File Info

Filename
negative_somatic_control_2.segments.csv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/27/0786d27bf61823f59ed89079e9df55/negative_somatic_control_2.segments.csv
Size
4.9 KB
Task
DAQ:CONTROL_VARIANT_CALLING:CONTROL_SOMATIC_VC:BAM_VARIANT_CALLING_SOMATIC_FACETS:CNV_FACETS (negative_somatic_control_2)
Attempt

Content

View in new tab
chrom seg num.mark nhet cnlr.median mafR segclust cnlr.median.clust mafR.clust start end cf.em tcn.em lcn.em
1 1 1 44922 5018 0.00821871797882029 0.00207061791313243 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 14604 248936863 1 2 1
2 2 2 26636 2885 0.00120160658529627 0.000746673126750559 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 41366 195988247 1 2 1
3 2 3 11 1 -0.889670815236956 0.0534189698317158 1 -0.889670815236956 NA 195988382 195994149 0.3 0 0
4 2 4 8623 1044 0.0216988220001434 0.00205069172507115 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 196000763 242122523 1 2 1
5 3 5 28090 3011 0.00497001003568511 0.00258313477952468 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 51395 198170081 1 2 1
6 4 6 19620 2390 0.00394566080070062 -0.00132925939186348 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 15706 190174731 1 2 1
7 5 7 21540 2563 0.00207183090053121 -0.00215804865347255 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 23627 181300865 1 2 1
8 6 8 2504 373 0.000864120454010509 -0.00561032871954378 8 0.00276355658009679 -0.00132601326682277 105794 26020846 1 2 1
9 6 9 3044 926 -0.0530739229379106 0.00718855331377503 5 -0.066406622046077 0.00718855331377503 26021242 33166325 1 2 1
10 6 10 17924 2100 0.00317703777970265 0.00296883179608165 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 33166615 170700652 1 2 1
11 7 11 22997 2833 -0.00266259932057279 0.00207033618693481 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 19878 159328579 1 2 1
12 8 12 4224 685 0.00170183086417655 0.00580303591652914 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 153161 32598056 1 2 1
13 8 13 539 101 -0.082637018886799 0.000242574550004969 6 -0.066406622046077 0.00033678037189336 32598343 33307339 1 2 1
14 8 14 12110 1371 0.0072188629192807 0.00191636620948285 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 33372691 145054216 1 2 1
15 9 15 19619 2381 -0.000169297604710003 0.000679944574863293 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 14690 138221191 1 2 1
16 10 16 18876 2559 0.0146242132173374 0.000102186837360774 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 47051 133626949 1 2 1
17 11 17 11339 1478 -0.00300440245286837 0.00443558356242428 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 86701 63234902 1 2 1
18 11 18 9 4 -0.809446481114944 0.0549326667616066 2 -0.795611176661325 NA 63243606 63247266 0.3 0 0
19 11 19 13169 1479 0.00296403154382912 0.000300622732610096 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 63253649 135020678 1 2 1
20 12 20 3187 485 -0.00537095559213103 0.000176003759762698 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 14814 11186911 1 2 1
21 12 21 472 109 -0.0712147839311392 0.000974044121270037 6 -0.066406622046077 0.00033678037189336 11187092 11935960 1 2 1
22 12 22 20508 2345 0.0112253753423056 4.19755858078319e-05 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 12079476 133250822 1 2 1
23 13 23 8986 1051 -0.0014835016799727 -0.000882864882918818 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 18173271 114326263 1 2 1
24 14 24 248 85 -0.177676486526107 0.0113685923870574 3 -0.177676486526107 0.0113685923870574 16028104 20060091 0.117566199988075 0 0
25 14 25 12764 1400 0.00624517398024077 0.00343001539613885 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 20060523 105583005 1 2 1
26 14 26 434 129 -0.13701498543226 0.00202840094573472 4 -0.13701498543226 0.00202840094573472 105587888 106875278 0.0923415270957613 0 0
27 15 27 13423 1432 0.00601403343869722 0.00308922554690638 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 17071333 87465285 1 2 1
28 15 28 773 73 -0.0725127998023761 -0.000303667596951027 6 -0.066406622046077 0.00033678037189336 87710835 88255971 1 2 1
29 15 29 2061 324 -0.0125896172171606 0.00166091332957412 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 88256359 101976449 1 2 1
30 16 30 17697 2322 0.00578137186464867 0.000225957386851808 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 14396 90197304 1 2 1
31 17 31 24949 2779 0.0012721371795258 0.00276036074151358 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 116436 83094678 1 2 1
32 18 32 7525 953 -0.00310478425110256 0.00250974588369342 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 47396 80247262 1 2 1
33 19 33 22650 3396 -0.00996136297191591 0.000244456301679045 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 110721 58599096 1 2 1
34 20 34 10818 1314 0.0150581704991923 -0.000893666196896175 8 0.00276355658009679 -0.00132601326682277 80754 64327932 1 2 1
35 21 35 5024 894 -0.00444361603012517 0.00323434189127389 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 5030223 46664579 1 2 1
36 22 36 10124 1632 -0.00399572758539687 -0.00100129181404945 8 0.00276355658009679 -0.00132601326682277 10678934 50799041 1 2 1
37 23 37 1247 116 0.00668802827500793 -0.00142140740105573 8 0.00276355658009679 -0.00132601326682277 284204 14730487 1 2 1
38 23 38 9 2 -0.792059264727064 -0.0282505112142499 2 -0.795611176661325 NA 14730806 14835574 0.3 0 0
39 23 39 16811 1012 -0.0161672147256913 0.00387793774223206 7 0.00276355658009679 0.00140122352756695 14843643 155680207 1 2 1
40 rows