File Info

Filename
HG02067_x_HG02080_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/6a/3bc2c2b615765112d89bfb05953aa8/HG02067_x_HG02080_FF_10.features.tsv
Size
137.4 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02067_x_HG02080_FF_10)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 507 196 311 177 0 16 0 3 0 0 311 0 0 0.9031 0.0000 0.0000 11.250 0.31 7.00 -6.69 73 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9133 0.0867 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 452 174 278 152 1 13 0 8 0 0 278 0 0 0.8736 0.0000 0.0000 12.385 0.55 6.75 -6.20 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2939 0.7061 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 453 162 291 64 6 23 1 68 0 0 291 0 0 0.3951 0.0000 0.0000 6.000 0.17 3.16 -2.99 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1899 0.6619 0.1482 1 1 0.1955 0.6504 0.1541 1 1 0.2026 0.6357 0.1617
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 562 178 384 80 0 24 0 74 0 0 383 0 1 0.4494 0.0000 0.0026 6.417 0.49 8.82 -8.34 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2514 0.6552 0.0933 1 1 0.2569 0.6441 0.0991 1 1 0.2633 0.6299 0.1068
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 350 139 211 62 0 1 0 76 0 0 208 0 3 0.4460 0.0000 0.0142 138.000 0.18 3.36 -3.18 10 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0194 0.4178 0.5627 1 2 0.0220 0.4198 0.5583 1 2 0.0258 0.4229 0.5514
chr1 10639110 CTCG C 0.500000 0.100 1 -3 2 585 124 461 50 1 12 3 58 0 0 461 0 0 0.4032 0.0000 0.0000 9.083 1.86 3.97 -2.11 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0586 0.5330 0.4085 1 1 0.0630 0.5296 0.4074 1 1 0.0692 0.5256 0.4053
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 636 141 495 70 1 19 0 51 0 0 492 1 2 0.4965 0.0000 0.0061 6.368 0.57 3.22 -2.64 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5805 0.3992 0.0203 1 0 0.5746 0.4026 0.0228 1 0 0.5658 0.4075 0.0267
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 1010 193 817 88 1 8 0 96 0 0 811 0 6 0.4560 0.0000 0.0073 23.125 0.49 3.01 -2.52 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0306 0.5666 0.4028 1 1 0.0341 0.5596 0.4063 1 1 0.0392 0.5511 0.4097
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 368 40 328 0 0 1 1 38 0 0 328 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 39.000 1.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1205 0.8795 2 2 0.0000 0.1248 0.8752 2 2 0.0000 0.1310 0.8690
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.100 1 -24 1 649 152 497 82 0 1 0 69 0 0 487 0 10 0.5395 0.0000 0.0201 151.000 0.73 20.03 -19.30 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2073 0.6783 0.1144 1 1 0.2136 0.6659 0.1206 1 1 0.2213 0.6499 0.1288
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 423 145 278 63 0 15 1 66 0 0 278 0 0 0.4345 0.0000 0.0000 8.667 0.16 3.24 -3.08 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1139 0.6370 0.2491 1 1 0.1194 0.6271 0.2535 1 1 0.1268 0.6144 0.2587
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 355 82 273 72 0 7 0 3 0 0 273 0 0 0.8780 0.0000 0.0000 10.714 0.72 3.00 -2.28 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0476 0.9524 0.0000 0 0 0.5992 0.4008 0.0000 0 0 0.8276 0.1724 0.0000
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 332 86 246 45 0 0 0 41 0 0 245 0 1 0.5233 0.0000 0.0041 86.000 0.13 2.73 -2.60 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2612 0.5946 0.1441 1 1 0.2636 0.5876 0.1488 1 1 0.2663 0.5787 0.1550
chr1 47144551 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 963 255 708 241 2 3 0 9 0 0 708 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 84.000 0.23 1.00 -0.77 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 0 0.9287 0.0713 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 669 156 513 0 0 21 1 134 0 0 512 0 1 0.0000 0.0000 0.0019 6.381 5.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 240 88 152 0 0 8 2 78 0 0 152 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 10.000 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0167 0.9833 2 2 0.0000 0.0181 0.9819 2 2 0.0000 0.0202 0.9798
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 583 132 451 67 0 16 0 49 0 0 447 0 4 0.5076 0.0000 0.0089 7.250 0.45 5.29 -4.84 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5098 0.4585 0.0318 1 0 0.5058 0.4591 0.0351 1 0 0.4998 0.4603 0.0399
chr1 62206717 T TAACAGA 0.500000 0.100 1 6 2 432 112 320 57 1 7 0 47 0 0 315 0 5 0.5089 0.0000 0.0156 15.000 0.42 5.47 -5.05 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3122 0.5922 0.0955 1 1 0.3141 0.5853 0.1006 1 1 0.3160 0.5765 0.1075
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 4 814 175 639 142 0 11 0 22 0 0 639 0 0 0.8114 0.0000 0.0000 14.909 0.98 4.41 -3.43 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 173 85 88 39 0 2 0 44 0 0 85 0 3 0.4588 0.0000 0.0341 41.500 0.41 3.86 -3.45 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0792 0.5339 0.3869 1 1 0.0839 0.5309 0.3852 1 1 0.0903 0.5272 0.3825
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 362 136 226 72 0 23 0 41 0 0 224 0 2 0.5294 0.0000 0.0088 4.913 0.39 10.02 -9.64 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8322 0.1651 0.0027 1 0 0.8221 0.1747 0.0033 1 0 0.8075 0.1882 0.0043
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 468 152 316 63 0 6 0 83 0 0 315 0 1 0.4145 0.0000 0.0032 24.333 0.11 5.12 -5.01 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0102 0.3356 0.6542 1 2 0.0118 0.3408 0.6474 1 2 0.0144 0.3483 0.6373
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 173 77 96 41 0 2 0 34 0 0 96 0 0 0.5325 0.0000 0.0000 37.500 0.10 3.18 -3.08 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3713 0.5360 0.0927 1 1 0.3696 0.5330 0.0974 1 1 0.3669 0.5293 0.1037
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 418 111 307 55 0 5 2 49 0 0 303 1 3 0.4955 0.0000 0.0130 21.000 0.47 3.08 -2.61 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1887 0.6312 0.1802 1 1 0.1934 0.6216 0.1850 1 1 0.1993 0.6095 0.1911
chr1 119803018 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 410 147 263 141 1 1 0 4 0 0 263 0 0 0.9592 0.0000 0.0000 146.000 0.21 3.00 -2.79 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1610 0.8390 0.0000 0 0 0.9445 0.0555 0.0000 0 0 0.9869 0.0131 0.0000
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -6 2 248 87 161 0 0 7 0 80 0 0 159 0 2 0.0000 0.0000 0.0124 11.429 5.72 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 1817 587 1230 322 16 210 21 18 18 4 1189 8 11 0.5486 0.0146 0.0333 1.818 3.24 3.61 -0.37 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1220 289 931 242 0 35 1 11 0 0 930 0 1 0.8374 0.0000 0.0011 7.229 0.47 3.91 -3.44 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3044 0.6956 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 279 81 198 1 0 9 6 65 0 0 196 0 2 0.0123 0.0000 0.0101 7.333 1.00 1.29 -0.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1806 0.8194 2 2 0.0000 0.0719 0.9281 2 2 0.0000 0.0536 0.9464
chr1 152515515 G GGGCTGCTGCGGCGACTCA 0.500000 0.100 1 18 4 259 88 171 34 1 27 0 26 0 0 164 0 7 0.3864 0.0000 0.0409 2.259 0.59 10.31 -9.72 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2523 0.5779 0.1698 1 1 0.2542 0.5721 0.1738 1 1 0.2564 0.5647 0.1788
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 18 2 268 79 189 0 0 14 0 65 0 0 168 0 21 0.0000 0.0000 0.1111 4.643 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 901 272 629 111 0 68 0 93 0 0 600 0 29 0.4081 0.0000 0.0461 3.000 0.14 12.94 -12.79 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0351 0.6544 0.3105 1 1 0.0392 0.6423 0.3186 1 1 0.0450 0.6270 0.3280
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1288 354 934 139 3 76 2 134 5 3 899 4 23 0.3927 0.0054 0.0375 3.847 1.68 10.06 -8.38 7 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0211 0.7045 0.2744 1 1 0.0243 0.6889 0.2868 1 1 0.0292 0.6690 0.3018
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 596 245 351 200 2 30 0 13 0 0 351 0 0 0.8163 0.0000 0.0000 7.379 1.55 10.31 -8.75 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0234 0.9766 0.0000 0 0 0.8143 0.1857 0.0000
chr1 153934829 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 590 236 354 116 25 43 3 49 0 0 354 0 0 0.4915 0.0000 0.0000 95.000 0.30 3.84 -3.54 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9973 0.0027 0.0000 1 0 0.9966 0.0034 0.0000 1 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr1 153934830 T TGC 0.500000 0.100 1 2 1 590 236 354 137 18 28 1 52 0 0 354 0 0 0.5805 0.0000 0.0000 6.929 1.31 3.90 -2.60 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 1 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr1 154869854 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1321 463 858 228 2 83 3 147 0 0 858 0 0 0.4924 0.0000 0.0000 4.554 0.63 8.10 -7.47 102 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9953 0.0047 0.0000 1 0 0.9945 0.0055 0.0000 1 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr1 155738163 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 222 100 122 58 0 3 0 39 0 0 120 0 2 0.5800 0.0000 0.0164 48.500 0.62 3.10 -2.48 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6174 0.3625 0.0201 1 0 0.6090 0.3683 0.0227 1 0 0.5973 0.3762 0.0265
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 233 87 146 39 0 4 0 44 0 0 145 0 1 0.4483 0.0000 0.0068 20.750 1.69 2.16 -0.47 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1025 0.5608 0.3366 1 1 0.1073 0.5561 0.3366 1 1 0.1138 0.5502 0.3360
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 618 178 440 0 0 2 1 175 0 0 438 0 2 0.0000 0.0000 0.0045 87.500 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1285 269 1016 0 0 10 2 257 0 0 1014 0 2 0.0000 0.0000 0.0020 25.900 1.47 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.100 1 1 2 292 84 208 69 1 10 0 4 0 0 208 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 7.300 0.33 1.00 -0.67 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 1 0.3219 0.6781 0.0000 0 0 0.6968 0.3032 0.0000
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 168 64 104 30 0 9 1 24 0 0 104 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 6.111 0.23 4.08 -3.85 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3378 0.5375 0.1247 1 1 0.3363 0.5346 0.1291 1 1 0.3342 0.5309 0.1349
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 681 190 491 7 0 32 0 151 0 0 445 0 46 0.0368 0.0000 0.0937 4.938 0.14 11.66 -11.52 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9960 0.0040 2 2 0.0000 0.0842 0.9158 2 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr1 205663089 GGCCGACAGCCCTTCTGCTGGCTCGGTGGGGCCCAGC G 0.500000 0.100 1 -36 5 708 148 560 0 0 6 0 142 0 0 528 0 32 0.0000 0.0000 0.0571 23.667 25.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 209432291 T TAGC 0.500000 0.100 1 3 1 447 214 233 0 160 42 0 12 0 2 231 0 0 0.0000 0.0000 0.0086 4.071 2.75 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 0 0.5351 0.4649 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 448 214 234 14 0 31 0 169 0 0 220 0 14 0.0654 0.0000 0.0598 5.903 2.36 11.21 -8.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 1 0.0000 0.5264 0.4736
chr1 225519331 A ATCCAGGCGTTCCTGCCGC 0.500000 0.100 1 18 1 502 144 358 60 0 81 0 3 0 0 358 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 0.778 0.70 6.33 -5.63 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0266 0.9734 0.0000 0 1 0.4512 0.5488 0.0000 0 0 0.7284 0.2716 0.0000
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 617 124 493 14 0 8 0 102 0 0 492 0 1 0.1129 0.0000 0.0020 14.500 1.07 8.42 -7.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9818 0.0182
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 237 96 141 84 1 3 0 8 0 0 141 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 31.000 0.24 1.50 -1.26 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0142 0.9858 0.0000 0 1 0.2689 0.7311 0.0000
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 716 199 517 158 4 20 1 16 0 1 515 1 0 0.7940 0.0000 0.0039 8.950 0.99 3.06 -2.08 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0259 0.9741 0.0000
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 517 136 381 78 0 1 0 57 0 0 381 0 0 0.5735 0.0000 0.0000 135.000 0.21 1.49 -1.29 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6670 0.3227 0.0104 1 0 0.6592 0.3287 0.0121 1 0 0.6480 0.3373 0.0146
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 719 181 538 0 0 3 1 177 0 0 533 0 5 0.0000 0.0000 0.0093 59.333 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 688 149 539 92 1 2 0 54 0 0 538 0 1 0.6174 0.0000 0.0019 147.000 0.79 2.11 -1.32 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9140 0.0855 0.0005 1 0 0.9064 0.0930 0.0006 1 0 0.8952 0.1039 0.0009
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.100 1 -84 1 919 269 650 162 0 21 0 86 0 0 650 0 0 0.6022 0.0000 0.0000 11.810 0.32 3.07 -2.75 80 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9964 0.0036 0.0000 1 0 0.9956 0.0044 0.0000 1 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.100 1 -2 1 1199 290 909 88 3 8 0 191 0 0 907 0 2 0.3034 0.0000 0.0022 35.000 2.41 4.35 -1.94 64 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0003 0.9997 1 2 0.0000 0.0004 0.9996 1 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1558 282 1276 246 2 2 0 32 0 0 1275 0 1 0.8723 0.0000 0.0008 140.000 2.47 4.12 -1.66 160 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 575 218 357 118 0 11 0 89 0 0 353 0 4 0.5413 0.0000 0.0112 18.818 1.12 6.55 -5.43 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6760 0.3193 0.0048 1 0 0.6715 0.3227 0.0057 1 0 0.6644 0.3283 0.0073
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.100 1 -3 1 232 103 129 43 0 4 0 56 0 0 129 0 0 0.4175 0.0000 0.0000 24.750 0.19 4.00 -3.81 7 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0487 0.4926 0.4587 1 1 0.0532 0.4934 0.4534 1 1 0.0596 0.4946 0.4458
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 431 133 298 0 0 24 0 109 0 0 284 1 13 0.0000 0.0000 0.0470 4.542 7.83 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 624 181 443 73 0 16 0 92 0 0 439 0 4 0.4033 0.0000 0.0090 10.312 0.32 8.16 -7.85 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0132 0.4272 0.5596 1 2 0.0156 0.4323 0.5521 1 2 0.0192 0.4397 0.5411
chr2 24164308 GC G 0.029697 0.100 1 -1 1 193 93 100 89 0 0 0 4 0 0 100 0 0 0.9570 0.0000 0.0000 93.000 0.35 1.00 -0.65 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3027 0.6973 0.0000 0 0 0.9754 0.0246 0.0000 0 0 0.9947 0.0053 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 216 58 158 54 1 1 0 2 0 0 157 0 1 0.9310 0.0000 0.0063 56.000 0.26 3.00 -2.74 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0204 0.9796 0.0000 0 1 0.3887 0.6113 0.0000 0 0 0.6765 0.3235 0.0000
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 619 137 482 57 0 16 4 60 0 1 481 0 0 0.4161 0.0000 0.0021 7.562 0.21 2.88 -2.67 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0935 0.6070 0.2995 1 1 0.0987 0.5990 0.3023 1 1 0.1058 0.5889 0.3053
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCAGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 78 2 604 231 373 6 1 80 3 141 0 0 373 0 0 0.0260 0.0000 0.0000 1.887 0.00 1.96 -1.96 0 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.5567 0.4433 2 2 0.0000 0.0754 0.9246
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.100 1 39 1 604 225 379 6 1 72 3 143 0 0 379 0 0 0.0267 0.0000 0.0000 2.125 0.00 1.96 -1.96 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.5316 0.4684 2 2 0.0000 0.0689 0.9311
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 687 52 635 39 2 6 0 5 7 1 627 0 0 0.7500 0.0110 0.0126 7.500 2.69 7.00 -4.31 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0530 0.9470 0.0000 0 1 0.3020 0.6980 0.0000
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 470 194 276 168 2 15 2 7 0 0 276 0 0 0.8660 0.0000 0.0000 11.733 0.49 3.14 -2.65 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 0 0.6492 0.3508 0.0000 0 0 0.9675 0.0325 0.0000
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 654 174 480 62 25 34 1 52 0 0 478 0 2 0.3563 0.0000 0.0042 4.118 0.63 3.25 -2.62 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8530 0.1455 0.0015 1 0 0.8438 0.1543 0.0020 1 0 0.8304 0.1669 0.0027
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 654 179 475 122 3 35 0 19 0 0 472 0 3 0.6816 0.0000 0.0063 4.086 1.78 6.53 -4.75 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 496 113 383 93 1 5 0 14 0 0 381 0 2 0.8230 0.0000 0.0052 21.600 0.20 2.86 -2.65 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0033 0.9967 0.0000
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.100 1 24 2 1081 264 817 213 1 36 0 14 0 0 811 0 6 0.8068 0.0000 0.0073 6.486 0.26 4.50 -4.24 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0804 0.9196 0.0000
chr2 85344131 G GGT 0.500000 0.100 1 2 1 725 193 532 112 1 2 0 78 0 0 530 2 0 0.5803 0.0000 0.0038 95.500 0.45 2.91 -2.46 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8402 0.1587 0.0011 1 0 0.8322 0.1663 0.0015 1 0 0.8206 0.1774 0.0020
chr2 85344133 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 728 195 533 113 1 3 4 74 0 0 531 2 0 0.5795 0.0000 0.0038 96.000 0.42 3.09 -2.67 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8541 0.1450 0.0009 1 0 0.8463 0.1525 0.0012 1 0 0.8348 0.1636 0.0017
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 664 185 479 3 0 31 10 141 0 0 477 0 2 0.0162 0.0000 0.0042 4.935 0.33 3.28 -2.95 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2442 0.7558 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 783 210 573 114 1 6 0 89 0 0 573 0 0 0.5429 0.0000 0.0000 34.000 0.51 7.96 -7.45 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7046 0.2914 0.0041 1 0 0.6990 0.2961 0.0049 1 0 0.6905 0.3032 0.0063
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 443 109 334 65 0 15 0 29 0 0 326 0 8 0.5963 0.0000 0.0240 6.267 0.75 16.90 -16.14 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8268 0.1700 0.0032 1 0 0.8162 0.1799 0.0039 1 0 0.8010 0.1938 0.0051
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 620 168 452 0 0 1 0 167 0 0 446 0 6 0.0000 0.0000 0.0133 167.000 5.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 342 124 218 106 0 15 0 3 0 0 218 0 0 0.8548 0.0000 0.0000 7.267 0.34 6.00 -5.66 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2201 0.7799 0.0000 0 0 0.8909 0.1091 0.0000 0 0 0.9615 0.0385 0.0000
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 198 46 152 3 2 6 7 28 0 0 150 1 1 0.0652 0.0000 0.0132 5.500 1.33 1.29 0.05 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.9309 0.0691 2 1 0.0000 0.7327 0.2673
chr2 174337446 GGGCGGCGGCAGCGGC G 0.500000 0.100 1 -15 3 710 160 550 131 1 26 0 2 1 0 548 0 1 0.8187 0.0018 0.0036 5.115 1.38 15.00 -13.62 43 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5263 0.4737 0.0000 0 0 0.9690 0.0310 0.0000 0 0 0.9893 0.0107 0.0000
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 497 147 350 13 0 14 2 118 0 0 348 0 2 0.0884 0.0000 0.0057 9.429 0.69 3.29 -2.60 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9191 0.0809
chr2 177617487 ATC A 0.500000 0.100 1 -2 1 1400 357 1043 207 3 10 0 137 0 0 1042 1 0 0.5798 0.0000 0.0010 34.600 0.33 2.36 -2.03 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9915 0.0085 0.0000 1 0 0.9901 0.0099 0.0000 1 0 0.9879 0.0121 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 307 131 176 70 1 2 0 58 0 0 176 0 0 0.5344 0.0000 0.0000 64.000 0.14 3.12 -2.98 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4681 0.4949 0.0370 1 1 0.4660 0.4933 0.0407 1 1 0.4624 0.4917 0.0459
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.100 1 -2 1 515 162 353 144 1 6 0 11 0 0 353 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 26.000 0.76 3.09 -2.33 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0114 0.9886 0.0000 0 1 0.4942 0.5058 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 746 163 583 84 1 10 0 68 0 0 581 0 2 0.5153 0.0000 0.0034 15.300 0.32 4.25 -3.93 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4954 0.4792 0.0253 1 0 0.4939 0.4777 0.0283 1 0 0.4909 0.4764 0.0328
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 294 132 162 11 0 20 48 53 0 0 162 0 0 0.0833 0.0000 0.0000 3.474 1.00 3.17 -2.17 7 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9239 0.0761
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 294 116 178 3 0 19 43 51 0 0 178 0 0 0.0259 0.0000 0.0000 3.111 0.00 3.39 -3.39 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9021 0.0979 2 2 0.0000 0.2410 0.7590 2 2 0.0000 0.0925 0.9075
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 221 60 161 33 4 9 0 14 0 0 161 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 5.333 0.88 1.07 -0.19 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7697 0.2206 0.0097 1 0 0.7561 0.2326 0.0113 1 0 0.7231 0.2634 0.0135
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 308 108 200 3 0 3 0 102 0 0 198 0 2 0.0278 0.0000 0.0100 35.000 0.33 3.09 -2.75 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7968 0.2032 2 2 0.0000 0.1192 0.8808 2 2 0.0000 0.0422 0.9578
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 599 164 435 0 0 23 1 140 0 0 430 1 4 0.0000 0.0000 0.0115 6.409 7.89 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.100 1 6 1 944 247 697 183 6 48 0 10 0 0 697 0 0 0.7409 0.0000 0.0000 4.125 2.03 8.00 -5.97 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2265 0.7735 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 622 174 448 8 0 12 3 151 0 0 405 1 42 0.0460 0.0000 0.0960 13.333 0.12 16.03 -15.91 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.2121 0.7879 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 1 159 65 94 59 0 3 0 3 0 0 94 0 0 0.9077 0.0000 0.0000 20.667 0.14 3.00 -2.86 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0251 0.9749 0.0000 0 1 0.4385 0.5615 0.0000 0 0 0.7186 0.2814 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 269 116 153 52 1 2 0 61 0 0 149 0 4 0.4483 0.0000 0.0261 57.000 1.02 3.93 -2.92 24 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0425 0.4984 0.4591 1 1 0.0464 0.4969 0.4567 1 1 0.0519 0.4953 0.4528
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 421 113 308 33 0 23 7 50 0 0 307 0 1 0.2920 0.0000 0.0032 3.913 0.24 3.22 -2.98 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0056 0.2068 0.7876 1 2 0.0066 0.2169 0.7765 1 2 0.0084 0.2310 0.7606
chr3 3147456 C CTAAACT 0.000531 0.100 1 6 2 397 95 302 89 0 0 0 6 0 0 302 0 0 0.9368 0.0000 0.0000 95.000 0.69 4.83 -4.15 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2233 0.7767 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 734 218 516 105 0 1 0 112 0 0 508 0 8 0.4817 0.0000 0.0155 217.000 0.61 3.46 -2.85 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0039 0.4347 0.5614 1 2 0.0044 0.4281 0.5674 1 2 0.0052 0.4207 0.5741
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 666 135 531 65 0 10 0 60 0 0 518 0 13 0.4815 0.0000 0.0245 12.500 0.75 11.50 -10.75 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1339 0.7159 0.1503 1 1 0.1432 0.7056 0.1512 1 1 0.1560 0.6921 0.1519
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 532 118 414 0 0 4 8 106 0 0 414 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 28.250 4.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr3 28253011 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 179 83 96 44 0 2 0 37 0 0 95 0 1 0.5301 0.0000 0.0104 40.500 0.25 1.43 -1.18 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3385 0.5584 0.1030 1 1 0.3383 0.5539 0.1078 1 1 0.3375 0.5482 0.1143
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 18 1 747 274 473 208 5 37 4 20 3 0 450 3 17 0.7591 0.0063 0.0486 6.405 5.95 3.85 2.10 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 708 228 480 9 0 59 8 152 0 0 465 0 15 0.0395 0.0000 0.0312 2.864 0.33 4.26 -3.92 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7006 0.2994 2 2 0.0000 0.0626 0.9374
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 708 228 480 13 1 135 2 77 0 0 468 3 9 0.0570 0.0000 0.0250 0.681 1.15 5.19 -4.04 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9773 0.0227
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 648 193 455 0 1 9 1 182 0 0 453 0 2 0.0000 0.0000 0.0044 20.333 2.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 298 130 168 0 0 2 0 128 0 0 167 0 1 0.0000 0.0000 0.0060 64.000 4.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0019 0.9981
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 667 180 487 79 2 15 8 76 0 0 486 0 1 0.4389 0.0000 0.0021 10.933 0.41 3.46 -3.06 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1019 0.6764 0.2216 1 1 0.1080 0.6641 0.2279 1 1 0.1162 0.6482 0.2356
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 316 70 246 0 0 10 0 60 0 0 244 0 2 0.0000 0.0000 0.0081 6.000 6.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0407 0.9593 2 2 0.0000 0.0432 0.9568 2 2 0.0000 0.0470 0.9530
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 499 145 354 60 0 32 0 53 0 0 347 0 7 0.4138 0.0000 0.0198 3.531 0.35 5.64 -5.29 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1785 0.6430 0.1785 1 1 0.1836 0.6327 0.1836 1 1 0.1902 0.6196 0.1902
chr3 52487504 GGGAGGAAGAGGA G 0.500000 0.100 1 -12 5 774 182 592 96 2 18 1 65 0 0 584 0 8 0.5275 0.0000 0.0135 9.111 0.65 10.69 -10.05 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6947 0.2993 0.0060 1 0 0.6880 0.3049 0.0071 1 0 0.6781 0.3130 0.0089
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 216 92 124 39 0 5 1 47 0 0 124 0 0 0.4239 0.0000 0.0000 17.400 0.10 8.74 -8.64 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0693 0.5182 0.4125 1 1 0.0738 0.5161 0.4100 1 1 0.0801 0.5138 0.4062
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 243 80 163 0 0 2 39 39 0 0 163 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 77.000 3.38 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0207 0.9793 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 242 79 163 0 0 0 36 43 0 0 163 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 79.000 3.81 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0192 0.9808 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 346 131 215 54 1 15 3 58 0 0 213 0 2 0.4122 0.0000 0.0093 7.667 0.17 3.12 -2.95 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0776 0.5796 0.3428 1 1 0.0826 0.5733 0.3441 1 1 0.0893 0.5655 0.3452
chr3 73062330 C CA 0.500000 0.100 1 1 5 608 148 460 71 0 6 0 71 0 0 459 0 1 0.4797 0.0000 0.0022 23.667 0.23 1.41 -1.18 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1499 0.6674 0.1827 1 1 0.1559 0.6555 0.1886 1 1 0.1636 0.6404 0.1959
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.100 1 -9 3 787 197 590 124 0 13 0 60 0 0 581 0 9 0.6294 0.0000 0.0153 14.154 1.21 9.90 -8.69 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9784 0.0216 0.0000 1 0 0.9752 0.0248 0.0000 1 0 0.9702 0.0297 0.0000
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.100 1 -1 2 517 132 385 72 0 7 1 52 0 0 385 0 0 0.5455 0.0000 0.0000 17.857 0.60 1.40 -0.81 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6310 0.3544 0.0146 1 0 0.6237 0.3596 0.0167 1 0 0.6131 0.3670 0.0199
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 379 106 273 50 0 12 0 44 0 0 270 0 3 0.4717 0.0000 0.0110 7.833 0.52 1.41 -0.89 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2537 0.6063 0.1400 1 1 0.2566 0.5985 0.1449 1 1 0.2601 0.5885 0.1514
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 103 45 58 6 0 8 6 25 0 0 56 0 2 0.1333 0.0000 0.0345 4.625 0.00 1.44 -1.44 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9932 0.0068 2 1 0.0000 0.9889 0.0111 2 1 0.0000 0.9043 0.0957
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 434 123 311 72 0 0 0 51 0 0 311 0 0 0.5854 0.0000 0.0000 123.000 0.15 1.25 -1.10 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6795 0.3099 0.0106 1 0 0.6709 0.3168 0.0123 1 0 0.6586 0.3265 0.0149
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1252 302 950 2 0 78 6 216 0 1 947 0 2 0.0066 0.0000 0.0032 2.872 0.50 3.25 -2.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr3 119146279 GGAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 678 205 473 182 0 16 0 7 0 0 473 0 0 0.8878 0.0000 0.0000 11.812 0.30 3.29 -2.99 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.8372 0.1628 0.0000 0 0 0.9871 0.0129 0.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 483 138 345 119 0 13 0 6 0 0 345 0 0 0.8623 0.0000 0.0000 9.615 0.72 4.50 -3.78 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3908 0.6092 0.0000 0 0 0.8726 0.1274 0.0000
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.100 1 3 3 568 173 395 109 0 3 0 61 0 0 395 0 0 0.6301 0.0000 0.0000 56.667 0.13 3.16 -3.04 77 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9619 0.0380 0.0001 1 0 0.9572 0.0427 0.0001 1 0 0.9500 0.0499 0.0002
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 793 169 624 93 0 7 0 69 0 0 619 0 5 0.5503 0.0000 0.0080 23.143 0.43 3.19 -2.76 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5837 0.4028 0.0135 1 0 0.5800 0.4045 0.0155 1 0 0.5739 0.4075 0.0186
chr3 124763647 TTTGTTGAAC T 0.500000 0.100 1 -9 1 404 178 226 165 0 8 0 5 0 0 225 0 1 0.9270 0.0000 0.0044 21.250 0.37 10.20 -9.83 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0072 0.9928 0.0000 0 0 0.8644 0.1356 0.0000 0 0 0.9846 0.0154 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.100 1 18 2 736 124 612 7 1 25 1 90 0 0 611 0 1 0.0565 0.0000 0.0016 3.920 0.14 10.36 -10.21 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9532 0.0468 2 1 0.0000 0.5412 0.4588
chr3 125055810 GGCC G 0.500000 0.100 1 -3 5 288 93 195 47 0 1 1 44 0 0 195 0 0 0.5054 0.0000 0.0000 92.000 0.53 3.59 -3.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2389 0.6052 0.1559 1 1 0.2420 0.5974 0.1606 1 1 0.2457 0.5876 0.1666
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 312 101 211 9 0 2 0 90 0 0 207 0 4 0.0891 0.0000 0.0190 49.500 0.00 4.06 -4.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9925 0.0075 2 1 0.0000 0.7712 0.2288
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 200 112 88 68 0 0 0 44 0 0 87 0 1 0.6071 0.0000 0.0114 112.000 0.68 2.45 -1.78 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7317 0.2606 0.0077 1 0 0.7217 0.2692 0.0090 1 0 0.7076 0.2812 0.0111
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 385 124 261 58 0 2 0 64 0 0 260 0 1 0.4677 0.0000 0.0038 61.000 0.07 2.41 -2.34 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0812 0.5938 0.3251 1 1 0.0862 0.5866 0.3272 1 1 0.0931 0.5775 0.3294
chr3 149520808 C CTTAA 0.500000 0.100 1 4 1 226 82 144 53 0 2 0 27 0 0 144 0 0 0.6463 0.0000 0.0000 40.000 0.09 4.22 -4.13 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8127 0.1826 0.0047 1 0 0.8013 0.1931 0.0056 1 0 0.7850 0.2078 0.0072
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 444 177 267 87 0 20 7 63 0 0 263 1 3 0.4915 0.0000 0.0150 7.850 0.60 3.32 -2.72 51 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4371 0.5298 0.0331 1 1 0.4378 0.5255 0.0367 1 1 0.4377 0.5205 0.0418
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 565 154 411 11 1 27 0 115 0 0 408 0 3 0.0714 0.0000 0.0073 4.704 0.00 3.00 -3.00 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.8772 0.1228
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.100 1 -1 4 2389 628 1761 499 3 16 0 110 0 0 1760 1 0 0.7946 0.0000 0.0006 38.125 1.81 2.31 -0.50 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 805 161 644 70 2 18 0 71 0 0 632 0 12 0.4348 0.0000 0.0186 7.889 0.37 11.03 -10.66 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0432 0.5594 0.3974 1 1 0.0473 0.5536 0.3991 1 1 0.0531 0.5467 0.4003
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -6 1 251 117 134 36 0 36 0 45 0 0 132 0 2 0.3077 0.0000 0.0149 2.250 0.31 8.42 -8.12 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0544 0.4787 0.4669 1 1 0.0585 0.4791 0.4624 1 1 0.0643 0.4799 0.4558
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 251 118 133 48 1 24 7 38 0 0 131 0 2 0.4068 0.0000 0.0150 3.875 0.54 8.87 -8.33 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2288 0.6113 0.1599 1 1 0.2322 0.6031 0.1646 1 1 0.2365 0.5928 0.1707
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 585 128 457 0 0 0 0 128 0 0 380 5 72 0.0000 0.0000 0.1685 128.000 15.63 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.100 1 3 1 650 265 385 224 16 10 9 6 0 2 383 0 0 0.8453 0.0000 0.0052 30.375 3.39 1.50 1.89 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0871 0.9129 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr4 3075022 AGCCGCCCCCGCC A 0.000900 0.100 1 -12 1 649 210 439 168 1 26 0 15 1 0 437 1 0 0.8000 0.0023 0.0046 7.077 1.38 10.60 -9.22 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1833 0.8167 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.100 1 3 1 348 109 239 57 0 3 0 49 0 0 239 0 0 0.5229 0.0000 0.0000 35.333 0.68 3.92 -3.23 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3667 0.5582 0.0751 1 1 0.3668 0.5534 0.0798 1 1 0.3661 0.5474 0.0864
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2505 557 1948 41 9 153 6 348 4 1 1902 3 38 0.0736 0.0021 0.0236 2.660 2.83 8.52 -5.69 9 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 4195 935 3260 45 12 45 38 795 37 54 2963 151 55 0.0481 0.0113 0.0911 19.864 3.58 8.30 -4.72 13 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3635 1022 2613 52 24 186 52 708 297 52 2168 45 51 0.0509 0.1137 0.1703 4.385 5.79 8.34 -2.55 12 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 125 54 71 20 0 2 0 32 0 0 70 0 1 0.3704 0.0000 0.0141 26.000 0.15 3.06 -2.91 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0424 0.3992 0.5584 1 2 0.0461 0.4047 0.5492 1 2 0.0514 0.4119 0.5367
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 479 154 325 140 1 9 0 4 0 0 325 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 16.111 0.19 1.00 -0.81 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1650 0.8350 0.0000 0 0 0.9425 0.0575 0.0000 0 0 0.9863 0.0137 0.0000
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 688 176 512 78 0 6 0 92 0 0 507 0 5 0.4432 0.0000 0.0098 28.333 0.38 4.16 -3.78 32 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0133 0.4122 0.5745 1 2 0.0153 0.4133 0.5714 1 2 0.0184 0.4154 0.5663
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 537 217 320 1 0 32 4 180 0 0 317 0 3 0.0046 0.0000 0.0094 5.781 0.00 3.13 -3.13 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 507 171 336 18 0 32 7 114 1 1 324 9 1 0.1053 0.0030 0.0357 4.344 1.33 3.52 -2.18 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9978 0.0022
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 295 140 155 65 0 5 0 70 0 0 148 0 7 0.4643 0.0000 0.0452 27.000 0.12 4.43 -4.31 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0400 0.5279 0.4321 1 1 0.0439 0.5242 0.4319 1 1 0.0494 0.5198 0.4308
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 268 92 176 0 0 10 0 82 0 0 173 0 3 0.0000 0.0000 0.0170 8.200 5.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0141 0.9859 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 870 196 674 182 1 1 0 12 0 0 673 0 1 0.9286 0.0000 0.0015 195.000 0.24 3.25 -3.01 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000
chr5 733800 T TAA 0.007715 0.100 1 2 1 238 102 136 100 0 0 0 2 0 0 136 0 0 0.9804 0.0000 0.0000 102.000 0.26 4.50 -4.24 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr5 733804 CAT C 0.005230 0.100 1 -2 3 238 101 137 98 0 1 1 1 0 0 137 0 0 0.9703 0.0000 0.0000 100.000 0.27 9.00 -8.73 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 850 187 663 12 0 23 7 145 0 0 656 0 7 0.0642 0.0000 0.0106 7.130 0.33 3.46 -3.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9921 0.0079 2 2 0.0000 0.4965 0.5035
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 366 56 310 0 0 40 1 15 0 0 300 5 5 0.0000 0.0000 0.0323 0.400 10.13 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2152 0.7848 2 2 0.0000 0.2197 0.7803 2 2 0.0000 0.2260 0.7740
chr5 61332791 TGCC T 0.500000 0.100 1 -3 1 333 54 279 0 0 37 6 11 0 9 267 3 0 0.0000 0.0000 0.0430 0.459 9.55 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0627 0.4243 0.5130 1 2 0.0646 0.4465 0.4889 1 1 0.0639 0.4909 0.4452
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 390 113 277 55 0 5 1 52 0 0 275 0 2 0.4867 0.0000 0.0072 21.600 0.24 6.33 -6.09 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1842 0.6317 0.1841 1 1 0.1890 0.6221 0.1889 1 1 0.1951 0.6100 0.1950
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 511 145 366 23 0 8 0 114 0 0 366 0 0 0.1586 0.0000 0.0000 17.125 0.35 3.04 -2.69 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 175 67 108 57 0 1 0 9 0 0 108 0 0 0.8507 0.0000 0.0000 66.000 0.07 2.89 -2.82 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.0470 0.9530 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 264 106 158 3 5 9 37 52 0 0 154 0 4 0.0283 0.0000 0.0253 10.778 3.33 5.12 -1.78 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9055 0.0945 2 2 0.0000 0.4848 0.5152
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 1057 246 811 110 0 29 4 103 0 2 799 6 4 0.4472 0.0000 0.0148 7.483 0.55 3.65 -3.11 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0748 0.7321 0.1932 1 1 0.0811 0.7168 0.2021 1 1 0.0898 0.6969 0.2132
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 182 59 123 0 0 0 0 59 0 0 122 0 1 0.0000 0.0000 0.0081 59.000 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0476 0.9524 2 2 0.0000 0.0516 0.9484
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 898 234 664 139 0 4 0 91 0 0 663 0 1 0.5940 0.0000 0.0015 57.500 0.20 1.36 -1.16 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9443 0.0556 0.0001 1 0 0.9391 0.0608 0.0001 1 0 0.9312 0.0686 0.0002
chr5 141573996 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 2 672 206 466 135 7 56 1 7 1 1 464 0 0 0.6553 0.0021 0.0043 2.679 0.85 3.00 -2.15 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2858 0.7142 0.0000 0 0 0.8840 0.1160 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 420 108 312 7 0 13 0 88 0 0 298 0 14 0.0648 0.0000 0.0449 7.308 0.43 8.77 -8.34 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9136 0.0864 2 2 0.0000 0.3878 0.6122
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 457 142 315 39 1 27 1 74 0 0 305 0 10 0.2746 0.0000 0.0317 4.222 0.56 11.08 -10.52 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0401 0.9598 1 2 0.0002 0.0453 0.9546 1 2 0.0003 0.0532 0.9465
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 15 1 457 142 315 39 1 27 1 74 0 0 305 0 10 0.2746 0.0000 0.0317 4.222 0.56 11.08 -10.52 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0401 0.9598 1 2 0.0002 0.0453 0.9546 1 2 0.0003 0.0532 0.9465
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 21 1 457 142 315 39 2 27 1 73 0 0 305 0 10 0.2746 0.0000 0.0317 4.222 0.56 11.11 -10.55 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0484 0.9514 1 2 0.0003 0.0542 0.9455 1 2 0.0004 0.0630 0.9366
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 613 146 467 63 0 2 0 81 0 0 465 0 2 0.4315 0.0000 0.0043 72.000 0.65 1.83 -1.18 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0120 0.3562 0.6318 1 2 0.0138 0.3606 0.6255 1 2 0.0167 0.3671 0.6162
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.100 1 1 2 115 63 52 42 0 0 0 21 0 0 52 0 0 0.6667 0.0000 0.0000 63.000 0.36 1.29 -0.93 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7378 0.2507 0.0115 1 0 0.7256 0.2611 0.0133 1 0 0.7087 0.2753 0.0160
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 407 167 240 157 0 5 0 5 0 0 240 0 0 0.9401 0.0000 0.0000 32.400 2.92 4.60 -1.68 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0427 0.9573 0.0000 0 0 0.9254 0.0746 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 408 162 246 3 0 17 0 142 0 0 246 0 0 0.0185 0.0000 0.0000 8.529 3.67 12.94 -9.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3605 0.6395 2 2 0.0000 0.0198 0.9802 2 2 0.0000 0.0069 0.9931
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 406 147 259 1 107 5 0 34 0 0 259 0 0 0.0068 0.0000 0.0000 28.400 17.00 5.94 11.06 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9973 0.0027 0.0000 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 0 1 0.1876 0.8124 0.0000
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 412 111 301 95 0 2 0 14 0 0 301 0 0 0.8559 0.0000 0.0000 54.500 1.00 5.29 -4.29 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0128 0.9872 0.0000
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 537 236 301 85 10 53 6 82 0 0 301 0 0 0.3602 0.0000 0.0000 3.519 0.94 3.91 -2.97 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2660 0.6649 0.0691 1 1 0.2724 0.6530 0.0746 1 1 0.2800 0.6379 0.0821
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 665 117 548 55 0 14 0 48 0 0 548 0 0 0.4701 0.0000 0.0000 7.357 0.78 3.10 -2.32 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3441 0.5699 0.0859 1 1 0.3447 0.5644 0.0908 1 1 0.3449 0.5576 0.0975
chr6 1390041 C CCCG 0.017392 0.100 1 3 1 420 103 317 48 3 15 2 35 1 1 308 2 5 0.4660 0.0032 0.0284 5.867 2.27 3.91 -1.64 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6045 0.3938 0.0017 1 0 0.6046 0.3936 0.0018 1 0 0.6041 0.3939 0.0020
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 544 117 427 4 1 22 2 88 0 0 421 0 6 0.0342 0.0000 0.0141 4.318 1.00 3.32 -2.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.6132 0.3868 2 2 0.0000 0.1823 0.8177
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 633 150 483 60 3 35 5 47 1 1 478 0 3 0.4000 0.0021 0.0104 3.382 2.10 4.83 -2.73 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5225 0.4574 0.0200 1 0 0.5236 0.4548 0.0216 1 0 0.5243 0.4519 0.0238
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 597 132 465 99 11 12 1 9 4 2 456 2 1 0.7500 0.0086 0.0194 9.833 1.29 2.78 -1.48 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.3494 0.6506 0.0000
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.100 1 3 2 571 120 451 88 7 18 0 7 0 0 451 0 0 0.7333 0.0000 0.0000 5.667 0.32 3.71 -3.40 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.7791 0.2209 0.0000 0 0 0.9833 0.0167 0.0000
chr6 28326431 CCT C 0.006316 0.100 1 -2 4 618 178 440 90 1 2 0 85 0 0 440 0 0 0.5056 0.0000 0.0000 87.500 0.28 2.11 -1.83 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4269 0.5722 0.0009 1 1 0.4374 0.5617 0.0009 1 1 0.4504 0.5486 0.0010
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.100 1 16 3 1020 211 809 123 0 8 0 80 0 0 788 0 21 0.5829 0.0000 0.0260 25.375 0.34 10.62 -10.28 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6771 0.3195 0.0034 1 0 0.6764 0.3196 0.0040 1 0 0.6744 0.3206 0.0050
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 387 95 292 47 0 0 0 48 0 0 291 0 1 0.4947 0.0000 0.0034 95.000 0.23 1.54 -1.31 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1565 0.6109 0.2326 1 1 0.1612 0.6028 0.2360 1 1 0.1674 0.5924 0.2402
chr6 31028377 TGAGACCACCACAGCCTCTACTGAAGGCTCC T 0.500000 0.100 1 -30 1 2345 704 1641 495 12 174 6 17 48 16 1526 21 30 0.7031 0.0293 0.0701 3.058 2.58 5.18 -2.60 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 881 219 662 209 0 1 0 9 0 1 661 0 0 0.9543 0.0000 0.0015 218.000 0.38 5.11 -4.73 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.7122 0.2878 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr6 31138723 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 546 145 401 61 9 17 3 55 0 1 399 0 1 0.4207 0.0000 0.0050 7.375 1.49 2.60 -1.11 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4248 0.5274 0.0478 1 1 0.4240 0.5241 0.0519 1 1 0.4221 0.5201 0.0578
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 546 147 399 62 59 15 0 11 0 0 399 0 0 0.4218 0.0000 0.0000 8.667 1.48 2.36 -0.88 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0028 0.9972 0.0000 0 1 0.1905 0.8095 0.0000
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 645 202 443 83 2 3 2 112 0 0 443 0 0 0.4109 0.0000 0.0000 66.000 1.37 10.89 -9.52 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0024 0.2273 0.7703 1 2 0.0030 0.2339 0.7631 1 2 0.0039 0.2436 0.7525
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 518 142 376 84 0 10 0 48 0 0 371 0 5 0.5915 0.0000 0.0133 13.200 0.46 10.73 -10.26 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8450 0.1532 0.0018 1 0 0.8356 0.1621 0.0023 1 0 0.8220 0.1749 0.0031
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 455 125 330 54 0 15 0 56 0 0 329 0 1 0.4320 0.0000 0.0030 7.333 0.69 4.12 -3.44 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1416 0.6261 0.2323 1 1 0.1469 0.6169 0.2363 1 1 0.1537 0.6052 0.2411
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 275 83 192 54 0 0 0 29 0 0 192 0 0 0.6506 0.0000 0.0000 83.000 0.30 4.38 -4.08 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7941 0.2003 0.0056 1 0 0.7827 0.2106 0.0067 1 0 0.7665 0.2251 0.0084
chr6 32977921 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 597 140 457 126 1 9 0 4 0 0 457 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 14.556 0.24 3.00 -2.76 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0819 0.9181 0.0000 0 0 0.8894 0.1106 0.0000 0 0 0.9733 0.0267 0.0000
chr6 33086236 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 249 43 206 38 1 1 0 3 0 0 206 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 42.000 7.11 6.67 0.44 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0095 0.9905 0.0000 0 1 0.2244 0.7756 0.0000 0 1 0.4922 0.5078 0.0000
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 5 480 165 315 135 2 23 0 5 0 0 315 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 6.174 0.58 6.40 -5.82 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0161 0.9839 0.0000 0 0 0.8229 0.1771 0.0000 0 0 0.9694 0.0306 0.0000
chr6 35141212 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 218 58 160 28 0 2 0 28 0 0 160 0 0 0.4828 0.0000 0.0000 28.000 3.89 1.21 2.68 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2159 0.5682 0.2159 1 1 0.2185 0.5631 0.2185 1 1 0.2217 0.5567 0.2217
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.100 1 1 2 730 233 497 204 1 8 0 20 0 0 497 0 0 0.8755 0.0000 0.0000 28.000 0.47 1.40 -0.93 114 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0547 0.9453 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 913 234 679 100 9 8 0 117 0 0 678 0 1 0.4274 0.0000 0.0015 28.250 0.50 2.92 -2.42 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0449 0.6781 0.2770 1 1 0.0497 0.6651 0.2853 1 1 0.0564 0.6484 0.2952
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 348 110 238 64 0 7 0 39 0 0 236 0 2 0.5818 0.0000 0.0084 14.714 0.53 6.18 -5.65 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7392 0.2531 0.0077 1 0 0.7288 0.2621 0.0091 1 0 0.7141 0.2747 0.0112
chr6 44002766 C CGCGGCG 0.500000 0.100 1 6 1 481 117 364 74 1 37 0 5 0 0 364 0 0 0.6325 0.0000 0.0000 2.162 2.04 9.40 -7.36 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1711 0.8289 0.0000 0 0 0.6059 0.3941 0.0000
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.100 1 -6 1 487 115 372 75 1 34 0 5 0 0 372 0 0 0.6522 0.0000 0.0000 2.382 2.11 6.60 -4.49 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1799 0.8201 0.0000 0 0 0.6199 0.3801 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 742 147 595 36 4 70 0 37 0 0 569 1 25 0.2449 0.0000 0.0437 1.086 15.67 7.30 8.37 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0076 0.2479 0.7445 1 2 0.0089 0.2571 0.7339 1 2 0.0110 0.2699 0.7190
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.100 1 -15 2 752 195 557 89 0 50 1 55 1 0 551 0 5 0.4564 0.0018 0.0108 2.959 3.37 11.09 -7.72 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8016 0.1956 0.0027 1 0 0.7925 0.2041 0.0033 1 0 0.7794 0.2162 0.0044
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 134 48 86 29 2 4 0 13 0 0 86 0 0 0.6042 0.0000 0.0000 10.750 0.31 3.00 -2.69 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6875 0.2923 0.0202 1 0 0.6747 0.3025 0.0228 1 0 0.6540 0.3196 0.0264
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 813 183 630 0 0 9 2 172 0 0 622 0 8 0.0000 0.0000 0.0127 19.333 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr6 136362637 GGGCTGGAGCTGGGGCCGA G 0.500000 0.100 1 -18 4 336 164 172 112 0 49 0 3 0 0 172 0 0 0.6829 0.0000 0.0000 2.347 0.42 18.00 -17.58 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2770 0.7230 0.0000 0 0 0.9168 0.0832 0.0000 0 0 0.9710 0.0290 0.0000
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.100 1 1 1 373 113 260 4 0 1 0 108 0 0 259 0 1 0.0354 0.0000 0.0038 112.000 0.00 1.27 -1.27 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9633 0.0367 2 2 0.0000 0.2321 0.7679 2 2 0.0000 0.0615 0.9385
chr6 138882869 AAGGTAAATG A 0.500000 0.100 1 -9 1 175 54 121 47 0 3 0 4 0 0 121 0 0 0.8704 0.0000 0.0000 17.000 0.13 8.00 -7.87 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.1289 0.8711 0.0000 0 1 0.4289 0.5711 0.0000
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.100 1 6 2 395 174 221 150 1 11 0 12 0 0 221 0 0 0.8621 0.0000 0.0000 14.818 0.19 4.67 -4.47 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.4074 0.5926 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 956 249 707 115 0 13 1 120 0 0 705 0 2 0.4618 0.0000 0.0028 18.154 0.18 3.22 -3.03 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0499 0.7073 0.2428 1 1 0.0551 0.6929 0.2521 1 1 0.0623 0.6744 0.2633
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 641 239 402 124 0 36 0 79 0 0 385 0 17 0.5188 0.0000 0.0423 5.639 0.20 14.39 -14.19 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7296 0.2675 0.0028 1 0 0.7241 0.2724 0.0035 1 0 0.7156 0.2798 0.0046
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.100 1 -8 2 205 61 144 0 0 6 0 55 0 0 141 0 3 0.0000 0.0000 0.0208 9.167 8.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0480 0.9520 2 2 0.0000 0.0509 0.9491 2 2 0.0000 0.0550 0.9450
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 345 159 186 0 0 22 9 128 0 1 181 1 3 0.0000 0.0000 0.0269 6.227 3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.100 1 12 3 815 178 637 144 1 27 0 6 2 0 635 0 0 0.8090 0.0031 0.0031 5.593 0.69 4.67 -3.98 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.7229 0.2771 0.0000 0 0 0.9640 0.0360 0.0000
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 975 349 626 7 15 46 144 137 0 0 626 0 0 0.0201 0.0000 0.0000 7.333 4.29 7.53 -3.25 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9249 0.0751 2 2 0.0000 0.0692 0.9308
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 974 324 650 145 20 11 35 113 0 0 650 0 0 0.4475 0.0000 0.0000 31.000 3.43 8.71 -5.28 83 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3943 0.5946 0.0111 1 1 0.4041 0.5828 0.0131 1 1 0.4153 0.5685 0.0161
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 974 324 650 148 20 21 43 92 0 1 649 0 0 0.4568 0.0000 0.0015 40.714 3.47 7.41 -3.95 80 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.7638 0.2352 0.0010 1 0 0.7601 0.2386 0.0013 1 0 0.7539 0.2443 0.0018
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 282 97 185 0 0 10 1 86 0 0 175 1 9 0.0000 0.0000 0.0541 8.700 4.44 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0090 0.9910
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.100 1 4 1 268 93 175 34 2 21 1 35 0 2 168 0 5 0.3656 0.0000 0.0400 3.429 4.24 3.86 0.38 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1372 0.5786 0.2842 1 1 0.1418 0.5727 0.2855 1 1 0.1478 0.5653 0.2868
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.100 1 -4 1 268 99 169 42 4 20 0 33 0 0 167 1 1 0.4242 0.0000 0.0118 3.950 3.29 4.55 -1.26 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4732 0.4733 0.0535 1 1 0.4683 0.4741 0.0576 1 1 0.4613 0.4753 0.0634
chr7 5313004 TGAGGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 785 79 706 51 2 21 1 4 1 0 705 0 0 0.6456 0.0014 0.0014 2.714 2.57 6.50 -3.93 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0834 0.9166 0.0000 0 1 0.3764 0.6236 0.0000
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.100 1 -12 2 207 102 105 93 0 6 0 3 0 0 104 0 1 0.9118 0.0000 0.0095 16.000 1.28 12.33 -11.05 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0155 0.9845 0.0000 0 0 0.5953 0.4047 0.0000 0 0 0.8750 0.1250 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 618 181 437 6 0 29 8 138 0 0 437 0 0 0.0331 0.0000 0.0000 5.241 0.17 3.07 -2.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9972 0.0028 2 2 0.0000 0.2882 0.7118 2 2 0.0000 0.0379 0.9621
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.100 1 3 2 499 121 378 111 0 7 0 3 0 0 378 0 0 0.9174 0.0000 0.0000 16.286 0.32 2.67 -2.35 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2671 0.7329 0.0000 0 0 0.9129 0.0871 0.0000 0 0 0.9696 0.0304 0.0000
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 132 45 87 40 1 0 0 4 0 0 87 0 0 0.8889 0.0000 0.0000 44.000 0.20 1.25 -1.05 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1012 0.8988 0.0000 0 1 0.3608 0.6392 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 216 54 162 5 0 1 0 48 0 0 159 0 3 0.0926 0.0000 0.0185 53.000 0.00 3.40 -3.40 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9413 0.0587 2 1 0.0000 0.6757 0.3243
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 229 82 147 39 0 5 0 38 0 0 146 0 1 0.4756 0.0000 0.0068 15.400 0.23 3.16 -2.93 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2028 0.5945 0.2028 1 1 0.2063 0.5875 0.2063 1 1 0.2107 0.5786 0.2107
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 682 128 554 1 6 55 5 61 0 0 546 5 3 0.0078 0.0000 0.0144 1.333 5.00 4.93 0.07 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9819 0.0181 2 1 0.0000 0.7942 0.2058 2 2 0.0000 0.4866 0.5134
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.100 1 2 1 679 130 549 1 59 2 4 64 0 1 541 2 5 0.0077 0.0000 0.0146 38.000 5.00 4.97 0.03 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0007 0.0844 0.9149 1 2 0.0009 0.0927 0.9063 1 2 0.0013 0.1080 0.8907
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 437 147 290 27 78 37 0 5 0 0 290 0 0 0.1837 0.0000 0.0000 2.973 0.07 3.60 -3.53 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 1 0.4791 0.5209 0.0000 0 0 0.8677 0.1323 0.0000
chr7 65954366 TTTA T 0.500000 0.100 1 -3 5 437 149 288 34 2 34 9 70 0 0 288 0 0 0.2282 0.0000 0.0000 3.382 0.47 3.30 -2.83 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0472 0.9526 1 2 0.0003 0.0530 0.9467 1 2 0.0004 0.0618 0.9378
chr7 70790590 G GCCACCA 0.500000 0.100 1 6 1 867 246 621 197 0 41 0 8 1 0 619 0 1 0.8008 0.0016 0.0032 5.125 0.45 6.00 -5.55 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.5833 0.4167 0.0000 0 0 0.9793 0.0207 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 580 162 418 157 0 0 0 5 0 0 418 0 0 0.9691 0.0000 0.0000 162.000 0.26 1.20 -0.94 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0435 0.9565 0.0000 0 0 0.9256 0.0744 0.0000 0 0 0.9880 0.0120 0.0000
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 911 227 684 0 0 14 3 210 0 0 679 0 5 0.0000 0.0000 0.0073 15.143 3.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 639 164 475 137 1 22 0 4 1 1 471 0 2 0.8354 0.0021 0.0084 6.409 0.61 3.50 -2.89 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.6440 0.3560 0.0000 0 0 0.9494 0.0506 0.0000
chr7 97006108 AGCCGCCGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -12 1 486 203 283 152 1 44 0 6 0 0 282 0 1 0.7488 0.0000 0.0035 3.614 1.38 9.00 -7.62 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.5470 0.4530 0.0000 0 0 0.9494 0.0506 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 672 199 473 99 0 8 0 92 0 0 471 0 2 0.4975 0.0000 0.0042 23.875 0.31 4.21 -3.89 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2217 0.6960 0.0823 1 1 0.2291 0.6825 0.0883 1 1 0.2383 0.6651 0.0966
chr7 100071997 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 519 140 379 129 1 1 0 9 0 0 379 0 0 0.9214 0.0000 0.0000 139.000 0.26 3.22 -2.96 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0435 0.9565 0.0000 0 0 0.6299 0.3701 0.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 251 121 130 117 0 0 0 4 0 0 130 0 0 0.9669 0.0000 0.0000 121.000 0.37 35.00 -34.63 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0508 0.9492 0.0000 0 0 0.8299 0.1701 0.0000 0 0 0.9573 0.0427 0.0000
chr7 102496609 TGCCCTGG T 0.500000 0.100 1 -7 1 873 305 568 294 0 7 0 4 0 0 568 0 0 0.9639 0.0000 0.0000 42.571 0.30 7.25 -6.95 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 627 191 436 6 0 7 0 178 0 0 435 0 1 0.0314 0.0000 0.0023 26.286 0.83 3.15 -2.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9854 0.0146 2 2 0.0000 0.0723 0.9277 2 2 0.0000 0.0079 0.9921
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 434 137 297 42 0 43 1 51 0 0 295 0 2 0.3066 0.0000 0.0067 2.293 1.40 6.80 -5.40 4 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0435 0.4676 0.4889 1 2 0.0473 0.4683 0.4843 1 2 0.0528 0.4696 0.4776
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 15 1 434 137 297 57 27 34 4 15 0 0 295 0 2 0.4161 0.0000 0.0067 3.029 2.46 6.47 -4.01 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0546 0.9454 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 656 198 458 0 0 37 0 161 0 0 456 0 2 0.0000 0.0000 0.0044 4.351 16.59 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 406 192 214 147 2 33 0 10 0 0 213 0 1 0.7656 0.0000 0.0047 5.097 4.09 5.80 -1.71 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0143 0.9857 0.0000 0 0 0.5508 0.4492 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 406 204 202 89 0 27 2 86 0 0 202 0 0 0.4363 0.0000 0.0000 6.769 1.15 6.57 -5.42 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1708 0.7019 0.1274 1 1 0.1778 0.6881 0.1341 1 1 0.1867 0.6704 0.1429
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 258 76 182 42 0 2 0 32 0 0 178 0 4 0.5526 0.0000 0.0220 37.000 0.21 3.09 -2.88 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3370 0.5563 0.1068 1 1 0.3366 0.5519 0.1115 1 1 0.3357 0.5464 0.1179
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 1060 312 748 2 0 57 14 239 0 0 742 0 6 0.0064 0.0000 0.0080 4.456 0.50 3.03 -2.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1593 406 1187 172 0 24 1 209 1 0 1186 0 0 0.4236 0.0008 0.0008 16.609 0.39 1.39 -1.00 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0005 0.2443 0.7553 1 2 0.0006 0.2444 0.7550 1 2 0.0009 0.2461 0.7530
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 757 204 553 116 0 8 0 80 0 0 551 0 2 0.5686 0.0000 0.0036 24.500 0.11 4.11 -4.00 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8455 0.1535 0.0010 1 0 0.8378 0.1609 0.0013 1 0 0.8264 0.1718 0.0018
chr7 144258792 GAGGCTGTGAAACAGC G 0.500000 0.100 1 -15 3 712 238 474 194 1 4 0 39 0 0 459 1 14 0.8151 0.0000 0.0316 58.500 0.13 15.28 -15.15 134 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 1 0.0198 0.9802 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.100 1 -4 3 213 51 162 23 0 2 0 26 0 0 161 0 1 0.4510 0.0000 0.0062 24.500 0.52 4.88 -4.36 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1427 0.5421 0.3153 1 1 0.1467 0.5388 0.3144 1 1 0.1521 0.5348 0.3131
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 822 211 611 188 0 4 1 18 0 0 611 0 0 0.8910 0.0000 0.0000 51.750 0.76 1.22 -0.47 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0452 0.9548 0.0000
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 678 159 519 81 1 3 0 74 0 0 515 0 4 0.5094 0.0000 0.0077 52.000 0.33 1.57 -1.23 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2272 0.6699 0.1029 1 1 0.2332 0.6579 0.1089 1 1 0.2405 0.6426 0.1169
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 492 93 399 0 1 1 21 70 0 1 372 9 17 0.0000 0.0000 0.0677 91.000 7.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 495 91 404 0 0 6 16 69 0 2 375 12 15 0.0000 0.0000 0.0718 20.000 7.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0049 0.9951
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 509 89 420 0 0 7 5 77 0 0 347 33 40 0.0000 0.0000 0.1738 11.714 7.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 596 180 416 168 0 1 0 11 0 0 416 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 179.000 0.11 1.00 -0.89 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0352 0.9648 0.0000 0 0 0.7494 0.2506 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 846 179 667 151 2 19 0 7 0 0 667 0 0 0.8436 0.0000 0.0000 8.316 0.64 6.14 -5.51 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.5009 0.4991 0.0000 0 0 0.9397 0.0603 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.100 1 -3 1 283 89 194 0 0 4 0 85 0 0 193 0 1 0.0000 0.0000 0.0052 21.250 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0148 0.9852 2 2 0.0000 0.0161 0.9839 2 2 0.0000 0.0182 0.9818
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 619 263 356 0 0 30 1 232 0 0 356 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.767 5.93 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.100 1 -12 1 620 265 355 19 9 223 2 12 0 0 355 0 0 0.0717 0.0000 0.0000 0.175 0.79 9.33 -8.54 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.7920 0.2080 0.0000 0 1 0.2597 0.7402 0.0000 0 1 0.1607 0.8393 0.0000
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.100 1 -1 2 272 117 155 63 0 2 0 52 0 0 155 0 0 0.5385 0.0000 0.0000 57.500 0.16 4.00 -3.84 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5238 0.4494 0.0268 1 0 0.5227 0.4482 0.0291 1 0 0.5205 0.4472 0.0324
chr8 37934470 GT G 0.000907 0.100 1 -1 2 240 81 159 76 0 1 0 4 0 0 159 0 0 0.9383 0.0000 0.0000 80.000 0.21 1.00 -0.79 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8812 0.1188 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.100 1 -3 3 652 223 429 206 1 1 0 15 0 0 429 0 0 0.9238 0.0000 0.0000 222.000 0.56 3.67 -3.11 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0058 0.9942 0.0000 0 0 0.7116 0.2884 0.0000
chr8 123369933 ATCATCATCATCG A 0.500000 0.100 1 -12 1 352 128 224 70 4 5 1 48 0 0 224 0 0 0.5469 0.0000 0.0000 24.200 0.41 7.96 -7.54 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7672 0.2277 0.0051 1 0 0.7572 0.2367 0.0061 1 0 0.7431 0.2492 0.0077
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 511 126 385 0 0 31 6 89 0 0 381 0 4 0.0000 0.0000 0.0104 3.065 5.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0064 0.9936 2 2 0.0000 0.0071 0.9929 2 2 0.0000 0.0081 0.9919
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1121 262 859 101 1 41 0 119 3 1 834 0 21 0.3855 0.0035 0.0291 5.366 0.51 12.00 -11.49 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0009 0.1805 0.8186 1 2 0.0012 0.1865 0.8123 1 2 0.0016 0.1956 0.8028
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.100 1 -3 2 1057 208 849 115 0 5 0 88 0 0 848 0 1 0.5529 0.0000 0.0012 40.600 0.45 3.10 -2.65 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7047 0.2913 0.0041 1 0 0.6991 0.2960 0.0049 1 0 0.6906 0.3031 0.0063
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 1130 377 753 240 5 80 2 50 0 0 751 0 2 0.6366 0.0000 0.0027 3.712 0.19 3.12 -2.93 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 375 110 265 0 0 24 0 86 0 0 248 0 17 0.0000 0.0000 0.0642 3.583 7.78 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0068 0.9932
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 708 213 495 13 0 5 1 194 0 0 494 0 1 0.0610 0.0000 0.0020 41.600 0.23 1.80 -1.57 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9826 0.0174 2 2 0.0000 0.2362 0.7638
chr9 34893048 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 743 191 552 181 1 2 0 7 0 0 552 0 0 0.9476 0.0000 0.0000 94.500 0.17 2.00 -1.83 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.8385 0.1615 0.0000 0 0 0.9872 0.0128 0.0000
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.100 1 4 5 714 144 570 140 0 2 0 2 0 0 569 0 1 0.9722 0.0000 0.0018 71.000 1.38 4.50 -3.12 44 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6150 0.3850 0.0000 0 0 0.9781 0.0219 0.0000 0 0 0.9924 0.0076 0.0000
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.100 1 -18 3 461 156 305 110 0 33 0 13 0 0 305 0 0 0.7051 0.0000 0.0000 3.727 0.28 13.15 -12.87 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0472 0.9528 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 795 189 606 155 1 27 0 6 0 0 606 0 0 0.8201 0.0000 0.0000 6.000 0.43 6.50 -6.07 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 0 0.8021 0.1979 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000
chr9 66908681 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 3 444 160 284 115 0 2 0 43 0 0 284 0 0 0.7188 0.0000 0.0000 79.000 0.69 3.88 -3.20 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9966 0.0034 0.0000 1 0 0.9957 0.0043 0.0000 1 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 241 114 127 112 0 0 0 2 0 0 127 0 0 0.9825 0.0000 0.0000 114.000 0.17 3.00 -2.83 40 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7797 0.2203 0.0000 0 0 0.9697 0.0303 0.0000 0 0 0.9845 0.0155 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 472 129 343 0 0 3 0 126 0 0 332 0 11 0.0000 0.0000 0.0321 42.000 14.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 814 186 628 0 0 21 0 165 0 0 603 0 25 0.0000 0.0000 0.0398 7.857 10.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 544 159 385 146 1 2 0 10 0 0 385 0 0 0.9182 0.0000 0.0000 78.500 0.40 3.30 -2.90 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0354 0.9646 0.0000 0 0 0.6715 0.3285 0.0000
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 233 74 159 42 0 2 0 30 0 0 157 0 2 0.5676 0.0000 0.0126 36.000 0.24 4.90 -4.66 28 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.4536 0.4840 0.0625 1 1 0.4490 0.4843 0.0668 1 1 0.4424 0.4848 0.0728
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 305 90 215 4 0 21 6 59 0 0 213 1 1 0.0444 0.0000 0.0093 3.450 0.75 3.44 -2.69 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9961 0.0039 2 1 0.0000 0.7278 0.2722 2 2 0.0000 0.3502 0.6498
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 508 181 327 169 3 2 0 7 0 0 327 0 0 0.9337 0.0000 0.0000 89.500 0.38 7.57 -7.19 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.7570 0.2430 0.0000 0 0 0.9792 0.0208 0.0000
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 615 236 379 0 0 0 0 236 0 0 373 0 6 0.0000 0.0000 0.0158 236.000 3.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 412 96 316 55 0 7 0 34 0 0 316 0 0 0.5729 0.0000 0.0000 12.714 0.87 5.44 -4.57 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7117 0.2770 0.0113 1 0 0.7010 0.2860 0.0130 1 0 0.6859 0.2984 0.0157
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 975 153 822 0 1 44 0 108 0 3 804 7 8 0.0000 0.0000 0.0219 2.455 6.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0041 0.9959 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 531 122 409 82 0 1 0 39 0 0 408 0 1 0.6721 0.0000 0.0024 121.000 0.29 2.51 -2.22 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9462 0.0536 0.0002 1 0 0.9399 0.0597 0.0003 1 0 0.9305 0.0690 0.0005
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 956 197 759 107 0 1 0 89 0 0 757 0 2 0.5431 0.0000 0.0026 196.000 0.16 4.73 -4.57 55 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4709 0.5093 0.0197 1 1 0.4726 0.5050 0.0224 1 1 0.4735 0.5001 0.0264
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 888 221 667 132 0 2 2 85 0 0 665 2 0 0.5973 0.0000 0.0030 109.000 0.21 2.88 -2.67 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9252 0.0746 0.0002 1 0 0.9191 0.0807 0.0002 1 0 0.9100 0.0896 0.0004
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.100 1 6 1 711 148 563 11 0 12 0 125 0 0 550 0 13 0.0743 0.0000 0.0231 11.333 0.00 5.71 -5.71 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9920 0.0080 2 1 0.0000 0.5899 0.4101
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 281 119 162 0 0 5 0 114 0 0 159 0 3 0.0000 0.0000 0.0185 22.800 3.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr9 113169870 T TTTC 0.500000 0.100 1 3 5 473 116 357 53 0 25 0 38 0 0 356 0 1 0.4569 0.0000 0.0028 3.640 0.47 3.34 -2.87 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5416 0.4247 0.0338 1 0 0.5351 0.4278 0.0371 1 0 0.5258 0.4322 0.0420
chr9 120714264 A ACGG 0.500000 0.100 1 3 1 469 102 367 7 28 28 2 37 0 0 366 0 1 0.0686 0.0000 0.0027 2.643 1.71 3.32 -1.61 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1180 0.5607 0.3214 1 1 0.1226 0.5560 0.3213 1 1 0.1289 0.5502 0.3209
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 470 107 363 53 2 22 0 30 0 0 363 0 0 0.4953 0.0000 0.0000 3.864 2.72 6.83 -4.12 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7911 0.2032 0.0057 1 0 0.7797 0.2135 0.0068 1 0 0.7636 0.2279 0.0085
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 596 193 403 80 0 26 2 85 1 0 402 0 0 0.4145 0.0025 0.0025 6.423 0.64 3.81 -3.17 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0797 0.6585 0.2618 1 1 0.0853 0.6471 0.2676 1 1 0.0930 0.6326 0.2745
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 600 202 398 0 0 6 1 195 0 0 391 0 7 0.0000 0.0000 0.0176 32.667 3.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 504 131 373 0 0 15 0 116 0 0 368 0 5 0.0000 0.0000 0.0134 7.733 7.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 451 114 337 7 0 44 8 55 0 0 330 1 6 0.0614 0.0000 0.0208 1.591 1.14 5.22 -4.08 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9815 0.0185 2 1 0.0000 0.7522 0.2478
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 278 107 171 14 0 0 0 93 0 0 171 0 0 0.1308 0.0000 0.0000 107.000 0.79 1.40 -0.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9887 0.0113
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 278 107 171 14 0 0 0 93 0 0 171 0 0 0.1308 0.0000 0.0000 107.000 0.79 1.40 -0.61 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9887 0.0113
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 324 131 193 127 0 1 0 3 0 0 193 0 0 0.9695 0.0000 0.0000 130.000 0.24 2.00 -1.76 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4699 0.5301 0.0000 0 0 0.9593 0.0407 0.0000 0 0 0.9858 0.0142 0.0000
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 280 92 188 49 0 9 0 34 0 0 187 0 1 0.5326 0.0000 0.0053 9.222 0.10 2.12 -2.02 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5506 0.4151 0.0343 1 0 0.5433 0.4190 0.0377 1 0 0.5331 0.4242 0.0426
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 500 137 363 120 1 4 0 12 0 0 361 0 2 0.8759 0.0000 0.0055 33.000 0.85 13.42 -12.57 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0423 0.9577 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 263 120 143 12 5 22 1 80 0 0 143 0 0 0.1000 0.0000 0.0000 4.409 0.33 3.02 -2.69 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014
chr10 5748003 CCTGCCTCAG C 0.046274 0.100 1 -9 1 807 152 655 8 0 6 0 138 0 0 641 0 14 0.0526 0.0000 0.0214 24.333 0.00 8.55 -8.55 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9811 0.0189 2 1 0.0000 0.6865 0.3135
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 241 84 157 32 0 1 0 51 0 0 156 0 1 0.3810 0.0000 0.0064 83.000 0.34 4.18 -3.83 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0372 0.5037 0.4590 1 1 0.0422 0.5120 0.4458 1 1 0.0495 0.5227 0.4278
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.100 1 6 6 859 232 627 115 1 27 1 88 0 0 618 1 8 0.4957 0.0000 0.0144 7.846 0.45 5.68 -5.23 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5159 0.4709 0.0132 1 0 0.5173 0.4675 0.0152 1 0 0.5177 0.4640 0.0183
chr10 25025349 TAGAG T 0.000314 0.100 1 -4 2 548 142 406 134 0 4 0 4 0 0 406 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 34.500 0.31 4.50 -4.19 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.100 1 1 1 523 135 388 73 0 2 0 60 0 0 388 0 0 0.5407 0.0000 0.0000 66.500 0.55 1.20 -0.65 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5430 0.4356 0.0213 1 0 0.5417 0.4348 0.0235 1 0 0.5391 0.4342 0.0267
chr10 63208190 ACTAAAC A 0.035276 0.100 1 -6 1 859 209 650 96 0 6 0 107 0 0 642 0 8 0.4593 0.0000 0.0123 33.833 0.17 6.04 -5.87 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0459 0.8814 0.0726 1 1 0.0530 0.8745 0.0725 1 1 0.0637 0.8645 0.0718
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 427 107 320 53 0 24 1 29 0 0 320 0 0 0.4953 0.0000 0.0000 3.458 0.55 3.24 -2.69 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8436 0.1547 0.0017 1 0 0.8357 0.1623 0.0020 1 0 0.8245 0.1730 0.0025
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 682 163 519 156 0 3 0 4 0 0 518 0 1 0.9571 0.0000 0.0019 53.333 0.92 6.00 -5.08 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1098 0.8902 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 365 97 268 0 0 9 0 88 0 0 260 1 7 0.0000 0.0000 0.0299 9.778 6.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0087 0.9913 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0109 0.9891
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.100 1 18 1 468 141 327 83 0 17 0 41 0 0 310 0 17 0.5887 0.0000 0.0520 7.294 0.96 10.80 -9.84 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8545 0.1454 0.0001 1 0 0.8490 0.1509 0.0001 1 0 0.8411 0.1587 0.0001
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 219 72 147 0 0 2 0 70 0 0 147 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 35.000 2.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0107 0.9893 2 2 0.0000 0.0115 0.9885 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 385 129 256 0 0 16 2 111 0 0 256 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 6.938 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.100 1 21 2 725 146 579 134 0 8 0 4 1 0 576 0 2 0.9178 0.0017 0.0052 17.250 0.67 17.50 -16.83 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0107 0.9893 0.0000 0 0 0.9072 0.0928 0.0000 0 0 0.9903 0.0097 0.0000
chr10 127738728 G GGCC 0.003313 0.100 1 3 1 423 115 308 63 0 5 0 47 0 0 306 1 1 0.5478 0.0000 0.0065 22.000 0.46 3.36 -2.90 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6979 0.3020 0.0001 1 0 0.6953 0.3046 0.0002 1 0 0.6913 0.3085 0.0002
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 438 151 287 93 0 7 0 51 0 0 286 0 1 0.6159 0.0000 0.0035 20.571 0.46 1.43 -0.97 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9343 0.0654 0.0003 1 0 0.9276 0.0720 0.0004 1 0 0.9176 0.0819 0.0006
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 800 180 620 8 0 7 1 164 0 0 613 0 7 0.0444 0.0000 0.0113 24.714 0.12 3.29 -3.16 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.6408 0.3592 2 2 0.0000 0.0718 0.9282
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 278 98 180 55 0 0 0 43 0 0 180 0 0 0.5612 0.0000 0.0000 98.000 0.49 2.26 -1.76 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5125 0.4502 0.0373 1 0 0.5085 0.4510 0.0405 1 0 0.5025 0.4523 0.0452
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 527 177 350 78 1 8 2 88 0 0 347 0 3 0.4407 0.0000 0.0086 21.000 1.03 1.99 -0.96 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0709 0.7526 0.1766 1 1 0.0788 0.7447 0.1765 1 1 0.0902 0.7341 0.1757
chr11 1190500 CCCAGCACAACCTCTGCCCCTACAA C 0.141961 0.100 1 -24 1 3503 791 2712 527 10 222 6 26 5 6 2701 0 0 0.6662 0.0018 0.0041 2.543 1.48 12.69 -11.22 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2167 0.7833 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1086 247 839 143 2 95 0 7 0 0 838 0 1 0.5789 0.0000 0.0012 1.589 0.64 1.00 -0.36 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1897 0.8103 0.0000 0 0 0.8487 0.1513 0.0000
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 558 140 418 65 2 28 1 44 2 0 404 0 12 0.4643 0.0048 0.0335 3.929 1.02 12.07 -11.05 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5532 0.4293 0.0175 1 0 0.5529 0.4280 0.0191 1 0 0.5518 0.4268 0.0214
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 343 104 239 0 0 4 0 100 0 0 237 0 2 0.0000 0.0000 0.0084 25.000 2.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0055 0.9945 2 2 0.0000 0.0061 0.9939 2 2 0.0000 0.0070 0.9930
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 685 215 470 200 0 4 0 11 0 0 470 0 0 0.9302 0.0000 0.0000 52.750 0.20 1.45 -1.26 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1546 0.8454 0.0000 0 0 0.9342 0.0658 0.0000
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 231 81 150 0 1 2 75 3 0 0 149 1 0 0.0000 0.0000 0.0067 4.000 2.00 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1348 0.8652 2 2 0.0000 0.1001 0.8999 2 2 0.0000 0.0875 0.9125
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 230 81 149 0 0 3 1 77 0 0 148 0 1 0.0000 0.0000 0.0067 78.000 2.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0193 0.9807
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 911 224 687 206 0 7 0 11 0 0 687 0 0 0.9196 0.0000 0.0000 36.167 0.32 1.91 -1.59 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2017 0.7983 0.0000 0 0 0.9510 0.0490 0.0000
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 507 137 370 70 0 2 0 65 0 0 369 0 1 0.5109 0.0000 0.0027 67.500 1.29 2.25 -0.96 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2455 0.6434 0.1111 1 1 0.2502 0.6330 0.1168 1 1 0.2558 0.6199 0.1243
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1141 262 879 129 0 8 0 125 0 0 866 0 13 0.4924 0.0000 0.0148 31.750 0.32 5.81 -5.49 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0400 0.7222 0.2378 1 1 0.0447 0.7069 0.2484 1 1 0.0515 0.6872 0.2613
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 848 227 621 97 0 12 1 117 0 0 620 1 0 0.4273 0.0000 0.0016 17.917 0.30 1.62 -1.32 29 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0078 0.3933 0.5989 1 2 0.0092 0.3937 0.5972 1 2 0.0114 0.3951 0.5935
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.100 1 4 1 1260 306 954 160 0 17 1 128 0 0 949 0 5 0.5229 0.0000 0.0052 17.000 0.16 4.41 -4.24 50 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6084 0.3882 0.0035 1 0 0.6101 0.3857 0.0042 1 0 0.6106 0.3839 0.0055
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 556 118 438 110 0 3 0 5 0 0 438 0 0 0.9322 0.0000 0.0000 38.333 0.15 2.20 -2.05 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 0 0.5428 0.4572 0.0000 0 0 0.8937 0.1063 0.0000
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 740 124 616 65 0 6 0 53 0 0 616 0 0 0.5242 0.0000 0.0000 19.667 1.03 4.13 -3.10 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4590 0.4985 0.0425 1 1 0.4567 0.4970 0.0464 1 1 0.4527 0.4954 0.0519
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 875 158 717 0 0 15 1 142 0 0 694 0 23 0.0000 0.0000 0.0321 9.533 9.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr11 6641514 C CCAG 0.500000 0.100 1 3 5 680 183 497 70 5 23 0 85 0 1 493 0 3 0.3825 0.0000 0.0080 6.957 0.27 3.02 -2.75 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0363 0.5478 0.4159 1 1 0.0400 0.5425 0.4175 1 1 0.0454 0.5361 0.4185
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 321 156 165 76 0 29 0 51 0 0 164 0 1 0.4872 0.0000 0.0061 4.379 0.47 4.02 -3.55 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7376 0.2561 0.0063 1 0 0.7282 0.2643 0.0075 1 0 0.7148 0.2758 0.0094
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 624 140 484 1 10 40 10 79 0 0 477 0 7 0.0071 0.0000 0.0145 2.500 0.00 5.11 -5.11 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.8833 0.1167
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 9 1 624 140 484 16 32 40 1 51 0 1 477 1 5 0.1143 0.0000 0.0145 2.500 4.56 7.39 -2.83 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0655 0.5397 0.3947 1 1 0.0701 0.5361 0.3938 1 1 0.0764 0.5316 0.3919
chr11 12294797 GCTCCTC G 0.500000 0.100 1 -6 1 624 155 469 109 0 38 0 8 0 0 469 0 0 0.7032 0.0000 0.0000 3.079 4.56 5.88 -1.32 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0443 0.9557 0.0000 0 0 0.5393 0.4607 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 210 82 128 72 0 2 0 8 0 0 128 0 0 0.8780 0.0000 0.0000 40.000 0.47 2.88 -2.40 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 1 0.1639 0.8361 0.0000
chr11 18105983 A ACCTCCT 0.500000 0.100 1 6 2 395 194 201 159 1 27 0 7 0 0 201 0 0 0.8196 0.0000 0.0000 6.185 1.30 6.00 -4.70 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 0 0.6296 0.3704 0.0000 0 0 0.9632 0.0368 0.0000
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 394 181 213 96 0 22 0 63 0 0 210 0 3 0.5304 0.0000 0.0141 7.227 0.76 3.32 -2.56 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8137 0.1841 0.0021 1 0 0.8049 0.1924 0.0026 1 0 0.7922 0.2043 0.0035
chr11 46703166 CAGTGGTGACAGA C 0.500000 0.100 1 -12 1 308 69 239 2 0 4 0 63 0 0 233 0 6 0.0290 0.0000 0.0251 16.250 0.00 11.30 -11.30 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7167 0.2833 2 2 0.0000 0.2114 0.7886 2 2 0.0000 0.1126 0.8874
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 233 89 144 43 1 2 0 43 0 0 142 0 2 0.4831 0.0000 0.0139 43.500 0.47 6.53 -6.07 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1774 0.6062 0.2164 1 1 0.1817 0.5984 0.2199 1 1 0.1872 0.5885 0.2243
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 822 231 591 139 0 6 0 86 0 0 586 0 5 0.6017 0.0000 0.0085 37.500 0.37 3.35 -2.97 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9497 0.0503 0.0001 1 0 0.9447 0.0552 0.0001 1 0 0.9372 0.0627 0.0002
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1242 298 944 0 0 7 1 290 0 0 938 0 6 0.0000 0.0000 0.0064 41.571 2.36 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 56613070 CCAGA C 0.500000 0.100 1 -4 1 1181 263 918 158 1 17 0 87 0 0 914 0 4 0.6008 0.0000 0.0044 14.471 0.19 4.10 -3.91 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 1 0 0.9906 0.0094 0.0000 1 0 0.9882 0.0118 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 64 32 32 6 0 0 0 26 0 0 31 0 1 0.1875 0.0000 0.0312 32.000 0.00 2.15 -2.15 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0017 0.8887 0.1096 2 1 0.0007 0.9564 0.0429 2 1 0.0003 0.9155 0.0842
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 949 174 775 21 1 36 4 112 0 0 710 0 65 0.1207 0.0000 0.0839 3.778 0.10 6.14 -6.05 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9928 0.0072
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 1006 262 744 0 0 2 2 258 0 0 744 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 130.000 2.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 75162709 GCACAGAAAA G 0.500000 0.100 1 -9 3 266 128 138 123 0 3 0 2 0 0 138 0 0 0.9609 0.0000 0.0000 41.667 0.16 4.50 -4.34 47 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8612 0.1388 0.0000 0 0 0.9823 0.0177 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.100 1 -22 2 340 114 226 102 0 4 0 8 0 0 226 0 0 0.8947 0.0000 0.0000 27.500 0.18 19.62 -19.45 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0316 0.9684 0.0000 0 1 0.4539 0.5461 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 126 58 68 5 0 0 0 53 0 0 68 0 0 0.0862 0.0000 0.0000 58.000 0.60 2.98 -2.38 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9352 0.0648 2 1 0.0000 0.6536 0.3464
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 571 155 416 82 0 2 0 71 0 0 413 0 3 0.5290 0.0000 0.0072 76.500 0.43 4.08 -3.66 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3175 0.6175 0.0650 1 1 0.3215 0.6085 0.0700 1 1 0.3259 0.5972 0.0769
chr11 89875640 GC G 0.500000 0.100 1 -1 3 721 102 619 99 0 0 0 3 0 0 619 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 102.000 0.31 1.33 -1.02 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1667 0.8333 0.0000 0 0 0.8523 0.1477 0.0000 0 0 0.9468 0.0532 0.0000
chr11 89875823 GT G 0.500000 0.100 1 -1 1 627 282 345 270 0 3 0 9 0 0 345 0 0 0.9574 0.0000 0.0000 93.000 0.45 1.44 -0.99 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.9805 0.0195 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1325 382 943 0 2 82 5 293 0 0 941 0 2 0.0000 0.0000 0.0021 3.610 7.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 826 249 577 99 1 37 0 112 0 0 576 0 1 0.3976 0.0000 0.0017 5.730 0.88 10.54 -9.66 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0290 0.5940 0.3771 1 1 0.0324 0.5851 0.3825 1 1 0.0375 0.5741 0.3884
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 298 122 176 72 0 6 0 44 0 0 176 0 0 0.5902 0.0000 0.0000 19.333 0.15 7.61 -7.46 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8170 0.1799 0.0032 1 0 0.8067 0.1894 0.0039 1 0 0.7921 0.2029 0.0051
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 447 161 286 149 0 7 0 5 0 0 286 0 0 0.9255 0.0000 0.0000 25.667 0.37 5.40 -5.03 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0273 0.9727 0.0000 0 0 0.8873 0.1127 0.0000 0 0 0.9815 0.0185 0.0000
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 240 94 146 46 1 13 0 34 0 0 146 0 0 0.4894 0.0000 0.0000 6.231 0.15 3.12 -2.97 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5266 0.4331 0.0403 1 0 0.5199 0.4361 0.0439 1 0 0.5106 0.4403 0.0491
chr11 130121757 TGAAGAG T 0.500000 0.100 1 -6 1 220 77 143 66 0 8 0 3 0 0 143 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 8.625 0.29 4.67 -4.38 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0354 0.9646 0.0000 0 0 0.5255 0.4745 0.0000 0 0 0.7820 0.2180 0.0000
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 445 120 325 6 0 14 1 99 0 0 325 0 0 0.0500 0.0000 0.0000 7.571 2.00 3.80 -1.80 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.7979 0.2021 2 2 0.0000 0.2672 0.7328
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 350 99 251 95 0 1 0 3 0 0 251 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 98.000 1.79 1.67 0.12 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3011 0.6989 0.0000 0 0 0.9236 0.0764 0.0000 0 0 0.9739 0.0261 0.0000
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 350 133 217 7 0 0 0 126 0 0 213 1 3 0.0526 0.0000 0.0184 133.000 1.43 1.91 -0.48 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6405 0.3595 2 2 0.0000 0.1005 0.8995
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 559 146 413 12 1 25 1 107 0 0 402 0 11 0.0822 0.0000 0.0266 4.840 0.42 3.12 -2.70 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9436 0.0564
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 575 138 437 127 0 2 0 9 0 0 437 0 0 0.9203 0.0000 0.0000 68.000 0.65 3.00 -2.35 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2082 0.7918 0.0000 0 0 0.9070 0.0930 0.0000
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 583 141 442 131 0 1 0 9 0 1 441 0 0 0.9291 0.0000 0.0023 140.000 0.65 3.00 -2.35 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2498 0.7502 0.0000 0 0 0.9251 0.0749 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 453 157 296 46 0 26 4 81 0 0 295 0 1 0.2930 0.0000 0.0034 5.240 0.50 3.15 -2.65 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0003 0.0632 0.9365 1 2 0.0004 0.0696 0.9300 1 2 0.0006 0.0791 0.9203
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 3632 890 2742 469 2 10 1 408 0 1 2731 0 10 0.5270 0.0000 0.0040 88.000 2.00 4.22 -2.22 87 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4395 0.5605 0.0000 1 1 0.4712 0.5288 0.0000 1 0 0.5082 0.4917 0.0001
chr12 8946399 G GAAC 0.112820 0.100 1 3 3 184 64 120 4 0 7 0 53 0 0 118 0 2 0.0625 0.0000 0.0167 8.143 0.25 2.57 -2.32 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9727 0.0273 2 1 0.0000 0.8766 0.1234
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 260 98 162 89 0 4 0 5 0 0 161 0 1 0.9082 0.0000 0.0062 23.500 0.10 5.00 -4.90 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1238 0.8762 0.0000 0 0 0.6116 0.3884 0.0000
chr12 12477731 TGCACGCTGG T 0.037387 0.100 1 -9 1 719 199 520 87 1 35 0 76 0 0 514 0 6 0.4372 0.0000 0.0115 4.686 0.23 7.92 -7.69 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4289 0.5660 0.0051 1 1 0.4386 0.5560 0.0054 1 1 0.4504 0.5437 0.0059
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.100 1 -5 3 715 195 520 107 8 4 10 66 0 0 520 0 0 0.5487 0.0000 0.0000 47.250 0.22 9.11 -8.88 31 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9451 0.0549 0.0000 1 0 0.9410 0.0590 0.0000 1 0 0.9349 0.0651 0.0000
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.100 1 -4 1 710 189 521 103 7 3 10 66 0 0 521 0 0 0.5450 0.0000 0.0000 62.000 0.26 9.11 -8.84 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9225 0.0775 0.0000 1 0 0.9178 0.0821 0.0000 1 0 0.9110 0.0890 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 277 133 144 5 0 9 3 116 0 0 144 0 0 0.0376 0.0000 0.0000 13.778 2.00 4.16 -2.16 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9864 0.0136 2 2 0.0000 0.2021 0.7979 2 2 0.0000 0.0350 0.9650
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 462 99 363 94 1 0 0 4 0 0 363 0 0 0.9495 0.0000 0.0000 99.000 0.18 3.75 -3.57 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0259 0.9741 0.0000 0 0 0.7123 0.2877 0.0000 0 0 0.9215 0.0785 0.0000
chr12 40473230 AAC A 0.000006 0.100 1 -2 1 305 143 162 128 0 6 0 9 0 0 162 0 0 0.8951 0.0000 0.0000 22.833 0.13 2.22 -2.09 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1913 0.8087 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1593 292 1301 15 0 135 1 141 0 0 1206 0 95 0.0514 0.0000 0.0730 1.156 0.73 4.85 -4.12 3 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9832 0.0168 2 2 0.0000 0.1257 0.8743
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1156 297 859 12 0 70 0 215 0 0 850 0 9 0.0404 0.0000 0.0105 3.243 0.17 12.63 -12.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9897 0.0103 2 2 0.0000 0.4533 0.5467
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 328 85 243 76 1 4 0 4 0 0 243 0 0 0.8941 0.0000 0.0000 20.250 0.08 2.00 -1.92 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0168 0.9832 0.0000 0 0 0.6058 0.3942 0.0000 0 0 0.8813 0.1187 0.0000
chr12 55365407 AT A 0.002763 0.100 1 -1 1 707 146 561 131 1 9 0 5 0 0 561 0 0 0.8973 0.0000 0.0000 15.222 0.22 1.20 -0.98 55 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8406 0.1594 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 125 70 55 64 0 3 0 3 0 0 55 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 22.333 0.31 1.33 -1.02 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0184 0.9816 0.0000 0 1 0.3613 0.6387 0.0000 0 0 0.6474 0.3526 0.0000
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 355 99 256 87 0 4 0 8 0 0 256 0 0 0.8788 0.0000 0.0000 23.750 1.06 3.50 -2.44 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 1 0.3711 0.6289 0.0000
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.100 1 -1 1 253 78 175 7 40 22 5 4 0 0 174 1 0 0.0897 0.0000 0.0057 2.286 4.43 2.50 1.93 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 1 0.0349 0.9651 0.0000 0 1 0.2528 0.7472 0.0000
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 133 51 82 27 0 4 0 20 0 0 81 0 1 0.5294 0.0000 0.0122 11.750 0.37 3.15 -2.78 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4295 0.4883 0.0822 1 1 0.4268 0.4877 0.0855 1 1 0.4229 0.4871 0.0900
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1129 312 817 0 0 35 1 276 0 0 815 0 2 0.0000 0.0000 0.0024 7.914 3.56 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.100 1 -1 1 152 72 80 36 2 4 0 30 0 0 80 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 17.000 0.08 1.10 -1.02 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5001 0.4560 0.0439 1 0 0.4978 0.4559 0.0463 1 0 0.4943 0.4560 0.0497
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 1 467 132 335 78 9 37 1 7 0 0 335 0 0 0.5909 0.0000 0.0000 2.541 0.41 2.71 -2.30 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0207 0.9793 0.0000 0 1 0.3139 0.6861 0.0000
chr12 103947409 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 485 118 367 43 0 9 0 66 0 0 367 0 0 0.3644 0.0000 0.0000 12.111 0.49 3.09 -2.60 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0077 0.2568 0.7355 1 2 0.0091 0.2657 0.7253 1 2 0.0112 0.2779 0.7109
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 374 98 276 0 0 10 2 86 0 0 275 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 9.667 3.95 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0103 0.9897 2 2 0.0000 0.0113 0.9887 2 2 0.0000 0.0128 0.9872
chr12 108623874 GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT G 0.500000 0.100 1 -30 1 1867 631 1236 519 2 94 0 16 6 5 1211 4 10 0.8225 0.0049 0.0202 5.702 1.25 17.12 -15.87 153 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0195 0.9805 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 625 177 448 0 0 21 1 155 0 0 448 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.429 4.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 281 143 138 131 0 0 0 12 0 0 137 0 1 0.9161 0.0000 0.0072 143.000 0.61 2.33 -1.72 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.1209 0.8791 0.0000
chr12 113180950 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 276 118 158 106 2 6 0 4 0 0 158 0 0 0.8983 0.0000 0.0000 18.667 0.23 3.00 -2.77 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0329 0.9671 0.0000 0 0 0.7569 0.2431 0.0000 0 0 0.9355 0.0645 0.0000
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 226 84 142 42 0 8 0 34 0 0 142 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 9.500 0.45 5.74 -5.28 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3996 0.5201 0.0803 1 1 0.3970 0.5181 0.0849 1 1 0.3930 0.5158 0.0912
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.100 1 3 2 457 124 333 42 28 16 16 22 0 1 331 0 1 0.3387 0.0000 0.0060 6.250 2.36 4.18 -1.82 18 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8865 0.1122 0.0013 1 0 0.8771 0.1213 0.0017 1 0 0.8634 0.1343 0.0023
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 352 114 238 0 0 13 0 101 0 0 232 0 6 0.0000 0.0000 0.0252 7.769 5.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 326 83 243 0 0 5 0 78 0 0 231 0 12 0.0000 0.0000 0.0494 15.600 12.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0101 0.9899 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0125 0.9875
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 732 196 536 0 1 26 0 169 0 0 508 0 28 0.0000 0.0000 0.0522 6.800 8.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 124402512 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 3 261 99 162 64 0 26 0 9 0 0 162 0 0 0.6465 0.0000 0.0000 2.808 0.67 8.11 -7.44 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.0652 0.9348 0.0000
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 186 60 126 49 1 6 0 4 0 0 126 0 0 0.8167 0.0000 0.0000 9.000 1.04 5.25 -4.21 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1467 0.8533 0.0000 0 1 0.4649 0.5351 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 234 63 171 0 0 1 2 60 0 0 166 1 4 0.0000 0.0000 0.0292 61.000 9.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0325 0.9675 2 2 0.0000 0.0347 0.9653 2 2 0.0000 0.0381 0.9619
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 619 177 442 143 2 26 1 5 0 0 442 0 0 0.8079 0.0000 0.0000 5.808 0.66 2.40 -1.74 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 0 0.7816 0.2184 0.0000 0 0 0.9667 0.0333 0.0000
chr13 21172461 TG T 0.091820 0.100 1 -1 2 340 177 163 87 0 30 1 59 0 0 163 0 0 0.4915 0.0000 0.0000 4.900 0.34 1.27 -0.93 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8669 0.1327 0.0004 1 0 0.8610 0.1385 0.0005 1 0 0.8525 0.1469 0.0006
chr13 42888298 T TTCAGG 0.039508 0.100 1 5 1 183 70 113 38 0 5 0 27 0 0 113 0 0 0.5429 0.0000 0.0000 13.000 0.55 4.78 -4.23 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6730 0.3239 0.0031 1 0 0.6688 0.3278 0.0034 1 0 0.6630 0.3332 0.0037
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 651 175 476 73 0 36 0 66 2 2 467 1 4 0.4171 0.0042 0.0189 3.861 1.08 6.30 -5.22 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4123 0.5686 0.0191 1 1 0.4201 0.5597 0.0202 1 1 0.4295 0.5487 0.0218
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 670 92 578 0 0 10 0 82 0 0 572 0 6 0.0000 0.0000 0.0104 8.200 5.28 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0025 0.9975 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0031 0.9969
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 600 151 449 142 0 3 0 6 0 0 449 0 0 0.9404 0.0000 0.0000 49.333 0.80 4.17 -3.37 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 0 0.6692 0.3308 0.0000 0 0 0.9543 0.0457 0.0000
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 1052 248 804 42 1 5 1 199 0 0 801 0 3 0.1694 0.0000 0.0037 48.400 0.07 1.92 -1.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 844 235 609 0 0 19 1 215 0 0 608 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 11.368 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 415 112 303 0 0 1 0 111 0 0 293 0 10 0.0000 0.0000 0.0330 111.000 17.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 413 85 328 43 0 5 0 37 0 0 328 0 0 0.5059 0.0000 0.0000 16.000 0.49 1.51 -1.03 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2253 0.6143 0.1604 1 1 0.2245 0.6081 0.1674 1 1 0.2232 0.6001 0.1767
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 1224 313 911 29 0 14 0 270 0 0 901 0 10 0.0927 0.0000 0.0110 21.357 0.59 3.20 -2.61 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 546 132 414 120 0 6 0 6 0 0 414 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 21.000 0.34 3.00 -2.66 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0019 0.9981 0.0000 0 0 0.6410 0.3590 0.0000 0 0 0.9501 0.0499 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 555 142 413 7 4 18 1 112 0 0 409 0 4 0.0493 0.0000 0.0097 6.611 0.14 2.96 -2.81 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9040 0.0960 2 2 0.0000 0.3365 0.6635
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 487 121 366 0 0 10 0 111 0 0 365 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 11.100 5.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.100 1 -3 1 606 171 435 9 0 15 4 143 0 0 435 0 0 0.0526 0.0000 0.0000 10.267 0.89 3.39 -2.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9931 0.0069 2 1 0.0000 0.7981 0.2019
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 746 198 548 2 11 24 9 152 0 0 548 0 0 0.0101 0.0000 0.0000 16.900 0.00 3.93 -3.93 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6098 0.3902 2 2 0.0000 0.0633 0.9367 2 2 0.0000 0.0150 0.9850
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 742 195 547 3 1 23 12 156 0 0 546 1 0 0.0154 0.0000 0.0018 8.579 0.00 3.98 -3.98 3 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1782 0.8218 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0017 0.9983
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 319 56 263 16 5 5 2 28 0 0 261 0 2 0.2857 0.0000 0.0076 12.500 3.25 3.61 -0.36 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0898 0.5079 0.4023 1 1 0.0954 0.5091 0.3955 1 1 0.1032 0.5106 0.3862
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 331 59 272 26 4 5 1 23 0 0 272 0 0 0.4407 0.0000 0.0000 13.250 2.23 4.39 -2.16 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4319 0.4907 0.0774 1 1 0.4296 0.4898 0.0807 1 1 0.4261 0.4887 0.0851
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.100 1 -1 1 317 87 230 42 1 1 0 43 0 1 226 0 3 0.4828 0.0000 0.0174 86.000 0.31 1.23 -0.92 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3103 0.6482 0.0415 1 1 0.3189 0.6392 0.0419 1 1 0.3300 0.6275 0.0425
chr14 33800596 C CGGCGGG 0.000513 0.100 1 6 2 591 125 466 96 4 16 1 8 0 0 466 0 0 0.7680 0.0000 0.0000 6.750 0.96 6.00 -5.04 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.9533 0.0467 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 667 154 513 0 2 27 3 122 0 0 497 1 15 0.0000 0.0000 0.0312 4.667 6.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr14 69573086 CGCG C 0.132029 0.100 1 -3 2 735 187 548 0 3 33 143 8 0 0 540 8 0 0.0000 0.0000 0.0146 4.656 4.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0147 0.9853 2 2 0.0000 0.0080 0.9920 2 2 0.0000 0.0069 0.9931
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 738 192 546 0 1 34 6 151 0 0 537 0 9 0.0000 0.0000 0.0165 4.697 7.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr14 73522668 CG C 0.000052 0.100 1 -1 3 638 172 466 90 0 3 0 79 0 0 465 0 1 0.5233 0.0000 0.0021 56.333 0.33 1.32 -0.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5393 0.4607 0.0000 1 0 0.5455 0.4545 0.0000 1 0 0.5526 0.4474 0.0000
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 444 124 320 42 1 17 3 61 0 0 319 1 0 0.3387 0.0000 0.0031 6.235 1.55 4.74 -3.19 14 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0138 0.3297 0.6566 1 2 0.0160 0.3384 0.6456 1 2 0.0194 0.3504 0.6302
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 430 107 323 38 2 2 11 54 1 1 320 0 1 0.3551 0.0031 0.0093 99.000 1.32 4.94 -3.63 16 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0094 0.2753 0.7154 1 2 0.0110 0.2849 0.7041 1 2 0.0136 0.2981 0.6883
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 510 163 347 133 1 20 0 9 1 0 346 0 0 0.8160 0.0029 0.0029 7.150 0.47 3.33 -2.87 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0314 0.9686 0.0000 0 0 0.5457 0.4543 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 378 121 257 79 0 2 0 40 0 0 255 0 2 0.6529 0.0000 0.0078 59.500 0.53 8.88 -8.34 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9308 0.0689 0.0004 1 0 0.9242 0.0753 0.0005 1 0 0.9144 0.0849 0.0007
chr14 95436970 TAGA T 0.126266 0.100 1 -3 1 172 70 102 63 0 3 0 4 0 0 102 0 0 0.9000 0.0000 0.0000 22.333 0.21 3.00 -2.79 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0231 0.9769 0.0000 0 0 0.6947 0.3053 0.0000 0 0 0.9187 0.0813 0.0000
chr14 100884333 C CTCT 0.265959 0.100 1 3 1 630 137 493 66 0 5 0 66 0 0 491 0 2 0.4818 0.0000 0.0041 26.400 0.35 2.91 -2.56 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2108 0.6756 0.1136 1 1 0.2195 0.6641 0.1164 1 1 0.2307 0.6493 0.1200
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.100 1 -3 2 433 125 308 44 0 17 0 64 0 0 307 0 1 0.3520 0.0000 0.0032 6.353 0.43 4.22 -3.79 12 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0229 0.4301 0.5470 1 2 0.0264 0.4382 0.5354 1 2 0.0316 0.4491 0.5193
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.100 1 -6 1 3714 593 3121 181 9 98 11 294 58 70 2820 121 52 0.3052 0.0186 0.0964 5.223 1.76 5.93 -4.16 85 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0001 0.9999 1 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 312 94 218 39 0 10 2 43 0 1 217 0 0 0.4149 0.0000 0.0046 8.400 2.56 4.30 -1.74 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2017 0.6447 0.1536 1 1 0.2096 0.6368 0.1536 1 1 0.2201 0.6266 0.1533
chr15 22866845 TAAGA T 0.262722 0.100 1 -4 5 299 60 239 30 0 2 0 28 0 0 239 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 29.000 0.70 4.11 -3.41 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3679 0.5439 0.0882 1 1 0.3702 0.5397 0.0901 1 1 0.3729 0.5345 0.0926
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 721 112 609 0 0 3 1 108 0 6 537 50 16 0.0000 0.0000 0.1182 54.500 3.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.100 1 -1 2 2147 598 1549 0 0 16 3 579 0 1 1521 9 18 0.0000 0.0000 0.0181 41.571 4.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 509 131 378 30 0 0 0 101 0 0 377 0 1 0.2290 0.0000 0.0026 131.000 0.03 1.96 -1.93 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0045 0.9955 1 2 0.0000 0.2414 0.7586 2 1 0.0000 0.9914 0.0086
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 222 84 138 2 0 3 51 28 0 0 134 1 3 0.0238 0.0000 0.0290 15.500 1.50 1.50 0.00 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7637 0.2363 2 2 0.0000 0.2711 0.7289 2 2 0.0000 0.1534 0.8466
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 222 86 136 2 0 32 2 50 0 0 134 1 1 0.0233 0.0000 0.0147 1.742 1.50 2.70 -1.20 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7692 0.2308 2 2 0.0000 0.2579 0.7421 2 2 0.0000 0.1379 0.8621
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 701 152 549 46 2 35 2 67 0 1 546 1 1 0.3026 0.0000 0.0055 3.343 0.80 4.33 -3.52 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0043 0.2232 0.7725 1 2 0.0051 0.2302 0.7648 1 2 0.0062 0.2401 0.7537
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 459 164 295 85 0 2 0 77 0 0 294 0 1 0.5183 0.0000 0.0034 81.000 1.68 2.36 -0.68 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3586 0.5968 0.0445 1 1 0.3650 0.5872 0.0478 1 1 0.3724 0.5752 0.0524
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 514 158 356 84 0 8 2 64 0 0 349 0 7 0.5316 0.0000 0.0197 18.750 0.20 4.77 -4.56 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4583 0.5133 0.0284 1 1 0.4609 0.5081 0.0311 1 1 0.4632 0.5019 0.0349
chr15 68945663 AGTAC A 0.000002 0.100 1 -4 1 436 108 328 97 0 4 0 7 0 0 328 0 0 0.8981 0.0000 0.0000 26.000 0.32 4.00 -3.68 63 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9247 0.0753 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 128 55 73 4 0 2 0 49 0 0 72 0 1 0.0727 0.0000 0.0137 26.500 0.00 3.20 -3.20 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.8668 0.1332 2 1 0.0000 0.5629 0.4371
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.100 1 -3 1 290 143 147 76 1 0 0 66 0 0 145 0 2 0.5315 0.0000 0.0136 142.000 0.41 3.29 -2.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2970 0.6256 0.0774 1 1 0.2993 0.6174 0.0833 1 1 0.3014 0.6071 0.0915
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 470 124 346 43 1 8 4 68 1 0 342 0 3 0.3468 0.0029 0.0116 14.500 0.77 5.01 -4.25 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0016 0.1344 0.8640 1 2 0.0019 0.1428 0.8553 1 2 0.0026 0.1548 0.8426
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.100 1 3 3 410 154 256 145 0 1 0 8 0 0 256 0 0 0.9416 0.0000 0.0000 153.000 0.87 3.12 -2.26 61 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.4136 0.5864 0.0000 0 0 0.9442 0.0558 0.0000
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 865 197 668 0 0 39 2 156 0 0 642 0 26 0.0000 0.0000 0.0389 4.051 16.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 366 115 251 0 0 1 0 114 0 0 238 0 13 0.0000 0.0000 0.0518 114.000 7.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 347 117 230 70 0 3 0 44 0 0 229 0 1 0.5983 0.0000 0.0043 38.000 0.41 2.27 -1.86 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7606 0.2336 0.0058 1 0 0.7501 0.2430 0.0069 1 0 0.7352 0.2560 0.0087
chr15 99712504 CCAG C 0.144765 0.100 1 -3 2 585 202 383 81 5 41 11 64 0 0 380 0 3 0.4010 0.0000 0.0078 3.927 2.56 3.08 -0.52 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4459 0.5380 0.0161 1 1 0.4529 0.5297 0.0174 1 1 0.4611 0.5197 0.0192
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 586 210 376 96 2 100 0 12 0 0 376 0 0 0.4571 0.0000 0.0000 1.080 2.35 6.17 -3.81 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 1 0.1252 0.8748 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 35 16 19 0 0 0 0 16 0 0 19 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 1.38 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6529 0.3471 2 1 0.0000 0.6566 0.3434 2 1 0.0000 0.6616 0.3383
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 395 112 283 107 0 1 0 4 1 0 282 0 0 0.9554 0.0035 0.0035 111.000 0.33 3.25 -2.92 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0688 0.9312 0.0000 0 0 0.8714 0.1286 0.0000 0 0 0.9693 0.0307 0.0000
chr16 805517 GGCAGCT G 0.053997 0.100 1 -6 4 405 135 270 126 0 2 0 7 0 0 269 0 1 0.9333 0.0000 0.0037 66.500 0.38 7.00 -6.62 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6544 0.3456 0.0000 0 0 0.9790 0.0210 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.100 1 -1 1 1235 225 1010 118 1 2 2 102 0 0 1010 0 0 0.5244 0.0000 0.0000 111.500 0.83 1.55 -0.72 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5392 0.4537 0.0071 1 0 0.5447 0.4472 0.0081 1 0 0.5507 0.4398 0.0095
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 609 101 508 85 2 10 0 4 1 0 507 0 0 0.8416 0.0020 0.0020 9.100 1.31 5.25 -3.94 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0536 0.9464 0.0000 0 0 0.8413 0.1587 0.0000 0 0 0.9621 0.0379 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 471 94 377 0 1 1 1 91 0 0 376 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 92.000 6.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 471 94 377 0 1 1 1 91 0 0 376 0 1 0.0000 0.0000 0.0027 92.000 6.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2179036 C CGCGGCG 0.000567 0.100 1 6 6 548 140 408 97 2 37 0 4 3 0 404 0 1 0.6929 0.0074 0.0098 2.943 2.30 3.25 -0.95 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8351 0.1649 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.100 1 -1 2 569 200 369 186 0 3 0 11 1 0 368 0 0 0.9300 0.0027 0.0027 65.667 0.41 1.18 -0.77 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6188 0.3812 0.0000 0 0 0.9923 0.0077 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 406 97 309 1 0 2 0 94 0 0 307 0 2 0.0103 0.0000 0.0065 47.500 0.00 3.15 -3.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0419 0.9581 2 2 0.0000 0.0149 0.9851 2 2 0.0000 0.0112 0.9888
chr16 11927441 GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA G 0.078615 0.100 1 -42 2 1847 435 1412 177 0 135 0 123 0 0 1387 0 25 0.4069 0.0000 0.0177 2.222 1.27 4.81 -3.55 105 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7595 0.2403 0.0002 1 0 0.7615 0.2382 0.0003 1 0 0.7629 0.2368 0.0004
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 207 56 151 0 0 1 0 55 0 0 151 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 55.000 2.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr16 15873504 T TCTA 0.057892 0.100 1 3 2 117 43 74 22 0 1 0 20 0 0 74 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 42.000 0.23 2.85 -2.62 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4737 0.5067 0.0196 1 1 0.4755 0.5046 0.0200 1 1 0.4775 0.5020 0.0205
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.100 1 -1 1 414 253 161 81 0 3 1 168 0 1 160 0 0 0.3202 0.0000 0.0062 83.333 0.47 1.21 -0.75 31 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0075 0.9925 1 2 0.0000 0.0095 0.9905 1 2 0.0000 0.0130 0.9870
chr16 30759194 CCA C 0.000378 0.100 1 -2 2 774 149 625 93 0 2 0 54 0 0 622 0 3 0.6242 0.0000 0.0048 73.500 0.20 2.57 -2.37 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9444 0.0556 0.0000 1 0 0.9399 0.0601 0.0000 1 0 0.9333 0.0667 0.0000
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 164 80 84 75 0 2 0 3 0 0 84 0 0 0.9375 0.0000 0.0000 39.000 0.21 2.00 -1.79 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0603 0.9397 0.0000 0 0 0.6384 0.3616 0.0000 0 0 0.8481 0.1519 0.0000
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 324 139 185 91 0 1 0 47 0 0 183 0 2 0.6547 0.0000 0.0108 138.000 0.56 9.57 -9.01 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9404 0.0593 0.0002 1 0 0.9340 0.0657 0.0003 1 0 0.9243 0.0752 0.0005
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 324 141 183 93 0 1 0 47 0 0 179 1 3 0.6596 0.0000 0.0219 140.000 0.56 9.57 -9.02 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9405 0.0592 0.0002 1 0 0.9342 0.0655 0.0003 1 0 0.9246 0.0749 0.0005
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 430 99 331 33 9 18 7 32 0 0 330 0 1 0.3333 0.0000 0.0030 4.353 1.12 2.22 -1.10 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2280 0.5917 0.1803 1 1 0.2308 0.5849 0.1843 1 1 0.2344 0.5763 0.1893
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 282 124 158 13 0 18 0 93 0 0 158 0 0 0.1048 0.0000 0.0000 5.889 1.92 7.88 -5.96 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9788 0.0212
chr16 72787719 ACCG A 0.500000 0.100 1 -3 2 633 138 495 57 56 16 0 9 0 0 495 0 0 0.4130 0.0000 0.0000 9.308 0.70 3.22 -2.52 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0196 0.9804 0.0000 0 1 0.4324 0.5676 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 333 108 225 56 0 5 0 47 0 0 213 0 12 0.5185 0.0000 0.0533 20.600 0.25 12.47 -12.22 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1325 0.6273 0.2402 1 1 0.1378 0.6180 0.2442 1 1 0.1449 0.6062 0.2489
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 236 104 132 57 0 0 0 47 0 0 131 0 1 0.5481 0.0000 0.0076 104.000 0.77 4.40 -3.63 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3938 0.5401 0.0661 1 1 0.3929 0.5364 0.0707 1 1 0.3910 0.5320 0.0770
chr16 85656394 CGAGCGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 439 101 338 83 0 12 0 6 0 0 338 0 0 0.8218 0.0000 0.0000 7.417 1.10 4.50 -3.40 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0960 0.9040 0.0000 0 0 0.5441 0.4559 0.0000
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.100 1 6 1 464 135 329 97 1 28 0 9 0 0 327 0 2 0.7185 0.0000 0.0061 3.821 0.67 4.56 -3.89 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0913 0.9087 0.0000
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 669 157 512 0 1 0 12 144 0 0 493 2 17 0.0000 0.0000 0.0371 156.000 8.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 665 152 513 0 0 6 13 133 0 0 491 9 13 0.0000 0.0000 0.0429 23.833 8.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 668 153 515 0 0 4 3 146 0 3 488 5 19 0.0000 0.0000 0.0524 74.500 8.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 837 166 671 0 0 9 2 155 0 0 667 0 4 0.0000 0.0000 0.0060 17.333 7.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 147 72 75 0 0 3 1 68 0 0 73 0 2 0.0000 0.0000 0.0267 23.000 4.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0261 0.9739 2 2 0.0000 0.0280 0.9720 2 2 0.0000 0.0309 0.9691
chr16 89850471 C CGAG 0.500000 0.100 1 3 3 561 133 428 71 0 16 1 45 0 0 422 0 6 0.5338 0.0000 0.0140 7.312 0.54 3.09 -2.55 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6345 0.3509 0.0145 1 0 0.6270 0.3564 0.0166 1 0 0.6162 0.3640 0.0198
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 943 244 699 207 1 16 0 20 0 1 698 0 0 0.8484 0.0000 0.0014 14.188 0.48 3.40 -2.92 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1870 0.8130 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 386 131 255 64 0 6 0 61 0 0 255 0 0 0.4885 0.0000 0.0000 20.833 1.48 1.15 0.34 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1538 0.6639 0.1824 1 1 0.1567 0.6532 0.1901 1 1 0.1602 0.6395 0.2003
chr17 4672027 GGGAGGCAGAGCT G 0.002026 0.100 1 -12 5 728 195 533 113 0 15 1 66 0 0 529 1 3 0.5795 0.0000 0.0075 12.000 1.11 11.97 -10.86 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9630 0.0370 0.0000 1 0 0.9596 0.0404 0.0000 1 0 0.9544 0.0456 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 781 211 570 10 2 32 3 164 0 0 561 0 9 0.0474 0.0000 0.0158 5.594 0.80 3.20 -2.40 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9642 0.0358 2 2 0.0000 0.1829 0.8171
chr17 7846859 TACC T 0.005966 0.100 1 -3 2 1339 415 924 234 41 99 23 18 1 1 920 2 0 0.5639 0.0011 0.0043 3.214 5.79 4.67 1.12 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.100 1 -6 2 1340 421 919 276 13 108 1 23 0 0 917 0 2 0.6556 0.0000 0.0022 2.925 5.58 6.78 -1.20 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4495 0.5505 0.0000
chr17 7848540 TCACCAC T 0.097683 0.100 1 -6 1 1010 286 724 208 1 51 0 26 0 1 722 0 1 0.7273 0.0000 0.0028 4.700 0.78 6.38 -5.60 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0076 0.9924 0.0000
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 1 582 140 442 3 1 7 0 129 0 0 440 0 2 0.0214 0.0000 0.0045 18.857 0.00 3.05 -3.05 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5487 0.4513 2 2 0.0000 0.0404 0.9596 2 2 0.0000 0.0137 0.9863
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 413 116 297 52 0 8 0 56 0 0 295 1 1 0.4483 0.0000 0.0067 13.500 0.42 8.02 -7.59 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0977 0.5941 0.3082 1 1 0.1028 0.5870 0.3102 1 1 0.1097 0.5781 0.3123
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 484 182 302 1 0 27 9 145 0 0 298 3 1 0.0055 0.0000 0.0132 5.741 0.00 2.95 -2.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 947 241 706 21 2 34 77 107 0 0 703 3 0 0.0871 0.0000 0.0042 6.375 0.29 4.29 -4.00 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 945 236 709 18 29 78 12 99 0 0 709 0 0 0.0763 0.0000 0.0000 38.750 0.33 4.09 -3.76 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9738 0.0262 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 810 208 602 90 0 12 0 106 1 0 598 0 3 0.4327 0.0017 0.0066 16.333 0.49 4.07 -3.58 22 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0147 0.4656 0.5198 1 2 0.0168 0.4632 0.5199 1 2 0.0201 0.4611 0.5188
chr17 20204736 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 2 719 133 586 125 0 2 0 6 0 0 586 0 0 0.9398 0.0000 0.0000 65.500 0.22 3.33 -3.11 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4638 0.5362 0.0000 0 0 0.9016 0.0984 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 113 66 47 41 0 0 0 25 0 0 46 0 1 0.6212 0.0000 0.0213 66.000 0.27 1.24 -0.97 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5955 0.3740 0.0304 1 0 0.5861 0.3803 0.0336 1 0 0.5730 0.3887 0.0382
chr17 40818999 GCCGCCGCCGGAGCTT G 0.500000 0.100 1 -15 1 916 224 692 179 3 35 0 7 3 1 687 0 1 0.7991 0.0043 0.0072 5.343 4.95 12.57 -7.62 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.6788 0.3212 0.0000 0 0 0.9795 0.0205 0.0000
chr17 40819055 TGCCGCCGTGGCC T 0.500000 0.100 1 -12 1 915 235 680 108 2 35 0 90 2 4 662 1 11 0.4596 0.0029 0.0265 5.714 2.19 11.58 -9.39 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3808 0.5917 0.0275 1 1 0.3864 0.5828 0.0309 1 1 0.3923 0.5719 0.0358
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 621 130 491 61 1 14 3 51 0 2 480 3 6 0.4692 0.0000 0.0224 8.214 0.87 7.47 -6.60 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1876 0.6491 0.1634 1 1 0.1928 0.6384 0.1688 1 1 0.1994 0.6248 0.1758
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.100 1 -15 1 561 190 371 165 3 19 0 3 0 1 369 0 1 0.8684 0.0000 0.0054 9.000 2.15 13.33 -11.19 97 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4316 0.5684 0.0000 0 0 0.9850 0.0150 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.100 1 -13 1 1098 244 854 139 0 6 0 99 1 0 840 0 13 0.5697 0.0012 0.0164 39.667 0.15 11.86 -11.71 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6979 0.2994 0.0027 1 0 0.6946 0.3021 0.0033 1 0 0.6888 0.3068 0.0044
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.100 1 -15 1 641 190 451 96 0 28 0 66 0 0 435 0 16 0.5053 0.0000 0.0355 5.786 0.19 14.42 -14.24 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4429 0.5295 0.0276 1 1 0.4445 0.5247 0.0308 1 1 0.4453 0.5192 0.0356
chr17 42666669 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 979 241 738 227 0 2 0 12 0 0 738 0 0 0.9419 0.0000 0.0000 119.500 0.96 1.50 -0.54 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1930 0.8070 0.0000 0 0 0.9650 0.0350 0.0000
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.100 1 3 5 1781 326 1455 177 0 4 1 144 0 0 1452 0 3 0.5429 0.0000 0.0021 80.500 0.40 3.47 -3.07 79 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6415 0.3564 0.0020 1 0 0.6434 0.3541 0.0026 1 0 0.6440 0.3525 0.0034
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 696 195 501 152 3 25 2 13 0 0 501 0 0 0.7795 0.0000 0.0000 6.800 0.96 3.23 -2.27 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1102 0.8898 0.0000
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.100 1 -4 1 243 78 165 41 0 3 0 34 0 0 162 1 2 0.5256 0.0000 0.0182 25.000 0.07 4.68 -4.60 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2972 0.5736 0.1292 1 1 0.2981 0.5680 0.1338 1 1 0.2989 0.5611 0.1400
chr17 48530822 G GGGGCGCTGT 0.500000 0.100 1 9 2 495 122 373 55 0 22 0 45 0 0 369 0 4 0.4508 0.0000 0.0107 4.545 0.33 7.67 -7.34 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3183 0.5849 0.0969 1 1 0.3197 0.5784 0.1019 1 1 0.3210 0.5703 0.1087
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 1009 259 750 240 1 6 0 12 0 0 749 0 1 0.9266 0.0000 0.0013 42.000 0.19 2.83 -2.64 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1406 0.8594 0.0000 0 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 423 150 273 66 0 22 0 62 0 0 272 0 1 0.4400 0.0000 0.0037 5.818 0.73 5.74 -5.01 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2300 0.6432 0.1269 1 1 0.2347 0.6328 0.1325 1 1 0.2404 0.6197 0.1399
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.100 1 9 1 372 143 229 52 0 11 0 80 0 0 229 0 0 0.3636 0.0000 0.0000 12.000 0.31 6.83 -6.52 16 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0031 0.1917 0.8051 1 2 0.0038 0.2008 0.7954 1 2 0.0050 0.2136 0.7814
chr17 69149049 TGA T 0.500000 0.100 1 -2 2 156 53 103 21 1 1 0 30 0 0 102 0 1 0.3962 0.0000 0.0097 52.000 0.10 2.77 -2.67 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0752 0.4763 0.4486 1 1 0.0796 0.4774 0.4430 1 1 0.0856 0.4790 0.4354
chr17 69194395 AACAG A 0.500000 0.100 1 -4 3 215 77 138 44 0 4 0 29 0 0 136 0 2 0.5714 0.0000 0.0145 18.250 0.66 3.86 -3.20 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5341 0.4254 0.0406 1 0 0.5268 0.4289 0.0442 1 0 0.5168 0.4338 0.0495
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 569 108 461 45 0 12 0 51 0 0 452 0 9 0.4167 0.0000 0.0195 8.000 0.64 8.12 -7.47 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0283 0.4186 0.5531 1 2 0.0314 0.4217 0.5470 1 2 0.0359 0.4260 0.5381
chr17 76008656 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 777 177 600 168 0 7 0 2 0 0 600 0 0 0.9492 0.0000 0.0000 24.286 0.54 5.00 -4.46 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9840 0.0160 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2525 506 2019 2 5 84 18 397 0 2 1986 7 24 0.0040 0.0000 0.0163 4.976 9.00 7.14 1.86 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2442 653 1789 1 0 44 4 604 0 0 1612 29 148 0.0015 0.0000 0.0989 13.795 6.00 4.69 1.31 1 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 78434064 TGATGGA T 0.500000 0.100 1 -6 2 297 112 185 102 0 5 0 5 0 0 185 0 0 0.9107 0.0000 0.0000 21.400 0.42 6.20 -5.78 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 1 0.4429 0.5571 0.0000 0 0 0.8507 0.1493 0.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 279 120 159 48 0 16 0 56 0 0 156 0 3 0.4000 0.0000 0.0189 6.500 0.35 5.75 -5.40 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0502 0.5051 0.4446 1 1 0.0543 0.5035 0.4421 1 1 0.0602 0.5017 0.4381
chr17 79834441 C CGTG 0.500000 0.100 1 3 2 1708 418 1290 196 14 70 4 134 0 1 1284 0 5 0.4689 0.0000 0.0047 5.043 0.51 3.38 -2.88 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9865 0.0135 0.0000 1 0 0.9847 0.0153 0.0000 1 0 0.9817 0.0183 0.0000
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 623 176 447 66 0 4 1 105 0 0 444 0 3 0.3750 0.0000 0.0067 43.000 0.33 3.26 -2.92 32 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.0624 0.9374 1 2 0.0003 0.0685 0.9312 1 2 0.0004 0.0776 0.9220
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.100 1 6 4 467 112 355 47 1 10 0 54 0 0 355 0 0 0.4196 0.0000 0.0000 10.200 0.94 6.26 -5.32 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1975 0.6915 0.1110 1 1 0.2070 0.6819 0.1111 1 1 0.2197 0.6694 0.1109
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 259 113 146 0 0 1 0 112 0 0 142 0 4 0.0000 0.0000 0.0274 112.000 3.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 23136050 GGGCGCCGGC G 0.218600 0.100 1 -9 2 359 85 274 39 3 5 0 38 1 0 266 0 7 0.4588 0.0036 0.0292 15.800 1.38 9.50 -8.12 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2588 0.6302 0.1110 1 1 0.2660 0.6218 0.1122 1 1 0.2753 0.6111 0.1136
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 164 74 90 11 0 1 0 62 0 0 90 0 0 0.1486 0.0000 0.0000 73.000 0.18 5.31 -5.12 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9794 0.0206
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 1 148 70 78 35 0 0 0 35 0 0 77 0 1 0.5000 0.0000 0.0128 70.000 0.34 3.20 -2.86 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1870 0.5850 0.2280 1 1 0.1907 0.5787 0.2307 1 1 0.1953 0.5707 0.2340
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 306 141 165 0 0 1 0 140 0 0 163 0 2 0.0000 0.0000 0.0121 140.000 3.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 530 146 384 68 1 5 0 72 0 0 384 0 0 0.4658 0.0000 0.0000 28.200 1.32 10.04 -8.72 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1219 0.6564 0.2218 1 1 0.1277 0.6452 0.2271 1 1 0.1354 0.6310 0.2336
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 243 134 109 70 0 4 0 60 1 0 108 0 0 0.5224 0.0092 0.0092 32.500 0.40 3.20 -2.80 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4182 0.5346 0.0473 1 1 0.4179 0.5307 0.0514 1 1 0.4166 0.5261 0.0572
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 847 211 636 132 0 3 0 76 0 0 631 0 5 0.6256 0.0000 0.0079 69.333 0.18 13.66 -13.48 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9650 0.0350 0.0000 1 0 0.9608 0.0391 0.0001 1 0 0.9544 0.0455 0.0001
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 401 67 334 32 2 8 1 24 0 0 332 1 1 0.4776 0.0000 0.0060 7.375 3.47 4.92 -1.45 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3836 0.5195 0.0968 1 1 0.3808 0.5178 0.1014 1 1 0.3767 0.5157 0.1076
chr18 68691277 TAA T 0.500000 0.100 1 -2 2 94 48 46 20 0 1 0 27 0 0 45 0 1 0.4167 0.0000 0.0217 47.000 0.10 2.74 -2.64 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0871 0.4873 0.4255 1 1 0.0916 0.4879 0.4206 1 1 0.0976 0.4886 0.4137
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 194 89 105 0 0 3 0 86 0 0 102 0 3 0.0000 0.0000 0.0286 28.667 2.86 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0116 0.9884 2 2 0.0000 0.0131 0.9869
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 146 70 76 2 0 3 0 65 0 0 74 0 2 0.0286 0.0000 0.0263 22.333 1.00 3.23 -2.23 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7367 0.2633 2 2 0.0000 0.2284 0.7716 2 2 0.0000 0.1226 0.8774
chr18 76496529 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 298 57 241 2 0 7 1 47 0 0 235 2 4 0.0351 0.0000 0.0249 7.143 8.50 1.83 6.67 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8411 0.1589 2 2 0.0000 0.3702 0.6298 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr18 79715187 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 682 140 542 115 4 15 1 5 1 0 541 0 0 0.8214 0.0018 0.0018 8.333 0.34 3.00 -2.66 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.5128 0.4872 0.0000 0 0 0.8973 0.1027 0.0000
chr19 615946 C CCCGCCGCCG 0.000124 0.100 1 9 2 401 125 276 94 1 24 0 6 0 0 275 0 1 0.7520 0.0000 0.0036 4.208 0.44 8.17 -7.73 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1516 0.8484 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.100 1 -3 2 512 112 400 63 3 7 1 38 0 0 396 0 4 0.5625 0.0000 0.0100 15.000 0.49 3.29 -2.80 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8358 0.1633 0.0009 1 0 0.8291 0.1698 0.0011 1 0 0.8196 0.1790 0.0014
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 160 64 96 37 0 0 1 26 0 0 96 0 0 0.5781 0.0000 0.0000 64.000 1.05 4.77 -3.72 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5870 0.3885 0.0245 1 0 0.5826 0.3912 0.0263 1 0 0.5763 0.3950 0.0287
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 248 134 114 70 1 2 0 61 0 0 113 0 1 0.5224 0.0000 0.0088 66.000 0.17 3.18 -3.01 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4852 0.4914 0.0234 1 0 0.4879 0.4869 0.0252 1 0 0.4907 0.4816 0.0278
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 308 119 189 0 0 17 52 50 0 0 186 1 2 0.0000 0.0000 0.0159 6.312 4.52 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 308 128 180 57 3 15 1 52 0 0 178 0 2 0.4453 0.0000 0.0111 7.533 3.98 13.10 -9.11 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4175 0.5457 0.0368 1 1 0.4220 0.5392 0.0387 1 1 0.4273 0.5313 0.0413
chr19 6381032 GTCT G 0.000040 0.100 1 -3 1 833 224 609 184 3 22 1 14 0 0 609 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 9.136 0.41 3.64 -3.24 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9714 0.0286 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.100 1 -12 2 695 191 504 99 1 13 0 78 0 0 503 0 1 0.5183 0.0000 0.0020 13.692 0.60 11.32 -10.72 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6985 0.2970 0.0045 1 0 0.6951 0.2997 0.0053 1 0 0.6896 0.3040 0.0065
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 313 85 228 44 0 6 0 35 0 0 225 0 3 0.5176 0.0000 0.0132 13.167 0.11 5.37 -5.26 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4245 0.5147 0.0607 1 1 0.4250 0.5114 0.0636 1 1 0.4250 0.5074 0.0676
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 852 304 548 222 5 37 2 38 0 0 546 1 1 0.7303 0.0000 0.0036 7.216 0.53 3.58 -3.05 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 13207858 C CCTG 0.039345 0.100 1 3 1 374 122 252 45 47 24 0 6 0 1 251 0 0 0.3689 0.0000 0.0040 4.083 0.60 3.67 -3.07 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 0 0.8131 0.1869 0.0000 0 0 0.9796 0.0204 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTGCTGCTGCTGCTG C 0.085228 0.100 1 -18 1 375 130 245 76 0 9 0 45 0 0 239 1 5 0.5846 0.0000 0.0245 13.444 1.76 12.76 -10.99 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8536 0.1459 0.0006 1 0 0.8473 0.1520 0.0007 1 0 0.8383 0.1608 0.0009
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 592 100 492 0 0 1 1 98 0 0 488 0 4 0.0000 0.0000 0.0081 99.000 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.100 1 -3 1 107 43 64 1 0 2 0 40 0 0 63 0 1 0.0233 0.0000 0.0156 20.500 0.00 3.95 -3.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8130 0.1870 2 1 0.0000 0.5876 0.4124 2 2 0.0000 0.4973 0.5027
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 908 195 713 0 0 4 1 190 0 0 653 15 45 0.0000 0.0000 0.0842 47.750 2.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.100 1 -3 2 772 180 592 111 0 6 1 62 0 0 590 0 2 0.6167 0.0000 0.0034 29.000 0.10 3.05 -2.95 73 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9735 0.0265 0.0000 1 0 0.9705 0.0295 0.0000 1 0 0.9659 0.0341 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 333 101 232 33 0 15 2 51 0 0 232 0 0 0.3267 0.0000 0.0000 5.667 0.33 2.84 -2.51 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0031 0.2036 0.7933 1 2 0.0036 0.2107 0.7857 1 2 0.0043 0.2207 0.7750
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 611 156 455 72 1 6 3 74 0 0 454 0 1 0.4615 0.0000 0.0022 24.833 0.40 3.08 -2.68 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0471 0.6085 0.3444 1 1 0.0498 0.5984 0.3518 1 1 0.0536 0.5857 0.3607
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.100 1 -51 2 443 172 271 116 0 20 1 35 0 0 250 0 21 0.6744 0.0000 0.0775 7.600 2.84 26.57 -23.73 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9920 0.0080 0.0000 1 0 0.9906 0.0094 0.0000 1 0 0.9883 0.0116 0.0000
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 441 138 303 31 2 12 12 81 0 0 300 0 3 0.2246 0.0000 0.0099 11.364 0.16 3.84 -3.68 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0331 0.9668 1 2 0.0000 0.0403 0.9597 1 2 0.0001 0.1864 0.8135
chr19 37894973 TGGA T 0.043831 0.100 1 -3 1 735 182 553 158 0 10 0 14 0 0 553 0 0 0.8681 0.0000 0.0000 17.200 0.31 3.86 -3.55 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0192 0.9808 0.0000 0 0 0.8537 0.1463 0.0000
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.100 1 24 2 606 159 447 141 0 12 0 6 0 0 445 0 2 0.8868 0.0000 0.0045 12.250 1.04 8.33 -7.30 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 0 0.8007 0.1993 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000
chr19 38408861 C CAAG 0.029851 0.100 1 3 1 125 67 58 54 3 8 0 2 0 0 58 0 0 0.8060 0.0000 0.0000 7.375 0.48 3.50 -3.02 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8746 0.1254 0.0000 0 0 0.9852 0.0148 0.0000 0 0 0.9931 0.0069 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 247 35 212 0 0 2 29 4 0 0 212 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 15.500 6.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0514 0.9486 2 2 0.0000 0.0531 0.9469 2 2 0.0000 0.0555 0.9445
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 247 33 214 0 0 21 12 0 0 0 214 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.357 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1044 0.8956 2 2 0.0000 0.1063 0.8937 2 2 0.0000 0.1090 0.8910
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 461 142 319 74 3 6 1 58 0 0 319 0 0 0.5211 0.0000 0.0000 26.400 0.23 5.91 -5.68 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5680 0.4122 0.0198 1 0 0.5620 0.4156 0.0225 1 0 0.5531 0.4204 0.0265
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.100 1 1 2 532 176 356 101 0 2 1 72 0 0 353 0 3 0.5739 0.0000 0.0084 87.000 0.29 1.96 -1.67 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8009 0.1977 0.0014 1 0 0.7958 0.2025 0.0017 1 0 0.7882 0.2097 0.0021
chr19 42763988 AG A 0.059186 0.100 1 -1 1 541 121 420 70 0 0 0 51 0 0 419 0 1 0.5785 0.0000 0.0024 121.000 0.34 2.98 -2.64 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7539 0.2448 0.0013 1 0 0.7493 0.2492 0.0015 1 0 0.7427 0.2555 0.0018
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 553 157 396 74 0 2 1 80 0 0 396 0 0 0.4713 0.0000 0.0000 77.500 0.18 3.05 -2.87 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0512 0.5962 0.3526 1 1 0.0549 0.5871 0.3581 1 1 0.0599 0.5757 0.3644
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.100 1 -1 2 513 135 378 80 0 5 0 50 0 0 377 0 1 0.5926 0.0000 0.0026 26.000 0.35 3.00 -2.65 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8792 0.1203 0.0006 1 0 0.8726 0.1267 0.0007 1 0 0.8632 0.1359 0.0009
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.100 1 1 1 309 123 186 59 0 7 0 57 0 0 185 0 1 0.4797 0.0000 0.0054 16.571 0.29 2.30 -2.01 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3786 0.6171 0.0044 1 1 0.3879 0.6076 0.0045 1 1 0.3996 0.5957 0.0047
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1093 375 718 42 0 78 0 255 0 0 689 0 29 0.1120 0.0000 0.0404 3.808 0.67 6.29 -5.62 26 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 345 101 244 9 0 27 0 65 0 0 222 0 22 0.0891 0.0000 0.0902 2.741 0.78 13.22 -12.44 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9757 0.0243
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 243 94 149 45 0 7 0 42 0 0 149 0 0 0.4787 0.0000 0.0000 12.429 0.13 1.57 -1.44 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3999 0.5527 0.0474 1 1 0.4040 0.5470 0.0490 1 1 0.4090 0.5398 0.0511
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.100 1 -3 1 410 113 297 57 0 2 0 54 0 0 296 0 1 0.5044 0.0000 0.0034 55.500 0.79 4.37 -3.58 35 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3765 0.5950 0.0285 1 1 0.3840 0.5865 0.0295 1 1 0.3933 0.5759 0.0308
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 582 155 427 74 1 18 1 61 0 1 423 0 3 0.4774 0.0000 0.0094 7.611 1.19 7.57 -6.38 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4693 0.4996 0.0311 1 1 0.4705 0.4956 0.0339 1 1 0.4711 0.4910 0.0378
chr19 50007714 CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG C 0.010131 0.100 1 -21 1 290 134 156 114 0 17 0 3 0 0 155 0 1 0.8507 0.0000 0.0064 6.882 0.21 14.00 -13.79 18 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8203 0.1797 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 727 139 588 0 0 2 1 136 0 0 578 0 10 0.0000 0.0000 0.0170 68.500 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 594 209 385 189 0 5 1 14 0 0 385 0 0 0.9043 0.0000 0.0000 40.800 0.17 3.36 -3.19 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.2551 0.7449 0.0000
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 250 115 135 5 0 2 0 108 0 0 130 0 5 0.0435 0.0000 0.0370 56.500 1.40 2.35 -0.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9876 0.0124 2 2 0.0000 0.2184 0.7816 2 2 0.0000 0.0382 0.9618
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 471 142 329 126 1 5 0 10 0 0 329 0 0 0.8873 0.0000 0.0000 27.400 0.29 1.90 -1.61 82 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0222 0.9778 0.0000 0 0 0.5600 0.4400 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 561 140 421 123 1 3 0 13 0 0 420 0 1 0.8786 0.0000 0.0024 45.667 0.67 3.23 -2.56 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0750 0.9250 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1221 307 914 166 0 0 0 141 0 0 911 0 3 0.5407 0.0000 0.0033 307.000 0.23 3.13 -2.89 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5337 0.4617 0.0046 1 0 0.5408 0.4536 0.0055 1 0 0.5483 0.4447 0.0070
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 742 195 547 114 1 11 0 69 0 0 546 0 1 0.5846 0.0000 0.0018 18.400 0.42 1.14 -0.72 56 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9168 0.0829 0.0003 1 0 0.9085 0.0911 0.0004 1 0 0.8961 0.1033 0.0006
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 761 158 603 69 1 7 1 80 0 0 600 0 3 0.4367 0.0000 0.0050 21.571 0.84 3.16 -2.32 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0331 0.5196 0.4474 1 1 0.0367 0.5168 0.4465 1 1 0.0421 0.5136 0.4443
chr19 55014735 G GCAGA 0.030755 0.100 1 4 2 793 182 611 91 0 15 0 76 0 0 610 0 1 0.5000 0.0000 0.0016 11.133 0.32 3.89 -3.58 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6293 0.3695 0.0012 1 0 0.6312 0.3674 0.0014 1 0 0.6329 0.3655 0.0016
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 494 125 369 4 0 22 0 99 0 0 353 0 16 0.0320 0.0000 0.0434 4.682 0.25 7.74 -7.49 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9541 0.0459 2 2 0.0000 0.1855 0.8145 2 2 0.0000 0.0471 0.9529
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 713 193 520 94 0 27 0 72 0 0 495 0 25 0.4870 0.0000 0.0481 6.148 0.23 18.74 -18.50 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0258 0.6684 0.3057 1 1 0.0275 0.6547 0.3178 1 1 0.0297 0.6372 0.3331
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.100 1 3 1 577 111 466 95 2 6 0 8 0 0 466 0 0 0.8559 0.0000 0.0000 17.333 1.04 3.12 -2.08 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0213 0.9787 0.0000 0 1 0.3579 0.6421 0.0000
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.100 1 3 2 359 69 290 9 31 1 0 28 0 1 287 0 2 0.1304 0.0000 0.0103 68.000 4.78 3.82 0.96 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6765 0.3218 0.0018 1 0 0.6727 0.3254 0.0019 1 0 0.6674 0.3305 0.0021
chr19 56088071 CTCGTCG C 0.000755 0.100 1 -6 2 361 73 288 40 0 0 0 33 0 0 284 0 4 0.5479 0.0000 0.0139 73.000 3.60 8.15 -4.55 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4796 0.5202 0.0002 1 1 0.4839 0.5159 0.0002 1 1 0.4891 0.5107 0.0002
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 134 65 69 0 0 3 0 62 0 0 69 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 20.667 2.79 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0844 0.9156 2 2 0.0000 0.0895 0.9105 2 2 0.0000 0.0969 0.9031
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 173 54 119 50 1 1 0 2 0 0 119 0 0 0.9259 0.0000 0.0000 53.000 0.52 1.00 -0.48 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2286 0.7714 0.0000 0 0 0.7390 0.2610 0.0000 0 0 0.8597 0.1403 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 328 116 212 11 0 1 0 104 0 0 212 0 0 0.0948 0.0000 0.0000 115.000 0.45 2.12 -1.67 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9981 0.0019 2 1 0.0000 0.8553 0.1447
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 121 68 53 56 0 2 0 10 0 0 53 0 0 0.8235 0.0000 0.0000 33.000 0.07 6.50 -6.43 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0158 0.9842 0.0000
chr20 298046 C CCGG 0.073154 0.100 1 3 1 456 111 345 90 1 15 0 5 1 0 344 0 0 0.8108 0.0029 0.0029 6.857 0.93 3.80 -2.87 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0207 0.9793 0.0000 0 0 0.8625 0.1375 0.0000 0 0 0.9785 0.0215 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 527 176 351 110 0 1 2 63 0 0 345 0 6 0.6250 0.0000 0.0171 175.000 0.49 8.62 -8.13 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9241 0.0757 0.0002 1 0 0.9180 0.0816 0.0003 1 0 0.9091 0.0905 0.0005
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 526 180 346 111 0 8 5 56 0 0 340 0 6 0.6167 0.0000 0.0173 21.500 0.50 8.73 -8.24 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9545 0.0454 0.0001 1 0 0.9497 0.0502 0.0001 1 0 0.9425 0.0573 0.0002
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 527 174 353 104 0 3 0 67 0 0 351 0 2 0.5977 0.0000 0.0057 57.000 0.23 8.27 -8.04 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8975 0.1021 0.0005 1 0 0.8907 0.1086 0.0006 1 0 0.8809 0.1182 0.0009
chr20 2641174 CAAG C 0.010943 0.100 1 -3 1 220 79 141 51 0 1 0 27 0 0 140 0 1 0.6456 0.0000 0.0071 78.000 0.16 3.11 -2.95 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8677 0.1322 0.0001 1 0 0.8608 0.1391 0.0001 1 0 0.8510 0.1489 0.0001
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.100 1 5 1 340 132 208 65 0 20 0 47 0 0 205 0 3 0.4924 0.0000 0.0144 5.600 0.37 5.36 -4.99 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6821 0.3126 0.0053 1 0 0.6785 0.3156 0.0060 1 0 0.6731 0.3200 0.0069
chr20 13759800 CCTT C 0.002105 0.100 1 -3 1 169 89 80 83 0 2 0 4 0 0 80 0 0 0.9326 0.0000 0.0000 43.500 0.08 3.00 -2.92 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8178 0.1822 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 242 96 146 5 0 2 2 87 0 0 144 0 2 0.0521 0.0000 0.0137 47.000 0.00 1.24 -1.24 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.5718 0.4282 2 2 0.0000 0.1559 0.8441
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 761 181 580 0 0 2 0 179 0 0 567 0 13 0.0000 0.0000 0.0224 89.500 6.04 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 518 158 360 0 0 0 1 157 0 0 344 0 16 0.0000 0.0000 0.0444 157.000 3.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 198 72 126 50 4 15 0 3 0 0 125 1 0 0.6944 0.0000 0.0079 3.733 1.74 9.67 -7.93 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.1368 0.8632 0.0000 0 1 0.4305 0.5695 0.0000
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.100 1 1 1 185 86 99 55 0 3 0 28 0 0 96 0 3 0.6395 0.0000 0.0303 27.667 0.60 2.14 -1.54 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8630 0.1361 0.0009 1 0 0.8557 0.1433 0.0010 1 0 0.8452 0.1535 0.0013
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 562 165 397 94 0 2 0 69 0 0 394 0 3 0.5697 0.0000 0.0076 81.500 0.70 3.33 -2.63 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5998 0.3884 0.0118 1 0 0.5932 0.3930 0.0138 1 0 0.5834 0.3996 0.0169
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 994 304 690 15 0 46 9 234 0 0 689 0 1 0.0493 0.0000 0.0014 5.587 0.33 3.29 -2.96 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9660 0.0340 2 2 0.0000 0.0661 0.9339
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.100 1 -9 1 525 228 297 127 0 18 0 83 0 0 289 0 8 0.5570 0.0000 0.0269 11.667 0.69 7.98 -7.28 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9172 0.0827 0.0001 1 0 0.9127 0.0872 0.0001 1 0 0.9060 0.0938 0.0002
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 528 221 307 97 68 28 2 26 0 0 307 0 0 0.4389 0.0000 0.0000 7.423 0.34 4.81 -4.47 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 212 31 181 0 0 2 1 28 0 0 178 0 3 0.0000 0.0000 0.0166 14.500 6.39 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 315 150 165 7 0 5 0 138 0 0 164 0 1 0.0467 0.0000 0.0061 29.000 0.00 2.16 -2.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 2 0.0000 0.3984 0.6016 2 2 0.0000 0.0403 0.9597
chr21 34670163 GGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACA G 0.216105 0.100 1 -30 1 772 218 554 183 5 19 0 11 4 0 549 1 0 0.8394 0.0072 0.0090 10.368 1.49 14.00 -12.51 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1314 0.8686 0.0000 0 0 0.9476 0.0524 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 234 105 129 4 0 1 0 100 0 0 128 0 1 0.0381 0.0000 0.0078 104.000 0.00 3.12 -3.12 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9690 0.0310 2 2 0.0000 0.2523 0.7477 2 2 0.0000 0.0670 0.9330
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 344 48 296 0 0 1 0 47 0 0 296 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 47.000 2.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1233 208 1025 108 5 8 8 79 0 2 1014 3 6 0.5192 0.0000 0.0107 28.000 1.09 3.18 -2.08 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4729 0.5107 0.0164 1 1 0.4716 0.5093 0.0191 1 1 0.4685 0.5082 0.0232
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1235 215 1020 112 3 10 12 78 0 1 1009 4 6 0.5209 0.0000 0.0108 25.250 1.04 3.27 -2.23 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3831 0.5914 0.0256 1 1 0.3851 0.5857 0.0292 1 1 0.3864 0.5789 0.0347
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 727 165 562 138 2 18 0 7 22 8 529 1 2 0.8364 0.0391 0.0587 8.167 1.57 10.14 -8.58 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3336 0.6664 0.0000 0 0 0.9628 0.0372 0.0000
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 608 137 471 62 0 12 1 62 0 0 470 0 1 0.4526 0.0000 0.0021 10.333 0.60 12.40 -11.81 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1332 0.6424 0.2244 1 1 0.1382 0.6320 0.2297 1 1 0.1448 0.6188 0.2364
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 374 176 198 1 0 23 1 151 0 0 197 1 0 0.0057 0.0000 0.0051 6.652 4.00 7.58 -3.58 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 580 215 365 175 7 26 0 7 1 0 364 0 0 0.8140 0.0027 0.0027 7.269 0.26 3.14 -2.89 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0042 0.9958 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 229 104 125 51 1 6 1 45 0 0 124 0 1 0.4904 0.0000 0.0080 16.333 0.18 3.07 -2.89 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4127 0.5387 0.0486 1 1 0.4158 0.5333 0.0509 1 1 0.4194 0.5267 0.0540
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 715 121 594 0 0 39 0 82 0 0 565 2 27 0.0000 0.0000 0.0488 2.103 14.66 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 1363 381 982 30 6 85 8 252 0 0 980 0 2 0.0787 0.0000 0.0020 3.476 0.63 3.34 -2.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 28883803 GGCC G 0.000415 0.100 1 -3 3 567 168 399 85 4 13 2 64 0 0 398 0 1 0.5060 0.0000 0.0025 11.846 2.14 3.92 -1.78 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8069 0.1931 0.0000 1 0 0.8027 0.1973 0.0000 1 0 0.7964 0.2036 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 811 252 559 237 2 5 0 8 0 0 559 0 0 0.9405 0.0000 0.0000 49.400 0.23 2.62 -2.39 135 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 0 0.9784 0.0216 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr22 29489869 AGCTAAGTCCCCAGAGAAG A 0.006299 0.100 1 -18 2 1561 475 1086 344 10 45 15 61 2 1 1073 6 4 0.7242 0.0018 0.0120 9.860 2.04 5.34 -3.30 192 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.100 1 -6 2 499 241 258 164 0 55 0 22 0 0 258 0 0 0.6805 0.0000 0.0000 3.382 0.37 6.18 -5.81 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0067 0.9933 0.0000
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 601 122 479 108 1 9 0 4 0 0 479 0 0 0.8852 0.0000 0.0000 12.444 0.79 12.50 -11.71 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0272 0.9728 0.0000 0 0 0.7199 0.2801 0.0000 0 0 0.9228 0.0772 0.0000
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 939 334 605 158 2 9 2 163 0 0 602 1 2 0.4731 0.0000 0.0050 35.889 0.66 3.59 -2.92 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0394 0.7997 0.1608 1 1 0.0450 0.7829 0.1721 1 1 0.0532 0.7603 0.1865
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 378 151 227 0 0 5 2 144 0 0 221 0 6 0.0000 0.0000 0.0264 29.000 3.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1469 345 1124 186 0 2 0 157 0 0 1114 0 10 0.5391 0.0000 0.0089 171.500 1.15 10.29 -9.14 80 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4480 0.5477 0.0044 1 1 0.4620 0.5328 0.0052 1 1 0.4784 0.5150 0.0066
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.100 1 -18 2 361 113 248 60 0 23 0 30 0 0 242 0 6 0.5310 0.0000 0.0242 3.913 0.38 13.43 -13.05 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8561 0.1430 0.0009 1 0 0.8490 0.1500 0.0011 1 0 0.8388 0.1599 0.0013
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1074 225 849 124 1 30 3 67 0 1 791 0 57 0.5511 0.0000 0.0683 6.724 0.78 17.09 -16.31 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1695 0.7810 0.0495 1 1 0.1827 0.7643 0.0531 1 1 0.2001 0.7421 0.0578
643 rows