LungN_FFPE_L03_RNA_01_B23LG7FLT4_1.arriba.fusions.tsv

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Filename: LungN_FFPE_L03_RNA_01_B23LG7FLT4_1.arriba.fusions.tsv
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Size: 42.3 KB
Workflow Run: dev_rna_exp0011_5f1fa793
Published: Mar 03, 2026 4:53 PM

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#gene1

gene2

strand1(gene/fusion)

strand2(gene/fusion)

breakpoint1

breakpoint2

site1

site2

type

split_reads1

split_reads2

discordant_mates

coverage1

coverage2

confidence

reading_frame

tags

retained_protein_domains

closest_genomic_breakpoint1

closest_genomic_breakpoint2

gene_id1

gene_id2

transcript_id1

transcript_id2

direction1

direction2

filters

fusion_transcript

peptide_sequence

read_identifiers

LATS2

-/-

13:20988344

13:20988349

CDS

duplication/ITD

2695

3189

medium

in-frame

|Protein_kinase_C_terminal_domain(100%),Protein_kinase_domain(100%)

ENSG00000150457

ENST00000382592

upstream

downstream

duplicates(407),mismappers(2)

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RBMXL3

+/+

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X:115190620

CDS

duplication/ITD

158

medium

in-frame

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upstream

duplicates(129)

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ENSG00000128713

ENST00000397238

ENST00000249504

downstream

upstream

duplicates(28),low_entropy(1),mismatches(5)

CGCGCCGCCCCGGGCCCGCCTCGGGCCCCACGGCTCCGAAGCCATGAACTTCCAGGCGGGCGGGGGGCAGAGCCCGCAGCAGCAGCAGAGCCTGGCGGCTCCGGGGGGCGGCGGCG|GCGGCGGCGGCGGCAGCGCGGGGGGCGGC

MNFQAGGGQSPQQQQSLAAPGGGG|gGGGGSAGG

LH00166:238:23LG7FLT4:5:1182:44791:17997,LH00166:238:23LG7FLT4:5:1223:28344:25522,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1135:26386:8146,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1219:28385:5974,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1354:38910:11117,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2230:35075:17563,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2480:6161:8174,LH00166:238:23LG7FLT4:5:1236:34921:27105,LH00166:238:23LG7FLT4:5:1257:50446:4951,LH00166:238:23LG7FLT4:5:1279:27268:27329,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2110:30448:10136,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2124:38521:28268,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2185:48521:14003,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2252:30213:16035,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2328:50567:24415,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2469:7545:17717,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2486:20667:19734,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1161:35925:27105,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1296:46862:10290,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1394:36159:9379,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2122:32502:3522,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2202:11274:8455,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2340:17787:17156,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2367:27187:14746,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1287:35641:15601,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1309:4899:20337,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1331:46450:19692,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1452:47898:2191,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2248:3629:7432,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2265:46709:2625,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2335:31378:18445,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2390:26297:19062,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2461:51457:16988,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1103:17633:12350,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1105:28741:9814,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1261:20732:13093,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1455:44306:4181,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2184:44128:22425,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2324:32794:16442

ZHX2

CARS2

+/+

-/-

8:122781946

13:110688018

5'UTR/splice-site

CDS/splice-site

translocation

199

low

|tRNA_synthetases_class_I_(C)_catalytic_domain(78%)

ENSG00000178764

ENSG00000134905

ENST00000314393

ENST00000257347

downstream

GGAGTGGGGAGTGGGTGGGGGGAGCCAGCAGAGTTCCATTTTGGAACGCCCGTGCCGCGTCTCCGCGTTCCCAGCCCGGGTCCCCGCGTTCAtAGCCCCAGCGCAG|ATGAATATTTCCCCCGCTTCCCTCGCCAGTCTTTATGAGGAAGACTTCAAGCAGGACATGGCAGCCCTGAAGGT

LH00166:238:23LG7FLT4:5:1276:30561:3718,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1380:31532:23308

FOXP4

PLIN5

+/+

-/-

6:41578081

19:4531822

CDS/splice-site

translocation

305

257

low

in-frame

|Perilipin_family(98%)

ENSG00000137166

ENSG00000214456

ENST00000373063

ENST00000381848

downstream

duplicates(2)

AGGCTCTCCAAGTGGCCCGGCAGTTCCTGCTGCAGCAGGCCTCAGGCCTGAGCTCCCCAGGGAACAATGACAGCAAACAGTCTGCCTCTGCTGTGCAG|AACGTGGTGCAGCGTGTGGTGGCTCTGCCCCTGGTCAGGGCCACGTGCACCGCGGTCTGCGATGTTTACAGTGCAGCCAAGGACAGGCACCC

ALQVARQFLLQQASGLSSPGNNDSKQSASAVQ|NVVQRVVALPLVRATCTAVCDVYSAAKDRH

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2333:44468:29235,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1130:18588:3494,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1222:6461:13681,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2455:40026:15040

FOXP4

AC011498.4

+/+

-/-

6:41578081

19:4531822

CDS/splice-site

translocation

305

257

low

out-of-frame

ENSG00000137166

ENSG00000267385

ENST00000373063

ENST00000586020

downstream

duplicates(2)

AGGCTCTCCAAGTGGCCCGGCAGTTCCTGCTGCAGCAGGCCTCAGGCCTGAGCTCCCCAGGGAACAATGACAGCAAACAGTCTGCCTCTGCTGTGCAG|AACGTGGTGCAGCGTGTGGTGGCTCTGCCCCTGGTCAGGGCCACGTGCACCGCGGTCTGCGATGTTTACAGTGCAGCCAAGGACAGGCACCC

ALQVARQFLLQQASGLSSPGNNDSKQSASAVQ|nvvqrvvalplvratctavcdvysaakdrh

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2333:44468:29235,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1130:18588:3494,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1222:6461:13681,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2455:40026:15040

ARMCX3

FOXN3

+/+

-/-

X:101623276

14:89412490

5'UTR/splice-site

translocation

924

low

|Forkhead_domain(100%)

ENSG00000102401

ENSG00000053254

ENST00000341189

ENST00000345097

downstream

duplicates(1)

GTTGTTCCCGTCTGAGTACCAGCTCCCCACTGCCCTGAGGGCGGGCCGGCCTGCGGCGGAGGGAAAAAGGAAGAGGAGAAGGAAATTGTCCCGAATCCCTGCAG|GAGCCTTCACGTAAATGGGTCCAGTCATGCCTCCCAGTAAGAAGCCAGAAAGCTCAGGAATTAGTGTCTCtAGTGGACTGAGTCAGTGTTAtGGGGGCAGCGGTTTCTCCAAG

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2203:46474:3901,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2316:27948:22088,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1120:8928:28576

NFIC

NTNG2

+/+

19:3359685

9:132166349

CDS/splice-site

5'UTR/splice-site

translocation

2237

low

out-of-frame

|Laminin_EGF_domain(100%),Laminin_N-terminal_(Domain_VI)(100%)

ENSG00000141905

ENSG00000196358

ENST00000589123

ENST00000393229

downstream

upstream

duplicates(7)

GCGGCCCCCCCCTCGCCGGGGACCGAGCGCGCTCGCTCCGGCGCCGGCCTCGCCTCCTCGCAGCAGCGCCATG|GCTGGAGGGTTGTTTTGCCGTTGTGTTGAGCACGTCACCCA

M|agglfcrcvehvt

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2141:21023:23181,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2386:38311:1981,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1353:25699:11944,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2112:10231:9309,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2360:48585:9604,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2465:9551:16652,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1240:12124:21976,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1201:32341:6213,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2103:3694:24779

EFCAB12

MBD4

-/-

3:129428440

3:129437950

CDS/splice-site

duplication

478

789

low

out-of-frame

|Methyl-CpG_binding_domain(100%)

ENSG00000172771

ENSG00000129071

ENST00000326085

ENST00000393278

upstream

downstream

duplicates(2)

TTCACACACGCCCTTCAGCACCCCCTCCCAGCACCACGACCATGGACGACGACTATGAAGCGTACCACAGTCTGTTCTTGTCGCTGCTCG|CAAAGAAGATGTTGCTATGGAATTGGAAAGAGTGGGAGAAGATGAG

MDDDYEAYHSLFLSLL|akkmllwnwkewekm

LH00166:238:23LG7FLT4:6:1146:12876:8651,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1167:7868:20323,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1493:43650:20449,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2476:29995:15685

MAEA

CTBP1

+/+

-/-

4:1315600

4:1238337

CDS/splice-site

inversion

504

2698

low

out-of-frame

CTLH/CRA_C-terminal_to_LisH_motif_domain(0%)|D-isomer_specific_2-hydroxyacid_dehydrogenase__NAD_binding_domain(100%),D-isomer_specific_2-hydroxyacid_dehydrogenase__catalytic_domain(100%)

ENSG00000090316

ENSG00000159692

ENST00000303400

ENST00000290921

downstream

duplicates(9)

GCGCCGGATCGAGCACCTCAAAGAGCATAGCAGCGACCAGCCCGCGGCGGCCAGCGTGTGGAAGAGGAAGCGCATGGATCGCATGATGGTGGAGCACCTGCTGCGTTGCGGCTACTACAACACGGCTGTCAAGCTGGCGCGCCAGAGCGGCATCGAG|GCGTCCGACCTCCGATCATGAACGGGCCCCTGCACCCGCGGCCCCTGGTGGCATTGCTGGATGGCCGGGACTGCACAGTGGAGATGCCCATCC

RRIEHLKEHSSDQPAAASVWKRKRMDRMMVEHLLRCGYYNTAVKLARQSGIE|asdlrs*

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2280:32122:29347,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2312:14988:6283,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2445:44063:25479,LH00166:238:23LG7FLT4:6:2397:47170:20883,LH00166:238:23LG7FLT4:8:1158:2917:23125,LH00166:238:23LG7FLT4:8:2283:33635:22803,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2278:18644:13989,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2493:6307:11117,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1478:13175:23574,LH00166:238:23LG7FLT4:7:1443:9664:9113,LH00166:238:23LG7FLT4:7:2225:38238:26180

ARMCX3

AL137230.2

+/+

-/-

X:101623276

14:89412490

5'UTR/splice-site

exon/splice-site

translocation

924

low

ENSG00000102401

ENSG00000259053

ENST00000341189

ENST00000555070

downstream

duplicates(1)

LH00166:238:23LG7FLT4:5:2203:46474:3901,LH00166:238:23LG7FLT4:5:2316:27948:22088,LH00166:238:23LG7FLT4:6:1120:8928:28576

15 rows