#SAMPLE=HCC1395_HCC1395_tumor context rev_comp f1r2_a f1r2_c f1r2_g f1r2_t f2r1_a f2r1_c f2r1_g f2r1_t hom_ref germline_het somatic_het hom_var num_examples num_alt_examples AAA TTT 0 7.38256e-06 8.0781e-06 7.17448e-06 0 1.97581e-05 7.76009e-06 7.21718e-06 0.999289 0.00025589 0.000247212 0.000150172 13983 1184 AAC GTT 0 1.20258e-05 2.9632e-05 1.17398e-05 0 1.19683e-05 5.90589e-05 1.17842e-05 0.998867 2.12333e-05 0.000730624 0.00024467 8582 784 AAG CTT 0 7.16374e-05 0.000127891 7.50587e-06 0 6.39502e-05 4.35774e-05 2.69296e-05 0.998386 0.000136285 0.000904989 0.000231464 13392 1426 AAT ATT 0 1.13131e-05 0.000137666 1.30916e-05 0 2.5847e-05 1.30738e-05 1.11398e-05 0.99899 0.000220663 0.000456755 0.000120852 9101 756 ACA TGT 0.000664727 0 8.95043e-05 0.000101518 0.00149813 0 8.5121e-06 1.0161e-05 0.996156 1.52087e-05 0.00127965 0.000176367 11906 2771 ACC GGT 0.000247291 0 1.02539e-05 1.10144e-05 0.00101925 0 1.12535e-05 4.39859e-05 0.997249 0.000406531 0.000787645 0.000213436 9838 2012 ACG CGT 0.000982175 0 2.87089e-05 3.21741e-05 0.00163814 0 2.05295e-05 0.000133351 0.989679 0.0021625 0.00448267 0.000840298 4962 1421 ACT AGT 0.000156677 0 1.08325e-05 9.88079e-05 0.00132436 0 1.08458e-05 1.262e-05 0.997314 4.53777e-05 0.000801805 0.000225129 9327 1764 AGA TCT 8.12114e-06 7.3406e-06 0 0.000100887 9.14567e-05 7.09386e-06 0 1.39826e-05 0.998475 0.000149136 0.000728838 0.000418117 14269 1917 AGC GCT 9.64025e-06 6.83792e-06 0 0.00126349 7.963e-06 6.88041e-06 0 0.000896594 0.997074 7.0886e-05 0.000656626 6.77966e-06 14749 3264 AGG CCT 7.44652e-06 6.61083e-06 0 0.000336311 0.000193718 6.63625e-06 0 5.89806e-05 0.998418 0.000303983 0.000336119 0.000332659 15330 2853 AGT ACT 1.262e-05 1.08458e-05 0 0.00132436 9.88079e-05 1.08325e-05 0 0.000156677 0.997314 4.53777e-05 0.000801805 0.000225129 9327 1764 ATA TAT 1.61227e-05 2.96141e-05 3.97542e-05 0 1.57597e-05 0.000687601 1.80376e-05 0 0.99777 0.000626327 0.000466452 0.000330085 6361 643 ATC GAT 1.08497e-05 1.97312e-05 0.000205577 0 1.08021e-05 0.000123624 1.10291e-05 0 0.998442 0.000137522 0.000489392 0.000549628 9278 814 ATG CAT 8.88778e-06 9.75191e-06 0.000184815 0 8.84452e-06 0.000228804 9.07623e-06 0 0.996966 8.67372e-05 0.00143337 0.00106383 11373 1009 ATT AAT 1.11398e-05 1.30738e-05 2.5847e-05 0 1.30916e-05 0.000137666 1.13131e-05 0 0.99899 0.000220663 0.000456755 0.000120852 9101 756 CAA TTG 0 9.29871e-06 1.03622e-05 9.01506e-06 0 0.00019833 1.10231e-05 9.15871e-06 0.999067 0.000263101 0.000144719 0.000278401 11134 1030 CAC GTG 0 1.34758e-05 1.76097e-05 8.13484e-06 0 1.286e-05 0.000150624 8.34255e-06 0.99687 0.000503903 0.00176984 0.000645624 12545 1234 CAG CTG 0 5.13327e-06 0.00028451 4.87497e-06 0 5.16884e-06 0.000122036 5.40229e-06 0.99799 0.000331899 0.000822803 0.000427859 20688 2493 CAT ATG 0 9.07623e-06 0.000228804 8.84452e-06 0 0.000184815 9.75191e-06 8.88778e-06 0.996966 8.67372e-05 0.00143337 0.00106383 11373 1009 CCA TGG 0.000297813 0 6.0284e-06 7.45351e-06 0.000366346 0 6.17871e-06 1.38579e-05 0.998769 2.64662e-05 0.000441385 6.58367e-05 16707 3105 CCC GGG 2.3191e-05 0 7.79484e-06 9.67081e-06 0.000176787 0 8.65982e-06 8.05096e-06 0.998541 2.89605e-05 0.000962156 0.000233363 13283 2207 CCG CGG 0.000358252 0 1.35614e-05 0.000101864 0.000835465 0 6.76003e-05 1.84268e-05 0.992938 0.000789282 0.00339465 0.00148284 7526 1888 CCT AGG 5.89806e-05 0 6.63625e-06 0.000193718 0.000336311 0 6.61083e-06 7.44652e-06 0.998418 0.000303983 0.000336119 0.000332659 15330 2853 CGA TCG 0.000209553 2.35221e-05 0 0.000770321 2.6711e-05 2.18158e-05 0 0.00092822 0.994689 0.00121649 0.00144145 0.000672451 4609 955 CGC GCG 0.000510031 1.60024e-05 0 0.00170143 0.000333234 1.78862e-05 0 0.000499245 0.990673 0.00149531 0.00333829 0.00141584 6426 1944 CGG CCG 1.84268e-05 6.76003e-05 0 0.000835465 0.000101864 1.35614e-05 0 0.000358252 0.992938 0.000789282 0.00339465 0.00148284 7526 1888 CGT ACG 0.000133351 2.05295e-05 0 0.00163814 3.21741e-05 2.87089e-05 0 0.000982175 0.989679 0.0021625 0.00448267 0.000840298 4962 1421 CTA TAG 1.91706e-05 2.18292e-05 2.90348e-05 0 1.89088e-05 4.31412e-05 1.97109e-05 0 0.997651 6.22329e-05 0.00155249 0.000582707 5319 577 CTC GAG 7.047e-06 6.28554e-05 7.31893e-06 0 7.14074e-06 0.000251824 7.28449e-06 0 0.997919 2.42834e-05 0.0014296 0.000283188 14477 1731 CTG CAG 5.40229e-06 0.000122036 5.16884e-06 0 4.87497e-06 0.00028451 5.13327e-06 0 0.99799 0.000331899 0.000822803 0.000427859 20688 2493 CTT AAG 2.69296e-05 4.35774e-05 6.39502e-05 0 7.50587e-06 0.000127891 7.16374e-05 0 0.998386 0.000136285 0.000904989 0.000231464 13392 1426 GAA TTC 0 7.74816e-06 8.20345e-06 7.33421e-06 0 0.000182391 8.10748e-06 7.41738e-06 0.999437 2.59164e-05 0.000235753 8.0533e-05 13658 1116 GAC GTC 0 1.09671e-05 0.000196559 1.07082e-05 0 0.000185638 1.16427e-05 1.09016e-05 0.998162 1.78037e-05 0.00106254 0.000331126 9361 848 GAG CTC 0 7.28449e-06 0.000251824 7.14074e-06 0 7.31893e-06 6.28554e-05 7.047e-06 0.997919 2.42834e-05 0.0014296 0.000283188 14477 1731 GAT ATC 0 1.10291e-05 0.000123624 1.08021e-05 0 0.000205577 1.97312e-05 1.08497e-05 0.998442 0.000137522 0.000489392 0.000549628 9278 814 GCA TGC 0.00088565 0 7.10905e-06 0.000106901 0.00111839 0 7.24622e-06 9.01028e-06 0.997088 6.87648e-05 0.000561657 0.000146801 14151 3263 GCC GGC 0.000411956 0 1.26732e-05 7.6209e-06 0.00259683 0 6.94703e-06 0.000135863 0.995914 5.18073e-05 0.000649673 0.000213102 14546 3226 GCG CGC 0.000499245 0 1.78862e-05 0.000333234 0.00170143 0 1.60024e-05 0.000510031 0.990673 0.00149531 0.00333829 0.00141584 6426 1944 GCT AGC 0.000896594 0 6.88041e-06 7.963e-06 0.00126349 0 6.83792e-06 9.64025e-06 0.997074 7.0886e-05 0.000656626 6.77966e-06 14749 3264 GGA TCC 7.2883e-06 6.89296e-06 0 0.000148953 7.12172e-06 9.38303e-05 0 1.91658e-05 0.999137 0.000204157 0.000163736 0.000211832 14631 1866 GGC GCC 0.000135863 6.94703e-06 0 0.00259683 7.6209e-06 1.26732e-05 0 0.000411956 0.995914 5.18073e-05 0.000649673 0.000213102 14546 3226 GGG CCC 8.05096e-06 8.65982e-06 0 0.000176787 9.67081e-06 7.79484e-06 0 2.3191e-05 0.998541 2.89605e-05 0.000962156 0.000233363 13283 2207 GGT ACC 4.39859e-05 1.12535e-05 0 0.00101925 1.10144e-05 1.02539e-05 0 0.000247291 0.997249 0.000406531 0.000787645 0.000213436 9838 2012 GTA TAC 1.77626e-05 4.59362e-05 4.50524e-05 0 1.74512e-05 4.24988e-05 1.94609e-05 0 0.998202 4.7642e-05 0.00102293 0.000538893 5751 554 GTC GAC 1.09016e-05 1.16427e-05 0.000185638 0 1.07082e-05 0.000196559 1.09671e-05 0 0.998162 1.78037e-05 0.00106254 0.000331126 9361 848 GTG CAC 8.34255e-06 0.000150624 1.286e-05 0 8.13484e-06 1.76097e-05 1.34758e-05 0 0.99687 0.000503903 0.00176984 0.000645624 12545 1234 GTT AAC 1.17842e-05 5.90589e-05 1.19683e-05 0 1.17398e-05 2.9632e-05 1.20258e-05 0 0.998867 2.12333e-05 0.000730624 0.00024467 8582 784 TAA TTA 0 0.000177428 1.65217e-05 1.59789e-05 0 1.64868e-05 1.68172e-05 1.60951e-05 0.998496 0.000308587 0.000761887 0.000174628 6298 563 TAC GTA 0 1.94609e-05 4.24988e-05 1.74512e-05 0 4.50524e-05 4.59362e-05 1.77626e-05 0.998202 4.7642e-05 0.00102293 0.000538893 5751 554 TAG CTA 0 1.97109e-05 4.31412e-05 1.89088e-05 0 2.90348e-05 2.18292e-05 1.91706e-05 0.997651 6.22329e-05 0.00155249 0.000582707 5319 577 TAT ATA 0 1.80376e-05 0.000687601 1.57597e-05 0 3.97542e-05 2.96141e-05 1.61227e-05 0.99777 0.000626327 0.000466452 0.000330085 6361 643 TCA TGA 0.000305112 0 8.00028e-06 8.299e-06 0.00102583 0 7.99863e-06 8.18031e-06 0.997964 0.000257909 9.37286e-05 0.000321015 12771 2199 TCC GGA 1.91658e-05 0 9.38303e-05 7.12172e-06 0.000148953 0 6.89296e-06 7.2883e-06 0.999137 0.000204157 0.000163736 0.000211832 14631 1866 TCG CGA 0.00092822 0 2.18158e-05 2.6711e-05 0.000770321 0 2.35221e-05 0.000209553 0.994689 0.00121649 0.00144145 0.000672451 4609 955 TCT AGA 1.39826e-05 0 7.09386e-06 9.14567e-05 0.000100887 0 7.3406e-06 8.12114e-06 0.998475 0.000149136 0.000728838 0.000418117 14269 1917 TGA TCA 8.18031e-06 7.99863e-06 0 0.00102583 8.299e-06 8.00028e-06 0 0.000305112 0.997964 0.000257909 9.37286e-05 0.000321015 12771 2199 TGC GCA 9.01028e-06 7.24622e-06 0 0.00111839 0.000106901 7.10905e-06 0 0.00088565 0.997088 6.87648e-05 0.000561657 0.000146801 14151 3263 TGG CCA 1.38579e-05 6.17871e-06 0 0.000366346 7.45351e-06 6.0284e-06 0 0.000297813 0.998769 2.64662e-05 0.000441385 6.58367e-05 16707 3105 TGT ACA 1.0161e-05 8.5121e-06 0 0.00149813 0.000101518 8.95043e-05 0 0.000664727 0.996156 1.52087e-05 0.00127965 0.000176367 11906 2771 TTA TAA 1.60951e-05 1.68172e-05 1.64868e-05 0 1.59789e-05 1.65217e-05 0.000177428 0 0.998496 0.000308587 0.000761887 0.000174628 6298 563 TTC GAA 7.41738e-06 8.10748e-06 0.000182391 0 7.33421e-06 8.20345e-06 7.74816e-06 0 0.999437 2.59164e-05 0.000235753 8.0533e-05 13658 1116 TTG CAA 9.15871e-06 1.10231e-05 0.00019833 0 9.01506e-06 1.03622e-05 9.29871e-06 0 0.999067 0.000263101 0.000144719 0.000278401 11134 1030 TTT AAA 7.21718e-06 7.76009e-06 1.97581e-05 0 7.17448e-06 8.0781e-06 7.38256e-06 0 0.999289 0.00025589 0.000247212 0.000150172 13983 1184