File Info

Filename
HG04098_x_HG04161_FF_10.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/6a/cca8ae20d5ade5cea2f53f08f57eea/HG04098_x_HG04161_FF_10.features.tsv
Size
139.0 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG04098_x_HG04161_FF_10)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 604 229 375 179 1 19 0 30 0 0 375 0 0 0.7817 0.0000 0.0000 11.053 0.31 9.30 -8.99 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -9 1 332 146 186 24 0 17 0 105 0 0 186 0 0 0.1644 0.0000 0.0000 7.588 0.71 8.77 -8.06 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 1752908 C CCCT 0.500000 0.100 1 3 1 381 151 230 114 5 28 1 3 0 1 228 0 1 0.7550 0.0000 0.0087 4.393 0.10 3.00 -2.90 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.6677 0.3323 0.0000 0 0 0.9324 0.0676 0.0000
chr1 1919188 CAGCGGCAGG C 0.500000 0.100 1 -9 2 620 235 385 187 2 31 0 15 1 1 382 0 1 0.7957 0.0026 0.0078 6.548 0.57 8.67 -8.09 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.2670 0.7330 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 254 113 141 105 0 0 0 8 0 0 141 0 0 0.9292 0.0000 0.0000 113.000 0.48 4.12 -3.65 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0365 0.9635 0.0000 0 1 0.4902 0.5098 0.0000
chr1 10639083 CTCGTCG C 0.500000 0.100 1 -6 2 583 125 458 65 1 13 3 43 0 0 457 0 1 0.5200 0.0000 0.0022 8.385 1.86 6.95 -5.09 37 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6671 0.3200 0.0128 1 0 0.6582 0.3270 0.0148 1 0 0.6456 0.3367 0.0177
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 487 109 378 53 0 11 0 45 0 0 376 0 2 0.4862 0.0000 0.0053 8.909 0.62 3.27 -2.64 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3219 0.5801 0.0980 1 1 0.3231 0.5740 0.1030 1 1 0.3240 0.5663 0.1097
chr1 13778626 T TGAA 0.500000 0.100 1 3 1 482 109 373 1 41 25 2 40 0 0 373 0 0 0.0092 0.0000 0.0000 1.720 3.00 4.60 -1.60 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0728 0.4941 0.4331 1 1 0.0773 0.4939 0.4288 1 1 0.0835 0.4939 0.4226
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.100 1 3 2 933 171 762 0 0 9 0 162 0 0 758 0 4 0.0000 0.0000 0.0052 18.000 3.46 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 530 148 382 142 1 1 0 4 0 0 382 0 0 0.9595 0.0000 0.0000 146.000 0.19 1.50 -1.31 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1771 0.8229 0.0000 0 0 0.9473 0.0527 0.0000 0 0 0.9875 0.0125 0.0000
chr1 16759094 AGCGCTG A 0.500000 0.100 1 -6 2 2082 570 1512 494 0 16 0 60 1 0 1508 0 3 0.8667 0.0007 0.0026 34.625 1.24 8.92 -7.67 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.100 1 1 3 1389 286 1103 188 13 27 4 54 0 0 1103 0 0 0.6573 0.0000 0.0000 9.074 1.77 2.04 -0.27 4 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 1 0.1322 0.8678 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 1 373 137 236 7 0 13 1 116 0 0 234 0 2 0.0511 0.0000 0.0085 9.538 0.00 3.10 -3.10 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.8189 0.1811 2 2 0.0000 0.2173 0.7827
chr1 44130707 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 2 341 98 243 54 0 7 0 37 0 0 241 0 2 0.5510 0.0000 0.0082 13.000 0.20 3.16 -2.96 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5667 0.4043 0.0290 1 0 0.5595 0.4085 0.0321 1 0 0.5492 0.4141 0.0366
chr1 46815074 GAT G 0.500000 0.100 1 -2 2 362 85 277 40 0 0 0 45 0 0 277 0 0 0.4706 0.0000 0.0000 85.000 0.25 2.87 -2.62 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1153 0.5741 0.3106 1 1 0.1201 0.5685 0.3114 1 1 0.1265 0.5615 0.3120
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.100 1 6 1 590 145 445 0 0 24 3 118 0 0 444 0 1 0.0000 0.0000 0.0022 5.217 5.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 232 79 153 32 0 6 0 41 0 0 153 0 0 0.4051 0.0000 0.0000 12.167 0.03 3.02 -2.99 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0718 0.5010 0.4273 1 1 0.0762 0.5003 0.4235 1 1 0.0824 0.4995 0.4181
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.100 1 3 1 144 66 78 32 0 3 0 31 0 0 78 0 0 0.4848 0.0000 0.0000 21.000 0.25 5.90 -5.65 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2333 0.5754 0.1913 1 1 0.2355 0.5698 0.1947 1 1 0.2383 0.5627 0.1990
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.100 1 -9 2 451 174 277 96 0 19 0 59 0 0 274 0 3 0.5517 0.0000 0.0108 8.158 0.51 8.20 -7.69 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8692 0.1297 0.0010 1 0 0.8607 0.1380 0.0013 1 0 0.8482 0.1500 0.0018
chr1 84574341 CAGCAGCGCT C 0.500000 0.100 1 -9 2 451 180 271 107 0 4 0 69 0 0 271 0 0 0.5944 0.0000 0.0000 44.000 0.55 7.30 -6.75 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9007 0.0988 0.0005 1 0 0.8932 0.1062 0.0006 1 0 0.8821 0.1170 0.0009
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.100 1 -6 1 423 147 276 0 0 7 2 138 0 0 271 0 5 0.0000 0.0000 0.0181 19.857 5.25 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 176 76 100 69 1 3 0 3 0 0 100 0 0 0.9079 0.0000 0.0000 24.333 0.16 3.00 -2.84 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 0 0.5749 0.4251 0.0000 0 0 0.8133 0.1867 0.0000
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.100 1 3 2 439 127 312 114 1 4 0 8 0 1 311 0 0 0.8976 0.0000 0.0032 30.750 0.71 3.12 -2.41 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0613 0.9387 0.0000 0 0 0.6199 0.3801 0.0000
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.100 1 -24 3 839 178 661 104 2 22 7 43 0 0 650 4 7 0.5843 0.0000 0.0166 7.091 0.31 7.12 -6.81 26 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9503 0.0496 0.0001 1 0 0.9447 0.0551 0.0002 1 0 0.9363 0.0634 0.0003
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.100 1 -45 4 847 205 642 132 3 10 4 56 0 0 642 0 0 0.6439 0.0000 0.0000 19.400 1.10 5.14 -4.04 48 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9970 0.0030 0.0000 1 0 0.9963 0.0037 0.0000 1 0 0.9950 0.0050 0.0000
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.100 1 3 1 624 193 431 170 2 12 0 9 0 0 431 0 0 0.8808 0.0000 0.0000 14.917 0.22 3.67 -3.45 48 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2693 0.7307 0.0000 0 0 0.9283 0.0717 0.0000
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.100 1 -2 3 322 123 199 64 4 10 0 45 0 0 199 0 0 0.5203 0.0000 0.0000 10.900 0.20 2.11 -1.91 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7095 0.2811 0.0094 1 0 0.6998 0.2893 0.0109 1 0 0.6861 0.3006 0.0133
chr1 152111699 T TTGCTGCTCGCGCCTCTCC 0.500000 0.100 1 18 1 2120 607 1513 175 9 203 12 208 10 8 1397 16 82 0.2883 0.0066 0.0767 1.980 2.37 8.97 -6.60 41 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0002 0.9998 1 2 0.0000 0.0003 0.9997 1 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.100 1 -36 1 1263 279 984 125 0 43 0 111 0 0 977 0 7 0.4480 0.0000 0.0071 5.488 0.42 3.77 -3.35 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2202 0.7248 0.0550 1 1 0.2298 0.7097 0.0605 1 1 0.2416 0.6901 0.0683
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 239 86 153 5 0 10 4 67 0 0 153 0 0 0.0581 0.0000 0.0000 7.300 4.40 1.55 2.85 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.8517 0.1483 2 2 0.0000 0.4405 0.5595
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.100 1 6 2 701 191 510 154 5 21 2 9 0 0 509 0 1 0.8063 0.0000 0.0020 8.400 1.50 5.11 -3.61 104 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0315 0.9685 0.0000 0 0 0.6778 0.3222 0.0000
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.100 1 12 1 1200 272 928 16 2 54 4 196 0 1 876 2 49 0.0588 0.0000 0.0560 4.000 0.44 10.68 -10.24 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9969 0.0031 2 2 0.0000 0.2653 0.7347
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.100 1 -9 1 525 216 309 135 0 12 1 68 0 0 308 1 0 0.6250 0.0000 0.0032 17.000 1.07 7.87 -6.79 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9914 0.0086 0.0000 1 0 0.9898 0.0102 0.0000 1 0 0.9872 0.0128 0.0000
chr1 154869723 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 1712 477 1235 2 2 144 3 326 0 0 1154 1 80 0.0042 0.0000 0.0656 2.306 19.50 9.41 10.09 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 155085169 GGGGGTGGGCCCC G 0.500000 0.100 1 -12 1 465 146 319 73 0 6 1 66 0 0 313 0 6 0.5000 0.0000 0.0188 23.333 0.26 10.48 -10.22 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1642 0.6717 0.1641 1 1 0.1702 0.6597 0.1701 1 1 0.1779 0.6442 0.1779
chr1 156384556 T TC 0.500000 0.100 1 1 1 207 74 133 36 0 1 1 36 0 0 131 0 2 0.4865 0.0000 0.0150 73.000 1.61 2.08 -0.47 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1521 0.5810 0.2668 1 1 0.1565 0.5750 0.2686 1 1 0.1622 0.5674 0.2705
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.100 1 2 4 855 225 630 0 0 7 2 216 0 0 629 0 1 0.0000 0.0000 0.0016 31.143 2.44 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.100 1 1 1 1664 321 1343 0 0 7 1 313 0 0 1336 0 7 0.0000 0.0000 0.0052 44.857 1.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 4 152 47 105 22 0 3 1 21 0 0 105 0 0 0.4681 0.0000 0.0000 14.667 0.09 4.81 -4.72 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2243 0.5536 0.2221 1 1 0.2263 0.5496 0.2242 1 1 0.2287 0.5445 0.2267
chr1 201215825 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 521 142 379 137 0 0 0 5 0 0 378 0 1 0.9648 0.0000 0.0026 142.000 0.47 1.20 -0.73 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 0 0.6130 0.3870 0.0000 0 0 0.9426 0.0574 0.0000
chr1 203217822 C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 0.500000 0.100 1 24 3 747 236 511 179 1 44 0 12 0 0 510 0 1 0.7585 0.0000 0.0020 4.364 0.22 12.08 -11.86 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0078 0.9922 0.0000 0 0 0.5964 0.4036 0.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -12 1 435 220 215 0 0 27 0 193 0 0 199 1 15 0.0000 0.0000 0.0744 7.148 11.40 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr1 209432291 TAGCAGCAGCAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -15 1 435 234 201 7 3 21 3 200 0 0 198 0 3 0.0299 0.0000 0.0149 10.450 0.00 11.02 -11.02 5 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9961 0.0039 2 2 0.0000 0.0893 0.9107 2 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr1 210094548 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 192 62 130 32 0 3 0 27 0 0 130 0 0 0.5161 0.0000 0.0000 19.667 0.09 3.11 -3.02 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3335 0.5427 0.1238 1 1 0.3324 0.5394 0.1282 1 1 0.3306 0.5353 0.1341
chr1 225519331 A ATCCAGGCGTTCCTGCCGC 0.500000 0.100 1 18 1 561 165 396 38 1 99 0 27 0 0 379 1 16 0.2303 0.0000 0.0429 0.667 0.58 5.96 -5.38 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1159 0.5717 0.3123 1 1 0.1207 0.5663 0.3130 1 1 0.1271 0.5595 0.3134
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.100 1 -9 1 714 202 512 178 0 14 0 10 0 0 511 0 1 0.8812 0.0000 0.0020 13.429 1.25 8.90 -7.65 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0562 0.9438 0.0000 0 0 0.8288 0.1712 0.0000
chr1 232806742 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 751 174 577 87 0 10 0 77 0 0 576 0 1 0.5000 0.0000 0.0017 16.400 0.18 2.99 -2.80 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3324 0.6118 0.0558 1 1 0.3365 0.6030 0.0605 1 1 0.3409 0.5920 0.0672
chr1 234609199 A AGCT 0.500000 0.100 1 3 2 433 97 336 47 0 17 0 33 0 0 331 0 5 0.4845 0.0000 0.0149 4.706 2.79 5.00 -2.21 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4148 0.5156 0.0696 1 1 0.4121 0.5138 0.0741 1 1 0.4081 0.5116 0.0803
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 226 105 121 51 0 2 0 52 0 0 120 0 1 0.4857 0.0000 0.0083 51.500 0.06 1.38 -1.33 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1528 0.6202 0.2271 1 1 0.1577 0.6114 0.2309 1 1 0.1642 0.6002 0.2356
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 620 161 459 11 0 7 4 139 0 0 455 0 4 0.0683 0.0000 0.0087 22.000 1.00 3.57 -2.57 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9875 0.0125 2 2 0.0000 0.4816 0.5184
chr1 247451959 GA G 0.500000 0.100 1 -1 2 452 115 337 56 0 2 0 57 0 0 337 0 0 0.4870 0.0000 0.0000 56.500 0.11 2.23 -2.12 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1649 0.6339 0.2011 1 1 0.1700 0.6242 0.2057 1 1 0.1766 0.6119 0.2115
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 688 182 506 0 0 5 0 177 0 0 502 0 4 0.0000 0.0000 0.0079 35.400 3.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 247934141 GCTAT G 0.500000 0.100 1 -4 2 1543 369 1174 220 1 15 0 133 0 0 1167 0 7 0.5962 0.0000 0.0060 23.600 0.24 4.14 -3.91 54 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9962 0.0038 0.0000 1 0 0.9955 0.0045 0.0000 1 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr1 248295573 CT C 0.500000 0.100 1 -1 1 716 143 573 7 0 4 0 132 0 0 572 0 1 0.0490 0.0000 0.0017 34.750 0.57 2.08 -1.51 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.6911 0.3089 2 2 0.0000 0.1232 0.8768
chr1 248361635 ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT A 0.500000 0.100 1 -84 1 725 214 511 22 0 40 5 147 0 0 511 0 0 0.1028 0.0000 0.0000 4.350 0.23 3.29 -3.07 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 1038 264 774 245 0 0 0 19 0 0 774 0 0 0.9280 0.0000 0.0000 264.000 3.01 1.37 1.64 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4252 0.5748 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.100 1 2 1 1427 101 1326 0 0 1 3 97 0 0 1312 0 14 0.0000 0.0000 0.0106 100.000 4.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0039 0.9961
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.100 1 -7 1 588 241 347 87 0 14 1 139 0 0 343 0 4 0.3610 0.0000 0.0115 16.214 1.15 6.75 -5.60 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0214 0.9786 1 2 0.0000 0.0243 0.9756 1 2 0.0000 0.0290 0.9710
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.100 1 9 5 434 127 307 0 0 19 0 108 0 0 287 0 20 0.0000 0.0000 0.0651 5.684 8.80 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr2 20667362 G GGGCGGCGGCGGC 0.009356 0.100 1 12 5 434 127 307 0 0 25 1 101 0 0 287 0 20 0.0000 0.0000 0.0651 4.080 8.96 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1654 0.8346 2 2 0.0000 0.1838 0.8162 2 2 0.0000 0.2117 0.7883
chr2 21010226 CTCA C 0.004081 0.100 1 -3 1 765 177 588 97 1 12 0 67 0 0 587 0 1 0.5480 0.0000 0.0017 13.667 0.15 3.16 -3.01 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8945 0.1055 0.0000 1 0 0.8894 0.1106 0.0000 1 0 0.8820 0.1180 0.0000
chr2 21043902 GGCAGCGCCA G 0.306974 0.100 1 -9 1 684 235 449 212 0 13 0 10 0 0 448 0 1 0.9021 0.0000 0.0022 17.077 0.40 8.30 -7.90 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4241 0.5759 0.0000 0 0 0.9828 0.0172 0.0000
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.100 1 3 1 193 52 141 0 0 0 0 52 0 0 136 0 5 0.0000 0.0000 0.0355 52.000 3.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0519 0.9481 2 2 0.0000 0.0548 0.9452 2 2 0.0000 0.0592 0.9408
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 1 792 167 625 140 0 19 0 8 0 0 625 0 0 0.8383 0.0000 0.0000 7.789 0.32 3.12 -2.80 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1788 0.8212 0.0000 0 0 0.8401 0.1599 0.0000
chr2 46480669 C CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG 0.500000 0.100 1 39 2 526 185 341 4 0 107 0 74 0 0 340 0 1 0.0216 0.0000 0.0029 0.729 0.25 0.86 -0.61 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9937 0.0063 2 1 0.0000 0.6255 0.3745 2 2 0.0000 0.2550 0.7450
chr2 48755616 G GGCTGCA 0.500000 0.100 1 6 1 210 81 129 41 0 5 0 35 0 0 127 0 2 0.5062 0.0000 0.0155 15.200 0.29 5.17 -4.88 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2920 0.5759 0.1321 1 1 0.2931 0.5702 0.1367 1 1 0.2941 0.5630 0.1429
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 645 103 542 29 2 11 0 61 2 1 533 0 6 0.2816 0.0037 0.0166 8.364 3.24 6.52 -3.28 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0013 0.1106 0.8881 1 2 0.0016 0.1196 0.8788 1 2 0.0022 0.1327 0.8651
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.100 1 -3 1 734 182 552 94 0 8 0 80 0 0 547 0 5 0.5165 0.0000 0.0091 21.750 0.32 3.21 -2.89 64 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3185 0.6280 0.0535 1 1 0.3237 0.6181 0.0582 1 1 0.3295 0.6056 0.0649
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.100 1 -3 1 429 200 229 94 0 16 4 86 0 0 228 1 0 0.4700 0.0000 0.0044 11.250 0.40 3.29 -2.89 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2116 0.6940 0.0944 1 1 0.2187 0.6806 0.1007 1 1 0.2275 0.6635 0.1091
chr2 73385903 T TGGA 0.500000 0.100 1 3 1 699 174 525 10 56 58 4 46 0 2 520 1 2 0.0575 0.0000 0.0095 2.000 0.50 3.09 -2.59 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5433 0.4305 0.0263 1 0 0.5382 0.4325 0.0293 1 0 0.5308 0.4356 0.0337
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.100 1 -6 1 703 182 521 65 1 55 0 61 0 0 518 0 3 0.3571 0.0000 0.0058 2.309 2.60 6.25 -3.65 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2162 0.6482 0.1356 1 1 0.2212 0.6375 0.1413 1 1 0.2274 0.6240 0.1487
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 413 73 340 36 0 0 0 37 0 0 338 0 2 0.4932 0.0000 0.0059 73.000 0.08 3.05 -2.97 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1497 0.5806 0.2697 1 1 0.1541 0.5746 0.2714 1 1 0.1598 0.5670 0.2732
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 5 350 130 220 56 2 13 2 57 0 0 220 0 0 0.4308 0.0000 0.0000 9.000 0.48 3.47 -2.99 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1614 0.6378 0.2008 1 1 0.1666 0.6279 0.2055 1 1 0.1733 0.6152 0.2115
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 4 807 196 611 144 3 26 3 20 0 0 611 0 0 0.7347 0.0000 0.0000 6.538 0.31 3.05 -2.74 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0005 0.9995 0.0000
chr2 99593872 CG C 0.500000 0.100 1 -1 4 666 181 485 163 1 6 0 11 1 0 484 0 0 0.9006 0.0021 0.0021 29.167 1.05 7.82 -6.77 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0314 0.9686 0.0000 0 0 0.7234 0.2766 0.0000
chr2 99593875 CTGAGG C 0.500000 0.100 1 -5 2 674 182 492 169 1 1 0 11 2 0 490 0 0 0.9286 0.0041 0.0041 181.000 1.01 7.82 -6.81 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0422 0.9578 0.0000 0 0 0.7835 0.2165 0.0000
chr2 108259008 AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 0.500000 0.100 1 -22 1 579 156 423 85 0 7 0 64 0 0 409 0 14 0.5449 0.0000 0.0331 21.286 2.06 19.06 -17.00 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2880 0.6401 0.0719 1 1 0.2930 0.6298 0.0772 1 1 0.2989 0.6166 0.0845
chr2 112542424 TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 0.500000 0.100 1 -25 1 391 90 301 57 0 7 0 26 0 0 289 0 12 0.6333 0.0000 0.0399 11.857 0.42 16.96 -16.54 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6632 0.3214 0.0153 1 0 0.6536 0.3289 0.0175 1 0 0.6401 0.3392 0.0207
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.100 1 6 1 556 145 411 65 1 1 0 78 0 0 408 0 3 0.4483 0.0000 0.0073 144.000 0.22 5.76 -5.54 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0258 0.4693 0.5049 1 2 0.0288 0.4686 0.5026 1 2 0.0332 0.4682 0.4986
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.100 1 6 2 173 80 93 1 0 16 2 61 0 0 86 1 6 0.0125 0.0000 0.0753 3.938 7.00 6.26 0.74 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2081 0.7919 2 2 0.0000 0.0815 0.9185 2 2 0.0000 0.0603 0.9397
chr2 168247355 G GGCC 0.500000 0.100 1 3 4 174 67 107 30 1 7 1 28 0 0 107 0 0 0.4478 0.0000 0.0000 8.571 5.23 6.00 -0.77 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2581 0.5682 0.1736 1 1 0.2596 0.5631 0.1773 1 1 0.2612 0.5567 0.1821
chr2 174427852 TTCAAATTTATCAG T 0.500000 0.100 1 -13 3 197 83 114 36 0 17 0 30 0 0 113 0 1 0.4337 0.0000 0.0088 3.882 0.17 11.33 -11.17 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3264 0.5524 0.1211 1 1 0.3259 0.5484 0.1257 1 1 0.3249 0.5434 0.1318
chr2 176123562 C CGCA 0.500000 0.100 1 3 2 439 121 318 14 0 13 0 94 0 0 314 0 4 0.1157 0.0000 0.0126 8.308 0.21 3.23 -3.02 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9857 0.0143
chr2 176130574 G GCGCACC 0.500000 0.100 1 6 1 405 89 316 70 2 15 0 2 0 0 316 0 0 0.7865 0.0000 0.0000 4.933 0.44 6.00 -5.56 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3153 0.6847 0.0000 0 0 0.8125 0.1875 0.0000 0 0 0.9012 0.0988 0.0000
chr2 177629445 G GGGA 0.500000 0.100 1 3 4 245 107 138 4 0 4 0 99 0 0 136 0 2 0.0374 0.0000 0.0145 25.750 0.25 3.08 -2.83 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9768 0.0232 2 2 0.0000 0.3131 0.6869 2 2 0.0000 0.0884 0.9116
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.100 1 -18 1 314 85 229 65 0 16 0 4 0 0 229 0 0 0.7647 0.0000 0.0000 4.312 0.25 13.50 -13.25 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 1 0.2665 0.7335 0.0000 0 0 0.6426 0.3574 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.100 1 3 2 701 160 541 12 0 4 2 142 0 0 536 0 5 0.0750 0.0000 0.0092 39.000 0.42 4.06 -3.64 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9952 0.0048 2 1 0.0000 0.6163 0.3837
chr2 186694302 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 302 126 176 8 4 19 38 57 0 0 174 0 2 0.0635 0.0000 0.0114 3.833 1.00 3.28 -2.28 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9976 0.0024 2 1 0.0000 0.8994 0.1006
chr2 186694302 A ACAGCAG 0.500000 0.100 1 6 2 302 126 176 48 4 66 2 6 0 0 175 1 0 0.3810 0.0000 0.0057 0.892 3.19 2.33 0.85 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0087 0.9913 0.0000 0 1 0.1039 0.8961 0.0000
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.100 1 3 1 303 122 181 8 3 17 48 46 0 0 181 0 0 0.0656 0.0000 0.0000 3.812 0.00 3.67 -3.67 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9977 0.0023 2 1 0.0000 0.9042 0.0958
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.100 1 1 3 206 64 142 27 4 11 3 19 0 0 141 0 1 0.4219 0.0000 0.0070 4.455 0.30 1.05 -0.76 5 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4153 0.4956 0.0891 1 1 0.4109 0.4956 0.0935 1 1 0.4048 0.4956 0.0996
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.100 1 3 1 304 115 189 110 0 3 0 2 0 0 189 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 37.333 0.28 3.00 -2.72 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7630 0.2370 0.0000 0 0 0.9668 0.0332 0.0000 0 0 0.9831 0.0169 0.0000
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 2 561 126 435 0 0 19 0 107 0 0 429 0 6 0.0000 0.0000 0.0138 5.632 7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr2 216633573 T TGCTGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 565 131 434 12 7 11 5 96 0 0 433 0 1 0.0916 0.0000 0.0023 11.700 0.25 7.85 -7.60 4 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9933 0.0067
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.100 1 -27 1 499 152 347 107 2 7 1 35 0 0 325 0 22 0.7039 0.0000 0.0634 20.286 0.64 19.57 -18.93 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9714 0.0285 0.0000 1 0 0.9675 0.0324 0.0001 1 0 0.9613 0.0386 0.0001
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.100 1 -3 2 332 127 205 70 0 2 5 50 0 0 205 0 0 0.5512 0.0000 0.0000 62.000 0.56 4.10 -3.54 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5519 0.4238 0.0242 1 0 0.5468 0.4261 0.0271 1 0 0.5392 0.4295 0.0313
chr2 232847517 A AG 0.500000 0.100 1 1 2 332 127 205 69 44 9 0 5 0 0 205 0 0 0.5433 0.0000 0.0000 8.667 0.57 5.20 -4.63 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5269 0.4731 0.0000 0 0 0.8867 0.1133 0.0000
chr2 235852770 C CCAGG 0.500000 0.100 1 4 2 231 106 125 47 0 1 0 58 0 0 124 0 1 0.4434 0.0000 0.0080 105.000 0.23 3.90 -3.66 19 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0438 0.4837 0.4725 1 1 0.0476 0.4834 0.4690 1 1 0.0532 0.4832 0.4637
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.100 1 -3 1 405 118 287 38 2 28 7 43 0 0 287 0 0 0.3220 0.0000 0.0000 3.214 0.26 3.37 -3.11 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0591 0.5008 0.4401 1 1 0.0634 0.4998 0.4368 1 1 0.0694 0.4987 0.4319
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.100 1 3 1 814 210 604 0 1 1 1 207 0 0 594 0 10 0.0000 0.0000 0.0166 208.000 3.41 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.100 1 12 2 886 225 661 189 0 25 1 10 2 1 655 0 3 0.8400 0.0030 0.0091 8.000 0.80 11.00 -10.20 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0269 0.9731 0.0000 0 0 0.8703 0.1297 0.0000
chr3 27721936 G GCGGCGC 0.500000 0.100 1 6 2 464 107 357 0 0 2 2 103 0 0 357 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 52.500 4.76 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0061 0.9939
chr3 40462029 A ACTGCTGCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 15 1 662 255 407 87 11 32 1 124 0 0 388 2 17 0.3412 0.0000 0.0467 6.906 3.07 7.60 -4.54 15 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0001 0.0627 0.9372 1 2 0.0001 0.0681 0.9318 1 2 0.0002 0.0762 0.9236
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.100 1 3 1 683 216 467 87 7 44 3 75 0 0 462 0 5 0.4028 0.0000 0.0107 3.909 0.26 3.49 -3.23 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3694 0.5891 0.0414 1 1 0.3732 0.5813 0.0455 1 1 0.3769 0.5716 0.0514
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.100 1 6 1 683 216 467 94 1 104 0 17 0 0 464 1 2 0.4352 0.0000 0.0064 1.098 0.56 4.71 -4.14 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0004 0.9996 0.0000
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.100 1 -2 5 930 249 681 0 0 14 0 235 0 0 677 0 4 0.0000 0.0000 0.0059 16.786 2.09 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 340 135 205 0 0 1 2 132 0 0 200 0 5 0.0000 0.0000 0.0244 132.000 3.61 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 719 157 562 0 0 16 11 130 0 0 561 0 1 0.0000 0.0000 0.0018 8.812 3.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0010 0.9990
chr3 46717738 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 1 480 146 334 130 0 9 0 7 0 0 334 0 0 0.8904 0.0000 0.0000 15.222 0.38 3.00 -2.62 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2770 0.7230 0.0000 0 0 0.8601 0.1399 0.0000
chr3 49358240 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 3 329 79 250 0 0 11 0 68 0 0 245 0 5 0.0000 0.0000 0.0200 6.182 6.07 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0254 0.9746 2 2 0.0000 0.0281 0.9719
chr3 51993837 T TCCTTGG 0.500000 0.100 1 6 1 485 162 323 126 0 25 1 10 0 0 323 0 0 0.7778 0.0000 0.0000 5.480 0.28 4.40 -4.12 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0046 0.9954 0.0000 0 1 0.2824 0.7176 0.0000
chr3 53292267 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 678 183 495 93 0 5 0 85 0 0 492 0 3 0.5082 0.0000 0.0061 35.600 0.32 3.21 -2.89 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2309 0.6834 0.0857 1 1 0.2377 0.6706 0.0917 1 1 0.2460 0.6542 0.0998
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.100 1 10 2 193 90 103 4 0 7 0 79 0 0 101 0 2 0.0444 0.0000 0.0194 11.857 0.25 6.96 -6.71 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9915 0.0085 2 1 0.0000 0.5529 0.4471 2 2 0.0000 0.2037 0.7963
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 247 81 166 0 0 1 7 73 0 0 165 0 1 0.0000 0.0000 0.0060 80.000 3.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0160 0.9840 2 2 0.0000 0.0174 0.9826 2 2 0.0000 0.0194 0.9806
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 2 248 82 166 1 0 0 74 7 0 0 166 0 0 0.0122 0.0000 0.0000 80.000 1.00 3.86 -2.86 1 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1541 0.8459 2 2 0.0000 0.0588 0.9412 2 2 0.0000 0.0439 0.9561
chr3 63912684 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 3 266 61 205 6 0 11 0 44 0 0 200 1 4 0.0984 0.0000 0.0244 4.545 1.50 4.64 -3.14 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9809 0.0191 2 1 0.0000 0.8136 0.1864
chr3 63912684 G GGCAGCA 0.500000 0.100 1 6 3 266 61 205 6 0 37 1 17 0 0 200 1 4 0.0984 0.0000 0.0244 0.639 1.50 5.82 -4.32 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0157 0.5534 0.4309 2 1 0.0093 0.7633 0.2274 2 1 0.0044 0.8542 0.1414
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.100 1 3 1 285 119 166 48 2 18 0 51 0 0 165 0 1 0.4034 0.0000 0.0060 5.611 0.17 3.04 -2.87 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1536 0.6179 0.2285 1 1 0.1585 0.6093 0.2322 1 1 0.1649 0.5983 0.2368
chr3 75738283 CCT C 0.500000 0.100 1 -2 4 986 195 791 100 0 7 0 88 1 8 770 3 9 0.5128 0.0013 0.0265 26.857 1.73 3.10 -1.37 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2595 0.6808 0.0597 1 1 0.2671 0.6679 0.0650 1 1 0.2761 0.6514 0.0725
chr3 86978706 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 3 289 87 202 45 1 7 0 34 0 1 197 0 4 0.5172 0.0000 0.0248 11.429 0.40 3.18 -2.78 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4145 0.5158 0.0697 1 1 0.4119 0.5139 0.0742 1 1 0.4078 0.5118 0.0804
chr3 98168999 AT A 0.500000 0.100 1 -1 2 1102 310 792 284 0 13 0 13 0 0 792 0 0 0.9161 0.0000 0.0000 22.846 0.70 2.46 -1.76 124 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6007 0.3993 0.0000 0 0 0.9958 0.0042 0.0000
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.100 1 8 2 215 99 116 53 0 7 0 39 0 0 112 0 4 0.5354 0.0000 0.0345 13.143 1.00 7.79 -6.79 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4299 0.5109 0.0592 1 1 0.4273 0.5092 0.0635 1 1 0.4232 0.5072 0.0696
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 112 47 65 3 1 1 3 39 0 0 64 1 0 0.0638 0.0000 0.0154 45.000 0.00 1.08 -1.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9911 0.0089 2 1 0.0000 0.7928 0.2072 2 1 0.0000 0.5242 0.4758
chr3 112827063 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 431 120 311 112 1 0 0 7 0 0 311 0 0 0.9333 0.0000 0.0000 120.000 0.28 1.00 -0.72 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1413 0.8587 0.0000 0 0 0.7295 0.2705 0.0000
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1187 293 894 0 1 80 9 203 0 0 892 0 2 0.0000 0.0000 0.0022 2.650 3.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr3 121632468 G GGGCTCAGGCTCA 0.500000 0.100 1 12 1 527 157 370 5 0 24 2 126 0 0 369 0 1 0.0318 0.0000 0.0027 5.542 0.00 7.55 -7.55 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9891 0.0109 2 2 0.0000 0.2435 0.7565 2 2 0.0000 0.0447 0.9553
chr3 123700269 GTTC G 0.500000 0.100 1 -3 1 812 147 665 14 0 13 1 119 0 0 662 0 3 0.0952 0.0000 0.0045 10.231 0.14 3.34 -3.19 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9536 0.0464
chr3 126006425 TAACA T 0.500000 0.100 1 -4 1 306 134 172 60 0 3 0 71 0 0 170 0 2 0.4478 0.0000 0.0116 43.667 0.27 3.96 -3.69 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0356 0.4959 0.4685 1 1 0.0392 0.4942 0.4667 1 1 0.0443 0.4924 0.4633
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 181 93 88 41 0 0 0 52 0 0 88 0 0 0.4409 0.0000 0.0000 93.000 0.68 2.92 -2.24 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0520 0.4880 0.4600 1 1 0.0561 0.4877 0.4563 1 1 0.0619 0.4875 0.4506
chr3 130471876 AT A 0.500000 0.100 1 -1 1 383 138 245 118 2 3 0 15 0 0 245 0 0 0.8551 0.0000 0.0000 45.000 1.19 2.20 -1.01 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0220 0.9780 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 339 148 191 13 0 20 9 106 0 0 186 0 5 0.0878 0.0000 0.0262 6.400 0.38 3.26 -2.88 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9250 0.0750
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.100 1 3 1 557 141 416 56 0 24 1 60 0 0 411 0 5 0.3972 0.0000 0.0120 4.875 0.30 3.12 -2.81 12 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0558 0.5436 0.4006 1 1 0.0602 0.5395 0.4003 1 1 0.0664 0.5344 0.3992
chr3 190388282 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 654 176 478 168 0 3 0 5 0 0 478 0 0 0.9545 0.0000 0.0000 57.667 0.20 2.00 -1.80 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0771 0.9229 0.0000 0 0 0.9560 0.0440 0.0000 0 0 0.9929 0.0071 0.0000
chr3 195721040 TTTC T 0.500000 0.100 1 -3 4 333 212 121 177 0 1 0 34 0 0 119 0 2 0.8349 0.0000 0.0165 211.000 1.09 3.74 -2.64 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.100 1 15 1 741 154 587 8 0 10 0 136 0 1 559 0 27 0.0519 0.0000 0.0477 14.400 0.00 10.36 -10.36 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7472 0.2528 2 2 0.0000 0.0923 0.9077
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.100 1 -9 1 230 100 130 0 0 22 0 78 0 0 127 0 3 0.0000 0.0000 0.0231 3.545 9.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0158 0.9842 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0193 0.9807
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.100 1 21 1 507 124 383 69 0 0 0 55 0 0 341 1 41 0.5565 0.0000 0.1097 124.000 0.10 16.62 -16.52 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0010 0.1537 0.8454 1 2 0.0012 0.1597 0.8391 1 2 0.0015 0.1683 0.8301
chr4 3074876 CCAGCAG C 0.249314 0.100 1 -6 2 836 301 535 11 0 94 9 187 0 0 517 2 16 0.0365 0.0000 0.0336 2.170 4.73 9.45 -4.73 5 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8919 0.1081 2 2 0.0000 0.0966 0.9034
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.100 1 3 1 836 306 530 229 36 23 9 9 2 4 524 0 0 0.7484 0.0038 0.0113 16.118 8.27 1.56 6.71 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.6774 0.3226 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.100 1 -12 1 601 155 446 86 1 5 0 63 0 0 444 0 2 0.5548 0.0000 0.0045 30.000 0.74 10.29 -9.54 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7951 0.2041 0.0008 1 0 0.7905 0.2086 0.0009 1 0 0.7837 0.2152 0.0011
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 2 701 195 506 17 0 28 0 150 0 0 491 2 13 0.0872 0.0000 0.0296 5.964 1.18 7.50 -6.32 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9478 0.0522
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 699 216 483 31 2 40 4 139 0 0 470 0 13 0.1435 0.0000 0.0269 4.436 2.65 7.51 -4.87 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 15004114 A AGCG 0.500000 0.100 1 3 1 488 90 398 63 6 15 2 4 2 1 395 0 0 0.7000 0.0050 0.0075 4.867 1.70 6.25 -4.55 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.1592 0.8408 0.0000 0 0 0.5543 0.4457 0.0000
chr4 38927132 TC T 0.500000 0.100 1 -1 2 770 239 531 207 0 17 0 15 0 0 531 0 0 0.8661 0.0000 0.0000 13.059 0.36 3.87 -3.51 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0038 0.9962 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000
chr4 44447922 G GCGCCGC 0.500000 0.100 1 6 1 648 162 486 76 1 26 1 58 0 1 476 0 9 0.4691 0.0000 0.0206 5.154 1.03 5.76 -4.73 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3694 0.5764 0.0542 1 1 0.3714 0.5699 0.0587 1 1 0.3732 0.5618 0.0650
chr4 56314410 C CGGAGCGGAGGGAGCGGAG 0.500000 0.100 1 18 1 663 169 494 148 1 11 0 9 0 0 490 0 4 0.8757 0.0000 0.0081 14.364 0.86 12.78 -11.91 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.2472 0.7528 0.0000
chr4 87614680 A ATAGCAGTGACAGCAGCAG 0.500000 0.100 1 18 1 2480 552 1928 165 12 141 9 225 4 4 1894 5 21 0.2989 0.0021 0.0176 2.865 1.48 9.44 -7.95 63 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0082 0.9918 1 2 0.0000 0.0094 0.9906 1 2 0.0000 0.0113 0.9887
chr4 87614861 TAGCAGTGACAGCAGCAAC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3115 695 2420 385 5 64 7 234 2 5 2377 14 22 0.5540 0.0008 0.0178 9.937 1.39 13.68 -12.28 109 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9996 0.0004 0.0000 1 0 0.9995 0.0005 0.0000 1 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr4 87615164 TAGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 3914 879 3035 747 22 60 12 38 8 35 2976 16 0 0.8498 0.0026 0.0194 13.729 1.64 5.66 -4.02 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9249 0.0751 0.0000
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.100 1 9 1 4166 921 3245 405 21 46 12 437 58 56 2904 187 40 0.4397 0.0179 0.1051 20.571 2.45 8.19 -5.74 35 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0075 0.9925 1 2 0.0000 0.0076 0.9924 1 2 0.0000 0.0078 0.9922
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 3485 969 2516 14 11 187 48 709 305 43 2114 26 28 0.0144 0.1212 0.1598 4.148 8.43 8.63 -0.20 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr4 87616286 TGACAGCAGTGACAGCAGC T 0.500000 0.100 1 -18 1 2861 928 1933 496 21 381 2 28 18 11 1897 6 1 0.5345 0.0093 0.0186 1.431 2.64 14.18 -11.54 158 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0010 0.9990 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr4 87662068 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 4 433 125 308 110 1 8 0 6 0 0 308 0 0 0.8800 0.0000 0.0000 14.625 0.52 3.17 -2.65 60 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.3034 0.6966 0.0000 0 0 0.8235 0.1765 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.100 1 -1 3 351 106 245 62 0 4 0 40 0 0 243 0 2 0.5849 0.0000 0.0082 25.500 0.05 2.40 -2.35 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6767 0.3105 0.0129 1 0 0.6672 0.3180 0.0148 1 0 0.6539 0.3284 0.0177
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.100 1 -3 1 154 70 84 64 0 2 0 4 0 0 84 0 0 0.9143 0.0000 0.0000 34.000 0.23 3.00 -2.77 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0036 0.9964 0.0000 0 1 0.2569 0.7431 0.0000 0 0 0.6314 0.3686 0.0000
chr4 110011233 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 593 192 401 86 0 4 0 102 0 0 399 0 2 0.4479 0.0000 0.0050 47.000 0.22 1.24 -1.01 48 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0150 0.4534 0.5316 1 2 0.0172 0.4520 0.5308 1 2 0.0205 0.4510 0.5285
chr4 119026806 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 643 159 484 145 0 8 0 6 0 0 483 0 1 0.9119 0.0000 0.0021 18.875 0.36 4.17 -3.81 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.4475 0.5525 0.0000 0 0 0.9271 0.0729 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 4 497 219 278 1 0 18 9 191 0 0 274 2 2 0.0046 0.0000 0.0144 11.167 9.00 3.02 5.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr4 146639305 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 454 146 308 11 0 23 8 104 1 1 302 4 0 0.0753 0.0032 0.0195 5.545 1.73 3.51 -1.78 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008 2 1 0.0000 0.9037 0.0963
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.100 1 5 2 288 142 146 70 0 9 0 63 0 0 138 0 8 0.4930 0.0000 0.0548 14.778 0.91 4.70 -3.78 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1509 0.6652 0.1839 1 1 0.1568 0.6535 0.1897 1 1 0.1644 0.6386 0.1970
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.100 1 -4 1 302 129 173 54 0 22 0 53 0 0 169 0 4 0.4186 0.0000 0.0231 4.864 0.65 4.64 -3.99 14 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1342 0.6227 0.2432 1 1 0.1394 0.6137 0.2469 1 1 0.1463 0.6023 0.2514
chr4 183446405 TCTG T 0.500000 0.100 1 -3 2 839 177 662 99 0 2 0 76 0 0 660 0 2 0.5593 0.0000 0.0030 87.500 0.15 3.12 -2.97 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6212 0.3692 0.0097 1 0 0.6167 0.3720 0.0113 1 0 0.6098 0.3765 0.0138
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 779 192 587 76 1 29 4 82 0 0 583 1 3 0.3958 0.0000 0.0068 5.621 0.25 3.27 -3.02 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0325 0.5365 0.4310 1 1 0.0360 0.5317 0.4323 1 1 0.0411 0.5260 0.4329
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.100 1 -15 4 343 45 298 0 0 28 1 16 0 0 289 0 9 0.0000 0.0000 0.0302 0.607 9.81 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2077 0.7923 2 2 0.0000 0.2122 0.7878 2 2 0.0000 0.2185 0.7815
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.100 1 -6 1 353 111 242 52 0 2 0 57 0 0 239 0 3 0.4685 0.0000 0.0124 54.500 0.12 6.00 -5.88 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0739 0.5654 0.3607 1 1 0.0786 0.5601 0.3613 1 1 0.0853 0.5535 0.3613
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.100 1 -3 3 520 158 362 70 0 8 0 80 0 0 360 0 2 0.4430 0.0000 0.0055 18.750 0.20 3.29 -3.09 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0390 0.5401 0.4209 1 1 0.0428 0.5354 0.4217 1 1 0.0484 0.5299 0.4217
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.100 1 -18 1 405 99 306 43 1 9 0 46 0 0 304 0 2 0.4343 0.0000 0.0065 9.889 1.58 21.15 -19.57 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1241 0.5903 0.2856 1 1 0.1290 0.5835 0.2874 1 1 0.1356 0.5750 0.2894
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.100 1 -9 1 390 81 309 39 0 2 0 40 0 0 306 1 2 0.4815 0.0000 0.0097 39.500 1.59 25.27 -23.69 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1307 0.5807 0.2886 1 1 0.1354 0.5747 0.2899 1 1 0.1416 0.5670 0.2913
chr5 98856460 AAGG A 0.500000 0.100 1 -3 1 254 92 162 54 0 1 0 37 0 1 159 0 2 0.5870 0.0000 0.0185 91.000 0.30 3.14 -2.84 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5849 0.3892 0.0259 1 0 0.5772 0.3940 0.0288 1 0 0.5663 0.4006 0.0331
chr5 109855234 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 167 83 84 42 0 1 0 40 0 0 82 0 2 0.5060 0.0000 0.0238 82.000 0.14 3.23 -3.08 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1992 0.6016 0.1992 1 1 0.2030 0.5941 0.2030 1 1 0.2077 0.5846 0.2077
chr5 113488351 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 254 113 141 40 8 22 38 5 0 0 140 0 1 0.3540 0.0000 0.0071 4.238 1.75 4.60 -2.85 6 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3204 0.5725 0.1071 1 1 0.3211 0.5670 0.1120 1 1 0.3215 0.5600 0.1185
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.100 1 3 1 1249 273 976 17 1 35 3 217 0 1 960 3 12 0.0623 0.0000 0.0164 6.771 1.06 4.05 -2.99 11 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.5011 0.4989
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.100 1 9 1 325 82 243 38 1 3 0 40 0 0 232 0 11 0.4634 0.0000 0.0453 26.000 0.39 8.80 -8.41 16 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0440 0.4588 0.4972 1 2 0.0478 0.4603 0.4920 1 2 0.0532 0.4623 0.4844
chr5 135940512 AGTT A 0.500000 0.100 1 -3 1 163 66 97 2 0 0 0 64 0 0 96 0 1 0.0303 0.0000 0.0103 66.000 0.00 3.53 -3.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7562 0.2438 2 2 0.0000 0.2466 0.7534 2 2 0.0000 0.1335 0.8665
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.100 1 2 1 238 102 136 93 0 0 0 9 0 0 136 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 102.000 0.11 3.56 -3.45 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0071 0.9929 0.0000 0 1 0.2204 0.7796 0.0000
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 238 103 135 93 0 2 0 8 0 0 135 0 0 0.9029 0.0000 0.0000 50.500 0.11 4.00 -3.89 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0206 0.9794 0.0000 0 1 0.3502 0.6498 0.0000
chr5 141393331 GC G 0.500000 0.100 1 -1 1 897 241 656 215 1 9 0 16 0 0 656 0 0 0.8921 0.0000 0.0000 25.778 0.53 1.31 -0.79 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 0 0.5567 0.4433 0.0000
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.100 1 9 1 416 116 300 41 0 12 0 63 0 0 290 0 10 0.3534 0.0000 0.0333 8.667 0.29 8.14 -7.85 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0015 0.1278 0.8707 1 2 0.0019 0.1369 0.8611 1 2 0.0026 0.1501 0.8473
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 1 384 114 270 8 0 28 1 77 0 0 258 0 12 0.0702 0.0000 0.0444 3.071 1.88 7.64 -5.76 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9824 0.0176 2 1 0.0000 0.6831 0.3169
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 12 1 384 114 270 8 0 37 1 68 0 0 258 0 12 0.0702 0.0000 0.0444 2.081 1.88 7.78 -5.90 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9879 0.0121 2 1 0.0000 0.7576 0.2424
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 610 139 471 0 0 7 0 132 0 0 470 0 1 0.0000 0.0000 0.0021 22.000 1.73 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0011 0.9989 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.100 1 -3 1 424 166 258 155 2 5 0 4 0 0 258 0 0 0.9337 0.0000 0.0000 32.200 2.39 4.50 -2.11 67 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2916 0.7084 0.0000 0 0 0.9729 0.0271 0.0000 0 0 0.9936 0.0064 0.0000
chr5 157052546 GTTGGAACAGTCGTCA G 0.500000 0.100 1 -15 1 420 174 246 7 0 16 0 151 0 0 246 0 0 0.0402 0.0000 0.0000 9.875 4.00 12.35 -8.35 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.4774 0.5226 2 2 0.0000 0.0554 0.9446
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.100 1 3 1 420 157 263 2 113 7 1 34 0 0 263 0 0 0.0127 0.0000 0.0000 21.429 1.50 5.85 -4.35 2 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9985 0.0015 0.0000 1 0 0.9561 0.0439 0.0000 0 1 0.0216 0.9784 0.0000
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 2 210 82 128 43 0 4 0 35 0 0 128 0 0 0.5244 0.0000 0.0000 19.500 0.49 3.09 -2.60 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3950 0.5241 0.0809 1 1 0.3927 0.5218 0.0855 1 1 0.3891 0.5191 0.0918
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.100 1 -3 1 400 112 288 49 0 6 0 57 0 0 287 0 1 0.4375 0.0000 0.0035 17.667 0.98 4.05 -3.07 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0658 0.5427 0.3915 1 1 0.0704 0.5388 0.3907 1 1 0.0768 0.5341 0.3891
chr5 179345258 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 429 178 251 82 3 34 0 59 0 0 251 0 0 0.4607 0.0000 0.0000 4.364 0.89 2.78 -1.89 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7530 0.2422 0.0047 1 0 0.7441 0.2502 0.0057 1 0 0.7312 0.2616 0.0072
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.100 1 -4 3 817 232 585 211 1 13 0 7 0 0 584 0 1 0.9095 0.0000 0.0017 16.846 0.42 5.00 -4.58 55 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 0 0.8880 0.1120 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 600 105 495 90 3 7 0 5 0 0 495 0 0 0.8571 0.0000 0.0000 14.000 0.33 3.40 -3.07 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.3366 0.6634 0.0000 0 0 0.7864 0.2136 0.0000
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.100 1 3 5 500 138 362 5 0 19 3 111 0 1 358 2 1 0.0362 0.0000 0.0110 6.211 0.40 3.32 -2.92 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9959 0.0041 2 2 0.0000 0.4476 0.5524 2 2 0.0000 0.0979 0.9021
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.100 1 3 1 572 122 450 50 2 21 3 46 4 0 443 0 3 0.4098 0.0089 0.0156 5.050 2.00 4.74 -2.74 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3873 0.5663 0.0463 1 1 0.3924 0.5593 0.0483 1 1 0.3985 0.5505 0.0509
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.100 1 3 1 543 131 412 99 5 20 0 7 2 0 409 1 0 0.7557 0.0049 0.0073 5.789 0.96 4.43 -3.47 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.2323 0.7677 0.0000 0 0 0.8383 0.1617 0.0000
chr6 7727289 G GAGC 0.018903 0.100 1 3 2 617 142 475 104 9 27 0 2 0 0 475 0 0 0.7324 0.0000 0.0000 4.259 0.38 3.00 -2.62 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9949 0.0051 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.100 1 3 2 1822 456 1366 29 26 119 17 265 0 0 1350 1 15 0.0636 0.0000 0.0117 2.887 1.14 3.59 -2.45 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 22570117 G GGGC 0.051576 0.100 1 3 1 702 163 539 73 0 34 1 55 0 0 539 0 0 0.4479 0.0000 0.0000 3.794 0.67 3.00 -2.33 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7308 0.2679 0.0014 1 0 0.7272 0.2713 0.0015 1 0 0.7219 0.2763 0.0018
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 382 109 273 8 0 2 0 99 0 0 272 0 1 0.0734 0.0000 0.0037 107.000 0.38 1.39 -1.02 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9719 0.0281 2 1 0.0000 0.5765 0.4235
chr6 31029782 GCAGGCTCTGAGACCACCACAGCCTCCACTT G 0.500000 0.100 1 -30 1 1316 402 914 294 26 55 8 19 10 8 895 1 0 0.7313 0.0109 0.0208 6.018 1.28 4.63 -3.36 96 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 0 0.6232 0.3768 0.0000
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 1 763 198 565 116 0 2 0 80 0 0 565 0 0 0.5859 0.0000 0.0000 98.000 1.24 3.94 -2.70 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8709 0.1284 0.0007 1 0 0.8632 0.1359 0.0009 1 0 0.8519 0.1468 0.0013
chr6 31138080 AG A 0.500000 0.100 1 -1 4 503 137 366 75 0 1 0 61 0 0 364 0 2 0.5474 0.0000 0.0055 136.000 1.20 2.03 -0.83 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4366 0.5230 0.0405 1 1 0.4361 0.5196 0.0443 1 1 0.4345 0.5157 0.0498
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.100 1 2 1 637 177 460 0 82 5 0 90 0 1 459 0 0 0.0000 0.0000 0.0022 34.400 3.17 0 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0118 0.3574 0.6309 1 2 0.0136 0.3618 0.6246 1 2 0.0164 0.3682 0.6154
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 11 1 637 177 460 146 3 5 5 18 1 0 459 0 0 0.8249 0.0022 0.0022 42.750 1.79 6.50 -4.71 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0022 0.9978 0.0000
chr6 31627995 GCCTGCTGCCCCA G 0.500000 0.100 1 -12 1 452 128 324 76 0 5 0 47 0 0 317 0 7 0.5938 0.0000 0.0216 24.600 0.53 11.36 -10.84 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6944 0.2968 0.0089 1 0 0.6858 0.3039 0.0104 1 0 0.6735 0.3138 0.0127
chr6 32038437 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 442 122 320 60 0 13 0 49 0 0 317 0 3 0.4918 0.0000 0.0094 8.385 0.73 3.92 -3.19 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3607 0.5654 0.0739 1 1 0.3613 0.5601 0.0786 1 1 0.3613 0.5535 0.0853
chr6 32403192 TG T 0.500000 0.100 1 -1 1 264 92 172 88 1 0 0 3 0 0 172 0 0 0.9565 0.0000 0.0000 91.000 0.27 5.00 -4.73 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1076 0.8924 0.0000 0 0 0.7767 0.2233 0.0000 0 0 0.9157 0.0843 0.0000
chr6 32666522 A ACC 0.500000 0.100 1 2 2 203 100 103 63 5 0 1 31 0 0 102 0 1 0.6300 0.0000 0.0097 96.000 6.81 8.81 -2.00 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8958 0.1030 0.0011 1 0 0.8867 0.1119 0.0014 1 0 0.8733 0.1247 0.0020
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.100 1 6 5 478 181 297 146 0 30 0 5 1 0 295 0 1 0.8066 0.0034 0.0067 5.033 0.45 5.00 -4.55 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0029 0.9971 0.0000 0 0 0.7220 0.2780 0.0000 0 0 0.9638 0.0362 0.0000
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.100 1 3 1 1271 312 959 25 115 11 0 161 0 0 956 0 3 0.0801 0.0000 0.0031 27.364 1.16 3.20 -2.04 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0036 0.4014 0.5951 1 2 0.0044 0.3981 0.5975 1 2 0.0057 0.3953 0.5991
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 343 130 213 110 0 15 0 5 0 0 213 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 7.667 0.56 6.60 -6.04 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 0 0.5425 0.4575 0.0000 0 0 0.8937 0.1063 0.0000
chr6 44002766 C CGCG 0.500000 0.100 1 3 1 452 104 348 68 3 28 0 5 1 0 347 0 0 0.6538 0.0029 0.0029 2.714 3.00 4.20 -1.20 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1511 0.8489 0.0000 0 0 0.5708 0.4292 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 15 2 875 202 673 0 0 115 4 83 0 0 615 0 58 0.0000 0.0000 0.0862 0.748 5.89 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCGCCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.100 1 30 2 875 202 673 0 5 133 5 59 0 0 615 5 53 0.0000 0.0000 0.0862 0.492 2.37 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0330 0.9670 2 2 0.0000 0.0133 0.9867 2 2 0.0000 0.0098 0.9902
chr6 99613748 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 1 630 116 514 44 3 32 1 36 2 0 500 1 11 0.3793 0.0039 0.0272 2.625 1.84 5.00 -3.16 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1992 0.6178 0.1830 1 1 0.2033 0.6092 0.1875 1 1 0.2086 0.5982 0.1932
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.100 1 -3 2 118 48 70 27 1 2 3 15 0 0 70 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 23.000 0.26 2.93 -2.67 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4860 0.4481 0.0659 1 0 0.4788 0.4511 0.0701 1 0 0.4689 0.4550 0.0760
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.100 1 3 2 748 180 568 0 0 5 5 170 0 0 558 0 10 0.0000 0.0000 0.0176 35.000 3.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 2 959 249 710 118 0 13 1 117 0 0 708 0 2 0.4739 0.0000 0.0028 18.154 0.31 3.15 -2.84 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0972 0.7592 0.1436 1 1 0.1047 0.7429 0.1524 1 1 0.1148 0.7215 0.1637
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.100 1 -18 1 501 162 339 0 0 33 1 128 0 0 319 0 20 0.0000 0.0000 0.0590 3.909 15.05 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0005 0.9995 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.100 1 -3 5 404 157 247 93 2 3 0 59 0 0 247 0 0 0.5924 0.0000 0.0000 51.333 0.11 5.75 -5.64 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8916 0.1077 0.0007 1 0 0.8834 0.1156 0.0009 1 0 0.8714 0.1273 0.0013
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.100 1 -3 3 321 131 190 2 0 13 5 111 0 0 185 0 5 0.0153 0.0000 0.0263 9.077 3.00 3.01 -0.01 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1360 0.8640 2 2 0.0000 0.0191 0.9809 2 2 0.0000 0.0100 0.9900
chr6 170561925 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 1037 337 700 3 3 62 34 235 0 0 697 2 1 0.0089 0.0000 0.0043 4.443 8.00 5.15 2.85 3 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.1690 0.8310 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.100 1 -3 1 1041 324 717 8 27 18 129 142 0 0 717 0 0 0.0247 0.0000 0.0000 17.583 8.25 7.14 1.11 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9401 0.0599
chr7 1547017 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 2 256 84 172 79 0 2 0 3 0 0 172 0 0 0.9405 0.0000 0.0000 41.000 0.19 9.67 -9.48 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0679 0.9321 0.0000 0 0 0.6803 0.3197 0.0000 0 0 0.8710 0.1290 0.0000
chr7 5928380 GTC G 0.500000 0.100 1 -2 3 533 155 378 120 1 14 0 20 0 0 378 0 0 0.7742 0.0000 0.0000 10.071 0.42 2.05 -1.62 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr7 11831843 AGCAGCGGCAGCG A 0.500000 0.100 1 -12 2 183 91 92 54 0 4 0 33 0 0 90 0 2 0.5934 0.0000 0.0217 21.750 0.61 10.91 -10.30 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6695 0.3151 0.0155 1 0 0.6594 0.3229 0.0176 1 0 0.6454 0.3337 0.0209
chr7 27095697 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 1 993 308 685 151 9 22 2 124 0 0 675 1 9 0.4903 0.0000 0.0146 13.000 1.36 3.96 -2.60 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5589 0.4364 0.0047 1 0 0.5625 0.4317 0.0057 1 0 0.5656 0.4271 0.0073
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.100 1 1 3 128 50 78 30 2 1 2 15 0 0 78 0 0 0.6000 0.0000 0.0000 46.000 0.27 1.27 -1.00 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6188 0.3501 0.0311 1 0 0.6078 0.3580 0.0343 1 0 0.5926 0.3685 0.0389
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 536 131 405 75 0 0 0 56 0 0 405 0 0 0.5725 0.0000 0.0000 131.000 1.07 1.14 -0.08 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6244 0.3611 0.0145 1 0 0.6176 0.3659 0.0165 1 0 0.6076 0.3727 0.0197
chr7 36407740 A ACTT 0.500000 0.100 1 3 1 200 52 148 40 0 5 0 7 0 0 148 0 0 0.7692 0.0000 0.0000 9.400 0.12 3.00 -2.88 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.0724 0.9276 0.0000
chr7 43647475 TGGA T 0.500000 0.100 1 -3 1 180 59 121 35 0 2 0 22 0 0 119 0 2 0.5932 0.0000 0.0165 28.500 0.63 3.55 -2.92 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4973 0.4465 0.0562 1 0 0.4904 0.4493 0.0603 1 0 0.4809 0.4531 0.0660
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 207 84 123 49 0 3 0 32 0 0 121 0 2 0.5833 0.0000 0.0163 27.000 0.33 3.03 -2.70 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5779 0.3926 0.0295 1 0 0.5698 0.3975 0.0327 1 0 0.5584 0.4043 0.0373
chr7 65954366 T TTTA 0.500000 0.100 1 3 5 274 90 184 43 5 15 0 27 0 0 184 0 0 0.4778 0.0000 0.0000 5.000 0.05 3.59 -3.55 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7266 0.2621 0.0113 1 0 0.7150 0.2719 0.0131 1 0 0.6989 0.2853 0.0158
chr7 73313321 AC A 0.500000 0.100 1 -1 3 615 180 435 165 0 3 0 12 0 0 435 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 59.000 0.33 1.50 -1.17 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0108 0.9892 0.0000 0 0 0.5771 0.4229 0.0000
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.100 1 -1 1 466 163 303 78 0 0 0 85 0 0 303 0 0 0.4785 0.0000 0.0000 163.000 0.08 2.05 -1.97 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0719 0.6401 0.2880 1 1 0.0772 0.6297 0.2931 1 1 0.0845 0.6166 0.2989
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.100 1 3 5 857 197 660 0 0 17 1 179 0 1 651 0 8 0.0000 0.0000 0.0136 10.588 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.100 1 3 2 583 153 430 53 1 18 1 80 0 0 426 1 3 0.3464 0.0000 0.0093 7.500 0.42 3.69 -3.27 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0018 0.1541 0.8441 1 2 0.0023 0.1631 0.8347 1 2 0.0030 0.1758 0.8212
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.100 1 3 1 280 93 187 46 0 4 0 43 1 0 186 0 0 0.4946 0.0053 0.0053 22.250 0.20 3.26 -3.06 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2821 0.5902 0.1277 1 1 0.2840 0.5835 0.1325 1 1 0.2861 0.5750 0.1390
chr7 94663495 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 6 526 150 376 72 2 26 4 46 0 0 374 1 1 0.4800 0.0000 0.0053 4.769 0.69 3.09 -2.39 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7077 0.2839 0.0083 1 0 0.6987 0.2915 0.0098 1 0 0.6858 0.3022 0.0120
chr7 97006108 A AGCC 0.500000 0.100 1 3 1 512 229 283 26 2 70 5 126 0 0 283 0 0 0.1135 0.0000 0.0000 2.243 0.69 3.69 -3.00 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.100 1 -4 1 910 294 616 0 0 5 0 289 0 0 611 0 5 0.0000 0.0000 0.0081 57.800 3.89 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.100 1 -35 1 186 83 103 81 0 0 0 2 0 0 101 0 2 0.9759 0.0000 0.0194 83.000 0.12 35.00 -34.88 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0085 0.9915 0.0000 0 1 0.4469 0.5531 0.0000 0 0 0.7963 0.2037 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 2 591 157 434 9 0 6 0 142 0 0 432 0 2 0.0573 0.0000 0.0046 25.167 0.56 3.10 -2.54 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9161 0.0839 2 2 0.0000 0.2295 0.7705
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 477 127 350 0 0 47 2 78 0 0 344 0 6 0.0000 0.0000 0.0171 1.681 5.95 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0151 0.9849
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 794 224 570 195 0 13 0 16 0 0 570 0 0 0.8705 0.0000 0.0000 16.231 0.30 3.88 -3.58 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0007 0.9993 0.0000 0 1 0.3087 0.6913 0.0000
chr7 123627131 CG C 0.500000 0.100 1 -1 2 203 92 111 51 0 0 1 40 0 0 111 0 0 0.5543 0.0000 0.0000 92.000 0.10 1.98 -1.88 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4342 0.5060 0.0598 1 1 0.4313 0.5046 0.0641 1 1 0.4267 0.5031 0.0702
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.100 1 -3 2 748 222 526 88 5 31 2 96 0 0 525 1 0 0.3964 0.0000 0.0019 6.129 0.85 3.64 -2.78 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0733 0.6817 0.2450 1 1 0.0790 0.6689 0.2521 1 1 0.0869 0.6525 0.2606
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.100 1 -30 3 631 202 429 88 0 39 0 75 0 0 428 0 1 0.4356 0.0000 0.0023 4.179 0.36 15.27 -14.90 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4076 0.5546 0.0378 1 1 0.4095 0.5489 0.0416 1 1 0.4109 0.5420 0.0471
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.100 1 6 1 403 185 218 70 1 36 0 78 0 0 213 0 5 0.3784 0.0000 0.0229 4.257 0.96 5.40 -4.44 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0370 0.5357 0.4273 1 1 0.0408 0.5312 0.4280 1 1 0.0462 0.5260 0.4279
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.100 1 -6 1 403 196 207 165 1 24 0 6 0 0 207 0 0 0.8418 0.0000 0.0000 7.167 2.69 8.17 -5.48 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0076 0.9924 0.0000 0 0 0.8701 0.1299 0.0000 0 0 0.9853 0.0147 0.0000
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 250 106 144 99 1 2 0 4 0 0 144 0 0 0.9340 0.0000 0.0000 52.000 0.24 3.00 -2.76 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0220 0.9780 0.0000 0 0 0.6761 0.3239 0.0000 0 0 0.9076 0.0924 0.0000
chr7 142864293 CCCT C 0.500000 0.100 1 -3 3 990 270 720 1 0 45 8 216 0 0 719 0 1 0.0037 0.0000 0.0014 5.000 0.00 3.50 -3.50 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 143510991 CT C 0.500000 0.100 1 -1 3 1542 428 1114 399 2 5 0 22 0 1 1113 0 0 0.9322 0.0000 0.0009 84.600 0.81 3.23 -2.42 245 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0345 0.9655 0.0000 0 0 0.9955 0.0045 0.0000
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 2209 575 1634 266 2 22 0 285 0 0 1634 0 0 0.4626 0.0000 0.0000 25.091 0.24 1.37 -1.13 8 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0051 0.8419 0.1530 1 1 0.0066 0.8217 0.1717 1 1 0.0090 0.7941 0.1969
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 682 165 517 84 0 5 0 76 0 0 515 0 2 0.5091 0.0000 0.0039 32.000 0.20 3.87 -3.67 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2669 0.6519 0.0812 1 1 0.2723 0.6409 0.0868 1 1 0.2787 0.6269 0.0944
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 763 187 576 0 0 3 1 183 0 0 574 1 1 0.0000 0.0000 0.0035 61.333 1.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.100 1 1 2 576 108 468 0 0 3 22 83 0 1 439 8 20 0.0000 0.0000 0.0620 52.500 6.99 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0027 0.9973
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 578 107 471 0 1 9 18 79 0 0 443 12 16 0.0000 0.0000 0.0594 30.333 7.32 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0015 0.9985 2 2 0.0000 0.0017 0.9983 2 2 0.0000 0.0020 0.9980
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 598 105 493 0 0 10 6 89 0 0 427 24 42 0.0000 0.0000 0.1339 11.750 7.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr7 151195597 TC T 0.500000 0.100 1 -1 3 711 223 488 207 2 2 0 12 0 0 488 0 0 0.9283 0.0000 0.0000 110.500 0.23 1.58 -1.36 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0887 0.9113 0.0000 0 0 0.9200 0.0800 0.0000
chr7 158871383 TGAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 360 91 269 84 1 1 0 5 0 0 269 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 90.000 0.19 2.60 -2.41 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.2536 0.7464 0.0000 0 0 0.7137 0.2863 0.0000
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.100 1 -6 2 798 188 610 73 0 32 0 83 0 0 608 0 2 0.3883 0.0000 0.0033 4.875 0.52 6.17 -5.65 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0340 0.5302 0.4358 1 1 0.0374 0.5253 0.4373 1 1 0.0423 0.5195 0.4382
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.100 1 -6 2 710 164 546 80 1 35 1 47 0 0 543 0 3 0.4878 0.0000 0.0055 3.686 0.53 6.02 -5.50 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8419 0.1561 0.0020 1 0 0.8326 0.1649 0.0025 1 0 0.8192 0.1775 0.0033
chr8 10608455 TCCTTCTGCCTCTGGGGCCTCTACATCTTCTGACTCTGGCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTCCTGGGCATCC T 0.001252 0.100 1 -69 1 939 256 683 151 1 44 1 59 46 1 608 2 26 0.5898 0.0673 0.1098 4.930 1.21 7.83 -6.62 3 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.100 1 -6 1 560 224 336 0 0 25 1 198 0 0 336 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.960 6.06 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.100 1 -6 2 346 143 203 71 0 5 0 67 0 1 200 0 2 0.4965 0.0000 0.0148 27.600 0.51 7.24 -6.73 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3353 0.6188 0.0458 1 1 0.3435 0.6085 0.0480 1 1 0.3535 0.5955 0.0510
chr8 27536817 A AGTC 0.053422 0.100 1 3 1 129 68 61 63 0 1 0 4 0 0 61 0 0 0.9265 0.0000 0.0000 67.000 0.21 3.25 -3.04 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0571 0.9429 0.0000 0 0 0.8535 0.1465 0.0000 0 0 0.9666 0.0334 0.0000
chr8 60222337 CAG C 0.500000 0.100 1 -2 2 248 96 152 44 0 4 0 48 0 0 152 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 23.000 0.41 2.25 -1.84 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1269 0.5926 0.2805 1 1 0.1318 0.5857 0.2825 1 1 0.1383 0.5770 0.2847
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.100 1 -7 1 336 86 250 4 0 2 0 80 0 0 247 0 3 0.0465 0.0000 0.0120 42.000 0.00 7.36 -7.36 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9905 0.0095 2 1 0.0000 0.5253 0.4747 2 2 0.0000 0.1866 0.8134
chr8 86551085 ACCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 276 120 156 116 0 1 0 3 0 0 156 0 0 0.9667 0.0000 0.0000 119.000 0.16 3.00 -2.84 64 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3198 0.6802 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000 0 0 0.9760 0.0240 0.0000
chr8 100194231 A AGAC 0.500000 0.100 1 3 5 232 77 155 40 0 3 0 34 0 0 154 0 1 0.5195 0.0000 0.0065 24.667 0.17 4.26 -4.09 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3194 0.5621 0.1185 1 1 0.3194 0.5574 0.1232 1 1 0.3191 0.5514 0.1294
chr8 102238611 C CG 0.500000 0.100 1 1 1 336 92 244 84 0 2 0 6 0 0 244 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 90.000 0.42 4.17 -3.75 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.1029 0.8971 0.0000 0 0 0.5613 0.4387 0.0000
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.100 1 -27 4 696 271 425 241 0 2 0 28 0 0 425 0 0 0.8893 0.0000 0.0000 134.500 1.29 19.89 -18.61 49 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0019 0.9981 0.0000
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.100 1 -3 2 487 139 348 0 0 32 5 102 0 0 342 0 6 0.0000 0.0000 0.0172 3.452 5.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0034 0.9966 2 2 0.0000 0.0040 0.9960
chr8 144392334 T TGGGGGTGCAAGGTGA 0.500000 0.100 1 15 1 1129 292 837 138 0 49 0 105 0 0 821 0 16 0.4726 0.0000 0.0191 4.959 1.22 11.56 -10.34 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4248 0.5606 0.0146 1 1 0.4313 0.5518 0.0169 1 1 0.4383 0.5414 0.0203
chr8 144774231 CTTT C 0.500000 0.100 1 -3 2 938 178 760 155 0 5 0 18 0 0 760 0 0 0.8708 0.0000 0.0000 34.600 0.45 3.89 -3.44 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0174 0.9826 0.0000
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.100 1 2 3 976 230 746 221 2 0 0 7 0 0 746 0 0 0.9609 0.0000 0.0000 230.000 0.66 3.00 -2.34 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0742 0.9258 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.100 1 -2 4 976 229 747 220 1 1 0 7 1 0 746 0 0 0.9607 0.0013 0.0013 228.000 0.63 3.00 -2.37 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0706 0.9294 0.0000 0 0 0.9949 0.0051 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr9 2039776 ACAG A 0.143274 0.100 1 -3 2 1233 426 807 286 5 89 9 37 0 0 807 0 0 0.6714 0.0000 0.0000 3.775 0.24 3.14 -2.90 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.100 1 9 2 354 93 261 0 2 23 0 68 0 0 244 1 16 0.0000 0.0000 0.0651 3.043 7.91 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4559 0.5441 2 2 0.0000 0.1033 0.8967 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.100 1 -3 1 508 177 331 23 0 1 0 153 0 0 324 1 6 0.1299 0.0000 0.0211 176.000 3.48 3.00 0.48 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.100 1 -12 1 729 190 539 74 0 37 0 79 0 0 534 0 5 0.3895 0.0000 0.0093 4.135 0.47 10.90 -10.43 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0503 0.5866 0.3632 1 1 0.0547 0.5792 0.3661 1 1 0.0610 0.5702 0.3689
chr9 41960804 CA C 0.500000 0.100 1 -1 3 415 162 253 156 2 1 0 3 0 0 253 0 0 0.9630 0.0000 0.0000 161.000 0.38 1.00 -0.62 112 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7858 0.2142 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.100 1 -1 3 375 54 321 47 1 0 0 6 0 0 321 0 0 0.8704 0.0000 0.0000 54.000 0.21 1.17 -0.95 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0182 0.9818 0.0000 0 1 0.1794 0.8206 0.0000
chr9 70140212 TAAA T 0.500000 0.100 1 -3 1 223 84 139 47 0 0 0 37 0 0 136 0 3 0.5595 0.0000 0.0216 84.000 0.32 2.92 -2.60 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3596 0.5506 0.0898 1 1 0.3589 0.5465 0.0945 1 1 0.3575 0.5415 0.1011
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.100 1 -15 3 373 100 273 0 0 6 0 94 0 0 261 0 12 0.0000 0.0000 0.0440 15.667 13.65 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0050 0.9950 2 2 0.0000 0.0058 0.9942
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.100 1 12 1 740 151 589 7 0 8 1 135 0 0 572 0 17 0.0464 0.0000 0.0289 17.875 3.29 11.24 -7.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.4530 0.5470 2 2 0.0000 0.0506 0.9494
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.100 1 -3 2 519 150 369 74 0 3 0 73 0 0 359 0 10 0.4933 0.0000 0.0271 49.000 0.24 3.10 -2.85 48 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0572 0.6025 0.3404 1 1 0.0619 0.5943 0.3438 1 1 0.0685 0.5841 0.3475
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.100 1 3 2 324 99 225 0 37 19 1 42 0 0 223 0 2 0.0000 0.0000 0.0089 4.211 3.52 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0802 0.5289 0.3910 1 1 0.0848 0.5263 0.3889 1 1 0.0911 0.5231 0.3857
chr9 92474742 CTCA C 0.500000 0.100 1 -3 2 324 102 222 35 10 19 1 37 0 0 222 0 0 0.3431 0.0000 0.0000 4.368 2.60 3.32 -0.72 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3597 0.5477 0.0926 1 1 0.3588 0.5438 0.0974 1 1 0.3571 0.5391 0.1038
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.100 1 15 4 416 159 257 91 0 3 0 65 0 1 256 0 0 0.5723 0.0000 0.0039 52.000 0.24 10.03 -9.79 11 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7659 0.2304 0.0037 1 0 0.7573 0.2382 0.0045 1 0 0.7448 0.2494 0.0058
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 548 201 347 1 0 0 0 200 0 0 344 0 3 0.0050 0.0000 0.0086 201.000 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.100 1 6 2 385 108 277 0 1 18 2 87 0 0 276 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 4.944 5.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0419 0.9581 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0219 0.9781
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.100 1 -6 1 864 145 719 2 0 40 3 100 0 2 708 2 7 0.0138 0.0000 0.0153 2.600 1.00 6.44 -5.44 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5451 0.4549 2 2 0.0000 0.0826 0.9174 2 2 0.0000 0.0329 0.9671
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.100 1 -1 2 553 162 391 96 0 2 0 64 0 1 390 0 0 0.5926 0.0000 0.0026 80.000 0.12 2.47 -2.34 70 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8564 0.1423 0.0012 1 0 0.8478 0.1507 0.0016 1 0 0.8352 0.1627 0.0021
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.100 1 -4 1 887 199 688 129 0 2 0 68 0 0 685 0 3 0.6482 0.0000 0.0044 98.500 0.16 4.76 -4.60 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9833 0.0167 0.0000 1 0 0.9807 0.0193 0.0000 1 0 0.9765 0.0235 0.0000
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 804 198 606 98 0 5 2 93 0 1 604 0 1 0.4949 0.0000 0.0033 38.200 0.21 2.81 -2.59 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1898 0.7106 0.0996 1 1 0.1974 0.6964 0.1062 1 1 0.2070 0.6780 0.1150
chr9 110048735 TCCCCCGGAGTCTCCTGGA T 0.500000 0.100 1 -18 2 202 86 116 63 0 21 0 2 0 0 115 0 1 0.7326 0.0000 0.0086 3.095 0.73 18.00 -17.27 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0305 0.9695 0.0000 0 1 0.4878 0.5122 0.0000 0 0 0.7559 0.2441 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.100 1 -4 1 272 96 176 0 0 6 0 90 0 0 175 0 1 0.0000 0.0000 0.0057 15.000 4.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0096 0.9904 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0119 0.9881
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.100 1 -6 1 458 99 359 0 0 14 1 84 0 0 358 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 6.071 6.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0123 0.9877 2 2 0.0000 0.0134 0.9866 2 2 0.0000 0.0152 0.9848
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.100 1 1 1 542 126 416 56 0 7 2 61 0 0 416 0 0 0.4444 0.0000 0.0000 17.000 0.79 1.38 -0.59 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0857 0.5929 0.3214 1 1 0.0907 0.5858 0.3235 1 1 0.0977 0.5769 0.3255
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.100 1 -3 2 546 187 359 158 0 18 2 9 0 0 359 0 0 0.8449 0.0000 0.0000 9.389 0.30 3.33 -3.04 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0226 0.9774 0.0000 0 0 0.6516 0.3484 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.100 1 -3 2 529 166 363 73 0 3 0 90 0 0 357 0 6 0.4398 0.0000 0.0165 54.333 0.11 3.14 -3.03 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0071 0.3169 0.6761 1 2 0.0084 0.3220 0.6697 1 2 0.0104 0.3294 0.6602
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 776 243 533 223 0 15 0 5 0 0 532 0 1 0.9177 0.0000 0.0019 15.200 0.28 8.60 -8.32 147 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1227 0.8773 0.0000 0 0 0.9914 0.0086 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.100 1 3 1 451 136 315 63 4 33 0 36 1 0 311 0 3 0.4632 0.0032 0.0127 3.121 0.92 4.03 -3.11 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8443 0.1533 0.0024 1 0 0.8341 0.1629 0.0030 1 0 0.8193 0.1767 0.0040
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 246 110 136 107 0 0 0 3 0 0 136 0 0 0.9727 0.0000 0.0000 110.000 0.95 1.00 -0.05 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2312 0.7688 0.0000 0 0 0.8959 0.1041 0.0000 0 0 0.9633 0.0367 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.100 1 1 4 246 110 136 107 0 0 0 3 0 0 136 0 0 0.9727 0.0000 0.0000 110.000 0.95 1.00 -0.05 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2312 0.7688 0.0000 0 0 0.8959 0.1041 0.0000 0 0 0.9633 0.0367 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 362 131 231 122 0 3 0 6 0 0 231 0 0 0.9313 0.0000 0.0000 42.667 0.31 1.17 -0.86 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0009 0.9991 0.0000 0 1 0.4331 0.5669 0.0000 0 0 0.8887 0.1113 0.0000
chr9 135624500 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 422 96 326 44 0 3 1 48 0 0 326 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 31.000 0.27 1.46 -1.19 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1127 0.5837 0.3036 1 1 0.1177 0.5774 0.3049 1 1 0.1243 0.5695 0.3063
chr9 136341024 TC T 0.500000 0.100 1 -1 1 234 72 162 34 0 5 0 33 0 0 161 1 0 0.4722 0.0000 0.0062 13.400 0.29 2.03 -1.74 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2088 0.5826 0.2087 1 1 0.2118 0.5764 0.2117 1 1 0.2157 0.5687 0.2156
chr9 137192572 T TTCC 0.500000 0.100 1 3 1 858 225 633 99 12 52 0 62 0 0 632 0 1 0.4400 0.0000 0.0016 3.327 0.29 3.44 -3.14 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9611 0.0388 0.0001 1 0 0.9564 0.0435 0.0001 1 0 0.9491 0.0507 0.0002
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.100 1 -15 1 452 134 318 121 0 9 0 4 0 0 316 0 2 0.9030 0.0000 0.0063 13.889 0.79 5.00 -4.21 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.4152 0.5848 0.0000 0 0 0.8830 0.1170 0.0000
chr9 138217086 G GGCA 0.500000 0.100 1 3 1 219 96 123 39 4 19 0 34 0 0 123 0 0 0.4062 0.0000 0.0000 4.053 0.33 2.76 -2.43 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4229 0.5060 0.0711 1 1 0.4195 0.5049 0.0756 1 1 0.4145 0.5037 0.0818
chr10 15719771 TCTCC T 0.162657 0.100 1 -4 1 183 49 134 33 0 4 0 12 0 0 134 0 0 0.6735 0.0000 0.0000 11.250 0.06 6.42 -6.36 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8407 0.1568 0.0025 1 0 0.8252 0.1719 0.0029 1 0 0.7425 0.2542 0.0033
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.100 1 -4 3 196 82 114 51 0 2 0 29 0 0 113 0 1 0.6220 0.0000 0.0088 40.000 0.29 4.62 -4.33 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8113 0.1858 0.0030 1 0 0.8032 0.1934 0.0034 1 0 0.7917 0.2041 0.0042
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.100 1 3 1 651 148 503 136 0 3 0 9 0 0 503 0 0 0.9189 0.0000 0.0000 48.333 0.15 4.56 -4.41 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1492 0.8508 0.0000 0 0 0.8666 0.1334 0.0000
chr10 72692197 C CGGGGCG 0.005375 0.100 1 6 1 395 131 264 77 0 6 2 46 0 0 262 0 2 0.5878 0.0000 0.0076 20.667 0.66 5.63 -4.97 45 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8901 0.1099 0.0000 1 0 0.8843 0.1157 0.0000 1 0 0.8759 0.1240 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.100 1 -3 1 427 86 341 39 0 10 0 37 0 0 341 0 0 0.4535 0.0000 0.0000 7.600 0.21 3.24 -3.04 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3920 0.5570 0.0510 1 1 0.3962 0.5515 0.0523 1 1 0.4013 0.5446 0.0541
chr10 80081665 C CA 0.104724 0.100 1 1 1 244 54 190 46 1 3 1 3 0 1 189 0 0 0.8519 0.0000 0.0053 16.667 0.20 1.00 -0.80 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0891 0.9109 0.0000 0 0 0.7401 0.2599 0.0000 0 0 0.9080 0.0920 0.0000
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.100 1 6 1 644 141 503 128 0 4 0 9 0 0 502 0 1 0.9078 0.0000 0.0020 34.250 0.34 6.44 -6.10 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0397 0.9603 0.0000 0 0 0.7031 0.2969 0.0000
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.100 1 6 1 352 72 280 60 0 5 0 7 0 0 279 0 1 0.8333 0.0000 0.0036 13.400 0.47 6.00 -5.53 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0044 0.9956 0.0000 0 1 0.1070 0.8930 0.0000
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.100 1 -3 1 125 48 77 27 0 2 0 19 0 0 77 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 23.000 0.22 3.32 -3.09 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6284 0.3676 0.0041 1 0 0.6250 0.3706 0.0043 1 0 0.6204 0.3749 0.0046
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.100 1 -2 1 335 134 201 60 0 5 0 69 0 0 199 0 2 0.4478 0.0000 0.0100 25.800 0.23 2.67 -2.43 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0914 0.6696 0.2391 1 1 0.0990 0.6628 0.2382 1 1 0.1098 0.6539 0.2363
chr10 114326025 C CCCG 0.723472 0.100 1 3 3 193 67 126 40 0 7 0 20 0 0 126 0 0 0.5970 0.0000 0.0000 8.571 0.30 3.40 -3.10 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5820 0.3891 0.0289 1 0 0.5670 0.4002 0.0328 1 0 0.5464 0.4149 0.0387
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.100 1 -1 1 371 81 290 2 4 9 18 48 0 0 289 1 0 0.0247 0.0000 0.0034 6.000 1.00 2.88 -1.88 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9150 0.0850 2 2 0.0000 0.4943 0.5057 2 2 0.0000 0.2700 0.7300
chr10 132329982 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 473 150 323 8 0 6 0 136 0 0 323 0 0 0.0533 0.0000 0.0000 24.000 0.00 1.38 -1.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8458 0.1542 2 2 0.0000 0.1865 0.8135
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.100 1 -3 2 804 152 652 61 0 5 1 85 0 0 649 0 3 0.4013 0.0000 0.0046 29.400 0.33 3.18 -2.85 15 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0055 0.2757 0.7188 1 2 0.0067 0.2857 0.7076 1 2 0.0087 0.2997 0.6916
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.100 1 -12 1 709 161 548 91 0 11 0 59 0 0 538 0 10 0.5652 0.0000 0.0182 13.636 0.91 11.92 -11.00 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7930 0.2065 0.0005 1 0 0.7888 0.2106 0.0006 1 0 0.7826 0.2167 0.0008
chr11 704604 GA G 0.439706 0.100 1 -1 2 250 95 155 0 1 2 0 92 0 0 154 1 0 0.0000 0.0000 0.0065 46.000 2.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0143 0.9857 2 2 0.0000 0.0159 0.9841
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.100 1 1 1 686 239 447 220 3 7 0 9 0 0 447 0 0 0.9205 0.0000 0.0000 32.714 0.40 2.00 -1.60 98 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 0 0.9690 0.0310 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.100 1 -30 2 1120 232 888 74 0 89 0 69 0 0 888 0 0 0.3190 0.0000 0.0000 1.607 1.14 8.68 -7.55 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2423 0.6510 0.1068 1 1 0.2466 0.6405 0.1129 1 1 0.2517 0.6271 0.1212
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.100 1 -30 1 950 212 738 13 0 78 3 118 0 0 699 0 39 0.0613 0.0000 0.0528 1.692 1.62 9.55 -7.94 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9997 0.0003 2 1 0.0000 0.9487 0.0513
chr11 2884887 GGCTGGGGCCGGGGCCGCGACTGGA G 0.000046 0.100 1 -24 4 485 114 371 106 0 4 0 4 4 0 367 0 0 0.9298 0.0108 0.0108 27.500 2.98 14.75 -11.77 26 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr11 2884966 ACCGCGACCGGAG A 0.233793 0.100 1 -12 1 527 140 387 105 2 28 1 4 1 0 385 0 1 0.7500 0.0026 0.0052 3.964 2.02 14.25 -12.23 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 0 0.6081 0.3919 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.100 1 3 2 336 109 227 0 0 5 0 104 0 0 223 0 4 0.0000 0.0000 0.0176 20.800 2.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0053 0.9947
chr11 4368174 AG A 0.500000 0.100 1 -1 2 717 232 485 125 0 4 1 102 0 0 484 0 1 0.5388 0.0000 0.0021 56.750 0.30 1.25 -0.95 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5659 0.4256 0.0085 1 0 0.5660 0.4240 0.0100 1 0 0.5646 0.4231 0.0123
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.100 1 2 1 203 90 113 3 0 0 35 52 0 0 112 0 1 0.0333 0.0000 0.0088 56.000 0.67 2.10 -1.43 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9331 0.0669 2 2 0.0000 0.3215 0.6785 2 2 0.0000 0.1307 0.8693
chr11 4571478 C CAG 0.500000 0.100 1 2 1 203 93 110 4 0 52 0 37 0 0 110 0 0 0.0430 0.0000 0.0000 6.833 0.50 2.38 -1.88 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9961 0.0039 2 1 0.0000 0.7297 0.2703 2 2 0.0000 0.3559 0.6441
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.100 1 1 1 518 135 383 124 0 3 0 8 0 0 383 0 0 0.9185 0.0000 0.0000 44.000 1.16 2.00 -0.84 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0910 0.9090 0.0000 0 0 0.7090 0.2910 0.0000
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.100 1 6 1 1571 326 1245 20 0 8 0 298 0 0 1222 0 23 0.0613 0.0000 0.0185 39.750 0.15 5.92 -5.77 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9948 0.0052 2 2 0.0000 0.0606 0.9394
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.100 1 -1 2 1061 266 795 14 0 8 0 244 0 0 794 1 0 0.0526 0.0000 0.0013 36.857 0.14 1.55 -1.41 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9359 0.0641 2 2 0.0000 0.0532 0.9468
chr11 5454201 T TCA 0.500000 0.100 1 2 1 542 147 395 80 0 4 0 63 0 0 395 0 0 0.5442 0.0000 0.0000 35.750 0.70 2.16 -1.46 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5611 0.4196 0.0193 1 0 0.5568 0.4214 0.0218 1 0 0.5501 0.4243 0.0256
chr11 5489193 ATCT A 0.500000 0.100 1 -3 1 715 136 579 70 0 5 0 61 0 0 578 0 1 0.5147 0.0000 0.0017 26.200 1.37 4.11 -2.74 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3409 0.5894 0.0698 1 1 0.3430 0.5823 0.0747 1 1 0.3451 0.5735 0.0814
chr11 5788576 GA G 0.500000 0.100 1 -1 3 478 110 368 54 1 0 0 55 0 0 368 0 0 0.4909 0.0000 0.0000 109.000 0.33 2.13 -1.79 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1786 0.6309 0.1905 1 1 0.1834 0.6214 0.1951 1 1 0.1896 0.6094 0.2010
chr11 6390704 G GCGC 0.500000 0.100 1 3 2 872 243 629 17 132 13 7 74 0 0 620 1 8 0.0700 0.0000 0.0143 76.667 3.71 6.22 -2.51 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.9136 0.0862 0.0002 1 0 0.9072 0.0925 0.0003 1 0 0.8976 0.1020 0.0005
chr11 6390705 T TGGC 0.500000 0.100 1 3 2 872 242 630 21 139 5 9 68 0 0 621 1 8 0.0868 0.0000 0.0143 47.400 3.52 6.56 -3.04 5 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.9894 0.0106 0.0000 1 0 0.9876 0.0124 0.0000 1 0 0.9846 0.0154 0.0000
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.100 1 12 2 814 151 663 0 0 13 1 137 0 0 634 0 29 0.0000 0.0000 0.0437 10.615 9.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 239 110 129 5 1 21 2 81 0 0 129 0 0 0.0455 0.0000 0.0000 4.238 0.60 3.84 -3.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.8621 0.1379 2 2 0.0000 0.4122 0.5878
chr11 12294797 G GCTCCTCCTCCTC 0.500000 0.100 1 12 1 620 166 454 71 4 82 0 9 0 1 448 0 5 0.4277 0.0000 0.0132 1.012 1.23 7.89 -6.66 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0042 0.9958 0.0000
chr11 17330930 TACA T 0.500000 0.100 1 -3 2 174 55 119 24 0 1 0 30 0 0 118 0 1 0.4364 0.0000 0.0084 54.000 0.12 3.23 -3.11 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0976 0.5115 0.3909 1 1 0.1021 0.5104 0.3875 1 1 0.1082 0.5090 0.3828
chr11 18106011 C CCGG 0.500000 0.100 1 3 3 328 150 178 126 0 16 0 8 0 0 178 0 0 0.8400 0.0000 0.0000 8.375 0.34 3.00 -2.66 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0976 0.9024 0.0000 0 0 0.7271 0.2729 0.0000
chr11 18477710 TAGG T 0.500000 0.100 1 -3 2 195 89 106 56 0 2 1 30 0 0 105 0 1 0.6292 0.0000 0.0094 43.500 0.50 3.10 -2.60 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7748 0.2187 0.0065 1 0 0.7635 0.2288 0.0077 1 0 0.7476 0.2428 0.0097
chr11 47767111 CGGTGGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 207 76 131 40 0 1 0 35 0 0 127 0 4 0.5263 0.0000 0.0305 75.000 0.62 6.29 -5.66 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2228 0.5945 0.1827 1 1 0.2259 0.5875 0.1867 1 1 0.2296 0.5786 0.1917
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 803 235 568 130 1 10 0 94 0 0 564 0 4 0.5532 0.0000 0.0070 22.500 0.32 3.65 -3.33 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8095 0.1893 0.0012 1 0 0.8028 0.1957 0.0015 1 0 0.7929 0.2051 0.0021
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.100 1 2 4 1562 348 1214 0 0 6 0 342 0 0 1205 0 9 0.0000 0.0000 0.0074 57.000 2.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.100 1 -1 1 745 154 591 79 0 0 0 75 0 0 591 0 0 0.5130 0.0000 0.0000 154.000 0.16 1.56 -1.40 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2317 0.6634 0.1049 1 1 0.2374 0.6518 0.1108 1 1 0.2443 0.6370 0.1187
chr11 58579464 GGCCGCC G 0.500000 0.100 1 -6 1 345 114 231 101 0 7 0 6 0 0 231 0 0 0.8860 0.0000 0.0000 15.286 0.46 7.17 -6.71 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.2111 0.7889 0.0000 0 0 0.7455 0.2545 0.0000
chr11 60397879 ATT A 0.500000 0.100 1 -2 1 72 28 44 10 0 0 0 18 0 0 44 0 0 0.3571 0.0000 0.0000 28.000 0.10 2.06 -1.96 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0913 0.4629 0.4458 1 1 0.0956 0.4653 0.4391 1 1 0.1015 0.4687 0.4299
chr11 66565715 AT A 0.500000 0.100 1 -1 3 507 105 402 63 1 1 2 38 0 0 400 0 2 0.6000 0.0000 0.0050 103.000 0.48 7.39 -6.92 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7014 0.2881 0.0105 1 0 0.6915 0.2963 0.0122 1 0 0.6777 0.3076 0.0148
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 5 327 112 215 41 0 21 7 43 0 0 204 1 10 0.3661 0.0000 0.0512 4.286 0.44 9.21 -8.77 1 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0136 0.3145 0.6719 1 2 0.0156 0.3220 0.6624 1 2 0.0187 0.3323 0.6490
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.100 1 21 2 836 205 631 112 2 29 1 61 0 0 608 0 23 0.5463 0.0000 0.0365 6.034 0.25 4.89 -4.64 86 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7643 0.2331 0.0025 1 0 0.7573 0.2396 0.0031 1 0 0.7468 0.2491 0.0041
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.100 1 -2 1 1053 281 772 0 0 5 1 275 0 0 771 0 1 0.0000 0.0000 0.0013 55.000 2.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.100 1 3 1 774 174 600 152 1 15 0 6 1 0 599 0 0 0.8736 0.0017 0.0017 10.600 0.46 3.17 -2.71 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0041 0.9959 0.0000 0 0 0.7865 0.2135 0.0000 0 0 0.9740 0.0260 0.0000
chr11 75162709 GCACAGAAAA G 0.500000 0.100 1 -9 3 287 150 137 138 0 2 0 10 0 0 136 0 1 0.9200 0.0000 0.0073 74.000 0.22 7.70 -7.48 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0080 0.9920 0.0000 0 1 0.4102 0.5898 0.0000
chr11 77243743 T TA 0.500000 0.100 1 1 1 92 38 54 3 0 0 0 35 0 0 54 0 0 0.0789 0.0000 0.0000 38.000 0.67 2.60 -1.93 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9923 0.0077 2 1 0.0000 0.8087 0.1913 2 1 0.0000 0.5562 0.4438
chr11 89490963 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 634 196 438 186 0 3 0 7 0 0 438 0 0 0.9490 0.0000 0.0000 64.333 0.30 3.86 -3.56 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.8628 0.1372 0.0000 0 0 0.9894 0.0106 0.0000
chr11 96092210 TTGC T 0.500000 0.100 1 -3 1 1253 363 890 1 23 79 147 113 0 1 887 0 2 0.0028 0.0000 0.0034 3.545 1.00 3.42 -2.42 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9840 0.0160 2 2 0.0000 0.3099 0.6901
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.100 1 -9 1 1257 372 885 104 22 61 16 169 0 0 883 1 1 0.2796 0.0000 0.0023 5.000 2.76 7.33 -4.57 2 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0184 0.9816 1 2 0.0000 0.0208 0.9792 1 2 0.0000 0.0245 0.9754
chr11 117186585 CAGA C 0.500000 0.100 1 -3 2 243 75 168 67 0 5 0 3 0 0 168 0 0 0.8933 0.0000 0.0000 14.000 0.94 3.00 -2.06 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0376 0.9624 0.0000 0 0 0.5385 0.4615 0.0000 0 0 0.7903 0.2097 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.100 1 -15 3 775 279 496 216 4 43 1 15 0 0 496 0 0 0.7742 0.0000 0.0000 5.465 0.51 10.60 -10.09 46 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 0 0.6943 0.3057 0.0000
chr11 118535613 CAGTGTGGA C 0.500000 0.100 1 -8 2 255 111 144 57 0 1 0 53 0 0 144 0 0 0.5135 0.0000 0.0000 110.000 0.14 7.68 -7.54 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2659 0.6137 0.1204 1 1 0.2691 0.6053 0.1256 1 1 0.2728 0.5947 0.1325
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.100 1 -6 1 407 144 263 68 1 7 1 67 0 1 262 0 0 0.4722 0.0000 0.0038 19.286 0.35 5.42 -5.06 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2000 0.6585 0.1415 1 1 0.2054 0.6472 0.1473 1 1 0.2122 0.6329 0.1549
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.100 1 -3 1 415 117 298 62 2 13 1 39 0 0 298 0 0 0.5299 0.0000 0.0000 8.000 0.73 4.08 -3.35 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7583 0.2351 0.0066 1 0 0.7477 0.2445 0.0078 1 0 0.7327 0.2576 0.0097
chr12 865142 T TC 0.282148 0.100 1 1 2 316 83 233 6 0 1 0 76 0 0 233 0 0 0.0723 0.0000 0.0000 82.000 1.00 2.08 -1.08 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9710 0.0290 2 1 0.0000 0.7488 0.2512
chr12 865189 T TC 0.592141 0.100 1 1 1 316 114 202 60 0 1 0 53 0 0 198 0 4 0.5263 0.0000 0.0198 113.000 1.30 2.49 -1.19 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1987 0.6422 0.1591 1 1 0.2020 0.6324 0.1656 1 1 0.2060 0.6200 0.1740
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.100 1 3 1 473 133 340 64 3 27 1 38 0 0 339 0 1 0.4812 0.0000 0.0029 3.926 0.30 3.53 -3.23 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8283 0.1687 0.0030 1 0 0.8186 0.1778 0.0036 1 0 0.8047 0.1907 0.0047
chr12 4626799 T TC 0.131925 0.100 1 1 1 597 141 456 87 1 5 1 47 0 0 452 0 4 0.6170 0.0000 0.0088 27.200 0.15 2.89 -2.74 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9388 0.0611 0.0001 1 0 0.9337 0.0662 0.0002 1 0 0.9261 0.0737 0.0002
chr12 4626803 GA G 0.131932 0.100 1 -1 1 601 142 459 90 0 1 0 51 0 0 455 0 4 0.6338 0.0000 0.0087 141.000 0.09 3.06 -2.97 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9318 0.0681 0.0001 1 0 0.9265 0.0733 0.0002 1 0 0.9187 0.0811 0.0003
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.100 1 -3 1 433 154 279 3 0 38 6 107 0 0 279 0 0 0.0195 0.0000 0.0000 3.053 0.00 3.24 -3.24 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6637 0.3363 2 2 0.0000 0.0646 0.9354 2 2 0.0000 0.0223 0.9777
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.100 1 3 1 4892 1125 3767 2 0 4 4 1115 0 0 3728 0 39 0.0018 0.0000 0.0104 280.250 2.00 4.17 -2.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.100 1 5 1 240 91 149 82 0 3 0 6 0 0 149 0 0 0.9011 0.0000 0.0000 29.333 0.55 5.83 -5.28 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0927 0.9073 0.0000 0 0 0.5347 0.4653 0.0000
chr12 12477741 GCACGC G 0.023257 0.100 1 -5 3 631 173 458 102 2 2 2 65 0 0 458 0 0 0.5896 0.0000 0.0000 85.500 0.24 9.15 -8.92 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9429 0.0570 0.0000 1 0 0.9386 0.0614 0.0000 1 0 0.9321 0.0679 0.0000
chr12 12477747 TGGGC T 0.023236 0.100 1 -4 1 633 175 458 102 2 4 2 65 0 0 458 0 0 0.5829 0.0000 0.0000 85.500 0.25 9.15 -8.91 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9399 0.0601 0.0000 1 0 0.9354 0.0646 0.0000 1 0 0.9288 0.0711 0.0000
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.100 1 -3 1 273 119 154 40 3 7 2 67 0 0 154 0 0 0.3361 0.0000 0.0000 16.000 2.15 4.01 -1.86 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0023 0.1611 0.8367 1 2 0.0027 0.1690 0.8283 1 2 0.0035 0.1803 0.8162
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.100 1 -2 1 462 98 364 91 0 4 1 2 0 0 364 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 23.500 0.25 2.00 -1.75 15 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8154 0.1846 0.0000 0 0 0.9779 0.0221 0.0000 0 0 0.9899 0.0101 0.0000
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.100 1 -3 2 413 95 318 88 2 2 0 3 0 0 318 0 0 0.9263 0.0000 0.0000 46.500 0.25 3.67 -3.42 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1594 0.8406 0.0000 0 0 0.8480 0.1520 0.0000 0 0 0.9458 0.0542 0.0000
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.100 1 -30 1 2366 934 1432 568 31 143 7 185 7 4 1418 1 2 0.6081 0.0049 0.0098 5.535 3.11 8.90 -5.79 128 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 1 0.0160 0.9840 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.100 1 30 1 1992 427 1565 115 4 181 1 126 3 1 1505 4 52 0.2693 0.0019 0.0383 1.354 4.10 5.67 -1.57 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0207 0.9793 1 2 0.0000 0.0232 0.9768 1 2 0.0000 0.0272 0.9727
chr12 40516466 AG A 0.017348 0.100 1 -1 1 275 76 199 38 0 0 0 38 0 0 198 0 1 0.5000 0.0000 0.0050 76.000 0.11 1.66 -1.55 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3758 0.6161 0.0081 1 1 0.3834 0.6084 0.0082 1 1 0.3930 0.5987 0.0083
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.100 1 1 1 1487 368 1119 210 1 2 2 153 0 0 1119 0 0 0.5707 0.0000 0.0000 183.000 0.22 1.42 -1.20 34 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9714 0.0286 0.0000 1 0 0.9691 0.0309 0.0000 1 0 0.9656 0.0344 0.0000
chr12 49600036 AC A 0.000320 0.100 1 -1 2 869 190 679 177 0 4 0 9 0 0 679 0 0 0.9316 0.0000 0.0000 46.500 0.22 1.33 -1.11 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0561 0.9439 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 51329814 A AG 0.276619 0.100 1 1 2 194 71 123 63 0 4 0 4 0 0 123 0 0 0.8873 0.0000 0.0000 16.750 0.11 1.25 -1.14 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0098 0.9902 0.0000 0 1 0.4669 0.5331 0.0000 0 0 0.8111 0.1889 0.0000
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.100 1 -21 2 938 229 709 111 1 17 2 98 0 0 709 0 0 0.4847 0.0000 0.0000 12.353 0.59 13.12 -12.54 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3746 0.5958 0.0296 1 1 0.3808 0.5862 0.0330 1 1 0.3876 0.5745 0.0379
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.100 1 -18 2 1072 289 783 121 0 58 0 110 0 0 779 0 4 0.4187 0.0000 0.0051 3.983 0.25 13.25 -13.01 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3738 0.6214 0.0047 1 1 0.3879 0.6069 0.0052 1 1 0.4053 0.5888 0.0058
chr12 53938949 C CTTA 0.021360 0.100 1 3 2 285 75 210 41 0 2 0 32 0 0 208 0 2 0.5467 0.0000 0.0095 36.500 0.54 3.44 -2.90 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5737 0.4232 0.0031 1 0 0.5739 0.4228 0.0033 1 0 0.5737 0.4228 0.0035
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.100 1 -1 1 318 72 246 67 0 2 0 3 0 0 246 0 0 0.9306 0.0000 0.0000 35.000 0.33 1.33 -1.00 45 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0854 0.9146 0.0000 0 0 0.7295 0.2705 0.0000 0 0 0.8966 0.1034 0.0000
chr12 55427174 CA C 0.271048 0.100 1 -1 1 403 78 325 9 1 10 7 51 0 0 324 0 1 0.1154 0.0000 0.0031 6.300 1.00 1.75 -0.75 5 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9845 0.0155
chr12 55551809 CTGA C 0.000191 0.100 1 -3 2 557 109 448 58 0 0 0 51 0 0 448 0 0 0.5321 0.0000 0.0000 109.000 0.28 2.80 -2.53 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5397 0.4603 0.0000 1 0 0.5431 0.4569 0.0000 1 0 0.5469 0.4530 0.0000
chr12 56686880 CAT C 0.639374 0.100 1 -2 1 125 57 68 23 0 0 0 34 1 0 67 0 0 0.4035 0.0147 0.0147 57.000 0.70 2.06 -1.36 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0420 0.4172 0.5408 1 2 0.0449 0.4199 0.5352 1 2 0.0489 0.4236 0.5275
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.100 1 3 2 357 94 263 54 0 2 0 38 0 0 262 0 1 0.5745 0.0000 0.0038 46.000 0.87 3.89 -3.02 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6119 0.3668 0.0213 1 0 0.6052 0.3712 0.0236 1 0 0.5956 0.3773 0.0270
chr12 69694439 GT G 0.031623 0.100 1 -1 1 165 59 106 25 0 3 0 31 0 0 106 0 0 0.4237 0.0000 0.0000 18.667 0.20 1.71 -1.51 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2801 0.6898 0.0300 1 1 0.2891 0.6813 0.0296 1 1 0.3008 0.6702 0.0290
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.100 1 -1 1 212 47 165 7 18 11 8 3 0 0 164 1 0 0.1489 0.0000 0.0061 2.700 1.57 8.00 -6.43 1 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.6563 0.3232 0.0205 1 0 0.6455 0.3325 0.0220 1 0 0.6236 0.3528 0.0237
chr12 75423034 G GACA 0.385908 0.100 1 3 2 127 58 69 26 0 4 0 28 0 0 69 0 0 0.4483 0.0000 0.0000 13.500 0.38 3.46 -3.08 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2212 0.5722 0.2066 1 1 0.2254 0.5673 0.2074 1 1 0.2309 0.5609 0.2082
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.100 1 -3 1 1014 287 727 0 0 31 0 256 0 0 725 0 2 0.0000 0.0000 0.0028 8.258 3.33 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.100 1 9 1 412 125 287 83 2 31 0 9 0 0 283 0 4 0.6640 0.0000 0.0139 3.032 0.72 6.78 -6.05 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0149 0.9851 0.0000
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.100 1 -3 1 406 112 294 45 1 6 0 60 0 0 290 0 4 0.4018 0.0000 0.0136 17.667 1.09 3.42 -2.33 1 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0176 0.3590 0.6234 1 2 0.0199 0.3646 0.6155 1 2 0.0234 0.3723 0.6042
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.100 1 -3 1 690 200 490 0 0 18 12 170 0 0 489 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 10.000 4.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.100 1 -1 1 253 135 118 0 0 1 0 134 0 0 117 0 1 0.0000 0.0000 0.0085 134.000 2.33 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0010 0.9990 2 2 0.0000 0.0012 0.9988 2 2 0.0000 0.0014 0.9986
chr12 113154501 G GC 0.500000 0.100 1 1 1 247 104 143 101 0 1 0 2 0 0 142 0 1 0.9712 0.0000 0.0070 103.000 0.20 1.50 -1.30 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1832 0.8168 0.0000 0 0 0.8646 0.1354 0.0000 0 0 0.9515 0.0485 0.0000
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.100 1 -6 1 205 92 113 77 0 10 0 5 0 0 113 0 0 0.8370 0.0000 0.0000 8.200 0.19 6.80 -6.61 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.1885 0.8115 0.0000 0 0 0.6328 0.3672 0.0000
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.100 1 -5 5 357 106 251 0 0 6 1 99 0 0 244 0 7 0.0000 0.0000 0.0279 16.500 5.42 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.100 1 15 4 301 75 226 0 0 7 1 67 0 0 213 0 13 0.0000 0.0000 0.0575 9.571 11.24 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0159 0.9841 2 2 0.0000 0.0173 0.9827 2 2 0.0000 0.0194 0.9806
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 5 731 179 552 0 0 16 1 162 0 0 530 0 22 0.0000 0.0000 0.0399 10.188 7.88 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr12 124402512 G GGCT 0.500000 0.100 1 3 3 318 127 191 10 0 44 3 70 0 0 186 1 4 0.0787 0.0000 0.0262 1.886 0.60 4.86 -4.26 0 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9988 0.0012 2 1 0.0000 0.9331 0.0669
chr12 124402512 G GGCTGCTGCT 0.500000 0.100 1 9 3 318 127 191 14 26 45 0 42 0 0 186 0 5 0.1102 0.0000 0.0262 1.864 1.50 6.40 -4.90 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0849 0.5440 0.3711 1 1 0.0896 0.5403 0.3700 1 1 0.0961 0.5358 0.3681
chr12 124993835 C CCTG 0.500000 0.100 1 3 1 191 61 130 49 1 9 0 2 0 0 130 0 0 0.8033 0.0000 0.0000 5.778 0.82 3.50 -2.68 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1314 0.8686 0.0000 0 0 0.5924 0.4076 0.0000 0 0 0.7592 0.2408 0.0000
chr12 128823863 A AGCCGCCGCCGCGGCC 0.500000 0.100 1 15 4 606 168 438 120 0 46 0 2 0 0 436 0 2 0.7143 0.0000 0.0046 2.652 0.83 16.50 -15.67 80 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0587 0.9413 0.0000 0 0 0.8500 0.1500 0.0000 0 0 0.9629 0.0371 0.0000
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.100 1 9 1 217 54 163 0 0 7 0 47 0 0 152 1 10 0.0000 0.0000 0.0675 6.714 8.96 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0494 0.9506 2 2 0.0000 0.0523 0.9477 2 2 0.0000 0.0565 0.9435
chr12 131828558 C CCGCTGCTGT 0.500000 0.100 1 9 1 217 65 152 2 1 5 2 55 0 0 152 0 0 0.0308 0.0000 0.0000 12.000 0.00 7.93 -7.93 2 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9728 0.0272 2 1 0.0000 0.5780 0.4220 2 2 0.0000 0.2994 0.7006
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.100 1 3 2 567 167 400 99 9 49 2 8 0 0 400 0 0 0.5928 0.0000 0.0000 2.388 0.43 3.25 -2.82 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0117 0.9883 0.0000 0 1 0.3043 0.6957 0.0000
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.100 1 6 2 756 188 568 71 2 39 0 76 0 0 564 0 4 0.3777 0.0000 0.0070 3.821 0.96 5.58 -4.62 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0772 0.6334 0.2895 1 1 0.0826 0.6237 0.2937 1 1 0.0901 0.6114 0.2985
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.100 1 -18 4 569 210 359 182 3 13 0 12 0 0 359 0 0 0.8667 0.0000 0.0000 15.077 0.36 11.83 -11.48 58 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0316 0.9684 0.0000 0 0 0.8003 0.1997 0.0000
chr13 71866526 T TGCCGCC 0.116857 0.100 1 6 1 649 167 482 63 0 48 0 56 0 0 477 0 5 0.3772 0.0000 0.0104 2.479 1.59 6.25 -4.66 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3552 0.6125 0.0323 1 1 0.3635 0.6030 0.0335 1 1 0.3739 0.5909 0.0352
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.100 1 4 1 133 58 75 49 0 5 0 4 0 0 75 0 0 0.8448 0.0000 0.0000 10.600 0.51 4.00 -3.49 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0684 0.9316 0.0000 0 0 0.8777 0.1223 0.0000 0 0 0.9732 0.0268 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.100 1 3 4 776 138 638 0 0 20 2 116 0 0 625 2 11 0.0000 0.0000 0.0204 5.900 4.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.100 1 -6 2 613 139 474 68 4 18 0 49 3 1 469 0 1 0.4892 0.0063 0.0105 6.722 1.68 7.39 -5.71 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7650 0.2300 0.0050 1 0 0.7552 0.2388 0.0060 1 0 0.7412 0.2511 0.0077
chr13 112068797 C CGGGCGT 0.500000 0.100 1 6 1 257 79 178 44 0 9 0 26 0 0 178 0 0 0.5570 0.0000 0.0000 7.778 0.48 5.88 -5.41 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6659 0.3153 0.0188 1 0 0.6550 0.3238 0.0212 1 0 0.6399 0.3352 0.0248
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.100 1 3 1 551 109 442 51 0 5 0 53 1 0 439 0 2 0.4679 0.0023 0.0068 20.800 1.14 3.40 -2.26 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1358 0.6180 0.2462 1 1 0.1410 0.6094 0.2497 1 1 0.1477 0.5984 0.2539
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.100 1 1 2 2081 458 1623 142 0 10 1 305 0 0 1622 0 1 0.3100 0.0000 0.0006 44.800 0.31 1.87 -1.56 54 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.100 1 -1 4 1228 339 889 274 4 42 0 19 0 0 889 0 0 0.8083 0.0000 0.0000 7.048 0.23 1.00 -0.77 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 0 0.8181 0.1819 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.100 1 -19 1 395 100 295 0 0 1 0 99 0 0 285 0 10 0.0000 0.0000 0.0339 99.000 18.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0052 0.9948 2 2 0.0000 0.0058 0.9942 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.100 1 1 1 400 104 296 0 0 9 0 95 0 0 293 0 3 0.0000 0.0000 0.0101 10.556 1.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0029 0.9971 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0037 0.9963
chr14 21092593 GGAGGCT G 0.199659 0.100 1 -6 1 638 147 491 53 0 19 0 75 0 0 489 0 2 0.3605 0.0000 0.0041 6.737 0.43 7.00 -6.57 5 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0180 0.4591 0.5229 1 2 0.0211 0.4683 0.5106 1 2 0.0260 0.4807 0.4933
chr14 21670348 G GGT 0.221308 0.100 1 2 3 1687 410 1277 46 0 15 0 349 0 0 1270 0 7 0.1122 0.0000 0.0055 26.333 1.30 3.20 -1.90 10 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr14 22771504 T TAGC 0.274099 0.100 1 3 3 567 170 397 80 0 10 0 80 0 0 396 0 1 0.4706 0.0000 0.0025 16.000 0.38 2.74 -2.36 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2079 0.6964 0.0957 1 1 0.2174 0.6833 0.0993 1 1 0.2297 0.6664 0.1039
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.100 1 3 1 505 143 362 10 51 10 0 72 0 1 358 0 3 0.0699 0.0000 0.0110 9.111 0.40 2.81 -2.41 2 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0037 0.1925 0.8038 1 2 0.0045 0.2014 0.7941 1 2 0.0057 0.2139 0.7804
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.100 1 6 1 476 116 360 53 1 4 0 58 0 0 359 0 1 0.4569 0.0000 0.0028 27.750 0.17 5.84 -5.68 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1635 0.6594 0.1771 1 1 0.1715 0.6501 0.1784 1 1 0.1821 0.6381 0.1798
chr14 23079578 C CGTGAAT 0.153649 0.100 1 6 2 481 118 363 56 0 6 1 55 0 0 362 0 1 0.4746 0.0000 0.0028 18.667 0.16 5.95 -5.78 24 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.2869 0.6499 0.0632 1 1 0.2957 0.6397 0.0646 1 1 0.3069 0.6267 0.0664
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.100 1 -1 1 1040 297 743 134 3 36 10 114 0 1 741 1 0 0.4512 0.0000 0.0027 19.846 0.16 3.93 -3.77 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1561 0.7767 0.0672 1 1 0.1638 0.7614 0.0747 1 1 0.1735 0.7412 0.0853
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.100 1 -2 1 1035 296 739 134 3 27 13 119 0 1 737 1 0 0.4527 0.0000 0.0027 10.400 0.16 4.15 -3.99 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1562 0.7794 0.0644 1 1 0.1640 0.7642 0.0719 1 1 0.1737 0.7439 0.0824
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.100 1 -3 1 329 54 275 14 6 6 2 26 0 0 274 1 0 0.2593 0.0000 0.0036 8.000 3.64 3.65 -0.01 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1063 0.5216 0.3721 1 1 0.1120 0.5217 0.3663 1 1 0.1199 0.5218 0.3583
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.100 1 -3 1 347 67 280 28 4 9 1 25 0 0 280 0 0 0.4179 0.0000 0.0000 9.667 2.32 3.92 -1.60 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4466 0.4838 0.0696 1 1 0.4439 0.4832 0.0729 1 1 0.4401 0.4825 0.0774
chr14 24001481 T TA 0.049020 0.100 1 1 2 309 107 202 56 0 2 0 49 0 0 202 0 0 0.5234 0.0000 0.0000 52.500 0.21 1.41 -1.19 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5285 0.4647 0.0068 1 0 0.5313 0.4615 0.0072 1 0 0.5343 0.4579 0.0078
chr14 24300643 A AGAGGAG 0.339983 0.100 1 6 1 372 80 292 49 0 11 0 20 0 0 291 0 1 0.6125 0.0000 0.0034 6.273 0.43 5.90 -5.47 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8796 0.1186 0.0018 1 0 0.8705 0.1273 0.0022 1 0 0.8573 0.1399 0.0029
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.100 1 6 1 680 160 520 129 0 22 1 8 0 0 520 0 0 0.8063 0.0000 0.0000 6.273 0.99 6.38 -5.38 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0119 0.9881 0.0000 0 1 0.2758 0.7242 0.0000
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.100 1 -6 2 593 170 423 0 0 34 0 136 0 0 416 1 6 0.0000 0.0000 0.0165 4.000 7.04 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.100 1 -6 1 482 117 365 0 1 22 3 91 0 0 363 1 1 0.0000 0.0000 0.0055 4.524 5.26 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0883 0.9117 2 2 0.0000 0.0362 0.9638 2 2 0.0000 0.0278 0.9722
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.100 1 -3 1 474 104 370 1 31 7 11 54 0 3 366 1 0 0.0096 0.0000 0.0108 30.333 5.00 4.61 0.39 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0012 0.1043 0.8945 1 2 0.0016 0.1139 0.8845 1 2 0.0022 0.1284 0.8693
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.100 1 -3 2 472 139 333 8 0 13 2 116 0 0 333 0 0 0.0576 0.0000 0.0000 9.692 0.25 3.25 -3.00 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.8857 0.1143 2 2 0.0000 0.2372 0.7628
chr14 94079474 C CCCT 0.001890 0.100 1 3 3 510 110 400 51 0 9 1 49 0 0 399 0 1 0.4636 0.0000 0.0025 11.222 0.22 3.27 -3.05 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3808 0.6185 0.0007 1 1 0.3896 0.6097 0.0007 1 1 0.4007 0.5985 0.0007
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.100 1 -9 1 437 102 335 55 0 3 0 44 0 0 330 0 5 0.5392 0.0000 0.0149 33.000 0.47 8.86 -8.39 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3769 0.5542 0.0689 1 1 0.3789 0.5486 0.0725 1 1 0.3810 0.5416 0.0775
chr14 102592962 T TCCG 0.000949 0.100 1 3 2 260 90 170 73 2 10 2 3 0 0 170 0 0 0.8111 0.0000 0.0000 8.000 1.21 3.67 -2.46 19 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9068 0.0932 0.0000 0 0 0.9980 0.0020 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.100 1 -9 1 272 85 187 44 0 10 0 31 0 0 186 0 1 0.5176 0.0000 0.0053 7.500 0.16 8.81 -8.65 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5393 0.4222 0.0386 1 0 0.5333 0.4249 0.0418 1 0 0.5248 0.4288 0.0464
chr15 20534699 CCTCCTG C 0.091103 0.100 1 -6 1 4146 708 3438 255 7 87 14 345 57 76 3053 167 85 0.3602 0.0166 0.1120 7.434 1.24 5.96 -4.71 117 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.100 1 -3 1 320 104 216 80 3 12 0 9 0 0 216 0 0 0.7692 0.0000 0.0000 7.583 2.00 3.67 -1.67 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0151 0.9849 0.0000 0 1 0.3796 0.6204 0.0000
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.100 1 3 1 1051 167 884 0 1 4 1 161 0 7 745 100 32 0.0000 0.0000 0.1572 40.750 3.93 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 30373077 TCA T 0.374666 0.100 1 -2 2 595 129 466 51 0 3 0 75 0 0 465 0 1 0.3953 0.0000 0.0021 42.000 0.08 2.04 -1.96 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0082 0.2922 0.6996 1 2 0.0098 0.3018 0.6884 1 2 0.0123 0.3152 0.6724
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.100 1 -1 2 238 101 137 3 0 7 53 38 0 0 136 1 0 0.0297 0.0000 0.0073 10.250 2.33 1.32 1.02 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9425 0.0575 2 2 0.0000 0.3906 0.6094 2 2 0.0000 0.1734 0.8266
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.100 1 -2 2 238 101 137 3 0 41 3 54 0 0 136 0 1 0.0297 0.0000 0.0073 1.500 2.33 2.11 0.22 3 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9656 0.0344 2 2 0.0000 0.4829 0.5171 2 2 0.0000 0.2193 0.7807
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.100 1 -3 1 700 180 520 86 4 30 3 57 0 0 517 1 2 0.4778 0.0000 0.0058 5.000 1.22 3.91 -2.69 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6780 0.3149 0.0071 1 0 0.6670 0.3245 0.0086 1 0 0.6511 0.3379 0.0110
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.100 1 6 1 335 91 244 8 0 12 0 71 0 0 243 0 1 0.0879 0.0000 0.0041 6.583 0.88 5.66 -4.79 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9763 0.0237
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.100 1 -2 1 453 159 294 79 0 4 0 76 0 0 294 0 0 0.4969 0.0000 0.0000 38.750 1.70 2.12 -0.42 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2737 0.6511 0.0751 1 1 0.2815 0.6394 0.0791 1 1 0.2911 0.6246 0.0843
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.100 1 5 1 547 153 394 74 1 13 1 64 0 0 390 0 4 0.4837 0.0000 0.0102 10.769 0.16 4.33 -4.17 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3432 0.5983 0.0584 1 1 0.3485 0.5893 0.0621 1 1 0.3547 0.5781 0.0672
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.100 1 4 1 273 100 173 50 0 3 0 47 0 0 173 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 32.333 0.24 6.89 -6.65 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4180 0.5560 0.0260 1 1 0.4235 0.5496 0.0270 1 1 0.4301 0.5417 0.0282
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.100 1 -3 2 147 75 72 39 2 3 0 31 0 0 72 0 0 0.5200 0.0000 0.0000 24.000 0.08 3.10 -3.02 23 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4684 0.4728 0.0588 1 1 0.4638 0.4734 0.0628 1 1 0.4572 0.4744 0.0684
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.100 1 -3 1 485 107 378 47 0 5 1 54 0 0 375 0 3 0.4393 0.0000 0.0079 20.400 0.96 3.59 -2.64 17 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0388 0.4696 0.4917 1 2 0.0420 0.4687 0.4893 1 2 0.0465 0.4681 0.4854
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.100 1 -24 2 797 207 590 6 6 105 6 84 0 0 583 0 7 0.0290 0.0000 0.0119 1.714 1.83 11.96 -10.13 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9649 0.0351 2 1 0.0000 0.5200 0.4800
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.100 1 -12 2 787 200 587 4 2 25 2 167 0 0 587 0 0 0.0200 0.0000 0.0000 6.920 1.75 10.42 -8.67 4 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8742 0.1258 2 2 0.0000 0.0306 0.9694 2 2 0.0000 0.0044 0.9956
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.100 1 -6 1 355 113 242 0 0 9 1 103 0 0 228 0 14 0.0000 0.0000 0.0579 11.556 6.90 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 98968575 A AC 0.519727 0.100 1 1 1 333 116 217 100 0 5 0 11 0 0 217 0 0 0.8621 0.0000 0.0000 22.200 0.12 1.82 -1.70 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 1 0.0927 0.9073 0.0000
chr15 99712504 CCAGCAG C 0.319707 0.100 1 -6 2 580 234 346 175 0 50 1 8 1 0 343 0 2 0.7479 0.0029 0.0087 3.680 0.30 6.62 -6.32 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1130 0.8870 0.0000 0 0 0.9090 0.0910 0.0000
chr15 101746837 T TC 0.190418 0.100 1 1 2 36 15 21 4 0 1 0 10 0 0 21 0 0 0.2667 0.0000 0.0000 14.000 0.00 1.50 -1.50 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2375 0.5790 0.1835 1 1 0.2401 0.5826 0.1773 1 1 0.2405 0.5910 0.1685
chr16 400140 C CAG 0.314665 0.100 1 2 2 337 95 242 86 0 1 0 8 0 0 242 0 0 0.9053 0.0000 0.0000 94.000 0.27 3.25 -2.98 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0307 0.9693 0.0000 0 1 0.4526 0.5474 0.0000
chr16 1999881 G GTCC 0.177864 0.100 1 3 2 560 100 460 84 2 11 0 3 0 0 460 0 0 0.8400 0.0000 0.0000 8.091 0.42 3.33 -2.92 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3205 0.6795 0.0000 0 0 0.9329 0.0671 0.0000 0 0 0.9777 0.0223 0.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 587 83 504 0 0 1 0 82 0 0 503 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 82.000 7.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.100 1 -1 6 587 83 504 0 0 1 0 82 0 0 503 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 82.000 7.11 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 3356756 GT G 0.055155 0.100 1 -1 2 547 190 357 177 0 1 0 12 0 0 357 0 0 0.9316 0.0000 0.0000 189.000 0.31 1.00 -0.69 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.2542 0.7458 0.0000 0 0 0.9767 0.0233 0.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.100 1 -3 1 423 102 321 46 0 5 0 51 0 0 318 0 3 0.4510 0.0000 0.0093 19.400 0.39 3.14 -2.75 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0554 0.5163 0.4283 1 1 0.0589 0.5129 0.4282 1 1 0.0637 0.5088 0.4275
chr16 11915673 C CCCG 0.170317 0.100 1 3 1 450 169 281 59 9 53 3 45 1 4 272 0 4 0.3491 0.0036 0.0320 2.151 1.92 4.16 -2.24 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7685 0.2286 0.0029 1 0 0.7625 0.2341 0.0033 1 0 0.7539 0.2420 0.0040
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.100 1 -2 1 239 67 172 0 0 1 0 66 0 0 172 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 66.000 2.38 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr16 28496076 TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC T 0.319200 0.100 1 -27 1 1033 238 795 174 2 49 0 13 0 1 794 0 0 0.7311 0.0000 0.0013 3.857 1.06 8.15 -7.09 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0141 0.9859 0.0000 0 0 0.7308 0.2692 0.0000
chr16 29901481 G GGGT 0.401873 0.100 1 3 1 639 145 494 14 0 3 0 128 0 0 492 0 2 0.0966 0.0000 0.0040 47.333 1.00 2.98 -1.98 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9558 0.0442
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.100 1 1 1 152 69 83 32 0 2 0 35 0 0 83 0 0 0.4638 0.0000 0.0000 33.500 0.22 2.11 -1.90 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1527 0.5707 0.2766 1 1 0.1568 0.5654 0.2778 1 1 0.1623 0.5587 0.2789
chr16 51141744 C CGCT 0.500000 0.100 1 3 2 963 267 696 195 21 43 0 8 0 0 696 0 0 0.7303 0.0000 0.0000 5.140 0.41 3.12 -2.72 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0011 0.9989 0.0000 0 0 0.9051 0.0949 0.0000 0 0 0.9952 0.0048 0.0000
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.100 1 -2 1 286 112 174 65 0 1 5 41 0 0 171 0 3 0.5804 0.0000 0.0172 111.000 0.29 9.54 -9.24 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5710 0.4054 0.0236 1 0 0.5648 0.4088 0.0264 1 0 0.5557 0.4137 0.0306
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.100 1 -6 1 286 114 172 67 0 1 0 46 0 0 168 0 4 0.5877 0.0000 0.0233 113.000 0.28 8.74 -8.46 49 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5908 0.3889 0.0203 1 0 0.5841 0.3930 0.0229 1 0 0.5745 0.3987 0.0267
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.100 1 -1 1 513 102 411 64 9 17 1 11 0 1 410 0 0 0.6275 0.0000 0.0024 5.188 1.12 2.55 -1.42 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0221 0.9779 0.0000
chr16 67652328 GAGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 587 163 424 88 2 5 0 68 0 0 424 0 0 0.5399 0.0000 0.0000 31.600 0.39 3.35 -2.97 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6629 0.3285 0.0087 1 0 0.6563 0.3336 0.0101 1 0 0.6466 0.3409 0.0125
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.100 1 -3 2 1275 403 872 170 2 59 7 165 0 0 871 0 1 0.4218 0.0000 0.0011 5.831 0.39 3.35 -2.96 42 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0697 0.8437 0.0867 1 1 0.0779 0.8261 0.0961 1 1 0.0893 0.8018 0.1089
chr16 67968592 G GCCCGCCGCTGTC 0.500000 0.100 1 12 2 278 118 160 80 0 36 0 2 0 0 160 0 0 0.6780 0.0000 0.0000 2.278 0.36 13.50 -13.14 32 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4091 0.5909 0.0000 0 0 0.8660 0.1340 0.0000 0 0 0.9308 0.0692 0.0000
chr16 70920692 TCTC T 0.500000 0.100 1 -3 2 408 122 286 62 0 2 1 57 0 0 284 0 2 0.5082 0.0000 0.0070 60.000 0.06 3.00 -2.94 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2148 0.6408 0.1444 1 1 0.2195 0.6306 0.1499 1 1 0.2253 0.6177 0.1570
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.100 1 -6 2 251 112 139 10 0 21 0 81 0 0 139 0 0 0.0893 0.0000 0.0000 4.333 0.00 7.95 -7.95 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9986 0.0014 2 1 0.0000 0.9233 0.0767
chr16 72787694 A AGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 575 124 451 102 1 17 1 3 0 0 450 0 1 0.8226 0.0000 0.0022 6.235 1.12 2.00 -0.88 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0211 0.9789 0.0000 0 0 0.6701 0.3299 0.0000 0 0 0.9069 0.0931 0.0000
chr16 72797458 CTTGTTG C 0.500000 0.100 1 -6 1 715 168 547 138 0 22 0 8 0 0 547 0 0 0.8214 0.0000 0.0000 6.636 0.44 5.38 -4.93 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1723 0.8277 0.0000 0 0 0.8330 0.1670 0.0000
chr16 81127868 G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 0.500000 0.100 1 22 2 344 119 225 67 0 11 0 41 0 0 218 0 7 0.5630 0.0000 0.0311 9.818 0.22 16.46 -16.24 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6419 0.3432 0.0148 1 0 0.6338 0.3492 0.0170 1 0 0.6222 0.3576 0.0202
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.100 1 -2 2 228 98 130 48 0 0 0 50 0 0 126 0 4 0.4898 0.0000 0.0308 98.000 0.67 4.70 -4.03 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0974 0.5825 0.3201 1 1 0.1024 0.5762 0.3214 1 1 0.1092 0.5683 0.3225
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.100 1 -2 1 646 117 529 0 1 8 4 104 0 0 520 1 8 0.0000 0.0000 0.0170 13.375 8.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0033 0.9967 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.100 1 -1 2 642 111 531 0 0 5 7 99 0 0 522 2 7 0.0000 0.0000 0.0169 21.200 8.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0037 0.9963
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.100 1 -3 1 646 112 534 0 0 3 2 107 0 1 520 4 9 0.0000 0.0000 0.0262 54.000 8.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0140 0.9860 2 2 0.0000 0.0068 0.9932 2 2 0.0000 0.0055 0.9945
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.100 1 -6 1 760 180 580 91 0 6 0 83 0 0 579 0 1 0.5056 0.0000 0.0017 29.000 0.37 6.98 -6.60 47 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2772 0.6536 0.0692 1 1 0.2831 0.6424 0.0746 1 1 0.2899 0.6281 0.0820
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.100 1 -3 1 539 140 399 130 1 3 0 6 0 1 398 0 0 0.9286 0.0000 0.0025 45.667 0.42 4.50 -4.08 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 0 0.5505 0.4495 0.0000 0 0 0.9277 0.0723 0.0000
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.100 1 4 2 119 47 72 0 0 2 0 45 0 0 72 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 22.500 3.67 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0916 0.9084 2 2 0.0000 0.0956 0.9044 2 2 0.0000 0.1012 0.8988
chr16 89971820 C CA 0.500000 0.100 1 1 2 692 163 529 69 0 7 2 85 0 0 528 0 1 0.4233 0.0000 0.0019 22.286 0.39 1.27 -0.88 27 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0141 0.3939 0.5920 1 2 0.0162 0.3964 0.5874 1 2 0.0193 0.4004 0.5803
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.100 1 3 1 477 222 255 179 1 30 0 12 0 0 255 0 0 0.8063 0.0000 0.0000 6.400 0.24 3.08 -2.84 89 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5015 0.4985 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.100 1 -3 1 887 216 671 97 0 16 0 103 0 0 670 0 1 0.4491 0.0000 0.0015 12.500 0.38 3.06 -2.68 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1099 0.7616 0.1285 1 1 0.1195 0.7481 0.1324 1 1 0.1327 0.7303 0.1370
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.100 1 -1 2 345 123 222 61 0 5 0 57 0 0 222 0 0 0.4959 0.0000 0.0000 23.600 0.51 1.28 -0.77 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1739 0.6570 0.1692 1 1 0.1762 0.6470 0.1768 1 1 0.1789 0.6343 0.1868
chr17 4933907 ACCACCCCAGAGCCCAC A 0.138018 0.100 1 -16 1 1232 230 1002 201 9 13 3 4 0 0 1002 0 0 0.8739 0.0000 0.0000 16.308 2.31 1.75 0.56 21 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8160 0.1840 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr17 7024700 C CCAG 0.654808 0.100 1 3 1 745 206 539 16 1 33 3 153 0 1 525 0 13 0.0777 0.0000 0.0260 5.212 0.12 3.10 -2.98 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8824 0.1176
chr17 15974795 CCAA C 0.500000 0.100 1 -3 1 573 166 407 89 0 3 0 74 0 0 405 0 2 0.5361 0.0000 0.0049 54.333 0.18 3.12 -2.94 57 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4321 0.5351 0.0328 1 1 0.4332 0.5304 0.0364 1 1 0.4336 0.5249 0.0415
chr17 16353372 G GCGGAGGCCC 0.500000 0.100 1 9 2 422 108 314 44 0 10 1 53 0 1 309 2 2 0.4074 0.0000 0.0159 9.800 1.07 6.89 -5.82 4 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0380 0.4581 0.5039 1 2 0.0416 0.4592 0.4991 1 2 0.0468 0.4610 0.4922
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.100 1 -3 1 483 169 314 5 0 23 11 130 0 0 311 2 1 0.0296 0.0000 0.0096 6.348 0.20 3.09 -2.89 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9772 0.0228 2 2 0.0000 0.1328 0.8672 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.100 1 -2 1 869 238 631 0 3 37 4 194 0 0 630 1 0 0.0000 0.0000 0.0016 5.583 4.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.100 1 -1 1 866 238 628 1 32 7 25 173 0 0 628 0 0 0.0042 0.0000 0.0000 57.250 5.00 3.92 1.08 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9444 0.0556 2 1 0.0000 0.5572 0.4428
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.100 1 3 1 706 158 548 0 0 5 0 153 0 0 542 0 6 0.0000 0.0000 0.0109 30.600 4.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996
chr17 30834937 ACAATGT A 0.500000 0.100 1 -6 1 885 176 709 79 0 3 0 94 0 0 705 0 4 0.4489 0.0000 0.0056 57.667 0.63 6.07 -5.44 9 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0132 0.4146 0.5722 1 2 0.0152 0.4155 0.5693 1 2 0.0183 0.4174 0.5644
chr17 40701882 CA C 0.500000 0.100 1 -1 2 125 69 56 5 0 3 0 61 0 0 55 0 1 0.0725 0.0000 0.0179 22.000 0.60 1.33 -0.73 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.9023 0.0977 2 1 0.0000 0.5497 0.4503
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.100 1 1 2 417 114 303 0 0 0 0 114 0 0 302 0 1 0.0000 0.0000 0.0033 114.000 1.43 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0028 0.9972 2 2 0.0000 0.0032 0.9968 2 2 0.0000 0.0038 0.9962
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.100 1 15 1 530 106 424 0 0 11 0 95 0 0 406 0 18 0.0000 0.0000 0.0425 8.636 8.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0031 0.9969 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0041 0.9959
chr17 41238458 AGACCACCTGCTGCAG A 0.500000 0.100 1 -15 1 556 182 374 167 1 11 0 3 1 0 373 0 0 0.9176 0.0027 0.0027 15.545 3.44 18.33 -14.90 85 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8750 0.1250 0.0000 0 0 0.9948 0.0052 0.0000 0 0 0.9981 0.0019 0.0000
chr17 41586753 AGCCGCCCCCGAT A 0.500000 0.100 1 -12 2 678 208 470 172 0 27 0 9 0 0 468 0 2 0.8269 0.0000 0.0043 6.704 1.22 11.89 -10.67 72 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0422 0.9578 0.0000 0 0 0.7835 0.2165 0.0000
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.100 1 -3 2 648 181 467 78 2 27 3 71 0 1 465 0 1 0.4309 0.0000 0.0043 5.667 0.51 3.25 -2.74 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2717 0.6448 0.0835 1 1 0.2767 0.6342 0.0891 1 1 0.2826 0.6208 0.0966
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.100 1 3 5 913 231 682 214 0 7 0 10 0 0 682 0 0 0.9264 0.0000 0.0000 32.000 0.20 3.10 -2.90 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5103 0.4897 0.0000 0 0 0.9814 0.0186 0.0000
chr17 54949591 AGAGTCT A 0.500000 0.100 1 -6 2 192 76 116 34 1 3 0 38 0 0 115 0 1 0.4474 0.0000 0.0086 24.000 0.59 6.13 -5.54 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1306 0.5687 0.3007 1 1 0.1352 0.5635 0.3013 1 1 0.1413 0.5570 0.3017
chr17 58309246 G GTCCTCCTCT 0.500000 0.100 1 9 1 669 184 485 105 0 15 0 64 0 0 484 0 1 0.5707 0.0000 0.0021 11.267 0.37 7.06 -6.69 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9194 0.0803 0.0003 1 0 0.9124 0.0872 0.0004 1 0 0.9019 0.0974 0.0007
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.100 1 6 2 387 127 260 5 1 27 0 94 0 0 255 0 5 0.0394 0.0000 0.0192 3.704 0.00 5.56 -5.56 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.7849 0.2151 2 2 0.0000 0.2670 0.7330
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.100 1 9 2 532 124 408 0 1 12 0 111 0 0 395 0 13 0.0000 0.0000 0.0319 9.333 7.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0037 0.9963 2 2 0.0000 0.0035 0.9965 2 2 0.0000 0.0036 0.9964
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.100 1 -30 1 2315 512 1803 224 11 74 7 196 5 1 1786 1 10 0.4375 0.0028 0.0094 6.070 1.17 6.62 -5.45 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4356 0.5623 0.0022 1 1 0.4514 0.5459 0.0027 1 1 0.4697 0.5266 0.0037
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.100 1 -3 1 2275 573 1702 262 6 25 3 277 4 4 1540 12 142 0.4572 0.0024 0.0952 26.000 1.95 4.54 -2.59 20 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000 1 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr17 78802466 TTTTTTC T 0.500000 0.100 1 -6 7 304 119 185 70 0 15 0 34 0 0 184 0 1 0.5882 0.0000 0.0054 6.933 0.49 5.06 -4.57 22 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9048 0.0943 0.0009 1 0 0.8961 0.1027 0.0011 1 0 0.8834 0.1150 0.0016
chr17 79834118 T TGCCGCC 0.500000 0.100 1 6 1 1134 222 912 12 0 10 4 196 0 0 912 0 0 0.0541 0.0000 0.0000 21.000 0.25 5.11 -4.86 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9420 0.0580 2 2 0.0000 0.1190 0.8810
chr17 81245700 AATG A 0.500000 0.100 1 -3 2 579 162 417 93 1 4 0 64 0 0 416 0 1 0.5741 0.0000 0.0024 39.500 0.32 3.23 -2.91 59 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8001 0.1973 0.0026 1 0 0.7913 0.2056 0.0032 1 0 0.7785 0.2173 0.0042
chr18 3452224 CT C 0.390343 0.100 1 -1 7 278 80 198 76 1 0 1 2 0 0 198 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 79.000 0.14 1.00 -0.86 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4080 0.5920 0.0000 0 0 0.8698 0.1302 0.0000 0 0 0.9357 0.0643 0.0000
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.100 1 3 1 280 123 157 0 1 6 0 116 0 0 152 0 5 0.0000 0.0000 0.0318 19.500 3.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.100 1 4 1 181 81 100 49 0 0 0 32 0 0 100 0 0 0.6049 0.0000 0.0000 81.000 0.12 4.50 -4.38 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6058 0.3690 0.0252 1 0 0.5959 0.3759 0.0282 1 0 0.5821 0.3852 0.0327
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.100 1 3 1 379 165 214 83 0 2 0 80 0 0 212 0 2 0.5030 0.0000 0.0093 81.500 0.10 2.83 -2.73 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1706 0.6908 0.1386 1 1 0.1772 0.6777 0.1452 1 1 0.1856 0.6607 0.1537
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.100 1 -9 2 549 122 427 102 2 9 0 9 1 0 426 0 0 0.8361 0.0023 0.0023 12.556 1.73 8.33 -6.61 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 1 0.3360 0.6640 0.0000
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.100 1 -3 2 224 124 100 0 0 3 1 120 0 0 100 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 40.000 3.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0021 0.9979 2 2 0.0000 0.0024 0.9976 2 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.100 1 -3 5 583 121 462 65 0 1 0 55 0 0 459 0 3 0.5372 0.0000 0.0065 120.000 0.31 3.31 -3.00 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3251 0.5938 0.0811 1 1 0.3272 0.5866 0.0862 1 1 0.3294 0.5775 0.0931
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.100 1 -15 2 776 202 574 189 2 6 0 5 0 0 574 0 0 0.9356 0.0000 0.0000 32.333 0.25 13.60 -13.35 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2016 0.7984 0.0000 0 0 0.9853 0.0147 0.0000 0 0 0.9976 0.0024 0.0000
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.100 1 3 6 363 58 305 23 5 5 1 24 1 0 301 1 2 0.3966 0.0033 0.0131 10.000 2.52 5.58 -3.06 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2264 0.5678 0.2058 1 1 0.2286 0.5628 0.2086 1 1 0.2315 0.5564 0.2122
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.100 1 3 1 164 65 99 0 0 3 0 62 0 0 98 0 1 0.0000 0.0000 0.0101 20.667 2.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0387 0.9613 2 2 0.0000 0.0412 0.9588 2 2 0.0000 0.0449 0.9551
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.100 1 3 1 112 61 51 7 0 4 0 50 0 0 48 0 3 0.1148 0.0000 0.0588 14.250 0.00 3.08 -3.08 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9919 0.0081 2 1 0.0000 0.8722 0.1278
chr18 79863691 G GGGC 0.500000 0.100 1 3 4 351 121 230 102 0 11 0 8 0 0 230 0 0 0.8430 0.0000 0.0000 10.000 0.68 4.00 -3.32 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0316 0.9684 0.0000 0 1 0.4539 0.5461 0.0000
chr18 80136759 TTCCTGCAGGCCAGATGAC T 0.500000 0.100 1 -18 2 576 126 450 89 0 30 0 7 0 0 450 0 0 0.7063 0.0000 0.0000 3.200 0.24 13.14 -12.91 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0471 0.9529 0.0000 0 1 0.4566 0.5434 0.0000
chr19 501701 G GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA 0.223947 0.100 1 24 3 610 289 321 28 7 57 9 188 0 0 321 0 0 0.0969 0.0000 0.0000 4.771 4.29 6.08 -1.79 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr19 1009186 GAGC G 0.092678 0.100 1 -3 2 487 138 349 125 1 6 0 6 0 0 349 0 0 0.9058 0.0000 0.0000 22.000 0.37 3.50 -3.13 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0097 0.9903 0.0000 0 0 0.8989 0.1011 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.100 1 -3 1 164 60 104 33 0 2 0 25 0 0 104 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 29.000 0.97 4.12 -3.15 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5418 0.4246 0.0336 1 0 0.5386 0.4259 0.0355 1 0 0.5339 0.4279 0.0382
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.100 1 -3 2 277 139 138 130 1 0 0 8 0 0 138 0 0 0.9353 0.0000 0.0000 139.000 0.19 3.12 -2.93 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.3262 0.6738 0.0000 0 0 0.9221 0.0779 0.0000
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.100 1 -3 4 312 90 222 0 0 20 64 6 0 2 211 9 0 0.0000 0.0000 0.0495 3.500 3.67 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0282 0.9718 2 2 0.0000 0.0294 0.9706 2 2 0.0000 0.0314 0.9686
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.100 1 -6 4 312 94 218 1 1 24 0 68 0 0 202 7 9 0.0106 0.0000 0.0734 3.136 0.00 9.03 -9.03 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.5507 0.4493 2 2 0.0000 0.2866 0.7134 2 2 0.0000 0.2191 0.7809
chr19 2015541 GGGCGGCGGCGGC G 0.199114 0.100 1 -12 4 312 106 206 13 3 53 3 34 0 0 190 0 16 0.1226 0.0000 0.0777 1.062 2.00 10.79 -8.79 9 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0025 0.1714 0.8261 1 2 0.0025 0.3628 0.6346 2 1 0.0007 0.8762 0.1231
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.100 1 3 1 830 176 654 77 1 26 0 72 0 0 652 0 2 0.4375 0.0000 0.0031 5.769 0.71 3.56 -2.84 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3662 0.6061 0.0278 1 1 0.3750 0.5957 0.0293 1 1 0.3859 0.5827 0.0314
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.100 1 -3 1 426 130 296 116 2 8 0 4 1 0 295 0 0 0.8923 0.0034 0.0034 15.125 0.28 3.00 -2.72 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3048 0.6952 0.0000 0 0 0.9755 0.0245 0.0000 0 0 0.9946 0.0054 0.0000
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.100 1 5 3 273 67 206 61 0 3 0 3 0 0 205 0 1 0.9104 0.0000 0.0049 21.333 0.28 5.33 -5.05 41 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0065 0.9935 0.0000 0 1 0.3877 0.6123 0.0000 0 0 0.7591 0.2409 0.0000
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.100 1 -3 1 829 284 545 129 1 43 8 103 0 0 540 1 4 0.4542 0.0000 0.0092 5.605 0.39 3.31 -2.92 47 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4389 0.5474 0.0137 1 1 0.4472 0.5373 0.0155 1 1 0.4566 0.5252 0.0183
chr19 12430727 C CTG 0.053346 0.100 1 2 3 1492 334 1158 182 122 9 6 15 0 1 1156 0 1 0.5449 0.0000 0.0017 27.750 0.50 4.00 -3.50 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0356 0.9644 0.0000 0 0 0.9829 0.0171 0.0000
chr19 12430728 CAA C 0.053324 0.100 1 -2 3 1491 340 1151 182 9 15 13 121 0 0 1149 0 2 0.5353 0.0000 0.0017 24.846 0.29 3.31 -3.01 72 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9777 0.0223 0.0000 1 0 0.9756 0.0244 0.0000 1 0 0.9725 0.0275 0.0000
chr19 13207858 C CCTG 0.039345 0.100 1 3 1 376 109 267 27 55 25 0 2 0 0 267 0 0 0.2477 0.0000 0.0000 3.360 0.74 3.00 -2.26 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9496 0.0504 0.0000 0 0 0.9943 0.0057 0.0000 0 0 0.9972 0.0028 0.0000
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.100 1 -6 1 376 111 265 32 0 27 0 52 0 0 265 0 0 0.2883 0.0000 0.0000 3.111 0.81 7.87 -7.05 14 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0250 0.3941 0.5809 1 2 0.0285 0.4033 0.5682 1 2 0.0338 0.4156 0.5506
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.100 1 18 1 363 92 271 52 0 11 0 29 0 0 263 0 8 0.5652 0.0000 0.0295 7.364 0.13 12.10 -11.97 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7398 0.2600 0.0002 1 0 0.7351 0.2647 0.0002 1 0 0.7284 0.2714 0.0002
chr19 14583363 T TGGA 0.065477 0.100 1 3 1 300 91 209 53 1 4 0 33 0 0 208 0 1 0.5824 0.0000 0.0048 21.750 0.25 2.97 -2.72 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8141 0.1848 0.0011 1 0 0.8073 0.1915 0.0013 1 0 0.7976 0.2008 0.0015
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.100 1 3 1 593 110 483 0 0 3 0 107 0 0 480 0 3 0.0000 0.0000 0.0062 35.667 3.16 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.100 1 -14 1 365 80 285 9 11 15 27 18 0 0 285 0 0 0.1125 0.0000 0.0000 5.800 5.33 6.94 -1.61 3 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0297 0.4848 0.4855 1 1 0.0343 0.4994 0.4663 1 1 0.0411 0.5191 0.4397
chr19 17286686 GTGTGTT G 0.073608 0.100 1 -6 1 364 77 287 1 1 10 7 58 0 0 287 0 0 0.0130 0.0000 0.0000 21.333 0.00 5.84 -5.84 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9649 0.0351 2 1 0.0000 0.8191 0.1809 2 1 0.0000 0.6957 0.3043
chr19 17286688 GTGTT G 0.166715 0.100 1 -4 1 364 76 288 1 0 11 5 59 0 0 288 0 0 0.0132 0.0000 0.0000 21.000 0.00 5.88 -5.88 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7050 0.2950 2 2 0.0000 0.4425 0.5575 2 2 0.0000 0.3587 0.6413
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.100 1 1 1 1467 312 1155 0 0 7 3 302 0 0 1072 19 64 0.0000 0.0000 0.0719 43.571 2.65 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.100 1 -84 2 2047 628 1419 580 4 30 1 13 17 18 1383 1 0 0.9236 0.0120 0.0254 19.867 0.51 3.31 -2.80 146 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9762 0.0238 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.100 1 -3 1 295 86 209 3 0 10 2 71 0 0 209 0 0 0.0349 0.0000 0.0000 7.600 0.00 3.00 -3.00 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7915 0.2085 2 2 0.0000 0.1128 0.8872 2 2 0.0000 0.0382 0.9618
chr19 33301825 G GGCGGGT 0.027007 0.100 1 6 1 488 125 363 54 3 17 3 48 0 0 359 1 3 0.4320 0.0000 0.0110 6.235 0.69 5.29 -4.61 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4070 0.5855 0.0075 1 1 0.4149 0.5774 0.0077 1 1 0.4247 0.5672 0.0081
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.100 1 3 1 621 145 476 11 0 5 1 128 0 0 468 0 8 0.0759 0.0000 0.0168 27.800 0.09 3.31 -3.22 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9785 0.0215 2 2 0.0000 0.3458 0.6542
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.100 1 12 2 542 213 329 82 2 51 1 77 0 0 329 0 0 0.3850 0.0000 0.0000 3.176 0.50 5.18 -4.68 26 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4279 0.5622 0.0099 1 1 0.4367 0.5528 0.0105 1 1 0.4473 0.5412 0.0115
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.100 1 -3 1 547 201 346 163 3 7 2 26 0 0 346 0 0 0.8109 0.0000 0.0000 27.571 2.13 3.27 -1.14 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0009 0.9991 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.100 1 -3 3 376 103 273 49 1 7 4 42 0 0 273 0 0 0.4757 0.0000 0.0000 23.250 7.06 3.86 3.20 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4688 0.5236 0.0076 1 1 0.4736 0.5184 0.0079 1 1 0.4795 0.5122 0.0083
chr19 38385765 A AGCCGGGGATGGGGCCGGGGCCGGG 0.053863 0.100 1 24 2 551 136 415 93 1 17 0 25 0 0 404 0 11 0.6838 0.0000 0.0265 7.000 1.35 15.16 -13.81 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9937 0.0063 0.0000 1 0 0.9925 0.0075 0.0000 1 0 0.9904 0.0096 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.100 1 -1 2 523 131 392 121 2 4 0 4 0 0 392 0 0 0.9237 0.0000 0.0000 31.750 0.28 3.50 -3.22 37 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1448 0.8552 0.0000 0 0 0.9371 0.0629 0.0000 0 0 0.9854 0.0146 0.0000
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.100 1 -2 1 205 29 176 0 0 3 24 2 0 0 176 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 8.333 2.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0693 0.9307 2 2 0.0000 0.0711 0.9289 2 2 0.0000 0.0736 0.9264
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.100 1 2 2 205 28 177 0 0 18 10 0 0 0 177 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.615 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1176 0.8824 2 2 0.0000 0.1193 0.8807 2 2 0.0000 0.1217 0.8783
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.100 1 -6 1 431 125 306 3 1 5 1 115 0 0 306 0 0 0.0240 0.0000 0.0000 29.500 0.00 5.79 -5.79 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6801 0.3199 2 2 0.0000 0.0677 0.9323 2 2 0.0000 0.0229 0.9771
chr19 41577387 A AGAC 0.041016 0.100 1 3 1 334 104 230 98 0 0 0 6 0 0 230 0 0 0.9423 0.0000 0.0000 104.000 0.20 4.00 -3.80 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0055 0.9945 0.0000 0 0 0.8400 0.1600 0.0000 0 0 0.9830 0.0170 0.0000
chr19 43361452 TG T 0.000741 0.100 1 -1 4 340 72 268 33 0 0 0 39 0 0 268 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 72.000 0.36 1.82 -1.46 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2790 0.7203 0.0007 1 1 0.2891 0.7102 0.0007 1 1 0.3024 0.6969 0.0007
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.100 1 -6 1 481 134 347 10 1 0 1 122 0 0 337 0 10 0.0746 0.0000 0.0288 134.000 0.00 6.75 -6.75 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.7095 0.2905
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.100 1 -3 2 530 173 357 90 0 4 0 79 0 0 356 0 1 0.5202 0.0000 0.0028 42.250 0.10 3.20 -3.10 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2803 0.6531 0.0667 1 1 0.2833 0.6439 0.0728 1 1 0.2863 0.6323 0.0814
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.100 1 1 1 288 102 186 56 0 3 0 43 0 0 186 0 0 0.5490 0.0000 0.0000 33.000 0.30 2.12 -1.81 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6871 0.3121 0.0007 1 0 0.6843 0.3149 0.0008 1 0 0.6800 0.3191 0.0009
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.100 1 6 2 1345 429 916 178 0 98 0 153 0 0 892 0 24 0.4149 0.0000 0.0262 3.412 0.35 6.10 -5.75 76 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0815 0.8506 0.0679 1 1 0.0909 0.8330 0.0761 1 1 0.1039 0.8087 0.0874
chr19 45795880 T TCTCCTCGCCCTCCTCCTC 0.105365 0.100 1 18 1 301 99 202 77 0 19 0 3 0 0 201 0 1 0.7778 0.0000 0.0050 4.211 0.34 17.00 -16.66 35 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0559 0.9441 0.0000 0 0 0.8489 0.1511 0.0000 0 0 0.9647 0.0353 0.0000
chr19 48231760 C CTT 0.055045 0.100 1 2 1 121 31 90 14 0 3 0 14 0 0 89 0 1 0.4516 0.0000 0.0111 9.333 0.07 2.07 -2.00 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4135 0.5571 0.0294 1 1 0.4170 0.5536 0.0294 1 1 0.4214 0.5492 0.0294
chr19 48939592 T TG 0.176847 0.100 1 1 1 199 67 132 25 0 5 1 36 0 1 131 0 0 0.3731 0.0000 0.0076 12.400 0.04 1.44 -1.40 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1298 0.6296 0.2406 1 1 0.1379 0.6269 0.2351 1 1 0.1491 0.6231 0.2278
chr19 49154453 ACAT A 0.377407 0.100 1 -3 1 991 240 751 98 26 43 4 69 0 2 739 3 7 0.4083 0.0000 0.0160 4.667 4.30 3.59 0.70 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9422 0.0576 0.0001 1 0 0.9372 0.0627 0.0001 1 0 0.9296 0.0702 0.0002
chr19 49154632 T TTCC 0.320050 0.100 1 3 1 1013 260 753 22 2 63 8 165 0 1 745 0 7 0.0846 0.0000 0.0106 3.079 1.00 3.22 -2.22 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9992 0.0008
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.100 1 -6 2 620 160 460 57 0 28 1 74 0 1 450 0 9 0.3563 0.0000 0.0217 4.852 1.40 6.95 -5.54 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0068 0.2877 0.7055 1 2 0.0082 0.2973 0.6946 1 2 0.0104 0.3106 0.6790
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.100 1 3 2 706 154 552 72 0 4 69 9 0 0 547 5 0 0.4675 0.0000 0.0091 37.250 0.35 3.22 -2.88 10 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1528 0.6605 0.1866 1 1 0.1572 0.6493 0.1935 1 1 0.1628 0.6349 0.2023
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.100 1 3 3 706 153 553 69 0 8 7 69 0 1 547 0 5 0.4510 0.0000 0.0108 18.125 0.38 3.04 -2.67 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0700 0.6329 0.2971 1 1 0.0762 0.6257 0.2981 1 1 0.0849 0.6165 0.2986
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.100 1 1 1 535 142 393 125 1 4 0 12 0 0 393 0 0 0.8803 0.0000 0.0000 34.250 0.54 2.67 -2.12 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0008 0.9992 0.0000 0 1 0.0974 0.9026 0.0000
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.100 1 -2 1 226 109 117 5 0 1 0 103 0 0 115 0 2 0.0459 0.0000 0.0171 108.000 0.20 2.32 -2.12 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9918 0.0082 2 2 0.0000 0.2939 0.7061 2 2 0.0000 0.0552 0.9448
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.100 1 -1 2 514 163 351 79 1 5 0 78 0 0 351 0 0 0.4847 0.0000 0.0000 31.600 0.08 2.01 -1.94 55 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2343 0.6696 0.0960 1 1 0.2420 0.6573 0.1008 1 1 0.2515 0.6415 0.1070
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.100 1 3 1 594 144 450 69 0 2 0 73 0 0 448 0 2 0.4792 0.0000 0.0044 71.000 0.12 3.27 -3.16 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1101 0.6607 0.2292 1 1 0.1170 0.6504 0.2326 1 1 0.1264 0.6372 0.2364
chr19 52613392 ATGT A 0.011301 0.100 1 -3 1 1230 256 974 130 1 6 0 119 0 0 969 1 4 0.5078 0.0000 0.0051 41.500 0.24 3.03 -2.79 64 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3673 0.6317 0.0010 1 1 0.3829 0.6160 0.0011 1 1 0.4024 0.5964 0.0013
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.100 1 3 2 1511 348 1163 149 0 6 1 192 0 0 1162 0 1 0.4282 0.0000 0.0009 57.000 0.34 2.91 -2.58 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0002 0.1340 0.8658 1 2 0.0002 0.1393 0.8604 1 2 0.0004 0.1475 0.8521
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.100 1 -1 5 738 204 534 174 0 12 0 18 0 0 533 0 1 0.8529 0.0000 0.0019 16.000 0.32 1.72 -1.41 78 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0115 0.9885 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.100 1 3 1 715 142 573 55 0 11 1 75 0 0 568 0 5 0.3873 0.0000 0.0087 11.909 0.44 3.17 -2.74 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0052 0.2434 0.7515 1 2 0.0062 0.2522 0.7415 1 2 0.0079 0.2647 0.7274
chr19 54912835 GGAA G 0.007162 0.100 1 -3 3 129 68 61 66 0 0 0 2 0 0 61 0 0 0.9706 0.0000 0.0000 68.000 0.20 3.00 -2.80 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9792 0.0208 0.0000 0 0 0.9978 0.0022 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.100 1 9 2 434 129 305 63 0 19 0 47 0 0 298 0 7 0.4884 0.0000 0.0230 5.789 0.17 7.09 -6.91 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3819 0.5543 0.0638 1 1 0.3821 0.5495 0.0684 1 1 0.3815 0.5437 0.0748
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.100 1 -24 1 734 194 540 96 0 31 0 67 0 0 522 0 18 0.4948 0.0000 0.0333 5.258 0.28 20.31 -20.03 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1268 0.7797 0.0935 1 1 0.1282 0.7689 0.1029 1 1 0.1295 0.7544 0.1161
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.100 1 3 4 936 263 673 214 1 41 0 7 0 0 672 0 1 0.8137 0.0000 0.0015 5.415 1.00 7.00 -6.00 118 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0027 0.9973 0.0000 0 0 0.9562 0.0438 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.100 1 3 1 143 72 71 63 1 6 0 2 0 0 71 0 0 0.8750 0.0000 0.0000 13.200 0.14 4.00 -3.86 1 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4054 0.5946 0.0000 0 0 0.8660 0.1340 0.0000 0 0 0.9321 0.0679 0.0000
chr19 57639970 TG T 0.349431 0.100 1 -1 1 153 60 93 56 1 1 0 2 0 0 92 0 1 0.9333 0.0000 0.0108 59.000 0.16 1.00 -0.84 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0420 0.9580 0.0000 0 0 0.5686 0.4314 0.0000 0 0 0.8119 0.1881 0.0000
chr19 58277216 GGGCCAGAAGGATCTGAGAGAGTGTGGCCAGCTTGAGCCCTCAGGAGTC G 0.191232 0.100 1 -48 1 135 62 73 30 1 15 0 16 0 0 62 0 11 0.4839 0.0000 0.1507 3.067 1.20 0.38 0.82 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4419 0.5069 0.0513 1 1 0.4429 0.5043 0.0528 1 1 0.4440 0.5011 0.0549
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.100 1 -2 1 316 111 205 48 0 4 0 59 0 0 203 0 2 0.4324 0.0000 0.0098 26.750 0.08 2.07 -1.98 8 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0316 0.4428 0.5257 1 2 0.0346 0.4436 0.5218 1 2 0.0390 0.4451 0.5159
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.100 1 -6 2 91 53 38 26 0 0 0 27 0 0 38 0 0 0.4906 0.0000 0.0000 53.000 0.00 6.26 -6.26 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1533 0.5583 0.2884 1 1 0.1557 0.5537 0.2906 1 1 0.1587 0.5480 0.2933
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.100 1 2 1 290 95 195 0 0 0 2 93 0 0 189 0 6 0.0000 0.0000 0.0308 95.000 8.74 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0104 0.9896 2 2 0.0000 0.0120 0.9880
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.100 1 -2 1 292 95 197 0 0 0 3 92 0 0 191 0 6 0.0000 0.0000 0.0305 95.000 8.76 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0095 0.9905 2 2 0.0000 0.0105 0.9895 2 2 0.0000 0.0121 0.9879
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.100 1 -3 4 289 117 172 0 0 2 0 115 0 0 170 1 1 0.0000 0.0000 0.0116 57.500 8.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0045 0.9955 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0060 0.9940
chr20 3045699 A AGCCCC 0.132912 0.100 1 5 1 294 127 167 7 0 11 1 108 0 0 158 1 8 0.0551 0.0000 0.0539 10.455 0.00 5.46 -5.46 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9695 0.0305 2 1 0.0000 0.6609 0.3391
chr20 21126073 C CG 0.617502 0.100 1 1 2 235 98 137 0 0 1 0 97 0 0 137 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 97.000 1.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0044 0.9956 2 2 0.0000 0.0049 0.9951 2 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.100 1 -6 2 721 188 533 80 0 4 0 104 0 0 526 0 7 0.4255 0.0000 0.0131 46.000 0.28 6.52 -6.24 20 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0021 0.2077 0.7902 1 2 0.0026 0.2156 0.7818 1 2 0.0035 0.2269 0.7696
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.100 1 3 1 442 146 296 0 2 3 0 141 0 0 285 1 10 0.0000 0.0000 0.0372 47.000 3.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr20 35226773 GGCCGCCGCC G 0.585944 0.100 1 -9 4 206 85 121 55 2 24 0 4 0 0 121 0 0 0.6471 0.0000 0.0000 2.500 1.67 9.75 -8.08 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0018 0.9982 0.0000 0 1 0.1478 0.8522 0.0000 0 1 0.4645 0.5355 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.100 1 -3 2 516 140 376 83 0 5 0 52 0 0 375 0 1 0.5929 0.0000 0.0027 27.000 0.37 3.13 -2.76 51 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7956 0.2012 0.0032 1 0 0.7844 0.2116 0.0040 1 0 0.7684 0.2263 0.0053
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.100 1 -3 2 967 301 666 114 3 45 9 130 0 0 665 1 0 0.3787 0.0000 0.0015 5.667 0.23 3.06 -2.83 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0043 0.3735 0.6222 1 2 0.0052 0.3714 0.6234 1 2 0.0065 0.3699 0.6235
chr20 47238822 T TTGC 0.002509 0.100 1 3 4 530 183 347 86 3 20 0 74 0 0 347 0 0 0.4699 0.0000 0.0000 8.579 0.53 3.04 -2.51 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6748 0.3251 0.0001 1 0 0.6751 0.3248 0.0001 1 0 0.6747 0.3252 0.0001
chr20 47651092 ACAG A 0.342693 0.100 1 -3 2 517 235 282 102 2 34 5 92 0 0 282 0 0 0.4340 0.0000 0.0000 5.912 0.48 3.27 -2.79 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3141 0.6443 0.0415 1 1 0.3232 0.6318 0.0451 1 1 0.3341 0.6159 0.0500
chr20 58854641 C CTGACGCCCCAGCCGATCCCGACTCCGGGGCGGCCCG 0.009401 0.100 1 36 4 711 139 572 61 7 16 4 51 0 1 571 0 0 0.4388 0.0000 0.0017 7.438 0.82 2.78 -1.96 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6720 0.3275 0.0004 1 0 0.6707 0.3288 0.0005 1 0 0.6683 0.3311 0.0006
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.100 1 -6 2 190 40 150 0 0 5 0 35 0 0 147 0 3 0.0000 0.0000 0.0200 7.000 6.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0009 0.9991
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.100 1 -1 1 298 141 157 0 0 2 1 138 0 0 157 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 69.000 1.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.100 1 6 4 757 171 586 85 0 3 0 83 0 0 579 0 7 0.4971 0.0000 0.0119 56.000 0.21 5.27 -5.05 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0855 0.6751 0.2394 1 1 0.0913 0.6627 0.2460 1 1 0.0991 0.6468 0.2541
chr21 33488442 CAATTA C 0.224085 0.100 1 -5 2 654 164 490 79 0 9 0 76 0 0 487 0 3 0.4817 0.0000 0.0061 17.222 0.09 5.09 -5.00 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2447 0.6846 0.0707 1 1 0.2547 0.6718 0.0736 1 1 0.2674 0.6553 0.0772
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.100 1 3 2 200 103 97 0 0 6 2 95 0 0 97 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 16.000 3.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0053 0.9947 2 2 0.0000 0.0059 0.9941 2 2 0.0000 0.0067 0.9933
chr21 41179506 G GGGGTGAGTGAGGGTGTCCAGGGTGAGGAGTGAGGGTGTCA 0.029913 0.100 1 40 1 955 229 726 9 1 136 2 81 3 4 655 11 53 0.0393 0.0041 0.0978 0.676 1.67 2.67 -1.00 3 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9971 0.0029
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.100 1 1 2 341 56 285 0 1 2 0 53 0 0 285 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 26.500 2.98 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.100 1 2 2 1150 198 952 98 2 4 9 85 0 1 944 1 6 0.4949 0.0000 0.0084 63.667 0.68 3.34 -2.66 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1012 0.7295 0.1694 1 1 0.1065 0.7145 0.1790 1 1 0.1134 0.6950 0.1916
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.100 1 -2 2 1149 198 951 99 2 4 11 82 1 0 942 2 6 0.5000 0.0011 0.0095 96.000 0.68 3.55 -2.87 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1167 0.7369 0.1464 1 1 0.1223 0.7219 0.1558 1 1 0.1294 0.7024 0.1682
chr21 44550876 ACTTGCAGCAGACAGG A 0.204309 0.100 1 -15 2 662 127 535 62 1 23 0 41 22 8 493 4 8 0.4882 0.0411 0.0785 4.478 1.29 14.46 -13.17 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9623 0.0376 0.0001 1 0 0.9582 0.0417 0.0001 1 0 0.9520 0.0479 0.0001
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.100 1 -15 2 562 97 465 8 1 12 1 75 0 0 463 0 2 0.0825 0.0000 0.0043 6.917 0.88 12.59 -11.71 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9914 0.0086 2 1 0.0000 0.8075 0.1925
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.100 1 -15 2 567 100 467 6 0 12 4 78 0 0 467 0 0 0.0600 0.0000 0.0000 8.000 1.17 12.03 -10.86 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9808 0.0192 2 1 0.0000 0.8192 0.1808
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.100 1 -9 7 332 149 183 0 1 12 1 135 0 1 182 0 0 0.0000 0.0000 0.0055 11.417 7.79 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr21 46302071 A ATGG 0.319174 0.100 1 3 1 504 182 322 78 3 26 2 73 0 0 318 0 4 0.4286 0.0000 0.0124 5.962 0.23 3.18 -2.95 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2603 0.6629 0.0768 1 1 0.2687 0.6506 0.0807 1 1 0.2791 0.6350 0.0858
chr21 46334557 G GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA 0.014382 0.100 1 39 1 711 228 483 49 4 103 7 65 0 0 483 0 0 0.2149 0.0000 0.0000 1.184 0.31 2.23 -1.92 25 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0708 0.8829 0.0464 1 1 0.0791 0.8761 0.0448 1 1 0.0913 0.8661 0.0426
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.100 1 -3 3 195 87 108 76 1 5 0 5 0 0 107 0 1 0.8736 0.0000 0.0093 16.200 0.29 3.00 -2.71 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1985 0.8015 0.0000 0 0 0.7373 0.2627 0.0000
chr22 26433967 CACA C 0.000180 0.100 1 -3 3 745 183 562 106 1 2 1 73 0 0 560 0 2 0.5792 0.0000 0.0036 90.500 0.30 3.04 -2.74 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8979 0.1021 0.0000 1 0 0.8932 0.1068 0.0000 1 0 0.8862 0.1138 0.0000
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.100 1 -21 3 799 167 632 0 0 52 0 115 0 0 623 1 8 0.0000 0.0000 0.0142 2.212 14.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr22 27798945 T TTGC 0.161044 0.100 1 3 1 1565 487 1078 211 19 107 6 144 0 1 1076 0 1 0.4333 0.0000 0.0019 3.575 0.71 3.13 -2.42 43 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9974 0.0026 0.0000 1 0 0.9969 0.0031 0.0000 1 0 0.9961 0.0039 0.0000
chr22 29441577 TTCC T 0.403493 0.100 1 -3 1 744 206 538 109 2 4 0 91 0 0 537 0 1 0.5291 0.0000 0.0019 50.500 0.30 3.91 -3.61 77 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5862 0.4046 0.0092 1 0 0.5859 0.4034 0.0106 1 0 0.5844 0.4028 0.0128
chr22 29489869 AGCTAAGTCCCCAGAGAAG A 0.006299 0.100 1 -18 2 1458 451 1007 346 3 31 3 68 3 0 1000 2 2 0.7672 0.0030 0.0070 13.933 1.83 4.41 -2.59 186 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.100 1 -2 3 672 204 468 112 2 7 0 83 0 0 464 0 4 0.5490 0.0000 0.0085 28.143 0.45 2.11 -1.66 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7329 0.2638 0.0033 1 0 0.7268 0.2692 0.0040 1 0 0.7176 0.2772 0.0052
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.100 1 -21 6 497 90 407 8 0 2 0 80 0 0 407 0 0 0.0889 0.0000 0.0000 44.000 0.88 11.64 -10.76 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9864 0.0136 2 1 0.0000 0.7343 0.2657
chr22 37723747 TCAA T 0.430493 0.100 1 -3 1 927 315 612 151 2 10 3 149 0 0 605 1 6 0.4794 0.0000 0.0114 30.200 1.08 3.62 -2.54 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0557 0.8072 0.1371 1 1 0.0626 0.7902 0.1472 1 1 0.0724 0.7673 0.1603
chr22 38087167 A ACATGGAGGT 0.087531 0.100 1 9 5 340 156 184 63 1 25 2 65 0 0 179 0 5 0.4038 0.0000 0.0272 5.200 0.17 7.62 -7.44 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1688 0.7589 0.0723 1 1 0.1799 0.7473 0.0727 1 1 0.1950 0.7320 0.0730
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.100 1 -3 3 220 111 109 98 1 7 1 4 0 0 108 0 1 0.8829 0.0000 0.0092 14.857 0.19 6.25 -6.06 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0020 0.9980 0.0000 0 1 0.4264 0.5736 0.0000 0 0 0.8637 0.1363 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.100 1 3 3 319 120 199 0 0 3 0 117 0 0 193 0 6 0.0000 0.0000 0.0302 39.000 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0008 0.9992 2 2 0.0000 0.0009 0.9991 2 2 0.0000 0.0011 0.9989
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.100 1 -3 1 509 170 339 84 1 16 4 65 0 0 337 0 2 0.4941 0.0000 0.0059 9.625 0.15 3.08 -2.92 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5768 0.4115 0.0118 1 0 0.5770 0.4098 0.0131 1 0 0.5764 0.4085 0.0151
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.100 1 1 3 1697 413 1284 394 0 7 0 12 5 0 1276 0 3 0.9540 0.0039 0.0062 58.000 3.56 9.67 -6.11 132 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9922 0.0078 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 50547999 GCCCCAACCCCAGCCGCATCCCCTGCCCCAGCCCCCACCTCAGCCCCAA G 0.207510 0.100 1 -48 1 1078 239 839 134 0 30 1 74 1 1 792 0 45 0.5607 0.0012 0.0560 6.967 0.55 19.50 -18.95 10 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5212 0.4730 0.0057 1 0 0.5292 0.4643 0.0066 1 0 0.5380 0.4541 0.0079
650 rows