File Info

Filename
HG02760_x_HG02818_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/98/229b2298b78ae54566c87d07087a07/HG02760_x_HG02818_FF_5.features.tsv
Size
168.6 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02760_x_HG02818_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708833 TCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTTC T 0.500000 0.050 1 -24 2 545 244 301 218 0 24 0 2 0 0 301 0 0 0.8934 0.0000 0.0000 9.167 0.39 26.00 -25.61 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9021 0.0979 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000 0 0 0.9888 0.0112 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 481 181 300 96 1 31 0 53 0 0 297 1 2 0.5304 0.0000 0.0100 4.839 0.34 3.13 -2.79 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7537 0.2338 0.0125 1 0 0.7405 0.2451 0.0144 1 0 0.7221 0.2606 0.0173
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 827 263 564 15 91 47 3 107 0 0 562 0 2 0.0570 0.0000 0.0035 4.596 0.33 3.26 -2.93 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1220 0.5312 0.3469 1 1 0.1263 0.5287 0.3450 1 1 0.1321 0.5257 0.3422
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 528 113 415 0 0 18 4 91 0 1 410 0 4 0.0000 0.0000 0.0120 5.222 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.0991 0.9009 2 2 0.0000 0.1004 0.8996
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.050 1 3 2 279 105 174 99 0 4 0 2 0 0 174 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 25.250 0.19 3.00 -2.81 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3157 0.6843 0.0000 0 0 0.7513 0.2487 0.0000 0 0 0.8361 0.1639 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 355 101 254 74 0 2 0 25 0 0 254 0 0 0.7327 0.0000 0.0000 49.500 0.47 1.00 -0.53 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8277 0.1658 0.0065 1 0 0.8147 0.1775 0.0077 1 0 0.7903 0.2001 0.0096
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.050 1 -9 1 166 71 95 48 0 0 0 23 0 0 95 0 0 0.6761 0.0000 0.0000 71.000 0.08 8.26 -8.18 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5820 0.3688 0.0491 1 0 0.5704 0.3766 0.0530 1 0 0.5548 0.3868 0.0584
chr1 26282374 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 758 200 558 47 51 5 29 68 0 0 558 0 0 0.2350 0.0000 0.0000 35.000 7.23 27.44 -20.21 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1753 0.5486 0.2761 1 1 0.1786 0.5449 0.2765 1 1 0.1829 0.5403 0.2767
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.050 1 -6 4 783 202 581 6 0 28 1 167 0 0 576 0 5 0.0297 0.0000 0.0086 6.407 0.67 15.66 -14.99 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 2 0.0000 0.4333 0.5667 2 2 0.0000 0.1273 0.8727
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 703 188 515 177 0 4 0 7 0 0 514 0 1 0.9415 0.0000 0.0019 46.000 0.53 24.14 -23.61 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2733 0.7267 0.0000 0 0 0.7807 0.2193 0.0000
chr1 27373179 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 277 111 166 56 0 1 0 54 0 0 166 0 0 0.5045 0.0000 0.0000 110.000 0.27 1.31 -1.05 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2569 0.5323 0.2108 1 1 0.2573 0.5299 0.2128 1 1 0.2578 0.5268 0.2154
chr1 28150032 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 543 145 398 64 0 3 0 78 0 0 396 0 2 0.4414 0.0000 0.0050 47.333 0.25 1.31 -1.06 38 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0899 0.4728 0.4373 1 1 0.0943 0.4744 0.4313 1 1 0.1002 0.4766 0.4232
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 422 159 263 1 0 6 1 151 0 0 262 0 1 0.0063 0.0000 0.0038 25.500 1.00 3.05 -2.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0982 0.9018 2 2 0.0000 0.0429 0.9571 2 2 0.0000 0.0357 0.9643
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.050 1 -3 1 989 241 748 227 1 8 0 5 0 0 748 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 29.125 0.29 3.20 -2.91 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0813 0.9187 0.0000 0 0 0.9075 0.0925 0.0000 0 0 0.9736 0.0264 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 606 150 456 1 0 19 1 129 0 0 453 1 2 0.0067 0.0000 0.0066 6.895 0.00 6.07 -6.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.0686 0.9314 2 2 0.0000 0.0566 0.9434
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 546 136 410 61 2 24 1 48 0 0 408 0 2 0.4485 0.0000 0.0049 4.625 0.23 6.81 -6.58 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3856 0.4944 0.1201 1 1 0.3812 0.4947 0.1242 1 1 0.3753 0.4951 0.1297
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 613 157 456 126 6 18 0 7 0 0 456 0 0 0.8025 0.0000 0.0000 7.722 0.22 3.14 -2.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1948 0.8052 0.0000 0 0 0.6372 0.3628 0.0000
chr1 55214867 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 224 64 160 29 1 12 0 22 0 0 159 0 1 0.4531 0.0000 0.0063 4.333 0.41 3.27 -2.86 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3322 0.5015 0.1663 1 1 0.3293 0.5014 0.1693 1 1 0.3255 0.5012 0.1733
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 791 141 650 5 1 9 2 124 0 0 648 0 2 0.0355 0.0000 0.0031 14.444 0.00 3.41 -3.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9940 0.0060 2 1 0.0000 0.5821 0.4179 2 2 0.0000 0.2522 0.7478
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 292 88 204 39 0 10 5 34 0 0 204 0 0 0.4432 0.0000 0.0000 7.300 0.64 5.24 -4.59 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2539 0.5226 0.2235 1 1 0.2543 0.5209 0.2249 1 1 0.2546 0.5187 0.2266
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 176 88 88 83 0 2 0 3 1 0 87 0 0 0.9432 0.0114 0.0114 43.000 0.42 4.33 -3.91 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0582 0.9418 0.0000 0 0 0.5170 0.4830 0.0000 0 0 0.7107 0.2893 0.0000
chr1 84574315 C CGCAGCGCCA 0.500000 0.050 1 9 2 387 158 229 62 1 35 0 60 0 0 215 0 14 0.3924 0.0000 0.0611 3.514 8.55 8.03 0.52 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1250 0.5070 0.3680 1 1 0.1291 0.5064 0.3646 1 1 0.1345 0.5056 0.3598
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 387 178 209 89 0 27 0 62 0 0 204 0 5 0.5000 0.0000 0.0239 5.593 5.51 8.58 -3.08 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5184 0.4227 0.0589 1 0 0.5098 0.4273 0.0630 1 0 0.4981 0.4333 0.0687
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 473 146 327 12 0 4 2 128 0 0 326 0 1 0.0822 0.0000 0.0031 47.000 0.00 5.71 -5.71 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9915 0.0085 2 1 0.0000 0.7867 0.2133
chr1 86580219 ACCTACT A 0.500000 0.050 1 -6 1 470 150 320 4 1 24 0 121 0 0 320 0 0 0.0267 0.0000 0.0000 5.208 0.00 5.96 -5.96 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9714 0.0286 2 2 0.0000 0.4348 0.5652 2 2 0.0000 0.2031 0.7969
chr1 89150468 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 318 101 217 95 1 1 0 4 0 0 217 0 0 0.9406 0.0000 0.0000 100.000 0.22 1.00 -0.78 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 1 0.4282 0.5718 0.0000 0 0 0.6941 0.3059 0.0000
chr1 90716915 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 1 707 162 545 149 3 7 0 3 0 0 545 0 0 0.9198 0.0000 0.0000 22.143 0.98 3.00 -2.02 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2563 0.7437 0.0000 0 0 0.8521 0.1479 0.0000 0 0 0.9265 0.0735 0.0000
chr1 92074789 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 809 246 563 122 0 3 0 121 0 0 563 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 81.000 0.37 1.23 -0.86 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2239 0.5734 0.2028 1 1 0.2263 0.5679 0.2058 1 1 0.2294 0.5610 0.2096
chr1 92482940 G GCTGTCTGGGGATGCGGAGGCT 0.500000 0.050 1 21 1 400 141 259 107 0 33 0 1 0 0 257 0 2 0.7589 0.0000 0.0077 3.273 0.26 21.00 -20.74 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0996 0.9004 0.0000 0 0 0.6544 0.3456 0.0000 0 0 0.8105 0.1895 0.0000
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 165 80 85 40 0 4 0 36 0 0 85 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 19.000 0.23 3.06 -2.83 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2878 0.5183 0.1938 1 1 0.2869 0.5170 0.1961 1 1 0.2856 0.5152 0.1992
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 480 134 346 5 1 7 3 118 0 0 338 0 8 0.0373 0.0000 0.0231 18.000 0.20 3.33 -3.13 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.6919 0.3081 2 2 0.0000 0.2960 0.7040
chr1 111414895 TCACAGGGGTCACAGACTGATGACC T 0.500000 0.050 1 -24 1 908 202 706 146 4 22 5 25 0 0 692 4 10 0.7228 0.0000 0.0198 10.000 1.17 25.08 -23.91 14 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9872 0.0127 0.0000 1 0 0.9845 0.0154 0.0000 0 1 0.0109 0.9891 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 910 239 671 124 1 19 1 94 0 0 670 1 0 0.5188 0.0000 0.0015 12.111 1.67 8.98 -7.31 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5922 0.3734 0.0344 1 0 0.5823 0.3800 0.0377 1 0 0.5686 0.3888 0.0425
chr1 111477748 A AG 0.500000 0.050 1 1 4 657 176 481 92 0 1 0 83 0 0 480 0 1 0.5227 0.0000 0.0021 175.000 0.20 1.08 -0.89 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3202 0.5346 0.1452 1 1 0.3189 0.5320 0.1491 1 1 0.3170 0.5287 0.1543
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 667 171 496 79 7 19 3 63 0 0 496 0 0 0.4620 0.0000 0.0000 7.947 0.53 3.54 -3.01 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4979 0.4360 0.0661 1 0 0.4899 0.4399 0.0703 1 0 0.4790 0.4449 0.0761
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 201 73 128 0 0 6 0 67 0 0 127 0 1 0.0000 0.0000 0.0078 11.167 2.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1530 0.8470 2 2 0.0000 0.1575 0.8425 2 2 0.0000 0.1638 0.8362
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 271 112 159 45 1 12 0 54 0 0 159 0 0 0.4018 0.0000 0.0000 8.250 0.78 5.96 -5.19 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1494 0.5096 0.3410 1 1 0.1529 0.5089 0.3382 1 1 0.1577 0.5079 0.3344
chr1 152107679 C CCGGTACTGCCGGTCT 0.500000 0.050 1 15 3 1157 219 938 120 0 15 0 84 0 0 901 0 37 0.5479 0.0000 0.0394 13.600 0.33 11.27 -10.94 76 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2031 0.5728 0.2242 1 1 0.2060 0.5674 0.2266 1 1 0.2099 0.5605 0.2296
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 280 92 188 56 7 14 1 14 0 0 188 0 0 0.6087 0.0000 0.0000 5.500 0.25 2.79 -2.54 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6880 0.3054 0.0065 0 1 0.0186 0.9812 0.0002 0 1 0.0219 0.9781 0.0000
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 233 64 169 0 0 10 0 54 0 0 147 0 22 0.0000 0.0000 0.1302 5.400 9.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1287 0.8713 2 2 0.0000 0.1331 0.8669 2 2 0.0000 0.1392 0.8608
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 852 294 558 229 1 59 0 5 0 0 557 0 1 0.7789 0.0000 0.0018 3.966 0.12 16.20 -16.08 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 0 0.8405 0.1595 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 823 227 596 12 0 29 0 186 0 1 586 1 8 0.0529 0.0000 0.0168 7.615 1.17 6.04 -4.88 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9643 0.0357 2 2 0.0000 0.4666 0.5334
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1281 310 971 1 2 75 6 226 0 0 904 0 67 0.0032 0.0000 0.0690 3.192 6.00 10.80 -4.80 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr1 153934801 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 610 241 369 121 4 26 5 85 0 0 369 0 0 0.5021 0.0000 0.0000 52.500 0.31 3.78 -3.47 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5909 0.3740 0.0351 1 0 0.5809 0.3806 0.0385 1 0 0.5672 0.3895 0.0433
chr1 154869723 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 1091 291 800 109 17 72 91 2 0 1 795 4 0 0.3746 0.0000 0.0063 3.070 4.34 4.00 0.34 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6005 0.3668 0.0326 1 0 0.5904 0.3737 0.0359 1 0 0.5765 0.3829 0.0406
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 215 84 131 36 2 1 1 44 0 0 130 0 1 0.4286 0.0000 0.0076 81.000 1.56 2.25 -0.69 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1522 0.5053 0.3424 1 1 0.1557 0.5049 0.3394 1 1 0.1603 0.5044 0.3353
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 499 106 393 0 0 0 2 104 0 0 392 0 1 0.0000 0.0000 0.0025 106.000 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0634 0.9366 2 2 0.0000 0.0667 0.9333 2 2 0.0000 0.0715 0.9285
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1124 228 896 100 0 5 0 123 0 0 896 0 0 0.4386 0.0000 0.0000 44.600 0.30 1.52 -1.22 34 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0529 0.4331 0.5140 1 2 0.0569 0.4367 0.5064 1 2 0.0625 0.4415 0.4960
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 191 66 125 63 1 1 0 1 0 0 125 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 65.000 0.08 1.00 -0.92 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4954 0.5046 0.0000 0 0 0.7132 0.2868 0.0000 0 0 0.7618 0.2382 0.0000
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 323 83 240 35 0 8 0 40 0 0 240 0 0 0.4217 0.0000 0.0000 9.375 0.46 1.77 -1.32 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1837 0.5153 0.3010 1 1 0.1863 0.5142 0.2996 1 1 0.1897 0.5127 0.2976
chr1 201039955 AGTAGCTCT A 0.500000 0.050 1 -8 1 877 233 644 139 0 6 0 88 0 0 640 0 4 0.5966 0.0000 0.0062 37.833 0.45 7.68 -7.23 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7879 0.2046 0.0076 1 0 0.7755 0.2156 0.0089 1 0 0.7582 0.2308 0.0110
chr1 201386872 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 624 157 467 94 1 3 2 57 0 0 459 5 3 0.5987 0.0000 0.0171 51.000 0.84 4.53 -3.69 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5942 0.3675 0.0383 1 0 0.5834 0.3748 0.0418 1 0 0.5687 0.3844 0.0469
chr1 201386876 ACC A 0.500000 0.050 1 -2 3 625 157 468 97 0 0 1 59 0 0 460 0 8 0.6178 0.0000 0.0171 157.000 0.79 4.41 -3.61 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6098 0.3556 0.0346 1 0 0.5987 0.3633 0.0380 1 0 0.5836 0.3736 0.0428
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.050 1 3 1 518 241 277 118 13 44 2 64 0 0 275 0 2 0.4896 0.0000 0.0072 4.477 0.18 3.08 -2.90 76 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8974 0.1009 0.0017 1 0 0.8873 0.1105 0.0022 1 0 0.8727 0.1244 0.0030
chr1 225204248 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 3 86 49 37 45 0 2 0 2 0 0 37 0 0 0.9184 0.0000 0.0000 23.500 0.24 3.00 -2.76 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1060 0.8940 0.0000 0 1 0.4438 0.5562 0.0000 0 0 0.5831 0.4169 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 713 147 566 76 0 12 1 58 0 0 563 0 3 0.5170 0.0000 0.0053 11.250 0.45 8.86 -8.41 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4107 0.4865 0.1028 1 1 0.4056 0.4872 0.1071 1 1 0.3988 0.4883 0.1130
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 484 95 389 77 3 13 0 2 2 0 387 0 0 0.8105 0.0051 0.0051 6.308 2.51 4.50 -1.99 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2314 0.7686 0.0000 0 0 0.6652 0.3348 0.0000 0 0 0.7725 0.2275 0.0000
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 154 43 111 26 0 6 0 11 0 0 111 0 0 0.6047 0.0000 0.0000 6.167 0.12 2.82 -2.70 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4497 0.4482 0.1020 1 1 0.4420 0.4518 0.1062 1 1 0.4313 0.4570 0.1117
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 254 114 140 60 0 4 0 50 0 0 140 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 27.500 0.12 1.28 -1.16 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3624 0.5038 0.1338 1 1 0.3589 0.5034 0.1377 1 1 0.3541 0.5030 0.1429
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 667 170 497 1 0 15 2 152 0 0 492 1 4 0.0059 0.0000 0.0101 10.333 1.00 3.46 -2.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0853 0.9147 2 2 0.0000 0.0372 0.9628 2 2 0.0000 0.0311 0.9689
chr1 240207646 C CGCCCCCTCTACCCGGAGCGGCAAT 0.500000 0.050 1 24 2 421 94 327 33 10 37 5 9 0 0 325 2 0 0.3511 0.0000 0.0061 1.500 5.48 22.78 -17.29 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6041 0.3513 0.0445 1 0 0.5916 0.3602 0.0482 1 0 0.5647 0.3828 0.0525
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 562 162 400 64 0 3 0 95 0 0 398 0 2 0.3951 0.0000 0.0050 53.000 1.45 1.48 -0.03 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0253 0.3145 0.6602 1 2 0.0281 0.3239 0.6480 1 2 0.0323 0.3364 0.6313
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1256 277 979 15 0 3 0 259 0 0 976 0 3 0.0542 0.0000 0.0031 91.333 1.60 1.21 0.39 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9720 0.0280 2 2 0.0000 0.3298 0.6702
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 786 260 526 120 0 3 0 137 0 1 525 0 0 0.4615 0.0000 0.0019 85.667 1.24 4.15 -2.90 94 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0839 0.5076 0.4085 1 1 0.0884 0.5066 0.4050 1 1 0.0946 0.5054 0.4000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 956 146 810 102 0 3 0 41 0 0 806 0 4 0.6986 0.0000 0.0049 47.667 1.72 4.51 -2.80 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8722 0.1247 0.0031 1 0 0.8609 0.1353 0.0038 1 0 0.8445 0.1505 0.0050
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 472 123 349 42 1 4 0 76 0 0 347 0 2 0.3415 0.0000 0.0057 29.750 1.17 6.88 -5.71 26 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0218 0.2849 0.6933 1 2 0.0244 0.2954 0.6802 1 2 0.0283 0.3096 0.6621
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 613 119 494 114 0 2 0 3 0 0 494 0 0 0.9580 0.0000 0.0000 58.500 0.30 3.33 -3.04 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1163 0.8837 0.0000 0 0 0.6917 0.3083 0.0000 0 0 0.8345 0.1655 0.0000
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 237 103 134 0 0 4 0 99 0 0 132 0 2 0.0000 0.0000 0.0149 24.750 3.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0992 0.9008 2 2 0.0000 0.1038 0.8962 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr2 20667362 G GGGCGGC 0.021395 0.050 1 6 5 419 148 271 0 0 21 0 127 0 0 257 1 13 0.0000 0.0000 0.0517 6.048 7.21 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5696 0.4304 2 1 0.0000 0.5869 0.4131 2 1 0.0000 0.6103 0.3897
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 419 148 271 2 1 20 5 120 0 0 257 3 11 0.0135 0.0000 0.0517 6.350 7.50 7.09 0.41 2 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2320 0.7680 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0338 0.9662
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 539 170 369 90 0 21 0 59 0 0 368 0 1 0.5294 0.0000 0.0027 7.095 0.43 7.75 -7.31 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7062 0.2777 0.0161 1 0 0.6963 0.2859 0.0178 1 0 0.6827 0.2970 0.0203
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 490 117 373 53 0 20 1 43 0 0 371 0 2 0.4530 0.0000 0.0054 4.800 0.21 8.95 -8.75 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5339 0.4492 0.0169 1 0 0.5325 0.4501 0.0174 1 0 0.5306 0.4514 0.0179
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 235 64 171 5 0 1 1 57 0 0 166 0 5 0.0781 0.0000 0.0292 63.000 1.20 3.21 -2.01 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.8564 0.1436 2 1 0.0000 0.5862 0.4138
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 454 106 348 51 1 15 0 39 0 0 344 1 3 0.4811 0.0000 0.0115 6.067 0.18 2.62 -2.44 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3519 0.5046 0.1435 1 1 0.3486 0.5042 0.1472 1 1 0.3442 0.5037 0.1521
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.050 1 -3 3 487 115 372 54 0 7 0 54 0 0 368 0 4 0.4696 0.0000 0.0108 15.429 0.26 3.07 -2.81 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1894 0.5293 0.2813 1 1 0.1920 0.5271 0.2809 1 1 0.1955 0.5243 0.2802
chr2 43765562 AAGC A 0.500000 0.050 1 -3 1 228 101 127 52 0 5 0 44 0 0 127 0 0 0.5149 0.0000 0.0000 19.200 0.17 3.00 -2.83 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5103 0.1528 1 1 0.3343 0.5095 0.1563 1 1 0.3307 0.5084 0.1609
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 529 182 347 62 1 57 1 61 0 0 347 0 0 0.3407 0.0000 0.0000 2.175 0.37 1.69 -1.32 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2402 0.5378 0.2220 1 1 0.2414 0.5350 0.2237 1 1 0.2427 0.5314 0.2259
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.050 1 6 1 213 82 131 39 0 5 2 36 0 0 130 0 1 0.4756 0.0000 0.0076 15.000 0.28 5.75 -5.47 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2462 0.5233 0.2305 1 1 0.2468 0.5216 0.2316 1 1 0.2475 0.5194 0.2331
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 453 181 272 80 0 21 2 78 0 0 272 0 0 0.4420 0.0000 0.0000 7.571 0.39 3.26 -2.87 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2287 0.5485 0.2227 1 1 0.2305 0.5449 0.2246 1 1 0.2326 0.5403 0.2270
chr2 71149970 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 277 92 185 84 2 4 0 2 0 0 185 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 21.750 0.69 4.00 -3.31 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2490 0.7510 0.0000 0 0 0.6861 0.3139 0.0000 0 0 0.7883 0.2117 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 613 160 453 0 1 28 1 130 0 0 441 1 11 0.0000 0.0000 0.0265 4.679 6.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0285 0.9715 2 2 0.0000 0.0304 0.9696 2 2 0.0000 0.0332 0.9668
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 492 112 380 1 0 6 0 105 0 0 374 0 6 0.0089 0.0000 0.0158 17.667 0.00 2.92 -2.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2385 0.7615 2 2 0.0000 0.1121 0.8879 2 2 0.0000 0.0920 0.9080
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 958 221 737 102 0 42 0 77 0 0 705 0 32 0.4615 0.0000 0.0434 4.262 0.30 14.29 -13.98 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1502 0.5496 0.3002 1 1 0.1542 0.5459 0.3000 1 1 0.1594 0.5412 0.2994
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 371 133 238 111 1 8 0 13 1 0 236 1 0 0.8346 0.0042 0.0084 15.625 0.68 3.08 -2.39 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.0987 0.9013 0.0000
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 548 156 392 3 0 11 5 137 0 0 391 0 1 0.0192 0.0000 0.0026 13.091 0.33 3.27 -2.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7855 0.2145 2 2 0.0000 0.1793 0.8207 2 2 0.0000 0.0903 0.9097
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 551 167 384 8 0 2 1 156 0 0 381 0 3 0.0479 0.0000 0.0078 82.000 0.25 3.14 -2.89 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8019 0.1981 2 2 0.0000 0.2973 0.7027
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 626 164 462 0 0 1 1 162 0 0 452 0 10 0.0000 0.0000 0.0216 162.000 5.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 286 105 181 53 0 10 0 42 0 0 178 0 3 0.5048 0.0000 0.0166 9.500 0.66 6.21 -5.55 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3365 0.5109 0.1526 1 1 0.3339 0.5100 0.1561 1 1 0.3303 0.5089 0.1607
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 697 189 508 108 1 6 0 74 1 0 505 0 2 0.5714 0.0020 0.0059 30.500 0.53 1.68 -1.15 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6656 0.3113 0.0231 1 0 0.6536 0.3205 0.0258 1 0 0.6372 0.3330 0.0298
chr2 132317662 ATGTAATAAC A 0.500000 0.050 1 -9 1 998 244 754 130 0 10 0 104 0 0 744 0 10 0.5328 0.0000 0.0133 26.000 0.17 8.37 -8.20 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4062 0.5068 0.0870 1 1 0.4026 0.5059 0.0916 1 1 0.3975 0.5048 0.0977
chr2 132645507 T TAAG 0.500000 0.050 1 3 1 612 166 446 83 1 8 1 73 0 0 445 0 1 0.5000 0.0000 0.0022 19.750 0.24 3.03 -2.79 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5246 0.1384 1 1 0.3350 0.5227 0.1424 1 1 0.3321 0.5203 0.1476
chr2 151379531 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 201 56 145 16 27 10 0 3 1 3 140 1 0 0.2857 0.0069 0.0345 2.100 0.81 3.33 -2.52 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 1 0.1797 0.8203 0.0000 0 1 0.3973 0.6027 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 201 59 142 17 4 11 8 19 0 0 139 2 1 0.2881 0.0000 0.0211 3.727 0.71 2.37 -1.66 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1578 0.4955 0.3467 1 1 0.1610 0.4958 0.3432 1 1 0.1653 0.4962 0.3385
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 225 91 134 51 0 0 0 40 0 0 131 2 1 0.5604 0.0000 0.0224 91.000 0.16 2.10 -1.94 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3420 0.5079 0.1501 1 1 0.3391 0.5073 0.1536 1 1 0.3352 0.5065 0.1583
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 257 124 133 113 0 5 0 6 0 0 133 0 0 0.9113 0.0000 0.0000 23.800 0.10 3.50 -3.40 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2279 0.7721 0.0000 0 0 0.6176 0.3824 0.0000
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.050 1 -18 1 386 113 273 59 0 18 0 36 0 0 265 0 8 0.5221 0.0000 0.0293 5.278 0.22 15.22 -15.00 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4334 0.4683 0.0983 1 1 0.4271 0.4703 0.1026 1 1 0.4186 0.4730 0.1084
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 764 149 615 81 0 7 1 60 0 0 608 0 7 0.5436 0.0000 0.0114 20.286 0.16 3.85 -3.69 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3943 0.4969 0.1088 1 1 0.3900 0.4969 0.1131 1 1 0.3841 0.4970 0.1189
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 336 137 199 0 4 16 6 111 0 0 190 1 8 0.0000 0.0000 0.0452 7.125 4.26 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0716 0.9284 2 2 0.0000 0.0705 0.9295 2 2 0.0000 0.0707 0.9293
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.050 1 6 2 336 137 199 8 1 59 1 68 0 0 190 2 7 0.0584 0.0000 0.0452 1.305 2.38 5.03 -2.65 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9746 0.0254 2 1 0.0000 0.7750 0.2250
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 258 80 178 55 10 12 0 3 0 0 178 0 0 0.6875 0.0000 0.0000 4.833 0.31 1.00 -0.69 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0407 0.9593 0.0000 0 1 0.3987 0.6013 0.0000 0 0 0.6034 0.3966 0.0000
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 371 80 291 31 11 14 9 15 0 0 290 0 1 0.3875 0.0000 0.0034 4.385 1.94 1.67 0.27 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4611 0.4461 0.0928 1 0 0.4533 0.4497 0.0970 1 1 0.4428 0.4543 0.1028
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 456 125 331 52 0 32 3 38 2 0 328 0 1 0.4160 0.0060 0.0091 3.100 2.46 4.26 -1.80 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3852 0.4910 0.1238 1 1 0.3806 0.4916 0.1278 1 1 0.3745 0.4923 0.1332
chr2 210018165 T TAA 0.500000 0.050 1 2 1 123 51 72 49 0 0 0 2 0 0 72 0 0 0.9608 0.0000 0.0000 51.000 0.16 2.00 -1.84 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1160 0.8840 0.0000 0 1 0.4682 0.5318 0.0000 0 0 0.6062 0.3938 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 286 101 185 51 0 2 0 48 0 0 184 0 1 0.5050 0.0000 0.0054 49.500 0.04 3.19 -3.15 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2586 0.5293 0.2122 1 1 0.2589 0.5271 0.2140 1 1 0.2592 0.5243 0.2165
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 613 154 459 0 1 25 2 126 0 0 453 0 6 0.0000 0.0000 0.0131 5.120 8.29 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0400 0.9600 2 2 0.0000 0.0416 0.9584 2 2 0.0000 0.0442 0.9558
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 618 161 457 3 2 23 3 130 0 1 454 2 0 0.0186 0.0000 0.0066 6.900 0.00 8.10 -8.10 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9582 0.0418 2 2 0.0000 0.4373 0.5627 2 2 0.0000 0.2011 0.7989
chr2 219182152 G GGAGGAA 0.500000 0.050 1 6 1 652 148 504 79 0 14 1 54 0 0 497 0 7 0.5338 0.0000 0.0139 9.571 0.29 5.93 -5.63 37 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4522 0.4636 0.0842 1 1 0.4457 0.4658 0.0885 1 1 0.4368 0.4687 0.0945
chr2 229591816 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 1 523 177 346 157 0 17 0 3 0 0 346 0 0 0.8870 0.0000 0.0000 9.412 0.29 13.00 -12.71 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2795 0.7205 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000 0 0 0.9339 0.0661 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 634 226 408 205 3 9 0 9 0 0 404 0 4 0.9071 0.0000 0.0098 24.111 0.89 16.22 -15.33 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0279 0.9721 0.0000 0 0 0.5390 0.4610 0.0000
chr2 231037824 A AGGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 9 1 469 97 372 36 3 14 4 40 0 0 370 0 2 0.3711 0.0000 0.0054 6.583 2.92 8.28 -5.36 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1598 0.5093 0.3309 1 1 0.1631 0.5086 0.3283 1 1 0.1675 0.5077 0.3249
chr2 232844199 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 4 594 191 403 79 0 33 0 79 0 1 401 0 1 0.4136 0.0000 0.0050 4.788 0.18 3.23 -3.05 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2238 0.5486 0.2276 1 1 0.2257 0.5450 0.2293 1 1 0.2281 0.5404 0.2316
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 359 126 233 62 0 0 2 62 0 0 233 0 0 0.4921 0.0000 0.0000 124.000 1.81 3.90 -2.10 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2126 0.5373 0.2501 1 1 0.2146 0.5345 0.2509 1 1 0.2172 0.5310 0.2518
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 1112 308 804 112 0 0 0 196 0 0 803 0 1 0.3636 0.0000 0.0012 308.000 0.79 1.14 -0.35 56 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0418 0.9580 1 2 0.0003 0.0475 0.9522 1 2 0.0004 0.0562 0.9434
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 424 123 301 2 0 24 4 93 0 0 301 0 0 0.0163 0.0000 0.0000 4.125 1.50 3.22 -1.72 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6860 0.3140 2 2 0.0000 0.2568 0.7432 2 2 0.0000 0.1703 0.8297
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 482 135 347 64 0 0 0 71 0 0 345 0 2 0.4741 0.0000 0.0058 135.000 1.00 2.45 -1.45 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1404 0.5179 0.3418 1 1 0.1442 0.5165 0.3393 1 1 0.1494 0.5147 0.3359
chr2 241317535 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 268 64 204 21 26 8 4 5 0 2 201 0 1 0.3281 0.0000 0.0147 4.857 1.14 2.00 -0.86 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9913 0.0003 0 1 0.0198 0.9802 0.0000 0 1 0.1351 0.8649 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 586 154 432 0 0 3 0 151 0 0 429 0 3 0.0000 0.0000 0.0069 50.333 3.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 492 119 373 1 0 9 0 109 0 0 350 0 23 0.0084 0.0000 0.0617 12.222 0.00 11.22 -11.22 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4455 0.5545 2 2 0.0000 0.2466 0.7534 2 2 0.0000 0.2105 0.7895
chr3 12901258 TGGC T 0.002987 0.050 1 -3 1 533 151 382 77 2 12 0 60 0 0 381 0 1 0.5099 0.0000 0.0026 11.500 0.64 4.22 -3.58 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6693 0.3303 0.0003 1 0 0.6646 0.3350 0.0004 1 0 0.6583 0.3413 0.0004
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 471 110 361 5 0 1 4 100 0 0 361 0 0 0.0455 0.0000 0.0000 108.000 0.80 4.76 -3.96 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9961 0.0039 2 1 0.0000 0.6848 0.3152 2 2 0.0000 0.3470 0.6530
chr3 33093215 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 704 163 541 88 0 3 0 72 0 0 536 0 5 0.5399 0.0000 0.0092 53.333 0.17 3.43 -3.26 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3627 0.5151 0.1222 1 1 0.3597 0.5139 0.1264 1 1 0.3556 0.5123 0.1321
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.050 1 3 1 510 157 353 81 0 4 0 72 0 1 351 0 1 0.5159 0.0000 0.0057 38.250 0.27 3.08 -2.81 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5236 0.1393 1 1 0.3349 0.5218 0.1432 1 1 0.3320 0.5195 0.1485
chr3 38122579 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 549 157 392 91 0 2 0 64 0 0 391 0 1 0.5796 0.0000 0.0026 77.500 0.35 3.23 -2.88 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5729 0.3833 0.0438 1 0 0.5626 0.3899 0.0475 1 0 0.5486 0.3986 0.0528
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.050 1 -3 3 616 221 395 29 9 4 173 6 0 0 390 5 0 0.1312 0.0000 0.0127 15.667 1.72 3.17 -1.44 17 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0005 0.0501 0.9494 1 2 0.0007 0.0599 0.9394 2 1 0.0000 0.9904 0.0096
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 710 228 482 11 2 42 3 170 0 0 470 0 12 0.0482 0.0000 0.0249 4.429 0.18 4.02 -3.84 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9835 0.0165 2 1 0.0000 0.5962 0.4038
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 710 228 482 13 1 129 2 83 0 0 472 2 8 0.0570 0.0000 0.0207 0.767 0.85 5.25 -4.41 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.9365 0.0635
chr3 42210085 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 710 242 468 196 5 38 1 2 0 0 468 0 0 0.8099 0.0000 0.0000 5.368 3.54 2.00 1.54 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5723 0.4277 0.0000 0 0 0.9512 0.0488 0.0000 0 0 0.9760 0.0240 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 651 196 455 0 0 6 1 189 0 0 453 0 2 0.0000 0.0000 0.0044 31.667 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0099 0.9901
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 356 130 226 0 0 4 1 125 0 0 221 0 5 0.0000 0.0000 0.0221 31.250 4.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0358 0.9642 2 2 0.0000 0.0381 0.9619 2 2 0.0000 0.0416 0.9584
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 638 162 476 63 0 21 5 73 0 0 474 0 2 0.3889 0.0000 0.0042 6.714 0.59 3.41 -2.82 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0843 0.4644 0.4513 1 1 0.0886 0.4666 0.4448 1 1 0.0946 0.4694 0.4360
chr3 49554677 G GGGCCCC 0.500000 0.050 1 6 3 214 74 140 34 0 11 0 29 0 0 140 0 0 0.4595 0.0000 0.0000 5.727 1.26 5.90 -4.63 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3033 0.5117 0.1850 1 1 0.3017 0.5108 0.1875 1 1 0.2995 0.5097 0.1909
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 485 128 357 3 0 26 0 99 0 0 350 0 7 0.0234 0.0000 0.0196 3.923 0.00 5.40 -5.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9029 0.0971 2 2 0.0000 0.3519 0.6481 2 2 0.0000 0.1937 0.8063
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 187 87 100 67 0 14 0 6 0 0 100 0 0 0.7701 0.0000 0.0000 5.214 0.25 7.00 -6.75 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0867 0.9133 0.0000 0 1 0.3490 0.6510 0.0000
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 311 106 205 0 0 3 96 7 0 0 204 1 0 0.0000 0.0000 0.0049 51.500 4.86 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0715 0.9285 2 2 0.0000 0.0751 0.9249 2 2 0.0000 0.0802 0.9198
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 312 107 205 0 0 0 4 103 0 0 204 0 1 0.0000 0.0000 0.0049 107.000 3.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0655 0.9345 2 2 0.0000 0.0702 0.9298
chr3 63912697 G GCCC 0.500000 0.050 1 3 1 270 60 210 31 1 0 1 27 0 0 209 0 1 0.5167 0.0000 0.0048 60.000 2.45 3.22 -0.77 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2794 0.5155 0.2050 1 1 0.2787 0.5144 0.2069 1 1 0.2777 0.5129 0.2094
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 290 110 180 41 3 15 2 49 0 0 179 0 1 0.3727 0.0000 0.0056 6.267 0.02 2.92 -2.89 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1570 0.5121 0.3310 1 1 0.1603 0.5111 0.3285 1 1 0.1648 0.5100 0.3252
chr3 67360748 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 165 63 102 24 1 5 0 33 0 0 102 0 0 0.3810 0.0000 0.0000 11.600 0.21 2.27 -2.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1564 0.4986 0.3449 1 1 0.1597 0.4987 0.3416 1 1 0.1641 0.4988 0.3371
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 656 173 483 89 0 16 3 65 0 0 480 0 3 0.5145 0.0000 0.0062 9.812 0.26 1.15 -0.90 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4666 0.4574 0.0760 1 1 0.4598 0.4599 0.0803 1 1 0.4505 0.4633 0.0863
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 941 183 758 171 0 7 0 5 0 0 758 0 0 0.9344 0.0000 0.0000 25.143 1.02 1.40 -0.38 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0223 0.9777 0.0000 0 0 0.7087 0.2913 0.0000 0 0 0.9041 0.0959 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 139 58 81 29 1 0 2 26 0 0 81 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 57.000 0.59 1.69 -1.11 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2677 0.5160 0.2163 1 1 0.2674 0.5148 0.2179 1 1 0.2669 0.5133 0.2198
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1150 285 865 116 2 70 88 9 0 0 865 0 0 0.4070 0.0000 0.0000 3.101 0.27 2.78 -2.51 12 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4772 0.4577 0.0651 1 0 0.4707 0.4600 0.0693 1 1 0.4617 0.4630 0.0752
chr3 113657263 TTGCTGCTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -15 1 1155 300 855 144 2 49 1 104 0 0 855 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 5.122 0.42 12.05 -11.63 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7282 0.2593 0.0125 1 0 0.7161 0.2695 0.0144 1 0 0.6994 0.2834 0.0173
chr3 125055810 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 5 303 92 211 89 1 1 0 1 0 1 210 0 0 0.9674 0.0000 0.0047 91.000 0.79 3.00 -2.21 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6585 0.3415 0.0000 0 0 0.8286 0.1714 0.0000 0 0 0.8592 0.1408 0.0000
chr3 140566154 AGAGGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 263 98 165 50 1 7 0 40 0 0 165 0 0 0.5102 0.0000 0.0000 12.857 0.32 6.28 -5.96 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3799 0.4923 0.1278 1 1 0.3755 0.4928 0.1317 1 1 0.3696 0.4934 0.1370
chr3 150703735 A ACCTCCT 0.500000 0.050 1 6 2 455 76 379 3 0 11 1 61 0 0 367 0 12 0.0395 0.0000 0.0317 5.909 1.33 5.87 -4.54 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9540 0.0460 2 1 0.0000 0.5438 0.4562 2 2 0.0000 0.3403 0.6597
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 341 128 213 67 0 3 2 56 0 0 212 0 1 0.5234 0.0000 0.0047 41.333 0.07 1.36 -1.28 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3335 0.5183 0.1482 1 1 0.3312 0.5169 0.1519 1 1 0.3281 0.5151 0.1567
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 431 165 266 6 0 23 10 126 0 0 262 0 4 0.0364 0.0000 0.0150 6.174 0.17 3.02 -2.86 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.6344 0.3656 2 2 0.0000 0.2444 0.7556
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 611 156 455 67 1 26 1 61 0 0 453 0 2 0.4295 0.0000 0.0044 4.962 0.45 3.33 -2.88 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2753 0.5357 0.1890 1 1 0.2752 0.5331 0.1917 1 1 0.2750 0.5297 0.1953
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 491 146 345 133 0 9 0 4 1 0 344 0 0 0.9110 0.0029 0.0029 15.222 0.11 1.75 -1.64 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.6548 0.3452 0.0000 0 0 0.8491 0.1509 0.0000
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 4 266 160 106 155 0 3 0 2 0 0 106 0 0 0.9688 0.0000 0.0000 52.333 0.94 3.50 -2.56 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6559 0.3441 0.0000 0 0 0.9233 0.0767 0.0000 0 0 0.9513 0.0487 0.0000
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 1483 516 967 385 4 21 0 106 0 0 967 0 0 0.7461 0.0000 0.0000 23.476 1.86 2.13 -0.27 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195778895 TGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.050 1 -48 1 1674 723 951 345 24 254 16 84 2 3 916 0 30 0.4772 0.0021 0.0368 1.839 4.86 3.46 1.39 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr3 195779135 TGGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACTGAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCCTGACCTGTGGATGCAGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.050 1 -96 1 1824 370 1454 122 11 101 8 128 0 3 1408 2 41 0.3297 0.0000 0.0316 2.630 4.76 4.13 0.63 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0103 0.2546 0.7351 1 2 0.0120 0.2644 0.7237 1 2 0.0145 0.2778 0.7077
chr3 195781259 CAGGGGTGGCGTGACCGGTGGATGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAG C 0.500000 0.050 1 -48 2 1515 534 981 243 45 65 24 157 23 36 916 3 3 0.4551 0.0234 0.0663 7.111 3.96 4.81 -0.85 19 0/1 1/1 . . OK 1 0 0.9986 0.0014 0.0000 1 0 0.9981 0.0019 0.0000 1 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 845 182 663 87 0 13 0 82 0 0 647 0 16 0.4780 0.0000 0.0241 13.000 0.22 11.27 -11.05 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.5212 0.3581 1 1 0.1249 0.5195 0.3556 1 1 0.1307 0.5174 0.3519
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 329 116 213 87 1 14 0 14 0 0 208 1 4 0.7500 0.0000 0.0235 7.214 0.30 11.64 -11.34 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1311 0.8687 0.0001 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0071 0.9929 0.0000
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 544 111 433 0 0 1 0 110 0 0 352 3 78 0.0000 0.0000 0.1871 110.000 15.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 533 195 338 98 65 11 3 18 2 1 335 0 0 0.5026 0.0059 0.0089 18.200 2.03 3.50 -1.47 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0706 0.9294 0.0000 0 0 0.9501 0.0499 0.0000
chr4 3074966 G GCCT 0.008956 0.050 1 3 2 533 195 338 86 6 19 0 84 1 2 335 0 0 0.4410 0.0030 0.0089 9.158 1.84 4.77 -2.94 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5715 0.4267 0.0018 1 0 0.5706 0.4275 0.0019 1 0 0.5691 0.4289 0.0020
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 664 164 500 85 1 9 0 69 0 0 495 0 5 0.5183 0.0000 0.0100 17.222 0.67 10.90 -10.23 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5733 0.4137 0.0130 1 0 0.5710 0.4154 0.0135 1 0 0.5678 0.4179 0.0143
chr4 7042274 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 573 122 451 116 1 3 0 2 0 0 451 0 0 0.9508 0.0000 0.0000 39.667 0.34 1.50 -1.16 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4240 0.5760 0.0000 0 0 0.8251 0.1749 0.0000 0 0 0.8871 0.1129 0.0000
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 688 186 502 97 3 13 0 73 1 0 498 0 3 0.5215 0.0020 0.0080 13.231 1.04 8.21 -7.16 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5508 0.4016 0.0475 1 0 0.5415 0.4072 0.0514 1 0 0.5287 0.4145 0.0568
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 687 210 477 105 3 26 3 73 0 0 472 0 5 0.5000 0.0000 0.0105 7.038 1.29 7.03 -5.74 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5801 0.3805 0.0394 1 0 0.5701 0.3870 0.0429 1 0 0.5564 0.3956 0.0480
chr4 15687392 TCTA T 0.500000 0.050 1 -3 2 1052 244 808 122 2 4 2 114 0 0 805 0 3 0.5000 0.0000 0.0037 59.500 0.16 3.25 -3.09 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2696 0.5660 0.1644 1 1 0.2707 0.5611 0.1682 1 1 0.2718 0.5549 0.1733
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 494 144 350 77 0 4 0 63 0 0 346 0 4 0.5347 0.0000 0.0114 35.000 0.05 9.40 -9.34 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3538 0.5146 0.1316 1 1 0.3510 0.5134 0.1356 1 1 0.3470 0.5120 0.1410
chr4 44447936 G GCCA 0.500000 0.050 1 3 2 670 152 518 76 3 9 1 63 0 0 518 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 17.625 1.54 3.83 -2.29 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4226 0.4808 0.0966 1 1 0.4171 0.4819 0.1009 1 1 0.4098 0.4834 0.1068
chr4 56378269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 307 112 195 12 0 6 0 94 0 0 193 0 2 0.1071 0.0000 0.0103 17.667 0.08 2.97 -2.88 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.8964 0.1036
chr4 71567805 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 496 116 380 66 0 2 0 48 0 0 380 0 0 0.5690 0.0000 0.0000 57.000 0.65 1.73 -1.08 46 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4733 0.4469 0.0799 1 0 0.4656 0.4502 0.0841 1 0 0.4554 0.4546 0.0901
chr4 76896936 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 807 199 608 169 7 21 0 2 0 0 608 0 0 0.8492 0.0000 0.0000 8.429 1.07 3.50 -2.43 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7617 0.2383 0.0000 0 0 0.9526 0.0474 0.0000 0 0 0.9699 0.0301 0.0000
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 638 251 387 17 89 40 11 94 0 0 380 0 7 0.0677 0.0000 0.0181 5.000 0.18 3.07 -2.90 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2010 0.5633 0.2357 1 1 0.2038 0.5586 0.2376 1 1 0.2075 0.5526 0.2399
chr4 78870928 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 638 265 373 107 12 35 7 104 0 0 373 0 0 0.4038 0.0000 0.0000 6.818 2.26 3.20 -0.94 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3347 0.5401 0.1252 1 1 0.3334 0.5370 0.1295 1 1 0.3315 0.5331 0.1354
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 186 81 105 52 0 0 0 29 0 0 105 0 0 0.6420 0.0000 0.0000 81.000 0.06 1.03 -0.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5521 0.3911 0.0568 1 0 0.5415 0.3977 0.0608 1 0 0.5272 0.4064 0.0664
chr4 87614933 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3008 812 2196 692 14 85 4 17 103 69 2008 9 7 0.8522 0.0469 0.0856 8.744 1.62 7.24 -5.62 176 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7283 0.2717 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3808 816 2992 5 12 40 16 743 48 58 2680 159 47 0.0061 0.0160 0.1043 23.273 4.20 8.71 -4.51 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 3987 954 3033 740 25 154 11 24 67 91 2714 72 89 0.7757 0.0221 0.1052 5.150 4.47 10.79 -6.32 116 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87616249 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 2600 785 1815 387 54 120 63 161 31 36 1738 7 3 0.4930 0.0171 0.0424 6.183 6.72 19.34 -12.62 87 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87616280 TAGCAGTGACAGCAGTGAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2637 834 1803 634 71 86 11 32 16 38 1741 6 2 0.7602 0.0089 0.0344 9.113 7.78 8.72 -0.94 214 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.7347 0.2653 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 175 82 93 41 1 3 0 37 0 0 91 0 2 0.5000 0.0000 0.0215 26.333 0.05 3.16 -3.11 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2738 0.5220 0.2042 1 1 0.2734 0.5204 0.2062 1 1 0.2728 0.5183 0.2089
chr4 121157144 CTCTCTGCCTGTCGTCCTT C 0.500000 0.050 1 -18 1 244 139 105 129 0 7 0 3 0 0 105 0 0 0.9281 0.0000 0.0000 18.857 0.22 6.33 -6.12 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1609 0.8391 0.0000 0 0 0.7645 0.2355 0.0000 0 0 0.8784 0.1216 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 581 259 322 0 0 33 16 210 0 0 316 0 6 0.0000 0.0000 0.0186 6.848 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr4 154237107 A AGTT 0.500000 0.050 1 3 1 640 156 484 85 0 15 1 55 0 0 483 0 1 0.5449 0.0000 0.0021 9.400 0.06 3.16 -3.10 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6036 0.3587 0.0377 1 0 0.5923 0.3665 0.0412 1 0 0.5770 0.3768 0.0461
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 320 127 193 60 0 19 0 48 0 0 193 0 0 0.4724 0.0000 0.0000 5.684 0.65 5.65 -5.00 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3897 0.4913 0.1190 1 1 0.3851 0.4918 0.1231 1 1 0.3789 0.4925 0.1286
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.050 1 -9 2 334 95 239 88 0 3 0 4 0 0 239 0 0 0.9263 0.0000 0.0000 30.667 0.12 10.00 -9.88 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0132 0.9868 0.0000 0 1 0.3773 0.6227 0.0000 0 0 0.6509 0.3491 0.0000
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.050 1 2 1 169 65 104 64 0 0 1 0 0 0 104 0 0 0.9846 0.0000 0.0000 65.000 0.64 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9931 0.0069 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.050 1 -2 3 169 66 103 64 0 1 1 0 0 0 103 0 0 0.9697 0.0000 0.0000 65.000 0.66 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 688 127 561 5 0 8 2 112 0 0 556 0 5 0.0394 0.0000 0.0089 14.875 0.80 2.74 -1.94 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9943 0.0057 2 1 0.0000 0.5994 0.4006 2 2 0.0000 0.2699 0.7301
chr5 16179479 T TCGG 0.500000 0.050 1 3 1 297 80 217 31 1 10 3 35 0 0 216 0 1 0.3875 0.0000 0.0046 7.778 1.13 3.89 -2.76 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1684 0.5087 0.3229 1 1 0.1714 0.5080 0.3206 1 1 0.1754 0.5072 0.3174
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 906 209 697 84 0 34 3 88 0 0 694 1 2 0.4019 0.0000 0.0043 5.147 0.14 3.44 -3.30 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1289 0.5250 0.3461 1 1 0.1330 0.5230 0.3439 1 1 0.1386 0.5206 0.3408
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 380 42 338 0 0 30 0 12 0 1 329 3 5 0.0000 0.0000 0.0266 0.414 9.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5511 0.4489 2 2 0.0000 0.4868 0.5132 2 2 0.0000 0.4517 0.5483
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 427 112 315 0 0 5 0 107 0 0 312 0 3 0.0000 0.0000 0.0095 21.400 5.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0591 0.9409 2 2 0.0000 0.0622 0.9378 2 2 0.0000 0.0668 0.9332
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 580 164 416 0 0 4 0 160 0 0 411 0 5 0.0000 0.0000 0.0120 40.000 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0155 0.9845 2 2 0.0000 0.0168 0.9832 2 2 0.0000 0.0188 0.9812
chr5 77077779 T TCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 1 416 98 318 87 1 6 0 4 0 1 317 0 0 0.8878 0.0000 0.0031 15.333 0.80 6.25 -5.45 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0135 0.9865 0.0000 0 1 0.3830 0.6170 0.0000 0 0 0.6563 0.3437 0.0000
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 203 91 112 88 0 1 0 2 0 0 112 0 0 0.9670 0.0000 0.0000 90.000 0.22 3.00 -2.78 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2592 0.7408 0.0000 0 0 0.6973 0.3027 0.0000 0 0 0.7968 0.2032 0.0000
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 308 92 216 78 4 5 1 4 0 0 214 0 2 0.8478 0.0000 0.0093 17.400 4.17 14.75 -10.58 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0674 0.9326 0.0000 0 1 0.3480 0.6520 0.0000
chr5 80654908 G GCAGCGCCCC 0.500000 0.050 1 9 2 292 77 215 27 3 13 0 34 0 0 214 0 1 0.3506 0.0000 0.0047 4.923 3.96 7.68 -3.71 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1842 0.5121 0.3037 1 1 0.1868 0.5112 0.3021 1 1 0.1901 0.5100 0.2999
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 290 74 216 68 0 2 0 4 0 0 215 0 1 0.9189 0.0000 0.0046 36.000 4.79 19.00 -14.21 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.1604 0.8396 0.0000 0 1 0.4438 0.5562 0.0000
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 777 189 588 161 6 20 0 2 0 0 588 0 0 0.8519 0.0000 0.0000 8.400 0.37 6.00 -5.63 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7181 0.2819 0.0000 0 0 0.9416 0.0584 0.0000 0 0 0.9629 0.0371 0.0000
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 607 138 469 6 0 3 1 128 0 0 469 0 0 0.0435 0.0000 0.0000 45.000 0.33 1.25 -0.92 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6934 0.3066 2 2 0.0000 0.2962 0.7038
chr5 123090276 A ACCTCCGCCT 0.500000 0.050 1 9 2 455 111 344 9 0 23 0 79 0 0 331 1 12 0.0811 0.0000 0.0378 3.826 0.44 8.25 -7.81 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9770 0.0230 2 1 0.0000 0.7585 0.2415
chr5 127875593 A AGCAAGAGGC 0.500000 0.050 1 9 2 254 94 160 92 0 0 0 2 0 0 158 0 2 0.9787 0.0000 0.0125 94.000 0.80 10.00 -9.20 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0146 0.9854 0.0000 0 1 0.4007 0.5993 0.0000 0 0 0.6724 0.3276 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 506 130 376 104 0 25 0 1 0 0 374 0 2 0.8000 0.0000 0.0053 4.200 0.73 0.00 0.73 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0927 0.9073 0.0000 0 0 0.6367 0.3633 0.0000 0 0 0.7987 0.2013 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 216 95 121 51 0 0 0 44 0 0 120 0 1 0.5368 0.0000 0.0083 95.000 0.67 3.14 -2.47 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3102 0.5185 0.1714 1 1 0.3085 0.5171 0.1744 1 1 0.3063 0.5153 0.1784
chr5 139848487 CCCGGGT C 0.500000 0.050 1 -6 3 357 46 311 25 2 3 0 16 1 1 309 0 0 0.5435 0.0032 0.0064 14.333 1.60 6.69 -5.09 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4187 0.4654 0.1159 1 1 0.4123 0.4678 0.1199 1 1 0.4038 0.4709 0.1253
chr5 141095832 GAACT G 0.500000 0.050 1 -4 2 816 150 666 86 1 3 0 60 0 0 665 0 1 0.5733 0.0000 0.0015 49.000 0.48 4.63 -4.16 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5747 0.3812 0.0440 1 0 0.5643 0.3880 0.0477 1 0 0.5502 0.3968 0.0530
chr5 141151301 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 809 188 621 99 0 7 0 82 0 0 617 0 4 0.5266 0.0000 0.0064 25.857 0.29 2.98 -2.68 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3854 0.5081 0.1066 1 1 0.3818 0.5073 0.1109 1 1 0.3768 0.5063 0.1169
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 997 261 736 133 0 8 0 120 0 0 736 0 0 0.5096 0.0000 0.0000 31.625 0.21 1.26 -1.05 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3720 0.5273 0.1007 1 1 0.3697 0.5250 0.1053 1 1 0.3664 0.5222 0.1114
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 2 657 180 477 77 7 30 1 65 0 0 472 0 5 0.4278 0.0000 0.0105 5.000 0.78 2.86 -2.08 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3929 0.4987 0.1084 1 1 0.3887 0.4986 0.1127 1 1 0.3830 0.4985 0.1186
chr5 146878727 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 332 104 228 1 0 17 6 80 0 0 228 0 0 0.0096 0.0000 0.0000 5.118 12.00 4.35 7.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3435 0.6565 2 2 0.0000 0.1868 0.8132 2 2 0.0000 0.1551 0.8449
chr5 148116440 AGTG A 0.500000 0.050 1 -3 2 196 96 100 47 0 9 0 40 0 0 100 0 0 0.4896 0.0000 0.0000 10.875 0.06 3.15 -3.09 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3186 0.5139 0.1675 1 1 0.3165 0.5129 0.1706 1 1 0.3138 0.5115 0.1747
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 695 146 549 4 0 0 1 141 0 0 534 2 13 0.0274 0.0000 0.0273 145.000 0.00 4.03 -4.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9288 0.0712 2 2 0.0000 0.2297 0.7703 2 2 0.0000 0.0923 0.9077
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 699 148 551 5 0 3 0 140 0 0 533 4 14 0.0338 0.0000 0.0327 72.500 0.20 4.06 -3.86 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9848 0.0152 2 2 0.0000 0.3614 0.6386 2 2 0.0000 0.1256 0.8744
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 689 177 512 72 0 2 0 103 0 0 512 0 0 0.4068 0.0000 0.0000 87.500 0.94 1.73 -0.78 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0295 0.3382 0.6323 1 2 0.0326 0.3466 0.6208 1 2 0.0371 0.3578 0.6051
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 608 156 452 71 0 2 0 83 0 0 451 0 1 0.4551 0.0000 0.0022 77.000 0.20 1.39 -1.19 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1086 0.4989 0.3925 1 1 0.1129 0.4988 0.3883 1 1 0.1187 0.4987 0.3826
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 114 60 54 26 0 3 0 31 0 0 54 0 0 0.4333 0.0000 0.0000 19.000 0.04 1.10 -1.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1857 0.5098 0.3045 1 1 0.1882 0.5091 0.3027 1 1 0.1915 0.5082 0.3004
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 381 130 251 2 0 3 0 125 0 0 251 0 0 0.0154 0.0000 0.0000 42.333 2.00 4.94 -2.94 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5297 0.4703 2 2 0.0000 0.1484 0.8516 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 383 138 245 0 0 0 2 136 0 0 243 0 2 0.0000 0.0000 0.0082 138.000 4.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0308 0.9692 2 2 0.0000 0.0338 0.9662
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 235 86 149 74 0 5 0 7 0 0 149 0 0 0.8605 0.0000 0.0000 16.200 0.36 3.71 -3.35 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0547 0.9453 0.0000 0 1 0.3043 0.6957 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 428 91 337 51 0 7 0 33 0 0 337 0 0 0.5604 0.0000 0.0000 12.000 0.90 4.06 -3.16 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4810 0.4378 0.0811 1 0 0.4728 0.4418 0.0854 1 0 0.4617 0.4470 0.0913
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 452 179 273 124 10 41 0 4 0 0 273 0 0 0.6927 0.0000 0.0000 3.366 1.07 4.00 -2.93 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0411 0.9589 0.0000 0 0 0.6542 0.3458 0.0000 0 0 0.8493 0.1507 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 640 107 533 0 0 16 1 90 0 0 531 0 2 0.0000 0.0000 0.0038 5.688 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0879 0.9121 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 521 124 397 89 2 30 0 3 1 0 396 0 0 0.7177 0.0025 0.0025 3.133 0.90 3.33 -2.43 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0679 0.9321 0.0000 0 0 0.5562 0.4438 0.0000 0 0 0.7409 0.2591 0.0000
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 534 105 429 44 2 12 2 45 4 1 417 4 3 0.4190 0.0093 0.0280 7.583 1.07 3.69 -2.62 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3272 0.5463 0.1265 1 1 0.3301 0.5434 0.1265 1 1 0.3339 0.5397 0.1264
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1239 274 965 19 93 63 11 88 0 0 957 2 6 0.0693 0.0000 0.0083 3.295 2.21 4.43 -2.22 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3587 0.5575 0.0837 1 1 0.3622 0.5530 0.0848 1 1 0.3666 0.5474 0.0860
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 1232 339 893 8 112 82 21 116 0 0 890 2 1 0.0236 0.0000 0.0034 3.103 1.00 4.46 -3.46 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1457 0.6923 0.1620 1 1 0.1548 0.6876 0.1576 1 1 0.1673 0.6811 0.1516
chr6 21595035 G GGGC 0.002798 0.050 1 3 5 617 142 475 118 2 20 0 2 0 0 475 0 0 0.8310 0.0000 0.0000 6.100 1.76 3.00 -1.24 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr6 26183962 C CCT 0.000001 0.050 1 2 1 561 153 408 141 0 8 0 4 0 0 408 0 0 0.9216 0.0000 0.0000 18.125 0.45 2.25 -1.80 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 27255285 AAAGGAGAGCCAGATT A 0.178475 0.050 1 -15 1 517 101 416 57 0 3 0 41 0 0 408 0 8 0.5644 0.0000 0.0192 32.667 0.33 13.49 -13.15 11 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4923 0.4592 0.0485 1 0 0.4903 0.4599 0.0498 1 0 0.4876 0.4609 0.0515
chr6 29173644 TA T 0.001133 0.050 1 -1 2 562 153 409 131 2 14 0 6 0 0 409 0 0 0.8562 0.0000 0.0000 9.929 0.22 1.83 -1.61 107 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6243 0.3757 0.0000 0 0 0.9977 0.0023 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 165 66 99 29 0 5 0 32 0 0 99 0 0 0.4394 0.0000 0.0000 12.200 1.76 4.47 -2.71 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2064 0.5159 0.2777 1 1 0.2083 0.5147 0.2770 1 1 0.2107 0.5132 0.2761
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 417 115 302 4 0 1 0 110 0 0 300 0 2 0.0348 0.0000 0.0066 114.000 0.25 1.18 -0.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9754 0.0246 2 2 0.0000 0.4763 0.5237 2 2 0.0000 0.2316 0.7684
chr6 31027315 CTCTACTGAAGGCTCTGAGACCACCACAGCT C 0.500000 0.050 1 -30 2 1495 372 1123 217 8 21 10 116 28 14 1074 5 2 0.5833 0.0249 0.0436 16.381 1.65 11.67 -10.02 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9959 0.0041 0.0000 1 0 0.9949 0.0051 0.0000 1 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr6 31028377 TGAGACCACCACAGCCTCTACTGAAGGCTCC T 0.500000 0.050 1 -30 1 2536 731 1805 505 19 189 8 10 72 20 1664 20 29 0.6908 0.0399 0.0781 2.886 2.05 11.70 -9.65 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000
chr6 31111507 CCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTCCCCCAGCTGCCTCCTGGATACCGATTAATATTT C 0.500000 0.050 1 -66 2 535 145 390 80 0 29 0 36 0 0 390 0 0 0.5517 0.0000 0.0000 4.000 0.25 2.19 -1.94 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7845 0.2053 0.0101 1 0 0.7711 0.2171 0.0118 1 0 0.7523 0.2334 0.0143
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 874 229 645 217 1 2 0 9 0 0 645 0 0 0.9476 0.0000 0.0000 113.500 1.26 3.89 -2.63 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3465 0.6535 0.0000 0 0 0.8677 0.1323 0.0000
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 576 147 429 136 0 5 0 6 0 0 429 0 0 0.9252 0.0000 0.0000 28.400 0.35 2.00 -1.65 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3474 0.6526 0.0000 0 0 0.7383 0.2617 0.0000
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 629 185 444 0 0 2 0 183 0 0 443 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 91.500 11.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 856 183 673 166 0 15 0 2 0 0 673 0 0 0.9071 0.0000 0.0000 11.200 0.80 6.50 -5.70 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7134 0.2866 0.0000 0 0 0.9404 0.0596 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 393 94 299 5 0 8 0 81 0 0 271 0 28 0.0532 0.0000 0.0936 10.750 0.20 14.81 -14.61 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 1 0.0000 0.6573 0.3427 2 2 0.0000 0.3198 0.6802
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 592 185 407 174 0 8 0 3 0 1 406 0 0 0.9405 0.0000 0.0025 22.125 0.30 1.33 -1.03 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4000 0.6000 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000 0 0 0.9562 0.0438 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 690 176 514 2 0 6 2 166 0 0 508 0 6 0.0114 0.0000 0.0117 28.167 0.00 3.30 -3.30 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2477 0.7523 2 2 0.0000 0.0496 0.9504 2 2 0.0000 0.0315 0.9685
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 349 136 213 100 3 30 0 3 0 0 213 0 0 0.7353 0.0000 0.0000 3.533 0.27 4.00 -3.73 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0916 0.9084 0.0000 0 0 0.6314 0.3686 0.0000 0 0 0.7949 0.2051 0.0000
chr6 42263500 CGGCGGAGGCGGA C 0.500000 0.050 1 -12 2 408 149 259 83 0 15 0 51 0 0 254 0 5 0.5570 0.0000 0.0193 8.933 0.11 10.90 -10.79 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5906 0.3684 0.0409 1 0 0.5797 0.3758 0.0445 1 0 0.5648 0.3856 0.0496
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 293 88 205 0 0 16 0 72 0 0 202 0 3 0.0000 0.0000 0.0146 4.500 6.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1316 0.8684 2 2 0.0000 0.1359 0.8641 2 2 0.0000 0.1421 0.8579
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 888 170 718 3 0 21 2 144 0 0 716 1 1 0.0176 0.0000 0.0028 7.000 0.00 3.34 -3.34 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7646 0.2354 2 2 0.0000 0.1624 0.8376 2 2 0.0000 0.0811 0.9189
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 615 148 467 0 0 75 4 69 0 0 441 0 26 0.0000 0.0000 0.0557 0.960 8.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0767 0.9233 2 2 0.0000 0.0803 0.9197 2 2 0.0000 0.0855 0.9145
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 712 158 554 106 7 40 0 5 0 0 553 0 1 0.6709 0.0000 0.0018 2.950 1.70 4.40 -2.70 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.2280 0.7720 0.0000 0 0 0.6175 0.3825 0.0000
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 636 148 488 10 0 7 0 131 0 0 475 0 13 0.0676 0.0000 0.0266 20.143 0.60 3.34 -2.74 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9580 0.0420 2 1 0.0000 0.5656 0.4344
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 801 183 618 0 0 18 3 162 0 0 610 0 8 0.0000 0.0000 0.0129 9.111 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0127 0.9873 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr6 116437084 TGGG T 0.500000 0.050 1 -3 5 807 145 662 77 0 3 1 64 0 0 661 0 1 0.5310 0.0000 0.0015 47.333 0.43 3.16 -2.73 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3677 0.5084 0.1239 1 1 0.3644 0.5076 0.1280 1 1 0.3597 0.5067 0.1335
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 731 144 587 83 0 2 0 59 0 0 582 0 5 0.5764 0.0000 0.0085 71.000 0.19 6.90 -6.71 11 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4789 0.4480 0.0732 1 0 0.4715 0.4511 0.0774 1 0 0.4614 0.4552 0.0833
chr6 118491647 ATGT A 0.500000 0.050 1 -3 3 322 116 206 111 0 3 0 2 0 0 206 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 37.667 0.08 3.00 -2.92 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3843 0.6157 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr6 135036575 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 415 94 321 86 0 5 0 3 0 0 320 0 1 0.9149 0.0000 0.0031 17.800 0.26 1.00 -0.74 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 1 0.3702 0.6298 0.0000 0 0 0.6413 0.3587 0.0000
chr6 136360785 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 304 85 219 35 0 12 0 38 0 0 218 0 1 0.4118 0.0000 0.0046 6.083 0.09 3.00 -2.91 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1941 0.5177 0.2882 1 1 0.1964 0.5164 0.2872 1 1 0.1994 0.5147 0.2859
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 996 240 756 107 1 9 0 123 0 0 753 0 3 0.4458 0.0000 0.0040 25.667 0.30 3.00 -2.70 1 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0745 0.4832 0.4423 1 1 0.0789 0.4838 0.4373 1 1 0.0850 0.4847 0.4303
chr6 156778268 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 2 772 214 558 77 6 53 0 78 0 1 550 2 5 0.3598 0.0000 0.0143 3.038 1.87 3.17 -1.30 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2159 0.5510 0.2332 1 1 0.2181 0.5471 0.2348 1 1 0.2208 0.5423 0.2369
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 546 215 331 6 0 47 1 161 0 0 310 0 21 0.0279 0.0000 0.0634 3.574 0.33 16.39 -16.05 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9945 0.0055 2 2 0.0000 0.3762 0.6238 2 2 0.0000 0.1037 0.8963
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 409 154 255 83 0 6 1 64 0 0 252 0 3 0.5390 0.0000 0.0118 24.500 0.45 5.98 -5.54 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4244 0.4812 0.0944 1 1 0.4190 0.4823 0.0988 1 1 0.4116 0.4837 0.1047
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 225 97 128 5 0 13 0 79 0 0 127 0 1 0.0515 0.0000 0.0078 6.462 0.20 8.70 -8.50 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.7968 0.2032 2 2 0.0000 0.4851 0.5149
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 369 150 219 0 0 17 11 122 0 0 212 2 5 0.0000 0.0000 0.0320 7.824 3.05 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0337 0.9663
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 755 172 583 77 0 33 0 62 1 0 572 0 10 0.4477 0.0017 0.0189 4.212 0.32 9.82 -9.50 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2996 0.5349 0.1655 1 1 0.2988 0.5323 0.1689 1 1 0.2977 0.5290 0.1734
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 696 203 493 6 4 16 85 92 0 0 493 0 0 0.0296 0.0000 0.0000 8.067 6.17 12.86 -6.69 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8632 0.1368 2 2 0.0000 0.3731 0.6269
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 286 105 181 0 1 9 2 93 0 0 175 0 6 0.0000 0.0000 0.0331 10.667 3.75 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1388 0.8612 2 2 0.0000 0.1142 0.8858 2 2 0.0000 0.1058 0.8942
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 295 102 193 8 0 21 2 71 0 0 190 0 3 0.0784 0.0000 0.0155 3.857 0.62 3.75 -3.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9697 0.0303 2 1 0.0000 0.7596 0.2404
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 692 174 518 99 0 5 0 70 0 0 514 0 4 0.5690 0.0000 0.0077 33.800 0.27 11.99 -11.71 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5549 0.3983 0.0468 1 0 0.5453 0.4040 0.0506 1 0 0.5324 0.4116 0.0560
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 689 200 489 0 1 26 7 166 0 0 488 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 6.654 3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0166 0.9834
chr7 26185767 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 435 72 363 33 1 5 0 33 0 0 363 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 13.400 0.27 1.55 -1.27 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2522 0.5201 0.2277 1 1 0.2525 0.5186 0.2289 1 1 0.2529 0.5167 0.2304
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 156 58 98 30 0 1 1 26 0 0 98 0 0 0.5172 0.0000 0.0000 57.000 0.50 1.35 -0.85 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2784 0.5146 0.2069 1 1 0.2777 0.5135 0.2088 1 1 0.2767 0.5121 0.2112
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 541 150 391 82 0 0 0 68 0 0 390 0 1 0.5467 0.0000 0.0026 150.000 0.27 1.15 -0.88 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3935 0.4977 0.1088 1 1 0.3892 0.4977 0.1131 1 1 0.3834 0.4977 0.1189
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 202 53 149 27 0 4 0 22 0 0 147 0 2 0.5094 0.0000 0.0134 12.250 0.11 2.91 -2.80 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2795 0.5128 0.2077 1 1 0.2786 0.5119 0.2095 1 1 0.2775 0.5106 0.2118
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 248 92 156 40 0 1 0 51 0 0 155 0 1 0.4348 0.0000 0.0064 91.000 0.72 2.96 -2.24 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1201 0.4865 0.3934 1 1 0.1241 0.4873 0.3885 1 1 0.1296 0.4885 0.3819
chr7 56073066 CTT C 0.500000 0.050 1 -2 1 214 103 111 100 0 1 0 2 0 0 111 0 0 0.9709 0.0000 0.0000 102.000 0.07 2.50 -2.43 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3214 0.6786 0.0000 0 0 0.7560 0.2440 0.0000 0 0 0.8394 0.1606 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 318 96 222 67 0 0 0 29 0 0 222 0 0 0.6979 0.0000 0.0000 96.000 0.07 2.62 -2.55 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7315 0.2514 0.0171 1 0 0.7178 0.2628 0.0194 1 0 0.6989 0.2783 0.0228
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 939 234 705 0 0 14 1 219 0 0 694 0 11 0.0000 0.0000 0.0156 15.714 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 631 164 467 80 1 21 2 60 0 0 464 0 3 0.4878 0.0000 0.0064 6.762 0.40 3.53 -3.13 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4422 0.4702 0.0876 1 1 0.4360 0.4720 0.0919 1 1 0.4277 0.4743 0.0979
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 273 93 180 0 0 4 0 89 0 0 175 0 5 0.0000 0.0000 0.0278 22.250 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0896 0.9104 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 473 197 276 67 1 69 2 58 0 0 276 0 0 0.3401 0.0000 0.0000 1.855 1.30 3.78 -2.48 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3335 0.5188 0.1477 1 1 0.3313 0.5173 0.1514 1 1 0.3282 0.5155 0.1563
chr7 99652770 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 223 54 169 33 0 1 0 20 0 0 168 0 1 0.6111 0.0000 0.0059 53.000 0.18 1.20 -1.02 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4023 0.4749 0.1228 1 1 0.3966 0.4766 0.1268 1 1 0.3891 0.4789 0.1321
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 176 72 104 38 0 0 0 34 0 0 104 0 0 0.5278 0.0000 0.0000 72.000 0.45 1.15 -0.70 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2885 0.5171 0.1943 1 1 0.2875 0.5158 0.1966 1 1 0.2862 0.5142 0.1996
chr7 100075318 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 671 171 500 93 0 7 2 69 0 0 500 0 0 0.5439 0.0000 0.0000 23.429 0.29 1.19 -0.90 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5208 0.4219 0.0573 1 0 0.5122 0.4264 0.0614 1 0 0.5005 0.4324 0.0671
chr7 100124796 CAGGAGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 570 188 382 83 0 13 0 92 0 1 381 0 0 0.4415 0.0000 0.0026 13.462 0.40 5.62 -5.22 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1461 0.5352 0.3187 1 1 0.1500 0.5325 0.3175 1 1 0.1552 0.5291 0.3157
chr7 100752851 TCCACGGAAAAACCCACCATCC T 0.500000 0.050 1 -21 1 1306 254 1052 90 5 65 4 90 5 24 1013 7 3 0.3543 0.0048 0.0371 2.846 1.83 11.64 -9.81 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4634 0.4674 0.0692 1 1 0.4574 0.4691 0.0735 1 1 0.4492 0.4713 0.0794
chr7 101172640 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 425 99 326 91 1 3 0 4 0 0 326 0 0 0.9192 0.0000 0.0000 32.000 1.00 1.00 0.00 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0154 0.9846 0.0000 0 1 0.4028 0.5972 0.0000 0 0 0.6729 0.3271 0.0000
chr7 102541185 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 625 181 444 153 0 2 0 26 0 0 444 0 0 0.8453 0.0000 0.0000 89.500 0.23 1.12 -0.89 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0025 0.9975 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 668 203 465 95 0 7 0 101 0 0 463 0 2 0.4680 0.0000 0.0043 28.000 0.32 3.15 -2.83 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1431 0.5413 0.3156 1 1 0.1471 0.5382 0.3147 1 1 0.1524 0.5342 0.3133
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 373 101 272 1 0 26 3 71 0 0 267 0 5 0.0099 0.0000 0.0184 2.885 3.00 6.39 -3.39 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4113 0.5887 2 2 0.0000 0.2170 0.7830 2 2 0.0000 0.1788 0.8212
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 803 213 590 94 1 17 1 100 0 0 589 0 1 0.4413 0.0000 0.0017 11.471 1.16 3.99 -2.83 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1500 0.5444 0.3056 1 1 0.1539 0.5411 0.3050 1 1 0.1591 0.5369 0.3041
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 780 214 566 6 2 16 101 89 0 0 558 6 2 0.0280 0.0000 0.0141 12.000 0.50 3.16 -2.66 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 2 0.0000 0.3314 0.6686 2 2 0.0000 0.0863 0.9137
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 781 218 563 10 1 99 0 108 0 0 556 0 7 0.0459 0.0000 0.0124 1.227 0.30 6.09 -5.79 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9868 0.0132 2 1 0.0000 0.7959 0.2041
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 775 253 522 217 2 27 0 7 0 0 522 0 0 0.8577 0.0000 0.0000 8.333 0.39 13.57 -13.18 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 0 0.6734 0.3266 0.0000 0 0 0.9337 0.0663 0.0000
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 351 145 206 56 2 17 0 70 0 2 198 0 6 0.3862 0.0000 0.0388 7.471 12.05 5.31 6.74 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0857 0.4633 0.4511 1 1 0.0900 0.4655 0.4445 1 1 0.0959 0.4685 0.4356
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 351 149 202 75 1 15 0 58 0 0 196 0 6 0.5034 0.0000 0.0297 8.933 4.87 11.84 -6.98 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3801 0.5021 0.1178 1 1 0.3762 0.5018 0.1220 1 1 0.3709 0.5014 0.1276
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 351 151 200 81 0 13 0 57 0 0 193 0 7 0.5364 0.0000 0.0350 10.615 4.53 11.81 -7.28 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4531 0.4637 0.0832 1 1 0.4466 0.4659 0.0875 1 1 0.4378 0.4687 0.0935
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 227 80 147 0 0 1 0 79 0 0 144 0 3 0.0000 0.0000 0.0204 79.000 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1127 0.8873 2 2 0.0000 0.1169 0.8831 2 2 0.0000 0.1229 0.8771
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 914 257 657 12 120 40 1 84 0 1 652 0 4 0.0467 0.0000 0.0076 5.425 2.00 3.05 -1.05 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7623 0.2277 0.0099 1 0 0.7498 0.2386 0.0115 1 0 0.7324 0.2536 0.0140
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 916 263 653 92 3 38 1 129 0 0 652 0 1 0.3498 0.0000 0.0015 5.921 2.68 3.13 -0.45 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0192 0.3011 0.6797 1 2 0.0217 0.3104 0.6679 1 2 0.0253 0.3230 0.6517
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1173 311 862 0 0 16 3 292 0 1 860 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 19.600 1.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr7 144050729 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 1 638 146 492 141 0 1 0 4 0 0 492 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 145.000 0.25 2.75 -2.50 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0483 0.9517 0.0000 0 0 0.6913 0.3087 0.0000 0 0 0.8691 0.1309 0.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 668 153 515 11 0 9 0 133 0 0 513 0 2 0.0719 0.0000 0.0039 16.000 1.64 3.96 -2.33 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.7008 0.2992
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.050 1 -15 3 1087 360 727 325 1 4 0 30 0 0 718 0 9 0.9028 0.0000 0.0124 89.000 0.20 14.53 -14.33 197 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000
chr7 149783003 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 722 178 544 80 1 1 0 96 0 0 543 0 1 0.4494 0.0000 0.0018 177.000 0.16 1.30 -1.14 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0874 0.4820 0.4307 1 1 0.0918 0.4829 0.4253 1 1 0.0978 0.4841 0.4181
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 757 207 550 180 0 19 0 8 0 0 549 0 1 0.8696 0.0000 0.0018 9.895 0.75 8.00 -7.25 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1720 0.8280 0.0000 0 0 0.7252 0.2748 0.0000
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 855 198 657 95 0 2 0 101 0 0 656 0 1 0.4798 0.0000 0.0015 98.000 1.02 1.54 -0.52 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1517 0.5454 0.3030 1 1 0.1555 0.5419 0.3025 1 1 0.1607 0.5376 0.3017
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 791 217 574 123 0 7 0 87 0 0 569 0 5 0.5668 0.0000 0.0087 30.000 0.58 11.05 -10.47 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6219 0.3491 0.0290 1 0 0.6112 0.3568 0.0320 1 0 0.5964 0.3670 0.0365
chr7 151023910 GCTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 571 155 416 146 1 6 0 2 0 0 416 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 24.833 0.79 3.50 -2.71 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6069 0.3931 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000 0 0 0.9416 0.0584 0.0000
chr7 151051868 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 448 99 349 57 0 2 0 40 0 0 346 0 3 0.5758 0.0000 0.0086 48.500 1.12 3.25 -2.13 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4199 0.4749 0.1052 1 1 0.4140 0.4766 0.1094 1 1 0.4062 0.4787 0.1151
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 417 82 335 0 1 1 11 69 0 0 304 9 22 0.0000 0.0000 0.0925 80.000 8.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0700 0.9300 2 2 0.0000 0.0716 0.9284 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 420 82 338 0 0 3 13 66 0 1 305 12 20 0.0000 0.0000 0.0976 79.000 8.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0612 0.9388 2 2 0.0000 0.0635 0.9365 2 2 0.0000 0.0673 0.9327
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 423 80 343 0 0 5 1 74 0 0 272 32 39 0.0000 0.0000 0.2070 18.750 8.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0265 0.9735 2 2 0.0000 0.0284 0.9716 2 2 0.0000 0.0312 0.9688
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 840 179 661 72 1 30 0 76 2 0 659 0 0 0.4022 0.0030 0.0030 4.933 1.11 6.04 -4.93 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.5442 0.2609 1 1 0.1969 0.5408 0.2623 1 1 0.1994 0.5366 0.2640
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 776 167 609 125 1 36 0 5 0 0 609 0 0 0.7485 0.0000 0.0000 3.611 0.32 6.80 -6.48 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 1 0.4678 0.5322 0.0000 0 0 0.7799 0.2201 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 1109 325 784 138 5 32 8 142 2 5 758 7 12 0.4246 0.0026 0.0332 9.062 2.93 11.87 -8.95 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2041 0.7931 0.0029 1 1 0.2151 0.7821 0.0028 1 1 0.2299 0.7673 0.0027
chr8 10610095 C CCTCTTCTTGCAGCCCTTCTTCTGTTTTAGTTTCCTCTAACTGCACCCT 0.000025 0.050 1 48 5 1097 309 788 83 8 76 13 129 1 2 783 0 2 0.2686 0.0013 0.0063 3.164 3.07 6.80 -3.73 15 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0569 0.9428 0.0002 1 1 0.0637 0.9361 0.0002 1 1 0.0735 0.9263 0.0002
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1084 338 746 140 7 26 63 102 0 1 732 1 12 0.4142 0.0000 0.0188 11.478 1.88 5.35 -3.47 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1752 0.7305 0.0943 1 1 0.1851 0.7226 0.0924 1 1 0.1985 0.7118 0.0897
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 539 230 309 0 0 33 2 195 0 0 307 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 5.939 6.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr8 22034158 GGAGGAA G 0.000406 0.050 1 -6 1 273 80 193 69 0 5 0 6 0 0 193 0 0 0.8625 0.0000 0.0000 15.000 0.13 5.67 -5.54 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4378 0.5622 0.0000 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 376 129 247 66 0 3 0 60 0 0 243 0 4 0.5116 0.0000 0.0162 42.000 0.09 7.45 -7.36 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3894 0.5275 0.0831 1 1 0.3911 0.5250 0.0839 1 1 0.3931 0.5219 0.0850
chr8 23145733 GCTAAAATGATGA G 0.001032 0.050 1 -12 1 328 131 197 126 0 5 0 0 0 0 196 0 1 0.9618 0.0000 0.0051 25.200 0.18 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 33496717 A AGAT 0.026718 0.050 1 3 5 187 81 106 63 0 14 0 4 0 0 106 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 4.786 0.17 3.25 -3.08 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2065 0.7935 0.0000 0 0 0.9226 0.0774 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000
chr8 37698415 GCGCCGCCGC G 0.001415 0.050 1 -9 1 651 178 473 93 2 20 0 63 2 1 459 0 11 0.5225 0.0042 0.0296 7.900 0.83 8.73 -7.90 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7257 0.2742 0.0001 1 0 0.7197 0.2801 0.0001 1 0 0.7116 0.2883 0.0001
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 207 82 125 78 0 1 0 3 0 0 125 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 81.000 0.46 2.33 -1.87 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0508 0.9492 0.0000 0 1 0.4803 0.5197 0.0000 0 0 0.6803 0.3197 0.0000
chr8 64581060 T TGGCGGC 0.001021 0.050 1 6 1 612 163 449 138 2 18 2 3 6 0 441 1 1 0.8466 0.0134 0.0178 8.529 2.46 2.33 0.13 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8110 0.1890 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 681 205 476 61 4 48 1 91 0 0 474 2 0 0.2976 0.0000 0.0042 3.250 0.56 3.52 -2.96 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1273 0.6977 0.1750 1 1 0.1362 0.6962 0.1676 1 1 0.1485 0.6933 0.1581
chr8 120811835 T TACCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 454 124 330 118 1 4 0 1 0 0 330 0 0 0.9516 0.0000 0.0000 30.000 1.01 6.00 -4.99 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7961 0.2039 0.0000 0 0 0.9061 0.0939 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr8 123369918 T TTCATCA 0.500000 0.050 1 6 1 450 129 321 5 0 27 3 94 0 0 319 2 0 0.0388 0.0000 0.0062 3.778 0.00 5.18 -5.18 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9965 0.0035 2 1 0.0000 0.7091 0.2909 2 2 0.0000 0.3725 0.6275
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 263 121 142 63 0 2 0 56 0 0 140 0 2 0.5207 0.0000 0.0141 59.500 0.21 2.96 -2.76 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2923 0.5294 0.1783 1 1 0.2916 0.5271 0.1813 1 1 0.2905 0.5244 0.1852
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.050 1 1 2 320 120 200 115 1 2 0 2 0 0 200 0 0 0.9583 0.0000 0.0000 59.000 0.84 6.00 -5.16 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4184 0.5816 0.0000 0 0 0.8216 0.1784 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 496 125 371 49 1 20 4 51 0 0 368 0 3 0.3920 0.0000 0.0081 5.200 2.16 5.20 -3.03 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1496 0.5126 0.3378 1 1 0.1531 0.5116 0.3352 1 1 0.1579 0.5104 0.3317
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 997 250 747 105 0 39 1 105 0 0 732 0 15 0.4200 0.0000 0.0201 5.385 1.25 10.70 -9.46 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0868 0.4993 0.4139 1 1 0.0912 0.4990 0.4098 1 1 0.0974 0.4986 0.4040
chr8 144522517 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 471 132 339 76 0 6 0 50 0 0 333 0 6 0.5758 0.0000 0.0177 21.000 0.43 6.20 -5.77 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4969 0.4344 0.0688 1 0 0.4886 0.4384 0.0730 1 0 0.4775 0.4436 0.0788
chr9 116848 T TA 0.003653 0.050 1 1 1 747 228 519 212 1 7 0 8 1 0 518 0 0 0.9298 0.0019 0.0019 31.571 0.27 1.12 -0.85 116 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1388 0.8612 0.0000 0 0 0.9962 0.0038 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr9 117363 T TC 0.002993 0.050 1 1 1 977 186 791 129 32 11 6 8 0 0 791 0 0 0.6935 0.0000 0.0000 18.000 1.26 3.25 -1.99 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7864 0.2136 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 975 186 789 144 15 13 2 12 0 0 789 0 0 0.7742 0.0000 0.0000 19.222 1.41 2.92 -1.51 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 0 0.5584 0.4416 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 977 196 781 6 163 12 4 11 0 0 780 0 1 0.0306 0.0000 0.0013 10.857 0.33 2.18 -1.85 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0096 0.9904 0.0000 0 1 0.4051 0.5949 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 825 276 549 9 0 55 18 194 0 0 548 0 1 0.0326 0.0000 0.0018 4.018 0.00 3.19 -3.19 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9281 0.0719 2 1 0.0000 0.5098 0.4902
chr9 12775862 T TGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 2 324 86 238 0 0 22 2 62 0 0 233 0 5 0.0000 0.0000 0.0210 2.864 5.68 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1492 0.8508 2 2 0.0000 0.1537 0.8463 2 2 0.0000 0.1601 0.8399
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 324 86 238 0 23 24 3 36 0 0 233 0 5 0.0000 0.0000 0.0210 1.818 5.17 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9585 0.0414 2 1 0.0000 0.8020 0.1980 2 1 0.0000 0.6771 0.3229
chr9 12775862 T TGGTGGC 0.500000 0.050 1 6 2 324 86 238 6 1 9 3 67 0 0 233 0 5 0.0698 0.0000 0.0210 9.500 0.50 5.39 -4.89 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9463 0.0537 2 1 0.0000 0.7032 0.2968
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 546 118 428 89 5 20 1 3 0 0 428 0 0 0.7542 0.0000 0.0000 4.900 0.90 3.00 -2.10 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0432 0.9568 0.0000 0 1 0.4836 0.5164 0.0000 0 0 0.7068 0.2932 0.0000
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 462 115 347 1 0 2 0 112 0 0 347 0 0 0.0087 0.0000 0.0000 56.500 0.00 1.71 -1.71 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2327 0.7673 2 2 0.0000 0.1096 0.8904 2 2 0.0000 0.0900 0.9100
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 481 163 318 61 0 41 0 61 0 0 318 0 0 0.3742 0.0000 0.0000 2.976 0.34 11.18 -10.84 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2314 0.5372 0.2314 1 1 0.2328 0.5344 0.2328 1 1 0.2346 0.5309 0.2346
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 828 219 609 100 1 45 1 72 0 0 604 0 5 0.4566 0.0000 0.0082 3.844 0.59 11.29 -10.70 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5235 0.4217 0.0549 1 0 0.5150 0.4261 0.0589 1 0 0.5034 0.4320 0.0645
chr9 35906602 C CCCCCACCGCCACCAT 0.500000 0.050 1 15 1 802 246 556 190 3 43 0 10 0 0 556 0 0 0.7724 0.0000 0.0000 4.721 2.03 8.50 -6.47 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1297 0.8703 0.0000 0 0 0.7159 0.2841 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 438 76 362 8 1 0 1 66 0 0 361 0 1 0.1053 0.0000 0.0028 76.000 0.75 1.02 -0.27 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 1 0.0000 0.8458 0.1542
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 500 141 359 72 0 2 0 67 0 0 345 0 14 0.5106 0.0000 0.0390 69.500 0.15 14.16 -14.01 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1389 0.5227 0.3383 1 1 0.1429 0.5210 0.3362 1 1 0.1481 0.5188 0.3331
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 717 165 552 143 0 13 0 9 0 0 552 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 11.692 0.27 9.67 -9.40 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0770 0.9230 0.0000 0 0 0.5209 0.4791 0.0000
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 527 192 335 92 4 29 0 67 0 0 330 0 5 0.4792 0.0000 0.0149 5.621 0.14 2.94 -2.80 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5416 0.4075 0.0509 1 0 0.5324 0.4128 0.0548 1 0 0.5199 0.4198 0.0603
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 528 134 394 65 0 2 0 67 0 0 391 0 3 0.4851 0.0000 0.0076 66.000 0.18 3.07 -2.89 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1767 0.5336 0.2897 1 1 0.1798 0.5311 0.2892 1 1 0.1838 0.5279 0.2883
chr9 87919269 C CCAGCGTCATCTTGTCTCT 0.500000 0.050 1 18 3 350 125 225 21 1 5 2 96 0 0 225 0 0 0.1680 0.0000 0.0000 23.800 0.19 7.83 -7.64 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.7860 0.2139 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 223 71 152 0 0 1 1 69 0 0 149 0 3 0.0000 0.0000 0.0197 70.000 3.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr9 92474742 C CTCATCA 0.500000 0.050 1 6 2 362 92 270 40 0 24 1 27 0 0 267 1 2 0.4348 0.0000 0.0111 2.833 0.93 8.15 -7.22 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3613 0.4956 0.1431 1 1 0.3574 0.4959 0.1467 1 1 0.3523 0.4963 0.1515
chr9 92474742 C CTCATCATCA 0.500000 0.050 1 9 2 362 92 270 40 1 23 1 27 0 0 267 1 2 0.4348 0.0000 0.0111 3.000 0.93 8.15 -7.22 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3757 0.4901 0.1342 1 1 0.3712 0.4908 0.1380 1 1 0.3653 0.4916 0.1431
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 505 179 326 2 0 1 0 176 0 0 325 0 1 0.0112 0.0000 0.0031 178.000 3.00 8.27 -5.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2335 0.7665 2 2 0.0000 0.0461 0.9539 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 696 264 432 157 10 3 0 94 1 1 429 0 1 0.5947 0.0023 0.0069 87.000 2.73 3.43 -0.69 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9317 0.0676 0.0006 1 0 0.9238 0.0753 0.0008 1 0 0.9121 0.0867 0.0012
chr9 96383603 C CCCTCGG 0.500000 0.050 1 6 1 205 60 145 28 0 11 0 21 0 0 144 0 1 0.4667 0.0000 0.0069 4.455 0.46 6.05 -5.58 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3192 0.5044 0.1764 1 1 0.3168 0.5041 0.1791 1 1 0.3136 0.5037 0.1827
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 409 102 307 0 0 20 3 79 0 0 307 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 4.100 5.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1137 0.8863 2 2 0.0000 0.1179 0.8821 2 2 0.0000 0.1238 0.8762
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 930 137 793 0 1 37 2 97 0 2 776 2 13 0.0000 0.0000 0.0214 2.676 6.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0978 0.9022 2 2 0.0000 0.0921 0.9079 2 2 0.0000 0.0897 0.9103
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 515 124 391 4 0 1 0 119 0 0 391 0 0 0.0323 0.0000 0.0000 123.000 0.00 2.99 -2.99 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9713 0.0287 2 2 0.0000 0.4340 0.5660 2 2 0.0000 0.2032 0.7968
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 945 212 733 100 0 1 0 111 0 0 730 0 3 0.4717 0.0000 0.0041 211.000 0.93 4.71 -3.78 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0982 0.5097 0.3921 1 1 0.1027 0.5087 0.3886 1 1 0.1088 0.5075 0.3837
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 878 213 665 6 0 2 4 201 0 0 662 0 3 0.0282 0.0000 0.0045 104.000 0.17 2.88 -2.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9897 0.0103 2 2 0.0000 0.2471 0.7529 2 2 0.0000 0.0602 0.9398
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 724 133 591 117 0 14 0 2 1 1 589 0 0 0.8797 0.0017 0.0034 8.500 0.23 6.00 -5.77 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4327 0.5673 0.0000 0 0 0.8319 0.1681 0.0000 0 0 0.8918 0.1082 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 299 108 191 0 0 2 0 106 0 0 188 0 3 0.0000 0.0000 0.0157 53.000 4.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 424 95 329 0 0 22 0 73 0 0 329 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.318 6.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1377 0.8623 2 2 0.0000 0.1421 0.8579 2 2 0.0000 0.1483 0.8517
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 686 150 536 64 0 3 0 83 0 0 532 0 4 0.4267 0.0000 0.0075 49.000 0.53 5.70 -5.17 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0549 0.4116 0.5335 1 2 0.0589 0.4168 0.5243 1 2 0.0645 0.4236 0.5119
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 586 125 461 64 0 11 0 50 0 0 461 0 0 0.5120 0.0000 0.0000 10.364 0.23 1.26 -1.03 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4164 0.4792 0.1044 1 1 0.4109 0.4805 0.1086 1 1 0.4034 0.4822 0.1144
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 614 208 406 0 2 25 93 88 0 0 403 2 1 0.0000 0.0000 0.0074 7.458 3.98 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0125 0.9875 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0146 0.9854
chr9 128258516 GCCTCCT G 0.500000 0.050 1 -6 2 615 210 405 2 5 98 9 96 0 0 402 0 3 0.0095 0.0000 0.0074 1.112 2.50 5.91 -3.41 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9458 0.0542 2 1 0.0000 0.5622 0.4378 2 2 0.0000 0.3400 0.6600
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 568 191 377 94 0 7 0 90 0 0 375 1 1 0.4921 0.0000 0.0053 30.667 0.37 3.32 -2.95 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2415 0.5556 0.2028 1 1 0.2430 0.5515 0.2055 1 1 0.2449 0.5462 0.2089
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 370 112 258 1 0 11 0 100 0 0 248 0 10 0.0089 0.0000 0.0388 9.182 0.00 7.12 -7.12 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2430 0.7570 2 2 0.0000 0.1145 0.8855 2 2 0.0000 0.0940 0.9060
chr9 130668313 G GGT 0.500000 0.050 1 2 1 350 121 229 91 6 16 0 8 0 0 229 0 0 0.7521 0.0000 0.0000 6.562 0.27 2.00 -1.73 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0498 0.9502 0.0000 0 1 0.3429 0.6571 0.0000
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 428 119 309 7 1 39 4 68 1 0 303 0 5 0.0588 0.0032 0.0194 2.051 0.57 3.65 -3.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9804 0.0196 2 1 0.0000 0.8062 0.1938
chr9 133255669 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 497 159 338 150 0 3 0 6 0 0 338 0 0 0.9434 0.0000 0.0000 52.000 1.18 1.83 -0.65 108 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 1 0.4260 0.5740 0.0000 0 0 0.7972 0.2028 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 291 103 188 2 0 0 0 101 0 0 184 0 4 0.0194 0.0000 0.0213 103.000 1.50 1.92 -0.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6492 0.3508 2 2 0.0000 0.2219 0.7781 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 291 103 188 2 0 0 0 101 0 0 184 0 4 0.0194 0.0000 0.0213 103.000 1.50 1.92 -0.42 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6492 0.3508 2 2 0.0000 0.2219 0.7781 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 268 107 161 102 0 1 0 4 0 0 161 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 106.000 0.19 1.25 -1.06 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 1 0.4643 0.5357 0.0000 0 0 0.7236 0.2764 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 255 78 177 35 0 6 0 37 0 0 177 0 0 0.4487 0.0000 0.0000 12.000 1.43 1.92 -0.49 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2160 0.5207 0.2632 1 1 0.2176 0.5192 0.2632 1 1 0.2197 0.5172 0.2631
chr9 137192572 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 702 206 496 88 2 26 7 83 0 0 496 0 0 0.4272 0.0000 0.0000 6.923 0.41 3.31 -2.90 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2217 0.5547 0.2236 1 1 0.2238 0.5506 0.2257 1 1 0.2264 0.5454 0.2282
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 395 111 284 0 0 13 0 98 0 0 270 0 14 0.0000 0.0000 0.0493 7.538 13.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0563 0.9437 2 2 0.0000 0.0594 0.9406 2 2 0.0000 0.0639 0.9361
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 900 201 699 106 1 12 0 82 0 0 690 0 9 0.5274 0.0000 0.0129 15.750 0.60 8.41 -7.81 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6190 0.3748 0.0062 1 0 0.6159 0.3775 0.0065 1 0 0.6116 0.3814 0.0070
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 388 118 270 115 0 0 0 3 0 0 270 0 0 0.9746 0.0000 0.0000 118.000 0.68 1.33 -0.66 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9098 0.0902 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr10 13439173 CAG C 0.004149 0.050 1 -2 3 309 77 232 37 0 4 0 36 0 0 229 0 3 0.4805 0.0000 0.0129 18.250 0.30 2.08 -1.79 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4502 0.5476 0.0023 1 1 0.4528 0.5449 0.0023 1 1 0.4563 0.5415 0.0023
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 228 76 152 41 0 2 1 32 0 0 152 0 0 0.5395 0.0000 0.0000 37.000 0.24 4.12 -3.88 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4962 0.4512 0.0526 1 0 0.4936 0.4525 0.0539 1 0 0.4899 0.4544 0.0557
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 974 228 746 86 1 25 3 113 1 0 739 0 6 0.3772 0.0013 0.0094 8.080 0.70 8.06 -7.36 20 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0237 0.3220 0.6543 1 2 0.0265 0.3310 0.6424 1 2 0.0307 0.3432 0.6261
chr10 21516554 C CTCT 0.000302 0.050 1 3 2 965 236 729 97 9 11 97 22 1 0 727 0 1 0.4110 0.0014 0.0027 29.286 0.62 4.68 -4.06 15 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4604 0.5395 0.0001 1 1 0.4642 0.5357 0.0001 1 1 0.4688 0.5311 0.0001
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 745 151 594 80 0 1 1 69 0 0 594 0 0 0.5298 0.0000 0.0000 150.000 0.24 3.87 -3.63 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4725 0.4662 0.0613 1 0 0.4702 0.4664 0.0634 1 0 0.4669 0.4669 0.0662
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 278 104 174 101 0 0 0 3 0 0 174 0 0 0.9712 0.0000 0.0000 104.000 0.21 2.00 -1.79 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8895 0.1105 0.0000 0 0 0.9928 0.0072 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 554 135 419 124 0 7 0 4 0 0 419 0 0 0.9185 0.0000 0.0000 18.286 0.69 1.00 -0.31 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0663 0.9337 0.0000 0 0 0.7432 0.2568 0.0000 0 0 0.8958 0.1042 0.0000
chr10 38055722 CCTT C 0.000003 0.050 1 -3 4 1031 210 821 193 2 8 0 7 2 1 818 0 0 0.9190 0.0024 0.0037 25.250 1.36 4.14 -2.79 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 44292818 AC A 0.006843 0.050 1 -1 1 443 169 274 69 1 16 0 83 0 0 271 0 3 0.4083 0.0000 0.0109 9.562 0.30 1.72 -1.42 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2673 0.7236 0.0091 1 1 0.2763 0.7148 0.0088 1 1 0.2882 0.7033 0.0085
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 136 62 74 5 0 3 0 54 0 0 74 0 0 0.0806 0.0000 0.0000 19.667 0.00 6.65 -6.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9764 0.0236 2 1 0.0000 0.9069 0.0931
chr10 63214835 TTCA T 0.005181 0.050 1 -3 1 823 158 665 89 0 1 1 67 0 0 665 0 0 0.5633 0.0000 0.0000 157.000 0.38 3.00 -2.62 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6984 0.3011 0.0005 1 0 0.6930 0.3065 0.0005 1 0 0.6856 0.3138 0.0005
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 231 104 127 51 0 7 1 45 0 0 127 0 0 0.4904 0.0000 0.0000 13.857 0.20 1.31 -1.12 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5307 0.4666 0.0026 1 0 0.5305 0.4668 0.0027 1 0 0.5300 0.4672 0.0028
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 441 110 331 0 0 30 2 78 0 0 331 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 2.667 3.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4087 0.5913 2 2 0.0000 0.4184 0.5816 2 2 0.0000 0.4319 0.5681
chr10 75028901 G GGAAGAGGAA 0.002182 0.050 1 9 1 717 122 595 42 0 43 0 37 0 0 595 0 0 0.3443 0.0000 0.0000 1.837 0.40 6.49 -6.08 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5367 0.4626 0.0007 1 0 0.5361 0.4632 0.0007 1 0 0.5353 0.4640 0.0007
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 517 188 329 102 2 12 0 72 0 0 327 0 2 0.5426 0.0000 0.0061 14.583 0.44 5.06 -4.61 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7759 0.2238 0.0003 1 0 0.7688 0.2308 0.0004 1 0 0.7591 0.2405 0.0004
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.050 1 1 1 248 43 205 18 2 2 1 20 0 0 205 0 0 0.4186 0.0000 0.0000 19.500 0.44 1.25 -0.81 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4209 0.5237 0.0554 1 1 0.4223 0.5223 0.0553 1 1 0.4241 0.5206 0.0552
chr10 80144341 G GAGA 0.037415 0.050 1 3 2 257 80 177 45 0 3 0 32 0 0 176 0 1 0.5625 0.0000 0.0056 25.667 0.42 4.47 -4.05 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6085 0.3842 0.0072 1 0 0.6047 0.3878 0.0075 1 0 0.5995 0.3926 0.0079
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 740 179 561 105 0 8 0 66 0 0 552 0 9 0.5866 0.0000 0.0160 21.375 0.40 6.05 -5.65 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7156 0.2718 0.0126 1 0 0.7066 0.2794 0.0140 1 0 0.6942 0.2898 0.0160
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 595 186 409 101 0 1 0 84 0 0 401 0 8 0.5430 0.0000 0.0196 185.000 0.14 3.14 -3.00 19 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5462 0.4502 0.0036 1 0 0.5463 0.4500 0.0037 1 0 0.5461 0.4500 0.0039
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 690 224 466 112 0 44 0 68 0 0 461 0 5 0.5000 0.0000 0.0107 4.091 1.72 6.59 -4.87 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7380 0.2488 0.0132 1 0 0.7260 0.2589 0.0150 1 0 0.7095 0.2727 0.0178
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 366 85 281 44 0 12 0 29 0 0 276 0 5 0.5176 0.0000 0.0178 6.083 0.80 5.52 -4.72 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3827 0.4887 0.1286 1 1 0.3786 0.4892 0.1322 1 1 0.3731 0.4899 0.1369
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 485 138 347 5 0 30 0 103 0 0 315 0 32 0.0362 0.0000 0.0922 3.600 0.60 12.65 -12.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.9427 0.0573
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 388 139 249 69 0 0 0 70 0 0 248 0 1 0.4964 0.0000 0.0040 139.000 0.65 2.71 -2.06 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3271 0.5551 0.1178 1 1 0.3304 0.5514 0.1181 1 1 0.3347 0.5468 0.1185
chr10 115171343 CTT C 0.004437 0.050 1 -2 1 278 70 208 59 0 4 0 7 0 0 208 0 0 0.8429 0.0000 0.0000 16.500 0.08 2.00 -1.92 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0107 0.9893 0.0000 0 0 0.8997 0.1003 0.0000 0 0 0.9856 0.0144 0.0000
chr10 119030300 C CCCG 0.001394 0.050 1 3 1 526 136 390 59 0 26 4 47 0 0 387 0 3 0.4338 0.0000 0.0077 4.192 1.32 6.04 -4.72 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5331 0.4664 0.0004 1 0 0.5331 0.4665 0.0004 1 0 0.5329 0.4667 0.0005
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 411 113 298 3 51 12 14 33 0 0 298 0 0 0.0265 0.0000 0.0000 3.600 0.33 2.18 -1.85 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1841 0.5156 0.3003 1 1 0.1861 0.5143 0.2996 1 1 0.1887 0.5127 0.2986
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 376 100 276 43 0 5 0 52 0 0 275 0 1 0.4300 0.0000 0.0036 19.000 0.42 1.40 -0.99 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1356 0.4999 0.3644 1 1 0.1394 0.4999 0.3607 1 1 0.1445 0.4998 0.3557
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 699 165 534 146 1 16 0 2 0 0 534 0 0 0.8848 0.0000 0.0000 9.312 0.24 6.00 -5.76 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9674 0.0326 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr11 637361 CGCGGGGGCATCT C 0.071834 0.050 1 -12 2 303 107 196 48 0 13 0 46 0 1 190 0 5 0.4486 0.0000 0.0306 7.231 0.35 11.17 -10.82 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4099 0.5514 0.0387 1 1 0.4130 0.5483 0.0387 1 1 0.4169 0.5444 0.0387
chr11 1051776 TCCCCTGGCACCTGGGAAGCTGGGC T 0.500000 0.050 1 -24 1 431 162 269 158 0 2 0 2 0 0 268 0 1 0.9753 0.0000 0.0037 80.000 0.62 14.00 -13.38 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2867 0.7133 0.0000 0 0 0.8693 0.1307 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000
chr11 1188258 GACCAGCACAACCTCTGCTCCTACA G 0.001194 0.050 1 -24 1 3114 766 2348 315 9 160 7 275 7 2 2292 3 44 0.4112 0.0030 0.0239 3.847 1.93 12.98 -11.05 93 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3312 0.6684 0.0003 1 1 0.3439 0.6557 0.0003 1 1 0.3601 0.6395 0.0004
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.050 1 -24 1 3365 804 2561 350 12 246 4 192 10 3 2543 1 4 0.4353 0.0039 0.0070 2.262 3.01 13.34 -10.34 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1124 234 890 89 1 90 2 52 0 0 890 0 0 0.3803 0.0000 0.0000 1.589 0.64 8.17 -7.53 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6802 0.2971 0.0227 1 0 0.6666 0.3079 0.0255 1 0 0.6481 0.3222 0.0297
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1118 234 884 30 2 84 3 115 0 0 835 0 49 0.1282 0.0000 0.0554 1.795 2.57 17.20 -14.63 6 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 1055 270 785 16 0 99 4 151 0 0 784 1 0 0.0593 0.0000 0.0013 1.745 0.56 12.33 -11.77 10 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.8646 0.1354
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 416 123 293 0 0 3 0 120 0 0 291 0 2 0.0000 0.0000 0.0068 40.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0470 0.9530 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 224 93 131 52 0 2 0 39 0 0 131 0 0 0.5591 0.0000 0.0000 45.500 0.12 2.36 -2.24 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4078 0.4794 0.1128 1 1 0.4024 0.4807 0.1169 1 1 0.3950 0.4825 0.1225
chr11 4587333 TGAGTATG T 0.500000 0.050 1 -7 2 1398 331 1067 320 0 4 0 7 0 0 1066 0 1 0.9668 0.0000 0.0009 81.750 0.66 6.14 -5.48 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 0 0.9275 0.0725 0.0000 0 0 0.9910 0.0090 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 679 156 523 79 1 1 0 75 0 0 523 0 0 0.5064 0.0000 0.0000 155.000 0.16 4.31 -4.14 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2859 0.5397 0.1744 1 1 0.2857 0.5367 0.1776 1 1 0.2852 0.5329 0.1818
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 725 186 539 103 0 5 0 78 0 0 539 0 0 0.5538 0.0000 0.0000 36.200 0.35 1.18 -0.83 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5526 0.4007 0.0467 1 0 0.5433 0.4063 0.0505 1 0 0.5305 0.4136 0.0559
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 918 228 690 0 0 2 0 226 0 0 681 0 9 0.0000 0.0000 0.0130 113.000 5.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 661 172 489 0 0 5 0 167 0 0 489 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 33.400 1.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0179 0.9821
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 832 167 665 0 0 15 0 152 0 0 638 1 26 0.0000 0.0000 0.0406 10.133 9.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0135 0.9865
chr11 6641514 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 5 683 164 519 131 2 16 1 14 0 0 519 0 0 0.7988 0.0000 0.0000 9.250 1.06 3.50 -2.44 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.0847 0.9153 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 274 137 137 0 0 22 4 111 0 0 137 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.182 3.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0526 0.9474 2 2 0.0000 0.0556 0.9444 2 2 0.0000 0.0599 0.9401
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 651 153 498 65 1 51 1 35 0 0 486 0 12 0.4248 0.0000 0.0241 2.000 1.43 9.46 -8.03 15 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4758 0.4453 0.0789 1 0 0.4681 0.4488 0.0832 1 0 0.4577 0.4532 0.0891
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 12 1 651 153 498 65 1 51 1 35 0 0 486 0 12 0.4248 0.0000 0.0241 2.000 1.43 9.46 -8.03 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4758 0.4453 0.0789 1 0 0.4681 0.4488 0.0832 1 0 0.4577 0.4532 0.0891
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 210 75 135 72 0 1 0 2 0 0 135 0 0 0.9600 0.0000 0.0000 74.000 0.19 3.00 -2.81 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1896 0.8104 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 206 99 107 93 0 1 0 5 0 0 107 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 98.000 0.24 5.20 -4.96 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.2601 0.7399 0.0000 0 0 0.5918 0.4082 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 883 250 633 121 0 11 1 117 0 0 627 0 6 0.4840 0.0000 0.0095 21.727 0.21 3.73 -3.52 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1827 0.5716 0.2457 1 1 0.1862 0.5663 0.2476 1 1 0.1907 0.5595 0.2498
chr11 49208393 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 246 106 140 66 0 3 0 37 0 0 140 0 0 0.6226 0.0000 0.0000 34.333 0.14 3.27 -3.13 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6259 0.3385 0.0356 1 0 0.6137 0.3474 0.0390 1 0 0.5970 0.3591 0.0438
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.050 1 -5 2 771 165 606 82 2 1 0 80 1 0 605 0 0 0.4970 0.0017 0.0017 164.000 0.22 4.62 -4.41 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2840 0.5427 0.1733 1 1 0.2839 0.5395 0.1766 1 1 0.2836 0.5355 0.1809
chr11 55968178 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 720 176 544 168 0 5 0 3 0 0 544 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 34.200 0.26 2.33 -2.07 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3561 0.6439 0.0000 0 0 0.8957 0.1043 0.0000 0 0 0.9486 0.0514 0.0000
chr11 56093801 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 925 235 690 224 1 5 0 5 0 0 690 0 0 0.9532 0.0000 0.0000 46.000 0.19 2.00 -1.81 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0798 0.9202 0.0000 0 0 0.9018 0.0982 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr11 56093830 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 916 237 679 221 6 5 0 5 0 0 679 0 0 0.9325 0.0000 0.0000 45.400 0.17 2.00 -1.83 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0795 0.9205 0.0000 0 0 0.9041 0.0959 0.0000 0 0 0.9725 0.0275 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 898 190 708 2 0 1 1 186 0 0 699 1 8 0.0105 0.0000 0.0127 189.000 0.00 2.92 -2.92 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1586 0.8414 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0188 0.9812
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 84 45 39 24 0 0 0 21 0 0 39 0 0 0.5333 0.0000 0.0000 45.000 0.21 2.14 -1.93 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2805 0.5110 0.2085 1 1 0.2796 0.5102 0.2102 1 1 0.2784 0.5091 0.2125
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 968 157 811 2 0 31 1 123 0 0 748 0 63 0.0127 0.0000 0.0777 4.065 3.50 6.67 -3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1915 0.8085 2 2 0.0000 0.0364 0.9636 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1179 233 946 8 1 109 4 111 0 0 883 2 61 0.0343 0.0000 0.0666 1.130 1.50 10.45 -8.95 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8160 0.1840 2 2 0.0000 0.2787 0.7213
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 1004 299 705 154 0 80 0 65 0 0 686 0 19 0.5151 0.0000 0.0270 2.737 0.38 12.43 -12.05 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9200 0.0791 0.0009 1 0 0.9113 0.0875 0.0012 1 0 0.8984 0.0999 0.0017
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 926 240 686 5 0 5 2 228 0 0 685 0 1 0.0208 0.0000 0.0015 47.000 0.00 2.32 -2.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9126 0.0874 2 2 0.0000 0.0864 0.9136 2 2 0.0000 0.0246 0.9754
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 814 175 639 81 1 16 2 75 0 1 637 0 1 0.4629 0.0000 0.0031 9.938 0.44 4.04 -3.60 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2853 0.5413 0.1733 1 1 0.2852 0.5382 0.1766 1 1 0.2848 0.5343 0.1809
chr11 73660839 A AGGTAAGTCT 0.500000 0.050 1 9 2 216 90 126 87 0 1 0 2 0 0 126 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 89.000 0.15 17.50 -17.35 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2543 0.7457 0.0000 0 0 0.6921 0.3079 0.0000 0 0 0.7928 0.2072 0.0000
chr11 73660841 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 217 85 132 82 0 1 1 1 0 0 132 0 0 0.9647 0.0000 0.0000 83.000 0.16 12.00 -11.84 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5784 0.4216 0.0000 0 0 0.7773 0.2227 0.0000 0 0 0.8182 0.1818 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 260 73 187 0 0 1 0 72 0 0 184 0 3 0.0000 0.0000 0.0160 72.000 16.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1316 0.8684 2 2 0.0000 0.1359 0.8641 2 2 0.0000 0.1421 0.8579
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 536 128 408 120 0 5 0 3 0 0 408 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 24.600 0.91 4.33 -3.42 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1327 0.8673 0.0000 0 0 0.7223 0.2777 0.0000 0 0 0.8534 0.1466 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1343 356 987 280 4 60 2 10 0 0 987 0 0 0.7865 0.0000 0.0000 4.917 0.83 6.20 -5.37 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2788 0.7212 0.0000 0 0 0.9134 0.0866 0.0000
chr11 101962856 AGCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 855 178 677 173 1 1 0 3 0 0 677 0 0 0.9719 0.0000 0.0000 177.000 1.06 3.67 -2.61 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3731 0.6269 0.0000 0 0 0.9078 0.0922 0.0000 0 0 0.9550 0.0450 0.0000
chr11 117797169 CCGCACT C 0.500000 0.050 1 -6 3 282 125 157 118 0 3 0 4 0 0 157 0 0 0.9440 0.0000 0.0000 40.667 0.29 6.00 -5.71 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0276 0.9724 0.0000 0 0 0.5594 0.4406 0.0000 0 0 0.7928 0.2072 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 862 277 585 0 0 45 1 231 0 0 584 1 0 0.0000 0.0000 0.0017 5.273 9.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 315 124 191 115 0 5 0 4 0 0 191 0 0 0.9274 0.0000 0.0000 23.800 0.23 8.00 -7.77 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0257 0.9743 0.0000 0 0 0.5411 0.4589 0.0000 0 0 0.7808 0.2192 0.0000
chr11 124543152 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 698 137 561 130 0 4 0 3 1 1 559 0 0 0.9489 0.0018 0.0036 33.250 0.40 4.67 -4.27 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1714 0.8286 0.0000 0 0 0.7776 0.2224 0.0000 0 0 0.8858 0.1142 0.0000
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 391 126 265 0 0 14 2 110 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.929 5.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0565 0.9435 2 2 0.0000 0.0596 0.9404 2 2 0.0000 0.0641 0.9359
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.050 1 -6 1 252 79 173 42 0 13 0 24 0 0 173 0 0 0.5316 0.0000 0.0000 5.077 0.29 5.50 -5.21 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4857 0.4324 0.0819 1 0 0.4770 0.4368 0.0862 1 0 0.4655 0.4425 0.0920
chr11 130901818 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 96 47 49 24 0 3 0 20 0 0 49 0 0 0.5106 0.0000 0.0000 22.000 1.92 1.95 -0.03 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2885 0.5095 0.2020 1 1 0.2873 0.5088 0.2039 1 1 0.2857 0.5079 0.2064
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 339 117 222 113 0 2 0 2 0 0 222 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 57.500 1.28 2.00 -0.72 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3153 0.6847 0.0000 0 0 0.7473 0.2527 0.0000 0 0 0.8316 0.1684 0.0000
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 522 148 374 12 0 33 2 101 0 0 369 0 5 0.0811 0.0000 0.0134 3.485 0.33 3.13 -2.80 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9963 0.0037 2 1 0.0000 0.8936 0.1064
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 423 126 297 0 0 35 8 83 0 0 297 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 2.600 3.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0749 0.9251 2 2 0.0000 0.0781 0.9219 2 2 0.0000 0.0828 0.9172
chr12 6778354 G GGAGCCC 0.001563 0.050 1 6 2 472 193 279 156 0 30 0 7 0 0 279 0 0 0.8083 0.0000 0.0000 5.433 0.38 5.57 -5.19 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2607 0.7393 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 2437 585 1852 316 0 3 0 266 0 0 1840 0 12 0.5402 0.0000 0.0065 194.000 1.21 4.09 -2.88 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4939 0.4820 0.0241 1 0 0.4879 0.4846 0.0275 1 1 0.4789 0.4884 0.0327
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 269 98 171 50 0 5 0 43 0 0 168 0 3 0.5102 0.0000 0.0175 18.600 0.14 4.81 -4.67 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2824 0.5248 0.1928 1 1 0.2818 0.5229 0.1953 1 1 0.2808 0.5206 0.1986
chr12 10723069 G GGGT 0.002430 0.050 1 3 1 279 99 180 74 7 15 0 3 0 0 180 0 0 0.7475 0.0000 0.0000 5.600 0.39 2.33 -1.94 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9595 0.0405 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.050 1 -9 1 703 199 504 86 0 34 0 79 0 0 500 0 4 0.4322 0.0000 0.0079 4.853 0.12 8.33 -8.21 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4695 0.5169 0.0136 1 1 0.4718 0.5144 0.0138 1 1 0.4747 0.5113 0.0141
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 335 165 170 147 0 11 0 7 0 0 170 0 0 0.8909 0.0000 0.0000 14.000 0.69 4.86 -4.17 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1417 0.8583 0.0000 0 0 0.5426 0.4574 0.0000
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 499 112 387 59 0 5 0 48 0 0 387 0 0 0.5268 0.0000 0.0000 21.400 0.69 2.40 -1.70 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5451 0.4231 0.0318 1 0 0.5418 0.4252 0.0330 1 0 0.5373 0.4281 0.0346
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 461 114 347 108 0 0 1 5 0 0 347 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 113.000 0.36 3.60 -3.24 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 1 0.4026 0.5974 0.0000 0 0 0.7381 0.2619 0.0000
chr12 40483097 AAGTGACAGGGACAACTAGACTATCAGCTGG A 0.146503 0.050 1 -30 1 1639 324 1315 278 6 34 2 4 3 1 1298 11 2 0.8580 0.0023 0.0129 8.471 2.12 12.25 -10.13 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.6172 0.3828 0.0000 0 0 0.9706 0.0294 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 1466 240 1226 4 0 105 1 130 0 1 1143 2 80 0.0167 0.0000 0.0677 1.286 1.75 4.42 -2.67 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8651 0.1349 2 2 0.0000 0.0999 0.9001 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 817 187 630 106 0 2 0 79 0 0 629 0 1 0.5668 0.0000 0.0016 92.500 0.21 1.29 -1.08 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6855 0.3007 0.0138 1 0 0.6778 0.3071 0.0151 1 0 0.6673 0.3158 0.0169
chr12 52073890 TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC T 0.050697 0.050 1 -23 2 374 122 252 64 0 23 0 35 0 0 250 0 2 0.5246 0.0000 0.0079 4.304 0.45 17.26 -16.80 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7591 0.2381 0.0028 1 0 0.7512 0.2457 0.0031 1 0 0.7404 0.2561 0.0035
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.050 1 -3 1 355 85 270 75 2 5 0 3 0 0 270 0 0 0.8824 0.0000 0.0000 15.800 0.23 3.00 -2.77 35 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9674 0.0326 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr12 52378037 G GTA 0.000618 0.050 1 2 1 309 85 224 43 0 0 0 42 0 0 223 0 1 0.5059 0.0000 0.0045 85.000 0.26 2.10 -1.84 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4735 0.5262 0.0003 1 1 0.4754 0.5243 0.0003 1 1 0.4779 0.5218 0.0003
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 1016 249 767 3 0 26 2 218 0 0 766 0 1 0.0120 0.0000 0.0013 8.538 0.33 12.57 -12.24 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3759 0.6241 2 2 0.0000 0.0359 0.9641 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1171 296 875 120 2 60 0 114 0 0 873 0 2 0.4054 0.0000 0.0023 3.917 0.16 12.26 -12.10 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4798 0.5064 0.0137 1 1 0.4823 0.5035 0.0141 1 1 0.4853 0.5001 0.0146
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 338 92 246 49 1 3 0 39 0 0 246 0 0 0.5326 0.0000 0.0000 29.667 0.39 1.54 -1.15 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4817 0.4476 0.0707 1 0 0.4775 0.4494 0.0731 1 0 0.4719 0.4518 0.0763
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 369 105 264 46 0 1 1 57 0 0 263 0 1 0.4381 0.0000 0.0038 104.000 0.02 1.14 -1.12 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1406 0.5118 0.3476 1 1 0.1456 0.5119 0.3425 1 1 0.1523 0.5121 0.3356
chr12 55551800 CTCTT C 0.005776 0.050 1 -4 2 547 126 421 74 0 4 0 48 0 0 421 0 0 0.5873 0.0000 0.0000 30.500 0.11 4.15 -4.04 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7557 0.2440 0.0003 1 0 0.7485 0.2511 0.0004 1 0 0.7388 0.2608 0.0004
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 134 64 70 32 0 0 0 32 0 0 70 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 64.000 0.97 2.09 -1.12 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1733 0.5195 0.3072 1 1 0.1738 0.5181 0.3081 1 1 0.1745 0.5162 0.3093
chr12 58876497 CTGG C 0.000469 0.050 1 -3 3 203 95 108 91 0 1 0 3 0 0 108 0 0 0.9579 0.0000 0.0000 94.000 0.25 3.00 -2.75 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9937 0.0063 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 385 109 276 47 0 2 1 59 0 0 272 0 4 0.4312 0.0000 0.0145 53.500 0.89 3.66 -2.77 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1100 0.4896 0.4005 1 1 0.1152 0.4915 0.3933 1 1 0.1224 0.4940 0.3837
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 315 88 227 3 41 17 17 10 0 0 225 0 2 0.0341 0.0000 0.0088 3.000 1.33 4.10 -2.77 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5345 0.4162 0.0494 1 0 0.5295 0.4194 0.0511 1 0 0.5229 0.4236 0.0535
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1064 296 768 1 0 32 1 262 0 0 765 0 3 0.0034 0.0000 0.0039 8.250 7.00 3.63 3.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85029771 CA C 0.001373 0.050 1 -1 3 352 117 235 68 0 2 0 47 0 0 234 1 0 0.5812 0.0000 0.0043 57.500 0.18 1.28 -1.10 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6996 0.3002 0.0001 1 0 0.6938 0.3060 0.0001 1 0 0.6860 0.3139 0.0002
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 12 1 549 149 400 46 1 31 0 71 0 0 351 0 49 0.3087 0.0000 0.1225 3.774 0.76 0.76 0.00 16 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0007 0.0616 0.9377 1 2 0.0009 0.0692 0.9299 1 2 0.0013 0.0805 0.9182
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 422 109 313 0 0 10 1 98 0 0 311 0 2 0.0000 0.0000 0.0064 9.900 4.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr12 108623635 GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.050 1 -60 3 1989 407 1582 28 2 117 7 253 0 0 1517 0 65 0.0688 0.0000 0.0411 2.453 0.79 4.64 -3.85 14 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9467 0.0533
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 654 179 475 92 0 4 0 83 0 0 467 0 8 0.5140 0.0000 0.0168 43.750 0.13 8.51 -8.38 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2333 0.5554 0.2113 1 1 0.2351 0.5512 0.2137 1 1 0.2372 0.5460 0.2168
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 549 153 396 0 0 22 6 125 0 0 396 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.955 3.61 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0356 0.9644 2 2 0.0000 0.0379 0.9621 2 2 0.0000 0.0414 0.9586
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 193 105 88 0 0 0 0 105 0 0 88 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 105.000 2.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0698 0.9302 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 208 70 138 58 0 10 0 2 0 0 138 0 0 0.8286 0.0000 0.0000 6.000 1.05 6.00 -4.95 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1418 0.8582 0.0000 0 0 0.5249 0.4751 0.0000 0 0 0.6574 0.3426 0.0000
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 492 128 364 35 25 20 14 34 0 0 359 2 3 0.2734 0.0000 0.0137 4.900 1.49 4.21 -2.72 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3212 0.5176 0.1612 1 1 0.3192 0.5162 0.1645 1 1 0.3165 0.5146 0.1689
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 354 110 244 0 0 9 0 101 0 0 239 0 5 0.0000 0.0000 0.0205 11.222 4.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0649 0.9351 2 2 0.0000 0.0682 0.9318 2 2 0.0000 0.0731 0.9269
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 337 70 267 0 0 6 0 64 0 0 257 0 10 0.0000 0.0000 0.0375 10.667 11.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.1389 0.8611 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 451 138 313 57 0 12 5 64 0 0 313 0 0 0.4130 0.0000 0.0000 10.500 1.05 2.08 -1.03 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1243 0.5018 0.3739 1 1 0.1283 0.5016 0.3701 1 1 0.1338 0.5013 0.3649
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 737 181 556 0 0 24 0 157 0 0 536 0 20 0.0000 0.0000 0.0360 6.542 8.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874 2 2 0.0000 0.0142 0.9858
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 234 76 158 47 6 20 0 3 0 0 158 0 0 0.6184 0.0000 0.0000 2.800 0.36 3.00 -2.64 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0277 0.9723 0.0000 0 1 0.3327 0.6673 0.0000 0 0 0.5388 0.4612 0.0000
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 197 60 137 25 3 10 1 21 0 0 136 1 0 0.4167 0.0000 0.0073 4.900 1.96 5.00 -3.04 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3111 0.5066 0.1823 1 1 0.3090 0.5061 0.1849 1 1 0.3063 0.5055 0.1882
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 244 85 159 0 0 4 0 81 0 0 153 0 6 0.0000 0.0000 0.0377 20.250 8.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1007 0.8993 2 2 0.0000 0.1048 0.8952 2 2 0.0000 0.1105 0.8895
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 680 188 492 8 6 116 4 54 0 0 485 3 4 0.0426 0.0000 0.0142 0.850 3.75 3.78 -0.03 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 1 0.0000 0.8913 0.1087
chr12 132621877 ATCTCTGCCCCT A 0.500000 0.050 1 -11 4 643 192 451 110 0 4 0 78 0 1 450 0 0 0.5729 0.0000 0.0022 47.000 0.35 10.35 -9.99 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6512 0.3235 0.0253 1 0 0.6395 0.3323 0.0282 1 0 0.6235 0.3441 0.0324
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 798 198 600 147 4 40 0 7 0 0 600 0 0 0.7424 0.0000 0.0000 3.900 0.68 5.57 -4.89 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2911 0.7089 0.0000 0 0 0.7464 0.2536 0.0000
chr13 27924562 T TGCC 0.002235 0.050 1 3 1 572 142 430 67 2 16 0 57 0 0 429 0 1 0.4718 0.0000 0.0023 7.875 0.19 2.96 -2.77 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5951 0.4044 0.0004 1 0 0.5929 0.4067 0.0005 1 0 0.5898 0.4097 0.0005
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.050 1 5 1 190 62 128 25 0 2 0 35 0 0 125 0 3 0.4032 0.0000 0.0234 30.000 0.16 4.66 -4.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3042 0.6505 0.0453 1 1 0.3110 0.6450 0.0440 1 1 0.3200 0.6376 0.0424
chr13 48303948 CGCCGCCGCT C 0.000995 0.050 1 -9 2 495 173 322 161 0 7 0 5 0 0 322 0 0 0.9306 0.0000 0.0000 23.714 0.54 6.80 -6.26 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9427 0.0573 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr13 50956450 T TA 0.033831 0.050 1 1 6 513 153 360 67 5 15 10 56 0 0 359 0 1 0.4379 0.0000 0.0028 8.733 0.21 1.20 -0.99 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5192 0.4707 0.0101 1 0 0.5193 0.4704 0.0103 1 0 0.5193 0.4701 0.0106
chr13 71866470 ACCGCCGCCG A 0.000127 0.050 1 -9 2 692 161 531 78 3 8 0 72 1 0 526 0 4 0.4845 0.0019 0.0094 19.000 3.59 9.18 -5.59 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5234 0.4766 0.0000 1 0 0.5243 0.4757 0.0000 1 0 0.5252 0.4748 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 648 168 480 74 0 39 1 54 0 1 475 2 2 0.4405 0.0000 0.0104 3.308 5.95 6.48 -0.54 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6140 0.3694 0.0166 1 0 0.6092 0.3733 0.0175 1 0 0.6027 0.3786 0.0188
chr13 77599337 G GTC 0.000205 0.050 1 2 2 239 97 142 52 0 4 0 41 0 0 139 0 3 0.5361 0.0000 0.0211 23.250 0.35 2.05 -1.70 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5690 0.4309 0.0001 1 0 0.5675 0.4325 0.0001 1 0 0.5653 0.4347 0.0001
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 466 140 326 115 3 16 1 5 0 0 326 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 7.750 3.00 5.00 -2.00 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3896 0.6104 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 562 99 463 0 0 12 0 87 0 1 450 1 11 0.0000 0.0000 0.0281 7.250 4.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 517 101 416 51 2 41 0 7 2 4 406 2 2 0.5050 0.0048 0.0240 1.463 2.90 8.57 -5.67 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.0796 0.9204 0.0000
chr13 112067766 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 424 133 291 62 2 15 5 49 0 0 291 0 0 0.4662 0.0000 0.0000 9.833 1.23 3.69 -2.47 50 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3646 0.5045 0.1309 1 1 0.3611 0.5041 0.1349 1 1 0.3563 0.5035 0.1402
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 642 176 466 148 7 16 2 3 4 1 459 1 1 0.8409 0.0086 0.0150 9.938 1.43 11.00 -9.57 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.4680 0.5320 0.0000 0 0 0.8174 0.1826 0.0000
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.050 1 6 1 261 107 154 49 1 11 2 44 0 0 154 0 0 0.4579 0.0000 0.0000 8.636 0.88 6.75 -5.87 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2806 0.5250 0.1944 1 1 0.2801 0.5231 0.1968 1 1 0.2793 0.5207 0.2000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 261 81 180 0 0 25 2 54 0 1 177 0 2 0.0000 0.0000 0.0167 2.200 10.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1979 0.8021 2 2 0.0000 0.2019 0.7981 2 2 0.0000 0.2075 0.7925
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCGTGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -30 1 262 88 174 36 1 43 4 4 0 0 174 0 0 0.4091 0.0000 0.0000 2.688 1.58 7.50 -5.92 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0714 0.9286 0.0000 0 1 0.2577 0.7423 0.0000
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 429 120 309 0 0 3 0 117 0 0 307 0 2 0.0000 0.0000 0.0065 39.000 4.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 583 117 466 0 0 1 0 116 0 0 460 0 6 0.0000 0.0000 0.0129 116.000 3.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0470 0.9530 2 2 0.0000 0.0510 0.9490
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1160 300 860 101 0 9 0 190 0 0 858 0 2 0.3367 0.0000 0.0023 32.333 0.22 1.96 -1.75 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0212 0.9788 1 2 0.0001 0.0244 0.9755 1 2 0.0001 0.0295 0.9704
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 736 205 531 164 0 30 0 11 0 0 531 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 5.833 0.15 1.18 -1.04 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0446 0.9554 0.0000 0 0 0.5120 0.4880 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 509 145 364 84 0 3 0 58 0 0 360 0 4 0.5793 0.0000 0.0110 47.333 0.52 18.79 -18.27 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5593 0.3933 0.0474 1 0 0.5508 0.3985 0.0507 1 0 0.5392 0.4053 0.0555
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.050 1 -3 1 555 120 435 66 1 5 0 48 0 0 432 0 3 0.5500 0.0000 0.0069 22.800 0.53 4.17 -3.64 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6532 0.3464 0.0004 1 0 0.6488 0.3507 0.0004 1 0 0.6429 0.3567 0.0005
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 554 145 409 129 2 11 0 3 0 0 409 0 0 0.8897 0.0000 0.0000 12.000 0.31 3.00 -2.69 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1361 0.8639 0.0000 0 0 0.7269 0.2731 0.0000 0 0 0.8553 0.1447 0.0000
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 504 116 388 0 0 9 2 105 0 0 386 0 2 0.0000 0.0000 0.0052 11.889 5.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1429 0.8571 2 2 0.0000 0.1497 0.8503 2 2 0.0000 0.1596 0.8404
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 696 209 487 173 5 20 0 11 0 0 487 0 0 0.8278 0.0000 0.0000 9.450 0.50 3.00 -2.50 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4409 0.5591 0.0000 0 0 0.9476 0.0524 0.0000
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 399 74 325 29 4 6 2 33 0 0 322 0 3 0.3919 0.0000 0.0092 11.167 2.52 3.61 -1.09 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2350 0.5295 0.2354 1 1 0.2382 0.5279 0.2339 1 1 0.2423 0.5258 0.2319
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 410 79 331 37 4 7 1 30 0 0 331 0 0 0.4684 0.0000 0.0000 11.833 2.49 2.93 -0.45 23 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4233 0.4727 0.1040 1 1 0.4196 0.4736 0.1068 1 1 0.4147 0.4749 0.1104
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 436 124 312 52 1 19 0 52 0 0 309 0 3 0.4194 0.0000 0.0096 5.526 0.04 3.46 -3.42 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3135 0.5431 0.1434 1 1 0.3162 0.5403 0.1436 1 1 0.3196 0.5367 0.1437
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.050 1 24 1 329 59 270 16 0 31 0 12 0 0 268 0 2 0.2712 0.0000 0.0074 0.903 1.06 5.00 -3.94 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4275 0.4929 0.0796 1 1 0.4270 0.4928 0.0801 1 1 0.4264 0.4928 0.0808
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 697 138 559 65 1 16 0 56 1 0 550 0 8 0.4710 0.0018 0.0161 7.625 1.34 6.73 -5.39 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0961 0.5622 0.3416 1 1 0.0961 0.5585 0.3454 1 1 0.0960 0.5537 0.3503
chr14 58131686 ACTC A 0.001004 0.050 1 -3 2 175 66 109 62 0 1 0 3 0 0 109 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 65.000 0.27 3.00 -2.73 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9725 0.0275 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 561 135 426 131 1 1 0 2 0 0 426 0 0 0.9704 0.0000 0.0000 133.000 0.44 3.00 -2.56 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9966 0.0034 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 684 172 512 0 0 34 2 136 0 0 505 1 6 0.0000 0.0000 0.0137 4.029 6.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0071 0.9929
chr14 74260844 A AGAG 0.000693 0.050 1 3 2 962 206 756 182 0 18 1 5 1 0 755 0 0 0.8835 0.0013 0.0013 10.444 0.29 2.40 -2.11 50 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9324 0.0676 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 436 92 344 0 0 14 7 71 0 0 342 1 1 0.0000 0.0000 0.0058 5.357 5.94 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1719 0.8281 2 2 0.0000 0.1777 0.8223 2 2 0.0000 0.1859 0.8141
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 418 93 325 7 39 10 4 33 0 0 324 1 0 0.0753 0.0000 0.0031 16.000 0.29 5.15 -4.87 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2883 0.5196 0.1921 1 1 0.2886 0.5180 0.1934 1 1 0.2889 0.5161 0.1950
chr14 77616457 GGCGGCT G 0.000168 0.050 1 -6 1 372 125 247 64 0 11 0 50 0 0 245 0 2 0.5120 0.0000 0.0081 10.364 0.36 5.92 -5.56 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6110 0.3890 0.0000 1 0 0.6081 0.3919 0.0000 1 0 0.6041 0.3959 0.0000
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 518 165 353 2 0 16 3 144 0 0 349 0 4 0.0121 0.0000 0.0113 9.312 0.00 3.20 -3.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2449 0.7551 2 2 0.0000 0.0484 0.9516 2 2 0.0000 0.0303 0.9697
chr14 103127080 T TGGC 0.001756 0.050 1 3 1 425 133 292 55 2 19 4 53 0 0 291 0 1 0.4135 0.0000 0.0034 5.895 0.49 3.30 -2.81 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4625 0.5367 0.0008 1 1 0.4652 0.5340 0.0008 1 1 0.4686 0.5306 0.0008
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 293 96 197 34 0 15 0 47 1 0 192 0 4 0.3542 0.0051 0.0254 5.400 0.15 8.83 -8.68 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1099 0.4773 0.4128 1 1 0.1148 0.4796 0.4056 1 1 0.1215 0.4826 0.3960
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 438 130 308 0 0 22 1 107 0 0 303 0 5 0.0000 0.0000 0.0162 4.909 3.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1356 0.8644 2 2 0.0000 0.1424 0.8576 2 2 0.0000 0.1522 0.8478
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 332 85 247 72 1 7 2 3 0 0 247 0 0 0.8471 0.0000 0.0000 10.857 2.32 3.33 -1.01 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1246 0.8754 0.0000 0 0 0.7150 0.2850 0.0000 0 0 0.8550 0.1450 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 621 131 490 0 1 5 0 125 0 4 454 23 9 0.0000 0.0000 0.0735 25.200 4.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 1401 343 1058 0 0 16 2 325 0 0 1001 13 44 0.0000 0.0000 0.0539 23.357 3.49 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.050 1 21 1 1247 211 1036 142 3 61 1 4 5 2 1025 3 1 0.6730 0.0048 0.0106 2.459 2.08 2.75 -0.67 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0160 0.9840 0.0000 0 0 0.7470 0.2530 0.0000 0 0 0.9398 0.0602 0.0000
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 855 244 611 216 4 24 0 0 2 4 602 1 2 0.8852 0.0033 0.0147 9.083 1.49 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 222 96 126 0 2 4 0 90 0 0 124 0 2 0.0000 0.0000 0.0159 23.000 2.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2803 0.7197 2 2 0.0000 0.1388 0.8612 2 2 0.0000 0.1010 0.8990
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 684 177 507 3 0 28 3 143 0 0 504 0 3 0.0169 0.0000 0.0059 5.321 0.33 4.36 -4.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5928 0.4072 2 2 0.0000 0.0800 0.9200 2 2 0.0000 0.0382 0.9618
chr15 34038912 C CCCGCCGCCGCCT 0.002022 0.050 1 12 4 204 65 139 56 0 7 0 2 0 0 139 0 0 0.8615 0.0000 0.0000 8.286 0.45 7.50 -7.05 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9872 0.0128 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr15 38484605 AGGTGGTGGT A 0.136711 0.050 1 -9 2 420 178 242 149 2 25 0 2 0 0 242 0 0 0.8371 0.0000 0.0000 6.120 0.66 9.00 -8.34 71 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9150 0.0850 0.0000 0 0 0.9856 0.0144 0.0000 0 0 0.9911 0.0089 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 447 158 289 146 0 6 0 6 0 0 289 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 25.333 1.16 2.00 -0.84 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 0 0.5727 0.4273 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 216 75 141 5 0 1 0 69 0 0 141 0 0 0.0667 0.0000 0.0000 74.000 0.20 3.68 -3.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 1 0.0000 0.9158 0.0842
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 275 145 130 75 1 0 0 69 0 0 128 0 2 0.5172 0.0000 0.0154 145.000 0.27 3.35 -3.08 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2409 0.5482 0.2109 1 1 0.2404 0.5450 0.2146 1 1 0.2397 0.5409 0.2194
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 484 117 367 43 0 8 2 64 0 0 367 0 0 0.3675 0.0000 0.0000 13.625 0.35 4.31 -3.96 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0424 0.3672 0.5904 1 2 0.0455 0.3737 0.5808 1 2 0.0499 0.3822 0.5679
chr15 81332887 CTCT C 0.001806 0.050 1 -3 2 666 157 509 92 0 5 0 60 0 0 509 0 0 0.5860 0.0000 0.0000 30.400 0.23 3.12 -2.89 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8012 0.1987 0.0001 1 0 0.7936 0.2063 0.0001 1 0 0.7832 0.2167 0.0001
chr15 82045645 T TGCC 0.002204 0.050 1 3 1 395 115 280 51 1 15 1 47 0 0 280 0 0 0.4435 0.0000 0.0000 6.600 0.41 3.13 -2.72 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5212 0.4780 0.0008 1 0 0.5215 0.4777 0.0008 1 0 0.5217 0.4775 0.0008
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.050 1 1 1 152 38 114 14 7 6 4 7 0 0 114 0 0 0.3684 0.0000 0.0000 4.333 0.64 1.00 -0.36 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5297 0.4228 0.0475 1 0 0.5254 0.4258 0.0488 1 0 0.5195 0.4300 0.0506
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 387 131 256 68 0 2 0 61 0 0 252 0 4 0.5191 0.0000 0.0156 64.500 0.82 3.02 -2.19 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3690 0.5224 0.1086 1 1 0.3698 0.5201 0.1101 1 1 0.3707 0.5173 0.1120
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 919 233 686 84 10 57 1 81 0 0 686 0 0 0.3605 0.0000 0.0000 3.088 0.32 3.22 -2.90 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5546 0.4262 0.0192 1 0 0.5526 0.4273 0.0200 1 0 0.5498 0.4291 0.0211
chr15 89333596 T TTGCTGC 0.028553 0.050 1 6 1 919 233 686 94 1 122 4 12 0 0 686 0 0 0.4034 0.0000 0.0000 0.892 0.65 3.58 -2.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0730 0.9270 0.0000 0 0 0.7288 0.2712 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 865 192 673 5 1 45 0 141 0 1 644 0 28 0.0260 0.0000 0.0431 3.868 1.60 15.48 -13.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9953 0.0047 2 1 0.0000 0.5469 0.4531 2 2 0.0000 0.1928 0.8072
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 855 205 650 14 3 20 5 163 0 1 649 0 0 0.0683 0.0000 0.0015 9.050 1.00 13.91 -12.91 8 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9982 0.0018 2 1 0.0000 0.8269 0.1731
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 355 94 261 3 0 3 1 87 0 0 256 0 5 0.0319 0.0000 0.0192 30.333 0.33 7.03 -6.70 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0251 0.9749 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr15 99712504 C CCAGCAG 0.003114 0.050 1 6 2 600 219 381 164 3 45 0 7 1 0 378 0 2 0.7489 0.0026 0.0079 3.867 1.90 4.43 -2.53 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0092 0.9908 0.0000 0 0 0.9802 0.0198 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 600 222 378 90 3 39 6 84 0 0 377 1 0 0.4054 0.0000 0.0026 4.692 0.58 3.23 -2.65 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4043 0.5389 0.0568 1 1 0.4071 0.5354 0.0575 1 1 0.4104 0.5310 0.0586
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 251 75 176 1 0 15 1 58 1 0 170 0 5 0.0133 0.0057 0.0341 3.933 0.00 10.53 -10.53 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9944 0.0056 2 1 0.0000 0.9636 0.0364 2 1 0.0000 0.9387 0.0613
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 46 21 25 5 0 0 0 16 0 0 25 0 0 0.2381 0.0000 0.0000 21.000 0.20 1.19 -0.99 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2567 0.5641 0.1791 1 1 0.2557 0.5728 0.1715 1 1 0.2364 0.6075 0.1561
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 362 102 260 5 0 0 0 97 0 0 259 0 1 0.0490 0.0000 0.0038 102.000 1.00 3.37 -2.37 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.8456 0.1544 2 1 0.0000 0.5713 0.4287
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 275 83 192 0 0 2 1 80 0 0 190 0 2 0.0000 0.0000 0.0104 40.000 15.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5586 0.4414 2 1 0.0000 0.5689 0.4311 2 1 0.0000 0.5829 0.4171
chr16 1093978 G GC 0.001284 0.050 1 1 2 412 128 284 72 1 2 1 52 0 0 284 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 63.000 0.40 1.21 -0.81 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6970 0.3029 0.0001 1 0 0.6914 0.3085 0.0001 1 0 0.6838 0.3161 0.0001
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 1099 250 849 114 1 5 1 129 1 0 847 0 1 0.4560 0.0012 0.0024 49.000 0.82 1.29 -0.47 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1734 0.6231 0.2035 1 1 0.1811 0.6182 0.2008 1 1 0.1914 0.6117 0.1969
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 437 113 324 0 0 0 0 113 0 0 322 0 2 0.0000 0.0000 0.0062 113.000 6.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 437 113 324 0 0 0 0 113 0 0 322 0 2 0.0000 0.0000 0.0062 113.000 6.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCG 0.006791 0.050 1 3 6 569 143 426 48 2 47 1 45 2 0 419 0 5 0.3357 0.0047 0.0164 2.021 1.90 4.24 -2.35 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4830 0.5141 0.0029 1 1 0.4847 0.5124 0.0029 1 1 0.4867 0.5103 0.0029
chr16 2768157 CTCT C 0.000287 0.050 1 -3 2 404 106 298 52 46 5 0 3 0 0 298 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 20.000 0.69 3.00 -2.31 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 293 113 180 58 1 0 0 54 0 0 178 0 2 0.5133 0.0000 0.0111 112.000 0.29 2.96 -2.67 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4838 0.5026 0.0136 1 1 0.4850 0.5012 0.0138 1 1 0.4864 0.4995 0.0140
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 474 128 346 61 1 7 1 58 0 0 345 0 1 0.4766 0.0000 0.0029 17.286 0.44 3.26 -2.82 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1994 0.5416 0.2591 1 1 0.1998 0.5386 0.2616 1 1 0.2002 0.5350 0.2648
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 385 133 252 38 2 60 0 33 0 2 243 3 4 0.2857 0.0000 0.0357 1.217 2.87 5.06 -2.19 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4239 0.5060 0.0701 1 1 0.4244 0.5048 0.0708 1 1 0.4249 0.5035 0.0716
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 1248 305 943 127 0 88 1 89 0 0 931 0 12 0.4164 0.0000 0.0127 2.466 1.26 4.48 -3.22 79 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7021 0.2928 0.0051 1 0 0.6963 0.2982 0.0055 1 0 0.6882 0.3056 0.0062
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 158 55 103 0 0 0 0 55 0 0 103 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 55.000 2.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr16 18543716 GA G 0.002566 0.050 1 -1 1 238 100 138 95 0 3 0 2 0 0 138 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 32.333 0.07 1.00 -0.93 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 294 175 119 80 0 1 0 94 1 0 118 0 0 0.4571 0.0084 0.0084 174.000 0.44 1.38 -0.95 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2574 0.6599 0.0827 1 1 0.2655 0.6534 0.0812 1 1 0.2762 0.6447 0.0791
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1093 256 837 182 5 62 1 6 0 1 836 0 0 0.7109 0.0000 0.0012 3.097 0.71 7.00 -6.29 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0112 0.9888 0.0000 0 0 0.7747 0.2253 0.0000 0 0 0.9482 0.0518 0.0000
chr16 30369935 AGCCGGGGCTGGG A 0.031031 0.050 1 -12 1 713 185 528 161 0 18 1 5 0 0 528 0 0 0.8703 0.0000 0.0000 9.278 0.54 12.80 -12.26 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2240 0.7760 0.0000 0 0 0.9756 0.0244 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 165 79 86 36 0 0 0 43 0 0 85 0 1 0.4557 0.0000 0.0116 79.000 0.22 2.14 -1.92 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1543 0.5054 0.3403 1 1 0.1577 0.5049 0.3373 1 1 0.1622 0.5044 0.3334
chr16 57949370 T TTCC 0.500000 0.050 1 3 1 190 67 123 58 2 5 0 2 0 0 123 0 0 0.8657 0.0000 0.0000 12.400 0.22 3.50 -3.28 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1476 0.8524 0.0000 0 0 0.5360 0.4640 0.0000 0 0 0.6671 0.3329 0.0000
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 471 104 367 41 14 12 7 30 0 0 366 1 0 0.3942 0.0000 0.0027 8.200 1.02 2.07 -1.04 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4487 0.4570 0.0943 1 1 0.4416 0.4599 0.0985 1 1 0.4322 0.4635 0.1043
chr16 67185440 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 501 139 362 130 3 5 0 1 0 0 361 1 0 0.9353 0.0000 0.0028 26.600 0.42 2.00 -1.58 58 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5572 0.4428 0.0000 0 0 0.8769 0.1231 0.0000 0 0 0.9204 0.0796 0.0000
chr16 67195890 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 465 199 266 136 1 58 0 4 0 0 266 0 0 0.6834 0.0000 0.0000 2.414 0.66 7.00 -6.34 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0442 0.9558 0.0000 0 0 0.6695 0.3305 0.0000 0 0 0.8576 0.1424 0.0000
chr16 67842884 GCAGCAGCAA G 0.500000 0.050 1 -9 1 1057 345 712 160 4 37 0 144 0 0 712 0 0 0.4638 0.0000 0.0000 8.297 0.77 7.53 -6.77 76 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4472 0.4896 0.0632 1 1 0.4430 0.4895 0.0675 1 1 0.4369 0.4896 0.0735
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1060 331 729 244 10 48 5 24 0 0 729 0 0 0.7372 0.0000 0.0000 5.875 3.31 4.12 -0.82 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0134 0.9866 0.0000
chr16 70973408 TG T 0.500000 0.050 1 -1 3 214 66 148 57 0 2 0 7 0 0 148 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 32.000 0.42 1.43 -1.01 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0371 0.9629 0.0000 0 1 0.2260 0.7740 0.0000
chr16 71922608 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 346 144 202 11 0 26 0 107 0 0 194 0 8 0.0764 0.0000 0.0396 4.538 2.73 5.31 -2.58 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9891 0.0109 2 1 0.0000 0.7909 0.2091
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 348 154 194 129 0 21 0 4 0 0 194 0 0 0.8377 0.0000 0.0000 6.333 4.43 7.25 -2.82 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0361 0.9639 0.0000 0 0 0.6248 0.3752 0.0000 0 0 0.8328 0.1672 0.0000
chr16 84236959 G GCCAGCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 665 177 488 137 0 32 0 8 0 0 487 0 1 0.7740 0.0000 0.0020 4.531 0.64 7.25 -6.61 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0671 0.9329 0.0000 0 1 0.4849 0.5151 0.0000
chr16 84495751 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 268 107 161 102 0 4 0 1 0 0 161 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 25.750 0.50 3.00 -2.50 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7179 0.2821 0.0000 0 0 0.8638 0.1362 0.0000 0 0 0.8883 0.1117 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 12 1 458 102 356 6 0 19 0 77 0 0 332 0 24 0.0588 0.0000 0.0674 4.368 12.67 9.62 3.04 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8198 0.1802 2 2 0.0000 0.4522 0.5478
chr16 87604287 C CCTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 458 102 356 6 0 19 0 77 0 0 332 0 24 0.0588 0.0000 0.0674 4.368 12.67 9.62 3.04 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8198 0.1802 2 2 0.0000 0.4522 0.5478
chr16 88430089 TTCCGGCCCCAGAGGTCCCAGC T 0.500000 0.050 1 -21 2 775 165 610 155 1 4 0 5 1 0 608 0 1 0.9394 0.0016 0.0033 40.250 0.65 21.00 -20.35 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 1 0.4665 0.5335 0.0000 0 0 0.8226 0.1774 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 748 145 603 0 1 5 8 131 0 0 594 2 7 0.0000 0.0000 0.0149 34.750 7.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0274 0.9726 2 2 0.0000 0.0288 0.9712 2 2 0.0000 0.0311 0.9689
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 750 137 613 0 0 9 12 116 0 1 603 4 5 0.0000 0.0000 0.0163 14.111 7.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0397 0.9603 2 2 0.0000 0.0399 0.9601 2 2 0.0000 0.0415 0.9585
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 748 133 615 0 0 5 0 128 1 1 598 9 6 0.0000 0.0016 0.0276 32.000 7.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3338 0.6662 2 2 0.0000 0.0975 0.9025 2 2 0.0000 0.0643 0.9357
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.050 1 4 1 837 192 645 0 0 6 3 183 0 0 640 0 5 0.0000 0.0000 0.0078 30.833 6.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0088 0.9912 2 2 0.0000 0.0101 0.9899
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 948 284 664 4 0 48 15 217 0 0 660 0 4 0.0141 0.0000 0.0060 4.750 0.50 3.38 -2.88 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6474 0.3526 2 2 0.0000 0.0419 0.9581 2 2 0.0000 0.0155 0.9845
chr16 88733987 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 924 278 646 36 4 19 199 20 0 0 646 0 0 0.1295 0.0000 0.0000 4.222 0.92 5.10 -4.18 8 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.1390 0.8610 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 161 74 87 41 0 0 0 33 0 0 85 0 2 0.5541 0.0000 0.0230 74.000 0.41 3.94 -3.52 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3141 0.5124 0.1735 1 1 0.3121 0.5114 0.1764 1 1 0.3095 0.5102 0.1803
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 947 204 743 181 1 11 1 10 0 0 743 0 0 0.8873 0.0000 0.0000 17.455 0.41 2.50 -2.09 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2491 0.7509 0.0000 0 0 0.8530 0.1470 0.0000
chr17 5141483 AATAG A 0.000611 0.050 1 -4 4 387 171 216 165 0 3 0 3 0 0 216 0 0 0.9649 0.0000 0.0000 56.000 0.47 4.00 -3.53 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 924 182 742 79 0 10 0 93 0 0 740 0 2 0.4341 0.0000 0.0027 17.200 0.52 3.29 -2.77 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2644 0.7265 0.0091 1 1 0.2736 0.7176 0.0088 1 1 0.2858 0.7057 0.0085
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 758 223 535 10 3 45 1 164 0 0 529 0 6 0.0448 0.0000 0.0112 3.956 0.20 3.17 -2.97 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9774 0.0226 2 1 0.0000 0.5183 0.4817
chr17 7846859 T TACC 0.057281 0.050 1 3 2 1398 382 1016 11 3 99 18 251 0 0 1001 2 13 0.0288 0.0000 0.0148 2.859 0.64 5.10 -4.46 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9917 0.0083 2 1 0.0000 0.7418 0.2582
chr17 12980176 G GCCAGCC 0.500000 0.050 1 6 1 325 149 176 123 0 24 0 2 0 0 176 0 0 0.8255 0.0000 0.0000 5.208 0.44 3.50 -3.06 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4619 0.5381 0.0000 0 0 0.8456 0.1544 0.0000 0 0 0.9008 0.0992 0.0000
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 412 112 300 57 0 2 0 53 1 0 299 0 0 0.5089 0.0033 0.0033 55.000 0.67 7.62 -6.96 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2942 0.5263 0.1795 1 1 0.2933 0.5243 0.1823 1 1 0.2920 0.5218 0.1861
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 533 210 323 80 0 50 9 71 0 0 321 1 1 0.3810 0.0000 0.0062 3.200 0.26 3.01 -2.75 48 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2039 0.5481 0.2480 1 1 0.2064 0.5445 0.2491 1 1 0.2096 0.5400 0.2505
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1027 293 734 254 1 2 29 7 0 1 732 1 0 0.8669 0.0000 0.0027 131.500 0.37 4.14 -3.78 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2025 0.7975 0.0000 0 0 0.7356 0.2644 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1026 293 733 255 2 29 0 7 1 0 731 1 0 0.8703 0.0014 0.0027 9.393 0.33 4.14 -3.81 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.8196 0.1804 0.0000 0 0 0.9703 0.0297 0.0000
chr17 18778544 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 676 213 463 145 1 0 3 64 0 0 463 0 0 0.6808 0.0000 0.0000 213.000 0.16 1.06 -0.90 111 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9503 0.0493 0.0004 1 0 0.9437 0.0558 0.0005 1 0 0.9336 0.0657 0.0008
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 826 170 656 76 0 4 0 90 0 0 649 0 7 0.4471 0.0000 0.0107 41.500 0.43 3.99 -3.55 22 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0627 0.4374 0.5000 1 2 0.0668 0.4410 0.4922 1 2 0.0727 0.4458 0.4816
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.050 1 -6 1 1012 204 808 192 0 8 0 4 0 0 808 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 24.500 0.39 7.00 -6.61 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1546 0.8454 0.0000 0 0 0.8873 0.1127 0.0000 0 0 0.9575 0.0425 0.0000
chr17 34929013 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 144 74 70 37 0 3 0 34 0 0 68 0 2 0.5000 0.0000 0.0286 23.667 0.11 3.26 -3.16 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2508 0.5220 0.2272 1 1 0.2512 0.5203 0.2285 1 1 0.2517 0.5182 0.2300
chr17 35479485 TG T 0.500000 0.050 1 -1 2 898 211 687 207 0 0 0 4 0 0 687 0 0 0.9810 0.0000 0.0000 211.000 0.34 3.25 -2.91 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2168 0.7832 0.0000 0 0 0.9197 0.0803 0.0000 0 0 0.9700 0.0300 0.0000
chr17 41060049 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 522 141 381 135 0 1 1 4 0 0 380 0 1 0.9574 0.0000 0.0026 140.000 0.73 2.25 -1.52 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 1 0.3455 0.6545 0.0000 0 0 0.7348 0.2652 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 469 122 347 52 0 1 0 69 0 0 347 0 0 0.4262 0.0000 0.0000 121.000 0.12 1.52 -1.41 44 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0852 0.4575 0.4573 1 1 0.0895 0.4602 0.4503 1 1 0.0954 0.4637 0.4409
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 500 100 400 35 1 12 2 50 1 1 386 0 12 0.3500 0.0025 0.0350 7.250 1.17 8.84 -7.67 7 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0427 0.3612 0.5961 1 2 0.0464 0.3692 0.5845 1 2 0.0516 0.3796 0.5688
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 648 185 463 97 0 29 0 59 0 0 453 0 10 0.5243 0.0000 0.0216 5.379 0.24 13.03 -12.80 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5965 0.3660 0.0374 1 0 0.5857 0.3734 0.0409 1 0 0.5711 0.3830 0.0459
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1750 378 1372 191 0 5 0 182 0 0 1369 0 3 0.5053 0.0000 0.0022 74.600 0.43 3.30 -2.87 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2560 0.6025 0.1415 1 1 0.2588 0.5950 0.1463 1 1 0.2620 0.5854 0.1526
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 682 196 486 0 0 27 6 163 0 1 480 1 4 0.0000 0.0000 0.0123 6.259 3.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0138 0.9862 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0165 0.9835
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 230 74 156 42 0 4 1 27 0 0 155 0 1 0.5676 0.0000 0.0064 17.250 0.26 3.81 -3.55 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4156 0.4718 0.1127 1 1 0.4096 0.4737 0.1167 1 1 0.4016 0.4761 0.1223
chr17 47836758 AAGGAGCTGGAGC A 0.500000 0.050 1 -12 1 705 164 541 88 0 10 0 66 0 0 531 0 10 0.5366 0.0000 0.0185 15.400 0.38 11.21 -10.84 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3766 0.5084 0.1150 1 1 0.3731 0.5077 0.1192 1 1 0.3683 0.5067 0.1250
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.050 1 9 2 427 118 309 47 0 21 0 50 0 0 304 0 5 0.3983 0.0000 0.0162 4.619 0.09 7.92 -7.83 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1522 0.5121 0.3357 1 1 0.1557 0.5111 0.3332 1 1 0.1604 0.5100 0.3297
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 950 251 699 125 0 7 0 119 0 0 694 0 5 0.4980 0.0000 0.0072 34.857 0.14 3.03 -2.90 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2229 0.5752 0.2019 1 1 0.2254 0.5696 0.2050 1 1 0.2286 0.5625 0.2089
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 532 114 418 76 3 32 0 3 0 0 418 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 2.562 0.18 3.00 -2.82 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0520 0.9480 0.0000 0 1 0.4871 0.5129 0.0000 0 0 0.6862 0.3138 0.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.050 1 3 1 430 176 254 79 5 46 1 45 0 0 253 0 1 0.4489 0.0000 0.0039 2.826 0.75 3.22 -2.48 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7119 0.2696 0.0185 1 0 0.6986 0.2804 0.0209 1 0 0.6804 0.2950 0.0245
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 376 126 250 101 1 21 0 3 0 0 250 0 0 0.8016 0.0000 0.0000 5.000 0.44 3.33 -2.90 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0886 0.9114 0.0000 0 0 0.6252 0.3748 0.0000 0 0 0.7909 0.2091 0.0000
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 317 117 200 59 0 6 0 52 0 0 200 0 0 0.5043 0.0000 0.0000 18.500 0.32 7.00 -6.68 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3204 0.5192 0.1604 1 1 0.3185 0.5177 0.1637 1 1 0.3159 0.5159 0.1682
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.050 1 8 2 312 89 223 2 0 10 0 77 0 0 218 0 5 0.0225 0.0000 0.0224 7.900 0.00 7.53 -7.53 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7688 0.2312 2 2 0.0000 0.3348 0.6652 2 2 0.0000 0.2275 0.7725
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.050 1 -2 3 339 91 248 3 0 0 0 88 0 0 246 0 2 0.0330 0.0000 0.0081 91.000 1.67 2.64 -0.97 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9328 0.0672 2 2 0.0000 0.4461 0.5539 2 2 0.0000 0.2606 0.7394
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 135 53 82 24 0 0 0 29 0 0 82 0 0 0.4528 0.0000 0.0000 53.000 0.08 1.24 -1.16 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1862 0.5086 0.3052 1 1 0.1886 0.5080 0.3034 1 1 0.1919 0.5071 0.3010
chr17 74367718 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 274 98 176 3 0 5 0 90 0 0 176 0 0 0.0306 0.0000 0.0000 18.600 0.33 1.07 -0.73 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9315 0.0685 2 2 0.0000 0.4454 0.5546 2 2 0.0000 0.2605 0.7395
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 609 143 466 5 0 10 1 127 0 0 453 0 13 0.0350 0.0000 0.0279 13.300 0.00 8.27 -8.27 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9901 0.0099 2 2 0.0000 0.4654 0.5346 2 2 0.0000 0.1792 0.8208
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.050 1 36 2 366 90 276 0 1 68 0 21 0 0 263 0 13 0.0000 0.0000 0.0471 0.324 2.90 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3950 0.6050 2 2 0.0000 0.3711 0.6289 2 2 0.0000 0.3562 0.6438
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 367 118 249 86 1 7 1 23 0 0 249 0 0 0.7288 0.0000 0.0000 15.714 1.09 3.48 -2.39 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9070 0.0913 0.0018 1 0 0.7751 0.2230 0.0019 0 1 0.0056 0.9944 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2522 588 1934 236 17 81 14 240 0 3 1911 7 13 0.4014 0.0000 0.0119 6.385 1.05 7.09 -6.05 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0626 0.5734 0.3640 1 1 0.0672 0.5673 0.3654 1 1 0.0737 0.5598 0.3665
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2421 619 1802 242 8 37 10 322 1 3 1636 24 138 0.3910 0.0006 0.0921 16.486 1.75 4.80 -3.06 46 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1066 183 883 89 2 10 2 80 0 0 883 0 0 0.4863 0.0000 0.0000 17.100 0.66 5.06 -4.40 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3337 0.5288 0.1375 1 1 0.3319 0.5265 0.1415 1 1 0.3294 0.5238 0.1469
chr18 47446 CCTGATATTG C 0.001071 0.050 1 -9 1 815 204 611 128 0 8 0 68 0 0 603 0 8 0.6275 0.0000 0.0131 24.500 1.20 8.74 -7.54 116 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9106 0.0894 0.0000 1 0 0.9038 0.0962 0.0000 1 0 0.8941 0.1059 0.0000
chr18 48226 ATG A 0.000609 0.050 1 -2 2 1521 404 1117 352 1 13 0 38 0 0 1117 0 0 0.8713 0.0000 0.0000 30.077 0.66 2.45 -1.79 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.8516 0.1484 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 290 76 214 32 2 1 2 39 0 0 214 0 0 0.4211 0.0000 0.0000 74.000 0.09 1.56 -1.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2092 0.5272 0.2636 1 1 0.2129 0.5258 0.2613 1 1 0.2177 0.5241 0.2582
chr18 11689670 CGGCCCT C 0.001376 0.050 1 -6 4 441 85 356 46 0 2 0 37 0 0 356 0 0 0.5412 0.0000 0.0000 41.500 0.39 5.22 -4.82 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5845 0.4152 0.0003 1 0 0.5822 0.4175 0.0003 1 0 0.5790 0.4206 0.0004
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 188 78 110 0 0 3 0 75 0 0 110 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 25.000 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.050 1 -2 4 454 95 359 87 0 2 1 5 0 0 359 0 0 0.9158 0.0000 0.0000 46.500 0.16 2.00 -1.84 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4460 0.5540 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 189 71 118 2 0 0 0 69 0 0 118 0 0 0.0282 0.0000 0.0000 71.000 0.00 4.72 -4.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7925 0.2075 2 2 0.0000 0.3648 0.6352 2 2 0.0000 0.2498 0.7502
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 289 135 154 2 0 3 0 130 0 0 153 0 1 0.0148 0.0000 0.0065 44.000 1.00 3.59 -2.59 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4921 0.5079 2 2 0.0000 0.1307 0.8693 2 2 0.0000 0.0834 0.9166
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 450 116 334 57 2 6 1 50 0 0 334 0 0 0.4914 0.0000 0.0000 18.333 1.21 9.44 -8.23 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3329 0.5149 0.1523 1 1 0.3305 0.5137 0.1558 1 1 0.3272 0.5123 0.1605
chr18 54224211 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 294 76 218 41 0 4 0 31 0 0 213 0 5 0.5395 0.0000 0.0229 18.000 2.34 3.58 -1.24 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3028 0.5155 0.1817 1 1 0.3013 0.5143 0.1844 1 1 0.2992 0.5128 0.1879
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 262 148 114 1 0 8 0 139 0 0 114 0 0 0.0068 0.0000 0.0000 17.500 0.00 2.96 -2.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1335 0.8665 2 2 0.0000 0.0595 0.9405 2 2 0.0000 0.0492 0.9508
chr18 57436244 G GCAC 0.500000 0.050 1 3 2 724 219 505 95 3 33 1 87 0 0 502 0 3 0.4338 0.0000 0.0059 5.636 1.25 3.44 -2.18 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3050 0.5428 0.1522 1 1 0.3044 0.5396 0.1560 1 1 0.3034 0.5355 0.1611
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 869 192 677 95 0 6 0 91 0 0 666 0 11 0.4948 0.0000 0.0162 31.000 0.13 13.42 -13.29 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1516 0.5454 0.3030 1 1 0.1555 0.5419 0.3025 1 1 0.1606 0.5376 0.3017
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 388 70 318 1 1 14 1 53 0 0 315 3 0 0.0143 0.0000 0.0094 4.154 0.00 5.51 -5.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6003 0.3997 2 2 0.0000 0.3646 0.6354 2 2 0.0000 0.3016 0.6984
chr18 62979014 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 3 667 134 533 69 1 5 0 59 1 0 529 0 3 0.5149 0.0019 0.0075 25.800 0.28 3.49 -3.22 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3426 0.5167 0.1407 1 1 0.3401 0.5153 0.1446 1 1 0.3366 0.5137 0.1497
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.050 1 4 2 369 121 248 119 0 0 0 2 0 0 247 0 1 0.9835 0.0000 0.0040 121.000 0.34 6.50 -6.16 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1298 0.8702 0.0000 0 0 0.7173 0.2827 0.0000 0 0 0.8504 0.1496 0.0000
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 369 123 246 119 0 2 0 2 0 0 245 0 1 0.9675 0.0000 0.0041 60.500 0.35 6.50 -6.15 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1350 0.8650 0.0000 0 0 0.7186 0.2814 0.0000 0 0 0.8506 0.1494 0.0000
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 170 69 101 0 0 3 0 66 0 0 100 0 1 0.0000 0.0000 0.0099 22.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1563 0.8437 2 2 0.0000 0.1608 0.8392 2 2 0.0000 0.1672 0.8328
chr19 971949 G GGCA 0.008030 0.050 1 3 1 263 114 149 51 3 49 0 11 0 0 149 0 0 0.4474 0.0000 0.0000 6.300 0.24 2.64 -2.40 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3358 0.6642 0.0000 0 0 0.9252 0.0748 0.0000
chr19 1000449 G GCGGGCGCTGTGGCTGGGC 0.000085 0.050 1 18 1 188 45 143 43 0 1 0 1 0 0 142 0 1 0.9556 0.0000 0.0070 44.000 0.35 3.00 -2.65 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 702 149 553 81 0 1 0 67 0 0 548 0 5 0.5436 0.0000 0.0090 148.000 2.23 5.15 -2.91 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4457 0.4814 0.0729 1 1 0.4439 0.4810 0.0751 1 1 0.4414 0.4805 0.0781
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.050 1 -3 2 602 127 475 107 1 13 1 5 0 0 475 0 0 0.8425 0.0000 0.0000 8.769 0.69 2.60 -1.91 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0093 0.9907 0.0000 0 0 0.7226 0.2774 0.0000 0 0 0.9338 0.0662 0.0000
chr19 1395488 G GCGC 0.003752 0.050 1 3 1 1097 226 871 163 1 58 0 4 1 0 869 0 1 0.7212 0.0011 0.0023 2.897 1.01 5.00 -3.99 53 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8286 0.1714 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 158 63 95 31 0 2 0 30 0 0 95 0 0 0.4921 0.0000 0.0000 30.500 0.13 4.27 -4.14 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3830 0.5118 0.1052 1 1 0.3836 0.5107 0.1057 1 1 0.3843 0.5093 0.1065
chr19 1578372 GCTC G 0.001595 0.050 1 -3 3 333 116 217 89 1 14 1 11 0 0 217 0 0 0.7672 0.0000 0.0000 7.214 0.16 3.27 -3.12 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7127 0.2873 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 307 97 210 0 0 15 46 36 0 0 203 4 3 0.0000 0.0000 0.0333 5.467 4.19 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1080 0.8920 2 2 0.0000 0.1124 0.8876 2 2 0.0000 0.1186 0.8814
chr19 2015541 GGGCGGCGGC G 0.046318 0.050 1 -9 4 307 103 204 38 6 12 1 46 0 0 199 0 5 0.3689 0.0000 0.0245 7.583 3.32 10.41 -7.10 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3487 0.6136 0.0377 1 1 0.3543 0.6085 0.0372 1 1 0.3617 0.6019 0.0364
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 307 110 197 49 1 12 0 48 0 0 195 0 2 0.4455 0.0000 0.0102 8.083 3.33 10.04 -6.72 27 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3718 0.5327 0.0955 1 1 0.3738 0.5304 0.0959 1 1 0.3763 0.5274 0.0964
chr19 3539216 C CCCCTCGGGGA 0.001517 0.050 1 10 1 292 76 216 31 0 8 0 37 0 0 210 0 6 0.4079 0.0000 0.0278 8.500 1.42 8.16 -6.74 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3345 0.6638 0.0017 1 1 0.3412 0.6572 0.0016 1 1 0.3499 0.6485 0.0016
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 912 189 723 76 5 28 1 79 0 0 720 0 3 0.4021 0.0000 0.0041 5.750 0.43 3.34 -2.91 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3596 0.5668 0.0736 1 1 0.3637 0.5624 0.0739 1 1 0.3689 0.5569 0.0742
chr19 6531137 GGCTGCT G 0.000547 0.050 1 -6 4 208 75 133 36 0 5 1 33 0 0 130 0 3 0.4800 0.0000 0.0226 14.000 0.28 6.00 -5.72 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4652 0.5345 0.0003 1 1 0.4674 0.5324 0.0003 1 1 0.4701 0.5296 0.0003
chr19 7488963 G GC 0.000555 0.050 1 1 2 91 42 49 18 0 0 0 24 0 0 49 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 42.000 0.28 1.17 -0.89 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4136 0.5860 0.0004 1 1 0.4173 0.5823 0.0004 1 1 0.4222 0.5774 0.0004
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 457 132 325 120 0 7 0 5 1 0 323 0 1 0.9091 0.0031 0.0062 17.857 1.00 3.80 -2.80 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0086 0.9914 0.0000 0 0 0.7277 0.2723 0.0000 0 0 0.9356 0.0644 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 602 159 443 94 0 15 0 50 0 0 436 0 7 0.5912 0.0000 0.0158 10.286 0.44 10.98 -10.54 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7762 0.2153 0.0085 1 0 0.7658 0.2246 0.0097 1 0 0.7513 0.2373 0.0114
chr19 8490988 TCTC T 0.003548 0.050 1 -3 2 547 151 396 138 2 2 0 9 0 0 396 0 0 0.9139 0.0000 0.0000 74.500 1.24 3.11 -1.87 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.9559 0.0441 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr19 8906017 A AGGT 0.002480 0.050 1 3 1 351 108 243 56 0 2 0 50 0 0 242 0 1 0.5185 0.0000 0.0041 53.000 0.20 4.02 -3.82 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5280 0.4712 0.0008 1 0 0.5281 0.4711 0.0008 1 0 0.5281 0.4711 0.0008
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 329 88 241 0 0 7 0 81 0 0 239 0 2 0.0000 0.0000 0.0083 11.571 5.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2086 0.7914 2 2 0.0000 0.2156 0.7844 2 2 0.0000 0.2254 0.7746
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 421 118 303 116 0 0 0 2 0 0 303 0 0 0.9831 0.0000 0.0000 118.000 1.02 2.50 -1.48 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9229 0.0771 0.0000 0 0 0.9872 0.0128 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 917 317 600 234 3 52 5 23 0 0 600 0 0 0.7382 0.0000 0.0000 5.077 0.41 3.61 -3.20 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0209 0.9791 0.0000
chr19 12943835 TGAGGATGAG T 0.000485 0.050 1 -9 1 385 120 265 57 0 12 0 51 0 0 261 0 4 0.4750 0.0000 0.0151 9.000 0.39 8.02 -7.63 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4903 0.5095 0.0002 1 1 0.4919 0.5079 0.0002 1 1 0.4939 0.5059 0.0002
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 409 130 279 0 0 26 51 53 0 0 278 1 0 0.0000 0.0000 0.0036 4.000 3.70 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2488 0.7512 2 2 0.0000 0.2589 0.7411 2 2 0.0000 0.2732 0.7268
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 409 131 278 0 4 71 3 53 0 0 275 1 2 0.0000 0.0000 0.0108 0.866 5.96 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.4985 0.5015 2 2 0.0000 0.4820 0.5180 2 2 0.0000 0.4684 0.5316
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 321 99 222 36 1 7 0 55 0 0 220 0 2 0.3636 0.0000 0.0090 13.143 0.19 3.00 -2.81 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2113 0.6817 0.1070 1 1 0.2199 0.6770 0.1032 1 1 0.2314 0.6704 0.0982
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 662 133 529 0 0 2 0 131 0 0 520 0 9 0.0000 0.0000 0.0170 65.500 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 372 71 301 24 1 8 8 30 0 0 301 0 0 0.3380 0.0000 0.0000 7.750 2.42 10.33 -7.92 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2684 0.6037 0.1278 1 1 0.2747 0.6003 0.1249 1 1 0.2831 0.5958 0.1211
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 370 69 301 17 8 1 29 14 0 0 301 0 0 0.2464 0.0000 0.0000 65.000 1.59 4.07 -2.48 9 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2052 0.6144 0.1805 1 1 0.2127 0.6123 0.1749 1 1 0.2230 0.6093 0.1678
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 137 49 88 24 0 1 0 24 1 0 85 0 2 0.4898 0.0114 0.0341 48.000 1.00 3.17 -2.17 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3701 0.5226 0.1073 1 1 0.3716 0.5211 0.1073 1 1 0.3734 0.5193 0.1073
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 813 201 612 100 0 27 2 72 4 12 592 1 3 0.4975 0.0065 0.0327 6.444 0.45 3.00 -2.55 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8037 0.1916 0.0047 1 0 0.7944 0.2002 0.0054 1 0 0.7815 0.2121 0.0064
chr19 22757390 A AG 0.088391 0.050 1 1 2 1327 303 1024 132 1 16 6 148 0 0 840 8 176 0.4356 0.0000 0.1797 17.750 1.06 1.73 -0.67 24 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0009 0.9991 1 2 0.0000 0.0012 0.9988 1 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 367 109 258 0 0 9 4 96 0 0 255 0 3 0.0000 0.0000 0.0116 11.000 3.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0167 0.9833
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 619 149 470 75 0 11 0 63 0 0 465 0 5 0.5034 0.0000 0.0106 12.545 0.49 3.10 -2.60 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1771 0.5727 0.2502 1 1 0.1758 0.5689 0.2553 1 1 0.1740 0.5640 0.2620
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 406 137 269 48 38 15 0 36 0 0 246 0 23 0.3504 0.0000 0.0855 8.714 6.25 13.14 -6.89 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7133 0.2764 0.0104 1 0 0.7052 0.2835 0.0113 1 0 0.6941 0.2932 0.0127
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.050 1 -3 3 377 86 291 46 0 7 0 33 0 0 289 1 1 0.5349 0.0000 0.0069 11.286 0.54 2.94 -2.40 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5969 0.3960 0.0071 1 0 0.5936 0.3991 0.0073 1 0 0.5890 0.4033 0.0077
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 609 129 480 67 0 16 1 45 0 1 451 0 28 0.5194 0.0000 0.0604 7.062 0.72 11.62 -10.91 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3563 0.6065 0.0372 1 1 0.3620 0.6011 0.0369 1 1 0.3694 0.5941 0.0365
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 380 104 276 55 0 3 0 46 0 0 272 0 4 0.5288 0.0000 0.0145 33.667 0.91 2.20 -1.29 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3920 0.5022 0.1058 1 1 0.3912 0.5011 0.1076 1 1 0.3901 0.4999 0.1100
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 206 30 176 0 0 2 27 1 0 0 176 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.500 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1226 0.8774 2 2 0.0000 0.1241 0.8759 2 2 0.0000 0.1263 0.8737
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 205 30 175 0 0 21 9 0 0 0 175 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.333 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1543 0.8457 2 2 0.0000 0.1555 0.8445 2 2 0.0000 0.1571 0.8429
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 471 134 337 75 2 9 0 48 0 0 337 0 0 0.5597 0.0000 0.0000 13.778 0.19 5.40 -5.21 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5905 0.3677 0.0418 1 0 0.5783 0.3760 0.0457 1 0 0.5618 0.3869 0.0513
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 534 164 370 162 0 2 0 0 0 0 370 0 0 0.9878 0.0000 0.0000 81.000 0.41 84 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9954 0.0046 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 344 135 209 126 0 5 0 4 0 0 209 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 26.000 0.75 3.25 -2.50 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4484 0.5516 0.0000 0 0 0.9731 0.0269 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 316 80 236 3 0 1 0 76 0 0 233 0 3 0.0375 0.0000 0.0127 79.000 0.00 6.70 -6.70 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9626 0.0374 2 1 0.0000 0.5973 0.4027 2 2 0.0000 0.3917 0.6083
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 568 168 400 160 0 0 0 8 0 0 400 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 168.000 0.23 3.25 -3.02 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1253 0.8747 0.0000 0 0 0.5783 0.4217 0.0000
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 630 146 484 100 1 19 0 26 0 0 461 0 23 0.6849 0.0000 0.0475 6.684 0.54 4.31 -3.77 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9160 0.0840 0.0000 1 0 0.9092 0.0908 0.0000 1 0 0.8994 0.1006 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 479 135 344 4 0 5 4 122 0 0 340 1 3 0.0296 0.0000 0.0116 32.500 0.25 2.16 -1.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.7715 0.2285 2 1 0.0000 0.5310 0.4690
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 299 131 168 69 0 4 0 58 0 0 167 0 1 0.5267 0.0000 0.0060 31.750 1.09 1.97 -0.88 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5785 0.4184 0.0030 1 0 0.5767 0.4201 0.0031 1 0 0.5742 0.4226 0.0033
chr19 45145565 GGACTCA G 0.000407 0.050 1 -6 3 702 150 552 74 0 5 1 70 0 0 551 0 1 0.4933 0.0000 0.0018 28.800 0.32 6.09 -5.76 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4826 0.5173 0.0002 1 1 0.4849 0.5150 0.0002 1 1 0.4877 0.5121 0.0002
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 815 274 541 109 0 65 0 100 0 0 523 0 18 0.3978 0.0000 0.0333 3.215 0.21 6.15 -5.94 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1388 0.5495 0.3117 1 1 0.1433 0.5459 0.3108 1 1 0.1492 0.5414 0.3094
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 367 110 257 52 0 30 0 28 0 0 238 0 19 0.4727 0.0000 0.0739 2.667 0.29 14.21 -13.93 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4861 0.4789 0.0349 1 0 0.4857 0.4787 0.0356 1 0 0.4850 0.4785 0.0364
chr19 46493759 C CCGGCCT 0.138319 0.050 1 6 4 379 77 302 36 0 11 0 30 0 0 298 1 3 0.4675 0.0000 0.0132 6.000 3.06 7.33 -4.28 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4393 0.5029 0.0578 1 1 0.4396 0.5020 0.0583 1 1 0.4401 0.5010 0.0590
chr19 47802317 AGATTGGGCCTGG A 0.001318 0.050 1 -12 1 1431 365 1066 287 10 48 10 10 0 1 1064 1 0 0.7863 0.0000 0.0019 6.574 2.27 8.20 -5.93 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr19 49154632 T TTCCTCCTCC 0.001742 0.050 1 9 1 1119 281 838 116 3 63 5 94 0 0 838 0 0 0.4128 0.0000 0.0000 3.413 0.72 7.19 -6.47 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6865 0.3133 0.0001 1 0 0.6821 0.3178 0.0002 1 0 0.6759 0.3239 0.0002
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 590 172 418 0 0 26 0 146 0 0 409 2 7 0.0000 0.0000 0.0215 5.615 7.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0343 0.9657 2 2 0.0000 0.0370 0.9630 2 2 0.0000 0.0410 0.9590
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 621 242 379 98 1 65 1 77 0 0 379 0 0 0.4050 0.0000 0.0000 2.708 0.34 12.45 -12.12 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6674 0.3237 0.0088 1 0 0.6618 0.3287 0.0095 1 0 0.6541 0.3355 0.0104
chr19 49969702 A ATGC 0.001079 0.050 1 3 1 908 204 704 178 2 21 0 3 0 2 702 0 0 0.8725 0.0000 0.0028 8.667 0.42 3.00 -2.58 74 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 702 160 542 0 0 12 2 146 0 0 535 0 7 0.0000 0.0000 0.0129 12.250 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0376 0.9624 2 2 0.0000 0.0405 0.9595 2 2 0.0000 0.0449 0.9551
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 639 181 458 93 0 12 0 76 0 0 454 0 4 0.5138 0.0000 0.0087 14.083 0.41 5.13 -4.72 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6018 0.3960 0.0022 1 0 0.5996 0.3981 0.0023 1 0 0.5965 0.4010 0.0024
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 511 140 371 71 0 5 7 57 0 0 371 0 0 0.5071 0.0000 0.0000 27.000 0.73 2.84 -2.11 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2357 0.5531 0.2112 1 1 0.2340 0.5502 0.2159 1 1 0.2316 0.5465 0.2220
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 247 117 130 62 0 0 0 55 0 0 129 0 1 0.5299 0.0000 0.0077 117.000 0.47 2.05 -1.59 44 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1811 0.5591 0.2598 1 1 0.1799 0.5559 0.2641 1 1 0.1784 0.5518 0.2698
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 550 171 379 13 0 1 0 157 0 0 379 0 0 0.0760 0.0000 0.0000 170.000 0.15 2.57 -2.42 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 1 0.0000 0.8227 0.1773
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 607 159 448 3 0 7 0 149 0 0 443 0 5 0.0189 0.0000 0.0112 21.714 0.33 3.70 -3.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8143 0.1857 2 2 0.0000 0.2079 0.7921 2 2 0.0000 0.1072 0.8928
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 993 258 735 7 0 1 0 250 0 0 733 0 2 0.0271 0.0000 0.0027 257.000 0.00 3.02 -3.02 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 2 0.0000 0.2413 0.7587 2 2 0.0000 0.0454 0.9546
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 739 217 522 13 0 6 1 197 0 0 519 0 3 0.0599 0.0000 0.0057 35.167 0.92 1.49 -0.57 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9508 0.0492 2 2 0.0000 0.3259 0.6741
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 778 156 622 1 0 5 1 149 0 0 617 0 5 0.0064 0.0000 0.0080 30.200 0.00 3.61 -3.61 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1094 0.8906 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0402 0.9598
chr19 55048755 GCTC G 0.000317 0.050 1 -3 1 263 62 201 25 0 4 1 32 0 0 200 0 1 0.4032 0.0000 0.0050 14.500 0.16 2.94 -2.78 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3736 0.6261 0.0003 1 1 0.3789 0.6208 0.0003 1 1 0.3858 0.6139 0.0003
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 474 145 329 62 0 31 1 51 0 0 320 1 8 0.4276 0.0000 0.0274 3.677 0.21 7.12 -6.91 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2439 0.5371 0.2190 1 1 0.2449 0.5343 0.2208 1 1 0.2461 0.5308 0.2231
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 632 118 514 0 0 21 0 97 0 0 475 0 39 0.0000 0.0000 0.0759 4.619 18.84 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 911 278 633 124 1 37 7 109 0 0 627 0 6 0.4460 0.0000 0.0095 6.639 0.74 4.94 -4.19 72 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3412 0.5557 0.1031 1 1 0.3439 0.5509 0.1052 1 1 0.3471 0.5449 0.1079
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 591 116 475 0 0 0 0 116 0 0 471 0 4 0.0000 0.0000 0.0084 116.000 4.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0403 0.9597 2 2 0.0000 0.0427 0.9573 2 2 0.0000 0.0462 0.9538
chr19 56284206 G GGTAA 0.001119 0.050 1 4 1 71 40 31 21 0 2 1 16 0 0 31 0 0 0.5250 0.0000 0.0000 18.500 0.38 4.62 -4.24 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5399 0.4597 0.0004 1 0 0.5387 0.4609 0.0004 1 0 0.5372 0.4624 0.0004
chr19 56814359 A ATCT 0.007767 0.050 1 3 1 577 99 478 46 3 12 0 38 0 0 477 0 1 0.4646 0.0000 0.0021 7.250 0.22 3.08 -2.86 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5926 0.4057 0.0017 1 0 0.5899 0.4083 0.0018 1 0 0.5863 0.4119 0.0019
chr19 57456271 TAA T 0.000987 0.050 1 -2 2 622 143 479 133 0 1 0 9 0 0 479 0 0 0.9301 0.0000 0.0000 142.000 0.26 2.11 -1.85 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0119 0.9881 0.0000 0 0 0.9851 0.0149 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 348 104 244 53 0 1 0 50 0 0 244 0 0 0.5096 0.0000 0.0000 103.000 0.11 4.08 -3.97 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4371 0.5044 0.0585 1 1 0.4377 0.5031 0.0592 1 1 0.4383 0.5015 0.0602
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 349 145 204 67 0 3 0 75 0 0 203 0 1 0.4621 0.0000 0.0049 47.333 0.21 2.15 -1.94 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1206 0.5078 0.3716 1 1 0.1241 0.5066 0.3693 1 1 0.1286 0.5052 0.3661
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 121 71 50 49 0 0 0 22 0 0 50 0 0 0.6901 0.0000 0.0000 71.000 0.04 5.91 -5.87 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5444 0.3974 0.0582 1 0 0.5314 0.4057 0.0629 1 0 0.5139 0.4164 0.0697
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.050 1 3 1 475 119 356 98 3 9 1 8 0 0 356 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 12.111 0.84 3.38 -2.54 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4018 0.5982 0.0000 0 0 0.8712 0.1288 0.0000
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 369 158 211 84 0 12 1 61 0 0 208 0 3 0.5316 0.0000 0.0142 12.083 0.38 6.11 -5.73 46 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6441 0.3414 0.0145 1 0 0.6383 0.3463 0.0155 1 0 0.6303 0.3528 0.0169
chr20 3864345 C CAAG 0.001475 0.050 1 3 2 491 156 335 152 0 1 0 3 0 0 335 0 0 0.9744 0.0000 0.0000 155.000 0.41 3.33 -2.92 62 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9957 0.0043 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr20 4699448 CCATGGTGGTGGCTGGGGACAGCCT C 0.009335 0.050 1 -24 4 928 261 667 130 2 24 1 104 0 0 667 0 0 0.4981 0.0000 0.0000 9.833 0.48 8.77 -8.28 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7411 0.2584 0.0005 1 0 0.7353 0.2642 0.0005 1 0 0.7271 0.2723 0.0006
chr20 18465360 T TTC 0.004672 0.050 1 2 4 181 52 129 18 5 25 0 4 0 0 129 0 0 0.3462 0.0000 0.0000 1.080 7.17 10.00 -2.83 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3856 0.6144 0.0000 0 0 0.9639 0.0361 0.0000 0 0 0.9884 0.0116 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 227 91 136 79 1 7 0 4 0 0 136 0 0 0.8681 0.0000 0.0000 14.000 0.30 1.50 -1.20 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0068 0.9932 0.0000 0 1 0.2321 0.7679 0.0000 0 1 0.4827 0.5173 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 729 196 533 95 0 3 0 98 0 0 531 0 2 0.4847 0.0000 0.0038 64.333 0.22 6.87 -6.65 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1890 0.5579 0.2530 1 1 0.1929 0.5538 0.2533 1 1 0.1979 0.5486 0.2535
chr20 33663701 TGCGGCGGCAAGAGGC T 0.003375 0.050 1 -15 1 659 187 472 99 0 12 0 76 0 0 467 0 5 0.5294 0.0000 0.0106 14.583 0.38 13.39 -13.01 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6605 0.3391 0.0004 1 0 0.6565 0.3431 0.0004 1 0 0.6510 0.3486 0.0004
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 492 165 327 0 1 1 3 160 0 0 318 0 9 0.0000 0.0000 0.0275 163.000 3.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr20 35277855 AGGCTGGGGCTGG A 0.001908 0.050 1 -12 1 390 135 255 70 0 7 0 58 0 0 251 0 4 0.5185 0.0000 0.0157 18.286 0.16 13.52 -13.36 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5576 0.4420 0.0005 1 0 0.5568 0.4427 0.0005 1 0 0.5556 0.4439 0.0005
chr20 45311890 ACAGCGCGTCCGG A 0.002746 0.050 1 -12 2 540 150 390 139 0 8 0 3 0 0 390 0 0 0.9267 0.0000 0.0000 17.750 0.33 13.67 -13.34 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9890 0.0110 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 632 176 456 165 0 4 0 7 0 0 456 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 43.000 0.41 3.29 -2.88 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2623 0.7377 0.0000 0 0 0.7158 0.2842 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 956 281 675 111 1 39 4 126 0 0 671 2 2 0.3950 0.0000 0.0059 6.179 0.19 3.25 -3.06 23 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0419 0.4162 0.5418 1 2 0.0450 0.4192 0.5358 1 2 0.0493 0.4233 0.5274
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 595 280 315 2 4 42 14 218 0 0 313 0 2 0.0071 0.0000 0.0063 5.571 2.50 3.24 -0.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1599 0.8401 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0187 0.9813
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 204 29 175 0 0 2 0 27 0 0 172 1 2 0.0000 0.0000 0.0171 13.500 7.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 296 141 155 0 0 2 0 139 0 0 155 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 69.500 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0141 0.9859
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 809 200 609 107 0 2 0 91 0 0 605 0 4 0.5350 0.0000 0.0066 99.000 0.07 5.68 -5.61 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3623 0.5227 0.1150 1 1 0.3596 0.5209 0.1195 1 1 0.3557 0.5188 0.1255
chr21 33070402 CTCCTCCACT C 0.002225 0.050 1 -9 2 506 151 355 139 2 6 0 4 0 0 355 0 0 0.9205 0.0000 0.0000 24.000 0.85 9.00 -8.15 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9573 0.0427 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.050 1 -30 1 825 219 606 190 2 20 0 7 4 3 598 1 0 0.8676 0.0066 0.0132 9.900 1.51 16.71 -15.20 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.7205 0.2795 0.0000 0 0 0.9575 0.0425 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 212 111 101 59 0 6 0 46 0 0 101 0 0 0.5315 0.0000 0.0000 17.500 0.03 4.02 -3.99 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3599 0.5057 0.1344 1 1 0.3547 0.5061 0.1392 1 1 0.3478 0.5065 0.1457
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 280 39 241 0 1 1 1 36 0 0 239 0 2 0.0000 0.0000 0.0083 37.000 2.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1137 182 955 89 3 3 8 79 3 1 944 2 5 0.4890 0.0031 0.0115 88.500 0.67 3.04 -2.36 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1794 0.5647 0.2559 1 1 0.1801 0.5603 0.2596 1 1 0.1810 0.5546 0.2644
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1138 183 955 88 3 12 8 72 2 2 944 2 5 0.4809 0.0021 0.0115 15.545 0.66 3.32 -2.66 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2348 0.5656 0.1996 1 1 0.2336 0.5618 0.2046 1 1 0.2318 0.5569 0.2113
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 562 112 450 98 6 5 0 3 0 0 449 0 1 0.8750 0.0000 0.0022 35.667 5.24 12.33 -7.09 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0178 0.9822 0.0000 0 1 0.4402 0.5598 0.0000 0 0 0.7042 0.2958 0.0000
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 383 166 217 0 1 13 2 150 0 0 217 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.769 7.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr21 45505235 A AGGCCCCCCC 0.016294 0.050 1 9 6 400 80 320 1 0 11 1 67 0 0 320 0 0 0.0125 0.0000 0.0000 6.273 1.00 5.96 -4.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9824 0.0176 2 1 0.0000 0.9565 0.0435 2 1 0.0000 0.9449 0.0551
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 550 212 338 174 4 28 0 6 0 0 338 0 0 0.8208 0.0000 0.0000 6.571 0.30 4.50 -4.20 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 0 0.7579 0.2421 0.0000 0 0 0.9424 0.0576 0.0000
chr22 17109651 TGGAGGAAGA T 0.001153 0.050 1 -9 3 762 211 551 114 0 17 0 80 0 0 547 0 4 0.5403 0.0000 0.0073 11.412 0.23 7.97 -7.75 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7755 0.2245 0.0000 1 0 0.7686 0.2313 0.0001 1 0 0.7592 0.2407 0.0001
chr22 23617579 G GCAT 0.002056 0.050 1 3 3 243 98 145 46 3 9 0 40 0 0 143 0 2 0.4694 0.0000 0.0138 9.889 0.13 3.65 -3.52 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5576 0.4419 0.0006 1 0 0.5563 0.4431 0.0006 1 0 0.5546 0.4448 0.0006
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 212 104 108 55 1 3 1 44 0 0 107 0 1 0.5288 0.0000 0.0093 33.667 0.29 3.36 -3.07 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4927 0.4490 0.0582 1 0 0.4895 0.4504 0.0601 1 0 0.4852 0.4523 0.0626
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 610 155 455 113 1 40 0 1 2 1 449 1 2 0.7290 0.0044 0.0132 2.875 1.12 21.00 -19.88 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0164 0.9836 0.0000 0 1 0.2254 0.7746 0.0000 0 1 0.4012 0.5988 0.0000
chr22 27798924 T TTGC 0.004414 0.050 1 3 1 1076 293 783 109 5 35 4 140 0 0 780 0 3 0.3720 0.0000 0.0038 7.314 0.65 3.27 -2.62 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1213 0.8643 0.0143 1 1 0.1310 0.8553 0.0137 1 1 0.1446 0.8427 0.0128
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 833 230 603 127 0 2 1 100 0 0 599 0 4 0.5522 0.0000 0.0066 113.500 0.28 3.14 -2.86 63 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5502 0.4084 0.0414 1 0 0.5435 0.4120 0.0445 1 0 0.5343 0.4168 0.0489
chr22 30428672 T TA 0.000840 0.050 1 1 2 238 76 162 73 0 1 0 2 0 0 162 0 0 0.9605 0.0000 0.0000 75.000 0.18 1.00 -0.82 29 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9966 0.0034 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr22 35728842 GC G 0.001215 0.050 1 -1 1 350 107 243 61 2 5 0 39 0 0 243 0 0 0.5701 0.0000 0.0000 20.400 1.00 1.28 -0.28 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7420 0.2580 0.0001 1 0 0.7350 0.2649 0.0001 1 0 0.7255 0.2744 0.0001
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 697 183 514 98 0 6 0 79 0 0 513 0 1 0.5355 0.0000 0.0019 29.500 0.45 2.43 -1.98 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4649 0.4611 0.0740 1 1 0.4587 0.4632 0.0781 1 1 0.4502 0.4659 0.0839
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 476 221 255 80 0 51 1 89 0 0 253 0 2 0.3620 0.0000 0.0078 3.333 0.89 6.03 -5.15 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2020 0.5917 0.2063 1 1 0.2086 0.5879 0.2035 1 1 0.2174 0.5828 0.1997
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 588 137 451 123 2 7 0 5 0 0 451 0 0 0.8978 0.0000 0.0000 18.429 0.76 17.60 -16.84 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 1 0.3787 0.6213 0.0000 0 0 0.7109 0.2891 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 388 193 195 167 1 23 0 2 0 0 195 0 0 0.8653 0.0000 0.0000 7.391 3.49 6.50 -3.01 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8348 0.1652 0.0000 0 0 0.9697 0.0303 0.0000 0 0 0.9809 0.0191 0.0000
chr22 38087182 A AGGTCATGGG 0.001043 0.050 1 9 2 381 190 191 76 0 16 0 98 0 0 190 0 1 0.4000 0.0000 0.0052 10.875 0.20 6.78 -6.58 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2051 0.7928 0.0021 1 1 0.2151 0.7829 0.0020 1 1 0.2285 0.7696 0.0019
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 236 115 121 99 1 11 0 4 1 0 120 0 0 0.8609 0.0083 0.0083 9.455 0.21 3.25 -3.04 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0357 0.9643 0.0000 0 0 0.6252 0.3748 0.0000 0 0 0.8357 0.1643 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 380 143 237 0 0 6 0 137 0 0 231 0 6 0.0000 0.0000 0.0253 22.833 3.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0132 0.9868
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1163 245 918 10 0 2 0 233 0 0 897 0 21 0.0408 0.0000 0.0229 121.500 0.30 9.09 -8.79 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7786 0.2214 2 2 0.0000 0.1797 0.8203
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.050 1 -1 1 855 375 480 260 0 6 0 109 0 0 480 0 0 0.6933 0.0000 0.0000 61.500 0.25 2.95 -2.70 88 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9991 0.0009 0.0000 1 0 0.9988 0.0012 0.0000 1 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 704 118 586 3 0 9 2 104 0 0 578 0 8 0.0254 0.0000 0.0137 12.111 2.33 7.10 -4.76 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9929 0.0071 2 1 0.0000 0.8915 0.1085 2 1 0.0000 0.7852 0.2148
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 201 65 136 3 0 23 0 39 0 0 126 0 10 0.0462 0.0000 0.0735 1.826 0.00 15.51 -15.51 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9971 0.0029 2 1 0.0000 0.9932 0.0068
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 387 113 274 84 2 24 1 2 0 0 274 0 0 0.7434 0.0000 0.0000 3.708 0.67 18.00 -17.33 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3908 0.6092 0.0000 0 0 0.9064 0.0936 0.0000 0 0 0.9562 0.0438 0.0000
787 rows