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VPS33A	CLIP1	-/-	-/-	chr12:122263572	chr12:122273100	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	0	0	706	1261	low	in-frame	.	Sec1_family(10%)|CLIP1_zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000139719.11	ENSG00000130779.22	ENST00000267199.9	ENST00000620786.5	upstream	downstream	duplicates(2)	CCTAAACGTGTTGCGCGAGGCGGTGCGTCGCGAGCTGCGCGAcTTCCTGGACAAGTGCGCAGGAAGCAAG___GCAATAGTTTGGGATGAATACCTAACTGGACCCTTTGGCCTGATTGCACAGTATTCACTATTGAAG___GAACATGAAGTGGAA...ACTTAAAGGAAATCGTTTGCCGGCAGCTGATGTGAAGAATATAATTTTTTTTGTCAGACCCAGGCTAGAGTTGATGGATATAATCGCTGAAAACGTGCTCAG|TGgTGATCAGGAGAAACAGTCCAAGAAGAAACCTCGCCTCTTCTGTGAC	LKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLs|gDQEKQSKKKPRLFC	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1307:18207:21220,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1307:18224:21220,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1147:22252:10991	chr12:122263572-chr12:122273100	0.0014144271570014145	0.0	0.0007072135785007072	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
VPS33A	CLIP1	-/-	-/-	chr12:122264134	chr12:122274162	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	0	0	931	818	low	in-frame	.	Sec1_family(3%)|CLIP1_zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000139719.11	ENSG00000130779.22	ENST00000267199.9	ENST00000620786.5	upstream	downstream	duplicates(1)	GGCTCATCTGTCCTACGGCCGAGTGAACCTAAACGTGTTGCGCGAGGCGGTGCGTCGCGAGCTGCGCGAGTTCCTGGACAAGTGCGCAGGAAGCAAG___GCAATAGTTTGGGATGAATACCTAACTGGACCCTTTGGCCTGATTGCACAGTATTCACTATTGAAG|ATTGATTTCCTAAATTCAGTAATAGTGGACCTTCAAAGGAAGAATCAAGACCTCAAGATGAAGGTGGAGATGATGTCAGAAGCAGCCCTGAATGGG	AHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLK|IDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALN	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2125:20311:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2125:20327:20519	chr12:122264134-chr12:122274162	0.001072961373390558	0.0	0.000536480686695279	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
TLK2	FAM157A	+/+	+/+	chr17:62560126	chr3:198180755	CDS/splice-site	exon/splice-site	translocation	4	8	0	1233	1053	high	.	.	.	.	.	ENSG00000146872.18	ENSG00000236438.7	ENST00000578697.1	ENST00000634862.1	downstream	upstream	duplicates(9),mismatches(6),multimappers(5)	AGACAGACCCAG___GCCAACTGTGATTTGAGACGGCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACaATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAACTCCTTATAGAAAAG|ATGATGATTATTCCCCACCTTCTAAGAGACAAAGACCAACGAGCCACCACAGCCACCgGTCCCAGAACCCGCCAATGCTGGGGAACGGAAAATGAGGGAGTTCAACTCTG___GCCCTCACAATCCAGTGGAGGAGACGAAACTCAgCTGCCTCTGTCCCTCTGGGCACGCCTCATGCCAGGTGCATCTGTGGACAGGGGCCATGCTCCTGGGCTTCCAAAGTTGGAGAAAGCTGCCAGGCTCAG___GTCTGAAGGCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1226:16428:1771,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1226:16436:1785,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1297:51304:23055,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2408:41838:25101,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1221:10886:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2170:2667:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1425:29631:17717,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1426:18588:25886,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1465:29072:21262,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1465:29088:21262,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2309:32656:25732,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2376:7100:2485,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2376:7100:2513,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2376:7108:2499,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2324:47817:13709,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2103:40746:17661,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2246:45705:29669,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1190:17463:7936,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2382:27260:16498,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2462:13984:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1206:7521:21682,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1206:7529:21696,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2130:11776:14480,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2272:13758:8861,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2287:1380:15222,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2437:13208:8076,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1342:7415:25564,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1438:6388:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1438:6396:14746,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1438:6404:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2461:2901:26208,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1138:11420:3859	chr17:62560126-chr3:198180755	0.0032336297493936943	0.007540056550424128	0.005386843149908911	12	False		PASS	
KLRC4	KLRK1	-/-	-/-	chr12:10407636	chr12:10388875	3'UTR	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	8	3	0	62	109	high	stop-codon	.	|Lectin_C-type_domain(100%)	.	.	ENSG00000183542.5	ENSG00000213809.9	ENST00000309384.2	ENST00000396451.4	upstream	downstream	duplicates(6)	CCTGAATAGAAGAATGCAGAAAG___CACGTCATTGTGGCCATTGTCCTGAGGAGTGGATTACATATTCCAACAGTTGTTATTACATTGGTAAGGAAAGAAGAACTTGGGAAGAAAGAGTTTGCTGGCCTGTGCTTCGAAGAACTCTGATCTGCTTTCTATAGATAATGAGGAAGAAATG|GAATCCTTTGTGCATTGAAGACTTTAGATTCCTCTCTGCGGTAGACGTGCACTTATAAGTATTTGATGGGGTGGATTCGTGGTCGGAGGTCTCGACACAGCTGGG___AGATGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1362:35221:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2412:36976:17296,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2425:43545:25031,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2397:2505:21150,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2410:12383:27693,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1157:2125:11747,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2117:6412:6255,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2389:41709:10500,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2389:41717:10486,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2394:28085:13583,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:9438:25479,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:9446:25493,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:9454:25479,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1135:9462:25465,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2487:32988:13555,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2252:18062:20211,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2284:41943:4349	chr12:10407636-chr12:10388875	0.11428571428571428	0.026785714285714284	0.07053571428571428	11	False		PASS	
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PCDHA10	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140858436	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	7	0	92	155	high	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000250120.8	ENSG00000248383.5	ENST00000562220.2	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(9)	GGCCTGCCCAAGGCGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGCCTTCCACCATGCCCAATGGTAGATGTGGACGGGGAAGATCAGTCTATTGGAGGGGACCACTCTAGGAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG	GLPKADLMAFSPSLPPCPMVDVDGEDQSIGGDHSRK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2355:15303:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2170:45778:9057,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1434:2068:7642,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2212:29266:13919,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2492:40277:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2492:40285:7894,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1318:36814:17184,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:31289:19020,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1222:34565:12056,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2288:31613:18992,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2338:10069:1799,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1378:46911:19426,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1422:26548:29109,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1136:51530:18571,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1136:51538:18585,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2485:15481:7306,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1222:48440:21682,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2458:20586:16203,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2323:45260:4825	chr5:140858436-chr5:140978949	0.031578947368421054	0.043209876543209874	0.037394411955815464	10	False		PASS	
PCDHA10	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140858436	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	7	0	92	155	high	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000250120.8	ENSG00000239389.8	ENST00000562220.2	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(9)	GGCCTGCCCAAGGCGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGCCTTCCACCATGCCCAATGGTAGATGTGGACGGGGAAGATCAGTCTATTGGAGGGGACCACTCTAGGAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG	GLPKADLMAFSPSLPPCPMVDVDGEDQSIGGDHSRK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2355:15303:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2170:45778:9057,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1434:2068:7642,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2212:29266:13919,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2492:40277:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2492:40285:7894,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1318:36814:17184,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:31289:19020,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1222:34565:12056,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2288:31613:18992,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2338:10069:1799,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1378:46911:19426,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1422:26548:29109,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1136:51530:18571,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1136:51538:18585,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2485:15481:7306,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1222:48440:21682,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2458:20586:16203,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2323:45260:4825	chr5:140858436-chr5:140978949	0.031578947368421054	0.043209876543209874	0.037394411955815464	10	False		PASS	
FBXO25	SEPTIN14	+/+	-/-	chr8:435707	chr7:55796092	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	7	0	1292	1455	high	.	.	.	.	.	ENSG00000147364.17	ENSG00000154997.9	ENST00000524015.1	ENST00000388975.4	downstream	downstream	duplicates(7),mismatches(17),multimappers(2)	TGGCTAATTGACTAATTTTAACTTCTGTGTTGCTcTTCCAGAGGCATGGCTATTGCACCTTGGGAGAAGCCTTTAATCGGTTAGACTTCTCAAGTGCAATTCAAGATATCCGAAGGTTCAATTATGTGGTCAAA|CTGCAGGACAAaTTCGAGCATCTTAAAATGATTCAACAGGAGGAGATAAGGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAGGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACtGATACAAAGAAAGACAAACATCGTAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2115:34549:12952,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2256:4074:2289,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2256:4090:2289,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2486:10603:27749,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:44290:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2403:33983:12028,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1102:30601:18109,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1268:18021:14284,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1268:18029:14270,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1326:14009:9856,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1394:41935:9547,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2220:40018:5134,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1159:3565:20855,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1190:31483:20561,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1190:31491:20575,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2493:36135:18754,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1235:25399:25129,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2474:18321:1883,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2258:40382:17647,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2438:47356:16498,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1257:28894:27007,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1257:28902:26993,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1257:28902:27021,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1260:51020:26769,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2385:50737:28492,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2398:27017:20785,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2179:10587:11187,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2397:27430:14718,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2167:38764:13247,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2331:14219:27763,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2471:43570:17871,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2412:19647:19314,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2465:36677:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2169:36669:3536,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1385:22527:23238	chr8:435707-chr7:55796092	0.0015455950540958269	0.0047879616963064295	0.0031667783752011283	9	True	aih_curated_blacklist score(6)	FAIL	aih_curated_blacklist
NOM1(19768),MNX1(1107)	MNX1	./-	-/-	chr7:156992944	chr7:156994181	intergenic	CDS/splice-site	duplication	4	4	0	5	422	high	.	.	.	.	.	.	ENSG00000130675.15	.	ENST00000479817.1	upstream	downstream	duplicates(1)	GGCAAAGTGAAAATCCCGCTCTCTCCTGGTGCCTTGCCCGTGATGCCTCAGAGTTCTGAGGAAGACCAGACCCATCCAGAACCTTCTGGGGGAACAGCCCTCTGCCCGTCCGT|GTAAAGAAGGCACAGACACCCTCACCTCCTGCACTCTAGGCAGCTTCCAGAATTGACTAAAAATATCCCGAGAGCTTTCCAGGAAGCCGCAGGGAGCCCTCGACCTGTTTGAATCTCTGGCTGCCGGTGGATTGGCGGGTCACTCCCATGTCCCAGCTCCCGCCTGCAGGTGCCTCCAGAGATGCTGCCCTTCCGTGGCACCCCCAGGGCCCCACACCTCAAGATTTCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1332:29736:2149,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2425:48092:5274,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1102:31483:23644,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1457:46029:17731,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1155:38829:16498,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2302:42631:13163,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2339:6979:21080,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2483:30609:7446,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2351:1858:3662	chr7:156992944-chr7:156994181	0.4444444444444444	0.009389671361502348	0.2269170579029734	8	True	aih_curated_blacklist score(4)	FAIL	aih_curated_blacklist
TRPM3(105635),RPL35AP21(37062)	TRPM3	./-	-/-	chr9:71552539	chr9:70864511	intergenic	CDS/splice-site	deletion	1	3	0	1	18	high	.	.	|Ion_transport_protein(100%),SLOG_in_TRPM(100%),Tetramerisation_domain_of_TRPM(100%)	.	.	.	ENSG00000083067.24	.	ENST00000357533.6	upstream	downstream	duplicates(7)	CTGGCTGGAGCTTTCCCCGCACCTGTCGCACCTCCTGGTTTTGGtAGAATGAAGTGAGGAGACAGCTGGAGTCATTATAGTTCATCTGTTTGAAGGTTGCCCAAATGAAAAACAAACAAACAAATCTG|GCTCAGAAATCCTGGATAGAAAGAGCATTTTATAAAAGAGAATGTGTCCACATCATACCCAGCACCAAAGACCCCCATAG___GTGTTGCTGTGGGCGTCTGATAGGCCAGCATGTTGGCCTCACCCCCAGTATCTCCGTGCTTCAGAATGAGAAAAATGAAAGTCGCCTCTCCCGAAATGACATCCAGTCTGAAAAGTGGTCCATCAGCAAACACACTCAACTCAGCCCTACGGATGCTTTTGGGACCATTGAGTTCCAAGGAGGTGGCCATTCCAACAAAGCCATG___TATGTGCGAGTATCTTTTGATACAAAAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2144:51765:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1492:39605:2709,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1273:50648:25732,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1273:50656:25746,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1392:33433:8637,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2266:5296:5302,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2266:5304:5288,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2266:5304:5316,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2266:5312:5274,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1161:18725:12616,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1279:33311:23896	chr9:71552539-chr9:70864511	0.5	0.14285714285714285	0.3214285714285714	4	False		FAIL	total_reads_below_min(4.0<8.0)
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RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66643450	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	3	6486	3852	medium	in-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(6%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000408993.6	downstream	upstream	duplicates(7)	GGCCACGAGCTGCGGCCGGGGCGCGCGCTCGTGGTGGAGATGTCGCGCCCAAGGCCTCTTAATACTTGGAAGATTTTCGTGGGCAATGTGTCGGCTGCATGCACGAGCCAGGAACTGCGCAGCCTCTTCGAGCGCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAG|GCAAACGAATGCACGTGCAGTTGTCCACCAGCCGGCTTAGGACTGCGCCCGGGATGGGAGACCAGAGCGGCTGCTATCGGTGCGGGAAAGAGGGGCACTGGTCCAAAGAGTGTCCGATAGATCGTTCAGGCCGCGTGGCAGACTTGACCGAGCAATATAATGAGCAATACGG	GHELRPGRALVVEMSRPRPLNTWKIFVGNVSAACTSQELRSLFERRGRVIECDVVK|gKRMHVQLSTSRLRTAPGMGDQSGCYRCGKEGHWSKECPIDRSGRVADLTEQYNEQY	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1444:47267:21500,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2374:35407:27301,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2374:35423:27301,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2142:50487:4265,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1202:18361:7278,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2473:12116:14844,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1204:31952:25241,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2378:37316:25620,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2213:6873:1084,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2150:45058:21794,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2350:35310:3508,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24000:5470,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24016:5470,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24016:5498,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24024:5484,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1422:38101:15517,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2362:38335:23209	chr11:66617057-chr11:66643450	0.0008472618038974044	0.0011668611435239206	0.0010070614737106623	10	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66649736	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	1	6486	592	low	in-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(1%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000506523.6	downstream	upstream	duplicates(4)	CGGAGGAGCTGGCAGCCCTCTTTGCGCCCTACGGCACGGTCATGAGCTGCGCCGTCATGAAACAGTTCGCCTTCGTGCACATGCGCGAGAACGCGGGCGCGCTGCGCGCCATCGAAGCCCTGCACGGCCACGAGCTGCGGCCGGGGCGCGC...GCCGCGGACGCGTCATCGAGTGTGACGTGGTGAAAG|ACATCCAGCTCTGTCACCCAAGCTGCAGTGTGGTGGCATGATTGTAGCTCACTGTAACTTTGAACTCCTGAGCTCAAGGGATCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAGAGTTTTTGCAGGGACTATATGTGAGCCACTGCGTCTGGTCAAAATGTAGTTTTTCAAGAGTAATGCTTTAATAAAC	RGRVIECDVVK|dIQLCHPSCSVVA*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1144:33611:5106,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2350:35310:3508,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24000:5470,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24016:5470,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24016:5498,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1154:24024:5484	chr11:66617057-chr11:66649736	7.708317274339012e-05	0.002527379949452401	0.0013022315610978956	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66617057	chr11:66639700	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	6486	5180	low	out-of-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(72%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	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RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66624324	chr11:66639700	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	4979	5180	low	out-of-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(99%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000393979.3	ENST00000396053.9	downstream	upstream	duplicates(1),read_through(1)	GGAGAAGGAAGCAGATGCCAAAGCtGCAATCGCGCAGCTCAACGGCAAAGAAGTGAAGGGCAAGCGCATCAACGTGGAACTCTCCACCAAGG|GCTCTTGTCAGGATGGTGAAGCTGTTCATCGGAAACCTGCCCCGGGAGGCTACAGAGCAGGAGATTCGCTCACTCTTCGAGCAGTATGG	EKEADAKAAIAQLNGKEVKGKRINVELSTK|gscqdgeavhrkpapggyragdsltlrav	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2302:8694:25900,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2309:47558:12196	chr11:66624324-chr11:66639700	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
RBM14	RBM4	+/+	+/+	chr11:66625678	chr11:66639700	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	1456	5180	low	out-of-frame	.	RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(99%)|RNA_recognition_motif._(a.k.a._RRM__RBD__or_RNP_domain)(100%),Zinc_knuckle(100%)	.	.	ENSG00000239306.5	ENSG00000173933.21	ENST00000310137.5	ENST00000396053.9	downstream	upstream	read_through(2)	CTGTCCATGTCCCAGGGGGCCGTTGCCAACGCCAACAGCACCCCGCCGCCCTATGAGCGTACCCGCCTCTCCCCACCCCGGGCCAGCTACGACGATCCCTACAAAAAGGCTGTCGCCATGTCGAAAAG|GCTCTTGTCAGGATGGTGAAGCTGTTCATCGGAAACCTGCCCCGGGAGGCTACAGAGCAGGAGATTCGCTCACTCTTCGAGCAGTATGGGAAGGTGCT	LSMSQGAVANANSTPPPYERTRLSPPRASYDDPYKKAVAMSKr|llsgw*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2178:22576:12420,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2384:25488:25115	chr11:66625678-chr11:66639700	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
TMED7	TICAM2	-/-	-/-	chr5:115616318	chr5:115581315	CDS	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	6	20	2	2866	134	medium	stop-codon	.	emp24/gp25L/p24_family/GOLD(86%)|TIR_domain(100%)	.	.	ENSG00000134970.14	ENSG00000243414.6	ENST00000456936.4	ENST00000427199.3	upstream	downstream	duplicates(15),low_entropy(2),mismappers(2)	CTTTCACACATAAAACTGTATATTTTGATTTTCAAGTTGGAGAAGACCCACCTTTGTTTCCTAGTGAGAACCGAGTCAGTGCTCTTACCCAG___ATGGAATCTGCCTGTGTTTCAATTCACGAAGCTCTGAAGTCTGTCATCGATTATCAGACTCATTTCCGTTTAAGAGAAGCTCAAGGCCGAAGCCGAGCAGAGGATCTAAATACAAGAGTGGCCTATTG|ATTGAAAAGAAATGCTGAGAAATACATAAAGTTTTCCTCTTCTGCCTTGGATATTTATAATGGGTATCGGGAAGTCTAAAATAAATTCCTGCCCTCTTTCTCTCTCTTGGGGTAAAAGGCACAGTGTGGATACAAGTCCAGGATATCATGAGTCAGATTCCAAGAAGTCTGAAGATCTATCCTTGTGTAATGTTGCTGAGCACAGCAATACAACAGAGGGGCCAACAGGAAAGCAGGAGGGAGCTCAGAGCGTGGAAGAGATGTTTGAAGAAGAAGCTGAAGAAGAGGTGTTCCTCAAATTTGTGATATTGCATGCAGAAGATGACA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1126:41927:14774,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1131:45964:20001,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1313:24760:24751,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1313:24777:24751,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1331:15926:4461,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1459:34468:10570,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1115:47606:22705,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1284:19995:5092,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1349:37041:18866,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1349:37049:18852,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2184:13766:24849,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2184:13774:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2279:4163:20911,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2298:49718:13891,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1116:30804:10893,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1133:24154:21458,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1196:3476:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2253:17172:27946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1145:14777:3704,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1145:14785:3718,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1203:2521:19748,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1489:13119:9912,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2115:42259:8286,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1103:45568:8917,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2254:30334:22131,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2263:24291:16764,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2402:21419:9267,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1123:32705:28114,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1111:18628:24611,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2189:44629:13177,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1146:2853:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1338:31685:3873,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1338:31702:3873,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:7521:25297,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1129:51797:20491,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1303:12464:6227,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1362:35374:5890,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1362:35383:5904,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2303:8305:16063,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1160:12035:10136,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1160:12043:10122,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2276:36806:2037,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2155:39120:15489,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2155:39128:15475,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2155:39128:15503,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2155:39136:15489,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2345:42356:10809	chr5:115616318-chr5:115581315	0.0024364775495997215	0.13548387096774195	0.06896017425867083	28	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
TLK2P1	AC110079.1	-/-	+/+	chr17:34039043	chr4:118595912	exon	exon/splice-site	translocation	18	0	0	232	263	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000226049.3	ENSG00000260404.3	ENST00000530992.1	ENST00000567913.2	upstream	upstream	duplicates(11),mismatches(3),multimappers(1)	TTATTAAGAGCCAaCTGTGATTTGAGACGGCAGATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACaATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAACTCCTTATAGAAAA|GATGATGATTATTCCCCACCTTCTAAGAGACAAAGACCAACGAGCCACCACAGCCACCgGTCCCAGAACCCGCCAATGCTGGGGAA?GGAAAATGAGGGAGTTCAACTCTG___GCCCTCACAATCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1226:16428:1771,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1226:16436:1785,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2324:47817:13709,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1190:17463:7936,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2462:13984:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1174:6590:16091,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1175:38554:18151,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1469:27713:11986,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2328:47971:17422,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1191:17576:8889,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2273:16856:16301,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1323:50438:9842,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1194:4770:27175,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1356:1332:12868,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1454:36030:28688,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2172:34614:12840,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2363:51077:17170,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1275:50074:21150,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1303:28328:21122,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1344:8419:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1406:1963:6731,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2112:45964:15293,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2112:45972:15307,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2244:4657:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1219:46158:23083,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2323:3565:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2333:17657:18137,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1153:47566:8959,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1194:31847:10374,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1267:41062:28828,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2158:36280:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1226:23684:28324,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1335:30933:20897	chr17:34039043-chr4:118595912	0.072	0.0	0.036	18	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
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PCDHGA6	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141376507	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	12	0	450	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253731.3	ENSG00000253846.2	ENST00000610583.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(20)	CGCTTATCAACCAGGAGAGCTATGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACGAAAGGAGAACCCAGGCAACTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCC	LINQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSA	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2260:21524:2499,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1485:47493:17240,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1262:1057:5862,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1135:52177:13247,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2168:13022:15096,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1149:20165:19230,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1149:28474:5288,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1168:39614:13961,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1333:19631:12308,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2168:3467:4713,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2214:18580:18249,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2214:18588:18235,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2327:17722:14130,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1224:40406:4741,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1424:16128:22803,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2161:22002:13499,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2398:37979:5610,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1187:33619:10725,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1368:4851:18992,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1455:33530:2387,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2130:43003:4811,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2131:25221:13471,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2448:13823:15727,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1367:49775:18501,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1194:2529:16568,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1445:46733:27581,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1462:19316:16834,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2372:43545:12168,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1324:1316:10234,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2133:34274:26068,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2193:11145:1112,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2193:11153:1098,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2378:37923:20533,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2378:37939:20533,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1263:9300:4419,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2411:44654:17535,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2472:13240:23994	chr5:141376507-chr5:141494807	0.01098901098901099	0.003915171288743882	0.0074520911388774366	17	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PDE11A	PDE11A	-/-	-/-	chr2:177629456	chr2:177629458	CDS	CDS	duplication/ITD	12	3	0	58	13	medium	in-frame	.	3'5'-cyclic_nucleotide_phosphodiesterase(100%),GAF_domain(100%)|	.	.	ENSG00000128655.18	ENSG00000128655.18	ENST00000286063.11	ENST00000286063.11	upstream	downstream	duplicates(3)	GGCACTGGTGAAGGTCAACGTGAAACTGAAGCCGATGCTAGATTCAGTAGCTACAAACAGAAGTAAGTGGGAAGAGCTACACCAAAAACGACTGCTGGCCTCAACTGC|ct|CaTCcTCCTCCCCTGCCAGTGTTATGGTAGCCAAGGAAGACAGGAACTAAACCTCCAGGTCAGCTGCAGCTGCAAAATGACTACAGCCTGAAGGGCCA	ALVKVNVKLKPMLDSVATNRSKWEELHQKRLLASTa|sSSSPASVMVAKEDRN*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1241:21565:29669,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2379:51765:23490,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1113:47153:17577,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1183:50284:24793,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2412:31483:25718,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2465:49580:11607,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2266:37292:13667,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2294:41766:19258,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1298:17819:19230,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2145:14179:14522,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2145:14195:14522,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1120:23223:3004,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1236:2626:26572,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2352:40188:25213,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1318:13135:19861,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1372:46110:25550,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2412:12852:25984,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2157:29995:15937	chr2:177629456-chr2:177629458	0.17142857142857143	0.1875	0.17946428571428572	15	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
KRTAP9-1	KRTAP9-1	+/-	+/-	chr17:41190343	chr17:41190369	CDS	CDS	duplication/ITD	4	11	0	7	22	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000240542.4	ENSG00000240542.4	.	.	upstream	downstream	duplicates(16)	TGGCAACAGGGTGTGCTGCAGCATCTGGTCACACAGGATGGTTGGCAGCAGGTGGATCTACAAATGGTTTGACAGCATGTTGGGTGGCAGCAAGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGC|t|AGGCTGGCAGCAGCTGGACCCACAGCAGGTGGGCTGGCAAGAGGTGTTCCTGCAGCAGGTGGGCTGGCAGCAGGTAGGCTGGCAGCAGGTGGTCCTGAAGCAGgTAGTTTGATAGCAAGTCGGGTGACAGCAAGGCTGACAGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2142:12383:10711,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2189:32551:18964,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2189:32551:18964,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2104:13499:12812,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1318:41272:27848,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2142:12383:10711,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2180:46369:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1204:5085:23882,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2104:13499:12812,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2137:29946:20449,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1318:41272:27848,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2329:24202:19412,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1167:34274:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1259:42235:14158,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2310:4632:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2310:4649:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1148:21225:21710,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2180:46369:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2180:46369:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1204:5085:23882,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1204:5085:23882,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2137:29946:20449,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2329:24202:19412,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1167:34274:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1167:34274:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1259:42235:14158,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2310:4632:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2310:4649:21136,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1148:21225:21710,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2229:31135:13765,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1106:28037:28660	chr17:41190343-chr17:41190369	0.36363636363636365	0.3333333333333333	0.3484848484848485	15	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
NPIPA3	NPIPA3	+/+	+/+	chr16:14726287	chr16:14726229	CDS	CDS	duplication/ITD	14	1	0	195	224	medium	out-of-frame	.	Nuclear_pore_complex_interacting_protein_(NPIP)(100%)|	.	.	ENSG00000224712.12	ENSG00000224712.12	ENST00000531598.6	ENST00000531598.6	downstream	upstream	duplicates(51)	AGCGGATGATAATCTCAAGACACCTCCCGAGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGCTCCACCCTCAGTGGATGATAATCTCAAGACACCTCCCgAGTGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGCGGATGATAATCTCAAGA|CACCTCCCgAGTGTGTCTGCTCACTCCCCTTCCACCCTCAGC	ADDNLKTPPECLLTPLPPSAPPSVDDNLKTPPeCVCSLPFHPQRMIISR|hlpsvsahspstl	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1466:26872:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2347:12553:26054,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2347:12553:26054,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2347:12553:26054,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2472:46911:20799,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2472:46911:20799,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2472:46911:20799,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2171:33036:29277,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2481:28894:14031,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2481:28894:14031,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2481:28894:14031,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1484:21144:5540,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1484:21144:5540,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1484:21144:5540,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2114:41968:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2114:41968:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2114:41968:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2114:41968:23980,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2148:46636:9309,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2148:46636:9309,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2148:46636:9309,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2130:24081:11579,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2130:24081:11579,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2130:24081:11579,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2325:33845:4419,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2325:33845:4419,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2325:33845:4419,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1332:1089:5666,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1332:1089:5666,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1332:1089:5666,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2449:20230:17324,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2449:20230:17324,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2449:20230:17324,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1206:19235:25550,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1206:19235:25550,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1206:19235:25550,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1221:32422:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1221:32422:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1221:32422:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1221:32422:16385,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1313:37632:17955,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1313:37632:17955,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1313:37632:17955,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1446:25691:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1446:25691:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1446:25691:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2176:2044:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2176:2044:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2176:2044:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2262:50462:9127,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2262:50462:9127,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1190:42154:24891,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1190:42154:24891	chr16:14726287-chr16:14726229	0.06698564593301436	0.0044444444444444444	0.0357150451887294	15	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);aih_curated_blacklist
LY75	CD302	-/-	-/-	chr2:159808449	chr2:159783469	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	5	8	0	550	644	medium	in-frame	.	Fibronectin_type_II_domain(100%),Lectin_C-type_domain(94%)|Lectin_C-type_domain(99%)	.	.	ENSG00000054219.11	ENSG00000241399.7	ENST00000263636.5	ENST00000429078.6	upstream	downstream	duplicates(14)	GTACATTTGACTATATCCCATGGAAAGGCCAAACATCTCCTGGAAATTGTGTTCTCTTGGATCCAAAAGGAACTTGGAAACATGAAAAATGCAACTCTGTTAAGGATGGTGCTATTTGTTATAAACCTACAAAAT___...TCAAAACATG___ATCACTCTGCAACTATCGTTTCCATAAAAGATGAAGATGAGAATAAATTTGTGAGCAGACTGATGAGGGAAAATAATAACATTACCATGAGAGTTTGGCTTGGATTATCTCAACATTCTGTTG|ACTGTCCTTC?TCTACTTGGATTCAGTTCCAAGACAGTTGTTACATTTTTCTCCAAGAAGCCATCAAAGTAGAAAGCATAGAGGATGTCAGAAATCAGTGTACTGACCATGG...___GAGCGGACATGATAAGCATACATAATGAAGAAGAAAATGCTTTTATACTGGATACTTTGAAAAAGCAATGGAAAGGC	SKHDHSATIVSIKDEDENKFVSRLMRENNNITMRVWLGLSQHSV|dCPSSTWIQFQDSCYIFLQEAIKVESIEDVRNQCTDH	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1152:25294:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1237:38101:1252,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2325:32413:27441,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2325:32422:27455,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2325:32430:27441,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2325:32438:27455,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2364:46975:14774,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2364:46984:14760,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2396:19914:23896,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2241:40156:17198,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1152:52185:3564,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1332:1930:13513,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:50276:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:50284:14116,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2293:50292:14101,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2334:18482:1098,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2278:30116:4573,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1247:26095:22859,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1247:26111:22859,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2372:10757:7754,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1362:6517:21150,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2386:35852:4391,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2386:35860:4377,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2386:35868:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2140:31774:21822,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2140:31782:21808,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2140:31799:21808	chr2:159808449-chr2:159783469	0.009009009009009009	0.012269938650306749	0.010639473829657879	13	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
LY75	CD302	-/-	-/-	chr2:159806973	chr2:159783469	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	0	0	781	644	low	in-frame	.	Fibronectin_type_II_domain(100%),Lectin_C-type_domain(100%)|Lectin_C-type_domain(99%)	.	.	ENSG00000054219.11	ENSG00000241399.7	ENST00000263636.5	ENST00000429078.6	upstream	downstream	duplicates(1),read_through(8)	CAACTATCGTTTCCATAAAAGATGAAGATGAGAATAAATTTGTGAGCAGACTGATGAGGGAAAATAATAACATTACCATGAGAGTTTGGCTTGGATTATCTCAACATTCTGTTG___ACCAGTCTTGGAGTTGGTTAGATGGATCAGAAGTGAC...GTGGTGTTGGAAGATGTAGCATGTTGATAGCTTCAAATGAAACTTGGAAAAAAGTTGAATGTGAACATGGTTTTGGAAGAGTTGTCTGCAAAGTGCCTCTGG|ACTGTCCTTCgTCTACTTGGATTCAGTTCCAAGACAGTTGTTACATTTTTCTCCAAGAAGCCATCAAAGTAGAAAGCATAGAGGATGTCAGAAATCAGTGTACTGACCATGG...___GAGCGGACATGATAAGCATACATAATGAAGAAGAAAATGCTTTTATACTGGATACTTTGAAAAAGCAATGGAAAGGCCCAGATGATATCCTA	GVGRCSMLIASNETWKKVECEHGFGRVVCKVPL|dCPSSTWIQFQDSCYIFLQEAIKVESIEDVRNQCTDH	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2229:39460:19552,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2117:2408:25858,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2130:11460:22257,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1137:51118:9842,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2336:43384:5106,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1464:32389:17310,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2198:10498:27848,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2443:7868:21052,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1387:7901:6339	chr2:159806973-chr2:159783469	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
NPHP3	ACAD11	-/-	-/-	chr3:132681914	chr3:132644896	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	10	1	0	202	474	medium	in-frame	.	Tetratricopeptide_repeat(100%)|Acyl-CoA_dehydrogenase__C-terminal_domain(100%),Acyl-CoA_dehydrogenase__N-terminal_domain(100%),Acyl-CoA_dehydrogenase__middle_domain(100%),Phosphotransferase_enzyme_family(97%)	.	.	ENSG00000113971.20	ENSG00000240303.8	ENST00000337331.10	ENST00000264990.11	upstream	downstream	duplicates(2)	ATTTTGAAAAAGCTGCTGAATTATACAAAAGGGCAATGGAAATAAAAGAAGCAGAAACATCACTCTTGGGTGGAAAAGCTCCTTCACGCCATTCATCAAGTGGAGACACGTTTAGCTTAAAAACAGCTCATTCTCCTAATGTTTTCCTTCAGCAAGGACAAAG|AGCAGGAAAGTCCAATCCAACCTTTTATCTCCAGAAGGGCTTTCAAACATATGTGCTCAGGAAAAAACCACCAGGTTCACTTCTTCCT	FEKAAELYKRAMEIKEAETSLLGGKAPSRHSSSGDTFSLKTAHSPNVFLQQGQr|AGKSNPTFYLQKGFQTYVLRKKPPGSLL	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2429:30812:27862,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2257:41361:9113,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1384:28466:13933,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1460:16314:25451,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2121:34315:15208,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2434:29970:28338,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1411:12326:5652,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1342:4956:16400,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1121:45406:16315,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2385:39476:15741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2366:42607:24863,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2437:28700:17002,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2491:11315:16624	chr3:132681914-chr3:132644896	0.04716981132075472	0.002105263157894737	0.024637537239324728	11	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
AC092807.3	DDAH1	-/-	-/-	chr1:85496166	chr1:85358847	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	8	0	15	1752	medium	.	.	|Arginine_deiminase(65%)	.	.	ENSG00000282057.1	ENSG00000153904.21	ENST00000467666.2	ENST00000284031.13	upstream	downstream	duplicates(7)	GTGCAAATGTTTATGG___...CTTTCCTGAGTAACACCATTTTCTATCTAAATGAAGAAATGGAGGCATGGAAG___TTTCATCTGTATGGAAAAGGAGCTCTGGTAACTTTGGCCAAGACTTTTCAGTAGGAAATGCTTCAAAATACAAAGCAAGAGCTATTTTCAAGAAAGACCTTCTAAATTTATATTAG|GTTGACATGATGAAAGAAGCATTAGAAAAACTTCAGCTCAATATAGTAGAGATGAAAGATGAAAATGCAACTTTAGATGGCGGAGATGTTTTATTCACAG___GCAGAGAATTTTTTGTGGGCCTTTCCAAAAGGACAAATCAACGAGGTGCTGAAATCTTGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2254:33837:9281,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1317:31960:20323,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1123:32365:25003,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2267:48990:25942,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1367:49435:19482,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2192:50050:26096,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1269:20060:12686,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1269:20068:12700,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1367:50487:1238,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1134:31750:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1237:43311:21206,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2171:48278:6829,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2387:50495:22887,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2476:15101:20996,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2216:7165:28436,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2296:35164:5750,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2254:1138:6507,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1325:1251:8889	chr1:85496166-chr1:85358847	0.16666666666666666	0.004545454545454545	0.0856060606060606	11	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
AC092807.3	DDAH1	-/-	-/-	chr1:85577984	chr1:85358847	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	1	0	2	1752	low	.	.	|Arginine_deiminase(65%)	.	.	ENSG00000282057.1	ENSG00000153904.21	ENST00000498304.5	ENST00000284031.13	upstream	downstream	.	GTCGCCTTCTCGCCGCCTCCGCTGGGAGCCGCAGATCAGTCCAAGTTGACGGACAGGAGGCGAAATGTGCAAATGTTTATGG|GTTGACATGATGAAAGAAGCATTAGAAAAACTTCAGCTCAATATAGTAGAGATGAAAGATGAAAATGCAACTTTAGATGGCGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1322:29194:5526,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1467:48254:8805	chr1:85577984-chr1:85358847	0.3333333333333333	0.0005704506560182544	0.16695189199467578	2	True	aih_curated_blacklist score(3)	FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0);aih_curated_blacklist
PDXDC1	NPIPB3	+/+	-/-	chr16:15030056	chr16:21425378	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	inversion	1	3	6	7996	636	medium	out-of-frame	.	Pyridoxal-dependent_decarboxylase_conserved_domain(100%)|Nuclear_pore_complex_interacting_protein_(NPIP)(100%)	.	.	ENSG00000179889.19	ENSG00000169246.16	ENST00000535621.6	ENST00000545358.5	downstream	downstream	duplicates(32),mismatches(13),multimappers(2)	AGCTCCCCAGTGGTGGTGTTCAGATTTTTCCAaGAATTACCAGGCTCAG___ATCCGGTGTTTAAAGCCGTCCCAGTGCCCAACATGACACCTTCAGcAGTCGGCCGGGAGAGGCACTCGTGTGAtGCGCTGAATCGCTGG___CTGGGAGAACAGCTGAAGCAGCTGGTGCCTGCgAGCGGCCTCACAGTCATGGATCTGGAAGCTGAGGGCACGTGTTTGCGGTTCAGCCCTTTGATGACCGCAGCAG|GTATGATCTCGTGAAAcCTTGAGAGAAACTGAATGAgGAATGAAACTATTGTTCCTGTTTCACACAGAAGAAAACTGAG___GTTGGCACTCATgATGAGCCCCTGTTCTCATTCTGCAAATGGTGAAGCTCTCTATcGTCCTGACCCCACAGTTCCTGTCCCATGACCAGGGCCcGCTCACCAAGGAGCTGCAGCAGCAcGTAAAGTCAGTGACATGCCCATGCGAGTACCTGAGGAAG___ACGATCCTACACCTGCCACCT	SSPVVVFRFFQELPGSDPVFKAVPVPNMTPSaVGRERHSCDALNRWLGEQLKQLVPASGLTVMDLEAEGTCLRFSPLMTAA|gmis*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1240:15789:23027,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1240:15797:23013,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1240:15797:23041,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1413:20376:3452,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2359:11913:4881,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2307:5231:26348,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2307:5239:26362,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2377:37721:3172,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2481:34193:22481,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2481:34201:22495,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2481:34209:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1246:46490:7404,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2446:51894:7684,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2462:27009:5330,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1159:31985:2401,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2135:26386:5428,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2396:41361:27806,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2489:12868:27161,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2489:12868:27189,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2489:12892:27175,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1201:17762:1617,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1277:29177:3060,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1277:29194:3060,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1335:19631:5582,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2240:26281:5162,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2240:26289:5176,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2240:26297:5190,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22560:7011,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22568:6969,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22568:6997,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22568:7025,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22576:7011,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22576:7039,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22584:6969,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22592:6983,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2462:22592:7011,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1189:3993:29585,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1189:4001:29571,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2295:28304:27245,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2237:40536:7067,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2347:30100:1743,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2354:33797:3018,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1177:46506:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1177:46514:16470,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1177:46531:16470,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1112:16727:14256,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1112:16735:14242,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1112:16735:14270,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1112:16751:14242,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1266:8249:8118,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1266:8257:8104,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1266:8265:8090,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1456:51732:3200,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2153:31499:29333,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2153:31507:29319,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1168:41183:26628,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1168:41199:26628	chr16:15030056-chr16:21425378	0.0005	0.009345794392523364	0.004922897196261682	10	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PDXDC1	NPIPB3	+/+	-/-	chr16:15028966	chr16:21425378	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	inversion	0	0	0	11442	636	low	out-of-frame	.	Pyridoxal-dependent_decarboxylase_conserved_domain(100%)|Nuclear_pore_complex_interacting_protein_(NPIP)(100%)	.	.	ENSG00000179889.19	ENSG00000169246.16	ENST00000535621.6	ENST00000545358.5	downstream	downstream	mismatches(1)	TCAGATCCGGTGTTTAAAGCCGTCCCAGTGCCCAACATGACACCTTCAGcAGTCGGCCGGGAGAGGCACTCGTGTGAtGCGCTGAATCGCTGG|GTATGATCTCGTGAAAcCTTGAGAGAAACTGAATGAgGAATGAAACTATTGTTCCTGTTTCACACAGAAGAAAACTGAG___GTTGGCACTCATgATGgGCC	sDPVFKAVPVPNMTPSaVGRERHSCDALNRW|v*	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2236:45722:26418	chr16:15028966-chr16:21425378	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PCDHA5	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140824127	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	8	0	79	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204965.9	ENSG00000243232.6	ENST00000614258.1	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(5)	GTACTCGCAGCAGAGGAGACAGAGGGTGTGCTCTGGGGAAGCTCCACCCAAAACAGACCTCATGGCCTTCAGTCCAAGCCTTCCTCAGGGTCCCACCTCTACAGACAAC|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAA	YSQQRRQRVCSGEAPPKTDLMAFSPSLPQGPTSTDN|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTF	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2145:31281:4685,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1252:44249:25606,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2407:27503:19889,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44581:14718,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44589:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35035:19678,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35043:19664,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1372:30553:10935,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2210:16549:11033,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2343:15570:28870,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2424:19777:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1109:30278:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1148:16509:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2218:36475:8805	chr5:140824127-chr5:140978949	0.0125	0.049079754601226995	0.0307898773006135	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA5	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140824127	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	8	0	79	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204965.9	ENSG00000248383.5	ENST00000614258.1	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GTACTCGCAGCAGAGGAGACAGAGGGTGTGCTCTGGGGAAGCTCCACCCAAAACAGACCTCATGGCCTTCAGTCCAAGCCTTCCTCAGGGTCCCACCTCTACAGACAAC|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAA	YSQQRRQRVCSGEAPPKTDLMAFSPSLPQGPTSTDN|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTF	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2145:31281:4685,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1252:44249:25606,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2407:27503:19889,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44581:14718,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44589:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35035:19678,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35043:19664,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1372:30553:10935,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2210:16549:11033,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2343:15570:28870,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2424:19777:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1109:30278:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1148:16509:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2218:36475:8805	chr5:140824127-chr5:140978949	0.0125	0.049079754601226995	0.0307898773006135	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHA5	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140824127	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	8	0	79	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204965.9	ENSG00000239389.8	ENST00000614258.1	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(5)	GTACTCGCAGCAGAGGAGACAGAGGGTGTGCTCTGGGGAAGCTCCACCCAAAACAGACCTCATGGCCTTCAGTCCAAGCCTTCCTCAGGGTCCCACCTCTACAGACAAC|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAA	YSQQRRQRVCSGEAPPKTDLMAFSPSLPQGPTSTDN|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTF	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2145:31281:4685,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1252:44249:25606,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2407:27503:19889,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44581:14718,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1185:44589:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35035:19678,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1301:35043:19664,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1372:30553:10935,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2210:16549:11033,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2343:15570:28870,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2424:19777:24835,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1109:30278:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1148:16509:7432,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2218:36475:8805	chr5:140824127-chr5:140978949	0.0125	0.049079754601226995	0.0307898773006135	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
UBE2Q2P1	GOLGA6L10	-/-	-/-	chr15:84526781	chr15:82347629	exon	CDS/splice-site	deletion	0	9	0	290	268	medium	.	.	|Putative_golgin_subfamily_A_member_2-like_protein_5(100%)	.	.	ENSG00000189136.9	ENSG00000278662.5	ENST00000354771.8	ENST00000610657.2	upstream	downstream	duplicates(7),mismatches(3),multimappers(5)	CTACTCGATAGAATCAGTCATCATGCAAATAAAAGCCACCTGAGTCAAAGGCAAAGCCAGAGTGCAGCTTGGAGCAAAGAAG|TTAAAAGCATATTGGCAGAGGAAGAGCCCTGGCATTCCAGCAGGAGCTAACAGGAAAAAGAAAGTCAATGGCAGTAGCCCTGACACAGCCACTTCTGGTGGTTACCACTCACCTGGGGAT___CAACAGGTATCTACGGGGAGGGCCGTGCATCCTCTACTACCCTGCAGGATCTGGAG___AGCCAGTACCAAGAACTAGCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2407:40390:25199,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1176:8855:11635,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1227:32567:7754,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2288:47825:21626,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2331:39419:22901,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2333:24712:28450,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2131:35552:23630,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2285:21864:13233,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2328:1817:18025,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2328:1825:18011,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:35132:4097,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:35140:4111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:32689:20043,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1102:4543:11005,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1102:4552:10991,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1102:4560:10977,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2431:9098:15307,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1388:48124:23882,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2190:15141:16554,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2361:14583:16792,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2407:3945:28072,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1151:38983:11439,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2239:43473:10052,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2387:22940:9856	chr15:84526781-chr15:82347629	0.0	0.032490974729241874	0.016245487364620937	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77236947	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	2	7	0	2258	607	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(6),mismatches(3)	GATGGGAAAATCATCCAGAAAACCCCCTACCCCCACCCCAGAGGGACCACAGTCAGCGTGAAGCAGTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|TTACATGCTATGGGAAAACTTCCTGGAACCAGAATGGCAGCGTTAAAAGCCAAGTATACCTTGCTGCATGACGCCGTGATGAG___CACACAAGAGTCAGAGGTCCAACTGCTACAGAATGCCAAACGTTTCACTG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2436:31451:20954,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2239:31969:23812,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1267:31305:17591,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2440:19008:12742,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1431:29525:10192,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2251:14777:25479,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2417:34363:26783,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2444:24348:27904,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2469:34153:15657,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2469:34161:15643,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2343:1890:18067,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1397:39678:13541,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1407:11930:14690,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1407:11938:14704,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2195:40164:26432,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2455:12650:26446,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2455:12658:26432,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2424:42356:26502	chr7:73041421-chr7:77236947	0.0008849557522123894	0.011400651465798045	0.006142803609005217	9	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73041421	chr7:77167658	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion	0	0	0	2258	427	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	duplicates(2),multimappers(1)	GTTATTTTCTACGCTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAAGAAG|AATCGTGAAAAATGGAAGACAGTAGCACAGACACAGAAAAAGAAGAGGAAGAGGAGAAAGATGAAAAGGATCAAGAGCCCATTTATGCCATAGTGCCCACAATTAACATTCAAGATGAGCGGTTTGTTGATTTATCTGAAACTCCAGCTTTCATTTTTCTGCATGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1173:2100:25858,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1173:2100:25858,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2408:27851:21836	chr7:73041421-chr7:77167658	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PMS2P8	CCDC146	+/+	+/+	chr7:73044560	chr7:77236947	exon/splice-site	CDS/splice-site	deletion	0	0	0	683	607	low	.	.	.	.	.	ENSG00000273897.1	ENSG00000135205.15	ENST00000380410.6	ENST00000285871.5	downstream	upstream	mismatches(1),multimappers(3)	CTTGAGGGCTCCCCAGCCATGCTTCCTGTACAGCCTGCAAAACT|TTACATGCTATGGGAAAACTTCCTGGAACCAGAATGGCAGCGTTAAAAGCCAAGTATACCTTGCTGCATGACGCCGTGATGAG___CACACAAGAGTCAGAGGTCCAACTGCTACAGAATGCCAAACGTTTCACTGAGCAAATACAACAGCAGCAGTTTCACCTGCAGCAAGCTGATAATTTTCCAGAAGCATTCTCCACGGAGGTCTCCAAAATGAGAGAACAACTTCTCAAGTATCAAAATG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2245:20270:24597,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2395:30448:16834,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2451:14980:15993,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2281:36491:10851	chr7:73044560-chr7:77236947	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
PCDHGA5	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000240764.4	ENST00000611914.1	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000242419.5	ENST00000611914.1	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000240184.7	ENST00000611914.1	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253767.3	ENST00000611914.1	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253305.2	ENST00000611914.1	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000254122.3	ENST00000611914.1	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
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PCDHGA5	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253159.3	ENST00000611914.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000261934.2	ENST00000611914.1	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA5	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141366751	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	4	0	308	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000253485.2	ENSG00000253846.2	ENST00000611914.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(11)	G...CTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACACGCTCCTTAGTGAAGAGAGCTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATGTCTGATAAGGTAGATGCAAACAAAGAAGAACGGCGAGTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGC	LIFPQPNYADTLLSEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMIL	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15040,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24024:15068,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1166:24032:15054,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1495:10465:4979,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2384:43553:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2381:17350:21416,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2146:24841:13737,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:34792:15363,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2373:49758:29095,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:29056:21654,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1409:18167:20309,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1421:9098:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2382:21185:9253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1489:5369:26558,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2215:43286:24078,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2312:35116:10739,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2473:1437:19244,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22956:3802,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1365:22972:3802	chr5:141366751-chr5:141494807	0.01282051282051282	0.0013084723585214263	0.007064492589517123	8	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high)
PCDHGA4	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000240764.4	ENST00000612927.1	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000242419.5	ENST00000612927.1	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000240184.7	ENST00000612927.1	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253767.3	ENST00000612927.1	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
RPL23AP53	SEPTIN14	-/-	-/-	chr8:232129	chr7:55796092	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	5	0	48	1455	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000223508.5	ENSG00000154997.9	ENST00000606507.1	ENST00000388975.4	upstream	downstream	duplicates(3)	AGTGTCTCCGCCGGTTGAAAGCGCGTGTCTGCGTCGGGTTCTGTTGGAGTGCGTTCGGTGTGCCGTGGGTCCGCGCTGCTTCCACCCAACTTCCTGTTAG|CTGCAGGACAAGTTCGAGCATCTTAAAATGATTCAACAGGAGGAGATAAGGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAGGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACCG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1201:15489:1266,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1226:11533:10052,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2348:50559:28828,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2348:50567:28842,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1377:1340:5148,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2321:8783:29445,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2235:35552:19678,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1382:37170:10402,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1382:37178:10416,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2294:34557:9463	chr8:232129-chr7:55796092	0.04	0.003424657534246575	0.021712328767123288	7	True	aih_curated_blacklist score(5)	FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0);aih_curated_blacklist
RPL23AP53	SEPTIN14	-/-	-/-	chr8:219290	chr7:55796092	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	1	1	23	1455	medium	.	.	.	.	.	ENSG00000223508.5	ENSG00000154997.9	ENST00000606975.1	ENST00000388975.4	upstream	downstream	duplicates(2)	GCTGCGCGCGTTTCTGGCCCTGCCAGTGTCTCCGCCGGTTGAAAGCGCGTGTCTGCGTCGGGTTCTGTTGGAGTGCGTTCGGTGTGCCGTGGGTCCGCGCTGCTTCCACCCAACTTCCTGTTAG___GACCCACCCGAGGACGGGTCACCATGGCTTTGGAGCACCTGGTAGTGTGGCATGTCCACAGTGAAGACCAGAGTTTCGTTGTCCTTAAGACTGACCTGGGGAGACGTGGCTGCAGGCCATTGAGGAAG|CTGCAGGACAAGTTCGAGCATCTTAAAATGATTCAACAGGAGGAGATAAGGAAGCTCGAGGAAGAGAAAAAACAACTGGAAGGAGAAATCATAGATTTTTATAAAATGAAAGCTGCCTCtGAAGCACTGCAGACTCAGCTGAGCACCGATACAAAGAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2482:39549:21948,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2328:21079:29501,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2418:7585:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1207:28652:6801,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2320:23717:11285,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2159:21160:10921	chr8:219290-chr7:55796092	0.09803921568627451	0.0010298661174047373	0.049534540901839626	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253305.2	ENST00000612927.1	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000254122.3	ENST00000612927.1	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253873.6	ENST00000612927.1	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253159.3	ENST00000612927.1	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000261934.2	ENST00000612927.1	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHGA4	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141357621	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	3	0	43	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000262576.3	ENSG00000253846.2	ENST00000612927.1	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(7)	CAGCTATGCAGACACGCTCATCAGCCGGGAGAGTTGTGAGAAAAGCGAGCCTCTTCTGATAACTCAGGATTTACTTGAAACAAAAGGAGACCCTAATCTTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG___AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCATGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCtAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCCGACTACCGCCAGAATGTCTA	SYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGP*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2223:4818:6044,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2291:18644:16456,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2359:6679:24569,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1480:7189:18221,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2190:10020:26741,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1265:17382:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1341:21718:11411,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2341:51554:9786,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1251:48270:6787,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2384:7650:2850,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:15327:8525,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1353:12706:6535,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2232:32349:24639,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2390:19089:9435	chr5:141357621-chr5:141494807	0.0851063829787234	0.000981675392670157	0.04304402918569678	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
TCF25	ZNF276	+/+	+/+	chr16:89907322	chr16:89733302	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	4	3	0	3828	1039	medium	in-frame	.	Transcriptional_repressor_TCF25(100%)|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000141002.20	ENSG00000158805.12	ENST00000640279.1	ENST00000289816.9	downstream	upstream	duplicates(6)	AGAACGTCCACGAGGTTCTGCAAGCAGTGGACGCCGGGGACCCAGCCGTGGAAGCCTGTGAGAACCG___GCGGAAGGTGCTCTACCAGCGTGCACCCAGGAATATCCACCGCCATGTGATCCTCTCTGAGATCAAGGAAGCCGTCGCTGCCCTGCCCCCG___GACGTGACCACGCAGTCTGTGATGGGGTTTGATCCTCTGCCTCCTTCGGACACAATCTACTCCTACGTCAGGCCAGAGAG|AGTCTCTGGTAAGAAGAGTGAAAGCAAAGAAGCCAAGAAGTCTGAAGAACCAAGAATTCGGAAGAAGCCGGGACCCAAGCCCGGATGGAAGAAGAAGCTTCGTTGTGAGAG___GGAGGAGCTTCCCACCATCTACAAGTGTCCTTACCAGGGCTGCACGGCCGTGTACCGAGGCGCTGACGGCATGAAG___AAGCACATCAAGGAGCACCACGAGGAGGTCCGGGAGCGGCCC	NVHEVLQAVDAGDPAVEACENRRKVLYQRAPRNIHRHVILSEIKEAVAALPPDVTTQSVMGFDPLPPSDTIYSYVRPEr|VSGKKSESKEAKKSEEPRIRKKPGPKPGWKKKLRCEREELPTIYKCPYQGCTAVYRGADGMKKHIKEHHEEVRER	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1116:50842:3564,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1116:50851:3578,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1234:30755:9547,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1294:25958:9533,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1294:25966:9519,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1294:25974:9505,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2358:5668:3676,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2196:18216:25381,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2309:13984:29627,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2321:47841:18880,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2184:21840:4699,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1197:34258:15026,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1226:16873:2205	chr16:89907322-chr16:89733302	0.0010438413361169101	0.0028790786948176585	0.0019614600154672845	7	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PCDHA4	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	4	0	105	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000243232.6	ENST00000672575.1	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(4),mismatches(1)	GGCAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCAGTGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGAGGCCGAGGGTGTGCTCTGGTGAGGGCCCACCCAAGACCGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTTTACCTGACTCTAGGGACAGAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAG	GKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSLPDSRDREDQLQTTEESFAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVS	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2241:26500:19384,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2461:22123:27413,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2448:37591:16343,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2276:6202:9477,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2380:29339:15867,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1465:49322:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:16832:16596,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1315:15198:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1412:45535:21276,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2415:43756:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2104:51029:13919	chr5:140809572-chr5:140978949	0.018691588785046728	0.025157232704402517	0.02192441074472462	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHA4	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:141009627	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	105	100	low	out-of-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(63%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000243232.6	ENST00000672575.1	ENST00000289269.7	downstream	upstream	.	GAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGC	EDQLQTTEESFAK|nqrqekcplqsvrvstatagplntdq	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2296:3192:17352	chr5:140809572-chr5:141009627	0.0	0.009900990099009901	0.0049504950495049506	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PCDHA4	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	4	0	105	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000248383.5	ENST00000672575.1	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(4),mismatches(1)	GGCAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCAGTGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGAGGCCGAGGGTGTGCTCTGGTGAGGGCCCACCCAAGACCGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTTTACCTGACTCTAGGGACAGAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAG	GKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSLPDSRDREDQLQTTEESFAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVS	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2241:26500:19384,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2461:22123:27413,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2448:37591:16343,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2276:6202:9477,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2380:29339:15867,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1465:49322:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:16832:16596,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1315:15198:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1412:45535:21276,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2415:43756:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2104:51029:13919	chr5:140809572-chr5:140978949	0.018691588785046728	0.025157232704402517	0.02192441074472462	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHA4	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:141009627	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	105	100	low	out-of-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(63%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000248383.5	ENST00000672575.1	ENST00000253807.3	downstream	upstream	.	GAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGC	EDQLQTTEESFAK|nqrqekcplqsvrvstatagplntdq	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2296:3192:17352	chr5:140809572-chr5:141009627	0.0	0.009900990099009901	0.0049504950495049506	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PCDHA4	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:140978949	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	4	0	105	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000239389.8	ENST00000672575.1	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(4),mismatches(1)	GGCAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCAGTGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGAGGCCGAGGGTGTGCTCTGGTGAGGGCCCACCCAAGACCGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTTTACCTGACTCTAGGGACAGAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAG	GKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSLPDSRDREDQLQTTEESFAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVS	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2241:26500:19384,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2461:22123:27413,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2448:37591:16343,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2276:6202:9477,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2380:29339:15867,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1465:49322:23406,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:16832:16596,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1315:15198:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1412:45535:21276,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2415:43756:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2104:51029:13919	chr5:140809572-chr5:140978949	0.018691588785046728	0.025157232704402517	0.02192441074472462	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
PCDHA4	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140809572	chr5:141009627	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	105	100	low	out-of-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(64%)	.	.	ENSG00000204967.12	ENSG00000239389.8	ENST00000672575.1	ENST00000289272.3	downstream	upstream	.	GAGAAGATCAGCTGCAGACAACTGAGGAATCCTTTGCAAAG|AACCAGAGGCAGGAGAAGTGTCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGC	EDQLQTTEESFAK|nqrqekcplqsvrvstatagplntdq	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2296:3192:17352	chr5:140809572-chr5:141009627	0.0	0.009900990099009901	0.0049504950495049506	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
GOLGA8M	GOLGA6L10	-/-	-/-	chr15:28719740	chr15:82347629	exon/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	6	0	2	268	medium	.	.	|Putative_golgin_subfamily_A_member_2-like_protein_5(100%)	.	.	ENSG00000188626.6	ENSG00000278662.5	ENST00000563213.1	ENST00000610657.2	upstream	downstream	duplicates(5),mismatches(2)	CAAAGGCAAAGCCAGAGTGCAGCTTGGAGCAAAGAAG|TTAAAAGCATATTGGCAGAGGAAGAGCCCTGGCATTCCAGCAGGAGCTAACAGGAAAAAGAAAGTCAATGGCAGTAGCCCTGACACAGCCACTTCTGGTGGTTACCACTCACCTGGGGAT___CAACAGGTATCTACGGGGAGGGCCGTGCATCCTCTACTACCCTGCAGGATCTGGAG___AGCCAGTACCAAGAACTAGCA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2407:40390:25199,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1227:32567:7754,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2331:39419:22901,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2333:24712:28450,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2380:33991:17254,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:35132:4097,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1413:35140:4111,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2420:21460:20855,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2420:21476:20855,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1388:48124:23882,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2190:15141:16554,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1151:38983:11439,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2387:22940:9856	chr15:28719740-chr15:82347629	0.0	0.021897810218978103	0.010948905109489052	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
MYLK	MYLK	-/-	-/-	chr3:123698384	chr3:123700176	intron	CDS	duplication	2	4	0	3	1767	medium	.	.	Immunoglobulin_I-set_domain(72%),Unstructured_linker_between_I-set_domains_2_and_3_on_MYLCK(100%)|Fibronectin_type_III_domain(100%),Immunoglobulin_I-set_domain(33%),Protein_kinase_domain(100%)	.	.	ENSG00000065534.19	ENSG00000065534.19	.	ENST00000360304.8	upstream	downstream	duplicates(3)	GCCCCTGTGGGGCTCTCCCACTTGGAAAGTCCTTGGTAAAACTGATTGGAAACCCTGACTGGGAACATTTCCCAGGTCACCCTACGGTGATCTCTCCAGGCAGGATGCAGGGTGGCATCCACCATCC|CCAGCCTTCAAGCAGAAGCTGCAAGATGTTCATGTGGCAGAGGGCAAGAAGCTGCTGCTCCAGTGCCAGGTGTCTTCTGACCCCCCAGCCACCATCATCTGGACGCTGAAtGGAAAGACCCTCAAGACCACCAAGTTCATCATCCTCTCCCAGGAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2119:32462:3144,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1179:40334:10528,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1350:33724:9758,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1350:33732:9744,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1350:33740:9758,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1395:31944:25620,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2325:31022:6927,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2107:38416:11075,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2195:36920:8735	chr3:123698384-chr3:123700176	0.4	0.002258610954263128	0.20112930547713156	6	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
FBXO25	AC240565.1	+/+	-/-	chr8:435707	chr17:106864	CDS/splice-site	exon/splice-site	translocation	4	1	0	1292	614	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000147364.17	ENSG00000280136.2	ENST00000352684.2	ENST00000624936.2	downstream	downstream	duplicates(2),mismatches(1),multimappers(1)	GGACCATTTTAGAAATGACACAAATACTCAAA___AGGCATGGCTATTGCACCTTGGGAGAAGCCTTTAATCGGTTAGACTTCTCAAGTGCAATTCAAGATATCCGAAGGTTCAATTATGTGGTCAAA|ATGATGATTATTCCCCACCTTCTAAGAGACAAAGACCAACGAGCCACCACAGCCACCAGTCCCAGAACCCGCCAATGCTGGGGAACGGAAAATGAGGGAGTTCAACTCTG___GCCCTCACAATCCAGTGGAGGAGACGAAACTCATCTGCCTCTGTCCCTCTGGGCACGCCTCATGCCAGGTGCATCTGTGGACAGGGGCCATGCTCCTGGGCTTCCAAAGTTGGAGAAAGCTGCCAGGCTCAGGT	TILEMTQILKRHGYCTLGEAFNRLDFSSAIQDIRRFNYVVK|mmiiphllrdkdqrattatsprtrqcwgtenegvqlwpsqssggdethlplslwarlmpgasvdrghapglpklekaarlr	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2403:21176:26951,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1136:39961:20253,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2212:3443:4391,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1269:5959:16315,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1269:5975:16315,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2140:34929:14031,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2321:30998:15573,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2168:49694:14494,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2148:9519:16876	chr8:435707-chr17:106864	0.0030864197530864196	0.0016260162601626016	0.0023562180066245106	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
EXOC4	RNA5SP38(35191),AL139379.1(41450)	+/+	./-	chr7:133895195	chr13:106190681	exon/splice-site	intergenic	translocation	0	5	0	3	37	medium	.	.	Sec8_exocyst_complex_component_specific_domain(100%)|	.	.	ENSG00000131558.15	.	ENST00000472020.1	.	downstream	downstream	duplicates(1)	TTTTTTAAGCCGGTCTGAAAAGCGCAATATTCGGGTGGGAGTGACCCGATTTTCCAG|AACAGTGATGGAGGCAGTGAAGGAACTTCGGTATAAGAGATTGCATCCCATTTCTTCACTGtTCCCACCAAGGTGACCAGCTGTGTGACAAATCCTCTAGAATCTGGAGCTGACCCCTGAGGGGTGAGTTTTGTTTTTGTATCTAGAAGGTTTGTGTATT...ACTGAtAGTTGCTGTATCACTGGCAATGGTACGGAAAGTTTGCTGCTTTGCCTTTACTGTTCTCATTTTAAATCCGACCTGGAGAAGGTCACGCTGCCCCTTCGACCTTGACGTCTGCAGCACCGTTCTGCACACACTGCGAGGAGGAAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1315:50317:4475,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2166:21799:7207,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1351:3977:26390,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2329:8685:8314,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2329:8694:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2315:12585:2317	chr7:133895195-chr13:106190681	0.0	0.11904761904761904	0.05952380952380952	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
RBCK1	TCF25	+/+	+/+	chr20:419731	chr16:89910591	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	3	1	2069	3408	medium	in-frame	.	.	.	.	ENSG00000125826.21	ENSG00000141002.20	ENST00000356286.10	ENST00000263347.11	downstream	upstream	duplicates(5)	GCCTGAGCCCCCACCG___GTGGGCTGGCAGTGCCCCGGGTGCACCTTCATCAACAAGCCCACGCGGCCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGGCGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAGGAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCAG|GCTAAGTCCTATCAGCCATGGAAACACCATTGCTCTCTTCTTCCGGTCACTGTTGCCAAACTATACCATGGAG___GGGGAGAGGCCCGAGGAAGGAGTGGCTGGGGGTCTGAACCGCAACCAGGGCCTGAACAGGCTGATGCTGGCTGTGCGCGACATGATGGCCAACTTCCACCTCAACGACCTGGAGGCGCCGCACGAG	PEPPPVGWQCPGCTFINKPTRPGCEMCCRARPEAYQVPASYQPDEEERARLAGEEEALRQYQQ|AKSYQPWKHHCSLLPVTVAKLYHGGGEARGRSGWGSEPQPGPEQADAGCARHDGQLPPQRPGGAAR	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2463:41159:22495,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2463:41167:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2463:41175:22495,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2463:41183:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2230:27406:17030,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1223:26823:17366,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2345:27252:21528,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2244:26289:25886,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1261:36483:23195,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1174:23684:15096	chr20:419731-chr16:89910591	0.0007244626901714562	0.0010259416678880258	0.000875202179029741	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
RBCK1	TCF25	+/+	+/+	chr20:419731	chr16:89908966	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	0	1	2069	785	medium	in-frame	.	.	.	.	ENSG00000125826.21	ENSG00000141002.20	ENST00000640614.1	ENST00000263347.11	downstream	upstream	.	GCCTGAGCCCCCACCG___GTGGGCTGGCAGTGCCCCGGGTGCACCTTCATCAACAAGCCCACGCGGCCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGGCGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAGGAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCAG|GAAGGGAGAGGgGGAGAGGAACAGTGTTATTTG	LSPHRWAGSAPGAPSSTSPRGLAVRCAAGRAPRPTRSPPHTSPTRRSERAWRARRRRCVSTSr|KGEgERNSVI	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2490:18863:8567,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1174:23684:15096	chr20:419731-chr16:89908966	0.0007244626901714562	0.0006365372374283895	0.0006804999637999229	2	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
COX19	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:729663	3'UTR/splice-site	CDS/splice-site	inversion	3	2	0	19189	2403	medium	.	.	CHCH_domain(100%)|HEAT_repeat(100%),HEAT_repeats(74%)	.	.	ENSG00000240230.6	ENSG00000164818.16	ENST00000457254.5	ENST00000297440.11	upstream	upstream	duplicates(4)	GCTGGGGCGGCTGCCTGTGCACCTGGGCCGTGCCGGGCCTGTGTGTGGGTCGTGGTTTCTGCAATGGTATTGGCTTCACTCGA___GCTCCTTCGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|ACCACTTCCACATGCAGTCGGAGTCTCTGATCGGGCCCCTGATGCAGACCATCTCCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2111:51797:22285,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2433:18466:6002,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2412:38538:12798,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1177:23612:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1191:30399:14424,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2317:26087:1518,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46895:3648,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46903:3634,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46911:3648	chr7:919968-chr7:729663	0.0001563151313047103	0.0008316008316008316	0.000493957981452771	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
COX19	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:729725	3'UTR/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	19189	2711	low	.	.	CHCH_domain(100%)|HEAT_repeat(100%),HEAT_repeats(52%)	.	.	ENSG00000240230.6	ENSG00000164818.16	ENST00000457254.5	ENST00000440747.5	upstream	upstream	duplicates(1)	CGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|CACTGGAAGGTCCGTGTGGCCGCCATTGAAGCCACAGGCGCAGTGATCCATTTTGGCAACGGGAAGTCCGTGGACGACGTGCTTTCCCATTTTGCTCAGCGACTGTTTGATGACGTCCCGCAG___GTCCGGCGGGCGGTGGCCTCCGTGGTGGGCGGCTGGCTGCTGTGTCTGCGTGACCGTTACTC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:8888:17044,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:8896:17058	chr7:919968-chr7:729725	0.0	0.0003687315634218289	0.00018436578171091445	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
COX19	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:770471	3'UTR/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	19189	2732	low	.	.	CHCH_domain(100%)|HEAT_repeat(100%)	.	.	ENSG00000240230.6	ENSG00000164818.16	ENST00000457254.5	ENST00000297440.11	upstream	upstream	duplicates(1)	CCTCCTTCTACTACCGGCCCACGCCCTCCGACTGCCA___GCTCCTTCGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|GCCCTGCCCTGGGAGAAGCCCTG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1334:47275:8455,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2211:25950:29221	chr7:919968-chr7:770471	5.211047420531527e-05	0.0	2.6055237102657634e-05	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
ADAP1	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:729663	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	3	2	0	19189	2403	medium	in-frame	.	Putative_GTPase_activating_protein_for_Arf(100%)|HEAT_repeat(100%),HEAT_repeats(74%)	.	.	ENSG00000105963.15	ENSG00000164818.16	ENST00000617043.4	ENST00000297440.11	upstream	upstream	duplicates(4)	GCTGGGGCGGCTGCCTGTGCACCTGGGCCGTGCCGGGCCTGTGTGTGGGTCGTGGTTTCTGCAATGGTATTGGCTTCACTCGA___GCTCCTTCGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|ACCACTTCCACATGCAGTCGGAGTCTCTGATCGGGCCCCTGATGCAGACCATCTCCC	MVLASLELLREQWIRAKYERQEFIYPEKQEPYSA|dHFHMQSESLIGPLMQTIS	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2111:51797:22285,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2433:18466:6002,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2412:38538:12798,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1177:23612:6843,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1191:30399:14424,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2317:26087:1518,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46895:3648,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46903:3634,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1355:46911:3648	chr7:919968-chr7:729663	0.0001563151313047103	0.0008316008316008316	0.000493957981452771	5	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
ADAP1	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:770471	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	2	0	0	19189	2732	low	in-frame	.	Putative_GTPase_activating_protein_for_Arf(100%)|HEAT_repeat(100%)	.	.	ENSG00000105963.15	ENSG00000164818.16	ENST00000539900.5	ENST00000297440.11	upstream	upstream	duplicates(1)	CCTCCTTCTACTACCGGCCCACGCCCTCCGACTGCCA___GCTCCTTCGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|GCCCTGCCCTGGGAGAAGCCCTGCCACACGTCGTGCC	SFYYRPTPSDCQLLREQWIRAKYERQEFIYPEKQEPYSA|gPALGEALPHVV	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1334:47275:8455,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1449:30876:29039,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2211:25950:29221	chr7:919968-chr7:770471	0.00010421551769058413	0.0	5.2107758845292065e-05	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ADAP1	DNAAF5	-/-	+/+	chr7:919968	chr7:729725	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	0	19189	2711	low	out-of-frame	.	Putative_GTPase_activating_protein_for_Arf(100%)|HEAT_repeat(100%),HEAT_repeats(52%)	.	.	ENSG00000105963.15	ENSG00000164818.16	ENST00000539900.5	ENST00000440747.5	upstream	upstream	duplicates(1)	CGAGAGCAGTGGATCCGGGCCAAGTACGAGCGACAGGAGTTCATCTACCCGGAGAAGCAGGAGCCCTACTCGGCAG|CACTGGAAGGTCCGTGTGGCCGCCATTGAAGCCACAGGCGCAGTGATCCATTTTGGCAACGGGAAGTCCGTGGACGACGTGCTTTCCCATTTTGCTCAGCGACTGTTTGATGACGTCCCGCAG___GTCCGGCGGGCGGTGGCCTCCGTGGTGGGCGGCTGGCTGCTGTGTCTGCGTGACCGTTACTC	REQWIRAKYERQEFIYPEKQEPYSA|alegpcgrh*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:8888:17044,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1259:8896:17058	chr7:919968-chr7:729725	0.0	0.0003687315634218289	0.00018436578171091445	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
PCDHA11	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140871494	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	1	0	60	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000249158.7	ENSG00000243232.6	ENST00000616325.1	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(3)	TCCAGCCTCCTGGTACTCACGCTGCTGCTGTATACGGCGCTGTGGTGGTCGGCAACGCCCACTGAGGGCGCGTGCGCGCCGGGGAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCCGCGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGCGGCAGAGGGTGTGCTCTGAGGAGGGCCCACCTAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTCTTCCTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAGGAAGGGGAAAGACAGGAGCCAGGGTCAAATCACCCCGGACAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCT	SSLLVLTLLLYTALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQRVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLGLNKEEEGERQEPGSNHPGQ|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGI	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1485:8184:14564,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1323:2772:3929,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2150:8532:19706,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2294:18960:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1189:20214:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1259:31928:22677,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2212:26152:14522	chr5:140871494-chr5:140978949	0.047619047619047616	0.00641025641025641	0.027014652014652012	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA11	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140871494	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	1	0	60	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000249158.7	ENSG00000248383.5	ENST00000616325.1	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(3)	TCCAGCCTCCTGGTACTCACGCTGCTGCTGTATACGGCGCTGTGGTGGTCGGCAACGCCCACTGAGGGCGCGTGCGCGCCGGGGAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCCGCGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGCGGCAGAGGGTGTGCTCTGAGGAGGGCCCACCTAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTCTTCCTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAGGAAGGGGAAAGACAGGAGCCAGGGTCAAATCACCCCGGACAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCT	SSLLVLTLLLYTALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQRVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLGLNKEEEGERQEPGSNHPGQ|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGI	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1485:8184:14564,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1323:2772:3929,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2150:8532:19706,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2294:18960:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1189:20214:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1259:31928:22677,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2212:26152:14522	chr5:140871494-chr5:140978949	0.047619047619047616	0.00641025641025641	0.027014652014652012	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA11	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140871494	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	1	0	60	155	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000249158.7	ENSG00000239389.8	ENST00000616325.1	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(3)	TCCAGCCTCCTGGTACTCACGCTGCTGCTGTATACGGCGCTGTGGTGGTCGGCAACGCCCACTGAGGGCGCGTGCGCGCCGGGGAAGCCCACGCTGGTGTGCTCCCGCGCGGTGGGGAGCTGGTCATACTCGCAGCAGAGGCGGCAGAGGGTGTGCTCTGAGGAGGGCCCACCTAAGACGGACCTCATGGCCTTCAGCCCCAGTCTTCCTCTAGGTCTGAATAAAGAGGAGGAAGGGGAAAGACAGGAGCCAGGGTCAAATCACCCCGGACAG|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCT	SSLLVLTLLLYTALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQRVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLGLNKEEEGERQEPGSNHPGQ|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGI	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1485:8184:14564,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1323:2772:3929,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2150:8532:19706,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2294:18960:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1189:20214:20519,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1259:31928:22677,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2212:26152:14522	chr5:140871494-chr5:140978949	0.047619047619047616	0.00641025641025641	0.027014652014652012	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
TCF25	UCKL1	+/+	-/-	chr16:89907322	chr20:63941208	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	3	1	0	3828	1372	medium	.	.	Transcriptional_repressor_TCF25(100%)|Uracil_phosphoribosyltransferase(100%)	.	.	ENSG00000141002.20	ENSG00000198276.16	ENST00000570116.6	ENST00000354216.11	downstream	downstream	duplicates(1)	GCCAGCCCCCTGCCCTGAGCCAGCTGGTGAACCTGTACCTTGGGAGGTCACACTTTCTCTGGAAAGAGCCCGCCACCATGAGCTGGCTGGAGGAGAACGTCCACGAGGTTCTGCAAGCAGTGGACGCCGGGGACCCAGCCGTGGAAGCCTG...CAGCGTGCACCCAGGAATATCCACCGCCATGTGATCCTCTCTGAGATCAAGGAAGCCGTCGCTGCCCTGCCCCCG___GACGTGACCACGCAGTCTGTGATGGGGTTTGATCCTCTGCCTCCTTCGGACACAATCTACTCCTACGTCAGGCCAGAGAG|GGCTGCGCTGGCCTCGGCACACCAGTGCCACCCGCTGCCCCGGACGCTGAGCGTCCTGAAGAGCACGCCGCAGGTACGGGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1474:28627:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1474:28644:24358,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1132:28684:28072,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2465:32591:19034,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1352:9681:11327	chr16:89907322-chr20:63941208	0.0007830853563038371	0.0007283321194464676	0.0007557087378751524	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
RBCK1	CLCN7	+/+	-/-	chr20:419731	chr16:1459187	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	2	0	2069	1760	medium	in-frame	.	|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000125826.21	ENSG00000103249.18	ENST00000356286.10	ENST00000448525.5	downstream	downstream	mismatches(1)	GCGGCCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGGCGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAGGAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCAG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGGGGTGAAGATCCCCCACGTGGTGCGGCTCAAG___ACGTTGGTGATCAAAGTGTCCGGTGTGATCCTGTCCGTGGTCGGGGGCCTGGCCGTGGG	RPGCEMCCRARPEAYQVPASYQPDEEERARLAGEEEALRQYQQ|PVAAGSGIPQIKCFLNGVKIPHVVRLKTLVIKVSGVILSVVGGLAV	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1217:14138:8006,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2316:25610:6353,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1370:10522:6423,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2219:38675:4069,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1215:36280:4909	chr20:419731-chr16:1459187	0.0009657170449058426	0.0011350737797956867	0.0010503954123507646	4	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC5	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000240764.4	ENST00000528330.2	ENST00000252087.3	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC4	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000242419.5	ENST00000528330.2	ENST00000306593.1	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGC3	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000240184.7	ENST00000528330.2	ENST00000308177.5	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC005998.1	ACTR3B	-/+	+/+	chr7:153749008	chr7:152801621	intergenic	CDS/splice-site	duplication/3'-3'	1	2	0	6	1026	medium	.	.	|Actin(82%)	.	.	ENSG00000287744.1	ENSG00000133627.18	.	ENST00000256001.13	downstream	upstream	.	CTCAACTTCCTCTGGACATGAATCAAACCGCAGGAGTCTCCAATAGCGTCAGGTGTCCCCCGGGGAAAGGCCACAAG|TGGCCGATACGACATGGAATCATTGAAGACTGGGATCTTATGGAAAGGTTCATGGAGCAAGTGGTTTTTAAATATCTTCGAGCTGAACCTGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1457:41701:26460,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2447:33465:2836,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2225:25124:7950	chr7:153749008-chr7:152801621	0.14285714285714285	0.0019455252918287938	0.07240133407448582	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA8	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253767.3	ENST00000528330.2	ENST00000398604.3	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGB6	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253305.2	ENST00000528330.2	ENST00000520790.1	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGB7	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000254122.3	ENST00000528330.2	ENST00000398594.4	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
SPPL2B	TCF25	+/+	+/+	chr19:2334721	chr16:89910591	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	3	0	0	4019	3408	medium	in-frame	.	.	.	.	ENSG00000005206.17	ENSG00000141002.20	ENST00000613503.5	ENST00000263347.11	downstream	upstream	duplicates(1)	GGCGGGCACCGGCCGACATGGCGGCAGCGGTGGCGGCTGCGCTGGCGCGGCTTTTGGCGGCCTTTCTGCTCCTCGCGGCCCAG___GTGGCCTGTGAGTACGGCATGGTGCACGTGGTCTCCCAGGCCGGGGGCCCCGAAGGCAAAGACTACTGCATCCTCTACAACCCGCAGTGGGCCCATCTTCCGCACGACCTCAGCAAGGCA|GCTAAGTCCTATCAGCCATGGAAAC	MAAAVAAALARLLAAFLLLAAQVACEYGMVHVVSQAGGPEGKDYCILYNPQWAHLPHDLSKA|AKSYQPWK	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1151:13920:13793,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1198:14243:4769,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2136:32333:8188,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1450:4325:10290	chr19:2334721-chr16:89910591	0.0007458975634012929	0.0	0.00037294878170064644	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
UPK3B	PMS2P2	+/+	-/-	chr7:76511882	chr7:75355688	CDS/splice-site	exon/splice-site	inversion	0	3	0	999	420	medium	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000243566.7	ENSG00000278416.1	ENST00000334348.8	ENST00000425039.3	downstream	downstream	duplicates(5),mismatches(3)	ATGACGCTGCCCgTGTCTCCGGACCAGCTGCCCTGTGaCGACCCCATGGCGGGCAGCGGtGGtGCCCCCGTGCTGCGGGTGGGCCATGACCACGGCTGCCACCAGCAGCCCTTCTGCAACGCGCCCCTCCCTGGCCCTGGACCCTATCG|TACAGAACCTGCTAAGGCCATCAAACCTATTGATCGGAAGTCAGTCCATCAGATTTGCTCTGGGCCaGTGGTACTGAGTCTAAGCACTG-GaTGAAGAAGATAGTAGAAAACAGTCTGGATGCTGGTGCCaCTAATgTTG___ATCTAAAGCTTAAGGACTATGGAATGGATCTCATTGAAGTTTCAGGCAATGGATGTGGGGTAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAA___TGATGTCACCATTTCTAC...___TCTCTTTCAGCTCTGAAACATC	MTLPvSPDQLPCdDPMAGSGGAPVLRVGHDHGCHQQPFCNAPLPGPGPYr|tepakaikpidrksvhqicsgpvvlslstg*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1216:32446:28926,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2187:30448:20281,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2187:30456:20239,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2187:30456:20267,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2187:30464:20225,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2187:30464:20253,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2335:24501:12392,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2112:29056:6857,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1273:25998:22243,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1284:46547:10248,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1284:46547:10248	chr7:76511882-chr7:75355688	0.0	0.0070921985815602835	0.0035460992907801418	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
MICALL2	TMEM120A	-/-	-/-	chr7:1446713	chr7:75988516	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	3	0	0	2774	1648	medium	in-frame	.	Calponin_homology_(CH)_domain(100%),LIM_domain(49%)|TMPIT-like_protein(65%)	.	.	ENSG00000164877.19	ENSG00000189077.11	ENST00000297508.8	ENST00000493111.7	upstream	downstream	duplicates(3)	CTGTGGTCCAGAGGAGGAATGAGGGTGCAGGGGGCCCGCCCCCCAAGACT___GACCAGGCATTGG?GGGCAGCTTGGTCAGCAGCACCTGCGGGGTCTGCGGCAAGCACGTGCACCTGGTACAGCGGCACCTGGCCGACGGGAGGCTTTACCACCGGAGCTGCTTCAG|GTTTGCCTACAAGGACGAGTATGAGAAGTTCAAGC	VVQRRNEGAGGPPPKTDQAL?GSLVSSTCGVCGKHVHLVQRHLADGRLYHRSCFr|FAYKDEYEKFK	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1151:24218:23223,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2133:19615:1631,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2452:34226:17016,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1255:49419:2920,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1255:49435:2920,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2301:27657:15419	chr7:1446713-chr7:75988516	0.0010803024846957148	0.0	0.0005401512423478574	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA11	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253873.6	ENST00000528330.2	ENST00000398587.7	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA12	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253159.3	ENST00000528330.2	ENST00000252085.4	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA9	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000261934.2	ENST00000528330.2	ENST00000573521.1	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHGA2	PCDHGA10	+/+	+/+	chr5:141341395	chr5:141494807	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	59	3053	medium	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081853.15	ENSG00000253846.2	ENST00000528330.2	ENST00000398610.2	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGATTTTCCCCCAGCCCAACTATGCGGACACGCTCATCAGCCAGGAGAGCTGTGAGAAAAAGGATTTTTTATCAGCGCCTCAATCTCTACTCGAAGAAGAAAGAGAAGAAACGTTTTCTCAG|CAAGCCCCGCCCAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG___CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAGTTTGACACAGAGAaGC	LIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEk	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2409:47720:12196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2289:1655:11495,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2428:10935:7614,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5716:13401,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2376:5725:13415	chr5:141341395-chr5:141494807	0.03278688524590164	0.0003274394237066143	0.01655716233480413	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
CATSPERB	TC2N	-/-	-/-	chr14:91719418	chr14:91802421	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	1	2	0	323	2019	medium	in-frame	.	|C2_domain(100%)	.	.	ENSG00000133962.8	ENSG00000165929.13	ENST00000553329.5	ENST00000435962.7	upstream	downstream	duplicates(3)	ACTAGTTGCGCATCTCCTAAAGAG___ATGGAATCGCCACTTATATATGTTTCAGTTTTGCTTTTGAACATATTTGAATTTTCATCAGGAATAGTATATAATAAAG___ATGATACAGAGAAACGCTTTGCATGTTCTAACAAAGGGTTCCCTCAAG...GAATGAAATAATCAAGTTGTATCTTTTCTTAGAAAAtTTG___TTCAGTGATCGGATTTTGTGGTTGGTTGATATTCCTAGAGAAAACATCACACAAAGCACAG|GATCTGCCAGAGCATCTTTTGGAGATCGAAAGGTAGAACTTTCCAGTTCATCCCAGCACGGACCTAGCTATGATGTGTATAACCCATTCTATATGTATCAGCACATTTCACCTGATTTGAGTCGACGCTTTCCTCCCCGTTCAG	NEIIKLYLFLENLFSDRILWLVDIPRENITQST|gSARASFGDRKVELSSSSQHGPSYDVYNPFYMYQHISPDLSRRFPPRS	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1243:39468:10066,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2386:22972:22046,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2386:22989:22046,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2386:22997:22032,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1149:43165:24120,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1352:47655:2135	chr14:91719418-chr14:91802421	0.0030864197530864196	0.0009896091044037606	0.00203801442874509	3	False		FAIL	confidence_below_min(medium<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
CATSPERB	TC2N	-/-	-/-	chr14:91659837	chr14:91802421	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	1	0	109	2019	low	in-frame	.	|C2_domain(100%)	.	.	ENSG00000133962.8	ENSG00000165929.13	ENST00000256343.8	ENST00000435962.7	upstream	downstream	duplicates(1)	CTTTTCATAGTTTTTATACATCAGCTATTACTTTTGTTTCTCAACGTGGAAAGGTTTACTCGACAAAGGCAG|GATCTGCCAGAGCATCTTTTGGAGATCGAAAGGTAGAACTTTCCAGTTCATCCCAGCACGGACCTAGCTATGATGTGTA...CTTTGGGAGACTGAATGTGAAATTGTTTTATAATTCTTCAGTAGAACAGATCTGGATCACAGTTTTACAG___TGCAGAGATTTAAGTTGGCCCTCTAGTTATGGAGACACTCCTACTGTTTCTATAAAAGGAATACTTACATTGCCCAAAtCA	FHSFYTSAITFVSQRGKVYSTKA|gSARASFGDRKVELSSSSQHGPSYDV	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1281:39185:11453,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1281:39193:11467	chr14:91659837-chr14:91802421	0.0	0.0004950495049504951	0.00024752475247524753	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
CATSPERB	TC2N	-/-	-/-	chr14:91725080	chr14:91802421	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	1	0	260	2019	low	out-of-frame	.	|C2_domain(100%)	.	.	ENSG00000133962.8	ENSG00000165929.13	ENST00000256343.8	ENST00000435962.7	upstream	downstream	.	TCTTTTCTTAGAAAACTTG|GATCTGCCAGAGCATCTTTTGGAGATCGAAAGGTAGAACTTTCCAGTTCATCCCAGCACGGACCTAGCTATGATGTGTATAACCCATTCTATATGTATCAGCACATTTCACCTGATTTGAGTCGACGCTTTCCTCCCCGTTCAGAAGTGAcGAGACTGTATGGATC	LFLENL|dlpehlleier*	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2307:32826:2345	chr14:91725080-chr14:91802421	0.0	0.0004950495049504951	0.00024752475247524753	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
CATSPERB	TC2N	-/-	-/-	chr14:91780576	chr14:91813825	5'UTR/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	0	1	0	30	1906	low	.	.	|C2_domain(100%)	.	.	ENSG00000133962.8	ENSG00000165929.13	ENST00000554560.5	ENST00000435962.7	upstream	downstream	duplicates(1)	GAAGGGTTCACGCTGATAGCTGATAGCTTTTACAGTaCTCATTCCTAACAGTGGATTTACTT|ATTAATATTAAGATTGGAAGTTTGTGTCTTTTGCTGGATATTGGAAATTGAATGTAATGGCAACAGAATTTATAAAGAGTTGCTGTGGAGGATGTTTCTATGGTGAAACAGAAAAACACAACT___TTTCTGTGGAAAGAGATTTTAAA	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2208:20659:3018,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2268:16929:15335	chr14:91780576-chr14:91813825	0.0	0.0005243838489774515	0.00026219192448872575	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
DENND1C	DENND1C	-/+	-/+	chr19:6467643	chr19:6467633	CDS	CDS	duplication/ITD	105	18	0	1839	1081	low	.	.	.	.	.	ENSG00000205744.10	ENSG00000205744.10	.	.	downstream	upstream	duplicates(143)	CCGGCTGCTGGGCTGGGACTTTTGACAGTTGCTGGTGGGTGTAGCAGGGGAATTCAGGGCTCCTGGTTCCTCCCGTGGCTGGAGGTGAGCGCGCTCTGCCA|GCGCTCTGCCAGCAGGGCTTTGGGAGGCCGGGCTCTGGGGTCCTCCAGAGAACTGGGGTCTGAGGAAGGATCAAGGGGCTGGGACGTCCAGGCTATATCAAAGTTGGGCTTTGTGGGGGCCAGAATTTGGGGGCTTTCTGGAGGGCTGGGC	.	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CRTC2	FP236383.3	-/-	+/+	chr1:153951483	chr21:8399953	CDS	intron	translocation	20	0	0	5233	2059	low	out-of-frame	.	Transducer_of_regulated_CREB_activity__N_terminus(100%),Transducer_of_regulated_CREB_activity_middle_domain(100%)|	.	.	ENSG00000160741.17	ENSG00000280441.3	ENST00000368633.2	.	upstream	upstream	duplicates(21),mismatches(4),multimappers(1)	CCAACCTCCAGGCTTCCCTGAGCAGTCCTCAGCCCCAGCTTCAGGGCTCCCACAGCCACCCCTCTCTGCCTGCCTCCTCCTTGGCCCGCCATGTACTGCCCACCACCTCCCTGGGCCACCCCTCACTCAGTGC|CCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCC	NLQASLSSPQPQLQGSHSHPSLPASSLARHVLPTTSLGHPSLSa|prplslslp	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1311:37543:11439,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1468:49621:1589,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1482:4463:8903,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2192:7593:15110,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2382:24267:10584,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1157:41337:15769,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1158:2052:22803,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1220:42397:15587,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1230:36936:8427,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1320:34201:27259,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1372:12811:24653,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1439:13305:21752,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1443:12059:18810,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2118:13604:9800,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2125:51781:6927,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2150:45851:5624,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2475:37543:28366,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1158:20602:12000,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1396:41943:16624,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2303:15424:19987,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2318:38303:3985,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2423:44411:22635,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2491:1599:6941,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1331:14777:12840,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1449:42914:5022,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2422:14745:9141,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2429:19389:2359,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2453:49953:22425,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1156:49694:22957,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1262:12852:29599,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1404:22503:4811,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1404:22519:4811,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2179:41482:1196,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2237:3209:3648,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2237:3217:3634,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2405:8127:28955,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1353:49613:4489,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1463:5587:18361,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2336:11477:9113,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2446:35892:10626,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2492:29744:14914,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1314:4365:24176,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1411:21120:4069,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1450:36685:27890,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2335:36612:3410,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2357:28627:12280	chr1:153951483-chr21:8399953	0.003807348181991243	0.0	0.0019036740909956216	20	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
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LENG8	FP236383.3	+/+	+/+	chr19:54458670	chr21:8399955	CDS	intron	translocation	14	0	0	6818	2059	low	out-of-frame	.	SAC3/GANP_family(84%)|	.	.	ENSG00000167615.17	ENSG00000280441.3	ENST00000376514.6	.	downstream	upstream	duplicates(6)	AGGTCGCCCTCAAGGCCATGATCAAAACGTATGTGGTGCCAAGCTCCCTTCTGCCTTTGCTCTTCCCATCCTTCCGCCTCGCACCGCCCCTCAGACCAGCTCCTGGCCGCAGGCCTCCCCCAGCCCCCAACCCTTGTCCTGGTCCTTGCTTCCCCATCATCTTTCTCCATTCAGCCC|CGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCC	VALKAMIKTYVVPSSLLPLLFPSFRLAPPLRPAPGRRPPPAPNPCPGPCFPIIFLHSA|prplslslp	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2266:7990:9772,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1229:12116:8567,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1278:21249:28282,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2444:16420:15657,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2106:42987:6605,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1302:1712:21962,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2298:20683:1518,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2306:22131:17422,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2370:31208:20281,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2370:31216:20295,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2370:31224:20281,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2460:10376:17156,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1181:22754:8721,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1250:32333:8328,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1250:32349:8328,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2286:49758:15447,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1194:22228:4811,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1464:2869:23462,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2346:1299:13317,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2377:42413:21864	chr19:54458670-chr21:8399955	0.0020491803278688526	0.0	0.0010245901639344263	14	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
MUC12	FP236383.3	+/+	+/+	chr7:100998059	chr21:8399955	CDS	intron	translocation	13	0	0	65535	2059	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000205277.9	ENSG00000280441.3	ENST00000536621.5	.	downstream	upstream	duplicates(9)	CACCACCTCAGGCCCCAGTCAGGAATCAACAACTTCCCACAGCAGCCCAGGTTCAACTGACACAGCACTGTCCCCTGGCAGTACCACAGCCTTATCCTTTGGTCAAGAATCTACAACCTTCCACAGCAGCCC|CGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCC	TTSGPSQESTTSHSSPGSTDTALSPGSTTALSFGQESTTFHSSp|apslslsp	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1294:38222:27721,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1308:2497:1827,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2249:42558:4797,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1167:3257:5134,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1167:3265:5120,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2184:15271:6745,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2339:9284:25970,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1462:41021:12140,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2174:2149:19160,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2175:11452:9632,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2176:1906:6689,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2248:31564:24737,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2468:47493:14073,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2468:47501:14059,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1158:49459:20113,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2164:4171:14872,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2279:35067:27862,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2231:6129:24204,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1203:51765:26657,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1249:26678:8567,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1320:32284:18081,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1344:48238:14242	chr7:100998059-chr21:8399955	0.00019832794288155244	0.0	9.916397144077622e-05	13	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
POLR2A	FP236383.3	+/+	+/+	chr17:7513253	chr21:8399953	CDS	intron	translocation	12	0	0	12483	2059	low	out-of-frame	.	RNA_polymerase_Rpb1_C-terminal_repeat_(16%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_1(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_2(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_3(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_4(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_5(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_6(100%),RNA_polymerase_Rpb1__domain_7(100%)|	.	.	ENSG00000181222.19	ENSG00000280441.3	ENST00000674977.2	.	downstream	upstream	duplicates(2)	CCCTACCTCTCCATCCTATTCTCCAACCAGTCCCAACTATAGTCCCACATCACCCAGCTATTCGCCAACGTCACCCAGCTACTCACCGACCTCTCCCAGCTACTCACCCACCTCTCCCAGC|CCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCC	PTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS|papslslsp	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1198:19987:7712,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1390:16703:13709,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2282:25763:21528,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2296:45681:1434,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1297:24550:6619,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1435:40633:12588,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1423:14203:4279,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1423:14211:4265,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2245:32648:19188,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2265:36369:27876,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2194:29792:22789,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2306:38449:9029,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1476:25553:14998,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1476:25569:14998	chr17:7513253-chr21:8399953	0.0009603841536614646	0.0	0.0004801920768307323	12	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
LRRC37A	LRRC37A	+/+	+/+	chr17:46332656	chr17:46328392	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	7	3	0	1325	3538	low	out-of-frame	.	LRRC37A/B_like_protein_1_C-terminal_domain(93%),Leucine-rich_repeat-containing_protein_37_family(100%),Leucine_rich_repeat(100%)|LRRC37A/B_like_protein_1_C-terminal_domain(100%)	.	.	ENSG00000176681.14	ENSG00000176681.14	ENST00000496930.5	ENST00000496930.5	downstream	upstream	duplicates(10),mismatches(3)	AGGCCACCTGATGAAGCTTCTCAGTGGGCAGCAGGAAGTAAAGGCATCCAAGATAGAATGGGATACGGACCAATGGAAGATTGAGAACTACATTAATGAGAGCACAGAAGCCCAGAGTGAACAGAAAGAGAAGTCGCTTGAG___CTCAAAAAAGAAGTTCCAGGATATGGCTATACTGACAAACTCATCTTGGCATTAATTGTTACTGGAATACTAACGATTTTGATTATACTTTTCTGCCTCATTGTG|GATCTTACCTAGCCATATGGCCTGCTGCCTCTGCCAATTTAAAAACAGCATTGAGGCTGTCTGCAAGACAGTCAAGCTGCATTGCAACAGTGCATGTCTGACAAACACCACACATTGTC___CTGAAGAAGCATCGGTAGGGAATCCAGAAGGAGCGTTCATGAAGGTGTTACAAGCCCG	GHLMKLLSGQQEVKASKIEWDTDQWKIENYINESTEAQSEQKEKSLELKKEVPGYGYTDKLILALIVTGILTILIILFCLIV|dlt*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1295:36313:18501,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2153:38805:4321,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1364:25950:12070,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2276:9939:5106,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2386:51069:19258,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1465:33392:29165,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1402:35334:7418,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1414:40091:7782,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1162:31459:23770,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2230:34169:8146,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1109:1898:2976,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2107:38335:17941,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2366:21354:28240,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2366:21363:28254,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2453:5296:7880,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1364:16994:19062,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2460:11177:24373,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2466:13159:9646,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1494:17164:22775,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2338:50284:2149,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2338:50300:2149,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2338:50309:2135,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2338:50309:2163	chr17:46332656-chr17:46328392	0.005255255255255256	0.0008472182999152782	0.0030512367775852667	10	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
C1QTNF3	AMACR	-/-	-/-	chr5:34020587	chr5:34005899	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	8	0	158	1872	low	out-of-frame	.	C1q_domain(100%),Collagen_triple_helix_repeat_(20_copies)(100%)|CoA-transferase_family_III(77%),Lyase(100%)	.	.	ENSG00000082196.21	ENSG00000242110.8	ENST00000382065.8	ENST00000335606.11	upstream	downstream	duplicates(4)	GCTAGCCAAAGGGGATGAGGTTTGGCTGCGAATGGGCAATGGCGCTCTCCATGGGGACCACCAACGCTTCTCCACCTTTGCAGGATTCCTGCTCTTTGAAACTAA|GTGTCATGGAGAAACTCCAGCTGGGCCCAGAGATTCTGCAGCGGGAAAATCCAAGGCTTATTTATGCCAGGCTGAGTGGATTTGGCCAGTCAGGAAGCTTCTGCCGGTTAGCTGGCCACGATATCAACTATTTGGCTTTGTCAG___GTGTTCTCTCAAAAATTGGCAGAAGTGGTGAGAATCCGTATGCCCCGCTGAATCTCCTGGCTGACTTTGCTGGTGGTGGCCTTATGTGTGCACTGGGCATTATAATGGCTCTTTTTGAC...___GTGGAAGGAACAGCATATTTAAGTTCTTTTCTGTGGAAAACTCAGAAATcGAGTCTGTGGGA	LAKGDEVWLRMGNGALHGDHQRFSTFAGFLLFETk|chgetpagprdsaagkskaylcqaewiwpvrkllpvswpryqlfgfvrcslknwqkw*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1124:24388:8917,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1124:24396:8931,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1124:24404:8917,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2152:21646:29081,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2309:5053:24751,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1292:9041:25101,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1349:26759:11481,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2317:39541:7558,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1115:46417:20197,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1187:33085:19076,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1187:33101:19076,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2214:12779:26811,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2242:40487:10010	chr5:34020587-chr5:34005899	0.006289308176100629	0.00425531914893617	0.0052723136625184	9	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48591855	chr2:48620851	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	5	1	140	15	low	in-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(99%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(100%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000403751.8	downstream	upstream	duplicates(1),mismatches(1)	TTGGATCAGACCAAGAAATTCCCTCTGATTGGTATCCATTTGCTACTGTTCAGTTTTCCGTGCCTGACACCTGTGCCTCAAGGACAGAGGTCAGGTCTCTGGGAGTGGAGAGTGATGTCCAGCCACAGAAACATGTTCAGCAGCGAGCTTGCTACAACATCCAG|CCTAAACTCTACAGATCTGTAATTGAAGATGTAATTGAAGGAGTTCGGAATCTATTTGCTGAAGAAGGTATAGAGGAACAAGTTTTAAAAGACTTGAAGCAG___CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAAC	GSDQEIPSDWYPFATVQFSVPDTCASRTEVRSLGVESDVQPQKHVQQRACYNIQ|PKLYRSVIEDVIEGVRNLFAEEGIEEQVLKDLKQLWETKVLQSKA	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1331:39848:6997,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2347:39662:20799,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1395:6792:25550,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2155:30731:29431,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2422:47655:13653,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1331:25683:24723,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1331:25691:24709,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1229:48100:21178,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1232:2796:22299,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1422:39953:17268	chr2:48591855-chr2:48620851	0.017543859649122806	0.2682926829268293	0.14291827128797605	8	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48591855	chr2:48621167	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	3	1	140	55	low	in-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(99%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(93%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000430487.6	downstream	upstream	duplicates(1)	AAGAAATTCCCTCTGATTGGTATCCATTTGCTACTGTTCAGTTTTCCGTGCCTGACACCTGTGCCTCAAGGACAGAGGTCAGGTCTCTGGGAGTGGAGAGTGATGTCCAGCCACAGAAACATGTTCAGCAGCGAGCTTGCTACAACATCCAG|CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCATCCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACCAAACATTGCAATCGTCAACAG___CATCATTAGTTATTCCTGCTGGTAGAACTCTTCCAAGTTTTACCACAGCAGAACTG___GTCACCcTTATAAAGTCAATGTACCAATTATGGTGACAGAGACTTCTGGAAGAGCAGGTATTCT	EIPSDWYPFATVQFSVPDTCASRTEVRSLGVESDVQPQKHVQQRACYNIQ|LWETKVLQSKATEDFFRNSIQSPLFTLQLPHSLHQTLQSSTASLVIPAGRTLPSFTTAELvtliksmyqlw*	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1149:41183:18894,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1451:5522:3228,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1203:26063:14452,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1367:19372:21752,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1159:11913:3648,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1286:35633:25171,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1422:39953:17268	chr2:48591855-chr2:48621167	0.017543859649122806	0.05982905982905983	0.03868645973909132	6	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
STON1	GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48582563	chr2:48621167	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	111	55	low	out-of-frame	.	Adaptor_complexes_medium_subunit_family(63%)|Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(93%)	.	.	ENSG00000243244.7	ENSG00000242441.8	ENST00000649748.1	ENST00000430487.6	downstream	upstream	duplicates(1)	TTTACAGGAACTTGAATCTGAACCTGTCATTCAAGTCACTGTtGGGTCAGCAAAATATGAGAGTGCCTACCAGGCAGTGGTATGGAAGATAGATCGGCTTCCAGACAAAAATTCAA|CTCTGGGAAACCAAGGTTTTGCAGTCTAAAGCAACAGAAGACTTCTTCAGAAATAGCATCCAATCACCTCTGTTTACTCTTCAGTTGCCGCACAGCTTGCACCAAACATTGCA	LQELESEPVIQVTVGSAKYESAYQAVVWKIDRLPDKNS|tlgnqgfav*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1186:39144:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1186:39161:19510,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2418:29800:27119,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2359:6946:14858	chr2:48582563-chr2:48621167	0.017699115044247787	0.017857142857142856	0.017778128950695322	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
BRCA1	BRCA1	-/-	-/-	chr17:43090944	chr17:43094860	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	5	3	0	1148	1445	low	out-of-frame	.	Serine-rich_domain_associated_with_BRCT(100%),Zinc_finger__C3HC4_type_(RING_finger)(100%)|BRCA1_C_Terminus_(BRCT)_domain(100%),Serine-rich_domain_associated_with_BRCT(100%)	.	.	ENSG00000012048.23	ENSG00000012048.23	ENST00000471181.7	ENST00000471181.7	upstream	downstream	duplicates(3),mismatches(1)	GCTTGGAAGAAAATAATCAAGAAGAGCAAAGCATGGATTCAAACTTAG___GTGAAGCAGCATCTGGGTGTGAGAGTGAAACAAGCGTCTCTGAAGACTGCTCAGGGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTAACCACTCAG|CTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGAACATCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCAGAAAAGTATCAGGGTAGTTCTGTTTCAAACTTGCATGTGGAGCCA	LEENNQEEQSMDSNLGEAASGCESETSVSEDCSGLSSQSDILTTQ|llvnflrrm*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1330:20109:14256,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1182:11323:9716,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1238:41458:25255,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1368:15295:5302,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2327:43011:26657,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2119:21743:14676,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2291:8184:11677,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2291:8200:11677,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2376:46595:14144,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:1218:29711,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:1227:29697,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1438:49071:25465	chr17:43090944-chr17:43094860	0.004336513443191674	0.0020718232044198894	0.0032041683238057815	8	False		FAIL	confidence_below_min(low<high)
RAD51D	RFFL	-/-	-/-	chr17:35101201	chr17:35026561	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	1	6	0	404	1486	low	out-of-frame	.	Rad51(100%)|Zinc_finger__C3HC4_type_(RING_finger)(100%)	.	.	ENSG00000185379.21	ENSG00000092871.17	ENST00000345365.11	ENST00000315249.11	upstream	downstream	duplicates(6)	GGACAGCGGGAGGCTCAAACCTGCCCTCGGACGCTCCTGGAGCTTTGTGCCCAGCACTCGGATTCTCCTGGACACCATCGAGGGAGCAGGAGCATCAGGCGGCCGGCGCATGGCGTGTCTGGCCAAATCTTCCCGACAG|ATTTTATCATGTGGGCAACCTGCTGCAACTGGTTCTGCCTGGATGGACAGCCTGAGGAGGTCCCACCACCCCAGGGAGCCAGGATGCAGGCCTATTCCAACCCTGGGTACAGCTCCTTCCCTTCCCCAACAGGCTTGGAACCAAGCTGCAAGTCCTGTGGGGCTCACTTTGCAAACACG	DSGRLKPALGRSWSFVPSTRILLDTIEGAGASGGRRMACLAKSSRQ|ilscgqpaatgsawmdslrrshhprepgcrpiptlgtapslpqqawnqaaspvgltlqt	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2311:1510:27021,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2140:24477:21066,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1475:8022:8987,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2232:39848:28520,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2497:2246:8959,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2361:24946:28212,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2403:1218:26516,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1312:11695:12770,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1312:11711:12770,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2277:8249:5708,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2233:49402:18529,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2233:49419:18529,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2442:14090:6577	chr17:35101201-chr17:35026561	0.0024691358024691358	0.004021447721179625	0.0032452917618243805	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
AL512590.2	CCDC180	+/+	+/+	chr9:97294991	chr9:97307736	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	5	2	18	15	low	.	.	|Domain_of_unknown_function_(DUF4455)(100%),Domain_of_unknown_function_(DUF4456)(100%)	.	.	ENSG00000254633.2	ENSG00000197816.16	ENST00000531758.2	ENST00000460482.6	downstream	upstream	duplicates(11)	GGGTTCAGTGCATGGATTGGGATGCTCTACATGGACCATTATCACATCAACCCTGTGCTTGTCAGCTTTTGCCACATCCTGATCACAAATCACAGGGAGAAGAAGCTGCAGCAGAGCACCAAATACTGGTGCCTAAATCAATCGGCAG|AGTCCCTTCGGATTTGCGCCATGCGCGGCGGGGAGAACCGGCCTCCTGCTCGAGTTCAGAGCTCATCTGAG___GAATTGGAATTGAGACACCAAAGCCTAGACGCGTTTCCTGGACGACGGCTTCCCGGCAGGGGCATCCAGCCAGCGGCCAAGATGTCGTCAGTGGGGAAGGTGACCCAGGTTCCGAATGGGAAAGCCTACCAGCAGATCTTCCAGGCTGAG___GTGCAGCTGGTCCACTCCCTGGCGGCCACCAGGAAGCGGGCTGCAGAGCGTTCTGTGACCCTGAAGAGTGGCAGGATACCCATGATGAAGAAGGTGGAGACTCCTGAAGGGGAGGTGATGTCTCCCCGACAGCAGAAGTGGATGCACAGCCTCCCCAACGACTGGATCATGGAAAACCCTGTTCTCCACAG___GGAAAAGGAAAGAGCCAAGAGGGAAAAAGCCCGAGAGAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1154:14348:5344,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1192:45018:7235,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2120:36434:26671,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2120:36450:26671,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2377:36167:25087,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2379:40050:10150,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1298:35633:17184,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2136:36547:27147,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2137:38214:2121,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2137:38222:2135,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2137:38238:2135,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39654:11902,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39662:11916,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39678:11916,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39686:11902,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39686:11930,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39694:11916,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1452:39703:11902	chr9:97294991-chr9:97307736	0.05263157894736842	0.2857142857142857	0.16917293233082706	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
PNPLA7	PNPLA7	-/-	-/-	chr9:137505614	chr9:137547659	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	3	4	0	448	972	low	in-frame	.	Cyclic_nucleotide-binding_domain(35%)|Cyclic_nucleotide-binding_domain(100%),Patatin-like_phospholipase(100%)	.	.	ENSG00000130653.16	ENSG00000130653.16	ENST00000406427.6	ENST00000406427.6	upstream	downstream	duplicates(4)	CCTCCACGGTCTCCCAGCACTCAGAGAGTCACACGGATGAGACCCTGGCCAGCAGGAAGTCGGATGCCATCTTCAGAGCTGCCAAGAAGGACCTGCTCACCCTGATGAAGCTGGAA|GCTGACTTCTGCCTGGGCACCGCCCTGCACTCTTGGGGACTGTGGTTCACGGAGGAAGGTTCACCGTCCACCATG___CTGACGGGGATTGCAGTTGGAGCCCTCCTGGCCCTGGCCTTGGTTGGTGTCCTCATCCTTTTCATGTTCAG	STVSQHSESHTDETLASRKSDAIFRAAKKDLLTLMKLE|ADFCLGTALHSWGLWFTEEGSPSTMLTGIAVGALLALALVGVLILFMF	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1217:30431:1420,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2239:1251:16091,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2255:13103:28548,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2317:20626:9295,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2382:33522:15797,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:23425:12070,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2247:23434:12084,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1329:51902:11789,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2439:8249:5288,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2122:15190:28828,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1133:15052:9842	chr9:137505614-chr9:137547659	0.0066518847006651885	0.004098360655737705	0.005375122678201447	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
GRIN2B	GRIN2B	-/-	-/-	chr12:13753317	chr12:13753915	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	5	2	0	230	731	low	out-of-frame	.	Receptor_family_ligand_binding_region(87%)|Ligand-gated_ion_channel(100%),Ligated_ion_channel_L-glutamate-_and_glycine-binding_site(100%),N-methyl_D-aspartate_receptor_2B3_C-terminus(100%),Receptor_family_ligand_binding_region(88%)	.	.	ENSG00000273079.7	ENSG00000273079.7	ENST00000609686.4	ENST00000609686.4	upstream	downstream	duplicates(7)	TTTGAAGTGGCCAACTCAGTAGGGCTGACTGGCTATGGCTACACGTGGATCGTGCCCAGTCTGGTGGCAGGGGATACAGACACAGTGCCTGCGGAGTTCCCCACTGGGCTCATCTCTGTATCATATGATGAATGGGACTATGGCCTCCCCGCCAGAGTGAGAGATGGAATTGCCATAATCACCACTGCTGCTTCTGACATGCTGTCTGAGCACAGCTTCATCCCTGAGCCCAAAAGCAGTTGTTACAACACCCACGAGAAGAGAATCTACCAGTCCAATATGCTAAATAG|GATGAATCCTCCATGTTCTTCCAGTTTGGCCCATCAATTGAACAGCAAGCTTCCGTAATGCTCAACATCATGGAAGAATATGACTGGTACATCTTTTCTATCGTCACCACCTATTTCCCTGGCTACCAGGACTTTGTAAACAAGATCCGC	FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPAEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNr|mnppcssslahqlnsklp*	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1167:30504:15727,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1167:30504:15755,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1167:30512:15741,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1167:30520:15755,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1370:2828:17198,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1122:36305:14760,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1122:36313:14746,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1321:21047:6577,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1185:11396:29347,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1254:45277:23209,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1254:45285:23195,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2164:49313:26222,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1155:2084:19132,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2147:3662:1350	chr12:13753317-chr12:13753915	0.02127659574468085	0.002728512960436562	0.012002554352558707	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
MEGF9	FP236383.3	-/-	+/+	chr9:120713853	chr21:8399951	CDS	intron	translocation	7	0	0	2138	2059	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000106780.9	ENSG00000280441.3	ENST00000373930.4	.	upstream	upstream	duplicates(3),mismappers(3)	GGCGGCGGAACGCACTTCGACCACCTCTCAGGCGCCGACCAGACCCGCGCCGACCACCCTTTCGACGACCACTGGCCCGGCGCCGACCACCCCTGTAGCGACCACCGTACCGGCGCCCACGAC|GCCCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCC	AAERTSTTSQAPTRPAPTTLSTTTGPAPTTPVATTVPAPTt|pralslsls	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1193:41749:1911,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1265:6339:15405,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1119:8135:5204,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2125:7310:14732,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2290:33036:5876,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2182:41046:12938,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2255:23701:18151,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1479:23612:8805,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1213:31208:12462,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1242:5547:15517,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1431:6234:16736,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1415:22649:21710	chr9:120713853-chr21:8399951	0.0032634032634032634	0.0	0.0016317016317016317	7	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(7.0<8.0)
DNAAF4	CCPG1	-/-	-/-	chr15:55432497	chr15:55389433	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	1	5	0	90	1562	low	out-of-frame	.	CS_domain(100%)|	.	.	ENSG00000256061.7	ENSG00000260916.8	ENST00000321149.7	ENST00000310958.10	upstream	downstream	duplicates(5)	GCTATTGAAGATTCTTCTAAG___GCACTGGAATTATTGATGCCACCTGTTACAGACAATGCTAATGCAAGAATGAAGGCACATGTACGACGTGGAACAGCATTCTGTCAACTAGAATTGTATGTAGAAG|ACCTGAAAGATGTCTGAAAATTCCAGTGACAGTGATTCATCTTGTGGTTGGACTGTCATCAGTCATGAG___GGGTCAGATATAGAAATGTTGAATTCTGTGACCCCCACTGACAGCTGTGAGCCCGCCCCAGAATGTTCATCTTTAGAGCAAGAGGAGCTTCAAGCATTGCAGATAGAGCAAGGAG___AAAGCAGCCAAAATGGCACAGTGCTTATGGAAGAAACTGCTTATCCAGCTTTGGAGGAAACCAGCTCAACAATTGAG___GCAGAGGAACAAAAG	AIEDSSKALELLMPPVTDNANARMKAHVRRGTAFCQLELYVE|dlkdv*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1467:39541:7390,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2365:31305:9015,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2172:14704:21766,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1285:11687:28450,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1446:51482:13331,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1446:51490:13317,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1446:51498:13275,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1446:51498:13303,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1446:51506:13289,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1440:39322:7460,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1394:10991:23322	chr15:55432497-chr15:55389433	0.01098901098901099	0.003190810465858328	0.007089910727434659	6	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(6.0<8.0)
DNAAF4	CCPG1	-/-	-/-	chr15:55434905	chr15:55389433	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	2	0	110	1562	low	out-of-frame	.	CS_domain(100%)|	.	.	ENSG00000256061.7	ENSG00000260916.8	ENST00000448430.6	ENST00000310958.10	upstream	downstream	duplicates(2)	CACTATTGTATTTGAACCGGGCTGCTTGCCACCTAAAACTAAAAAACTTACACAAGGCTATTGAAGATTCTTCTAAG|ACCTGAAAGATGTCTGAAAATTCCAGTGACAGTGATTCATCTTGTGGTTGGACTGTCATCAGTCATGAG___AAAGCAGCCAAAATGGC	LLYLNRAACHLKLKNLHKAIEDSSK|t*	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1274:38133:18515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2138:17601:2401,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2138:17617:2401,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2179:17738:27581	chr15:55434905-chr15:55389433	0.0	0.0012787723785166241	0.0006393861892583121	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
DNAAF4	CCPG1	-/-	-/-	chr15:55491123	chr15:55389433	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	93	1562	low	out-of-frame	.	CS_domain(100%)|	.	.	ENSG00000256061.7	ENSG00000260916.8	ENST00000524160.5	ENST00000310958.10	upstream	downstream	.	GAAGATCAAAAATACGCACTAAGTGTCATGATGAAG|ACCTGAAAGATGTCTGAAAATTCCAGTGACAGTGATTCATCTTGTGGTTGGACTGTCATCAGTCATGAG___GGGTCAGATATAGAAATGTTGAATTCTGTGACCCCCACTGACAGCTGTGAGCCCGCC	EDQKYALSVMMK|t*	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2389:33400:10542	chr15:55491123-chr15:55389433	0.0	0.0006397952655150352	0.0003198976327575176	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
TUBAP12	TUBAP2	-/-	+/+	chr15:96388333	chr11:90283775	exon	exon	translocation	0	5	0	7	1424	low	.	.	.	.	.	ENSG00000259614.2	ENSG00000214391.3	ENST00000559595.2	ENST00000530835.1	upstream	upstream	duplicates(1),mismappers(1),mismatches(3)	GGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTG|CATGCTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAAGTTTGACCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTGGGTGAGGGGATGGAGGAAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2275:39881:21094,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2422:7189:8384,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2224:4390:1743,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1331:8095:3732,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2432:43408:24176,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1184:44759:27245,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1250:46781:12588,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1250:46789:12602,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1248:3451:6423,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1478:41693:13667	chr15:96388333-chr11:90283775	0.0	0.0034989503149055285	0.0017494751574527643	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
LINC00551	GLI4	+/+	+/+	chr13:106714803	chr8:143268861	exon	intron	translocation	0	5	0	48	466	low	.	.	|Zinc_finger__C2H2_type(100%)	.	.	ENSG00000272274.2	ENSG00000250571.7	ENST00000663663.1	.	downstream	upstream	duplicates(9),low_entropy(1),mismatches(1),multimappers(13)	TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTT|GTTGTTTGAGTCTTGCTGTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGGGGCGCCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGAgTTCAAGCTGTTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1312:28239:15166,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1405:17018:4531,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1147:14381:6213,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1246:2278:22467,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2123:27470:3859,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2215:42655:10767,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2215:42664:10753,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2319:25666:26376,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2319:25683:26376,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1122:33805:14326,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1248:17172:23742,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1374:3823:5162,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1418:42146:15657,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1270:8774:18669,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2345:30140:5148,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2102:51910:17436,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2194:31799:27665,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2246:25035:2331,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1165:15424:17969,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1323:44896:26138,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1342:15222:11621,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2370:5433:27455,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1414:25950:1589,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1415:42170:21388,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1442:13062:9281,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2285:16921:3943,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2430:30715:10374,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1405:7779:1112	chr13:106714803-chr8:143268861	0.0	0.010615711252653927	0.005307855626326964	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
ARL17B	KANSL1	-/-	-/-	chr17:46352820	chr17:46094701	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	3	2	0	3850	1901	low	out-of-frame	.	ADP-ribosylation_factor_family(96%)|PEHE_domain(100%)	.	.	ENSG00000228696.10	ENSG00000120071.15	ENST00000570618.5	ENST00000574590.6	upstream	downstream	duplicates(2)	TTTTCCCCATGTTTCATTTAGGTTTCTGTGTGGAGACAGTAGAATATAAAAATAACACCTTCGCTGTCTGGGATGTTGGCAGCCACTTCAAAATCAGACCTCTGTGGCAGCATTTTTTCCAGAACACAAAAG|GAGACGCAGGTCAGAATGGAAATGGGCTGCAGACCGGGCAGCTATTGTCAGCCGCTGGAACTGGCTTCAGGCTCATGTTTCTGACTTGGAATATCGAATTCGTC	fpmfhlGFCVETVEYKNNTFAVWDVGSHFKIRPLWQHFFQNTK|gdagqngnglqtgqllsaagtgfrlmfltwnief	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1497:42121:29123,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1157:26961:15475,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1181:44921:19594,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2229:1849:5358,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2467:2561:21864,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1435:36143:21962,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2260:45050:27721	chr17:46352820-chr17:46094701	0.0007786140669608098	0.0010509721492380452	0.0009147931080994275	5	True	aih_curated_blacklist score(6)	FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0);aih_curated_blacklist
PEDS1	UBE2V1	-/-	-/-	chr20:50127975	chr20:50096820	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	4	0	1449	3218	low	in-frame	.	Lipid_desaturase_domain(82%)|Ubiquitin-conjugating_enzyme(98%)	.	.	ENSG00000240849.11	ENSG00000244687.12	ENST00000371652.9	ENST00000340309.7	upstream	downstream	.	CTTTGGGCTGCCACGCTGGGTCACCCTCCT?CAGGACTGGCATGTCATCCTGCCACGTAAACACCATCGCATCCACCACGTCTCACCCCACGAGACCTACTTCTGCATCACCACAG|GAGTAAAAGTCCCTCGCAATTTCCGACTGTTGGAAGAACTCGAAGAAGGCCAGAAAGGAGTAGGAGATGGCACAGTTAGCTGGGGTCTAGAAGATGACGAAGACATGACACTTACAAGATGGACAGGGATGATAATTGGG	FGLPRWVTLLQDWHVILPRKHHRIHHVSPHETYFCITT|gVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMII	LH00995:36:23WHYVLT4:2:2165:46636:16063,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1117:22900:18838,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2374:31232:20771,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2488:28773:3816,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2264:14227:28983	chr20:50127975-chr20:50096820	0.000689655172413793	0.0012414649286157666	0.0009655600505147798	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
PEDS1	UBE2V1	-/-	-/-	chr20:50127975	chr20:50084254	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	1	0	1449	3107	low	out-of-frame	.	Lipid_desaturase_domain(82%)|Ubiquitin-conjugating_enzyme(72%)	.	.	ENSG00000240849.11	ENSG00000244687.12	ENST00000371652.9	ENST00000340309.7	upstream	downstream	.	CCTACTTCTGCATCACCACAG|ACAATTTATGAAAACCGAATATACAGCCTTAAAATAGAATGTGGACCTAAATACCCAGAAGCACtCCCCTTTGTAAGATTTGTAACAAAAATTAATATGAATGGAGTAAATAGTTCTAATGGAGTG___GTGGACCCAAGAGCCATATCAGTGCTAGCAAAATGGCAGAATTCATATAGCATCAAAGTTGTCCTGCAAGAGCTTCGGCG	YFCITT|dnl*	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2451:9826:4237	chr20:50127975-chr20:50084254	0.0	0.00032175032175032174	0.00016087516087516087	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
GRM8	GRM8	-/-	-/-	chr7:127242695	chr7:127243515	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	4	1	0	175	9	low	out-of-frame	.	Receptor_family_ligand_binding_region(23%)|7_transmembrane_sweet-taste_receptor_of_3_GCPR(100%),Nine_Cysteines_Domain_of_family_3_GPCR(100%),Receptor_family_ligand_binding_region(100%)	.	.	ENSG00000179603.18	ENSG00000179603.18	ENST00000339582.7	ENST00000339582.7	upstream	downstream	duplicates(2)	CTTTGGAGCAGTCTCTAACATTCGTGCAGGCATTAATAGAGAAAGATGCTTCGGATGTGAAGTGTGCTAATGGAGATCCACCCATTTTCACCAAGCCCGACAAGATTTCTGGCGTCATAGGTGCTGCAGCAAGCTCCGTGTCCATCATGGTTGCTAACATTTTAAGACTTTTTAAG|GAATAATTCTGCTACAAGGCTGATTTCAAGGACATGAATTGTTGACCTCATCCCAACATCAGAACCTCAGATGTTCTAATTTTTGCACCATTCCAGGCAAGTTGATCTTATAAGGAAATAAAATTGAACCTTAGGGGTCTGATGGAAATTCACTGTGACATTCAAATCAAGAAAACTTGCTAATGCCCACAGAG	LEQSLTFVQALIEKDASDVKCANGDPPIFTKPDKISGVIGAAASSVSIMVANILRLFK|e*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1324:3055:2345,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1324:3063:2359,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1324:3071:2373,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1249:13208:1967,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2376:14138:27231,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1130:35763:13289,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1162:34832:4867	chr7:127242695-chr7:127243515	0.0223463687150838	0.1	0.061173184357541904	5	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(5.0<8.0)
TRIM59	IFT80	-/-	-/-	chr3:160438232	chr3:160384646	CDS/splice-site	5'UTR/splice-site	deletion/read-through	2	2	0	460	160	low	out-of-frame	.	B-box_zinc_finger(100%),RING-type_zinc-finger(100%)|WD_domain__G-beta_repeat(100%)	.	.	ENSG00000213186.8	ENSG00000068885.15	ENST00000543469.1	ENST00000487943.5	upstream	downstream	.	CACTTCCTGAGGTTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCGAGTAAGCAAAATATTGAAAGAAGAATGGAGCAGAACAGAAATTGGACAAATTAAGAACGTTCTCATTCCCAAAATGAAAATTTCTCCAAAAAGGATGTCATGTTCCTGGCCTG|TAAATACAATCAAGTGGCATCTTAAATTTTTGCTGGAAGTGGAGTCATGAGACTAAAGATATCTCTTTTAAAAGAACCAAAGCATATCCTTTTAATGCTTATAAATCTTATTGGATTTTCTTAATTATAGTATTGTTAAAAGTTTCTCTATTTTATATCCTAGTTGAAGAATAGATTTTTTTTTTCATTCCTTTAGTGGCTGTTTACCTAAATTGTTTTAAAGTATTTAAGATCATGTGTTGTAAGTAATTCT	LPEVQPVEIYPRVSKILKEEWSRTEIGQIKNVLIPKMKISPKRMSCSWP|vntikwhlkflleves*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2449:11962:18585,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2473:11671:17436,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1109:25998:14200,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2340:39614:28002	chr3:160438232-chr3:160384646	0.004329004329004329	0.012345679012345678	0.008337341670675003	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
RNF103	CHMP3	-/-	-/-	chr2:86620330	chr2:86542312	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	4	0	0	1747	3436	low	in-frame	.	|Snf7(100%)	.	.	ENSG00000239305.7	ENSG00000115561.16	ENST00000237455.5	ENST00000263856.9	upstream	downstream	duplicates(3),mismappers(3)	GGTTTTTTGAGGCCATTGTGTGGTATGAAACTGGCATCTTTGCCACCCAGCTGGTGGATCCGGTGGCGCTGAGCTTCAAGAAGCTGAAGACCATTTTGGAGTGCCGGGGGTTGGGCTACTCAGGGTTGCCCGAGAAGAAGGATGTCCGGGAGCTGGTGGAAAAGTCAG___GTGACTTGATGGAGGGTGAGCTCTATTCTGCTCTCAAGGAAGAAGAAGCATCCGAATCGGTTTCTAGTACCAATTTCAGTGGTGAAATGCACTTCTATGAGCTTGTGGAAGACACAAAAGATGGCATCTGGCTGGTTCAG|GTCAATGAGTGGTCATTGAAGATAAGAAAGGAAATGAGAGTTGTTGACAGGCAAATAAGGG___ATATCCAAAGAGAAGAAGAAAAAGTGAAACGATCTGTGAAAGATGCTGCCAAGAAG	FFEAIVWYETGIFATQLVDPVALSFKKLKTILECRGLGYSGLPEKKDVRELVEKSGDLMEGELYSALKEEEASESVSSTNFSGEMHFYELVEDTKDGIWLVQ|VNEWSLKIRKEMRVVDRQIRDIQREEEKVKRSVKDAAK	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1187:40576:14620,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2358:3548:6311,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2103:32333:5106,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2266:21322:9323,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2342:7634:8342,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2342:7642:8328,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1251:43909:3999,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1360:37049:18684,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2333:51045:24849,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2266:49014:3396	chr2:86620330-chr2:86542312	0.002284408909194746	0.0	0.001142204454597373	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA3	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140803591	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	4	0	48	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000255408.4	ENSG00000243232.6	ENST00000532566.3	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(2)	GTCCAATTAGCCGGGATAGAGAGGAGAAACAGGATGTGGACGTTGATCTCTCAGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG...CCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGCAACCCCAAACAATCCGGTCCCGGTGAGTTGCCCGACAAATTCATTATCCCAGGATCTCCTGCAATCATCTCCATCCGGCAGGAGCCTACTAACA	PISRDREEKQDVDVDLSAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2228:39031:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1206:34654:7978,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1482:24307:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2449:2982:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1334:27284:22257,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1409:43553:12378	chr5:140803591-chr5:140978949	0.0	0.025157232704402517	0.012578616352201259	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA3	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140803591	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	4	0	48	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000255408.4	ENSG00000248383.5	ENST00000532566.3	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(2)	GTCCAATTAGCCGGGATAGAGAGGAGAAACAGGATGTGGACGTTGATCTCTCAGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG...CCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGCAACCCCAAACAATCCGGTCCCGGTGAGTTGCCCGACAAATTCATTATCCCAGGATCTCCTGCAATCATCTCCATCCGGCAGGAGCCTACTAACA	PISRDREEKQDVDVDLSAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2228:39031:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1206:34654:7978,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1482:24307:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2449:2982:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1334:27284:22257,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1409:43553:12378	chr5:140803591-chr5:140978949	0.0	0.025157232704402517	0.012578616352201259	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA3	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140803591	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	4	0	48	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000255408.4	ENSG00000239389.8	ENST00000532566.3	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(2)	GTCCAATTAGCCGGGATAGAGAGGAGAAACAGGATGTGGACGTTGATCTCTCAGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG...CCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATACGGACCAGGCAACCCCAAACAATCCGGTCCCGGTGAGTTGCCCGACAAATTCATTATCCCAGGATCTCCTGCAATCATCTCCATCCGGCAGGAGCCTACTAACA	PISRDREEKQDVDVDLSAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATP	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2228:39031:22145,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1206:34654:7978,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1482:24307:4825,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2449:2982:5946,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1334:27284:22257,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1409:43553:12378	chr5:140803591-chr5:140978949	0.0	0.025157232704402517	0.012578616352201259	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHGB2	PCDHGA6(3040),PCDHGA7(57)	+/+	./+	chr5:141362556	chr5:141382682	CDS	intergenic	deletion/read-through	4	0	0	675	15	low	out-of-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|	.	.	ENSG00000253910.2	.	ENST00000622527.1	.	downstream	upstream	.	CCTGTGTGTTGCCTCACAATCAGCCAAGACAGAGTTCAATTTTCTGAACATAACCCCGGAATTGGTTCCCGCGCAAGATCTCGTCTGTGACAATGCCTCTTGGGAACAAAATACAAATCATGGAGCCGCTGGGGTCCCTTTTGCCTCAGATACTATTTTGAAG|GGAAAAATGGTGCGAGAGATCCCACAGAAACCACCGAGTTTTACAGCACAGAGA	LCVASQSAKTEFNFLNITPELVPAQDLVCDNASWEQNTNHGAAGVPFASDTILK|gkmvreipqkppsftaq	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1369:41701:20015,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2312:6161:3298,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1142:4584:16596,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2339:47404:24681	chr5:141362556-chr5:141382682	0.005891016200294551	0.0	0.0029455081001472753	4	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(4.0<8.0)
PCDHA6	PCDHAC2	+/+	+/+	chr5:140830485	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	26	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081842.18	ENSG00000243232.6	ENST00000378126.4	ENST00000289269.7	downstream	upstream	duplicates(2),mismatches(1)	AGCCTTTCACCTTGTCCTATTATGATGGGTAAGGCGGAGAATCAGGATTTAAATGAAGATCATGATGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAG	SLSPCPIMMGKAENQDLNEDHDAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEA	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1220:13960:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1376:26775:1953,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2266:49038:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1118:47299:14634,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1217:28563:11635,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1491:2319:6311	chr5:140830485-chr5:140978949	0.0	0.0189873417721519	0.00949367088607595	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHA6	PCDHAC1	+/+	+/+	chr5:140830485	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	26	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081842.18	ENSG00000248383.5	ENST00000378126.4	ENST00000253807.3	downstream	upstream	duplicates(2),mismatches(1)	AGCCTTTCACCTTGTCCTATTATGATGGGTAAGGCGGAGAATCAGGATTTAAATGAAGATCATGATGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAG	SLSPCPIMMGKAENQDLNEDHDAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEA	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1220:13960:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1376:26775:1953,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2266:49038:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1118:47299:14634,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1217:28563:11635,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1491:2319:6311	chr5:140830485-chr5:140978949	0.0	0.0189873417721519	0.00949367088607595	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
PCDHA6	PCDHA13	+/+	+/+	chr5:140830485	chr5:140978949	CDS	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	26	155	low	in-frame	.	Cadherin-like(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)	.	.	ENSG00000081842.18	ENSG00000239389.8	ENST00000378126.4	ENST00000289272.3	downstream	upstream	duplicates(2),mismatches(1)	AGCCTTTCACCTTGTCCTATTATGATGGGTAAGGCGGAGAATCAGGATTTAAATGAAGATCATGATGCCAAA|CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCCTCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG___CTCTGTGCACCTAGAGGAGGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAACAGTATCCAGTGCAACACCAG___AACCAGAGGCAG	SLSPCPIMMGKAENQDLNEDHDAK|PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEA	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1220:13960:13023,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1376:26775:1953,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2266:49038:4363,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1118:47299:14634,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1217:28563:11635,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1491:2319:6311	chr5:140830485-chr5:140978949	0.0	0.0189873417721519	0.00949367088607595	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
ACTG1P23	ACTA1	-/+	-/+	chr3:175977561	chr1:229431571	exon	CDS	translocation	3	0	0	89	97	low	.	.	.	.	.	ENSG00000230362.1	ENSG00000143632.14	.	.	downstream	upstream	.	GCCGGACTCGTCATACTCCTGCTTGCTGATCCACATCTG|GAAGGTGGACAGCGAGGCCAGGATGGAGCCGCC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:2:1227:17851:29515,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1227:20214:9505	chr3:175977561-chr1:229431571	0.03260869565217391	0.0	0.016304347826086956	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
GTF2A1L	STON1-GTF2A1L	+/+	+/+	chr2:48671680	chr2:48776280	CDS/splice-site	exon/splice-site	deletion/read-through	2	1	0	29	5	low	.	.	Transcription_factor_IIA__alpha/beta_subunit(92%)|	.	.	ENSG00000242441.8	ENSG00000068781.21	ENST00000508440.1	ENST00000463040.5	downstream	upstream	duplicates(2)	CTGAAGGTACCTGAAGAAGAAGCTGACAGTATTTCAAATGAGGATTCAGCCACAAACAGTAGTGATAATGAAGACCCTCAAGTAAACATTGTAGAAGAG___GACCCTTTAAATTCTGGAGATGATGTTAGTGAACAGGATGTGCCAGACCTGTTTGACACGGATAATGTaATTGTCTGTCAGTATGATAAG|CAGGGAGATACCAGGGTTCGTCATGGGCAGCAATGACTACGATGGACAAGAAGATAGAGGCCCTAATCCTAATTTTCTGAGCACCATGGAAGCCCCCTGGATTCTAGGGAGACCTTGAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2307:16953:3018,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2257:5911:21892,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1165:2796:1364,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2234:20400:12322,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2234:20408:12308	chr2:48671680-chr2:48776280	0.06451612903225806	0.16666666666666666	0.11559139784946236	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
LRTOMT	AP000812.3	+/+	+/+	chr11:72095096	chr11:72107923	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	2	0	1152	38	low	out-of-frame	.	Leucine-rich_repeat(78%),Leucine_rich_repeat(100%)|O-methyltransferase(96%)	.	.	ENSG00000184154.15	ENSG00000284844.1	ENST00000289488.7	ENST00000541899.2	downstream	upstream	duplicates(2)	CAACTTTCTTCAACCTGAGTGTCCTCTATCTTCACGGCAACAGCATCCAGCGCCTGGGGGAGGTGAATAAGCTGGCTGTCCTTCCTCGGCTCCGTAGCCTGACACTCCATGGGAACCCCATGGAGGAAGAGAAAGGGTATAG|GTCAGATCCTGATGCGGCTGGTGGAGGAGAAGGCCCCTGCTTGTGTGCTGGAATTGGGAACCTACTGTGGATACTCTACCCTGCTTATTGCCCGAGCCCTGCCCCCTGGGGGTCGCCTTCTT	TFFNLSVLYLHGNSIQRLGEVNKLAVLPRLRSLTLHGNPMEEEKGYr|sdpdaagggegpclcagignllwilypaycpspapwgsps	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2313:27737:8945,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2431:37543:5470,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1486:39533:24499,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2204:27899:8889,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2204:27915:8889	chr11:72095096-chr11:72107923	0.0008673026886383347	0.05	0.02543365134431917	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
LRTOMT	AP000812.3	+/+	+/+	chr11:72095096	chr11:72108605	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	1	1	0	1152	23	low	out-of-frame	.	Leucine-rich_repeat(78%),Leucine_rich_repeat(100%)|O-methyltransferase(46%)	.	.	ENSG00000184154.15	ENSG00000284844.1	ENST00000289488.7	ENST00000541899.2	downstream	upstream	.	CCTGGATCGACCTGTCCTTTAATGACCTGACTTCCATTGACCCT___GTCCTAACAACTTTCTTCAACCTGAGTGTCCTCTATCTTCACGGCAACAGCATCCAGCGCCTGGGGGAGGTGAATAAGCTGGCTGTCCTTCCTCGGCTCCGTAGCCTGACACTCCATGGGAACCCCATGGAGGAAGAGAAAGGGTATAG|GTGGAGCTCATCGTGGGCAGCTCAGAGGACGTGATCCCGTGCCTACGCACCCAGTATCAGCTGAGTCGGGCAGACCTGGTGCTCCTGGCACACCGGCCACGATGTTACCTGAGGGACCTGCAGCTGCTGGAGGCCCATGC	WIDLSFNDLTSIDPVLTTFFNLSVLYLHGNSIQRLGEVNKLAVLPRLRSLTLHGNPMEEEKGYr|wssswaaqrt*	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2259:13289:19538,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1294:32778:13387	chr11:72095096-chr11:72108605	0.0008673026886383347	0.041666666666666664	0.0212669846776525	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
DNAJC25	GNG10	+/+	+/+	chr9:111631743	chr9:111666815	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion/read-through	0	3	0	502	1802	low	in-frame	.	DnaJ_domain(87%)|GGL_domain(67%)	.	.	ENSG00000059769.20	ENSG00000242616.4	ENST00000313525.4	ENST00000374293.5	downstream	upstream	duplicates(1)	CGAGGGCCCCGGGCGGACGCCGCAGAGCGCCGAGGAGGCTTTCCTGCTGGTGGCAACCGCCTACGAGACACTCAAG|GTCTCTCAGGCAGCTGCAGAGCTTCAACAGTACTGTATGCAGAATGCCTGCAAGGATGCCCTGCTGGTGGGTGTTCCAGCTGGAAGTAACCCCTTCCGGGAGCCTAGATCCTGTGCTTTACTCTGAAGACTC___TAGGAGAGAAGTTTGCTGAGGAATGCCTTCAAGCACAAAGTGATGAATGACTGCCTTCAAGTCTCAAGAAAACACTTTTCCC	EGPGRTPQSAEEAFLLVATAYETLK|VSQAAAELQQYCMQNACKDALLVGVPAGSNPFREPRSCALL*	LH00995:36:23WHYVLT4:4:2112:45293:7292,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2176:44330:28520,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2176:44338:28534,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1235:29736:25101	chr9:111631743-chr9:111666815	0.0	0.0016620498614958448	0.0008310249307479224	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
MCM10	MCM10	+/+	+/+	chr10:13186280	chr10:13172376	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication/non-canonical_splicing	0	3	0	413	514	low	out-of-frame	.	Primase_zinc_finger(54%)|Mcm10_replication_factor(100%),Primase_zinc_finger(100%)	.	.	ENSG00000065328.17	ENSG00000065328.17	ENST00000378714.8	ENST00000378714.8	downstream	upstream	duplicates(2)	GGGTGAAGCTCTTGACCTGGGAACCTGTAAAGCCAAGAAGAAGAATGGAGAGCCGTGCACGCAGACTGTGAATTTG|AGGAATTAAGGAATTTGCAAGAGCAAATGAAGGCCTTACAAGAGCAGCTAAAAGTAACAACAATTAAACAGACAGCAAGCCCAGCCCGTCTGCAAAAATCCCC	GEALDLGTCKAKKKNGEPCTQTVNL|rn*	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2311:31232:12476,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1175:51198:11019,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1258:14769:6941,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1258:14785:6941,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2478:16153:7235	chr10:13186280-chr10:13172376	0.0	0.005802707930367505	0.0029013539651837525	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
BTNL3	BTNL8	+/+	+/+	chr5:181002785	chr5:180948355	CDS/splice-site	CDS/splice-site	duplication	0	3	0	615	1710	low	in-frame	.	Immunoglobulin_V-set_domain(100%)|SPRY-associated_domain(100%),SPRY_domain(100%)	.	.	ENSG00000168903.9	ENSG00000113303.12	ENST00000342868.7	ENST00000340184.9	downstream	upstream	.	CCTGTGTGGTGTTGTCATGGGGATGATAATTGTTTTCTTCAAATCCAAAG|GGAAAATCCAGGCGGAACTGG___ACTGGAGAAGAAAGCACGGACAGGCAG___AATTGAGAG	LCGVVMGMIIVFFKSK|gKIQAELDWRRKHGQAelr	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1440:36216:2247,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2133:12075:15727,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1395:40746:28086	chr5:181002785-chr5:180948355	0.0	0.0017513134851138354	0.0008756567425569177	3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC005062.1	MACC1	-/-	-/-	chr7:20129120	chr7:20161870	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	0	3	0	0	1453	low	.	.	|ZU5_domain(100%)	.	.	ENSG00000243004.6	ENSG00000183742.13	ENST00000418442.1	ENST00000400331.10	upstream	downstream	.	CTTCACGTGGATACAGATTTTGCAGTTATCAACTAACCCATCAATTAGCATTTATGGAGCACTAATTGGTGTCAACCCAGGTACCATAAGT|GTGGAAAAATGCTAATCACTGAAAGAAAACATTTTCGGTCAGGAAGAATTGCACAAAGTATGTCTGAAGCAAATTTGATTGACATGGAAGCTGGAAAACTCcCAAAAAGTTGCAATATTACAG___AATGCCAGGACCCAGACTTGCTTCACAATTGGCCGGATGCTTTCAC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2252:32632:17478,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2488:31839:13471,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2239:45018:4069	chr7:20129120-chr7:20161870		0.0020604395604395605		3	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(3.0<8.0)
AC005062.1	MACC1	-/-	-/-	chr7:20140317	chr7:20161870	exon/splice-site	5'UTR/splice-site	duplication	1	0	0	6	1453	low	.	.	|ZU5_domain(100%)	.	.	ENSG00000243004.6	ENSG00000183742.13	ENST00000428100.1	ENST00000400331.10	upstream	downstream	duplicates(1)	CTAGAAAGAGGGGAAGCAAGCACACACCCTGTGGCCAGTCACGGCTGCCCGCTTTCCACACCTGACCTCTTCAGTTCATCAGTGGGGTTCACtAGCATCACCCCCATTTTTCATGGGGAGAAACTCAGAAGTGGgGAGAACGTCTGAGGCTACATAGCCAGTACAAA|GTGGAAAAATGCTAATCACTGAAAGAAAACATTTTCGGTCAGGAAGAATTGCACAAAGTATGTCTGAAGCAAATTTGATTGACATGGAAGCTGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1219:47526:14242,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2124:2173:21724	chr7:20140317-chr7:20161870	0.14285714285714285	0.0	0.07142857142857142	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
ITGA9	COQ4	+/+	+/+	chr3:37542585	chr9:128325779	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	2	0	827	3142	low	stop-codon	.	FG-GAP_repeat(100%),Integrin_alpha(24%)|Coenzyme_Q_(ubiquinone)_biosynthesis_protein_Coq4(71%)	.	.	ENSG00000144668.12	ENSG00000167113.11	ENST00000264741.10	ENST00000300452.8	downstream	upstream	duplicates(1)	CCAGGGTCTAC-TTGTGCTGCTGGGAGAGACCATGGGTCAGGTCACAGAGAAGCTGCAGCTGACTTACATGGAGGAGACGTGTCGTCACTATGTGGCCCATGTGAAG|GGAGCGTCCCCGGATTTCGACATCCACCCTCGACCTGGGCAAGCTCCAGAGCCTGCCGGAAGGCTCCCTCGGTCGCGAGTATCTCCGTTTCCTGGATGTGAAC___AGGGTCTCCCCAGACACCCGAGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:2390:1591:24611,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1451:25731:23518,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2403:27462:1771	chr3:37542585-chr9:128325779	0.0	0.0006361323155216285	0.0003180661577608143	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ARHGEF7	TMCO3	+/+	+/+	chr13:111153991	chr13:113547300	CDS/splice-site	CDS/splice-site	deletion	1	1	0	2147	1410	low	.	.	Calponin_homology_(CH)_domain(75%)|Sodium/hydrogen_exchanger_family(24%)	.	.	ENSG00000102606.18	ENSG00000150403.18	ENST00000218789.9	ENST00000434316.7	downstream	upstream	duplicates(1)	GGCATCTGGGGCAGCGGGCTCGCTCCAGGCCGTCGGGGGCCGCTCGCCAGCGTCGCCCGCTGTGTTGGGAGCGCGGGCCGTGGGCGTCGCTCGGCCTTGTCCGCGGCGTCCCCGCTGCCGGCCACGGCGCTCAGCGCTTGTGCTCTGTATT...CCCCGAGCCCCGGAGCGAGAGCGAGTGCCTGAGCAACATCCGCGAGTTCCTGCGCGGCTGCGGGGCTTCCCTGCGGCTGGAG|GGCTCCACGTGTTCCCCACGTTTGTGGCGTACGAGCTCACGGTGCTGGTGTTCCTCACCTTGTCAGTGGTGGTGATGAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1152:7674:24471,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1152:7682:24485,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1460:44775:11803	chr13:111153991-chr13:113547300	0.0004655493482309125	0.0007087172218284905	0.0005871332850297014	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
C1orf174	CLCN7	-/-	-/-	chr1:3892883	chr16:1459187	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	0	0	1910	1760	low	in-frame	.	UPF0688_family(15%)|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000198912.12	ENSG00000103249.18	ENST00000361605.4	ENST00000448525.5	upstream	downstream	duplicates(2)	CACTCATGAGGAGCCGGAAG___CTCACAGGTGCAGTGCGGTCTTCAGCGCGCTTGAAAGCACGAAGTTGTTCGGCAGCCAGGTTGGCCTCTGCCCAGGAAGTTGCTGGTTCCACGTCTGCCAAGACAGCATGTCTG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGGGGTGAAGATCCCCCACGTGGTGCGGC	MRSRKLTGAVRSSARLKARSCSAARLASAQEVAGSTSAKTACL|PVAAGSGIPQIKCFLNGVKIPHVVR	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1373:16776:10444,LH00995:36:23WHYVLT4:4:1373:16784:10458,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2279:41903:6241,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2260:18143:9786	chr1:3892883-chr16:1459187	0.0010460251046025104	0.0	0.0005230125523012552	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ADAMTS13	CLCN7	+/+	-/-	chr9:133428771	chr16:1459187	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	169	1760	low	out-of-frame	.	ADAMTS_cysteine-rich_domain_2(2%),Metallo-peptidase_family_M12B_Reprolysin-like(100%),Reprolysin_(M12B)_family_zinc_metalloprotease_(94%)|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000160323.19	ENSG00000103249.18	ENST00000371916.5	ENST00000448525.5	downstream	downstream	duplicates(1)	CTTCGGACGGCGCCGCGCCCCGCGCCGGCCTCGCCTGGTCCCCCTGCAGCCGCCGGCAGCTGCTGAGCCTGCTCAG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGGGGTGAAGATCCCCCACGTGGTGCGGCTCAAG___ACGTTGGTGATCAAAGTGTCCGGTGTGATCCTGTCCGTGGTCGGGGGCCTGGCCGTGGGAAAG___GAAGGGCCGATGATCCACTCAGGTTCAGTGATTGCCGCCGGGATCTCTCAGGGAAGGTCAACGTCAC	SDGAAPRAGLAWSPCSRRQLLSLLs|rwllaaesprssasstg*	LH00995:36:23WHYVLT4:7:1476:6339:21346,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1442:47081:17142,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1442:47097:17142	chr9:133428771-chr16:1459187	0.0058823529411764705	0.0005678591709256105	0.0032251060560510407	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ADAMTS13	ENTR1	+/+	-/-	chr9:133428771	chr9:136402887	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	1	1	169	2696	low	in-frame	.	ADAMTS_cysteine-rich_domain_2(2%),Metallo-peptidase_family_M12B_Reprolysin-like(100%),Reprolysin_(M12B)_family_zinc_metalloprotease_(94%)|	.	.	ENSG00000160323.19	ENSG00000165689.17	ENST00000371916.5	ENST00000357365.8	downstream	downstream	duplicates(7)	TGCCCATGAGATTGGGCACAG___CTTCGGCCTGGAGCACGACGGCGCGCCCGGCAGCGGCTGCGGCCCCAGCGGACACGTGATGGCTTCGGACGGCGCCGCGCCCCGCGCCGGCCTCGCCTGGTCCCCCTGCAGCCGCCGGCAGCTGCTGAGCCTGCTCAG|GCAACTGGTTTCCGGAGCTGAGACACTGAATCTTGTTGCCGAAATCCTTAAATCTATAGACAGAATTTCTGAAGTTAAAGACGAGGAGGAAGACTCTTGAGGACCCCTGGGTGTTCTCAGCATGAAGCTCCGTGTATACCCTGAGGTCACCACCGCTCGATCTAAATGTGC	MASDGAAPRAGLAWSPCSRRQLLSLLr|QLVSGAETLNLVAEILKSIDRISEVKDEEEDS*	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1287:5069:13149,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1287:5077:13135,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1287:5077:13163,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1287:5085:13149,LH00995:36:23WHYVLT4:1:1287:5094:13135,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1171:19979:16582,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1103:16444:28086,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1103:16460:28086,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1103:16476:28086	chr9:133428771-chr9:136402887	0.0029498525073746312	0.0005560704355885078	0.0017529614714815694	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
LAMB1	CDK5RAP2	-/-	-/-	chr7:107935415	chr9:120400885	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	4999	1706	low	in-frame	.	Laminin_EGF_domain(100%),Laminin_N-terminal_(Domain_VI)(100%)|	.	.	ENSG00000091136.15	ENSG00000136861.18	ENST00000676574.1	ENST00000360822.7	upstream	downstream	duplicates(1)	GGAGCGAGAATCCCAGTTCAAGGAAAAACAAGAGGAGCAGGCTCGCCTCCTTGATGAACTGGCAGGCAAGCTACAAAGCCTAGACCTTTCAGCCGCTGCCGAAATG|GGTCCACACCCAGCACCACTGAGCAAGTTTGTGAGCAGTGTGAGCACGGCCAAGC...CCCCCTTCACTGTGAGCAG___ATTGGAGAAATGAAGGCAGAGGTCACCAAACTACATAAAAAATTGTTTGAACAAGAAAAGAAGTTGCAAAACACCATGAAGCTTTTGCAGCTGAGCAAGCGCCAGGAAAAAGTCATCTTTGATCAAT	ERESQFKEKQEEQARLLDELAGKLQSLDLSAAAEM|GPHPAPLSKFVSSVSTAK	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1357:17884:18726,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1344:43958:27119,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1328:29509:29305	chr7:107935415-chr9:120400885	0.0002	0.0005858230814294083	0.00039291154071470415	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
MICU1	ADK	-/-	+/+	chr10:72407929	chr10:74589282	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	1	0	1205	1072	low	out-of-frame	.	EF_hand(100%)|pfkB_family_carbohydrate_kinase(36%)	.	.	ENSG00000107745.19	ENSG00000156110.15	ENST00000398761.8	ENST00000539909.6	upstream	upstream	.	CTTGCCTACAGTGGGGTGCAGTCCAAGAAGCTGACCGCCATGCAGAGGCAGCTCAAGAAGCACTTCAAAGAAGGAAAG___GGTCTGACATTTCAGGAGGTGGAGAACTTCTTTACTTTCCTAAAGAACATTAATGATGTGGACACTGCATTGAGTTTTTACCATATGGCTGGAGCATCTCTTGATAAAG|GAAGCTGCCACTTTTGCTAGAGAGCAAGGCTTTGAG___ACTAAAGACATTAAAGAGATAGCCAAAAAGACACAAGCCCTGCCAAAGATGAACTCAAAGAGGCAGCGAATCGTGATCTTCACCCAAGGGAGAGATGACACTA	LAYSGVQSKKLTAMQRQLKKHFKEGKGLTFQEVENFFTFLKNINDVDTALSFYHMAGASLDK|gschfc*	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2348:10457:15251,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2391:16436:12238	chr10:72407929-chr10:74589282	0.0008291873963515755	0.0009319664492078285	0.0008805769227797019	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
EPS8	ATF7IP	-/-	+/+	chr12:15789161	chr12:14423909	5'UTR/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	2	0	1050	1779	low	.	.	|ATF-interacting_protein_binding_domain(100%),Fibronectin-III_type_domain(100%)	.	.	ENSG00000151491.14	ENSG00000171681.12	ENST00000647224.1	ENST00000544627.5	upstream	upstream	duplicates(2)	GCCGTGGCCCCGAGGGCGGATCCGAG|ATTCAGAATGGACAGTTTAGAAGAACCTCAGAAAAAAGTCTTTAAGGCTCGAAAAACGATGAGAGTGAGTGATCGTCAGCAACTTGAAGCAGTGTACAAGGTCAAAGAAGAACTGTTGAAAACTGATGTCAAGCTGTTAAATGGCAACCATGAAAATGGAGATTTGGACCCAACCTCACCTTTGGAAAACATGGATTACATTAAAGACAAGGAAGAGGTGAATGGCATTGAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1274:2731:11397,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1238:28546:14186,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2352:23345:5820,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1122:52032:2205	chr12:15789161-chr12:14423909	0.0	0.0011229646266142617	0.0005614823133071309	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
TCF25	FAAP20	+/+	-/-	chr16:89907322	chr1:2194133	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	3828	1653	low	in-frame	.	Transcriptional_repressor_TCF25(100%)|FAAP20_FANCA_interaction_domain(100%),Ubiquitin-binding_zinc-finger(100%)	.	.	ENSG00000141002.20	ENSG00000162585.17	ENST00000640279.1	ENST00000414253.5	downstream	downstream	duplicates(2)	GATCAAGGAAGCCGTCGCTGCCCTGCCCCCG___GACGTGACCACGCAGTCTGTGATGGGGTTTGATCCTCTGCCTCCTTCGGACACAATCTACTCCTACGTCAGGCCAGAGAG|GCCTTCTGGCGGCCGCCCCTGGTTTCTCCTGGGGGGTGATGAGCGGGAGCGGCTCTGGGCCGAGCTACTGCGCACGGTGAGCCCGGAGCTGATCCTGGATCACGAGGTGCCTTCACTGCCCGCCTTCCCAGGACAG___GAGCCCAGGTGCGGtCCGGAGCCCACTGAAGTCTTCACTGTCGGACCCAAGACCTTTTCCTGGACACCC	IKEAVAALPPDVTTQSVMGFDPLPPSDTIYSYVRPEr|PSGGRPWFLLGGDERERLWAELLRTVSPELILDHEVPSLPAFPGQEPRCGPEPTEVFTVGPKTFSWT	LH00995:36:23WHYVLT4:5:1231:12342:13331,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1231:12350:13317,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1105:40706:19132,LH00995:36:23WHYVLT4:7:1321:36022:6255	chr16:89907322-chr1:2194133	0.00026116479498563595	0.0006045949214026602	0.00043287985819414807	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
NCOR1	B4GALNT2	-/-	+/+	chr17:16146376	chr17:49152800	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	1	0	1989	1816	low	in-frame	.	G-protein_pathway_suppressor_2-interacting_domain(100%)|Glycosyl_transferase_family_2(100%)	.	.	ENSG00000141027.21	ENSG00000167080.9	ENST00000268712.8	ENST00000393354.7	upstream	upstream	.	AGAAAAAAGTGGACAGAATAGAAAATAATCCTCGGAGGAAAGCTAAAGAAA------CAAGGGAATACTATGAAAAGCAGTTTCCAGAAATTCGAAAACAAAGAGAACAGCAAGAAAGATTTCAGCG|AGAAGGGCTGCCCCGCCCACTGCCCCTGCTGGTCCAGCCCAACCTCCCCTTTGGGTACCCAGTCCACGGAGTGGAGGTGATGCCCCTGCACACGGTTCCtATCCCAG___GCCTCCAGTTTGAAG	KKVDRIENNPRRKAKETREYYEKQFPEIRKQREQQERFQr|EGLPRPLPLLVQPNLPFGYPVHGVEVMPLHTVPIPGLQFE	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2433:49500:6619,LH00995:36:23WHYVLT4:1:2230:28878:28772	chr17:16146376-chr17:49152800	0.0005025125628140704	0.000550357732526142	0.0005264351476701062	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ARHGEF1	UCKL1	+/+	-/-	chr19:41896482	chr20:63941208	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	1507	1372	low	stop-codon	.	Regulator_of_G_protein_signalling-like_domain(100%)|Uracil_phosphoribosyltransferase(100%)	.	.	ENSG00000076928.18	ENSG00000198276.16	ENST00000354532.8	ENST00000354216.11	downstream	downstream	.	GCCAGGTGCTACAGACCGGAAGGGAGGCGTGGGGATG-CCTCTCGGGACCGGAATATCGGGGCTCCTGGGCAGGACACCCCTGGAGTCTCTCTGCACCCTCTGTCCCTGGACAGCCCAGACCGGGAACCAG___GTGCTGACGCCCCCCTGGAGCTGGGGGACTCATCCCCGCAGGGCCCAATGAGCCTGGAGTCCTTGGCGCCCCCAGAGAGTACCGACGAGGGGGCCGAAACCGAGAG|GGCTGCGCTGGCCTCGGCACACCAGTGCCACCCGCTGCCCCGGACGCTGAGCGTCCTGAAGAGCACGCCGCAGGTACGGGGCATGCACACCATCATC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1434:40075:18992,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1366:32842:21234	chr19:41896482-chr20:63941208	0.000663129973474801	0.0007283321194464676	0.0006957310464606344	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
ASMTL-AS1	UCKL1	+/+	-/-	chrX:1402225	chr20:63941208	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	0	0	98	1372	low	.	.	|Uracil_phosphoribosyltransferase(100%)	.	.	ENSG00000236017.8	ENSG00000198276.16	ENST00000425740.7	ENST00000354216.11	downstream	downstream	duplicates(1)	TGGAAATCGTGCAGAAGATGGGAAGATGCAGGCTGGAGTGCGGAGAAGGACTGAGACCCTGCCTGGTAGACGGCACCGTCACAGCAGCCGTCTGCCTGCTAGGAG|GGCTGCGCTGGCCTCGGCACACCAGTGCCACCCGCTGCCCCGGACGCTGAGCGTCCTGAAGAGCACGCCGCAGGTACGGGGCATGCACACCATCAT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1394:41466:18796,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2488:20554:13233,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2488:20570:13233	chrX:1402225-chr20:63941208	0.02	0.0	0.01	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
MICALL2	UCKL1	-/-	-/-	chr7:1446713	chr20:63941208	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	2774	1372	low	in-frame	.	Calponin_homology_(CH)_domain(100%),LIM_domain(49%)|Uracil_phosphoribosyltransferase(100%)	.	.	ENSG00000164877.19	ENSG00000198276.16	ENST00000297508.8	ENST00000354216.11	upstream	downstream	duplicates(2)	GCCCGCCCCCCAAGACT___GACCAGGCATTGGCGGGCAGCTTGGTCAGCAGCACCTGCGGGGTCTGCGGCAAGCACGTGCACCTGGTACAGCGGCACCTGGCCGACGGGAGGCTTTACCACCGGAGCTGCTTCAG|GGCTGCGCTGGCCTCGGCACACCAGTGCCACCCGCTGCCCCGGACGCTGAGCGTCCTGAAGAGCACGCCGCAGGTACGGGGCATGCACACCAT	PPPKTDQALAGSLVSSTCGVCGKHVHLVQRHLADGRLYHRSCFr|AALASAHQCHPLPRTLSVLKSTPQVRGMHT	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1215:27907:15545,LH00995:36:23WHYVLT4:2:2409:13871:21080,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1128:15999:13275,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1342:11913:21584	chr7:1446713-chr20:63941208	0.00036036036036036037	0.0007283321194464676	0.000544346239903414	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
MAGI3	ASPH	+/+	-/-	chr1:113391349	chr8:61684188	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	7720	5876	low	in-frame	.	|Aspartyl/Asparaginyl_beta-hydroxylase(100%),Aspartyl_beta-hydroxylase_N-terminal_region(100%),Tetratricopeptide_repeat(100%)	.	.	ENSG00000081026.19	ENSG00000198363.18	ENST00000307546.14	ENST00000379454.9	downstream	downstream	duplicates(10)	GGCGACTTtGGCGCGGAGATCCGCGGTGGCGCGGAGCGTGGCGAGTTCCCCTACCTGGGGCGGCTCCGCGAGGAGCCCGGCGGGGGCACCTGCTGCGTCGTCTCGGGCAAGGCGCCCAGCCCAGGCGATGTGCTGCTGGAGGTAAACGGGACGCCTGTCAGCGGGCTCACCAACCGGGACACCCTGGCTGTCATCCGCCACTTCCGCGAGCCCATCCGTCTCAAGACTGTGAAACCAG|AGACAAAGCATGGAGGACACAAGAATGGGAGGAAAGGCGGACTCTCAGGAACTTCATTCTTCACGTGGTTTATGGTGATTGCATTG...GATGGAGATTTTGATGTGGATGATGCCAAAGTTTTATTAG___GACTTAAAGAGAGATCTACTTCAGAGCCAGCAGTCCCGCCAGAAGAGGCTGAGCCACACACTGAGCtCGAGGAGCAGGTTCCTGTGGAGGCAG___AACCCCAGAATATCGAAG	GDFGAEIRGGAERGEFPYLGRLREEPGGGTCCVVSGKAPSPGDVLLEVNGTPVSGLTNRDTLAVIRHFREPIRLKTVKP|eTKHGGHKNGRKGGLSGTSFFTWFMVIA	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2280:31669:25003,LH00995:36:23WHYVLT4:3:2281:29663:5526,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2143:48254:25788,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2247:5644:21318,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2247:5652:21304,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:38521:22523,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:38530:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:38538:22523,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:38546:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1373:38562:22509,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2166:32049:23924,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2166:32066:23924	chr1:113391349-chr8:61684188	0.00012951690195570523	0.00017015484090522376	0.00014983587143046448	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
SLC38A10	ARHGEF10	-/-	+/+	chr17:81251493	chr8:1843353	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	3511	2094	low	in-frame	.	Transmembrane_amino_acid_transporter_protein(100%)|PH_domain(100%),RhoGEF_domain(100%),WD40_repeated_domain(100%)	.	.	ENSG00000157637.13	ENSG00000104728.16	ENST00000374759.8	ENST00000518288.5	upstream	upstream	duplicates(1)	GGGACCGCCGCCAGGCAACGCCGCCGGGGACACAGGGCAGCCCGCAGAGGACAGCGACCACG___GTGGGAAGCCTCCCCTCCCAGCGGAGAAGCCGGCTCCAGGGCCTGGGCTGCCGCCCGAGCCTCGCGAGCAGAGGGACGTGGAGCGAGCGGGTGGAAACCAGGCGGCCAGCCAGCTGGAGG|GAGCTCCTTCCCTTAACAGAGCTGAGAGAGGCATCTGGAGCTGCAGCATGGACCAGCGAGAGCCCCTGCCTCCCGCTCCTGCAG___AAAATGAAATGAAATATGATACCAATAAT...AGAGGAAGAGGGAGAACAGTTCGATTTTGACAGTGGAGATGAAATCCCAGAAGCGGACAGACAGGCCCCcTCCGCCCCTGAGACAGGAGGTGCTGGAGCCAGTGAAGCCCCTGCACCCACAG___GAGGTGAGGATGGAGCTGGAGCAGAAACC	GPPPGNAAGDTGQPAEDSDHGGKPPLPAEKPAPGPGLPPEPREQRDVERAGGNQAASQLE|gAPSLNRAERGIWSCSMDQREPLPPAPAENEMKYDTN	LH00995:36:23WHYVLT4:5:2365:4600:11439,LH00995:36:23WHYVLT4:4:2211:42704:14242,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2379:35738:7053	chr17:81251493-chr8:1843353	0.0002847380410022779	0.00047732696897374703	0.00038103250498801246	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
GAS6	SLC38A10	-/-	-/-	chr13:113838069	chr17:81247061	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	2481	1656	low	in-frame	.	Complement_Clr-like_EGF-like(84%),Human_growth_factor-like_EGF(45%),Vitamin_K-dependent_carboxylation/gamma-carboxyglutamic_(GLA)_domain(100%)|	.	.	ENSG00000183087.15	ENSG00000157637.13	ENST00000327773.7	ENST00000374759.8	upstream	downstream	duplicates(1)	GATGTCAACGAATGCAGCCAGGAGAACGGGGGCTGCCTCCAGATCTGCCACAACAAGCCGGGTAGCTTCCACTGTTCCTGCCACAGCGGCTTCGAGCTCTCCTCTGATGGCAGGACCTGCCAAG|AAGCTGGCAGGGCGGAGATGCTGGACCACGCCGTCCTGCTTCAGGTGATCAAAGAACAGCAGGTGCAGCAAAAGCGCTTGCTGGACCAGCAGGAGAAGCTGCTGGCGGTGATCGAGGAGCAGCACAAGGAGATCCACCAGCAGAG	DVNECSQENGGCLQICHNKPGSFHCSCHSGFELSSDGRTCQ|eAGRAEMLDHAVLLQVIKEQQVQQKRLLDQQEKLLAVIEEQHKEIHQQ	LH00995:36:23WHYVLT4:8:1339:12310:26474,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2463:37866:12280,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2378:21403:10584	chr13:113838069-chr17:81247061	0.00040290088638195	0.0006035003017501509	0.0005032005940660505	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
NPIPA1	CLCN7	+/+	-/-	chr16:14928525	chr16:1459187	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	2	0	0	3629	1760	low	.	.	|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000183426.17	ENSG00000103249.18	ENST00000472413.5	ENST00000448525.5	downstream	downstream	multimappers(1)	GGCCATGATGCGCATCCTGCAGGCAGAGACCACCGCGGGCACCGTGACGCCCACCGCCATCGGAGACAGCATCCTCAACATCACAG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGGGGTGAAGATCCCCCACGTGGTGCGGCTCAAG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2395:30504:12756,LH00995:36:23WHYVLT4:2:1342:32689:13093,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1183:38368:28142	chr16:14928525-chr16:1459187	0.000550812448361333	0.0	0.0002754062241806665	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
NPIPA1	CLCN7	+/+	-/-	chr16:14937650	chr16:1459187	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	1428	1760	low	.	.	|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000183426.17	ENSG00000103249.18	ENST00000472413.5	ENST00000448525.5	downstream	downstream	duplicates(2)	GGGCAGCAGGTGCTGGACGTCGACAGCTGCCTGGACTCATCCGTGCTGGACAGCTCCTTCCTCACGTTCTGAGGCCTCCACGCTGAGGTGAGGGCTCTACTGGGGGTCCTGCCGCCTTGGCGCAGCTTGGACTCAAGACCCTGTGCACCTC...GGATGATTCTAAGAG___TGACCTTGAGGAACCCTGGGAGCTCAGGAAGGAAGGAGCGCCCAGAAGCAGGGACAGGGAGCTGGTTGGGGAGGACCAGAAATCAG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:6:1171:7941:6801,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1171:7941:6829,LH00995:36:23WHYVLT4:6:1171:7949:6815	chr16:14937650-chr16:1459187	0.0006997900629811056	0.0	0.0003498950314905528	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
NPIPA1	CLCN7	+/+	-/-	chr16:14927359	chr16:1459187	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	0	0	3377	1760	low	.	.	|CBS_domain(100%),Voltage_gated_chloride_channel(96%)	.	.	ENSG00000183426.17	ENSG00000103249.18	ENST00000472413.5	ENST00000448525.5	downstream	downstream	duplicates(1),multimappers(1)	GCAAGAACATCACGGAGACTCTGGTGTCCCTGAGGGTCCACACTGTGGATGACATCCAGCAGATCGCTGCTGCGCTGGCCCAGTGCATG|CCGGTGGCTGCTGGCAGCGGAATCCCCCAGATCAAGTGCTTCCTCAACGGGGTGAAGATCCCCCACGTGGTGCGGCTCAAG___ACGTTGGTGATCAAAGTGTCCGGTGTGATCCTGTCCGTGGTCGGGGGCCTGGCCGTGGGAAAGG	.	LH00995:36:23WHYVLT4:4:1313:1138:24779,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2466:21249:11047	chr16:14927359-chr16:1459187	0.0	0.0	0.0	0	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(0.0<8.0)
ASPH	CHMP1A	-/-	-/-	chr8:61680967	chr16:89647330	exon/splice-site	CDS/splice-site	translocation	2	0	0	13784	4310	low	.	.	Aspartyl_beta-hydroxylase_N-terminal_region(18%)|Snf7(52%)	.	.	ENSG00000198363.18	ENSG00000131165.16	ENST00000522325.1	ENST00000675909.1	upstream	downstream	mismatches(1)	GGAAAGGCGGACTCTCAGGAACTTCATTCTTCACGTGGTTTATGGTGATTGCATTGCTGGGCGTCTGGACATCTGTAGCTGTCGTTTGGTTTGATCTTGTTGACTATGAGGAAGTTCTAG___GAAAACTAGGAATCTATGATGCTGATGGTGATGGAGATTTTGATGTGGATGATGCCAAAGTTTTATTAGG|TGACCAAGAATATGGCCCAGGTGACCAAAGCCCTGGACAAGGC	.	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1137:37130:21374,LH00995:36:23WHYVLT4:5:1272:34517:18081,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1144:25319:23644	chr8:61680967-chr16:89647330	0.0001450747134774409	0.0	7.253735673872045e-05	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
DOCK9	PCCA	-/-	+/+	chr13:99086223	chr13:100209332	CDS/splice-site	CDS/splice-site	inversion	0	2	0	1330	1901	low	in-frame	.	|Biotin-requiring_enzyme(100%),Biotin_carboxylase_C-terminal_domain(100%),Biotin_carboxylase__N-terminal_domain(13%),Carbamoyl-phosphate_synthase_L_chain__ATP_binding_domain(100%),Propionyl-coenzyme_A_carboxylase_BT_domain(100%)	.	.	ENSG00000088387.19	ENSG00000175198.17	ENST00000652315.1	ENST00000376286.8	upstream	upstream	duplicates(1)	CGGCCGAGCTGCGGCAGAGCGTGTCTGAGGTGGTGCGCGGCTCCGTGCTCCTG|GCAGCAGAAGATGTCGTTTTCATTGGACCTGACACACATGCTATTCAAGCCATGGGCGACAAGATTGAAAGCAAATTATTAGCTAAGAAAGCAG	AELRQSVSEVVRGSVLL|AAEDVVFIGPDTHAIQAMGDKIESKLLAKKA	LH00995:36:23WHYVLT4:3:2263:1688:3424,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2411:30804:4783,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2473:27373:14704	chr13:99086223-chr13:100209332	0.0	0.0010509721492380452	0.0005254860746190226	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
RBCK1	MICALL2	+/+	-/-	chr20:419731	chr7:1445428	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	1	1	0	2069	2686	low	in-frame	.	|Bivalent_Mical/EHBP_Rab_binding_domain(100%),LIM_domain(50%)	.	.	ENSG00000125826.21	ENSG00000164877.19	ENST00000640614.1	ENST00000297508.8	downstream	downstream	duplicates(1)	GTGCTGCCGGGCGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAGGAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCAG|GTGTAAGCAGTGCTCCTGCACGCTGCACTCGGGGGCCTACAAGGCCACAGGAGAGCCGGGCACCTTCGTCTGCACCAGCCACCTCCCCGCAGCCGCCTCTGCAAGCCCCAAGTTGAC	AAGRAPRPTRSPPHTSPTRRSERAWRARRRRCVSTSr|CKQCSCTLHSGAYKATGEPGTFVCTSHLPAAASASPKL	LH00995:36:23WHYVLT4:7:2274:40317:9351,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2274:40325:9365,LH00995:36:23WHYVLT4:8:2288:44120:25578	chr20:419731-chr7:1445428	0.0004830917874396135	0.0003721622627465575	0.0004276270250930855	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
RBCK1	HMG20B	+/+	+/+	chr20:419731	chr19:3577981	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	2	0	2069	2182	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000125826.21	ENSG00000064961.19	ENST00000356286.10	ENST00000333651.11	downstream	upstream	duplicates(3)	CCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGGCGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAGGAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCAG|GCACGGGCGAAACGCCCACGCTGGGCACTCTGGACTTCTACATGGCCCGGCTTCACGGAGCCATCGAGCGCGACCCCGCCCAGCACGAGAAGCTCATCGTCCGCATCAAGGAAATCCTGGCCCAGGTCGCCAG___CGAGCACCTGTGAGGAGTGGGCGGGCCCACGATGCAGAGGAGAAGCTGTGGGCGCGGCCCTGCCACACCCCACCCCGTGGACGAGAGGCTGGGGGTCCACCCTTTGGGGCCTGGTCC	PGCEMCCRARPEAYQVPASYQPDEEERARLAGEEEALRQYQQ|arakrprwalwtstwpgftepssatppstrssssasrkswprspastceewagprcrgeavgaalphptpwtrgwgstlwglv	LH00995:36:23WHYVLT4:6:2274:35552:8300,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2276:51506:27525,LH00995:36:23WHYVLT4:6:2276:51522:27525,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2269:39767:22411,LH00995:36:23WHYVLT4:7:2464:3006:16385	chr20:419731-chr19:3577981	0.0	0.0009157509157509158	0.0004578754578754579	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
FBXL8	SLC44A4	+/+	-/-	chr16:67161937	chr6:31869637	CDS/splice-site	CDS/splice-site	translocation	0	1	1	3641	9560	low	in-frame	.	F-box-like(100%)|Plasma-membrane_choline_transporter(90%)	.	.	ENSG00000135722.9	ENSG00000204385.13	ENST00000517382.5	ENST00000375562.8	downstream	downstream	duplicates(2)	CGtCcAGCAG___GCCGGAGCTATTGGGAGTGGCGGATCCTCCCACCCCAGCCGGATCTGGGCCATGGCCGAGCCTGGAGAGGGACTGCCAGAGGAGGTGCTGGCACTCATCTTCCGCCACCTGTCCCTGAGAGACCGTGCTGCCGCCGCCAGGGTCTGCAGGGCCTGGGCCGCCGCTGCTACCTGCAGCGCCGTGTGGCACGACACAAAAATCAG|GGCTGTGGGACAGATGATGTCTACCATGTTCTACCCACTGGTCACCTTTGTCCTCCTCCTCATCTGCATTGCCTACTGGGCCATGACTGCTCT___GTACCTGGCTACATCGGGGCAACCCCAGTATGTGCTCTGGGCATCCAACATCAGCTCCCCCGGCTGTGAGAAAGTGCCAATAAATACATCATGCAACCCCACGG	MAEPGEGLPEEVLALIFRHLSLRDRAAAARVCRAWAAAATCSAVWHDTKIr|AVGQMMSTMFYPLVTFVLLLICIAYWAMTALYLATSGQPQYVLWASNISSPGCEKVPINTSCNPT	LH00995:36:23WHYVLT4:8:1392:14268:7306,LH00995:36:23WHYVLT4:8:1392:14292:7292,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1365:2011:17128,LH00995:36:23WHYVLT4:3:1365:2027:17128	chr16:67161937-chr6:31869637	0.0001373060551970342	0.00015687915076086388	0.00014709260297894903	2	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(2.0<8.0)
MID1	AC073529.1	-/-	-/-	chrX:10523092	chrX:11110981	CDS/splice-site	exon	duplication	1	0	0	1574	0	low	out-of-frame	.	B-box_zinc_finger(100%),RING-type_zinc-finger(100%)|	.	.	ENSG00000101871.16	ENSG00000234129.8	ENST00000380787.5	ENST00000669054.1	upstream	downstream	duplicates(1)	CCTCACCAACCTTATTAAGAGGAACACAGAACTGGAGACCCTTTTGGCTAAACTCATCCAAACCTGTCAACATGTTGAA|CAATGATTCAAGAAACGTTAGTAGGTGCC	LTNLIKRNTELETLLAKLIQTCQHVE|q*	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1369:11218:11860,LH00995:36:23WHYVLT4:5:2455:12407:2794	chrX:10523092-chrX:11110981	0.0006349206349206349			1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
NUTM2A-AS1	MINPP1	-/-	+/+	chr10:87326630	chr10:87552082	exon/splice-site	CDS/splice-site	inversion	1	0	0	2	1593	low	.	.	|Histidine_phosphatase_superfamily_(branch_2)(23%)	.	.	ENSG00000223482.8	ENSG00000107789.16	ENST00000659257.1	ENST00000371996.9	upstream	upstream	.	GACCTAAGCTTTTTCCAGAGAAGAGAAGCTTTACTGGTGTTCCAGCCCTAAG___GCTCATATaACATTAACAGACAAGACACTTTTCAGAAAGACAG|GTCTCAGCCAATTTCTTCTCCAGTCATCCTCCAGTTTGGTCATGCAGAGACTCTTCTTCCACTGCTTTCTCTCAT	.	LH00995:36:23WHYVLT4:1:1417:49451:26040	chr10:87326630-chr10:87552082	0.3333333333333333	0.0	0.16666666666666666	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)
MUC20	AC024560.1	+/+	-/-	chr3:195729739	chr3:197661020	CDS/splice-site	exon	inversion	0	1	0	4471	1	low	out-of-frame	.	.	.	.	ENSG00000176945.17	ENSG00000236833.1	ENST00000436408.6	ENST00000424493.1	downstream	downstream	.	CCCGGAAGACCTCACTGACCCCAGAGTGGCAGAAAGGCTGATGCAGCAG|AATGGACCAGGAGGAAAAGGTAAATACCAACCTCGCTACAACCTCAGAGGCATCAACGCCCTCCTGCTACAGACGCATCTG	PEDLTDPRVAERLMQQ|ngpggkgkyqprynlrginalllqth	LH00995:36:23WHYVLT4:3:1471:12900:5106	chr3:195729739-chr3:197661020	0.0	0.5	0.25	1	False		FAIL	confidence_below_min(low<high);total_reads_below_min(1.0<8.0)