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FBXL20	GPR179	-/-	-/-	chr17:39401361	chr17:38339525	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	7	8	0	2342	210	high	out-of-frame	.	|7_transmembrane_sweet-taste_receptor_of_3_GCPR(100%)	.	.	ENSG00000108306	ENSG00000277399	ENST00000264658	ENST00000616987	upstream	downstream	duplicates(23)	CCCCGTCCCGGAACTCCCGGGCCTGTCCTGGGCCCCCGGTCTGTGCACTCCGCTCGCCGCAGCGCCCGGCCCGGGCCGCACCCGCCGGCCCCATGAGGAGGGACGTGAACGGAGTGACCAAGAGCAGGTTTGAG|GGGGCAGGTGCAGATGGACGTAGATCTCCAGAGTGTGGACATCAATCAGTGTGCAAGTGGCCCAGGCTGGTACTCTAACACACACCTGTGTGATCTCAACAGCACCCAG___TGTGTtCCCCT	MRRDVNGVTKSRFE|gagadgrrspecghqsvckwprlvl*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2223:36531:15433,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2437:25327:2303,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2417:15279:18894,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2437:29631:23826,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1212:30092:3214,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1247:3605:16498,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1262:21977:26600,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1426:11622:14690,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1435:6930:18810,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2122:42413:18529,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2247:2497:16540,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2307:34112:22985,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2315:33845:29305,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2373:42793:22439,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1438:4252:7334,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2164:29922:28590,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2215:5862:16708,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2461:43950:29207,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1351:32349:8833,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1396:2068:15881,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1424:19623:6689,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2229:9066:12812,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2123:31791:25241,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2358:35868:2822,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1185:48221:7235,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1410:20456:26376,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1483:36928:1603,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2322:45293:26068,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2333:40188:1617,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1102:15651:27918,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1342:11493:10598,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1428:44872:28590,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1443:39144:3844,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2124:2885:25984,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2124:2893:25998,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2209:20667:18782,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2278:25537:3088,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2353:16873:25017	chr17:39401361-chr17:38339525	0.002979991485738612	0.03669724770642202	0.019838619596080315	15	False		PASS	
FBXL20	GPR179	-/-	-/-	chr17:39401361	chr17:38337720	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	2	0	2342	124	medium	in-frame	.	|7_transmembrane_sweet-taste_receptor_of_3_GCPR(100%)	.	.	ENSG00000108306	ENSG00000277399	ENST00000264658	ENST00000616987	upstream	downstream	duplicates(3)	GGGCCGCACCCGCCGGCCCCATGAGGAGGGACGTGAACGGAGTGACCAAGAGCAGGTTTGAG|TGTGTtCCCCTGGAGAGTCAGGGCTTTGTTCTTGGCCGCTACCTCTGCCGCTGCCGACCTGGATTCTACGGGGCAAGCCCCTCTGGGG___GGTTAGAGGAGAGTGACTTCCAGACTACCGGGCAATTCGGGTTCCCAGAAGGCAGATCTGGGAGACTGCTGCAGTGTCTGCCA	MRRDVNGVTKSRFE|CVPLESQGFVLGRYLCRCRPGFYGASPSGGLEESDFQTTGQFGFPEGRSGRLLQCL	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1216:3484:16820,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2430:12585:22579,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1411:51385:6493,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2224:26087:26460,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2234:29808:28170,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1443:40673:20813	chr17:39401361-chr17:38337720	0.0004268032437046522	0.015873015873015872	0.008149909558360263	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
FBXL20	GPR179	-/-	-/-	chr17:39402173	chr17:38337720	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	1	0	192	124	medium	in-frame	.	|7_transmembrane_sweet-taste_receptor_of_3_GCPR(100%)	.	.	ENSG00000108306	ENSG00000277399	ENST00000577399	ENST00000616987	upstream	downstream	duplicates(4),mismatches(1)	GACACATCCAGAAGAGGAGGAAAATGGCTCCGAGCAGGGACCGCCTGCTGCACTTTGGGTTCAAGGCGACA|TGTGTtCCCCTGGAGAGTCAGGGCTTTGTTCTTGGCCGCTACCTCTGCCGCTGCCGACCTGGATTCTACGGGGC	MAPSRDRLLHFGFKAT|CVPLESQGFVLGRYLCRCRPGFYG	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2292:39225:21640,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2380:3168:9547,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2353:43448:27834,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2490:28279:12238,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2485:13362:13975,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2273:43270:8805,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1293:25011:11761	chr17:39402173-chr17:38337720	0.0051813471502590676	0.008	0.006590673575129534	2	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
FBXL20	GPR179	-/-	-/-	chr17:39402173	chr17:38339525	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	1	0	192	210	medium	out-of-frame	.	|7_transmembrane_sweet-taste_receptor_of_3_GCPR(100%)	.	.	ENSG00000108306	ENSG00000277399	ENST00000577399	ENST00000610867	upstream	downstream	duplicates(2)	GACACATCCAGAAGAGGAGGAAAATGGCTCCGAGCAGGGACCGCCTGCTGCACTTTGGGTTCAAGGCGACA|GGGGCAGGTGCAGATGGACGTAGATCTCCAGAGTGTGGACATCAATCAGTGTGCAAGTGGCCCAGGCTGGTACTCTAACACACACCTGTGTGATCTCAACAGCACCCAGGTAAGGATGAGGAGGATGGGGGGCGCTACTAGAGTCCTGCC	MAPSRDRLLHFGFKAT|gagadgrrspecghqsvckwprlvl*	LH00166:224:23H5VFLT4:6:1264:17520:21234,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2297:38473:3999,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1428:30593:23700,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2165:47550:9856	chr17:39402173-chr17:38339525	0.0051813471502590676	0.004739336492890996	0.004960341821575032	2	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AMPD2	SLC35A3	+/+	+/+	chr1:109620278	chr1:99993537	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	8	6	0	1056	639	high	out-of-frame	.	|Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000117620	ENST00000342115	ENST00000370153	downstream	upstream	duplicates(22),mismatches(1)	ACTTGGCTGGGGTCTGTGGCCCGATCCCCCTGCCGTCCCTCAGGACCCGGGCTTTCTGCTGTACAGACTTCTCGTGGGCAGCCTCCCCTCGGAACTCGGGCATCATGGCCTCAG|GCAAATGAAGATAAAACAATGTTCGCCAACCTAAAATACGTTTCCCTGGGAATTTTGGTCTTTCAGACTACCAGTTTGGTTCTAAC	MAS|gk*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1255:38117:27595,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1269:25391:8328,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1484:6857:28464,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2214:30617:24751,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2219:2278:13835,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2436:43788:19258,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2243:31944:5610,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1447:13645:20547,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2406:48157:4965,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1198:1170:24751,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2191:29347:25353,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2212:22042:10038,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2351:14437:18053,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2491:40965:26138,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2491:40981:26138,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1255:42057:8749,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2146:43400:4293,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2319:35350:23952,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2319:35666:19062,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1414:14251:22551,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2113:44419:7207,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2147:33886:13569,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2261:45366:8875,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2422:25925:1883,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2423:3945:18936,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1351:18531:20351,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1458:49945:14424,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2128:2327:17759,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2171:30553:10206,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2270:20707:6689,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1130:13030:8945,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1290:30982:10921,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1459:29687:18599,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2215:38538:5092,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2266:26540:24527,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2414:21314:23630,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2460:50576:3438	chr1:109620278-chr1:99993537	0.007518796992481203	0.009302325581395349	0.008410561286938276	14	False		PASS	
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AMPD2	SLC35A3	+/+	+/+	chr1:109620278	chr1:99974971	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	0	0	1056	28	low	out-of-frame	.	|Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000117620	ENST00000342115	ENST00000532693	downstream	upstream	.	CCGGGCTTTCTGCTGTACAGACTTCTCGTGGGCAGCCTCCCCTCGGAACTCGGGCATCATGGCCTCAG|GGTCTCACTGTCACCTTGGCTGGAGTACAGAGGCGC	MAS|gshchlgwstea	LH00166:224:23H5VFLT4:7:2161:22244:18880	chr1:109620278-chr1:99974971	0.000946073793755913	0.0	0.0004730368968779565	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
NLK	SRCIN1(31074),EPOP(34677)	+/+	./-	chr17:28172618	chr17:38637026	CDS/splice-site	intergenic	inversion	13	1	0	683	2	high	out-of-frame	.	Protein_kinase_domain(84%)|	.	.	ENSG00000087095	.	ENST00000407008	.	downstream	downstream	duplicates(11)	AGGACGAAGAATATTGTTTCAGGCACAGAGTCCCATTCAGCAG___TTGGATTTGATCACGGATCTGTTGGGCACACCATCACTGGAAGCAATGAGGACAGCTTGTGAAGGCGCTAAGGCACATATACTCAGGGGTCCTCATAAACAG|GTCTCTCTCTGGTTGCAGTATGAAGATCTGACTGGAAGAACACACGCACAGATGCAGGGAAACCAGTTAAGAGATCGGAGCAGCTGTCCAGGTGAGTGAA	GRRILFQAQSPIQQLDLITDLLGTPSLEAMRTACEGAKAHILRGPHKQ|vslwlqyedltgrthaqmqgnqlrdrsscpge*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1154:42348:11495,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1154:42356:11509,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1325:4932:29193,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2232:9551:16315,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2239:27446:20127,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2357:39775:19202,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2401:14324:25283,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2411:4681:16540,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2450:24453:14634,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2482:31216:29011,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2434:51829:25171,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2454:13693:14354,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2475:16371:9604,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2498:2238:9982,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1470:45091:20169,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1480:34719:20533,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2268:43028:19482,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2268:43036:19468,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2274:14235:29613,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1101:9252:5932,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1219:16719:18950,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1478:50406:1350,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2386:2116:18487,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2397:24954:9113,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2235:21694:26390	chr17:28172618-chr17:38637026	0.01867816091954023	0.3333333333333333	0.17600574712643677	14	False		PASS	
AMPD2	AC118553.2	+/+	+/+	chr1:109620278	chr1:99993537	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	8	6	0	1056	639	high	out-of-frame	.	|Major_Facilitator_Superfamily(100%),Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000283761	ENST00000342115	ENST00000639171	downstream	upstream	duplicates(22),mismatches(1)	ACTTGGCTGGGGTCTGTGGCCCGATCCCCCTGCCGTCCCTCAGGACCCGGGCTTTCTGCTGTACAGACTTCTCGTGGGCAGCCTCCCCTCGGAACTCGGGCATCATGGCCTCAG|GCAAATGAAGATAAAACAATGTTCGCCAACCTAAAATACGTTTCCCTGGGAATTTTGGTCTTTCAGACTACCAGTTTGGTTCTAAC	MAS|gk*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1255:38117:27595,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1269:25391:8328,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1484:6857:28464,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2214:30617:24751,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2219:2278:13835,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2436:43788:19258,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2243:31944:5610,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1447:13645:20547,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2406:48157:4965,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1198:1170:24751,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2191:29347:25353,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2212:22042:10038,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2351:14437:18053,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2491:40965:26138,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2491:40981:26138,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1255:42057:8749,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2146:43400:4293,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2319:35350:23952,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2319:35666:19062,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1414:14251:22551,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2113:44419:7207,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2147:33886:13569,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2261:45366:8875,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2422:25925:1883,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2423:3945:18936,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1351:18531:20351,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1458:49945:14424,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2128:2327:17759,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2171:30553:10206,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2270:20707:6689,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1130:13030:8945,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1290:30982:10921,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1459:29687:18599,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2215:38538:5092,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2266:26540:24527,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2414:21314:23630,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2460:50576:3438	chr1:109620278-chr1:99993537	0.007518796992481203	0.009302325581395349	0.008410561286938276	14	False		PASS	
AMPD2	AC118553.2	+/+	+/+	chr1:109621266	chr1:99974971	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	0	2	0	503	28	low	out-of-frame	.	|Major_Facilitator_Superfamily(100%),Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000283761	ENST00000667949	ENST00000638968	downstream	upstream	duplicates(1)	ATCCTATCCATCTGGCTCTGGCAAGCCCAAGGCCAAATATCCCTTTAAGAAGCGGGCCAGCCTGCAGGCCTCCACTGCAGCTCCAG|GGTCTCACTGTCACCTTGGCTGGAGTACAGAGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACTTCCACCTCCCTGGCTCAAGTGATCTCCCACCTTAGCCTCCCAA___GCAAATGAAGATAAAACAATGTTCGCCAAC	SYPSGSGKPKAKYPFKKRASLQASTAAP|gshchlgwsteaqsqltatstslaqvishlslpsk*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1325:48893:14480,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1362:31378:19622,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1145:10061:18431	chr1:109621266-chr1:99974971	0.0	0.06666666666666667	0.03333333333333333	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AMPD2	AC118553.2	+/+	+/+	chr1:109621266	chr1:99993537	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	2	0	0	503	639	low	in-frame	.	|Major_Facilitator_Superfamily(100%),Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000283761	ENST00000652975	ENST00000639171	downstream	upstream	duplicates(2)	GGGGTTGGATGTGGCAGAGCCAGGCCCCAGCCGGTGCCGCTCAGACTCCCCCGCTGTCGCCGCCGTGGTCCCAGCCATGGCATCCTATCCATCTGGCTCTGGCAAGCCCAAGGCCAAATATCCCTTTAAGAAGCGGGCCAGCCTGCAGGCCTCCACTGCAGCTCCAG|GCAAATGAAGATAAAACAATGTTCGCCAACCTAAAATACGTTTCCCTGGGAATTTTGGTCTTTCAGACTACC	MWQSQAPAGAAQTPPLSPPWSQPWHPIHLALASPRPNIPLRSGPACRPPLQLQ|anedktMFANLKYVSLGILVFQT	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2466:22196:8707,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1118:48602:14676,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1133:33481:10626,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2387:16711:9912	chr1:109621266-chr1:99993537	0.0039603960396039604	0.0	0.0019801980198019802	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AMPD2	AC118553.2	+/+	+/+	chr1:109620278	chr1:99974971	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	1	0	0	1056	28	low	out-of-frame	.	|Major_Facilitator_Superfamily(100%),Nucleotide-sugar_transporter(100%)	.	.	ENSG00000116337	ENSG00000283761	ENST00000342115	ENST00000638968	downstream	upstream	.	CCGGGCTTTCTGCTGTACAGACTTCTCGTGGGCAGCCTCCCCTCGGAACTCGGGCATCATGGCCTCAG|GGTCTCACTGTCACCTTGGCTGGAGTACAGAGGCGC	MAS|gshchlgwstea	LH00166:224:23H5VFLT4:7:2161:22244:18880	chr1:109620278-chr1:99974971	0.000946073793755913	0.0	0.0004730368968779565	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
NF1	ETV4	+/+	-/-	chr17:31182665	chr17:43533985	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	3	4	0	458	2381	high	out-of-frame	.	|Ets-domain(100%),PEA3_subfamily_ETS-domain_transcription_factor_N_terminal_domain(72%)	.	.	ENSG00000196712	ENSG00000175832	ENST00000356175	ENST00000319349	downstream	downstream	duplicates(24),mismatches(1)	GGATGGTTTTGCTGAAAGCACCAAACGTAAAGCAGCAGTTTGGCCACTACAAATCATTCTCCTTATCTTGTGTCCAGAAATAATCCAGGATATATCCAAAGACGTGGTTGATGAAAACAACATGAATAAG|TAGCTTTCCACAGCCCCACCACCAGGATCAAGAAGGAGCCCCAGAGTCCCCGCACAGACCCGGCCCTGTCCTGCAGCAGGAAGCCGCCACTCCCCTACCACCATGGCGAGCAGTGCCT	DGFAESTKRKAAVWPLQIILLILCPEIIQDISKDVVDENNMNK|*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1155:13030:27161,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1334:18256:5638,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2168:27470:19384,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2346:7084:12350,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1221:30367:23195,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1486:43117:4923,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2141:35010:2345,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2306:4220:2569,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2434:32761:1476,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2476:14923:13261,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1249:13175:21808,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2267:49079:16624,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2480:39484:1182,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1261:2359:11649,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1333:17115:6941,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1344:28506:26755,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2469:48464:27693,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1184:21015:4279,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1219:28336:5946,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1321:12520:28240,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1383:11735:4994,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2114:9074:8539,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2218:24777:15503,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1401:15255:19608,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2249:42372:6016,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2309:40334:16974,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2317:50009:14648,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2416:48254:17717,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1208:38271:24807,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1208:38287:24807,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1364:27462:4825,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2480:29242:14746	chr17:31182665-chr17:43533985	0.006507592190889371	0.0016771488469601676	0.004092370518924769	7	False		FAIL	total_reads_below_min(7.0<8.0)
RAD9A	AP007216.2(2476),AP003555.2(56587)	+/+	./-	chr11:67393610	chr11:69929289	CDS/splice-site	intergenic	inversion	6	1	0	260	1	high	.	.	Rad9(41%)|	.	.	ENSG00000172613	.	ENST00000529100	.	downstream	downstream	duplicates(5),mismatches(1)	AGGTGTCTTATCCCATGCAGTCTTTCCTGTCTGTCTTCCGCTCACTGGCGATGCTGGAGAAGACGGTGGAAAAATGCTGCATCTCCCTGAATGGCCGGAGCAGCCGCCTGGTGGTCCAGCTGCATTGCAAGTTCG|CTCCTACAGCTGCTGGGAACACTGAGAAGGAGGATGGGTGTGCAGTACACAGGAGAGCCTGGAACAG___ATCATTCCCTGTTGGGACGAAGGGCAGGATCCTGC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1298:34751:1336,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2124:16411:28758,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2165:28967:1126,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1181:40641:3522,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2247:7610:25311,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1127:41037:25451,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2250:39816:19020,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1122:18580:29375,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1283:21985:18403,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1387:3403:16315,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1387:3419:16315,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2356:17932:22733,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1179:49152:26390	chr11:67393610-chr11:69929289	0.022556390977443608	0.5	0.2612781954887218	7	False		FAIL	total_reads_below_min(7.0<8.0)
OSBPL7	CYTH1	-/-	-/-	chr17:47813266	chr17:78729570	CDS/splice-site	intron	duplication	4	2	0	330	16	high	out-of-frame	.	Oxysterol-binding_protein_(29%),Pleckstrin_homology_domain(100%)|PH_domain(100%),Sec7_domain(100%)	.	.	ENSG00000006025	ENSG00000108669	ENST00000392507	.	upstream	downstream	duplicates(1)	GCCGGCTGCAAaCCCTTCAACCCTGTCCTGGGGGAGACCTACGAGTGTGAGCGGCCTGACCGAGGCTTCCGCTTCATCAGTGAGCAG|TGCCAAAAGGTTGTACCAGTTTACACTCTCCCAGCAGCACGGGAGACTGCCTGTGTAGCCCACTCCCCTGACAGTATTTCGTCTCATCTGGCATTCTGATTCCTGCCAGACTAATGGAAAATGtTcTG	AGCKPFNPVLGETYECERPDRGFRFISEQ|cqkvvpvytlpaaretacvahspdsisshlaf*	LH00166:224:23H5VFLT4:6:1422:34913:6437,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1441:26710:9996,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2453:38295:14059,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1464:50001:20603,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2367:13426:17703,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1414:48246:11593,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2247:28886:10318	chr17:47813266-chr17:78729570	0.011976047904191617	0.1111111111111111	0.06154357950765136	6	False		FAIL	total_reads_below_min(6.0<8.0)
OSBPL7	CYTH1	-/-	-/-	chr17:47813266	chr17:78709732	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	2	3	0	330	2531	medium	out-of-frame	.	Oxysterol-binding_protein_(29%),Pleckstrin_homology_domain(100%)|PH_domain(100%),Sec7_domain(100%)	.	.	ENSG00000006025	ENSG00000108669	ENST00000392507	ENST00000589296	upstream	downstream	duplicates(12)	CTCCTCCACATACCACCGAGCCGGCTGCAAaCCCTTCAACCCTGTCCTGGGGGAGACCTACGAGTGTGAGCGGCCTGACCGAGGCTTCCGCTTCATCAGTGAGCAG|TTCCCAGTGACCTGACAGCAGAGGAGCGTCAAGAACTGGAGAACATCCGACGGAGAAAACAGGAGCTGCTGGCTGACATTCAG___AGGCTGAAGGATGAGATAGCAGAAGTAGCTAATGAAATTGAAAACCcGG	SSTYHRAGCKPFNPVLGETYECERPDRGFRFISEQ|fpvt*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2426:51813:13121,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2220:42866:9562,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2303:25505:5582,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2367:29922:19286,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2446:52040:21472,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1347:5716:22453,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2178:4026:29417,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2178:4042:29417,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2358:10546:17282,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1170:31289:22999,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1170:31305:22999,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1292:50948:2009,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2136:20610:18852,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2351:13701:2205,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2133:21136:5918,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1175:5263:8356,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1175:5272:8342	chr17:47813266-chr17:78709732	0.006024096385542169	0.0011838989739542227	0.003603997679748196	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
GUSBP2	NAIP	-/-	-/-	chr6:26878700	chr5:71003857	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	4	0	309	1628	high	.	.	|Inhibitor_of_Apoptosis_domain(35%),NACHT_domain(100%),NLRC4_helical_domain(100%),NOD2_winged_helix_domain(100%)	.	.	ENSG00000241549	ENSG00000249437	ENST00000479900	ENST00000519014	upstream	downstream	duplicates(22),mismatches(11)	GGGTCTGGATCAAAAACGCAGAAAATACGTGGTTGGAGAGCTCATCTGGAATTTTGCCGATTTCATGACT?ACCAGT|ATGTGAATTTCTTCGGAGTAAGAAATCCTCAGAGGAAATTACCCAGTATATTCAAAGCTACAAGGGATTTGTTGACATAACGG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1103:13734:23083,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1158:41232:2275,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1158:41248:2275,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1163:34541:13723,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1171:45576:1196,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1413:50584:8889,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2127:52113:14396,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2220:13111:4713,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2358:45827:15699,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2416:17382:12588,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1131:19680:18137,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1213:40463:9183,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1296:48941:12854,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1432:8095:12981,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2124:17512:27525,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2152:50341:5526,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2174:48901:8413,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1112:26589:20379,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1197:44500:6086,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1220:35819:24232,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1267:49831:6829,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1454:46830:9001,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2120:15683:25171,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2377:51029:29669,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1213:13483:3704,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1213:13491:3718,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1245:33619:22046,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1280:10935:14172,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1409:28522:23896,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1492:45382:13303,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2137:46013:13247,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2175:30351:11649,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2184:19097:7488,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2251:15789:12770,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2254:10465:21150,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2254:10473:21136,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2269:34460:22159,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1241:6833:12168	chr6:26878700-chr5:71003857	0.0032258064516129032	0.0024509803921568627	0.0028383934218848828	5	False		FAIL	total_reads_below_min(5.0<8.0)
GUSBP2	NAIP	-/-	-/-	chr6:26878700	chr5:70985886	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	0	0	309	1828	low	.	.	|NACHT_domain(100%),NLRC4_helical_domain(100%),NOD2_winged_helix_domain(100%)	.	.	ENSG00000241549	ENSG00000249437	ENST00000479900	ENST00000517649	upstream	downstream	mismatches(1)	CTGGAATTTTGCCGATTTCATGACTAACCAGT|AAATGGCACAGGGTGAAGCCCAGTGGTTTCAAGAGGtAAAGAATCTGAATGAGCAGCTGAGAGCAGCTTATACCA	.	LH00166:224:23H5VFLT4:7:1447:36353:22607	chr6:26878700-chr5:70985886	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
GUSBP2	NAIP	-/-	-/-	chr6:26878700	chr5:70987874	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	0	0	309	842	low	.	.	|Inhibitor_of_Apoptosis_domain(2%),NACHT_domain(100%),NLRC4_helical_domain(100%),NOD2_winged_helix_domain(100%)	.	.	ENSG00000241549	ENSG00000249437	ENST00000479900	ENST00000517649	upstream	downstream	mismatches(1)	GGAGcGCTCATCTGGAATTTTGCCGATTTCATGACTAACCAGT|TTGTCCATTTCTCCAAAATATGAAGTCCTCTGCGGAAGTGACTCCAGACCTTCAGAGCCGTG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:7:2317:47898:2303	chr6:26878700-chr5:70987874	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
CCDC43	RGS9(160498),LINC02563(69340)	-/-	./-	chr17:44682002	chr17:65388201	exon/splice-site	intergenic	duplication	2	1	0	600	2	high	.	.	.	.	.	ENSG00000180329	.	ENST00000592333	.	upstream	downstream	duplicates(6),mismatches(1)	GCAGGCACAAATCGTAGTAAAGCCAAGGATGGTGTCAGAAGAGGAGAAGCAGAGAAAAGCTGCCCTCCTGGCCCAGTATGCTGATGTGACAGATGAAGAGGAA|CTTACTATACTGTCGAGACCTTGTTATAGCACAAACTGCCCAAACCAACTCTCCATGCAATCAAAACAGT	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2339:43197:22719,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2339:43206:22705,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1460:12739:21192,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1460:12755:21192,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2420:8629:10038,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2147:13960:18543,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2287:31087:1883,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2320:33627:13233,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2118:28555:20785,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2386:36523:28226	chr17:44682002-chr17:65388201	0.0033222591362126247	0.3333333333333333	0.16832779623477298	3	False		FAIL	total_reads_below_min(3.0<8.0)
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DYRK2	HMGA2(43664),MIR6074(13665)	+/+	./+	chr12:67649945	chr12:66009955	CDS/splice-site	intergenic	duplication	5	1	0	2121	2	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000127334	.	ENST00000344096	.	downstream	upstream	duplicates(11),mismatches(1)	CCCCGGGGCTCGGTGCAGGGGCCACCCGGAGCGGAGTGGGGACTGGCCCGCCCTCCCCCATCGCCCTGCCGCCTCTCCGGGCCAGCAACGCTGCCGCCGCAGCCCACACG|GGCTATGGTCACAAGGCAGACACAACTAACTTAAGAAATTCAAAGAAAGACAGG...ACTGTTAAAGGTCAAATGGGATAGTATAGGGTATAGAGTTTAGAGTGACAGTATAGAACTACTGAGAGCCACAAACATAAGGGGAATTCACATCCACTTGCAGGCTCTTCTCCACAGATGCTGAGTGCTCATGAGAAAAATTAAAGACAGG	PGLGAGATRSGVGTGPPSPIALPPLRASNAAAAAHT|gyghkadttnlrnskkd	LH00166:224:23H5VFLT4:7:1310:28781:16357,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1310:28789:16343,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1328:29574:27035,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1414:10206:28688,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1423:28975:4839,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2382:29380:4895,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2449:42477:3368,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2234:3710:23966,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2433:10085:6899,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2486:4220:17142,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2490:23595:25732,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1223:14850:7754,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1487:33198:23448,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2273:25132:10458,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1328:15174:9323,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1444:49896:23364,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2214:30173:14228,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2489:35407:25199	chr12:67649945-chr12:66009955	0.0023518344308560675	0.3333333333333333	0.1678425838820947	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
AP001347.1	ANKRD20A11P	+/+	-/-	chr21:14027597	chr21:13970110	exon/splice-site	exon/splice-site	inversion	1	5	0	289	56	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000224905	ENSG00000215559	ENST00000428809	ENST00000451663	downstream	downstream	duplicates(13),mismatches(4)	TCAGCCAGAGAGCGGGGTTAGGGCTTCATTGCCTTGTGTCCTCTGCTCCGGGAGACTTCGGTGATTCTGCCACTCCCTCCGTCGCTCTGTGACCTGCTGGCATTGAATGATTTATAGCTAAGACTCCAGGACACCCCTGAAGCCGAGAAATG|AACAGCCCTCATGCTTGCTGTGCACTATGACTCACCGGGTATTGTCAACATCCTTCTTAAGCAAAATATTAATGTCTTTACTCAAGACATGTATGGACAAGATGCAGAAGATTACGCTATTTCTTGCCGTTTGACAAA	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1487:35180:3200,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2135:19000:21696,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1127:44063:9001,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1474:21743:7642,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2332:9543:8931,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2332:9551:8917,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2456:21282:10795,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1196:23790:24134,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1196:23798:24148,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2183:27818:11439,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2366:42769:22313,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2366:42785:22313,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2414:33514:2051,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1191:20384:13107,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2361:15263:10094,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1380:35002:17156,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1297:25448:13555,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1460:44184:13527,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2290:9543:13359,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1438:42388:26839,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2108:21549:28941,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2318:48391:16357,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2388:46498:5960	chr21:14027597-chr21:13970110	0.0034482758620689655	0.08196721311475409	0.042707744488411525	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
AP001347.1	ANKRD20A11P	+/+	-/-	chr21:14027597	chr21:13945109	exon/splice-site	exon/splice-site	inversion	0	0	0	289	131	low	.	.	.	.	.	ENSG00000224905	ENSG00000215559	ENST00000428809	ENST00000451663	downstream	downstream	mismatches(1)	GGGAGACTTCGGTGATTCTGCCACTCCCTCCGTCGCTCTGTGACCTGCTGGCATTGAATGATTTATAGCTAAGACTCCAGGACACCCCTGAAGCCGAGAAATG|AAAAAGCCTTACCAGTGGCTTCAGAGGAAGAGCAACAAAGGCGTGAAAGAAGTGAAAAGAAGCAACCACAGGTcaAaGAA	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1156:24914:18655	chr21:14027597-chr21:13945109	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
AP001347.1	ANKRD20A11P	+/+	-/-	chr21:14027597	chr21:13951260	exon/splice-site	exon/splice-site	inversion	0	0	0	289	104	low	.	.	.	.	.	ENSG00000224905	ENSG00000215559	ENST00000428809	ENST00000451663	downstream	downstream	mismatches(1)	GGTGATTCTGCCACTCCCTCCGTCGCTCTGTGACCTGCTGGCATTGAATGATTTATAGCTAAGACTCCAGGACACCCCTGAAGCCGAGAAATG|GACCTCCTGCAAAACATCCTTCCTTGAAG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:8:2240:15651:1715	chr21:14027597-chr21:13951260	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
AP001347.1	ANKRD20A11P	+/+	-/-	chr21:14027597	chr21:13958185	exon/splice-site	exon/splice-site	inversion	0	0	0	289	7	low	.	.	.	.	.	ENSG00000224905	ENSG00000215559	ENST00000428809	ENST00000451663	downstream	downstream	duplicates(2),multimappers(1)	GTGACCTGCTGGCATTGAATGATTTATAGCTAAGACTCCAGGACACCCCTGAAGCCGAGAAATG|CATTTTCCATGAACTGTGTGTGGATTTATTGCCTGCATTGGATGACAAAGTCTTGAGTATTGtTGCTAAG___TGTGTCCCCAAGAAAGTGTCAGAGCC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:7:2477:16355:16442,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2477:16363:16428,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2456:33764:15208	chr21:14027597-chr21:13958185	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PHTF1	GPAT4(13597),NKX6-3(6579)	-/-	./-	chr1:113710350	chr8:41638598	CDS	intergenic	translocation	2	3	0	290	7	medium	out-of-frame	.	Homeodomain_containing_protein_PHTF1/2__N-terminal(100%)|	.	.	ENSG00000116793	.	ENST00000369604	.	upstream	downstream	duplicates(8),mismatches(1)	CTCGAAGCCTCAACATGTCAAGAAGAGACTCAGAAAGCACCCGCCATGACTCGGAGACTGAGGACATGTTATGGGACGACCTGCTACATGGCCCAGAG|TGCCCGCTGTCTTGCCAGGACACGGCACGCAGAAGTTAAGTAACCTGCCCTAAATCACACAGCTTAATCCCGGCAGACAGACCCTGAAGCTCCCGCTCTTAACCACC	RSLNMSRRDSESTRHDSETEDMLWDDLLHGPE|cplscqdtarrs*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2373:48674:27357,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1340:41240:20757,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2340:51182:8272,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1229:35916:29305,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1388:25440:2359,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1428:31329:26544,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2212:2424:8062,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1182:46369:29137,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2368:18118:23336,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2128:39290:14550,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2236:27042:1434,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1386:8710:12392,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1386:8718:12378,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1386:8726:12392	chr1:113710350-chr8:41638598	0.00684931506849315	0.3	0.15342465753424656	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
MRPS18A	GAPVD1	-/-	+/-	chr6:43687668	chr9:125329021	CDS/splice-site	intron	translocation/5'-5'	1	3	0	1606	14	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000096080	ENSG00000165219	ENST00000372133	.	upstream	downstream	duplicates(5),mismatches(5)	GTCCGGCTGTGGGCGGCTTCTCCGTGGGCTACTAGCGGGCCCGGCAGCGACCAGCTGGTCTCGGCTTCCAGCTCGCGGGTTCAGGGAAG|CCTGCCGAGTGCCTGCGAtTGCAGGCACGCGCCGCCACGCCTGACTGGTTTTGGTGGAGACGGGGTTTCgCTGTGTTGGCCGGGCGGTCTCCAGCCCCTAACCGCGA	SGCGRLLRGLLAGPAATSWSRLPARGFRE|acrvpaiagtrrha*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2290:48262:28380,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2376:15384:2177,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2218:8855:25732,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1182:9171:27735,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1451:28142:15615,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2427:11274:21402,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1289:37187:7796,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2292:44338:20996,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2361:1963:21164,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2380:12957:24597,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2458:42914:1743,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2469:45633:23742,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2196:32316:6086,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2417:44799:24597	chr6:43687668-chr9:125329021	0.0006222775357809583	0.17647058823529413	0.08854643288553754	4	True	aih_curated_blacklist score(4)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0);aih_curated_blacklist
LINC00869	SEC22B2P	+/+	+/+	chr1:149607554	chr1:149351251	exon/splice-site	exon/splice-site	duplication	0	4	0	1228	43	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000277147	ENSG00000274423	ENST00000610578	ENST00000618702	downstream	upstream	duplicates(4)	GTTCAAGGCAAGACCGAATTCAGAAGGATATCGACGTCGTGATCCAGAAGTCCAGAGCTGAGGACTGCCTGTTTGCAG|CTACATTATTGAGCAGGGGGTGTGTGATTTGGTTTTATGTGAAGCTGCCTTCCCTAAGACGTTGGCTTTTGCCTACCTAGAAGATTTGCACTCAGAATTTGATGAACAGCATGGAAAGAAGGTGCCCACTGTGTCCCGACC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30431:20897,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30440:20911,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30456:20911,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2245:25933:13107,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2479:11541:20771,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1244:47396:17100,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2269:11517:22523,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1249:6000:4335	chr1:149607554-chr1:149351251	0.0	0.0851063829787234	0.0425531914893617	4	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0);aih_curated_blacklist
SEPTIN14	OR4F21(17133),SEPTIN14P8(16209)	-/-	./-	chr7:55795924	chr8:184176	CDS	intergenic	translocation	3	1	0	1164	5	medium	out-of-frame	.	Septin(100%)|	.	.	ENSG00000154997	.	ENST00000388975	.	upstream	downstream	duplicates(8),mismatches(7),multimappers(1)	GGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAGGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACtGATACAAAGAAAGACAAACATC|TAACAATTTGGACAAGACAGCAAATGCTATTGTC?AAGTTTTCTAAAGAAGAATCTGAAGTGAAATGACATCAAGAGACCTATCAAGACCTGTATCCAG	KLEEEKKQLEGEIIDFYKMKAASEALQTQLSTDTKKDKH|ltiwtrqqmllskfskeesevk*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1168:38877:23027,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1332:31839:21626,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1332:31855:21626,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2275:12294:20001,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2498:39727:17212,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1238:20578:3634,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2204:42841:24653,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1463:50875:25956,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1482:34323:19622,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2160:49726:22649,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1263:49338:2331,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1263:49354:2331,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1335:31524:1546,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1497:6234:28702,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2156:29202:13779,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2151:48812:7249,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2315:17188:2499,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1362:32535:29389,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1381:38813:24288,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2338:41571:10823	chr7:55795924-chr8:184176	0.002570694087403599	0.16666666666666666	0.08461868037703513	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PKD1P3	AC138932.3(18801),PDXDC1(2670)	+/+	./-	chr16:14911907	chr16:14971921	exon/splice-site	intergenic	inversion	4	0	0	6474	12	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000183458	.	ENST00000534164	.	downstream	downstream	duplicates(5),mismappers(4)	TTGCGAGCCCCCCTGCCTCTGCGGCCTAGCGCCCGGCGCCGCCTGCCGCGTCAACTGCTCGGGCCGCGGGCCGCGGGCTGCGGACGCTCGGTCCCGCGCTGCGCATCCCCGCGGACGCCACAGCGCT|ACGAGTCTCACTCTGTTGTCCAGGCTGAAGTGTAACGGCGCAGTCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCCG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2232:5741:9519,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2282:47008:6451,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1138:50931:10416,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1153:10708:14984,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1319:37437:14059,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1395:3176:1238,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1421:27794:1729,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2176:25513:5764,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1167:46668:19762,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2184:10740:8903,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1356:36329:25283,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1441:17730:16021,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2426:21460:3732	chr16:14911907-chr16:14971921	0.0006174745291756715	0.0	0.00030873726458783575	4	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0);aih_curated_blacklist
AC242842.2	SEC22B2P	+/+	+/+	chr1:149607554	chr1:149351251	exon/splice-site	exon/splice-site	duplication	0	4	0	1228	43	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000284964	ENSG00000274423	ENST00000643225	ENST00000618702	downstream	upstream	duplicates(4)	GTTCAAGGCAAGACCGAATTCAGAAGGATATCGACGTCGTGATCCAGAAGTCCAGAGCTGAGGACTGCCTGTTTGCAG|CTACATTATTGAGCAGGGGGTGTGTGATTTGGTTTTATGTGAAGCTGCCTTCCCTAAGACGTTGGCTTTTGCCTACCTAGAAGATTTGCACTCAGAATTTGATGAACAGCATGGAAAGAAGGTGCCCACTGTGTCCCGACC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30431:20897,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30440:20911,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1488:30456:20911,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2245:25933:13107,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2479:11541:20771,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1244:47396:17100,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2269:11517:22523,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1249:6000:4335	chr1:149607554-chr1:149351251	0.0	0.0851063829787234	0.0425531914893617	4	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0);aih_curated_blacklist
AL049839.2	AL049839.2	+/+	+/-	chr14:94619356	chr14:94620369	3'UTR	intron	inversion/3'-3'	1	2	0	3020	178	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000273259	ENSG00000273259	ENST00000553947	.	downstream	downstream	duplicates(1)	CTTACTTCCGGGACGAGGAGCTGTCCTGCACCGTGGTGGAGCTGAAGTACA|GGCAATGCCAGCGCACTCTTCATCCTCCCTGATCAAGACAAGATGGAGGAAGTGGAAGC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:7:2366:40868:25886,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1398:33320:14242,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2264:18709:10262,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2205:50640:8006	chr14:94619356-chr14:94620369	0.00033101621979476995	0.011111111111111112	0.00572106366545294	3	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	same_gene;confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0);aih_curated_blacklist
ASH2L	SFRP1(70902),SNORD65B(46280)	+/+	./+	chr8:38107166	chr8:41380375	CDS/splice-site	intergenic	deletion	3	0	0	1662	0	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000129691	.	ENST00000343823	.	downstream	upstream	duplicates(1)	GGCCGACAGTTGGGTGAGGTAGAGCTGCAATGTGGGATTTGTACAAAATGGTTCACGGCTGACACATTTGGCATAGATACCTC|AGTCTCACTCTTTATCACCCAGGCTGGAGTTCAGTGGCATGACCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCCCCCAGG	GRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTs|vslfitqagvqwhdlgslqpppp	LH00166:224:23H5VFLT4:6:2305:52088:22397,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1376:41321:24260,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2332:24121:5344,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2470:51385:21262	chr8:38107166-chr8:41380375	0.0018018018018018018			3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
TLK2P1	AC110079.1	-/-	+/+	chr17:34039043	chr4:118595912	exon	exon/splice-site	translocation	3	0	0	225	375	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000226049	ENSG00000260404	ENST00000530992	ENST00000567913	upstream	upstream	duplicates(5),mismatches(7)	TATTAAGAGCCAaCTGTGATTTGAGACGGCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACaATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAACTCCTTATAGAAAA|GATGATGATTATTCCCCACCTTCTAAGAGACAAAGACCAACGAGCCACCACAGCCACCgGTCCCAGAACCCGCCAATGCTGGGGAAcGGAAAATGAGGGAGTTCAACTCTG___GCCCTCACAATCCAGTGGAGG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2250:8354:6843,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1118:16193:5680,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2252:34857:26348,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2339:5288:15937,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2344:22705:2724,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2434:35819:20869,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2287:45988:21556,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2344:6186:25339,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2101:14672:21990,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2106:3443:17422,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1428:35124:16526,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1470:40059:7025,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2423:13192:24302,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1361:25861:8469,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1391:18353:5190	chr17:34039043-chr4:118595912	0.013157894736842105	0.0	0.006578947368421052	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
NSD3	AC022733.1(82807),SIRLNT(43278)	-/-	./+	chr8:38314647	chr8:40255419	CDS/splice-site	intergenic	inversion	3	0	0	2459	0	medium	out-of-frame	.	PWWP_domain(55%)|	.	.	ENSG00000147548	.	ENST00000317025	.	upstream	upstream	duplicates(18),mismatches(2)	TTTGTGAAAGCTCTGGTGACTCTCTGATTCCTTGTGAGGGAGAGTGCTGCAAACACTTTCACCTGGAGTGCCTGGGATTGGCATCACTTCCTGATAGCAAGTTCATCTGCATGGAATGTAAAACTG|AAGAAACAATTCAACGGAGGGGCAG	CESSGDSLIPCEGECCKHFHLECLGLASLPDSKFICMECKT|eetiqrrg	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1297:18790:9449,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1345:15125:1084,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1360:35285:26811,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2345:12997:27189,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2491:7949:17184,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1144:51757:11817,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1205:27406:10472,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1418:29056:28548,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1418:29072:28548,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2162:16120:28898,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2348:16816:27105,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2382:9341:12364,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2475:3014:12308,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1106:18960:18263,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1216:37065:26390,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1450:24582:21220,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1452:43084:25718,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1479:43683:1897,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2213:28506:1841,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2388:5814:1687,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1205:17196:23223,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1221:12464:3873,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1459:30262:1406	chr8:38314647-chr8:40255419	0.0012185215272136475			3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SEC14L1	ACOX1	+/+	-/-	chr17:77143659	chr17:75957566	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	3	0	0	2278	920	medium	in-frame	.	PRELI-like_family(3%)|Acyl-CoA_dehydrogenase__middle_domain(85%),Acyl-CoA_oxidase(100%)	.	.	ENSG00000129657	ENSG00000161533	ENST00000392476	ENST00000573078	downstream	downstream	.	ATGATTATCCTCAACAAGACAG___GTGTGAGAGGGTTGCTGTTGTATTGCAATCATGGTGCAGAAATACCAGTCCCCAGTGAGGGTGTACAAATACCCCTTTGAATTAATTATGGCT|GAACTCACCTTCGAGGCTTGGAAACCACAGCCACGTATGACC	MVQKYQSPVRVYKYPFELIMA|ELTFEAWKPQPRM	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2369:31540:29571,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1313:43246:2429,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2386:25286:24961	chr17:77143659-chr17:75957566	0.00131521262604121	0.0	0.000657606313020605	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SEC14L1	ACOX1	+/+	-/-	chr17:77143659	chr17:75960375	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	3	0	2278	402	medium	out-of-frame	.	PRELI-like_family(3%)|Acyl-CoA_dehydrogenase__middle_domain(92%),Acyl-CoA_oxidase(100%),Acyl-coenzyme_A_oxidase_N-terminal(26%)	.	.	ENSG00000129657	ENSG00000161533	ENST00000392476	ENST00000293217	downstream	downstream	duplicates(2),mismatches(1)	GTTGTATTGCAATCATGGTGCAGAAATACCAGTCCCCAGTGAGGGTGTACAAATACCCCTTTGAATTAATTATGGCT|TTTTGTGCACCGAGGGCGGCCTGAGCCTCTGGATCTTCACTTGGGCATGTTCCTGCCCACCTTGCTTCACCAGGCAACTGCGGAGCAGCAGGAGCGCTTCTTCATGCCCGCCTGGAACTTGGAGATCATTGGCACTTATGCCCAGACAGAGATGGGTCATG___GAACTCACCTTCGAGGCTTGGAAACCACAG	MVQKYQSPVRVYKYPFELIMA|fcapraa*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1481:15279:1378,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1308:35294:14073,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1411:7852:20996,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1411:7860:20982,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2146:1777:9547,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1307:33166:19973	chr17:77143659-chr17:75960375	0.0	0.007407407407407408	0.003703703703703704	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SEC14L1	ACOX1	+/+	-/-	chr17:77143659	chr17:75973785	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	2278	227	low	out-of-frame	.	PRELI-like_family(3%)|Acyl-CoA_dehydrogenase__middle_domain(100%),Acyl-CoA_oxidase(100%),Acyl-coenzyme_A_oxidase_N-terminal(53%)	.	.	ENSG00000129657	ENSG00000161533	ENST00000392476	ENST00000573078	downstream	downstream	duplicates(1)	CTTTGAATTAATTATGGCT|ACTACATTTGGTCAATTTTGTGGAACCTGTGGGCCTCAATTACTCCATGTTTATTCCTACCTTGCTGAATCAGGGCACCACTGCTCAGAAAGAGAAATGGCTGCTTTCATCCAAAGGACTCCAGATAATTGGCACCTACGCCCAGACGGAAATGGGCCACG___TTTTGTGCACCGAGG	FELIMA|ttfgqfcgtcgpqllhvysylaesghhcseremaafiqrtpdnwhlrpdgngprfvhr	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1110:13701:12126,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1373:27390:4391	chr17:77143659-chr17:75973785	0.0	0.0043859649122807015	0.0021929824561403508	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
TRIM33	AL357055.2(55550),MAGI3(135707)	-/-	./+	chr1:114510551	chr1:113254808	CDS/splice-site	intergenic	inversion	1	2	0	7354	19	medium	out-of-frame	.	RING-type_zinc-finger(88%)|	.	.	ENSG00000197323	.	ENST00000358465	.	upstream	upstream	duplicates(22)	GTGAGGCGGAGCCCAAGCTGCTGCCCTGTCTTCACTCCTTCTGCCTGCGCTGCCTGCCCGAGCCGGAGCGCCAGCTCAGCGTGCCCATCCCGGGGGGCAGCAACGGCGACATCCAGCAAG|AGATGGAATTTCGCCTTGTTGCCCAGACTGATCTCAAACTCCTGGGTCAAGTGATCCACCAGCCTTGGCCTCCCAGAGCGCTACGGTTACA	EAEPKLLPCLHSFCLRCLPEPERQLSVPIPGGSNGDIQQ|emefrlvaqtdlkllgqvihqpwppralrl	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1182:18329:18067,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1183:32810:21318,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1195:42939:5512,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1251:33878:22831,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1351:1121:4489,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2107:28708:13261,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2327:14470:12056,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2363:8419:18866,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1178:38926:15489,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1232:33417:29151,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1332:28555:1168,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2230:12108:6086,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2274:23838:2892,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2447:2569:25045,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2481:37146:3746,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2481:37162:3746,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1243:15352:21094,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2385:50171:2317,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2415:36814:29711,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1421:42995:4265,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1223:9397:29473,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1414:16363:26180,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1146:15991:5666,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1492:28263:6801,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1492:28271:6787	chr1:114510551-chr1:113254808	0.00013596193065941537	0.09523809523809523	0.047687028584377324	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PPM1D	BCAS3	+/+	+/+	chr17:60600886	chr17:61015751	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	2	1	0	498	813	medium	in-frame	.	Protein_phosphatase_2C(30%)|Breast_carcinoma_amplified_sequence_3_(100%)	.	.	ENSG00000170836	ENSG00000141376	ENST00000305921	ENST00000407086	downstream	upstream	duplicates(1)	GGCCTTTTTCGCCGTGTGCGACGGGCACGGCGGGCGGGAGGCGGCACAGTTTGCCCGGGAGCACTTGTGGGGTTTCATCAAGAAGCAGAAGGGTTTCACCTCGTCCGAGCCGGCTAAGGTTTGCGCTGCCATCCGCAAAGGCTTTCTCGCTTGTCACCTTGCCATGTGGAAGAAACTGG|GGAAACTGAACAGCCAAGACTCCTATAACAATTTTACCAACAACAACCCTGGCAACCCTCGGCTC	AFFAVCDGHGGREAAQFAREHLWGFIKKQKGFTSSEPAKVCAAIRKGFLACHLAMWKKL|gKLNSQDSYNNFTNNNPGNPR	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2296:29291:1462,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2337:21864:16792,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2337:21872:16778,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2190:38457:5876	chr17:60600886-chr17:61015751	0.004	0.0012285012285012285	0.002614250614250614	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PPM1D	BCAS3	+/+	+/+	chr17:60656841	chr17:60679453	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	1	2	0	359	1666	low	out-of-frame	.	Protein_phosphatase_2C(100%)|Breast_carcinoma_amplified_sequence_3_(100%)	.	.	ENSG00000170836	ENSG00000141376	ENST00000305921	ENST00000407086	downstream	upstream	duplicates(5)	AGTTATACCTGAACCTGACTGACAGCCCTTCCTATAATAGTCAAGAAACCTGTGTGATGACTCCTTCCCCATGTTCTACACCACCAGTCAAG|GTTTTATGAATGAAGCTATGGCTACAGATTCCCCAAGAAGACCCAGTCGTTGTACTGGTGGAGTTGTGGTTCGCCCCCAG	LYLNLTDSPSYNSQETCVMTPSPCSTPPVK|vl*	LH00166:224:23H5VFLT4:6:2454:41660:22999,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1252:38133:14760,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1280:43739:22285,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2196:19963:10949,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2229:47639:25311,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2237:44581:5050,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1236:50705:23784,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2308:29145:15979	chr17:60656841-chr17:60679453	0.002777777777777778	0.001199040767386091	0.0019884092725819345	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
CCL14	RAMP3(65695),AC073968.2(16684)	-/-	./+	chr17:35983659	chr7:45251997	3'UTR	intergenic	translocation	9	0	0	4092	644	low	.	.	Small_cytokines_(intecrine/chemokine)__interleukin-8_like(100%)|	.	.	ENSG00000276409	.	ENST00000614009	.	upstream	upstream	duplicates(10),mismatches(2)	CATAAAGAGAAGATGCCAAGGCCCCCTCCTCCACCCACCGCTAACTCTCAGCCCCAGTCACCCTCTTGGAGCTTCCCTGCTTTGAATTAAAGACCACTCATGCTC|ATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAAC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1125:24688:14256,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1242:19356:2836,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2111:18021:28744,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2214:35164:17128,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2292:51368:21878,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2491:32147:13779,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1270:4600:7796,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1271:23976:8006,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1291:19211:23181,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2204:20335:27287,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1145:46183:22004,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1324:46943:28310,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1408:13596:1126,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2106:49548:24723,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2191:6396:14101,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2249:26993:19538,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2434:24890:4994,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1155:25950:9604,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1155:25958:9590,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1371:49362:22383,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2445:38441:11341	chr17:35983659-chr7:45251997	0.0021945866861741038	0.0	0.0010972933430870519	9	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
CCL15-CCL14	RAMP3(65695),AC073968.2(16684)	-/-	./+	chr17:35983659	chr7:45251997	3'UTR	intergenic	translocation	9	0	0	4092	644	low	.	.	.	.	.	ENSG00000275688	.	ENST00000616694	.	upstream	upstream	duplicates(10),mismatches(2)	CATAAAGAGAAGATGCCAAGGCCCCCTCCTCCACCCACCGCTAACTCTCAGCCCCAGTCACCCTCTTGGAGCTTCCCTGCTTTGAATTAAAGACCACTCATGCTC|ATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAAC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1125:24688:14256,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1242:19356:2836,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2111:18021:28744,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2214:35164:17128,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2292:51368:21878,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2491:32147:13779,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1270:4600:7796,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1271:23976:8006,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1291:19211:23181,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2204:20335:27287,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1145:46183:22004,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1324:46943:28310,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1408:13596:1126,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2106:49548:24723,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2191:6396:14101,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2249:26993:19538,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2434:24890:4994,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1155:25950:9604,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1155:25958:9590,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1371:49362:22383,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2445:38441:11341	chr17:35983659-chr7:45251997	0.0021945866861741038	0.0	0.0010972933430870519	9	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
DTX2	DTX2	+/+	+/+	chr7:76492253	chr7:76463545	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	3	4	0	1869	74	low	out-of-frame	.	WWE_domain(100%)|Deltex_C-terminal_domain(100%),WWE_domain(100%),Zinc_finger__C3HC4_type_(RING_finger)(100%)	.	.	ENSG00000091073	ENSG00000091073	ENST00000324432	ENST00000324432	downstream	upstream	duplicates(4),mismatches(1)	CCTCAAGCAGCCCAGGGAGCGTCCCTGCCACTGTGCCCATGCAGATGCCAAAGCCCAGCAGAGTCCAGCAGGCGCTCGCAG|GTGCCTTGGAATTTGTGTCGCTGAGTCAGCAAGCCTTTCAGATTTGCCCGGTTTTTGTTGTTTGTGGTTTGTATCAAGATGGGAACTCAAACAAGT	SSSPGSVPATVPMQMPKPSRVQQALA|galefvslsqqafqicpvfvvcglyqdgnsnk	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1137:36345:2275,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1137:37818:12224,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1145:34760:23574,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1319:22770:4237,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2422:18256:13093,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1431:43222:29179,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1191:27527:28758,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1219:5450:4419,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2220:17115:11481,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1337:26694:28128,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2165:40698:19903,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2259:26775:8623	chr7:76492253-chr7:76463545	0.0016025641025641025	0.05128205128205128	0.026442307692307692	7	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	same_gene;confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0);aih_curated_blacklist
CST9	CST9L	-/-	-/-	chr20:23603621	chr20:23566087	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	1	0	235	9	low	in-frame	.	Cathelicidin(100%)|Cystatin_domain(61%)	.	.	ENSG00000173335	ENSG00000101435	ENST00000376971	ENST00000376979	upstream	downstream	duplicates(1)	GCCTACAGGCTGTTGCGCGTCCTGAGTTCATGGAGGGAGGATAGCATGGACAGAAAG___TGGCGAGGTAAGATGGTGTTCTCtATGAATCTGCAACTGCGCCAAACCGTATGTAGGAAATTTGAAGATGACATTGACAACTGCCCTTTTCAAGAAAGCCTGGAGCTGAACAAC|GTGGAGTCCAAGACTGTATTCTCAATGGAGCTACTGCTGGGGAGAACTAGGTGTGGGAAATTTGAAGACGACATTGACAACTGCCATTTCCAAGAAAGCACAGAGCTGAACAAT___ACTTTCACCTGCTTCTTCACCATCAGCACCAGGCCCTGGATGACTCAGTTCAGC	AYRLLRVLSSWREDSMDRKWRGKMVFSMNLQLRQTVCRKFEDDIDNCPFQESLELNN|VESKTVFSMELLLGRTRCGKFEDDIDNCHFQESTELNNTFTCFFTISTRPWMTQF	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1126:49823:4097,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2479:1493:13905,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2113:49095:28282,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2408:20942:1350,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1464:17706:26404,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2412:6784:15615	chr20:23603621-chr20:23566087	0.016736401673640166	0.1	0.05836820083682009	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
HSPD1	RAMP3(65695),AC073968.2(16684)	-/-	./+	chr2:197489146	chr7:45251997	CDS	intergenic	translocation	5	0	0	1123	644	low	out-of-frame	.	TCP-1/cpn60_chaperonin_family(62%)|	.	.	ENSG00000144381	.	ENST00000426480	.	upstream	upstream	duplicates(8),mismatches(5),multimappers(2)	TGACAATAGAAAGAACCAGCTTAAAGATATGGCTATTGCTACTGGTGGTGCA___GTGTTTGGAGAAGAGGGATTGACCCTGAATCTTGAAGACGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGGAGAGGTCATTGTGACCAAAGACGATGCCATGCTC|ATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAG	DNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAML|irkg*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1391:43392:26194,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1465:22560:3760,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1467:34703:23420,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1467:34719:23420,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1467:34727:23434,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2220:44605:7698,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1105:7690:17577,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1153:16403:2569,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1312:20222:4111,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1390:48561:18613,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2322:28999:17212,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1148:45932:21458,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1148:45948:21458,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1349:8540:12322,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2451:22641:5554,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1167:4827:7992,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1167:4835:8006,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1252:14955:6507,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2407:38230:11930,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2493:19283:10164	chr2:197489146-chr7:45251997	0.004432624113475178	0.0	0.002216312056737589	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
CEP76	FCGRT	-/-	+/+	chr18:12695845	chr19:49525556	intron	CDS	translocation	0	3	0	0	5468	low	.	.	CEP76_C2_domain(86%)|	.	.	ENSG00000101624	ENSG00000104870	.	ENST00000221466	upstream	upstream	duplicates(3)	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGAAGGA|TGAGGAGTGGGCTGCCAG___CCCCTTGGATtTCCCTTCGTGGAGACGACACCGGGGTCCTCCTGCCCACCCCAGGGGAGGCCCAGGATGCTGATTTGAAGGATGTAAATGTGATTCCAGCCACCGCCTGACCATCCGCCATTCCGACTGCT	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1279:10126:29277,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1279:10134:29263,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1476:9608:8567,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1286:20189:25157,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1286:20198:25171,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2173:1186:24246	chr18:12695845-chr19:49525556		0.0005483458234326449		3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SAG	DGKD	+/+	+/+	chr2:233342326	chr2:233388257	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	41	1240	low	out-of-frame	.	Arrestin_(or_S-antigen)__C-terminal_domain(100%),Arrestin_(or_S-antigen)__N-terminal_domain(100%)|Diacylglycerol_kinase_accessory_domain(100%),Diacylglycerol_kinase_catalytic_domain(100%),PH_domain(100%),Phorbol_esters/diacylglycerol_binding_domain_(C1_domain)(100%),SAM_domain_(Sterile_alpha_motif)(100%)	.	.	ENSG00000130561	ENSG00000077044	ENST00000409110	ENST00000264057	downstream	upstream	duplicates(2),mismatches(1)	CAcTcAGGAGGGCATAGACCaGACCGTCCTGGGAATCCTGGTGTCTTACCAGATCAAGGTGAAGCTCACAGTGTCAGG___CTTTCTGGGAGAGCTCACCTCCAG___TGAAGTCGCCACTGAGGTCCCATTCCGCCTCATGCACCCTCAGCCTGAGGACCCAG|ACCATCATCAAAGAGGGGATGCTGACCAAACAGAACAATTCATTCCAGCGATCAAAAAGGAGATACTTTAAGCTTCGAGGGCGA	tqEGIDqTVLGILVSYQIKVKLTVSGFLGELTSSEVATEVPFRLMHPQPEDP|dhhqrgdadqteqfipaikkeil*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2493:51085:8917,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2405:17455:23980,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2317:23118:10248,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2361:25440:29711,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1387:23701:15096,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1387:23717:15096	chr2:233342326-chr2:233388257	0.046511627906976744	0.0008058017727639	0.023658714839870323	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SKAP1	MRPL27	-/-	-/-	chr17:48345905	chr17:50370099	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	2	0	813	1454	low	in-frame	.	|Ribosomal_L27_protein(66%)	.	.	ENSG00000141293	ENSG00000108826	ENST00000584709	ENST00000225969	upstream	downstream	duplicates(1)	CTTGGCCTGTCCCTCACATCCGATGCACCCTTTTTGTCAGATTATCAGGATGAGG|GTCACTATGTTCATGCTGGGAACATCATTGCAACACAGCGCCATTTCCGCTGGCACCCAGGTGCCCAT___GTGGGTGTTGGGAAGAATAAATGTCTGTATGCCCTGGAAGAGGGGATAGTCCGCTA	LGLSLTSDAPFLSDYQDE|gHYVHAGNIIATQRHFRWHPGAHVGVGKNKCLYALEEGIVR	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2407:12900:22761,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2389:51732:6535,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2441:50414:10136,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1307:11776:24120	chr17:48345905-chr17:50370099	0.0012285012285012285	0.0013736263736263737	0.001301063801063801	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
BTN2A1	BTN2A3P	+/+	+/+	chr6:26458142	chr6:26422089	5'UTR/splice-site	exon/splice-site	duplication	0	3	0	824	440	low	.	.	.	.	.	ENSG00000112763	ENSG00000124549	ENST00000469185	ENST00000465856	downstream	upstream	duplicates(10),mismappers(1)	GGAGAGAAGAGGGACGACTGGAGAATCGTCGAGAACCAGCGGAGAAAAGAAAAAGCAACGTTTAATTCTAGAAG|GCCTCCTGTCCCTGCCTGCTCTGGGTGCTCATGGAAtCAGCTGCTGCCCTGCACTTCTCCCGGCCAGCCTCCCTCCTCCTCCTCCTCAGCCTGTGT...___CCCAGTTTATTGTCGTGGGGCCCACTGATCCCATCTTGGCCACGGTTGGAGAAAACACTACGTTACGCTGCC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1221:33433:3116,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1121:47437:27483,LH00166:224:23H5VFLT4:6:1397:27883:2359,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2116:24655:12686,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2257:7666:15349,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2261:36507:2780,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2396:28644:28366,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2396:35269:21234,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2396:35277:21248,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2444:38376:23252,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1104:22908:22999,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1392:10336:8427,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2181:11096:20365,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2407:50106:5988	chr6:26458142-chr6:26422089	0.0	0.006772009029345372	0.003386004514672686	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
UBA52	UBA52P8	+/+	-/-	chr19:18573726	chr16:48334684	CDS	exon	translocation	2	0	0	8079	18	low	out-of-frame	.	Ubiquitin_family(75%)|	.	.	ENSG00000221983	ENSG00000240793	ENST00000442744	ENST00000498379	downstream	downstream	duplicates(2),mismappers(3),mismatches(2)	TTGAGGTCGAGCCCAGTGACACCATTGAGAATGTCAAAGCCAAAATTCAAGACAAGGAGG___GTATCCCACCTGACCAGCAGCGTCTGATATTTGCCGGCAAACAGCTGGAGGATGGCCGCACTCTC|AGACTACAACATCCAGAAAGAGTCCACCC	EVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTL|rlqhpervh	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1283:12925:19776,LH00166:224:23H5VFLT4:5:1426:25569:17464,LH00166:224:23H5VFLT4:5:2238:44225:6563,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2119:10279:24555,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1273:29016:15671,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2333:37203:28646,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2356:12892:11005,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2482:3330:20421,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1130:10651:1126	chr19:18573726-chr16:48334684	0.00024749412201460216	0.0	0.00012374706100730108	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
CDC5L	LINC00476	+/+	-/-	chr6:44429910	chr9:95813922	CDS/splice-site	exon/splice-site	translocation	2	0	0	613	1	low	out-of-frame	.	Myb-like_DNA-binding_domain(100%),pre-mRNA_splicing_factor_component(100%)|	.	.	ENSG00000096401	ENSG00000175611	ENST00000371477	ENST00000412446	downstream	downstream	.	TCTCAAGTGAAGCTTATAACCAGGTGTGGGAAGAATGCTACAGTCAAGTTTTATATCTTCCTGGGCAGAGCCGCTACACACGGGCCAATCTGGCTAGTAAAAAGGACAGAATTGAATCACTTGAAAAGAGGCTCGAG|GAAGAGTTTGAAGTTTGAAATCCCAGAATGAGGAAATTCAT	SSEAYNQVWEECYSQVLYLPGQSRYTRANLASKKDRIESLEKRLE|eefev*	LH00166:224:23H5VFLT4:7:1245:39961:11033,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2297:11978:2443	chr6:44429910-chr9:95813922	0.0032520325203252032	0.0	0.0016260162601626016	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
TSC2	NAA60	+/+	+/+	chr16:2050486	chr16:3476222	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion	1	1	0	2889	2778	low	out-of-frame	.	Domain_of_unknown_function_(DUF3384)(5%)|Acetyltransferase_(GNAT)_family(94%)	.	.	ENSG00000103197	ENSG00000122390	ENST00000643946	ENST00000407558	downstream	upstream	duplicates(1)	GACGGAGTTTATCATCACCGCGGAAATACTGAGA___GAACTGAGCATGGAATGTGGCCTCAACAATCGCATCCGGATGATAGGGCAGATTTGTGAAGTCGCAAAAACCAAGAAATTTGAAGAG|GTGTGAATGACAGAGGTGGTGCCATCCAGCGCGCTCAGCGAGGTtAGCCTGCGCCTCCTCTGCCACGATGACATAGACACTGTGAAGCACCTGTGTGGCG	TEFIITAEILRELSMECGLNNRIRMIGQICEVAKTKKFEE|v*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1403:50875:23322,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2149:24679:20323,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1153:8232:19833	chr16:2050486-chr16:3476222	0.00034602076124567473	0.0003598416696653472	0.000352931215455511	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
DMXL1	ANKRA2	+/+	-/-	chr5:119233467	chr5:73557640	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	1	0	542	483	low	out-of-frame	.	RAVE_protein_1_C_terminal(100%),WD_domain__G-beta_repeat(52%)|Ankyrin_repeat(100%),Ankyrin_repeats_(3_copies)(100%)	.	.	ENSG00000172869	ENSG00000164331	ENST00000539542	ENST00000296785	downstream	downstream	.	TGGAAGTGTCAGAATGTTTGAATGGGGtCATTCTCAACAAATAACCTGTTTTCGATCTGGTGGCAATTCAAGAGTTACAAGAATGAGA?TTAACTATCAGGGAAATAAG|CTTTGTCTGTTCACCAGTTGGCTGCTCAGGGAGAGATGCTCTATCTGGCTACTCGTATCGAACAAG___AAAATGTTATCAATCACACGGATGAAGAAGGATTTACTCCTCTGATGTGGGCTGCAGCACACGGGC	GSVRMFEWGHSQQITCFRSGGNSRVTRMR?NYQGNK|lclftswllrercsiwllvsnkkmlsitrmkkdlll*	LH00166:224:23H5VFLT4:6:1438:48990:10024,LH00166:224:23H5VFLT4:7:2128:17665:29669	chr5:119233467-chr5:73557640	0.001841620626151013	0.002066115702479339	0.001953868164315176	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ARL5A	ZEB2	-/-	-/-	chr2:151828131	chr2:144430026	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	2	0	0	1981	2164	low	in-frame	.	ADP-ribosylation_factor_family(2%)|Drought_induced_19_protein_(Di19)__zinc-binding(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000162980	ENSG00000169554	ENST00000295087	ENST00000636471	upstream	downstream	duplicates(1)	GGgGGGGGGGGGTCCGCTGCCCGAGAATGGGAATTCTCTTCACTAGAATATGGAGACTGTTCAATCACCAGG|TGGTGAACTATGACAATGTAGTGGAC	MGILFTRIWRLFNHQ|vVNYDNVV	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2340:50333:27820,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1378:24736:19636,LH00166:224:23H5VFLT4:8:2308:45600:4713	chr2:151828131-chr2:144430026	0.0010085728693898135	0.0	0.0005042864346949068	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
TSC2	AC025283.2	+/+	+/+	chr16:2050486	chr16:3476222	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	1	0	2889	2778	low	out-of-frame	.	Domain_of_unknown_function_(DUF3384)(5%)|	.	.	ENSG00000103197	ENSG00000285329	ENST00000643946	ENST00000575785	downstream	upstream	duplicates(1)	GACGGAGTTTATCATCACCGCGGAAATACTGAGA___GAACTGAGCATGGAATGTGGCCTCAACAATCGCATCCGGATGATAGGGCAGATTTGTGAAGTCGCAAAAACCAAGAAATTTGAAGAG|GTGTGAATGACAGAGGTGGTGCCATCCAGCGCGCTCAGCGAGGTtAGCCTGCGCCTCCTCTGCCACGATGACATAGACACTGTGAAGCACCTGTGTGGCG	TEFIITAEILRELSMECGLNNRIRMIGQICEVAKTKKFEE|v*	LH00166:224:23H5VFLT4:5:1403:50875:23322,LH00166:224:23H5VFLT4:6:2149:24679:20323,LH00166:224:23H5VFLT4:8:1153:8232:19833	chr16:2050486-chr16:3476222	0.00034602076124567473	0.0003598416696653472	0.000352931215455511	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AKR1C6P(41355),U8(29106)	AKR1E2	./+	+/+	chr10:4933330	chr10:4842421	intergenic	CDS/splice-site	duplication	0	1	0	3	399	low	.	.	|Aldo/keto_reductase_family(15%)	.	.	.	ENSG00000165568	.	ENST00000474119	downstream	upstream	.	GTTTAACCAAGAGTTGAGCTGAGTGGCTCTGACCAGCGTGGAAGATGAGAGCAGCCTGAACTTACACTGTGAAAAT|ATTTTGATCCGATTTCAAATCCAGAGGAATGTGATAGTGATCCCCGGATCTATCACCCCAAGTtACATTAAAGAGAATATCCAG	.	LH00166:224:23H5VFLT4:7:1250:13014:6675	chr10:4933330-chr10:4842421	0.0	0.0025	0.00125	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
ABCA9	ABCA9(1187),ABCA6(16566)	-/-	./-	chr17:69016253	chr17:69062136	CDS/splice-site	intergenic	duplication	1	0	0	1550	15	low	out-of-frame	.	ABC-2_family_transporter_protein(68%),ABC_transporter(51%)|	.	.	ENSG00000154258	.	ENST00000340001	.	upstream	downstream	duplicates(1)	CGGCTGAATTGCTTTCCTGTCCTCCTGGATGTCATTAGCAATGGACTACTTGGAATTTTTAATTCGTCAGAACACATTCAGACTGACAGAAGCACATTTTTTGAA|TTTGACAGTCTCATGGATTCAGGAGTTCAGCCTACT	RLNCFPVLLDVISNGLLGIFNSSEHIQTDRSTFFE|fdslmdsgvqp	LH00166:224:23H5VFLT4:6:2456:17366:15279,LH00166:224:23H5VFLT4:7:1275:28902:21780	chr17:69016253-chr17:69062136	0.0006447453255963894	0.0	0.0003223726627981947	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
LINC00486	SHANK3	+/+	+/+	chr2:32916488	chr22:50714915	intron	intron	translocation	0	0	0	65535	1919	low	.	.	|SAM_domain_(Sterile_alpha_motif)(100%)	.	.	ENSG00000230876	ENSG00000251322	.	ENST00000414786	downstream	upstream	inconsistently_clipped(1)	GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGGGtGGGtGGGGtGG|AGAGAAGCTGGACGAGATGCTGGCAGCCGCCGCAGAGCCAACGCTGCGGCCAGACATCGCAGACGCAGACTCCAGAGCCGCCACCGTCAAACAGAGGCCCACCAGTCGGAGGATCACACCCGCC	.	LH00166:224:23H5VFLT4:5:2407:33627:21052	chr2:32916488-chr22:50714915	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
AC011455.2	AC011455.2	-/-	-/-	chr19:38915625	chr19:38915633	CDS	CDS	duplication/ITD	0	0	0	594	310	low	.	.	.	.	.	ENSG00000269547	ENSG00000269547	ENST00000599996	ENST00000599996	upstream	downstream	duplicates(140)	TGCTCGTGCCCCCTGCCCTCCAGTCCTACCTCGGCACTGATCGGATCACAGCCCCTACCCACGTGCCTCTCCAGTACATCGGCCCCAACCAGCCCCGGAAGCCTGGGCTGCCTGG|GCTGCCTGGCCAGCCTGCTGTAAGCTAAGAACCCACCCACAGCAGCCCTCGGGG	.	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