0 1 0 55 0 0 302 0 4 0.5410 0.0000 0.0131 121.000 0.20 13.58 -13.38 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5235 0.1589 1 1 0.3159 0.5217 0.1624 1 1 0.3136 0.5194 0.1670
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 575 131 444 60 0 17 0 54 1 0 436 0 7 0.4580 0.0023 0.0180 6.706 0.37 9.11 -8.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5372 0.2314 1 1 0.2328 0.5344 0.2328 1 1 0.2346 0.5309 0.2346
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 391 149 242 114 10 18 0 7 0 0 242 0 0 0.7651 0.0000 0.0000 7.278 0.13 3.29 -3.15 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1658 0.8342 0.0000 0 0 0.5918 0.4082 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 487 129 358 55 1 4 1 68 0 0 356 0 2 0.4264 0.0000 0.0056 31.250 0.35 3.28 -2.93 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0967 0.4751 0.4282 1 1 0.1010 0.4767 0.4224 1 1 0.1068 0.4787 0.4145
chr9 87919269 C CCAGCGTCATCTTGTCTCT 0.500000 0.050 1 18 3 321 124 197 29 1 12 1 81 0 0 197 0 0 0.2339 0.0000 0.0000 9.167 0.21 7.93 -7.72 9 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0051 0.1504 0.8445 1 2 0.0061 0.1619 0.8320 1 2 0.0078 0.1781 0.8142
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 192 79 113 1 0 0 0 78 0 0 112 0 1 0.0127 0.0000 0.0088 79.000 0.00 4.69 -4.69 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4120 0.5880 2 2 0.0000 0.2175 0.7825 2 2 0.0000 0.1792 0.8208
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 329 94 235 7 2 17 2 66 0 0 230 0 5 0.0745 0.0000 0.0213 4.529 0.00 2.98 -2.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9848 0.0152 2 1 0.0000 0.8294 0.1706
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 329 100 229 75 7 16 0 2 0 0 229 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 5.250 2.36 3.00 -0.64 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2311 0.7689 0.0000 0 0 0.6645 0.3355 0.0000 0 0 0.7719 0.2281 0.0000
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 434 170 264 0 0 10 0 160 0 0 261 0 3 0.0000 0.0000 0.0114 16.000 8.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0176 0.9824 2 2 0.0000 0.0197 0.9803
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 705 277 428 58 11 2 0 206 0 0 423 0 5 0.2094 0.0000 0.0117 137.500 7.88 3.20 4.68 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0024 0.9976 1 2 0.0000 0.0031 0.9969 1 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 329 90 239 74 1 11 0 4 0 0 239 0 0 0.8222 0.0000 0.0000 7.182 0.51 3.25 -2.74 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0097 0.9903 0.0000 0 1 0.3058 0.6942 0.0000 0 0 0.5774 0.4226 0.0000
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 874 129 745 51 2 27 1 48 1 2 733 2 7 0.3953 0.0013 0.0161 3.741 1.33 7.15 -5.81 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2008 0.5320 0.2672 1 1 0.2031 0.5296 0.2673 1 1 0.2061 0.5266 0.2674
chr9 99105255 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 196 109 87 44 2 19 4 40 0 0 87 0 0 0.4037 0.0000 0.0000 4.684 1.86 3.77 -1.91 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2576 0.5264 0.2160 1 1 0.2579 0.5244 0.2177 1 1 0.2582 0.5219 0.2199
chr9 103005527 ATGCCAAGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -12 1 559 151 408 128 0 20 0 3 0 0 408 0 0 0.8477 0.0000 0.0000 6.550 0.29 12.33 -12.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1575 0.8425 0.0000 0 0 0.7601 0.2399 0.0000 0 0 0.8758 0.1242 0.0000
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 461 95 366 5 1 1 0 88 0 0 366 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 94.000 0.00 2.68 -2.68 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.7936 0.2064 2 2 0.0000 0.4730 0.5270
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 807 165 642 79 0 1 0 85 0 0 640 0 2 0.4788 0.0000 0.0031 164.000 0.96 4.94 -3.98 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1461 0.5316 0.3223 1 1 0.1500 0.5292 0.3209 1 1 0.1551 0.5262 0.3188
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 746 175 571 7 0 3 5 160 0 0 568 0 3 0.0400 0.0000 0.0053 56.333 0.00 2.81 -2.81 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.6327 0.3673 2 2 0.0000 0.1957 0.8043
chr9 104694528 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 475 146 329 83 0 3 0 60 0 0 329 0 0 0.5685 0.0000 0.0000 47.667 0.30 1.12 -0.82 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5356 0.4092 0.0551 1 0 0.5263 0.4146 0.0591 1 0 0.5137 0.4216 0.0647
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 271 110 161 0 0 3 0 107 0 0 155 0 6 0.0000 0.0000 0.0373 35.667 4.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 5 451 127 324 108 1 15 0 3 0 0 323 0 1 0.8504 0.0000 0.0031 7.467 0.50 3.00 -2.50 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.5043 0.4957 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr9 116154344 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 2 655 155 500 117 5 29 0 4 0 1 499 0 0 0.7548 0.0000 0.0020 4.345 0.92 2.50 -1.58 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0314 0.9686 0.0000 0 0 0.5895 0.4105 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 461 124 337 57 4 19 0 44 0 0 336 0 1 0.4597 0.0000 0.0030 5.474 0.68 5.45 -4.77 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4419 0.4640 0.0942 1 1 0.4353 0.4663 0.0984 1 1 0.4264 0.4693 0.1043
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 1656 378 1278 335 3 31 0 9 0 0 1278 0 0 0.8862 0.0000 0.0000 11.194 0.27 1.11 -0.84 129 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 0 0.9139 0.0861 0.0000 0 0 0.9916 0.0084 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 489 128 361 63 1 11 2 51 0 0 359 0 2 0.4922 0.0000 0.0055 10.455 0.27 1.29 -1.02 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3473 0.5115 0.1412 1 1 0.3444 0.5106 0.1450 1 1 0.3405 0.5094 0.1500
chr9 122675656 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 718 159 559 135 3 11 0 10 0 0 559 0 0 0.8491 0.0000 0.0000 13.273 0.40 1.40 -1.00 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0384 0.9616 0.0000 0 1 0.4032 0.5968 0.0000
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 540 200 340 167 2 26 0 5 1 2 337 0 0 0.8350 0.0029 0.0088 6.692 0.28 7.00 -6.72 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0214 0.9786 0.0000 0 0 0.7138 0.2862 0.0000 0 0 0.9068 0.0932 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 557 195 362 179 1 5 0 10 0 0 362 0 0 0.9179 0.0000 0.0000 38.000 0.21 3.00 -2.79 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0963 0.9037 0.0000 0 0 0.6453 0.3547 0.0000
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 729 221 508 106 0 16 0 99 0 0 501 0 7 0.4796 0.0000 0.0138 12.812 0.27 7.71 -7.43 54 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2178 0.5644 0.2178 1 1 0.2202 0.5596 0.2202 1 1 0.2232 0.5535 0.2232
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 378 123 255 44 1 34 0 44 1 0 250 2 2 0.3577 0.0039 0.0196 2.618 1.30 4.00 -2.70 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2132 0.5275 0.2593 1 1 0.2150 0.5254 0.2596 1 1 0.2174 0.5228 0.2598
chr9 130681605 T TCGCCGC 0.500000 0.050 1 6 1 378 123 255 45 1 74 0 3 1 2 250 1 1 0.3659 0.0039 0.0196 0.662 1.33 4.33 -3.00 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.1724 0.8276 0.0000 0 1 0.3989 0.6011 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 243 98 145 48 0 2 0 48 0 0 144 1 0 0.4898 0.0000 0.0069 48.000 1.79 1.90 -0.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2243 0.5293 0.2464 1 1 0.2258 0.5271 0.2472 1 1 0.2277 0.5243 0.2480
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 243 98 145 48 0 2 0 48 0 0 144 1 0 0.4898 0.0000 0.0069 48.000 1.79 1.90 -0.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2243 0.5293 0.2464 1 1 0.2258 0.5271 0.2472 1 1 0.2277 0.5243 0.2480
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 327 145 182 76 1 3 1 64 0 0 180 0 2 0.5241 0.0000 0.0110 47.333 0.11 1.98 -1.88 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3542 0.5144 0.1314 1 1 0.3513 0.5132 0.1354 1 1 0.3474 0.5118 0.1408
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCTGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.050 1 38 3 373 92 281 51 0 12 0 29 0 0 262 0 19 0.5543 0.0000 0.0676 6.667 0.39 9.31 -8.92 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2711 0.5275 0.2015 1 1 0.2709 0.5254 0.2037 1 1 0.2706 0.5228 0.2066
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 455 116 339 7 0 12 2 95 0 0 329 0 10 0.0603 0.0000 0.0295 8.583 1.29 13.99 -12.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8848 0.1152 2 1 0.0000 0.5097 0.4903
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 175 71 104 5 19 16 0 31 0 0 104 0 0 0.0704 0.0000 0.0000 3.667 0.00 2.77 -2.77 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1704 0.5039 0.3257 1 1 0.1733 0.5036 0.3231 1 1 0.1771 0.5032 0.3196
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 763 171 592 2 0 13 0 156 0 0 576 0 16 0.0117 0.0000 0.0270 12.154 0.00 8.79 -8.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8768 0.1232 2 1 0.0000 0.5299 0.4701 2 2 0.0000 0.4125 0.5875
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 342 96 246 40 0 1 0 55 0 0 246 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 95.000 0.23 1.22 -0.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2899 0.6927 0.0175 1 1 0.2977 0.6853 0.0169 1 1 0.3081 0.6756 0.0163
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.050 1 -2 3 243 66 177 32 0 2 0 32 0 0 175 0 2 0.4848 0.0000 0.0113 32.000 0.06 2.25 -2.19 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4532 0.5445 0.0023 1 1 0.4556 0.5421 0.0023 1 1 0.4588 0.5390 0.0023
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 827 180 647 1 0 28 1 150 0 0 633 1 13 0.0056 0.0000 0.0216 5.429 0.00 5.66 -5.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0774 0.9226 2 2 0.0000 0.0336 0.9664 2 2 0.0000 0.0282 0.9718
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 647 139 508 69 0 3 0 67 1 0 505 0 2 0.4964 0.0020 0.0059 45.333 0.28 3.75 -3.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3520 0.5362 0.1118 1 1 0.3539 0.5333 0.1128 1 1 0.3563 0.5296 0.1141
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 509 130 379 71 0 9 1 49 0 0 379 0 0 0.5462 0.0000 0.0000 13.333 0.48 1.16 -0.68 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5990 0.3640 0.0370 1 0 0.5906 0.3697 0.0396 1 0 0.5793 0.3774 0.0433
chr10 46309137 T TTTGTGCCACTCCTGCTGC 0.003400 0.050 1 18 4 302 90 212 3 0 11 0 76 0 0 181 0 31 0.0333 0.0000 0.1462 7.182 1.00 13.34 -12.34 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9936 0.0064 2 1 0.0000 0.9857 0.0143
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 322 97 225 49 0 7 0 41 0 0 224 0 1 0.5052 0.0000 0.0044 12.857 0.24 3.12 -2.88 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5574 0.4419 0.0007 1 0 0.5562 0.4431 0.0007 1 0 0.5545 0.4448 0.0007
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 536 154 382 67 0 9 0 78 0 0 382 0 0 0.4351 0.0000 0.0000 16.111 0.33 3.19 -2.86 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3254 0.6714 0.0032 1 1 0.3330 0.6639 0.0032 1 1 0.3429 0.6540 0.0031
chr10 56358652 T TGCCTCA 0.001075 0.050 1 6 1 517 135 382 64 0 22 0 49 0 0 377 0 5 0.4741 0.0000 0.0131 5.136 0.38 5.43 -5.05 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5863 0.4135 0.0002 1 0 0.5843 0.4155 0.0002 1 0 0.5815 0.4182 0.0003
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 393 75 318 2 1 21 1 50 0 0 318 0 0 0.0267 0.0000 0.0000 2.524 0.00 3.02 -3.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9765 0.0235 2 1 0.0000 0.8596 0.1404 2 1 0.0000 0.7761 0.2239
chr10 75028901 G GGAAGAGGAA 0.002182 0.050 1 9 1 776 144 632 55 0 42 0 47 0 0 632 0 0 0.3819 0.0000 0.0000 2.429 0.62 6.19 -5.57 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5665 0.4330 0.0006 1 0 0.5650 0.4344 0.0006 1 0 0.5630 0.4364 0.0006
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 485 210 275 180 9 18 0 3 0 0 274 0 1 0.8571 0.0000 0.0036 10.278 0.34 6.67 -6.33 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9532 0.0468 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 688 158 530 85 0 2 0 71 0 0 527 0 3 0.5380 0.0000 0.0057 78.000 0.24 5.94 -5.71 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4848 0.4591 0.0561 1 0 0.4823 0.4596 0.0582 1 0 0.4787 0.4603 0.0610
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 452 129 323 71 0 3 0 55 0 0 319 0 4 0.5504 0.0000 0.0124 42.000 0.32 3.31 -2.99 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6013 0.3958 0.0030 1 0 0.5986 0.3983 0.0031 1 0 0.5949 0.4018 0.0032
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 368 98 270 45 0 5 0 48 0 0 263 0 7 0.4592 0.0000 0.0259 18.600 0.56 6.06 -5.51 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1438 0.5070 0.3491 1 1 0.1478 0.5067 0.3455 1 1 0.1532 0.5062 0.3406
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 439 125 314 3 0 15 1 106 0 0 276 0 38 0.0240 0.0000 0.1210 7.333 2.00 12.96 -10.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 1 0.0000 0.9312 0.0688 2 1 0.0000 0.8602 0.1398
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 304 119 185 55 0 4 0 60 0 0 185 0 0 0.4622 0.0000 0.0000 28.750 0.82 2.82 -2.00 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2947 0.5625 0.1428 1 1 0.2988 0.5591 0.1421 1 1 0.3042 0.5547 0.1411
chr10 119030300 C CCCGCCG 0.000575 0.050 1 6 1 479 118 361 91 1 17 0 9 3 0 358 0 0 0.7712 0.0083 0.0083 5.882 1.82 8.22 -6.40 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0079 0.9921 0.0000 0 0 0.9780 0.0220 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 377 117 260 3 0 67 43 4 0 0 256 4 0 0.0256 0.0000 0.0154 0.123 1.67 1.50 0.17 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9752 0.0248 2 1 0.0000 0.7198 0.2802 2 1 0.0000 0.5230 0.4770
chr10 124021236 CGG C 0.089512 0.050 1 -2 1 378 117 261 3 58 10 8 38 0 0 257 0 4 0.0256 0.0000 0.0153 6.250 1.67 2.45 -0.78 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3591 0.5787 0.0622 1 1 0.3634 0.5750 0.0616 1 1 0.3691 0.5701 0.0608
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 609 108 501 58 1 10 0 39 0 0 488 0 13 0.5370 0.0000 0.0259 9.700 1.52 12.79 -11.28 4 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4972 0.4658 0.0370 1 0 0.4961 0.4660 0.0379 1 0 0.4945 0.4665 0.0391
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 472 144 328 67 0 5 1 71 0 0 326 0 2 0.4653 0.0000 0.0061 27.600 0.34 1.42 -1.08 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1592 0.5290 0.3118 1 1 0.1627 0.5268 0.3105 1 1 0.1673 0.5241 0.3086
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 788 161 627 90 0 7 1 63 0 0 626 0 1 0.5590 0.0000 0.0016 22.000 0.16 3.16 -3.00 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6337 0.3384 0.0279 1 0 0.6248 0.3450 0.0302 1 0 0.6127 0.3537 0.0336
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 653 148 505 79 1 7 1 60 0 0 504 0 1 0.5338 0.0000 0.0020 20.000 0.33 10.95 -10.62 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6525 0.3416 0.0059 1 0 0.6476 0.3461 0.0063 1 0 0.6410 0.3522 0.0068
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 4521 1038 3483 457 9 331 14 227 2 9 3465 2 5 0.4403 0.0006 0.0052 2.115 2.49 13.53 -11.04 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr11 1249988 GCCA G 0.076028 0.050 1 -3 2 1694 345 1349 181 2 30 0 132 4 4 1325 1 15 0.5246 0.0030 0.0178 11.250 1.05 4.07 -3.02 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8352 0.1638 0.0010 1 0 0.8281 0.1708 0.0012 1 0 0.8180 0.1806 0.0014
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1026 228 798 125 1 99 0 3 0 0 798 0 0 0.5482 0.0000 0.0000 1.303 0.66 10.33 -9.67 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1303 0.8697 0.0000 0 0 0.7175 0.2825 0.0000 0 0 0.8499 0.1501 0.0000
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 877 247 630 89 0 64 1 93 0 0 630 0 0 0.3603 0.0000 0.0000 2.905 0.72 6.19 -5.47 11 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1407 0.5398 0.3195 1 1 0.1434 0.5364 0.3201 1 1 0.1470 0.5322 0.3208
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 348 97 251 0 0 1 0 96 0 0 251 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 96.000 2.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0820 0.9180 2 2 0.0000 0.0857 0.9143 2 2 0.0000 0.0910 0.9090
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 208 92 116 0 1 2 2 87 0 0 111 0 5 0.0000 0.0000 0.0431 44.500 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1005 0.8995 2 2 0.0000 0.1025 0.8975 2 2 0.0000 0.1062 0.8938
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 1136 304 832 143 0 6 0 155 0 0 827 0 5 0.4704 0.0000 0.0060 49.667 0.29 1.15 -0.87 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0765 0.5130 0.4105 1 1 0.0810 0.5115 0.4075 1 1 0.0872 0.5097 0.4031
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1544 375 1169 186 0 15 0 174 0 0 1154 0 15 0.4960 0.0000 0.0128 24.000 0.30 5.89 -5.58 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1663 0.6100 0.2237 1 1 0.1709 0.6019 0.2272 1 1 0.1767 0.5917 0.2316
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1065 271 794 133 0 13 1 124 0 0 794 0 0 0.4908 0.0000 0.0000 19.846 0.46 1.58 -1.12 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3032 0.5594 0.1374 1 1 0.3033 0.5549 0.1417 1 1 0.3032 0.5493 0.1475
chr11 5200208 TAAAG T 0.500000 0.050 1 -4 2 632 143 489 71 0 1 1 70 0 0 488 0 1 0.4965 0.0000 0.0020 142.000 0.45 4.53 -4.08 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2177 0.5433 0.2391 1 1 0.2196 0.5400 0.2404 1 1 0.2221 0.5359 0.2419
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 532 127 405 73 0 10 0 44 0 0 396 0 9 0.5748 0.0000 0.0222 11.700 0.51 17.75 -17.24 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4984 0.4326 0.0690 1 0 0.4901 0.4367 0.0732 1 0 0.4788 0.4421 0.0791
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1665 372 1293 183 1 15 0 173 0 0 1286 0 7 0.4919 0.0000 0.0054 23.800 1.11 4.24 -3.13 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2362 0.6047 0.1591 1 1 0.2393 0.5970 0.1636 1 1 0.2431 0.5873 0.1696
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 380 101 279 56 0 4 0 41 0 0 279 0 0 0.5545 0.0000 0.0000 24.250 0.23 1.37 -1.13 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4349 0.4664 0.0987 1 1 0.4284 0.4686 0.1029 1 1 0.4198 0.4715 0.1087
chr11 6390705 TGCTGGCGCTGGCGCTGGC T 0.500000 0.050 1 -18 2 934 320 614 260 2 54 0 4 0 1 613 0 0 0.8125 0.0000 0.0016 4.926 2.97 5.50 -2.53 90 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5218 0.4782 0.0000 0 0 0.9783 0.0217 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 751 146 605 0 0 10 0 136 0 0 586 0 19 0.0000 0.0000 0.0314 13.600 9.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0238 0.9762
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 601 176 425 88 1 30 0 57 0 0 424 0 1 0.5000 0.0000 0.0024 5.034 0.24 2.98 -2.74 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6450 0.3262 0.0288 1 0 0.6329 0.3353 0.0318 1 0 0.6164 0.3473 0.0363
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 239 117 122 0 0 16 3 98 0 0 122 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.312 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 530 140 390 46 0 52 0 42 1 0 382 0 7 0.3286 0.0026 0.0205 1.692 6.13 6.76 -0.63 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2142 0.5282 0.2576 1 1 0.2160 0.5261 0.2580 1 1 0.2183 0.5234 0.2583
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.050 1 -6 1 531 147 384 52 0 45 0 50 0 0 382 0 2 0.3537 0.0000 0.0052 2.267 5.50 5.68 -0.18 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2333 0.5317 0.2350 1 1 0.2345 0.5293 0.2361 1 1 0.2361 0.5263 0.2376
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 744 267 477 11 0 16 1 239 0 0 476 0 1 0.0412 0.0000 0.0021 15.625 0.27 3.73 -3.46 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8028 0.1972 2 2 0.0000 0.1562 0.8438
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1355 270 1085 0 0 4 0 266 0 0 1070 1 14 0.0000 0.0000 0.0138 66.500 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 694 153 541 79 0 4 0 70 0 0 540 0 1 0.5163 0.0000 0.0018 37.250 0.25 1.21 -0.96 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3256 0.5267 0.1476 1 1 0.3239 0.5247 0.1514 1 1 0.3215 0.5221 0.1564
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 224 89 135 2 0 13 0 74 0 0 135 0 0 0.0225 0.0000 0.0000 5.846 0.00 2.93 -2.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8025 0.1975 2 2 0.0000 0.3801 0.6199 2 2 0.0000 0.2630 0.7370
chr11 63229302 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 347 74 273 70 0 2 0 2 0 1 272 0 0 0.9459 0.0000 0.0037 36.000 0.57 1.00 -0.43 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1879 0.8121 0.0000 0 0 0.6028 0.3972 0.0000 0 0 0.7230 0.2770 0.0000
chr11 63764047 C CCTCCTCCTCCTCTGG 0.500000 0.050 1 15 1 531 95 436 47 0 15 0 33 0 0 422 0 14 0.4947 0.0000 0.0321 5.333 0.94 10.15 -9.22 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2357 0.5287 0.2357 1 1 0.2368 0.5265 0.2367 1 1 0.2381 0.5238 0.2381
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 247 84 163 29 4 13 0 38 0 1 162 0 0 0.3452 0.0000 0.0061 5.462 0.28 3.24 -2.96 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1979 0.5179 0.2842 1 1 0.2001 0.5166 0.2833 1 1 0.2030 0.5149 0.2822
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 885 172 713 5 0 33 4 130 0 1 654 0 58 0.0291 0.0000 0.0827 4.344 0.40 7.14 -6.74 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9886 0.0114 2 2 0.0000 0.3026 0.6974 2 2 0.0000 0.0818 0.9182
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1067 209 858 3 0 91 5 110 0 1 804 2 51 0.0144 0.0000 0.0629 1.297 2.00 10.71 -8.71 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7298 0.2702 2 2 0.0000 0.1320 0.8680 2 2 0.0000 0.0619 0.9381
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 963 286 677 177 1 73 1 34 0 0 659 0 18 0.6189 0.0000 0.0266 2.904 0.18 14.85 -14.67 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9931 0.0069 0.0000 0 1 0.1059 0.8941 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 1024 304 720 146 0 3 0 155 0 0 719 0 1 0.4803 0.0000 0.0014 100.333 0.38 2.14 -1.75 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1186 0.5625 0.3189 1 1 0.1233 0.5578 0.3190 1 1 0.1295 0.5518 0.3187
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 748 153 595 4 0 21 0 128 0 0 593 0 2 0.0261 0.0000 0.0034 6.286 0.25 3.61 -3.36 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9629 0.0371 2 2 0.0000 0.3694 0.6306 2 2 0.0000 0.1639 0.8361
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 403 120 283 73 0 1 0 46 0 0 279 0 4 0.6083 0.0000 0.0141 119.000 0.25 16.83 -16.58 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5410 0.4033 0.0557 1 0 0.5312 0.4091 0.0597 1 0 0.5181 0.4166 0.0653
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 871 102 769 63 0 0 0 39 0 0 769 0 0 0.6176 0.0000 0.0000 102.000 0.48 1.13 -0.65 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5603 0.3875 0.0522 1 0 0.5497 0.3942 0.0561 1 0 0.5354 0.4029 0.0617
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1021 277 744 235 4 31 0 7 0 0 743 1 0 0.8484 0.0000 0.0013 7.935 0.31 3.14 -2.83 137 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.6760 0.3240 0.0000 0 0 0.9438 0.0562 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1180 350 830 1 2 64 9 274 0 1 829 0 0 0.0029 0.0000 0.0012 4.406 3.00 7.42 -4.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr11 108481346 GCT G 0.500000 0.050 1 -2 3 138 43 95 16 0 2 0 25 0 0 95 0 0 0.3721 0.0000 0.0000 20.500 0.44 2.52 -2.08 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1489 0.4886 0.3626 1 1 0.1523 0.4894 0.3583 1 1 0.1568 0.4904 0.3528
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.050 1 6 1 181 88 93 72 0 14 0 2 0 0 93 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 5.286 0.36 6.50 -6.14 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1895 0.8105 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 717 227 490 0 0 28 0 199 0 0 488 1 1 0.0000 0.0000 0.0041 7.107 9.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0080 0.9920
chr11 117918719 AGCTGGAGATGCCTGG A 0.500000 0.050 1 -15 3 712 187 525 111 0 24 0 52 0 0 514 0 11 0.5936 0.0000 0.0210 6.792 0.94 13.38 -12.45 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8070 0.1860 0.0070 1 0 0.7943 0.1974 0.0083 1 0 0.7764 0.2133 0.0103
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 268 119 149 115 0 2 0 2 0 0 149 0 0 0.9664 0.0000 0.0000 58.500 0.39 8.50 -8.11 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4082 0.5918 0.0000 0 0 0.8176 0.1824 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr11 123906734 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 536 122 414 104 0 13 0 5 0 0 414 0 0 0.8525 0.0000 0.0000 8.385 1.01 2.80 -1.79 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.3207 0.6793 0.0000 0 0 0.6552 0.3448 0.0000
chr11 124249871 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 772 244 528 236 0 4 0 4 0 0 528 0 0 0.9672 0.0000 0.0000 60.000 0.14 1.00 -0.86 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3597 0.6403 0.0000 0 0 0.9589 0.0411 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 399 131 268 0 0 18 1 112 0 0 268 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.278 5.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr11 124880556 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 398 122 276 7 5 18 90 2 0 0 276 0 0 0.0574 0.0000 0.0000 1.300 0.43 7.00 -6.57 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9931 0.0069 2 1 0.0000 0.8878 0.1122
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 334 135 199 79 0 0 0 56 0 0 199 0 0 0.5852 0.0000 0.0000 135.000 0.94 1.86 -0.92 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4815 0.4466 0.0719 1 0 0.4717 0.4514 0.0769 1 0 0.4585 0.4576 0.0839
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 459 131 328 55 4 30 2 40 0 0 325 0 3 0.4198 0.0000 0.0091 3.367 0.22 2.85 -2.63 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4601 0.4542 0.0856 1 1 0.4542 0.4565 0.0893 1 1 0.4463 0.4594 0.0943
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 566 134 432 75 0 3 0 56 0 0 427 0 5 0.5597 0.0000 0.0116 43.667 0.44 2.93 -2.49 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5818 0.3961 0.0222 1 0 0.5778 0.3990 0.0232 1 0 0.5724 0.4029 0.0247
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 570 135 435 75 2 3 0 55 0 0 430 0 5 0.5556 0.0000 0.0115 43.667 0.31 3.00 -2.69 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6135 0.3683 0.0182 1 0 0.6085 0.3723 0.0192 1 0 0.6017 0.3777 0.0206
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 389 129 260 1 0 33 9 86 0 0 258 0 2 0.0078 0.0000 0.0077 2.909 0.00 3.23 -3.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2622 0.7378 2 2 0.0000 0.1247 0.8753 2 2 0.0000 0.1017 0.8983
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 241 86 155 3 0 4 0 79 0 0 154 0 1 0.0349 0.0000 0.0065 20.500 1.33 4.56 -3.22 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9464 0.0536 2 1 0.0000 0.5042 0.4958 2 2 0.0000 0.3065 0.6935
chr12 10930830 AGCCACAAGGACCACCCCAACAGGGAGGCCATCCCCCTCCTCCTCAAGGAAG A 0.000012 0.050 1 -51 3 736 278 458 192 5 78 0 3 0 0 458 0 0 0.6906 0.0000 0.0000 2.551 0.49 2.00 -1.51 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 283 128 155 5 0 7 2 114 0 0 155 0 0 0.0391 0.0000 0.0000 17.286 1.60 4.19 -2.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 2 0.0000 0.4319 0.5681 2 2 0.0000 0.1578 0.8422
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 487 117 370 55 0 1 0 61 0 0 370 0 0 0.4701 0.0000 0.0000 116.000 0.56 2.41 -1.85 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3193 0.5806 0.1001 1 1 0.3241 0.5766 0.0993 1 1 0.3304 0.5713 0.0983
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 2212 788 1424 409 22 125 9 223 2 3 1418 0 1 0.5190 0.0014 0.0042 5.274 2.58 7.66 -5.08 81 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr12 40516466 AG A 0.017348 0.050 1 -1 1 239 66 173 34 0 0 0 32 0 0 173 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 66.000 1.09 1.56 -0.47 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4966 0.4962 0.0072 1 0 0.4971 0.4956 0.0073 1 0 0.4977 0.4949 0.0073
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1404 332 1072 184 0 7 0 141 0 0 1072 0 0 0.5542 0.0000 0.0000 46.429 0.14 1.10 -0.96 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8143 0.1827 0.0031 1 0 0.8060 0.1904 0.0036 1 0 0.7943 0.2013 0.0044
chr12 49330292 GA G 0.000352 0.050 1 -1 1 746 160 586 83 0 2 5 70 0 0 583 0 3 0.5188 0.0000 0.0051 78.500 0.27 9.57 -9.31 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5194 0.4805 0.0001 1 0 0.5205 0.4794 0.0001 1 0 0.5216 0.4783 0.0001
chr12 49330294 GCATAACTC G 0.000352 0.050 1 -8 1 757 165 592 91 0 1 2 71 0 0 587 0 5 0.5515 0.0000 0.0084 164.000 0.25 9.58 -9.32 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6083 0.3916 0.0001 1 0 0.6061 0.3938 0.0001 1 0 0.6029 0.3970 0.0001
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 205 67 138 62 1 2 0 2 0 0 138 0 0 0.9254 0.0000 0.0000 32.500 0.13 1.00 -0.87 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3380 0.6620 0.0000 0 0 0.7662 0.2338 0.0000 0 0 0.8496 0.1504 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 968 242 726 207 2 19 1 13 1 0 724 0 1 0.8554 0.0014 0.0028 11.684 0.72 15.85 -15.12 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 1 0.4674 0.5326 0.0000
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.050 1 3 2 460 142 318 3 69 17 3 50 0 3 310 0 5 0.0211 0.0000 0.0252 7.353 2.33 3.82 -1.49 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6512 0.3482 0.0006 1 0 0.6470 0.3523 0.0007 1 0 0.6413 0.3580 0.0007
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 442 104 338 47 1 25 0 31 1 0 324 0 13 0.4519 0.0030 0.0414 3.120 0.11 12.42 -12.31 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5133 0.4728 0.0139 1 0 0.5130 0.4728 0.0142 1 0 0.5125 0.4730 0.0145
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1096 280 816 129 0 54 1 96 0 0 810 0 6 0.4607 0.0000 0.0074 4.185 0.35 13.98 -13.63 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7208 0.2764 0.0028 1 0 0.7149 0.2820 0.0030 1 0 0.7068 0.2898 0.0034
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 312 74 238 39 0 1 0 34 0 0 235 0 3 0.5270 0.0000 0.0126 73.000 0.21 1.74 -1.53 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3593 0.5124 0.1283 1 1 0.3595 0.5111 0.1293 1 1 0.3598 0.5095 0.1307
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 345 78 267 5 0 2 0 71 0 0 264 0 3 0.0641 0.0000 0.0112 38.000 1.00 4.01 -3.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8698 0.1302 2 1 0.0000 0.6152 0.3848
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 995 307 688 0 0 23 1 283 0 0 684 0 4 0.0000 0.0000 0.0058 12.348 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 126 60 66 28 2 6 1 23 0 0 65 0 1 0.4667 0.0000 0.0152 8.833 0.04 1.09 -1.05 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4123 0.4854 0.1023 1 1 0.4107 0.4856 0.1038 1 1 0.4084 0.4858 0.1058
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 515 158 357 9 0 36 15 98 0 0 350 1 6 0.0570 0.0000 0.0196 3.389 0.00 4.53 -4.53 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9548 0.0452 2 1 0.0000 0.6153 0.3847
chr12 102958393 C CGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 1 515 158 357 10 1 80 1 66 0 0 350 0 7 0.0633 0.0000 0.0196 0.975 0.30 6.29 -5.99 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 1 0.0000 0.9042 0.0958
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 449 126 323 0 0 17 1 108 0 1 318 0 4 0.0000 0.0000 0.0155 6.353 4.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0897 0.9103 2 2 0.0000 0.0813 0.9187 2 2 0.0000 0.0789 0.9211
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1729 396 1333 178 10 100 6 102 0 0 1302 1 30 0.4495 0.0000 0.0233 3.435 3.48 4.55 -1.07 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7447 0.2462 0.0091 1 0 0.7333 0.2560 0.0107 1 0 0.7174 0.2696 0.0130
chr12 108623665 GAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -30 2 1711 323 1388 26 14 43 19 221 1 0 1358 16 13 0.0805 0.0007 0.0216 6.659 3.46 5.75 -2.29 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 317 130 187 50 2 19 2 57 0 0 187 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 5.737 0.94 3.39 -2.45 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1541 0.5158 0.3301 1 1 0.1576 0.5146 0.3278 1 1 0.1622 0.5131 0.3247
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 558 139 419 4 0 5 0 130 0 0 413 0 6 0.0288 0.0000 0.0143 26.800 0.25 8.61 -8.36 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9572 0.0428 2 2 0.0000 0.3357 0.6643 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 722 221 501 2 89 41 7 82 0 0 501 0 0 0.0090 0.0000 0.0000 4.317 4.50 3.68 0.82 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2309 0.5532 0.2159 1 1 0.2327 0.5492 0.2181 1 1 0.2349 0.5442 0.2209
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 246 132 114 0 0 1 0 131 0 0 114 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 131.000 2.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0357 0.9643 2 2 0.0000 0.0380 0.9620 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 454 112 342 38 23 20 3 28 0 1 339 0 2 0.3393 0.0000 0.0088 4.200 1.84 3.54 -1.69 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6137 0.3470 0.0393 1 0 0.6015 0.3557 0.0428 1 0 0.5851 0.3670 0.0479
chr12 121420274 AGAT A 0.500000 0.050 1 -3 2 199 74 125 66 1 2 0 5 0 0 125 0 0 0.8919 0.0000 0.0000 36.000 0.53 3.00 -2.47 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1562 0.8438 0.0000 0 1 0.4374 0.5626 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 344 108 236 0 0 9 1 98 0 0 226 0 10 0.0000 0.0000 0.0424 11.000 5.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 304 66 238 0 0 7 0 59 0 0 228 0 10 0.0000 0.0000 0.0420 8.429 9.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1498 0.8502 2 2 0.0000 0.1543 0.8457 2 2 0.0000 0.1606 0.8394
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 717 236 481 208 4 19 1 4 0 0 481 0 0 0.8814 0.0000 0.0000 11.316 1.70 1.50 0.20 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2177 0.7823 0.0000 0 0 0.9164 0.0836 0.0000 0 0 0.9694 0.0306 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 691 163 528 0 0 25 1 137 0 0 505 0 23 0.0000 0.0000 0.0436 5.520 8.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 247 95 152 64 6 24 0 1 0 0 152 0 0 0.6737 0.0000 0.0000 2.958 0.16 3.00 -2.84 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5325 0.4675 0.0000 0 0 0.7424 0.2576 0.0000 0 0 0.7869 0.2131 0.0000
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 166 57 109 22 2 7 0 26 0 0 108 1 0 0.3860 0.0000 0.0092 7.143 1.50 3.42 -1.92 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2082 0.5129 0.2789 1 1 0.2100 0.5119 0.2781 1 1 0.2123 0.5107 0.2770
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 204 69 135 38 0 4 0 27 0 0 131 0 4 0.5507 0.0000 0.0296 16.250 0.95 8.33 -7.39 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3290 0.5064 0.1646 1 1 0.3264 0.5059 0.1678 1 1 0.3229 0.5053 0.1719
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 618 184 434 72 11 48 3 50 0 0 432 0 2 0.3913 0.0000 0.0046 2.935 0.60 4.06 -3.46 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5790 0.3770 0.0440 1 0 0.5683 0.3840 0.0477 1 0 0.5538 0.3932 0.0530
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 643 161 482 59 1 46 2 53 0 0 474 1 7 0.3665 0.0000 0.0166 2.457 1.53 6.68 -5.15 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3652 0.5673 0.0675 1 1 0.3692 0.5635 0.0674 1 1 0.3743 0.5585 0.0672
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 100 48 52 29 0 1 1 17 0 0 51 0 1 0.6042 0.0000 0.0192 47.000 0.34 3.88 -3.54 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5989 0.3961 0.0051 1 0 0.5953 0.3995 0.0052 1 0 0.5905 0.4041 0.0055
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 679 118 561 0 0 17 1 100 0 0 557 0 4 0.0000 0.0000 0.0071 5.882 4.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0168 0.9832 2 2 0.0000 0.0180 0.9820
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 422 68 354 0 2 28 3 35 0 0 348 1 5 0.0000 0.0000 0.0169 1.357 4.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2942 0.7058 2 2 0.0000 0.2925 0.7075 2 2 0.0000 0.2923 0.7077
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 231 81 150 0 0 4 2 75 0 0 149 0 1 0.0000 0.0000 0.0067 19.250 8.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1232 0.8768 2 2 0.0000 0.1275 0.8725 2 2 0.0000 0.1336 0.8664
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 520 107 413 8 0 1 0 98 0 0 412 0 1 0.0748 0.0000 0.0024 106.000 0.25 3.17 -2.92 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9479 0.0521 2 1 0.0000 0.6455 0.3545
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1925 494 1431 167 1 9 1 316 0 0 1429 0 2 0.3381 0.0000 0.0014 53.778 0.26 2.22 -1.96 31 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0014 0.9986 1 2 0.0000 0.0018 0.9982 1 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 1246 341 905 292 4 36 0 9 1 0 904 0 0 0.8563 0.0011 0.0011 8.444 0.43 1.44 -1.02 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.8229 0.1771 0.0000 0 0 0.9815 0.0185 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 529 166 363 161 0 1 0 4 0 0 362 0 1 0.9699 0.0000 0.0028 165.000 0.83 21.25 -20.42 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0215 0.9785 0.0000 0 0 0.7160 0.2840 0.0000 0 0 0.9084 0.0916 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 362 76 286 37 1 9 0 29 0 0 282 0 4 0.4868 0.0000 0.0140 7.444 0.27 1.21 -0.94 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1898 0.5396 0.2707 1 1 0.1885 0.5375 0.2740 1 1 0.1868 0.5349 0.2784
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.050 1 -3 1 492 78 414 3 0 3 0 72 0 0 409 0 5 0.0385 0.0000 0.0121 25.000 0.67 4.18 -3.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 1 0.0000 0.9938 0.0062
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 525 156 369 77 0 17 0 62 0 0 368 0 1 0.4936 0.0000 0.0027 8.176 0.38 3.13 -2.75 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5228 0.4277 0.0495 1 0 0.5184 0.4299 0.0517 1 0 0.5122 0.4329 0.0548
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 429 111 318 47 0 4 1 59 0 0 318 0 0 0.4234 0.0000 0.0000 26.500 0.34 5.34 -5.00 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1872 0.5565 0.2563 1 1 0.1931 0.5550 0.2519 1 1 0.2011 0.5528 0.2460
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 364 58 306 3 0 2 1 52 0 0 303 0 3 0.0517 0.0000 0.0098 28.000 4.67 3.75 0.92 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9819 0.0181 2 1 0.0000 0.7562 0.2438 2 1 0.0000 0.5701 0.4299
chr14 23275617 TTCCTCC T 0.001309 0.050 1 -6 1 379 72 307 58 5 5 1 3 0 0 307 0 0 0.8056 0.0000 0.0000 13.400 2.88 4.67 -1.79 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9430 0.0570 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 379 107 272 42 3 19 2 41 0 0 272 0 0 0.3925 0.0000 0.0000 4.632 0.31 5.29 -4.98 0 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3719 0.5143 0.1139 1 1 0.3723 0.5128 0.1149 1 1 0.3729 0.5109 0.1163
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 379 107 272 45 0 23 0 39 0 0 272 0 0 0.4206 0.0000 0.0000 3.652 0.49 5.62 -5.13 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3919 0.4942 0.1139 1 1 0.3903 0.4938 0.1159 1 1 0.3881 0.4933 0.1187
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 656 143 513 118 3 20 0 2 0 0 513 0 0 0.8252 0.0000 0.0000 6.150 0.76 6.50 -5.74 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1439 0.8561 0.0000 0 0 0.5213 0.4787 0.0000 0 0 0.6443 0.3557 0.0000
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 481 105 376 100 0 1 0 4 0 0 376 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 104.000 0.65 2.00 -1.35 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8344 0.1656 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 147 53 94 25 0 2 0 26 0 0 91 0 3 0.4717 0.0000 0.0319 25.500 0.32 3.19 -2.87 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4246 0.5633 0.0120 1 1 0.4277 0.5603 0.0119 1 1 0.4317 0.5564 0.0118
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 602 147 455 0 0 27 0 120 0 0 448 0 7 0.0000 0.0000 0.0154 4.444 6.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0093 0.9907 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0108 0.9892
chr14 74778564 AAAG A 0.000206 0.050 1 -3 4 239 115 124 51 0 6 0 58 0 0 124 0 0 0.4435 0.0000 0.0000 18.167 0.12 3.31 -3.19 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3823 0.6175 0.0002 1 1 0.3879 0.6120 0.0002 1 1 0.3950 0.6048 0.0002
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 447 110 337 45 4 17 2 42 2 1 330 0 4 0.4091 0.0059 0.0208 5.294 3.09 4.79 -1.70 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3229 0.5198 0.1572 1 1 0.3229 0.5181 0.1590 1 1 0.3228 0.5158 0.1613
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 438 101 337 39 9 5 14 34 3 1 331 2 0 0.3861 0.0089 0.0178 28.333 3.10 4.26 -1.16 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2997 0.5224 0.1779 1 1 0.2997 0.5206 0.1797 1 1 0.2996 0.5183 0.1821
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 438 153 285 56 2 18 1 76 0 0 284 1 0 0.3660 0.0000 0.0035 7.500 0.34 3.01 -2.67 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0448 0.3914 0.5638 1 2 0.0476 0.3960 0.5564 1 2 0.0516 0.4021 0.5463
chr14 92931578 AGAG A 0.000692 0.050 1 -3 2 553 135 418 59 2 25 1 48 0 0 418 0 0 0.4370 0.0000 0.0000 4.400 0.64 3.48 -2.84 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6132 0.3867 0.0001 1 0 0.6101 0.3897 0.0001 1 0 0.6060 0.3939 0.0001
chr14 94469278 AC A 0.002528 0.050 1 -1 1 422 111 311 101 3 2 0 5 0 0 311 0 0 0.9099 0.0000 0.0000 54.500 0.52 1.20 -0.68 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6106 0.3894 0.0000 0 0 0.9945 0.0055 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 150 62 88 34 0 1 0 27 0 0 88 0 0 0.5484 0.0000 0.0000 61.000 0.24 2.74 -2.51 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5142 0.4486 0.0372 1 0 0.5119 0.4500 0.0380 1 0 0.5088 0.4520 0.0391
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 239 69 170 0 0 9 0 60 0 0 164 0 6 0.0000 0.0000 0.0353 6.667 8.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1976 0.8024 2 2 0.0000 0.2029 0.7971 2 2 0.0000 0.2104 0.7896
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 413 118 295 42 1 15 0 60 0 0 293 0 2 0.3559 0.0000 0.0068 6.867 0.79 4.13 -3.35 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1344 0.5374 0.3282 1 1 0.1411 0.5386 0.3203 1 1 0.1501 0.5399 0.3099
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 289 97 192 6 0 13 3 75 0 0 190 0 2 0.0619 0.0000 0.0104 6.462 5.00 4.19 0.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9644 0.0356 2 1 0.0000 0.8289 0.1711
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.050 1 -4 5 240 47 193 45 0 0 0 2 0 0 193 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 47.000 0.29 4.00 -3.71 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2496 0.7504 0.0000 0 0 0.6912 0.3088 0.0000 0 0 0.7970 0.2030 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 1143 206 937 1 0 4 2 199 0 4 876 41 16 0.0049 0.0000 0.0651 50.500 12.00 4.50 7.50 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2690 654 2036 1 1 15 4 633 0 1 1946 34 55 0.0015 0.0000 0.0442 49.154 4.00 3.37 0.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.050 1 21 1 2714 483 2231 172 7 120 7 177 5 1 2220 1 4 0.3561 0.0022 0.0049 3.008 2.35 8.53 -6.17 42 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2666 0.6499 0.0834 1 1 0.2749 0.6408 0.0843 1 1 0.2856 0.6292 0.0852
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 1676 419 1257 223 2 64 2 128 2 3 1208 4 40 0.5322 0.0016 0.0390 5.500 1.54 15.98 -14.43 85 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9066 0.0934 0.0000 1 0 0.9005 0.0995 0.0000 1 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr15 30144828 T TGAA 0.000910 0.050 1 3 2 99 53 46 46 1 1 2 3 0 0 46 0 0 0.8679 0.0000 0.0000 52.000 0.26 3.33 -3.07 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7871 0.2129 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 206 71 135 29 0 5 0 37 0 0 133 0 2 0.4085 0.0000 0.0148 13.200 1.83 2.35 -0.52 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0900 0.4598 0.4503 1 1 0.0926 0.4613 0.4461 1 1 0.0961 0.4633 0.4406
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 650 167 483 1 4 35 2 125 0 0 472 0 11 0.0060 0.0000 0.0228 3.771 7.00 3.98 3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2218 0.7782 2 2 0.0000 0.0779 0.9221 2 2 0.0000 0.0503 0.9497
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.050 1 12 4 263 96 167 36 0 13 1 46 0 0 159 0 8 0.3750 0.0000 0.0479 6.308 0.81 10.37 -9.56 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2626 0.7340 0.0033 1 1 0.2712 0.7256 0.0032 1 1 0.2826 0.7143 0.0030
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 323 83 240 32 0 7 0 44 0 0 240 0 0 0.3855 0.0000 0.0000 10.857 0.47 5.57 -5.10 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2753 0.6139 0.1108 1 1 0.2818 0.6099 0.1084 1 1 0.2903 0.6045 0.1052
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 424 148 276 77 0 5 1 65 0 0 275 0 1 0.5203 0.0000 0.0036 28.400 0.81 2.22 -1.41 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4426 0.4771 0.0803 1 1 0.4399 0.4771 0.0830 1 1 0.4362 0.4772 0.0866
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 533 137 396 71 1 6 0 59 1 0 390 0 5 0.5182 0.0025 0.0152 21.833 0.20 5.31 -5.11 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4147 0.4900 0.0953 1 1 0.4125 0.4895 0.0981 1 1 0.4093 0.4889 0.1018
chr15 50529817 A AT 0.001809 0.050 1 1 1 100 40 60 38 0 0 0 2 0 0 60 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 40.000 0.82 2.00 -1.18 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9826 0.0174 0.0000 0 0 0.9973 0.0027 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 272 147 125 139 1 0 1 6 0 0 125 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 147.000 0.92 3.00 -2.08 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1742 0.8258 0.0000 0 0 0.5994 0.4006 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 435 97 338 47 0 12 3 35 0 0 335 0 3 0.4845 0.0000 0.0089 7.083 0.57 3.29 -2.71 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2627 0.5292 0.2081 1 1 0.2610 0.5275 0.2115 1 1 0.2587 0.5253 0.2160
chr15 82688452 CG C 0.003305 0.050 1 -1 2 672 222 450 203 0 13 0 6 0 0 450 0 0 0.9144 0.0000 0.0000 17.417 0.18 1.33 -1.16 123 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7497 0.2503 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 435 118 317 103 0 14 0 1 0 0 316 0 1 0.8729 0.0000 0.0032 7.429 0.23 1.00 -0.77 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6899 0.3101 0.0000 0 0 0.9350 0.0650 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000
chr15 84817274 G GGGCCA 0.000443 0.050 1 5 1 458 106 352 60 0 9 0 37 0 0 351 0 1 0.5660 0.0000 0.0028 10.778 0.48 4.89 -4.41 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7246 0.2754 0.0000 1 0 0.7180 0.2820 0.0000 1 0 0.7090 0.2909 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 332 125 207 7 0 1 0 117 0 0 202 0 5 0.0560 0.0000 0.0242 124.000 0.14 3.18 -3.04 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9304 0.0696 2 1 0.0000 0.6464 0.3536
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 395 140 255 81 0 1 0 58 0 0 253 0 2 0.5786 0.0000 0.0078 139.000 0.46 3.17 -2.72 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7023 0.2972 0.0005 1 0 0.6966 0.3028 0.0006 1 0 0.6889 0.3105 0.0006
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.050 1 6 1 1326 364 962 282 1 75 1 5 0 0 962 0 0 0.7747 0.0000 0.0000 3.840 0.57 3.60 -3.03 66 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9254 0.0746 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 818 241 577 178 3 50 0 10 2 0 573 0 2 0.7386 0.0035 0.0069 4.152 1.37 9.00 -7.63 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0347 0.9653 0.0000 0 0 0.5268 0.4732 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 806 224 582 127 9 44 7 37 0 2 579 0 1 0.5670 0.0000 0.0052 3.977 1.24 4.73 -3.49 13 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9608 0.0389 0.0002 1 0 0.9542 0.0455 0.0003 1 0 0.8517 0.1479 0.0004
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 345 131 214 60 0 12 0 59 0 0 210 0 4 0.4580 0.0000 0.0187 9.917 0.15 6.98 -6.83 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0007 0.5006 0.4986 1 2 0.0008 0.4992 0.5000 1 2 0.0008 0.4975 0.5017
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 532 206 326 142 5 44 2 13 0 0 326 0 0 0.6893 0.0000 0.0000 3.682 0.22 3.77 -3.55 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0120 0.9880 0.0000 0 1 0.4491 0.5509 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 227 78 149 32 0 24 0 22 0 0 146 0 3 0.4103 0.0000 0.0201 2.250 1.38 10.27 -8.90 8 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5568 0.4349 0.0083 1 0 0.5548 0.4368 0.0085 1 0 0.5519 0.4393 0.0087
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 308 99 209 54 0 0 0 45 0 0 208 0 1 0.5455 0.0000 0.0048 99.000 0.17 3.02 -2.86 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4314 0.4789 0.0898 1 1 0.4289 0.4790 0.0920 1 1 0.4256 0.4793 0.0951
chr16 770621 CGCCGCCTGGGGGGACGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGA C 0.000566 0.050 1 -45 4 1037 202 835 100 2 41 2 57 2 1 822 1 9 0.4950 0.0024 0.0156 3.878 1.46 4.25 -2.79 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8281 0.1719 0.0000 1 0 0.8205 0.1795 0.0000 1 0 0.8099 0.1901 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 274 86 188 52 0 1 0 33 0 0 186 0 2 0.6047 0.0000 0.0106 85.000 0.83 15.30 -14.48 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6471 0.3410 0.0118 1 0 0.6412 0.3463 0.0125 1 0 0.6333 0.3533 0.0134
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 569 95 474 0 0 1 2 92 0 0 474 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 93.000 6.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 569 95 474 0 0 1 2 92 0 0 474 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 93.000 6.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 CGCGGCG C 0.000274 0.050 1 -6 6 472 89 383 40 2 17 1 29 0 1 375 2 5 0.4494 0.0000 0.0209 4.500 2.95 6.34 -3.39 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5516 0.4483 0.0001 1 0 0.5505 0.4494 0.0001 1 0 0.5490 0.4509 0.0001
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 237 84 153 36 0 3 1 44 0 0 152 0 1 0.4286 0.0000 0.0065 27.000 0.03 3.02 -2.99 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3357 0.6308 0.0335 1 1 0.3418 0.6254 0.0328 1 1 0.3498 0.6183 0.0319
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 397 96 301 2 0 8 0 86 0 0 301 0 0 0.0208 0.0000 0.0000 11.000 0.00 2.99 -2.99 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6551 0.3449 2 2 0.0000 0.2236 0.7764 2 2 0.0000 0.1446 0.8554
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 449 139 310 12 4 47 4 72 0 3 298 3 6 0.0863 0.0000 0.0387 1.915 1.58 4.99 -3.40 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9959 0.0041
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 2138 563 1575 408 3 139 0 13 0 0 1575 0 0 0.7247 0.0000 0.0000 3.050 1.31 4.77 -3.46 240 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr16 11927631 AGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCC A 0.000767 0.050 1 -57 2 2113 1123 990 939 2 176 1 5 0 0 990 0 0 0.8362 0.0000 0.0000 5.381 0.87 0.20 0.67 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 244 62 182 0 0 1 0 61 0 0 182 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 61.000 2.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 962 232 730 164 1 61 0 6 0 0 730 0 0 0.7069 0.0000 0.0000 2.787 1.18 11.17 -9.98 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 0 0.6935 0.3065 0.0000 0 0 0.9227 0.0773 0.0000
chr16 29810108 AGCGGCAGCG A 0.002834 0.050 1 -9 1 865 275 590 249 1 19 0 6 1 0 589 0 0 0.9055 0.0017 0.0017 13.421 0.34 9.83 -9.49 137 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9154 0.0846 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 29983215 GGAGGAGGAGGAGGAA G 0.000039 0.050 1 -15 1 760 210 550 100 1 26 0 83 0 0 549 0 1 0.4762 0.0000 0.0018 7.038 0.31 10.60 -10.29 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6468 0.3532 0.0000 1 0 0.6434 0.3566 0.0000 1 0 0.6386 0.3614 0.0000
chr16 49396542 ACCTTCATAAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 2 266 107 159 49 0 1 0 57 0 0 154 0 5 0.4579 0.0000 0.0314 106.000 0.37 11.16 -10.79 3 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1114 0.4855 0.4031 1 1 0.1156 0.4864 0.3980 1 1 0.1213 0.4875 0.3912
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 886 234 652 94 9 39 4 88 0 2 650 0 0 0.4017 0.0000 0.0031 4.949 2.21 3.24 -1.03 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3875 0.5089 0.1036 1 1 0.3840 0.5080 0.1080 1 1 0.3791 0.5069 0.1140
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 284 114 170 0 63 0 4 47 0 0 166 2 2 0.0000 0.0000 0.0235 50.000 8.53 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1351 0.4959 0.3689 1 1 0.1390 0.4962 0.3649 1 1 0.1441 0.4965 0.3595
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 284 112 172 62 0 2 0 48 0 0 167 0 5 0.5536 0.0000 0.0291 55.000 1.21 8.33 -7.12 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3464 0.5112 0.1424 1 1 0.3435 0.5103 0.1462 1 1 0.3396 0.5092 0.1512
chr16 57949370 T TTCC 0.500000 0.050 1 3 1 159 64 95 30 0 2 1 31 0 0 94 0 1 0.4688 0.0000 0.0105 30.500 0.70 3.42 -2.72 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2084 0.5167 0.2748 1 1 0.2102 0.5155 0.2743 1 1 0.2126 0.5139 0.2735
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 244 105 139 52 0 14 0 39 0 0 138 0 1 0.4952 0.0000 0.0072 6.500 0.35 5.64 -5.29 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3934 0.4865 0.1201 1 1 0.3885 0.4873 0.1241 1 1 0.3819 0.4885 0.1296
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 151 71 80 4 0 1 0 66 0 0 76 0 4 0.0563 0.0000 0.0500 70.000 0.00 4.03 -4.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9914 0.0086 2 1 0.0000 0.7195 0.2805 2 2 0.0000 0.4520 0.5480
chr16 72797458 CTTGTTG C 0.500000 0.050 1 -6 1 682 170 512 136 3 28 0 3 0 0 512 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 5.071 0.40 6.67 -6.27 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2005 0.7995 0.0000 0 0 0.8086 0.1914 0.0000 0 0 0.9031 0.0969 0.0000
chr16 84463730 T TAGTGGA 0.500000 0.050 1 6 1 204 88 116 81 0 5 0 2 0 0 116 0 0 0.9205 0.0000 0.0000 16.600 0.22 6.50 -6.28 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2267 0.7733 0.0000 0 0 0.6597 0.3403 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 465 104 361 42 3 18 0 41 1 1 359 0 0 0.4038 0.0028 0.0055 4.722 1.24 6.02 -4.79 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3065 0.5172 0.1763 1 1 0.3049 0.5159 0.1792 1 1 0.3028 0.5143 0.1830
chr16 87604287 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 605 173 432 60 39 38 3 33 0 0 431 1 0 0.3468 0.0000 0.0023 3.750 0.57 3.06 -2.49 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8995 0.0985 0.0019 1 0 0.8893 0.1083 0.0024 1 0 0.8743 0.1224 0.0033
chr16 88528131 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 300 123 177 67 0 4 0 52 0 0 176 0 1 0.5447 0.0000 0.0056 29.750 0.48 3.25 -2.77 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4150 0.4810 0.1040 1 1 0.4096 0.4822 0.1082 1 1 0.4023 0.4837 0.1140
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 658 125 533 0 1 6 9 109 0 0 518 1 14 0.0000 0.0000 0.0281 23.400 8.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0376 0.9624 2 2 0.0000 0.0396 0.9604 2 2 0.0000 0.0427 0.9573
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 652 118 534 0 0 6 10 102 0 0 519 2 13 0.0000 0.0000 0.0281 27.500 8.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0415 0.9585 2 2 0.0000 0.0451 0.9549
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 651 119 532 0 0 3 2 114 0 2 508 7 15 0.0000 0.0000 0.0451 58.000 8.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2912 0.7088 2 2 0.0000 0.1006 0.8994 2 2 0.0000 0.0686 0.9314
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 844 198 646 184 0 8 0 6 0 0 646 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 23.750 0.55 7.83 -7.28 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 0 0.6296 0.3704 0.0000 0 0 0.8985 0.1015 0.0000
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 558 133 425 6 0 4 0 123 0 0 422 0 3 0.0451 0.0000 0.0071 32.250 1.17 3.31 -2.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.7109 0.2891 2 2 0.0000 0.3120 0.6880
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 675 161 514 141 0 18 0 2 0 0 514 0 0 0.8758 0.0000 0.0000 7.944 0.43 6.00 -5.57 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5703 0.4297 0.0000 0 0 0.8949 0.1051 0.0000 0 0 0.9332 0.0668 0.0000
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 801 255 546 207 5 27 13 3 0 0 546 0 0 0.8118 0.0000 0.0000 7.926 0.51 4.67 -4.15 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1345 0.8655 0.0000 0 0 0.8350 0.1650 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 150 71 79 34 0 0 0 37 0 0 79 0 0 0.4789 0.0000 0.0000 71.000 0.41 3.92 -3.51 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2051 0.5189 0.2759 1 1 0.2071 0.5175 0.2754 1 1 0.2096 0.5157 0.2747
chr17 1229370 GTCCCCGCGGGGAGACTCGGCCTCGGGGTCGGGGCGCCCGGGC G 0.500000 0.050 1 -42 4 1318 342 976 273 7 15 2 45 1 0 975 0 0 0.7982 0.0010 0.0010 21.667 1.95 2.76 -0.80 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.050 1 3 1 498 211 287 85 0 39 2 85 0 0 287 0 0 0.4028 0.0000 0.0000 4.410 0.40 3.02 -2.62 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4140 0.5747 0.0113 1 1 0.4187 0.5699 0.0114 1 1 0.4247 0.5639 0.0114
chr17 3240728 CAG C 0.002492 0.050 1 -2 1 783 288 495 160 0 1 0 127 0 0 492 0 3 0.5556 0.0000 0.0061 287.000 0.16 2.11 -1.95 96 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7551 0.2448 0.0001 1 0 0.7494 0.2504 0.0001 1 0 0.7416 0.2583 0.0001
chr17 5182582 GCT G 0.001794 0.050 1 -2 1 1291 366 925 174 3 19 1 169 0 0 921 1 3 0.4754 0.0000 0.0043 20.353 1.09 3.18 -2.10 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4265 0.5729 0.0006 1 1 0.4332 0.5662 0.0006 1 1 0.4415 0.5579 0.0006
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.050 1 3 2 1241 361 880 1 1 97 27 235 0 1 848 3 28 0.0028 0.0000 0.0364 2.729 1.00 5.93 -4.93 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2293 0.7707 2 2 0.0000 0.0514 0.9486 2 2 0.0000 0.0349 0.9651
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 373 105 268 4 0 6 0 95 0 0 267 0 1 0.0381 0.0000 0.0037 16.500 0.00 8.03 -8.03 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9839 0.0161 2 1 0.0000 0.5754 0.4246 2 2 0.0000 0.3069 0.6931
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 465 176 289 0 0 23 7 146 0 1 283 0 5 0.0000 0.0000 0.0208 6.652 3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0223 0.9777 2 2 0.0000 0.0244 0.9756
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 886 262 624 7 2 43 7 203 0 0 624 0 0 0.0267 0.0000 0.0000 5.023 0.00 4.32 -4.32 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5288 0.4712 2 2 0.0000 0.1208 0.8792
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 884 263 621 8 32 20 18 185 0 0 620 1 0 0.0304 0.0000 0.0016 34.286 0.00 4.13 -4.13 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.9435 0.0565
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 712 155 557 3 0 13 1 138 0 0 553 0 4 0.0194 0.0000 0.0072 10.846 0.33 4.11 -3.78 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7861 0.2139 2 2 0.0000 0.1794 0.8206 2 2 0.0000 0.0903 0.9097
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 262 86 176 64 0 20 0 2 0 0 176 0 0 0.7442 0.0000 0.0000 3.300 0.23 9.50 -9.27 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1605 0.8395 0.0000 0 0 0.5604 0.4396 0.0000 0 0 0.6880 0.3120 0.0000
chr17 21551124 CACGAAGTACAGG C 0.500000 0.050 1 -12 2 425 146 279 138 1 4 0 3 0 0 279 0 0 0.9452 0.0000 0.0000 35.500 0.15 8.67 -8.51 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1976 0.8024 0.0000 0 0 0.8058 0.1942 0.0000 0 0 0.9017 0.0983 0.0000
chr17 21551320 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 425 122 303 112 0 6 0 4 0 0 303 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 19.333 0.32 1.25 -0.93 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 0 0.5263 0.4737 0.0000 0 0 0.7690 0.2310 0.0000
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.050 1 3 4 670 171 499 79 3 14 1 74 1 1 494 1 2 0.4620 0.0020 0.0100 11.143 0.52 3.30 -2.78 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3099 0.5345 0.1556 1 1 0.3088 0.5319 0.1593 1 1 0.3073 0.5286 0.1641
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 151 74 77 39 0 8 0 27 0 1 76 0 0 0.5270 0.0000 0.0130 8.250 0.51 1.19 -0.67 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4132 0.4722 0.1146 1 1 0.4073 0.4741 0.1186 1 1 0.3993 0.4765 0.1241
chr17 40936600 T TCATGGTCC 0.500000 0.050 1 8 2 329 86 243 45 0 8 0 33 0 0 239 0 4 0.5233 0.0000 0.0165 9.750 0.13 7.45 -7.32 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3399 0.5060 0.1541 1 1 0.3370 0.5055 0.1575 1 1 0.3331 0.5049 0.1620
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 709 149 560 54 1 2 1 91 0 0 560 0 0 0.3624 0.0000 0.0000 73.000 1.78 1.40 0.38 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0186 0.2741 0.7074 1 2 0.0210 0.2847 0.6944 1 2 0.0246 0.2990 0.6764
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 434 117 317 4 0 6 1 106 0 0 315 0 2 0.0342 0.0000 0.0063 18.500 2.50 2.15 0.35 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9770 0.0230 2 2 0.0000 0.4945 0.5055 2 2 0.0000 0.2445 0.7555
chr17 41140276 TGACAGCAGCTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 885 130 755 64 1 18 0 47 3 1 739 1 11 0.4923 0.0040 0.0212 6.222 0.89 9.72 -8.83 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3601 0.5084 0.1315 1 1 0.3568 0.5077 0.1355 1 1 0.3524 0.5068 0.1408
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 572 125 447 0 0 12 0 113 0 0 423 2 22 0.0000 0.0000 0.0537 9.417 9.00 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0310 0.9690 2 2 0.0000 0.0332 0.9668 2 2 0.0000 0.0364 0.9636
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 598 199 399 96 0 43 1 59 0 0 387 0 12 0.4824 0.0000 0.0301 3.628 0.47 13.49 -13.02 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5430 0.4065 0.0505 1 0 0.5338 0.4119 0.0544 1 0 0.5212 0.4189 0.0599
chr17 42405289 G GCTCGCCCTCGCCCAGCTC 0.500000 0.050 1 18 2 1249 354 895 268 1 82 0 3 0 1 894 0 0 0.7571 0.0000 0.0011 3.317 0.41 6.00 -5.59 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8695 0.1305 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9953 0.0047 0.0000
chr17 44399551 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 749 151 598 81 0 7 0 63 0 0 596 0 2 0.5364 0.0000 0.0033 20.571 0.19 3.22 -3.04 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4368 0.4734 0.0898 1 1 0.4309 0.4750 0.0941 1 1 0.4228 0.4771 0.1001
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1582 323 1259 178 1 7 0 137 0 0 1257 0 2 0.5511 0.0000 0.0016 45.143 0.51 3.33 -2.82 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7006 0.2860 0.0134 1 0 0.6896 0.2950 0.0154 1 0 0.6743 0.3074 0.0184
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 635 194 441 5 0 34 7 148 0 0 436 1 4 0.0258 0.0000 0.0113 4.676 0.80 3.43 -2.63 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9843 0.0157 2 2 0.0000 0.3537 0.6463 2 2 0.0000 0.1220 0.8780
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 279 124 155 64 0 3 0 57 0 0 155 0 0 0.5161 0.0000 0.0000 40.333 0.08 4.58 -4.50 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3184 0.5223 0.1594 1 1 0.3167 0.5206 0.1628 1 1 0.3143 0.5184 0.1673
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 903 247 656 0 0 11 0 236 0 0 649 0 7 0.0000 0.0000 0.0107 21.455 2.97 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 394 179 215 118 11 47 0 3 0 0 215 0 0 0.6592 0.0000 0.0000 2.787 0.26 3.00 -2.74 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1611 0.8389 0.0000 0 0 0.7641 0.2359 0.0000 0 0 0.8781 0.1219 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 368 126 242 90 1 30 1 4 0 0 242 0 0 0.7143 0.0000 0.0000 3.200 0.51 5.50 -4.99 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.2577 0.7423 0.0000 0 0 0.5831 0.4169 0.0000
chr17 65536436 ACGGGGGGTGGTG A 0.500000 0.050 1 -12 1 383 128 255 79 0 8 0 41 0 0 247 0 8 0.6172 0.0000 0.0314 15.000 0.20 11.02 -10.82 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6321 0.3354 0.0325 1 0 0.6200 0.3442 0.0358 1 0 0.6036 0.3560 0.0405
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 379 142 237 64 0 14 0 64 0 0 237 0 0 0.4507 0.0000 0.0000 9.143 0.16 7.05 -6.89 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2305 0.5390 0.2305 1 1 0.2320 0.5361 0.2320 1 1 0.2338 0.5324 0.2338
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 309 69 240 33 1 9 0 26 0 0 237 0 3 0.4783 0.0000 0.0125 7.375 0.45 7.23 -6.78 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3041 0.5114 0.1845 1 1 0.3024 0.5105 0.1871 1 1 0.3001 0.5094 0.1904
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 328 96 232 57 0 1 0 38 0 0 231 0 1 0.5938 0.0000 0.0043 95.000 0.42 3.00 -2.58 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4780 0.4414 0.0806 1 0 0.4699 0.4452 0.0849 1 0 0.4592 0.4500 0.0908
chr17 74842534 ACTGTCT A 0.500000 0.050 1 -6 5 450 136 314 130 0 2 0 4 0 0 314 0 0 0.9559 0.0000 0.0000 67.000 0.84 4.75 -3.91 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0370 0.9630 0.0000 0 0 0.6305 0.3695 0.0000 0 0 0.8361 0.1639 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 559 107 452 3 0 10 0 94 0 0 442 0 10 0.0280 0.0000 0.0221 9.700 0.67 7.68 -7.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9073 0.0927 2 2 0.0000 0.3633 0.6367 2 2 0.0000 0.2013 0.7987
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.050 1 36 2 344 80 264 0 1 53 0 26 0 0 238 0 26 0.0000 0.0000 0.0985 0.509 2.00 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2637 0.7363 2 2 0.0000 0.2576 0.7424 2 2 0.0000 0.2548 0.7452
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 347 120 227 97 1 7 0 15 0 0 227 0 0 0.8083 0.0000 0.0000 16.000 0.68 8.53 -7.85 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0382 0.9618 0.0000
chr17 75239519 G GGGT 0.500000 0.050 1 3 4 671 170 501 77 0 13 2 78 1 0 499 0 1 0.4529 0.0020 0.0040 12.077 0.40 3.22 -2.82 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.5458 0.2592 1 1 0.1977 0.5423 0.2600 1 1 0.2012 0.5380 0.2608
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 988 319 669 177 1 8 1 132 0 0 662 1 6 0.5549 0.0000 0.0105 38.750 0.33 2.25 -1.92 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6765 0.3074 0.0161 1 0 0.6659 0.3158 0.0183 1 0 0.6512 0.3272 0.0216
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2206 557 1649 476 14 41 4 22 6 3 1521 15 104 0.8546 0.0036 0.0776 14.278 2.04 4.82 -2.78 100 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1004 172 832 84 0 14 0 74 0 0 831 0 1 0.4884 0.0000 0.0012 11.286 0.49 4.82 -4.34 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3370 0.5246 0.1384 1 1 0.3350 0.5227 0.1424 1 1 0.3321 0.5203 0.1476
chr17 81672586 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 326 89 237 81 2 4 0 2 0 0 237 0 0 0.9101 0.0000 0.0000 21.250 0.72 5.50 -4.78 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2356 0.7644 0.0000 0 0 0.6705 0.3295 0.0000 0 0 0.7765 0.2235 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 281 68 213 4 0 4 0 60 0 0 213 0 0 0.0588 0.0000 0.0000 21.333 0.00 1.37 -1.37 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.8400 0.1600 2 1 0.0000 0.6258 0.3742
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 300 126 174 0 0 0 0 126 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 126.000 2.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.050 1 -2 4 430 87 343 78 1 2 0 6 0 0 342 0 1 0.8966 0.0000 0.0029 42.500 0.21 2.67 -2.46 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0335 0.9665 0.0000 0 0 0.9661 0.0339 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 168 78 90 45 0 1 0 32 0 0 90 0 0 0.5769 0.0000 0.0000 77.000 0.09 4.78 -4.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3832 0.4888 0.1280 1 1 0.3775 0.4900 0.1325 1 1 0.3699 0.4916 0.1385
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 104 44 60 17 0 1 0 26 0 0 60 0 0 0.3864 0.0000 0.0000 43.000 0.12 3.04 -2.92 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1487 0.4892 0.3621 1 1 0.1521 0.4899 0.3579 1 1 0.1567 0.4909 0.3524
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 328 154 174 148 0 4 0 2 0 0 174 0 0 0.9610 0.0000 0.0000 37.500 0.17 3.00 -2.83 38 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6129 0.3871 0.0000 0 0 0.9100 0.0900 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 549 132 417 121 0 8 0 3 0 0 417 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 15.500 2.21 9.67 -7.46 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1355 0.8645 0.0000 0 0 0.7272 0.2728 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 241 142 99 0 0 8 0 134 0 0 98 0 1 0.0000 0.0000 0.0101 16.750 3.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0324 0.9676 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0378 0.9622
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 784 167 617 93 0 2 1 71 0 0 605 0 12 0.5569 0.0000 0.0194 82.500 0.31 14.01 -13.70 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3332 0.5300 0.1368 1 1 0.3315 0.5277 0.1408 1 1 0.3290 0.5248 0.1462
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 391 89 302 41 0 10 2 36 0 2 300 0 0 0.4607 0.0000 0.0066 7.800 2.66 4.56 -1.90 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2911 0.5186 0.1903 1 1 0.2900 0.5172 0.1928 1 1 0.2886 0.5154 0.1960
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.050 1 4 2 355 85 270 57 0 2 1 25 0 0 265 0 5 0.6706 0.0000 0.0185 41.500 0.26 5.72 -5.46 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5913 0.3636 0.0451 1 0 0.5796 0.3716 0.0488 1 0 0.5639 0.3819 0.0541
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 355 87 268 59 1 2 2 23 0 0 263 1 4 0.6782 0.0000 0.0187 42.000 0.29 6.00 -5.71 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6461 0.3217 0.0322 1 0 0.6332 0.3314 0.0354 1 0 0.6158 0.3441 0.0401
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 159 64 95 29 0 2 0 33 0 0 95 0 0 0.4531 0.0000 0.0000 31.000 0.62 3.12 -2.50 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1955 0.5141 0.2904 1 1 0.1977 0.5130 0.2892 1 1 0.2007 0.5117 0.2877
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 123 64 59 57 1 3 0 3 0 0 59 0 0 0.8906 0.0000 0.0000 20.333 0.09 3.33 -3.25 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0312 0.9688 0.0000 0 1 0.3606 0.6394 0.0000 0 0 0.5685 0.4315 0.0000
chr19 615946 C CCCG 0.001020 0.050 1 3 2 362 112 250 85 5 20 1 1 0 0 250 0 0 0.7589 0.0000 0.0000 4.600 0.38 3.00 -2.62 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 149 61 88 31 1 3 0 26 0 0 88 0 0 0.5082 0.0000 0.0000 19.333 0.13 4.19 -4.06 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4522 0.4716 0.0762 1 1 0.4501 0.4723 0.0776 1 1 0.4473 0.4732 0.0795
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 252 159 93 149 0 0 0 10 0 0 93 0 0 0.9371 0.0000 0.0000 159.000 0.13 3.10 -2.97 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1473 0.8527 0.0000 0 0 0.7510 0.2490 0.0000
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 363 79 284 44 3 28 0 4 1 0 283 0 0 0.5570 0.0035 0.0035 1.821 0.57 3.00 -2.43 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1188 0.8812 0.0000 0 0 0.8615 0.1385 0.0000 0 0 0.9516 0.0484 0.0000
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.050 1 -9 4 327 100 227 0 0 16 0 84 0 0 206 2 19 0.0000 0.0000 0.0925 5.250 11.10 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5943 0.4057 2 1 0.0000 0.6069 0.3931 2 1 0.0000 0.6242 0.3758
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 327 106 221 2 2 14 3 85 0 0 204 1 16 0.0189 0.0000 0.0769 6.923 0.50 10.91 -10.41 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9042 0.0958 2 1 0.0000 0.5855 0.4145 2 2 0.0000 0.4484 0.5516
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 753 163 590 59 4 33 1 66 0 0 590 0 0 0.3620 0.0000 0.0000 3.939 0.46 3.09 -2.63 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3415 0.5725 0.0859 1 1 0.3459 0.5684 0.0857 1 1 0.3515 0.5632 0.0853
chr19 7488963 G GC 0.000555 0.050 1 1 2 85 43 42 20 0 3 0 20 0 0 42 0 0 0.4651 0.0000 0.0000 13.333 0.80 1.30 -0.50 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4875 0.5122 0.0003 1 1 0.4884 0.5113 0.0003 1 1 0.4896 0.5101 0.0003
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 360 111 249 54 0 3 1 53 0 0 247 0 2 0.4865 0.0000 0.0080 36.000 0.65 2.96 -2.31 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3852 0.5517 0.0631 1 1 0.3883 0.5485 0.0632 1 1 0.3923 0.5445 0.0632
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.050 1 -3 2 488 124 364 75 0 3 1 45 0 0 362 0 2 0.6048 0.0000 0.0055 40.000 1.39 3.11 -1.72 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7667 0.2331 0.0002 1 0 0.7594 0.2404 0.0002 1 0 0.7494 0.2504 0.0002
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 280 89 191 56 1 1 0 31 0 0 187 0 4 0.6292 0.0000 0.0209 87.000 0.29 5.35 -5.07 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6190 0.3472 0.0339 1 0 0.6101 0.3537 0.0363 1 0 0.5981 0.3623 0.0396
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 361 75 286 46 0 0 0 29 0 0 286 0 0 0.6133 0.0000 0.0000 75.000 0.28 2.17 -1.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6613 0.3314 0.0073 1 0 0.6554 0.3369 0.0078 1 0 0.6474 0.3442 0.0083
chr19 9324201 TAAC T 0.000561 0.050 1 -3 2 135 61 74 41 0 0 0 20 0 0 74 0 0 0.6721 0.0000 0.0000 61.000 1.12 3.55 -2.43 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7237 0.2762 0.0001 1 0 0.7168 0.2832 0.0001 1 0 0.7075 0.2925 0.0001
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 866 312 554 12 1 51 14 234 0 0 552 0 2 0.0385 0.0000 0.0036 5.118 0.33 3.37 -3.03 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9377 0.0623 2 2 0.0000 0.3304 0.6696
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.050 1 2 3 1313 254 1059 5 111 13 5 120 0 1 1045 1 12 0.0197 0.0000 0.0132 14.200 4.60 4.20 0.40 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0378 0.6336 0.3286 1 1 0.0433 0.6467 0.3101 1 1 0.0516 0.6624 0.2861
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.050 1 -2 3 1315 255 1060 1 8 14 16 216 0 0 1045 0 15 0.0039 0.0000 0.0142 18.385 1.00 3.82 -2.82 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6178 0.3822 2 2 0.0000 0.2899 0.7101 2 2 0.0000 0.1932 0.8068
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 419 131 288 1 0 31 59 40 0 0 287 1 0 0.0076 0.0000 0.0035 3.226 1.00 3.02 -2.02 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.6581 0.3419 2 2 0.0000 0.4361 0.5639 2 2 0.0000 0.3814 0.6186
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 419 132 287 3 1 68 0 60 0 0 286 0 1 0.0227 0.0000 0.0035 0.941 1.33 6.20 -4.87 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9872 0.0128 2 1 0.0000 0.8216 0.1784 2 1 0.0000 0.6582 0.3418
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.050 1 18 1 360 95 265 44 0 10 0 41 0 0 255 0 10 0.4632 0.0000 0.0377 8.500 0.14 8.83 -8.69 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3840 0.6124 0.0035 1 1 0.3893 0.6072 0.0035 1 1 0.3961 0.6005 0.0034
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 266 100 166 49 1 10 1 39 0 1 165 0 0 0.4900 0.0000 0.0060 9.000 0.49 3.05 -2.56 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5853 0.4012 0.0135 1 0 0.5819 0.4041 0.0140 1 0 0.5773 0.4080 0.0147
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 629 141 488 0 0 7 0 134 0 0 481 0 7 0.0000 0.0000 0.0143 19.143 3.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 325 70 255 0 1 4 10 55 0 0 255 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.000 3.96 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5871 0.4129 2 1 0.0000 0.5928 0.4072 2 1 0.0000 0.6012 0.3988
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 118 42 76 14 0 2 0 26 0 0 73 0 3 0.3333 0.0000 0.0395 20.000 2.29 4.38 -2.10 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2020 0.5643 0.2338 1 1 0.2084 0.5637 0.2279 1 1 0.2171 0.5627 0.2202
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 1459 299 1160 11 0 8 2 278 0 0 1082 12 66 0.0368 0.0000 0.0672 36.375 1.09 2.77 -1.68 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 2 0.0000 0.0417 0.9583 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 954 214 740 98 0 10 0 106 0 0 738 0 2 0.4579 0.0000 0.0027 20.400 0.12 3.02 -2.90 66 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2781 0.6490 0.0728 1 1 0.2859 0.6421 0.0720 1 1 0.2962 0.6330 0.0709
chr19 21973234 C CTTA 0.000740 0.050 1 3 1 3144 708 2436 646 2 54 0 6 15 11 2409 1 0 0.9124 0.0062 0.0111 12.111 1.00 3.33 -2.34 110 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.050 1 1 2 3033 650 2383 287 8 46 7 302 3 1 1928 16 435 0.4415 0.0013 0.1909 13.636 1.19 1.88 -0.69 21 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 277 76 201 3 0 7 7 59 0 0 201 0 0 0.0395 0.0000 0.0000 9.857 0.67 3.15 -2.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8351 0.1649 2 2 0.0000 0.2254 0.7746 2 2 0.0000 0.1113 0.8887
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 620 166 454 6 0 7 0 153 0 0 445 0 9 0.0361 0.0000 0.0198 22.714 0.17 3.27 -3.10 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 2 0.0000 0.2605 0.7395 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 466 214 252 183 5 18 1 7 0 0 252 0 0 0.8551 0.0000 0.0000 12.250 7.26 1.43 5.83 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.7171 0.2829 0.0000 0 0 0.9582 0.0418 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 523 149 374 65 0 6 1 77 0 1 369 0 4 0.4362 0.0000 0.0134 23.833 0.22 2.51 -2.29 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1433 0.5473 0.3094 1 1 0.1496 0.5465 0.3038 1 1 0.1582 0.5455 0.2963
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 211 31 180 0 0 1 30 0 0 0 180 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 26.000 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1170 0.8830 2 2 0.0000 0.1186 0.8814 2 2 0.0000 0.1208 0.8792
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 211 31 180 0 0 18 13 0 0 0 180 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.615 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1455 0.8545 2 2 0.0000 0.1468 0.8532 2 2 0.0000 0.1485 0.8515
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 426 140 286 0 0 8 2 130 0 0 286 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.375 5.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0289 0.9711 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0337 0.9663
chr19 40848284 CTT C 0.000331 0.050 1 -2 1 744 244 500 230 0 7 0 7 0 0 500 0 0 0.9426 0.0000 0.0000 33.857 0.23 2.29 -2.05 78 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9152 0.0848 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.050 1 -1 1 471 109 362 61 0 0 0 48 0 0 362 0 0 0.5596 0.0000 0.0000 109.000 1.41 2.10 -0.69 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6039 0.3856 0.0105 1 0 0.6001 0.3889 0.0110 1 0 0.5950 0.3934 0.0116
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 448 124 324 5 0 0 0 119 0 0 316 0 8 0.0403 0.0000 0.0247 124.000 0.00 6.65 -6.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.6332 0.3668 2 2 0.0000 0.3000 0.7000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 487 150 337 83 1 2 0 64 0 0 335 0 2 0.5533 0.0000 0.0059 73.500 0.14 3.08 -2.93 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3766 0.5115 0.1119 1 1 0.3698 0.5125 0.1176 1 1 0.3608 0.5138 0.1255
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 534 136 398 8 0 4 2 122 0 0 393 2 3 0.0588 0.0000 0.0126 44.000 0.12 2.59 -2.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9803 0.0197 2 1 0.0000 0.8361 0.1639
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.050 1 -3 2 515 93 422 78 0 6 2 7 0 0 421 0 1 0.8387 0.0000 0.0024 14.500 0.59 4.43 -3.84 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0284 0.9716 0.0000 0 1 0.3426 0.6574 0.0000
chr19 45669521 A ATGACTACCT 0.000070 0.050 1 9 1 100 48 52 31 0 0 0 17 0 0 48 0 4 0.6458 0.0000 0.0769 48.000 0.13 9.12 -8.99 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6061 0.3939 0.0000 1 0 0.6026 0.3973 0.0000 1 0 0.5981 0.4019 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1362 416 946 5 0 88 1 322 0 0 896 0 50 0.0120 0.0000 0.0529 3.727 1.00 6.30 -5.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2420 0.7580 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 326 109 217 44 1 27 0 37 0 1 205 0 11 0.4037 0.0000 0.0553 3.000 0.41 9.89 -9.48 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3886 0.5524 0.0590 1 1 0.3917 0.5494 0.0589 1 1 0.3957 0.5456 0.0587
chr19 46016106 TCGTCCCGGGAGCGCTCCG T 0.003109 0.050 1 -18 1 340 97 243 88 1 6 0 2 0 0 243 0 0 0.9072 0.0000 0.0000 15.000 0.44 21.00 -20.56 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9914 0.0086 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr19 47271408 TGAG T 0.114402 0.050 1 -3 1 439 100 339 49 0 4 0 47 0 0 339 0 0 0.4900 0.0000 0.0000 24.000 0.96 4.02 -3.06 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4432 0.5098 0.0470 1 1 0.4442 0.5083 0.0474 1 1 0.4454 0.5066 0.0481
chr19 47681104 AGCAGCCCCC A 0.000031 0.050 1 -9 1 382 89 293 52 0 5 0 32 0 0 292 0 1 0.5843 0.0000 0.0034 16.800 1.02 8.25 -7.23 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6975 0.3025 0.0000 1 0 0.6915 0.3085 0.0000 1 0 0.6834 0.3166 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 389 107 282 0 0 2 0 105 0 0 279 0 3 0.0000 0.0000 0.0106 52.500 4.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3700 0.6300 2 2 0.0000 0.3827 0.6173 2 2 0.0000 0.4005 0.5995
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 910 201 709 0 0 36 78 87 0 1 696 5 7 0.0000 0.0000 0.0183 5.000 3.80 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0246 0.9754 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0285 0.9715
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 909 226 683 150 15 47 1 13 0 0 683 0 0 0.6637 0.0000 0.0000 3.766 0.56 4.85 -4.29 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0131 0.9869 0.0000 0 1 0.3941 0.6059 0.0000
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.050 1 9 1 909 226 683 162 9 47 2 6 0 0 683 0 0 0.7168 0.0000 0.0000 3.745 0.82 8.00 -7.18 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6618 0.3382 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 489 126 363 0 1 25 1 99 0 0 356 0 7 0.0000 0.0000 0.0193 4.000 6.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1133 0.8867 2 2 0.0000 0.1181 0.8819 2 2 0.0000 0.1251 0.8749
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 605 216 389 91 0 57 0 68 1 0 388 0 0 0.4213 0.0026 0.0026 2.789 0.29 10.96 -10.67 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7040 0.2890 0.0070 1 0 0.6972 0.2952 0.0076 1 0 0.6879 0.3037 0.0084
chr19 49908948 G GTGC 0.000984 0.050 1 3 2 828 210 618 113 2 11 2 82 1 0 617 0 0 0.5381 0.0016 0.0016 18.091 0.45 3.32 -2.87 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7919 0.2080 0.0000 1 0 0.7848 0.2151 0.0000 1 0 0.7751 0.2249 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 648 137 511 5 1 4 59 68 0 0 506 1 4 0.0365 0.0000 0.0098 44.333 0.00 3.19 -3.19 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.6165 0.3835 2 2 0.0000 0.2328 0.7672
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 647 143 504 1 0 8 70 64 0 0 503 0 1 0.0070 0.0000 0.0020 16.875 0.00 3.20 -3.20 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2612 0.7388 2 2 0.0000 0.1264 0.8736 2 2 0.0000 0.1057 0.8943
chr19 50514486 GCTAC G 0.000153 0.050 1 -4 2 98 54 44 49 1 2 0 2 0 0 44 0 0 0.9074 0.0000 0.0000 26.000 1.00 5.00 -4.00 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 530 117 413 51 0 8 0 58 0 0 410 0 3 0.4359 0.0000 0.0073 13.625 0.27 5.76 -5.48 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3402 0.6479 0.0120 1 1 0.3468 0.6414 0.0117 1 1 0.3555 0.6330 0.0115
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 555 156 399 0 0 2 9 145 0 0 398 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 77.000 2.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0127 0.9873
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 427 127 300 70 0 2 0 55 0 0 300 0 0 0.5512 0.0000 0.0000 62.500 0.37 2.98 -2.61 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4903 0.4407 0.0690 1 0 0.4847 0.4432 0.0722 1 0 0.4770 0.4464 0.0766
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 514 138 376 72 0 6 0 60 0 0 376 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 22.000 0.94 3.43 -2.49 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4437 0.4705 0.0858 1 1 0.4397 0.4713 0.0890 1 1 0.4343 0.4724 0.0933
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1423 302 1121 0 0 2 1 299 0 0 1114 0 7 0.0000 0.0000 0.0062 150.000 3.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 53455109 TACTC T 0.000036 0.050 1 -4 2 1634 401 1233 380 1 10 2 8 0 0 1233 0 0 0.9476 0.0000 0.0000 38.900 0.45 4.25 -3.80 202 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 768 253 515 108 9 47 4 85 0 0 514 0 1 0.4269 0.0000 0.0019 8.240 0.29 2.34 -2.05 56 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3616 0.5342 0.1043 1 1 0.3550 0.5345 0.1105 1 1 0.3461 0.5348 0.1190
chr19 54251009 C CA 0.002394 0.050 1 1 1 771 245 526 224 1 0 0 20 0 0 522 2 2 0.9143 0.0000 0.0076 245.000 1.80 3.45 -1.65 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 0 0.9296 0.0704 0.0000
chr19 55228340 GCAGCGAACCAGGA G 0.000013 0.050 1 -13 3 432 151 281 147 0 2 0 2 0 0 281 0 0 0.9735 0.0000 0.0000 74.500 0.38 13.50 -13.12 67 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 462 126 336 97 1 23 0 5 0 0 335 0 1 0.7698 0.0000 0.0030 4.478 0.31 6.80 -6.49 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1720 0.8280 0.0000 0 0 0.5322 0.4678 0.0000
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 619 180 439 118 0 13 0 49 0 0 424 0 15 0.6556 0.0000 0.0342 12.846 0.30 16.94 -16.64 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5943 0.3871 0.0186 1 0 0.5719 0.4061 0.0220 1 0 0.5416 0.4311 0.0273
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 1102 283 819 224 3 51 0 5 1 0 815 2 1 0.7915 0.0012 0.0049 4.549 0.97 8.20 -7.23 136 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 0 0.8574 0.1426 0.0000 0 0 0.9758 0.0242 0.0000
chr19 55518546 CCCA C 0.003059 0.050 1 -3 1 675 175 500 90 1 3 0 81 0 0 499 0 1 0.5143 0.0000 0.0020 57.000 0.16 3.14 -2.98 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5547 0.4446 0.0007 1 0 0.5544 0.4448 0.0007 1 0 0.5539 0.4453 0.0008
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 473 75 398 32 0 1 0 42 0 0 396 0 2 0.4267 0.0000 0.0050 74.000 0.56 3.43 -2.87 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1099 0.4718 0.4183 1 1 0.1136 0.4733 0.4131 1 1 0.1186 0.4753 0.4061
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 120 59 61 3 0 6 1 49 0 0 59 0 2 0.0508 0.0000 0.0328 8.833 0.00 3.04 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9874 0.0126 2 1 0.0000 0.8173 0.1827 2 1 0.0000 0.6560 0.3440
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 327 96 231 92 0 1 0 3 0 0 231 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 95.000 0.64 4.00 -3.36 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2957 0.7043 0.0000 0 0 0.8787 0.1213 0.0000 0 0 0.9429 0.0571 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 327 153 174 146 0 2 0 5 0 0 174 0 0 0.9542 0.0000 0.0000 75.500 0.31 2.20 -1.89 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.5067 0.4933 0.0000 0 0 0.8032 0.1968 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 74 36 38 0 0 0 0 36 0 0 38 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 36.000 6.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2076 0.7924 2 2 0.0000 0.2106 0.7894 2 2 0.0000 0.2148 0.7852
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 591 201 390 191 1 3 1 5 0 0 390 0 0 0.9502 0.0000 0.0000 66.000 0.18 7.80 -7.62 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0232 0.9768 0.0000 0 0 0.7983 0.2017 0.0000 0 0 0.9487 0.0513 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 591 202 389 193 0 4 0 5 0 0 389 0 0 0.9554 0.0000 0.0000 49.500 0.19 7.80 -7.61 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.8716 0.1284 0.0000 0 0 0.9631 0.0369 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 589 190 399 181 0 6 0 3 0 0 398 0 1 0.9526 0.0000 0.0025 36.800 0.48 6.33 -5.85 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1999 0.8001 0.0000 0 0 0.9153 0.0847 0.0000 0 0 0.9689 0.0311 0.0000
chr20 3668985 ATCTGGACT A 0.038221 0.050 1 -8 1 257 77 180 49 0 0 0 28 0 0 179 0 1 0.6364 0.0000 0.0056 77.000 0.76 9.68 -8.92 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6988 0.2973 0.0038 1 0 0.6922 0.3037 0.0041 1 0 0.6832 0.3124 0.0045
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.050 1 -24 4 835 258 577 221 0 28 0 9 1 0 576 0 0 0.8566 0.0017 0.0017 8.214 0.59 7.11 -6.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0118 0.9882 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 269 96 173 86 0 4 0 6 0 0 173 0 0 0.8958 0.0000 0.0000 23.000 0.57 1.50 -0.93 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0866 0.9134 0.0000 0 1 0.3443 0.6557 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 614 163 451 7 0 1 0 155 0 0 450 0 1 0.0429 0.0000 0.0022 162.000 0.57 6.36 -5.79 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7340 0.2660 2 2 0.0000 0.2788 0.7212
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 559 167 392 153 0 11 0 3 0 0 391 0 1 0.9162 0.0000 0.0026 14.182 0.37 15.33 -14.97 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9531 0.0469 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 456 145 311 5 1 2 1 136 0 1 298 0 12 0.0345 0.0000 0.0418 70.500 0.20 3.34 -3.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9815 0.0185 2 2 0.0000 0.3093 0.6907 2 2 0.0000 0.0991 0.9009
chr20 35277779 C CGGGCTG 0.014046 0.050 1 6 1 536 244 292 161 0 77 1 5 0 0 292 0 0 0.6598 0.0000 0.0000 2.156 0.42 4.40 -3.98 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5199 0.4801 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 156 75 81 28 1 6 1 39 0 0 78 0 3 0.3733 0.0000 0.0370 11.333 0.36 1.72 -1.36 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2524 0.6261 0.1215 1 1 0.2595 0.6222 0.1183 1 1 0.2690 0.6169 0.1140
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 510 180 330 167 3 7 0 3 0 0 330 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 24.714 0.46 3.00 -2.54 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2590 0.7410 0.0000 0 0 0.8528 0.1472 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 950 303 647 140 0 34 5 124 0 0 645 1 1 0.4620 0.0000 0.0031 7.912 0.31 3.25 -2.94 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2556 0.5816 0.1628 1 1 0.2553 0.5764 0.1683 1 1 0.2547 0.5698 0.1755
chr20 60012728 T TA 0.009952 0.050 1 1 2 215 58 157 28 2 3 0 25 0 0 157 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 17.667 0.25 0.96 -0.71 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5363 0.4603 0.0034 1 0 0.5353 0.4612 0.0035 1 0 0.5340 0.4625 0.0035
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 220 38 182 0 0 8 0 30 0 0 175 0 7 0.0000 0.0000 0.0385 3.750 6.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0024 0.9976
chr20 62367030 GCCGCGCGCC G 0.002179 0.050 1 -9 1 150 54 96 30 2 0 0 22 0 1 95 0 0 0.5556 0.0000 0.0104 52.000 0.60 9.05 -8.45 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6125 0.3871 0.0005 1 0 0.6088 0.3907 0.0005 1 0 0.6039 0.3956 0.0005
chr20 62861177 GCCGCGC G 0.000431 0.050 1 -6 1 510 121 389 66 1 6 0 48 0 0 386 0 3 0.5455 0.0000 0.0077 19.000 1.12 7.10 -5.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6540 0.3460 0.0001 1 0 0.6496 0.3503 0.0001 1 0 0.6437 0.3563 0.0001
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 257 112 145 0 0 1 0 111 0 0 144 0 1 0.0000 0.0000 0.0069 111.000 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0233 0.9767 2 2 0.0000 0.0246 0.9754 2 2 0.0000 0.0266 0.9734
chr21 30598756 T TA 0.001158 0.050 1 1 1 190 78 112 74 0 3 0 1 0 0 112 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 25.000 0.41 3.00 -2.59 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 698 167 531 6 0 4 0 157 0 0 520 0 11 0.0359 0.0000 0.0207 40.750 0.33 5.73 -5.39 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 2 0.0000 0.4563 0.5437 2 2 0.0000 0.1374 0.8626
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 197 100 97 52 0 7 0 41 0 0 95 0 2 0.5200 0.0000 0.0206 13.286 0.02 3.78 -3.76 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3080 0.5211 0.1709 1 1 0.3049 0.5201 0.1750 1 1 0.3006 0.5188 0.1805
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 348 46 302 0 0 5 0 41 0 0 302 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.250 1.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 938 213 725 201 0 9 0 3 0 0 724 0 1 0.9437 0.0000 0.0014 22.667 0.21 3.67 -3.46 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7722 0.2278 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 953 170 783 12 1 6 15 136 1 0 773 5 4 0.0706 0.0013 0.0128 40.500 2.42 3.16 -0.75 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9907 0.0093 2 1 0.0000 0.6782 0.3218
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 953 173 780 11 3 6 18 135 0 2 768 4 6 0.0636 0.0000 0.0154 27.333 1.64 3.19 -1.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9917 0.0083 2 1 0.0000 0.6974 0.3026
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.050 1 -2 2 677 226 451 134 1 4 1 86 0 0 447 0 4 0.5929 0.0000 0.0089 55.500 1.76 8.56 -6.80 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8693 0.1307 0.0001 1 0 0.8619 0.1380 0.0001 1 0 0.8516 0.1483 0.0001
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.050 1 2 1 677 215 462 128 0 2 3 82 0 0 458 0 4 0.5953 0.0000 0.0087 106.500 1.77 8.49 -6.72 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8381 0.1618 0.0001 1 0 0.8307 0.1692 0.0001 1 0 0.8203 0.1796 0.0001
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 554 107 447 0 0 11 4 92 0 0 443 0 4 0.0000 0.0000 0.0089 8.455 14.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0642 0.9358 2 2 0.0000 0.0673 0.9327 2 2 0.0000 0.0718 0.9282
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 306 135 171 2 1 12 1 119 0 0 165 1 5 0.0148 0.0000 0.0351 10.167 1.00 11.93 -10.93 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1396 0.8604 2 2 0.0000 0.0113 0.9887 2 2 0.0000 0.0052 0.9948
chr21 45504511 CGGCCCCCCAGGCCCCCCA C 0.019360 0.050 1 -18 7 306 144 162 16 7 61 2 58 0 0 162 0 0 0.1111 0.0000 0.0000 11.571 1.38 14.76 -13.38 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2975 0.6790 0.0235 1 1 0.3050 0.6721 0.0229 1 1 0.3150 0.6630 0.0220
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 527 199 328 21 0 26 1 151 0 0 321 1 6 0.1055 0.0000 0.0213 6.654 0.05 3.28 -3.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9915 0.0085
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.050 1 39 1 682 226 456 107 6 106 0 7 0 0 456 0 0 0.4735 0.0000 0.0000 1.104 0.50 4.57 -4.08 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0131 0.9869 0.0000 0 0 0.9119 0.0881 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000
chr22 17109651 TGGAGGAAGA T 0.001153 0.050 1 -9 3 1404 378 1026 189 1 38 1 149 0 1 1015 0 10 0.5000 0.0000 0.0107 8.921 0.43 8.56 -8.12 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7485 0.2515 0.0000 1 0 0.7435 0.2564 0.0000 1 0 0.7365 0.2634 0.0001
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 827 188 639 141 2 45 0 0 0 0 639 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 3.133 1.09 65 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8343 0.1657 0.0000 0 0 0.8242 0.1758 0.0000 0 0 0.8095 0.1905 0.0000
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1562 481 1081 220 6 63 11 181 0 0 1075 1 5 0.4574 0.0000 0.0056 6.710 0.74 3.19 -2.45 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7201 0.2797 0.0002 1 0 0.7165 0.2833 0.0002 1 0 0.7113 0.2885 0.0002
chr22 27798945 TTGC T 0.002444 0.050 1 -3 1 1544 490 1054 354 12 96 7 21 0 0 1054 0 0 0.7224 0.0000 0.0000 4.105 1.65 3.38 -1.73 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1557 0.8443 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 484 127 357 64 0 5 0 58 0 0 354 0 3 0.5039 0.0000 0.0084 24.400 1.08 6.16 -5.08 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4973 0.5013 0.0014 1 1 0.4987 0.4999 0.0014 1 0 0.5005 0.4981 0.0014
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 449 206 243 77 0 38 0 91 0 0 237 1 5 0.3738 0.0000 0.0247 4.421 0.95 6.00 -5.05 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1314 0.5728 0.2959 1 1 0.1385 0.5723 0.2892 1 1 0.1484 0.5714 0.2802
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 356 177 179 155 0 19 0 3 0 0 179 0 0 0.8757 0.0000 0.0000 8.316 0.19 9.00 -8.81 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4159 0.5841 0.0000 0 0 0.9225 0.0775 0.0000 0 0 0.9630 0.0370 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 212 111 101 61 1 7 0 42 0 0 98 0 3 0.5495 0.0000 0.0297 14.857 0.43 3.60 -3.17 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5453 0.4036 0.0511 1 0 0.5385 0.4076 0.0539 1 0 0.5294 0.4129 0.0577
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 311 122 189 0 0 6 2 114 0 0 186 0 3 0.0000 0.0000 0.0159 19.167 2.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 483 177 306 84 1 16 3 73 0 0 305 0 1 0.4746 0.0000 0.0033 10.062 0.30 3.01 -2.72 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4474 0.4867 0.0660 1 1 0.4464 0.4858 0.0679 1 1 0.4449 0.4847 0.0704
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1727 431 1296 412 4 6 0 9 8 0 1287 0 1 0.9559 0.0062 0.0069 70.833 2.93 9.33 -6.40 176 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 863 326 537 311 1 5 0 9 0 1 536 0 0 0.9540 0.0000 0.0019 64.200 0.25 3.00 -2.75 119 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0933 0.9067 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 661 139 522 60 0 12 0 67 0 0 520 0 2 0.4317 0.0000 0.0038 10.583 1.43 7.45 -6.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3270 0.6298 0.0432 1 1 0.3335 0.6239 0.0426 1 1 0.3420 0.6163 0.0417
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 247 120 127 94 0 24 0 2 0 0 127 0 0 0.7833 0.0000 0.0000 4.000 0.18 13.50 -13.32 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9844 0.0156 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 320 88 232 74 0 13 0 1 1 0 230 0 1 0.8409 0.0043 0.0086 5.769 0.34 19.00 -18.66 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6791 0.3209 0.0000 0 0 0.9335 0.0665 0.0000 0 0 0.9601 0.0399 0.0000
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1037 222 815 112 1 34 0 75 1 1 776 0 37 0.5045 0.0012 0.0479 5.529 0.73 14.44 -13.71 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3759 0.5484 0.0757 1 1 0.3788 0.5441 0.0771 1 1 0.3825 0.5387 0.0789
769 rows