659_dm4-T1-TRNA-1_B23WHTKLT4_1.arriba.fusions.tsv - Workdir - NFCORE_RNAFUSION:RNAFUSION:ARRIBA_WORKFLOW:ARRIBA (659_dm4-T1-TRNA-1_B23WHTKLT4_1)

File Info

Filename: 659_dm4-T1-TRNA-1_B23WHTKLT4_1.arriba.fusions.tsv
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Size: 264.3 KB
Task: NFCORE_RNAFUSION:RNAFUSION:ARRIBA_WORKFLOW:ARRIBA (659_dm4-T1-TRNA-1_B23WHTKLT4_1)
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gene2

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breakpoint2

site1

site2

type

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split_reads2

discordant_mates

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coverage2

confidence

reading_frame

tags

retained_protein_domains

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closest_genomic_breakpoint2

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transcript_id2

direction1

direction2

filters

fusion_transcript

peptide_sequence

read_identifiers

TMPRSS2

ERG

-/-

chr21:41508081

chr21:38445621

5'UTR/splice-site

CDS/splice-site

deletion

11809

3732

high

|Ets-domain(100%),Sterile_alpha_motif_(SAM)/Pointed_domain(100%)

ENSG00000184012.14

ENSG00000157554.19

ENST00000332149.10

ENST00000442448.5

upstream

downstream

duplicates(320)

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844

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-/-

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2103

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+/+

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CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

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4180

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in-frame

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duplicates(66)

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SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

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PCDHGA2

PCDHGB6

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000253305.2

ENST00000528330.2

ENST00000520790.1

downstream

upstream

duplicates(66)

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PCDHGA2

PCDHGA10

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000253846.2

ENST00000528330.2

ENST00000398610.2

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGC3

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000240184.7

ENST00000528330.2

ENST00000308177.5

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGC5

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000240764.4

ENST00000528330.2

ENST00000252087.3

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGB7

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000254122.3

ENST00000528330.2

ENST00000398594.4

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGA9

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000261934.2

ENST00000528330.2

ENST00000573521.1

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGA11

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000253873.6

ENST00000528330.2

ENST00000398587.7

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGC4

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000242419.5

ENST00000528330.2

ENST00000306593.1

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

PCDHGA2

PCDHGA12

+/+

chr5:141341395

chr5:141494807

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

131

4180

medium

in-frame

Cadherin-like(100%),Cadherin_cytoplasmic_C-terminal(100%),Cadherin_domain(100%)|Cadherin_C-terminal_cytoplasmic_tail__catenin-binding_region(100%)

ENSG00000081853.15

ENSG00000253159.3

ENST00000528330.2

ENST00000252085.4

downstream

upstream

duplicates(66)

SHLIFPQPNYADTLISQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQ|QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDT

IGH@-ext

TNRC18

-/-

chr14:106231127

chr7:5324353

exon

CDS/splice-site

translocation

905

medium

|BAH_domain(100%)

IGH.g@-ext

ENSG00000182095.14

IGH.t@-ext

ENST00000399537.8

upstream

downstream

duplicates(11),mismappers(1)

GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGAGAA|CCGCGGCAAGGGGGGTGCCGTGAGCAAGCTGATGGAGAGCATGGCAGCCGAGGAGGACTTTGAACCCAACC

LH00995:42:23WHTKLT4:1:2411:5425:16484,LH00995:42:23WHTKLT4:2:1407:48003:2906,LH00995:42:23WHTKLT4:2:1418:50745:16287,LH00995:42:23WHTKLT4:2:2388:35391:17184,LH00995:42:23WHTKLT4:2:2406:30715:22509,LH00995:42:23WHTKLT4:3:1109:46684:2892,LH00995:42:23WHTKLT4:4:2463:46134:9786,LH00995:42:23WHTKLT4:5:2479:43626:19286,LH00995:42:23WHTKLT4:5:2484:5029:10977,LH00995:42:23WHTKLT4:6:1488:4964:21430,LH00995:42:23WHTKLT4:6:2379:37777:6185,LH00995:42:23WHTKLT4:7:1148:28724:4994,LH00995:42:23WHTKLT4:8:1235:21605:12644,LH00995:42:23WHTKLT4:8:2239:2270:5302

IGH-@-ext

TNRC18

+/-

-/-

chr14:106231127

chr7:5324353

exon

CDS/splice-site

translocation/3'-3'

905

medium

|BAH_domain(100%)

IGH-.g@-ext

ENSG00000182095.14

ENST00000399537.8

upstream

downstream

duplicates(11),mismappers(1)

GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGAGAA|CCGCGGCAAGGGGGGTGCCGTGAGCAAGCTGATGGAGAGCATGGCAGCCGAGGAGGACTTTGAACCCAACC

TVP23C

CDRT4

-/-

chr17:15503098

chr17:15438200

CDS

CDS/splice-site

deletion/read-through

369

184

low

out-of-frame

Eukaryotic_protein_of_unknown_function_(DUF846)(100%)|CMT1A_duplicated_region_transcript_4_protein(100%)

ENSG00000175106.17

ENSG00000239704.11

ENST00000225576.7

ENST00000619038.5

upstream

downstream

duplicates(53)

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SRHIAQTGLKVLGSRDPPASAFQSAGITGVSRCPGHPSRKFHQ|dsqktldfpgsylknmtpgrpm

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TVP23C

CDRT4

-/-

chr17:15545785

chr17:15440285

CDS/splice-site

5'UTR/splice-site

deletion/read-through

283

low

out-of-frame

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ENST00000619038.5

upstream

downstream

duplicates(44)

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DTX2

+/+

chr7:76492253

chr7:76463545

CDS/splice-site

5'UTR/splice-site

duplication/non-canonical_splicing

1647

low

out-of-frame

WWE_domain(100%)|Deltex_C-terminal_domain(100%),WWE_domain(100%),Zinc_finger__C3HC4_type_(RING_finger)(100%)

ENSG00000091073.19

ENST00000324432.9

downstream

upstream

duplicates(8)

TCCACCTCCGGTGCAGTCAG___TGCCTCCCTCCCCAGCGGTCCCTCAAGCAGCCCAGGGAGCGT?CCTGCCACTGTGCCCATGCAGATGCCAAAGCCCAGCAGAGTCCAGCAGGCGCTCGCAG|GTGCCTTGGAATTTGTGTCGCTGAGTCAGCAAGCCTTTCAGATTTGCCCGGTTTTTGTTGTTTGTGGTTTGTATC

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35 rows