File Info

Filename
output_corr_matrix.txt
Full Path
s3://natera-platform-sandbox/projects/lcvs/flowcells/20260529_LH00995_0049_B23YT2HLT4/reports/raw_qc/ngscheckmate/output_corr_matrix.txt
Size
12.1 KB
Published
Jun 06, 2026 12:57 PM
sample_ID	10PercentHG514	10PercentNA24385	13432478-cfDNA	13511611-cfDNA	13739430-cfDNA	13929215-cfDNA	14138939-cfDNA	14389853-cfDNA	14558439-cfDNA	14668865-cfDNA	14862332-cfDNA	15451964-cfDNA	15921737-cfDNA	16098090-cfDNA	1_25PercentHG514	1_25PercentNA24385	20PercentHG514	20PercentNA24385	2_5PercentHG514	2_5PercentNA24385	3140_NA24143	3140_NA24385	40PercentHG514	40PercentNA24385	5PercentHG514	5PercentNA24385	D0000162_22q	D0000476_22q	D0001109_22q	D0001483_22q	SH032_HG513	SH032_HG514
10PercentHG514	1.0	0.1359879517330672	NA	0.09609975163882126	0.21293635725683627	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.1883667769773317	0.13051830829516142	NA	0.8579070611545884	0.13061924839451033	0.8570173078704737	0.14424428632155276	0.8576120604101177	0.1300545384319182	0.1307421308497991	0.14241617435720516	0.8445493737877828	0.14918992885739685	0.856081653800194	0.13253400924528805	NA	0.11061182735626181	0.26310996372891926	0.12365567242666747	0.8527082270116555	0.6325349477884529
10PercentNA24385	0.1359879517330672	1.0	NA	0.2658990653157485	0.1274777913003098	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2404444655919312	0.15561462913487223	NA	0.16263409747038038	0.9867975328354557	0.16598869013163603	0.9878603239519939	0.16209887067114107	0.9914018223457319	0.9895892438926926	0.6867038755420887	0.1688355973862861	0.9354059379274114	0.16241379077256696	0.993307455968359	NA	0.24130085069960713	0.19774766063415977	0.26330839932926	0.16253231338584345	0.14704483991599274
13432478-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
13511611-cfDNA	0.09609975163882126	0.2658990653157485	NA	1.0	0.16992988232251593	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.24949251021484556	0.15706457804712248	NA	0.1370904413297056	0.25649869829439836	0.1427355133761913	0.27236750319488306	0.136801623064931	0.26016277079065775	0.25815984770880795	0.24104444209649595	0.14739827153525067	0.2697164450861484	0.1357830705041136	0.2631931068656674	NA	0.25071380851330155	0.16991046534553578	0.2578082389153569	0.13363408051771378	0.1418995347220723
13739430-cfDNA	0.21293635725683627	0.1274777913003098	NA	0.16992988232251593	1.0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.18104394216276753	0.12054130441243577	NA	0.2415757198727861	0.12367959418408321	0.2487989286070542	0.13297967373529468	0.24041699772839642	0.12397385982973307	0.12591365629373158	0.12352317743971378	0.2523388939849309	0.13471239175327462	0.2458718169355478	0.1261500297232469	NA	0.11775420388745947	0.19115086581779958	0.1436482279448849	0.24328018299244605	0.2340336673386348
13929215-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14138939-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14389853-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14558439-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14668865-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14862332-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15451964-cfDNA	0.1883667769773317	0.2404444655919312	NA	0.24949251021484556	0.18104394216276753	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1.0	0.13648290725391285	NA	0.20999037825720723	0.23551662860648903	0.2172400512531297	0.24764070987319	0.20796855677764522	0.2364397684712137	0.23440123518482936	0.2223497489979497	0.2259696219035479	0.25198746754332274	0.20850385095236806	0.23942703504577884	NA	0.24698933611530519	0.32001481477342536	0.2430117838347297	0.20354889499755013	0.22259884063325597
15921737-cfDNA	0.13051830829516142	0.15561462913487223	NA	0.15706457804712248	0.12054130441243577	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.13648290725391285	1.0	NA	0.1423528603197386	0.15278594655973418	0.15022330611693613	0.16393363850182605	0.1432058110999237	0.15682860349834846	0.15292744986769324	0.1501975224061089	0.1553221537270807	0.1681311481566589	0.14239751464507197	0.15846812636616922	NA	0.14700774753227028	0.12851259526903072	0.12503570468444475	0.14097883842912431	0.1514134349282196
16098090-cfDNA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1_25PercentHG514	0.8579070611545884	0.16263409747038038	NA	0.1370904413297056	0.2415757198727861	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.20999037825720723	0.1423528603197386	NA	1.0	0.15464874028398168	0.9910889481838923	0.17200648921577255	0.9953286852086104	0.15480400684075074	0.15603308696240661	0.17544205994905304	0.972081684975979	0.17915491807501074	0.9921008282682722	0.1580066474762351	NA	0.1352399445461245	0.3110301071040839	0.1501590161824915	0.9887877509627968	0.7085316337554943
1_25PercentNA24385	0.13061924839451033	0.9867975328354557	NA	0.25649869829439836	0.12367959418408321	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.23551662860648903	0.15278594655973418	NA	0.15464874028398168	1.0	0.15897204438112542	0.9736034650863011	0.1553365205293936	0.9900380559210903	0.9903382109089057	0.6225684245814784	0.16153869052915584	0.9049035970342777	0.15520015205710017	0.9905938334041301	NA	0.23453581038761004	0.18805999494442924	0.2535081209681986	0.15419191852669337	0.13968393180937552
20PercentHG514	0.8570173078704737	0.16598869013163603	NA	0.1427355133761913	0.2487989286070542	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2172400512531297	0.15022330611693613	NA	0.9910889481838923	0.15897204438112542	1.0	0.17612726312258956	0.9914543913359392	0.1590216740121745	0.1594260470061949	0.17868629520751989	0.9854986242674629	0.18304861096197103	0.9891724382692599	0.16068401639347496	NA	0.1409014201882379	0.3190417465278686	0.15366889956386512	0.9832586916856683	0.7655035394063905
20PercentNA24385	0.14424428632155276	0.9878603239519939	NA	0.27236750319488306	0.13297967373529468	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.24764070987319	0.16393363850182605	NA	0.17200648921577255	0.9736034650863011	0.17612726312258956	1.0	0.17223021909166727	0.9790794849675902	0.9753346827329857	0.7513875567724453	0.17969997725210413	0.9574379429739897	0.17296866276255146	0.9813275457875962	NA	0.25061756240784644	0.20879399675789015	0.2727433452827148	0.17117942289262955	0.15710848669840605
2_5PercentHG514	0.8576120604101177	0.16209887067114107	NA	0.136801623064931	0.24041699772839642	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.20796855677764522	0.1432058110999237	NA	0.9953286852086104	0.1553365205293936	0.9914543913359392	0.17223021909166727	1.0	0.1543616483446706	0.15597038769462437	0.17492562107644025	0.9733165274549984	0.17921110289526615	0.9927204922097885	0.15790042228884557	NA	0.13469445267385627	0.31078894855015077	0.14924503864919447	0.9885166743730166	0.7115631022656893
2_5PercentNA24385	0.1300545384319182	0.9914018223457319	NA	0.26016277079065775	0.12397385982973307	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2364397684712137	0.15682860349834846	NA	0.15480400684075074	0.9900380559210903	0.1590216740121745	0.9790794849675902	0.1543616483446706	1.0	0.9931370380393993	0.6325061396272512	0.16069675459550897	0.9118901876511731	0.15416328725350945	0.9934491062110907	NA	0.23665800245513594	0.19172330842591342	0.2554411745094742	0.1534890113560506	0.14001299863551867
3140_NA24143	0.1307421308497991	0.9895892438926926	NA	0.25815984770880795	0.12591365629373158	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.23440123518482936	0.15292744986769324	NA	0.15603308696240661	0.9903382109089057	0.1594260470061949	0.9753346827329857	0.15597038769462437	0.9931370380393993	1.0	0.6196979313673704	0.16191400041595788	0.9049747297030161	0.15623462474263347	0.9931237711996314	NA	0.23515993839786872	0.18946600673023326	0.2528860428823585	0.15558714618467817	0.14030730844981218
3140_NA24385	0.14241617435720516	0.6867038755420887	NA	0.24104444209649595	0.12352317743971378	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2223497489979497	0.1501975224061089	NA	0.17544205994905304	0.6225684245814784	0.17868629520751989	0.7513875567724453	0.17492562107644025	0.6325061396272512	0.6196979313673704	1.0	0.18405334560827502	0.8519866420264031	0.17619270137567333	0.64814510026778	NA	0.22087504048586146	0.2115776500541775	0.26542369234155705	0.17375444131860565	0.16509592092689862
40PercentHG514	0.8445493737877828	0.1688355973862861	NA	0.14739827153525067	0.2523388939849309	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2259696219035479	0.1553221537270807	NA	0.972081684975979	0.16153869052915584	0.9854986242674629	0.17969997725210413	0.9733165274549984	0.16069675459550897	0.16191400041595788	0.18405334560827502	1.0	0.18674381374665777	0.9721063461805768	0.1637728037902192	NA	0.14596727838432305	0.32621812978907294	0.15892510505472088	0.9636351352060015	0.8339580759353039
40PercentNA24385	0.14918992885739685	0.9354059379274114	NA	0.2697164450861484	0.13471239175327462	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.25198746754332274	0.1681311481566589	NA	0.17915491807501074	0.9049035970342777	0.18304861096197103	0.9574379429739897	0.17921110289526615	0.9118901876511731	0.9049747297030161	0.8519866420264031	0.18674381374665777	1.0	0.17885437217031783	0.9192748583001171	NA	0.2503238339445704	0.2187979512577544	0.2823930102956342	0.17884014360404746	0.16427125436612117
5PercentHG514	0.856081653800194	0.16241379077256696	NA	0.1357830705041136	0.2458718169355478	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.20850385095236806	0.14239751464507197	NA	0.9921008282682722	0.15520015205710017	0.9891724382692599	0.17296866276255146	0.9927204922097885	0.15416328725350945	0.15623462474263347	0.17619270137567333	0.9721063461805768	0.17885437217031783	1.0	0.15759397509751213	NA	0.13536297976480527	0.3105817383735015	0.14788438192129727	0.9856889838046723	0.7168484773990287
5PercentNA24385	0.13253400924528805	0.993307455968359	NA	0.2631931068656674	0.1261500297232469	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.23942703504577884	0.15846812636616922	NA	0.1580066474762351	0.9905938334041301	0.16068401639347496	0.9813275457875962	0.15790042228884557	0.9934491062110907	0.9931237711996314	0.64814510026778	0.1637728037902192	0.9192748583001171	0.15759397509751213	1.0	NA	0.24087856098985005	0.19422040055401385	0.2575955717720962	0.15751943473719518	0.14302568429631746
D0000162_22q	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
D0000476_22q	0.11061182735626181	0.24130085069960713	NA	0.25071380851330155	0.11775420388745947	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.24698933611530519	0.14700774753227028	NA	0.1352399445461245	0.23453581038761004	0.1409014201882379	0.25061756240784644	0.13469445267385627	0.23665800245513594	0.23515993839786872	0.22087504048586146	0.14596727838432305	0.2503238339445704	0.13536297976480527	0.24087856098985005	NA	1.0	0.18023678815316577	0.25118139465822753	0.1326147183318089	0.14376788068524424
D0001109_22q	0.26310996372891926	0.19774766063415977	NA	0.16991046534553578	0.19115086581779958	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.32001481477342536	0.12851259526903072	NA	0.3110301071040839	0.18805999494442924	0.3190417465278686	0.20879399675789015	0.31078894855015077	0.19172330842591342	0.18946600673023326	0.2115776500541775	0.32621812978907294	0.2187979512577544	0.3105817383735015	0.19422040055401385	NA	0.18023678815316577	1.0	0.17791584361506457	0.3072497128162859	0.30296103761548765
D0001483_22q	0.12365567242666747	0.26330839932926	NA	0.2578082389153569	0.1436482279448849	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.2430117838347297	0.12503570468444475	NA	0.1501590161824915	0.2535081209681986	0.15366889956386512	0.2727433452827148	0.14924503864919447	0.2554411745094742	0.2528860428823585	0.26542369234155705	0.15892510505472088	0.2823930102956342	0.14788438192129727	0.2575955717720962	NA	0.25118139465822753	0.17791584361506457	1.0	0.1476393896065369	0.14610556240208042
SH032_HG513	0.8527082270116555	0.16253231338584345	NA	0.13363408051771378	0.24328018299244605	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.20354889499755013	0.14097883842912431	NA	0.9887877509627968	0.15419191852669337	0.9832586916856683	0.17117942289262955	0.9885166743730166	0.1534890113560506	0.15558714618467817	0.17375444131860565	0.9636351352060015	0.17884014360404746	0.9856889838046723	0.15751943473719518	NA	0.1326147183318089	0.3072497128162859	0.1476393896065369	1.0	0.6984982431082674
SH032_HG514	0.6325349477884529	0.14704483991599274	NA	0.1418995347220723	0.2340336673386348	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.22259884063325597	0.1514134349282196	NA	0.7085316337554943	0.13968393180937552	0.7655035394063905	0.15710848669840605	0.7115631022656893	0.14001299863551867	0.14030730844981218	0.16509592092689862	0.8339580759353039	0.16427125436612117	0.7168484773990287	0.14302568429631746	NA	0.14376788068524424	0.30296103761548765	0.14610556240208042	0.6984982431082674	1.0