File Info

Filename
HG01109_x_HG01175_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/8d/0a30a288258b69fb84f53d065c5596/HG01109_x_HG01175_FF_10.features.tsv
Size
160.9 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG01109_x_HG01175_FF_10)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 449 164 285 132 12 17 0 3 0 0 285 0 0 0.8049 0.0000 0.0000 8.647 0.23 3.67 -3.44 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6626 0.3374 0.0000 0 0 0.9820 0.0180 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 636 244 392 196 1 44 0 3 0 0 392 0 0 0.8033 0.0000 0.0000 4.523 0.45 9.33 -8.88 64 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9667 0.0333 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 308 149 159 91 0 0 0 58 0 0 158 0 1 0.6107 0.0000 0.0063 149.000 0.40 3.90 -3.50 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8498 0.1487 0.0015 1 0 0.8408 0.1573 0.0019 1 0 0.8277 0.1697 0.0026
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 2 802 255 547 97 2 38 8 110 0 0 540 1 6 0.3804 0.0000 0.0128 5.684 0.31 3.06 -2.75 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0038 0.3076 0.6886 1 2 0.0047 0.3110 0.6843 1 2 0.0060 0.3166 0.6774
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 574 132 442 114 3 15 0 0 0 0 442 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 7.600 0.60 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr1 12879725 C CG 0.500000 0.100 1 1 3 618 186 432 82 3 10 0 91 0 0 432 0 0 0.4409 0.0000 0.0000 17.600 1.28 2.31 -1.03 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0769 0.6661 0.2570 1 1 0.0825 0.6542 0.2633 1 1 0.0902 0.6390 0.2707
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 960 192 768 102 2 11 1 76 1 0 763 0 4 0.5312 0.0013 0.0065 16.364 0.49 3.14 -2.65 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6850 0.3094 0.0057 1 0 0.6791 0.3141 0.0068 1 0 0.6703 0.3212 0.0085
chr1 15747032 T TG 0.500000 0.100 1 1 3 432 138 294 128 1 2 1 6 0 0 293 0 1 0.9275 0.0000 0.0034 67.500 0.15 5.17 -5.02 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2295 0.7705 0.0000 0 0 0.8301 0.1699 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 373 65 308 6 0 4 3 52 0 0 308 0 0 0.0923 0.0000 0.0000 15.250 0.33 1.46 -1.13 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9740 0.0260 2 1 0.0000 0.7643 0.2357
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 1998 504 1494 426 1 23 2 52 0 0 1494 0 0 0.8452 0.0000 0.0000 20.913 1.56 1.62 -0.05 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 25835277 GTTTCACTGAT G 0.500000 0.100 1 -10 3 760 175 585 162 0 7 0 6 0 0 583 0 2 0.9257 0.0000 0.0034 24.000 0.22 10.33 -10.12 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3949 0.6051 0.0000 0 0 0.9386 0.0614 0.0000
chr1 26183819 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 396 80 316 57 14 6 0 3 0 0 316 0 0 0.7125 0.0000 0.0000 12.333 0.60 1.00 -0.40 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0492 0.9508 0.0000 0 0 0.5910 0.4090 0.0000 0 0 0.8213 0.1787 0.0000
chr1 26282386 GCCGGGA G 0.500000 0.100 1 -6 4 923 232 691 102 10 46 19 55 0 1 689 1 0 0.4397 0.0000 0.0029 8.364 1.51 20.13 -18.62 72 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9514 0.0485 0.0001 1 0 0.9461 0.0538 0.0001 1 0 0.9381 0.0617 0.0002
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -24 1 641 159 482 94 0 7 0 58 0 0 467 0 15 0.5912 0.0000 0.0311 21.714 0.37 18.03 -17.66 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6323 0.3578 0.0098 1 0 0.6271 0.3615 0.0115 1 0 0.6190 0.3670 0.0140
chr1 26696516 A AGGCGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 12 1 283 91 192 42 1 19 1 28 0 0 188 0 4 0.4615 0.0000 0.0208 3.737 2.02 7.79 -5.76 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4339 0.4981 0.0680 1 1 0.4300 0.4975 0.0724 1 1 0.4245 0.4970 0.0786
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 386 154 232 64 2 9 1 78 0 0 231 0 1 0.4156 0.0000 0.0043 16.111 0.11 3.12 -3.01 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0301 0.4911 0.4787 1 1 0.0334 0.4893 0.4773 1 1 0.0382 0.4874 0.4743
chr1 34761404 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 788 217 571 122 0 2 0 93 0 0 571 0 0 0.5622 0.0000 0.0000 107.500 0.28 2.46 -2.18 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7532 0.2444 0.0024 1 0 0.7469 0.2501 0.0030 1 0 0.7375 0.2586 0.0039
chr1 37612794 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 3 338 146 192 70 1 15 1 59 0 0 190 0 2 0.4795 0.0000 0.0104 8.733 0.20 3.12 -2.92 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3661 0.5730 0.0609 1 1 0.3675 0.5669 0.0655 1 1 0.3686 0.5594 0.0720
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 378 114 264 43 0 13 0 58 0 0 264 0 0 0.3772 0.0000 0.0000 7.769 0.63 3.45 -2.82 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0285 0.4138 0.5577 1 2 0.0316 0.4172 0.5511 1 2 0.0361 0.4220 0.5418
chr1 44810267 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 681 169 512 100 0 6 0 63 0 0 510 0 2 0.5917 0.0000 0.0039 27.167 0.23 3.06 -2.83 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8765 0.1226 0.0008 1 0 0.8683 0.1306 0.0011 1 0 0.8561 0.1423 0.0015
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 353 86 267 43 0 0 0 43 0 0 264 0 3 0.5000 0.0000 0.0112 86.000 0.23 2.81 -2.58 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1433 0.5970 0.2597 1 1 0.1480 0.5898 0.2622 1 1 0.1542 0.5807 0.2651
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 669 173 496 0 0 25 2 146 0 0 496 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.880 5.62 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 226 81 145 32 1 8 2 38 0 0 145 0 0 0.3951 0.0000 0.0000 9.000 0.53 3.24 -2.71 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0912 0.5304 0.3784 1 1 0.0959 0.5278 0.3763 1 1 0.1022 0.5246 0.3732
chr1 52033398 CGCCCGCCACCTGAGGTCCCGCGATCGG C 0.500000 0.100 1 -27 1 731 236 495 224 0 5 0 7 0 0 492 0 3 0.9492 0.0000 0.0061 46.200 0.14 23.29 -23.14 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6327 0.3673 0.0000 0 0 0.9885 0.0115 0.0000
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 572 140 432 58 0 25 0 57 0 0 431 0 1 0.4143 0.0000 0.0023 4.600 0.50 5.39 -4.89 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1808 0.6385 0.1807 1 1 0.1858 0.6285 0.1857 1 1 0.1921 0.6158 0.1921
chr1 62209972 ACCTCAGGGCTGGAGGAGGAGGAGGAAGAGC A 0.500000 0.100 1 -30 1 578 134 444 71 0 21 0 42 0 0 431 0 13 0.5299 0.0000 0.0293 5.381 0.42 22.00 -21.58 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5550 0.4217 0.0233 1 0 0.5500 0.4240 0.0261 1 0 0.5424 0.4274 0.0302
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 174 82 92 38 0 3 0 41 0 0 91 0 1 0.4634 0.0000 0.0109 26.333 0.32 3.83 -3.51 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1314 0.5783 0.2903 1 1 0.1360 0.5724 0.2916 1 1 0.1422 0.5650 0.2928
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 371 149 222 19 0 27 1 102 0 0 220 0 2 0.1275 0.0000 0.0090 4.654 0.05 9.46 -9.41 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 371 150 221 34 1 3 1 111 0 0 221 0 0 0.2267 0.0000 0.0000 73.500 0.91 8.87 -7.96 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0021 0.9979 1 2 0.0000 0.0075 0.9925 2 1 0.0000 0.8506 0.1494
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 472 157 315 71 1 9 0 76 0 0 312 0 3 0.4522 0.0000 0.0095 16.444 0.32 5.49 -5.16 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0746 0.6264 0.2990 1 1 0.0798 0.6169 0.3032 1 1 0.0870 0.6050 0.3080
chr1 100152449 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 123 55 68 32 0 1 0 22 0 0 67 0 1 0.5818 0.0000 0.0147 54.000 0.19 3.41 -3.22 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4462 0.4789 0.0749 1 1 0.4408 0.4799 0.0793 1 1 0.4334 0.4812 0.0854
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 186 85 101 43 0 4 0 38 0 0 98 0 3 0.5059 0.0000 0.0297 20.250 0.12 3.03 -2.91 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2410 0.5969 0.1621 1 1 0.2438 0.5897 0.1665 1 1 0.2471 0.5806 0.1722
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 440 109 331 1 0 8 0 100 0 1 324 0 6 0.0092 0.0000 0.0211 12.625 1.00 3.31 -2.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0441 0.9559 2 2 0.0000 0.0158 0.9842 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 809 181 628 118 2 20 6 35 0 0 619 4 5 0.6519 0.0000 0.0143 8.000 0.25 1.20 -0.95 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9951 0.0049 0.0000 1 0 0.9940 0.0060 0.0000 1 0 0.9922 0.0078 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 807 203 604 115 0 21 1 66 0 0 604 0 0 0.5665 0.0000 0.0000 8.667 0.63 2.45 -1.83 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9594 0.0405 0.0001 1 0 0.9546 0.0453 0.0001 1 0 0.9473 0.0526 0.0002
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 1 666 214 452 189 6 9 0 10 0 0 452 0 0 0.8832 0.0000 0.0000 22.778 0.55 3.80 -3.25 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2917 0.7083 0.0000 0 0 0.9549 0.0451 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 203 80 123 72 0 4 0 4 0 0 123 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 19.000 1.00 18.00 -17.00 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0054 0.9946 0.0000 0 1 0.3401 0.6599 0.0000 0 0 0.7164 0.2836 0.0000
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1771 463 1308 133 11 163 12 144 14 10 1226 9 49 0.2873 0.0107 0.0627 1.820 2.46 6.88 -4.42 21 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0001 0.1155 0.8844 1 2 0.0001 0.1194 0.8805 1 2 0.0002 0.1256 0.8742
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1270 266 1004 111 0 48 0 107 1 0 997 0 6 0.4173 0.0010 0.0070 4.542 0.57 4.02 -3.45 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1127 0.7500 0.1373 1 1 0.1203 0.7341 0.1456 1 1 0.1305 0.7132 0.1563
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 288 107 181 7 0 18 9 73 0 0 181 0 0 0.0654 0.0000 0.0000 4.500 2.29 2.05 0.23 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9653 0.0347 2 1 0.0000 0.6294 0.3706
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 277 93 184 45 0 13 0 35 0 0 177 0 7 0.4839 0.0000 0.0380 6.154 0.18 9.37 -9.19 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.5946 0.1441 1 1 0.2636 0.5876 0.1488 1 1 0.2663 0.5787 0.1550
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 870 307 563 225 0 73 0 9 0 0 561 0 2 0.7329 0.0000 0.0036 3.205 0.23 11.33 -11.11 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3840 0.6160 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1220 284 936 0 1 55 8 220 1 0 880 2 53 0.0000 0.0011 0.0598 4.185 10.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 589 249 340 123 1 21 1 103 0 0 340 0 0 0.4940 0.0000 0.0000 10.810 0.41 7.46 -7.05 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5307 0.4586 0.0106 1 0 0.5320 0.4556 0.0124 1 0 0.5321 0.4527 0.0151
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1416 342 1074 9 4 96 1 232 0 0 1030 2 42 0.0263 0.0000 0.0410 2.562 2.33 7.14 -4.80 7 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 2 0.0000 0.3763 0.6237 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr1 154869854 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1318 469 849 403 2 51 0 13 0 0 849 0 0 0.8593 0.0000 0.0000 8.176 0.48 8.85 -8.36 157 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 238 88 150 40 1 2 0 45 0 0 148 0 2 0.4545 0.0000 0.0133 42.500 1.38 1.27 0.11 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0993 0.5628 0.3379 1 1 0.1041 0.5580 0.3380 1 1 0.1106 0.5518 0.3375
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 624 181 443 0 0 3 0 178 0 0 442 1 0 0.0000 0.0000 0.0023 59.333 2.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 158777364 G GTT 0.500000 0.100 1 2 2 707 141 566 76 0 2 1 62 0 0 561 0 5 0.5390 0.0000 0.0088 69.500 0.13 2.13 -2.00 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3292 0.6034 0.0674 1 1 0.3323 0.5954 0.0723 1 1 0.3355 0.5853 0.0791
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1257 274 983 134 1 11 1 127 0 0 981 0 2 0.4891 0.0000 0.0020 23.818 0.22 1.57 -1.35 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1760 0.7623 0.0617 1 1 0.1861 0.7459 0.0680 1 1 0.1991 0.7242 0.0767
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.100 1 3 1 154 68 86 58 0 2 0 8 0 0 86 0 0 0.8529 0.0000 0.0000 33.000 0.14 3.62 -3.49 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.0895 0.9105 0.0000
chr1 182952865 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 584 184 400 151 2 16 0 15 0 0 400 0 0 0.8207 0.0000 0.0000 10.500 0.20 3.00 -2.80 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0992 0.9008 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 557 291 266 239 1 36 0 15 0 0 266 0 0 0.8213 0.0000 0.0000 7.083 0.60 10.93 -10.34 111 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0186 0.9814 0.0000 0 0 0.8844 0.1156 0.0000
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 200 63 137 55 0 2 0 6 0 0 137 0 0 0.8730 0.0000 0.0000 30.500 0.04 3.00 -2.96 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0256 0.9744 0.0000 0 1 0.2347 0.7653 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 684 136 548 80 1 7 0 48 0 0 546 0 2 0.5882 0.0000 0.0036 18.429 0.40 9.10 -8.70 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8487 0.1494 0.0018 1 0 0.8392 0.1585 0.0023 1 0 0.8255 0.1715 0.0031
chr1 235213963 TTCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 176 53 123 28 1 6 0 18 0 0 123 0 0 0.5283 0.0000 0.0000 7.833 0.07 2.94 -2.87 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5074 0.4339 0.0586 1 0 0.4995 0.4377 0.0627 1 0 0.4888 0.4427 0.0685
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 237 112 125 3 0 4 0 105 0 0 125 0 0 0.0268 0.0000 0.0000 27.000 0.00 1.26 -1.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7812 0.2188 2 2 0.0000 0.1148 0.8852 2 2 0.0000 0.0408 0.9592
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 536 113 423 0 1 15 0 97 0 0 420 2 1 0.0000 0.0000 0.0071 6.533 3.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0431 0.9569 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 526 142 384 130 0 4 0 8 0 0 384 0 0 0.9155 0.0000 0.0000 34.500 0.70 1.38 -0.68 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1178 0.8822 0.0000 0 0 0.7645 0.2355 0.0000
chr1 247531814 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 683 182 501 168 0 7 0 7 0 0 501 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 25.000 0.34 3.57 -3.23 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.7187 0.2813 0.0000 0 0 0.9749 0.0251 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 686 189 497 88 0 3 1 97 0 0 495 0 2 0.4656 0.0000 0.0040 62.000 1.03 3.11 -2.08 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0354 0.5839 0.3807 1 1 0.0392 0.5760 0.3847 1 1 0.0447 0.5665 0.3888
chr1 247896050 ACTC A 0.500000 0.100 1 -3 2 585 160 425 153 0 2 0 5 0 0 424 0 1 0.9563 0.0000 0.0024 79.000 0.25 3.60 -3.35 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0039 0.9961 0.0000 0 0 0.7779 0.2221 0.0000 0 0 0.9727 0.0273 0.0000
chr1 248294830 TAA T 0.500000 0.100 1 -2 1 1277 314 963 165 1 7 0 141 0 0 955 0 8 0.5255 0.0000 0.0083 43.857 0.20 2.17 -1.97 53 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3606 0.6270 0.0124 1 1 0.3717 0.6137 0.0146 1 1 0.3847 0.5974 0.0179
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1128 277 851 247 0 1 0 29 0 0 851 0 0 0.8917 0.0000 0.0000 276.000 1.76 1.03 0.73 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 864 49 815 1 0 0 1 47 0 0 811 0 4 0.0204 0.0000 0.0049 49.000 0.00 3.38 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3922 0.6078 2 2 0.0000 0.1774 0.8226 2 2 0.0000 0.1322 0.8678
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 1170 253 917 147 1 12 0 93 0 0 917 0 0 0.5810 0.0000 0.0000 20.083 0.49 2.47 -1.98 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9727 0.0272 0.0000 1 0 0.9693 0.0306 0.0000 1 0 0.9640 0.0359 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 534 185 349 25 0 10 0 150 0 0 344 0 5 0.1351 0.0000 0.0143 17.500 0.92 6.76 -5.84 19 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.100 1 1 2 865 283 582 159 0 6 0 118 0 0 582 0 0 0.5618 0.0000 0.0000 46.167 0.33 5.28 -4.95 93 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8818 0.1179 0.0003 1 0 0.8760 0.1237 0.0004 1 0 0.8672 0.1323 0.0005
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 219 113 106 64 0 7 0 42 0 0 104 0 2 0.5664 0.0000 0.0189 15.143 0.25 3.79 -3.54 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7068 0.2836 0.0096 1 0 0.6983 0.2907 0.0110 1 0 0.6863 0.3004 0.0133
chr2 17781726 CAAGTT C 0.103121 0.100 1 -5 2 553 132 421 125 0 0 0 7 0 0 421 0 0 0.9470 0.0000 0.0000 132.000 0.16 5.14 -4.98 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.7217 0.2783 0.0000 0 0 0.9767 0.0233 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 419 134 285 0 0 23 2 109 0 0 260 0 25 0.0000 0.0000 0.0877 4.783 10.82 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGCGGCGGC 0.159429 0.100 1 18 5 419 134 285 5 4 74 2 49 0 0 260 3 22 0.0373 0.0000 0.0877 0.767 11.00 12.39 -1.39 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9861 0.0139 2 1 0.0000 0.8671 0.1329
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 616 216 400 117 0 11 0 88 0 1 397 0 2 0.5417 0.0000 0.0075 18.636 0.36 8.50 -8.14 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7989 0.1997 0.0014 1 0 0.7938 0.2045 0.0017 1 0 0.7861 0.2116 0.0022
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.100 1 9 1 561 121 440 64 0 18 0 39 0 0 430 0 10 0.5289 0.0000 0.0227 6.059 0.41 8.31 -7.90 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6971 0.3004 0.0024 1 0 0.6939 0.3034 0.0027 1 0 0.6891 0.3078 0.0031
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 226 52 174 22 0 1 0 29 0 0 173 0 1 0.4231 0.0000 0.0057 51.000 0.05 3.24 -3.20 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0863 0.4922 0.4215 1 1 0.0908 0.4924 0.4169 1 1 0.0969 0.4927 0.4104
chr2 26453335 CAGGCGAGCATGGAGA C 0.500000 0.100 1 -15 1 293 104 189 63 0 5 0 36 0 0 185 0 4 0.6058 0.0000 0.0212 19.800 0.30 14.67 -14.37 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7410 0.2513 0.0078 1 0 0.7305 0.2604 0.0091 1 0 0.7157 0.2730 0.0113
chr2 26470685 C CCTTCTT 0.500000 0.100 1 6 3 505 164 341 70 1 17 1 75 0 0 334 0 7 0.4268 0.0000 0.0205 8.647 0.39 5.69 -5.31 28 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0388 0.5425 0.4187 1 1 0.0426 0.5377 0.4197 1 1 0.0481 0.5319 0.4199
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 590 150 440 77 0 20 0 53 0 0 440 0 0 0.5133 0.0000 0.0000 6.500 0.29 3.17 -2.88 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7358 0.2579 0.0063 1 0 0.7265 0.2660 0.0075 1 0 0.7132 0.2774 0.0094
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.100 1 6 1 223 89 134 76 0 9 0 4 0 0 134 0 0 0.8539 0.0000 0.0000 8.889 0.30 5.00 -4.70 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3865 0.6135 0.0000 0 0 0.7542 0.2458 0.0000
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 347 107 240 59 0 1 0 47 0 0 240 0 0 0.5514 0.0000 0.0000 106.000 0.20 3.34 -3.14 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4725 0.4838 0.0438 1 1 0.4690 0.4834 0.0476 1 1 0.4636 0.4832 0.0532
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 458 182 276 90 0 16 3 73 0 0 276 0 0 0.4945 0.0000 0.0000 10.188 0.60 3.25 -2.65 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4792 0.4954 0.0254 1 1 0.4787 0.4928 0.0285 1 1 0.4771 0.4900 0.0330
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 598 142 456 0 94 38 6 4 0 7 449 0 0 0.0000 0.0000 0.0154 2.737 2.75 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0333 0.9667 0.0000 0 1 0.3643 0.6357 0.0000
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 599 142 457 2 0 36 2 102 0 0 446 0 11 0.0141 0.0000 0.0241 2.917 3.50 6.26 -2.76 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1969 0.8031 2 2 0.0000 0.0265 0.9735 2 2 0.0000 0.0136 0.9864
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 487 94 393 8 0 7 0 79 0 0 388 0 5 0.0851 0.0000 0.0127 12.429 0.25 2.87 -2.62 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9869 0.0131 2 1 0.0000 0.7424 0.2576
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.100 1 24 2 1008 235 773 122 1 47 2 63 1 0 737 1 34 0.5191 0.0013 0.0466 4.000 0.32 12.37 -12.05 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6407 0.3538 0.0054 1 0 0.6380 0.3555 0.0065 1 0 0.6330 0.3588 0.0082
chr2 74958681 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 1 287 92 195 50 1 6 2 33 0 0 194 0 1 0.5435 0.0000 0.0051 14.333 0.68 3.45 -2.77 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5762 0.3949 0.0289 1 0 0.5683 0.3997 0.0320 1 0 0.5573 0.4061 0.0365
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 371 144 227 57 1 11 2 73 0 0 225 1 1 0.3958 0.0000 0.0088 12.091 0.74 3.40 -2.66 23 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0149 0.3705 0.6145 1 2 0.0171 0.3748 0.6081 1 2 0.0203 0.3810 0.5987
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 620 153 467 5 0 22 6 120 1 0 462 0 4 0.0327 0.0021 0.0107 5.955 0.00 3.26 -3.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 2 0.0000 0.4734 0.5266 2 2 0.0000 0.0789 0.9211
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 801 207 594 85 2 12 1 107 0 0 594 0 0 0.4106 0.0000 0.0000 16.250 0.51 8.15 -7.64 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0093 0.3898 0.6008 1 2 0.0109 0.3911 0.5980 1 2 0.0134 0.3937 0.5929
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 619 210 409 201 1 1 0 7 0 0 406 0 3 0.9571 0.0000 0.0073 209.000 0.19 18.86 -18.66 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3639 0.6361 0.0000 0 0 0.9672 0.0328 0.0000
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.100 1 -54 3 176 86 90 65 0 2 0 19 0 0 87 0 3 0.7558 0.0000 0.0333 42.000 0.31 19.95 -19.64 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9584 0.0414 0.0002 1 0 0.9506 0.0492 0.0003 1 0 0.7793 0.2204 0.0003
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.100 1 -3 1 110 52 58 35 2 1 0 14 0 0 57 0 1 0.6731 0.0000 0.0172 50.000 0.26 3.07 -2.81 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7602 0.2294 0.0105 1 0 0.7473 0.2406 0.0121 1 0 0.7257 0.2596 0.0147
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 552 119 433 0 0 1 1 117 0 0 426 0 7 0.0000 0.0000 0.0162 117.000 6.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 328 117 211 100 0 10 0 7 0 0 209 0 2 0.8547 0.0000 0.0095 10.700 0.29 4.43 -4.14 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0103 0.9897 0.0000 0 1 0.2862 0.7138 0.0000
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 795 212 583 197 1 9 0 5 0 0 582 0 1 0.9292 0.0000 0.0017 22.556 0.44 3.60 -3.16 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0428 0.9572 0.0000 0 0 0.9714 0.0286 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000
chr2 131528321 C CCTGG 0.500000 0.100 1 4 1 623 148 475 135 1 8 0 4 0 0 475 0 0 0.9122 0.0000 0.0000 17.375 0.28 4.50 -4.22 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1230 0.8770 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000 0 0 0.9825 0.0175 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 173 50 123 19 1 12 6 12 0 0 123 0 0 0.3800 0.0000 0.0000 2.750 0.58 3.75 -3.17 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3034 0.5318 0.1648 1 1 0.3024 0.5294 0.1682 1 1 0.3009 0.5263 0.1727
chr2 165176265 CATT C 0.500000 0.100 1 -3 1 287 111 176 64 0 2 0 45 0 0 176 0 0 0.5766 0.0000 0.0000 54.500 0.08 3.00 -2.92 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6484 0.3366 0.0150 1 0 0.6398 0.3431 0.0171 1 0 0.6276 0.3520 0.0203
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 193 68 125 6 0 24 2 36 0 0 119 0 6 0.0882 0.0000 0.0480 1.833 1.50 5.61 -4.11 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9851 0.0149 2 1 0.0000 0.8478 0.1522
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.100 1 3 4 196 63 133 31 1 10 1 20 0 0 133 0 0 0.4921 0.0000 0.0000 5.300 2.19 5.35 -3.16 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5039 0.4392 0.0569 1 0 0.4964 0.4426 0.0610 1 0 0.4862 0.4470 0.0668
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 222 81 141 44 0 13 0 24 0 0 141 0 0 0.5432 0.0000 0.0000 5.231 0.36 10.46 -10.09 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7125 0.2740 0.0135 1 0 0.7008 0.2837 0.0155 1 0 0.6845 0.2969 0.0185
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 313 137 176 61 0 4 1 71 0 0 175 0 1 0.4453 0.0000 0.0057 33.250 0.25 3.01 -2.77 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0412 0.5190 0.4399 1 1 0.0450 0.5160 0.4390 1 1 0.0506 0.5124 0.4370
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 679 138 541 122 0 2 0 14 0 0 541 0 0 0.8841 0.0000 0.0000 68.000 0.24 5.21 -4.98 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0446 0.9554 0.0000
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 295 127 168 18 3 11 77 18 0 0 168 0 0 0.1417 0.0000 0.0000 4.100 1.22 4.28 -3.06 10 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.3704 0.6296 2 1 0.0000 0.9765 0.0235 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 295 127 168 95 3 17 3 9 0 0 168 0 0 0.7480 0.0000 0.0000 6.235 2.93 5.44 -2.52 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0043 0.9957 0.0000 0 1 0.1598 0.8402 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 295 128 167 7 7 16 11 87 0 0 167 0 0 0.0547 0.0000 0.0000 6.500 0.57 3.20 -2.62 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9964 0.0036 2 1 0.0000 0.8930 0.1070
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 236 77 159 47 10 15 0 5 0 0 159 0 0 0.6104 0.0000 0.0000 3.467 0.26 1.20 -0.94 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0769 0.9231 0.0000 0 1 0.3821 0.6179 0.0000
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 378 79 299 38 21 13 1 6 0 1 298 0 0 0.4810 0.0000 0.0033 3.615 1.50 4.67 -3.17 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 1 0.2186 0.7814 0.0000
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 1 471 117 354 48 3 31 2 33 1 0 353 0 0 0.4103 0.0028 0.0028 2.774 1.12 4.76 -3.63 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6238 0.3547 0.0215 1 0 0.6147 0.3612 0.0241 1 0 0.6019 0.3700 0.0280
chr2 210315041 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 205 61 144 31 4 5 3 18 0 0 143 0 1 0.5082 0.0000 0.0069 10.200 0.45 1.67 -1.22 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5536 0.4033 0.0430 1 0 0.5447 0.4086 0.0467 1 0 0.5325 0.4155 0.0520
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 268 80 188 74 0 2 0 4 0 0 187 0 1 0.9250 0.0000 0.0053 39.000 0.36 3.25 -2.89 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1669 0.8331 0.0000 0 0 0.5960 0.4040 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 534 168 366 0 0 26 0 142 0 0 359 0 7 0.0000 0.0000 0.0191 5.462 7.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr2 229591816 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -12 1 469 145 324 88 0 16 0 41 0 0 320 0 4 0.6069 0.0000 0.0123 8.062 0.25 10.80 -10.55 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9485 0.0513 0.0002 1 0 0.9425 0.0572 0.0003 1 0 0.9334 0.0662 0.0004
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 1 686 154 532 80 1 9 0 64 0 0 532 0 0 0.5195 0.0000 0.0000 16.111 0.25 3.27 -3.02 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5587 0.4221 0.0192 1 0 0.5546 0.4237 0.0217 1 0 0.5481 0.4264 0.0255
chr2 232847499 TCAGCAGCAGCAGCTGCCACAG T 0.500000 0.100 1 -21 1 343 168 175 129 4 27 0 8 0 0 175 0 0 0.7679 0.0000 0.0000 6.087 3.70 16.50 -12.80 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1462 0.8538 0.0000 0 0 0.8061 0.1939 0.0000
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 342 146 196 8 2 1 10 125 0 0 194 0 2 0.0548 0.0000 0.0102 143.000 0.25 4.06 -3.81 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8902 0.1098 2 2 0.0000 0.2392 0.7608
chr2 240682382 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 1218 301 917 145 0 0 0 156 0 0 917 0 0 0.4817 0.0000 0.0000 301.000 0.28 1.19 -0.92 55 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0279 0.7255 0.2466 1 1 0.0318 0.7096 0.2586 1 1 0.0375 0.6891 0.2734
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 608 175 433 1 1 29 13 131 0 0 430 0 3 0.0057 0.0000 0.0069 4.966 0.00 3.37 -3.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr2 240757423 ATCCTCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 609 179 430 3 8 150 1 17 0 0 430 0 0 0.0168 0.0000 0.0000 0.161 1.33 5.94 -4.61 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1434 0.5102 0.3465 1 1 0.1471 0.5094 0.3435 1 1 0.1521 0.5085 0.3394
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 606 169 437 0 0 2 0 167 0 0 433 0 4 0.0000 0.0000 0.0092 83.500 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 9835187 AGG A 0.001553 0.100 1 -2 2 713 185 528 97 0 1 13 74 0 0 527 0 1 0.5243 0.0000 0.0019 184.000 0.87 7.28 -6.42 13 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5100 0.4899 0.0001 1 0 0.5179 0.4820 0.0001 1 0 0.5273 0.4726 0.0001
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 667 165 502 80 0 16 0 69 1 0 480 2 19 0.4848 0.0020 0.0438 9.312 1.06 11.51 -10.44 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1078 0.7456 0.1466 1 1 0.1171 0.7343 0.1486 1 1 0.1300 0.7194 0.1507
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 194 88 106 83 2 1 0 2 0 0 106 0 0 0.9432 0.0000 0.0000 87.000 0.20 1.00 -0.80 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4759 0.5241 0.0000 0 0 0.8927 0.1073 0.0000 0 0 0.9449 0.0551 0.0000
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 766 265 501 4 15 42 6 198 0 1 452 1 47 0.0151 0.0000 0.0978 5.575 6.75 9.85 -3.10 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.6174 0.3826
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 631 209 422 4 0 45 4 156 0 0 410 0 12 0.0191 0.0000 0.0284 3.644 0.00 3.94 -3.94 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5305 0.4695 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 631 209 422 4 0 122 4 79 0 0 411 0 11 0.0191 0.0000 0.0261 0.717 0.00 4.92 -4.92 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9802 0.0198 2 2 0.0000 0.3478 0.6522 2 2 0.0000 0.1017 0.8983
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 696 228 468 0 0 14 1 213 0 0 466 0 2 0.0000 0.0000 0.0043 15.214 2.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 46373452 TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG T 0.500000 0.100 1 -32 1 869 247 622 230 0 7 0 10 0 0 622 0 0 0.9312 0.0000 0.0000 34.286 0.44 13.20 -12.76 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6987 0.3013 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 356 141 215 0 0 4 1 136 0 0 211 0 4 0.0000 0.0000 0.0186 34.250 3.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 642 180 462 9 0 24 22 125 0 0 459 0 3 0.0500 0.0000 0.0065 6.500 0.44 3.37 -2.92 7 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8900 0.1100 2 2 0.0000 0.1822 0.8178
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 3 377 103 274 6 0 17 39 41 0 0 271 3 0 0.0583 0.0000 0.0109 5.059 0.17 3.95 -3.78 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9052 0.0948 2 2 0.0000 0.4594 0.5406
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 377 103 274 10 0 52 2 39 0 0 270 0 4 0.0971 0.0000 0.0146 0.980 0.20 5.74 -5.54 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0007 0.6655 0.3339 2 1 0.0002 0.9384 0.0614 2 1 0.0000 0.9800 0.0200
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 501 169 332 83 0 33 0 53 0 0 329 0 3 0.4911 0.0000 0.0090 4.121 0.24 5.32 -5.08 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7832 0.2131 0.0037 1 0 0.7737 0.2218 0.0045 1 0 0.7602 0.2340 0.0058
chr3 52368792 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 339 145 194 142 0 2 0 1 0 0 192 0 2 0.9793 0.0000 0.0103 71.500 0.25 13.00 -12.75 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6419 0.3581 0.0000 0 0 0.9802 0.0198 0.0000 0 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 193 108 85 45 1 15 1 46 0 0 85 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 6.133 0.62 7.74 -7.12 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1719 0.6100 0.2181 1 1 0.1764 0.6019 0.2217 1 1 0.1822 0.5917 0.2262
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 248 90 158 2 0 2 0 86 0 0 151 0 7 0.0222 0.0000 0.0443 44.000 0.00 3.13 -3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4266 0.5734 2 2 0.0000 0.0748 0.9252 2 2 0.0000 0.0381 0.9619
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 326 137 189 71 4 10 0 52 0 0 186 0 3 0.5182 0.0000 0.0159 14.111 0.20 3.08 -2.88 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6401 0.3468 0.0131 1 0 0.6328 0.3522 0.0151 1 0 0.6222 0.3598 0.0180
chr3 98087454 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 583 149 434 138 0 4 0 7 0 0 434 0 0 0.9262 0.0000 0.0000 36.250 0.27 2.43 -2.16 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.3639 0.6361 0.0000 0 0 0.9005 0.0995 0.0000
chr3 98087856 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 551 127 424 116 0 8 0 3 0 0 424 0 0 0.9134 0.0000 0.0000 14.875 0.26 2.00 -1.74 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3442 0.6558 0.0000 0 0 0.9320 0.0680 0.0000 0 0 0.9761 0.0239 0.0000
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 748 174 574 79 0 15 0 80 0 0 560 0 14 0.4540 0.0000 0.0244 10.600 0.38 9.57 -9.20 19 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0243 0.5012 0.4745 1 1 0.0272 0.4981 0.4747 1 1 0.0316 0.4946 0.4738
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 483 148 335 74 1 6 0 67 0 0 335 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 23.667 0.28 1.37 -1.09 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3272 0.6034 0.0694 1 1 0.3302 0.5954 0.0744 1 1 0.3334 0.5854 0.0813
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 315 101 214 4 0 3 2 92 0 0 214 0 0 0.0396 0.0000 0.0000 32.333 0.25 1.25 -1.00 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9816 0.0184 2 2 0.0000 0.3898 0.6102 2 2 0.0000 0.1201 0.8799
chr3 98901248 AGGCGGGGGCGGCGGCCGCGGCCCGGACTT A 0.500000 0.100 1 -29 3 214 108 106 100 0 4 0 4 0 0 106 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 26.000 0.34 7.25 -6.91 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0220 0.9780 0.0000 0 0 0.6760 0.3240 0.0000 0 0 0.9077 0.0923 0.0000
chr3 107772911 TAGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 654 164 490 148 2 4 0 10 0 0 490 0 0 0.9024 0.0000 0.0000 39.750 0.36 3.20 -2.84 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0404 0.9596 0.0000 0 0 0.7003 0.2997 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 110 42 68 4 0 2 2 34 0 0 66 0 2 0.0952 0.0000 0.0294 20.000 0.00 1.32 -1.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9120 0.0880 2 1 0.0000 0.6730 0.3270
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 439 124 315 115 0 0 0 9 0 0 315 0 0 0.9274 0.0000 0.0000 124.000 0.34 1.33 -0.99 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0212 0.9788 0.0000 0 1 0.4517 0.5483 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1234 337 897 1 1 97 37 201 0 0 895 0 2 0.0030 0.0000 0.0022 2.454 0.00 3.01 -3.01 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 113657263 TTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -6 1 1238 342 896 13 12 272 3 42 0 0 895 0 1 0.0380 0.0000 0.0011 0.221 0.46 6.33 -5.87 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0231 0.3367 0.6402 1 2 0.0259 0.3446 0.6296 1 2 0.0299 0.3552 0.6149
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1241 345 896 215 15 73 27 15 0 0 896 0 0 0.6232 0.0000 0.0000 3.803 2.49 7.20 -4.71 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 502 152 350 120 2 24 0 6 1 0 349 0 0 0.7895 0.0029 0.0029 5.333 0.27 8.33 -8.07 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4386 0.5614 0.0000 0 0 0.8924 0.1076 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 794 170 624 61 3 40 0 66 0 0 624 0 0 0.3588 0.0000 0.0000 3.225 0.49 7.92 -7.43 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1377 0.6483 0.2140 1 1 0.1434 0.6376 0.2190 1 1 0.1507 0.6241 0.2252
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 336 108 228 57 0 1 1 49 0 0 225 0 3 0.5278 0.0000 0.0132 107.000 0.30 4.04 -3.74 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2646 0.6142 0.1212 1 1 0.2678 0.6058 0.1264 1 1 0.2715 0.5952 0.1333
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 208 112 96 108 0 0 0 4 0 0 96 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 112.000 0.26 3.50 -3.24 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0338 0.9662 0.0000 0 0 0.7578 0.2422 0.0000 0 0 0.9356 0.0644 0.0000
chr3 160425019 G GGTGTGTGTGT 0.500000 0.100 1 10 1 320 78 242 52 2 6 0 18 0 0 238 0 4 0.6667 0.0000 0.0165 12.000 1.27 6.33 -5.06 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8884 0.1100 0.0016 1 0 0.8785 0.1194 0.0020 1 0 0.8635 0.1337 0.0028
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 322 105 217 12 0 5 0 88 0 0 214 0 3 0.1143 0.0000 0.0138 20.000 0.08 1.32 -1.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9635 0.0365
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 411 156 255 64 0 21 3 68 0 0 254 0 1 0.4103 0.0000 0.0039 6.429 0.27 3.07 -2.81 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0690 0.5941 0.3369 1 1 0.0739 0.5867 0.3394 1 1 0.0807 0.5775 0.3418
chr3 184321978 AAGGAGAAGC A 0.500000 0.100 1 -9 1 727 164 563 67 0 23 1 73 0 0 560 0 3 0.4085 0.0000 0.0053 6.130 0.78 8.41 -7.63 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0522 0.5694 0.3785 1 1 0.0566 0.5633 0.3801 1 1 0.0628 0.5558 0.3814
chr3 184353343 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 1 734 182 552 99 2 10 0 71 0 0 550 0 2 0.5440 0.0000 0.0036 17.200 0.16 3.90 -3.74 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7712 0.2258 0.0030 1 0 0.7632 0.2332 0.0037 1 0 0.7514 0.2438 0.0048
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 557 132 425 60 1 20 0 51 0 0 423 0 2 0.4545 0.0000 0.0047 5.600 0.42 2.86 -2.45 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3587 0.5678 0.0735 1 1 0.3594 0.5623 0.0783 1 1 0.3596 0.5555 0.0849
chr3 186677158 GATC G 0.500000 0.100 1 -3 1 601 149 452 130 0 15 0 4 0 0 452 0 0 0.8725 0.0000 0.0000 8.933 0.24 3.75 -3.51 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0943 0.9057 0.0000 0 0 0.9033 0.0967 0.0000 0 0 0.9768 0.0232 0.0000
chr3 193364172 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 247 125 122 119 0 1 0 5 0 0 122 0 0 0.9520 0.0000 0.0000 124.000 0.63 1.20 -0.57 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0067 0.9933 0.0000 0 0 0.6520 0.3480 0.0000 0 0 0.9288 0.0712 0.0000
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 1504 371 1133 340 8 14 0 9 0 0 1133 0 0 0.9164 0.0000 0.0000 25.500 2.06 3.56 -1.49 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0996 0.9004 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr3 195751094 GGCCGGTGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 268 85 183 56 0 3 0 26 0 0 181 0 2 0.6588 0.0000 0.0109 27.333 0.86 8.08 -7.22 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8389 0.1579 0.0033 1 0 0.8279 0.1681 0.0040 1 0 0.8122 0.1827 0.0052
chr3 195778895 TGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.100 1 -48 1 2462 860 1602 396 21 336 14 93 9 6 1447 14 126 0.4605 0.0056 0.0968 1.559 3.06 3.30 -0.25 74 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr3 195779135 TGGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACTGAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCCTGACCTGTGGATGCAGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.100 1 -96 1 3208 965 2243 525 18 273 14 135 9 3 2192 4 35 0.5440 0.0040 0.0227 2.500 2.72 4.08 -1.36 41 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr3 195788495 CGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGGGCT C 0.500000 0.100 1 -48 1 2421 567 1854 277 12 92 11 175 25 27 1758 4 40 0.4885 0.0135 0.0518 5.109 1.12 5.07 -3.95 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9992 0.0008 0.0000 1 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 842 205 637 178 0 12 0 15 0 0 635 0 2 0.8683 0.0000 0.0031 16.083 0.40 11.73 -11.33 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0933 0.9067 0.0000
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.100 1 -9 2 240 109 131 59 1 2 39 8 0 0 131 0 0 0.5413 0.0000 0.0000 53.500 0.44 10.50 -10.06 21 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5213 0.4449 0.0338 1 0 0.5161 0.4466 0.0373 1 0 0.5085 0.4493 0.0422
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 240 108 132 36 0 24 1 47 0 0 131 1 0 0.3333 0.0000 0.0076 3.500 0.53 9.13 -8.60 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0407 0.4407 0.5186 1 2 0.0444 0.4432 0.5124 1 2 0.0497 0.4467 0.5036
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 240 108 132 40 2 18 5 43 0 0 131 0 1 0.3704 0.0000 0.0076 5.000 0.62 9.28 -8.65 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0888 0.5554 0.3557 1 1 0.0936 0.5510 0.3554 1 1 0.1002 0.5455 0.3543
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 538 138 400 84 0 0 0 54 0 0 368 3 29 0.6087 0.0000 0.0800 138.000 0.36 17.17 -16.81 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0573 0.6768 0.2659 1 1 0.0602 0.6638 0.2760 1 1 0.0640 0.6470 0.2889
chr4 3074923 AGC A 0.021170 0.100 1 -2 1 650 249 401 66 16 24 139 4 1 2 397 1 0 0.2651 0.0025 0.0100 15.846 7.76 8.50 -0.74 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0016 0.5133 0.4851 1 1 0.0022 0.5405 0.4573 1 1 0.0033 0.5766 0.4201
chr4 3074926 AG A 0.010091 0.100 1 -1 1 650 249 401 65 19 150 15 0 1 1 397 2 0 0.2610 0.0025 0.0100 4.048 8.49 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9223 0.0777 0.0000 1 0 0.9165 0.0834 0.0000 1 0 0.9081 0.0918 0.0000
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.100 1 -6 2 491 142 349 135 2 0 0 5 0 0 349 0 0 0.9507 0.0000 0.0000 140.000 0.19 6.00 -5.81 81 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1949 0.8051 0.0000 0 0 0.9857 0.0143 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 2 708 202 506 106 1 24 1 70 2 0 495 1 8 0.5248 0.0040 0.0217 7.417 0.75 7.96 -7.20 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7753 0.2222 0.0025 1 0 0.7678 0.2292 0.0031 1 0 0.7566 0.2393 0.0041
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 698 222 476 112 1 37 4 68 1 0 469 0 6 0.5045 0.0021 0.0147 4.946 1.04 7.13 -6.10 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8833 0.1161 0.0006 1 0 0.8757 0.1236 0.0008 1 0 0.8645 0.1344 0.0011
chr4 15511381 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 4 318 134 184 68 1 10 0 55 0 0 184 0 0 0.5075 0.0000 0.0000 12.400 0.35 3.18 -2.83 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5051 0.4634 0.0315 1 0 0.5016 0.4636 0.0348 1 0 0.4960 0.4644 0.0396
chr4 49032652 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 267 135 132 67 0 4 0 64 0 0 132 0 0 0.4963 0.0000 0.0000 32.750 0.19 1.19 -0.99 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2285 0.6454 0.1261 1 1 0.2333 0.6349 0.1317 1 1 0.2392 0.6216 0.1392
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 675 183 492 162 0 16 0 5 0 0 488 0 4 0.8852 0.0000 0.0081 10.438 0.51 8.20 -7.69 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1837 0.8163 0.0000 0 0 0.8894 0.1106 0.0000
chr4 56931051 GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA G 0.500000 0.100 1 -48 1 958 292 666 214 5 71 1 1 0 0 666 0 0 0.7329 0.0000 0.0000 3.113 0.38 5.00 -4.62 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.100 1 -3 3 415 118 297 69 0 6 0 43 0 9 286 0 2 0.5847 0.0000 0.0370 18.667 0.67 4.02 -3.36 47 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8754 0.1233 0.0013 1 0 0.8661 0.1322 0.0017 1 0 0.8526 0.1451 0.0023
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2348 503 1845 329 12 146 2 14 4 1 1832 5 3 0.6541 0.0022 0.0070 2.444 1.83 5.14 -3.31 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0105 0.9895 0.0000 0 0 0.9592 0.0408 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3537 804 2733 700 17 66 6 15 7 24 2692 6 4 0.8706 0.0026 0.0150 11.571 1.98 6.33 -4.35 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 3858 805 3053 5 12 45 23 720 64 49 2747 147 46 0.0062 0.0210 0.1002 18.268 4.80 9.28 -4.48 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615390 AACAGCAGTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 3961 886 3075 388 18 142 12 326 32 78 2728 92 145 0.4379 0.0104 0.1128 5.234 4.80 11.62 -6.82 64 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.4836 0.5164 1 2 0.0000 0.4428 0.5572 1 2 0.0000 0.3960 0.6040
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3499 1097 2402 360 40 171 57 469 339 40 1998 11 14 0.3282 0.1411 0.1682 5.260 2.88 7.81 -4.92 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 88697681 TCCTCTGCCGCTG T 0.500000 0.100 1 -12 2 592 158 434 84 2 7 0 65 0 0 424 0 10 0.5316 0.0000 0.0230 21.571 1.15 9.14 -7.98 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3804 0.5748 0.0448 1 1 0.3829 0.5681 0.0490 1 1 0.3852 0.5598 0.0550
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 154 69 85 37 0 3 0 29 0 0 85 0 0 0.5362 0.0000 0.0000 22.000 0.16 3.07 -2.91 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4072 0.5094 0.0834 1 1 0.4038 0.5083 0.0879 1 1 0.3989 0.5069 0.0941
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 690 158 532 0 0 4 0 154 0 1 530 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 38.500 3.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 515 199 316 0 0 31 7 161 0 0 311 1 4 0.0000 0.0000 0.0158 5.419 2.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 484 188 296 9 3 54 6 116 0 1 289 4 2 0.0479 0.0000 0.0236 2.407 1.11 3.72 -2.61 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 1 0.0000 0.8334 0.1666
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 286 136 150 58 0 7 1 70 0 0 147 0 3 0.4265 0.0000 0.0200 18.429 0.07 4.71 -4.65 28 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0230 0.4289 0.5481 1 2 0.0258 0.4307 0.5436 1 2 0.0299 0.4334 0.5367
chr4 154239272 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 221 89 132 57 0 1 0 31 0 0 131 0 1 0.6404 0.0000 0.0076 88.000 0.11 2.16 -2.06 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7894 0.2050 0.0056 1 0 0.7782 0.2152 0.0066 1 0 0.7622 0.2294 0.0084
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 241 101 140 0 0 20 1 80 0 0 134 0 6 0.0000 0.0000 0.0429 4.050 4.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0128 0.9872 2 2 0.0000 0.0145 0.9855
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.100 1 -15 1 532 125 407 59 1 2 0 63 0 0 403 0 4 0.4720 0.0000 0.0098 61.500 0.17 14.00 -13.83 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0802 0.5985 0.3213 1 1 0.0853 0.5909 0.3238 1 1 0.0922 0.5815 0.3263
chr4 176184858 TTCTC T 0.500000 0.100 1 -4 3 148 72 76 62 0 2 0 8 0 0 76 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 35.000 0.08 4.75 -4.67 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.1066 0.8934 0.0000
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 849 172 677 163 2 2 0 5 0 0 677 0 0 0.9477 0.0000 0.0000 85.000 0.30 3.00 -2.70 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0626 0.9374 0.0000 0 0 0.9485 0.0515 0.0000 0 0 0.9918 0.0082 0.0000
chr4 184691712 G GGTAA 0.500000 0.100 1 4 1 268 79 189 40 0 4 0 35 0 0 186 0 3 0.5063 0.0000 0.0159 18.750 0.12 3.83 -3.70 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2452 0.5898 0.1650 1 1 0.2477 0.5831 0.1692 1 1 0.2506 0.5747 0.1747
chr4 184694537 ACAGATGAAG A 0.500000 0.100 1 -9 2 281 90 191 47 0 7 0 36 0 0 188 0 3 0.5222 0.0000 0.0157 11.857 0.23 9.67 -9.43 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3869 0.5339 0.0792 1 1 0.3852 0.5309 0.0839 1 1 0.3825 0.5272 0.0903
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 770 165 605 1 0 19 5 140 0 0 601 0 4 0.0061 0.0000 0.0066 7.684 0.00 3.41 -3.41 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr5 61332326 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 2 387 140 247 71 5 15 4 45 0 0 239 1 7 0.5071 0.0000 0.0324 8.333 1.73 3.22 -1.49 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6261 0.3599 0.0140 1 0 0.6193 0.3646 0.0161 1 0 0.6094 0.3714 0.0192
chr5 61332713 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 1 400 73 327 25 2 25 1 20 1 1 321 2 2 0.3425 0.0031 0.0183 1.920 3.92 5.85 -1.93 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3136 0.5460 0.1403 1 1 0.3130 0.5425 0.1445 1 1 0.3119 0.5381 0.1500
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 366 54 312 0 0 33 2 19 0 1 308 1 2 0.0000 0.0000 0.0128 0.656 5.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4659 0.5341 2 2 0.0000 0.3895 0.6105 2 2 0.0000 0.3457 0.6543
chr5 66596939 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 395 114 281 95 0 8 0 11 1 0 280 0 0 0.8333 0.0036 0.0036 15.143 1.44 3.55 -2.10 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0799 0.9201 0.0000
chr5 73447067 G GGCGGCC 0.500000 0.100 1 6 1 444 96 348 45 0 15 3 33 0 0 348 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 5.786 2.02 4.73 -2.71 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4199 0.5098 0.0702 1 1 0.4168 0.5085 0.0747 1 1 0.4122 0.5068 0.0809
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 393 118 275 7 0 3 0 108 0 0 271 0 4 0.0593 0.0000 0.0145 38.333 0.29 5.67 -5.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8652 0.1348 2 2 0.0000 0.2805 0.7195
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 537 147 390 65 0 2 0 80 0 0 388 0 2 0.4422 0.0000 0.0051 72.500 0.23 2.94 -2.71 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0191 0.4244 0.5565 1 2 0.0216 0.4258 0.5525 1 2 0.0254 0.4283 0.5463
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 379 102 277 6 0 7 1 88 0 0 263 0 14 0.0588 0.0000 0.0505 13.571 1.50 18.41 -16.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7761 0.2239 2 2 0.0000 0.2410 0.7590
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 367 75 292 3 0 0 0 72 0 0 284 1 7 0.0400 0.0000 0.0274 75.000 3.00 23.99 -20.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9303 0.0697 2 2 0.0000 0.3098 0.6902 2 2 0.0000 0.1239 0.8761
chr5 93740585 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 361 89 272 39 0 3 0 47 0 0 271 0 1 0.4382 0.0000 0.0037 28.667 0.74 3.17 -2.43 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0693 0.5181 0.4126 1 1 0.0738 0.5161 0.4101 1 1 0.0800 0.5137 0.4062
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 258 105 153 94 1 0 0 10 0 0 152 0 1 0.8952 0.0000 0.0065 105.000 0.24 3.00 -2.76 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0794 0.9206 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 252 116 136 16 2 18 2 78 0 0 136 0 0 0.1379 0.0000 0.0000 5.444 1.69 4.83 -3.15 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9993 0.0007
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 975 254 721 113 1 22 0 118 2 1 714 0 4 0.4449 0.0028 0.0097 10.545 0.56 3.71 -3.15 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0696 0.7411 0.1893 1 1 0.0760 0.7255 0.1986 1 1 0.0846 0.7050 0.2103
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.100 1 6 3 506 129 377 66 0 21 0 42 0 0 373 0 4 0.5116 0.0000 0.0106 5.143 0.45 5.57 -5.12 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6684 0.3189 0.0127 1 0 0.6595 0.3259 0.0146 1 0 0.6469 0.3356 0.0175
chr5 135936684 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 371 124 247 63 0 1 0 60 0 0 244 0 3 0.5081 0.0000 0.0121 123.000 0.24 1.18 -0.95 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1751 0.6497 0.1751 1 1 0.1805 0.6390 0.1805 1 1 0.1873 0.6253 0.1873
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 204 82 122 75 1 2 0 4 0 0 122 0 0 0.9146 0.0000 0.0000 40.000 0.21 3.50 -3.29 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.3841 0.6159 0.0000 0 0 0.7525 0.2475 0.0000
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 206 85 121 52 0 1 1 31 0 0 117 0 4 0.6118 0.0000 0.0331 84.000 0.69 3.81 -3.11 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5981 0.3769 0.0250 1 0 0.5897 0.3824 0.0279 1 0 0.5779 0.3900 0.0322
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 206 87 119 53 1 4 1 28 0 0 115 1 3 0.6092 0.0000 0.0336 20.500 0.68 4.18 -3.50 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7101 0.2782 0.0117 1 0 0.6993 0.2873 0.0135 1 0 0.6841 0.2997 0.0162
chr5 140801607 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 741 151 590 87 0 1 0 63 0 0 590 0 0 0.5762 0.0000 0.0000 150.000 0.25 1.22 -0.97 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7167 0.2772 0.0062 1 0 0.7085 0.2842 0.0073 1 0 0.6968 0.2941 0.0092
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 2 640 167 473 111 12 42 0 2 0 0 473 0 0 0.6647 0.0000 0.0000 2.976 0.79 4.00 -3.21 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8627 0.1373 0.0000 0 0 0.9824 0.0176 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 409 121 288 98 0 13 0 10 1 0 286 0 1 0.8099 0.0035 0.0069 8.308 0.23 7.90 -7.67 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.0954 0.9046 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 421 159 262 56 1 34 1 67 0 0 255 1 6 0.3522 0.0000 0.0267 3.676 1.00 9.51 -8.51 0 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0165 0.3806 0.6030 1 2 0.0187 0.3845 0.5968 1 2 0.0222 0.3902 0.5876
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 421 159 262 56 2 33 1 67 0 0 255 1 6 0.3522 0.0000 0.0267 3.818 1.00 9.51 -8.51 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0195 0.4058 0.5748 1 2 0.0220 0.4086 0.5695 1 2 0.0257 0.4127 0.5615
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 664 152 512 0 0 3 0 149 0 0 511 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 49.667 1.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 350 140 210 76 0 6 0 58 0 0 209 0 1 0.5429 0.0000 0.0048 22.333 3.33 4.83 -1.50 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5703 0.4101 0.0196 1 0 0.5653 0.4126 0.0221 1 0 0.5576 0.4164 0.0259
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 351 135 216 48 1 16 5 65 0 0 216 0 0 0.3556 0.0000 0.0000 7.438 3.88 11.65 -7.77 10 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0110 0.3096 0.6794 1 2 0.0128 0.3166 0.6706 1 2 0.0154 0.3265 0.6581
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 350 121 229 0 45 9 2 65 0 0 228 0 1 0.0000 0.0000 0.0044 12.444 4.69 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0076 0.2588 0.7336 1 2 0.0089 0.2675 0.7235 1 2 0.0111 0.2796 0.7094
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 182 67 115 36 0 6 0 25 0 0 115 0 0 0.5373 0.0000 0.0000 10.167 0.17 3.28 -3.11 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4951 0.4489 0.0559 1 0 0.4884 0.4515 0.0600 1 0 0.4791 0.4551 0.0658
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 446 99 347 95 0 1 0 3 0 0 347 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 98.000 1.02 4.00 -2.98 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1388 0.8612 0.0000 0 0 0.8250 0.1750 0.0000 0 0 0.9361 0.0639 0.0000
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 453 198 255 135 16 40 0 7 1 1 253 0 0 0.6818 0.0039 0.0078 4.051 0.93 3.29 -2.36 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.5549 0.4451 0.0000 0 0 0.9508 0.0492 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 663 111 552 44 1 13 0 53 0 0 550 0 2 0.3964 0.0000 0.0036 7.538 0.30 3.45 -3.16 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0586 0.5158 0.4256 1 1 0.0629 0.5137 0.4234 1 1 0.0690 0.5112 0.4198
chr6 656816 GGGGCCGAAGCACAGGCT G 0.000025 0.100 1 -17 1 687 169 518 157 1 3 0 8 0 0 517 0 1 0.9290 0.0000 0.0019 55.000 0.41 17.25 -16.84 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2042 0.7958 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 483 125 358 7 0 17 0 101 0 0 355 0 3 0.0560 0.0000 0.0084 6.353 0.29 3.45 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9013 0.0987 2 2 0.0000 0.3545 0.6455
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 594 148 446 54 3 28 4 59 1 0 435 3 7 0.3649 0.0022 0.0247 4.577 1.94 3.53 -1.58 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0636 0.6444 0.2920 1 1 0.0703 0.6413 0.2884 1 1 0.0799 0.6372 0.2829
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 541 121 420 57 1 12 2 49 1 3 411 2 3 0.4711 0.0024 0.0214 9.083 1.30 4.06 -2.76 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4339 0.5294 0.0367 1 1 0.4374 0.5237 0.0389 1 1 0.4412 0.5169 0.0419
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1518 357 1161 111 23 114 42 67 0 1 1145 0 15 0.3109 0.0000 0.0138 2.236 4.51 5.25 -0.74 11 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4344 0.5564 0.0092 1 1 0.4455 0.5441 0.0104 1 1 0.4587 0.5292 0.0121
chr6 22570091 G GGCGGAGAGGGCGGCGGAA 0.000638 0.100 1 18 1 708 182 526 69 1 50 0 62 0 0 526 0 0 0.3791 0.0000 0.0000 2.640 2.20 8.61 -6.41 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5366 0.4633 0.0001 1 0 0.5411 0.4588 0.0001 1 0 0.5464 0.4535 0.0001
chr6 22570117 G GGGC 0.051576 0.100 1 3 1 693 168 525 27 2 45 40 54 0 0 524 0 1 0.1607 0.0000 0.0019 2.860 0.67 3.02 -2.35 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0503 0.9497 1 2 0.0001 0.1006 0.8994 2 1 0.0000 0.9373 0.0626
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 1039 238 801 225 0 9 0 4 0 0 799 0 2 0.9454 0.0000 0.0025 25.444 0.25 16.00 -15.75 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2826 0.7174 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 410 114 296 59 0 5 0 50 0 0 296 0 0 0.5175 0.0000 0.0000 21.800 0.19 1.54 -1.35 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3896 0.5450 0.0654 1 1 0.3890 0.5409 0.0700 1 1 0.3876 0.5360 0.0764
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 546 140 406 78 0 9 1 52 0 0 406 0 0 0.5571 0.0000 0.0000 14.556 0.41 2.33 -1.92 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7573 0.2375 0.0052 1 0 0.7478 0.2460 0.0062 1 0 0.7341 0.2580 0.0078
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 629 189 440 98 1 4 0 86 0 0 438 0 2 0.5185 0.0000 0.0045 61.667 1.24 9.49 -8.24 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3611 0.5992 0.0397 1 1 0.3656 0.5906 0.0438 1 1 0.3703 0.5800 0.0496
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 530 179 351 109 0 10 0 60 0 0 341 0 10 0.6089 0.0000 0.0285 16.900 0.29 12.12 -11.82 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9081 0.0915 0.0004 1 0 0.9008 0.0987 0.0005 1 0 0.8901 0.1092 0.0008
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 487 121 366 65 0 8 1 47 0 0 366 0 0 0.5372 0.0000 0.0000 14.000 0.65 3.87 -3.23 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6007 0.3794 0.0198 1 0 0.5936 0.3840 0.0224 1 0 0.5833 0.3905 0.0262
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 227 115 112 71 0 0 1 43 0 0 112 0 0 0.6174 0.0000 0.0000 115.000 5.85 9.14 -3.29 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8024 0.1939 0.0038 1 0 0.7920 0.2034 0.0046 1 0 0.7773 0.2168 0.0059
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.100 1 18 1 412 92 320 56 0 9 0 27 0 0 310 0 10 0.6087 0.0000 0.0312 9.222 0.59 13.52 -12.93 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6654 0.3192 0.0154 1 0 0.6557 0.3268 0.0175 1 0 0.6420 0.3372 0.0208
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 618 195 423 13 0 101 4 77 0 0 421 0 2 0.0667 0.0000 0.0047 0.931 0.38 1.77 -1.38 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9743 0.0257
chr6 40379369 C CT 0.500000 0.100 1 1 7 618 204 414 22 75 1 3 103 0 0 414 0 0 0.1078 0.0000 0.0000 131.000 0.32 1.43 -1.11 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0030 0.2238 0.7732 1 2 0.0037 0.2314 0.7648 1 2 0.0049 0.2424 0.7528
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 936 238 698 2 16 8 2 210 0 0 694 0 4 0.0084 0.0000 0.0057 28.750 2.00 3.14 -1.14 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9950 0.0050 2 2 0.0000 0.4640 0.5360
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 315 110 205 86 0 15 0 9 0 0 203 0 2 0.7818 0.0000 0.0098 6.333 0.26 5.56 -5.30 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0528 0.9472 0.0000
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 816 172 644 133 5 25 0 9 0 0 643 0 1 0.7733 0.0000 0.0016 5.800 0.56 3.67 -3.11 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0207 0.9793 0.0000 0 0 0.5447 0.4553 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 679 188 491 43 4 83 0 58 0 0 474 0 17 0.2287 0.0000 0.0346 1.265 15.72 6.50 9.22 11 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0034 0.1897 0.8069 1 2 0.0041 0.1991 0.7968 1 2 0.0053 0.2123 0.7824
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 685 217 468 102 1 58 0 56 0 0 463 0 5 0.4700 0.0000 0.0107 2.741 3.91 13.25 -9.34 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9348 0.0650 0.0002 1 0 0.9283 0.0714 0.0003 1 0 0.9187 0.0809 0.0005
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 698 146 552 61 5 38 1 41 0 1 545 1 5 0.4178 0.0000 0.0127 2.842 1.30 4.66 -3.36 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6438 0.3415 0.0147 1 0 0.6356 0.3476 0.0168 1 0 0.6239 0.3561 0.0200
chr6 108561444 TCGGCGG T 0.500000 0.100 1 -6 1 1163 300 863 219 2 10 2 67 1 2 857 1 2 0.7300 0.0012 0.0070 28.800 1.67 6.01 -4.35 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0523 0.9477 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 143 58 85 32 2 2 3 19 0 0 85 0 0 0.5517 0.0000 0.0000 28.000 0.41 2.95 -2.54 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5292 0.4220 0.0488 1 0 0.5211 0.4263 0.0527 1 0 0.5099 0.4319 0.0582
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 796 174 622 1 0 6 1 166 0 0 618 0 4 0.0057 0.0000 0.0064 28.000 0.00 3.08 -3.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.100 1 2 1 657 145 512 80 0 4 0 61 0 0 508 0 4 0.5517 0.0000 0.0078 47.000 0.36 6.43 -6.06 14 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5195 0.4564 0.0241 1 0 0.5166 0.4564 0.0270 1 0 0.5118 0.4569 0.0313
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 400 127 273 71 0 2 0 54 0 0 272 1 0 0.5591 0.0000 0.0037 62.500 0.14 1.35 -1.21 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5616 0.4159 0.0225 1 0 0.5563 0.4185 0.0252 1 0 0.5484 0.4223 0.0293
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 962 238 724 100 0 13 0 125 0 0 721 0 3 0.4202 0.0000 0.0041 17.308 0.26 3.13 -2.87 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0028 0.2751 0.7221 1 2 0.0034 0.2794 0.7171 1 2 0.0045 0.2862 0.7093
chr6 152697964 GAGAT G 0.500000 0.100 1 -4 3 215 89 126 47 1 2 0 39 0 0 124 0 2 0.5281 0.0000 0.0159 43.500 0.21 3.85 -3.63 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3575 0.5531 0.0894 1 1 0.3570 0.5489 0.0941 1 1 0.3558 0.5436 0.1007
chr6 156778268 C CCAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 869 221 648 86 1 59 2 73 0 2 636 1 9 0.3891 0.0000 0.0185 2.729 1.17 5.21 -4.03 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2104 0.6868 0.1027 1 1 0.2171 0.6739 0.1090 1 1 0.2254 0.6572 0.1174
chr6 156778982 A AGGC 0.500000 0.100 1 3 2 485 164 321 70 2 34 4 54 0 0 319 0 2 0.4268 0.0000 0.0062 3.794 2.33 4.15 -1.82 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4236 0.5305 0.0458 1 1 0.4232 0.5269 0.0499 1 1 0.4217 0.5226 0.0557
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 613 234 379 117 0 28 1 88 0 0 367 0 12 0.5000 0.0000 0.0317 7.357 0.31 16.09 -15.78 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4475 0.5337 0.0188 1 1 0.4511 0.5275 0.0214 1 1 0.4544 0.5203 0.0253
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 413 149 264 75 0 5 0 69 0 0 264 0 0 0.5034 0.0000 0.0000 28.800 0.27 5.00 -4.73 45 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2825 0.6316 0.0860 1 1 0.2867 0.6219 0.0914 1 1 0.2917 0.6096 0.0988
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 236 73 163 2 0 4 0 67 0 0 161 0 2 0.0274 0.0000 0.0123 17.250 0.00 8.09 -8.09 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7167 0.2833 2 2 0.0000 0.2114 0.7886 2 2 0.0000 0.1126 0.8874
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 328 131 197 0 0 18 8 105 0 0 196 0 1 0.0000 0.0000 0.0051 6.278 3.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 777 252 525 7 9 12 107 117 0 0 525 0 0 0.0278 0.0000 0.0000 17.333 3.14 9.79 -6.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9768 0.0232 2 2 0.0000 0.2495 0.7505
chr6 170561958 ACAGCAG A 0.500000 0.100 1 -6 2 778 245 533 0 2 105 8 130 0 0 533 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 1.324 10.52 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 273 90 183 53 27 5 1 4 0 0 183 0 0 0.5889 0.0000 0.0000 17.000 0.96 5.25 -4.29 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0032 0.9968 0.0000 0 1 0.2816 0.7184 0.0000 0 0 0.6962 0.3038 0.0000
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 291 116 175 51 0 23 1 41 0 0 175 0 0 0.4397 0.0000 0.0000 4.043 0.65 4.22 -3.57 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4065 0.5253 0.0682 1 1 0.4045 0.5228 0.0727 1 1 0.4013 0.5197 0.0790
chr7 5313034 T TGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 1 747 85 662 55 2 23 3 2 0 0 662 0 0 0.6471 0.0000 0.0000 2.682 1.78 11.50 -9.72 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0524 0.9476 0.0000 0 1 0.4209 0.5791 0.0000 0 0 0.6667 0.3333 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 681 227 454 180 2 23 1 21 0 0 454 0 0 0.7930 0.0000 0.0000 8.870 0.39 2.95 -2.56 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0050 0.9950 0.0000
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 450 121 329 60 1 4 0 56 0 0 329 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 29.000 0.18 3.25 -3.07 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2786 0.6137 0.1076 1 1 0.2817 0.6053 0.1129 1 1 0.2853 0.5947 0.1200
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.100 1 -3 2 468 101 367 77 3 15 0 6 0 1 366 0 0 0.7624 0.0000 0.0027 7.818 1.48 3.33 -1.85 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0906 0.9094 0.0000 0 0 0.5284 0.4716 0.0000
chr7 25226950 TTAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 367 110 257 101 1 2 0 6 0 0 257 0 0 0.9182 0.0000 0.0000 54.000 0.17 3.00 -2.83 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2152 0.7848 0.0000 0 0 0.7500 0.2500 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 131 44 87 37 0 2 2 3 0 0 87 0 0 0.8409 0.0000 0.0000 21.000 1.05 1.00 0.05 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.1241 0.8759 0.0000 0 1 0.3457 0.6543 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 522 130 392 73 0 2 0 55 0 1 391 0 0 0.5615 0.0000 0.0026 64.000 0.34 1.05 -0.71 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6265 0.3590 0.0145 1 0 0.6194 0.3640 0.0166 1 0 0.6093 0.3710 0.0198
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 207 62 145 38 0 0 0 24 0 0 145 0 0 0.6129 0.0000 0.0000 62.000 0.18 2.92 -2.73 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5750 0.3891 0.0358 1 0 0.5659 0.3949 0.0393 1 0 0.5533 0.4025 0.0442
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 245 107 138 59 0 3 0 45 0 1 137 0 0 0.5514 0.0000 0.0072 34.667 0.19 3.00 -2.81 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5470 0.4236 0.0294 1 0 0.5410 0.4265 0.0326 1 0 0.5323 0.4305 0.0372
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 576 143 433 4 1 69 0 69 1 1 430 1 0 0.0280 0.0023 0.0069 1.072 0.00 5.12 -5.12 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9823 0.0177 2 1 0.0000 0.8014 0.1986
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.100 1 2 1 572 139 433 4 63 5 0 67 2 2 427 1 1 0.0288 0.0046 0.0139 14.400 0.00 5.18 -5.18 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0064 0.2265 0.7672 1 2 0.0076 0.2363 0.7562 1 2 0.0095 0.2499 0.7407
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 297 132 165 67 0 1 0 64 0 0 165 0 0 0.5076 0.0000 0.0000 131.000 2.52 1.77 0.76 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2285 0.6454 0.1261 1 1 0.2333 0.6349 0.1317 1 1 0.2392 0.6216 0.1392
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 863 220 643 0 0 20 3 197 0 0 636 0 7 0.0000 0.0000 0.0109 10.000 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 629 173 456 136 1 21 0 15 0 0 455 1 0 0.7861 0.0000 0.0022 7.238 0.48 3.27 -2.79 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0267 0.9733 0.0000
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 257 91 166 42 0 4 0 45 0 0 165 0 1 0.4615 0.0000 0.0060 21.750 0.55 3.22 -2.67 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1284 0.5878 0.2838 1 1 0.1332 0.5813 0.2855 1 1 0.1396 0.5730 0.2874
chr7 99836454 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 169 72 97 42 1 0 0 29 0 0 97 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 72.000 0.26 1.21 -0.94 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5639 0.4009 0.0352 1 0 0.5556 0.4058 0.0386 1 0 0.5441 0.4124 0.0435
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 660 212 448 122 0 6 0 84 0 0 447 0 1 0.5755 0.0000 0.0022 34.333 0.29 4.14 -3.86 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8759 0.1235 0.0006 1 0 0.8686 0.1307 0.0008 1 0 0.8577 0.1412 0.0011
chr7 100755390 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 1 278 88 190 76 0 8 0 4 0 0 190 0 0 0.8636 0.0000 0.0000 10.000 0.26 3.00 -2.74 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3863 0.6137 0.0000 0 0 0.7541 0.2459 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 118 30 88 7 0 0 0 23 0 0 83 0 5 0.2333 0.0000 0.0568 30.000 0.14 26.13 -25.99 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0052 0.6574 0.3374 2 1 0.0022 0.8756 0.1222 2 1 0.0008 0.9237 0.0755
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 609 156 453 79 0 7 0 70 0 0 450 0 3 0.5064 0.0000 0.0066 21.286 0.59 3.16 -2.56 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2755 0.6406 0.0839 1 1 0.2803 0.6304 0.0893 1 1 0.2859 0.6173 0.0968
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 378 110 268 72 3 24 2 9 0 0 268 0 0 0.6545 0.0000 0.0000 3.458 0.85 4.67 -3.82 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.0368 0.9632 0.0000
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 711 234 477 188 0 35 0 11 0 0 477 0 0 0.8034 0.0000 0.0000 5.686 0.46 5.82 -5.36 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0913 0.9087 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 756 252 504 217 1 26 0 8 0 0 504 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 8.654 0.37 12.12 -11.75 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.9152 0.0848 0.0000 0 0 0.9957 0.0043 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 384 195 189 104 1 19 0 71 0 0 184 0 5 0.5333 0.0000 0.0265 9.263 0.46 6.87 -6.41 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7828 0.2147 0.0025 1 0 0.7748 0.2221 0.0031 1 0 0.7632 0.2327 0.0041
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 252 71 181 38 0 0 0 33 0 0 179 0 2 0.5352 0.0000 0.0110 71.000 0.08 3.03 -2.95 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2720 0.5780 0.1501 1 1 0.2735 0.5721 0.1544 1 1 0.2751 0.5648 0.1601
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 990 247 743 2 0 37 14 194 0 0 734 1 8 0.0081 0.0000 0.0121 5.676 0.00 3.16 -3.16 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1445 336 1109 7 0 13 0 316 0 0 1109 0 0 0.0208 0.0000 0.0000 26.917 0.00 1.65 -1.65 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3300 0.6700 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 691 151 540 67 0 7 0 77 0 0 537 0 3 0.4437 0.0000 0.0056 20.571 0.99 4.16 -3.17 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0344 0.5131 0.4525 1 1 0.0379 0.5100 0.4520 1 1 0.0431 0.5066 0.4503
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 844 183 661 0 0 2 0 181 0 0 657 1 3 0.0000 0.0000 0.0061 90.500 1.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 480 84 396 0 0 1 16 67 0 3 361 7 25 0.0000 0.0000 0.0884 83.000 7.45 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0267 0.9733 2 2 0.0000 0.0117 0.9883 2 2 0.0000 0.0089 0.9911
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 484 84 400 0 0 3 13 68 0 0 362 8 30 0.0000 0.0000 0.0950 76.000 7.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 492 83 409 0 0 6 5 72 0 0 322 38 49 0.0000 0.0000 0.2127 19.000 7.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 572 175 397 79 1 1 0 94 0 0 397 0 0 0.4514 0.0000 0.0000 174.000 1.09 1.62 -0.53 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0272 0.5203 0.4525 1 1 0.0304 0.5161 0.4535 1 1 0.0351 0.5113 0.4536
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 396 105 291 99 0 2 0 4 0 0 291 0 0 0.9429 0.0000 0.0000 51.500 0.33 3.75 -3.42 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0210 0.9790 0.0000 0 0 0.6650 0.3350 0.0000 0 0 0.9035 0.0965 0.0000
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.100 1 -6 1 227 105 122 51 0 10 0 44 0 0 117 0 5 0.4857 0.0000 0.0410 9.500 0.47 6.82 -6.35 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.6088 0.1300 1 1 0.2654 0.6005 0.1341 1 1 0.2705 0.5900 0.1395
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 812 196 616 10 1 25 0 160 0 0 611 0 5 0.0510 0.0000 0.0081 6.840 0.20 5.91 -5.71 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9631 0.0369 2 2 0.0000 0.2441 0.7559
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 808 179 629 88 0 29 0 62 0 0 620 0 9 0.4916 0.0000 0.0143 5.172 0.59 6.16 -5.57 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5558 0.4270 0.0172 1 0 0.5530 0.4275 0.0195 1 0 0.5483 0.4287 0.0229
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 277 102 175 64 1 1 0 36 0 0 175 0 0 0.6275 0.0000 0.0000 101.000 0.28 3.06 -2.77 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8526 0.1451 0.0023 1 0 0.8428 0.1544 0.0028 1 0 0.8287 0.1676 0.0037
chr8 10608493 GCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTC G 0.100122 0.100 1 -21 2 874 219 655 118 2 30 1 68 11 3 576 10 55 0.5388 0.0168 0.1206 6.267 0.80 16.13 -15.34 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1925 0.7863 0.0212 1 1 0.2079 0.7692 0.0229 1 1 0.2284 0.7464 0.0252
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.100 1 3 1 1064 280 784 115 4 7 54 100 0 1 760 14 9 0.4107 0.0000 0.0306 32.429 3.22 5.80 -2.58 39 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0008 0.3398 0.6595 1 2 0.0011 0.3573 0.6417 1 2 0.0016 0.3823 0.6161
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 632 259 373 0 1 39 0 219 0 0 373 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.615 5.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 382 142 240 86 0 3 0 53 0 0 239 0 1 0.6056 0.0000 0.0042 46.333 0.10 7.49 -7.39 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9078 0.0919 0.0004 1 0 0.9015 0.0980 0.0005 1 0 0.8924 0.1070 0.0007
chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.100 1 3 1 108 50 58 18 0 2 0 30 0 0 55 0 3 0.3600 0.0000 0.0517 24.000 0.06 3.37 -3.31 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1234 0.7404 0.1362 1 1 0.1326 0.7370 0.1305 1 1 0.1454 0.7316 0.1230
chr8 30744269 CG C 0.004713 0.100 1 -1 3 327 110 217 105 0 2 0 3 0 0 217 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 54.000 0.69 1.00 -0.31 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9831 0.0169 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr8 38268064 CAACCAGGCCTGGGCACA C 0.000108 0.100 1 -17 2 370 96 274 57 0 5 0 34 0 0 272 0 2 0.5938 0.0000 0.0073 18.200 0.23 10.68 -10.45 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8355 0.1645 0.0000 1 0 0.8291 0.1709 0.0000 1 0 0.8201 0.1799 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 651 242 409 117 0 4 0 121 0 0 406 0 3 0.4835 0.0000 0.0073 59.500 0.27 3.39 -3.11 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0714 0.7527 0.1759 1 1 0.0786 0.7378 0.1836 1 1 0.0887 0.7182 0.1930
chr8 56441740 CTTCATGAAGCCTCCATACCTT C 0.000737 0.100 1 -21 4 530 136 394 70 0 15 0 51 0 0 381 0 13 0.5147 0.0000 0.0330 8.067 0.67 15.84 -15.17 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4841 0.5157 0.0001 1 1 0.4908 0.5090 0.0001 1 1 0.4989 0.5010 0.0001
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 222 99 123 91 0 3 0 5 0 0 123 0 0 0.9192 0.0000 0.0000 32.000 0.40 2.20 -1.80 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3148 0.6852 0.0000 0 0 0.7698 0.2302 0.0000
chr8 64581060 T TGGC 0.106611 0.100 1 3 1 598 168 430 143 6 14 0 5 3 1 425 1 0 0.8512 0.0070 0.0116 11.000 1.66 6.00 -4.34 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1304 0.8696 0.0000 0 0 0.9796 0.0204 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr8 64581450 T TAGCGGC 0.096175 0.100 1 6 2 612 174 438 143 2 19 1 9 0 0 438 0 0 0.8218 0.0000 0.0000 8.053 1.16 5.67 -4.51 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2422 0.7578 0.0000 0 0 0.9458 0.0542 0.0000
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.100 1 -4 1 211 50 161 43 1 5 0 1 0 0 160 0 1 0.8600 0.0000 0.0062 9.000 0.21 4.00 -3.79 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0995 0.9005 0.0000 0 0 0.5170 0.4830 0.0000 0 0 0.7009 0.2991 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 687 220 467 44 6 15 1 154 0 0 467 0 0 0.2000 0.0000 0.0000 15.769 2.14 18.44 -16.31 10 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 1 0.0000 0.8320 0.1680
chr8 141449677 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 315 136 179 122 0 7 0 7 0 0 179 0 0 0.8971 0.0000 0.0000 18.429 1.02 3.86 -2.84 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2073 0.7927 0.0000 0 0 0.8083 0.1917 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 473 145 328 50 2 23 7 63 1 0 327 0 0 0.3448 0.0030 0.0030 5.545 2.28 4.92 -2.64 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0212 0.4037 0.5751 1 2 0.0239 0.4069 0.5692 1 2 0.0278 0.4116 0.5606
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 414 112 302 65 0 3 1 43 0 0 299 0 3 0.5804 0.0000 0.0099 36.333 3.14 3.60 -0.47 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6222 0.3604 0.0174 1 0 0.6144 0.3659 0.0198 1 0 0.6033 0.3735 0.0233
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1050 239 811 101 0 31 0 107 0 0 801 0 10 0.4226 0.0000 0.0123 6.710 0.81 10.25 -9.44 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0188 0.5338 0.4475 1 1 0.0214 0.5276 0.4510 1 1 0.0253 0.5204 0.4543
chr9 116848 T TA 0.003653 0.100 1 1 1 674 190 484 169 1 8 0 12 0 0 484 0 0 0.8895 0.0000 0.0000 22.750 1.26 1.75 -0.49 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.8019 0.1981 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr9 117363 T TC 0.002993 0.100 1 1 1 910 194 716 167 12 5 4 6 0 0 716 0 0 0.8608 0.0000 0.0000 36.200 0.81 4.00 -3.19 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0779 0.9221 0.0000 0 0 0.9973 0.0027 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 911 197 714 178 4 7 2 6 0 0 714 0 0 0.9036 0.0000 0.0000 31.500 0.86 3.67 -2.81 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 0 0.9520 0.0480 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 911 201 710 124 64 9 0 4 0 0 709 1 0 0.6169 0.0000 0.0014 24.500 0.46 3.75 -3.29 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8060 0.1940 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 1055 351 704 232 21 73 1 24 0 0 703 1 0 0.6610 0.0000 0.0014 3.808 1.39 3.21 -1.82 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1274 0.8726 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 356 98 258 35 0 18 0 45 0 0 251 0 7 0.3571 0.0000 0.0271 4.444 0.49 7.27 -6.78 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0215 0.3546 0.6240 1 2 0.0241 0.3611 0.6148 1 2 0.0280 0.3699 0.6021
chr9 33264401 ACTC A 0.500000 0.100 1 -3 2 454 123 331 70 0 4 0 49 0 0 329 0 2 0.5691 0.0000 0.0060 29.750 0.46 3.14 -2.69 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6348 0.3505 0.0148 1 0 0.6271 0.3560 0.0169 1 0 0.6161 0.3638 0.0201
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 620 163 457 96 0 1 1 65 0 0 457 0 0 0.5890 0.0000 0.0000 162.000 0.26 1.91 -1.65 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8138 0.1841 0.0021 1 0 0.8050 0.1924 0.0026 1 0 0.7922 0.2042 0.0035
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 792 206 586 90 0 28 0 88 0 0 575 0 11 0.4369 0.0000 0.0188 6.357 0.56 10.89 -10.33 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0518 0.6394 0.3088 1 1 0.0566 0.6287 0.3147 1 1 0.0633 0.6153 0.3214
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 431 74 357 34 0 0 0 40 0 0 357 0 0 0.4595 0.0000 0.0000 74.000 0.29 1.02 -0.73 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1053 0.5487 0.3459 1 1 0.1100 0.5449 0.3451 1 1 0.1163 0.5402 0.3435
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 441 145 296 72 0 3 1 69 0 0 286 0 10 0.4966 0.0000 0.0338 47.333 0.28 13.57 -13.29 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0658 0.6129 0.3213 1 1 0.0708 0.6042 0.3250 1 1 0.0777 0.5933 0.3290
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 703 152 551 70 0 15 1 66 0 0 540 0 11 0.4605 0.0000 0.0200 9.133 0.47 11.18 -10.71 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0666 0.6082 0.3252 1 1 0.0716 0.5999 0.3286 1 1 0.0784 0.5893 0.3322
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 529 148 381 77 1 3 0 67 0 0 380 0 1 0.5203 0.0000 0.0026 48.333 0.35 3.40 -3.05 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3816 0.5679 0.0505 1 1 0.3832 0.5619 0.0549 1 1 0.3845 0.5545 0.0610
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 233 92 141 40 0 1 0 51 0 0 137 0 4 0.4348 0.0000 0.0284 91.000 0.03 3.63 -3.60 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0289 0.4067 0.5644 1 2 0.0320 0.4106 0.5574 1 2 0.0365 0.4161 0.5474
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 361 124 237 5 57 21 1 40 0 1 235 0 1 0.0403 0.0000 0.0084 4.905 0.00 2.85 -2.85 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7062 0.2837 0.0102 1 0 0.6962 0.2920 0.0118 1 0 0.6822 0.3034 0.0144
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 361 127 234 38 8 21 4 56 0 0 233 0 1 0.2992 0.0000 0.0043 5.048 2.32 3.09 -0.77 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0281 0.4202 0.5517 1 2 0.0312 0.4231 0.5457 1 2 0.0357 0.4273 0.5370
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 478 182 296 0 0 5 0 177 0 0 296 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.400 9.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 567 210 357 0 0 0 0 210 0 0 355 0 2 0.0000 0.0000 0.0056 210.000 3.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 389 107 282 4 0 17 0 86 0 0 282 0 0 0.0374 0.0000 0.0000 5.294 0.25 5.24 -4.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 2 0.0000 0.4871 0.5129 2 2 0.0000 0.1652 0.8348
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 955 151 804 0 1 37 3 110 0 3 786 2 13 0.0000 0.0000 0.0224 3.000 5.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr9 99105255 TGGCGGCGGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 232 123 109 108 0 12 0 3 2 0 105 1 1 0.8780 0.0183 0.0367 9.250 0.91 9.67 -8.76 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0088 0.9912 0.0000 0 0 0.5903 0.4097 0.0000 0 0 0.9007 0.0993 0.0000
chr9 103005600 TAAGAAGGATGCA T 0.500000 0.100 1 -12 1 559 145 414 74 1 16 0 54 0 0 414 0 0 0.5103 0.0000 0.0000 8.062 0.95 8.72 -7.78 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6733 0.3163 0.0105 1 0 0.6651 0.3228 0.0122 1 0 0.6533 0.3319 0.0148
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 575 153 422 99 0 0 0 54 0 0 422 0 0 0.6471 0.0000 0.0000 153.000 0.21 2.54 -2.32 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9532 0.0467 0.0001 1 0 0.9477 0.0521 0.0002 1 0 0.9394 0.0603 0.0003
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 885 201 684 118 0 2 0 81 0 0 682 0 2 0.5871 0.0000 0.0029 99.500 0.06 4.64 -4.58 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8562 0.1429 0.0008 1 0 0.8486 0.1503 0.0011 1 0 0.8373 0.1612 0.0015
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 814 190 624 111 0 3 2 74 0 0 623 0 1 0.5842 0.0000 0.0016 62.000 0.12 2.89 -2.77 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8554 0.1436 0.0010 1 0 0.8474 0.1513 0.0012 1 0 0.8357 0.1625 0.0017
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 696 133 563 63 0 19 0 51 0 0 555 0 8 0.4737 0.0000 0.0142 6.000 0.46 5.10 -4.64 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2564 0.6276 0.1160 1 1 0.2603 0.6182 0.1215 1 1 0.2649 0.6064 0.1287
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 279 119 160 0 0 2 0 117 0 0 159 0 1 0.0000 0.0000 0.0063 58.500 3.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0032 0.9968
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 495 102 393 45 1 5 1 50 0 0 392 0 1 0.4412 0.0000 0.0025 19.400 0.51 5.66 -5.15 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0989 0.5779 0.3232 1 1 0.1038 0.5720 0.3242 1 1 0.1106 0.5645 0.3250
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 534 151 383 71 0 16 4 60 0 0 382 0 1 0.4702 0.0000 0.0026 8.438 0.49 1.28 -0.79 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3058 0.6124 0.0818 1 1 0.3091 0.6039 0.0870 1 1 0.3126 0.5932 0.0941
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 544 195 349 22 0 11 4 158 0 1 345 0 3 0.1128 0.0000 0.0115 16.727 0.64 3.44 -2.80 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 564 180 384 8 1 1 0 170 0 0 378 0 6 0.0444 0.0000 0.0156 178.000 0.00 3.19 -3.19 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 2 0.0000 0.4869 0.5131 2 2 0.0000 0.0385 0.9615
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 524 142 382 66 0 11 0 65 0 0 374 0 8 0.4648 0.0000 0.0209 11.909 0.36 7.62 -7.25 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0774 0.6126 0.3100 1 1 0.0825 0.6041 0.3134 1 1 0.0896 0.5933 0.3171
chr9 130668313 G GGT 0.500000 0.100 1 2 1 290 103 187 55 1 14 0 33 0 0 187 0 0 0.5340 0.0000 0.0000 6.357 0.11 2.45 -2.35 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7532 0.2389 0.0079 1 0 0.7420 0.2487 0.0093 1 0 0.7263 0.2622 0.0115
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 420 122 298 49 5 26 2 40 0 0 296 1 1 0.4016 0.0000 0.0067 3.692 1.18 4.42 -3.24 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4294 0.5120 0.0586 1 1 0.4269 0.5102 0.0629 1 1 0.4229 0.5081 0.0690
chr9 133255669 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 578 145 433 140 2 0 0 3 0 0 433 0 0 0.9655 0.0000 0.0000 145.000 1.39 1.00 0.39 60 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6466 0.3534 0.0000 0 0 0.9802 0.0198 0.0000 0 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 287 118 169 6 0 0 1 111 0 0 166 0 3 0.0508 0.0000 0.0178 118.000 0.00 1.64 -1.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6552 0.3448 2 2 0.0000 0.1508 0.8492
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 287 118 169 6 0 0 1 111 0 0 166 0 3 0.0508 0.0000 0.0178 118.000 0.00 1.64 -1.64 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6552 0.3448 2 2 0.0000 0.1508 0.8492
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 320 135 185 68 0 3 0 64 0 0 183 1 1 0.5037 0.0000 0.0108 44.000 0.40 1.97 -1.57 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2068 0.6541 0.1391 1 1 0.2121 0.6431 0.1448 1 1 0.2186 0.6291 0.1523
chr9 135945095 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 308 101 207 94 1 4 0 2 0 0 207 0 0 0.9307 0.0000 0.0000 24.250 0.50 3.00 -2.50 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5981 0.4019 0.0000 0 0 0.9318 0.0682 0.0000 0 0 0.9653 0.0347 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 274 103 171 93 0 6 1 3 0 0 171 0 0 0.9029 0.0000 0.0000 16.000 0.17 2.67 -2.49 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0993 0.9007 0.0000 0 0 0.7647 0.2353 0.0000 0 0 0.9135 0.0865 0.0000
chr9 136383542 C CGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 676 195 481 83 3 42 1 66 0 0 476 0 5 0.4256 0.0000 0.0104 3.619 2.66 5.97 -3.31 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4678 0.5033 0.0289 1 1 0.4674 0.5005 0.0321 1 1 0.4657 0.4974 0.0369
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 1 676 203 473 102 4 30 3 64 0 1 472 0 0 0.5025 0.0000 0.0021 5.767 3.85 3.31 0.54 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9169 0.0828 0.0003 1 0 0.9098 0.0897 0.0005 1 0 0.8993 0.1000 0.0007
chr9 136984956 C CGGCCCCTCCCTGCCCCTCT 0.500000 0.100 1 19 3 430 103 327 51 0 19 1 32 0 0 320 0 7 0.4951 0.0000 0.0214 4.421 0.45 9.72 -9.27 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4623 0.4855 0.0522 1 1 0.4584 0.4853 0.0563 1 1 0.4525 0.4854 0.0621
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 240 103 137 10 1 17 1 74 0 0 137 0 0 0.0971 0.0000 0.0000 5.059 0.00 3.14 -3.14 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9680 0.0320
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.100 1 -9 1 844 190 654 117 0 4 0 69 0 0 647 0 7 0.6158 0.0000 0.0107 46.500 0.35 8.80 -8.45 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9556 0.0444 0.0000 1 0 0.9519 0.0481 0.0000 1 0 0.9462 0.0538 0.0000
chr10 19352230 GC G 0.000697 0.100 1 -1 1 142 57 85 34 0 0 0 23 0 0 85 0 0 0.5965 0.0000 0.0000 57.000 1.12 2.35 -1.23 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6921 0.3079 0.0001 1 0 0.6876 0.3124 0.0001 1 0 0.6813 0.3186 0.0001
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 926 222 704 86 0 27 1 108 0 0 691 0 13 0.3874 0.0000 0.0185 7.185 0.67 5.42 -4.74 8 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0007 0.1399 0.8593 1 2 0.0010 0.1474 0.8517 1 2 0.0014 0.1582 0.8404
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 670 172 498 96 0 4 0 72 0 0 497 0 1 0.5581 0.0000 0.0020 42.000 0.44 4.10 -3.66 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7575 0.2397 0.0028 1 0 0.7524 0.2443 0.0033 1 0 0.7449 0.2510 0.0041
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 550 151 399 71 0 13 0 67 0 0 399 0 0 0.4702 0.0000 0.0000 10.615 0.52 1.28 -0.76 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3087 0.6192 0.0721 1 1 0.3148 0.6093 0.0759 1 1 0.3223 0.5968 0.0809
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.100 1 1 1 672 238 434 231 0 2 0 5 1 0 433 0 0 0.9706 0.0023 0.0023 118.000 0.15 1.80 -1.65 67 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9330 0.0670 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.100 1 -2 1 967 242 725 225 2 4 0 11 0 0 725 0 0 0.9298 0.0000 0.0000 59.500 0.28 2.45 -2.18 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6790 0.3210 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.100 1 -6 3 135 67 68 45 0 1 0 21 0 1 67 0 0 0.6716 0.0000 0.0147 66.000 1.20 7.05 -5.85 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8781 0.1208 0.0011 1 0 0.8701 0.1285 0.0013 1 0 0.8588 0.1395 0.0017
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.100 1 -6 1 868 208 660 190 0 5 0 13 1 0 658 0 1 0.9135 0.0015 0.0030 40.600 0.34 6.15 -5.81 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1133 0.8867 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 432 114 318 46 0 28 4 36 0 0 318 0 0 0.4035 0.0000 0.0000 3.071 0.39 3.06 -2.66 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4850 0.4865 0.0285 1 0 0.4864 0.4836 0.0299 1 0 0.4878 0.4803 0.0319
chr10 77637505 A AGAG 0.003648 0.100 1 3 2 963 259 704 194 10 45 0 10 0 2 702 0 0 0.7490 0.0000 0.0028 4.756 0.76 3.30 -2.54 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 674 159 515 85 0 8 0 66 0 0 509 0 6 0.5346 0.0000 0.0117 18.875 0.47 6.06 -5.59 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5477 0.4380 0.0143 1 0 0.5489 0.4353 0.0158 1 0 0.5495 0.4324 0.0181
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.100 1 6 1 730 248 482 116 0 28 0 104 0 0 474 0 8 0.4677 0.0000 0.0166 7.857 0.30 6.38 -6.07 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1969 0.7314 0.0717 1 1 0.2065 0.7159 0.0776 1 1 0.2188 0.6957 0.0856
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 408 118 290 59 1 9 0 49 1 0 287 0 2 0.5000 0.0034 0.0103 12.111 1.07 6.43 -5.36 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4258 0.5212 0.0530 1 1 0.4248 0.5181 0.0571 1 1 0.4226 0.5146 0.0628
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.100 1 18 1 494 133 361 13 0 17 2 101 0 0 334 0 27 0.0977 0.0000 0.0748 6.824 0.54 11.90 -11.36 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9980 0.0020
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 341 141 200 129 0 0 0 12 0 0 200 0 0 0.9149 0.0000 0.0000 141.000 0.93 2.33 -1.40 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 1 0.4447 0.5553 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 199 74 125 34 0 3 1 36 0 0 124 0 1 0.4595 0.0000 0.0080 23.667 0.03 3.36 -3.33 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0698 0.5309 0.3993 1 1 0.0722 0.5269 0.4009 1 1 0.0754 0.5220 0.4026
chr10 124021236 C CG 0.056607 0.100 1 1 1 337 81 256 8 48 15 1 9 0 3 250 3 0 0.0988 0.0000 0.0234 1.267 1.12 6.78 -5.65 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0897 0.9103 0.0000 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 1 0.0890 0.9110 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 337 83 254 8 11 15 4 45 0 0 251 0 3 0.0964 0.0000 0.0118 4.133 1.12 2.16 -1.03 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1149 0.8842 1 2 0.0009 0.3730 0.6262 2 1 0.0003 0.8500 0.1497
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.100 1 1 1 216 62 154 50 0 4 1 7 0 0 154 0 0 0.8065 0.0000 0.0000 14.500 0.36 1.86 -1.50 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0235 0.9765 0.0000 0 1 0.3824 0.6176 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 703 158 545 142 0 14 0 2 0 0 543 0 2 0.8987 0.0000 0.0037 10.286 0.77 12.00 -11.23 32 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5677 0.4323 0.0000 0 0 0.9915 0.0085 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 388 122 266 65 1 4 0 52 0 0 266 0 0 0.5328 0.0000 0.0000 29.500 0.28 1.17 -0.90 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5120 0.4561 0.0319 1 0 0.5078 0.4569 0.0353 1 0 0.5016 0.4583 0.0401
chr10 132877923 G GTCCTTCTCTTTACTCCTCTCATTC 0.005288 0.100 1 24 2 141 20 121 8 2 3 0 7 0 0 110 0 11 0.4000 0.0000 0.0909 5.000 1.38 1.86 -0.48 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2724 0.7200 0.0077 1 1 0.2809 0.7117 0.0074 1 1 0.2922 0.7007 0.0071
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 683 162 521 148 0 10 0 4 0 0 521 0 0 0.9136 0.0000 0.0000 15.200 0.37 2.50 -2.13 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3340 0.6660 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr11 502129 ACTGGATGTCCAGGCT A 0.120821 0.100 1 -15 1 160 71 89 58 0 10 0 3 0 0 89 0 0 0.8169 0.0000 0.0000 6.100 0.78 15.33 -14.56 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1509 0.8491 0.0000 0 0 0.8439 0.1561 0.0000 0 0 0.9465 0.0535 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 275 76 199 40 0 1 0 35 0 0 199 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 75.000 0.40 2.03 -1.63 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3494 0.5488 0.1018 1 1 0.3497 0.5445 0.1058 1 1 0.3496 0.5391 0.1113
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1117 214 903 134 1 77 0 2 1 0 902 0 0 0.6262 0.0011 0.0011 1.779 0.76 0.00 0.76 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9101 0.0899 0.0000 0 0 0.9889 0.0111 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.100 1 -30 1 1062 271 791 100 0 80 1 90 0 0 768 0 23 0.3690 0.0000 0.0291 2.375 0.93 9.81 -8.88 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0676 0.8308 0.1015 1 1 0.0763 0.8207 0.1030 1 1 0.0888 0.8068 0.1044
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 526 116 410 63 1 22 1 29 0 0 398 0 12 0.5431 0.0000 0.0293 4.227 1.84 12.41 -10.57 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7921 0.2045 0.0034 1 0 0.7845 0.2116 0.0039 1 0 0.7737 0.2215 0.0048
chr11 3640001 AGCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 525 128 397 119 0 4 0 5 0 0 397 0 0 0.9297 0.0000 0.0000 31.000 1.01 3.20 -2.19 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 0 0.6502 0.3498 0.0000 0 0 0.9286 0.0714 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 345 111 234 0 0 1 1 109 0 0 234 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 109.000 3.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0048 0.9952
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 711 243 468 117 1 11 0 114 0 0 468 0 0 0.4815 0.0000 0.0000 21.091 0.21 1.39 -1.17 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1767 0.7430 0.0803 1 1 0.1857 0.7273 0.0870 1 1 0.1971 0.7068 0.0961
chr11 4546129 AATGAAGATT A 0.500000 0.100 1 -9 3 374 74 300 31 0 2 0 41 0 0 300 0 0 0.4189 0.0000 0.0000 36.000 1.87 8.10 -6.23 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0628 0.4815 0.4557 1 1 0.0671 0.4820 0.4509 1 1 0.0731 0.4828 0.4441
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 220 79 141 42 0 0 0 37 0 0 137 0 4 0.5316 0.0000 0.0284 79.000 0.12 2.08 -1.96 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2202 0.5992 0.1806 1 1 0.2235 0.5919 0.1847 1 1 0.2275 0.5826 0.1899
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.100 1 -1 1 549 128 421 10 0 2 1 115 0 0 420 0 1 0.0781 0.0000 0.0024 63.000 0.10 3.79 -3.69 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9918 0.0082 2 1 0.0000 0.6765 0.3235
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 957 253 704 117 0 11 0 125 0 0 703 1 0 0.4625 0.0000 0.0014 22.000 0.19 1.38 -1.19 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0435 0.6980 0.2586 1 1 0.0482 0.6839 0.2679 1 1 0.0550 0.6658 0.2792
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 923 236 687 122 0 2 0 112 0 0 687 0 0 0.5169 0.0000 0.0000 117.000 0.20 1.21 -1.00 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2877 0.6727 0.0396 1 1 0.2962 0.6597 0.0441 1 1 0.3063 0.6433 0.0504
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 487 120 367 113 0 1 0 6 0 0 367 0 0 0.9417 0.0000 0.0000 119.000 1.15 2.00 -0.85 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3258 0.6742 0.0000 0 0 0.8373 0.1627 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1048 242 806 9 0 8 0 225 0 0 788 0 18 0.0372 0.0000 0.0223 29.250 2.22 6.12 -3.89 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 2 0.0000 0.0720 0.9280 2 2 0.0000 0.0024 0.9976
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 774 201 573 6 0 4 0 191 0 0 573 0 0 0.0299 0.0000 0.0000 49.250 0.00 1.64 -1.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9721 0.0279 2 2 0.0000 0.0407 0.9593 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 574 162 412 83 0 3 0 76 0 0 412 0 0 0.5123 0.0000 0.0000 53.000 0.20 2.33 -2.12 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2916 0.6356 0.0728 1 1 0.2964 0.6255 0.0781 1 1 0.3019 0.6128 0.0853
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 424 94 330 55 0 1 0 38 0 0 329 0 1 0.5851 0.0000 0.0030 93.000 0.84 1.55 -0.72 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5913 0.3839 0.0248 1 0 0.5834 0.3890 0.0277 1 0 0.5723 0.3959 0.0319
chr11 5489310 G GGGCT 0.500000 0.100 1 4 1 664 148 516 138 0 2 0 8 0 0 516 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 73.000 1.39 5.25 -3.86 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1645 0.8355 0.0000 0 0 0.8266 0.1734 0.0000
chr11 5516206 AGAAGGCAACCCAT A 0.500000 0.100 1 -13 1 580 133 447 73 0 7 0 53 0 0 441 1 5 0.5489 0.0000 0.0134 18.000 0.32 12.62 -12.31 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5079 0.4630 0.0291 1 0 0.5047 0.4630 0.0323 1 0 0.4995 0.4636 0.0370
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 772 132 640 0 0 15 0 117 0 0 623 0 17 0.0000 0.0000 0.0266 7.800 9.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 5 622 171 451 132 8 25 0 6 1 0 450 0 0 0.7719 0.0022 0.0022 5.840 0.17 3.17 -2.99 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.6584 0.3416 0.0000 0 0 0.9522 0.0478 0.0000
chr11 6891690 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 621 174 447 99 0 4 0 71 0 0 446 0 1 0.5690 0.0000 0.0022 42.500 0.35 2.13 -1.77 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7558 0.2406 0.0036 1 0 0.7478 0.2478 0.0044 1 0 0.7362 0.2581 0.0056
chr11 8921341 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 174 73 101 42 0 1 0 30 0 0 101 0 0 0.5753 0.0000 0.0000 72.000 0.81 2.03 -1.22 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5104 0.4423 0.0473 1 0 0.5038 0.4451 0.0512 1 0 0.4945 0.4488 0.0567
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 258 128 130 53 1 17 2 55 0 0 129 0 1 0.4141 0.0000 0.0077 6.529 0.28 4.02 -3.74 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1197 0.6160 0.2643 1 1 0.1249 0.6075 0.2676 1 1 0.1319 0.5967 0.2714
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 204 76 128 39 0 1 0 36 0 0 128 0 0 0.5132 0.0000 0.0000 75.000 0.26 2.97 -2.72 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2704 0.5804 0.1492 1 1 0.2721 0.5744 0.1536 1 1 0.2739 0.5668 0.1594
chr11 17372490 CTT C 0.500000 0.100 1 -2 2 687 198 489 186 0 8 0 4 1 0 488 0 0 0.9394 0.0020 0.0020 23.750 1.06 2.75 -1.69 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6526 0.3474 0.0000 0 0 0.9937 0.0063 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr11 17641054 A ACAC 0.500000 0.100 1 3 2 448 133 315 73 0 3 0 57 0 0 314 0 1 0.5489 0.0000 0.0032 43.333 0.12 3.02 -2.89 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5233 0.4499 0.0267 1 0 0.5196 0.4506 0.0298 1 0 0.5137 0.4520 0.0343
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 329 157 172 80 1 12 1 63 0 0 169 0 3 0.5096 0.0000 0.0174 12.083 0.29 3.32 -3.03 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4790 0.4915 0.0296 1 1 0.4776 0.4896 0.0328 1 1 0.4748 0.4876 0.0376
chr11 27362901 TTCATCCACGTCTTCCTCA T 0.500000 0.100 1 -18 1 487 164 323 87 0 9 0 68 0 0 311 0 12 0.5305 0.0000 0.0372 17.222 0.18 15.60 -15.42 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2839 0.6449 0.0712 1 1 0.2893 0.6342 0.0765 1 1 0.2954 0.6207 0.0838
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 178 73 105 70 0 1 0 2 0 0 105 0 0 0.9589 0.0000 0.0000 72.000 1.07 4.50 -3.43 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2948 0.7052 0.0000 0 0 0.7970 0.2030 0.0000 0 0 0.8922 0.1078 0.0000
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 852 254 598 125 0 6 0 123 0 0 594 0 4 0.4921 0.0000 0.0067 41.333 0.21 3.80 -3.59 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0919 0.7714 0.1366 1 1 0.0995 0.7548 0.1457 1 1 0.1098 0.7327 0.1575
chr11 49208393 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 254 102 152 60 1 2 0 39 0 0 151 0 1 0.5882 0.0000 0.0066 49.500 0.20 3.08 -2.88 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6978 0.2909 0.0113 1 0 0.6878 0.2992 0.0131 1 0 0.6737 0.3105 0.0158
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1052 214 838 0 0 3 2 209 0 0 831 0 7 0.0000 0.0000 0.0084 70.333 2.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 736 180 556 7 0 0 0 173 0 0 555 0 1 0.0389 0.0000 0.0018 180.000 0.00 1.40 -1.40 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 2 0.0000 0.2240 0.7760 2 2 0.0000 0.0188 0.9812
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 602 168 434 86 0 3 2 77 0 0 432 1 1 0.5119 0.0000 0.0046 54.667 0.13 1.43 -1.30 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2522 0.6625 0.0853 1 1 0.2581 0.6509 0.0910 1 1 0.2651 0.6361 0.0988
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 77 36 41 0 0 0 0 36 0 0 40 0 1 0.0000 0.0000 0.0244 36.000 2.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1317 0.8683 2 2 0.0000 0.1361 0.8639 2 2 0.0000 0.1424 0.8576
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 261 103 158 52 0 17 0 34 0 0 157 0 1 0.5049 0.0000 0.0063 5.059 0.40 2.76 -2.36 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6240 0.3546 0.0215 1 0 0.6149 0.3611 0.0241 1 0 0.6021 0.3699 0.0280
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 286 109 177 44 2 10 1 52 0 0 177 0 0 0.4037 0.0000 0.0000 9.900 0.43 3.83 -3.40 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0875 0.5658 0.3467 1 1 0.0924 0.5606 0.3471 1 1 0.0990 0.5541 0.3469
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 206 100 106 45 3 15 0 37 0 0 105 0 1 0.4500 0.0000 0.0094 5.667 1.07 3.92 -2.85 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4405 0.4987 0.0607 1 1 0.4370 0.4979 0.0650 1 1 0.4318 0.4971 0.0711
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 845 193 652 112 1 28 2 50 0 0 616 0 36 0.5803 0.0000 0.0552 5.821 0.29 8.38 -8.09 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6880 0.3071 0.0048 1 0 0.6828 0.3114 0.0058 1 0 0.6746 0.3180 0.0074
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 972 266 706 120 1 4 0 141 0 0 706 0 0 0.4511 0.0000 0.0000 65.500 0.17 2.29 -2.12 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0094 0.4942 0.4964 1 2 0.0111 0.4882 0.5007 1 2 0.0137 0.4817 0.5046
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 322 109 213 51 1 3 0 54 0 0 210 0 3 0.4679 0.0000 0.0141 35.333 0.18 13.78 -13.60 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1075 0.6026 0.2899 1 1 0.1127 0.5950 0.2923 1 1 0.1196 0.5853 0.2951
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 139 73 66 51 0 1 0 21 0 0 66 0 0 0.6986 0.0000 0.0000 72.000 0.41 3.19 -2.78 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8709 0.1268 0.0023 1 0 0.8604 0.1368 0.0028 1 0 0.8444 0.1518 0.0038
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 533 143 390 130 0 6 0 7 0 0 390 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 22.833 0.25 4.00 -3.75 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2769 0.7231 0.0000 0 0 0.8600 0.1400 0.0000
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 314 43 271 38 1 0 0 4 0 0 271 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 43.000 0.61 1.25 -0.64 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0905 0.9095 0.0000 0 1 0.3376 0.6624 0.0000
chr11 96092039 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1158 326 832 169 4 27 0 126 1 0 831 0 0 0.5184 0.0012 0.0012 11.074 0.46 3.17 -2.71 97 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9290 0.0709 0.0001 1 0 0.9241 0.0758 0.0001 1 0 0.9166 0.0832 0.0002
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1317 381 936 1 12 87 12 269 0 0 936 0 0 0.0026 0.0000 0.0000 3.184 25.00 8.49 16.51 1 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 822 261 561 107 0 33 3 118 0 0 559 1 1 0.4100 0.0000 0.0036 7.125 0.40 10.27 -9.87 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0170 0.5383 0.4447 1 1 0.0195 0.5314 0.4491 1 1 0.0232 0.5235 0.4533
chr11 118557032 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 217 85 132 39 0 13 0 33 0 0 132 0 0 0.4588 0.0000 0.0000 5.538 0.05 3.33 -3.28 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3478 0.5463 0.1059 1 1 0.3468 0.5427 0.1105 1 1 0.3450 0.5381 0.1168
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 405 142 263 80 0 10 0 52 0 0 262 0 1 0.5634 0.0000 0.0038 13.200 0.23 5.92 -5.70 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7880 0.2082 0.0037 1 0 0.7783 0.2171 0.0045 1 0 0.7645 0.2297 0.0058
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 258 106 152 52 1 16 0 37 0 0 152 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 5.625 0.19 3.00 -2.81 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5954 0.3796 0.0250 1 0 0.5872 0.3849 0.0279 1 0 0.5756 0.3922 0.0321
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 242 90 152 46 0 16 0 28 0 0 152 0 0 0.5111 0.0000 0.0000 4.625 0.37 5.61 -5.24 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6618 0.3195 0.0187 1 0 0.6512 0.3277 0.0211 1 0 0.6364 0.3388 0.0247
chr11 130428222 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 429 133 296 61 6 13 0 53 0 1 292 1 2 0.4586 0.0000 0.0135 10.000 0.84 3.72 -2.88 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4334 0.5204 0.0463 1 1 0.4322 0.5175 0.0503 1 1 0.4298 0.5141 0.0561
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 429 138 291 102 15 15 0 6 0 1 288 0 2 0.7391 0.0000 0.0103 10.250 1.69 3.83 -2.15 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0719 0.9281 0.0000 0 0 0.6577 0.3423 0.0000
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 360 115 245 109 0 1 0 5 0 0 245 0 0 0.9478 0.0000 0.0000 114.000 1.28 2.00 -0.72 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0106 0.9894 0.0000 0 0 0.7443 0.2557 0.0000 0 0 0.9534 0.0466 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 360 146 214 72 0 1 0 73 0 0 212 0 2 0.4932 0.0000 0.0093 145.000 1.01 2.26 -1.25 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0960 0.6515 0.2525 1 1 0.1008 0.6401 0.2591 1 1 0.1071 0.6257 0.2672
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 558 165 393 69 5 31 1 59 0 1 385 0 7 0.4182 0.0000 0.0204 4.323 0.19 3.14 -2.95 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3594 0.5827 0.0579 1 1 0.3627 0.5752 0.0621 1 1 0.3663 0.5658 0.0679
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 655 140 515 77 0 5 1 57 0 0 511 0 4 0.5500 0.0000 0.0078 27.000 0.29 2.98 -2.70 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6574 0.3376 0.0051 1 0 0.6556 0.3387 0.0057 1 0 0.6526 0.3408 0.0066
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 664 140 524 80 0 1 2 57 1 0 519 0 4 0.5714 0.0019 0.0095 139.000 0.28 2.98 -2.71 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7165 0.2804 0.0031 1 0 0.7130 0.2835 0.0035 1 0 0.7077 0.2881 0.0042
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 433 134 299 3 0 25 8 98 0 0 297 0 2 0.0224 0.0000 0.0067 4.360 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7163 0.2837 2 2 0.0000 0.0808 0.9192 2 2 0.0000 0.0280 0.9720
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 4769 1133 3636 719 8 7 1 398 1 0 3616 0 19 0.6346 0.0003 0.0055 160.714 2.32 4.22 -1.90 109 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.100 1 3 3 182 53 129 45 0 3 0 5 0 0 129 0 0 0.8491 0.0000 0.0000 16.667 0.27 3.00 -2.73 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2663 0.7337 0.0000 0 0 0.7382 0.2618 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 236 83 153 43 0 3 0 37 0 0 152 0 1 0.5181 0.0000 0.0065 26.667 0.16 4.84 -4.68 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3124 0.5701 0.1175 1 1 0.3129 0.5648 0.1223 1 1 0.3131 0.5582 0.1287
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 289 135 154 56 1 12 1 65 0 0 154 0 0 0.4148 0.0000 0.0000 10.167 0.68 4.08 -3.40 10 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0349 0.4987 0.4664 1 1 0.0376 0.4949 0.4675 1 1 0.0413 0.4905 0.4682
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.100 1 -2 1 490 133 357 67 1 3 0 62 0 0 357 0 0 0.5038 0.0000 0.0000 43.333 0.36 2.37 -2.01 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4390 0.5378 0.0232 1 1 0.4445 0.5309 0.0246 1 1 0.4510 0.5225 0.0265
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 416 79 337 48 0 2 0 29 0 0 335 0 2 0.6076 0.0000 0.0059 38.500 0.27 4.07 -3.80 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6779 0.3068 0.0153 1 0 0.6690 0.3138 0.0172 1 0 0.6565 0.3234 0.0200
chr12 38320688 C CT 0.000262 0.100 1 1 1 1191 267 924 137 0 11 1 118 0 0 920 0 4 0.5131 0.0000 0.0043 25.600 0.43 1.45 -1.02 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5368 0.4632 0.0000 1 0 0.5471 0.4529 0.0000 1 0 0.5592 0.4408 0.0000
chr12 40406131 C CGTCAGGATG 0.058262 0.100 1 9 2 258 123 135 63 1 7 0 52 0 0 129 0 6 0.5122 0.0000 0.0444 16.571 1.71 7.94 -6.23 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4797 0.5113 0.0090 1 1 0.4849 0.5055 0.0096 1 1 0.4912 0.4985 0.0103
chr12 40449704 CT C 0.008989 0.100 1 -1 1 124 60 64 31 0 1 0 28 0 0 63 0 1 0.5167 0.0000 0.0156 59.000 0.16 1.04 -0.87 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4724 0.5247 0.0029 1 1 0.4760 0.5210 0.0029 1 1 0.4804 0.5165 0.0030
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2289 1179 1110 869 52 223 24 11 5 2 1102 1 0 0.7371 0.0045 0.0072 4.235 3.48 10.00 -6.52 157 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1457 0.8543 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1579 290 1289 0 0 146 0 144 0 4 1195 0 90 0.0000 0.0000 0.0729 0.993 4.78 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 1044 252 792 239 0 6 0 7 0 0 792 0 0 0.9484 0.0000 0.0000 41.000 0.26 0.86 -0.60 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1233 0.8767 0.0000 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.100 1 1 2 241 92 149 79 1 5 0 7 0 0 149 0 0 0.8587 0.0000 0.0000 17.400 0.20 1.57 -1.37 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0783 0.9217 0.0000 0 0 0.5893 0.4107 0.0000
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1123 300 823 136 1 65 1 97 0 0 816 0 7 0.4533 0.0000 0.0085 3.615 0.35 11.32 -10.97 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8747 0.1252 0.0001 1 0 0.8710 0.1289 0.0001 1 0 0.8654 0.1345 0.0001
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 312 78 234 5 0 4 0 69 0 0 234 0 0 0.0641 0.0000 0.0000 18.500 0.40 1.87 -1.47 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9362 0.0638 2 1 0.0000 0.6647 0.3353
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.100 1 1 2 341 93 248 6 0 1 0 86 0 0 245 0 3 0.0645 0.0000 0.0121 92.000 0.50 1.37 -0.87 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9100 0.0900 2 2 0.0000 0.4773 0.5227
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 132 66 66 34 0 2 0 30 0 0 66 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 32.000 0.29 2.07 -1.77 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2296 0.5862 0.1842 1 1 0.2294 0.5808 0.1898 1 1 0.2289 0.5739 0.1972
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 365 91 274 45 0 3 0 43 0 0 273 0 1 0.4945 0.0000 0.0036 29.333 0.76 3.56 -2.80 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2556 0.6018 0.1426 1 1 0.2598 0.5941 0.1461 1 1 0.2651 0.5844 0.1505
chr12 69694439 GT G 0.031623 0.100 1 -1 1 166 65 101 56 0 6 0 3 0 0 101 0 0 0.8615 0.0000 0.0000 9.833 0.32 1.67 -1.35 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4194 0.5806 0.0000 0 0 0.9542 0.0458 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 116 43 73 18 0 3 0 22 0 0 73 0 0 0.4186 0.0000 0.0000 13.333 0.11 2.68 -2.57 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1875 0.5522 0.2603 1 1 0.1921 0.5491 0.2588 1 1 0.1983 0.5452 0.2565
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1069 299 770 0 0 32 5 262 0 0 768 0 2 0.0000 0.0000 0.0026 8.312 3.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 80549726 CTGAAACAGGTAACTAACG C 0.056249 0.100 1 -18 2 555 195 360 164 0 26 0 5 0 0 360 0 0 0.8410 0.0000 0.0000 6.760 0.24 11.20 -10.96 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5225 0.4775 0.0000 0 0 0.9967 0.0033 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 484 136 348 17 4 25 4 86 0 0 347 0 1 0.1250 0.0000 0.0029 4.440 0.06 3.15 -3.09 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 406 105 301 54 1 9 1 40 0 0 299 0 2 0.5143 0.0000 0.0066 10.667 0.96 3.67 -2.71 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4812 0.4741 0.0447 1 0 0.4770 0.4744 0.0486 1 1 0.4707 0.4752 0.0541
chr12 108623665 GAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC G 0.500000 0.100 1 -30 2 1814 449 1365 376 20 38 6 9 1 0 1361 1 2 0.8374 0.0007 0.0029 10.553 0.86 6.44 -5.59 104 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.9921 0.0079 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 662 177 485 168 0 6 0 3 0 0 484 0 1 0.9492 0.0000 0.0021 28.500 0.27 9.00 -8.73 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4189 0.5811 0.0000 0 0 0.9842 0.0158 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 639 195 444 9 1 23 8 154 0 0 441 1 2 0.0462 0.0000 0.0068 7.435 0.78 4.43 -3.65 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8806 0.1194 2 2 0.0000 0.1466 0.8534
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 212 115 97 58 1 0 1 55 0 0 97 0 0 0.5043 0.0000 0.0000 115.000 0.79 3.18 -2.39 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2434 0.6260 0.1306 1 1 0.2473 0.6168 0.1359 1 1 0.2519 0.6051 0.1429
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 353 109 244 0 0 9 0 100 0 0 238 0 6 0.0000 0.0000 0.0246 11.111 5.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 304 89 215 0 0 10 0 79 0 0 203 0 12 0.0000 0.0000 0.0558 7.900 11.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 767 194 573 0 0 24 0 170 0 0 552 0 21 0.0000 0.0000 0.0366 7.083 8.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 124402512 G GGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 3 328 116 212 36 2 31 0 47 0 0 204 0 8 0.3103 0.0000 0.0377 2.742 1.75 10.02 -8.27 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0212 0.3612 0.6176 1 2 0.0238 0.3672 0.6089 1 2 0.0277 0.3755 0.5968
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 190 69 121 48 5 14 0 2 0 0 121 0 0 0.6957 0.0000 0.0000 3.929 2.23 3.50 -1.27 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1491 0.8509 0.0000 0 0 0.6266 0.3734 0.0000 0 0 0.7838 0.2162 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 211 80 131 7 0 6 0 67 0 0 126 1 4 0.0875 0.0000 0.0382 12.333 1.57 8.55 -6.98 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9793 0.0207 2 1 0.0000 0.7308 0.2692
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 559 164 395 133 5 18 1 7 0 0 393 1 1 0.8110 0.0000 0.0051 9.125 2.19 3.71 -1.53 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0698 0.9302 0.0000 0 0 0.7023 0.2977 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 712 185 527 94 2 30 0 59 0 0 525 0 2 0.5081 0.0000 0.0038 5.133 0.37 5.83 -5.46 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8822 0.1170 0.0008 1 0 0.8740 0.1249 0.0011 1 0 0.8620 0.1365 0.0015
chr13 24692528 TCGGA T 0.000417 0.100 1 -4 1 371 134 237 77 0 0 0 57 0 0 235 0 2 0.5746 0.0000 0.0084 134.000 0.14 6.44 -6.30 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7534 0.2466 0.0000 1 0 0.7499 0.2501 0.0000 1 0 0.7448 0.2552 0.0000
chr13 24692537 AC A 0.000417 0.100 1 -1 1 374 130 244 76 0 0 2 52 0 0 239 2 3 0.5846 0.0000 0.0205 130.000 0.14 6.87 -6.72 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7416 0.2584 0.0000 1 0 0.7384 0.2616 0.0000 1 0 0.7337 0.2663 0.0000
chr13 24692541 G GA 0.000417 0.100 1 1 3 377 134 243 79 0 0 1 54 0 0 238 2 3 0.5896 0.0000 0.0206 134.000 0.15 6.65 -6.50 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7724 0.2276 0.0000 1 0 0.7685 0.2315 0.0000 1 0 0.7628 0.2372 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.100 1 -3 4 449 114 335 110 0 3 0 1 0 0 333 0 2 0.9649 0.0000 0.0060 37.000 0.66 3.00 -2.34 56 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5997 0.4003 0.0000 0 0 0.9773 0.0227 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 650 156 494 80 3 34 0 39 0 0 486 1 7 0.5128 0.0000 0.0162 3.559 1.68 6.67 -4.99 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9388 0.0611 0.0001 1 0 0.9335 0.0663 0.0002 1 0 0.9258 0.0740 0.0002
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 617 114 503 0 1 21 0 92 0 0 496 1 6 0.0000 0.0000 0.0139 4.429 4.61 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.100 1 -3 2 485 92 393 26 3 32 1 30 0 1 388 0 4 0.2826 0.0000 0.0127 1.844 2.19 5.63 -3.44 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1021 0.5318 0.3661 1 1 0.1067 0.5292 0.3641 1 1 0.1130 0.5260 0.3611
chr13 112547532 ACGTGCATGGGAAAGT A 0.500000 0.100 1 -15 1 285 91 194 38 0 16 0 37 0 0 194 0 0 0.4176 0.0000 0.0000 4.688 1.37 7.57 -6.20 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2184 0.5906 0.1910 1 1 0.2215 0.5839 0.1947 1 1 0.2253 0.5754 0.1994
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.100 1 4 1 420 98 322 52 0 5 0 41 0 0 320 0 2 0.5306 0.0000 0.0062 18.600 0.75 4.12 -3.37 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4042 0.5279 0.0679 1 1 0.4025 0.5251 0.0724 1 1 0.3995 0.5218 0.0787
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 564 124 440 59 0 2 1 62 0 0 438 0 2 0.4758 0.0000 0.0045 61.000 0.63 3.27 -2.65 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0914 0.6085 0.3001 1 1 0.0966 0.6004 0.3030 1 1 0.1037 0.5901 0.3062
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 914 214 700 103 0 5 1 105 0 0 700 0 0 0.4813 0.0000 0.0000 41.800 0.50 1.87 -1.37 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0501 0.7017 0.2482 1 1 0.0536 0.6868 0.2596 1 1 0.0583 0.6677 0.2740
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 819 235 584 116 0 23 1 95 0 0 583 0 1 0.4936 0.0000 0.0017 9.174 0.37 1.26 -0.89 12 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5587 0.4310 0.0103 1 0 0.5591 0.4290 0.0119 1 0 0.5582 0.4274 0.0144
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 476 139 337 19 0 3 0 117 0 0 328 0 9 0.1367 0.0000 0.0267 45.333 0.42 17.47 -17.05 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9983 0.0017
chr14 20197747 C CA 0.001620 0.100 1 1 2 387 96 291 56 0 3 1 36 0 0 291 0 0 0.5833 0.0000 0.0000 31.000 1.52 2.11 -0.59 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8069 0.1931 0.0000 1 0 0.8008 0.1992 0.0000 1 0 0.7923 0.2077 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 396 81 315 38 0 2 0 41 0 0 312 0 3 0.4691 0.0000 0.0095 39.500 0.16 1.22 -1.06 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0564 0.5103 0.4333 1 1 0.0592 0.5070 0.4338 1 1 0.0629 0.5032 0.4339
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.100 1 -3 1 481 98 383 50 0 6 0 42 0 0 379 0 4 0.5102 0.0000 0.0104 15.333 2.24 4.19 -1.95 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4804 0.5190 0.0006 1 1 0.4854 0.5139 0.0007 1 1 0.4916 0.5077 0.0007
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 586 161 425 139 1 16 0 5 0 0 425 0 0 0.8634 0.0000 0.0000 9.000 0.35 2.40 -2.05 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0467 0.9533 0.0000 0 0 0.9326 0.0674 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 531 149 382 127 2 15 0 5 0 0 382 0 0 0.8523 0.0000 0.0000 8.933 0.27 3.40 -3.13 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0084 0.9916 0.0000 0 0 0.7064 0.2936 0.0000 0 0 0.9431 0.0569 0.0000
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 441 105 336 46 1 9 0 49 0 0 336 0 0 0.4381 0.0000 0.0000 10.556 0.50 4.98 -4.48 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2297 0.6331 0.1373 1 1 0.2367 0.6243 0.1391 1 1 0.2457 0.6130 0.1412
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.100 1 -3 1 633 198 435 98 3 17 0 80 0 0 435 0 0 0.4949 0.0000 0.0000 10.647 0.24 3.86 -3.62 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7530 0.2462 0.0008 1 0 0.7505 0.2486 0.0009 1 0 0.7464 0.2525 0.0011
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 657 180 477 93 8 6 64 9 0 0 477 0 0 0.5167 0.0000 0.0000 17.833 0.12 3.67 -3.55 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9104 0.0891 0.0005 1 0 0.9014 0.0979 0.0006 1 0 0.8879 0.1111 0.0010
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 655 184 471 96 4 7 68 9 0 0 471 0 0 0.5217 0.0000 0.0000 28.500 0.10 3.67 -3.56 6 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6323 0.3591 0.0086 1 0 0.6237 0.3661 0.0103 1 0 0.6111 0.3759 0.0129
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 331 71 260 32 5 7 1 26 0 0 259 0 1 0.4507 0.0000 0.0038 9.143 5.50 4.23 1.27 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4971 0.4519 0.0510 1 0 0.4931 0.4528 0.0542 1 0 0.4873 0.4541 0.0586
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 351 77 274 28 7 3 33 6 0 0 273 1 0 0.3636 0.0000 0.0036 23.333 2.29 2.83 -0.55 18 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1388 0.5811 0.2801 1 1 0.1448 0.5764 0.2789 1 1 0.1528 0.5704 0.2768
chr14 23275617 TTCCTCC T 0.001309 0.100 1 -6 1 352 77 275 33 2 7 0 35 0 0 274 0 1 0.4286 0.0000 0.0036 9.857 2.48 6.14 -3.66 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3952 0.6042 0.0006 1 1 0.4022 0.5972 0.0006 1 1 0.4111 0.5883 0.0006
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 309 88 221 43 0 3 1 41 0 0 221 0 0 0.4886 0.0000 0.0000 28.000 0.23 1.29 -1.06 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3955 0.5773 0.0271 1 1 0.4016 0.5706 0.0278 1 1 0.4091 0.5623 0.0287
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.100 1 3 1 413 120 293 46 3 15 0 56 0 0 290 0 3 0.3833 0.0000 0.0102 7.000 0.48 3.66 -3.18 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1000 0.6283 0.2716 1 1 0.1073 0.6229 0.2698 1 1 0.1173 0.6159 0.2668
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 413 120 293 49 0 54 4 13 0 0 290 0 3 0.4083 0.0000 0.0102 1.148 0.67 6.62 -5.94 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8816 0.1166 0.0018 1 0 0.8724 0.1254 0.0022 1 0 0.8560 0.1411 0.0028
chr14 24300643 A AGAGGAGGAG 0.076286 0.100 1 9 1 413 120 293 50 38 15 4 13 0 0 290 0 3 0.4167 0.0000 0.0102 6.733 0.72 6.62 -5.90 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0145 0.9855 0.0000
chr14 38210558 C CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG 0.184930 0.100 1 24 1 315 69 246 18 1 40 0 10 0 0 242 0 4 0.2609 0.0000 0.0163 0.700 2.17 9.10 -6.93 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5044 0.4514 0.0442 1 0 0.5021 0.4522 0.0457 1 0 0.4990 0.4534 0.0476
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 654 133 521 0 0 26 1 106 0 0 509 0 12 0.0000 0.0000 0.0230 4.115 7.37 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr14 54702332 C CCAG 0.081686 0.100 1 3 1 430 142 288 133 0 3 0 6 0 0 288 0 0 0.9366 0.0000 0.0000 46.333 0.17 2.50 -2.33 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0157 0.9843 0.0000 0 0 0.9355 0.0645 0.0000 0 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 725 167 558 0 0 26 1 140 0 0 548 0 10 0.0000 0.0000 0.0179 5.423 6.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 442 106 336 0 0 18 4 84 0 1 333 1 1 0.0000 0.0000 0.0089 4.833 5.82 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0185 0.9815 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0219 0.9781
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 431 100 331 0 32 8 11 49 0 0 329 1 1 0.0000 0.0000 0.0060 17.200 5.12 0 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1119 0.8866 1 2 0.0019 0.1220 0.8760 1 2 0.0027 0.1412 0.8561
chr14 92071020 C CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 0.000608 0.100 1 21 1 376 171 205 1 1 16 0 153 0 0 203 0 2 0.0058 0.0000 0.0098 10.333 2.00 10.06 -8.06 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9258 0.0742 2 1 0.0000 0.7863 0.2137 2 1 0.0000 0.7179 0.2821
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 509 153 356 75 0 14 2 62 0 0 356 0 0 0.4902 0.0000 0.0000 9.929 0.45 3.11 -2.66 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3261 0.6075 0.0664 1 1 0.3261 0.6017 0.0723 1 1 0.3251 0.5944 0.0805
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 333 112 221 97 1 5 0 9 1 0 220 0 0 0.8661 0.0045 0.0045 21.200 0.40 11.44 -11.04 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0158 0.9842 0.0000 0 1 0.3850 0.6150 0.0000
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.100 1 3 1 635 127 508 116 1 4 0 6 0 0 508 0 0 0.9134 0.0000 0.0000 30.750 0.58 3.50 -2.92 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 0 0.6155 0.3845 0.0000 0 0 0.9449 0.0551 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 286 88 198 0 0 13 0 75 0 0 193 0 5 0.0000 0.0000 0.0253 5.769 8.80 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0233 0.9767 2 2 0.0000 0.0260 0.9740
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.100 1 -12 2 564 117 447 42 2 18 2 53 0 0 441 0 6 0.3590 0.0000 0.0134 5.765 1.33 11.08 -9.74 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0545 0.6153 0.3302 1 1 0.0608 0.6172 0.3219 1 1 0.0700 0.6195 0.3105
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 444 134 310 113 1 19 0 1 0 0 310 0 0 0.8433 0.0000 0.0000 6.053 0.46 3.00 -2.54 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 328 81 247 34 2 8 0 37 0 0 247 0 0 0.4198 0.0000 0.0000 9.125 1.53 4.27 -2.74 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2940 0.6023 0.1036 1 1 0.2999 0.5953 0.1048 1 1 0.3073 0.5865 0.1062
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 608 119 489 0 0 7 0 112 0 7 414 51 17 0.0000 0.0000 0.1534 16.000 3.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 1778 514 1264 0 1 10 4 499 1 0 1240 9 14 0.0000 0.0008 0.0190 50.400 3.88 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441436 CCTGCTCCCGCAGCTTCTT C 0.000510 0.100 1 -18 1 1132 307 825 100 21 64 9 113 1 1 809 3 11 0.3257 0.0012 0.0194 4.000 2.10 12.52 -10.42 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0624 0.9370 0.0006 1 1 0.0719 0.9275 0.0006 1 1 0.0859 0.9135 0.0006
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 515 138 377 81 0 1 0 56 0 0 376 0 1 0.5870 0.0000 0.0027 137.000 0.16 1.73 -1.57 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7712 0.2248 0.0040 1 0 0.7634 0.2318 0.0047 1 0 0.7523 0.2418 0.0059
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 255 87 168 26 3 3 16 39 0 1 165 1 1 0.2989 0.0000 0.0179 22.000 1.77 1.59 0.18 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0112 0.2841 0.7047 1 2 0.0132 0.2970 0.6898 1 2 0.0165 0.3146 0.6689
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 255 90 165 29 2 42 1 16 0 1 163 0 1 0.3222 0.0000 0.0121 1.146 1.66 2.12 -0.47 7 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5227 0.4281 0.0492 1 0 0.5108 0.4353 0.0539 1 0 0.4945 0.4446 0.0608
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 711 157 554 70 1 36 3 47 0 0 553 0 1 0.4459 0.0000 0.0018 3.333 1.01 3.38 -2.37 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5493 0.4287 0.0220 1 0 0.5398 0.4350 0.0252 1 0 0.5263 0.4436 0.0301
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.100 1 -3 3 245 85 160 50 0 4 0 31 0 0 160 0 0 0.5882 0.0000 0.0000 20.250 0.46 3.52 -3.06 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7871 0.2096 0.0032 1 0 0.7796 0.2167 0.0037 1 0 0.7691 0.2265 0.0044
chr15 35084193 TCA T 0.022764 0.100 1 -2 2 635 105 530 102 0 1 0 2 0 0 530 0 0 0.9714 0.0000 0.0000 104.000 0.67 2.00 -1.33 72 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9892 0.0108 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 450 176 274 154 0 4 0 18 0 0 273 0 1 0.8750 0.0000 0.0036 43.000 1.16 2.06 -0.90 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0176 0.9824 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 519 156 363 127 0 16 0 13 0 0 362 0 1 0.8141 0.0000 0.0028 8.750 0.37 4.62 -4.25 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0961 0.9039 0.0000
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 224 88 136 46 0 2 1 39 0 0 136 0 0 0.5227 0.0000 0.0000 43.000 0.20 3.90 -3.70 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5077 0.4749 0.0174 1 0 0.5094 0.4723 0.0183 1 0 0.5112 0.4693 0.0195
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 309 152 157 72 0 1 0 79 0 0 155 0 2 0.4737 0.0000 0.0127 151.000 0.28 3.28 -3.00 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0452 0.5688 0.3860 1 1 0.0489 0.5614 0.3897 1 1 0.0541 0.5524 0.3935
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 478 121 357 50 0 14 3 54 0 0 356 0 1 0.4132 0.0000 0.0028 7.643 0.64 3.76 -3.12 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0595 0.5354 0.4051 1 1 0.0633 0.5309 0.4057 1 1 0.0686 0.5255 0.4059
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.100 1 -3 3 734 149 585 83 0 11 0 55 0 0 581 1 3 0.5570 0.0000 0.0068 12.545 2.28 5.31 -3.03 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8435 0.1563 0.0001 1 0 0.8381 0.1617 0.0002 1 0 0.8304 0.1694 0.0002
chr15 81332887 CTCT C 0.001806 0.100 1 -3 2 686 164 522 77 1 9 0 77 0 0 522 0 0 0.4695 0.0000 0.0000 17.111 0.49 3.48 -2.99 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3358 0.6637 0.0005 1 1 0.3481 0.6514 0.0005 1 1 0.3637 0.6358 0.0006
chr15 82043685 GGAA G 0.000016 0.100 1 -3 1 741 136 605 73 1 5 0 57 0 0 604 0 1 0.5368 0.0000 0.0017 26.000 0.15 3.30 -3.15 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7151 0.2849 0.0000 1 0 0.7127 0.2873 0.0000 1 0 0.7090 0.2910 0.0000
chr15 82045645 T TGCC 0.002204 0.100 1 3 1 475 157 318 128 1 22 1 5 1 0 317 0 0 0.8153 0.0031 0.0031 6.136 0.64 3.80 -3.16 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3982 0.6018 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 369 131 238 68 0 3 0 60 0 0 237 0 1 0.5191 0.0000 0.0042 42.667 0.38 3.87 -3.48 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4146 0.5444 0.0410 1 1 0.4184 0.5380 0.0436 1 1 0.4226 0.5301 0.0473
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 848 223 625 92 8 95 3 25 0 1 622 0 2 0.4126 0.0000 0.0048 2.412 1.52 7.76 -6.24 16 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9833 0.0167 0.0000 1 0 0.9806 0.0194 0.0000 1 0 0.9761 0.0238 0.0000
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 846 208 638 70 0 37 1 100 0 0 637 1 0 0.3365 0.0000 0.0016 4.750 1.56 7.87 -6.31 10 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0007 0.1262 0.8731 1 2 0.0009 0.1326 0.8665 1 2 0.0012 0.1420 0.8568
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 357 122 235 0 0 4 1 117 0 0 227 0 8 0.0000 0.0000 0.0340 29.500 6.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 330 115 215 106 1 3 0 5 0 0 215 0 0 0.9217 0.0000 0.0000 37.333 0.81 2.00 -1.19 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.4873 0.5127 0.0000 0 0 0.8706 0.1294 0.0000
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 612 228 384 176 1 41 0 10 0 0 384 0 0 0.7719 0.0000 0.0000 4.561 0.24 6.40 -6.16 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2663 0.7337 0.0000 0 0 0.9504 0.0496 0.0000
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.100 1 -9 2 248 96 152 43 0 24 0 29 0 1 147 0 4 0.4479 0.0000 0.0329 3.000 2.37 9.31 -6.94 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6628 0.3350 0.0022 1 0 0.6597 0.3379 0.0024 1 0 0.6551 0.3422 0.0027
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 56 27 29 21 0 0 0 6 0 0 29 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 27.000 0.29 1.33 -1.05 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6109 0.3818 0.0074 1 1 0.4149 0.5796 0.0055 0 1 0.3269 0.6704 0.0027
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 347 101 246 45 0 1 0 55 0 0 246 0 0 0.4455 0.0000 0.0000 100.000 0.33 3.22 -2.88 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0930 0.5970 0.3100 1 1 0.0996 0.5929 0.3075 1 1 0.1088 0.5876 0.3036
chr16 1093978 G GC 0.001284 0.100 1 1 2 392 114 278 62 0 7 1 44 0 0 277 0 1 0.5439 0.0000 0.0036 15.286 0.56 1.14 -0.57 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7418 0.2582 0.0000 1 0 0.7377 0.2623 0.0000 1 0 0.7318 0.2682 0.0001
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 1083 205 878 95 2 4 1 103 0 0 876 0 2 0.4634 0.0000 0.0023 49.750 0.96 1.33 -0.37 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0911 0.7627 0.1462 1 1 0.1000 0.7502 0.1497 1 1 0.1125 0.7337 0.1537
chr16 1773388 CG C 0.024216 0.100 1 -1 1 413 87 326 45 0 3 0 39 1 1 324 0 0 0.5172 0.0031 0.0061 28.000 1.00 1.56 -0.56 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5839 0.4131 0.0030 1 0 0.5841 0.4127 0.0032 1 0 0.5839 0.4127 0.0034
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 591 131 460 70 1 9 0 51 0 0 460 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 13.556 0.73 4.35 -3.62 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7640 0.2329 0.0031 1 0 0.7580 0.2384 0.0036 1 0 0.7493 0.2463 0.0044
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 420 91 329 0 0 0 2 89 0 0 329 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 90.000 6.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 420 91 329 0 0 0 2 89 0 0 329 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 90.000 6.66 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.100 1 -3 2 297 109 188 103 1 2 0 3 0 0 188 0 0 0.9450 0.0000 0.0000 53.500 0.37 3.67 -3.30 69 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8728 0.1272 0.0000 0 0 0.9950 0.0050 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 477 123 354 55 0 4 0 64 0 0 354 0 0 0.4472 0.0000 0.0000 29.750 0.44 3.11 -2.67 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0460 0.5200 0.4339 1 1 0.0494 0.5159 0.4347 1 1 0.0541 0.5110 0.4349
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.100 1 -42 2 1728 402 1326 166 4 115 1 116 0 1 1305 1 19 0.4129 0.0000 0.0158 2.487 1.29 4.20 -2.91 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8582 0.1417 0.0001 1 0 0.8561 0.1438 0.0001 1 0 0.8525 0.1474 0.0002
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 197 54 143 0 0 0 1 53 0 0 143 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 54.000 2.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.100 1 -1 1 307 180 127 77 0 0 0 103 0 0 125 1 1 0.4278 0.0000 0.0157 180.000 0.39 1.17 -0.79 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0151 0.6415 0.3434 1 1 0.0182 0.6483 0.3335 1 1 0.0231 0.6573 0.3197
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.100 1 -12 1 725 238 487 120 1 11 0 106 0 0 487 0 0 0.5042 0.0000 0.0000 20.545 0.23 8.90 -8.66 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5357 0.4581 0.0063 1 0 0.5420 0.4509 0.0071 1 0 0.5490 0.4427 0.0083
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 975 226 749 92 1 55 1 77 0 0 748 0 1 0.4071 0.0000 0.0013 3.109 1.05 12.04 -10.98 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5318 0.4527 0.0155 1 0 0.5333 0.4494 0.0173 1 0 0.5342 0.4459 0.0200
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 664 161 503 84 1 5 0 71 0 0 498 0 5 0.5217 0.0000 0.0099 31.200 0.49 3.04 -2.55 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3813 0.5756 0.0430 1 1 0.3857 0.5676 0.0467 1 1 0.3905 0.5578 0.0517
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 147 72 75 46 0 3 0 23 0 0 74 0 1 0.6389 0.0000 0.0133 23.000 0.24 1.78 -1.54 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7511 0.2393 0.0096 1 0 0.7391 0.2497 0.0112 1 0 0.7224 0.2639 0.0136
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 432 84 348 51 14 9 1 9 0 0 348 0 0 0.6071 0.0000 0.0000 8.111 0.86 1.89 -1.03 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.0521 0.9479 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 1121 330 791 136 2 45 7 140 0 1 790 0 0 0.4121 0.0000 0.0013 6.333 0.60 3.29 -2.69 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0414 0.7516 0.2071 1 1 0.0464 0.7352 0.2183 1 1 0.0537 0.7138 0.2325
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 295 118 177 41 0 19 0 58 0 0 177 0 0 0.3475 0.0000 0.0000 5.211 0.07 7.50 -7.43 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0210 0.3682 0.6108 1 2 0.0236 0.3737 0.6027 1 2 0.0275 0.3813 0.5912
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 134 78 56 42 0 3 0 33 0 0 54 0 2 0.5385 0.0000 0.0357 25.000 0.19 4.30 -4.11 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3693 0.5384 0.0922 1 1 0.3678 0.5353 0.0969 1 1 0.3654 0.5314 0.1033
chr16 81035884 AGGC A 0.500000 0.100 1 -3 2 275 84 191 43 1 3 2 35 0 0 191 0 0 0.5119 0.0000 0.0000 27.000 1.70 4.77 -3.07 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3714 0.5399 0.0887 1 1 0.3700 0.5366 0.0934 1 1 0.3676 0.5325 0.0998
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 260 115 145 110 0 2 0 3 0 0 145 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 56.500 1.49 4.33 -2.84 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2576 0.7424 0.0000 0 0 0.9089 0.0911 0.0000 0 0 0.9681 0.0319 0.0000
chr16 85656394 CGAGCGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 486 111 375 49 0 14 1 47 0 0 374 1 0 0.4414 0.0000 0.0027 6.929 1.14 6.19 -5.05 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1961 0.6181 0.1857 1 1 0.2004 0.6095 0.1902 1 1 0.2057 0.5985 0.1958
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 442 130 312 104 0 24 0 2 0 0 312 0 0 0.8000 0.0000 0.0000 4.417 0.60 6.00 -5.40 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7037 0.2963 0.0000 0 0 0.9558 0.0442 0.0000 0 0 0.9775 0.0225 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 706 117 589 0 0 3 4 110 0 0 577 0 12 0.0000 0.0000 0.0204 38.000 7.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0018 0.9982 2 2 0.0000 0.0020 0.9980 2 2 0.0000 0.0024 0.9976
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 705 113 592 0 0 5 9 99 0 1 578 2 11 0.0000 0.0000 0.0236 26.750 7.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0037 0.9963
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 711 115 596 0 0 2 3 110 0 3 572 9 12 0.0000 0.0000 0.0403 56.500 7.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0525 0.9475 2 2 0.0000 0.0112 0.9888 2 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 812 204 608 0 0 14 2 188 0 0 604 0 4 0.0000 0.0000 0.0066 13.500 6.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 612 145 467 68 0 7 1 69 0 0 467 0 0 0.4690 0.0000 0.0000 19.571 0.97 4.78 -3.81 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1404 0.6591 0.2005 1 1 0.1462 0.6478 0.2060 1 1 0.1538 0.6333 0.2128
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.100 1 6 2 782 200 582 106 0 22 1 71 0 0 576 0 6 0.5300 0.0000 0.0103 8.045 0.60 5.73 -5.13 62 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7666 0.2305 0.0029 1 0 0.7590 0.2375 0.0035 1 0 0.7478 0.2476 0.0046
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 164 69 95 36 0 3 0 30 0 0 94 0 1 0.5217 0.0000 0.0105 22.000 0.78 4.03 -3.26 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3264 0.5524 0.1211 1 1 0.3259 0.5484 0.1257 1 1 0.3249 0.5434 0.1318
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.100 1 3 3 556 147 409 127 3 13 0 4 1 0 408 0 0 0.8639 0.0024 0.0024 10.231 0.35 3.00 -2.65 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0982 0.9018 0.0000 0 0 0.9070 0.0930 0.0000 0 0 0.9778 0.0222 0.0000
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 923 188 735 163 1 11 0 13 0 0 735 0 0 0.8670 0.0000 0.0000 16.091 0.36 3.00 -2.64 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0119 0.9881 0.0000 0 0 0.6998 0.3002 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 419 142 277 76 1 3 0 62 0 0 277 0 0 0.5352 0.0000 0.0000 46.333 0.70 1.10 -0.40 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3968 0.5594 0.0438 1 1 0.3934 0.5579 0.0487 1 1 0.3880 0.5562 0.0558
chr17 4672288 CTCT C 0.002496 0.100 1 -3 2 811 157 654 73 0 4 1 79 0 0 654 0 0 0.4650 0.0000 0.0000 38.250 0.42 3.41 -2.98 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1902 0.8079 0.0019 1 1 0.2034 0.7947 0.0019 1 1 0.2212 0.7768 0.0020
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.100 1 -3 1 801 172 629 15 87 10 0 60 0 0 625 0 4 0.0872 0.0000 0.0064 17.889 1.33 4.25 -2.92 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9292 0.0708 0.0000 1 0 0.9244 0.0756 0.0000 1 0 0.9173 0.0827 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 719 200 519 93 3 48 0 56 0 0 517 0 2 0.4650 0.0000 0.0039 3.167 0.37 3.25 -2.88 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8744 0.1247 0.0009 1 0 0.8642 0.1347 0.0012 1 0 0.8491 0.1492 0.0017
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.100 1 -6 2 1388 441 947 318 8 89 1 25 0 1 944 0 2 0.7211 0.0000 0.0032 3.955 4.79 7.48 -2.69 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5937 0.4063 0.0000
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.100 1 -6 1 1010 299 711 240 1 46 1 11 0 2 707 1 1 0.8027 0.0000 0.0056 5.622 0.74 6.36 -5.62 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4497 0.5503 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 559 239 320 188 3 27 1 20 0 0 320 0 0 0.7866 0.0000 0.0000 7.815 0.35 3.40 -3.05 88 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0145 0.9855 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 803 168 635 24 0 4 0 140 0 0 627 1 7 0.1429 0.0000 0.0126 41.000 0.08 3.96 -3.87 14 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.100 1 18 3 256 83 173 48 0 13 1 21 0 0 168 0 5 0.5783 0.0000 0.0289 5.385 0.38 6.19 -5.82 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7270 0.2617 0.0113 1 0 0.7155 0.2715 0.0131 1 0 0.6993 0.2849 0.0158
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 113 58 55 7 0 2 0 49 0 0 55 0 0 0.1207 0.0000 0.0000 28.000 0.43 1.51 -1.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9933 0.0067 2 1 0.0000 0.8922 0.1078
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.100 1 1 1 670 180 490 84 0 4 0 92 0 0 489 0 1 0.4667 0.0000 0.0020 44.000 0.31 1.72 -1.41 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0538 0.6257 0.3205 1 1 0.0586 0.6159 0.3255 1 1 0.0653 0.6037 0.3311
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 527 108 419 88 1 6 0 13 0 0 419 0 0 0.8148 0.0000 0.0000 17.000 0.36 1.62 -1.25 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0177 0.9823 0.0000
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 614 127 487 52 4 7 2 62 3 0 472 1 11 0.4094 0.0062 0.0308 16.857 1.12 6.65 -5.53 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0187 0.4015 0.5798 1 2 0.0212 0.4045 0.5743 1 2 0.0249 0.4089 0.5663
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.100 1 -15 1 555 173 382 153 1 14 0 5 1 0 378 1 2 0.8844 0.0026 0.0105 11.357 2.18 18.80 -16.62 91 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3799 0.6201 0.0000 0 0 0.9244 0.0756 0.0000
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.100 1 -13 1 1117 281 836 157 0 9 0 115 0 0 830 0 6 0.5587 0.0000 0.0072 30.222 0.54 11.64 -11.11 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8188 0.1806 0.0007 1 0 0.8134 0.1857 0.0009 1 0 0.8052 0.1936 0.0012
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 661 179 482 87 0 29 1 62 0 0 468 1 13 0.4860 0.0000 0.0290 5.172 0.46 13.03 -12.57 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3579 0.5929 0.0492 1 1 0.3613 0.5852 0.0536 1 1 0.3647 0.5755 0.0598
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1741 371 1370 341 2 5 0 23 0 0 1369 0 1 0.9191 0.0000 0.0007 73.200 0.61 3.30 -2.69 121 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.7756 0.2244 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 664 173 491 69 1 24 2 77 0 0 488 1 2 0.3988 0.0000 0.0061 6.208 0.72 3.39 -2.66 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0390 0.5398 0.4212 1 1 0.0429 0.5352 0.4220 1 1 0.0484 0.5297 0.4220
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 226 70 156 31 0 1 0 38 0 0 156 0 0 0.4429 0.0000 0.0000 69.000 0.26 4.45 -4.19 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0941 0.5287 0.3772 1 1 0.0988 0.5262 0.3750 1 1 0.1050 0.5232 0.3717
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 958 254 704 230 0 10 0 14 0 0 704 0 0 0.9055 0.0000 0.0000 24.400 0.28 2.93 -2.65 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0318 0.9682 0.0000 0 0 0.8981 0.1019 0.0000
chr17 57979243 T TTGC 0.500000 0.100 1 3 1 421 200 221 71 10 51 1 67 0 0 220 1 0 0.3550 0.0000 0.0045 2.960 0.41 3.51 -3.10 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4422 0.5223 0.0355 1 1 0.4422 0.5187 0.0391 1 1 0.4411 0.5145 0.0444
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.100 1 9 1 592 174 418 151 1 18 0 4 0 0 418 0 0 0.8678 0.0000 0.0000 8.667 0.44 4.75 -4.31 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2418 0.7582 0.0000 0 0 0.9655 0.0345 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 406 138 268 108 0 25 0 5 0 0 268 0 0 0.7826 0.0000 0.0000 4.520 0.34 6.60 -6.26 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 0 0.5176 0.4824 0.0000 0 0 0.8841 0.1159 0.0000
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 382 138 244 68 1 11 0 58 0 0 244 0 0 0.4928 0.0000 0.0000 11.545 0.41 7.29 -6.88 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4215 0.5305 0.0481 1 1 0.4208 0.5270 0.0522 1 1 0.4191 0.5228 0.0581
chr17 69154324 C CACCTGGAA 0.500000 0.100 1 8 2 311 80 231 46 0 9 0 25 0 0 230 0 1 0.5750 0.0000 0.0043 7.889 1.24 7.00 -5.76 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7087 0.2779 0.0134 1 0 0.6972 0.2874 0.0154 1 0 0.6812 0.3003 0.0184
chr17 69193976 AAT A 0.500000 0.100 1 -2 3 319 106 213 63 0 2 0 41 0 0 212 0 1 0.5943 0.0000 0.0047 52.000 0.05 2.24 -2.20 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6978 0.2913 0.0109 1 0 0.6880 0.2994 0.0126 1 0 0.6742 0.3106 0.0152
chr17 73209719 A ATGC 0.500000 0.100 1 3 1 354 141 213 74 3 18 0 46 0 0 212 0 1 0.5248 0.0000 0.0047 6.833 1.08 3.89 -2.81 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8400 0.1578 0.0022 1 0 0.8301 0.1671 0.0027 1 0 0.8160 0.1804 0.0036
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 626 130 496 0 0 9 1 120 0 0 474 0 22 0.0000 0.0000 0.0444 13.333 8.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr17 75516562 T TGGAGCC 0.500000 0.100 1 6 1 546 122 424 72 1 3 0 46 0 0 423 0 1 0.5902 0.0000 0.0024 39.667 0.71 5.83 -5.12 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7815 0.2140 0.0045 1 0 0.7714 0.2232 0.0054 1 0 0.7570 0.2361 0.0069
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.100 1 -2 2 709 219 490 114 0 4 0 101 0 0 485 0 5 0.5205 0.0000 0.0102 71.667 0.31 2.38 -2.07 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2648 0.6842 0.0510 1 1 0.2730 0.6709 0.0561 1 1 0.2828 0.6540 0.0631
chr17 75616380 C CAGG 0.500000 0.100 1 3 1 1272 283 989 100 12 80 1 90 0 0 987 0 2 0.3534 0.0000 0.0020 2.525 0.95 3.38 -2.43 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5357 0.4515 0.0128 1 0 0.5355 0.4497 0.0148 1 0 0.5340 0.4482 0.0178
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 304 121 183 57 0 16 0 48 0 0 182 0 1 0.4711 0.0000 0.0055 6.562 0.46 5.58 -5.13 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.5582 0.0751 1 1 0.3668 0.5534 0.0799 1 1 0.3661 0.5474 0.0864
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 615 176 439 87 0 1 0 88 0 0 437 0 2 0.4943 0.0000 0.0046 175.000 0.36 3.43 -3.08 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1084 0.6952 0.1964 1 1 0.1148 0.6818 0.2034 1 1 0.1234 0.6645 0.2121
chr17 82519935 CGGGCGGCGGGGCCGG C 0.500000 0.100 1 -15 1 302 77 225 31 1 16 2 27 0 0 219 1 5 0.4026 0.0000 0.0267 3.688 2.42 12.63 -10.21 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1644 0.5734 0.2622 1 1 0.1683 0.5679 0.2637 1 1 0.1735 0.5610 0.2655
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.100 1 6 4 427 104 323 91 2 7 0 4 0 0 323 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 13.857 0.32 5.25 -4.93 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0844 0.9156 0.0000 0 0 0.8959 0.1041 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 206 96 110 0 0 8 0 88 0 0 106 0 4 0.0000 0.0000 0.0364 11.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 31068033 T TTC 0.010769 0.100 1 2 1 406 95 311 42 0 1 0 52 0 0 310 0 1 0.4421 0.0000 0.0032 94.000 0.33 2.35 -2.01 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1698 0.8138 0.0164 1 1 0.1810 0.8029 0.0160 1 1 0.1963 0.7881 0.0156
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 201 99 102 94 0 0 0 5 0 0 102 0 0 0.9495 0.0000 0.0000 99.000 0.22 4.20 -3.98 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.3063 0.6937 0.0000 0 0 0.7620 0.2380 0.0000
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 464 124 340 100 0 13 1 10 0 0 340 0 0 0.8065 0.0000 0.0000 9.167 1.67 10.00 -8.33 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.1452 0.8548 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 240 135 105 66 0 7 0 62 0 0 105 0 0 0.4889 0.0000 0.0000 18.286 0.23 3.77 -3.55 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2517 0.6344 0.1139 1 1 0.2559 0.6246 0.1194 1 1 0.2609 0.6122 0.1268
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 5 643 148 495 139 0 4 0 5 0 0 495 0 0 0.9392 0.0000 0.0000 36.000 0.32 3.20 -2.88 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0175 0.9825 0.0000 0 0 0.8346 0.1654 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 853 184 669 107 0 4 0 73 0 0 663 0 6 0.5815 0.0000 0.0090 45.000 0.36 11.90 -11.55 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7609 0.2361 0.0030 1 0 0.7534 0.2429 0.0036 1 0 0.7425 0.2528 0.0047
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 384 77 307 64 4 5 0 4 0 0 307 0 0 0.8312 0.0000 0.0000 14.400 3.08 6.00 -2.92 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 1 0.2852 0.7148 0.0000 0 0 0.6638 0.3362 0.0000
chr18 63655777 T TGCCA 0.500000 0.100 1 4 2 320 102 218 62 0 2 1 37 0 0 214 1 3 0.6078 0.0000 0.0183 50.000 0.92 5.68 -4.76 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6778 0.3095 0.0127 1 0 0.6683 0.3171 0.0147 1 0 0.6549 0.3275 0.0176
chr18 63655779 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 320 101 219 62 0 3 1 35 0 0 215 2 2 0.6139 0.0000 0.0183 32.667 0.90 5.83 -4.93 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7225 0.2683 0.0092 1 0 0.7122 0.2771 0.0107 1 0 0.6977 0.2893 0.0131
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 192 90 102 38 0 1 0 51 0 0 102 0 0 0.4222 0.0000 0.0000 89.000 0.18 3.14 -2.95 14 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0394 0.4422 0.5184 1 2 0.0430 0.4445 0.5124 1 2 0.0482 0.4478 0.5039
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 129 66 63 58 1 3 0 4 0 0 63 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 21.000 0.40 3.00 -2.60 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.2122 0.7878 0.0000 0 0 0.5734 0.4266 0.0000
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 447 147 300 18 0 18 1 110 0 0 295 0 5 0.1224 0.0000 0.0167 7.588 1.06 3.86 -2.81 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9972 0.0028
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 261 133 128 74 1 0 0 58 0 0 127 0 1 0.5564 0.0000 0.0078 133.000 0.38 3.19 -2.81 6 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.6555 0.3365 0.0081 1 0 0.6523 0.3386 0.0091 1 0 0.6474 0.3421 0.0105
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.100 1 3 2 372 90 282 41 3 26 1 19 0 0 282 0 0 0.4556 0.0000 0.0000 2.560 1.05 3.21 -2.16 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8883 0.1114 0.0003 1 0 0.8812 0.1185 0.0003 1 0 0.8708 0.1288 0.0004
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 293 85 208 0 1 11 71 2 0 1 201 6 0 0.0000 0.0000 0.0337 6.545 3.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0377 0.9623 2 2 0.0000 0.0364 0.9636 2 2 0.0000 0.0366 0.9634
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 293 86 207 0 0 11 3 72 0 0 200 1 6 0.0000 0.0000 0.0338 6.818 10.25 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0835 0.9165 2 2 0.0000 0.0902 0.9098 2 2 0.0000 0.1001 0.8999
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 293 97 196 12 2 36 3 44 0 1 192 0 3 0.1237 0.0000 0.0204 1.812 1.58 12.57 -10.98 12 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0042 0.2101 0.7857 1 2 0.0042 0.3780 0.6178 2 1 0.0015 0.8436 0.1549
chr19 2248153 T TGGAGTCCACCCTCCAGCCCCC 0.063774 0.100 1 21 2 223 46 177 34 1 7 0 4 1 0 176 0 0 0.7391 0.0056 0.0056 5.429 1.50 9.25 -7.75 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0125 0.9875 0.0000 0 0 0.5548 0.4452 0.0000 0 0 0.8653 0.1347 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 632 157 475 10 0 10 2 135 0 0 466 0 9 0.0637 0.0000 0.0189 14.700 0.10 11.12 -11.02 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9859 0.0141 2 1 0.0000 0.5563 0.4437
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 310 93 217 46 0 7 0 40 0 0 214 0 3 0.4946 0.0000 0.0138 12.286 0.30 5.22 -4.92 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3391 0.5729 0.0879 1 1 0.3426 0.5665 0.0909 1 1 0.3468 0.5584 0.0948
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 854 317 537 131 4 56 15 111 0 0 536 0 1 0.4132 0.0000 0.0019 4.661 0.69 3.46 -2.76 45 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2698 0.6990 0.0312 1 1 0.2824 0.6831 0.0345 1 1 0.2980 0.6627 0.0393
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 439 140 299 0 0 25 2 113 0 0 293 0 6 0.0000 0.0000 0.0201 4.792 10.25 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0061 0.9939
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.100 1 -18 1 439 143 296 70 0 18 0 55 0 0 286 0 10 0.4895 0.0000 0.0338 6.944 5.50 13.80 -8.30 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4510 0.5358 0.0132 1 1 0.4575 0.5286 0.0140 1 1 0.4652 0.5197 0.0151
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.100 1 18 1 407 109 298 53 0 10 0 46 0 0 288 0 10 0.4862 0.0000 0.0336 9.900 0.17 10.87 -10.70 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3015 0.6960 0.0025 1 1 0.3125 0.6849 0.0026 1 1 0.3269 0.6705 0.0026
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 578 115 463 0 0 6 0 109 0 0 462 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 18.167 3.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 17286674 GTGTGTGTGTGTGTGTGTT G 0.001437 0.100 1 -18 1 388 78 310 20 1 17 8 32 0 0 310 0 0 0.2564 0.0000 0.0000 3.588 3.10 7.34 -4.24 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1044 0.8896 0.0060 1 1 0.1136 0.8808 0.0057 1 1 0.1265 0.8683 0.0052
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.100 1 -2 1 383 67 316 0 0 5 18 44 0 0 316 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 12.400 3.41 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2180 0.7820 2 2 0.0000 0.2291 0.7709 2 2 0.0000 0.2450 0.7550
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 120 64 56 9 0 4 1 50 0 0 54 0 2 0.1406 0.0000 0.0357 15.000 0.44 3.86 -3.42 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9895 0.0105
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 318 93 225 38 0 18 2 35 0 0 225 0 0 0.4086 0.0000 0.0000 4.167 0.50 3.26 -2.76 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0765 0.6051 0.3184 1 1 0.0774 0.5979 0.3247 1 1 0.0786 0.5887 0.3327
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 602 134 468 61 1 5 0 67 0 0 466 0 2 0.4552 0.0000 0.0043 25.800 0.52 3.57 -3.04 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0367 0.5409 0.4224 1 1 0.0391 0.5343 0.4266 1 1 0.0424 0.5264 0.4312
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 556 197 359 100 0 14 0 83 0 0 357 0 2 0.5076 0.0000 0.0056 13.071 0.21 3.33 -3.12 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6180 0.3787 0.0033 1 0 0.6202 0.3760 0.0038 1 0 0.6222 0.3734 0.0044
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.100 1 4 5 736 130 606 74 0 1 0 55 0 0 596 0 10 0.5692 0.0000 0.0165 129.000 0.19 4.65 -4.47 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5077 0.4784 0.0139 1 0 0.5114 0.4736 0.0150 1 0 0.5154 0.4681 0.0165
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.100 1 -1 2 737 132 605 75 0 2 0 55 0 1 595 0 9 0.5682 0.0000 0.0165 65.000 0.25 4.65 -4.40 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5830 0.4083 0.0087 1 0 0.5839 0.4065 0.0096 1 0 0.5842 0.4049 0.0108
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.100 1 -3 1 394 99 295 47 0 1 1 50 0 0 295 0 0 0.4747 0.0000 0.0000 98.000 0.17 3.72 -3.55 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2322 0.6674 0.1004 1 1 0.2411 0.6578 0.1011 1 1 0.2527 0.6456 0.1017
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 507 157 350 72 0 4 7 74 0 0 344 1 5 0.4586 0.0000 0.0171 50.000 0.19 3.34 -3.14 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0471 0.6023 0.3506 1 1 0.0524 0.5982 0.3495 1 1 0.0600 0.5930 0.3470
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 236 34 202 0 0 1 25 8 0 0 202 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 29.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0520 0.9480 2 2 0.0000 0.0537 0.9463 2 2 0.0000 0.0561 0.9439
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 236 33 203 0 0 17 14 2 0 0 203 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.786 1.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0954 0.9046 2 2 0.0000 0.0972 0.9028 2 2 0.0000 0.0997 0.9003
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 431 125 306 0 0 10 0 115 0 0 306 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.500 6.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 513 158 355 150 0 1 0 7 0 0 355 0 0 0.9494 0.0000 0.0000 157.000 0.29 1.86 -1.56 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.8070 0.1930 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.100 1 -1 1 501 114 387 106 1 1 1 5 1 0 386 0 0 0.9298 0.0026 0.0026 112.000 1.25 2.80 -1.55 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.8592 0.1408 0.0000 0 0 0.9847 0.0153 0.0000
chr19 44177654 G GA 0.000220 0.100 1 1 2 384 66 318 30 0 11 2 23 0 0 317 0 1 0.4545 0.0000 0.0031 4.909 0.90 1.35 -0.45 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5400 0.4600 0.0001 1 0 0.5409 0.4590 0.0001 1 0 0.5419 0.4581 0.0001
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.100 1 -84 2 588 110 478 75 1 6 0 28 0 1 463 0 14 0.6818 0.0000 0.0314 17.333 0.45 3.93 -3.48 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9456 0.0544 0.0000 1 0 0.9409 0.0591 0.0000 1 0 0.9338 0.0662 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 485 109 376 5 0 3 2 99 0 0 371 4 1 0.0459 0.0000 0.0133 35.000 0.20 2.86 -2.66 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.8579 0.1421 2 2 0.0000 0.4593 0.5407
chr19 45145594 GGGAGGAAGA G 0.000119 0.100 1 -9 4 643 144 499 82 0 6 0 56 0 0 497 0 2 0.5694 0.0000 0.0040 23.000 0.40 8.80 -8.40 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8445 0.1555 0.0000 1 0 0.8392 0.1608 0.0000 1 0 0.8315 0.1685 0.0000
chr19 45409231 CAAG C 0.234924 0.100 1 -3 2 529 114 415 48 0 9 4 53 0 0 411 0 4 0.4211 0.0000 0.0096 11.667 1.21 3.53 -2.32 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0762 0.6163 0.3075 1 1 0.0831 0.6136 0.3033 1 1 0.0928 0.6101 0.2972
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1042 336 706 15 1 72 0 248 0 0 670 0 36 0.0446 0.0000 0.0510 3.667 0.40 6.46 -6.06 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9260 0.0740 2 2 0.0000 0.0264 0.9736
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 377 97 280 14 0 16 0 67 0 0 241 0 39 0.1443 0.0000 0.1393 5.062 0.00 12.07 -12.07 6 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9975 0.0025
chr19 47802355 TTTGGGCCTGAGA T 0.004392 0.100 1 -12 3 1498 378 1120 178 9 58 8 125 2 3 1107 2 6 0.4709 0.0018 0.0116 5.379 2.48 9.92 -7.44 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9687 0.0313 0.0000 1 0 0.9664 0.0336 0.0000 1 0 0.9629 0.0371 0.0000
chr19 48231760 C CTT 0.055045 0.100 1 2 1 129 52 77 31 0 0 0 21 0 0 77 0 0 0.5962 0.0000 0.0000 52.000 0.35 2.10 -1.74 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6601 0.3346 0.0053 1 0 0.6556 0.3387 0.0057 1 0 0.6494 0.3444 0.0062
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 221 92 129 79 0 6 0 7 0 0 129 0 0 0.8587 0.0000 0.0000 14.333 0.57 1.57 -1.00 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1269 0.8731 0.0000 0 0 0.7094 0.2906 0.0000
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 421 117 304 110 0 4 0 3 0 0 304 0 0 0.9402 0.0000 0.0000 28.250 0.35 4.00 -3.65 52 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7550 0.2450 0.0000 0 0 0.9889 0.0111 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 1101 309 792 101 30 64 10 104 0 3 780 1 8 0.3269 0.0000 0.0152 3.828 2.80 3.43 -0.63 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3262 0.6492 0.0246 1 1 0.3372 0.6352 0.0276 1 1 0.3504 0.6177 0.0319
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 1113 288 825 201 9 59 2 17 2 0 822 1 0 0.6979 0.0024 0.0036 3.847 0.61 3.12 -2.51 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2377 0.7623 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 565 165 400 64 2 33 0 66 0 1 395 0 4 0.3879 0.0000 0.0125 4.000 0.89 6.73 -5.84 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1591 0.6700 0.1708 1 1 0.1666 0.6588 0.1746 1 1 0.1765 0.6444 0.1791
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.100 1 -18 2 621 236 385 98 1 61 0 76 0 0 385 0 0 0.4153 0.0000 0.0000 2.852 0.21 10.13 -9.92 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7854 0.2137 0.0009 1 0 0.7814 0.2175 0.0011 1 0 0.7755 0.2232 0.0013
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 754 166 588 7 0 4 141 14 0 0 583 4 1 0.0422 0.0000 0.0085 40.500 0.14 3.64 -3.50 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 2 0.0000 0.4321 0.5679 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 756 169 587 0 0 9 13 147 0 0 583 0 4 0.0000 0.0000 0.0068 17.667 3.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 51225847 CCCGG C 0.024525 0.100 1 -4 2 568 172 396 160 2 4 0 6 0 0 395 0 1 0.9302 0.0000 0.0025 42.000 0.59 3.33 -2.74 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0261 0.9739 0.0000 0 0 0.9869 0.0131 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 566 150 416 1 0 4 13 132 0 0 411 1 4 0.0067 0.0000 0.0120 36.500 1.00 2.97 -1.97 1 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0023 0.9977 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 237 104 133 93 0 1 0 10 0 0 133 0 0 0.8942 0.0000 0.0000 103.000 0.38 2.20 -1.82 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0542 0.9458 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 438 134 304 77 0 4 0 53 0 0 304 0 0 0.5746 0.0000 0.0000 32.500 0.35 2.04 -1.69 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7756 0.2203 0.0041 1 0 0.7674 0.2277 0.0049 1 0 0.7557 0.2382 0.0062
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 526 125 401 64 1 2 0 58 0 0 398 0 3 0.5120 0.0000 0.0075 61.500 0.91 3.50 -2.59 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3007 0.6131 0.0862 1 1 0.3057 0.6039 0.0904 1 1 0.3117 0.5924 0.0959
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1014 233 781 105 1 1 0 126 0 0 777 0 4 0.4506 0.0000 0.0051 232.000 0.17 3.00 -2.83 17 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0073 0.4195 0.5732 1 2 0.0087 0.4200 0.5713 1 2 0.0111 0.4216 0.5673
chr19 53982545 C CCGG 0.000582 0.100 1 3 5 536 119 417 63 2 20 0 34 2 0 413 0 2 0.5294 0.0048 0.0096 4.950 1.13 3.53 -2.40 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9294 0.0706 0.0000 1 0 0.9239 0.0761 0.0000 1 0 0.9159 0.0841 0.0000
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 816 258 558 236 0 16 1 5 0 0 558 0 0 0.9147 0.0000 0.0000 17.286 0.79 1.00 -0.21 120 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3748 0.6252 0.0000 0 0 0.9940 0.0060 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 735 129 606 6 0 10 0 113 0 0 600 0 6 0.0465 0.0000 0.0099 11.900 0.17 3.42 -3.25 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.6492 0.3508 2 2 0.0000 0.1477 0.8523
chr19 54574302 GC G 0.000004 0.100 1 -1 3 1041 260 781 229 2 4 0 25 0 0 781 0 0 0.8808 0.0000 0.0000 63.750 0.99 6.56 -5.57 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0674 0.9326 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 54574306 C CA 0.000003 0.100 1 1 2 1040 261 779 232 2 4 0 23 0 0 779 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 64.250 0.98 6.83 -5.84 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4881 0.5119 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 461 114 347 55 0 18 0 41 0 0 341 0 6 0.4825 0.0000 0.0173 5.333 0.31 7.95 -7.64 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3713 0.5530 0.0757 1 1 0.3710 0.5485 0.0804 1 1 0.3700 0.5431 0.0869
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 630 142 488 0 0 25 0 117 0 0 447 0 41 0.0000 0.0000 0.0840 4.680 18.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 827 233 594 111 0 41 2 79 0 0 590 2 2 0.4764 0.0000 0.0067 4.683 0.90 5.82 -4.92 53 0/1 1/1 . . OK 1 0 0.7606 0.2371 0.0022 1 0 0.7561 0.2412 0.0027 1 0 0.7492 0.2474 0.0034
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 588 99 489 0 0 4 0 95 0 0 484 0 5 0.0000 0.0000 0.0102 23.750 3.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 149 64 85 61 0 0 0 3 0 0 85 0 0 0.9531 0.0000 0.0000 64.000 0.05 1.67 -1.62 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0510 0.9490 0.0000 0 0 0.6169 0.3831 0.0000 0 0 0.8398 0.1602 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 341 127 214 62 0 3 0 62 0 0 214 0 0 0.4882 0.0000 0.0000 41.333 0.10 2.10 -2.00 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1556 0.6475 0.1969 1 1 0.1603 0.6369 0.2028 1 1 0.1662 0.6235 0.2103
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 108 57 51 21 0 0 0 36 0 0 51 0 0 0.3684 0.0000 0.0000 57.000 0.00 7.44 -7.44 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0217 0.3230 0.6553 1 2 0.0240 0.3301 0.6459 1 2 0.0274 0.3397 0.6329
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 426 102 324 53 3 10 0 36 0 0 320 0 4 0.5196 0.0000 0.0123 9.100 0.77 3.69 -2.92 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7312 0.2663 0.0026 1 0 0.7261 0.2710 0.0029 1 0 0.7189 0.2778 0.0033
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 667 232 435 227 0 0 0 5 0 0 435 0 0 0.9784 0.0000 0.0000 232.000 0.28 9.40 -9.12 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7223 0.2777 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 668 238 430 224 1 8 0 5 0 0 430 0 0 0.9412 0.0000 0.0000 28.750 0.27 9.40 -9.13 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7068 0.2932 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 668 213 455 198 1 3 0 11 0 0 454 0 1 0.9296 0.0000 0.0022 70.000 0.13 8.82 -8.69 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0942 0.9058 0.0000 0 0 0.9261 0.0739 0.0000
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.100 1 5 1 314 130 184 77 0 11 0 42 0 0 182 0 2 0.5923 0.0000 0.0109 10.818 0.35 5.74 -5.39 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9264 0.0734 0.0002 1 0 0.9206 0.0792 0.0003 1 0 0.9121 0.0876 0.0004
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 247 100 147 90 0 3 0 7 0 0 147 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 32.333 0.43 1.57 -1.14 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0316 0.9684 0.0000 0 1 0.3545 0.6455 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 735 184 551 116 0 3 0 65 0 0 547 0 4 0.6304 0.0000 0.0073 60.333 0.25 6.28 -6.03 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9590 0.0409 0.0001 1 0 0.9544 0.0455 0.0001 1 0 0.9473 0.0525 0.0002
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 494 170 324 82 3 6 0 79 0 0 319 1 4 0.4824 0.0000 0.0154 27.167 0.41 3.28 -2.86 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1119 0.6992 0.1889 1 1 0.1166 0.6857 0.1977 1 1 0.1225 0.6684 0.2091
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 212 80 132 33 1 21 0 25 0 0 131 0 1 0.4125 0.0000 0.0076 2.810 2.12 9.64 -7.52 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3624 0.5323 0.1053 1 1 0.3584 0.5308 0.1107 1 1 0.3528 0.5290 0.1182
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.100 1 1 1 170 75 95 36 0 3 0 36 0 0 94 0 1 0.4800 0.0000 0.0105 24.000 0.44 1.50 -1.06 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3444 0.6069 0.0487 1 1 0.3510 0.5998 0.0493 1 1 0.3594 0.5906 0.0499
chr20 35652812 T TGGGCCA 0.001198 0.100 1 6 2 844 215 629 118 1 16 0 80 0 0 619 0 10 0.5488 0.0000 0.0159 12.375 0.36 5.33 -4.96 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8617 0.1382 0.0000 1 0 0.8578 0.1422 0.0000 1 0 0.8518 0.1482 0.0000
chr20 44065918 C CCCG 0.103979 0.100 1 3 4 484 177 307 95 0 12 1 69 0 0 306 0 1 0.5367 0.0000 0.0033 13.750 0.23 3.16 -2.93 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8117 0.1875 0.0008 1 0 0.8069 0.1922 0.0009 1 0 0.7997 0.1991 0.0012
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 561 167 394 68 0 11 0 88 0 0 393 0 1 0.4072 0.0000 0.0025 14.182 0.57 3.43 -2.86 48 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0069 0.3055 0.6875 1 2 0.0081 0.3099 0.6820 1 2 0.0099 0.3163 0.6738
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 1020 294 726 14 0 31 14 235 0 0 719 0 7 0.0476 0.0000 0.0096 8.484 0.14 3.15 -3.01 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8433 0.1567 2 2 0.0000 0.0204 0.9796
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 522 241 281 100 3 32 3 103 0 0 278 0 3 0.4149 0.0000 0.0107 6.469 0.25 3.12 -2.87 40 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0879 0.7362 0.1759 1 1 0.0958 0.7224 0.1818 1 1 0.1066 0.7044 0.1890
chr20 58461467 G GCAGGGC 0.000162 0.100 1 6 4 585 203 382 187 0 9 1 6 0 0 382 0 0 0.9212 0.0000 0.0000 21.444 0.27 5.50 -5.23 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9901 0.0099 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 164 26 138 0 0 1 0 25 0 0 133 0 5 0.0000 0.0000 0.0362 25.000 6.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr20 62960578 AT A 0.000110 0.100 1 -1 1 174 88 86 84 1 0 0 3 0 0 86 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 88.000 0.10 1.00 -0.90 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 266 138 128 0 0 2 0 136 0 0 128 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 68.000 1.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 726 170 556 75 0 3 0 92 0 0 548 0 8 0.4412 0.0000 0.0144 55.667 0.23 5.61 -5.38 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0049 0.2783 0.7168 1 2 0.0058 0.2843 0.7099 1 2 0.0074 0.2929 0.6997
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 669 205 464 105 0 6 1 93 0 0 460 0 4 0.5122 0.0000 0.0086 33.167 0.77 4.96 -4.19 53 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3584 0.6164 0.0252 1 1 0.3686 0.6041 0.0274 1 1 0.3809 0.5887 0.0304
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 269 133 136 60 0 5 0 68 0 0 136 0 0 0.4511 0.0000 0.0000 25.600 0.10 3.04 -2.94 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0577 0.5616 0.3807 1 1 0.0617 0.5554 0.3829 1 1 0.0673 0.5477 0.3850
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 313 53 260 0 0 2 1 50 0 0 259 1 0 0.0000 0.0000 0.0038 25.500 1.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1142 178 964 0 3 5 14 156 1 0 956 1 6 0.0000 0.0010 0.0083 33.000 3.38 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1138 176 962 0 1 12 14 149 0 1 953 2 6 0.0000 0.0000 0.0094 18.222 3.48 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0019 0.9981 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 729 149 580 69 2 17 0 61 27 10 528 2 13 0.4631 0.0466 0.0897 7.706 1.75 14.16 -12.41 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8748 0.1248 0.0005 1 0 0.8689 0.1304 0.0006 1 0 0.8604 0.1387 0.0008
chr21 44579846 AGG A 0.004815 0.100 1 -2 2 746 239 507 153 0 4 3 79 0 0 502 0 5 0.6402 0.0000 0.0099 58.750 1.90 8.54 -6.64 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9953 0.0047 0.0000 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9932 0.0068 0.0000
chr21 44579850 A ACG 0.004831 0.100 1 2 1 748 235 513 151 1 2 5 76 0 0 508 0 5 0.6426 0.0000 0.0097 115.500 1.90 8.55 -6.65 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9956 0.0044 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000 1 0 0.9935 0.0065 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 622 105 517 54 0 13 1 37 0 0 514 0 3 0.5143 0.0000 0.0058 7.667 1.09 16.35 -15.26 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4813 0.4733 0.0455 1 0 0.4760 0.4744 0.0496 1 1 0.4683 0.4762 0.0555
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.100 1 -15 2 629 105 524 59 0 7 2 37 0 0 524 0 0 0.5619 0.0000 0.0000 13.857 1.17 16.19 -15.02 17 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7901 0.2069 0.0029 1 0 0.7829 0.2137 0.0034 1 0 0.7728 0.2231 0.0041
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 362 144 218 1 2 19 0 122 0 0 218 0 0 0.0069 0.0000 0.0000 6.579 0.00 7.39 -7.39 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 535 223 312 179 5 33 0 6 0 1 311 0 0 0.8027 0.0000 0.0032 5.727 0.35 2.67 -2.31 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0412 0.9588 0.0000 0 0 0.9735 0.0265 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr22 20858678 GCCGCCT G 0.003426 0.100 1 -6 2 453 166 287 88 1 20 1 56 0 0 287 0 0 0.5301 0.0000 0.0000 7.250 0.44 5.54 -5.09 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9176 0.0824 0.0000 1 0 0.9124 0.0876 0.0000 1 0 0.9048 0.0952 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 204 103 101 90 2 3 0 8 0 0 101 0 0 0.8738 0.0000 0.0000 33.333 0.17 3.62 -3.46 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0589 0.9411 0.0000 0 0 0.6179 0.3821 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 635 133 502 4 0 28 1 100 0 0 488 1 13 0.0301 0.0000 0.0279 3.750 1.25 14.42 -13.17 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7429 0.2571 2 2 0.0000 0.0307 0.9693 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 794 238 556 108 1 6 0 123 0 0 556 0 0 0.4538 0.0000 0.0000 38.667 0.29 4.03 -3.75 72 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0303 0.6376 0.3321 1 1 0.0343 0.6279 0.3378 1 1 0.0403 0.6158 0.3439
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 645 195 450 27 0 8 0 160 0 0 444 0 6 0.1385 0.0000 0.0133 23.375 0.48 2.19 -1.71 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 489 227 262 165 1 54 0 7 0 0 262 0 0 0.7269 0.0000 0.0000 3.204 0.65 6.14 -5.49 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0026 0.9974 0.0000 0 0 0.8811 0.1189 0.0000 0 0 0.9912 0.0088 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 664 131 533 123 2 5 0 1 0 0 533 0 0 0.9389 0.0000 0.0000 25.200 0.94 22.00 -21.06 3 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9804 0.0196 0.0000 0 0 0.9929 0.0071 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.100 1 -42 4 342 184 158 171 0 6 0 7 0 0 158 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 29.667 0.39 12.86 -12.47 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.8669 0.1331 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.100 1 9 4 388 183 205 87 0 15 0 81 0 1 199 0 5 0.4754 0.0000 0.0293 11.200 0.16 6.56 -6.39 37 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2308 0.6858 0.0834 1 1 0.2397 0.6724 0.0878 1 1 0.2510 0.6553 0.0937
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 353 142 211 0 0 5 0 137 0 0 207 0 4 0.0000 0.0000 0.0190 27.400 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 582 204 378 96 0 20 7 81 0 0 376 0 2 0.4706 0.0000 0.0053 9.684 0.11 3.36 -3.24 28 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3513 0.6164 0.0323 1 1 0.3605 0.6048 0.0347 1 1 0.3716 0.5902 0.0382
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1430 349 1081 194 0 7 0 148 0 0 1072 1 8 0.5559 0.0000 0.0083 48.857 0.43 9.54 -9.11 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8309 0.1689 0.0002 1 0 0.8292 0.1705 0.0003 1 0 0.8258 0.1737 0.0004
chr22 42144326 CA C 0.011227 0.100 1 -1 1 876 336 540 266 2 6 0 62 0 1 539 0 0 0.7917 0.0000 0.0019 55.000 0.19 3.06 -2.88 76 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
751 rows