File Info

Filename
HG00621_x_HG00673_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/c4/476a06801d17b6e6a8c39ff239c268/HG00621_x_HG00673_FF_5.features.tsv
Size
131.9 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG00621_x_HG00673_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 441 146 295 5 0 15 1 125 0 0 288 0 7 0.0342 0.0000 0.0237 8.733 0.20 8.54 -8.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9920 0.0080 2 1 0.0000 0.5148 0.4852 2 2 0.0000 0.2092 0.7908
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 549 152 397 136 1 10 0 5 0 0 397 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 14.200 0.18 3.20 -3.02 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0089 0.9911 0.0000 0 0 0.5099 0.4901 0.0000 0 0 0.8063 0.1937 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 504 126 378 94 3 23 1 5 0 0 378 0 0 0.7460 0.0000 0.0000 4.435 0.39 3.00 -2.61 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.2490 0.7510 0.0000 0 0 0.5839 0.4161 0.0000
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 919 143 776 133 0 6 0 4 0 0 776 0 0 0.9301 0.0000 0.0000 22.833 0.35 3.00 -2.65 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0398 0.9602 0.0000 0 0 0.6476 0.3524 0.0000 0 0 0.8458 0.1542 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 288 41 247 0 0 1 0 40 0 0 247 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 40.000 1.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2677 0.7323 2 2 0.0000 0.2716 0.7284 2 2 0.0000 0.2771 0.7229
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 349 145 204 10 0 9 1 125 0 0 203 0 1 0.0690 0.0000 0.0049 15.111 0.30 2.98 -2.68 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9720 0.0280 2 1 0.0000 0.6619 0.3381
chr1 40515335 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 1 609 123 486 112 0 5 0 6 0 0 486 0 0 0.9106 0.0000 0.0000 23.600 0.34 1.83 -1.49 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2238 0.7762 0.0000 0 0 0.6120 0.3880 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 657 170 487 1 1 14 1 153 0 0 486 0 1 0.0059 0.0000 0.0021 11.000 6.00 5.75 0.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0996 0.9004 2 2 0.0000 0.0434 0.9566 2 2 0.0000 0.0359 0.9641
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.050 1 -6 6 721 119 602 56 1 12 0 50 0 1 598 0 3 0.4706 0.0000 0.0066 8.917 2.59 7.02 -4.43 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2903 0.5271 0.1827 1 1 0.2895 0.5250 0.1855 1 1 0.2884 0.5224 0.1891
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 249 97 152 0 0 10 2 85 0 0 152 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.600 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1011 0.8989 2 2 0.0000 0.1051 0.8949 2 2 0.0000 0.1109 0.8891
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 631 164 467 139 1 21 0 3 0 0 467 0 0 0.8476 0.0000 0.0000 6.810 0.41 7.67 -7.26 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2019 0.7981 0.0000 0 0 0.8098 0.1902 0.0000 0 0 0.9039 0.0961 0.0000
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 644 138 506 81 0 6 2 49 0 0 505 0 1 0.5870 0.0000 0.0020 21.833 1.14 3.33 -2.19 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6208 0.3446 0.0346 1 0 0.6090 0.3530 0.0379 1 0 0.5930 0.3642 0.0427
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 163 79 84 33 0 5 0 41 0 0 83 0 1 0.4177 0.0000 0.0119 14.800 0.15 3.63 -3.48 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1459 0.4989 0.3552 1 1 0.1494 0.4990 0.3516 1 1 0.1542 0.4990 0.3468
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 280 149 131 7 0 24 0 118 0 0 120 0 11 0.0470 0.0000 0.0840 5.208 1.00 10.08 -9.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8164 0.1836 2 2 0.0000 0.3796 0.6204
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 489 176 313 91 1 7 0 77 0 0 310 0 3 0.5170 0.0000 0.0096 24.143 0.22 5.60 -5.38 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3747 0.5109 0.1144 1 1 0.3714 0.5099 0.1187 1 1 0.3668 0.5087 0.1245
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 439 134 305 3 1 5 3 122 0 0 299 0 6 0.0224 0.0000 0.0197 25.400 1.00 3.25 -2.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8593 0.1407 2 2 0.0000 0.2590 0.7410 2 2 0.0000 0.1322 0.8678
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 817 180 637 108 0 22 9 41 0 0 629 4 4 0.6000 0.0000 0.0126 7.182 0.40 3.17 -2.77 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8238 0.1703 0.0059 1 0 0.8113 0.1817 0.0070 1 0 0.7936 0.1976 0.0088
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 825 197 628 115 1 13 3 65 0 0 628 0 0 0.5838 0.0000 0.0000 14.077 0.57 3.62 -3.04 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8086 0.1846 0.0067 1 0 0.7960 0.1960 0.0080 1 0 0.7783 0.2118 0.0099
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 234 102 132 44 0 6 0 52 0 0 129 0 3 0.4314 0.0000 0.0227 16.000 0.14 5.48 -5.34 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1273 0.4950 0.3778 1 1 0.1313 0.4952 0.3735 1 1 0.1366 0.4956 0.3678
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1068 260 808 211 0 44 0 5 0 0 808 0 0 0.8115 0.0000 0.0000 4.909 0.33 3.80 -3.47 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0548 0.9452 0.0000 0 0 0.8659 0.1341 0.0000 0 0 0.9608 0.0392 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 254 86 168 4 1 12 7 62 0 0 168 0 0 0.0465 0.0000 0.0000 6.182 0.00 1.42 -1.42 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9924 0.0076 2 1 0.0000 0.7602 0.2398 2 2 0.0000 0.4994 0.5006
chr1 152515515 G GGGCTGCTGCGGCGACTCA 0.500000 0.050 1 18 4 235 94 141 66 0 26 0 2 0 0 141 0 0 0.7021 0.0000 0.0000 2.615 1.55 9.50 -7.95 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1674 0.8326 0.0000 0 0 0.5725 0.4275 0.0000 0 0 0.6982 0.3018 0.0000
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 275 92 183 0 0 10 0 82 0 0 160 0 23 0.0000 0.0000 0.1257 8.200 11.67 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0698 0.9302 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr1 152709213 G GGGCTGCTGTAGCTCTGGC 0.500000 0.050 1 18 5 275 118 157 7 0 6 0 105 0 0 156 0 1 0.0593 0.0000 0.0064 18.667 0.00 9.17 -9.17 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8865 0.1135 2 1 0.0000 0.5146 0.4854
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 777 285 492 134 1 64 0 86 0 0 476 0 16 0.4702 0.0000 0.0325 3.508 0.28 11.99 -11.70 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6446 0.3315 0.0239 1 0 0.6336 0.3397 0.0267 1 0 0.6185 0.3507 0.0307
chr1 152910982 C CCTGGTGCAGCAGGAGGGGCAGCTGAAGCAT 0.500000 0.050 1 30 1 1302 288 1014 144 5 131 3 5 11 4 997 0 2 0.5000 0.0108 0.0168 1.183 1.22 7.20 -5.98 20 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1291 0.8709 0.0000 0 0 0.6231 0.3769 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1143 275 868 123 0 51 1 100 3 1 840 1 23 0.4473 0.0035 0.0323 4.480 2.46 10.28 -7.82 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2296 0.5755 0.1949 1 1 0.2320 0.5698 0.1982 1 1 0.2349 0.5628 0.2024
chr1 153615319 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 572 164 408 147 0 11 0 6 0 0 408 0 0 0.8963 0.0000 0.0000 13.909 0.35 2.67 -2.31 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.4057 0.5943 0.0000 0 0 0.7848 0.2152 0.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 569 262 307 140 0 16 1 105 0 0 307 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 15.375 0.64 7.53 -6.90 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6503 0.3272 0.0226 1 0 0.6393 0.3354 0.0252 1 0 0.6242 0.3466 0.0292
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 563 265 298 153 97 4 2 9 0 0 298 0 0 0.5774 0.0000 0.0000 64.750 0.31 3.89 -3.58 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3790 0.6210 0.0000 0 0 0.9036 0.0964 0.0000
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.050 1 2 1 562 266 296 246 4 6 1 9 0 0 296 0 0 0.9248 0.0000 0.0000 52.000 3.35 3.89 -0.54 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.4986 0.5014 0.0000 0 0 0.9255 0.0745 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 210 79 131 40 0 3 3 33 0 0 131 0 0 0.5063 0.0000 0.0000 25.333 1.62 2.06 -0.44 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2943 0.5168 0.1889 1 1 0.2931 0.5155 0.1913 1 1 0.2915 0.5139 0.1946
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 343 74 269 0 0 0 0 74 0 0 267 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 74.000 2.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1287 0.8713 2 2 0.0000 0.1331 0.8669 2 2 0.0000 0.1392 0.8608
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 779 148 631 0 0 1 0 147 0 0 629 0 2 0.0000 0.0000 0.0032 147.000 1.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0247 0.9753 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 195 61 134 24 0 8 2 27 0 0 134 0 0 0.3934 0.0000 0.0000 6.500 0.25 4.37 -4.12 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1886 0.5092 0.3023 1 1 0.1909 0.5085 0.3006 1 1 0.1941 0.5076 0.2983
chr1 196958921 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 2 243 97 146 51 0 1 0 45 0 0 145 0 1 0.5258 0.0000 0.0068 96.000 0.12 1.96 -1.84 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2969 0.5220 0.1811 1 1 0.2958 0.5204 0.1839 1 1 0.2942 0.5183 0.1875
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 463 181 282 0 0 38 1 142 0 0 235 0 47 0.0000 0.0000 0.1667 3.763 12.54 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0083 0.9917 2 2 0.0000 0.0091 0.9909 2 2 0.0000 0.0104 0.9896
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 447 210 237 0 0 31 0 179 0 0 220 0 17 0.0000 0.0000 0.0717 5.774 10.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0072 0.9928 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 201 66 135 36 0 3 0 27 0 0 135 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 21.000 0.17 3.22 -3.06 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3578 0.4953 0.1469 1 1 0.3540 0.4956 0.1504 1 1 0.3489 0.4960 0.1551
chr1 223363360 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 268 116 152 99 2 9 0 6 0 0 152 0 0 0.8534 0.0000 0.0000 11.889 0.14 3.17 -3.03 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1790 0.8210 0.0000 0 0 0.5460 0.4540 0.0000
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 1 192 57 135 27 0 8 1 21 0 0 135 0 0 0.4737 0.0000 0.0000 6.000 0.37 3.14 -2.77 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3085 0.5067 0.1847 1 1 0.3065 0.5062 0.1872 1 1 0.3039 0.5056 0.1905
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 268 133 135 53 1 3 0 76 0 0 134 1 0 0.3985 0.0000 0.0074 43.000 0.21 1.39 -1.19 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0558 0.4062 0.5380 1 2 0.0598 0.4118 0.5284 1 2 0.0654 0.4191 0.5155
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 605 178 427 89 2 18 2 67 0 0 425 0 2 0.5000 0.0000 0.0047 8.889 1.08 3.04 -1.97 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4888 0.4434 0.0677 1 0 0.4812 0.4468 0.0720 1 0 0.4710 0.4512 0.0778
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 733 192 541 0 0 3 1 188 0 0 531 0 10 0.0000 0.0000 0.0185 63.000 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0066 0.9934 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0084 0.9916
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 557 115 442 52 0 3 0 60 0 0 442 0 0 0.4522 0.0000 0.0000 37.333 0.58 2.07 -1.49 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1513 0.5151 0.3336 1 1 0.1548 0.5140 0.3312 1 1 0.1596 0.5125 0.3279
chr1 248349637 AC A 0.500000 0.050 1 -1 3 482 138 344 128 1 3 0 6 0 0 344 0 0 0.9275 0.0000 0.0000 45.000 0.38 1.50 -1.12 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3051 0.6949 0.0000 0 0 0.7033 0.2967 0.0000
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 719 222 497 145 1 22 1 53 0 0 497 0 0 0.6532 0.0000 0.0000 9.091 0.12 2.87 -2.74 77 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9736 0.0263 0.0001 1 0 0.9692 0.0306 0.0002 1 0 0.9623 0.0374 0.0002
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 959 249 710 126 2 4 0 117 0 0 709 0 1 0.5060 0.0000 0.0014 61.250 2.91 1.06 1.85 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3276 0.5471 0.1253 1 1 0.3268 0.5435 0.1297 1 1 0.3254 0.5390 0.1356
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 486 179 307 74 0 3 0 102 0 0 307 0 0 0.4134 0.0000 0.0000 58.667 1.27 4.06 -2.79 46 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0373 0.3689 0.5939 1 2 0.0407 0.3760 0.5833 1 2 0.0457 0.3854 0.5689
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 615 59 556 0 1 3 3 52 0 0 549 0 7 0.0000 0.0000 0.0126 18.667 3.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2047 0.7953 2 2 0.0000 0.2043 0.7957 2 2 0.0000 0.2060 0.7940
chr1 248453429 CTCTA C 0.500000 0.050 1 -4 3 1229 272 957 164 0 3 1 104 0 1 953 0 3 0.6029 0.0000 0.0042 89.667 1.63 4.10 -2.46 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8545 0.1424 0.0030 1 0 0.8434 0.1528 0.0037 1 0 0.8276 0.1676 0.0049
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 431 192 239 14 0 10 1 167 0 0 238 0 1 0.0729 0.0000 0.0042 20.222 0.93 6.72 -5.80 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9942 0.0058 2 1 0.0000 0.7557 0.2443
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 761 135 626 56 0 7 0 72 0 0 625 0 1 0.4148 0.0000 0.0016 21.333 0.50 3.85 -3.35 10 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0863 0.4623 0.4514 1 1 0.0907 0.4646 0.4447 1 1 0.0966 0.4677 0.4357
chr2 17781726 CAAGTT C 0.103121 0.050 1 -5 2 563 145 418 70 0 0 0 75 0 0 415 0 3 0.4828 0.0000 0.0072 145.000 0.34 4.93 -4.59 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3089 0.6128 0.0783 1 1 0.3151 0.6074 0.0775 1 1 0.3233 0.6004 0.0764
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 510 157 353 0 1 18 3 135 0 0 324 0 29 0.0000 0.0000 0.0822 7.667 9.56 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.050 1 18 5 510 157 353 10 3 78 4 62 0 0 327 2 24 0.0637 0.0000 0.0737 0.949 6.50 10.39 -3.89 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.9663 0.0337
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 360 118 242 98 1 9 0 10 0 0 242 0 0 0.8305 0.0000 0.0000 12.111 0.09 3.00 -2.91 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 1 0.2071 0.7929 0.0000
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 565 201 364 0 1 59 2 139 0 0 363 1 0 0.0000 0.0000 0.0027 2.407 1.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0413 0.9587 2 2 0.0000 0.0395 0.9605 2 2 0.0000 0.0399 0.9601
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 668 77 591 21 5 11 0 40 6 1 580 0 4 0.2727 0.0102 0.0186 5.909 3.14 6.00 -2.86 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1271 0.4866 0.3863 1 1 0.1310 0.4875 0.3815 1 1 0.1363 0.4887 0.3751
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 462 190 272 91 2 21 2 74 0 0 272 0 0 0.4789 0.0000 0.0000 7.952 0.37 3.28 -2.91 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4519 0.4678 0.0803 1 1 0.4457 0.4696 0.0847 1 1 0.4373 0.4721 0.0907
chr2 70833690 AGT A 0.500000 0.050 1 -2 2 418 111 307 107 0 0 0 4 0 0 307 0 0 0.9640 0.0000 0.0000 111.000 0.04 2.00 -1.96 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 1 0.4919 0.5081 0.0000 0 0 0.7462 0.2538 0.0000
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 577 143 434 5 52 30 2 54 0 2 427 0 5 0.0350 0.0000 0.0161 3.767 0.20 3.74 -3.54 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2089 0.5352 0.2559 1 1 0.2110 0.5325 0.2564 1 1 0.2137 0.5292 0.2571
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 585 154 431 72 2 25 0 55 0 0 428 0 3 0.4675 0.0000 0.0070 5.120 2.81 6.64 -3.83 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4350 0.4721 0.0929 1 1 0.4290 0.4738 0.0972 1 1 0.4208 0.4760 0.1032
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 432 109 323 59 0 3 0 47 0 0 319 0 4 0.5413 0.0000 0.0124 35.333 0.03 3.17 -3.14 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3340 0.5145 0.1514 1 1 0.3316 0.5134 0.1550 1 1 0.3283 0.5120 0.1597
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 423 149 274 65 2 12 4 66 0 0 272 1 1 0.4362 0.0000 0.0073 11.333 0.69 3.59 -2.90 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1835 0.5363 0.2802 1 1 0.1864 0.5336 0.2800 1 1 0.1902 0.5302 0.2796
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 527 141 386 60 0 19 1 61 0 0 382 0 4 0.4255 0.0000 0.0104 6.421 0.32 3.00 -2.68 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1681 0.5276 0.3043 1 1 0.1714 0.5255 0.3031 1 1 0.1756 0.5229 0.3015
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 785 228 557 4 0 11 0 213 0 0 555 0 2 0.0175 0.0000 0.0036 19.727 0.00 7.86 -7.86 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7540 0.2460 2 2 0.0000 0.0672 0.9328 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.050 1 -25 1 413 95 318 64 0 8 0 23 0 1 306 0 11 0.6737 0.0000 0.0377 10.875 0.22 22.09 -21.87 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6513 0.3182 0.0305 1 0 0.6385 0.3278 0.0337 1 0 0.6211 0.3407 0.0382
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 602 135 467 6 0 0 0 129 0 0 461 0 6 0.0444 0.0000 0.0128 135.000 0.00 5.67 -5.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.6632 0.3368 2 2 0.0000 0.2677 0.7323
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 319 124 195 57 0 18 0 49 0 0 191 0 4 0.4597 0.0000 0.0205 5.889 0.30 6.06 -5.76 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2816 0.5287 0.1896 1 1 0.2812 0.5265 0.1923 1 1 0.2805 0.5238 0.1957
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 216 72 144 15 4 19 10 24 0 0 143 0 1 0.2083 0.0000 0.0069 2.368 0.47 1.50 -1.03 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1034 0.4545 0.4421 1 1 0.1076 0.4576 0.4348 1 1 0.1133 0.4616 0.4252
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 208 89 119 34 1 22 0 32 0 0 112 1 6 0.3820 0.0000 0.0588 3.045 1.06 6.97 -5.91 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1941 0.5177 0.2881 1 1 0.1964 0.5164 0.2872 1 1 0.1995 0.5147 0.2858
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 237 116 121 89 1 25 0 1 0 0 120 0 1 0.7672 0.0000 0.0083 3.600 0.06 0.00 0.06 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2683 0.7317 0.0000 0 0 0.7070 0.2930 0.0000 0 0 0.8040 0.1960 0.0000
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 438 121 317 105 0 11 0 5 0 0 317 0 0 0.8678 0.0000 0.0000 10.000 0.37 3.00 -2.63 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.3209 0.6791 0.0000 0 0 0.6590 0.3410 0.0000
chr2 177617487 ATC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1104 261 843 136 2 4 0 119 0 0 842 0 1 0.5211 0.0000 0.0012 64.250 0.26 2.35 -2.10 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4358 0.4907 0.0735 1 1 0.4313 0.4908 0.0780 1 1 0.4250 0.4910 0.0841
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 307 143 164 3 0 2 0 138 0 0 158 0 6 0.0210 0.0000 0.0366 70.500 0.00 3.07 -3.07 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7813 0.2187 2 2 0.0000 0.1754 0.8246 2 2 0.0000 0.0881 0.9119
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 682 126 556 0 0 7 0 119 0 0 548 0 8 0.0000 0.0000 0.0144 17.000 3.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0393 0.9607 2 2 0.0000 0.0418 0.9582 2 2 0.0000 0.0455 0.9545
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 309 125 184 22 1 15 81 6 0 0 184 0 0 0.1760 0.0000 0.0000 2.067 1.14 3.50 -2.36 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0113 0.2061 0.7825 1 2 0.0131 0.2182 0.7687 1 2 0.0152 0.2651 0.7196
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 309 134 175 9 3 16 4 102 0 0 174 1 0 0.0672 0.0000 0.0057 6.938 1.11 3.07 -1.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9761 0.0239 2 1 0.0000 0.7461 0.2539
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 259 62 197 39 8 9 0 6 0 1 196 0 0 0.6290 0.0000 0.0051 5.000 0.21 1.17 -0.96 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0568 0.9432 0.0000 0 1 0.2513 0.7487 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 295 117 178 55 1 5 0 56 0 0 178 0 0 0.4701 0.0000 0.0000 22.400 0.04 3.20 -3.16 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2327 0.5341 0.2332 1 1 0.2340 0.5316 0.2344 1 1 0.2356 0.5283 0.2361
chr2 214780778 GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 0.500000 0.050 1 -21 2 662 181 481 101 0 4 0 76 0 0 476 0 5 0.5580 0.0000 0.0104 44.250 0.73 17.45 -16.71 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4836 0.4494 0.0669 1 0 0.4765 0.4523 0.0712 1 0 0.4668 0.4562 0.0771
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 587 145 442 0 0 26 4 115 0 0 434 1 7 0.0000 0.0000 0.0181 4.538 7.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0396 0.9604 2 2 0.0000 0.0421 0.9579 2 2 0.0000 0.0458 0.9542
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 592 146 446 7 7 19 3 110 0 0 445 0 1 0.0479 0.0000 0.0022 7.000 0.43 7.98 -7.55 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9913 0.0087 2 1 0.0000 0.8501 0.1499
chr2 219496868 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 386 120 266 116 0 0 0 4 0 0 266 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 120.000 0.65 2.00 -1.35 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0267 0.9733 0.0000 0 0 0.5477 0.4523 0.0000 0 0 0.7850 0.2150 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 592 165 427 4 0 6 1 154 0 0 381 0 46 0.0242 0.0000 0.1077 26.500 0.00 15.51 -15.51 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8134 0.1866 2 2 0.0000 0.0923 0.9077 2 2 0.0000 0.0345 0.9655
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 599 127 472 68 1 9 0 49 0 0 470 0 2 0.5354 0.0000 0.0042 13.111 0.24 3.16 -2.93 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4715 0.4488 0.0797 1 0 0.4640 0.4520 0.0840 1 1 0.4539 0.4562 0.0899
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 328 142 186 1 0 3 2 136 0 0 185 0 1 0.0070 0.0000 0.0054 46.000 0.00 3.50 -3.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.0597 0.9403 2 2 0.0000 0.0494 0.9506
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 189 93 96 86 1 3 0 3 0 0 96 0 0 0.9247 0.0000 0.0000 29.667 0.07 3.00 -2.93 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0623 0.9377 0.0000 0 0 0.5347 0.4653 0.0000 0 0 0.7247 0.2753 0.0000
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 681 162 519 11 0 0 0 151 0 0 518 0 1 0.0679 0.0000 0.0019 162.000 0.00 1.11 -1.11 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9732 0.0268 2 1 0.0000 0.6087 0.3913
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 399 116 283 35 2 30 3 46 0 0 280 0 3 0.3017 0.0000 0.0106 2.897 0.14 3.02 -2.88 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0909 0.4532 0.4559 1 1 0.0951 0.4563 0.4486 1 1 0.1010 0.4602 0.4388
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 513 126 387 64 0 4 0 58 0 0 383 0 4 0.5079 0.0000 0.0103 30.500 0.23 3.74 -3.51 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0631 0.5565 0.3804 1 1 0.0632 0.5529 0.3839 1 1 0.0633 0.5484 0.3883
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 472 100 372 0 0 3 11 86 0 0 372 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 32.333 4.92 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0814 0.9186 2 2 0.0000 0.0851 0.9149 2 2 0.0000 0.0904 0.9096
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 204 113 91 107 0 0 0 6 0 0 91 0 0 0.9469 0.0000 0.0000 113.000 0.16 1.17 -1.01 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.2039 0.7961 0.0000 0 0 0.5835 0.4165 0.0000
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 15 1 805 270 535 104 9 46 0 111 0 3 477 1 54 0.3852 0.0000 0.1084 4.870 3.22 12.28 -9.06 10 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0054 0.1865 0.8081 1 2 0.0065 0.1972 0.7963 1 2 0.0082 0.2122 0.7796
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 659 216 443 85 15 32 1 83 0 0 436 1 6 0.3935 0.0000 0.0158 5.750 0.18 3.16 -2.98 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3320 0.5335 0.1345 1 1 0.3304 0.5310 0.1386 1 1 0.3282 0.5277 0.1441
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 659 216 443 99 1 104 5 7 1 0 438 1 3 0.4583 0.0023 0.0113 1.058 0.59 5.29 -4.70 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 1 0.0949 0.9051 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 397 141 256 0 0 11 0 130 0 0 252 1 3 0.0000 0.0000 0.0156 11.818 1.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0332 0.9668 2 2 0.0000 0.0354 0.9646 2 2 0.0000 0.0387 0.9613
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 365 147 218 0 0 1 2 144 0 0 215 0 3 0.0000 0.0000 0.0138 146.000 3.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0230 0.9770 2 2 0.0000 0.0247 0.9753 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 547 172 375 67 1 21 8 75 0 0 374 0 1 0.3895 0.0000 0.0027 7.190 0.40 3.24 -2.84 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0899 0.4757 0.4344 1 1 0.0942 0.4771 0.4286 1 1 0.1002 0.4790 0.4208
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 391 98 293 0 1 10 1 86 0 0 289 0 4 0.0000 0.0000 0.0137 8.600 5.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1018 0.8982 2 2 0.0000 0.1049 0.8951 2 2 0.0000 0.1097 0.8903
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 522 177 345 87 0 32 0 58 0 0 342 0 3 0.4915 0.0000 0.0087 4.531 0.09 5.72 -5.63 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5750 0.3810 0.0440 1 0 0.5646 0.3878 0.0477 1 0 0.5504 0.3966 0.0529
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 196 111 85 0 0 12 1 98 0 0 82 0 3 0.0000 0.0000 0.0353 8.250 6.58 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0713 0.9287 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 286 111 175 0 0 4 0 107 0 0 169 0 6 0.0000 0.0000 0.0343 26.750 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr3 63831135 C CACACT 0.500000 0.050 1 5 2 208 84 124 48 0 1 0 35 0 0 122 0 2 0.5714 0.0000 0.0161 83.000 0.33 5.06 -4.72 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3809 0.4907 0.1284 1 1 0.3764 0.4913 0.1323 1 1 0.3704 0.4920 0.1375
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 304 136 168 10 0 16 4 106 0 0 162 0 6 0.0735 0.0000 0.0357 7.500 0.20 3.13 -2.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 1 0.0000 0.7187 0.2813
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.050 1 1 5 515 136 379 61 0 2 0 73 0 0 378 0 1 0.4485 0.0000 0.0026 67.000 0.13 1.41 -1.28 27 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1099 0.4928 0.3973 1 1 0.1141 0.4931 0.3927 1 1 0.1199 0.4936 0.3865
chr3 98168999 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 1060 303 757 271 1 21 0 10 0 0 757 0 0 0.8944 0.0000 0.0000 13.429 0.19 2.00 -1.81 115 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5167 0.4833 0.0000 0 0 0.9435 0.0565 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 698 191 507 175 0 11 0 5 0 0 507 0 0 0.9162 0.0000 0.0000 16.364 0.94 10.00 -9.06 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0229 0.9771 0.0000 0 0 0.7271 0.2729 0.0000 0 0 0.9121 0.0879 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 526 146 380 134 1 7 0 4 0 0 380 0 0 0.9178 0.0000 0.0000 19.857 0.31 1.00 -0.69 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0461 0.9539 0.0000 0 0 0.6621 0.3379 0.0000 0 0 0.8524 0.1476 0.0000
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 409 126 283 113 1 7 1 4 0 0 283 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 17.000 0.28 1.00 -0.72 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0229 0.9771 0.0000 0 1 0.4950 0.5050 0.0000 0 0 0.7520 0.2480 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 136 61 75 32 1 0 3 25 0 0 74 0 1 0.5246 0.0000 0.0133 60.000 0.12 1.12 -1.00 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2948 0.5129 0.1923 1 1 0.2935 0.5119 0.1946 1 1 0.2917 0.5107 0.1977
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1072 280 792 1 5 72 90 112 0 0 791 0 1 0.0036 0.0000 0.0013 2.833 0.00 3.00 -3.00 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1277 0.8723 2 2 0.0000 0.0284 0.9716 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -6 1 1074 287 787 7 4 171 1 104 0 0 787 0 0 0.0244 0.0000 0.0000 0.653 2.00 5.55 -3.55 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9445 0.0555 2 1 0.0000 0.6768 0.3232
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 595 185 410 161 1 18 0 5 0 0 408 0 2 0.8703 0.0000 0.0049 9.278 0.17 3.40 -3.23 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3363 0.6637 0.0000 0 0 0.7828 0.2172 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 524 171 353 4 0 23 2 142 0 0 353 0 0 0.0234 0.0000 0.0000 6.391 0.25 6.27 -6.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9476 0.0524 2 2 0.0000 0.2907 0.7093 2 2 0.0000 0.1217 0.8783
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.050 1 -3 1 600 123 477 69 1 3 0 50 0 0 473 0 4 0.5610 0.0000 0.0084 40.000 0.20 3.06 -2.86 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4423 0.4667 0.0909 1 1 0.4359 0.4688 0.0953 1 1 0.4273 0.4715 0.1012
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 726 127 599 1 0 25 0 101 0 0 599 0 0 0.0079 0.0000 0.0000 4.080 0.00 7.98 -7.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2887 0.7113 2 2 0.0000 0.1399 0.8601 2 2 0.0000 0.1148 0.8852
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 205 112 93 59 0 0 0 53 0 0 93 0 0 0.5268 0.0000 0.0000 112.000 0.34 2.53 -2.19 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3070 0.5233 0.1696 1 1 0.3056 0.5216 0.1728 1 1 0.3037 0.5193 0.1769
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 378 131 247 50 0 3 0 78 0 0 247 0 0 0.3817 0.0000 0.0000 42.667 1.06 2.08 -1.02 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0381 0.3554 0.6065 1 2 0.0416 0.3634 0.5950 1 2 0.0466 0.3740 0.5794
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 403 177 226 80 0 27 11 59 0 0 223 0 3 0.4520 0.0000 0.0133 5.556 0.31 3.14 -2.82 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3130 0.5316 0.1554 1 1 0.3118 0.5292 0.1590 1 1 0.3100 0.5262 0.1638
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 547 147 400 60 1 20 0 66 0 0 398 0 2 0.4082 0.0000 0.0050 6.350 0.20 3.21 -3.01 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1603 0.5255 0.3143 1 1 0.1637 0.5235 0.3128 1 1 0.1682 0.5211 0.3107
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 1816 450 1366 250 2 10 5 183 0 0 1366 0 0 0.5556 0.0000 0.0000 43.600 2.26 2.38 -0.13 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8768 0.1217 0.0014 1 0 0.8673 0.1308 0.0018 1 0 0.8536 0.1440 0.0025
chr3 195785502 G GGAT 0.500000 0.050 1 3 1 536 122 414 82 1 7 1 31 16 9 386 0 3 0.6721 0.0386 0.0676 19.167 2.55 5.16 -2.61 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9421 0.0573 0.0006 1 0 0.9346 0.0646 0.0008 1 0 0.8783 0.1206 0.0011
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 697 144 553 0 1 15 0 128 0 0 530 0 23 0.0000 0.0000 0.0416 8.600 11.34 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0321 0.9679 2 2 0.0000 0.0313 0.9687 2 2 0.0000 0.0321 0.9679
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 242 117 125 38 0 25 0 54 0 0 123 0 2 0.3248 0.0000 0.0160 3.680 0.29 5.78 -5.49 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0811 0.4415 0.4774 1 2 0.0854 0.4452 0.4694 1 2 0.0913 0.4501 0.4587
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 545 108 437 7 0 1 0 100 0 0 357 3 77 0.0648 0.0000 0.1831 107.000 0.14 15.61 -15.47 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9966 0.0034 2 2 0.0000 0.2699 0.7301 2 2 0.0000 0.0500 0.9500
chr4 1728037 ACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATG A 0.021146 0.050 1 -36 1 711 183 528 93 0 48 0 42 0 0 504 0 24 0.5082 0.0000 0.0455 2.812 0.32 22.86 -22.53 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7530 0.2459 0.0011 1 0 0.7460 0.2527 0.0012 1 0 0.7365 0.2621 0.0014
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.050 1 -6 2 432 170 262 0 1 51 0 118 0 0 246 2 14 0.0000 0.0000 0.0611 2.429 6.37 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1668 0.8332 2 2 0.0000 0.1476 0.8524 2 2 0.0000 0.1423 0.8577
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 610 156 454 141 1 9 0 5 0 0 454 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 20.857 0.62 12.80 -12.18 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1164 0.8836 0.0000 0 0 0.9386 0.0614 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 731 191 540 101 1 12 2 75 1 0 530 0 9 0.5288 0.0019 0.0185 14.667 0.89 7.67 -6.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4456 0.4745 0.0799 1 1 0.4399 0.4759 0.0842 1 1 0.4320 0.4777 0.0903
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 719 238 481 102 5 42 3 86 0 0 472 0 9 0.4286 0.0000 0.0187 4.643 1.05 6.14 -5.09 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3239 0.5397 0.1365 1 1 0.3228 0.5366 0.1406 1 1 0.3210 0.5328 0.1461
chr4 38926929 CCTTAGAGCA C 0.500000 0.050 1 -9 5 389 151 238 83 0 9 0 59 0 0 236 0 2 0.5497 0.0000 0.0084 15.778 0.57 7.68 -7.11 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5216 0.4192 0.0592 1 0 0.5127 0.4240 0.0633 1 0 0.5007 0.4303 0.0690
chr4 41745972 AGCTGCCGCCGCTGCC A 0.500000 0.050 1 -15 2 581 131 450 68 1 15 0 47 0 0 444 0 6 0.5191 0.0000 0.0133 7.733 0.72 11.51 -10.79 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4428 0.4661 0.0910 1 1 0.4364 0.4683 0.0954 1 1 0.4277 0.4710 0.1013
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.050 1 3 1 357 117 240 112 0 2 0 3 0 0 240 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 57.500 0.28 4.00 -3.72 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1112 0.8888 0.0000 0 0 0.6810 0.3190 0.0000 0 0 0.8278 0.1722 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 2451 506 1945 232 13 21 8 232 28 39 1735 119 24 0.4585 0.0144 0.1080 23.850 2.23 7.92 -5.69 16 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0018 0.1698 0.8285 1 2 0.0022 0.1780 0.8198 1 2 0.0030 0.1899 0.8071
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2633 748 1885 272 26 126 24 300 172 34 1661 11 7 0.3636 0.0912 0.1188 4.856 1.95 8.98 -7.03 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9983 0.0017 0.0000 1 0 0.9979 0.0021 0.0000 1 0 0.9971 0.0029 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 174 77 97 2 1 4 0 70 0 0 96 0 1 0.0260 0.0000 0.0103 18.250 0.00 3.00 -3.00 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9218 0.0782 2 1 0.0000 0.5297 0.4703 2 2 0.0000 0.3466 0.6534
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 319 116 203 48 0 2 1 65 0 0 203 0 0 0.4138 0.0000 0.0000 57.000 0.15 1.26 -1.12 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0801 0.4472 0.4727 1 2 0.0844 0.4506 0.4651 1 1 0.0903 0.4549 0.4548
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 630 128 502 0 0 5 0 123 0 0 493 0 9 0.0000 0.0000 0.0179 24.600 3.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0344 0.9656 2 2 0.0000 0.0367 0.9633 2 2 0.0000 0.0400 0.9600
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 542 242 300 0 0 31 6 205 0 0 293 1 6 0.0000 0.0000 0.0233 6.806 3.14 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0054 0.9946
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 505 185 320 68 7 48 3 59 2 0 315 1 2 0.3676 0.0063 0.0156 2.792 1.12 3.66 -2.54 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3843 0.5002 0.1154 1 1 0.3803 0.5001 0.1197 1 1 0.3748 0.4999 0.1253
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 305 152 153 75 0 8 0 69 0 0 143 0 10 0.4934 0.0000 0.0654 18.000 0.05 4.93 -4.87 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1842 0.5421 0.2737 1 1 0.1872 0.5389 0.2739 1 1 0.1911 0.5349 0.2740
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 232 98 134 54 0 17 0 27 0 0 132 0 2 0.5510 0.0000 0.0149 4.765 0.96 5.30 -4.33 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5789 0.3723 0.0489 1 0 0.5675 0.3798 0.0527 1 0 0.5522 0.3897 0.0581
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 815 165 650 156 0 4 0 5 0 0 650 0 0 0.9455 0.0000 0.0000 40.250 0.14 3.20 -3.06 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0142 0.9858 0.0000 0 0 0.6243 0.3757 0.0000 0 0 0.8678 0.1322 0.0000
chr5 55233261 T TGGGCC 0.500000 0.050 1 5 1 391 99 292 47 1 13 1 37 0 0 291 0 1 0.4747 0.0000 0.0034 6.538 0.30 5.08 -4.78 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3554 0.5014 0.1431 1 1 0.3519 0.5013 0.1468 1 1 0.3473 0.5011 0.1516
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 797 179 618 80 0 22 2 75 0 0 615 0 3 0.4469 0.0000 0.0049 7.136 0.34 3.24 -2.90 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2257 0.5487 0.2256 1 1 0.2275 0.5450 0.2274 1 1 0.2298 0.5404 0.2297
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 359 26 333 0 0 15 3 8 0 0 328 0 5 0.0000 0.0000 0.0150 0.600 7.12 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4043 0.5957 2 2 0.0000 0.4061 0.5939 2 2 0.0000 0.4087 0.5913
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 586 144 442 74 0 7 0 63 0 0 439 0 3 0.5139 0.0000 0.0068 19.571 0.15 3.10 -2.95 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3277 0.5237 0.1486 1 1 0.3258 0.5219 0.1523 1 1 0.3232 0.5196 0.1572
chr5 80654905 G GCCGCAGCGC 0.500000 0.050 1 9 2 289 87 202 38 5 11 2 31 0 0 201 1 0 0.4368 0.0000 0.0050 6.545 1.71 5.81 -4.10 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3517 0.5003 0.1480 1 1 0.3483 0.5002 0.1515 1 1 0.3436 0.5001 0.1562
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 178 80 98 1 0 5 0 74 0 0 98 0 0 0.0125 0.0000 0.0000 15.000 0.00 2.96 -2.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4428 0.5572 2 2 0.0000 0.2392 0.7608 2 2 0.0000 0.1975 0.8025
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 233 97 136 33 7 13 2 42 0 0 136 0 0 0.3402 0.0000 0.0000 6.462 1.39 5.29 -3.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1912 0.5201 0.2887 1 1 0.1936 0.5186 0.2877 1 1 0.1968 0.5167 0.2865
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 626 191 435 2 0 20 1 168 0 0 430 1 4 0.0105 0.0000 0.0115 8.550 7.00 3.76 3.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2471 0.7529 2 2 0.0000 0.0495 0.9505 2 2 0.0000 0.0315 0.9685
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 594 136 458 69 0 3 0 64 0 0 458 0 0 0.5074 0.0000 0.0000 44.333 0.19 1.27 -1.08 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2901 0.5330 0.1769 1 1 0.2895 0.5305 0.1800 1 1 0.2886 0.5274 0.1840
chr5 128084239 T TGCG 0.500000 0.050 1 3 1 691 149 542 51 4 29 3 62 0 0 542 0 0 0.3423 0.0000 0.0000 4.138 0.57 3.82 -3.25 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1335 0.5071 0.3593 1 1 0.1374 0.5065 0.3560 1 1 0.1427 0.5058 0.3515
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 518 120 398 55 0 17 0 48 0 0 394 0 4 0.4583 0.0000 0.0101 6.059 0.13 6.31 -6.19 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2697 0.5299 0.2004 1 1 0.2696 0.5277 0.2027 1 1 0.2695 0.5248 0.2057
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 391 101 290 41 1 3 2 54 0 0 272 0 18 0.4059 0.0000 0.0621 32.333 0.46 8.37 -7.91 25 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0289 0.3166 0.6544 1 2 0.0320 0.3263 0.6418 1 2 0.0364 0.3390 0.6245
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 218 95 123 1 0 2 1 91 0 0 118 0 5 0.0105 0.0000 0.0407 46.500 0.00 3.43 -3.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3096 0.6904 2 2 0.0000 0.1521 0.8479 2 2 0.0000 0.1248 0.8752
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 222 91 131 46 0 3 1 41 0 0 128 0 3 0.5055 0.0000 0.0229 29.333 0.13 3.63 -3.50 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2481 0.5275 0.2245 1 1 0.2487 0.5254 0.2259 1 1 0.2495 0.5228 0.2278
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 222 90 132 47 0 2 3 38 0 0 129 0 3 0.5222 0.0000 0.0227 44.000 0.13 3.82 -3.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2776 0.5242 0.1982 1 1 0.2771 0.5224 0.2005 1 1 0.2765 0.5201 0.2034
chr5 141366622 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 631 217 414 119 0 5 1 92 0 0 413 0 1 0.5484 0.0000 0.0024 42.200 0.18 1.24 -1.06 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5474 0.4075 0.0451 1 0 0.5386 0.4125 0.0489 1 0 0.5266 0.4192 0.0542
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 811 205 606 95 0 8 0 102 0 0 606 0 0 0.4634 0.0000 0.0000 24.625 0.17 1.26 -1.10 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1524 0.5457 0.3020 1 1 0.1562 0.5422 0.3016 1 1 0.1613 0.5379 0.3008
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 381 111 270 6 2 1 0 102 0 0 254 0 16 0.0541 0.0000 0.0593 109.000 0.00 8.56 -8.56 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8629 0.1371 2 2 0.0000 0.4623 0.5377
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 427 165 262 6 0 39 1 119 0 0 251 0 11 0.0364 0.0000 0.0420 3.231 1.50 9.69 -8.19 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.6841 0.3159 2 2 0.0000 0.2862 0.7138
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 18 1 427 165 262 7 0 43 1 114 0 0 251 0 11 0.0424 0.0000 0.0420 2.905 2.14 9.72 -7.58 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8312 0.1688 2 2 0.0000 0.4022 0.5978
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 586 146 440 85 2 1 1 57 0 0 440 0 0 0.5822 0.0000 0.0000 145.000 0.68 1.75 -1.07 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6143 0.3506 0.0351 1 0 0.6028 0.3587 0.0385 1 0 0.5872 0.3694 0.0433
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 389 155 234 4 0 20 0 131 0 0 234 0 0 0.0258 0.0000 0.0000 6.750 3.75 11.69 -7.94 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9619 0.0381 2 2 0.0000 0.3636 0.6364 2 2 0.0000 0.1606 0.8394
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 389 142 247 0 94 11 1 36 0 0 247 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.818 3.47 0 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8713 0.1254 0.0033 1 0 0.8598 0.1362 0.0040 1 0 0.8432 0.1515 0.0052
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 194 84 110 42 0 4 0 38 0 0 109 1 0 0.5000 0.0000 0.0091 20.000 0.10 3.74 -3.64 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2743 0.5220 0.2037 1 1 0.2739 0.5203 0.2058 1 1 0.2734 0.5182 0.2084
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 420 93 327 39 0 6 0 48 0 0 324 0 3 0.4194 0.0000 0.0092 14.500 0.92 3.92 -2.99 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1203 0.4859 0.3939 1 1 0.1243 0.4868 0.3889 1 1 0.1297 0.4880 0.3823
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 513 251 262 114 11 50 2 74 0 0 261 0 1 0.4542 0.0000 0.0038 4.082 1.25 3.19 -1.94 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8042 0.1890 0.0068 1 0 0.7917 0.2003 0.0080 1 0 0.7741 0.2159 0.0100
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 564 152 412 7 0 24 5 116 0 0 410 0 2 0.0461 0.0000 0.0049 5.333 2.00 3.26 -1.26 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8318 0.1682 2 2 0.0000 0.4037 0.5963
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 604 149 455 98 5 41 1 4 1 0 452 1 1 0.6577 0.0022 0.0066 2.919 1.63 3.50 -1.87 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0110 0.9890 0.0000 0 0 0.5793 0.4207 0.0000 0 0 0.8557 0.1443 0.0000
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.050 1 3 2 682 162 520 70 2 19 2 69 0 2 518 0 0 0.4321 0.0000 0.0038 7.526 0.21 3.07 -2.86 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4844 0.5087 0.0070 1 1 0.4862 0.5067 0.0071 1 1 0.4885 0.5043 0.0072
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 847 169 678 16 14 42 1 96 0 0 668 0 10 0.0947 0.0000 0.0147 3.098 1.25 3.18 -1.93 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.1162 0.8821 1 2 0.0020 0.2374 0.7605 2 1 0.0000 0.9985 0.0015
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 620 126 494 71 0 6 0 49 0 0 486 0 8 0.5635 0.0000 0.0162 20.000 0.14 12.29 -12.14 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5262 0.4234 0.0504 1 0 0.5213 0.4259 0.0527 1 0 0.5147 0.4294 0.0559
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 339 103 236 6 0 4 0 93 0 0 236 0 0 0.0583 0.0000 0.0000 24.750 0.00 1.18 -1.18 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8463 0.1537 2 2 0.0000 0.4994 0.5006
chr6 30645943 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 265 75 190 43 1 2 0 29 0 0 190 0 0 0.5733 0.0000 0.0000 36.000 0.33 1.34 -1.02 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4382 0.4605 0.1013 1 1 0.4314 0.4631 0.1055 1 1 0.4223 0.4665 0.1112
chr6 31027337 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 939 240 699 214 1 17 1 7 0 5 694 0 0 0.8917 0.0000 0.0072 13.059 1.35 2.43 -1.08 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.6617 0.3383 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.050 1 -3 1 1782 403 1379 163 6 52 5 177 1 3 1350 4 21 0.4045 0.0007 0.0210 6.750 1.63 4.40 -2.78 33 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0197 0.3529 0.6273 1 2 0.0222 0.3592 0.6185 1 2 0.0259 0.3679 0.6062
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 816 221 595 211 0 5 0 5 0 0 595 0 0 0.9548 0.0000 0.0000 43.200 0.72 4.20 -3.48 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0545 0.9455 0.0000 0 0 0.8658 0.1342 0.0000 0 0 0.9608 0.0392 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 538 186 352 0 73 3 7 103 0 0 349 3 0 0.0000 0.0000 0.0085 60.000 2.50 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0102 0.2198 0.7700 1 2 0.0118 0.2311 0.7571 1 2 0.0144 0.2466 0.7390
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 537 166 371 91 0 11 0 64 0 0 368 0 3 0.5482 0.0000 0.0081 14.091 0.53 11.58 -11.05 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5453 0.4038 0.0508 1 0 0.5359 0.4094 0.0547 1 0 0.5231 0.4167 0.0602
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 425 110 315 43 0 10 1 56 0 0 315 0 0 0.3909 0.0000 0.0000 10.000 0.60 3.77 -3.16 17 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1054 0.4752 0.4194 1 1 0.1096 0.4768 0.4136 1 1 0.1154 0.4789 0.4058
chr6 32530180 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 127 81 46 1 58 10 7 5 0 0 46 0 0 0.0123 0.0000 0.0000 2.429 6.00 3.80 2.20 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1582 0.8357 0.0061 0 1 0.0188 0.9808 0.0004 0 1 0.0939 0.9060 0.0000
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 641 251 390 173 6 36 0 36 0 0 390 0 0 0.6892 0.0000 0.0000 6.143 6.90 7.86 -0.96 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 640 243 397 182 10 16 0 35 0 0 396 0 1 0.7490 0.0000 0.0025 14.125 7.73 7.91 -0.18 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 141 68 73 4 30 0 2 32 0 0 72 0 1 0.0588 0.0000 0.0137 39.000 6.50 9.25 -2.75 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1551 0.4967 0.3482 1 1 0.1584 0.4969 0.3447 1 1 0.1628 0.4972 0.3400
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 514 225 289 196 1 24 0 4 1 0 287 0 1 0.8711 0.0035 0.0069 8.375 0.39 5.00 -4.61 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0401 0.9599 0.0000 0 0 0.8240 0.1760 0.0000 0 0 0.9472 0.0528 0.0000
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 214 64 150 33 0 2 0 29 0 0 150 0 0 0.5156 0.0000 0.0000 31.000 5.06 1.17 3.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2904 0.5141 0.1955 1 1 0.2892 0.5130 0.1978 1 1 0.2877 0.5117 0.2007
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 546 136 410 5 76 4 0 51 0 0 407 0 3 0.0368 0.0000 0.0073 44.000 2.80 3.18 -0.38 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5704 0.3831 0.0465 1 0 0.5599 0.3898 0.0503 1 0 0.5457 0.3987 0.0557
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 298 135 163 117 1 15 0 2 0 0 162 1 0 0.8667 0.0000 0.0061 8.000 0.52 6.00 -5.48 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1439 0.8561 0.0000 0 0 0.7169 0.2831 0.0000 0 0 0.8483 0.1517 0.0000
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 776 181 595 72 2 23 2 82 0 0 595 0 0 0.3978 0.0000 0.0000 6.826 0.53 4.16 -3.63 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1321 0.5199 0.3481 1 1 0.1361 0.5183 0.3456 1 1 0.1415 0.5163 0.3422
chr6 44002766 C CGCGGCG 0.500000 0.050 1 6 1 501 145 356 43 0 59 0 43 1 0 353 0 2 0.2966 0.0028 0.0084 1.509 1.88 5.19 -3.30 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2253 0.5270 0.2477 1 1 0.2267 0.5250 0.2483 1 1 0.2285 0.5224 0.2491
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 561 149 412 29 3 67 3 47 0 0 394 1 17 0.1946 0.0000 0.0437 1.182 15.52 7.00 8.52 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0190 0.2636 0.7173 1 2 0.0215 0.2748 0.7037 1 2 0.0251 0.2899 0.6849
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 565 177 388 87 1 49 0 40 0 0 384 0 4 0.4915 0.0000 0.0103 2.612 4.01 11.50 -7.49 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7808 0.2090 0.0101 1 0 0.7675 0.2207 0.0118 1 0 0.7489 0.2368 0.0143
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 741 124 617 50 3 38 1 32 0 1 601 1 14 0.4032 0.0000 0.0259 2.263 1.58 3.31 -1.73 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3092 0.5202 0.1706 1 1 0.3076 0.5187 0.1737 1 1 0.3055 0.5167 0.1778
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 139 62 77 0 0 5 1 56 0 0 75 0 2 0.0000 0.0000 0.0260 14.250 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1823 0.8177 2 2 0.0000 0.1868 0.8132 2 2 0.0000 0.1932 0.8068
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 751 180 571 0 0 9 2 169 0 0 563 0 8 0.0000 0.0000 0.0140 18.889 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0121 0.9879 2 2 0.0000 0.0136 0.9864
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 389 105 284 98 0 5 0 2 0 0 283 0 1 0.9333 0.0000 0.0035 20.000 0.14 1.50 -1.36 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0842 0.9158 0.0000 0 0 0.6034 0.3966 0.0000 0 0 0.7749 0.2251 0.0000
chr6 138882869 AAGGTAAATG A 0.500000 0.050 1 -9 1 177 61 116 31 0 5 0 25 0 0 112 0 4 0.5082 0.0000 0.0345 14.000 0.13 12.32 -12.19 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2684 0.5168 0.2148 1 1 0.2681 0.5155 0.2164 1 1 0.2676 0.5139 0.2185
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 419 190 229 85 0 28 2 75 0 0 225 1 3 0.4474 0.0000 0.0175 5.750 0.29 5.32 -5.03 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2744 0.5450 0.1806 1 1 0.2746 0.5416 0.1837 1 1 0.2748 0.5374 0.1878
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 915 216 699 112 0 11 0 93 0 0 695 0 4 0.5185 0.0000 0.0057 18.636 0.08 3.20 -3.12 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4070 0.5006 0.0924 1 1 0.4030 0.5002 0.0968 1 1 0.3973 0.4998 0.1029
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.050 1 -4 3 230 125 105 116 0 6 0 3 0 0 105 0 0 0.9280 0.0000 0.0000 19.833 0.09 4.67 -4.58 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1215 0.8785 0.0000 0 0 0.7021 0.2979 0.0000 0 0 0.8410 0.1590 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 586 216 370 7 0 41 0 168 0 0 358 0 12 0.0324 0.0000 0.0324 4.268 0.00 14.69 -14.69 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9990 0.0010 2 1 0.0000 0.5587 0.4413 2 2 0.0000 0.1527 0.8473
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 421 129 292 64 0 7 0 58 0 0 289 0 3 0.4961 0.0000 0.0103 17.429 0.38 5.76 -5.38 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2665 0.5354 0.1981 1 1 0.2667 0.5327 0.2006 1 1 0.2669 0.5294 0.2037
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 264 86 178 35 0 10 0 41 0 0 178 0 0 0.4070 0.0000 0.0000 7.600 0.49 7.78 -7.29 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1735 0.5124 0.3141 1 1 0.1764 0.5114 0.3121 1 1 0.1803 0.5102 0.3095
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 399 203 196 0 1 34 8 160 0 0 192 1 3 0.0000 0.0000 0.0204 4.971 3.06 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0183 0.9817 2 2 0.0000 0.0183 0.9817 2 2 0.0000 0.0193 0.9807
chr6 170561925 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 646 236 410 7 0 57 33 139 0 0 409 1 0 0.0297 0.0000 0.0024 3.140 2.71 3.96 -1.24 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.6023 0.3977 2 2 0.0000 0.1768 0.8232
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 654 226 428 29 34 11 83 69 0 0 428 0 0 0.1283 0.0000 0.0000 16.375 3.10 4.64 -1.53 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0015 0.0913 0.9071 1 2 0.0019 0.1006 0.8974 1 2 0.0026 0.1142 0.8832
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 654 210 444 136 39 9 17 9 0 0 444 0 0 0.6476 0.0000 0.0000 26.000 3.59 9.56 -5.97 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.1019 0.8981 0.0000
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 653 212 441 102 78 19 5 8 0 0 441 0 0 0.4811 0.0000 0.0000 10.722 2.95 7.38 -4.42 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0849 0.9151 0.0000 0 0 0.5757 0.4243 0.0000
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 259 73 186 3 1 5 1 63 0 0 180 0 6 0.0411 0.0000 0.0323 13.600 0.33 4.08 -3.75 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9793 0.0207 2 1 0.0000 0.6729 0.3271 2 2 0.0000 0.4315 0.5685
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 247 113 134 38 4 19 0 52 0 0 133 0 1 0.3363 0.0000 0.0075 5.222 4.13 3.85 0.29 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1345 0.4989 0.3666 1 1 0.1383 0.4989 0.3628 1 1 0.1435 0.4989 0.3576
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 247 116 131 53 3 17 1 42 0 0 130 0 1 0.4569 0.0000 0.0076 5.824 3.74 3.95 -0.22 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3927 0.4883 0.1190 1 1 0.3879 0.4891 0.1230 1 1 0.3815 0.4900 0.1285
chr7 11831843 A AGCAGCG 0.500000 0.050 1 6 2 238 128 110 58 3 24 0 43 0 0 109 0 1 0.4531 0.0000 0.0091 4.292 0.50 5.81 -5.31 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4585 0.4543 0.0871 1 1 0.4513 0.4572 0.0914 1 1 0.4416 0.4610 0.0973
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 227 92 135 2 1 1 1 87 0 0 135 0 0 0.0217 0.0000 0.0000 90.000 1.00 1.79 -0.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7494 0.2506 2 2 0.0000 0.3140 0.6860 2 2 0.0000 0.2113 0.7887
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 705 214 491 88 0 46 4 76 0 0 490 0 1 0.4112 0.0000 0.0020 3.652 0.26 3.16 -2.90 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3088 0.5368 0.1544 1 1 0.3078 0.5340 0.1581 1 1 0.3064 0.5305 0.1630
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 492 108 384 57 0 10 0 41 0 0 384 0 0 0.5278 0.0000 0.0000 9.800 0.32 2.90 -2.59 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4489 0.4588 0.0923 1 1 0.4420 0.4615 0.0966 1 1 0.4326 0.4649 0.1024
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 396 105 291 96 1 1 0 7 0 0 290 0 1 0.9143 0.0000 0.0034 104.000 0.28 2.57 -2.29 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0497 0.9503 0.0000 0 1 0.3435 0.6565 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 129 58 71 3 0 2 6 47 0 0 71 0 0 0.0517 0.0000 0.0000 27.500 0.00 1.43 -1.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9695 0.0305 2 1 0.0000 0.6670 0.3330 2 2 0.0000 0.4637 0.5363
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 467 119 348 54 0 1 0 64 0 0 348 0 0 0.4538 0.0000 0.0000 118.000 0.96 1.09 -0.13 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1338 0.5067 0.3596 1 1 0.1377 0.5061 0.3562 1 1 0.1429 0.5054 0.3517
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 205 55 150 1 0 1 0 53 0 0 149 0 1 0.0182 0.0000 0.0067 54.000 0.00 3.45 -3.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5679 0.4321 2 2 0.0000 0.3399 0.6601 2 2 0.0000 0.2844 0.7156
chr7 45574559 C CGCGGCGGAGGCG 0.500000 0.050 1 12 1 284 47 237 42 0 4 0 1 1 0 235 0 1 0.8936 0.0042 0.0084 10.750 1.50 12.00 -10.50 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1013 0.8987 0.0000 0 1 0.4316 0.5684 0.0000 0 0 0.5714 0.4286 0.0000
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 261 132 129 125 1 5 0 1 0 1 128 0 0 0.9470 0.0000 0.0078 31.500 0.11 3.00 -2.89 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8282 0.1718 0.0000 0 0 0.9223 0.0777 0.0000 0 0 0.9359 0.0641 0.0000
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 183 75 108 7 1 40 1 26 0 0 107 0 1 0.0933 0.0000 0.0093 0.875 1.43 4.46 -3.03 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0888 0.4318 0.4794 1 2 0.0921 0.4417 0.4661 1 1 0.0869 0.4991 0.4141
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 182 74 108 7 39 0 1 27 0 0 107 0 1 0.0946 0.0000 0.0093 36.000 1.43 4.37 -2.94 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2600 0.5147 0.2253 1 1 0.2600 0.5136 0.2265 1 1 0.2598 0.5122 0.2280
chr7 70790590 GCCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 841 266 575 216 2 36 3 9 0 0 575 0 0 0.8120 0.0000 0.0000 6.389 0.30 3.22 -2.93 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0782 0.9218 0.0000 0 0 0.6952 0.3048 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 442 140 302 69 0 1 1 69 0 0 302 0 0 0.4929 0.0000 0.0000 139.000 0.09 1.64 -1.55 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2177 0.5420 0.2403 1 1 0.2196 0.5389 0.2415 1 1 0.2221 0.5349 0.2430
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 772 196 576 0 0 11 1 184 0 0 573 0 3 0.0000 0.0000 0.0052 16.818 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 284 116 168 111 0 3 0 2 0 0 168 0 0 0.9569 0.0000 0.0000 37.667 0.22 3.50 -3.28 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3843 0.6157 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000 0 0 0.8719 0.1281 0.0000
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 1 493 209 284 76 5 64 5 59 0 0 284 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 2.250 1.12 3.49 -2.37 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4603 0.4591 0.0806 1 1 0.4535 0.4616 0.0849 1 1 0.4443 0.4648 0.0909
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 471 156 315 83 0 8 0 65 0 0 314 0 1 0.5321 0.0000 0.0032 18.500 0.17 3.86 -3.69 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4501 0.4660 0.0838 1 1 0.4438 0.4681 0.0882 1 1 0.4351 0.4707 0.0941
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.050 1 -7 1 517 153 364 89 0 5 0 59 0 0 361 0 3 0.5817 0.0000 0.0082 29.600 0.31 7.02 -6.70 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5874 0.3719 0.0407 1 0 0.5767 0.3790 0.0443 1 0 0.5621 0.3885 0.0494
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 388 141 247 0 0 45 4 92 0 0 237 1 9 0.0000 0.0000 0.0405 2.159 5.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0662 0.9338 2 2 0.0000 0.0695 0.9305 2 2 0.0000 0.0743 0.9257
chr7 105614354 AGAGGAG A 0.500000 0.050 1 -6 2 931 227 704 180 4 38 1 4 0 0 704 0 0 0.7930 0.0000 0.0000 5.054 0.36 4.50 -4.14 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1233 0.8767 0.0000 0 0 0.8593 0.1407 0.0000 0 0 0.9465 0.0535 0.0000
chr7 114629915 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 629 238 391 118 1 31 5 83 0 0 391 0 0 0.4958 0.0000 0.0000 6.867 0.20 3.10 -2.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6236 0.3473 0.0292 1 0 0.6127 0.3551 0.0323 1 0 0.5977 0.3655 0.0368
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 722 188 534 153 4 24 0 7 0 0 534 0 0 0.8138 0.0000 0.0000 6.833 0.69 4.14 -3.46 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3092 0.6908 0.0000 0 0 0.7616 0.2384 0.0000
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 709 206 503 169 3 21 3 10 0 0 503 0 0 0.8204 0.0000 0.0000 8.810 0.43 3.30 -2.87 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0124 0.9876 0.0000 0 1 0.3344 0.6656 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 718 273 445 239 1 28 0 5 0 0 445 0 0 0.8755 0.0000 0.0000 8.714 0.27 12.80 -12.53 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1062 0.8938 0.0000 0 0 0.9291 0.0709 0.0000 0 0 0.9799 0.0201 0.0000
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 426 238 188 96 2 35 2 103 0 0 182 0 6 0.4034 0.0000 0.0319 5.941 0.60 5.24 -4.64 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1053 0.5155 0.3792 1 1 0.1098 0.5142 0.3761 1 1 0.1158 0.5125 0.3718
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 241 87 154 45 0 0 1 41 0 0 151 0 3 0.5172 0.0000 0.0195 86.000 0.09 2.98 -2.89 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2387 0.5273 0.2340 1 1 0.2396 0.5253 0.2351 1 1 0.2408 0.5227 0.2365
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 935 262 673 1 0 39 13 209 0 0 670 0 3 0.0038 0.0000 0.0045 5.718 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0066 0.9934
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 774 181 593 12 0 9 0 160 0 0 593 0 0 0.0663 0.0000 0.0000 19.111 0.75 1.27 -0.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9826 0.0174 2 1 0.0000 0.6488 0.3512
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 644 156 488 78 0 5 0 73 0 0 487 0 1 0.5000 0.0000 0.0020 30.200 0.27 4.11 -3.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2740 0.5415 0.1845 1 1 0.2742 0.5383 0.1875 1 1 0.2743 0.5344 0.1913
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 233 63 170 31 0 2 0 30 0 0 166 0 4 0.4921 0.0000 0.0235 30.500 0.32 4.77 -4.44 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2059 0.5171 0.2770 1 1 0.2078 0.5158 0.2764 1 1 0.2103 0.5142 0.2755
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 707 184 523 173 0 2 0 9 1 0 522 0 0 0.9402 0.0019 0.0019 91.000 0.31 1.56 -1.25 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1538 0.8462 0.0000 0 0 0.6972 0.3028 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 631 188 443 95 1 2 0 90 0 0 441 0 2 0.5053 0.0000 0.0045 93.000 0.35 1.47 -1.12 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2675 0.5524 0.1802 1 1 0.2682 0.5484 0.1834 1 1 0.2689 0.5435 0.1876
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 485 94 391 0 0 3 19 72 0 2 361 9 19 0.0000 0.0000 0.0767 30.000 7.74 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0522 0.9478 2 2 0.0000 0.0545 0.9455 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 486 92 394 0 0 6 14 72 0 1 361 15 17 0.0000 0.0000 0.0838 27.333 7.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0511 0.9489 2 2 0.0000 0.0530 0.9470 2 2 0.0000 0.0563 0.9437
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 488 91 397 0 1 9 6 75 0 2 315 32 48 0.0000 0.0000 0.2065 8.889 7.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0508 0.9492 2 2 0.0000 0.0382 0.9618 2 2 0.0000 0.0347 0.9653
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 365 154 211 78 0 0 1 75 0 0 210 0 1 0.5065 0.0000 0.0047 154.000 0.38 1.16 -0.78 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2397 0.5467 0.2136 1 1 0.2410 0.5432 0.2158 1 1 0.2427 0.5388 0.2185
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 306 158 148 146 1 9 0 2 0 0 148 0 0 0.9241 0.0000 0.0000 16.556 0.42 6.50 -6.08 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6780 0.3220 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000 0 0 0.9565 0.0435 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 768 155 613 72 0 22 2 59 0 1 612 0 0 0.4645 0.0000 0.0016 6.000 0.57 5.61 -5.04 44 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3652 0.5081 0.1267 1 1 0.3609 0.5079 0.1313 1 1 0.3550 0.5076 0.1375
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 339 117 222 113 0 2 0 2 0 0 222 0 0 0.9658 0.0000 0.0000 57.500 0.15 3.00 -2.85 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4405 0.5595 0.0000 0 0 0.8366 0.1634 0.0000 0 0 0.8954 0.1046 0.0000
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 860 178 682 97 0 11 21 49 0 0 675 0 7 0.5449 0.0000 0.0103 17.111 1.76 5.63 -3.87 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6883 0.3059 0.0059 1 0 0.6823 0.3113 0.0063 1 0 0.6742 0.3188 0.0070
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 584 269 315 0 0 35 1 233 0 0 314 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 6.686 5.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 349 150 199 92 0 7 0 51 0 0 195 0 4 0.6133 0.0000 0.0201 20.429 0.65 7.39 -6.74 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8034 0.1915 0.0051 1 0 0.7939 0.2003 0.0058 1 0 0.7806 0.2125 0.0069
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 280 128 152 62 0 2 0 64 0 0 149 1 2 0.4844 0.0000 0.0197 63.000 0.32 3.91 -3.58 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2551 0.5555 0.1894 1 1 0.2591 0.5522 0.1887 1 1 0.2643 0.5480 0.1877
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 634 219 415 8 0 7 1 203 0 0 412 0 3 0.0365 0.0000 0.0072 30.286 1.62 3.14 -1.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6734 0.3266 2 2 0.0000 0.1820 0.8180
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 170 73 97 3 0 0 0 70 0 0 97 0 0 0.0411 0.0000 0.0000 73.000 0.00 2.34 -2.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9583 0.0417 2 1 0.0000 0.5688 0.4312 2 2 0.0000 0.3628 0.6372
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 605 185 420 73 1 42 4 65 0 0 420 0 0 0.3946 0.0000 0.0000 3.488 0.42 3.20 -2.78 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4857 0.4907 0.0235 1 1 0.4865 0.4895 0.0240 1 1 0.4872 0.4881 0.0246
chr8 80486812 TGTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 347 97 250 53 3 2 0 39 0 0 249 0 1 0.5464 0.0000 0.0040 47.500 1.77 4.03 -2.25 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4492 0.4583 0.0925 1 1 0.4422 0.4610 0.0967 1 1 0.4329 0.4645 0.1026
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 717 258 459 148 0 6 0 104 0 0 459 0 0 0.5736 0.0000 0.0000 42.000 0.48 16.77 -16.29 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7565 0.2338 0.0098 1 0 0.7443 0.2444 0.0114 1 0 0.7273 0.2589 0.0138
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 521 149 372 2 1 33 10 103 0 0 367 0 5 0.0134 0.0000 0.0134 3.515 1.00 4.52 -3.52 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8390 0.1610 2 2 0.0000 0.2777 0.7223 2 2 0.0000 0.1503 0.8497
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 321 83 238 41 0 5 0 37 0 0 235 0 3 0.4940 0.0000 0.0126 15.600 2.68 3.35 -0.67 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2496 0.5244 0.2260 1 1 0.2501 0.5226 0.2274 1 1 0.2507 0.5202 0.2291
chr8 144111962 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 785 159 626 145 0 0 0 14 0 0 626 0 0 0.9119 0.0000 0.0000 159.000 0.29 2.29 -2.00 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.1517 0.8483 0.0000
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 829 165 664 0 1 30 1 133 0 0 645 0 19 0.0000 0.0000 0.0286 4.467 10.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0243 0.9757 2 2 0.0000 0.0256 0.9744 2 2 0.0000 0.0278 0.9722
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.050 1 -3 2 942 166 776 66 0 2 0 98 0 0 776 0 0 0.3976 0.0000 0.0000 82.000 0.27 3.08 -2.81 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0274 0.3252 0.6474 1 2 0.0303 0.3342 0.6355 1 2 0.0347 0.3461 0.6192
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 571 177 394 77 9 43 35 13 0 0 393 0 1 0.4350 0.0000 0.0025 3.070 0.09 3.00 -2.91 19 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8171 0.1794 0.0035 1 0 0.8079 0.1881 0.0040 1 0 0.7952 0.2000 0.0047
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 353 106 247 0 0 35 1 70 0 0 234 0 13 0.0000 0.0000 0.0526 2.000 7.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1080 0.8920 2 2 0.0000 0.1122 0.8878 2 2 0.0000 0.1181 0.8819
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 370 125 245 109 0 2 0 14 0 0 245 0 0 0.8720 0.0000 0.0000 61.500 0.17 1.57 -1.40 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0704 0.9296 0.0000
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 381 158 223 84 0 6 1 67 0 0 222 0 1 0.5316 0.0000 0.0045 25.333 0.24 3.06 -2.82 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4217 0.4831 0.0952 1 1 0.4164 0.4840 0.0996 1 1 0.4092 0.4853 0.1055
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 632 113 519 0 0 2 0 111 0 1 504 0 14 0.0000 0.0000 0.0289 55.500 4.82 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1567 0.8433 2 2 0.0000 0.0800 0.9200 2 2 0.0000 0.0670 0.9330
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 366 53 313 28 0 0 0 25 0 0 313 0 0 0.5283 0.0000 0.0000 53.000 0.29 1.16 -0.87 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2791 0.5134 0.2074 1 1 0.2783 0.5124 0.2092 1 1 0.2773 0.5111 0.2116
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 279 137 142 132 1 2 0 2 0 0 142 0 0 0.9635 0.0000 0.0000 67.000 0.16 3.00 -2.84 42 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5197 0.4803 0.0000 0 0 0.8745 0.1255 0.0000 0 0 0.9200 0.0800 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 480 117 363 0 0 4 0 113 0 0 344 0 19 0.0000 0.0000 0.0523 28.250 14.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0348 0.9652 2 2 0.0000 0.0371 0.9629 2 2 0.0000 0.0405 0.9595
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 705 153 552 2 0 18 0 133 0 0 531 0 21 0.0131 0.0000 0.0380 7.500 0.00 11.31 -11.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3520 0.6480 2 2 0.0000 0.0786 0.9214 2 2 0.0000 0.0498 0.9502
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 445 118 327 6 0 0 0 112 0 0 321 0 6 0.0508 0.0000 0.0183 118.000 0.00 3.25 -3.25 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.7497 0.2503 2 2 0.0000 0.3546 0.6454
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 309 110 199 2 1 30 6 71 0 0 197 1 1 0.0182 0.0000 0.0101 2.633 0.50 3.13 -2.63 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9351 0.0649 2 1 0.0000 0.5052 0.4948 2 2 0.0000 0.3128 0.6872
chr9 92474742 CTCATCA C 0.500000 0.050 1 -6 2 309 112 197 6 1 99 0 6 0 0 196 0 1 0.0536 0.0000 0.0051 0.125 1.83 5.67 -3.83 4 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2662 0.5036 0.2302 1 1 0.2656 0.5034 0.2310 1 1 0.2649 0.5031 0.2320
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 437 152 285 74 1 4 0 73 0 0 285 0 0 0.4868 0.0000 0.0000 37.000 0.18 8.96 -8.78 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2505 0.5439 0.2056 1 1 0.2515 0.5406 0.2080 1 1 0.2526 0.5364 0.2110
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 569 228 341 44 15 1 0 168 0 0 338 0 3 0.1930 0.0000 0.0088 227.000 8.91 3.20 5.71 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0100 0.9900 1 2 0.0000 0.0121 0.9879 1 2 0.0000 0.0156 0.9843
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 883 123 760 0 0 29 2 92 0 0 753 2 5 0.0000 0.0000 0.0092 3.172 5.55 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0772 0.9228 2 2 0.0000 0.0807 0.9193 2 2 0.0000 0.0857 0.9143
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 604 130 474 107 1 20 0 2 0 0 472 0 2 0.8231 0.0000 0.0042 5.450 0.30 6.50 -6.20 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0216 0.9784 0.0000 0 1 0.4975 0.5025 0.0000 0 0 0.7504 0.2496 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 324 134 190 0 0 3 0 131 0 0 184 1 5 0.0000 0.0000 0.0316 43.667 4.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0361 0.9639
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 444 89 355 35 2 10 0 42 0 0 355 0 0 0.3933 0.0000 0.0000 7.900 0.26 6.36 -6.10 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1830 0.5165 0.3005 1 1 0.1857 0.5152 0.2991 1 1 0.1892 0.5136 0.2972
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 669 151 518 143 1 3 1 3 0 0 518 0 0 0.9470 0.0000 0.0000 49.000 0.36 6.67 -6.31 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2067 0.7933 0.0000 0 0 0.8150 0.1850 0.0000 0 0 0.9072 0.0928 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 530 128 402 117 1 8 0 2 0 0 402 0 0 0.9141 0.0000 0.0000 14.875 0.48 1.00 -0.52 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4405 0.5595 0.0000 0 0 0.8292 0.1708 0.0000 0 0 0.8894 0.1106 0.0000
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 499 195 304 170 2 11 1 11 0 0 304 0 0 0.8718 0.0000 0.0000 16.727 0.31 4.27 -3.97 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0229 0.9771 0.0000 0 1 0.4180 0.5820 0.0000
chr9 128275972 CACATCAG C 0.500000 0.050 1 -7 2 430 112 318 66 0 1 0 45 0 0 316 1 1 0.5893 0.0000 0.0063 111.000 0.36 7.80 -7.44 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4864 0.4386 0.0750 1 0 0.4782 0.4425 0.0793 1 0 0.4674 0.4475 0.0852
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 508 160 348 0 0 3 0 157 0 0 346 1 1 0.0000 0.0000 0.0057 52.333 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0180 0.9820 2 2 0.0000 0.0195 0.9805 2 2 0.0000 0.0217 0.9783
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 261 65 196 0 0 1 1 63 0 0 195 0 1 0.0000 0.0000 0.0051 64.000 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1631 0.8369 2 2 0.0000 0.1676 0.8324 2 2 0.0000 0.1739 0.8261
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 557 167 390 9 5 41 4 108 0 0 379 1 10 0.0539 0.0000 0.0282 3.049 1.22 4.26 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020 2 1 0.0000 0.9027 0.0973
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 292 142 150 82 0 5 0 55 0 0 150 0 0 0.5775 0.0000 0.0000 27.400 0.17 2.73 -2.56 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5908 0.3681 0.0410 1 0 0.5798 0.3756 0.0446 1 0 0.5649 0.3853 0.0498
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 292 142 150 82 0 5 0 55 0 0 150 0 0 0.5775 0.0000 0.0000 27.400 0.17 2.73 -2.56 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5908 0.3681 0.0410 1 0 0.5798 0.3756 0.0446 1 0 0.5649 0.3853 0.0498
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 213 79 134 42 1 0 0 36 0 0 133 0 1 0.5316 0.0000 0.0075 78.000 0.24 1.56 -1.32 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3100 0.5144 0.1757 1 1 0.3082 0.5133 0.1785 1 1 0.3058 0.5119 0.1823
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 420 112 308 50 0 4 0 58 0 0 308 0 0 0.4464 0.0000 0.0000 27.000 0.46 1.10 -0.64 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1517 0.5139 0.3344 1 1 0.1552 0.5128 0.3320 1 1 0.1599 0.5115 0.3286
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 298 115 183 109 0 3 0 3 0 0 183 0 0 0.9478 0.0000 0.0000 37.333 0.37 3.00 -2.63 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1039 0.8961 0.0000 0 0 0.6648 0.3352 0.0000 0 0 0.8173 0.1827 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 214 80 134 5 0 7 1 67 0 0 133 0 1 0.0625 0.0000 0.0075 10.429 0.00 1.85 -1.85 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8358 0.1642 2 1 0.0000 0.5501 0.4499
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 461 137 324 82 1 12 3 39 0 0 314 0 10 0.5985 0.0000 0.0309 10.417 0.51 14.08 -13.56 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6427 0.3273 0.0300 1 0 0.6305 0.3364 0.0331 1 0 0.6139 0.3485 0.0376
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 202 112 90 48 1 22 0 41 0 0 90 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 4.091 0.17 3.07 -2.91 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3382 0.5084 0.1534 1 1 0.3354 0.5078 0.1568 1 1 0.3317 0.5069 0.1614
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.050 1 -9 1 768 188 580 101 1 11 0 75 0 0 576 0 4 0.5372 0.0000 0.0069 16.000 0.16 8.16 -8.00 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7000 0.2965 0.0036 1 0 0.6942 0.3020 0.0039 1 0 0.6862 0.3095 0.0043
chr10 13657133 CCGCCCCCCG C 0.028316 0.050 1 -9 1 776 161 615 128 0 31 1 1 0 0 615 0 0 0.7950 0.0000 0.0000 4.194 0.34 9.00 -8.66 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9913 0.0087 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 262 111 151 103 2 2 0 4 0 0 151 0 0 0.9279 0.0000 0.0000 54.500 0.10 4.50 -4.40 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0806 0.9194 0.0000 0 0 0.7976 0.2024 0.0000 0 0 0.9230 0.0770 0.0000
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 809 192 617 167 1 21 0 3 0 0 617 0 0 0.8698 0.0000 0.0000 8.143 0.35 6.00 -5.65 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3550 0.6450 0.0000 0 0 0.9014 0.0986 0.0000 0 0 0.9519 0.0481 0.0000
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 709 162 547 149 0 5 0 8 1 0 546 0 0 0.9198 0.0018 0.0018 31.400 0.11 3.50 -3.39 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3550 0.6450 0.0000 0 0 0.8415 0.1585 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 528 151 377 65 0 9 0 77 0 1 376 0 0 0.4305 0.0000 0.0027 15.778 0.28 1.29 -1.01 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1748 0.5504 0.2748 1 1 0.1803 0.5482 0.2715 1 1 0.1876 0.5455 0.2670
chr10 35640327 CCCGCGCCCGCGCCCG C 0.000522 0.050 1 -15 1 733 189 544 153 2 30 0 4 1 1 542 0 0 0.8095 0.0018 0.0037 5.300 1.75 16.25 -14.50 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9932 0.0068 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.050 1 -6 1 779 170 609 93 0 5 0 72 0 0 607 0 2 0.5471 0.0000 0.0033 33.000 0.18 5.78 -5.59 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6656 0.3307 0.0037 1 0 0.6608 0.3352 0.0040 1 0 0.6543 0.3414 0.0043
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 142 76 66 51 1 3 1 20 0 0 65 0 1 0.6711 0.0000 0.0152 24.333 1.71 12.90 -11.19 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7971 0.2026 0.0003 1 0 0.7889 0.2108 0.0003 1 0 0.7778 0.2219 0.0003
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 142 70 72 52 0 0 0 18 1 0 67 0 4 0.7429 0.0139 0.0694 70.000 1.69 13.33 -11.64 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8074 0.1923 0.0002 1 0 0.7992 0.2006 0.0003 1 0 0.7878 0.2118 0.0003
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 424 104 320 78 1 18 1 6 0 0 320 0 0 0.7500 0.0000 0.0000 4.778 0.40 4.67 -4.27 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2565 0.7435 0.0000 0 0 0.7195 0.2805 0.0000
chr10 87234508 TCTC T 0.013816 0.050 1 -3 2 554 221 333 151 2 6 1 61 0 0 333 0 0 0.6833 0.0000 0.0000 35.833 0.28 3.11 -2.84 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9856 0.0144 0.0000 1 0 0.9832 0.0168 0.0000 1 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 711 147 564 137 0 7 0 3 0 0 564 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 20.000 1.42 6.00 -4.58 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4059 0.5941 0.0000 0 0 0.9201 0.0799 0.0000 0 0 0.9623 0.0377 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 352 85 267 46 0 6 0 33 0 0 265 1 1 0.5412 0.0000 0.0075 13.167 0.28 6.24 -5.96 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3963 0.4832 0.1205 1 1 0.3917 0.4841 0.1242 1 1 0.3855 0.4852 0.1292
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 330 145 185 75 0 9 0 61 0 0 184 0 1 0.5172 0.0000 0.0054 15.111 0.31 2.77 -2.46 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5299 0.4268 0.0433 1 0 0.5260 0.4288 0.0452 1 0 0.5207 0.4316 0.0477
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 208 79 129 0 0 2 0 77 0 0 129 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 38.500 3.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0522 0.9478 2 2 0.0000 0.0541 0.9459 2 2 0.0000 0.0569 0.9431
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 361 74 287 15 2 6 13 38 0 5 276 3 3 0.2027 0.0000 0.0383 9.167 0.80 1.89 -1.09 13 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0237 0.2814 0.6949 1 2 0.0263 0.2919 0.6818 1 2 0.0302 0.3059 0.6639
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 560 103 457 50 0 7 0 46 0 0 449 0 8 0.4854 0.0000 0.0175 13.714 1.52 12.74 -11.22 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3569 0.5658 0.0773 1 1 0.3608 0.5623 0.0770 1 1 0.3658 0.5577 0.0765
chr10 127738728 G GGCC 0.003313 0.050 1 3 1 451 106 345 56 0 3 0 47 0 0 340 0 5 0.5283 0.0000 0.0145 34.333 0.20 3.21 -3.02 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5150 0.4838 0.0012 1 0 0.5156 0.4832 0.0012 1 0 0.5162 0.4826 0.0012
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 330 103 227 56 0 6 0 41 0 0 226 0 1 0.5437 0.0000 0.0044 16.167 0.07 1.02 -0.95 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4203 0.4743 0.1053 1 1 0.4145 0.4760 0.1095 1 1 0.4066 0.4782 0.1153
chr10 133423454 CGCCGCCCCGGCT C 0.004943 0.050 1 -12 2 389 90 299 44 2 10 0 34 0 0 296 0 3 0.4889 0.0000 0.0100 8.000 1.80 13.44 -11.65 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5817 0.4171 0.0012 1 0 0.5794 0.4193 0.0012 1 0 0.5763 0.4224 0.0013
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 531 122 409 2 0 8 0 112 0 0 407 0 2 0.0164 0.0000 0.0049 14.250 4.50 2.84 1.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7404 0.2596 2 2 0.0000 0.3049 0.6951 2 2 0.0000 0.2079 0.7921
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 217 87 130 5 1 1 0 80 0 0 130 0 0 0.0575 0.0000 0.0000 86.000 0.20 2.12 -1.93 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9045 0.0955 2 1 0.0000 0.6330 0.3670
chr11 798222 T TCGC 0.001315 0.050 1 3 1 512 156 356 128 1 20 0 7 0 0 356 0 0 0.8205 0.0000 0.0000 6.800 0.33 4.14 -3.81 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1762 0.8238 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 396 147 249 79 1 9 1 57 0 0 249 0 0 0.5374 0.0000 0.0000 15.222 0.33 1.75 -1.43 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6752 0.3126 0.0122 1 0 0.6683 0.3185 0.0132 1 0 0.6589 0.3266 0.0145
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 876 137 739 42 0 61 1 33 0 0 739 0 0 0.3066 0.0000 0.0000 1.246 0.55 5.42 -4.88 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3173 0.5122 0.1704 1 1 0.3143 0.5116 0.1741 1 1 0.3103 0.5108 0.1789
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 696 205 491 130 2 68 0 5 0 0 491 0 0 0.6341 0.0000 0.0000 2.015 0.28 1.80 -1.52 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 1 0.3871 0.6129 0.0000 0 0 0.7172 0.2828 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 334 109 225 0 0 2 0 107 0 0 223 1 1 0.0000 0.0000 0.0089 53.500 2.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0605 0.9395 2 2 0.0000 0.0637 0.9363 2 2 0.0000 0.0683 0.9317
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 687 227 460 3 0 5 0 219 0 0 460 0 0 0.0132 0.0000 0.0000 44.400 0.00 1.16 -1.16 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3437 0.6563 2 2 0.0000 0.0322 0.9678 2 2 0.0000 0.0157 0.9843
chr11 4545229 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 318 84 234 36 0 0 0 48 0 0 234 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 84.000 0.25 1.21 -0.96 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.4840 0.3953 1 1 0.1247 0.4851 0.3902 1 1 0.1301 0.4864 0.3834
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 185 88 97 0 0 3 82 3 0 0 95 2 0 0.0000 0.0000 0.0206 1.667 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1617 0.8383 2 2 0.0000 0.1672 0.8328 2 2 0.0000 0.1749 0.8251
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.050 1 2 1 185 90 95 0 0 3 1 86 0 0 93 0 2 0.0000 0.0000 0.0211 43.500 2.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0956 0.9044 2 2 0.0000 0.0995 0.9005 2 2 0.0000 0.1052 0.8948
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 547 139 408 132 0 3 0 4 0 0 408 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 45.333 0.30 2.75 -2.45 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0411 0.9589 0.0000 0 0 0.6438 0.3562 0.0000 0 0 0.8429 0.1571 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 637 151 486 0 0 2 0 149 0 0 478 1 7 0.0000 0.0000 0.0165 74.500 6.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0189 0.9811 2 2 0.0000 0.0204 0.9796 2 2 0.0000 0.0227 0.9773
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 472 132 340 0 0 2 1 129 0 0 340 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 65.000 1.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0366 0.9634 2 2 0.0000 0.0390 0.9610 2 2 0.0000 0.0425 0.9575
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 676 133 543 64 0 4 1 64 0 0 543 0 0 0.4812 0.0000 0.0000 32.250 0.81 4.08 -3.27 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2191 0.5390 0.2418 1 1 0.2210 0.5361 0.2429 1 1 0.2233 0.5324 0.2443
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.050 1 4 1 634 140 494 135 0 0 0 5 0 0 494 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 140.000 1.57 5.60 -4.03 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.4975 0.5025 0.0000 0 0 0.7987 0.2013 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 738 121 617 0 0 9 0 112 0 0 593 0 24 0.0000 0.0000 0.0389 12.444 8.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0335 0.9665 2 2 0.0000 0.0367 0.9633
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 5 614 180 434 76 4 24 0 76 0 0 433 0 1 0.4222 0.0000 0.0023 6.500 0.22 3.16 -2.93 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2609 0.5451 0.1940 1 1 0.2615 0.5417 0.1968 1 1 0.2623 0.5374 0.2003
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 293 159 134 70 0 16 2 71 0 0 133 0 1 0.4403 0.0000 0.0075 8.875 0.53 4.46 -3.94 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1881 0.5395 0.2724 1 1 0.1909 0.5365 0.2726 1 1 0.1946 0.5328 0.2726
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 519 139 380 1 1 51 0 86 0 0 370 0 10 0.0072 0.0000 0.0263 1.725 3.00 7.52 -4.52 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6450 0.3550 2 2 0.0000 0.2553 0.7447 2 2 0.0000 0.1722 0.8278
chr11 18105983 A ACCTCCT 0.500000 0.050 1 6 2 359 210 149 89 0 24 0 97 0 0 146 0 3 0.4238 0.0000 0.0201 7.750 0.19 5.69 -5.50 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1175 0.5200 0.3625 1 1 0.1218 0.5184 0.3598 1 1 0.1276 0.5163 0.3561
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.050 1 -12 1 310 62 248 34 0 4 0 24 0 0 245 0 3 0.5484 0.0000 0.0121 14.500 0.85 10.33 -9.48 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3306 0.5039 0.1655 1 1 0.3279 0.5036 0.1685 1 1 0.3242 0.5032 0.1726
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 217 90 127 0 0 2 0 88 0 0 122 1 4 0.0000 0.0000 0.0394 44.000 5.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0879 0.9121 2 2 0.0000 0.0917 0.9083 2 2 0.0000 0.0972 0.9028
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 854 273 581 258 0 10 0 5 0 0 581 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 26.300 0.20 3.00 -2.80 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1585 0.8415 0.0000 0 0 0.9536 0.0464 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000
chr11 56361197 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 456 82 374 37 0 4 0 41 0 0 374 0 0 0.4512 0.0000 0.0000 19.500 0.59 1.27 -0.67 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1936 0.5189 0.2875 1 1 0.1959 0.5175 0.2866 1 1 0.1990 0.5157 0.2853
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 731 155 576 0 0 3 0 152 0 0 572 0 4 0.0000 0.0000 0.0069 50.667 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 97 54 43 53 0 0 0 1 0 0 43 0 0 0.9815 0.0000 0.0000 54.000 0.17 2.00 -1.83 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4259 0.5741 0.0000 0 0 0.6546 0.3454 0.0000 0 0 0.7107 0.2893 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 293 111 182 84 5 20 0 2 0 0 182 0 0 0.7568 0.0000 0.0000 4.550 0.86 6.00 -5.14 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2643 0.7357 0.0000 0 0 0.7025 0.2975 0.0000 0 0 0.8006 0.1994 0.0000
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 663 164 499 87 0 36 1 40 1 0 473 0 25 0.5305 0.0020 0.0521 3.556 0.14 8.15 -8.01 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5189 0.4221 0.0589 1 0 0.5103 0.4267 0.0630 1 0 0.4985 0.4327 0.0687
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 835 239 596 161 0 40 0 38 0 0 579 0 17 0.6736 0.0000 0.0285 4.975 0.21 11.53 -11.32 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9864 0.0136 0.0000 1 0 0.9837 0.0163 0.0000 1 0 0.9793 0.0206 0.0001
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 848 222 626 0 0 6 1 215 0 0 625 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 36.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 221 87 134 50 0 6 0 31 0 0 133 0 1 0.5747 0.0000 0.0075 13.500 0.12 14.29 -14.17 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4814 0.4373 0.0813 1 0 0.4730 0.4414 0.0856 1 0 0.4619 0.4466 0.0914
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 182 109 73 106 0 0 0 3 0 0 73 0 0 0.9725 0.0000 0.0000 109.000 0.25 3.00 -2.75 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0991 0.9009 0.0000 0 0 0.6488 0.3512 0.0000 0 0 0.8064 0.1936 0.0000
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 487 104 383 57 0 2 0 45 0 0 383 0 0 0.5481 0.0000 0.0000 51.000 0.30 4.18 -3.88 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3911 0.4895 0.1194 1 1 0.3864 0.4902 0.1235 1 1 0.3800 0.4910 0.1290
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1284 351 933 1 3 73 6 268 1 0 930 1 1 0.0028 0.0011 0.0032 3.847 4.00 7.34 -3.34 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.0108 0.9892 2 2 0.0000 0.0052 0.9948
chr11 113983120 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 249 90 159 42 0 1 0 47 0 0 159 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 89.000 0.24 1.11 -0.87 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1820 0.5196 0.2984 1 1 0.1847 0.5181 0.2972 1 1 0.1883 0.5163 0.2955
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 782 213 569 10 1 27 2 173 0 0 566 1 2 0.0469 0.0000 0.0053 6.889 0.60 10.25 -9.65 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9384 0.0616 2 2 0.0000 0.4336 0.5664
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.050 1 -8 2 243 103 140 0 0 6 1 96 0 0 139 0 1 0.0000 0.0000 0.0071 16.000 7.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0784 0.9216 2 2 0.0000 0.0821 0.9179 2 2 0.0000 0.0873 0.9127
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 334 121 213 61 0 6 0 54 0 0 213 0 0 0.5041 0.0000 0.0000 19.167 0.57 5.96 -5.39 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3196 0.5204 0.1600 1 1 0.3178 0.5189 0.1633 1 1 0.3153 0.5169 0.1678
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 454 160 294 63 1 14 2 80 0 0 291 1 2 0.3937 0.0000 0.0102 10.429 0.51 3.75 -3.24 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0633 0.4297 0.5070 1 2 0.0674 0.4339 0.4986 1 2 0.0732 0.4394 0.4873
chr12 139085 A AGAG 0.000224 0.050 1 3 2 510 108 402 91 0 12 0 5 0 0 402 0 0 0.8426 0.0000 0.0000 8.000 0.87 3.00 -2.13 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9258 0.0742 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 386 147 239 73 0 2 0 72 1 0 235 0 3 0.4966 0.0042 0.0167 72.500 0.16 1.89 -1.72 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1760 0.5429 0.2811 1 1 0.1776 0.5396 0.2827 1 1 0.1798 0.5355 0.2848
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 555 140 415 59 4 19 1 57 1 0 410 0 4 0.4214 0.0024 0.0120 6.368 0.14 3.04 -2.90 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2857 0.5339 0.1804 1 1 0.2865 0.5312 0.1823 1 1 0.2874 0.5279 0.1847
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 580 126 454 9 0 1 0 116 0 0 447 0 7 0.0714 0.0000 0.0154 125.000 1.67 2.84 -1.18 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9922 0.0078 2 1 0.0000 0.9068 0.0932
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 583 127 456 9 0 2 1 115 0 0 447 0 9 0.0709 0.0000 0.0197 62.000 1.67 2.88 -1.21 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 1 0.0000 0.9032 0.0968
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 427 134 293 6 0 32 9 87 0 0 291 0 2 0.0448 0.0000 0.0068 3.188 0.17 2.98 -2.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.7965 0.2035 2 2 0.0000 0.4147 0.5853
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 1195 288 907 108 1 1 0 178 0 0 898 0 9 0.3750 0.0000 0.0099 287.000 2.02 3.96 -1.94 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0429 0.9569 1 2 0.0003 0.0482 0.9515 1 2 0.0004 0.0561 0.9435
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 266 113 153 59 0 3 0 51 0 0 151 0 2 0.5221 0.0000 0.0131 36.667 0.10 5.00 -4.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3052 0.5238 0.1710 1 1 0.3038 0.5220 0.1741 1 1 0.3019 0.5198 0.1783
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.050 1 -5 3 610 170 440 82 5 4 7 72 0 0 440 0 0 0.4824 0.0000 0.0000 41.000 0.34 8.58 -8.24 16 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5487 0.4458 0.0055 1 0 0.5483 0.4461 0.0057 1 0 0.5474 0.4466 0.0059
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.050 1 -4 1 607 167 440 80 4 8 4 71 0 0 440 0 0 0.4790 0.0000 0.0000 52.667 0.34 8.69 -8.35 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5564 0.4383 0.0053 1 0 0.5555 0.4390 0.0055 1 0 0.5542 0.4400 0.0058
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 324 165 159 77 1 12 3 72 0 0 159 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 12.750 0.36 4.25 -3.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1708 0.5570 0.2722 1 1 0.1711 0.5532 0.2757 1 1 0.1714 0.5484 0.2802
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 483 116 367 112 0 1 0 3 0 0 367 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 115.000 0.10 3.67 -3.57 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1600 0.8400 0.0000 0 0 0.7648 0.2352 0.0000 0 0 0.8798 0.1202 0.0000
chr12 40406131 C CGTCAGGATG 0.058262 0.050 1 9 2 150 72 78 36 0 5 0 31 0 0 71 1 6 0.5000 0.0000 0.0897 13.400 1.28 7.65 -6.37 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4240 0.5440 0.0320 1 1 0.4266 0.5415 0.0319 1 1 0.4299 0.5383 0.0318
chr12 40449704 CT C 0.008989 0.050 1 -1 1 136 72 64 41 0 0 0 31 0 0 64 0 0 0.5694 0.0000 0.0000 72.000 0.15 1.13 -0.98 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5969 0.4011 0.0020 1 0 0.5938 0.4041 0.0021 1 0 0.5898 0.4081 0.0022
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 791 105 686 0 0 56 1 48 0 0 662 0 24 0.0000 0.0000 0.0350 0.857 4.94 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1295 0.8705 2 2 0.0000 0.1337 0.8663 2 2 0.0000 0.1397 0.8603
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 890 205 685 106 1 17 2 79 0 1 683 0 1 0.5171 0.0000 0.0029 10.941 0.68 13.49 -12.81 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5886 0.3742 0.0372 1 0 0.5791 0.3804 0.0405 1 0 0.5662 0.3887 0.0452
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1097 287 810 212 1 72 0 2 0 0 810 0 0 0.7387 0.0000 0.0000 2.972 0.25 18.00 -17.75 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9938 0.0062 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 357 101 256 99 0 0 0 2 0 0 256 0 0 0.9802 0.0000 0.0000 101.000 0.16 1.50 -1.34 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4065 0.5935 0.0000 0 0 0.8158 0.1842 0.0000 0 0 0.8819 0.1181 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 113 61 52 0 0 2 0 59 0 0 52 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 29.500 2.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1133 0.8867 2 2 0.0000 0.1163 0.8837 2 2 0.0000 0.1206 0.8794
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 250 83 167 12 18 32 11 10 0 0 166 1 0 0.1446 0.0000 0.0060 1.267 3.67 1.90 1.77 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4657 0.4625 0.0718 1 1 0.4632 0.4637 0.0732 1 1 0.4597 0.4653 0.0750
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 939 258 681 0 0 29 3 226 0 0 678 0 3 0.0000 0.0000 0.0044 7.897 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 329 76 253 67 0 7 0 2 0 0 253 0 0 0.8816 0.0000 0.0000 9.857 0.40 3.00 -2.60 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1710 0.8290 0.0000 0 0 0.5785 0.4215 0.0000 0 0 0.7033 0.2967 0.0000
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.050 1 -30 1 1586 508 1078 409 4 76 1 18 2 11 1057 0 8 0.8051 0.0019 0.0195 5.658 0.78 21.72 -20.94 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.6224 0.3776 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 593 149 444 82 0 8 0 59 0 0 438 1 5 0.5503 0.0000 0.0135 20.143 0.26 8.63 -8.37 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4453 0.4687 0.0861 1 1 0.4390 0.4705 0.0904 1 1 0.4306 0.4730 0.0964
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 644 185 459 0 1 21 9 154 0 1 452 2 4 0.0000 0.0000 0.0153 7.714 3.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0562 0.9438 2 2 0.0000 0.0320 0.9680 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 184 94 90 3 0 2 0 89 0 0 90 0 0 0.0319 0.0000 0.0000 92.000 0.33 2.35 -2.01 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9349 0.0651 2 2 0.0000 0.4560 0.5440 2 2 0.0000 0.2682 0.7318
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 222 104 118 46 0 14 0 44 0 0 117 0 1 0.4423 0.0000 0.0085 6.923 0.13 6.02 -5.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2443 0.5277 0.2280 1 1 0.2451 0.5256 0.2293 1 1 0.2460 0.5230 0.2310
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 381 116 265 0 0 10 0 106 0 1 256 0 8 0.0000 0.0000 0.0340 10.600 5.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0573 0.9427 2 2 0.0000 0.0601 0.9399 2 2 0.0000 0.0643 0.9357
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 319 82 237 1 0 6 0 75 0 0 226 0 11 0.0122 0.0000 0.0464 12.667 0.00 12.13 -12.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3702 0.6298 2 2 0.0000 0.1896 0.8104 2 2 0.0000 0.1558 0.8442
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 622 155 467 1 0 27 1 126 0 0 440 0 27 0.0065 0.0000 0.0578 4.741 0.00 8.21 -8.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0960 0.9040 2 2 0.0000 0.0419 0.9581 2 2 0.0000 0.0349 0.9651
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 244 95 149 25 3 24 2 41 0 1 140 0 8 0.2632 0.0000 0.0604 2.958 0.24 5.56 -5.32 11 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0602 0.3979 0.5420 1 2 0.0642 0.4042 0.5316 1 2 0.0699 0.4124 0.5177
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 244 95 149 28 0 26 0 41 0 1 140 0 8 0.2947 0.0000 0.0604 2.654 0.68 5.56 -4.88 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0688 0.4146 0.5166 1 2 0.0730 0.4200 0.5070 1 2 0.0788 0.4270 0.4942
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 206 82 124 7 1 10 0 64 0 0 120 1 3 0.0854 0.0000 0.0323 7.200 1.43 3.84 -2.42 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9743 0.0257 2 1 0.0000 0.7917 0.2083
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 245 66 179 0 1 6 1 58 0 0 177 0 2 0.0000 0.0000 0.0112 9.833 8.86 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2033 0.7967 2 2 0.0000 0.2042 0.7958 2 2 0.0000 0.2069 0.7931
chr12 132143818 CGGCGCCTCCTCGCTGCTCCCTGCGCTGGGCTCCCCT C 0.500000 0.050 1 -36 5 526 161 365 112 2 44 0 3 0 0 365 0 0 0.6957 0.0000 0.0000 2.659 0.60 2.33 -1.74 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1162 0.8838 0.0000 0 0 0.6916 0.3084 0.0000 0 0 0.8345 0.1655 0.0000
chr13 30461360 TTCA T 0.001253 0.050 1 -3 1 174 51 123 47 0 3 0 1 0 0 123 0 0 0.9216 0.0000 0.0000 16.000 0.60 4.00 -3.40 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.050 1 6 1 659 133 526 1 1 36 0 95 0 0 518 2 6 0.0075 0.0000 0.0152 2.771 0.00 6.37 -6.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9308 0.0692 2 1 0.0000 0.6958 0.3042 2 1 0.0000 0.5785 0.4215
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 163 81 82 73 0 6 0 2 0 0 82 0 0 0.9012 0.0000 0.0000 12.500 0.40 4.50 -4.10 27 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9133 0.0867 0.0000 0 0 0.9859 0.0141 0.0000 0 0 0.9917 0.0083 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 565 68 497 0 0 7 0 61 0 0 495 1 1 0.0000 0.0000 0.0040 8.714 4.38 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0444 0.9556 2 2 0.0000 0.0458 0.9542 2 2 0.0000 0.0477 0.9523
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 477 56 421 2 0 19 1 34 0 1 406 3 11 0.0357 0.0000 0.0356 1.947 0.50 5.59 -5.09 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8936 0.1064 2 1 0.0000 0.5534 0.4466 2 2 0.0000 0.4119 0.5881
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 2 705 201 504 105 1 1 0 94 0 0 504 0 0 0.5224 0.0000 0.0000 199.000 0.38 9.35 -8.97 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3657 0.5206 0.1137 1 1 0.3630 0.5189 0.1181 1 1 0.3592 0.5168 0.1240
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 659 161 498 143 1 13 0 4 3 1 494 0 0 0.8882 0.0060 0.0080 11.385 0.99 6.75 -5.76 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0573 0.9427 0.0000 0 0 0.7277 0.2723 0.0000 0 0 0.8875 0.1125 0.0000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 311 131 180 1 0 48 1 81 0 0 176 0 4 0.0076 0.0000 0.0222 1.729 0.00 9.83 -9.83 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3706 0.6294 2 2 0.0000 0.1898 0.8102 2 2 0.0000 0.1561 0.8439
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 412 92 320 47 0 2 1 42 0 0 316 0 4 0.5109 0.0000 0.0125 45.000 0.47 4.17 -3.70 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2358 0.5287 0.2356 1 1 0.2368 0.5265 0.2367 1 1 0.2382 0.5238 0.2380
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 542 119 423 113 0 2 1 3 0 0 423 0 0 0.9496 0.0000 0.0000 58.500 0.52 3.33 -2.81 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0424 0.9576 0.0000 0 0 0.5568 0.4432 0.0000 0 0 0.7792 0.2208 0.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 465 105 360 0 0 5 1 99 0 0 360 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.000 1.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0890 0.9110 2 2 0.0000 0.0931 0.9069 2 2 0.0000 0.0992 0.9008
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 419 109 310 12 0 1 0 96 0 0 303 0 7 0.1101 0.0000 0.0226 108.000 0.25 18.96 -18.71 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.9075 0.0925
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 422 91 331 51 0 5 1 34 0 0 329 0 2 0.5604 0.0000 0.0060 17.200 0.24 1.09 -0.85 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2902 0.5398 0.1700 1 1 0.2847 0.5395 0.1759 1 1 0.2774 0.5388 0.1838
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 485 118 367 51 0 7 0 60 0 0 365 0 2 0.4322 0.0000 0.0054 15.857 0.43 2.90 -2.47 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1078 0.4847 0.4075 1 1 0.1113 0.4851 0.4036 1 1 0.1160 0.4857 0.3983
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 446 110 336 0 0 3 0 107 0 0 336 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.667 5.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1492 0.8508 2 2 0.0000 0.1561 0.8439 2 2 0.0000 0.1661 0.8339
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 598 193 405 97 0 13 2 81 0 0 405 0 0 0.5026 0.0000 0.0000 13.846 0.47 3.30 -2.82 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5949 0.3953 0.0098 1 0 0.5922 0.3975 0.0103 1 0 0.5884 0.4006 0.0110
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.050 1 1 2 325 132 193 125 2 4 0 1 0 0 193 0 0 0.9470 0.0000 0.0000 32.000 0.18 2.00 -1.82 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9894 0.0106 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 261 77 184 43 0 1 0 33 0 0 183 0 1 0.5584 0.0000 0.0054 76.000 0.35 1.15 -0.80 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5546 0.4254 0.0200 1 0 0.5519 0.4276 0.0206 1 0 0.5481 0.4305 0.0214
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 396 113 283 42 0 24 1 46 0 0 280 0 3 0.3717 0.0000 0.0106 3.708 0.38 5.70 -5.31 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2132 0.5409 0.2459 1 1 0.2176 0.5390 0.2434 1 1 0.2235 0.5366 0.2399
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 687 117 570 0 0 22 1 94 0 0 551 1 18 0.0000 0.0000 0.0333 4.318 6.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0124 0.9876 2 2 0.0000 0.0134 0.9866
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 160 60 100 35 0 4 0 21 0 0 97 0 3 0.5833 0.0000 0.0300 14.000 0.20 3.52 -3.32 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6089 0.3872 0.0039 1 0 0.6052 0.3908 0.0041 1 0 0.6001 0.3956 0.0043
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 650 169 481 0 0 42 1 126 0 0 475 0 6 0.0000 0.0000 0.0125 3.024 7.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0086 0.9914 2 2 0.0000 0.0094 0.9906
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 431 96 335 0 2 4 13 77 0 0 332 3 0 0.0000 0.0000 0.0090 27.333 4.55 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1802 0.8198 2 2 0.0000 0.1716 0.8284 2 2 0.0000 0.1672 0.8328
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 534 164 370 7 0 23 3 131 0 0 370 0 0 0.0427 0.0000 0.0000 6.130 0.14 3.17 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6854 0.3146 2 2 0.0000 0.2312 0.7688
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 205 73 132 4 0 2 1 66 0 1 128 0 3 0.0548 0.0000 0.0303 35.500 0.25 8.82 -8.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.8906 0.1094 2 1 0.0000 0.6641 0.3359
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 235 65 170 0 0 9 0 56 0 0 166 0 4 0.0000 0.0000 0.0235 6.222 7.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2226 0.7774 2 2 0.0000 0.2279 0.7721 2 2 0.0000 0.2352 0.7648
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 500 87 413 65 5 12 1 4 0 0 413 0 0 0.7471 0.0000 0.0000 6.636 0.29 10.00 -9.71 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0372 0.9628 0.0000 0 0 0.6427 0.3573 0.0000 0 0 0.8511 0.1489 0.0000
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 425 134 291 4 0 9 0 121 0 0 286 1 4 0.0299 0.0000 0.0172 13.889 1.25 3.80 -2.55 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9873 0.0127 2 1 0.0000 0.6367 0.3633 2 2 0.0000 0.3690 0.6310
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.050 1 -6 1 321 52 269 4 0 7 0 41 6 3 244 10 6 0.0769 0.0223 0.0929 6.429 2.00 6.02 -4.02 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0100 0.9078 0.0822 2 1 0.0002 0.9982 0.0016 2 1 0.0000 0.9947 0.0053
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 180 50 130 0 0 5 1 44 0 2 115 12 1 0.0000 0.0000 0.1154 9.000 3.82 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0074 0.9926
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 312 97 215 0 1 2 0 94 0 0 214 0 1 0.0000 0.0000 0.0047 47.500 1.87 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1791 0.8209 2 2 0.0000 0.1735 0.8265 2 2 0.0000 0.1729 0.8271
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 209 97 112 0 0 1 91 5 0 0 111 1 0 0.0000 0.0000 0.0089 7.000 1.60 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1985 0.8015 2 2 0.0000 0.2062 0.7938 2 2 0.0000 0.2172 0.7828
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 209 97 112 0 0 6 2 89 0 0 111 0 1 0.0000 0.0000 0.0089 15.167 2.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0504 0.9496 2 2 0.0000 0.0527 0.9473 2 2 0.0000 0.0559 0.9441
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 683 146 537 0 0 36 5 105 0 0 530 0 7 0.0000 0.0000 0.0130 3.143 4.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0244 0.9756 2 2 0.0000 0.0258 0.9742 2 2 0.0000 0.0278 0.9722
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 465 160 305 69 0 3 0 88 0 0 304 0 1 0.4313 0.0000 0.0033 52.333 1.45 2.05 -0.60 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1055 0.5152 0.3793 1 1 0.1116 0.5168 0.3716 1 1 0.1199 0.5187 0.3613
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 461 146 315 125 0 14 0 7 0 0 315 0 0 0.8562 0.0000 0.0000 9.429 0.16 4.00 -3.84 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2677 0.7323 0.0000 0 0 0.7272 0.2728 0.0000
chr15 65964929 CA C 0.000030 0.050 1 -1 1 361 138 223 134 1 0 0 3 0 0 223 0 0 0.9710 0.0000 0.0000 138.000 0.67 1.67 -1.00 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 171 95 76 5 0 1 0 89 0 0 74 0 2 0.0526 0.0000 0.0263 94.000 0.20 3.01 -2.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9975 0.0025 2 1 0.0000 0.7697 0.2303 2 2 0.0000 0.4473 0.5527
chr15 72737574 TAA T 0.000073 0.050 1 -2 3 758 139 619 77 0 5 0 57 0 1 616 0 2 0.5540 0.0000 0.0048 26.800 0.25 2.09 -1.84 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6813 0.3187 0.0000 1 0 0.6763 0.3237 0.0000 1 0 0.6694 0.3305 0.0000
chr15 75208267 ATCCAGC A 0.000063 0.050 1 -6 3 691 147 544 58 0 33 0 56 0 0 540 0 4 0.3946 0.0000 0.0074 3.455 0.50 6.02 -5.52 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4395 0.5605 0.0000 1 1 0.4431 0.5568 0.0000 1 1 0.4477 0.5522 0.0000
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 445 111 334 48 1 5 2 55 0 0 333 0 1 0.4324 0.0000 0.0030 21.200 0.33 3.67 -3.34 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1131 0.4904 0.3966 1 1 0.1161 0.4903 0.3936 1 1 0.1203 0.4902 0.3895
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 413 98 315 39 0 21 0 38 0 0 312 0 3 0.3980 0.0000 0.0095 3.667 0.41 12.66 -12.25 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3593 0.5390 0.1017 1 1 0.3618 0.5366 0.1016 1 1 0.3649 0.5336 0.1015
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 782 170 612 0 1 31 0 138 0 0 593 0 19 0.0000 0.0000 0.0310 4.452 15.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0297 0.9703 2 2 0.0000 0.0313 0.9687 2 2 0.0000 0.0340 0.9660
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 398 137 261 0 0 4 0 133 0 0 249 0 12 0.0000 0.0000 0.0460 33.250 6.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.050 1 -3 2 576 232 344 110 0 34 10 78 0 0 341 0 3 0.4741 0.0000 0.0087 5.824 0.21 3.23 -3.02 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6201 0.3637 0.0162 1 0 0.6154 0.3673 0.0172 1 0 0.6089 0.3723 0.0188
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 576 238 338 116 1 108 1 12 0 0 338 0 0 0.4874 0.0000 0.0000 1.229 0.20 5.83 -5.64 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 1 0.2466 0.7534 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 22 14 8 8 0 0 0 6 0 0 7 0 1 0.5714 0.0000 0.1250 14.000 0.12 1.00 -0.88 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4149 0.4967 0.0884 1 1 0.4146 0.4967 0.0887 1 1 0.4143 0.4967 0.0890
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 334 74 260 0 0 2 1 71 0 0 260 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 36.000 6.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 334 74 260 0 0 2 1 71 0 0 260 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 36.000 6.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 457 115 342 57 1 4 0 53 0 0 341 0 1 0.4957 0.0000 0.0029 27.750 0.18 2.92 -2.75 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2219 0.5405 0.2376 1 1 0.2215 0.5378 0.2407 1 1 0.2208 0.5345 0.2447
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.050 1 -42 2 338 126 212 32 1 43 2 48 0 0 202 0 10 0.2540 0.0000 0.0472 1.907 1.59 4.79 -3.20 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1475 0.6744 0.1781 1 1 0.1563 0.6733 0.1704 1 1 0.1684 0.6711 0.1605
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 144 53 91 0 0 1 0 52 0 0 91 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 52.000 2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr16 15873504 T TCTA 0.057892 0.050 1 3 2 139 69 70 31 0 3 0 35 0 0 70 0 0 0.4493 0.0000 0.0000 22.000 0.00 2.89 -2.89 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4011 0.5623 0.0366 1 1 0.4044 0.5593 0.0363 1 1 0.4087 0.5553 0.0360
chr16 21984339 T TGAGGTAGAG 0.000117 0.050 1 9 1 392 151 241 116 1 33 0 1 0 0 241 0 0 0.7682 0.0000 0.0000 3.576 0.15 9.00 -8.85 72 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 303 181 122 100 0 0 0 81 0 0 122 0 0 0.5525 0.0000 0.0000 181.000 0.41 1.19 -0.78 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6474 0.3438 0.0088 1 0 0.6427 0.3480 0.0094 1 0 0.6361 0.3537 0.0102
chr16 28320769 TTGCCCGTGCCGGTGCCGGTGCCAG T 0.000421 0.050 1 -24 3 509 116 393 66 1 11 0 38 1 0 384 0 8 0.5690 0.0025 0.0229 9.545 0.36 19.00 -18.64 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7206 0.2794 0.0000 1 0 0.7142 0.2857 0.0000 1 0 0.7056 0.2944 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 153 91 62 53 0 2 2 34 0 0 61 0 1 0.5824 0.0000 0.0161 44.500 0.36 1.88 -1.52 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4509 0.4564 0.0927 1 1 0.4438 0.4592 0.0970 1 1 0.4343 0.4629 0.1028
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 337 152 185 85 64 1 0 2 0 0 185 0 0 0.5592 0.0000 0.0000 88.000 0.20 10.00 -9.80 39 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5422 0.4578 0.0000 0 0 0.8836 0.1164 0.0000 0 0 0.9256 0.0744 0.0000
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 337 155 182 153 0 0 0 2 0 0 181 1 0 0.9871 0.0000 0.0055 155.000 0.58 10.00 -9.42 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3586 0.6414 0.0000 0 0 0.8648 0.1352 0.0000 0 0 0.9296 0.0704 0.0000
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 418 75 343 32 6 4 6 27 0 0 343 0 0 0.4267 0.0000 0.0000 16.250 0.97 2.04 -1.07 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2982 0.5140 0.1878 1 1 0.2968 0.5129 0.1903 1 1 0.2949 0.5116 0.1935
chr16 66579699 GTAAGGAGCCATCGGACAAACCTCAAAAGGCGGTGCAGGACCA G 0.500000 0.050 1 -42 2 517 169 348 133 1 34 0 1 0 0 347 0 1 0.7870 0.0000 0.0029 3.971 0.35 0.00 0.35 79 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5267 0.4733 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000 0 0 0.9219 0.0781 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 297 142 155 66 0 20 1 55 0 0 155 0 0 0.4648 0.0000 0.0000 6.100 4.79 7.05 -2.27 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3610 0.5068 0.1321 1 1 0.3577 0.5062 0.1361 1 1 0.3531 0.5055 0.1414
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.050 1 -3 2 615 120 495 45 1 16 1 57 0 0 495 0 0 0.3750 0.0000 0.0000 6.933 0.91 4.00 -3.09 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1215 0.4921 0.3864 1 1 0.1256 0.4926 0.3819 1 1 0.1310 0.4932 0.3758
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 359 96 263 40 0 14 0 42 0 0 250 0 13 0.4167 0.0000 0.0494 5.857 0.07 14.69 -14.62 22 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0986 0.4656 0.4358 1 1 0.1028 0.4679 0.4293 1 1 0.1086 0.4708 0.4206
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 222 114 108 0 0 3 0 111 0 0 104 0 4 0.0000 0.0000 0.0370 37.000 4.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0515 0.9485 2 2 0.0000 0.0544 0.9456 2 2 0.0000 0.0587 0.9413
chr16 87604287 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 433 121 312 47 6 31 1 36 0 0 309 0 3 0.3884 0.0000 0.0096 2.903 0.00 3.00 -3.00 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4079 0.4797 0.1124 1 1 0.4025 0.4810 0.1165 1 1 0.3951 0.4827 0.1221
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 631 141 490 0 0 8 10 123 0 0 484 1 5 0.0000 0.0000 0.0122 16.375 7.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0290 0.9710 2 2 0.0000 0.0311 0.9689 2 2 0.0000 0.0341 0.9659
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 627 129 498 0 0 9 13 107 0 1 487 5 5 0.0000 0.0000 0.0221 15.000 8.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0398 0.9602 2 2 0.0000 0.0421 0.9579 2 2 0.0000 0.0456 0.9544
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 626 124 502 0 0 2 2 120 0 1 491 5 5 0.0000 0.0000 0.0219 122.000 8.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1180 0.8820 2 2 0.0000 0.0672 0.9328 2 2 0.0000 0.0575 0.9425
chr16 88534246 CCCCCGCGCCCGAGTCGCCGCGGCCCGGAAGCGGAAGCGGAAGCGGCCCCGGCCTCGCCCCTGCGCGCTCGCCCGG C 0.500000 0.050 1 -75 1 627 233 394 216 1 14 0 2 1 0 393 0 0 0.9270 0.0025 0.0025 15.643 1.19 3.00 -1.81 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9020 0.0980 0.0000 0 0 0.9827 0.0173 0.0000 0 0 0.9888 0.0112 0.0000
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 697 148 549 0 1 9 0 138 0 0 547 0 2 0.0000 0.0000 0.0036 15.444 6.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1136 0.8864 2 2 0.0000 0.0567 0.9433 2 2 0.0000 0.0478 0.9522
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 458 121 337 77 0 2 0 42 0 0 337 0 0 0.6364 0.0000 0.0000 59.500 0.81 5.57 -4.77 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6943 0.2840 0.0217 1 0 0.6811 0.2946 0.0243 1 0 0.6630 0.3088 0.0282
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 179 82 97 0 0 1 1 80 0 0 94 0 3 0.0000 0.0000 0.0309 81.000 4.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1078 0.8922 2 2 0.0000 0.1119 0.8881 2 2 0.0000 0.1178 0.8822
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.050 1 3 3 532 136 396 72 2 11 2 49 0 0 391 0 5 0.5294 0.0000 0.0126 11.273 0.14 3.06 -2.92 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4747 0.4482 0.0771 1 0 0.4672 0.4514 0.0814 1 0 0.4571 0.4556 0.0873
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 332 131 201 59 1 3 0 68 0 0 201 0 0 0.4504 0.0000 0.0000 42.667 0.29 1.18 -0.89 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0892 0.4878 0.4229 1 1 0.0916 0.4874 0.4211 1 1 0.0947 0.4868 0.4184
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 704 189 515 18 0 33 1 137 0 0 507 0 8 0.0952 0.0000 0.0155 4.727 0.22 3.03 -2.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9269 0.0731
chr17 7846859 TACC T 0.005966 0.050 1 -3 2 1224 386 838 150 11 89 8 128 0 0 833 2 3 0.3886 0.0000 0.0060 3.315 5.58 4.16 1.42 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6439 0.3556 0.0006 1 0 0.6416 0.3578 0.0006 1 0 0.6383 0.3610 0.0007
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.050 1 -6 1 991 310 681 140 0 49 1 120 0 0 663 3 15 0.4516 0.0000 0.0264 5.438 1.04 6.53 -5.49 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4072 0.5586 0.0342 1 1 0.4118 0.5532 0.0350 1 1 0.4175 0.5466 0.0359
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 430 124 306 0 0 4 1 119 0 0 306 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 30.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0466 0.9534 2 2 0.0000 0.0493 0.9507 2 2 0.0000 0.0534 0.9466
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 461 186 275 0 0 20 8 158 0 0 273 0 2 0.0000 0.0000 0.0073 8.300 3.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0144 0.9856 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 878 250 628 1 2 40 7 200 0 0 627 1 0 0.0040 0.0000 0.0016 5.622 1.00 4.23 -3.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0602 0.9398 2 2 0.0000 0.0211 0.9789 2 2 0.0000 0.0151 0.9849
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 881 244 637 1 31 12 17 183 0 0 637 0 0 0.0041 0.0000 0.0000 57.250 1.00 4.04 -3.04 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9671 0.0329 2 1 0.0000 0.7937 0.2063 2 1 0.0000 0.5078 0.4922
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 751 156 595 5 0 7 0 144 0 0 589 0 6 0.0321 0.0000 0.0101 21.286 0.40 3.99 -3.59 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9877 0.0123 2 2 0.0000 0.4108 0.5892 2 2 0.0000 0.1496 0.8504
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 170 116 54 2 0 1 0 113 0 0 53 0 1 0.0172 0.0000 0.0185 115.000 0.00 1.27 -1.27 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5960 0.4040 2 2 0.0000 0.1859 0.8141 2 2 0.0000 0.1203 0.8797
chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.050 1 -15 1 849 194 655 77 0 58 1 58 1 1 641 3 9 0.3969 0.0015 0.0214 2.345 7.51 15.62 -8.11 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3341 0.5234 0.1424 1 1 0.3321 0.5216 0.1463 1 1 0.3292 0.5194 0.1514
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.050 1 -12 1 848 186 662 89 7 17 4 69 1 2 646 3 10 0.4785 0.0015 0.0242 11.857 8.07 11.72 -3.66 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3811 0.5097 0.1092 1 1 0.3777 0.5088 0.1135 1 1 0.3729 0.5077 0.1194
chr17 41041248 GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCACAGCAGCGTGGCTGGCAGGAGCTGGTCTCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCGCAGGTCCCACTGGTGGAGCAGCTGGGAAATCCACAGAAGCTGGTCTGA G 0.500000 0.050 1 -138 2 743 288 455 236 1 15 0 36 0 0 455 0 0 0.8194 0.0000 0.0000 18.200 1.05 2.75 -1.70 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 309 94 215 0 0 7 0 87 0 0 215 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.429 1.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1004 0.8996 2 2 0.0000 0.1044 0.8956 2 2 0.0000 0.1102 0.8898
chr17 41105490 CTGCAGGACCACCTGCTGCCGCCCCAGCTGTTGTGTATCCAGCTGCTGCAGGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACTTGTTCCCGCCCCAGCTGCTGTCAGACCACCTGT C 0.500000 0.050 1 -120 1 581 244 337 163 3 15 2 61 0 0 337 0 0 0.6680 0.0000 0.0000 15.267 1.53 3.18 -1.65 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9840 0.0160 0.0000 1 0 0.9809 0.0190 0.0001 1 0 0.9761 0.0238 0.0001
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.050 1 -30 1 554 202 352 119 0 31 0 52 1 0 341 0 10 0.5891 0.0028 0.0312 5.516 0.76 22.42 -21.66 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8732 0.1240 0.0028 1 0 0.8621 0.1344 0.0035 1 0 0.8461 0.1494 0.0046
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 471 95 376 0 0 11 1 83 1 2 362 1 10 0.0000 0.0027 0.0372 7.545 7.24 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5574 0.4426 2 2 0.0000 0.2704 0.7296 2 2 0.0000 0.1931 0.8069
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.050 1 -15 1 426 108 318 74 0 14 1 19 1 0 314 0 3 0.6852 0.0031 0.0126 6.714 3.74 15.58 -11.84 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8488 0.1463 0.0050 1 0 0.8360 0.1581 0.0060 1 0 0.5066 0.4887 0.0047
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1359 255 1104 129 0 1 0 125 0 0 1102 0 2 0.5059 0.0000 0.0018 254.000 0.42 3.29 -2.87 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2327 0.5764 0.1909 1 1 0.2350 0.5707 0.1943 1 1 0.2379 0.5635 0.1986
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 661 191 470 79 3 26 1 82 2 2 465 0 1 0.4136 0.0043 0.0106 6.346 0.57 3.40 -2.83 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2443 0.5507 0.2050 1 1 0.2457 0.5469 0.2075 1 1 0.2472 0.5421 0.2107
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 186 64 122 56 0 5 0 3 0 0 122 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 11.800 0.16 4.67 -4.51 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 1 0.3492 0.6508 0.0000 0 0 0.5567 0.4433 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 471 178 293 73 1 39 0 65 0 0 293 0 0 0.4101 0.0000 0.0000 3.564 0.30 5.32 -5.02 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3411 0.5186 0.1404 1 1 0.3387 0.5171 0.1442 1 1 0.3353 0.5153 0.1494
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 434 164 270 141 0 20 0 3 0 0 270 0 0 0.8598 0.0000 0.0000 7.200 0.40 9.33 -8.94 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2059 0.7941 0.0000 0 0 0.8136 0.1864 0.0000 0 0 0.9059 0.0941 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 556 113 443 1 0 10 0 102 0 0 432 0 11 0.0088 0.0000 0.0248 10.300 0.00 8.16 -8.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2295 0.7705 2 2 0.0000 0.1073 0.8927 2 2 0.0000 0.0881 0.9119
chr17 75616380 C CAGG 0.500000 0.050 1 3 1 768 198 570 69 8 70 2 49 0 0 568 0 2 0.3485 0.0000 0.0035 1.814 0.75 3.69 -2.94 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5587 0.3913 0.0500 1 0 0.5485 0.3977 0.0538 1 0 0.5347 0.4060 0.0593
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2113 483 1630 235 12 67 6 163 1 3 1615 3 8 0.4865 0.0006 0.0092 6.119 1.03 6.99 -5.96 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9097 0.0895 0.0008 1 0 0.9013 0.0977 0.0010 1 0 0.8889 0.1096 0.0014
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2100 541 1559 236 9 27 7 262 1 3 1423 19 113 0.4362 0.0006 0.0872 18.889 1.28 4.63 -3.35 20 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0025 0.9975 1 2 0.0000 0.0031 0.9969 1 2 0.0000 0.0042 0.9958
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.050 1 -6 7 275 116 159 0 0 14 0 102 0 0 158 0 1 0.0000 0.0000 0.0063 7.286 5.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0697 0.9303 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0781 0.9219
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 581 156 425 148 0 3 0 5 0 0 425 0 0 0.9487 0.0000 0.0000 51.000 0.24 2.80 -2.56 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 0 0.5771 0.4229 0.0000 0 0 0.8442 0.1558 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 134 74 60 1 0 3 0 70 0 1 58 0 1 0.0135 0.0000 0.0333 23.667 0.00 3.11 -3.11 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.050 1 -9 2 395 75 320 64 3 5 0 3 0 0 320 0 0 0.8533 0.0000 0.0000 13.800 1.11 9.00 -7.89 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1256 0.8744 0.0000 0 0 0.7150 0.2850 0.0000 0 0 0.8535 0.1465 0.0000
chr18 31069031 GTCC G 0.000429 0.050 1 -3 1 306 141 165 130 0 8 0 3 0 0 165 0 0 0.9220 0.0000 0.0000 16.625 0.18 3.33 -3.16 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 232 117 115 63 0 4 0 50 0 0 115 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 28.250 0.24 4.80 -4.56 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3750 0.4998 0.1252 1 1 0.3700 0.5002 0.1298 1 1 0.3632 0.5007 0.1360
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 139 76 63 42 0 0 0 34 0 0 62 0 1 0.5526 0.0000 0.0159 76.000 0.14 3.18 -3.03 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3273 0.5088 0.1638 1 1 0.3249 0.5081 0.1670 1 1 0.3215 0.5073 0.1712
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 227 122 105 9 0 3 0 110 0 0 102 0 3 0.0738 0.0000 0.0286 39.667 0.00 3.77 -3.77 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9619 0.0381 2 1 0.0000 0.6550 0.3450
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 442 136 306 123 1 6 1 5 0 0 306 0 0 0.9044 0.0000 0.0000 21.667 1.35 11.60 -10.25 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.2868 0.7132 0.0000 0 0 0.6803 0.3197 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 249 145 104 74 0 6 0 65 0 0 104 0 0 0.5103 0.0000 0.0000 23.167 0.18 3.29 -3.12 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3413 0.5185 0.1402 1 1 0.3389 0.5170 0.1440 1 1 0.3356 0.5152 0.1492
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 659 163 496 87 0 8 1 67 0 0 492 0 4 0.5337 0.0000 0.0081 19.375 0.20 13.94 -13.74 31 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4196 0.4853 0.0951 1 1 0.4145 0.4860 0.0995 1 1 0.4075 0.4871 0.1055
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 381 79 302 3 1 19 3 53 0 1 299 0 2 0.0380 0.0000 0.0099 3.222 1.00 5.25 -4.25 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9763 0.0237 2 1 0.0000 0.6944 0.3056 2 2 0.0000 0.4844 0.5156
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 198 96 102 0 0 7 0 89 0 0 102 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.714 3.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0963 0.9037 2 2 0.0000 0.1002 0.8998 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 141 88 53 3 0 4 2 79 0 0 49 0 4 0.0341 0.0000 0.0755 21.000 0.00 3.10 -3.10 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9402 0.0598 2 2 0.0000 0.4763 0.5237 2 2 0.0000 0.2840 0.7160
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 297 75 222 34 0 4 1 36 0 0 220 2 0 0.4533 0.0000 0.0090 17.750 0.21 2.28 -2.07 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1922 0.5168 0.2910 1 1 0.1945 0.5156 0.2899 1 1 0.1976 0.5140 0.2884
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 421 156 265 72 1 16 0 67 0 0 264 0 1 0.4615 0.0000 0.0038 8.750 0.39 3.43 -3.04 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2885 0.5355 0.1761 1 1 0.2880 0.5328 0.1792 1 1 0.2873 0.5294 0.1833
chr18 79864067 CGCGCGGGGCCGA C 0.500000 0.050 1 -12 3 404 69 335 42 1 1 0 25 1 0 330 1 3 0.6087 0.0030 0.0149 68.000 0.60 10.08 -9.48 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4416 0.4587 0.0997 1 1 0.4346 0.4615 0.1039 1 1 0.4253 0.4650 0.1097
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 406 170 236 15 4 9 4 138 0 1 232 1 2 0.0882 0.0000 0.0169 22.857 3.27 4.93 -1.66 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9923 0.0077
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 167 68 99 3 0 0 1 64 0 0 98 0 1 0.0441 0.0000 0.0101 67.000 0.00 4.62 -4.62 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9883 0.0117 2 1 0.0000 0.8281 0.1719 2 1 0.0000 0.6746 0.3254
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 271 176 95 99 0 1 0 76 0 1 94 0 0 0.5625 0.0000 0.0105 175.000 0.22 2.99 -2.76 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6599 0.3223 0.0177 1 0 0.6525 0.3282 0.0192 1 0 0.6425 0.3362 0.0213
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 424 130 294 2 0 21 103 4 0 0 288 6 0 0.0154 0.0000 0.0204 5.190 2.00 5.25 -3.25 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6308 0.3692 2 2 0.0000 0.2085 0.7915 2 2 0.0000 0.1361 0.8639
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 424 133 291 3 0 24 0 106 0 0 282 3 6 0.0226 0.0000 0.0309 4.739 1.33 9.71 -8.37 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9769 0.0231 2 1 0.0000 0.7135 0.2865 2 1 0.0000 0.5263 0.4737
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 424 142 282 19 0 73 2 48 0 0 272 0 10 0.1338 0.0000 0.0355 0.957 2.21 12.96 -10.75 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0493 0.4383 0.5124 1 2 0.0549 0.4509 0.4941 1 1 0.0626 0.4712 0.4662
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 491 155 336 140 0 9 0 6 0 0 336 0 0 0.9032 0.0000 0.0000 16.222 0.80 8.67 -7.87 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 0 0.5821 0.4179 0.0000 0 0 0.8820 0.1180 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 279 79 200 0 0 4 0 75 0 0 195 0 5 0.0000 0.0000 0.0250 18.750 5.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2220 0.7780 2 2 0.0000 0.2289 0.7711 2 2 0.0000 0.2388 0.7612
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 757 261 496 96 0 36 16 113 0 0 493 0 3 0.3678 0.0000 0.0060 6.250 0.41 3.21 -2.81 32 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0330 0.3867 0.5803 1 2 0.0369 0.3961 0.5669 1 2 0.0428 0.4085 0.5487
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 412 132 280 48 0 20 8 56 0 0 277 2 1 0.3636 0.0000 0.0107 5.600 0.62 3.16 -2.54 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1698 0.5988 0.2314 1 1 0.1774 0.5975 0.2252 1 1 0.1877 0.5953 0.2169
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.050 1 -18 1 412 142 270 128 0 10 1 3 0 0 269 0 1 0.9014 0.0000 0.0037 13.200 1.91 12.00 -10.09 100 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1067 0.8933 0.0000 0 0 0.9066 0.0934 0.0000 0 0 0.9737 0.0263 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 538 99 439 0 1 1 1 96 0 0 438 0 1 0.0000 0.0000 0.0023 97.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 104 28 76 0 0 1 0 27 0 0 72 0 4 0.0000 0.0000 0.0526 27.000 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1434 0.8566 2 2 0.0000 0.1455 0.8545 2 2 0.0000 0.1484 0.8516
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 407 60 347 40 0 9 0 11 0 3 343 0 1 0.6667 0.0000 0.0115 5.667 0.93 2.73 -1.80 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7660 0.2247 0.0094 1 0 0.6575 0.3335 0.0090 0 1 0.1900 0.8085 0.0015
chr19 23744939 CCA C 0.187747 0.050 1 -2 4 333 71 262 34 0 2 0 35 0 0 257 0 5 0.4789 0.0000 0.0191 34.500 0.15 2.26 -2.11 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3095 0.5611 0.1295 1 1 0.3136 0.5582 0.1282 1 1 0.3189 0.5545 0.1265
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 370 105 265 0 0 17 6 82 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.176 2.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0223 0.9777 2 2 0.0000 0.0237 0.9763
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 531 126 405 8 0 5 1 112 0 0 402 0 3 0.0635 0.0000 0.0074 24.200 0.38 3.14 -2.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8064 0.1936 2 2 0.0000 0.2967 0.7033
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 528 200 328 12 1 20 2 165 0 0 324 0 4 0.0600 0.0000 0.0122 8.900 7.58 3.53 4.06 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.9362 0.0638
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.050 1 24 2 566 139 427 114 1 19 0 5 0 0 427 0 0 0.8201 0.0000 0.0000 6.316 1.02 10.40 -9.38 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0829 0.9171 0.0000 0 0 0.9139 0.0861 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 220 22 198 0 0 3 18 1 0 0 198 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.667 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1475 0.8525 2 2 0.0000 0.1487 0.8513 2 2 0.0000 0.1504 0.8496
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 220 21 199 0 0 11 10 0 0 0 199 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.667 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1658 0.8342 2 2 0.0001 0.1666 0.8333 2 2 0.0001 0.1678 0.8321
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 419 131 288 63 2 5 0 61 0 0 288 0 0 0.4809 0.0000 0.0000 24.800 0.13 5.67 -5.55 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2484 0.5386 0.2130 1 1 0.2483 0.5358 0.2158 1 1 0.2481 0.5324 0.2195
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 430 134 296 73 0 5 0 56 0 0 295 0 1 0.5448 0.0000 0.0034 25.800 0.15 2.11 -1.96 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5826 0.3874 0.0301 1 0 0.5773 0.3910 0.0317 1 0 0.5701 0.3960 0.0339
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.050 1 3 1 283 76 207 4 0 2 1 69 0 0 206 0 1 0.0526 0.0000 0.0048 37.000 0.00 4.19 -4.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9832 0.0168 2 1 0.0000 0.9496 0.0504
chr19 42910638 AC A 0.000003 0.050 1 -1 1 610 278 332 271 0 1 0 6 0 0 332 0 0 0.9748 0.0000 0.0000 277.000 0.12 1.33 -1.21 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 297 81 216 5 0 0 0 76 0 0 213 0 3 0.0617 0.0000 0.0139 81.000 0.20 6.74 -6.54 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.8494 0.1506 2 1 0.0000 0.5752 0.4248
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 511 168 343 105 0 4 1 58 0 0 341 0 2 0.6250 0.0000 0.0058 40.750 0.06 3.05 -2.99 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7166 0.2679 0.0155 1 0 0.7012 0.2809 0.0180 1 0 0.6798 0.2985 0.0218
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 471 149 322 139 1 4 0 5 0 0 322 0 0 0.9329 0.0000 0.0000 36.000 0.23 3.60 -3.37 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0569 0.9431 0.0000 0 0 0.8675 0.1325 0.0000 0 0 0.9629 0.0371 0.0000
chr19 45645376 A AGCCCGGGCCCGGTCCCC 0.000007 0.050 1 17 3 142 50 92 22 2 10 0 16 0 0 92 0 0 0.4400 0.0000 0.0000 4.000 0.23 11.50 -11.27 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5854 0.4145 0.0000 1 0 0.5827 0.4173 0.0000 1 0 0.5789 0.4211 0.0000
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 564 240 324 189 0 43 0 8 1 0 318 0 5 0.7875 0.0031 0.0185 4.581 0.25 6.50 -6.25 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0196 0.9804 0.0000 0 1 0.4516 0.5484 0.0000
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.050 1 18 1 376 138 238 110 0 26 0 2 0 0 238 0 0 0.7971 0.0000 0.0000 4.308 0.27 9.00 -8.73 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8378 0.1622 0.0000 0 0 0.9711 0.0289 0.0000 0 0 0.9826 0.0174 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTCCCGCTC G 0.005187 0.050 1 -12 2 584 158 426 76 0 24 1 57 0 0 419 2 5 0.4810 0.0000 0.0164 5.583 0.93 10.35 -9.42 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5911 0.4079 0.0010 1 0 0.5891 0.4098 0.0011 1 0 0.5863 0.4126 0.0011
chr19 50007714 CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG C 0.010131 0.050 1 -21 1 233 91 142 49 0 11 0 31 0 0 138 0 4 0.5385 0.0000 0.0282 7.273 0.45 15.94 -15.49 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6399 0.3585 0.0016 1 0 0.6355 0.3628 0.0017 1 0 0.6295 0.3687 0.0018
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 624 144 480 3 0 5 76 60 0 0 475 2 3 0.0208 0.0000 0.0104 46.333 0.00 3.30 -3.30 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7503 0.2497 2 2 0.0000 0.1536 0.8464 2 2 0.0000 0.0761 0.9239
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 621 149 472 2 0 5 62 80 0 0 470 0 2 0.0134 0.0000 0.0042 28.600 0.00 3.26 -3.26 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5853 0.4147 2 2 0.0000 0.1828 0.8172 2 2 0.0000 0.1204 0.8796
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 569 166 403 89 1 7 4 65 0 0 402 1 0 0.5361 0.0000 0.0025 22.571 0.72 2.71 -1.99 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3971 0.5047 0.0982 1 1 0.3891 0.5068 0.1041 1 1 0.3783 0.5095 0.1123
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 157 78 79 3 0 1 1 73 0 0 77 1 1 0.0385 0.0000 0.0253 77.000 0.67 2.10 -1.43 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8834 0.1166 2 2 0.0000 0.3046 0.6954 2 2 0.0000 0.1596 0.8404
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 458 132 326 67 0 7 0 58 0 0 326 0 0 0.5076 0.0000 0.0000 17.857 0.27 1.81 -1.54 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4059 0.4908 0.1033 1 1 0.4033 0.4904 0.1062 1 1 0.3998 0.4901 0.1102
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 547 134 413 69 0 4 0 61 0 0 412 0 1 0.5149 0.0000 0.0024 32.500 0.23 3.33 -3.10 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3741 0.5073 0.1186 1 1 0.3727 0.5060 0.1213 1 1 0.3706 0.5044 0.1250
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 628 149 479 0 0 1 0 148 0 0 479 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 148.000 3.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0346 0.9654 2 2 0.0000 0.0371 0.9629 2 2 0.0000 0.0410 0.9590
chr19 54171999 GCCC G 0.005239 0.050 1 -3 1 310 138 172 130 0 4 0 4 0 0 172 0 0 0.9420 0.0000 0.0000 33.500 0.29 3.00 -2.71 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8795 0.1205 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 570 147 423 96 0 8 0 43 0 0 422 0 1 0.6531 0.0000 0.0024 17.375 0.27 2.51 -2.24 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7743 0.2163 0.0094 1 0 0.7580 0.2308 0.0112 1 0 0.7351 0.2508 0.0141
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 688 133 555 9 0 6 0 118 0 0 545 1 9 0.0677 0.0000 0.0180 21.167 0.11 3.18 -3.07 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9537 0.0463 2 1 0.0000 0.6100 0.3900
chr19 54574889 C CGT 0.000015 0.050 1 2 3 871 211 660 182 2 4 4 19 0 0 641 10 9 0.8626 0.0000 0.0288 51.750 1.40 12.11 -10.71 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0320 0.9680 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7406 0.2594 0.0000
chr19 54574891 TGC T 0.000020 0.050 1 -2 1 872 210 662 182 0 4 4 20 0 1 640 7 14 0.8667 0.0000 0.0332 51.500 1.46 12.00 -10.54 56 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2414 0.7586 0.0000
chr19 54575935 GGC G 0.000047 0.050 1 -2 1 496 96 400 90 2 1 1 2 0 0 400 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 95.000 0.29 10.00 -9.71 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 54575938 C CTT 0.000047 0.050 1 2 2 491 95 396 89 0 2 2 2 0 0 395 0 1 0.9368 0.0000 0.0025 46.500 0.30 10.00 -9.70 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.050 1 4 2 767 153 614 73 0 16 0 64 0 0 611 0 3 0.4771 0.0000 0.0049 8.562 0.14 3.94 -3.80 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5188 0.4721 0.0091 1 0 0.5191 0.4716 0.0093 1 0 0.5192 0.4712 0.0096
chr19 55014991 A AGCGGGAGGG 0.000023 0.050 1 9 1 709 166 543 67 6 38 0 55 0 0 530 0 13 0.4036 0.0000 0.0239 3.368 2.81 8.93 -6.12 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5179 0.4821 0.0000 1 0 0.5188 0.4812 0.0000 1 0 0.5198 0.4802 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 459 111 348 49 0 17 0 45 0 0 343 0 5 0.4414 0.0000 0.0144 5.529 0.33 7.64 -7.32 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2239 0.5299 0.2462 1 1 0.2254 0.5277 0.2470 1 1 0.2273 0.5248 0.2478
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 677 198 479 111 0 19 0 68 1 0 467 0 11 0.5606 0.0021 0.0251 9.421 0.30 21.09 -20.79 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3215 0.5981 0.0804 1 1 0.3096 0.6026 0.0877 1 1 0.2939 0.6078 0.0983
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 848 190 658 6 0 40 1 143 0 1 641 3 13 0.0316 0.0000 0.0258 3.846 1.83 5.39 -3.56 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8250 0.1750 2 2 0.0000 0.4051 0.5949
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 573 116 457 66 0 3 1 46 0 0 454 0 3 0.5690 0.0000 0.0066 37.667 1.33 3.65 -2.32 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4222 0.4769 0.1009 1 1 0.4156 0.4788 0.1055 1 1 0.4068 0.4813 0.1119
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.050 1 3 2 338 54 284 24 1 1 1 27 0 0 284 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 53.000 2.54 4.33 -1.79 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4350 0.5509 0.0141 1 1 0.4376 0.5484 0.0140 1 1 0.4410 0.5451 0.0139
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 139 77 62 5 1 3 1 67 0 0 61 0 1 0.0649 0.0000 0.0161 24.667 0.00 3.03 -3.03 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9374 0.0626 2 1 0.0000 0.7676 0.2324
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 175 79 96 37 1 0 0 41 0 0 96 0 0 0.4684 0.0000 0.0000 79.000 0.16 1.07 -0.91 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2713 0.5327 0.1961 1 1 0.2738 0.5306 0.1956 1 1 0.2770 0.5280 0.1950
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 322 98 224 92 0 3 0 3 0 0 223 0 1 0.9388 0.0000 0.0045 31.667 1.14 4.00 -2.86 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0762 0.9238 0.0000 0 0 0.7887 0.2113 0.0000 0 0 0.9197 0.0803 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 317 126 191 59 0 5 0 62 0 0 190 0 1 0.4683 0.0000 0.0052 24.200 0.08 3.39 -3.30 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1654 0.5271 0.3074 1 1 0.1678 0.5249 0.3073 1 1 0.1709 0.5221 0.3070
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 119 81 38 46 0 3 0 32 0 0 38 0 0 0.5679 0.0000 0.0000 26.000 0.02 6.69 -6.67 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3589 0.5024 0.1387 1 1 0.3527 0.5035 0.1438 1 1 0.3445 0.5048 0.1507
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 431 144 287 101 0 2 1 40 0 0 284 0 3 0.7014 0.0000 0.0105 71.000 0.12 8.35 -8.23 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8951 0.1029 0.0020 1 0 0.8856 0.1120 0.0024 1 0 0.8718 0.1251 0.0032
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 430 147 283 104 0 3 1 39 0 0 280 0 3 0.7075 0.0000 0.0106 48.000 0.12 8.38 -8.27 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9127 0.0860 0.0013 1 0 0.9039 0.0944 0.0017 1 0 0.8912 0.1066 0.0022
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 429 167 262 121 0 4 0 42 0 0 261 0 1 0.7246 0.0000 0.0038 40.750 0.07 8.05 -7.97 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9612 0.0386 0.0002 1 0 0.9558 0.0439 0.0003 1 0 0.9476 0.0519 0.0005
chr20 13759800 CCTT C 0.002105 0.050 1 -3 1 201 116 85 64 0 1 0 51 0 0 84 0 1 0.5517 0.0000 0.0118 115.000 0.23 3.02 -2.79 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6103 0.3893 0.0004 1 0 0.6074 0.3922 0.0004 1 0 0.6034 0.3962 0.0004
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.050 1 1 2 249 94 155 2 0 5 0 87 0 0 155 0 0 0.0213 0.0000 0.0000 17.800 0.00 1.09 -1.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6398 0.3602 2 2 0.0000 0.2155 0.7845 2 2 0.0000 0.1392 0.8608
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 670 159 511 0 0 5 1 153 0 0 502 0 9 0.0000 0.0000 0.0176 30.800 5.77 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0240 0.9760
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 457 169 288 2 2 8 64 93 0 0 280 1 7 0.0118 0.0000 0.0278 22.571 0.50 2.76 -2.26 2 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2202 0.7798 2 2 0.0000 0.0422 0.9578 2 2 0.0000 0.0262 0.9738
chr20 34077071 CGGT C 0.001321 0.050 1 -3 2 454 180 274 95 1 12 1 71 0 0 274 0 0 0.5278 0.0000 0.0000 13.917 2.44 3.83 -1.39 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7252 0.2747 0.0001 1 0 0.7192 0.2807 0.0001 1 0 0.7110 0.2889 0.0001
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 312 99 213 0 2 28 4 65 0 1 206 1 5 0.0000 0.0000 0.0329 2.500 9.68 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3565 0.6435 2 2 0.0000 0.2207 0.7793 2 2 0.0000 0.1777 0.8223
chr20 35277855 A AGGCTGG 0.014271 0.050 1 6 1 365 125 240 10 0 26 1 88 0 0 230 0 10 0.0800 0.0000 0.0417 3.769 1.70 5.60 -3.90 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9962 0.0038
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 488 146 342 137 1 5 0 3 0 0 341 1 0 0.9384 0.0000 0.0029 28.200 0.48 2.33 -1.85 73 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0398 0.9602 0.0000 0 0 0.5872 0.4128 0.0000 0 0 0.8033 0.1967 0.0000
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 946 327 619 11 0 39 7 270 0 0 613 1 5 0.0336 0.0000 0.0097 7.385 0.27 3.00 -2.73 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.4829 0.5171 2 2 0.0000 0.0419 0.9581
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.050 1 -3 2 571 290 281 114 5 32 7 132 0 0 280 0 1 0.3931 0.0000 0.0036 7.938 0.28 3.12 -2.84 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0825 0.5210 0.3966 1 1 0.0883 0.5220 0.3898 1 1 0.0964 0.5232 0.3804
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 448 135 313 65 1 7 0 62 0 0 307 0 6 0.4815 0.0000 0.0192 18.143 0.40 3.23 -2.83 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3255 0.5558 0.1188 1 1 0.3289 0.5522 0.1189 1 1 0.3333 0.5476 0.1191
chr20 62065054 CGGGCGCGGG C 0.000869 0.050 1 -9 2 295 43 252 30 2 8 1 2 0 0 252 0 0 0.6977 0.0000 0.0000 4.250 2.07 1.00 1.07 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9579 0.0421 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 281 55 226 0 3 13 0 39 0 1 221 0 4 0.0000 0.0000 0.0221 3.077 4.08 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0259 0.9741 2 2 0.0000 0.0076 0.9924 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 323 152 171 86 0 2 0 64 0 0 171 0 0 0.5658 0.0000 0.0000 75.000 0.29 2.06 -1.77 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3702 0.5246 0.1052 1 1 0.3615 0.5268 0.1117 1 1 0.3499 0.5295 0.1207
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 765 196 569 103 0 6 1 86 0 0 559 0 10 0.5255 0.0000 0.0176 31.500 0.21 5.60 -5.39 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2895 0.5501 0.1604 1 1 0.2894 0.5463 0.1643 1 1 0.2889 0.5417 0.1694
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 244 139 105 3 0 8 0 128 0 0 105 0 0 0.0216 0.0000 0.0000 16.375 0.33 2.97 -2.64 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7978 0.2022 2 2 0.0000 0.1897 0.8103 2 2 0.0000 0.0952 0.9048
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 353 40 313 0 0 2 1 37 0 0 311 1 1 0.0000 0.0000 0.0064 19.000 2.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 903 133 770 64 2 10 2 55 0 0 766 1 3 0.4812 0.0000 0.0052 17.429 0.92 3.02 -2.10 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2022 0.5490 0.2488 1 1 0.2018 0.5459 0.2523 1 1 0.2012 0.5419 0.2569
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 906 133 773 63 3 8 4 55 0 0 770 0 3 0.4737 0.0000 0.0039 15.250 0.90 3.02 -2.11 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1960 0.5478 0.2562 1 1 0.1959 0.5447 0.2595 1 1 0.1956 0.5408 0.2637
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.050 1 -15 2 552 115 437 94 0 15 0 6 26 3 406 0 2 0.8174 0.0595 0.0709 6.667 1.31 13.17 -11.86 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2808 0.7192 0.0000 0 0 0.7933 0.2067 0.0000
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 308 149 159 1 0 14 0 134 0 0 159 0 0 0.0067 0.0000 0.0000 9.643 1.00 7.85 -6.85 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0021 0.9979
chr22 17120968 GGCTGGT G 0.000079 0.050 1 -6 1 463 132 331 111 1 18 0 2 0 0 331 0 0 0.8409 0.0000 0.0000 6.333 0.55 8.00 -7.45 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 196 95 101 48 0 6 1 40 0 0 99 0 2 0.5053 0.0000 0.0198 14.833 0.17 2.90 -2.73 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4271 0.4906 0.0823 1 1 0.4262 0.4901 0.0837 1 1 0.4249 0.4895 0.0856
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 508 98 410 0 0 17 0 81 0 0 386 0 24 0.0000 0.0000 0.0585 4.765 14.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0098 0.9902 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0111 0.9889
chr22 27798906 CTGCTGT C 0.030620 0.050 1 -6 1 764 179 585 85 2 21 2 69 0 0 585 0 0 0.4749 0.0000 0.0000 7.476 1.55 4.90 -3.35 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6387 0.3573 0.0040 1 0 0.6348 0.3610 0.0043 1 0 0.6294 0.3660 0.0046
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.050 1 3 1 750 174 576 78 5 37 3 51 0 0 573 1 2 0.4483 0.0000 0.0052 3.806 2.83 3.08 -0.25 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7132 0.2765 0.0103 1 0 0.7051 0.2836 0.0113 1 0 0.6940 0.2933 0.0126
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 765 224 541 213 0 3 0 8 0 0 541 0 0 0.9509 0.0000 0.0000 73.667 0.22 3.75 -3.53 115 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 0 0.5747 0.4253 0.0000 0 0 0.9258 0.0742 0.0000
chr22 35265497 GAGC G 0.000012 0.050 1 -3 2 508 160 348 84 1 14 0 61 1 0 347 0 0 0.5250 0.0029 0.0029 10.429 0.33 3.16 -2.83 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7413 0.2587 0.0000 1 0 0.7348 0.2652 0.0000 1 0 0.7258 0.2742 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 655 208 447 103 1 7 0 97 0 0 444 0 3 0.4952 0.0000 0.0067 28.714 0.34 2.08 -1.74 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2716 0.5558 0.1726 1 1 0.2726 0.5516 0.1758 1 1 0.2737 0.5462 0.1801
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 412 215 197 98 0 42 3 72 0 0 190 2 5 0.4558 0.0000 0.0355 4.095 1.04 11.35 -10.31 26 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5642 0.4022 0.0336 1 0 0.5595 0.4050 0.0355 1 0 0.5529 0.4089 0.0382
chr22 37510301 GCTCCTTCTCCTT G 0.000613 0.050 1 -12 2 412 218 194 104 0 40 0 74 0 0 186 0 8 0.4771 0.0000 0.0412 4.450 1.01 10.76 -9.75 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7060 0.2940 0.0000 1 0 0.7007 0.2992 0.0001 1 0 0.6934 0.3065 0.0001
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 553 96 457 63 2 3 0 28 0 0 457 0 0 0.6562 0.0000 0.0000 31.000 0.33 11.93 -11.60 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6944 0.2830 0.0227 1 0 0.6798 0.2947 0.0255 1 0 0.6597 0.3104 0.0298
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 839 272 567 142 1 2 0 127 0 1 562 0 4 0.5221 0.0000 0.0088 135.000 1.08 3.58 -2.51 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3984 0.5174 0.0842 1 1 0.3969 0.5150 0.0881 1 1 0.3945 0.5121 0.0934
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 360 188 172 166 1 14 0 7 0 0 172 0 0 0.8830 0.0000 0.0000 12.357 0.17 6.43 -6.26 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0014 0.9986 0.0000 0 0 0.5246 0.4754 0.0000 0 0 0.8867 0.1133 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 220 117 103 110 0 6 0 1 0 0 103 0 0 0.9402 0.0000 0.0000 18.500 0.14 5.00 -4.86 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8615 0.1385 0.0000 0 0 0.9392 0.0608 0.0000 0 0 0.9506 0.0494 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 327 135 192 0 0 5 0 130 0 0 185 0 7 0.0000 0.0000 0.0365 26.000 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0139 0.9861 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 985 225 760 146 0 0 0 79 0 0 754 0 6 0.6489 0.0000 0.0079 225.000 0.22 9.94 -9.72 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9144 0.0846 0.0009 1 0 0.9066 0.0923 0.0012 1 0 0.8951 0.1033 0.0016
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 342 106 236 46 0 18 0 42 1 0 228 0 7 0.4340 0.0042 0.0339 4.889 0.11 14.67 -14.56 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3946 0.5481 0.0573 1 1 0.3975 0.5452 0.0573 1 1 0.4012 0.5415 0.0572
617 rows