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TVP23C	CDRT4	-/-	-/-	chr17:15516419	chr17:15438200	3'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	1	65	979	low	.	.	Eukaryotic_protein_of_unknown_function_(DUF846)(100%)|CMT1A_duplicated_region_transcript_4_protein(100%)	.	.	ENSG00000175106.17	ENSG00000239704.11	ENST00000581273.5	ENST00000619038.5	upstream	downstream	duplicates(1)	GCCGTCCACAAGCCAAGGAGAGAGGCCTTAGAGGAAACCAGCCCTGCTGACACCTTGATCTTGGGCTTCCAGTCTCCAGAACT|GACTCACAGAAAACACTGGACTTCCCCGGAAGCTACTTGAAAAACATGACCCCTGGCCGGCCTATGTCACCTATACCTCTCAGACAGTGAAAAGACTCATTGAGAAAAGCAAAACTAGAGAACTGGAATGCATGCGTGCCCTCGAGGAAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2123:20562:3074,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2392:49152:25353,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1354:42105:8917,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1485:27406:17450,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:37575:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1224:5433:9463,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1224:5441:9449	chr17:15516419-chr17:15438200	0.022556390977443608	0.004575495678698526	0.013565943328071067	6	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
TVP23C	CDRT4	-/-	-/-	chr17:15545787	chr17:15440284	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	2	976	644	low	out-of-frame	.	Eukaryotic_protein_of_unknown_function_(DUF846)(85%)|CMT1A_duplicated_region_transcript_4_protein(100%)	.	.	ENSG00000175106.17	ENSG00000239704.11	ENST00000225576.7	ENST00000619038.5	upstream	downstream	duplicates(4)	GTCACAGGTAGACTAATGGTTGGCCTACGTTGGTGGAATCACATTGATGAAGATGGAAAGAGCCATTGGGTGTTTGAATCTAGAAAG___GAGTCCTCTCAAGAGAATAAAACTGTGTCAGAGGCTGAATCAAGAATCTTTTGGTTGGGACTTATTGCCTGTTCAGTACTGTGGGTGATATTTGCC...CTTCTCCTTCACAGTAAAGTGGC|AATCTGAACCTGTGATGTTAAGAAATCAGTAAATATTAAAAAGAAGATGGATGCAAGAAGGATGAAGAAAGAAGAAG___GACTCACAGAAAACACTGGACTTCCCCGGAAGCTACTTGAAAAACATGACCCCTGGCCGGCCTATGTCACCTATACCTCTCAGACAGTGAAAAGACTCATTGAGAAAA	FSFTVKW|qsepvmlrnq*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2197:40576:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1218:10312:23041,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2241:24202:27820,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4624:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4641:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20780:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20788:13807	chr17:15545787-chr17:15440284	0.0010235414534288639	0.0030959752321981426	0.0020597583428135034	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
TVP23C	CDRT4	-/-	-/-	chr17:15545786	chr17:15440284	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	2	976	644	low	out-of-frame	.	Eukaryotic_protein_of_unknown_function_(DUF846)(85%)|CMT1A_duplicated_region_transcript_4_protein(100%)	.	.	ENSG00000175106.17	ENSG00000239704.11	ENST00000225576.7	ENST00000619038.5	upstream	downstream	duplicates(3)	GTCACAGGTAGACTAATGGTTGGCCTACGTTGGTGGAATCACATTGATGAAGATGGAAAGAGCCATTGGGTGTTTGAATCTAGAAAG___GAGTCCTCTCAAGAGAATAAAACTGTGTCAGAGGCTGAATCAAGAATCTTTTGGTTGGGACTTATTGCCTGTTCAGTACTGTGGGTGATATTTGCC...CTCCTTCACAGTAAAGTGGCT|AATCTGAACCTGTGATGTTAAGAAATCAGTAAATATTAAAAAGAAGATGGATGCAAGAAGGATGAAGAAAGAAGAAG___GACTCACAGAAAACACTGGACTTCCCCGGAAGCTACTTGAAAAACATGACCCCTGGCCGGCCTATGTCACCTATACCTCTCAGACAGTGAAAAGACTCATTGAGAAAA	SFTVKWl|i*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1145:7796:27679,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2241:24202:27820,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4624:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4641:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20780:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20788:13807	chr17:15545786-chr17:15440284	0.0010235414534288639	0.0030959752321981426	0.0020597583428135034	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
TVP23C	CDRT4	-/-	-/-	chr17:15545785	chr17:15453085	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	2	976	4	low	out-of-frame	.	Eukaryotic_protein_of_unknown_function_(DUF846)(86%)|CMT1A_duplicated_region_transcript_4_protein(100%)	.	.	ENSG00000175106.17	ENSG00000239704.11	ENST00000225576.7	ENST00000619038.5	upstream	downstream	duplicates(4)	GTCACAGGTAGACTAATGGTTGGCCTACGTTGGTGGAATCACATTGATGAAGATGGAAAGAGCCATTGGGTGTTTGAATCTAGAAAG___GAGTCCTCTCAAGAGAATAAAACTGTGTCAGAGGCTGAATCAAGAATCTTTTGGTTGGGACTTATTGCCTGTTCAGTACTGTGGGTGATATTTGCCTTTAGTGCACTCTTCTCCTTCACAGTAAAGTGGCTG|GAACCCAGTGAAATGAGCTGCACCAGGAACTTTAAGAGAGAGTTTTCAGCTGGGAGAAGAGGAAGGCAAGATATCAGAACAAGTTAAGCAAATCTGGCCTTGGGTTTTGACCACAGTCTATCCTTCC	VTGRLMVGLRWWNHIDEDGKSHWVFESRKESSQENKTVSEAESRIFWLGLIACSVLWVIFAFSALFSFTVKWL|epsemsctrnfkrefsagrrgrqdirts*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2192:22616:28688,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2339:24663:9758,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2241:24202:27820,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4624:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:4641:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20780:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1174:20788:13807	chr17:15545785-chr17:15453085	0.0010235414534288639	0.3333333333333333	0.1671784373933811	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
KANK1	AL360014.1(1328),AL353746.1(91808)	+/+	./-	chr9:734835	chr9:27845809	CDS/splice-site	intergenic	inversion	121	15	1	788	26	high	out-of-frame	.	KN_motif(100%)|	.	.	ENSG00000107104.20	.	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TMEM40	RAF1	-/-	-/-	chr3:12743900	chr3:12591792	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	1	0	321	19941	low	in-frame	.	|Protein_kinase_domain(92%)	.	.	ENSG00000088726.16	ENSG00000132155.13	ENST00000264728.8	ENST00000251849.9	upstream	downstream	duplicates(2)	CCTCATCCTCCTCATCTTCTTCATCCTCCTCCTCCTCAG___AGAGCAATGATGAGGACCAGCAACCCAGAGCAACCGGAAAACATCGACGGAGCCTGGGGGCTGGATACCCCCACGGGAACGGCTCACCCG|GAGATGTTGCAGTAAAGATCCTAAAGGTTGTCGACCCAACCCCAGAGCAATTCCAGGC	SSSSSSSSSSSSESNDEDQQPRATGKHRRSLGAGYPHGNGSP|gDVAVKILKVVDPTPEQFQ	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1482:12973:26026,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1448:35941:16876,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1387:30262:9365,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1310:33514:27441	chr3:12743900-chr3:12591792	0.003105590062111801	5.014542172299669e-05	0.0015778677419173988	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
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KANK1	CTAGE12P(209892),AL360014.1(8639)	+/+	./-	chr9:734835	chr9:27820637	CDS/splice-site	intergenic	inversion	81	7	0	788	10	high	out-of-frame	.	KN_motif(100%)|	.	.	ENSG00000107104.20	.	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CNN3	SLC44A3-AS1	-/-	-/-	chr1:94926838	chr1:94743961	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	6	4	0	8060	13	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117519.16	ENSG00000224081.9	ENST00000394202.8	ENST00000432162.6	upstream	downstream	duplicates(5)	GCCACTCCTCGGGGCCAGGAGCGGGGAAGCGAAGTGCGAGAGACCCCGGACCCCAGCGCTGTCTCTTCCCGCCGCCCGAACCACCATGACCCACTTCAACAAGGGCCCTTCCTATGGGCTCTCGGCCGAAGTCAAGAACAAG|GGACCCTGGGAGCATCTGTGTTCTCGTGTTCTTCTTGCCTGTGAGGCCTCTTCTCTCTGAGGACAGATGGTAGGACAGAGAGAAGACAGCAAATGGAAAACAAAGG	MTHFNKGPSYGLSAEVKNK|gpwehlcsrvllaceassl*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2244:42065:10332,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2387:36984:8707,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2282:50867:18403,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1496:13119:17002,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1367:48521:16133,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2203:12350:9674,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1311:8410:26755,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1311:8427:26755,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1472:32462:14045,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2152:22099:3242,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2288:45204:23420,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1150:24768:12686,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2384:43133:3746,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2315:43837:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2455:40091:10725	chr1:94926838-chr1:94743961	0.0007438631291842301	0.23529411764705882	0.11801899038812153	10	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
CNN3	SLC44A3-AS1	-/-	-/-	chr1:94926838	chr1:94732437	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	8060	9	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117519.16	ENSG00000224081.9	ENST00000394202.8	ENST00000634861.1	upstream	downstream	duplicates(4)	GCGAGAGACCCCGGACCCCAGCGCTGTCTCTTCCCGCCGCCCGAACCACCATGACCCACTTCAACAAGGGCCCTTCCTATGGGCTCTCGGCCGAAGTCAAGAACAAG|GTGAATTCCTTGGAAGATGAGGGCCAAGTCTTATTCTTCTCAGTCTCTTCTGCATCTAaCAGAAGAATAATGGTTGCACAGAAAATCTTGGTTCAGTGGTTGAGTGAATGAATGGATGAACAGGCTCTTGCACACAAAGAAGAGACATGATGTATTTGCATCCTTCCCTGCTTCAGCCAGG	MTHFNKGPSYGLSAEVKNK|vnsledegqvlffsvssasnrrimvaqkilvqwlse*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1419:30326:5974,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2268:7084:11621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2268:7092:11635,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2268:7100:11621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2268:7116:11621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2324:38222:19342,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1280:18660:7852,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1364:10473:28114,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2435:4317:28912,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2293:3985:11299,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1120:43416:26741	chr1:94926838-chr1:94732437	0.000496031746031746	0.25	0.12524801587301587	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
CNN3	SLC44A3-AS1	-/-	-/-	chr1:94926838	chr1:94743993	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	3	2	0	8060	6	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117519.16	ENSG00000224081.9	ENST00000394202.8	ENST00000634861.1	upstream	downstream	duplicates(1)	CCGGACCCCAGCGCTGTCTCTTCCCGCCGCCCGAACCACCATGACCCACTTCAACAAGGGCCCTTCCTATGGGCTCTCGGCCGAAGTCAAGAACAAG|ATGTACACTAGATTTTGATGGCATTTTTCCAGGGACCCTGGGAGCATCTGTGTTCTCGTGTTCTTCTTGCCTGTGAGGCCTCTTCTCTCTGAGGACAGATGGTAGGACAGAGAGAAGACAGCAAATGGAAAACAAAGGCTGCTATTTTTTTGTGGG___AGAAAAAGTCATGTGATGACACACCAAGAAGGTGGCTGTCTGCAAG	MTHFNKGPSYGLSAEVKNK|mytrf*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1178:6728:9884,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1178:6736:9898,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2247:14227:15419,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1381:9041:27427,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1117:38271:1210,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2247:33821:20687	chr1:94926838-chr1:94743993	0.0003720699491504403	0.25	0.12518603497457523	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
CNN3	SLC44A3-AS1	-/-	-/-	chr1:94926838	chr1:94839041	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	3	1	0	8060	4	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117519.16	ENSG00000224081.9	ENST00000394202.8	ENST00000422162.5	upstream	downstream	.	GGGGAAGCGAAGTGCGAGAGACCCCGGACCCCAGCGCTGTCTCTTCCCGCCGCCCGAACCACCATGACCCACTTCAACAAGGGCCCTTCCTATGGGCTCTCGGCCGAAGTCAAGAACAAG|GTGTGCAACACTGGCCAAGTCCTAAACCTCTCTAAGCCTCAGTTTCATCTCCTATGAGTGGTACTGGGATTCTGATGAGGTTTTAATGAGTGAAGAATAAGTACAATGCCTGGCACATG___GGTGAAAATGGAAATTCACCTGTGGAACTCACTGGCCATTGTGG	MTHFNKGPSYGLSAEVKNK|vcntgqvlnlskpqfhll*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1491:22527:16904,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2332:17876:17030,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2492:19712:13821,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2251:18402:1098	chr1:94926838-chr1:94839041	0.0003720699491504403	0.2	0.10018603497457522	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
CNN3	SLC44A3-AS1	-/-	-/-	chr1:94926838	chr1:94742414	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	0	2	0	8060	6	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117519.16	ENSG00000224081.9	ENST00000394202.8	ENST00000442418.5	upstream	downstream	duplicates(1)	GAGAGACCCCGGACCCCAGCGCTGTCTCTTCCCGCCGCCCGAACCACCATGACCCACTTCAACAAGGGCCCTTCCTATGGGCTCTCGGCCGAAGTCAAGAACAAG|GCAGCATTT?TTCCTGTGACAATATGGTGTAAGACAAAATTGTGGCCTGCCATGAAGTTGTGAGAGAAAAGCATCCCTCATTTCTTCAGGAAAGGCCACTGCCG...CTTCTCAGTCTCTTCTGCATCTAaCAGAAGAATAATGGTTGCACAGAAAATCTTGGTTCAGTGGTTGAGTGAATGAATGGATGAACAGGCTCTTGCACACAAAGAAGAGACATGATGTATTTGCATCCTTCCCTGCTTCAGCCAGGT	MTHFNKGPSYGLSAEVKNK|aaf?pvtiwcktklwpamkl*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2409:49702:18179,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2198:29566:9814,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2198:29574:9800	chr1:94926838-chr1:94742414	0.0	0.25	0.125	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
STARD9	STARD9	+/+	+/+	chr15:42685477	chr15:42685424	CDS	CDS	duplication/ITD	47	2	0	415	415	medium	in-frame	.	FHA_domain(100%),Kinesin_motor_domain(100%)|START_domain(100%)	.	.	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RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66643450	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	8	7	1	3850	4653	medium	in-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(6%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000408993.6	downstream	upstream	duplicates(13)	GCTGCGCGCCATCGAAGCCCTGCACGGCCACGAGCTGCGGCCGGGGCGCGCGCTCGTGGTGGAGATGTCGCGCCCAAGGCCTCTTAATACTTGGAAGATTTTCGTGGGCAATGTGTCGGCTGCATGCACGAGCCAGGAACTGCGCAGCCTCTTCGAGCGCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAG|GCAAACGAATGCACGTGCAGTTGTCCACCAGCCGGCTTAGGACTGCGCCCGGGATGGGAGACCAGAGCGGCTGCTATCGGTGCGGGAAAGAGGGGCACTGGTCCAAAGAGTGTCCGATAGATCGTTCAGGCCGCGTGGCAGACTTGACCGAGCAATATAATGAGCAATACGGAGCAGTGCGTACGCCTTACACCATGAG	LRAIEALHGHELRPGRALVVEMSRPRPLNTWKIFVGNVSAACTSQELRSLFERRGRVIECDVVK|gKRMHVQLSTSRLRTAPGMGDQSGCYRCGKEGHWSKECPIDRSGRVADLTEQYNEQYGAVRTPYTM	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1435:33870:5974,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1435:33878:5988,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1438:45997:21178,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2143:3524:6829,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:44937:8777,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1303:31888:25802,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1347:33603:25998,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1262:45058:24597,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1344:47518:26699,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2253:50883:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2429:18240:8188,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2319:12528:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2108:49224:16932,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1311:13693:24471,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1389:44468:8356,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1411:38473:13723,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1489:2756:17605,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1475:32567:11817,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1475:32575:11832,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2461:24987:3200,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1417:41134:11215,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2398:42696:6297,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2496:33433:28478,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2339:35560:10304,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1491:41749:19566,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1491:41757:19580,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1327:22398:28983,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2365:26670:7039,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2173:17730:28884	chr11:66617057-chr11:66643450	0.002202928599196579	0.0016092693916961698	0.0019060989954463744	16	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66665856	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	1	0	3850	1514	low	in-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(1%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000396053.9	downstream	upstream	.	GGGCAATGTGTCGGCTGCATGCACGAGCCAGGAACTGCGCAGCCTCTTCGAGCGCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAG|GCAAGATAACCCCTGTGACAGAAGGCTACTGTTGCTGTAACAAAGGGCATACATACATTTTCAAGAACTGCAATTTAATTTTGGAGTCCAGGAAAAGCAGAAGATGCTGAGATGTCATATATGGCGAATTGCACTATTCTAAATGTGTTTTGTTTTAATCTTTCACAGTAAACAAGCTTTCAGAAATGATGGTCACAAGGGGTAGGATATCAAGGAGCAG	GNVSAACTSQELRSLFERRGRVIECDVVK|gKITPVTEGYCCCNKGHTYIFKNCNLILESRKSRRC*	LH00995:36:23WHYVLT4:8:1265:40673:28632,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1292:46215:20351	chr11:66617057-chr11:66665856	0.00025967281225655674	0.0006600660066006601	0.00045986940942860843	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66639700	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	3850	5711	low	out-of-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	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RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66625678	chr11:66639700	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	1158	5711	low	out-of-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(99%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000396053.9	downstream	upstream	duplicates(2),read_through(6)	CCCGCCTCTCCCCACCCCGGGCCAGCTACGACGATCCCTACAAAAAGGCTGTCGCCATGTCGAAAAG|GCTCTTGTCAGGATGGTGAAGCTGTTCATCGGAAACCTGCCCCGGGAGGCTACAGAGCAGGAGATTCGCTCACTCTTCGAGCAGTATGGGAAGGTGCTGGAATGTGACATCATTAAGAATTACGGCTTTGTGCACATAGAAGACAAGACGGCAGCTGAGGATGCC	RLSPPRASYDDPYKKAVAMSKr|llsgw*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1444:6250:14382,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1192:30237:19104,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1410:26386:14087,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2136:13758:26853,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2309:27721:23994,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2332:11396:15251,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1307:42429:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:48723:29235	chr11:66625678-chr11:66639700	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ZNF316	ZNF316	+/+	+/+	chr7:6642501	chr7:6642499	CDS	CDS	duplication/ITD	16	6	0	468	324	medium	in-frame	.	|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000205903.7	ENSG00000205903.7	ENST00000382252.6	ENST00000382252.6	downstream	upstream	duplicates(23),low_entropy(33),mismappers(25)	TGCTGGCCTGGTTCATGTGTGTTGAGGACCAG___GCCACGTGGAGGCTCGCTCCCAGGGAGGATGGCGGCGCTCCACACGACTCCCGACTCCCCAGCTGCCCAGCTGGAGCGGGCAGAGGACGGGTCAGAGTGCGACCCTGACCAGGAAGAAGA|AGAGGAGGAGGAGGAGGAgAAGGGGGAAGAGGTGCAGGAGGTGGAAGAAGAGGAGGAGGAGATAGTGGTGGAGGAGGAGGAGGAGGGTGTGGCAGAGGTAGTGCAGGATGCGCAGGTGGAGGCG	MAALHTTPDSPAAQLERAEDGSECDPDQEEe|EEEEEEKGEEVQEVEEEEEEIVVEEEEEGVAEVVQDAQVE	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1291:40641:9968,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1236:41159:28716,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:30876:14774,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2254:27268:23041,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2254:5716:8384,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2431:33603:15965,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1336:48229:29305,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1476:45123:26166,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2245:10514:23448,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1286:50179:22397,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2119:41571:7796,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2133:1461:3508,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1257:26241:3634,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1327:49208:3957,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2479:35997:7278,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1144:38740:9842,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1179:34485:7908,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1257:18110:14214,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1446:41029:17535,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2133:16937:1420,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2415:46531:2345,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2452:33692:26180,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1151:29355:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1157:30407:22621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1182:40892:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1323:19777:8861,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1388:12908:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1415:9964:8006,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1415:9980:8006,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1472:20384:14003,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2237:49839:4293,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2427:28999:27665,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2497:4568:9393,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1152:29695:16007,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1171:37162:25634,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1238:30998:25017,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1258:14405:5974,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1258:14413:5960,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1342:37470:16189,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2155:13305:16848,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2370:42105:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2485:13944:2401,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:5951:22635,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2167:35488:15811,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2452:49977:5428,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2486:15473:15811,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1228:3257:6647,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1259:16565:25465,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2288:33473:2205,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25165:19482,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25165:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25173:19496,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2477:46409:4601,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1156:31888:26194,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1162:47073:25171,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1461:10061:1140,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1485:48707:17520,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1118:28077:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1207:26322:15321,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1346:2254:19538,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1449:24097:20996,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2219:23167:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1257:26241:3634,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1327:49208:3957,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2479:35997:7278,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1144:38740:9842,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1179:34485:7908,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1257:18110:14214,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1262:34250:22299,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1262:34250:22299,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2133:16937:1420,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2452:33692:26180,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1151:29355:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1157:30407:22621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1182:40892:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1323:19777:8861,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1388:12908:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1472:20384:14003,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2237:49839:4293,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2497:4568:9393,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1152:29695:16007,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1171:37162:25634,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1238:30998:25017,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1258:14405:5974,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1258:14413:5960,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2485:13944:2401,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:5951:22635,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2167:35488:15811,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2486:15473:15811,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1228:3257:6647,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2288:33473:2205,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25165:19482,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25165:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2406:25173:19496,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2477:46409:4601,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1156:31888:26194,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1485:48707:17520,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1118:28077:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1346:2254:19538,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1449:24097:20996,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2219:23167:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1353:29469:20071,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2160:11379:22032	chr7:6642501-chr7:6642499	0.03305785123966942	0.01818181818181818	0.0256198347107438	22	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
TMED7	TICAM2	-/-	-/-	chr5:115616318	chr5:115581315	CDS	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	5	15	1	1721	235	medium	stop-codon	.	emp24/gp25L/p24_family/GOLD(86%)|TIR_domain(100%)	.	.	ENSG00000134970.14	ENSG00000243414.6	ENST00000456936.4	ENST00000427199.3	upstream	downstream	duplicates(28),mismappers(1)	CCGAGTCAGTGCTCTTACCCAG___ATGGAATCTGCCTGTGTTTCAATTCACGAAGCTCTGAAGTCTGTCATCGATTATCAGACTCATTTCCGTTTAAGAGAAGCTCAAGGCCGAAGCCGAGCAGAGGATCTAAATACAAGAGTGGCCTATTG|ATTGAAAAGAAATGCTGAGAAATACATAAAGTTTTCCTCTTCTGCCTTGGATATTTATAATGGGTATCGGGAAGTCTAAAATAAATTCCTGCCCTCTTTCTCTCTCTTGGGGTAAAAGGCACAGTGTGGATACAAGTCCAGGATATCATGAGTCAGATTCCAAGAAGTCTGAAGATCTATCCTTGTGTAATGTTGCTGAGCACAGCAATACAACAGAGGGGCCAACAGGAAAGCAGGAGGGAGCTCAGAGCGTGGAAGAGATGTTTGAAGAAGAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1138:27284:18137,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1256:39055:23167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1445:19825:15335,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1445:19842:15335,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2108:34396:4783,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2141:26168:2499,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2258:15546:20841,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2463:13362:25045,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1208:14009:21850,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2168:32616:29585,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2291:45333:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2466:6097:5960,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2466:6105:5974,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1336:11857:26614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2231:43764:12826,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2444:4018:4041,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1250:20918:14228,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:11800:21696,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:11816:21696,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:11824:21682,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:11833:21696,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:11849:21696,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38319:11803,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38319:11832,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38327:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38327:11817,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38335:11803,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:38343:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1165:48027:12336,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2498:21516:24008,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2131:40633:17745,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2238:14931:25830,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2238:14939:25844,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2153:14745:8861,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1168:7715:5260,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1168:7723:5246,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2408:12666:18852,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1425:39808:20575,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1425:39824:20575,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1425:39832:20561,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1308:16428:1631,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1308:16436:1645,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2275:9236:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1466:7423:21878,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1466:7440:21878,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2102:24882:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2102:24898:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2480:23927:15545,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1287:45382:15489,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1272:37462:1406	chr5:115616318-chr5:115581315	0.003185635679119606	0.06187624750499002	0.03253094159205481	21	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
TMED7	TICAM2	-/-	-/-	chr5:115620435	chr5:115581315	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	5	0	1918	235	low	out-of-frame	.	emp24/gp25L/p24_family/GOLD(62%)|TIR_domain(100%)	.	.	ENSG00000134970.14	ENSG00000243414.6	ENST00000456936.4	ENST00000427199.3	upstream	downstream	duplicates(3)	TTTTGCTTCAGCAATGAATTTTCTACTTTCACACATAAAACTGTATATTTTGATTTTCAAGTTGGAGAAGACCCACCTTTGTTTCCTAGTGAGAACCGAGTCAGTGCTCTTACCCAG|ATTGAAAAGAAATGCTGAGAAATACATAAAGTTTTCCTCTTCTGCCTTGGATATTTATAATGGGTATCGGGAAGTCTAAAATAAATTCCTGCCCTCTTTCTCTCTCTTGGGGTAAAAGGCACAGTGTGGATACAAGTCCAGGATATCATGAGTCAGATTCCAAGAAGTCTGAAGATCTATCCTTGTGTAATGTTGCTGAGCACAGCAATAC	FCFSNEFSTFTHKTVYFDFQVGEDPPLFPSENRVSALTQ|iekkc*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2319:39961:25101,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2319:39970:25087,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1194:26928:10795,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2276:14526:25157,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2458:39508:3410,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1309:51821:6801,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1280:33392:22243,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1280:33400:22229	chr5:115620435-chr5:115581315	0.0	0.020833333333333332	0.010416666666666666	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PTEN	MED6P1(53503),AL353149.1(155803)	+/+	./+	chr10:87961118	chr10:88103326	CDS/splice-site	intergenic	deletion/read-through	19	1	0	3770	8	medium	out-of-frame	.	C2_domain_of_PTEN_tumour-suppressor_protein(95%),Dual_specificity_phosphatase__catalytic_domain(100%)|	.	.	ENSG00000171862.11	.	ENST00000371953.8	.	downstream	upstream	duplicates(14),mismatches(2)	GGTGATATCAAAGTAGAGTTCTTCCACAAACAGAACAAGATGCTAAAAAAG___GACAAAATGTTTCACTTTTGGGTAAATACATTCTTCATACCAGGACCAGAGGAAACCTCAGAAAAAGTAGAAAATGGAAGTCTATGTGATCAAGAAATCGATAGCATTTGCAGTATAGAGCGTGCAGATAATGACAAGGAATATCTAGTACTTACTTTAACAAAAAATGATCTTGACAAAGCAAATAAAGACAAAGCCAACCGATACTTTTCTCCAAATTTTAAG|ACATGGCCATCTTTCACATGTGCCTGTGTCACACACGACCTTAACATCCAGTCTCCTGGTTTTAGCTAAACCCTCTTGGACCGC	GDIKVEFFHKQNKMLKKDKMFHFWVNTFFIPGPEETSEKVENGSLCDQEIDSICSIERADNDKEYLVLTLTKNDLDKANKDKANRYFSPNFK|twpsftcacvthdlniqspgfs*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1248:29509:6717,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2280:42817:25816,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1343:14316:7698,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1343:14324:7684,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2313:3427:8959,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2313:3435:8945,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2313:3435:8973,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2380:21791:27147,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1136:34331:3130,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2237:8419:26825,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2317:38432:5330,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1360:34671:1224,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2123:39144:25283,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2149:27454:13387,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2192:3896:18347,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2473:13628:29711,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1112:17625:29627,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1190:49265:12882,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1267:47008:4881,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1475:21007:9449,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1477:50349:25578,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2233:15789:1645,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1355:21807:26222,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1355:21816:26236,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1477:27535:4783,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2338:27414:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1147:14138:20197,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1309:13297:23644,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1491:36523:20015,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2161:30820:2934,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1114:40342:24050,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1143:17293:22579,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1143:17301:22593,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2165:31046:7053,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2168:46466:19889,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1293:22333:5610	chr10:87961118-chr10:88103326	0.005014515703351808	0.1111111111111111	0.058062813407231455	20	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
AC079781.4	ASNS	-/-	-/-	chr7:97928082	chr7:97872449	exon	5'UTR	deletion/read-through	6	12	1	197	58	medium	.	.	|Asparagine_synthase(100%),Glutamine_amidotransferase_domain(100%)	.	.	ENSG00000284627.1	ENSG00000070669.17	ENST00000641908.1	ENST00000444334.5	upstream	downstream	duplicates(9),mismatches(1)	CGGCTCTTGCTGGAGGGGGGAAGCGCACAGCCCCAGGACTGCGAGGACGGGGAGGACGCGCCGCGGCCGGGCAGGGAGGAGACCGGCACCCAGACAGGTGGCGACGGCAGAGGA|GAGCCAGGTCGGTATAAGCGCCAGCGGCCTCGCCGCCCGTCAAGCTGTCCACATCCCTGGCCTCAGCCCGCCACATCACCCTGACCTGCTTACGCCCAG___ATTTTCTTCAATCACATCTGAATAAATCACTTGAAG___AAAGCTTATAGCTTCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2452:47081:2794,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2489:42639:15194,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2489:42647:15180,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2275:20262:9309,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1106:37632:15377,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2172:38368:10598,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2405:48755:2023,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2419:13952:22397,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2155:35447:19524,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2483:13742:5442,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1133:5886:21878,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1133:5894:21892,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1405:18402:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1381:37356:28044,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2123:6598:21038,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1384:41846:27834,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2133:6525:8188,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1275:36005:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1286:40131:11103,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1326:40633:28730,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2311:16678:27483,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1273:41418:4755,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1125:17682:21374,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1204:38076:7516,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1204:38085:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2220:22212:9576,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1490:13815:24064,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1490:13831:24064,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1490:13839:24078	chr7:97928082-chr7:97872449	0.03194103194103194	0.1773049645390071	0.10462299824001953	19	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42865387	chr3:42908022	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	6	10	1	4895	258	medium	in-frame	.	7_transmembrane_receptor_(rhodopsin_family)(93%)|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000422265.6	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(10)	TTGGTGAGGCTGAGGCCCGCAGGCCAGGGCCGGGCTTTAAAAATAGCTGCAGCCTTGGTGGTGGCCTTCTTCGTGCTATGGTTCCCATACAATCTCACCTTGTTTCTGCATACGCTGTTGGACCTGCAAGTATTCGGGAACTGTGAGGTCAGCCAGCATCTAGACTACGCACTCCAG|GAGTCAGTGACCTTCGAGGATGTGGCCGTCTACTTCTCTGAGAACGAATGGATCGGCCTGGGCCCTGCTCAGAGAGCCCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGGGCTGTGGCTTCCCTGG___CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCC	LVRLRPAGQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQ|ESVTFEDVAVYFSENEWIGLGPAQRALYRDVMLENYGAVASLAFPFPKPALI	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2132:6161:15965,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1142:49831:16946,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1476:43327:28492,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2206:41887:11341,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1223:32446:1827,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2143:12755:25423,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2143:12771:25423,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:46741:16582,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:46757:16582,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:46781:16568,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2138:39525:3354,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2164:13548:29459,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2180:2424:5428,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2447:40083:8497,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1455:13175:6899,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1455:13184:6913,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1497:41814:5750,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1125:15756:14228,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1125:15764:14214,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1447:11210:24681,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2274:22665:21710,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1168:13103:18151,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1388:7860:18712,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1388:7877:18712,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1430:49192:8581,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1484:44387:1967,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2358:5652:19987	chr3:42865387-chr3:42908022	0.0013261246557176374	0.03910614525139665	0.020216134953557143	17	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42864859	chr3:42908022	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	3860	258	low	.	.	7_transmembrane_receptor_(rhodopsin_family)(22%)|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000440367.7	downstream	upstream	duplicates(4),mismatches(1)	TGCCTCGCAGGCGGATGGTTGAGATCTATCTGCTGAATCTGGCCATCTCCAACCTTCTGTTTCTGGTGACACTGCCCTTCTGGGGCATCTCCGTGGCCTGGCATTGGGTCTTCGGGAGTTTCTTGTGCAAGATG|GAGTCAGTGACCTTCGAGGATGTGGCCGTCTACTTCTCTGAGAACGAATGGATCGGCCTGGGCCCTGCTCAGAGAGCCCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGGGCTGTGGCTTCCCTGG___CA...___CATTTCCATT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2160:35132:28422,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1319:47695:26671,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1491:3209:19875,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2267:48917:26460,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2267:48933:26460,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1380:43990:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1242:9325:1266,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1242:9341:1266,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2311:42777:23924,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1243:38254:10038,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1249:12739:23378,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2279:11388:19076,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2429:21492:14970,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1253:21031:1112	chr3:42864859-chr3:42908022	0.00129366106080207	0.015267175572519083	0.008280418316660577	9	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42864859	chr3:42908796	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	2	0	3860	904	low	.	.	7_transmembrane_receptor_(rhodopsin_family)(22%)|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(1)	TCGCAGGCGGATGGTTGAGATCTATCTGCTGAATCTGGCCATCTCCAACCTTCTGTTTCTGGTGACACTGCCCTTCTGGGGCATCTCCGTGGCCTGGCATTGGGTCTTCGGGAGTTTCTTGTGCAAGATG|CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCCCCAAGGGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2246:26839:26446,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2235:50398:16862,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1377:40528:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2116:24882:18095,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1321:49176:12112	chr3:42864859-chr3:42908796	0.0005178663904712584	0.002207505518763797	0.0013626859546175276	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42864859	chr3:42908793	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	2	0	3860	904	low	.	.	7_transmembrane_receptor_(rhodopsin_family)(22%)|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000440367.7	downstream	upstream	duplicates(1)	CGCAGGCGGATGGTTGAGATCTATCTGCTGAATCTGGCCATCTCCAACCTTCTGTTTCTGGTGACACTGCCCTTCTGGGGCATCTCCGTGGCCTGGCATTGGGTCTTCGGGAGTTTCTTGTGCAAGATG|CAGCATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCC...CACCTGAGACTTTTACCTTTACCCAGAAAGGAATAAAAGAGGTCAGATGATGACAGCTGTGTCCTTAACAACCAGGCCCCAG___GAATCAGTGGCTTTTGAGGACGTGGCTGTGTACTTCACTACGAAGGAATGGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2474:47429:15671,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2474:47445:15671,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1453:43845:13891,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1204:17326:16778	chr3:42864859-chr3:42908793	0.000259000259000259	0.002207505518763797	0.0012332528888820279	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42819711	chr3:42913201	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	371	609	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000440367.7	downstream	upstream	.	TGGTGACCTGCACACAGGAGCCCTCCAGTCAGTACTGATTGAATTACTCAAGGCTGCCTCTCTGCAAAGTTGAG|GATATCCATTTCTAAAGCCTGCTGGGATTTCCCATCCTGAGCAGGTGGAAGAGCCATTAAACCTGAAACTGCAAGGAGAGGGTCCAAGCCTGATTTGTC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1414:25391:5694	chr3:42819711-chr3:42913201	0.0	0.001639344262295082	0.000819672131147541	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42809532	chr3:42908022	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	270	258	low	.	.	|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000328199.6	downstream	upstream	read_through(2)	GGGATCCTTTCTGGAATGGAGGTCTTATGAGCTGCTATTGAACACGGCAG|GAGTCAGTGACCTTCGAGGATGTGGCCGTCTACTTCTCTGAGAACGAATGGATCGGCCTGGGCCCTGCTCAGAGAGCCCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGGGCTGTGGCT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1418:5676:25774,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1456:23167:2373	chr3:42809532-chr3:42908022	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42809532	chr3:42908793	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	270	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000440367.7	downstream	upstream	duplicates(1),read_through(1)	GGAGGTCTTATGAGCTGCTATTGAACACGGCAG|CAGCATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:8:1359:35844:28450,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1359:35852:28464	chr3:42809532-chr3:42908793	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42809532	chr3:42908796	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	270	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(1),read_through(3)	GATCCTTTCTGGAATGGAGGTCTTATGAGCTGCTATTGAACACGGCAG|CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2351:27859:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2351:27875:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2421:15902:17899,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1193:26047:13527	chr3:42809532-chr3:42908796	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42819711	chr3:42908022	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	371	258	low	.	.	|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(1),read_through(8)	GGAGGTCTTATGAGCTGCTATTGAACACGGCAG___AGCCTGTTGGTGACCTGCACACAGGAGCCCTCCAGTCAGTACTGATTGAATTACTCAAGGCTGCCTCTCTGCAAAGTTGAG|GAGTCAGTGACCTTCGAGGATGTGGCCGTCTACTTCTCTGAGAACGAATGGATCGGCCTGGGCCCTGCTCAGAGAGCCCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGGGCTGTGGCTTCCCTGG___CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2155:30634:18950,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1418:1210:20029,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1333:23563:17408,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2146:9656:2485,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2353:1210:24260,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2478:5911:14298,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1107:22212:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1237:6695:17198,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1465:33117:5428	chr3:42819711-chr3:42908022	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42819711	chr3:42908793	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	371	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000440367.7	downstream	upstream	duplicates(6),read_through(6)	GCCTGTTGGTGACCTGCACACAGGAGCCCTCCAGTCAGTACTGATTGAATTACTCAAGGCTGCCTCTCTGCAAAGTTGAG|CAGCATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCCCCAAGGGGCATCTCCTCAG___CACCTGAGACTTTTACCTTTACCCAGAAAGGAATAAAAGAGGTCAGATGATGACAGCTGTGTCCTTAACAACCAGGCCCCAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:8:2118:22714:15881,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1324:6784:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1324:6801:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1267:42461:1490,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2270:9964:26278,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2217:42469:5316,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1204:21128:27567,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1204:21136:27581,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2291:14672:22971,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1334:1024:15699,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1446:46393:10346,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2260:18515:22677	chr3:42819711-chr3:42908793	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42819711	chr3:42908796	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	371	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000498111.5	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(12),read_through(11)	CTGGAATGGAGGTCTTATGAGCTGCTATTGAACACGGCAG___AGCCTGTTGGTGACCTGCACACAGGAGCCCTCCAGTCAGTACTGATTGAATTACTCAAGGCTGCCTCTCTGCAAAGTTGAG|CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCCCCAAGGGGCATCTCCTCAG___CACCTGAGACTTTTACCTTTACCCAGAAAGGAATAAAAGAGGTCAGATGATGACAGCTGTGTCCTTAACAACCAGGCCCCAGGTGAGCTGTTTTTTTC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2281:38408:8931,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1186:16444:26881,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1381:11671:7656,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2441:10182:14438,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2308:37146:17927,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2426:24833:28016,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2467:47073:2079,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1165:43812:28800,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2120:44176:6143,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2233:1809:9856,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2294:49055:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2435:36467:12798,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2426:17601:2009,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2416:37915:10318,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1119:19607:10136,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1421:7496:25732,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1421:7504:25746,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1421:7512:25760,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1428:5700:18193,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1428:5716:18193,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1428:5725:18207,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:37025:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1466:24259:8777	chr3:42819711-chr3:42908796	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42839279	chr3:42908022	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	163	258	low	.	.	|KRAB_box(100%),Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000497921.2	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(2),read_through(6)	CTTCATCCTGGACGCACCTGCCCTCTGCCCAGCCACTATAAAAACCAGAGCCACGTGCCCCTTCTTTTGCTTGAGTGTGGGCCCTGCTGTCCCCAGAAAGCCTCATTAC|GAGTCAGTGACCTTCGAGGATGTGGCCGTCTACTTCTCTGAGAACGAATGGATCGGCCTGGGCCCTGCTCAGAGAGCCCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATGGGGCTGTGGCTTCCCTGG___CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2485:43303:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2192:10959:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2235:3111:10262,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2325:25319:7137,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1195:27826:19804,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1195:34242:17436,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2245:48909:1476,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2138:51029:5764	chr3:42839279-chr3:42908022	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42839279	chr3:42908793	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	163	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000497921.2	ENST00000440367.7	downstream	upstream	read_through(1)	GCTGTCCCCAGAAAGCCTCATTAC|CAGCATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCCCCAAGGGGCATCTCCTCAG___CACCTGAGACTTTTACCTTTACCCAGAAAGGAATAAAAGAGGTCAGATGATGACAGCTGTGTCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1252:14292:26068	chr3:42839279-chr3:42908793	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ACKR2	ZNF662	+/+	+/+	chr3:42839279	chr3:42908796	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	163	904	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000144648.16	ENSG00000182983.15	ENST00000497921.2	ENST00000328199.6	downstream	upstream	duplicates(7),read_through(6)	TCTTTTGCTTGAGTGTGGGCCCTGCTGTCCCCAGAAAGCCTCATTAC|CATTTCCATTTCCCAAACCGGCTCTGATTTCCCAGCTGGAGCGAGGGGAAACACCCTGGTGCTCGGTTCCTCGGGGAGCTCTGGATGGAGAGGCCCCAAGGGGCATCTCCTCAG___CACCTGAGACTTTTACCTTTACCCAGAAAGGAATAAAAGAGGTCAGATGATGACAGCTGTGTCCTTAACAACCAGGCCCCAG___GAATCAGTGGCTTTTGAGGACGTGGCTGTGTACTTCACTACGAAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2452:6445:3676,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1487:45584:11243,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2134:46207:5288,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1456:33773:26236,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1456:33781:26222,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1466:20505:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1466:20521:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2190:7537:11061,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1205:43367:16792,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1289:26386:26306,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2253:43481:22649,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2394:21743:22355,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2482:49734:7025	chr3:42839279-chr3:42908796	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
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PCDHGA4	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	9	6	0	169	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253159.3	ENST00000612927.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(11),low_entropy(1)	CGCGGAAGAGTCACCTGATCTTCTCCCAACCCAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGC	RKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1132:51660:17450,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1132:51668:17464,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2136:47129:25522,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2355:26338:4447,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1151:38837:6086,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2236:42138:9421,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2389:7779:24485,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1161:12892:12042,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1162:19413:13051,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1162:19429:13051,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1322:39007:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1366:42736:9029,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:27543:22060,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2144:7982:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2106:38796:9912,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2116:44953:1126,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1231:3840:6086,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2184:51093:15685,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1154:9600:19482,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2127:14357:21080,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1472:28716:22663,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2361:32632:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2374:38610:5666,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1296:19421:24583,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1325:6170:16287,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2368:36305:29193,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1251:12917:18193	chr5:141357621-chr5:141494807	0.05056179775280899	0.0021337126600284497	0.02634775520641872	15	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA4	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	9	6	0	169	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253846.2	ENST00000612927.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(11),low_entropy(1)	CGCGGAAGAGTCACCTGATCTTCTCCCAACCCAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGC	RKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1132:51660:17450,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1132:51668:17464,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2136:47129:25522,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2355:26338:4447,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1151:38837:6086,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2236:42138:9421,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2389:7779:24485,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1161:12892:12042,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1162:19413:13051,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1162:19429:13051,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1322:39007:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1366:42736:9029,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:27543:22060,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2144:7982:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2106:38796:9912,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2116:44953:1126,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1231:3840:6086,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2184:51093:15685,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1154:9600:19482,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2127:14357:21080,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1472:28716:22663,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2361:32632:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2374:38610:5666,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1296:19421:24583,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1325:6170:16287,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2368:36305:29193,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1251:12917:18193	chr5:141357621-chr5:141494807	0.05056179775280899	0.0021337126600284497	0.02634775520641872	15	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
FAM166B	FAM166B	-/+	-/+	chr9:35562403	chr9:35562400	CDS	CDS	duplication/ITD	5	10	0	43	37	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000215187.12	ENSG00000215187.12	.	.	downstream	upstream	duplicates(5)	GGTGCTGAGGCCCAGAGCATCATGGGTGAGATGGCCAAATGTGTGGCCAAACTGGAACTTATACC___...ACCACCCAACCCACCCCATACCCATACAAACAAACATTCCAGTCtCCAAAGCCTCCCCGGGGGCTCTTCTCACCTGGCACGTAGCCCCCATAGTTAG|TTAGGTAAAAGACCCAGGTTCTGAGGGTATGTTCTGGGAAGTGGGGGGAGATGTTTGGGGTCCTGGGCACTGCCTGGTGAGTGCTTCTGCCCAAATTCCTGCAGTGCCTGGTTGGTGAGCACAGGAAAGCTGGAGCCGA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1342:24162:25956,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2110:35107:21178,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2125:5627:17675,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1231:15392:22621,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1164:38149:21234,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1217:2699:28184,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1223:35180:5274,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1276:14980:24457,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2410:46992:14578,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2247:46822:22074,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2254:19089:29137,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2269:31556:10542,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2269:31564:10528,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1297:14518:14186,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1129:4584:4125,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1401:35836:19412,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2339:22309:29221,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2451:15263:5638,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:23215:6409,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1156:22665:8034	chr9:35562403-chr9:35562400	0.10416666666666667	0.2127659574468085	0.15846631205673758	15	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
MTAP	PTPRD	+/+	-/+	chr9:21859425	chr9:9241408	CDS/splice-site	intron	duplication/5'-5'	10	3	1	2222	5	medium	out-of-frame	.	Phosphorylase_superfamily(100%)|	.	.	ENSG00000099810.21	ENSG00000153707.17	ENST00000644715.2	.	downstream	upstream	duplicates(6)	AGCACGAGGAAGCA___GTTTCGGTGGACCGGGTCTTAAAGACCCTGAAAGAAAACGCTAATAAAGCCAAAAGCTTACTGCTCACTACCATACCTCAGATAGGGTCCACAGAATGGTCAGAAACCCTCCATAACCTGAAG|GATACAAGGGGAAACACTTCTTAACTTACAAATGCTTGACTGGAATGACATATTTTAAAATATGACCAGACAACTTTGAGAAACTAAGGTAAACTTCAGAAAGGCAAGAAAGCGCACCTTGGAGAAACTGGTCTCATACCTTGAGCACATGGTTCAC	HEEAVSVDRVLKTLKENANKAKSLLLTTIPQIGSTEWSETLHNLK|dtrgnts*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2258:12965:25227,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2202:49354:20883,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1111:47226:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2175:1793:22439,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2466:30998:6661,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2477:9600:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2125:2553:22383,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2125:2569:22383,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1128:27729:20057,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1140:8224:10038,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1260:25456:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2265:5336:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1441:20133:22369,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1441:20149:22369,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2289:50284:10949,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2440:8273:25704,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2464:50729:11747,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2495:38368:10206,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1363:10004:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1363:10012:5932	chr9:21859425-chr9:9241408	0.0047032474804031355	0.4117647058823529	0.20823397668137802	14	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PTPRD	MTAP	-/+	+/+	chr9:9241579	chr9:21859303	intron	CDS/splice-site	deletion/3'-3'	0	1	0	4	1748	low	.	.	|Phosphorylase_superfamily(10%)	.	.	ENSG00000153707.17	ENSG00000099810.21	.	ENST00000644715.2	downstream	upstream	.	CTGGTCTCATACCTTGAGCACATGGTTCACGTGACTGCTTTACAG|GTTTCGGTGGACCGGGTCTTAAAGACCCTGAAAGAAAACGCTAATAAAGCCAAAAGCTTACTGCTCACTACCATACCTCAGATAGGGTCCACAGAATGGTCAGAAACCCTCCATAACCTGAAG___AATATGGCCCAGTTTTCTGTTTTATTACCAAGACATTAAAGTAGCATGGCTGCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1418:14923:11383	chr9:9241579-chr9:21859303	0.0	0.0005717552887364208	0.0002858776443682104	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
GRIN2B(146129),AC092470.1(41615)	GRIN2B	./-	-/-	chr12:14128131	chr12:13866226	intergenic	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	2	11	1	2	1181	medium	.	.	|Ligand-gated_ion_channel(100%),Ligated_ion_channel_L-glutamate-_and_glycine-binding_site(100%),N-methyl_D-aspartate_receptor_2B3_C-terminus(100%),Receptor_family_ligand_binding_region(100%)	.	.	.	ENSG00000273079.7	.	ENST00000609686.4	upstream	downstream	duplicates(13),mismappers(1)	CCTGCCTCCAGAGTAGCTGGGACCACAG___...CAGGTGATCTCTGCATGCTGGCTCACTTGGCCTTCTTCCATGAGTGAGAGCATACTGAAGCCCTTACCAGAAGCAAATGCTGGTG?CATGCTTCTTGTACAGTCTGCAGAACT|GGAGTCGACGAGTTGAAGATGAAGCCCAGAGCGGAGTGCTGTTCTCCCAAGTTCTGGTTGGTGTTGGCCGTCCTGGCCGTGTCAGGCAGCAGAGCTCGTTCTCAGAAGAGCCCCCCCAGCATTGGCATTGCTGTCATCCTCGTGGGCACTTCCGACGAGGTGGCCATCAAGGATGCCCACGAGAAAGATGATTTCCACCATCTCTCCGTGGTACCCCGGGTGGAACTGGTAGCCATGAATGAGACCGACCCAAAGAGCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1212:31168:7404,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2486:43440:23027,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2486:43456:23027,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2252:11185:1967,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2407:16015:17591,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2407:16023:17605,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2496:49411:28632,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2319:26823:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2319:26831:23966,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2319:26831:23994,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2319:26839:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2319:26839:24008,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2292:35658:26082,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1422:2367:20827,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2371:20384:11565,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2389:34282:20645,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2439:3840:23434,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2161:40762:2667,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2161:40779:2667,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2329:28959:13947,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2476:2950:10178,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1147:35560:9239,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1388:31702:20099,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2453:35399:14620,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1176:44621:10136,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1426:48998:1995,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1117:26985:8174,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1117:27001:8174	chr12:14128131-chr12:13866226	0.5555555555555556	0.009643605870020965	0.2825995807127883	14	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
NPIPA3	NPIPA3	+/+	+/+	chr16:14726287	chr16:14726229	CDS	CDS	duplication/ITD	9	5	0	263	258	medium	out-of-frame	.	Nuclear_pore_complex_interacting_protein_(NPIP)(100%)|	.	.	ENSG00000224712.12	ENSG00000224712.12	ENST00000531598.6	ENST00000531598.6	downstream	upstream	duplicates(64)	CCCTCAGCGGATGATAATCTCAAGACACCTCCCGAGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGCTCCACCCTCAGTGGATGATAATCTCAAGACACCTCCCgAGTGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGCGGATGATAATCTCAAGA|CACCTCCCgAGTGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGCGGATGATAATCTCAAGA	PSADDNLKTPPECLLTPLPPSAPPSVDDNLKTPPeCVCSLPFHPQRMIISR|hlpsvsahspstlsg*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2137:30092:4167,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2348:10320:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1160:12650:27623,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1160:12650:27623,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1160:12650:27623,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1160:12650:27623,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2151:48812:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1481:28765:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1481:28765:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1481:28765:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24534:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24534:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24534:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24542:23476,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24542:23476,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:24542:23476,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:34598:14578,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:34598:14578,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:34598:14578,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2382:7302:17689,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2382:7302:17689,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2382:7302:17689,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2383:24963:18712,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2383:24963:18712,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2383:24963:18712,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2420:12439:5512,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2420:12439:5512,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2420:12439:5512,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2422:17261:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2422:17261:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2422:17261:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1148:4446:20841,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1148:4446:20841,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1148:4446:20841,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1243:43343:9940,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1243:43343:9940,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1243:43343:9940,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1480:26063:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1480:26063:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1480:26063:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1374:7965:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2277:13006:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2277:13006:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2277:13006:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2116:12868:28170,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2116:12868:28170,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2116:12868:28170,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2460:5191:9519,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2460:5191:9519,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2460:5191:9519,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1471:49734:2037,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1471:49734:2037,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1471:49734:2037	chr16:14726287-chr16:14726229	0.03308823529411765	0.019011406844106463	0.026049821069112057	14	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);aih_curated_blacklist
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PCDHA8	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140843715	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	7	4	0	137	1320	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204962.6	ENSG00000243232.6	ENST00000378123.4	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(3)	GCCCACTCTGGTGTGCTCCAGTGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAACAACAGCCGCAGAGGGTGTGCTCTGGTGAGGGGCCACCGAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCTGCCTTCCTCCTGATCTGGGATCAGTTGATGTAGGCGAAGAGCAAGATTTAAATGTTGATCATGGCCTCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGT	PTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDLGSVDVGEEQDLNVDHGLK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVS	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2146:8855:13009,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2318:27883:20491,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2261:23490:28772,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2408:44492:17394,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1144:40366:18039,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1397:45819:19076,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1366:21419:1056,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1366:21427:1070,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2327:26767:25227,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2181:39209:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2342:46838:23139,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2238:33756:27329,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2233:29153:7278,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2354:23879:21990	chr5:140843715-chr5:140978949	0.04861111111111111	0.0030211480362537764	0.025816129573682445	11	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA8	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140843715	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	7	4	0	137	1320	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204962.6	ENSG00000239389.8	ENST00000378123.4	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(3)	GCCCACTCTGGTGTGCTCCAGTGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAACAACAGCCGCAGAGGGTGTGCTCTGGTGAGGGGCCACCGAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCTGCCTTCCTCCTGATCTGGGATCAGTTGATGTAGGCGAAGAGCAAGATTTAAATGTTGATCATGGCCTCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGT	PTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDLGSVDVGEEQDLNVDHGLK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVS	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2146:8855:13009,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2318:27883:20491,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2261:23490:28772,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2408:44492:17394,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1144:40366:18039,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1397:45819:19076,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1366:21419:1056,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1366:21427:1070,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2327:26767:25227,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2181:39209:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2342:46838:23139,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2238:33756:27329,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2233:29153:7278,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2354:23879:21990	chr5:140843715-chr5:140978949	0.04861111111111111	0.0030211480362537764	0.025816129573682445	11	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
LY75	CD302	-/-	-/-	chr2:159808449	chr2:159783469	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	9	1	727	1501	medium	in-frame	.	Fibronectin_type_II_domain(100%),Lectin_C-type_domain(94%)|Lectin_C-type_domain(99%)	.	.	ENSG00000054219.11	ENSG00000241399.7	ENST00000263636.5	ENST00000259053.6	upstream	downstream	duplicates(5)	CTGCAACTATCGTTTCCATAAAAGATGAAGATGAGAATAAATTTGTGAGCAGACTGATGAGGGAAAATAATAACATTACCATGAGAGTTTGGCTTGGATTATCTCAACATTCTGTTG|ACTGTCCTTCATCTACTTGGATTCAGTTCCAAGACAGTTGTTACATTTTTCTCCAAGAAGCCATCAAAGTAGAAAGCATAGAGGATGTCAGAAATCAGTGTACTGACCATGG...___GAGCGGACATGATAAGCATACATAATGAAGAAGAAAATGCTTTTATACTGGATACTTTGAAAAAGCAATGGAAAGGCCCAGATGATATCCTACTAGGCATGTTTTATGACACAGATG___ATGCGAGTTTCAAGTGGTTTGATAATTCAAATATGACATTTGATAAGTGG	ATIVSIKDEDENKFVSRLMRENNNITMRVWLGLSQHSV|dCPSSTWIQFQDSCYIFLQEAIKVESIEDVRNQCTDH	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1255:25383:6213,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2364:6259:5540,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2364:6275:5540,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1179:18264:22551,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1428:13863:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2307:28708:3732,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2488:38036:18627,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:27058:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1261:3945:1056,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1105:32494:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1422:35819:29697,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1397:32680:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1447:36653:28170,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2244:30973:17520,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2103:4018:22369,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2202:48213:26923	chr2:159808449-chr2:159783469	0.002059025394646534	0.006289308176100629	0.004174166785373582	11	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
LY75	CD302	-/-	-/-	chr2:159806973	chr2:159780998	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	1163	1537	low	in-frame	.	Fibronectin_type_II_domain(100%),Lectin_C-type_domain(100%)|Lectin_C-type_domain(87%)	.	.	ENSG00000054219.11	ENSG00000241399.7	ENST00000263636.5	ENST00000429078.6	upstream	downstream	read_through(1)	GTTGAATGTGAACATGGTTTTGGAAGAGTTGTCTGCAAAGTGCCTCTGG|GAGCGGACATGATAAGCATACATAATGAAGAAGAAAATGCTTTTATACTGGATACTTTGAAAAAGCAATGGAAAGGCCC	VECEHGFGRVVCKVPL|gADMISIHNEEENAFILDTLKKQWKG	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2139:14971:7488	chr2:159806973-chr2:159780998	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
LY75	CD302	-/-	-/-	chr2:159806973	chr2:159783469	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	1163	1501	low	in-frame	.	Fibronectin_type_II_domain(100%),Lectin_C-type_domain(100%)|Lectin_C-type_domain(99%)	.	.	ENSG00000054219.11	ENSG00000241399.7	ENST00000263636.5	ENST00000429078.6	upstream	downstream	duplicates(15),read_through(13)	ACCAGTCTTGGAGTTGGTTAGATGGATCAGAAGTGACATTTGTCAAATGGGAAAATAAAAGTAAGAGTGGTGTTGGAAGATGTAGCATGTTGATAGCTTCAAATGAAACTTGGAAAAAAGTTGAATGTGAACATGGTTTTGGAAGAGTTGTCTGCAAAGTGCCTCTGG|ACTGTCCTTCATCTACTTGGATTCAGTTCCAAGACAGTTGTTACATTTTTCTCCAAGAAGCCATCAAAGTAGAAAGCATAGAGGATGTCAGAAATCAGTGTACTGACCATG___GAGCGGACATGATAAGCATACATAATGAAGAAGAAAATGCTTTTATACTGGATACTTTGAAAAAGCAATGGAAAGGCCC	QSWSWLDGSEVTFVKWENKSKSGVGRCSMLIASNETWKKVECEHGFGRVVCKVPL|dCPSSTWIQFQDSCYIFLQEAIKVESIEDVRNQCTDHGADMISIHNEEENAFILDTLKKQWKG	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2481:13653:8959,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1312:22665:23784,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1136:33231:29613,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1387:38101:2429,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1387:38101:2457,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1387:38109:2443,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2138:46684:1154,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2121:48682:13947,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2258:28538:19524,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2221:11533:1448,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1220:48415:17128,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1220:48432:17128,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1382:15958:1855,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2401:7707:29683,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2146:5927:28590,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1227:9106:18852,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1227:9114:18866,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1227:9122:18852,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1227:9130:18866,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1379:19300:24821,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1379:19308:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2426:19518:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1352:6339:11257,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1347:30367:24709,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1404:17771:8076,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1404:17779:8090,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2260:30092:26642,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1376:18596:20771	chr2:159806973-chr2:159783469	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
CLTC	USP32	+/+	-/+	chr17:59620173	chr17:60224466	CDS/splice-site	intron	deletion/5'-5'	7	3	0	17802	3	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000141367.12	ENSG00000170832.13	ENST00000621829.4	.	downstream	upstream	duplicates(1),mismappers(3)	CCCCTTCTCCTCCTCTCCCTTGGAGAGCCCGGGCAGCCACTGCCCCGCAGCCCCAGTGACAGGAGGAGACCATAACCCCCGACAGCGCCATGGCCCAGATTCTGCCAATTCGTTTTCAGGAGCATCTCCAG|AAAAGGAAAAGAACATCTTGGAAGAAATAATAACACACGCCAGGAGGAATGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCTGGAGGACTGCTTGAAGCCAG	MAQILPIRFQEHLQ|krkrtswkk*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1433:33975:5932,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2134:5207:28912,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1266:25747:21808,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1275:43189:4881,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1315:32389:6689,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1397:1574:26628,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1407:31232:8413,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1417:40059:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1336:33222:11719,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2353:46150:13905,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1271:39848:2009,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2130:1477:13653,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2478:34962:18207,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1378:1760:24064	chr17:59620173-chr17:60224466	0.0003930596889213319	0.5	0.25019652984446067	10	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253767.3	ENST00000610583.1	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253305.2	ENST00000610583.1	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000240764.4	ENST00000610583.1	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000254122.3	ENST00000610583.1	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000240184.7	ENST00000610583.1	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000261934.2	ENST00000610583.1	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000242419.5	ENST00000610583.1	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253873.6	ENST00000610583.1	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253159.3	ENST00000610583.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA6	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	4	0	163	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253846.2	ENST00000610583.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(5)	GCTTTCCTGCAGACCTATTCCCACGAGGTCTCACTCACTGCAGACTCGCGTAAGAGTCATCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCCGACACGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG	AFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1296:12447:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:1413:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:44387:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1108:2092:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2218:5037:17352,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1113:6170:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9163:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:9179:7095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2296:47971:27511,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2302:22689:20407,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1391:1542:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:33198:8791,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2227:46587:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2156:20278:16848	chr5:141376507-chr5:141494807	0.02976190476190476	0.0014234875444839859	0.015592696153194373	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
TANK	RN7SL423P(106332),AC009313.1(64424)	+/+	./+	chr2:161179761	chr2:160984182	CDS/splice-site	intergenic	duplication	7	2	0	4876	2	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000136560.14	.	ENST00000259075.6	.	downstream	upstream	.	ACCTGTCATTTACTCCATCCTTTATAGTGATGCTACAGGACGAAGAGGAATGGATAAAAACATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCGGCAGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACAGCAAAAG|GTAAGAGGTGACTTTCACCTTCCACCATGATTGTGAGACCTTCCCAGCCACAAGGAACTGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTACAAATTACCCAGTCTCAGATATGTCTTCATCAGCAGTGTAAAAAC	MDKNIGEQLNKAYEAFRQACMDRDSAVKELQQK|vrgdfhlpp*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2204:28126:28226,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2284:21346:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1494:45455:3368,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2354:20044:24485,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1431:44516:7348,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1318:25521:11719,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1378:32923:21738,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2212:11477:15951,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2220:26039:6058	chr2:161179761-chr2:160984182	0.0014335449518738481	0.5	0.25071677247593693	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA2	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140797352	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	5	0	53	1320	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204969.7	ENSG00000248383.5	ENST00000520672.2	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(2)	GACCCCCCCAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCTAGCTTATCTCAAGGTCCAGACTCCGCAGAAGAGAAACAGCTCTCAGAATCAGAATACGTAGGAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTG	DPPKTDLMAFSPSLSQGPDSAEEKQLSESEYVGK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQ	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1115:48197:26839,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2175:25909:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2228:51571:17296,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1347:24663:27021,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1193:46231:22032,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1107:26022:25395,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1392:40398:16189,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1375:32802:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1325:13329:13555,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2113:30860:19454	chr5:140797352-chr5:140978949	0.05357142857142857	0.0037735849056603774	0.028672506738544472	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA2	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140797352	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	5	0	53	1320	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204969.7	ENSG00000243232.6	ENST00000520672.2	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(2)	GACCCCCCCAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCTAGCTTATCTCAAGGTCCAGACTCCGCAGAAGAGAAACAGCTCTCAGAATCAGAATACGTAGGAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTG	DPPKTDLMAFSPSLSQGPDSAEEKQLSESEYVGK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQ	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1115:48197:26839,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2175:25909:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2228:51571:17296,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1347:24663:27021,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1193:46231:22032,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1107:26022:25395,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1392:40398:16189,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1375:32802:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1325:13329:13555,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2113:30860:19454	chr5:140797352-chr5:140978949	0.05357142857142857	0.0037735849056603774	0.028672506738544472	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
TLK2	LINC01347	+/+	-/-	chr17:62560126	chr1:243097299	CDS/splice-site	exon/splice-site	translocation	3	5	0	2306	909	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000146872.18	ENSG00000214837.8	ENST00000578697.1	ENST00000627498.2	downstream	downstream	duplicates(1),mismatches(4),multimappers(5)	GACAGACCCAG___GCCAACTGTGATTTGAGACGGCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACaATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAACTCCTTATAGAAAAG|ATGATGATTATTCCCCACCTTCTAAGAGACAAAGACCAACGAGCCACCACAGCCACCgGTCCCAGAACCCGCCAATGCTGGGGAACGGAAAATGAGGGAGTTCAACTCTG___GCCCTCACAATCCAGTGGAGGAGACGAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2277:51336:18655,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2304:42631:29249,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1184:9640:19692,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1217:35738:3102,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2292:15335:29305,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2498:40997:21262,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1263:6453:22663,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1410:20376:1575,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2247:44961:9800,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2429:36531:16189,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1427:11452:13331,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2145:4074:6661,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1167:9252:23700,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2206:50737:19973,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1441:21985:20253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1127:46886:19889,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1485:30237:20897,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1124:11307:14620	chr17:62560126-chr1:243097299	0.00129926375054136	0.005470459518599562	0.003384861634570461	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA2	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140797352	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	5	0	53	1320	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204969.7	ENSG00000239389.8	ENST00000520672.2	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(2)	GACCCCCCCAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCTAGCTTATCTCAAGGTCCAGACTCCGCAGAAGAGAAACAGCTCTCAGAATCAGAATACGTAGGAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTG	DPPKTDLMAFSPSLSQGPDSAEEKQLSESEYVGK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQ	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1115:48197:26839,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2175:25909:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2228:51571:17296,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1347:24663:27021,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1193:46231:22032,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1107:26022:25395,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1392:40398:16189,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1375:32802:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1325:13329:13555,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2113:30860:19454	chr5:140797352-chr5:140978949	0.05357142857142857	0.0037735849056603774	0.028672506738544472	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13553324	chr9:14125766	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	7	0	6	65535	medium	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(65%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664438.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	duplicates(9)	CTGGCTTGCTGACCTGTACCTCAGAGAAAGGAAGGAAAGAGAAGGGAAAATAGAAACAGAAG___CAATGTGTGAACGATCCAGTTGCTCTACGTCCTTGCCAGCAGTTAGTATG|ATATGTCTTCTCCGACTACTATGAAGAAGCCTGAAAAGCCATTGTTCAGCTCTGCATCTCCACAGGATTCTTCCCCAAGACTGAGCACTTTCCCCCAGCACCACCATCCCGGAATACCTGGAGTTGCACACAGTG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1389:20343:1238,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1463:43545:5554,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2211:5903:1084,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2271:3023:15265,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1217:37049:26839,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1474:16816:20435,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2191:30925:28926,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1226:33991:20449,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1268:10918:5148,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2179:3071:16750,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2226:39428:28352,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2226:39444:28352,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2335:46409:1855,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1287:41442:9590,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2201:3225:11243,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2455:24558:26699,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1241:41369:23448	chr9:13553324-chr9:14125766	0.14285714285714285	0.00010680174544566843	0.07148197230129426	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13553324	chr9:14155893	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	1	0	6	65535	medium	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(100%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664438.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	duplicates(3)	GTCTGTATCCAGGACTGGCTTGCTGACCTGTACCTCAGAGAAAGGAAGGAAAGAGAAGGGAAAATAGAAACAGAAG___CAATGTGTGAACGATCCAGTTGCTCTACGTCCTTGCCAGCAGTTAGTATG|GTTACCTTGAGGATAGTTTTGTAAAATCTGGAGTCTTCAATGTATCAGAACTTGTAAGAGTATCCAGAA___CGCCCATAACCCAGGGAACTGGAGTCAACTTCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2142:24259:13961,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2394:38190:9197,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2394:38198:9211,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2476:19267:13443,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2476:19275:13457	chr9:13553324-chr9:14155893	0.14285714285714285	1.52587890625e-05	0.07143620082310267	2	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13553324	chr9:14179780	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	2	0	6	65535	low	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(100%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664438.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	duplicates(6)	AGCAATGTGTGAACGATCCAGTTGCTCTACGTCCTTGCCAGCAGTTAGTATG|ATTCTGGACAATCAGGAAGTCCAAGCCACAATGATCCTGCCAAGAATCCTCCAG___GTTACCTTGAGGATAGTTTTGTAAAATCTGGAGTCTTCAATGTATCAGAACTTGTAAGAGTATCCAGAA___CGCCCATAACCCAGGGAACTGGAGTCAACTTCCCAATTGGAGAAATCCCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1457:40835:15096,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1457:40843:15082,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1296:17714:13079,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2118:3807:22285,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2356:2723:11187,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2188:38554:15180,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2203:43343:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1453:44500:11075	chr9:13553324-chr9:14179780	0.0	3.051711247081801e-05	1.5258556235409006e-05	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13553324	chr9:14307520	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	2	0	6	65535	low	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(100%),MH1_domain(100%),Nuclear_factor_I_protein_pre-N-terminus(94%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664438.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	duplicates(2)	AGCAATGTGTGAACGATCCAGTTGCTCTACGTCCTTGCCAGCAGTTAGTATG|GATGAATTTCACCCATTCATCGAGGCACTTCTTCCACATGTCCGTGCAATTGCCTATACTTGGTTCAACCTGCAGGCTCGAAAACGCAAGTACTTTAAAAAGCATGAGAAGCGAATGTCAAAGGATGAAGAAAGAGCAGTCAAAGATGAGCTTCTCAGTGAAAAGCCTGAAATCAAACAGAAGTGGGCATCCAGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1335:51393:21612,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2309:31087:19398,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2217:12310:22523,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1469:34282:12406	chr9:13553324-chr9:14307520	0.0	3.051711247081801e-05	1.5258556235409006e-05	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13386228	chr9:14125766	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	0	65535	low	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(65%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664575.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	.	ATGACTTTCTCCTCCTTGCCTTTtAtCTTCTGCCATGATCGTGAAGTCTCCCCAGCCATGTGGAACT|ATATGTCTTCTCCGACTACTATGAAGAAGCCTGAAAAGCCATTGTTCAGCTCTGCATCTCCACAGGATTCTTCCCCAAGACTGAGCACTTTCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2109:31977:25620	chr9:13386228-chr9:14125766		1.52587890625e-05		1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AL583785.1	NFIB	+/+	-/-	chr9:13553324	chr9:14088326	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	6	65535	low	.	.	|CTF/NF-I_family_transcription_modulation_region(1%)	.	.	ENSG00000226197.3	ENSG00000147862.17	ENST00000664438.1	ENST00000380934.8	downstream	downstream	duplicates(1)	GTGTGAACGATCCAGTTGCTCTACGTCCTTGCCAGCAGTTAGTATG|TCCTGGTACCTGGGCTAGCTTGGTTCCTTTCCAAGTGTCAAATAGGACACCCATCTTACCG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1103:48051:10921,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2333:12714:19076	chr9:13553324-chr9:14088326	0.0	1.52587890625e-05	7.62939453125e-06	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AGAP4	BMS1P7	-/-	-/-	chr10:45841653	chr10:48060020	CDS/splice-site	intergenic	duplication	7	0	0	3759	649	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000188234.14	ENSG00000270025.2	ENST00000616763.5	ENST00000602440.2	upstream	downstream	duplicates(9),multimappers(1)	TGCCAATCCAGAGGCAAGCACAATATTCCAGAGGAACTCTCAAACAGATG___CTTTGGAGTTTAACCCTTCTGCCAATCCAGAGGCAAGCACAATATTCCAGAGGAACTCTCAAACAGATG___TTGTAGAAATAAGAAGAAGCAACTGTACAAACCAT|CTGCGGTAAATAGCCACTATGGAGACTAAGGACCAGAAGAAACACAGAAAGAAAAACAGT	ANPEASTIFQRNSQTDALEFNPSANPEASTIFQRNSQTDVVEIRRSNCTNH|lr*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1451:50543:22327,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2494:50899:25297,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1178:34145:29487,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1292:36175:4055,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1292:36175:4055,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1375:33611:14410,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1458:22705:17549,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2178:30925:28702,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1148:17649:11453,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2315:11420:12238,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2367:5789:17422,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1291:5150:2471,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1291:5150:2471,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1477:34719:7754,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2201:24914:20533,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2307:39444:20869,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1358:31758:15461	chr10:45841653-chr10:48060020	0.0018587360594795538	0.0	0.0009293680297397769	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253767.3	ENST00000528330.2	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253305.2	ENST00000528330.2	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000240764.4	ENST00000528330.2	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000254122.3	ENST00000528330.2	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000240184.7	ENST00000528330.2	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000261934.2	ENST00000528330.2	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000242419.5	ENST00000528330.2	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253873.6	ENST00000528330.2	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253159.3	ENST00000528330.2	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	3	0	63	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253846.2	ENST00000528330.2	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(3)	CTGCGGACTCGCGGAAGAGCCACCTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCC	ADSRKSHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2237:19696:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2170:25755:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2467:51708:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1419:28126:19286,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2430:35803:27063,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2424:36442:20547,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1252:23790:20968,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2143:27195:14172,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1353:20424:24611	chr5:141341395-chr5:141494807	0.045454545454545456	0.001067995728017088	0.02326127059128127	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
SH3BP1	LGALS2(12169),GGA1(13940)	+/+	./+	chr22:37641478	chr22:37594785	CDS/splice-site	intergenic	duplication	5	1	0	1671	1	medium	out-of-frame	.	BAR_domain(27%)|	.	.	ENSG00000100092.24	.	ENST00000417536.5	.	downstream	upstream	duplicates(4)	GGCTGGAGCCGGCCAAGCGGGCAGCCCACAACATCCACAAGCGGCTGCAGGCCTGTCTGCAGGGCCAGAGCGGGGCAGACATGGACAAGCGGGTG|CAAGCCACTAATCCACTCTGGACTCAAATGAGACTTGGACCAGCACCTTCTAACTGTAGGCTGCCAAAGAGAACAGAACAGAAGATATCAGTATGCCTGGCACGTAGG___ACTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTTGGATTACAGTCGTGAGCCCCCTGTGCCTGTGCCCAGCCTCTCC	LEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQSGADMDKRV|qatnplwtqmrlgpapsncrlpkrteqkisvclarrtglkllsssdppalasqsvwitvvsplclcpas	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2366:30391:9533,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1134:21144:11537,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1242:18547:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1429:33619:1420,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1388:19680:15755,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2220:45576:29529,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2418:27543:19650,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1205:33295:21794,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1305:11994:22229,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1413:6768:6423	chr22:37641478-chr22:37594785	0.0029832935560859188	0.5	0.251491646778043	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
KLHL2	GTF2IP12	+/+	-/+	chr4:165263359	chr4:119431103	CDS/splice-site	intron	duplication/5'-5'	5	0	0	1108	0	medium	out-of-frame	.	BTB/POZ_domain(100%),BTB_And_C-terminal_Kelch(23%)|	.	.	ENSG00000109466.14	ENSG00000283050.2	ENST00000226725.11	.	downstream	upstream	.	TGTCAACTGCTTAGGAATCCGGGCTTTTGCTGATATGCATGCATGTACCGACCTTCTGAACAAGGCCAACACCTATGCAG|ACCGGCCAACACTCAGGGAAAACAGAAAAGAAC	VNCLGIRAFADMHACTDLLNKANTYA|drptlrenrke	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1251:14009:6801,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1182:22366:5246,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2412:22244:14536,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1193:43286:7824,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2338:28886:23153	chr4:165263359-chr4:119431103	0.004492362982929021			5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000253767.3	ENST00000619750.1	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000253305.2	ENST00000619750.1	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000240764.4	ENST00000619750.1	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000254122.3	ENST00000619750.1	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000240184.7	ENST00000619750.1	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000261934.2	ENST00000619750.1	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000242419.5	ENST00000619750.1	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000253873.6	ENST00000619750.1	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000253159.3	ENST00000619750.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PCDHGA3	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141346457	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	19	2806	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000254245.3	ENSG00000253846.2	ENST00000619750.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAATGAAAGGAGATTCCAACCTACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGG	QESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARY	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1291:49750:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:37106:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:50066:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2497:25747:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1112:41943:15531,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24639:7530,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1140:24647:7544,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:48407:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1263:49718:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:16727:11537	chr5:141346457-chr5:141494807	0.05	0.0014234875444839859	0.025711743772241995	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
E2F3	SLFN12L	+/-	-/-	chr6:20481261	chr17:35480195	CDS	CDS/splice-site	translocation/3'-3'	0	4	0	3454	745	medium	.	.	|Putative_DNA-binding_domain(100%)	.	.	ENSG00000112242.15	ENSG00000205045.11	.	ENST00000628453.3	upstream	downstream	.	CTGGCTCAGGAGCTGAATGAACTTCTTG|AAAAGAATTTCTGCGTGGAAATGGCTTAGCTGCTGGGAAAATGAACATCAGTATTGATTTAGACACAAACTATGCTGAGCTGGTTCTAAATGTGGGAAGAGTCACTCTTGGAGAGAACAATAGAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1215:5927:15699,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1197:43408:19580,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2380:16347:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1184:23830:24288	chr6:20481261-chr17:35480195	0.0	0.0053404539385847796	0.0026702269692923898	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
E2F3	SLFN12L	+/-	-/-	chr6:20481261	chr17:35480195	CDS	exon/splice-site	translocation/3'-3'	0	4	0	3454	745	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000112242.15	ENSG00000286065.2	.	ENST00000675965.1	upstream	downstream	.	CTGGCTCAGGAGCTGAATGAACTTCTTG|AAAAGAATTTCTGCGTGGAAATGGCTTAGCTGCTGGGAAAATGAACATCAGTATTGATTTAGACACAAACTATGCTGAGCTGGTTCTAAATGTGGGAAGAGTCACTCTTGGAGAGAACAATAGAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1215:5927:15699,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1197:43408:19580,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2380:16347:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1184:23830:24288	chr6:20481261-chr17:35480195	0.0	0.0053404539385847796	0.0026702269692923898	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77236947	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	2	2	0	2256	324	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(1),mismatches(2)	CACCATTTCTACCTGCCACGTATCGGCGAAGGTTGGGACTCGACTGGTGTTTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCAGAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|TTACATGCTATGGGAAAACTTCCTGGAACCAGAATGGCAGCGTTAAAAGCCAAGTATACCTTGCTGCATGACGCCGTGATGAG___CACACAAGAGTCAGAGGTCCAACTGCTACAGAATGCCAAAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1434:42477:25592,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2377:34177:28702,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2311:13928:11649,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1223:41701:7600,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2363:28951:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2363:28959:19020,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1383:50673:14620	chr7:73041421-chr7:77236947	0.0008857395925597874	0.006134969325153374	0.003510354458856581	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77254506	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	0	0	2256	150	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(1)	GGTGTTTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCA-CCCAGAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|CTTAAAGGAAGAAAAAATCATCATAGTAAAAGAATTTGAGAAGATAACAAAGCCAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2272:27390:10753,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1295:51020:6843	chr7:73041421-chr7:77254506	0.00044306601683650863	0.0	0.00022153300841825432	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73044560	chr7:77241691	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	0	0	789	264	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	.	CTGGTGTTTGATCACGATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCAGAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG___AAACGTGCCTGCTTCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGcTTCTTGAGGGCTCCCCAGCCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT|CACACAAGAGTCAGAGGTCCAACTGCTACAGAATGCCAAACGTTT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1225:29808:22537	chr7:73044560-chr7:77241691	0.0012658227848101266	0.0	0.0006329113924050633	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77167658	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion	0	0	0	2256	478	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(27),mismatches(2),multimappers(1)	GTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|AATCGTGAAAAATGGAAGACAGTAGCACAGACACAGAAAAAGAAGAGGAAGAGGAGAAAGATGAAAAGGATCAAGAGCCCATTTATGCCATAGTGCCCACAATTAACATTCAAGATGAGCaGTTTGTTG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2295:11865:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2295:11865:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2295:11865:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1370:31669:20463,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1370:31669:20463,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1370:31685:20463,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1370:31685:20463,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7302:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7302:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7302:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7310:18011,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7310:18011,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7310:18011,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7318:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7318:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1463:7318:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9640:13919,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9640:13919,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9640:13919,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9648:13933,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9648:13933,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9648:13933,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9664:13905,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9664:13905,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2139:9664:13905,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1279:51360:21052,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1447:38028:23153,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2344:35957:22088,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2480:13329:20982,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2480:13337:20968	chr7:73041421-chr7:77167658	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77241691	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	0	0	0	2256	264	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	mismatches(1)	GGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|CACACAAGAGTCAGAGGTCCAACTGCTACAGAATGCCAAACGTTTCACTGAGCAAATACAACAGCAGCAGTTTCACCTGCAGCAAGCTGATAATTTTCCAGAAGCgTTCTCCACGGAGGTCTCCAAAATGAGAGAACAACTTCTCAAGTATCAAAATGAATATAATGCAGTGAAGGAAAGAGAGTTCCATAATCAGTACAGATTAAATAG___CTTAAAGGAAGAAAAAATCATCATAGTAAAAGAATTT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1439:23814:18712	chr7:73041421-chr7:77241691	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73044560	chr7:77236947	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	0	0	0	789	324	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	mismatches(1),multimappers(2)	CAGAAACGTGCCTGCTTCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGcTTCTTGAGGGCTCCCCAGCCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT|TTACATGCTATGGGAAAACTTCCTGGAACCAGAATGGCAGCGTTAAAAGCCAAGTATACCTTGCTGCATGACGCCGTGATGAGGTATGCAATTTACCAATATGGAGACATGATTAATC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2272:3087:13779,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2367:1882:20435,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2263:37308:25045	chr7:73044560-chr7:77236947	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73044560	chr7:77254506	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	0	0	0	789	150	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(5),multimappers(1)	CCCAGAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG___AAACGTGCCTGCTTCCCCTTCGCCTTCTGCCGTGATTGTCAGcTTCTTGAGGGCTCCCCAGCCATGC...GCCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT|CTTAAAGGAAGAAAAAATCATCATAGTAAAAGAATTTGAGAAGATAACAAAGCCAGGA___GAAATGGAGAAGAAGATGAAAATATTGAGAGAAAGCACTGAAGAATTACGTAAAGAAATAATGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23005:26418,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23005:26418,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23005:26418,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23013:26404,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23013:26404,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2126:23013:26404	chr7:73044560-chr7:77254506	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
BOLA2B	SMG1	-/-	-/-	chr16:30193361	chr16:18879616	CDS	CDS	deletion	3	1	0	9304	4040	medium	out-of-frame	.	BolA-like_protein(60%)|FATC_domain(100%),Phosphatidylinositol_3-_and_4-kinase(100%),Serine/threonine-protein_kinase_smg-1(100%)	.	.	ENSG00000169627.9	ENSG00000157106.17	ENST00000305321.4	ENST00000446231.7	upstream	downstream	duplicates(1),mismatches(1)	GCGCCGAATACCTCCGCGAGAAGCTGCAGCGGGACCTGGAGGCGGAGCATGTG___GAGGTGGAGGACACGACCCTCAACCGTTGCTCCTGTAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACA|GCTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACC?ATTATATCATCTCAGTCTTGAATTT	AEYLREKLQRDLEAEHVEVEDTTLNRCSCSFRVLVVSAKFEGKPLLQRq|lgs*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1463:27924:20954,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2163:38133:8118,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1479:13790:23294,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1251:13256:22901,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2196:40180:2583,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1258:18151:18179	chr16:30193361-chr16:18879616	0.000322338025142366	0.00024746349913387774	0.00028490076213812186	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
BOLA2B	SMG1	-/-	-/-	chr16:30193358	chr16:18879719	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	0	0	0	8769	1194	low	in-frame	.	BolA-like_protein(62%)|FATC_domain(100%),Phosphatidylinositol_3-_and_4-kinase(100%),Serine/threonine-protein_kinase_smg-1(100%)	.	.	ENSG00000169627.9	ENSG00000157106.17	ENST00000569282.2	ENST00000446231.7	upstream	downstream	duplicates(6),mismatches(3),multimappers(5)	CCGCGAGAAGCTGCAGCGGGACCTGGAGGCGGAGCATGTG___CTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCGGCCAAGTTCGAGGGGAAACCGCTGCTTCAGAGACACAG|GTTCTGTACAGAGTAATGAGATGTGTGACGGCTGCAAACCAGGTGTTTTTTTCTGAGGCTGTGTTGACAGCTGCTAATGAGTGTGTTGGTGTTTTGCTCGGCAGCTTGGATCCTAGCATGACTATACATTGTGACATGGTCATTACATATGGATTAGACCAACTGGAGAATTGCCAGACTTGTGGTACCaATTATATCATCTCAGTCTTGAATTTACTCACGCTG___ATTGTTGAACAGATAAATACGAAACTGCC	REKLQRDLEAEHVLPSPGGVGQVRGETAASETQ|VLYRVMRCVTAANQVFFSEAVLTAANECVGVLLGSLDPSMTIHCDMVITYGLDQLENCQTCGTnYIISVLNLLTLIVEQINTKL	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1308:34954:24443,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2259:13386:12868,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2169:28110:9225,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1284:12625:17296,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1411:44872:11327,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2412:26427:11159,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2449:16363:24667,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1191:27462:29151,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2283:8863:2990,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2442:7917:24919,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2442:7933:24919,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1228:32591:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1210:5935:2093,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1168:24874:14438	chr16:30193358-chr16:18879719	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
CLTC	RPL32P32	+/+	-/+	chr17:59620173	chr17:60245307	CDS/splice-site	exon	deletion/5'-5'	2	2	0	17802	3	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000141367.12	ENSG00000241157.1	ENST00000621829.4	.	downstream	upstream	.	CGGGCAGCCACTGCCCCGCAGCCCCAGTGACAGGAGGAGACCATAACCCCCGACAGCGCCATGGCCCAGATTCTGCCAATTCGTTTTCAGGAGCATCTCCAG|GCTGGCATTGGGATTGGTGACTCTGATGGCCAGCTGGGCTGCTCTTTCCACAATGTCTTTGCAGTTCTTGGAGGAAACACTGTGGGCAATCTCAGCACACTTGTTGCACGTCAGCAG	MAQILPIRFQEHLQ|agigigdsdgqlgcsfhnvfavlggntvgnlstlvarq	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2391:45349:13051,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1480:39047:10486,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2343:47105:22873,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2153:12941:9688	chr17:59620173-chr17:60245307	0.00011233430689732644	0.4	0.20005616715344868	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
CBWD6	CDRT15P6(68317),AL354718.1(56105)	-/-	./-	chr9:41156383	chr9:41423855	CDS/splice-site	intergenic	duplication	2	0	1	1195	8	medium	out-of-frame	.	CobW/HypB/UreG__nucleotide-binding_domain(100%)|	.	.	ENSG00000215126.10	.	ENST00000377391.7	.	upstream	downstream	duplicates(1)	CATTTAACAGAAGAGAAACCTGATGGCCTTATCAATGAAGCTACTAG___...ACGACACTTAG___ATCCATAAATGGACTAGGACAAATCTTAGAAACACAAAGATCAAG___AGTTGATCTCTCTAATGTATTAGATCTTCATGCCTTTGATAGTCTCTCTGGAATAAG|GTTGATACTCTCAAGACCTACAAAGACCAGCACATTGAAGCAATCAGTTGATTACCGTCATGATGCCTGCGTATGTTTGTTTCATGTCAGACACACCTGAGGTCTGTAATTGAATACATAAAGAGTGCAACCATGGAAGAAACAAGGTTGGCTTGTGGTGTTC	TTLRSINGLGQILETQRSRVDLSNVLDLHAFDSLSGIr|lilsrptktstlkqsvdyrhdacvclfhvrht*	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2121:6542:27469,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1275:17180:23280,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2122:29930:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1338:51514:14116	chr9:41156383-chr9:41423855	0.0020876826722338203	0.058823529411764705	0.03045560604199926	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
RMND5A	ANAPC1P2	+/+	-/-	chr2:86741069	chr2:87052992	CDS/splice-site	exon	inversion	3	0	0	736	258	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000153561.13	ENSG00000231259.5	ENST00000283632.5	ENST00000452554.3	downstream	downstream	duplicates(4)	GCAGAGCCACG___GCCAAGATGCTGAATTATCAGGGACACTTTCACTTGTTTTGACACAGTGCTGTAAAAGAATAAAGGATACTGTTCAAAAATTGGCCTCCGACCACAAAGACATCCACAGCAGTGTTTCTCGGGTTGGAAAAGCCATTGATAAG|GATTCACTTTAAGAGATTTGGAAACTCTTCCCTTTGGAATTGCTCTTCCCATCAGAGATGCAATTTATCACTGTCGTGAACAGCC	QSHGQDAELSGTLSLVLTQCCKRIKDTVQKLASDHKDIHSSVSRVGKAIDK|dsl*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2292:36467:5932,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2242:44807:9365,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2242:44815:9351,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2379:26152:22621,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2379:26168:22621,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2431:8483:1098,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2120:13507:22495	chr2:86741069-chr2:87052992	0.0040595399188092015	0.0	0.0020297699594046007	3	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0);aih_curated_blacklist
ACTR3C	AC005998.1	-/-	-/+	chr7:150284753	chr7:153731670	CDS/splice-site	intron	inversion/5'-5'	3	0	0	3832	0	medium	.	.	Actin(100%)|	.	.	ENSG00000106526.10	ENSG00000287744.1	ENST00000478393.5	.	upstream	upstream	duplicates(5),mismatches(1)	AGTTTGCCAACCCAGACTCTATGGAGTCCATCTCAGATGTTGTTGATGAAGTAATACAGAACTGCCCCATCGATGTGCGGCGTCCGCTGTATAAG|GTACTTGGAGTTCTTCCAGGGCGTTACCGTGAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1468:48537:8202,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1492:25691:20001,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1498:11800:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2405:37340:26166,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2491:45608:28828,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1424:41474:4265,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1268:10328:18894,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2198:27770:23658,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2247:4244:24667	chr7:150284753-chr7:153731670	0.0007822685788787483			3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ZNF257	AC073534.1(3079664),ERVK-28(395394)	+/+	./+	chr19:22073564	chr19:27243089	CDS/splice-site	intergenic	deletion	2	1	0	900	4	medium	out-of-frame	.	KRAB_box(100%)|	.	.	ENSG00000197134.13	.	ENST00000594947.6	.	downstream	upstream	duplicates(3),mismatches(2)	GGGACCACTGACAATTAGGGATGTGACTGTAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCATTGCCTGGACACTGCACAGCAGAATTTATATAGGGATGTGATGTTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGG___GTATTGCTGTCTCTAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGTAATATGAAGAGACATGAGATGGTAGCCAAACCCCCAG|AGCCGTTTGGAAACACTCTGTTTGTCAAGGCTGCAAGTGGATATTCTCACCTCTTTGTGGCCTTCGTTGAAACGGGATTTCTTCATATAATGCTAGACAGAAGAATTCTCAGTAACTTCCTTCTGTTGTGTGTgTTCAACTCACgGATTTGAAAG	GPLTIRDVTVEFSLEEWHCLDTAQQNLYRDVMLENYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEPCNMKRHEMVAKPP|epfgntlfvkaasgyshlfvafvetgflhimldrrilsnflllcvfnsri*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1267:5433:14984,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2315:49985:14746,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2111:40342:6507,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2286:21265:17661,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1226:6388:6437,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1355:38837:8637,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1468:4471:13625,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1468:4479:13639	chr19:22073564-chr19:27243089	0.0022172949002217295	0.2	0.10110864745011088	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ZNF587	VN1R66P(16622),RBM22P12(15003)	+/+	./-	chr19:57856233	chr16:31665844	CDS/splice-site	intergenic	translocation	3	0	0	4559	0	medium	out-of-frame	.	KRAB_box(98%)|	.	.	ENSG00000198466.12	.	ENST00000339656.8	.	downstream	downstream	duplicates(3)	TTTGAAGATGTGGCTGTGAACTTTTCCCAGGAGGAGTGGTGTCTTCTTAGTGAGGCTCAGAGGTGCTTGTACCGTGATGTGATGCTAGAGAACCTGGCTCTCATATCCTCGCTGG|ATTGTCCTCTGCCATCTGTGCCAGTTTCcTGATTTGTCC	FEDVAVNFSQEEWCLLSEAQRCLYRDVMLENLALISSL|dcplpsvpvs*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1382:38554:27231,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1382:38570:27231,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2141:6056:4433,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1117:46943:18669,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1194:3856:11467,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1193:42494:19706	chr19:57856233-chr16:31665844	0.000657606313020605			3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
WASH7P	RNU6-1032P(37450),AC090912.1(14343)	-/-	./-	chr1:16607	chr18:22685138	exon/splice-site	intergenic	translocation	1	2	0	776	8	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000227232.5	.	ENST00000488147.1	.	upstream	downstream	.	ACCACCCCCAGCTCCTGAGGTGCTGGCCAGTGCACCCCCACTCCCACCCTCAACCGCGGCCCCTGTAGGCCAAGGCGCCAGGCAGGACGACAGCAGCAGCAGCGCGTCTCCTTCAG|AGTTGTTCACAATGGAAGTATAAAATTAAAGAATATGACCTTATGGATTTACAATGACTTTATGCCTGGAAGAAAATCTACCCATAGATTCTGGCTTGGCTTATTCATGGAAAATATTTGATGACTAAAGTAGGACCGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1229:38675:1322,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2418:38311:20813,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1225:38974:4783	chr1:16607-chr18:22685138	0.001287001287001287	0.2	0.10064350064350065	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC080023.2	SHOC1	-/-	-/+	chr11:10272046	chr9:111696274	intergenic	intron	translocation/5'-5'	1	1	1	460	4	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000254719.1	ENSG00000165181.16	ENST00000532615.1	.	upstream	upstream	duplicates(4)	GCAGCTCAAGTTGGAGGCTGGCGTGGAGAGGATCAAGGTCTCTCAGGCAGCTGCAGAGCTTCAACAGTACTGTATGCAGAATGCCTGCAAGGATGCCCTGCTGGTGGGTGTTCCAGCTGGAAGTAACCCCTTCCGGGAGCCTAGATCCTGTGCTTTACTCTGAAGACTCG|TTCTTCAGATGCCT?AAAATAAAAAGGTGCTAATGGTCCTGATGTGCTCTAAGAGATCAAAAGCCATGCTACTAAATAAAGTAAGGTAAAGCAACAATATGTTCTAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1253:4317:22691,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1253:4333:22691,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2342:25367:14928,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2388:48537:11958,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2466:16606:22285,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2466:16614:22299,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2466:16622:22285	chr11:10272046-chr9:111696274	0.0032502708559046588	0.2727272727272727	0.1379887717915887	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
CLIC4	ZNHIT6	+/-	-/-	chr1:24834019	chr1:85657971	intron	CDS/splice-site	duplication/3'-3'	0	3	0	0	1114	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000169504.15	ENSG00000117174.11	.	ENST00000370574.4	upstream	downstream	.	GGAAACCCTCTGCCTGGCAACCGCCCCGTCTGAGAAGTGAGGAGCCCCTCCGTCTGGCAACCACCCCGTCTGGGAA|ATATTATGAACTAGATCCTTATAAAAGTCTCCTAGACAATTTGAGGAACAAAGTGATCATTGAGTATCCAACATTACATGTGGTATTGAAAGGATCCAATAATGACATGAAAGTTCTTCACCAAG___TGAAGAGTGAATCTACCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1277:11363:5750,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1345:25108:10837,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2441:3289:24190	chr1:24834019-chr1:85657971		0.0026857654431512983		3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
FBXO25	SEPTIN14	+/+	-/-	chr8:435707	chr7:55796092	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	3	0	1389	2946	medium	in-frame	.	.	.	.	ENSG00000147364.17	ENSG00000154997.9	ENST00000382824.5	ENST00000388975.4	downstream	downstream	duplicates(6),mismatches(18),multimappers(7)	CTTTAATCGGTTAGACTTCTCAAGTGCAATTCAAGATAcCCGAAGGTTCAATTATGTGGTCAAA|CTGCAGGACAAaTTCGAGCATCTTAAAATGATTCAACAGGAGGAGATAAGGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAGGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACtGATACAAAG	FNRLDFSSAIQDtRRFNYVVK|LQDKFEHLKMIQQEEIRKLEEEKKQLEGEIIDFYKMKAASEALQTQLSTDT	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1274:40495:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1335:50066:3228,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2163:2076:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2333:31467:2513,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1168:11104:6675,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1329:23587:10668,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2451:23150:17310,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1102:31871:24232,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1203:45374:15222,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2138:22236:11439,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2252:23126:16680,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1240:50697:18894,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1449:8224:22285,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1471:4883:7558,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2130:19647:4657,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2216:27187:9814,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2394:41474:10290,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2405:44201:24260,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1170:46886:19104,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1282:11986:18431,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:41256:5736,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:41264:5722,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1457:19243:9113,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1129:48642:10879,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1237:29784:16442,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1255:43837:12392,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2115:31499:3270,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2214:3694:12336,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:33287:4937,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2405:1340:2149,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2430:26119:11663,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2469:27737:26797,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1469:23336:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1469:23353:21136	chr8:435707-chr7:55796092	0.0	0.001017293997965412	0.000508646998982706	3	True	aih_curated_blacklist score(6)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0);aih_curated_blacklist
AC018638.5(258),CICP14(982)	SEPTIN14	./+	-/-	chr7:128654980	chr7:55796092	intergenic	CDS/splice-site	inversion	0	3	0	10	2946	medium	.	.	.	.	.	.	ENSG00000154997.9	.	ENST00000388975.4	downstream	downstream	duplicates(7),mismatches(4)	CTTCCGGCAGCCTCTTGGCCTCTAATTTGTTTATCTTTTGTGTATAAATCCCAAAATATGGAATTTTGGAATATTTCCACCATTATATATTTTG|CTGCAGGACAAGTTCGAGCATCTTAAAATGATTCAACAGGAGGAGATAAGGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAaGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACtGATACAAAGAAAGACAAACATCGTAAGAAgcAATAGTTTCTCTTACTATTCTGAGAGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1256:13054:17619,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2321:51765:24190,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2321:51781:24190,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2321:51789:24204,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2428:29024:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2428:29032:6479,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2162:25812:24022,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2240:39864:12546,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2138:29355:14130,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:11614:2653,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:11614:2681,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:11622:2667,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:11638:2667,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1174:1146:20057	chr7:128654980-chr7:55796092	0.0	0.001017293997965412	0.000508646998982706	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
NSF	LRRC37A2	+/+	+/+	chr17:46704854	chr17:46517362	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	3	0	1568	858	medium	out-of-frame	.	AAA+_lid_domain(100%),ATPase_family_associated_with_various_cellular_activities_(AAA)(52%),Cell_division_protein_48_(CDC48)__N-terminal_domain(100%),Cell_division_protein_48_(CDC48)__domain_2(100%)|LRRC37A/B_like_protein_1_C-terminal_domain(100%),Leucine_rich_repeat(100%)	.	.	ENSG00000073969.18	ENSG00000238083.8	ENST00000398238.8	ENST00000576629.5	downstream	upstream	duplicates(1)	GCAGAAAGCCTGCAAGTGACGAGAGGAGACTTCCTTGCTTCTTTGGAGAATGATATCAAACCA|AAATTTCCAAGGAAACTATATTTCTTACATTGATGGAAATGTATGGAAAGCATACAGTTGGACCGAGAAACT___AATTCTCAGAGAAAATAACTTGACTGAATTACACAAGGATTCATTTGAAGGCCTGCTATCCCTCCAGTATTT___AATTCTCAATCACAATCCTCTGACAACTGTTGAAGATCCGTATCTCTTTAAATT	AESLQVTRGDFLASLENDIKP|kfprklyflh*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1112:11307:21094,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1112:11315:21108,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1166:12884:24218,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1460:52113:23728	chr17:46704854-chr17:46517362	0.0	0.003484320557491289	0.0017421602787456446	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ANKRD17	AC019330.1(43638),AC020718.1(66579)	-/-	./+	chr4:73113792	chr2:198815994	CDS/splice-site	intergenic	translocation	3	0	0	1856	0	medium	out-of-frame	.	Ankyrin_repeat(100%),Ankyrin_repeats_(3_copies)(100%)|	.	.	ENSG00000132466.19	.	ENST00000358602.9	.	upstream	upstream	.	CCATCACTGATAAG___GAGATGCTGAAGAAGTGTCATCTTTGTATGGAGTCAATAGTACAAGCCAAAGATAGACAGGCTGCTGAAGCAAACAAAAACGCCAGCATTTTGTTAGAGGAGTTAGACTTGGAAAAG|TTAAGGAAAGATTAAAAAAAGtAA	ITDKEMLKKCHLCMESIVQAKDRQAAEANKNASILLEELDLEK|lrkd*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2255:15060:18655,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1448:41361:17492,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2476:29663:3396	chr4:73113792-chr2:198815994	0.0016137708445400753			3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
DUOX1	DUOX1	+/-	+/-	chr15:45140135	chr15:45140990	intron	CDS	duplication	1	2	0	1	47	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000137857.17	ENSG00000137857.17	.	.	upstream	downstream	duplicates(3)	CCCCACTTTCCAATAATTTTATAAAATAGTAAGGGCAAAATGCAATAGAATAGGCACACAACTGTAGAAACACTGCTGTGTCA???TGGTAAGGTATCCCAATCTGGTCTCTTGGCTAGCAGCTGAACAG|AGGTCCAGGGTCCCGGTGGCTCTCCAGGAGTCCCCCAGGGAGCAGCTCTAGCCAGGATAAGTCCTGGTTGTACAGGGCAGCTGTGGCCTCCAGTACCTGGAACCAAGAAGGGGCAGAAGTAAGAGAAAGGACACGGCACCCACCCTAAGGCAAAGAGGTGGCTCCCAGGGATTAGCCCCAGGGATGATAAT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2469:11032:18936,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1187:34023:15096,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1225:27713:12995,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1173:51085:15222,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1173:51093:15208,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1173:51101:15222	chr15:45140135-chr15:45140990	0.5	0.04081632653061224	0.27040816326530615	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
TMEM95(12474),TNK1(10841)	MAP3K4	./+	+/+	chr17:7369693	chr6:161101892	intergenic	CDS/splice-site	translocation	0	2	0	0	1298	medium	.	.	|Protein_kinase_domain(100%)	.	.	.	ENSG00000085511.20	.	ENST00000366919.6	downstream	upstream	duplicates(3),mismappers(2)	CGGTCTCCACAGCAGGCTGATTCTG|GGGTTCCAGCGTTCCTGAAAATGATCGATTGGCTTCCATAGCTGCTGAATTGCAGTTTAGGTCCCTGAGTCGTCACTCAAGCCCCACGGAGGAGCGAGATG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1256:31993:14017,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2321:29113:16596,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1329:7343:3242,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1495:39735:26699,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1467:6728:16357,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1487:35083:15026,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2485:41029:22159	chr17:7369693-chr6:161101892		0.0015384615384615385		2	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
KLHDC7B	FP236383.3	+/+	+/+	chr22:50547978	chr21:8399955	CDS	intron	translocation	63	0	0	27121	4101	low	out-of-frame	.	.	.	.	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ARID1A	FP236383.3	+/+	+/+	chr1:26731332	chr21:8399953	CDS	intron	translocation	16	0	0	9154	4101	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000117713.20	ENSG00000280441.3	ENST00000430799.7	.	downstream	upstream	duplicates(9),mismatches(28)	CAGACTCCATATTACAACCAGCAAAGTCCTCACCCTCAGCAGCAGCAGCCACCCTACTCCCAGCAACCACCGTCCCAGACCCCTCATGCCCAACCTTCGTATCAGCAGCAGCCACAGTCTCAACCACCACAGC|CCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCC	QTPYYNQQSPHPQQQQPPYSQQPPSQTPHAQPSYQQQPQSQPPQ|pralslsls	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1156:7707:4489,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1224:23976:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1297:51781:16428,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1327:40657:4223,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1358:1655:2555,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1447:20173:5120,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2174:13483:20071,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2208:24016:9449,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2220:48326:3354,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2294:7391:19412,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2347:50155:4503,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2347:50171:4503,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1175:23304:17324,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1215:37648:1196,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1418:14607:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2115:9438:8693,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2205:32794:1252,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2354:4301:12686,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1244:46134:28198,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1285:35601:8805,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2113:42154:20211,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1216:39468:28422,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1254:10975:16231,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1358:30561:9295,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1466:25594:17535,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2139:48246:5008,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2187:20918:13247,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2209:8863:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2243:29881:19945,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2435:23353:5190,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1439:7092:24106,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1486:36831:29207,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2316:23215:21206,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1138:8232:21934,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1148:29364:25914,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1251:13984:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1268:22989:4279,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1269:46134:12616,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1316:2747:23784,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1323:24898:3662,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1422:40544:26194,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1422:40552:26180,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1458:43311:1729,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2101:41927:27301,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2348:31071:21836,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2492:25820:23812,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1407:30917:17927,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2389:27616:19300,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1304:47000:29445,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1349:7245:1729,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1390:5830:20099,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1487:3686:28604,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2130:7496:29067	chr1:26731332-chr21:8399953	0.0017448200654307524	0.0	0.0008724100327153762	16	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
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KMT2B	FP236383.3	+/+	+/+	chr19:35721095	chr21:8399951	CDS	intron	translocation	11	0	0	8625	4101	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000272333.7	ENSG00000280441.3	ENST00000673918.1	.	downstream	upstream	duplicates(8),mismatches(1)	CCCCCAAACCCCCAAAGGTGGAGGTCTCACCTGTCCTGCGACCTCCCATTACCACCTCCCCACCTGTTCCCCAGGAGCCAGCACCAGTCCCCTCTCC|GCCCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCC	PKPPKVEVSPVLRPPITTSPPVPQEPAPVPSp|pralslsls	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1331:29776:2752,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1392:43157:15166,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2246:46466:19048,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2362:20545:16946,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1181:33174:13597,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1266:23587:14368,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2151:5377:17885,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2474:38109:29655,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1323:10126:12238,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1389:16557:18866,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1410:14543:10052,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2243:33150:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1144:11015:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1303:10943:14746,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1132:26920:22243,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1465:24356:1827,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2226:23919:14073,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2245:10174:7978,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2402:2869:19847,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1203:32632:7025	chr19:35721095-chr21:8399951	0.0012737378415933302	0.0	0.0006368689207966651	11	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
GRIN2B	GRIN2B	-/-	-/-	chr12:13979928	chr12:13981576	5'UTR/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	6	4	0	667	346	low	.	.	|Ligand-gated_ion_channel(100%),Ligated_ion_channel_L-glutamate-_and_glycine-binding_site(100%),N-methyl_D-aspartate_receptor_2B3_C-terminus(100%),Receptor_family_ligand_binding_region(100%)	.	.	ENSG00000273079.7	ENSG00000273079.7	ENST00000609686.4	ENST00000630791.2	upstream	downstream	duplicates(6)	TTGGATTTTAAATTATCTTCCGTTCATTTATCCTTCGTCTTTCTTATGTGGATATGCAAGCGAGAAGAAGGGACTGGACATTCCCAACATGCTCACTCCCTTAATCTGTCCGTCTAGAGGTTTGGCTTCTACAAACCAAG|GAAATCTCGGGGCTTCGCTCTATCGAGAGTGCTCGTCAAGGGTGATTCTTGATCACCACCATCCAGTAGTGCTGGCGTCCGAATGCATATCCTTTTGCCTTGCAAAGAAGAGTCATGAACTTCAAAACCCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2154:49605:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2154:49621:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2377:16452:24457,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2475:43553:13387,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1434:16444:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1495:49985:21304,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2401:46838:22074,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1175:40374:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1175:40390:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1327:29299:9660,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2348:5733:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2481:37898:2780,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2481:37907:2794,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2483:9640:3270,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2483:9656:3270,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1389:33368:26348	chr12:13979928-chr12:13981576	0.008915304606240713	0.011428571428571429	0.010171938017406072	10	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
CCDC144A	USP32P1	+/+	+/+	chr17:16773636	chr17:16796043	3'UTR	exon/splice-site	deletion/read-through	7	2	0	339	726	low	stop-codon	.	CCDC144C_protein_coiled-coil_region(100%),Domain_of_unknown_function_(DUF3496)(100%)|	.	.	ENSG00000170160.17	ENSG00000188933.16	ENST00000399273.5	ENST00000393005.6	downstream	upstream	duplicates(2),mismatches(1)	TGAACCTGGATCCTATATAGCTTCTCCTCTAGGATTTACACACAAGGAAAATCTGAATCAAGATCCAGTTTTGGAAGTAACAAAAGAATATGCACAGATTTTAAGAAGAAAATACATACTCTGAAAG|GTTGTAGATGAGCATGAGAGTGTGGAGCAGAGTCGGCGAGCGCAAGTCGAGCCCATCAACCTGGACAGCTGTCTCCGTGCTTTCACCGGTGAGGAAGAGCTAGGGGAAGATGAGATGTACTACTGTTCCAAGTGTAAGACCCACTGCTTAGCAACAAAGAAGCTGGATCTCTGGAGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1164:31062:8370,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:11638:11691,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1492:27454:25690,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1492:27462:25676,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1492:27470:25662,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2222:47356:25578,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1392:33457:6997,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2184:16500:15685,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1405:46336:28100	chr17:16773636-chr17:16796043	0.02023121387283237	0.0027472527472527475	0.011489233310042559	9	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
CCDC144A	USP32P1	+/+	+/+	chr17:16764175	chr17:16796043	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	864	726	low	out-of-frame	.	CCDC144C_protein_coiled-coil_region(100%),Domain_of_unknown_function_(DUF3496)(100%)|	.	.	ENSG00000170160.17	ENSG00000188933.16	ENST00000399273.5	ENST00000393005.6	downstream	upstream	.	GCTCTTcAGGACATGGAGAGCTACTTGTTGAAG|GTTGTAGATGAGCATGAGAGTGTGGAGCAGAGTCGGCGAGCGCAAGTCGAGCCCATCAACCTGGACAGCTGTCTCCGTGCTTTCACCGGTGAGGAAGAGCTAGGGGAAGATGAGATGTACTACTGTTCCAAGTGTAA	ALqDMESYLLK|vvdehesveqsrraqvepinldsclraftgeeelgedemyycskc	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1346:31758:14256	chr17:16764175-chr17:16796043	0.0	0.001375515818431912	0.000687757909215956	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
RNF103	CHMP3	-/-	-/-	chr2:86620330	chr2:86542312	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	7	1	0	1353	3697	low	in-frame	.	|Snf7(100%)	.	.	ENSG00000239305.7	ENSG00000115561.16	ENST00000237455.5	ENST00000263856.9	upstream	downstream	duplicates(3),mismappers(1)	GCTCTATTCTGCTCTCAAGGAAGAAGAAGCATCCGAATCGGTTTCTAGTACCAATTTCAGTGGTGAAATGCACTTCTATGAGCTTGTGGAAGACACAAAAGATGGCATCTGGCTGGTTCAG|GTCAATGAGTGGTCATTGAAGATAAGAAAGGAAATGAGAGTTGTTGACAGGCAAATAAGGG___ATATCCAAAGAGAAGAAGAAAAAGTGAAACGATCTGTGAAAGATGCTGCCAAGAAGGGCCAGAAGGATGTCTGCATAGT...GAGCAAGCTGTATGCATCCAAAGCACACATGAACTCAGTGCTCATGGGGATGAAGAACCAGCTCG___CGGTCTTGCGAGTGGCTGGTTCCCTGtAGAAGAGCACAGAAGTGATGAAGGCCATGCAAAGTCTTGTGAAGATTCCAGAGATTCAG	LYSALKEEEASESVSSTNFSGEMHFYELVEDTKDGIWLVQ|VNEWSLKIRKEMRVVDRQIRDIQREEEKVKRSVKDAAKKGQKDVCI	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1246:19680:2808,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1246:19688:2822,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1437:22204:11243,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1320:31507:24134,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2206:24793:22201,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1411:13823:13205,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2162:10943:11243,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2463:41199:21304,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2176:17568:9519,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1402:39881:7474,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2302:29161:24723,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1498:3613:19342	chr2:86620330-chr2:86542312	0.005147058823529412	0.00027041644131963225	0.002708737632424522	8	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
PDPK2P	KCTD5	-/+	+/+	chr16:2638427	chr16:2697906	exon	CDS/splice-site	deletion/read-through/3'-3'	4	4	0	1189	525	low	.	.	|BTB/POZ_domain(15%)	.	.	ENSG00000205918.9	ENSG00000167977.9	.	ENST00000301738.9	downstream	upstream	duplicates(1)	CGCAAAGGATACACAGCTTCTCGTCGTCCTGAAATGTGAAGTAAAGCTTAACAAAGAAGGGGTGATCCAGGCGCGACATGACATCCCGCTCTCTGGTTACATAGGGGACCTTGTTCTCTTTTATGATATGTCGCTTCTCCAGAATTTTAACTTCAG|GAGTGTTGGAGGAAGCAGAATTTTACAATATCACCTCATTAATAAAACTTGTAAAGGACAAAATTAGAGAACGAGACAGCAAAACATCGCAG___GTGCCTGTGAAGCATGTGTACCGTGTGCTGCAGTGCCAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2360:30626:12070,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2252:21136:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1169:19567:10346,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2184:2885:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1159:15392:7123,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2208:1453:14620,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1375:42526:4349,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2133:51854:12238,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1347:47445:17773	chr16:2638427-chr16:2697906	0.003352891869237217	0.007561436672967864	0.00545716427110254	8	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
HSPD1	RAMP3(65695),AC073968.2(16684)	-/-	./+	chr2:197489146	chr7:45251997	CDS	intergenic	translocation	7	0	0	5828	2	low	out-of-frame	.	TCP-1/cpn60_chaperonin_family(62%)|	.	.	ENSG00000144381.18	.	ENST00000426480.2	.	upstream	upstream	duplicates(8),mismatches(19),multimappers(1)	CTTAAAGATATGGCTATTGCTACTGGTGGTGCA___GTGTTTGGAGAAGAGGGATTGACCCTGAATCTTGAAGACGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGGAGAGGTCATTGTGACCAAAGACGATGCCATGCTC|ATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAA	LKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAML|irkg*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1101:48585:13611,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1448:41507:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1147:19647:25620,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1147:19656:25634,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1183:14179:4013,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1248:40592:17899,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1452:4058:26250,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2210:16015:23896,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2325:23620:16217,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1117:12561:12084,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2253:26678:26110,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2436:35075:17422,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1254:11808:28492,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1378:35010:15236,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2171:27058:8216,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2175:23879:28912,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2214:9025:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2347:20610:28380,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1124:8548:27777,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1243:50511:11173,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2115:13362:20477,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2161:7310:10584,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1137:14348:6941,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1217:40382:20897,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1344:21346:20071,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2317:38926:4419,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1257:36823:7334,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1257:36831:7348,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1401:30084:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1408:23757:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1434:29485:22761,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1434:46514:7838,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1139:37122:27637,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1166:1890:25690,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2131:3791:25143	chr2:197489146-chr7:45251997	0.001199657240788346	0.0	0.000599828620394173	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
FBXL13	RASA4DP	-/-	-/-	chr7:102822040	chr7:102689754	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	575	545	low	out-of-frame	.	Leucine_Rich_repeat(100%)|	.	.	ENSG00000161040.16	ENSG00000233297.4	ENST00000379305.7	ENST00000460726.2	upstream	downstream	duplicates(5)	CTCAGCATTGCTGGCTGTCCAAAG___ATTACTGACTCAGCAATGGAGATGTTATCGGCAAAATGCCATTACCTGCACATTTTGGATATCTCTGGTTGTGTCTTGCTTACTGACCAAATCCTTGAGGACCTTCAGATAGGCTGCAAACAACTCCGGATCCTTAAGATGCAATACTGCACAAATATTTCCAA|AATGTACCGTTCATCGCCGTCACCAGCTTCCTGTGCCTGCGCTTCTTCTCtCCCGCCATCATGTCGCCCAAGCTCTTCCACCTGCGGGAGCGCCACGCGGACGCCCGCACCAGCCGCACCCTGC	LSIAGCPKITDSAMEMLSAKCHYLHILDISGCVLLTDQILEDLQIGCKQLRILKMQYCTNISk|myrsspspascacasslppscrpssstcgsatrtpapaap	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1328:28409:22775,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1260:3686:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2494:50551:27133,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1301:42882:26516,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2484:39945:22831,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2484:39961:22831,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1432:8038:28408,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1122:28490:7754,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1418:37033:28184,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2117:20618:7684	chr7:102822040-chr7:102689754	0.001736111111111111	0.007285974499089253	0.0045110428051001825	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
FBXL13	RASA4DP	-/-	-/-	chr7:102822040	chr7:102690152	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	0	2	0	575	152	low	out-of-frame	.	Leucine_Rich_repeat(100%)|	.	.	ENSG00000161040.16	ENSG00000233297.4	ENST00000379305.7	ENST00000460726.2	upstream	downstream	.	CCGGATCCTTAAGATGCAATACTGCACAAATATTTCCAA|GTGCTCCgGGCTGCACCGCCCGCAGACCGAGGCCGAGGTGCTGGAGCAGAGCGCGCAGACGCTGCGCGCCCACCTGGGGGCCCTGCTGAGCGCGCTCAGCCGCTCGGTTCGCGCGTGCCCCGCCGTGGTGCGCGCCACCTTCCGCCAGCTCTTCCGGCGCGTGCGCGAGCGCTTCCCCGGCGCCCAGCACGAG___AATGTACCGTTCATCG...CAGCCGCTCGGTTCGCGCGTGCCCCGCCGTGGTGCGCGCCACCTTCCGCCAGCTCTTCCGGCGCGTGCGCGAGCGCTTCCCCGGCGCCCAGCACGAG___AATGTACCGTTCATCGCCGTCACCAGCTTCCTGTGCCTGCGCTTCTTCTCTCCC	RILKMQYCTNISk|csglhrpqteaevleqsaqtlrahlgallsalsrsvracpavvratfrqlfrrvrerfpgaqhenvpfi	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2367:28004:22859,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1420:46595:21570	chr7:102822040-chr7:102690152	0.0	0.012987012987012988	0.006493506493506494	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
TENM1(190744),AL008707.1(49244)	TENM1	./-	-/-	chrX:125154561	chrX:124963817	intergenic	5'UTR	deletion/read-through	2	2	0	0	18	low	.	.	|GHH_signature_containing_HNH/Endo_VII_superfamily_nuclease_toxin(100%),Teneurin_Intracellular_Region(100%)	.	.	.	ENSG00000009694.13	.	ENST00000371130.7	upstream	downstream	duplicates(6)	CAGAAGGAAGAAACTCCGAACACATCCGAACATCAGAAGAAACAAACTCTGGACACGCCGCCTTTAAGAACTGTAACACTCACCGCGAGGGTCCGTGGCTTCATTCTTGAAGTCAGTGAGACCAAGAACCCACCAATTCCGGACACACTACGTCCATTAAGAAATGTGGACAAACAGTACTCTAG|GACTGCTTGCATTAAAGGACTTCCTCATCCTTTTTTTCATGAAACTGAGCTTGCTTAATCAGAGATGGAGCAAACTGACTGCAAACCCTACCAGCCTCTACCAAAAGTCAAGCATGAAATGGATCTAGCTTACACCAGTTCTTCTGATGAGAGTGAAGATGGAAGAAAACCAAGACAGTCATACAACTCCAGGGAGACCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2349:21468:13807,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2349:21484:13807,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1435:15869:2177,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1383:11501:6689,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2363:2901:6731,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2493:9592:2457,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2493:9600:2443,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1451:13297:6521,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1192:38845:25213,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1192:38861:25213	chrX:125154561-chrX:124963817	1.0	0.1	0.55	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
AL050309.1	KLF8	+/+	+/+	chrX:56107614	chrX:56250231	intron	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	2	1	2	1231	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000227486.2	ENSG00000102349.18	.	ENST00000468660.6	downstream	upstream	.	GGGACCCGCCAAGCCCGGCACTGGAGAGAATCGCCTGATCTGCGGGTTGCTGAGACTGTGGGAAAAGCACAGTATTTGGATGGGAGTTTCCCATTTTTTCCAG|ATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGGTGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAG___GTCACTGCTTCTGTTCGGAACAGAGATCCCCCTGAGATAGAATACAGAAGTAATATGACTTCTCCAACACTCCTGGATGCCAACCCCATGGAGAACCCAGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1236:27390:19328,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2158:16250:14970,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2341:41976:26628,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1262:34048:17969	chrX:56107614-chrX:56250231	0.42857142857142855	0.002026753141467369	0.21529909085644797	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
AL050309.1	KLF8	+/+	+/+	chrX:56014961	chrX:56250231	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	1	1	1231	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000227486.2	ENSG00000102349.18	ENST00000669152.1	ENST00000468660.6	downstream	upstream	.	CTTCACTCAACTACGTGTGTAGTCCGAGGGAGTGAGGACCCCGGGTCCAAGAGCTCAATCCCGGCCCCGCCCCGTCGGCCCAGGCCCCGGGGCTGGGAGGAGAGGATGCCTTCGGAGGCGCAGAATCCGAAA___AGATGTGGTTGGAGCTGGA...TGGGAACTGAATGATGAGAACATTTGGACATG|ATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGGTGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAG___GTCACTGCTTCTGTTCGGAACAGAGATCCCCCTGAGATAGAATACAGAAGTAATATGACTTCTCCAACACTCCTGGATGCCAACCCCATGGAGAACC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2382:9430:26026,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1262:34048:17969	chrX:56014961-chrX:56250231	0.3333333333333333	0.0012170385395537525	0.16727518593644353	2	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0);aih_curated_blacklist
AL050309.1	KLF8	+/+	+/+	chrX:55908800	chrX:56250231	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	3	1231	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000227486.2	ENSG00000102349.18	ENST00000669152.1	ENST00000468660.6	downstream	upstream	.	CGGAGGCGCAGAATCCGAAA|ATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGGTGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAG___GTCACTGCTTCTGTTCGGAACAGAGATCCCCCTGAGATAGAATACAGAAGTAATATGACTTCTCCAACACTCCTGGATGCCAACCCCATGGAGAAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1440:9106:18263	chrX:55908800-chrX:56250231	0.0	0.0008116883116883117	0.00040584415584415587	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AL050309.1	KLF8	+/+	+/+	chrX:55986224	chrX:56250231	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	2	1231	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000227486.2	ENSG00000102349.18	ENST00000661602.1	ENST00000468660.6	downstream	upstream	.	GTTGAACAGCATTGGTGAGAGAGTGCATTCTTGACTTGTGCCAGTTTTCAAG|ATATGGATAAACTCATAAACAACTTGGAGGTCCAACTTAATTCAGAAGGTGGCTCAATGCAGGTATTCAAGCAG___GTCACTGCTTCTGTTCGGAACAGAGATCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2203:51546:12546	chrX:55986224-chrX:56250231	0.0	0.0008116883116883117	0.00040584415584415587	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
C1QTNF3	AMACR	-/-	-/-	chr5:34020587	chr5:34005899	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	1	0	298	287	low	out-of-frame	.	C1q_domain(100%),Collagen_triple_helix_repeat_(20_copies)(100%)|CoA-transferase_family_III(77%),Lyase(100%)	.	.	ENSG00000082196.21	ENSG00000242110.8	ENST00000382065.8	ENST00000335606.11	upstream	downstream	duplicates(4)	GGCAACACAGTCTTCAGCATGTACAG___CTATGAAATGAAGGGCAAATCAGATACATCCAGCAATCATGCTGTGCTGAAGCTAGCCAAAGGGGATGAGGTTTGGCTGCGAATGGGCAATGGCGCTCTCCATGGGGACCACCAACGCTTCTCCACCTTTGCAGGATTCCTGCTCTTTGAAACTAA|GTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAATCCAAGGCTTATTTATGCCAGGCTGAGTGGATTTGGCCAGTCAGGAAGCTTCTGCCGGTTAGCTGGCCACGATATCAACTATTTGGCTTTGTCAG___GTGTTCTCTCAAAAATTGGCAGAAGTGGTG	GNTVFSMYSYEMKGKSDTSSNHAVLKLAKGDEVWLRMGNGALHGDHQRFSTFAGFLLFETk|chgetpagprdsaagkskaylcqaewiwpvrkllpvswpryqlfgfvrcslknwqkw	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2295:22859:18095,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1257:4568:28198,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2435:10797:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1165:20618:6759,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1238:29655:6297,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1239:51773:10388,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1240:51910:14550,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2454:21816:17829	chr5:34020587-chr5:34005899	0.009966777408637873	0.003472222222222222	0.006719499815430048	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253767.3	ENST00000611914.1	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253305.2	ENST00000611914.1	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000240764.4	ENST00000611914.1	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000254122.3	ENST00000611914.1	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
RAD51D	RFFL	-/-	-/-	chr17:35101201	chr17:35026561	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	2	2	0	411	910	low	out-of-frame	.	Rad51(100%)|Zinc_finger__C3HC4_type_(RING_finger)(100%)	.	.	ENSG00000185379.21	ENSG00000092871.17	ENST00000345365.11	ENST00000315249.11	upstream	downstream	duplicates(5)	GGCACTGTGGCCCAGCAG___GTGACTGGTTCTTCAGGAACTGTGAAGGTGGTGGTTGTGGACTCGGTCACTGCGGTGGTTTCCCCACTTCTGGGAGGTCAGCAGAGGGAAG___GCTTGGCCTTGATGATGCAGCTGGCCCGAGAGCTGAAGACCCTGGCCCGGGACCTTGGCATGGCAGTGGTG___GTGACCAACCACATAACTCGAGAC...GGACAGCGGGAGGCTCAAACCTGCCCTCGGACGCTCCTGGAGCTTTGTGCCCAGCACTCGGATTCTCCTGGACACCATCGAGGGAGCAGGAGCATCAGGCGGCCGGCGCATGGCGTGTCTGGCCAAATCTTCCCGACAG|ATTTTATCATGTGGGCAACCTGCTGCAACTGGTTCTGCCTGGATGGACAGCCTGAGGAGGTCCCACCACCCCAGGGAGCCAGGATGCAGGCCTATTCCAAC	DSGRLKPALGRSWSFVPSTRILLDTIEGAGASGGRRMACLAKSSRQ|ilscgqpaatgsawmdslrrshhprepgcrpip	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2174:5239:24625,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1367:34671:2121,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2152:42882:20323,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2152:42898:20323,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1362:39322:24667,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1362:39330:24653,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1362:39339:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1362:39355:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1360:37858:20141	chr17:35101201-chr17:35026561	0.004842615012106538	0.0021929824561403508	0.0035177987341234443	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000240184.7	ENST00000611914.1	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
CRYZL2P	SEC16B	-/-	-/-	chr1:178022440	chr1:177968039	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	3	1	3	240	low	.	.	|Sec23-binding_domain_of_Sec16(100%),Vesicle_coat_trafficking_protein_Sec16_mid-region(100%)	.	.	ENSG00000242193.11	ENSG00000120341.18	ENST00000476232.6	ENST00000528461.5	upstream	downstream	duplicates(1)	GGTGCATCCAGCTATATGTCAGAATGGTTTTCAAGCTGGACGAG|GAAGATAAAATAACTGCACAACTTACTCAAAACCCAGGACAAATTCAGAGAGTCAAGGATGGAACTTTGGGCTCCCCAGAGGCTGCCCCAGACACGAGGGAAGGCCACAGCACCCTCAAAGGATCCAGACCGAGGGTTTCGGAGAGATGGACATCATCGGCCTGTCCCTCACTCTTGGCACAATGGAGAGAGGTTTCACCAATGGCAAGACAACCGTGGGAGCCCCCAGCCACAGCAGGAGCCCAGGGCAGACCATCAGCAGCAGCCCCATTATGCATCCAGGCCAGGGGACTGGCATCAGCCTGTGTCTGGAGTTGACTATTACGAAGGTGGTTATCGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1212:5911:14634,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2194:17989:6689,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2223:20699:25031,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2253:31329:28058,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2253:31338:28044	chr1:178022440-chr1:177968039	0.14285714285714285	0.014373716632443531	0.07861542974479319	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
CRYZL2P	SEC16B	-/-	-/-	chr1:178034705	chr1:177968039	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	2	0	8	240	low	.	.	|Sec23-binding_domain_of_Sec16(100%),Vesicle_coat_trafficking_protein_Sec16_mid-region(100%)	.	.	ENSG00000242193.11	ENSG00000120341.18	ENST00000476232.6	ENST00000528461.5	upstream	downstream	.	AGGAAAGGCCCCATCTTCCCTTCACACCTG|GAAGATAAAATAACTGCACAACTTACTCAAAACCCAGGACAAATTCAGAGAGTCAAGGATGGAACTTTGGGCTCCCCAGAGGCTGCCCCAGACACGAGGGAAGGCCACAGCACCCTCAAAGGATCCAGACCGAGGGTTTCGGAGAGATGGACATCATCGGCCTGTCCCTCACTCTTGGCACAATGGAGAGAGtTTTCACCAATGGCAAGACAACCGTGGGAGCCCCCAGCCACAGCAGGAGCCCAGGGCAGACCATCAGCAGCAGCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2270:46862:23658,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2292:24453:14746	chr1:178034705-chr1:177968039	0.0	0.008264462809917356	0.004132231404958678	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
CRYZL2P	SEC16B	-/-	-/-	chr1:178026155	chr1:177968039	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	1	6	240	low	.	.	|Sec23-binding_domain_of_Sec16(100%),Vesicle_coat_trafficking_protein_Sec16_mid-region(100%)	.	.	ENSG00000242193.11	ENSG00000120341.18	ENST00000476232.6	ENST00000528461.5	upstream	downstream	duplicates(1)	TATGGCACTGCGATTTTTGCTCTTGAGCATTGGGCCCGTACCCAGCCTGG___GTAATATAGCTGCTGCTGGAAGTGACGAGAAGTGCAAGCTGGCGATGCAGAGGGGTGCGCAGTCCAGCGTGAACTACAGTCAGGGCAGCCTGAAGGATGCA|GAAGATAAAATAACTGCACAACTTACTCAAAACCCAGGACAAATTCAGAGAGTCAAGGATGGAACTTTGGGCTCCCCAGAGGCTGCCCCAGACACGAGGGAAGGCCACAGCACCCTCAAAGGATCCAGACCGAGGGTTTCGGAGAGATGGACATCATCGGCCTGTCCCTCACTCTTGGCACAATGGAGAGAGGTTTCACCAATGGCAAGACAACCGTGGGAGCCCCCAGCCACAGCAGGAGCCCAGGGCAGACCATCAGCAGCAGCCCCATTATGCATCCAGGCCAGGGGACTGGCATCAGCCTGTGTCTGGAGTTGACTATTACGAAGGTGGTTATCGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2447:25343:5050,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2253:31329:28058,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2253:31338:28044	chr1:178026155-chr1:177968039	0.07692307692307693	0.006211180124223602	0.041567128523650264	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
CRYZL2P	SEC16B	-/-	-/-	chr1:178037694	chr1:177968039	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	1	240	low	.	.	|Sec23-binding_domain_of_Sec16(100%),Vesicle_coat_trafficking_protein_Sec16_mid-region(100%)	.	.	ENSG00000242193.11	ENSG00000120341.18	ENST00000476232.6	ENST00000528461.5	upstream	downstream	.	CCCCTGACCATTGAAGAGGTGGCCCCCGCCCCGTCGGGCCTCACGAG|GAAGATAAAATAACTGCACAACTTACTCAAAACCCAGGACAAATTCAGAGAGTCAAGGATGGAACTTTGGGCTCCCCAGAGGCTGCCCCAGACACGAGGGAAGGCCACAGCACCCTCAAAGGATC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1382:43893:21962	chr1:178037694-chr1:177968039	0.0	0.004149377593360996	0.002074688796680498	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
CRYZL2P	SEC16B	-/-	-/-	chr1:178032430	chr1:177968039	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	1	240	low	.	.	|Sec23-binding_domain_of_Sec16(100%),Vesicle_coat_trafficking_protein_Sec16_mid-region(100%)	.	.	ENSG00000242193.11	ENSG00000120341.18	ENST00000476232.6	ENST00000528461.5	upstream	downstream	.	GCGTCACTGACCAGAAG|GAAGATAAAATAACTGCACAACTTACTCAAAACCCAGGACAAATTCAGAGAGTCAAGGATGGAACTTTGGGCTCCCCAGAGGCTGtCCCAGACACGAGGGAAGGCCACAGCACCCTCAAAGGATCCAGACCGAGGGTTTCGGAGAGATGGACATCATCGGCCTGTCCCTCACTCTTGGCACAATGGAGAGAGGTTTCACCAATGGCAAGACAACCGTGGGAGCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1174:21443:8861	chr1:178032430-chr1:177968039	0.0	0.004149377593360996	0.002074688796680498	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000261934.2	ENST00000611914.1	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000242419.5	ENST00000611914.1	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253873.6	ENST00000611914.1	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253159.3	ENST00000611914.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	205	2806	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253846.2	ENST00000611914.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(3)	CTCGAGGAAGAGTCACCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGC	SRKSHLIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:18636:6493,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1376:4802:23111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2409:25327:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2191:9470:29403,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2316:7229:26979,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41984:26530,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:32041:13009	chr5:141366751-chr5:141494807	0.019138755980861243	0.0	0.009569377990430622	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
LINC01525	MAN1A2	+/+	+/+	chr1:117272284	chr1:117402186	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	4	0	6	5353	low	.	.	|Glycosyl_hydrolase_family_47(100%)	.	.	ENSG00000235202.2	ENSG00000198162.12	ENST00000664471.1	ENST00000356554.7	downstream	upstream	duplicates(2)	GTGCCAGCCAAGCTCTGGACCCTTGACTCACAG|GGAAGAGGAAGAACGTCTGAGAAATAAAATTCGAGCTGATCATGAGAAGGCCTTGGAAGAAGCAAAAGAAAAATTAAGAAAGTCAAGAGAGGAAATTCGAGCAGAAATTCAGACAGAGAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2139:12997:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2139:13006:5904,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1285:23717:9127,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1162:36717:19258,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2373:47453:22775,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1172:39201:17366	chr1:117272284-chr1:117402186	0.0	0.0007466865783087549	0.00037334328915437746	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48582563	chr2:48621167	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	2	0	111	26	low	out-of-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(63%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(93%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000430487.6	downstream	upstream	duplicates(2)	TTGAATCTGAACCTGTCATTCAAGTCACTGTGGGGTCAGCAAAATATGAGAGTGCCTACCAGGCAGTGGTATGGAAGATAGATCGGCTTCCAGACAAAAATTCAA|CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCATCCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACCAAACATTGCAAT	ESEPVIQVTVGSAKYESAYQAVVWKIDRLPDKNS|tlgnqgfav*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2126:34501:20127,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2126:34517:20127,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2234:7901:20939,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1346:38020:17815,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1314:21257:5568	chr2:48582563-chr2:48621167	0.008928571428571428	0.07142857142857142	0.040178571428571425	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48591855	chr2:48621167	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	2	0	272	26	low	in-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(99%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(93%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000430487.6	downstream	upstream	duplicates(3)	TCTGATTGGTATCCATTTGCTACTGTTCAGTTTTCCGTGCCTGACACCTGTGCCTCAAGGACAGAGGTCAGGTCTCTGGGAGTGGAGAGTGATGTCCAGCCACAGAAACATGTTCAGCAGCGAGCTTGCTACAACATCCAG|CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCATCCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACC...CAGCATCATTAGTTATTCCTGCTGGTAGAACTCTTCCAAGTTTTACCACAGCAGAACTG___GGCACTTCAAACTCCAGTGCAAACTTTACTTTTCCTGGTTATCCCATTCATGTACCAGCAGGTGTGACACTACAGACTGTATCTGGT	SDWYPFATVQFSVPDTCASRTEVRSLGVESDVQPQKHVQQRACYNIQ|LWETKVLQSKATEDFFRNSIQSPLFTLQLPHSLH	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2344:41628:18824,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2344:41636:18838,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1369:28158:11775,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1437:21379:12812,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1189:23086:24092,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1189:23102:24092	chr2:48591855-chr2:48621167	0.003663003663003663	0.07142857142857142	0.037545787545787544	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48591855	chr2:48620851	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	272	6	low	in-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(99%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(100%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000403751.8	downstream	upstream	.	GTTCAGCAGCGAGCTTGCTACAACATCCAG|CCTAAACTCTACcGATCTGTAATTGAAGATGTAATTGAAGGAGTTCGGAATCTATTTGCTGAAGAAGGTATAGAGGAACAAGTTTTAAAAGACTTGAAGCAG___CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCATCCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTgGCCGCACAGCTTGCACCAAACATTGCAATCGTC	VQQRACYNIQ|PKLYRSVIEDVIEGVRNLFAEEGIEEQVLKDLKQLWETKVLQSKATEDFFRNSIQSPLFTLQwPHSLHQTLQS	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2253:39872:12308	chr2:48591855-chr2:48620851	0.0	0.14285714285714285	0.07142857142857142	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
CLCF1	POLD4	-/-	-/-	chr11:67373524	chr11:67353077	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	413	3267	low	out-of-frame	.	|DNA_polymerase_delta__subunit_4_(100%)	.	.	ENSG00000175505.11	ENSG00000175482.9	ENST00000312438.8	ENST00000534515.1	upstream	downstream	.	CCGGGAGAGGAGCCGCACCCGGCCGGCCCGGCCCCAGCCCCATGGACCTCCGAGCAG|GGGAGGAGCCCCAGCCCCGCGACGAGGAGGAAGCGGAGCTGGAGCTGCTGAGGCAGTTTGACCTGGCCTGGCAGTACGGGCCCTGCACCGGTGAGAACCCACCCAGCC	MDLRA|geepqprdeeeaelellrqfdlawqygpctgenpps	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1462:15651:3200,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1450:31540:4265,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2467:49435:3480	chr11:67373524-chr11:67353077	0.0	0.0009174311926605505	0.00045871559633027525	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC022509.1	BHLHE41	-/-	-/-	chr12:26271663	chr12:26124582	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	15	2957	low	.	.	|Hairy_Orange(100%),Helix-loop-helix_DNA-binding_domain(100%)	.	.	ENSG00000255750.6	ENSG00000123095.6	ENST00000537525.6	ENST00000242728.5	upstream	downstream	.	GTCCACTGCAGGAGTTCATAATCTAGGAGTCCAGAGAGTCCAGGCTCATCATCCCTTCAG|ACTGGACTATTCCTCTTTGTATATGTGTAAACCCAAAAGGAGCATGAAACGAGACGACACCAAG___GATACCTACAAATTACCGCACAGATTAATAGAAAAGAAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1240:22495:3732,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2240:23806:10318,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1267:6170:16343	chr12:26271663-chr12:26124582	0.0	0.0010135135135135136	0.0005067567567567568	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AL137792.1	AL360081.1	-/-	+/+	chr1:28120979	chr9:98235355	exon	exon	translocation	3	0	0	33	0	low	.	.	.	.	.	ENSG00000214812.3	ENSG00000224001.2	ENST00000399029.3	ENST00000428299.2	upstream	upstream	.	TGCTATTGTTTACATGAtAGATGCTGCAGATCGTGAAAAGATAGAAGCTTCCCGAAATGAGCTACATAATCTTCTA|GATAAACCACAGTTACAAGGAATTCCAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1177:46797:25788,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2472:39856:10346,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2338:33400:25059	chr1:28120979-chr9:98235355	0.08333333333333333			3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ACTA1	ACTG1P23	-/-	-/-	chr1:229431561	chr3:175977552	CDS	exon	translocation	3	0	0	287	265	low	out-of-frame	.	Actin(94%)|	.	.	ENSG00000143632.14	ENSG00000230362.1	ENST00000366684.7	ENST00000437653.1	upstream	downstream	.	TGTGGATCGGCGGCTCCATCCTGGCCTCGCTGTCCACCTTCCAGCAGATGT|ATCAGCAAGCAGGAGTATGACGAGTCCGGCCCCTCCA	WIGGSILASLSTFQQM|yqqagv*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2325:16444:17492,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1277:40576:27763	chr1:229431561-chr3:175977552	0.010344827586206896	0.0	0.005172413793103448	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
CLPSL1	LHFPL5	+/+	+/+	chr6:35787120	chr6:35814546	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	232	230	low	out-of-frame	.	|Lipoma_HMGIC_fusion_partner-like_protein(36%)	.	.	ENSG00000204140.10	ENSG00000197753.11	ENST00000373861.6	ENST00000651676.1	downstream	upstream	.	CTGCGAGACTGGCTGCTGCCAACGTGCTCCAGACAATTGCGAGTCGCACTGCGCGGAGAAGGGGTCCGAGGGCAGTCTGTGTCAAACGCAG|CCACAGGCCTAATGATTGGCTGCCTGGTCTACCCTGATGGTTGGGACTCAAGTGAGGTGCGGCGCATGTGTGGGGAGCAGACGGGCAAGTACACGCTGGGCCACTGCACCATCCGCTGGGCCTTCATGCTGGCCATCCTCAGCATTGGCGACGCCCTCATCCTCTCCTTCCTGGCCTTCGTGTTG	CETGCCQRAPDNCESHCAEKGSEGSLCQTQ|pqa*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2492:21864:17913,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1414:15724:5176,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2133:7334:14662	chr6:35787120-chr6:35814546	0.008547008547008548	0.004329004329004329	0.006438006438006438	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ADAMTS7	ADAMTS7	-/-	-/-	chr15:78786693	chr15:78791223	intron	CDS/splice-site	duplication	0	3	0	1	496	low	.	.	Reprolysin_(M12B)_family_zinc_metalloprotease_(94%),Reprolysin_family_propeptide(100%)|ADAM-TS_Spacer_1(100%),ADAMTS_cysteine-rich_domain_2(100%),Reprolysin_(M12B)_family_zinc_metalloprotease_(84%),Thrombospondin_type_1_domain(100%)	.	.	ENSG00000136378.15	ENSG00000136378.15	.	ENST00000388820.5	upstream	downstream	.	CTCATATTTACCAGAGGATGAAAtAGAATAAAATTATCTCAACTGGTTTCATCTCACTCCTTG|GTGGCTGGCCTGTTTCATGACCCCAGCATTGGGAACCCCATCCACATCACCATTGTGCGCCTGGTCCTGCTGGAAGATGAGGAG___GAGGACCTAAAGATCACGCACCATGCA...___AAAGGACCTGTGTGCAGCCATGAACCGGCCCTGTGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2262:40358:25760,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2237:30529:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2441:31532:3802	chr15:78786693-chr15:78791223	0.0	0.006012024048096192	0.003006012024048096	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC009097.2	TAT	-/-	-/-	chr16:71626598	chr16:71576427	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	1	1	1	1013	3	low	.	.	|Aminotransferase_class_I_and_II(100%),Aminotransferase_ubiquitination_site(100%)	.	.	ENSG00000260593.1	ENSG00000198650.11	ENST00000562763.1	ENST00000355962.5	upstream	downstream	duplicates(1)	CGGGGACGCCAGGGCCTCGCGGGCCGGCCTGGGCCACAGGTGTCCCCGGCGCGGAGGTCGCAGCGCCCCGGCCCCTCTCACCTTTCGGGTCTGCGGCGCCCGGGGTCTCCCTTCCTCTGCGGCTGCGGCGGCTCCGGGGCTTCCCAGGGCGCGGGCCCAGGAGGCGCGGCTGCGTCCCAG|GCTTCGCTAGTGATGGACCCATACATGATTCAGATGAGCAGCAAAGGCAACCTCtCCTCAATTCTGGACGTGCATGTCAACGTTGGTGGGAGAAGCTCTGT?CCGGGAAAAATGAAAGGCAGAAAGGCCAGGTGGTCTGTGAGGCCCTCAGACATGGCCAAGAAAACTTTCAACCCCATCCGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1262:3233:11958,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1491:2222:27301,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1406:15643:10472,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1406:15659:10472	chr16:71626598-chr16:71576427	0.0014785608674223755	0.3333333333333333	0.16740594710037784	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SSX2	SSXP1	-/-	-/-	chrX:52705128	chrX:52610632	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	3	0	0	1625	0	low	out-of-frame	.	KRAB_box(98%)|	.	.	ENSG00000241476.8	ENSG00000197185.7	ENST00000337502.5	ENST00000453640.1	upstream	downstream	duplicates(2),low_entropy(1)	GACCCACGGTTGGTGCTCAAATACCAGAGAAGATCCAAAAG___GCCTTCGATGATATTGCCAAATACTTCTCTAAGGAAGAGTGGGAAAAGATGAAAGCCTCGGAGAAAATCTTCTATGTGTATATGAAGAGAAAGTATGAGGCTATGACTAAACTAG|GTTTCAAG	PTVGAQIPEKIQKAFDDIAKYFSKEEWEKMKASEKIFYVYMKRKYEAMTKL|gf	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1436:37114:9379,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1107:3783:3578,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2340:32300:15222,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1478:6032:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2154:41757:20982,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2154:41766:20968	chrX:52705128-chrX:52610632	0.0018427518427518428			3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SSX2	SSXP1	-/-	-/-	chrX:52705681	chrX:52611253	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	820	2	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000241476.8	ENSG00000197185.7	ENST00000337502.5	ENST00000453640.1	upstream	downstream	mismatches(2)	GGAGACGACGCCTTTGCAAGGAGACCCACGGTTGGTGCTCAAATACCAGAGAAGATCCAAAAG|GCCTTCgATGATATTGCCAAATACTTCTCTAAGgAAGAGTGGGAAAGATGAAAG	GDDAFARRPTVGAQIPEKIQK|afddiakyfskeewer*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2320:24655:25297,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1237:42194:25381	chrX:52705681-chrX:52611253	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
KANSL1	MAPK8IP1P1(3041),AC005829.2(11466)	-/-	./+	chr17:46170855	chr17:46248085	CDS/splice-site	intergenic	inversion	2	1	0	1444	39	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000120071.15	.	ENST00000574590.6	.	upstream	upstream	.	CTGACAGTAGTTCAGGAGGGGAGTCTGATATTGAAGAGGAAGAACTGACCAGAGCTGATCCCGAGCAGCGTCATGTACCCCT|AGACGTGGGAACAACGCAAGTCCCACTTACAACACTTAAGAACATTCTCATGATGACCGTTGAACTGGAAAAACT	DSSSGGESDIEEEELTRADPEQRHVPl|dvgttqvplttlknilmmtvelek	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2484:7868:25900,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1362:20359:26012,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2174:48359:12546	chr17:46170855-chr17:46248085	0.0013831258644536654	0.025	0.013191562932226833	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PSMA1	PDE3B	-/-	+/+	chr11:14610966	chr11:14771937	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	2	0	0	141	1398	low	in-frame	.	|3'5'-cyclic_nucleotide_phosphodiesterase(100%)	.	.	ENSG00000129084.18	ENSG00000152270.9	ENST00000418988.2	ENST00000282096.9	upstream	upstream	.	TGACAAGTCAAATCCAGACCTATGTTGTATGTTGGTCTACTAGGTGACTGTCTCCTGGAAATGTTATGCAGCTCAGCAAGGTGAAG|ATGATTCTTTGGGATTGGGACTTAAAACA	MQLSKVK|MILWDWDLK	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2148:7626:16315,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2422:32826:18627	chr11:14610966-chr11:14771937	0.013986013986013986	0.0	0.006993006993006993	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
PSMA1	PDE3B	-/-	+/+	chr11:14610966	chr11:14818183	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	141	1190	low	out-of-frame	.	|3'5'-cyclic_nucleotide_phosphodiesterase(100%)	.	.	ENSG00000129084.18	ENSG00000152270.9	ENST00000418988.2	ENST00000282096.9	upstream	upstream	.	GTAAAGGCCTTGGCCCTCCAAGGCTGGGAAAAGACAATGACAAGTCAAATCCAGACCTATGTTGgATGTTGGTCTACTAGGTGACTGTCTCCTGGAA-TGTTATGCAGCTCAGCAAGGTGAAG|GTGTTTTGTCCAGTCTGAGTCCTGTGAATTCTTCCAACCATGGACCAGTGTCTACTGGCTCTCTAAC	MQLSKVK|vfcpv*	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2497:47275:14844	chr11:14610966-chr11:14818183	0.007042253521126761	0.0	0.0035211267605633804	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PSMA1	PDE3B	-/-	+/+	chr11:14610966	chr11:14803944	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	141	993	low	out-of-frame	.	|3'5'-cyclic_nucleotide_phosphodiesterase(100%)	.	.	ENSG00000129084.18	ENSG00000152270.9	ENST00000418988.2	ENST00000282096.9	upstream	upstream	duplicates(1)	CCTATGTTGgATGTTGGTCTACTAGGTGACTGTCTCCTGGAAATGTTATGCAGCTCAGCAAGGTGAAG|TCAAGGATGCTATCTAAATGGGCCTTTTAATTCAAATCTACTGACTATCCCG	MQLSKVK|srmlskwaf*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1243:50203:16077,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1243:50220:16077	chr11:14610966-chr11:14803944	0.007042253521126761	0.0	0.0035211267605633804	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PPIP5K1	CATSPER2	-/-	-/-	chr15:43564103	chr15:43649900	CDS/splice-site	intron	duplication	1	0	0	440	56	low	stop-codon	.	Diphosphoinositol_pentakisphosphate_kinase_2_N-terminal_domain(100%),Histidine_phosphatase_superfamily_(branch_2)(100%)|Ion_transport_protein(100%)	.	.	ENSG00000168781.22	ENSG00000166762.19	ENST00000420765.5	ENST00000409481.1	upstream	downstream	.	ACCGAGATG___AGCTCTTGTTTGTCCCGGCCGTAAAACGATTTTCTGTGTCGTTTGCAAAGCATCCGACTAACG|GTACTCTTTTCGTTTGGACAGAGGTATCTGCCGGTACTGAGATGTAAGTGATCAGCTGAAGGGAGAAACTG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1189:18523:11033	chr15:43564103-chr15:43649900	0.0022675736961451248	0.0	0.0011337868480725624	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PPIP5K1	CATSPER2	-/-	-/-	chr15:43564867	chr15:43648066	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	0	0	484	341	low	in-frame	.	Diphosphoinositol_pentakisphosphate_kinase_2_N-terminal_domain(100%),Histidine_phosphatase_superfamily_(branch_2)(100%)|Ion_transport_protein(100%)	.	.	ENSG00000168781.22	ENSG00000166762.19	ENST00000420765.5	ENST00000381761.6	upstream	downstream	mismappers(1)	CAGGACTACGCCCGCAGCCATGGCAAAAAGCTACCACCTGCCAGTCTGAAGCACCGAGATG|CAGACATGGCCGCTTACCAACAAGAAGAGCAGATGCAGCTTCCCCGAGCTGATGCCATTCGTTCACGTCTCATCGATACTTTCTCTCTCATTGAGCATTTGCAAGGCTTGAGCCAAGCTGTGCCGCGGCAC	QDYARSHGKKLPPASLKHRD|aDMAAYQQEEQMQLPRADAIRSRLIDTFSLIEHLQGLSQAVPR	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1448:49823:5778	chr15:43564867-chr15:43648066	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PPIP5K1	CATSPER2	-/-	-/-	chr15:43564867	chr15:43640496	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	0	0	484	192	low	out-of-frame	.	Diphosphoinositol_pentakisphosphate_kinase_2_N-terminal_domain(100%),Histidine_phosphatase_superfamily_(branch_2)(100%)|Ion_transport_protein(90%)	.	.	ENSG00000168781.22	ENSG00000166762.19	ENST00000420765.5	ENST00000415968.2	upstream	downstream	mismappers(1)	AAAAGCTACCACCTGCCAGTCTGAAGCACCGAGATG|AATTGCTGGAATCCACAAATACCAAACTATGGCCATTGAAGCTGACCTTGGAGGTGGCAGCTTGGTTTATCTTGCTTATTTTCATCCTGGAGATCCTTCTTAAGTGGCTATCCAACTTTTCTGTTTTCTGGAAGAGTGCCTGGAATGTCTTTGACTTTGTTGTTACCATGTTGGTAAGGATAGAGATCCTGAGGGTTCG	KLPPASLKHRD|ellestntklwplkltlevaawfillifileillkwlsnfsvfwksawnvfdfvvtmlvrieilrv	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1303:27422:2457	chr15:43564867-chr15:43640496	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
EMB	PARP8	-/-	+/+	chr5:50428144	chr5:50788523	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	2431	4594	low	in-frame	.	|Poly(ADP-ribose)_polymerase_catalytic_domain(100%)	.	.	ENSG00000170571.12	ENSG00000151883.19	ENST00000303221.10	ENST00000281631.10	upstream	upstream	duplicates(1)	AGATTCGCCTTTTACAAGTCCACCTCTCAGAGAAGAAATAATGGCAAATAAtTTTTCCTTGGAGAGTCATAACATATCACTGACTG|TGCCCACTGTTGATGTCTTTCAGATTTCCACAAAAGAGCGATTTGGATTGGGACATCAGCTGAAAAA	DSPFTSPPLREEIMANNFSLESHNISLT|vPTVDVFQISTKERFGLGHQLK	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2261:52024:19202,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2261:52040:19202	chr5:50428144-chr5:50788523	0.00041118421052631577	0.0	0.00020559210526315788	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PARP8	EMB	+/+	-/-	chr5:50763242	chr5:50428227	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	2931	2530	low	out-of-frame	.	|Immunoglobulin_I-set_domain(100%),Immunoglobulin_domain(100%)	.	.	ENSG00000151883.19	ENSG00000170571.12	ENST00000281631.10	ENST00000303221.10	downstream	downstream	.	GCCACATGCAGTTTCTCTCAG|ATTCGCCTTTTACAAGTCCACCTCTCAGAGAAGAAATAATGGCAAATAACTTTTCCTTGGAGAGTCATAACATATCACTGACTG___AACATTCTAGTATGCCAGTAGAAAAAAATATCACTTTAGAAAGG	PHAVSLr|fafykstsqrrnngk*	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2164:45398:3158	chr5:50763242-chr5:50428227	0.0	0.0003951007506914263	0.00019755037534571315	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AC021851.1	NUP35	+/+	+/+	chr2:183188763	chr2:183133566	exon/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	1	0	2	725	low	.	.	|Nup53/35/40-type_RNA_recognition_motif(100%)	.	.	ENSG00000272800.3	ENSG00000163002.13	ENST00000608537.2	ENST00000374930.7	downstream	upstream	duplicates(1)	GTGAGATCCTGTCAACAACAACAACAATAACAAAACACAAAGAAAAA|CCAAACATTTCAGTAATGCAGAGTCCTCTTGTTGGAGTTACATCTACTCCTGGAACAG___GTTTCCTCAAGCATCTGCTTCCTACATATTACTACAATTTGCACAGTATGGGAATATCTTAAAACATGTG___ATGTCTAATACAGGAAATTGGATGCATATTCGTTAT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1437:37389:21990,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1437:37397:21976	chr2:183188763-chr2:183133566	0.0	0.0013774104683195593	0.0006887052341597796	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AC021851.1	NUP35	+/+	+/+	chr2:183179411	chr2:183151508	exon/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	0	0	2	783	low	.	.	|Nup53/35/40-type_RNA_recognition_motif(100%)	.	.	ENSG00000272800.3	ENSG00000163002.13	ENST00000661621.1	ENST00000409798.5	downstream	upstream	.	GTTGCTTCCTTAACACTGTGTGGGGAAAACCGCCTACTCAAGCCTCAaTAATGGCAGACTTCCCAACCCCCACCAAGCTCAAGCATCTCAG|GGCAAAGTATGTTTAGTCCAGCAAGTATCGGTCAGCCACGAAAGACGACATTATCTCCTGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1385:44662:26376	chr2:183179411-chr2:183151508	0.3333333333333333	0.0	0.16666666666666666	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
HIBADH	TAX1BP1	-/-	+/+	chr7:27629371	chr7:27785163	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	1691	6131	low	out-of-frame	.	NAD_binding_domain_of_6-phosphogluconate_dehydrogenase(75%)|Autophagy_receptor_zinc_finger-C2H2_domain(100%),Calcium_binding_and_coiled-coil_domain_(CALCOCO1)_like(72%)	.	.	ENSG00000106049.9	ENSG00000106052.13	ENST00000265395.7	ENST00000543117.5	upstream	upstream	duplicates(3)	TGCAGTTTCAAAAGAATTGGCCAAAGAAGTTGAGAAAATGGGAGCAGTTTTCATGGATGCCCCTGTTTCTGGTG|GGTCTTACTGAAGTAACACAAAGCTTAAAAATGGAAAATGAAGAGTTTAAGAAGAGGTTCAGTGATGCTACATCCAAAGCCCATCAGCTTGAGGAAGATATTGTGTCAGTAACACATAAAGCAATTGAAAAAGAAACCGAATTAGACAG	AVSKELAKEVEKMGAVFMDAPVSG|gsy*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2180:24081:1883,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2180:24089:1869,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2353:19073:4083,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2353:19081:4069	chr7:27629371-chr7:27785163	0.0	0.00016307893020221786	8.153946510110893e-05	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
HIBADH	TAX1BP1	-/-	+/+	chr7:27662698	chr7:27785163	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	2383	6131	low	out-of-frame	.	|Autophagy_receptor_zinc_finger-C2H2_domain(100%),Calcium_binding_and_coiled-coil_domain_(CALCOCO1)_like(72%)	.	.	ENSG00000106049.9	ENSG00000106052.13	ENST00000265395.7	ENST00000543117.5	upstream	upstream	duplicates(1)	GAGCCGGCGGCTGCGGCCGGCAGCCGGCAGCTTTGCAGCGG|GGTCTTACTGAAGTAACACAAAGCTTAAAAATGGAAAATGAAGAGTTTAAGAAGAGGTTCAGTGATGCTACATCCAAAGCCCATCAGCTTGAGGAAGATATTGTGTCAGT	SRRLRPAAGSFAA|gsy*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1125:34031:2948,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2175:41879:13429	chr7:27662698-chr7:27785163	0.0	0.00016307893020221786	8.153946510110893e-05	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
HIBADH	TAX1BP1	-/-	+/+	chr7:27629371	chr7:27748518	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	inversion	0	1	0	1691	4653	low	out-of-frame	.	NAD_binding_domain_of_6-phosphogluconate_dehydrogenase(75%)|Autophagy_receptor_zinc_finger-C2H2_domain(100%),Calcium_binding_and_coiled-coil_domain_(CALCOCO1)_like(100%),SKICH_domain(100%)	.	.	ENSG00000106049.9	ENSG00000106052.13	ENST00000265395.7	ENST00000543117.5	upstream	upstream	.	GTTTCAAAAGAATTGGCCAAAGAAGTTGAGAAAATGGGAGCAGTTTTCATGGATGCCCCTGTTTCTGGTG|ATTCACAATGACATCCTTTCAAGAAGTCCCATTGCAGACTTCCAACTTTGCCCATGTCATCTTTCAAAATGTGGCCAAGAGTTACCTTCCTAATGCACACCTGGAATGTCATTAC	VSKELAKEVEKMGAVFMDAPVSG|dsq*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1187:36086:18081	chr7:27629371-chr7:27748518	0.0	0.00021486892995272884	0.00010743446497636442	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
HIBADH	TAX1BP1	-/-	+/+	chr7:27649473	chr7:27748518	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	inversion	0	1	0	3143	4653	low	out-of-frame	.	NAD_binding_domain_of_6-phosphogluconate_dehydrogenase(27%)|Autophagy_receptor_zinc_finger-C2H2_domain(100%),Calcium_binding_and_coiled-coil_domain_(CALCOCO1)_like(100%),SKICH_domain(100%)	.	.	ENSG00000106049.9	ENSG00000106052.13	ENST00000265395.7	ENST00000543117.5	upstream	upstream	.	AACATGGCTATCCACTTATTATTTATGATGTGTTCCCTGATGCCTGCAAAGAGTTTCAAGATGCAGGTGAACAG|ATTCACAATGACATCCTTTCAAGAAGTCCCATTGCAGACTTCCAACTTTGCCCATGTCATCTTTCAAAATGTGGCCAAGAGTTACCTTCCTAATGCACACCTGGAATGTCA	HGYPLIIYDVFPDACKEFQDAGEQ|ihndilsrspiadfqlcpchlskcgqelps*	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1475:26338:10725	chr7:27649473-chr7:27748518	0.0	0.00021486892995272884	0.00010743446497636442	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
TAX1BP1	JAZF1	+/+	-/-	chr7:27740269	chr7:27895416	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	3231	5697	low	.	.	.	.	.	ENSG00000106052.13	ENSG00000153814.13	ENST00000433216.6	ENST00000283928.10	downstream	downstream	duplicates(5)	GCCTGCGTAACTTTCTCCCTTGATCCGGGAGTCTTTCCACTGG|ATTCATGACAGATGCTGCCCGCCGAGAGCAGGAGTCCCTAAAGAAGAAGATTCAGCCGAAGCTCTCGCTGACTCTGTCCAGCTCAGTGTCTCGAGGGAATGTGTCCACTCCCCCACGCCACAGCAGTGGAAGCCTTACTCCCCCCGTGACCCCACC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2366:42979:2695,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2424:2505:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1296:51773:26082,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1296:51781:26068,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1296:51789:26082,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1221:11525:18109	chr7:27740269-chr7:27895416	0.0	0.0001755001755001755	8.775008775008775e-05	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
TTC33	PRKAA1	-/-	-/-	chr5:40746798	chr5:40771798	CDS/splice-site	CDS	duplication	0	1	0	556	2434	low	in-frame	.	|Adenylate_sensor_of_SNF1-like_protein_kinase(100%),Protein_kinase_domain(51%)	.	.	ENSG00000113638.14	ENSG00000132356.11	ENST00000636863.1	ENST00000397128.6	upstream	downstream	duplicates(1)	TTGAAGGCTGTGCTGAGAAAAGTAAACAGCTGAAGGATGAAGGAGCCAGTTTGGCTGAAAATAAAAG|GCATATGGTGGTCCATAGAGATTTGAAACCTGAAAATGTCCTGCTTGATGCACACATGAATGCAAAGATAGCTGATTTTG___GTCTTTCAAACATGATGTCAGATGGTGAATTTTTAAGAACAAGTTGTGGCTCACCCAACTATGCTGCACCAGAAGTAATTTCAGGAAG___ATTGTATGCAGGCCCAGAG	EGCAEKSKQLKDEGASLAENKr|HMVVHRDLKPENVLLDAHMNAKIADFGLSNMMSDGEFLRTSCGSPNYAAPEVISGRLYAGP	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2392:32591:8160,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1144:37599:11341	chr5:40746798-chr5:40771798	0.0	0.0004106776180698152	0.0002053388090349076	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AKR1C6P(16445),U8(54016)	AKR1E2	./+	+/+	chr10:4908420	chr10:4842421	intergenic	CDS/splice-site	duplication	0	1	0	70	2462	low	.	.	|Aldo/keto_reductase_family(15%)	.	.	.	ENSG00000165568.18	.	ENST00000474119.5	downstream	upstream	.	GCTGTGTTAAGTGATTCTCTGACAAG|ATTTTGATCCGATTTCAAATCCAGAGGAATGTGATAGTGATCCCCGGATCTATCACCCCAAGTCACATTAAAGAGAATATCCAG___GTGTTTGATTTTGAATTAACACAGCACGATATGGATAACATCCTCAGCCTAAACAGGAATCTCCGACTGGCCATGTTCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2273:24057:4643	chr10:4908420-chr10:4842421	0.0	0.0004060089321965083	0.00020300446609825416	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
AKR1C6P	AKR1E2	-/+	+/+	chr10:4889923	chr10:4842421	exon	CDS/splice-site	duplication/3'-3'	0	1	0	26	2462	low	.	.	|Aldo/keto_reductase_family(15%)	.	.	ENSG00000151631.8	ENSG00000165568.18	.	ENST00000474119.5	downstream	upstream	duplicates(1)	GCCTGCCCGATGCCTTCTTCATTCAG|ATTTTGATCCGATTTCAAATCCAGAGGAATGTGATAGTGATCCCCGGATCTATCACCCCAAGTCACATTAAAGAGAATATCCAG___GTGTTTGATTTTGAATTAACACAGCACGATATGGATAACATCCTCAGCCTAAACAGGAATCTCCGACTGGCCATGTTCCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1155:42453:16245,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2436:45503:21192	chr10:4889923-chr10:4842421	0.0	0.0004060089321965083	0.00020300446609825416	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
LINC00486	CTSD	+/+	-/-	chr2:32916481	chr11:1753882	intron	CDS/splice-site	translocation	0	0	0	65535	39860	low	.	.	|Eukaryotic_aspartyl_protease(23%)	.	.	ENSG00000230876.8	ENSG00000117984.15	.	ENST00000429746.2	downstream	downstream	inconsistently_clipped(1)	GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGGG|AGGTGTCCACCCTGCCCGCGATCACACTGAAGCTGGGAGGCAAAGGCTACAAGCTGTCCCCAGAGGACTACACGCTCAAG___GTGTCGCAGGCCGGGAAGACCCTCTGCCTGAGCGGCTTCATGGGCATGGACATCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1258:42453:2009	chr2:32916481-chr11:1753882	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
LINC00486	EIF3G	+/+	-/-	chr2:32916562	chr19:10116828	intron	CDS/splice-site	translocation	0	0	0	65535	2233	low	.	.	|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%)	.	.	ENSG00000230876.8	ENSG00000130811.12	.	ENST00000253108.9	downstream	downstream	inconsistently_clipped(1)	GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGGGtG|TACTGGCGAGAAGGAGAAGCTGCCGGGAG___AGCTAGAGCCGGTGCAGGCCACGCAGAACAAGACAGGGAAGTATGTGCCGCCGAGCCTGCGCGACGGGGCCAGCCGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1336:1493:16680	chr2:32916562-chr19:10116828	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)