File Info

Filename
HG02330_x_HG02497_FF_5.features.tsv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/3b/67bd0522b93ab96c7d8e48e2d38e2d/HG02330_x_HG02497_FF_5.features.tsv
Size
167.4 KB
Task
EMIT_ALPHA_FEATURES (HG02330_x_HG02497_FF_5)
Attempt

Content

View in new tab
chrom pos ref alt p_pop ff is_indel indel_len hp_len n_total n_span n_flank span_strong_ref span_weak_ref span_mid span_weak_alt span_strong_alt flank_strong_ref flank_weak_ref flank_mid flank_weak_alt flank_strong_alt frac_span_strong_ref frac_flank_strong_ref frac_flank_informative bimodality_ratio nm_strong_ref nm_strong_alt nm_elevation sr_strand_imbalance baseline_mat_gt baseline_fet_gt truth_mat_gt truth_fet_gt status a0.012_gm a0.012_gf a0.012_gf_post0 a0.012_gf_post1 a0.012_gf_post2 a0.05_gm a0.05_gf a0.05_gf_post0 a0.05_gf_post1 a0.05_gf_post2 a0.1_gm a0.1_gf a0.1_gf_post0 a0.1_gf_post1 a0.1_gf_post2
chr1 1180170 AC A 0.000106 0.050 1 -1 2 396 96 300 48 2 4 0 42 0 0 299 0 1 0.5000 0.0000 0.0033 22.750 0.50 1.36 -0.86 18 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5554 0.4445 0.0000 1 0 0.5544 0.4456 0.0000 1 0 0.5528 0.4472 0.0000
chr1 1641723 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 349 137 212 126 1 9 0 1 0 0 212 0 0 0.9197 0.0000 0.0000 14.222 0.52 9.00 -8.48 34 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8268 0.1732 0.0000 0 0 0.9216 0.0784 0.0000 0 0 0.9354 0.0646 0.0000
chr1 1708855 TTCCTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 402 176 226 155 0 11 0 10 0 0 226 0 0 0.8807 0.0000 0.0000 15.000 0.79 8.60 -7.81 63 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0544 0.9456 0.0000 0 1 0.4999 0.5001 0.0000
chr1 1752908 CCCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 393 153 240 124 2 20 1 6 0 0 240 0 0 0.8105 0.0000 0.0000 6.650 0.31 3.17 -2.85 56 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1753 0.8247 0.0000 0 0 0.6047 0.3953 0.0000
chr1 1968667 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 301 130 171 123 0 0 0 7 0 0 171 0 0 0.9462 0.0000 0.0000 130.000 0.38 3.29 -2.90 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.1623 0.8377 0.0000 0 0 0.5860 0.4140 0.0000
chr1 2192906 T TTTG 0.500000 0.050 1 3 4 128 47 81 30 0 2 0 15 0 0 78 0 3 0.6383 0.0000 0.0370 22.500 0.40 2.93 -2.53 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4037 0.4730 0.1232 1 1 0.3979 0.4749 0.1272 1 1 0.3902 0.4773 0.1324
chr1 6469122 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 798 254 544 189 2 42 0 21 0 0 544 0 0 0.7441 0.0000 0.0000 5.024 0.22 3.05 -2.83 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0380 0.9620 0.0000
chr1 11650722 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 449 91 358 37 2 6 0 46 0 0 355 0 3 0.4066 0.0000 0.0084 14.167 0.27 3.57 -3.29 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1385 0.4991 0.3624 1 1 0.1423 0.4991 0.3587 1 1 0.1473 0.4991 0.3536
chr1 12879725 C CG 0.500000 0.050 1 1 3 745 237 508 120 0 16 2 99 0 0 508 0 0 0.5063 0.0000 0.0000 13.750 0.26 2.33 -2.08 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4645 0.4669 0.0685 1 1 0.4586 0.4686 0.0728 1 1 0.4503 0.4709 0.0788
chr1 13779899 A ACTC 0.500000 0.050 1 3 2 923 156 767 75 0 11 0 70 0 0 764 0 3 0.4808 0.0000 0.0039 13.182 0.65 3.14 -2.49 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2506 0.5439 0.2056 1 1 0.2515 0.5406 0.2079 1 1 0.2526 0.5364 0.2110
chr1 16400810 G GCTT 0.500000 0.050 1 3 2 258 103 155 94 0 7 0 2 0 0 155 0 0 0.9126 0.0000 0.0000 13.714 0.27 4.50 -4.23 22 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2892 0.7108 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000 0 0 0.8191 0.1809 0.0000
chr1 16539275 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 394 50 344 5 0 1 0 44 0 0 344 0 0 0.1000 0.0000 0.0000 49.000 0.20 1.41 -1.21 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9991 0.0009 2 1 0.0000 0.9041 0.0959 2 1 0.0000 0.6899 0.3101
chr1 16759500 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 1619 313 1306 252 15 30 0 16 0 0 1306 0 0 0.8051 0.0000 0.0000 9.276 1.47 2.19 -0.72 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0171 0.9829 0.0000 0 0 0.6116 0.3884 0.0000
chr1 21474942 TGTCTCCCAG T 0.500000 0.050 1 -9 1 120 53 67 4 0 0 0 49 0 0 66 0 1 0.0755 0.0000 0.0149 53.000 1.25 8.78 -7.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9949 0.0051 2 1 0.0000 0.8082 0.1918 2 1 0.0000 0.5715 0.4285
chr1 26364795 CCCACCGAGCGCTGGGGTGCCCCAG C 0.500000 0.050 1 -24 1 560 131 429 80 1 1 0 49 0 0 418 0 11 0.6107 0.0000 0.0256 129.000 0.71 19.92 -19.21 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5030 0.4314 0.0656 1 0 0.4947 0.4355 0.0698 1 0 0.4834 0.4409 0.0756
chr1 27548841 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 722 154 568 127 0 20 1 6 0 1 567 0 0 0.8247 0.0000 0.0018 6.650 0.53 3.00 -2.47 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0012 0.9988 0.0000 0 1 0.2696 0.7304 0.0000 0 0 0.6721 0.3279 0.0000
chr1 30908522 GCGGCCCCGGCCCCGGCGC G 0.500000 0.050 1 -18 2 125 63 62 37 0 6 0 20 1 0 61 0 0 0.5873 0.0161 0.0161 11.400 1.35 14.25 -12.90 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4812 0.4340 0.0849 1 0 0.4726 0.4383 0.0891 1 0 0.4611 0.4439 0.0950
chr1 31433042 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 1 342 127 215 70 0 7 0 50 0 0 212 0 3 0.5512 0.0000 0.0140 17.143 0.11 2.82 -2.71 24 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4543 0.4596 0.0861 1 1 0.4475 0.4622 0.0904 1 1 0.4382 0.4655 0.0963
chr1 35114681 GATA G 0.500000 0.050 1 -3 1 816 194 622 98 0 4 0 92 0 0 620 0 2 0.5052 0.0000 0.0032 63.333 0.14 3.25 -3.11 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2606 0.5548 0.1846 1 1 0.2615 0.5507 0.1878 1 1 0.2626 0.5455 0.1919
chr1 47438996 T TCCGCAC 0.500000 0.050 1 6 1 620 151 469 63 1 24 0 63 0 0 469 0 0 0.4172 0.0000 0.0000 5.292 1.33 5.89 -4.56 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2397 0.5385 0.2218 1 1 0.2408 0.5356 0.2235 1 1 0.2423 0.5320 0.2257
chr1 51840391 ATCT A 0.500000 0.050 1 -3 1 263 98 165 77 2 7 0 12 0 0 165 0 0 0.7857 0.0000 0.0000 12.857 0.10 2.83 -2.73 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.0715 0.9285 0.0000
chr1 52033398 CGCCCGCCACCTGAGGTCCCGCGATCGG C 0.500000 0.050 1 -27 1 660 162 498 92 0 6 1 63 0 0 485 0 13 0.5679 0.0000 0.0261 26.000 0.15 20.98 -20.83 22 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4170 0.4884 0.0946 1 1 0.4121 0.4889 0.0990 1 1 0.4054 0.4896 0.1050
chr1 55039879 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 2 1033 245 788 113 2 28 3 99 0 0 786 0 2 0.4612 0.0000 0.0025 7.750 0.27 3.20 -2.93 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3520 0.5308 0.1172 1 1 0.3500 0.5283 0.1216 1 1 0.3472 0.5253 0.1275
chr1 55214867 G GGCC 0.500000 0.050 1 3 4 228 86 142 71 1 9 0 5 0 0 142 0 0 0.8256 0.0000 0.0000 8.556 0.66 3.20 -2.54 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.1732 0.8268 0.0000 0 1 0.4671 0.5329 0.0000
chr1 76868607 G GCAGCAA 0.500000 0.050 1 6 1 276 95 181 80 3 6 0 6 0 0 181 0 0 0.8421 0.0000 0.0000 14.833 0.50 4.83 -4.33 12 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.1222 0.8778 0.0000 0 1 0.4376 0.5624 0.0000
chr1 77558660 C CTAT 0.500000 0.050 1 3 1 152 81 71 37 0 2 0 42 0 0 71 0 0 0.4568 0.0000 0.0000 39.500 0.59 3.69 -3.10 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1832 0.5166 0.3003 1 1 0.1858 0.5153 0.2989 1 1 0.1893 0.5137 0.2970
chr1 84574315 C CGCAGCGCCA 0.500000 0.050 1 9 2 478 203 275 150 0 49 1 3 0 0 275 0 0 0.7389 0.0000 0.0000 3.143 0.37 9.33 -8.96 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1686 0.8314 0.0000 0 0 0.7960 0.2040 0.0000 0 0 0.9043 0.0957 0.0000
chr1 84574315 CGCAGCGCCA C 0.500000 0.050 1 -9 2 478 213 265 168 1 40 0 4 0 0 265 0 0 0.7887 0.0000 0.0000 4.325 0.35 9.00 -8.65 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0930 0.9070 0.0000 0 0 0.8170 0.1830 0.0000 0 0 0.9285 0.0715 0.0000
chr1 86580213 TCCTACA T 0.500000 0.050 1 -6 1 481 154 327 85 1 9 0 59 0 0 325 0 2 0.5519 0.0000 0.0061 16.111 0.24 4.93 -4.70 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5618 0.3907 0.0474 1 0 0.5517 0.3970 0.0512 1 0 0.5381 0.4053 0.0566
chr1 92074651 C CCAT 0.500000 0.050 1 3 1 616 98 518 76 4 16 0 2 0 0 517 0 1 0.7755 0.0000 0.0019 5.125 0.95 4.00 -3.05 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0531 0.9469 0.0000 0 1 0.4923 0.5077 0.0000 0 0 0.6905 0.3095 0.0000
chr1 92182085 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 750 179 571 172 0 3 0 4 0 0 571 0 0 0.9609 0.0000 0.0000 58.667 0.48 3.25 -2.77 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0996 0.9004 0.0000 0 0 0.8278 0.1722 0.0000 0 0 0.9332 0.0668 0.0000
chr1 100152449 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 139 51 88 22 0 3 0 26 0 0 87 0 1 0.4314 0.0000 0.0114 16.000 0.41 3.12 -2.71 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1866 0.5074 0.3060 1 1 0.1891 0.5068 0.3041 1 1 0.1923 0.5061 0.3016
chr1 108922543 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 171 73 98 39 0 2 1 31 0 0 97 0 1 0.5342 0.0000 0.0102 35.500 0.03 3.58 -3.56 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3172 0.5104 0.1724 1 1 0.3151 0.5096 0.1753 1 1 0.3122 0.5086 0.1791
chr1 109250113 A ACGC 0.500000 0.050 1 3 2 438 124 314 3 1 14 1 105 0 0 311 0 3 0.0242 0.0000 0.0096 7.857 0.00 3.18 -3.18 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9227 0.0773 2 2 0.0000 0.3935 0.6065 2 2 0.0000 0.2127 0.7873
chr1 111319160 A ATGCCCCTCAGGAAG 0.500000 0.050 1 14 3 414 112 302 63 0 13 0 36 0 0 291 0 11 0.5625 0.0000 0.0364 7.615 1.29 10.25 -8.96 23 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4459 0.4625 0.0916 1 1 0.4392 0.4649 0.0959 1 1 0.4302 0.4680 0.1018
chr1 111414879 CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG C 0.500000 0.050 1 -24 3 812 156 656 0 0 11 5 140 0 0 652 0 4 0.0000 0.0000 0.0061 13.182 11.17 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0226 0.9774 2 2 0.0000 0.0243 0.9757 2 2 0.0000 0.0269 0.9731
chr1 111414925 GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA G 0.500000 0.050 1 -45 4 832 188 644 99 12 2 7 68 0 0 644 0 0 0.5266 0.0000 0.0000 92.500 12.30 3.96 8.35 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6773 0.3013 0.0214 1 0 0.6651 0.3109 0.0240 1 0 0.6483 0.3238 0.0279
chr1 116579663 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 1 637 188 449 1 11 38 15 123 0 0 449 0 0 0.0053 0.0000 0.0000 4.531 2.00 3.52 -1.52 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9776 0.0224 2 1 0.0000 0.7293 0.2707 2 2 0.0000 0.4011 0.5989
chr1 120436638 AAG A 0.500000 0.050 1 -2 3 326 115 211 1 44 12 0 58 0 0 211 0 0 0.0087 0.0000 0.0000 6.083 2.00 2.03 -0.03 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0608 0.4022 0.5370 1 2 0.0649 0.4082 0.5269 1 2 0.0706 0.4161 0.5133
chr1 150226707 CTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 189 77 112 69 0 4 0 4 0 0 112 0 0 0.8961 0.0000 0.0000 18.250 0.64 6.50 -5.86 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0082 0.9918 0.0000 0 1 0.2749 0.7251 0.0000 0 0 0.5418 0.4582 0.0000
chr1 152156589 GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA G 0.500000 0.050 1 -36 1 1179 259 920 143 0 37 0 79 0 0 911 0 9 0.5521 0.0000 0.0098 6.000 0.57 4.67 -4.10 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8475 0.1487 0.0037 1 0 0.8360 0.1595 0.0045 1 0 0.8195 0.1746 0.0058
chr1 152223252 AT A 0.500000 0.050 1 -1 1 250 97 153 1 0 13 7 76 0 0 153 0 0 0.0103 0.0000 0.0000 5.923 4.00 1.55 2.45 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3823 0.6177 2 2 0.0000 0.2029 0.7971 2 2 0.0000 0.1676 0.8324
chr1 152515515 G GGGCTGCTGCGGCGACTCA 0.500000 0.050 1 18 4 223 79 144 53 0 24 0 2 0 0 144 0 0 0.6709 0.0000 0.0000 2.292 0.72 10.00 -9.28 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1266 0.8734 0.0000 0 1 0.4928 0.5072 0.0000 0 0 0.6288 0.3712 0.0000
chr1 152709204 C CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 0.500000 0.050 1 18 2 225 72 153 0 0 4 0 68 0 0 135 0 18 0.0000 0.0000 0.1176 17.000 10.35 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1030 0.8970 2 2 0.0000 0.1071 0.8929 2 2 0.0000 0.1129 0.8871
chr1 152776532 C CCAGCTCTGGGGGCTGCTG 0.500000 0.050 1 18 1 782 236 546 113 1 63 0 59 0 0 526 0 20 0.4788 0.0000 0.0366 2.746 0.42 10.31 -9.89 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6755 0.3032 0.0212 1 0 0.6635 0.3127 0.0238 1 0 0.6469 0.3255 0.0277
chr1 152985344 GGAGCCCTGCCACCCCAAGGTGCCT G 0.500000 0.050 1 -24 2 501 221 280 185 3 28 0 5 0 0 280 0 0 0.8371 0.0000 0.0000 6.893 1.79 16.40 -14.61 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0313 0.9687 0.0000 0 0 0.7853 0.2147 0.0000 0 0 0.9339 0.0661 0.0000
chr1 153261012 C CGGCGGT 0.500000 0.050 1 6 2 716 187 529 88 1 26 2 70 0 0 520 0 9 0.4706 0.0000 0.0170 6.667 1.50 5.73 -4.23 66 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3259 0.5311 0.1430 1 1 0.3243 0.5288 0.1469 1 1 0.3221 0.5258 0.1521
chr1 153261515 A ACTCTGGCGGCGG 0.500000 0.050 1 12 1 1210 298 912 8 0 62 4 224 1 1 851 3 56 0.0268 0.0011 0.0669 3.836 3.12 10.37 -7.25 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 2 0.0000 0.3269 0.6731 2 2 0.0000 0.0363 0.9637
chr1 153934802 CCTGCTGCTG C 0.500000 0.050 1 -9 1 547 239 308 213 2 18 1 5 0 0 308 0 0 0.8912 0.0000 0.0000 13.750 0.43 7.80 -7.37 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0138 0.9862 0.0000 0 0 0.7844 0.2156 0.0000 0 0 0.9483 0.0517 0.0000
chr1 156384556 T TCC 0.500000 0.050 1 2 1 214 78 136 67 1 4 0 6 0 0 136 0 0 0.8590 0.0000 0.0000 18.500 1.64 2.33 -0.69 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.0886 0.9114 0.0000 0 1 0.3540 0.6460 0.0000
chr1 156595257 A AAC 0.500000 0.050 1 2 4 775 227 548 0 0 5 0 222 0 0 546 0 2 0.0000 0.0000 0.0036 44.400 2.31 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0036 0.9964 2 2 0.0000 0.0040 0.9960 2 2 0.0000 0.0046 0.9954
chr1 159432794 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 1757 368 1389 0 0 7 0 361 0 0 1384 0 5 0.0000 0.0000 0.0036 51.571 1.48 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr1 171193412 T TGAC 0.500000 0.050 1 3 1 144 68 76 46 0 0 0 22 0 0 75 0 1 0.6765 0.0000 0.0132 68.000 0.15 4.09 -3.94 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5553 0.3876 0.0571 1 0 0.5444 0.3944 0.0611 1 0 0.5298 0.4034 0.0668
chr1 171196663 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 174 61 113 31 0 0 0 30 0 0 113 0 0 0.5082 0.0000 0.0000 61.000 0.16 1.23 -1.07 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2529 0.5183 0.2288 1 1 0.2532 0.5169 0.2299 1 1 0.2535 0.5152 0.2313
chr1 179534757 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 196 79 117 72 0 5 0 2 0 0 117 0 0 0.9114 0.0000 0.0000 14.800 0.33 3.00 -2.67 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1895 0.8105 0.0000 0 0 0.6082 0.3918 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000
chr1 179534890 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 4 192 62 130 26 1 8 1 26 0 0 129 0 1 0.4194 0.0000 0.0077 6.625 0.23 4.69 -4.46 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2278 0.5162 0.2559 1 1 0.2290 0.5150 0.2560 1 1 0.2304 0.5135 0.2561
chr1 209432291 T TAGCAGC 0.500000 0.050 1 6 1 509 228 281 94 0 55 0 79 0 0 280 0 1 0.4123 0.0000 0.0036 3.204 0.71 5.80 -5.08 64 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3977 0.4997 0.1026 1 1 0.3935 0.4995 0.1069 1 1 0.3878 0.4993 0.1129
chr1 209432291 TAGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 509 233 276 169 9 41 0 14 0 0 276 0 0 0.7253 0.0000 0.0000 4.683 2.80 3.14 -0.34 95 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0070 0.9930 0.0000 0 1 0.2814 0.7186 0.0000
chr1 225519331 ATCCAGGCGTTCCTGCCGC A 0.500000 0.050 1 -18 1 482 143 339 52 0 54 0 37 0 0 335 0 4 0.3636 0.0000 0.0118 1.648 0.21 12.84 -12.63 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3791 0.4931 0.1278 1 1 0.3748 0.4935 0.1317 1 1 0.3689 0.4941 0.1370
chr1 226737174 ACTGCCGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 620 123 497 2 0 8 1 112 0 0 491 0 6 0.0163 0.0000 0.0121 14.375 1.00 8.87 -7.87 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5673 0.4327 2 2 0.0000 0.1681 0.8319 2 2 0.0000 0.1082 0.8918
chr1 228409077 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 569 132 437 119 1 8 0 4 0 0 437 0 0 0.9015 0.0000 0.0000 15.375 0.35 1.00 -0.65 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0329 0.9671 0.0000 0 0 0.5755 0.4245 0.0000 0 0 0.8011 0.1989 0.0000
chr1 236736599 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 250 118 132 73 0 6 0 39 0 0 132 0 0 0.6186 0.0000 0.0000 18.667 0.16 1.08 -0.91 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6841 0.2922 0.0237 1 0 0.6709 0.3026 0.0265 1 0 0.6529 0.3165 0.0306
chr1 240092268 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 617 161 456 0 0 16 1 144 0 0 454 1 1 0.0000 0.0000 0.0044 9.062 3.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0287 0.9713
chr1 240092723 T TGCA 0.500000 0.050 1 3 2 724 166 558 118 9 34 0 5 0 0 558 0 0 0.7108 0.0000 0.0000 3.853 0.43 3.40 -2.97 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0069 0.9931 0.0000 0 1 0.4477 0.5523 0.0000 0 0 0.7655 0.2345 0.0000
chr1 247815239 AAGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 718 219 499 107 1 6 0 105 0 0 498 0 1 0.4886 0.0000 0.0020 35.500 0.98 3.19 -2.21 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2396 0.5638 0.1966 1 1 0.2414 0.5590 0.1996 1 1 0.2435 0.5530 0.2034
chr1 248361985 CTACG C 0.500000 0.050 1 -4 2 1315 338 977 185 0 8 0 145 0 0 964 0 13 0.5473 0.0000 0.0133 41.250 0.30 6.63 -6.32 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5348 0.4281 0.0371 1 0 0.5282 0.4312 0.0406 1 0 0.5188 0.4356 0.0456
chr1 248362336 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 1115 260 855 143 0 0 1 116 0 0 854 0 1 0.5500 0.0000 0.0012 260.000 2.87 1.28 1.58 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5309 0.4243 0.0448 1 0 0.5233 0.4282 0.0486 1 0 0.5127 0.4333 0.0539
chr1 248441153 CAT C 0.500000 0.050 1 -2 1 810 300 510 285 0 9 0 6 0 0 510 0 0 0.9500 0.0000 0.0000 32.333 0.69 5.00 -4.31 211 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0681 0.9319 0.0000 0 0 0.9536 0.0464 0.0000 0 0 0.9901 0.0099 0.0000
chr1 248441258 T TTC 0.500000 0.050 1 2 1 948 71 877 5 0 10 2 54 0 0 864 0 13 0.0704 0.0000 0.0148 6.100 2.60 2.33 0.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9984 0.0016 2 1 0.0000 0.8371 0.1629 2 1 0.0000 0.5508 0.4492
chr1 248442053 C CT 0.500000 0.050 1 1 2 1120 343 777 229 0 8 0 106 0 0 777 0 0 0.6676 0.0000 0.0000 41.875 1.53 4.34 -2.81 81 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9932 0.0068 0.0000 1 0 0.9916 0.0084 0.0000 1 0 0.9891 0.0109 0.0000
chr1 248473493 C CCCTCCTCAT 0.500000 0.050 1 9 1 684 116 568 68 1 12 0 35 0 0 565 0 3 0.5862 0.0000 0.0053 8.667 0.51 8.54 -8.03 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6498 0.3199 0.0303 1 0 0.6371 0.3295 0.0335 1 0 0.6198 0.3422 0.0380
chr1 248638643 TCAGCACG T 0.500000 0.050 1 -7 1 525 222 303 13 0 10 0 199 0 0 297 0 6 0.0586 0.0000 0.0198 21.200 1.00 6.76 -5.76 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9741 0.0259 2 2 0.0000 0.4792 0.5208
chr1 248650349 CAGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 1641 349 1292 329 0 10 0 10 0 0 1292 0 0 0.9427 0.0000 0.0000 33.900 0.41 3.90 -3.49 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.8082 0.1918 0.0000 0 0 0.9848 0.0152 0.0000
chr2 1942998 TTCC T 0.015778 0.050 1 -3 1 353 59 294 47 0 8 0 4 0 0 294 0 0 0.7966 0.0000 0.0000 6.375 0.49 3.25 -2.76 31 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2295 0.7705 0.0000 0 0 0.9322 0.0678 0.0000 0 0 0.9775 0.0225 0.0000
chr2 20667362 G GGGCGGCGGC 0.698820 0.050 1 9 5 440 148 292 0 0 21 2 125 0 0 281 0 11 0.0000 0.0000 0.0377 6.048 8.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0141 0.9859 2 2 0.0000 0.0155 0.9845
chr2 25161587 C CGCCGCTGCT 0.060759 0.050 1 9 1 631 149 482 60 0 20 0 69 0 0 477 0 5 0.4027 0.0000 0.0104 6.450 0.45 7.64 -7.19 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2657 0.6657 0.0686 1 1 0.2736 0.6594 0.0670 1 1 0.2842 0.6510 0.0649
chr2 26254257 G GACT 0.500000 0.050 1 3 1 219 56 163 0 0 2 0 54 0 0 163 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 27.000 3.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2044 0.7956 2 2 0.0000 0.2089 0.7911 2 2 0.0000 0.2151 0.7849
chr2 26453335 CAGGCGAGCATGGAGA C 0.500000 0.050 1 -15 1 264 113 151 76 0 5 0 32 0 0 148 0 3 0.6726 0.0000 0.0199 21.600 0.11 14.75 -14.64 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7581 0.2287 0.0132 1 0 0.7445 0.2404 0.0151 1 0 0.7256 0.2563 0.0181
chr2 27581795 CCATCACAGTCCCTCTGAGAGAAGA C 0.500000 0.050 1 -24 1 1331 339 992 159 12 43 6 119 33 30 917 7 5 0.4690 0.0333 0.0756 6.698 1.62 4.55 -2.94 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9734 0.0265 0.0001 1 0 0.9693 0.0306 0.0001 1 0 0.9627 0.0371 0.0002
chr2 29065060 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 1 741 153 588 70 0 16 1 66 0 0 583 0 5 0.4575 0.0000 0.0085 8.500 0.26 3.11 -2.85 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2086 0.5422 0.2492 1 1 0.2108 0.5390 0.2502 1 1 0.2137 0.5350 0.2513
chr2 39769817 ATTC A 0.500000 0.050 1 -3 3 446 111 335 53 0 9 1 48 0 0 333 0 2 0.4775 0.0000 0.0060 11.222 0.25 3.17 -2.92 35 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2604 0.5301 0.2095 1 1 0.2607 0.5279 0.2115 1 1 0.2610 0.5250 0.2140
chr2 54255566 GGGGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 656 92 564 19 1 13 1 58 4 0 557 0 3 0.2065 0.0071 0.0124 6.583 3.05 6.50 -3.45 11 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0167 0.2466 0.7367 1 2 0.0190 0.2582 0.7228 1 2 0.0224 0.2740 0.7036
chr2 65071512 GAAC G 0.500000 0.050 1 -3 1 727 194 533 7 0 8 0 179 0 0 529 0 4 0.0361 0.0000 0.0075 26.571 0.00 3.26 -3.26 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.5439 0.4561 2 2 0.0000 0.1452 0.8548
chr2 69514621 CTGT C 0.500000 0.050 1 -3 1 450 199 251 94 1 14 0 90 0 0 248 0 3 0.4724 0.0000 0.0120 13.143 0.52 3.26 -2.73 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2424 0.5560 0.2016 1 1 0.2439 0.5518 0.2043 1 1 0.2458 0.5465 0.2077
chr2 72956998 CT C 0.500000 0.050 1 -1 4 471 188 283 184 0 0 0 4 0 0 283 0 0 0.9787 0.0000 0.0000 188.000 0.15 2.00 -1.85 66 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1318 0.8682 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000 0 0 0.9491 0.0509 0.0000
chr2 73385903 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 700 176 524 0 7 42 123 4 0 0 516 8 0 0.0000 0.0000 0.0153 3.098 2.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1290 0.8710 2 2 0.0000 0.0863 0.9137 2 2 0.0000 0.0737 0.9263
chr2 73385903 TGGAGGA T 0.500000 0.050 1 -6 1 700 177 523 0 3 41 2 131 0 0 514 1 8 0.0000 0.0000 0.0172 3.268 6.24 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1245 0.8755 2 2 0.0000 0.0616 0.9384 2 2 0.0000 0.0512 0.9488
chr2 73448097 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 483 104 379 7 0 6 0 91 0 0 377 0 2 0.0673 0.0000 0.0053 16.333 0.43 3.13 -2.70 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9152 0.0848 2 1 0.0000 0.5917 0.4083
chr2 74415138 A ACGCGGAGGGGCGGGTGGCGCCGCC 0.500000 0.050 1 24 2 930 196 734 93 0 38 1 64 1 0 694 0 39 0.4745 0.0014 0.0545 4.158 0.60 10.75 -10.15 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1272 0.5311 0.3418 1 1 0.1314 0.5286 0.3399 1 1 0.1371 0.5256 0.3373
chr2 85133705 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 5 398 150 248 66 2 10 2 70 0 0 247 0 1 0.4400 0.0000 0.0040 14.000 1.32 3.44 -2.12 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1749 0.5350 0.2902 1 1 0.1780 0.5324 0.2897 1 1 0.1821 0.5290 0.2889
chr2 88627211 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 4 703 186 517 3 0 22 3 158 0 0 515 1 1 0.0161 0.0000 0.0039 7.455 0.33 3.30 -2.96 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6884 0.3116 2 2 0.0000 0.1175 0.8825 2 2 0.0000 0.0578 0.9422
chr2 96115238 CTCCTCCTCT C 0.500000 0.050 1 -9 2 752 210 542 106 0 9 0 95 0 0 542 0 0 0.5048 0.0000 0.0000 22.333 0.55 8.36 -7.81 34 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3544 0.5261 0.1195 1 1 0.3522 0.5240 0.1238 1 1 0.3490 0.5214 0.1296
chr2 110995965 GGTTCTTCAGCGGGGTTTGGTGGCCAGAATTTATTATAAGGTAAAGATACACTGT G 0.500000 0.050 1 -54 3 183 95 88 69 0 1 0 25 0 0 83 0 5 0.7263 0.0000 0.0568 94.000 0.41 26.00 -25.59 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7411 0.2432 0.0157 1 0 0.7274 0.2548 0.0178 1 0 0.7084 0.2705 0.0211
chr2 112074958 CAAT C 0.500000 0.050 1 -3 1 108 39 69 20 0 0 0 19 0 0 69 0 0 0.5128 0.0000 0.0000 39.000 0.05 2.74 -2.69 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2563 0.5116 0.2321 1 1 0.2563 0.5107 0.2330 1 1 0.2562 0.5096 0.2342
chr2 119437075 A AGTGTGC 0.500000 0.050 1 6 1 557 128 429 0 0 0 1 127 0 0 417 0 12 0.0000 0.0000 0.0280 127.000 6.51 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0287 0.9713 2 2 0.0000 0.0308 0.9692 2 2 0.0000 0.0338 0.9662
chr2 130372355 AGACGGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 324 119 205 0 0 23 0 96 0 0 199 0 6 0.0000 0.0000 0.0293 4.174 6.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0712 0.9288 2 2 0.0000 0.0747 0.9253 2 2 0.0000 0.0797 0.9203
chr2 131492343 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 840 246 594 116 1 8 2 119 1 2 588 0 3 0.4715 0.0017 0.0101 29.500 0.61 1.55 -0.94 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1688 0.5674 0.2638 1 1 0.1726 0.5623 0.2651 1 1 0.1775 0.5560 0.2665
chr2 151379531 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 197 50 147 6 1 9 9 25 0 1 145 0 1 0.1200 0.0000 0.0136 3.444 1.33 2.04 -0.71 4 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0073 0.8984 0.0943 2 1 0.0009 0.9542 0.0449 2 1 0.0002 0.8268 0.1731
chr2 159987235 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 235 92 143 89 1 0 0 2 0 0 143 0 0 0.9674 0.0000 0.0000 92.000 0.22 2.00 -1.78 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2779 0.7221 0.0000 0 0 0.7090 0.2910 0.0000 0 0 0.8047 0.1953 0.0000
chr2 168247286 C CGCCGGG 0.500000 0.050 1 6 2 192 82 110 45 0 15 0 22 0 0 108 0 2 0.5488 0.0000 0.0182 4.467 1.24 4.95 -3.71 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5275 0.4064 0.0661 1 0 0.5174 0.4123 0.0703 1 0 0.5040 0.4199 0.0760
chr2 176130574 G GCGCACC 0.500000 0.050 1 6 1 404 85 319 30 0 10 2 43 0 0 319 0 0 0.3529 0.0000 0.0000 7.400 1.10 5.30 -4.20 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1013 0.4612 0.4375 1 1 0.1055 0.4638 0.4307 1 1 0.1112 0.4671 0.4216
chr2 178451007 GGC G 0.500000 0.050 1 -2 1 935 315 620 203 2 6 0 104 0 0 620 0 0 0.6444 0.0000 0.0000 51.333 0.68 4.13 -3.45 101 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9804 0.0196 0.0000 1 0 0.9769 0.0230 0.0001 1 0 0.9715 0.0284 0.0001
chr2 178650214 TTTTCCTCTTCAGGAGCAA T 0.500000 0.050 1 -18 1 362 105 257 89 1 14 0 1 0 0 257 0 0 0.8476 0.0000 0.0000 6.500 0.15 18.00 -17.85 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6530 0.3470 0.0000 0 0 0.8251 0.1749 0.0000 0 0 0.8564 0.1436 0.0000
chr2 184937484 C CACA 0.500000 0.050 1 3 2 708 142 566 71 0 4 0 67 0 0 560 0 6 0.5000 0.0000 0.0106 34.500 0.28 3.87 -3.58 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2061 0.5427 0.2512 1 1 0.2085 0.5394 0.2521 1 1 0.2114 0.5354 0.2532
chr2 186694320 G GCAA 0.500000 0.050 1 3 1 313 121 192 63 1 16 0 41 0 0 192 0 0 0.5207 0.0000 0.0000 6.500 0.25 3.39 -3.14 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5422 0.4005 0.0573 1 0 0.5322 0.4065 0.0613 1 0 0.5187 0.4144 0.0670
chr2 189805813 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 207 63 144 48 6 5 0 4 0 0 144 0 0 0.7619 0.0000 0.0000 13.250 0.29 3.50 -3.21 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0064 0.9936 0.0000 0 1 0.2036 0.7964 0.0000 0 1 0.4425 0.5575 0.0000
chr2 199819526 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 512 101 411 35 20 12 8 26 0 0 408 1 2 0.3465 0.0000 0.0073 6.000 0.86 2.08 -1.22 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4525 0.4544 0.0931 1 1 0.4452 0.4574 0.0974 1 1 0.4355 0.4613 0.1032
chr2 202635418 A AGGC 0.500000 0.050 1 3 1 489 134 355 39 1 42 10 42 0 0 352 2 1 0.2910 0.0000 0.0085 2.308 1.28 5.93 -4.65 1 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.0976 0.4637 0.4387 1 1 0.1019 0.4661 0.4320 1 1 0.1077 0.4691 0.4232
chr2 202635418 A AGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 1 489 134 355 40 1 42 2 49 0 0 352 1 2 0.2985 0.0000 0.0085 2.143 1.25 5.57 -4.32 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1105 0.4783 0.4112 1 1 0.1147 0.4798 0.4056 1 1 0.1203 0.4816 0.3981
chr2 210556728 A ATCT 0.500000 0.050 1 3 1 325 118 207 53 1 5 0 59 0 0 207 0 0 0.4492 0.0000 0.0000 22.400 0.11 3.07 -2.95 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1757 0.5257 0.2986 1 1 0.1787 0.5238 0.2975 1 1 0.1827 0.5213 0.2960
chr2 216633567 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 2 545 155 390 67 1 21 0 66 0 1 388 0 1 0.4323 0.0000 0.0051 6.333 0.57 8.06 -7.49 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2500 0.5404 0.2097 1 1 0.2508 0.5373 0.2118 1 1 0.2519 0.5335 0.2146
chr2 217848163 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 1 811 170 641 72 1 30 2 65 0 1 627 0 13 0.4235 0.0000 0.0218 4.633 2.75 6.78 -4.03 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1636 0.5353 0.3011 1 1 0.1671 0.5326 0.3003 1 1 0.1716 0.5293 0.2991
chr2 230996317 TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T 0.500000 0.050 1 -27 1 607 200 407 115 0 8 1 76 0 0 380 0 27 0.5750 0.0000 0.0663 23.875 0.38 16.11 -15.72 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3527 0.5304 0.1169 1 1 0.3507 0.5280 0.1213 1 1 0.3478 0.5250 0.1272
chr2 232847516 CACA C 0.500000 0.050 1 -3 2 354 165 189 80 1 3 1 80 0 0 187 0 2 0.4848 0.0000 0.0106 54.000 2.81 4.24 -1.42 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2033 0.5487 0.2480 1 1 0.2058 0.5450 0.2491 1 1 0.2090 0.5404 0.2505
chr2 240757423 ATCC A 0.500000 0.050 1 -3 1 377 102 275 0 2 21 5 74 0 0 274 0 1 0.0000 0.0000 0.0036 3.810 3.36 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2744 0.7256 2 2 0.0000 0.2093 0.7907 2 2 0.0000 0.1844 0.8156
chr2 241094358 A ACGGAGTCAC 0.500000 0.050 1 9 2 560 246 314 126 0 19 0 101 0 0 303 0 11 0.5122 0.0000 0.0350 11.947 0.22 8.55 -8.33 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3862 0.5170 0.0967 1 1 0.3833 0.5155 0.1013 1 1 0.3790 0.5136 0.1074
chr2 241096075 CATT C 0.500000 0.050 1 -3 1 580 150 430 79 1 3 2 65 0 0 430 0 0 0.5267 0.0000 0.0000 49.000 0.86 7.45 -6.59 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3944 0.4965 0.1091 1 1 0.3901 0.4965 0.1134 1 1 0.3842 0.4967 0.1192
chr2 241096109 GTCATCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 604 163 441 77 1 8 1 76 0 0 441 0 0 0.4724 0.0000 0.0000 19.375 1.13 7.42 -6.29 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2376 0.5469 0.2155 1 1 0.2390 0.5434 0.2176 1 1 0.2408 0.5389 0.2203
chr2 241223950 TCA T 0.500000 0.050 1 -2 1 442 124 318 61 0 0 1 62 0 0 317 0 1 0.4919 0.0000 0.0031 124.000 0.74 2.42 -1.68 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1985 0.5354 0.2661 1 1 0.2010 0.5328 0.2663 1 1 0.2041 0.5294 0.2665
chr3 9810375 C CGAT 0.880171 0.050 1 3 1 833 230 603 0 0 5 0 225 0 0 596 0 7 0.0000 0.0000 0.0116 45.000 3.53 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr3 12004751 C CGCCCGCGCCGCA 0.186893 0.050 1 12 2 833 203 630 102 0 27 1 73 0 0 612 1 17 0.5025 0.0000 0.0286 6.519 0.37 10.95 -10.57 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4942 0.4644 0.0413 1 0 0.4931 0.4641 0.0429 1 0 0.4912 0.4638 0.0450
chr3 40462027 GTAC G 0.500000 0.050 1 -3 3 576 227 349 120 88 11 0 8 0 2 347 0 0 0.5286 0.0000 0.0057 23.889 2.05 2.75 -0.70 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.4203 0.5797 0.0000 0 0 0.8708 0.1292 0.0000
chr3 40462029 ACTGCTGCTG A 0.500000 0.050 1 -9 1 576 228 348 106 1 30 0 91 0 0 339 0 9 0.4649 0.0000 0.0259 6.600 2.52 9.08 -6.56 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3010 0.5484 0.1506 1 1 0.3007 0.5447 0.1546 1 1 0.3001 0.5401 0.1598
chr3 42210085 C CGGA 0.500000 0.050 1 3 1 678 233 445 12 1 39 5 176 0 0 440 0 5 0.0515 0.0000 0.0112 4.974 0.00 3.01 -3.01 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9833 0.0167 2 1 0.0000 0.5910 0.4090
chr3 42210085 C CGGAGGA 0.500000 0.050 1 6 1 678 233 445 16 0 200 5 12 0 0 441 4 0 0.0687 0.0000 0.0090 0.146 0.75 3.08 -2.33 2 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1527 0.4880 0.3593 1 1 0.1560 0.4888 0.3552 1 1 0.1604 0.4899 0.3497
chr3 44499299 TTC T 0.500000 0.050 1 -2 5 876 237 639 0 0 11 2 224 0 0 629 0 10 0.0000 0.0000 0.0156 20.545 2.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0026 0.9974 2 2 0.0000 0.0030 0.9970 2 2 0.0000 0.0035 0.9965
chr3 46459794 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 285 116 169 0 0 1 0 115 0 0 169 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 115.000 4.52 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0525 0.9475 2 2 0.0000 0.0554 0.9446 2 2 0.0000 0.0597 0.9403
chr3 46709583 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 652 163 489 0 1 17 19 126 0 0 488 0 1 0.0000 0.0000 0.0020 8.471 3.53 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0265 0.9735 2 2 0.0000 0.0283 0.9717 2 2 0.0000 0.0310 0.9690
chr3 49358240 GGCC G 0.500000 0.050 1 -3 3 405 113 292 42 2 21 1 47 0 0 292 0 0 0.3717 0.0000 0.0000 4.381 0.33 3.68 -3.35 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1908 0.5229 0.2863 1 1 0.1933 0.5212 0.2856 1 1 0.1965 0.5190 0.2845
chr3 51993837 TCCTTGG T 0.500000 0.050 1 -6 1 488 170 318 144 1 23 0 2 0 0 318 0 0 0.8471 0.0000 0.0000 6.391 0.24 7.50 -7.26 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5947 0.4053 0.0000 0 0 0.9038 0.0962 0.0000 0 0 0.9389 0.0611 0.0000
chr3 56557250 T TGGGGTAAGCA 0.500000 0.050 1 10 2 166 89 77 2 0 7 0 80 0 0 73 0 4 0.0225 0.0000 0.0519 11.714 0.00 7.84 -7.84 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7598 0.2402 2 2 0.0000 0.3239 0.6761 2 2 0.0000 0.2192 0.7808
chr3 56616023 A ACTT 0.500000 0.050 1 3 1 256 97 159 0 0 3 50 44 0 0 156 1 2 0.0000 0.0000 0.0189 30.667 3.11 0 0/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0830 0.9170 2 2 0.0000 0.0868 0.9132 2 2 0.0000 0.0922 0.9078
chr3 56616026 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 2 255 101 154 1 1 2 43 54 0 0 153 0 1 0.0099 0.0000 0.0065 49.500 1.00 4.09 -3.09 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6148 0.3852 2 2 0.0000 0.2508 0.7492 2 2 0.0000 0.1718 0.8282
chr3 63912697 G GCCC 0.500000 0.050 1 3 1 279 66 213 35 0 1 1 29 0 0 213 0 0 0.5303 0.0000 0.0000 64.000 1.31 3.83 -2.51 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3058 0.5115 0.1827 1 1 0.3040 0.5107 0.1853 1 1 0.3017 0.5096 0.1887
chr3 65439885 T TCTG 0.500000 0.050 1 3 1 331 132 199 43 11 15 4 59 0 0 194 0 5 0.3258 0.0000 0.0251 7.733 0.12 5.69 -5.58 17 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1026 0.4801 0.4173 1 1 0.1069 0.4813 0.4118 1 1 0.1127 0.4829 0.4044
chr3 65439885 T TCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 331 132 199 51 2 23 3 53 0 0 194 0 5 0.3864 0.0000 0.0251 4.864 0.59 5.89 -5.30 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1533 0.5166 0.3301 1 1 0.1568 0.5153 0.3279 1 1 0.1615 0.5137 0.3248
chr3 98169478 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 960 200 760 98 0 1 0 101 0 0 759 0 1 0.4900 0.0000 0.0013 199.000 1.68 1.53 0.15 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1787 0.5560 0.2654 1 1 0.1820 0.5518 0.2662 1 1 0.1863 0.5465 0.2672
chr3 98354747 TA T 0.500000 0.050 1 -1 2 493 133 360 2 0 5 1 125 0 0 360 0 0 0.0150 0.0000 0.0000 25.600 0.50 1.37 -0.87 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5102 0.4898 2 2 0.0000 0.1444 0.8556 2 2 0.0000 0.0929 0.9071
chr3 98391562 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 352 118 234 60 0 3 0 55 0 0 233 0 1 0.5085 0.0000 0.0043 38.333 0.23 1.20 -0.97 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2806 0.5305 0.1889 1 1 0.2802 0.5282 0.1916 1 1 0.2796 0.5253 0.1951
chr3 108757146 G GGGGGATTA 0.500000 0.050 1 8 2 253 124 129 116 0 3 1 4 0 0 129 0 0 0.9355 0.0000 0.0000 40.333 0.62 4.00 -3.38 0 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0215 0.9785 0.0000 0 0 0.5043 0.4957 0.0000 0 0 0.7605 0.2395 0.0000
chr3 112534211 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 113 53 60 6 0 3 2 42 0 0 58 0 2 0.1132 0.0000 0.0333 16.667 0.50 1.24 -0.74 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9449 0.0551 2 1 0.0000 0.7540 0.2460
chr3 113657263 TTGC T 0.500000 0.050 1 -3 1 1183 302 881 5 3 86 14 194 0 0 877 0 4 0.0166 0.0000 0.0045 2.488 0.00 3.11 -3.11 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9743 0.0257 2 2 0.0000 0.2057 0.7943 2 2 0.0000 0.0548 0.9452
chr3 122740443 G GAGA 0.500000 0.050 1 3 3 576 153 423 145 1 4 0 3 0 0 423 0 0 0.9477 0.0000 0.0000 37.250 0.09 3.00 -2.91 87 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2273 0.7727 0.0000 0 0 0.8315 0.1685 0.0000 0 0 0.9156 0.0844 0.0000
chr3 125013575 A AGAGGAGGAGGAGGAAGAG 0.500000 0.050 1 18 2 674 130 544 57 0 25 0 48 0 0 543 0 1 0.4385 0.0000 0.0018 4.200 1.00 8.65 -7.65 11 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3349 0.5133 0.1518 1 1 0.3324 0.5123 0.1554 1 1 0.3290 0.5110 0.1601
chr3 126572375 CCT C 0.500000 0.050 1 -2 4 441 123 318 119 0 1 0 3 0 0 318 0 0 0.9675 0.0000 0.0000 122.000 0.31 2.00 -1.69 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1322 0.8678 0.0000 0 0 0.7213 0.2787 0.0000 0 0 0.8528 0.1472 0.0000
chr3 130096091 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 167 90 77 4 0 0 0 86 0 0 77 0 0 0.0444 0.0000 0.0000 90.000 0.25 2.31 -2.06 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9871 0.0129 2 1 0.0000 0.6333 0.3667 2 2 0.0000 0.3598 0.6402
chr3 150703735 A ACCTCCTCCT 0.500000 0.050 1 9 2 472 80 392 48 0 12 0 20 0 0 387 0 5 0.6000 0.0000 0.0128 5.667 2.27 8.15 -5.88 14 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5552 0.3881 0.0567 1 0 0.5443 0.3949 0.0607 1 0 0.5298 0.4038 0.0664
chr3 169796284 TAAAGG T 0.500000 0.050 1 -5 2 275 104 171 99 0 3 0 2 0 0 171 0 0 0.9519 0.0000 0.0000 33.667 0.17 5.00 -4.83 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3156 0.6844 0.0000 0 0 0.7513 0.2487 0.0000 0 0 0.8361 0.1639 0.0000
chr3 179242978 CT C 0.500000 0.050 1 -1 1 289 104 185 97 1 2 0 4 0 0 185 0 0 0.9327 0.0000 0.0000 51.000 0.22 1.00 -0.78 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0180 0.9820 0.0000 0 1 0.4389 0.5611 0.0000 0 0 0.7037 0.2963 0.0000
chr3 183775955 CGGA C 0.500000 0.050 1 -3 2 391 159 232 134 0 16 1 8 0 0 232 0 0 0.8428 0.0000 0.0000 8.938 0.24 3.12 -2.89 70 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0638 0.9362 0.0000 0 1 0.4686 0.5314 0.0000
chr3 184711345 A ATCC 0.500000 0.050 1 3 1 550 134 416 41 3 23 1 66 0 0 413 0 3 0.3060 0.0000 0.0072 4.826 0.68 3.02 -2.33 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0448 0.3716 0.5836 1 2 0.0485 0.3790 0.5725 1 2 0.0538 0.3887 0.5575
chr3 195726176 GTTAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 1017 214 803 211 0 1 0 2 0 0 802 0 1 0.9860 0.0000 0.0012 213.000 1.81 7.00 -5.19 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6166 0.3834 0.0000 0 0 0.9612 0.0388 0.0000 0 0 0.9810 0.0190 0.0000
chr3 195779135 TGGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACTGAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCCTGACCTGTGGATGCAGAGGAAGTGTC T 0.500000 0.050 1 -96 1 3254 605 2649 220 15 181 12 177 0 4 2594 5 46 0.3636 0.0000 0.0208 2.362 4.60 4.24 0.36 12 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1686 0.6409 0.1905 1 1 0.1738 0.6308 0.1954 1 1 0.1804 0.6179 0.2016
chr3 195791241 T TGTCTCCTGCGTAACA 0.500000 0.050 1 15 1 821 198 623 94 0 17 0 87 0 0 602 1 20 0.4747 0.0000 0.0337 10.647 0.55 10.14 -9.58 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0990 0.5061 0.3950 1 1 0.1034 0.5053 0.3913 1 1 0.1094 0.5045 0.3861
chr3 198153257 CTGGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 2 316 122 194 22 2 12 76 10 0 0 187 2 5 0.1803 0.0000 0.0361 9.909 0.27 10.80 -10.53 12 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0014 0.0817 0.9169 1 2 0.0011 0.4268 0.5721 2 1 0.0000 0.9977 0.0023
chr3 198153259 GGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 316 121 195 0 0 33 2 86 0 0 189 1 5 0.0000 0.0000 0.0308 2.667 7.79 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0847 0.9153 2 2 0.0000 0.0884 0.9116 2 2 0.0000 0.0939 0.9061
chr3 198153259 GGCAGCAGCA G 0.500000 0.050 1 -9 1 316 122 194 0 1 30 41 50 0 0 188 0 6 0.0000 0.0000 0.0309 3.033 8.92 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.2750 0.7250 2 2 0.0000 0.1480 0.8520 2 2 0.0000 0.1232 0.8768
chr4 1093539 G GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 0.774228 0.050 1 21 1 528 88 440 0 0 2 0 86 0 0 375 3 62 0.0000 0.0000 0.1477 43.000 18.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0065 0.9935 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0078 0.9922
chr4 3074927 G GCAA 0.030219 0.050 1 3 1 815 314 501 197 49 13 40 15 0 5 496 0 0 0.6274 0.0000 0.0100 25.273 5.77 5.27 0.50 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0634 0.9366 0.0000
chr4 3074966 G GCCGCCGCCT 0.001791 0.050 1 9 2 814 279 535 13 7 10 9 240 1 2 521 0 11 0.0466 0.0019 0.0262 29.444 3.23 7.59 -4.36 11 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9996 0.0004
chr4 3074966 G GCCT 0.008956 0.050 1 3 2 814 279 535 16 88 41 12 122 2 1 531 1 0 0.0573 0.0037 0.0075 6.243 3.50 7.94 -4.44 12 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1176 0.8510 0.0313 1 1 0.1271 0.8432 0.0297 1 1 0.1403 0.8321 0.0276
chr4 3767568 AGGGGGCGGGGCC A 0.069055 0.050 1 -12 1 593 133 460 71 0 7 0 55 1 0 456 0 3 0.5338 0.0022 0.0087 18.000 0.61 11.35 -10.74 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6065 0.3822 0.0113 1 0 0.6027 0.3854 0.0118 1 0 0.5976 0.3899 0.0126
chr4 13599332 A ATGC 0.500000 0.050 1 3 2 730 146 584 65 0 5 0 76 0 0 581 1 2 0.4452 0.0000 0.0051 28.200 0.48 3.16 -2.68 21 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1029 0.4888 0.4083 1 1 0.1072 0.4893 0.4034 1 1 0.1131 0.4901 0.3968
chr4 15003254 A AGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 2 769 223 546 12 0 24 2 185 0 0 521 1 24 0.0538 0.0000 0.0458 8.609 1.67 7.99 -6.32 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9405 0.0595 2 2 0.0000 0.3445 0.6555
chr4 15003300 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 1 765 258 507 12 4 52 4 186 0 0 492 0 15 0.0465 0.0000 0.0296 4.020 2.33 7.03 -4.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9930 0.0070 2 1 0.0000 0.6677 0.3323
chr4 70602628 CAGG C 0.500000 0.050 1 -3 3 438 103 335 49 0 2 0 52 0 5 326 0 4 0.4757 0.0000 0.0269 50.500 2.78 3.48 -0.71 39 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2163 0.5326 0.2512 1 1 0.2181 0.5301 0.2518 1 1 0.2204 0.5270 0.2526
chr4 75873297 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 224 72 152 37 0 2 0 33 0 0 152 0 0 0.5139 0.0000 0.0000 35.000 0.78 1.45 -0.67 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2889 0.5165 0.1946 1 1 0.2879 0.5153 0.1968 1 1 0.2865 0.5137 0.1998
chr4 78870928 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 1 1244 510 734 50 1 80 13 366 0 0 726 0 8 0.0980 0.0000 0.0109 5.430 0.40 3.13 -2.73 30 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9999 0.0001
chr4 87313944 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 172 75 97 38 0 4 0 33 0 0 97 0 0 0.5067 0.0000 0.0000 17.750 0.11 1.03 -0.93 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3018 0.5141 0.1841 1 1 0.3003 0.5130 0.1867 1 1 0.2982 0.5117 0.1901
chr4 87614693 CAGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 2536 486 2050 218 9 43 12 204 1 5 2025 6 13 0.4486 0.0005 0.0122 10.659 1.16 6.31 -5.16 64 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1687 0.6370 0.1943 1 1 0.1738 0.6271 0.1991 1 1 0.1803 0.6146 0.2051
chr4 87615305 T TAGTAGTGAC 0.500000 0.050 1 9 1 4102 806 3296 10 8 46 16 726 41 50 2978 168 59 0.0124 0.0124 0.0965 17.952 4.30 9.30 -5.00 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr4 87615716 TAGTGACAGCAGCAATAGC T 0.500000 0.050 1 -18 1 3778 1140 2638 408 52 200 46 434 331 61 2192 26 28 0.3579 0.1255 0.1691 4.762 2.98 8.62 -5.64 48 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr4 100187718 GT G 0.500000 0.050 1 -1 3 406 125 281 115 0 5 0 5 0 0 281 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 24.000 0.19 2.20 -2.01 59 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0058 0.9942 0.0000 0 1 0.3808 0.6192 0.0000 0 0 0.7117 0.2883 0.0000
chr4 100480004 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 1 177 99 78 93 1 2 1 2 0 0 78 0 0 0.9394 0.0000 0.0000 97.000 0.12 3.00 -2.88 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2501 0.7499 0.0000 0 0 0.6938 0.3062 0.0000 0 0 0.7988 0.2012 0.0000
chr4 139730430 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 4 537 229 308 0 0 34 5 190 0 0 302 0 6 0.0000 0.0000 0.0195 5.735 3.10 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0063 0.9937 2 2 0.0000 0.0070 0.9930 2 2 0.0000 0.0080 0.9920
chr4 151279866 G GCAGGT 0.500000 0.050 1 5 2 259 124 135 58 0 5 0 61 0 0 130 0 5 0.4677 0.0000 0.0370 23.800 0.10 4.74 -4.63 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1501 0.5188 0.3311 1 1 0.1537 0.5173 0.3289 1 1 0.1586 0.5155 0.3259
chr4 154323249 TTTTG T 0.500000 0.050 1 -4 1 292 127 165 57 0 19 0 51 0 0 163 0 2 0.4488 0.0000 0.0121 5.684 0.74 5.12 -4.38 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2816 0.5287 0.1896 1 1 0.2812 0.5265 0.1923 1 1 0.2805 0.5238 0.1957
chr4 164957227 GTCCAACAGCGGTCGC G 0.500000 0.050 1 -15 1 829 225 604 211 1 8 0 5 0 0 604 0 0 0.9378 0.0000 0.0000 30.857 0.22 15.80 -15.58 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0566 0.9434 0.0000 0 0 0.8701 0.1299 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000
chr4 186236896 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 180 80 100 44 0 3 0 33 0 0 100 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 25.667 0.14 1.94 -1.80 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3827 0.4882 0.1290 1 1 0.3781 0.4890 0.1329 1 1 0.3718 0.4900 0.1381
chr5 271742 CCCGGCCCTGGGG C 0.122901 0.050 1 -12 4 244 103 141 51 0 8 0 44 0 0 138 0 3 0.4951 0.0000 0.0213 11.875 0.45 11.61 -11.16 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4654 0.4907 0.0439 1 1 0.4654 0.4900 0.0446 1 1 0.4653 0.4893 0.0455
chr5 1295342 CCG C 0.500000 0.050 1 -2 3 880 191 689 173 2 8 0 8 0 1 688 0 0 0.9058 0.0000 0.0015 22.875 1.09 2.62 -1.54 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.2666 0.7334 0.0000 0 0 0.7748 0.2252 0.0000
chr5 1878382 T TGGCGGC 0.000427 0.050 1 6 2 718 209 509 175 1 28 0 5 0 0 509 0 0 0.8373 0.0000 0.0000 6.464 0.63 3.00 -2.37 17 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9825 0.0175 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr5 45695870 TCGCCGC T 0.500000 0.050 1 -6 2 297 110 187 44 2 17 0 47 0 0 184 0 3 0.4000 0.0000 0.0160 6.133 0.73 6.15 -5.42 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1952 0.5251 0.2796 1 1 0.1976 0.5232 0.2791 1 1 0.2007 0.5208 0.2784
chr5 55172603 ACTTCT A 0.500000 0.050 1 -5 1 144 50 94 46 0 1 0 3 0 0 94 0 0 0.9200 0.0000 0.0000 49.000 0.02 5.00 -4.98 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0232 0.9768 0.0000 0 1 0.2954 0.7046 0.0000 0 1 0.4970 0.5030 0.0000
chr5 56882021 TCAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 775 165 610 0 0 22 3 140 0 0 602 0 8 0.0000 0.0000 0.0131 6.500 3.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0236 0.9764 2 2 0.0000 0.0261 0.9739
chr5 61332747 CCGGCCGCAACCTCGG C 0.500000 0.050 1 -15 4 350 53 297 0 0 33 1 19 0 0 287 3 7 0.0000 0.0000 0.0337 0.594 8.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.3181 0.6819 2 2 0.0000 0.3215 0.6785 2 2 0.0000 0.3261 0.6739
chr5 74726021 TACTCAA T 0.500000 0.050 1 -6 1 345 112 233 104 0 5 0 3 0 0 233 0 0 0.9286 0.0000 0.0000 21.400 0.23 6.00 -5.77 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0928 0.9072 0.0000 0 0 0.6368 0.3632 0.0000 0 0 0.7987 0.2013 0.0000
chr5 75195890 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 3 527 146 381 0 0 6 0 140 0 0 379 0 2 0.0000 0.0000 0.0052 23.333 3.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0273 0.9727 2 2 0.0000 0.0293 0.9707 2 2 0.0000 0.0322 0.9678
chr5 78015515 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 153 78 75 41 0 2 0 35 0 0 74 0 1 0.5256 0.0000 0.0133 38.000 0.22 3.51 -3.29 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3007 0.5159 0.1834 1 1 0.2992 0.5147 0.1860 1 1 0.2973 0.5132 0.1895
chr5 80654880 TGCAGCGGCTGCAGCGGCC T 0.500000 0.050 1 -18 1 382 109 273 44 2 6 3 54 0 0 267 0 6 0.4037 0.0000 0.0220 16.667 1.50 21.07 -19.57 20 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0876 0.4561 0.4563 1 1 0.0919 0.4589 0.4492 1 1 0.0978 0.4625 0.4397
chr5 80654922 GCCCCCAGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 386 89 297 33 0 0 0 56 0 0 294 1 2 0.3708 0.0000 0.0101 89.000 1.55 21.86 -20.31 1 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0451 0.3651 0.5898 1 2 0.0488 0.3729 0.5782 1 2 0.0541 0.3832 0.5627
chr5 96889375 CTCTT C 0.500000 0.050 1 -4 3 195 48 147 30 0 1 0 17 0 0 147 0 0 0.6250 0.0000 0.0000 47.000 0.37 4.06 -3.69 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4183 0.4660 0.1157 1 1 0.4120 0.4683 0.1197 1 1 0.4035 0.4713 0.1251
chr5 114362934 T TGCC 0.500000 0.050 1 3 1 1345 302 1043 248 4 41 0 9 1 4 1038 0 0 0.8212 0.0010 0.0048 6.366 0.76 3.33 -2.58 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.5818 0.4182 0.0000 0 0 0.9436 0.0564 0.0000
chr5 122152940 AT A 0.500000 0.050 1 -1 2 647 151 496 136 2 6 0 7 0 0 496 0 0 0.9007 0.0000 0.0000 29.000 0.46 1.29 -0.83 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0004 0.9996 0.0000 0 1 0.2145 0.7855 0.0000 0 0 0.6628 0.3372 0.0000
chr5 132813630 G GGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 9 1 355 72 283 6 1 1 1 63 0 0 260 0 23 0.0833 0.0000 0.0813 71.000 1.33 8.49 -7.16 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9225 0.0775 2 1 0.0000 0.6221 0.3779
chr5 140552043 A AGT 0.500000 0.050 1 2 1 224 89 135 48 0 2 1 38 0 1 129 0 5 0.5393 0.0000 0.0444 43.500 0.10 3.97 -3.87 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2966 0.5210 0.1824 1 1 0.2955 0.5194 0.1851 1 1 0.2939 0.5174 0.1887
chr5 140552044 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 224 90 134 49 1 1 3 36 0 0 128 2 4 0.5444 0.0000 0.0448 89.000 0.10 4.06 -3.95 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2977 0.5213 0.1811 1 1 0.2965 0.5197 0.1838 1 1 0.2949 0.5177 0.1875
chr5 141432807 ACT A 0.500000 0.050 1 -2 2 1054 263 791 127 1 7 1 127 0 0 789 0 2 0.4829 0.0000 0.0025 36.429 0.36 2.35 -1.98 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1925 0.5770 0.2304 1 1 0.1959 0.5713 0.2328 1 1 0.2002 0.5641 0.2358
chr5 141945390 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 393 115 278 44 0 10 0 61 0 1 266 0 11 0.3826 0.0000 0.0432 10.500 3.36 7.52 -4.16 18 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0415 0.3626 0.5959 1 2 0.0451 0.3704 0.5845 1 2 0.0502 0.3807 0.5691
chr5 141945390 C CCTGCTGCTG 0.500000 0.050 1 9 1 393 115 278 44 0 10 0 61 0 1 266 0 11 0.3826 0.0000 0.0432 10.500 3.36 7.52 -4.16 18 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0415 0.3627 0.5958 1 2 0.0451 0.3705 0.5844 1 2 0.0503 0.3807 0.5690
chr5 141945390 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 394 129 265 65 7 9 2 46 0 0 263 1 1 0.5039 0.0000 0.0075 13.222 6.98 3.13 3.85 25 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5275 0.4125 0.0600 1 0 0.5181 0.4178 0.0641 1 0 0.5055 0.4247 0.0698
chr5 146233613 TCCAGGC T 0.500000 0.050 1 -6 2 162 46 116 37 0 5 0 4 0 0 116 0 0 0.8043 0.0000 0.0000 8.200 0.59 6.25 -5.66 7 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0037 0.9963 0.0000 0 1 0.1469 0.8531 0.0000 0 1 0.3545 0.6455 0.0000
chr5 146878727 A AGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 1 451 159 292 5 2 28 0 124 0 0 271 0 21 0.0314 0.0000 0.0719 4.679 0.60 9.97 -9.37 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.7420 0.2580 2 2 0.0000 0.2914 0.7086
chr5 146878727 A AGCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 12 1 451 159 292 7 0 29 1 122 0 0 271 0 21 0.0440 0.0000 0.0719 4.483 1.29 10.01 -8.72 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9996 0.0004 2 1 0.0000 0.7538 0.2462 2 2 0.0000 0.2985 0.7015
chr5 148242694 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 1244 289 955 166 0 1 1 121 0 0 942 2 11 0.5744 0.0000 0.0136 288.000 0.61 3.78 -3.16 66 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6046 0.3684 0.0270 1 0 0.5954 0.3747 0.0299 1 0 0.5826 0.3831 0.0343
chr5 148242696 GAT G 0.500000 0.050 1 -2 3 1251 292 959 172 0 3 3 114 0 0 944 2 13 0.5890 0.0000 0.0156 96.333 0.59 3.96 -3.36 68 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7044 0.2822 0.0134 1 0 0.6932 0.2914 0.0154 1 0 0.6776 0.3040 0.0184
chr5 149995316 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 606 137 469 1 0 4 0 132 0 0 469 0 0 0.0073 0.0000 0.0000 33.250 0.00 1.88 -1.88 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1549 0.8451 2 2 0.0000 0.0699 0.9301 2 2 0.0000 0.0577 0.9423
chr5 149996157 TC T 0.500000 0.050 1 -1 4 566 156 410 88 0 3 0 65 0 0 409 0 1 0.5641 0.0000 0.0024 51.000 0.16 1.11 -0.95 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5189 0.4222 0.0589 1 0 0.5102 0.4268 0.0630 1 0 0.4985 0.4328 0.0688
chr5 153492228 T TC 0.500000 0.050 1 1 2 96 50 46 24 0 0 0 26 0 0 46 0 0 0.4800 0.0000 0.0000 50.000 0.08 1.12 -1.03 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2190 0.5140 0.2669 1 1 0.2204 0.5130 0.2666 1 1 0.2222 0.5117 0.2661
chr5 157052432 CTTG C 0.500000 0.050 1 -3 1 366 129 237 4 0 1 0 124 0 0 234 0 3 0.0310 0.0000 0.0127 128.000 2.50 5.01 -2.51 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9655 0.0345 2 2 0.0000 0.3868 0.6132 2 2 0.0000 0.1739 0.8261
chr5 157052557 C CGTT 0.500000 0.050 1 3 1 366 145 221 0 0 2 0 143 0 0 218 0 3 0.0000 0.0000 0.0136 71.500 4.23 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0248 0.9752 2 2 0.0000 0.0266 0.9734 2 2 0.0000 0.0293 0.9707
chr5 168454024 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 2 198 80 118 31 0 4 0 45 0 0 117 0 1 0.3875 0.0000 0.0085 19.000 0.29 2.84 -2.55 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0997 0.4602 0.4401 1 1 0.1039 0.4629 0.4332 1 1 0.1096 0.4663 0.4241
chr5 177503170 AGAG A 0.500000 0.050 1 -3 1 416 100 316 49 0 3 0 48 0 0 315 0 1 0.4900 0.0000 0.0032 32.333 1.04 3.85 -2.81 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2351 0.5299 0.2351 1 1 0.2362 0.5276 0.2362 1 1 0.2376 0.5248 0.2376
chr5 179345240 G GGCGGCAGGA 0.500000 0.050 1 9 1 480 224 256 89 0 27 2 106 1 0 243 0 12 0.3973 0.0039 0.0508 7.296 3.46 8.11 -4.65 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0316 0.3586 0.6099 1 2 0.0348 0.3659 0.5993 1 2 0.0394 0.3757 0.5849
chr5 179345249 A AGCG 0.500000 0.050 1 3 2 480 234 246 22 8 47 89 68 0 1 242 0 3 0.0940 0.0000 0.0163 4.500 1.77 3.96 -2.18 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9977 0.0023
chr5 181125166 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 696 174 522 81 2 13 3 75 0 0 521 0 1 0.4655 0.0000 0.0019 12.308 0.28 3.36 -3.08 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2747 0.5439 0.1815 1 1 0.2749 0.5406 0.1845 1 1 0.2750 0.5364 0.1885
chr5 181155256 TTGTC T 0.500000 0.050 1 -4 3 799 185 614 90 0 4 1 90 0 0 606 0 8 0.4865 0.0000 0.0130 45.000 0.36 4.19 -3.83 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1374 0.5346 0.3280 1 1 0.1415 0.5320 0.3266 1 1 0.1469 0.5286 0.3245
chr5 181260427 CTCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 593 110 483 44 1 10 1 54 0 0 483 0 0 0.4000 0.0000 0.0000 10.000 0.32 2.91 -2.59 0 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.1350 0.5010 0.3640 1 1 0.1388 0.5008 0.3603 1 1 0.1440 0.5006 0.3554
chr6 1390850 G GGGC 0.511246 0.050 1 3 5 494 113 381 2 0 19 1 91 0 0 373 3 5 0.0177 0.0000 0.0210 4.947 0.00 3.38 -3.38 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6678 0.3322 2 2 0.0000 0.2365 0.7635 2 2 0.0000 0.1552 0.8448
chr6 1610525 GCGCGGCGGC G 0.000960 0.050 1 -9 2 632 143 489 68 1 15 0 59 2 0 484 0 3 0.4755 0.0041 0.0102 8.533 1.96 8.36 -6.40 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5698 0.4300 0.0002 1 0 0.5686 0.4312 0.0002 1 0 0.5668 0.4330 0.0002
chr6 1611567 G GGGC 0.201628 0.050 1 3 1 595 139 456 58 0 26 5 50 3 2 446 0 5 0.4173 0.0066 0.0219 4.667 2.78 3.72 -0.94 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4124 0.5117 0.0759 1 1 0.4131 0.5099 0.0769 1 1 0.4139 0.5078 0.0783
chr6 1611782 A ACGG 0.232567 0.050 1 3 1 537 102 435 46 2 11 1 42 2 2 426 4 1 0.4510 0.0046 0.0207 8.273 1.63 3.93 -2.30 0 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4245 0.4947 0.0807 1 1 0.4239 0.4940 0.0821 1 1 0.4231 0.4931 0.0839
chr6 16327633 G GTGC 0.199384 0.050 1 3 2 1760 434 1326 34 52 128 74 146 2 2 1300 6 16 0.0783 0.0015 0.0196 2.543 1.91 3.58 -1.67 20 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0034 0.9966 1 2 0.0000 0.0044 0.9956 1 2 0.0000 0.0063 0.9937
chr6 26234545 C CTAG 0.001749 0.050 1 3 2 598 130 468 121 0 4 0 5 0 0 468 0 0 0.9308 0.0000 0.0000 31.500 0.38 3.60 -3.22 23 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7738 0.2262 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr6 29397419 TG T 0.000417 0.050 1 -1 1 739 159 580 81 1 3 0 74 0 0 579 0 1 0.5094 0.0000 0.0017 78.000 0.16 2.07 -1.91 3 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5266 0.4733 0.0001 1 0 0.5273 0.4726 0.0001 1 0 0.5281 0.4718 0.0001
chr6 29657255 TTCC T 0.500000 0.050 1 -3 2 155 64 91 34 0 8 1 21 0 0 91 0 0 0.5312 0.0000 0.0000 7.000 1.47 4.19 -2.72 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4019 0.4755 0.1227 1 1 0.3962 0.4772 0.1266 1 1 0.3888 0.4793 0.1319
chr6 30590700 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 360 92 268 49 0 3 0 40 0 0 267 0 1 0.5326 0.0000 0.0037 44.500 0.24 1.35 -1.11 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3418 0.5072 0.1510 1 1 0.3389 0.5066 0.1545 1 1 0.3350 0.5059 0.1591
chr6 31027315 CTCTACTGAAGGCTCTGAGACCACCACAGCT C 0.500000 0.050 1 -30 2 1333 371 962 329 7 19 6 10 26 16 917 3 0 0.8868 0.0270 0.0468 18.158 1.58 10.00 -8.42 5 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3595 0.6405 0.0000 0 0 0.9613 0.0387 0.0000
chr6 31028377 TGAGACCACCACAGCCTCTACTGAAGGCTCC T 0.500000 0.050 1 -30 1 2070 578 1492 254 18 147 8 151 66 11 1372 19 24 0.4394 0.0442 0.0804 2.965 2.00 7.28 -5.28 22 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9969 0.0031 0.0000 1 0 0.9961 0.0038 0.0000 1 0 0.9948 0.0052 0.0000
chr6 31028873 A ACCTCTACTGAAGGCTCTGAGACCACCACAG 0.500000 0.050 1 30 2 2149 544 1605 297 14 213 4 16 14 26 1490 18 57 0.5460 0.0087 0.0717 1.536 2.07 2.69 -0.62 37 0/0 0/1 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 0.9997 0.0003 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 31117165 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 744 183 561 85 0 4 0 94 0 0 561 0 0 0.4645 0.0000 0.0000 44.750 0.19 4.14 -3.95 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1366 0.5307 0.3327 1 1 0.1407 0.5283 0.3310 1 1 0.1461 0.5253 0.3286
chr6 31138723 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 563 157 406 74 2 7 0 74 0 0 403 2 1 0.4713 0.0000 0.0074 21.286 0.22 2.41 -2.19 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2148 0.5459 0.2393 1 1 0.2169 0.5425 0.2406 1 1 0.2196 0.5381 0.2423
chr6 31412384 G GCT 0.500000 0.050 1 2 1 616 182 434 166 2 0 0 14 0 0 434 0 0 0.9121 0.0000 0.0000 181.000 0.53 6.36 -5.83 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.2385 0.7615 0.0000
chr6 31412384 G GCTGCTGCTGCT 0.500000 0.050 1 11 1 616 182 434 170 2 0 0 10 0 0 434 0 0 0.9341 0.0000 0.0000 181.000 0.57 8.00 -7.43 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0805 0.9195 0.0000 0 0 0.6000 0.4000 0.0000
chr6 31888048 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 1 703 128 575 75 0 0 0 53 0 0 568 0 7 0.5859 0.0000 0.0122 128.000 0.28 3.30 -3.02 21 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4254 0.4780 0.0965 1 1 0.4198 0.4793 0.1009 1 1 0.4122 0.4811 0.1068
chr6 31954568 CTCTCGG C 0.500000 0.050 1 -6 3 779 156 623 144 0 9 0 3 0 0 623 0 0 0.9231 0.0000 0.0000 16.333 0.76 6.33 -5.58 52 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2186 0.7814 0.0000 0 0 0.8246 0.1754 0.0000 0 0 0.9119 0.0881 0.0000
chr6 32521966 CG C 0.500000 0.050 1 -1 2 102 36 66 9 2 19 3 3 0 0 66 0 0 0.2500 0.0000 0.0000 0.938 7.00 8.33 -1.33 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3426 0.4910 0.1664 1 1 0.3353 0.4983 0.1664 1 1 0.3264 0.5145 0.1591
chr6 32581802 TG T 0.500000 0.050 1 -1 1 690 276 414 185 13 34 0 44 0 0 413 0 1 0.6703 0.0000 0.0024 7.531 7.52 7.36 0.16 69 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3658 0.6342 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 32581807 C CT 0.500000 0.050 1 1 1 689 265 424 200 5 15 0 45 0 0 422 0 2 0.7547 0.0000 0.0047 16.667 8.02 7.40 0.62 78 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.9455 0.0545 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000
chr6 34889525 G GGGCGGC 0.500000 0.050 1 6 5 490 170 320 94 1 26 0 49 0 0 311 0 9 0.5529 0.0000 0.0281 5.538 0.44 5.14 -4.71 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7078 0.2740 0.0182 1 0 0.6948 0.2846 0.0206 1 0 0.6770 0.2988 0.0242
chr6 36721185 C CAGGCTGCCTCCCCTGAGG 0.500000 0.050 1 18 1 387 96 291 57 0 13 0 26 0 0 274 0 17 0.5938 0.0000 0.0584 6.385 1.14 14.85 -13.71 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4199 0.4749 0.1052 1 1 0.4141 0.4766 0.1094 1 1 0.4062 0.4787 0.1151
chr6 41786835 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 1195 273 922 117 0 10 0 146 0 0 920 0 2 0.4286 0.0000 0.0022 26.300 0.31 3.19 -2.88 31 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0284 0.3632 0.6084 1 2 0.0314 0.3700 0.5986 1 2 0.0359 0.3790 0.5851
chr6 42236367 G GTCC 0.500000 0.050 1 3 3 303 98 205 5 0 15 0 78 0 0 201 0 4 0.0510 0.0000 0.0195 5.533 0.80 3.05 -2.25 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9978 0.0022 2 1 0.0000 0.7886 0.2114 2 2 0.0000 0.4731 0.5269
chr6 43021675 CGCCGGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 312 117 195 0 0 15 0 102 1 0 189 0 5 0.0000 0.0051 0.0308 6.800 5.73 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2493 0.7507 2 2 0.0000 0.1219 0.8781 2 2 0.0000 0.1005 0.8995
chr6 43282987 GGAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 752 169 583 64 1 34 0 70 0 0 583 0 0 0.3787 0.0000 0.0000 3.971 0.81 3.31 -2.50 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1753 0.5331 0.2916 1 1 0.1784 0.5306 0.2910 1 1 0.1825 0.5275 0.2900
chr6 44002766 CGCG C 0.500000 0.050 1 -3 1 442 116 326 78 1 31 1 5 0 0 326 0 0 0.6724 0.0000 0.0000 2.742 2.09 2.80 -0.71 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1151 0.8849 0.0000 0 1 0.4183 0.5817 0.0000
chr6 81752010 A ACCGCCGAAGTCGCCG 0.500000 0.050 1 15 2 876 186 690 48 10 84 2 42 0 0 669 0 21 0.2581 0.0000 0.0304 1.179 15.46 7.93 7.53 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1535 0.5194 0.3271 1 1 0.1571 0.5179 0.3250 1 1 0.1618 0.5161 0.3222
chr6 81752010 ACCGCCGAAGTCGCCG A 0.500000 0.050 1 -15 2 898 226 672 95 0 62 0 69 0 0 664 0 8 0.4204 0.0000 0.0119 2.645 4.04 11.33 -7.29 13 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4583 0.4644 0.0773 1 1 0.4519 0.4665 0.0816 1 1 0.4432 0.4692 0.0876
chr6 109443671 TGGA T 0.500000 0.050 1 -3 1 656 158 498 151 0 3 0 4 0 0 498 0 0 0.9557 0.0000 0.0000 51.667 0.26 3.50 -3.24 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0613 0.9387 0.0000 0 0 0.7413 0.2587 0.0000 0 0 0.8941 0.1059 0.0000
chr6 109585126 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 2 136 52 84 44 0 6 0 2 0 0 84 0 0 0.8462 0.0000 0.0000 7.667 0.39 3.00 -2.61 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1037 0.8963 0.0000 0 1 0.4377 0.5623 0.0000 0 0 0.5773 0.4227 0.0000
chr6 116279302 T TCAC 0.500000 0.050 1 3 2 776 162 614 6 0 10 0 146 0 0 608 0 6 0.0370 0.0000 0.0098 15.200 0.00 3.39 -3.39 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9974 0.0026 2 1 0.0000 0.5642 0.4358 2 2 0.0000 0.1956 0.8044
chr6 123464887 GA G 0.500000 0.050 1 -1 2 365 109 256 84 6 12 1 6 0 0 256 0 0 0.7706 0.0000 0.0000 8.000 0.36 2.83 -2.48 30 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.1269 0.8731 0.0000 0 1 0.4486 0.5514 0.0000
chr6 138218046 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 360 115 245 56 0 2 0 57 0 0 243 0 2 0.4870 0.0000 0.0082 56.500 0.18 1.25 -1.07 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1994 0.5323 0.2683 1 1 0.2018 0.5299 0.2683 1 1 0.2048 0.5268 0.2683
chr6 151352981 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 2 962 223 739 0 0 13 1 209 0 0 735 0 4 0.0000 0.0000 0.0054 16.154 3.08 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0046 0.9954 2 2 0.0000 0.0051 0.9949 2 2 0.0000 0.0059 0.9941
chr6 156778268 C CCAG 0.500000 0.050 1 3 2 947 255 692 111 3 60 1 80 3 2 674 2 11 0.4353 0.0043 0.0260 3.250 1.05 3.23 -2.17 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5438 0.4102 0.0460 1 0 0.5351 0.4151 0.0498 1 0 0.5232 0.4216 0.0552
chr6 156778847 GGGCGGC G 0.500000 0.050 1 -6 1 556 150 406 125 4 17 1 3 2 0 402 1 1 0.8333 0.0049 0.0099 7.824 1.62 6.00 -4.38 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0040 0.9960 0.0000 0 1 0.3613 0.6387 0.0000 0 0 0.7298 0.2702 0.0000
chr6 159239747 GCCACCACCCGCCGCACGA G 0.500000 0.050 1 -18 1 533 185 348 5 0 36 0 144 0 0 334 0 14 0.0270 0.0000 0.0402 4.139 0.80 15.27 -14.47 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9850 0.0150 2 2 0.0000 0.3642 0.6358 2 2 0.0000 0.1268 0.8732
chr6 159790613 GGTT G 0.500000 0.050 1 -3 5 402 163 239 81 0 6 0 76 0 0 238 0 1 0.4969 0.0000 0.0042 26.167 0.15 4.92 -4.77 39 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2729 0.5433 0.1838 1 1 0.2732 0.5400 0.1868 1 1 0.2734 0.5359 0.1907
chr6 160139848 CATG C 0.500000 0.050 1 -3 1 199 65 134 33 0 2 0 30 0 0 134 0 0 0.5077 0.0000 0.0000 31.500 7.36 9.00 -1.64 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2773 0.5165 0.2062 1 1 0.2767 0.5152 0.2080 1 1 0.2758 0.5137 0.2105
chr6 160139865 CTGGTAAGT C 0.500000 0.050 1 -8 2 200 55 145 0 0 3 0 52 0 0 144 0 1 0.0000 0.0000 0.0069 17.333 9.21 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2086 0.7914 2 2 0.0000 0.2130 0.7870 2 2 0.0000 0.2192 0.7808
chr6 161098318 CCTG C 0.500000 0.050 1 -3 3 333 138 195 1 0 10 13 114 0 0 192 2 1 0.0072 0.0000 0.0154 12.800 0.00 3.18 -3.18 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1622 0.8378 2 2 0.0000 0.0731 0.9269 2 2 0.0000 0.0603 0.9397
chr6 168308554 G GCCCCTGCCGGCA 0.500000 0.050 1 12 3 677 129 548 69 1 18 0 41 0 0 537 0 11 0.5349 0.0000 0.0201 6.111 0.71 7.95 -7.24 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4668 0.4519 0.0813 1 0 0.4595 0.4549 0.0856 1 1 0.4496 0.4588 0.0915
chr6 170561949 GCAA G 0.500000 0.050 1 -3 1 936 308 628 8 8 25 132 135 0 0 628 0 0 0.0260 0.0000 0.0000 12.714 6.12 11.64 -5.51 8 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9080 0.0920 2 2 0.0000 0.2619 0.7381
chr6 170561963 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 936 293 643 125 26 16 25 101 0 0 643 0 0 0.4266 0.0000 0.0000 20.846 3.26 14.02 -10.76 65 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.5225 0.4314 0.0461 1 0 0.5153 0.4348 0.0499 1 0 0.5052 0.4395 0.0553
chr6 170561966 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 935 292 643 137 20 37 96 2 0 0 642 1 0 0.4692 0.0000 0.0016 15.625 3.55 7.50 -3.95 65 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.8478 0.1486 0.0036 1 0 0.8364 0.1592 0.0044 1 0 0.8201 0.1743 0.0056
chr7 2513247 A AGATG 0.500000 0.050 1 4 1 237 92 145 36 2 16 1 37 0 2 142 0 1 0.3913 0.0000 0.0207 5.000 3.81 3.89 -0.09 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2501 0.5236 0.2263 1 1 0.2505 0.5218 0.2276 1 1 0.2511 0.5196 0.2293
chr7 2513247 AGATG A 0.500000 0.050 1 -4 1 237 92 145 43 0 12 1 36 0 0 143 0 2 0.4674 0.0000 0.0138 6.583 3.58 4.00 -0.42 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2916 0.5191 0.1893 1 1 0.2906 0.5176 0.1918 1 1 0.2891 0.5158 0.1951
chr7 4791165 CCAGCTCCACGCA C 0.500000 0.050 1 -12 1 738 170 568 102 0 2 0 66 0 0 560 0 8 0.6000 0.0000 0.0141 84.000 0.63 10.26 -9.63 40 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5939 0.3689 0.0373 1 0 0.5833 0.3760 0.0407 1 0 0.5689 0.3854 0.0457
chr7 12342095 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 127 67 60 38 0 0 0 29 0 0 60 0 0 0.5672 0.0000 0.0000 67.000 0.18 2.10 -1.92 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3569 0.4965 0.1466 1 1 0.3532 0.4967 0.1501 1 1 0.3482 0.4970 0.1548
chr7 12351642 T TA 0.500000 0.050 1 1 3 216 94 122 45 0 1 0 48 0 0 122 0 0 0.4787 0.0000 0.0000 93.000 0.71 1.73 -1.02 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2023 0.5256 0.2721 1 1 0.2044 0.5237 0.2719 1 1 0.2072 0.5213 0.2715
chr7 15686172 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 1 676 198 478 97 1 20 1 79 0 0 477 0 1 0.4899 0.0000 0.0021 8.900 0.19 3.08 -2.89 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4417 0.4756 0.0827 1 1 0.4360 0.4769 0.0871 1 1 0.4282 0.4787 0.0931
chr7 26152597 C CCTG 0.500000 0.050 1 3 1 357 91 266 41 1 13 1 35 3 0 261 0 2 0.4505 0.0113 0.0188 5.923 0.78 3.00 -2.22 13 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3242 0.5111 0.1647 1 1 0.3219 0.5103 0.1678 1 1 0.3188 0.5092 0.1720
chr7 31658299 C CT 0.500000 0.050 1 1 3 141 58 83 50 2 2 0 4 0 0 83 0 0 0.8621 0.0000 0.0000 54.000 0.84 1.00 -0.16 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0061 0.9939 0.0000 0 1 0.1970 0.8030 0.0000 0 1 0.4330 0.5670 0.0000
chr7 33635227 TC T 0.500000 0.050 1 -1 1 548 142 406 136 0 3 0 3 0 0 406 0 0 0.9577 0.0000 0.0000 46.333 0.27 1.67 -1.39 94 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1913 0.8087 0.0000 0 0 0.7949 0.2051 0.0000 0 0 0.8953 0.1047 0.0000
chr7 44073397 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 612 106 506 58 0 0 0 48 0 0 506 0 0 0.5472 0.0000 0.0000 106.000 0.74 1.33 -0.59 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3622 0.5030 0.1348 1 1 0.3587 0.5027 0.1386 1 1 0.3539 0.5023 0.1438
chr7 51030870 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 228 102 126 55 0 2 1 44 0 0 125 0 1 0.5392 0.0000 0.0079 50.000 0.24 3.05 -2.81 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3509 0.5063 0.1427 1 1 0.3478 0.5058 0.1464 1 1 0.3435 0.5051 0.1514
chr7 64708639 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 1032 219 813 2 3 103 4 107 2 2 804 2 3 0.0091 0.0025 0.0111 1.127 10.50 4.90 5.60 2 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9007 0.0993 2 1 0.0000 0.5949 0.4051
chr7 64708641 G GAA 0.500000 0.050 1 2 1 1030 217 813 2 95 9 3 108 2 1 803 2 5 0.0092 0.0025 0.0123 23.200 10.50 4.85 5.65 2 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0039 0.1409 0.8551 1 2 0.0048 0.1519 0.8433 1 2 0.0062 0.1675 0.8263
chr7 76611468 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 361 144 217 4 0 0 0 140 0 0 217 0 0 0.0278 0.0000 0.0000 144.000 4.00 2.16 1.84 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9521 0.0479 2 2 0.0000 0.3135 0.6865 2 2 0.0000 0.1335 0.8665
chr7 82952172 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 5 855 219 636 0 0 10 3 206 0 0 629 0 7 0.0000 0.0000 0.0110 20.900 3.13 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0043 0.9957 2 2 0.0000 0.0048 0.9952 2 2 0.0000 0.0056 0.9944
chr7 91265144 A ACCG 0.500000 0.050 1 3 2 669 166 503 11 0 27 1 127 0 1 495 0 7 0.0663 0.0000 0.0159 5.148 0.73 3.69 -2.96 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9875 0.0125 2 1 0.0000 0.7497 0.2503
chr7 92022864 A AAAC 0.500000 0.050 1 3 1 254 95 159 49 0 5 1 40 0 0 157 0 2 0.5158 0.0000 0.0126 18.000 0.35 3.17 -2.83 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3114 0.5171 0.1715 1 1 0.3097 0.5158 0.1745 1 1 0.3073 0.5142 0.1785
chr7 100064888 GTAGT G 0.500000 0.050 1 -4 1 848 263 585 132 1 5 0 125 0 0 582 0 3 0.5019 0.0000 0.0051 51.400 0.23 3.91 -3.68 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2622 0.5725 0.1653 1 1 0.2636 0.5671 0.1693 1 1 0.2653 0.5603 0.1744
chr7 100787939 GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 0.500000 0.050 1 -35 1 160 57 103 50 0 0 0 7 0 0 97 0 6 0.8772 0.0000 0.0583 57.000 0.40 20.71 -20.31 32 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7248 0.2566 0.0187 1 1 0.3803 0.6084 0.0113 0 1 0.0397 0.9598 0.0005
chr7 102541593 G GA 0.500000 0.050 1 1 2 629 235 394 192 5 3 1 34 0 0 394 0 0 0.8170 0.0000 0.0000 77.333 0.37 1.85 -1.48 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0003 0.9997 0.0000
chr7 102934552 TGAA T 0.500000 0.050 1 -3 2 579 167 412 3 0 3 0 161 0 0 411 0 1 0.0180 0.0000 0.0024 54.667 0.00 3.17 -3.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6943 0.3057 2 2 0.0000 0.1201 0.8799 2 2 0.0000 0.0591 0.9409
chr7 103989356 T TGCCGCC 0.500000 0.050 1 6 1 553 143 410 0 0 36 4 103 0 0 394 0 16 0.0000 0.0000 0.0390 3.057 7.85 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0428 0.9572 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0493 0.9507
chr7 103989356 T TGCCGCCGCCGCC 0.500000 0.050 1 12 1 553 143 410 0 0 42 1 100 0 0 394 0 16 0.0000 0.0000 0.0390 2.525 7.80 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0495 0.9505 2 2 0.0000 0.0524 0.9476 2 2 0.0000 0.0565 0.9435
chr7 122013320 GTGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 732 183 549 82 1 16 1 83 0 0 549 0 0 0.4481 0.0000 0.0000 10.438 1.23 4.20 -2.97 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2142 0.5505 0.2353 1 1 0.2164 0.5467 0.2369 1 1 0.2192 0.5420 0.2388
chr7 124032402 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 2 720 199 521 1 1 20 97 80 0 0 518 2 1 0.0050 0.0000 0.0058 8.750 7.00 3.27 3.73 1 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0560 0.9440 2 2 0.0000 0.0242 0.9758 2 2 0.0000 0.0203 0.9797
chr7 124032402 CGCTGCT C 0.500000 0.050 1 -6 2 721 203 518 1 1 95 1 105 0 0 515 1 2 0.0049 0.0000 0.0058 1.138 7.00 5.85 1.15 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6506 0.3494 2 2 0.0000 0.2443 0.7557 2 2 0.0000 0.1621 0.8379
chr7 128947297 CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT C 0.500000 0.050 1 -30 3 617 210 407 8 0 39 1 162 0 0 406 0 1 0.0381 0.0000 0.0025 4.385 0.00 15.30 -15.30 4 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.7856 0.2144 2 2 0.0000 0.2772 0.7228
chr7 131556270 G GGGCGAC 0.500000 0.050 1 6 1 342 162 180 125 5 26 0 6 0 1 178 0 1 0.7716 0.0000 0.0111 5.154 6.36 3.17 3.19 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.1949 0.8051 0.0000 0 0 0.6372 0.3628 0.0000
chr7 131556270 GGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -6 1 342 166 176 85 0 14 2 65 0 0 170 2 4 0.5120 0.0000 0.0341 10.714 0.86 11.62 -10.76 5 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.3874 0.5018 0.1108 1 1 0.3835 0.5015 0.1151 1 1 0.3780 0.5011 0.1209
chr7 131556270 GGGCGACGGCGAC G 0.500000 0.050 1 -12 1 342 172 170 97 0 14 0 61 0 0 164 0 6 0.5640 0.0000 0.0353 11.286 0.86 11.95 -11.10 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6332 0.3368 0.0300 1 0 0.6216 0.3453 0.0331 1 0 0.6057 0.3567 0.0376
chr7 137928167 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 259 91 168 50 0 1 0 40 0 0 168 0 0 0.5495 0.0000 0.0000 90.000 0.20 3.35 -3.15 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3658 0.4981 0.1361 1 1 0.3620 0.4982 0.1399 1 1 0.3568 0.4983 0.1450
chr7 142864293 C CCCT 0.500000 0.050 1 3 3 1041 270 771 99 5 43 5 118 0 0 766 0 5 0.3667 0.0000 0.0065 5.233 0.34 3.34 -3.00 7 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0528 0.4356 0.5116 1 2 0.0568 0.4390 0.5042 1 2 0.0625 0.4436 0.4939
chr7 143511644 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 2255 583 1672 0 0 28 2 553 0 0 1671 0 1 0.0000 0.0000 0.0006 19.821 1.34 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr7 144129636 ACTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 728 183 545 177 0 3 0 3 0 0 545 0 0 0.9672 0.0000 0.0000 60.000 0.66 5.67 -5.01 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3910 0.6090 0.0000 0 0 0.9138 0.0862 0.0000 0 0 0.9580 0.0420 0.0000
chr7 144187108 A AG 0.500000 0.050 1 1 1 564 166 398 92 0 8 0 66 0 0 398 0 0 0.5542 0.0000 0.0000 19.750 0.23 1.27 -1.04 42 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5723 0.3839 0.0438 1 0 0.5621 0.3905 0.0475 1 0 0.5482 0.3991 0.0527
chr7 149783003 A AC 0.500000 0.050 1 1 2 675 157 518 85 0 7 0 65 0 0 516 0 2 0.5414 0.0000 0.0039 21.429 0.42 1.09 -0.67 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4634 0.4584 0.0782 1 1 0.4566 0.4609 0.0825 1 1 0.4474 0.4641 0.0885
chr7 149787741 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 607 169 438 90 0 3 1 75 0 0 437 0 1 0.5325 0.0000 0.0023 55.333 1.84 1.48 0.36 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3912 0.5017 0.1070 1 1 0.3873 0.5014 0.1114 1 1 0.3818 0.5010 0.1172
chr7 149806828 GGATA G 0.500000 0.050 1 -4 3 222 74 148 34 0 6 0 34 0 0 146 0 2 0.4595 0.0000 0.0135 11.333 0.88 5.03 -4.15 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2163 0.5201 0.2636 1 1 0.2179 0.5186 0.2635 1 1 0.2199 0.5167 0.2633
chr7 149814882 G GGCCCT 0.500000 0.050 1 5 1 600 132 468 61 4 15 0 52 0 0 462 0 6 0.4621 0.0000 0.0128 7.800 1.52 6.90 -5.38 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3178 0.5229 0.1593 1 1 0.3161 0.5212 0.1627 1 1 0.3137 0.5190 0.1673
chr7 149815757 G GAGGTGGTC 0.500000 0.050 1 8 1 668 214 454 111 0 16 0 87 0 0 449 0 5 0.5187 0.0000 0.0110 12.375 0.81 7.82 -7.01 47 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4641 0.4650 0.0709 1 1 0.4579 0.4668 0.0752 1 1 0.4494 0.4694 0.0812
chr7 149818100 T TA 0.500000 0.050 1 1 1 787 209 578 99 0 3 0 107 0 0 576 0 2 0.4737 0.0000 0.0035 68.667 0.87 1.28 -0.41 7 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1263 0.5341 0.3396 1 1 0.1306 0.5314 0.3379 1 1 0.1363 0.5281 0.3355
chr7 149819749 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 480 142 338 131 1 4 0 6 0 0 338 0 0 0.9225 0.0000 0.0000 45.667 0.67 1.67 -0.99 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0016 0.9984 0.0000 0 1 0.3248 0.6752 0.0000 0 0 0.7210 0.2790 0.0000
chr7 150372306 GCCGCCAGGGGCC G 0.500000 0.050 1 -12 2 755 229 526 218 0 8 0 3 0 0 526 0 0 0.9520 0.0000 0.0000 27.625 0.69 12.33 -11.65 98 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6429 0.3571 0.0000 0 0 0.9668 0.0332 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr7 151086813 C CG 0.500000 0.050 1 1 2 618 107 511 0 1 5 26 75 0 1 475 11 24 0.0000 0.0000 0.0705 25.500 7.87 0 0/1 0/0 . . OK 2 2 0.0000 0.0950 0.9050 2 2 0.0000 0.0688 0.9312 2 2 0.0000 0.0591 0.9409
chr7 151086821 C CG 0.500000 0.050 1 1 1 621 106 515 0 0 10 17 79 0 0 478 11 26 0.0000 0.0000 0.0718 10.444 7.58 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0314 0.9686 2 2 0.0000 0.0336 0.9664 2 2 0.0000 0.0369 0.9631
chr7 151086832 GTCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 645 100 545 0 0 8 4 88 0 2 462 29 52 0.0000 0.0000 0.1523 13.143 7.28 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0373 0.9627 2 2 0.0000 0.0309 0.9691 2 2 0.0000 0.0284 0.9716
chr8 8318865 CGGGGCG C 0.543000 0.050 1 -6 2 718 156 562 70 0 27 1 58 0 0 561 0 1 0.4487 0.0000 0.0018 4.778 0.81 5.93 -5.12 30 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3327 0.5203 0.1470 1 1 0.3296 0.5191 0.1513 1 1 0.3253 0.5176 0.1570
chr8 8377352 CGCCGCT C 0.473558 0.050 1 -6 2 723 151 572 115 0 31 0 5 0 0 572 0 0 0.7616 0.0000 0.0000 3.871 0.55 6.00 -5.45 15 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0057 0.9943 0.0000 0 1 0.4020 0.5980 0.0000 0 0 0.7319 0.2681 0.0000
chr8 10608190 CTTCCTCTTCTGCCTCCTGGGACTCTATAACTTCTGACTCTGGCTGGGT C 0.002031 0.050 1 -48 3 951 228 723 90 3 38 4 93 1 9 695 10 8 0.3947 0.0014 0.0387 5.054 2.50 11.98 -9.48 10 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2859 0.7120 0.0021 1 1 0.2951 0.7028 0.0021 1 1 0.3072 0.6907 0.0020
chr8 10610119 T TTTC 0.070211 0.050 1 3 1 1033 292 741 114 3 17 65 93 0 2 731 0 8 0.3904 0.0000 0.0135 15.000 2.13 5.86 -3.73 46 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.0780 0.7047 0.2173 1 1 0.0859 0.7060 0.2081 1 1 0.0971 0.7068 0.1961
chr8 11808709 GTCCCAC G 0.938007 0.050 1 -6 1 531 243 288 0 0 36 0 207 0 0 288 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.750 6.25 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0004 0.9996 2 2 0.0000 0.0005 0.9995
chr8 22404715 AGCTGCT A 0.199557 0.050 1 -6 2 365 144 221 0 0 6 0 138 0 0 214 0 7 0.0000 0.0000 0.0317 23.000 7.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0945 0.9055 2 2 0.0000 0.1009 0.8991 2 2 0.0000 0.1104 0.8896
chr8 33496717 A AGAT 0.026718 0.050 1 3 5 148 55 93 50 0 2 0 3 0 0 93 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 26.500 0.22 3.00 -2.78 20 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4896 0.5104 0.0000 0 0 0.9440 0.0560 0.0000 0 0 0.9754 0.0246 0.0000
chr8 79766258 AGGCATGT A 0.500000 0.050 1 -7 1 339 90 249 45 0 0 0 45 0 0 248 0 1 0.5000 0.0000 0.0040 90.000 0.27 7.33 -7.07 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2246 0.5275 0.2479 1 1 0.2260 0.5254 0.2486 1 1 0.2279 0.5228 0.2493
chr8 81753241 TGTGA T 0.500000 0.050 1 -4 1 231 74 157 36 0 7 0 31 0 0 157 0 0 0.4865 0.0000 0.0000 9.571 0.06 3.87 -3.82 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3026 0.5129 0.1845 1 1 0.3010 0.5119 0.1871 1 1 0.2988 0.5107 0.1905
chr8 102560782 CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 0.500000 0.050 1 -27 4 663 224 439 28 4 19 5 168 0 0 438 0 1 0.1250 0.0000 0.0023 12.562 3.46 16.10 -12.63 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9991 0.0009
chr8 116771753 GCTT G 0.500000 0.050 1 -3 1 303 112 191 108 0 1 0 3 0 0 191 0 0 0.9643 0.0000 0.0000 111.000 1.71 4.33 -2.62 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1020 0.8980 0.0000 0 0 0.6594 0.3406 0.0000 0 0 0.8137 0.1863 0.0000
chr8 123369918 T TTCA 0.500000 0.050 1 3 1 344 94 250 9 40 15 0 30 0 0 248 1 1 0.0957 0.0000 0.0080 5.133 0.44 3.27 -2.82 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4683 0.4448 0.0870 1 0 0.4604 0.4484 0.0912 1 1 0.4499 0.4530 0.0971
chr8 123369918 TTCA T 0.500000 0.050 1 -3 1 344 99 245 34 7 15 0 43 0 0 244 0 1 0.3434 0.0000 0.0041 5.467 2.35 2.98 -0.62 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1972 0.5217 0.2811 1 1 0.1995 0.5200 0.2805 1 1 0.2024 0.5180 0.2796
chr8 132948840 GGAT G 0.500000 0.050 1 -3 1 204 97 107 57 0 0 0 40 0 0 107 0 0 0.5876 0.0000 0.0000 97.000 0.42 3.85 -3.43 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4634 0.4503 0.0863 1 0 0.4559 0.4535 0.0906 1 1 0.4459 0.4576 0.0965
chr8 137837732 C CCTT 0.500000 0.050 1 3 1 358 158 200 10 0 1 0 147 0 0 193 0 7 0.0633 0.0000 0.0350 157.000 0.10 3.35 -3.25 8 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9475 0.0525 2 1 0.0000 0.5092 0.4908
chr8 140458378 T TGTGACCCTCACGGTACCCCCC 0.500000 0.050 1 21 5 579 152 427 65 0 21 0 66 0 0 426 0 1 0.4276 0.0000 0.0023 6.238 0.45 10.68 -10.24 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2078 0.5390 0.2532 1 1 0.2100 0.5361 0.2539 1 1 0.2128 0.5324 0.2548
chr8 143429783 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 441 114 327 0 0 16 5 93 0 0 320 1 6 0.0000 0.0000 0.0214 6.125 4.42 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0665 0.9335 2 2 0.0000 0.0698 0.9302 2 2 0.0000 0.0747 0.9253
chr8 143567371 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 395 111 284 60 1 4 1 45 0 0 283 0 1 0.5405 0.0000 0.0035 26.500 3.08 3.89 -0.81 18 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4196 0.4764 0.1040 1 1 0.4139 0.4779 0.1082 1 1 0.4062 0.4799 0.1140
chr8 143569978 A AGGCTGCGGGTCGTCCG 0.500000 0.050 1 16 1 861 146 715 83 0 2 1 60 0 0 691 0 24 0.5685 0.0000 0.0336 144.000 0.30 11.48 -11.18 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1993 0.5495 0.2512 1 1 0.2019 0.5458 0.2523 1 1 0.2053 0.5411 0.2535
chr8 143859347 CGGGCCT C 0.500000 0.050 1 -6 3 926 36 890 12 0 4 5 15 0 0 887 0 3 0.3333 0.0000 0.0034 8.000 1.58 5.93 -4.35 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1324 0.4755 0.3921 1 1 0.1361 0.4773 0.3867 1 1 0.1411 0.4795 0.3794
chr9 117366 C CCG 0.163682 0.050 1 2 3 1007 199 808 113 1 6 10 69 0 1 803 2 2 0.5678 0.0000 0.0062 38.000 0.54 3.13 -2.59 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7515 0.2419 0.0066 1 0 0.7432 0.2494 0.0074 1 0 0.7318 0.2597 0.0085
chr9 117370 GCC G 0.163813 0.050 1 -2 4 1008 194 814 114 2 2 6 70 0 1 807 1 5 0.5876 0.0000 0.0086 95.500 0.54 3.44 -2.90 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7807 0.2143 0.0050 1 0 0.7721 0.2223 0.0056 1 0 0.7601 0.2333 0.0066
chr9 12704544 GA G 0.500000 0.050 1 -1 3 175 81 94 39 0 3 0 39 0 0 93 0 1 0.4815 0.0000 0.0106 26.000 0.18 1.10 -0.92 25 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2263 0.5238 0.2499 1 1 0.2276 0.5220 0.2503 1 1 0.2293 0.5197 0.2509
chr9 12775862 T TGGCGGCGGC 0.500000 0.050 1 9 2 306 90 216 36 0 25 0 29 0 0 213 0 3 0.4000 0.0000 0.0139 2.600 0.33 7.48 -7.15 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2893 0.5159 0.1948 1 1 0.2882 0.5147 0.1971 1 1 0.2868 0.5132 0.2000
chr9 20414312 ACTG A 0.500000 0.050 1 -3 1 711 197 514 140 9 35 2 11 0 0 512 0 2 0.7107 0.0000 0.0039 4.765 1.66 3.36 -1.71 36 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0024 0.9976 0.0000 0 1 0.1302 0.8698 0.0000
chr9 20414345 A ACTG 0.500000 0.050 1 3 1 683 207 476 72 6 52 4 73 0 0 476 0 0 0.3478 0.0000 0.0000 3.000 0.56 2.92 -2.36 36 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2359 0.5467 0.2173 1 1 0.2374 0.5432 0.2194 1 1 0.2392 0.5388 0.2220
chr9 33575338 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 897 277 620 140 0 5 0 132 0 0 620 0 0 0.5054 0.0000 0.0000 54.400 0.86 1.78 -0.92 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3002 0.5636 0.1361 1 1 0.3006 0.5588 0.1405 1 1 0.3008 0.5528 0.1464
chr9 33796692 TGAG T 0.500000 0.050 1 -3 1 491 161 330 90 0 4 0 67 0 0 324 0 6 0.5590 0.0000 0.0182 39.250 1.33 3.21 -1.88 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4466 0.4703 0.0831 1 1 0.4405 0.4720 0.0875 1 1 0.4322 0.4743 0.0935
chr9 35560263 TGGCCCG T 0.500000 0.050 1 -6 1 644 148 496 77 0 5 0 66 0 0 492 0 4 0.5203 0.0000 0.0081 28.600 0.43 6.18 -5.75 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3131 0.5302 0.1567 1 1 0.3118 0.5279 0.1603 1 1 0.3100 0.5250 0.1650
chr9 35674193 CGGAGAGGAGGATCTACCT C 0.500000 0.050 1 -18 3 472 153 319 129 0 22 0 2 0 0 319 0 0 0.8431 0.0000 0.0000 5.955 0.20 9.50 -9.30 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4953 0.5047 0.0000 0 0 0.8636 0.1364 0.0000 0 0 0.9128 0.0872 0.0000
chr9 35811488 ACCAGGACCAGAG A 0.500000 0.050 1 -12 1 764 188 576 79 0 31 0 78 0 0 572 0 4 0.4202 0.0000 0.0069 5.065 0.33 11.35 -11.02 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1934 0.5463 0.2603 1 1 0.1962 0.5428 0.2610 1 1 0.1998 0.5384 0.2618
chr9 65283162 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 410 70 340 34 0 0 0 36 0 0 340 0 0 0.4857 0.0000 0.0000 70.000 0.59 1.25 -0.66 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2163 0.5201 0.2636 1 1 0.2179 0.5186 0.2635 1 1 0.2199 0.5167 0.2633
chr9 76703459 GGTGACAGCCTGCAAC G 0.500000 0.050 1 -15 3 420 110 310 0 0 1 0 109 0 0 300 0 10 0.0000 0.0000 0.0323 109.000 13.94 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0477 0.9523 2 2 0.0000 0.0505 0.9495 2 2 0.0000 0.0546 0.9454
chr9 76709219 A ATGACTGTTGCAG 0.500000 0.050 1 12 1 711 168 543 87 0 11 0 70 0 0 530 0 13 0.5179 0.0000 0.0239 14.273 0.29 9.30 -9.01 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2707 0.5469 0.1823 1 1 0.2712 0.5434 0.1854 1 1 0.2716 0.5390 0.1895
chr9 77384631 G GTGA 0.500000 0.050 1 3 1 508 196 312 98 7 37 0 54 0 0 312 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 4.297 0.34 3.06 -2.72 64 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8321 0.1625 0.0054 1 0 0.8197 0.1738 0.0064 1 0 0.8021 0.1897 0.0081
chr9 86322936 ATTT A 0.500000 0.050 1 -3 2 475 124 351 53 0 2 0 69 0 0 349 0 2 0.4274 0.0000 0.0057 61.000 0.34 3.33 -2.99 15 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0794 0.4498 0.4708 1 2 0.0837 0.4530 0.4634 1 1 0.0896 0.4570 0.4534
chr9 88130024 A AAGG 0.500000 0.050 1 3 1 1210 307 903 166 0 12 4 125 1 0 898 0 4 0.5407 0.0011 0.0055 24.583 0.73 3.33 -2.60 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6381 0.3401 0.0218 1 0 0.6280 0.3475 0.0244 1 0 0.6141 0.3575 0.0283
chr9 88647428 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 1 250 85 165 46 0 0 1 38 0 0 164 0 1 0.5412 0.0000 0.0061 85.000 0.04 3.68 -3.64 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3122 0.5154 0.1724 1 1 0.3104 0.5142 0.1754 1 1 0.3079 0.5128 0.1793
chr9 92474742 C CTCA 0.500000 0.050 1 3 2 311 80 231 53 3 20 0 4 0 0 231 0 0 0.6625 0.0000 0.0000 3.000 0.26 1.50 -1.24 19 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0066 0.9934 0.0000 0 1 0.2186 0.7814 0.0000 0 1 0.4654 0.5346 0.0000
chr9 93259450 TTGCCCCCGCAACCCACACGGCCCCCTCAACCTGTGC T 0.500000 0.050 1 -36 1 487 120 367 56 1 15 0 48 0 0 367 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 6.933 0.61 5.15 -4.54 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3460 0.5090 0.1450 1 1 0.3431 0.5083 0.1486 1 1 0.3391 0.5074 0.1535
chr9 93676722 C CCCTGCCTCCACCACA 0.500000 0.050 1 15 4 414 167 247 1 0 1 0 165 0 0 247 0 0 0.0060 0.0000 0.0000 166.000 2.00 8.95 -6.95 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0745 0.9255 2 2 0.0000 0.0323 0.9677 2 2 0.0000 0.0270 0.9730
chr9 94318662 GAGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 883 320 563 217 0 2 0 101 0 0 561 0 2 0.6781 0.0000 0.0036 159.000 0.65 3.18 -2.53 53 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9895 0.0104 0.0000 1 0 0.9874 0.0126 0.0000 1 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr9 97330686 A AGAGGAG 0.500000 0.050 1 6 2 387 106 281 2 0 12 1 91 0 0 281 0 0 0.0189 0.0000 0.0000 7.833 0.50 5.80 -5.30 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7186 0.2814 2 2 0.0000 0.2806 0.7194 2 2 0.0000 0.1870 0.8130
chr9 97854418 AGCCGCC A 0.500000 0.050 1 -6 1 874 139 735 52 1 33 2 51 1 3 724 1 6 0.3741 0.0014 0.0150 3.182 1.65 6.27 -4.62 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2026 0.5327 0.2647 1 1 0.2049 0.5302 0.2649 1 1 0.2078 0.5271 0.2651
chr9 104598487 GT G 0.500000 0.050 1 -1 2 521 146 375 89 0 1 0 56 0 0 375 0 0 0.6096 0.0000 0.0000 145.000 0.31 2.70 -2.38 55 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6643 0.3103 0.0254 1 0 0.6518 0.3199 0.0283 1 0 0.6347 0.3328 0.0325
chr9 104605111 TGTTA T 0.500000 0.050 1 -4 1 908 207 701 131 0 2 0 74 0 0 699 0 2 0.6329 0.0000 0.0029 102.500 0.34 4.41 -4.07 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8517 0.1446 0.0037 1 0 0.8401 0.1554 0.0045 1 0 0.8235 0.1707 0.0058
chr9 104605383 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 844 212 632 112 0 3 3 94 0 0 631 0 1 0.5283 0.0000 0.0016 69.333 0.19 3.00 -2.81 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3980 0.5057 0.0963 1 1 0.3942 0.5050 0.1008 1 1 0.3890 0.5042 0.1069
chr9 110138061 G GGAAGCT 0.500000 0.050 1 6 1 603 148 455 130 0 16 0 2 0 0 455 0 0 0.8784 0.0000 0.0000 8.250 0.22 3.00 -2.78 10 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5016 0.4984 0.0000 0 0 0.8665 0.1335 0.0000 0 0 0.9147 0.0853 0.0000
chr9 112453942 GATTA G 0.500000 0.050 1 -4 1 247 95 152 0 0 4 0 91 0 0 149 0 3 0.0000 0.0000 0.0197 22.750 3.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0859 0.9141 2 2 0.0000 0.0896 0.9104 2 2 0.0000 0.0951 0.9049
chr9 117414630 C CGCG 0.500000 0.050 1 3 1 279 98 181 43 3 12 1 39 0 0 178 1 2 0.4388 0.0000 0.0166 7.167 1.35 3.59 -2.24 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2777 0.5235 0.1989 1 1 0.2772 0.5217 0.2011 1 1 0.2765 0.5195 0.2040
chr9 120714264 ACGGCGG A 0.500000 0.050 1 -6 1 459 100 359 0 0 16 1 83 0 0 358 0 1 0.0000 0.0000 0.0028 5.250 5.72 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1054 0.8946 2 2 0.0000 0.1095 0.8905 2 2 0.0000 0.1153 0.8847
chr9 122511106 A AT 0.500000 0.050 1 1 1 1684 379 1305 330 5 32 0 12 0 0 1305 0 0 0.8707 0.0000 0.0000 10.750 0.56 1.25 -0.69 116 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.5720 0.4280 0.0000 0 0 0.9728 0.0272 0.0000
chr9 122629491 C CA 0.500000 0.050 1 1 1 536 126 410 60 2 8 3 53 0 0 407 0 3 0.4762 0.0000 0.0073 14.625 0.28 1.68 -1.40 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2710 0.5332 0.1958 1 1 0.2710 0.5307 0.1983 1 1 0.2709 0.5276 0.2015
chr9 127507286 GCCGCCC G 0.500000 0.050 1 -6 1 512 156 356 80 0 5 0 71 0 0 353 0 3 0.5128 0.0000 0.0084 30.200 0.46 5.87 -5.41 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2988 0.5361 0.1651 1 1 0.2981 0.5334 0.1685 1 1 0.2970 0.5300 0.1730
chr9 128258516 GCCT G 0.500000 0.050 1 -3 2 539 204 335 180 2 15 2 5 1 0 333 0 1 0.8824 0.0030 0.0060 12.533 0.53 3.60 -3.07 42 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3112 0.6888 0.0000 0 0 0.8058 0.1942 0.0000
chr9 129177481 GGCGGCA G 0.500000 0.050 1 -6 1 652 184 468 168 0 14 0 2 0 0 468 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 12.143 1.36 7.00 -5.64 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7241 0.2759 0.0000 0 0 0.9432 0.0568 0.0000 0 0 0.9639 0.0361 0.0000
chr9 129868385 TGAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 475 152 323 3 0 4 1 144 0 0 319 0 4 0.0197 0.0000 0.0124 37.000 0.00 3.20 -3.20 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.7591 0.2409 2 2 0.0000 0.1583 0.8417 2 2 0.0000 0.0790 0.9210
chr9 130265925 CGGCAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 678 216 462 95 1 21 0 99 0 0 458 0 4 0.4398 0.0000 0.0087 9.286 0.19 7.40 -7.21 61 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1514 0.5460 0.3026 1 1 0.1553 0.5425 0.3022 1 1 0.1604 0.5381 0.3014
chr9 130668313 G GGT 0.500000 0.050 1 2 1 266 97 169 54 4 8 0 31 0 0 169 0 0 0.5567 0.0000 0.0000 11.125 0.33 2.00 -1.67 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6026 0.3552 0.0421 1 0 0.5907 0.3635 0.0458 1 0 0.5747 0.3744 0.0509
chr9 130681605 T TCGC 0.500000 0.050 1 3 1 450 121 329 79 8 31 0 3 1 0 328 0 0 0.6529 0.0030 0.0030 2.903 1.18 3.00 -1.82 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0643 0.9357 0.0000 0 0 0.5417 0.4583 0.0000 0 0 0.7300 0.2700 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 265 118 147 116 0 0 0 2 0 0 147 0 0 0.9831 0.0000 0.0000 118.000 0.96 1.00 -0.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4162 0.5838 0.0000 0 0 0.8214 0.1786 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr9 133257521 T TC 0.500000 0.050 1 1 4 265 118 147 116 0 0 0 2 0 0 147 0 0 0.9831 0.0000 0.0000 118.000 0.96 1.00 -0.04 14 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4162 0.5838 0.0000 0 0 0.8214 0.1786 0.0000 0 0 0.8847 0.1153 0.0000
chr9 135549839 G GC 0.500000 0.050 1 1 1 321 139 182 81 0 2 0 56 0 0 180 0 2 0.5827 0.0000 0.0110 68.500 0.12 1.75 -1.63 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5367 0.4081 0.0552 1 0 0.5272 0.4135 0.0592 1 0 0.5145 0.4206 0.0649
chr9 136383542 CGCT C 0.500000 0.050 1 -3 1 519 162 357 138 0 15 1 8 0 0 356 0 1 0.8519 0.0000 0.0028 9.800 0.36 3.12 -2.76 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0372 0.9628 0.0000 0 1 0.4012 0.5988 0.0000
chr9 138023718 TGGAGAAGGAGACCAC T 0.500000 0.050 1 -15 1 430 126 304 58 2 8 0 58 0 0 300 0 4 0.4603 0.0000 0.0132 14.625 0.57 13.86 -13.29 18 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.2060 0.5354 0.2586 1 1 0.2082 0.5327 0.2591 1 1 0.2110 0.5294 0.2596
chr10 7563115 T TC 0.013494 0.050 1 1 1 371 101 270 50 0 0 0 51 0 0 267 0 3 0.4950 0.0000 0.0111 101.000 1.08 1.27 -0.19 20 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4127 0.5789 0.0084 1 1 0.4169 0.5748 0.0083 1 1 0.4222 0.5695 0.0083
chr10 21146411 ACACT A 0.189476 0.050 1 -4 3 222 83 139 49 0 0 0 34 0 0 138 0 1 0.5904 0.0000 0.0072 83.000 0.02 4.50 -4.48 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5738 0.3926 0.0336 1 0 0.5685 0.3964 0.0351 1 0 0.5613 0.4015 0.0372
chr10 21516537 C CCCTCCT 0.481720 0.050 1 6 6 910 213 697 5 0 28 0 180 0 0 683 1 13 0.0235 0.0000 0.0201 6.852 0.80 5.43 -4.63 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9632 0.0368 2 2 0.0000 0.1949 0.8051 2 2 0.0000 0.0596 0.9404
chr10 22209555 C CAGA 0.259534 0.050 1 3 1 666 147 519 142 0 2 0 3 0 0 519 0 0 0.9660 0.0000 0.0000 72.500 0.68 3.67 -2.98 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4316 0.5684 0.0000 0 0 0.9274 0.0726 0.0000 0 0 0.9657 0.0343 0.0000
chr10 27147532 TGC T 0.011654 0.050 1 -2 1 353 144 209 66 0 1 1 76 0 0 209 0 0 0.4583 0.0000 0.0000 143.000 0.08 2.26 -2.19 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3215 0.6672 0.0112 1 1 0.3290 0.6599 0.0110 1 1 0.3389 0.6504 0.0108
chr10 30027571 A ACTG 0.007813 0.050 1 3 1 876 177 699 134 13 27 0 3 0 0 699 0 0 0.7571 0.0000 0.0000 5.519 0.47 3.00 -2.53 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9745 0.0255 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr10 47502280 CG C 0.024504 0.050 1 -1 1 574 153 421 120 1 1 0 31 0 0 421 0 0 0.7843 0.0000 0.0000 152.000 0.42 1.10 -0.67 52 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9858 0.0142 0.0000 0 1 0.1727 0.8273 0.0000 0 1 0.0072 0.9928 0.0000
chr10 53807071 A AGTT 0.002532 0.050 1 3 2 372 103 269 55 0 4 1 43 0 0 269 0 0 0.5340 0.0000 0.0000 24.750 0.15 2.84 -2.69 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6035 0.3960 0.0005 1 0 0.6006 0.3988 0.0005 1 0 0.5967 0.4027 0.0006
chr10 53822122 CGTT C 0.003336 0.050 1 -3 1 600 154 446 79 0 2 0 73 0 0 445 0 1 0.5130 0.0000 0.0022 76.000 0.22 3.04 -2.83 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5137 0.4853 0.0010 1 0 0.5148 0.4841 0.0011 1 0 0.5161 0.4828 0.0011
chr10 62217153 TAGCTTC T 0.152769 0.050 1 -6 3 134 54 80 39 0 0 0 15 0 0 76 1 3 0.7222 0.0000 0.0500 54.000 1.10 6.53 -5.43 23 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6683 0.3150 0.0167 1 0 0.6606 0.3217 0.0178 1 0 0.6501 0.3306 0.0193
chr10 73130825 G GC 0.008232 0.050 1 1 1 185 71 114 39 0 5 0 27 0 0 113 0 1 0.5493 0.0000 0.0088 13.200 0.51 1.22 -0.71 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6104 0.3878 0.0017 1 0 0.6069 0.3913 0.0018 1 0 0.6021 0.3960 0.0019
chr10 73240978 AGCGGAG A 0.006364 0.050 1 -6 3 183 97 86 95 0 1 0 1 0 0 86 0 0 0.9794 0.0000 0.0000 96.000 0.09 16.00 -15.91 51 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9990 0.0010 0.0000
chr10 73240989 ACCAGTCTCT A 0.006454 0.050 1 -9 1 183 87 96 86 0 0 0 1 0 0 95 0 1 0.9885 0.0000 0.0104 87.000 0.10 16.00 -15.90 46 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9809 0.0191 0.0000 0 0 0.9970 0.0030 0.0000 0 0 0.9983 0.0017 0.0000
chr10 75022147 GGAA G 0.161983 0.050 1 -3 1 361 70 291 24 1 17 0 28 0 0 291 0 0 0.3429 0.0000 0.0000 3.118 0.12 3.07 -2.95 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3654 0.5396 0.0950 1 1 0.3679 0.5375 0.0946 1 1 0.3711 0.5349 0.0940
chr10 75401342 GCCGCCT G 0.008076 0.050 1 -6 2 480 196 284 87 5 10 0 94 1 1 281 1 0 0.4439 0.0035 0.0106 18.200 0.31 5.31 -5.00 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4170 0.5789 0.0041 1 1 0.4220 0.5739 0.0041 1 1 0.4284 0.5675 0.0041
chr10 89738145 C CTAAAAG 0.255522 0.050 1 6 1 716 145 571 4 0 2 0 139 0 0 561 0 10 0.0276 0.0000 0.0175 71.500 0.50 5.76 -5.26 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9792 0.0208 2 1 0.0000 0.5166 0.4834 2 2 0.0000 0.2659 0.7341
chr10 89738577 AAAG A 0.001385 0.050 1 -3 4 496 100 396 39 0 16 0 45 0 0 395 0 1 0.3900 0.0000 0.0025 5.250 1.90 4.64 -2.75 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3886 0.6103 0.0011 1 1 0.3937 0.6053 0.0011 1 1 0.4002 0.5987 0.0010
chr10 97572621 TGGC T 0.015823 0.050 1 -3 3 458 149 309 84 0 3 0 62 0 0 307 0 2 0.5638 0.0000 0.0065 48.667 0.44 3.05 -2.61 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6872 0.3112 0.0015 1 0 0.6819 0.3165 0.0016 1 0 0.6746 0.3236 0.0018
chr10 103350983 A AGGAGGC 0.474578 0.050 1 6 1 341 85 256 74 0 9 0 2 1 0 255 0 0 0.8706 0.0039 0.0039 8.444 0.80 3.00 -2.20 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2183 0.7817 0.0000 0 0 0.6492 0.3508 0.0000 0 0 0.7607 0.2393 0.0000
chr10 103473417 T TGGGGGCTCAGGCACTGCG 0.015096 0.050 1 18 1 409 135 274 59 0 18 0 58 0 0 261 0 13 0.4370 0.0000 0.0474 6.500 0.78 14.29 -13.51 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3121 0.6722 0.0157 1 1 0.3197 0.6650 0.0153 1 1 0.3296 0.6555 0.0149
chr10 104263071 AGAG A 0.030712 0.050 1 -3 1 135 59 76 29 0 8 0 22 0 0 76 0 0 0.4915 0.0000 0.0000 6.375 0.17 3.41 -3.24 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5578 0.4333 0.0088 1 0 0.5556 0.4353 0.0090 1 0 0.5526 0.4381 0.0093
chr10 113679881 CTT C 0.228152 0.050 1 -2 1 356 154 202 89 0 4 0 61 0 0 202 0 0 0.5779 0.0000 0.0000 37.500 0.89 2.56 -1.67 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7100 0.2768 0.0132 1 0 0.7012 0.2843 0.0145 1 0 0.6891 0.2946 0.0164
chr10 119670135 A AGCG 0.000723 0.050 1 3 1 282 98 184 40 1 10 0 47 0 0 182 0 2 0.4082 0.0000 0.0109 8.800 0.45 3.74 -3.29 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3758 0.6236 0.0006 1 1 0.3814 0.6180 0.0006 1 1 0.3886 0.6108 0.0006
chr10 124021236 C CG 0.056607 0.050 1 1 1 339 79 260 8 48 12 1 10 0 3 255 2 0 0.1013 0.0000 0.0192 1.727 1.62 1.60 0.02 4 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3766 0.6228 0.0006 0 1 0.0542 0.9458 0.0000 0 1 0.4893 0.5107 0.0000
chr10 124021236 CG C 0.538577 0.050 1 -1 1 339 80 259 8 12 10 2 48 0 0 257 0 2 0.1000 0.0000 0.0077 6.800 0.62 2.27 -1.65 6 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0217 0.2705 0.7077 1 2 0.0241 0.2874 0.6886 1 1 0.0192 0.5058 0.4749
chr10 125026590 A AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG 0.127285 0.050 1 21 2 642 129 513 68 0 8 0 53 1 0 498 0 14 0.5271 0.0019 0.0292 15.125 0.57 14.79 -14.22 14 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4264 0.5226 0.0510 1 1 0.4282 0.5202 0.0516 1 1 0.4303 0.5172 0.0524
chr10 132330314 GAA G 0.000450 0.050 1 -2 1 490 127 363 73 0 4 0 50 0 0 360 0 3 0.5748 0.0000 0.0083 30.750 0.33 2.26 -1.93 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6973 0.3027 0.0000 1 0 0.6916 0.3083 0.0000 1 0 0.6840 0.3159 0.0001
chr11 209894 ACCC A 0.342592 0.050 1 -3 2 781 184 597 168 0 8 0 8 0 0 597 0 0 0.9130 0.0000 0.0000 22.000 0.29 3.12 -2.84 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 1 0.3665 0.6335 0.0000 0 0 0.8464 0.1536 0.0000
chr11 281784 GAGA G 0.001770 0.050 1 -3 2 460 114 346 93 1 15 0 5 0 0 346 0 0 0.8158 0.0000 0.0000 6.600 0.68 3.00 -2.32 11 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6319 0.3681 0.0000 0 0 0.9951 0.0049 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000
chr11 608502 CGGACGCGCTCTG C 0.049275 0.050 1 -12 1 656 170 486 88 0 18 1 63 0 0 484 0 2 0.5176 0.0000 0.0041 8.389 0.25 10.84 -10.59 6 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6997 0.2963 0.0040 1 0 0.6936 0.3020 0.0044 1 0 0.6853 0.3099 0.0048
chr11 704604 GA G 0.439706 0.050 1 -1 2 269 89 180 47 0 1 0 41 0 0 180 0 0 0.5281 0.0000 0.0000 88.000 0.36 2.10 -1.74 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3435 0.5075 0.1490 1 1 0.3418 0.5066 0.1516 1 1 0.3394 0.5055 0.1552
chr11 1051657 A AC 0.136986 0.050 1 1 1 567 182 385 85 8 6 2 81 0 0 384 1 0 0.4670 0.0000 0.0026 28.167 1.06 2.04 -0.98 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4918 0.4731 0.0352 1 0 0.4914 0.4724 0.0362 1 0 0.4906 0.4717 0.0377
chr11 1051657 AC A 0.061644 0.050 1 -1 1 567 186 381 90 83 6 0 7 0 1 380 0 0 0.4839 0.0000 0.0026 29.667 1.13 2.14 -1.01 34 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0129 0.9871 0.0000 0 0 0.8980 0.1020 0.0000 0 0 0.9839 0.0161 0.0000
chr11 1597942 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 0.542785 0.050 1 -30 2 980 210 770 70 1 77 0 62 0 0 770 0 0 0.3333 0.0000 0.0000 1.727 0.73 8.03 -7.30 8 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3168 0.5263 0.1569 1 1 0.3144 0.5246 0.1610 1 1 0.3110 0.5225 0.1665
chr11 1630355 CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA C 0.088777 0.050 1 -30 1 1051 205 846 9 0 88 4 104 0 0 795 0 51 0.0439 0.0000 0.0603 1.330 3.78 18.31 -14.53 9 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9881 0.0119 2 1 0.0000 0.8658 0.1342
chr11 2884878 CGGGGCCGGGGCT C 0.000415 0.050 1 -12 2 508 101 407 44 1 12 4 40 1 0 403 2 1 0.4356 0.0025 0.0098 7.083 2.05 11.00 -8.95 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4662 0.5336 0.0002 1 1 0.4685 0.5313 0.0002 1 1 0.4714 0.5284 0.0002
chr11 2884917 G GGCCGGA 0.000033 0.050 1 6 4 527 116 411 45 4 21 2 44 0 2 404 0 5 0.3879 0.0000 0.0170 4.381 2.07 10.11 -8.05 15 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4686 0.5314 0.0000 1 1 0.4709 0.5291 0.0000 1 1 0.4738 0.5262 0.0000
chr11 3640355 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 337 102 235 0 0 3 0 99 0 0 233 0 2 0.0000 0.0000 0.0085 33.000 3.29 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr11 4571476 T TAC 0.500000 0.050 1 2 1 206 93 113 86 0 1 0 6 0 0 113 0 0 0.9247 0.0000 0.0000 92.000 0.17 2.00 -1.83 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0005 0.9995 0.0000 0 1 0.1318 0.8682 0.0000 0 1 0.4582 0.5418 0.0000
chr11 4769643 CG C 0.500000 0.050 1 -1 1 639 149 490 73 0 1 0 75 0 0 489 0 1 0.4899 0.0000 0.0020 148.000 0.19 4.52 -4.33 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1950 0.5427 0.2623 1 1 0.1977 0.5394 0.2629 1 1 0.2011 0.5354 0.2635
chr11 4860474 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 1310 401 909 379 3 8 0 11 0 0 909 0 0 0.9451 0.0000 0.0000 48.875 0.26 1.27 -1.01 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0003 0.9997 0.0000 0 0 0.8895 0.1105 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000
chr11 5070346 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 1241 293 948 135 1 4 0 153 0 0 948 0 0 0.4608 0.0000 0.0000 72.000 0.21 2.63 -2.42 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0752 0.5053 0.4195 1 1 0.0797 0.5043 0.4160 1 1 0.0859 0.5032 0.4109
chr11 5151565 A AC 0.500000 0.050 1 1 1 518 141 377 70 1 4 1 65 0 0 377 0 0 0.4965 0.0000 0.0000 34.250 1.29 2.17 -0.88 46 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2890 0.5343 0.1767 1 1 0.2886 0.5317 0.1798 1 1 0.2878 0.5284 0.1838
chr11 5178110 A AATGCCC 0.500000 0.050 1 6 1 1620 382 1238 195 1 16 0 170 0 0 1227 0 11 0.5105 0.0000 0.0089 22.812 0.14 5.80 -5.66 9 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3602 0.5546 0.0851 1 1 0.3599 0.5502 0.0899 1 1 0.3588 0.5448 0.0964
chr11 5178587 GC G 0.500000 0.050 1 -1 2 1094 284 810 136 0 10 0 138 0 0 809 0 1 0.4789 0.0000 0.0012 27.400 0.89 2.20 -1.31 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1789 0.5805 0.2406 1 1 0.1826 0.5745 0.2429 1 1 0.1874 0.5670 0.2456
chr11 5343311 CCAGCCCCAGGTCTGTGG C 0.500000 0.050 1 -17 3 538 148 390 138 0 8 0 2 0 0 389 0 1 0.9324 0.0000 0.0026 17.500 0.22 21.50 -21.28 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1939 0.8061 0.0000 0 0 0.8021 0.1979 0.0000 0 0 0.8996 0.1004 0.0000
chr11 5403157 T TTATC 0.500000 0.050 1 4 1 1762 388 1374 193 1 26 2 166 0 0 1367 0 7 0.4974 0.0000 0.0051 13.923 0.28 4.22 -3.93 51 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4204 0.5154 0.0641 1 1 0.4180 0.5135 0.0685 1 1 0.4141 0.5112 0.0747
chr11 5454410 CA C 0.500000 0.050 1 -1 3 381 73 308 3 0 2 0 68 0 0 308 0 0 0.0411 0.0000 0.0000 35.500 0.00 1.31 -1.31 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9599 0.0401 2 1 0.0000 0.5805 0.4195 2 2 0.0000 0.3739 0.6261
chr11 6546665 C CTGCCCTACTGCA 0.500000 0.050 1 12 2 784 138 646 0 0 14 0 124 0 0 626 0 20 0.0000 0.0000 0.0310 8.857 8.27 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0260 0.9740 2 2 0.0000 0.0279 0.9721 2 2 0.0000 0.0307 0.9693
chr11 6795057 CAG C 0.500000 0.050 1 -2 1 747 159 588 145 1 9 0 4 0 0 588 0 0 0.9119 0.0000 0.0000 16.667 0.25 2.25 -2.00 25 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0547 0.9453 0.0000 0 0 0.7171 0.2829 0.0000 0 0 0.8822 0.1178 0.0000
chr11 7796091 CA C 0.500000 0.050 1 -1 1 659 179 480 98 1 2 0 78 1 0 478 0 1 0.5475 0.0021 0.0042 88.000 0.19 1.41 -1.22 38 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4932 0.4426 0.0642 1 0 0.4857 0.4459 0.0684 1 0 0.4755 0.4503 0.0743
chr11 9091461 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 238 112 126 0 0 11 1 100 0 0 126 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 9.182 4.17 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0730 0.9270 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0816 0.9184
chr11 12294797 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 584 170 414 65 14 51 0 40 0 0 411 0 3 0.3824 0.0000 0.0072 2.333 0.66 3.23 -2.56 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7056 0.2745 0.0198 1 0 0.6923 0.2853 0.0223 1 0 0.6741 0.2999 0.0260
chr11 20159199 TAAG T 0.500000 0.050 1 -3 3 181 74 107 43 0 0 0 31 0 0 106 0 1 0.5811 0.0000 0.0093 74.000 0.33 3.10 -2.77 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3832 0.4876 0.1291 1 1 0.3785 0.4885 0.1330 1 1 0.3723 0.4895 0.1382
chr11 48264429 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 817 230 587 113 0 9 0 108 0 0 585 0 2 0.4913 0.0000 0.0034 24.556 0.28 3.70 -3.42 43 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2496 0.5650 0.1854 1 1 0.2512 0.5601 0.1887 1 1 0.2530 0.5540 0.1930
chr11 55839334 TATCTC T 0.500000 0.050 1 -5 2 787 200 587 194 1 0 0 5 0 0 587 0 0 0.9700 0.0000 0.0000 199.000 0.47 4.20 -3.73 28 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0372 0.9628 0.0000 0 0 0.8127 0.1873 0.0000 0 0 0.9434 0.0566 0.0000
chr11 56413160 A ACT 0.500000 0.050 1 2 4 1541 325 1216 0 0 6 3 316 0 0 1199 0 17 0.0000 0.0000 0.0140 53.000 2.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr11 58031636 AC A 0.500000 0.050 1 -1 1 696 164 532 81 1 2 0 80 0 0 532 0 0 0.4939 0.0000 0.0000 81.000 0.30 1.31 -1.02 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2480 0.5481 0.2039 1 1 0.2491 0.5445 0.2064 1 1 0.2505 0.5400 0.2096
chr11 58214768 TCAGATCGG T 0.500000 0.050 1 -8 2 524 125 399 69 0 3 0 53 0 0 395 0 4 0.5520 0.0000 0.0100 40.667 1.25 8.92 -7.68 49 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3855 0.4968 0.1177 1 1 0.3812 0.4969 0.1218 1 1 0.3755 0.4971 0.1274
chr11 59457656 GC G 0.500000 0.050 1 -1 4 603 136 467 78 0 2 0 56 0 0 466 0 1 0.5735 0.0000 0.0021 67.000 0.17 1.57 -1.40 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5112 0.4252 0.0636 1 0 0.5025 0.4298 0.0677 1 0 0.4908 0.4357 0.0735
chr11 59843948 GATTC G 0.500000 0.050 1 -4 1 265 120 145 59 0 0 0 61 0 0 145 0 0 0.4917 0.0000 0.0000 120.000 0.17 3.84 -3.67 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2094 0.5354 0.2552 1 1 0.2115 0.5327 0.2558 1 1 0.2142 0.5294 0.2564
chr11 62146758 A AGCGGGAGCAGGAGCG 0.500000 0.050 1 15 1 591 157 434 65 4 42 3 43 0 0 426 0 8 0.4140 0.0000 0.0184 2.690 0.72 6.60 -5.88 27 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4286 0.4741 0.0973 1 1 0.4227 0.4758 0.1016 1 1 0.4147 0.4779 0.1074
chr11 62536083 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 212 71 141 57 0 11 0 3 0 0 141 0 0 0.8028 0.0000 0.0000 5.455 0.26 2.67 -2.40 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0306 0.9694 0.0000 0 1 0.3550 0.6450 0.0000 0 0 0.5626 0.4374 0.0000
chr11 62614650 GC G 0.500000 0.050 1 -1 1 679 159 520 151 0 2 0 6 0 0 520 0 0 0.9497 0.0000 0.0000 78.500 0.37 1.83 -1.46 77 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0025 0.9975 0.0000 0 1 0.4304 0.5696 0.0000 0 0 0.8007 0.1993 0.0000
chr11 65557854 CCAGCAGCAG C 0.500000 0.050 1 -9 3 281 103 178 46 0 12 0 45 0 0 177 0 1 0.4466 0.0000 0.0056 7.583 0.78 9.56 -8.77 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2359 0.5281 0.2361 1 1 0.2369 0.5259 0.2371 1 1 0.2383 0.5233 0.2384
chr11 65570616 TCTC T 0.500000 0.050 1 -3 2 559 169 390 160 2 1 0 6 0 0 390 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 168.000 0.57 2.83 -2.26 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0033 0.9967 0.0000 0 1 0.4973 0.5027 0.0000 0 0 0.8394 0.1606 0.0000
chr11 66744819 G GGGC 0.500000 0.050 1 3 5 239 92 147 51 5 10 1 25 0 0 147 0 0 0.5543 0.0000 0.0000 8.200 0.73 3.28 -2.55 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6444 0.3226 0.0330 1 0 0.6315 0.3322 0.0363 1 0 0.6140 0.3449 0.0410
chr11 68312746 C CGCT 0.500000 0.050 1 3 2 282 115 167 54 3 11 2 45 0 0 164 0 3 0.4696 0.0000 0.0180 9.455 0.59 3.96 -3.36 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3213 0.5180 0.1608 1 1 0.3193 0.5166 0.1641 1 1 0.3166 0.5149 0.1685
chr11 71538079 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 0.500000 0.050 1 21 2 918 162 756 0 0 35 2 125 0 0 700 1 55 0.0000 0.0000 0.0741 3.629 6.40 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0099 0.9901 2 2 0.0000 0.0109 0.9891 2 2 0.0000 0.0123 0.9877
chr11 71538486 C CCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTGCTGCTGCTCTTCAGGCTGTGGGTCATCCTGCTG 0.500000 0.050 1 57 2 1066 187 879 0 0 107 2 78 0 0 826 1 52 0.0000 0.0000 0.0603 0.748 11.24 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0341 0.9659 2 2 0.0000 0.0363 0.9637 2 2 0.0000 0.0397 0.9603
chr11 71565845 CTGTGGGGGCTCCAAGGGGGGCTGTGGCTCCTGTGGGGGCTCCAAGGGGGGCTGTGGTTCT C 0.500000 0.050 1 -60 2 1153 229 924 77 12 98 8 34 3 0 920 1 0 0.3362 0.0032 0.0043 1.312 3.34 3.41 -0.07 7 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8206 0.1728 0.0066 1 0 0.8078 0.1844 0.0078 1 0 0.7897 0.2006 0.0097
chr11 71582738 TGGAGCCACAGCCCCCACAGCCAGAGCCACAGCCCCCACTGCC T 0.500000 0.050 1 -42 1 1059 361 698 285 2 72 0 2 0 0 697 0 1 0.7895 0.0000 0.0014 4.000 0.22 0.50 -0.28 85 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9114 0.0886 0.0000 0 0 0.9938 0.0062 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000
chr11 72139110 CTA C 0.500000 0.050 1 -2 1 960 260 700 118 1 6 0 135 0 0 700 0 0 0.4538 0.0000 0.0000 42.333 0.31 2.16 -1.85 14 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0842 0.5063 0.4095 1 1 0.0887 0.5054 0.4059 1 1 0.0948 0.5044 0.4008
chr11 73309330 G GCTC 0.500000 0.050 1 3 1 722 133 589 53 0 9 1 70 0 0 588 0 1 0.3985 0.0000 0.0017 13.667 0.62 3.26 -2.63 3 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0759 0.4442 0.4799 1 2 0.0802 0.4477 0.4721 1 2 0.0861 0.4522 0.4617
chr11 75402313 ATGG A 0.500000 0.050 1 -3 2 292 114 178 65 0 1 0 48 1 0 177 0 0 0.5702 0.0056 0.0056 113.000 0.23 3.02 -2.79 35 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4733 0.4469 0.0798 1 0 0.4657 0.4502 0.0841 1 0 0.4554 0.4546 0.0900
chr11 77184725 GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 0.500000 0.050 1 -22 2 383 117 266 0 0 2 0 115 0 0 257 0 9 0.0000 0.0000 0.0338 57.500 16.03 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0423 0.9577 2 2 0.0000 0.0449 0.9551 2 2 0.0000 0.0487 0.9513
chr11 96092210 TTGCTGCTGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 1219 352 867 118 4 72 4 154 0 0 865 1 1 0.3352 0.0000 0.0023 3.971 0.86 7.90 -7.03 6 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0158 0.2945 0.6897 1 2 0.0180 0.3036 0.6784 1 2 0.0213 0.3159 0.6628
chr11 108917907 G GTGATGA 0.500000 0.050 1 6 1 177 70 107 30 0 9 0 31 0 0 102 0 5 0.4286 0.0000 0.0467 6.778 0.30 5.13 -4.83 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1731 0.5088 0.3182 1 1 0.1760 0.5081 0.3160 1 1 0.1798 0.5072 0.3130
chr11 115209591 A ATGG 0.500000 0.050 1 3 2 321 151 170 64 47 35 0 5 0 0 170 0 0 0.4238 0.0000 0.0000 3.314 0.80 2.20 -1.40 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0045 0.9955 0.0000 0 1 0.3412 0.6588 0.0000 0 0 0.6780 0.3220 0.0000
chr11 117282785 G GCCC 0.500000 0.050 1 3 2 364 101 263 94 0 5 0 2 0 0 263 0 0 0.9307 0.0000 0.0000 19.200 0.21 3.50 -3.29 6 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2892 0.7108 0.0000 0 0 0.7276 0.2724 0.0000 0 0 0.8191 0.1809 0.0000
chr11 117918597 CGGGCTGGAGATGCCT C 0.500000 0.050 1 -15 3 762 218 544 0 0 32 3 183 0 0 544 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 5.812 10.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0094 0.9906 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0116 0.9884
chr11 124880551 CCGGAGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 380 111 269 45 0 7 0 59 0 0 269 0 0 0.4054 0.0000 0.0000 14.857 0.78 6.41 -5.63 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1049 0.4761 0.4189 1 1 0.1092 0.4777 0.4132 1 1 0.1149 0.4797 0.4054
chr11 130428222 GGCA G 0.500000 0.050 1 -3 1 443 160 283 71 4 18 2 65 0 2 279 1 1 0.4437 0.0000 0.0141 7.833 1.07 3.52 -2.45 29 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3159 0.5287 0.1554 1 1 0.3145 0.5265 0.1590 1 1 0.3125 0.5238 0.1637
chr12 1953157 T TTGC 0.435834 0.050 1 3 1 505 134 371 51 7 25 2 49 0 0 371 0 0 0.3806 0.0000 0.0000 4.360 0.18 3.02 -2.84 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3560 0.5076 0.1364 1 1 0.3541 0.5065 0.1394 1 1 0.3514 0.5053 0.1433
chr12 6667903 T TTGC 0.006082 0.050 1 3 1 399 134 265 0 97 32 2 3 0 0 265 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 3.258 2.00 0 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7842 0.2158 0.0000 0 0 0.9904 0.0096 0.0000 0 0 0.9968 0.0032 0.0000
chr12 6667903 TTGC T 0.555955 0.050 1 -3 1 399 138 261 4 1 30 12 91 0 0 260 0 1 0.0290 0.0000 0.0038 3.600 2.50 3.15 -0.65 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9926 0.0074 2 1 0.0000 0.6189 0.3811 2 2 0.0000 0.2931 0.7069
chr12 8222185 C CACG 0.676520 0.050 1 3 1 4786 1121 3665 1047 6 18 0 50 0 1 3661 0 3 0.9340 0.0000 0.0011 68.812 1.41 3.88 -2.47 143 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 0.9920 0.0080 0.0000
chr12 9733111 A ATAAGT 0.503415 0.050 1 5 1 233 95 138 43 0 4 1 47 0 0 135 0 3 0.4526 0.0000 0.0217 22.750 0.14 4.74 -4.61 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1518 0.5090 0.3392 1 1 0.1552 0.5083 0.3365 1 1 0.1598 0.5074 0.3329
chr12 14567620 GGCA G 0.679595 0.050 1 -3 1 268 143 125 1 0 10 0 132 0 0 124 0 1 0.0070 0.0000 0.0080 13.300 0.00 4.10 -4.10 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0782 0.9218 2 2 0.0000 0.0334 0.9666 2 2 0.0000 0.0274 0.9726
chr12 14823483 CTA C 0.147675 0.050 1 -2 1 491 105 386 5 0 1 0 99 0 0 386 0 0 0.0476 0.0000 0.0000 104.000 0.20 2.21 -2.01 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9994 0.0006 2 1 0.0000 0.9340 0.0660 2 1 0.0000 0.7752 0.2248
chr12 18282464 GCCC G 0.396371 0.050 1 -3 2 407 104 303 64 0 1 0 39 0 0 303 0 0 0.6154 0.0000 0.0000 103.000 0.23 3.74 -3.51 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6245 0.3409 0.0346 1 0 0.6142 0.3483 0.0374 1 0 0.6004 0.3582 0.0415
chr12 40482887 AAGTGACAGGGACAACTGGACCATTAGCTGG A 0.182551 0.050 1 -30 1 2218 826 1392 443 18 129 4 232 2 1 1379 2 8 0.5363 0.0014 0.0093 5.472 2.59 8.64 -6.05 85 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000 1 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 40485756 TGGTGACAGGGATAACTGGACTATCAGCTGAGGTGACAGGGACAACTGGACTATCAGCTGG T 0.000403 0.050 1 -60 1 3137 745 2392 391 7 94 9 244 84 48 2254 5 1 0.5248 0.0351 0.0577 6.904 3.24 3.08 0.17 21 0/1 0/0 . . OK 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000 1 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr12 40490898 C CACTATCAGCTGGAGTGACAGGGAAAAGTGG 0.517853 0.050 1 30 1 2018 456 1562 259 4 188 0 5 3 3 1549 2 5 0.5680 0.0019 0.0083 1.426 2.98 5.00 -2.02 13 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.4055 0.5945 0.0000 0 0 0.9206 0.0794 0.0000
chr12 48203092 C CA 0.208713 0.050 1 1 1 1487 338 1149 19 0 5 1 313 0 0 1145 1 3 0.0562 0.0000 0.0035 66.600 0.37 1.23 -0.86 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9979 0.0021 2 1 0.0000 0.6823 0.3177
chr12 52317956 ACTT A 0.001740 0.050 1 -3 1 337 71 266 30 0 8 0 33 0 0 265 0 1 0.4225 0.0000 0.0038 7.875 1.00 3.18 -2.18 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4305 0.5683 0.0011 1 1 0.4339 0.5650 0.0011 1 1 0.4381 0.5608 0.0011
chr12 52675438 CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT C 0.460720 0.050 1 -21 2 872 183 689 3 0 24 1 155 0 1 687 0 1 0.0164 0.0000 0.0029 6.625 1.33 13.72 -12.39 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9139 0.0861 2 2 0.0000 0.2479 0.7521 2 2 0.0000 0.1051 0.8949
chr12 52768988 C CGCT 0.004583 0.050 1 3 2 534 171 363 99 57 8 0 7 0 0 363 0 0 0.5789 0.0000 0.0000 20.250 0.15 3.57 -3.42 3 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1072 0.8928 0.0000 0 0 0.9892 0.0108 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr12 52790167 C CGCTGCCACCGCTGAAACCGCT 0.041809 0.050 1 21 2 471 114 357 40 1 34 0 39 0 0 344 0 13 0.3509 0.0000 0.0364 2.353 0.20 12.59 -12.39 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3181 0.6407 0.0412 1 1 0.3247 0.6350 0.0403 1 1 0.3334 0.6275 0.0392
chr12 52795629 ACCAAAGCCACCAGCCCCT A 0.048305 0.050 1 -18 2 1062 276 786 4 0 50 2 220 0 0 776 0 10 0.0145 0.0000 0.0127 4.520 0.25 13.28 -13.03 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9752 0.0248 2 2 0.0000 0.4827 0.5173 2 2 0.0000 0.2509 0.7491
chr12 54403234 GGCC G 0.000323 0.050 1 -3 1 285 76 209 72 1 1 0 2 0 0 209 0 0 0.9474 0.0000 0.0000 75.000 0.54 3.00 -2.46 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr12 55129802 AT A 0.303312 0.050 1 -1 1 306 90 216 83 1 4 0 2 0 0 216 0 0 0.9222 0.0000 0.0000 21.500 0.20 1.50 -1.30 65 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4280 0.5720 0.0000 0 0 0.8280 0.1720 0.0000 0 0 0.8912 0.1088 0.0000
chr12 55320622 C CA 0.406066 0.050 1 1 2 361 94 267 39 1 1 0 53 0 0 264 0 3 0.4149 0.0000 0.0112 93.000 0.38 1.36 -0.97 33 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1173 0.4908 0.3920 1 1 0.1224 0.4926 0.3850 1 1 0.1295 0.4949 0.3756
chr12 57225404 T TGGC 0.004341 0.050 1 3 1 538 125 413 64 0 0 1 60 0 1 411 0 1 0.5120 0.0000 0.0048 125.000 1.20 4.25 -3.05 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4964 0.5020 0.0016 1 1 0.4979 0.5005 0.0016 1 0 0.4996 0.4987 0.0017
chr12 64318766 A AGTT 0.404869 0.050 1 3 2 367 107 260 0 0 2 0 105 0 0 259 0 1 0.0000 0.0000 0.0038 105.000 3.96 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0956 0.9044 2 2 0.0000 0.1001 0.8999 2 2 0.0000 0.1066 0.8934
chr12 70353913 TA T 0.224313 0.050 1 -1 1 212 62 150 4 4 18 19 17 0 0 149 0 1 0.0645 0.0000 0.0067 1.389 1.25 3.71 -2.46 2 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0048 0.9767 0.0185 2 1 0.0009 0.9733 0.0258 2 1 0.0002 0.9213 0.0785
chr12 76031157 TTGC T 0.989485 0.050 1 -3 1 1120 326 794 0 0 28 4 294 0 0 793 1 0 0.0000 0.0000 0.0013 10.643 3.47 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr12 85244867 GA G 0.286032 0.050 1 -1 1 149 70 79 35 3 6 2 24 0 0 79 0 0 0.5000 0.0000 0.0000 10.333 0.29 1.04 -0.76 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5111 0.4266 0.0624 1 0 0.5059 0.4295 0.0646 1 0 0.4989 0.4334 0.0677
chr12 102958393 C CGCA 0.500000 0.050 1 3 1 551 164 387 8 1 32 6 117 0 0 376 1 10 0.0488 0.0000 0.0284 4.125 0.00 5.86 -5.86 4 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9362 0.0638 2 1 0.0000 0.5317 0.4683
chr12 102958393 C CGCAGCAGCA 0.500000 0.050 1 9 1 551 164 387 9 48 32 1 74 0 2 376 0 9 0.0549 0.0000 0.0284 4.094 0.33 7.66 -7.33 5 0/1 0/1 . . OK 1 2 0.0474 0.3889 0.5637 1 2 0.0512 0.3953 0.5535 1 2 0.0566 0.4037 0.5397
chr12 106247711 GGGC G 0.500000 0.050 1 -3 1 451 133 318 0 0 20 1 112 0 0 315 0 3 0.0000 0.0000 0.0094 5.650 3.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0509 0.9491 2 2 0.0000 0.0538 0.9462 2 2 0.0000 0.0580 0.9420
chr12 106977948 AAAAG A 0.500000 0.050 1 -4 5 643 173 470 167 0 3 0 3 0 0 470 0 0 0.9653 0.0000 0.0000 56.667 0.35 4.33 -3.98 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3329 0.6671 0.0000 0 0 0.8923 0.1077 0.0000 0 0 0.9473 0.0527 0.0000
chr12 110582934 TCGCCGCCGC T 0.500000 0.050 1 -9 1 279 110 169 62 1 8 0 39 0 0 168 0 1 0.5636 0.0000 0.0059 12.750 0.81 8.56 -7.76 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5460 0.3977 0.0563 1 0 0.5358 0.4039 0.0603 1 0 0.5221 0.4119 0.0659
chr12 111363022 TGCCACCCCC T 0.500000 0.050 1 -9 1 563 132 431 72 0 2 0 58 0 0 423 0 8 0.5455 0.0000 0.0186 65.000 0.17 7.57 -7.40 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3019 0.5313 0.1668 1 1 0.3010 0.5289 0.1701 1 1 0.2996 0.5259 0.1745
chr12 111598949 GGCT G 0.500000 0.050 1 -3 1 655 208 447 0 1 22 10 175 0 0 445 1 1 0.0000 0.0000 0.0045 8.409 4.46 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0106 0.9894 2 2 0.0000 0.0114 0.9886 2 2 0.0000 0.0126 0.9874
chr12 112931910 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 225 113 112 0 0 1 0 112 0 0 111 0 1 0.0000 0.0000 0.0089 112.000 2.84 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0550 0.9450 2 2 0.0000 0.0581 0.9419 2 2 0.0000 0.0625 0.9375
chr12 118068522 TTCCTCC T 0.500000 0.050 1 -6 1 199 88 111 69 2 14 0 3 0 0 111 0 0 0.7841 0.0000 0.0000 5.286 0.30 6.67 -6.36 23 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0431 0.9569 0.0000 0 1 0.4399 0.5601 0.0000 0 0 0.6451 0.3549 0.0000
chr12 121240524 C CTTT 0.500000 0.050 1 3 2 419 94 325 24 21 17 3 29 0 2 320 0 3 0.2553 0.0000 0.0154 4.000 0.58 5.90 -5.31 2 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3750 0.4917 0.1332 1 1 0.3707 0.4923 0.1371 1 1 0.3649 0.4930 0.1422
chr12 121626865 GGCCCC G 0.500000 0.050 1 -5 5 343 91 252 0 0 4 3 84 0 0 241 0 11 0.0000 0.0000 0.0437 21.750 5.56 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0819 0.9181 2 2 0.0000 0.0872 0.9128
chr12 121921491 G GGAGGAGGAGGAGAAA 0.500000 0.050 1 15 4 286 59 227 0 0 4 0 55 0 0 218 0 9 0.0000 0.0000 0.0396 13.750 11.22 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1665 0.8335 2 2 0.0000 0.1710 0.8290 2 2 0.0000 0.1774 0.8226
chr12 122266132 G GC 0.500000 0.050 1 1 3 774 268 506 123 1 15 4 125 0 0 506 0 0 0.4590 0.0000 0.0000 16.800 1.80 2.15 -0.36 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1677 0.5701 0.2622 1 1 0.1715 0.5648 0.2636 1 1 0.1765 0.5582 0.2652
chr12 122995576 TGCCACCACC T 0.500000 0.050 1 -9 1 359 127 232 73 0 6 0 48 0 0 231 0 1 0.5748 0.0000 0.0043 20.167 0.71 8.21 -7.50 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5550 0.3933 0.0517 1 0 0.5448 0.3996 0.0556 1 0 0.5310 0.4078 0.0611
chr12 124340175 C CGCCGCTGCT 0.500000 0.050 1 9 5 628 156 472 0 0 24 1 131 0 0 450 0 22 0.0000 0.0000 0.0466 5.500 8.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0203 0.9797 2 2 0.0000 0.0219 0.9781 2 2 0.0000 0.0243 0.9757
chr12 124402512 G GGCTGCT 0.500000 0.050 1 6 3 265 106 159 38 0 35 0 33 0 0 156 0 3 0.3585 0.0000 0.0189 2.029 0.74 5.15 -4.41 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2609 0.5216 0.2175 1 1 0.2610 0.5199 0.2191 1 1 0.2610 0.5179 0.2211
chr12 124980723 A ACTCCTC 0.500000 0.050 1 6 1 409 127 282 57 0 20 1 49 0 0 279 0 3 0.4488 0.0000 0.0106 5.632 1.00 6.33 -5.33 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2858 0.5279 0.1862 1 1 0.2852 0.5258 0.1889 1 1 0.2843 0.5232 0.1925
chr12 131828553 G GGCTGCCGCT 0.500000 0.050 1 9 1 198 64 134 37 0 4 0 23 0 0 130 0 4 0.5781 0.0000 0.0299 15.000 0.84 8.61 -7.77 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3716 0.4902 0.1382 1 1 0.3672 0.4908 0.1419 1 1 0.3614 0.4917 0.1469
chr12 132062523 G GGCA 0.500000 0.050 1 3 1 593 180 413 76 10 41 4 49 0 0 407 0 6 0.4222 0.0000 0.0145 3.475 1.89 3.55 -1.66 36 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5625 0.3899 0.0476 1 0 0.5523 0.3963 0.0514 1 0 0.5386 0.4046 0.0568
chr12 132062548 A ACAG 0.500000 0.050 1 3 2 574 208 366 25 3 73 7 100 0 0 366 0 0 0.1202 0.0000 0.0000 1.849 2.00 3.30 -1.30 11 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0004 0.0457 0.9539 1 1 0.0003 0.5246 0.4752 2 1 0.0000 0.9994 0.0006
chr12 133121909 TA T 0.500000 0.050 1 -1 1 351 58 293 32 0 1 0 25 0 0 292 0 1 0.5517 0.0000 0.0034 57.000 0.44 1.12 -0.68 26 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3176 0.5069 0.1755 1 1 0.3154 0.5063 0.1783 1 1 0.3124 0.5057 0.1820
chr13 20988343 C CGGGGCG 0.483296 0.050 1 6 2 762 187 575 88 1 37 2 59 0 0 573 0 2 0.4706 0.0000 0.0035 4.027 0.40 5.88 -5.48 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5803 0.3774 0.0423 1 0 0.5701 0.3840 0.0459 1 0 0.5563 0.3928 0.0509
chr13 45596584 CCCAGATACTCTTCCTCCT C 0.470699 0.050 1 -18 4 545 183 362 106 0 13 1 63 0 0 361 0 1 0.5792 0.0000 0.0028 13.000 0.55 14.63 -14.09 28 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7584 0.2302 0.0115 1 0 0.7458 0.2410 0.0132 1 0 0.7283 0.2558 0.0158
chr13 52642566 CA C 0.003742 0.050 1 -1 3 772 237 535 232 0 0 1 4 0 0 535 0 0 0.9789 0.0000 0.0000 236.000 0.19 3.50 -3.31 130 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9918 0.0082 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr13 72743602 G GGTGA 0.022257 0.050 1 4 1 124 58 66 1 0 3 0 54 0 0 64 0 2 0.0172 0.0000 0.0303 18.333 0.00 3.98 -3.98 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9821 0.0179 2 1 0.0000 0.9556 0.0444 2 1 0.0000 0.9433 0.0567
chr13 77698098 T TGCC 0.001998 0.050 1 3 1 460 132 328 117 0 10 1 4 0 1 327 0 0 0.8864 0.0000 0.0030 12.100 3.15 5.75 -2.60 25 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9237 0.0763 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000
chr13 78602188 G GGCC 0.815212 0.050 1 3 4 777 115 662 0 0 15 2 98 0 0 658 1 3 0.0000 0.0000 0.0060 6.667 4.71 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0172 0.9828 2 2 0.0000 0.0185 0.9815
chr13 99970413 TGGC T 0.500000 0.050 1 -3 2 522 79 443 0 1 33 3 42 0 4 436 1 2 0.0000 0.0000 0.0158 1.364 3.69 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8102 0.1898 2 1 0.0000 0.6179 0.3821 2 2 0.0000 0.4926 0.5074
chr13 112068121 ATGGGCG A 0.500000 0.050 1 -6 2 564 143 421 71 2 16 0 54 3 0 414 1 3 0.4965 0.0071 0.0166 7.875 2.08 6.74 -4.66 13 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4681 0.4528 0.0791 1 0 0.4609 0.4557 0.0834 1 1 0.4512 0.4595 0.0893
chr13 112547538 ATGGGAAAGTCGCGCG A 0.500000 0.050 1 -15 1 297 108 189 33 2 34 0 39 0 0 188 0 1 0.3056 0.0000 0.0053 2.147 0.67 9.79 -9.13 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1816 0.5146 0.3038 1 1 0.1843 0.5135 0.3022 1 1 0.1878 0.5121 0.3001
chr13 113325657 A ACACT 0.500000 0.050 1 4 1 422 100 322 49 0 3 0 48 0 0 321 0 1 0.4900 0.0000 0.0031 32.333 0.59 4.08 -3.49 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2351 0.5299 0.2350 1 1 0.2362 0.5276 0.2362 1 1 0.2376 0.5248 0.2376
chr13 113406670 C CAAG 0.500000 0.050 1 3 1 522 120 402 0 0 2 0 118 0 0 399 0 3 0.0000 0.0000 0.0075 59.000 3.15 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0454 0.9546 2 2 0.0000 0.0482 0.9518 2 2 0.0000 0.0521 0.9479
chr14 19868522 A AG 0.732384 0.050 1 1 2 1479 326 1153 162 0 11 1 152 0 0 1151 0 2 0.4969 0.0000 0.0017 28.545 0.38 1.85 -1.47 10 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1613 0.6219 0.2169 1 1 0.1619 0.6145 0.2237 1 1 0.1624 0.6050 0.2326
chr14 20002693 CT C 0.452728 0.050 1 -1 4 1230 360 870 308 5 34 1 12 0 0 870 0 0 0.8556 0.0000 0.0000 9.588 0.25 1.50 -1.25 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.3320 0.6680 0.0000 0 0 0.9468 0.0532 0.0000
chr14 20060289 TCATAGATTTGCTCACTGAC T 0.427196 0.050 1 -19 1 483 135 348 82 0 2 0 51 0 0 340 0 8 0.6074 0.0000 0.0230 66.500 0.38 19.04 -18.66 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5741 0.3819 0.0440 1 0 0.5651 0.3876 0.0473 1 0 0.5528 0.3952 0.0520
chr14 20060441 AG A 0.001037 0.050 1 -1 1 511 125 386 68 0 4 0 53 0 0 384 1 1 0.5440 0.0000 0.0052 30.250 0.25 2.77 -2.52 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6204 0.3795 0.0002 1 0 0.6172 0.3826 0.0002 1 0 0.6129 0.3869 0.0002
chr14 20198016 C CA 0.700403 0.050 1 1 1 385 86 299 76 1 3 0 6 0 0 299 0 0 0.8837 0.0000 0.0000 27.667 0.30 0.83 -0.53 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0505 0.9495 0.0000 0 1 0.2269 0.7731 0.0000
chr14 21155337 CAGA C 0.002975 0.050 1 -3 1 494 97 397 89 1 5 0 2 0 0 397 0 0 0.9175 0.0000 0.0000 18.400 0.62 4.00 -3.38 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9920 0.0080 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr14 22902046 G GGGC 0.560337 0.050 1 3 1 433 110 323 55 1 11 0 43 0 0 322 0 1 0.5000 0.0000 0.0031 8.909 0.69 2.86 -2.17 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3526 0.5067 0.1407 1 1 0.3480 0.5068 0.1452 1 1 0.3419 0.5068 0.1513
chr14 23079574 A AGAACGT 0.278634 0.050 1 6 1 422 113 309 53 0 5 1 54 0 0 309 0 0 0.4690 0.0000 0.0000 21.600 0.28 5.19 -4.90 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3109 0.5428 0.1463 1 1 0.3136 0.5400 0.1464 1 1 0.3170 0.5364 0.1466
chr14 23080669 TTCC T 0.061796 0.050 1 -3 1 582 190 392 172 1 13 0 4 0 0 391 0 1 0.9053 0.0000 0.0026 13.615 0.52 4.00 -3.48 92 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2576 0.7424 0.0000 0 0 0.9747 0.0253 0.0000 0 0 0.9934 0.0066 0.0000
chr14 23104903 CA C 0.653704 0.050 1 -1 1 996 284 712 158 5 14 4 103 0 0 712 0 0 0.5563 0.0000 0.0000 33.375 0.41 4.04 -3.63 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7799 0.2132 0.0069 1 0 0.7653 0.2264 0.0083 1 0 0.7447 0.2447 0.0106
chr14 23104905 GCA G 0.660524 0.050 1 -2 1 992 279 713 157 0 12 7 103 0 0 712 1 0 0.5627 0.0000 0.0014 26.000 0.41 4.17 -3.76 17 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7136 0.2740 0.0123 1 0 0.6987 0.2868 0.0145 1 0 0.6780 0.3041 0.0179
chr14 23275591 ACAT A 0.375158 0.050 1 -3 1 343 48 295 12 1 4 0 31 0 0 292 0 3 0.2500 0.0000 0.0102 14.667 2.42 3.74 -1.33 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0975 0.4564 0.4461 1 1 0.1030 0.4614 0.4356 1 1 0.1103 0.4688 0.4209
chr14 23275617 TTCC T 0.376038 0.050 1 -3 1 357 58 299 28 2 6 0 22 0 0 298 0 1 0.4828 0.0000 0.0033 10.400 2.18 3.91 -1.73 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4016 0.4801 0.1183 1 1 0.3986 0.4807 0.1207 1 1 0.3945 0.4816 0.1239
chr14 24214060 CA C 0.080276 0.050 1 -1 1 288 75 213 71 1 0 0 3 0 0 213 0 0 0.9467 0.0000 0.0000 75.000 0.58 1.00 -0.42 21 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3513 0.6487 0.0000 0 0 0.9016 0.0984 0.0000 0 0 0.9548 0.0452 0.0000
chr14 24300643 A AGAG 0.272949 0.050 1 3 1 361 116 245 45 4 15 0 52 0 0 238 0 7 0.3879 0.0000 0.0286 6.733 0.53 3.19 -2.66 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2182 0.5615 0.2203 1 1 0.2236 0.5591 0.2173 1 1 0.2308 0.5558 0.2134
chr14 53152762 T TGCCGCC 0.826994 0.050 1 6 1 621 137 484 68 0 18 2 49 0 0 476 0 8 0.4964 0.0000 0.0165 6.556 0.53 7.67 -7.14 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1396 0.5945 0.2659 1 1 0.1378 0.5903 0.2719 1 1 0.1354 0.5849 0.2798
chr14 59464198 G GCA 0.003589 0.050 1 2 1 442 107 335 102 0 1 1 3 0 0 335 0 0 0.9533 0.0000 0.0000 106.000 0.54 2.00 -1.46 8 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9559 0.0441 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
chr14 67198163 TGAA T 0.018726 0.050 1 -3 2 171 66 105 0 0 2 0 64 0 0 101 0 4 0.0000 0.0000 0.0381 32.000 2.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9045 0.0955 2 1 0.0000 0.9074 0.0926 2 1 0.0000 0.9113 0.0887
chr14 69573086 CGCGGCG C 0.814084 0.050 1 -6 2 650 175 475 78 4 33 2 58 0 0 472 1 2 0.4457 0.0000 0.0063 4.242 1.29 7.09 -5.79 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2369 0.6008 0.1623 1 1 0.2309 0.5991 0.1700 1 1 0.2231 0.5965 0.1804
chr14 77027418 TTGC T 0.008855 0.050 1 -3 1 504 117 387 3 1 33 70 10 0 0 382 1 4 0.0256 0.0000 0.0129 2.438 0.33 7.20 -6.87 1 0/0 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.9911 0.0089 2 1 0.0000 0.9796 0.0204
chr14 77027418 TTGCTGC T 0.394255 0.050 1 -6 1 505 118 387 3 1 28 3 83 0 0 383 0 4 0.0254 0.0000 0.0103 3.107 0.33 5.27 -4.93 1 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 0.9601 0.0399 2 1 0.0000 0.5801 0.4199 2 2 0.0000 0.3736 0.6264
chr14 77027448 CTGT C 0.435919 0.050 1 -3 1 496 115 381 10 28 14 14 49 0 2 377 1 1 0.0870 0.0000 0.0105 18.600 1.00 4.53 -3.53 8 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0425 0.3604 0.5971 1 2 0.0465 0.3695 0.5840 1 2 0.0522 0.3815 0.5663
chr14 92688192 TGGC T 0.643421 0.050 1 -3 2 490 169 321 0 0 19 1 149 0 1 319 0 1 0.0000 0.0000 0.0062 7.895 3.18 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0132 0.9868 2 2 0.0000 0.0142 0.9858 2 2 0.0000 0.0156 0.9844
chr14 94115784 TGGCCATGGC T 0.375227 0.050 1 -9 1 457 125 332 76 0 3 0 46 0 1 330 0 1 0.6080 0.0000 0.0060 40.667 0.42 8.98 -8.56 60 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6844 0.2937 0.0219 1 0 0.6735 0.3024 0.0241 1 0 0.6587 0.3140 0.0273
chr14 102231742 T TGA 0.001158 0.050 1 2 2 171 92 79 54 0 0 0 38 0 0 79 0 0 0.5870 0.0000 0.0000 92.000 0.56 2.13 -1.58 12 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6631 0.3368 0.0002 1 0 0.6581 0.3417 0.0002 1 0 0.6515 0.3483 0.0002
chr14 103126551 GAGA G 0.001202 0.050 1 -3 2 230 73 157 64 1 5 1 2 0 0 157 0 0 0.8767 0.0000 0.0000 13.600 0.22 3.00 -2.78 20 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9905 0.0095 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9993 0.0007 0.0000
chr14 104588781 TGACGGGCAG T 0.435567 0.050 1 -9 1 228 78 150 43 0 8 1 26 0 0 149 0 1 0.5513 0.0000 0.0067 8.625 0.12 8.19 -8.08 1 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4802 0.4374 0.0824 1 0 0.4732 0.4408 0.0861 1 0 0.4638 0.4452 0.0910
chr14 105529712 TGCC T 0.270735 0.050 1 -3 2 403 111 292 7 0 16 1 87 0 0 291 0 1 0.0631 0.0000 0.0034 5.938 0.14 3.59 -3.44 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9698 0.0302 2 1 0.0000 0.8112 0.1888
chr15 22786677 AGCG A 0.219888 0.050 1 -3 1 306 72 234 31 1 7 0 33 0 0 234 0 0 0.4306 0.0000 0.0000 9.286 1.00 4.45 -3.45 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3602 0.5270 0.1128 1 1 0.3619 0.5252 0.1129 1 1 0.3641 0.5230 0.1130
chr15 23439857 G GCAT 0.979303 0.050 1 3 1 1157 196 961 0 1 4 3 188 0 2 892 43 24 0.0000 0.0000 0.0718 47.500 4.41 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0001 0.9999
chr15 23440394 CT C 0.994113 0.050 1 -1 2 2550 647 1903 0 2 18 9 618 0 2 1829 19 53 0.0000 0.0000 0.0389 36.706 3.43 0 0/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr15 23441081 G GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT 0.154509 0.050 1 21 1 2646 470 2176 312 12 125 5 16 5 7 2158 4 2 0.6638 0.0023 0.0083 2.795 2.02 5.50 -3.48 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000 0 0 0.6682 0.3318 0.0000
chr15 23441523 TCCGCATCTTCTCCTCCTGCTC T 0.005169 0.050 1 -21 1 1730 439 1291 218 1 64 1 155 4 1 1249 3 34 0.4966 0.0031 0.0325 5.859 0.88 15.73 -14.85 102 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.7419 0.2579 0.0002 1 0 0.7377 0.2622 0.0002 1 0 0.7315 0.2683 0.0002
chr15 23646297 AGCCTGGCGGATCACAGGTGGG A 0.000427 0.050 1 -21 2 1084 288 796 104 5 79 3 97 0 0 796 0 0 0.3611 0.0000 0.0000 2.608 1.26 6.05 -4.79 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5498 0.4501 0.0001 1 0 0.5502 0.4497 0.0001 1 0 0.5505 0.4494 0.0001
chr15 31229302 CG C 0.310739 0.050 1 -1 2 206 72 134 1 0 5 34 32 0 0 133 1 0 0.0139 0.0000 0.0075 7.200 2.00 2.03 -0.03 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6897 0.3103 2 2 0.0000 0.4747 0.5253 2 2 0.0000 0.4139 0.5861
chr15 31229302 CGG C 0.653809 0.050 1 -2 2 206 73 133 1 0 37 1 34 0 0 133 0 0 0.0137 0.0000 0.0000 0.973 2.00 2.29 -0.29 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5502 0.4498 2 2 0.0000 0.3216 0.6784 2 2 0.0000 0.2645 0.7355
chr15 31484007 TGGC T 0.683637 0.050 1 -3 1 691 159 532 49 5 36 2 67 0 0 528 0 4 0.3082 0.0000 0.0075 3.417 1.08 4.22 -3.14 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0402 0.3824 0.5774 1 2 0.0427 0.3871 0.5702 1 2 0.0462 0.3933 0.5605
chr15 35084193 TCA T 0.022764 0.050 1 -2 2 847 166 681 161 2 0 0 3 0 0 681 0 0 0.9699 0.0000 0.0000 164.000 0.75 4.00 -3.25 129 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9507 0.0493 0.0000 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9986 0.0014 0.0000
chr15 39976797 G GGACGAC 0.109463 0.050 1 6 1 346 80 266 68 0 7 0 5 0 0 266 0 0 0.8500 0.0000 0.0000 10.429 0.53 5.80 -5.27 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0127 0.9873 0.0000 0 0 0.6068 0.3932 0.0000 0 0 0.8663 0.1337 0.0000
chr15 40281980 T TGGCCGCGGG 0.001310 0.050 1 9 1 446 63 383 53 0 8 0 2 0 0 383 0 0 0.8413 0.0000 0.0000 6.875 0.72 9.50 -8.78 7 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9910 0.0090 0.0000 0 0 0.9987 0.0013 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000
chr15 40407805 GTT G 0.332169 0.050 1 -2 1 421 150 271 7 0 4 0 139 0 0 271 0 0 0.0467 0.0000 0.0000 36.500 1.86 2.12 -0.27 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.8748 0.1252 2 2 0.0000 0.4918 0.5082
chr15 40807701 T TGGGGC 0.358646 0.050 1 5 1 533 146 387 78 0 10 1 57 0 0 385 0 2 0.5342 0.0000 0.0052 13.600 0.22 4.65 -4.43 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5399 0.4092 0.0509 1 0 0.5332 0.4129 0.0539 1 0 0.5242 0.4179 0.0579
chr15 42690819 TTAA T 0.000402 0.050 1 -3 4 874 216 658 207 1 4 0 4 1 0 657 0 0 0.9583 0.0015 0.0015 53.000 0.22 3.50 -3.28 13 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9986 0.0014 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr15 43872814 C CTATT 0.101358 0.050 1 4 1 279 128 151 121 0 3 0 4 0 0 151 0 0 0.9453 0.0000 0.0000 41.667 0.43 3.00 -2.57 43 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2137 0.7863 0.0000 0 0 0.9238 0.0762 0.0000 0 0 0.9733 0.0267 0.0000
chr15 64815936 TC T 0.001060 0.050 1 -1 1 454 154 300 145 0 4 0 5 0 0 300 0 0 0.9416 0.0000 0.0000 37.500 0.41 1.20 -0.79 9 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9162 0.0838 0.0000 0 0 0.9992 0.0008 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr15 70984141 GCAA G 0.472078 0.050 1 -3 2 150 76 74 49 0 0 0 27 0 0 72 0 2 0.6447 0.0000 0.0270 76.000 0.18 3.00 -2.82 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5266 0.4082 0.0652 1 0 0.5173 0.4136 0.0691 1 0 0.5049 0.4206 0.0745
chr15 74244059 TAAG T 0.589043 0.050 1 -3 1 249 141 108 81 0 3 1 56 0 0 106 0 2 0.5745 0.0000 0.0185 46.000 0.33 3.32 -2.99 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4686 0.4553 0.0761 1 1 0.4594 0.4595 0.0811 1 1 0.4470 0.4649 0.0881
chr15 78620725 ACAG A 0.589191 0.050 1 -3 1 441 114 327 45 0 12 1 56 0 1 321 1 4 0.3947 0.0000 0.0183 8.500 0.64 3.62 -2.98 21 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0719 0.4359 0.4922 1 2 0.0754 0.4390 0.4857 1 2 0.0801 0.4429 0.4769
chr15 78766598 GCGC G 0.019890 0.050 1 -3 3 683 119 564 60 1 6 0 52 0 0 562 0 2 0.5042 0.0000 0.0035 18.833 1.28 5.33 -4.04 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5432 0.4513 0.0055 1 0 0.5424 0.4519 0.0057 1 0 0.5413 0.4529 0.0059
chr15 84895080 C CTTG 0.283663 0.050 1 3 3 341 137 204 67 0 2 1 67 0 0 200 0 4 0.4891 0.0000 0.0196 67.500 0.60 3.09 -2.49 41 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2665 0.5620 0.1715 1 1 0.2707 0.5583 0.1710 1 1 0.2762 0.5536 0.1702
chr15 88472272 CAG C 0.005890 0.050 1 -2 3 400 149 251 77 0 1 0 71 0 0 251 0 0 0.5168 0.0000 0.0000 148.000 0.23 3.23 -2.99 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5265 0.4717 0.0017 1 0 0.5271 0.4712 0.0018 1 0 0.5276 0.4706 0.0018
chr15 89333596 T TTGC 0.100121 0.050 1 3 1 1261 374 887 158 19 72 3 122 0 1 884 0 2 0.4225 0.0000 0.0034 4.167 0.45 2.94 -2.49 24 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8846 0.1147 0.0006 1 0 0.8773 0.1219 0.0008 1 0 0.8669 0.1321 0.0010
chr15 89776889 GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC G 0.425786 0.050 1 -24 2 772 219 553 16 17 152 4 30 0 0 552 0 1 0.0731 0.0000 0.0018 0.948 1.81 5.30 -3.49 6 0/0 0/1 . . OK 1 2 0.0163 0.2436 0.7401 1 2 0.0187 0.2565 0.7248 1 2 0.0223 0.2761 0.7016
chr15 89776903 AGGGCAGGGGCAG A 0.699006 0.050 1 -12 2 762 201 561 0 0 13 2 186 0 0 561 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 14.462 7.94 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0038 0.9962 2 2 0.0000 0.0042 0.9958 2 2 0.0000 0.0047 0.9953
chr15 92472964 AC A 0.000463 0.050 1 -1 1 289 111 178 101 0 4 0 6 0 0 178 0 0 0.9099 0.0000 0.0000 35.667 0.35 2.50 -2.15 45 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6167 0.3833 0.0000 0 0 0.9979 0.0021 0.0000 0 0 0.9996 0.0004 0.0000
chr15 92655448 TTGGAGC T 0.998005 0.050 1 -6 1 323 86 237 0 0 5 0 81 0 0 230 0 7 0.0000 0.0000 0.0295 16.200 7.19 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0002 0.9998
chr15 98968530 CT C 0.000805 0.050 1 -1 1 301 109 192 65 0 0 0 44 0 0 192 0 0 0.5963 0.0000 0.0000 109.000 0.52 1.09 -0.57 27 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7118 0.2882 0.0001 1 0 0.7056 0.2943 0.0001 1 0 0.6972 0.3027 0.0001
chr15 101489563 GGCGCCCCCC G 0.028834 0.050 1 -9 2 244 72 172 33 0 11 1 27 0 0 170 0 2 0.4583 0.0000 0.0116 5.545 2.09 10.70 -8.61 3 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5054 0.4835 0.0111 1 0 0.5053 0.4835 0.0112 1 0 0.5051 0.4835 0.0114
chr16 770636 CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG C 0.004222 0.050 1 -46 1 1003 191 812 123 11 52 1 4 2 0 808 2 0 0.6440 0.0025 0.0049 2.615 1.73 3.00 -1.27 9 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4277 0.5723 0.0000 0 0 0.9918 0.0082 0.0000 0 0 0.9984 0.0016 0.0000
chr16 813355 AGGACGCCGGACCGACAC A 0.089377 0.050 1 -17 2 251 74 177 43 0 1 0 30 0 0 177 0 0 0.5811 0.0000 0.0000 73.000 1.86 17.03 -15.17 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6030 0.3807 0.0164 1 0 0.5983 0.3846 0.0171 1 0 0.5921 0.3899 0.0180
chr16 1093978 G GC 0.001284 0.050 1 1 2 342 104 238 92 1 6 0 5 0 0 238 0 0 0.8846 0.0000 0.0000 16.333 0.57 1.20 -0.63 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7162 0.2838 0.0000 0 0 0.9964 0.0036 0.0000 0 0 0.9991 0.0009 0.0000
chr16 1256558 AG A 0.210472 0.050 1 -1 1 784 178 606 6 1 1 0 170 0 0 603 0 3 0.0337 0.0000 0.0050 177.000 1.17 1.37 -0.20 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9995 0.0005 2 1 0.0000 0.8245 0.1755 2 2 0.0000 0.4281 0.5719
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 566 96 470 0 0 1 1 94 0 0 467 1 2 0.0000 0.0000 0.0064 95.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 2009735 CG C 0.999815 0.050 1 -1 6 566 96 470 0 0 1 1 94 0 0 467 1 2 0.0000 0.0000 0.0064 95.000 7.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr16 10430799 GGAC G 0.612863 0.050 1 -3 1 406 110 296 55 0 4 0 51 0 0 294 0 2 0.5000 0.0000 0.0068 26.500 0.25 3.10 -2.84 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2013 0.5373 0.2614 1 1 0.2015 0.5347 0.2638 1 1 0.2018 0.5314 0.2668
chr16 11933617 CAT C 0.996541 0.050 1 -2 1 243 64 179 36 1 1 0 26 0 0 179 0 0 0.5625 0.0000 0.0000 63.000 0.19 2.12 -1.92 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0036 0.6488 0.3476 1 1 0.0035 0.6428 0.3537 1 1 0.0034 0.6349 0.3617
chr16 22008325 AG A 0.081606 0.050 1 -1 1 317 179 138 77 0 2 1 99 0 0 138 0 0 0.4302 0.0000 0.0000 88.500 0.68 1.41 -0.74 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1646 0.6933 0.1421 1 1 0.1737 0.6890 0.1373 1 1 0.1861 0.6828 0.1311
chr16 24777101 AGCAGCCACAGCC A 0.180179 0.050 1 -12 1 661 231 430 111 0 15 2 103 0 0 430 0 0 0.4805 0.0000 0.0000 14.333 0.20 8.23 -8.03 19 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4376 0.5105 0.0519 1 1 0.4388 0.5078 0.0533 1 1 0.4402 0.5046 0.0552
chr16 28593494 G GT 0.000605 0.050 1 1 3 475 129 346 67 1 2 0 59 0 0 345 0 1 0.5194 0.0000 0.0029 63.500 0.25 1.20 -0.95 5 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5592 0.4406 0.0002 1 0 0.5584 0.4415 0.0002 1 0 0.5571 0.4427 0.0002
chr16 31759375 G GA 0.500000 0.050 1 1 1 182 83 99 76 0 3 0 4 0 0 98 0 1 0.9157 0.0000 0.0101 26.667 0.50 2.00 -1.50 38 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0022 0.9978 0.0000 0 1 0.1910 0.8090 0.0000 0 1 0.4926 0.5074 0.0000
chr16 57813722 ATG A 0.500000 0.050 1 -2 1 299 118 181 9 59 3 2 45 0 0 176 2 3 0.0763 0.0000 0.0276 28.000 0.00 8.80 -8.80 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2187 0.5269 0.2544 1 1 0.2204 0.5249 0.2548 1 1 0.2225 0.5223 0.2552
chr16 57813725 CAGGTGG C 0.500000 0.050 1 -6 1 299 122 177 75 0 1 0 46 0 0 171 1 5 0.6148 0.0000 0.0339 121.000 0.89 8.61 -7.72 31 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5439 0.4017 0.0544 1 0 0.5341 0.4075 0.0584 1 0 0.5208 0.4152 0.0640
chr16 58543411 GA G 0.500000 0.050 1 -1 1 493 94 399 58 10 18 1 7 0 0 399 0 0 0.6170 0.0000 0.0000 4.056 1.22 1.71 -0.49 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0419 0.9581 0.0000 0 1 0.2482 0.7518 0.0000
chr16 67195890 A ACAGCAGCAG 0.500000 0.050 1 9 2 452 202 250 146 2 50 0 4 0 0 248 0 2 0.7228 0.0000 0.0080 3.040 0.73 10.00 -9.27 50 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0023 0.9977 0.0000 0 1 0.4129 0.5871 0.0000 0 0 0.7897 0.2103 0.0000
chr16 67842920 ACAG A 0.500000 0.050 1 -3 2 1265 416 849 287 38 74 1 16 0 1 847 0 1 0.6899 0.0000 0.0024 4.562 2.75 3.94 -1.19 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0185 0.9815 0.0000 0 0 0.7531 0.2469 0.0000
chr16 71922608 AATGCCC A 0.500000 0.050 1 -6 2 279 131 148 66 0 18 0 47 0 0 148 0 0 0.5038 0.0000 0.0000 6.278 0.33 7.98 -7.65 16 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.4877 0.4377 0.0745 1 0 0.4796 0.4416 0.0788 1 0 0.4686 0.4467 0.0847
chr16 71947511 CTTTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 175 99 76 92 0 5 0 2 0 0 76 0 0 0.9293 0.0000 0.0000 18.800 0.49 4.00 -3.51 40 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.2789 0.7211 0.0000 0 0 0.7177 0.2823 0.0000 0 0 0.8118 0.1882 0.0000
chr16 71999722 AC A 0.500000 0.050 1 -1 2 259 86 173 42 0 1 0 43 0 0 173 0 0 0.4884 0.0000 0.0000 85.000 0.26 1.28 -1.02 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2255 0.5256 0.2489 1 1 0.2268 0.5237 0.2495 1 1 0.2286 0.5213 0.2501
chr16 72797458 C CTTG 0.500000 0.050 1 3 1 638 173 465 61 4 35 12 61 0 0 458 0 7 0.3526 0.0000 0.0151 4.029 0.48 5.36 -4.89 3 0/0 0/1 . . OK 1 1 0.1026 0.4886 0.4088 1 1 0.1069 0.4892 0.4039 1 1 0.1128 0.4900 0.3972
chr16 72797458 C CTTGTTG 0.500000 0.050 1 6 1 638 173 465 65 0 46 1 61 0 0 458 0 7 0.3757 0.0000 0.0151 2.739 0.69 5.79 -5.09 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1857 0.5356 0.2788 1 1 0.1885 0.5329 0.2786 1 1 0.1922 0.5295 0.2783
chr16 81035884 AGGC A 0.500000 0.050 1 -3 2 299 91 208 33 0 9 1 48 0 0 208 0 0 0.3626 0.0000 0.0000 9.111 1.33 4.48 -3.15 19 0/1 1/1 . . OK 1 1 0.0931 0.4540 0.4529 1 1 0.0974 0.4570 0.4456 1 1 0.1032 0.4609 0.4359
chr16 81208543 GTT G 0.500000 0.050 1 -2 2 216 82 134 44 0 0 0 38 0 0 133 0 1 0.5366 0.0000 0.0075 82.000 1.43 4.71 -3.28 20 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2995 0.5178 0.1827 1 1 0.2982 0.5164 0.1854 1 1 0.2963 0.5147 0.1889
chr16 84463730 T TAGTGGA 0.500000 0.050 1 6 1 180 79 101 38 0 3 0 38 0 0 101 0 0 0.4810 0.0000 0.0000 25.333 0.39 5.32 -4.92 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2384 0.5232 0.2384 1 1 0.2393 0.5214 0.2393 1 1 0.2404 0.5192 0.2404
chr16 85656376 GGAGCGC G 0.500000 0.050 1 -6 3 453 106 347 51 4 13 1 37 0 0 347 0 0 0.4811 0.0000 0.0000 7.583 1.10 6.95 -5.85 29 0/0 0/1 . . OK 1 0 0.4629 0.4499 0.0873 1 0 0.4553 0.4531 0.0915 1 1 0.4453 0.4573 0.0974
chr16 85656394 CGAGCGT C 0.500000 0.050 1 -6 1 443 100 343 42 0 15 1 42 0 0 343 0 0 0.4200 0.0000 0.0000 5.600 1.10 6.29 -5.19 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2289 0.5256 0.2455 1 1 0.2301 0.5237 0.2462 1 1 0.2317 0.5213 0.2470
chr16 85710272 GGCTGCTGCT G 0.500000 0.050 1 -9 1 365 175 190 83 0 16 1 75 0 0 188 0 2 0.4743 0.0000 0.0105 9.938 0.29 8.97 -8.68 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2848 0.5415 0.1737 1 1 0.2846 0.5384 0.1770 1 1 0.2843 0.5345 0.1812
chr16 87604287 C CCTGCTG 0.500000 0.050 1 6 1 409 124 285 55 0 22 0 47 0 0 280 1 4 0.4435 0.0000 0.0175 4.636 0.45 5.85 -5.40 17 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2731 0.5292 0.1976 1 1 0.2730 0.5270 0.2000 1 1 0.2727 0.5243 0.2031
chr16 88533287 GGA G 0.500000 0.050 1 -2 1 629 128 501 0 0 3 7 118 0 0 491 0 10 0.0000 0.0000 0.0200 41.333 8.20 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0323 0.9677 2 2 0.0000 0.0345 0.9655 2 2 0.0000 0.0377 0.9623
chr16 88533292 CT C 0.500000 0.050 1 -1 2 628 124 504 0 0 6 15 103 0 0 493 3 8 0.0000 0.0000 0.0218 19.667 8.00 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0370 0.9630 2 2 0.0000 0.0394 0.9606 2 2 0.0000 0.0429 0.9571
chr16 88533294 CTGG C 0.500000 0.050 1 -3 1 628 122 506 0 0 2 2 118 0 1 486 9 10 0.0000 0.0000 0.0395 119.000 8.29 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1018 0.8982 2 2 0.0000 0.0577 0.9423 2 2 0.0000 0.0495 0.9505
chr16 88714226 AGGTGTG A 0.500000 0.050 1 -6 1 638 111 527 2 8 10 2 89 0 0 524 0 3 0.0180 0.0000 0.0057 12.500 6.50 14.18 -7.68 2 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9998 0.0002 2 1 0.0000 0.9444 0.0556 2 1 0.0000 0.6964 0.3036
chr16 88714227 G GGTGT 0.500000 0.050 1 4 1 631 111 520 71 13 9 1 17 1 1 518 0 0 0.6396 0.0019 0.0038 11.222 15.87 4.65 11.23 39 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0252 0.9748 0.0000 0 1 0.0001 0.9999 0.0000 0 1 0.0112 0.9888 0.0000
chr16 88721199 CCTT C 0.500000 0.050 1 -3 1 521 123 398 78 1 3 0 41 0 0 397 0 1 0.6341 0.0000 0.0025 40.000 1.22 3.02 -1.81 18 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7153 0.2663 0.0184 1 0 0.7019 0.2773 0.0208 1 0 0.6835 0.2921 0.0244
chr16 88733964 GTCC G 0.500000 0.050 1 -3 1 750 202 548 76 2 35 6 83 0 0 546 0 2 0.3762 0.0000 0.0036 4.771 0.30 4.28 -3.97 0 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1066 0.5021 0.3913 1 1 0.1109 0.5017 0.3874 1 1 0.1168 0.5013 0.3819
chr16 88859959 C CGCATCCAGTCCAGGTGGGCCCTACTTTCTGTGTCT 0.500000 0.050 1 35 2 881 196 685 98 0 45 0 53 0 0 650 0 35 0.5000 0.0000 0.0511 3.356 0.60 1.28 -0.68 16 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3445 0.5274 0.1281 1 1 0.3424 0.5253 0.1323 1 1 0.3395 0.5226 0.1379
chr16 89224802 G GGTGA 0.500000 0.050 1 4 2 132 69 63 32 1 2 0 34 0 0 62 0 1 0.4638 0.0000 0.0159 33.500 0.19 4.03 -3.84 2 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2165 0.5195 0.2639 1 1 0.2181 0.5181 0.2638 1 1 0.2201 0.5162 0.2637
chr17 1645662 G GAGC 0.022062 0.050 1 3 1 511 233 278 211 0 20 0 2 0 0 278 0 0 0.9056 0.0000 0.0000 10.650 0.29 3.00 -2.71 95 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9971 0.0029 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr17 1728046 TGAG T 0.225858 0.050 1 -3 1 825 197 628 93 0 11 1 92 0 0 628 0 0 0.4721 0.0000 0.0000 16.909 0.45 3.45 -2.99 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3454 0.5554 0.0992 1 1 0.3486 0.5512 0.1002 1 1 0.3526 0.5460 0.1014
chr17 3240728 CAG C 0.002492 0.050 1 -2 1 1448 483 965 460 2 8 0 13 0 0 965 0 0 0.9524 0.0000 0.0000 59.250 0.58 2.08 -1.50 234 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0294 0.9706 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr17 3690982 TG T 0.682464 0.050 1 -1 2 311 109 202 66 0 0 0 43 0 0 202 0 0 0.6055 0.0000 0.0000 109.000 0.39 1.44 -1.05 6 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4210 0.4859 0.0931 1 1 0.4106 0.4902 0.0992 1 1 0.3969 0.4956 0.1075
chr17 7466484 GGAA G 0.001385 0.050 1 -3 1 851 171 680 65 0 24 2 80 0 0 680 0 0 0.3801 0.0000 0.0000 6.125 0.31 3.26 -2.95 19 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2643 0.7337 0.0020 1 1 0.2733 0.7248 0.0019 1 1 0.2853 0.7128 0.0018
chr17 7846859 TACCACC T 0.084745 0.050 1 -6 2 1220 353 867 166 6 61 1 119 1 0 858 1 7 0.4703 0.0012 0.0104 4.787 5.71 5.96 -0.25 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8517 0.1474 0.0009 1 0 0.8442 0.1547 0.0011 1 0 0.8336 0.1650 0.0014
chr17 16058489 TAAC T 0.500000 0.050 1 -3 2 229 72 157 38 0 1 0 33 0 0 155 0 2 0.5278 0.0000 0.0127 71.000 0.18 3.03 -2.85 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2756 0.5195 0.2049 1 1 0.2751 0.5181 0.2068 1 1 0.2744 0.5162 0.2094
chr17 17136247 CCAG C 0.500000 0.050 1 -3 1 494 191 303 88 1 22 4 76 0 0 303 0 0 0.4607 0.0000 0.0000 7.682 0.17 3.21 -3.04 36 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3343 0.5278 0.1379 1 1 0.3325 0.5256 0.1419 1 1 0.3298 0.5230 0.1472
chr17 17793784 AGC A 0.500000 0.050 1 -2 1 913 239 674 3 3 37 5 191 0 0 673 0 1 0.0126 0.0000 0.0015 5.714 1.67 4.40 -2.73 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8180 0.1820 2 2 0.0000 0.1507 0.8493 2 2 0.0000 0.0556 0.9444
chr17 17793787 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 913 240 673 2 31 13 19 175 0 0 671 1 1 0.0083 0.0000 0.0030 56.000 1.50 4.10 -2.60 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9792 0.0208 2 1 0.0000 0.7866 0.2134
chr17 18778544 AG A 0.500000 0.050 1 -1 3 1016 334 682 324 3 1 0 6 0 0 682 0 0 0.9701 0.0000 0.0000 332.000 0.25 1.00 -0.75 212 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1755 0.8245 0.0000 0 0 0.9830 0.0170 0.0000 0 0 0.9963 0.0037 0.0000
chr17 18971372 C CGGT 0.500000 0.050 1 3 1 699 154 545 0 0 2 1 151 0 0 539 0 6 0.0000 0.0000 0.0110 76.000 3.99 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0184 0.9816 2 2 0.0000 0.0199 0.9801 2 2 0.0000 0.0222 0.9778
chr17 38352779 G GAGC 0.500000 0.050 1 3 4 686 191 495 89 11 11 2 78 0 0 491 1 3 0.4660 0.0000 0.0081 16.273 0.96 3.33 -2.38 3 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4264 0.4853 0.0883 1 1 0.4213 0.4860 0.0927 1 1 0.4143 0.4870 0.0987
chr17 40835263 CTGTT C 0.500000 0.050 1 -4 4 446 104 342 59 0 6 0 39 0 0 340 0 2 0.5673 0.0000 0.0058 16.333 0.19 3.90 -3.71 29 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.4769 0.4426 0.0804 1 0 0.4690 0.4463 0.0847 1 0 0.4583 0.4510 0.0906
chr17 41026759 AG A 0.500000 0.050 1 -1 1 741 193 548 96 0 16 2 79 0 0 546 0 2 0.4974 0.0000 0.0036 11.062 0.12 1.25 -1.13 62 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3871 0.5061 0.1069 1 1 0.3834 0.5054 0.1112 1 1 0.3783 0.5046 0.1171
chr17 41041248 GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCACAGCAGCGTGGCTGGCAGGAGCTGGTCTCACAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGAGCCGCAGGTCCCACTGGTGGAGCAGCTGGGAAATCCACAGAAGCTGGTCTGA G 0.500000 0.050 1 -138 2 952 393 559 373 2 9 0 9 0 0 559 0 0 0.9491 0.0000 0.0000 42.667 1.13 3.00 -1.87 133 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0052 0.9948 0.0000 0 0 0.9622 0.0378 0.0000 0 0 0.9965 0.0035 0.0000
chr17 41060050 T TG 0.500000 0.050 1 1 1 868 224 644 107 2 1 0 114 0 0 644 0 0 0.4777 0.0000 0.0000 223.000 0.26 1.36 -1.10 11 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1661 0.5600 0.2739 1 1 0.1698 0.5555 0.2746 1 1 0.1747 0.5499 0.2754
chr17 41098083 A AT 0.500000 0.050 1 1 2 428 121 307 58 0 5 0 58 0 0 307 0 0 0.4793 0.0000 0.0000 23.200 0.41 1.67 -1.26 38 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2324 0.5354 0.2322 1 1 0.2338 0.5327 0.2335 1 1 0.2354 0.5294 0.2352
chr17 41105507 GCCGCCCCAGCTGTTGTGTATCCAGCTGCTGCAGGCCCCAGTGCTGCCAGTCTGTGTGCTGCCAACCCACTTGTTCCCGCCCCAGCTGCTGTCAGACCACCTGTTGCAGGACCACCTGCTA G 0.500000 0.050 1 -120 1 753 320 433 281 10 23 2 4 0 0 433 0 0 0.8781 0.0000 0.0000 12.826 1.21 2.00 -0.79 99 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5526 0.4474 0.0000 0 0 0.9829 0.0171 0.0000 0 0 0.9942 0.0058 0.0000
chr17 41105856 CTCCAGCTGCTGCCGCCCCTCTTGCTGTGAA C 0.500000 0.050 1 -30 1 690 233 457 193 0 37 0 3 2 0 455 0 0 0.8283 0.0044 0.0044 5.297 0.62 1.00 -0.38 87 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5023 0.4977 0.0000 0 0 0.9430 0.0570 0.0000 0 0 0.9723 0.0277 0.0000
chr17 41149523 T TGGCAGCAGCTGGGGC 0.500000 0.050 1 15 1 524 124 400 63 1 8 2 50 0 0 388 0 12 0.5081 0.0000 0.0300 14.500 1.08 8.02 -6.94 7 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2340 0.5390 0.2270 1 1 0.2353 0.5361 0.2286 1 1 0.2370 0.5324 0.2306
chr17 41227070 ACTGCTGCCAGCC A 0.500000 0.050 1 -12 2 563 180 383 103 1 12 0 64 0 0 372 0 11 0.5722 0.0000 0.0287 15.273 1.76 10.72 -8.96 33 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6096 0.3567 0.0337 1 0 0.5987 0.3643 0.0370 1 0 0.5838 0.3744 0.0418
chr17 44903871 G GAGT 0.500000 0.050 1 3 5 1649 369 1280 199 0 5 0 165 0 0 1273 0 7 0.5393 0.0000 0.0055 72.800 0.64 3.31 -2.67 105 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5270 0.4365 0.0365 1 0 0.5210 0.4390 0.0400 1 0 0.5124 0.4425 0.0450
chr17 45242067 TCCG T 0.500000 0.050 1 -3 2 586 171 415 71 1 27 2 70 0 1 412 0 2 0.4152 0.0000 0.0072 5.333 0.35 3.44 -3.09 1 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2133 0.5441 0.2426 1 1 0.2154 0.5408 0.2438 1 1 0.2181 0.5366 0.2452
chr17 47361520 CAGTG C 0.500000 0.050 1 -4 1 310 91 219 49 0 6 0 36 0 0 218 0 1 0.5385 0.0000 0.0046 14.167 0.08 3.56 -3.47 15 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3948 0.4846 0.1205 1 1 0.3898 0.4856 0.1246 1 1 0.3831 0.4869 0.1300
chr17 47836758 AAGGAGCTGGAGC A 0.500000 0.050 1 -12 1 679 140 539 75 0 8 0 57 0 0 521 0 18 0.5357 0.0000 0.0334 16.500 0.39 11.00 -10.61 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2272 0.5457 0.2271 1 1 0.2289 0.5423 0.2289 1 1 0.2310 0.5379 0.2310
chr17 50375617 A AAGC 0.500000 0.050 1 3 5 910 258 652 109 0 9 0 140 0 0 649 0 3 0.4225 0.0000 0.0046 27.667 0.23 3.13 -2.90 23 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0225 0.3287 0.6488 1 2 0.0252 0.3369 0.6379 1 2 0.0291 0.3479 0.6229
chr17 58156083 G GT 0.500000 0.050 1 1 1 343 66 277 60 0 1 0 5 0 0 277 0 0 0.9091 0.0000 0.0000 65.000 0.18 1.60 -1.42 2 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0013 0.9987 0.0000 0 1 0.1354 0.8646 0.0000 0 1 0.3970 0.6030 0.0000
chr17 58206040 AT A 0.500000 0.050 1 -1 5 1275 271 1004 262 0 2 0 7 0 0 1004 0 0 0.9668 0.0000 0.0000 134.500 0.32 1.14 -0.82 74 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0081 0.9919 0.0000 0 0 0.8570 0.1430 0.0000 0 0 0.9754 0.0246 0.0000
chr17 58756096 G GGAACCC 0.500000 0.050 1 6 2 408 147 261 59 2 34 1 51 0 0 260 0 1 0.4014 0.0000 0.0038 3.324 0.36 6.14 -5.78 31 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3332 0.5158 0.1511 1 1 0.3308 0.5145 0.1547 1 1 0.3276 0.5130 0.1594
chr17 65536436 ACGGGGGGTGGTG A 0.500000 0.050 1 -12 1 360 103 257 51 0 3 0 49 0 0 247 0 10 0.4951 0.0000 0.0389 33.333 0.80 10.06 -9.26 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1514 0.5145 0.3340 1 1 0.1550 0.5134 0.3316 1 1 0.1597 0.5120 0.3283
chr17 67825951 AGCC A 0.500000 0.050 1 -3 2 428 85 343 35 0 11 1 38 0 0 341 0 2 0.4118 0.0000 0.0058 6.727 0.83 3.92 -3.09 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1736 0.5124 0.3140 1 1 0.1765 0.5114 0.3121 1 1 0.1803 0.5102 0.3094
chr17 67959642 T TCCTCCAGCC 0.500000 0.050 1 9 1 371 120 251 56 0 15 0 49 0 0 251 0 0 0.4667 0.0000 0.0000 7.000 0.30 6.80 -6.49 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3216 0.5174 0.1610 1 1 0.3197 0.5160 0.1643 1 1 0.3169 0.5144 0.1687
chr17 74215706 GT G 0.500000 0.050 1 -1 1 121 48 73 44 0 0 0 4 0 0 73 0 0 0.9167 0.0000 0.0000 48.000 0.34 1.00 -0.66 24 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0047 0.9953 0.0000 0 1 0.1715 0.8285 0.0000 0 1 0.3945 0.6055 0.0000
chr17 74842991 A AGCTCCGGGG 0.500000 0.050 1 9 2 540 113 427 47 0 13 1 52 0 0 420 0 7 0.4159 0.0000 0.0164 7.692 0.17 8.23 -8.06 9 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1117 0.4843 0.4040 1 1 0.1159 0.4853 0.3988 1 1 0.1216 0.4865 0.3919
chr17 74893497 C CGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTA 0.500000 0.050 1 36 2 309 84 225 2 0 55 1 26 0 0 216 0 9 0.0238 0.0000 0.0400 0.509 0.00 2.42 -2.42 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9133 0.0867 2 1 0.0000 0.6099 0.3901 2 2 0.0000 0.4700 0.5300
chr17 74893524 GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC G 0.500000 0.050 1 -54 1 313 114 199 87 1 5 0 21 0 0 199 0 0 0.7632 0.0000 0.0000 21.800 0.95 3.95 -3.00 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8975 0.1013 0.0012 0 1 0.0094 0.9905 0.0000 0 1 0.0034 0.9966 0.0000
chr17 75128745 CTCA C 0.500000 0.050 1 -3 1 472 113 359 69 0 6 1 37 0 0 357 0 2 0.6106 0.0000 0.0056 17.833 0.26 3.19 -2.93 39 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6244 0.3401 0.0355 1 0 0.6123 0.3489 0.0389 1 0 0.5958 0.3605 0.0437
chr17 75596487 CTG C 0.500000 0.050 1 -2 2 1029 317 712 19 0 5 1 292 0 0 699 0 13 0.0599 0.0000 0.0183 62.400 0.16 2.26 -2.10 5 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9942 0.0058 2 2 0.0000 0.4315 0.5685
chr17 76292311 CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 0.500000 0.050 1 -30 1 2157 485 1672 225 6 59 6 189 0 4 1656 2 10 0.4639 0.0000 0.0096 7.169 1.35 6.83 -5.48 41 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5170 0.4496 0.0334 1 0 0.5123 0.4509 0.0368 1 0 0.5053 0.4531 0.0417
chr17 76292483 CTGA C 0.500000 0.050 1 -3 1 2072 557 1515 242 4 31 5 275 3 2 1382 9 119 0.4345 0.0020 0.0878 18.714 1.99 4.76 -2.77 12 0/1 0/0 . . OK 1 2 0.0000 0.0016 0.9984 1 2 0.0000 0.0020 0.9980 1 2 0.0000 0.0028 0.9972
chr17 81456347 CGTGGCCCACAGG C 0.500000 0.050 1 -12 2 861 281 580 171 0 12 1 97 0 0 567 0 13 0.6085 0.0000 0.0224 22.417 0.37 11.05 -10.68 67 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8718 0.1259 0.0023 1 0 0.8612 0.1359 0.0028 1 0 0.8460 0.1502 0.0038
chr17 82362585 TC T 0.500000 0.050 1 -1 2 490 141 349 77 0 3 0 61 0 0 349 0 0 0.5461 0.0000 0.0000 46.000 0.29 1.48 -1.19 27 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4388 0.4710 0.0902 1 1 0.4327 0.4727 0.0946 1 1 0.4245 0.4751 0.1005
chr18 11689670 C CGGCCCT 0.145960 0.050 1 6 4 400 110 290 52 0 8 0 50 0 0 290 0 0 0.4727 0.0000 0.0000 12.750 0.44 5.60 -5.16 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4270 0.5131 0.0599 1 1 0.4281 0.5114 0.0605 1 1 0.4293 0.5094 0.0613
chr18 13049812 GA G 0.001808 0.050 1 -1 1 353 103 250 58 0 0 3 42 0 0 248 0 2 0.5631 0.0000 0.0080 103.000 0.38 3.81 -3.43 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6032 0.3965 0.0004 1 0 0.6004 0.3992 0.0004 1 0 0.5966 0.4030 0.0004
chr18 13049814 GCA G 0.001808 0.050 1 -2 1 352 101 251 56 1 0 1 43 0 0 249 0 2 0.5545 0.0000 0.0080 101.000 0.32 3.72 -3.40 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6020 0.3976 0.0004 1 0 0.5993 0.4003 0.0004 1 0 0.5955 0.4041 0.0004
chr18 21520797 A ATCT 0.999706 0.050 1 3 1 319 133 186 0 0 9 1 123 0 0 178 0 8 0.0000 0.0000 0.0430 13.778 3.02 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr18 24160067 CTG C 0.002292 0.050 1 -2 4 351 76 275 34 0 1 0 41 0 0 275 0 0 0.4474 0.0000 0.0000 75.000 0.41 2.02 -1.61 24 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3910 0.6072 0.0018 1 1 0.3959 0.6024 0.0018 1 1 0.4022 0.5961 0.0017
chr18 44876705 C CTCTT 0.547041 0.050 1 4 1 216 107 109 101 0 1 0 5 0 0 109 0 0 0.9439 0.0000 0.0000 106.000 0.22 4.20 -3.98 29 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0030 0.9970 0.0000 0 1 0.2617 0.7383 0.0000 0 0 0.5925 0.4075 0.0000
chr18 46253735 TCTG T 0.500000 0.050 1 -3 1 119 59 60 32 0 3 0 24 0 0 59 0 1 0.5424 0.0000 0.0167 18.667 0.31 3.04 -2.73 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3314 0.5027 0.1659 1 1 0.3286 0.5025 0.1689 1 1 0.3248 0.5022 0.1729
chr18 48950173 CGCGCCGGCGCCCGCGGCT C 0.500000 0.050 1 -18 2 445 121 324 114 0 4 0 3 0 0 324 0 0 0.9421 0.0000 0.0000 29.250 0.68 13.33 -12.66 8 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1162 0.8838 0.0000 0 0 0.6916 0.3084 0.0000 0 0 0.8345 0.1655 0.0000
chr18 49879055 T TGAG 0.500000 0.050 1 3 1 343 162 181 70 0 9 1 82 0 0 180 0 1 0.4321 0.0000 0.0055 17.000 0.23 2.90 -2.67 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1030 0.4925 0.4045 1 1 0.1073 0.4928 0.3998 1 1 0.1132 0.4933 0.3935
chr18 51196775 CGCCGCCGCG C 0.500000 0.050 1 -9 2 614 145 469 68 0 7 2 68 0 0 469 0 0 0.4690 0.0000 0.0000 19.571 1.29 9.53 -8.24 16 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.2108 0.5410 0.2481 1 1 0.2130 0.5380 0.2491 1 1 0.2157 0.5341 0.2502
chr18 54269587 GCGA G 0.500000 0.050 1 -3 2 224 123 101 0 0 6 0 117 0 0 101 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 19.500 3.54 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0500 0.9500 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0571 0.9429
chr18 58536020 AAAG A 0.500000 0.050 1 -3 5 619 143 476 135 0 3 0 5 0 0 475 0 1 0.9441 0.0000 0.0021 46.667 0.24 3.60 -3.36 33 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0017 0.9983 0.0000 0 1 0.3368 0.6632 0.0000 0 0 0.7323 0.2677 0.0000
chr18 58537155 ACAGTTGATGTGTCCT A 0.500000 0.050 1 -15 2 747 168 579 14 0 10 0 144 0 0 566 0 13 0.0833 0.0000 0.0225 15.800 0.43 13.01 -12.59 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9958 0.0042 2 1 0.0000 0.8083 0.1917
chr18 62523553 C CCCG 0.500000 0.050 1 3 6 393 67 326 23 2 8 0 34 1 1 323 0 1 0.3433 0.0031 0.0092 8.429 3.96 5.82 -1.87 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1505 0.4970 0.3525 1 1 0.1539 0.4972 0.3489 1 1 0.1585 0.4974 0.3441
chr18 68691277 TAA T 0.500000 0.050 1 -2 2 78 40 38 22 0 0 0 18 0 0 38 0 0 0.5500 0.0000 0.0000 40.000 0.36 2.39 -2.03 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2944 0.5074 0.1982 1 1 0.2929 0.5068 0.2003 1 1 0.2910 0.5061 0.2029
chr18 70196614 T TCTC 0.500000 0.050 1 3 1 164 75 89 0 0 6 0 69 0 0 89 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 11.500 3.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1498 0.8502 2 2 0.0000 0.1543 0.8457 2 2 0.0000 0.1606 0.8394
chr18 74556356 G GTGC 0.500000 0.050 1 3 1 148 77 71 68 1 6 0 2 0 0 71 0 0 0.8831 0.0000 0.0000 11.833 0.18 3.00 -2.82 26 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1784 0.8216 0.0000 0 0 0.5905 0.4095 0.0000 0 0 0.7132 0.2868 0.0000
chr19 1004897 G GCGTT 0.284715 0.050 1 4 1 583 130 453 124 0 1 0 5 0 0 453 0 0 0.9538 0.0000 0.0000 129.000 0.55 5.00 -4.45 10 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0160 0.9840 0.0000 0 0 0.6547 0.3453 0.0000 0 0 0.8845 0.1155 0.0000
chr19 1535194 GCCC G 0.232630 0.050 1 -3 1 156 58 98 32 0 0 0 26 0 0 98 0 0 0.5517 0.0000 0.0000 58.000 1.25 4.04 -2.79 6 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4531 0.4711 0.0759 1 1 0.4510 0.4718 0.0773 1 1 0.4481 0.4727 0.0791
chr19 1825928 TCTC T 0.223001 0.050 1 -3 2 204 120 84 7 0 0 0 113 0 0 83 0 1 0.0583 0.0000 0.0119 120.000 0.00 3.12 -3.12 7 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9999 0.0001 2 1 0.0000 0.9573 0.0427 2 1 0.0000 0.7532 0.2468
chr19 1827021 T TGGA 0.035075 0.050 1 3 2 333 84 249 8 0 22 4 50 0 0 249 0 0 0.0952 0.0000 0.0000 2.818 0.88 3.64 -2.77 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9993 0.0007 2 1 0.0000 0.9933 0.0067
chr19 2015541 GGGC G 0.470011 0.050 1 -3 4 296 98 198 0 0 32 64 2 0 0 187 11 0 0.0000 0.0000 0.0556 2.062 3.50 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1399 0.8601 2 2 0.0000 0.1446 0.8554 2 2 0.0000 0.1514 0.8486
chr19 2015541 GGGCGGC G 0.145769 0.050 1 -6 4 296 98 198 1 0 30 0 67 0 0 186 1 11 0.0102 0.0000 0.0606 2.267 0.00 6.99 -6.99 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8042 0.1958 2 1 0.0000 0.6207 0.3793 2 1 0.0000 0.5626 0.4374
chr19 2253751 GGCGCGGTCTGCGCCTTCTTGC G 0.000218 0.050 1 -21 1 261 82 179 44 0 5 0 33 0 0 173 0 6 0.5366 0.0000 0.0335 15.400 0.14 17.06 -16.92 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5363 0.4636 0.0001 1 0 0.5358 0.4641 0.0001 1 0 0.5351 0.4648 0.0001
chr19 4544250 G GCGCCAC 0.000589 0.050 1 6 2 294 70 224 34 0 11 0 25 0 0 218 1 5 0.4857 0.0000 0.0268 5.364 0.88 5.92 -5.04 2 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5215 0.4783 0.0002 1 0 0.5214 0.4784 0.0002 1 0 0.5211 0.4786 0.0002
chr19 4817276 A AAGG 0.143545 0.050 1 3 1 775 176 599 140 7 24 0 5 0 0 598 0 1 0.7955 0.0000 0.0017 6.333 0.62 3.20 -2.58 44 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0133 0.9867 0.0000 0 0 0.8030 0.1970 0.0000 0 0 0.9561 0.0439 0.0000
chr19 8325008 GTCC G 0.118610 0.050 1 -3 1 410 105 305 49 0 7 0 49 1 0 304 0 0 0.4667 0.0033 0.0033 14.000 0.20 3.06 -2.86 21 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4272 0.5207 0.0521 1 1 0.4288 0.5188 0.0525 1 1 0.4307 0.5164 0.0530
chr19 8334065 CTCGCTGTCGCCA C 0.292264 0.050 1 -12 2 656 176 480 96 0 9 0 71 0 0 471 0 9 0.5455 0.0000 0.0187 18.556 0.72 11.15 -10.44 8 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5322 0.4227 0.0452 1 0 0.5275 0.4249 0.0476 1 0 0.5210 0.4281 0.0509
chr19 9126022 G GATGGT 0.319679 0.050 1 5 3 262 60 202 27 0 5 0 28 0 0 196 0 6 0.4500 0.0000 0.0297 11.000 0.44 5.61 -5.16 17 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2394 0.5359 0.2248 1 1 0.2433 0.5343 0.2224 1 1 0.2484 0.5323 0.2193
chr19 11447525 AGAG A 0.336648 0.050 1 -3 1 798 254 544 96 6 44 12 96 0 0 541 0 3 0.3780 0.0000 0.0055 4.750 0.57 3.28 -2.71 32 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.1842 0.5761 0.2397 1 1 0.1899 0.5718 0.2383 1 1 0.1974 0.5664 0.2362
chr19 13207858 CCTGCTG C 0.308136 0.050 1 -6 1 404 133 271 0 0 22 3 108 0 0 265 0 6 0.0000 0.0000 0.0221 5.045 6.13 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1059 0.8941 2 2 0.0000 0.1116 0.8884 2 2 0.0000 0.1198 0.8802
chr19 13877367 T TGGAGCCGGTGTCAGCGCC 0.004594 0.050 1 18 1 400 104 296 94 0 7 0 3 0 0 296 0 0 0.9038 0.0000 0.0000 13.857 0.10 18.00 -17.90 48 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9451 0.0549 0.0000 0 0 0.9966 0.0034 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000
chr19 14942171 T TATC 0.985769 0.050 1 3 1 554 97 457 0 0 7 0 90 0 0 452 0 5 0.0000 0.0000 0.0109 15.000 3.11 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0013 0.9987 2 2 0.0000 0.0014 0.9986 2 2 0.0000 0.0015 0.9985
chr19 17286678 GTGTGTGTGTGTGTT G 0.125300 0.050 1 -14 1 355 76 279 0 0 13 15 48 0 0 277 1 1 0.0000 0.0000 0.0072 5.167 10.15 0 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5820 0.4180 2 1 0.0000 0.5898 0.4102 2 1 0.0000 0.6004 0.3996
chr19 20624371 G GA 0.722794 0.050 1 1 1 1474 306 1168 0 1 4 7 294 0 0 1095 15 58 0.0000 0.0000 0.0625 100.333 2.70 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0001 0.9999 2 2 0.0000 0.0000 1.0000 2 2 0.0000 0.0000 1.0000
chr19 21116968 TATA T 0.087128 0.050 1 -3 2 988 234 754 101 1 7 1 124 0 0 752 0 2 0.4316 0.0000 0.0027 32.286 0.28 3.08 -2.80 73 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1385 0.7004 0.1611 1 1 0.1476 0.6964 0.1559 1 1 0.1602 0.6908 0.1491
chr19 21383385 TAATTCATGCTGGAGAGAAACACTACAAATGTGAAAAATGTGGCAAAGATTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAAACATAAGAC T 0.206936 0.050 1 -84 2 1918 509 1409 287 2 42 0 178 4 14 1384 0 7 0.5639 0.0028 0.0177 11.095 0.40 3.01 -2.61 69 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.9947 0.0053 0.0000 1 0 0.9936 0.0064 0.0000 1 0 0.9918 0.0082 0.0000
chr19 23933695 CATA C 0.000003 0.050 1 -3 3 2089 562 1527 525 4 18 1 14 19 4 1503 1 0 0.9342 0.0124 0.0157 31.882 1.07 4.86 -3.79 93 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9022 0.0978 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr19 30009211 GTGA G 0.833397 0.050 1 -3 1 325 81 244 2 0 12 5 62 0 0 240 0 4 0.0247 0.0000 0.0164 5.750 0.00 3.29 -3.29 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4667 0.5333 2 2 0.0000 0.1166 0.8834 2 2 0.0000 0.0712 0.9288
chr19 33301825 G GGCGGGT 0.027007 0.050 1 6 1 484 128 356 45 1 29 0 53 0 0 355 1 0 0.3516 0.0000 0.0028 3.379 0.69 4.94 -4.25 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3567 0.6210 0.0223 1 1 0.3625 0.6156 0.0219 1 1 0.3700 0.6085 0.0215
chr19 33379692 GACCTC G 0.005617 0.050 1 -5 1 458 120 338 111 0 4 0 5 0 0 338 0 0 0.9250 0.0000 0.0000 29.000 0.20 5.20 -5.00 53 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4519 0.5481 0.0000 0 0 0.9898 0.0102 0.0000 0 0 0.9975 0.0025 0.0000
chr19 35267372 G GGGA 0.741773 0.050 1 3 1 548 148 400 72 1 4 0 71 0 0 399 0 1 0.4865 0.0000 0.0025 36.000 0.53 3.49 -2.97 8 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1249 0.5498 0.3252 1 1 0.1256 0.5463 0.3281 1 1 0.1263 0.5419 0.3318
chr19 35511491 C CGCCACTGCTGCT 0.070267 0.050 1 12 2 539 221 318 83 0 48 0 90 0 0 317 1 0 0.3756 0.0000 0.0031 3.604 0.24 6.09 -5.85 1 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3187 0.6284 0.0529 1 1 0.3255 0.6221 0.0524 1 1 0.3343 0.6139 0.0518
chr19 35511516 GCCA G 0.098140 0.050 1 -3 1 541 211 330 179 1 9 1 21 0 0 330 0 0 0.8483 0.0000 0.0000 22.333 2.84 2.24 0.60 11 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0006 0.9994 0.0000 0 1 0.2114 0.7886 0.0000
chr19 38304914 AAGG A 0.000867 0.050 1 -3 1 335 83 252 78 1 1 1 2 0 0 252 0 0 0.9398 0.0000 0.0000 81.000 0.46 6.50 -6.04 4 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9959 0.0041 0.0000 0 0 0.9994 0.0006 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr19 38304940 CAAG C 0.034026 0.050 1 -3 3 336 84 252 80 0 2 0 2 1 0 251 0 0 0.9524 0.0040 0.0040 41.000 0.55 6.50 -5.95 2 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.8928 0.1072 0.0000 0 0 0.9822 0.0178 0.0000 0 0 0.9895 0.0105 0.0000
chr19 39248513 CT C 0.306458 0.050 1 -1 2 468 120 348 62 0 1 3 54 0 0 343 1 4 0.5167 0.0000 0.0144 117.000 0.24 3.19 -2.94 12 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3288 0.5345 0.1367 1 1 0.3305 0.5318 0.1378 1 1 0.3326 0.5284 0.1391
chr19 39906132 AGC A 0.783963 0.050 1 -2 1 233 40 193 0 0 2 34 4 0 0 193 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 34.000 7.00 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0970 0.9030 2 2 0.0000 0.0987 0.9013 2 2 0.0000 0.1011 0.8989
chr19 39906137 T TGC 0.795815 0.050 1 2 2 233 38 195 0 1 20 17 0 0 0 195 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.917 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1384 0.8616 2 2 0.0000 0.1393 0.8607 2 2 0.0000 0.1406 0.8594
chr19 40667987 CTGCTGT C 0.548568 0.050 1 -6 1 495 166 329 70 1 11 1 83 1 0 328 0 0 0.4217 0.0030 0.0030 13.909 0.16 5.90 -5.75 14 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1012 0.4925 0.4063 1 1 0.1050 0.4924 0.4026 1 1 0.1102 0.4922 0.3976
chr19 41116202 G GC 0.200742 0.050 1 1 2 470 155 315 0 0 1 0 154 0 0 313 0 2 0.0000 0.0000 0.0063 154.000 1.92 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0729 0.9271 2 2 0.0000 0.0783 0.9217 2 2 0.0000 0.0865 0.9135
chr19 43847014 GGGAGAT G 0.416095 0.050 1 -6 1 415 98 317 4 0 0 0 94 0 0 310 0 7 0.0408 0.0000 0.0221 98.000 0.00 6.85 -6.85 0 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.9870 0.0130 2 1 0.0000 0.6270 0.3730 2 2 0.0000 0.3553 0.6447
chr19 44085846 TCTC T 0.633374 0.050 1 -3 2 522 151 371 2 0 1 0 148 0 0 370 0 1 0.0132 0.0000 0.0027 150.000 0.50 3.12 -2.62 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2629 0.7371 2 2 0.0000 0.0529 0.9471 2 2 0.0000 0.0331 0.9669
chr19 44273995 TCACACTGGAGAGAAACCATATAAATGTGAGGTATGTGATAAGGGCTTCAGTAAGGCCTCAAATCTTCAAGCCCATCAGAGAATC T 0.002701 0.050 1 -84 2 695 196 499 180 1 13 0 2 0 1 498 0 0 0.9184 0.0000 0.0020 14.000 0.64 3.00 -2.36 16 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9993 0.0007 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 44274642 CG C 0.147169 0.050 1 -1 2 554 122 432 66 1 3 3 49 0 0 428 1 3 0.5410 0.0000 0.0093 39.667 0.30 2.20 -1.90 20 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5463 0.4232 0.0305 1 0 0.5432 0.4251 0.0317 1 0 0.5388 0.4279 0.0333
chr19 44793589 A AC 0.013876 0.050 1 1 1 223 100 123 47 0 9 0 44 0 0 123 0 0 0.4700 0.0000 0.0000 10.111 0.21 2.00 -1.79 9 0/1 0/1 . . OK 1 0 0.5058 0.4890 0.0052 1 0 0.5064 0.4884 0.0052 1 0 0.5069 0.4877 0.0053
chr19 45761789 A ATCCAGC 0.479648 0.050 1 6 2 1371 443 928 353 1 83 0 6 0 0 927 0 1 0.7968 0.0000 0.0011 4.325 0.37 3.33 -2.96 175 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0811 0.9189 0.0000 0 0 0.9843 0.0157 0.0000 0 0 0.9974 0.0026 0.0000
chr19 47802295 ATCGGGCCTGGGT A 0.001408 0.050 1 -12 3 1398 310 1088 124 28 31 14 113 0 5 1070 8 5 0.4000 0.0000 0.0165 9.069 5.65 9.74 -4.10 38 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6151 0.3848 0.0002 1 0 0.6138 0.3860 0.0002 1 0 0.6118 0.3880 0.0002
chr19 49070105 TGGA T 0.101017 0.050 1 -3 1 382 109 273 102 1 3 0 3 0 0 273 0 0 0.9358 0.0000 0.0000 35.333 0.65 3.33 -2.69 68 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.4702 0.5298 0.0000 0 0 0.9383 0.0617 0.0000 0 0 0.9718 0.0282 0.0000
chr19 49652104 GCCGCTC G 0.363480 0.050 1 -6 2 540 132 408 0 0 26 2 104 0 1 397 0 10 0.0000 0.0000 0.0270 4.077 6.69 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1066 0.8934 2 2 0.0000 0.1081 0.8919 2 2 0.0000 0.1122 0.8878
chr19 49746675 TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 0.095886 0.050 1 -18 2 590 227 363 86 0 58 1 82 0 0 363 0 0 0.3789 0.0000 0.0000 2.914 0.31 11.41 -11.10 30 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.4443 0.5207 0.0350 1 1 0.4464 0.5181 0.0356 1 1 0.4489 0.5148 0.0363
chr19 50378563 A AAAC 0.592165 0.050 1 3 2 637 129 508 0 0 2 9 118 0 0 497 2 9 0.0000 0.0000 0.0217 63.000 3.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0214 0.9786 2 2 0.0000 0.0229 0.9771 2 2 0.0000 0.0252 0.9748
chr19 50378565 A ACAG 0.341817 0.050 1 3 3 637 138 499 0 1 10 117 10 0 0 497 0 2 0.0000 0.0000 0.0040 14.222 4.10 0 0/0 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1286 0.8714 2 2 0.0000 0.1153 0.8847 2 2 0.0000 0.1120 0.8880
chr19 51354620 C CCCACAG 0.012921 0.050 1 6 2 560 119 441 53 0 7 0 59 0 0 437 0 4 0.4454 0.0000 0.0091 16.000 0.62 5.53 -4.90 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3391 0.6490 0.0119 1 1 0.3458 0.6425 0.0117 1 1 0.3546 0.6339 0.0114
chr19 51501537 G GC 0.655856 0.050 1 1 1 526 148 378 1 0 11 10 126 0 0 375 0 3 0.0068 0.0000 0.0079 12.455 0.00 2.82 -2.82 1 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0745 0.9255 2 2 0.0000 0.0323 0.9677 2 2 0.0000 0.0266 0.9734
chr19 52300416 CTG C 0.721947 0.050 1 -2 1 188 81 107 38 0 5 0 38 0 0 106 0 1 0.4691 0.0000 0.0093 15.200 0.13 2.42 -2.29 34 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1247 0.5178 0.3575 1 1 0.1255 0.5162 0.3583 1 1 0.1264 0.5143 0.3592
chr19 52383892 TA T 0.382581 0.050 1 -1 2 493 148 345 140 0 5 0 3 0 0 345 0 0 0.9459 0.0000 0.0000 28.600 0.34 2.00 -1.66 84 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.3015 0.6985 0.0000 0 0 0.8738 0.1262 0.0000 0 0 0.9383 0.0617 0.0000
chr19 52383993 T TCAA 0.387747 0.050 1 3 1 580 148 432 138 0 8 0 2 0 0 432 0 0 0.9324 0.0000 0.0000 17.500 0.38 3.00 -2.62 54 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.6603 0.3397 0.0000 0 0 0.9258 0.0742 0.0000 0 0 0.9535 0.0465 0.0000
chr19 52906242 CACT C 0.001583 0.050 1 -3 1 1082 207 875 199 1 3 0 4 0 1 874 0 0 0.9614 0.0000 0.0011 68.000 0.59 3.00 -2.41 127 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9931 0.0069 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000 0 0 0.9999 0.0001 0.0000
chr19 52951222 C CACT 0.402666 0.050 1 3 2 1358 285 1073 135 1 4 1 144 0 0 1071 0 2 0.4737 0.0000 0.0019 70.000 0.40 3.55 -3.15 5 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1398 0.5750 0.2852 1 1 0.1454 0.5704 0.2842 1 1 0.1529 0.5645 0.2826
chr19 54250974 TG T 0.674930 0.050 1 -1 5 712 202 510 185 0 13 1 3 0 0 510 0 0 0.9158 0.0000 0.0000 18.900 0.23 1.67 -1.44 103 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1760 0.8240 0.0000 0 0 0.8005 0.1995 0.0000 0 0 0.9062 0.0938 0.0000
chr19 54462808 G GCCT 0.457433 0.050 1 3 1 693 138 555 3 0 12 1 122 0 0 549 0 6 0.0217 0.0000 0.0108 10.500 0.33 3.39 -3.05 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8607 0.1393 2 2 0.0000 0.2675 0.7325 2 2 0.0000 0.1410 0.8590
chr19 55279518 A AGCCGCCGCC 0.498757 0.050 1 9 2 414 111 303 0 0 22 0 89 0 0 287 0 16 0.0000 0.0000 0.0528 4.045 7.37 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0668 0.9332 2 2 0.0000 0.0702 0.9298 2 2 0.0000 0.0750 0.9250
chr19 55358511 GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G 0.867196 0.050 1 -24 1 578 118 460 2 0 14 1 101 0 0 429 0 31 0.0169 0.0000 0.0674 7.357 2.00 16.41 -14.41 2 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.1240 0.8760 2 2 0.0000 0.0215 0.9785 2 2 0.0000 0.0131 0.9869
chr19 55359445 TGGCTGGGGCCTTCTGGGATGGAGCAGGTAC T 0.000533 0.050 1 -30 1 773 190 583 156 1 26 0 7 0 0 583 0 0 0.8211 0.0000 0.0000 6.308 0.46 9.43 -8.97 24 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.5171 0.4829 0.0000 0 0 0.9988 0.0012 0.0000 0 0 0.9998 0.0002 0.0000
chr19 55518249 C CCCA 0.294252 0.050 1 3 4 889 245 644 200 2 32 0 11 0 0 643 0 1 0.8163 0.0000 0.0016 6.625 0.89 8.27 -7.39 120 0/1 0/0 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1027 0.8973 0.0000 0 0 0.7769 0.2231 0.0000
chr19 55518546 CCCA C 0.003059 0.050 1 -3 1 649 151 498 89 1 3 0 58 1 0 494 0 3 0.5894 0.0020 0.0080 49.333 0.55 3.12 -2.57 19 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7848 0.2151 0.0001 1 0 0.7774 0.2225 0.0001 1 0 0.7673 0.2326 0.0002
chr19 55578542 C CCCG 0.537557 0.050 1 3 1 487 89 398 0 0 5 0 84 0 0 389 0 9 0.0000 0.0000 0.0226 16.800 4.14 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0765 0.9235 2 2 0.0000 0.0799 0.9201 2 2 0.0000 0.0847 0.9153
chr19 57477298 A AGCC 0.315092 0.050 1 3 1 167 80 87 0 0 10 0 70 0 0 87 0 0 0.0000 0.0000 0.0000 7.000 3.26 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.2719 0.7281 2 2 0.0000 0.2789 0.7211 2 2 0.0000 0.2888 0.7112
chr20 145514 GCAAA G 0.152578 0.050 1 -4 2 307 107 200 101 0 4 0 2 0 0 200 0 0 0.9439 0.0000 0.0000 25.750 0.20 4.00 -3.80 49 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.7293 0.2707 0.0000 0 0 0.9463 0.0537 0.0000 0 0 0.9675 0.0325 0.0000
chr20 145669 ACC A 0.558572 0.050 1 -2 1 307 121 186 2 0 4 0 115 0 0 184 0 2 0.0165 0.0000 0.0108 29.250 0.00 2.10 -2.10 2 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.5206 0.4794 2 2 0.0000 0.1436 0.8564 2 2 0.0000 0.0914 0.9086
chr20 257794 CTGGTCT C 0.606741 0.050 1 -6 2 94 50 44 15 0 0 0 35 0 0 44 0 0 0.3000 0.0000 0.0000 50.000 0.67 6.11 -5.45 7 0/1 1/1 . . OK 1 2 0.0515 0.3743 0.5742 1 2 0.0547 0.3806 0.5647 1 2 0.0591 0.3890 0.5519
chr20 326596 CGAGGAGCCG C 0.000883 0.050 1 -9 1 394 88 306 79 1 6 0 2 0 0 306 0 0 0.8977 0.0000 0.0000 13.667 0.66 9.00 -8.34 1 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9969 0.0031 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000 0 0 0.9997 0.0003 0.0000
chr20 1915303 A AGT 0.380246 0.050 1 2 1 461 142 319 84 0 0 0 58 0 0 318 0 1 0.5915 0.0000 0.0031 142.000 0.20 8.22 -8.02 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6211 0.3467 0.0322 1 0 0.6117 0.3534 0.0348 1 0 0.5990 0.3624 0.0387
chr20 1915304 CCT C 0.378293 0.050 1 -2 1 462 148 314 90 0 1 1 56 0 0 313 0 1 0.6081 0.0000 0.0032 147.000 0.19 8.16 -7.97 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7033 0.2786 0.0181 1 0 0.6924 0.2875 0.0201 1 0 0.6773 0.2996 0.0231
chr20 1915405 CCGA C 0.360324 0.050 1 -3 4 458 153 305 95 0 1 0 57 0 0 302 0 3 0.6209 0.0000 0.0098 152.000 0.19 7.98 -7.79 29 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7394 0.2475 0.0131 1 0 0.7284 0.2569 0.0147 1 0 0.7131 0.2697 0.0172
chr20 25476413 GCTCCCA G 0.449443 0.050 1 -6 2 713 181 532 88 0 7 0 86 0 0 529 0 3 0.4862 0.0000 0.0056 24.857 0.24 6.77 -6.53 32 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2342 0.5548 0.2110 1 1 0.2367 0.5507 0.2125 1 1 0.2400 0.5456 0.2144
chr20 34077058 C CCAG 0.656931 0.050 1 3 1 425 148 277 3 1 0 1 143 0 0 269 0 8 0.0203 0.0000 0.0289 147.000 1.00 3.17 -2.17 1 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.6418 0.3582 2 2 0.0000 0.0948 0.9052 2 2 0.0000 0.0446 0.9554
chr20 35627312 C CA 0.103940 0.050 1 1 1 136 59 77 28 0 2 0 29 0 0 76 0 1 0.4746 0.0000 0.0130 28.500 0.36 1.17 -0.82 4 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4059 0.5367 0.0574 1 1 0.4081 0.5347 0.0572 1 1 0.4109 0.5321 0.0571
chr20 38246121 A AGGG 0.000472 0.050 1 3 2 279 68 211 62 0 2 0 4 0 0 211 0 0 0.9118 0.0000 0.0000 33.000 0.69 3.00 -2.31 22 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9364 0.0636 0.0000 0 0 0.9985 0.0015 0.0000 0 0 0.9995 0.0005 0.0000
chr20 38553961 AGAG A 0.000109 0.050 1 -3 2 217 127 90 63 1 1 0 62 0 0 89 0 1 0.4961 0.0000 0.0111 126.000 0.17 3.00 -2.83 29 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4735 0.5264 0.0000 1 1 0.4760 0.5240 0.0000 1 1 0.4790 0.5209 0.0000
chr20 45375515 CATT C 0.606231 0.050 1 -3 2 539 155 384 70 0 3 0 82 0 0 383 1 0 0.4516 0.0000 0.0026 50.667 0.14 3.27 -3.13 22 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.0808 0.4700 0.4492 1 1 0.0841 0.4707 0.4451 1 1 0.0887 0.4718 0.4396
chr20 45891598 CCTG C 0.607197 0.050 1 -3 2 1009 318 691 0 0 42 19 257 0 0 688 0 3 0.0000 0.0000 0.0043 6.548 3.18 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0006 0.9994 2 2 0.0000 0.0007 0.9993 2 2 0.0000 0.0008 0.9992
chr20 47651119 GCAA G 0.005778 0.050 1 -3 1 526 248 278 111 93 8 4 32 0 0 278 0 0 0.4476 0.0000 0.0000 25.000 0.25 2.22 -1.97 27 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0609 0.9391 0.0000
chr20 60012728 T TA 0.009952 0.050 1 1 2 242 54 188 25 1 12 3 13 0 0 188 0 0 0.4630 0.0000 0.0000 3.417 0.52 1.62 -1.10 9 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6094 0.3884 0.0022 1 0 0.6055 0.3922 0.0023 1 0 0.6004 0.3972 0.0024
chr20 62065249 TGCCAGG T 0.994314 0.050 1 -6 2 234 34 200 0 0 5 0 29 0 0 191 0 9 0.0000 0.0000 0.0450 5.800 6.45 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0022 0.9978 2 2 0.0000 0.0023 0.9977
chr21 30541662 AG A 0.714353 0.050 1 -1 1 287 129 158 0 0 3 0 126 0 0 155 1 2 0.0000 0.0000 0.0190 42.000 2.12 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0153 0.9847 2 2 0.0000 0.0163 0.9837 2 2 0.0000 0.0178 0.9822
chr21 32631618 A AAGTATT 0.509844 0.050 1 6 4 741 181 560 0 0 2 0 179 0 0 555 0 5 0.0000 0.0000 0.0089 89.500 5.57 0 1/1 1/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0093 0.9907 2 2 0.0000 0.0102 0.9898 2 2 0.0000 0.0115 0.9885
chr21 33070402 CTCCTCCACT C 0.002225 0.050 1 -9 2 468 145 323 73 2 6 0 64 0 1 322 0 0 0.5034 0.0000 0.0031 23.167 0.86 7.45 -6.59 15 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.6040 0.3956 0.0004 1 0 0.6015 0.3980 0.0004 1 0 0.5982 0.4014 0.0005
chr21 39511744 G GAGA 0.574597 0.050 1 3 2 231 103 128 50 0 5 1 47 0 0 128 0 0 0.4854 0.0000 0.0000 19.600 0.10 3.15 -3.05 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.2221 0.5324 0.2455 1 1 0.2223 0.5301 0.2476 1 1 0.2225 0.5272 0.2503
chr21 41878845 C CG 0.999218 0.050 1 1 2 297 45 252 0 0 2 1 42 0 0 249 0 3 0.0000 0.0000 0.0119 21.500 3.19 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.0002 0.9998 2 2 0.0000 0.0003 0.9997 2 2 0.0000 0.0003 0.9997
chr21 41991439 GCCT G 0.063434 0.050 1 -3 1 914 211 703 101 0 17 0 93 0 0 701 0 2 0.4787 0.0000 0.0028 11.412 0.38 3.27 -2.89 3 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.4888 0.4929 0.0183 1 1 0.4902 0.4910 0.0188 1 0 0.4918 0.4888 0.0194
chr21 44539457 CGGA C 0.002702 0.050 1 -3 1 849 232 617 122 0 21 1 88 1 0 611 0 5 0.5259 0.0016 0.0097 10.048 1.84 4.91 -3.06 30 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.7624 0.2375 0.0001 1 0 0.7559 0.2440 0.0001 1 0 0.7470 0.2528 0.0001
chr21 44539673 A ATG 0.649605 0.050 1 2 2 1002 164 838 11 9 2 10 132 0 0 831 3 4 0.0671 0.0000 0.0084 79.000 4.36 3.23 1.14 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9989 0.0011 2 1 0.0000 0.9028 0.0972
chr21 44539674 ATC A 0.649658 0.050 1 -2 2 999 165 834 9 8 6 13 129 0 0 825 5 4 0.0545 0.0000 0.0108 39.250 2.67 3.36 -0.69 1 0/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9906 0.0094 2 1 0.0000 0.7358 0.2642
chr21 44637695 CCTGCTGTGTGCCTGT C 0.541271 0.050 1 -15 2 526 112 414 10 3 14 1 84 0 0 410 0 4 0.0893 0.0000 0.0097 7.385 1.60 14.82 -13.22 0 0/1 1/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9937 0.0063 2 1 0.0000 0.8710 0.1290
chr21 44637708 TGTCTGCTGTGTGCCC T 0.168959 0.050 1 -15 2 538 116 422 8 2 12 5 89 0 0 422 0 0 0.0690 0.0000 0.0000 8.583 2.88 13.85 -10.98 6 0/1 0/0 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.9955 0.0045 2 1 0.0000 0.9426 0.0574
chr21 45504511 CGGCCCCCCA C 0.965477 0.050 1 -9 7 316 155 161 4 0 18 1 132 0 0 161 0 0 0.0258 0.0000 0.0000 8.059 2.25 7.95 -5.70 0 1/1 0/1 . . OK 2 2 0.0000 0.4524 0.5476 2 2 0.0000 0.0188 0.9812 2 2 0.0000 0.0064 0.9936
chr22 18608233 A ACACCTG 0.013847 0.050 1 6 1 3531 1155 2376 1085 9 36 0 25 0 0 2375 0 1 0.9394 0.0000 0.0004 31.083 0.44 5.68 -5.24 17 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000 0 0 1.0000 0.0000 0.0000
chr22 22646410 TCTC T 0.000151 0.050 1 -3 1 554 143 411 120 1 3 1 18 1 0 409 0 1 0.8392 0.0024 0.0049 46.667 1.09 3.89 -2.80 62 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.1826 0.8174 0.0000 0 0 0.9869 0.0131 0.0000
chr22 23617579 G GCAT 0.002056 0.050 1 3 3 191 68 123 36 0 1 0 31 0 0 122 0 1 0.5294 0.0000 0.0081 67.000 0.39 3.58 -3.19 10 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5281 0.4712 0.0007 1 0 0.5277 0.4715 0.0007 1 0 0.5272 0.4721 0.0008
chr22 23622095 GCAT G 0.240155 0.050 1 -3 3 178 92 86 50 0 9 1 32 0 0 86 0 0 0.5435 0.0000 0.0000 9.222 0.70 3.47 -2.77 0 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.5927 0.3725 0.0349 1 0 0.5858 0.3774 0.0368 1 0 0.5767 0.3839 0.0394
chr22 26483980 GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA G 0.877460 0.050 1 -21 3 882 187 695 77 0 65 1 44 0 0 685 2 8 0.4118 0.0000 0.0144 1.877 0.94 14.25 -13.31 51 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.1984 0.6405 0.1610 1 1 0.1920 0.6385 0.1695 1 1 0.1836 0.6354 0.1810
chr22 27798945 TTGC T 0.002444 0.050 1 -3 1 1493 455 1038 309 19 100 2 25 0 0 1038 0 0 0.6791 0.0000 0.0000 3.520 0.72 3.04 -2.32 51 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0328 0.9672 0.0000 0 0 0.9836 0.0164 0.0000
chr22 36191797 ACT A 0.485373 0.050 1 -2 3 610 191 419 167 2 11 0 11 0 0 419 0 0 0.8743 0.0000 0.0000 16.273 0.72 2.00 -1.28 47 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0422 0.9578 0.0000 0 0 0.5049 0.4951 0.0000
chr22 36265995 AATAATT A 0.003695 0.050 1 -6 1 489 143 346 92 0 1 0 50 0 0 342 0 4 0.6434 0.0000 0.0116 142.000 0.36 5.64 -5.28 4 0/1 0/0 . . OK 1 0 0.8450 0.1549 0.0001 1 0 0.8372 0.1628 0.0001 1 0 0.8262 0.1737 0.0001
chr22 37510301 GCTCCTT G 0.237706 0.050 1 -6 2 440 236 204 92 0 57 1 86 0 0 199 0 5 0.3898 0.0000 0.0245 3.140 0.28 5.93 -5.65 28 0/1 0/1 . . OK 1 1 0.3403 0.5550 0.1047 1 1 0.3435 0.5508 0.1057 1 1 0.3474 0.5456 0.1070
chr22 37568401 CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT C 0.558599 0.050 1 -21 6 573 125 448 116 3 3 0 3 1 0 447 0 0 0.9280 0.0022 0.0022 60.500 0.52 9.00 -8.48 16 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.1035 0.8965 0.0000 0 0 0.6633 0.3367 0.0000 0 0 0.8157 0.1843 0.0000
chr22 39100317 TAAC T 0.333557 0.050 1 -3 3 165 87 78 78 0 2 0 7 0 0 77 0 1 0.8966 0.0000 0.0128 42.500 0.45 3.43 -2.98 18 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0614 0.9386 0.0000 0 1 0.3987 0.6013 0.0000
chr22 39381817 C CCAA 0.707679 0.050 1 3 3 317 125 192 3 1 5 1 115 0 0 190 0 2 0.0240 0.0000 0.0104 24.000 0.00 3.04 -3.04 3 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 0.8726 0.1274 2 2 0.0000 0.2159 0.7841 2 2 0.0000 0.0923 0.9077
chr22 40301172 TGCA T 0.245189 0.050 1 -3 1 463 164 299 126 2 17 1 18 0 0 299 0 0 0.7683 0.0000 0.0000 8.647 0.21 2.83 -2.63 54 0/0 0/1 . . OK 0 1 0.0000 1.0000 0.0000 0 1 0.0002 0.9998 0.0000 0 1 0.0541 0.9459 0.0000
chr22 42142513 T TC 0.297594 0.050 1 1 3 1489 353 1136 14 0 2 1 336 0 0 1110 0 26 0.0397 0.0000 0.0229 175.000 0.36 10.90 -10.54 6 1/1 0/1 . . OK 2 1 0.0000 1.0000 0.0000 2 1 0.0000 0.7751 0.2249 2 2 0.0000 0.0664 0.9336
chr22 46262985 ACGAGCG A 0.051474 0.050 1 -6 1 666 124 542 58 0 5 0 61 0 0 539 0 3 0.4677 0.0000 0.0055 23.800 1.21 6.75 -5.55 4 0/1 0/0 . . OK 1 1 0.3644 0.5998 0.0358 1 1 0.3697 0.5949 0.0355 1 1 0.3765 0.5884 0.0351
chr22 46363187 CCTGATGGTTCAAATTGAAGTTTCATTA C 0.006403 0.050 1 -27 3 285 129 156 106 0 22 0 1 0 0 155 0 1 0.8217 0.0000 0.0064 4.864 0.23 27.00 -26.77 6 0/0 0/1 . . OK 0 0 0.9884 0.0116 0.0000 0 0 0.9982 0.0018 0.0000 0 0 0.9989 0.0011 0.0000
780 rows