File Info

Filename
HG00733_x_HG00735_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/85/b777e144d8ffeecc8ab2a48c825548/HG00733_x_HG00735_FF_10.features.tsv
Size
146.6 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG00733_x_HG00735_FF_10)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 939398 GCCTCCCCAGCCACGGTGAGGACCCACCCTGGCATGATCCCCCTCATCA G 0.045822 0.100 1 -48 3 470 185 285 129 0 55 0 1 0 0 284 0 1 0.6973 0.0000 0.0035 2.364 0.40 1.00 -0.60 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9944 0.0056 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 321 117 204 90 0 3 1 23 0 0 204 0 0 0.7692 0.0000 0.0000 38.000 0.32 9.09 -8.76 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8160 0.1840 0.0000 0 1 0.0292 0.9708 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 525 210 315 143 0 19 1 47 0 0 315 0 0 0.6810 0.0000 0.0000 10.556 0.47 8.36 -7.89 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9059 0.0941 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 443 176 267 139 11 17 0 9 0 0 267 0 0 0.7898 0.0000 0.0000 9.353 0.34 4.00 -3.66 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1124 0.8876 0.0000 0 0 0.8192 0.1808 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 270 110 160 52 0 1 0 57 0 0 156 0 4 0.4727 0.0000 0.0250 109.000 0.67 3.56 -2.89 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0647 0.5498 0.3854 1 1 0.0693 0.5455 0.3852 1 1 0.0757 0.5401 0.3842
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 621 177 444 81 0 9 0 87 0 0 442 0 2 0.4576 0.0000 0.0045 18.667 0.40 3.21 -2.81 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0623 0.6336 0.3041 1 1 0.0673 0.6235 0.3092 1 1 0.0743 0.6108 0.3149
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 760 225 535 174 3 31 3 14 0 0 535 0 0 0.7733 0.0000 0.0000 6.258 0.28 3.29 -3.00 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0915 0.9085 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 887 159 728 88 1 8 0 62 0 0 725 0 3 0.5535 0.0000 0.0041 18.875 0.40 3.19 -2.80 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7127 0.2811 0.0061 1 0 0.7048 0.2879 0.0073 1 0 0.6934 0.2975 0.0091
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 345 58 287 3 0 2 0 53 0 0 287 0 0 0.0517 0.0000 0.0000 28.000 0.67 1.17 -0.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9805 0.0195 2 1 0.0000 0.6315 0.3685 2 2 0.0000 0.3432 0.6568
chr1 19270780 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 681 184 497 173 0 1 0 10 1 0 496 0 0 0.9402 0.0020 0.0020 183.000 0.24 3.00 -2.76 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1246 0.8754 0.0000 0 0 0.8837 0.1163 0.0000
chr1 26183819 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 369 85 284 37 4 13 0 31 0 0 283 0 1 0.4353 0.0000 0.0035 5.538 1.00 1.16 -0.16 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4193 0.5059 0.0749 1 1 0.4158 0.5049 0.0794 1 1 0.4107 0.5037 0.0856
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.100 1 -2 3 774 205 569 47 35 11 46 66 3 0 566 0 0 0.2293 0.0053 0.0053 25.714 7.60 28.56 -20.96 23 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0017 0.1840 0.8143 1 2 0.0021 0.1917 0.8062 1 2 0.0028 0.2027 0.7945
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.100 1 -6 4 789 210 579 11 0 26 6 167 0 0 576 0 3 0.0524 0.0000 0.0052 7.320 1.45 17.74 -16.29 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9511 0.0489 2 2 0.0000 0.1920 0.8080
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 391 162 229 24 0 5 0 133 0 0 227 0 2 0.1481 0.0000 0.0087 31.400 0.12 3.07 -2.94 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr1 36178099 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 1 495 138 357 127 1 4 1 5 0 0 356 1 0 0.9203 0.0000 0.0028 33.500 0.20 3.00 -2.80 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.5005 0.4995 0.0000 0 0 0.9042 0.0958 0.0000
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 367 105 262 44 0 11 0 50 0 0 262 0 0 0.4190 0.0000 0.0000 8.545 0.14 3.14 -3.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0997 0.5729 0.3274 1 1 0.1046 0.5673 0.3281 1 1 0.1112 0.5603 0.3285
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 314 72 242 62 1 0 0 9 0 0 242 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 72.000 0.31 2.89 -2.58 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.0619 0.9381 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 654 179 475 1 0 22 2 154 0 1 472 1 1 0.0056 0.0000 0.0063 7.136 0.00 6.12 -6.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 230 71 159 2 0 5 3 61 0 0 159 0 0 0.0282 0.0000 0.0000 12.800 0.00 2.98 -2.98 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7675 0.2325 2 2 0.0000 0.2582 0.7418 2 2 0.0000 0.1406 0.8594
chr1 54610464 CCACTCCACATTCAGACCGTCATCCCCAGG C 0.500000 0.100 1 -29 1 276 118 158 112 0 2 0 4 0 0 157 0 1 0.9492 0.0000 0.0063 58.000 0.37 14.50 -14.13 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 0 0.5672 0.4328 0.0000 0 0 0.9025 0.0975 0.0000
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.100 1 3 2 787 187 600 92 4 29 2 60 0 0 596 0 4 0.4920 0.0000 0.0067 5.448 0.26 3.27 -3.01 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8158 0.1821 0.0021 1 0 0.8070 0.1904 0.0026 1 0 0.7942 0.2023 0.0035
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 692 145 547 82 1 9 0 53 0 0 547 0 0 0.5655 0.0000 0.0000 15.111 0.39 3.30 -2.91 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8320 0.1658 0.0022 1 0 0.8225 0.1748 0.0027 1 0 0.8087 0.1877 0.0036
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 148 69 79 1 0 1 0 67 0 0 79 0 0 0.0145 0.0000 0.0000 68.000 0.00 3.66 -3.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2328 0.7672 2 2 0.0000 0.0927 0.9073 2 2 0.0000 0.0685 0.9315
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 423 181 242 73 1 29 0 78 0 0 238 0 4 0.4033 0.0000 0.0165 5.207 0.15 9.86 -9.71 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0618 0.6101 0.3280 1 1 0.0667 0.6016 0.3318 1 1 0.0735 0.5908 0.3357
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 429 137 292 12 0 10 0 115 0 0 285 0 7 0.0876 0.0000 0.0240 12.700 0.17 5.08 -4.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.8559 0.1441
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 403 113 290 93 1 9 0 10 0 0 289 0 1 0.8230 0.0000 0.0034 11.556 0.59 3.30 -2.71 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0772 0.9228 0.0000
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 1 573 154 419 82 5 10 3 54 0 0 416 0 3 0.5325 0.0000 0.0072 17.875 0.32 3.52 -3.20 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7586 0.2370 0.0044 1 0 0.7497 0.2450 0.0053 1 0 0.7368 0.2564 0.0068
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 202 74 128 3 0 6 0 65 0 0 127 1 0 0.0405 0.0000 0.0078 11.333 0.00 2.15 -2.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9643 0.0357 2 2 0.0000 0.4742 0.5258 2 2 0.0000 0.2180 0.7820
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 235 103 132 52 0 12 1 38 0 0 132 0 0 0.5049 0.0000 0.0000 7.500 0.19 5.47 -5.28 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5220 0.4399 0.0381 1 0 0.5160 0.4423 0.0417 1 0 0.5074 0.4457 0.0468
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1738 497 1241 148 8 159 11 171 8 8 1152 5 68 0.2978 0.0064 0.0717 2.108 2.20 8.01 -5.80 42 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0041 0.9959 1 2 0.0000 0.0048 0.9952 1 2 0.0000 0.0060 0.9940
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1081 236 845 102 0 34 2 98 0 0 836 0 9 0.4322 0.0000 0.0107 5.912 0.63 3.98 -3.35 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0630 0.6946 0.2424 1 1 0.0686 0.6810 0.2504 1 1 0.0763 0.6636 0.2601
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 257 88 169 5 0 17 2 64 0 0 169 0 0 0.0568 0.0000 0.0000 4.059 0.20 1.48 -1.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8806 0.1194 2 1 0.0000 0.5008 0.4992
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 248 93 155 47 1 9 0 36 0 0 139 0 16 0.5054 0.0000 0.1032 9.333 0.04 11.11 -11.07 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1239 0.6020 0.2741 1 1 0.1290 0.5944 0.2766 1 1 0.1357 0.5849 0.2794
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 842 331 511 246 1 78 0 6 0 0 509 0 2 0.7432 0.0000 0.0039 3.231 0.18 16.00 -15.82 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 0 0.9784 0.0216 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.100 1 6 2 727 200 527 142 4 26 4 24 0 1 525 0 1 0.7100 0.0000 0.0038 7.435 1.42 5.62 -4.21 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1219 301 918 109 4 60 0 128 2 7 873 3 33 0.3621 0.0022 0.0490 4.085 1.70 10.38 -8.68 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.1058 0.8940 1 2 0.0003 0.1114 0.8884 1 2 0.0004 0.1198 0.8798
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 541 226 315 125 0 20 0 81 0 0 315 0 0 0.5531 0.0000 0.0000 10.300 0.47 8.17 -7.70 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9348 0.0651 0.0002 1 0 0.9289 0.0709 0.0002 1 0 0.9200 0.0797 0.0003
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1394 394 1000 12 0 116 2 264 0 0 953 1 46 0.0305 0.0000 0.0470 2.388 2.50 9.17 -6.67 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.0549 0.9451 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr1 154961829 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 565 138 427 128 1 4 0 5 0 0 427 0 0 0.9275 0.0000 0.0000 33.500 0.40 1.80 -1.40 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0110 0.9890 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000 0 0 0.9549 0.0451 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 220 81 139 70 1 2 0 8 0 0 139 0 0 0.8642 0.0000 0.0000 39.000 1.76 1.12 0.63 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 1 0.1573 0.8427 0.0000
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 634 180 454 0 0 3 1 176 0 0 452 1 1 0.0000 0.0000 0.0044 59.000 2.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1201 260 941 0 0 7 1 252 0 0 937 0 4 0.0000 0.0000 0.0043 36.143 1.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 202214229 TG T 0.500000 0.100 1 -1 2 93 49 44 45 0 0 0 4 0 0 44 0 0 0.9184 0.0000 0.0000 49.000 0.51 5.00 -4.49 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1183 0.8817 0.0000 0 1 0.4055 0.5945 0.0000
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 662 212 450 92 0 39 0 81 0 0 433 0 17 0.4340 0.0000 0.0378 4.436 0.23 11.49 -11.27 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0741 0.6823 0.2435 1 1 0.0799 0.6695 0.2506 1 1 0.0878 0.6531 0.2592
chr1 205663089 GGCCGACAGCCCTTCTGCTGGCTCGGTGGGGCCCAGC G 0.500000 0.100 1 -36 5 706 221 485 161 0 4 1 55 0 0 471 0 14 0.7285 0.0000 0.0289 54.250 0.30 28.38 -28.08 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9990 0.0010 0.0000 1 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr1 206101895 GTAT G 0.500000 0.100 1 -3 2 231 97 134 58 0 2 0 37 0 0 134 0 0 0.5979 0.0000 0.0000 47.500 0.03 3.00 -2.97 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7077 0.2813 0.0110 1 0 0.6973 0.2900 0.0127 1 0 0.6826 0.3019 0.0154
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 443 225 218 0 0 27 0 198 0 0 207 0 11 0.0000 0.0000 0.0505 7.333 11.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 634 135 499 12 0 18 2 103 0 0 493 0 6 0.0889 0.0000 0.0120 6.444 0.33 8.45 -8.11 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9107 0.0893
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 232 106 126 94 0 2 0 10 0 0 126 0 0 0.8868 0.0000 0.0000 52.000 0.18 1.20 -1.02 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.1366 0.8634 0.0000
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 602 143 459 54 1 21 3 64 0 0 455 0 4 0.3776 0.0000 0.0087 5.762 0.67 3.22 -2.55 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0243 0.4270 0.5487 1 2 0.0272 0.4290 0.5438 1 2 0.0315 0.4321 0.5364
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 626 169 457 8 0 4 0 157 0 0 453 0 4 0.0473 0.0000 0.0088 41.250 0.00 3.13 -3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6169 0.3831 2 2 0.0000 0.0643 0.9357
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1072 260 812 13 0 3 1 243 0 0 812 0 0 0.0500 0.0000 0.0000 85.667 0.23 1.22 -0.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8383 0.1617 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 824 251 573 241 0 3 1 6 0 0 573 0 0 0.9602 0.0000 0.0000 82.333 1.15 5.50 -4.35 167 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2038 0.7962 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1075 99 976 0 0 5 1 93 0 0 970 0 6 0.0000 0.0000 0.0061 18.800 2.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr1 248473544 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 683 158 525 147 2 3 0 6 0 0 525 0 0 0.9304 0.0000 0.0000 51.667 0.27 3.17 -2.90 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 0 0.7412 0.2588 0.0000 0 0 0.9670 0.0330 0.0000
chr1 248574556 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 629 143 486 132 0 9 0 2 0 0 486 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 14.889 0.16 3.00 -2.84 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9075 0.0925 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 411 168 243 7 0 12 1 148 0 0 243 0 0 0.0417 0.0000 0.0000 13.000 0.57 6.66 -6.09 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.5028 0.4972 2 2 0.0000 0.0608 0.9392
chr1 248650432 T TC 0.500000 0.100 1 1 3 857 227 630 215 0 6 0 6 0 0 628 1 1 0.9471 0.0000 0.0032 36.833 0.47 1.33 -0.86 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 0 0.9256 0.0744 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 238 116 122 57 0 5 0 54 0 0 119 0 3 0.4914 0.0000 0.0246 22.200 0.18 3.69 -3.51 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2120 0.6363 0.1517 1 1 0.2178 0.6264 0.1558 1 1 0.2251 0.6139 0.1610
chr2 17781726 CAAGTT C 0.103121 0.100 1 -5 2 597 152 445 144 1 2 0 5 0 0 445 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 75.000 0.19 5.60 -5.41 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1737 0.8263 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 420 149 271 2 0 12 0 135 0 0 263 0 8 0.0134 0.0000 0.0295 11.417 2.00 8.22 -6.22 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0245 0.9755 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 628 211 417 99 0 26 0 86 0 0 415 0 2 0.4692 0.0000 0.0048 7.115 0.64 8.45 -7.82 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4418 0.5361 0.0221 1 1 0.4474 0.5283 0.0244 1 1 0.4536 0.5188 0.0276
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 538 115 423 60 0 20 0 35 0 0 418 0 5 0.5217 0.0000 0.0118 4.750 0.33 7.80 -7.47 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8060 0.1930 0.0010 1 0 0.7997 0.1992 0.0011 1 0 0.7907 0.2079 0.0014
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 220 64 156 0 0 1 1 62 0 0 155 0 1 0.0000 0.0000 0.0064 63.000 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0369 0.9631 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0429 0.9571
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 580 142 438 64 0 13 1 64 0 0 437 0 1 0.4507 0.0000 0.0023 9.923 0.36 2.91 -2.55 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1419 0.6499 0.2082 1 1 0.1475 0.6392 0.2133 1 1 0.1549 0.6255 0.2196
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 39 2 552 205 347 35 0 116 0 54 1 0 344 0 2 0.1707 0.0029 0.0086 0.767 0.20 0.54 -0.34 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0131 0.2980 0.6889 1 2 0.0150 0.3063 0.6787 1 2 0.0180 0.3177 0.6643
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.100 1 6 1 252 116 136 57 0 13 1 45 0 0 135 0 1 0.4914 0.0000 0.0074 7.846 0.40 5.13 -4.73 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4308 0.5137 0.0555 1 1 0.4285 0.5117 0.0598 1 1 0.4249 0.5093 0.0658
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 426 181 245 156 0 13 3 9 0 0 245 0 0 0.8619 0.0000 0.0000 13.750 0.54 3.00 -2.46 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0803 0.9197 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr2 71574204 C CAGGCGG 0.500000 0.100 1 6 2 324 101 223 52 0 8 0 41 0 0 220 0 3 0.5149 0.0000 0.0135 11.625 0.25 5.78 -5.53 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3768 0.5461 0.0771 1 1 0.3760 0.5422 0.0819 1 1 0.3743 0.5374 0.0883
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 628 144 484 0 101 33 6 4 0 7 477 0 0 0.0000 0.0000 0.0145 3.333 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0491 0.9509 0.0000 0 1 0.4486 0.5514 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 632 145 487 4 1 30 0 110 0 0 475 0 12 0.0276 0.0000 0.0246 3.800 3.00 6.46 -3.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9430 0.0570 2 2 0.0000 0.1531 0.8469 2 2 0.0000 0.0376 0.9624
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 445 87 358 5 0 3 0 79 0 0 357 0 1 0.0575 0.0000 0.0028 28.000 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.7905 0.2095 2 2 0.0000 0.3378 0.6622
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.100 1 24 2 980 265 715 214 0 42 1 8 0 0 709 0 6 0.8075 0.0000 0.0084 5.310 0.22 15.38 -15.15 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 0 0.6836 0.3164 0.0000
chr2 74958681 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 1 319 92 227 84 1 4 0 3 0 0 227 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 22.000 1.14 6.67 -5.52 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0886 0.9114 0.0000 0 0 0.7411 0.2589 0.0000 0 0 0.9002 0.0998 0.0000
chr2 84552939 CAAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 158 73 85 68 0 2 0 3 0 0 85 0 0 0.9315 0.0000 0.0000 35.500 0.16 3.00 -2.84 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0391 0.9609 0.0000 0 0 0.5504 0.4496 0.0000 0 0 0.7981 0.2019 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 427 150 277 59 0 15 3 73 0 0 276 0 1 0.3933 0.0000 0.0036 9.643 0.42 3.73 -3.30 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0174 0.3947 0.5879 1 2 0.0198 0.3979 0.5823 1 2 0.0233 0.4026 0.5741
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 558 164 394 2 1 16 5 140 0 0 389 0 5 0.0122 0.0000 0.0127 9.188 6.50 3.14 3.36 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0522 0.9478 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 767 208 559 96 0 10 0 102 0 0 559 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 19.800 0.59 8.30 -7.71 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0721 0.6908 0.2371 1 1 0.0779 0.6775 0.2446 1 1 0.0859 0.6604 0.2537
chr2 97113750 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 332 117 215 108 0 0 0 9 0 0 215 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 117.000 0.17 1.11 -0.94 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0151 0.9849 0.0000 0 1 0.3698 0.6302 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 531 165 366 93 2 3 0 67 0 0 350 0 16 0.5636 0.0000 0.0437 54.000 0.88 18.42 -17.54 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3919 0.5717 0.0364 1 1 0.3950 0.5648 0.0402 1 1 0.3980 0.5563 0.0457
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 448 117 331 99 0 15 0 3 0 0 330 0 1 0.8462 0.0000 0.0030 6.800 0.51 25.33 -24.83 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0209 0.9791 0.0000 0 0 0.6650 0.3350 0.0000 0 0 0.9035 0.0965 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 591 140 451 0 1 0 1 138 0 0 442 0 9 0.0000 0.0000 0.0200 139.000 5.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 326 112 214 98 0 11 0 3 0 0 214 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 9.182 0.41 6.00 -5.59 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1580 0.8420 0.0000 0 0 0.8456 0.1544 0.0000 0 0 0.9443 0.0557 0.0000
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 162 73 89 0 0 20 0 53 0 1 84 0 4 0.0000 0.0000 0.0562 2.650 5.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0631 0.9369 2 2 0.0000 0.0653 0.9347 2 2 0.0000 0.0688 0.9312
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 201 92 109 45 0 20 0 27 0 0 109 0 0 0.4891 0.0000 0.0000 3.600 0.04 11.56 -11.51 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6639 0.3174 0.0187 1 0 0.6531 0.3257 0.0211 1 0 0.6382 0.3370 0.0248
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 522 132 390 62 0 16 0 54 0 0 390 0 0 0.4697 0.0000 0.0000 7.250 0.55 3.07 -2.53 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3568 0.5702 0.0730 1 1 0.3576 0.5645 0.0778 1 1 0.3580 0.5575 0.0845
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 275 150 125 5 0 3 0 142 0 0 124 0 1 0.0333 0.0000 0.0080 49.000 0.00 3.15 -3.15 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9786 0.0214 2 2 0.0000 0.1396 0.8604 2 2 0.0000 0.0234 0.9766
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 530 158 372 146 1 5 0 6 0 0 372 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 30.600 0.49 4.33 -3.84 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.7213 0.2787 0.0000 0 0 0.9637 0.0363 0.0000
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.100 1 -18 1 296 92 204 64 0 26 0 2 0 0 204 0 0 0.6957 0.0000 0.0000 2.538 0.27 18.00 -17.73 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2345 0.7655 0.0000 0 0 0.7440 0.2560 0.0000 0 0 0.8608 0.1392 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 610 150 460 62 1 6 0 81 0 0 456 0 4 0.4133 0.0000 0.0087 24.000 0.16 4.14 -3.97 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0086 0.3148 0.6767 1 2 0.0100 0.3207 0.6693 1 2 0.0123 0.3291 0.6586
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 334 138 196 11 4 16 50 57 0 0 195 0 1 0.0797 0.0000 0.0051 4.312 0.45 2.89 -2.44 7 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9545 0.0455
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 334 143 191 17 3 18 49 56 0 0 191 0 0 0.1189 0.0000 0.0000 4.222 1.00 2.79 -1.79 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 227 72 155 26 8 12 2 24 1 0 154 0 0 0.3611 0.0065 0.0065 4.417 0.15 1.21 -1.05 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4152 0.4996 0.0852 1 1 0.4111 0.4992 0.0897 1 1 0.4053 0.4988 0.0959
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 1 483 110 373 50 1 26 1 32 0 0 373 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 3.192 1.10 3.66 -2.56 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6454 0.3354 0.0192 1 0 0.6356 0.3427 0.0217 1 0 0.6219 0.3527 0.0254
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 276 95 181 3 0 2 0 90 0 0 177 0 4 0.0316 0.0000 0.0221 46.500 0.00 3.11 -3.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8672 0.1328 2 2 0.0000 0.1823 0.8177 2 2 0.0000 0.0669 0.9331
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.100 1 -21 2 690 183 507 174 0 4 0 5 0 0 506 0 1 0.9508 0.0000 0.0020 44.750 0.84 13.00 -12.16 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0113 0.9887 0.0000 0 0 0.9091 0.0909 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 560 148 412 0 0 25 1 122 0 0 408 0 4 0.0000 0.0000 0.0097 4.920 8.08 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 561 144 417 6 1 12 2 123 0 2 415 0 0 0.0417 0.0000 0.0048 11.909 0.50 7.99 -7.49 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7323 0.2677 2 2 0.0000 0.1848 0.8152
chr2 219630181 C CGACTCGCTGGGGAGAAAA 0.500000 0.100 1 18 3 324 101 223 55 0 23 0 23 0 0 211 0 12 0.5446 0.0000 0.0538 3.391 0.33 10.70 -10.37 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6909 0.2959 0.0131 1 0 0.6806 0.3044 0.0151 1 0 0.6660 0.3160 0.0180
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 588 247 341 227 2 8 0 10 0 0 339 0 2 0.9190 0.0000 0.0059 29.750 0.42 15.50 -15.08 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2067 0.7933 0.0000 0 0 0.9678 0.0322 0.0000
chr2 231037813 A AGAGGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 1 521 124 397 59 1 16 0 48 0 0 392 0 5 0.4758 0.0000 0.0126 6.750 2.69 7.96 -5.26 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3341 0.5822 0.0837 1 1 0.3355 0.5758 0.0887 1 1 0.3367 0.5678 0.0955
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 335 129 206 76 0 2 2 49 0 0 206 0 0 0.5891 0.0000 0.0000 63.000 0.63 4.51 -3.88 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7627 0.2322 0.0051 1 0 0.7530 0.2409 0.0061 1 0 0.7391 0.2532 0.0077
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 153 52 101 32 0 4 0 16 0 0 101 0 0 0.6154 0.0000 0.0000 12.000 0.12 2.75 -2.62 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6410 0.3322 0.0269 1 0 0.6295 0.3407 0.0298 1 0 0.6137 0.3522 0.0342
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 226 103 123 44 1 2 0 56 0 0 121 0 2 0.4272 0.0000 0.0163 50.500 1.05 3.80 -2.76 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0382 0.4591 0.5027 1 2 0.0418 0.4602 0.4980 1 2 0.0470 0.4619 0.4911
chr2 240042945 G GGCCGTGGATGAAGA 0.500000 0.100 1 14 3 1077 319 758 234 3 61 1 20 0 1 757 0 0 0.7335 0.0000 0.0013 4.339 1.72 8.70 -6.98 194 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1155 0.8845 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 771 214 557 128 0 1 1 84 0 0 556 0 1 0.5981 0.0000 0.0018 213.000 0.98 1.20 -0.22 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9182 0.0816 0.0002 1 0 0.9118 0.0879 0.0003 1 0 0.9022 0.0973 0.0005
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 392 115 277 41 2 20 3 49 0 0 277 0 0 0.3565 0.0000 0.0000 4.750 0.24 3.29 -3.04 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0666 0.5250 0.4084 1 1 0.0712 0.5224 0.4064 1 1 0.0774 0.5194 0.4032
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 656 158 498 10 0 0 0 148 1 0 490 0 7 0.0633 0.0020 0.0161 158.000 0.20 3.72 -3.52 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8753 0.1247 2 2 0.0000 0.0772 0.9228
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 678 120 558 0 0 16 0 104 0 0 522 0 36 0.0000 0.0000 0.0645 6.500 10.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 717 257 460 2 15 41 1 198 0 1 424 0 35 0.0078 0.0000 0.0783 5.400 12.50 8.81 3.69 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5061 0.4939
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 685 221 464 70 0 62 0 89 1 0 458 0 5 0.3167 0.0022 0.0129 2.565 3.27 5.21 -1.94 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0074 0.3179 0.6747 1 2 0.0087 0.3231 0.6682 1 2 0.0108 0.3306 0.6585
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 685 227 458 99 3 54 5 66 0 0 456 1 1 0.4361 0.0000 0.0044 3.204 4.69 3.03 1.66 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7927 0.2049 0.0024 1 0 0.7844 0.2126 0.0030 1 0 0.7724 0.2237 0.0039
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 669 172 497 0 0 8 0 164 0 0 493 0 4 0.0000 0.0000 0.0080 20.500 2.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 325 120 205 0 0 2 1 117 0 0 201 0 4 0.0000 0.0000 0.0195 59.000 4.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 636 136 500 19 1 22 9 85 0 0 496 1 3 0.1397 0.0000 0.0080 5.182 0.58 3.27 -2.69 9 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 373 118 255 43 1 21 6 47 0 0 254 0 1 0.3644 0.0000 0.0039 4.619 0.28 3.66 -3.38 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0586 0.5125 0.4289 1 1 0.0630 0.5107 0.4264 1 1 0.0690 0.5085 0.4225
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 373 121 252 49 2 63 0 7 0 0 252 0 0 0.4050 0.0000 0.0000 0.951 0.37 5.71 -5.35 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.1603 0.8397 0.0000
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 473 134 339 0 0 21 0 113 0 0 317 0 22 0.0000 0.0000 0.0649 5.381 5.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 171 85 86 27 0 10 1 47 0 0 84 0 2 0.3176 0.0000 0.0233 7.500 0.15 8.02 -7.87 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0080 0.2281 0.7639 1 2 0.0094 0.2384 0.7522 1 2 0.0116 0.2527 0.7357
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 242 85 157 14 0 3 34 34 0 0 156 0 1 0.1647 0.0000 0.0064 27.333 0.14 3.32 -3.18 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9966 0.0034
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 243 87 156 14 0 2 35 36 0 0 156 0 0 0.1609 0.0000 0.0000 42.500 0.14 3.69 -3.55 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9964 0.0036
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 3 291 66 225 27 1 9 2 27 0 0 221 0 4 0.4091 0.0000 0.0178 6.333 0.33 5.00 -4.67 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1238 0.5456 0.3306 1 1 0.1283 0.5420 0.3297 1 1 0.1342 0.5377 0.3281
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.100 1 6 3 291 66 225 28 1 13 0 24 0 0 221 0 4 0.4242 0.0000 0.0178 4.417 0.43 5.71 -5.28 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2393 0.5678 0.1929 1 1 0.2412 0.5628 0.1961 1 1 0.2435 0.5564 0.2001
chr3 63912684 G GGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 9 3 291 66 225 30 3 9 1 23 0 0 221 0 4 0.4545 0.0000 0.0178 6.333 0.70 5.52 -4.82 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3327 0.5447 0.1227 1 1 0.3317 0.5412 0.1271 1 1 0.3300 0.5369 0.1331
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 320 135 185 71 2 13 0 49 0 0 184 0 1 0.5259 0.0000 0.0054 9.385 0.21 2.96 -2.75 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7221 0.2703 0.0076 1 0 0.7127 0.2784 0.0089 1 0 0.6994 0.2896 0.0110
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 811 245 566 122 0 16 0 107 0 0 556 0 10 0.4980 0.0000 0.0177 14.312 0.31 9.78 -9.46 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1885 0.7416 0.0700 1 1 0.1978 0.7259 0.0763 1 1 0.2096 0.7054 0.0850
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 448 127 321 48 1 7 0 71 0 0 321 0 0 0.3780 0.0000 0.0000 17.000 0.17 1.18 -1.02 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0087 0.2828 0.7085 1 2 0.0102 0.2906 0.6991 1 2 0.0125 0.3016 0.6859
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 310 91 219 39 0 8 0 44 0 0 218 0 1 0.4286 0.0000 0.0046 10.375 0.74 1.20 -0.46 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1025 0.5608 0.3367 1 1 0.1073 0.5561 0.3366 1 1 0.1138 0.5502 0.3360
chr3 107772911 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 627 147 480 78 0 6 0 63 0 0 476 0 4 0.5306 0.0000 0.0083 23.500 0.24 3.05 -2.80 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4029 0.5516 0.0455 1 1 0.4039 0.5465 0.0496 1 1 0.4042 0.5403 0.0555
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.100 1 8 2 242 103 139 55 0 8 0 40 0 0 138 0 1 0.5340 0.0000 0.0072 11.875 0.05 6.97 -6.92 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5371 0.4294 0.0335 1 0 0.5309 0.4322 0.0368 1 0 0.5221 0.4362 0.0417
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 102 36 66 6 0 0 7 23 0 0 65 0 1 0.1667 0.0000 0.0152 36.000 0.83 1.09 -0.25 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0002 0.9774 0.0224 2 1 0.0001 0.9847 0.0152 2 1 0.0000 0.9117 0.0883
chr3 113657263 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 1178 315 863 12 118 95 4 86 0 0 859 1 3 0.0381 0.0000 0.0046 2.433 0.75 3.31 -2.56 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8113 0.1875 0.0012 1 0 0.8045 0.1940 0.0015 1 0 0.7942 0.2037 0.0021
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1181 324 857 98 10 87 13 116 0 0 855 0 2 0.3025 0.0000 0.0023 2.821 2.72 3.12 -0.40 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0057 0.3816 0.6127 1 2 0.0068 0.3816 0.6116 1 2 0.0086 0.3826 0.6088
chr3 121489856 CTTT C 0.500000 0.100 1 -3 2 738 171 567 159 0 4 0 8 0 0 567 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 41.750 0.47 3.38 -2.90 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3598 0.6402 0.0000 0 0 0.9296 0.0704 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 459 131 328 100 2 23 0 6 0 0 328 0 0 0.7634 0.0000 0.0000 4.652 0.49 10.17 -9.68 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2143 0.7857 0.0000 0 0 0.7490 0.2510 0.0000
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 489 147 342 131 0 2 0 14 0 0 341 0 1 0.8912 0.0000 0.0029 72.500 0.22 3.07 -2.85 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0366 0.9634 0.0000
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.100 1 -9 1 364 143 221 83 0 2 0 58 0 0 218 0 3 0.5804 0.0000 0.0136 70.500 0.25 8.60 -8.35 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6733 0.3176 0.0091 1 0 0.6658 0.3235 0.0106 1 0 0.6550 0.3320 0.0130
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 184 88 96 0 0 0 0 88 0 0 96 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 88.000 2.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0122 0.9878 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 362 135 227 63 0 3 0 69 0 0 227 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 44.000 0.27 2.09 -1.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0892 0.6177 0.2931 1 1 0.0945 0.6089 0.2966 1 1 0.1017 0.5979 0.3004
chr3 138946048 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 558 88 470 45 0 2 1 40 0 0 470 0 0 0.5114 0.0000 0.0000 43.000 0.76 3.35 -2.59 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2855 0.5854 0.1291 1 1 0.2871 0.5790 0.1339 1 1 0.2888 0.5710 0.1402
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 286 91 195 83 0 4 0 4 0 0 195 0 0 0.9121 0.0000 0.0000 21.750 0.23 1.00 -0.77 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0100 0.9900 0.0000 0 1 0.4745 0.5255 0.0000 0 0 0.8122 0.1878 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 345 153 192 0 0 21 6 126 0 0 189 0 3 0.0000 0.0000 0.0156 6.286 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 518 148 370 57 3 23 2 63 0 0 369 0 1 0.3851 0.0000 0.0027 5.435 0.18 3.48 -3.30 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0912 0.6111 0.2977 1 1 0.0965 0.6028 0.3008 1 1 0.1036 0.5923 0.3041
chr3 195729666 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 126 66 60 46 0 0 0 20 0 0 60 0 0 0.6970 0.0000 0.0000 66.000 0.43 1.15 -0.72 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8224 0.1728 0.0048 1 0 0.8107 0.1836 0.0057 1 0 0.7937 0.1990 0.0073
chr3 195781275 GGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCT G 0.500000 0.100 1 -48 2 4705 1241 3464 837 38 147 21 198 140 124 3188 10 2 0.6745 0.0404 0.0797 7.563 3.00 4.74 -1.74 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 754 169 585 78 0 12 0 79 0 0 561 2 22 0.4615 0.0000 0.0410 13.083 0.33 11.68 -11.35 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0055 0.2986 0.6959 1 2 0.0065 0.3039 0.6896 1 2 0.0082 0.3117 0.6801
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 235 98 137 45 0 16 1 36 0 0 137 0 0 0.4592 0.0000 0.0000 5.125 0.51 8.81 -8.29 17 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3975 0.5249 0.0776 1 1 0.3952 0.5225 0.0822 1 1 0.3918 0.5197 0.0886
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 235 98 137 49 0 12 3 34 0 0 137 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 7.167 0.63 8.79 -8.16 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4949 0.4593 0.0459 1 0 0.4895 0.4608 0.0497 1 0 0.4819 0.4629 0.0552
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 549 119 430 0 0 0 0 119 0 0 349 2 79 0.0000 0.0000 0.1884 119.000 16.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.100 1 -2 1 679 271 408 55 17 24 169 6 2 6 399 1 0 0.2030 0.0049 0.0221 11.438 7.85 8.50 -0.65 9 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0489 0.9511 1 2 0.0000 0.0604 0.9396 1 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.100 1 -1 1 680 265 415 61 25 130 47 2 1 7 407 0 0 0.2302 0.0024 0.0193 1.967 7.97 8.50 -0.53 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8226 0.1773 0.0001 1 0 0.8173 0.1826 0.0001 1 0 0.8097 0.1901 0.0001
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.100 1 3 1 680 264 416 132 74 17 28 13 0 3 410 3 0 0.5000 0.0000 0.0144 14.846 9.06 2.46 6.60 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0252 0.9748 0.0000
chr4 3074945 A ACCGCCGCCG 0.064236 0.100 1 9 2 680 247 433 12 1 45 6 183 0 2 424 5 2 0.0486 0.0000 0.0208 4.762 4.58 8.68 -4.10 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9121 0.0879
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.100 1 -6 2 416 116 300 74 0 1 0 41 0 0 298 0 2 0.6379 0.0000 0.0067 115.000 0.45 6.59 -6.14 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9194 0.0805 0.0001 1 0 0.9136 0.0863 0.0002 1 0 0.9052 0.0946 0.0002
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.100 1 -9 5 571 188 383 102 0 11 0 75 0 0 380 0 3 0.5426 0.0000 0.0078 16.091 0.51 8.35 -7.84 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6866 0.3076 0.0059 1 0 0.6804 0.3126 0.0070 1 0 0.6712 0.3200 0.0088
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 619 135 484 119 0 12 0 4 0 0 481 0 3 0.8815 0.0000 0.0062 10.250 0.29 19.00 -18.71 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1810 0.8190 0.0000 0 0 0.7827 0.2173 0.0000
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.100 1 -48 1 922 280 642 203 4 65 0 8 1 2 639 0 0 0.7250 0.0016 0.0047 3.297 0.23 4.00 -3.77 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.8705 0.1295 0.0000 0 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 827 351 476 257 6 57 2 29 0 0 476 0 0 0.7322 0.0000 0.0000 5.140 0.25 2.97 -2.71 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr4 80286532 G GAGC 0.500000 0.100 1 3 2 274 99 175 57 0 4 1 37 0 0 175 0 0 0.5758 0.0000 0.0000 23.750 0.30 2.84 -2.54 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6645 0.3203 0.0152 1 0 0.6548 0.3278 0.0174 1 0 0.6413 0.3381 0.0206
chr4 87318348 ATCTCT A 0.500000 0.100 1 -5 1 156 71 85 43 0 1 0 27 0 0 83 0 2 0.6056 0.0000 0.0235 70.000 0.42 4.89 -4.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5640 0.4009 0.0351 1 0 0.5557 0.4057 0.0386 1 0 0.5442 0.4123 0.0435
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2182 431 1751 136 10 116 5 164 1 2 1723 2 23 0.3155 0.0006 0.0160 2.761 1.82 8.29 -6.46 48 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0001 0.0940 0.9060 1 2 0.0001 0.0985 0.9014 1 2 0.0002 0.1055 0.8943
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3313 684 2629 307 12 58 7 300 2 20 2595 5 7 0.4488 0.0008 0.0129 11.054 1.74 4.79 -3.05 21 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1486 0.8494 0.0020 1 1 0.1698 0.8275 0.0027 1 1 0.1988 0.7972 0.0040
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3524 749 2775 9 11 43 17 669 37 40 2491 155 52 0.0120 0.0133 0.1023 18.368 8.22 9.09 -0.87 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3059 852 2207 13 19 169 63 588 290 32 1838 28 19 0.0153 0.1314 0.1672 3.958 6.31 7.97 -1.66 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 408 107 301 58 0 5 0 44 0 0 295 1 5 0.5421 0.0000 0.0199 20.400 0.22 2.14 -1.91 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3648 0.5605 0.0747 1 1 0.3650 0.5555 0.0795 1 1 0.3646 0.5494 0.0860
chr4 112432366 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 2 601 139 462 128 1 4 0 6 0 0 462 0 0 0.9209 0.0000 0.0000 33.750 0.37 4.17 -3.80 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 0 0.5136 0.4864 0.0000 0 0 0.9175 0.0825 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 638 145 493 73 0 5 0 67 0 0 492 0 1 0.5034 0.0000 0.0020 28.000 0.26 3.93 -3.67 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2629 0.6396 0.0976 1 1 0.2674 0.6294 0.1031 1 1 0.2728 0.6165 0.1106
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 521 198 323 1 0 33 4 160 0 0 316 1 6 0.0051 0.0000 0.0217 5.000 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 472 166 306 8 2 44 4 108 0 1 295 8 2 0.0482 0.0000 0.0359 2.705 0.50 3.65 -3.15 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9516 0.0484 2 2 0.0000 0.4243 0.5757
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 243 113 130 52 0 4 0 57 0 0 123 1 6 0.4602 0.0000 0.0538 27.250 0.94 4.68 -3.74 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0432 0.4975 0.4593 1 1 0.0471 0.4961 0.4568 1 1 0.0527 0.4947 0.4527
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 236 106 130 0 0 14 0 92 0 0 127 0 3 0.0000 0.0000 0.0231 6.571 4.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 764 165 599 0 0 4 0 161 0 0 595 0 4 0.0000 0.0000 0.0067 40.250 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.100 1 -12 4 252 107 145 40 0 3 0 64 0 0 139 0 6 0.3738 0.0000 0.0414 34.667 0.57 11.45 -10.88 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0108 0.4119 0.5774 1 2 0.0131 0.4288 0.5581 1 2 0.0169 0.4514 0.5317
chr5 7867364 TATA T 0.017279 0.100 1 -3 3 866 186 680 172 2 2 0 10 0 0 680 0 0 0.9247 0.0000 0.0000 91.500 0.36 3.30 -2.94 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8888 0.1112 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 722 152 570 1 0 31 4 116 0 0 564 1 5 0.0066 0.0000 0.0105 3.903 1.00 3.32 -2.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 357 53 304 0 1 35 3 14 0 2 296 2 4 0.0000 0.0000 0.0263 0.514 7.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6902 0.3098 2 1 0.0000 0.5546 0.4454 2 2 0.0000 0.4666 0.5334
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 390 107 283 46 0 4 0 57 0 0 283 0 0 0.4299 0.0000 0.0000 25.750 0.09 5.95 -5.86 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0507 0.5002 0.4490 1 1 0.0548 0.4990 0.4462 1 1 0.0607 0.4977 0.4417
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 515 142 373 0 0 6 0 136 0 0 366 0 7 0.0000 0.0000 0.0188 27.200 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr5 80654905 G GCCGCAGCGC 0.500000 0.100 1 9 2 332 79 253 57 4 13 0 5 0 0 252 1 0 0.7215 0.0000 0.0040 4.923 1.42 3.40 -1.98 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0718 0.9282 0.0000 0 1 0.3805 0.6195 0.0000
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 277 107 170 98 0 2 0 7 0 0 170 0 0 0.9159 0.0000 0.0000 52.500 0.14 3.00 -2.86 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0719 0.9281 0.0000 0 0 0.5653 0.4347 0.0000
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 148 71 77 30 0 0 0 41 0 0 77 0 0 0.4225 0.0000 0.0000 71.000 0.13 3.00 -2.87 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0547 0.4611 0.4842 1 2 0.0588 0.4628 0.4784 1 2 0.0646 0.4652 0.4702
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 965 256 709 111 3 31 1 110 3 1 701 2 2 0.4336 0.0042 0.0113 7.226 0.60 3.94 -3.33 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1563 0.7512 0.0926 1 1 0.1650 0.7352 0.0998 1 1 0.1763 0.7142 0.1095
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.100 1 9 2 449 122 327 89 0 26 0 7 1 0 326 0 0 0.7295 0.0031 0.0031 3.692 0.45 9.00 -8.55 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0494 0.9506 0.0000 0 1 0.4687 0.5313 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 163 57 106 0 0 0 0 57 0 0 103 0 3 0.0000 0.0000 0.0283 57.000 3.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0476 0.9524 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr5 138441069 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 355 139 216 127 1 7 0 4 0 0 216 0 0 0.9137 0.0000 0.0000 18.857 0.17 1.00 -0.83 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0938 0.9062 0.0000 0 0 0.8957 0.1043 0.0000 0 0 0.9746 0.0254 0.0000
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 270 110 160 61 0 0 0 49 0 0 157 0 3 0.5545 0.0000 0.0187 110.000 0.16 3.35 -3.18 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3855 0.5498 0.0647 1 1 0.3853 0.5454 0.0693 1 1 0.3843 0.5400 0.0757
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 270 110 160 61 0 2 3 44 0 0 157 3 0 0.5545 0.0000 0.0187 54.000 0.16 3.64 -3.47 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4421 0.5086 0.0493 1 1 0.4399 0.5067 0.0534 1 1 0.4363 0.5045 0.0592
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 399 108 291 2 1 12 1 92 0 0 276 1 14 0.0185 0.0000 0.0515 7.917 0.00 8.25 -8.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3216 0.6784 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0234 0.9766
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 908 282 626 25 3 61 19 174 0 1 625 0 0 0.0887 0.0000 0.0016 3.426 0.84 11.49 -10.65 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr5 146459072 TCAGGCCCAGGCCCAGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 908 293 615 41 2 57 8 185 0 0 614 0 1 0.1399 0.0000 0.0016 4.259 0.73 10.92 -10.19 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 365 119 246 41 0 28 0 50 0 0 239 0 7 0.3445 0.0000 0.0285 3.250 0.49 9.08 -8.59 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0246 0.3886 0.5868 1 2 0.0275 0.3933 0.5793 1 2 0.0317 0.3998 0.5686
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 18 1 365 119 246 41 0 32 0 46 0 0 239 0 7 0.3445 0.0000 0.0285 2.719 0.49 9.07 -8.58 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0422 0.4597 0.4981 1 2 0.0459 0.4610 0.4931 1 2 0.0513 0.4629 0.4858
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.100 1 -1 4 538 158 380 145 0 5 0 8 0 0 380 0 0 0.9177 0.0000 0.0000 30.600 0.17 1.12 -0.96 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2212 0.7788 0.0000 0 0 0.8707 0.1293 0.0000
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 332 120 212 6 0 4 0 110 0 0 209 0 3 0.0500 0.0000 0.0142 29.000 4.50 4.78 -0.28 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.6779 0.3221 2 2 0.0000 0.1635 0.8365
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 334 129 205 96 3 12 4 14 0 0 205 0 0 0.7442 0.0000 0.0000 9.750 3.67 8.21 -4.55 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0024 0.9976 0.0000
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 332 114 218 0 5 0 0 109 0 0 217 0 1 0.0000 0.0000 0.0046 114.000 4.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9714 0.0286 2 2 0.0000 0.3296 0.6704 2 2 0.0000 0.0867 0.9133
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 196 75 121 32 0 2 0 41 0 0 120 0 1 0.4267 0.0000 0.0083 36.500 0.34 3.37 -3.02 16 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0625 0.4840 0.4535 1 1 0.0668 0.4843 0.4489 1 1 0.0728 0.4849 0.4423
chr5 176384091 CGT C 0.500000 0.100 1 -2 1 335 111 224 51 0 5 0 55 0 0 224 0 0 0.4595 0.0000 0.0000 21.200 0.12 2.11 -1.99 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1218 0.6090 0.2692 1 1 0.1270 0.6010 0.2721 1 1 0.1338 0.5908 0.2754
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 487 110 377 52 0 3 0 55 1 0 375 0 1 0.4727 0.0027 0.0053 35.667 0.96 3.91 -2.95 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1350 0.6203 0.2447 1 1 0.1402 0.6115 0.2483 1 1 0.1470 0.6004 0.2526
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 489 221 268 95 4 46 1 75 0 0 267 0 1 0.4299 0.0000 0.0037 3.804 1.19 3.41 -2.22 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6451 0.3466 0.0083 1 0 0.6399 0.3503 0.0097 1 0 0.6320 0.3560 0.0120
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 641 111 530 50 0 13 0 48 0 0 529 0 1 0.4505 0.0000 0.0019 7.538 0.20 3.08 -2.88 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2099 0.6179 0.1722 1 1 0.2139 0.6093 0.1768 1 1 0.2189 0.5983 0.1827
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 543 150 393 65 4 20 1 60 1 0 390 2 0 0.4333 0.0025 0.0076 6.400 0.72 3.72 -2.99 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3114 0.6072 0.0814 1 1 0.3141 0.5992 0.0867 1 1 0.3170 0.5892 0.0938
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 556 144 412 55 2 26 4 57 2 3 401 2 4 0.3819 0.0049 0.0267 4.538 2.04 4.25 -2.21 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1822 0.6957 0.1221 1 1 0.1916 0.6847 0.1237 1 1 0.2042 0.6705 0.1254
chr6 1611567 G GGGCGGCGGC 0.000106 0.100 1 9 1 556 144 412 64 45 27 1 7 5 3 400 3 1 0.4444 0.0121 0.0291 4.500 2.67 6.43 -3.76 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 0 0.9865 0.0135 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 514 106 408 48 6 12 1 39 1 1 401 2 3 0.4528 0.0025 0.0172 7.750 1.52 4.38 -2.86 10 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5777 0.4035 0.0188 1 0 0.5753 0.4042 0.0205 1 0 0.5716 0.4057 0.0228
chr6 7910637 T TCCG 0.039779 0.100 1 3 1 328 85 243 54 4 19 0 8 0 0 243 0 0 0.6353 0.0000 0.0000 3.474 0.70 4.25 -3.55 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0840 0.9160 0.0000 0 0 0.7092 0.2908 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1465 383 1082 64 82 102 4 131 0 1 1077 0 4 0.1671 0.0000 0.0046 2.808 1.81 3.63 -1.82 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3459 0.6424 0.0117 1 1 0.3606 0.6262 0.0132 1 1 0.3787 0.6059 0.0153
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.100 1 -15 1 410 106 304 63 0 6 0 37 0 0 300 0 4 0.5943 0.0000 0.0132 16.667 0.43 12.81 -12.38 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8118 0.1859 0.0023 1 0 0.8045 0.1929 0.0026 1 0 0.7941 0.2026 0.0033
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.100 1 2 1 1139 262 877 133 1 10 0 118 0 0 875 0 2 0.5076 0.0000 0.0023 25.200 0.32 2.19 -1.88 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5131 0.4841 0.0028 1 0 0.5230 0.4738 0.0032 1 0 0.5346 0.4617 0.0037
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 1030 218 812 194 2 7 0 15 0 0 812 0 0 0.8899 0.0000 0.0000 30.143 0.20 12.93 -12.74 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 0 0.6943 0.3057 0.0000
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 161 65 96 52 1 4 0 8 0 0 96 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 15.000 1.00 4.12 -3.12 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.0707 0.9293 0.0000
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 386 122 264 9 0 3 1 109 0 0 263 0 1 0.0738 0.0000 0.0038 39.667 1.78 1.38 0.40 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9822 0.0178 2 1 0.0000 0.5945 0.4055
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.100 1 -3 1 2319 488 1831 216 168 64 5 35 3 5 1784 25 14 0.4426 0.0016 0.0257 6.803 2.05 5.77 -3.73 46 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 521 122 399 7 54 6 1 54 0 0 398 0 1 0.0574 0.0000 0.0025 10.333 0.86 2.43 -1.57 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1182 0.5963 0.2855 1 1 0.1233 0.5892 0.2875 1 1 0.1301 0.5801 0.2898
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 521 123 398 7 56 5 0 55 0 0 396 2 0 0.0569 0.0000 0.0050 23.400 0.86 2.24 -1.38 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1348 0.6123 0.2529 1 1 0.1399 0.6041 0.2560 1 1 0.1467 0.5936 0.2597
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 602 159 443 8 128 1 1 21 0 1 438 1 3 0.0503 0.0000 0.0113 157.000 0.12 1.71 -1.59 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 540 197 343 178 0 15 0 4 0 0 340 0 3 0.9036 0.0000 0.0087 12.133 0.39 9.50 -9.11 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.8083 0.1917 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000
chr6 31954625 TCGATCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 778 187 591 101 0 11 0 75 0 0 591 0 0 0.5401 0.0000 0.0000 16.000 0.35 5.84 -5.49 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7320 0.2637 0.0042 1 0 0.7247 0.2702 0.0051 1 0 0.7139 0.2796 0.0065
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 463 132 331 70 1 12 0 49 0 0 330 0 1 0.5303 0.0000 0.0030 10.000 0.99 3.90 -2.91 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6809 0.3084 0.0107 1 0 0.6722 0.3155 0.0124 1 0 0.6597 0.3253 0.0150
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 464 218 246 99 11 34 0 74 0 1 240 0 5 0.4541 0.0000 0.0244 5.412 0.52 3.91 -3.39 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8289 0.1697 0.0013 1 0 0.8209 0.1773 0.0017 1 0 0.8093 0.1884 0.0023
chr6 32584184 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 381 133 248 90 3 2 4 34 0 0 244 1 3 0.6767 0.0000 0.0161 64.500 9.89 9.76 0.12 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9760 0.0240 0.0000 1 0 0.9723 0.0277 0.0001 1 0 0.9665 0.0334 0.0001
chr6 32584185 C CT 0.500000 0.100 1 1 1 380 136 244 89 6 1 16 24 0 0 239 2 3 0.6544 0.0000 0.0205 133.000 9.88 9.12 0.75 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9748 0.0252 0.0000 1 0 0.9710 0.0290 0.0001 1 0 0.9650 0.0349 0.0001
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 315 65 250 38 0 2 0 25 0 0 249 0 1 0.5846 0.0000 0.0040 31.500 0.05 7.72 -7.67 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5192 0.4327 0.0481 1 0 0.5119 0.4361 0.0520 1 0 0.5017 0.4408 0.0575
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 230 65 165 59 0 1 0 5 0 0 165 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 64.000 3.15 1.40 1.75 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0864 0.9136 0.0000 0 1 0.4159 0.5841 0.0000
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 685 223 462 203 0 11 0 9 0 0 462 0 0 0.9103 0.0000 0.0000 19.273 0.34 1.22 -0.88 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6455 0.3545 0.0000 0 0 0.9834 0.0166 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 916 225 691 3 88 10 1 123 0 0 691 0 0 0.0133 0.0000 0.0000 21.500 1.33 3.04 -1.71 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1581 0.8409 1 2 0.0012 0.1653 0.8335 1 2 0.0017 0.1757 0.8226
chr6 42104971 ACTCCTC A 0.500000 0.100 1 -6 2 672 149 523 70 0 18 0 61 0 0 520 1 2 0.4698 0.0000 0.0057 7.278 1.27 6.51 -5.24 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3060 0.6115 0.0825 1 1 0.3092 0.6031 0.0877 1 1 0.3127 0.5925 0.0948
chr6 42107366 GGGTGGGGGTTCCAGCAGCAGGGGAGGT G 0.500000 0.100 1 -27 5 403 86 317 49 0 8 0 29 0 1 303 1 12 0.5698 0.0000 0.0442 9.750 0.69 15.66 -14.96 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3808 0.5412 0.0780 1 1 0.3797 0.5377 0.0827 1 1 0.3776 0.5333 0.0891
chr6 43012970 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 374 62 312 37 0 2 0 23 0 0 312 0 0 0.5968 0.0000 0.0000 30.000 0.54 4.17 -3.63 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5772 0.3868 0.0360 1 0 0.5679 0.3927 0.0394 1 0 0.5551 0.4006 0.0444
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 330 107 223 54 0 10 0 43 0 0 219 0 4 0.5047 0.0000 0.0179 9.700 0.52 5.86 -5.34 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3461 0.5675 0.0864 1 1 0.3465 0.5622 0.0913 1 1 0.3465 0.5556 0.0979
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 724 173 551 28 4 99 0 42 0 0 521 1 29 0.1618 0.0000 0.0544 0.727 15.25 6.19 9.06 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0003 0.0546 0.9451 1 2 0.0004 0.0610 0.9386 1 2 0.0006 0.0708 0.9287
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 30 2 724 173 551 28 7 112 0 26 0 0 523 1 27 0.1618 0.0000 0.0508 0.527 15.25 1.23 14.02 6 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0104 0.2658 0.7238 1 2 0.0120 0.2751 0.7129 1 2 0.0146 0.2879 0.6975
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 729 213 516 93 2 73 0 45 0 0 510 0 6 0.4366 0.0000 0.0116 1.918 3.41 10.44 -7.04 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9500 0.0498 0.0002 1 0 0.9443 0.0555 0.0002 1 0 0.9355 0.0641 0.0003
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.100 1 45 5 312 107 205 6 0 19 0 82 0 0 205 0 0 0.0561 0.0000 0.0000 4.632 0.17 0.70 -0.53 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9082 0.0918 2 2 0.0000 0.4679 0.5321
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 702 129 573 55 4 32 0 38 0 0 563 1 9 0.4264 0.0000 0.0175 3.031 2.40 3.87 -1.47 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4457 0.5043 0.0500 1 1 0.4431 0.5028 0.0541 1 1 0.4390 0.5010 0.0599
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 101 43 58 26 1 2 0 14 0 0 58 0 0 0.6047 0.0000 0.0000 20.500 0.19 3.29 -3.09 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5670 0.3884 0.0446 1 0 0.5569 0.3947 0.0484 1 0 0.5432 0.4031 0.0537
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 782 194 588 22 0 8 2 162 0 0 582 0 6 0.1134 0.0000 0.0102 23.250 0.32 3.20 -2.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9972 0.0028
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 873 218 655 100 1 14 0 103 0 0 652 0 3 0.4587 0.0000 0.0046 14.571 0.16 3.06 -2.90 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0783 0.7102 0.2116 1 1 0.0844 0.6959 0.2196 1 1 0.0928 0.6775 0.2296
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 606 239 367 127 1 35 0 76 0 0 359 0 8 0.5314 0.0000 0.0218 5.829 0.18 14.51 -14.33 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9318 0.0680 0.0002 1 0 0.9258 0.0739 0.0002 1 0 0.9169 0.0828 0.0003
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 364 134 230 0 0 4 0 130 0 0 226 0 4 0.0000 0.0000 0.0174 32.500 4.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 231 79 152 44 0 5 0 30 0 0 152 0 0 0.5570 0.0000 0.0000 14.800 0.14 9.43 -9.30 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5618 0.4032 0.0350 1 0 0.5537 0.4079 0.0384 1 0 0.5424 0.4143 0.0433
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 327 138 189 0 0 12 12 114 0 0 187 0 2 0.0000 0.0000 0.0106 10.500 3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 764 245 519 6 27 12 101 99 0 0 518 0 1 0.0245 0.0000 0.0019 21.857 4.50 5.71 -1.21 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9961 0.0039
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 764 236 528 85 11 17 87 36 0 0 528 0 0 0.3602 0.0000 0.0000 13.455 3.00 8.50 -5.50 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1405 0.6977 0.1618 1 1 0.1471 0.6842 0.1687 1 1 0.1557 0.6668 0.1775
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 763 238 525 84 19 83 26 26 0 0 525 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 9.929 3.01 7.19 -4.18 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9957 0.0043 0.0000 1 0 0.9946 0.0054 0.0000 1 0 0.9928 0.0072 0.0000
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 280 85 195 0 1 2 1 81 0 0 186 1 8 0.0000 0.0000 0.0462 41.500 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0292 0.9708 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0198 0.9802
chr7 5313004 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 730 74 656 27 6 16 3 22 0 1 655 0 0 0.3649 0.0000 0.0015 3.562 2.00 3.59 -1.59 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4404 0.4841 0.0756 1 1 0.4354 0.4847 0.0800 1 1 0.4284 0.4855 0.0861
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 669 207 462 19 0 36 7 145 0 0 462 0 0 0.0918 0.0000 0.0000 4.750 0.11 3.48 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9920 0.0080
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 506 122 384 106 0 8 1 7 0 0 384 0 0 0.8689 0.0000 0.0000 14.125 0.19 2.86 -2.67 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0808 0.9192 0.0000 0 0 0.6044 0.3956 0.0000
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 543 124 419 100 2 16 0 6 2 2 415 0 0 0.8065 0.0048 0.0095 7.200 1.01 3.67 -2.66 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2565 0.7435 0.0000 0 0 0.7893 0.2107 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 124 53 71 44 4 0 0 5 0 0 71 0 0 0.8302 0.0000 0.0000 50.000 0.34 1.20 -0.86 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0520 0.9480 0.0000 0 1 0.2926 0.7074 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 511 124 387 59 0 3 0 62 0 0 386 0 1 0.4758 0.0000 0.0026 40.333 1.03 1.24 -0.21 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1161 0.6275 0.2564 1 1 0.1215 0.6182 0.2603 1 1 0.1287 0.6064 0.2649
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 176 44 132 20 0 1 0 23 0 0 132 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 43.000 0.05 3.43 -3.38 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1629 0.5417 0.2953 1 1 0.1665 0.5386 0.2949 1 1 0.1712 0.5346 0.2942
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 238 88 150 75 0 3 0 10 0 0 150 0 0 0.8523 0.0000 0.0000 28.333 0.20 3.30 -3.10 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0585 0.9415 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 200 78 122 40 0 1 0 37 0 0 122 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 77.000 0.23 3.03 -2.80 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2689 0.5828 0.1484 1 1 0.2706 0.5766 0.1528 1 1 0.2726 0.5688 0.1586
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 291 101 190 63 9 26 0 3 0 0 190 0 0 0.6238 0.0000 0.0000 2.885 0.27 3.00 -2.73 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0476 0.9524 0.0000 0 0 0.5992 0.4008 0.0000 0 0 0.8275 0.1725 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 431 147 284 68 0 0 0 79 0 0 284 0 0 0.4626 0.0000 0.0000 147.000 0.29 1.65 -1.35 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0453 0.5540 0.4008 1 1 0.0494 0.5487 0.4019 1 1 0.0553 0.5423 0.4024
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 844 228 616 0 0 11 1 216 0 0 607 0 9 0.0000 0.0000 0.0146 19.727 3.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 598 140 458 66 0 13 1 60 0 0 454 0 4 0.4714 0.0000 0.0087 9.692 0.74 3.63 -2.89 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.6531 0.1519 1 1 0.2003 0.6421 0.1576 1 1 0.2070 0.6282 0.1649
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 480 209 271 126 6 73 0 4 0 0 271 0 0 0.6029 0.0000 0.0000 1.863 1.14 4.00 -2.86 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1038 0.8962 0.0000 0 0 0.9117 0.0883 0.0000 0 0 0.9789 0.0211 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 668 228 440 120 1 4 0 103 0 0 439 0 1 0.5263 0.0000 0.0023 56.000 0.39 4.07 -3.68 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4645 0.5195 0.0160 1 1 0.4679 0.5137 0.0183 1 1 0.4709 0.5072 0.0219
chr7 100088992 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 4 367 178 189 84 3 13 1 77 0 0 184 1 4 0.4719 0.0000 0.0265 12.692 0.24 3.09 -2.85 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2207 0.6801 0.0992 1 1 0.2272 0.6675 0.1053 1 1 0.2351 0.6514 0.1135
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.100 1 -7 1 537 153 384 146 0 3 0 4 0 0 384 0 0 0.9542 0.0000 0.0000 50.000 0.31 7.25 -6.94 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1902 0.8098 0.0000 0 0 0.9540 0.0460 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 555 161 394 67 0 7 0 87 0 0 393 0 1 0.4161 0.0000 0.0025 22.000 0.16 3.21 -3.04 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0103 0.3474 0.6424 1 2 0.0119 0.3519 0.6362 1 2 0.0145 0.3584 0.6271
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 750 176 574 153 0 11 1 11 0 0 574 0 0 0.8693 0.0000 0.0000 15.000 0.69 4.09 -3.40 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 1 0.4334 0.5666 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 572 175 397 0 1 19 0 155 0 0 395 1 1 0.0000 0.0000 0.0050 8.158 14.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 240 88 152 5 0 1 0 82 0 0 148 0 4 0.0568 0.0000 0.0263 87.000 0.00 3.02 -3.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.7366 0.2634 2 2 0.0000 0.2761 0.7239
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 976 270 706 13 1 40 8 208 0 0 702 1 3 0.0481 0.0000 0.0057 5.725 0.08 3.22 -3.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9708 0.0292 2 2 0.0000 0.1335 0.8665
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1519 363 1156 16 0 22 0 325 0 0 1155 1 0 0.0441 0.0000 0.0009 15.500 0.38 1.61 -1.23 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.6698 0.3302 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 695 155 540 12 0 6 0 137 0 0 533 0 7 0.0774 0.0000 0.0130 24.833 0.08 4.13 -4.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.6713 0.3287
chr7 144318430 CTGTT C 0.500000 0.100 1 -4 1 1251 747 504 718 0 14 0 15 0 0 504 0 0 0.9612 0.0000 0.0000 52.357 1.17 4.13 -2.97 148 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9630 0.0370 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 206 57 149 29 0 2 0 26 0 0 148 0 1 0.5088 0.0000 0.0067 27.500 0.83 4.58 -3.75 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2610 0.5634 0.1756 1 1 0.2622 0.5587 0.1791 1 1 0.2636 0.5527 0.1837
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 753 199 554 101 0 4 0 94 0 0 551 0 3 0.5075 0.0000 0.0054 48.750 0.81 1.16 -0.35 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1998 0.7098 0.0904 1 1 0.2076 0.6956 0.0969 1 1 0.2172 0.6773 0.1055
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 651 145 506 47 2 2 1 93 0 1 502 0 3 0.3241 0.0000 0.0079 71.500 0.55 1.48 -0.93 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0371 0.9628 1 2 0.0001 0.0419 0.9580 1 2 0.0002 0.0492 0.9506
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.100 1 -12 2 741 227 514 203 1 8 0 15 0 0 514 0 0 0.8943 0.0000 0.0000 27.375 0.67 12.80 -12.13 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 0 0.5714 0.4286 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 474 80 394 1 0 2 8 69 0 2 370 7 15 0.0125 0.0000 0.0609 39.000 4.00 8.36 -4.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1669 0.8331 2 2 0.0000 0.0455 0.9545 2 2 0.0000 0.0269 0.9731
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 476 80 396 0 0 4 7 69 0 1 371 9 15 0.0000 0.0000 0.0631 37.500 8.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0079 0.9921
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 480 80 400 0 0 6 0 74 0 1 351 18 30 0.0000 0.0000 0.1225 18.500 8.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 522 180 342 17 1 0 0 162 0 1 340 0 1 0.0944 0.0000 0.0058 179.000 0.18 1.60 -1.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9707 0.0293
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 365 92 273 40 0 1 0 51 0 0 272 0 1 0.4348 0.0000 0.0037 91.000 0.20 3.02 -2.82 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0452 0.4666 0.4881 1 2 0.0491 0.4676 0.4833 1 2 0.0546 0.4690 0.4764
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 213 112 101 42 0 10 0 60 0 0 97 0 4 0.3750 0.0000 0.0396 10.200 0.76 6.18 -5.42 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0120 0.3073 0.6807 1 2 0.0139 0.3162 0.6699 1 2 0.0170 0.3284 0.6546
chr8 1678294 T TCAC 0.045336 0.100 1 3 1 463 133 330 121 0 6 0 6 0 0 330 0 0 0.9098 0.0000 0.0000 21.167 0.09 2.83 -2.74 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0160 0.9840 0.0000 0 0 0.9372 0.0628 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr8 7319799 TG T 0.006394 0.100 1 -1 3 199 82 117 36 0 0 0 46 0 0 117 0 0 0.4390 0.0000 0.0000 82.000 0.33 1.02 -0.69 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1960 0.7948 0.0092 1 1 0.2071 0.7839 0.0090 1 1 0.2221 0.7692 0.0087
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 808 194 614 80 0 22 2 90 0 0 609 0 5 0.4124 0.0000 0.0081 7.818 0.65 5.99 -5.34 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0157 0.4417 0.5426 1 2 0.0179 0.4405 0.5416 1 2 0.0211 0.4399 0.5390
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 680 111 569 46 0 20 1 44 0 0 567 0 2 0.4144 0.0000 0.0035 4.550 1.09 6.52 -5.44 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1932 0.6126 0.1942 1 1 0.1977 0.6044 0.1979 1 1 0.2035 0.5939 0.2025
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 299 98 201 92 1 2 0 3 0 0 201 0 0 0.9388 0.0000 0.0000 48.000 0.70 3.00 -2.30 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1488 0.8512 0.0000 0 0 0.8367 0.1633 0.0000 0 0 0.9410 0.0590 0.0000
chr8 9556332 CTCT C 0.000007 0.100 1 -3 2 992 227 765 131 1 12 2 81 1 0 762 0 2 0.5771 0.0013 0.0039 17.750 0.21 3.11 -2.90 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9766 0.0234 0.0000 1 0 0.9741 0.0259 0.0000 1 0 0.9702 0.0298 0.0000
chr8 10608493 GCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTC G 0.100122 0.100 1 -21 2 818 182 636 99 0 23 1 59 6 5 579 2 44 0.5440 0.0094 0.0896 6.913 1.22 16.02 -14.79 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2973 0.6855 0.0171 1 1 0.3111 0.6705 0.0184 1 1 0.3287 0.6512 0.0201
chr8 11808709 G GTCCCACTCCCAC 0.014168 0.100 1 12 1 597 245 352 92 5 54 0 94 0 0 341 0 11 0.3755 0.0000 0.0312 3.604 6.07 8.33 -2.26 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1460 0.8446 0.0094 1 1 0.1594 0.8309 0.0097 1 1 0.1778 0.8121 0.0100
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 597 264 333 115 0 44 1 104 1 0 332 0 0 0.4356 0.0030 0.0030 4.977 6.89 5.60 1.29 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0550 0.8560 0.0890 1 1 0.0564 0.8441 0.0995 1 1 0.0579 0.8276 0.1144
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 374 142 232 79 0 7 1 55 0 0 228 0 4 0.5563 0.0000 0.0172 19.286 0.06 7.64 -7.57 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7170 0.2786 0.0044 1 0 0.7125 0.2824 0.0051 1 0 0.7058 0.2881 0.0061
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.100 1 -1 2 264 113 151 61 1 2 0 49 0 0 151 0 0 0.5398 0.0000 0.0000 55.500 0.25 3.16 -2.92 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5798 0.4003 0.0200 1 0 0.5766 0.4015 0.0219 1 0 0.5716 0.4036 0.0248
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 610 212 398 192 0 3 0 17 0 0 397 0 1 0.9057 0.0000 0.0025 69.667 0.38 3.65 -3.27 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1481 0.8519 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.100 1 16 1 277 91 186 43 1 14 1 32 0 0 179 0 7 0.4725 0.0000 0.0376 5.357 0.42 9.94 -9.52 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2876 0.5822 0.1302 1 1 0.2891 0.5760 0.1349 1 1 0.2905 0.5683 0.1412
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 207 78 129 75 0 0 0 3 0 0 129 0 0 0.9615 0.0000 0.0000 78.000 0.25 4.33 -4.08 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0549 0.9451 0.0000 0 0 0.6345 0.3655 0.0000 0 0 0.8473 0.1527 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 732 248 484 130 1 10 1 106 0 0 484 0 0 0.5242 0.0000 0.0000 23.800 2.58 17.55 -14.96 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6235 0.3712 0.0054 1 0 0.6220 0.3716 0.0064 1 0 0.6186 0.3733 0.0081
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 307 142 165 135 0 1 0 6 0 0 165 0 0 0.9507 0.0000 0.0000 141.000 0.24 3.67 -3.42 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5877 0.4123 0.0000 0 0 0.9370 0.0630 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 505 126 379 0 1 22 16 87 0 0 374 3 2 0.0000 0.0000 0.0132 4.727 4.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0101 0.9899
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1024 240 784 4 0 38 0 198 0 0 756 1 27 0.0167 0.0000 0.0357 5.316 0.25 11.40 -11.15 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0679 0.9321 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 1368 257 1111 197 3 5 6 46 0 0 1108 1 2 0.7665 0.0000 0.0027 49.800 1.23 3.35 -2.11 51 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9924 0.0076 0.0000 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 1370 259 1111 126 72 10 5 46 0 0 1106 0 5 0.4865 0.0000 0.0045 29.857 1.13 3.28 -2.15 16 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.5215 0.4785 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 340 98 242 0 3 20 1 74 0 0 230 0 12 0.0000 0.0000 0.0496 3.947 6.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0165 0.9835 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0191 0.9809
chr9 12775862 T TGGTGGC 0.500000 0.100 1 6 2 340 98 242 13 3 7 56 19 0 0 230 2 10 0.1327 0.0000 0.0496 14.833 0.00 5.16 -5.16 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 3 582 137 445 61 2 18 0 56 0 0 443 0 2 0.4453 0.0000 0.0045 6.611 0.85 3.50 -2.65 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2803 0.6163 0.1034 1 1 0.2836 0.6077 0.1087 1 1 0.2873 0.5968 0.1159
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 713 181 532 102 0 3 2 74 0 0 528 2 2 0.5635 0.0000 0.0075 59.333 0.16 2.23 -2.07 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6386 0.3532 0.0082 1 0 0.6338 0.3565 0.0097 1 0 0.6264 0.3616 0.0119
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 230 111 119 65 0 0 1 45 0 0 118 0 1 0.5856 0.0000 0.0084 110.000 0.18 3.04 -2.86 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6284 0.3548 0.0168 1 0 0.6204 0.3605 0.0191 1 0 0.6091 0.3684 0.0225
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 416 124 292 66 0 3 0 55 0 0 284 0 8 0.5323 0.0000 0.0274 40.333 0.05 13.65 -13.61 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2300 0.6432 0.1269 1 1 0.2347 0.6328 0.1325 1 1 0.2404 0.6197 0.1399
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 730 136 594 45 0 9 0 82 0 0 585 0 9 0.3309 0.0000 0.0152 14.111 0.22 10.10 -9.88 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0392 0.9607 1 2 0.0001 0.0442 0.9556 1 2 0.0002 0.0519 0.9479
chr9 83956213 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 348 119 229 64 0 1 0 54 0 0 229 0 0 0.5378 0.0000 0.0000 118.000 0.45 1.17 -0.71 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4062 0.5378 0.0560 1 1 0.4056 0.5341 0.0603 1 1 0.4040 0.5295 0.0665
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 456 106 350 52 0 2 0 52 0 0 346 0 4 0.4906 0.0000 0.0114 52.000 0.62 3.25 -2.63 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1211 0.6114 0.2676 1 1 0.1262 0.6031 0.2706 1 1 0.1331 0.5928 0.2741
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 211 60 151 27 1 1 0 31 0 0 147 1 3 0.4500 0.0000 0.0265 59.000 0.22 3.81 -3.58 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0957 0.5214 0.3829 1 1 0.1003 0.5195 0.3802 1 1 0.1065 0.5172 0.3763
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 311 81 230 2 0 20 5 54 0 0 226 2 2 0.0247 0.0000 0.0174 3.050 2.50 3.93 -1.43 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7741 0.2259 2 2 0.0000 0.2658 0.7342 2 2 0.0000 0.1453 0.8547
chr9 92474742 C CTCATCA 0.500000 0.100 1 6 2 311 81 230 2 0 53 0 26 0 0 226 1 3 0.0247 0.0000 0.0174 0.549 2.50 5.54 -3.04 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9487 0.0513 2 1 0.0000 0.6529 0.3471 2 2 0.0000 0.4570 0.5430
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 456 190 266 93 2 3 0 92 0 0 266 0 0 0.4895 0.0000 0.0000 62.333 0.31 8.78 -8.47 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1897 0.7055 0.1048 1 1 0.1971 0.6916 0.1114 1 1 0.2063 0.6736 0.1202
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 605 214 391 92 0 1 0 121 0 0 386 0 5 0.4299 0.0000 0.0128 213.000 0.39 3.23 -2.84 30 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1613 0.8378 1 2 0.0012 0.1683 0.8306 1 2 0.0016 0.1785 0.8199
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 907 136 771 48 2 39 1 46 1 0 764 1 5 0.3529 0.0013 0.0091 2.462 0.98 6.02 -5.04 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1685 0.6226 0.2088 1 1 0.1733 0.6137 0.2130 1 1 0.1795 0.6023 0.2182
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 440 104 336 15 0 0 0 89 0 0 336 0 0 0.1442 0.0000 0.0000 104.000 0.13 2.72 -2.59 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 720 133 587 17 1 1 0 114 0 0 586 0 1 0.1278 0.0000 0.0017 132.000 0.06 5.01 -4.95 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9974 0.0026
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 680 159 521 24 0 1 2 132 0 0 520 0 1 0.1509 0.0000 0.0019 158.000 0.00 2.84 -2.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr9 110048735 TCCCCCGGAGTCTCCTGGA T 0.500000 0.100 1 -18 2 186 73 113 48 0 3 0 22 0 0 109 0 4 0.6575 0.0000 0.0354 23.333 0.48 16.59 -16.11 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7476 0.2428 0.0095 1 0 0.7359 0.2530 0.0111 1 0 0.7194 0.2670 0.0136
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 282 107 175 0 0 2 1 104 0 0 171 0 4 0.0000 0.0000 0.0229 52.000 4.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0050 0.9950
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 447 98 349 6 0 15 0 77 0 0 347 0 2 0.0612 0.0000 0.0057 5.533 0.17 6.27 -6.11 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9200 0.0800 2 1 0.0000 0.5044 0.4956
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.100 1 1 1 1239 266 973 225 2 24 0 15 0 0 973 0 0 0.8459 0.0000 0.0000 10.042 0.25 1.00 -0.75 97 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0104 0.9896 0.0000 0 0 0.8041 0.1959 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 531 131 400 110 0 13 0 8 0 0 400 0 0 0.8397 0.0000 0.0000 9.077 0.85 1.62 -0.78 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0485 0.9515 0.0000 0 0 0.5546 0.4454 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 585 195 390 0 0 2 1 192 0 0 384 0 6 0.0000 0.0000 0.0154 96.500 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 432 126 306 47 4 30 2 43 0 0 301 1 4 0.3730 0.0000 0.0163 3.200 0.79 3.72 -2.93 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2111 0.6196 0.1693 1 1 0.2151 0.6109 0.1740 1 1 0.2202 0.5998 0.1801
chr9 133255669 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 558 142 416 19 1 1 0 121 0 0 415 0 1 0.1338 0.0000 0.0024 141.000 1.00 2.32 -1.32 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 271 122 149 6 0 0 0 116 0 0 148 0 1 0.0492 0.0000 0.0067 122.000 2.33 1.21 1.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6319 0.3681 2 2 0.0000 0.1385 0.8615
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 271 122 149 6 0 0 0 116 0 0 148 0 1 0.0492 0.0000 0.0067 122.000 2.33 1.21 1.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6319 0.3681 2 2 0.0000 0.1385 0.8615
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 250 97 153 49 0 2 0 46 0 0 153 0 0 0.5052 0.0000 0.0000 47.500 0.27 2.22 -1.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2552 0.6040 0.1408 1 1 0.2580 0.5963 0.1457 1 1 0.2614 0.5866 0.1521
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 442 119 323 11 1 2 0 105 0 0 323 0 0 0.0924 0.0000 0.0000 58.500 0.55 1.36 -0.82 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9040 0.0960
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 593 177 416 127 1 26 0 23 1 0 413 0 2 0.7175 0.0024 0.0072 5.769 0.33 2.96 -2.63 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 263 139 124 88 4 32 0 15 0 0 124 0 0 0.6331 0.0000 0.0000 3.344 0.40 3.33 -2.94 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0057 0.9943 0.0000
chr10 19352230 GC G 0.000697 0.100 1 -1 1 149 67 82 63 0 1 0 3 0 0 82 0 0 0.9403 0.0000 0.0000 66.000 1.27 7.33 -6.06 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9787 0.0213 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 212 93 119 10 0 1 1 81 0 0 116 0 3 0.1075 0.0000 0.0252 92.000 0.00 4.05 -4.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9770 0.0230
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 842 218 624 1 0 24 1 192 0 0 613 0 11 0.0046 0.0000 0.0176 8.083 19.00 5.58 13.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 653 133 520 120 0 5 0 8 0 0 519 0 1 0.9023 0.0000 0.0019 25.600 0.19 4.12 -3.93 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0731 0.9269 0.0000 0 0 0.7493 0.2507 0.0000
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.100 1 -2 1 287 126 161 120 0 0 0 6 0 0 161 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 126.000 0.14 2.17 -2.02 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0586 0.9414 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 532 137 395 78 0 6 2 51 0 0 394 0 1 0.5693 0.0000 0.0025 21.833 0.44 1.37 -0.94 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7864 0.2101 0.0035 1 0 0.7787 0.2172 0.0041 1 0 0.7675 0.2273 0.0052
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.100 1 -1 1 666 167 499 117 1 2 0 47 0 0 499 0 0 0.7006 0.0000 0.0000 82.500 0.34 1.45 -1.10 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.9975 0.0025 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr10 49988921 AC A 0.048828 0.100 1 -1 1 667 206 461 130 2 2 0 72 0 0 460 0 1 0.6311 0.0000 0.0022 101.500 0.45 2.46 -2.00 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9915 0.0085 0.0000 1 0 0.9901 0.0099 0.0000 1 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.100 1 -6 1 777 186 591 169 0 6 0 11 0 0 591 0 0 0.9086 0.0000 0.0000 30.000 0.19 5.64 -5.45 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5094 0.4906 0.0000 0 0 0.9884 0.0116 0.0000
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.100 1 1 1 173 67 106 61 0 3 0 3 0 0 106 0 0 0.9104 0.0000 0.0000 21.333 0.33 1.33 -1.01 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7870 0.2130 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 379 86 293 59 0 22 1 4 0 0 293 0 0 0.6860 0.0000 0.0000 2.909 0.29 3.75 -3.46 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3302 0.6698 0.0000 0 0 0.7870 0.2130 0.0000
chr10 77637505 A AGAG 0.003648 0.100 1 3 2 1018 257 761 111 6 42 1 97 2 1 756 1 1 0.4319 0.0026 0.0066 5.071 1.07 3.36 -2.29 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7125 0.2875 0.0000 1 0 0.7134 0.2865 0.0001 1 0 0.7136 0.2863 0.0001
chr10 80081665 C CAA 0.055364 0.100 1 2 1 214 25 189 1 0 10 3 11 0 0 186 2 1 0.0400 0.0000 0.0159 1.875 0.00 2.45 -2.45 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0008 0.9840 0.0152 2 1 0.0009 0.9552 0.0439 2 1 0.0011 0.9352 0.0637
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 624 132 492 122 1 3 0 6 0 0 492 0 0 0.9242 0.0000 0.0000 43.000 0.24 4.00 -3.76 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 0 0.6951 0.3049 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 650 207 443 98 0 29 0 80 0 0 435 0 8 0.4734 0.0000 0.0181 6.138 1.15 6.65 -5.50 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3598 0.6003 0.0399 1 1 0.3653 0.5910 0.0438 1 1 0.3714 0.5794 0.0492
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 350 85 265 48 0 7 0 30 0 0 261 0 4 0.5647 0.0000 0.0151 11.143 0.90 5.37 -4.47 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5660 0.4021 0.0319 1 0 0.5587 0.4062 0.0350 1 0 0.5485 0.4119 0.0396
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 203 80 123 2 0 3 1 74 0 0 118 0 5 0.0250 0.0000 0.0407 25.667 0.00 3.03 -3.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3557 0.6443 2 2 0.0000 0.0559 0.9441 2 2 0.0000 0.0277 0.9723
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 379 155 224 0 0 18 0 137 0 0 224 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.611 2.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 705 143 562 78 0 12 1 52 0 0 546 0 16 0.5455 0.0000 0.0285 10.833 1.24 13.92 -12.68 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5080 0.4800 0.0120 1 0 0.5123 0.4748 0.0129 1 0 0.5170 0.4687 0.0143
chr10 128107489 T TGCTGGG 0.001110 0.100 1 6 1 1072 252 820 225 1 13 0 13 1 0 816 0 3 0.8929 0.0012 0.0049 19.917 0.50 5.00 -4.50 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7589 0.2411 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 699 153 546 139 0 8 0 6 0 0 546 0 0 0.9085 0.0000 0.0000 18.125 0.33 3.50 -3.17 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.7696 0.2304 0.0000 0 0 0.9720 0.0280 0.0000
chr11 502129 ACTGGATGTCCAGGCT A 0.120821 0.100 1 -15 1 190 95 95 48 0 13 0 34 0 0 92 0 3 0.5053 0.0000 0.0316 6.308 0.19 13.59 -13.40 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6267 0.3635 0.0097 1 0 0.6238 0.3657 0.0105 1 0 0.6194 0.3689 0.0117
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 259 96 163 0 0 1 2 93 0 0 163 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 95.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0100 0.9900 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 547 182 365 163 1 12 0 6 0 0 365 0 0 0.8956 0.0000 0.0000 14.167 0.40 1.67 -1.26 81 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0502 0.9498 0.0000 0 0 0.9753 0.0247 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.100 1 -24 1 3643 894 2749 440 12 245 8 189 4 8 2736 0 1 0.4922 0.0015 0.0047 2.612 2.53 13.42 -10.89 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1074 203 871 67 2 78 0 56 0 0 870 0 1 0.3300 0.0000 0.0011 1.603 0.67 7.30 -6.63 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4263 0.5268 0.0469 1 1 0.4246 0.5242 0.0513 1 1 0.4214 0.5212 0.0574
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.100 1 -30 1 939 245 694 105 5 76 1 58 0 0 674 0 20 0.4286 0.0000 0.0288 2.197 0.69 11.52 -10.83 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8862 0.1136 0.0002 1 0 0.8811 0.1187 0.0002 1 0 0.8737 0.1260 0.0003
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 525 139 386 102 1 27 0 9 0 1 381 0 4 0.7338 0.0000 0.0130 4.148 1.95 11.22 -9.27 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1080 0.8920 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 359 103 256 0 0 2 0 101 0 0 255 0 1 0.0000 0.0000 0.0039 50.500 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 657 227 430 21 0 7 0 199 0 0 430 0 0 0.0925 0.0000 0.0000 31.429 0.00 1.27 -1.27 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9782 0.0218
chr11 4546129 AATGAAGATT A 0.500000 0.100 1 -9 3 377 100 277 94 0 0 0 6 0 0 277 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 100.000 0.41 9.00 -8.59 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1553 0.8447 0.0000 0 0 0.6705 0.3295 0.0000
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 225 106 119 97 0 2 0 7 0 0 119 0 0 0.9151 0.0000 0.0000 52.000 0.11 2.00 -1.89 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0687 0.9313 0.0000 0 0 0.5535 0.4465 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 621 159 462 147 1 3 0 8 0 0 462 0 0 0.9245 0.0000 0.0000 52.000 0.56 3.88 -3.32 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2461 0.7539 0.0000 0 0 0.8859 0.1141 0.0000
chr11 4924126 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 1 372 87 285 82 0 2 0 3 0 0 285 0 0 0.9425 0.0000 0.0000 42.500 0.13 2.00 -1.87 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0769 0.9231 0.0000 0 0 0.7114 0.2886 0.0000 0 0 0.8863 0.1137 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 809 223 586 30 1 3 1 188 0 0 584 0 2 0.1345 0.0000 0.0034 73.333 0.53 1.96 -1.43 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 451 115 336 58 0 2 1 54 0 0 336 0 0 0.5043 0.0000 0.0000 56.500 0.98 2.13 -1.15 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2418 0.6249 0.1333 1 1 0.2456 0.6158 0.1386 1 1 0.2502 0.6042 0.1456
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1168 281 887 114 0 11 0 156 0 0 875 0 12 0.4057 0.0000 0.0135 24.545 0.18 5.84 -5.66 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0364 0.9636 1 2 0.0000 0.0401 0.9598 1 2 0.0001 0.0459 0.9540
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 826 189 637 93 0 8 0 88 0 0 637 0 0 0.4921 0.0000 0.0000 22.625 0.24 1.60 -1.37 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2309 0.6834 0.0857 1 1 0.2377 0.6706 0.0917 1 1 0.2460 0.6542 0.0998
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1304 305 999 160 0 23 0 122 0 0 994 0 5 0.5246 0.0000 0.0050 12.261 0.24 4.21 -3.98 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7624 0.2365 0.0011 1 0 0.7586 0.2400 0.0014 1 0 0.7522 0.2459 0.0019
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 554 153 401 0 0 3 0 150 0 0 399 0 2 0.0000 0.0000 0.0050 50.000 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 5788576 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 438 100 338 45 0 2 0 53 0 0 338 0 0 0.4500 0.0000 0.0000 49.000 0.09 2.23 -2.14 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0768 0.5485 0.3748 1 1 0.0815 0.5444 0.3741 1 1 0.0880 0.5394 0.3727
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 762 130 632 0 1 23 0 106 0 0 608 0 24 0.0000 0.0000 0.0380 4.652 8.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0029 0.9971
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 619 158 461 83 0 0 0 75 0 0 461 0 0 0.5253 0.0000 0.0000 158.000 0.45 1.40 -0.95 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3156 0.6198 0.0646 1 1 0.3197 0.6106 0.0696 1 1 0.3243 0.5991 0.0766
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 275 137 138 59 0 18 1 59 0 0 137 1 0 0.4307 0.0000 0.0072 6.611 0.39 3.71 -3.32 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1437 0.6380 0.2183 1 1 0.1491 0.6280 0.2229 1 1 0.1562 0.6153 0.2285
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 9 1 579 168 411 93 5 59 0 11 0 0 411 0 0 0.5536 0.0000 0.0000 1.847 1.82 9.18 -7.36 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0916 0.9084 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 191 76 115 45 0 1 0 30 0 0 115 0 0 0.5921 0.0000 0.0000 75.000 0.22 3.13 -2.91 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5867 0.3833 0.0300 1 0 0.5780 0.3889 0.0331 1 0 0.5658 0.3965 0.0377
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.100 1 -12 1 325 79 246 43 0 3 0 33 0 0 242 0 4 0.5443 0.0000 0.0163 25.333 0.19 10.21 -10.03 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3404 0.5560 0.1036 1 1 0.3400 0.5517 0.1084 1 1 0.3390 0.5462 0.1148
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 238 108 130 99 1 4 0 4 0 0 130 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 26.000 0.31 7.50 -7.19 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0220 0.9780 0.0000 0 0 0.6755 0.3245 0.0000 0 0 0.9074 0.0926 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 733 232 501 97 0 9 0 126 0 0 498 0 3 0.4181 0.0000 0.0060 24.778 0.16 3.67 -3.51 29 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0014 0.2023 0.7963 1 2 0.0018 0.2085 0.7897 1 2 0.0024 0.2177 0.7798
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1072 229 843 93 0 3 0 133 0 0 840 0 3 0.4061 0.0000 0.0036 75.333 0.16 2.42 -2.26 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0797 0.9201 1 2 0.0003 0.0858 0.9140 1 2 0.0004 0.0948 0.9048
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.100 1 -4 1 1120 272 848 241 0 16 0 15 0 0 848 0 0 0.8860 0.0000 0.0000 16.000 0.28 4.13 -3.85 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.8877 0.1123 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 100 42 58 28 0 0 0 14 0 0 57 0 1 0.6667 0.0000 0.0172 42.000 0.04 2.21 -2.18 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5692 0.3875 0.0433 1 0 0.5592 0.3938 0.0470 1 0 0.5456 0.4022 0.0522
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 3 283 91 192 40 0 15 0 36 0 0 190 1 1 0.4396 0.0000 0.0104 5.429 0.88 6.22 -5.35 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2501 0.5888 0.1611 1 1 0.2525 0.5822 0.1654 1 1 0.2552 0.5739 0.1709
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 317 109 208 1 1 15 5 87 0 0 206 1 1 0.0092 0.0000 0.0096 6.714 0.00 4.24 -4.24 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3720 0.6280 2 2 0.0000 0.0685 0.9315 2 2 0.0000 0.0355 0.9645
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 925 169 756 8 0 32 5 124 0 0 702 0 54 0.0473 0.0000 0.0714 4.250 0.38 6.47 -6.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 2 0.0000 0.3501 0.6499 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr11 71565608 C CAGAGGCTGTGGCTCCGGCTGT 0.500000 0.100 1 21 2 841 158 683 36 7 20 5 90 0 0 618 2 63 0.2278 0.0000 0.0952 7.158 1.58 5.14 -3.56 28 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.1837 0.8163 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 925 262 663 0 0 2 0 260 0 0 662 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 130.000 2.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 365 168 197 155 0 6 0 7 0 0 197 0 0 0.9226 0.0000 0.0000 27.000 0.19 15.71 -15.52 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.5716 0.4284 0.0000 0 0 0.9539 0.0461 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 132 57 75 23 0 0 0 34 0 0 75 0 0 0.4035 0.0000 0.0000 57.000 0.04 2.91 -2.87 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0564 0.4441 0.4995 1 2 0.0605 0.4471 0.4924 1 2 0.0663 0.4511 0.4826
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 553 164 389 150 0 7 0 7 0 0 387 0 2 0.9146 0.0000 0.0051 22.429 0.24 3.71 -3.47 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1101 0.8899 0.0000 0 0 0.8180 0.1820 0.0000
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 457 35 422 17 0 0 0 18 0 0 422 0 0 0.4857 0.0000 0.0000 35.000 0.12 1.50 -1.38 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2066 0.5416 0.2518 1 1 0.2089 0.5384 0.2527 1 1 0.2118 0.5345 0.2537
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1160 330 830 0 4 74 7 245 0 0 828 1 1 0.0000 0.0000 0.0024 3.392 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 804 255 549 28 0 32 0 195 0 0 549 0 0 0.1098 0.0000 0.0000 6.969 0.68 10.17 -9.50 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 269 97 172 58 0 3 0 36 0 0 172 0 0 0.5979 0.0000 0.0000 31.333 0.17 7.89 -7.72 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7294 0.2613 0.0093 1 0 0.7186 0.2705 0.0109 1 0 0.7035 0.2832 0.0133
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 409 145 264 123 1 15 0 6 0 0 264 0 0 0.8483 0.0000 0.0000 8.667 0.46 5.00 -4.54 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4514 0.5486 0.0000 0 0 0.8972 0.1028 0.0000
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 466 143 323 65 9 21 1 47 2 0 317 1 3 0.4545 0.0062 0.0186 5.810 0.86 4.11 -3.24 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7411 0.2528 0.0062 1 0 0.7316 0.2611 0.0073 1 0 0.7181 0.2727 0.0092
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 466 148 318 103 16 18 0 11 0 2 316 0 0 0.6959 0.0000 0.0063 7.647 1.57 3.64 -2.06 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0035 0.9965 0.0000 0 1 0.2373 0.7627 0.0000
chr12 165530 G GAGTGTAAGTCTTTGACAGCC 0.014581 0.100 1 20 1 379 91 288 40 0 22 0 29 0 0 279 0 9 0.4396 0.0000 0.0312 3.136 0.30 11.00 -10.70 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4484 0.5471 0.0045 1 1 0.4536 0.5418 0.0046 1 1 0.4600 0.5352 0.0047
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 331 121 210 11 0 2 1 107 0 0 210 0 0 0.0909 0.0000 0.0000 59.500 0.36 2.24 -1.88 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9395 0.0605
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 330 140 190 12 0 1 0 127 1 0 186 0 3 0.0857 0.0053 0.0211 139.000 0.33 2.19 -1.86 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.8371 0.1629
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 532 135 397 9 2 26 0 98 0 0 390 0 7 0.0667 0.0000 0.0176 4.192 0.11 3.02 -2.91 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.8999 0.1001
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 427 133 294 8 0 33 5 87 0 0 291 0 3 0.0602 0.0000 0.0102 3.030 0.75 3.20 -2.45 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9716 0.0284 2 1 0.0000 0.5715 0.4285
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 3560 810 2750 0 0 7 2 801 0 0 2725 0 25 0.0000 0.0000 0.0091 114.714 4.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 252 101 151 54 0 7 0 40 0 0 147 0 4 0.5347 0.0000 0.0265 13.429 0.17 4.22 -4.06 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4259 0.5147 0.0595 1 1 0.4234 0.5127 0.0638 1 1 0.4196 0.5104 0.0700
chr12 10806246 G GA 0.018640 0.100 1 1 2 549 134 415 74 1 8 2 49 0 0 415 0 0 0.5522 0.0000 0.0000 15.750 0.39 1.94 -1.55 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8536 0.1463 0.0001 1 0 0.8477 0.1522 0.0002 1 0 0.8393 0.1605 0.0002
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 289 133 156 0 0 5 4 124 0 0 153 0 3 0.0000 0.0000 0.0192 25.600 3.98 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr12 18282464 GCCC G 0.500000 0.100 1 -3 2 447 109 338 106 0 1 0 2 0 0 338 0 0 0.9725 0.0000 0.0000 108.000 0.21 3.00 -2.79 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7227 0.2773 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000 0 0 0.9794 0.0206 0.0000
chr12 40449704 CT C 0.008989 0.100 1 -1 1 143 81 62 78 0 0 0 3 0 0 62 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 81.000 0.04 1.00 -0.96 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8832 0.1168 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2288 901 1387 434 26 171 12 258 3 1 1376 1 6 0.4817 0.0022 0.0079 4.299 3.72 7.93 -4.21 136 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1517 284 1233 72 1 140 1 70 1 1 1181 0 50 0.2535 0.0008 0.0422 1.029 4.46 5.10 -0.64 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0485 0.9514 1 2 0.0001 0.0536 0.9463 1 2 0.0002 0.0613 0.9385
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 990 255 735 199 2 21 1 32 0 0 735 0 0 0.7804 0.0000 0.0000 11.143 0.60 10.00 -9.40 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1067 328 739 235 0 69 0 24 1 0 737 0 1 0.7165 0.0014 0.0027 3.754 0.34 13.62 -13.28 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1661 0.8339 0.0000
chr12 53938949 C CTTA 0.021360 0.100 1 3 2 287 90 197 51 0 2 0 37 0 0 193 0 4 0.5667 0.0000 0.0203 44.000 0.29 3.24 -2.95 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6256 0.3725 0.0019 1 0 0.6245 0.3734 0.0020 1 0 0.6226 0.3751 0.0022
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 290 58 232 31 0 0 0 27 0 0 231 0 1 0.5345 0.0000 0.0043 58.000 0.39 1.52 -1.13 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3754 0.5345 0.0902 1 1 0.3767 0.5307 0.0926 1 1 0.3781 0.5262 0.0958
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 331 77 254 46 0 0 0 31 0 0 253 0 1 0.5974 0.0000 0.0039 77.000 0.15 1.10 -0.94 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6028 0.3715 0.0257 1 0 0.5955 0.3762 0.0283 1 0 0.5854 0.3826 0.0320
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 128 70 58 0 0 3 0 67 0 0 57 0 1 0.0000 0.0000 0.0172 22.333 2.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0204 0.9796
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 336 91 245 6 0 1 0 84 0 0 239 0 6 0.0659 0.0000 0.0245 90.000 1.00 3.92 -2.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9071 0.0929 2 2 0.0000 0.4673 0.5327
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1031 314 717 0 0 28 3 283 0 0 714 1 2 0.0000 0.0000 0.0042 10.214 3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 156 78 78 58 3 8 0 9 0 0 77 0 1 0.7436 0.0000 0.0128 8.750 0.09 1.00 -0.91 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0737 0.9263 0.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 455 120 335 45 7 41 0 27 0 0 334 0 1 0.3750 0.0000 0.0030 1.927 0.38 3.15 -2.77 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7792 0.2141 0.0067 1 0 0.7676 0.2244 0.0079 1 0 0.7513 0.2388 0.0099
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 466 144 322 70 1 15 0 58 0 0 320 0 2 0.4861 0.0000 0.0062 8.600 0.26 3.16 -2.90 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4170 0.5354 0.0476 1 1 0.4168 0.5315 0.0517 1 1 0.4156 0.5269 0.0576
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 449 133 316 50 2 8 2 71 0 0 316 0 0 0.3759 0.0000 0.0000 15.625 0.74 3.85 -3.11 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0106 0.3120 0.6774 1 2 0.0122 0.3188 0.6689 1 2 0.0149 0.3283 0.6568
chr12 110582934 TCGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 360 152 208 114 7 24 0 7 0 0 208 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 5.435 0.75 3.57 -2.82 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1947 0.8053 0.0000 0 0 0.7970 0.2030 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 600 142 458 80 0 5 0 57 0 0 452 0 6 0.5634 0.0000 0.0131 27.400 0.28 9.02 -8.74 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5611 0.4196 0.0193 1 0 0.5568 0.4214 0.0218 1 0 0.5501 0.4244 0.0256
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 648 184 464 0 0 22 7 155 0 0 463 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 7.318 4.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 229 93 136 0 0 2 0 91 0 0 136 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 45.500 2.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 370 123 247 0 1 6 0 116 0 0 236 0 11 0.0000 0.0000 0.0445 19.333 5.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 315 84 231 0 0 7 0 77 0 0 221 0 10 0.0000 0.0000 0.0433 11.000 11.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 604 185 419 153 3 19 0 10 0 0 419 0 0 0.8270 0.0000 0.0000 9.111 0.25 2.20 -1.95 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0585 0.9415 0.0000 0 0 0.7658 0.2342 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 707 181 526 1 0 23 0 157 0 0 506 0 20 0.0055 0.0000 0.0380 6.870 0.00 7.75 -7.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 253 107 146 3 1 36 2 65 0 0 144 0 2 0.0280 0.0000 0.0137 1.972 0.33 3.06 -2.73 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9947 0.0053 2 1 0.0000 0.6873 0.3127 2 2 0.0000 0.3124 0.6876
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 223 73 150 26 0 5 0 42 0 0 144 0 6 0.3562 0.0000 0.0400 13.600 0.54 8.48 -7.94 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0095 0.2428 0.7477 1 2 0.0111 0.2530 0.7359 1 2 0.0136 0.2670 0.7195
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 584 150 434 76 4 19 0 51 0 0 431 0 3 0.5067 0.0000 0.0069 6.895 1.08 2.76 -1.69 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7777 0.2182 0.0041 1 0 0.7681 0.2270 0.0050 1 0 0.7544 0.2393 0.0064
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 723 165 558 128 1 31 0 5 0 0 558 0 0 0.7758 0.0000 0.0000 4.323 0.71 5.40 -4.69 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0116 0.9884 0.0000 0 0 0.7669 0.2331 0.0000 0 0 0.9577 0.0423 0.0000
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.100 1 -1 2 310 149 161 72 0 28 0 49 0 0 161 0 0 0.4832 0.0000 0.0000 4.321 0.21 1.04 -0.83 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8299 0.1692 0.0009 1 0 0.8236 0.1754 0.0010 1 0 0.8146 0.1841 0.0013
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 567 168 399 87 1 7 0 73 0 0 396 0 3 0.5179 0.0000 0.0075 23.000 0.22 12.55 -12.33 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4223 0.5429 0.0348 1 1 0.4243 0.5374 0.0383 1 1 0.4258 0.5308 0.0434
chr13 71866406 T TGCCGCC 0.060439 0.100 1 6 1 733 183 550 69 1 50 1 62 1 0 544 0 5 0.3770 0.0018 0.0109 2.640 1.39 6.48 -5.09 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3798 0.6061 0.0141 1 1 0.3891 0.5961 0.0148 1 1 0.4008 0.5836 0.0156
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 647 159 488 64 0 45 0 50 0 1 484 1 2 0.4025 0.0000 0.0082 2.533 1.20 6.40 -5.20 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6073 0.3848 0.0079 1 0 0.6066 0.3848 0.0086 1 0 0.6050 0.3853 0.0097
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 126 56 70 52 0 2 0 2 1 0 69 0 0 0.9286 0.0143 0.0143 27.000 0.52 4.00 -3.48 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8848 0.1152 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 718 144 574 0 1 23 3 117 0 1 565 1 7 0.0000 0.0000 0.0157 5.217 4.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.100 1 -6 2 596 141 455 79 0 15 0 47 0 0 451 2 2 0.5603 0.0000 0.0088 8.400 1.77 7.09 -5.31 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8064 0.1905 0.0031 1 0 0.7966 0.1996 0.0038 1 0 0.7825 0.2125 0.0050
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.100 1 6 1 259 90 169 47 2 7 2 32 0 0 169 0 0 0.5222 0.0000 0.0000 11.857 0.79 5.66 -4.87 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5776 0.3928 0.0296 1 0 0.5695 0.3978 0.0328 1 0 0.5581 0.4045 0.0374
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -15 1 213 69 144 4 1 5 0 59 0 0 144 0 0 0.0580 0.0000 0.0000 12.600 2.25 8.42 -6.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.8300 0.1700 2 2 0.0000 0.4830 0.5170
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 583 153 430 5 0 5 0 143 0 0 427 0 3 0.0327 0.0000 0.0070 29.600 0.60 3.49 -2.89 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9752 0.0248 2 2 0.0000 0.1226 0.8774 2 2 0.0000 0.0203 0.9797
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1693 412 1281 79 0 10 0 323 0 0 1280 0 1 0.1917 0.0000 0.0008 40.200 0.11 1.92 -1.80 37 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 866 244 622 110 0 29 1 104 0 1 621 0 0 0.4508 0.0000 0.0016 7.414 0.21 2.01 -1.80 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2418 0.6981 0.0601 1 1 0.2508 0.6839 0.0653 1 1 0.2618 0.6657 0.0725
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 442 110 332 76 1 5 0 28 0 0 325 0 7 0.6909 0.0000 0.0211 21.000 0.25 19.93 -19.68 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9549 0.0449 0.0002 1 0 0.9494 0.0503 0.0002 1 0 0.9411 0.0585 0.0004
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 356 80 276 7 1 5 1 66 0 0 275 0 1 0.0875 0.0000 0.0036 18.750 1.00 1.18 -0.18 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9846 0.0154 2 1 0.0000 0.7167 0.2833
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 698 161 537 135 0 16 0 10 0 0 537 0 0 0.8385 0.0000 0.0000 9.062 0.50 5.70 -5.20 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0749 0.9251 0.0000 0 0 0.8208 0.1792 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 1110 272 838 141 0 9 0 122 0 0 834 0 4 0.5184 0.0000 0.0048 29.222 0.25 3.29 -3.04 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4785 0.5146 0.0070 1 1 0.4883 0.5037 0.0080 1 0 0.4997 0.4908 0.0095
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 534 140 394 66 0 17 0 57 0 0 393 0 1 0.4714 0.0000 0.0025 7.235 0.23 2.98 -2.76 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4500 0.5153 0.0348 1 1 0.4525 0.5103 0.0372 1 1 0.4551 0.5043 0.0406
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 533 148 385 2 11 19 1 115 0 0 381 0 4 0.0135 0.0000 0.0104 6.211 0.00 2.97 -2.97 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6982 0.3018 2 2 0.0000 0.1573 0.8427 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 443 95 348 76 1 5 0 13 0 1 347 0 0 0.8000 0.0000 0.0029 18.000 0.22 5.62 -5.39 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0262 0.9738 0.0000
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.100 1 -3 1 607 188 419 152 3 18 3 12 0 0 419 0 0 0.8085 0.0000 0.0000 9.389 0.16 3.33 -3.17 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 0 0.6541 0.3459 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 725 217 508 94 7 41 2 73 0 0 508 0 0 0.4332 0.0000 0.0000 6.250 0.37 3.95 -3.57 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5551 0.4313 0.0136 1 0 0.5492 0.4349 0.0159 1 0 0.5402 0.4403 0.0195
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 721 215 506 95 1 21 25 73 0 0 506 0 0 0.4419 0.0000 0.0000 9.389 0.42 4.03 -3.61 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1571 0.7196 0.1234 1 1 0.1621 0.7061 0.1319 1 1 0.1681 0.6886 0.1433
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 334 51 283 0 0 5 2 44 0 0 283 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.200 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1372 0.8628 2 2 0.0000 0.1430 0.8570 2 2 0.0000 0.1511 0.8489
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 296 68 228 35 0 2 0 31 0 0 228 0 0 0.5147 0.0000 0.0000 33.000 0.34 1.16 -0.82 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4897 0.4912 0.0190 1 0 0.4916 0.4887 0.0197 1 0 0.4936 0.4858 0.0206
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 388 150 238 58 1 26 3 62 0 0 236 0 2 0.3867 0.0000 0.0084 4.960 0.38 3.71 -3.33 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1224 0.6675 0.2101 1 1 0.1303 0.6587 0.2110 1 1 0.1412 0.6473 0.2115
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 388 150 238 59 3 74 4 10 0 0 236 0 2 0.3933 0.0000 0.0084 0.973 0.42 5.90 -5.48 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3587 0.6413 0.0000 0 1 0.0311 0.9689 0.0000 0 1 0.0059 0.9941 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 715 138 577 0 0 26 1 111 0 0 566 0 11 0.0000 0.0000 0.0191 4.308 7.41 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr14 59505305 TTTC T 0.011152 0.100 1 -3 1 70 31 39 15 0 1 0 15 0 0 39 0 0 0.4839 0.0000 0.0000 30.000 0.33 2.53 -2.20 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4581 0.5367 0.0052 1 1 0.4609 0.5339 0.0052 1 1 0.4643 0.5304 0.0052
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.100 1 -3 2 654 144 510 0 3 35 99 7 0 1 507 2 0 0.0000 0.0000 0.0059 3.057 3.86 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2286 0.7714 2 2 0.0000 0.1394 0.8606 2 2 0.0000 0.1065 0.8935
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 658 146 512 0 0 39 3 104 0 0 509 1 2 0.0000 0.0000 0.0059 2.718 6.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 508 109 399 1 0 21 4 83 0 0 392 0 7 0.0092 0.0000 0.0175 4.095 1.00 6.35 -5.35 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1052 0.8948 2 2 0.0000 0.0396 0.9604 2 2 0.0000 0.0300 0.9700
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 508 177 331 78 0 26 2 71 0 0 331 0 0 0.4407 0.0000 0.0000 5.808 0.23 3.31 -3.08 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1882 0.6826 0.1291 1 1 0.1921 0.6711 0.1368 1 1 0.1966 0.6562 0.1471
chr14 94769867 G GCGC 0.027535 0.100 1 3 2 321 88 233 38 1 9 0 40 0 0 232 0 1 0.4318 0.0000 0.0043 8.778 0.55 3.75 -3.20 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3450 0.6405 0.0145 1 1 0.3534 0.6320 0.0147 1 1 0.3641 0.6211 0.0148
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 191 74 117 71 0 1 0 2 0 0 117 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 73.000 0.06 3.00 -2.94 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7518 0.2482 0.0000 0 0 0.9661 0.0339 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.100 1 3 1 586 108 478 101 0 5 0 2 0 0 478 0 0 0.9352 0.0000 0.0000 20.600 0.27 3.00 -2.73 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8479 0.1521 0.0000 0 0 0.9807 0.0193 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000
chr14 103127080 T TGGC 0.001756 0.100 1 3 1 422 134 288 102 3 21 2 6 0 0 288 0 0 0.7612 0.0000 0.0000 5.333 0.50 2.50 -2.00 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0238 0.9762 0.0000 0 0 0.9832 0.0168 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 271 69 202 0 0 8 0 61 0 0 198 0 4 0.0000 0.0000 0.0198 7.625 8.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0450 0.9550 2 2 0.0000 0.0480 0.9520 2 2 0.0000 0.0524 0.9476
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.100 1 -6 2 522 87 435 50 1 27 1 8 2 0 433 0 0 0.5747 0.0046 0.0046 2.500 0.56 6.62 -6.06 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0101 0.9899 0.0000 0 1 0.2927 0.7073 0.0000
chr14 104886547 CGCAGGA C 0.081150 0.100 1 -6 1 471 98 373 90 0 1 2 5 0 0 373 0 0 0.9184 0.0000 0.0000 97.000 0.42 6.00 -5.58 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.4356 0.5644 0.0000 0 0 0.9173 0.0827 0.0000
chr14 105168369 C CCAG 0.035095 0.100 1 3 1 309 85 224 72 2 7 1 3 2 2 220 0 0 0.8471 0.0089 0.0179 12.833 1.57 4.00 -2.43 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5573 0.4427 0.0000 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 442 139 303 56 1 12 0 70 0 0 302 0 1 0.4029 0.0000 0.0033 10.583 0.43 3.43 -3.00 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0576 0.5957 0.3467 1 1 0.0635 0.5933 0.3431 1 1 0.0720 0.5904 0.3376
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 324 85 239 71 3 6 1 4 0 0 239 0 0 0.8353 0.0000 0.0000 13.167 1.76 3.50 -1.74 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.4160 0.5840 0.0000 0 0 0.8394 0.1606 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 771 136 635 0 0 6 1 129 0 2 581 35 17 0.0000 0.0000 0.0850 21.667 5.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 1722 411 1311 0 0 8 1 402 0 0 1250 16 45 0.0000 0.0000 0.0465 50.375 3.42 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.100 1 21 1 1623 283 1340 103 7 60 2 111 2 3 1331 3 1 0.3640 0.0015 0.0067 3.650 2.22 8.16 -5.94 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1722 0.7791 0.0487 1 1 0.1853 0.7632 0.0515 1 1 0.2027 0.7422 0.0551
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 289 90 199 41 0 2 0 47 0 0 198 0 1 0.4556 0.0000 0.0050 44.000 0.07 2.04 -1.97 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1196 0.5928 0.2876 1 1 0.1258 0.5874 0.2867 1 1 0.1343 0.5806 0.2851
chr15 30610931 AAG A 0.000368 0.100 1 -2 2 398 81 317 42 1 5 0 33 0 1 315 0 1 0.5185 0.0000 0.0063 15.200 0.36 2.48 -2.13 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6470 0.3530 0.0000 1 0 0.6449 0.3551 0.0000 1 0 0.6417 0.3583 0.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 201 81 120 1 0 4 53 23 0 0 116 4 0 0.0123 0.0000 0.0333 6.000 1.00 1.43 -0.43 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3102 0.6898 2 2 0.0000 0.1368 0.8632 2 2 0.0000 0.1045 0.8955
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 201 83 118 1 1 27 1 53 0 0 116 0 2 0.0120 0.0000 0.0169 2.240 1.00 1.98 -0.98 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3753 0.6247 2 2 0.0000 0.1446 0.8554 2 2 0.0000 0.0945 0.9055
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 714 176 538 67 0 35 1 73 1 0 533 0 4 0.3807 0.0019 0.0093 4.029 0.76 3.52 -2.76 19 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0276 0.5017 0.4707 1 1 0.0300 0.4970 0.4730 1 1 0.0335 0.4914 0.4751
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 422 145 277 66 0 5 0 74 0 0 276 0 1 0.4552 0.0000 0.0036 28.000 1.80 2.08 -0.28 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0888 0.6480 0.2632 1 1 0.0956 0.6399 0.2645 1 1 0.1051 0.6293 0.2655
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 472 125 347 73 2 6 0 44 0 0 345 0 2 0.5840 0.0000 0.0058 19.833 0.19 4.57 -4.38 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8599 0.1385 0.0016 1 0 0.8516 0.1465 0.0019 1 0 0.8395 0.1579 0.0026
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 157 66 91 32 0 3 0 31 0 0 91 0 0 0.4848 0.0000 0.0000 21.000 0.19 3.16 -2.97 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2457 0.5741 0.1802 1 1 0.2481 0.5685 0.1834 1 1 0.2511 0.5615 0.1875
chr15 74072270 GCCT G 0.012706 0.100 1 -3 1 539 193 346 162 0 11 0 20 0 0 344 0 2 0.8394 0.0000 0.0058 16.545 0.87 3.50 -2.63 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1295 0.8705 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 291 157 134 144 1 2 0 10 0 0 134 0 0 0.9172 0.0000 0.0000 77.500 0.35 3.30 -2.95 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 0 0.5640 0.4360 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 501 118 383 42 1 9 2 64 0 0 381 0 2 0.3559 0.0000 0.0052 12.111 1.69 3.25 -1.56 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0039 0.1960 0.8001 1 2 0.0047 0.2046 0.7907 1 2 0.0059 0.2167 0.7774
chr15 82344656 T TCCTCTCCAGCTCCCGCAG 0.012568 0.100 1 18 1 1233 381 852 292 1 80 0 8 0 0 852 0 0 0.7664 0.0000 0.0000 3.763 0.62 5.38 -4.76 174 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8216 0.1784 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.100 1 1 1 128 32 96 15 4 5 1 7 0 0 94 0 2 0.4688 0.0000 0.0208 4.600 0.93 1.14 -0.21 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6031 0.3706 0.0263 1 0 0.5970 0.3752 0.0278 1 0 0.5881 0.3821 0.0298
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 360 123 237 69 0 1 0 53 0 0 237 0 0 0.5610 0.0000 0.0000 122.000 0.71 3.53 -2.82 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6508 0.3384 0.0108 1 0 0.6464 0.3415 0.0121 1 0 0.6397 0.3462 0.0141
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 876 226 650 27 21 138 8 32 0 2 644 0 4 0.1195 0.0000 0.0092 1.479 1.48 8.09 -6.61 13 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0023 0.1438 0.8539 1 2 0.0029 0.1544 0.8428 1 2 0.0038 0.1694 0.8267
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 866 212 654 2 0 11 1 198 0 1 651 1 1 0.0094 0.0000 0.0046 20.000 1.00 7.89 -6.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 341 96 245 0 0 10 0 86 0 0 237 0 8 0.0000 0.0000 0.0327 8.600 7.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 343 137 206 122 1 7 0 7 0 0 206 0 0 0.8905 0.0000 0.0000 18.571 0.34 2.00 -1.66 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2012 0.7988 0.0000 0 0 0.8022 0.1978 0.0000
chr15 99105358 G GGCCGAGGGGCAGGCCCGCTGC 0.000069 0.100 1 21 3 407 83 324 41 0 21 0 21 0 0 312 0 12 0.4940 0.0000 0.0370 2.952 0.76 14.19 -13.43 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6059 0.3941 0.0000 1 0 0.6051 0.3949 0.0000 1 0 0.6037 0.3963 0.0000
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.100 1 6 2 571 183 388 64 2 63 0 54 0 0 381 0 7 0.3497 0.0000 0.0180 1.935 0.47 5.09 -4.62 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4526 0.5469 0.0006 1 1 0.4601 0.5393 0.0006 1 1 0.4693 0.5301 0.0007
chr16 286700 ACT A 0.005436 0.100 1 -2 1 522 120 402 63 1 2 0 54 0 0 402 0 0 0.5250 0.0000 0.0000 59.000 0.29 2.85 -2.57 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5967 0.4029 0.0005 1 0 0.5981 0.4014 0.0005 1 0 0.5993 0.4001 0.0006
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 336 99 237 45 0 0 1 53 0 0 237 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 99.000 0.22 2.94 -2.72 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.6081 0.2864 1 1 0.1123 0.6030 0.2847 1 1 0.1217 0.5964 0.2819
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 1005 255 750 122 1 3 0 129 1 0 746 1 2 0.4784 0.0013 0.0053 84.000 1.46 1.45 0.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0827 0.8101 0.1073 1 1 0.0920 0.7956 0.1124 1 1 0.1053 0.7761 0.1186
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 500 116 384 0 0 1 0 115 0 0 382 1 1 0.0000 0.0000 0.0052 115.000 6.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 500 116 384 0 0 1 0 115 0 0 382 1 1 0.0000 0.0000 0.0052 115.000 6.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2087923 TCCCTGCAGTGCAGGAAAGGTAGGGCCGGGTGGGG T 0.002312 0.100 1 -34 1 560 100 460 50 0 22 0 28 0 0 441 0 19 0.5000 0.0000 0.0413 3.545 0.42 24.61 -24.19 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4547 0.5447 0.0006 1 1 0.4608 0.5386 0.0006 1 1 0.4682 0.5311 0.0006
chr16 2798498 GGGCGCTGCTGCT G 0.076345 0.100 1 -12 4 468 181 287 161 1 11 0 8 0 0 286 0 1 0.8895 0.0000 0.0035 15.455 0.69 11.00 -10.31 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7313 0.2687 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000
chr16 5090457 CGAT C 0.000032 0.100 1 -3 1 553 135 418 126 0 3 0 6 0 0 418 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 44.000 0.33 3.00 -2.67 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9688 0.0312 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 408 115 293 11 0 2 0 102 0 0 290 0 3 0.0957 0.0000 0.0102 56.500 0.09 3.23 -3.13 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.8184 0.1816
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 202 55 147 0 0 0 2 53 0 0 147 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 55.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr16 15873504 T TCTA 0.057892 0.100 1 3 2 114 46 68 41 1 1 0 3 0 0 68 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 45.000 0.07 3.00 -2.93 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1497 0.8503 0.0000 0 0 0.8446 0.1554 0.0000 0 0 0.9479 0.0521 0.0000
chr16 24572391 TAAAGAG T 0.075097 0.100 1 -6 1 505 102 403 52 1 6 0 43 0 0 403 0 0 0.5098 0.0000 0.0000 16.000 0.54 5.53 -5.00 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6046 0.3886 0.0068 1 0 0.6037 0.3890 0.0073 1 0 0.6019 0.3901 0.0080
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.100 1 -12 1 708 264 444 240 1 12 0 11 0 0 444 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 21.000 0.26 9.27 -9.01 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8631 0.1369 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 947 233 714 162 1 58 0 12 1 0 713 0 0 0.6953 0.0014 0.0014 3.017 0.78 16.50 -15.72 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 0 0.7349 0.2651 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 594 159 435 0 0 10 0 149 0 0 432 0 3 0.0000 0.0000 0.0069 14.900 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 134 72 62 1 0 5 1 65 0 0 62 0 0 0.0139 0.0000 0.0000 13.400 1.00 1.94 -0.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2370 0.7630 2 2 0.0000 0.0969 0.9031 2 2 0.0000 0.0719 0.9281
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 475 107 368 41 11 20 3 32 0 0 367 0 1 0.3832 0.0000 0.0027 4.150 0.85 1.91 -1.05 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5564 0.4103 0.0334 1 0 0.5490 0.4144 0.0367 1 0 0.5385 0.4200 0.0415
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 302 130 172 61 1 24 0 44 0 0 172 0 0 0.4692 0.0000 0.0000 4.417 4.02 5.48 -1.46 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6277 0.3546 0.0177 1 0 0.6194 0.3605 0.0201 1 0 0.6077 0.3686 0.0236
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 125 71 54 68 0 0 0 3 0 0 54 0 0 0.9577 0.0000 0.0000 71.000 0.41 4.00 -3.59 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0391 0.9609 0.0000 0 0 0.5504 0.4496 0.0000 0 0 0.7981 0.2019 0.0000
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.100 1 -3 2 610 139 471 9 68 16 1 45 0 0 470 0 1 0.0647 0.0000 0.0021 7.625 2.00 3.33 -1.33 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7889 0.2068 0.0043 1 0 0.7786 0.2162 0.0052 1 0 0.7640 0.2293 0.0067
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 270 121 149 109 0 2 0 10 0 0 146 0 3 0.9008 0.0000 0.0201 59.500 0.68 4.50 -3.82 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0451 0.9549 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 413 114 299 39 0 27 0 48 0 0 298 0 1 0.3421 0.0000 0.0033 3.222 0.54 5.67 -5.13 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0604 0.5011 0.4385 1 1 0.0647 0.5001 0.4352 1 1 0.0708 0.4991 0.4302
chr16 87604287 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 413 114 299 39 0 27 3 45 0 0 298 0 1 0.3421 0.0000 0.0033 3.222 0.54 5.62 -5.08 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0613 0.5028 0.4359 1 1 0.0656 0.5017 0.4326 1 1 0.0717 0.5005 0.4278
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 683 149 534 0 1 4 10 134 0 0 524 2 8 0.0000 0.0000 0.0187 35.750 7.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 683 141 542 0 0 7 10 124 0 0 533 2 7 0.0000 0.0000 0.0166 18.857 7.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 683 140 543 0 0 4 4 132 0 3 527 5 8 0.0000 0.0000 0.0295 136.000 7.84 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0387 0.9613 2 2 0.0000 0.0069 0.9931 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 731 152 579 0 1 7 0 144 0 0 575 0 4 0.0000 0.0000 0.0069 20.571 6.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 547 127 420 5 0 3 1 118 0 0 420 0 0 0.0394 0.0000 0.0000 41.333 1.60 4.54 -2.94 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9936 0.0064 2 2 0.0000 0.3498 0.6502 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 151 66 85 4 0 1 0 61 0 0 84 0 1 0.0606 0.0000 0.0118 65.000 0.50 3.98 -3.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.7617 0.2383 2 2 0.0000 0.3914 0.6086
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 380 130 250 47 1 5 0 77 0 0 250 0 0 0.3615 0.0000 0.0000 24.800 0.17 1.31 -1.14 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0012 0.1298 0.8689 1 2 0.0015 0.1374 0.8611 1 2 0.0020 0.1482 0.8497
chr17 4544627 AC A 0.000003 0.100 1 -1 1 784 205 579 113 0 3 0 89 0 0 578 0 1 0.5512 0.0000 0.0017 67.333 0.18 1.35 -1.17 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7845 0.2155 0.0000 1 0 0.7822 0.2178 0.0000 1 0 0.7785 0.2215 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 674 195 479 15 1 45 2 132 0 1 470 1 7 0.0769 0.0000 0.0188 3.333 0.13 3.05 -2.91 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9689 0.0311
chr17 7846859 T TACCACCACC 0.066744 0.100 1 9 2 1278 359 919 5 12 97 19 226 0 1 884 4 30 0.0139 0.0000 0.0381 2.691 4.60 6.27 -1.67 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9954 0.0046 2 2 0.0000 0.3587 0.6413
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 509 210 299 0 0 31 12 167 0 0 293 2 4 0.0000 0.0000 0.0201 5.774 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 938 254 684 130 2 19 18 85 0 0 684 0 0 0.5118 0.0000 0.0000 12.333 0.57 4.08 -3.51 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8110 0.1878 0.0012 1 0 0.8043 0.1942 0.0015 1 0 0.7942 0.2038 0.0021
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 938 255 683 126 16 28 9 76 0 0 683 0 0 0.4941 0.0000 0.0000 11.895 0.64 3.82 -3.17 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9708 0.0291 0.0000 1 0 0.9672 0.0328 0.0000 1 0 0.9615 0.0384 0.0001
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 813 171 642 5 1 7 0 158 1 0 638 0 3 0.0292 0.0016 0.0062 23.286 0.20 4.06 -3.86 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 2 0.0000 0.2000 0.8000 2 2 0.0000 0.0233 0.9767
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 268 73 195 0 0 17 2 54 0 0 186 0 9 0.0000 0.0000 0.0462 3.294 8.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0352 0.9648 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0410 0.9590
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.100 1 -6 1 811 168 643 92 0 6 1 69 0 0 638 2 3 0.5476 0.0000 0.0078 27.000 0.26 6.25 -5.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5339 0.4479 0.0183 1 0 0.5317 0.4475 0.0207 1 0 0.5278 0.4478 0.0244
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 112 62 50 0 0 3 0 59 0 0 49 0 1 0.0000 0.0000 0.0200 19.667 1.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0476 0.9524 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 895 221 674 162 2 39 3 15 3 2 667 0 2 0.7330 0.0045 0.0104 5.000 2.33 11.67 -9.34 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0281 0.9719 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 443 127 316 0 0 7 1 119 0 0 313 0 3 0.0000 0.0000 0.0095 20.000 1.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 555 123 432 0 1 20 2 100 0 0 415 0 17 0.0000 0.0000 0.0394 5.100 7.76 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1649 329 1320 170 0 2 0 157 0 0 1319 0 1 0.5167 0.0000 0.0008 163.500 0.45 3.32 -2.87 70 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2419 0.7357 0.0224 1 1 0.2550 0.7191 0.0259 1 1 0.2714 0.6975 0.0311
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 614 167 447 135 2 18 2 10 0 0 447 0 0 0.8084 0.0000 0.0000 8.278 0.84 3.60 -2.76 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2595 0.7405 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 238 82 156 4 0 5 0 73 0 0 154 0 2 0.0488 0.0000 0.0128 15.400 0.25 4.56 -4.31 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9937 0.0063 2 1 0.0000 0.6255 0.3745 2 2 0.0000 0.2550 0.7450
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 421 95 326 72 1 15 0 7 0 0 325 0 1 0.7579 0.0000 0.0031 5.333 0.22 8.00 -7.78 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0076 0.9924 0.0000 0 1 0.1691 0.8309 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 905 234 671 106 0 9 2 117 0 0 667 0 4 0.4530 0.0000 0.0060 25.000 0.21 3.06 -2.85 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0160 0.5258 0.4582 1 1 0.0184 0.5197 0.4620 1 1 0.0219 0.5125 0.4655
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.100 1 9 1 617 184 433 63 1 24 1 95 0 0 433 0 0 0.3424 0.0000 0.0000 6.625 0.32 7.08 -6.77 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1573 0.8412 1 2 0.0019 0.1657 0.8324 1 2 0.0026 0.1778 0.8196
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 389 127 262 49 0 26 0 52 0 0 261 0 1 0.3858 0.0000 0.0038 4.040 0.55 5.85 -5.30 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1304 0.6089 0.2606 1 1 0.1355 0.6009 0.2636 1 1 0.1422 0.5907 0.2671
chr17 61412509 AGGCCTCG A 0.500000 0.100 1 -7 3 526 132 394 67 0 3 0 62 1 0 389 0 4 0.5076 0.0025 0.0127 43.000 1.30 7.03 -5.73 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2067 0.6542 0.1391 1 1 0.2119 0.6432 0.1448 1 1 0.2185 0.6292 0.1523
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 352 136 216 112 0 18 0 6 0 0 216 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 6.556 0.43 6.50 -6.07 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3112 0.6888 0.0000 0 0 0.8298 0.1702 0.0000
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.100 1 -2 2 173 69 104 40 0 2 0 27 0 0 102 0 2 0.5797 0.0000 0.0192 33.500 0.07 2.81 -2.74 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4864 0.4586 0.0549 1 0 0.4804 0.4605 0.0590 1 0 0.4720 0.4632 0.0648
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.100 1 -4 3 229 67 162 33 1 3 0 30 0 0 161 0 1 0.4925 0.0000 0.0062 21.333 0.27 3.90 -3.63 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2776 0.5685 0.1539 1 1 0.2786 0.5633 0.1580 1 1 0.2797 0.5569 0.1635
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 581 120 461 10 0 11 0 99 0 0 444 0 17 0.0833 0.0000 0.0369 9.909 0.10 7.77 -7.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9923 0.0077 2 1 0.0000 0.6877 0.3123
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.100 1 6 1 485 108 377 52 0 3 0 53 0 0 370 2 5 0.4815 0.0000 0.0186 35.000 1.63 6.30 -4.67 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0757 0.5679 0.3564 1 1 0.0805 0.5624 0.3571 1 1 0.0871 0.5556 0.3573
chr17 75588737 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 1334 316 1018 280 4 11 1 20 1 0 1017 0 0 0.8861 0.0010 0.0010 27.455 0.55 2.10 -1.55 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.6873 0.3127 0.0000
chr17 75589192 TGGCTGCGGCGGCGGCTGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 1612 413 1199 355 4 45 0 9 0 0 1194 0 5 0.8596 0.0000 0.0042 8.178 0.85 15.89 -15.04 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9537 0.0463 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr17 75589320 CAAGGGGCGGGGCCGCGGGAAAGCGGAT C 0.500000 0.100 1 -27 1 1681 419 1262 401 1 6 1 10 3 0 1251 1 7 0.9570 0.0024 0.0087 68.833 1.08 21.30 -20.22 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6455 0.3545 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 78543864 ATGGCT A 0.500000 0.100 1 -5 2 252 92 160 87 0 1 0 4 0 0 160 0 0 0.9457 0.0000 0.0000 91.000 0.08 5.00 -4.92 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0115 0.9885 0.0000 0 0 0.5216 0.4784 0.0000 0 0 0.8395 0.1605 0.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 305 117 188 48 1 12 0 56 0 0 188 0 0 0.4103 0.0000 0.0000 8.750 0.21 5.79 -5.58 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0854 0.5723 0.3423 1 1 0.0903 0.5666 0.3431 1 1 0.0970 0.5595 0.3434
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.100 1 3 2 1569 405 1164 317 17 59 0 12 1 1 1162 0 0 0.7827 0.0009 0.0017 5.864 0.51 3.67 -3.15 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9822 0.0178 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 593 152 441 143 0 3 0 6 0 0 441 0 0 0.9408 0.0000 0.0000 49.667 0.21 3.17 -2.96 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 0 0.6801 0.3199 0.0000 0 0 0.9564 0.0436 0.0000
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.100 1 4 3 500 109 391 47 0 4 0 58 0 0 387 0 4 0.4312 0.0000 0.0102 26.250 1.00 4.07 -3.07 27 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0280 0.4234 0.5486 1 2 0.0311 0.4261 0.5428 1 2 0.0356 0.4300 0.5344
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 310 71 239 48 0 1 3 19 0 0 239 0 0 0.6761 0.0000 0.0000 69.000 0.17 1.21 -1.04 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8539 0.1432 0.0029 1 0 0.8439 0.1526 0.0035 1 0 0.8294 0.1661 0.0045
chr18 11886989 AT A 0.001596 0.100 1 -1 2 398 133 265 128 0 0 0 5 0 0 265 0 0 0.9624 0.0000 0.0000 133.000 0.49 3.20 -2.71 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8720 0.1280 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 227 91 136 0 0 2 0 89 0 0 133 0 3 0.0000 0.0000 0.0221 44.500 3.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 176 69 107 0 0 0 0 69 0 0 107 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 69.000 4.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0240 0.9760 2 2 0.0000 0.0257 0.9743 2 2 0.0000 0.0283 0.9717
chr18 50261197 T TAAA 0.500000 0.100 1 3 1 174 61 113 53 0 2 0 6 1 0 112 0 0 0.8689 0.0088 0.0088 29.500 1.51 3.00 -1.49 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0243 0.9757 0.0000 0 1 0.2261 0.7739 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 268 144 124 58 1 4 1 80 0 0 123 0 1 0.4028 0.0000 0.0081 35.000 0.19 3.60 -3.41 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0075 0.2892 0.7034 1 2 0.0088 0.2961 0.6951 1 2 0.0109 0.3059 0.6831
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 5 642 169 473 85 0 5 1 78 0 0 471 0 2 0.5030 0.0000 0.0042 32.800 0.62 3.26 -2.63 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2228 0.6764 0.1008 1 1 0.2291 0.6641 0.1068 1 1 0.2368 0.6482 0.1150
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 763 184 579 100 0 6 2 76 0 0 564 0 15 0.5435 0.0000 0.0259 29.667 0.20 12.99 -12.79 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2619 0.6730 0.0651 1 1 0.2688 0.6606 0.0706 1 1 0.2771 0.6448 0.0781
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 381 76 305 10 2 6 8 50 0 0 301 2 2 0.1316 0.0000 0.0131 11.667 3.10 5.00 -1.90 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9882 0.0118
chr18 62523553 C CCCGCCG 0.500000 0.100 1 6 6 381 76 305 11 2 34 0 29 1 2 300 0 2 0.1447 0.0033 0.0164 1.355 3.73 7.17 -3.45 1 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0239 0.3160 0.6601 1 2 0.0267 0.3251 0.6482 1 2 0.0308 0.3376 0.6316
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.100 1 4 2 381 114 267 106 0 2 0 6 0 0 267 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 56.000 0.14 6.00 -5.86 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2508 0.7492 0.0000 0 0 0.7846 0.2154 0.0000
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 381 114 267 108 0 0 0 6 0 0 267 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 114.000 0.14 6.00 -5.86 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2710 0.7290 0.0000 0 0 0.8008 0.1992 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 150 69 81 0 0 6 0 63 0 0 79 0 2 0.0000 0.0000 0.0247 10.500 3.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0375 0.9625 2 2 0.0000 0.0409 0.9591
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 129 68 61 7 0 0 1 60 0 0 57 0 4 0.1029 0.0000 0.0656 68.000 0.00 2.87 -2.87 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9853 0.0147 2 1 0.0000 0.7924 0.2076
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 303 81 222 71 2 5 0 3 7 1 211 3 0 0.8765 0.0315 0.0495 14.800 0.72 0.67 0.05 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0248 0.9752 0.0000 0 1 0.4685 0.5315 0.0000 0 0 0.7729 0.2271 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 437 151 286 73 1 10 0 67 0 0 285 0 1 0.4834 0.0000 0.0035 14.100 0.49 3.82 -3.33 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2841 0.6293 0.0865 1 1 0.2883 0.6198 0.0919 1 1 0.2930 0.6077 0.0993
chr19 110747 G GT 0.005188 0.100 1 1 2 842 355 487 327 8 11 0 9 0 0 487 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 31.182 0.31 1.78 -1.47 83 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9296 0.0704 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 548 271 277 25 1 24 7 214 0 0 276 0 1 0.0923 0.0000 0.0036 12.300 4.28 5.41 -1.13 11 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.100 1 -3 2 532 122 410 100 2 12 1 7 0 0 410 0 0 0.8197 0.0000 0.0000 10.000 0.41 3.43 -3.02 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2517 0.7483 0.0000 0 0 0.8939 0.1061 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 316 107 209 0 0 21 7 79 0 0 207 1 1 0.0000 0.0000 0.0096 4.095 3.97 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0155 0.9845
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 405 119 286 58 0 1 0 60 0 0 284 0 2 0.4874 0.0000 0.0070 118.000 0.41 3.10 -2.69 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2306 0.7008 0.0686 1 1 0.2410 0.6895 0.0695 1 1 0.2545 0.6750 0.0705
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 634 185 449 81 1 12 0 91 0 0 443 0 6 0.4378 0.0000 0.0134 14.417 1.69 10.99 -9.30 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0413 0.6230 0.3357 1 1 0.0464 0.6177 0.3358 1 1 0.0538 0.6113 0.3349
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 278 79 199 46 0 7 0 26 0 0 198 0 1 0.5823 0.0000 0.0050 10.286 0.59 5.54 -4.95 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7515 0.2403 0.0082 1 0 0.7422 0.2485 0.0093 1 0 0.7292 0.2597 0.0111
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 809 279 530 0 0 49 30 200 0 0 522 3 5 0.0000 0.0000 0.0151 4.694 3.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 11447525 AGAGGAG A 0.089394 0.100 1 -6 1 809 286 523 9 4 239 2 32 0 0 520 0 3 0.0315 0.0000 0.0057 0.199 1.78 6.91 -5.13 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1100 0.6809 0.2091 1 1 0.1187 0.6803 0.2010 1 1 0.1307 0.6789 0.1903
chr19 12954279 CCTT C 0.000671 0.100 1 -3 1 388 108 280 58 41 4 0 5 0 0 280 0 0 0.5370 0.0000 0.0000 34.667 0.62 2.40 -1.78 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7408 0.2592 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 399 126 273 8 0 20 1 97 0 0 268 0 5 0.0635 0.0000 0.0183 5.300 1.88 6.14 -4.27 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.7217 0.2783
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 558 116 442 0 0 1 1 114 0 0 441 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 115.000 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 17286684 GTGTGTGTT G 0.020051 0.100 1 -8 1 357 75 282 2 1 12 8 52 0 0 281 0 1 0.0267 0.0000 0.0035 5.250 4.50 5.96 -1.46 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9822 0.0178 2 1 0.0000 0.9451 0.0549
chr19 17286686 GTGTGTT G 0.073608 0.100 1 -6 1 357 73 284 2 1 9 4 57 0 0 283 0 1 0.0274 0.0000 0.0035 7.111 4.50 6.33 -1.83 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9877 0.0123 2 1 0.0000 0.8822 0.1178 2 1 0.0000 0.7601 0.2399
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 357 66 291 2 0 3 5 56 0 0 290 0 1 0.0303 0.0000 0.0034 31.500 4.50 6.38 -1.88 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9520 0.0480 2 1 0.0000 0.6750 0.3250 2 2 0.0000 0.4913 0.5087
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 131 58 73 4 0 2 0 52 0 0 72 0 1 0.0690 0.0000 0.0137 28.000 1.50 3.56 -2.06 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9502 0.0498 2 1 0.0000 0.7912 0.2088
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 828 184 644 0 0 3 7 174 0 0 603 13 28 0.0000 0.0000 0.0637 60.333 2.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.100 1 1 2 2084 466 1618 225 2 22 8 209 0 1 1318 16 283 0.4828 0.0000 0.1854 20.091 0.82 2.46 -1.64 33 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 23744939 CCA C 0.187747 0.100 1 -2 4 813 187 626 170 1 12 0 4 0 0 625 0 1 0.9091 0.0000 0.0016 15.909 0.41 2.50 -2.09 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2894 0.7106 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 306 72 234 2 0 11 2 57 0 0 233 1 0 0.0278 0.0000 0.0043 5.545 0.00 2.74 -2.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4441 0.5559 2 2 0.0000 0.0775 0.9225 2 2 0.0000 0.0378 0.9622
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 585 149 436 75 0 4 1 69 0 0 432 0 4 0.5034 0.0000 0.0092 36.250 0.43 3.28 -2.85 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0937 0.6843 0.2220 1 1 0.0968 0.6719 0.2313 1 1 0.1009 0.6559 0.2432
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 451 199 252 132 0 25 0 42 0 0 236 0 16 0.6633 0.0000 0.0635 6.960 2.20 19.81 -17.61 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 1 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 448 148 300 29 2 16 10 91 0 0 297 0 3 0.1959 0.0000 0.0100 10.154 0.17 3.18 -3.00 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0133 0.9867 1 2 0.0000 0.3460 0.6540 2 1 0.0000 0.9949 0.0051
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.100 1 4 5 647 127 520 65 0 3 0 59 0 0 510 0 10 0.5118 0.0000 0.0192 41.333 0.31 4.88 -4.57 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2130 0.7103 0.0766 1 1 0.2235 0.6985 0.0780 1 1 0.2374 0.6830 0.0796
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.100 1 -1 2 649 128 521 67 0 5 0 56 0 0 511 1 9 0.5234 0.0000 0.0192 24.600 0.30 5.02 -4.72 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.6322 0.0401 1 1 0.3367 0.6217 0.0417 1 1 0.3479 0.6084 0.0437
chr19 37886746 TCCTTTCCTCCTCCTCCTC T 0.059111 0.100 1 -18 2 496 89 407 72 2 11 0 4 0 0 407 0 0 0.8090 0.0000 0.0000 7.091 0.51 9.75 -9.24 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0866 0.9134 0.0000 0 0 0.9002 0.0998 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 378 107 271 96 4 3 0 4 0 0 271 0 0 0.8972 0.0000 0.0000 34.333 2.12 3.25 -1.12 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1026 0.8974 0.0000 0 0 0.9137 0.0863 0.0000 0 0 0.9803 0.0197 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.100 1 -3 3 378 94 284 51 0 3 0 40 0 0 284 0 0 0.5426 0.0000 0.0000 30.333 2.41 3.88 -1.46 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6461 0.3513 0.0026 1 0 0.6440 0.3532 0.0028 1 0 0.6409 0.3560 0.0031
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.100 1 24 2 502 98 404 59 0 13 0 26 0 1 383 0 20 0.6020 0.0000 0.0520 6.538 0.61 13.31 -12.70 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6870 0.3105 0.0025 1 0 0.6839 0.3133 0.0028 1 0 0.6792 0.3176 0.0032
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 418 127 291 69 0 0 2 56 0 0 290 0 1 0.5433 0.0000 0.0034 126.000 0.45 3.02 -2.57 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4921 0.4795 0.0284 1 0 0.4928 0.4764 0.0308 1 0 0.4930 0.4729 0.0342
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 251 37 214 0 0 1 30 6 0 0 213 1 0 0.0000 0.0000 0.0047 33.000 2.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0420 0.9580 2 2 0.0000 0.0436 0.9564 2 2 0.0000 0.0458 0.9542
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 251 36 215 0 0 20 16 0 0 0 214 1 0 0.0000 0.0000 0.0047 0.909 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0844 0.9156 2 2 0.0000 0.0863 0.9137 2 2 0.0000 0.0889 0.9111
chr19 40667960 TTGC T 0.034410 0.100 1 -3 1 446 116 330 98 3 9 0 6 0 0 329 0 1 0.8448 0.0000 0.0030 11.889 5.17 6.00 -0.83 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.7160 0.2840 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 426 123 303 5 1 5 1 111 0 0 303 0 0 0.0407 0.0000 0.0000 23.200 0.60 5.50 -4.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 2 0.0000 0.4334 0.5666 2 2 0.0000 0.0954 0.9046
chr19 40667990 CTGT C 0.142266 0.100 1 -3 1 426 119 307 7 10 0 3 99 0 0 307 0 0 0.0588 0.0000 0.0000 108.000 1.43 5.74 -4.31 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9952 0.0048 2 1 0.0000 0.9168 0.0832
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 467 166 301 99 0 1 0 66 0 0 300 0 1 0.5964 0.0000 0.0033 165.000 0.08 1.86 -1.78 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8938 0.1058 0.0004 1 0 0.8878 0.1117 0.0005 1 0 0.8790 0.1203 0.0007
chr19 43612464 AGGGGCACACACAGCC A 0.001824 0.100 1 -15 2 581 146 435 134 1 7 0 4 0 0 434 0 1 0.9178 0.0000 0.0023 19.857 0.13 12.25 -12.12 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8882 0.1118 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 337 107 230 71 0 1 0 35 0 0 228 0 2 0.6636 0.0000 0.0087 106.000 0.35 6.46 -6.11 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9084 0.0908 0.0008 1 0 0.9005 0.0986 0.0010 1 0 0.8888 0.1098 0.0014
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 495 134 361 17 0 2 1 114 0 0 358 0 3 0.1269 0.0000 0.0083 66.000 0.06 3.24 -3.18 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9904 0.0096
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1054 338 716 154 3 68 1 112 0 0 698 0 18 0.4556 0.0000 0.0251 3.971 0.42 6.24 -5.83 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6221 0.3745 0.0033 1 0 0.6234 0.3725 0.0041 1 0 0.6234 0.3712 0.0053
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.100 1 6 4 384 80 304 32 2 14 0 32 0 0 303 0 1 0.4000 0.0000 0.0033 4.643 1.16 7.72 -6.56 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3811 0.5667 0.0522 1 1 0.3856 0.5612 0.0532 1 1 0.3913 0.5542 0.0544
chr19 48446744 TGAA T 0.043442 0.100 1 -3 1 350 109 241 96 0 8 0 5 0 1 240 0 0 0.8807 0.0000 0.0041 12.625 0.32 3.40 -3.08 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0437 0.9563 0.0000 0 0 0.9311 0.0689 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 219 89 130 53 0 2 0 34 0 0 129 0 1 0.5955 0.0000 0.0077 43.500 0.19 2.29 -2.11 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7574 0.2380 0.0046 1 0 0.7503 0.2445 0.0052 1 0 0.7403 0.2535 0.0062
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 389 113 276 62 0 0 0 51 0 0 275 0 1 0.5487 0.0000 0.0036 113.000 0.87 4.67 -3.80 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5756 0.4155 0.0089 1 0 0.5761 0.4143 0.0096 1 0 0.5762 0.4132 0.0106
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 569 148 421 0 0 35 1 112 0 0 412 0 9 0.0000 0.0000 0.0214 3.229 6.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 711 163 548 4 1 5 141 12 0 0 544 4 0 0.0245 0.0000 0.0073 52.667 0.00 3.00 -3.00 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8240 0.1760 2 2 0.0000 0.0485 0.9515 2 2 0.0000 0.0109 0.9891
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 711 165 546 1 0 7 11 146 0 0 542 0 4 0.0061 0.0000 0.0073 22.571 0.00 3.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.100 1 6 2 579 99 480 90 0 7 0 2 0 0 480 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 13.143 0.14 6.00 -5.86 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9888 0.0112 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 557 154 403 76 0 8 8 62 0 0 398 0 5 0.4935 0.0000 0.0124 18.250 0.51 2.65 -2.13 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1304 0.6837 0.1859 1 1 0.1346 0.6713 0.1941 1 1 0.1399 0.6554 0.2047
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 201 88 113 0 0 1 0 87 0 0 111 0 2 0.0000 0.0000 0.0177 87.000 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0051 0.9949
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 450 143 307 64 0 9 0 70 0 0 307 0 0 0.4476 0.0000 0.0000 14.889 0.22 2.21 -2.00 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1150 0.6510 0.2340 1 1 0.1218 0.6413 0.2368 1 1 0.1311 0.6290 0.2399
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 541 135 406 65 1 1 0 68 0 0 402 0 4 0.4815 0.0000 0.0099 134.000 0.25 3.41 -3.17 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1123 0.6541 0.2337 1 1 0.1191 0.6442 0.2368 1 1 0.1283 0.6315 0.2402
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1019 245 774 229 0 4 0 12 0 0 774 0 0 0.9347 0.0000 0.0000 60.250 0.17 3.67 -3.49 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2788 0.7212 0.0000 0 0 0.9781 0.0219 0.0000
chr19 53491567 CAA C 0.009204 0.100 1 -2 1 1157 221 936 98 7 12 2 102 0 0 930 1 5 0.4434 0.0000 0.0064 18.818 0.58 2.68 -2.09 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1548 0.8400 0.0051 1 1 0.1689 0.8258 0.0053 1 1 0.1881 0.8063 0.0056
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 579 166 413 12 0 7 1 146 0 0 413 0 0 0.0723 0.0000 0.0000 22.571 0.25 2.34 -2.09 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9907 0.0093 2 2 0.0000 0.4574 0.5426
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 736 152 584 64 0 7 2 79 0 0 582 0 2 0.4211 0.0000 0.0034 20.714 0.28 3.57 -3.29 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0162 0.4010 0.5828 1 2 0.0186 0.4043 0.5772 1 2 0.0221 0.4092 0.5687
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 420 113 307 51 0 12 0 50 0 0 300 0 7 0.4513 0.0000 0.0228 8.417 0.27 8.04 -7.77 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0961 0.5900 0.3139 1 1 0.1012 0.5832 0.3157 1 1 0.1081 0.5746 0.3173
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 626 127 499 0 0 20 2 105 0 0 465 0 34 0.0000 0.0000 0.0681 5.350 18.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 792 232 560 113 0 30 1 88 0 0 547 4 9 0.4871 0.0000 0.0232 6.966 0.88 7.32 -6.43 81 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.4022 0.5769 0.0209 1 1 0.4107 0.5662 0.0231 1 1 0.4206 0.5531 0.0263
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 525 86 439 5 0 3 2 76 0 0 430 0 9 0.0581 0.0000 0.0205 27.333 0.20 3.91 -3.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6971 0.3029 2 2 0.0000 0.2392 0.7608
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 134 69 65 63 0 4 0 2 0 0 65 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 16.250 0.30 3.00 -2.70 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3877 0.6123 0.0000 0 0 0.8574 0.1426 0.0000 0 0 0.9276 0.0724 0.0000
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 153 72 81 39 0 0 0 33 0 0 81 0 0 0.5417 0.0000 0.0000 72.000 0.08 1.30 -1.23 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4218 0.5092 0.0690 1 1 0.4213 0.5066 0.0721 1 1 0.4201 0.5035 0.0764
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 315 129 186 62 0 2 0 65 0 0 186 0 0 0.4806 0.0000 0.0000 63.500 0.26 2.17 -1.91 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1114 0.6332 0.2554 1 1 0.1162 0.6232 0.2605 1 1 0.1227 0.6106 0.2668
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 100 62 38 7 0 2 0 53 0 0 38 0 0 0.1129 0.0000 0.0000 30.000 0.00 7.23 -7.23 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9875 0.0125 2 1 0.0000 0.8157 0.1843
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 557 173 384 170 0 0 0 3 0 0 383 0 1 0.9827 0.0000 0.0026 173.000 0.36 7.00 -6.64 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5853 0.4147 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 557 176 381 171 1 1 0 3 0 0 380 0 1 0.9716 0.0000 0.0026 174.000 0.26 7.00 -6.74 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5946 0.4054 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 559 171 388 162 2 2 1 4 0 0 388 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 84.500 0.17 8.25 -8.08 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1445 0.8555 0.0000 0 0 0.9714 0.0286 0.0000 0 0 0.9953 0.0047 0.0000
chr20 3864345 C CAAG 0.001475 0.100 1 3 2 438 137 301 129 0 5 0 3 0 0 301 0 0 0.9416 0.0000 0.0000 26.400 0.64 3.00 -2.36 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 226 86 140 4 0 2 1 79 0 0 138 0 2 0.0465 0.0000 0.0143 41.500 0.25 1.19 -0.94 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9850 0.0150 2 2 0.0000 0.4210 0.5790 2 2 0.0000 0.1315 0.8685
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 736 183 553 172 0 3 0 8 0 0 553 0 0 0.9399 0.0000 0.0000 60.000 0.26 6.50 -6.24 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5685 0.4315 0.0000 0 0 0.9682 0.0318 0.0000
chr20 33677160 AGAT A 0.000012 0.100 1 -3 6 943 245 698 133 1 8 0 103 0 1 695 0 2 0.5429 0.0000 0.0043 29.625 0.30 3.08 -2.78 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8577 0.1423 0.0000 1 0 0.8545 0.1455 0.0000 1 0 0.8495 0.1505 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 469 155 314 0 1 0 1 153 0 0 307 0 7 0.0000 0.0000 0.0223 154.000 3.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr20 34757917 TTGC T 0.000222 0.100 1 -3 1 691 192 499 65 3 31 3 90 0 1 498 0 0 0.3385 0.0000 0.0020 5.300 0.28 3.11 -2.83 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0412 0.9578 0.0010 1 1 0.0475 0.9515 0.0010 1 1 0.0572 0.9419 0.0009
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 232 65 167 24 0 24 0 17 0 0 166 0 1 0.3692 0.0000 0.0060 1.952 2.08 9.06 -6.98 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3406 0.5284 0.1310 1 1 0.3366 0.5272 0.1362 1 1 0.3312 0.5256 0.1432
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 540 145 395 70 0 3 0 72 0 0 394 0 1 0.4828 0.0000 0.0025 47.333 0.61 3.44 -2.83 32 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0936 0.6452 0.2612 1 1 0.0981 0.6342 0.2676 1 1 0.1042 0.6203 0.2756
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 925 300 625 17 0 50 9 224 0 0 620 0 5 0.0567 0.0000 0.0080 5.000 0.94 3.18 -2.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 2 0.0000 0.2560 0.7440
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.100 1 -9 1 581 299 282 256 7 27 0 9 0 0 282 0 0 0.8562 0.0000 0.0000 10.423 1.24 8.11 -6.87 104 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0104 0.9896 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 581 290 291 129 11 36 9 105 0 0 291 0 0 0.4448 0.0000 0.0000 6.972 0.20 3.07 -2.87 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6979 0.2997 0.0025 1 0 0.6968 0.3002 0.0030 1 0 0.6941 0.3020 0.0038
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.100 1 3 1 429 107 322 98 0 6 0 3 0 0 322 0 0 0.9159 0.0000 0.0000 16.833 0.36 3.00 -2.64 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3954 0.6046 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000 0 0 0.9833 0.0167 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 204 42 162 0 0 3 0 39 0 0 159 1 2 0.0000 0.0000 0.0185 13.000 6.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 284 148 136 58 0 1 0 89 0 0 135 1 0 0.3919 0.0000 0.0074 147.000 0.12 2.19 -2.07 28 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0006 0.1097 0.8897 1 2 0.0008 0.1164 0.8828 1 2 0.0011 0.1261 0.8728
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 695 189 506 104 0 3 0 82 1 0 498 0 7 0.5503 0.0020 0.0158 62.000 0.07 5.94 -5.87 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4803 0.5003 0.0194 1 1 0.4812 0.4967 0.0220 1 1 0.4812 0.4928 0.0260
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 233 118 115 7 0 6 0 105 0 0 115 0 0 0.0593 0.0000 0.0000 18.667 0.00 3.12 -3.12 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8708 0.1292 2 2 0.0000 0.2884 0.7116
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 312 52 260 0 1 2 0 49 0 0 258 0 2 0.0000 0.0000 0.0077 25.000 2.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1056 189 867 1 3 8 10 167 0 1 857 1 8 0.0053 0.0000 0.0115 35.800 1.00 3.32 -2.32 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1059 191 868 1 2 13 17 158 0 0 858 2 8 0.0052 0.0000 0.0115 19.667 1.00 3.37 -2.37 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 611 134 477 81 1 19 0 33 14 6 450 0 7 0.6045 0.0294 0.0566 6.389 2.12 13.70 -11.57 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9947 0.0053 0.0000 1 0 0.9936 0.0064 0.0000 1 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 566 104 462 7 0 8 1 88 0 0 456 0 6 0.0673 0.0000 0.0130 12.000 1.86 12.60 -10.75 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9271 0.0729 2 2 0.0000 0.4298 0.5702
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 325 148 177 0 2 16 0 130 0 0 177 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.188 7.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 185 87 98 54 0 8 0 25 0 0 98 0 0 0.6207 0.0000 0.0000 9.875 0.24 3.08 -2.84 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9005 0.0986 0.0009 1 0 0.8928 0.1061 0.0011 1 0 0.8817 0.1168 0.0015
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 621 115 506 4 0 32 1 78 0 0 499 0 7 0.0348 0.0000 0.0138 2.562 0.50 14.45 -13.95 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9272 0.0728 2 2 0.0000 0.1193 0.8807 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 1254 343 911 126 13 81 4 119 1 0 910 0 0 0.3673 0.0011 0.0011 3.198 0.75 3.02 -2.26 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5626 0.4339 0.0035 1 0 0.5698 0.4262 0.0040 1 0 0.5777 0.4175 0.0049
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 705 191 514 0 0 4 1 186 0 0 512 0 2 0.0000 0.0000 0.0039 46.500 3.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 603 202 401 179 3 7 0 13 0 0 401 0 0 0.8861 0.0000 0.0000 27.714 0.41 1.62 -1.20 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 469 234 235 178 0 46 0 10 0 1 234 0 0 0.7607 0.0000 0.0043 4.087 0.62 5.60 -4.98 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3669 0.6331 0.0000 0 0 0.9686 0.0314 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 502 73 429 0 0 2 1 70 0 0 429 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.500 11.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0247 0.9753
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 856 310 546 167 1 10 2 130 0 1 540 3 2 0.5387 0.0000 0.0110 33.333 1.30 3.56 -2.26 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7432 0.2557 0.0011 1 0 0.7416 0.2570 0.0014 1 0 0.7380 0.2601 0.0019
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 343 144 199 93 0 6 0 45 0 0 190 0 9 0.6458 0.0000 0.0452 23.000 0.19 21.78 -21.58 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9408 0.0590 0.0002 1 0 0.9353 0.0645 0.0003 1 0 0.9270 0.0726 0.0004
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 409 195 214 96 1 13 1 84 0 0 209 0 5 0.4923 0.0000 0.0234 14.000 0.44 8.08 -7.65 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3303 0.6270 0.0427 1 1 0.3384 0.6154 0.0462 1 1 0.3480 0.6010 0.0510
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 332 116 216 100 0 6 0 10 0 0 214 0 2 0.8621 0.0000 0.0093 18.333 0.18 2.70 -2.52 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0233 0.9767 0.0000
chr22 40861830 T TA 0.018262 0.100 1 1 2 635 125 510 118 0 2 0 5 0 0 510 0 0 0.9440 0.0000 0.0000 61.500 0.29 1.20 -0.91 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2549 0.7451 0.0000 0 0 0.9897 0.0103 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1862 403 1459 13 0 3 2 385 0 0 1424 2 33 0.0323 0.0000 0.0240 133.000 0.23 10.26 -10.03 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.100 1 -18 2 403 134 269 49 0 29 0 56 0 0 260 0 9 0.3657 0.0000 0.0335 3.621 0.20 15.34 -15.14 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0746 0.7133 0.2121 1 1 0.0824 0.7104 0.2072 1 1 0.0937 0.7060 0.2003
686 rows