File Info
- Filename
- HCC1395_tumor_vs_HCC1395_BL.strelka.somatic_indels_custom.ann_snpEff.csv
- Full Path
- s3://natera-rnd-pltf-dev-nextflow-data-01/users/mipeters/semiproductionize/sarek/698115e9/test_regression_dev_b0193075/reports/raw_qc/snpeff/strelka/HCC1395_tumor_vs_HCC1395_BL/HCC1395_tumor_vs_HCC1395_BL.strelka.somatic_indels_custom.ann_snpEff.csv
- Size
- 3.4 KB
- Workflow Run
- mipeters-regression-dev-698115e9
- Published
- Feb 02, 2026 1:41 PM
Content
View in new tab| # | Summary | table | ||||||||||||||||
| Name | , | Value | ||||||||||||||||
| Genome | , | GRCh38.105 | ||||||||||||||||
| Date | , | 2026-02-02 | 21:41 | |||||||||||||||
| SnpEff_version | , | SnpEff | 5.1d | (build | 2022-04-19 | 15:49), | by | Pablo | Cingolani | |||||||||
| Command_line_arguments | , | SnpEff | GRCh38.105 | -csvStats | HCC1395_tumor_vs_HCC1395_BL.strelka.somatic_indels_custom.ann_snpEff.csv | HCC1395_tumor_vs_HCC1395_BL.strelka.somatic_indels_custom.ann.vcf.gz | ||||||||||||
| Warnings | , | 1 | ||||||||||||||||
| Number_of_lines_in_input_file, | 6 | |||||||||||||||||
| Number_of_variants_before_filter, | 6 | |||||||||||||||||
| Number_of_not_variants | , | 0 | ||||||||||||||||
| Number_of_variants_processed | , | 6 | ||||||||||||||||
| Number_of_known_variants | (i.e. | non-empty | ID) | , | 0, | 0% | ||||||||||||
| Number_of_effects | , | 12 | ||||||||||||||||
| Genome_total_length | ,63147197748 | |||||||||||||||||
| Genome_effective_length | ,46709983 | |||||||||||||||||
| Change_rate | , | 7784997 | ||||||||||||||||
| # | Change | rate | by | chromosome | ||||||||||||||
| Chromosome | , | Length | , | Changes | , | Change_rate | ||||||||||||
| 21 | , | 46709983 | , | 6 | , | 7784997 | ||||||||||||
| # | Variantss | by | type | |||||||||||||||
| Type | , | Count | , | Percent | ||||||||||||||
| DEL | , | 4 | , | 66.666667% | ||||||||||||||
| INS | , | 2 | , | 33.333333% | ||||||||||||||
| # | Effects | by | impact | |||||||||||||||
| Type | , | Count | , | Percent | ||||||||||||||
| MODERATE | , | 3 | , | 25% | ||||||||||||||
| MODIFIER | , | 9 | , | 75% | ||||||||||||||
| # | Effects | by | functional | class | ||||||||||||||
| Type | , | Count | , | Percent | ||||||||||||||
| Missense_Silent_ratio, | 0 | |||||||||||||||||
| # | Count | by | effects | |||||||||||||||
| Type | , | Count | , | Percent | ||||||||||||||
| 3_prime_UTR_variant | , | 2 | , | 16.666667% | ||||||||||||||
| conservative_inframe_deletion | , | 1 | , | 8.333333% | ||||||||||||||
| disruptive_inframe_deletion | , | 1 | , | 8.333333% | ||||||||||||||
| disruptive_inframe_insertion | , | 1 | , | 8.333333% | ||||||||||||||
| downstream_gene_variant | , | 4 | , | 33.333333% | ||||||||||||||
| intron_variant | , | 1 | , | 8.333333% | ||||||||||||||
| upstream_gene_variant | , | 2 | , | 16.666667% | ||||||||||||||
| # | Count | by | genomic | region | ||||||||||||||
| Type | , | Count | , | Percent | ||||||||||||||
| DOWNSTREAM | , | 4 | , | 33.333333% | ||||||||||||||
| EXON | , | 3 | , | 25% | ||||||||||||||
| INTRON | , | 1 | , | 8.333333% | ||||||||||||||
| UPSTREAM | , | 2 | , | 16.666667% | ||||||||||||||
| UTR_3_PRIME | , | 2 | , | 16.666667% | ||||||||||||||
| # | Quality | |||||||||||||||||
| # | InDel | lengths | ||||||||||||||||
| Values | , | 0,1,2 | ||||||||||||||||
| Count | , | 1,4,1 | ||||||||||||||||
| # | Base | changes | ||||||||||||||||
| base | , | A | , | C | , | G | , | T | ||||||||||
| A | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||||||
| C | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||||||
| G | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||||||
| T | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||||||
| # | Ts/Tv | summary | ||||||||||||||||
| Transitions | , | 0 | ||||||||||||||||
| Transversions | , | 0 | ||||||||||||||||
| Ts_Tv_ratio | , | 0 | ||||||||||||||||
| # | Ts/Tv | : | All | variants | ||||||||||||||
| No | results | available | (empty | input?) | ||||||||||||||
| # | Ts/Tv | : | Known | variants | ||||||||||||||
| No | results | available | (empty | input?) | ||||||||||||||
| # | Allele | frequency | ||||||||||||||||
| # | Allele | frequency | : | All | variants | |||||||||||||
| Values | , | 0 | ||||||||||||||||
| Count | , | 6 | ||||||||||||||||
| # | Allele | Count | ||||||||||||||||
| Values | , | 0 | ||||||||||||||||
| Count | , | 6 | ||||||||||||||||
| # | Hom/Het | table | ||||||||||||||||
| Sample_names | , | NORMAL, | TUMOR | |||||||||||||||
| Reference | , | 0, | 0 | |||||||||||||||
| Het | , | 0, | 0 | |||||||||||||||
| Hom | , | 0, | 0 | |||||||||||||||
| Missing | , | 6, | 6 | |||||||||||||||
| # | Codon | change | table | |||||||||||||||
| codons | , | - | , | CAC | , | CAT | , | CCG | , | CTA | , | GCC | , | GCG | , | GCT | , | GGG |
| - | , | 0 | , | 0 | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| CAC | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| CAT | , | 0 | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| CCG | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| CTA | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| GCC | , | 2 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 1 | , | 0 | , | 0 |
| GCG | , | 2 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| GCT | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| GGG | , | 2 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 |
| # | Amino | acid | change | table | ||||||||||||||
| aa | , | - | , | A | , | G | , | H | , | L | , | P | ||||||
| - | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 1 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| A | , | 5 | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| G | , | 2 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| H | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 1 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| L | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| P | , | 1 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | , | 0 | ||||||
| # | Chromosome | change | table | |||||||||||||||
| 21, | Position,0,1000000,2000000,3000000,4000000,5000000,6000000,7000000,8000000,9000000,10000000,11000000,12000000,13000000,14000000,15000000,16000000,17000000,18000000,19000000,20000000,21000000,22000000,23000000,24000000,25000000,26000000,27000000,28000000,29000000,30000000,31000000,32000000,33000000,34000000,35000000,36000000,37000000,38000000,39000000,40000000,41000000,42000000,43000000,44000000,45000000,46000000 | |||||||||||||||||
| 21,Count,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1 |
139 rows