File Info

Filename
1136_7L-T1-TDNA-1_A23H5VJLT4_1_vs_1136_7L-N1-BDNA-1_A237CFYLT3_1_purity.segments.txt
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/pipeline-outputs/cgp_runs/nextflow/cgp_dna_exp0024/tools_recal_facets_tnseq_hrd__3585e3bf--20260226-133635/variant_calling/hrd/TiH/1136_7L-T1-TDNA-1_A23H5VJLT4_1_vs_1136_7L-N1-BDNA-1_A237CFYLT3_1/FACETS/1136_7L-T1-TDNA-1_A23H5VJLT4_1_vs_1136_7L-N1-BDNA-1_A237CFYLT3_1_purity.segments.txt
Size
16.9 KB
Workflow Run
nobles_exp024_recal_n7_hrd_update_01
Published
Feb 26, 2026 10:01 AM

Content

View in new tab 
chrom	seg	num.mark	nhet	cnlr.median	mafR	segclust	cnlr.median.clust	mafR.clust	start	end	cf.em	tcn.em	lcn.em	cf	tcn	lcn
1	1	2786	207	0.135255322914945	0.111021701627432	55	0.108242445949696	0.107703725992814	69453	16759119	0.214423993547884	5	1	0.557640912024157	3	1
1	2	1510	117	0.0810734497463058	0.00980775900573067	53	0.108242445949696	0.0196169965132035	16759339	25813951	0.214423993547884	5	2	0.214423993547884	5	2
1	3	3819	164	-0.212518536001354	0.112781111174985	32	-0.217110182991463	0.112781111174985	25814082	47778441	0.214423993547884	3	1	0.168511085659101	2	0
1	4	5148	265	-0.0246813219367089	0.0647645203540255	44	-0.0295639398322322	0.0597213833178742	47794655	117624255	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
1	5	503	33	-0.157277929743064	0.0796951192372477	34	-0.148254843821109	0.107898777132598	117624577	146020151	0.214423993547884	3	1	0.281574153030345	3	1
1	6	11	3	-2.04260818888899	0.00488007518303114	6	-2.04260818888899	NA	146066363	146964433	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
1	7	3133	139	-0.168822204428641	0.123859511724868	34	-0.148254843821109	0.107898777132598	146965028	160093347	0.214423993547884	3	1	0.281574153030345	3	1
1	8	3459	199	0.0424625197522991	0.102840977950516	50	0.0188810150514746	0.129657797354231	160093784	201209660	0.214423993547884	5	2	0.487858889587733	3	1
1	9	5	4	-3.67752323655577	0.510018404456704	2	-3.67752323655577	NA	201209837	201210856	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
1	10	4480	226	0.0153072635221893	0.153094201867376	50	0.0188810150514746	0.129657797354231	201211017	245702541	0.214423993547884	4	1	0.487858889587733	3	1
1	11	389	48	-0.443758508003209	0.0899848982223566	20	-0.43683554122616	0.0899848982223566	245749557	248918255	0.214423993547884	1	0	0.214423993547884	1	0
2	12	7260	417	-0.00815474574381292	0.0391093393983478	47	0.0188810150514746	0.0486667554569431	41647	97245420	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
2	13	11	2	-3.85904602192717	0.36612595031444	1	-3.85904602192717	NA	97245670	97547765	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
2	14	2286	172	0.0266456112116194	0.0198172000177769	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	97549412	130373216	0.210763809988039	5	2	0.168511085659101	5	2
2	15	26	9	-2.75809702681023	0.373837069052544	3	-2.7566080528228	NA	130463255	130655062	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
2	16	2923	175	-0.0171927506271974	0.0761307086919709	44	-0.0295639398322322	0.0597213833178742	130656603	177392831	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
2	17	738	32	-0.672125699657189	0.0619295879836767	14	-0.672125699657189	0.0619295879836767	177420363	178790846	0.214423993547884	0	0	0.281574153030345	1	0
2	18	30	1	-0.0754842242449962	0.197739812539074	43	-0.0792881015741229	NA	178792141	178888518	0.179551836853982	4	NA	0.389257246039713	3	NA
2	19	3003	167	0.037900151984391	0.0540189903629462	47	0.0188810150514746	0.0486667554569431	178905448	218638730	0.214423993547884	5	2	0.389257246039713	3	1
2	20	789	40	-0.280392113152539	0.0461911668161548	28	-0.270307807062568	0.0467311739926446	218640766	223837431	1	2	1	1	2	1
2	21	1240	82	0.0386666144275533	0.0765496290248358	47	0.0188810150514746	0.0486667554569431	223878656	237334821	0.214423993547884	5	2	0.389257246039713	3	1
2	22	845	73	0.0622695348565822	0.248912730574657	51	0.0625577641565892	0.248912730574657	237336320	241873242	0.214423993547884	5	1	0.61611940469725	3	1
3	23	811	44	-0.205033804353539	0.197914157056629	30	-0.217110182991463	0.182674245080559	319825	12187515	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	2	0
3	24	316	5	-1.67393875810166	0.225058061627939	9	-1.64807935481952	NA	12190597	12381389	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
3	25	1417	98	-0.0333313187185012	0.250203664330969	45	-0.0295639398322322	0.250203664330969	12392657	37042283	0.214423993547884	4	1	0.487858889587733	3	1
3	26	3473	135	-0.324859859991314	0.246598314544706	25	-0.313723045220759	0.274569213030954	37043152	52540483	0.214423993547884	2	0	0.281574153030345	2	0
3	27	4470	268	-0.0965243260302227	0.180744923296372	41	-0.0792881015741229	0.172537389413506	52545492	129562793	0.214423993547884	4	1	0.389257246039713	3	1
3	28	3038	180	0.180451915853905	0.0147479107184214	56	0.181321537841219	0.0241261506269905	129563124	181712000	0.214423993547884	6	3	0.281574153030345	5	2
3	29	9	0	2.11713591946661	0	66	2.11713591946661	NA	181712399	181714388	0.214423993547884	43	NA	0.389257246039713	25	NA
3	30	1765	121	0.226035388888941	0.018768322605655	57	0.224694567961434	0.018768322605655	182793805	198169826	0.214423993547884	6	3	0.281574153030345	5	2
4	31	3084	222	-0.174012984075677	0.00793196455612094	36	-0.148254843821109	0.0221418903239453	85803	52745352	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
4	32	6856	438	-0.15036768462355	0.0961865626540275	34	-0.148254843821109	0.107898777132598	52745501	190026761	0.214423993547884	3	1	0.281574153030345	3	1
5	33	45	4	-0.112173854210592	0.0180763154483145	38	-0.148254843821109	NA	92307	223843	0.214423993547884	3	NA	0.389257246039713	3	NA
5	34	2185	162	0.135756966179315	0.110229543062993	55	0.108242445949696	0.107703725992814	224566	50797082	0.214423993547884	5	1	0.557640912024157	3	1
5	35	5234	302	-0.0523656037857668	0.0185802910539364	39	-0.0792881015741229	0.0246554313898512	50797215	140795134	0.176676951130412	4	2	0.281574153030345	3	1
5	36	577	50	-0.619616124561786	0.0269508026596014	15	-0.615343833409923	0.0269508026596014	140795336	141629954	0.191058701801847	0	0	0.214423993547884	0	0
5	37	3361	199	-0.0822855566322769	0.0269478804561645	39	-0.0792881015741229	0.0246554313898512	141634927	181260799	0.176676951130412	4	2	0.281574153030345	3	1
6	38	35	2	0.625593972162631	-0.00141260639777721	63	0.591145955767089	NA	292576	486727	0.214423993547884	11	NA	0.389257246039713	6	NA
6	39	2345	258	-0.262802526042521	0.154379594206843	27	-0.270307807062568	0.14170696415934	489058	31355632	0.192600276225944	2	0	0.214423993547884	2	0
6	40	4357	316	-0.0643213159871434	0.0534248422792073	40	-0.0792881015741229	0.0526637022483907	31356275	70165938	0.184406723365297	4	2	0.281574153030345	3	1
6	41	2166	101	-0.0889566341558826	0.149555652089785	41	-0.0792881015741229	0.172537389413506	70168088	110442411	0.214423993547884	4	1	0.389257246039713	3	1
6	42	570	80	0.279876941606848	0.104894525289393	59	0.279876941606848	0.104894525289393	110442618	117377985	0.214423993547884	7	2	0.389257246039713	5	2
6	43	3667	242	0.102296692773603	0.275633669614664	54	0.108242445949696	0.275633669614664	117379165	170285618	0.214423993547884	5	1	0.679824225111353	3	1
6	44	49	3	-0.348813635967544	0.101537979272719	22	-0.381104735500241	NA	170286311	170584601	NA	2	NA	0.389257246039713	2	NA
7	45	4049	330	0.0891307695224055	0.00911419659319187	53	0.108242445949696	0.0196169965132035	193390	55805324	0.214423993547884	5	2	0.214423993547884	5	2
7	46	3212	217	-0.076667652143622	0.0512740145268808	40	-0.0792881015741229	0.0526637022483907	55807091	100993102	0.184406723365297	4	2	0.281574153030345	3	1
7	47	9	5	-2.75237932998156	0.645447158574788	3	-2.7566080528228	NA	100993233	100995994	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
7	48	4966	318	-0.0870551198238677	0.0389513079647643	39	-0.0792881015741229	0.0246554313898512	100996130	157571534	0.176676951130412	4	2	0.281574153030345	3	1
7	49	119	9	0.0628459934565962	0.00584002268484004	52	0.0625577641565892	NA	157576685	159144789	0.214423993547884	5	NA	0.389257246039713	4	NA
8	50	2037	143	-0.31684299961413	0.0668685409378738	24	-0.313723045220759	0.0641991432266376	166288	30751426	1	2	1	1	2	1
8	51	705	49	-1.63607324487818	0.0393759936640744	8	-1.64807935481952	0.0393759936640744	30753052	33503438	0.214423993547884	0	0	0.61611940469725	0	0
8	52	739	63	-0.309379982143694	0.0602771213435632	24	-0.313723045220759	0.0641991432266376	33503750	41896325	1	2	1	1	2	1
8	53	4567	239	0.0262066896365674	0.0197780672950084	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	41929526	141477828	0.210763809988039	5	2	0.168511085659101	5	2
8	54	1005	59	-0.434925386270385	0.0106076570512734	19	-0.43683554122616	0.0106076570512734	141478737	145054204	0.161157827311035	1	0	0.168511085659101	1	0
9	55	3543	252	-0.1950408803963	0.19386632614281	30	-0.217110182991463	0.182674245080559	14889	81688261	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	2	0
9	56	11	0	-2.09777576429256	0	5	-2.09777576429256	NA	81930147	81990477	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
9	57	181	15	-0.328784635523128	0.173690929203482	23	-0.313723045220759	0.176574298148406	81990823	84670815	0.20926541471986	2	0	0.214423993547884	2	0
9	58	278	9	-1.16140580873329	0.162624334436961	11	-1.14800834930251	NA	84672163	84913321	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
9	59	6709	408	-0.141290196164626	0.254223578601112	35	-0.148254843821109	0.254223578601112	84913706	138233830	0.214423993547884	3	0	0.214423993547884	3	0
10	60	10183	741	-0.0786945718575588	0.0202764162710641	39	-0.0792881015741229	0.0246554313898512	47144	133626701	0.176676951130412	4	2	0.281574153030345	3	1
11	61	2110	217	-0.280648043157877	0.0468891216935985	28	-0.270307807062568	0.0467311739926446	193102	9053257	1	2	1	1	2	1
11	62	2701	173	-0.036403890322975	0.0428106411212664	44	-0.0295639398322322	0.0597213833178742	9053645	47483471	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
11	63	3486	209	-0.237882927539406	0.033958087121053	31	-0.217110182991463	0.0419787505757433	47484529	66868956	0.214423993547884	3	1	1	2	1
11	64	5212	258	0.00185023140232426	0.0529416111397191	47	0.0188810150514746	0.0486667554569431	66870445	122796188	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
11	65	1081	98	-0.153076051526363	0.0458359255223211	37	-0.148254843821109	0.0396033634566412	122796959	134387620	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
12	66	1943	163	-0.0332601506577697	0.0541789480876019	44	-0.0295639398322322	0.0597213833178742	66864	11766850	0.214423993547884	4	2	0.389257246039713	3	1
12	67	275	48	-1.12383006072512	0.021106824563497	10	-1.14800834930251	0.021106824563497	11767054	11859646	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
12	68	904	104	0.12849799961343	0.0262666550065817	53	0.108242445949696	0.0196169965132035	11859747	22685001	0.214423993547884	5	2	0.214423993547884	5	2
12	69	317	14	1.57946809738193	1.50885736110275	65	1.57946809738193	NA	23534339	27646129	0.214423993547884	27	NA	0.389257246039713	16	NA
12	70	10925	540	0.111251060692943	0.0302395290567155	53	0.108242445949696	0.0196169965132035	27647867	133234366	0.214423993547884	5	2	0.214423993547884	5	2
13	71	4702	248	-0.0984569784574275	0.0216916604283775	39	-0.0792881015741229	0.0246554313898512	19173907	114326281	0.176676951130412	4	2	0.281574153030345	3	1
14	72	16	12	-1.67303521522048	0.12126366209683	9	-1.64807935481952	NA	18601172	19424269	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
14	73	527	59	-0.104697445848741	0.0947263735600874	42	-0.0792881015741229	0.117546515344276	19428700	22633768	0.207180440253499	4	1	0.389257246039713	3	1
14	74	7271	387	0.0101594995174024	0.320251397007313	48	0.0188810150514746	0.341524971293752	22634135	105529597	0.214423993547884	5	1	0.61611940469725	3	1
15	75	7519	461	-0.133176262802185	0.180384109277997	33	-0.148254843821109	0.175838486211693	20536449	86988068	0.214423993547884	3	0	0.168511085659101	3	0
15	76	761	95	-1.87745350186205	0.18124474370087	7	-1.87745350186205	0.18124474370087	87028869	88130475	0.214423993547884	0	0	0.679824225111353	0	0
15	77	1189	92	-0.156783740692028	0.160220543188206	33	-0.148254843821109	0.175838486211693	88130833	101922696	0.214423993547884	3	0	0.168511085659101	3	0
16	78	1760	128	-0.197295648162143	0.0541628045076676	31	-0.217110182991463	0.0419787505757433	47610	3564696	0.214423993547884	3	1	1	2	1
16	79	1290	82	0.183858697103706	0.0424822953785369	56	0.181321537841219	0.0241261506269905	3565001	16203579	0.214423993547884	6	2	0.281574153030345	5	2
16	80	5237	234	-0.170739171785013	0.0324930752761698	37	-0.148254843821109	0.0396033634566412	16208757	71285909	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
16	81	2029	149	-0.0901357411930027	0.117982531689628	42	-0.0792881015741229	0.117546515344276	71358838	90075852	0.207180440253499	4	1	0.389257246039713	3	1
17	82	4315	268	-0.305503372401968	0.176026418724566	23	-0.313723045220759	0.176574298148406	148164	21006964	0.20926541471986	2	0	0.214423993547884	2	0
17	83	2180	96	-0.0383847014564613	0.0140546891024981	46	-0.0295639398322322	0.0140546891024981	21007947	39451054	0.210277892762677	4	2	0.281574153030345	3	1
17	84	184	12	0.588438690170753	0.356955754890596	63	0.591145955767089	NA	39461721	39864123	0.214423993547884	10	NA	0.389257246039713	6	NA
17	85	1517	101	0.0319601997144469	0.0209405746219361	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	39868328	43179443	0.214423993547884	5	2	0.168511085659101	5	2
17	86	6621	428	-0.225618268373266	0.176841269591469	30	-0.217110182991463	0.182674245080559	43180803	83094485	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	2	0
18	87	1020	78	-0.100044259423994	0.136345628843252	42	-0.0792881015741229	0.117546515344276	47492	20959803	0.207180440253499	4	1	0.389257246039713	3	1
18	88	1590	94	0.383265004388912	0.0531536847134606	61	0.384760842502197	0.0531536847134606	20960227	48040919	0.214423993547884	8	3	0.389257246039713	5	2
18	89	1457	110	-0.120984891086661	0.135208487182253	34	-0.148254843821109	0.107898777132598	48041090	80247320	0.214423993547884	3	1	0.281574153030345	3	1
19	90	335	50	-0.362459117532357	0.148204177051659	21	-0.381104735500241	0.148204177051659	110773	1042302	0.190460983140875	2	0	0.168511085659101	2	0
19	91	190	17	0.217691882461168	0.757314147665808	58	0.224694567961434	0.757314147665808	1042394	1299919	0.214423993547884	6	0	1	3	1
19	92	26	3	-0.407207315662724	0.277136789842016	22	-0.381104735500241	NA	1356453	1397505	NA	2	NA	0.389257246039713	2	NA
19	93	2622	206	-0.269353361249333	0.126952857994312	27	-0.270307807062568	0.14170696415934	1398963	8949749	0.192600276225944	2	0	0.214423993547884	2	0
19	94	261	37	-0.950151021186611	0.00834860082511812	12	-0.950151021186611	0.00834860082511812	8949980	9847988	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
19	95	815	59	0.0217031163371804	0.00698514834433957	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	9849131	11614564	0.210763809988039	5	2	0.168511085659101	5	2
19	96	392	19	-0.54441949992891	0.0965951253232011	17	-0.523142889109402	0.0965951253232011	11614810	12874762	0.214423993547884	1	0	0.281574153030345	1	0
19	97	1031	59	0.0883281046818443	0.0760043550277183	55	0.108242445949696	0.107703725992814	12876151	16234395	0.214423993547884	5	2	0.557640912024157	3	1
19	98	16	4	1.43190951484671	0.0845218572614641	64	1.43190951484671	NA	16234465	16361891	0.214423993547884	24	NA	0.389257246039713	14	NA
19	99	449	33	0.0123189763191189	0.0281105810671043	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	16377140	17610017	0.210763809988039	5	2	0.168511085659101	5	2
19	100	87	7	-0.336770470038871	0.215754003724345	26	-0.313723045220759	NA	17611815	17784844	NA	2	NA	0.389257246039713	2	NA
19	101	1313	92	0.0240212812969784	0.124345477502128	50	0.0188810150514746	0.129657797354231	17784949	34428443	0.214423993547884	4	1	0.487858889587733	3	1
19	102	3036	212	-0.312972050471031	0.177635187669353	23	-0.313723045220759	0.176574298148406	34430686	44144686	0.20926541471986	2	0	0.214423993547884	2	0
19	103	117	16	-0.801689271107813	0.322400980145465	13	-0.801689271107813	0.322400980145465	44148801	44524243	0.214423993547884	0	0	0.487858889587733	1	0
19	104	2407	160	0.0391274492258376	0.377907242971822	48	0.0188810150514746	0.341524971293752	44525218	51024637	0.214423993547884	5	1	0.61611940469725	3	1
19	105	789	82	-0.252773842258669	0.345823353252431	29	-0.270307807062568	0.345823353252431	51024816	54219944	0.211178587452825	3	0	0.281574153030345	2	0
19	106	2	2	-2.16943316075275	1.65048014575456	4	-2.16943316075275	NA	54220125	54220537	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
19	107	1526	125	-0.300489474994608	0.312856947883997	25	-0.313723045220759	0.274569213030954	54220766	58571238	0.214423993547884	2	0	0.281574153030345	2	0
20	108	27	6	-0.601566453598946	0.0329335306363084	16	-0.615343833409923	NA	87678	284118	0.180874398219464	0	0	0.389257246039713	1	0
20	109	2199	149	0.0256616055753069	0.0107164799424597	49	0.0188810150514746	0.017623852103871	289538	32885548	0.210763809988039	5	2	0.168511085659101	5	2
20	110	3974	249	-0.137169333299461	0.0432919460809581	37	-0.148254843821109	0.0396033634566412	32889265	64273528	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
21	111	24	6	0.397034508268135	0.105628064176933	62	0.384760842502197	NA	10413729	10603577	0.214423993547884	8	NA	0.389257246039713	5	NA
21	112	10	1	-2.18012361865479	-0.0418528459649165	4	-2.16943316075275	NA	10605580	14109044	0.214423993547884	0	0	0.389257246039713	0	0
21	113	2468	222	-0.147165035056481	0.0289657088412403	36	-0.148254843821109	0.0221418903239453	14144780	46664411	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
22	114	5405	390	-0.142994907136014	0.0248354824607503	36	-0.148254843821109	0.0221418903239453	15528179	50782272	0.214423993547884	3	1	0.214423993547884	3	1
23	115	4532	11	-0.518494431405421	0.152776988475425	18	-0.523142889109402	NA	2782084	71671196	0.214423993547884	0	NA	1	1	0
23	116	306	1	0.343787689955659	10.572250313722	60	0.343787689955659	NA	71911321	77786243	0.214423993547884	4	NA	0.389257246039713	3	0
23	117	4124	15	-0.384488999067333	0.290003961916289	22	-0.381104735500241	NA	77829133	155545126	1	1	0	1	1	0