File Info

Filename
HG03687_x_HG03780_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/c4/221b7648e900594e1948b1556fe002/HG03687_x_HG03780_FF_5.features.tsv
Size
139.0 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG03687_x_HG03780_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 347 155 192 87 0 6 0 62 0 0 192 0 0 0.5613 0.0000 0.0000 24.833 1.13 8.42 -7.29 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5613 0.3913 0.0474 1 0 0.5513 0.3975 0.0512 1 0 0.5377 0.4057 0.0566
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 411 168 243 135 6 18 1 8 2 0 241 0 0 0.8036 0.0082 0.0082 8.333 0.22 3.62 -3.40 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0822 0.9178 0.0000 0 0 0.5264 0.4736 0.0000
chr1 1752908 C CCCTCCT 0.500000 0.050 1 6 1 411 168 243 140 1 23 0 4 2 0 241 0 0 0.8333 0.0082 0.0082 6.591 0.32 3.00 -2.68 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0493 0.9507 0.0000 0 0 0.6960 0.3040 0.0000 0 0 0.8717 0.1283 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 592 211 381 167 2 32 0 10 0 0 381 0 0 0.7915 0.0000 0.0000 5.562 0.43 9.40 -8.97 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0752 0.9248 0.0000 0 0 0.5831 0.4169 0.0000
chr1 2498647 G GGTGGGGGCC 0.500000 0.050 1 9 1 395 112 283 100 0 10 0 2 0 0 282 0 1 0.8929 0.0000 0.0035 10.200 0.51 4.50 -3.99 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0846 0.9154 0.0000 0 0 0.6136 0.3864 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 512 130 382 63 0 11 4 52 0 0 381 0 1 0.4846 0.0000 0.0026 10.727 0.62 3.52 -2.90 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3109 0.5241 0.1650 1 1 0.3095 0.5222 0.1683 1 1 0.3074 0.5200 0.1726
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 364 52 312 8 0 0 2 42 0 0 312 0 0 0.1538 0.0000 0.0000 51.000 0.00 1.14 -1.14 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0002 0.9929 0.0069 2 1 0.0000 0.9855 0.0145 2 1 0.0000 0.8717 0.1283
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1221 279 942 225 34 17 0 3 0 0 942 0 0 0.8065 0.0000 0.0000 13.588 1.72 1.67 0.06 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8335 0.1665 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr1 19270780 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 723 196 527 194 1 0 0 1 0 0 527 0 0 0.9898 0.0000 0.0000 196.000 0.42 3.00 -2.58 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9637 0.0363 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000 0 0 0.9866 0.0134 0.0000
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 592 138 454 76 0 5 0 57 0 0 449 0 5 0.5507 0.0000 0.0110 26.600 0.50 19.68 -19.18 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4106 0.4865 0.1029 1 1 0.4056 0.4873 0.1072 1 1 0.3987 0.4883 0.1130
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 269 104 165 101 0 1 0 2 0 0 165 0 0 0.9712 0.0000 0.0000 103.000 0.25 1.00 -0.75 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3316 0.6684 0.0000 0 0 0.7610 0.2390 0.0000 0 0 0.8427 0.1573 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 409 150 259 72 0 16 0 62 0 0 254 0 5 0.4800 0.0000 0.0193 8.375 0.43 3.05 -2.62 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2889 0.5348 0.1762 1 1 0.2885 0.5322 0.1793 1 1 0.2877 0.5289 0.1834
chr1 39387289 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 1 553 138 415 75 1 4 0 58 0 0 412 0 3 0.5435 0.0000 0.0072 33.250 0.59 3.17 -2.59 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4201 0.4812 0.0987 1 1 0.4147 0.4823 0.1030 1 1 0.4073 0.4837 0.1089
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 322 102 220 44 0 11 0 47 0 0 218 0 2 0.4314 0.0000 0.0091 8.273 0.11 3.15 -3.04 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1815 0.5208 0.2976 1 1 0.1843 0.5193 0.2964 1 1 0.1879 0.5173 0.2948
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 349 87 262 43 0 0 0 44 0 0 261 0 1 0.4943 0.0000 0.0038 87.000 0.40 2.43 -2.04 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2138 0.5256 0.2606 1 1 0.2156 0.5237 0.2607 1 1 0.2179 0.5213 0.2609
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 647 173 474 0 0 18 0 155 0 0 473 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 8.611 6.13 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 220 66 154 58 1 4 0 3 0 0 154 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 15.500 0.24 3.00 -2.76 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0319 0.9681 0.0000 0 1 0.3661 0.6339 0.0000 0 0 0.5742 0.4258 0.0000
chr1 54610464 CCACTCCACATTCAGACCGTCATCCCCAGG C 0.500000 0.050 1 -29 1 260 113 147 75 0 3 0 35 0 0 140 0 7 0.6637 0.0000 0.0476 36.667 1.09 18.49 -17.39 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6722 0.3023 0.0255 1 0 0.6592 0.3123 0.0284 1 0 0.6416 0.3258 0.0326
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 187 87 100 49 0 1 0 37 0 0 99 0 1 0.5632 0.0000 0.0100 86.000 0.08 3.41 -3.32 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3805 0.4913 0.1282 1 1 0.3760 0.4918 0.1321 1 1 0.3700 0.4926 0.1374
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 462 220 242 193 0 23 0 4 0 0 242 0 0 0.8773 0.0000 0.0000 8.565 0.86 10.50 -9.64 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1580 0.8420 0.0000 0 0 0.8897 0.1103 0.0000 0 0 0.9585 0.0415 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 484 157 327 72 0 13 0 72 1 0 325 0 1 0.4586 0.0031 0.0061 11.077 0.21 5.56 -5.35 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2278 0.5445 0.2278 1 1 0.2294 0.5411 0.2294 1 1 0.2315 0.5369 0.2315
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 167 72 95 31 0 4 0 37 0 0 95 0 0 0.4306 0.0000 0.0000 17.000 0.03 3.11 -3.08 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1744 0.5099 0.3157 1 1 0.1773 0.5092 0.3136 1 1 0.1810 0.5082 0.3108
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 407 109 298 50 2 9 1 47 0 0 296 0 2 0.4587 0.0000 0.0067 12.250 0.54 3.45 -2.91 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2614 0.5293 0.2092 1 1 0.2617 0.5271 0.2112 1 1 0.2619 0.5243 0.2138
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 796 210 586 189 1 16 1 3 0 0 584 1 1 0.9000 0.0000 0.0034 12.062 0.25 1.00 -0.75 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0505 0.9495 0.0000 0 0 0.7932 0.2068 0.0000 0 0 0.9331 0.0669 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 817 226 591 200 1 19 2 4 0 0 591 0 0 0.8850 0.0000 0.0000 10.895 0.36 3.00 -2.64 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0572 0.9428 0.0000 0 0 0.8108 0.1892 0.0000 0 0 0.9419 0.0581 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 193 74 119 36 29 7 0 2 0 0 119 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 6.286 0.06 2.00 -1.94 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1511 0.8489 0.0000 0 0 0.5416 0.4584 0.0000 0 0 0.6714 0.3286 0.0000
chr1 146019625 G GCCT 0.500000 0.050 1 3 2 476 117 359 61 0 16 2 38 0 0 354 0 5 0.5214 0.0000 0.0139 6.312 0.28 3.42 -3.14 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4482 0.4605 0.0913 1 1 0.4414 0.4630 0.0956 1 1 0.4322 0.4663 0.1015
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 227 89 138 46 0 2 0 41 0 0 138 0 0 0.5169 0.0000 0.0000 43.500 0.43 5.93 -5.49 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2988 0.5190 0.1822 1 1 0.2975 0.5176 0.1849 1 1 0.2957 0.5158 0.1885
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 1713 462 1251 124 5 165 9 159 18 5 1145 13 70 0.2684 0.0144 0.0847 1.810 2.36 8.09 -5.73 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0263 0.9736 1 2 0.0001 0.0303 0.9696 1 2 0.0002 0.0367 0.9631
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1223 255 968 115 0 41 0 99 0 0 957 0 11 0.4510 0.0000 0.0114 5.220 0.31 4.11 -3.80 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2728 0.5609 0.1664 1 1 0.2736 0.5563 0.1701 1 1 0.2745 0.5506 0.1750
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 242 77 165 7 1 13 5 51 0 0 165 0 0 0.0909 0.0000 0.0000 4.615 0.00 1.33 -1.33 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9688 0.0312 2 1 0.0000 0.8016 0.1984
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 258 83 175 0 0 6 0 77 0 0 155 0 20 0.0000 0.0000 0.1143 12.833 11.29 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0838 0.9162 2 2 0.0000 0.0891 0.9109
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.050 1 18 5 258 104 154 2 0 1 0 101 0 0 153 0 1 0.0192 0.0000 0.0065 103.000 0.00 8.91 -8.91 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.6658 0.3342 2 2 0.0000 0.2349 0.7651 2 2 0.0000 0.1542 0.8458
chr1 152761247 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 406 119 287 62 0 0 1 56 0 0 286 0 1 0.5210 0.0000 0.0035 119.000 0.31 1.45 -1.14 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2799 0.5317 0.1884 1 1 0.2796 0.5293 0.1911 1 1 0.2791 0.5263 0.1946
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 867 317 550 250 0 60 0 7 0 0 546 0 4 0.7886 0.0000 0.0073 4.283 0.20 14.57 -14.37 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2349 0.7651 0.0000 0 0 0.8705 0.1295 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1180 288 892 8 1 63 4 212 0 1 848 4 39 0.0278 0.0000 0.0493 3.733 3.50 9.88 -6.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.4034 0.5966 2 2 0.0000 0.0561 0.9439
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 579 242 337 103 2 53 8 76 0 0 337 0 0 0.4256 0.0000 0.0000 23.000 0.26 4.05 -3.79 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3287 0.5347 0.1367 1 1 0.3272 0.5320 0.1408 1 1 0.3251 0.5287 0.1462
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 578 240 338 105 11 41 5 78 0 0 338 0 0 0.4375 0.0000 0.0000 4.610 0.37 4.14 -3.77 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.3735 0.0370 1 0 0.5792 0.3803 0.0405 1 0 0.5652 0.3893 0.0454
chr1 155085169 GGGGGTGGGCCCC G 0.500000 0.050 1 -12 1 499 176 323 88 1 7 1 79 0 0 316 0 7 0.5000 0.0000 0.0217 24.000 0.53 10.28 -9.74 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2483 0.5520 0.1998 1 1 0.2495 0.5481 0.2024 1 1 0.2510 0.5432 0.2059
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 205 95 110 3 0 5 2 85 0 0 108 1 1 0.0316 0.0000 0.0182 18.000 0.00 1.12 -1.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9292 0.0708 2 2 0.0000 0.4504 0.5496 2 2 0.0000 0.2656 0.7344
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 683 162 521 0 0 1 0 161 0 0 519 1 1 0.0000 0.0000 0.0038 161.000 2.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0177 0.9823 2 2 0.0000 0.0198 0.9802
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1242 247 995 0 0 9 0 238 0 0 991 0 4 0.0000 0.0000 0.0040 26.444 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 288 70 218 5 0 6 4 55 0 0 218 0 0 0.0714 0.0000 0.0000 10.667 2.00 1.42 0.58 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.8661 0.1339 2 1 0.0000 0.6086 0.3914
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 147 45 102 0 0 6 0 39 0 0 102 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.500 4.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2726 0.7274 2 2 0.0000 0.2765 0.7235 2 2 0.0000 0.2820 0.7180
chr1 200409603 T TGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 427 123 304 101 1 18 0 3 0 0 304 0 0 0.8211 0.0000 0.0000 5.778 1.03 6.67 -5.64 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0917 0.9083 0.0000 0 0 0.6256 0.3744 0.0000 0 0 0.7904 0.2096 0.0000
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 635 175 460 8 2 7 156 2 0 0 454 6 0 0.0457 0.0000 0.0130 2.167 0.50 3.00 -2.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9235 0.0765 2 1 0.0000 0.5409 0.4591
chr1 201386873 CCCA C 0.500000 0.050 1 -3 1 634 174 460 5 0 8 1 160 0 0 454 0 6 0.0287 0.0000 0.0130 20.750 0.00 3.94 -3.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9812 0.0188 2 2 0.0000 0.3144 0.6856 2 2 0.0000 0.1048 0.8952
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 632 178 454 7 0 2 163 6 0 0 454 0 0 0.0393 0.0000 0.0000 88.000 0.14 2.67 -2.52 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.6358 0.3642 2 2 0.0000 0.1983 0.8017
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 665 192 473 80 0 27 0 85 0 0 440 0 33 0.4167 0.0000 0.0698 6.111 0.26 11.29 -11.03 24 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0165 0.2755 0.7079 1 2 0.0188 0.2857 0.6955 1 2 0.0221 0.2996 0.6783
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 440 238 202 5 0 33 0 200 0 0 196 0 6 0.0210 0.0000 0.0297 6.212 0.40 11.19 -10.79 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9516 0.0484 2 2 0.0000 0.1492 0.8508 2 2 0.0000 0.0439 0.9561
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 192 59 133 29 0 0 0 30 0 0 133 0 0 0.4915 0.0000 0.0000 59.000 0.07 3.00 -2.93 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2292 0.5177 0.2531 1 1 0.2303 0.5164 0.2533 1 1 0.2317 0.5147 0.2536
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 468 133 335 40 0 65 0 28 0 0 331 0 4 0.3008 0.0000 0.0119 1.046 1.40 13.93 -12.53 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3421 0.5029 0.1550 1 1 0.3390 0.5027 0.1584 1 1 0.3348 0.5023 0.1628
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 665 146 519 63 0 11 0 72 1 0 514 0 4 0.4315 0.0019 0.0096 12.273 0.35 8.74 -8.39 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1167 0.5011 0.3822 1 1 0.1209 0.5009 0.3782 1 1 0.1265 0.5006 0.3729
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 217 95 122 4 0 4 0 87 0 0 122 0 0 0.0421 0.0000 0.0000 22.750 0.00 1.18 -1.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9862 0.0138 2 1 0.0000 0.6260 0.3740 2 2 0.0000 0.3538 0.6462
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 599 163 436 71 1 23 1 67 0 1 433 0 2 0.4356 0.0000 0.0069 6.087 0.66 3.31 -2.65 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2628 0.5409 0.1963 1 1 0.2633 0.5378 0.1989 1 1 0.2638 0.5339 0.2022
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 448 118 330 71 0 3 0 44 0 0 329 0 1 0.6017 0.0000 0.0030 38.333 0.49 1.39 -0.89 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5835 0.3719 0.0446 1 0 0.5724 0.3793 0.0483 1 0 0.5574 0.3889 0.0536
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 658 164 494 0 0 1 0 163 0 0 491 0 3 0.0000 0.0000 0.0061 163.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr1 248273727 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 1350 221 1129 208 1 4 0 8 0 0 1129 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 54.250 0.45 1.50 -1.05 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4551 0.5449 0.0000 0 0 0.8849 0.1151 0.0000
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 797 140 657 134 0 0 0 6 0 0 657 0 0 0.9571 0.0000 0.0000 140.000 0.34 2.17 -1.82 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.3320 0.6680 0.0000 0 0 0.7278 0.2722 0.0000
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1063 247 816 106 3 3 0 135 0 0 816 0 0 0.4291 0.0000 0.0000 121.500 0.56 1.30 -0.75 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0404 0.4035 0.5561 1 2 0.0440 0.4086 0.5475 1 2 0.0491 0.4153 0.5356
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 1145 126 1019 0 0 2 2 122 0 0 1012 0 7 0.0000 0.0000 0.0069 61.500 2.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0359 0.9641 2 2 0.0000 0.0382 0.9618 2 2 0.0000 0.0417 0.9583
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 408 175 233 6 0 6 1 162 0 0 227 0 6 0.0343 0.0000 0.0258 28.167 0.50 6.66 -6.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 2 0.0000 0.4568 0.5432 2 2 0.0000 0.1388 0.8612
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 253 133 120 124 0 7 0 2 0 0 120 0 0 0.9323 0.0000 0.0000 18.000 0.29 4.00 -3.71 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5475 0.4525 0.0000 0 0 0.8867 0.1133 0.0000 0 0 0.9285 0.0715 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 421 132 289 1 1 20 1 109 0 0 256 0 33 0.0076 0.0000 0.1142 5.600 5.00 11.02 -6.02 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1292 0.8708 2 2 0.0000 0.0395 0.9605 2 2 0.0000 0.0271 0.9729
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.020747 0.050 1 21 5 421 132 289 16 45 20 2 49 1 0 256 2 30 0.1212 0.0035 0.1142 5.550 8.00 13.69 -5.69 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2179 0.7457 0.0364 1 1 0.2273 0.7376 0.0351 1 1 0.2400 0.7267 0.0334
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 565 137 428 108 0 24 0 5 0 0 428 0 0 0.7883 0.0000 0.0000 4.708 0.36 7.60 -7.24 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0626 0.9374 0.0000 0 0 0.8872 0.1128 0.0000 0 0 0.9698 0.0302 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 233 53 180 22 0 0 0 31 0 0 178 0 2 0.4151 0.0000 0.0111 53.000 0.00 3.13 -3.13 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1307 0.4815 0.3878 1 1 0.1345 0.4828 0.3827 1 1 0.1396 0.4844 0.3759
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 554 141 413 70 0 13 0 58 0 0 411 0 2 0.4965 0.0000 0.0048 9.846 0.13 2.97 -2.84 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3569 0.5103 0.1328 1 1 0.3538 0.5095 0.1367 1 1 0.3496 0.5084 0.1420
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 439 147 292 67 0 15 4 61 0 0 292 0 0 0.4558 0.0000 0.0000 8.533 0.91 3.16 -2.25 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2664 0.5368 0.1967 1 1 0.2667 0.5340 0.1992 1 1 0.2669 0.5306 0.2025
chr2 73269451 AGCGGCGGCGGCGGCCGCG A 0.500000 0.050 1 -18 1 379 76 303 64 1 8 0 3 0 0 303 0 0 0.8421 0.0000 0.0000 8.500 0.89 13.00 -12.11 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0369 0.9631 0.0000 0 1 0.4012 0.5988 0.0000 0 0 0.6090 0.3910 0.0000
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 626 189 437 9 78 40 4 58 0 4 428 0 5 0.0476 0.0000 0.0206 3.725 1.11 3.47 -2.35 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5440 0.4047 0.0513 1 0 0.5346 0.4102 0.0552 1 0 0.5218 0.4174 0.0607
chr2 73385903 T TGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 626 189 437 84 4 92 2 7 2 2 429 1 3 0.4444 0.0046 0.0183 1.067 6.20 3.86 2.35 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0051 0.9949 0.0000 0 1 0.1049 0.8951 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 627 194 433 74 1 37 0 82 0 0 427 0 6 0.3814 0.0000 0.0139 4.243 2.89 6.67 -3.78 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1085 0.5018 0.3897 1 1 0.1128 0.5015 0.3857 1 1 0.1187 0.5011 0.3802
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 427 98 329 46 0 4 0 48 0 0 329 0 0 0.4694 0.0000 0.0000 23.500 0.22 2.92 -2.70 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2130 0.5275 0.2596 1 1 0.2148 0.5254 0.2598 1 1 0.2172 0.5228 0.2600
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 395 156 239 76 2 11 3 64 0 0 238 0 1 0.4872 0.0000 0.0042 13.182 0.59 3.45 -2.86 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3522 0.5156 0.1322 1 1 0.3495 0.5143 0.1362 1 1 0.3457 0.5128 0.1416
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 615 163 452 3 0 27 5 128 0 0 449 0 3 0.0184 0.0000 0.0066 5.037 0.33 3.18 -2.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8135 0.1865 2 2 0.0000 0.2058 0.7942 2 2 0.0000 0.1048 0.8952
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 759 200 559 187 2 4 2 5 0 0 559 0 0 0.9350 0.0000 0.0000 65.000 0.42 7.40 -6.98 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.5206 0.4794 0.0000 0 0 0.8772 0.1228 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 111 44 67 28 0 0 0 16 0 0 67 0 0 0.6364 0.0000 0.0000 44.000 0.07 3.38 -3.30 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4046 0.4718 0.1235 1 1 0.3988 0.4738 0.1274 1 1 0.3910 0.4763 0.1327
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 561 120 441 0 0 0 0 120 0 0 433 0 8 0.0000 0.0000 0.0181 120.000 6.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0384 0.9616 2 2 0.0000 0.0408 0.9592 2 2 0.0000 0.0444 0.9556
chr2 127701591 GGCCGCGGAGCCGCTGCTC G 0.500000 0.050 1 -18 1 440 113 327 67 0 7 0 39 0 0 316 0 11 0.5929 0.0000 0.0336 15.143 0.79 15.59 -14.80 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4583 0.4563 0.0853 1 1 0.4513 0.4591 0.0896 1 1 0.4418 0.4627 0.0956
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 311 133 178 57 0 13 0 63 0 0 176 0 2 0.4286 0.0000 0.0112 9.231 0.25 6.08 -5.83 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1503 0.5182 0.3315 1 1 0.1539 0.5168 0.3293 1 1 0.1587 0.5150 0.3263
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 189 40 149 14 3 8 7 8 0 1 146 2 0 0.3500 0.0000 0.0201 3.125 0.36 1.25 -0.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2705 0.5085 0.2210 1 1 0.2699 0.5078 0.2222 1 1 0.2691 0.5070 0.2239
chr2 158123882 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 1 207 87 120 8 0 3 1 75 0 0 120 0 0 0.0920 0.0000 0.0000 27.667 0.12 2.03 -1.90 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 1 0.0000 0.7601 0.2399
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 183 87 96 69 0 15 0 3 0 0 95 0 1 0.7931 0.0000 0.0104 4.800 0.93 6.33 -5.41 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.2749 0.7251 0.0000 0 0 0.5418 0.4582 0.0000
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 182 71 111 55 0 14 0 2 0 0 111 0 0 0.7746 0.0000 0.0000 4.071 0.80 3.50 -2.70 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1324 0.8676 0.0000 0 0 0.5052 0.4948 0.0000 0 0 0.6400 0.3600 0.0000
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 175 79 96 3 0 20 0 56 0 0 96 0 0 0.0380 0.0000 0.0000 2.950 0.00 10.38 -10.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9704 0.0296 2 1 0.0000 0.6508 0.3492 2 2 0.0000 0.4434 0.5566
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 417 104 313 48 0 11 0 45 0 0 313 0 0 0.4615 0.0000 0.0000 8.455 0.42 3.11 -2.69 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2721 0.5256 0.2023 1 1 0.2719 0.5237 0.2044 1 1 0.2715 0.5213 0.2072
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 310 140 170 6 0 3 0 131 0 0 164 0 6 0.0429 0.0000 0.0353 45.667 0.00 3.07 -3.07 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.6521 0.3479 2 2 0.0000 0.2584 0.7416
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 600 228 372 119 0 6 0 103 1 0 371 0 0 0.5219 0.0027 0.0027 37.000 0.54 3.23 -2.70 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4311 0.4886 0.0803 1 1 0.4264 0.4889 0.0847 1 1 0.4197 0.4895 0.0908
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 667 143 524 80 0 6 1 56 0 0 524 0 0 0.5594 0.0000 0.0000 22.833 0.25 4.05 -3.80 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5380 0.4069 0.0551 1 0 0.5285 0.4124 0.0591 1 0 0.5157 0.4196 0.0647
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 373 158 215 0 0 24 5 129 0 0 204 0 11 0.0000 0.0000 0.0512 5.583 5.52 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0301 0.9699
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 373 158 215 0 0 29 0 129 0 0 204 0 11 0.0000 0.0000 0.0512 4.448 5.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0303 0.9697 2 2 0.0000 0.0333 0.9667
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 379 75 304 33 17 12 6 7 0 0 303 1 0 0.4400 0.0000 0.0033 4.167 0.91 2.57 -1.66 7 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3760 0.6115 0.0125 0 1 0.0406 0.9582 0.0012 0 1 0.0882 0.9118 0.0001
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 287 107 180 52 0 2 0 53 0 0 178 0 2 0.4860 0.0000 0.0111 52.500 0.13 3.02 -2.88 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2004 0.5299 0.2697 1 1 0.2027 0.5276 0.2696 1 1 0.2057 0.5248 0.2695
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.050 1 -21 2 687 181 506 173 0 6 0 2 0 0 506 0 0 0.9558 0.0000 0.0000 29.167 1.02 10.50 -9.48 93 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7480 0.2520 0.0000 0 0 0.9493 0.0507 0.0000 0 0 0.9678 0.0322 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 520 139 381 0 0 19 2 118 0 0 376 0 5 0.0000 0.0000 0.0131 6.316 7.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0413 0.9587 2 2 0.0000 0.0438 0.9562 2 2 0.0000 0.0476 0.9524
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 619 187 432 101 4 13 1 68 0 0 398 0 34 0.5401 0.0000 0.0787 13.231 0.25 20.07 -19.83 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2361 0.5622 0.2017 1 1 0.2380 0.5575 0.2045 1 1 0.2402 0.5517 0.2081
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 655 112 543 102 0 6 0 4 0 0 543 0 0 0.9107 0.0000 0.0000 17.667 0.19 3.00 -2.81 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0187 0.9813 0.0000 0 1 0.4612 0.5388 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 328 123 205 52 1 3 5 62 0 0 204 0 1 0.4228 0.0000 0.0049 38.667 0.87 4.47 -3.60 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1041 0.4809 0.4150 1 1 0.1084 0.4821 0.4095 1 1 0.1142 0.4836 0.4022
chr2 237336220 TGCA T 0.500000 0.050 1 -3 4 511 176 335 161 0 9 0 6 0 0 335 0 0 0.9148 0.0000 0.0000 18.556 0.43 4.33 -3.90 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.4936 0.5064 0.0000 0 0 0.8366 0.1634 0.0000
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 345 88 257 3 0 17 3 65 0 0 257 0 0 0.0341 0.0000 0.0000 4.176 0.00 3.26 -3.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9602 0.0398 2 1 0.0000 0.5808 0.4192 2 2 0.0000 0.3740 0.6260
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 693 202 491 8 0 2 0 192 0 0 478 0 13 0.0396 0.0000 0.0265 100.000 0.12 3.23 -3.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9973 0.0027 2 2 0.0000 0.1557 0.8443 2 2 0.0000 0.0195 0.9805
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 654 158 496 72 0 25 0 61 2 0 479 0 15 0.4557 0.0040 0.0343 5.320 0.51 11.02 -10.50 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3432 0.5604 0.0964 1 1 0.3469 0.5564 0.0967 1 1 0.3516 0.5514 0.0970
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 476 116 360 63 2 0 4 47 0 0 360 0 0 0.5431 0.0000 0.0000 114.000 0.52 5.23 -4.71 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4240 0.4754 0.1006 1 1 0.4182 0.4769 0.1049 1 1 0.4104 0.4789 0.1107
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 482 139 343 63 0 4 0 72 0 0 343 0 0 0.4532 0.0000 0.0000 33.750 0.24 3.04 -2.80 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1405 0.5173 0.3422 1 1 0.1444 0.5159 0.3397 1 1 0.1495 0.5142 0.3363
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 651 226 425 164 5 47 0 10 2 0 422 0 1 0.7257 0.0047 0.0071 3.870 2.12 2.60 -0.48 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 0 0.5070 0.4930 0.0000
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 651 229 422 82 1 45 11 90 0 0 419 0 3 0.3581 0.0000 0.0071 4.089 0.46 3.10 -2.64 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0622 0.4414 0.4964 1 2 0.0663 0.4447 0.4889 1 2 0.0721 0.4491 0.4787
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 683 180 503 0 0 12 0 168 0 0 501 0 2 0.0000 0.0000 0.0040 14.000 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0137 0.9863 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 374 156 218 0 0 6 0 150 0 0 213 0 5 0.0000 0.0000 0.0229 25.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0210 0.9790 2 2 0.0000 0.0234 0.9766
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 610 155 455 60 0 16 7 72 0 0 454 0 1 0.3871 0.0000 0.0022 8.688 0.45 3.49 -3.04 32 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0685 0.4369 0.4946 1 2 0.0728 0.4407 0.4865 1 2 0.0786 0.4457 0.4756
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 384 104 280 0 0 14 53 37 0 0 276 4 0 0.0000 0.0000 0.0143 6.429 4.19 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0869 0.9131 2 2 0.0000 0.0908 0.9092 2 2 0.0000 0.0963 0.9037
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 384 105 279 2 1 50 0 52 0 0 275 0 4 0.0190 0.0000 0.0143 1.100 0.50 5.75 -5.25 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9604 0.0396 2 1 0.0000 0.6686 0.3314 2 2 0.0000 0.4753 0.5247
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 470 150 320 67 0 25 1 57 0 0 315 0 5 0.4467 0.0000 0.0156 5.000 0.15 5.54 -5.39 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2780 0.5348 0.1872 1 1 0.2779 0.5322 0.1899 1 1 0.2776 0.5289 0.1936
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 184 86 98 1 0 6 0 79 0 0 98 0 0 0.0116 0.0000 0.0000 13.333 0.00 8.05 -8.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4121 0.5879 2 2 0.0000 0.2175 0.7825 2 2 0.0000 0.1792 0.8208
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 238 88 150 0 0 2 3 83 0 0 146 0 4 0.0000 0.0000 0.0267 43.000 3.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0943 0.9057 2 2 0.0000 0.0982 0.9018 2 2 0.0000 0.1038 0.8962
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 239 93 146 2 0 2 84 5 0 0 146 0 0 0.0215 0.0000 0.0000 45.500 1.00 4.40 -3.40 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7541 0.2459 2 2 0.0000 0.3196 0.6804 2 2 0.0000 0.2165 0.7835
chr3 63912684 G GGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 3 300 79 221 33 2 10 0 34 1 0 212 0 8 0.4177 0.0045 0.0407 6.900 1.21 8.24 -7.02 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1731 0.5129 0.3140 1 1 0.1760 0.5119 0.3121 1 1 0.1799 0.5107 0.3095
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 510 158 352 72 0 1 1 84 0 0 352 0 0 0.4557 0.0000 0.0000 157.000 0.21 1.54 -1.33 16 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1096 0.5006 0.3899 1 1 0.1139 0.5003 0.3858 1 1 0.1197 0.5001 0.3803
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 745 181 564 86 0 9 0 86 0 0 560 0 4 0.4751 0.0000 0.0071 19.111 0.27 9.62 -9.35 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1816 0.5487 0.2697 1 1 0.1847 0.5451 0.2702 1 1 0.1888 0.5405 0.2707
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 496 130 366 70 0 9 0 51 0 0 366 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 13.444 0.33 1.20 -0.87 8 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4856 0.4402 0.0742 1 0 0.4776 0.4439 0.0785 1 0 0.4669 0.4487 0.0844
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 347 100 247 48 0 7 0 45 0 0 245 0 2 0.4800 0.0000 0.0081 13.286 0.33 1.36 -1.02 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2473 0.5287 0.2240 1 1 0.2480 0.5265 0.2255 1 1 0.2488 0.5238 0.2274
chr3 108444683 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 232 85 147 80 0 1 0 4 0 0 147 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 84.000 0.15 2.00 -1.85 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 1 0.3322 0.6678 0.0000 0 0 0.6062 0.3938 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 109 34 75 12 2 0 2 18 0 0 75 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 32.000 0.42 1.22 -0.81 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1780 0.4991 0.3229 1 1 0.1806 0.4991 0.3203 1 1 0.1841 0.4992 0.3167
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1083 287 796 1 0 87 15 184 0 0 792 0 4 0.0035 0.0000 0.0050 2.287 0.00 2.98 -2.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0129 0.9871 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 519 169 350 64 1 16 2 86 0 0 350 0 0 0.3787 0.0000 0.0000 9.562 0.56 6.55 -5.98 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0548 0.4122 0.5330 1 2 0.0588 0.4173 0.5238 1 2 0.0645 0.4241 0.5115
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 755 152 603 72 0 3 0 77 0 0 601 0 2 0.4737 0.0000 0.0033 49.667 0.47 3.45 -2.98 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1563 0.5314 0.3123 1 1 0.1599 0.5290 0.3111 1 1 0.1647 0.5260 0.3093
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 695 125 570 42 1 36 0 46 0 0 570 0 0 0.3360 0.0000 0.0000 2.472 0.50 9.11 -8.61 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2027 0.5244 0.2728 1 1 0.2049 0.5226 0.2726 1 1 0.2076 0.5203 0.2721
chr3 125055810 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 5 309 95 214 45 0 7 1 42 0 0 214 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 12.571 1.80 3.48 -1.68 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2606 0.5256 0.2138 1 1 0.2608 0.5237 0.2155 1 1 0.2609 0.5213 0.2178
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 202 99 103 7 0 0 0 92 0 0 103 0 0 0.0707 0.0000 0.0000 99.000 0.71 2.59 -1.87 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9167 0.0833 2 1 0.0000 0.5971 0.4029
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 419 164 255 7 0 4 1 152 0 0 254 0 1 0.0427 0.0000 0.0039 40.000 1.00 2.23 -1.23 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.7039 0.2961 2 2 0.0000 0.2509 0.7491
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 386 167 219 85 1 18 6 57 0 0 217 0 2 0.5090 0.0000 0.0091 8.278 0.22 3.40 -3.18 65 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5053 0.4311 0.0636 1 0 0.4971 0.4352 0.0677 1 0 0.4859 0.4406 0.0736
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 582 167 415 68 2 23 0 74 0 0 410 0 5 0.4072 0.0000 0.0120 6.261 0.34 3.05 -2.72 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1394 0.5216 0.3391 1 1 0.1433 0.5199 0.3369 1 1 0.1485 0.5178 0.3337
chr3 195781275 GGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCT G 0.500000 0.050 1 -48 2 6051 1672 4379 1223 56 165 20 208 170 197 3997 14 1 0.7315 0.0388 0.0872 9.706 3.29 4.98 -1.69 153 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 777 158 619 2 0 21 0 135 0 0 592 1 26 0.0127 0.0000 0.0436 6.524 0.00 11.61 -11.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3079 0.6921 2 2 0.0000 0.0655 0.9345 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 221 89 132 0 0 19 2 68 0 0 128 1 3 0.0000 0.0000 0.0303 3.684 7.78 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1346 0.8654 2 2 0.0000 0.1390 0.8610 2 2 0.0000 0.1452 0.8548
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 221 92 129 1 1 19 31 40 0 0 127 0 2 0.0109 0.0000 0.0155 3.842 0.00 9.00 -9.00 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7431 0.2569 2 2 0.0000 0.3710 0.6290 2 2 0.0000 0.2637 0.7363
chr4 441751 CAG C 0.002391 0.050 1 -2 1 722 164 558 75 0 6 0 83 0 0 555 0 3 0.4573 0.0000 0.0054 31.600 0.72 2.34 -1.62 59 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3166 0.6810 0.0024 1 1 0.3246 0.6731 0.0023 1 1 0.3351 0.6627 0.0023
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 539 149 390 98 0 1 1 49 0 0 357 0 33 0.6577 0.0000 0.0846 148.000 0.12 15.04 -14.92 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2268 0.5968 0.1764 1 1 0.2229 0.5935 0.1836 1 1 0.2176 0.5892 0.1932
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 653 263 390 4 0 71 2 186 0 0 370 1 19 0.0152 0.0000 0.0513 2.704 2.25 6.30 -4.05 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9160 0.0840 2 2 0.0000 0.2046 0.7954 2 2 0.0000 0.0833 0.9167
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 627 150 477 76 1 8 0 65 0 1 476 0 0 0.5067 0.0000 0.0021 17.750 1.00 12.02 -11.02 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5895 0.3983 0.0122 1 0 0.5865 0.4007 0.0127 1 0 0.5823 0.4042 0.0135
chr4 15003254 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 728 227 501 190 5 26 0 6 3 0 497 0 1 0.8370 0.0060 0.0080 7.692 5.18 3.00 2.18 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.5512 0.4488 0.0000 0 0 0.8949 0.1051 0.0000
chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.050 1 3 1 480 95 385 36 2 19 6 32 2 2 377 0 4 0.3789 0.0052 0.0208 4.000 2.00 5.19 -3.19 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2363 0.5253 0.2385 1 1 0.2372 0.5234 0.2394 1 1 0.2385 0.5210 0.2405
chr4 38927132 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 565 165 400 81 0 8 0 76 0 0 400 0 0 0.4909 0.0000 0.0000 19.625 0.41 3.78 -3.37 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2855 0.5403 0.1742 1 1 0.2853 0.5372 0.1774 1 1 0.2849 0.5334 0.1817
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 697 136 561 69 1 10 0 56 0 0 539 0 22 0.5074 0.0000 0.0392 12.600 0.33 14.68 -14.35 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1478 0.5261 0.3261 1 1 0.1516 0.5241 0.3243 1 1 0.1566 0.5216 0.3219
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 450 119 331 61 4 1 1 52 1 4 323 0 3 0.5126 0.0030 0.0242 116.000 0.84 3.58 -2.74 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4087 0.4850 0.1063 1 1 0.4036 0.4859 0.1105 1 1 0.3966 0.4871 0.1163
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2342 493 1849 182 6 149 7 149 4 3 1816 6 20 0.3692 0.0022 0.0178 2.322 1.65 8.62 -6.97 50 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3230 0.5744 0.1026 1 1 0.3238 0.5687 0.1075 1 1 0.3243 0.5616 0.1141
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3932 883 3049 407 22 35 10 409 52 52 2755 146 44 0.4609 0.0171 0.0964 27.867 2.40 8.03 -5.63 53 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0016 0.2615 0.7369 1 2 0.0021 0.2648 0.7332 1 2 0.0028 0.2702 0.7270
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3886 1122 2764 461 37 229 41 354 267 69 2370 34 24 0.4109 0.0966 0.1425 3.853 2.15 8.42 -6.27 17 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615749 CAGCAGTGACAGCAGCGAT C 0.500000 0.050 1 -18 2 3884 1050 2834 339 26 401 32 252 122 81 2569 36 26 0.3229 0.0430 0.0935 1.616 2.30 9.81 -7.50 33 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 376 117 259 113 0 1 0 3 0 0 259 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 116.000 0.15 2.00 -1.85 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1210 0.8790 0.0000 0 0 0.6885 0.3115 0.0000 0 0 0.8316 0.1684 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 676 154 522 143 0 5 0 6 0 0 522 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 29.800 0.79 4.33 -3.54 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3822 0.6178 0.0000 0 0 0.7682 0.2318 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 507 188 319 0 0 23 8 157 0 0 313 1 5 0.0000 0.0000 0.0188 7.174 3.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0163 0.9837
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 471 176 295 55 64 50 0 7 0 6 288 0 1 0.3125 0.0000 0.0237 2.625 1.00 3.00 -2.00 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0932 0.9068 0.0000 0 0 0.5015 0.4985 0.0000
chr4 146639305 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.050 1 -9 2 472 186 286 74 1 35 0 76 1 1 275 1 8 0.3978 0.0035 0.0385 4.441 1.26 8.62 -7.36 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1435 0.5286 0.3279 1 1 0.1474 0.5264 0.3262 1 1 0.1525 0.5237 0.3238
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 252 114 138 105 2 5 0 2 0 0 138 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 21.800 1.08 2.50 -1.42 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3605 0.6395 0.0000 0 0 0.7862 0.2138 0.0000 0 0 0.8606 0.1394 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 285 122 163 57 1 19 0 45 0 0 161 0 2 0.4672 0.0000 0.0123 5.421 0.72 5.11 -4.39 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3763 0.4968 0.1269 1 1 0.3722 0.4969 0.1309 1 1 0.3666 0.4971 0.1362
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 774 148 626 1 0 27 7 113 0 0 620 1 5 0.0068 0.0000 0.0096 4.481 1.00 3.33 -2.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1767 0.8233 2 2 0.0000 0.0802 0.9198 2 2 0.0000 0.0661 0.9339
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 413 37 376 0 1 25 0 11 0 2 365 3 6 0.0000 0.0000 0.0293 0.478 14.09 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4594 0.5406 2 2 0.0000 0.4525 0.5475 2 2 0.0000 0.4456 0.5544
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 524 140 384 9 0 7 0 124 0 0 382 0 2 0.0643 0.0000 0.0052 19.000 0.11 3.02 -2.91 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9488 0.0512 2 1 0.0000 0.5838 0.4162
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 358 95 263 27 4 10 0 54 1 0 258 0 4 0.2842 0.0038 0.0190 12.143 5.41 18.54 -13.13 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0399 0.3488 0.6113 1 2 0.0434 0.3574 0.5992 1 2 0.0485 0.3686 0.5828
chr5 80654908 G GCAGCGCCCC 0.500000 0.050 1 9 2 351 76 275 40 2 10 0 24 0 1 273 0 1 0.5263 0.0000 0.0073 6.600 25.15 6.92 18.23 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4855 0.4328 0.0817 1 0 0.4768 0.4372 0.0860 1 0 0.4653 0.4429 0.0918
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 356 76 280 30 0 2 1 43 1 0 277 0 2 0.3947 0.0036 0.0107 37.000 5.90 24.12 -18.22 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0994 0.4599 0.4407 1 1 0.1036 0.4626 0.4338 1 1 0.1094 0.4660 0.4246
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 279 98 181 50 0 2 0 46 0 0 179 1 1 0.5102 0.0000 0.0110 48.000 0.22 3.17 -2.95 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2605 0.5284 0.2111 1 1 0.2607 0.5263 0.2130 1 1 0.2609 0.5236 0.2155
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 171 74 97 69 0 2 0 3 0 0 97 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 36.000 0.13 3.00 -2.87 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0407 0.9593 0.0000 0 1 0.4251 0.5749 0.0000 0 0 0.6316 0.3684 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 242 90 152 38 1 14 4 33 0 0 150 0 2 0.4222 0.0000 0.0132 5.846 1.18 5.06 -3.88 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2333 0.5238 0.2429 1 1 0.2344 0.5220 0.2436 1 1 0.2358 0.5197 0.2445
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 947 227 720 8 0 25 4 190 0 0 706 3 11 0.0352 0.0000 0.0194 8.040 1.00 3.77 -2.77 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5554 0.4446 2 2 0.0000 0.1188 0.8812
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 613 145 468 70 2 6 0 67 0 0 468 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 23.167 0.20 1.30 -1.10 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2889 0.5348 0.1763 1 1 0.2884 0.5322 0.1794 1 1 0.2876 0.5289 0.1835
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 376 105 271 50 0 12 0 43 0 0 264 0 7 0.4762 0.0000 0.0258 7.750 0.26 7.53 -7.27 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2347 0.5305 0.2348 1 1 0.2359 0.5282 0.2359 1 1 0.2373 0.5253 0.2373
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 367 90 277 51 1 1 0 37 0 0 266 0 11 0.5667 0.0000 0.0397 89.000 0.94 9.30 -8.36 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2776 0.5267 0.1957 1 1 0.2772 0.5247 0.1981 1 1 0.2766 0.5222 0.2012
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 166 59 107 0 0 0 0 59 0 0 107 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 59.000 3.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1847 0.8153 2 2 0.0000 0.1892 0.8108 2 2 0.0000 0.1956 0.8044
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 351 42 309 25 1 0 1 15 0 1 307 1 0 0.5952 0.0000 0.0065 41.000 1.68 7.60 -5.92 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3739 0.4848 0.1413 1 1 0.3692 0.4859 0.1449 1 1 0.3631 0.4873 0.1496
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 198 83 115 0 0 3 5 75 0 0 108 0 7 0.0000 0.0000 0.0609 26.667 3.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1008 0.8992 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1106 0.8894
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 198 80 118 0 0 1 7 72 0 0 111 2 5 0.0000 0.0000 0.0593 78.000 3.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1037 0.8963 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1136 0.8864
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.050 1 -6 2 592 151 441 84 0 3 1 63 0 0 440 0 1 0.5563 0.0000 0.0023 49.000 0.12 5.87 -5.75 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4813 0.4467 0.0721 1 0 0.4738 0.4499 0.0763 1 0 0.4637 0.4541 0.0823
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 434 109 325 54 0 8 0 47 0 0 317 0 8 0.4954 0.0000 0.0246 12.625 0.09 7.57 -7.48 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2220 0.5329 0.2450 1 1 0.2237 0.5305 0.2459 1 1 0.2257 0.5273 0.2469
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 379 147 232 102 0 42 0 3 1 0 229 0 2 0.6939 0.0043 0.0129 2.500 0.59 12.00 -11.41 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.3102 0.6898 0.0000 0 0 0.6482 0.3518 0.0000
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 531 124 407 6 0 1 0 117 0 0 406 0 1 0.0484 0.0000 0.0025 123.000 1.67 1.98 -0.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.7481 0.2519 2 2 0.0000 0.3540 0.6460
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 454 182 272 0 0 26 0 156 0 0 270 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 6.000 13.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 399 104 295 0 0 1 0 103 0 0 291 0 4 0.0000 0.0000 0.0136 103.000 4.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0714 0.9286
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 599 104 495 4 0 9 1 90 0 0 492 0 3 0.0385 0.0000 0.0061 10.556 0.00 3.46 -3.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.5873 0.4127 2 2 0.0000 0.3172 0.6828
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 532 129 403 3 0 14 3 109 0 0 394 3 6 0.0233 0.0000 0.0223 8.214 2.00 3.24 -1.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8593 0.1407 2 2 0.0000 0.2648 0.7352 2 2 0.0000 0.1387 0.8613
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 580 133 447 98 2 27 1 5 4 0 441 1 1 0.7368 0.0089 0.0134 3.926 1.89 2.80 -0.91 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.3091 0.6909 0.0000 0 0 0.7542 0.2458 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1493 350 1143 13 109 114 8 106 0 1 1131 1 10 0.0371 0.0000 0.0105 2.112 2.23 5.42 -3.18 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2591 0.6108 0.1300 1 1 0.2657 0.6046 0.1297 1 1 0.2742 0.5966 0.1292
chr6 22570099 G GGGCGGCGGAAGCGGAGAGGGC 0.002528 0.050 1 21 1 697 172 525 66 0 37 0 69 0 0 521 0 4 0.3837 0.0000 0.0076 3.649 0.59 7.20 -6.61 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3725 0.6256 0.0019 1 1 0.3787 0.6195 0.0019 1 1 0.3866 0.6116 0.0018
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 998 201 797 94 1 7 0 99 0 0 773 0 24 0.4677 0.0000 0.0301 27.714 0.18 11.80 -11.62 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0689 0.5000 0.4311 1 1 0.0748 0.5045 0.4207 1 1 0.0832 0.5101 0.4067
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 370 93 277 0 0 4 0 89 0 0 276 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 22.250 1.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0941 0.9059 2 2 0.0000 0.0980 0.9020 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 832 214 618 18 0 4 0 192 0 0 618 0 0 0.0841 0.0000 0.0000 52.500 1.06 3.98 -2.92 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8895 0.1105
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 460 133 327 64 1 1 0 67 0 0 327 0 0 0.4812 0.0000 0.0000 132.000 1.09 2.10 -1.01 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2078 0.5390 0.2532 1 1 0.2100 0.5361 0.2540 1 1 0.2128 0.5324 0.2548
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 554 150 404 64 0 16 2 68 0 0 403 0 1 0.4267 0.0000 0.0025 8.375 0.34 1.66 -1.32 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1611 0.5276 0.3113 1 1 0.1645 0.5255 0.3100 1 1 0.1690 0.5229 0.3081
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 630 164 466 0 1 4 0 159 0 0 464 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 40.000 2.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0213 0.9787 2 2 0.0000 0.0222 0.9778 2 2 0.0000 0.0238 0.9762
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 630 164 466 121 2 5 3 33 0 0 464 0 2 0.7378 0.0000 0.0043 31.800 2.31 4.52 -2.21 33 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9651 0.0347 0.0002 1 0 0.9597 0.0400 0.0003 0 1 0.3185 0.6813 0.0001
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 413 98 315 42 0 9 1 46 0 0 314 0 1 0.4286 0.0000 0.0032 9.889 0.71 3.70 -2.98 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1720 0.5166 0.3113 1 1 0.1750 0.5154 0.3096 1 1 0.1790 0.5138 0.3072
chr6 32223881 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 342 177 165 2 130 34 1 10 0 1 161 0 3 0.0113 0.0000 0.0242 4.333 1.00 5.10 -4.10 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.1254 0.8746 0.0000
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 61 38 23 1 2 19 3 13 0 0 22 0 1 0.0263 0.0000 0.0435 1.727 9.00 8.77 0.23 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0046 0.9016 0.0938 2 1 0.0019 0.7351 0.2630 2 1 0.0010 0.6188 0.3802
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 719 273 446 161 14 46 1 51 0 0 444 0 2 0.5897 0.0000 0.0045 5.381 6.68 7.51 -0.83 37 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9944 0.0056 0.0000 1 0 0.9930 0.0070 0.0000 0 1 0.1817 0.8183 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 716 259 457 195 4 9 1 50 0 0 455 0 2 0.7529 0.0000 0.0044 31.250 7.29 7.60 -0.31 43 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9980 0.0020 0.0000 1 0 0.8464 0.1536 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 236 106 130 69 2 0 1 34 0 0 129 1 0 0.6509 0.0000 0.0077 103.000 0.16 9.29 -9.13 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7008 0.2778 0.0213 1 0 0.6874 0.2887 0.0239 1 0 0.6690 0.3032 0.0278
chr6 32977921 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 522 124 398 63 1 1 0 59 0 0 394 0 4 0.5081 0.0000 0.0101 123.000 0.33 3.20 -2.87 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2416 0.5384 0.2200 1 1 0.2427 0.5355 0.2218 1 1 0.2441 0.5319 0.2241
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 256 73 183 67 0 3 0 3 0 0 183 0 0 0.9178 0.0000 0.0000 23.333 3.36 1.00 2.36 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0409 0.9591 0.0000 0 1 0.4151 0.5849 0.0000 0 0 0.6210 0.3790 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 874 216 658 5 0 5 0 206 0 0 652 0 6 0.0231 0.0000 0.0091 42.200 0.00 3.07 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9441 0.0559 2 2 0.0000 0.1314 0.8686 2 2 0.0000 0.0383 0.9617
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 781 149 632 7 0 23 0 119 0 0 630 0 2 0.0470 0.0000 0.0032 5.478 1.71 3.78 -2.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8442 0.1558 2 2 0.0000 0.4257 0.5743
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 712 180 532 39 2 94 0 45 0 0 518 1 13 0.2167 0.0000 0.0263 0.904 15.00 10.24 4.76 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0788 0.4399 0.4813 1 2 0.0831 0.4437 0.4732 1 2 0.0890 0.4487 0.4623
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 716 213 503 93 0 65 1 54 0 0 499 0 4 0.4366 0.0000 0.0080 2.277 4.99 11.61 -6.62 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6743 0.3023 0.0234 1 0 0.6618 0.3121 0.0261 1 0 0.6446 0.3253 0.0302
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 700 152 548 58 4 39 2 49 0 0 540 0 8 0.3816 0.0000 0.0146 2.897 2.28 4.16 -1.89 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2677 0.5341 0.1983 1 1 0.2678 0.5315 0.2007 1 1 0.2679 0.5283 0.2038
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 118 42 76 2 0 3 1 36 0 0 76 0 0 0.0476 0.0000 0.0000 13.000 0.50 3.53 -3.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9115 0.0885 2 1 0.0000 0.6043 0.3957 2 2 0.0000 0.4642 0.5358
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 796 176 620 0 0 7 0 169 0 0 609 0 11 0.0000 0.0000 0.0177 24.143 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0132 0.9868
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 366 131 235 126 0 2 0 3 0 0 235 0 0 0.9618 0.0000 0.0000 64.500 0.24 1.33 -1.10 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1568 0.8432 0.0000 0 0 0.7521 0.2479 0.0000 0 0 0.8707 0.1293 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 894 228 666 115 0 6 1 106 0 0 660 0 6 0.5044 0.0000 0.0090 37.000 0.46 3.10 -2.64 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2377 0.5679 0.1944 1 1 0.2396 0.5629 0.1975 1 1 0.2420 0.5565 0.2015
chr6 157206358 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 750 199 551 181 2 12 0 4 0 0 551 0 0 0.9095 0.0000 0.0000 15.500 0.22 3.00 -2.78 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1270 0.8730 0.0000 0 0 0.8628 0.1372 0.0000 0 0 0.9477 0.0523 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 573 194 379 0 0 41 0 153 0 0 357 0 22 0.0000 0.0000 0.0580 3.732 14.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0121 0.9879 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0149 0.9851
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 443 159 284 0 0 3 0 156 0 0 284 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 52.000 5.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 209 72 137 61 0 4 0 7 0 0 137 0 0 0.8472 0.0000 0.0000 17.000 2.97 10.43 -7.46 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0403 0.9597 0.0000 0 1 0.2425 0.7575 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 209 69 140 40 0 2 0 27 0 0 139 0 1 0.5797 0.0000 0.0071 33.500 0.80 8.52 -7.72 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3990 0.4791 0.1218 1 1 0.3936 0.4806 0.1258 1 1 0.3865 0.4824 0.1311
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 349 160 189 1 0 14 9 136 0 0 185 0 4 0.0063 0.0000 0.0212 10.429 0.00 3.07 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1074 0.8926 2 2 0.0000 0.0471 0.9529 2 2 0.0000 0.0392 0.9608
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 861 314 547 11 52 17 110 124 0 0 547 0 0 0.0350 0.0000 0.0000 21.000 1.36 4.21 -2.85 9 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr6 170561961 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 860 295 565 11 110 58 16 100 0 0 563 0 2 0.0373 0.0000 0.0035 8.118 2.64 4.38 -1.74 9 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0617 0.4473 0.4910 1 2 0.0659 0.4502 0.4839 1 2 0.0717 0.4541 0.4742
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 244 95 149 6 1 5 0 83 0 0 146 0 3 0.0632 0.0000 0.0201 18.000 0.00 3.78 -3.78 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9114 0.0886 2 1 0.0000 0.6120 0.3880
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 255 92 163 43 0 17 0 32 0 0 162 0 1 0.4674 0.0000 0.0061 4.412 0.56 3.97 -3.41 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3689 0.4938 0.1372 1 1 0.3648 0.4942 0.1410 1 1 0.3593 0.4947 0.1460
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.050 1 -12 2 224 120 104 104 0 11 0 5 0 0 104 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 9.909 2.59 12.20 -9.61 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.3192 0.6808 0.0000 0 0 0.6572 0.3428 0.0000
chr7 11831870 A AGCAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 222 115 107 56 0 11 0 48 0 0 107 0 0 0.4870 0.0000 0.0000 9.455 1.41 5.52 -4.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.5127 0.1520 1 1 0.3328 0.5117 0.1555 1 1 0.3293 0.5105 0.1602
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 669 199 470 6 0 38 3 152 0 0 469 0 1 0.0302 0.0000 0.0021 4.237 0.67 3.20 -2.53 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 1 0.0000 0.5397 0.4603 2 2 0.0000 0.1809 0.8191
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 342 94 248 54 0 3 0 37 0 0 247 1 0 0.5745 0.0000 0.0040 30.333 0.17 3.24 -3.08 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4505 0.4569 0.0925 1 1 0.4434 0.4598 0.0968 1 1 0.4340 0.4634 0.1027
chr7 30026458 CAAA C 0.500000 0.050 1 -3 1 155 58 97 33 0 0 0 25 0 0 96 0 1 0.5690 0.0000 0.0103 58.000 0.24 3.00 -2.76 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3310 0.5033 0.1657 1 1 0.3282 0.5031 0.1687 1 1 0.3245 0.5027 0.1728
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 549 149 400 67 0 0 0 82 0 0 399 0 1 0.4497 0.0000 0.0025 149.000 0.09 1.13 -1.04 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0896 0.4746 0.4358 1 1 0.0939 0.4761 0.4299 1 1 0.0999 0.4781 0.4220
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 213 63 150 60 0 2 0 1 0 0 150 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 30.500 0.18 3.00 -2.82 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4694 0.5306 0.0000 0 0 0.6925 0.3075 0.0000 0 0 0.7439 0.2561 0.0000
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 229 102 127 93 2 4 0 3 0 0 127 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 24.500 0.18 3.00 -2.82 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0754 0.9246 0.0000 0 0 0.5840 0.4160 0.0000 0 0 0.7617 0.2383 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 200 81 119 45 0 3 0 33 0 0 116 0 3 0.5556 0.0000 0.0252 26.000 0.13 2.97 -2.84 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3539 0.5008 0.1453 1 1 0.3504 0.5007 0.1489 1 1 0.3457 0.5005 0.1537
chr7 70790590 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 1 888 263 625 120 3 43 4 93 1 1 615 2 6 0.4563 0.0016 0.0160 5.116 0.51 3.33 -2.83 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4751 0.4610 0.0639 1 0 0.4689 0.4630 0.0682 1 1 0.4603 0.4657 0.0741
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 347 134 213 4 0 0 0 130 0 0 212 0 1 0.0299 0.0000 0.0047 134.000 0.00 1.65 -1.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9619 0.0381 2 2 0.0000 0.3653 0.6347 2 2 0.0000 0.1617 0.8383
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 821 199 622 0 0 18 0 181 0 0 616 0 6 0.0000 0.0000 0.0096 10.056 3.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr7 91265105 GGGCCAGGGGCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 581 133 448 79 0 8 0 46 0 0 441 0 7 0.5940 0.0000 0.0156 15.625 0.77 11.43 -10.66 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5793 0.3764 0.0443 1 0 0.5685 0.3835 0.0480 1 0 0.5540 0.3928 0.0533
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 595 141 454 123 2 12 0 4 0 0 454 0 0 0.8723 0.0000 0.0000 10.750 3.43 3.00 0.43 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0324 0.9676 0.0000 0 0 0.5979 0.4021 0.0000 0 0 0.8170 0.1830 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 278 99 179 51 0 1 0 47 0 0 177 0 2 0.5152 0.0000 0.0112 98.000 0.33 3.30 -2.96 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2586 0.5293 0.2122 1 1 0.2589 0.5271 0.2140 1 1 0.2592 0.5243 0.2165
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 515 221 294 126 14 77 1 3 0 0 294 0 0 0.5701 0.0000 0.0000 1.857 0.78 4.67 -3.89 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1824 0.8176 0.0000 0 0 0.7918 0.2082 0.0000 0 0 0.8951 0.1049 0.0000
chr7 100779516 A AGGGC 0.500000 0.050 1 4 1 241 96 145 87 0 7 0 2 0 0 145 0 0 0.9062 0.0000 0.0000 12.714 0.51 4.00 -3.49 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2543 0.7457 0.0000 0 0 0.6921 0.3079 0.0000 0 0 0.7928 0.2072 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 194 83 111 64 0 2 0 17 0 0 109 0 2 0.7711 0.0000 0.0180 40.500 0.12 27.00 -26.88 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7994 0.1913 0.0093 1 0 0.7821 0.2070 0.0108 0 1 0.2652 0.7303 0.0046
chr7 102485102 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 102 28 74 26 0 0 0 2 0 0 74 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 28.000 0.35 1.00 -0.65 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0690 0.9310 0.0000 0 1 0.3333 0.6667 0.0000 0 1 0.4701 0.5299 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 585 170 415 75 0 6 0 89 0 0 414 0 1 0.4412 0.0000 0.0024 27.333 0.49 3.02 -2.53 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0948 0.4872 0.4180 1 1 0.0992 0.4878 0.4130 1 1 0.1052 0.4887 0.4062
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 467 137 330 0 1 45 4 87 0 0 324 0 6 0.0000 0.0000 0.0182 2.047 6.18 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0899 0.9101 2 2 0.0000 0.0932 0.9068 2 2 0.0000 0.0981 0.9019
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 15 1 467 137 330 24 53 38 5 17 1 0 324 2 3 0.1752 0.0030 0.0182 2.541 6.75 2.65 4.10 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8465 0.1484 0.0051 1 0 0.8340 0.1599 0.0061 1 0 0.7489 0.2440 0.0071
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 692 179 513 5 0 15 3 156 0 0 512 0 1 0.0279 0.0000 0.0019 10.933 1.00 4.04 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9842 0.0158 2 2 0.0000 0.3528 0.6472 2 2 0.0000 0.1216 0.8784
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 629 173 456 5 0 23 1 144 0 0 454 1 1 0.0289 0.0000 0.0044 6.522 0.00 14.81 -14.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9885 0.0115 2 2 0.0000 0.4290 0.5710 2 2 0.0000 0.1591 0.8409
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 410 211 199 9 1 35 0 166 0 0 188 2 9 0.0427 0.0000 0.0553 5.029 3.78 5.60 -1.82 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8979 0.1021 2 2 0.0000 0.3599 0.6401
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 410 226 184 199 2 20 0 5 1 0 183 0 0 0.8805 0.0054 0.0054 10.250 4.73 6.80 -2.07 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0438 0.9562 0.0000 0 0 0.8374 0.1626 0.0000 0 0 0.9517 0.0483 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 243 91 152 52 0 1 0 38 0 0 150 0 2 0.5714 0.0000 0.0132 90.000 0.12 3.34 -3.23 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3934 0.4865 0.1201 1 1 0.3885 0.4873 0.1241 1 1 0.3819 0.4885 0.1296
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 980 273 707 3 0 47 10 213 0 0 702 0 5 0.0110 0.0000 0.0071 4.787 0.67 3.13 -2.46 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3012 0.6988 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0128 0.9872
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1446 351 1095 0 0 18 2 331 0 0 1095 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 18.444 1.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 691 154 537 82 0 5 0 67 0 0 535 0 2 0.5325 0.0000 0.0037 29.800 0.30 4.10 -3.80 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3935 0.4977 0.1088 1 1 0.3892 0.4977 0.1131 1 1 0.3834 0.4977 0.1189
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 189 57 132 25 0 3 0 29 0 0 128 0 4 0.4386 0.0000 0.0303 18.000 0.12 4.55 -4.43 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1564 0.4986 0.3450 1 1 0.1597 0.4987 0.3416 1 1 0.1640 0.4988 0.3372
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 751 171 580 76 0 3 0 92 0 0 579 0 1 0.4444 0.0000 0.0017 56.000 0.72 1.47 -0.74 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0829 0.4721 0.4450 1 1 0.0872 0.4737 0.4391 1 1 0.0932 0.4758 0.4310
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 664 166 498 94 0 1 0 71 0 0 495 0 3 0.5663 0.0000 0.0060 165.000 0.44 1.72 -1.28 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4873 0.4452 0.0675 1 0 0.4799 0.4484 0.0717 1 0 0.4698 0.4527 0.0776
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 686 158 528 85 1 2 0 70 0 0 521 0 7 0.5380 0.0000 0.0133 78.000 0.72 11.79 -11.07 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3319 0.5274 0.1407 1 1 0.3301 0.5253 0.1447 1 1 0.3275 0.5226 0.1499
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 520 105 415 0 0 2 15 88 0 2 385 10 18 0.0000 0.0000 0.0723 51.500 7.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0514 0.9486 2 2 0.0000 0.0514 0.9486 2 2 0.0000 0.0528 0.9472
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 524 105 419 0 0 4 10 91 0 1 387 9 22 0.0000 0.0000 0.0764 48.500 7.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0436 0.9564 2 2 0.0000 0.0458 0.9542
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 537 98 439 0 1 3 4 90 0 1 376 30 32 0.0000 0.0000 0.1435 31.667 7.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0826 0.9174 2 2 0.0000 0.0504 0.9496 2 2 0.0000 0.0411 0.9589
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 511 161 350 92 0 0 1 68 0 0 350 0 0 0.5714 0.0000 0.0000 161.000 0.34 1.57 -1.24 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4145 0.0546 1 0 0.5219 0.4195 0.0586 1 0 0.5098 0.4260 0.0642
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 825 152 673 133 0 16 0 3 1 1 671 0 0 0.8750 0.0015 0.0030 9.067 0.88 8.33 -7.45 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1593 0.8407 0.0000 0 0 0.7617 0.2383 0.0000 0 0 0.8762 0.1238 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 270 94 176 39 0 3 0 52 0 0 176 0 0 0.4149 0.0000 0.0000 30.333 1.03 3.08 -2.05 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1266 0.4927 0.3807 1 1 0.1311 0.4937 0.3753 1 1 0.1372 0.4949 0.3680
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 599 271 328 0 0 45 0 226 0 1 327 0 0 0.0000 0.0000 0.0030 5.022 5.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 381 134 247 84 0 3 1 46 0 0 245 0 2 0.6269 0.0000 0.0081 43.667 0.29 7.35 -7.06 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7885 0.2053 0.0062 1 0 0.7789 0.2142 0.0070 1 0 0.7656 0.2263 0.0082
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 603 196 407 102 0 6 0 88 0 0 405 0 2 0.5204 0.0000 0.0049 31.667 0.58 3.34 -2.76 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4318 0.4871 0.0811 1 1 0.4291 0.4866 0.0843 1 1 0.4253 0.4860 0.0887
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 219 100 119 95 0 2 0 3 0 0 119 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 49.000 0.21 2.67 -2.46 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0755 0.9245 0.0000 0 0 0.5841 0.4159 0.0000 0 0 0.7618 0.2382 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 315 88 227 40 0 2 0 46 0 0 225 0 2 0.4545 0.0000 0.0088 43.000 0.55 7.28 -6.73 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1535 0.5078 0.3386 1 1 0.1570 0.5072 0.3358 1 1 0.1615 0.5064 0.3320
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.050 1 -4 1 189 56 133 6 0 3 0 47 0 0 132 0 1 0.1071 0.0000 0.0075 17.667 0.50 3.81 -3.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9439 0.0561 2 1 0.0000 0.7463 0.2537
chr8 85214592 CAACATT C 0.500000 0.050 1 -6 1 439 150 289 140 0 4 0 6 0 0 289 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 36.500 0.15 5.17 -5.02 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 1 0.3648 0.6352 0.0000 0 0 0.7552 0.2448 0.0000
chr8 97775937 C CGGCGGGCTCCAGGCGA 0.500000 0.050 1 16 1 300 87 213 39 2 17 0 29 0 0 209 0 4 0.4483 0.0000 0.0188 4.118 0.31 9.83 -9.52 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3403 0.5039 0.1558 1 1 0.3373 0.5036 0.1591 1 1 0.3333 0.5032 0.1635
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 690 204 486 8 0 7 0 189 0 0 484 0 2 0.0392 0.0000 0.0041 32.833 2.75 18.64 -15.89 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.6565 0.3435 2 2 0.0000 0.1692 0.8308
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 510 153 357 0 0 29 6 118 0 0 350 0 7 0.0000 0.0000 0.0196 4.276 4.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0358 0.9642 2 2 0.0000 0.0381 0.9619 2 2 0.0000 0.0416 0.9584
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 397 101 296 6 0 4 0 91 0 0 293 0 3 0.0594 0.0000 0.0101 24.250 2.67 3.93 -1.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8418 0.1582 2 2 0.0000 0.4930 0.5070
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 1027 245 782 202 0 35 0 8 0 0 779 0 3 0.8245 0.0000 0.0038 6.000 0.68 7.50 -6.82 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0859 0.9141 0.0000 0 0 0.6802 0.3198 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1340 294 1046 278 6 5 0 5 0 0 1046 0 0 0.9456 0.0000 0.0000 57.600 0.74 3.80 -3.06 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6551 0.3449 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1340 299 1041 240 48 3 0 8 0 0 1041 0 0 0.8027 0.0000 0.0000 134.500 0.66 2.75 -2.09 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 0 0.9645 0.0355 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 958 359 599 143 1 69 5 141 0 0 599 0 0 0.3983 0.0000 0.0000 4.203 0.20 3.11 -2.91 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3281 0.6046 0.0673 1 1 0.3344 0.5975 0.0681 1 1 0.3424 0.5886 0.0690
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 362 103 259 35 0 17 0 51 0 0 252 0 7 0.3398 0.0000 0.0270 5.059 0.20 8.20 -8.00 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0565 0.3946 0.5489 1 2 0.0605 0.4010 0.5385 1 2 0.0661 0.4093 0.5246
chr9 27524366 G GTGTT 0.500000 0.050 1 4 4 299 93 206 91 0 1 0 1 0 0 205 0 1 0.9785 0.0000 0.0049 92.000 0.14 4.00 -3.86 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2740 0.7260 0.0000 0 0 0.7127 0.2873 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 597 150 447 144 0 3 0 3 0 0 447 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 49.000 0.40 1.67 -1.27 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2224 0.7776 0.0000 0 0 0.8250 0.1750 0.0000 0 0 0.9120 0.0880 0.0000
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 412 162 250 85 1 6 0 70 0 0 246 0 4 0.5247 0.0000 0.0160 26.000 0.45 3.09 -2.64 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3775 0.5072 0.1153 1 1 0.3739 0.5065 0.1195 1 1 0.3690 0.5057 0.1253
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 688 163 525 76 1 4 0 82 0 0 522 0 3 0.4663 0.0000 0.0057 39.750 0.42 4.73 -4.31 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1465 0.5304 0.3232 1 1 0.1503 0.5280 0.3216 1 1 0.1554 0.5251 0.3195
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 371 57 314 33 0 0 0 24 0 0 314 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 57.000 0.39 1.00 -0.61 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3591 0.4934 0.1475 1 1 0.3552 0.4939 0.1510 1 1 0.3499 0.4945 0.1556
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 495 150 345 141 0 5 0 4 0 0 345 0 0 0.9400 0.0000 0.0000 29.000 0.11 15.50 -15.39 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0482 0.9518 0.0000 0 0 0.6912 0.3088 0.0000 0 0 0.8691 0.1309 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 457 123 334 61 0 3 0 59 0 0 331 0 3 0.4959 0.0000 0.0090 40.000 0.16 3.25 -3.09 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2200 0.5372 0.2428 1 1 0.2217 0.5344 0.2439 1 1 0.2240 0.5309 0.2451
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 296 81 215 34 28 14 0 5 0 0 215 0 0 0.4198 0.0000 0.0000 4.643 0.38 3.40 -3.02 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 1 0.1399 0.8601 0.0000 0 1 0.4065 0.5935 0.0000
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 296 81 215 37 2 12 1 29 0 0 215 0 0 0.4568 0.0000 0.0000 5.750 0.59 2.97 -2.37 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3564 0.4971 0.1465 1 1 0.3527 0.4973 0.1500 1 1 0.3477 0.4975 0.1547
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 450 169 281 74 0 4 2 89 0 0 281 0 0 0.4379 0.0000 0.0000 41.000 0.23 9.12 -8.89 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0842 0.4725 0.4433 1 1 0.0886 0.4741 0.4373 1 1 0.0946 0.4762 0.4293
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 611 239 372 126 0 2 1 110 0 0 371 0 1 0.5272 0.0000 0.0027 118.500 0.37 3.38 -3.02 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3862 0.5170 0.0967 1 1 0.3833 0.5155 0.1012 1 1 0.3790 0.5136 0.1074
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 940 147 793 57 4 32 1 53 0 2 784 2 5 0.3878 0.0000 0.0113 3.594 1.35 6.26 -4.91 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2580 0.5359 0.2061 1 1 0.2585 0.5332 0.2083 1 1 0.2591 0.5298 0.2111
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 522 148 374 86 1 0 0 61 0 0 374 0 0 0.5811 0.0000 0.0000 148.000 0.23 2.79 -2.55 58 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5747 0.3813 0.0441 1 0 0.5643 0.3880 0.0477 1 0 0.5501 0.3968 0.0530
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 861 199 662 118 1 0 0 80 0 0 660 0 2 0.5930 0.0000 0.0030 199.000 0.11 4.84 -4.73 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6963 0.2858 0.0179 1 0 0.6840 0.2957 0.0203 1 0 0.6671 0.3091 0.0238
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 775 195 580 102 0 4 0 89 0 0 580 0 0 0.5231 0.0000 0.0000 47.750 0.04 2.99 -2.95 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3839 0.5099 0.1062 1 1 0.3805 0.5090 0.1106 1 1 0.3757 0.5078 0.1165
chr9 110048735 TCCCCCGGAGTCTCCTGGA T 0.500000 0.050 1 -18 2 207 96 111 43 0 21 0 32 0 0 110 0 1 0.4479 0.0000 0.0090 3.571 1.53 12.88 -11.34 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3689 0.4938 0.1372 1 1 0.3648 0.4942 0.1410 1 1 0.3593 0.4947 0.1460
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 635 145 490 118 0 17 0 10 0 0 490 0 0 0.8138 0.0000 0.0000 7.529 0.25 4.80 -4.55 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 1 0.2917 0.7083 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 297 117 180 0 0 2 0 115 0 0 175 0 5 0.0000 0.0000 0.0278 57.500 4.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0465 0.9535 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0533 0.9467
chr9 113425365 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 496 165 331 76 3 19 1 66 0 0 330 0 1 0.4606 0.0000 0.0030 7.684 0.17 2.86 -2.69 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3674 0.5093 0.1233 1 1 0.3641 0.5085 0.1274 1 1 0.3595 0.5075 0.1330
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 508 108 400 87 2 16 1 2 0 0 400 0 0 0.8056 0.0000 0.0000 5.750 0.76 6.50 -5.74 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1169 0.8831 0.0000 0 0 0.5798 0.4202 0.0000 0 0 0.7434 0.2566 0.0000
chr9 122477644 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 729 183 546 102 0 2 0 79 0 0 546 0 0 0.5574 0.0000 0.0000 90.500 0.13 1.11 -0.99 44 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5254 0.4205 0.0541 1 0 0.5169 0.4250 0.0581 1 0 0.5053 0.4310 0.0637
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 557 135 422 117 3 10 0 5 0 0 422 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 12.400 0.68 1.60 -0.92 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 1 0.4106 0.5894 0.0000 0 0 0.7353 0.2647 0.0000
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 555 196 359 74 3 24 5 90 0 2 355 1 1 0.3776 0.0000 0.0111 7.391 0.46 3.60 -3.14 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0776 0.4658 0.4566 1 1 0.0819 0.4678 0.4503 1 1 0.0879 0.4703 0.4417
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 530 170 360 0 0 3 1 166 0 0 356 0 4 0.0000 0.0000 0.0111 55.667 2.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0163 0.9837
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 477 160 317 75 0 14 0 71 0 0 316 0 1 0.4688 0.0000 0.0032 10.429 0.45 8.01 -7.56 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2627 0.5421 0.1953 1 1 0.2632 0.5389 0.1979 1 1 0.2638 0.5349 0.2013
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 474 128 346 6 37 43 2 40 0 1 340 0 5 0.0469 0.0000 0.0173 2.073 0.17 4.12 -3.96 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2112 0.5263 0.2625 1 1 0.2131 0.5243 0.2626 1 1 0.2155 0.5218 0.2627
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 303 127 176 62 0 1 1 63 0 0 176 0 0 0.4882 0.0000 0.0000 126.000 0.27 1.29 -1.01 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2086 0.5372 0.2542 1 1 0.2108 0.5344 0.2548 1 1 0.2135 0.5309 0.2556
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 303 127 176 62 0 1 1 63 0 0 176 0 0 0.4882 0.0000 0.0000 126.000 0.27 1.29 -1.01 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2086 0.5372 0.2542 1 1 0.2108 0.5344 0.2548 1 1 0.2135 0.5309 0.2556
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 442 127 315 63 0 1 0 63 0 0 315 0 0 0.4961 0.0000 0.0000 126.000 0.30 1.24 -0.94 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2308 0.5384 0.2308 1 1 0.2322 0.5355 0.2322 1 1 0.2341 0.5319 0.2341
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 238 80 158 38 0 4 1 37 0 0 158 0 0 0.4750 0.0000 0.0000 18.750 0.58 1.86 -1.29 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2440 0.5229 0.2331 1 1 0.2447 0.5212 0.2342 1 1 0.2455 0.5190 0.2355
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 571 168 403 70 1 22 3 72 0 0 402 0 1 0.4167 0.0000 0.0025 6.636 0.36 3.29 -2.93 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1753 0.5373 0.2874 1 1 0.1785 0.5345 0.2871 1 1 0.1826 0.5309 0.2865
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 487 149 338 137 0 8 0 4 1 0 337 0 0 0.9195 0.0030 0.0030 17.625 0.55 16.25 -15.70 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0449 0.9551 0.0000 0 0 0.6752 0.3248 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 200 99 101 3 33 25 1 37 0 1 100 0 0 0.0303 0.0000 0.0099 2.960 6.33 3.00 3.33 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2293 0.5226 0.2482 1 1 0.2305 0.5209 0.2487 1 1 0.2320 0.5187 0.2493
chr10 5761385 GATC G 0.000187 0.050 1 -3 1 196 93 103 81 1 9 0 2 0 0 103 0 0 0.8710 0.0000 0.0000 9.333 0.22 3.00 -2.78 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 396 123 273 116 0 1 0 6 0 0 273 0 0 0.9431 0.0000 0.0000 122.000 0.14 1.00 -0.86 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0732 0.9268 0.0000 0 0 0.9590 0.0410 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.050 1 -4 1 208 49 159 27 0 2 0 20 0 0 158 0 1 0.5510 0.0000 0.0063 23.500 0.22 4.35 -4.13 15 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4881 0.4595 0.0524 1 0 0.4860 0.4607 0.0534 1 0 0.4831 0.4623 0.0547
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 197 65 132 0 0 0 0 65 0 0 128 0 4 0.0000 0.0000 0.0303 65.000 4.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4298 0.5702 2 2 0.0000 0.4383 0.5617 2 2 0.0000 0.4501 0.5499
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 914 218 696 109 0 17 1 91 1 0 688 0 7 0.5000 0.0014 0.0115 11.824 0.28 5.67 -5.39 33 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3680 0.5214 0.1106 1 1 0.3657 0.5195 0.1148 1 1 0.3624 0.5171 0.1205
chr10 21516890 TGCCGCCGCC T 0.000443 0.050 1 -9 1 949 135 814 33 1 50 0 51 1 0 812 0 1 0.2444 0.0012 0.0025 1.714 1.42 8.08 -6.65 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2795 0.7199 0.0007 1 1 0.2877 0.7117 0.0006 1 1 0.2986 0.7008 0.0006
chr10 26567149 GCCGCCGCCGCCA G 0.000237 0.050 1 -12 1 337 106 231 58 0 10 0 38 0 0 225 1 5 0.5472 0.0000 0.0260 9.600 0.34 10.82 -10.47 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6390 0.3610 0.0000 1 0 0.6350 0.3650 0.0000 1 0 0.6295 0.3704 0.0000
chr10 27053356 CTCT C 0.017074 0.050 1 -3 1 147 72 75 38 0 3 0 31 0 0 75 0 0 0.5278 0.0000 0.0000 23.000 0.05 2.90 -2.85 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5581 0.4370 0.0049 1 0 0.5563 0.4387 0.0050 1 0 0.5539 0.4410 0.0051
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 580 151 429 5 0 9 2 135 0 0 427 0 2 0.0331 0.0000 0.0047 15.667 0.20 1.26 -1.06 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9945 0.0055 2 1 0.0000 0.6362 0.3638 2 2 0.0000 0.3072 0.6928
chr10 32847890 TAA T 0.041560 0.050 1 -2 1 126 71 55 36 0 3 1 31 0 0 55 0 0 0.5070 0.0000 0.0000 22.667 0.22 2.55 -2.33 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5104 0.4747 0.0149 1 0 0.5099 0.4750 0.0151 1 0 0.5093 0.4753 0.0154
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 136 55 81 52 0 1 0 2 0 0 81 0 0 0.9455 0.0000 0.0000 54.000 1.19 6.00 -4.81 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4394 0.5606 0.0000 0 0 0.8402 0.1598 0.0000 0 0 0.9017 0.0983 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 388 81 307 0 0 15 1 65 0 0 307 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.333 3.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4967 0.5033 2 1 0.0000 0.5050 0.4950 2 1 0.0000 0.5164 0.4836
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 217 43 174 30 4 4 0 5 0 0 174 0 0 0.6977 0.0000 0.0000 8.750 0.93 1.60 -0.67 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.4186 0.5814 0.0000 0 0 0.7511 0.2489 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 675 147 528 135 0 3 0 9 0 0 527 0 1 0.9184 0.0000 0.0019 48.000 0.44 6.00 -5.56 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0928 0.9072 0.0000 0 0 0.6433 0.3567 0.0000
chr10 94402759 CGGAGGAGGCTGACGAGGA C 0.005649 0.050 1 -18 2 520 136 384 66 0 16 0 54 1 0 369 0 14 0.4853 0.0026 0.0391 7.500 0.55 15.52 -14.97 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4440 0.5532 0.0028 1 1 0.4475 0.5497 0.0028 1 1 0.4520 0.5452 0.0028
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 610 222 388 185 0 31 0 6 0 0 388 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 6.161 1.05 6.50 -5.45 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 0 0.6840 0.3160 0.0000 0 0 0.9185 0.0815 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 430 114 316 0 0 7 0 107 0 0 305 0 11 0.0000 0.0000 0.0348 15.286 5.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0538 0.9462 2 2 0.0000 0.0569 0.9431 2 2 0.0000 0.0614 0.9386
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 324 139 185 67 0 4 0 68 0 0 184 0 1 0.4820 0.0000 0.0054 33.750 1.00 2.85 -1.85 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3280 0.5539 0.1181 1 1 0.3313 0.5503 0.1184 1 1 0.3354 0.5458 0.1187
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 210 80 130 41 0 3 0 36 0 0 130 0 0 0.5125 0.0000 0.0000 25.667 0.27 2.97 -2.70 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1755 0.5445 0.2800 1 1 0.1743 0.5422 0.2835 1 1 0.1727 0.5392 0.2881
chr10 124021236 C CG 0.056607 0.050 1 1 1 335 70 265 20 11 20 6 13 0 5 259 1 0 0.2857 0.0000 0.0226 1.900 1.85 1.92 -0.07 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6403 0.3506 0.0091 1 0 0.6348 0.3557 0.0095 1 0 0.6273 0.3625 0.0101
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 335 71 264 19 21 20 5 6 0 2 259 2 1 0.2676 0.0000 0.0189 2.200 1.21 6.17 -4.96 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5772 0.3712 0.0517 1 0 0.5094 0.4403 0.0503 0 1 0.2262 0.7529 0.0209
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 639 139 500 124 1 10 0 4 0 0 499 0 1 0.8921 0.0000 0.0020 12.900 0.91 18.00 -17.09 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0434 0.9566 0.0000 0 0 0.8414 0.1586 0.0000 0 0 0.9554 0.0446 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 413 121 292 71 0 6 0 44 0 0 292 0 0 0.5868 0.0000 0.0000 19.167 0.11 1.34 -1.23 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5969 0.3617 0.0414 1 0 0.5855 0.3695 0.0450 1 0 0.5700 0.3798 0.0501
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 703 149 554 62 2 6 0 79 0 0 548 0 6 0.4161 0.0000 0.0108 23.833 0.19 3.11 -2.92 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0968 0.4996 0.4037 1 1 0.1026 0.5021 0.3952 1 1 0.1108 0.5053 0.3839
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 300 104 196 47 0 2 2 53 0 0 196 0 0 0.4519 0.0000 0.0000 51.000 0.43 1.98 -1.56 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1748 0.5238 0.3014 1 1 0.1787 0.5224 0.2989 1 1 0.1839 0.5207 0.2955
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 539 187 352 167 0 12 0 8 0 0 352 0 0 0.8930 0.0000 0.0000 14.583 0.78 1.88 -1.09 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.6572 0.3428 0.0000 0 0 0.9469 0.0531 0.0000
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.050 1 -21 2 1645 358 1287 96 7 182 13 60 4 10 1146 16 111 0.2682 0.0031 0.1096 0.939 2.55 13.80 -11.25 34 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0047 0.4400 0.5552 1 2 0.0061 0.4716 0.5223 1 1 0.0085 0.5134 0.4781
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 3707 862 2845 388 8 238 9 219 2 5 2837 0 1 0.4501 0.0007 0.0028 2.623 2.64 12.82 -10.18 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1130 243 887 4 0 89 3 147 0 0 887 0 0 0.0165 0.0000 0.0000 1.730 1.25 6.85 -5.60 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9298 0.0702 2 2 0.0000 0.2317 0.7683 2 2 0.0000 0.0928 0.9072
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 944 271 673 88 1 92 1 89 0 0 672 1 0 0.3247 0.0000 0.0015 1.946 0.33 11.49 -11.16 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1626 0.5491 0.2884 1 1 0.1648 0.5452 0.2900 1 1 0.1676 0.5404 0.2920
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.050 1 -12 1 548 144 404 110 1 28 1 4 3 1 400 0 0 0.7639 0.0074 0.0099 4.259 1.32 11.00 -9.68 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0763 0.9237 0.0000 0 0 0.7881 0.2119 0.0000 0 0 0.9188 0.0812 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 346 102 244 0 0 2 0 100 0 0 242 0 2 0.0000 0.0000 0.0082 50.000 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 996 309 687 285 0 13 0 11 0 0 687 0 0 0.9223 0.0000 0.0000 22.769 0.17 1.18 -1.01 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4255 0.5745 0.0000 0 0 0.9399 0.0601 0.0000
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 214 94 120 3 0 1 0 90 0 0 116 1 3 0.0319 0.0000 0.0333 93.000 0.33 2.00 -1.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9258 0.0742 2 2 0.0000 0.4217 0.5783 2 2 0.0000 0.2426 0.7574
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 825 221 604 128 0 8 0 85 0 0 603 0 1 0.5792 0.0000 0.0017 26.625 0.27 1.14 -0.87 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7454 0.2428 0.0117 1 0 0.7329 0.2536 0.0135 1 0 0.7154 0.2683 0.0163
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 472 114 358 59 0 7 1 47 0 0 358 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 15.286 1.32 1.98 -0.66 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3755 0.4976 0.1269 1 1 0.3715 0.4976 0.1309 1 1 0.3660 0.4978 0.1363
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1227 300 927 289 0 6 0 5 0 0 926 0 1 0.9633 0.0000 0.0011 49.000 0.31 6.20 -5.89 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0743 0.9257 0.0000 0 0 0.9577 0.0423 0.0000 0 0 0.9910 0.0090 0.0000
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 831 203 628 191 0 9 0 3 0 0 628 0 0 0.9409 0.0000 0.0000 21.556 0.25 1.00 -0.75 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4828 0.5172 0.0000 0 0 0.9376 0.0624 0.0000 0 0 0.9697 0.0303 0.0000
chr11 5301188 CATCACAGTGA C 0.500000 0.050 1 -10 3 603 137 466 82 0 0 1 54 0 0 462 0 4 0.5985 0.0000 0.0086 137.000 0.15 9.22 -9.08 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5362 0.4086 0.0552 1 0 0.5269 0.4140 0.0591 1 0 0.5142 0.4211 0.0648
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1306 297 1009 276 0 17 0 4 0 0 1009 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 16.471 0.46 3.00 -2.54 72 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6034 0.3966 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 560 143 417 135 0 0 0 8 0 0 417 0 0 0.9441 0.0000 0.0000 143.000 0.39 2.38 -1.98 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1179 0.8821 0.0000 0 0 0.5656 0.4344 0.0000
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 727 140 587 67 0 4 0 69 0 0 584 0 3 0.4786 0.0000 0.0051 34.000 0.78 4.04 -3.27 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1762 0.5348 0.2889 1 1 0.1793 0.5322 0.2885 1 1 0.1834 0.5289 0.2877
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 753 140 613 0 0 14 0 126 0 0 594 0 19 0.0000 0.0000 0.0310 9.000 8.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0272 0.9728 2 2 0.0000 0.0300 0.9700
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 239 117 122 7 1 11 4 94 0 1 121 0 0 0.0598 0.0000 0.0082 9.636 0.57 4.23 -3.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9590 0.0410 2 1 0.0000 0.6909 0.3091
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 659 157 502 1 1 45 16 94 0 0 493 1 8 0.0064 0.0000 0.0179 2.489 0.00 4.98 -4.98 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5351 0.4649 2 2 0.0000 0.1658 0.8342 2 2 0.0000 0.1079 0.8921
chr11 17372490 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 2 704 177 527 106 0 5 0 66 0 0 526 0 1 0.5989 0.0000 0.0019 34.400 0.26 2.97 -2.71 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7227 0.2617 0.0155 1 0 0.7099 0.2724 0.0177 1 0 0.6921 0.2870 0.0209
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 382 211 171 179 2 27 0 3 0 0 171 0 0 0.8483 0.0000 0.0000 6.815 0.37 2.00 -1.63 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4155 0.5845 0.0000 0 0 0.9213 0.0787 0.0000 0 0 0.9617 0.0383 0.0000
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.050 1 -12 1 327 107 220 100 1 4 0 2 0 0 220 0 0 0.9346 0.0000 0.0000 25.500 0.16 6.50 -6.34 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3272 0.6728 0.0000 0 0 0.7601 0.2399 0.0000 0 0 0.8423 0.1577 0.0000
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 265 100 165 52 0 5 0 43 0 0 163 0 2 0.5200 0.0000 0.0121 19.000 0.31 6.16 -5.86 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3233 0.5149 0.1618 1 1 0.3211 0.5138 0.1651 1 1 0.3182 0.5124 0.1694
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 788 241 547 127 0 12 0 102 0 0 545 0 2 0.5270 0.0000 0.0037 19.083 0.35 3.08 -2.73 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5119 0.4354 0.0527 1 0 0.5045 0.4389 0.0566 1 0 0.4943 0.4435 0.0623
chr11 56093801 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 843 209 634 198 0 3 0 8 0 0 634 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 68.667 0.27 2.62 -2.35 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3901 0.6099 0.0000 0 0 0.8553 0.1447 0.0000
chr11 56093830 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 836 204 632 194 3 1 0 6 0 0 632 0 0 0.9510 0.0000 0.0000 201.000 0.26 2.83 -2.58 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 0 0.7000 0.3000 0.0000 0 0 0.9232 0.0768 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1032 222 810 0 0 4 2 216 0 0 801 0 9 0.0000 0.0000 0.0111 54.500 2.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0043 0.9957
chr11 56577367 CCATTGAAG C 0.500000 0.050 1 -8 1 967 237 730 227 0 3 0 7 0 0 730 0 0 0.9578 0.0000 0.0000 78.000 0.18 6.86 -6.68 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 0 0.7157 0.2843 0.0000 0 0 0.9448 0.0552 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 85 43 42 41 0 0 0 2 0 0 42 0 0 0.9535 0.0000 0.0000 43.000 0.20 2.00 -1.80 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0969 0.9031 0.0000 0 1 0.4196 0.5804 0.0000 0 0 0.5596 0.4404 0.0000
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 3 310 105 205 48 0 21 0 36 0 0 201 2 2 0.4571 0.0000 0.0195 4.200 1.31 6.19 -4.88 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3460 0.5051 0.1489 1 1 0.3429 0.5047 0.1524 1 1 0.3387 0.5042 0.1571
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 328 141 187 3 2 18 5 113 0 0 186 0 1 0.0213 0.0000 0.0053 6.833 0.00 3.33 -3.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9927 0.0073 2 1 0.0000 0.5914 0.4086 2 2 0.0000 0.2685 0.7315
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 865 201 664 106 1 30 1 63 0 0 628 0 36 0.5274 0.0000 0.0542 5.700 0.24 5.86 -5.62 66 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3010 0.5484 0.1506 1 1 0.3007 0.5447 0.1546 1 1 0.3001 0.5401 0.1598
chr11 71565608 C CAGAGGCTGTGGCTCCGGCTGT 0.500000 0.050 1 21 2 862 196 666 130 2 1 4 59 1 0 636 0 29 0.6633 0.0015 0.0450 194.000 0.66 3.95 -3.29 94 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7333 0.2540 0.0127 1 0 0.7209 0.2645 0.0146 1 0 0.7037 0.2788 0.0175
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 950 266 684 0 0 3 0 263 0 0 683 0 1 0.0000 0.0000 0.0015 87.667 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0018 0.9982
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 767 151 616 128 1 17 0 5 0 0 616 0 0 0.8477 0.0000 0.0000 7.882 0.66 3.60 -2.94 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 1 0.4607 0.5393 0.0000 0 0 0.7746 0.2254 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 113 49 64 2 0 0 0 47 0 0 63 0 1 0.0408 0.0000 0.0156 49.000 0.00 2.72 -2.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8851 0.1149 2 1 0.0000 0.5374 0.4626 2 2 0.0000 0.3994 0.6006
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 562 133 429 71 0 4 0 58 0 0 424 0 5 0.5338 0.0000 0.0117 32.250 0.52 4.52 -4.00 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3290 0.5218 0.1492 1 1 0.3270 0.5202 0.1528 1 1 0.3242 0.5181 0.1577
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 695 99 596 82 0 0 0 17 0 0 596 0 0 0.8283 0.0000 0.0000 99.000 0.23 1.47 -1.24 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0225 0.9774 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0128 0.9872 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1281 364 917 3 1 69 5 286 0 0 917 0 0 0.0082 0.0000 0.0000 4.324 1.00 7.55 -6.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0848 0.9152 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 787 254 533 0 0 45 1 208 0 0 533 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.622 9.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0066 0.9934
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 301 122 179 112 0 3 0 7 0 0 179 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 39.667 0.27 6.86 -6.59 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1287 0.8713 0.0000 0 0 0.5209 0.4791 0.0000
chr11 124396801 A AG 0.500000 0.050 1 1 2 899 207 692 100 0 11 0 96 0 0 692 0 0 0.4831 0.0000 0.0000 17.818 0.14 1.35 -1.21 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2661 0.5547 0.1792 1 1 0.2669 0.5506 0.1825 1 1 0.2677 0.5455 0.1868
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 392 138 254 76 0 9 0 53 0 0 254 0 0 0.5507 0.0000 0.0000 14.333 0.45 5.72 -5.27 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5394 0.4051 0.0555 1 0 0.5298 0.4107 0.0595 1 0 0.5168 0.4181 0.0651
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 372 111 261 1 89 16 2 3 0 1 260 0 0 0.0090 0.0000 0.0038 5.812 0.00 5.67 -5.67 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0595 0.9405 0.0000 0 0 0.5245 0.4755 0.0000 0 0 0.7193 0.2807 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 372 114 258 3 1 14 0 96 0 0 256 1 1 0.0263 0.0000 0.0078 7.143 2.33 3.75 -1.42 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9751 0.0249 2 1 0.0000 0.5480 0.4520 2 2 0.0000 0.2926 0.7074
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 336 108 228 105 0 0 0 3 0 0 228 0 0 0.9722 0.0000 0.0000 108.000 1.69 2.00 -0.31 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2181 0.7819 0.0000 0 0 0.8214 0.1786 0.0000 0 0 0.9120 0.0880 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 336 123 213 55 0 0 0 68 0 0 210 0 3 0.4472 0.0000 0.0141 123.000 1.95 1.88 0.06 19 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0696 0.4389 0.4915 1 2 0.0730 0.4417 0.4853 1 2 0.0778 0.4453 0.4770
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 577 135 442 59 0 3 0 73 0 0 439 0 3 0.4370 0.0000 0.0068 44.000 0.07 3.04 -2.97 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2015 0.6341 0.1644 1 1 0.2094 0.6304 0.1602 1 1 0.2202 0.6252 0.1546
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 587 136 451 61 0 2 0 73 0 0 448 0 3 0.4485 0.0000 0.0067 67.000 0.07 3.05 -2.99 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2207 0.6313 0.1480 1 1 0.2284 0.6269 0.1446 1 1 0.2387 0.6211 0.1402
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 376 122 254 0 0 27 11 84 0 0 252 0 2 0.0000 0.0000 0.0079 3.519 2.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0651 0.9349 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0725 0.9275
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 3286 804 2482 373 2 6 1 422 0 0 2466 0 16 0.4639 0.0000 0.0064 133.000 1.96 4.05 -2.09 75 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0007 0.1443 0.8550 1 2 0.0009 0.1502 0.8489 1 2 0.0013 0.1587 0.8400
chr12 8224771 TG T 0.014915 0.050 1 -1 1 810 333 477 172 0 2 1 158 0 0 477 0 0 0.5165 0.0000 0.0000 165.000 0.45 2.25 -1.80 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5569 0.4408 0.0023 1 0 0.5582 0.4394 0.0024 1 0 0.5594 0.4381 0.0026
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.050 1 3 3 193 61 132 32 0 4 0 25 0 0 132 0 0 0.5246 0.0000 0.0000 14.250 0.84 3.08 -2.24 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5212 0.4456 0.0332 1 0 0.5189 0.4472 0.0339 1 0 0.5157 0.4494 0.0349
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 226 81 145 37 0 4 0 40 0 0 143 0 2 0.4568 0.0000 0.0138 19.250 0.32 4.88 -4.55 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1817 0.5161 0.3022 1 1 0.1843 0.5149 0.3008 1 1 0.1878 0.5133 0.2989
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 306 150 156 69 0 8 1 72 0 0 154 0 2 0.4600 0.0000 0.0128 17.750 2.23 4.15 -1.92 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1016 0.5085 0.3899 1 1 0.1038 0.5069 0.3894 1 1 0.1067 0.5048 0.3885
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 482 110 372 54 0 3 0 53 0 0 371 0 1 0.4909 0.0000 0.0027 35.667 0.46 2.32 -1.86 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3981 0.5329 0.0690 1 1 0.4002 0.5305 0.0693 1 1 0.4029 0.5273 0.0698
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 437 105 332 99 0 1 0 5 0 0 332 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 104.000 0.16 3.80 -3.64 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.3829 0.6171 0.0000 0 0 0.7182 0.2818 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 2281 869 1412 409 27 136 14 283 3 3 1401 1 4 0.4707 0.0021 0.0078 5.396 3.18 8.17 -4.99 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9970 0.0030 0.0000 1 0 0.9964 0.0036 0.0000 1 0 0.9953 0.0047 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1491 285 1206 96 1 118 4 66 0 3 1152 1 50 0.3368 0.0000 0.0448 1.415 4.44 3.80 0.63 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0582 0.4454 0.4964 1 2 0.0622 0.4481 0.4897 1 2 0.0678 0.4517 0.4805
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.050 1 1 2 214 80 134 73 3 2 0 2 0 0 134 0 0 0.9125 0.0000 0.0000 38.500 0.26 1.50 -1.24 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4135 0.5865 0.0000 0 0 0.8180 0.1820 0.0000 0 0 0.8848 0.1152 0.0000
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 366 116 250 48 0 20 0 48 0 0 248 0 2 0.4138 0.0000 0.0080 4.800 0.33 16.88 -16.54 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4209 0.5517 0.0274 1 1 0.4240 0.5486 0.0274 1 1 0.4279 0.5447 0.0274
chr12 52321002 TCTC T 0.000784 0.050 1 -3 2 666 230 436 205 2 20 0 3 0 0 436 0 0 0.8913 0.0000 0.0000 10.500 0.22 2.33 -2.11 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 925 226 699 11 1 18 3 193 0 0 698 1 0 0.0487 0.0000 0.0014 11.500 0.09 13.11 -13.02 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9543 0.0457 2 2 0.0000 0.4478 0.5522
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1138 311 827 138 1 78 0 94 0 0 819 0 8 0.4437 0.0000 0.0097 2.974 0.31 14.10 -13.78 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8129 0.1860 0.0011 1 0 0.8055 0.1933 0.0012 1 0 0.7951 0.2035 0.0015
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 323 71 252 0 0 5 1 65 0 0 251 0 1 0.0000 0.0000 0.0040 13.200 1.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2986 0.7014 2 2 0.0000 0.3057 0.6943 2 2 0.0000 0.3156 0.6844
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 314 77 237 3 0 0 0 74 0 0 235 0 2 0.0390 0.0000 0.0084 77.000 0.00 1.19 -1.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9659 0.0341 2 1 0.0000 0.6239 0.3761 2 2 0.0000 0.4188 0.5812
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.050 1 -1 1 399 92 307 59 5 13 2 13 0 0 307 0 0 0.6413 0.0000 0.0000 5.923 1.31 1.46 -0.16 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3462 0.6527 0.0011 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.0723 0.9277 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 124 65 59 0 0 1 0 64 0 0 59 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 64.000 2.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1013 0.8987 2 2 0.0000 0.1042 0.8958 2 2 0.0000 0.1085 0.8915
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 358 104 254 94 0 4 0 6 0 0 254 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 25.000 1.02 4.17 -3.15 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2136 0.7864 0.0000 0 0 0.6008 0.3992 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.050 1 3 2 155 52 103 29 0 0 0 23 0 0 103 0 0 0.5577 0.0000 0.0000 52.000 0.17 3.22 -3.04 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3792 0.4891 0.1317 1 1 0.3768 0.4893 0.1339 1 1 0.3737 0.4895 0.1368
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1045 283 762 0 0 21 1 261 0 0 761 0 1 0.0000 0.0000 0.0013 12.476 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 488 139 349 18 3 35 1 82 0 0 343 1 5 0.1295 0.0000 0.0172 2.971 0.61 3.22 -2.61 0 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0011 0.1206 0.8783 2 1 0.0000 0.9948 0.0051 2 1 0.0000 0.9965 0.0035
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 408 110 298 4 1 4 2 99 0 0 296 0 2 0.0364 0.0000 0.0067 26.250 3.00 3.69 -0.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9850 0.0150 2 1 0.0000 0.5823 0.4177 2 2 0.0000 0.3049 0.6951
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1764 467 1297 252 0 98 3 114 4 10 1231 1 51 0.5396 0.0031 0.0509 3.745 1.15 21.33 -20.19 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9728 0.0271 0.0001 1 0 0.9687 0.0312 0.0001 1 0 0.9622 0.0376 0.0002
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 639 143 496 8 0 7 0 128 0 0 483 0 13 0.0559 0.0000 0.0262 19.429 0.75 8.38 -7.63 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8659 0.1341 2 2 0.0000 0.3996 0.6004
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 670 191 479 5 1 23 14 148 0 0 479 0 0 0.0262 0.0000 0.0000 7.261 2.40 4.23 -1.83 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9962 0.0038 2 2 0.0000 0.4975 0.5025 2 2 0.0000 0.1600 0.8400
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 215 104 111 52 0 1 0 51 0 0 111 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 103.000 0.58 2.39 -1.82 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2460 0.5311 0.2229 1 1 0.2468 0.5288 0.2244 1 1 0.2478 0.5258 0.2264
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 431 86 345 29 20 10 11 16 1 0 340 0 4 0.3372 0.0029 0.0145 7.100 1.52 4.19 -2.67 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5108 0.4180 0.0712 1 0 0.5014 0.4232 0.0754 1 0 0.4888 0.4300 0.0812
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 396 129 267 0 0 10 1 118 0 0 258 0 9 0.0000 0.0000 0.0337 11.900 5.51 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0384 0.9616 2 2 0.0000 0.0408 0.9592 2 2 0.0000 0.0444 0.9556
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 334 85 249 35 0 7 0 43 0 0 242 0 7 0.4118 0.0000 0.0281 11.143 0.37 12.67 -12.30 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0994 0.4628 0.4379 1 1 0.1036 0.4653 0.4312 1 1 0.1094 0.4684 0.4222
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 720 197 523 0 0 28 0 169 0 0 500 0 23 0.0000 0.0000 0.0440 6.036 8.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 248 91 157 6 2 25 1 57 0 0 152 1 4 0.0659 0.0000 0.0318 2.600 0.00 2.84 -2.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9770 0.0230 2 1 0.0000 0.8103 0.1897
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 176 57 119 26 1 11 1 18 0 0 118 0 1 0.4561 0.0000 0.0084 4.182 1.77 3.28 -1.51 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3333 0.4997 0.1670 1 1 0.3304 0.4997 0.1700 1 1 0.3264 0.4997 0.1739
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 248 77 171 0 0 7 3 67 0 0 168 0 3 0.0000 0.0000 0.0175 10.000 9.22 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1375 0.8625 2 2 0.0000 0.1419 0.8581 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr12 131828558 C CCGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 9 1 248 75 173 1 0 3 0 71 0 0 170 0 3 0.0133 0.0000 0.0173 24.000 0.00 8.87 -8.87 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4418 0.5582 2 2 0.0000 0.2391 0.7609 2 2 0.0000 0.1974 0.8026
chr12 132701283 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 194 89 105 84 1 2 0 2 0 0 105 0 0 0.9438 0.0000 0.0000 43.000 0.40 1.50 -1.10 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2555 0.7445 0.0000 0 0 0.6827 0.3173 0.0000 0 0 0.7848 0.2152 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 733 151 582 73 4 28 1 45 0 1 579 0 2 0.4834 0.0000 0.0052 4.393 0.27 6.00 -5.73 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6393 0.3295 0.0312 1 0 0.6273 0.3384 0.0343 1 0 0.6111 0.3501 0.0388
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.050 1 -1 2 359 183 176 84 0 34 0 65 0 0 176 0 0 0.4590 0.0000 0.0000 4.382 0.26 1.06 -0.80 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6528 0.3371 0.0101 1 0 0.6474 0.3419 0.0108 1 0 0.6400 0.3483 0.0117
chr13 24498192 TCCA T 0.000161 0.050 1 -3 1 197 86 111 42 0 5 1 38 0 0 111 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 16.200 0.21 2.97 -2.76 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5126 0.4874 0.0001 1 0 0.5130 0.4869 0.0001 1 0 0.5135 0.4865 0.0001
chr13 41068626 CAGAAAGAAA C 0.000516 0.050 1 -9 2 175 89 86 33 0 3 0 53 0 0 85 0 1 0.3708 0.0000 0.0116 28.667 0.36 7.74 -7.37 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2412 0.7579 0.0010 1 1 0.2501 0.7490 0.0010 1 1 0.2620 0.7371 0.0009
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 185 74 111 69 0 2 0 3 0 0 110 0 1 0.9324 0.0000 0.0090 36.000 0.38 5.00 -4.62 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1676 0.8324 0.0000 0 0 0.9021 0.0979 0.0000 0 0 0.9664 0.0336 0.0000
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 550 167 383 85 0 6 1 75 0 0 382 0 1 0.5090 0.0000 0.0026 26.833 0.21 13.09 -12.88 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3386 0.5249 0.1365 1 1 0.3371 0.5228 0.1401 1 1 0.3350 0.5201 0.1449
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.050 1 -3 4 407 100 307 0 0 4 0 96 0 0 302 0 5 0.0000 0.0000 0.0163 24.000 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2527 0.7473 2 2 0.0000 0.2624 0.7376 2 2 0.0000 0.2762 0.7238
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 662 107 555 0 0 10 1 96 0 0 548 1 6 0.0000 0.0000 0.0126 9.700 4.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0166 0.9834 2 2 0.0000 0.0174 0.9826 2 2 0.0000 0.0187 0.9813
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 299 116 183 71 0 42 0 3 0 0 182 0 1 0.6121 0.0000 0.0055 1.762 0.73 15.00 -14.27 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0086 0.9914 0.0000 0 1 0.2849 0.7151 0.0000 0 0 0.5537 0.4463 0.0000
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 502 111 391 51 0 4 0 56 0 0 390 0 1 0.4595 0.0000 0.0026 26.750 1.18 3.54 -2.36 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1701 0.5221 0.3078 1 1 0.1732 0.5205 0.3064 1 1 0.1773 0.5183 0.3043
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1792 427 1365 214 0 11 0 202 0 0 1364 0 1 0.5012 0.0000 0.0007 37.818 0.25 1.87 -1.62 62 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1808 0.6525 0.1667 1 1 0.1815 0.6439 0.1746 1 1 0.1821 0.6328 0.1851
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 860 229 631 202 1 23 0 3 0 0 631 0 0 0.8821 0.0000 0.0000 9.364 0.21 2.00 -1.79 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6152 0.3848 0.0000 0 0 0.9603 0.0397 0.0000 0 0 0.9807 0.0193 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 437 108 329 0 0 3 0 105 0 0 319 0 10 0.0000 0.0000 0.0304 35.000 17.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0691 0.9309 2 2 0.0000 0.0729 0.9271 2 2 0.0000 0.0785 0.9215
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 387 92 295 1 0 5 1 85 0 0 292 0 3 0.0109 0.0000 0.0102 17.400 0.00 1.19 -1.19 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1852 0.8148 2 2 0.0000 0.0848 0.9152 2 2 0.0000 0.0684 0.9316
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 714 181 533 159 3 16 0 3 1 0 532 0 0 0.8785 0.0019 0.0019 10.250 0.58 5.00 -4.42 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6443 0.3557 0.0000 0 0 0.9678 0.0322 0.0000 0 0 0.9849 0.0151 0.0000
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 1161 306 855 144 0 11 1 150 0 0 852 0 3 0.4706 0.0000 0.0035 29.500 0.19 3.15 -2.95 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2119 0.6315 0.1566 1 1 0.2193 0.6244 0.1562 1 1 0.2292 0.6153 0.1555
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 540 147 393 71 0 16 0 60 0 0 392 0 1 0.4830 0.0000 0.0025 8.188 0.30 2.88 -2.59 13 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4700 0.4640 0.0660 1 0 0.4673 0.4645 0.0682 1 1 0.4636 0.4653 0.0711
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 503 136 367 5 1 13 48 69 0 0 366 0 1 0.0368 0.0000 0.0027 5.846 0.60 2.93 -2.33 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.6218 0.3782 2 2 0.0000 0.2850 0.7150
chr14 22902056 G GGCA 0.026182 0.050 1 3 1 503 134 369 7 1 17 59 50 0 0 368 1 0 0.0522 0.0000 0.0027 3.750 0.57 2.78 -2.21 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.9836 0.0164
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.050 1 6 2 441 108 333 54 0 3 0 51 0 0 329 0 4 0.5000 0.0000 0.0120 35.000 0.22 5.37 -5.15 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3819 0.5416 0.0765 1 1 0.3845 0.5388 0.0768 1 1 0.3878 0.5352 0.0770
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 662 190 472 1 8 28 7 146 0 0 471 1 0 0.0053 0.0000 0.0021 26.000 1.00 3.92 -2.92 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1860 0.8140 2 2 0.0000 0.0692 0.9308 2 2 0.0000 0.0449 0.9551
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 660 185 475 1 2 28 4 150 0 0 473 1 1 0.0054 0.0000 0.0042 6.240 1.00 4.00 -3.00 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1115 0.8885 2 2 0.0000 0.0396 0.9604 2 2 0.0000 0.0280 0.9720
chr14 23275591 ACATCAT A 0.007529 0.050 1 -6 1 334 56 278 3 0 8 0 45 0 0 276 0 2 0.0536 0.0000 0.0072 6.000 2.00 6.07 -4.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9968 0.0032 2 1 0.0000 0.9924 0.0076
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 358 66 292 55 1 6 0 4 0 0 292 0 0 0.8333 0.0000 0.0000 10.000 3.76 6.50 -2.74 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0098 0.9902 0.0000 0 1 0.3135 0.6865 0.0000 0 0 0.5896 0.4104 0.0000
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 352 114 238 44 0 27 0 43 0 0 235 0 3 0.3860 0.0000 0.0126 3.222 0.41 5.23 -4.82 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2855 0.5344 0.1801 1 1 0.2878 0.5321 0.1802 1 1 0.2907 0.5292 0.1801
chr14 36581064 A ACCG 0.000469 0.050 1 3 2 352 121 231 64 1 12 0 44 0 1 227 0 3 0.5289 0.0000 0.0173 9.083 0.45 3.50 -3.05 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6899 0.3101 0.0000 1 0 0.6844 0.3156 0.0001 1 0 0.6769 0.3231 0.0001
chr14 45246836 TAGG T 0.000016 0.050 1 -3 2 358 89 269 49 0 1 0 39 0 0 268 0 1 0.5506 0.0000 0.0037 88.000 0.45 3.26 -2.81 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5833 0.4167 0.0000 1 0 0.5811 0.4189 0.0000 1 0 0.5781 0.4219 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 667 134 533 2 0 19 1 112 1 0 516 0 16 0.0149 0.0019 0.0319 6.053 0.00 7.67 -7.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5135 0.4865 2 2 0.0000 0.0597 0.9403 2 2 0.0000 0.0278 0.9722
chr14 61792843 TA T 0.004435 0.050 1 -1 3 63 36 27 21 0 0 0 15 0 0 27 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 36.000 0.10 1.20 -1.10 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5610 0.4377 0.0014 1 0 0.5589 0.4396 0.0014 1 0 0.5563 0.4423 0.0014
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 618 157 461 0 0 27 1 129 0 0 458 0 3 0.0000 0.0000 0.0065 4.778 7.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 472 112 360 1 0 14 6 91 0 0 360 0 0 0.0089 0.0000 0.0000 6.857 3.00 4.67 -1.67 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4075 0.5925 2 2 0.0000 0.2159 0.7841 2 2 0.0000 0.1796 0.8204
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 466 109 357 1 3 6 10 89 0 0 356 1 0 0.0092 0.0000 0.0028 19.600 3.00 4.63 -1.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5221 0.4779 2 2 0.0000 0.2839 0.7161 2 2 0.0000 0.2178 0.7822
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 485 160 325 64 0 14 2 80 0 0 325 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 10.429 0.48 3.23 -2.74 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0504 0.4110 0.5386 1 2 0.0533 0.4146 0.5321 1 2 0.0574 0.4194 0.5233
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 333 113 220 106 0 1 0 6 0 0 219 0 1 0.9381 0.0000 0.0045 112.000 0.22 7.67 -7.45 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1750 0.8250 0.0000 0 0 0.6106 0.3894 0.0000
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.050 1 -3 1 179 59 120 30 0 2 0 27 0 0 120 0 0 0.5085 0.0000 0.0000 28.500 0.00 3.26 -3.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4618 0.4886 0.0496 1 1 0.4615 0.4884 0.0501 1 1 0.4609 0.4883 0.0508
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.050 1 3 1 572 121 451 109 1 6 0 5 0 0 451 0 0 0.9008 0.0000 0.0000 19.000 0.59 3.20 -2.61 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0124 0.9876 0.0000 0 0 0.5953 0.4047 0.0000 0 0 0.8571 0.1429 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 292 97 195 53 0 13 1 30 0 0 193 0 2 0.5464 0.0000 0.0103 6.462 0.40 8.63 -8.24 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5438 0.3981 0.0581 1 0 0.5349 0.4035 0.0616 1 0 0.5228 0.4106 0.0666
chr14 104707525 ACCCCAC A 0.082909 0.050 1 -6 2 493 88 405 37 0 11 0 40 0 0 402 0 3 0.4205 0.0000 0.0074 7.000 1.03 5.97 -4.95 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3597 0.5815 0.0588 1 1 0.3641 0.5777 0.0582 1 1 0.3699 0.5728 0.0573
chr14 104931765 CTGTCCCCA C 0.000527 0.050 1 -8 1 488 151 337 145 0 2 0 4 0 0 337 0 0 0.9603 0.0000 0.0000 74.500 0.25 8.00 -7.75 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9907 0.0093 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 20534604 TCGTATCTTCTCCTCCTGCTCCCGTATCTTCTCCTCCTGCTCC T 0.091913 0.050 1 -42 1 2202 783 1419 463 37 96 12 175 35 39 1339 4 2 0.5913 0.0247 0.0564 7.204 1.37 5.46 -4.10 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 22786677 A AGCG 0.006077 0.050 1 3 1 338 88 250 4 40 8 0 36 0 0 247 1 2 0.0455 0.0000 0.0120 11.429 2.75 4.11 -1.36 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5257 0.4722 0.0021 1 0 0.5256 0.4723 0.0021 1 0 0.5252 0.4726 0.0022
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 338 91 247 33 9 7 1 41 0 1 246 0 0 0.3626 0.0000 0.0040 11.857 3.70 4.90 -1.21 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3758 0.5227 0.1015 1 1 0.3771 0.5208 0.1021 1 1 0.3787 0.5186 0.1027
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.050 1 -4 5 268 47 221 22 0 3 0 22 0 0 220 0 1 0.4681 0.0000 0.0045 14.667 0.73 4.18 -3.45 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3449 0.5194 0.1357 1 1 0.3462 0.5181 0.1357 1 1 0.3478 0.5165 0.1356
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 661 109 552 0 0 3 0 106 1 1 457 68 25 0.0000 0.0018 0.1721 35.333 3.81 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1933 525 1408 0 1 6 3 515 0 1 1380 7 20 0.0000 0.0000 0.0199 86.333 3.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 479 128 351 39 1 4 0 84 0 0 348 0 3 0.3047 0.0000 0.0085 31.000 0.26 2.04 -1.78 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0121 0.2310 0.7569 1 2 0.0142 0.2445 0.7413 1 2 0.0174 0.2631 0.7195
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 256 102 154 0 0 4 4 94 0 0 149 0 5 0.0000 0.0000 0.0325 24.500 2.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0382 0.9618 2 2 0.0000 0.0401 0.9599 2 2 0.0000 0.0430 0.9570
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 663 160 503 68 6 25 1 60 0 0 500 0 3 0.4250 0.0000 0.0060 5.625 1.59 3.60 -2.01 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2470 0.5582 0.1949 1 1 0.2442 0.5555 0.2003 1 1 0.2404 0.5521 0.2075
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.050 1 -3 3 253 74 179 47 0 3 0 24 0 0 177 0 2 0.6351 0.0000 0.0112 23.667 0.36 3.29 -2.93 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6767 0.3083 0.0150 1 0 0.6689 0.3151 0.0161 1 0 0.6583 0.3241 0.0176
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 323 89 234 70 0 18 0 1 0 0 234 0 0 0.7865 0.0000 0.0000 3.944 0.94 6.00 -5.06 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9025 0.0975 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9678 0.0322 0.0000
chr15 40856876 A ACAC 0.001692 0.050 1 3 2 313 115 198 55 0 11 0 49 0 0 195 0 3 0.4783 0.0000 0.0152 9.455 0.18 3.61 -3.43 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5037 0.4957 0.0006 1 0 0.5047 0.4946 0.0006 1 0 0.5059 0.4934 0.0007
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 235 70 165 36 0 1 0 33 0 0 163 0 2 0.5143 0.0000 0.0121 69.000 0.14 5.88 -5.74 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4430 0.5117 0.0453 1 1 0.4440 0.5105 0.0455 1 1 0.4452 0.5089 0.0459
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 186 92 94 48 0 0 0 44 0 0 94 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 92.000 0.23 2.98 -2.75 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2993 0.5205 0.1802 1 1 0.2986 0.5189 0.1825 1 1 0.2976 0.5168 0.1856
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 232 123 109 68 0 2 0 53 0 0 108 0 1 0.5528 0.0000 0.0092 60.500 0.85 3.25 -2.39 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3607 0.5098 0.1295 1 1 0.3553 0.5101 0.1346 1 1 0.3482 0.5104 0.1414
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 466 126 340 51 0 15 4 56 0 1 339 0 0 0.4048 0.0000 0.0029 7.400 0.75 3.32 -2.58 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1206 0.4990 0.3804 1 1 0.1236 0.4984 0.3781 1 1 0.1275 0.4976 0.3749
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 458 102 356 77 0 21 0 4 0 0 356 0 0 0.7549 0.0000 0.0000 3.857 0.23 18.25 -18.02 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0418 0.9582 0.0000 0 0 0.6653 0.3347 0.0000 0 0 0.8604 0.1396 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 878 217 661 15 5 123 7 67 0 0 638 0 23 0.0691 0.0000 0.0348 1.586 1.60 14.93 -13.33 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9812 0.0188
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 860 214 646 7 5 16 6 180 0 0 645 0 1 0.0327 0.0000 0.0015 12.062 0.57 10.74 -10.17 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6885 0.3115 2 2 0.0000 0.1526 0.8474
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 395 137 258 0 1 11 1 124 0 0 251 0 7 0.0000 0.0000 0.0271 11.455 6.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 350 129 221 64 0 3 0 62 0 0 221 0 0 0.4961 0.0000 0.0000 42.000 0.31 2.05 -1.74 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2446 0.5382 0.2172 1 1 0.2452 0.5353 0.2194 1 1 0.2460 0.5318 0.2223
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 514 187 327 0 0 48 127 12 0 0 317 10 0 0.0000 0.0000 0.0306 2.896 4.08 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1193 0.8807 2 2 0.0000 0.1275 0.8725 2 2 0.0000 0.1396 0.8604
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 514 187 327 2 0 42 0 143 0 0 317 0 10 0.0107 0.0000 0.0306 3.452 0.00 6.26 -6.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5423 0.4577 2 2 0.0000 0.1584 0.8416 2 2 0.0000 0.1038 0.8962
chr15 99712504 CCAGCAGCAGCAGCAG C 0.005699 0.050 1 -15 2 515 210 305 174 2 27 4 3 0 0 305 0 0 0.8286 0.0000 0.0000 6.741 4.97 10.33 -5.37 60 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5402 0.4598 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 39 11 28 1 0 1 0 9 0 0 28 0 0 0.0909 0.0000 0.0000 10.000 0.00 1.22 -1.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0814 0.8362 0.0824 2 1 0.0621 0.8026 0.1353 2 1 0.0534 0.7824 0.1642
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 334 94 240 44 0 2 0 48 0 0 236 0 4 0.4681 0.0000 0.0167 46.000 0.27 2.94 -2.66 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2247 0.5476 0.2276 1 1 0.2293 0.5454 0.2253 1 1 0.2353 0.5426 0.2221
chr16 805517 GGCAGCT G 0.053997 0.050 1 -6 4 409 123 286 119 0 2 0 2 0 0 286 0 0 0.9675 0.0000 0.0000 60.500 0.34 6.50 -6.16 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9304 0.0696 0.0000 0 0 0.9886 0.0114 0.0000 0 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.050 1 3 2 579 134 445 64 0 14 0 56 0 0 444 0 1 0.4776 0.0000 0.0022 8.571 0.41 4.16 -3.75 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4749 0.4737 0.0514 1 0 0.4737 0.4736 0.0527 1 1 0.4721 0.4736 0.0544
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 461 83 378 0 0 2 0 81 0 0 377 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 40.500 6.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 461 83 378 0 0 2 0 81 0 0 377 0 1 0.0000 0.0000 0.0026 40.500 6.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2769159 CTCT C 0.000744 0.050 1 -3 2 293 76 217 67 0 6 0 3 0 0 217 0 0 0.8816 0.0000 0.0000 11.667 0.48 3.33 -2.86 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9819 0.0181 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 396 90 306 0 0 6 0 84 0 0 302 0 4 0.0000 0.0000 0.0131 14.000 3.01 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0645 0.9355 2 2 0.0000 0.0673 0.9327 2 2 0.0000 0.0712 0.9288
chr16 11915673 C CCCGCCG 0.014470 0.050 1 6 1 451 128 323 31 0 56 1 40 2 3 312 0 6 0.2422 0.0062 0.0341 1.268 2.45 7.92 -5.47 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3351 0.6502 0.0147 1 1 0.3416 0.6440 0.0144 1 1 0.3501 0.6359 0.0139
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 209 70 139 0 0 0 1 69 0 0 139 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 70.000 2.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 737 265 472 112 2 14 3 134 0 0 472 0 0 0.4226 0.0000 0.0000 17.857 0.16 8.75 -8.59 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1218 0.6230 0.2552 1 1 0.1298 0.6210 0.2492 1 1 0.1408 0.6180 0.2412
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 962 217 745 84 1 65 1 66 0 0 743 1 1 0.3871 0.0000 0.0027 2.323 1.05 9.56 -8.51 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4196 0.0495 1 0 0.5254 0.4224 0.0522 1 0 0.5180 0.4262 0.0558
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 385 162 223 155 2 1 1 3 0 0 223 0 0 0.9568 0.0000 0.0000 160.000 0.10 9.33 -9.24 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1648 0.8352 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000 0 0 0.9141 0.0859 0.0000
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 385 161 224 156 1 0 0 4 0 0 224 0 0 0.9689 0.0000 0.0000 160.000 0.12 7.25 -7.13 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0703 0.9297 0.0000 0 0 0.7681 0.2319 0.0000 0 0 0.9067 0.0933 0.0000
chr16 70920692 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 456 132 324 120 0 6 0 6 0 0 324 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 21.000 0.27 3.00 -2.73 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2597 0.7403 0.0000 0 0 0.6563 0.3437 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 262 119 143 6 1 22 0 90 0 1 141 0 1 0.0504 0.0000 0.0140 4.364 0.00 7.46 -7.46 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9029 0.0971 2 1 0.0000 0.5979 0.4021
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 362 117 245 107 0 7 0 3 0 0 244 0 1 0.9145 0.0000 0.0041 15.714 0.11 15.00 -14.89 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 1 0.4918 0.5082 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 196 86 110 0 0 1 0 85 0 0 105 0 5 0.0000 0.0000 0.0455 85.000 4.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0941 0.9059 2 2 0.0000 0.0980 0.9020 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 480 126 354 4 0 34 0 88 0 0 331 0 23 0.0317 0.0000 0.0650 2.706 1.75 7.78 -6.03 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9767 0.0233 2 2 0.0000 0.4828 0.5172 2 2 0.0000 0.2356 0.7644
chr16 88436563 GCTTCCCGGGAACACC G 0.500000 0.050 1 -15 3 676 154 522 79 0 4 0 71 0 0 517 0 5 0.5130 0.0000 0.0096 37.500 0.68 13.69 -13.01 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2613 0.5445 0.1942 1 1 0.2619 0.5411 0.1969 1 1 0.2626 0.5369 0.2004
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 644 132 512 0 1 5 5 121 0 0 503 1 8 0.0000 0.0000 0.0176 25.400 7.64 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0523 0.9477 2 2 0.0000 0.0483 0.9517 2 2 0.0000 0.0477 0.9523
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 641 124 517 0 0 3 8 113 0 0 508 1 8 0.0000 0.0000 0.0174 39.667 8.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0360 0.9640 2 2 0.0000 0.0384 0.9616 2 2 0.0000 0.0419 0.9581
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 640 128 512 0 0 4 0 124 0 0 499 5 8 0.0000 0.0000 0.0254 62.000 7.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 784 156 628 0 0 10 1 145 0 0 624 1 3 0.0000 0.0000 0.0064 14.600 6.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0267 0.9733
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 573 131 442 11 0 2 0 118 0 0 441 0 1 0.0840 0.0000 0.0023 64.500 0.82 4.55 -3.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9880 0.0120 2 1 0.0000 0.7746 0.2254
chr16 88733987 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 846 235 611 104 9 19 3 100 0 0 611 0 0 0.4426 0.0000 0.0000 10.947 0.48 3.22 -2.74 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3145 0.5448 0.1408 1 1 0.3138 0.5414 0.1449 1 1 0.3126 0.5371 0.1503
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 150 77 73 1 0 3 0 73 0 0 73 0 0 0.0130 0.0000 0.0000 24.667 0.00 4.29 -4.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4491 0.5509 2 2 0.0000 0.2437 0.7563 2 2 0.0000 0.2013 0.7987
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 375 163 212 3 0 3 0 157 0 0 212 0 0 0.0184 0.0000 0.0000 53.333 0.00 1.28 -1.28 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5314 0.4686 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0318 0.9682
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.050 1 -16 1 1344 267 1077 220 17 13 11 6 0 0 1077 0 0 0.8240 0.0000 0.0000 25.200 3.80 2.17 1.64 28 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3334 0.6666 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 697 194 503 10 1 39 2 142 0 0 494 0 9 0.0515 0.0000 0.0179 3.974 0.00 3.13 -3.13 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9485 0.0515 2 2 0.0000 0.4437 0.5563
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 456 113 343 0 1 9 0 103 0 0 343 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.556 7.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2435 0.7565 2 2 0.0000 0.1301 0.8699 2 2 0.0000 0.1085 0.8915
chr17 16353372 G GCGGGGGCCGCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 18 2 456 113 343 8 8 72 7 18 0 0 343 0 0 0.0708 0.0000 0.0000 0.594 0.38 7.28 -6.90 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1022 0.4499 0.4480 1 1 0.1063 0.4533 0.4404 1 1 0.1120 0.4577 0.4303
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 484 177 307 7 0 25 11 134 0 0 303 0 4 0.0395 0.0000 0.0130 6.080 0.14 3.00 -2.86 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7306 0.2694 2 2 0.0000 0.2745 0.7255
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 930 270 660 123 85 31 21 10 0 1 659 0 0 0.4556 0.0000 0.0015 4.862 0.62 5.60 -4.98 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 1 0.2324 0.7676 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 930 270 660 203 28 28 2 9 1 0 659 0 0 0.7519 0.0015 0.0015 10.000 0.80 5.44 -4.64 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3077 0.6923 0.0000 0 0 0.8619 0.1381 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 774 173 601 101 1 5 0 66 0 0 598 0 3 0.5838 0.0000 0.0050 33.600 0.38 4.09 -3.71 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6577 0.3171 0.0252 1 0 0.6456 0.3263 0.0280 1 0 0.6291 0.3386 0.0322
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 242 81 161 36 0 19 0 26 0 0 157 0 4 0.4444 0.0000 0.0248 3.263 0.06 6.54 -6.48 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3161 0.5093 0.1746 1 1 0.3139 0.5086 0.1775 1 1 0.3111 0.5077 0.1812
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.050 1 -6 1 839 194 645 183 0 9 0 2 0 0 645 0 0 0.9433 0.0000 0.0000 20.556 0.67 7.00 -6.33 33 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7925 0.2075 0.0000 0 0 0.9600 0.0400 0.0000 0 0 0.9745 0.0255 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 157 78 79 74 0 1 0 3 0 0 79 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 77.000 0.27 1.00 -0.73 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0463 0.9537 0.0000 0 1 0.4559 0.5441 0.0000 0 0 0.6591 0.3409 0.0000
chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.050 1 -15 1 941 211 730 168 0 36 0 7 1 1 727 1 0 0.7962 0.0014 0.0041 4.861 4.90 16.86 -11.95 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3632 0.6368 0.0000 0 0 0.8028 0.1972 0.0000
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 956 230 726 117 2 38 1 72 4 2 701 2 17 0.5087 0.0055 0.0344 5.162 2.60 11.94 -9.35 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6577 0.3194 0.0229 1 0 0.6462 0.3282 0.0256 1 0 0.6304 0.3400 0.0296
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 674 176 498 84 2 6 0 84 0 0 496 0 2 0.4773 0.0000 0.0040 28.333 0.24 1.27 -1.04 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2232 0.5523 0.2245 1 1 0.2252 0.5484 0.2264 1 1 0.2277 0.5434 0.2289
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 493 109 384 44 0 4 0 61 0 0 382 0 2 0.4037 0.0000 0.0052 26.250 0.14 1.48 -1.34 36 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0748 0.4359 0.4893 1 2 0.0790 0.4400 0.4810 1 2 0.0849 0.4452 0.4699
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 557 114 443 40 4 18 0 52 1 2 423 1 16 0.3509 0.0023 0.0451 5.333 0.23 9.40 -9.18 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0584 0.4069 0.5347 1 2 0.0625 0.4125 0.5250 1 2 0.0681 0.4198 0.5120
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1663 352 1311 325 3 5 0 19 0 0 1310 0 1 0.9233 0.0000 0.0008 69.200 0.45 3.05 -2.60 119 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0051 0.9949 0.0000 0 0 0.6056 0.3944 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 257 84 173 40 0 4 1 39 0 0 171 0 2 0.4762 0.0000 0.0116 19.750 0.20 4.72 -4.52 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2173 0.5239 0.2588 1 1 0.2189 0.5221 0.2589 1 1 0.2210 0.5199 0.2591
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 451 133 318 52 0 20 0 61 0 0 314 0 4 0.3910 0.0000 0.0126 5.650 0.21 7.92 -7.71 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1111 0.4873 0.4016 1 1 0.1153 0.4881 0.3967 1 1 0.1209 0.4891 0.3900
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 912 244 668 111 1 9 0 123 0 0 666 0 2 0.4549 0.0000 0.0030 26.000 0.38 3.20 -2.82 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1019 0.5224 0.3757 1 1 0.1064 0.5205 0.3731 1 1 0.1125 0.5182 0.3694
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 404 130 274 54 0 33 0 43 0 0 273 0 1 0.4154 0.0000 0.0036 2.939 0.70 5.26 -4.55 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3640 0.5005 0.1354 1 1 0.3603 0.5004 0.1392 1 1 0.3553 0.5003 0.1444
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 582 145 437 2 0 9 1 133 0 0 426 0 11 0.0138 0.0000 0.0252 15.111 0.00 8.01 -8.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4053 0.5947 2 2 0.0000 0.0962 0.9038 2 2 0.0000 0.0611 0.9389
chr17 75624890 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 1473 384 1089 191 0 11 0 182 0 0 1088 0 1 0.4974 0.0000 0.0009 33.909 0.30 1.42 -1.12 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2793 0.5940 0.1267 1 1 0.2814 0.5870 0.1315 1 1 0.2837 0.5782 0.1380
chr17 76072446 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 567 235 332 93 4 55 2 81 0 0 328 0 4 0.3957 0.0000 0.0120 3.273 0.30 3.32 -3.02 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3460 0.5263 0.1277 1 1 0.3438 0.5242 0.1319 1 1 0.3408 0.5217 0.1375
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2208 516 1692 225 13 70 5 203 1 3 1681 1 6 0.4360 0.0006 0.0065 6.362 1.14 7.15 -6.01 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4966 0.4671 0.0363 1 0 0.4927 0.4674 0.0398 1 0 0.4868 0.4682 0.0450
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2151 577 1574 265 8 31 4 269 4 1 1427 22 120 0.4593 0.0025 0.0934 17.516 1.66 4.30 -2.64 47 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0053 0.9947 1 2 0.0000 0.0065 0.9935 1 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 279 105 174 39 0 9 1 56 0 0 173 0 1 0.3714 0.0000 0.0057 10.667 0.15 5.61 -5.45 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0752 0.4330 0.4919 1 2 0.0794 0.4372 0.4834 1 2 0.0853 0.4427 0.4720
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.050 1 3 2 1524 392 1132 297 16 68 0 11 0 1 1130 0 1 0.7577 0.0000 0.0018 4.735 0.48 3.55 -3.06 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4316 0.5684 0.0000 0 0 0.9553 0.0447 0.0000
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 637 158 479 1 0 1 0 156 0 0 472 0 7 0.0063 0.0000 0.0146 157.000 2.00 3.26 -1.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0780 0.9220 2 2 0.0000 0.0338 0.9662 2 2 0.0000 0.0283 0.9717
chr17 81647906 T TTAAC 0.500000 0.050 1 4 3 469 119 350 44 0 3 0 72 0 0 346 0 4 0.3697 0.0000 0.0114 38.667 0.36 3.90 -3.54 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0278 0.3135 0.6587 1 2 0.0308 0.3232 0.6460 1 2 0.0352 0.3361 0.6287
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.050 1 -15 1 380 85 295 66 1 14 0 4 0 0 295 0 0 0.7765 0.0000 0.0000 5.071 1.68 16.50 -14.82 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 1 0.2657 0.7343 0.0000 0 0 0.5296 0.4704 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 287 58 229 6 2 0 1 49 0 0 229 0 0 0.1034 0.0000 0.0000 57.000 0.50 1.55 -1.05 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9803 0.0197 2 1 0.0000 0.8695 0.1305
chr18 5891374 GGCGGCGGCGGCC G 0.006401 0.050 1 -12 1 854 147 707 113 2 30 0 2 0 0 707 0 0 0.7687 0.0000 0.0000 3.867 1.58 6.00 -4.42 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9907 0.0093 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 180 67 113 0 0 3 1 63 0 0 111 0 2 0.0000 0.0000 0.0177 21.333 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 371 95 276 46 0 4 1 44 0 0 272 0 4 0.4842 0.0000 0.0145 22.750 1.00 9.18 -8.18 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3286 0.5477 0.1236 1 1 0.3317 0.5449 0.1234 1 1 0.3357 0.5413 0.1230
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 203 90 113 57 0 3 1 29 0 0 113 0 0 0.6333 0.0000 0.0000 28.667 0.05 4.24 -4.19 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5837 0.3694 0.0469 1 0 0.5713 0.3778 0.0509 1 0 0.5544 0.3888 0.0567
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 114 54 60 50 0 2 0 2 0 0 60 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 26.000 0.26 3.00 -2.74 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1185 0.8815 0.0000 0 1 0.4744 0.5256 0.0000 0 0 0.6119 0.3881 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 289 137 152 60 0 6 0 71 0 0 152 0 0 0.4380 0.0000 0.0000 21.833 0.07 3.55 -3.48 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1248 0.5047 0.3704 1 1 0.1289 0.5043 0.3668 1 1 0.1344 0.5037 0.3619
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 509 129 380 68 0 6 1 54 0 0 380 0 0 0.5271 0.0000 0.0000 20.500 1.38 8.56 -7.17 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4002 0.4891 0.1106 1 1 0.3954 0.4897 0.1149 1 1 0.3889 0.4906 0.1206
chr18 54224214 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 319 77 242 33 3 14 0 27 0 0 240 0 2 0.4286 0.0000 0.0083 4.429 1.73 3.89 -2.16 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3270 0.5059 0.1671 1 1 0.3245 0.5054 0.1701 1 1 0.3210 0.5049 0.1741
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 255 133 122 4 0 3 1 125 0 0 122 0 0 0.0301 0.0000 0.0000 43.333 0.25 3.04 -2.79 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9664 0.0336 2 2 0.0000 0.3927 0.6073 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 427 87 340 0 0 18 25 44 0 1 335 2 2 0.0000 0.0000 0.0147 3.778 7.45 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1577 0.8423 2 2 0.0000 0.1597 0.8403 2 2 0.0000 0.1636 0.8364
chr18 62523553 C CCCGCCG 0.500000 0.050 1 6 6 427 87 340 0 1 22 1 63 0 0 336 0 4 0.0000 0.0000 0.0118 3.095 7.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1935 0.8065 2 2 0.0000 0.1916 0.8084 2 2 0.0000 0.1920 0.8080
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 153 56 97 0 0 2 0 54 0 0 95 0 2 0.0000 0.0000 0.0206 27.000 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1964 0.8036 2 2 0.0000 0.2009 0.7991 2 2 0.0000 0.2071 0.7929
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 118 53 65 1 0 5 0 47 0 0 58 0 7 0.0189 0.0000 0.1077 9.600 0.00 2.94 -2.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5678 0.4322 2 2 0.0000 0.3399 0.6601 2 2 0.0000 0.2844 0.7156
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 284 66 218 59 0 5 0 2 1 1 216 0 0 0.8939 0.0046 0.0092 12.200 0.59 1.50 -0.91 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1592 0.8408 0.0000 0 0 0.5443 0.4557 0.0000 0 0 0.6729 0.3271 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 416 137 279 49 0 21 1 66 0 0 279 0 0 0.3577 0.0000 0.0000 5.524 0.29 4.11 -3.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0811 0.4495 0.4694 1 2 0.0853 0.4527 0.4620 1 1 0.0913 0.4568 0.4519
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 589 283 306 10 4 33 5 231 0 0 306 0 0 0.0353 0.0000 0.0000 9.259 5.90 5.10 0.80 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9829 0.0171 2 1 0.0000 0.6434 0.3566
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 190 62 128 30 0 1 0 31 0 0 127 0 1 0.4839 0.0000 0.0078 61.000 0.60 5.03 -4.43 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3423 0.5312 0.1265 1 1 0.3444 0.5293 0.1263 1 1 0.3471 0.5270 0.1260
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 273 159 114 157 0 0 0 2 0 0 114 0 0 0.9874 0.0000 0.0000 159.000 0.09 3.50 -3.41 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8737 0.1263 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000 0 0 0.9862 0.0138 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 289 99 190 0 0 16 12 71 0 0 186 0 4 0.0000 0.0000 0.0211 5.125 4.25 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1122 0.8878 2 2 0.0000 0.1167 0.8833 2 2 0.0000 0.1230 0.8770
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 289 108 181 83 3 16 1 5 0 0 179 1 1 0.7685 0.0000 0.0110 5.688 3.43 13.40 -9.97 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2312 0.7688 0.0000 0 0 0.6892 0.3108 0.0000
chr19 3613228 G GCCTCGC 0.017854 0.050 1 6 2 333 86 247 76 0 8 0 2 0 0 247 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 9.750 0.62 6.00 -5.38 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9343 0.0657 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000 0 0 0.9939 0.0061 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 613 159 454 145 0 8 0 6 0 0 454 0 0 0.9119 0.0000 0.0000 18.875 0.74 12.00 -11.26 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 0 0.6114 0.3886 0.0000 0 0 0.8938 0.1062 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 305 80 225 74 0 4 0 2 0 0 224 0 1 0.9250 0.0000 0.0044 19.000 0.16 5.50 -5.34 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0928 0.9072 0.0000 0 0 0.6403 0.3597 0.0000 0 0 0.8044 0.1956 0.0000
chr19 10560338 A ATCTTCCTCCTCC 0.000295 0.050 1 12 1 281 88 193 43 0 8 0 37 0 0 184 0 9 0.4886 0.0000 0.0466 10.000 0.26 10.08 -9.83 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4359 0.5639 0.0002 1 1 0.4394 0.5605 0.0002 1 1 0.4438 0.5561 0.0002
chr19 11400296 AGC A 0.000350 0.050 1 -2 1 284 66 218 39 0 1 0 26 0 0 217 0 1 0.5909 0.0000 0.0046 65.000 0.31 1.92 -1.62 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6253 0.3746 0.0001 1 0 0.6214 0.3786 0.0001 1 0 0.6161 0.3839 0.0001
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 827 290 537 109 1 41 12 127 0 0 536 0 1 0.3759 0.0000 0.0019 6.073 0.45 3.28 -2.83 35 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0508 0.4548 0.4944 1 2 0.0557 0.4605 0.4839 1 2 0.0627 0.4678 0.4695
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.050 1 2 3 1147 243 904 235 2 3 0 3 0 0 903 0 1 0.9671 0.0000 0.0011 79.333 0.53 4.67 -4.14 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9091 0.0909 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.050 1 -2 3 1144 244 900 234 2 3 0 5 0 0 899 0 1 0.9590 0.0000 0.0011 80.000 0.45 4.20 -3.75 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2913 0.7087 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 421 137 284 2 0 29 0 106 0 0 277 0 7 0.0146 0.0000 0.0246 3.724 0.00 10.20 -10.20 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7738 0.2262 2 2 0.0000 0.3447 0.6553 2 2 0.0000 0.2392 0.7608
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.050 1 -18 1 421 142 279 74 0 21 1 46 0 0 270 0 9 0.5211 0.0000 0.0323 5.762 5.27 14.76 -9.49 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6542 0.3360 0.0098 1 0 0.6486 0.3410 0.0104 1 0 0.6410 0.3477 0.0113
chr19 14090062 GGCT G 0.000004 0.050 1 -3 1 262 46 216 39 1 3 1 2 0 0 204 10 2 0.8478 0.0000 0.0556 14.000 1.56 1.00 0.56 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7726 0.2274 0.0000 0 0 0.9192 0.0808 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 304 102 202 56 2 4 0 40 0 0 200 0 2 0.5490 0.0000 0.0099 24.500 0.12 3.02 -2.90 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6399 0.3509 0.0092 1 0 0.6348 0.3555 0.0097 1 0 0.6278 0.3618 0.0104
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 595 126 469 0 0 2 0 124 0 0 467 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 62.000 3.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.050 1 -4 1 374 75 299 12 9 4 7 43 0 0 298 1 0 0.1600 0.0000 0.0033 67.000 0.08 5.51 -5.43 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1035 0.5515 0.3450 1 1 0.1110 0.5569 0.3321 1 1 0.1215 0.5633 0.3152
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 102 28 74 16 0 1 0 11 0 0 73 0 1 0.5714 0.0000 0.0135 27.000 1.69 4.09 -2.40 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4447 0.4767 0.0786 1 1 0.4431 0.4774 0.0795 1 1 0.4409 0.4783 0.0808
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 906 194 712 0 0 3 4 187 0 0 662 11 39 0.0000 0.0000 0.0702 63.667 2.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 320 86 234 38 1 13 3 31 0 0 234 0 0 0.4419 0.0000 0.0000 5.538 0.37 2.90 -2.53 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1104 0.5596 0.3300 1 1 0.1094 0.5568 0.3338 1 1 0.1082 0.5530 0.3388
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 661 152 509 76 1 4 0 71 0 0 503 0 6 0.5000 0.0000 0.0118 37.000 0.74 3.37 -2.63 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1170 0.5469 0.3362 1 1 0.1179 0.5433 0.3388 1 1 0.1190 0.5389 0.3421
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 428 202 226 129 0 19 0 54 0 0 199 0 27 0.6386 0.0000 0.1195 9.632 0.29 14.50 -14.21 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8727 0.1259 0.0015 1 0 0.8643 0.1340 0.0018 1 0 0.8524 0.1454 0.0022
chr19 37886746 TCCTTTCCTCCTCCTCCTC T 0.059111 0.050 1 -18 2 549 101 448 33 0 20 2 46 0 0 448 0 0 0.3267 0.0000 0.0000 4.000 1.39 11.93 -10.54 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2696 0.6572 0.0732 1 1 0.2771 0.6518 0.0711 1 1 0.2871 0.6446 0.0684
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 380 93 287 82 2 8 0 1 1 4 282 0 0 0.8817 0.0035 0.0174 10.625 2.52 3.00 -0.48 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9034 0.0966 0.0000 0 0 0.9591 0.0409 0.0000 0 0 0.9674 0.0326 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 203 29 174 0 0 2 24 3 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.500 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1247 0.8753 2 2 0.0000 0.1262 0.8738 2 2 0.0000 0.1282 0.8718
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 203 29 174 0 0 20 9 0 0 0 174 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.583 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1541 0.8459 2 2 0.0000 0.1552 0.8448 2 2 0.0000 0.1567 0.8433
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 434 145 289 2 2 7 0 134 0 0 289 0 0 0.0138 0.0000 0.0000 22.667 0.00 6.47 -6.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4804 0.5196 2 2 0.0000 0.1233 0.8767 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 335 111 224 56 0 6 0 49 0 0 224 0 0 0.5045 0.0000 0.0000 17.500 0.07 4.16 -4.09 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5376 0.4509 0.0115 1 0 0.5366 0.4516 0.0118 1 0 0.5350 0.4528 0.0122
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 361 106 255 102 0 1 0 3 0 1 254 0 0 0.9623 0.0000 0.0039 105.000 0.22 6.33 -6.12 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 0 0.7058 0.2942 0.0000 0 0 0.8446 0.1554 0.0000
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 557 162 395 82 0 1 0 79 0 0 394 0 1 0.5062 0.0000 0.0025 161.000 0.07 3.04 -2.96 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1842 0.5547 0.2611 1 1 0.1850 0.5508 0.2642 1 1 0.1859 0.5460 0.2682
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 285 122 163 112 0 3 0 7 0 0 163 0 0 0.9180 0.0000 0.0000 39.667 0.46 2.00 -1.54 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0138 0.9862 0.0000 0 0 0.9139 0.0861 0.0000 0 0 0.9873 0.0127 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1003 314 689 4 0 65 1 244 0 0 651 0 38 0.0127 0.0000 0.0552 3.831 0.75 6.36 -5.61 4 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3753 0.6247 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr19 45768813 CCCGCGCTCGGCT C 0.000026 0.050 1 -12 4 501 177 324 88 0 16 0 73 0 0 320 0 4 0.4972 0.0000 0.0123 10.062 0.92 10.25 -9.33 74 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5847 0.4153 0.0000 1 0 0.5833 0.4167 0.0000 1 0 0.5813 0.4187 0.0000
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 316 92 224 44 0 18 0 30 0 0 213 0 11 0.4783 0.0000 0.0491 4.111 0.32 14.03 -13.72 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4637 0.4957 0.0406 1 1 0.4639 0.4950 0.0411 1 1 0.4642 0.4941 0.0417
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 373 72 301 24 0 16 1 31 0 0 298 0 3 0.3333 0.0000 0.0100 3.500 1.96 8.26 -6.30 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2759 0.5927 0.1314 1 1 0.2818 0.5895 0.1287 1 1 0.2895 0.5853 0.1251
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.050 1 1 1 221 104 117 64 0 6 0 34 0 0 117 0 0 0.6154 0.0000 0.0000 16.333 0.17 1.53 -1.36 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7564 0.2352 0.0084 1 0 0.7470 0.2437 0.0093 1 0 0.7342 0.2553 0.0106
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 393 97 296 56 0 2 0 39 0 1 293 0 2 0.5773 0.0000 0.0101 47.500 1.93 3.87 -1.94 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6248 0.3603 0.0149 1 0 0.6195 0.3648 0.0157 1 0 0.6124 0.3709 0.0167
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 968 255 713 68 23 63 7 94 0 1 706 2 4 0.2667 0.0000 0.0098 3.032 2.46 3.31 -0.85 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1220 0.5362 0.3418 1 1 0.1277 0.5351 0.3372 1 1 0.1354 0.5336 0.3310
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 988 240 748 96 6 44 5 89 0 0 744 2 2 0.4000 0.0000 0.0053 4.409 0.61 3.00 -2.39 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3474 0.5400 0.1126 1 1 0.3489 0.5363 0.1147 1 1 0.3507 0.5318 0.1175
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 587 156 431 74 1 23 2 56 0 0 430 0 1 0.4744 0.0000 0.0023 5.739 1.96 7.91 -5.95 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5141 0.4268 0.0591 1 0 0.5081 0.4297 0.0622 1 0 0.5000 0.4336 0.0664
chr19 50007714 CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG C 0.010131 0.050 1 -21 1 270 119 151 106 0 11 0 2 0 1 149 0 1 0.8908 0.0000 0.0132 9.818 0.21 21.00 -20.79 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9159 0.0841 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 692 135 557 0 0 2 5 128 0 0 552 0 5 0.0000 0.0000 0.0090 66.500 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0248 0.9752
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 690 140 550 1 0 8 123 8 0 0 550 0 0 0.0071 0.0000 0.0000 16.500 0.00 3.12 -3.12 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2923 0.7077 2 2 0.0000 0.1444 0.8556 2 2 0.0000 0.1208 0.8792
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 555 174 381 0 0 6 10 158 0 0 376 0 5 0.0000 0.0000 0.0131 28.000 2.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0068 0.9932 2 2 0.0000 0.0074 0.9926 2 2 0.0000 0.0083 0.9917
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 203 86 117 0 0 2 0 84 0 0 115 0 2 0.0000 0.0000 0.0171 42.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0424 0.9576 2 2 0.0000 0.0442 0.9558 2 2 0.0000 0.0467 0.9533
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1113 265 848 151 0 2 1 111 0 0 845 0 3 0.5698 0.0000 0.0035 131.500 0.15 3.16 -3.01 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7093 0.2771 0.0136 1 0 0.6992 0.2855 0.0154 1 0 0.6851 0.2969 0.0180
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 687 191 496 87 1 8 1 94 0 0 495 0 1 0.4555 0.0000 0.0020 22.875 0.37 1.46 -1.09 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0887 0.5065 0.4048 1 1 0.0913 0.5047 0.4040 1 1 0.0947 0.5025 0.4028
chr19 54575935 GGC G 0.000047 0.050 1 -2 1 524 124 400 117 0 3 1 3 1 0 398 0 1 0.9435 0.0025 0.0050 40.333 0.58 11.00 -10.42 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54575938 C CTT 0.000047 0.050 1 2 2 519 117 402 109 0 2 2 4 1 0 398 0 3 0.9316 0.0025 0.0100 57.500 0.52 10.75 -10.23 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3947 0.6053 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 474 119 355 59 0 12 0 48 0 0 344 0 11 0.4958 0.0000 0.0310 8.917 0.53 7.40 -6.87 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2326 0.5360 0.2314 1 1 0.2340 0.5333 0.2328 1 1 0.2357 0.5299 0.2345
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 657 162 495 6 0 28 0 128 0 0 463 0 32 0.0370 0.0000 0.0646 4.786 2.00 17.73 -15.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9800 0.0200 2 2 0.0000 0.1400 0.8600 2 2 0.0000 0.0298 0.9702
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 578 113 465 108 0 0 0 5 0 0 465 0 0 0.9558 0.0000 0.0000 113.000 0.85 4.40 -3.55 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.3044 0.6956 0.0000 0 0 0.6411 0.3589 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 143 71 72 5 0 10 1 55 0 0 69 0 3 0.0704 0.0000 0.0417 6.100 0.20 3.15 -2.95 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9346 0.0654 2 1 0.0000 0.7721 0.2279
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 154 67 87 28 0 1 0 38 0 0 86 0 1 0.4179 0.0000 0.0115 66.000 0.50 1.11 -0.61 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1829 0.5256 0.2915 1 1 0.1878 0.5252 0.2870 1 1 0.1943 0.5246 0.2811
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 328 112 216 60 0 5 0 47 0 0 214 0 2 0.5357 0.0000 0.0093 21.400 0.12 4.00 -3.88 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5425 0.4246 0.0329 1 0 0.5393 0.4266 0.0341 1 0 0.5348 0.4295 0.0358
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 329 125 204 119 0 4 0 2 0 0 204 0 0 0.9520 0.0000 0.0000 30.250 0.12 2.00 -1.88 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3768 0.6232 0.0000 0 0 0.7964 0.2036 0.0000 0 0 0.8669 0.1331 0.0000
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 73 37 36 0 0 0 0 37 0 0 36 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 37.000 6.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2035 0.7965 2 2 0.0000 0.2065 0.7935 2 2 0.0000 0.2107 0.7893
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 462 127 335 104 2 16 0 5 0 1 334 0 0 0.8189 0.0000 0.0030 6.938 0.60 4.20 -3.60 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0503 0.9497 0.0000 0 0 0.8615 0.1385 0.0000 0 0 0.9621 0.0379 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 471 138 333 91 0 1 1 45 0 0 331 0 2 0.6594 0.0000 0.0060 137.000 0.40 8.71 -8.32 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8090 0.1839 0.0070 1 0 0.7975 0.1943 0.0082 1 0 0.7814 0.2087 0.0099
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 471 138 333 90 0 3 1 44 0 0 331 0 2 0.6522 0.0000 0.0060 45.000 0.22 8.73 -8.51 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8100 0.1830 0.0070 1 0 0.7985 0.1934 0.0081 1 0 0.7824 0.2078 0.0098
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 473 150 323 86 0 1 0 63 0 0 321 0 2 0.5733 0.0000 0.0062 149.000 0.20 8.35 -8.15 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5760 0.3834 0.0407 1 0 0.5683 0.3883 0.0435 1 0 0.5578 0.3947 0.0474
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 254 111 143 38 0 5 1 67 0 0 143 0 0 0.3423 0.0000 0.0000 21.000 0.18 1.33 -1.14 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0224 0.2902 0.6874 1 2 0.0246 0.2992 0.6761 1 2 0.0280 0.3113 0.6608
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 468 141 327 6 4 2 0 129 0 0 321 1 5 0.0426 0.0000 0.0183 67.500 0.17 3.19 -3.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.6356 0.3644 2 2 0.0000 0.2287 0.7713
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 188 93 95 49 0 2 0 42 0 0 95 0 0 0.5269 0.0000 0.0000 45.500 0.20 1.21 -1.01 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5153 0.4547 0.0299 1 0 0.5138 0.4556 0.0306 1 0 0.5116 0.4568 0.0316
chr20 36803016 A AGGT 0.001598 0.050 1 3 2 266 84 182 79 0 2 0 3 0 0 182 0 0 0.9405 0.0000 0.0000 41.000 0.13 3.00 -2.87 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9715 0.0285 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.050 1 3 3 719 191 528 88 3 22 0 78 0 0 518 0 10 0.4607 0.0000 0.0189 7.682 0.60 3.19 -2.59 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4475 0.5229 0.0296 1 1 0.4499 0.5201 0.0301 1 1 0.4528 0.5165 0.0307
chr20 45857313 C CATCT 0.008877 0.050 1 4 1 328 144 184 73 0 8 0 63 0 0 181 0 3 0.5069 0.0000 0.0163 17.000 0.47 3.87 -3.41 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5404 0.4571 0.0024 1 0 0.5403 0.4572 0.0025 1 0 0.5399 0.4576 0.0026
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 968 311 657 134 0 39 2 136 0 1 653 0 3 0.4309 0.0000 0.0061 6.974 0.50 3.15 -2.65 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1163 0.5582 0.3255 1 1 0.1196 0.5532 0.3272 1 1 0.1240 0.5470 0.3290
chr20 47238822 T TTGC 0.002509 0.050 1 3 4 549 175 374 78 2 20 1 74 0 0 370 0 4 0.4457 0.0000 0.0107 7.750 0.22 2.96 -2.74 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4636 0.5354 0.0010 1 1 0.4667 0.5322 0.0011 1 1 0.4706 0.5283 0.0011
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 587 305 282 9 1 30 10 255 0 0 281 0 1 0.0295 0.0000 0.0035 9.133 0.00 3.19 -3.19 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.5427 0.4573 2 2 0.0000 0.0897 0.9103
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 205 30 175 0 0 0 1 29 0 0 169 0 6 0.0000 0.0000 0.0343 29.000 6.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0024 0.9976
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 294 140 154 79 0 1 0 60 0 0 153 0 1 0.5643 0.0000 0.0065 139.000 0.25 2.03 -1.78 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3197 0.5454 0.1349 1 1 0.3130 0.5456 0.1414 1 1 0.3041 0.5455 0.1504
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 763 186 577 107 0 4 0 75 0 0 570 0 7 0.5753 0.0000 0.0121 45.500 0.18 5.71 -5.53 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5451 0.4070 0.0479 1 0 0.5359 0.4124 0.0518 1 0 0.5233 0.4194 0.0573
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 206 103 103 54 0 6 1 42 0 0 103 0 0 0.5243 0.0000 0.0000 16.167 0.09 3.83 -3.74 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3345 0.5135 0.1520 1 1 0.3303 0.5132 0.1565 1 1 0.3247 0.5127 0.1626
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 335 49 286 1 0 2 0 46 0 0 284 0 2 0.0204 0.0000 0.0070 23.500 0.00 2.26 -2.26 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1081 208 873 106 3 5 5 89 2 1 866 0 4 0.5096 0.0023 0.0080 40.400 1.06 3.03 -1.98 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3042 0.5567 0.1391 1 1 0.3006 0.5543 0.1451 1 1 0.2956 0.5513 0.1532
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1084 210 874 108 1 7 5 89 1 2 867 0 4 0.5143 0.0011 0.0080 33.833 1.04 3.12 -2.09 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3065 0.5559 0.1376 1 1 0.3028 0.5536 0.1436 1 1 0.2977 0.5507 0.1517
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.050 1 -15 2 632 115 517 58 0 11 0 46 0 0 517 0 0 0.5043 0.0000 0.0000 10.400 1.22 11.50 -10.28 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5450 0.4198 0.0352 1 0 0.5413 0.4222 0.0365 1 0 0.5362 0.4254 0.0384
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 356 153 203 2 2 17 2 130 0 0 203 0 0 0.0131 0.0000 0.0000 8.000 0.00 7.95 -7.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2585 0.7415 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0062 0.9938
chr22 18609475 C CGG 0.080580 0.050 1 2 2 1000 92 908 86 2 1 0 3 3 0 905 0 0 0.9348 0.0033 0.0033 90.000 0.59 2.00 -1.41 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4566 0.5434 0.0000 0 0 0.9353 0.0647 0.0000 0 0 0.9706 0.0294 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 680 125 555 0 0 31 0 94 0 0 528 0 27 0.0000 0.0000 0.0486 3.032 14.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0076 0.9924
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 1252 364 888 154 13 85 5 107 0 0 886 0 2 0.4231 0.0000 0.0023 3.259 0.87 3.45 -2.58 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8910 0.1081 0.0009 1 0 0.8834 0.1155 0.0011 1 0 0.8724 0.1262 0.0014
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 669 215 454 107 0 17 0 91 0 0 451 0 3 0.4977 0.0000 0.0066 11.647 0.38 2.31 -1.92 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3904 0.5084 0.1012 1 1 0.3871 0.5074 0.1055 1 1 0.3826 0.5061 0.1113
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 485 76 409 0 0 6 0 70 0 0 409 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.667 10.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1195 0.8805 2 2 0.0000 0.1233 0.8767 2 2 0.0000 0.1286 0.8714
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 941 324 617 142 1 7 2 172 0 0 612 1 4 0.4383 0.0000 0.0081 45.143 0.99 3.81 -2.82 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0239 0.3625 0.6136 1 2 0.0270 0.3701 0.6030 1 2 0.0314 0.3803 0.5882
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 324 155 169 101 0 4 0 50 0 0 155 0 14 0.6516 0.0000 0.0828 37.750 0.13 26.20 -26.07 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7707 0.2203 0.0090 1 0 0.7601 0.2296 0.0103 1 0 0.7455 0.2424 0.0121
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 418 220 198 110 0 14 0 96 0 0 188 0 10 0.5000 0.0000 0.0505 14.714 0.22 7.09 -6.88 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3366 0.5459 0.1174 1 1 0.3383 0.5419 0.1198 1 1 0.3402 0.5369 0.1229
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 231 118 113 68 0 2 0 48 0 0 111 0 2 0.5763 0.0000 0.0177 58.000 0.57 4.54 -3.97 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5567 0.3963 0.0470 1 0 0.5497 0.4006 0.0497 1 0 0.5403 0.4062 0.0535
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 339 137 202 0 0 7 1 129 0 0 199 0 3 0.0000 0.0000 0.0149 18.571 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0169 0.9831
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.050 1 -48 1 978 224 754 116 1 40 1 66 0 0 703 0 51 0.5179 0.0000 0.0676 4.600 0.70 17.26 -16.56 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3283 0.5776 0.0941 1 1 0.3329 0.5720 0.0951 1 1 0.3387 0.5650 0.0963
650 rows