File Info

Filename
1029_11H_segments.tsv
Full Path
s3://ai-pipelines-experiment/chnobles/nf-runs/probe-agg-test/blood_only/segments/1029_11H_segments.tsv
Size
26.8 KB
Workflow Run
nf-probe-agg-test
Published
Jun 03, 2026 7:13 AM

Content

View in new tab
seg_id specimen_id chrom start end tumor_sample_id normal_sample_id n_probes n_het_sites cnlr_median cnlr_wmean mean_mbaf median_het_depth mean_valor mafR tcn lcn call clone_subset clone_purity purity clonal_frac n_clones dipLogR z_score residual_lr residual_lor germline_fit sample_type flowcell sample_id
1 1029_11H chr1 69641 1439787 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 525 36 0.027 0.0254 0.5513 257.0 0.2034 0.0455 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 5.64 0.027 0.1562 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
2 1029_11H chr1 1452027 1490676 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 26 2 -0.7189 -0.6656 0.5694 245.0 0.2776 0 0 del 1 0.3924 1.0 0.3924 1 -0.042 22.79 -0.0001 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
3 1029_11H chr1 1512268 1545038 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 33 19 -0.0354 -0.0885 0.5795 357.7 0.3154 0.1393 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 5.49 -0.0354 0.2785 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
4 1029_11H chr1 1564742 15848178 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3573 459 0.0724 0.0654 0.5338 253.0 0.1331 0.0317 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 28.08 0.0724 0.0852 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
5 1029_11H chr1 15872761 15940127 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 329 9 0.2263 0.2419 0.5047 5425.0 0.0187 0.0 4 2 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 25.52 0.0136 0.008 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
6 1029_11H chr1 15940127 16577423 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 280 120 0.0658 0.0705 0.5459 259.5 0.1822 0.0416 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.43 0.0658 0.1346 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
7 1029_11H chr1 16579192 16953535 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 39 41 0.1528 0.176 0.6098 329.0 0.4399 0.2146 6 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 12.79 -0.0464 0.0106 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
8 1029_11H chr1 16954166 248918363 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 37687 4540 0.0501 0.0437 0.539 195.0 0.1538 0.034 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 67.23 0.0501 0.0992 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
9 1029_11H chr10 47057 133625411 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 16767 2434 0.0434 0.0351 0.5349 189.0 0.1382 0.0283 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 39.18 0.0434 0.0818 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
10 1029_11H chr10 133625871 133626762 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 5 2 -0.3483 -0.4803 0.6835 535.5 0.7681 1 0 del 1 0.4583 1.0 0.4583 1 -0.042 4.84 0.0272 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
11 1029_11H chr11 193064 1016583 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 670 118 0.0331 0.0334 0.5421 244.5 0.1661 0.0322 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.75 0.0331 0.1178 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
12 1029_11H chr11 1016632 1018432 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 9 37 -0.3353 -0.3558 0.6205 986.8 0.4834 0.2548 1 0 del 1 0.3924 1.0 0.3924 1 -0.042 13.95 -0.0202 -0.032 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
13 1029_11H chr11 1018482 2133264 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 610 111 -0.0005 -0.0059 0.5647 272.0 0.2548 0.101 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.82 -0.0005 0.2119 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
14 1029_11H chr11 2133148 134387716 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 21854 2907 0.0406 0.0344 0.5392 214.0 0.155 0.0322 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 44.54 0.0406 0.1026 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
15 1029_11H chr12 66830 133234376 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 25022 3143 0.0313 0.026 0.5333 202.0 0.1315 0.0267 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 36.2 0.0313 0.0773 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
16 1029_11H chr13 19173833 24321389 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 692 87 0.0583 0.0645 0.5428 210.0 0.1678 0.0545 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 10.67 0.0583 0.1166 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
17 1029_11H chr13 24421112 112068417 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 6891 846 0.0264 0.0173 0.5358 168.2 0.1408 0.0333 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 17.19 0.0264 0.0819 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
18 1029_11H chr13 112068475 114326203 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 613 82 -0.0337 -0.0445 0.5563 183.0 0.2227 0.0562 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 8.44 -0.0337 0.1672 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
19 1029_11H chr14 18601119 19781255 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 27 7 0.1334 0.178 0.5983 258.5 0.393 0.1827 5 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 5.92 -0.0186 0.0124 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
20 1029_11H chr14 19827782 19868842 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 9 5 0.499 0.4609 0.6823 520.0 0.7633 0.5815 3 1 amp 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.75 -0.086 0.0362 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
21 1029_11H chr14 19876398 21230434 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 483 112 -0.0564 -0.0668 0.5349 270.0 0.1388 0.0235 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 8.8 -0.0564 0.0913 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
22 1029_11H chr14 21230954 105589813 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 11813 1578 -0.01 -0.0128 0.5331 167.5 0.1307 0.0248 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 14.11 -0.01 0.0709 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
23 1029_11H chr14 105602323 105604986 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 18 0 0.1949 0.2276 6 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 5.14 -0.0043 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
24 1029_11H chr14 105626098 105629138 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 10 10 -0.3571 -0.3152 0.6058 2511.5 0.4261 0.1894 1 0 del 1 0.3924 1.0 0.3924 1 -0.042 9.08 -0.042 -0.0845 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
25 1029_11H chr14 105644278 105644716 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 7 4 0.0032 0.0211 0.5083 4598.5 0.0333 0.0005 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 0.2 0.0032 0.0214 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
26 1029_11H chr14 105644818 105646487 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 17 17 -0.2526 -0.338 0.5987 4288.0 0.3931 0.1272 1 0 del 1 0.3152 1.0 0.3152 1 -0.042 9.56 -0.0052 0.0093 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
27 1029_11H chr14 105646427 105771388 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 142 18 0.0124 -0.0056 0.5227 3262.5 0.0905 0.0078 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 1.7 0.0124 0.0769 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
28 1029_11H chr14 105771337 105772572 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3 4 -0.0844 -0.0855 0.6234 5081.0 0.5001 0.2251 2 0 cn-loh 1 0.3152 1.0 0.3152 1 -0.042 4.43 -0.0844 -0.1597 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
29 1029_11H chr14 105772618 105860505 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 100 2 -0.0064 0.0066 0.5128 1999.0 0.051 0.0006 2 0 cn-loh 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 0.4 -0.0064 0.0 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
30 1029_11H chr14 105860445 105863145 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 42 0 0.1819 0.2 6 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 7.33 -0.0173 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
31 1029_11H chr14 105863085 105863325 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3 8 0.1599 0.1669 0.5765 3335.0 0.3075 0.0942 5 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 4.05 0.0079 -0.0418 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
32 1029_11H chr14 105863265 106874851 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 271 14 0.1407 0.1217 0.5235 474.2 0.0936 0.0064 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 14.43 0.1407 0.0574 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
33 1029_11H chr15 20535569 41096261 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 2784 384 0.0233 0.0152 0.537 212.0 0.1443 0.0456 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.1 0.0233 0.0935 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
34 1029_11H chr15 41096206 41708795 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 270 30 -0.0665 -0.0629 0.5356 216.5 0.141 0.0181 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.12 -0.0665 0.0884 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
35 1029_11H chr15 41710632 41771643 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 216 0 0.1955 0.2185 6 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 17.86 -0.0037 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
36 1029_11H chr15 41771643 43695008 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1365 157 0.0213 0.0246 0.5412 214.0 0.1627 0.0377 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.82 0.0213 0.1106 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
37 1029_11H chr15 43695179 87854871 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 7612 840 -0.0068 -0.0121 0.54 149.0 0.1581 0.0289 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 12.65 -0.0068 0.095 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
38 1029_11H chr15 87859736 88046890 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1004 110 0.0651 0.0675 0.5216 3288.5 0.0859 0.0071 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 13.25 0.0651 0.0725 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
39 1029_11H chr15 88046890 101819015 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 2826 311 0.0198 0.0158 0.5312 181.0 0.1238 0.0211 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 8.29 0.0198 0.0657 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
40 1029_11H chr16 47432 2180437 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1830 380 0.0046 0.0043 0.5474 241.0 0.1867 0.0553 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.96 0.0046 0.1388 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
41 1029_11H chr16 2180508 3579188 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 813 80 -0.0517 -0.0528 0.5416 199.0 0.1645 0.0299 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 10.14 -0.0517 0.1102 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
42 1029_11H chr16 3582286 3862167 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 480 8 0.1581 0.1417 0.5135 1747.0 0.0539 0.0024 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 21.54 0.1581 0.0349 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
43 1029_11H chr16 3873880 9756596 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 715 82 -0.0278 -0.0291 0.5405 150.0 0.16 0.0333 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 6.03 -0.0278 0.0972 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
44 1029_11H chr16 9756596 11255585 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 452 43 0.1149 0.1094 0.5205 277.0 0.0817 0.0074 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 15.22 0.1149 0.0341 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
45 1029_11H chr16 11255585 15624942 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 623 81 0.0105 -0.0067 0.5289 254.0 0.1147 0.0185 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 3.07 0.0105 0.0657 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
46 1029_11H chr16 15624989 15625500 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3 0 -0.5451 -0.7848 1 0 del 1 0.6298 1.0 0.6298 1 -0.042 5.87 0.0005 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
47 1029_11H chr16 15625475 15667445 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 20 2 -0.0413 -0.0179 0.5643 140.0 0.2539 0.0721 2 0 cn-loh 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 1.15 -0.0413 0.0 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
48 1029_11H chr16 15677779 90075935 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 12137 1568 0.0596 0.0564 0.5353 214.0 0.1397 0.0273 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 43.53 0.0596 0.0869 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
49 1029_11H chr17 137555 83094575 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 24120 3342 0.0573 0.0525 0.5404 222.0 0.1592 0.0396 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 61.81 0.0573 0.1084 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
50 1029_11H chr18 47389 41955417 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3512 437 0.0079 -0.0035 0.5407 158.0 0.1605 0.0349 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.61 0.0079 0.0997 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
51 1029_11H chr18 41957514 44701099 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 172 7 0.0592 0.0642 0.5237 280.0 0.0942 0.0128 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 4.86 0.0592 0.0472 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
52 1029_11H chr18 44701145 44953352 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 77 2 0.2105 0.2327 0.5287 1517.0 0.1147 0.0106 3 0 amp 1 0.3152 1.0 0.3152 1 -0.042 11.48 -0.0006 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
53 1029_11H chr18 45038446 63091115 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 2036 293 0.0325 0.0291 0.526 187.5 0.1031 0.0149 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.75 0.0325 0.0458 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
54 1029_11H chr18 63091055 63891620 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 341 37 0.0874 0.1005 0.5158 245.5 0.0628 0.0052 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 10.04 0.0874 0.0123 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
55 1029_11H chr18 63895263 80247372 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 863 157 -0.0095 -0.0233 0.5443 156.0 0.1752 0.0315 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 6.51 -0.0095 0.1138 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
56 1029_11H chr19 110681 8512499 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 4580 953 -0.0152 -0.0105 0.5391 195.0 0.154 0.0336 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 14.95 -0.0152 0.0996 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
57 1029_11H chr19 8512583 8947460 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 408 17 0.0435 0.0484 0.5733 253.0 0.2948 0.0887 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.04 0.0435 0.2452 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
58 1029_11H chr19 8947403 8994112 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 410 0 0.2248 0.2341 4 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 28.3 0.0121 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
59 1029_11H chr19 9010210 10136337 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 394 58 -0.0275 -0.0345 0.5319 157.5 0.1261 0.0225 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 4.02 -0.0275 0.0642 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
60 1029_11H chr19 10137037 11454707 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1164 70 0.0662 0.0697 0.5334 254.5 0.1329 0.018 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 14.38 0.0662 0.0838 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
61 1029_11H chr19 11457075 42282947 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 8633 1231 0.0044 0.0018 0.5361 203.0 0.1428 0.0276 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 13.91 0.0044 0.0887 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
62 1029_11H chr19 42284658 43575497 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 478 78 0.0616 0.0604 0.5423 439.0 0.1675 0.036 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.81 0.0616 0.1315 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
63 1029_11H chr19 43575486 58571441 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 6954 1232 -0.0049 -0.011 0.5468 208.0 0.1845 0.0505 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 20.6 -0.0049 0.1324 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
64 1029_11H chr2 41522 241873273 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 33700 4344 0.0487 0.043 0.5358 201.2 0.1409 0.034 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 61.05 0.0487 0.0872 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
65 1029_11H chr20 87677 6107673 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1357 206 -0.0092 -0.0133 0.5508 178.0 0.2014 0.0419 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.34 -0.0092 0.1441 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
66 1029_11H chr20 6110297 64273595 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 8886 1408 0.0601 0.0568 0.5385 209.0 0.1523 0.0302 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 38.83 0.0601 0.0991 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
67 1029_11H chr21 5117108 34834658 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1733 173 0.0762 0.0726 0.546 181.5 0.1819 0.0401 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 21.01 0.0762 0.1253 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
68 1029_11H chr21 34856379 46664423 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 2869 646 0.0405 0.0432 0.5364 200.5 0.1436 0.0324 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 16.79 0.0405 0.0895 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
69 1029_11H chr22 15528158 50782316 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 9370 1574 0.0649 0.0612 0.5344 225.2 0.1352 0.0333 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 41.75 0.0649 0.0846 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
70 1029_11H chr3 319726 179194224 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 23201 2335 0.046 0.0376 0.5375 195.0 0.1481 0.0312 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 47.84 0.046 0.0931 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
71 1029_11H chr3 179198724 198169878 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3736 482 0.0661 0.0655 0.5336 210.0 0.1329 0.0259 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 26.26 0.0661 0.0795 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
72 1029_11H chr4 53399 190174838 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 17767 2409 0.0546 0.0469 0.5366 184.0 0.1445 0.0307 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 49.06 0.0546 0.0878 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
73 1029_11H chr5 113220 353782 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 145 80 0.0305 0.013 0.5529 1062.2 0.2108 0.0549 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.74 0.0305 0.1879 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
74 1029_11H chr5 353819 181260807 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 19780 2366 0.0444 0.0395 0.5351 187.0 0.1388 0.0252 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 42.62 0.0444 0.0823 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
75 1029_11H chr6 304553 29827940 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3433 566 0.0317 0.0266 0.5297 218.0 0.1175 0.0207 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 13.4 0.0317 0.0649 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
76 1029_11H chr6 29828002 29942402 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 38 80 -0.0536 0.0854 0.5558 3415.8 0.2207 0.0533 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 8.53 -0.0536 0.2105 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
77 1029_11H chr6 29942316 29942954 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 7 13 0.27 0.3661 0.6439 3606.3 0.5879 0.3748 4 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 10.2 0.0573 0.0165 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
78 1029_11H chr6 29942934 29943701 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 7 10 0.6536 0.5852 0.5495 2680.0 0.1976 0.0405 5 2 amp 1 0.3924 1.0 0.3924 1 -0.042 11.05 -0.0142 -0.065 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
79 1029_11H chr6 29943641 29944904 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 5 5 0.599 0.6248 0.6828 2961.0 0.7658 0.5879 3 1 amp 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.14 0.014 0.0589 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
80 1029_11H chr6 29944904 29945562 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 15 23 0.4272 0.4193 0.5771 2494.5 0.3078 0.0873 6 2 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 12.02 0.0292 0.0527 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
81 1029_11H chr6 29945444 29945804 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 7 16 0.4053 0.4413 0.6257 5511.2 0.5121 0.2866 3 1 amp 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.08 -0.1797 -0.1901 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
82 1029_11H chr6 29945744 29948507 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 13 23 0.038 0.1604 0.5729 5275.0 0.2907 0.0719 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 6.02 0.038 0.2827 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
83 1029_11H chr6 29948507 30154292 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 61 64 -0.0533 -0.0678 0.5467 290.8 0.1851 0.0462 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 5.58 -0.0533 0.1406 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
84 1029_11H chr6 30154357 31170618 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 632 132 0.0047 -0.0026 0.5397 308.5 0.1577 0.0307 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 5.79 0.0047 0.1137 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
85 1029_11H chr6 31264705 31363903 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 63 107 -0.1935 -0.0132 0.5628 456.7 0.2492 0.0718 1 0 del 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 13.67 -0.0741 0.0423 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
86 1029_11H chr6 31365440 32445089 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1281 230 0.0015 0.0085 0.5302 326.0 0.1183 0.0279 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 5.13 0.0015 0.0768 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
87 1029_11H chr6 32521860 32522039 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3 12 -0.4488 -0.4659 0.6356 1880.0 0.5516 0.4139 1 0 del 1 0.4583 1.0 0.4583 1 -0.042 9.51 -0.0733 -0.0752 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
88 1029_11H chr6 32521980 32581676 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 6 38 -0.0745 -0.1966 0.5756 1540.3 0.3005 0.0924 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 7.79 -0.0745 0.2844 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
89 1029_11H chr6 32584184 32662078 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 34 76 -0.1861 -0.2942 0.6411 1371.8 0.5736 0.336 1 0 del 1 0.3924 1.0 0.3924 1 -0.042 22.45 0.129 0.0604 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
90 1029_11H chr6 32662119 32665125 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 6 16 -0.195 -0.0954 0.5548 2188.0 0.2192 0.0392 1 0 del 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 4.64 -0.0756 0.0301 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
91 1029_11H chr6 32666535 32741544 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 4 23 0.1016 0.1942 0.6342 1916.2 0.5476 0.3026 3 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 11.29 -0.0086 0.0833 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
92 1029_11H chr6 32741458 32746650 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 17 13 0.3719 0.3901 0.5776 2564.0 0.3115 0.1042 6 2 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 10.63 -0.0261 0.0549 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
93 1029_11H chr6 32746650 32757361 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 16 21 -0.0173 -0.0401 0.5285 4383.4 0.1141 0.0138 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 2.1 -0.0173 0.1021 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
94 1029_11H chr6 32757754 32759051 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 5 10 0.274 0.3129 0.651 1400.0 0.6174 0.448 5 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 9.2 -0.0343 -0.0626 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
95 1029_11H chr6 32759003 32761733 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3 6 0.1382 0.1694 0.5753 2579.5 0.3008 0.0726 4 0 amp 1 0.074 1.0 0.074 1 -0.042 3.44 0.0351 0.0103 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
96 1029_11H chr6 32761659 33076186 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 274 48 0.042 0.0468 0.5246 328.0 0.0977 0.0131 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 4.63 0.042 0.0544 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
97 1029_11H chr6 33080451 33085963 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 18 59 -0.0542 -0.0444 0.5838 1978.0 0.3367 0.112 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 10.92 -0.0542 0.3205 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
98 1029_11H chr6 33086170 33087818 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 12 34 0.3011 0.2737 0.6345 4938.8 0.5484 0.3067 4 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 15.29 0.0884 -0.0224 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
99 1029_11H chr6 33087818 33088538 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 6 8 -0.0485 0.0301 0.5319 4978.5 0.1275 0.0124 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 1.63 -0.0485 0.1165 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
100 1029_11H chr6 33088538 33089138 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 4 10 0.2776 0.2779 0.6042 4498.1 0.417 0.1589 5 1 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 6.68 -0.0307 0.0215 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
101 1029_11H chr6 33089138 33089738 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 5 10 0.1378 0.1297 0.5378 5420.6 0.1512 0.0229 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 2.74 0.1378 0.1407 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
102 1029_11H chr6 33163609 170584636 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 17948 2160 0.0424 0.0357 0.5322 195.0 0.1277 0.0224 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 38.24 0.0424 0.0718 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
103 1029_11H chr7 193154 13976742 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 2542 475 0.0547 0.0494 0.5261 289.0 0.1034 0.0184 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 18.01 0.0547 0.0576 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
104 1029_11H chr7 13976742 13978782 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 18 8 0.3372 0.3148 0.5833 3013.5 0.3348 0.1567 3 1 amp 1 0.4583 1.0 0.4583 1 -0.042 9.75 0.0395 -0.0555 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
105 1029_11H chr7 13979262 13984782 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 31 22 0.3182 0.2902 0.5256 4105.0 0.1026 0.0127 5 2 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 11.17 0.0099 -0.0384 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
106 1029_11H chr7 13984782 159144810 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 18898 2410 0.0481 0.0432 0.5405 203.0 0.1585 0.048 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 47.08 0.0481 0.1064 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
107 1029_11H chr8 166190 145054212 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 16663 2109 0.0507 0.0456 0.5311 212.0 0.1232 0.0229 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 43.06 0.0507 0.0698 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
108 1029_11H chr9 15056 17050 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 5 0 0.6512 0.8336 3 0 amp 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 9.05 0.0662 0.0 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
109 1029_11H chr9 17350 8733871 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1492 191 0.0725 0.0707 0.522 296.0 0.0875 0.0114 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 17.59 0.0725 0.0417 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
110 1029_11H chr9 8733865 40263321 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 3590 541 0.0439 0.0342 0.5419 212.0 0.1643 0.0503 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 20.04 0.0439 0.1132 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
111 1029_11H chr9 40264490 67900953 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 274 28 -0.0954 -0.1042 0.6013 446.0 0.4041 0.1958 2 0 cn-loh 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 13.11 -0.0954 0.0528 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
112 1029_11H chr9 67900916 67901288 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 4 4 0.2723 0.2097 0.6543 2500.0 0.6344 0.3308 5 0 amp 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 6.43 -0.036 -0.0427 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
113 1029_11H chr9 68242015 68299628 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 21 6 -0.1793 -0.2076 0.5589 479.0 0.232 0.0791 1 0 del 1 0.1588 1.0 0.1588 1 -0.042 5.54 -0.0599 0.0273 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
114 1029_11H chr9 68302960 70811315 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 360 53 0.0019 0.009 0.5426 116.0 0.1674 0.0369 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 3.1 0.0019 0.0967 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
115 1029_11H chr9 70827828 136496056 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 11603 1489 0.0415 0.0366 0.5289 194.0 0.1142 0.0213 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 29.51 0.0415 0.0584 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
116 1029_11H chr9 136495958 136519625 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 283 10 0.1727 0.1572 0.5135 2483.0 0.054 0.0025 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 18.07 0.1727 0.038 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
117 1029_11H chr9 136520240 138231128 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 1090 189 0.0532 0.0496 0.5316 274.0 0.1249 0.0221 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 11.9 0.0532 0.0784 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
118 1029_11H chrX 284194 1463622 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 149 0 0.0837 0.072 2 0 cn-loh 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 6.35 0.0837 0.0 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
119 1029_11H chrX 1463862 1465182 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 11 0 0.2986 0.2381 3 0 amp 1 0.4583 1.0 0.4583 1 -0.042 6.16 0.0009 0.0 False blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
120 1029_11H chrX 1465182 1494163 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 37 0 0.5106 0.4834 3 0 amp 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 19.31 -0.0744 0.0 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
121 1029_11H chrX 1494163 156010443 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1 16162 788 0.0461 0.0405 0.5441 257.0 0.173 0.0528 2 1 neutral 1 1.0 1.0 1.0 1 -0.042 39.67 0.0461 0.1271 True blood B23KFCWLT4 1029_11H-N1-BDNA-1_B23KGCJLT4_1
122 rows