File Info

Filename
HG02922_x_HG03063_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/8d/f0ce2e4ccb8ab31d865b4f87091215/HG02922_x_HG03063_FF_5.features.tsv
Size
155.7 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02922_x_HG03063_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 430 156 274 77 1 23 1 54 1 0 270 0 3 0.4936 0.0036 0.0146 5.783 0.19 3.20 -3.01 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5103 0.4261 0.0637 1 0 0.5016 0.4305 0.0678 1 0 0.4900 0.4364 0.0736
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 806 237 569 92 3 44 6 92 0 0 566 0 3 0.3882 0.0000 0.0053 4.386 0.34 3.12 -2.78 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1596 0.5484 0.2919 1 1 0.1634 0.5448 0.2919 1 1 0.1683 0.5402 0.2915
chr1 6469126 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 811 232 579 129 4 92 0 7 0 0 579 0 0 0.5560 0.0000 0.0000 34.000 0.46 4.14 -3.69 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0506 0.9494 0.0000 0 1 0.2985 0.7015 0.0000
chr1 6469129 TCC T 0.500000 0.050 1 -2 2 819 235 584 124 3 10 91 7 0 0 584 0 0 0.5277 0.0000 0.0000 15.556 0.45 4.14 -3.69 36 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8005 0.1923 0.0072 1 0 0.7879 0.2036 0.0085 1 0 0.7701 0.2193 0.0106
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 572 128 444 111 0 15 1 1 0 0 444 0 0 0.8672 0.0000 0.0000 7.533 1.21 8.00 -6.79 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4237 0.5763 0.0000 0 0 0.8073 0.1927 0.0000 0 0 0.8734 0.1266 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 557 127 430 52 1 17 2 55 0 0 427 0 3 0.4094 0.0000 0.0070 6.471 0.15 3.27 -3.12 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1606 0.5200 0.3194 1 1 0.1640 0.5185 0.3175 1 1 0.1684 0.5165 0.3150
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 1008 178 830 0 0 7 0 171 0 0 824 0 6 0.0000 0.0000 0.0072 24.429 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr1 15410070 A AGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 412 141 271 63 0 17 2 59 0 0 266 0 5 0.4468 0.0000 0.0185 7.235 0.49 6.80 -6.30 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1981 0.5366 0.2654 1 1 0.2005 0.5338 0.2656 1 1 0.2037 0.5303 0.2659
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 247 47 200 6 0 2 1 38 0 0 199 0 1 0.1277 0.0000 0.0050 45.000 0.33 1.05 -0.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9536 0.0464 2 1 0.0000 0.7828 0.2172
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1988 419 1569 313 20 35 1 50 0 0 1567 1 1 0.7470 0.0000 0.0013 11.091 1.60 2.18 -0.58 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.050 1 -9 1 179 67 112 48 0 2 0 17 0 0 112 0 0 0.7164 0.0000 0.0000 32.500 0.19 9.47 -9.28 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6604 0.3088 0.0308 1 0 0.6470 0.3191 0.0340 1 0 0.6245 0.3372 0.0383
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 836 222 614 101 22 14 44 41 1 1 611 1 0 0.4550 0.0016 0.0049 17.818 7.51 28.49 -20.97 61 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7423 0.2453 0.0124 1 0 0.7296 0.2561 0.0143 1 0 0.7120 0.2708 0.0171
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 869 237 632 55 3 46 11 122 0 0 631 0 1 0.2321 0.0000 0.0016 5.588 2.00 17.44 -15.44 35 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0008 0.0707 0.9284 1 2 0.0011 0.0788 0.9201 1 2 0.0015 0.0908 0.9077
chr1 26346647 G GCCT 0.500000 0.050 1 3 1 527 151 376 135 0 12 0 4 0 0 376 0 0 0.8940 0.0000 0.0000 11.583 1.33 3.25 -1.92 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0418 0.9582 0.0000 0 0 0.6588 0.3412 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr1 26994059 CGCGGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 445 93 352 51 0 3 0 39 1 0 349 0 2 0.5484 0.0028 0.0085 30.000 0.84 6.23 -5.39 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3791 0.4931 0.1278 1 1 0.3748 0.4935 0.1317 1 1 0.3689 0.4941 0.1370
chr1 27549006 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 849 173 676 11 0 5 0 157 0 0 673 0 3 0.0636 0.0000 0.0044 33.600 0.91 3.34 -2.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9677 0.0323 2 1 0.0000 0.5626 0.4374
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 389 164 225 5 0 15 0 144 0 0 223 0 2 0.0305 0.0000 0.0089 9.933 0.00 2.99 -2.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 2 0.0000 0.4349 0.5651 2 2 0.0000 0.1622 0.8378
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 755 210 545 113 0 1 2 94 0 0 545 0 0 0.5381 0.0000 0.0000 207.000 0.26 2.30 -2.04 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4405 0.4807 0.0788 1 1 0.4352 0.4816 0.0832 1 1 0.4279 0.4828 0.0893
chr1 46547743 G GCC 0.500000 0.050 1 2 1 151 76 75 70 0 3 1 2 0 0 75 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 24.333 1.29 2.00 -0.71 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0739 0.9261 0.0000 0 1 0.4602 0.5398 0.0000 0 0 0.6457 0.3543 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 616 146 470 0 0 24 1 121 0 0 468 1 1 0.0000 0.0000 0.0043 5.083 5.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0439 0.9561 2 2 0.0000 0.0465 0.9535 2 2 0.0000 0.0503 0.9497
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 637 167 470 137 1 23 0 6 0 0 470 0 0 0.8204 0.0000 0.0000 6.261 0.39 3.00 -2.61 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3590 0.6410 0.0000 0 0 0.7504 0.2496 0.0000
chr1 74764057 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 4 193 71 122 33 0 10 0 28 0 0 122 0 0 0.4648 0.0000 0.0000 6.100 0.12 3.11 -2.99 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3037 0.5111 0.1852 1 1 0.3020 0.5102 0.1878 1 1 0.2998 0.5092 0.1911
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 169 82 87 50 0 2 0 30 0 0 86 0 1 0.6098 0.0000 0.0115 40.000 0.20 3.77 -3.57 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4961 0.4281 0.0758 1 0 0.4872 0.4328 0.0800 1 0 0.4754 0.4387 0.0859
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 358 147 211 0 0 24 0 123 0 0 209 0 2 0.0000 0.0000 0.0095 5.125 8.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0413 0.9587 2 2 0.0000 0.0438 0.9562 2 2 0.0000 0.0476 0.9524
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 496 118 378 0 0 6 0 112 0 0 372 0 6 0.0000 0.0000 0.0159 18.667 5.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0517 0.9483 2 2 0.0000 0.0558 0.9442
chr1 90716915 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 1 683 147 536 131 2 10 0 4 0 0 536 0 0 0.8912 0.0000 0.0000 13.600 0.87 5.25 -4.38 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0398 0.9602 0.0000 0 0 0.6470 0.3530 0.0000 0 0 0.8454 0.1546 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 168 78 90 40 0 3 0 35 0 0 90 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 25.000 0.15 3.26 -3.11 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3010 0.5153 0.1836 1 1 0.2996 0.5142 0.1862 1 1 0.2976 0.5127 0.1897
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 441 104 337 51 1 10 2 40 0 0 336 0 1 0.4904 0.0000 0.0030 9.300 0.27 3.27 -3.00 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3516 0.5046 0.1438 1 1 0.3484 0.5042 0.1474 1 1 0.3440 0.5037 0.1523
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 862 193 669 93 0 19 1 80 0 0 669 0 0 0.4819 0.0000 0.0000 9.158 1.35 13.35 -12.00 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3754 0.5110 0.1137 1 1 0.3721 0.5100 0.1180 1 1 0.3675 0.5088 0.1238
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 877 231 646 210 6 13 0 2 0 0 645 1 0 0.9091 0.0000 0.0015 16.769 5.28 3.50 1.78 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8805 0.1195 0.0000 0 0 0.9790 0.0210 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 186 70 116 5 0 1 0 64 0 0 116 0 0 0.0714 0.0000 0.0000 69.000 0.00 1.88 -1.88 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.8531 0.1469 2 1 0.0000 0.5801 0.4199
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 261 87 174 28 6 14 1 38 0 0 174 0 0 0.3218 0.0000 0.0000 5.143 0.46 1.18 -0.72 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1758 0.5113 0.3129 1 1 0.1786 0.5105 0.3109 1 1 0.1823 0.5094 0.3083
chr1 152306361 C CAA 0.500000 0.050 1 2 1 256 26 230 19 1 3 0 3 0 0 230 0 0 0.7308 0.0000 0.0000 7.667 0.84 7.33 -6.49 13 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0288 0.9681 0.0031 0 1 0.1846 0.8144 0.0010 0 1 0.3470 0.6525 0.0004
chr1 152306363 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 256 25 231 19 1 2 1 2 0 0 231 0 0 0.7600 0.0000 0.0000 11.500 0.84 8.00 -7.16 13 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0312 0.9659 0.0029 0 1 0.1906 0.8084 0.0010 0 1 0.3500 0.6496 0.0004
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 258 83 175 0 0 14 0 69 0 0 153 0 22 0.0000 0.0000 0.1257 4.929 11.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0920 0.9080 2 2 0.0000 0.0959 0.9041 2 2 0.0000 0.1015 0.8985
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 847 249 598 213 0 29 0 7 0 0 598 0 0 0.8554 0.0000 0.0000 7.857 1.00 5.86 -4.86 147 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 0 0.6431 0.3569 0.0000 0 0 0.9251 0.0749 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1279 359 920 256 6 84 1 12 8 2 904 4 2 0.7131 0.0087 0.0174 3.238 1.93 9.67 -7.74 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0100 0.9900 0.0000 0 0 0.5139 0.4861 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 507 219 288 10 0 17 0 192 0 0 287 0 1 0.0457 0.0000 0.0035 11.882 0.20 8.41 -8.21 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8718 0.1282 2 2 0.0000 0.2868 0.7132
chr1 154558455 CCCCCCTGGGCCG C 0.500000 0.050 1 -12 8 441 130 311 58 0 10 1 61 1 0 310 0 0 0.4462 0.0032 0.0032 12.000 0.84 9.23 -8.38 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1986 0.5342 0.2672 1 1 0.2011 0.5316 0.2674 1 1 0.2042 0.5284 0.2675
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1228 296 932 4 3 83 2 204 1 0 898 0 33 0.0135 0.0011 0.0365 2.566 7.25 6.82 0.43 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 2 0.0000 0.3466 0.6534 2 2 0.0000 0.0583 0.9417
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 222 89 133 46 0 1 1 41 0 0 133 0 0 0.5169 0.0000 0.0000 88.000 1.72 2.85 -1.14 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2868 0.5217 0.1915 1 1 0.2860 0.5200 0.1940 1 1 0.2848 0.5180 0.1972
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 639 173 466 0 0 5 0 168 0 0 465 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 33.600 2.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0153 0.9847 2 2 0.0000 0.0171 0.9829
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1153 243 910 221 0 8 0 14 0 0 910 0 0 0.9095 0.0000 0.0000 29.375 0.26 2.21 -1.96 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0203 0.9797 0.0000 0 0 0.5256 0.4744 0.0000
chr1 183533735 T TACA 0.500000 0.050 1 3 2 251 89 162 45 0 0 0 44 0 0 160 0 2 0.5056 0.0000 0.0123 89.000 0.16 3.14 -2.98 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2246 0.5275 0.2479 1 1 0.2260 0.5254 0.2486 1 1 0.2279 0.5228 0.2493
chr1 202214229 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 68 33 35 18 0 0 0 15 0 0 35 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 33.000 0.11 1.93 -1.82 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2826 0.5073 0.2101 1 1 0.2815 0.5068 0.2117 1 1 0.2801 0.5061 0.2138
chr1 205845546 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 271 84 187 57 0 0 0 27 0 0 187 0 0 0.6786 0.0000 0.0000 84.000 0.28 1.15 -0.87 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6433 0.3235 0.0331 1 0 0.6305 0.3331 0.0364 1 0 0.6131 0.3458 0.0411
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 487 248 239 71 2 59 18 98 0 0 239 0 0 0.2863 0.0000 0.0000 3.203 0.25 2.89 -2.63 39 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0107 0.2274 0.7619 1 2 0.0124 0.2385 0.7491 1 2 0.0150 0.2538 0.7312
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 487 259 228 192 0 58 0 9 0 0 228 0 0 0.7413 0.0000 0.0000 3.466 1.59 10.11 -8.52 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2246 0.7754 0.0000 0 0 0.7847 0.2153 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 662 145 517 81 0 8 0 56 0 0 512 0 5 0.5586 0.0000 0.0097 17.125 0.40 8.59 -8.19 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4942 0.4374 0.0684 1 0 0.4862 0.4412 0.0726 1 0 0.4754 0.4461 0.0785
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 235 105 130 48 0 1 0 56 0 0 130 0 0 0.4571 0.0000 0.0000 104.000 0.08 1.32 -1.24 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1520 0.5127 0.3353 1 1 0.1556 0.5117 0.3327 1 1 0.1602 0.5105 0.3293
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 607 167 440 0 0 12 1 154 0 0 435 0 5 0.0000 0.0000 0.0114 12.917 3.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0211 0.9789
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 546 146 400 78 1 2 0 65 0 0 399 0 1 0.5342 0.0000 0.0025 72.000 0.28 1.18 -0.90 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3932 0.4967 0.1101 1 1 0.3889 0.4967 0.1144 1 1 0.3830 0.4968 0.1201
chr1 247896477 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 401 110 291 52 0 1 0 57 0 0 291 0 0 0.4727 0.0000 0.0000 109.000 1.54 1.28 0.26 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1797 0.5257 0.2946 1 1 0.1826 0.5238 0.2937 1 1 0.1864 0.5213 0.2923
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1162 275 887 144 0 4 0 127 0 0 885 0 2 0.5236 0.0000 0.0023 67.750 0.75 1.39 -0.64 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3901 0.5207 0.0892 1 1 0.3874 0.5188 0.0938 1 1 0.3834 0.5165 0.1000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 459 144 315 4 0 2 1 137 0 0 314 0 1 0.0278 0.0000 0.0032 70.500 3.00 5.23 -2.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9540 0.0460 2 2 0.0000 0.3200 0.6800 2 2 0.0000 0.1368 0.8632
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 524 43 481 0 0 0 2 41 0 0 479 0 2 0.0000 0.0000 0.0042 42.000 4.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2443 0.7557 2 2 0.0000 0.2485 0.7515 2 2 0.0000 0.2543 0.7457
chr1 248574594 T TGGATGAGGA 0.500000 0.050 1 9 1 734 130 604 111 0 18 0 1 0 0 604 0 0 0.8538 0.0000 0.0000 6.222 0.10 9.00 -8.90 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7614 0.2386 0.0000 0 0 0.8879 0.1121 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 400 86 314 81 0 2 0 3 0 0 314 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 42.000 0.93 7.00 -6.07 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0542 0.9458 0.0000 0 1 0.4985 0.5015 0.0000 0 0 0.6957 0.3043 0.0000
chr1 248650432 T TC 0.500000 0.050 1 1 3 1332 365 967 277 0 10 0 78 0 0 962 0 5 0.7589 0.0000 0.0052 35.500 0.72 1.62 -0.89 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9998 0.0002 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 1 0.0696 0.9304 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 206 102 104 0 0 4 0 98 0 0 102 0 2 0.0000 0.0000 0.0192 24.500 3.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1014 0.8986 2 2 0.0000 0.1061 0.8939 2 2 0.0000 0.1128 0.8872
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 387 113 274 0 0 16 1 96 0 0 253 1 20 0.0000 0.0000 0.0766 6.062 10.29 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 387 113 274 4 2 63 2 42 0 0 254 3 17 0.0354 0.0000 0.0730 0.787 9.00 11.76 -2.76 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9514 0.0486 2 1 0.0000 0.8530 0.1470
chr2 24164308 GC G 0.029697 0.050 1 -1 1 199 102 97 97 0 1 0 4 0 0 97 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 101.000 0.14 1.00 -0.86 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3607 0.6393 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 553 116 437 97 0 15 0 4 0 0 437 0 0 0.8362 0.0000 0.0000 6.733 0.44 7.75 -7.31 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2057 0.7943 0.0000 0 0 0.9212 0.0788 0.0000 0 0 0.9728 0.0272 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 263 60 203 32 0 0 1 27 0 0 199 0 4 0.5333 0.0000 0.0197 60.000 0.62 3.19 -2.56 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2408 0.5195 0.2397 1 1 0.2416 0.5180 0.2404 1 1 0.2425 0.5162 0.2414
chr2 37084557 C CAGAGAGCTGTCAGGTA 0.500000 0.050 1 16 1 181 94 87 37 0 21 0 36 0 0 83 0 4 0.3936 0.0000 0.0460 3.476 0.14 13.00 -12.86 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2043 0.5208 0.2749 1 1 0.2063 0.5192 0.2745 1 1 0.2090 0.5172 0.2738
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 572 201 371 39 0 110 1 51 0 0 370 0 1 0.1940 0.0000 0.0027 0.827 1.28 1.10 0.18 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1057 0.4725 0.4218 1 1 0.1099 0.4743 0.4158 1 1 0.1156 0.4766 0.4078
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 572 196 376 71 3 72 1 49 0 0 376 0 0 0.3622 0.0000 0.0000 1.722 0.82 1.14 -0.33 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5543 0.3940 0.0517 1 0 0.5442 0.4002 0.0556 1 0 0.5305 0.4084 0.0611
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 215 89 126 46 0 5 0 38 0 0 123 0 3 0.5169 0.0000 0.0238 16.800 0.33 5.47 -5.15 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2988 0.5190 0.1822 1 1 0.2975 0.5176 0.1849 1 1 0.2957 0.5158 0.1885
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.050 1 -3 1 781 189 592 101 0 6 0 82 0 0 590 0 2 0.5344 0.0000 0.0034 30.500 0.34 3.30 -2.97 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4409 0.4770 0.0821 1 1 0.4353 0.4782 0.0865 1 1 0.4277 0.4798 0.0925
chr2 65072937 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 3 546 131 415 65 1 6 0 59 0 0 414 0 1 0.4962 0.0000 0.0024 20.833 0.31 3.03 -2.73 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3042 0.5276 0.1681 1 1 0.3031 0.5255 0.1714 1 1 0.3015 0.5229 0.1756
chr2 70984816 TGCCCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 738 187 551 95 0 10 0 82 0 0 550 0 1 0.5080 0.0000 0.0018 17.700 1.20 6.91 -5.71 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3733 0.5127 0.1140 1 1 0.3701 0.5116 0.1183 1 1 0.3657 0.5103 0.1241
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 647 173 474 1 1 49 118 4 0 0 464 10 0 0.0058 0.0000 0.0211 2.542 4.00 6.00 -2.00 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1646 0.8354 2 2 0.0000 0.0758 0.9242 2 2 0.0000 0.0624 0.9376
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 647 174 473 0 1 48 3 122 0 0 460 3 10 0.0000 0.0000 0.0275 2.617 9.26 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0376 0.9624 2 2 0.0000 0.0391 0.9609 2 2 0.0000 0.0417 0.9583
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 443 84 359 0 0 8 0 76 0 0 357 0 2 0.0000 0.0000 0.0056 9.500 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1240 0.8760 2 2 0.0000 0.1283 0.8717 2 2 0.0000 0.1344 0.8656
chr2 74958681 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 313 85 228 76 2 4 0 3 0 1 227 0 0 0.8941 0.0000 0.0044 20.250 0.75 3.33 -2.58 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0518 0.9482 0.0000 0 1 0.4861 0.5139 0.0000 0 0 0.6854 0.3146 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 372 148 224 120 2 18 0 8 1 0 223 0 0 0.8108 0.0045 0.0045 7.222 0.60 2.75 -2.15 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0903 0.9097 0.0000 0 1 0.4935 0.5065 0.0000
chr2 85754556 ACGC A 0.500000 0.050 1 -3 4 657 170 487 88 3 20 2 57 0 0 484 1 2 0.5176 0.0000 0.0062 7.500 1.11 3.49 -2.38 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6143 0.3511 0.0346 1 0 0.6030 0.3591 0.0379 1 0 0.5875 0.3698 0.0427
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 583 158 425 0 0 25 6 127 0 0 423 0 2 0.0000 0.0000 0.0047 5.320 3.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0324 0.9676 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0378 0.9622
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 794 213 581 194 1 12 1 5 0 0 581 0 0 0.9108 0.0000 0.0000 16.667 0.41 6.20 -5.79 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.7074 0.2926 0.0000 0 0 0.9220 0.0780 0.0000
chr2 97702739 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 330 139 191 128 2 2 0 7 0 0 191 0 0 0.9209 0.0000 0.0000 68.500 0.14 1.14 -1.00 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1908 0.8092 0.0000 0 0 0.6273 0.3727 0.0000
chr2 108308425 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 171 91 80 87 0 1 0 3 0 0 80 0 0 0.9560 0.0000 0.0000 90.000 0.11 3.33 -3.22 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0632 0.9368 0.0000 0 0 0.5359 0.4641 0.0000 0 0 0.7253 0.2747 0.0000
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 215 121 94 115 1 4 0 1 0 0 94 0 0 0.9504 0.0000 0.0000 29.000 0.20 0.00 0.20 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7831 0.2169 0.0000 0 0 0.8994 0.1006 0.0000 0 0 0.9173 0.0827 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 591 149 442 0 0 0 0 149 0 0 433 0 9 0.0000 0.0000 0.0204 149.000 5.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 328 112 216 53 0 10 0 49 0 0 214 0 2 0.4732 0.0000 0.0093 10.200 0.51 6.35 -5.84 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2579 0.5305 0.2116 1 1 0.2582 0.5282 0.2136 1 1 0.2586 0.5253 0.2160
chr2 131040094 G GAGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 568 178 390 82 2 11 0 83 1 0 388 0 1 0.4607 0.0026 0.0051 15.091 0.34 5.51 -5.16 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5512 0.2173 1 1 0.2332 0.5474 0.2195 1 1 0.2353 0.5425 0.2222
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 756 234 522 6 0 5 0 223 0 0 519 0 3 0.0256 0.0000 0.0057 45.800 0.33 1.77 -1.44 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 2 0.0000 0.1710 0.8290 2 2 0.0000 0.0395 0.9605
chr2 131528321 C CCTGG 0.500000 0.050 1 4 1 540 136 404 69 0 5 0 62 1 0 400 1 2 0.5074 0.0025 0.0099 26.200 0.36 3.95 -3.59 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2912 0.5332 0.1756 1 1 0.2906 0.5307 0.1787 1 1 0.2897 0.5275 0.1827
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 491 128 363 62 0 3 1 62 0 0 360 0 3 0.4844 0.0000 0.0083 41.667 0.24 2.87 -2.63 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1878 0.5342 0.2780 1 1 0.1905 0.5317 0.2778 1 1 0.1941 0.5284 0.2775
chr2 186694302 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 344 144 200 66 0 11 4 63 0 0 195 0 5 0.4583 0.0000 0.0250 11.727 2.58 8.16 -5.58 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1761 0.5339 0.2901 1 1 0.1792 0.5313 0.2895 1 1 0.1832 0.5281 0.2887
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 343 156 187 6 60 21 1 68 0 0 187 0 0 0.0385 0.0000 0.0000 6.650 0.17 2.71 -2.54 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1329 0.5074 0.3597 1 1 0.1369 0.5067 0.3564 1 1 0.1422 0.5060 0.3519
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 232 68 164 25 8 12 3 20 0 0 164 0 0 0.3676 0.0000 0.0000 4.167 0.40 1.25 -0.85 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3618 0.4914 0.1468 1 1 0.3577 0.4920 0.1503 1 1 0.3523 0.4928 0.1549
chr2 196666794 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 182 74 108 55 2 7 3 7 0 0 108 0 0 0.7432 0.0000 0.0000 9.143 0.69 1.29 -0.59 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0255 0.9745 0.0000 0 1 0.1730 0.8270 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 520 121 399 4 0 34 4 79 0 0 391 2 6 0.0331 0.0000 0.0201 2.636 1.00 4.29 -3.29 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9855 0.0145 2 1 0.0000 0.6010 0.3990 2 2 0.0000 0.3293 0.6707
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 520 121 399 6 11 98 2 4 0 5 393 1 0 0.0496 0.0000 0.0150 0.172 2.83 3.25 -0.42 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4019 0.4697 0.1284 1 1 0.3934 0.4753 0.1313 1 1 0.3745 0.4959 0.1296
chr2 210315041 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 215 72 143 36 5 10 3 18 0 0 142 0 1 0.5000 0.0000 0.0070 5.800 0.44 1.44 -1.00 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4975 0.4244 0.0781 1 0 0.4884 0.4293 0.0823 1 0 0.4762 0.4356 0.0882
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 257 87 170 46 0 3 1 37 0 0 169 0 1 0.5287 0.0000 0.0059 28.000 0.20 3.35 -3.16 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3255 0.5114 0.1632 1 1 0.3231 0.5105 0.1664 1 1 0.3200 0.5094 0.1706
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 556 127 429 0 0 14 3 110 0 1 423 0 5 0.0000 0.0000 0.0140 7.929 7.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0629 0.9371 2 2 0.0000 0.0633 0.9367 2 2 0.0000 0.0655 0.9345
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 884 207 677 10 0 43 1 153 0 0 662 0 15 0.0483 0.0000 0.0222 3.905 1.70 6.54 -4.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9229 0.0771 2 2 0.0000 0.4108 0.5892
chr2 231460727 TTCG T 0.500000 0.050 1 -3 1 665 132 533 70 1 12 0 49 0 0 533 0 0 0.5303 0.0000 0.0000 9.917 0.40 3.29 -2.89 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5253 0.4139 0.0609 1 0 0.5160 0.4191 0.0650 1 0 0.5034 0.4259 0.0707
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 368 144 224 5 0 1 0 138 0 0 224 0 0 0.0347 0.0000 0.0000 143.000 0.20 3.91 -3.71 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 2 0.0000 0.4840 0.5160 2 2 0.0000 0.1900 0.8100
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 178 75 103 39 0 6 0 30 0 0 103 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 11.500 0.74 2.83 -2.09 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3565 0.4971 0.1464 1 1 0.3528 0.4973 0.1499 1 1 0.3479 0.4975 0.1547
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 820 250 570 240 0 1 0 9 0 0 570 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 249.000 0.33 1.00 -0.68 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4733 0.5267 0.0000 0 0 0.9162 0.0838 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 378 93 285 65 1 18 0 9 0 0 285 0 0 0.6989 0.0000 0.0000 4.167 0.40 2.56 -2.16 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0124 0.9876 0.0000 0 1 0.1466 0.8534 0.0000
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 444 121 323 8 0 0 0 113 0 0 322 0 1 0.0661 0.0000 0.0031 121.000 0.88 2.30 -1.43 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9263 0.0737 2 1 0.0000 0.5597 0.4403
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 633 161 472 0 0 2 1 158 0 0 465 0 7 0.0000 0.0000 0.0148 79.500 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0025 0.9975
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 501 104 397 1 1 12 0 90 0 0 372 0 25 0.0096 0.0000 0.0630 7.583 12.00 11.73 0.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5901 0.4099 2 2 0.0000 0.3626 0.6374 2 2 0.0000 0.3093 0.6907
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCAGCCCGCGCCGCA 0.034887 0.050 1 24 2 501 104 397 1 4 91 1 7 0 0 376 5 16 0.0096 0.0000 0.0529 0.124 12.00 8.57 3.43 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.9764 0.0236 2 1 0.0000 0.9582 0.0418
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 187 74 113 38 0 3 0 33 0 0 113 0 0 0.5135 0.0000 0.0000 23.667 0.03 1.12 -1.09 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3018 0.5141 0.1841 1 1 0.3003 0.5130 0.1867 1 1 0.2982 0.5117 0.1901
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.050 1 -3 3 701 299 402 163 2 2 9 123 0 0 400 0 2 0.5452 0.0000 0.0050 143.500 5.84 3.19 2.65 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6390 0.3390 0.0220 1 0 0.6289 0.3465 0.0246 1 0 0.6148 0.3566 0.0286
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 744 248 496 105 9 35 2 97 0 2 489 0 5 0.4234 0.0000 0.0141 6.086 0.18 5.24 -5.06 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3638 0.5253 0.1109 1 1 0.3615 0.5232 0.1153 1 1 0.3580 0.5207 0.1213
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 744 248 496 114 0 45 0 89 2 0 489 0 5 0.4597 0.0040 0.0141 4.511 0.40 5.53 -5.12 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4962 0.4442 0.0595 1 0 0.4891 0.4473 0.0636 1 0 0.4792 0.4514 0.0694
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 623 199 424 0 0 8 0 191 0 0 423 0 1 0.0000 0.0000 0.0024 23.875 2.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 331 117 214 0 1 3 0 113 0 0 210 0 4 0.0000 0.0000 0.0187 37.667 4.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0588 0.9412 2 2 0.0000 0.0607 0.9393 2 2 0.0000 0.0639 0.9361
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 620 162 458 1 0 23 7 131 0 0 456 0 2 0.0062 0.0000 0.0044 6.000 1.00 3.19 -2.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1314 0.8686 2 2 0.0000 0.0583 0.9417 2 2 0.0000 0.0483 0.9517
chr3 47002084 T TGCAGCTGCA 0.500000 0.050 1 9 2 967 176 791 83 0 41 0 52 0 0 787 0 4 0.4716 0.0000 0.0051 3.293 1.27 8.17 -6.91 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5906 0.3684 0.0409 1 0 0.5797 0.3758 0.0445 1 0 0.5648 0.3856 0.0496
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 406 102 304 0 0 17 0 85 0 0 302 0 2 0.0000 0.0000 0.0066 5.000 6.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1012 0.8988 2 2 0.0000 0.1052 0.8948 2 2 0.0000 0.1110 0.8890
chr3 53290795 A ATGGCAC 0.500000 0.050 1 6 3 157 47 110 27 0 1 3 16 0 0 106 0 4 0.5745 0.0000 0.0364 46.000 1.59 6.31 -4.72 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2958 0.5098 0.1944 1 1 0.2943 0.5090 0.1966 1 1 0.2924 0.5081 0.1995
chr3 54918482 GCT G 0.500000 0.050 1 -2 1 413 140 273 136 1 1 0 2 0 0 273 0 0 0.9714 0.0000 0.0000 138.000 0.18 2.00 -1.82 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5447 0.4553 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000 0 0 0.9266 0.0734 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 196 112 84 52 2 10 0 48 0 0 81 0 3 0.4643 0.0000 0.0357 10.200 0.02 6.88 -6.86 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2699 0.5293 0.2008 1 1 0.2699 0.5271 0.2030 1 1 0.2697 0.5243 0.2060
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 239 100 139 0 0 6 33 61 0 0 137 0 2 0.0000 0.0000 0.0144 15.667 3.74 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0836 0.9164 2 2 0.0000 0.0874 0.9126 2 2 0.0000 0.0928 0.9072
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 239 103 136 2 0 5 59 37 0 0 136 0 0 0.0194 0.0000 0.0000 19.600 1.00 3.81 -2.81 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7123 0.2877 2 2 0.0000 0.2770 0.7230 2 2 0.0000 0.1848 0.8152
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 579 130 449 75 1 4 0 50 0 0 448 0 1 0.5769 0.0000 0.0022 31.250 0.17 1.42 -1.25 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5646 0.3868 0.0486 1 0 0.5541 0.3934 0.0525 1 0 0.5401 0.4021 0.0579
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 378 118 260 105 0 9 0 4 0 0 260 0 0 0.8898 0.0000 0.0000 12.111 0.36 1.00 -0.64 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 1 0.4838 0.5162 0.0000 0 0 0.7380 0.2620 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 125 55 70 5 0 1 7 42 0 0 69 1 0 0.0909 0.0000 0.0143 54.000 0.20 1.21 -1.01 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8902 0.1098 2 1 0.0000 0.6607 0.3393
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1107 291 816 0 1 67 4 219 0 0 816 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.484 6.65 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 590 163 427 81 0 3 0 79 0 0 426 1 0 0.4969 0.0000 0.0023 53.333 0.26 3.06 -2.80 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2378 0.5486 0.2136 1 1 0.2393 0.5450 0.2158 1 1 0.2411 0.5404 0.2186
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 447 131 316 73 0 1 0 57 0 0 316 0 0 0.5573 0.0000 0.0000 130.000 0.81 1.98 -1.17 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4408 0.4685 0.0906 1 1 0.4346 0.4705 0.0949 1 1 0.4261 0.4730 0.1009
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 192 96 96 3 0 0 0 93 0 0 95 0 1 0.0312 0.0000 0.0104 96.000 0.33 2.43 -2.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9248 0.0752 2 2 0.0000 0.4212 0.5788 2 2 0.0000 0.2424 0.7576
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 351 115 236 59 1 2 0 53 0 0 236 0 0 0.5130 0.0000 0.0000 56.500 1.22 2.28 -1.06 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3200 0.5198 0.1602 1 1 0.3181 0.5183 0.1636 1 1 0.3156 0.5164 0.1680
chr3 133574137 CGCGGGCGCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 216 81 135 71 1 7 0 2 0 0 135 0 0 0.8765 0.0000 0.0000 10.571 0.45 9.00 -8.55 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1895 0.8105 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr3 150703735 A ACCTCCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 469 77 392 34 0 10 0 33 0 0 386 0 6 0.4416 0.0000 0.0153 6.700 0.53 8.61 -8.08 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1840 0.5148 0.3013 1 1 0.1866 0.5136 0.2998 1 1 0.1900 0.5122 0.2978
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 325 106 219 99 0 2 0 5 0 0 219 0 0 0.9340 0.0000 0.0000 52.000 0.16 1.20 -1.04 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.2917 0.7083 0.0000 0 0 0.6268 0.3732 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 432 159 273 121 2 22 1 13 0 0 273 0 0 0.7610 0.0000 0.0000 6.227 0.26 3.23 -2.97 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.0955 0.9045 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 593 150 443 121 6 21 0 2 0 0 443 0 0 0.8067 0.0000 0.0000 6.143 0.51 3.00 -2.49 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4829 0.5171 0.0000 0 0 0.8576 0.1424 0.0000 0 0 0.9089 0.0911 0.0000
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 394 255 139 241 1 8 0 5 0 0 139 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 30.875 0.69 3.00 -2.31 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1119 0.8881 0.0000 0 0 0.9327 0.0673 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr3 195726176 GTTAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 1486 293 1193 263 0 3 0 27 0 0 1190 0 3 0.8976 0.0000 0.0025 96.667 1.32 6.70 -5.39 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0078 0.9922 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 781 161 620 3 0 18 0 140 0 0 584 1 35 0.0186 0.0000 0.0581 7.944 0.67 11.77 -11.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6163 0.3837 2 2 0.0000 0.0885 0.9115 2 2 0.0000 0.0432 0.9568
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 221 92 129 1 0 21 2 68 0 0 126 0 3 0.0109 0.0000 0.0233 3.381 3.00 9.54 -6.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4231 0.5769 2 2 0.0000 0.2407 0.7593 2 2 0.0000 0.2005 0.7995
chr4 441751 CAG C 0.002391 0.050 1 -2 1 474 103 371 91 0 1 0 11 0 0 371 0 0 0.8835 0.0000 0.0000 102.000 0.77 2.00 -1.23 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7178 0.2822 0.0000 0 0 0.9841 0.0159 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 560 98 462 0 0 0 0 98 0 0 376 3 83 0.0000 0.0000 0.1861 98.000 15.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 621 215 406 0 0 70 8 137 0 1 381 4 20 0.0000 0.0000 0.0616 2.043 8.12 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0487 0.9513 2 2 0.0000 0.0518 0.9482 2 2 0.0000 0.0567 0.9433
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.050 1 -2 1 623 235 388 67 11 19 136 2 2 3 380 3 0 0.2851 0.0052 0.0206 18.250 7.13 5.50 1.63 19 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0778 0.8116 0.1106 1 1 0.0857 0.8106 0.1037 1 1 0.0971 0.8079 0.0950
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.050 1 -1 1 623 231 392 71 18 135 7 0 2 4 384 2 0 0.3074 0.0051 0.0204 1.153 7.31 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8654 0.1346 0.0000 0 0 0.9601 0.0399 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr4 3074934 CAA C 0.000234 0.050 1 -2 1 623 219 404 95 102 6 14 2 1 5 395 2 1 0.4338 0.0025 0.0223 103.000 7.32 5.50 1.82 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3710 0.6290 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr4 3074938 AG A 0.000242 0.050 1 -1 1 623 221 402 163 35 13 6 4 3 9 386 3 1 0.7376 0.0075 0.0398 25.250 7.98 8.00 -0.02 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8074 0.1926 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 584 155 429 81 0 7 0 67 0 0 422 0 7 0.5226 0.0000 0.0163 21.143 0.49 11.18 -10.69 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5114 0.4696 0.0190 1 0 0.5114 0.4692 0.0195 1 0 0.5111 0.4687 0.0202
chr4 13599332 A ATGC 0.500000 0.050 1 3 2 751 186 565 175 0 8 0 3 0 0 564 0 1 0.9409 0.0000 0.0018 22.250 0.21 3.00 -2.79 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1066 0.8934 0.0000 0 0 0.8381 0.1619 0.0000 0 0 0.9375 0.0625 0.0000
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 774 222 552 5 0 28 0 189 0 0 529 0 23 0.0225 0.0000 0.0417 7.462 3.60 7.93 -4.33 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9444 0.0556 2 2 0.0000 0.1369 0.8631 2 2 0.0000 0.0401 0.9599
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 785 252 533 12 0 40 8 192 0 1 520 1 11 0.0476 0.0000 0.0244 5.385 1.75 7.51 -5.76 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9542 0.0458 2 2 0.0000 0.3940 0.6060
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 653 133 520 118 0 11 0 4 0 0 518 1 1 0.8872 0.0000 0.0038 11.091 1.10 9.75 -8.65 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.3622 0.6378 0.0000 0 0 0.7020 0.2980 0.0000
chr4 56448597 GGTACAGATAAAACAA G 0.500000 0.050 1 -15 2 371 105 266 87 0 14 0 4 0 0 266 0 0 0.8286 0.0000 0.0000 6.500 0.09 11.25 -11.16 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 1 0.3715 0.6285 0.0000 0 0 0.6454 0.3546 0.0000
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.050 1 -48 1 982 246 736 108 5 72 4 57 0 0 736 0 0 0.4390 0.0000 0.0000 2.423 0.43 2.70 -2.28 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8368 0.1583 0.0049 1 0 0.8246 0.1695 0.0059 1 0 0.8073 0.1852 0.0075
chr4 68098997 TATTCAGCTCGTGAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 158 56 102 39 0 5 0 12 0 0 101 0 1 0.6964 0.0000 0.0098 10.200 0.03 13.67 -13.64 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6003 0.3538 0.0459 1 0 0.5874 0.3630 0.0496 1 0 0.5355 0.4131 0.0514
chr4 68827423 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 428 183 245 172 0 7 0 4 0 0 245 0 0 0.9399 0.0000 0.0000 25.143 0.13 1.00 -0.87 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1079 0.8921 0.0000 0 0 0.8296 0.1704 0.0000 0 0 0.9334 0.0666 0.0000
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 406 111 295 56 0 3 0 52 0 9 282 0 4 0.5045 0.0000 0.0441 36.000 0.91 3.54 -2.63 42 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3355 0.5159 0.1486 1 1 0.3331 0.5147 0.1522 1 1 0.3298 0.5131 0.1570
chr4 71567805 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 464 108 356 103 0 3 0 2 0 0 356 0 0 0.9537 0.0000 0.0000 35.000 0.56 1.00 -0.44 83 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3445 0.6555 0.0000 0 0 0.7700 0.2300 0.0000 0 0 0.8490 0.1510 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.050 1 3 1 358 131 227 61 2 3 0 65 0 0 227 0 0 0.4656 0.0000 0.0000 42.667 0.57 3.52 -2.95 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2083 0.5378 0.2539 1 1 0.2104 0.5349 0.2546 1 1 0.2132 0.5314 0.2554
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 165 71 94 41 0 4 0 26 0 0 94 0 0 0.5775 0.0000 0.0000 16.750 0.02 1.19 -1.17 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4423 0.4573 0.1004 1 1 0.4352 0.4602 0.1046 1 1 0.4258 0.4639 0.1103
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2378 523 1855 193 4 152 8 166 0 3 1832 3 17 0.3690 0.0000 0.0124 2.497 1.50 8.03 -6.53 65 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2553 0.6063 0.1385 1 1 0.2582 0.5985 0.1434 1 1 0.2616 0.5886 0.1498
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 3635 771 2864 376 13 61 10 311 6 18 2820 7 13 0.4877 0.0021 0.0154 12.607 1.60 5.24 -3.64 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.8886 0.1109 0.0006 1 0 0.8810 0.1183 0.0007 1 0 0.8699 0.1291 0.0011
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3925 849 3076 411 14 44 12 368 42 56 2777 158 43 0.4841 0.0137 0.0972 19.875 2.82 8.31 -5.49 85 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0113 0.5205 0.4682 1 1 0.0132 0.5135 0.4733 1 1 0.0161 0.5054 0.4785
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 4083 955 3128 795 24 107 8 21 43 72 2822 105 86 0.8325 0.0137 0.0978 7.981 3.26 8.38 -5.12 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3490 1006 2484 67 21 185 40 693 272 54 2083 33 42 0.0666 0.1095 0.1614 4.357 2.90 8.79 -5.89 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 187 75 112 41 0 2 0 32 0 0 112 0 0 0.5467 0.0000 0.0000 36.500 0.10 3.16 -3.06 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3556 0.4983 0.1461 1 1 0.3520 0.4984 0.1496 1 1 0.3471 0.4985 0.1543
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 689 174 515 82 0 10 0 82 0 0 512 0 3 0.4713 0.0000 0.0058 16.400 0.87 3.51 -2.65 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1927 0.5481 0.2592 1 1 0.1955 0.5445 0.2600 1 1 0.1991 0.5400 0.2609
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 533 234 299 0 0 33 10 191 0 0 296 0 3 0.0000 0.0000 0.0100 6.091 3.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0075 0.9925
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 504 181 323 10 71 33 4 63 0 4 318 1 0 0.0552 0.0000 0.0155 4.625 2.80 3.81 -1.01 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4502 0.4663 0.0834 1 1 0.4439 0.4683 0.0878 1 1 0.4353 0.4710 0.0938
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 506 194 312 92 2 25 1 74 0 1 305 1 5 0.4742 0.0000 0.0224 6.760 3.42 9.96 -6.54 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4023 0.4975 0.1002 1 1 0.3980 0.4974 0.1046 1 1 0.3921 0.4974 0.1105
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 310 161 149 151 0 8 0 2 0 0 149 0 0 0.9379 0.0000 0.0000 19.125 0.07 5.00 -4.93 59 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6306 0.3694 0.0000 0 0 0.9159 0.0841 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000
chr4 154237107 A AGTT 0.500000 0.050 1 3 1 621 147 474 78 0 9 0 60 0 0 474 0 0 0.5306 0.0000 0.0000 15.333 0.09 3.17 -3.08 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4671 0.4541 0.0788 1 0 0.4600 0.4569 0.0831 1 1 0.4504 0.4606 0.0890
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 295 124 171 94 0 22 0 8 0 0 170 0 1 0.7581 0.0000 0.0058 4.636 0.63 4.75 -4.12 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0248 0.9752 0.0000 0 1 0.2526 0.7474 0.0000
chr4 168878233 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 440 88 352 75 1 7 0 5 0 0 351 1 0 0.8523 0.0000 0.0028 11.429 0.43 2.00 -1.57 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.1414 0.8586 0.0000 0 1 0.4316 0.5684 0.0000
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.050 1 -9 2 317 82 235 45 0 4 0 33 0 0 233 0 2 0.5488 0.0000 0.0085 19.500 0.18 10.30 -10.13 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3680 0.4950 0.1369 1 1 0.3640 0.4953 0.1407 1 1 0.3586 0.4957 0.1457
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 736 159 577 60 2 14 0 83 0 0 575 0 2 0.3774 0.0000 0.0035 10.286 0.82 3.24 -2.42 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0537 0.4070 0.5394 1 2 0.0576 0.4124 0.5299 1 2 0.0632 0.4196 0.5172
chr5 33527203 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 265 105 160 60 0 3 0 42 0 0 160 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 34.000 0.25 1.07 -0.82 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4764 0.4433 0.0804 1 0 0.4685 0.4469 0.0847 1 0 0.4579 0.4516 0.0906
chr5 45695884 GCCGCCGCCA G 0.500000 0.050 1 -9 2 318 102 216 39 0 23 0 40 0 0 215 0 1 0.3824 0.0000 0.0046 3.435 1.10 7.33 -6.22 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2148 0.5232 0.2620 1 1 0.2165 0.5214 0.2620 1 1 0.2187 0.5192 0.2620
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 826 183 643 0 0 25 6 152 0 0 637 0 6 0.0000 0.0000 0.0093 6.320 3.48 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0193 0.9807
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 2 410 153 257 125 6 18 2 2 0 0 257 0 0 0.8170 0.0000 0.0000 7.444 1.01 5.00 -3.99 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2126 0.7874 0.0000 0 0 0.7566 0.2434 0.0000 0 0 0.8711 0.1289 0.0000
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 367 49 318 0 0 28 1 20 0 2 312 1 3 0.0000 0.0000 0.0189 0.714 4.90 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6886 0.3114 2 1 0.0000 0.5517 0.4483 2 2 0.0000 0.4834 0.5166
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 403 118 285 46 0 9 1 62 0 0 281 0 4 0.3898 0.0000 0.0140 12.111 0.33 5.73 -5.40 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0648 0.4197 0.5155 1 2 0.0690 0.4246 0.5064 1 2 0.0747 0.4310 0.4942
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 491 123 368 0 0 4 0 119 0 0 364 0 4 0.0000 0.0000 0.0109 29.750 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0433 0.9567 2 2 0.0000 0.0459 0.9541 2 2 0.0000 0.0498 0.9502
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 370 112 258 50 0 5 1 56 0 0 251 0 7 0.4464 0.0000 0.0271 21.400 1.18 19.66 -18.48 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1043 0.4792 0.4165 1 1 0.1086 0.4805 0.4109 1 1 0.1144 0.4822 0.4034
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 357 92 265 40 0 2 0 50 0 0 260 1 4 0.4348 0.0000 0.0189 45.000 1.68 23.20 -21.52 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0983 0.4652 0.4364 1 1 0.1026 0.4675 0.4299 1 1 0.1084 0.4705 0.4212
chr5 96803753 GACGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 561 166 395 87 0 5 1 73 0 0 393 1 1 0.5241 0.0000 0.0051 40.250 0.16 5.11 -4.95 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3601 0.5158 0.1241 1 1 0.3573 0.5145 0.1283 1 1 0.3533 0.5129 0.1339
chr5 96889375 CTCTT C 0.500000 0.050 1 -4 3 217 51 166 29 0 1 0 21 0 0 166 0 0 0.5686 0.0000 0.0000 50.000 0.83 4.10 -3.27 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3466 0.4962 0.1572 1 1 0.3431 0.4965 0.1604 1 1 0.3385 0.4968 0.1647
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 264 82 182 39 2 3 0 38 0 0 182 0 0 0.4756 0.0000 0.0000 26.000 0.21 3.11 -2.90 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2719 0.5216 0.2065 1 1 0.2715 0.5200 0.2085 1 1 0.2711 0.5180 0.2110
chr5 113488351 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 234 96 138 42 2 19 0 33 0 0 138 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 4.053 1.52 4.88 -3.35 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3815 0.4888 0.1297 1 1 0.3769 0.4895 0.1336 1 1 0.3708 0.4905 0.1388
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 569 124 445 50 3 68 0 3 0 0 445 0 0 0.4032 0.0000 0.0000 0.824 0.46 1.33 -0.87 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0358 0.9642 0.0000 0 1 0.3853 0.6147 0.0000 0 0 0.5915 0.4085 0.0000
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 390 124 266 98 0 25 0 1 0 1 265 0 0 0.7903 0.0000 0.0038 3.960 0.44 10.00 -9.56 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7025 0.2975 0.0000 0 0 0.8550 0.1450 0.0000 0 0 0.8810 0.1190 0.0000
chr5 128084251 GGCGGCGGCGGCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 773 174 599 150 0 21 0 3 0 0 599 0 0 0.8621 0.0000 0.0000 7.650 0.97 14.67 -13.69 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2484 0.7516 0.0000 0 0 0.8470 0.1530 0.0000 0 0 0.9238 0.0762 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 567 150 417 122 0 22 0 6 0 0 417 0 0 0.8133 0.0000 0.0000 5.818 0.42 7.33 -6.92 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2713 0.7287 0.0000 0 0 0.6692 0.3308 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 191 77 114 71 0 3 0 3 0 0 113 1 0 0.9221 0.0000 0.0088 24.667 0.31 3.33 -3.02 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0116 0.9884 0.0000 0 1 0.2954 0.7046 0.0000 0 0 0.5579 0.4421 0.0000
chr5 140966860 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 574 174 400 94 1 12 1 66 0 0 400 0 0 0.5402 0.0000 0.0000 13.417 1.13 6.18 -5.05 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5951 0.3668 0.0381 1 0 0.5843 0.3741 0.0416 1 0 0.5696 0.3838 0.0466
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 2 644 167 477 56 6 43 1 61 0 0 474 1 2 0.3353 0.0000 0.0063 2.884 0.54 3.07 -2.53 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1981 0.5359 0.2660 1 1 0.2005 0.5332 0.2662 1 1 0.2037 0.5298 0.2664
chr5 141945390 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 408 113 295 53 0 9 0 51 0 0 292 0 3 0.4690 0.0000 0.0102 11.556 0.42 6.20 -5.78 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2199 0.5322 0.2479 1 1 0.2216 0.5298 0.2486 1 1 0.2238 0.5267 0.2495
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 329 135 194 105 2 21 1 6 0 0 194 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 5.429 0.35 4.33 -3.98 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1174 0.8826 0.0000 0 1 0.4922 0.5078 0.0000
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 736 175 561 92 0 0 0 83 0 0 557 2 2 0.5257 0.0000 0.0071 175.000 0.12 4.01 -3.89 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2793 0.5474 0.1733 1 1 0.2795 0.5439 0.1766 1 1 0.2796 0.5394 0.1810
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 738 184 554 100 0 1 1 82 0 0 548 3 3 0.5435 0.0000 0.0108 183.000 0.12 4.11 -3.99 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3579 0.5221 0.1200 1 1 0.3554 0.5203 0.1243 1 1 0.3518 0.5181 0.1301
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 718 185 533 3 0 4 0 178 0 0 531 0 2 0.0162 0.0000 0.0038 45.250 0.00 1.87 -1.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5847 0.4153 2 2 0.0000 0.0800 0.9200 2 2 0.0000 0.0390 0.9610
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 563 156 407 148 0 5 0 3 0 0 407 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 30.200 0.24 1.00 -0.76 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2424 0.7576 0.0000 0 0 0.8390 0.1610 0.0000 0 0 0.9194 0.0806 0.0000
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 118 58 60 30 0 0 0 28 0 0 60 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 58.000 0.03 1.07 -1.04 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2656 0.5165 0.2179 1 1 0.2654 0.5152 0.2194 1 1 0.2650 0.5137 0.2213
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 379 134 245 7 0 4 0 123 0 0 243 0 2 0.0522 0.0000 0.0082 32.500 0.43 4.85 -4.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8309 0.1691 2 2 0.0000 0.4024 0.5976
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 379 138 241 4 0 0 0 134 0 0 238 0 3 0.0290 0.0000 0.0124 138.000 0.00 4.20 -4.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9562 0.0438 2 2 0.0000 0.3302 0.6698 2 2 0.0000 0.1422 0.8578
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 195 75 120 33 0 4 0 38 0 0 120 0 0 0.4400 0.0000 0.0000 17.750 0.06 3.03 -2.97 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1841 0.5141 0.3018 1 1 0.1867 0.5130 0.3003 1 1 0.1901 0.5117 0.2982
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 435 95 340 6 0 5 0 84 0 0 338 0 2 0.0632 0.0000 0.0059 18.000 1.00 3.80 -2.80 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8683 0.1317 2 1 0.0000 0.5419 0.4581
chr5 178994872 CCGCCTGCGCCAGCCA C 0.500000 0.050 1 -15 3 441 134 307 74 1 1 1 57 0 0 305 0 2 0.5522 0.0000 0.0065 133.000 0.59 12.84 -12.25 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4255 0.4780 0.0965 1 1 0.4198 0.4793 0.1009 1 1 0.4122 0.4811 0.1068
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 482 224 258 177 6 40 0 1 0 0 258 0 0 0.7902 0.0000 0.0000 4.600 0.76 3.00 -2.24 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9513 0.0487 0.0000 0 0 0.9791 0.0209 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000
chr5 179644808 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 373 103 270 97 0 4 0 2 0 0 270 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 24.750 0.59 3.50 -2.91 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3050 0.6950 0.0000 0 0 0.7420 0.2580 0.0000 0 0 0.8295 0.1705 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 636 93 543 39 0 9 0 45 0 0 543 0 0 0.4194 0.0000 0.0000 9.333 0.15 3.49 -3.34 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1727 0.5148 0.3125 1 1 0.1756 0.5137 0.3107 1 1 0.1795 0.5123 0.3082
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 550 126 424 56 0 16 2 52 0 0 423 0 1 0.4444 0.0000 0.0024 6.812 0.61 3.42 -2.82 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2413 0.5336 0.2250 1 1 0.2421 0.5311 0.2268 1 1 0.2431 0.5279 0.2290
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1255 293 962 76 91 97 19 10 0 1 959 2 0 0.2594 0.0000 0.0031 1.563 5.39 3.40 1.99 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0287 0.9713 0.0000
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.050 1 -15 1 466 130 336 122 0 3 0 5 0 0 336 0 0 0.9385 0.0000 0.0000 42.333 0.44 12.40 -11.96 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0281 0.9719 0.0000 0 0 0.7684 0.2316 0.0000 0 0 0.9305 0.0695 0.0000
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 936 220 716 122 0 7 0 91 0 0 713 0 3 0.5545 0.0000 0.0042 30.429 0.17 2.08 -1.90 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7353 0.2607 0.0040 1 0 0.7285 0.2671 0.0044 1 0 0.7192 0.2758 0.0050
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 814 181 633 167 1 7 0 6 0 0 630 0 3 0.9227 0.0000 0.0047 24.857 0.09 8.00 -7.91 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2825 0.7175 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 178 80 98 63 0 12 0 5 0 0 98 0 0 0.7875 0.0000 0.0000 5.667 1.16 4.20 -3.04 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1437 0.8563 0.0000 0 1 0.4140 0.5860 0.0000
chr6 29828657 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 538 129 409 65 0 2 0 62 0 0 408 0 1 0.5039 0.0000 0.0024 63.500 0.35 1.69 -1.34 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2539 0.5378 0.2083 1 1 0.2546 0.5349 0.2105 1 1 0.2554 0.5314 0.2133
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 396 110 286 55 0 2 0 53 0 0 286 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 54.000 0.38 1.13 -0.75 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2572 0.5317 0.2111 1 1 0.2576 0.5293 0.2130 1 1 0.2581 0.5263 0.2156
chr6 31027337 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 1307 308 999 156 12 17 2 121 2 8 989 0 0 0.5065 0.0020 0.0100 17.875 2.12 2.43 -0.31 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8219 0.1736 0.0045 1 0 0.8104 0.1842 0.0054 1 0 0.7941 0.1991 0.0069
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 803 216 587 124 0 6 0 86 0 0 587 0 0 0.5741 0.0000 0.0000 35.000 1.03 3.83 -2.79 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7051 0.2785 0.0165 1 0 0.6928 0.2885 0.0187 1 0 0.6758 0.3021 0.0221
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 905 189 716 176 1 9 0 3 0 0 716 0 0 0.9312 0.0000 0.0000 22.500 0.89 5.33 -4.45 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3938 0.6062 0.0000 0 0 0.9148 0.0852 0.0000 0 0 0.9585 0.0415 0.0000
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 439 197 242 2 84 34 0 77 0 0 236 0 6 0.0102 0.0000 0.0248 4.794 0.00 3.92 -3.92 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2568 0.5489 0.1943 1 1 0.2577 0.5452 0.1970 1 1 0.2587 0.5406 0.2006
chr6 32584184 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 338 38 300 19 1 0 2 16 0 1 278 4 17 0.5000 0.0000 0.0733 37.000 12.68 10.50 2.18 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0819 0.4298 0.4884 1 2 0.0861 0.4344 0.4795 1 2 0.0919 0.4403 0.4677
chr6 32584185 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 338 40 298 18 2 0 11 9 0 0 274 5 19 0.4500 0.0000 0.0805 40.000 12.83 9.89 2.94 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0544 0.3794 0.5662 1 2 0.0584 0.3867 0.5549 1 2 0.0640 0.3962 0.5398
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 510 180 330 157 0 18 0 5 0 0 330 0 0 0.8722 0.0000 0.0000 9.000 0.52 5.60 -5.08 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0145 0.9855 0.0000 0 0 0.6291 0.3709 0.0000 0 0 0.8700 0.1300 0.0000
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 367 77 290 0 0 12 1 64 0 0 263 0 27 0.0000 0.0000 0.0931 5.417 14.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0937 0.9063 2 2 0.0000 0.0993 0.9007
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 602 178 424 102 1 5 0 70 0 0 423 0 1 0.5730 0.0000 0.0024 34.600 0.51 1.21 -0.70 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6437 0.3288 0.0275 1 0 0.6320 0.3376 0.0304 1 0 0.6159 0.3493 0.0348
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 816 209 607 13 0 3 2 191 0 0 606 0 1 0.0622 0.0000 0.0016 103.000 0.08 3.24 -3.16 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9799 0.0201 2 1 0.0000 0.5422 0.4578
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 297 127 170 54 0 19 0 54 0 0 168 0 2 0.4252 0.0000 0.0118 5.684 0.54 5.91 -5.37 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2108 0.5323 0.2569 1 1 0.2128 0.5299 0.2573 1 1 0.2153 0.5268 0.2578
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 865 210 655 103 2 30 0 75 0 0 655 0 0 0.4905 0.0000 0.0000 6.000 0.43 3.29 -2.87 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6184 0.3498 0.0319 1 0 0.6073 0.3577 0.0351 1 0 0.5921 0.3682 0.0397
chr6 44002766 C CGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 521 125 396 80 3 39 1 2 0 0 395 0 1 0.6400 0.0000 0.0025 2.154 2.16 6.00 -3.84 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0480 0.9520 0.0000 0 1 0.4727 0.5273 0.0000 0 0 0.6788 0.3212 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 703 170 533 2 0 84 0 84 0 1 507 0 25 0.0118 0.0000 0.0488 1.024 0.00 7.18 -7.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6577 0.3423 2 2 0.0000 0.2248 0.7752 2 2 0.0000 0.1452 0.8548
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 724 135 589 47 3 44 0 41 0 0 580 1 8 0.3481 0.0000 0.0153 2.045 2.06 4.78 -2.72 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2327 0.5304 0.2370 1 1 0.2339 0.5281 0.2381 1 1 0.2354 0.5252 0.2394
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 622 141 481 134 0 4 0 3 0 0 481 0 0 0.9504 0.0000 0.0000 34.250 0.19 3.00 -2.81 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1787 0.8213 0.0000 0 0 0.7860 0.2140 0.0000 0 0 0.8906 0.1094 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 855 187 668 0 0 8 0 179 0 0 658 0 10 0.0000 0.0000 0.0150 22.375 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 731 161 570 74 1 2 0 84 0 0 557 0 13 0.4596 0.0000 0.0228 79.500 1.16 5.83 -4.67 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0584 0.4275 0.5141 1 2 0.0625 0.4317 0.5058 1 2 0.0682 0.4373 0.4945
chr6 123352527 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 312 95 217 43 5 10 6 31 0 0 216 0 1 0.4526 0.0000 0.0046 8.889 0.42 1.26 -0.84 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3637 0.4974 0.1389 1 1 0.3599 0.4975 0.1426 1 1 0.3547 0.4977 0.1476
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 347 116 231 114 0 0 0 2 0 0 231 0 0 0.9828 0.0000 0.0000 116.000 0.17 1.00 -0.83 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4094 0.5906 0.0000 0 0 0.8145 0.1855 0.0000 0 0 0.8798 0.1202 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 944 230 714 1 0 18 0 211 0 0 708 0 6 0.0043 0.0000 0.0084 11.778 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0079 0.9921
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 208 98 110 44 0 6 0 48 0 0 110 0 0 0.4490 0.0000 0.0000 15.333 0.55 4.08 -3.54 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1918 0.5232 0.2849 1 1 0.1943 0.5215 0.2842 1 1 0.1975 0.5193 0.2832
chr6 156778268 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 2 890 231 659 75 3 54 3 96 3 0 653 0 3 0.3247 0.0046 0.0091 3.259 0.91 3.06 -2.16 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0618 0.4391 0.4991 1 2 0.0660 0.4426 0.4915 1 2 0.0718 0.4472 0.4810
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 558 202 356 0 0 42 0 160 0 0 324 0 32 0.0000 0.0000 0.0899 3.810 15.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 466 176 290 85 0 6 0 85 0 0 289 0 1 0.4830 0.0000 0.0034 28.333 0.22 4.84 -4.61 59 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2125 0.5517 0.2358 1 1 0.2148 0.5478 0.2374 1 1 0.2177 0.5429 0.2393
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 206 83 123 50 0 4 0 29 0 0 123 0 0 0.6024 0.0000 0.0000 19.750 0.38 11.00 -10.62 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5249 0.4093 0.0658 1 0 0.5150 0.4150 0.0699 1 0 0.5019 0.4224 0.0757
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 207 78 129 41 0 7 0 30 0 0 128 0 1 0.5256 0.0000 0.0078 10.143 0.05 11.27 -11.22 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3698 0.4926 0.1376 1 1 0.3656 0.4931 0.1413 1 1 0.3600 0.4937 0.1463
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 334 144 190 0 0 16 7 121 0 0 187 0 3 0.0000 0.0000 0.0158 7.938 3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0353 0.9647 2 2 0.0000 0.0376 0.9624 2 2 0.0000 0.0411 0.9589
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 669 142 527 118 0 22 0 2 2 0 525 0 0 0.8310 0.0038 0.0038 5.455 0.58 7.50 -6.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4389 0.5611 0.0000 0 0 0.8353 0.1647 0.0000 0 0 0.8941 0.1059 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 681 250 431 11 8 31 106 94 0 0 430 1 0 0.0440 0.0000 0.0023 7.316 6.64 13.95 -7.31 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9903 0.0097 2 1 0.0000 0.7153 0.2847
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 273 95 178 36 0 7 2 50 0 0 175 0 3 0.3789 0.0000 0.0169 12.571 0.94 3.96 -3.02 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0754 0.4311 0.4935 1 2 0.0796 0.4355 0.4848 1 2 0.0855 0.4412 0.4733
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 307 128 179 41 1 32 0 54 0 0 178 0 1 0.3203 0.0000 0.0056 3.000 1.24 4.09 -2.85 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1124 0.4812 0.4064 1 1 0.1165 0.4824 0.4011 1 1 0.1221 0.4840 0.3939
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 642 142 500 90 0 5 0 47 0 0 493 0 7 0.6338 0.0000 0.0140 27.400 0.18 10.64 -10.46 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6990 0.2811 0.0199 1 0 0.6860 0.2916 0.0224 1 0 0.6682 0.3057 0.0261
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 214 80 134 38 0 2 0 40 0 0 134 0 0 0.4750 0.0000 0.0000 39.000 0.68 2.05 -1.37 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2152 0.5226 0.2622 1 1 0.2169 0.5209 0.2623 1 1 0.2190 0.5187 0.2622
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 642 188 454 80 1 24 5 78 0 0 454 0 0 0.4255 0.0000 0.0000 6.833 0.38 3.12 -2.74 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2035 0.5487 0.2479 1 1 0.2060 0.5450 0.2490 1 1 0.2092 0.5404 0.2504
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 479 102 377 93 0 7 0 2 0 0 377 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 13.571 0.25 3.50 -3.25 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2841 0.7159 0.0000 0 0 0.7227 0.2773 0.0000 0 0 0.8155 0.1845 0.0000
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 386 121 265 74 0 4 0 43 0 0 264 0 1 0.6116 0.0000 0.0038 29.250 0.22 3.23 -3.02 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6346 0.3327 0.0327 1 0 0.6224 0.3417 0.0359 1 0 0.6057 0.3536 0.0406
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 132 50 82 41 2 3 0 4 0 0 81 1 0 0.8200 0.0000 0.0122 15.000 0.24 1.50 -1.26 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.1501 0.8499 0.0000 0 1 0.3613 0.6387 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 553 136 417 69 0 2 0 65 0 0 417 0 0 0.5074 0.0000 0.0000 67.000 0.35 1.11 -0.76 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2773 0.5360 0.1867 1 1 0.2772 0.5333 0.1895 1 1 0.2769 0.5299 0.1932
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 709 143 566 136 0 3 0 4 0 0 566 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 46.667 0.31 1.00 -0.69 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0440 0.9560 0.0000 0 0 0.6652 0.3348 0.0000 0 0 0.8550 0.1450 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 248 94 154 47 0 3 1 43 0 0 154 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 30.333 0.17 3.26 -3.09 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2725 0.5250 0.2025 1 1 0.2722 0.5231 0.2046 1 1 0.2718 0.5208 0.2074
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 439 117 322 1 1 106 2 7 0 0 319 1 2 0.0085 0.0000 0.0093 0.095 0.00 5.14 -5.14 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2208 0.5038 0.2754 1 1 0.2209 0.5044 0.2747 1 1 0.2202 0.5052 0.2746
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 436 116 320 1 103 4 0 8 0 0 319 1 0 0.0086 0.0000 0.0031 3.333 0.00 4.88 -4.88 1 0/1 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0159 0.9841 0.0000 0 1 0.1768 0.8232 0.0000
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 301 92 209 39 5 17 0 31 0 0 209 0 0 0.4239 0.0000 0.0000 4.412 0.28 2.84 -2.56 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4090 0.4757 0.1153 1 1 0.4033 0.4774 0.1193 1 1 0.3957 0.4795 0.1249
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 320 138 182 0 0 1 0 137 0 0 180 0 2 0.0000 0.0000 0.0110 137.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 841 203 638 0 0 9 0 194 0 0 635 0 3 0.0000 0.0000 0.0047 21.556 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0088 0.9912
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 547 142 405 72 0 12 0 58 1 0 403 0 1 0.5070 0.0025 0.0049 10.833 0.56 3.91 -3.36 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4140 0.4837 0.1023 1 1 0.4088 0.4846 0.1066 1 1 0.4017 0.4859 0.1124
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 254 84 170 41 0 3 0 40 0 0 165 0 5 0.4881 0.0000 0.0294 27.000 0.22 3.23 -3.01 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1926 0.5214 0.2860 1 1 0.1950 0.5198 0.2852 1 1 0.1982 0.5177 0.2841
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 149 52 97 29 0 1 0 22 0 0 97 0 0 0.5577 0.0000 0.0000 51.000 0.31 1.09 -0.78 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3326 0.5009 0.1665 1 1 0.3297 0.5008 0.1695 1 1 0.3258 0.5007 0.1735
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 486 128 358 108 1 15 0 4 0 0 358 0 0 0.8438 0.0000 0.0000 7.533 0.23 3.25 -3.02 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.5042 0.4958 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 1000 304 696 126 0 11 0 167 0 0 687 0 9 0.4145 0.0000 0.0129 26.636 0.38 6.73 -6.35 38 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0057 0.1951 0.7992 1 2 0.0068 0.2057 0.7875 1 2 0.0085 0.2204 0.7711
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 642 188 454 176 1 3 0 8 0 0 454 0 0 0.9362 0.0000 0.0000 61.667 0.29 3.00 -2.71 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2732 0.7268 0.0000 0 0 0.7806 0.2194 0.0000
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 356 99 257 34 0 33 3 29 0 0 255 0 2 0.3434 0.0000 0.0078 1.970 1.65 6.28 -4.63 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2409 0.5206 0.2384 1 1 0.2417 0.5191 0.2393 1 1 0.2426 0.5171 0.2403
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 744 186 558 82 0 18 2 84 0 0 557 0 1 0.4409 0.0000 0.0018 9.333 1.37 4.11 -2.74 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1745 0.5444 0.2812 1 1 0.1778 0.5410 0.2812 1 1 0.1820 0.5368 0.2811
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 726 207 519 3 0 13 0 191 0 0 514 0 5 0.0145 0.0000 0.0096 14.923 0.33 6.73 -6.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4914 0.5086 2 2 0.0000 0.0557 0.9443 2 2 0.0000 0.0270 0.9730
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 731 243 488 112 1 37 0 93 0 0 488 0 0 0.4609 0.0000 0.0000 5.568 0.29 14.88 -14.60 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4772 0.4567 0.0661 1 0 0.4706 0.4591 0.0703 1 1 0.4616 0.4622 0.0762
chr7 130367376 TG T 0.500000 0.050 1 -1 3 296 109 187 59 0 1 0 49 0 0 187 0 0 0.5413 0.0000 0.0000 108.000 0.39 1.22 -0.83 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3618 0.5036 0.1346 1 1 0.3583 0.5032 0.1385 1 1 0.3535 0.5028 0.1437
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 412 206 206 81 1 30 1 93 0 0 200 0 6 0.3932 0.0000 0.0291 5.833 1.28 5.77 -4.49 3 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0778 0.4688 0.4534 1 1 0.0821 0.4706 0.4473 1 1 0.0881 0.4729 0.4390
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 412 227 185 207 0 15 0 5 0 0 185 0 0 0.9119 0.0000 0.0000 14.133 2.86 13.60 -10.74 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0496 0.9504 0.0000 0 0 0.8539 0.1461 0.0000 0 0 0.9570 0.0430 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 256 92 164 44 0 1 0 47 0 0 163 0 1 0.4783 0.0000 0.0061 91.000 0.75 3.17 -2.42 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1918 0.5232 0.2849 1 1 0.1943 0.5215 0.2842 1 1 0.1975 0.5193 0.2832
chr7 139875656 G GTTTCTATTATGTACGATAT 0.500000 0.050 1 19 1 189 84 105 34 0 22 0 28 0 0 100 0 5 0.4048 0.0000 0.0476 2.818 0.12 6.21 -6.10 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2518 0.5201 0.2281 1 1 0.2521 0.5186 0.2293 1 1 0.2525 0.5167 0.2308
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 918 243 675 94 5 38 3 103 0 0 666 0 9 0.3868 0.0000 0.0133 5.395 0.22 3.09 -2.86 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0882 0.4966 0.4152 1 1 0.0926 0.4965 0.4109 1 1 0.0987 0.4964 0.4049
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1100 276 824 0 0 16 0 260 0 0 824 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.250 1.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr7 143727510 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 1 157 66 91 44 1 1 2 18 0 0 87 0 4 0.6667 0.0000 0.0440 65.000 0.09 1.83 -1.74 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5272 0.4066 0.0662 1 0 0.5171 0.4125 0.0704 1 0 0.5037 0.4201 0.0762
chr7 143727511 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 157 67 90 42 4 5 5 11 0 0 86 1 3 0.6269 0.0000 0.0444 12.200 0.10 2.91 -2.81 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6090 0.3484 0.0426 1 0 0.5966 0.3571 0.0463 1 0 0.5798 0.3688 0.0514
chr7 143727518 A AACTGGCAGTTC 0.500000 0.050 1 11 1 157 54 103 36 1 5 1 11 0 0 98 0 5 0.6667 0.0000 0.0485 9.800 0.06 3.00 -2.94 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5174 0.4110 0.0715 1 0 0.5075 0.4167 0.0757 1 0 0.4944 0.4241 0.0815
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 700 163 537 85 0 6 0 72 0 0 534 0 3 0.5215 0.0000 0.0056 26.167 0.60 4.03 -3.43 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3502 0.5195 0.1303 1 1 0.3477 0.5179 0.1344 1 1 0.3442 0.5160 0.1398
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 519 176 343 170 0 3 0 3 0 0 342 0 1 0.9659 0.0000 0.0029 57.667 0.35 16.00 -15.65 118 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0947 0.9053 0.0000 0 0 0.8199 0.1801 0.0000 0 0 0.9298 0.0702 0.0000
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 782 250 532 222 0 23 0 5 1 0 531 0 0 0.8880 0.0019 0.0019 9.870 0.57 7.20 -6.63 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0723 0.9277 0.0000 0 0 0.8966 0.1034 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 853 191 662 89 0 4 1 97 0 0 659 0 3 0.4660 0.0000 0.0045 46.750 1.02 1.34 -0.32 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1137 0.5169 0.3694 1 1 0.1181 0.5155 0.3665 1 1 0.1239 0.5137 0.3624
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 496 138 358 67 0 1 0 70 0 0 358 0 0 0.4855 0.0000 0.0000 137.000 1.36 1.31 0.04 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1966 0.5390 0.2644 1 1 0.1991 0.5361 0.2648 1 1 0.2024 0.5324 0.2652
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 742 195 547 104 0 6 0 85 0 1 542 0 4 0.5333 0.0000 0.0091 31.500 0.52 11.66 -11.14 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4246 0.4881 0.0873 1 1 0.4197 0.4885 0.0917 1 1 0.4130 0.4892 0.0978
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 487 89 398 0 0 2 13 74 1 3 367 12 15 0.0000 0.0025 0.0779 87.000 7.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5569 0.4431 2 2 0.0000 0.2129 0.7871 2 2 0.0000 0.1402 0.8598
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 491 85 406 0 0 5 7 73 0 1 374 14 17 0.0000 0.0000 0.0788 39.500 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0620 0.9380 2 2 0.0000 0.0635 0.9365 2 2 0.0000 0.0664 0.9336
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 500 83 417 0 0 5 6 72 0 0 342 31 44 0.0000 0.0000 0.1799 15.600 6.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0237 0.9763 2 2 0.0000 0.0263 0.9737
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 444 128 316 68 2 0 1 57 0 0 316 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 128.000 1.00 1.58 -0.58 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3865 0.4967 0.1168 1 1 0.3822 0.4968 0.1210 1 1 0.3764 0.4970 0.1266
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 382 100 282 63 0 3 0 34 0 0 281 0 1 0.6300 0.0000 0.0035 32.333 0.32 2.94 -2.62 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6145 0.3470 0.0386 1 0 0.6024 0.3556 0.0421 1 0 0.5860 0.3669 0.0471
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 779 202 577 162 2 30 0 8 0 0 577 0 0 0.8020 0.0000 0.0000 5.667 0.77 6.50 -5.73 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1860 0.8140 0.0000 0 0 0.6858 0.3142 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 310 105 205 98 0 4 0 3 0 0 205 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 25.250 0.16 2.33 -2.17 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0956 0.9044 0.0000 0 0 0.6451 0.3549 0.0000 0 0 0.8051 0.1949 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 625 261 364 0 0 34 0 227 0 0 362 0 2 0.0000 0.0000 0.0055 6.676 6.15 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 408 150 258 90 0 3 1 56 0 0 255 0 3 0.6000 0.0000 0.0116 49.000 0.29 7.41 -7.12 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7370 0.2533 0.0096 1 0 0.7281 0.2613 0.0107 1 0 0.7158 0.2720 0.0122
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.050 1 3 1 638 156 482 126 7 20 1 2 1 1 477 2 1 0.8077 0.0021 0.0104 7.941 1.82 5.50 -3.68 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2783 0.7217 0.0000 0 0 0.9341 0.0659 0.0000 0 0 0.9766 0.0234 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 692 195 497 66 4 50 3 72 0 1 496 0 0 0.3385 0.0000 0.0020 2.880 0.47 3.25 -2.78 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3651 0.5899 0.0450 1 1 0.3701 0.5850 0.0449 1 1 0.3767 0.5787 0.0446
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 401 115 286 110 0 3 0 2 0 0 286 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 37.333 0.55 7.00 -6.45 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3782 0.6218 0.0000 0 0 0.7985 0.2015 0.0000 0 0 0.8692 0.1308 0.0000
chr8 90645735 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 535 116 419 52 0 12 1 51 0 0 418 1 0 0.4483 0.0000 0.0024 8.667 0.40 2.98 -2.58 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2268 0.5317 0.2415 1 1 0.2282 0.5293 0.2424 1 1 0.2301 0.5263 0.2436
chr8 123369942 A ATCATCG 0.500000 0.050 1 6 1 368 130 238 120 5 2 0 3 0 0 238 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 63.000 0.32 5.33 -5.02 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1470 0.8530 0.0000 0 0 0.7451 0.2549 0.0000 0 0 0.8670 0.1330 0.0000
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 234 99 135 5 0 0 0 94 0 0 131 0 4 0.0505 0.0000 0.0296 99.000 0.00 3.06 -3.06 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.7155 0.2845 2 2 0.0000 0.3796 0.6204
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 545 155 390 55 1 26 6 67 0 0 388 0 2 0.3548 0.0000 0.0051 5.160 2.71 4.82 -2.11 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0715 0.4392 0.4893 1 2 0.0758 0.4429 0.4813 1 2 0.0817 0.4478 0.4705
chr8 144846107 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 504 207 297 113 1 8 0 85 0 0 295 0 2 0.5459 0.0000 0.0067 24.750 0.08 3.01 -2.93 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5714 0.3882 0.0404 1 0 0.5618 0.3942 0.0440 1 0 0.5486 0.4023 0.0491
chr9 116848 T TA 0.003653 0.050 1 1 1 739 189 550 173 0 9 0 7 0 0 550 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 20.000 0.31 1.86 -1.55 101 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2214 0.7786 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr9 117363 T TC 0.002993 0.050 1 1 1 984 176 808 162 4 7 0 3 0 0 808 0 0 0.9205 0.0000 0.0000 24.143 0.85 3.00 -2.15 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 835 262 573 15 1 45 16 185 0 0 571 0 2 0.0573 0.0000 0.0035 4.932 1.33 3.20 -1.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9459 0.0541
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 336 81 255 1 0 16 0 64 0 0 241 0 14 0.0123 0.0000 0.0549 4.062 4.00 8.00 -4.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4182 0.5818 2 2 0.0000 0.2217 0.7783 2 2 0.0000 0.1827 0.8173
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 727 154 573 149 0 3 0 2 0 0 573 0 0 0.9675 0.0000 0.0000 50.333 1.32 4.00 -2.68 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6188 0.3812 0.0000 0 0 0.9120 0.0880 0.0000 0 0 0.9442 0.0558 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 793 192 601 0 0 28 0 164 0 0 588 0 13 0.0000 0.0000 0.0216 5.857 11.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 457 83 374 43 0 0 1 39 0 0 374 0 0 0.5181 0.0000 0.0000 82.000 0.19 1.03 -0.84 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2765 0.5221 0.2014 1 1 0.2760 0.5204 0.2036 1 1 0.2753 0.5183 0.2064
chr9 72059357 TGAAAG T 0.500000 0.050 1 -5 1 149 50 99 17 0 3 0 30 0 0 98 0 1 0.3400 0.0000 0.0101 15.667 0.53 4.40 -3.87 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1084 0.4591 0.4325 1 1 0.1125 0.4619 0.4256 1 1 0.1180 0.4655 0.4164
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 413 118 295 0 0 2 0 116 0 0 289 0 6 0.0000 0.0000 0.0203 58.000 13.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0442 0.9558 2 2 0.0000 0.0469 0.9531 2 2 0.0000 0.0508 0.9492
chr9 76703941 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 406 97 309 52 1 0 0 44 0 0 308 0 1 0.5361 0.0000 0.0032 97.000 0.27 3.59 -3.32 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3385 0.5102 0.1513 1 1 0.3358 0.5094 0.1548 1 1 0.3321 0.5084 0.1595
chr9 76706391 GTCCTGACACTGC G 0.500000 0.050 1 -12 1 786 186 600 182 0 1 0 3 0 0 599 0 1 0.9785 0.0000 0.0017 185.000 1.12 12.00 -10.88 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1245 0.8755 0.0000 0 0 0.8602 0.1398 0.0000 0 0 0.9467 0.0533 0.0000
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 773 165 608 1 0 13 0 151 0 0 583 0 25 0.0061 0.0000 0.0411 11.692 1.00 9.42 -8.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0575 0.9425 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0209 0.9791
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 489 189 300 86 6 23 0 74 0 0 296 0 4 0.4550 0.0000 0.0133 7.217 0.36 3.03 -2.67 74 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4027 0.4964 0.1010 1 1 0.3983 0.4964 0.1053 1 1 0.3923 0.4964 0.1113
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 519 146 373 80 0 1 0 65 0 0 371 0 2 0.5479 0.0000 0.0054 145.000 0.20 3.03 -2.83 52 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3944 0.4965 0.1091 1 1 0.3901 0.4965 0.1134 1 1 0.3842 0.4967 0.1192
chr9 88130024 A AAGG 0.500000 0.050 1 3 1 1229 308 921 177 0 14 1 116 0 0 915 0 6 0.5747 0.0000 0.0065 21.000 0.34 3.03 -2.68 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8302 0.1658 0.0040 1 0 0.8189 0.1763 0.0048 1 0 0.8027 0.1911 0.0062
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 224 81 143 47 0 1 0 33 0 0 142 0 1 0.5802 0.0000 0.0070 80.000 0.11 4.42 -4.32 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4102 0.4763 0.1134 1 1 0.4045 0.4779 0.1175 1 1 0.3970 0.4799 0.1231
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 323 76 247 4 0 17 1 54 0 0 246 0 1 0.0526 0.0000 0.0040 3.471 0.00 3.24 -3.24 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 1 0.0000 0.7846 0.2154 2 1 0.0000 0.5369 0.4631
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 473 159 314 148 2 4 0 5 0 0 314 0 0 0.9308 0.0000 0.0000 38.750 0.26 9.80 -9.54 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0123 0.9877 0.0000 0 0 0.5892 0.4108 0.0000 0 0 0.8504 0.1496 0.0000
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 761 300 461 175 15 2 0 108 0 1 460 0 0 0.5833 0.0000 0.0022 149.000 3.47 3.29 0.18 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9529 0.0468 0.0003 1 0 0.9467 0.0529 0.0004 1 0 0.9372 0.0622 0.0006
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 426 113 313 0 0 13 2 98 0 0 313 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.615 5.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0740 0.9260 2 2 0.0000 0.0776 0.9224 2 2 0.0000 0.0827 0.9173
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 890 132 758 0 0 33 0 99 0 3 743 2 10 0.0000 0.0000 0.0198 3.000 6.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1922 0.8078 2 2 0.0000 0.1223 0.8777 2 2 0.0000 0.1038 0.8962
chr9 97854418 AGCCGCCGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -12 1 904 154 750 27 5 109 7 6 0 2 744 2 2 0.1753 0.0000 0.0080 0.330 0.89 8.00 -7.11 11 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5926 0.3590 0.0484 1 0 0.5731 0.3753 0.0516 1 1 0.4163 0.5424 0.0413
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 505 129 376 81 0 2 0 46 0 0 376 0 0 0.6279 0.0000 0.0000 63.500 0.10 2.26 -2.16 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6919 0.2864 0.0217 1 0 0.6788 0.2968 0.0244 1 0 0.6609 0.3109 0.0283
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 1327 315 1012 213 0 0 0 102 0 0 1008 1 3 0.6762 0.0000 0.0040 315.000 0.17 4.79 -4.62 77 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9853 0.0147 0.0000 1 0 0.9826 0.0174 0.0000 1 0 0.9781 0.0218 0.0001
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1143 241 902 153 0 6 1 81 0 0 902 0 0 0.6349 0.0000 0.0000 46.800 0.24 2.85 -2.62 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9278 0.0714 0.0008 1 0 0.9196 0.0794 0.0010 1 0 0.9073 0.0912 0.0014
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 290 103 187 0 0 0 0 103 0 0 183 0 4 0.0000 0.0000 0.0214 103.000 4.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 544 121 423 55 0 21 0 45 0 0 423 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 4.762 0.44 5.71 -5.27 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3636 0.5012 0.1353 1 1 0.3599 0.5010 0.1391 1 1 0.3550 0.5008 0.1442
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 560 118 442 64 0 14 1 39 0 0 441 0 1 0.5424 0.0000 0.0023 8.000 0.23 1.23 -1.00 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5427 0.4002 0.0571 1 0 0.5326 0.4063 0.0611 1 0 0.5191 0.4141 0.0668
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 600 187 413 100 2 23 2 60 0 0 411 1 1 0.5348 0.0000 0.0048 7.043 0.94 3.65 -2.71 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7173 0.2662 0.0165 1 0 0.7044 0.2769 0.0187 1 0 0.6866 0.2913 0.0221
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 478 156 322 1 0 2 0 153 0 0 315 0 7 0.0064 0.0000 0.0217 77.000 1.00 3.18 -2.18 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0837 0.9163 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0304 0.9696
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 384 132 252 77 0 11 0 44 0 0 250 0 2 0.5833 0.0000 0.0079 11.000 0.22 7.95 -7.73 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6457 0.3241 0.0301 1 0 0.6333 0.3334 0.0332 1 0 0.6164 0.3458 0.0378
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 449 122 327 44 4 39 1 34 0 0 327 0 0 0.3607 0.0000 0.0000 2.103 1.52 3.76 -2.24 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4145 0.4745 0.1110 1 1 0.4087 0.4762 0.1151 1 1 0.4009 0.4784 0.1207
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 212 76 136 7 0 4 1 64 0 0 136 0 0 0.0921 0.0000 0.0000 18.000 0.57 1.67 -1.10 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9548 0.0452 2 1 0.0000 0.7384 0.2616
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 247 93 154 80 1 7 0 5 0 0 154 0 0 0.8602 0.0000 0.0000 12.286 0.81 1.80 -0.99 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.2091 0.7909 0.0000 0 0 0.5218 0.4782 0.0000
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 640 192 448 167 1 16 1 7 0 0 448 0 0 0.8698 0.0000 0.0000 11.000 0.38 4.14 -3.76 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2349 0.7651 0.0000 0 0 0.7426 0.2574 0.0000
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.050 1 19 3 410 109 301 89 0 17 0 3 1 0 300 0 0 0.8165 0.0033 0.0033 5.412 0.56 12.67 -12.10 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0671 0.9329 0.0000 0 0 0.5538 0.4462 0.0000 0 0 0.7393 0.2607 0.0000
chr9 137110665 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 287 86 201 46 0 1 0 39 0 0 201 0 0 0.5349 0.0000 0.0000 85.000 0.33 1.15 -0.83 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3246 0.5116 0.1638 1 1 0.3223 0.5107 0.1670 1 1 0.3192 0.5096 0.1712
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 466 148 318 62 2 9 1 74 0 0 315 0 3 0.4189 0.0000 0.0094 15.444 1.48 10.93 -9.45 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1023 0.4873 0.4104 1 1 0.1066 0.4880 0.4054 1 1 0.1125 0.4889 0.3986
chr10 3166375 T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 0.004839 0.050 1 25 1 201 56 145 23 0 5 1 27 0 0 141 0 4 0.4107 0.0000 0.0276 10.200 0.17 9.48 -9.31 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3719 0.6237 0.0044 1 1 0.3772 0.6185 0.0043 1 1 0.3840 0.6118 0.0042
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 837 186 651 98 0 7 0 81 0 0 641 0 10 0.5269 0.0000 0.0154 25.571 0.27 8.77 -8.50 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5105 0.4771 0.0124 1 0 0.5114 0.4759 0.0128 1 0 0.5122 0.4746 0.0132
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 354 92 262 55 1 1 0 35 0 0 261 0 1 0.5978 0.0000 0.0038 90.000 0.31 2.06 -1.75 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7003 0.2983 0.0014 1 0 0.6941 0.3045 0.0014 1 0 0.6857 0.3127 0.0016
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.050 1 -2 3 289 74 215 37 0 1 0 36 0 0 213 0 2 0.5000 0.0000 0.0093 73.000 0.11 2.11 -2.00 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4628 0.5351 0.0021 1 1 0.4650 0.5329 0.0021 1 1 0.4677 0.5301 0.0021
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 227 91 136 43 0 3 0 45 0 0 132 0 4 0.4725 0.0000 0.0294 44.000 0.16 4.00 -3.84 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3105 0.5639 0.1256 1 1 0.3146 0.5607 0.1246 1 1 0.3201 0.5566 0.1233
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 905 209 696 0 0 31 2 176 0 0 679 1 16 0.0000 0.0000 0.0244 5.710 5.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0078 0.9922 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 761 154 607 2 0 3 0 149 0 0 601 0 6 0.0130 0.0000 0.0099 50.333 0.00 3.73 -3.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6018 0.3982 2 2 0.0000 0.1918 0.8082 2 2 0.0000 0.1274 0.8726
chr10 26567284 CCCG C 0.002025 0.050 1 -3 5 460 137 323 71 1 25 4 36 0 0 320 0 3 0.5182 0.0000 0.0093 4.480 0.76 3.58 -2.82 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7810 0.2189 0.0001 1 0 0.7734 0.2265 0.0001 1 0 0.7630 0.2369 0.0001
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 252 96 156 93 0 0 0 3 0 0 156 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 96.000 0.15 2.00 -1.85 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8686 0.1314 0.0000 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9961 0.0039 0.0000
chr10 44292818 AC A 0.006843 0.050 1 -1 1 443 169 274 73 2 16 1 77 0 0 274 0 0 0.4320 0.0000 0.0000 9.562 0.55 1.29 -0.74 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4100 0.5860 0.0039 1 1 0.4150 0.5811 0.0039 1 1 0.4213 0.5748 0.0039
chr10 49988921 AC A 0.048828 0.050 1 -1 1 737 222 515 208 9 2 0 3 0 0 515 0 0 0.9369 0.0000 0.0000 110.000 1.28 2.00 -0.72 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9729 0.0271 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 311 77 234 68 0 4 0 5 0 0 234 0 0 0.8831 0.0000 0.0000 18.250 0.37 3.40 -3.03 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3836 0.6164 0.0000 0 0 0.9868 0.0132 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 554 146 408 138 2 2 0 4 0 0 407 0 1 0.9452 0.0000 0.0025 72.000 0.18 3.00 -2.82 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7428 0.2572 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 179 78 101 72 0 2 0 4 0 0 101 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 38.000 1.08 6.75 -5.67 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0472 0.9528 0.0000 0 0 0.6937 0.3063 0.0000 0 0 0.8757 0.1243 0.0000
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 211 83 128 41 0 4 0 38 0 0 128 0 0 0.4940 0.0000 0.0000 19.750 0.07 1.05 -0.98 7 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5093 0.4876 0.0031 1 0 0.5097 0.4872 0.0032 1 0 0.5100 0.4867 0.0032
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 401 89 312 0 0 22 3 64 0 0 312 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.045 3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4894 0.5106 2 2 0.0000 0.4978 0.5022 2 1 0.0000 0.5094 0.4906
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 468 194 274 96 3 13 1 81 0 0 272 0 2 0.4948 0.0000 0.0073 14.917 0.31 5.58 -5.27 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6213 0.3775 0.0012 1 0 0.6186 0.3801 0.0012 1 0 0.6149 0.3838 0.0013
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 736 146 590 5 0 7 0 134 0 0 584 0 6 0.0342 0.0000 0.0102 19.857 0.40 5.78 -5.38 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9967 0.0033 2 1 0.0000 0.7223 0.2777 2 2 0.0000 0.3945 0.6055
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 511 143 368 69 0 1 0 73 0 0 368 0 0 0.4825 0.0000 0.0000 142.000 0.51 3.00 -2.49 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4005 0.5899 0.0096 1 1 0.4055 0.5850 0.0095 1 1 0.4119 0.5786 0.0095
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 377 110 267 99 0 9 0 2 0 0 266 0 1 0.9000 0.0000 0.0037 11.222 0.70 6.50 -5.80 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0907 0.9093 0.0000 0 0 0.6317 0.3683 0.0000 0 0 0.7958 0.2042 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 353 140 213 5 0 0 1 134 0 0 212 0 1 0.0357 0.0000 0.0047 139.000 0.60 2.67 -2.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.7696 0.2304 2 2 0.0000 0.4550 0.5450
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 199 73 126 40 0 1 0 32 0 0 124 0 2 0.5479 0.0000 0.0159 72.000 0.07 2.97 -2.89 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1856 0.5461 0.2683 1 1 0.1840 0.5439 0.2721 1 1 0.1818 0.5410 0.2771
chr10 116471844 GGC G 0.001719 0.050 1 -2 4 137 64 73 61 0 0 0 3 0 0 73 0 0 0.9531 0.0000 0.0000 64.000 2.77 3.33 -0.56 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9529 0.0471 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr10 116471848 G GAA 0.001728 0.050 1 2 1 137 64 73 0 58 3 0 3 0 0 73 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 2.000 3.33 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9335 0.0665 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 366 111 255 4 0 24 8 75 0 0 253 0 2 0.0360 0.0000 0.0078 3.292 1.75 2.81 -1.06 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9830 0.0170 2 1 0.0000 0.6062 0.3938 2 2 0.0000 0.3378 0.6622
chr10 128107489 T TGCTGGG 0.001110 0.050 1 6 1 1195 275 920 260 1 9 0 5 0 0 919 0 1 0.9455 0.0000 0.0011 29.556 0.57 6.60 -6.03 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9727 0.0273 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 331 130 201 3 0 5 0 122 0 0 201 0 0 0.0231 0.0000 0.0000 25.000 0.00 1.15 -1.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8560 0.1440 2 2 0.0000 0.2667 0.7333 2 2 0.0000 0.1405 0.8595
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 713 186 527 83 0 11 0 92 0 0 525 0 2 0.4462 0.0000 0.0038 15.909 0.20 3.26 -3.06 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1724 0.5609 0.2666 1 1 0.1780 0.5579 0.2640 1 1 0.1855 0.5541 0.2604
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 3076 754 2322 336 12 224 8 174 1 2 2318 0 1 0.4456 0.0004 0.0017 2.369 3.26 14.71 -11.45 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1040 216 824 0 0 93 0 123 0 0 824 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 1.323 7.63 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0367 0.9633 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0423 0.9577
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 997 296 701 208 3 79 1 5 0 1 700 0 0 0.7027 0.0000 0.0014 2.747 0.60 8.20 -7.60 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0172 0.9828 0.0000 0 0 0.7360 0.2640 0.0000 0 0 0.9270 0.0730 0.0000
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.050 1 -12 1 551 140 411 109 1 28 0 2 1 0 410 0 0 0.7786 0.0024 0.0024 3.964 1.95 14.50 -12.55 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6711 0.3289 0.0000 0 0 0.9300 0.0700 0.0000 0 0 0.9570 0.0430 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 384 115 269 0 0 4 0 111 0 0 267 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 27.750 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr11 4545928 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 519 135 384 8 0 1 0 126 0 0 383 0 1 0.0593 0.0000 0.0026 134.000 0.00 2.13 -2.13 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9011 0.0989 2 2 0.0000 0.4820 0.5180
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 217 96 121 0 0 1 0 95 0 0 117 0 4 0.0000 0.0000 0.0331 95.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0853 0.9147
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 651 155 496 2 0 0 0 153 0 0 496 0 0 0.0129 0.0000 0.0000 155.000 0.00 3.82 -3.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3561 0.6439 2 2 0.0000 0.0803 0.9197 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 721 167 554 0 0 7 0 160 0 0 553 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 26.667 1.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0174 0.9826 2 2 0.0000 0.0188 0.9812 2 2 0.0000 0.0210 0.9790
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 941 214 727 108 0 7 0 99 0 0 721 0 6 0.5047 0.0000 0.0083 29.571 0.23 5.61 -5.37 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2512 0.5620 0.1868 1 1 0.2527 0.5574 0.1900 1 1 0.2544 0.5515 0.1941
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 621 154 467 81 0 7 0 66 0 1 466 0 0 0.5260 0.0000 0.0021 21.000 0.26 1.68 -1.42 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4340 0.4753 0.0907 1 1 0.4282 0.4767 0.0951 1 1 0.4203 0.4786 0.1010
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 514 106 408 5 0 5 0 96 0 0 392 0 16 0.0472 0.0000 0.0392 20.200 0.80 15.69 -14.89 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9952 0.0048 2 1 0.0000 0.6400 0.3600 2 2 0.0000 0.3042 0.6958
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1028 247 781 97 0 23 0 127 0 0 774 1 6 0.3927 0.0000 0.0090 9.739 0.35 4.32 -3.97 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0178 0.2933 0.6889 1 2 0.0201 0.3028 0.6771 1 2 0.0236 0.3157 0.6607
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 415 100 315 94 1 3 0 2 0 0 315 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 32.000 0.24 1.00 -0.76 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2953 0.7047 0.0000 0 0 0.7321 0.2679 0.0000 0 0 0.8222 0.1778 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 781 133 648 5 0 20 0 108 0 0 628 0 20 0.0376 0.0000 0.0309 5.650 0.20 8.87 -8.67 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9928 0.0072 2 1 0.0000 0.5452 0.4548 2 2 0.0000 0.2296 0.7704
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 298 133 165 42 1 18 4 68 0 0 165 0 0 0.3158 0.0000 0.0000 6.278 1.26 3.37 -2.11 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0355 0.3418 0.6227 1 2 0.0389 0.3505 0.6106 1 2 0.0437 0.3620 0.5943
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 202 75 127 29 0 0 0 46 0 0 126 0 1 0.3867 0.0000 0.0079 75.000 0.31 3.17 -2.86 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0815 0.4354 0.4831 1 2 0.0857 0.4396 0.4746 1 2 0.0916 0.4450 0.4634
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 188 99 89 94 0 1 0 4 0 0 89 0 0 0.9495 0.0000 0.0000 98.000 0.31 3.25 -2.94 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0153 0.9847 0.0000 0 1 0.4126 0.5874 0.0000 0 0 0.6828 0.3172 0.0000
chr11 44309737 TGCTGCGGCTGCG T 0.500000 0.050 1 -12 1 502 117 385 66 1 6 0 44 0 1 382 0 2 0.5641 0.0000 0.0078 18.500 0.64 11.07 -10.43 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5255 0.4131 0.0615 1 0 0.5161 0.4184 0.0656 1 0 0.5034 0.4253 0.0713
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 259 108 151 60 0 1 0 47 0 0 147 0 4 0.5556 0.0000 0.0265 107.000 0.12 5.57 -5.46 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3474 0.5099 0.1427 1 1 0.3445 0.5091 0.1464 1 1 0.3405 0.5081 0.1514
chr11 48217585 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 582 146 436 140 1 2 0 3 0 0 435 1 0 0.9589 0.0000 0.0023 72.000 0.39 1.67 -1.28 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0934 0.9066 0.0000 0 0 0.7219 0.2781 0.0000 0 0 0.8749 0.1251 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 847 249 598 3 0 6 1 239 0 0 588 0 10 0.0120 0.0000 0.0167 40.500 0.00 3.19 -3.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1988 0.8012 2 2 0.0000 0.0153 0.9847 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr11 54603834 GGACCCCAGTGATGGGCTGGCAGTGATGGT G 0.500000 0.050 1 -29 5 457 111 346 68 0 5 0 38 1 0 338 0 7 0.6126 0.0029 0.0231 21.200 1.12 14.21 -13.09 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5571 0.3910 0.0519 1 0 0.5468 0.3974 0.0558 1 0 0.5328 0.4059 0.0613
chr11 55827503 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 849 191 658 104 1 6 0 80 0 0 656 0 2 0.5445 0.0000 0.0030 30.833 0.19 1.10 -0.91 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5235 0.4225 0.0540 1 0 0.5151 0.4269 0.0580 1 0 0.5037 0.4327 0.0636
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 990 223 767 116 0 5 0 102 0 0 763 0 4 0.5202 0.0000 0.0052 43.600 0.23 2.35 -2.12 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3365 0.5383 0.1252 1 1 0.3351 0.5354 0.1295 1 1 0.3330 0.5317 0.1353
chr11 59863993 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 221 97 124 92 0 0 0 5 0 0 124 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 97.000 0.11 1.00 -0.89 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 1 0.2558 0.7442 0.0000 0 0 0.5862 0.4138 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 78 48 30 45 0 0 0 3 0 0 30 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 48.000 0.04 2.00 -1.96 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0227 0.9773 0.0000 0 1 0.2904 0.7096 0.0000 0 1 0.4910 0.5090 0.0000
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.050 1 15 1 701 185 516 87 4 42 4 48 0 0 491 1 24 0.4703 0.0000 0.0484 3.390 0.98 7.00 -6.02 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3963 0.4990 0.1046 1 1 0.3921 0.4989 0.1090 1 1 0.3864 0.4987 0.1149
chr11 62146777 GGAGCAGGAGCGGCGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 701 242 459 179 10 43 2 8 0 0 459 0 0 0.7397 0.0000 0.0000 4.732 2.35 6.25 -3.90 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1311 0.8689 0.0000 0 0 0.6984 0.3016 0.0000
chr11 63382198 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 185 64 121 32 5 2 5 20 0 0 120 1 0 0.5000 0.0000 0.0083 29.000 0.59 1.25 -0.66 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3846 0.4839 0.1315 1 1 0.3797 0.4850 0.1353 1 1 0.3732 0.4864 0.1404
chr11 68157814 GTCA G 0.500000 0.050 1 -3 3 476 125 351 64 0 11 0 50 0 0 346 0 5 0.5120 0.0000 0.0142 10.364 0.47 3.04 -2.57 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3457 0.5124 0.1420 1 1 0.3429 0.5114 0.1457 1 1 0.3391 0.5102 0.1508
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1025 150 875 9 0 29 3 109 0 0 795 1 79 0.0600 0.0000 0.0914 4.286 0.11 7.07 -6.96 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7776 0.2224 2 2 0.0000 0.2174 0.7826
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1227 215 1012 9 0 104 8 94 1 0 950 1 60 0.0419 0.0010 0.0613 1.058 1.22 10.22 -9.00 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9369 0.0631 2 2 0.0000 0.4616 0.5384
chr11 71566054 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGCAATCCCTG C 0.500000 0.050 1 -30 1 1022 352 670 299 0 44 0 9 5 0 662 1 2 0.8494 0.0075 0.0119 7.000 0.52 17.00 -16.48 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5254 0.4746 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 977 268 709 133 1 68 4 62 0 0 684 0 25 0.4963 0.0000 0.0353 2.941 0.27 16.56 -16.29 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7529 0.2364 0.0107 1 0 0.7404 0.2472 0.0124 1 0 0.7231 0.2619 0.0150
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 951 280 671 12 0 2 1 265 0 0 671 0 0 0.0429 0.0000 0.0000 139.000 0.08 2.21 -2.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8105 0.1895 2 2 0.0000 0.1282 0.8718
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 766 155 611 68 0 17 1 69 1 0 609 0 1 0.4387 0.0016 0.0033 8.118 0.57 3.71 -3.14 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2067 0.5414 0.2518 1 1 0.2090 0.5383 0.2527 1 1 0.2119 0.5344 0.2537
chr11 75402313 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 360 150 210 143 1 2 0 4 0 0 210 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 73.500 0.16 2.75 -2.59 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0520 0.9480 0.0000 0 0 0.7064 0.2936 0.0000 0 0 0.8768 0.1232 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 240 78 162 2 0 2 0 74 0 0 159 0 3 0.0256 0.0000 0.0185 38.000 0.50 16.26 -15.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7904 0.2096 2 2 0.0000 0.3628 0.6372 2 2 0.0000 0.2493 0.7507
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 937 116 821 72 1 0 1 42 0 0 821 0 0 0.6207 0.0000 0.0000 116.000 0.58 1.19 -0.61 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6340 0.3331 0.0330 1 0 0.6217 0.3421 0.0362 1 0 0.6050 0.3540 0.0410
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1252 324 928 7 2 63 8 244 0 0 928 0 0 0.0216 0.0000 0.0000 4.145 0.71 7.79 -7.08 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 2 0.0000 0.1950 0.8050 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 794 269 525 0 1 54 3 211 0 0 524 0 1 0.0000 0.0000 0.0019 4.038 10.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0189 0.9811 2 2 0.0000 0.0093 0.9907 2 2 0.0000 0.0082 0.9918
chr11 119312056 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 986 184 802 102 0 4 0 78 0 0 802 0 0 0.5543 0.0000 0.0000 45.000 0.29 2.94 -2.64 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5394 0.4103 0.0503 1 0 0.5304 0.4154 0.0542 1 0 0.5182 0.4221 0.0597
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 364 110 254 0 0 7 1 102 0 0 254 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.714 5.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr11 125495476 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 464 171 293 154 2 8 1 6 0 0 293 0 0 0.9006 0.0000 0.0000 20.375 0.64 2.00 -1.36 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.3275 0.6725 0.0000 0 0 0.7640 0.2360 0.0000
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 221 78 143 39 0 9 0 30 0 0 143 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 7.667 0.56 5.00 -4.44 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3565 0.4971 0.1464 1 1 0.3528 0.4973 0.1499 1 1 0.3478 0.4975 0.1547
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 418 111 307 4 43 17 1 46 0 0 304 1 2 0.0360 0.0000 0.0098 5.529 1.75 3.30 -1.55 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2065 0.5274 0.2661 1 1 0.2086 0.5253 0.2661 1 1 0.2112 0.5227 0.2661
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 418 115 303 40 13 17 1 44 0 0 302 0 1 0.3478 0.0000 0.0033 5.765 2.88 3.52 -0.65 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3223 0.5156 0.1620 1 1 0.3203 0.5144 0.1653 1 1 0.3174 0.5129 0.1696
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 92 45 47 25 0 2 0 18 0 0 46 0 1 0.5556 0.0000 0.0213 21.500 0.52 1.83 -1.31 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3204 0.5026 0.1770 1 1 0.3179 0.5024 0.1797 1 1 0.3146 0.5021 0.1833
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 326 107 219 57 0 2 0 48 0 0 219 0 0 0.5327 0.0000 0.0000 52.500 0.61 1.25 -0.64 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4595 0.4663 0.0742 1 1 0.4567 0.4670 0.0763 1 1 0.4529 0.4679 0.0792
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 572 170 402 13 0 35 3 119 0 0 396 0 6 0.0765 0.0000 0.0149 3.857 0.08 3.17 -3.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.8830 0.1170
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 418 131 287 1 1 26 10 93 0 0 284 1 2 0.0076 0.0000 0.0105 4.160 4.00 3.03 0.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5326 0.4674 2 2 0.0000 0.1820 0.8180 2 2 0.0000 0.1198 0.8802
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 280 109 171 49 0 5 0 55 0 0 171 0 0 0.4495 0.0000 0.0000 20.800 0.14 4.85 -4.71 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1692 0.5204 0.3104 1 1 0.1722 0.5188 0.3089 1 1 0.1763 0.5169 0.3068
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 692 195 497 91 0 31 0 73 0 0 492 0 5 0.4667 0.0000 0.0101 5.290 0.10 8.12 -8.02 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5944 0.3992 0.0064 1 0 0.5920 0.4013 0.0067 1 0 0.5887 0.4042 0.0071
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 312 148 164 57 0 9 0 82 0 0 163 0 1 0.3851 0.0000 0.0061 15.444 1.05 3.74 -2.69 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0237 0.3179 0.6584 1 2 0.0258 0.3251 0.6491 1 2 0.0289 0.3347 0.6364
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 453 118 335 113 0 2 0 3 0 0 335 0 0 0.9576 0.0000 0.0000 58.000 0.36 3.33 -2.97 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1634 0.8366 0.0000 0 0 0.7692 0.2308 0.0000 0 0 0.8823 0.1177 0.0000
chr12 40487719 AGGACTATCAGCTGGGGTGACAGGGACAACTGGACCATCAGCTGGAATAGCAGGTACAAAT A 0.001206 0.050 1 -60 1 1976 449 1527 243 2 104 0 100 5 10 1470 2 40 0.5412 0.0033 0.0373 3.350 1.46 4.09 -2.63 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9954 0.0046 0.0000 1 0 0.9944 0.0056 0.0000 1 0 0.9929 0.0071 0.0000
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 893 189 704 100 0 2 0 87 0 0 704 0 0 0.5291 0.0000 0.0000 93.500 0.20 1.13 -0.93 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5241 0.4377 0.0382 1 0 0.5214 0.4387 0.0400 1 0 0.5175 0.4402 0.0423
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.050 1 -3 1 403 104 299 95 0 6 1 2 0 0 299 0 0 0.9135 0.0000 0.0000 16.333 0.15 2.50 -2.35 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9865 0.0135 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 984 275 709 243 2 18 1 11 0 0 708 0 1 0.8836 0.0000 0.0014 14.222 0.81 12.64 -11.83 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1235 0.8765 0.0000 0 0 0.8102 0.1898 0.0000
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.050 1 3 2 550 182 368 10 88 18 4 62 0 0 365 1 2 0.0549 0.0000 0.0082 9.056 0.90 3.95 -3.05 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7341 0.2656 0.0003 1 0 0.7278 0.2719 0.0003 1 0 0.7191 0.2805 0.0004
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 320 73 247 0 0 1 0 72 0 0 247 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 72.000 1.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2729 0.7271 2 2 0.0000 0.2801 0.7199 2 2 0.0000 0.2903 0.7097
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 357 99 258 52 0 0 0 47 0 0 258 0 0 0.5253 0.0000 0.0000 99.000 0.04 1.30 -1.26 42 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3447 0.5115 0.1437 1 1 0.3437 0.5102 0.1461 1 1 0.3422 0.5086 0.1492
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 119 51 68 2 0 0 0 49 0 0 68 0 0 0.0392 0.0000 0.0000 51.000 1.00 2.16 -1.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8112 0.1888 2 2 0.0000 0.3904 0.6096 2 2 0.0000 0.2681 0.7319
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 352 87 265 2 0 1 0 84 0 0 260 0 5 0.0230 0.0000 0.0189 86.000 0.50 3.81 -3.31 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8038 0.1962 2 2 0.0000 0.3837 0.6163 2 2 0.0000 0.2680 0.7320
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 119 48 71 19 0 5 0 24 0 0 69 0 2 0.3958 0.0000 0.0282 8.600 0.05 2.79 -2.74 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2133 0.5188 0.2679 1 1 0.2168 0.5181 0.2651 1 1 0.2214 0.5172 0.2614
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1105 312 793 0 0 29 1 282 0 0 793 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.759 3.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 429 122 307 12 39 31 0 40 0 0 307 0 0 0.0984 0.0000 0.0000 2.935 0.33 3.42 -3.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3769 0.4936 0.1295 1 1 0.3726 0.4940 0.1334 1 1 0.3669 0.4945 0.1387
chr12 102958393 CGCA C 0.500000 0.050 1 -3 1 435 124 311 49 7 29 3 36 0 0 311 0 0 0.3952 0.0000 0.0000 3.276 2.20 3.17 -0.96 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4644 0.4493 0.0862 1 0 0.4569 0.4526 0.0905 1 1 0.4468 0.4569 0.0964
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 402 109 293 0 0 6 0 103 0 0 286 0 7 0.0000 0.0000 0.0239 17.167 4.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1906 464 1442 258 9 89 4 104 2 0 1408 0 32 0.5560 0.0014 0.0236 4.205 0.83 4.76 -3.93 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9941 0.0059 0.0000 1 0 0.9927 0.0073 0.0000 1 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr12 108623665 GAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -30 2 1871 390 1481 245 19 60 18 48 2 0 1445 15 19 0.6282 0.0014 0.0243 5.907 0.81 3.33 -2.52 65 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9991 0.0009 0.0000 1 0 0.9988 0.0012 0.0000 1 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1849 543 1306 326 2 89 0 126 5 9 1223 4 65 0.6004 0.0038 0.0636 5.101 1.02 20.26 -19.24 114 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9975 0.0025 0.0000 1 0 0.9968 0.0032 0.0000 1 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 674 204 470 0 0 28 7 169 0 0 469 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 6.286 3.43 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 185 108 77 0 0 2 0 106 0 0 77 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 53.000 3.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0682 0.9318 2 2 0.0000 0.0731 0.9269
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 323 124 199 63 0 17 0 44 0 0 196 0 3 0.5081 0.0000 0.0151 6.294 0.06 2.86 -2.80 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4459 0.4625 0.0917 1 1 0.4392 0.4649 0.0959 1 1 0.4302 0.4680 0.1018
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 418 96 322 29 23 13 12 19 0 1 318 1 2 0.3021 0.0000 0.0124 5.769 1.21 4.47 -3.27 5 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4957 0.4283 0.0760 1 0 0.4868 0.4329 0.0803 1 0 0.4750 0.4389 0.0861
chr12 121420274 AGAT A 0.500000 0.050 1 -3 2 225 76 149 45 0 0 0 31 0 0 149 0 0 0.5921 0.0000 0.0000 76.000 0.29 4.06 -3.78 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4257 0.4676 0.1066 1 1 0.4194 0.4698 0.1108 1 1 0.4109 0.4726 0.1165
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 434 124 310 0 0 12 1 111 0 0 301 0 9 0.0000 0.0000 0.0290 9.250 5.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0456 0.9544 2 2 0.0000 0.0483 0.9517 2 2 0.0000 0.0523 0.9477
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 343 75 268 2 0 10 0 63 0 0 256 0 12 0.0267 0.0000 0.0448 6.500 0.00 11.41 -11.41 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7986 0.2014 2 2 0.0000 0.3743 0.6257 2 2 0.0000 0.2584 0.7416
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 534 142 392 119 7 11 0 5 0 0 391 0 1 0.8380 0.0000 0.0026 11.727 1.63 2.00 -0.37 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.2940 0.7060 0.0000 0 0 0.6887 0.3113 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 730 188 542 0 0 33 0 155 0 0 519 0 23 0.0000 0.0000 0.0424 4.697 7.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 250 92 158 30 0 25 0 37 0 0 154 0 4 0.3261 0.0000 0.0253 2.680 0.80 5.24 -4.44 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1301 0.4869 0.3830 1 1 0.1340 0.4878 0.3783 1 1 0.1391 0.4889 0.3720
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 223 69 154 0 0 9 3 57 0 0 150 0 4 0.0000 0.0000 0.0260 6.556 7.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1670 0.8330 2 2 0.0000 0.1715 0.8285 2 2 0.0000 0.1779 0.8221
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 557 146 411 7 0 21 3 115 0 0 405 1 5 0.0479 0.0000 0.0146 5.952 1.29 4.45 -3.17 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8350 0.1650 2 2 0.0000 0.4094 0.5906
chr12 132062523 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 1 557 146 411 7 5 82 0 52 0 0 406 0 5 0.0479 0.0000 0.0122 0.797 1.29 5.75 -4.46 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9909 0.0091 2 1 0.0000 0.8902 0.1098
chr13 37105243 CTGT C 0.000775 0.050 1 -3 1 493 139 354 73 0 2 0 64 0 0 354 0 0 0.5252 0.0000 0.0000 68.500 0.88 3.69 -2.81 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5687 0.4312 0.0002 1 0 0.5676 0.4323 0.0002 1 0 0.5659 0.4339 0.0002
chr13 44574569 TTGCTGC T 0.000296 0.050 1 -6 1 799 188 611 95 0 15 0 78 0 0 609 0 2 0.5053 0.0000 0.0033 12.357 0.32 5.58 -5.26 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6354 0.3645 0.0000 1 0 0.6323 0.3677 0.0000 1 0 0.6279 0.3720 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 560 169 391 90 1 3 0 75 0 0 388 0 3 0.5325 0.0000 0.0077 55.333 0.37 12.81 -12.45 40 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4053 0.4950 0.0997 1 1 0.4014 0.4948 0.1037 1 1 0.3961 0.4946 0.1093
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 642 142 500 7 0 40 0 95 0 0 493 2 5 0.0493 0.0000 0.0140 2.550 2.71 5.85 -3.14 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9848 0.0152 2 1 0.0000 0.8972 0.1028
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 118 57 61 30 0 4 0 23 0 0 61 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 13.250 0.23 4.17 -3.94 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5607 0.4329 0.0064 1 0 0.5586 0.4349 0.0065 1 0 0.5557 0.4376 0.0067
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 505 146 359 72 0 12 0 62 1 0 357 1 0 0.4932 0.0028 0.0056 11.167 3.62 6.15 -2.52 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5806 0.4189 0.0004 1 0 0.5790 0.4205 0.0004 1 0 0.5768 0.4228 0.0005
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 576 79 497 0 1 7 1 70 0 0 494 1 2 0.0000 0.0000 0.0060 10.286 5.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1350 0.8650 2 2 0.0000 0.0652 0.9348 2 2 0.0000 0.0525 0.9475
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 518 99 419 16 4 47 3 29 1 1 412 1 4 0.1616 0.0024 0.0167 1.109 2.38 3.34 -0.97 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1023 0.4561 0.4416 1 1 0.1065 0.4591 0.4345 1 1 0.1121 0.4629 0.4250
chr13 112067766 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 395 117 278 97 8 9 1 2 0 0 278 0 0 0.8291 0.0000 0.0000 13.250 2.73 3.00 -0.27 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2010 0.7990 0.0000 0 0 0.6889 0.3111 0.0000 0 0 0.8145 0.1855 0.0000
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 607 139 468 124 0 13 0 2 2 1 465 0 0 0.8921 0.0043 0.0064 9.692 1.35 8.00 -6.65 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4817 0.5183 0.0000 0 0 0.8572 0.1428 0.0000 0 0 0.9086 0.0914 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 275 87 188 76 1 7 1 2 1 0 187 0 0 0.8736 0.0053 0.0053 13.167 1.04 7.00 -5.96 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0707 0.9293 0.0000 0 1 0.4913 0.5087 0.0000 0 0 0.6805 0.3195 0.0000
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.050 1 -15 1 264 86 178 51 0 3 0 32 0 0 177 0 1 0.5930 0.0000 0.0056 27.667 0.22 8.84 -8.63 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4810 0.4378 0.0811 1 0 0.4728 0.4418 0.0854 1 0 0.4617 0.4470 0.0913
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 264 89 175 43 1 20 0 25 0 0 175 0 0 0.4831 0.0000 0.0000 3.400 0.26 10.08 -9.82 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4941 0.4276 0.0783 1 0 0.4852 0.4323 0.0825 1 0 0.4733 0.4384 0.0884
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 402 94 308 51 0 2 0 41 0 0 307 0 1 0.5426 0.0000 0.0032 46.000 0.33 3.88 -3.54 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3513 0.5044 0.1443 1 1 0.3480 0.5040 0.1479 1 1 0.3436 0.5036 0.1528
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 570 119 451 0 0 5 0 114 0 0 448 0 3 0.0000 0.0000 0.0067 22.800 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 768 161 607 20 0 3 2 136 0 0 606 0 1 0.1242 0.0000 0.0016 52.667 1.65 1.76 -0.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9562 0.0438
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 734 217 517 168 1 24 0 24 0 0 517 0 0 0.7742 0.0000 0.0000 8.042 0.16 1.12 -0.96 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0095 0.9905 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 504 138 366 82 0 3 0 53 0 0 363 0 3 0.5942 0.0000 0.0082 45.000 0.46 19.49 -19.03 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6141 0.3509 0.0350 1 0 0.6039 0.3580 0.0380 1 0 0.5902 0.3675 0.0423
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 377 70 307 2 0 4 0 64 0 0 305 0 2 0.0286 0.0000 0.0065 16.500 0.00 1.44 -1.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6688 0.3312 2 2 0.0000 0.2408 0.7592 2 2 0.0000 0.1558 0.8442
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.050 1 -3 1 552 104 448 46 0 9 0 49 0 0 445 0 3 0.4423 0.0000 0.0067 10.556 1.41 4.06 -2.65 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3958 0.6020 0.0021 1 1 0.4007 0.5971 0.0021 1 1 0.4071 0.5908 0.0021
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 503 127 376 0 0 12 0 115 0 0 376 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.583 5.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1254 0.8746 2 2 0.0000 0.1318 0.8682 2 2 0.0000 0.1412 0.8588
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 610 200 410 183 1 8 0 8 0 0 410 0 0 0.9150 0.0000 0.0000 32.000 0.27 4.12 -3.86 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1898 0.8102 0.0000 0 0 0.6856 0.3144 0.0000
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 609 201 408 185 2 2 4 8 0 0 408 0 0 0.9204 0.0000 0.0000 97.000 0.27 4.12 -3.85 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1391 0.8609 0.0000 0 0 0.6177 0.3823 0.0000
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 355 64 291 1 0 5 2 56 0 0 290 0 1 0.0156 0.0000 0.0034 11.800 3.00 3.12 -0.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6528 0.3472 2 2 0.0000 0.4295 0.5705 2 2 0.0000 0.3688 0.6312
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 314 79 235 33 0 0 0 46 0 0 235 0 0 0.4177 0.0000 0.0000 79.000 0.15 1.70 -1.54 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2784 0.6338 0.0878 1 1 0.2853 0.6290 0.0857 1 1 0.2944 0.6227 0.0829
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 399 135 264 6 0 23 4 102 0 0 260 0 4 0.0444 0.0000 0.0152 4.870 0.00 4.41 -4.41 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9068 0.0932 2 1 0.0000 0.6397 0.3603
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 399 135 264 7 0 79 1 48 0 0 261 0 3 0.0519 0.0000 0.0114 0.714 0.43 6.02 -5.59 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9821 0.0179 2 1 0.0000 0.8779 0.1221
chr14 30622360 A ACAG 0.001235 0.050 1 3 1 128 78 50 65 2 10 0 1 0 0 50 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.800 0.05 3.00 -2.95 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr14 38210558 CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG C 0.001365 0.050 1 -24 1 306 75 231 55 2 16 0 2 0 0 231 0 0 0.7333 0.0000 0.0000 3.688 0.91 2.00 -1.09 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9917 0.0083 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 755 155 600 127 1 25 0 2 1 0 598 0 1 0.8194 0.0017 0.0033 5.160 0.98 4.50 -3.52 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0385 0.9615 0.0000 0 1 0.4043 0.5957 0.0000 0 0 0.6016 0.3984 0.0000
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 497 133 364 124 0 2 0 7 0 0 364 0 0 0.9323 0.0000 0.0000 65.500 0.31 1.57 -1.26 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0648 0.9352 0.0000 0 0 0.9822 0.0178 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 128 55 73 26 0 2 0 27 0 0 72 0 1 0.4727 0.0000 0.0137 26.500 0.08 3.70 -3.63 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4494 0.5401 0.0105 1 1 0.4516 0.5380 0.0104 1 1 0.4544 0.5352 0.0104
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 659 188 471 81 1 21 3 82 1 2 466 1 1 0.4309 0.0021 0.0106 7.952 0.95 6.72 -5.77 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0738 0.5369 0.3893 1 1 0.0748 0.5336 0.3916 1 1 0.0760 0.5294 0.3945
chr14 73522300 GCTT G 0.001053 0.050 1 -3 2 476 111 365 57 0 2 0 52 0 0 363 0 2 0.5135 0.0000 0.0055 54.500 0.44 3.08 -2.64 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5027 0.4969 0.0004 1 0 0.5038 0.4958 0.0004 1 0 0.5052 0.4944 0.0004
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 493 107 386 0 0 21 2 84 0 0 384 1 1 0.0000 0.0000 0.0052 4.300 5.46 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1416 0.8584 2 2 0.0000 0.1472 0.8528 2 2 0.0000 0.1551 0.8449
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 483 96 387 2 23 9 9 53 0 2 383 2 0 0.0208 0.0000 0.0103 20.750 1.50 4.66 -3.16 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0171 0.2506 0.7323 1 2 0.0193 0.2755 0.7052 1 1 0.0128 0.5949 0.3923
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 494 160 334 2 0 23 2 133 0 0 334 0 0 0.0125 0.0000 0.0000 5.957 0.00 3.30 -3.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3256 0.6744 2 2 0.0000 0.0701 0.9299 2 2 0.0000 0.0438 0.9562
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 305 94 211 90 0 1 0 3 0 0 211 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 93.000 0.47 9.33 -8.87 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1069 0.8931 0.0000 0 0 0.6739 0.3261 0.0000 0 0 0.8253 0.1747 0.0000
chr14 94469278 AC A 0.002528 0.050 1 -1 1 435 117 318 111 1 2 0 3 0 0 318 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 57.500 0.24 1.00 -0.76 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9806 0.0194 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 182 53 129 33 1 4 0 15 0 0 129 0 0 0.6226 0.0000 0.0000 12.250 0.42 3.00 -2.58 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6678 0.3174 0.0148 1 0 0.6603 0.3240 0.0157 1 0 0.6502 0.3328 0.0170
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 237 78 159 39 1 7 1 30 0 0 156 0 3 0.5000 0.0000 0.0189 10.143 0.15 8.43 -8.28 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3549 0.5004 0.1447 1 1 0.3526 0.5000 0.1474 1 1 0.3496 0.4995 0.1509
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.050 1 -6 2 549 110 439 37 2 26 1 44 0 0 438 0 1 0.3364 0.0000 0.0023 3.231 0.86 6.80 -5.93 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3463 0.5913 0.0624 1 1 0.3512 0.5872 0.0616 1 1 0.3576 0.5818 0.0606
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 553 112 441 47 3 53 2 7 0 0 441 0 0 0.4196 0.0000 0.0000 1.137 0.77 8.14 -7.38 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0997 0.9003 0.0000 0 1 0.4997 0.5003 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 430 112 318 55 0 12 0 45 0 2 313 0 3 0.4911 0.0000 0.0157 8.333 0.87 3.84 -2.97 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4618 0.4663 0.0720 1 1 0.4591 0.4669 0.0740 1 1 0.4555 0.4678 0.0767
chr15 20534590 ATCTCCTCCTGCTCTCGTATCT A 0.000423 0.050 1 -21 1 1524 591 933 480 43 40 6 22 10 5 912 0 6 0.8122 0.0107 0.0225 13.375 1.37 7.82 -6.45 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5544 0.4456 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 760 155 605 71 4 2 1 77 0 0 597 0 8 0.4581 0.0000 0.0132 76.000 1.89 5.04 -3.15 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0040 0.4135 0.5825 1 2 0.0042 0.4150 0.5808 1 2 0.0044 0.4173 0.5783
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1534 338 1196 0 0 16 4 318 0 1 1101 30 64 0.0000 0.0000 0.0794 21.400 2.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 249 103 146 1 1 9 57 35 0 0 142 4 0 0.0097 0.0000 0.0274 5.286 0.00 1.94 -1.94 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5488 0.4512 2 2 0.0000 0.3324 0.6676 2 2 0.0000 0.2823 0.7177
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 249 103 146 2 1 41 1 58 0 0 142 0 4 0.0194 0.0000 0.0274 1.590 0.50 2.29 -1.79 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8401 0.1599 2 2 0.0000 0.4007 0.5993 2 2 0.0000 0.2539 0.7461
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 658 159 499 0 0 39 2 118 0 0 496 0 3 0.0000 0.0000 0.0060 3.077 3.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0236 0.9764
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.050 1 12 4 287 103 184 90 1 10 0 2 0 0 184 0 0 0.8738 0.0000 0.0000 9.300 0.53 12.00 -11.47 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.050 1 -9 2 428 154 274 73 0 29 0 52 1 0 269 0 4 0.4740 0.0036 0.0182 4.310 0.93 8.25 -7.32 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6311 0.3520 0.0169 1 0 0.6254 0.3567 0.0179 1 0 0.6177 0.3630 0.0193
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 477 152 325 70 0 4 1 77 0 0 324 0 1 0.4605 0.0000 0.0031 37.000 0.79 2.17 -1.38 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1997 0.5590 0.2413 1 1 0.2048 0.5560 0.2392 1 1 0.2116 0.5521 0.2362
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 242 88 154 85 0 2 0 1 0 0 153 0 1 0.9659 0.0000 0.0065 43.000 0.24 4.00 -3.76 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7419 0.2581 0.0000 0 0 0.9499 0.0501 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 270 143 127 73 0 1 0 69 0 0 125 0 2 0.5105 0.0000 0.0157 142.000 0.37 3.20 -2.83 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2081 0.5470 0.2448 1 1 0.2088 0.5437 0.2475 1 1 0.2096 0.5394 0.2509
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 500 121 379 8 0 14 3 96 0 0 377 0 2 0.0661 0.0000 0.0053 7.643 1.88 3.68 -1.80 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9230 0.0770 2 1 0.0000 0.5470 0.4530
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 701 136 565 66 0 9 0 61 0 0 558 1 6 0.4853 0.0000 0.0124 14.111 1.82 5.30 -3.48 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4271 0.5625 0.0104 1 1 0.4310 0.5586 0.0104 1 1 0.4359 0.5537 0.0105
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 403 146 257 72 0 2 0 72 0 0 256 0 1 0.4932 0.0000 0.0039 72.000 0.38 3.36 -2.99 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3137 0.5492 0.1371 1 1 0.3165 0.5457 0.1378 1 1 0.3200 0.5413 0.1387
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 921 248 673 79 4 31 3 131 0 0 673 0 0 0.3185 0.0000 0.0000 7.000 1.30 6.15 -4.84 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0024 0.1293 0.8684 1 2 0.0029 0.1381 0.8590 1 2 0.0036 0.1507 0.8456
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 363 120 243 107 0 7 0 6 0 0 243 0 0 0.8917 0.0000 0.0000 16.143 0.45 6.00 -5.55 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0028 0.9972 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 40 20 20 9 0 0 0 11 0 0 20 0 0 0.4500 0.0000 0.0000 20.000 0.11 1.73 -1.62 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3726 0.5206 0.1068 1 1 0.3740 0.5196 0.1064 1 1 0.3758 0.5183 0.1058
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 259 78 181 0 0 1 0 77 0 1 178 0 2 0.0000 0.0000 0.0166 77.000 14.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8615 0.1385 2 1 0.0000 0.7348 0.2652 2 1 0.0000 0.6883 0.3117
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 982 199 783 102 2 0 0 95 1 0 782 0 0 0.5126 0.0013 0.0013 199.000 0.66 1.57 -0.91 22 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4792 0.4732 0.0476 1 0 0.4782 0.4724 0.0494 1 0 0.4766 0.4717 0.0517
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 433 105 328 0 0 1 3 101 0 0 328 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 102.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 433 105 328 0 0 1 3 101 0 0 328 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 102.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2762818 TCAC T 0.000012 0.050 1 -3 2 594 142 452 130 2 9 0 1 0 0 452 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 14.778 0.91 3.00 -2.09 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 429 112 317 48 0 6 0 58 0 0 313 0 4 0.4286 0.0000 0.0126 17.667 0.17 3.19 -3.02 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0756 0.4464 0.4779 1 2 0.0789 0.4487 0.4725 1 2 0.0833 0.4516 0.4651
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 1266 280 986 117 1 70 0 92 0 0 974 0 12 0.4179 0.0000 0.0122 3.000 1.24 4.35 -3.11 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5767 0.4109 0.0123 1 0 0.5749 0.4122 0.0130 1 0 0.5721 0.4140 0.0138
chr16 11927631 AGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCC A 0.000767 0.050 1 -57 2 1250 673 577 506 4 114 0 49 0 0 571 0 6 0.7519 0.0000 0.0104 4.895 1.18 0.82 0.37 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2618 0.7382 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 150 43 107 0 0 0 0 43 0 0 107 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 43.000 2.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr16 14240621 TCA T 0.003870 0.050 1 -2 1 370 97 273 90 1 4 0 2 0 0 273 0 0 0.9278 0.0000 0.0000 23.250 0.32 2.00 -1.68 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr16 15363750 GGAGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGCAGGTGTCTTGAGATTATCATCCGCTGAGGGTA G 0.001881 0.050 1 -69 1 1607 596 1011 353 62 72 20 89 1 2 1003 5 0 0.5923 0.0010 0.0079 7.155 0.95 1.78 -0.83 99 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9327 0.0673 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr16 18543716 GA G 0.002566 0.050 1 -1 1 350 147 203 91 2 2 0 52 0 0 203 0 0 0.6190 0.0000 0.0000 72.500 0.07 1.21 -1.15 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8637 0.1362 0.0000 1 0 0.8559 0.1440 0.0000 1 0 0.8450 0.1549 0.0001
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 327 194 133 88 0 1 1 104 0 0 132 1 0 0.4536 0.0000 0.0075 193.000 0.30 1.31 -1.01 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2063 0.6869 0.1068 1 1 0.2153 0.6806 0.1041 1 1 0.2274 0.6721 0.1006
chr16 23068920 AGAG A 0.000823 0.050 1 -3 2 783 167 616 150 1 9 0 7 0 0 616 0 0 0.8982 0.0000 0.0000 17.444 0.31 3.00 -2.69 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3741 0.6259 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr16 23149100 A AGAGGAGGGC 0.000809 0.050 1 9 1 390 114 276 89 0 23 0 2 4 0 272 0 0 0.7807 0.0145 0.0145 3.957 0.58 5.00 -4.42 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr16 28593494 G GT 0.000605 0.050 1 1 3 482 151 331 72 1 2 1 75 0 0 331 0 0 0.4768 0.0000 0.0000 74.500 0.11 1.44 -1.33 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4179 0.5818 0.0003 1 1 0.4226 0.5770 0.0003 1 1 0.4287 0.5710 0.0003
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 620 166 454 153 0 10 0 3 0 0 454 0 0 0.9217 0.0000 0.0000 15.600 0.24 1.00 -0.76 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3433 0.6567 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000 0 0 0.9503 0.0497 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 140 65 75 31 0 5 1 28 0 0 74 0 1 0.4769 0.0000 0.0133 11.800 0.06 2.07 -2.01 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2563 0.5180 0.2257 1 1 0.2565 0.5166 0.2269 1 1 0.2566 0.5149 0.2285
chr16 58543411 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 441 91 350 54 8 9 4 16 0 0 350 0 0 0.5934 0.0000 0.0000 8.444 1.00 2.31 -1.31 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7733 0.2145 0.0123 1 0 0.7544 0.2316 0.0140 0 1 0.3129 0.6800 0.0071
chr16 60358911 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 1210 283 927 258 5 8 0 12 3 6 918 0 0 0.9117 0.0032 0.0097 34.250 0.70 2.58 -1.88 110 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2181 0.7819 0.0000 0 0 0.8881 0.1119 0.0000
chr16 67842902 ACAGCAGCAGCAGCAGCAACAG A 0.500000 0.050 1 -21 2 1155 381 774 184 22 58 32 85 0 0 774 0 0 0.4829 0.0000 0.0000 5.536 0.71 12.33 -11.62 68 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9724 0.0275 0.0001 1 0 0.9681 0.0318 0.0001 1 0 0.9613 0.0385 0.0002
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1142 334 808 135 4 54 5 136 0 0 808 0 0 0.4042 0.0000 0.0000 5.185 0.36 9.85 -9.50 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1878 0.5833 0.2289 1 1 0.1914 0.5771 0.2315 1 1 0.1960 0.5693 0.2347
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 105 61 44 4 0 1 0 56 0 0 43 0 1 0.0656 0.0000 0.0227 60.000 0.00 4.20 -4.20 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.7800 0.2200 2 1 0.0000 0.5300 0.4700
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 748 173 575 8 2 38 4 121 0 0 568 2 5 0.0462 0.0000 0.0122 3.553 0.12 3.17 -3.05 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9672 0.0328 2 1 0.0000 0.6315 0.3685
chr16 72797458 CTTGTTGTTGTTG C 0.500000 0.050 1 -12 1 753 186 567 152 0 32 0 2 0 0 566 0 1 0.8172 0.0000 0.0018 4.812 2.72 12.00 -9.28 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2549 0.7451 0.0000 0 0 0.8513 0.1487 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000
chr16 81035884 AGGC A 0.500000 0.050 1 -3 2 282 85 197 77 0 5 0 3 0 0 197 0 0 0.9059 0.0000 0.0000 16.000 0.91 3.67 -2.76 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0493 0.9507 0.0000 0 1 0.4739 0.5261 0.0000 0 0 0.6750 0.3250 0.0000
chr16 85656394 CGAGCGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 467 108 359 89 1 17 0 1 0 0 359 0 0 0.8241 0.0000 0.0000 5.625 0.70 6.00 -5.30 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6411 0.3589 0.0000 0 0 0.8180 0.1820 0.0000 0 0 0.8509 0.1491 0.0000
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 400 104 296 34 2 22 2 44 0 0 294 0 2 0.3269 0.0000 0.0068 3.727 0.32 3.48 -3.15 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1218 0.4849 0.3933 1 1 0.1258 0.4859 0.3883 1 1 0.1312 0.4872 0.3816
chr16 87604287 C CCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 12 1 400 104 296 73 3 22 0 6 0 0 294 1 1 0.7019 0.0000 0.0068 3.727 1.82 6.83 -5.01 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0533 0.9467 0.0000 0 1 0.2995 0.7005 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 723 160 563 84 0 5 5 66 0 0 557 2 4 0.5250 0.0000 0.0107 38.750 0.40 8.00 -7.60 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3235 0.5298 0.1467 1 1 0.3219 0.5276 0.1505 1 1 0.3197 0.5247 0.1556
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 718 156 562 84 0 6 3 63 0 0 557 1 4 0.5385 0.0000 0.0089 25.000 0.37 8.16 -7.79 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3912 0.4995 0.1093 1 1 0.3870 0.4994 0.1136 1 1 0.3814 0.4992 0.1194
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 716 152 564 82 1 3 0 66 0 1 555 3 5 0.5395 0.0000 0.0160 74.500 0.38 8.14 -7.76 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3513 0.5184 0.1303 1 1 0.3487 0.5169 0.1343 1 1 0.3451 0.5151 0.1398
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 813 159 654 88 0 4 0 67 0 0 651 0 3 0.5535 0.0000 0.0046 38.750 0.59 7.36 -6.77 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4627 0.4597 0.0776 1 1 0.4560 0.4621 0.0819 1 1 0.4469 0.4652 0.0879
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 580 140 440 132 2 1 0 5 0 0 440 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 138.000 0.93 3.20 -2.27 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.4904 0.5096 0.0000 0 0 0.7942 0.2058 0.0000
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 786 186 600 92 0 16 0 78 0 0 593 1 6 0.4946 0.0000 0.0117 10.625 0.32 5.81 -5.49 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3071 0.5393 0.1537 1 1 0.3063 0.5363 0.1574 1 1 0.3051 0.5326 0.1624
chr16 88733964 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 955 263 692 110 8 45 1 99 0 0 691 1 0 0.4183 0.0000 0.0014 4.778 2.83 3.23 -0.41 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4239 0.4922 0.0839 1 1 0.4193 0.4923 0.0884 1 1 0.4129 0.4926 0.0945
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 951 256 695 130 6 19 1 100 0 1 694 0 0 0.5078 0.0000 0.0014 12.944 2.59 3.50 -0.91 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6647 0.3144 0.0209 1 0 0.6533 0.3232 0.0235 1 0 0.6377 0.3350 0.0273
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 137 60 77 33 0 1 1 25 0 0 76 0 1 0.5500 0.0000 0.0130 59.000 0.24 3.80 -3.56 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3173 0.5075 0.1752 1 1 0.3151 0.5069 0.1780 1 1 0.3121 0.5062 0.1817
chr17 3240728 CAG C 0.002492 0.050 1 -2 1 733 239 494 154 0 5 0 80 0 0 492 0 2 0.6444 0.0000 0.0040 46.800 0.27 2.77 -2.51 102 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9633 0.0367 0.0000 1 0 0.9590 0.0410 0.0000 1 0 0.9526 0.0474 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 821 176 645 91 68 14 0 3 0 0 645 0 0 0.5170 0.0000 0.0000 13.500 0.45 4.00 -3.55 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9816 0.0184 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 861 256 605 88 11 58 3 96 1 0 601 0 3 0.3438 0.0017 0.0066 3.414 0.19 3.09 -2.90 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1354 0.5528 0.3118 1 1 0.1374 0.5485 0.3140 1 1 0.1400 0.5432 0.3168
chr17 7743278 CT C 0.003519 0.050 1 -1 1 528 151 377 72 3 11 1 64 0 0 376 0 1 0.4768 0.0000 0.0027 12.727 0.49 1.56 -1.08 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5630 0.4361 0.0008 1 0 0.5621 0.4370 0.0009 1 0 0.5608 0.4383 0.0009
chr17 7846859 TACCACCACC T 0.027442 0.050 1 -9 2 1331 419 912 189 1 76 3 150 0 0 908 0 4 0.4511 0.0000 0.0044 4.487 3.61 9.38 -5.77 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7649 0.2343 0.0008 1 0 0.7592 0.2399 0.0009 1 0 0.7512 0.2477 0.0011
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 440 113 327 51 0 13 0 49 0 0 327 0 0 0.4513 0.0000 0.0000 7.692 0.90 7.12 -6.22 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2586 0.5293 0.2122 1 1 0.2589 0.5271 0.2140 1 1 0.2592 0.5243 0.2165
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 519 210 309 0 0 30 12 168 0 0 303 3 3 0.0000 0.0000 0.0194 6.000 3.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0093 0.9907 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 894 250 644 26 3 28 105 88 0 0 642 1 1 0.1040 0.0000 0.0031 5.375 0.58 4.38 -3.80 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 892 247 645 22 24 112 10 79 0 0 644 0 1 0.0891 0.0000 0.0016 1.381 0.55 4.00 -3.45 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0159 0.2533 0.7308 1 2 0.0181 0.2644 0.7175 1 2 0.0214 0.2796 0.6990
chr17 18673034 G GCGCCGCCGC 0.500000 0.050 1 9 3 684 184 500 130 1 51 0 2 8 0 491 1 0 0.7065 0.0160 0.0180 2.588 1.38 10.00 -8.62 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5165 0.4835 0.0000 0 0 0.8747 0.1253 0.0000 0 0 0.9212 0.0788 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 805 196 609 100 0 3 0 93 0 0 609 0 0 0.5102 0.0000 0.0000 64.333 0.39 3.88 -3.49 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3038 0.5441 0.1520 1 1 0.3033 0.5408 0.1559 1 1 0.3024 0.5366 0.1610
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 293 115 178 48 1 25 0 41 0 0 171 0 7 0.4174 0.0000 0.0393 3.600 0.23 9.05 -8.82 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5293 0.2238 1 1 0.2477 0.5271 0.2253 1 1 0.2485 0.5243 0.2272
chr17 21535325 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 322 128 194 66 0 2 0 60 0 0 193 0 1 0.5156 0.0000 0.0052 63.000 0.20 1.08 -0.89 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2912 0.5312 0.1776 1 1 0.2905 0.5288 0.1806 1 1 0.2896 0.5259 0.1846
chr17 29761226 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 147 68 79 33 1 2 0 32 0 0 79 0 0 0.4853 0.0000 0.0000 33.000 0.06 1.31 -1.25 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2642 0.5189 0.2169 1 1 0.2641 0.5175 0.2184 1 1 0.2639 0.5157 0.2204
chr17 29969182 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 574 127 447 65 0 7 0 55 0 0 446 0 1 0.5118 0.0000 0.0022 17.143 0.34 2.73 -2.39 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3452 0.5130 0.1418 1 1 0.3425 0.5119 0.1456 1 1 0.3387 0.5107 0.1506
chr17 35745217 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 737 142 595 133 0 2 0 7 0 0 594 0 1 0.9366 0.0000 0.0017 70.000 0.39 3.00 -2.61 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1128 0.8872 0.0000 0 0 0.5536 0.4464 0.0000
chr17 40818947 AGCCGCCGCTGGAACTGCCGCCGTG A 0.500000 0.050 1 -24 1 866 196 670 93 2 24 3 74 0 0 667 0 3 0.4745 0.0000 0.0045 7.042 1.94 17.72 -15.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4239 0.4853 0.0908 1 1 0.4188 0.4860 0.0952 1 1 0.4118 0.4870 0.1012
chr17 41026898 G GCAGCAGCTTGGCTGACAGCAGCTGGTCTCA 0.500000 0.050 1 30 2 822 197 625 104 2 15 1 75 0 0 601 0 24 0.5279 0.0000 0.0384 12.000 0.70 1.19 -0.48 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2888 0.5517 0.1596 1 1 0.2889 0.5478 0.1633 1 1 0.2888 0.5429 0.1683
chr17 41041248 GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCACAGCAGCGTGGCTGGCAGGAGCTGGTCTCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCGCAGGTCCCACTGGTGGAGCAGCTGGGAAATCCACAGAAGCTGGTCTGA G 0.500000 0.050 1 -138 2 843 314 529 260 0 11 2 41 0 0 529 0 0 0.8280 0.0000 0.0000 27.455 1.37 3.27 -1.90 106 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 572 148 424 6 5 5 0 132 0 0 424 0 0 0.0405 0.0000 0.0000 28.600 0.50 1.86 -1.36 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9564 0.0436 2 1 0.0000 0.6355 0.3645
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 540 128 412 62 0 6 0 60 0 0 411 0 1 0.4844 0.0000 0.0024 20.333 0.56 1.27 -0.70 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2429 0.5372 0.2200 1 1 0.2439 0.5344 0.2217 1 1 0.2451 0.5309 0.2240
chr17 41140276 TGACAGCAGCTGG T 0.500000 0.050 1 -12 1 795 137 658 55 0 23 3 56 1 1 648 1 7 0.4015 0.0015 0.0152 4.913 1.82 11.12 -9.31 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1373 0.5108 0.3519 1 1 0.1412 0.5099 0.3489 1 1 0.1463 0.5088 0.3448
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 579 136 443 0 0 19 1 116 0 0 422 1 20 0.0000 0.0000 0.0474 6.105 9.38 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0302 0.9698 2 2 0.0000 0.0323 0.9677 2 2 0.0000 0.0354 0.9646
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 648 212 436 174 1 34 0 3 0 0 435 0 1 0.8208 0.0000 0.0023 5.235 0.29 11.33 -11.05 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1075 0.8925 0.0000 0 0 0.8383 0.1617 0.0000 0 0 0.9375 0.0625 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 705 207 498 150 4 40 1 12 0 0 498 0 0 0.7246 0.0000 0.0000 4.175 0.75 3.83 -3.09 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0076 0.9924 0.0000 0 1 0.2431 0.7569 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 232 73 159 26 0 4 0 43 0 0 159 0 0 0.3562 0.0000 0.0000 17.250 0.15 4.58 -4.43 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0876 0.4418 0.4706 1 2 0.0919 0.4457 0.4625 1 2 0.0977 0.4506 0.4517
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 423 110 313 87 2 18 0 3 0 0 312 0 1 0.7909 0.0000 0.0032 5.111 0.25 7.67 -7.41 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3831 0.6169 0.0000 0 0 0.6563 0.3437 0.0000
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 981 257 724 8 0 12 0 237 0 0 713 0 11 0.0311 0.0000 0.0152 20.417 0.00 3.05 -3.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 2 0.0000 0.3158 0.6842 2 2 0.0000 0.0487 0.9513
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 407 134 273 1 0 29 0 104 0 0 273 0 0 0.0075 0.0000 0.0000 3.621 1.00 5.54 -4.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2696 0.7304 2 2 0.0000 0.1303 0.8697 2 2 0.0000 0.1070 0.8930
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 325 66 259 34 2 4 0 26 2 0 256 0 1 0.5152 0.0077 0.0116 15.500 0.26 7.04 -6.77 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3850 0.4848 0.1302 1 1 0.3801 0.4858 0.1341 1 1 0.3736 0.4872 0.1392
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 327 95 232 51 0 1 0 43 0 0 232 0 0 0.5368 0.0000 0.0000 94.000 0.06 3.23 -3.17 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3374 0.5096 0.1530 1 1 0.3347 0.5089 0.1564 1 1 0.3310 0.5079 0.1610
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 270 82 188 79 0 1 0 2 0 0 188 0 0 0.9634 0.0000 0.0000 81.000 0.33 1.00 -0.67 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2206 0.7794 0.0000 0 0 0.6490 0.3510 0.0000 0 0 0.7597 0.2403 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 569 118 451 0 0 14 0 104 0 0 433 1 17 0.0000 0.0000 0.0399 7.429 7.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0447 0.9553 2 2 0.0000 0.0474 0.9526 2 2 0.0000 0.0513 0.9487
chr17 75239519 G GGGT 0.500000 0.050 1 3 4 693 177 516 162 1 12 0 2 0 0 516 0 0 0.9153 0.0000 0.0000 13.750 0.36 3.00 -2.64 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6979 0.3021 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000 0 0 0.9595 0.0405 0.0000
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 539 176 363 163 0 1 0 12 0 0 363 0 0 0.9261 0.0000 0.0000 175.000 0.36 2.42 -2.06 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0181 0.9819 0.0000 0 1 0.3656 0.6344 0.0000
chr17 76072446 T TGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 12 1 552 226 326 104 0 48 0 74 0 0 322 0 4 0.4602 0.0000 0.0123 3.708 0.62 7.93 -7.32 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5659 0.3909 0.0433 1 0 0.5561 0.3969 0.0469 1 0 0.5429 0.4049 0.0522
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2207 466 1741 7 3 68 9 379 1 1 1716 4 19 0.0150 0.0006 0.0144 5.851 4.43 6.19 -1.76 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9780 0.0220 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2118 548 1570 0 0 35 6 507 0 0 1414 17 139 0.0000 0.0000 0.0994 14.629 4.60 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1008 182 826 165 0 9 0 8 0 0 826 0 0 0.9066 0.0000 0.0000 19.222 0.60 6.12 -5.53 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2190 0.7810 0.0000 0 0 0.7277 0.2723 0.0000
chr17 81653293 GTTCCAGGT G 0.500000 0.050 1 -8 2 281 96 185 46 0 5 0 45 0 0 185 0 0 0.4792 0.0000 0.0000 18.200 0.22 7.84 -7.63 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2479 0.5275 0.2246 1 1 0.2486 0.5254 0.2260 1 1 0.2493 0.5228 0.2279
chr18 48226 ATG A 0.000609 0.050 1 -2 2 1197 280 917 236 0 2 0 42 0 0 917 0 0 0.8429 0.0000 0.0000 139.000 1.63 2.36 -0.73 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0732 0.9268 0.0000
chr18 13049812 GA G 0.001808 0.050 1 -1 1 379 107 272 51 0 2 4 50 0 0 270 1 1 0.4766 0.0000 0.0074 51.500 0.51 4.16 -3.65 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4185 0.5804 0.0011 1 1 0.4227 0.5762 0.0011 1 1 0.4281 0.5708 0.0011
chr18 13049814 GCA G 0.001808 0.050 1 -2 1 376 105 271 51 0 1 2 51 0 0 269 1 1 0.4857 0.0000 0.0074 104.000 0.51 4.08 -3.57 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4151 0.5837 0.0011 1 1 0.4195 0.5794 0.0011 1 1 0.4251 0.5738 0.0011
chr18 21452083 GCGATGACCTAGA G 0.000946 0.050 1 -12 2 216 85 131 83 0 0 0 2 0 0 130 0 1 0.9765 0.0000 0.0076 85.000 0.20 6.50 -6.30 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9846 0.0154 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 201 98 103 50 0 3 0 45 0 0 101 0 2 0.5102 0.0000 0.0194 31.667 0.08 3.11 -3.03 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0002 0.5663 0.4335 1 1 0.0002 0.5627 0.4371 1 1 0.0002 0.5581 0.4418
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 538 148 390 127 0 12 0 9 0 0 390 0 0 0.8581 0.0000 0.0000 11.333 1.61 7.89 -6.28 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0533 0.9467 0.0000 0 1 0.4256 0.5744 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 276 155 121 0 0 3 1 151 0 0 121 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 50.667 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0255 0.9745
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 868 237 631 135 0 7 0 95 0 0 624 0 7 0.5696 0.0000 0.0111 32.857 0.50 14.33 -13.83 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6406 0.3348 0.0245 1 0 0.6298 0.3429 0.0273 1 0 0.6148 0.3538 0.0315
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 417 78 339 26 1 19 0 32 1 0 338 0 0 0.3333 0.0029 0.0029 3.105 3.69 4.97 -1.28 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1957 0.5134 0.2909 1 1 0.1979 0.5124 0.2897 1 1 0.2008 0.5111 0.2881
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 152 65 87 0 0 1 1 63 0 0 86 0 1 0.0000 0.0000 0.0115 64.000 3.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1633 0.8367 2 2 0.0000 0.1678 0.8322 2 2 0.0000 0.1741 0.8259
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 142 74 68 36 0 4 0 34 0 0 64 0 4 0.4865 0.0000 0.0588 17.500 0.00 3.09 -3.09 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2157 0.5214 0.2629 1 1 0.2174 0.5198 0.2629 1 1 0.2195 0.5177 0.2628
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 445 197 248 60 3 13 6 115 0 2 246 0 0 0.3046 0.0000 0.0081 16.545 3.35 5.72 -2.37 26 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0104 0.2621 0.7275 1 2 0.0126 0.2789 0.7086 1 2 0.0160 0.3020 0.6821
chr19 621458 G GGCAGGT 0.002400 0.050 1 6 1 730 178 552 96 0 8 0 74 1 0 544 0 7 0.5393 0.0018 0.0145 21.250 0.82 5.78 -4.96 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6390 0.3607 0.0003 1 0 0.6358 0.3639 0.0003 1 0 0.6312 0.3684 0.0004
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.050 1 3 1 252 109 143 0 49 12 2 46 0 0 142 1 0 0.0000 0.0000 0.0070 4.900 3.07 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3430 0.6489 0.0081 1 1 0.3493 0.6428 0.0079 1 1 0.3576 0.6347 0.0077
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 172 50 122 27 1 2 0 20 0 0 121 0 1 0.5400 0.0000 0.0082 24.000 1.04 4.00 -2.96 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4679 0.4604 0.0717 1 0 0.4651 0.4616 0.0732 1 1 0.4615 0.4633 0.0752
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 291 155 136 145 0 4 0 6 0 0 136 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 37.750 0.19 3.33 -3.15 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 0 0.6938 0.3062 0.0000 0 0 0.9238 0.0762 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 333 96 237 1 0 9 45 41 0 0 228 8 1 0.0104 0.0000 0.0380 9.667 2.00 4.07 -2.07 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3470 0.6530 2 2 0.0000 0.1756 0.8244 2 2 0.0000 0.1447 0.8553
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.050 1 -9 4 333 103 230 39 8 8 2 46 0 0 220 0 10 0.3786 0.0000 0.0435 13.571 3.21 9.89 -6.69 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3067 0.6467 0.0466 1 1 0.3137 0.6407 0.0456 1 1 0.3228 0.6329 0.0443
chr19 4422718 GGAGAAGGAT G 0.000030 0.050 1 -9 3 211 78 133 45 0 6 0 27 0 0 132 0 1 0.5769 0.0000 0.0075 12.000 0.24 8.04 -7.79 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6794 0.3205 0.0000 1 0 0.6738 0.3262 0.0000 1 0 0.6663 0.3337 0.0000
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 447 131 316 62 1 4 0 64 3 0 313 0 0 0.4733 0.0095 0.0095 31.750 1.48 3.27 -1.78 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4313 0.5208 0.0479 1 1 0.4330 0.5186 0.0484 1 1 0.4351 0.5158 0.0491
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 565 148 417 76 0 8 1 63 0 0 413 0 4 0.5135 0.0000 0.0096 17.500 1.30 11.13 -9.82 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4308 0.4886 0.0806 1 1 0.4293 0.4879 0.0828 1 1 0.4271 0.4871 0.0858
chr19 8971789 GGTGTGAAGGTTAACGTCT G 0.002451 0.050 1 -18 1 377 99 278 52 0 6 0 41 0 0 277 0 1 0.5253 0.0000 0.0036 15.500 0.87 16.39 -15.52 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5929 0.4066 0.0005 1 0 0.5903 0.4091 0.0006 1 0 0.5869 0.4125 0.0006
chr19 8979162 A AGCC 0.002510 0.050 1 3 1 682 146 536 61 0 5 2 78 0 0 536 0 0 0.4178 0.0000 0.0000 28.200 0.30 3.12 -2.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2466 0.7493 0.0040 1 1 0.2559 0.7402 0.0039 1 1 0.2682 0.7280 0.0037
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 270 75 195 0 0 5 0 70 0 0 192 0 3 0.0000 0.0000 0.0154 14.000 5.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2532 0.7468 2 2 0.0000 0.2602 0.7398 2 2 0.0000 0.2700 0.7300
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 363 87 276 51 0 1 0 35 0 0 276 0 0 0.5862 0.0000 0.0000 86.000 1.06 2.03 -0.97 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6469 0.3452 0.0079 1 0 0.6415 0.3501 0.0083 1 0 0.6343 0.3568 0.0089
chr19 11447525 A AGAG 0.036742 0.050 1 3 1 871 298 573 13 118 58 0 109 0 4 563 0 6 0.0436 0.0000 0.0175 4.138 0.69 3.32 -2.63 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6519 0.3446 0.0035 1 0 0.6484 0.3478 0.0038 1 0 0.6435 0.3524 0.0041
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 873 307 566 131 3 54 8 111 0 0 562 1 3 0.4267 0.0000 0.0071 4.685 2.70 3.42 -0.72 43 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4195 0.5073 0.0732 1 1 0.4189 0.5050 0.0761 1 1 0.4177 0.5022 0.0802
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 460 148 312 0 0 29 70 49 0 0 304 3 5 0.0000 0.0000 0.0256 4.103 3.45 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1612 0.8388 2 2 0.0000 0.1701 0.8299 2 2 0.0000 0.1828 0.8172
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 460 153 307 2 2 79 0 70 0 1 302 0 4 0.0131 0.0000 0.0163 0.935 1.00 8.66 -7.66 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9199 0.0801 2 1 0.0000 0.6338 0.3662 2 2 0.0000 0.4962 0.5038
chr19 13207858 CCTGCTGCTG C 0.002693 0.050 1 -9 1 460 153 307 52 6 22 11 62 0 1 301 0 5 0.3399 0.0000 0.0195 5.955 2.67 8.92 -6.25 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2429 0.7526 0.0045 1 1 0.2522 0.7435 0.0043 1 1 0.2646 0.7313 0.0041
chr19 14089291 ATCT A 0.000555 0.050 1 -3 1 526 107 419 52 47 3 1 4 0 0 419 0 0 0.4860 0.0000 0.0000 51.000 0.83 5.50 -4.67 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8697 0.1303 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 14089300 ATCT A 0.000426 0.050 1 -3 1 521 110 411 98 4 3 1 4 0 0 411 0 0 0.8909 0.0000 0.0000 35.333 1.34 5.75 -4.41 76 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9703 0.0297 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 332 97 235 47 0 6 0 44 0 0 230 0 5 0.4845 0.0000 0.0213 15.167 0.15 3.20 -3.06 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4143 0.5503 0.0354 1 1 0.4173 0.5473 0.0354 1 1 0.4212 0.5435 0.0353
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 596 109 487 0 0 5 1 103 0 0 483 0 4 0.0000 0.0000 0.0082 20.800 3.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 429 104 325 10 4 23 20 47 0 0 325 0 0 0.0962 0.0000 0.0000 3.500 0.30 7.47 -7.17 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9969 0.0029 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9927 0.0073
chr19 17286686 GTGTGTT G 0.073608 0.050 1 -6 1 427 96 331 10 1 14 23 48 0 0 331 0 0 0.1042 0.0000 0.0000 6.231 0.30 6.77 -6.47 8 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9921 0.0079
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 530 115 415 0 0 4 1 110 0 0 379 7 29 0.0000 0.0000 0.0867 27.750 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0075 0.9925 2 2 0.0000 0.0082 0.9918 2 2 0.0000 0.0091 0.9909
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 533 164 369 150 0 7 0 7 0 0 369 0 0 0.9146 0.0000 0.0000 22.429 0.17 3.00 -2.83 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0050 0.9950 0.0000 0 0 0.7980 0.2020 0.0000 0 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr19 21973234 C CTTA 0.000740 0.050 1 3 1 1485 337 1148 305 1 19 0 12 4 6 1138 0 0 0.9050 0.0035 0.0087 16.737 1.05 3.42 -2.37 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0119 0.9881 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 314 72 242 29 0 11 2 30 0 0 242 0 0 0.4028 0.0000 0.0000 5.455 0.41 2.83 -2.42 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0666 0.4942 0.4392 1 1 0.0673 0.4938 0.4389 1 1 0.0682 0.4933 0.4385
chr19 33379692 GACCTC G 0.005617 0.050 1 -5 1 507 128 379 66 0 5 1 56 0 0 378 0 1 0.5156 0.0000 0.0026 24.600 0.11 4.86 -4.75 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5586 0.4400 0.0014 1 0 0.5576 0.4409 0.0015 1 0 0.5562 0.4423 0.0015
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 657 161 496 0 1 8 0 152 0 0 488 0 8 0.0000 0.0000 0.0161 19.000 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 521 212 309 142 2 27 0 41 0 0 292 0 17 0.6698 0.0000 0.0550 7.400 7.44 23.90 -16.46 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9779 0.0221 0.0000 1 0 0.9745 0.0254 0.0001 1 0 0.9694 0.0306 0.0001
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 517 173 344 12 8 65 1 87 0 0 342 2 0 0.0694 0.0000 0.0058 1.783 1.42 10.80 -9.39 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0003 0.9822 0.0175 2 1 0.0000 0.9999 0.0000 2 1 0.0000 0.9990 0.0010
chr19 37886681 TTTC T 0.000877 0.050 1 -3 5 550 98 452 74 0 17 0 7 0 0 452 0 0 0.7551 0.0000 0.0000 4.765 1.46 4.57 -3.11 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0742 0.9258 0.0000 0 0 0.9851 0.0149 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 606 149 457 121 0 25 0 3 2 0 452 1 2 0.8121 0.0044 0.0109 4.960 0.45 16.33 -15.89 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0865 0.9135 0.0000 0 0 0.9182 0.0818 0.0000 0 0 0.9789 0.0211 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.050 1 3 1 133 58 75 45 4 7 0 2 0 0 75 0 0 0.7759 0.0000 0.0000 7.286 0.13 3.00 -2.87 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8101 0.1899 0.0000 0 0 0.9662 0.0338 0.0000 0 0 0.9804 0.0196 0.0000
chr19 39031033 CAG C 0.000389 0.050 1 -2 1 226 80 146 76 0 1 0 3 0 0 146 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 79.000 0.16 2.67 -2.51 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9924 0.0076 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 424 128 296 64 0 3 3 58 0 0 291 2 3 0.5000 0.0000 0.0169 41.000 0.19 3.67 -3.48 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3028 0.5450 0.1522 1 1 0.3054 0.5418 0.1527 1 1 0.3088 0.5378 0.1534
chr19 39453392 AAAG A 0.000344 0.050 1 -3 1 77 28 49 24 1 1 0 2 0 0 49 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 27.000 1.00 3.50 -2.50 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9952 0.0048 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 219 35 184 0 0 4 26 5 0 0 183 1 0 0.0000 0.0000 0.0054 7.250 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1115 0.8885 2 2 0.0000 0.1131 0.8869 2 2 0.0000 0.1154 0.8846
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 219 35 184 0 1 23 9 2 0 0 183 1 0 0.0000 0.0000 0.0054 0.600 1.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1682 0.8318 2 2 0.0000 0.1657 0.8343 2 2 0.0000 0.1637 0.8363
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 446 132 314 0 1 10 0 121 0 0 314 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 13.444 5.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0437 0.9563 2 2 0.0000 0.0453 0.9547 2 2 0.0000 0.0479 0.9521
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 473 158 315 90 0 1 0 67 0 0 314 0 1 0.5696 0.0000 0.0032 157.000 0.13 1.81 -1.67 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6494 0.3321 0.0185 1 0 0.6424 0.3377 0.0199 1 0 0.6329 0.3451 0.0219
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 308 106 202 102 0 2 0 2 0 0 202 0 0 0.9623 0.0000 0.0000 52.000 0.96 4.50 -3.54 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9208 0.0792 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000
chr19 42225153 TGAG T 0.002643 0.050 1 -3 1 880 171 709 96 1 1 2 71 0 0 709 0 0 0.5614 0.0000 0.0000 170.000 0.36 3.08 -2.72 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7279 0.2719 0.0002 1 0 0.7218 0.2780 0.0002 1 0 0.7136 0.2862 0.0002
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.050 1 -1 1 527 145 382 92 0 1 0 52 0 0 381 0 1 0.6345 0.0000 0.0026 144.000 3.15 2.60 0.56 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8433 0.1556 0.0011 1 0 0.8349 0.1638 0.0013 1 0 0.8234 0.1751 0.0015
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 343 104 239 99 0 0 0 5 0 0 239 0 0 0.9519 0.0000 0.0000 104.000 0.18 7.00 -6.82 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0048 0.9952 0.0000 0 1 0.3638 0.6362 0.0000 0 0 0.7014 0.2986 0.0000
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 668 203 465 187 0 15 0 1 0 0 463 0 2 0.9212 0.0000 0.0043 12.533 0.37 7.00 -6.63 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 492 130 362 74 0 7 1 48 0 0 362 0 0 0.5692 0.0000 0.0000 24.600 0.36 2.85 -2.49 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7004 0.2886 0.0110 1 0 0.6926 0.2954 0.0120 1 0 0.6820 0.3047 0.0133
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 315 117 198 60 0 3 0 54 0 0 197 0 1 0.5128 0.0000 0.0051 38.000 1.13 1.94 -0.81 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5208 0.4747 0.0045 1 0 0.5211 0.4744 0.0046 1 0 0.5212 0.4741 0.0047
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 834 286 548 133 0 48 0 105 0 0 536 0 12 0.4650 0.0000 0.0219 4.958 0.20 6.11 -5.92 57 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4216 0.4985 0.0799 1 1 0.4179 0.4979 0.0842 1 1 0.4128 0.4972 0.0901
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 346 121 225 92 0 29 0 0 0 0 224 0 1 0.7603 0.0000 0.0044 3.172 0.26 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9438 0.0562 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000 0 0 0.9815 0.0185 0.0000
chr19 46016106 TCGTCCCGGGAGCGCTCCG T 0.003109 0.050 1 -18 1 368 107 261 50 0 4 0 53 0 0 257 0 4 0.4673 0.0000 0.0153 25.750 0.26 16.58 -16.32 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3814 0.6163 0.0024 1 1 0.3869 0.6108 0.0023 1 1 0.3940 0.6037 0.0023
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 249 91 158 82 0 5 0 4 0 0 158 0 0 0.9011 0.0000 0.0000 17.200 0.49 2.00 -1.51 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.7122 0.2878 0.0000 0 0 0.8831 0.1169 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1043 264 779 114 3 48 10 89 0 1 766 4 8 0.4318 0.0000 0.0167 4.596 0.95 3.52 -2.57 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3632 0.5320 0.1047 1 1 0.3635 0.5287 0.1078 1 1 0.3634 0.5246 0.1120
chr19 49196501 TGCTGCGGGGGCC T 0.003841 0.050 1 -12 2 432 135 297 77 0 6 1 51 0 0 293 0 4 0.5704 0.0000 0.0135 21.333 0.88 11.20 -10.31 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7071 0.2926 0.0003 1 0 0.7012 0.2984 0.0004 1 0 0.6932 0.3064 0.0004
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 606 163 443 0 0 36 0 127 0 0 437 1 5 0.0000 0.0000 0.0135 3.528 7.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0619 0.9381 2 2 0.0000 0.0674 0.9326
chr19 49908948 G GTGC 0.000984 0.050 1 3 2 896 223 673 108 2 13 4 96 1 0 672 0 0 0.4843 0.0015 0.0015 16.000 1.51 3.52 -2.01 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5723 0.4275 0.0002 1 0 0.5719 0.4279 0.0002 1 0 0.5710 0.4288 0.0002
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 752 158 594 2 1 6 70 79 0 0 579 4 11 0.0127 0.0000 0.0253 25.000 0.00 3.62 -3.62 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2884 0.7116 2 2 0.0000 0.0589 0.9411 2 2 0.0000 0.0364 0.9636
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 753 167 586 2 0 9 80 76 0 1 582 0 3 0.0120 0.0000 0.0068 17.556 0.50 3.26 -2.76 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.6960 0.3040 2 2 0.0000 0.2038 0.7962 2 2 0.0000 0.1166 0.8834
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 624 135 489 73 0 7 0 55 0 0 484 0 5 0.5407 0.0000 0.0102 18.286 0.15 5.55 -5.39 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6134 0.3844 0.0022 1 0 0.6103 0.3873 0.0023 1 0 0.6062 0.3914 0.0025
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 595 184 411 86 1 7 10 80 0 0 409 0 2 0.4674 0.0000 0.0049 25.143 0.21 2.76 -2.55 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1174 0.5311 0.3515 1 1 0.1197 0.5281 0.3522 1 1 0.1227 0.5244 0.3529
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 224 99 125 95 0 1 0 3 0 0 124 0 1 0.9596 0.0000 0.0080 98.000 0.18 2.00 -1.82 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0062 0.9938 0.0000 0 1 0.2174 0.7826 0.0000 0 1 0.4594 0.5406 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 489 131 358 9 0 8 0 114 0 0 358 0 0 0.0687 0.0000 0.0000 15.375 0.22 1.95 -1.73 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9747 0.0253 2 1 0.0000 0.7470 0.2530
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 577 138 439 12 0 2 0 124 0 0 435 0 4 0.0870 0.0000 0.0091 68.000 0.00 3.36 -3.36 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9951 0.0049 2 1 0.0000 0.8638 0.1362
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 934 230 704 0 0 1 1 228 0 0 703 0 1 0.0000 0.0000 0.0014 229.000 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0060 0.9940
chr19 54217135 A AGAG 0.001307 0.050 1 3 2 1049 355 694 341 1 8 0 5 0 0 693 1 0 0.9606 0.0000 0.0014 43.250 0.56 5.20 -4.64 173 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54217137 GTTC G 0.001135 0.050 1 -3 2 1052 361 691 354 0 2 0 5 0 0 689 1 1 0.9806 0.0000 0.0029 179.500 0.55 5.20 -4.65 168 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9897 0.0103 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 675 189 486 9 0 7 0 173 0 0 485 0 1 0.0476 0.0000 0.0021 26.000 0.33 1.44 -1.11 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7241 0.2759 2 2 0.0000 0.1730 0.8270
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 802 171 631 0 0 7 0 164 0 0 621 0 10 0.0000 0.0000 0.0158 23.429 3.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0180 0.9820
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 783 173 610 87 0 11 0 75 0 0 608 1 1 0.5029 0.0000 0.0033 14.727 0.28 4.05 -3.78 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5617 0.4317 0.0066 1 0 0.5606 0.4326 0.0069 1 0 0.5589 0.4339 0.0072
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 465 133 332 57 0 20 0 56 0 0 325 0 7 0.4286 0.0000 0.0211 5.650 0.33 7.57 -7.24 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1693 0.5260 0.3048 1 1 0.1725 0.5240 0.3035 1 1 0.1767 0.5215 0.3018
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 644 143 501 0 0 28 1 114 0 0 465 0 36 0.0000 0.0000 0.0719 4.071 19.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr19 55386752 A AT 0.003360 0.050 1 1 1 573 171 402 71 0 11 0 89 0 0 402 0 0 0.4152 0.0000 0.0000 14.545 0.30 1.12 -0.83 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2507 0.7443 0.0050 1 1 0.2600 0.7351 0.0048 1 1 0.2725 0.7229 0.0046
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 991 269 722 223 1 39 0 6 1 0 719 0 2 0.8290 0.0014 0.0042 5.897 0.72 5.33 -4.61 115 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.7466 0.2534 0.0000 0 0 0.9642 0.0358 0.0000
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 527 116 411 0 0 4 1 111 0 0 403 0 8 0.0000 0.0000 0.0195 28.000 4.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0403 0.9597 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0463 0.9537
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 114 57 57 27 0 0 0 30 0 0 56 0 1 0.4737 0.0000 0.0175 57.000 0.19 7.10 -6.91 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1511 0.5026 0.3462 1 1 0.1529 0.5021 0.3451 1 1 0.1553 0.5013 0.3434
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 474 106 368 45 1 12 0 48 0 0 359 0 9 0.4245 0.0000 0.0245 8.455 1.07 4.33 -3.27 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3015 0.6293 0.0693 1 1 0.3081 0.6240 0.0679 1 1 0.3168 0.6171 0.0662
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.050 1 -24 4 872 259 613 11 0 20 0 228 0 0 613 0 0 0.0425 0.0000 0.0000 11.950 0.73 7.87 -7.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.9640 0.0360
chr20 19886698 CT C 0.002304 0.050 1 -1 1 137 57 80 36 0 0 0 21 0 0 78 0 2 0.6316 0.0000 0.0250 57.000 0.53 2.00 -1.47 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6381 0.3615 0.0004 1 0 0.6336 0.3660 0.0004 1 0 0.6276 0.3719 0.0004
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 278 117 161 108 0 1 0 8 1 0 160 0 0 0.9231 0.0062 0.0062 116.000 0.20 1.12 -0.92 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0423 0.9577 0.0000 0 1 0.3026 0.6974 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 717 185 532 7 0 3 1 174 0 0 524 0 8 0.0378 0.0000 0.0150 60.667 1.00 6.36 -5.36 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5902 0.4098 2 2 0.0000 0.1704 0.8296
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 705 211 494 127 0 7 0 77 0 0 486 1 7 0.6019 0.0000 0.0162 29.143 0.50 13.91 -13.41 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8626 0.1374 0.0000 1 0 0.8551 0.1448 0.0001 1 0 0.8447 0.1553 0.0001
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 491 171 320 0 0 3 2 166 0 0 305 0 15 0.0000 0.0000 0.0469 56.000 3.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0057 0.9943 2 2 0.0000 0.0065 0.9935
chr20 35277779 C CGGGCTG 0.014046 0.050 1 6 1 472 166 306 49 2 43 0 72 0 0 306 0 0 0.2952 0.0000 0.0000 2.837 0.18 5.07 -4.89 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2214 0.7524 0.0263 1 1 0.2307 0.7441 0.0252 1 1 0.2432 0.7330 0.0239
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 600 151 449 77 2 4 0 68 0 0 449 0 0 0.5099 0.0000 0.0000 36.500 0.57 3.29 -2.72 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3020 0.5381 0.1599 1 1 0.2989 0.5362 0.1649 1 1 0.2946 0.5338 0.1716
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1001 303 698 1 1 34 11 256 0 0 696 1 1 0.0033 0.0000 0.0029 7.882 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 592 283 309 4 3 38 118 120 0 0 308 0 1 0.0141 0.0000 0.0032 5.947 0.00 3.33 -3.33 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9526 0.0474 2 2 0.0000 0.1727 0.8273 2 2 0.0000 0.0530 0.9470
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.050 1 -3 1 591 279 312 16 3 13 112 135 0 0 312 0 0 0.0573 0.0000 0.0000 17.222 0.12 3.16 -3.04 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.050 1 36 4 736 136 600 57 3 14 2 60 0 1 599 0 0 0.4191 0.0000 0.0017 8.571 0.74 2.72 -1.98 17 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4392 0.5559 0.0049 1 1 0.4427 0.5524 0.0049 1 1 0.4472 0.5480 0.0049
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 225 31 194 0 0 4 1 26 0 0 188 0 6 0.0000 0.0000 0.0309 6.750 7.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0026 0.9974
chr20 62367030 GCCGCGCGCC G 0.002179 0.050 1 -9 1 169 67 102 42 0 1 0 24 0 0 102 0 0 0.6269 0.0000 0.0000 66.000 0.64 9.08 -8.44 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6913 0.3084 0.0003 1 0 0.6853 0.3145 0.0003 1 0 0.6771 0.3226 0.0003
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 290 133 157 3 0 2 0 128 0 0 156 0 1 0.0226 0.0000 0.0064 65.500 0.00 2.08 -2.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6734 0.3266 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.0524 0.9476
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 731 200 531 87 0 4 0 109 0 0 530 0 1 0.4350 0.0000 0.0019 49.000 0.29 5.48 -5.19 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0521 0.4214 0.5265 1 2 0.0560 0.4256 0.5184 1 2 0.0615 0.4313 0.5073
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 774 207 567 186 3 15 0 3 4 0 562 1 0 0.8986 0.0071 0.0088 12.800 1.62 14.00 -12.38 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5997 0.4003 0.0000 0 0 0.9722 0.0278 0.0000 0 0 0.9889 0.0111 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 243 110 133 3 0 5 0 102 0 0 128 0 5 0.0273 0.0000 0.0376 21.000 0.00 3.30 -3.30 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8703 0.1297 2 2 0.0000 0.2817 0.7183 2 2 0.0000 0.1480 0.8520
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 399 57 342 0 0 3 0 54 0 1 340 0 1 0.0000 0.0000 0.0058 27.000 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1109 193 916 104 5 5 6 73 0 1 910 2 3 0.5389 0.0000 0.0066 36.800 1.24 3.25 -2.01 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4715 0.4633 0.0652 1 1 0.4613 0.4683 0.0705 1 1 0.4475 0.4746 0.0780
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1111 197 914 104 7 6 11 69 0 0 910 1 3 0.5279 0.0000 0.0044 62.333 1.17 3.35 -2.17 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4897 0.4512 0.0591 1 0 0.4789 0.4569 0.0642 1 0 0.4643 0.4642 0.0715
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 600 111 489 48 2 8 0 53 0 0 480 0 9 0.4324 0.0000 0.0184 14.571 5.52 12.68 -7.16 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1086 0.4839 0.4074 1 1 0.1124 0.4845 0.4031 1 1 0.1174 0.4854 0.3972
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 370 151 219 6 2 11 1 131 0 0 208 3 8 0.0397 0.0000 0.0502 14.000 1.17 10.86 -9.70 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 2 0.0000 0.1524 0.8476 2 2 0.0000 0.0209 0.9791
chr21 45505235 A AGGCCCCCCC 0.016294 0.050 1 9 6 358 82 276 43 0 6 1 32 0 0 276 0 0 0.5244 0.0000 0.0000 12.667 0.58 7.09 -6.51 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5930 0.4033 0.0037 1 0 0.5900 0.4062 0.0038 1 0 0.5860 0.4100 0.0039
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 3552 1167 2385 937 2 35 0 193 0 0 2368 0 17 0.8029 0.0000 0.0071 32.343 0.20 6.06 -5.87 111 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.2741 0.7259 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 216 103 113 51 0 4 1 47 0 0 109 0 4 0.4951 0.0000 0.0354 24.750 0.43 2.94 -2.50 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3428 0.5376 0.1196 1 1 0.3451 0.5350 0.1199 1 1 0.3480 0.5317 0.1203
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 600 121 479 3 0 28 1 89 0 0 460 0 19 0.0248 0.0000 0.0397 3.321 0.33 15.18 -14.85 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5464 0.4536 2 2 0.0000 0.0658 0.9342 2 2 0.0000 0.0303 0.9697
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1071 281 790 212 5 51 0 13 0 0 790 0 0 0.7544 0.0000 0.0000 4.694 0.66 2.62 -1.96 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8836 0.1164 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr22 30372245 AAGG A 0.001181 0.050 1 -3 1 346 116 230 65 0 5 0 46 0 0 230 0 0 0.5603 0.0000 0.0000 22.200 0.29 3.17 -2.88 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6904 0.3094 0.0001 1 0 0.6849 0.3150 0.0001 1 0 0.6773 0.3225 0.0001
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 675 215 460 115 0 7 0 93 0 0 456 0 4 0.5349 0.0000 0.0087 29.714 0.48 2.24 -1.76 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4560 0.4715 0.0725 1 1 0.4505 0.4727 0.0768 1 1 0.4430 0.4744 0.0826
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 543 105 438 11 0 2 0 92 0 0 438 0 0 0.1048 0.0000 0.0000 51.500 0.64 12.48 -11.84 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9922 0.0078 2 1 0.0000 0.8384 0.1616
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 379 210 169 189 0 18 0 3 0 0 168 0 1 0.9000 0.0000 0.0059 10.667 0.17 6.00 -5.83 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2467 0.7533 0.0000 0 0 0.9338 0.0662 0.0000 0 0 0.9759 0.0241 0.0000
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 530 179 351 153 0 17 3 6 0 0 351 0 0 0.8547 0.0000 0.0000 9.529 0.27 3.00 -2.73 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2582 0.7418 0.0000 0 0 0.8125 0.1875 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1219 278 941 19 0 0 0 259 0 0 914 0 27 0.0683 0.0000 0.0287 278.000 7.68 9.83 -2.14 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.7415 0.2585
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 827 334 493 233 1 5 1 94 0 0 493 0 0 0.6976 0.0000 0.0000 82.000 0.12 2.83 -2.71 93 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9984 0.0016 0.0000 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.9973 0.0027 0.0000
chr22 43946300 ACTT A 0.000569 0.050 1 -3 2 487 154 333 139 0 9 0 6 0 0 332 0 1 0.9026 0.0000 0.0030 16.111 0.65 4.00 -3.35 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3877 0.6123 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 696 150 546 67 0 12 0 71 0 0 543 0 3 0.4467 0.0000 0.0055 12.545 1.79 6.70 -4.91 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3424 0.6189 0.0387 1 1 0.3486 0.6131 0.0383 1 1 0.3566 0.6057 0.0377
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 235 104 131 78 0 23 1 2 0 0 131 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 3.478 0.15 13.50 -13.35 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9726 0.0274 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1079 245 834 123 1 32 0 89 0 0 781 1 52 0.5020 0.0000 0.0635 6.871 0.68 18.08 -17.40 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1512 0.6261 0.2227 1 1 0.1591 0.6217 0.2193 1 1 0.1698 0.6158 0.2144
727 rows