File Info

Filename
negative_somatic_control_3.segments.csv
Full Path
s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-scratch-01/work/82/4e6ac1d39d479f40f4d193475900ab/negative_somatic_control_3.segments.csv
Size
5.5 KB
Task
DAQ:CONTROL_VARIANT_CALLING:CONTROL_SOMATIC_VC:BAM_VARIANT_CALLING_SOMATIC_FACETS:CNV_FACETS (negative_somatic_control_3)
Attempt

Content

View in new tab
chrom seg num.mark nhet cnlr.median mafR segclust cnlr.median.clust mafR.clust start end cf.em tcn.em lcn.em
1 1 1 44922 5018 0.00162562849132317 -0.000147350103717127 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 14574 248936863 1 2 1
2 2 2 26636 2885 -0.00130337396287958 0.00254515159141725 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 41366 195988063 1 2 1
3 2 3 11 1 -0.812209953622689 -0.0526459478083354 3 -0.812209953622689 NA 195988393 195994291 0.3 0 0
4 2 4 8623 1044 0.0138561290745365 0.00163160024540763 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 196000717 242122618 1 2 1
5 3 5 28090 3011 0.00125841082126924 0.000862244899680753 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 51395 198170016 1 2 1
6 4 6 19619 2390 -0.000458059609879248 0.000278764138513219 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 15706 190174731 1 2 1
7 5 7 21540 2563 -0.000513905446606351 -0.00162326589982006 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 23614 181300860 1 2 1
8 6 8 2565 389 0.000309592530630211 -0.00274057643644127 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 105794 26158765 1 2 1
9 6 9 2989 913 -0.0418280174386157 0.00592452605781134 6 -0.0425757133168807 0.00592452605781134 26158927 33168368 1 2 1
10 6 10 17918 2097 -0.00260129924387543 9.42063378267799e-06 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 33168798 170700652 1 2 1
11 7 11 7686 1004 0.00603456556940865 0.00209509248999364 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 19678 56115930 1 2 1
12 7 12 468 32 -0.185661499359528 0.0645839861339369 5 -0.176972085405451 0.036755579961163 56116212 65465028 0.199939167793419 1 0
13 7 13 14843 1797 -0.00229742545872903 0.00422193413808968 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 65481784 159328579 1 2 1
14 8 14 4212 678 -0.00600252659817406 -0.000439480588833135 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 153194 32547797 1 2 1
15 8 15 526 107 -0.0389817809899829 0.000977891198401265 7 -0.0425757133168807 0.000899610006509457 32547999 32770824 1 2 1
16 8 16 12135 1372 0.00394641572114652 0.00072994904763727 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 32771386 145054425 1 2 1
17 9 17 19618 2381 0.000802607618492147 0.00176842927047393 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 14889 138221150 1 2 1
18 10 18 18876 2559 0.00640709773773512 0.00167589600467772 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 47042 133626908 1 2 1
19 11 19 24517 2961 -0.00789115310128594 0.000562945934561862 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 86701 135020688 1 2 1
20 12 20 3144 464 -0.00169229327021795 -0.00386401959967662 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 14846 10987113 1 2 1
21 12 21 522 130 -0.046864291186927 0.000783437299509975 7 -0.0425757133168807 0.000899610006509457 10996791 12090746 1 2 1
22 12 22 20501 2345 0.00243567128248455 0.00214223509925582 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 12094426 133250822 1 2 1
23 13 23 2929 372 -0.00150044412325667 -0.00035132772120646 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 18173353 37056474 1 2 1
24 13 24 9 4 -1.26864093226323 0.331583551631042 1 -1.26864093226323 NA 37102122 37104734 0.3 0 0
25 13 25 6047 674 -0.0113006919805585 0.00270164910721365 12 -6.68553314856195e-05 0.00296360790364704 37105131 114326392 1 2 1
26 14 26 283 94 -0.184213242181624 0.00745335187438595 4 -0.176972085405451 0.000266122480960431 16028104 20243291 0.115401457734825 0 0
27 14 27 12724 1390 0.00220444794893478 -0.00138500797410137 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 20243588 105529966 1 2 1
28 14 28 439 130 -0.155047996641564 -0.0012933198734685 4 -0.176972085405451 0.000266122480960431 105546861 106875278 0.115401457734825 0 0
29 15 29 13404 1432 0.000870715952313211 0.00617547708592178 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 17071333 87005365 1 2 1
30 15 30 793 73 -0.0437806436104335 -0.0014351486781307 8 -0.0425757133168807 -0.0014351486781307 87005970 88256119 1 2 1
31 15 31 2060 324 0.00352752822384859 0.00339808281939644 12 -6.68553314856195e-05 0.00296360790364704 88256462 101976541 1 2 1
32 16 32 17695 2322 0.00685501435454232 -0.000644655241896167 10 -6.68553314856195e-05 0.000318358828238698 14398 90197287 1 2 1
33 17 33 24949 2779 -0.00135514742894864 9.13781430696886e-05 10 -6.68553314856195e-05 0.000318358828238698 116436 83094678 1 2 1
34 18 34 7525 953 -0.00464042529637346 -0.005017286139494 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 47437 80247362 1 2 1
35 19 35 10137 1581 0.00489467207441166 0.000967404950960625 10 -6.68553314856195e-05 0.000318358828238698 110705 19656082 1 2 1
36 19 36 454 87 -0.183229579204003 0.0235929097646606 5 -0.176972085405451 0.036755579961163 19656219 23597840 0.199939167793419 1 0
37 19 37 12058 1728 -0.0154461185658258 0.0007511470567597 10 -6.68553314856195e-05 0.000318358828238698 23654543 58599096 1 2 1
38 20 38 10818 1314 0.00890378808217485 0.000153291049040219 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 80778 64328010 1 2 1
39 21 39 5025 894 0.00166221041206908 0.00200057749035013 9 -6.68553314856195e-05 0.00148159777405616 5030223 46664598 1 2 1
40 22 40 10124 1632 0.00244973845134156 0.000868055294427998 10 -6.68553314856195e-05 0.000318358828238698 10678934 50799039 1 2 1
41 23 41 4559 304 0.00321233776067624 -0.00331852166652551 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 284204 46214107 1 2 1
42 23 42 16 0 -0.949354125550224 0 2 -0.949354125550224 NA 46253206 46455647 0.3 0 0
43 23 43 13492 826 -0.0170239835663473 -0.00529508453549558 11 -6.68553314856195e-05 -0.00209457344641647 46456712 155680207 1 2 1
44 rows