File Info

Filename
HG01274_x_HG01358_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/63/097a9a3ac04e267c3cf7399d832b4d/HG01274_x_HG01358_FF_5.features.tsv
Size
140.0 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG01274_x_HG01358_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 628 258 370 238 0 16 0 4 0 0 370 0 0 0.9225 0.0000 0.0000 15.125 0.49 9.25 -8.76 86 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3679 0.6321 0.0000 0 0 0.9608 0.0392 0.0000 0 0 0.9855 0.0145 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 1 421 136 285 6 0 18 2 110 0 0 273 0 12 0.0441 0.0000 0.0421 6.556 0.17 3.52 -3.35 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9987 0.0013 2 1 0.0000 0.7213 0.2787 2 2 0.0000 0.3229 0.6771
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.050 1 -9 2 522 166 356 5 0 34 0 127 0 0 353 0 3 0.0301 0.0000 0.0084 3.882 0.20 8.24 -8.04 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.5338 0.4662 2 2 0.0000 0.2216 0.7784
chr1 3021843 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 710 185 525 170 1 9 0 5 0 0 524 0 1 0.9189 0.0000 0.0019 19.556 0.31 2.40 -2.09 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 0 0.5523 0.4477 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr1 3511561 CTCTGA C 0.500000 0.050 1 -5 2 517 142 375 137 0 2 0 3 0 0 375 0 0 0.9648 0.0000 0.0000 70.000 0.33 6.67 -6.34 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1900 0.8100 0.0000 0 0 0.7982 0.2018 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.050 1 -6 2 637 148 489 72 1 5 2 68 0 0 484 0 5 0.4865 0.0000 0.0102 28.400 1.01 6.53 -5.52 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2079 0.5440 0.2481 1 1 0.2102 0.5407 0.2491 1 1 0.2131 0.5365 0.2504
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 594 119 475 3 0 10 2 104 0 0 471 0 4 0.0252 0.0000 0.0084 10.900 0.00 3.38 -3.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8937 0.1063 2 2 0.0000 0.3299 0.6701 2 2 0.0000 0.1793 0.8207
chr1 12938721 CCA C 0.500000 0.050 1 -2 1 548 215 333 142 0 1 1 71 0 1 326 0 6 0.6605 0.0000 0.0210 213.000 1.07 2.23 -1.15 96 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9042 0.0944 0.0014 1 0 0.8946 0.1036 0.0018 1 0 0.8805 0.1170 0.0025
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 979 192 787 91 0 9 0 92 0 0 783 0 4 0.4740 0.0000 0.0051 20.333 0.49 3.33 -2.83 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1707 0.5494 0.2799 1 1 0.1742 0.5457 0.2802 1 1 0.1787 0.5410 0.2803
chr1 15945137 C CCTCCTCTTG 0.500000 0.050 1 9 1 633 180 453 85 2 31 1 61 0 0 446 0 7 0.4722 0.0000 0.0155 4.774 0.33 7.80 -7.47 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4597 0.4612 0.0791 1 1 0.4530 0.4635 0.0834 1 1 0.4440 0.4666 0.0894
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 439 118 321 95 0 2 1 20 0 0 321 0 0 0.8051 0.0000 0.0000 58.000 0.61 1.00 -0.39 17 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.2755 0.7243 0.0002 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0041 0.9959 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 395 152 243 138 2 8 0 4 0 0 243 0 0 0.9079 0.0000 0.0000 18.000 0.13 3.00 -2.87 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0472 0.9528 0.0000 0 0 0.6860 0.3140 0.0000 0 0 0.8664 0.1336 0.0000
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.050 1 -3 2 352 86 266 43 0 5 0 38 0 0 264 0 2 0.5000 0.0000 0.0075 16.200 0.02 3.39 -3.37 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2738 0.5226 0.2036 1 1 0.2735 0.5209 0.2056 1 1 0.2729 0.5187 0.2083
chr1 46533208 GCGCGGCCGCCACCCTGGCCCGGGCCCGC G 0.500000 0.050 1 -28 2 553 122 431 52 0 9 0 61 0 0 431 0 0 0.4262 0.0000 0.0000 12.556 0.98 17.43 -16.45 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1425 0.5105 0.3470 1 1 0.1462 0.5097 0.3441 1 1 0.1512 0.5086 0.3401
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 2 286 75 211 36 0 0 0 39 0 0 211 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 75.000 0.22 2.62 -2.39 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2046 0.5202 0.2752 1 1 0.2066 0.5186 0.2748 1 1 0.2092 0.5167 0.2741
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 720 182 538 0 0 24 2 156 0 2 534 0 2 0.0000 0.0000 0.0074 6.583 5.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2098 0.7902 2 2 0.0000 0.0624 0.9376 2 2 0.0000 0.0421 0.9579
chr1 50419101 CCGGCGG C 0.500000 0.050 1 -6 6 784 165 619 77 4 12 1 71 1 0 614 0 4 0.4667 0.0016 0.0081 12.667 2.38 8.07 -5.69 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3003 0.5364 0.1632 1 1 0.2996 0.5337 0.1667 1 1 0.2985 0.5302 0.1713
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 280 106 174 46 1 7 0 52 0 0 174 0 0 0.4340 0.0000 0.0000 14.000 0.43 3.21 -2.78 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1779 0.5216 0.3006 1 1 0.1807 0.5199 0.2994 1 1 0.1845 0.5179 0.2976
chr1 53459700 G GCCGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 568 130 438 69 1 15 0 45 0 0 433 0 5 0.5308 0.0000 0.0114 7.600 0.23 5.91 -5.68 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4937 0.4348 0.0715 1 0 0.4854 0.4388 0.0758 1 0 0.4743 0.4441 0.0816
chr1 74572173 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 4 784 184 600 172 1 7 0 4 0 0 600 0 0 0.9348 0.0000 0.0000 25.286 1.14 3.25 -2.11 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1019 0.8981 0.0000 0 0 0.8313 0.1687 0.0000 0 0 0.9346 0.0654 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 285 91 194 81 0 5 0 5 0 0 194 0 0 0.8901 0.0000 0.0000 17.200 0.47 3.80 -3.33 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.2075 0.7925 0.0000 0 0 0.5210 0.4790 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 169 80 89 2 0 7 1 70 0 0 87 0 2 0.0250 0.0000 0.0225 10.429 0.50 3.77 -3.27 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8068 0.1932 2 2 0.0000 0.3862 0.6138 2 2 0.0000 0.2679 0.7321
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 428 187 241 8 0 38 0 141 0 0 238 0 3 0.0428 0.0000 0.0124 3.921 0.50 8.62 -8.12 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8571 0.1429 2 2 0.0000 0.3825 0.6175
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 428 177 251 23 0 3 0 151 0 0 251 0 0 0.1299 0.0000 0.0000 58.000 0.26 8.05 -7.79 9 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9928 0.0072
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 539 162 377 3 0 12 0 147 0 0 374 0 3 0.0185 0.0000 0.0080 12.500 0.00 5.45 -5.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7503 0.2497 2 2 0.0000 0.1531 0.8469 2 2 0.0000 0.0763 0.9237
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 550 160 390 0 0 15 2 143 0 1 377 1 11 0.0000 0.0000 0.0333 9.600 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0220 0.9780 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 894 190 704 172 3 13 0 2 0 0 704 0 0 0.9053 0.0000 0.0000 13.615 0.35 1.50 -1.15 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7578 0.2422 0.0000 0 0 0.9516 0.0484 0.0000 0 0 0.9692 0.0308 0.0000
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 902 226 676 207 0 14 0 5 0 0 676 0 0 0.9159 0.0000 0.0000 15.143 0.29 3.60 -3.31 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0496 0.9504 0.0000 0 0 0.8539 0.1461 0.0000 0 0 0.9570 0.0430 0.0000
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 679 207 472 2 11 25 7 162 0 0 469 1 2 0.0097 0.0000 0.0064 7.160 0.00 3.63 -3.63 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9916 0.0084 2 1 0.0000 0.6860 0.3140 2 2 0.0000 0.2951 0.7049
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 197 73 124 0 1 4 2 66 0 0 124 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 17.000 2.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1679 0.8321 2 2 0.0000 0.1709 0.8291 2 2 0.0000 0.1757 0.8243
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 250 84 166 71 3 6 0 4 0 0 166 0 0 0.8452 0.0000 0.0000 12.833 0.30 6.75 -6.45 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0093 0.9907 0.0000 0 1 0.2996 0.7004 0.0000 0 0 0.5707 0.4293 0.0000
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.050 1 18 1 1623 447 1176 19 6 167 16 239 2 2 1074 9 89 0.0425 0.0017 0.0867 1.685 3.21 8.70 -5.49 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7129 0.2871
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1261 260 1001 20 0 36 0 204 0 1 977 2 21 0.0769 0.0000 0.0240 6.222 0.65 3.79 -3.14 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8869 0.1131
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 294 117 177 6 1 22 11 77 0 0 176 0 1 0.0513 0.0000 0.0056 3.818 3.50 1.79 1.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8786 0.1214 2 1 0.0000 0.5631 0.4369
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 280 102 178 47 0 11 0 44 0 0 161 0 17 0.4608 0.0000 0.0955 8.273 0.02 11.68 -11.66 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1047 0.4774 0.4179 1 1 0.1089 0.4788 0.4123 1 1 0.1147 0.4807 0.4046
chr1 152910774 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 2109 502 1607 449 15 23 1 14 14 14 1567 9 3 0.8944 0.0087 0.0249 21.591 2.14 3.86 -1.72 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1107 0.8893 0.0000 0 0 0.9717 0.0283 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1345 328 1017 113 4 62 2 147 5 0 979 4 29 0.3445 0.0049 0.0374 4.344 2.05 9.77 -7.72 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0024 0.1308 0.8669 1 2 0.0029 0.1407 0.8563 1 2 0.0039 0.1550 0.8411
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 645 291 354 161 1 20 0 109 0 0 354 0 0 0.5533 0.0000 0.0000 13.550 0.61 8.01 -7.40 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8265 0.1691 0.0045 1 0 0.8148 0.1798 0.0054 1 0 0.7983 0.1948 0.0069
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.050 1 1 1 248 97 151 48 0 3 1 45 0 0 149 0 2 0.4948 0.0000 0.0132 31.333 1.62 1.18 0.45 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2373 0.5292 0.2335 1 1 0.2384 0.5270 0.2347 1 1 0.2396 0.5242 0.2362
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 412 101 311 0 0 1 2 98 0 0 310 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 99.000 2.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0734 0.9266 2 2 0.0000 0.0770 0.9230 2 2 0.0000 0.0821 0.9179
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 837 186 651 0 0 10 1 175 0 0 648 1 2 0.0000 0.0000 0.0046 17.600 1.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0110 0.9890 2 2 0.0000 0.0120 0.9880 2 2 0.0000 0.0135 0.9865
chr1 171209118 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 321 84 237 37 0 14 0 33 0 0 237 0 0 0.4405 0.0000 0.0000 5.000 0.62 1.39 -0.77 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2889 0.5165 0.1946 1 1 0.2879 0.5153 0.1969 1 1 0.2865 0.5137 0.1999
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 165 50 115 2 1 8 1 38 0 0 115 0 0 0.0400 0.0000 0.0000 5.250 0.50 4.74 -4.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9528 0.0472 2 1 0.0000 0.6941 0.3059 2 1 0.0000 0.5242 0.4758
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.050 1 24 3 516 204 312 86 0 41 0 77 0 0 298 0 14 0.4216 0.0000 0.0449 3.976 0.34 13.06 -12.73 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1719 0.5464 0.2818 1 1 0.1752 0.5429 0.2819 1 1 0.1797 0.5385 0.2818
chr1 205663089 GGCCGACAGCCCTTCTGCTGGCTCGGTGGGGCCCAGC G 0.500000 0.050 1 -36 5 795 299 496 294 0 3 0 2 0 0 494 0 2 0.9833 0.0000 0.0040 148.000 0.34 19.50 -19.16 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7062 0.2938 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000 0 0 0.9962 0.0038 0.0000
chr1 206101895 GTAT G 0.500000 0.050 1 -3 2 281 106 175 56 1 0 0 49 0 0 175 0 0 0.5283 0.0000 0.0000 106.000 0.20 3.04 -2.84 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3344 0.5134 0.1521 1 1 0.3319 0.5124 0.1557 1 1 0.3286 0.5111 0.1604
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.050 1 -12 1 518 244 274 5 0 37 1 201 0 0 263 0 11 0.0205 0.0000 0.0401 5.595 0.80 11.03 -10.23 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9428 0.0572 2 2 0.0000 0.1286 0.8714 2 2 0.0000 0.0374 0.9626
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.050 1 3 2 542 112 430 91 1 17 0 3 1 0 429 0 0 0.8125 0.0023 0.0023 5.588 1.80 3.67 -1.86 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0721 0.9279 0.0000 0 0 0.5720 0.4280 0.0000 0 0 0.7530 0.2470 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 253 114 139 55 0 7 0 52 0 0 139 0 0 0.4825 0.0000 0.0000 15.286 0.13 1.42 -1.30 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2697 0.5299 0.2005 1 1 0.2696 0.5276 0.2027 1 1 0.2695 0.5248 0.2057
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 630 178 452 0 0 13 5 160 0 0 446 0 6 0.0000 0.0000 0.0133 12.692 3.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0145 0.9855 2 2 0.0000 0.0163 0.9837
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 558 173 385 169 0 2 0 2 0 0 385 0 0 0.9769 0.0000 0.0000 85.500 0.30 1.00 -0.70 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7299 0.2701 0.0000 0 0 0.9441 0.0559 0.0000 0 0 0.9644 0.0356 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 763 215 548 3 0 2 0 210 0 0 546 0 2 0.0140 0.0000 0.0036 106.500 0.00 3.10 -3.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3924 0.6076 2 2 0.0000 0.0383 0.9617 2 2 0.0000 0.0186 0.9814
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 834 190 644 74 0 5 0 111 0 0 643 0 1 0.3895 0.0000 0.0016 37.000 0.81 2.26 -1.45 50 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0166 0.2726 0.7108 1 2 0.0188 0.2830 0.6982 1 2 0.0222 0.2970 0.6808
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.050 1 -84 1 920 295 625 175 2 25 4 89 0 0 625 0 0 0.5932 0.0000 0.0000 10.720 2.62 3.19 -0.57 97 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9590 0.0408 0.0002 1 0 0.9532 0.0465 0.0003 1 0 0.9444 0.0552 0.0005
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.050 1 -4 2 1263 283 980 24 7 10 94 148 0 0 954 3 23 0.0848 0.0000 0.0265 33.125 0.54 6.86 -6.32 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9730 0.0270
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1170 279 891 269 2 0 0 8 0 1 890 0 0 0.9642 0.0000 0.0011 279.000 2.86 1.50 1.36 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0021 0.9979 0.0000 0 0 0.7979 0.2021 0.0000 0 0 0.9720 0.0280 0.0000
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 484 146 338 137 0 5 0 4 0 0 338 0 0 0.9384 0.0000 0.0000 28.200 1.45 4.25 -2.80 99 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0440 0.9560 0.0000 0 0 0.6699 0.3301 0.0000 0 0 0.8579 0.1421 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 623 48 575 0 0 3 1 44 0 0 566 0 9 0.0000 0.0000 0.0157 15.000 3.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2044 0.7956 2 2 0.0000 0.2089 0.7911 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 805 208 597 108 0 7 0 93 0 0 597 0 0 0.5192 0.0000 0.0000 28.714 0.92 4.12 -3.20 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4090 0.4982 0.0928 1 1 0.4048 0.4980 0.0973 1 1 0.3989 0.4978 0.1033
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.050 1 9 1 638 102 536 46 0 16 0 40 0 0 527 0 9 0.4510 0.0000 0.0168 5.375 0.35 8.55 -8.20 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2020 0.5262 0.2718 1 1 0.2042 0.5243 0.2716 1 1 0.2070 0.5218 0.2712
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 651 272 379 107 0 7 0 158 0 0 376 0 3 0.3934 0.0000 0.0079 37.857 0.98 6.73 -5.75 25 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0040 0.1606 0.8354 1 2 0.0049 0.1712 0.8239 1 2 0.0062 0.1862 0.8075
chr1 248650008 T TA 0.500000 0.050 1 1 2 744 191 553 106 0 3 0 82 0 0 553 0 0 0.5550 0.0000 0.0000 62.667 0.25 5.32 -5.07 70 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5372 0.4127 0.0501 1 0 0.5284 0.4176 0.0540 1 0 0.5164 0.4241 0.0595
chr2 3701561 GGAA G 0.417063 0.050 1 -3 1 253 119 134 54 0 8 0 57 0 0 133 0 1 0.4538 0.0000 0.0075 13.875 0.20 3.81 -3.60 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2242 0.5375 0.2383 1 1 0.2272 0.5350 0.2378 1 1 0.2311 0.5318 0.2371
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 484 161 323 1 4 20 3 133 0 0 311 0 12 0.0062 0.0000 0.0372 6.950 0.00 8.37 -8.37 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9500 0.0500 2 2 0.0000 0.2229 0.7771 2 2 0.0000 0.0719 0.9281
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.050 1 -9 1 609 192 417 102 1 21 1 67 0 0 415 0 2 0.5312 0.0000 0.0048 8.143 0.35 8.54 -8.18 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7328 0.2549 0.0124 1 0 0.7227 0.2634 0.0138 1 0 0.7089 0.2751 0.0160
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 232 60 172 1 0 1 0 58 0 0 169 0 3 0.0167 0.0000 0.0174 59.000 1.00 3.10 -2.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5243 0.4757 2 2 0.0000 0.3023 0.6977 2 2 0.0000 0.2515 0.7485
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 331 110 221 48 0 15 0 47 0 0 221 0 0 0.4364 0.0000 0.0000 6.333 0.19 3.00 -2.81 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2473 0.5287 0.2240 1 1 0.2480 0.5265 0.2255 1 1 0.2488 0.5238 0.2274
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.050 1 39 2 620 217 403 3 1 106 3 104 0 0 403 0 0 0.0138 0.0000 0.0000 1.047 0.00 1.68 -1.68 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9339 0.0661 2 2 0.0000 0.4224 0.5776 2 2 0.0000 0.2279 0.7721
chr2 46480673 G GGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGGAGCA 0.500000 0.050 1 39 1 620 218 402 15 4 73 1 125 0 0 402 0 0 0.0688 0.0000 0.0000 1.986 2.60 1.72 0.88 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9813 0.0187
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 678 67 611 45 2 18 0 2 7 0 603 1 0 0.6716 0.0115 0.0131 2.824 3.62 6.50 -2.88 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1065 0.8935 0.0000 0 1 0.4512 0.5488 0.0000 0 0 0.5961 0.4039 0.0000
chr2 61134190 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 213 106 107 59 0 0 1 46 0 0 107 0 0 0.5566 0.0000 0.0000 105.000 0.17 1.17 -1.00 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3931 0.4893 0.1176 1 1 0.3883 0.4899 0.1217 1 1 0.3819 0.4908 0.1273
chr2 68538002 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 299 80 219 46 0 3 1 30 0 0 219 0 0 0.5750 0.0000 0.0000 25.667 0.24 3.53 -3.29 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4399 0.4603 0.0998 1 1 0.4330 0.4630 0.1040 1 1 0.4239 0.4664 0.1098
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 574 252 322 218 3 19 4 8 0 0 322 0 0 0.8651 0.0000 0.0000 12.000 0.47 3.62 -3.15 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4135 0.5865 0.0000 0 0 0.8735 0.1265 0.0000
chr2 71574204 C CAGGCGG 0.500000 0.050 1 6 2 373 139 234 80 0 14 1 44 0 0 228 1 5 0.5755 0.0000 0.0256 8.929 0.78 5.18 -4.41 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6188 0.3460 0.0351 1 0 0.6071 0.3544 0.0385 1 0 0.5911 0.3656 0.0433
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.050 1 3 1 653 173 480 9 62 41 2 59 0 4 471 0 5 0.0520 0.0000 0.0187 3.275 1.00 3.64 -2.64 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3336 0.5216 0.1447 1 1 0.3315 0.5199 0.1485 1 1 0.3286 0.5179 0.1536
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 658 180 478 78 3 38 0 61 0 0 470 1 7 0.4333 0.0000 0.0167 3.684 2.91 6.84 -3.93 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3746 0.5064 0.1190 1 1 0.3711 0.5058 0.1232 1 1 0.3662 0.5050 0.1288
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 505 107 398 52 0 4 0 51 0 0 397 0 1 0.4860 0.0000 0.0025 25.750 0.35 3.14 -2.79 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2341 0.5317 0.2341 1 1 0.2353 0.5293 0.2353 1 1 0.2368 0.5263 0.2368
chr2 75493442 CGCTGTCGCT C 0.500000 0.050 1 -9 1 504 177 327 163 0 11 0 3 0 0 325 0 2 0.9209 0.0000 0.0061 15.091 0.36 9.33 -8.97 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0170 0.9830 0.0000 0 0 0.6640 0.3360 0.0000 0 0 0.8859 0.1141 0.0000
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 400 151 249 7 1 11 7 125 0 0 248 0 1 0.0464 0.0000 0.0040 12.545 2.00 3.54 -1.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.8219 0.1781 2 2 0.0000 0.3832 0.6168
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 545 175 370 63 1 26 2 83 0 0 369 0 1 0.3600 0.0000 0.0027 5.731 0.40 3.08 -2.69 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0591 0.4210 0.5200 1 2 0.0631 0.4257 0.5112 1 2 0.0689 0.4318 0.4993
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 840 235 605 105 1 7 0 122 0 0 605 0 0 0.4468 0.0000 0.0000 37.833 0.32 8.52 -8.19 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0861 0.4991 0.4148 1 1 0.0905 0.4988 0.4107 1 1 0.0967 0.4984 0.4049
chr2 101007870 A AAAG 0.500000 0.050 1 3 4 610 175 435 101 0 3 0 71 0 0 429 0 6 0.5771 0.0000 0.0138 57.333 0.42 3.07 -2.65 65 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5399 0.4097 0.0503 1 0 0.5309 0.4149 0.0542 1 0 0.5187 0.4216 0.0597
chr2 101405989 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 189 110 79 103 0 4 0 3 0 0 79 0 0 0.9364 0.0000 0.0000 26.500 0.25 3.00 -2.75 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0907 0.9093 0.0000 0 0 0.6310 0.3690 0.0000 0 0 0.7948 0.2052 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.050 1 -22 1 506 143 363 134 0 8 0 1 0 0 362 0 1 0.9371 0.0000 0.0028 16.875 0.76 22.00 -21.24 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5267 0.4733 0.0000 0 0 0.8775 0.1225 0.0000 0 0 0.9219 0.0781 0.0000
chr2 109544250 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 327 106 221 86 4 10 4 2 0 0 221 0 0 0.8113 0.0000 0.0000 9.400 0.36 1.50 -1.14 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1467 0.8533 0.0000 0 0 0.5498 0.4502 0.0000 0 0 0.7021 0.2979 0.0000
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 144 68 76 59 0 1 0 8 0 0 76 0 0 0.8676 0.0000 0.0000 67.000 0.25 3.00 -2.75 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 0 1 0.1739 0.8261 0.0000
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 606 141 465 0 0 1 1 139 0 0 461 0 4 0.0000 0.0000 0.0086 140.000 5.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0279 0.9721 2 2 0.0000 0.0307 0.9693
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 399 144 255 125 0 17 0 2 0 1 254 0 0 0.8681 0.0000 0.0039 7.471 0.38 6.00 -5.62 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4764 0.5236 0.0000 0 0 0.8546 0.1454 0.0000 0 0 0.9069 0.0931 0.0000
chr2 130508978 GTGGTCTCCAGAAGTGCCCACGTTGCTCTTGCCACTCCCCCTGCAGCAGGGGAAGCAGTGGCAGCACCACTTGCCCATCTTGCTCCTGAGTGTCTTCATAGTGGAGTCGTCC G 0.500000 0.050 1 -111 1 311 128 183 60 5 38 4 21 0 0 183 0 0 0.4688 0.0000 0.0000 2.263 1.22 2.43 -1.21 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7494 0.2357 0.0149 1 0 0.7356 0.2474 0.0170 1 0 0.7164 0.2634 0.0202
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 193 39 154 0 1 6 15 17 0 1 151 0 2 0.0000 0.0000 0.0195 3.500 1.53 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3773 0.6227 2 2 0.0000 0.3702 0.6298 2 2 0.0000 0.3646 0.6354
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 208 70 138 1 0 16 1 52 0 0 133 1 4 0.0143 0.0000 0.0362 3.375 4.00 7.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5435 0.4565 2 2 0.0000 0.3184 0.6816 2 2 0.0000 0.2655 0.7345
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 208 88 120 38 2 11 4 33 0 0 119 0 1 0.4318 0.0000 0.0083 7.000 2.42 6.18 -3.76 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2660 0.5220 0.2120 1 1 0.2659 0.5204 0.2137 1 1 0.2657 0.5183 0.2160
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.050 1 -13 3 212 89 123 35 0 27 0 27 0 0 121 0 2 0.3933 0.0000 0.0163 2.296 0.14 10.33 -10.19 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3165 0.5087 0.1748 1 1 0.3143 0.5080 0.1777 1 1 0.3114 0.5072 0.1814
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 2 542 167 375 141 0 21 0 5 0 0 375 0 0 0.8443 0.0000 0.0000 6.952 0.20 2.60 -2.40 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0099 0.9901 0.0000 0 0 0.5349 0.4651 0.0000 0 0 0.8209 0.1791 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.050 1 3 4 325 164 161 1 0 4 1 158 0 0 152 0 9 0.0061 0.0000 0.0559 40.000 0.00 3.16 -3.16 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0696 0.9304 2 2 0.0000 0.0301 0.9699 2 2 0.0000 0.0252 0.9748
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 431 205 226 195 3 2 1 4 0 0 226 0 0 0.9512 0.0000 0.0000 101.000 0.78 4.25 -3.47 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1441 0.8559 0.0000 0 0 0.8823 0.1177 0.0000 0 0 0.9569 0.0431 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 787 184 603 87 0 6 1 90 0 0 601 0 2 0.4728 0.0000 0.0033 29.667 0.22 4.43 -4.21 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1626 0.5441 0.2933 1 1 0.1662 0.5408 0.2930 1 1 0.1709 0.5366 0.2925
chr2 185788795 A AGAT 0.500000 0.050 1 3 1 614 164 450 75 0 7 0 82 0 0 445 0 5 0.4573 0.0000 0.0111 22.429 0.19 3.21 -3.02 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1151 0.5078 0.3771 1 1 0.1194 0.5071 0.3735 1 1 0.1251 0.5062 0.3687
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 331 138 193 9 2 28 48 51 0 0 191 0 2 0.0652 0.0000 0.0104 2.826 0.33 3.08 -2.75 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9892 0.0108 2 1 0.0000 0.8337 0.1663
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 332 134 198 13 3 14 48 56 0 0 198 0 0 0.0970 0.0000 0.0000 5.143 0.15 3.18 -3.02 9 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9578 0.0422
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 250 75 175 37 7 13 2 16 0 0 175 0 0 0.4933 0.0000 0.0000 4.231 0.65 0.94 -0.29 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5764 0.3717 0.0519 1 0 0.5647 0.3794 0.0558 1 0 0.5491 0.3896 0.0613
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 309 68 241 32 14 12 2 8 0 2 239 0 0 0.4706 0.0000 0.0083 4.400 1.66 2.88 -1.22 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0424 0.9564 0.0012 0 1 0.0093 0.9907 0.0000 0 1 0.0934 0.9066 0.0000
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 282 96 186 0 0 3 0 93 0 0 184 0 2 0.0000 0.0000 0.0108 31.000 3.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0839 0.9161 2 2 0.0000 0.0876 0.9124 2 2 0.0000 0.0930 0.9070
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 611 163 448 0 0 17 1 145 0 0 440 1 7 0.0000 0.0000 0.0179 8.588 7.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0201 0.9799 2 2 0.0000 0.0217 0.9783 2 2 0.0000 0.0241 0.9759
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 979 251 728 110 0 57 1 83 0 0 722 1 5 0.4382 0.0000 0.0082 3.404 0.78 7.08 -6.30 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4806 0.4536 0.0658 1 0 0.4738 0.4562 0.0700 1 0 0.4645 0.4596 0.0759
chr2 219496868 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 498 177 321 108 0 0 0 69 0 0 319 0 2 0.6102 0.0000 0.0062 177.000 0.69 1.52 -0.84 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7016 0.2803 0.0181 1 0 0.6890 0.2906 0.0204 1 0 0.6716 0.3044 0.0240
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 649 199 450 108 2 6 2 81 0 0 396 0 54 0.5427 0.0000 0.1200 32.000 0.40 14.43 -14.03 18 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0394 0.4014 0.5592 1 2 0.0430 0.4065 0.5505 1 2 0.0481 0.4133 0.5386
chr2 231460703 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 757 157 600 72 0 10 1 74 0 0 598 0 2 0.4586 0.0000 0.0033 14.700 0.26 3.34 -3.07 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1751 0.5379 0.2870 1 1 0.1783 0.5350 0.2867 1 1 0.1824 0.5314 0.2861
chr2 231594078 T TGCGCTACCTGACCAGCCAC 0.500000 0.050 1 19 1 539 180 359 60 0 24 0 96 0 0 358 1 0 0.3333 0.0000 0.0028 6.500 0.72 10.85 -10.14 12 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0182 0.2749 0.7068 1 2 0.0206 0.2855 0.6939 1 2 0.0242 0.2997 0.6762
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 373 149 224 73 0 1 3 72 0 0 221 0 3 0.4899 0.0000 0.0134 145.000 0.41 4.10 -3.69 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1819 0.5401 0.2780 1 1 0.1849 0.5370 0.2781 1 1 0.1888 0.5333 0.2779
chr2 233521093 T TTTC 0.500000 0.050 1 3 1 183 66 117 60 0 4 0 2 0 0 117 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 15.500 0.15 3.50 -3.35 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1474 0.8526 0.0000 0 0 0.5359 0.4641 0.0000 0 0 0.6671 0.3329 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.050 1 4 2 262 109 153 47 0 6 0 56 0 0 150 0 3 0.4312 0.0000 0.0196 17.167 0.09 3.95 -3.86 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1177 0.4895 0.3927 1 1 0.1218 0.4902 0.3880 1 1 0.1274 0.4910 0.3816
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 462 143 319 0 0 29 8 106 0 0 316 0 3 0.0000 0.0000 0.0094 3.931 3.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0501 0.9499 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr2 241096100 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 660 201 459 110 1 10 0 80 0 0 459 0 0 0.5473 0.0000 0.0000 19.000 0.18 2.96 -2.78 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6257 0.3445 0.0298 1 0 0.6145 0.3526 0.0329 1 0 0.5993 0.3633 0.0374
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 537 147 390 80 0 3 0 64 0 0 389 0 1 0.5442 0.0000 0.0026 48.000 0.29 2.19 -1.90 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4230 0.4811 0.0960 1 1 0.4175 0.4821 0.1003 1 1 0.4102 0.4836 0.1062
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 483 120 363 59 0 3 0 58 0 1 357 0 5 0.4917 0.0000 0.0165 39.000 0.29 3.12 -2.83 9 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0440 0.5043 0.4516 1 1 0.0447 0.5028 0.4525 1 1 0.0456 0.5010 0.4534
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 353 81 272 37 0 14 0 30 0 0 253 1 18 0.4568 0.0000 0.0699 4.786 1.11 13.83 -12.73 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2389 0.5847 0.1764 1 1 0.2451 0.5819 0.1730 1 1 0.2534 0.5781 0.1685
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCAGCCCGCGCCGCA 0.034887 0.050 1 24 2 353 81 272 37 0 16 0 28 0 0 253 1 18 0.4568 0.0000 0.0699 4.062 1.11 13.96 -12.86 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3335 0.6335 0.0330 1 1 0.3397 0.6280 0.0324 1 1 0.3478 0.6207 0.0315
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.050 1 6 2 512 118 394 110 1 2 1 4 0 0 394 0 0 0.9322 0.0000 0.0000 58.000 0.55 6.50 -5.95 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 1 0.3600 0.6400 0.0000 0 0 0.6924 0.3076 0.0000
chr3 37998943 A ACAC 0.500000 0.050 1 3 1 577 189 388 174 0 6 0 9 0 0 388 0 0 0.9206 0.0000 0.0000 30.500 0.44 3.00 -2.56 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1520 0.8480 0.0000 0 0 0.6957 0.3043 0.0000
chr3 40462027 G GTGCTGCTGCTGCTGC 0.500000 0.050 1 15 3 879 328 551 190 116 1 2 19 3 6 517 8 17 0.5793 0.0054 0.0617 323.000 4.41 8.63 -4.23 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 826 275 551 4 2 62 11 196 0 0 539 0 12 0.0145 0.0000 0.0218 3.435 0.25 5.60 -5.35 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9751 0.0249 2 2 0.0000 0.1820 0.8180 2 2 0.0000 0.0451 0.9549
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 826 275 551 5 2 75 1 192 0 0 539 0 12 0.0182 0.0000 0.0218 2.653 1.00 5.87 -4.87 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9866 0.0134 2 2 0.0000 0.2543 0.7457 2 2 0.0000 0.0647 0.9353
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 510 155 355 0 0 5 2 148 0 0 352 0 3 0.0000 0.0000 0.0085 37.500 2.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0205 0.9795 2 2 0.0000 0.0221 0.9779 2 2 0.0000 0.0245 0.9755
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 338 144 194 0 1 3 0 140 0 0 190 0 4 0.0000 0.0000 0.0206 46.667 3.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0289 0.9711 2 2 0.0000 0.0306 0.9694 2 2 0.0000 0.0333 0.9667
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 639 160 479 0 0 17 15 128 0 0 472 1 6 0.0000 0.0000 0.0146 8.353 3.23 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0222 0.9778 2 2 0.0000 0.0240 0.9760 2 2 0.0000 0.0265 0.9735
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.050 1 -6 3 504 164 340 135 0 24 0 5 0 0 340 0 0 0.8232 0.0000 0.0000 5.833 0.39 5.20 -4.81 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4985 0.5015 0.0000 0 0 0.7993 0.2007 0.0000
chr3 50118454 TGAGA T 0.500000 0.050 1 -4 1 201 63 138 48 0 13 0 2 0 0 138 0 0 0.7619 0.0000 0.0000 4.167 0.21 4.50 -4.29 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1155 0.8845 0.0000 0 1 0.4672 0.5328 0.0000 0 0 0.6051 0.3949 0.0000
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.050 1 6 1 540 167 373 8 1 38 1 119 0 0 360 0 13 0.0479 0.0000 0.0349 3.395 0.50 5.37 -4.87 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9138 0.0862 2 1 0.0000 0.5001 0.4999
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 207 105 102 0 0 6 0 99 0 0 100 0 2 0.0000 0.0000 0.0196 16.500 7.22 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 283 92 191 31 0 6 1 54 0 0 189 0 2 0.3370 0.0000 0.0105 14.333 0.13 2.96 -2.83 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0452 0.3641 0.5907 1 2 0.0490 0.3720 0.5791 1 2 0.0543 0.3823 0.5634
chr3 98264643 TTGTAACCAC T 0.500000 0.050 1 -9 3 834 210 624 103 0 19 0 88 0 0 615 0 9 0.4905 0.0000 0.0144 10.053 0.26 9.41 -9.15 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2898 0.5501 0.1601 1 1 0.2898 0.5463 0.1638 1 1 0.2897 0.5416 0.1688
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 545 144 401 75 0 4 0 65 0 0 401 0 0 0.5208 0.0000 0.0000 35.000 0.48 1.45 -0.97 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3546 0.5134 0.1320 1 1 0.3517 0.5123 0.1360 1 1 0.3477 0.5109 0.1413
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 406 130 276 66 0 8 0 56 0 0 275 0 1 0.5077 0.0000 0.0036 15.250 0.17 1.36 -1.19 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3448 0.5136 0.1417 1 1 0.3421 0.5125 0.1454 1 1 0.3383 0.5112 0.1505
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.050 1 8 2 270 125 145 62 0 9 0 54 0 0 139 0 6 0.4960 0.0000 0.0414 12.889 0.21 6.81 -6.61 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2549 0.5360 0.2091 1 1 0.2555 0.5333 0.2112 1 1 0.2562 0.5299 0.2140
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 123 48 75 19 0 3 2 24 0 0 75 0 0 0.3958 0.0000 0.0000 15.000 0.16 1.62 -1.47 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1739 0.5016 0.3245 1 1 0.1767 0.5015 0.3219 1 1 0.1803 0.5013 0.3184
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1237 310 927 0 0 82 103 125 0 0 924 0 3 0.0000 0.0000 0.0032 2.744 3.00 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr3 113657263 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1242 323 919 129 4 72 13 105 0 0 918 0 1 0.3994 0.0000 0.0011 3.493 2.56 8.47 -5.91 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4031 0.5095 0.0874 1 1 0.3997 0.5084 0.0919 1 1 0.3948 0.5071 0.0981
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.050 1 12 1 521 164 357 61 0 23 0 80 0 0 357 0 0 0.3720 0.0000 0.0000 6.130 0.30 7.99 -7.69 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0734 0.4462 0.4804 1 2 0.0777 0.4495 0.4729 1 2 0.0836 0.4537 0.4627
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 594 164 430 95 0 6 0 63 0 0 427 0 3 0.5793 0.0000 0.0070 26.333 0.14 3.06 -2.93 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6107 0.3546 0.0347 1 0 0.5995 0.3624 0.0381 1 0 0.5843 0.3728 0.0429
chr3 125055821 G GCAT 0.500000 0.050 1 3 2 325 89 236 50 0 1 1 37 0 0 233 0 3 0.5618 0.0000 0.0127 88.000 0.84 3.41 -2.57 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3518 0.5038 0.1444 1 1 0.3485 0.5035 0.1481 1 1 0.3440 0.5031 0.1529
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.050 1 -4 1 354 137 217 71 0 7 0 59 0 0 214 0 3 0.5182 0.0000 0.0138 18.571 0.20 4.22 -4.02 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3426 0.5166 0.1407 1 1 0.3401 0.5153 0.1446 1 1 0.3366 0.5137 0.1497
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 208 112 96 2 0 0 0 110 0 0 96 0 0 0.0179 0.0000 0.0000 112.000 0.50 1.96 -1.46 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6182 0.3818 2 2 0.0000 0.2012 0.7988 2 2 0.0000 0.1308 0.8692
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 406 146 260 75 1 1 0 69 0 0 260 0 0 0.5137 0.0000 0.0000 145.000 1.13 2.19 -1.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3135 0.5296 0.1570 1 1 0.3122 0.5273 0.1605 1 1 0.3103 0.5245 0.1652
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 613 158 455 124 3 23 0 8 0 0 455 0 0 0.7848 0.0000 0.0000 5.870 0.44 2.25 -1.81 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0989 0.9011 0.0000 0 0 0.5179 0.4821 0.0000
chr3 195726146 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 1996 578 1418 274 1 21 2 280 0 1 1417 0 0 0.4740 0.0000 0.0007 26.524 1.24 2.31 -1.07 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1228 0.6541 0.2231 1 1 0.1286 0.6432 0.2283 1 1 0.1362 0.6292 0.2346
chr3 195788564 C CGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGCATCGGTGACATGAAGAGGGGTGGT 0.500000 0.050 1 48 2 464 108 356 87 1 15 0 5 0 0 355 1 0 0.8056 0.0000 0.0028 6.200 0.84 6.40 -5.56 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1493 0.8507 0.0000 0 1 0.4782 0.5218 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 834 177 657 93 0 18 0 66 1 0 641 0 15 0.5254 0.0015 0.0244 8.833 0.41 12.92 -12.52 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3878 0.5050 0.1072 1 1 0.3841 0.5044 0.1115 1 1 0.3788 0.5037 0.1174
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 292 124 168 24 4 5 81 10 0 0 167 0 1 0.1935 0.0000 0.0060 119.000 0.17 8.80 -8.63 16 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0016 0.0881 0.9103 1 2 0.0020 0.0981 0.8999 2 1 0.0006 0.7950 0.2044
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 292 124 168 0 0 21 2 101 0 0 167 0 1 0.0000 0.0000 0.0060 4.905 8.12 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0681 0.9319 2 2 0.0000 0.0714 0.9286 2 2 0.0000 0.0764 0.9236
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 628 117 511 0 0 0 0 117 0 0 398 3 110 0.0000 0.0000 0.2211 117.000 15.85 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr4 3074945 A ACCGCCGCCG 0.064236 0.050 1 9 2 562 230 332 77 2 60 4 87 1 1 324 1 5 0.3348 0.0030 0.0241 2.817 6.78 9.71 -2.93 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2392 0.6844 0.0764 1 1 0.2479 0.6775 0.0746 1 1 0.2595 0.6682 0.0723
chr4 4197221 GCGTTGC G 0.061581 0.050 1 -6 2 462 125 337 66 0 2 0 57 0 0 334 0 3 0.5280 0.0000 0.0089 61.500 0.39 6.51 -6.11 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5102 0.4713 0.0185 1 0 0.5100 0.4711 0.0189 1 0 0.5096 0.4709 0.0195
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.050 1 18 1 728 157 571 82 0 15 0 60 0 0 549 0 22 0.5223 0.0000 0.0385 9.467 0.38 14.40 -14.02 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2250 0.5499 0.2250 1 1 0.2269 0.5462 0.2269 1 1 0.2293 0.5415 0.2293
chr4 70158708 CCCTGTTGCAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCACCTGTTGGAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCA C 0.500000 0.050 1 -60 4 603 208 395 90 0 61 0 57 0 0 395 0 0 0.4327 0.0000 0.0000 2.410 0.27 3.04 -2.77 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6638 0.3108 0.0254 1 0 0.6513 0.3204 0.0283 1 0 0.6343 0.3332 0.0325
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 435 110 325 101 1 4 0 4 0 3 322 0 0 0.9182 0.0000 0.0092 26.500 1.92 3.75 -1.83 71 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0201 0.9799 0.0000 0 1 0.4791 0.5209 0.0000 0 0 0.7366 0.2634 0.0000
chr4 76144165 C CTGT 0.500000 0.050 1 3 1 384 140 244 78 0 2 1 59 0 0 243 0 1 0.5571 0.0000 0.0041 68.500 0.15 3.64 -3.49 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4557 0.4612 0.0832 1 1 0.4489 0.4636 0.0875 1 1 0.4399 0.4667 0.0934
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 18 1 2454 518 1936 205 13 134 8 158 4 4 1900 7 21 0.3958 0.0021 0.0186 2.857 2.15 8.55 -6.40 49 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5881 0.3886 0.0233 1 0 0.5808 0.3931 0.0261 1 0 0.5705 0.3994 0.0302
chr4 87614861 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.050 1 -18 1 2941 742 2199 374 12 68 11 277 8 8 2160 8 15 0.5040 0.0036 0.0177 9.985 1.56 12.60 -11.04 108 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9553 0.0446 0.0001 1 0 0.9502 0.0497 0.0001 1 0 0.9424 0.0574 0.0002
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 3835 848 2987 10 10 41 23 764 54 56 2659 162 56 0.0118 0.0181 0.1098 19.415 4.00 8.64 -4.64 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3388 1040 2348 4 15 197 59 765 250 42 1986 36 34 0.0038 0.1065 0.1542 4.207 8.25 8.30 -0.05 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 153 65 88 26 0 2 0 37 0 0 87 0 1 0.4000 0.0000 0.0114 31.500 0.04 2.89 -2.85 4 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1221 0.4779 0.4000 1 1 0.1261 0.4794 0.3945 1 1 0.1314 0.4814 0.3872
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 714 177 537 88 0 5 0 84 0 0 537 0 0 0.4972 0.0000 0.0000 34.400 0.59 3.82 -3.23 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2704 0.5475 0.1821 1 1 0.2709 0.5440 0.1852 1 1 0.2713 0.5395 0.1892
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 624 254 370 0 0 26 13 215 0 0 367 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 8.769 3.03 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.050 1 3 2 559 207 352 8 1 56 4 138 0 0 346 4 2 0.0386 0.0000 0.0170 2.679 0.25 3.26 -3.01 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8605 0.1395 2 2 0.0000 0.3842 0.6158
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 273 125 148 106 1 16 0 2 0 0 148 0 0 0.8480 0.0000 0.0000 6.750 0.58 6.50 -5.92 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3600 0.6400 0.0000 0 0 0.7859 0.2141 0.0000 0 0 0.8604 0.1396 0.0000
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 207 89 118 0 0 26 1 62 0 0 117 0 1 0.0000 0.0000 0.0085 2.423 5.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1665 0.8335 2 2 0.0000 0.1710 0.8290 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 2 980 200 780 108 0 4 0 88 0 0 775 0 5 0.5400 0.0000 0.0064 49.000 0.58 3.28 -2.70 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4090 0.4982 0.0928 1 1 0.4048 0.4980 0.0973 1 1 0.3989 0.4978 0.1033
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 781 172 609 0 0 21 2 149 0 0 604 0 5 0.0000 0.0000 0.0082 7.190 3.59 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0194 0.9806 2 2 0.0000 0.0209 0.9791 2 2 0.0000 0.0232 0.9768
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 422 70 352 2 3 39 4 22 0 0 342 0 10 0.0286 0.0000 0.0284 0.718 1.50 11.36 -9.86 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9653 0.0347 2 1 0.0000 0.7647 0.2353 2 1 0.0000 0.6039 0.3961
chr5 73447202 GGCGGCGGCGGCCTGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 539 164 375 148 1 10 1 4 1 0 371 1 2 0.9024 0.0027 0.0107 17.000 1.03 12.00 -10.97 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.2504 0.7496 0.0000 0 0 0.7056 0.2944 0.0000
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 566 142 424 134 1 1 0 6 0 0 424 0 0 0.9437 0.0000 0.0000 141.000 0.22 3.17 -2.95 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.3367 0.6633 0.0000 0 0 0.7322 0.2678 0.0000
chr5 80082461 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 237 111 126 107 0 0 0 4 0 0 126 0 0 0.9640 0.0000 0.0000 111.000 0.20 1.00 -0.80 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0217 0.9783 0.0000 0 1 0.4929 0.5071 0.0000 0 0 0.7464 0.2536 0.0000
chr5 80654905 G GCCGCAGCGC 0.500000 0.050 1 9 2 343 109 234 54 1 17 3 34 1 0 233 0 0 0.4954 0.0043 0.0043 5.353 1.72 7.26 -5.54 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4959 0.4298 0.0743 1 0 0.4872 0.4343 0.0785 1 0 0.4756 0.4400 0.0844
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 289 103 186 99 0 1 0 3 0 0 186 0 0 0.9612 0.0000 0.0000 102.000 0.13 3.33 -3.20 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0827 0.9173 0.0000 0 0 0.6076 0.3924 0.0000 0 0 0.7786 0.2214 0.0000
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 190 98 92 89 1 2 0 6 0 0 92 0 0 0.9082 0.0000 0.0000 48.000 0.07 3.50 -3.43 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1434 0.8566 0.0000 0 1 0.4820 0.5180 0.0000
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 313 124 189 92 7 22 0 3 0 0 189 0 0 0.7419 0.0000 0.0000 4.636 1.02 5.00 -3.98 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0824 0.9176 0.0000 0 0 0.6065 0.3935 0.0000 0 0 0.7778 0.2222 0.0000
chr5 129461622 T TCCCGGC 0.500000 0.050 1 6 3 520 142 378 127 0 13 0 2 1 0 377 0 0 0.8944 0.0026 0.0026 9.923 0.54 6.50 -5.96 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4890 0.5110 0.0000 0 0 0.8607 0.1393 0.0000 0 0 0.9109 0.0891 0.0000
chr5 134114929 GGGGCGGCGC G 0.500000 0.050 1 -9 5 257 73 184 66 0 4 0 3 0 0 184 0 0 0.9041 0.0000 0.0000 17.250 1.70 10.00 -8.30 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0378 0.9622 0.0000 0 1 0.4071 0.5929 0.0000 0 0 0.6147 0.3853 0.0000
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.050 1 -3 1 182 64 118 2 0 1 0 61 0 0 117 0 1 0.0312 0.0000 0.0085 63.000 0.50 3.33 -2.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8461 0.1539 2 2 0.0000 0.4518 0.5482 2 2 0.0000 0.3224 0.6776
chr5 140801721 CTGAA C 0.500000 0.050 1 -4 1 894 210 684 197 0 2 0 11 0 0 683 0 1 0.9381 0.0000 0.0015 104.000 0.45 4.55 -4.09 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0409 0.9591 0.0000 0 0 0.5654 0.4346 0.0000
chr5 141387924 CTGCCAG C 0.500000 0.050 1 -6 2 660 190 470 179 0 6 0 5 0 1 469 0 0 0.9421 0.0000 0.0021 30.667 0.37 4.80 -4.43 93 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0258 0.9742 0.0000 0 0 0.7500 0.2500 0.0000 0 0 0.9209 0.0791 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 458 114 344 4 0 11 1 98 0 0 322 1 21 0.0351 0.0000 0.0640 9.364 1.00 7.90 -6.90 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9703 0.0297 2 2 0.0000 0.4225 0.5775 2 2 0.0000 0.1956 0.8044
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 15 1 478 140 338 0 0 30 0 110 0 0 313 1 24 0.0000 0.0000 0.0740 3.793 10.76 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0329 0.9671 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0384 0.9616
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 18 1 478 140 338 0 1 30 0 109 0 0 314 1 23 0.0000 0.0000 0.0710 3.793 10.78 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1369 0.8631 2 2 0.0000 0.0675 0.9325 2 2 0.0000 0.0565 0.9435
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 698 152 546 84 0 1 0 67 0 0 546 0 0 0.5526 0.0000 0.0000 151.000 0.87 1.67 -0.80 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4496 0.4667 0.0837 1 1 0.4433 0.4686 0.0881 1 1 0.4347 0.4712 0.0940
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 413 157 256 88 0 4 0 65 0 0 255 0 1 0.5605 0.0000 0.0039 38.250 2.30 4.46 -2.17 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5189 0.4221 0.0589 1 0 0.5102 0.4267 0.0630 1 0 0.4985 0.4328 0.0687
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.050 1 -15 1 408 160 248 53 3 11 8 85 0 0 248 0 0 0.3312 0.0000 0.0000 13.545 3.57 11.91 -8.34 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0188 0.2758 0.7054 1 2 0.0212 0.2864 0.6924 1 2 0.0248 0.3007 0.6745
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 408 145 263 0 54 9 2 80 0 0 260 0 3 0.0000 0.0000 0.0114 15.111 4.75 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0313 0.3338 0.6349 1 2 0.0345 0.3426 0.6229 1 2 0.0391 0.3544 0.6065
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 218 84 134 36 1 7 0 40 0 0 134 0 0 0.4286 0.0000 0.0000 11.000 0.75 2.98 -2.23 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2060 0.5210 0.2730 1 1 0.2079 0.5194 0.2727 1 1 0.2105 0.5174 0.2721
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 480 125 355 65 0 5 0 55 0 0 352 0 3 0.5200 0.0000 0.0085 24.000 1.05 3.87 -2.83 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3180 0.5229 0.1591 1 1 0.3163 0.5211 0.1626 1 1 0.3139 0.5189 0.1671
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 510 226 284 167 9 45 0 5 1 0 283 0 0 0.7389 0.0035 0.0035 4.000 1.01 3.60 -2.59 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0239 0.9761 0.0000 0 0 0.7352 0.2648 0.0000 0 0 0.9153 0.0847 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 667 126 541 67 1 21 1 36 0 0 541 0 0 0.5317 0.0000 0.0000 5.000 0.70 3.31 -2.60 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6503 0.3193 0.0303 1 0 0.6376 0.3289 0.0335 1 0 0.6203 0.3417 0.0380
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 543 133 410 54 0 24 0 55 1 0 407 0 2 0.4060 0.0024 0.0073 4.542 0.57 3.75 -3.17 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2056 0.5324 0.2620 1 1 0.2075 0.5299 0.2625 1 1 0.2101 0.5268 0.2631
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 677 157 520 57 1 24 4 71 1 2 511 1 5 0.3631 0.0019 0.0173 5.542 2.05 4.03 -1.98 25 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1459 0.5859 0.2682 1 1 0.1535 0.5853 0.2612 1 1 0.1637 0.5842 0.2520
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 624 144 480 63 3 14 0 64 1 4 467 4 4 0.4375 0.0021 0.0271 9.286 1.22 3.75 -2.53 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3286 0.5534 0.1180 1 1 0.3318 0.5498 0.1184 1 1 0.3359 0.5452 0.1189
chr6 2766129 GGGCGACGGCGAT G 0.033108 0.050 1 -12 1 534 163 371 153 0 8 0 2 0 0 371 0 0 0.9387 0.0000 0.0000 19.375 0.71 12.50 -11.79 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9813 0.0187 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1028 218 810 91 54 61 1 11 0 1 808 0 1 0.4174 0.0000 0.0025 2.690 2.78 4.82 -2.04 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0268 0.9732 0.0000 0 0 0.5315 0.4685 0.0000
chr6 16327684 A ATGC 0.101269 0.050 1 3 1 1031 279 752 114 7 56 2 100 0 0 752 0 0 0.4086 0.0000 0.0000 4.018 3.67 3.18 0.49 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6267 0.3622 0.0111 1 0 0.6227 0.3654 0.0118 1 0 0.6172 0.3699 0.0129
chr6 28073889 A ACC 0.080153 0.050 1 2 1 669 132 537 121 0 6 0 5 0 0 537 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 21.000 0.40 2.00 -1.60 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0647 0.9353 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000 0 0 0.9702 0.0298 0.0000
chr6 29417831 G GCTGGCCTGTGGGAACA 0.281779 0.050 1 16 3 595 126 469 69 0 6 0 51 1 0 460 0 8 0.5476 0.0021 0.0192 20.000 0.28 11.35 -11.08 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4811 0.4553 0.0636 1 0 0.4778 0.4563 0.0659 1 0 0.4733 0.4577 0.0690
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 459 136 323 68 0 0 0 68 0 0 323 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 136.000 0.16 1.07 -0.91 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2293 0.5414 0.2293 1 1 0.2308 0.5383 0.2308 1 1 0.2328 0.5344 0.2328
chr6 31028710 GACC G 0.500000 0.050 1 -3 1 2565 524 2041 224 8 70 6 216 2 3 1978 20 38 0.4275 0.0010 0.0309 6.746 1.62 4.62 -3.00 30 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0096 0.3034 0.6869 1 2 0.0112 0.3104 0.6784 1 2 0.0136 0.3201 0.6663
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 874 238 636 135 1 5 0 97 0 0 636 0 0 0.5672 0.0000 0.0000 46.600 1.11 3.92 -2.81 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7103 0.2747 0.0150 1 0 0.6983 0.2846 0.0171 1 0 0.6815 0.2981 0.0203
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.050 1 -1 4 555 155 400 86 1 1 0 67 0 0 399 0 1 0.5548 0.0000 0.0025 154.000 0.33 2.25 -1.93 30 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4767 0.4504 0.0729 1 0 0.4695 0.4534 0.0771 1 0 0.4596 0.4573 0.0831
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 602 156 446 143 0 7 0 6 0 0 446 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 21.286 0.26 1.83 -1.57 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.3874 0.6126 0.0000 0 0 0.7694 0.2306 0.0000
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 718 204 514 0 84 5 2 113 0 1 512 0 1 0.0000 0.0000 0.0039 39.800 9.14 0 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0101 0.2187 0.7712 1 2 0.0117 0.2300 0.7583 1 2 0.0142 0.2456 0.7402
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 718 204 514 87 3 6 1 107 1 0 512 0 1 0.4265 0.0019 0.0039 49.500 1.51 9.64 -8.13 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0790 0.4778 0.4432 1 1 0.0834 0.4789 0.4377 1 1 0.0894 0.4804 0.4302
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.050 1 -12 1 536 168 368 97 0 11 0 60 0 0 365 0 3 0.5774 0.0000 0.0082 14.273 0.60 11.12 -10.52 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6723 0.3044 0.0233 1 0 0.6599 0.3141 0.0260 1 0 0.6428 0.3271 0.0301
chr6 31772986 A ACAGGCTCCATGGGG 0.500000 0.050 1 14 2 481 153 328 140 2 8 0 3 0 0 325 0 3 0.9150 0.0000 0.0091 18.000 0.13 9.33 -9.20 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.3756 0.6244 0.0000 0 0 0.7633 0.2367 0.0000
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 530 159 371 0 0 11 0 148 0 0 368 0 3 0.0000 0.0000 0.0081 13.455 3.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0261 0.9739
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 653 241 412 187 1 7 0 46 0 0 412 0 0 0.7759 0.0000 0.0000 33.429 4.64 8.37 -3.73 59 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9976 0.0024 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 651 230 421 176 3 6 0 45 0 0 420 0 1 0.7652 0.0000 0.0024 37.167 4.85 8.47 -3.62 64 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9963 0.0037 0.0000 0 1 0.1265 0.8735 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.050 1 2 2 193 83 110 52 1 1 2 27 1 0 105 0 4 0.6265 0.0091 0.0455 82.000 6.19 8.96 -2.77 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5239 0.4110 0.0652 1 0 0.5142 0.4165 0.0693 1 0 0.5012 0.4237 0.0751
chr6 40379364 G GC 0.500000 0.050 1 1 2 526 161 365 2 0 5 2 152 0 0 360 0 5 0.0124 0.0000 0.0137 39.000 0.00 1.43 -1.43 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3157 0.6843 2 2 0.0000 0.0709 0.9291 2 2 0.0000 0.0452 0.9548
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 595 151 444 0 0 1 0 150 0 0 440 0 4 0.0000 0.0000 0.0090 150.000 3.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 322 136 186 66 0 19 0 51 0 0 182 0 4 0.4853 0.0000 0.0215 6.158 0.33 5.86 -5.53 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3727 0.5017 0.1256 1 1 0.3689 0.5014 0.1296 1 1 0.3638 0.5012 0.1351
chr6 44002766 CGCGGCG C 0.500000 0.050 1 -6 1 536 119 417 47 2 36 0 34 2 0 414 0 1 0.3950 0.0048 0.0072 2.278 1.19 7.65 -6.46 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4514 0.4554 0.0932 1 1 0.4442 0.4584 0.0975 1 1 0.4346 0.4621 0.1033
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 806 193 613 3 0 99 2 89 0 0 551 0 62 0.0155 0.0000 0.1011 0.939 11.00 4.03 6.97 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.7401 0.2599 2 2 0.0000 0.1459 0.8541 2 2 0.0000 0.0725 0.9275
chr6 84174775 T TTCCTGTTGTTTCTTTAGTTCTTCCAACTTATTTTCTAGTTCTTTC 0.500000 0.050 1 45 5 341 110 231 41 0 24 0 45 0 0 231 0 0 0.3727 0.0000 0.0000 3.583 0.39 0.58 -0.19 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1926 0.5214 0.2860 1 1 0.1950 0.5198 0.2852 1 1 0.1982 0.5177 0.2841
chr6 84186595 TTTC T 0.500000 0.050 1 -3 1 373 109 264 62 0 2 0 45 0 0 263 0 1 0.5688 0.0000 0.0038 53.500 0.21 2.84 -2.63 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4464 0.4619 0.0918 1 1 0.4396 0.4643 0.0961 1 1 0.4306 0.4675 0.1019
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 755 161 594 61 6 36 3 55 0 0 581 1 12 0.3789 0.0000 0.0219 3.472 0.72 4.22 -3.50 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1867 0.5373 0.2760 1 1 0.1896 0.5345 0.2760 1 1 0.1932 0.5309 0.2758
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 919 176 743 0 0 10 0 166 0 0 737 0 6 0.0000 0.0000 0.0081 16.600 3.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0130 0.9870 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr6 116792598 A AGG 0.500000 0.050 1 2 1 742 181 561 166 1 2 0 12 0 0 561 0 0 0.9171 0.0000 0.0000 89.500 0.36 6.58 -6.23 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0199 0.9801 0.0000 0 1 0.3879 0.6121 0.0000
chr6 148343106 T TGAGCCC 0.500000 0.050 1 6 2 413 185 228 155 1 25 0 4 0 0 228 0 0 0.8378 0.0000 0.0000 6.400 0.28 6.00 -5.72 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0688 0.9312 0.0000 0 0 0.7642 0.2358 0.0000 0 0 0.9049 0.0951 0.0000
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 1023 256 767 9 0 15 0 232 0 0 761 0 6 0.0352 0.0000 0.0078 16.067 0.56 3.10 -2.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.5352 0.4648 2 2 0.0000 0.0862 0.9138
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 711 297 414 159 0 47 0 91 0 0 406 0 8 0.5354 0.0000 0.0193 5.319 0.26 15.19 -14.92 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8743 0.1234 0.0023 1 0 0.8637 0.1334 0.0029 1 0 0.8483 0.1478 0.0038
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 463 148 315 0 0 4 0 144 0 0 314 0 1 0.0000 0.0000 0.0032 36.000 5.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0272 0.9728 2 2 0.0000 0.0300 0.9700
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 231 76 155 70 0 4 0 2 0 0 155 0 0 0.9211 0.0000 0.0000 18.000 1.26 12.00 -10.74 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1819 0.8181 0.0000 0 0 0.5964 0.4036 0.0000 0 0 0.7180 0.2820 0.0000
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 231 73 158 65 0 4 0 4 0 0 158 0 0 0.8904 0.0000 0.0000 17.250 0.97 10.50 -9.53 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0074 0.9926 0.0000 0 1 0.2557 0.7443 0.0000 0 0 0.5179 0.4821 0.0000
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 382 149 233 0 0 14 9 126 0 0 230 0 3 0.0000 0.0000 0.0129 9.643 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0300 0.9700 2 2 0.0000 0.0321 0.9679 2 2 0.0000 0.0352 0.9648
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 832 307 525 7 11 21 122 146 0 0 525 0 0 0.0228 0.0000 0.0000 11.867 2.29 6.79 -4.50 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8212 0.1788 2 2 0.0000 0.2023 0.7977
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 834 282 552 115 60 19 28 60 1 0 551 0 0 0.4078 0.0018 0.0018 15.538 3.35 10.97 -7.62 79 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9512 0.0484 0.0003 1 0 0.9447 0.0548 0.0005 1 0 0.9348 0.0645 0.0007
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.050 1 3 2 307 115 192 16 52 8 1 38 0 0 190 0 2 0.1391 0.0000 0.0104 13.250 1.06 4.18 -3.12 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5704 0.3805 0.0491 1 0 0.5596 0.3875 0.0529 1 0 0.5449 0.3967 0.0584
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 297 106 191 48 1 25 0 32 0 0 189 0 2 0.4528 0.0000 0.0105 3.240 0.46 3.56 -3.10 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4383 0.4622 0.0995 1 1 0.4316 0.4647 0.1037 1 1 0.4226 0.4679 0.1095
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 297 110 187 79 6 21 0 4 0 0 187 0 0 0.7182 0.0000 0.0000 4.238 1.46 4.00 -2.54 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0122 0.9878 0.0000 0 1 0.3600 0.6400 0.0000 0 0 0.6343 0.3657 0.0000
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 730 206 524 84 1 36 7 78 0 0 524 0 0 0.4078 0.0000 0.0000 4.694 0.30 3.17 -2.87 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2203 0.5515 0.2282 1 1 0.2224 0.5476 0.2300 1 1 0.2250 0.5428 0.2323
chr7 19145123 C CTCT 0.500000 0.050 1 3 2 488 125 363 61 1 9 1 53 0 0 362 0 1 0.4880 0.0000 0.0028 12.889 0.13 3.02 -2.89 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3192 0.5210 0.1598 1 1 0.3174 0.5194 0.1632 1 1 0.3149 0.5174 0.1677
chr7 20785321 AGCC A 0.500000 0.050 1 -3 2 557 127 430 89 5 27 2 4 1 0 428 1 0 0.7008 0.0023 0.0047 3.769 1.02 3.25 -2.23 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.1944 0.8056 0.0000 0 0 0.5256 0.4744 0.0000
chr7 30285725 A ACGG 0.500000 0.050 1 3 2 336 95 241 50 1 11 1 32 1 0 236 1 3 0.5263 0.0041 0.0207 7.636 1.06 3.69 -2.63 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4302 0.4676 0.1022 1 1 0.4239 0.4697 0.1064 1 1 0.4154 0.4725 0.1121
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 140 52 88 23 2 2 3 22 1 0 87 0 0 0.4423 0.0114 0.0114 24.000 0.52 1.45 -0.93 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2563 0.5147 0.2290 1 1 0.2564 0.5136 0.2300 1 1 0.2564 0.5122 0.2314
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 580 124 456 121 0 1 0 2 0 0 456 0 0 0.9758 0.0000 0.0000 123.000 1.02 1.00 0.02 57 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4507 0.5493 0.0000 0 0 0.8391 0.1609 0.0000 0 0 0.8964 0.1036 0.0000
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 187 55 132 32 0 2 0 21 0 0 132 0 0 0.5818 0.0000 0.0000 26.500 0.66 3.29 -2.63 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3882 0.4809 0.1308 1 1 0.3831 0.4822 0.1346 1 1 0.3763 0.4839 0.1397
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 286 115 171 57 1 6 0 51 0 0 169 0 2 0.4957 0.0000 0.0117 18.167 0.19 3.20 -3.00 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2941 0.5263 0.1796 1 1 0.2932 0.5244 0.1825 1 1 0.2919 0.5219 0.1863
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.050 1 3 5 291 87 204 65 8 12 0 2 0 0 204 0 0 0.7471 0.0000 0.0000 6.250 0.48 3.00 -2.52 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1936 0.8064 0.0000 0 0 0.6140 0.3860 0.0000 0 0 0.7322 0.2678 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 296 94 202 72 0 0 0 22 0 0 202 0 0 0.7660 0.0000 0.0000 94.000 0.22 2.82 -2.60 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8358 0.1583 0.0060 1 0 0.8224 0.1705 0.0071 1 1 0.4749 0.5198 0.0053
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 958 240 718 0 0 9 0 231 0 0 714 0 4 0.0000 0.0000 0.0056 25.667 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0027 0.9973 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 716 168 548 8 0 12 1 147 0 0 542 0 6 0.0476 0.0000 0.0109 13.000 0.38 3.43 -3.05 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8257 0.1743 2 2 0.0000 0.3299 0.6701
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 283 106 177 99 0 2 0 5 0 0 177 0 0 0.9340 0.0000 0.0000 52.000 0.35 3.20 -2.85 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 1 0.2895 0.7105 0.0000 0 0 0.6260 0.3740 0.0000
chr7 94623364 C CAGT 0.500000 0.050 1 3 1 173 85 88 52 0 1 0 32 0 0 88 0 0 0.6118 0.0000 0.0000 84.000 0.21 3.09 -2.88 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5095 0.4200 0.0705 1 0 0.5002 0.4251 0.0747 1 0 0.4878 0.4316 0.0805
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 550 171 379 96 0 3 0 72 0 0 379 0 0 0.5614 0.0000 0.0000 84.000 0.22 3.94 -3.73 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5476 0.4032 0.0492 1 0 0.5382 0.4087 0.0531 1 0 0.5255 0.4160 0.0585
chr7 100359505 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 532 150 382 73 2 9 0 66 0 0 382 0 0 0.4867 0.0000 0.0000 15.556 0.37 3.61 -3.24 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3345 0.5213 0.1442 1 1 0.3323 0.5197 0.1480 1 1 0.3293 0.5176 0.1531
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 209 82 127 58 0 1 0 23 0 0 121 0 6 0.7073 0.0000 0.0472 81.000 0.24 29.13 -28.89 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6301 0.3341 0.0358 1 0 0.6175 0.3433 0.0392 1 0 0.6005 0.3554 0.0441
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 607 171 436 4 0 5 0 162 0 0 434 0 2 0.0234 0.0000 0.0046 33.200 1.50 3.17 -1.67 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9170 0.0830 2 2 0.0000 0.2021 0.7979 2 2 0.0000 0.0798 0.9202
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 380 113 267 43 2 31 1 36 0 0 264 0 3 0.3805 0.0000 0.0112 2.700 0.60 6.56 -5.95 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3019 0.5176 0.1805 1 1 0.3005 0.5163 0.1832 1 1 0.2986 0.5146 0.1868
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 827 268 559 131 0 27 2 108 0 0 557 0 2 0.4888 0.0000 0.0036 8.889 0.48 6.42 -5.94 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4680 0.4674 0.0646 1 1 0.4622 0.4690 0.0688 1 1 0.4541 0.4711 0.0748
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 763 237 526 117 1 34 0 85 0 0 526 0 0 0.4937 0.0000 0.0000 5.971 0.29 15.36 -15.07 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6495 0.3256 0.0249 1 0 0.6380 0.3343 0.0277 1 0 0.6223 0.3459 0.0319
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 536 269 267 113 1 40 1 114 0 0 255 0 12 0.4201 0.0000 0.0449 5.725 0.66 5.87 -5.20 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1025 0.5247 0.3728 1 1 0.1070 0.5226 0.3703 1 1 0.1132 0.5201 0.3668
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 537 289 248 247 3 33 0 6 0 0 248 0 0 0.8547 0.0000 0.0000 7.758 2.86 8.17 -5.31 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0291 0.9709 0.0000 0 0 0.8961 0.1039 0.0000 0 0 0.9772 0.0228 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 253 87 166 41 1 1 0 44 0 0 164 0 2 0.4713 0.0000 0.0120 86.000 0.00 3.16 -3.16 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1917 0.5218 0.2865 1 1 0.1941 0.5202 0.2857 1 1 0.1973 0.5181 0.2846
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 3 1079 295 784 116 1 48 2 128 0 0 783 0 1 0.3932 0.0000 0.0013 5.146 0.41 3.24 -2.83 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0959 0.5197 0.3844 1 1 0.1004 0.5180 0.3816 1 1 0.1066 0.5158 0.3776
chr7 143443837 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 844 233 611 128 0 6 0 99 0 0 611 0 0 0.5494 0.0000 0.0000 37.833 0.49 3.17 -2.68 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5931 0.3732 0.0337 1 0 0.5832 0.3798 0.0370 1 0 0.5696 0.3885 0.0418
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 775 197 578 88 0 10 0 99 0 0 578 0 0 0.4467 0.0000 0.0000 18.700 0.25 1.39 -1.14 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1191 0.5206 0.3603 1 1 0.1234 0.5189 0.3577 1 1 0.1292 0.5169 0.3540
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 817 207 610 99 0 6 1 101 0 0 604 0 6 0.4783 0.0000 0.0098 33.500 0.15 4.09 -3.94 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1343 0.5392 0.3265 1 1 0.1385 0.5362 0.3253 1 1 0.1440 0.5325 0.3235
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 253 84 169 49 0 8 0 27 0 0 168 1 0 0.5833 0.0000 0.0059 9.500 0.47 5.00 -4.53 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5256 0.4086 0.0658 1 0 0.5157 0.4144 0.0700 1 0 0.5025 0.4218 0.0757
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 889 218 671 106 0 0 0 112 0 0 670 0 1 0.4862 0.0000 0.0015 218.000 0.83 1.27 -0.44 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1494 0.5520 0.2986 1 1 0.1534 0.5481 0.2985 1 1 0.1587 0.5432 0.2981
chr7 149821443 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 730 186 544 91 2 2 0 91 0 0 543 0 1 0.4892 0.0000 0.0018 92.000 0.55 1.56 -1.01 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2323 0.5559 0.2118 1 1 0.2341 0.5517 0.2142 1 1 0.2363 0.5465 0.2172
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 442 89 353 0 0 1 11 77 1 3 321 11 17 0.0000 0.0028 0.0907 88.000 7.52 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2900 0.7100 2 2 0.0000 0.1413 0.8587 2 2 0.0000 0.1106 0.8894
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 442 88 354 0 0 5 12 71 0 0 321 11 22 0.0000 0.0000 0.0932 20.000 7.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0504 0.9496 2 2 0.0000 0.0533 0.9467 2 2 0.0000 0.0575 0.9425
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 444 90 354 0 0 7 5 78 0 2 282 34 36 0.0000 0.0000 0.2034 13.667 7.50 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0580 0.9420 2 2 0.0000 0.0410 0.9590 2 2 0.0000 0.0371 0.9629
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.050 1 -1 3 384 137 247 65 0 0 0 72 0 0 247 0 0 0.4745 0.0000 0.0000 137.000 0.11 1.54 -1.43 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1577 0.5271 0.3151 1 1 0.1612 0.5251 0.3137 1 1 0.1659 0.5225 0.3116
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 1 414 95 319 91 1 1 0 2 0 0 319 0 0 0.9579 0.0000 0.0000 94.000 0.31 3.00 -2.69 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2789 0.7211 0.0000 0 0 0.7177 0.2823 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr8 544658 GGGCGGC G 0.425210 0.050 1 -6 1 246 103 143 7 0 15 0 81 0 0 138 0 5 0.0680 0.0000 0.0350 5.867 0.43 5.95 -5.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9456 0.0544 2 1 0.0000 0.6986 0.3014
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 856 224 632 13 0 25 0 186 0 0 626 0 6 0.0580 0.0000 0.0095 7.960 0.62 6.01 -5.39 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9776 0.0224 2 1 0.0000 0.5139 0.4861
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 766 173 593 122 3 40 0 8 0 0 593 0 0 0.7052 0.0000 0.0000 3.325 0.48 6.12 -5.65 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1039 0.8961 0.0000 0 0 0.5323 0.4677 0.0000
chr8 9030032 TAAC T 0.454100 0.050 1 -3 1 331 117 214 112 0 1 0 4 0 0 214 0 0 0.9573 0.0000 0.0000 116.000 0.05 3.00 -2.95 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0286 0.9714 0.0000 0 0 0.5683 0.4317 0.0000 0 0 0.7994 0.2006 0.0000
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1172 350 822 220 6 14 26 84 0 1 810 2 9 0.6286 0.0000 0.0146 24.077 4.04 6.21 -2.18 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9931 0.0069 0.0000 1 0 0.9918 0.0082 0.0000 1 0 0.9896 0.0104 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 684 284 400 0 0 55 3 226 0 0 397 1 2 0.0000 0.0000 0.0075 4.241 8.25 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr8 11808709 GTCCCACTCCCAC G 0.017271 0.050 1 -12 1 685 287 398 19 3 166 1 98 0 0 395 0 3 0.0662 0.0000 0.0075 0.741 0.47 10.63 -10.16 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0178 0.6685 0.3137 2 1 0.0053 0.9225 0.0722 2 1 0.0000 0.9998 0.0002
chr8 22713394 GT G 0.311545 0.050 1 -1 2 284 111 173 50 2 3 0 56 0 0 173 0 0 0.4505 0.0000 0.0000 36.000 0.20 3.84 -3.64 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2696 0.5473 0.1831 1 1 0.2730 0.5444 0.1825 1 1 0.2775 0.5408 0.1817
chr8 41309118 GGCT G 0.380768 0.050 1 -3 3 653 231 422 139 0 5 0 87 0 0 417 0 5 0.6017 0.0000 0.0118 45.200 0.54 3.54 -3.00 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8227 0.1725 0.0048 1 0 0.8120 0.1823 0.0057 1 0 0.7970 0.1959 0.0071
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 2 196 65 131 41 0 0 0 24 0 0 131 0 0 0.6308 0.0000 0.0000 65.000 0.51 2.12 -1.61 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4716 0.4406 0.0878 1 0 0.4634 0.4445 0.0921 1 0 0.4525 0.4496 0.0979
chr8 64581463 G GGCA 0.072578 0.050 1 3 1 716 227 489 13 2 42 2 168 0 0 489 0 0 0.0573 0.0000 0.0000 4.405 0.46 3.36 -2.90 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9825 0.0175
chr8 81529453 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 186 60 126 58 0 1 0 1 0 0 126 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 59.000 0.33 1.00 -0.67 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4587 0.5413 0.0000 0 0 0.6821 0.3179 0.0000 0 0 0.7348 0.2652 0.0000
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.050 1 3 5 147 55 92 2 0 1 0 52 0 0 91 0 1 0.0364 0.0000 0.0109 54.000 0.00 4.08 -4.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8734 0.1266 2 1 0.0000 0.5072 0.4928 2 2 0.0000 0.3712 0.6288
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 383 116 267 64 0 2 0 50 0 0 267 0 0 0.5517 0.0000 0.0000 57.000 0.38 2.32 -1.94 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4165 0.4792 0.1043 1 1 0.4109 0.4805 0.1086 1 1 0.4034 0.4822 0.1144
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 549 161 388 0 0 31 9 121 0 0 378 0 10 0.0000 0.0000 0.0258 4.333 4.75 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0284 0.9716 2 2 0.0000 0.0304 0.9696 2 2 0.0000 0.0334 0.9666
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.050 1 15 1 989 218 771 169 1 39 0 9 0 0 771 0 0 0.7752 0.0000 0.0000 4.590 0.46 14.11 -13.65 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1397 0.8603 0.0000 0 0 0.6750 0.3250 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.050 1 -3 2 684 243 441 87 3 53 9 91 0 0 441 0 0 0.3580 0.0000 0.0000 3.654 0.11 3.05 -2.94 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2659 0.6218 0.1123 1 1 0.2729 0.6159 0.1112 1 1 0.2820 0.6083 0.1097
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 416 120 296 1 0 22 1 96 0 0 273 0 23 0.0083 0.0000 0.0777 4.455 1.00 7.73 -6.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2003 0.7997 2 2 0.0000 0.0920 0.9080 2 2 0.0000 0.0757 0.9243
chr9 25678179 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 3 644 151 493 71 1 25 0 54 1 0 492 0 0 0.4702 0.0020 0.0020 5.040 0.51 2.98 -2.47 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4841 0.4420 0.0740 1 0 0.4762 0.4456 0.0782 1 0 0.4656 0.4502 0.0841
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 369 88 281 45 0 1 1 41 0 0 281 0 0 0.5114 0.0000 0.0000 87.000 0.84 1.68 -0.84 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2732 0.5238 0.2030 1 1 0.2729 0.5220 0.2051 1 1 0.2724 0.5198 0.2079
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 407 160 247 63 0 2 0 95 0 0 245 0 2 0.3937 0.0000 0.0081 79.000 0.46 3.12 -2.66 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0233 0.3044 0.6723 1 2 0.0260 0.3141 0.6599 1 2 0.0301 0.3271 0.6428
chr9 35562396 A ATAGT 0.500000 0.050 1 4 5 774 160 614 85 0 3 0 72 1 0 607 0 6 0.5312 0.0016 0.0114 52.333 1.82 4.04 -2.22 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3227 0.5310 0.1463 1 1 0.3212 0.5286 0.1501 1 1 0.3191 0.5256 0.1552
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 893 216 677 96 0 28 0 92 0 0 667 1 9 0.4444 0.0000 0.0148 6.963 0.61 11.00 -10.39 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1647 0.5511 0.2842 1 1 0.1683 0.5473 0.2844 1 1 0.1731 0.5424 0.2845
chr9 65738388 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 707 167 540 131 0 10 0 26 0 0 540 0 0 0.7844 0.0000 0.0000 15.700 0.38 3.88 -3.50 85 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0015 0.9985 0.0000
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 511 139 372 80 0 3 0 56 0 0 366 0 6 0.5755 0.0000 0.0161 45.333 0.36 13.70 -13.33 22 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4661 0.4553 0.0786 1 0 0.4590 0.4581 0.0829 1 1 0.4495 0.4616 0.0889
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 765 178 587 161 0 10 0 7 0 0 587 0 0 0.9045 0.0000 0.0000 16.800 0.25 7.43 -7.17 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.3308 0.6692 0.0000 0 0 0.7787 0.2213 0.0000
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 545 144 401 76 0 3 1 64 0 0 397 0 4 0.5278 0.0000 0.0100 47.000 0.42 3.08 -2.66 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3136 0.5296 0.1569 1 1 0.3122 0.5273 0.1605 1 1 0.3103 0.5245 0.1652
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 2 357 112 245 36 0 22 6 48 0 0 243 0 2 0.3214 0.0000 0.0082 4.091 0.83 3.21 -2.38 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0703 0.4225 0.5072 1 2 0.0745 0.4274 0.4981 1 2 0.0803 0.4337 0.4859
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 505 180 325 85 1 4 1 89 0 0 325 0 0 0.4722 0.0000 0.0000 44.000 0.11 10.24 -10.13 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1816 0.5487 0.2697 1 1 0.1847 0.5451 0.2702 1 1 0.1888 0.5405 0.2707
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 519 189 330 2 0 0 0 187 0 0 329 0 1 0.0106 0.0000 0.0030 189.000 0.00 3.11 -3.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1858 0.8142 2 2 0.0000 0.0352 0.9648 2 2 0.0000 0.0225 0.9775
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 471 111 360 4 0 14 2 91 0 0 360 0 0 0.0360 0.0000 0.0000 6.929 0.50 5.12 -4.62 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9847 0.0153 2 1 0.0000 0.5880 0.4120 2 2 0.0000 0.3177 0.6823
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 979 147 832 0 1 37 1 108 0 1 819 4 8 0.0000 0.0000 0.0156 2.973 6.20 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0774 0.9226 2 2 0.0000 0.0741 0.9259 2 2 0.0000 0.0732 0.9268
chr9 97904745 A AGACACCAAG 0.500000 0.050 1 9 1 290 88 202 49 0 7 0 32 0 0 193 0 9 0.5568 0.0000 0.0446 11.571 0.29 9.00 -8.71 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3382 0.5084 0.1533 1 1 0.3355 0.5078 0.1568 1 1 0.3317 0.5069 0.1614
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 737 142 595 69 0 12 0 61 0 0 588 0 7 0.4859 0.0000 0.0118 10.833 0.39 5.44 -5.05 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2405 0.5414 0.2181 1 1 0.2417 0.5383 0.2200 1 1 0.2432 0.5344 0.2224
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 358 153 205 0 0 5 0 148 0 0 200 0 5 0.0000 0.0000 0.0244 29.600 4.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0208 0.9792 2 2 0.0000 0.0225 0.9775 2 2 0.0000 0.0249 0.9751
chr9 116154344 T TCGCCGC 0.500000 0.050 1 6 2 833 186 647 75 0 38 2 71 0 0 640 0 7 0.4032 0.0000 0.0108 3.868 0.93 6.21 -5.28 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1759 0.5400 0.2841 1 1 0.1791 0.5370 0.2840 1 1 0.1832 0.5332 0.2836
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 576 126 450 4 0 17 0 105 0 0 449 0 1 0.0317 0.0000 0.0022 6.412 0.00 5.85 -5.85 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9794 0.0206 2 1 0.0000 0.5143 0.4857 2 2 0.0000 0.2584 0.7416
chr9 122093051 G GTGGCCT 0.500000 0.050 1 6 1 838 188 650 87 2 9 2 88 0 0 642 0 8 0.4628 0.0000 0.0123 19.778 0.39 5.59 -5.20 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1344 0.5319 0.3337 1 1 0.1385 0.5295 0.3320 1 1 0.1440 0.5264 0.3296
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 611 145 466 73 1 17 0 54 0 0 465 0 1 0.5034 0.0000 0.0021 7.471 0.53 1.54 -1.00 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4799 0.4448 0.0753 1 0 0.4722 0.4482 0.0796 1 0 0.4618 0.4527 0.0855
chr9 127402731 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 295 110 185 65 0 4 0 41 0 0 184 0 1 0.5909 0.0000 0.0054 26.500 0.17 2.15 -1.98 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5452 0.3987 0.0561 1 0 0.5351 0.4048 0.0601 1 0 0.5215 0.4128 0.0658
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 626 221 405 119 2 24 4 72 1 0 404 0 0 0.5385 0.0025 0.0025 8.208 0.55 3.50 -2.95 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7854 0.2063 0.0084 1 0 0.7727 0.2175 0.0098 1 0 0.7549 0.2330 0.0120
chr9 128822601 CAGTA C 0.500000 0.050 1 -4 3 550 143 407 137 0 3 0 3 0 0 407 0 0 0.9580 0.0000 0.0000 46.667 0.28 4.33 -4.05 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1900 0.8100 0.0000 0 0 0.7982 0.2018 0.0000 0 0 0.8974 0.1026 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 587 192 395 0 0 2 0 190 0 0 392 0 3 0.0000 0.0000 0.0076 95.000 3.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0077 0.9923 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0097 0.9903
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 263 94 169 50 0 14 0 30 0 0 168 0 1 0.5319 0.0000 0.0059 5.714 0.18 7.57 -7.39 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4965 0.4279 0.0756 1 0 0.4877 0.4325 0.0799 1 0 0.4758 0.4385 0.0857
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 533 157 376 64 6 47 2 38 0 1 370 0 5 0.4076 0.0000 0.0160 2.340 0.94 3.79 -2.85 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5839 0.3716 0.0445 1 0 0.5728 0.3790 0.0482 1 0 0.5578 0.3887 0.0535
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 238 88 150 46 0 1 0 41 0 0 148 0 2 0.5227 0.0000 0.0133 87.000 0.39 1.73 -1.34 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2728 0.5244 0.2028 1 1 0.2725 0.5226 0.2049 1 1 0.2721 0.5203 0.2077
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 450 139 311 65 1 4 0 69 0 0 311 0 0 0.4676 0.0000 0.0000 33.750 0.31 1.25 -0.94 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1968 0.5384 0.2648 1 1 0.1993 0.5355 0.2652 1 1 0.2026 0.5319 0.2655
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 693 193 500 3 0 32 8 150 0 0 494 0 6 0.0155 0.0000 0.0120 5.000 0.00 3.26 -3.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6837 0.3163 2 2 0.0000 0.1153 0.8847 2 2 0.0000 0.0566 0.9434
chr9 136687306 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 245 104 141 94 0 8 0 2 0 0 141 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 12.000 0.38 3.50 -3.12 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2893 0.7107 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000 0 0 0.8191 0.1809 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 497 167 330 147 4 10 0 6 0 0 329 1 0 0.8802 0.0000 0.0030 15.400 0.69 13.00 -12.31 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.3996 0.6004 0.0000 0 0 0.7831 0.2169 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 329 160 169 131 7 19 0 3 0 0 169 0 0 0.8187 0.0000 0.0000 7.421 0.26 3.00 -2.74 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1949 0.8051 0.0000 0 0 0.8025 0.1975 0.0000 0 0 0.8998 0.1002 0.0000
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 278 110 168 55 1 1 0 53 0 0 167 0 1 0.5000 0.0000 0.0060 109.000 0.15 4.45 -4.31 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4048 0.5175 0.0777 1 1 0.4059 0.5156 0.0785 1 1 0.4072 0.5133 0.0795
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 1017 249 768 217 5 23 1 3 0 0 767 0 1 0.8715 0.0000 0.0013 9.696 0.36 7.33 -6.97 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2596 0.7404 0.0000 0 0 0.9385 0.0615 0.0000 0 0 0.9777 0.0223 0.0000
chr10 26567284 C CCCG 0.020688 0.050 1 3 5 448 127 321 52 3 31 1 40 1 0 318 0 2 0.4094 0.0031 0.0093 3.097 1.02 3.20 -2.18 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6198 0.3765 0.0036 1 0 0.6161 0.3801 0.0038 1 0 0.6110 0.3850 0.0040
chr10 27413327 G GC 0.340501 0.050 1 1 1 579 173 406 159 1 10 0 3 0 0 406 0 0 0.9191 0.0000 0.0000 16.300 0.36 1.33 -0.97 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4669 0.5331 0.0000 0 0 0.9318 0.0682 0.0000 0 0 0.9672 0.0328 0.0000
chr10 32451870 C CT 0.020687 0.050 1 1 2 272 86 186 84 0 0 0 2 0 0 186 0 0 0.9767 0.0000 0.0000 86.000 0.54 0.50 0.04 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9387 0.0613 0.0000 0 0 0.9900 0.0100 0.0000 0 0 0.9941 0.0059 0.0000
chr10 49973015 CAG C 0.000761 0.050 1 -2 1 114 41 73 38 0 1 0 2 0 0 73 0 0 0.9268 0.0000 0.0000 40.000 0.18 2.00 -1.82 12 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9924 0.0076 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr10 49988768 A AC 0.134835 0.050 1 1 1 604 172 432 107 0 5 0 60 0 0 432 0 0 0.6221 0.0000 0.0000 33.400 0.11 1.73 -1.62 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8769 0.1217 0.0013 1 0 0.8686 0.1299 0.0016 1 0 0.8567 0.1413 0.0019
chr10 50008914 CAA C 0.245598 0.050 1 -2 1 1209 292 917 160 2 1 2 127 0 0 914 0 3 0.5479 0.0000 0.0033 288.000 0.37 2.22 -1.85 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6889 0.2993 0.0118 1 0 0.6818 0.3051 0.0131 1 0 0.6719 0.3132 0.0149
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 460 124 336 38 3 21 2 60 0 0 336 0 0 0.3065 0.0000 0.0000 4.905 0.39 3.22 -2.82 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1567 0.6004 0.2428 1 1 0.1646 0.6000 0.2354 1 1 0.1753 0.5991 0.2256
chr10 75401342 G GCCGCCTCCGCCT 0.052920 0.050 1 12 2 562 209 353 176 0 29 0 4 0 0 352 0 1 0.8421 0.0000 0.0028 6.207 0.40 12.25 -11.85 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2996 0.7004 0.0000 0 0 0.9799 0.0201 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr10 99535442 GGCCGCCGCCGCC G 0.000520 0.050 1 -12 1 388 59 329 17 0 21 2 19 0 2 326 1 0 0.2881 0.0000 0.0091 1.810 2.53 10.89 -8.37 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4500 0.5497 0.0003 1 1 0.4523 0.5473 0.0003 1 1 0.4554 0.5443 0.0003
chr10 101010536 T TGCTGCG 0.446080 0.050 1 6 1 706 229 477 98 1 29 0 101 0 0 468 0 9 0.4279 0.0000 0.0189 6.897 0.26 6.40 -6.14 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1349 0.5420 0.3231 1 1 0.1397 0.5394 0.3209 1 1 0.1462 0.5360 0.3178
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 490 123 367 102 2 14 0 5 0 0 366 0 1 0.8293 0.0000 0.0027 7.714 0.31 4.60 -4.29 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.2070 0.7930 0.0000 0 0 0.5896 0.4104 0.0000
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 411 173 238 160 0 8 0 5 0 0 238 0 0 0.9249 0.0000 0.0000 20.625 0.71 2.20 -1.49 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0518 0.9482 0.0000 0 0 0.8614 0.1386 0.0000 0 0 0.9607 0.0393 0.0000
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.050 1 3 3 190 62 128 0 0 2 0 60 0 0 128 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 30.000 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0779 0.9221 2 2 0.0000 0.0801 0.9199 2 2 0.0000 0.0832 0.9168
chr10 119827550 CCTT C 0.007053 0.050 1 -3 1 556 151 405 77 0 3 0 71 0 0 405 0 0 0.5099 0.0000 0.0000 49.333 0.25 3.17 -2.92 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5261 0.4719 0.0021 1 0 0.5266 0.4713 0.0021 1 0 0.5271 0.4707 0.0022
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 400 96 304 17 2 16 20 41 0 1 299 2 2 0.1771 0.0000 0.0164 3.750 3.06 2.27 0.79 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0108 0.2033 0.7859 1 2 0.0125 0.2157 0.7718 1 2 0.0106 0.4569 0.5326
chr10 124984991 G GA 0.100418 0.050 1 1 1 219 43 176 35 0 3 1 4 0 0 176 0 0 0.8140 0.0000 0.0000 13.333 0.14 1.00 -0.86 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0296 0.9704 0.0000 0 0 0.5590 0.4410 0.0000 0 0 0.8045 0.1955 0.0000
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 725 170 555 154 1 11 0 4 1 0 552 0 2 0.9059 0.0018 0.0054 14.364 0.58 12.25 -11.67 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0189 0.9811 0.0000 0 0 0.8535 0.1465 0.0000 0 0 0.9687 0.0313 0.0000
chr10 133423454 CGCCGCCCCGGCT C 0.004943 0.050 1 -12 2 385 108 277 52 0 10 0 46 0 0 276 0 1 0.4815 0.0000 0.0036 9.800 1.48 12.22 -10.74 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5294 0.4690 0.0016 1 0 0.5293 0.4690 0.0016 1 0 0.5290 0.4693 0.0017
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 726 167 559 154 1 7 0 5 0 0 559 0 0 0.9222 0.0000 0.0000 22.857 0.29 3.40 -3.11 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0263 0.9737 0.0000 0 0 0.7568 0.2432 0.0000 0 0 0.9248 0.0752 0.0000
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 277 92 185 52 0 0 0 40 0 0 185 0 0 0.5652 0.0000 0.0000 92.000 0.17 2.12 -1.95 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4256 0.4716 0.1028 1 1 0.4208 0.4729 0.1064 1 1 0.4143 0.4746 0.1112
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 376 130 246 114 1 12 1 2 0 1 245 0 0 0.8769 0.0000 0.0041 9.667 0.60 2.00 -1.40 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8147 0.1853 0.0000 0 0 0.9647 0.0353 0.0000 0 0 0.9786 0.0214 0.0000
chr11 1094638 ACCAACCACCACTCCCAGCCCT A 0.029704 0.050 1 -21 2 2022 510 1512 154 16 225 19 96 7 9 1319 19 158 0.3020 0.0046 0.1276 1.228 2.08 13.50 -11.42 30 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0008 0.2538 0.7453 1 2 0.0011 0.2844 0.7145 1 2 0.0018 0.3283 0.6699
chr11 1186164 C CACCAGCACAACTTCTGCTTCTACA 0.095472 0.050 1 24 2 2121 526 1595 199 12 142 8 165 3 6 1530 25 31 0.3783 0.0019 0.0408 2.634 1.62 6.00 -4.38 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2273 0.7078 0.0649 1 1 0.2377 0.6970 0.0653 1 1 0.2513 0.6830 0.0657
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 1254 246 1008 3 0 118 0 125 0 0 1008 0 0 0.0122 0.0000 0.0000 1.085 0.00 8.50 -8.50 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8293 0.1707 2 2 0.0000 0.2226 0.7774 2 2 0.0000 0.1138 0.8862
chr11 1630383 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 0.592794 0.050 1 -30 2 1198 315 883 6 0 120 5 184 0 0 881 1 1 0.0190 0.0000 0.0023 1.617 5.50 8.80 -3.30 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9902 0.0098 2 2 0.0000 0.2549 0.7451 2 2 0.0000 0.0619 0.9381
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 418 115 303 0 0 0 0 115 0 0 301 0 2 0.0000 0.0000 0.0066 115.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.050 1 -1 2 748 247 501 118 0 5 1 123 0 0 501 0 0 0.4777 0.0000 0.0000 48.400 0.45 1.09 -0.64 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1557 0.5627 0.2816 1 1 0.1597 0.5580 0.2823 1 1 0.1649 0.5521 0.2830
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 519 132 387 68 0 5 0 59 0 0 387 0 0 0.5152 0.0000 0.0000 25.400 0.22 1.27 -1.05 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3439 0.5148 0.1413 1 1 0.3413 0.5136 0.1451 1 1 0.3377 0.5122 0.1502
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 561 142 419 65 0 2 1 74 0 0 419 0 0 0.4577 0.0000 0.0000 70.000 1.14 2.04 -0.90 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1321 0.5135 0.3544 1 1 0.1361 0.5124 0.3515 1 1 0.1415 0.5110 0.3475
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 643 141 502 69 0 3 0 69 0 0 494 0 8 0.4894 0.0000 0.0159 46.000 0.23 5.81 -5.58 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1480 0.5255 0.3265 1 1 0.1518 0.5235 0.3247 1 1 0.1567 0.5211 0.3222
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 510 146 364 81 1 4 0 60 0 0 364 0 0 0.5548 0.0000 0.0000 47.000 0.46 1.58 -1.13 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5149 0.4235 0.0616 1 0 0.5062 0.4281 0.0657 1 0 0.4945 0.4341 0.0715
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.050 1 2 1 603 171 432 163 0 4 0 4 0 0 432 0 0 0.9532 0.0000 0.0000 41.750 0.17 2.00 -1.83 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0814 0.9186 0.0000 0 0 0.7940 0.2060 0.0000 0 0 0.9184 0.0816 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 891 154 737 0 0 21 0 133 0 0 720 0 17 0.0000 0.0000 0.0231 6.333 9.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0224 0.9776 2 2 0.0000 0.0241 0.9759 2 2 0.0000 0.0267 0.9733
chr11 6921357 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 720 194 526 184 2 1 0 7 0 0 526 0 0 0.9485 0.0000 0.0000 192.000 0.56 1.29 -0.73 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.4780 0.5220 0.0000 0 0 0.8646 0.1354 0.0000
chr11 8128254 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 124 65 59 62 0 1 0 2 0 0 59 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 64.000 0.24 2.50 -2.26 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1539 0.8461 0.0000 0 0 0.5482 0.4518 0.0000 0 0 0.6776 0.3224 0.0000
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 272 127 145 3 0 12 2 110 0 0 142 1 2 0.0236 0.0000 0.0207 9.583 0.00 4.43 -4.43 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8810 0.1190 2 2 0.0000 0.3031 0.6969 2 2 0.0000 0.1622 0.8378
chr11 12294797 G GCTCCTCCTC 0.500000 0.050 1 9 1 691 153 538 56 0 45 2 50 0 0 533 0 5 0.3660 0.0000 0.0093 2.378 1.75 7.98 -6.23 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2253 0.5342 0.2406 1 1 0.2268 0.5316 0.2416 1 1 0.2288 0.5283 0.2429
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.050 1 -3 2 209 73 136 37 0 3 0 33 0 0 134 0 2 0.5068 0.0000 0.0147 23.333 0.30 3.27 -2.98 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2632 0.5208 0.2160 1 1 0.2632 0.5192 0.2176 1 1 0.2631 0.5172 0.2197
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.050 1 3 3 409 203 206 106 1 22 1 73 0 0 205 0 1 0.5222 0.0000 0.0049 8.227 0.29 3.22 -2.93 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6434 0.3296 0.0271 1 0 0.6317 0.3382 0.0300 1 0 0.6158 0.3498 0.0344
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 294 95 199 46 0 3 0 46 0 0 192 0 7 0.4842 0.0000 0.0352 30.667 0.52 5.98 -5.46 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1616 0.5155 0.3229 1 1 0.1649 0.5144 0.3208 1 1 0.1692 0.5129 0.3179
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 808 234 574 6 0 7 0 221 0 0 568 0 6 0.0256 0.0000 0.0105 32.429 0.50 3.72 -3.22 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9834 0.0166 2 2 0.0000 0.1692 0.8308 2 2 0.0000 0.0387 0.9613
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 741 148 593 72 0 5 1 70 0 0 587 0 6 0.4865 0.0000 0.0101 28.600 0.22 2.33 -2.11 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1751 0.5379 0.2870 1 1 0.1783 0.5350 0.2867 1 1 0.1824 0.5314 0.2861
chr11 59124488 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 636 129 507 51 1 0 0 77 0 0 507 0 0 0.3953 0.0000 0.0000 129.000 0.88 1.32 -0.44 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0478 0.3854 0.5667 1 2 0.0516 0.3921 0.5563 1 2 0.0570 0.4008 0.5422
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.050 1 -2 1 89 44 45 2 0 0 0 42 0 0 43 0 2 0.0455 0.0000 0.0444 44.000 0.50 2.07 -1.57 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8963 0.1037 2 1 0.0000 0.5623 0.4377 2 2 0.0000 0.4227 0.5773
chr11 63768621 A ATGCGC 0.500000 0.050 1 5 2 116 33 83 14 0 5 0 14 1 0 82 0 0 0.4242 0.0120 0.0120 5.600 1.21 6.21 -5.00 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2579 0.5086 0.2336 1 1 0.2577 0.5079 0.2344 1 1 0.2575 0.5071 0.2354
chr11 65557854 C CCAGCAG 0.500000 0.050 1 6 3 356 120 236 102 0 13 0 5 0 0 236 0 0 0.8500 0.0000 0.0000 8.231 1.18 5.20 -4.02 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.3050 0.6950 0.0000 0 0 0.6427 0.3573 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 368 139 229 0 1 19 9 110 0 0 227 1 1 0.0000 0.0000 0.0087 6.263 4.49 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1736 0.8264 2 2 0.0000 0.0889 0.9111 2 2 0.0000 0.0743 0.9257
chr11 66744819 G GGGGGGC 0.500000 0.050 1 6 5 368 139 229 9 57 5 5 63 0 0 227 1 1 0.0647 0.0000 0.0087 19.750 0.56 5.06 -4.51 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0640 0.4140 0.5220 1 2 0.0681 0.4193 0.5126 1 2 0.0739 0.4262 0.4999
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 1156 182 974 11 0 36 5 130 0 1 895 0 78 0.0604 0.0000 0.0811 4.056 0.27 7.74 -7.47 9 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9015 0.0985 2 2 0.0000 0.2857 0.7143
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1369 294 1075 78 2 151 2 61 0 1 1044 1 29 0.2653 0.0000 0.0288 0.934 0.97 8.25 -7.27 34 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1158 0.5123 0.3720 1 1 0.1201 0.5112 0.3688 1 1 0.1258 0.5099 0.3643
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 1000 296 704 0 0 1 2 293 0 0 702 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 295.000 2.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 870 209 661 101 2 22 1 83 0 0 661 0 0 0.4833 0.0000 0.0000 8.500 0.47 3.13 -2.67 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4685 0.4600 0.0715 1 1 0.4620 0.4622 0.0758 1 1 0.4530 0.4652 0.0818
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 261 91 170 53 0 3 0 35 0 0 169 0 1 0.5824 0.0000 0.0059 29.333 0.57 17.29 -16.72 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4655 0.4479 0.0867 1 0 0.4578 0.4512 0.0909 1 1 0.4476 0.4556 0.0968
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 148 72 76 46 0 1 0 25 0 0 76 0 0 0.6389 0.0000 0.0000 71.000 0.54 2.52 -1.98 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5269 0.4070 0.0661 1 0 0.5169 0.4129 0.0702 1 0 0.5036 0.4204 0.0760
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 476 118 358 56 0 4 0 58 0 0 358 0 0 0.4746 0.0000 0.0000 28.500 0.46 4.31 -3.85 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2102 0.5335 0.2562 1 1 0.2123 0.5310 0.2567 1 1 0.2149 0.5278 0.2573
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1490 447 1043 1 6 90 8 342 0 0 1041 1 1 0.0022 0.0000 0.0019 3.867 0.00 7.46 -7.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 907 284 623 127 0 51 1 105 1 0 620 1 1 0.4472 0.0016 0.0048 4.569 0.45 10.71 -10.27 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4691 0.4659 0.0650 1 1 0.4632 0.4676 0.0692 1 1 0.4550 0.4698 0.0752
chr11 125431296 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 257 119 138 65 0 12 0 42 0 0 138 0 0 0.5462 0.0000 0.0000 8.917 0.32 3.19 -2.87 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5453 0.3986 0.0561 1 0 0.5352 0.4047 0.0601 1 0 0.5216 0.4127 0.0657
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 448 152 296 7 1 23 7 114 0 0 295 1 0 0.0461 0.0000 0.0034 5.609 0.29 3.33 -3.05 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8784 0.1216 2 2 0.0000 0.4754 0.5246
chr12 865142 T TC 0.282148 0.050 1 1 2 366 104 262 2 0 0 0 102 0 0 259 2 1 0.0192 0.0000 0.0115 104.000 0.50 2.09 -1.59 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8219 0.1781 2 2 0.0000 0.4203 0.5797 2 2 0.0000 0.3019 0.6981
chr12 865189 T TC 0.592141 0.050 1 1 1 366 150 216 3 0 1 1 145 1 0 212 0 3 0.0200 0.0046 0.0185 148.000 0.67 1.82 -1.15 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9149 0.0851 2 2 0.0000 0.2013 0.7987 2 2 0.0000 0.0790 0.9210
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 574 164 410 3 0 29 2 130 0 0 408 0 2 0.0183 0.0000 0.0049 4.655 0.00 3.11 -3.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8541 0.1459 2 2 0.0000 0.2606 0.7394 2 2 0.0000 0.1374 0.8626
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.050 1 1 1 631 158 473 82 0 2 0 74 0 0 468 0 5 0.5190 0.0000 0.0106 78.000 0.33 2.78 -2.45 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4307 0.5207 0.0486 1 1 0.4325 0.5181 0.0494 1 1 0.4347 0.5149 0.0504
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.050 1 -1 1 632 157 475 82 0 4 1 70 0 0 470 0 5 0.5223 0.0000 0.0105 38.000 0.32 2.90 -2.58 38 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4755 0.4858 0.0387 1 1 0.4757 0.4847 0.0396 1 1 0.4756 0.4835 0.0409
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 444 146 298 0 0 34 13 99 0 0 296 0 2 0.0000 0.0000 0.0067 3.294 3.16 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0434 0.9566 2 2 0.0000 0.0458 0.9542 2 2 0.0000 0.0494 0.9506
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 1978 488 1490 158 1 0 1 328 0 0 1481 0 9 0.3238 0.0000 0.0060 488.000 1.75 4.13 -2.39 44 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0004 0.9996 1 2 0.0000 0.0005 0.9995 1 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 267 98 169 0 0 10 0 88 0 0 164 0 5 0.0000 0.0000 0.0296 8.800 4.68 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0868 0.9132 2 2 0.0000 0.0905 0.9095 2 2 0.0000 0.0960 0.9040
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 355 169 186 4 1 18 4 142 0 0 185 0 1 0.0237 0.0000 0.0054 8.389 2.50 3.94 -1.44 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9646 0.0354 2 2 0.0000 0.2480 0.7520 2 2 0.0000 0.0801 0.9199
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 1343 354 989 141 6 64 2 141 3 0 981 3 2 0.3983 0.0030 0.0081 4.500 2.09 7.40 -5.32 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3672 0.5688 0.0640 1 1 0.3717 0.5630 0.0654 1 1 0.3772 0.5556 0.0672
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 955 156 799 41 0 75 0 40 2 1 774 2 20 0.2628 0.0025 0.0313 1.080 5.44 4.42 1.01 9 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0765 0.4385 0.4851 1 2 0.0806 0.4421 0.4773 1 2 0.0862 0.4469 0.4669
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 634 166 468 157 0 4 0 5 0 0 468 0 0 0.9458 0.0000 0.0000 40.500 0.37 2.20 -1.83 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0552 0.9448 0.0000 0 0 0.8666 0.1334 0.0000 0 0 0.9623 0.0377 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 1117 286 831 138 1 23 0 124 1 0 829 1 0 0.4825 0.0012 0.0024 11.435 0.57 12.97 -12.40 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4205 0.5016 0.0779 1 1 0.4175 0.5005 0.0820 1 1 0.4131 0.4992 0.0877
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1230 336 894 250 0 75 0 11 0 0 894 0 0 0.7440 0.0000 0.0000 3.480 0.38 11.18 -10.80 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 0 0.8586 0.1414 0.0000 0 0 0.9925 0.0075 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 312 74 238 3 0 1 0 70 0 0 238 0 0 0.0405 0.0000 0.0000 73.000 0.33 1.66 -1.32 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9806 0.0194 2 1 0.0000 0.7507 0.2493 2 1 0.0000 0.5662 0.4338
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 358 87 271 5 0 1 0 81 0 0 269 0 2 0.0575 0.0000 0.0074 86.000 0.20 1.11 -0.91 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.8412 0.1588 2 1 0.0000 0.5614 0.4386
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.050 1 -2 1 114 50 64 4 0 0 0 46 0 0 63 0 1 0.0800 0.0000 0.0156 50.000 0.00 2.26 -2.26 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9915 0.0085 2 1 0.0000 0.7187 0.2813 2 2 0.0000 0.4468 0.5532
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 422 122 300 117 0 3 0 2 0 0 300 0 0 0.9590 0.0000 0.0000 39.667 1.06 4.50 -3.44 31 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5162 0.4838 0.0000 0 0 0.8738 0.1262 0.0000 0 0 0.9203 0.0797 0.0000
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1214 331 883 0 1 33 2 295 0 0 878 1 4 0.0000 0.0000 0.0057 9.030 3.35 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 151 79 72 36 3 4 0 36 0 0 72 0 0 0.4557 0.0000 0.0000 18.750 0.19 1.19 -1.00 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3748 0.5079 0.1173 1 1 0.3748 0.5068 0.1184 1 1 0.3747 0.5055 0.1199
chr12 102958393 C CGCAGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 12 1 495 148 347 113 4 29 0 2 0 0 346 0 1 0.7635 0.0000 0.0029 4.103 0.77 12.00 -11.23 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1254 0.8746 0.0000 0 0 0.7094 0.2906 0.0000 0 0 0.8455 0.1545 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 486 119 367 65 0 10 0 44 0 0 363 0 4 0.5462 0.0000 0.0109 10.900 0.92 3.66 -2.74 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4595 0.4550 0.0855 1 1 0.4524 0.4579 0.0898 1 1 0.4427 0.4616 0.0957
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 635 159 476 74 0 7 0 78 0 0 465 0 11 0.4654 0.0000 0.0231 21.714 0.28 8.67 -8.38 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0950 0.4865 0.4185 1 1 0.0993 0.4872 0.4134 1 1 0.1053 0.4881 0.4066
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 720 198 522 0 0 32 7 159 0 0 522 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.188 4.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0151 0.9849 2 2 0.0000 0.0164 0.9836 2 2 0.0000 0.0184 0.9816
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 202 100 102 1 0 0 0 99 0 0 102 0 0 0.0100 0.0000 0.0000 100.000 1.00 2.57 -1.57 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2968 0.7032 2 2 0.0000 0.1450 0.8550 2 2 0.0000 0.1190 0.8810
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 207 84 123 37 0 17 0 30 0 0 120 0 3 0.4405 0.0000 0.0244 3.941 0.78 5.90 -5.12 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2905 0.5162 0.1932 1 1 0.2894 0.5150 0.1956 1 1 0.2879 0.5134 0.1986
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 534 143 391 39 29 29 14 32 0 1 386 1 3 0.2727 0.0000 0.0128 3.586 2.03 4.81 -2.79 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4985 0.4306 0.0709 1 0 0.4900 0.4349 0.0751 1 0 0.4785 0.4406 0.0809
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 466 158 308 0 0 10 3 145 0 0 296 0 12 0.0000 0.0000 0.0390 14.800 5.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0175 0.9825 2 2 0.0000 0.0190 0.9810 2 2 0.0000 0.0212 0.9788
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 348 91 257 1 0 10 0 80 0 0 240 0 17 0.0110 0.0000 0.0661 8.100 0.00 10.09 -10.09 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3083 0.6917 2 2 0.0000 0.1513 0.8487 2 2 0.0000 0.1242 0.8758
chr12 122266132 GC G 0.500000 0.050 1 -1 3 454 139 315 114 1 21 0 3 0 0 315 0 0 0.8201 0.0000 0.0000 5.619 0.23 1.33 -1.11 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1292 0.8708 0.0000 0 0 0.7009 0.2991 0.0000 0 0 0.8391 0.1609 0.0000
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 741 190 551 0 0 20 1 169 0 0 530 0 21 0.0000 0.0000 0.0381 8.500 7.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0081 0.9919 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0102 0.9898
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.050 1 3 3 259 110 149 41 1 33 1 34 0 0 148 0 1 0.3727 0.0000 0.0067 2.333 0.41 3.24 -2.82 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3137 0.5130 0.1733 1 1 0.3118 0.5120 0.1762 1 1 0.3092 0.5107 0.1801
chr12 124993835 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 216 73 143 31 0 14 1 27 0 1 139 0 3 0.4247 0.0000 0.0280 4.538 0.94 6.85 -5.92 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2534 0.5188 0.2278 1 1 0.2537 0.5174 0.2290 1 1 0.2539 0.5156 0.2305
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 218 70 148 0 0 3 0 67 0 0 142 0 6 0.0000 0.0000 0.0405 22.333 8.78 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1374 0.8626 2 2 0.0000 0.1418 0.8582 2 2 0.0000 0.1481 0.8519
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 641 198 443 14 2 58 3 121 0 0 443 0 0 0.0707 0.0000 0.0000 2.414 0.29 2.93 -2.64 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9507 0.0493
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 824 171 653 3 0 32 0 136 0 0 642 0 11 0.0175 0.0000 0.0168 4.344 1.33 5.59 -4.25 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7800 0.2200 2 2 0.0000 0.1744 0.8256 2 2 0.0000 0.0877 0.9123
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 664 246 418 227 0 10 0 9 0 0 417 0 1 0.9228 0.0000 0.0024 23.600 0.48 12.89 -12.41 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2763 0.7237 0.0000 0 0 0.8633 0.1367 0.0000
chr13 60528441 GATA G 0.187645 0.050 1 -3 4 428 124 304 54 0 4 0 66 0 0 303 0 1 0.4355 0.0000 0.0033 30.000 0.44 3.23 -2.78 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2198 0.5966 0.1836 1 1 0.2266 0.5933 0.1801 1 1 0.2356 0.5888 0.1755
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 636 113 523 0 48 11 4 50 0 0 520 0 3 0.0000 0.0000 0.0057 10.200 5.26 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0454 0.4448 0.5098 1 2 0.0468 0.4462 0.5071 1 2 0.0487 0.4480 0.5033
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 488 78 410 6 1 31 3 37 0 2 397 2 9 0.0769 0.0000 0.0317 1.484 5.17 6.86 -1.70 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9642 0.0358 2 1 0.0000 0.8125 0.1875
chr13 107866367 CGCTGCTGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -12 2 701 202 499 195 0 1 0 6 0 0 499 0 0 0.9653 0.0000 0.0000 201.000 0.36 7.00 -6.64 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0075 0.9925 0.0000 0 0 0.6905 0.3095 0.0000 0 0 0.9202 0.0798 0.0000
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 322 108 214 36 0 28 0 44 0 0 214 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 2.857 0.58 10.50 -9.92 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1545 0.5055 0.3400 1 1 0.1579 0.5050 0.3370 1 1 0.1624 0.5045 0.3331
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 617 132 485 62 0 8 0 62 0 0 483 0 2 0.4697 0.0000 0.0041 15.500 0.27 3.15 -2.87 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2086 0.5372 0.2542 1 1 0.2107 0.5344 0.2549 1 1 0.2135 0.5309 0.2556
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 495 132 363 66 0 2 0 64 0 0 362 0 1 0.5000 0.0000 0.0028 65.000 0.15 1.72 -1.57 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1307 0.5454 0.3239 1 1 0.1312 0.5422 0.3266 1 1 0.1319 0.5381 0.3299
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 471 133 338 46 2 10 0 75 0 0 337 0 1 0.3459 0.0000 0.0030 12.300 0.26 2.03 -1.77 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0431 0.3711 0.5859 1 2 0.0470 0.3792 0.5738 1 2 0.0526 0.3899 0.5575
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 526 181 345 175 0 2 0 4 0 0 342 0 3 0.9669 0.0000 0.0087 89.500 0.59 21.75 -21.16 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.4835 0.5165 0.0000 0 0 0.8684 0.1316 0.0000
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 421 87 334 7 0 7 0 73 0 0 330 0 4 0.0805 0.0000 0.0120 11.429 0.14 1.37 -1.23 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8699 0.1301 2 2 0.0000 0.4745 0.5255
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.050 1 -6 1 739 167 572 86 0 26 0 55 0 0 570 0 2 0.5150 0.0000 0.0035 5.423 0.34 5.96 -5.63 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7305 0.2591 0.0104 1 0 0.7216 0.2670 0.0114 1 0 0.7094 0.2776 0.0130
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.050 1 2 3 589 154 435 68 68 8 0 10 0 0 434 0 1 0.4416 0.0000 0.0023 18.250 0.26 2.80 -2.54 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0609 0.9391 0.0000 0 0 0.6046 0.3954 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.050 1 3 3 613 180 433 155 0 19 0 6 0 0 433 0 0 0.8611 0.0000 0.0000 8.474 0.30 2.83 -2.54 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0073 0.9927 0.0000 0 0 0.6878 0.3122 0.0000 0 0 0.9213 0.0787 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 531 137 394 1 45 18 4 69 0 0 388 1 5 0.0073 0.0000 0.0152 4.625 3.00 2.99 0.01 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0089 0.1933 0.7978 1 2 0.0103 0.2058 0.7839 1 2 0.0118 0.2607 0.7275
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 378 114 264 0 4 16 2 92 1 0 263 0 0 0.0000 0.0038 0.0038 13.857 3.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3470 0.6530 2 2 0.0000 0.1568 0.8432 2 2 0.0000 0.1145 0.8855
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 376 112 264 1 0 14 3 94 0 1 263 0 0 0.0089 0.0000 0.0038 6.786 0.00 4.00 -4.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4479 0.5521 2 2 0.0000 0.1485 0.8515 2 2 0.0000 0.0977 0.9023
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 366 68 298 23 4 7 6 28 0 0 297 0 1 0.3382 0.0000 0.0034 8.286 3.22 3.50 -0.28 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2089 0.5246 0.2665 1 1 0.2127 0.5236 0.2637 1 1 0.2178 0.5223 0.2599
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 383 77 306 32 4 6 0 35 0 0 305 0 1 0.4156 0.0000 0.0033 14.200 2.22 4.00 -1.78 18 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3011 0.5213 0.1776 1 1 0.3020 0.5197 0.1783 1 1 0.3032 0.5176 0.1792
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.050 1 1 2 373 126 247 71 1 5 0 49 0 0 247 0 0 0.5635 0.0000 0.0000 24.200 0.21 1.27 -1.05 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7161 0.2801 0.0038 1 0 0.7093 0.2866 0.0041 1 0 0.7000 0.2954 0.0045
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 455 112 343 9 0 22 3 78 0 0 339 1 3 0.0804 0.0000 0.0117 4.091 0.00 4.21 -4.21 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.9078 0.0922
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.050 1 6 1 455 112 343 9 0 57 1 45 0 0 340 0 3 0.0804 0.0000 0.0087 0.982 0.00 5.11 -5.11 3 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0001 0.9977 0.0022 2 1 0.0000 0.9956 0.0044 2 1 0.0000 0.9428 0.0572
chr14 29927416 G GCCCGGA 0.058217 0.050 1 6 3 226 38 188 20 2 5 0 11 0 0 188 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 6.400 2.10 5.64 -3.54 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6000 0.3873 0.0127 1 0 0.5956 0.3913 0.0131 1 0 0.5896 0.3967 0.0137
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 806 160 646 0 0 19 2 139 0 0 629 0 17 0.0000 0.0000 0.0263 7.421 7.31 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0039 0.9961 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr14 60125677 C CTAT 0.004717 0.050 1 3 1 310 103 207 96 0 1 0 6 0 0 207 0 0 0.9320 0.0000 0.0000 102.000 0.25 3.17 -2.92 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1164 0.8836 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 678 160 518 0 0 25 0 135 0 0 510 0 8 0.0000 0.0000 0.0154 5.400 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0062 0.9938 2 2 0.0000 0.0067 0.9933 2 2 0.0000 0.0074 0.9926
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 575 132 443 0 0 27 3 102 0 0 441 1 1 0.0000 0.0000 0.0045 3.889 5.66 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0958 0.9042 2 2 0.0000 0.1005 0.8995 2 2 0.0000 0.1072 0.8928
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 560 116 444 5 34 6 18 53 0 0 443 1 0 0.0431 0.0000 0.0023 33.333 0.60 5.26 -4.66 3 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0285 0.3115 0.6601 1 2 0.0317 0.3225 0.6458 1 2 0.0366 0.3371 0.6264
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 564 177 387 83 1 19 1 73 0 0 386 1 0 0.4689 0.0000 0.0026 8.316 0.42 3.30 -2.88 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2550 0.5561 0.1889 1 1 0.2530 0.5531 0.1939 1 1 0.2501 0.5492 0.2006
chr14 93253730 T TCCC 0.000001 0.050 1 3 2 138 65 73 60 0 3 0 2 0 0 73 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 20.667 0.38 3.00 -2.62 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 216 83 133 49 0 4 0 30 0 0 131 0 2 0.5904 0.0000 0.0150 19.750 0.18 8.03 -7.85 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5335 0.4068 0.0597 1 0 0.5260 0.4112 0.0628 1 0 0.5160 0.4170 0.0670
chr14 94769867 G GCGC 0.027535 0.050 1 3 2 344 83 261 45 1 9 1 27 0 0 258 0 3 0.5422 0.0000 0.0115 8.222 0.31 3.26 -2.95 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6477 0.3481 0.0042 1 0 0.6427 0.3529 0.0044 1 0 0.6359 0.3594 0.0047
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 313 93 220 5 0 11 0 77 0 0 216 0 4 0.0538 0.0000 0.0182 7.455 0.60 8.77 -8.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9983 0.0017 2 1 0.0000 0.8321 0.1679 2 1 0.0000 0.5438 0.4562
chr14 104707525 ACCCCACCCCCAC A 0.157029 0.050 1 -12 2 514 113 401 42 1 19 1 50 0 0 399 0 2 0.3717 0.0000 0.0050 4.947 0.74 10.64 -9.90 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2716 0.5928 0.1356 1 1 0.2775 0.5891 0.1334 1 1 0.2853 0.5843 0.1305
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 466 135 331 69 2 14 1 49 0 0 329 1 1 0.5111 0.0000 0.0060 8.643 0.88 3.18 -2.30 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5898 0.3753 0.0349 1 0 0.5830 0.3800 0.0371 1 0 0.5737 0.3862 0.0400
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 389 117 272 60 1 9 3 44 0 0 270 0 2 0.5128 0.0000 0.0074 11.889 1.38 3.70 -2.32 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5316 0.4240 0.0444 1 0 0.5274 0.4264 0.0462 1 0 0.5218 0.4296 0.0486
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 175 43 132 0 0 3 0 40 0 2 109 19 2 0.0000 0.0000 0.1742 13.333 3.30 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0131 0.9869 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0081 0.9919
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.050 1 -2 2 560 177 383 69 0 1 1 106 0 0 382 0 1 0.3898 0.0000 0.0026 176.000 0.14 2.07 -1.92 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0233 0.3177 0.6590 1 2 0.0264 0.3292 0.6444 1 2 0.0311 0.3445 0.6244
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 246 95 151 3 0 5 51 36 0 0 147 4 0 0.0316 0.0000 0.0265 8.000 1.67 1.31 0.36 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9688 0.0312 2 1 0.0000 0.6641 0.3359 2 2 0.0000 0.4666 0.5334
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 246 95 151 3 1 41 0 50 0 0 147 0 4 0.0316 0.0000 0.0265 1.317 1.67 2.12 -0.45 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9742 0.0258 2 1 0.0000 0.6326 0.3674 2 2 0.0000 0.3890 0.6110
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 782 187 595 62 4 39 2 80 0 1 591 2 1 0.3316 0.0000 0.0067 3.769 1.19 3.95 -2.76 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0440 0.4032 0.5528 1 2 0.0466 0.4067 0.5467 1 2 0.0502 0.4115 0.5383
chr15 32446553 TCTC T 0.007746 0.050 1 -3 2 360 172 188 140 1 6 0 25 0 0 188 0 0 0.8140 0.0000 0.0000 33.200 0.86 3.12 -2.26 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2601 0.7399 0.0000
chr15 33844878 TAGA T 0.150388 0.050 1 -3 3 282 81 201 45 0 3 0 33 0 0 200 0 1 0.5556 0.0000 0.0050 26.000 0.29 3.91 -3.62 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5518 0.4153 0.0329 1 0 0.5479 0.4180 0.0341 1 0 0.5427 0.4217 0.0357
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 353 99 254 82 1 12 0 4 0 0 254 0 0 0.8283 0.0000 0.0000 7.250 0.90 6.75 -5.85 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0874 0.9126 0.0000 0 0 0.8133 0.1867 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 531 173 358 168 0 2 0 3 0 0 358 0 0 0.9711 0.0000 0.0000 85.500 1.18 2.00 -0.82 30 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5079 0.4921 0.0000 0 0 0.9447 0.0553 0.0000 0 0 0.9737 0.0263 0.0000
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 530 158 372 86 1 8 0 63 0 0 370 0 2 0.5443 0.0000 0.0054 21.429 0.22 4.59 -4.37 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5856 0.3761 0.0383 1 0 0.5777 0.3813 0.0411 1 0 0.5669 0.3882 0.0449
chr15 65133406 G GCGC 0.007439 0.050 1 3 2 497 99 398 45 0 4 1 49 0 0 398 0 0 0.4545 0.0000 0.0000 23.750 1.24 2.76 -1.51 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4064 0.5886 0.0050 1 1 0.4108 0.5843 0.0050 1 1 0.4165 0.5786 0.0049
chr15 65650730 G GAGGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGC 0.000020 0.050 1 24 2 581 137 444 45 0 40 0 52 0 0 426 1 17 0.3285 0.0000 0.0405 2.487 0.67 8.75 -8.08 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2063 0.7937 0.0000 1 1 0.2158 0.7842 0.0000 1 1 0.2286 0.7713 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 159 71 88 34 1 4 0 32 0 0 88 0 0 0.4789 0.0000 0.0000 16.750 0.76 3.47 -2.70 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2912 0.5156 0.1932 1 1 0.2906 0.5144 0.1950 1 1 0.2898 0.5128 0.1974
chr15 72474873 T TGGC 0.069572 0.050 1 3 2 573 224 349 174 6 39 1 4 0 0 349 0 0 0.7768 0.0000 0.0000 4.842 0.70 2.50 -1.80 36 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5100 0.4900 0.0000 0 0 0.9819 0.0181 0.0000 0 0 0.9944 0.0056 0.0000
chr15 74072270 GCCT G 0.012706 0.050 1 -3 1 507 192 315 181 2 6 0 3 0 1 314 0 0 0.9427 0.0000 0.0032 31.000 0.76 3.00 -2.24 37 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9834 0.0166 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 297 154 143 0 0 3 1 150 0 0 141 0 2 0.0000 0.0000 0.0140 50.333 3.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0146 0.9854 2 2 0.0000 0.0158 0.9842 2 2 0.0000 0.0175 0.9825
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 498 110 388 0 0 12 4 94 0 0 386 0 2 0.0000 0.0000 0.0052 8.167 3.62 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0533 0.9467 2 2 0.0000 0.0559 0.9441 2 2 0.0000 0.0597 0.9403
chr15 83008518 C CA 0.185307 0.050 1 1 1 163 29 134 11 5 4 0 9 0 0 131 1 2 0.3793 0.0000 0.0224 5.000 0.36 1.56 -1.19 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4458 0.4807 0.0734 1 1 0.4446 0.4812 0.0741 1 1 0.4430 0.4819 0.0751
chr15 84643645 ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 0.188520 0.050 1 -18 1 519 131 388 112 0 17 0 2 0 0 386 0 2 0.8550 0.0000 0.0052 6.706 0.18 9.00 -8.82 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0952 0.9048 0.0000 0 0 0.8250 0.1750 0.0000 0 0 0.9345 0.0655 0.0000
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 403 140 263 74 0 3 0 63 0 0 261 0 2 0.5286 0.0000 0.0076 45.667 0.09 2.71 -2.62 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4503 0.4767 0.0730 1 1 0.4483 0.4765 0.0752 1 1 0.4453 0.4765 0.0782
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 797 198 599 66 7 47 1 77 0 0 598 0 1 0.3333 0.0000 0.0017 3.213 0.29 3.25 -2.96 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3348 0.5987 0.0666 1 1 0.3403 0.5935 0.0662 1 1 0.3476 0.5868 0.0656
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 947 210 737 0 0 32 0 178 0 0 716 0 21 0.0000 0.0000 0.0285 5.562 16.49 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0089 0.9911 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0113 0.9887
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 368 109 259 0 0 8 0 101 0 0 246 0 13 0.0000 0.0000 0.0502 12.625 6.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.050 1 1 1 332 111 221 64 0 1 0 46 0 0 221 0 0 0.5766 0.0000 0.0000 110.000 0.91 2.11 -1.20 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4628 0.4527 0.0845 1 1 0.4551 0.4560 0.0890 1 1 0.4447 0.4602 0.0951
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.050 1 -6 2 625 239 386 112 1 46 0 80 0 0 380 0 6 0.4686 0.0000 0.0155 4.174 0.29 8.26 -7.97 24 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6558 0.3229 0.0213 1 0 0.6473 0.3294 0.0233 1 0 0.6355 0.3383 0.0262
chr15 99712530 AGCAGCAGCC A 0.003879 0.050 1 -9 1 624 237 387 134 5 3 12 83 0 0 385 1 1 0.5654 0.0000 0.0052 77.667 0.41 7.51 -7.10 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8543 0.1457 0.0001 1 0 0.8470 0.1530 0.0001 1 0 0.8367 0.1633 0.0001
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.050 1 1 2 51 22 29 18 0 0 0 4 0 0 29 0 0 0.8182 0.0000 0.0000 22.000 0.44 1.00 -0.56 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3594 0.6197 0.0209 0 1 0.3664 0.6269 0.0068 0 0 0.5968 0.4016 0.0016
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.050 1 2 2 359 99 260 50 0 0 0 49 0 0 260 0 0 0.5051 0.0000 0.0000 99.000 1.10 3.00 -1.90 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3352 0.5254 0.1394 1 1 0.3363 0.5233 0.1404 1 1 0.3376 0.5207 0.1417
chr16 1980004 GT G 0.014240 0.050 1 -1 4 642 153 489 141 2 2 0 8 0 0 489 0 0 0.9216 0.0000 0.0000 75.500 0.67 1.12 -0.46 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0056 0.9944 0.0000 0 0 0.9189 0.0811 0.0000 0 0 0.9909 0.0091 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 396 104 292 0 0 2 2 100 0 0 288 1 3 0.0000 0.0000 0.0137 51.000 6.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 396 104 292 0 0 2 2 100 0 0 288 1 3 0.0000 0.0000 0.0137 51.000 6.69 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 4594388 CAGG C 0.035758 0.050 1 -3 2 270 104 166 61 0 4 1 38 0 0 166 0 0 0.5865 0.0000 0.0000 25.000 0.23 3.50 -3.27 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7127 0.2842 0.0031 1 0 0.7059 0.2908 0.0033 1 0 0.6967 0.2996 0.0036
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 450 112 338 60 0 4 0 48 0 0 337 0 1 0.5357 0.0000 0.0030 27.000 0.18 3.04 -2.86 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3080 0.5277 0.1643 1 1 0.3041 0.5267 0.1692 1 1 0.2989 0.5254 0.1757
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.050 1 3 1 443 129 314 6 34 52 1 36 1 1 308 1 3 0.0465 0.0032 0.0191 1.540 1.83 4.92 -3.08 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4225 0.5073 0.0702 1 1 0.4230 0.5061 0.0709 1 1 0.4236 0.5047 0.0717
chr16 11915673 CCCGCCGCCG C 0.055433 0.050 1 -9 1 443 136 307 54 1 34 2 45 1 0 302 1 3 0.3971 0.0033 0.0163 3.091 4.06 7.89 -3.83 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5014 0.4800 0.0185 1 0 0.5015 0.4796 0.0189 1 0 0.5014 0.4793 0.0193
chr16 11927631 AGCTGAGGGTGGAAGGGGAGTGAGCAGACACTCGGGAGGTGTCTTGAGATTATCATCC A 0.000767 0.050 1 -57 2 323 97 226 53 0 35 0 9 0 0 224 0 2 0.5464 0.0000 0.0088 1.771 0.72 0.44 0.27 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0828 0.9172 0.0000 0 0 0.7566 0.2434 0.0000 0 0 0.9873 0.0127 0.0000
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 181 73 108 0 0 0 0 73 0 0 107 0 1 0.0000 0.0000 0.0093 73.000 2.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0006 0.9994
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 742 247 495 115 2 14 2 114 0 0 495 0 0 0.4656 0.0000 0.0000 16.500 0.30 8.20 -7.91 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3699 0.5593 0.0708 1 1 0.3737 0.5544 0.0719 1 1 0.3783 0.5483 0.0733
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.050 1 -27 1 1087 262 825 110 1 77 3 71 0 0 825 0 0 0.4198 0.0000 0.0000 2.403 0.83 13.23 -12.40 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7667 0.2242 0.0091 1 0 0.7563 0.2334 0.0103 1 0 0.7418 0.2460 0.0122
chr16 29810108 AGCGGCAGCG A 0.002834 0.050 1 -9 1 544 233 311 122 0 25 0 86 0 0 309 0 2 0.5236 0.0000 0.0064 8.320 0.37 7.59 -7.22 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8055 0.1944 0.0001 1 0 0.7983 0.2016 0.0001 1 0 0.7883 0.2116 0.0001
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.050 1 3 1 716 179 537 95 0 12 1 71 0 0 536 0 1 0.5307 0.0000 0.0019 13.917 0.24 3.24 -3.00 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5681 0.3893 0.0426 1 0 0.5601 0.3942 0.0457 1 0 0.5492 0.4008 0.0500
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 175 86 89 43 0 4 1 38 0 0 88 0 1 0.5000 0.0000 0.0112 20.500 0.16 2.16 -2.00 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2759 0.5222 0.2019 1 1 0.2755 0.5205 0.2040 1 1 0.2748 0.5184 0.2068
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 406 69 337 25 8 4 7 25 0 0 336 1 0 0.3623 0.0000 0.0030 14.000 1.76 2.36 -0.60 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2414 0.5184 0.2402 1 1 0.2420 0.5170 0.2409 1 1 0.2429 0.5153 0.2418
chr16 66566827 T TAAATGAGATGGCGATC 0.500000 0.050 1 16 2 501 140 361 115 0 22 0 3 0 0 361 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 5.364 0.57 11.67 -11.09 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1192 0.8808 0.0000 0 0 0.6970 0.3030 0.0000 0 0 0.8378 0.1622 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 291 125 166 56 0 26 0 43 0 0 166 0 0 0.4480 0.0000 0.0000 3.808 0.39 7.79 -7.40 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4059 0.4818 0.1123 1 1 0.4006 0.4830 0.1164 1 1 0.3935 0.4845 0.1220
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 83 43 40 22 0 1 0 20 0 0 40 0 0 0.5116 0.0000 0.0000 42.000 0.14 3.95 -3.81 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2683 0.5116 0.2201 1 1 0.2678 0.5107 0.2214 1 1 0.2672 0.5096 0.2232
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.050 1 22 2 343 108 235 57 0 16 0 35 0 0 224 0 11 0.5278 0.0000 0.0468 5.750 0.16 12.37 -12.21 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3768 0.4962 0.1270 1 1 0.3727 0.4964 0.1310 1 1 0.3671 0.4966 0.1363
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 499 133 366 50 0 28 1 54 0 0 359 0 7 0.3759 0.0000 0.0191 3.714 0.56 5.96 -5.40 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1207 0.4942 0.3851 1 1 0.1248 0.4945 0.3807 1 1 0.1303 0.4949 0.3748
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 741 180 561 0 0 3 7 170 0 0 553 2 6 0.0000 0.0000 0.0143 58.667 7.50 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0118 0.9882
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 740 172 568 0 1 3 10 158 0 0 559 5 4 0.0000 0.0000 0.0158 56.333 7.77 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0156 0.9844 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0171 0.9829
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 738 173 565 0 1 2 0 170 0 1 551 6 7 0.0000 0.0000 0.0248 85.500 7.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0574 0.9426 2 2 0.0000 0.0288 0.9712 2 2 0.0000 0.0231 0.9769
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 866 188 678 0 0 8 3 177 0 0 674 0 4 0.0000 0.0000 0.0059 22.250 7.10 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0097 0.9903 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0121 0.9879
chr16 88723258 G GCCTGCT 0.500000 0.050 1 6 2 734 164 570 72 0 15 0 77 0 0 564 0 6 0.4390 0.0000 0.0105 9.933 0.46 5.91 -5.45 40 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1230 0.5121 0.3650 1 1 0.1271 0.5110 0.3618 1 1 0.1327 0.5098 0.3575
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 166 77 89 38 0 2 0 37 0 0 89 0 0 0.4935 0.0000 0.0000 37.500 0.39 3.86 -3.47 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2494 0.5226 0.2279 1 1 0.2499 0.5209 0.2292 1 1 0.2505 0.5188 0.2307
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 949 236 713 214 2 15 0 5 1 0 712 0 0 0.9068 0.0014 0.0014 14.667 0.31 3.40 -3.09 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1867 0.8133 0.0000 0 0 0.9624 0.0376 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 424 168 256 0 0 6 1 161 0 0 256 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 26.833 1.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0085 0.9915 2 2 0.0000 0.0095 0.9905
chr17 5183741 TATA T 0.006994 0.050 1 -3 1 894 179 715 92 78 6 0 3 0 0 715 0 0 0.5140 0.0000 0.0000 28.833 0.42 3.67 -3.24 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9864 0.0136 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.050 1 3 1 896 215 681 11 3 42 2 157 0 0 677 0 4 0.0512 0.0000 0.0059 4.119 0.18 3.04 -2.86 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9903 0.0097 2 1 0.0000 0.6535 0.3465
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.050 1 9 2 447 113 334 91 0 13 0 9 1 0 333 0 0 0.8053 0.0030 0.0030 7.692 0.63 6.22 -5.60 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0232 0.9768 0.0000 0 1 0.2426 0.7574 0.0000
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 566 224 342 1 0 30 12 181 0 0 339 0 3 0.0045 0.0000 0.0088 6.433 0.00 3.06 -3.06 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0354 0.9646 2 2 0.0000 0.0152 0.9848 2 2 0.0000 0.0130 0.9870
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 1143 339 804 306 4 4 19 6 0 0 804 0 0 0.9027 0.0000 0.0000 79.250 1.58 4.00 -2.42 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0164 0.9836 0.0000 0 0 0.8573 0.1427 0.0000 0 0 0.9742 0.0258 0.0000
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 1142 339 803 209 102 22 0 6 0 0 803 0 0 0.6165 0.0000 0.0000 17.556 0.82 4.00 -3.18 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1407 0.8593 0.0000 0 0 0.9762 0.0238 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 880 214 666 200 0 9 0 5 0 0 666 0 0 0.9346 0.0000 0.0000 22.778 0.38 3.00 -2.62 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0419 0.9581 0.0000 0 0 0.8310 0.1690 0.0000 0 0 0.9496 0.0504 0.0000
chr17 19015197 A ACGGTACGGGGGTGGGGGC 0.500000 0.050 1 18 3 300 106 194 84 0 20 0 2 0 0 192 0 2 0.7925 0.0000 0.0103 4.300 0.37 9.50 -9.13 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0119 0.9881 0.0000 0 1 0.3544 0.6456 0.0000 0 0 0.6288 0.3712 0.0000
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.050 1 -1 2 149 77 72 0 0 4 0 73 0 0 71 0 1 0.0000 0.0000 0.0139 18.250 1.32 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1345 0.8655 2 2 0.0000 0.1389 0.8611 2 2 0.0000 0.1451 0.8549
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 555 167 388 102 0 3 1 61 0 0 388 0 0 0.6108 0.0000 0.0000 54.667 0.22 1.72 -1.51 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7367 0.2492 0.0141 1 0 0.7237 0.2602 0.0162 1 0 0.7056 0.2752 0.0192
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 696 184 512 77 0 4 0 103 0 0 512 0 0 0.4185 0.0000 0.0000 45.000 0.27 1.51 -1.24 53 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0431 0.3896 0.5673 1 2 0.0468 0.3958 0.5575 1 2 0.0520 0.4039 0.5441
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 710 157 553 58 2 24 2 71 0 0 536 0 17 0.3694 0.0000 0.0307 5.696 0.72 8.68 -7.95 6 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0308 0.3354 0.6337 1 2 0.0340 0.3441 0.6219 1 2 0.0386 0.3557 0.6058
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.050 1 -15 1 606 156 450 103 0 20 0 33 0 0 448 1 1 0.6603 0.0000 0.0044 6.800 3.70 13.70 -10.00 57 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9232 0.0757 0.0011 1 0 0.9143 0.0842 0.0014 1 0 0.9002 0.0978 0.0020
chr17 41302321 TGTACAGATGGTTG T 0.500000 0.050 1 -13 1 1145 282 863 260 1 11 0 10 0 0 861 0 2 0.9220 0.0000 0.0023 24.545 0.20 10.90 -10.70 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1707 0.8293 0.0000 0 0 0.8575 0.1425 0.0000
chr17 41315500 TGCCCCCGCAGCCAGA T 0.500000 0.050 1 -15 1 706 229 477 185 0 41 0 3 0 0 476 0 1 0.8079 0.0000 0.0021 4.585 0.28 11.33 -11.05 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1348 0.8652 0.0000 0 0 0.8691 0.1309 0.0000 0 0 0.9502 0.0498 0.0000
chr17 41936512 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 461 127 334 67 0 2 0 58 0 0 334 0 0 0.5276 0.0000 0.0000 62.500 0.21 3.33 -3.12 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3444 0.5142 0.1414 1 1 0.3417 0.5131 0.1452 1 1 0.3380 0.5117 0.1503
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1888 368 1520 184 0 3 0 181 0 0 1518 0 2 0.5000 0.0000 0.0013 121.667 0.72 3.30 -2.58 86 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2047 0.6100 0.1854 1 1 0.2085 0.6019 0.1896 1 1 0.2133 0.5917 0.1950
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 739 233 506 100 1 30 4 98 0 0 504 0 2 0.4292 0.0000 0.0040 6.767 0.91 3.37 -2.46 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1878 0.5596 0.2526 1 1 0.1910 0.5551 0.2539 1 1 0.1950 0.5495 0.2555
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 180 61 119 33 0 3 0 25 0 0 118 0 1 0.5410 0.0000 0.0084 19.333 0.39 4.96 -4.57 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3310 0.5033 0.1657 1 1 0.3282 0.5031 0.1687 1 1 0.3245 0.5027 0.1728
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 1009 268 741 121 0 8 0 139 0 0 736 0 5 0.4515 0.0000 0.0067 32.500 0.17 3.19 -3.02 19 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0510 0.4438 0.5051 1 2 0.0550 0.4466 0.4984 1 2 0.0606 0.4504 0.4890
chr17 50699859 G GTCA 0.500000 0.050 1 3 2 576 131 445 43 2 21 1 64 0 0 442 0 3 0.3282 0.0000 0.0067 5.238 0.51 2.98 -2.47 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0561 0.4007 0.5432 1 2 0.0601 0.4067 0.5333 1 2 0.0657 0.4144 0.5198
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 469 177 292 63 0 38 0 76 0 0 290 0 2 0.3559 0.0000 0.0068 3.658 0.78 5.46 -4.68 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0962 0.4798 0.4240 1 1 0.1005 0.4810 0.4184 1 1 0.1064 0.4826 0.4110
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 668 143 525 0 0 11 1 131 0 0 510 0 15 0.0000 0.0000 0.0286 12.000 7.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr17 76292157 TCTGCACCAGGTTGGACCAAACCATGCTGAA T 0.500000 0.050 1 -30 1 2574 682 1892 491 36 128 16 11 111 57 1673 26 25 0.7199 0.0587 0.1158 4.150 2.00 5.73 -3.73 165 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0013 0.9987 0.0000
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2650 673 1977 550 15 91 3 14 0 7 1969 1 0 0.8172 0.0000 0.0040 6.330 1.36 4.71 -3.36 102 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9554 0.0446 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2570 636 1934 567 13 31 10 15 4 6 1761 13 150 0.8915 0.0021 0.0895 20.067 1.92 3.73 -1.82 77 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 1227 228 999 7 0 21 3 197 0 1 998 0 0 0.0307 0.0000 0.0010 10.350 1.57 5.18 -3.61 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9985 0.0015 2 2 0.0000 0.4534 0.5466 2 2 0.0000 0.1059 0.8941
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.050 1 -3 2 641 178 463 9 0 3 0 166 0 0 455 0 8 0.0506 0.0000 0.0173 58.333 0.78 3.28 -2.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8480 0.1520 2 2 0.0000 0.3044 0.6956
chr17 81672586 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 473 155 318 139 1 11 0 4 0 0 318 0 0 0.8968 0.0000 0.0000 13.091 0.18 3.25 -3.07 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0471 0.9529 0.0000 0 0 0.6857 0.3143 0.0000 0 0 0.8662 0.1338 0.0000
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.050 1 -1 7 380 102 278 54 2 2 1 43 0 0 278 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 48.500 0.67 1.47 -0.80 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4455 0.4641 0.0904 1 1 0.4410 0.4655 0.0936 1 1 0.4349 0.4673 0.0978
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 144 74 70 0 0 7 0 67 0 0 69 0 1 0.0000 0.0000 0.0143 9.571 2.91 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 212 89 123 6 0 1 0 82 0 0 123 0 0 0.0674 0.0000 0.0000 88.000 0.17 4.90 -4.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8577 0.1423 2 1 0.0000 0.5188 0.4812
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 148 76 72 73 1 0 0 2 0 0 72 0 0 0.9605 0.0000 0.0000 76.000 0.19 3.00 -2.81 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1974 0.8026 0.0000 0 0 0.6199 0.3801 0.0000 0 0 0.7370 0.2630 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 241 126 115 75 0 5 1 45 0 0 114 0 1 0.5952 0.0000 0.0087 24.200 0.28 3.71 -3.43 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6083 0.3535 0.0381 1 0 0.5967 0.3617 0.0416 1 0 0.5810 0.3724 0.0466
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 525 150 375 1 0 12 1 136 0 0 374 0 1 0.0067 0.0000 0.0027 11.500 1.00 8.85 -7.85 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1371 0.8629 2 2 0.0000 0.0609 0.9391 2 2 0.0000 0.0504 0.9496
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 349 202 147 185 1 10 0 6 0 0 147 0 0 0.9158 0.0000 0.0000 19.200 0.21 3.67 -3.46 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0060 0.9940 0.0000 0 0 0.6411 0.3589 0.0000 0 0 0.9028 0.0972 0.0000
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 894 211 683 116 0 6 0 89 0 0 677 0 6 0.5498 0.0000 0.0088 34.167 0.30 13.08 -12.78 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4898 0.4488 0.0614 1 0 0.4828 0.4516 0.0656 1 0 0.4733 0.4553 0.0714
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 470 87 383 36 0 12 4 35 0 1 381 0 1 0.4138 0.0000 0.0052 6.167 3.42 6.03 -2.61 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2082 0.5212 0.2706 1 1 0.2101 0.5196 0.2703 1 1 0.2125 0.5176 0.2699
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 195 78 117 0 0 3 1 74 0 0 116 0 1 0.0000 0.0000 0.0085 25.000 3.15 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1287 0.8713 2 2 0.0000 0.1331 0.8669 2 2 0.0000 0.1393 0.8607
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 159 94 65 42 1 6 0 45 0 0 64 0 1 0.4468 0.0000 0.0154 14.667 0.12 3.04 -2.93 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2028 0.5244 0.2728 1 1 0.2049 0.5226 0.2725 1 1 0.2076 0.5203 0.2721
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 4 438 154 284 78 1 13 0 62 0 0 279 0 5 0.5065 0.0000 0.0176 10.769 0.33 3.92 -3.59 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3806 0.5030 0.1164 1 1 0.3768 0.5026 0.1206 1 1 0.3715 0.5022 0.1263
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.050 1 24 3 431 178 253 70 0 16 5 87 0 2 249 0 2 0.3933 0.0000 0.0158 10.600 1.21 5.98 -4.76 26 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1290 0.5739 0.2971 1 1 0.1363 0.5739 0.2898 1 1 0.1463 0.5736 0.2801
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 206 67 139 42 0 2 0 23 0 0 138 0 1 0.6269 0.0000 0.0072 32.500 0.26 4.39 -4.13 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6130 0.3556 0.0313 1 0 0.6055 0.3613 0.0332 1 0 0.5955 0.3689 0.0357
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 269 133 136 70 1 0 0 62 0 0 136 0 0 0.5263 0.0000 0.0000 133.000 0.54 3.05 -2.51 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4778 0.4654 0.0568 1 0 0.4758 0.4657 0.0585 1 0 0.4730 0.4662 0.0608
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 361 120 241 50 1 15 51 3 0 0 237 4 0 0.4167 0.0000 0.0166 6.933 1.48 2.33 -0.85 34 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1682 0.5219 0.3099 1 1 0.1718 0.5205 0.3077 1 1 0.1766 0.5186 0.3048
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 361 122 239 52 1 16 0 53 0 0 235 0 4 0.4262 0.0000 0.0167 6.562 1.42 7.26 -5.84 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3452 0.5663 0.0885 1 1 0.3492 0.5627 0.0881 1 1 0.3543 0.5580 0.0876
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.050 1 -12 4 361 131 230 65 0 55 4 7 0 0 228 0 2 0.4962 0.0000 0.0087 1.431 1.49 12.14 -10.65 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0309 0.9691 0.0000 0 1 0.3279 0.6721 0.0000
chr19 2248153 T TGGAGTCCACCCTCCAGCCCCC 0.063774 0.050 1 21 2 245 60 185 25 0 16 0 19 0 0 185 0 0 0.4167 0.0000 0.0000 2.750 3.12 9.37 -6.25 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4488 0.0203 1 0 0.5289 0.4503 0.0207 1 0 0.5264 0.4524 0.0212
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 499 146 353 139 0 5 0 2 2 0 351 0 0 0.9521 0.0057 0.0057 28.200 0.55 3.00 -2.45 41 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9080 0.0920 0.0000 0 0 0.9844 0.0156 0.0000 0 0 0.9905 0.0095 0.0000
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 554 143 411 71 0 10 0 62 0 0 402 0 9 0.4965 0.0000 0.0219 14.778 0.54 10.89 -10.35 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3281 0.5413 0.1305 1 1 0.3303 0.5382 0.1316 1 1 0.3329 0.5342 0.1329
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 305 86 219 5 0 6 0 75 0 0 217 0 2 0.0581 0.0000 0.0091 16.000 0.00 5.51 -5.51 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9011 0.0989 2 1 0.0000 0.6859 0.3141
chr19 9126240 AG A 0.056196 0.050 1 -1 5 375 102 273 54 0 0 2 46 0 0 273 0 0 0.5294 0.0000 0.0000 101.000 0.94 2.35 -1.40 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5222 0.4610 0.0168 1 0 0.5214 0.4614 0.0172 1 0 0.5202 0.4621 0.0177
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 1003 351 652 262 4 53 5 27 0 0 652 0 0 0.7464 0.0000 0.0000 5.623 0.35 3.52 -3.17 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0096 0.9904 0.0000
chr19 13207858 CCTG C 0.175850 0.050 1 -3 1 478 149 329 2 0 30 59 58 0 0 327 1 1 0.0134 0.0000 0.0061 4.103 0.00 3.31 -3.31 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.8641 0.1359 2 2 0.0000 0.4950 0.5050 2 2 0.0000 0.3698 0.6302
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 479 152 327 3 3 83 2 61 0 0 325 0 2 0.0197 0.0000 0.0061 0.827 1.33 7.66 -6.32 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9454 0.0546 2 1 0.0000 0.7974 0.2026
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.050 1 3 1 359 117 242 53 2 17 1 44 0 0 241 0 1 0.4530 0.0000 0.0041 5.882 0.30 3.02 -2.72 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5545 0.4295 0.0159 1 0 0.5524 0.4312 0.0164 1 0 0.5493 0.4336 0.0171
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 570 116 454 0 0 6 1 109 0 0 447 1 6 0.0000 0.0000 0.0154 18.333 3.49 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr19 17286690 GTT G 0.132491 0.050 1 -2 1 490 117 373 14 23 17 13 50 0 0 372 0 1 0.1197 0.0000 0.0027 10.375 0.50 4.06 -3.56 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1251 0.6056 0.2693 1 1 0.1333 0.6077 0.2590 1 1 0.1445 0.6098 0.2456
chr19 18280864 CGCGCCCCCG C 0.000645 0.050 1 -9 6 497 156 341 143 3 7 0 3 0 0 341 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 21.143 0.82 9.00 -8.18 5 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 18606579 GAGC G 0.207987 0.050 1 -3 1 132 55 77 31 0 4 0 20 0 0 77 0 0 0.5636 0.0000 0.0000 12.750 0.84 3.60 -2.76 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5352 0.4175 0.0474 1 0 0.5305 0.4206 0.0490 1 0 0.5242 0.4247 0.0511
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 327 83 244 1 0 11 1 70 0 0 243 0 1 0.0120 0.0000 0.0041 6.545 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1426 0.8574 2 2 0.0000 0.0617 0.9383 2 2 0.0000 0.0489 0.9511
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 656 173 483 80 0 10 0 83 0 0 477 0 6 0.4624 0.0000 0.0124 16.300 0.54 3.29 -2.75 8 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0648 0.4817 0.4535 1 1 0.0669 0.4810 0.4522 1 1 0.0697 0.4802 0.4501
chr19 35511459 ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 0.164843 0.050 1 -51 2 481 207 274 133 0 27 0 47 0 0 247 0 27 0.6425 0.0000 0.0985 6.667 0.47 18.68 -18.21 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9225 0.0769 0.0005 1 0 0.9155 0.0838 0.0007 1 0 0.9053 0.0938 0.0009
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 480 168 312 122 5 25 8 8 0 0 312 0 0 0.7262 0.0000 0.0000 6.500 0.16 4.00 -3.84 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0090 0.9910 0.0000 0 1 0.3796 0.6204 0.0000
chr19 37388950 C CTGTG 0.140068 0.050 1 4 5 596 121 475 61 0 1 0 59 0 0 470 0 5 0.5041 0.0000 0.0105 120.000 0.18 4.34 -4.16 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3584 0.5631 0.0785 1 1 0.3622 0.5594 0.0785 1 1 0.3671 0.5546 0.0783
chr19 37388952 AT A 0.140069 0.050 1 -1 2 597 121 476 63 0 6 0 52 0 0 471 1 4 0.5207 0.0000 0.0105 19.167 0.17 4.73 -4.56 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4839 0.4743 0.0418 1 0 0.4831 0.4741 0.0428 1 0 0.4819 0.4740 0.0441
chr19 38304906 TGAA T 0.163680 0.050 1 -3 1 391 107 284 53 0 4 0 50 0 0 283 0 1 0.4953 0.0000 0.0035 25.750 2.26 3.40 -1.14 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4183 0.5145 0.0672 1 1 0.4194 0.5128 0.0679 1 1 0.4206 0.5107 0.0687
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.050 1 -3 3 392 103 289 56 1 6 0 40 0 0 287 0 2 0.5437 0.0000 0.0069 16.167 2.84 3.52 -0.69 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6390 0.3559 0.0051 1 0 0.6344 0.3602 0.0054 1 0 0.6281 0.3661 0.0057
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 379 121 258 0 0 2 5 114 0 0 248 0 10 0.0000 0.0000 0.0388 58.500 2.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0816 0.9184 2 2 0.0000 0.0866 0.9134 2 2 0.0000 0.0939 0.9061
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 265 29 236 0 0 1 22 6 0 0 236 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 27.000 2.83 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1213 0.8787 2 2 0.0000 0.1228 0.8772 2 2 0.0000 0.1249 0.8751
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 265 28 237 0 0 18 10 0 0 0 237 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.818 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1514 0.8486 2 2 0.0000 0.1525 0.8475 2 2 0.0000 0.1541 0.8459
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 530 177 353 95 0 6 0 76 0 0 351 0 2 0.5367 0.0000 0.0057 28.500 0.19 1.74 -1.55 61 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5835 0.3892 0.0273 1 0 0.5787 0.3924 0.0289 1 0 0.5721 0.3968 0.0311
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 561 171 390 4 0 4 0 163 0 0 384 0 6 0.0234 0.0000 0.0154 41.750 0.25 3.13 -2.88 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8495 0.1505 2 2 0.0000 0.1148 0.8852 2 2 0.0000 0.0426 0.9574
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 627 217 410 87 1 42 0 87 0 0 397 0 13 0.4009 0.0000 0.0317 4.167 0.43 6.15 -5.72 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1168 0.5193 0.3639 1 1 0.1214 0.5179 0.3607 1 1 0.1275 0.5162 0.3563
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.050 1 -3 1 1130 308 822 116 33 39 10 110 0 1 816 1 4 0.3766 0.0000 0.0073 7.243 2.79 3.55 -0.76 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5925 0.3784 0.0291 1 0 0.5856 0.3827 0.0317 1 0 0.5759 0.3887 0.0354
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.050 1 3 1 1164 285 879 106 7 73 2 97 0 0 879 0 0 0.3719 0.0000 0.0000 2.917 0.28 3.31 -3.03 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4771 0.4642 0.0587 1 0 0.4742 0.4644 0.0615 1 0 0.4700 0.4647 0.0652
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 623 187 436 140 1 42 1 3 0 0 436 0 0 0.7487 0.0000 0.0000 3.452 1.59 6.33 -4.74 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2467 0.7533 0.0000 0 0 0.8557 0.1443 0.0000 0 0 0.9330 0.0670 0.0000
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 782 167 615 70 0 2 0 95 0 0 613 0 2 0.4192 0.0000 0.0033 82.500 0.21 3.07 -2.86 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0300 0.3422 0.6278 1 2 0.0327 0.3492 0.6181 1 2 0.0366 0.3586 0.6048
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 564 167 397 0 0 4 6 157 0 0 390 0 7 0.0000 0.0000 0.0176 40.750 2.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0073 0.9927 2 2 0.0000 0.0079 0.9921 2 2 0.0000 0.0089 0.9911
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 236 105 131 96 0 3 0 6 0 0 131 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 34.000 0.44 1.83 -1.40 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0697 0.9303 0.0000 0 1 0.2928 0.7072 0.0000
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 504 168 336 97 0 4 0 67 0 0 336 0 0 0.5774 0.0000 0.0000 41.000 0.26 1.78 -1.52 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6752 0.3033 0.0216 1 0 0.6648 0.3114 0.0238 1 0 0.6506 0.3224 0.0271
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 567 134 433 78 0 4 0 52 0 0 433 0 0 0.5821 0.0000 0.0000 32.500 0.32 3.38 -3.06 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6338 0.3355 0.0307 1 0 0.6238 0.3429 0.0334 1 0 0.6102 0.3526 0.0372
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 696 177 519 82 1 0 1 93 0 0 517 0 2 0.4633 0.0000 0.0039 177.000 0.09 2.97 -2.88 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1360 0.5359 0.3282 1 1 0.1412 0.5342 0.3245 1 1 0.1483 0.5321 0.3195
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 730 176 554 49 0 11 7 109 0 0 552 0 2 0.2784 0.0000 0.0036 23.429 1.51 1.56 -0.05 13 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0004 0.0521 0.9475 1 2 0.0005 0.0583 0.9411 1 2 0.0008 0.0676 0.9316
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 813 159 654 73 0 6 1 79 0 0 650 0 4 0.4591 0.0000 0.0061 25.500 0.59 3.46 -2.87 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1361 0.5235 0.3404 1 1 0.1407 0.5220 0.3373 1 1 0.1467 0.5203 0.3330
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 572 167 405 141 1 22 0 3 0 0 405 0 0 0.8443 0.0000 0.0000 6.591 0.22 6.00 -5.78 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2108 0.7892 0.0000 0 0 0.8179 0.1821 0.0000 0 0 0.9083 0.0917 0.0000
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 715 179 536 11 1 22 0 145 0 0 507 0 29 0.0615 0.0000 0.0541 7.136 0.55 19.43 -18.89 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8251 0.1749 2 2 0.0000 0.1536 0.8464
chr19 55386752 A AT 0.003360 0.050 1 1 1 457 128 329 52 0 14 0 62 0 0 329 0 0 0.4062 0.0000 0.0000 8.143 0.42 1.05 -0.63 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3449 0.6520 0.0031 1 1 0.3516 0.6453 0.0031 1 1 0.3604 0.6366 0.0030
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 1055 285 770 110 1 49 2 123 1 0 766 0 3 0.3860 0.0013 0.0052 4.816 0.84 4.01 -3.17 56 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1380 0.5801 0.2819 1 1 0.1447 0.5772 0.2781 1 1 0.1539 0.5733 0.2728
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 644 106 538 4 0 1 0 101 0 0 532 1 5 0.0377 0.0000 0.0112 105.000 0.50 4.59 -4.09 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9756 0.0244 2 2 0.0000 0.4710 0.5290 2 2 0.0000 0.2266 0.7734
chr19 56088071 C CTCG 0.023520 0.050 1 3 2 409 85 324 71 6 6 1 1 0 0 324 0 0 0.8353 0.0000 0.0000 13.000 4.23 3.00 1.23 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9794 0.0206 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 158 90 68 73 0 14 0 3 0 0 67 0 1 0.8111 0.0000 0.0147 5.429 0.10 3.00 -2.90 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0195 0.9805 0.0000 0 1 0.4764 0.5236 0.0000 0 0 0.7388 0.2612 0.0000
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.050 1 -1 1 184 70 114 36 0 2 0 32 0 0 114 0 0 0.5143 0.0000 0.0000 34.000 0.11 1.09 -0.98 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3613 0.5036 0.1351 1 1 0.3605 0.5028 0.1367 1 1 0.3593 0.5019 0.1388
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 336 128 208 10 0 2 0 116 0 0 208 0 0 0.0781 0.0000 0.0000 63.000 0.70 2.10 -1.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9729 0.0271 2 1 0.0000 0.6680 0.3320
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 119 74 45 69 0 1 0 4 0 0 45 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 73.000 0.14 7.50 -7.36 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0053 0.9947 0.0000 0 1 0.1973 0.8027 0.0000 0 1 0.4339 0.5661 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 359 118 241 9 0 0 1 108 0 0 234 1 6 0.0763 0.0000 0.0290 118.000 0.11 8.89 -8.78 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9741 0.0259 2 1 0.0000 0.7396 0.2604
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 360 119 241 9 0 3 2 105 0 0 233 1 7 0.0756 0.0000 0.0332 38.333 0.11 8.96 -8.85 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9757 0.0243 2 1 0.0000 0.7516 0.2484
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 364 125 239 7 0 1 0 117 0 0 233 0 6 0.0560 0.0000 0.0251 124.000 0.14 8.48 -8.34 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9016 0.0984 2 1 0.0000 0.5564 0.4436
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.050 1 5 1 434 206 228 190 1 13 0 2 0 0 227 1 0 0.9223 0.0000 0.0044 14.846 0.33 6.00 -5.67 86 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9562 0.0438 0.0000 0 0 0.9933 0.0067 0.0000 0 0 0.9960 0.0040 0.0000
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 830 218 612 206 2 5 0 5 0 0 612 0 0 0.9450 0.0000 0.0000 42.400 0.23 6.00 -5.77 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0613 0.9387 0.0000 0 0 0.8798 0.1202 0.0000 0 0 0.9654 0.0346 0.0000
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 514 161 353 1 5 0 3 152 0 0 339 0 14 0.0062 0.0000 0.0397 155.000 5.00 3.72 1.28 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0789 0.9211 2 2 0.0000 0.0308 0.9692 2 2 0.0000 0.0230 0.9770
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.050 1 -9 4 241 87 154 31 0 33 0 23 0 0 154 0 0 0.3563 0.0000 0.0000 1.636 1.19 8.70 -7.50 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2965 0.5140 0.1895 1 1 0.2932 0.5136 0.1932 1 1 0.2888 0.5130 0.1982
chr20 35652818 A AGGGCCG 0.080534 0.050 1 6 2 879 208 671 159 1 45 0 3 0 0 671 0 0 0.7644 0.0000 0.0000 3.705 0.38 3.33 -2.95 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8297 0.1703 0.0000 0 0 0.9878 0.0122 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr20 38926679 C CGCG 0.081611 0.050 1 3 3 748 220 528 101 3 24 1 91 0 0 524 0 4 0.4591 0.0000 0.0076 8.167 0.38 3.11 -2.73 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5066 0.4731 0.0203 1 0 0.5070 0.4720 0.0210 1 0 0.5073 0.4709 0.0218
chr20 44065918 C CCCG 0.103979 0.050 1 3 4 497 185 312 87 0 25 0 73 0 0 307 0 5 0.4703 0.0000 0.0160 6.400 0.22 3.08 -2.86 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5201 0.4551 0.0248 1 0 0.5192 0.4552 0.0256 1 0 0.5178 0.4555 0.0267
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1174 368 806 158 1 45 9 155 0 1 799 0 6 0.4293 0.0000 0.0087 7.178 0.28 3.18 -2.90 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0856 0.5446 0.3698 1 1 0.0892 0.5401 0.3707 1 1 0.0942 0.5345 0.3713
chr20 47651070 TGCAGCAGCA T 0.105143 0.050 1 -9 1 598 286 312 169 2 10 2 103 0 0 305 0 7 0.5909 0.0000 0.0224 30.556 0.66 7.50 -6.84 89 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9194 0.0802 0.0003 1 0 0.9128 0.0868 0.0004 1 0 0.9033 0.0962 0.0005
chr20 58228620 C CCCG 0.223199 0.050 1 3 1 443 117 326 61 0 6 0 50 0 0 325 0 1 0.5214 0.0000 0.0031 18.500 0.33 2.98 -2.65 31 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4982 0.4485 0.0533 1 0 0.4952 0.4498 0.0550 1 0 0.4912 0.4515 0.0573
chr20 62064735 TGCGCCGCCGGGG T 0.002933 0.050 1 -12 1 370 80 290 40 0 4 0 36 1 0 283 0 6 0.5000 0.0034 0.0241 19.000 1.35 10.25 -8.90 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4609 0.5376 0.0015 1 1 0.4633 0.5352 0.0015 1 1 0.4663 0.5322 0.0015
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 300 52 248 0 0 9 0 43 0 0 238 3 7 0.0000 0.0000 0.0403 4.778 5.60 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0016 0.9984 2 2 0.0000 0.0016 0.9984
chr20 62308713 C CGACACGAAG 0.021020 0.050 1 9 3 586 151 435 128 0 20 0 3 0 0 434 0 1 0.8477 0.0000 0.0023 6.550 0.19 7.67 -7.48 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6311 0.3689 0.0000 0 0 0.9870 0.0130 0.0000 0 0 0.9956 0.0044 0.0000
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 335 171 164 97 0 0 0 74 0 0 163 0 1 0.5673 0.0000 0.0061 171.000 0.23 2.00 -1.77 41 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3650 0.5313 0.1037 1 1 0.3568 0.5330 0.1102 1 1 0.3457 0.5350 0.1192
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 833 188 645 106 0 1 0 81 0 0 643 0 2 0.5638 0.0000 0.0031 187.000 0.30 5.89 -5.59 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5178 0.4268 0.0554 1 0 0.5094 0.4311 0.0595 1 0 0.4980 0.4368 0.0653
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.050 1 -5 2 711 203 508 107 1 9 0 86 0 0 507 0 1 0.5271 0.0000 0.0020 21.444 0.17 5.19 -5.02 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6157 0.3614 0.0229 1 0 0.6098 0.3657 0.0246 1 0 0.6016 0.3715 0.0269
chr21 33555090 AAGCCGCCGCAGCCGCACCCCC A 0.011908 0.050 1 -21 4 1146 320 826 161 6 146 1 6 0 0 823 1 2 0.5031 0.0000 0.0036 1.158 1.04 6.83 -5.80 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0015 0.9985 0.0000 0 0 0.8961 0.1039 0.0000 0 0 0.9919 0.0081 0.0000
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 247 108 139 52 0 7 1 48 0 0 138 0 1 0.4815 0.0000 0.0072 14.429 0.25 3.04 -2.79 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2212 0.5336 0.2452 1 1 0.2215 0.5312 0.2473 1 1 0.2217 0.5282 0.2501
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 348 55 293 0 0 3 2 50 0 0 292 1 0 0.0000 0.0000 0.0034 17.333 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1338 212 1126 5 0 8 9 190 1 0 1107 4 14 0.0236 0.0009 0.0169 34.000 4.60 3.29 1.31 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9755 0.0245 2 2 0.0000 0.1232 0.8768 2 2 0.0000 0.0269 0.9731
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 1340 212 1128 3 3 8 13 185 0 2 1107 5 14 0.0142 0.0000 0.0186 50.500 6.00 3.33 2.67 1 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8184 0.1816 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0257 0.9743
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 710 138 572 1 0 11 1 125 0 0 561 0 11 0.0072 0.0000 0.0192 11.455 0.00 12.38 -12.38 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1209 0.8791 2 2 0.0000 0.0534 0.9466 2 2 0.0000 0.0441 0.9559
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 342 145 197 2 0 15 0 128 0 0 196 0 1 0.0138 0.0000 0.0051 8.667 0.50 8.35 -7.85 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0351 0.9649 2 2 0.0000 0.0056 0.9944 2 2 0.0000 0.0034 0.9966
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.050 1 3 1 587 224 363 191 4 22 0 7 0 0 363 0 0 0.8527 0.0000 0.0000 9.136 0.25 2.57 -2.32 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0031 0.9969 0.0000 0 0 0.7088 0.2912 0.0000 0 0 0.9442 0.0558 0.0000
chr22 15698738 CAAATT C 0.000142 0.050 1 -5 1 807 502 305 430 2 5 2 63 1 0 303 0 1 0.8566 0.0033 0.0066 99.200 0.32 4.94 -4.62 172 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0070 0.9930 0.0000
chr22 21867418 C CCCG 0.004356 0.050 1 3 1 222 91 131 66 6 15 0 4 0 0 131 0 0 0.7253 0.0000 0.0000 5.067 0.58 3.00 -2.42 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6719 0.3281 0.0000 0 0 0.9894 0.0106 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000
chr22 23575030 AC A 0.001341 0.050 1 -1 3 199 109 90 62 0 7 0 40 0 0 89 0 1 0.5688 0.0000 0.0111 14.571 0.24 1.27 -1.03 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7139 0.2860 0.0001 1 0 0.7076 0.2923 0.0001 1 0 0.6991 0.3008 0.0001
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 669 165 504 73 0 33 0 59 0 0 490 1 13 0.4424 0.0000 0.0278 4.000 1.07 15.68 -14.61 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0566 0.5462 0.3972 1 1 0.0570 0.5428 0.4002 1 1 0.0575 0.5385 0.4040
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.050 1 -3 1 844 239 605 4 0 8 1 226 0 0 600 0 5 0.0167 0.0000 0.0083 28.875 0.00 3.95 -3.95 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7469 0.2531 2 2 0.0000 0.0654 0.9346 2 2 0.0000 0.0245 0.9755
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 504 251 253 106 0 61 0 84 0 0 249 0 4 0.4223 0.0000 0.0158 3.115 0.28 6.10 -5.81 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5762 0.3935 0.0303 1 0 0.5713 0.3966 0.0322 1 0 0.5644 0.4008 0.0348
chr22 37568368 GCTGCAAACCCCCCAGCCACTA G 0.016662 0.050 1 -21 1 624 117 507 16 1 15 0 85 0 0 496 0 11 0.1368 0.0000 0.0217 6.800 2.44 17.45 -15.01 10 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 642 134 508 39 2 3 1 89 0 0 508 0 0 0.2910 0.0000 0.0000 43.333 0.23 16.47 -16.24 3 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0051 0.1551 0.8397 1 2 0.0061 0.1660 0.8279 1 2 0.0077 0.1812 0.8112
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.050 1 -3 1 1037 363 674 201 5 9 2 146 0 0 665 2 7 0.5537 0.0000 0.0134 58.667 1.67 3.60 -1.94 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7997 0.1954 0.0048 1 0 0.7895 0.2048 0.0058 1 0 0.7749 0.2179 0.0072
chr22 38086345 GTGCGGGAGCGGGACTGGCCATCCCAGTACTCCGAGGGTGCTA G 0.313009 0.050 1 -42 4 377 120 257 5 0 1 0 114 0 1 220 0 36 0.0417 0.0000 0.1440 119.000 0.80 24.09 -23.29 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.7200 0.2800 2 2 0.0000 0.3469 0.6531
chr22 38087148 T TTCATGGGTG 0.341262 0.050 1 9 4 391 182 209 16 0 24 0 142 0 0 192 0 17 0.0879 0.0000 0.0813 6.583 3.81 7.45 -3.64 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9422 0.0578
chr22 38087167 A ACATGGAGGT 0.087531 0.050 1 9 5 390 187 203 140 2 37 0 8 0 0 203 0 0 0.7487 0.0000 0.0000 4.027 6.36 7.38 -1.02 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 0 0.6215 0.3785 0.0000 0 0 0.9409 0.0591 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 331 132 199 58 0 5 0 69 0 0 197 0 2 0.4394 0.0000 0.0101 25.400 0.29 2.96 -2.66 4 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0576 0.4384 0.5040 1 2 0.0600 0.4403 0.4997 1 2 0.0633 0.4429 0.4938
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 554 192 362 93 2 20 5 72 0 0 359 0 3 0.4844 0.0000 0.0083 8.600 0.39 3.11 -2.72 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5379 0.4221 0.0400 1 0 0.5338 0.4241 0.0420 1 0 0.5283 0.4269 0.0448
chr22 40861830 T TA 0.018262 0.050 1 1 2 702 161 541 75 0 2 0 84 0 0 540 0 1 0.4658 0.0000 0.0018 79.500 0.53 1.38 -0.85 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3246 0.6591 0.0162 1 1 0.3321 0.6519 0.0160 1 1 0.3419 0.6425 0.0157
chr22 42142030 GA G 0.042019 0.050 1 -1 4 964 272 692 261 2 2 0 7 0 0 692 0 0 0.9596 0.0000 0.0000 134.500 0.97 1.43 -0.46 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1593 0.8407 0.0000 0 0 0.9929 0.0071 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1239 318 921 192 0 5 0 121 0 0 916 0 5 0.6038 0.0000 0.0054 62.600 0.25 10.42 -10.17 96 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9253 0.0742 0.0006 1 0 0.9182 0.0811 0.0007 1 0 0.9079 0.0911 0.0010
chr22 50482719 AACACTCGGGCCCCCGAAG A 0.106467 0.050 1 -18 2 401 114 287 88 1 23 0 2 1 0 286 0 0 0.7719 0.0035 0.0035 3.957 0.23 19.00 -18.77 14 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7553 0.2447 0.0000 0 0 0.9531 0.0469 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000
653 rows