File Info

Filename
HG04098_x_HG04161_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/4e/a3d494309684dac9076797eb88f4f2/HG04098_x_HG04161_FF_5.features.tsv
Size
131.2 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG04098_x_HG04161_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 623 235 388 177 1 20 0 37 0 0 388 0 0 0.7532 0.0000 0.0000 10.750 0.31 9.54 -9.24 67 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 317 137 180 10 0 15 0 112 0 0 180 0 0 0.0730 0.0000 0.0000 8.133 0.90 8.75 -7.85 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9805 0.0195 2 1 0.0000 0.7371 0.2629
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 397 155 242 119 5 28 0 3 0 1 241 0 0 0.7677 0.0000 0.0041 4.536 0.13 3.00 -2.87 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1483 0.8517 0.0000 0 0 0.7465 0.2535 0.0000 0 0 0.8679 0.1321 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 625 237 388 196 2 30 0 9 1 1 386 0 0 0.8270 0.0026 0.0052 6.867 0.59 8.33 -7.75 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2530 0.7470 0.0000 0 0 0.8093 0.1907 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 250 113 137 109 0 0 0 4 0 0 137 0 0 0.9646 0.0000 0.0000 113.000 0.49 5.25 -4.76 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.5042 0.4958 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 590 123 467 58 2 13 3 47 0 0 466 0 1 0.4715 0.0000 0.0021 8.231 1.98 7.15 -5.17 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3583 0.5053 0.1364 1 1 0.3549 0.5048 0.1403 1 1 0.3503 0.5043 0.1454
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 492 104 388 49 0 9 0 46 0 0 386 0 2 0.4712 0.0000 0.0052 10.556 0.53 3.26 -2.73 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5293 0.2237 1 1 0.2477 0.5271 0.2252 1 1 0.2486 0.5243 0.2271
chr1 13778626 T TGAA 0.500000 0.050 1 3 1 480 113 367 1 41 24 2 45 0 0 367 0 0 0.0088 0.0000 0.0000 2.000 3.00 4.47 -1.47 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1062 0.4658 0.4280 1 1 0.1104 0.4681 0.4215 1 1 0.1161 0.4710 0.4129
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 940 174 766 0 0 9 0 165 0 0 763 0 3 0.0000 0.0000 0.0039 18.333 3.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr1 16759094 AGCGCTG A 0.500000 0.050 1 -6 2 2082 571 1511 493 0 17 0 61 1 0 1507 0 3 0.8634 0.0007 0.0026 32.588 1.26 8.90 -7.64 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1381 279 1102 184 13 24 3 55 0 0 1102 0 0 0.6595 0.0000 0.0000 10.042 1.75 2.04 -0.29 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9969 0.0031 0.0000 1 0 0.9961 0.0039 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 369 136 233 4 0 11 1 120 0 0 231 0 2 0.0294 0.0000 0.0086 11.364 0.00 3.12 -3.12 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9687 0.0313 2 2 0.0000 0.4105 0.5895 2 2 0.0000 0.1882 0.8118
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 342 102 240 59 0 7 0 36 0 0 238 0 2 0.5784 0.0000 0.0083 13.571 0.25 3.17 -2.91 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5201 0.4147 0.0652 1 0 0.5107 0.4200 0.0694 1 0 0.4980 0.4269 0.0751
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 366 82 284 39 0 0 0 43 0 0 284 0 0 0.4756 0.0000 0.0000 82.000 0.26 2.88 -2.63 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1931 0.5202 0.2867 1 1 0.1955 0.5187 0.2859 1 1 0.1986 0.5167 0.2847
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 593 144 449 0 0 24 3 117 0 0 448 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 5.174 5.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0533 0.9467
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 227 75 152 32 0 6 0 37 0 0 152 0 0 0.4267 0.0000 0.0000 11.500 0.00 3.05 -3.05 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1843 0.5135 0.3022 1 1 0.1869 0.5125 0.3006 1 1 0.1903 0.5112 0.2985
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 144 69 75 32 0 3 0 34 0 0 75 0 0 0.4638 0.0000 0.0000 22.000 0.25 6.24 -5.99 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2168 0.5189 0.2642 1 1 0.2184 0.5175 0.2641 1 1 0.2204 0.5157 0.2639
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 451 180 271 106 0 4 0 70 0 0 271 0 0 0.5889 0.0000 0.0000 44.000 0.56 6.97 -6.41 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6912 0.2891 0.0197 1 0 0.6787 0.2991 0.0221 1 0 0.6615 0.3126 0.0259
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 425 152 273 0 0 7 2 143 0 0 268 0 5 0.0000 0.0000 0.0183 20.571 5.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0268 0.9732
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 176 76 100 70 1 2 0 3 0 0 100 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 37.000 0.16 3.00 -2.84 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 1 0.4372 0.5628 0.0000 0 0 0.6427 0.3573 0.0000
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 437 123 314 114 1 4 0 4 0 1 313 0 0 0.9268 0.0000 0.0032 29.750 0.68 3.25 -2.57 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 0 0.5466 0.4534 0.0000 0 0 0.7844 0.2156 0.0000
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 830 175 655 102 2 23 7 41 0 0 644 4 7 0.5829 0.0000 0.0168 6.609 0.31 5.76 -5.44 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7843 0.2065 0.0091 1 0 0.7714 0.2180 0.0107 1 0 0.7531 0.2338 0.0130
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 838 200 638 124 3 9 4 60 0 0 638 0 0 0.6200 0.0000 0.0000 21.111 0.55 5.03 -4.48 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8984 0.0999 0.0017 1 0 0.8883 0.1095 0.0022 1 0 0.8737 0.1234 0.0030
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 326 124 202 69 2 12 0 41 0 0 202 0 0 0.5565 0.0000 0.0000 9.167 0.20 2.17 -1.97 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6291 0.3366 0.0343 1 0 0.6169 0.3455 0.0376 1 0 0.6003 0.3573 0.0425
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 2136 614 1522 189 10 211 10 194 10 9 1409 16 78 0.3078 0.0066 0.0742 1.900 2.43 8.92 -6.49 43 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0003 0.0635 0.9362 1 2 0.0004 0.0702 0.9294 1 2 0.0006 0.0802 0.9192
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1282 282 1000 132 0 45 0 105 0 0 993 0 7 0.4681 0.0000 0.0070 5.267 0.42 3.79 -3.37 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4671 0.4682 0.0646 1 1 0.4614 0.4697 0.0689 1 1 0.4534 0.4718 0.0749
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 242 88 154 5 0 12 4 67 0 0 154 0 0 0.0568 0.0000 0.0000 6.083 4.40 1.54 2.86 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.8258 0.1742 2 1 0.0000 0.5362 0.4638
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 704 187 517 154 5 21 2 5 0 0 516 0 1 0.8235 0.0000 0.0019 8.200 1.56 5.60 -4.04 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.3800 0.6200 0.0000 0 0 0.7827 0.2173 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1200 270 930 7 2 52 4 205 0 1 876 1 52 0.0259 0.0000 0.0581 4.154 0.43 10.60 -10.18 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 2 0.0000 0.2629 0.7371 2 2 0.0000 0.0398 0.9602
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 524 220 304 133 0 12 1 74 0 0 303 1 0 0.6045 0.0000 0.0033 17.333 0.93 7.86 -6.93 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8642 0.1328 0.0031 1 0 0.8530 0.1433 0.0038 1 0 0.8368 0.1583 0.0049
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 1706 483 1223 2 2 149 3 327 0 0 1147 2 74 0.0041 0.0000 0.0621 2.235 19.50 9.27 10.23 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 155085169 GGGGGTGGGCCCC G 0.500000 0.050 1 -12 1 468 143 325 66 0 7 1 69 0 0 319 0 6 0.4615 0.0000 0.0185 19.429 0.29 10.55 -10.26 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1318 0.5140 0.3542 1 1 0.1358 0.5129 0.3513 1 1 0.1412 0.5115 0.3474
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 210 71 139 33 0 1 1 36 0 0 137 0 2 0.4648 0.0000 0.0144 70.000 1.61 2.08 -0.48 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1756 0.5116 0.3127 1 1 0.1785 0.5107 0.3108 1 1 0.1822 0.5096 0.3082
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 867 231 636 0 0 7 3 221 0 0 635 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 31.857 2.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1653 310 1343 0 0 8 1 301 0 0 1335 0 8 0.0000 0.0000 0.0060 37.750 1.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 152 46 106 21 0 3 1 21 0 0 106 0 0 0.4565 0.0000 0.0000 14.333 0.05 4.81 -4.76 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2321 0.5128 0.2550 1 1 0.2330 0.5119 0.2551 1 1 0.2342 0.5106 0.2552
chr1 201215825 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 523 142 381 139 0 0 0 3 0 0 381 0 0 0.9789 0.0000 0.0000 142.000 0.47 1.33 -0.86 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1996 0.8004 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000 0 0 0.9018 0.0982 0.0000
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 738 236 502 185 1 46 0 4 0 0 502 0 0 0.7839 0.0000 0.0000 4.130 0.23 12.25 -12.02 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1359 0.8641 0.0000 0 0 0.8716 0.1284 0.0000 0 0 0.9513 0.0487 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 435 220 215 0 0 27 0 193 0 0 201 0 14 0.0000 0.0000 0.0651 7.148 11.21 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0054 0.9946 2 2 0.0000 0.0060 0.9940 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -15 1 435 235 200 7 4 22 3 199 0 0 200 0 0 0.0298 0.0000 0.0000 9.905 0.00 10.87 -10.87 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.5247 0.4753 2 2 0.0000 0.1312 0.8688
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 191 64 127 33 0 3 0 28 0 0 127 0 0 0.5156 0.0000 0.0000 20.333 0.09 3.11 -3.02 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3037 0.5111 0.1852 1 1 0.3020 0.5102 0.1878 1 1 0.2998 0.5092 0.1911
chr1 225519331 A ATCCAGGCGTTCCTGCCGC 0.500000 0.050 1 18 1 571 170 401 37 0 100 0 33 0 0 384 1 16 0.2176 0.0000 0.0424 0.700 0.59 6.18 -5.59 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1131 0.4782 0.4088 1 1 0.1172 0.4796 0.4032 1 1 0.1228 0.4815 0.3958
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 711 208 503 187 0 14 0 7 1 0 501 0 1 0.8990 0.0020 0.0040 13.857 1.25 9.14 -7.89 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3304 0.6696 0.0000 0 0 0.8225 0.1775 0.0000
chr1 232806742 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 745 169 576 84 0 7 0 78 0 0 575 0 1 0.4970 0.0000 0.0017 23.143 0.15 2.99 -2.83 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2844 0.5421 0.1735 1 1 0.2843 0.5389 0.1767 1 1 0.2840 0.5350 0.1810
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 435 99 336 47 0 17 0 35 0 0 331 0 5 0.4747 0.0000 0.0149 4.824 2.74 4.91 -2.17 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3254 0.5119 0.1628 1 1 0.3231 0.5110 0.1660 1 1 0.3199 0.5098 0.1703
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 227 106 121 52 0 2 0 52 0 0 120 0 1 0.4906 0.0000 0.0083 52.000 0.06 1.35 -1.29 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2226 0.5317 0.2457 1 1 0.2242 0.5293 0.2465 1 1 0.2262 0.5263 0.2475
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 626 166 460 6 1 8 4 147 0 0 456 0 4 0.0361 0.0000 0.0087 19.625 0.17 3.54 -3.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.5635 0.4365 2 2 0.0000 0.1942 0.8058
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 470 121 349 60 0 2 0 59 0 0 349 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 59.500 0.10 2.24 -2.14 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2435 0.5360 0.2206 1 1 0.2445 0.5333 0.2223 1 1 0.2456 0.5299 0.2245
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 673 178 495 0 0 4 1 173 0 0 491 0 4 0.0000 0.0000 0.0081 43.500 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0138 0.9862
chr1 247934141 GCTAT G 0.500000 0.050 1 -4 2 1541 364 1177 207 1 15 0 141 0 0 1169 0 8 0.5687 0.0000 0.0068 23.267 0.26 4.16 -3.90 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8545 0.1430 0.0025 1 0 0.8440 0.1529 0.0031 1 0 0.8289 0.1671 0.0041
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 705 144 561 2 0 5 0 137 0 0 560 0 1 0.0139 0.0000 0.0018 27.800 0.50 2.04 -1.54 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4465 0.5535 2 2 0.0000 0.1122 0.8878 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 714 210 504 14 0 39 5 152 0 0 504 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 4.385 0.07 3.38 -3.31 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.8082 0.1918
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1039 261 778 252 1 0 0 8 0 0 778 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 261.000 3.01 1.38 1.63 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7111 0.2889 0.0000 0 0 0.9566 0.0434 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1421 98 1323 0 0 1 3 94 0 0 1309 0 14 0.0000 0.0000 0.0106 97.000 4.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0654 0.9346
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 585 236 349 84 0 13 1 138 0 0 345 0 4 0.3559 0.0000 0.0115 17.154 1.14 6.71 -5.57 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0026 0.1246 0.8728 1 2 0.0032 0.1349 0.8620 1 2 0.0042 0.1495 0.8463
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 436 125 311 0 0 19 1 105 0 0 290 0 21 0.0000 0.0000 0.0675 5.579 8.95 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0200 0.9800
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGC 0.009356 0.050 1 12 5 436 125 311 0 0 26 1 98 0 0 290 0 21 0.0000 0.0000 0.0675 3.960 9.13 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.8398 0.1602 2 1 0.0000 0.8475 0.1525 2 1 0.0000 0.8576 0.1424
chr2 21010226 CTCA C 0.004081 0.050 1 -3 1 768 181 587 100 1 12 0 68 0 0 586 0 1 0.5525 0.0000 0.0017 14.000 0.16 3.16 -3.00 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7958 0.2041 0.0001 1 0 0.7884 0.2115 0.0002 1 0 0.7782 0.2216 0.0002
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 688 239 449 222 0 13 0 4 0 0 449 0 0 0.9289 0.0000 0.0000 17.385 0.43 10.25 -9.82 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4677 0.5323 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 194 55 139 0 0 1 0 54 0 0 133 0 6 0.0000 0.0000 0.0432 54.000 3.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1810 0.8190 2 2 0.0000 0.1855 0.8145 2 2 0.0000 0.1918 0.8082
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 803 171 632 149 0 19 0 3 0 0 632 0 0 0.8713 0.0000 0.0000 8.000 0.36 3.00 -2.64 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2411 0.7589 0.0000 0 0 0.8417 0.1583 0.0000 0 0 0.9211 0.0789 0.0000
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 533 190 343 4 0 108 0 78 0 0 342 0 1 0.0211 0.0000 0.0029 0.759 0.25 0.83 -0.58 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9895 0.0105 2 1 0.0000 0.6733 0.3267 2 2 0.0000 0.3996 0.6004
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 208 82 126 42 0 5 0 35 0 0 124 0 2 0.5122 0.0000 0.0159 15.400 0.21 5.17 -4.96 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3003 0.5166 0.1832 1 1 0.2989 0.5153 0.1858 1 1 0.2970 0.5137 0.1893
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 653 105 548 30 2 10 0 63 2 1 540 0 5 0.2857 0.0036 0.0146 9.500 3.13 6.54 -3.41 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0258 0.2993 0.6749 1 2 0.0287 0.3096 0.6617 1 2 0.0329 0.3233 0.6438
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.050 1 -3 1 723 178 545 88 0 7 0 83 0 0 540 0 5 0.4944 0.0000 0.0092 24.429 0.33 3.22 -2.89 60 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5535 0.2232 1 1 0.2252 0.5495 0.2252 1 1 0.2278 0.5445 0.2278
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 427 198 229 91 0 16 4 87 0 0 228 1 0 0.4596 0.0000 0.0044 11.125 0.42 3.24 -2.82 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2232 0.5551 0.2217 1 1 0.2252 0.5510 0.2238 1 1 0.2278 0.5458 0.2264
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 704 181 523 9 60 58 5 49 0 3 517 1 2 0.0497 0.0000 0.0115 2.121 0.56 3.14 -2.59 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4315 0.4735 0.0950 1 1 0.4256 0.4751 0.0993 1 1 0.4175 0.4772 0.1052
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 708 189 519 67 1 55 0 66 0 0 515 0 4 0.3545 0.0000 0.0077 2.436 2.70 6.18 -3.48 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2108 0.5412 0.2480 1 1 0.2129 0.5381 0.2490 1 1 0.2157 0.5342 0.2501
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 406 74 332 35 0 0 0 39 0 0 330 0 2 0.4730 0.0000 0.0060 74.000 0.09 2.97 -2.89 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1738 0.5125 0.3137 1 1 0.1767 0.5115 0.3117 1 1 0.1806 0.5103 0.3091
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 343 126 217 56 2 13 2 53 0 0 217 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 8.692 0.46 3.43 -2.97 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2674 0.5318 0.2008 1 1 0.2675 0.5294 0.2031 1 1 0.2675 0.5264 0.2061
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 813 196 617 151 3 25 1 16 0 0 617 0 0 0.7704 0.0000 0.0000 6.840 0.32 3.06 -2.74 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0679 0.9321 0.0000
chr2 99593872 CG C 0.500000 0.050 1 -1 4 660 178 482 163 1 6 0 8 1 0 481 0 0 0.9157 0.0021 0.0021 28.667 1.06 8.62 -7.57 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2208 0.7792 0.0000 0 0 0.7283 0.2717 0.0000
chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.050 1 -5 2 668 179 489 169 1 1 0 8 2 0 487 0 0 0.9441 0.0041 0.0041 178.000 1.01 8.62 -7.61 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2495 0.7505 0.0000 0 0 0.7595 0.2405 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.050 1 -22 1 587 159 428 83 0 9 0 67 0 0 413 0 15 0.5220 0.0000 0.0350 16.667 2.17 19.21 -17.04 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2362 0.5499 0.2139 1 1 0.2377 0.5462 0.2161 1 1 0.2396 0.5415 0.2190
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 382 86 296 53 0 7 0 26 0 0 284 0 12 0.6163 0.0000 0.0405 11.286 0.36 16.96 -16.60 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4364 0.4646 0.0990 1 1 0.4298 0.4669 0.1033 1 1 0.4210 0.4699 0.1090
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 555 139 416 69 1 1 0 68 0 0 413 0 3 0.4964 0.0000 0.0072 138.000 0.25 5.71 -5.46 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2173 0.5427 0.2400 1 1 0.2193 0.5394 0.2412 1 1 0.2218 0.5354 0.2428
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 164 54 110 23 5 12 6 8 0 0 110 0 0 0.4259 0.0000 0.0000 3.083 0.65 2.62 -1.97 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4418 0.4527 0.1055 1 1 0.4344 0.4560 0.1096 1 1 0.4243 0.4606 0.1151
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 170 76 94 0 0 16 2 58 0 0 88 1 5 0.0000 0.0000 0.0638 3.688 6.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1603 0.8397 2 2 0.0000 0.1648 0.8352 2 2 0.0000 0.1711 0.8289
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 172 62 110 23 1 7 1 30 0 0 110 0 0 0.3710 0.0000 0.0000 7.857 5.70 6.00 -0.30 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1661 0.5021 0.3318 1 1 0.1691 0.5019 0.3290 1 1 0.1731 0.5017 0.3252
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 196 86 110 37 0 19 0 30 0 0 108 0 2 0.4302 0.0000 0.0182 3.526 0.19 11.33 -11.14 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3022 0.5135 0.1843 1 1 0.3006 0.5125 0.1869 1 1 0.2985 0.5112 0.1903
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 435 117 318 6 0 13 0 98 0 0 314 0 4 0.0513 0.0000 0.0126 8.000 0.00 3.20 -3.20 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8163 0.1837 2 2 0.0000 0.4463 0.5537
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 247 110 137 2 0 4 0 104 0 0 135 0 2 0.0182 0.0000 0.0146 26.500 0.00 3.05 -3.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6450 0.3550 2 2 0.0000 0.2178 0.7822 2 2 0.0000 0.1421 0.8579
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.050 1 -18 1 314 84 230 66 0 16 0 2 0 0 230 0 0 0.7857 0.0000 0.0000 4.250 0.27 9.00 -8.73 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1674 0.8326 0.0000 0 0 0.5725 0.4275 0.0000 0 0 0.6982 0.3018 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 704 160 544 7 0 4 2 147 0 0 539 0 5 0.0437 0.0000 0.0092 39.000 0.00 4.10 -4.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7065 0.2935 2 2 0.0000 0.2518 0.7482
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 300 126 174 9 4 18 41 54 0 0 172 0 2 0.0714 0.0000 0.0115 3.941 1.00 3.39 -2.39 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.8796 0.1204
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 300 126 174 52 4 63 2 5 0 0 173 1 0 0.4127 0.0000 0.0057 0.984 3.12 2.80 0.32 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.0798 0.9202 0.0000 0 1 0.2809 0.7191 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 300 123 177 8 3 16 47 49 0 0 177 0 0 0.0650 0.0000 0.0000 4.267 0.00 3.61 -3.61 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.8282 0.1718
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 209 63 146 26 4 10 3 20 0 0 145 0 1 0.4127 0.0000 0.0068 4.900 0.31 1.05 -0.74 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3158 0.5058 0.1785 1 1 0.3135 0.5053 0.1812 1 1 0.3105 0.5048 0.1847
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 557 124 433 0 0 21 0 103 0 0 427 0 6 0.0000 0.0000 0.0139 4.905 7.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 562 131 431 13 8 12 5 93 0 0 430 0 1 0.0992 0.0000 0.0023 10.636 0.31 7.88 -7.57 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9866 0.0134
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 502 156 346 110 2 6 1 37 0 0 322 0 24 0.7051 0.0000 0.0694 24.500 0.60 19.35 -18.75 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8211 0.1729 0.0060 1 0 0.8086 0.1843 0.0071 1 0 0.7909 0.2002 0.0089
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 325 127 198 69 0 2 4 52 0 0 198 0 0 0.5433 0.0000 0.0000 62.000 0.54 4.10 -3.56 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4090 0.4848 0.1062 1 1 0.4038 0.4858 0.1104 1 1 0.3968 0.4869 0.1162
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 325 126 199 68 46 9 0 3 0 0 199 0 0 0.5397 0.0000 0.0000 8.333 0.54 5.00 -4.46 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1075 0.8925 0.0000 0 0 0.6679 0.3321 0.0000 0 0 0.8186 0.1814 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 226 101 125 50 0 1 0 50 0 0 123 0 2 0.4950 0.0000 0.0160 100.000 0.24 3.90 -3.66 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2119 0.5299 0.2582 1 1 0.2138 0.5276 0.2586 1 1 0.2163 0.5248 0.2589
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 409 119 290 38 2 28 7 44 0 0 290 0 0 0.3193 0.0000 0.0000 3.250 0.29 3.36 -3.07 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1269 0.4916 0.3814 1 1 0.1309 0.4921 0.3770 1 1 0.1362 0.4928 0.3710
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 819 206 613 0 1 2 1 202 0 0 603 0 10 0.0000 0.0000 0.0163 101.500 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 872 233 639 206 0 21 1 5 2 1 635 0 1 0.8841 0.0031 0.0063 10.095 0.83 12.20 -11.37 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 0 0 0.8942 0.1058 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 457 102 355 0 0 2 2 98 0 0 355 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 50.000 4.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0750 0.9250 2 2 0.0000 0.0786 0.9214 2 2 0.0000 0.0837 0.9163
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 654 258 396 94 11 31 1 121 0 0 377 2 17 0.3643 0.0000 0.0480 7.258 3.06 7.36 -4.29 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0190 0.3052 0.6758 1 2 0.0214 0.3142 0.6644 1 2 0.0251 0.3264 0.6485
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 678 217 461 91 7 46 3 70 0 0 457 0 4 0.4194 0.0000 0.0087 3.717 0.25 3.34 -3.09 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4998 0.4377 0.0625 1 0 0.4920 0.4413 0.0667 1 0 0.4814 0.4461 0.0725
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 678 217 461 98 1 107 0 11 0 0 459 1 1 0.4516 0.0000 0.0043 1.048 0.54 4.45 -3.91 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.0949 0.9051 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 939 254 685 0 0 16 0 238 0 0 681 0 4 0.0000 0.0000 0.0058 14.875 2.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 340 136 204 0 0 2 2 132 0 0 199 0 5 0.0000 0.0000 0.0245 66.000 3.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0295 0.9705 2 2 0.0000 0.0316 0.9684 2 2 0.0000 0.0347 0.9653
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 725 158 567 0 0 14 10 134 0 0 566 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 10.286 3.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0272 0.9728 2 2 0.0000 0.0300 0.9700
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 1 471 144 327 133 0 9 0 2 0 0 327 0 0 0.9236 0.0000 0.0000 15.000 0.37 3.00 -2.63 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5207 0.4793 0.0000 0 0 0.8748 0.1252 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 328 78 250 0 0 11 0 67 0 0 245 0 5 0.0000 0.0000 0.0200 6.091 6.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1404 0.8596 2 2 0.0000 0.1449 0.8551 2 2 0.0000 0.1511 0.8489
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 481 163 318 133 0 26 0 4 0 0 318 0 0 0.8160 0.0000 0.0000 5.269 0.32 6.50 -6.18 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0398 0.9602 0.0000 0 0 0.6476 0.3524 0.0000 0 0 0.8457 0.1543 0.0000
chr3 53292267 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 673 181 492 88 0 4 0 89 0 0 489 0 3 0.4862 0.0000 0.0061 44.250 0.32 3.20 -2.88 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1811 0.5500 0.2690 1 1 0.1843 0.5462 0.2695 1 1 0.1884 0.5415 0.2701
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 181 85 96 0 0 6 0 79 0 0 94 0 2 0.0000 0.0000 0.0208 13.167 6.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1153 0.8847 2 2 0.0000 0.1195 0.8805 2 2 0.0000 0.1255 0.8745
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 246 82 164 0 0 2 4 76 0 0 163 0 1 0.0000 0.0000 0.0061 40.000 3.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1155 0.8845 2 2 0.0000 0.1197 0.8803 2 2 0.0000 0.1257 0.8743
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 247 82 165 1 0 0 77 4 0 0 165 0 0 0.0122 0.0000 0.0000 80.000 1.00 3.75 -2.75 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4244 0.5756 2 2 0.0000 0.2271 0.7729 2 2 0.0000 0.1877 0.8123
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 3 278 64 214 6 0 12 0 46 0 0 209 1 4 0.0938 0.0000 0.0234 4.333 1.50 4.72 -3.22 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9398 0.0602 2 1 0.0000 0.7324 0.2676
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.050 1 6 3 278 64 214 6 0 38 1 19 0 0 209 1 4 0.0938 0.0000 0.0234 0.676 1.50 5.89 -4.39 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0687 0.4953 0.4361 2 1 0.0315 0.7619 0.2066 2 1 0.0073 0.8029 0.1898
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 291 122 169 52 2 17 0 51 0 0 168 0 1 0.4262 0.0000 0.0059 6.176 0.15 3.02 -2.87 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2575 0.5311 0.2114 1 1 0.2579 0.5288 0.2133 1 1 0.2583 0.5258 0.2158
chr3 75738283 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 997 199 798 99 0 8 0 92 1 8 777 3 9 0.4975 0.0013 0.0263 23.875 1.78 3.09 -1.31 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2402 0.5621 0.1976 1 1 0.2420 0.5575 0.2005 1 1 0.2441 0.5516 0.2043
chr3 86978706 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 3 288 85 203 40 1 7 0 37 0 1 198 0 4 0.4706 0.0000 0.0246 11.143 0.38 3.16 -2.79 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2492 0.5250 0.2258 1 1 0.2497 0.5231 0.2272 1 1 0.2503 0.5208 0.2289
chr3 98168999 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 1119 314 805 296 1 12 0 5 0 0 805 0 0 0.9427 0.0000 0.0000 25.167 0.71 2.80 -2.09 132 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3647 0.6353 0.0000 0 0 0.9821 0.0179 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.050 1 8 2 222 100 122 50 0 7 0 43 0 0 118 0 4 0.5000 0.0000 0.0328 13.286 1.00 7.81 -6.81 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2714 0.5269 0.2017 1 1 0.2712 0.5248 0.2039 1 1 0.2709 0.5223 0.2068
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 108 42 66 3 1 1 2 35 0 0 65 1 0 0.0714 0.0000 0.0152 40.000 0.00 1.06 -1.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.7710 0.2290 2 1 0.0000 0.5827 0.4173
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 443 117 326 114 1 0 0 2 0 0 326 0 0 0.9744 0.0000 0.0000 117.000 0.27 1.00 -0.73 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4100 0.5900 0.0000 0 0 0.8178 0.1822 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1193 297 896 0 1 84 10 202 0 0 894 0 2 0.0000 0.0000 0.0022 2.524 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0061 0.9939
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 527 157 370 3 0 24 2 128 0 0 369 0 1 0.0191 0.0000 0.0027 5.542 0.00 7.52 -7.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8301 0.1699 2 2 0.0000 0.2255 0.7745 2 2 0.0000 0.1160 0.8840
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 812 151 661 7 0 13 1 130 0 0 658 0 3 0.0464 0.0000 0.0045 10.538 0.00 3.33 -3.33 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7979 0.2021 2 2 0.0000 0.3525 0.6475
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 306 132 174 64 0 3 0 65 0 0 172 0 2 0.4848 0.0000 0.0115 43.000 0.28 3.94 -3.66 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1973 0.5372 0.2655 1 1 0.1998 0.5344 0.2658 1 1 0.2031 0.5309 0.2661
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 175 92 83 39 0 0 0 53 0 0 83 0 0 0.4239 0.0000 0.0000 92.000 0.72 2.92 -2.21 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1057 0.4725 0.4218 1 1 0.1099 0.4743 0.4158 1 1 0.1156 0.4766 0.4078
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 385 139 246 130 2 3 0 4 0 0 246 0 0 0.9353 0.0000 0.0000 45.333 1.19 2.00 -0.81 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0406 0.9594 0.0000 0 0 0.6434 0.3566 0.0000 0 0 0.8428 0.1572 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 344 145 199 5 0 20 9 111 0 0 194 0 5 0.0345 0.0000 0.0251 6.250 0.60 3.26 -2.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.5595 0.4405 2 2 0.0000 0.2416 0.7584
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 539 135 404 58 0 23 1 53 0 0 400 0 4 0.4296 0.0000 0.0099 4.870 0.31 3.06 -2.75 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2330 0.5353 0.2317 1 1 0.2343 0.5327 0.2330 1 1 0.2359 0.5293 0.2347
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 648 180 468 174 0 3 0 3 0 0 468 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 59.000 0.21 2.00 -1.79 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3816 0.6184 0.0000 0 0 0.9083 0.0917 0.0000 0 0 0.9551 0.0449 0.0000
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 345 223 122 187 0 1 0 35 0 0 120 0 2 0.8386 0.0000 0.0164 222.000 1.10 3.71 -2.61 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 744 155 589 5 0 12 0 138 0 1 559 0 29 0.0323 0.0000 0.0509 11.917 0.00 10.10 -10.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 2 0.0000 0.4099 0.5901 2 2 0.0000 0.1335 0.8665
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 231 102 129 0 0 21 0 81 0 0 126 0 3 0.0000 0.0000 0.0233 3.857 8.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 524 128 396 75 1 0 0 52 0 0 353 2 41 0.5859 0.0000 0.1086 128.000 0.13 16.62 -16.48 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0271 0.3749 0.5980 1 2 0.0288 0.3789 0.5923 1 2 0.0312 0.3843 0.5845
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 837 300 537 6 0 89 10 195 0 0 518 2 17 0.0200 0.0000 0.0354 2.337 6.83 9.41 -2.57 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 2 0.0000 0.3956 0.6044 2 2 0.0000 0.1145 0.8855
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.050 1 3 1 838 312 526 240 33 21 9 9 3 3 520 0 0 0.7692 0.0057 0.0114 16.529 8.30 1.00 7.30 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7473 0.2527 0.0000 0 0 0.9906 0.0094 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 594 152 442 81 1 4 0 66 0 0 440 0 2 0.5329 0.0000 0.0045 37.000 0.69 10.50 -9.81 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6004 0.3884 0.0112 1 0 0.5970 0.3912 0.0117 1 0 0.5924 0.3951 0.0125
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 710 188 522 8 0 27 0 153 0 0 506 2 14 0.0426 0.0000 0.0307 5.963 1.50 7.46 -5.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.7635 0.2365 2 2 0.0000 0.2533 0.7467
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 708 210 498 22 2 40 4 142 0 0 485 0 13 0.1048 0.0000 0.0261 4.282 2.55 7.44 -4.90 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9913 0.0087
chr4 44447922 G GCGCCGC 0.500000 0.050 1 6 1 652 167 485 78 1 26 1 61 0 1 475 0 9 0.4671 0.0000 0.0206 5.346 1.00 5.87 -4.87 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3354 0.5232 0.1414 1 1 0.3333 0.5214 0.1453 1 1 0.3304 0.5191 0.1505
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 663 172 491 156 1 11 0 4 0 0 489 0 2 0.9070 0.0000 0.0041 14.636 0.84 14.25 -13.41 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 1 0.4662 0.5338 0.0000 0 0 0.8226 0.1774 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2454 538 1916 172 10 134 9 213 4 4 1883 5 20 0.3197 0.0021 0.0172 2.970 1.47 9.24 -7.77 64 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0025 0.1567 0.8407 1 2 0.0031 0.1664 0.8305 1 2 0.0041 0.1801 0.8158
chr4 87614861 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3090 687 2403 363 5 64 7 248 1 5 2360 13 24 0.5284 0.0004 0.0179 9.810 1.41 13.56 -12.15 103 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9275 0.0723 0.0003 1 0 0.9207 0.0789 0.0004 1 0 0.9107 0.0888 0.0006
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 3919 866 3053 757 22 58 9 20 10 33 2994 16 0 0.8741 0.0033 0.0193 13.776 1.69 5.05 -3.36 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0527 0.9473 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4165 929 3236 430 19 46 11 423 59 56 2894 187 40 0.4629 0.0182 0.1057 20.786 2.50 8.23 -5.73 32 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0007 0.1891 0.8102 1 2 0.0009 0.1938 0.8053 1 2 0.0012 0.2011 0.7977
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3510 975 2535 14 11 187 49 714 306 43 2135 25 26 0.0144 0.1207 0.1578 4.180 8.57 8.68 -0.10 10 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 87616286 TGACAGCAGTGACAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2861 929 1932 517 22 370 3 17 18 11 1897 5 1 0.5565 0.0093 0.0181 1.504 2.57 14.88 -12.31 163 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.9962 0.0038 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 351 105 246 60 0 5 0 40 0 0 244 0 2 0.5714 0.0000 0.0081 20.000 0.05 2.40 -2.35 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4764 0.4433 0.0804 1 0 0.4685 0.4469 0.0847 1 0 0.4579 0.4516 0.0906
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 155 74 81 68 0 2 0 4 0 0 81 0 0 0.9189 0.0000 0.0000 36.000 0.22 3.00 -2.78 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 1 0.2701 0.7299 0.0000 0 0 0.5359 0.4641 0.0000
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 587 187 400 86 0 3 0 98 0 0 398 0 2 0.4599 0.0000 0.0050 61.333 0.22 1.17 -0.95 50 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1000 0.5012 0.3989 1 1 0.1044 0.5008 0.3948 1 1 0.1103 0.5004 0.3892
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 643 161 482 150 0 7 0 4 0 0 482 0 0 0.9317 0.0000 0.0000 22.000 0.37 4.25 -3.88 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0598 0.9402 0.0000 0 0 0.7365 0.2635 0.0000 0 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 497 217 280 1 0 18 9 189 0 0 277 2 1 0.0046 0.0000 0.0107 11.056 9.00 3.01 5.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0315 0.9685 2 2 0.0000 0.0135 0.9865 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 464 154 310 11 0 26 9 108 1 1 303 5 0 0.0714 0.0032 0.0226 5.080 2.00 3.56 -1.56 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9939 0.0061 2 1 0.0000 0.8344 0.1656
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 293 143 150 67 0 9 0 67 0 0 142 0 8 0.4685 0.0000 0.0533 14.889 0.97 4.72 -3.75 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1484 0.5243 0.3273 1 1 0.1521 0.5224 0.3255 1 1 0.1571 0.5201 0.3228
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 302 130 172 56 0 22 0 52 0 0 168 0 4 0.4308 0.0000 0.0233 4.909 0.62 4.79 -4.16 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2329 0.5342 0.2329 1 1 0.2342 0.5316 0.2342 1 1 0.2358 0.5283 0.2358
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 847 176 671 92 0 2 0 82 0 0 669 0 2 0.5227 0.0000 0.0030 87.000 0.16 3.11 -2.95 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3202 0.5346 0.1452 1 1 0.3189 0.5320 0.1491 1 1 0.3171 0.5287 0.1543
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 781 188 593 79 1 28 3 77 0 0 590 0 3 0.4202 0.0000 0.0051 5.714 0.24 3.22 -2.98 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1927 0.5468 0.2605 1 1 0.1955 0.5433 0.2612 1 1 0.1992 0.5388 0.2620
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 344 45 299 0 0 28 1 16 0 0 289 0 10 0.0000 0.0000 0.0334 0.607 9.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3349 0.6651 2 2 0.0000 0.3380 0.6620 2 2 0.0000 0.3422 0.6578
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 356 114 242 47 0 3 0 64 0 0 239 0 3 0.4123 0.0000 0.0124 37.000 0.13 6.00 -5.87 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0694 0.4290 0.5016 1 2 0.0736 0.4334 0.4930 1 2 0.0795 0.4391 0.4814
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 530 163 367 72 0 7 0 84 0 0 365 0 2 0.4417 0.0000 0.0054 22.286 0.25 3.27 -3.02 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1016 0.4926 0.4057 1 1 0.1060 0.4929 0.4011 1 1 0.1119 0.4933 0.3948
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 395 95 300 44 1 7 0 43 0 0 298 0 2 0.4632 0.0000 0.0067 12.429 1.57 21.28 -19.71 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2340 0.5273 0.2387 1 1 0.2351 0.5253 0.2396 1 1 0.2365 0.5227 0.2408
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 381 80 301 41 0 2 0 37 0 0 298 1 2 0.5125 0.0000 0.0100 39.000 1.54 25.76 -24.22 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2496 0.5244 0.2260 1 1 0.2501 0.5226 0.2273 1 1 0.2507 0.5203 0.2290
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 245 93 152 53 0 1 0 39 0 1 149 0 2 0.5699 0.0000 0.0197 92.000 0.34 3.15 -2.81 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4032 0.4823 0.1145 1 1 0.3979 0.4835 0.1186 1 1 0.3909 0.4850 0.1242
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 168 83 85 42 0 1 0 40 0 0 83 0 2 0.5060 0.0000 0.0235 82.000 0.14 3.23 -3.08 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2372 0.5256 0.2372 1 1 0.2381 0.5237 0.2382 1 1 0.2394 0.5213 0.2394
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 254 106 148 37 8 20 38 3 0 0 148 0 0 0.3491 0.0000 0.0000 4.421 1.68 4.67 -2.99 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3065 0.5161 0.1775 1 1 0.3049 0.5148 0.1803 1 1 0.3027 0.5133 0.1840
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1258 282 976 13 2 38 3 226 0 1 959 3 13 0.0461 0.0000 0.0174 6.395 1.15 3.90 -2.74 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9647 0.0353 2 2 0.0000 0.3681 0.6319
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 331 83 248 40 0 3 0 40 0 0 236 0 12 0.4819 0.0000 0.0484 26.667 0.38 8.80 -8.43 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1201 0.4865 0.3934 1 1 0.1241 0.4873 0.3885 1 1 0.1296 0.4885 0.3819
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 170 71 99 1 0 0 0 70 0 0 98 0 1 0.0141 0.0000 0.0101 71.000 0.00 3.51 -3.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4615 0.5385 2 2 0.0000 0.2529 0.7471 2 2 0.0000 0.2091 0.7909
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 330 41 289 28 0 3 0 10 0 0 288 0 1 0.6829 0.0000 0.0035 12.667 2.00 10.30 -8.30 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4782 0.4328 0.0890 1 0 0.4694 0.4374 0.0932 1 0 0.4560 0.4454 0.0986
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 231 99 132 95 0 0 0 4 0 0 132 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 99.000 0.11 4.00 -3.89 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0157 0.9843 0.0000 0 1 0.4187 0.5813 0.0000 0 0 0.6880 0.3120 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 231 100 131 95 0 1 0 4 0 0 131 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 99.000 0.11 4.00 -3.89 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0160 0.9840 0.0000 0 1 0.4192 0.5808 0.0000 0 0 0.6882 0.3118 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 875 234 641 216 1 10 0 7 0 0 641 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 22.400 0.53 1.29 -0.76 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 0 0.6663 0.3337 0.0000 0 0 0.9312 0.0688 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 429 119 310 44 0 13 0 62 0 0 300 0 10 0.3697 0.0000 0.0323 8.154 0.27 8.08 -7.81 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0383 0.3520 0.6097 1 2 0.0418 0.3603 0.5979 1 2 0.0468 0.3712 0.5820
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 388 115 273 6 0 28 1 80 0 0 261 0 12 0.0522 0.0000 0.0440 3.107 0.00 7.89 -7.89 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8473 0.1527 2 1 0.0000 0.5001 0.4999
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 388 115 273 6 0 37 2 70 0 0 261 0 12 0.0522 0.0000 0.0440 2.108 0.00 7.99 -7.99 6 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8701 0.1299 2 1 0.0000 0.5458 0.4542
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 606 136 470 0 0 7 0 129 0 0 469 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 21.500 1.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0361 0.9639 2 2 0.0000 0.0384 0.9616 2 2 0.0000 0.0419 0.9581
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 423 169 254 160 2 5 0 2 0 0 254 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 32.800 2.39 5.00 -2.61 72 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6924 0.3076 0.0000 0 0 0.9345 0.0655 0.0000 0 0 0.9585 0.0415 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 419 174 245 3 0 18 0 153 0 0 245 0 0 0.0172 0.0000 0.0000 8.667 3.67 12.16 -8.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7395 0.2605 2 2 0.0000 0.1455 0.8545 2 2 0.0000 0.0722 0.9278
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 419 153 266 2 112 8 1 30 0 0 266 0 0 0.0131 0.0000 0.0000 18.125 1.50 6.20 -4.70 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9621 0.0377 0.0003 1 0 0.8628 0.1369 0.0003 0 1 0.0008 0.9992 0.0000
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 204 83 121 43 0 5 0 35 0 0 121 0 0 0.5181 0.0000 0.0000 15.600 0.49 3.09 -2.60 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3408 0.5048 0.1545 1 1 0.3378 0.5044 0.1579 1 1 0.3338 0.5039 0.1624
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 403 113 290 50 0 6 0 57 0 0 290 0 0 0.4425 0.0000 0.0000 17.833 0.94 4.04 -3.10 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1609 0.5180 0.3211 1 1 0.1642 0.5166 0.3192 1 1 0.1686 0.5149 0.3165
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 431 184 247 81 3 36 1 63 0 1 246 0 0 0.4402 0.0000 0.0040 4.229 1.09 2.89 -1.80 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5009 0.4338 0.0653 1 0 0.4928 0.4378 0.0694 1 0 0.4818 0.4430 0.0753
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.050 1 -4 3 817 233 584 215 1 13 0 4 0 0 583 0 1 0.9227 0.0000 0.0017 16.923 0.42 5.50 -5.08 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0614 0.9386 0.0000 0 0 0.8795 0.1205 0.0000 0 0 0.9651 0.0349 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 625 110 515 99 2 6 0 3 0 0 515 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 17.333 0.30 3.33 -3.03 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0867 0.9133 0.0000 0 0 0.6195 0.3805 0.0000 0 0 0.7869 0.2131 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 504 141 363 5 0 18 3 115 0 1 359 2 1 0.0355 0.0000 0.0110 6.778 0.40 3.30 -2.90 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.6225 0.3775 2 2 0.0000 0.2825 0.7175
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 568 116 452 46 1 18 3 48 4 0 445 0 3 0.3966 0.0088 0.0155 5.765 2.07 4.96 -2.89 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3314 0.5534 0.1152 1 1 0.3348 0.5503 0.1149 1 1 0.3392 0.5463 0.1145
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 531 130 401 101 5 22 0 2 2 0 398 1 0 0.7769 0.0050 0.0075 5.095 1.12 4.50 -3.38 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6240 0.3760 0.0000 0 0 0.9166 0.0834 0.0000 0 0 0.9494 0.0506 0.0000
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.050 1 3 2 631 143 488 105 9 27 0 2 0 0 488 0 0 0.7343 0.0000 0.0000 4.296 0.46 3.00 -2.54 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9722 0.0278 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1829 453 1376 30 18 112 13 280 0 0 1362 1 13 0.0662 0.0000 0.0102 3.083 1.10 3.52 -2.42 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 22570117 G GGGC 0.051576 0.050 1 3 1 696 168 528 74 1 33 1 59 0 0 526 0 2 0.4405 0.0000 0.0038 4.091 0.65 3.02 -2.37 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5991 0.3919 0.0090 1 0 0.5959 0.3947 0.0094 1 0 0.5916 0.3984 0.0099
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 371 107 264 2 0 2 0 103 0 0 263 0 1 0.0187 0.0000 0.0038 105.000 0.00 1.41 -1.41 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6571 0.3429 2 2 0.0000 0.2289 0.7711 2 2 0.0000 0.1500 0.8500
chr6 31029782 GCAGGCTCTGAGACCACCACAGCCTCCACTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1298 402 896 305 27 54 6 10 10 9 876 1 0 0.7587 0.0112 0.0223 6.148 1.31 2.40 -1.09 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4866 0.5134 0.0000 0 0 0.9655 0.0345 0.0000
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 765 198 567 113 0 3 0 82 0 0 567 0 0 0.5707 0.0000 0.0000 65.000 1.20 4.00 -2.80 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6271 0.3437 0.0292 1 0 0.6159 0.3517 0.0323 1 0 0.6007 0.3625 0.0368
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 496 134 362 70 0 1 0 63 0 0 360 0 2 0.5224 0.0000 0.0055 133.000 1.23 2.02 -0.79 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2897 0.5336 0.1767 1 1 0.2892 0.5311 0.1798 1 1 0.2883 0.5279 0.1838
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 632 176 456 0 79 5 0 92 0 1 455 0 0 0.0000 0.0000 0.0022 34.200 2.86 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0489 0.3955 0.5556 1 2 0.0528 0.4015 0.5457 1 2 0.0582 0.4095 0.5323
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 632 176 456 147 3 5 5 16 1 0 455 0 0 0.8352 0.0022 0.0022 42.500 1.84 5.31 -3.47 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0342 0.9658 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 448 127 321 71 0 5 0 51 0 0 314 0 7 0.5591 0.0000 0.0218 24.400 0.55 11.49 -10.94 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3988 0.4910 0.1103 1 1 0.3941 0.4914 0.1145 1 1 0.3877 0.4921 0.1202
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 440 122 318 59 0 14 0 49 0 0 315 0 3 0.4836 0.0000 0.0094 7.714 0.56 3.73 -3.18 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3204 0.5192 0.1604 1 1 0.3185 0.5177 0.1637 1 1 0.3159 0.5159 0.1682
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 270 94 176 90 1 0 0 3 0 0 176 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 93.000 0.27 5.00 -4.73 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.5596 0.4404 0.0000 0 0 0.7433 0.2567 0.0000
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 619 229 390 188 1 8 1 31 1 0 389 0 0 0.8210 0.0026 0.0026 27.625 7.59 8.55 -0.96 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 619 226 393 182 3 9 0 32 1 0 392 0 0 0.8053 0.0025 0.0025 24.000 7.96 8.62 -0.67 90 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 205 98 107 63 2 0 1 32 0 0 106 0 1 0.6429 0.0000 0.0093 96.000 6.83 8.81 -1.99 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6452 0.3230 0.0318 1 0 0.6325 0.3325 0.0350 1 0 0.6152 0.3451 0.0397
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 1258 300 958 13 120 11 0 156 0 0 957 0 1 0.0433 0.0000 0.0010 26.273 2.00 3.18 -1.18 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0414 0.4226 0.5359 1 2 0.0451 0.4264 0.5285 1 2 0.0503 0.4316 0.5181
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 346 126 220 109 0 15 0 2 0 0 220 0 0 0.8651 0.0000 0.0000 7.400 0.56 6.00 -5.44 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3723 0.6277 0.0000 0 0 0.7945 0.2055 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 874 203 671 1 0 111 4 87 0 0 614 0 57 0.0049 0.0000 0.0849 0.820 0.00 5.83 -5.83 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1102 0.8898 2 2 0.0000 0.0484 0.9516 2 2 0.0000 0.0402 0.9598
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 30 2 874 203 671 1 5 130 5 62 0 0 614 5 52 0.0049 0.0000 0.0849 0.535 0.00 2.31 -2.31 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5928 0.4072 2 2 0.0000 0.2042 0.7958 2 2 0.0000 0.1308 0.8692
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 628 112 516 43 3 29 1 36 2 0 502 1 11 0.3839 0.0039 0.0271 2.862 1.86 5.47 -3.61 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2240 0.5293 0.2468 1 1 0.2255 0.5271 0.2475 1 1 0.2274 0.5243 0.2483
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 120 48 72 24 1 2 4 17 0 0 72 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 23.000 0.29 3.06 -2.77 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2949 0.5088 0.1963 1 1 0.2935 0.5082 0.1984 1 1 0.2915 0.5073 0.2012
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 739 176 563 0 0 5 5 166 0 0 553 0 10 0.0000 0.0000 0.0178 34.200 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0129 0.9871
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 964 253 711 121 0 12 1 119 0 0 709 0 2 0.4783 0.0000 0.0028 20.083 0.31 3.16 -2.85 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2031 0.5734 0.2235 1 1 0.2061 0.5679 0.2260 1 1 0.2100 0.5610 0.2290
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 485 157 328 0 0 35 1 121 0 0 309 0 19 0.0000 0.0000 0.0579 3.486 15.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0300 0.9700 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 407 159 248 94 2 2 0 61 0 0 248 0 0 0.5912 0.0000 0.0000 78.500 0.12 5.79 -5.67 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6838 0.2945 0.0216 1 0 0.6712 0.3046 0.0242 1 0 0.6539 0.3180 0.0281
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 314 126 188 2 0 13 5 106 0 0 182 0 6 0.0159 0.0000 0.0319 8.692 3.00 3.00 0.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5516 0.4484 2 2 0.0000 0.1726 0.8274 2 2 0.0000 0.1124 0.8876
chr6 170561925 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 1052 340 712 4 3 64 32 237 0 0 709 2 1 0.0118 0.0000 0.0042 4.250 6.00 5.05 0.95 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9727 0.0273 2 2 0.0000 0.0999 0.9001 2 2 0.0000 0.0187 0.9813
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 1057 329 728 8 30 20 130 141 0 0 728 0 0 0.0243 0.0000 0.0000 16.231 5.25 6.92 -1.67 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9420 0.0580
chr7 5928380 GTC G 0.500000 0.050 1 -2 3 544 164 380 127 1 15 0 21 0 0 380 0 0 0.7744 0.0000 0.0000 9.933 0.40 2.05 -1.65 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0087 0.9913 0.0000
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.050 1 -12 2 185 92 93 54 0 4 0 34 0 0 91 0 2 0.5870 0.0000 0.0215 22.000 0.80 10.94 -10.14 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4795 0.4396 0.0809 1 0 0.4713 0.4435 0.0851 1 0 0.4604 0.4485 0.0910
chr7 27095697 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 970 303 667 144 10 20 2 127 0 0 657 1 9 0.4752 0.0000 0.0150 14.150 1.36 3.97 -2.61 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3875 0.5253 0.0872 1 1 0.3852 0.5230 0.0918 1 1 0.3816 0.5203 0.0981
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 124 50 74 30 2 1 2 15 0 0 74 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 46.000 0.23 1.27 -1.03 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4484 0.4507 0.1009 1 1 0.4409 0.4541 0.1050 1 1 0.4309 0.4584 0.1107
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 539 125 414 66 0 0 0 59 0 0 414 0 0 0.5280 0.0000 0.0000 125.000 1.09 1.14 -0.04 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5235 0.1590 1 1 0.3159 0.5217 0.1624 1 1 0.3136 0.5194 0.1670
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 192 49 143 42 0 5 0 2 0 0 143 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 8.800 0.12 3.00 -2.88 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0991 0.9009 0.0000 0 1 0.4256 0.5744 0.0000 0 0 0.5655 0.4345 0.0000
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 181 61 120 36 0 2 0 23 0 0 118 0 2 0.5902 0.0000 0.0167 29.500 0.61 3.52 -2.91 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3864 0.4834 0.1302 1 1 0.3815 0.4845 0.1340 1 1 0.3748 0.4860 0.1392
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 211 84 127 47 0 3 0 34 0 0 125 0 2 0.5595 0.0000 0.0157 27.000 0.32 3.00 -2.68 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3814 0.4901 0.1285 1 1 0.3769 0.4907 0.1324 1 1 0.3708 0.4915 0.1377
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 276 93 183 45 5 14 0 29 0 0 183 0 0 0.4839 0.0000 0.0000 5.643 0.04 3.52 -3.47 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5247 0.4094 0.0659 1 0 0.5149 0.4151 0.0700 1 0 0.5017 0.4225 0.0758
chr7 73313321 AC A 0.500000 0.050 1 -1 3 607 176 431 168 0 2 0 6 0 0 431 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 87.000 0.33 1.17 -0.84 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5356 0.4644 0.0000 0 0 0.8581 0.1419 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 463 160 303 86 0 0 0 74 0 0 303 0 0 0.5375 0.0000 0.0000 160.000 0.09 2.15 -2.06 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3775 0.5072 0.1153 1 1 0.3740 0.5065 0.1195 1 1 0.3691 0.5057 0.1252
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 856 201 655 0 0 16 0 185 0 1 646 0 8 0.0000 0.0000 0.0137 11.562 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0111 0.9889 2 2 0.0000 0.0118 0.9882
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 580 148 432 53 1 18 1 75 0 0 428 1 3 0.3581 0.0000 0.0093 7.222 0.42 3.71 -3.29 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0442 0.3768 0.5790 1 2 0.0479 0.3838 0.5683 1 2 0.0532 0.3931 0.5538
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 282 93 189 49 0 4 0 40 1 0 188 0 0 0.5269 0.0053 0.0053 22.250 0.18 3.35 -3.17 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3658 0.4981 0.1361 1 1 0.3620 0.4982 0.1399 1 1 0.3568 0.4983 0.1450
chr7 94663495 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 6 524 145 379 66 2 26 4 47 0 0 377 1 1 0.4552 0.0000 0.0053 4.577 0.76 3.09 -2.33 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4349 0.4703 0.0948 1 1 0.4287 0.4722 0.0991 1 1 0.4204 0.4746 0.1050
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 502 222 280 15 2 71 4 130 0 0 280 0 0 0.0676 0.0000 0.0000 2.113 0.87 3.68 -2.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9452 0.0548
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 904 291 613 0 0 5 0 286 0 0 609 0 4 0.0000 0.0000 0.0065 57.200 3.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 608 158 450 8 0 7 0 143 0 0 448 0 2 0.0506 0.0000 0.0044 21.571 0.62 3.07 -2.44 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8540 0.1460 2 2 0.0000 0.3768 0.6232
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 484 129 355 0 0 48 4 77 0 0 349 0 6 0.0000 0.0000 0.0169 1.646 6.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1008 0.8992 2 2 0.0000 0.1049 0.8951 2 2 0.0000 0.1107 0.8893
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 787 213 574 195 0 11 0 7 0 0 574 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 18.364 0.28 3.57 -3.29 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.5336 0.4664 0.0000 0 0 0.8883 0.1117 0.0000
chr7 123627131 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 205 92 113 49 0 0 1 42 0 0 113 0 0 0.5326 0.0000 0.0000 92.000 0.14 2.00 -1.86 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3110 0.5172 0.1718 1 1 0.3093 0.5159 0.1748 1 1 0.3069 0.5143 0.1788
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 745 221 524 84 4 30 2 101 0 0 523 1 0 0.3801 0.0000 0.0019 6.300 0.87 3.61 -2.74 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0853 0.4836 0.4312 1 1 0.0897 0.4844 0.4260 1 1 0.0957 0.4854 0.4189
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 632 203 429 93 0 38 0 72 0 0 428 0 1 0.4581 0.0000 0.0023 4.342 0.35 14.65 -14.30 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4879 0.4446 0.0675 1 0 0.4804 0.4479 0.0717 1 0 0.4702 0.4521 0.0776
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 404 189 215 71 1 37 0 80 0 0 210 0 5 0.3757 0.0000 0.0233 4.222 0.68 5.41 -4.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1061 0.4972 0.3967 1 1 0.1104 0.4971 0.3924 1 1 0.1163 0.4972 0.3865
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 404 200 204 169 2 25 0 4 0 0 204 0 0 0.8450 0.0000 0.0000 7.000 2.69 7.50 -4.81 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0976 0.9024 0.0000 0 0 0.8242 0.1758 0.0000 0 0 0.9316 0.0684 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 250 108 142 103 1 2 0 2 0 0 142 0 0 0.9537 0.0000 0.0000 53.000 0.24 3.00 -2.76 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3435 0.6565 0.0000 0 0 0.7737 0.2263 0.0000 0 0 0.8519 0.1481 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 969 269 700 1 0 47 8 213 0 0 699 0 1 0.0037 0.0000 0.0014 4.723 0.00 3.48 -3.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 2198 567 1631 267 1 18 0 281 0 0 1631 0 0 0.4709 0.0000 0.0000 30.500 0.30 1.37 -1.07 5 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0834 0.6175 0.2992 1 1 0.0886 0.6087 0.3027 1 1 0.0958 0.5976 0.3066
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 674 166 508 78 0 5 0 83 0 0 507 0 1 0.4699 0.0000 0.0020 32.200 0.21 3.89 -3.69 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.5386 0.2972 1 1 0.1677 0.5356 0.2967 1 1 0.1723 0.5320 0.2957
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 775 189 586 0 0 2 1 186 0 0 584 1 1 0.0000 0.0000 0.0034 93.500 1.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0107 0.9893
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 569 102 467 0 0 3 20 79 0 1 442 8 16 0.0000 0.0000 0.0535 49.500 7.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1305 0.8695 2 2 0.0000 0.0806 0.9194 2 2 0.0000 0.0695 0.9305
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 571 102 469 0 1 9 15 77 0 0 444 11 14 0.0000 0.0000 0.0533 29.000 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0463 0.9537 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0526 0.9474
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 591 100 491 0 0 9 6 85 0 0 426 24 41 0.0000 0.0000 0.1324 12.857 7.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0234 0.9766
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 707 217 490 209 2 2 0 4 0 0 490 0 0 0.9631 0.0000 0.0000 107.500 0.22 2.00 -1.78 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2305 0.7695 0.0000 0 0 0.9265 0.0735 0.0000 0 0 0.9727 0.0273 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 356 87 269 83 1 1 0 2 0 0 269 0 0 0.9540 0.0000 0.0000 86.000 0.19 2.00 -1.81 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2409 0.7591 0.0000 0 0 0.6760 0.3240 0.0000 0 0 0.7806 0.2194 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 803 179 624 68 0 30 0 81 0 0 623 0 1 0.3799 0.0000 0.0016 4.967 0.59 6.14 -5.55 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0910 0.4776 0.4314 1 1 0.0949 0.4785 0.4267 1 1 0.1002 0.4796 0.4202
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 704 158 546 72 1 35 1 49 0 0 543 0 3 0.4557 0.0000 0.0055 3.514 0.54 6.02 -5.48 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5132 0.4229 0.0639 1 0 0.5049 0.4273 0.0678 1 0 0.4937 0.4329 0.0733
chr8 10608455 TCCTTCTGCCTCTGGGGCCTCTACATCTTCTGACTCTGGCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTCCTGGGCATCC T 0.001252 0.050 1 -69 1 949 263 686 151 1 47 1 63 46 1 609 2 28 0.5741 0.0671 0.1122 4.696 1.23 8.14 -6.91 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9921 0.0079 0.0000 1 0 0.9906 0.0094 0.0000 1 0 0.9882 0.0118 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 537 222 315 0 0 26 1 195 0 0 315 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.538 6.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 336 145 191 70 0 4 0 71 0 1 188 0 2 0.4828 0.0000 0.0157 35.250 0.51 7.24 -6.73 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3397 0.5575 0.1028 1 1 0.3432 0.5537 0.1031 1 1 0.3476 0.5489 0.1034
chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.050 1 3 1 127 66 61 61 0 1 0 4 0 0 61 0 0 0.9242 0.0000 0.0000 65.000 0.21 3.25 -3.04 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1072 0.8928 0.0000 0 0 0.8465 0.1535 0.0000 0 0 0.9453 0.0547 0.0000
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 246 97 149 45 0 4 0 48 0 0 149 0 0 0.4639 0.0000 0.0000 23.250 0.44 2.29 -1.85 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2023 0.5256 0.2721 1 1 0.2044 0.5237 0.2719 1 1 0.2072 0.5213 0.2715
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 348 89 259 2 0 2 0 85 0 0 257 0 2 0.0225 0.0000 0.0077 43.500 0.00 7.31 -7.31 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7445 0.2555 2 2 0.0000 0.3066 0.6934 2 2 0.0000 0.2062 0.7938
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.050 1 3 5 236 80 156 43 0 3 0 34 0 0 155 0 1 0.5375 0.0000 0.0064 25.667 0.16 4.18 -4.01 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3408 0.5048 0.1545 1 1 0.3378 0.5044 0.1579 1 1 0.3337 0.5039 0.1624
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 337 91 246 87 0 1 0 3 0 0 246 0 0 0.9560 0.0000 0.0000 90.000 0.41 2.67 -2.25 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0644 0.9356 0.0000 0 0 0.5386 0.4614 0.0000 0 0 0.7272 0.2728 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 692 272 420 257 0 2 0 13 0 0 420 0 0 0.9449 0.0000 0.0000 135.000 1.30 18.08 -16.78 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0875 0.9125 0.0000 0 0 0.7908 0.2092 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 479 137 342 0 0 30 5 102 0 0 336 0 6 0.0000 0.0000 0.0175 3.690 5.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0542 0.9458 2 2 0.0000 0.0572 0.9428 2 2 0.0000 0.0616 0.9384
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1131 291 840 131 0 50 0 110 0 0 824 0 16 0.4502 0.0000 0.0190 4.820 1.45 11.73 -10.28 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2669 0.5704 0.1626 1 1 0.2682 0.5652 0.1666 1 1 0.2697 0.5585 0.1718
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 958 184 774 166 0 5 0 13 0 0 774 0 0 0.9022 0.0000 0.0000 35.800 0.45 4.31 -3.86 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0101 0.9899 0.0000 0 1 0.2991 0.7009 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 986 241 745 235 3 0 0 3 0 0 745 0 0 0.9751 0.0000 0.0000 241.000 0.63 3.67 -3.04 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9394 0.0606 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 986 241 745 235 2 1 0 3 1 0 744 0 0 0.9751 0.0013 0.0013 240.000 0.60 3.67 -3.06 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9393 0.0607 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 1259 436 823 300 6 92 6 32 0 0 823 0 0 0.6881 0.0000 0.0000 3.728 0.24 3.16 -2.92 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0069 0.9931 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 353 93 260 0 2 23 0 68 0 0 244 1 15 0.0000 0.0000 0.0615 3.043 7.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7084 0.2916 2 2 0.0000 0.3160 0.6840 2 2 0.0000 0.2178 0.7822
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 511 177 334 19 0 1 0 157 0 0 327 1 6 0.1073 0.0000 0.0210 176.000 4.21 3.00 1.21 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9579 0.0421
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 731 193 538 72 0 39 0 82 0 0 533 0 5 0.3731 0.0000 0.0093 3.949 0.49 10.79 -10.31 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0956 0.4858 0.4187 1 1 0.0999 0.4865 0.4135 1 1 0.1059 0.4875 0.4066
chr9 41960804 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 404 160 244 155 2 1 0 2 0 0 244 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 159.000 0.39 1.00 -0.61 111 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6553 0.3447 0.0000 0 0 0.9235 0.0765 0.0000 0 0 0.9516 0.0484 0.0000
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 222 83 139 45 0 0 0 38 0 0 136 0 3 0.5422 0.0000 0.0216 83.000 0.29 2.92 -2.63 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2860 0.5214 0.1926 1 1 0.2852 0.5198 0.1950 1 1 0.2841 0.5177 0.1982
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 376 96 280 0 0 5 0 91 0 0 267 0 13 0.0000 0.0000 0.0464 18.200 13.55 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 733 147 586 3 0 5 2 137 0 0 568 0 18 0.0204 0.0000 0.0307 28.400 7.33 11.15 -3.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7205 0.2795 2 2 0.0000 0.1338 0.8662 2 2 0.0000 0.0661 0.9339
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 525 154 371 77 0 2 0 75 0 0 361 0 10 0.5000 0.0000 0.0270 76.000 0.22 3.09 -2.87 51 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1465 0.5304 0.3231 1 1 0.1503 0.5281 0.3216 1 1 0.1554 0.5251 0.3194
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 325 100 225 0 38 19 1 42 0 0 223 0 2 0.0000 0.0000 0.0089 4.263 3.50 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1633 0.5106 0.3261 1 1 0.1665 0.5098 0.3237 1 1 0.1707 0.5088 0.3205
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 325 103 222 35 10 19 1 38 0 0 222 0 0 0.3398 0.0000 0.0000 4.421 2.57 3.32 -0.74 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3105 0.5153 0.1742 1 1 0.3088 0.5141 0.1771 1 1 0.3064 0.5126 0.1810
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 407 157 250 83 0 3 0 71 0 1 249 0 0 0.5287 0.0000 0.0040 51.333 0.27 9.54 -9.27 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3908 0.4997 0.1095 1 1 0.3867 0.4996 0.1137 1 1 0.3811 0.4994 0.1196
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 553 200 353 1 0 0 0 199 0 0 349 0 4 0.0050 0.0000 0.0113 200.000 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0300 0.9700 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 382 106 276 0 1 16 2 87 0 0 275 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 5.562 5.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2158 0.7842 2 2 0.0000 0.1558 0.8442 2 2 0.0000 0.1377 0.8623
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 868 145 723 2 0 39 3 101 0 2 710 2 9 0.0138 0.0000 0.0180 2.692 1.00 6.40 -5.40 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7752 0.2248 2 2 0.0000 0.2900 0.7100 2 2 0.0000 0.1696 0.8304
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 559 159 400 96 0 2 0 61 0 1 399 0 0 0.6038 0.0000 0.0025 78.500 0.14 2.51 -2.37 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6963 0.2840 0.0197 1 0 0.6835 0.2943 0.0222 1 0 0.6660 0.3082 0.0259
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 904 197 707 129 0 2 0 66 0 0 705 0 2 0.6548 0.0000 0.0028 97.500 0.18 4.73 -4.55 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8873 0.1106 0.0021 1 0 0.8768 0.1206 0.0027 1 0 0.8615 0.1349 0.0035
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 819 204 615 104 0 5 2 93 0 1 613 0 1 0.5098 0.0000 0.0033 39.400 0.21 2.80 -2.58 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3316 0.5356 0.1328 1 1 0.3302 0.5329 0.1370 1 1 0.3280 0.5294 0.1426
chr9 110048735 TCCCCCGGAGTCTCCTGGA T 0.500000 0.050 1 -18 2 206 82 124 62 0 18 0 2 0 0 123 0 1 0.7561 0.0000 0.0081 3.556 0.73 18.00 -17.27 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0343 0.9657 0.0000 0 1 0.3834 0.6166 0.0000 0 0 0.5917 0.4083 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 277 100 177 0 0 6 0 94 0 0 176 0 1 0.0000 0.0000 0.0056 15.667 4.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0839 0.9161 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 462 93 369 0 0 11 1 81 0 0 366 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 7.455 6.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1054 0.8946 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 554 133 421 62 0 7 2 62 0 0 421 0 0 0.4662 0.0000 0.0000 18.000 0.81 1.37 -0.56 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2122 0.5373 0.2504 1 1 0.2143 0.5345 0.2512 1 1 0.2169 0.5310 0.2521
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 546 188 358 162 1 16 2 7 0 0 358 0 0 0.8617 0.0000 0.0000 10.750 0.30 3.14 -2.85 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1243 0.8757 0.0000 0 0 0.6400 0.3600 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 511 162 349 76 0 3 0 83 0 0 343 0 6 0.4691 0.0000 0.0172 53.000 0.11 3.13 -3.03 10 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1079 0.5020 0.3901 1 1 0.1122 0.5016 0.3862 1 1 0.1181 0.5012 0.3807
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 781 242 539 224 0 15 0 3 0 0 538 0 1 0.9256 0.0000 0.0019 15.133 0.30 9.00 -8.70 146 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2907 0.7093 0.0000 0 0 0.9455 0.0545 0.0000 0 0 0.9798 0.0202 0.0000
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 458 139 319 67 4 34 0 34 1 0 314 0 4 0.4820 0.0031 0.0157 3.088 0.90 4.24 -3.34 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6904 0.2868 0.0228 1 0 0.6772 0.2974 0.0255 1 0 0.6590 0.3115 0.0295
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 369 125 244 119 0 3 0 3 0 0 244 0 0 0.9520 0.0000 0.0000 40.667 0.32 1.33 -1.01 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1375 0.8625 0.0000 0 0 0.7192 0.2808 0.0000 0 0 0.8507 0.1493 0.0000
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 431 96 335 44 0 4 1 47 0 0 335 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 23.000 0.27 1.34 -1.07 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1919 0.5232 0.2849 1 1 0.1943 0.5215 0.2842 1 1 0.1976 0.5193 0.2832
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 241 73 168 36 0 4 0 33 0 0 167 1 0 0.4932 0.0000 0.0060 17.250 0.31 1.94 -1.63 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2636 0.5201 0.2163 1 1 0.2635 0.5186 0.2179 1 1 0.2634 0.5167 0.2199
chr9 137192572 T TTCC 0.500000 0.050 1 3 1 842 222 620 94 11 51 0 66 0 0 619 0 1 0.4234 0.0000 0.0016 3.353 0.28 3.52 -3.24 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7134 0.2699 0.0168 1 0 0.7006 0.2804 0.0190 1 0 0.6829 0.2946 0.0224
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 445 139 306 129 0 8 0 2 0 0 306 0 0 0.9281 0.0000 0.0000 16.375 0.76 1.00 -0.24 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4975 0.5025 0.0000 0 0 0.8638 0.1362 0.0000 0 0 0.9129 0.0871 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 222 98 124 39 4 19 0 36 0 0 124 0 0 0.3980 0.0000 0.0000 4.158 0.33 2.78 -2.44 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3268 0.5095 0.1637 1 1 0.3244 0.5087 0.1669 1 1 0.3211 0.5078 0.1711
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 179 48 131 32 0 4 0 12 0 0 131 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 11.000 0.06 6.42 -6.35 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6686 0.3134 0.0180 1 0 0.6604 0.3205 0.0192 1 0 0.6441 0.3353 0.0206
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 195 83 112 50 0 3 0 30 0 0 111 0 1 0.6024 0.0000 0.0089 26.667 0.24 4.60 -4.36 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6377 0.3395 0.0228 1 0 0.6304 0.3454 0.0242 1 0 0.6205 0.3533 0.0262
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 649 145 504 137 0 3 0 5 0 0 504 0 0 0.9448 0.0000 0.0000 47.333 0.14 4.80 -4.66 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0250 0.9750 0.0000 0 0 0.7480 0.2520 0.0000 0 0 0.9223 0.0777 0.0000
chr10 72692197 C CGGGGCG 0.005375 0.050 1 6 1 392 129 263 72 0 8 2 47 0 0 260 0 3 0.5581 0.0000 0.0114 15.000 0.68 5.57 -4.89 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7029 0.2966 0.0005 1 0 0.6970 0.3024 0.0005 1 0 0.6891 0.3104 0.0006
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 425 80 345 31 0 10 0 39 0 0 345 0 0 0.3875 0.0000 0.0000 7.000 0.19 3.33 -3.14 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2979 0.5751 0.1270 1 1 0.3028 0.5720 0.1252 1 1 0.3092 0.5679 0.1229
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 242 56 186 48 1 3 0 4 0 1 185 0 0 0.8571 0.0000 0.0054 17.333 0.35 1.00 -0.65 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0489 0.9511 0.0000 0 0 0.6739 0.3261 0.0000 0 0 0.8653 0.1347 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 640 139 501 127 0 4 0 8 0 0 500 0 1 0.9137 0.0000 0.0020 33.750 0.31 6.50 -6.19 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1407 0.8593 0.0000 0 0 0.6834 0.3166 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 349 68 281 62 0 5 0 1 0 0 280 0 1 0.9118 0.0000 0.0036 12.600 0.47 6.00 -5.53 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1676 0.8324 0.0000 0 0 0.5733 0.4267 0.0000 0 0 0.6995 0.3005 0.0000
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.050 1 -3 1 127 47 80 26 0 2 0 19 0 0 80 0 0 0.5532 0.0000 0.0000 22.500 0.27 3.32 -3.05 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5596 0.4315 0.0089 1 0 0.5573 0.4337 0.0091 1 0 0.5541 0.4366 0.0093
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 331 127 204 57 0 5 0 65 0 0 202 0 2 0.4488 0.0000 0.0098 24.400 0.18 2.69 -2.52 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2344 0.5793 0.1862 1 1 0.2403 0.5760 0.1838 1 1 0.2480 0.5716 0.1804
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 195 69 126 40 0 7 0 22 0 0 126 0 0 0.5797 0.0000 0.0000 8.857 0.30 3.09 -2.79 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3286 0.5264 0.1450 1 1 0.3204 0.5282 0.1514 1 1 0.3097 0.5302 0.1602
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 365 80 285 2 0 10 19 49 0 0 283 2 0 0.0250 0.0000 0.0070 5.100 1.00 3.31 -2.31 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7873 0.2127 2 2 0.0000 0.3755 0.6245 2 2 0.0000 0.2604 0.7396
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 462 148 314 4 0 6 0 138 0 0 314 0 0 0.0270 0.0000 0.0000 23.667 0.00 1.37 -1.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9525 0.0475 2 2 0.0000 0.3229 0.6771 2 2 0.0000 0.1390 0.8610
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 809 153 656 64 0 6 1 82 0 0 654 0 2 0.4183 0.0000 0.0030 24.500 0.56 3.15 -2.58 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0977 0.5006 0.4016 1 1 0.1036 0.5031 0.3933 1 1 0.1117 0.5062 0.3820
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 704 163 541 86 0 12 0 65 0 0 531 0 10 0.5276 0.0000 0.0185 12.583 0.97 11.60 -10.63 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5679 0.4222 0.0099 1 0 0.5662 0.4235 0.0103 1 0 0.5638 0.4254 0.0109
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 246 93 153 0 1 2 0 90 0 0 152 1 0 0.0000 0.0000 0.0065 45.000 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1245 0.8755 2 2 0.0000 0.1285 0.8715 2 2 0.0000 0.1343 0.8657
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 680 239 441 226 2 9 0 2 0 0 441 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 25.333 0.39 1.50 -1.11 98 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9875 0.0125 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1127 234 893 75 0 89 0 70 0 0 893 0 0 0.3205 0.0000 0.0000 1.629 1.03 8.54 -7.52 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2657 0.5419 0.1924 1 1 0.2653 0.5389 0.1958 1 1 0.2646 0.5352 0.2002
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 967 212 755 6 0 77 2 127 0 0 716 0 39 0.0283 0.0000 0.0517 1.727 2.83 9.69 -6.85 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8998 0.1002 2 1 0.0000 0.6309 0.3691
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.050 1 -12 1 528 146 382 112 2 27 1 4 2 0 379 0 1 0.7671 0.0052 0.0079 4.370 1.96 14.25 -12.29 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 0 0.5546 0.4454 0.0000 0 0 0.8583 0.1417 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 345 111 234 0 0 6 0 105 0 0 230 0 4 0.0000 0.0000 0.0171 17.500 2.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 712 230 482 124 0 4 1 101 0 0 481 0 1 0.5391 0.0000 0.0021 56.250 0.31 1.21 -0.89 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4880 0.4518 0.0601 1 0 0.4813 0.4544 0.0643 1 0 0.4721 0.4578 0.0701
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 204 89 115 1 0 0 37 51 0 0 113 0 2 0.0112 0.0000 0.0174 53.000 0.00 2.10 -2.10 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4021 0.5979 2 2 0.0000 0.2114 0.7886 2 2 0.0000 0.1747 0.8253
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 204 93 111 2 0 52 0 39 0 0 111 0 0 0.0215 0.0000 0.0000 6.833 0.00 2.36 -2.36 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8259 0.1741 2 2 0.0000 0.4185 0.5815 2 2 0.0000 0.2955 0.7045
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 511 135 376 128 0 3 0 4 0 0 376 0 0 0.9481 0.0000 0.0000 44.000 1.17 2.00 -0.83 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0374 0.9626 0.0000 0 0 0.6210 0.3790 0.0000 0 0 0.8298 0.1702 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1567 318 1249 8 0 9 0 301 0 0 1226 0 23 0.0252 0.0000 0.0184 34.333 0.00 5.92 -5.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 2 0.0000 0.0662 0.9338 2 2 0.0000 0.0082 0.9918
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1042 263 779 7 0 7 0 249 0 0 778 1 0 0.0266 0.0000 0.0013 36.571 0.29 1.55 -1.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9938 0.0062 2 2 0.0000 0.1828 0.8172 2 2 0.0000 0.0325 0.9675
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 547 149 398 80 0 4 0 65 0 0 398 0 0 0.5369 0.0000 0.0000 36.250 0.72 2.15 -1.43 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4230 0.4811 0.0960 1 1 0.4175 0.4821 0.1003 1 1 0.4102 0.4836 0.1062
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 721 131 590 67 0 5 0 59 0 0 589 0 1 0.5115 0.0000 0.0017 25.200 1.40 4.08 -2.68 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3172 0.5241 0.1587 1 1 0.3156 0.5223 0.1622 1 1 0.3133 0.5199 0.1668
chr11 5788576 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 461 103 358 45 1 0 0 57 0 0 358 0 0 0.4369 0.0000 0.0000 102.000 0.22 2.11 -1.88 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1245 0.4940 0.3815 1 1 0.1285 0.4943 0.3771 1 1 0.1339 0.4948 0.3713
chr11 6390704 G GCGC 0.500000 0.050 1 3 2 867 243 624 15 132 13 8 75 0 0 615 1 8 0.0617 0.0000 0.0144 76.667 3.40 6.29 -2.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6973 0.2855 0.0172 1 0 0.6852 0.2953 0.0195 1 0 0.6685 0.3085 0.0229
chr11 6390705 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 867 242 625 18 140 5 10 69 0 0 616 1 8 0.0744 0.0000 0.0144 47.400 3.11 6.64 -3.53 2 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.8777 0.1199 0.0024 1 0 0.8671 0.1300 0.0029 1 0 0.8516 0.1445 0.0039
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 793 148 645 0 0 13 1 134 0 0 619 0 26 0.0000 0.0000 0.0403 10.385 9.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0207 0.9793
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 237 110 127 2 1 21 2 84 0 0 127 0 0 0.0182 0.0000 0.0000 4.238 0.50 3.82 -3.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8412 0.1588 2 2 0.0000 0.4001 0.5999 2 2 0.0000 0.2573 0.7427
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 177 58 119 25 0 2 0 31 0 0 118 0 1 0.4310 0.0000 0.0084 28.000 0.12 3.23 -3.11 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1659 0.5027 0.3314 1 1 0.1689 0.5025 0.3286 1 1 0.1729 0.5022 0.3248
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 335 154 181 131 0 18 0 5 0 0 181 0 0 0.8506 0.0000 0.0000 7.556 0.32 3.00 -2.68 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0077 0.9923 0.0000 0 1 0.4730 0.5270 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr11 18477710 TAGG T 0.500000 0.050 1 -3 2 205 101 104 61 0 2 1 37 0 0 103 0 1 0.6040 0.0000 0.0096 49.500 0.57 3.19 -2.62 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5347 0.4051 0.0601 1 0 0.5248 0.4109 0.0642 1 0 0.5116 0.4185 0.0699
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 209 82 127 46 0 1 0 35 0 0 123 0 4 0.5610 0.0000 0.0315 81.000 0.54 6.00 -5.46 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3257 0.5113 0.1630 1 1 0.3234 0.5104 0.1662 1 1 0.3202 0.5093 0.1705
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 795 225 570 114 1 11 0 99 0 0 564 0 6 0.5067 0.0000 0.0105 19.455 0.34 3.69 -3.34 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3367 0.5378 0.1255 1 1 0.3353 0.5349 0.1298 1 1 0.3332 0.5312 0.1356
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1558 347 1211 0 0 5 0 342 0 0 1203 0 8 0.0000 0.0000 0.0066 68.400 2.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 736 159 577 80 0 0 0 79 0 0 577 0 0 0.5031 0.0000 0.0000 159.000 0.16 1.54 -1.38 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2371 0.5481 0.2148 1 1 0.2386 0.5445 0.2169 1 1 0.2404 0.5399 0.2197
chr11 58579464 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 351 118 233 107 0 7 0 4 0 0 233 0 0 0.9068 0.0000 0.0000 15.857 0.40 7.25 -6.85 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0214 0.9786 0.0000 0 1 0.4951 0.5049 0.0000 0 0 0.7485 0.2515 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 72 26 46 10 0 0 0 16 0 0 46 0 0 0.3846 0.0000 0.0000 26.000 0.10 2.06 -1.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1790 0.4971 0.3239 1 1 0.1815 0.4973 0.3212 1 1 0.1849 0.4976 0.3175
chr11 66565715 AT A 0.500000 0.050 1 -1 3 504 106 398 62 1 1 2 40 0 0 396 0 2 0.5849 0.0000 0.0050 104.000 0.48 7.50 -7.02 34 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4780 0.4430 0.0791 1 0 0.4701 0.4466 0.0834 1 0 0.4595 0.4513 0.0893
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 324 109 215 42 0 20 7 40 0 0 202 1 12 0.3853 0.0000 0.0605 4.400 0.57 9.53 -8.95 0 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0823 0.4460 0.4718 1 2 0.0866 0.4494 0.4640 1 1 0.0925 0.4539 0.4536
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 838 204 634 112 1 28 1 62 0 0 608 0 26 0.5490 0.0000 0.0410 6.250 0.27 4.85 -4.59 82 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4187 0.0504 1 0 0.5224 0.4232 0.0544 1 0 0.5109 0.4292 0.0599
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 1053 283 770 0 0 5 1 277 0 0 769 0 1 0.0000 0.0000 0.0013 55.400 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 781 184 597 162 1 17 0 4 2 0 595 0 0 0.8804 0.0034 0.0034 9.824 0.47 3.00 -2.53 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0850 0.9150 0.0000 0 0 0.8019 0.1981 0.0000 0 0 0.9219 0.0781 0.0000
chr11 75162709 GCACAGAAAA G 0.500000 0.050 1 -9 3 281 144 137 138 0 2 0 4 0 0 136 0 1 0.9583 0.0000 0.0073 71.000 0.22 7.75 -7.53 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0091 0.9909 0.0000 0 0 0.5162 0.4838 0.0000 0 0 0.8100 0.1900 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 93 40 53 2 0 0 0 38 0 0 53 0 0 0.0500 0.0000 0.0000 40.000 0.00 2.66 -2.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9084 0.0916 2 1 0.0000 0.5978 0.4022 2 2 0.0000 0.4580 0.5420
chr11 96092210 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1239 363 876 1 21 79 136 126 0 1 873 0 2 0.0028 0.0000 0.0034 3.558 1.00 3.40 -2.40 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9445 0.0555 2 2 0.0000 0.4531 0.5469
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1244 373 871 117 22 61 16 157 0 0 869 1 1 0.3137 0.0000 0.0023 5.016 2.76 7.31 -4.55 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0168 0.3099 0.6733 1 2 0.0190 0.3183 0.6627 1 2 0.0224 0.3297 0.6479
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 775 275 500 223 4 42 1 5 1 0 499 0 0 0.8109 0.0020 0.0020 5.524 0.53 12.40 -11.87 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0693 0.9307 0.0000 0 0 0.8945 0.1055 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 255 111 144 58 0 1 0 52 0 0 143 0 1 0.5225 0.0000 0.0069 110.000 0.14 8.02 -7.88 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2942 0.5263 0.1795 1 1 0.2933 0.5243 0.1824 1 1 0.2920 0.5218 0.1862
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 408 142 266 66 1 8 1 66 0 1 265 0 0 0.4648 0.0000 0.0038 16.500 0.36 5.47 -5.11 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2381 0.5406 0.2212 1 1 0.2394 0.5376 0.2230 1 1 0.2409 0.5337 0.2253
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 412 113 299 55 2 14 1 41 0 0 299 0 0 0.4867 0.0000 0.0000 7.071 0.67 4.02 -3.35 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4336 0.4674 0.0989 1 1 0.4273 0.4695 0.1032 1 1 0.4187 0.4723 0.1090
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 313 83 230 3 0 1 0 79 0 0 230 0 0 0.0361 0.0000 0.0000 82.000 1.67 2.14 -0.47 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9781 0.0219 2 1 0.0000 0.7278 0.2722 2 1 0.0000 0.5384 0.4616
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 314 114 200 57 0 1 0 56 0 0 196 0 4 0.5000 0.0000 0.0200 113.000 1.35 2.59 -1.24 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1604 0.5263 0.3133 1 1 0.1624 0.5240 0.3136 1 1 0.1650 0.5212 0.3138
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 474 137 337 66 3 27 1 40 0 0 335 0 2 0.4818 0.0000 0.0059 4.074 0.30 3.42 -3.12 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6183 0.3456 0.0361 1 0 0.6076 0.3532 0.0392 1 0 0.5930 0.3633 0.0436
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 612 149 463 87 1 5 1 55 0 0 459 0 4 0.5839 0.0000 0.0086 28.800 0.15 2.85 -2.71 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7371 0.2558 0.0071 1 0 0.7290 0.2632 0.0078 1 0 0.7179 0.2733 0.0088
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 616 151 465 92 0 0 0 59 0 0 461 0 4 0.6093 0.0000 0.0086 151.000 0.10 3.00 -2.90 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7460 0.2476 0.0064 1 0 0.7378 0.2551 0.0071 1 0 0.7265 0.2653 0.0081
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 434 158 276 1 0 40 6 111 0 0 276 0 0 0.0063 0.0000 0.0000 2.950 0.00 3.34 -3.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1770 0.8230 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0656 0.9344
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 4905 1128 3777 1 0 4 4 1119 0 0 3739 0 38 0.0009 0.0000 0.0101 281.000 3.00 4.16 -1.16 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 246 95 151 89 0 3 0 3 0 0 151 0 0 0.9368 0.0000 0.0000 30.667 0.52 6.67 -6.15 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0655 0.9345 0.0000 0 0 0.5475 0.4525 0.0000 0 0 0.7344 0.2656 0.0000
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.050 1 -5 3 623 176 447 100 2 2 2 70 0 0 447 0 0 0.5682 0.0000 0.0000 87.000 0.22 9.27 -9.05 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7760 0.2230 0.0010 1 0 0.7688 0.2302 0.0011 1 0 0.7588 0.2400 0.0012
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.050 1 -4 1 625 179 446 101 2 4 2 70 0 0 446 0 0 0.5642 0.0000 0.0000 87.500 0.23 9.27 -9.04 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7796 0.2195 0.0009 1 0 0.7723 0.2267 0.0010 1 0 0.7622 0.2366 0.0012
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 276 123 153 44 3 7 2 67 0 0 153 0 0 0.3577 0.0000 0.0000 16.571 2.16 4.19 -2.03 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0328 0.3510 0.6161 1 2 0.0352 0.3572 0.6076 1 2 0.0386 0.3654 0.5961
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 410 94 316 89 2 2 0 1 0 0 316 0 0 0.9468 0.0000 0.0000 46.000 0.18 3.00 -2.82 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7459 0.2541 0.0000 0 0 0.8803 0.1197 0.0000 0 0 0.9028 0.0972 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 2362 926 1436 551 30 148 5 192 8 5 1420 1 2 0.5950 0.0056 0.0111 5.265 3.14 8.88 -5.74 135 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1999 433 1566 121 4 184 1 123 3 1 1507 5 50 0.2794 0.0019 0.0377 1.348 4.03 5.59 -1.56 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0050 0.1859 0.8091 1 2 0.0060 0.1962 0.7978 1 2 0.0076 0.2106 0.7817
chr12 40516466 AG A 0.017348 0.050 1 -1 1 275 75 200 36 0 0 0 39 0 0 199 0 1 0.4800 0.0000 0.0050 75.000 0.11 1.64 -1.53 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4189 0.5701 0.0110 1 1 0.4225 0.5666 0.0109 1 1 0.4271 0.5621 0.0108
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1498 366 1132 198 1 2 2 163 0 0 1132 0 0 0.5410 0.0000 0.0000 182.000 0.23 1.42 -1.19 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7270 0.2663 0.0066 1 0 0.7203 0.2722 0.0075 1 0 0.7108 0.2805 0.0087
chr12 49600036 AC A 0.000320 0.050 1 -1 2 865 182 683 174 0 4 0 4 0 0 683 0 0 0.9560 0.0000 0.0000 44.500 0.22 1.25 -1.03 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 942 231 711 117 1 16 2 95 0 0 711 0 0 0.5065 0.0000 0.0000 13.312 0.69 13.64 -12.95 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5102 0.4352 0.0546 1 0 0.5034 0.4382 0.0584 1 0 0.4941 0.4422 0.0637
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1079 296 783 116 0 60 0 120 0 0 779 0 4 0.3919 0.0000 0.0051 3.933 0.24 12.99 -12.75 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.6530 0.0349 1 1 0.3201 0.6451 0.0348 1 1 0.3305 0.6350 0.0345
chr12 53938949 C CTTA 0.021360 0.050 1 3 2 287 75 212 36 0 3 0 36 0 0 210 0 2 0.4800 0.0000 0.0094 24.000 0.50 3.39 -2.89 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4422 0.5460 0.0118 1 1 0.4448 0.5434 0.0117 1 1 0.4482 0.5401 0.0117
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 401 76 325 6 1 11 7 51 0 0 324 0 1 0.0789 0.0000 0.0031 5.455 1.00 1.75 -0.75 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9754 0.0246 2 1 0.0000 0.8743 0.1257
chr12 55551809 CTGA C 0.000191 0.050 1 -3 2 563 105 458 52 0 0 0 53 0 0 458 0 0 0.4952 0.0000 0.0000 105.000 0.29 2.81 -2.52 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4556 0.5443 0.0001 1 1 0.4585 0.5414 0.0001 1 1 0.4621 0.5378 0.0001
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 123 53 70 23 0 0 0 30 1 0 69 0 0 0.4340 0.0143 0.0143 53.000 0.70 2.07 -1.37 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1220 0.4863 0.3916 1 1 0.1241 0.4866 0.3893 1 1 0.1269 0.4869 0.3862
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 358 93 265 57 0 1 0 35 0 0 264 0 1 0.6129 0.0000 0.0038 92.000 0.88 3.89 -3.01 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5708 0.3805 0.0487 1 0 0.5617 0.3864 0.0519 1 0 0.5495 0.3941 0.0564
chr12 69694439 GT G 0.031623 0.050 1 -1 1 165 60 105 24 0 3 0 33 0 0 105 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 19.000 0.29 1.73 -1.44 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3563 0.6154 0.0283 1 1 0.3616 0.6107 0.0278 1 1 0.3685 0.6045 0.0271
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 207 45 162 7 18 10 6 4 0 0 161 1 0 0.1556 0.0000 0.0062 2.800 1.57 6.25 -4.68 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5529 0.4002 0.0469 1 0 0.5461 0.4054 0.0485 1 0 0.5330 0.4174 0.0496
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 128 60 68 26 0 5 0 29 0 0 68 0 0 0.4333 0.0000 0.0000 11.000 0.38 3.45 -3.06 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2587 0.5226 0.2187 1 1 0.2608 0.5212 0.2180 1 1 0.2636 0.5194 0.2170
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 991 275 716 0 0 29 0 246 0 0 714 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 8.483 3.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 406 118 288 83 2 30 0 3 0 0 285 0 3 0.7034 0.0000 0.0104 2.933 0.71 6.33 -5.62 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1302 0.8698 0.0000 0 1 0.4545 0.5455 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 406 110 296 42 1 6 0 61 0 0 292 0 4 0.3818 0.0000 0.0135 17.333 1.14 3.41 -2.27 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0603 0.4085 0.5312 1 2 0.0644 0.4141 0.5216 1 2 0.0701 0.4213 0.5086
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 699 203 496 0 0 18 11 174 0 0 495 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 10.167 4.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 254 132 122 0 0 1 0 131 0 0 121 0 1 0.0000 0.0000 0.0082 131.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0348 0.9652 2 2 0.0000 0.0371 0.9629 2 2 0.0000 0.0405 0.9595
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 211 94 117 83 0 9 0 2 0 0 117 0 0 0.8830 0.0000 0.0000 9.444 0.28 6.00 -5.72 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2374 0.7626 0.0000 0 0 0.6726 0.3274 0.0000 0 0 0.7781 0.2219 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 358 108 250 0 0 9 1 98 0 0 243 0 7 0.0000 0.0000 0.0280 10.889 5.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0652 0.9348 2 2 0.0000 0.0685 0.9315 2 2 0.0000 0.0733 0.9267
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 299 74 225 0 0 7 1 66 0 0 212 0 13 0.0000 0.0000 0.0578 9.429 11.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1181 0.8819 2 2 0.0000 0.1224 0.8776 2 2 0.0000 0.1284 0.8716
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 729 180 549 0 0 15 1 164 0 0 528 0 21 0.0000 0.0000 0.0383 11.000 7.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0092 0.9908 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 320 127 193 6 0 45 3 73 0 0 188 1 4 0.0472 0.0000 0.0259 1.822 1.00 4.84 -3.84 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8818 0.1182 2 1 0.0000 0.5718 0.4282
chr12 124402512 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 3 320 127 193 10 27 46 0 44 0 0 188 0 5 0.0787 0.0000 0.0259 1.800 2.10 6.34 -4.24 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1172 0.4817 0.4011 1 1 0.1213 0.4829 0.3958 1 1 0.1268 0.4845 0.3888
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 189 65 124 53 1 9 0 2 0 0 124 0 0 0.8154 0.0000 0.0000 6.222 0.83 3.50 -2.67 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1300 0.8700 0.0000 0 1 0.4998 0.5002 0.0000 0 0 0.6351 0.3649 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 213 54 159 0 0 7 0 47 0 0 148 1 10 0.0000 0.0000 0.0692 6.714 8.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1886 0.8114 2 2 0.0000 0.1931 0.8069 2 2 0.0000 0.1994 0.8006
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 560 159 401 101 9 45 2 2 0 0 401 0 0 0.6352 0.0000 0.0000 2.511 0.45 2.50 -2.05 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1623 0.8377 0.0000 0 0 0.6479 0.3521 0.0000 0 0 0.7977 0.2023 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 739 181 558 66 0 33 0 82 0 0 554 0 4 0.3646 0.0000 0.0072 4.485 1.02 5.62 -4.61 12 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0713 0.4467 0.4820 1 2 0.0757 0.4501 0.4741 1 2 0.0818 0.4546 0.4636
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 574 212 362 191 3 13 0 5 0 0 362 0 0 0.9009 0.0000 0.0000 15.231 0.35 15.20 -14.85 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0408 0.9592 0.0000 0 0 0.8265 0.1735 0.0000 0 0 0.9482 0.0518 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 656 160 496 61 0 42 0 57 0 0 491 0 5 0.3812 0.0000 0.0101 2.810 1.61 6.25 -4.64 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3941 0.5478 0.0582 1 1 0.3971 0.5446 0.0584 1 1 0.4009 0.5405 0.0586
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 135 61 74 52 0 5 0 4 0 0 74 0 0 0.8525 0.0000 0.0000 11.200 0.48 4.00 -3.52 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1917 0.8083 0.0000 0 0 0.9163 0.0837 0.0000 0 0 0.9719 0.0281 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 762 136 626 0 0 19 2 115 0 0 614 1 11 0.0000 0.0000 0.0192 6.158 4.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0088 0.9912 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0102 0.9898
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 610 138 472 64 4 18 0 52 3 1 467 0 1 0.4638 0.0064 0.0106 6.667 1.70 7.19 -5.49 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4753 0.4471 0.0776 1 0 0.4677 0.4504 0.0818 1 0 0.4575 0.4547 0.0878
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 255 79 176 42 0 9 0 28 0 0 176 0 0 0.5316 0.0000 0.0000 7.778 0.40 6.36 -5.95 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4272 0.4658 0.1070 1 1 0.4207 0.4681 0.1112 1 1 0.4121 0.4711 0.1168
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 548 105 443 46 0 4 0 55 1 0 440 0 2 0.4381 0.0023 0.0068 25.250 1.04 3.44 -2.39 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1349 0.5024 0.3627 1 1 0.1388 0.5021 0.3591 1 1 0.1439 0.5018 0.3542
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 2094 480 1614 156 0 8 1 315 0 0 1612 0 2 0.3250 0.0000 0.0012 59.000 0.30 1.88 -1.58 58 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0008 0.9992 1 2 0.0000 0.0011 0.9989 1 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 1219 339 880 281 4 43 0 11 0 0 880 0 0 0.8289 0.0000 0.0000 6.860 0.23 1.00 -0.77 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4776 0.5224 0.0000 0 0 0.9497 0.0503 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 390 99 291 0 0 1 0 98 0 0 281 0 10 0.0000 0.0000 0.0344 98.000 17.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0813 0.9187 2 2 0.0000 0.0855 0.9145 2 2 0.0000 0.0915 0.9085
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 386 101 285 0 0 8 0 93 0 0 282 0 3 0.0000 0.0000 0.0105 11.625 1.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0368 0.9632 2 2 0.0000 0.0386 0.9614 2 2 0.0000 0.0411 0.9589
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 644 143 501 54 0 18 0 71 0 0 499 0 2 0.3776 0.0000 0.0040 6.944 0.44 6.82 -6.37 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1571 0.5864 0.2565 1 1 0.1645 0.5855 0.2499 1 1 0.1747 0.5841 0.2412
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1683 406 1277 28 0 13 0 365 0 0 1268 0 9 0.0690 0.0000 0.0070 30.231 1.14 3.19 -2.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9367 0.0633
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 565 167 398 79 0 11 0 77 0 0 397 0 1 0.4731 0.0000 0.0025 14.182 0.39 2.77 -2.37 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3412 0.5420 0.1167 1 1 0.3434 0.5387 0.1179 1 1 0.3461 0.5344 0.1194
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 507 147 360 5 54 12 0 76 0 1 356 0 3 0.0340 0.0000 0.0111 8.100 0.80 2.91 -2.11 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0225 0.2889 0.6886 1 2 0.0250 0.2985 0.6764 1 2 0.0287 0.3115 0.6599
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 479 119 360 61 1 5 0 52 0 0 360 0 0 0.5126 0.0000 0.0000 22.600 0.20 5.94 -5.75 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4700 0.4611 0.0689 1 0 0.4670 0.4620 0.0711 1 1 0.4629 0.4631 0.0740
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.050 1 6 2 484 121 363 64 0 7 1 49 0 0 363 0 0 0.5289 0.0000 0.0000 16.286 0.19 6.06 -5.87 30 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5800 0.3937 0.0263 1 0 0.5755 0.3970 0.0275 1 0 0.5693 0.4015 0.0292
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 1054 312 742 142 3 37 10 120 0 1 740 1 0 0.4551 0.0000 0.0027 19.429 0.16 3.93 -3.77 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2339 0.5927 0.1734 1 1 0.2334 0.5872 0.1794 1 1 0.2325 0.5801 0.1874
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 1050 311 739 142 3 27 14 125 0 1 737 1 0 0.4566 0.0000 0.0027 10.960 0.15 4.14 -3.99 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2253 0.5962 0.1784 1 1 0.2250 0.5905 0.1845 1 1 0.2244 0.5831 0.1925
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 329 54 275 15 6 6 2 25 0 0 273 1 1 0.2778 0.0000 0.0073 8.000 3.60 3.76 -0.16 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2073 0.5209 0.2717 1 1 0.2112 0.5203 0.2686 1 1 0.2163 0.5194 0.2644
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 347 69 278 26 4 9 1 29 0 0 278 0 0 0.3768 0.0000 0.0000 10.000 2.19 4.00 -1.81 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3114 0.5156 0.1730 1 1 0.3119 0.5143 0.1738 1 1 0.3124 0.5127 0.1748
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.050 1 1 2 315 109 206 58 0 2 0 49 0 0 206 0 0 0.5321 0.0000 0.0000 53.500 0.21 1.37 -1.16 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5589 0.4292 0.0118 1 0 0.5569 0.4309 0.0122 1 0 0.5542 0.4331 0.0127
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 370 85 285 50 0 12 0 23 0 0 284 0 1 0.5882 0.0000 0.0035 6.083 0.42 5.65 -5.23 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6660 0.3074 0.0266 1 0 0.6555 0.3157 0.0289 1 0 0.6412 0.3267 0.0321
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 606 172 434 0 0 34 0 138 0 0 426 1 7 0.0000 0.0000 0.0184 4.182 7.02 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 471 117 354 0 1 22 3 91 0 0 352 1 1 0.0000 0.0000 0.0056 4.524 5.21 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.3869 0.6131 2 2 0.0000 0.2192 0.7808 2 2 0.0000 0.1841 0.8159
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 464 104 360 0 30 7 10 57 0 3 356 1 0 0.0000 0.0000 0.0111 30.667 4.63 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0199 0.2684 0.7117 1 2 0.0226 0.2806 0.6967 1 2 0.0265 0.3007 0.6727
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 466 132 334 3 0 12 2 115 0 0 334 0 0 0.0227 0.0000 0.0000 10.000 0.00 3.25 -3.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7973 0.2027 2 2 0.0000 0.1877 0.8123 2 2 0.0000 0.0934 0.9066
chr14 94079474 C CCCT 0.001890 0.050 1 3 3 517 109 408 46 0 11 1 51 0 0 407 0 1 0.4220 0.0000 0.0025 8.909 0.24 3.25 -3.02 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3863 0.6123 0.0014 1 1 0.3915 0.6071 0.0014 1 1 0.3983 0.6003 0.0014
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 439 101 338 54 0 3 0 44 0 0 333 0 5 0.5347 0.0000 0.0148 32.667 0.46 8.77 -8.31 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3592 0.5092 0.1316 1 1 0.3583 0.5079 0.1338 1 1 0.3570 0.5064 0.1367
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 275 87 188 45 0 11 0 31 0 0 187 0 1 0.5172 0.0000 0.0053 6.909 0.18 8.84 -8.66 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4470 0.4576 0.0954 1 1 0.4413 0.4597 0.0990 1 1 0.4336 0.4626 0.1038
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.050 1 -6 1 4048 682 3366 235 8 84 13 342 58 79 2977 168 84 0.3446 0.0172 0.1156 7.412 1.29 5.92 -4.63 113 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0006 0.9994 1 2 0.0000 0.0009 0.9991 1 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 321 105 216 86 3 11 0 5 0 0 216 0 0 0.8190 0.0000 0.0000 8.455 1.92 3.20 -1.28 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0094 0.9906 0.0000 0 0 0.5295 0.4705 0.0000 0 0 0.8231 0.1769 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 1046 163 883 0 1 4 1 157 0 7 747 99 30 0.0000 0.0000 0.1540 39.750 4.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 603 130 473 46 0 3 0 81 0 0 472 0 1 0.3538 0.0000 0.0021 42.333 0.07 2.04 -1.97 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0302 0.3345 0.6353 1 2 0.0338 0.3457 0.6205 1 2 0.0392 0.3606 0.6002
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 235 100 135 3 0 8 48 41 0 0 135 0 0 0.0300 0.0000 0.0000 8.800 2.33 1.29 1.04 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9671 0.0329 2 1 0.0000 0.6591 0.3409 2 2 0.0000 0.4621 0.5379
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 235 100 135 3 0 45 3 49 0 0 135 0 0 0.0300 0.0000 0.0000 1.250 2.33 2.12 0.21 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9560 0.0440 2 1 0.0000 0.5567 0.4433 2 2 0.0000 0.3471 0.6529
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 713 181 532 79 5 30 4 63 0 0 529 1 2 0.4365 0.0000 0.0056 5.033 1.18 3.95 -2.78 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2877 0.5538 0.1585 1 1 0.2833 0.5521 0.1645 1 1 0.2774 0.5499 0.1727
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 340 94 246 6 0 12 0 76 0 0 245 0 1 0.0638 0.0000 0.0041 6.833 0.83 5.58 -4.75 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.9221 0.0779
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 461 161 300 77 0 4 0 80 0 0 300 0 0 0.4783 0.0000 0.0000 39.250 1.68 2.12 -0.45 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2650 0.5576 0.1773 1 1 0.2686 0.5538 0.1777 1 1 0.2731 0.5489 0.1780
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 550 156 394 75 1 13 1 66 0 0 391 0 3 0.4808 0.0000 0.0076 11.000 0.16 4.30 -4.14 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3712 0.5142 0.1147 1 1 0.3706 0.5123 0.1171 1 1 0.3696 0.5100 0.1204
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 278 107 171 53 0 4 0 50 0 0 171 0 0 0.4953 0.0000 0.0000 25.750 0.25 6.94 -6.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4604 0.5010 0.0386 1 1 0.4611 0.4998 0.0391 1 1 0.4618 0.4984 0.0398
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 143 73 70 35 1 3 0 34 0 0 70 0 0 0.4795 0.0000 0.0000 23.333 0.09 3.32 -3.24 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2774 0.5188 0.2039 1 1 0.2773 0.5173 0.2054 1 1 0.2772 0.5155 0.2073
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 485 111 374 48 0 6 1 56 0 0 371 0 3 0.4324 0.0000 0.0080 17.500 0.94 3.61 -2.67 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0933 0.4687 0.4380 1 1 0.0966 0.4699 0.4335 1 1 0.1011 0.4715 0.4274
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 796 208 588 8 6 107 6 81 0 0 581 0 7 0.0385 0.0000 0.0119 1.696 1.75 11.73 -9.98 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 1 0.0000 0.8062 0.1938
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 786 204 582 4 2 28 2 168 0 0 582 0 0 0.0196 0.0000 0.0000 6.214 1.75 10.20 -8.45 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9547 0.0453 2 2 0.0000 0.1938 0.8062 2 2 0.0000 0.0553 0.9447
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 365 118 247 0 0 10 1 107 0 0 232 0 15 0.0000 0.0000 0.0607 10.800 6.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 331 111 220 101 0 4 0 6 0 0 220 0 0 0.9099 0.0000 0.0000 26.750 0.12 1.67 -1.55 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1696 0.8304 0.0000 0 0 0.5286 0.4714 0.0000
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 573 233 340 179 1 48 0 5 1 0 338 0 1 0.7682 0.0029 0.0059 3.833 0.32 6.40 -6.08 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 0 0.7737 0.2263 0.0000 0 0 0.9469 0.0531 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 34 13 21 3 0 1 0 9 0 0 21 0 0 0.2308 0.0000 0.0000 12.000 0.00 1.44 -1.44 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3184 0.5461 0.1355 1 1 0.3143 0.5537 0.1320 1 1 0.3018 0.5692 0.1290
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 346 99 247 93 0 1 0 5 0 0 247 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 98.000 0.25 3.00 -2.75 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.4336 0.5664 0.0000 0 0 0.7595 0.2405 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 567 104 463 90 2 10 0 2 0 0 463 0 0 0.8654 0.0000 0.0000 9.400 0.39 3.00 -2.61 28 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6416 0.3584 0.0000 0 0 0.9216 0.0784 0.0000 0 0 0.9523 0.0477 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 586 82 504 0 0 1 0 81 0 0 503 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 81.000 7.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 586 82 504 0 0 1 0 81 0 0 503 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 81.000 7.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.050 1 -1 2 556 199 357 191 0 1 0 7 0 0 357 0 0 0.9598 0.0000 0.0000 198.000 0.32 1.00 -0.68 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0237 0.9763 0.0000 0 0 0.9471 0.0529 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 428 105 323 50 0 5 0 50 0 0 320 0 3 0.4762 0.0000 0.0093 20.000 0.44 3.18 -2.74 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1532 0.5205 0.3263 1 1 0.1550 0.5187 0.3264 1 1 0.1573 0.5163 0.3263
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 455 168 287 58 8 50 3 49 1 4 278 0 4 0.3452 0.0035 0.0314 2.320 1.81 4.14 -2.33 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5726 0.3985 0.0289 1 0 0.5682 0.4016 0.0303 1 0 0.5621 0.4057 0.0321
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 236 64 172 0 0 1 0 63 0 0 172 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 63.000 2.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1028 232 796 174 3 49 0 6 0 1 795 0 0 0.7500 0.0000 0.0013 3.735 1.09 14.67 -13.58 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0104 0.9896 0.0000 0 0 0.7574 0.2426 0.0000 0 0 0.9423 0.0577 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 631 140 491 4 0 3 0 133 0 0 488 0 3 0.0286 0.0000 0.0061 45.667 0.50 3.00 -2.50 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9708 0.0292 2 2 0.0000 0.4292 0.5708 2 2 0.0000 0.2017 0.7983
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 153 67 86 32 0 2 0 33 0 0 86 0 0 0.4776 0.0000 0.0000 32.500 0.22 2.09 -1.87 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2284 0.5195 0.2521 1 1 0.2295 0.5180 0.2524 1 1 0.2310 0.5162 0.2528
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 969 261 708 195 20 43 0 3 0 0 708 0 0 0.7471 0.0000 0.0000 5.000 0.39 3.00 -2.61 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6242 0.3758 0.0000 0 0 0.9641 0.0359 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 291 117 174 71 0 1 5 40 0 0 171 0 3 0.6068 0.0000 0.0172 116.000 0.28 9.55 -9.27 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5431 0.4014 0.0555 1 0 0.5332 0.4073 0.0595 1 0 0.5199 0.4150 0.0651
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 291 119 172 73 0 1 0 45 0 0 168 0 4 0.6134 0.0000 0.0233 118.000 0.27 8.73 -8.46 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5550 0.3933 0.0517 1 0 0.5448 0.3996 0.0556 1 0 0.5310 0.4078 0.0611
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 525 101 424 62 9 19 1 10 0 1 423 0 0 0.6139 0.0000 0.0024 4.444 1.15 2.70 -1.55 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0063 0.9937 0.0000 0 1 0.1038 0.8962 0.0000
chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 578 160 418 84 2 3 0 71 0 0 418 0 0 0.5250 0.0000 0.0000 52.333 0.40 3.35 -2.95 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4184 0.4856 0.0960 1 1 0.4133 0.4863 0.1004 1 1 0.4063 0.4873 0.1064
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1267 398 869 166 2 57 7 166 0 0 868 0 1 0.4171 0.0000 0.0012 5.982 0.40 3.43 -3.04 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1438 0.5920 0.2642 1 1 0.1485 0.5852 0.2664 1 1 0.1546 0.5765 0.2689
chr16 70920692 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 408 120 288 59 0 2 1 58 0 0 286 0 2 0.4917 0.0000 0.0069 59.000 0.08 3.00 -2.92 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2095 0.5354 0.2552 1 1 0.2115 0.5327 0.2558 1 1 0.2142 0.5294 0.2564
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 255 108 147 5 0 19 0 84 0 0 147 0 0 0.0463 0.0000 0.0000 4.684 0.00 8.01 -8.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.7803 0.2197 2 2 0.0000 0.4612 0.5388
chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 568 121 447 101 0 17 1 2 0 0 446 0 1 0.8347 0.0000 0.0022 6.059 1.11 2.00 -0.89 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0789 0.9211 0.0000 0 0 0.5978 0.4022 0.0000 0 0 0.7734 0.2266 0.0000
chr16 72797458 CTTGTTG C 0.500000 0.050 1 -6 1 713 169 544 145 0 20 0 4 0 0 544 0 0 0.8580 0.0000 0.0000 7.450 0.41 5.50 -5.09 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0574 0.9426 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000 0 0 0.8821 0.1179 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 341 115 226 62 0 11 0 42 0 0 217 0 9 0.5391 0.0000 0.0398 9.455 0.23 16.60 -16.37 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3745 0.4992 0.1262 1 1 0.3706 0.4992 0.1302 1 1 0.3652 0.4991 0.1356
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 231 98 133 51 0 0 0 47 0 0 129 0 4 0.5204 0.0000 0.0301 98.000 0.69 4.68 -3.99 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2344 0.5311 0.2344 1 1 0.2356 0.5288 0.2356 1 1 0.2371 0.5258 0.2371
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 640 121 519 0 1 8 4 108 0 0 510 1 8 0.0000 0.0000 0.0173 13.875 8.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0490 0.9510 2 2 0.0000 0.0515 0.9485 2 2 0.0000 0.0553 0.9447
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 636 115 521 0 0 5 8 102 0 0 512 2 7 0.0000 0.0000 0.0173 22.000 8.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0474 0.9526 2 2 0.0000 0.0502 0.9498 2 2 0.0000 0.0543 0.9457
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 640 116 524 0 0 3 2 111 0 1 511 3 9 0.0000 0.0000 0.0248 56.000 8.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1431 0.8569 2 2 0.0000 0.0820 0.9180 2 2 0.0000 0.0698 0.9302
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 755 179 576 92 0 7 0 80 0 0 575 0 1 0.5140 0.0000 0.0017 24.571 0.38 6.92 -6.54 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3608 0.5176 0.1216 1 1 0.3581 0.5161 0.1258 1 1 0.3542 0.5143 0.1315
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 540 135 405 129 1 3 0 2 0 1 404 0 0 0.9556 0.0000 0.0025 44.000 0.42 4.50 -4.08 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5077 0.4923 0.0000 0 0 0.8692 0.1308 0.0000 0 0 0.9165 0.0835 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 117 46 71 0 0 2 0 44 0 0 71 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 22.000 3.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2484 0.7516 2 2 0.0000 0.2525 0.7475 2 2 0.0000 0.2583 0.7417
chr16 89971820 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 685 164 521 73 0 6 2 83 0 0 520 0 1 0.4451 0.0000 0.0019 26.333 0.37 1.27 -0.90 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1093 0.5010 0.3896 1 1 0.1136 0.5008 0.3856 1 1 0.1194 0.5005 0.3801
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.050 1 3 1 484 225 259 188 1 31 0 5 0 0 259 0 0 0.8356 0.0000 0.0000 6.258 0.24 2.80 -2.56 100 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5956 0.4044 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 871 214 657 94 0 17 0 103 0 0 656 0 1 0.4393 0.0000 0.0015 11.588 0.39 2.95 -2.56 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2231 0.6019 0.1750 1 1 0.2297 0.5969 0.1734 1 1 0.2384 0.5904 0.1712
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 340 122 218 59 0 5 0 58 0 0 218 0 0 0.4836 0.0000 0.0000 23.400 0.53 1.50 -0.97 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1561 0.5399 0.3040 1 1 0.1567 0.5370 0.3062 1 1 0.1574 0.5335 0.3091
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1239 223 1016 197 8 13 3 2 0 0 1016 0 0 0.8834 0.0000 0.0000 15.769 2.29 2.00 0.29 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9071 0.0929 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 765 211 554 15 1 34 3 158 0 1 540 0 13 0.0711 0.0000 0.0253 5.176 0.13 3.11 -2.98 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 1 0.0000 0.7462 0.2538
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 576 162 414 83 0 3 0 76 0 0 412 0 2 0.5123 0.0000 0.0048 53.000 0.18 3.08 -2.90 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2848 0.5415 0.1737 1 1 0.2847 0.5384 0.1770 1 1 0.2843 0.5345 0.1812
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 426 108 318 45 0 9 1 53 0 1 313 2 2 0.4167 0.0000 0.0157 11.000 1.04 7.00 -5.96 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1190 0.4898 0.3912 1 1 0.1231 0.4904 0.3865 1 1 0.1286 0.4912 0.3801
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 484 169 315 4 0 21 12 132 0 0 312 2 1 0.0237 0.0000 0.0095 7.048 0.25 3.10 -2.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9439 0.0561 2 2 0.0000 0.2773 0.7227 2 2 0.0000 0.1150 0.8850
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 881 242 639 0 3 37 4 198 0 0 638 1 0 0.0000 0.0000 0.0016 5.694 4.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0441 0.9559 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0162 0.9838
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 879 242 637 1 32 7 25 177 0 0 637 0 0 0.0041 0.0000 0.0000 58.250 5.00 3.91 1.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 1 0.0000 0.8906 0.1094 2 1 0.0000 0.6167 0.3833
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 717 159 558 0 0 6 0 153 0 0 552 0 6 0.0000 0.0000 0.0108 25.500 4.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0216 0.9784
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.050 1 -6 1 897 184 713 81 0 3 0 100 0 0 708 0 5 0.4402 0.0000 0.0070 60.333 0.57 6.10 -5.53 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0501 0.4121 0.5378 1 2 0.0540 0.4171 0.5289 1 2 0.0595 0.4236 0.5169
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 120 64 56 1 0 3 0 60 0 0 55 0 1 0.0156 0.0000 0.0179 20.333 0.00 1.33 -1.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5234 0.4766 2 2 0.0000 0.3022 0.6978 2 2 0.0000 0.2515 0.7485
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 427 119 308 0 0 0 0 119 0 0 307 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 119.000 1.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0533 0.9467
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 542 106 436 0 0 10 0 96 0 0 418 0 18 0.0000 0.0000 0.0413 9.600 8.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0566 0.9434 2 2 0.0000 0.0610 0.9390
chr17 41586753 AGCCGCCCCCGAT A 0.500000 0.050 1 -12 2 678 208 470 176 0 31 0 1 0 0 470 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 5.710 1.20 13.00 -11.80 70 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9425 0.0575 0.0000 0 0 0.9752 0.0248 0.0000 0 0 0.9791 0.0209 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 648 180 468 74 2 28 3 73 0 1 466 0 1 0.4111 0.0000 0.0043 5.393 0.61 3.25 -2.64 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2261 0.5466 0.2273 1 1 0.2279 0.5431 0.2290 1 1 0.2301 0.5387 0.2312
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 909 231 678 217 0 7 0 7 0 0 678 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 32.000 0.18 3.14 -2.96 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.6630 0.3370 0.0000 0 0 0.9309 0.0691 0.0000
chr17 54949591 AGAGTCT A 0.500000 0.050 1 -6 2 201 73 128 31 0 3 0 39 0 0 127 0 1 0.4247 0.0000 0.0078 23.333 0.65 6.13 -5.48 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1462 0.4977 0.3560 1 1 0.1498 0.4978 0.3524 1 1 0.1545 0.4980 0.3475
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.050 1 9 1 680 187 493 101 0 16 1 69 0 0 492 0 1 0.5401 0.0000 0.0020 10.625 0.35 6.91 -6.57 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6261 0.3430 0.0309 1 0 0.6147 0.3512 0.0341 1 0 0.5991 0.3622 0.0387
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 387 128 259 3 0 30 0 95 0 0 254 0 5 0.0234 0.0000 0.0193 3.267 0.00 5.49 -5.49 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9154 0.0846 2 2 0.0000 0.3865 0.6135 2 2 0.0000 0.2173 0.7827
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 537 124 413 0 1 13 0 110 0 0 399 0 14 0.0000 0.0000 0.0339 8.538 8.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0604 0.9396 2 2 0.0000 0.0602 0.9398
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2311 510 1801 221 11 74 8 196 5 1 1785 1 9 0.4333 0.0028 0.0089 6.028 1.18 6.58 -5.40 49 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4655 0.4912 0.0433 1 1 0.4626 0.4902 0.0471 1 1 0.4580 0.4893 0.0526
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2273 581 1692 267 6 26 3 279 4 5 1535 12 136 0.4596 0.0024 0.0928 25.136 1.97 4.56 -2.59 19 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0025 0.9975 1 2 0.0000 0.0032 0.9968 1 2 0.0000 0.0043 0.9957
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 298 113 185 61 0 14 0 38 0 0 184 0 1 0.5398 0.0000 0.0054 7.071 0.52 5.16 -4.63 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5333 0.4061 0.0606 1 0 0.5235 0.4119 0.0646 1 0 0.5103 0.4194 0.0704
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1132 223 909 8 0 10 4 201 0 0 909 0 0 0.0359 0.0000 0.0000 21.100 0.25 5.11 -4.86 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5712 0.4288 2 2 0.0000 0.1256 0.8744
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 584 165 419 95 1 4 0 65 0 0 418 0 1 0.5758 0.0000 0.0024 40.250 0.34 3.18 -2.85 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6230 0.3449 0.0321 1 0 0.6115 0.3531 0.0354 1 0 0.5959 0.3640 0.0400
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 284 124 160 0 1 8 0 115 0 0 155 0 5 0.0000 0.0000 0.0312 14.500 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 186 84 102 50 0 0 0 34 0 0 102 0 0 0.5952 0.0000 0.0000 84.000 0.12 4.53 -4.41 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4242 0.4705 0.1053 1 1 0.4169 0.4731 0.1100 1 1 0.4073 0.4763 0.1164
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 384 166 218 84 0 2 0 80 0 0 216 0 2 0.5060 0.0000 0.0092 82.000 0.10 2.84 -2.74 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2481 0.5493 0.2027 1 1 0.2492 0.5456 0.2052 1 1 0.2506 0.5409 0.2085
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 541 119 422 108 2 7 0 2 1 0 421 0 0 0.9076 0.0024 0.0024 16.000 1.70 10.00 -8.30 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3841 0.6159 0.0000 0 0 0.8024 0.1976 0.0000 0 0 0.8718 0.1282 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 223 125 98 0 0 3 1 121 0 0 98 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 40.333 3.60 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0445 0.9555 2 2 0.0000 0.0472 0.9528 2 2 0.0000 0.0511 0.9489
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 587 122 465 62 0 2 0 58 0 0 462 0 3 0.5082 0.0000 0.0065 60.000 0.32 3.33 -3.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2428 0.5372 0.2200 1 1 0.2439 0.5344 0.2217 1 1 0.2451 0.5309 0.2240
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 776 203 573 192 2 7 0 2 0 0 573 0 0 0.9458 0.0000 0.0000 27.714 0.28 17.50 -17.22 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8336 0.1664 0.0000 0 0 0.9690 0.0310 0.0000 0 0 0.9802 0.0198 0.0000
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 368 61 307 27 5 5 1 23 1 0 303 1 2 0.4426 0.0033 0.0130 10.600 2.44 5.70 -3.25 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3110 0.5088 0.1802 1 1 0.3090 0.5081 0.1829 1 1 0.3063 0.5073 0.1864
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 163 66 97 0 0 3 0 63 0 0 96 0 1 0.0000 0.0000 0.0103 21.000 2.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1665 0.8335 2 2 0.0000 0.1710 0.8290 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 108 57 51 4 0 4 0 49 0 0 48 0 3 0.0702 0.0000 0.0588 13.250 0.00 3.08 -3.08 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9946 0.0054 2 1 0.0000 0.8003 0.1997 2 1 0.0000 0.5596 0.4404
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 351 122 229 107 0 11 0 4 0 0 229 0 0 0.8770 0.0000 0.0000 10.091 0.64 4.00 -3.36 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr18 80136759 TTCCTGCAGGCCAGATGAC T 0.500000 0.050 1 -18 2 584 131 453 94 0 32 0 5 0 0 453 0 0 0.7176 0.0000 0.0000 3.094 0.30 14.60 -14.30 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.2648 0.7352 0.0000 0 0 0.5976 0.4024 0.0000
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 606 287 319 31 6 56 9 185 0 0 319 0 0 0.1080 0.0000 0.0000 4.851 4.03 6.10 -2.07 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 478 138 340 126 1 7 0 4 0 0 340 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 18.714 0.37 3.75 -3.38 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2591 0.7409 0.0000 0 0 0.9394 0.0606 0.0000 0 0 0.9789 0.0211 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 164 61 103 34 0 2 0 25 0 0 103 0 0 0.5574 0.0000 0.0000 29.500 0.97 4.36 -3.39 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4946 0.4439 0.0616 1 0 0.4909 0.4458 0.0633 1 0 0.4861 0.4484 0.0655
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 271 134 137 129 1 1 0 3 0 0 137 0 0 0.9627 0.0000 0.0000 133.000 0.20 2.33 -2.13 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4080 0.5920 0.0000 0 0 0.9207 0.0793 0.0000 0 0 0.9627 0.0373 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 315 90 225 0 0 19 67 4 0 2 213 10 0 0.0000 0.0000 0.0533 3.737 2.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1512 0.8488 2 2 0.0000 0.1537 0.8463 2 2 0.0000 0.1580 0.8420
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 315 93 222 0 1 21 0 71 0 0 205 7 10 0.0000 0.0000 0.0766 3.550 9.08 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4573 0.5427 2 2 0.0000 0.4608 0.5392 2 2 0.0000 0.4681 0.5319
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 315 106 209 10 3 54 3 36 0 0 193 0 16 0.0943 0.0000 0.0766 1.020 1.40 10.89 -9.49 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0307 0.5236 0.4457 2 1 0.0019 0.9745 0.0236 2 1 0.0001 0.9887 0.0112
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 828 173 655 70 1 28 0 74 0 0 653 0 2 0.4046 0.0000 0.0031 5.179 0.81 3.54 -2.73 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3264 0.5839 0.0897 1 1 0.3314 0.5793 0.0893 1 1 0.3378 0.5734 0.0888
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 279 71 208 64 0 4 0 3 0 0 208 0 0 0.9014 0.0000 0.0000 16.750 0.25 5.33 -5.08 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0737 0.9263 0.0000 0 0 0.5818 0.4182 0.0000 0 0 0.7640 0.2360 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 824 287 537 128 1 41 8 109 0 0 532 1 4 0.4460 0.0000 0.0093 6.000 0.44 3.31 -2.87 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3709 0.5355 0.0936 1 1 0.3718 0.5318 0.0964 1 1 0.3728 0.5271 0.1001
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.050 1 2 3 1480 335 1145 182 128 10 6 9 0 1 1143 0 1 0.5433 0.0000 0.0017 24.111 0.50 3.44 -2.94 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7998 0.2002 0.0000 0 0 0.9918 0.0082 0.0000
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.050 1 -2 3 1479 340 1139 182 8 15 14 121 0 0 1137 0 2 0.5353 0.0000 0.0018 24.846 0.29 3.21 -2.92 76 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8962 0.1036 0.0003 1 0 0.8894 0.1103 0.0003 1 0 0.8796 0.1199 0.0004
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 368 105 263 32 0 25 0 48 0 0 262 0 1 0.3048 0.0000 0.0038 3.200 0.66 7.77 -7.11 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1415 0.5219 0.3367 1 1 0.1476 0.5232 0.3292 1 1 0.1559 0.5247 0.3194
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.050 1 18 1 362 93 269 51 0 11 0 31 0 0 261 0 8 0.5484 0.0000 0.0297 7.455 0.14 11.97 -11.83 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6169 0.3822 0.0009 1 0 0.6134 0.3856 0.0009 1 0 0.6088 0.3903 0.0010
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 299 91 208 50 1 4 0 36 0 0 207 0 1 0.5495 0.0000 0.0048 21.750 0.24 2.97 -2.73 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6196 0.3695 0.0109 1 0 0.6150 0.3736 0.0114 1 0 0.6087 0.3792 0.0121
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 587 112 475 0 0 4 0 108 0 0 472 0 3 0.0000 0.0000 0.0063 27.000 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 360 77 283 6 10 17 27 17 0 0 283 0 0 0.0779 0.0000 0.0000 4.500 6.00 6.47 -0.47 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1327 0.6039 0.2634 1 1 0.1406 0.6070 0.2523 1 1 0.1445 0.6283 0.2272
chr19 17286686 GTGTGTT G 0.073608 0.050 1 -6 1 360 73 287 0 0 10 5 58 0 0 287 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.333 5.55 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7432 0.2568 2 1 0.0000 0.7482 0.2518 2 1 0.0000 0.7551 0.2449
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 360 72 288 0 0 10 4 58 0 0 288 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.000 5.62 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5440 0.4560 2 1 0.0000 0.5503 0.4497 2 1 0.0000 0.5590 0.4410
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 1473 314 1159 0 0 7 3 304 0 0 1074 18 67 0.0000 0.0000 0.0733 43.857 2.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 2058 641 1417 600 4 31 1 5 17 18 1381 1 0 0.9360 0.0120 0.0254 19.613 0.52 3.80 -3.28 142 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 286 82 204 1 0 11 2 68 0 0 204 0 0 0.0122 0.0000 0.0000 6.455 0.00 2.97 -2.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1494 0.8506 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0514 0.9486
chr19 33301825 G GGCGGGT 0.027007 0.050 1 6 1 497 128 369 52 3 18 3 52 0 0 364 1 4 0.4062 0.0000 0.0136 6.000 0.69 5.23 -4.54 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3921 0.5902 0.0177 1 1 0.3968 0.5856 0.0176 1 1 0.4029 0.5797 0.0174
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 618 139 479 4 0 4 1 130 0 0 471 0 8 0.0288 0.0000 0.0167 33.500 0.25 3.28 -3.03 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8786 0.1214 2 2 0.0000 0.1408 0.8592 2 2 0.0000 0.0523 0.9477
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 544 212 332 78 1 50 1 82 0 0 332 0 0 0.3679 0.0000 0.0000 3.240 0.37 5.33 -4.96 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3690 0.5896 0.0414 1 1 0.3742 0.5845 0.0414 1 1 0.3808 0.5779 0.0413
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 549 203 346 170 3 7 2 21 0 0 346 0 0 0.8374 0.0000 0.0000 27.857 2.26 3.14 -0.88 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1447 0.8553 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.050 1 -3 3 376 97 279 42 1 7 4 43 0 0 279 0 0 0.4330 0.0000 0.0000 21.750 7.45 3.95 3.50 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4058 0.5728 0.0214 1 1 0.4096 0.5691 0.0213 1 1 0.4146 0.5643 0.0211
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 562 133 429 88 1 17 0 27 0 0 417 0 12 0.6617 0.0000 0.0280 6.824 1.48 14.04 -12.56 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9052 0.0944 0.0004 1 0 0.8977 0.1018 0.0004 1 0 0.8871 0.1124 0.0006
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 516 133 383 125 2 4 0 2 0 0 383 0 0 0.9398 0.0000 0.0000 32.250 0.27 4.00 -3.73 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6813 0.3187 0.0000 0 0 0.9317 0.0683 0.0000 0 0 0.9575 0.0425 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 203 31 172 0 0 4 25 2 0 0 172 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.250 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1239 0.8761 2 2 0.0000 0.1254 0.8746 2 2 0.0000 0.1275 0.8725
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 203 29 174 0 0 19 10 0 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.571 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1559 0.8441 2 2 0.0000 0.1570 0.8430 2 2 0.0000 0.1585 0.8415
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 435 131 304 3 0 5 1 122 0 0 304 0 0 0.0229 0.0000 0.0000 31.250 0.00 5.74 -5.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8316 0.1684 2 2 0.0000 0.2253 0.7747 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 331 104 227 101 0 0 0 3 0 0 227 0 0 0.9712 0.0000 0.0000 104.000 0.27 4.00 -3.73 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6892 0.3108 0.0000 0 0 0.9744 0.0256 0.0000 0 0 0.9885 0.0115 0.0000
chr19 43361452 TG T 0.000741 0.050 1 -1 4 337 75 262 34 0 0 0 41 0 0 262 0 0 0.4533 0.0000 0.0000 75.000 0.38 1.83 -1.45 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3919 0.6075 0.0006 1 1 0.3967 0.6027 0.0006 1 1 0.4030 0.5964 0.0006
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 478 128 350 4 1 0 1 122 0 0 340 0 10 0.0312 0.0000 0.0286 128.000 0.00 6.74 -6.74 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9904 0.0096 2 1 0.0000 0.5741 0.4259 2 2 0.0000 0.2640 0.7360
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 534 177 357 87 0 4 0 86 0 0 356 0 1 0.4915 0.0000 0.0028 43.250 0.11 3.19 -3.07 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1639 0.5529 0.2832 1 1 0.1654 0.5490 0.2857 1 1 0.1672 0.5440 0.2888
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 278 98 180 50 0 3 0 45 0 0 180 0 0 0.5102 0.0000 0.0000 31.667 0.34 2.11 -1.77 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5269 0.4686 0.0045 1 0 0.5266 0.4687 0.0046 1 0 0.5262 0.4691 0.0047
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1367 445 922 183 0 103 0 159 0 0 899 0 23 0.4112 0.0000 0.0249 3.353 0.31 6.14 -5.84 77 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2081 0.6094 0.1825 1 1 0.2122 0.6014 0.1864 1 1 0.2174 0.5912 0.1914
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 303 100 203 82 0 15 0 3 0 0 203 0 0 0.8200 0.0000 0.0000 5.667 0.32 17.00 -16.68 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3329 0.6671 0.0000 0 0 0.8964 0.1036 0.0000 0 0 0.9521 0.0479 0.0000
chr19 48231760 C CTT 0.055045 0.050 1 2 1 124 35 89 14 0 3 0 18 0 0 88 0 1 0.4000 0.0000 0.0112 10.667 0.07 2.00 -1.93 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3990 0.5629 0.0381 1 1 0.4021 0.5602 0.0377 1 1 0.4062 0.5567 0.0371
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 203 69 134 28 0 6 1 34 0 0 134 0 0 0.4058 0.0000 0.0000 10.500 0.04 1.44 -1.41 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3066 0.5639 0.1295 1 1 0.3109 0.5611 0.1280 1 1 0.3165 0.5575 0.1259
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 996 242 754 95 28 43 4 72 0 1 744 3 6 0.3926 0.0000 0.0133 4.714 4.61 3.54 1.07 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7640 0.2265 0.0095 1 0 0.7531 0.2360 0.0109 1 0 0.7379 0.2491 0.0130
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1013 261 752 20 1 62 8 170 0 1 744 0 7 0.0766 0.0000 0.0106 3.161 1.15 3.24 -2.09 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9806 0.0194
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 614 158 456 60 0 26 1 71 0 1 446 0 9 0.3797 0.0000 0.0219 5.240 1.37 6.77 -5.41 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0969 0.4928 0.4102 1 1 0.1026 0.4954 0.4020 1 1 0.1105 0.4986 0.3909
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 711 155 556 78 0 4 70 3 0 0 552 4 0 0.5032 0.0000 0.0072 37.500 0.32 2.33 -2.01 14 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3404 0.5207 0.1389 1 1 0.3359 0.5201 0.1439 1 1 0.3299 0.5194 0.1508
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 711 154 557 75 0 7 2 70 0 1 552 0 4 0.4870 0.0000 0.0090 21.000 0.35 3.04 -2.70 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2984 0.5462 0.1554 1 1 0.3007 0.5427 0.1566 1 1 0.3036 0.5384 0.1581
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 533 142 391 131 1 4 0 6 0 0 391 0 0 0.9225 0.0000 0.0000 34.250 0.54 2.83 -2.29 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2002 0.7998 0.0000 0 0 0.5719 0.4281 0.0000
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 227 108 119 3 0 1 0 104 0 0 117 0 2 0.0278 0.0000 0.0168 107.000 0.00 2.33 -2.33 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7808 0.2192 2 2 0.0000 0.1729 0.8271 2 2 0.0000 0.0847 0.9153
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 521 166 355 82 1 6 0 77 0 0 355 0 0 0.4940 0.0000 0.0000 26.667 0.07 1.94 -1.86 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3575 0.5211 0.1214 1 1 0.3571 0.5188 0.1241 1 1 0.3563 0.5160 0.1276
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 598 151 447 74 0 2 0 75 0 0 445 0 2 0.4901 0.0000 0.0045 74.500 0.11 3.24 -3.13 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2421 0.5516 0.2063 1 1 0.2453 0.5480 0.2066 1 1 0.2495 0.5435 0.2070
chr19 52613392 ATGT A 0.011301 0.050 1 -3 1 1219 251 968 123 0 5 0 123 0 0 962 1 5 0.4900 0.0000 0.0062 49.200 0.24 3.02 -2.78 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3529 0.6401 0.0070 1 1 0.3606 0.6323 0.0070 1 1 0.3706 0.6224 0.0070
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1497 342 1155 155 0 6 1 180 0 0 1155 0 0 0.4532 0.0000 0.0000 56.000 0.32 2.91 -2.58 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0529 0.4821 0.4650 1 1 0.0576 0.4841 0.4583 1 1 0.0642 0.4868 0.4490
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 740 208 532 186 0 14 0 8 0 0 531 0 1 0.8942 0.0000 0.0019 13.857 0.30 1.50 -1.20 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1063 0.8937 0.0000 0 0 0.5965 0.4035 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 717 144 573 57 0 11 1 75 0 0 569 0 4 0.3958 0.0000 0.0070 12.091 0.42 3.17 -2.75 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0626 0.4249 0.5125 1 2 0.0670 0.4301 0.5029 1 2 0.0733 0.4369 0.4899
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 437 133 304 65 0 19 0 49 0 0 296 0 8 0.4887 0.0000 0.0263 6.000 0.18 7.16 -6.98 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3322 0.5180 0.1499 1 1 0.3300 0.5166 0.1535 1 1 0.3269 0.5148 0.1583
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 726 193 533 99 0 31 0 63 0 0 515 0 18 0.5130 0.0000 0.0338 5.226 0.27 20.44 -20.17 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1679 0.6471 0.1850 1 1 0.1639 0.6428 0.1933 1 1 0.1585 0.6369 0.2046
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 933 254 679 211 1 37 0 5 0 0 678 0 1 0.8307 0.0000 0.0015 5.865 1.03 8.60 -7.57 115 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0289 0.9711 0.0000 0 0 0.8915 0.1085 0.0000 0 0 0.9766 0.0234 0.0000
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.050 1 -48 1 135 62 73 30 1 16 0 15 0 0 62 0 11 0.4839 0.0000 0.1507 2.812 1.20 0.40 0.80 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4534 0.4785 0.0681 1 1 0.4521 0.4788 0.0691 1 1 0.4503 0.4793 0.0704
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 309 108 201 49 0 4 0 55 0 0 200 0 1 0.4537 0.0000 0.0050 26.000 0.14 2.07 -1.93 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1395 0.5078 0.3527 1 1 0.1425 0.5068 0.3507 1 1 0.1464 0.5056 0.3480
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 93 53 40 26 0 0 0 27 0 0 40 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 53.000 0.00 6.26 -6.26 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1801 0.5133 0.3067 1 1 0.1809 0.5122 0.3069 1 1 0.1820 0.5108 0.3072
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 288 90 198 0 0 0 2 88 0 0 193 0 5 0.0000 0.0000 0.0253 90.000 8.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1300 0.8700 2 2 0.0000 0.1355 0.8645 2 2 0.0000 0.1434 0.8566
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 290 90 200 0 0 0 3 87 0 0 195 0 5 0.0000 0.0000 0.0250 90.000 8.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1310 0.8690 2 2 0.0000 0.1365 0.8635 2 2 0.0000 0.1444 0.8556
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 287 116 171 0 0 2 0 114 0 0 169 1 1 0.0000 0.0000 0.0117 57.000 8.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0875 0.9125 2 2 0.0000 0.0923 0.9077 2 2 0.0000 0.0992 0.9008
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 297 124 173 4 0 10 1 109 0 0 161 1 11 0.0323 0.0000 0.0694 11.300 0.00 5.51 -5.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 1 0.0000 0.8250 0.1750 2 1 0.0000 0.6106 0.3894
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 240 100 140 0 0 1 0 99 0 0 140 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 99.000 1.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0488 0.9512 2 2 0.0000 0.0512 0.9488 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 735 186 549 82 0 4 0 100 0 0 542 0 7 0.4409 0.0000 0.0128 45.500 0.27 6.56 -6.29 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0539 0.4246 0.5214 1 2 0.0582 0.4297 0.5120 1 2 0.0644 0.4364 0.4992
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 442 143 299 0 2 3 0 138 0 0 288 1 10 0.0000 0.0000 0.0368 46.000 3.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0171 0.9829 2 2 0.0000 0.0181 0.9819
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 214 87 127 58 2 24 0 3 0 0 127 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 2.583 1.66 10.00 -8.34 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 1 0.2956 0.7044 0.0000 0 1 0.4947 0.5053 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 525 145 380 84 0 5 0 56 0 0 379 0 1 0.5793 0.0000 0.0026 28.000 0.38 3.14 -2.76 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5261 0.4178 0.0561 1 0 0.5146 0.4246 0.0608 1 0 0.4990 0.4334 0.0675
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 981 302 679 116 2 44 10 130 0 0 678 1 0 0.3841 0.0000 0.0015 5.841 0.22 3.08 -2.86 18 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0378 0.4068 0.5554 1 2 0.0408 0.4101 0.5491 1 2 0.0450 0.4147 0.5403
chr20 47238822 T TTGC 0.002509 0.050 1 3 4 538 185 353 84 2 20 0 79 0 0 353 0 0 0.4541 0.0000 0.0000 8.684 0.52 3.04 -2.51 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5408 0.4585 0.0006 1 0 0.5411 0.4583 0.0007 1 0 0.5412 0.4581 0.0007
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 522 240 282 102 2 34 5 97 0 0 282 0 0 0.4250 0.0000 0.0000 6.059 0.47 3.26 -2.79 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3115 0.5542 0.1343 1 1 0.3138 0.5498 0.1363 1 1 0.3167 0.5444 0.1389
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.050 1 36 4 711 135 576 53 7 15 4 56 0 0 576 0 0 0.3926 0.0000 0.0000 7.667 0.77 2.91 -2.14 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4521 0.5433 0.0046 1 1 0.4551 0.5403 0.0046 1 1 0.4589 0.5365 0.0046
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 197 41 156 0 0 5 0 36 0 0 153 0 3 0.0000 0.0000 0.0192 7.200 6.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 290 133 157 0 0 2 1 130 0 0 157 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 65.000 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0171 0.9829
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 765 170 595 86 0 3 0 81 0 0 589 0 6 0.5059 0.0000 0.0101 55.667 0.21 5.22 -5.01 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2085 0.5521 0.2394 1 1 0.2108 0.5482 0.2410 1 1 0.2137 0.5433 0.2431
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 644 160 484 73 0 8 0 79 0 0 481 0 3 0.4562 0.0000 0.0062 19.000 0.12 5.09 -4.97 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2419 0.5880 0.1701 1 1 0.2479 0.5837 0.1684 1 1 0.2557 0.5782 0.1661
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 208 104 104 0 0 5 2 97 0 0 104 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 19.600 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0608 0.9392 2 2 0.0000 0.0649 0.9351
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.050 1 40 1 957 232 725 6 1 137 2 86 4 4 652 11 54 0.0259 0.0055 0.1007 0.686 2.50 2.66 -0.16 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9894 0.0106
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 337 54 283 0 1 2 0 51 0 0 283 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.500 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1154 202 952 102 3 3 9 85 0 1 946 1 4 0.5050 0.0000 0.0063 98.000 0.66 3.36 -2.71 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2259 0.5726 0.2015 1 1 0.2252 0.5682 0.2066 1 1 0.2241 0.5626 0.2133
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1153 202 951 103 3 5 10 81 1 0 944 2 4 0.5099 0.0011 0.0074 65.000 0.65 3.62 -2.97 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2655 0.5667 0.1678 1 1 0.2634 0.5632 0.1734 1 1 0.2603 0.5587 0.1810
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 655 121 534 54 1 24 0 42 22 8 492 3 9 0.4463 0.0412 0.0787 4.000 1.02 14.50 -13.48 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7683 0.2242 0.0076 1 0 0.7588 0.2328 0.0085 1 0 0.7457 0.2445 0.0098
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 569 102 467 5 1 12 1 83 0 0 465 0 2 0.0490 0.0000 0.0043 7.333 1.40 12.89 -11.49 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.7701 0.2299 2 2 0.0000 0.4409 0.5591
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.050 1 -15 2 576 105 471 4 0 11 4 86 0 0 471 0 0 0.0381 0.0000 0.0000 9.400 1.75 12.36 -10.61 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.8878 0.1122 2 1 0.0000 0.7201 0.2799
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 331 146 185 0 1 10 2 133 0 1 184 0 0 0.0000 0.0000 0.0054 13.600 7.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0022 0.9978
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 502 178 324 73 3 27 2 73 0 0 318 0 6 0.4101 0.0000 0.0185 5.556 0.11 3.18 -3.07 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2511 0.5622 0.1867 1 1 0.2552 0.5583 0.1864 1 1 0.2606 0.5534 0.1860
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.050 1 39 1 712 225 487 46 4 99 7 69 0 0 487 0 0 0.2044 0.0000 0.0000 1.242 0.30 2.23 -1.93 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1815 0.7832 0.0353 1 1 0.1911 0.7753 0.0336 1 1 0.2041 0.7644 0.0315
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 207 93 114 82 1 5 0 5 0 0 113 0 1 0.8817 0.0000 0.0088 17.400 0.27 3.00 -2.73 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.3078 0.6922 0.0000 0 0 0.7128 0.2872 0.0000
chr22 26433967 CACA C 0.000180 0.050 1 -3 3 730 180 550 102 1 1 1 75 0 0 548 0 2 0.5667 0.0000 0.0036 179.000 0.31 3.04 -2.73 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7339 0.2661 0.0000 1 0 0.7278 0.2722 0.0000 1 0 0.7195 0.2805 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 796 166 630 0 0 53 0 113 0 0 620 1 9 0.0000 0.0000 0.0159 2.132 14.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0073 0.9927
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 1560 480 1080 195 15 106 6 158 0 1 1077 0 2 0.4062 0.0000 0.0028 3.552 0.69 3.09 -2.41 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8337 0.1646 0.0018 1 0 0.8261 0.1718 0.0021 1 0 0.8154 0.1821 0.0026
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 733 199 534 100 2 4 0 93 0 0 533 0 1 0.5025 0.0000 0.0019 48.750 0.31 3.89 -3.58 74 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3648 0.5233 0.1119 1 1 0.3641 0.5208 0.1152 1 1 0.3629 0.5177 0.1195
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 672 206 466 112 2 7 0 85 0 0 462 0 4 0.5437 0.0000 0.0086 28.429 0.46 2.11 -1.65 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5540 0.4017 0.0443 1 0 0.5452 0.4069 0.0480 1 0 0.5332 0.4137 0.0531
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 493 85 408 2 0 2 0 81 0 0 408 0 0 0.0235 0.0000 0.0000 41.500 0.00 11.37 -11.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7294 0.2706 2 2 0.0000 0.2896 0.7104 2 2 0.0000 0.1925 0.8075
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 933 316 617 150 2 10 3 151 0 0 610 1 6 0.4747 0.0000 0.0113 30.300 1.03 3.59 -2.56 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1464 0.5853 0.2683 1 1 0.1517 0.5795 0.2688 1 1 0.1588 0.5721 0.2690
chr22 38087167 A ACATGGAGGT 0.087531 0.050 1 9 5 339 157 182 64 1 26 1 65 0 0 177 0 5 0.4076 0.0000 0.0275 5.038 0.17 7.66 -7.49 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3431 0.5973 0.0596 1 1 0.3485 0.5923 0.0591 1 1 0.3555 0.5859 0.0585
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 312 119 193 0 0 2 0 117 0 0 188 0 5 0.0000 0.0000 0.0259 58.500 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0188 0.9812 2 2 0.0000 0.0200 0.9800 2 2 0.0000 0.0217 0.9783
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 513 178 335 88 0 17 5 68 0 0 333 0 2 0.4944 0.0000 0.0060 9.471 0.16 3.10 -2.94 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5156 0.4381 0.0463 1 0 0.5122 0.4395 0.0483 1 0 0.5075 0.4414 0.0511
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 1069 233 836 125 0 29 1 78 1 1 787 0 47 0.5365 0.0012 0.0586 7.034 0.61 20.35 -19.74 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3479 0.5695 0.0826 1 1 0.3521 0.5640 0.0839 1 1 0.3573 0.5572 0.0856
614 rows