File Info
- Filename
- tih_rna_sample_00332_23LGNLLT4_1_collectinsertsize.txt
- Full Path
- s3://natera-platform-sandbox/pipeline-outputs/cgp_runs/nextflow/dev_rna_exp0005/A23LGNLLT4/nfcore_rnafusion_100M__5f1fa79--20260304-095416/QC/picard/tih_rna_sample_00332_23LGNLLT4_1_collectinsertsize.txt
- Size
- 16.0 KB
- Workflow Run
- dev_rna_exp0005_5f1fa79
- Published
- Mar 09, 2026 5:49 PM
Content
View in new tab## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics --Histogram_FILE tih_rna_sample_00332_23LGNLLT4_1_collectinsertsize.pdf --INPUT tih_rna_sample_00332_23LGNLLT4_1.Aligned.sortedByCoord.out.bam --OUTPUT tih_rna_sample_00332_23LGNLLT4_1_collectinsertsize.txt --DEVIATIONS 10.0 --MINIMUM_PCT 0.05 --METRIC_ACCUMULATION_LEVEL ALL_READS --INCLUDE_DUPLICATES false --ASSUME_SORTED true --STOP_AFTER 0 --VERBOSITY INFO --QUIET false --VALIDATION_STRINGENCY STRICT --COMPRESSION_LEVEL 5 --MAX_RECORDS_IN_RAM 500000 --CREATE_INDEX false --CREATE_MD5_FILE false --help false --version false --showHidden false --USE_JDK_DEFLATER false --USE_JDK_INFLATER false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Mar 10 00:46:03 GMT 2026 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 213 109 126 6 604345 314.555319 300.711169 95024323 FR 65 137 187 223 253 299 499 993 2357 6177 47495 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 6 46 7 37 8 31 9 38 10 7 11 11 12 82 13 123 14 1983 15 5589 16 11566 17 9311 18 9733 19 9254 20 9074 21 11591 22 12270 23 8336 24 8399 25 8358 26 10814 27 12769 28 14084 29 17178 30 18270 31 20675 32 22752 33 24338 34 29668 35 32751 36 35739 37 41809 38 47173 39 55235 40 61638 41 68376 42 71172 43 77255 44 84144 45 89213 46 97122 47 102921 48 105947 49 111174 50 117952 51 129241 52 131087 53 145327 54 158863 55 210534 56 164193 57 163598 58 160334 59 170146 60 174807 61 183959 62 196127 63 209175 64 224353 65 232291 66 237586 67 249877 68 262893 69 257721 70 269939 71 278796 72 281982 73 312798 74 321252 75 331561 76 360024 77 361281 78 364107 79 364839 80 368245 81 376173 82 391045 83 406244 84 423219 85 442734 86 442835 87 439972 88 455457 89 473138 90 473420 91 467446 92 471808 93 475189 94 507933 95 511758 96 518160 97 528432 98 528277 99 515138 100 544472 101 512076 102 516569 103 536157 104 514951 105 518487 106 498491 107 501997 108 500775 109 549992 110 487989 111 470587 112 454391 113 444261 114 442275 115 438189 116 439564 117 431339 118 424807 119 418213 120 410217 121 403745 122 397439 123 383922 124 377762 125 365961 126 364811 127 360674 128 353322 129 345528 130 337125 131 330730 132 318841 133 315495 134 304872 135 293951 136 287236 137 281485 138 273389 139 274576 140 267057 141 258640 142 255415 143 249665 144 245440 145 235495 146 231813 147 224671 148 220822 149 217312 150 210125 151 209758 152 210962 153 203905 154 201119 155 196779 156 190779 157 186887 158 187142 159 180360 160 178783 161 179980 162 177650 163 177166 164 175120 165 169813 166 172732 167 169922 168 169121 169 170254 170 164122 171 163899 172 166352 173 166826 174 165748 175 160587 176 158818 177 162306 178 164702 179 166119 180 166401 181 174498 182 186017 183 165753 184 170909 185 167071 186 174417 187 182190 188 188625 189 194833 190 186189 191 180825 192 187373 193 186226 194 155694 195 175053 196 160553 197 162282 198 159384 199 177118 200 177244 201 170818 202 163860 203 177106 204 170985 205 202899 206 173518 207 162829 208 149201 209 147055 210 158529 211 154091 212 156491 213 158632 214 163748 215 184435 216 147739 217 169608 218 140506 219 153757 220 137728 221 134051 222 119428 223 125475 224 112432 225 129661 226 111718 227 112911 228 117552 229 127019 230 116475 231 112659 232 108959 233 109856 234 113442 235 109858 236 107928 237 99228 238 106635 239 114416 240 107390 241 114145 242 100916 243 105175 244 106125 245 107165 246 96366 247 97438 248 94343 249 88071 250 84614 251 88895 252 90365 253 88618 254 81691 255 86576 256 74833 257 74890 258 76778 259 83952 260 77511 261 86464 262 84878 263 82963 264 88202 265 79407 266 115190 267 82901 268 91188 269 85149 270 86577 271 73578 272 107136 273 67620 274 62215 275 72002 276 53296 277 57381 278 53254 279 58358 280 57710 281 54875 282 55450 283 54730 284 53613 285 54362 286 57571 287 51648 288 48310 289 51690 290 44991 291 48574 292 46868 293 49116 294 48947 295 53255 296 53176 297 59884 298 62703 299 59059 300 59542 301 62529 302 64445 303 60896 304 74385 305 64768 306 59857 307 64068 308 63434 309 63162 310 69358 311 68809 312 66287 313 71581 314 75940 315 79643 316 78925 317 79085 318 92103 319 89144 320 81729 321 90076 322 93701 323 96778 324 92878 325 117444 326 132571 327 104417 328 111234 329 110084 330 105060 331 117963 332 107323 333 108300 334 94373 335 83075 336 83989 337 104624 338 85510 339 88610 340 84606 341 90617 342 93248 343 105667 344 102540 345 100348 346 99876 347 96758 348 93509 349 99986 350 83725 351 89185 352 91294 353 101435 354 92641 355 75734 356 83441 357 76344 358 76650 359 73056 360 71575 361 81209 362 74693 363 81929 364 74529 365 68791 366 79775 367 71539 368 71747 369 74497 370 76075 371 69981 372 79239 373 74105 374 72958 375 64735 376 79062 377 76724 378 77926 379 77559 380 71846 381 80164 382 81118 383 60511 384 57352 385 63607 386 63859 387 71543 388 64437 389 54847 390 57668 391 57441 392 51384 393 50733 394 47698 395 48192 396 51063 397 52781 398 48282 399 53706 400 53624 401 44018 402 45136 403 46816 404 53819 405 54536 406 49291 407 47949 408 46284 409 47790 410 45961 411 44612 412 39950 413 41192 414 48743 415 43311 416 42433 417 44852 418 52023 419 46917 420 47363 421 45671 422 52365 423 51256 424 42625 425 50594 426 47748 427 46032 428 42381 429 44951 430 43918 431 42145 432 44498 433 44972 434 49576 435 46686 436 46626 437 47760 438 44972 439 45517 440 48402 441 49846 442 52544 443 50216 444 48750 445 60030 446 59221 447 61842 448 53962 449 60092 450 59305 451 64309 452 68594 453 72923 454 66581 455 61526 456 66829 457 69650 458 60299 459 70811 460 64381 461 67088 462 63319 463 53181 464 61580 465 63306 466 63018 467 63697 468 83821 469 66521 470 83602 471 57613 472 59313 473 71279 474 62752 475 64674 476 65211 477 50524 478 45166 479 47716 480 49332 481 47531 482 51468 483 46859 484 52193 485 51375 486 45190 487 48172 488 46110 489 45772 490 51152 491 55866 492 51145 493 48922 494 57184 495 51847 496 50686 497 54018 498 52829 499 53007 500 59558 501 64907 502 60733 503 54932 504 45462 505 49213 506 51852 507 47819 508 50486 509 53127 510 55988 511 45782 512 49533 513 43741 514 42599 515 46455 516 45114 517 45378 518 45555 519 46313 520 45371 521 47332 522 56371 523 58667 524 54835 525 43070 526 47452 527 45993 528 44530 529 49567 530 46176 531 48491 532 46580 533 47341 534 42597 535 41646 536 42929 537 53792 538 48631 539 46968 540 49552 541 48262 542 50045 543 51812 544 49840 545 44272 546 41736 547 41519 548 44286 549 45200 550 45461 551 44948 552 46458 553 42813 554 39143 555 38003 556 41196 557 41316 558 40038 559 41752 560 45891 561 40150 562 39065 563 39579 564 36248 565 36093 566 39488 567 38475 568 39688 569 40824 570 47320 571 45326 572 44702 573 44035 574 41525 575 37771 576 37072 577 43155 578 39838 579 40915 580 40316 581 44795 582 40575 583 41120 584 42444 585 45419 586 56603 587 47799 588 41349 589 38506 590 45254 591 43808 592 48335 593 45502 594 44757 595 43470 596 46119 597 52244 598 39553 599 38106 600 35206 601 37098 602 38382 603 41143 604 41426 605 40763 606 41300 607 36382 608 30747 609 32218 610 29515 611 30450 612 29795 613 28588 614 27552 615 27454 616 24687 617 23326 618 24703 619 22165 620 23272 621 24841 622 23294 623 23219 624 22454 625 23235 626 20909 627 24453 628 23474 629 20578 630 22485 631 20917 632 21172 633 22772 634 22339 635 21483 636 24257 637 23087 638 19694 639 22923 640 19855 641 20582 642 21746 643 20995 644 18280 645 19743 646 19008 647 18961 648 20952 649 21229 650 23462 651 25911 652 23610 653 24576 654 25121 655 26514 656 28154 657 29605 658 29128 659 30444 660 28058 661 26160 662 26188 663 24286 664 26057 665 24918 666 30346 667 29272 668 22550 669 23518 670 23645 671 25361 672 28340 673 25191 674 25293 675 25448 676 24363 677 24974 678 25186 679 23480 680 23445 681 27135 682 27141 683 27469 684 26476 685 26919 686 25347 687 26301 688 25931 689 26406 690 28096 691 25559 692 25985 693 26961 694 27008 695 27847 696 26026 697 27170 698 24510 699 26708 700 25715 701 22917 702 25568 703 22610 704 23531 705 21433 706 21579 707 26680 708 23495 709 23920 710 20139 711 22383 712 22198 713 24609 714 23970 715 26047 716 21819 717 25669 718 23725 719 23867 720 19932 721 20353 722 20979 723 23652 724 23518 725 21977 726 20350 727 23857 728 21696 729 24174 730 21778 731 23567 732 23756 733 25573 734 25019 735 25360 736 26219 737 25585 738 22548 739 20935 740 21723 741 21350 742 21705 743 20637 744 25362 745 22622 746 20477 747 19450 748 20852 749 19608 750 21083 751 19937 752 21610 753 19209 754 20490 755 19795 756 19099 757 19911 758 18108 759 19056 760 17352 761 17685 762 17122 763 18338 764 19530 765 18577 766 18384 767 19569 768 19685 769 18094 770 16631 771 19837 772 17689 773 19695 774 21628 775 17767 776 17515 777 21354 778 19978 779 18348 780 23721 781 20509 782 20668 783 21878 784 18441 785 21757 786 21324 787 18532 788 20736 789 25376 790 21497 791 21015 792 23776 793 23215 794 24430 795 25733 796 19990 797 17620 798 19559 799 23002 800 18177 801 19843 802 21016 803 21093 804 21343 805 22904 806 21081 807 22202 808 22960 809 25008 810 27442 811 23929 812 21965 813 22847 814 23083 815 21137 816 21229 817 23865 818 30772 819 27056 820 25092 821 26137 822 30165 823 30763 824 25541 825 22123 826 20216 827 22006 828 23985 829 24925 830 24401 831 24431 832 25841 833 21628 834 21897 835 23752 836 21104 837 23834 838 20847 839 23362 840 24559 841 20067 842 17933 843 25362 844 18954 845 18256 846 18649 847 21128 848 23782 849 24143 850 21116 851 20768 852 16645 853 16674 854 16597 855 15790 856 15603 857 17453 858 17678 859 15895 860 16209 861 13829 862 14382 863 15247 864 15400 865 15240 866 14540 867 13807 868 14965 869 15030 870 15015 871 15392 872 14551 873 19479 874 15754 875 15250 876 13523 877 13712 878 12254 879 11940 880 12522 881 13863 882 16146 883 12695 884 12487 885 12492 886 12653 887 11907 888 12763 889 11183 890 12703 891 14753 892 12632 893 12886 894 10056 895 10143 896 10908 897 10405 898 12716 899 9758 900 9863 901 10822 902 10412 903 9738 904 9774 905 11037 906 11403 907 9621 908 10387 909 10027 910 10284 911 10659 912 11443 913 11975 914 12205 915 11552 916 10698 917 9451 918 10497 919 10751 920 12097 921 13446 922 12712 923 10838 924 10374 925 11051 926 11800 927 9138 928 9940 929 10297 930 11165 931 10466 932 9778 933 10315 934 10924 935 11123 936 10811 937 11075 938 10979 939 10929 940 10319 941 11792 942 10285 943 11321 944 11669 945 11630 946 13011 947 11866 948 12080 949 11145 950 14367 951 15327 952 15705 953 14091 954 14343 955 13091 956 15120 957 15624 958 13866 959 15247 960 15140 961 18021 962 17493 963 22046 964 20168 965 18627 966 17502 967 16655 968 15335 969 18620 970 18263 971 21246 972 17421 973 20607 974 18446 975 17762 976 17144 977 18202 978 25873 979 18669 980 17838 981 18608 982 16348 983 18334 984 19383 985 17968 986 16894 987 17634 988 18429 989 18132 990 20092 991 18461 992 18547 993 19244 994 18962 995 16970 996 16576 997 16088 998 17740 999 20151 1000 21877 1001 22529 1002 19856 1003 16519 1004 18054 1005 18252 1006 21930 1007 16856 1008 17044 1009 17339 1010 17108 1011 19370 1012 16408 1013 20101 1014 19700 1015 19584 1016 21853 1017 21300 1018 18138 1019 17098 1020 15590 1021 14260 1022 15596 1023 19695 1024 14865 1025 16605 1026 17209 1027 17828 1028 16883 1029 16988 1030 15255 1031 14212 1032 14719 1033 11722 1034 18041 1035 13221 1036 12017 1037 11426 1038 11038 1039 12421 1040 10773 1041 10627 1042 12708 1043 11075 1044 12781 1045 10724 1046 10702 1047 9760 1048 10144 1049 11546 1050 8452 1051 9724 1052 10768 1053 9733 1054 10103 1055 11007 1056 10418 1057 9532 1058 9173 1059 9086 1060 10912 1061 11161 1062 11135 1063 11794 1064 11729 1065 13870 1066 13468 1067 14103 1068 13560 1069 15152 1070 12005 1071 11217 1072 11519 1073 12722 1074 14520 1075 13618 1076 13878 1077 14153 1078 13389 1079 14032 1080 15966 1081 13013 1082 12989 1083 13544 1084 13822 1085 13403 1086 12709 1087 13293 1088 12273 1089 13108 1090 13938 1091 11587 1092 11871 1093 12137 1094 14772 1095 14652 1096 11593 1097 11612 1098 11949 1099 12466 1100 11999 1101 10629 1102 11155 1103 11532 1104 11929 1105 12760 1106 12397 1107 10702 1108 11283 1109 12495 1110 12632 1111 13695 1112 14384 1113 11586 1114 10685 1115 13809 1116 11733 1117 10425 1118 10120 1119 11107 1120 12156 1121 13439 1122 13470 1123 12706 1124 13628 1125 16850 1126 14209 1127 13391 1128 16384 1129 17636 1130 14771 1131 14319 1132 19803 1133 17825 1134 15904 1135 19705 1136 17891 1137 17994 1138 19283 1139 20795 1140 22624 1141 22187 1142 28632 1143 25809 1144 23234 1145 20461 1146 23013 1147 20014 1148 18730 1149 20759 1150 16917 1151 17671 1152 17452 1153 15741 1154 15643 1155 17357 1156 14076 1157 13596 1158 15290 1159 14153 1160 15194 1161 16718 1162 16441 1163 15593 1164 13377 1165 12584 1166 13169 1167 15486 1168 16767 1169 16123 1170 16723 1171 14711 1172 13834 1173 16290 1174 13272 1175 18814 1176 13572 1177 12136 1178 12355 1179 10519 1180 11875 1181 12397 1182 11595 1183 10579 1184 11038 1185 11523 1186 9452 1187 10179 1188 10219 1189 9648 1190 9813 1191 9448 1192 10525 1193 9748 1194 9846 1195 10606 1196 10048 1197 10011 1198 10797 1199 8661 1200 8205 1201 8443 1202 8674 1203 10527 1204 9536 1205 8838 1206 9615 1207 9617 1208 9907 1209 8487 1210 8399 1211 8648 1212 8435 1213 10133 1214 9351 1215 7334 1216 7002 1217 8302 1218 7273 1219 7062 1220 6249 1221 7456 1222 7004 1223 7101 1224 6918 1225 6272 1226 6290 1227 6174 1228 6610 1229 6811 1230 6348 1231 7125 1232 6513 1233 6683 1234 6735 1235 7429 1236 6513 1237 6116 1238 6460 1239 7598 1240 7873 1241 7266 1242 6392 1243 7316 1244 6911 1245 6913 1246 8424 1247 6004 1248 6832 1249 6395 1250 6727 1251 6520 1252 7071 1253 7001 1254 7362 1255 7086 1256 6971 1257 6421 1258 7431 1259 6837 1260 7292 1261 6962 1262 6436 1263 6969 1264 7018 1265 6758 1266 6792 1267 6623 1268 6861 1269 7261 1270 6328 1271 6540 1272 6185 1273 6381 1274 6231 1275 5974 1276 6093 1277 6046 1278 6056 1279 6816 1280 6721 1281 6993 1282 7360 1283 6066 1284 7013 1285 7244 1286 7394 1287 7973 1288 8430 1289 10687 1290 9104 1291 8418 1292 9593 1293 7920 1294 8771 1295 9804 1296 12244 1297 13382 1298 10047 1299 12816 1300 11636 1301 8563 1302 11361 1303 8253 1304 7752 1305 8695 1306 8780 1307 10675 1308 10914 1309 12447 1310 9355 1311 8105 1312 9003 1313 8158 1314 8876 1315 9112 1316 10306 1317 9624 1318 8869 1319 10872 1320 10365 1321 9450 1322 11888 1323 12237 1324 10809 1325 9701 1326 8797 1327 8057 1328 7556 1329 7811 1330 7177 1331 6810 1332 8196 1333 7348 1334 7244 1335 7280 1336 7538 1337 6618 1338 6870 1339 7017 1340 6371 1341 7185 1342 7579 1343 6888 1344 6807 1345 7477 1346 6854 1347 6283 1348 6764 1349 6877 1350 7656 1351 7696 1352 7780 1353 6619 1354 7421 1355 7169 1356 6398 1357 6237 1358 6384 1359 6865 1360 6806 1361 6913 1362 6478 1363 6347 1364 6233 1365 5920 1366 5402 1367 5626 1368 6302 1369 5865 1370 5464 1371 5524 1372 5492 1373 4932 1374 5290 1375 5149 1376 5645 1377 5530 1378 5412 1379 4573 1380 4564 1381 4478 1382 4368 1383 3940 1384 4311 1385 4546 1386 4528 1387 4571 1388 4810 1389 5131 1390 4150 1391 4793 1392 4235 1393 4647 1394 4610 1395 4473 1396 4554 1397 5057 1398 4692 1399 4855 1400 4628 1401 4161 1402 4480 1403 4711 1404 4143 1405 4771 1406 5015 1407 5548 1408 4832 1409 4761 1410 4632 1411 4639 1412 4229 1413 4257 1414 5081 1415 5359 1416 5117 1417 4970 1418 4683 1419 4668 1420 4888 1421 4930 1422 4715 1423 4608 1424 5016 1425 5043 1426 5249 1427 4739 1428 4638 1429 4545 1430 4957 1431 5318 1432 5177 1433 5481 1434 5299 1435 4863 1436 5381 1437 4465 1438 4694 1439 4738 1440 5365 1441 4740 1442 5781 1443 5399 1444 5098 1445 5029 1446 4623 1447 5506 1448 5386 1449 6447 1450 5713 1451 5384 1452 5186 1453 5588 1454 5009 1455 4834 1456 4480 1457 5312 1458 5333 1459 6098 1460 6085 1461 6532 1462 6801 1463 5748 1464 4856 1465 5037 1466 4483 1467 4666 1468 4541 1469 5333 1470 5183 1471 5318 1472 5387 1473 5511