File Info

Filename
1029_0W2.scarHRD.input.txt
Full Path
s3://ai-pipelines-experiment/chnobles/nf_sarek_somacnv_functional_v6/results/variant_calling/hrd/scarhrd/1029_0W2/1029_0W2.scarHRD.input.txt
Size
4.0 KB
Published
Jun 04, 2026 10:57 AM
SampleID	Chromosome	Start_position	End_position	total_cn	A_cn	B_cn	ploidy
1029_0W2	1	14599	69897	0	0	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	70211	16548855	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	16549146	16945941	0	0	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	16946300	109858768	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	109859093	121387475	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	121387816	145400364	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	1	145842400	192181478	4	3	1	3.0026186920235
1029_0W2	1	192184252	248936689	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	2	41404	25883686	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	2	25928956	86480411	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	2	86481749	111872835	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	2	111873392	196639821	4	3	1	3.0026186920235
1029_0W2	2	196646360	242122253	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	3	51435	59101739	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	3	59332015	85802096	4	2	2	3.0026186920235
1029_0W2	3	85802384	189584537	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	3	189597263	198169927	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	4	15706	190179679	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	5	23529	50399214	4	2	2	3.0026186920235
1029_0W2	5	50399747	90856117	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	5	90863824	105854543	5	3	2	3.0026186920235
1029_0W2	5	106277457	141441777	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	5	141476042	181283522	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	6	350829	48214782	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	6	48271081	64436218	4	3	1	3.0026186920235
1029_0W2	6	64436352	170640492	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	7	19678	8141649	4	3	1	3.0026186920235
1029_0W2	7	8142129	11723206	5	3	2	3.0026186920235
1029_0W2	7	11820301	34143190	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	7	34143388	158941821	4	2	2	3.0026186920235
1029_0W2	8	153116	31032689	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	8	31033642	32855832	0	0	0	3.0026186920235
1029_0W2	8	33018513	43416954	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	8	45967768	50148453	14	8	6	3.0026186920235
1029_0W2	8	50153155	132031953	7	7	0	3.0026186920235
1029_0W2	8	132032146	144886756	6	6	0	3.0026186920235
1029_0W2	9	14690	68357839	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	9	68378293	138105761	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	9	138112204	138233954	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	10	47140	133626908	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	11	86614	3422605	0	0	0	3.0026186920235
1029_0W2	11	3493486	55170778	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	11	55262236	55297491	0	0	0	3.0026186920235
1029_0W2	11	55297716	134720697	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	12	157429	19457534	4	4	0	3.0026186920235
1029_0W2	12	19462627	32337341	5	5	0	3.0026186920235
1029_0W2	12	32337830	39330201	7	5	2	3.0026186920235
1029_0W2	12	39641240	126638551	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	12	126639558	133247788	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	13	18173200	114326419	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	14	16047801	35127717	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	14	35176196	36517872	9	7	2	3.0026186920235
1029_0W2	14	36518257	104138809	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	14	104139189	106875327	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	17071483	22459283	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	22460797	81343228	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	81368211	87854753	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	87855095	88262301	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	88359094	101779064	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	15	101779539	101976531	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	16	14637	166667	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	16	167015	3993700	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	16	4007408	61655466	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	16	61655775	90106888	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	17	118327	21299058	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	17	21300622	76227041	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	17	76240232	76902761	5	4	1	3.0026186920235
1029_0W2	17	76903291	83094675	5	4	1	3.0026186920235
1029_0W2	18	624824	62895213	2	1	1	3.0026186920235
1029_0W2	18	62895696	80247252	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	19	106243	52064556	3	2	1	3.0026186920235
1029_0W2	19	52065160	53773283	1	1	0	3.0026186920235
1029_0W2	19	53775607	58598968	5	4	1	3.0026186920235
1029_0W2	20	80747	64327953	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	21	5031796	13052061	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	21	13161357	46664533	3	3	0	3.0026186920235
1029_0W2	22	10679097	25179369	2	2	0	3.0026186920235
1029_0W2	22	25179737	50798749	2	2	0	3.0026186920235